##fileformat=VCFv4.2 ##FILTER= ##ALT= ##FILTER= ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##contig= ##INFO= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##GATKCommandLine.ApplyRecalibration.2= ##GATKCommandLine.CombineGVCFs.2= ##GATKCommandLine.CombineGVCFs.3= ##GATKCommandLine.CombineVariants.2= ##GATKCommandLine.VariantFiltration.2= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HTSD11234 HTSD21234 HTSD31234 HTSD41234 HTSD51234 HTSD61234 HTSD71234 HTSD81234 HTSD91234 HTSKD101234 HTSKD131234 HTSKD141234 HTSKD151234 HTSKD161234 HTSKD171234 HTSKD181234 HTSKD201234 HTSKD211234 HTSKD231234 HTSKD27D HTSKD29D HTSKD31D HTSKD32D HTSKD34D HTSKD35D HTSKD38D HTSKD39D HTSKD40D HTSKD41D HTSKD42D HTSKD43D HTSKD44D HTSKD46D HTSKD47D HTSKD48D HTSKD51D HTSKD52D HTSKD53D HTSKD54D HTSKD55D HTSKD56D HTSKD57D HTSKD58D HTSKD59D HTSKD60D HTSKD61D HTSKD62D HTSKD63D HTSKD64D HTSKD65D HTSKD66D HTSKD67D HTSKD68D HTSKD69D HTSKD70D HTSKD71D HTSKD72D HTSKD73D HTSKD74D HTSKD75D HTSKD76D HTSKD77D HTSKD78D HTSKD79D HTSKD80D HTSKD81D HTSKD82D HTSKD83D HTSKD84D HTSKD85D HTSKD86D HTSKD87D HTSKD88D HTSKD89D HTSKD90D HTSKD91D HTSKD92D HTSKD94D HTSKD95D HTSKD96D HTSKD97D HTSKD98D HTSKD99D PT0100D PT0101D PT0102D PT0103D PT0104D PT0105D PT0106D PT0107D PT0108D PT0109D PT0111D PT0112D PT0113D PT0114D PT0115D PT0117D PT0118D PT0119D PT0120D PT0121D PT0122D PT0123D PT0124D PT0125D PT0126D PT0127D PT0129D PT0130D PT0131D PT0132D PT0133D PT0134D PT0135D PT0136D PT0137D PT0138D PT0139D PT0140D PT0141D PT0142D PT0143D PT0144D PT0145D PT0146D PT0147D PT0148D PT0149D PT0150D PT0152D PT0154D PT0155D PT0156D PT0157D PT0158D PT0160D PT0161D PT0162D PT0165D PT0166D PT0168D PT0169D PT0170D PT0171D PT0172D PT0173D PT0174D PT0175D PT0176D PT0177D PT0178D PT0179D PT0180D PT0181D PT0182D PT0183D PT0184D PT0187D PT0188D PT0189D PT0190D PT0191D PT0192D PT0193D PT0194D PT0195D PT0196D PT0197D PT0198D PT0199D PT0200D PT0201D PT0202D PT0203D PT0204D PT0205D PT0206D PT0207D PT0208D PT0209D PT0210D PT0211D PT0212D PT0213D PT0214D PT0215D PT0216D PT0217D PT0218D PT0219D PT0220D PT0221D PT0222D PT0223D PT0224D PT0225D PT0226D PT0227D PT0228D PT0229D PT0230D PT0231D PT0232D PT0233D PT0234D PT0235D PT0236D PT0237D PT0238D PT0239D PT0240D PT0241D PT0242D PT0243D PT0244D PT0246D PT0247D PT0248D PT0249D PT0250D PT0252D PT0253D PT0254D PT0255D PT0256D PT0257D PT0258D PT0260D PT0261D PT0262D PT0263D PT0264D PT0266D PT0269D PT0270D PT0271D PT0273D PT0274D PT0275D PT0276D PT0277D PT0279D PT0280D PT0281D PT0282D PT0283D PT0285D PT0286D PT0287D PT0289D PT0290D PT0291D PT0292D PT0294D PT0295D PT0296D PT0297D PT0298D PT0299D PT0300D PT0301D PT0302D PT0303D PT0304D PA0370D PA0371D PA0372D PA0373D PA0374D PA0375D PA0376D PA0377D PA0378D PA0379D PA0382D PA0383D PA0384D PA0387D PA0388D PA0389D PA0391D PA0392D PA0393D PA0394D PA0395D PA0396D PA0397D PA0398D PA0399D PA0400D PA0401D PA0402D PA0403D PA0404D PA0405D PA0406D PA0407D PA0409D PA0411D PA0413D PA0414D PA0417D PA0419D PA0423D PA0424D PA0425D PA0431D PA0438D PA0439D PA0440D PA0441D PA0442D PA0443D PA0444D PA0445D PA0446D PA0447D PA0448D PA0449D PA0450D PA0451D PA0453D PA0454D PA0455D PA0456D PA0457D PA0458D PA0459D PA0460D PA0461D PA0462D PA0463D PA0464D PA0465D PA0467D PA0468D PA0469D PA0470D PA0471D PA0472D PA0473D PA0474D PA0475D PA0478D PA0479D PA0480D PA0481D PA0482D PA0483D PA0484D PA0485D PA0486D PA0487D PA0488D PA0489D PA0490D PA0491D PA0492D PA0494D PA0496D PA0497D PA0498D PA0500D PA0501D PA0502D PA0503D PA0504D PA0505D PA0506D PA0507D PA0508D PA0513D PA0514D PA0516D PA0520D PA0521D PA0522D PA0523D PA0524D PA0525D PA0532D PA0534D PA0537D PA0540D PA0541D PA0542D PA0544D PA0550D PA0551D PA0554D PA0558D PA0561D PA0562D PA0563D PA0564D PA0572D PA0575D PA0576D PA0577D PA0586D PA0597D PA0599D PA0604D PA0617D PA0618D PA0619D PA0620D PA0621D PA0622D PA0625D PA0626D PA0627D PA0628D PA0629D PA0630D PA0631D PA0633D PA0636D PA0637D PA0638D PA0639D PA0641D PA0642D PA0643D PA0645D PA0649D PA0655D Pf3D7_01_v3 93293 . A G 202403 PASS FS=0;MQ=60.1;QD=12.87;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0102000;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.709;VQSLOD=3.07;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;InbreedingCoeff=0.0297;NCC=0;BaseQRankSum=-10.38;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=123.09;GQ_STDDEV=78.21;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-1.863;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=QD;set=snp;DP=12622645;AF=0.004804;AS_InbreedingCoeff=-0.0236;MLEAC=25;MLEAF=0.004804;AN=834;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1384:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1392:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1474:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1307:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,677:. 0|0:30,0:30:43:.:.:0,43,862:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1212:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:61:.:.:0,61,730:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,91:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1384:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1760:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1391:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1746:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1322:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,250:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1217:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1585:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,620:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,57:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1340:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,589:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1780:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1694:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1113:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1563:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,106,1755:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1798:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1441:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,188:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1726:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,623:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1488:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1641:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1514:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1775:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1717:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1363:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1303:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,108:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1295:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1310:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,970:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1560:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1315:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1469:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1440:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1042:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1180:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1412:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,89:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,32:32:96:.:.:902,96,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1581:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,133:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1153:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1259:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,126:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,720:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1499:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1652,0:1652:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:745,0:745:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1386:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:488,68:556:99:.:.:459,0,15270:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1404:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:829,0:829:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1479:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:496,0:496:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:846,0:846:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:841,0:841:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,401:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:196,172:368:99:.:.:4466,0,5434:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:234,204:438:99:.:.:5391,0,6762:. 1|0:199,199:398:99:.:.:5438,0,5653:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1382:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1739:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,982:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:572,0:572:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1327:. 0|0:368,0:368:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,111,1800:. Pf3D7_01_v3 95485 . G A 1.02652e+06 PASS FS=0;MQ=60.89;QD=16.9;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0102100;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.672;VQSLOD=5.99;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=0.0032;NCC=0;BaseQRankSum=8.82;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=664.06;GQ_STDDEV=2191.99;HRun=2;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=9.63;culprit=FS;set=snp;DP=14289255;AF=0.031;AS_InbreedingCoeff=-0.0323;MLEAC=159;MLEAF=0.031;AN=836;AC=15 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:26,0:26:72:0,72,835:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1355:. 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:22,0:22:60:0,60,731:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:70:0,70,899:. 0|0:30,0:30:81:0,81,868:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:60:0,60,789:. 0|0:28,0:28:81:0,81,900:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 1|1:0,16:16:48:519,48,0:. 0|0:4,0:4:12:0,12,125:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:10,0:10:18:0,18,247:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1129:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,114,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1199:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1279:. 0|0:37,0:37:92:0,92,1038:. 0|0:22,0:22:49:0,49,582:. 0|0:18,0:18:42:0,42,468:. 0|0:74,0:74:99:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1524:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1538:. 0|0:344,0:344:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,103,1369:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1370:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1564:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:0,12,115:. 0|0:273,0:273:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,101,1800:. 1|0:49,14:63:99:247,0,1158:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,115,1723:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1362:. 0|0:25,0:25:72:0,72,683:. 1|1:4,116:120:99:3422,250,0:. 0|0:164,0:164:99:0,116,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:0,9,71:. 0|0:68,0:68:99:0,105,1724:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1060:. 0|0:94,0:94:99:0,110,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1125:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:0,3,25:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1017:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1525:. 0|0:0,0:0:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,108,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,103,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,108,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1367:. 0|0:54,0:54:99:0,110,1482:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,115,1245:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1117:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1710:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1429:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,102,1800:. 0|0:1,0:1:3:0,3,31:. 0|0:65,0:65:99:0,117,1788:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1161:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,430:. 0|0:98,0:98:99:0,111,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:109,12:121:54:0,54,2730:. 1|0:17,54:71:99:1409,0,271:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1715:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:116,10:126:99:0,104,2884:. 0|0:150,0:150:99:0,101,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,117,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,103,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:0,39,585:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,100,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:0,111,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,107,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,114,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,103,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 1|0:55,9:64:86:86,0,1375:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,101,1444:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,112,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1017:. 0|0:139,0:139:99:0,118,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:87:0,87,1305:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1180:. 0|0:114,0:114:99:0,104,1800:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,103,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,108,1800:. 0|1:47,43:90:99:1042,0,1006:. 0|1:76,67:143:99:1610,0,1599:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,119,1591:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:0,6,59:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,103,1800:. 0|0:1,0:1:3:0,3,27:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,119,1800:. 0|0:2,0:2:6:0,6,42:. 0|0:57,0:57:99:0,104,1660:. 0|0:2,0:2:6:0,6,55:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1137:. 0|0:63,0:63:99:0,100,1583:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,112,1627:. 1|0:20,7:27:99:140,0,477:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,103,1736:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|1:89,21:110:99:299,0,2090:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,113,1401:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,104,1602:. 0|0:125,0:125:99:0,115,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,109,1382:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1192:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1062:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,103,1680:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1160:. 0|0:72,0:72:99:0,105,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,114,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,111,1601:. 0|0:61,0:61:99:0,110,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1237:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|1:109,78:187:99:1782,0,2487:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1273:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:147,0:147:99:0,101,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1456:. 0|0:130,0:130:99:0,104,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:21:0,21,315:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1202:. 0|0:20,0:20:51:0,51,765:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,99,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:0,6,55:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1247:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,110,1238:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1279:. 0|0:7,0:7:15:0,15,225:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1131:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:47:0,47,669:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1800:. 0|0:401,0:401:99:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,108,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,105,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1341:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1651:. 0|0:64,0:64:99:0,107,1800:. 0|0:350,0:350:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1800:. 0|0:338,0:338:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,119,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1665:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,119,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:407,0:407:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:391,0:391:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:1440,0:1440:99:0,120,1800:. 0|0:1570,0:1570:99:0,120,1800:. 0|0:674,0:674:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 1|1:1,37:38:80:1290,80,0:. 0|0:45,0:45:.:.:99 0|0:188,0:188:99:0,112,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:120 0|0:275,0:275:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:.:.:120 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:120 0|0:286,0:286:99:0,104,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1171:. 0|0:54,0:54:.:.:102 0|0:95,0:95:99:0,111,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,106,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,103,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:.:.:120 0|0:112,0:112:99:0,115,1800:. 0|0:176,0:176:.:.:120 0|0:50,0:50:99:0,113,1610:. 0|0:261,0:261:99:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,107,1800:. 0|0:370,0:370:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,110,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,113,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:113 0|0:221,0:221:99:0,101,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,110,1800:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:49,0:49:.:.:108 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:110 0|0:476,0:476:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:120 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:.:.:120 0|0:69,0:69:99:0,106,1800:. 0|0:233,0:233:.:.:120 0|0:229,0:229:99:0,107,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,116,1800:. 0|0:48,0:48:.:.:120 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:120 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:.:.:120 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:.:.:120 0|0:80,0:80:.:.:120 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,104,1800:. 0|0:573,0:573:.:.:120 0|0:247,0:247:99:0,102,1800:. 0|0:83,0:83:.:.:120 0|0:287,0:287:99:0,120,1800:. 0|0:928,0:928:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:.:.:12 0|0:267,0:267:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:.:.:120 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 1|0:268,240:508:99:6895,0,7478:. 0|0:278,0:278:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:448,0:448:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:660,0:660:99:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,119,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:46:0,46,615:. 0|0:304,0:304:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:0,114,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,109,1800:. 0|0:346,0:346:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,102,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,113,1800:. 0|0:655,0:655:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1665:. 0|0:119,0:119:99:0,117,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1710:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:703,0:703:99:0,120,1800:. 0|0:376,0:376:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 95518 . G T 2.47133e+07 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=27.43;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0102100;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.688;VQSLOD=11.61;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.78;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.986;GC=33.33;GQ_MEAN=204.63;GQ_STDDEV=261.03;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4847;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=-0.056;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=18530540;AF=0.634;AS_InbreedingCoeff=0.0318;MLEAC=3318;MLEAF=0.638;AN=842;AC=519 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:2,22:24:13:.:.:647,13,0 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1197 1|0:8,38:46:99:.:.:1057,0,137 0|0:47,2:49:84:.:.:0,84,1302 1|1:0,24:24:72:.:.:765,72,0 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1084 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395 0|1:10,25:35:99:.:.:691,0,188 1|0:16,5:21:73:.:.:73,0,419 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 1|1:2,22:24:12:.:.:665,12,0 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170 1|0:2,10:12:26:.:.:295,0,26 1|1:0,13:13:39:.:.:420,39,0 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225 1|1:0,20:20:60:.:.:632,60,0 1|1:0,7:7:21:.:.:235,21,0 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395 0|1:53,21:74:99:.:.:422,0,1329 1|1:0,64:64:99:.:.:1954,191,0 1|1:1,236:237:99:.:.:7295,625,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1279 0|1:16,23:39:99:.:.:575,0,322 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765 1|1:0,11:11:33:.:.:325,33,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1524 1|1:0,111:111:99:.:.:3489,333,0 1|0:108,26:134:99:.:.:390,0,2767 0|1:41,23:64:99:.:.:538,0,991 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,55:56:99:.:.:1701,123,0 0|1:52,91:143:99:.:.:2317,0,1059 1|1:0,99:99:99:.:.:3049,297,0 1|0:35,34:69:99:.:.:849,0,737 1|0:12,53:65:99:.:.:1434,0,102 1|1:0,60:60:99:.:.:1855,180,0 0|0:14,0:14:12:.:.:0,12,334 0|1:28,120:148:99:.:.:3109,0,346 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,307 0|1:152,146:298:99:.:.:3554,0,3448 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 0|1:62,56:118:99:.:.:1293,0,1343 1|0:21,30:51:99:.:.:771,0,432 0|0:29,0:29:82:.:.:0,82,932 1|1:1,119:120:99:.:.:3668,350,0 0|1:11,61:72:99:.:.:1661,0,122 1|1:0,101:101:99:.:.:3109,303,0 0|1:14,13:27:99:.:.:315,0,318 1|1:0,104:104:99:.:.:3163,312,0 0|0:164,0:164:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,149:149:99:.:.:4567,447,0 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,145 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1724 1|1:0,50:50:99:.:.:1518,150,0 1|0:32,59:91:99:.:.:1530,0,608 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|0:72,98:170:99:.:.:2476,0,1523 1|0:62,84:146:99:.:.:2117,0,1293 1|1:0,145:145:99:.:.:4487,436,0 1|1:1,815:816:99:.:.:25332,2441,0 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,50 1|0:95,47:142:99:.:.:1006,0,2257 1|0:25,143:168:99:.:.:3944,0,147 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,73:73:99:.:.:2221,219,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2560,246,0 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,28 1|1:0,70:70:99:.:.:2110,210,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4432,433,0 0|1:94,19:113:99:.:.:257,0,2267 1|1:0,128:128:99:.:.:3953,385,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1726,168,0 0|1:100,116:216:99:.:.:2849,0,2044 0|1:7,87:94:24:0|1:95518_G_T:2393,0,24 1|1:0,87:87:99:.:.:2607,264,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3461,334,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2105,204,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2208,213,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1245 1|0:36,85:121:99:.:.:2222,0,642 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1117 1|1:1,203:204:99:.:.:6231,590,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,53:61:54:.:.:1471,0,54 1|1:11,184:195:99:.:.:5145,264,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5335,525,0 1|0:114,17:131:99:.:.:140,0,2820 1|0:94,32:126:99:.:.:616,0,2221 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,81 1|1:4,66:70:91:.:.:1896,91,0 1|0:102,36:138:99:.:.:673,0,2366 1|0:22,47:69:99:.:.:1232,0,399 1|1:10,154:164:18:.:.:4277,18,0 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|0:10,2:12:26:.:.:26,0,302 1|1:0,251:251:99:.:.:7825,754,0 1|1:9,270:279:99:.:.:7925,448,0 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800 1|0:101,15:116:99:.:.:119,0,2456 0|1:30,105:135:99:.:.:2780,0,413 1|1:2,71:73:99:.:.:2137,185,0 1|1:2,220:222:99:.:.:6718,576,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1715 1|1:0,223:223:99:.:.:6969,669,0 1|0:113,60:173:99:0|1:95518_G_T:1361,0,4312 1|1:1,148:149:99:.:.:4502,419,0 1|1:4,191:195:99:.:.:5716,476,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6297,616,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3639,365,0 1|1:10,280:290:99:.:.:8243,420,0 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,215:215:99:.:.:6611,645,0 1|1:0,245:245:99:.:.:7539,736,0 1|1:2,246:248:99:.:.:7513,686,0 0|1:65,81:146:99:0|1:95518_G_T:1996,0,2003 1|1:1,195:196:99:.:.:5990,543,0 1|0:29,106:135:99:.:.:2883,0,429 0|0:22,0:22:4:.:.:0,4,505 1|1:11,208:219:99:.:.:6168,342,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800 1|1:1,160:161:99:.:.:4823,455,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,382:382:99:.:.:11711,1146,0 1|0:131,123:254:99:.:.:3080,0,2917 0|1:83,114:197:99:.:.:2888,0,1661 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,159:163:99:.:.:4732,383,0 1|0:63,62:125:99:.:.:1572,0,1364 1|0:29,73:102:99:.:.:1857,0,480 1|1:1,180:181:99:.:.:5478,498,0 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,12:13:9:.:.:346,9,0 1|1:2,271:273:99:.:.:8095,730,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5243,504,0 0|1:44,170:214:99:.:.:4652,0,667 0|1:43,238:281:99:.:.:6344,0,423 1|1:6,194:200:99:.:.:5659,331,0 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,134:134:99:.:.:4061,402,0 0|1:55,139:194:99:.:.:3751,0,1847 1|1:0,231:231:99:.:.:7052,693,0 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,99:101:99:.:.:3077,242,0 1|1:1,100:101:99:.:.:3081,258,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,240:241:99:.:.:7208,697,0 1|1:7,65:72:12:.:.:1811,12,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4542,436,0 1|1:3,147:150:99:.:.:4354,316,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2937,291,0 1|1:2,235:237:99:.:.:7033,658,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4135,400,0 1|1:1,149:150:99:.:.:4641,423,0 0|1:35,12:47:99:.:.:232,0,903 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1017 1|0:42,114:156:99:.:.:3062,0,703 1|1:0,49:49:99:.:.:1511,147,0 0|1:6,24:30:99:.:.:661,0,103 1|1:5,99:104:99:.:.:2896,169,0 1|1:1,47:48:99:.:.:1452,116,0 1|1:0,222:222:99:.:.:6832,666,0 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|0:79,162:241:99:.:.:4281,0,1509 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1800 0|1:50,49:99:99:.:.:1195,0,1117 1|1:0,145:145:99:.:.:4494,435,0 1|0:88,94:182:99:.:.:2381,0,1876 1|1:4,111:115:99:.:.:3304,181,0 1|0:58,93:151:99:.:.:2446,0,1163 1|1:0,147:147:99:.:.:4630,442,0 1|1:2,84:86:99:.:.:2572,201,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2095,201,0 1|1:2,149:151:99:.:.:4542,364,0 1|1:10,142:152:99:.:.:4163,177,0 1|1:0,187:187:99:.:.:5824,562,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3190,304,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3811,366,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,171:171:99:.:.:5329,514,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5338,523,0 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,81 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|1:42,82:124:99:0|1:95518_G_T:2908,0,1501 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,114 1|1:1,116:117:99:.:.:3595,307,0 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,27 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1137 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1583 0|1:239,53:292:99:.:.:744,0,5677 0|0:59,0:59:99:.:.:0,112,1627 1|0:15,7:22:99:.:.:159,0,442 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|0:24,67:91:99:.:.:1780,0,376 1|1:0,114:114:99:.:.:3463,342,0 0|1:8,67:75:2:.:.:1914,0,2 1|1:0,95:95:99:.:.:2938,286,0 1|0:56,20:76:99:0|1:95518_G_T:408,0,2200 1|1:1,114:115:99:.:.:3428,316,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1788,168,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3937,376,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575 1|1:2,183:185:99:.:.:5571,466,0 1|1:0,187:187:99:.:.:5779,562,0 1|1:4,123:127:99:.:.:3620,236,0 1|0:36,25:61:99:.:.:600,0,783 0|1:38,192:230:99:.:.:5122,0,320 1|1:0,119:119:99:.:.:3671,358,0 0|1:23,63:86:99:.:.:1733,0,368 1|1:1,54:55:99:.:.:1674,139,0 1|0:53,6:59:12:.:.:12,0,1310 1|0:54,61:115:99:0|1:95518_G_T:1573,0,1879 1|1:3,71:74:99:.:.:2098,123,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2835,279,0 1|1:1,75:76:99:.:.:2263,200,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1160 1|1:0,79:79:99:.:.:2487,237,0 1|0:28,117:145:99:.:.:3205,0,352 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,112:112:99:.:.:3410,336,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4239,405,0 1|1:4,56:60:24:1|1:95515_G_A:1586,24,0 1|1:0,183:183:99:.:.:5630,550,0 1|1:1,68:69:99:.:.:2130,163,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3876,378,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2969,297,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2182,213,0 1|1:4,56:60:36:.:.:1602,36,0 0|1:111,93:204:99:.:.:2198,0,2511 1|1:0,97:97:99:.:.:3008,292,0 1|1:0,7:7:21:.:.:200,21,0 1|0:67,84:151:99:0|1:95518_G_T:2124,0,2407 0|1:58,94:152:99:.:.:2509,0,1202 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,96:96:99:.:.:3009,289,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,104,1800 0|0:110,10:120:44:.:.:0,44,2717 1|1:0,5:5:15:.:.:160,15,0 1|0:28,25:53:99:.:.:607,0,607 1|1:0,20:20:60:.:.:625,60,0 1|1:2,73:75:99:.:.:2207,168,0 1|1:3,284:287:99:.:.:8690,783,0 1|1:2,153:155:99:.:.:4605,375,0 1|1:15,231:246:99:.:.:6489,177,0 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,53 1|1:0,55:55:99:.:.:1716,165,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 1|0:68,36:104:99:.:.:786,0,1638 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1238 1|1:1,56:57:99:.:.:1747,144,0 1|0:4,2:6:46:.:.:46,0,137 0|1:13,7:20:99:.:.:159,0,311 1|1:2,72:74:99:.:.:2184,165,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1131 1|1:0,129:129:99:.:.:3975,387,0 1|1:0,30:30:90:.:.:915,90,0 1|1:3,198:201:99:.:.:6897,426,0 1|1:2,115:117:99:.:.:4116,282,0 1|0:224,187:411:99:.:.:5530,0,6643 0|1:194,172:366:99:0|1:95518_G_T:5109,0,6613 1|1:0,229:229:99:.:.:8372,689,0 1|1:0,229:229:99:.:.:8294,689,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,164:164:99:.:.:5931,493,0 1|1:25,315:340:99:.:.:10518,144,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 0|1:320,79:399:99:.:.:1573,0,9866 1|1:0,88:88:99:.:.:3185,265,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1651 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800 1|1:1,449:450:99:.:.:16097,1324,0 1|1:3,253:256:99:.:.:8933,634,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7945,659,0 1|1:0,280:280:99:.:.:9912,841,0 1|1:9,214:223:99:.:.:7328,266,0 0|0:162,13:175:82:.:.:0,82,5150 1|1:3,477:480:99:.:.:17195,1344,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4826,405,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|1:81,122:203:99:.:.:3835,0,2212 1|1:0,195:195:99:.:.:7012,587,0 1|1:0,231:231:99:.:.:8278,695,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7855,656,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1222,105,0 1|0:71,51:122:99:.:.:1460,0,2117 0|0:72,0:72:99:.:.:0,119,1800 1|1:4,277:281:99:.:.:9759,664,0 1|0:186,241:427:99:.:.:7393,0,5278 1|1:1,232:233:99:.:.:8293,689,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|0:200,195:395:99:.:.:5860,0,5886 1|1:0,222:222:99:.:.:8063,668,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8412,704,0 1|0:742,765:1507:99:0|1:95518_G_T:22765,0,28599 1|1:0,1520:1520:99:.:.:54690,4574,0 1|1:10,673:683:99:.:.:23774,1604,0 1|1:0,160:160:99:.:.:5825,481,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1122,96,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1520 1|1:0,204:204:99:.:.:6965,612,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6367,558,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8581,736,0 1|1:3,558:561:99:.:.:18328,1637,0 1|0:194,100:294:99:.:.:2428,0,5542 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,265:265:99:.:.:9101,796,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|1:26,315:341:99:.:.:9954,141,0 1|1:11,1026:1037:99:.:.:33613,2902,0 1|0:148,167:315:99:.:.:4807,0,3914 1|1:0,97:97:99:.:.:3367,292,0 1|1:4,552:556:99:.:.:17777,1582,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3886,336,0 1|1:9,228:237:99:.:.:7531,398,0 1|1:18,214:232:99:.:.:6852,116,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5966,504,0 1|1:3,233:236:99:.:.:7841,603,0 0|1:42,260:302:99:.:.:8033,0,462 1|1:0,252:252:99:.:.:8589,756,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,103,1800 1|1:18,247:265:99:.:.:7972,204,0 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,446:451:99:.:.:14289,1285,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,115,1800 1|0:214,441:655:99:.:.:12557,0,7086 1|0:38,11:49:99:0|1:95518_G_T:226,0,1567 1|1:22,250:272:99:.:.:8129,116,0 1|0:79,252:331:99:0|1:95518_G_T:7876,0,2428 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800 1|1:5,526:531:99:.:.:17995,1339,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,110,1800 0|1:219,235:454:99:.:.:6839,0,5876 0|0:149,0:149:99:.:.:0,113,1800 1|0:153,20:173:55:.:.:55,0,4200 0|0:221,0:221:99:.:.:0,101,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 0|1:11,4:15:98:.:.:98,0,343 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1419 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 0|1:83,9:92:35:.:.:35,0,2370 0|1:207,260:467:99:.:.:7366,0,7752 1|1:8,1070:1078:99:.:.:34286,3101,0 0|1:96,130:226:99:.:.:3811,0,2556 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,36:75:99:.:.:1064,0,1097 1|1:16,315:331:99:.:.:9521,605,0 0|1:199,29:228:99:.:.:325,0,5900 1|1:7,201:208:99:.:.:6598,388,0 1|1:3,255:258:99:.:.:8171,671,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 1|0:23,115:138:99:.:.:3538,0,362 0|1:73,243:316:99:.:.:7441,0,1367 0|0:32,3:35:3:.:.:0,3,899 0|1:200,55:255:99:.:.:1140,0,5849 1|1:11,1062:1073:99:.:.:33998,2929,0 1|1:9,247:256:99:.:.:8131,494,0 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 1|0:426,49:475:99:0|1:95518_G_T:228,0,16911 0|1:86,76:162:99:.:.:2140,0,2330 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 1|0:29,176:205:99:0|1:95518_G_T:5394,0,703 1|0:477,449:926:99:.:.:12087,0,18015 1|1:21,234:255:68:.:.:7420,68,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,961:965:99:.:.:33795,2678,0 1|1:5,205:210:99:.:.:6997,460,0 1|1:3,384:387:99:.:.:13179,1064,0 1|0:4,2:6:42:.:.:42,0,162 1|0:156,118:274:99:.:.:3313,0,4568 1|0:542,538:1080:99:0|1:95518_G_T:19492,0,20373 1|1:0,137:137:99:.:.:4795,412,0 0|1:76,166:242:99:.:.:5005,0,1811 0|1:161,176:337:99:.:.:5125,0,4436 1|1:1,501:502:99:.:.:17674,1500,0 1|0:175,311:486:99:.:.:9444,0,4548 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,478:484:99:.:.:16267,1276,0 0|0:448,0:448:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,555:555:99:.:.:19417,1669,0 1|1:0,496:496:99:.:.:17328,1491,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4756,400,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,454:454:99:.:.:16237,1365,0 1|1:1,450:451:99:.:.:15364,1343,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,232:232:99:.:.:8084,697,0 1|1:0,721:721:99:.:.:25099,2166,0 0|1:287,46:333:99:.:.:554,0,8887 1|1:0,299:299:99:.:.:10531,899,0 1|1:7,138:145:99:.:.:4510,156,0 0|1:132,42:174:99:.:.:929,0,3979 1|1:0,109:109:99:.:.:3854,328,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800 0|1:118,109:227:99:.:.:3157,0,3336 0|1:72,203:275:99:.:.:6183,0,1581 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800 0|1:60,290:350:99:.:.:9056,0,976 1|1:3,153:156:99:.:.:5156,370,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,212:219:99:.:.:7267,448,0 1|1:7,348:355:99:.:.:12012,753,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7774,659,0 1|1:3,511:514:99:.:.:17878,1445,0 1|0:255,219:474:99:.:.:6254,0,7250 1|1:11,830:841:99:.:.:28907,2005,0 1|0:53,49:102:99:0|1:95518_G_T:1382,0,2017 0|1:166,310:476:99:0|1:95518_G_T:9357,0,5734 1|1:0,703:703:99:.:.:24275,2109,0 1|0:121,66:187:99:.:.:1697,0,3555 1|1:1,274:275:99:.:.:9572,815,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1596 1|0:21,12:33:99:.:.:320,0,628 1|1:0,759:759:99:.:.:29802,2296,0 1|1:0,417:417:99:.:.:14518,1252,0 Pf3D7_01_v3 95754 . G T 9.79867e+06 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=22.34;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0102100;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.741;VQSLOD=8.45;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.986;GC=38.1;GQ_MEAN=193.19;GQ_STDDEV=324.13;HRun=1;InbreedingCoeff=0.608;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=0.194;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13960410;AF=0.254;AS_InbreedingCoeff=-0.2363;MLEAC=1316;MLEAF=0.256;AN=834;AC=293 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350 0|0:41,0:41:66:.:.:0,66,1047 1|0:26,8:34:99:0|1:95742_G_A:252,0,994 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080 0|1:4,24:28:34:.:.:704,0,34 1|1:0,22:22:66:.:.:715,66,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1505,147,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1237,114,0 1|1:0,28:28:84:.:.:883,84,0 0|1:14,6:20:99:.:.:125,0,334 1|1:0,26:26:78:.:.:805,78,0 0|1:15,5:20:99:.:.:119,0,356 1|1:0,20:20:66:1|1:95742_G_A:888,66,0 0|0:12,0:12:22:.:.:0,22,280 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,516 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,48 0|0:21,0:21:16:.:.:0,16,454 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,401 1|1:0,37:37:99:.:.:1113,110,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1447 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,63:63:99:1|1:95742_G_A:2734,193,0 1|1:0,31:31:92:.:.:891,92,0 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,908 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,138 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,55:55:99:1|1:95742_G_A:2347,166,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|1:85,15:100:99:0|1:95742_G_A:323,0,3345 1|0:32,21:53:99:.:.:472,0,701 1|0:96,211:307:99:.:.:5378,0,1641 0|0:55,0:55:90:.:.:0,90,1310 1|0:65,64:129:99:0|1:95742_G_A:2391,0,2402 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1353 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1463 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,305 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800 0|0:15,0:15:.:.:.:. 1|1:0,252:252:99:1|1:95742_G_A:10936,767,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 1|0:37,55:92:99:.:.:1294,0,1068 0|1:27,21:48:99:.:.:500,0,603 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|0:53,15:68:99:0|1:95742_G_A:350,0,2075 0|0:80,0:80:99:.:.:0,112,1800 1|0:8,18:26:99:.:.:452,0,234 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:164,0:164:99:.:.:0,116,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|0:15,0:15:3:.:.:0,3,45 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1724 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 0|1:56,7:63:99:0|1:95742_G_A:146,0,2304 1|0:25,43:68:99:.:.:1084,0,445 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|1:56,100:156:99:0|1:95742_G_A:3963,0,1905 0|0:90,0:90:99:.:.:0,119,1800 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800 0|0:1,0:1:.:.:.:. 0|0:134,0:134:0:.:.:0,0,2844 0|1:104,16:120:99:.:.:202,0,2417 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530 0|0:72,0:72:99:.:.:0,119,1800 0|0:0,0:0:.:.:.:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1155 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1800 1|0:18,88:106:99:.:.:2346,0,160 1|1:0,98:98:99:.:.:2924,294,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1296 1|0:150,80:230:99:0|1:95742_G_A:2918,0,5833 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1438 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,106,980 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1679 1|1:0,49:49:99:.:.:1492,147,0 0|1:86,18:104:99:0|1:95742_G_A:426,0,3446 1|1:0,72:72:99:.:.:2175,216,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4735,472,0 1|0:124,75:199:99:.:.:1632,0,2739 0|1:51,15:66:99:.:.:255,0,1238 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,143:143:99:.:.:4569,428,0 0|0:0,0:0:.:.:.:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1180 0|1:78,34:112:99:.:.:680,0,1696 1|0:34,31:65:99:.:.:726,0,798 1|1:8,125:133:18:1|1:95742_G_A:5057,18,0 1|0:20,145:165:99:0|1:95742_G_A:5773,0,338 0|0:1,2:3:33:0|1:95742_G_A:109,0,33 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:215,17:232:40:.:.:0,40,9626 1|1:0,184:184:99:.:.:5473,552,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|0:42,84:126:99:.:.:2107,0,800 0|1:56,8:64:38:.:.:38,0,1270 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,129:130:99:.:.:3942,363,0 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 1|0:56,113:169:99:0|1:95742_G_A:4496,0,1861 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,103,1800 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|1:48,87:135:99:.:.:2240,0,850 0|0:255,0:255:99:.:.:0,119,1800 1|1:1,196:197:99:.:.:5747,562,0 1|1:0,201:201:99:1|1:95742_G_A:8683,622,0 1|0:177,46:223:99:.:.:595,0,3988 1|1:1,253:254:99:.:.:7589,716,0 0|1:110,26:136:99:.:.:526,0,2682 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,466 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|0:10,112:122:86:0|1:95742_G_A:4607,0,86 0|0:94,0:94:99:.:.:0,112,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|1:164,184:348:99:0|1:95742_G_A:6896,0,5886 1|1:0,222:222:99:1|1:95742_G_A:9621,677,0 0|1:49,104:153:99:.:.:2598,0,816 1|1:0,170:170:99:1|1:95742_G_A:7542,529,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|1:116,14:130:99:.:.:214,0,2716 0|1:62,18:80:99:.:.:419,0,1380 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,374 1|1:0,224:224:99:1|1:95742_G_A:9849,698,0 0|1:101,29:130:99:.:.:502,0,2361 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,191:191:99:1|1:95742_G_A:8381,590,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1772 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710 1|0:112,34:146:99:0|1:95742_G_A:998,0,4400 0|0:92,0:92:99:.:.:0,119,1800 1|1:0,191:191:99:1|1:95742_G_A:8286,581,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3128,313,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1179 1|1:0,106:106:99:.:.:3211,317,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2541,257,0 1|1:12,223:235:99:.:.:6262,406,0 0|1:7,51:58:2:.:.:1390,0,2 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,155:156:99:.:.:4464,439,0 0|1:53,33:86:99:.:.:745,0,1082 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|0:9,39:48:99:0|1:95742_G_A:1569,0,227 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|1:73,65:138:99:0|1:95742_G_A:2534,0,2763 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1451 1|0:13,24:37:99:.:.:606,0,270 0|1:51,38:89:99:.:.:856,0,1087 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1070 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,244 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|1:151,49:200:99:.:.:867,0,3514 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|0:47,45:92:99:0|1:95742_G_A:1699,0,1745 0|0:110,0:110:99:.:.:0,101,1800 0|0:166,0:166:47:.:.:0,47,3593 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:12,132:144:55:.:.:3633,55,0 1|1:0,118:118:99:1|1:95742_G_A:5205,340,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1246 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800 0|0:130,0:130:16:.:.:0,16,2849 1|0:158,35:193:99:0|1:95742_G_A:937,0,6174 0|0:90,8:98:54:.:.:0,54,2209 1|1:8,112:120:99:.:.:3189,111,0 1|1:0,80:80:99:1|1:95742_G_A:3591,247,0 0|0:0,0:0:.:.:.:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,116,1800 0|0:0,1:1:3:.:.:31,3,0 1|1:0,192:192:99:.:.:5898,576,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,2200 0|0:3,0:3:.:.:.:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2450,238,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1583 1|0:50,194:244:99:0|1:95742_G_A:7575,0,1392 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,615 1|1:0,109:109:99:.:.:3279,328,0 1|0:48,39:87:99:.:.:919,0,1045 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|0:54,11:65:99:.:.:119,0,1230 0|0:74,0:74:99:.:.:0,109,1800 0|1:22,54:76:99:0|1:95742_G_A:2178,0,703 1|0:79,28:107:99:.:.:510,0,1773 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1306 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1661 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485 0|1:26,36:62:99:0|1:95742_G_A:1403,0,932 1|0:179,23:202:66:.:.:66,0,4003 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1537 1|0:11,52:63:99:.:.:1413,0,112 0|1:49,51:100:99:0|1:95742_G_A:1923,0,1812 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|0:36,30:66:99:0|1:95742_G_A:1109,0,1362 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1718 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575 0|1:69,32:101:99:0|1:95742_G_A:1087,0,2671 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 1|0:18,65:83:99:.:.:1717,0,250 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1178 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,47:47:99:.:.:1465,141,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,93:93:99:.:.:2736,278,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1570 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1359 0|1:84,75:159:99:0|1:95742_G_A:2709,0,3112 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1675 0|1:11,2:13:23:.:.:23,0,264 0|1:121,21:142:99:0|1:95742_G_A:470,0,4937 1|0:62,67:129:99:0|1:95742_G_A:2513,0,2318 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1760 1|1:2,134:136:99:1|1:95742_G_A:5883,328,0 0|1:88,21:109:99:.:.:313,0,2040 0|0:21,0:21:24:.:.:0,24,360 0|1:37,9:46:99:.:.:198,0,953 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,773 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,214:214:99:1|1:95742_G_A:9368,650,0 1|0:3,0:3:0:.:.:0,0,23 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1406 1|0:33,101:134:99:.:.:2606,0,503 0|1:34,52:86:99:0|1:95742_G_A:1937,0,1194 1|1:0,57:57:99:.:.:1769,171,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1385 0|0:8,0:8:3:.:.:0,3,45 1|0:8,10:18:99:.:.:257,0,146 0|0:52,0:52:91:.:.:0,91,1257 1|1:0,48:48:99:1|1:95742_G_A:2091,147,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|1:209,130:339:99:0|1:95742_G_A:4787,0,8295 0|1:216,81:297:99:0|1:95742_G_A:2652,0,8750 1|1:0,187:187:99:.:.:6657,562,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,170:170:99:.:.:6076,511,0 1|1:0,148:148:99:1|1:95742_G_A:6553,451,0 1|0:74,199:273:99:.:.:6293,0,1670 1|1:1,163:164:99:.:.:5745,461,0 1|0:235,104:339:99:0|1:95742_G_A:3542,0,9307 1|1:0,48:48:99:.:.:1706,144,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1651 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1800 1|0:151,55:206:99:.:.:1336,0,4431 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:13,159:172:71:.:.:5184,71,0 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1669 1|0:114,182:296:99:0|1:95742_G_A:7243,0,4207 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|0:24,142:166:99:.:.:4626,0,495 1|0:78,76:154:99:.:.:2190,0,2150 0|1:110,80:190:99:0|1:95742_G_A:3040,0,4244 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485 0|1:16,96:112:99:.:.:3072,0,288 0|0:158,0:158:77:.:.:0,77,4570 1|0:131,119:250:99:.:.:3512,0,3543 0|1:193,202:395:99:.:.:5976,0,5224 1|1:0,217:217:99:.:.:7741,652,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2999,264,0 0|1:168,178:346:99:.:.:5324,0,4592 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800 1|1:1,1180:1181:99:1|1:95742_G_A:52982,3617,0 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,590:591:99:1|1:95742_G_A:26156,1779,0 0|1:66,42:108:99:.:.:1117,0,1828 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,640 1|1:4,95:99:99:1|1:95742_G_A:3998,118,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,166:168:99:.:.:5633,437,0 1|1:1,232:233:99:.:.:7900,667,0 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800 0|1:76,186:262:99:.:.:5454,0,2073 1|1:4,242:246:99:.:.:7828,601,0 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,355:357:99:1|1:95742_G_A:15750,992,0 1|0:256,41:297:99:.:.:507,0,7338 1|0:388,384:772:99:0|1:95742_G_A:14648,0,14823 0|1:161,128:289:99:0|1:95742_G_A:4753,0,6115 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1800 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 1|0:205,21:226:50:.:.:50,0,5979 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 1|0:246,39:285:99:.:.:512,0,7000 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 1|0:201,32:233:99:.:.:357,0,5762 0|1:26,223:249:99:0|1:95742_G_A:9065,0,360 1|1:0,208:208:99:.:.:7093,625,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|0:17,71:88:99:.:.:2213,0,245 0|1:339,141:480:99:.:.:3841,0,13400 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1407 0|0:250,0:250:47:.:.:0,47,6808 0|1:229,74:303:99:0|1:95742_G_A:2493,0,8988 1|1:0,245:245:99:1|1:95742_G_A:10899,758,0 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,254:254:99:1|1:95742_G_A:11244,782,0 1|1:17,390:407:99:1|1:95742_G_A:16343,501,0 1|1:5,180:185:99:.:.:5938,324,0 0|1:25,134:159:99:0|1:95742_G_A:5436,0,708 1|1:0,231:231:99:.:.:7912,693,0 1|1:0,188:188:99:1|1:95742_G_A:8369,580,0 1|0:2,4:6:71:0|1:95742_G_A:162,0,71 1|1:4,79:83:73:1|1:95742_G_A:3337,73,0 1|1:6,243:249:99:.:.:7951,510,0 1|1:3,67:70:42:.:.:2025,42,0 1|0:52,403:455:99:.:.:12172,0,670 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800 1|0:56,139:195:99:.:.:4192,0,1157 1|1:4,214:218:99:1|1:95742_G_A:9263,497,0 0|1:63,11:74:99:0|1:95742_G_A:231,0,2550 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 1|0:25,215:240:99:0|1:95742_G_A:8913,0,293 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,234:236:99:1|1:95742_G_A:10132,608,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|0:190,55:245:99:0|1:95742_G_A:1634,0,7661 1|0:5,27:32:74:.:.:816,0,74 1|0:29,231:260:99:0|1:95742_G_A:9463,0,420 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 1|0:35,227:262:99:0|1:95742_G_A:9239,0,740 0|0:426,0:426:69:.:.:0,69,10971 1|0:152,26:178:99:.:.:357,0,4270 0|0:212,20:232:27:.:.:0,27,6069 0|1:23,210:233:99:0|1:95742_G_A:8406,0,273 0|1:316,286:602:99:0|1:95742_G_A:10560,0,12026 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|0:190,164:354:99:0|1:95742_G_A:6083,0,7217 1|1:22,521:543:99:.:.:16831,819,0 1|0:432,444:876:99:0|1:95742_G_A:17123,0,16152 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|1:26,0:26:.:.:.:0,0,0 0|1:74,177:251:99:.:.:5254,0,2070 0|1:419,368:787:99:0|1:95742_G_A:13874,0,15810 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1800 1|0:116,86:202:99:.:.:2372,0,3160 0|0:80,0:80:99:.:.:0,112,1800 0|1:205,211:416:99:0|1:95742_G_A:8241,0,7816 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,82:82:99:.:.:2885,247,0 0|1:308,165:473:99:0|1:95742_G_A:5966,0,12190 1|1:0,414:414:99:.:.:14437,1244,0 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,121:121:99:.:.:4135,363,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1800 1|0:208,195:403:99:.:.:5734,0,5493 1|0:200,214:414:99:0|1:95742_G_A:8407,0,7630 1|0:111,96:207:99:0|1:95742_G_A:3550,0,4438 1|0:146,73:219:99:.:.:1912,0,4094 0|1:317,312:629:99:0|1:95742_G_A:11772,0,12008 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|0:65,59:124:99:.:.:1700,0,1742 1|1:0,159:159:99:.:.:5432,478,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,129:129:99:.:.:4432,388,0 0|0:21,0:21:34:.:.:0,34,632 1|1:0,249:249:99:.:.:8809,749,0 1|0:87,123:210:99:.:.:3595,0,2184 0|1:170,65:235:99:0|1:95742_G_A:2238,0,6893 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1767 0|1:229,51:280:99:.:.:929,0,6548 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800 1|0:5,65:70:14:.:.:2605,0,14 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|1:177,146:323:99:0|1:95742_G_A:5389,0,7096 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1800 0|1:212,184:396:99:.:.:5327,0,5660 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|1:439,279:718:99:0|1:95742_G_A:10238,0,17290 1|0:21,76:97:99:0|1:95742_G_A:3057,0,611 1|0:140,286:426:99:0|1:95742_G_A:11534,0,4963 1|1:1,644:645:99:1|1:95742_G_A:28718,1950,0 1|1:2,174:176:99:.:.:5948,478,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,39:39:99:.:.:1304,117,0 1|0:30,4:34:43:.:.:43,0,835 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 0|1:195,198:393:99:0|1:95742_G_A:7659,0,7248 Pf3D7_01_v3 97341 . A G 127322 PASS FS=0;MQ=64.01;QD=12.54;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.685;VQSLOD=3.58;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=88.75;GQ_STDDEV=33.89;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8222;NCC=0;BaseQRankSum=-3.371;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.386;culprit=FS;set=snp;DP=5196911;AF=0.012;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=62;MLEAF=0.012;AN=820;AC=21 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ:PGT:PID 0|1:8,10:18:99:212,0,203:.:.:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:28,0:28:81:0,81,896:.:.:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:.:.:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:.:.:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:.:.:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:.:.:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:.:.:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:.:.:. 0|0:24,0:24:72:0,72,721:.:.:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:.:.:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:.:.:. 0|0:24,0:24:54:0,54,810:.:.:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:.:.:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:.:.:. 0|0:10,0:10:30:0,30,331:.:.:. 0|0:3,0:3:6:0,6,90:.:.:. 0|0:9,0:9:27:0,27,272:.:.:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:.:.:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,119,1618:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1327:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:26,0:26:73:0,73,732:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1089:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:.:.:. 0|0:6,0:6:18:0,18,174:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1293:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1283:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1346:.:.:. 0|0:118,0:118:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1345:.:.:. 0|0:30,0:30:90:0,90,849:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1046:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1271:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1065:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:28,0:28:81:0,81,790:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1124:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1337:.:.:. 0|0:21,0:21:63:0,63,576:.:.:. 0|0:64,4:68:94:0,94,1816:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1593:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1304:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1259:.:.:. 0|0:43,5:48:6:0,6,1162:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1113:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:29,0:29:84:0,84,1260:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1303:.:.:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:20,0:20:60:0,60,569:.:.:. 0|0:72,7:79:41:0,41,1905:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1178:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:20,0:20:60:0,60,546:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:29,0:29:72:0,72,781:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1757:.:.:. 0|0:21,0:21:60:0,60,653:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1220:.:.:. 0|0:61,4:65:92:0,92,1686:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1191:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:21,0:21:63:0,63,604:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1062:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,997:.:.:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1568:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,103,1374:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:19,0:19:42:0,42,630:.:.:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1157:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,102,982:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1190:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1296:.:.:. 0|0:128,0:128:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1191:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:13,170:183:99:4192,168,0:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1283:.:.:. 0|0:143,0:143:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1234:.:.:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1279:.:.:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1066:.:.:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1306:.:.:. 0|0:162,0:162:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:.:.:. 1|1:3,60:63:99:1440,102,0:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1481:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,115,1553:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:81,0:81:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1192:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1200:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1294:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1460:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1248:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:.:.:. 1|1:0,86:86:99:2291,257,0:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1118:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1120:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:113,0:113:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:3,0:3:9:0,9,84:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,109,1689:.:.:. 1|0:128,46:174:99:686,0,3261:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1205:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1080:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:99,0:99:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1157:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:59,5:64:52:0,52,1642:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:68,7:75:30:0,30,1970:.:.:. 0|0:96,0:96:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1210:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1387:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1468:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|1:42,16:58:99:223,0,1006:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1444:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,102,1530:.:.:. 0|1:25,116:141:99:2608,0,308:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1433:.:.:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,107,1755:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1302:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1130:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1207:.:.:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1207:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1243:.:.:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1474:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1229:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:22,0:22:60:0,60,633:.:.:. 0|0:84,0:84:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:42,0:42:71:0,71,1075:.:.:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:0,61:61:99:1627,183,0:.:.:. 0|0:11,0:11:33:0,33,307:.:.:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1631:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:132,0:132:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:14,0:14:42:0,42,401:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:14,0:14:42:0,42,379:.:.:. 0|0:27,0:27:81:0,81,744:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1402:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:.:.:. 0|0:34,0:34:99:0,99,947:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:13,0:13:39:0,39,376:.:.:. 0|0:17,0:17:51:0,51,585:.:.:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:3,0:3:9:0,9,107:.:.:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:24,0:24:66:0,66,990:.:.:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:.:.:. 0|0:40,0:40:93:0,93,1395:.:.:. 0|0:31,0:31:78:0,78,1170:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:.:.:. 0|0:9,0:9:27:0,27,317:.:.:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1304:.:.:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:.:.:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:.:.:. 0|0:22,0:22:60:0,60,730:.:.:. 0|0:6,0:6:18:0,18,212:.:.:. 0|0:25,0:25:72:0,72,882:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:.:.:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:.:.:. 0|0:9,0:9:27:0,27,313:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:.:.:. 1|0:17,2:19:14:14,0,528:.:.:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:.:.:. 0|1:26,17:43:99:445,0,767:.:.:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:.:.:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:.:.:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:.:.:. 0|0:22,0:22:60:0,60,873:.:.:. 0|0:22,0:22:60:0,60,833:.:.:. 0|0:16,0:16:48:0,48,571:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:6,0:6:18:0,18,204:.:.:. 0|0:4,0:4:12:0,12,136:.:.:. 0|0:3,0:3:6:0,6,90:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:14,0:14:42:0,42,448:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:175,0:175:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:2,0:2:6:0,6,67:.:.:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:11,0:11:33:0,33,341:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:2,0:2:6:0,6,61:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,105,1575:.:.:. 1|1:0,83:83:99:2675,250,0:.:.:. 1|1:0,113:113:99:3562,339,0:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:132,0:132:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:5,0:5:15:0,15,182:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,114,1710:.:.:. 1|0:6,3:9:74:74,0,181:.:.:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:160,0:160:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:2,0:2:6:0,6,57:.:.:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:.:.:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:5,0:5:15:0,15,156:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:7,0:7:15:0,15,225:.:.:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:106,0:106:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:3,0:3:9:0,9,88:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:81,0:81:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:1,0:1:3:0,3,33:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:7,0:7:15:0,15,225:.:.:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:2,0:2:6:0,6,55:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1195:.:.:. 0|0:6,0:6:18:0,18,206:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:3,0:3:9:0,9,65:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:4,0:4:12:0,12,101:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:.:.:. 0|1:22,25:47:99:640,0,558:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1568:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1347:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:.:.:. 0|0:18,0:18:54:0,54,574:.:.:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1450:.:.:. 0|0:18,0:18:39:0,39,585:.:.:. 0|0:22,0:22:63:0,63,945:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1358:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:24,0:24:54:0,54,810:.:.:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:.:.:. 0|0:10,0:10:30:0,30,317:.:.:. 0|0:12,0:12:36:0,36,414:.:.:. 0|0:2,0:2:6:0,6,61:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1346:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:3,0:3:9:0,9,106:.:.:. 0|0:32,0:32:84:0,84,1260:.:.:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:.:.:. 0|0:30,0:30:72:0,72,924:.:.:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:.:.:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:.:.:. 0|0:14,0:14:42:0,42,482:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:.:.:. 0|0:9,0:9:21:0,21,315:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:.:.:. 1|0:26,33:59:99:881,0,630:.:.:. Pf3D7_01_v3 98015 . A G 84493.9 PASS FS=0.516;MQ=60.2;QD=13.05;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.735;VQSLOD=3.15;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.78;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=69.86;GQ_STDDEV=40.96;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0294;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.447;culprit=FS;set=snp;DP=5829347;AF=0.006865;AS_InbreedingCoeff=-0.0294;MLEAC=35;MLEAF=0.006865;AN=838;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|1:10,7:17:99:162,0,267:. 0|0:23,0:23:57:0,57,855:. 0|0:29,0:29:75:0,75,1125:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:11,0:11:33:0,33,331:. 0|0:29,0:29:81:0,81,933:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:22,0:22:60:0,60,716:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:75:0,75,864:. 0|0:12,0:12:36:0,36,368:. 0|0:6,0:6:18:0,18,192:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:2,0:2:3:0,3,45:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1313:. 0|0:51,0:51:99:0,106,1478:. 0|0:75,0:75:99:0,113,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:0,84,1260:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1187:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:15,0:15:45:0,45,431:. 0|0:12,0:12:36:0,36,364:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1572:. 1|1:1,56:57:99:1527,159,0:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1300:. 0|0:79,0:79:99:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,106,1545:. 0|1:106,19:125:99:186,0,2974:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1228:. 0|0:34,0:34:99:0,99,937:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,107,1146:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1238:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1755:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1331:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:25,0:25:72:0,72,769:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1065:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:30,0:30:90:0,90,854:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1293:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1032:. 0|0:26,0:26:72:0,72,713:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1301:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:69:0,69,1035:. 0|0:49,0:49:99:0,115,1236:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1043:. 0|0:56,0:56:99:0,114,1597:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1066:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1235:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:0,75,730:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1031:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1755:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,882:. 0|0:55,0:55:99:0,101,1683:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:0,99,983:. 0|1:22,18:40:99:337,0,551:. 0|0:34,0:34:72:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1119:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1255:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|1:19,79:98:99:1884,0,258:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1220:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,112,1191:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1378:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 1|1:6,182:188:99:4810,388,0:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1067:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 1|0:83,53:136:99:1021,0,2060:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1165:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,107,1755:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,111,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,103,1750:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1101:. 0|0:47,0:47:99:0,115,1177:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1202:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:0,112,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1349:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1115:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1589:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1214:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1191:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1458:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1317:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,114,1796:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1411:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1005:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,112,1545:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1103:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,116,1689:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1239:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1013:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1204:. 0|0:22,0:22:60:0,60,603:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1034:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,119,1777:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1049:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:57,0:57:99:0,114,1605:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1178:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,108,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1409:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,725:. 0|0:23,0:23:66:0,66,990:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1028:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1161:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1203:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1308:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1370:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 1|1:0,117:117:99:3167,350,0:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1001:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1627,177,0:. 0|0:2,0:2:6:0,6,58:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,103,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:0,72,860:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1665:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1053:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1455:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1230:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1172:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:21,0:21:60:0,60,684:. 0|0:32,0:32:78:0,78,1170:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:27,0:27:66:0,66,990:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1192:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1237:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1187:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:3,0:3:9:0,9,105:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1288:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1203:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:60:0,60,711:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1094:. 0|0:2,0:2:6:0,6,66:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1176:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1118:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1464:. 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:75:0,75,1125:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1314:. 0|0:6,0:6:18:0,18,201:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1185:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1409:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:14,0:14:27:0,27,445:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1254:. 0|0:26,0:26:75:0,75,1125:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1755:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:0,15,184:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:.:.:36 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:.:.:18 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:120 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1446:. 0|0:9,0:9:.:.:27 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:45 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:60 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:.:.:30 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:.:.:6 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:45 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:.:.:39 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:120 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:.:.:27 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,105,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:.:.:15 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:.:.:57 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:.:.:120 0|0:10,0:10:.:.:12 0|0:49,0:49:99:0,116,1675:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:8,0:8:.:.:24 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:.:.:0 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1131:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:39,0:39:99:0,105,1307:. 0|0:13,0:13:.:.:36 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1390:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1413:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1256:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:0,101,1232:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1172:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1135:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:28,0:28:81:0,81,893:. 0|0:3,0:3:9:0,9,103:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1341:. 0|1:46,10:56:99:157,0,1299:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:1,0:1:3:0,3,35:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1260:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1036:. 1|0:47,35:82:99:804,0,1218:. 0|1:36,13:49:99:226,0,1043:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1261:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1180:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1312:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,113,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1219:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1463:. Pf3D7_01_v3 98866 . G T 6.90442e+06 PASS FS=0;MQ=60.29;QD=21.93;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=M16I;SNPEFF_CODON_CHANGE=atG/atT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RESA;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102200.1;SOR=0.677;VQSLOD=6.67;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.54;ClippingRankSum=0;ExcessHet=1.8939;FractionInformativeReads=0.986;GC=19.05;GQ_MEAN=338.84;GQ_STDDEV=487.79;HRun=1;InbreedingCoeff=0.0478;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.079;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12013066;AF=0.188;AS_InbreedingCoeff=-0.3436;MLEAC=991;MLEAF=0.189;AN=858;AC=167 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,630:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:23,0:23:7:.:.:0,7,551:. 0|0:10,0:10:15:.:.:0,15,225:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|1:6,15:21:99:.:.:612,0,173:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,35:35:99:1|1:98866_G_T:1524,105,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1342:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1726:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1201:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1315:. 0|1:67,26:93:99:0|1:98866_G_T:890,0,3495:. 0|0:15,0:15:25:.:.:0,25,361:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,52:52:99:1|1:98866_G_T:2377,165,0:. 0|1:36,33:69:99:.:.:1261,0,1413:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1244:. 0|1:106,23:129:99:.:.:622,0,4339:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1225:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,988:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1296:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1408:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1400:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1468:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1301:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1180:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1211:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:19,51:70:99:.:.:2136,0,647:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:58,18:76:99:.:.:483,0,2702:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1429:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,944:. 0|1:68,68:136:99:.:.:2628,0,2629:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1270:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1455:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1018:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1286:. 1|0:67,48:115:99:.:.:1871,0,2948:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1201:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1230:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1679:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1483:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1662:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1598:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1562:. 1|1:3,105:108:99:1|1:98866_G_T:4554,166,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,81:106:99:.:.:3296,0,1118:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,32:80:99:.:.:1142,0,2226:. 0|0:51,2:53:72:.:.:0,72,2297:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:1|1:98866_G_T:6021,412,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:131,36:167:99:.:.:1127,0,6740:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,49:175:99:0|1:98866_G_T:945,0,2931:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,137:273:99:0|1:98866_G_T:5402,0,6519:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,84:118:99:.:.:2070,0,1127:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:82,90:172:99:.:.:3401,0,3820:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1650:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,16:51:99:.:.:563,0,1497:. 0|1:64,56:120:99:0|1:98866_G_T:2156,0,3300:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:82,23:105:99:.:.:715,0,3869:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,330:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:98866_G_T:4106,280,0:. 1|0:62,6:68:62:.:.:62,0,2590:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1238:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,6:97:2:.:.:2,0,4620:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,51:90:99:.:.:2029,0,1780:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,116,1701:. 0|1:36,33:69:99:.:.:1169,0,1253:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1452:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1408:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1685:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,15:115:99:.:.:318,0,4508:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1730:. 1|0:52,10:62:99:.:.:252,0,2140:. 0|1:56,60:116:99:.:.:2399,0,2076:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1606:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1607:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1081:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,64:72:99:0|1:98866_G_T:2599,0,226:. 0|0:64,5:69:57:0|1:98866_G_T:0,57,3151:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1243:. 1|0:36,35:71:99:.:.:1361,0,1661:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1046:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1574:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1351:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1207:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1489:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:98866_G_T:2311,157,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1037:. 0|0:90,0:90:50:.:.:0,50,2108:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1792:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1327:. 0|1:142,56:198:99:.:.:1895,0,7401:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,255:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,55:125:99:0|1:98866_G_T:2091,0,3146:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1400:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,17:42:99:.:.:607,0,1182:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 1|0:91,17:108:99:.:.:440,0,3720:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1283:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1739:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1061:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1282:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1539:. 1|0:127,102:229:99:.:.:3909,0,5982:. 0|1:46,36:82:99:.:.:1345,0,2332:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:98866_G_T:3120,214,0:. 0|1:138,14:152:99:.:.:191,0,9103:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,88:207:99:0|1:98866_G_T:3412,0,7550:. 1|0:8,6:14:99:.:.:228,0,318:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:98866_G_T:4055,274,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:98866_G_T:5413,364,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1375:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,79:157:99:0|1:98866_G_T:3080,0,4871:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,6:81:11:.:.:11,0,3956:. 1|0:39,58:97:99:0|1:98866_G_T:2315,0,2445:. 1|0:37,37:74:99:0|1:98866_G_T:1428,0,2424:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,30:63:99:0|1:98866_G_T:1160,0,2074:. 0|1:64,8:72:99:0|1:98866_G_T:140,0,4172:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,65:137:99:.:.:2481,0,2811:. 0|1:80,88:168:99:.:.:3473,0,3029:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:1|1:98866_G_T:2721,184,0:. 1|1:0,170:170:99:1|1:98866_G_T:7589,512,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:98866_G_T:5737,388,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:293,279:572:99:.:.:10871,0,11444:. 0|1:416,362:778:99:.:.:14073,0,16476:. 1|1:0,364:364:99:1|1:98866_G_T:16518,1123,0:. 0|1:17,31:48:99:.:.:1273,0,578:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,605:. 0|1:84,58:142:99:.:.:2159,0,4709:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,113:197:99:.:.:4439,0,3092:. 1|0:105,96:201:99:.:.:3758,0,6121:. 0|1:205,155:360:99:0|1:98866_G_T:5995,0,12499:. 1|0:186,176:362:99:0|1:98866_G_T:6845,0,11353:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:196,111:307:99:0|1:98866_G_T:4081,0,11898:. 1|0:92,96:188:99:.:.:3683,0,3488:. 1|0:132,121:253:99:0|1:98866_G_T:4705,0,7793:. 1|1:0,53:53:99:1|1:98866_G_T:2375,160,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1656:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:153,16:169:99:0|1:98866_G_T:193,0,9646:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:230,21:251:94:.:.:94,0,13927:. 1|0:170,177:347:99:0|1:98866_G_T:6885,0,9306:. 1|0:177,30:207:99:0|1:98866_G_T:762,0,10569:. 0|1:167,14:181:59:.:.:59,0,7682:. 0|1:158,155:313:99:.:.:6006,0,9333:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:90,69:159:99:0|1:98866_G_T:2675,0,5450:. 0|1:106,9:115:34:.:.:34,0,4400:. 1|0:34,9:43:99:.:.:249,0,1677:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,55:202:99:.:.:1892,0,8904:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:228,190:418:99:0|1:98866_G_T:7309,0,12189:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:150,154:304:99:0|1:98866_G_T:6047,0,9073:. 0|1:44,137:181:99:.:.:5647,0,2206:. 1|0:26,18:44:99:.:.:676,0,1038:. 1|0:178,190:368:99:.:.:7427,0,10849:. 1|1:1,113:114:99:1|1:98866_G_T:5181,287,0:. 0|1:160,170:330:99:0|1:98866_G_T:6717,0,9385:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,721:. 1|0:129,199:328:99:.:.:7953,0,6653:. 0|1:10,3:13:70:0|1:98866_G_T:70,0,591:. 1|1:17,378:395:56:.:.:15837,56,0:. 1|1:0,155:155:99:1|1:98866_G_T:6844,467,0:. 0|1:57,170:227:99:0|1:98866_G_T:6949,0,2957:. 1|0:39,54:93:99:0|1:98866_G_T:2120,0,2100:. 1|0:211,151:362:99:0|1:98866_G_T:5695,0,12721:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:132,155:287:99:.:.:5881,0,7434:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,20:41:99:.:.:778,0,1160:. 0|1:115,95:210:99:0|1:98866_G_T:3608,0,6446:. 1|0:95,86:181:99:.:.:3438,0,5612:. 1|0:92,122:214:99:.:.:4863,0,5145:. 1|0:6,6:12:99:0|1:98866_G_T:234,0,336:. 0|1:168,33:201:99:.:.:660,0,9727:. 0|1:71,95:166:99:0|1:98866_G_T:3721,0,3948:. 1|1:3,370:373:99:1|1:98866_G_T:16383,918,0:. 0|0:176,12:188:41:.:.:0,41,10922:. 1|0:73,54:127:99:.:.:1980,0,3819:. 0|1:76,53:129:99:.:.:1986,0,3485:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:116,6:122:99:.:.:0,100,4885:. 1|1:2,117:119:99:.:.:4520,293,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,602:606:99:.:.:26924,1619,0:. 1|0:88,33:121:99:.:.:1115,0,3786:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:161,11:172:69:.:.:0,69,8120:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,55:103:99:.:.:2312,0,1773:. 0|1:74,41:115:99:0|1:98866_G_T:1535,0,4570:. 0|1:82,78:160:99:0|1:98866_G_T:3093,0,4892:. 0|1:106,102:208:99:.:.:4054,0,4119:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,245:278:99:.:.:8632,0,330:. 1|0:116,109:225:99:0|1:98866_G_T:4121,0,7023:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,42:74:99:.:.:1717,0,1223:. 0|1:42,41:83:99:0|1:98866_G_T:1616,0,2434:. 1|1:0,195:195:99:1|1:98866_G_T:8676,587,0:. 1|1:0,248:248:99:1|1:98866_G_T:11287,768,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:68,30:98:99:0|1:98866_G_T:1033,0,4451:. 0|1:151,159:310:99:0|1:98866_G_T:6259,0,9052:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:25,30:55:99:.:.:1203,0,944:. 1|1:0,97:97:99:1|1:98866_G_T:4309,292,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1540:. 0|1:40,32:72:99:0|1:98866_G_T:1220,0,2562:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,99:203:99:0|1:98866_G_T:3876,0,6402:. 0|1:56,162:218:99:0|1:98866_G_T:6701,0,3143:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,398:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:22,124:146:99:0|1:98866_G_T:5192,0,923:. 1|1:2,88:90:99:.:.:3868,184,0:. 1|0:124,45:169:99:0|1:98866_G_T:1516,0,7853:. 0|1:18,99:117:99:0|1:98866_G_T:4066,0,489:. 1|0:70,92:162:99:0|1:98866_G_T:3668,0,4308:. 1|1:0,94:94:99:1|1:98866_G_T:4172,282,0:. 1|0:144,116:260:99:0|1:98866_G_T:4447,0,7520:. 1|0:112,118:230:99:0|1:98866_G_T:4559,0,7010:. 1|0:166,296:462:99:0|1:98866_G_T:12115,0,9843:. 0|1:40,28:68:99:.:.:919,0,1127:. 0|1:120,202:322:99:.:.:6869,0,2940:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,84:118:99:0|1:98866_G_T:3428,0,1887:. 1|1:0,156:156:99:1|1:98866_G_T:7033,476,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|0:20,5:25:99:0|1:98866_G_T:150,0,1072:. 1|0:232,192:424:99:.:.:7382,0,9249:. 1|1:0,194:194:99:1|1:98866_G_T:8848,599,0:. Pf3D7_01_v3 100345 . G A 591914 PASS FS=0;MQ=60.73;QD=27.16;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E441K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RESA;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102200.1;SOR=0.703;VQSLOD=8.33;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;InbreedingCoeff=-0.0043;NCC=1;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.4523;GQ_MEAN=245.38;GQ_STDDEV=383.91;HRun=2;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.002;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=16619322;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=-0.1034;MLEAC=74;MLEAF=0.014;AN=852;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1520:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1156:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,541:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,422:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,128:. 0|0:14,0:14:7:.:.:0,7,329:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1304:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1400:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,32:121:99:.:.:902,0,3281:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1373:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1076:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1176:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,725:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1339:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1424:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1766:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1235:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1106:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1702:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:216,44:260:99:0|1:100325_C_A:1077,0,9931:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1464:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1273:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1635:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,22:157:99:1|0:100325_C_A:461,0,5294:. 1|1:7,160:167:99:1|1:100330_A_G:6051,215,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:157,50:207:99:.:.:868,0,3632:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,158:182:99:.:.:5801,0,477:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,69:208:99:1|0:100325_C_A:1416,0,4878:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1489:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,148:191:99:1|0:100315_G_C:5432,0,1123:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,366:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1521:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1093:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:9,90:99:93:1|0:100325_C_A:2341,0,93:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1367:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1255:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1586:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,281:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1273:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,958:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,642:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1447:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:4,163:167:99:1|1:100330_A_G:6713,211,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1413:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:835,0:835:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,59:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1321:. 0|0:68,0:68:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:666,0:666:.:.:.:.:120 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:633,0:633:.:.:.:.:120 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1600:. 0|0:589,0:589:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:457,0:457:.:.:.:.:120 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:737,0:737:.:.:.:.:120 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:.:.:.:.:120 0|0:224,0:224:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:.:.:.:.:120 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:591,0:591:.:.:.:.:120 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:621,0:621:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:.:.:.:.:120 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:.:.:.:.:120 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:114 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:643,0:643:.:.:.:.:120 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:.:.:.:.:120 0|0:602,0:602:.:.:.:.:120 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:.:.:.:.:120 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:620,0:620:.:.:.:.:120 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:.:.:.:.:120 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:708,0:708:.:.:.:.:120 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,698:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1686:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:593,0:593:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 100608 . A G 1.32176e+07 PASS FS=0.583;MQ=60.25;QD=21.96;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L528;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttA/ttG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=RESA;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102200.1;SOR=0.788;VQSLOD=8.03;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0918;FractionInformativeReads=0.996;GC=38.1;GQ_MEAN=194.48;GQ_STDDEV=255.97;HRun=2;InbreedingCoeff=0.2645;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.16;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=DP;set=snp;DP=21422647;AF=0.452;AS_InbreedingCoeff=-0.2339;MLEAC=2376;MLEAF=0.452;AN=856;AC=292 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:18,14:32:99:.:.:323,0,465:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1206:. 0|1:28,8:36:99:.:.:102,0,782:. 1|0:13,24:37:99:.:.:587,0,305:. 0|1:2,25:27:9:0|1:100608_A_G:620,0,9:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1209,129,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,489:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:11,21:32:99:.:.:516,0,254:. 1|0:10,9:19:99:.:.:213,0,254:. 0|1:8,4:12:65:.:.:65,0,222:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 1|1:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:23,0:23:39:.:.:0,39,619:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 1|0:30,36:66:99:.:.:798,0,725:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1740,195,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1402,152,0:. 1|0:30,69:99:99:.:.:1559,0,601:. 1|1:0,6:6:18:.:.:174,18,0:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1373:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1243:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,82:100:99:.:.:2006,0,220:. 1|0:51,18:69:99:.:.:282,0,1347:. 1|0:111,219:330:99:.:.:4970,0,2299:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1695,177,0:. 1|0:60,60:120:99:.:.:1317,0,1436:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2097,225,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1514:. 1|0:33,48:81:99:.:.:1123,0,731:. 1|0:49,24:73:99:.:.:453,0,1241:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1304:. 1|1:1,259:262:99:.:.:7047,768,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,22:111:99:.:.:278,0,2326:. 1|0:69,17:86:99:.:.:205,0,1827:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1038:. 1|0:98,23:121:99:.:.:296,0,2473:. 0|1:58,31:89:99:.:.:584,0,1459:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,18:24:99:.:.:408,0,113:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3065,326,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,92:97:99:.:.:2381,150,0:. 1|0:26,89:115:99:.:.:2139,0,422:. 1|1:2,68:70:99:.:.:1833,150,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,60:91:99:.:.:1367,0,642:. 0|1:60,100:160:99:.:.:2335,0,1278:. 1|0:101,50:151:99:.:.:872,0,2550:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:385,398:783:99:.:.:8754,0,14748:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1489,162,0:. 1|0:89,49:138:99:0|1:100608_A_G:936,0,2421:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:1968,221,0:. 1|0:35,22:57:99:.:.:433,0,820:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,95:116:99:.:.:2246,0,294:. 1|1:3,107:110:99:.:.:2908,238,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1775,189,0:. 1|0:137,83:220:99:.:.:1569,0,3346:. 1|0:85,12:97:43:.:.:43,0,2234:. 1|1:2,57:59:99:.:.:1431,117,0:. 0|1:104,47:151:99:.:.:841,0,3715:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1273:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:.:.:5717,631,0:. 1|0:111,120:231:99:.:.:2547,0,2559:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1145:. 1|1:10,173:183:99:.:.:4306,277,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,33:137:99:.:.:537,0,2663:. 1|1:1,155:156:99:.:.:4290,435,0:. 0|1:41,59:100:99:.:.:1332,0,909:. 1|0:66,42:108:99:.:.:776,0,1608:. 1|0:41,44:85:99:.:.:946,0,1007:. 1|1:10,139:149:99:.:.:3574,164,0:. 1|0:26,144:170:99:.:.:3459,0,234:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:64:.:.:0,64,5382:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,87:120:99:.:.:1992,0,582:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,192:194:99:.:.:5282,517,0:. 0|1:56,76:132:99:.:.:1649,0,1244:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:1,189:190:99:.:.:5163,559,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:4654,510,0:. 0|1:139,38:177:99:.:.:509,0,3541:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,177:178:99:.:.:4823,502,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:5392,601,0:. 1|1:0,246:246:99:.:.:6726,737,0:. 1|1:4,209:213:99:.:.:5650,511,0:. 0|1:59,70:129:99:.:.:1530,0,1354:. 0|1:56,153:209:99:.:.:3509,0,1014:. 0|1:61,99:160:99:.:.:2294,0,1348:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,131:202:99:.:.:2937,0,1517:. 0|0:121,0:121:13:.:.:0,13,2852:. 1|1:12,169:181:99:.:.:4248,187,0:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5283,584,0:. 1|0:181,163:344:99:.:.:3453,0,6897:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,91:205:99:.:.:1780,0,2715:. 1|1:1,220:221:99:.:.:5866,652,0:. 1|0:121,27:148:99:.:.:306,0,3182:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:81,98:179:99:.:.:2134,0,1816:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:6119,685,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,56:174:99:.:.:1027,0,2963:. 0|1:186,69:255:99:.:.:1051,0,4567:. 1|1:0,217:217:99:.:.:5918,651,0:. 1|1:0,215:215:99:.:.:5866,644,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:149,45:194:99:.:.:679,0,3884:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1489:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2822,305,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2832,308,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3053,327,0:. 1|1:0,283:283:99:.:.:7629,849,0:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1537:. 1|0:72,91:163:99:.:.:2010,0,1643:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,48:125:99:.:.:997,0,1982:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,36:127:99:.:.:617,0,2338:. 1|0:12,86:98:70:.:.:2064,0,70:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,102:196:99:.:.:2123,0,2205:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,180:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,101:104:99:.:.:2677,215,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,47:97:99:.:.:974,0,1224:. 0|1:79,50:129:99:.:.:996,0,1969:. 1|0:70,98:168:99:.:.:2097,0,1572:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,127:157:99:.:.:3057,0,413:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,78:94:99:.:.:1872,0,217:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,106:140:99:.:.:2499,0,617:. 1|0:35,160:195:99:.:.:3842,0,490:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3710,399,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2505,270,0:. 1|1:0,280:280:99:.:.:7689,840,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:4982,534,0:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3566,392,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,209:211:99:.:.:5760,572,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,18:121:99:.:.:151,0,2807:. 1|1:0,255:255:99:.:.:6857,763,0:. 0|1:62,47:109:99:.:.:966,0,1503:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1521:. 0|1:45,225:270:99:.:.:5181,0,499:. 1|1:0,140:140:99:.:.:3663,419,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3023,332,0:. 0|1:77,89:166:99:.:.:1874,0,2134:. 1|0:86,33:119:99:.:.:532,0,2162:. 0|0:78,0:78:65:.:.:0,65,2018:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,48:73:99:.:.:1099,0,548:. 1|0:21,81:102:99:.:.:1927,0,307:. 1|0:59,41:100:99:.:.:804,0,1494:. 1|0:107,17:124:96:.:.:96,0,2847:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4602,497,0:. 0|1:31,142:173:99:.:.:3302,0,419:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1093:. 1|0:188,26:214:56:.:.:56,0,4849:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,2269:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1192:. 1|0:59,10:69:74:.:.:74,0,1537:. 0|1:54,53:107:99:.:.:1100,0,1347:. 0|1:53,9:62:58:.:.:58,0,1378:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:12:.:.:0,12,1366:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1747,186,0:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2438,266,0:. 1|1:9,143:152:99:.:.:3565,187,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5472,598,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1367:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,98:116:99:.:.:2399,0,193:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1255:. 0|1:65,11:76:72:.:.:72,0,1697:. 1|0:104,131:235:99:.:.:2948,0,3260:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2463,243,0:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|0:144,26:170:99:.:.:212,0,3723:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3794,410,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,115:126:50:.:.:2784,50,0:. 1|1:5,192:197:99:.:.:5180,439,0:. 1|0:9,44:53:99:.:.:1074,0,107:. 1|1:0,28:28:84:.:.:800,84,0:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3155,339,0:. 1|0:97,196:293:99:.:.:4636,0,2031:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,31:34:10:.:.:749,10,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,47:106:99:.:.:994,0,1492:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1863,198,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2704,291,0:. 1|1:3,86:89:99:.:.:2343,172,0:. 0|1:16,4:20:54:.:.:54,0,405:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,821:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:4279,373,0:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,180:181:99:.:.:6166,513,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,208:209:99:.:.:6973,591,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,240:378:99:.:.:7116,0,4849:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:276,148:424:99:.:.:3715,0,10426:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,202:203:99:.:.:6908,577,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:223,211:434:99:.:.:5869,0,8828:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:67,146:213:99:.:.:4348,0,2000:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,86:126:99:0|1:100608_A_G:2568,0,1216:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1413:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:1,238:239:99:.:.:7979,681,0:. 0|1:796,744:1540:99:.:.:20410,0,30753:. 0|0:1343,0:1343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1506,132,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,75:183:99:.:.:1911,0,4189:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4685,418,0:. 1|1:1,232:233:99:.:.:7678,665,0:. 0|1:553,631:1184:99:.:.:16946,0,20787:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:182,271:453:99:.:.:7461,0,6809:. 0|0:984,0:984:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:153,137:290:99:.:.:3567,0,5914:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1600:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,237:248:99:.:.:7546,371,0:. 1|0:232,25:257:29:.:.:29,0,7434:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:251,30:281:99:.:.:132,0,8376:. 1|0:54,208:262:99:.:.:5945,0,1191:. 1|0:215,184:399:99:.:.:4789,0,8373:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:124,103:227:99:.:.:2739,0,4519:. 1|0:650,92:742:99:.:.:670,0,20083:. 0|1:32,27:59:99:.:.:724,0,1064:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:255,96:351:99:.:.:2085,0,8720:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,201:203:99:.:.:6476,534,0:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,123:275:99:.:.:3083,0,4963:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:230,198:428:99:.:.:5252,0,8907:. 1|0:19,116:135:99:.:.:3313,0,281:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,68:143:99:.:.:1681,0,2350:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1002,0:1002:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:339,248:587:99:.:.:6162,0,9771:. 0|1:272,188:460:99:.:.:4738,0,10564:. 1|1:9,388:399:99:.:.:11880,850,0:. 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1335,0:1335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,212:260:99:.:.:5963,0,1139:. 0|0:978,0:978:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,13:171:66:.:.:0,66,5324:. 0|0:268,26:294:48:.:.:0,48,8900:. 1|0:240,155:395:99:.:.:3787,0,9251:. 0|0:925,0:925:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,144:239:99:.:.:4060,0,3445:. 1|0:356,311:667:99:.:.:7868,0,10401:. 1|1:38,618:656:99:.:.:19156,504,0:. 0|0:731,0:731:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:161,37:198:99:.:.:587,0,5922:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,148:256:99:.:.:4110,0,3350:. 0|0:1009,0:1009:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:175,74:249:99:.:.:1765,0,6164:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:281,261:542:99:.:.:7002,0,10859:. 1|0:214,279:493:99:.:.:7785,0,8028:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:423,0:423:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:265,232:497:99:.:.:6085,0,10289:. 0|0:449,0:449:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,80:139:99:.:.:2164,0,2239:. 0|1:235,250:485:99:.:.:6846,0,8969:. 0|1:237,265:502:99:.:.:7424,0,8950:. 1|0:112,145:257:99:.:.:3953,0,3123:. 0|1:85,185:270:99:.:.:5298,0,2923:. 0|0:590,0:590:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,354:354:99:.:.:11751,1063,0:. 0|1:93,79:172:99:.:.:2126,0,3605:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3498,312,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:251,128:379:99:.:.:3105,0,8297:. 1|0:307,92:399:99:.:.:1907,0,10609:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:268,60:328:99:.:.:1041,0,8397:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1686:. 0|1:213,79:292:99:.:.:1682,0,7143:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,257:379:99:.:.:7341,0,4305:. 1|1:0,242:242:99:.:.:8026,727,0:. 1|0:234,260:494:99:.:.:7017,0,8667:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:284,526:810:99:.:.:15505,0,10280:. 0|1:38,53:91:99:.:.:1410,0,1242:. 1|0:302,181:483:99:.:.:4521,0,10461:. 1|1:1,705:706:99:.:.:23163,2109,0:. 1|0:153,52:205:99:.:.:1110,0,4820:. 1|1:0,250:250:99:.:.:8300,750,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1426:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:400,363:763:99:.:.:9790,0,15987:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 101269 . G T 3.74003e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=31.43;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V749L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gta/Tta;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RESA;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102200.1;SOR=0.683;VQSLOD=12.94;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0019;FractionInformativeReads=0.988;GC=33.33;GQ_MEAN=131.84;GQ_STDDEV=89.78;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6399;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.312;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=DP;set=snp;DP=23554821;AF=0.93;AS_InbreedingCoeff=-0.0172;MLEAC=4893;MLEAF=0.931;AN=856;AC=799 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,30:30:90:.:.:966,90,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1006,93,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1656,156,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1143,105,0 1|1:0,26:26:78:.:.:815,78,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1036,96,0 1|1:0,20:20:60:.:.:638,60,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1057,102,0 1|1:0,23:23:69:.:.:740,69,0 1|1:0,19:19:57:.:.:602,57,0 1|1:0,24:24:72:.:.:786,72,0 1|1:0,29:29:87:.:.:901,87,0 1|1:0,28:28:84:.:.:913,84,0 1|1:0,22:22:66:.:.:704,66,0 1|1:0,18:18:54:.:.:581,54,0 1|1:0,19:19:57:.:.:603,57,0 1|1:0,3:3:9:.:.:93,9,0 1|1:0,10:10:30:.:.:292,30,0 1|1:0,18:18:54:.:.:568,54,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1437,140,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1859,180,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2422,232,0 1|1:0,233:233:99:.:.:7081,699,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2141,227,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1022,99,0 1|0:23,83:106:99:.:.:2109,0,300 1|1:0,15:15:45:.:.:461,45,0 1|1:0,9:9:27:.:.:276,27,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1861,183,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1748,173,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3227,320,0 1|0:18,78:96:99:.:.:2151,0,193 0|1:16,44:60:99:.:.:1179,0,274 1|1:0,322:322:99:.:.:9723,967,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2275,224,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4107,397,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3081,305,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1590,161,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2293,231,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2149,213,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3828,369,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3463,348,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2292,225,0 1|1:0,271:271:99:.:.:8195,814,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6792,670,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2779,288,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2710,275,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1217,122,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3458,353,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2343,237,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2747,270,0 0|1:8,19:27:99:.:.:484,0,124 1|1:0,134:134:99:.:.:3963,401,0 0|1:40,160:200:99:.:.:4298,0,559 1|1:0,115:115:99:.:.:3397,344,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2260,222,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3151,310,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2417,240,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1785,180,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2229,222,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4571,467,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4098,403,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4440,444,0 1|1:0,808:808:99:.:.:25275,2428,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1669,168,0 1|0:15,86:101:99:.:.:2302,0,119 1|1:0,142:142:99:.:.:4431,427,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3182,318,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1838,183,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4692,467,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2260,233,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1280,129,0 1|1:1,128:129:99:.:.:3743,375,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3887,381,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3627,363,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2261,228,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5641,559,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3284,323,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2062,210,0 0|1:35,104:139:99:.:.:2742,0,582 1|1:0,72:72:99:.:.:2212,216,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1846,180,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1674,167,0 1|1:1,97:98:99:.:.:2977,285,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1899,194,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5076,499,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6006,592,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1848,183,0 1|1:0,172:172:99:.:.:5053,516,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4808,477,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2956,294,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3998,403,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3969,396,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3103,309,0 1|0:34,90:124:99:.:.:2263,0,564 1|1:0,60:60:99:.:.:1796,180,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4679,465,0 1|1:0,171:171:99:.:.:5093,512,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4419,446,0 1|1:0,271:271:99:.:.:7976,811,0 1|1:0,229:229:99:.:.:6780,684,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5304,531,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3738,372,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3668,369,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3850,386,0 1|1:0,219:219:99:.:.:6552,657,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4280,431,0 1|1:0,201:201:99:.:.:6134,602,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5278,524,0 1|1:1,177:178:99:.:.:5209,523,0 1|1:0,196:196:99:.:.:5743,586,0 1|1:0,229:229:99:.:.:6909,687,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4861,486,0 1|1:0,231:231:99:.:.:6920,692,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4521,456,0 1|1:0,196:196:99:.:.:5917,588,0 1|1:0,199:199:99:.:.:5955,596,0 1|1:0,253:253:99:.:.:7460,756,0 1|1:1,156:157:99:.:.:4643,443,0 1|1:0,228:228:99:.:.:6745,683,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4783,478,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5841,578,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6103,611,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4511,464,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4448,447,0 1|1:0,169:169:99:.:.:4981,506,0 1|1:0,394:394:99:.:.:11463,1178,0 1|1:0,241:241:99:.:.:7373,723,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5514,558,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5534,562,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4238,433,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3964,400,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3082,324,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5234,531,0 1|1:0,213:213:99:.:.:6386,639,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5163,536,0 1|1:0,237:237:99:.:.:6835,709,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5164,506,0 1|1:0,174:174:99:1|1:101269_G_T:5716,525,0 1|1:0,242:242:99:1|1:101269_G_T:7726,727,0 1|1:0,210:210:99:.:.:6214,629,0 1|1:0,239:239:99:.:.:7137,716,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5355,546,0 1|1:1,235:236:99:.:.:7049,697,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3410,342,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5005,498,0 1|1:0,258:258:99:.:.:7734,774,0 1|1:0,230:230:99:.:.:7003,690,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3377,339,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2747,276,0 1|1:1,111:112:99:.:.:3373,326,0 1|1:0,99:99:99:.:.:3043,297,0 1|1:0,267:267:99:.:.:7809,800,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2113,207,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4809,477,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4487,449,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2549,266,0 1|1:0,224:224:99:.:.:6606,672,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3864,385,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5121,522,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4412,447,0 1|1:0,104:104:99:.:.:2998,311,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4425,441,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3016,306,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5786,582,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6278,618,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5208,519,0 1|1:0,198:198:99:.:.:5964,594,0 1|1:0,10:10:30:.:.:290,30,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2623,256,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8733,760,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3019,303,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2259,225,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3282,324,0 1|1:1,127:128:99:.:.:3801,355,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5024,509,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3108,309,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5092,510,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3871,382,0 0|1:9,68:77:27:.:.:1794,0,27 1|1:0,75:75:99:.:.:2240,225,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3700,366,0 1|1:16,136:152:17:.:.:3614,17,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4849,480,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3355,333,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4128,408,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2120,213,0 1|1:0,287:287:99:.:.:8501,860,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5635,564,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3995,398,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4528,456,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6398,627,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:.:.:2845,283,0 1|1:0,236:236:99:.:.:7029,708,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2855,282,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1846,183,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2106,212,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1521 1|1:0,239:239:99:.:.:7040,717,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3685,384,0 1|1:3,158:161:99:.:.:4604,399,0 1|1:1,111:112:99:.:.:3275,325,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4679,465,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3148,317,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2022,206,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3989,398,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2642,264,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3391,336,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3431,350,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3048,306,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2488,243,0 1|1:0,199:199:99:.:.:5969,596,0 1|1:0,191:191:99:.:.:5694,573,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3785,377,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1939,192,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6196,632,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3222,326,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2953,291,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1835,183,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1619,159,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3410,333,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1702,171,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2269,234,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2551,261,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1942,197,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2207,219,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3514,348,0 1|1:0,192:192:99:.:.:5904,577,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2706,275,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3144,306,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2020,200,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5731,577,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1938,192,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3757,375,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3257,334,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1624,165,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2405,243,0 1|1:0,230:230:99:.:.:6842,689,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3348,338,0 1|1:0,14:14:42:.:.:414,42,0 1|1:0,187:187:99:.:.:5460,559,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3404,339,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4317,437,0 1|1:1,114:115:99:.:.:3365,334,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4171,414,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3782,391,0 1|1:0,222:222:99:.:.:6608,665,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2382,245,0 1|1:0,31:31:93:.:.:948,93,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2484,249,0 1|1:0,307:307:99:.:.:9184,918,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3775,394,0 1|1:0,220:220:99:.:.:6579,660,0 1|1:0,23:23:69:.:.:676,69,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1887,192,0 1|1:15,143:158:67:.:.:3786,67,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2919,291,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2165,220,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3258,326,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3185,314,0 1|1:0,25:25:75:.:.:730,75,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1725,174,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1406,143,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3466,352,0 1|1:0,30:30:90:.:.:881,90,0 1|1:0,227:227:99:.:.:8127,683,0 1|1:1,140:141:99:.:.:4945,388,0 0|1:75,340:415:99:.:.:10796,0,1261 1|0:126,345:471:99:.:.:11027,0,2890 1|1:0,244:244:99:.:.:8717,734,0 1|0:119,131:250:99:.:.:3959,0,3382 1|1:0,232:232:99:.:.:8291,698,0 1|1:1,164:165:99:.:.:5770,461,0 1|1:9,384:393:99:.:.:13390,886,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|0:77,324:401:99:.:.:10370,0,1447 1|1:0,95:95:99:.:.:3401,286,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,113,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|0:249,255:504:99:.:.:7435,0,6991 1|0:235,97:332:99:.:.:2479,0,7079 1|1:0,215:215:99:.:.:7696,646,0 1|1:1,282:283:99:.:.:9770,818,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|0:17,176:193:3:.:.:5553,0,3 1|1:0,459:459:99:.:.:16154,1379,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5243,445,0 1|0:207,135:342:99:.:.:3730,0,6098 0|0:105,0:105:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,200:200:99:.:.:7190,602,0 1|1:0,210:210:99:.:.:7411,631,0 1|1:0,285:285:99:.:.:10218,858,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,108,1800 1|1:0,112:112:99:.:.:3966,337,0 1|1:0,153:153:99:.:.:5392,460,0 0|1:170,24:194:99:.:.:241,0,5206 1|1:0,327:327:99:.:.:11682,983,0 1|1:0,458:458:99:.:.:16269,1376,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8651,730,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3924,333,0 1|1:0,478:478:99:.:.:17154,1437,0 1|1:0,265:265:99:.:.:9347,795,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7229,625,0 1|1:0,1557:1557:99:.:.:55224,4682,0 1|1:0,1763:1763:99:.:.:62910,5301,0 1|1:0,740:740:99:1|1:101251_A_T:32554,2263,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6677,559,0 1|1:1,33:34:70:.:.:1139,70,0 1|1:1,136:137:99:.:.:4173,395,0 1|1:1,247:248:99:.:.:8412,734,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6293,550,0 1|1:0,235:235:99:.:.:8073,706,0 1|1:11,1187:1198:99:.:.:36239,3421,0 1|1:1,311:312:99:.:.:10665,903,0 1|1:0,474:474:99:.:.:16005,1423,0 1|1:0,550:550:99:.:.:18408,1651,0 1|1:4,651:658:99:.:.:19890,1891,0 1|1:0,467:467:99:.:.:15779,1403,0 1|1:10,1055:1070:99:.:.:32072,3029,0 1|1:0,291:291:99:.:.:9736,874,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1600 0|0:589,0:589:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,103:103:99:.:.:3491,309,0 1|1:0,284:284:99:.:.:9431,852,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8550,765,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6648,586,0 1|1:2,234:238:99:.:.:7859,659,0 1|1:14,337:351:99:.:.:11016,579,0 1|1:0,492:492:99:.:.:16807,1478,0 0|1:199,90:289:99:.:.:2156,0,5724 1|1:2,240:242:99:.:.:8199,658,0 1|1:0,438:438:99:.:.:14668,1315,0 1|1:5,486:496:99:.:.:14701,1357,0 1|1:11,187:198:99:.:.:5997,218,0 1|0:189,565:754:99:.:.:15185,0,3185 1|1:0,54:54:99:.:.:1888,162,0 1|1:0,296:296:99:.:.:10072,890,0 1|1:6,336:342:99:.:.:11280,849,0 1|1:2,308:310:99:.:.:10453,887,0 1|0:278,298:576:99:.:.:8383,0,7422 1|1:0,217:217:99:.:.:7443,652,0 1|1:32,429:461:99:.:.:13616,336,0 1|1:0,325:325:99:.:.:11250,977,0 1|1:5,305:310:99:.:.:9355,783,0 1|1:0,513:513:99:.:.:17503,1540,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7506,655,0 1|1:0,514:514:99:.:.:17712,1544,0 1|1:4,135:139:99:.:.:4014,277,0 1|1:0,476:476:99:.:.:15982,1430,0 1|1:2,120:123:99:.:.:3831,323,0 1|1:0,548:548:99:.:.:18719,1646,0 1|1:8,1175:1188:99:.:.:36268,3417,0 1|1:0,325:325:99:.:.:11180,979,0 1|1:5,557:562:99:.:.:16961,1610,0 1|1:1,509:510:99:.:.:17313,1521,0 1|1:3,355:358:99:.:.:10773,1032,0 1|1:0,447:447:99:.:.:15351,1343,0 1|1:0,259:259:99:.:.:8890,778,0 1|1:5,270:275:99:.:.:7938,757,0 1|1:0,288:288:99:.:.:9764,866,0 1|1:1,301:302:99:.:.:10190,898,0 1|1:0,285:285:99:.:.:9613,857,0 1|1:2,96:98:99:.:.:2853,251,0 1|1:0,355:355:99:.:.:11877,1066,0 1|1:11,1348:1364:99:.:.:41342,3892,0 1|1:1,523:524:99:.:.:17815,1564,0 1|1:0,264:264:99:.:.:9157,793,0 1|1:7,1049:1058:99:.:.:32182,3035,0 1|1:4,170:174:99:.:.:5605,381,0 1|1:0,324:324:99:.:.:10937,974,0 1|1:1,451:452:99:.:.:15402,1348,0 1|1:12,1093:1105:99:.:.:34235,3158,0 1|1:0,304:304:99:.:.:10470,913,0 1|1:5,601:606:99:.:.:18237,1734,0 1|1:0,625:625:99:.:.:21479,1877,0 1|0:528,519:1047:99:.:.:14823,0,14557 1|1:0,214:214:99:.:.:7257,643,0 1|1:0,458:458:99:.:.:15448,1376,0 1|1:5,465:470:99:.:.:14329,1292,0 1|1:0,287:287:99:.:.:9839,862,0 1|1:16,1369:1393:99:.:.:42571,3943,0 1|0:85,94:179:99:.:.:2657,0,2253 1|0:77,182:259:99:.:.:5373,0,1870 1|1:0,338:338:99:.:.:11442,1015,0 1|0:248,252:500:99:.:.:7306,0,6838 1|1:0,430:430:99:.:.:14986,1291,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6868,595,0 1|1:0,420:420:99:.:.:14243,1262,0 1|1:0,482:482:99:.:.:16630,1449,0 1|1:0,577:577:99:.:.:20060,1733,0 1|1:0,484:484:99:.:.:16465,1455,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5612,484,0 1|1:0,150:150:99:.:.:5221,451,0 1|1:1,432:433:99:.:.:15266,1278,0 1|1:0,439:439:99:.:.:15117,1319,0 1|1:1,216:217:99:.:.:7276,641,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7719,676,0 1|1:0,615:615:99:.:.:21128,1848,0 1|1:0,354:354:99:.:.:12306,1064,0 1|1:0,315:315:99:.:.:10937,947,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4868,427,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5726,493,0 1|1:0,89:89:99:.:.:3094,267,0 1|1:0,121:121:99:.:.:4183,363,0 0|0:24,0:24:37:.:.:0,37,739 1|1:0,325:325:99:.:.:11228,977,0 1|0:107,282:389:99:.:.:8655,0,2366 1|0:216,194:410:99:.:.:5552,0,5884 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800 1|0:263,46:309:99:.:.:681,0,7761 1|1:0,144:144:99:.:.:4949,433,0 1|1:0,297:297:99:.:.:10134,893,0 1|0:175,36:211:99:.:.:665,0,5149 1|1:0,368:368:99:.:.:12790,1106,0 1|1:0,249:249:99:.:.:8612,749,0 1|1:0,529:529:99:.:.:18558,1591,0 1|0:239,279:518:99:.:.:8150,0,6497 1|1:0,826:826:99:.:.:29158,2483,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3567,307,0 1|1:0,505:505:99:.:.:17381,1517,0 1|1:0,692:692:99:.:.:23774,2079,0 1|1:0,203:203:99:.:.:6888,610,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9434,824,0 1|1:0,60:60:99:.:.:2090,180,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1564,144,0 1|1:0,753:753:99:.:.:26135,2262,0 1|0:184,173:357:99:.:.:5036,0,5076 Pf3D7_01_v3 105156 . G A 554092 PASS FS=0.588;MQ=60.32;QD=21.53;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D101N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0102300;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102300.1;SOR=0.746;VQSLOD=4.11;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=173.41;GQ_STDDEV=202.69;HRun=1;InbreedingCoeff=0.616;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.459;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7687517;AF=0.022;AS_InbreedingCoeff=0.616;MLEAC=117;MLEAF=0.022;AN=854;AC=29 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1303:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1234:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1219:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1296:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1311:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1452:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1447:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1431:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1368:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1369:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:5,0:5:1:.:.:0,1,104:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1516:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1494:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:30,0:30:64:.:.:0,64,854:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,231:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1390:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1338:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1285:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1501:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1100:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1210:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,910:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1337:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1710:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1196:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1685:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,955:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1175:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:89:.:.:0,89,1538:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1354:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1352:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1249:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1142:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1626:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1735:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,989:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1034:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,782:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2731,253,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1282,129,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1515:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1134:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1343:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1583:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1126:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1547:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1764:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,16:105:99:.:.:167,0,2135:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,25:122:99:.:.:365,0,2290:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1288:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:75,41:116:99:.:.:893,0,1768:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,88:108:99:.:.:2172,0,223:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:49,87:136:99:.:.:2171,0,911:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1401:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,1143:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1226:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1282:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:67,58:125:99:.:.:1390,0,1471:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1402:. 0|1:106,23:129:99:.:.:340,0,2569:. 0|1:60,8:68:46:.:.:46,0,1440:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,169:. 1|1:2,59:61:99:.:.:1744,134,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1299:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2434,237,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1508:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1512:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:126,25:151:99:.:.:327,0,3110:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1504:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1246:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1380:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1375:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1285:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1053:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1447:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,77:81:99:.:.:2213,127,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1217:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1101:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1361:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1100:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1669:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1340:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1022:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1318:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1022:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,172:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,14:109:97:.:.:97,0,2381:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:27,0:27:50:.:.:0,50,725:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,65:108:99:.:.:1598,0,860:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:24,0:24:23:.:.:0,23,558:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:22,0:22:35:.:.:0,35,573:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1398:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:14,108:122:99:.:.:3399,0,137:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,387:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1643:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1304:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1536:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1418:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1499:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1387:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:99 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1649:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:120 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:.:.:.:.:115 0|0:145,0:145:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:112 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1426:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1648:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:120 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:100 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:114 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1329:. 1|1:9,195:204:99:.:.:6376,315,0:. 0|1:69,131:200:99:.:.:3781,0,1679:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:104 0|0:90,0:90:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:90 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:54 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:100 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1607:. 0|0:107,0:107:.:.:.:.:120 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:103 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:117 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:51 1|0:183,25:208:99:.:.:209,0,5210:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:108 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:.:.:.:.:109 0|0:59,0:59:.:.:.:.:120 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1445:. 0|0:144,15:159:9:.:.:0,9,4229:. 1|1:7,109:116:99:.:.:3466,120,0:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:113 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:99 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1583:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|1:102,73:175:99:.:.:1886,0,2852:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:103 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1693:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1503:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1199:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1508:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1424:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 105434 . A T 83841.1 PASS FS=0.598;MQ=59.76;QD=21.51;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.638;VQSLOD=3.71;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.057;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=116.05;GQ_STDDEV=29.64;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6567;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-1.032;culprit=MQ;set=snp;DP=4438021;AF=0.006985;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=36;MLEAF=0.006985;AN=836;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1387:. 0|0:39,0:39:93:0,93,1395:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1217:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1214:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1393:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1284:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1369:. 0|0:32,0:32:71:0,71,980:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1231:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:8,0:8:24:0,24,238:. 0|0:4,0:4:12:0,12,116:. 0|0:6,0:6:18:0,18,181:. 0|0:17,0:17:33:0,33,495:. 0|0:14,0:14:29:0,29,381:. 0|0:55,0:55:99:0,110,1312:. 0|0:66,0:66:99:0,109,1778:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1575:. 0|0:12,0:12:36:0,36,327:. 0|0:24,0:24:60:0,60,678:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:. 0|0:7,0:7:15:0,15,225:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1218:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1266:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:0,102,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1335:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1440:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1176:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,107,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1337:. 0|0:79,0:79:99:0,117,1755:. 0|0:98,0:98:99:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1139:. 0|0:13,0:13:39:0,39,392:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1252:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1326:. 0|0:22,0:22:63:0,63,643:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,104,1800:. 1|1:3,34:37:38:902,38,0:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1313:. 0|0:40,0:40:99:0,110,1240:. 0|0:80,0:80:99:0,117,1755:. 1|0:23,10:33:99:189,0,579:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:60:0,60,611:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1190:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:0,103,1575:. 0|0:38,0:38:85:0,85,1069:. 1|1:2,66:68:99:1918,141,0:. 0|0:33,0:33:46:0,46,841:. 0|0:29,0:29:59:0,59,788:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,932:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1630:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1042:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1193:. 0|0:32,0:32:72:0,72,889:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:81:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1221:. 0|0:40,0:40:67:0,67,1041:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1221:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,110,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1451:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:63:0,63,1041:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:60:0,60,2073:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1261:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,114,1710:. 0|0:126,0:126:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:0,109,1755:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:0,105,1575:. 0|0:109,0:109:99:0,103,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1620:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:132,0:132:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1503:. 0|0:76,0:76:99:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1105:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 1|1:0,49:49:99:1379,146,0:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,104,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1265:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,115,1599:. 0|0:80,0:80:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1279:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1459:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1242:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:60:0,60,670:. 0|0:55,0:55:99:0,106,1503:. 0|0:23,0:23:63:0,63,612:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1195:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:0,109,1362:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1530:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1239:. 0|0:127,0:127:99:0,108,1620:. 0|0:105,0:105:99:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:0,15,140:. 0|0:64,0:64:99:0,103,1710:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1101:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:0,102,1530:. 0|0:98,0:98:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1174:. 0|0:87,0:87:99:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|1:37,6:43:58:58,0,988:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1503:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1665:. 0|0:91,0:91:99:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1193:. 0|0:99,0:99:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1446:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1202:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1147:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1287:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1092:. 0|1:47,12:59:99:195,0,1268:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1289:. 0|0:109,0:109:99:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 1|0:14,20:34:99:487,0,317:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,103,1142:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1035:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:67,0:67:99:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1042:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1107:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1258:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1453:. 0|0:95,0:95:99:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1360:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1168:. 0|0:90,0:90:99:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1158:. 0|0:31,0:31:81:0,81,848:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1377:. 0|0:139,0:139:99:0,100,1665:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:15:0,15,140:. 0|0:86,0:86:99:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,114,1710:. 0|1:57,11:68:99:135,0,1507:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:25,0:25:66:0,66,990:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1665:. 0|0:198,0:198:99:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:0,107,1800:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:33,0:33:70:0,70,872:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1665:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1506:. 0|0:8,0:8:24:0,24,266:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:28,0:28:47:0,47,924:. 0|0:42,0:42:55:0,55,1310:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:38,0:38:78:0,78,1275:. 0|0:24,0:24:72:0,72,838:. 0|0:24,0:24:69:0,69,1035:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,104,1398:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1576:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1152:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1509:. 0|0:33,0:33:0:0,0,868:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1414:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:11,0:11:33:0,33,387:. 0|0:6,0:6:18:0,18,213:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:9:0,9,92:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:72:0,72,873:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1075:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1322:. 0|0:24,0:24:72:0,72,797:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1324:. 0|0:92,0:92:99:0,111,1665:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:3,0:3:9:0,9,100:. 0|0:21,0:21:.:.:57 0|0:38,0:38:99:0,99,1289:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:.:.:99 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1620:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:99 0|0:92,0:92:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:.:.:102 0|0:38,0:38:99:0,102,1257:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1331:. 0|0:23,0:23:.:.:57 0|0:38,0:38:99:0,99,1358:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:0,112,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1371:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1516:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1519:. 0|0:37,0:37:.:.:90 0|0:34,0:34:99:0,99,1116:. 0|0:40,0:40:.:.:99 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:0,113,1616:. 0|0:9,0:9:.:.:21 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:0,108,1620:. 0|0:3,0:3:.:.:9 0|0:79,0:79:99:0,102,1530:. 0|0:1,0:1:.:.:3 0|0:112,0:112:0:0,0,2317:. 0|0:11,0:11:.:.:24 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:.:.:108 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:.:.:99 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:.:.:55 0|0:67,0:67:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1346:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1439:. 0|0:3,0:3:.:.:9 0|0:79,0:79:99:0,102,1575:. 0|0:16,0:16:.:.:48 0|0:68,0:68:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:.:.:108 0|0:51,0:51:.:.:102 0|0:35,0:35:96:0,96,1440:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1319:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:.:.:72 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:.:.:105 0|0:186,0:186:0:0,0,4496:. 0|0:86,0:86:99:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:.:.:99 0|0:48,0:48:99:0,111,1665:. 0|0:13,0:13:.:.:36 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:38:0,38,1333:. 0|0:22,0:22:60:0,60,720:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1117:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:10,0:10:30:0,30,312:. 0|0:24,0:24:36:0,36,753:. 0|0:41,0:41:0:0,0,977:. 0|0:50,0:50:22:0,22,1362:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1228:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:30:0,30,300:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:8,0:8:24:0,24,267:. 0|0:3,0:3:9:0,9,104:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1219:. 0|0:49,0:49:0:0,0,1269:. 0|0:53,0:53:91:0,91,1557:. 0|0:2,0:2:6:0,6,62:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:86:0,86,1439:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:0:0,0,1370:. 0|0:34,0:34:2:0,2,876:. 0|0:13,0:13:39:0,39,437:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:72:0,72,854:. 0|0:93,0:93:99:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:84:0,84,1260:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1755:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1227:. 0|0:69,0:69:74:0,74,1985:. 0|0:14,0:14:42:0,42,462:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:84:0,84,971:. Pf3D7_01_v3 107389 . G A 272486 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=22.01;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0102400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.655;VQSLOD=5.68;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;InbreedingCoeff=-0;NCC=1;BaseQRankSum=8.54;ClippingRankSum=0.877;MQRankSum=1.28;ReadPosRankSum=1.01;culprit=MQ;set=snp;DP=7664712;AF=0.009692;MLEAC=49;MLEAF=0.009312;AN=854;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1698:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1440:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1326:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,199:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,777:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1113:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1061:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1412:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,590:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1290:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1404:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1259:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1568:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1158:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1249:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1166:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1497:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1127:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1278:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1167:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1344:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1111:. 0|1:83,16:99:99:.:.:185,0,1897:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1446:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1645:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,928:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1329:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1131:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1239:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1469:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1669:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:31,16:47:99:.:.:317,0,719:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1522:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:120,29:149:99:.:.:412,0,2767:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1387:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1752:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,97:107:62:.:.:2546,62,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1379:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1750:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1103:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1360:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,90:140:99:.:.:2249,0,923:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1322:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,213:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1488:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1688:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:23:.:.:0,23,1890:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1502:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1755:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1642:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,43:103:99:.:.:955,0,1314:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1487:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1217:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1334:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1564:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1243:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,110,1718:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1079:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1464:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1294:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1733:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1628:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1385:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1391:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,139:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1575:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4539,454,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,10:43:99:.:.:179,0,753:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,570:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1445:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:31:.:.:0,31,725:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1755:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,59:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1675:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1630:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1769:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1259:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1570:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1759:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1797:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,118,1781:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1291:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:105 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1627:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:111 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:114 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1756:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:99 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1453:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:111 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1587:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:100 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:111 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:117 0|0:121,0:121:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:120 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:106 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1695:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:107 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:102 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:.:.:.:.:105 0|0:35,0:35:.:.:.:.:102 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|1:24,139:163:99:.:.:4310,0,310:. 0|0:257,0:257:.:.:.:.:120 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,36:90:99:.:.:997,0,1514:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:.:.:.:.:120 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:102 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1393:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,94:160:99:.:.:2883,0,1667:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1755:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1489:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1438:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1497:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1441:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1481:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1620:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1539:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,723:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 107610 . T G 674515 PASS FS=0;MQ=60.86;QD=19.05;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0102400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.689;VQSLOD=5.65;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1231;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=135.75;GQ_STDDEV=102.05;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0278;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.001;culprit=MQ;set=snp;DP=8244951;AF=0.034;AS_InbreedingCoeff=0.7756;MLEAC=175;MLEAF=0.033;AN=854;AC=28 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1698:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1248:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1342:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1440:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:7,21:28:99:.:.:513,0,140:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,301:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,715:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1052,114,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1061:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1412:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1290:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1404:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,21:103:99:.:.:283,0,2170:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1259:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1568:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1158:. 1|0:33,32:65:99:.:.:641,0,790:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1166:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1497:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1127:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,937:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1329:. 1|0:36,76:112:99:.:.:1758,0,712:. 1|1:3,73:76:99:.:.:1875,139,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1167:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1344:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1111:. 0|1:93,11:104:7:.:.:7,0,2416:. 1|0:93,32:125:99:.:.:474,0,2419:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1645:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,928:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1329:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1053:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1239:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1469:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1669:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:21,26:47:99:.:.:604,0,489:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1522:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1040:. 1|1:5,130:135:99:.:.:3198,255,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:62:.:.:0,62,2652:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1752:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1379:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1750:. 1|0:130,38:168:99:.:.:526,0,3343:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,4:74:99:.:.:0,109,1981:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1415:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1360:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1322:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,164:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1488:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,26:143:99:.:.:277,0,3007:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1688:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,13:81:99:.:.:123,0,1784:. 1|1:1,105:106:99:.:.:2828,286,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1502:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1755:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1642:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5290,592,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1487:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1217:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,22:103:99:.:.:274,0,2024:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1564:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1243:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,110,1718:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:52,3:55:99:.:.:0,99,1533:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1464:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1294:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1385,160,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1733:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1628:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1385:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1391:. 1|0:109,68:177:99:.:.:1283,0,2720:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,213:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,498:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1445:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:210,0:210:32:.:.:0,32,6393:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1755:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1675:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1630:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1769:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1259:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1570:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1759:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1797:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,118,1781:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1291:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1307:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1627:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1440:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1756:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1453:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1587:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1145:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1286:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1501:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:9,240:249:99:.:.:6906,422,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1201:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1695:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:66:.:.:0,66,1164:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1128:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,373:376:99:.:.:11249,1040,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1393:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1755:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1489:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1438:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1497:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1441:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,732:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1481:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1620:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1539:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 107626 . A G 4.42209e+06 PASS FS=0;MQ=60.15;QD=22.94;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0102400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.702;VQSLOD=6.37;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=42.86;GQ_MEAN=198.97;GQ_STDDEV=259.01;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7271;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.113;culprit=FS;set=snp;DP=9589525;AF=0.16;AS_InbreedingCoeff=-0.0588;MLEAC=840;MLEAF=0.16;AN=854;AC=221 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:48,28:76:99:.:.:567,0,1283:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:49,15:64:99:.:.:215,0,1385:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1698:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1248:. 0|1:8,45:53:96:.:.:1102,0,96:. 1|1:0,32:32:95:.:.:907,95,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2115,245,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1379,153,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1440:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,846:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|1:1,27:28:54:.:.:713,54,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:722,75,0:. 1|1:0,37:37:99:.:.:940,109,0:. 0|1:9,46:55:99:.:.:1092,0,120:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1756,197,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1221:. 1|0:77,17:94:99:.:.:176,0,1903:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,6:6:18:.:.:161,18,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1290:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1267,140,0:. 1|0:63,39:102:99:.:.:764,0,1550:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,25:54:99:.:.:494,0,737:. 0|1:83,238:321:99:.:.:5471,0,1540:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1568:. 0|1:60,51:111:99:.:.:1059,0,1493:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:21,35:56:99:.:.:765,0,458:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1166:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2547,284,0:. 1|0:69,21:90:99:.:.:309,0,1754:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2122,231,0:. 0|1:112,116:228:99:.:.:2327,0,2691:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:31,30:61:99:0|1:107626_A_G:715,0,687:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,11:71:79:.:.:79,0,1589:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,937:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:13,135:148:69:.:.:3252,69,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,59:84:99:.:.:1361,0,487:. 1|0:18,74:92:99:.:.:1663,0,275:. 0|1:65,72:137:99:.:.:1533,0,1519:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1111:. 1|0:89,13:102:59:.:.:59,0,2386:. 0|1:113,22:135:99:.:.:160,0,2988:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1645:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,928:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1329:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1127:. 0|1:21,28:49:99:.:.:595,0,460:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1239:. 0|1:135,48:183:99:.:.:700,0,3444:. 1|1:5,69:74:77:.:.:1735,77,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1230:. 1|0:44,14:58:99:.:.:157,0,1161:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:98,23:121:99:.:.:239,0,2513:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:3873,441,0:. 0|1:107,78:185:99:.:.:1515,0,2570:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:93:.:.:0,93,2877:. 0|1:34,112:146:99:.:.:2608,0,605:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,39:103:99:0|1:107626_A_G:749,0,2409:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,33:70:99:.:.:681,0,844:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:3,164:167:99:.:.:4232,406,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1752:. 0|1:16,84:100:99:.:.:1859,0,146:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,66:136:99:.:.:1320,0,1641:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,53:203:99:.:.:815,0,3845:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,21:143:99:.:.:158,0,3137:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,16:127:55:.:.:55,0,2997:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,112:184:99:.:.:2428,0,1616:. 0|0:124,0:124:88:.:.:0,88,2991:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:122,49:171:99:.:.:774,0,3096:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,66:91:99:.:.:1435,0,397:. 1|0:149,30:179:99:.:.:245,0,3879:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,93:160:99:.:.:1975,0,1502:. 1|0:89,162:251:99:.:.:3411,0,1851:. 1|1:0,213:213:99:.:.:5555,637,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1750:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:168,27:195:99:.:.:128,0,4428:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3403,390,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,96:97:99:.:.:2498,258,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2360,255,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,25:73:99:.:.:465,0,1158:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1415:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1360:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:2,124:126:99:.:.:3326,321,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2452,278,0:. 1|0:87,31:118:99:.:.:468,0,2310:. 1|0:77,41:118:99:.:.:740,0,1952:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:20:.:.:0,20,3830:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,167:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2747,308,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1943,213,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,55:91:99:.:.:1196,0,815:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1688:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:18,50:68:99:.:.:1154,0,324:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:110,15:125:47:0|1:107626_A_G:47,0,3924:. 1|1:17,137:154:1:.:.:3289,1,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1502:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1755:. 1|0:59,46:105:99:.:.:955,0,1403:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,51:121:99:.:.:1020,0,1711:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1487:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1217:. 1|1:2,81:83:99:.:.:2089,199,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2596,298,0:. 0|1:103,31:134:99:.:.:443,0,2709:. 1|0:26,76:102:99:.:.:1685,0,455:. 0|0:51,0:51:97:.:.:0,97,1444:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1829,201,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1710:. 0|1:30,59:89:99:.:.:1331,0,639:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2496,281,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:35,149:184:99:.:.:3223,0,438:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,110,1718:. 1|0:30,31:61:99:.:.:619,0,728:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1819,201,0:. 1|1:3,53:56:97:.:.:1359,97,0:. 1|0:82,33:115:99:.:.:572,0,2080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1464:. 0|0:68,6:74:62:.:.:0,62,1819:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1393,156,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:5754,644,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1195:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1499,172,0:. 0|1:24,75:99:99:.:.:1739,0,441:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2322,264,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1385:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1391:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,190:. 1|0:106,36:142:99:.:.:550,0,2655:. 0|1:91,33:124:99:.:.:503,0,2372:. 1|1:3,139:142:99:.:.:3651,334,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,972:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,4:19:62:.:.:62,0,389:. 1|1:0,33:33:99:.:.:890,99,0:. 0|1:27,126:153:99:.:.:2865,0,346:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1489,159,0:. 1|1:3,85:88:99:.:.:2209,172,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:9,11:20:99:0|1:107626_A_G:230,0,250:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1445:. 1|1:1,31:32:86:.:.:835,86,0:. 1|1:1,121:122:99:.:.:3253,336,0:. 0|0:26,0:26:56:.:.:0,56,753:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3915,351,0:. 1|0:147,73:220:99:.:.:1819,0,4552:. 1|0:83,91:174:99:.:.:2582,0,2490:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1755:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1675:. 1|0:79,118:197:99:.:.:3407,0,2155:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:1,162:163:99:.:.:5476,462,0:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6417,574,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6771,602,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:1,224:225:99:.:.:7377,640,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3622,324,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,238:238:99:.:.:7992,715,0:. 1|0:39,135:174:99:.:.:4054,0,881:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1259:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1570:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1222:. 0|1:108,12:120:38:.:.:38,0,3390:. 1|1:8,164:172:99:.:.:5248,224,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:10,179:189:99:.:.:5715,204,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1291:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1097,96,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1307:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1627:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1440:. 1|0:140,116:256:99:.:.:2926,0,4071:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1756:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1453:. 1|1:15,229:244:99:.:.:6909,246,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:32:.:.:0,32,6841:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1587:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:69,114:183:99:.:.:3179,0,1806:. 1|0:136,31:167:99:0|1:107626_A_G:467,0,4891:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,243:250:99:.:.:7540,544,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1286:. 0|1:166,38:204:99:.:.:644,0,5239:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1501:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1112:. 1|0:143,18:161:99:.:.:122,0,4319:. 0|1:214,171:385:99:.:.:4232,0,5944:. 1|0:28,214:242:99:.:.:6047,0,244:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:161,43:204:99:.:.:767,0,4961:. 1|1:5,219:224:99:.:.:6792,493,0:. 1|0:45,119:164:99:.:.:3258,0,985:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1695:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1149:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1128:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:20,300:320:99:.:.:8832,313,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,146:256:99:.:.:3895,0,2940:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1393:. 1|0:69,66:135:99:.:.:1791,0,1932:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4840,456,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:128,70:198:99:.:.:1749,0,3748:. 0|1:107,54:161:99:.:.:1225,0,3276:. 1|1:3,181:184:99:.:.:5662,467,0:. 1|1:0,207:207:99:.:.:6759,622,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1755:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1653,153,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1885,171,0:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5479,499,0:. 1|1:0,195:195:99:.:.:6362,586,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1489:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1438:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2224,210,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1441:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:144,120:264:99:.:.:3178,0,4236:. 0|1:211,80:291:99:.:.:1749,0,6411:. 1|1:0,24:24:72:.:.:786,72,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:7486,693,0:. 0|1:225,43:268:99:.:.:609,0,6848:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1481:. 1|0:141,80:221:99:.:.:1878,0,4095:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1620:. 1|0:148,85:233:99:.:.:2124,0,4362:. 1|1:0,174:174:99:.:.:5665,522,0:. 1|1:19,205:224:43:.:.:6137,43,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:299,194:493:99:.:.:4994,0,9081:. 0|1:64,19:83:99:.:.:379,0,1924:. 1|0:170,141:311:99:.:.:3638,0,4858:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7010,640,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,573:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:.:.:5632,517,0:. Pf3D7_01_v3 107823 . T C 4.58082e+06 PASS FS=0;MQ=60.77;QD=24.22;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0102400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.693;VQSLOD=8.35;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=14.29;GQ_MEAN=204.27;GQ_STDDEV=193.41;HRun=0;InbreedingCoeff=0.827;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.652;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9155765;AF=0.223;AS_InbreedingCoeff=0.4375;MLEAC=1176;MLEAF=0.224;AN=854;AC=332 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:53,26:79:99:.:.:538,0,1417 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485 0|1:9,60:69:66:.:.:1545,0,66 0|1:41,25:66:99:.:.:525,0,1120 1|1:3,48:51:65:.:.:1272,65,0 0|1:8,56:64:99:0|1:107823_T_C:2378,0,159 1|1:0,51:51:99:.:.:1475,153,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2458,257,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1819,193,0 1|1:1,58:59:99:.:.:1628,143,0 1|0:23,13:36:99:.:.:278,0,612 1|1:0,66:66:99:.:.:1872,197,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1684 1|0:30,10:40:99:.:.:176,0,840 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,795 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,143 1|1:0,32:32:96:.:.:942,96,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1056,110,0 1|1:0,35:35:99:.:.:963,104,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1456,155,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,44:44:99:.:.:1222,132,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1016,113,0 1|0:23,66:89:99:.:.:1496,0,429 0|0:18,2:20:3:.:.:0,3,482 1|1:0,8:8:24:.:.:225,24,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,42:42:99:.:.:1181,126,0 1|1:1,78:79:99:.:.:2157,227,0 1|0:24,69:93:99:.:.:1683,0,423 0|1:15,42:57:99:.:.:1005,0,305 1|1:0,314:314:99:.:.:8635,941,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1652,174,0 0|1:77,72:149:99:.:.:1526,0,1949 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,45:45:99:.:.:1217,135,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710 1|0:33,16:49:99:.:.:294,0,882 1|1:0,76:76:99:.:.:2107,228,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,74:74:99:.:.:2089,222,0 0|1:75,66:141:99:.:.:1397,0,1870 0|0:112,0:112:99:.:.:0,116,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575 1|0:20,36:56:99:.:.:817,0,439 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1147 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|1:42,20:62:99:.:.:363,0,1127 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|1:171,44:215:99:.:.:597,0,4730 1|1:9,111:120:81:.:.:2800,81,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1329 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530 1|1:1,69:70:99:.:.:1869,179,0 0|1:18,58:76:99:.:.:1397,0,294 1|1:6,70:76:53:.:.:1770,53,0 0|1:54,70:124:99:.:.:1538,0,1274 1|0:44,20:64:99:.:.:339,0,1159 0|1:98,18:116:99:.:.:157,0,2698 1|1:0,238:238:99:.:.:6649,714,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1092,120,0 1|0:74,21:95:99:.:.:277,0,1959 0|1:46,37:83:99:.:.:891,0,1189 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1645 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1329 1|1:0,51:51:99:.:.:1357,153,0 0|1:16,27:43:99:.:.:582,0,370 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1665 0|1:14,52:66:99:.:.:1255,0,232 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,43:43:99:.:.:1180,129,0 0|1:74,47:121:99:.:.:904,0,1851 1|1:4,59:63:97:.:.:1597,97,0 1|1:3,77:80:99:.:.:1921,153,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1230 0|0:62,3:65:99:.:.:0,110,1752 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485 1|0:31,29:60:99:.:.:629,0,781 1|0:14,55:69:99:.:.:1290,0,210 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,90:90:99:.:.:2499,270,0 0|1:60,56:116:99:.:.:1168,0,1425 1|0:9,39:48:99:.:.:972,0,120 0|0:114,0:114:99:.:.:0,108,1620 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|0:62,13:75:99:.:.:142,0,1717 0|1:31,106:137:99:.:.:2593,0,557 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 1|0:62,34:96:99:.:.:629,0,1591 0|1:38,52:90:99:.:.:1160,0,888 0|1:27,21:48:99:.:.:419,0,685 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1800 0|1:121,21:142:99:.:.:145,0,3278 1|1:2,143:145:99:.:.:3806,371,0 1|1:8,171:179:99:.:.:4508,311,0 1|0:192,25:217:36:.:.:36,0,5217 1|1:1,125:126:99:.:.:3447,347,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530 0|1:99,39:138:99:.:.:635,0,2550 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 0|1:45,48:93:99:.:.:1025,0,1113 1|1:4,215:219:99:.:.:5835,525,0 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,180:182:99:.:.:4887,480,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|0:42,121:163:99:.:.:2824,0,1129 1|1:0,219:219:99:.:.:6046,656,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|1:152,47:199:99:.:.:677,0,3957 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 1|0:92,20:112:99:.:.:229,0,2388 0|1:167,69:236:99:.:.:1120,0,4419 1|0:25,73:98:99:.:.:1752,0,465 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 0|1:66,102:168:99:.:.:2312,0,1577 0|0:84,8:92:64:.:.:0,64,2334 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800 1|0:110,36:146:99:.:.:576,0,2895 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1710 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|1:62,50:112:99:.:.:1072,0,1525 0|1:14,81:95:99:.:.:1803,0,143 0|1:17,135:152:48:.:.:3219,0,48 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|0:23,103:126:99:.:.:2484,0,348 1|0:34,157:191:99:.:.:3619,0,447 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,179:179:99:.:.:4885,537,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,123:123:99:.:.:3369,369,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575 0|1:89,70:159:99:.:.:1462,0,2250 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485 1|1:4,82:86:99:.:.:2154,131,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2233,243,0 1|1:1,61:62:99:.:.:1671,154,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 1|0:30,21:51:99:.:.:421,0,740 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1415 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1360 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,111:111:99:.:.:3046,332,0 1|1:1,113:114:99:.:.:3117,313,0 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485 1|0:109,16:125:80:.:.:80,0,3020 1|0:30,73:103:99:.:.:1726,0,635 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|0:138,24:162:99:.:.:149,0,3797 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,8:8:24:.:.:224,24,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2470,272,0 1|1:0,167:167:99:.:.:4742,501,0 1|1:1,73:74:99:.:.:1942,188,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2114,228,0 0|1:41,41:82:99:.:.:857,0,987 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|1:95,38:133:99:.:.:664,0,2809 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1688 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575 0|1:7,39:46:69:.:.:954,0,69 1|0:72,27:99:99:.:.:466,0,1931 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|1:12,133:145:87:.:.:3373,87,0 1|0:34,70:104:99:.:.:1633,0,725 1|1:3,115:118:99:.:.:3146,287,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1502 1|1:0,207:207:99:.:.:5687,621,0 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1665 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,142:142:99:.:.:3851,426,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1755 0|1:25,86:111:99:.:.:2060,0,427 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|0:9,81:90:20:.:.:1997,0,20 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1217 1|1:0,72:72:99:.:.:1965,216,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575 0|1:92,50:142:99:.:.:939,0,2361 1|0:27,74:101:99:.:.:1686,0,525 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1286 1|1:0,77:77:99:.:.:2099,230,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1710 0|1:50,42:92:99:.:.:887,0,1301 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530 0|1:35,25:60:99:.:.:516,0,885 0|1:20,122:142:99:.:.:2797,0,195 0|1:11,97:108:25:.:.:2266,0,25 1|0:20,53:73:99:.:.:1193,0,385 1|1:0,42:42:99:1|1:107823_T_C:1777,129,0 1|0:6,41:47:47:.:.:978,0,47 0|1:98,18:116:99:.:.:118,0,2753 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1101 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1464 1|0:50,22:72:99:.:.:338,0,1391 1|1:0,77:77:99:.:.:2145,231,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485 1|0:77,29:106:99:.:.:474,0,2063 1|1:0,212:212:99:.:.:5812,635,0 0|1:15,72:87:99:.:.:1720,0,223 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1195 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575 0|1:30,95:125:99:.:.:2316,0,544 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,53:53:99:.:.:1430,159,0 0|1:21,58:79:99:.:.:1333,0,424 0|1:95,81:176:99:.:.:1733,0,2422 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710 1|0:2,7:9:33:.:.:172,0,33 0|1:126,38:164:99:.:.:537,0,3220 0|1:86,25:111:99:.:.:368,0,2392 1|0:46,63:109:99:.:.:1450,0,1094 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1575 1|1:0,139:139:99:.:.:3926,417,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485 1|1:4,206:210:99:.:.:5597,504,0 1|0:19,29:48:99:.:.:661,0,631 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800 1|0:231,60:291:99:.:.:826,0,6301 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,182:182:99:.:.:5070,545,0 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,340 1|1:1,51:52:99:.:.:1359,125,0 0|1:24,104:128:99:.:.:2457,0,339 1|0:45,52:97:99:.:.:1170,0,1066 1|1:0,54:54:99:.:.:1511,162,0 1|0:47,41:88:99:.:.:877,0,1255 1|1:2,114:116:99:.:.:3182,283,0 0|1:13,9:22:99:.:.:179,0,321 0|1:30,27:57:99:.:.:564,0,720 1|1:0,40:40:99:.:.:1072,120,0 1|1:1,97:98:99:.:.:2708,262,0 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,81:81:99:.:.:2697,243,0 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,125:125:99:.:.:4308,375,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1755 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,29 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,132:132:99:.:.:4464,397,0 1|1:1,109:110:99:.:.:3667,295,0 0|0:16,0:16:37:.:.:0,37,539 1|1:0,110:110:99:.:.:3649,330,0 1|1:0,120:120:99:.:.:4071,360,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,109:109:99:.:.:3716,327,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,106:107:99:.:.:3600,285,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4417,391,0 0|0:103,6:109:99:.:.:0,118,3470 1|1:1,130:131:99:.:.:4379,355,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2712,241,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,162:162:99:.:.:5494,487,0 1|0:26,86:112:99:.:.:2639,0,619 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,105:105:99:.:.:3559,316,0 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530 1|1:3,104:107:99:.:.:3504,212,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,103:103:99:.:.:3409,309,0 0|1:8,88:96:4:.:.:2715,0,4 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1291 1|1:0,19:19:57:.:.:643,57,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1307 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800 1|0:59,59:118:99:.:.:1544,0,1601 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,205:205:99:.:.:6676,615,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1440 1|0:160,103:263:99:.:.:2612,0,4796 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,82:82:99:.:.:2662,246,0 1|1:6,215:221:99:.:.:6638,452,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800 0|0:89,0:89:99:.:.:0,116,1800 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|1:33,229:262:99:.:.:6779,0,390 1|1:0,193:193:99:.:.:6182,578,0 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 1|1:19,189:208:9:.:.:5467,9,0 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575 0|1:199,88:287:99:.:.:1870,0,7304 0|1:17,10:27:99:.:.:265,0,520 1|1:5,205:210:99:.:.:6572,460,0 0|1:73,140:213:99:.:.:3984,0,1922 0|0:84,0:84:99:.:.:0,116,1800 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|0:57,90:147:99:.:.:2420,0,1565 1|0:84,21:105:99:.:.:312,0,2570 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,190:193:99:.:.:6182,471,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|1:175,29:204:99:.:.:271,0,5342 0|0:55,5:60:38:.:.:0,38,1770 0|0:121,0:121:99:.:.:0,106,1800 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1112 0|0:126,0:126:99:.:.:0,102,1530 0|1:162,129:291:99:.:.:3043,0,4834 1|0:21,177:198:99:.:.:5049,0,159 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|1:141,22:163:99:.:.:168,0,4277 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 0|0:110,0:110:99:.:.:0,105,1575 1|0:147,64:211:99:.:.:1449,0,4406 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1695 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:63:.:.:0,63,1131 1|0:170,33:203:99:.:.:490,0,5182 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1128 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:137,10:147:89:.:.:0,89,4285 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:198,0:198:77:.:.:0,77,5696 1|1:8,115:123:75:.:.:3454,75,0 1|1:7,235:242:99:.:.:7227,483,0 0|1:23,108:131:99:.:.:3212,0,328 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,325:326:99:.:.:10662,944,0 0|1:59,28:87:99:.:.:658,0,1842 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,137:138:99:.:.:4589,377,0 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1393 1|0:36,34:70:99:.:.:933,0,1018 1|1:0,71:71:99:.:.:2313,213,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755 1|0:64,27:91:99:.:.:661,0,2006 1|0:37,27:64:99:.:.:731,0,1102 1|1:2,111:113:99:.:.:3502,290,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4541,414,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1755 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,42:42:99:.:.:1427,126,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1085,96,0 1|1:0,97:97:99:.:.:3262,291,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3311,304,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,57:57:99:.:.:1908,171,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,169:169:99:.:.:5686,508,0 1|1:0,55:55:99:1|1:107823_T_C:2282,172,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1367 1|1:0,47:47:99:.:.:1549,141,0 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800 1|0:68,69:137:99:.:.:1915,0,1948 0|1:113,32:145:99:.:.:627,0,3455 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 0|1:115,21:136:99:.:.:305,0,3584 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1481 1|0:72,29:101:99:.:.:650,0,2126 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1620 1|0:105,38:143:99:.:.:857,0,3847 1|1:0,104:104:99:.:.:3401,313,0 1|0:99,11:110:24:.:.:24,0,3127 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|0:305,114:419:99:.:.:2535,0,11525 0|1:35,19:54:99:.:.:484,0,1075 1|0:125,96:221:99:.:.:2454,0,3593 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 0|1:49,86:135:99:.:.:2482,0,1640 1|1:0,162:162:99:.:.:5397,487,0 0|0:39,0:39:68:.:.:0,68,1198 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,115:115:99:.:.:3810,346,0 Pf3D7_01_v3 108002 . G T 5.53605e+06 PASS FS=0;MQ=60.21;QD=27.87;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0102400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.676;VQSLOD=5.84;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.99;GC=33.33;GQ_MEAN=285.41;GQ_STDDEV=373.69;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6869;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.422;culprit=FS;set=snp;DP=8043788;AF=0.227;AS_InbreedingCoeff=0.3571;MLEAC=1191;MLEAF=0.227;AN=852;AC=259 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1337:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2352,225,0:. 0|1:44,6:50:94:0|1:108002_G_T:94,0,1082:. 1|0:24,54:78:99:0|1:108002_G_T:2061,0,447:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1492:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1920,177,0:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1288:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1524:. 1|0:18,47:65:99:.:.:1303,0,308:. 1|1:1,35:36:79:.:.:1097,79,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1506:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,15:15:45:1|1:108002_G_T:672,45,0:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1213:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1739:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1276,123,0:. 1|1:0,33:33:98:.:.:990,98,0:. 1|0:28,51:79:99:.:.:1269,0,505:. 1|1:1,18:19:10:1|1:108002_G_T:746,10,0:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,144:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1292:. 1|0:53,25:78:99:.:.:552,0,1239:. 1|0:10,81:91:18:0|1:108002_G_T:2506,0,18:. 1|0:48,10:58:99:0|1:108002_G_T:318,0,2324:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1330:. 1|0:69,50:119:99:0|1:108002_G_T:1573,0,1501:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1002:. 0|1:46,9:55:99:.:.:108,0,1048:. 1|0:9,38:47:99:.:.:1036,0,102:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,30:107:99:0|1:108002_G_T:950,0,3916:. 0|0:53,7:60:0:.:.:0,0,1193:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1132:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:64,11:75:99:0|1:108002_G_T:206,0,3245:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:8,20:28:99:.:.:530,0,138:. 0|0:92,0:92:68:.:.:0,68,2139:. 0|1:32,170:202:99:0|1:108002_G_T:6487,0,264:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:6,72:78:54:0|1:108002_G_T:2980,0,54:. 0|1:69,20:89:99:.:.:344,0,1636:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1454:. 0|1:59,13:72:99:.:.:189,0,1367:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,75:133:99:1|0:107990_A_T:1876,0,2058:. 1|0:57,19:76:99:.:.:347,0,1325:. 0|1:21,93:114:99:.:.:2591,0,250:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1007:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1523:. 0|1:77,44:121:99:.:.:978,0,1749:. 1|1:7,73:80:41:.:.:2054,41,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1044:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1100,108,0:. 1|1:1,96:97:99:.:.:2856,281,0:. 1|1:5,64:69:72:1|1:108002_G_T:1944,72,0:. 1|1:3,81:84:99:.:.:2351,167,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,103,1011:. 1|0:65,73:138:99:0|1:108002_G_T:2248,0,1322:. 0|0:81,0:81:63:.:.:0,63,1895:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1256:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1382:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1065:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1591,156,0:. 1|0:83,18:101:99:.:.:244,0,1930:. 1|1:0,58:58:99:1|1:108002_G_T:2475,174,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1782:. 0|1:13,78:91:59:.:.:2104,0,59:. 1|0:103,23:126:99:0|1:108002_G_T:647,0,5207:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3891,386,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:19,64:83:99:0|1:108002_G_T:1870,0,260:. 0|1:7,44:51:13:0|1:108002_G_T:1257,0,13:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4017,400,0:. 0|1:16,81:97:99:0|1:108002_G_T:3385,0,555:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,83:136:99:0|1:108002_G_T:3240,0,2446:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:68,44:112:99:0|1:108002_G_T:1600,0,3366:. 1|1:3,179:182:99:.:.:5474,461,0:. 1|1:0,152:152:99:1|1:108002_G_T:5255,457,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1710:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6680,662,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,193:193:99:.:.:5823,579,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,8:94:36:.:.:0,36,2068:. 0|1:60,169:229:99:0|1:108002_G_T:6781,0,2162:. 0|1:59,65:124:99:0|1:108002_G_T:2516,0,2900:. 1|1:16,168:184:99:.:.:4690,109,0:. 1|1:11,126:137:99:1|1:108002_G_T:4086,119,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:108002_G_T:4735,331,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:43,91:134:99:0|1:108002_G_T:2687,0,719:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:23,106:129:99:0|1:108002_G_T:3880,0,235:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:55,19:74:99:1|0:107990_A_T:440,0,2162:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:119,28:147:99:0|1:108002_G_T:852,0,5781:. 1|0:136,26:162:99:0|1:108002_G_T:638,0,6553:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,203:203:99:.:.:6147,609,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1677:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:95,25:120:99:0|1:108002_G_T:734,0,4632:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1665:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:86,10:96:21:.:.:21,0,2042:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1163:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1348:. 1|1:1,181:182:99:1|1:108002_G_T:7866,533,0:. 0|1:26,5:31:99:0|1:108002_G_T:117,0,1292:. 1|0:59,81:140:99:0|1:108002_G_T:3087,0,2736:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1415:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:.:.:5967,611,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:39,92:131:99:.:.:2404,0,694:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,50:130:99:.:.:1129,0,1863:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,62:182:99:.:.:1375,0,2689:. 1|0:114,37:151:99:.:.:672,0,2616:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,282:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:70,62:132:99:.:.:1546,0,1547:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:51,58:109:99:.:.:1453,0,1042:. 0|1:84,50:134:99:0|1:108002_G_T:1617,0,1758:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1703:. 1|0:59,83:142:99:.:.:2113,0,1162:. 1|1:0,117:117:99:1|1:108002_G_T:5165,361,0:. 1|1:2,73:75:99:.:.:2227,176,0:. 1|0:12,51:63:99:.:.:1394,0,123:. 1|0:70,35:105:99:.:.:756,0,1606:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:0:.:.:0,0,3396:. 1|0:62,11:73:99:0|1:108002_G_T:174,0,1437:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2087,204,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1092:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2205,210,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1434:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,48:68:99:0|1:108002_G_T:1904,0,841:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,106:106:99:1|1:108002_G_T:4749,328,0:. 1|0:94,34:128:99:0|1:108002_G_T:1161,0,2115:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,38:43:7:0|1:108002_G_T:1222,0,7:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1120:. 0|1:31,11:42:99:.:.:208,0,718:. 1|0:70,17:87:99:0|1:108002_G_T:491,0,3359:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1327:. 1|1:8,103:111:99:.:.:2866,130,0:. 0|1:8,92:100:75:1|0:107990_A_T:3807,0,75:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,137:137:99:1|1:108002_G_T:5808,418,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:21,41:62:99:.:.:1089,0,386:. 1|1:11,156:167:99:1|1:108002_G_T:6335,230,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1279,126,0:. 0|0:47,0:47:44:.:.:0,44,1065:. 0|1:79,28:107:99:.:.:530,0,1809:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1232:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:46,26:72:99:0|1:108002_G_T:632,0,976:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1813,177,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:71,20:91:99:0|1:108002_G_T:529,0,1582:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5713,555,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,89:90:99:.:.:2814,260,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:108002_G_T:2051,141,0:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4026,391,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:108002_G_T:3230,226,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1615:. 1|0:92,53:145:99:0|1:108002_G_T:1792,0,2008:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:0,4:4:12:.:.:127,12,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4018,395,0:. 0|1:18,65:83:99:.:.:1735,0,233:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:41,14:55:99:.:.:250,0,954:. 1|1:0,37:37:99:1|1:108002_G_T:1586,111,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1528:. 0|1:209,64:273:99:.:.:1128,0,4880:. 1|0:73,26:99:99:.:.:494,0,1660:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:51,35:86:99:0|1:108002_G_T:1066,0,1128:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1208:. 0|1:58,43:101:99:.:.:1016,0,1253:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,234:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1184,122,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1570:. 1|1:1,73:74:99:.:.:2567,187,0:. 1|0:53,89:142:99:0|1:108002_G_T:3569,0,2957:. 1|0:44,56:100:99:0|1:108002_G_T:2204,0,2748:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:8,182:190:99:1|1:108002_G_T:7792,301,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4958,430,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4570,388,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:5220,433,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,147:147:99:1|1:108002_G_T:6563,448,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,204:204:99:.:.:7227,613,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:108002_G_T:4627,364,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:67:.:.:0,67,1132:. 1|0:56,9:65:99:0|1:108002_G_T:206,0,3551:. 1|1:6,121:127:99:.:.:4071,166,0:. 1|1:5,96:101:99:.:.:3335,132,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,74:74:99:1|1:108002_G_T:3358,229,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,412:412:99:.:.:14788,1239,0:. 1|1:0,518:518:99:.:.:18400,1558,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1189,99,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:479,45,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,149:150:99:.:.:5106,416,0:. 1|1:1,174:175:99:.:.:6039,489,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,99:247:99:.:.:2679,0,4180:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2552,217,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,2:58:99:1|0:107990_A_T:0,106,2192:. 1|1:8,211:219:99:.:.:7053,381,0:. 0|1:80,147:227:99:.:.:4442,0,1931:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,230:230:99:1|1:108002_G_T:10285,687,0:. 0|1:208,33:241:99:.:.:406,0,6108:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,160:161:99:1|1:108002_G_T:7236,436,0:. 1|1:2,186:188:99:.:.:6410,498,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,108,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1204:. 1|1:8,213:221:99:1|1:108002_G_T:9455,456,0:. 1|1:3,377:380:99:1|1:108002_G_T:16635,952,0:. 1|0:51,95:146:99:0|1:108002_G_T:3614,0,1217:. 1|1:6,329:335:99:.:.:13023,851,0:. 1|0:26,169:195:99:.:.:5202,0,207:. 1|1:3,207:210:99:.:.:7153,554,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:95,40:135:99:0|1:108002_G_T:1346,0,5393:. 0|1:158,51:209:99:0|1:108002_G_T:1662,0,9411:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,165:165:99:1|1:108002_G_T:7356,509,0:. 0|0:39,0:39:52:.:.:0,52,1098:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,353:360:99:1|1:108002_G_T:15438,677,0:. 1|1:4,218:222:99:1|1:108002_G_T:9499,409,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:31,47:78:99:0|1:108002_G_T:1829,0,763:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:12,117:129:99:0|1:108002_G_T:4843,0,389:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,356:357:99:.:.:12377,1037,0:. 0|1:64,12:76:99:1|0:107990_A_T:302,0,3767:. 1|1:2,304:306:99:.:.:10150,851,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1401:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,79:79:99:1|1:108002_G_T:3516,238,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4806,418,0:. 1|1:0,169:169:99:1|1:108002_G_T:7597,524,0:. 1|1:1,152:153:99:1|1:108002_G_T:6749,433,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1386,117,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1248,114,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1299:. 1|1:0,96:96:99:1|1:108002_G_T:4325,301,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:84,80:164:99:.:.:2255,0,2200:. 1|0:162,63:225:99:.:.:1448,0,4580:. 1|1:0,21:21:63:.:.:745,63,0:. 1|1:1,165:166:99:.:.:5723,462,0:. 1|0:161,31:192:99:.:.:524,0,4777:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1565:. 1|0:100,42:142:99:.:.:986,0,2785:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:18,148:166:99:0|1:108002_G_T:6227,0,624:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1195,108,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:634,54,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 108008 . C T 2.09797e+06 PASS FS=0;MQ=60.94;QD=27.83;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0102400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.677;VQSLOD=6.01;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=38.1;GQ_MEAN=210.21;GQ_STDDEV=343.98;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7932;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.465;culprit=FS;set=snp;DP=7159445;AF=0.074;AS_InbreedingCoeff=0.4375;MLEAC=381;MLEAF=0.072;AN=854;AC=97 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1337:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,3:51:59:0|1:108002_G_T:0,59,2401:. 1|0:25,49:74:99:0|1:108002_G_T:1299,0,1109:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1492:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1288:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1524:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1506:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,17:17:51:1|1:108002_G_T:732,51,0:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:22,0:22:35:.:.:0,35,591:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1213:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1739:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1131:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1099:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,17:18:4:1|1:108002_G_T:688,4,0:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,133:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1292:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,17:91:99:0|1:108002_G_T:245,0,2073:. 1|0:48,11:59:99:0|1:108002_G_T:288,0,2349:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1330:. 1|0:93,29:122:99:0|1:108002_G_T:498,0,4003:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1056:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1290:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,29:112:99:0|1:108002_G_T:941,0,3942:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1045:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1132:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:68,9:77:99:0|1:108002_G_T:153,0,3235:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:64,136:200:99:0|1:108002_G_T:3400,0,2033:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:6,75:81:48:0|1:108002_G_T:3019,0,48:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1454:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1044:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1114:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:64,9:73:57:0|1:108002_G_T:57,0,1680:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,103,1011:. 1|0:98,35:133:99:0|1:108002_G_T:574,0,3911:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1256:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1382:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1065:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1258:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:108002_G_T:2288,154,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1782:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:101,23:124:99:0|1:108002_G_T:643,0,5221:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:66,14:80:99:0|1:108002_G_T:175,0,2062:. 0|1:43,7:50:51:0|1:108002_G_T:51,0,1160:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:16,85:101:99:0|1:108002_G_T:3386,0,528:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,82:133:99:0|1:108002_G_T:3231,0,2354:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:71,45:116:99:0|1:108002_G_T:1620,0,3395:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,51:153:99:0|1:108002_G_T:1050,0,2280:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:58,167:225:99:0|1:108002_G_T:6774,0,2114:. 0|1:65,67:132:99:0|1:108002_G_T:2544,0,3021:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:97,37:134:99:0|1:108002_G_T:700,0,2587:. 1|1:7,103:110:99:1|1:108002_G_T:2798,141,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:109,23:132:99:0|1:108002_G_T:284,0,3604:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:46,77:123:99:0|1:108002_G_T:1869,0,1458:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,5:71:75:.:.:0,75,2649:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:115,31:146:99:0|1:108002_G_T:879,0,5750:. 1|0:137,25:162:99:0|1:108002_G_T:598,0,6514:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1677:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:91,24:115:99:0|1:108002_G_T:741,0,4537:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1665:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1163:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1348:. 1|1:10,171:181:99:1|1:108002_G_T:4510,245,0:. 0|1:25,4:29:99:0|1:108002_G_T:120,0,1271:. 1|0:61,79:140:99:0|1:108002_G_T:3140,0,2771:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1415:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:97,33:130:99:0|1:108002_G_T:577,0,4319:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1703:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:1|1:108002_G_T:5140,358,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,4:74:97:0|1:108002_G_T:0,97,3372:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1092:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1434:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,46:67:99:0|1:108002_G_T:1876,0,866:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,107:107:99:1|1:108002_G_T:4687,322,0:. 1|0:92,33:125:99:0|1:108002_G_T:596,0,4404:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,12:39:99:0|1:108002_G_T:234,0,709:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1120:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1172:. 1|0:68,19:87:99:0|1:108002_G_T:559,0,3263:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1327:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,95:102:6:1|1:107990_A_T:3919,6,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:21,119:140:99:0|1:108002_G_T:3083,0,151:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:34,132:166:99:0|1:108002_G_T:3251,0,649:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1263:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1232:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,3:72:99:0|1:108002_G_T:0,130,2891:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:76,14:90:99:0|1:108002_G_T:120,0,3540:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,48:48:99:1|1:108002_G_T:2134,150,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:108002_G_T:3202,223,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1615:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,143:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1239:. 1|1:0,32:32:99:1|1:108002_G_T:1473,99,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1528:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:65,19:84:99:0|1:108002_G_T:303,0,2905:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1496:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,234:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:33:.:.:0,33,513:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1570:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1479:. 1|0:50,88:138:99:0|1:108002_G_T:3558,0,2840:. 1|0:46,54:100:99:0|1:108002_G_T:2128,0,2811:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:18,166:184:99:0|1:108002_G_T:5487,0,340:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,448:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,142:142:99:1|1:108002_G_T:6488,442,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:92,31:123:99:0|1:108002_G_T:747,0,2817:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:56,9:65:99:0|1:108002_G_T:206,0,3552:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,75:76:99:1|1:108002_G_T:3344,203,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1339:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,226:227:99:1|1:108002_G_T:10011,666,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,163:164:99:1|1:108002_G_T:7150,427,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,108,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1204:. 1|1:13,209:222:16:1|1:108002_G_T:6503,16,0:. 1|1:3,384:387:99:1|1:108002_G_T:16844,976,0:. 1|0:64,78:142:99:0|1:108002_G_T:2189,0,3295:. 1|0:157,173:330:99:.:.:4738,0,4196:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:95,40:135:99:0|1:108002_G_T:1347,0,5418:. 0|1:155,54:209:99:0|1:108002_G_T:1732,0,9318:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:9,161:170:99:1|1:108002_G_T:5065,208,0:. 0|0:44,0:44:98:.:.:0,98,1283:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,359:366:99:1|1:108002_G_T:15573,692,0:. 1|1:4,220:224:99:1|1:108002_G_T:9659,424,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:41,37:78:99:0|1:108002_G_T:1090,0,2142:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:13,115:128:99:0|1:108002_G_T:4868,0,416:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,12:78:99:1|0:107990_A_T:302,0,3772:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1401:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,80:80:99:1|1:108002_G_T:3608,247,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,166:166:99:1|1:108002_G_T:7500,514,0:. 1|1:1,148:149:99:1|1:108002_G_T:6738,433,0:. 0|0:40,0:40:84:.:.:0,84,1254:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1299:. 1|1:0,96:96:99:1|1:108002_G_T:4313,301,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1565:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:18,149:167:99:0|1:108002_G_T:6166,0,653:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,642:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 108212 . G T 137412 PASS FS=2.109;MQ=59.96;QD=23.35;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0102400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.521;VQSLOD=3.09;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=0;NCC=1;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=72.5;GQ_STDDEV=20.37;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.08;culprit=MQ;set=snp;DP=6422596;AF=0.004183;MLEAC=21;MLEAF=0.003992;AN=854;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1161:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1336:. 0|0:36,0:36:74:0,74,966:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1288:. 0|0:54,0:54:99:0,109,1524:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1506:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1214:. 0|0:40,0:40:84:0,84,964:. 0|0:18,0:18:54:0,54,454:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:6,0:6:18:0,18,166:. 0|0:21,0:21:48:0,48,562:. 0|0:21,0:21:49:0,49,517:. 0|0:30,0:30:75:0,75,1125:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1213:. 0|0:49,0:49:99:0,109,1431:. 0|0:94,0:94:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,110,1131:. 0|0:38,0:38:95:0,95,973:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:27:0,27,368:. 0|0:9,0:9:13:0,13,201:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1279:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1121:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1381:. 0|0:131,0:131:99:0,110,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1336:. 0|0:107,0:107:99:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:97:0,97,999:. 0|0:40,0:40:99:0,110,1056:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1290:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1045:. 0|0:34,0:34:99:0,99,955:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,118,1292:. 0|0:66,0:66:99:0,109,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1454:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,111,1665:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1156:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:88:0,88,873:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1152:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1350:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,103,1011:. 0|0:88,0:88:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1256:. 0|0:41,0:41:99:0,117,1382:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1065:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1258:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1218:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1226:. 0|0:77,0:77:99:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1298:. 0|0:82,0:82:99:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:0,102,1782:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1162:. 0|0:66,0:66:99:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,111,1665:. 0|0:144,0:144:99:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,114,1710:. 0|0:158,0:158:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,109,1710:. 0|0:170,0:170:99:0,117,1755:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1530:. 0|0:128,0:128:99:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:0,114,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,111,1665:. 0|0:127,0:127:99:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,104,1587:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1175:. 0|0:89,0:89:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1677:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:0,99,1665:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1163:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1348:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1089:. 0|0:97,0:97:99:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1415:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1149:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,105,1575:. 1|0:117,44:161:99:851,0,2617:. 0|0:118,0:118:99:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:0,114,1703:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1285:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1280:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1092:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,118,1434:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1204:. 0|0:83,0:83:99:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1140:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1120:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1172:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1327:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1755:. 0|0:92,0:92:99:0,108,1620:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1263:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1232:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,100,981:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:0,106,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,106,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1173:. 0|0:95,0:95:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1142:. 0|1:90,16:106:99:179,0,2159:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1295:. 0|0:45,0:45:99:0,112,1615:. 0|0:102,0:102:99:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:. 0|0:11,0:11:33:0,33,306:. 0|0:98,0:98:99:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,102,1530:. 0|1:14,87:101:53:2317,0,53:. 0|0:110,0:110:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:126,0:126:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1239:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1528:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1208:. 0|0:62,0:62:99:0,109,1496:. 0|0:78,0:78:99:0,105,1575:. 0|0:17,0:17:51:0,51,509:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1193:. 0|0:89,0:89:99:0,105,1575:. 0|0:24,0:24:66:0,66,990:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1570:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1479:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,117,1755:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1394:. 0|0:73,0:73:99:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,100,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:0,6,60:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:44,0:44:.:.:117 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:0,114,1710:. 0|0:131,0:131:99:0,114,1710:. 0|0:101,0:101:.:.:99 0|0:78,0:78:99:0,105,1575:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,117,1755:. 0|0:69,0:69:.:.:113 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:102 0|0:73,0:73:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1339:. 0|0:88,0:88:.:.:111 0|0:38,0:38:99:0,99,1346:. 0|0:93,0:93:99:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,111,1665:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:.:.:99 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:.:.:99 0|0:40,0:40:99:0,102,1298:. 1|1:8,179:187:99:5718,288,0:. 0|1:81,136:217:99:4190,0,2046:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1530:. 0|0:121,0:121:99:0,102,1530:. 0|0:122,0:122:99:0,117,1755:. 0|0:84,0:84:99:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:.:.:117 0|0:85,0:85:99:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:.:.:93 0|0:139,0:139:99:0,108,1710:. 0|0:39,0:39:.:.:106 0|0:116,0:116:99:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:.:.:99 0|0:74,0:74:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:.:.:99 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:.:.:118 0|0:118,0:118:99:0,114,1710:. 0|0:95,0:95:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:.:.:99 0|0:87,0:87:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:.:.:60 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:.:.:114 0|0:116,0:116:99:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:.:.:107 0|0:89,0:89:.:.:108 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:0,117,1755:. 0|0:94,0:94:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:.:.:102 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:.:.:120 0|0:149,0:149:99:0,105,1575:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1224:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:102 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:.:.:120 0|0:41,0:41:99:0,99,1401:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,105,1665:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1118:. 0|0:31,0:31:84:0,84,1260:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:0,103,1665:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1446:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1242:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:98,0:98:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:0,111,1665:. 0|0:13,0:13:39:0,39,397:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1565:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1575:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,106,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1235:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:104,0:104:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 108878 . A T 91745.2 PASS FS=0;MQ=59.81;QD=27.09;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.769;VQSLOD=4.9;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=115.86;GQ_STDDEV=30.61;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9846;NCC=0;BaseQRankSum=1.56;ClippingRankSum=0.39;MQRankSum=-0.638;ReadPosRankSum=0.144;culprit=FS;set=snp;DP=6044029;AF=0.003262;AS_InbreedingCoeff=0.9846;MLEAC=16;MLEAF=0.00307;AN=848;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1426:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1437:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1388:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1287:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1345:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1518:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1315:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1386:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1259:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,238:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,738:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1077:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1529:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1710:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,77:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1247:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1392:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1380:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,604:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1221:. 0|1:21,5:26:77:.:.:77,0,522:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1559:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,636:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1520:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1332:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1546:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1335:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1609:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1656:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1149:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1020:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1270:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1669:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1523:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,981:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1653:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,869:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1103:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1368:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1164:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1212:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,996:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1525:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1088:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1607:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1635:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1360:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1519:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,997:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1258:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1501:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1577:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1736:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1473:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1278:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1073:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1187:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1211:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1727:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1776:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1394:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1406:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1296:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1766:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1337:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1544:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1329:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1676:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1333:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1611:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,908:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1553:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1038:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1237:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1765:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1572:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1412:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1388:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1394:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:83:.:.:0,83,982:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,968:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1258:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,921:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1581:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1135:. 0|1:17,44:61:99:.:.:1143,0,297:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1273:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1765:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1428:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1001:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,396:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,909:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,455:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1434:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1020:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1700:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1538:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:3047,258,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1277:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:82,0:82:18:.:.:0,18,270:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1703:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,836:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1791:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1394:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1474:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,134:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:114 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4115,365,0:. 1|1:1,139:140:99:.:.:4582,381,0:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:102 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:108 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1133:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1380:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1305:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1281:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:99 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:60 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:10 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1517:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:.:.:.:.:120 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:103 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:24 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:105 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:.:.:.:.:108 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1559:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:104 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:102 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:105 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1294:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1383:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1309:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1365:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1389:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,677:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1761:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1580:. 0|0:53,0:53:6:.:.:0,6,90:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:18:.:.:0,18,270:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,870:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1303:. 0|0:39,0:39:15:.:.:0,15,225:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,319:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,402:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1757:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1589:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1185:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1481:. Pf3D7_01_v3 110298 . C T 53525 PASS FS=0.608;MQ=60.55;QD=23.37;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.614;VQSLOD=3.54;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=107.91;GQ_STDDEV=42.77;HRun=0;InbreedingCoeff=1;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.517;culprit=FS;set=snp;DP=3841126;AF=0.006148;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=29;MLEAF=0.005752;AN=830;AC=1 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:35,0:35:99:0,99,1441:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1485:. 0|0:49,0:49:0:0,0,1075:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1064:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1231:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1164:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1443:. 0|0:40,0:40:93:0,93,1395:. 0|0:25,0:25:63:0,63,945:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1202:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:31,0:31:75:0,75,1125:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:20,0:20:60:0,60,594:. 0|0:4,0:4:12:0,12,116:. 0|0:12,0:12:21:0,21,315:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:40,0:40:59:0,59,982:. 0|0:47,0:47:99:0,103,1288:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:34,0:34:71:0,71,778:. 0|0:55,0:55:99:0,110,1800:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:4,0:4:12:0,12,111:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1379:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1243:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:0,106,1755:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1230:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1239:. 0|0:29,0:29:62:0,62,734:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1231:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1143:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1326:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1132:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1049:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1151:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:99:0,115,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1128:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1319:. 0|0:48,0:48:99:0,116,1337:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1284:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,943:. 0|0:51,0:51:99:0,116,1462:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1268:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,547:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1665:. 0|0:31,0:31:93:0,93,853:. 0|0:28,0:28:84:0,84,856:. 0|0:56,0:56:99:0,110,1760:. 0|0:35,0:35:93:0,93,901:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:0,81,906:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,988:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1120:. 0|0:34,0:34:99:0,99,949:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:99:0,99,975:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1039:. 0|0:26,0:26:75:0,75,1125:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1221:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1442:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,936:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:78:0,78,721:. 0|0:38,0:38:93:0,93,1008:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1359:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1354:. 0|0:124,0:124:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1317:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:0,109,1628:. 0|0:120,0:120:99:0,110,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1118:. 0|0:109,0:109:99:0,101,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:124,0:124:99:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1296:. 0|0:122,0:122:99:0,119,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1139:. 0|0:120,0:120:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1235:. 0|0:71,0:71:99:0,101,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,119,1597:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1295:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1235:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,114,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1548:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,112,1594:. 0|0:57,0:57:99:0,109,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,119,1677:. 0|0:68,0:68:99:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1416:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1439:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:6:0,6,506:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1029:. 0|0:64,0:64:99:0,109,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1477:. 0|0:43,0:43:99:0,110,1188:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:82,0:82:99:0,111,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1340:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,116,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,109,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,108,1620:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1211:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,112,1409:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1499:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,109,1648:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1609:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1289:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1353:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1381:. 0|0:88,0:88:99:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:107,0:107:99:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,119,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,110,1474:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1274:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1378:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:96:0,96,2168:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1300:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1206:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1350:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,106,1057:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:0,107,1620:. 0|0:89,0:89:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,104,1437:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1321:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1248:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:90:0,90,929:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,838:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1354:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1005:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1276:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1361:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,118,1531:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1066:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:0,106,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1528:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,102,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1350:. 0|0:81,0:81:99:0,100,1800:. 0|1:16,51:67:99:1348,0,231:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1172:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:0,109,1789:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:35,0:35:99:0,99,957:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,109,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1301:. 0|0:57,0:57:99:0,106,1613:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:0,54,487:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:41,0:41:95:0,95,1028:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:21:0,21,315:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:21,0:21:60:0,60,743:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:4,0:4:12:0,12,141:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1177:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:36,0:36:97:0,97,1192:. 0|0:32,0:32:84:0,84,1114:. 0|0:25,0:25:72:0,72,876:. 0|0:1,0:1:3:0,3,36:. 0|0:25,0:25:72:0,72,850:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:22,0:22:60:0,60,856:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1066:. 0|0:8,0:8:24:0,24,248:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:31,0:31:84:0,84,1260:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1299:. 0|0:10,0:10:30:0,30,329:. 0|0:7,0:7:21:0,21,231:. 0|0:30,0:30:74:0,74,909:. 0|0:2,0:2:6:0,6,67:. 0|0:14,0:14:30:0,30,379:. 0|0:20,0:20:60:0,60,675:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:72:0,72,839:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:14,0:14:42:0,42,462:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:27,0:27:81:0,81,957:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1352:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1530:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:3,0:3:9:0,9,96:. 0|0:10,0:10:.:.:30 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:.:.:57 0|0:43,0:43:99:0,114,1495:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,115,1559:. 0|0:15,0:15:.:.:45 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:.:.:90 0|0:40,0:40:99:0,99,1423:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:.:.:15 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1348:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1482:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,116,1755:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1620:. 0|0:59,0:59:99:0,115,1731:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:11,0:11:.:.:33 0|0:37,0:37:99:0,102,1295:. 0|0:8,0:8:.:.:24 0|0:15,0:15:45:0,45,523:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1467:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1665:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1332:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1244:. 0|0:3,0:3:.:.:9 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1575:. 0|0:7,0:7:.:.:21 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:.:.:3 0|0:37,0:37:99:0,111,1268:. 0|0:17,0:17:.:.:15 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:72 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:104 0|0:51,0:51:99:0,108,1510:. 0|0:61,0:61:99:0,112,1800:. 0|0:8,0:8:.:.:21 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1351:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1465:. 0|0:5,0:5:.:.:15 0|0:51,0:51:99:0,119,1669:. 0|0:6,0:6:.:.:18 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:.:.:105 0|0:18,0:18:.:.:54 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1435:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:9,0:9:.:.:24 0|0:33,0:33:78:0,78,1170:. 0|0:6,0:6:.:.:0 0|0:70,0:70:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:41:0,41,556:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1530:. 0|0:8,0:8:.:.:24 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:23,0:23:66:0,66,754:. 0|0:14,0:14:42:0,42,425:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:6,0:6:18:0,18,184:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:60:0,60,748:. 0|0:20,0:20:60:0,60,697:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:14,0:14:42:0,42,445:. 0|0:4,0:4:12:0,12,130:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:22,0:22:60:0,60,750:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:30,0:30:87:0,87,1305:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1173:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1254:. 0|0:9,0:9:27:0,27,298:. 0|0:10,0:10:30:0,30,321:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:2,0:2:6:0,6,67:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:52:0,52,728:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1315:. 0|0:3,0:3:9:0,9,79:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:39:0,39,414:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:24,0:24:66:0,66,990:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1431:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1621:. 0|0:26,0:26:64:0,64,818:. Pf3D7_01_v3 111692 . C T 365699 PASS FS=0.543;MQ=59.99;QD=19.75;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1370K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gag/Aag;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EBA181;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102500.1;SOR=0.636;VQSLOD=4.56;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;InbreedingCoeff=0.0564;NCC=0;BaseQRankSum=1.84;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=781.67;GQ_STDDEV=1146.04;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.306;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11393285;AF=0.015;MLEAC=75;MLEAF=0.014;AS_InbreedingCoeff=0.6543;AN=858;AC=17 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1214:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1585:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1481:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1263:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1394:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1349:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1244:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1320:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1303:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,830:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,821:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,181:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1188:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1641:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1151:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1161:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1274:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1340:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1251:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1312:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1226:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1488:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1653:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:90:.:.:894,90,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,998:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1374:. 1|0:28,104:132:99:.:.:2737,0,414:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1661:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,969:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,49:154:99:.:.:1062,0,2496:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1581:. 1|1:5,92:97:99:.:.:2622,144,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1374:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1211:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1177:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1379:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1004:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1265:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1330:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2814,282,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1429:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,2900:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1462:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1153:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1550:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,67:139:99:.:.:1626,0,1559:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1315:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1053:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1487:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1399:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1629:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1363:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1292:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1433:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1726:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,164:180:92:.:.:4382,92,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1177:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1216:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,20:136:99:.:.:197,0,2766:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1317:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1230:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:40,30:70:99:.:.:704,0,913:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1402:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1315:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1222:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1204:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1129:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1248:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|1:118,51:169:99:.:.:940,0,2823:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1617:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1349:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1356:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:50:.:.:0,50,586:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1392:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1284:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,1154:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1278:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1376:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1416:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1114:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1321:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1357:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1456:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1316:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1232:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1374:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1431:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1332:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1251:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1050:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1392:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1362:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1279:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:528,0:528:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1265:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1318:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1338:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1029:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:428,0:428:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:466,0:466:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1029:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,606:608:99:.:.:19712,1768,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1226:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1096:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1185:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1035:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1435:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,143:201:99:.:.:4310,0,1318:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,480:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1511:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1282:. Pf3D7_01_v3 111872 . C T 214223 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=18.45;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1310K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EBA181;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102500.1;SOR=0.71;VQSLOD=5.75;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;InbreedingCoeff=0.0883;NCC=0;BaseQRankSum=2.39;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0504;GQ_MEAN=298.09;GQ_STDDEV=490.08;HRun=3;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.392;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11709622;AF=0.005321;AS_InbreedingCoeff=0.7126;MLEAC=28;MLEAF=0.005321;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1214:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1573:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1481:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1478:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1349:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1068:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,764:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:31,0:31:79:.:.:0,79,852:. 0|0:18,0:18:25:.:.:0,25,471:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1222:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1426:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1641:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1151:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,414:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,378:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1274:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1340:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1462:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1312:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1226:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1488:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1653:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:71:.:.:0,71,793:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1374:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1661:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,50:66:99:.:.:1290,0,261:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,969:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1581:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1097:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1374:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1211:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1177:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1379:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1004:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1265:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1210:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1429:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1462:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1153:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,65:141:99:.:.:1508,0,1704:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1550:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1315:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1053:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1487:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1399:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1629:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,292:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1363:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1292:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1433:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1726:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1177:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1216:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1317:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1402:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1315:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1222:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1204:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1129:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1248:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1278:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1617:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,492:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1364:. 1|0:54,49:103:99:.:.:1179,0,1234:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1349:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1392:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 1|1:0,231:231:99:.:.:8183,694,0:. 1|0:101,121:222:99:.:.:3627,0,2845:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,1154:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1278:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1376:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1416:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1114:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1321:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1357:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1456:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1316:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1232:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1374:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1431:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1332:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1251:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1050:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1392:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1471:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1362:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:244,33:277:99:.:.:295,0,7209:. 1|1:8,585:593:99:.:.:19023,1531,0:. 1|0:108,52:160:99:.:.:1247,0,3058:. 0|0:528,0:528:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1265:. 0|1:154,71:225:99:.:.:1636,0,4288:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,104:168:99:.:.:3053,0,1597:. 0|0:52,0:52:85:.:.:0,85,1539:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,605:618:99:.:.:19770,1430,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:428,0:428:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,38:127:99:.:.:930,0,2510:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:466,0:466:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:168,75:243:99:.:.:1898,0,4819:. 0|0:598,0:598:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1226:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1096:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1185:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1435:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1511:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1282:. Pf3D7_01_v3 112210 . G A 147138 PASS FS=0;MQ=60.94;QD=21.28;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=P1197L;SNPEFF_CODON_CHANGE=cCt/cTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EBA181;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102500.1;SOR=0.684;VQSLOD=6.59;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=42.86;InbreedingCoeff=0.1342;NCC=0;BaseQRankSum=7.12;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1472;GQ_MEAN=405.22;GQ_STDDEV=1127.34;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.57;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=12117853;AF=0.003038;AS_InbreedingCoeff=0.6396;MLEAC=16;MLEAF=0.003038;AN=858;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:0,102,1339:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1306:. 0|0:45,0:45:99:0,116,1340:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1256:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:48,0:48:99:0,106,1349:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1271:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1186:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1193:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:31,0:31:81:0,81,945:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:7,0:7:21:0,21,203:. 0|0:21,0:21:60:0,60,635:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1166:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1426:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1478:. 0|0:71,0:71:99:0,106,1641:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1151:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:40:0,40,450:. 0|0:9,0:9:4:0,4,203:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1287:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1232:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,104,1358:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1208:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1226:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,118,1653:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1374:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,110,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,111,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,104,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1062:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1581:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1191:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1097:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1374:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1211:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1177:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1004:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1147:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1429:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,111,1665:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,119,1462:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,100,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1153:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,114,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,110,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1550:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,114,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,116,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,108,1620:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1315:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1053:. 0|0:52,0:52:99:0,112,1487:. 0|0:63,0:63:99:0,100,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1399:. 0|0:110,0:110:99:0,103,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,115,1629:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,108,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1363:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1292:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1433:. 0|0:69,0:69:99:0,109,1726:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,119,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1177:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,110,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1499:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1216:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1746:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,118,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1023:. 0|0:48,0:48:99:0,106,1402:. 0|0:91,0:91:99:0,109,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1315:. 0|0:43,0:43:99:0,110,1222:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1204:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,106,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1129:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1166:. 0|0:86,0:86:99:0,116,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,196:. 0|0:144,0:144:99:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1346:. 0|0:29,0:29:78:0,78,1170:. 0|0:59,0:59:99:0,116,1617:. 0|0:233,0:233:99:0,106,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,101,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:0,54,512:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1364:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:0,69,1035:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1349:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,950:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1309:. 0|0:41,0:41:99:0,110,1392:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1170:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1232:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,104,1278:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1376:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1268:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1219:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1416:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1114:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1321:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1248:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1477:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1357:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 1|0:154,39:193:99:838,0,4687:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1184:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1362:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1095:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1232:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1246:. 0|0:44,0:44:99:0,112,1374:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1431:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1332:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,105,1575:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,118,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 1|1:3,548:551:99:17589,1558,0:. 1|1:1,77:78:99:2630,201,0:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 1|1:4,203:207:99:6827,502,0:. 1|1:0,224:224:99:7458,672,0:. 0|1:52,206:258:99:6282,0,1002:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 1|0:262,209:471:99:5388,0,6772:. 0|0:34,3:37:2:0,2,1031:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1362:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1273:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,102,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:561,0:561:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,117,1755:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1529:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:607,0:607:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:428,0:428:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:466,0:466:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,108,1620:. 0|0:524,0:524:99:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:598,0:598:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,104,1226:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1096:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1185:. 0|0:320,0:320:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:42:0,42,630:. 0|0:293,0:293:99:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:75:0,75,981:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1435:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:471,0:471:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,119,1800:. 0|0:294,0:294:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1365:. 0|0:22,0:22:60:0,60,726:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1511:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1282:. Pf3D7_01_v3 112616 . C T 569439 PASS FS=0;MQ=60.11;QD=21.55;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A1062T;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gcg/Acg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EBA181;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102500.1;SOR=0.668;VQSLOD=6.45;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=1;GC=47.62;GQ_MEAN=150.59;GQ_STDDEV=222.4;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6993;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.539;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12412981;AF=0.012;AS_InbreedingCoeff=-0.0337;MLEAC=63;MLEAF=0.012;AN=858;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1269:. 0|0:40,0:40:94:.:.:0,94,1079:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1232:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1164:. 0|0:30,0:30:31:.:.:0,31,721:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1137:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,744:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1349:. 0|0:38,0:38:84:.:.:0,84,1041:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1034:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:89:.:.:0,89,1066:. 0|0:28,0:28:28:.:.:0,28,667:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,179:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,497:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1426:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1641:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1151:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1287:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1514:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1292:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1358:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1226:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1653:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1374:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1062:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1581:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1215:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1374:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1211:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1004:. 1|0:25,28:53:99:.:.:664,0,547:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1147:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1429:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1462:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1153:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1550:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,217:219:99:.:.:6395,619,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1315:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1053:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1487:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:98:.:.:0,98,1655:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1399:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1629:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1363:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1292:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1433:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1726:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1177:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1499:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1216:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1746:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1315:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1222:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1624,164,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1129:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,161:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1346:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1617:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,577:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1364:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,721:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1349:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1392:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1278:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1376:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1316:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1416:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1114:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1321:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1357:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1374:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1431:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1332:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1278:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1362:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8630,759,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:626,0:626:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:607,0:607:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:428,0:428:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,44:102:99:.:.:1119,0,1553:. 1|0:40,209:249:99:.:.:6575,0,481:. 1|0:156,16:172:27:.:.:27,0,4468:. 0|0:466,0:466:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:322,274:596:99:.:.:7483,0,8368:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:598,0:598:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1226:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1096:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1185:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1435:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1511:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1282:. Pf3D7_01_v3 113015 . G T 220259 PASS FS=0;MQ=59.35;QD=21.62;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q929K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Caa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EBA181;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102500.1;SOR=0.672;VQSLOD=6.72;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;InbreedingCoeff=-0.0001;NCC=1;BaseQRankSum=7.07;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=2935;HRun=4;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.774;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12640984;AF=0.011;MLEAC=54;MLEAF=0.01;AN=858;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1353:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1148:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1311:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1302:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1349:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1253:. 1|0:47,10:57:99:.:.:147,0,1195:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1190:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:46:.:.:0,46,650:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1426:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1641:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1151:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:55:.:.:0,55,591:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,334:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1514:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1358:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1376:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1226:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1653:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1374:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1062:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1581:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1215:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1374:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1211:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1432:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1147:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1429:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1462:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1550:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1315:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1053:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1487:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1399:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,256:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1363:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1292:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1433:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1726:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:1,116:117:99:.:.:3449,323,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1177:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1499:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1746:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1315:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1222:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1398:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,221:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1346:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1617:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,482:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:28,137:165:99:.:.:3510,0,240:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1364:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1349:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1084:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1392:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1278:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1376:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1283:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1416:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1114:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1321:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1357:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1095:. 1|1:5,137:142:99:.:.:4582,250,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1374:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1431:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:120 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:105 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:.:.:.:.:120 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:118 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,226:272:99:.:.:6831,0,685:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:.:.:.:.:120 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1469:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1362:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:184,0:184:.:.:.:.:120 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:.:.:120 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:.:.:.:.:120 0|0:224,0:224:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:516,0:516:.:.:.:.:120 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:561,0:561:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:102 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:198,0:198:.:.:.:.:120 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:99 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:607,0:607:.:.:.:.:120 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:.:.:.:.:120 0|0:428,0:428:.:.:.:.:120 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:466,0:466:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:564,0:564:.:.:.:.:120 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:598,0:598:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1226:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1096:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1775:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1185:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1511:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1282:. Pf3D7_01_v3 113889 . A T 3.05618e+06 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=24.57;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N637K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EBA181;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102500.1;SOR=0.684;VQSLOD=7.33;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0596;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=143.83;GQ_STDDEV=170.52;HRun=3;InbreedingCoeff=0.4286;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.841;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13324338;AF=0.121;AS_InbreedingCoeff=0.8086;MLEAC=636;MLEAF=0.121;AN=858;AC=56 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1268:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1223:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1344:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1473:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1461:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1381:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1213:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1315:. 1|0:22,19:41:99:.:.:441,0,569:. 0|0:30,0:30:63:.:.:0,63,839:. 0|0:29,0:29:55:.:.:0,55,867:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,148:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,986:. 1|1:0,27:27:81:.:.:861,81,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1114:. 1|0:22,41:63:99:.:.:1089,0,518:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1275:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1162:. 0|1:100,31:131:99:.:.:504,0,2569:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,506:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,181:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1224:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1187:. 1|0:42,66:108:99:.:.:1627,0,951:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,20:61:99:.:.:433,0,1088:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1398:. 0|0:146,0:146:91:.:.:0,91,3794:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1110:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1588:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,890:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 1|1:2,107:109:99:.:.:3124,266,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1242:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1752:. 0|0:82,0:82:56:.:.:0,56,2115:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1682:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1073:. 0|1:87,18:105:99:.:.:221,0,2313:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1138:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1454:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1778,189,0:. 0|1:26,33:59:99:.:.:813,0,612:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:98,15:113:99:.:.:120,0,2679:. 1|1:1,112:113:99:.:.:3333,310,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1372:. 0|1:116,96:212:99:.:.:2171,0,2830:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1646:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1280:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2409,240,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1106:. 1|0:111,17:128:99:.:.:131,0,3022:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1204:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1680:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:92,33:125:99:.:.:572,0,2402:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,149:178:99:.:.:3888,0,324:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,21:160:99:.:.:166,0,3741:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,138:205:99:.:.:3432,0,1465:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,49:123:99:.:.:1104,0,1880:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:96,75:171:99:.:.:1713,0,2376:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:157,34:191:99:.:.:459,0,4241:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1521:. 0|1:61,77:138:99:.:.:1875,0,1480:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,120:123:99:.:.:3475,273,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,172:175:99:.:.:5029,433,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,316:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,12:118:2:.:.:2,0,2856:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,55:122:99:.:.:1268,0,1660:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1515:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:44,212:256:99:.:.:5419,0,562:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,18:143:99:.:.:122,0,3437:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1746:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1720:. 0|1:56,37:93:99:.:.:838,0,1429:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,30:62:99:.:.:708,0,793:. 1|0:24,175:199:99:.:.:4435,0,138:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,13:75:99:.:.:160,0,1689:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1275:. 1|0:52,70:122:99:.:.:1698,0,1254:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1324:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1242:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1450:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1512:. 0|1:112,17:129:99:.:.:107,0,2979:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1448:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1401,138,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1267:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1328:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|1:117,46:163:99:.:.:827,0,3069:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,95:97:99:.:.:2810,228,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1144:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,213:318:99:.:.:5490,0,2315:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1102:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1618:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1392:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1232:. 1|1:22,247:269:3:.:.:7987,3,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,189:226:99:.:.:6104,0,682:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1431:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,551:557:99:.:.:18347,1457,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:407,0:407:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1472:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:526,0:526:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1244:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:548,0:548:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:586,0:586:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:89,86:175:99:.:.:2482,0,2619:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1096:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,315:335:99:.:.:10377,360,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:574,0:574:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1379:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,446:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1282:. Pf3D7_01_v3 114473 . T G 1.83949e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=28.45;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K443Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aaa/Caa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EBA181;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102500.1;SOR=0.693;VQSLOD=10.21;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=28.57;GQ_MEAN=198.26;GQ_STDDEV=211.22;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7579;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.096;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15765220;AF=0.694;AS_InbreedingCoeff=0.5964;MLEAC=3659;MLEAF=0.697;AN=858;AC=503 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,55:55:99:.:.:1572,165,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1990,212,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1737,188,0:. 1|1:1,57:58:99:.:.:1555,163,0:. 1|0:36,6:42:44:.:.:44,0,986:. 0|0:63,0:63:22:.:.:0,22,1644:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1226,131,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1488,161,0:. 0|1:11,29:40:99:.:.:721,0,212:. 1|1:1,33:34:79:.:.:923,79,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1795,194,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1191,131,0:. 0|0:31,0:31:52:.:.:0,52,863:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:1,24:25:64:.:.:637,64,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:298,30,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:722,78,0:. 0|0:19,0:19:27:.:.:0,27,546:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1328:. 1|0:56,10:66:63:.:.:63,0,1513:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,74:74:99:.:.:1989,221,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3081,348,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:434,48,0:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1555,180,0:. 1|1:1,52:53:99:.:.:1378,148,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,15:94:99:.:.:126,0,2156:. 1|0:20,36:56:99:.:.:829,0,422:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1388:. 1|0:65,64:129:99:.:.:1406,0,1565:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2155,239,0:. 0|1:37,23:60:99:.:.:407,0,889:. 1|0:42,12:54:99:.:.:155,0,1120:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1314,146,0:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3126,342,0:. 1|0:79,26:105:99:.:.:380,0,2028:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2243,240,0:. 0|1:125,147:272:99:.:.:3215,0,2954:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2328,261,0:. 1|0:32,62:94:99:.:.:1417,0,647:. 1|1:0,22:22:66:.:.:616,66,0:. 1|0:99,18:117:99:.:.:137,0,2575:. 1|0:18,64:82:99:.:.:1463,0,237:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:7,17:24:99:.:.:392,0,144:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:201,34:235:99:.:.:194,0,5303:. 1|1:8,131:139:99:.:.:3300,175,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1242:. 0|1:71,24:95:99:.:.:378,0,1855:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1368,150,0:. 0|0:70,0:70:26:.:.:0,26,1671:. 1|1:0,73:73:99:.:.:1984,218,0:. 0|1:86,53:139:99:.:.:1042,0,2124:. 1|1:0,142:142:99:.:.:3805,425,0:. 0|1:109,44:153:99:.:.:738,0,2892:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,994:. 1|0:31,52:83:99:.:.:1190,0,653:. 1|0:23,103:126:99:.:.:2393,0,306:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2622,281,0:. 1|1:1,46:47:99:.:.:1226,131,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1454:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1293:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:85,22:107:99:.:.:246,0,2282:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3256,356,0:. 1|1:1,66:67:99:.:.:1720,169,0:. 1|0:86,111:197:99:.:.:2335,0,1927:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2338,256,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1378,158,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1280:. 1|0:54,18:72:99:.:.:248,0,1411:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1405,153,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1236,141,0:. 0|1:23,93:116:99:.:.:2178,0,320:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1612,189,0:. 1|1:0,183:183:99:.:.:4936,548,0:. 1|1:1,174:175:99:.:.:4607,514,0:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1760,187,0:. 1|1:13,151:164:99:.:.:3516,132,0:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4173,455,0:. 1|1:8,124:132:99:.:.:3138,147,0:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3461,388,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,88:89:99:.:.:2312,233,0:. 1|0:47,52:99:99:.:.:1097,0,1090:. 1|0:17,37:54:99:.:.:828,0,357:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,263:263:99:.:.:7185,788,0:. 0|1:41,177:218:99:.:.:4066,0,522:. 1|1:0,192:192:99:.:.:5126,573,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:31,103:134:99:.:.:2360,0,541:. 1|0:88,70:158:99:.:.:1355,0,2058:. 1|1:5,231:236:99:.:.:6029,558,0:. 1|1:2,149:151:99:.:.:3924,402,0:. 1|1:0,220:220:99:.:.:5948,655,0:. 1|0:64,120:184:99:.:.:2746,0,1386:. 1|1:0,185:185:99:.:.:4914,552,0:. 1|1:3,164:167:99:.:.:4365,428,0:. 1|1:0,214:214:99:.:.:5811,642,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:6186,683,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4704,526,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5257,595,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:.:.:6902,759,0:. 1|0:56,75:131:99:.:.:1612,0,1294:. 1|0:67,145:214:99:.:.:3182,0,1313:. 0|1:71,49:120:99:.:.:985,0,1816:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4806,526,0:. 1|0:60,118:178:99:.:.:2721,0,1221:. 1|1:8,122:130:99:.:.:2854,145,0:. 1|1:15,150:165:47:.:.:3581,47,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:.:.:5355,601,0:. 1|0:102,113:215:99:.:.:2455,0,2379:. 1|1:11,158:169:99:.:.:3796,162,0:. 1|1:0,174:174:99:.:.:4570,521,0:. 1|0:48,111:159:99:.:.:2557,0,994:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:30,69:99:99:.:.:1451,0,591:. 0|1:95,90:185:99:.:.:1856,0,2269:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,174:182:99:.:.:4292,328,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,31:140:99:.:.:416,0,2849:. 1|0:23,178:201:82:.:.:4124,0,82:. 0|1:34,228:262:99:.:.:5208,0,203:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,257:257:99:.:.:6904,770,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:4700,543,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:5945,667,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:3,179:182:99:.:.:4792,466,0:. 1|0:88,113:201:99:.:.:2462,0,1951:. 1|1:2,233:235:99:.:.:6280,680,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3100,346,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,103,1575:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2066,228,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:5547,634,0:. 0|1:22,37:59:99:.:.:843,0,504:. 1|1:0,142:142:99:.:.:3885,426,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3375,379,0:. 1|0:47,21:68:99:.:.:337,0,1152:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5126,584,0:. 1|1:1,114:115:99:.:.:3034,311,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:34,74:108:99:.:.:1710,0,649:. 1|1:1,85:86:99:.:.:2303,225,0:. 1|0:49,95:144:99:.:.:2131,0,1011:. 1|0:42,51:93:99:.:.:1043,0,970:. 1|1:5,192:197:99:.:.:5204,468,0:. 0|1:71,91:162:99:.:.:1887,0,1658:. 1|0:127,38:165:99:.:.:530,0,3310:. 1|1:0,207:207:99:.:.:5704,621,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:437,48,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2748,303,0:. 0|1:72,82:154:99:.:.:1835,0,1691:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2753,303,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,94:95:99:.:.:2491,252,0:. 1|1:1,139:140:99:.:.:3666,408,0:. 1|0:56,102:158:99:.:.:2222,0,1226:. 1|1:2,94:96:99:.:.:2474,227,0:. 1|1:4,144:148:99:.:.:3819,320,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3221,348,0:. 1|1:2,82:84:99:.:.:2173,188,0:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2153,211,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2740,302,0:. 1|0:25,116:141:99:.:.:2743,0,295:. 0|1:132,51:183:99:.:.:824,0,3328:. 1|0:81,29:110:99:.:.:466,0,2086:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2898,315,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2308,257,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3384,375,0:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3588,393,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3099,342,0:. 1|0:72,17:89:99:.:.:204,0,1923:. 1|1:1,239:240:99:.:.:6404,689,0:. 1|1:7,87:94:60:.:.:2186,60,0:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1822,176,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2106,228,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:187,47:234:99:.:.:500,0,4731:. 0|1:23,74:97:99:.:.:1624,0,369:. 0|0:157,0:157:92:.:.:0,92,3915:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2879,321,0:. 1|0:49,93:142:99:.:.:2017,0,1053:. 1|0:21,72:93:99:.:.:1634,0,310:. 1|1:1,78:79:99:.:.:1988,203,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1746:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1687,183,0:. 1|0:76,27:103:99:.:.:392,0,2002:. 0|1:38,70:108:99:.:.:1562,0,838:. 1|1:1,123:124:99:.:.:3335,361,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2061,230,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5141,566,0:. 0|1:21,135:156:99:.:.:3173,0,177:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3336,378,0:. 0|1:48,24:72:99:.:.:443,0,1259:. 0|1:170,34:204:99:.:.:294,0,4365:. 1|0:98,18:116:99:.:.:141,0,2590:. 1|0:50,30:80:99:.:.:530,0,1260:. 1|1:1,63:64:99:.:.:1668,181,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1443,165,0:. 0|1:87,26:113:99:.:.:380,0,2310:. 1|0:24,27:51:99:.:.:545,0,532:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2116,241,0:. 0|1:51,35:86:99:.:.:615,0,1274:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1450:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1902,214,0:. 1|0:50,56:106:99:.:.:1164,0,1180:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5267,591,0:. 1|1:3,101:104:99:.:.:2632,246,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3638,395,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1309,146,0:. 1|1:0,177:177:99:.:.:4679,528,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1240:. 1|0:17,120:137:98:.:.:2937,0,98:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3050,344,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1267:. 1|0:20,57:77:99:.:.:1284,0,395:. 1|0:16,140:156:12:.:.:3276,0,12:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2447,270,0:. 0|1:1,6:7:10:.:.:143,0,10:. 1|0:134,42:176:99:.:.:635,0,3447:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3413,374,0:. 0|1:70,92:162:99:.:.:1944,0,1575:. 0|1:10,88:98:9:.:.:2054,0,9:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4264,462,0:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3269,360,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:5760,635,0:. 1|0:28,18:46:99:.:.:361,0,679:. 1|1:0,24:24:72:.:.:677,72,0:. 1|1:5,87:92:99:.:.:2189,119,0:. 0|1:197,111:308:99:.:.:2148,0,4975:. 1|0:79,36:115:99:.:.:616,0,2005:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:75:.:.:679,75,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1089:. 1|1:13,136:149:48:.:.:3242,48,0:. 1|1:4,80:84:99:.:.:2085,127,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:1957,218,0:. 0|1:56,36:92:99:.:.:719,0,1383:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3048,327,0:. 0|1:9,10:19:99:.:.:211,0,207:. 1|0:35,22:57:99:.:.:437,0,861:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1401,156,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:6,11:17:99:.:.:253,0,126:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1392:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8512,748,0:. 0|0:226,0:226:5:.:.:0,5,6695:. 1|1:0,238:238:99:.:.:8027,716,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5901,525,0:. 1|0:30,207:237:99:.:.:6255,0,329:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8416,748,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,234:234:99:.:.:7932,703,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1477:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7702,684,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5924,534,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4731,429,0:. 1|0:151,40:191:99:.:.:721,0,4852:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,140:189:99:.:.:4193,0,1150:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3760,334,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4767,432,0:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7194,646,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1736,159,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3660,330,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,265:265:99:.:.:8988,797,0:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8814,784,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3934,349,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,236:237:99:.:.:7794,702,0:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1431:. 1|1:1,744:745:99:.:.:24960,2200,0:. 1|0:55,52:107:99:.:.:1452,0,1670:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1336,120,0:. 1|1:3,136:139:99:.:.:3830,334,0:. 0|0:126,0:126:80:.:.:0,80,3691:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5486,507,0:. 1|1:0,243:243:99:.:.:7855,729,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:70,88:158:99:.:.:2371,0,1962:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,272:272:99:.:.:8801,816,0:. 1|1:2,657:659:99:.:.:19770,1894,0:. 1|0:127,120:247:99:.:.:3151,0,3563:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2403,228,0:. 1|1:1,636:637:99:.:.:18972,1862,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,199:200:99:.:.:6398,566,0:. 1|1:5,268:273:99:.:.:8343,660,0:. 1|0:226,35:261:99:.:.:372,0,7119:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7163,678,0:. 0|1:46,228:274:99:.:.:6659,0,762:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,431:435:99:.:.:12737,1155,0:. 0|1:104,22:126:99:.:.:319,0,3136:. 1|0:157,309:466:99:.:.:8036,0,3632:. 0|0:46,0:46:3:.:.:0,3,1338:. 1|1:13,250:263:99:.:.:7462,348,0:. 0|1:107,176:283:99:.:.:4850,0,2847:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6547,599,0:. 0|1:262,28:290:83:.:.:83,0,8062:. 1|0:98,173:271:99:.:.:4881,0,2539:. 1|0:185,33:218:99:.:.:283,0,5023:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,223:224:99:.:.:7162,644,0:. 1|1:1,271:272:99:.:.:8745,778,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:199,45:244:99:.:.:706,0,5972:. 0|1:84,12:96:97:.:.:97,0,2402:. 1|1:22,269:291:99:.:.:7922,148,0:. 1|1:1,590:591:99:.:.:17863,1726,0:. 1|0:73,116:189:99:.:.:3173,0,1891:. 1|1:5,581:586:99:.:.:17293,1598,0:. 1|1:1,240:241:99:.:.:7692,712,0:. 1|1:8,305:313:99:.:.:8865,710,0:. 0|1:202,58:260:99:.:.:1104,0,6187:. 1|1:9,235:244:99:.:.:7080,426,0:. 1|1:2,226:228:99:.:.:6641,607,0:. 0|1:158,94:252:99:.:.:2154,0,4517:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6527,606,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1266:. 1|1:4,294:298:99:.:.:9066,750,0:. 1|1:0,610:610:99:.:.:18157,1810,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,70:137:99:.:.:1769,0,1890:. 0|1:220,24:244:55:.:.:55,0,6802:. 1|1:10,208:218:99:.:.:6335,295,0:. 1|1:0,524:524:99:.:.:15572,1554,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:305,275:580:99:.:.:6337,0,7941:. 1|1:1,667:668:99:.:.:21892,1969,0:. 1|1:1,523:524:99:.:.:17191,1536,0:. 1|0:34,67:101:99:.:.:1901,0,881:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,396:397:99:.:.:11382,1138,0:. 0|1:88,160:248:99:.:.:4522,0,2162:. 1|1:1,667:668:99:.:.:19815,1951,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2509,237,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:169,76:245:99:.:.:1790,0,5104:. 0|1:67,105:172:99:.:.:2938,0,1893:. 1|1:6,192:198:99:.:.:6022,376,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2279,213,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:89,136:225:99:.:.:3696,0,2371:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2556,234,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4758,433,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:137,177:314:99:.:.:4898,0,3820:. 1|0:79,224:303:99:.:.:6461,0,1764:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1159,105,0:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7391,683,0:. 1|0:47,256:303:99:.:.:7331,0,745:. 1|1:5,148:153:99:.:.:4710,307,0:. 1|0:82,170:252:99:.:.:4663,0,2066:. 1|1:9,235:244:99:.:.:7392,412,0:. 0|1:90,150:240:99:.:.:4279,0,2503:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,251:251:99:.:.:8191,752,0:. 0|1:240,329:569:99:.:.:9139,0,6632:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,702:702:99:.:.:22606,2102,0:. 1|1:0,171:171:99:.:.:5665,514,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2016,186,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:704,66,0:. 1|1:0,382:382:99:.:.:12375,1143,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1282:. Pf3D7_01_v3 114559 . T A 1.0503e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=32.73;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N414I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAt/aTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EBA181;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102500.1;SOR=0.707;VQSLOD=9.55;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=9.52;GQ_MEAN=110.36;GQ_STDDEV=32.39;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9778;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.71;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13771412;AF=0.411;AS_InbreedingCoeff=0.9985;MLEAC=2164;MLEAF=0.412;AN=858;AC=62 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:51,0:51:60:.:.:0,60,1448:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1323:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1563:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1168:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1391,129,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1661,153,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1197:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,182:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,1037:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2544,249,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1274:. 0|1:103,13:116:16:.:.:16,0,2731:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,393:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1440:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1569:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1388:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,22:109:99:.:.:349,0,2332:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,15:63:99:.:.:265,0,1258:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,614:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1242:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,994:. 0|0:101,0:101:57:.:.:0,57,2638:. 0|1:116,16:132:99:.:.:109,0,3229:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1454:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1293:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1199:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1280:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1955,192,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1221:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,130:131:99:.:.:3968,369,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1451:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:.:.:5218,516,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:184,22:206:51:.:.:51,0,5028:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,103:108:99:.:.:2933,174,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:27,77:104:99:.:.:1932,0,499:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,31:141:99:.:.:544,0,2942:. 1|0:142,26:168:99:.:.:296,0,3812:. 1|0:232,34:266:99:.:.:198,0,6110:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:4978,504,0:. 1|1:0,234:234:99:.:.:7108,702,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:.:.:6469,628,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:66,70:136:99:.:.:1738,0,1626:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,62:193:99:.:.:1275,0,3446:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,8:64:52:.:.:52,0,1489:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1441:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1746:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,53:91:99:.:.:1341,0,876:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:63:.:.:0,63,1572:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:21,38:59:99:.:.:983,0,451:. 0|1:115,33:148:99:.:.:570,0,3117:. 1|0:26,31:57:99:.:.:731,0,636:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1450:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1240:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1267:. 1|1:2,55:57:99:.:.:1585,108,0:. 1|0:108,71:179:99:.:.:1594,0,2838:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,9:53:99:.:.:118,0,1185:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1204,120,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,970:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1392:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,146:146:99:.:.:5242,439,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,124:208:99:.:.:3898,0,2386:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1431:. 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:7,120:127:99:.:.:3746,150,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5976,508,0:. 1|1:1,234:235:99:.:.:7958,695,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,642:646:99:.:.:21314,1807,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:556,0:556:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1441:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1266:. 0|1:60,238:298:99:.:.:7235,0,1201:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,59:100:99:.:.:1834,0,1134:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,366:370:99:.:.:11933,1002,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:179,58:237:99:.:.:1365,0,5586:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1020:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:220,114:334:99:.:.:2948,0,6836:. 1|0:108,215:323:99:.:.:6519,0,2818:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,262:312:99:.:.:8252,0,828:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,194:239:99:.:.:6209,0,862:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1369:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1282:. Pf3D7_01_v3 114724 . C T 4.38934e+06 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=33.3;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R359K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGg/aAg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EBA181;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102500.1;SOR=0.704;VQSLOD=7.51;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.69;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=116.09;GQ_STDDEV=34.05;HRun=1;InbreedingCoeff=0.791;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.125;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12591623;AF=0.155;AS_InbreedingCoeff=0.8315;MLEAC=815;MLEAF=0.155;AN=858;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:46,6:52:37:.:.:37,0,1200:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1323:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1563:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1168:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1470:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1281:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1318:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1197:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:53:.:.:0,53,602:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,929:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1323:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:26:.:.:0,26,330:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,157:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1440:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1530:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1388:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1541:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,827:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1242:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,994:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1454:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1293:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1199:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1280:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1221:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1451:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,43:155:99:.:.:836,0,2679:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:.:.:5533,576,0:. 1|1:1,212:213:99:.:.:6135,610,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:.:.:6331,627,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,186:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1441:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1746:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1450:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1240:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1267:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,203:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,12:59:99:.:.:184,0,1130:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,509:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1340,138,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1392:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,112:187:99:.:.:3510,0,2026:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1431:. 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1103:. 1|1:4,109:113:99:.:.:3629,233,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,598:600:99:.:.:20573,1755,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:556,0:556:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1441:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1266:. 0|1:60,207:267:99:.:.:6355,0,1129:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,63:108:99:.:.:1869,0,1150:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,416:417:99:.:.:13931,1212,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1369:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,507:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1282:. Pf3D7_01_v3 115032 . T A 729355 PASS FS=0.559;MQ=60;QD=20.55;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R256S;SNPEFF_CODON_CHANGE=agA/agT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EBA181;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102500.1;SOR=0.646;VQSLOD=4.77;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.997;GC=47.62;GQ_MEAN=122.52;GQ_STDDEV=53.12;HRun=0;InbreedingCoeff=0.848;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.11;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=11887835;AF=0.026;AS_InbreedingCoeff=-0.089;MLEAC=135;MLEAF=0.026;AN=858;AC=44 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:0,99,1047:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1323:. 0|0:54,0:54:99:0,107,1563:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1665:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1207:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1225:. 1|1:0,32:32:96:963,96,0:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:. 1|1:0,50:50:99:1488,149,0:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1281:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1274:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1270:. 0|0:29,0:29:63:0,63,945:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:25,0:25:54:0,54,810:. 0|0:26,0:26:72:0,72,808:. 0|0:35,0:35:96:0,96,1440:. 0|1:47,10:57:99:133,0,1295:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1405:. 0|0:133,0:133:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:68:0,68,963:. 0|0:78,0:78:99:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:0:0,0,192:. 0|0:8,0:8:24:0,24,239:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1440:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1197:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1357:. 0|0:253,0:253:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1388:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1541:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:0,114,1710:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1620:. 0|0:32,0:32:74:0,74,909:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:0,111,1665:. 0|0:21,0:21:51:0,51,765:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,114,1710:. 0|1:8,72:80:11:1806,0,11:. 0|0:90,0:90:99:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,117,1755:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,103,994:. 0|0:80,0:80:99:0,111,1665:. 0|1:110,19:129:99:154,0,2938:. 0|0:86,0:86:99:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1271:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1454:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1293:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1073:. 0|0:102,0:102:99:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1199:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1056:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1280:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1221:. 0|0:84,0:84:99:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 1|1:12,127:139:99:3195,107,0:. 0|0:95,0:95:99:0,114,1710:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1451:. 0|0:131,0:131:99:0,102,1530:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:0,108,1620:. 0|0:108,0:108:99:0,114,1710:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,108,1620:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,102,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,114,1710:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,111,1665:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,105,1575:. 0|0:151,0:151:99:0,102,1530:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,117,1755:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:0,105,1575:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,105,1575:. 0|1:149,34:183:99:451,0,3890:. 1|0:206,32:240:99:116,0,5121:. 0|0:165,0:165:99:0,108,1620:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:0,108,1620:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:0,103,1575:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 1|0:79,84:163:99:2035,0,1867:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:0,114,1710:. 0|0:108,0:108:99:0,111,1665:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,111,1665:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,108,1620:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,102,1530:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1710:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,117,1755:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 1|1:1,209:210:99:6309,620,0:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,105,1575:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1441:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,105,1575:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,117,1755:. 0|0:120,0:120:99:0,108,1620:. 0|0:95,0:95:99:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 1|1:0,75:75:99:2255,225,0:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1620:. 0|0:149,0:149:99:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1450:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:0,108,1620:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1130:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1240:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1267:. 1|0:61,16:77:99:230,0,1610:. 0|0:140,0:140:99:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,114,1710:. 0|0:106,0:106:99:0,102,1530:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:50:0,50,654:. 0|0:68,0:68:99:0,105,1575:. 0|0:274,0:274:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|1:5,21:26:76:545,0,76:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:0,111,1665:. 0|0:79,0:79:99:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,108,1620:. 1|0:16,5:21:65:65,0,416:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1169:. 0|0:94,0:94:99:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,110,1392:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1170:. 1|1:0,232:232:99:7967,695,0:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,102,1530:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1344:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,114,1710:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1477:. 0|0:95,0:95:99:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,114,1710:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|1:169,41:210:99:792,0,5318:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 1|0:18,121:139:99:3853,0,203:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 1|1:4,141:145:99:4759,317,0:. 0|0:125,0:125:99:0,114,1710:. 1|1:1,214:215:99:7336,633,0:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1431:. 0|0:391,0:391:99:0,120,1800:. 0|1:45,65:110:99:1860,0,1224:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1350:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,105,1575:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:0,104,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,99,1485:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,107,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1575:. 1|1:3,545:548:99:15529,1511,0:. 1|1:2,61:63:99:1960,116,0:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|1:66,194:260:99:5674,0,1463:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,106,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,99,1485:. 0|0:302,0:302:99:0,120,1800:. 1|0:35,17:52:99:425,0,1063:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,116,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 1|1:3,224:227:99:7647,584,0:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,102,1530:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,106,1800:. 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 1|1:13,208:223:99:6375,263,0:. 1|0:56,149:205:99:3714,0,1193:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,114,1710:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,972:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,99,1485:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,108,1620:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1665:. 0|0:116,0:116:99:0,107,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|1:114,72:186:99:1781,0,3362:. 0|0:144,0:144:99:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:0,105,1620:. 1|1:0,300:300:99:9939,898,0:. 1|1:0,260:260:99:8667,780,0:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:0,111,1665:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1373:. 0|0:24,0:24:60:0,60,854:. 0|0:137,0:137:99:0,114,1710:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,111,1665:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,100,1620:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,111,1665:. 0|0:288,0:288:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1417:. 0|0:14,0:14:42:0,42,426:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1282:. Pf3D7_01_v3 116019 . A T 148169 PASS FS=0;MQ=60.34;QD=19.36;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.675;VQSLOD=5.19;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0075;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=125.97;GQ_STDDEV=61.35;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6485;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.68;culprit=FS;set=snp;DP=6114735;AF=0.016;AS_InbreedingCoeff=0.6485;MLEAC=82;MLEAF=0.016;AN=850;AC=27 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,59:60:99:.:.:1829,147,0:. 0|0:52,3:55:71:.:.:0,71,1557:. 0|0:64,3:67:99:.:.:0,103,1936:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1602:. 0|1:26,13:39:99:.:.:294,0,723:. 0|0:38,0:38:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1657:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,16:16:48:.:.:511,48,0:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1214:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1281,123,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1794:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,938:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1372:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1680:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1179:. 1|0:78,173:251:99:.:.:4511,0,1633:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1458:. 0|1:127,16:143:72:.:.:72,0,3501:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1472:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1597:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1603:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1484:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1322:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1275:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1475:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1224:. 0|1:38,6:44:44:.:.:44,0,1021:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,7:41:95:.:.:95,0,925:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1085:. 0|1:9,62:71:62:.:.:1695,0,62:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,977:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1170:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:77:.:.:0,77,848:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1072:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1001:. 0|1:29,25:54:99:.:.:625,0,732:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1512:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1125:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1200:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,37:45:99:.:.:1001,0,108:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,8:48:91:.:.:91,0,997:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1115:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1669:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1376:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1676:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1351:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1422:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1392:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,158:185:99:.:.:4174,0,282:. 1|0:116,30:146:99:.:.:444,0,3087:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,15:138:36:.:.:36,0,3440:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1313:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:60,47:107:99:.:.:1087,0,1582:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1501:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1359:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1649:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1480:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1244:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,941:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,11:60:99:.:.:154,0,1338:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1453:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,838:. 1|0:87,13:100:99:.:.:101,0,2420:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1199:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1335:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1272:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1768:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,54:112:99:.:.:1237,0,1437:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1323:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1346:. 0|1:35,59:94:99:.:.:1435,0,824:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1704:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1365:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1477:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1650:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1408:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2284,196,0:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1563:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1447:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1548:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1525:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1328:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1343:. 1|1:2,55:57:99:.:.:1811,99,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1682:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:19,0:19:.:.:.:.:57 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1373:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:105 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:105 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:118 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:99 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1459:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:90 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:111 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:36 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:27 0|0:154,0:154:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:81 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:103 0|0:131,0:131:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:181,0:181:.:.:.:.:103 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:3 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:99 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:29,0:29:.:.:.:.:80 0|0:61,0:61:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:90 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:86 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:72 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:51 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1436:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,895:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,736:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1430:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1529:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1447:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:18,0:18:18:.:.:0,18,270:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,65:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1402:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1227:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1468:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1422:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1455:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,164:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. Pf3D7_01_v3 116314 . A G 363522 PASS FS=0.609;MQ=59.92;QD=22.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.633;VQSLOD=4.11;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=111.36;GQ_STDDEV=54.74;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0009;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.15;culprit=MQ;set=snp;DP=6791200;AF=0.016;AS_InbreedingCoeff=0.0009;MLEAC=79;MLEAF=0.015;AN=854;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1321:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1796:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1618:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1327:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1281:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:56,9:65:53:.:.:53,0,1621:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,971:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1182:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1412:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1281:. 1|0:107,27:134:99:.:.:359,0,2981:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1472:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,957:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1500:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1663:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,43:108:99:.:.:856,0,1635:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1291:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1219:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1502:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1655:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1634:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1238:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1384:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1280:. 1|0:56,60:116:99:.:.:1291,0,1341:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1421,164,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1154:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1109:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1146:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1402:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1338:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1369:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1799:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,88:153:99:.:.:1862,0,1494:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1345:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1704:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,15:101:99:.:.:107,0,2271:. 0|0:111,14:125:2:.:.:0,2,2879:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:42,46:88:99:.:.:997,0,1047:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,52:54:99:.:.:1376,100,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1745:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,423:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:83:.:.:0,83,3322:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1715:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1369:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1208:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1429:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1272:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1630:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1199:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1357:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:149,25:174:99:.:.:156,0,4081:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,232:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1326:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,720:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1168:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1396:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1216:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1534:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1343:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,173:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2431,213,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1496:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1760:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1587:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1660:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1328:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:22,0:22:.:.:.:.:60 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:120 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:111 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:107 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1617:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:100 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1459:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:112 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,794:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:75 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:33 0|0:138,0:138:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:110 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:117 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:.:.:.:.:119 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:81 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:102 1|1:10,186:196:99:.:.:5731,267,0:. 0|0:145,0:145:.:.:.:.:114 0|0:41,0:41:.:.:.:.:117 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:102 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:99 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,272:272:99:.:.:8947,817,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1402:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:81 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1601:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1321:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1306:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2493,231,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2641,240,0:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,620:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1355:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1480:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,782:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,209:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1337:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1454:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1454:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1323:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1402:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1349:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1438:. Pf3D7_01_v3 117064 . T C 1.44405e+06 PASS FS=0;MQ=60.77;QD=30.2;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.676;VQSLOD=5.31;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.981;GC=9.52;GQ_MEAN=170.41;GQ_STDDEV=145.45;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6504;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.17;culprit=FS;set=snp;DP=3589418;AF=0.227;AS_InbreedingCoeff=0.1572;MLEAC=1159;MLEAF=0.234;AN=824;AC=114 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1095:. 1|1:0,36:36:99:1|1:117048_G_A:1316,108,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1433:. 0|0:37,0:37:57:.:.:0,57,855:. 1|1:2,33:35:41:1|1:117048_G_A:1236,41,0:. 1|0:25,5:30:43:.:.:43,0,705:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1067:. 0|0:28,0:28:71:.:.:0,71,829:. 0|0:43,0:43:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1404:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:24,0:24:10:.:.:0,10,517:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:33,0:33:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1267:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1244:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,297:. 0|0:35,0:35:63:.:.:0,63,945:. 0|0:50,0:50:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,186:. 0|0:6,0:6:2:.:.:0,2,124:. 0|0:36,0:36:51:.:.:0,51,765:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:16,14:30:99:.:.:262,0,364:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1305:. 1|0:35,69:104:99:.:.:1381,0,728:. 0|0:28,0:28:64:.:.:0,64,771:. 0|0:70,6:76:58:.:.:0,58,1861:. 0|0:48,0:48:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:33:.:.:0,33,495:. 0|1:11,13:24:99:.:.:265,0,236:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,720:. 1|0:23,3:26:6:.:.:6,0,567:. 0|0:53,0:53:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:57:.:.:0,57,855:. 0|1:35,32:67:99:.:.:645,0,769:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:63:.:.:0,63,945:. 0|0:33,0:33:54:.:.:0,54,810:. 0|0:41,0:41:36:.:.:0,36,540:. 1|0:14,13:27:99:.:.:231,0,329:. 0|0:55,0:55:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,270:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:27,2:29:30:.:.:0,30,678:. 0|0:35,0:35:60:.:.:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1265:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,441:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:42:1|1:117048_G_A:556,42,0:. 0|0:55,0:55:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:42,0:42:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:2,41:43:95:1|1:117048_G_A:1683,95,0:. 0|0:26,0:26:36:.:.:0,36,540:. 1|1:2,52:54:93:1|1:117048_G_A:1929,93,0:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,737:. 0|0:21,0:21:11:.:.:0,11,493:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1094:. 0|0:31,0:31:36:.:.:0,36,540:. 0|0:71,0:71:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,21:21:65:1|1:117048_G_A:816,65,0:. 0|0:45,3:48:64:.:.:0,64,1191:. 0|0:50,0:50:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:35,0:35:63:.:.:0,63,945:. 0|0:25,0:25:39:.:.:0,39,585:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,19:19:57:1|1:117048_G_A:652,57,0:. 0|0:34,0:34:39:.:.:0,39,585:. 0|0:29,2:31:36:.:.:0,36,778:. 0|0:34,0:34:57:.:.:0,57,855:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:4,19:23:98:.:.:396,0,98:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:29,19:48:99:.:.:305,0,658:. 0|0:25,0:25:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:54:.:.:0,54,810:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1343:. 1|1:2,33:35:53:.:.:742,53,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1321:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1272:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:30,0:30:63:.:.:0,63,945:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1141:. 0|0:43,0:43:48:.:.:0,48,720:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:51,35:86:99:.:.:569,0,1589:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,2:36:50:.:.:0,50,870:. 1|0:77,33:110:99:.:.:520,0,1913:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:36,27:63:99:.:.:491,0,878:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,932:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1515:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:117048_G_A:1846,151,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:44,0:44:63:.:.:0,63,945:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1488:. 0|0:45,1:46:99:.:.:0,115,1267:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,839:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1109:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1389:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1050:. 0|0:54,0:54:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:32,21:53:99:.:.:352,0,822:. 0|0:62,0:62:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,41:41:99:1|1:117048_G_A:1657,123,0:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:31,0:31:51:.:.:0,51,765:. 0|0:29,0:29:54:.:.:0,54,810:. 0|0:64,0:64:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:18,0:18:13:.:.:0,13,449:. 1|0:26,30:56:99:0|1:117048_G_A:1036,0,985:. 0|0:43,0:43:82:.:.:0,82,1139:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,840:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:60:.:.:0,60,900:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:22,21:43:99:.:.:378,0,519:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:19,58:77:99:.:.:1150,0,302:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,52:74:99:.:.:1149,0,461:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1204:. 0|0:44,0:44:66:.:.:0,66,1182:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:66,6:72:81:.:.:0,81,1761:. 0|0:68,0:68:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:21,39:60:99:.:.:763,0,495:. 1|0:75,19:94:99:.:.:227,0,1844:. 0|0:38,3:41:45:.:.:0,45,1412:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1471:. 0|0:40,0:40:57:.:.:0,57,855:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:65,0:65:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,99:99:99:1|1:117048_G_A:3736,301,0:. 0|0:51,0:51:75:.:.:0,75,1125:. 1|0:20,24:44:99:.:.:475,0,467:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:51:.:.:0,51,765:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,915:. 0|0:41,0:41:45:.:.:0,45,675:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:70,0:70:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,24:32:99:.:.:526,0,144:. 0|0:28,0:28:67:.:.:0,67,730:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1110:. 0|1:17,10:27:99:.:.:190,0,470:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1635:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1090:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:60:.:.:0,60,900:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1407:. 1|0:22,33:55:99:.:.:670,0,436:. 0|1:13,65:78:99:.:.:1392,0,148:. 1|0:6,25:31:66:.:.:519,0,66:. 0|0:32,0:32:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:54:.:.:0,54,810:. 1|0:22,4:26:33:.:.:33,0,582:. 1|0:32,6:38:38:.:.:38,0,866:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,810:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,945:. 0|1:13,4:17:38:.:.:38,0,344:. 0|0:45,0:45:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:45:.:.:0,45,675:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1306:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1708:. 0|0:21,0:21:33:.:.:0,33,495:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1500:. 0|0:36,0:36:36:.:.:0,36,540:. 0|0:35,0:35:51:.:.:0,51,765:. 0|0:34,0:34:60:.:.:0,60,900:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:54:.:.:0,54,810:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:39,6:45:4:.:.:0,4,1011:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,37:48:99:.:.:729,0,201:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,877:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:64:.:.:0,64,942:. 0|0:10,0:10:12:.:.:0,12,180:. 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,900:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:27:.:.:0,27,405:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,585:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1157:. 0|0:36,4:40:46:.:.:0,46,974:. 0|0:27,0:27:27:.:.:0,27,405:. 0|0:46,0:46:51:.:.:0,51,765:. 0|0:50,0:50:60:.:.:0,60,900:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,195:. 1|0:9,21:30:99:.:.:429,0,126:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,682:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:14,0:14:14:.:.:0,14,354:. 0|0:10,0:10:12:.:.:0,12,180:. 0|0:12,0:12:12:.:.:0,12,180:. 0|0:21,0:21:11:.:.:0,11,579:. 0|0:1,2:3:67:0|1:117048_G_A:78,0,67:. 1|1:0,22:22:66:1|1:117048_G_A:875,66,0:. 0|0:28,0:28:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,28:28:84:1|1:117048_G_A:1071,84,0:. 0|0:14,0:14:18:.:.:0,18,270:. 0|0:23,0:23:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,20:20:60:1|1:117048_G_A:776,60,0:. 0|1:4,5:9:94:.:.:94,0,95:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,104:. 0|0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,585:. 0|0:17,0:17:30:.:.:0,30,450:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,14:14:42:1|1:117048_G_A:607,42,0:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,695:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,450:. 0|0:32,0:32:45:.:.:0,45,675:. 0|0:15,0:15:24:.:.:0,24,360:. 0|0:25,0:25:30:.:.:0,30,450:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,450:. 0|0:24,0:24:38:.:.:0,38,654:. 0|0:8,0:8:9:.:.:0,9,135:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:25,0:25:18:.:.:0,18,270:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,9:9:27:1|1:117048_G_A:369,27,0:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,9:9:27:1|1:117048_G_A:372,27,0:. 1|1:0,24:24:72:1|1:117048_G_A:1010,72,0:. 0|0:21,0:21:15:.:.:0,15,225:. 0|0:12,0:12:9:.:.:0,9,135:. 1|1:0,13:13:38:1|1:117048_G_A:483,38,0:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,29:29:87:1|1:117048_G_A:1085,87,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1151:. 1|1:0,68:68:99:1|1:117048_G_A:2656,209,0:. 0|0:78,0:78:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:2,0:2:0:.:.:0,0,6:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,21:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,53:. 0|0:29,0:29:67:.:.:0,67,776:. 0|0:64,0:64:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:33:.:.:0,33,495:. 0|0:28,0:28:51:.:.:0,51,765:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:12,0:12:14:.:.:0,14,369:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:21:.:.:0,21,315:. 0|0:67,0:67:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:18,0:18:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,6:6:18:1|1:117027_A_AT:255,18,0:. 0|0:22,0:22:39:.:.:0,39,585:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,4:74:99:.:.:0,115,1883:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:48,10:58:99:.:.:128,0,1181:. 0|0:61,0:61:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:14,69:83:99:0|1:117048_G_A:2551,0,253:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:63:.:.:0,63,945:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,346:. 1|0:32,6:38:99:0|1:117048_G_A:182,0,1221:. 0|0:10,0:10:13:.:.:0,13,245:. 0|0:12,0:12:21:.:.:0,21,315:. 0|0:64,0:64:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,2:35:55:.:.:0,55,960:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1215:. 1|1:0,63:63:99:1|1:117048_G_A:2601,192,0:. 1|1:0,56:56:99:1|1:117048_G_A:2358,177,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,26:37:99:.:.:634,0,218:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,117:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1371:. 0|0:65,0:65:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:67,0:67:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,11:. 1|0:55,17:72:99:.:.:228,0,1491:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,92:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:39,0:39:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,540:. 0|1:52,9:61:71:.:.:71,0,1464:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,5:51:20:.:.:0,20,1346:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,47:. 1|0:37,19:56:99:.:.:389,0,909:. 0|0:38,0:38:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:45:.:.:0,45,675:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,20:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:15:.:.:0,15,225:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:8,0:8:6:.:.:0,6,210:. 0|0:39,0:39:54:.:.:0,54,810:. 0|0:70,0:70:78:.:.:0,78,1747:. 0|0:45,0:45:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,168:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,777:. 1|0:5,3:8:6:.:.:6,0,132:. 1|1:4,95:99:99:.:.:2615,174,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:117048_G_A:2028,159,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 1|0:9,26:35:99:.:.:569,0,195:. 0|0:9,0:9:10:.:.:0,10,258:. 0|0:38,0:38:42:.:.:0,42,630:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:17,0:17:27:.:.:0,27,500:. 0|0:22,0:22:64:.:.:0,64,689:. 0|0:23,0:23:36:.:.:0,36,540:. 0|0:15,0:15:21:.:.:0,21,315:. 0|0:31,0:31:54:.:.:0,54,810:. 0|0:19,0:19:33:.:.:0,33,495:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,774:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,126:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|1:10,9:19:99:0|1:117048_G_A:249,0,396:. 0|0:18,0:18:21:.:.:0,21,315:. 0|0:33,0:33:30:.:.:0,30,450:. 0|0:23,0:23:27:.:.:0,27,405:. 0|0:40,0:40:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,9:9:30:1|1:117048_G_A:405,30,0:. 0|0:15,0:15:30:.:.:0,30,450:. 0|0:18,0:18:24:.:.:0,24,360:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:27,0:27:39:.:.:0,39,585:. 0|1:10,10:20:99:0|1:117048_G_A:349,0,390:. 0|1:8,20:28:99:0|1:117048_G_A:713,0,312:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|1:3,23:26:75:0|1:117048_G_A:875,0,75:. 0|0:23,0:23:33:.:.:0,33,495:. 1|0:8,19:27:99:0|1:117048_G_A:673,0,290:. 1|1:0,19:19:60:1|1:117048_G_A:828,60,0:. 0|1:2,9:11:39:0|1:117048_G_A:313,0,39:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:22,0:22:33:.:.:0,33,495:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|1:40,57:97:99:.:.:1269,0,1002:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1399:. 1|1:0,135:135:99:1|1:117048_G_A:5499,423,0:. 1|0:23,7:30:99:.:.:122,0,622:. 1|1:0,33:33:99:1|1:117048_G_A:1211,99,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:117048_G_A:390,30,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,56:56:99:1|1:117048_G_A:2278,177,0:. 1|1:0,29:29:90:1|1:117048_G_A:1183,90,0:. Pf3D7_01_v3 117927 . G A 1.30328e+06 PASS FS=0;MQ=61.02;QD=23.04;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.714;VQSLOD=4.73;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.4;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=28.57;GQ_MEAN=243.31;GQ_STDDEV=285.53;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5782;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.287;culprit=FS;set=snp;DP=3694616;AF=0.169;AS_InbreedingCoeff=0.5852;MLEAC=831;MLEAF=0.166;AN=812;AC=144 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,639:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1759,168,0:. 0|0:55,0:55:14:.:.:0,14,1248:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:49,0:49:55:.:.:0,55,1181:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1766,171,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,249:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 1|1:1,9:10:1:.:.:254,1,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,174:. 1|1:0,27:27:81:.:.:826,81,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1397:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1728:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2401,246,0:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,753:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1052:. 1|1:0,9:9:27:.:.:269,27,0:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,71:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1081:. 0|1:18,55:73:99:.:.:1487,0,291:. 0|0:30,0:30:64:.:.:0,64,764:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:91:.:.:0,91,1017:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1333:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:59:.:.:0,59,957:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:43,1:44:99:.:.:0,102,1788:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1615:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,666:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,938:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1269:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,359:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,14:105:99:.:.:108,0,2211:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1358:. 0|1:30,4:34:14:0|1:117927_G_A:14,0,1173:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1084:. 0|1:42,6:48:33:.:.:33,0,1595:. 0|1:30,11:41:99:.:.:194,0,702:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 1|0:22,50:72:99:.:.:1304,0,365:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1430:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|0:37,6:43:51:.:.:51,0,880:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:2,31:33:44:.:.:862,44,0:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,880:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1583:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:1,76:77:99:.:.:2277,221,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:30,14:44:99:.:.:289,0,717:. 0|1:10,27:37:99:.:.:681,0,143:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|1:14,7:21:99:.:.:151,0,317:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1034:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,524:. 0|0:35,0:35:77:.:.:0,77,877:. 0|0:38,3:41:40:0|1:117927_G_A:0,40,1631:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1144:. 1|1:1,21:22:38:.:.:584,38,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1466:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1257:. 0|1:45,7:52:51:0|1:117927_G_A:51,0,1117:. 0|1:15,4:19:60:.:.:60,0,354:. 1|1:4,43:47:37:.:.:1135,37,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:89:.:.:0,89,1312:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1483:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,46:85:99:.:.:1017,0,742:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1035:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:60:.:.:0,60,1111:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:29,60:89:99:.:.:1466,0,517:. 1|1:1,123:124:99:.:.:3583,343,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1588:. 1|0:13,54:67:99:0|1:117927_G_A:1297,0,366:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1355:. 0|1:13,46:59:99:0|1:117927_G_A:1173,0,158:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:26,34:60:99:.:.:799,0,520:. 1|1:10,102:112:66:.:.:2729,66,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1409:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1176:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1114:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1406:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1314:. 0|1:28,18:46:99:0|1:117927_G_A:337,0,614:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:66,22:88:99:.:.:346,0,1512:. 0|1:71,13:84:99:.:.:114,0,1640:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,952:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1090:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:6,56:62:48:.:.:1497,48,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:62:.:.:0,62,1100:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1568:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1548:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1238:. 1|0:11,47:58:99:.:.:1201,0,126:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1173:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1456,128,0:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,27:27:81:.:.:778,81,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,560:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1503,159,0:. 0|1:17,8:25:99:.:.:154,0,388:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1461:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1325:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:7,67:74:22:.:.:1744,22,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:45,2:47:98:.:.:0,98,1165:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1691:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,215:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1424:. 1|0:57,50:107:99:.:.:1207,0,1277:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1275:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,53:54:99:.:.:1517,133,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:55,9:64:68:0|1:117927_G_A:68,0,1330:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1225:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,647:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1402:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1380:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1583:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1229:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1232:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1281:. 1|0:26,14:40:99:.:.:298,0,576:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:18:.:.:0,18,1282:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1109:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1784:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,2:43:86:0|1:117927_G_A:0,86,1661:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1161:. 0|1:62,12:74:99:.:.:127,0,1415:. 0|1:10,29:39:99:.:.:700,0,147:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1086:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1228:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:129,21:150:99:.:.:190,0,5184:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1000:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,960:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1054,108,0:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,653:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:14,5:19:89:0|1:117927_G_A:89,0,369:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1132:. 0|0:29,0:29:27:.:.:0,27,630:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2684,276,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1138:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1115:. 1|1:0,30:30:90:.:.:902,90,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,24:24:72:.:.:694,72,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1337:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1060:. 1|0:91,12:103:54:.:.:54,0,2556:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1117:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,112:. 0|1:69,27:96:99:.:.:498,0,1598:. 0|1:42,38:80:99:.:.:929,0,866:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1575,165,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1295:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:20,13:33:99:.:.:300,0,446:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:51,4:55:46:.:.:0,46,1264:. 1|1:13,153:166:99:.:.:4204,136,0:. 0|1:27,45:72:99:.:.:1080,0,504:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,638:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:52,18:70:99:.:.:334,0,1255:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,997:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:6,3:9:55:.:.:55,0,165:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,699:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,133:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,350:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|1:19,10:29:99:.:.:208,0,520:. 0|0:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:850,78,0:. 1|0:7,9:16:99:.:.:231,0,172:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:1,16:17:18:.:.:533,18,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:372,33,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,663:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,616:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,33:33:99:.:.:966,99,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,169:. 1|1:1,20:21:29:.:.:647,29,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,17:17:51:.:.:524,51,0:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,502:. 0|1:10,8:18:99:.:.:190,0,263:. 0|0:16,0:16:14:.:.:0,14,439:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,184:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1425:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,205:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,511:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,15:15:45:.:.:493,45,0:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,649:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,177:. 1|1:0,19:19:57:.:.:606,57,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1225:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1162,105,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1710:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:181,15,0:. 1|1:0,3:3:9:.:.:108,9,0:. 1|1:1,29:30:56:.:.:920,56,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,161:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1371:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,4:4:12:.:.:146,12,0:. 0|1:47,65:112:99:.:.:1707,0,1732:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,569:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1572:. 1|1:0,18:18:54:.:.:576,54,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,149:. 1|1:0,21:21:63:.:.:648,63,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:9,69:78:99:.:.:1985,0,171:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:15,63:78:99:.:.:1785,0,243:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1497:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1731:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1474:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1520:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,21:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1290:. 0|1:3,2:5:57:.:.:57,0,85:. 1|0:2,13:15:25:.:.:376,0,25:. 1|1:6,70:76:58:.:.:2056,58,0:. 0|1:35,35:70:99:.:.:909,0,804:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1581:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2913,281,0:. 0|0:85,8:93:57:.:.:0,57,2343:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,128:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,21:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1826:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,131:. 0|0:50,3:53:77:.:.:0,77,1536:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1663:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,55:. 0|1:58,22:80:99:.:.:449,0,1518:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1311,126,0:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1142:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|1:18,60:78:99:.:.:1569,0,284:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,303:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:52,7:59:27:.:.:27,0,1439:. 1|1:0,3:3:9:.:.:105,9,0:. 0|0:50,0:50:15:.:.:0,15,1205:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,885:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,26:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,721:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,70:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1396:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,86:. 0|0:24,0:24:71:.:.:0,71,743:. 1|0:8,8:16:99:.:.:174,0,205:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,799:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,381:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2084,213,0:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,897:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,230:. 1|1:0,7:7:21:.:.:208,21,0:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,989:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:25,0:25:39:.:.:0,39,680:. 1|1:0,21:21:63:.:.:661,63,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1399:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,649:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,165:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1108:. 1|0:27,18:45:99:.:.:402,0,658:. 0|1:44,12:56:99:.:.:175,0,1130:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,152:. 0|0:46,0:46:1:.:.:0,1,1150:. 0|1:23,10:33:99:.:.:214,0,530:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,937:. 0|1:20,17:37:99:.:.:393,0,439:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,509:. 0|0:30,0:30:22:.:.:0,22,765:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,757:. 1|1:0,15:15:45:.:.:474,45,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:32:.:.:0,32,608:. 0|0:72,0:72:93:.:.:0,93,1878:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:11,40:51:99:.:.:1101,0,143:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1589:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,413:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,101:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1445:. 1|1:0,21:21:63:.:.:617,63,0:. Pf3D7_01_v3 118462 . A T 78429.8 PASS FS=0;MQ=60.55;QD=18.59;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.736;VQSLOD=4.45;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=28.57;GQ_MEAN=136.2;GQ_STDDEV=93.83;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8678;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.011;culprit=FS;set=snp;DP=4323277;AF=0.007083;AS_InbreedingCoeff=0.8678;MLEAC=35;MLEAF=0.0067;AN=850;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1261:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:30,0:30:61:.:.:0,61,876:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1354:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:22,8:30:99:.:.:166,0,624:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1474:. 0|0:39,0:39:83:.:.:0,83,1057:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:13:.:.:0,13,270:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,144:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1205:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1274:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,842:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:50:.:.:0,50,665:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1159:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1738:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,980:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,992:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1529:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1317:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,939:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:42,0:42:63:.:.:0,63,1145:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1297:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,557:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1402:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1338:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1229:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1460:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1226:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1446:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,839:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1544:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1325:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1201:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1430:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1278:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1070:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1070:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1157:. 0|1:57,11:68:99:.:.:111,0,1487:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,903:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1172:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1519:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1433:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1572:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,976:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1403:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1314:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1491:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1090:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1026:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1623:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1199:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1478:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1248:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1369:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1448:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1057:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,924:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1394:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,887:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1372:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1101:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1447:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1361:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1483:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,164:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1570:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1684:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1173:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1167:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1761:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1389:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,987:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1377:. 1|0:82,14:96:99:.:.:113,0,2204:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1584:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1290:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1288:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1345:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1014:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1450:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1505:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1388:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1234:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1383:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1071:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,106:129:99:.:.:2669,0,300:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2159,222,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1047:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1145:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1153:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,747:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1460:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1453:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:42,9:51:99:.:.:109,0,1071:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1251:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1462:. 0|1:60,8:68:44:.:.:44,0,1608:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1333:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1598:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1501:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,595:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,265:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,489:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,14:14:42:.:.:413,42,0:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,914:. 0|0:33,0:33:62:.:.:0,62,1017:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1383:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1274:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1520:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1388:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1405:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1540:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,102:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1090:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1495:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1219:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,659:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1376:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,465:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1196:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,471:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,771:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1561:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,307:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,139:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:27 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1424:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:90 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:101 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1157:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:63 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1318:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,105:141:99:.:.:3005,0,711:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:.:.:.:.:90 1|0:51,9:60:99:.:.:101,0,1532:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:102 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1326:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1234:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:24 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1700:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:18 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1379:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:70 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:106 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:106 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1600:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:39 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1426:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1356:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1470:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:72 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1326:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:99 0|0:29,0:29:.:.:.:.:81 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1443:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:48 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:68 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1494:. 0|0:22,0:22:.:.:.:.:63 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:23,0:23:.:.:.:.:66 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1169:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1454:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1327:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1224:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,235:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1308:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1422:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,245:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1203:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1300:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1115:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1338:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1455:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,211:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1256:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 119966 . A G 1.28148e+06 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=23.87;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I373T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aTt/aCt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=FIKK1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102600.1;SOR=0.69;VQSLOD=5.3;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.49;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=144.97;GQ_STDDEV=170.53;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7898;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.13;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8023613;AF=0.033;AS_InbreedingCoeff=-0.0705;MLEAC=172;MLEAF=0.033;AN=858;AC=72 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1629:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1189:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1249:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1378:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1357:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1669:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1341:. 0|1:29,19:48:99:.:.:375,0,794:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1646:. 0|1:52,20:72:99:0|1:119966_A_G:685,0,2705:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1243:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1012:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1389:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1413:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1086:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1035:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1167:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1304:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1266:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1031:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1200:. 1|0:46,10:56:99:0|1:119966_A_G:247,0,2457:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1574:. 0|1:117,34:151:99:0|1:119966_A_G:909,0,6112:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,22:109:99:0|1:119966_A_G:651,0,4184:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1764:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,748:. 1|1:3,83:86:99:1|1:119966_A_G:3461,106,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,977:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1285:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1262:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1048:. 0|1:74,15:89:99:0|1:119966_A_G:369,0,3810:. 0|1:108,25:133:99:0|1:119966_A_G:643,0,5741:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1655:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1075:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1201:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1508:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1222:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1056:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1186:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1066:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1213:. 0|1:87,30:117:99:0|1:119966_A_G:1035,0,4286:. 1|1:0,85:85:99:1|1:119966_A_G:3364,264,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1146:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1439:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1737:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:64,32:96:99:0|1:119966_A_G:1091,0,3194:. 0|1:85,16:101:99:.:.:126,0,2249:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1223:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1441:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1560:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:10,186:196:99:.:.:4844,274,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:143,53:196:99:0|1:119966_A_G:1551,0,7374:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:48:.:.:0,48,2505:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1451:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,235:235:99:.:.:6189,703,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:165,30:195:99:0|1:119966_A_G:701,0,8344:. 1|0:225,32:257:99:0|1:119966_A_G:463,0,11151:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1447:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1480:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:119966_A_G:3794,280,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1699:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1611:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1313:. 1|0:131,25:156:99:0|1:119966_A_G:588,0,5746:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,162:192:99:0|1:119966_A_G:6160,0,1154:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1674:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1318:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1590:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:74,67:141:99:.:.:1350,0,1883:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1356:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1515:. 0|1:36,67:103:99:0|1:119966_A_G:2447,0,1621:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:155,28:183:99:0|1:119966_A_G:637,0,7922:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1357:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1397:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1695:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1573:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1282:. 1|0:33,187:220:99:0|1:119966_A_G:7128,0,1124:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1708:. 0|1:22,108:130:99:0|1:119966_A_G:4121,0,691:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3251,356,0:. 0|0:141,0:141:12:.:.:0,12,3512:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1343:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1218:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:76:.:.:0,76,1927:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1709:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1235:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1546:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1205:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1424:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1309:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1406:. 1|0:102,21:123:99:0|1:119966_A_G:504,0,4750:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1119:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1116:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1201:. 0|1:112,54:166:99:0|1:119966_A_G:1795,0,5392:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1681:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,45:127:99:0|1:119966_A_G:1497,0,4141:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,18:99:99:0|1:119966_A_G:486,0,4349:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:37,20:57:99:0|1:119966_A_G:684,0,1941:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,692:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1141:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:159,0:159:66:.:.:0,66,3931:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1745:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:14,2:16:26:0|1:119966_A_G:26,0,734:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1168:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1393:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1551:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1494:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1556:. 1|1:0,46:46:99:1|1:119966_A_G:1928,138,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1608:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1470:. 1|1:0,228:228:99:.:.:8010,686,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1480:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1376:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1684:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1468:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1591:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,842:842:99:.:.:28810,2531,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1637:. 1|0:17,96:113:99:0|1:119966_A_G:3708,0,605:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1669:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,274:278:99:1|1:119966_A_G:11812,627,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:122,143:265:99:0|1:119966_A_G:5288,0,7194:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1645:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1791:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1497:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,230:231:99:1|1:119966_A_G:9822,636,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,225:254:99:0|1:119966_A_G:9005,0,1128:. 0|1:163,61:224:99:0|1:119966_A_G:1871,0,9959:. 1|0:138,70:208:99:0|1:119966_A_G:2342,0,8018:. 1|1:11,289:300:99:1|1:119966_A_G:11887,233,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1104:. 1|0:60,231:291:99:0|1:119966_A_G:9189,0,2871:. 0|1:77,19:96:99:0|1:119966_A_G:521,0,4584:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:103,71:174:99:0|1:119966_A_G:2550,0,5504:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,178:249:99:0|1:119966_A_G:6980,0,3641:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:156,72:228:99:0|1:119966_A_G:2331,0,8957:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1573:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:7,30:37:99:0|1:119966_A_G:1267,0,338:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1790:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1599:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1304:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1394:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1403:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1315:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1299:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1404:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1545:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1436:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1305:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,64:64:99:1|1:119966_A_G:2678,193,0:. 1|1:1,26:27:9:1|1:119966_A_G:989,9,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1506:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1462:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1401:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1441:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1592:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1267:. 0|1:79,137:216:99:.:.:3971,0,2120:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1206:. 0|1:226,299:525:99:.:.:8663,0,6519:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1475:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,661:661:99:.:.:22070,1987,0:. 1|0:129,51:180:99:.:.:1126,0,4102:. 1|1:0,287:287:99:.:.:9673,862,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1316:. Pf3D7_01_v3 119985 . T C 1.08484e+06 PASS FS=0;MQ=60.26;QD=24.7;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N367D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aat/Gat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=FIKK1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102600.1;SOR=0.689;VQSLOD=6.13;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.66;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=123.98;GQ_STDDEV=54.76;HRun=1;InbreedingCoeff=0.998;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=2.27;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7951965;AF=0.026;AS_InbreedingCoeff=-0.0705;MLEAC=133;MLEAF=0.025;AN=854;AC=51 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1629:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1189:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1249:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1378:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1357:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1669:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1341:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1646:. 0|1:49,25:74:99:0|1:119966_A_G:792,0,2640:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1243:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,88:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1013:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1389:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1413:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1086:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1035:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1167:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1304:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1266:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1031:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1200:. 1|0:53,12:65:99:0|1:119966_A_G:283,0,2577:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1574:. 0|1:114,29:143:99:0|1:119966_A_G:800,0,6035:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,22:101:99:0|1:119966_A_G:644,0,4045:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1764:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:4,101:105:99:1|1:119966_A_G:3838,120,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,977:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1285:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1262:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1048:. 0|1:72,14:86:99:0|1:119966_A_G:344,0,3815:. 0|1:109,29:138:99:0|1:119966_A_G:753,0,5733:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1655:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1075:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1201:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1508:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1222:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1056:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1186:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1066:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1213:. 0|1:83,32:115:99:0|1:119966_A_G:1041,0,4217:. 1|1:0,76:76:99:1|1:119966_A_G:3183,242,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1146:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1439:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1737:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:65,33:98:99:0|1:119966_A_G:1084,0,3271:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1223:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1441:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1560:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:140,51:191:99:0|1:119966_A_G:1483,0,7321:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,2257:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1451:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:165,34:199:99:0|1:119966_A_G:731,0,8459:. 1|0:208,25:233:99:0|1:119966_A_G:340,0,10777:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1447:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1480:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:119966_A_G:3805,282,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:97:.:.:0,97,1907:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1699:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1611:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1313:. 1|0:121,25:146:99:0|1:119966_A_G:605,0,5450:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,154:185:99:0|1:119966_A_G:5938,0,1203:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,284:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1674:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1318:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1590:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1356:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1515:. 0|1:31,60:91:99:0|1:119966_A_G:2264,0,1521:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:150,32:182:99:0|1:119966_A_G:778,0,7741:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1357:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1397:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1695:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1573:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1282:. 1|0:35,187:222:99:0|1:119966_A_G:7069,0,1113:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1708:. 0|1:17,116:133:99:0|1:119966_A_G:4345,0,532:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1400:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1343:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1218:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:67:.:.:0,67,1876:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1709:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1235:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1546:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1205:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1424:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1309:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1406:. 1|0:95,20:115:99:0|1:119966_A_G:477,0,4610:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1119:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1116:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1201:. 0|1:102,53:155:99:0|1:119966_A_G:1795,0,5187:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1681:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,48:129:99:0|1:119966_A_G:1608,0,4123:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,22:102:99:0|1:119966_A_G:591,0,4276:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:33,22:55:99:0|1:119966_A_G:768,0,1823:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1141:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:152,0:152:68:.:.:0,68,3716:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1745:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:15,3:18:49:0|1:119966_A_G:49,0,751:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1168:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1393:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1551:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1494:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1556:. 1|1:0,41:41:99:1|1:119966_A_G:1785,126,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1608:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1470:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1480:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1376:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1684:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1468:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1591:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1637:. 1|0:15,81:96:99:0|1:119966_A_G:3326,0,558:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1669:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,277:280:99:1|1:119966_A_G:11777,643,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:136,142:278:99:0|1:119966_A_G:5397,0,7632:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1645:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1791:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1497:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,217:218:99:1|1:119966_A_G:9559,609,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,229:261:99:0|1:119966_A_G:9070,0,1175:. 0|1:169,65:234:99:0|1:119966_A_G:1952,0,10141:. 1|0:149,70:219:99:0|1:119966_A_G:2416,0,8359:. 1|1:11,298:309:99:1|1:119966_A_G:11953,254,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1104:. 1|0:66,240:306:99:0|1:119966_A_G:9408,0,3028:. 0|1:77,23:100:99:0|1:119966_A_G:634,0,4568:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:98,68:166:99:0|1:119966_A_G:2454,0,5457:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,188:258:99:0|1:119966_A_G:7208,0,3612:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:155,69:224:99:0|1:119966_A_G:2278,0,8883:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1573:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:8,35:43:99:0|1:119966_A_G:1385,0,359:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1790:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1599:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1304:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1394:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1403:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1315:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1299:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1404:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1545:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1436:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1305:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,62:62:99:1|1:119966_A_G:2653,190,0:. 1|0:1,20:21:9:0|1:119966_A_G:817,0,9:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1506:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1462:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1401:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1441:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1592:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1267:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1475:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:608,0:608:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,810:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1316:. Pf3D7_01_v3 120106 . T A 1.78601e+06 PASS FS=0;MQ=60.07;QD=21.97;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V326;SNPEFF_CODON_CHANGE=gtA/gtT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=FIKK1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102600.1;SOR=0.696;VQSLOD=5.88;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0168;FractionInformativeReads=0.998;GC=28.57;GQ_MEAN=144.22;GQ_STDDEV=134.77;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5346;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.984;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8397306;AF=0.057;AS_InbreedingCoeff=0.5346;MLEAC=299;MLEAF=0.057;AN=858;AC=60 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1629:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1189:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1249:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1378:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1306:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1357:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1669:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1341:. 0|1:6,40:46:58:.:.:1142,0,58:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1887,180,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1315:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1243:. 1|0:17,8:25:99:.:.:161,0,471:. 1|1:1,20:21:29:.:.:570,29,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,23:23:69:.:.:742,69,0:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1113:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1413:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1086:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,994:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:29:.:.:0,29,399:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,182:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1229:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1254:. 1|0:69,61:130:99:.:.:1530,0,1720:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1248:. 1|0:202,103:305:99:.:.:2186,0,5252:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1304:. 0|1:91,33:124:99:.:.:599,0,2356:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1266:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1031:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1200:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1574:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:71:.:.:0,71,2004:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,33:88:99:.:.:727,0,1341:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1764:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,524:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,977:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1285:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:21,57:78:99:.:.:1473,0,407:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1262:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1048:. 1|0:73,11:84:84:.:.:84,0,1952:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1655:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1075:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1201:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1508:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1222:. 1|1:1,87:88:99:.:.:2628,235,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1432,141,0:. 0|1:133,69:202:99:.:.:1436,0,3396:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1186:. 0|1:35,51:86:99:.:.:1267,0,763:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1066:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1679:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1146:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1439:. 1|0:6,40:46:48:.:.:1111,0,48:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1737:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:34,57:91:99:.:.:1425,0,728:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1223:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1441:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:39,179:218:99:.:.:4693,0,528:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1560:. 1|0:21,74:95:99:.:.:2012,0,359:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:185,47:232:99:.:.:763,0,4731:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3837,387,0:. 1|0:168,19:187:5:.:.:5,0,4458:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,62:173:99:.:.:1282,0,2774:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1451:. 1|0:121,24:145:99:.:.:255,0,3151:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1447:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1480:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,231:232:99:.:.:6724,667,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1255:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:93:.:.:0,93,2112:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1611:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1313:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,36:184:99:.:.:541,0,4008:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,5:12:96:.:.:96,0,180:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1674:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1318:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1590:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:63,57:120:99:.:.:1382,0,1574:. 0|1:92,72:164:99:.:.:1683,0,2338:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1356:. 1|0:72,80:152:99:.:.:1917,0,1730:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1515:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1357:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1397:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:1,231:232:99:.:.:6984,666,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1695:. 0|1:73,36:109:99:.:.:787,0,1900:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:49:.:.:0,49,2695:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1573:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1282:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1708:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1400:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1343:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1218:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,34:106:99:.:.:749,0,1856:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1709:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1235:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,37:69:99:.:.:943,0,794:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1205:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1424:. 1|0:52,27:79:99:.:.:573,0,1362:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1309:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1406:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1119:. 1|1:1,185:186:99:.:.:5463,528,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1116:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1201:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1681:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,371:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1078:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,654:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1141:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,30:107:99:.:.:572,0,1935:. 1|1:1,218:219:99:.:.:6629,627,0:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,539:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1866,183,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1745:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,285:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1168:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1393:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1551:. 0|1:96,113:209:99:.:.:3392,0,2767:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1494:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1608:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1470:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1480:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1376:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1684:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1468:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1591:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:106 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:107 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:117 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:109 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1645:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:113 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1497:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:142,0:142:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:145,0:145:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:120 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:101 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:113 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:120 0|1:183,29:212:99:.:.:342,0,5620:. 0|0:148,0:148:.:.:.:.:120 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:101 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1573:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:102 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:120 0|0:51,0:51:.:.:.:.:115 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1599:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:104,0:104:.:.:.:.:120 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:107 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,515:516:99:.:.:18042,1512,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:168,0:168:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:120 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1304:. 0|1:81,77:158:99:.:.:2113,0,2255:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1394:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|1:69,132:201:99:.:.:4043,0,1787:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1315:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1299:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1404:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1545:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1436:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,285:301:99:.:.:9310,392,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1506:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1462:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1401:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1441:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1592:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1267:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,28:83:99:.:.:691,0,1636:. 1|0:207,159:366:99:.:.:4324,0,6014:. 0|0:608,0:608:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1316:. Pf3D7_01_v3 120731 . C A 689511 PASS FS=0;MQ=60.65;QD=20.99;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=W118L;SNPEFF_CODON_CHANGE=tGg/tTg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=FIKK1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102600.1;SOR=0.686;VQSLOD=5.7;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.74;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=121.98;GQ_STDDEV=68.3;HRun=4;InbreedingCoeff=0.5577;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.265;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7887131;AF=0.03;AS_InbreedingCoeff=0.5577;MLEAC=157;MLEAF=0.03;AN=858;AC=56 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1592:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1388:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1322:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1340:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1610:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1267:. 0|1:18,56:74:99:.:.:1568,0,290:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1402:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1047,102,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1190:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1053:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1388:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1086:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,782:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1470:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,389:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1344:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1247:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1329:. 0|1:83,42:125:99:0|1:120731_C_A:911,0,2208:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1266:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1110:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1379:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1021:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1574:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1133:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1146:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1079:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1764:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,977:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1285:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1262:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1771:. 0|1:69,66:135:99:.:.:1548,0,1458:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1655:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1109:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1009:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1508:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1222:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,990:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1186:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1180:. 0|1:53,16:69:99:.:.:247,0,1269:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1346:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1679:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1146:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1439:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1202:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1737:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1576:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1223:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1441:. 0|1:22,135:157:99:.:.:3596,0,114:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1560:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:.:.:6158,620,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,58:203:99:.:.:1158,0,3266:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4265,438,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:4998,510,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1451:. 0|1:102,36:138:99:.:.:626,0,2434:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:84:.:.:0,84,2086:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:85,78:163:99:0|1:120731_C_A:1844,0,2163:. 1|0:84,94:178:99:0|1:120731_C_A:2189,0,2170:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1447:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1480:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,57:182:99:.:.:1142,0,2914:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1524:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3414,334,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1255:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3399,343,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1313:. 1|0:91,44:135:99:.:.:933,0,2663:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,146:172:99:.:.:3731,0,351:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1674:. 0|1:72,68:140:99:.:.:1651,0,1593:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1318:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1590:. 0|1:57,34:91:99:.:.:761,0,1292:. 0|1:66,49:115:99:.:.:1120,0,1453:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3202,318,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:58:99:0|1:120731_CA_C:0,168,1759:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1357:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1397:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1695:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1812,180,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1573:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1282:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1708:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1400:. 1|0:103,18:121:99:.:.:158,0,2443:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:60,0:60:16:.:.:0,16,1313:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,86:94:54:0|1:120731_C_A:2292,0,54:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1709:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,98:106:99:.:.:2651,111,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1308:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1160:. 1|0:50,10:60:99:.:.:124,0,1168:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1309:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1406:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,87:90:99:.:.:2505,192,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,982:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1650,168,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2064,216,0:. 1|0:50,17:67:99:.:.:300,0,1179:. 0|1:73,118:191:99:0|1:120731_C_A:2954,0,1695:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1681:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3978,396,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1132:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1141:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,41:118:99:.:.:858,0,1736:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,979:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1260:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1745:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:17,7:24:99:.:.:113,0,401:. 0|1:35,23:58:99:.:.:502,0,765:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,954:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1393:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1551:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1494:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,790:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1608:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1470:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1480:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1376:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1684:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1468:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1591:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:106 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1692:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:107 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:117 1|0:236,24:260:32:1|0:120724_T_G:32,0,8651:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:109 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1645:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:113 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1497:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:142,0:142:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:145,0:145:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:120 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:101 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:113 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:148,0:148:.:.:.:.:120 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:101 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1573:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:120 0|0:51,0:51:.:.:.:.:115 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1599:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:104,0:104:.:.:.:.:120 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:107 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:168,0:168:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:.:.:.:.:105 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1304:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1703:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1394:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1315:. 1|1:0,177:177:99:.:.:6005,532,0:. 1|1:2,177:179:99:.:.:5320,475,0:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5983,532,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1404:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1545:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1436:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1506:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1462:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1401:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1592:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1267:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:608,0:608:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1316:. Pf3D7_01_v3 120746 . C T 334327 PASS FS=0;MQ=60.45;QD=22.07;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G113D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gGt/gAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=FIKK1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102600.1;SOR=0.697;VQSLOD=5.84;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=0.0356;NCC=0;BaseQRankSum=1.69;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0169;GQ_MEAN=300.43;GQ_STDDEV=711.87;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.815;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=7460117;AF=0.012;AS_InbreedingCoeff=0.77;MLEAC=64;MLEAF=0.012;AN=858;AC=38 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1503:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1388:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1322:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1267:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1658:. 1|0:35,5:40:43:.:.:43,0,866:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1402:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:1,31:32:66:.:.:967,66,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1190:. 1|0:31,44:75:99:.:.:1101,0,606:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1388:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1086:. 0|0:30,0:30:79:.:.:0,79,792:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1470:. 0|0:13,0:13:26:.:.:0,26,320:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1344:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,17:56:99:1|0:120736_T_A:363,0,1244:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1329:. 0|1:97,17:114:99:1|0:120731_C_A:170,0,2793:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1266:. 0|1:35,35:70:99:.:.:880,0,694:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1379:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1021:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1574:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2435,237,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1146:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,7:63:31:1|0:120736_T_A:31,0,1703:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1764:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,977:. 0|1:29,72:101:99:.:.:1829,0,495:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1212:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1262:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1771:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1655:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1109:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1009:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,990:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1698:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1186:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1180:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1063:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1346:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1679:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1146:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1202:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1737:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1576:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,995:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1441:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1560:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1682:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,20:132:99:.:.:214,0,2721:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1451:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,49:123:99:1|0:120736_T_A:1117,0,1923:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1669:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1447:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1480:. 0|1:103,25:128:99:.:.:327,0,2496:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,112,1756:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1524:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1267:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1255:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,137:138:99:.:.:4071,385,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1313:. 0|1:115,25:140:99:.:.:341,0,3673:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,285:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1674:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1318:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1590:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1653:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,999:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1708:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1397:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1695:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1061:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1573:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1282:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1708:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1400:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1624:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1181:. 0|1:43,13:56:99:1|0:120736_T_A:234,0,1633:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1709:. 0|1:23,35:58:99:.:.:899,0,405:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1211:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1164:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1434:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1160:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1143:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1309:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1406:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1332:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,982:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1300:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1526:. 0|0:163,17:180:19:1|0:120731_C_A:0,19,5612:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1681:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|1:107,55:162:99:.:.:1134,0,2875:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1132:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1141:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,14:16:6:.:.:395,0,6:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,979:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1260:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1745:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1085:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,954:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1393:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1551:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1494:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,818:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1608:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1470:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1480:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1376:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1684:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1468:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2889,240,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1591:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1444:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 1|1:2,94:96:99:.:.:3077,219,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1692:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1669:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,401:404:99:.:.:13517,1109,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1645:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1791:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1497:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1547:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,204:207:99:.:.:6854,544,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1104:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1313:. 1|0:39,162:201:99:.:.:5033,0,805:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:131,20:151:99:1|0:120736_T_A:194,0,4458:. 1|0:144,155:299:99:.:.:4442,0,3421:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:158,58:216:99:1|0:120736_T_A:1413,0,5269:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1573:. 1|0:94,37:131:99:.:.:907,0,2695:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:47,160:207:99:.:.:4879,0,950:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1790:. 1|0:103,20:123:99:.:.:317,0,2952:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1335:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1703:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1394:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1315:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1404:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1545:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1228:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3470,295,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1391:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,386:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1506:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1462:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1401:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1592:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1267:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1316:. Pf3D7_01_v3 122295 . A G 92119.4 PASS FS=0.596;MQ=60.82;QD=21.51;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.636;VQSLOD=3.55;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=0.0883;NCC=0;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.408;MQRankSum=0.471;ReadPosRankSum=0.629;culprit=MQ;set=snp;DP=3473141;AF=0.007855;MLEAC=36;MLEAF=0.00707;AN=842;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:32,0:32:40:.:.:0,40,875:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,19:19:56:.:.:473,56,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1255:. 1|1:0,44:44:99:1|1:122295_A_G:1178,130,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1081:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:86:.:.:0,86,1234:. 0|0:30,0:30:61:.:.:0,61,862:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,230:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1367:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,739:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1267:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,177:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1109:. 0|0:28,0:28:70:.:.:0,70,895:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,973:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1468:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1326:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1061:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1309:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1190:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1114:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1054:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1164:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|1:2,53:55:99:.:.:1370,101,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1704:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,786:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1388:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1231:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1340:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1279:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1231:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1092:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:61:.:.:0,61,709:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1545:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:36:.:.:0,36,774:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,798:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,964:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:37,0:37:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1144:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1288:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1155:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,675:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1053:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1389:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,999:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1139:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1445:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1546:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,967:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,929:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1614:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1551:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1196:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1217:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1038:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,906:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1093:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,935:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,931:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1076:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1679:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1160:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,107,1000:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1082:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1251:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1177:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,999:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,103,917:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,947:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1693:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1416:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,948:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1259:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1326:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:74,35:109:99:.:.:585,0,1878:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1135:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,83:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1132:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1163:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1589:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1156:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1409:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1133:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1492:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1256:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1078:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1562:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1458:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,113,1255:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1292:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1012:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1187:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1387:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1194:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1104:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1170:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1049:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1287:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1009:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1114:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1043:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,707:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:33,0:33:59:.:.:0,59,864:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1194:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1031:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1485:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1213:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1158:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,114:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1409:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1498:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1393:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,384:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1285:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1246:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1460:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1614:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1639:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,690:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,333:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1401:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1434:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1375:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1160:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1305:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,333:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1344:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1536:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1345:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,510:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1181:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,766:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1315:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,934:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,139:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,206:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1166:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1124:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:21 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1192:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:30 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1299:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:2 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1465:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1173:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1661:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1292:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:0 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:51 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1321:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1197:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1431:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1573:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1382:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1343:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1391:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1282:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1213:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:27 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:87 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1354:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1217:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:21 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1328:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1427:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1485:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:103 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:38,0:38:99:.:.:0,112,1226:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:21 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1022:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1311:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:21 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1026:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:27 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1249:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,941:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1138:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1156:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1165:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,232:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1137:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,171:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1287:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1430:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1282:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1146:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1299:. Pf3D7_01_v3 124293 . A G 86794.2 PASS FS=0.638;MQ=60.06;QD=19.83;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.76;VQSLOD=3.15;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=106.37;GQ_STDDEV=22.23;HRun=0;InbreedingCoeff=0.855;NCC=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.73;culprit=FS;set=snp;DP=2428896;AF=0.012;AS_InbreedingCoeff=0.855;MLEAC=58;MLEAF=0.012;AN=784;AC=10 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,409:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:27,0:27:68:.:.:0,68,818:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,117:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,129:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,237:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,145:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,59:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,267:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,32:32:96:.:.:901,96,0:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,690:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:73:.:.:0,73,798:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1336:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1315:. 0|1:74,14:88:99:.:.:122,0,1999:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1415:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1400:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,461:. 0|0:49,0:49:97:.:.:0,97,1333:. 1|0:19,15:34:99:.:.:281,0,473:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1163:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,397:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1537:. 0|0:35,0:35:86:.:.:0,86,975:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,839:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1169:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1573:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,513:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,918:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1374:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1531:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1208:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1326:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,654:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,333:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,739:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1175:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1448:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,558:. 0|1:18,58:76:99:.:.:1423,0,328:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1232:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1461:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,587:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1025:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1317:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1029:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1254:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1180:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1057:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1635:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1723:. 1|0:11,49:60:99:.:.:1124,0,126:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,984:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1212:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1154:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1031:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1404:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,866:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:31,0:31:62:.:.:0,62,783:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,992:. 0|0:42,0:42:63:.:.:0,63,1139:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,942:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,517:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:69:.:.:0,69,882:. 0|0:38,0:38:97:.:.:0,97,1014:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,287:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1425:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1141:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1260:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1037:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1255:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1353:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1002:. 0|1:31,62:93:99:.:.:1482,0,649:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1055:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:3:.:.:0,3,533:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1596:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1499:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1360:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,760:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1102:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,550:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,602:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1009:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1457:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1525:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,813:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|0:23,12:35:99:.:.:221,0,563:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1563:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1461:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,988:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,314:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,356:. 0|0:43,0:43:53:.:.:0,53,1086:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,673:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,536:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,7:41:72:.:.:72,0,908:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1505:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,954:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,224:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 1|0:50,99:149:99:.:.:2308,0,1021:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,160:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,381:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1032:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1226:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1308:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,165:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:4:.:.:0,4,509:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1049:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,341:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,349:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,226:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,454:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,292:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,175:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,323:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,443:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,406:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,175:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,118:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,636:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,827:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,312:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,430:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,234:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,388:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,101:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,70:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,282:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,253:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,169:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,387:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,355:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,296:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,317:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,654:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,482:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1229:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,98:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,859:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1158:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1091:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,569:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,676:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1061:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1057:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1230:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,104:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1214:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1053:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1160:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1284:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1154:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1146:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1069:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:32,0:32:58:.:.:0,58,942:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,652:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1037:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1270:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1114:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,860:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,942:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,497:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,367:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,791:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,481:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,582:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,348:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,559:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,648:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,474:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,326:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,372:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,538:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,409:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,753:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,908:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,284:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,200:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,154:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,49:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,803:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,136:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,655:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,536:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,525:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,403:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,579:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,704:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,400:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,372:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1121:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,931:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,838:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,431:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,902:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,424:. Pf3D7_01_v3 124868 . A G 944397 PASS FS=0.575;MQ=60.04;QD=20.46;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D72G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAt/gGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MaTrA;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102700.1;SOR=0.648;VQSLOD=3.82;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=124.83;GQ_STDDEV=106.57;HRun=1;InbreedingCoeff=0.633;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.555;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=5752090;AF=0.044;AS_InbreedingCoeff=0.633;MLEAC=228;MLEAF=0.043;AN=856;AC=49 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:0,102,1264:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1371:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1193:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1303:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1130:. 0|1:8,47:55:73:1150,0,73:. 0|0:31,0:31:90:0,90,906:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1016:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1111:. 0|0:50,0:50:30:0,30,1305:. 0|0:36,0:36:91:0,91,1099:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1280:. 0|0:39,0:39:90:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:60:0,60,756:. 0|0:21,0:21:60:0,60,588:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:5,0:5:15:0,15,154:. 0|0:29,0:29:29:0,29,808:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:. 0|0:54,0:54:99:0,103,1488:. 0|0:47,0:47:99:0,100,1250:. 0|0:37,0:37:99:0,103,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1160:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1107:. 0|0:20,0:20:60:0,60,587:. 0|0:3,0:3:9:0,9,86:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1228:. 1|1:1,39:40:87:1023,87,0:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1175:. 0|0:53,0:53:99:0,113,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1245:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1285:. 0|0:139,0:139:27:0,27,3446:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1167:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1100:. 1|0:30,35:65:99:713,0,736:. 0|0:37,0:37:99:0,99,970:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1205:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 1|0:102,80:182:99:1604,0,2616:. 0|0:55,0:55:99:0,100,1342:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1010:. 0|0:32,0:32:90:0,90,970:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:71:0,71,1551:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1416:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|1:11,78:89:79:1842,0,79:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1300:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1341:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1120:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1033:. 0|1:32,89:121:99:2083,0,649:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1097:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1487:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1458:. 0|0:55,0:55:99:0,100,1651:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1152:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1100:. 1|0:40,16:56:99:291,0,1018:. 0|0:37,0:37:99:0,108,994:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1116:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1001:. 1|0:101,70:171:99:1331,0,2529:. 1|0:24,78:102:99:1829,0,397:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1072:. 1|0:18,40:58:99:870,0,367:. 0|0:35,0:35:99:0,103,1090:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1177:. 0|0:41,0:41:99:0,116,1368:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1150:. 0|0:35,0:35:99:0,100,1074:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1071:. 0|0:43,0:43:99:0,107,1243:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1186:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,119,1546:. 0|1:25,74:99:99:1768,0,487:. 0|0:59,0:59:99:0,101,1665:. 0|0:43,0:43:99:0,109,1125:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,961:. 0|0:49,0:49:99:0,113,1230:. 1|0:20,132:152:99:3176,0,163:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1177:. 0|0:90,0:90:99:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1133:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1652:. 0|0:64,0:64:99:0,104,1701:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1311:. 1|1:1,187:188:99:5014,527,0:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1720:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,116,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,116,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1435:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1317:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,116,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1260:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1130:. 1|1:0,151:151:99:4072,452,0:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1224:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1038:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1219:. 0|1:85,43:128:99:802,0,2220:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1036:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1270:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1217:. 1|0:81,97:178:99:2048,0,1861:. 0|1:102,101:203:99:2092,0,2443:. 0|0:55,0:55:99:0,110,1463:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1120:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1172:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1570:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1316:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1092:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|1:45,9:54:95:95,0,1213:. 0|0:39,0:39:99:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1323:. 0|0:34,0:34:99:0,99,975:. 0|0:62,0:62:99:0,103,1666:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1468:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1299:. 0|0:49,0:49:99:0,103,1223:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1322:. 0|0:78,0:78:99:0,115,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,100,1576:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:37,0:37:99:0,104,1338:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:2259,248,0:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1037:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1264:. 0|0:74,0:74:99:0,104,1612:. 1|0:120,19:139:99:111,0,3235:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1357:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1608:. 0|0:55,0:55:99:0,113,1381:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1125:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 1|0:37,51:88:99:1135,0,878:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,115,1400:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1079:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1279:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,104,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1291:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:6252,692,0:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1199:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1665:. 0|0:50,0:50:99:0,113,1387:. 1|1:0,72:72:99:1960,216,0:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1561:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1599:. 0|0:112,0:112:48:0,48,2867:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 1|0:46,7:53:36:36,0,1258:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1094:. 1|0:53,17:70:99:241,0,1376:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1257:. 1|0:59,25:84:99:417,0,1524:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1224:. 1|1:1,150:151:99:4106,420,0:. 1|0:123,22:145:99:137,0,3325:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1036:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:72:0,72,2283:. 0|1:47,19:66:99:318,0,1238:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1076:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1072:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1126:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1093:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1011:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1106:. 0|0:37,0:37:99:0,103,1128:. 0|0:49,0:49:99:0,114,1245:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1800:. 1|1:0,46:46:99:1235,138,0:. 1|1:1,154:155:99:4137,433,0:. 0|0:35,0:35:99:0,99,956:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1243:. 0|0:41,0:41:99:0,117,1755:. 1|1:0,75:75:99:1966,224,0:. 0|0:38,0:38:99:0,106,1118:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1565:. 0|0:8,0:8:24:0,24,227:. 0|0:50,0:50:99:0,118,1475:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1248:. 0|0:33,0:33:99:0,99,984:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|1:81,27:108:99:410,0,2143:. 0|0:74,0:74:99:0,101,1800:. 0|1:42,13:55:99:202,0,1154:. 0|0:25,0:25:72:0,72,756:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1352:. 0|0:105,0:105:99:0,112,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:0,111,1067:. 0|0:82,0:82:0:0,0,2040:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1064:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1328:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1301:. 0|0:19,0:19:57:0,57,527:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1055:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1800:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1187:. 0|0:42,0:42:99:0,115,1521:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1256:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 1|0:64,90:154:99:2580,0,1867:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1130:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1513:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1186:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1460:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1349:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1448:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1227:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1197:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1451:. 1|0:76,13:89:99:178,0,2515:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1526:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1160:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1171:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1136:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1369:. 0|0:34,0:34:84:0,84,1260:. 0|0:47,0:47:.:.:120 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1440:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1442:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1500:. 0|0:36,0:36:.:.:99 0|0:46,0:46:99:0,106,1554:. 0|0:64,0:64:.:.:120 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:38,0:38:99:0,105,1456:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1755:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1339:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1524:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1209:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1481:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1110:. 0|0:35,0:35:.:.:105 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:38,0:38:99:0,99,1237:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1133:. 0|0:43,0:43:99:0,116,1465:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1137:. 0|0:64,0:64:99:0,113,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1565:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1472:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:116 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1515:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1119:. 0|0:47,0:47:.:.:104 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:37,0:37:99:0,108,1305:. 0|0:94,0:94:.:.:120 0|0:44,0:44:99:0,109,1442:. 0|0:60,0:60:.:.:120 0|0:43,0:43:99:0,107,1562:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1170:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:49,0:49:99:0,112,1611:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1238:. 0|0:29,0:29:.:.:87 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:.:.:99 1|1:22,230:252:23:6860,23,0:. 0|0:37,0:37:.:.:99 0|0:52,0:52:.:.:110 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,104,1199:. 0|0:72,0:72:99:0,107,1800:. 0|0:87,0:87:.:.:120 0|0:34,0:34:99:0,102,1209:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1164:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1345:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:39,0:39:99:0,102,1421:. 0|0:36,0:36:.:.:105 0|0:36,0:36:99:0,99,1318:. 0|1:66,56:122:99:1482,0,1846:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1183:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1576:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1372:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1275:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1487:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1116:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1211:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1251:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1183:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1135:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1163:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1460:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1272:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1413:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1372:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1163:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1408:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1150:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1278:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1374:. 0|0:23,0:23:57:0,57,855:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,103,1325:. 0|0:40,0:40:99:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1384:. 0|0:44,0:44:99:0,113,1573:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1203:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1210:. 0|0:46,0:46:99:0,103,1561:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1558:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1243:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1149:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1110:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1399:. 0|0:24,0:24:72:0,72,741:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1180:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1180:. Pf3D7_01_v3 125303 . C T 1.44314e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=30.4;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T217I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aCa/aTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MaTrA;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102700.1;SOR=0.683;VQSLOD=8.94;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.79;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.98;GC=23.81;GQ_MEAN=302.42;GQ_STDDEV=228.06;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7676;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.471;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11213797;AF=0.548;AS_InbreedingCoeff=0.325;MLEAC=2897;MLEAF=0.551;AN=858;AC=323 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:26,28:54:99:0|1:125303_C_T:1029,0,600:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1221:. 1|0:16,35:51:99:.:.:980,0,321:. 1|1:1,57:58:99:.:.:1811,164,0:. 1|0:39,7:46:90:.:.:90,0,994:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:37,0:37:77:.:.:0,77,1001:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1243,117,0:. 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:35,0:35:71:.:.:0,71,975:. 0|1:8,16:24:99:.:.:445,0,163:. 1|1:1,32:33:40:1|1:125303_C_T:1382,40,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,791:. 1|1:8,64:72:7:.:.:1797,7,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1661,159,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1620:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1737,171,0:. 1|1:0,30:30:90:.:.:950,90,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1107:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,433:. 1|1:0,12:12:39:1|1:125303_C_T:544,39,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1776,168,0:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:0,86:86:99:1|1:125303_C_T:3705,262,0:. 1|1:0,71:71:99:1|1:125303_C_T:2389,214,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1139:. 1|0:197,92:289:99:0|1:125303_C_T:3348,0,10346:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1285:. 0|1:78,21:99:99:.:.:410,0,1921:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1167:. 1|0:31,21:52:99:.:.:482,0,646:. 0|1:42,23:65:99:0|1:125303_C_T:567,0,902:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,970:. 1|0:6,83:89:41:0|1:125303_C_T:3458,0,41:. 0|1:79,37:116:99:.:.:774,0,1831:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:116,129:245:99:.:.:3201,0,2425:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1342:. 0|1:17,85:102:99:0|1:125303_C_T:2748,0,140:. 1|0:59,28:87:99:0|1:125303_C_T:667,0,1286:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,44:59:99:0|1:125303_C_T:1444,0,210:. 1|1:1,89:90:99:1|1:125303_C_T:3777,250,0:. 1|1:0,20:20:60:1|1:125303_C_T:675,60,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,7:55:52:.:.:52,0,1186:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3397,325,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1300:. 1|0:13,55:68:99:.:.:1454,0,164:. 0|1:24,59:83:99:.:.:1589,0,384:. 1|0:66,72:138:99:.:.:1736,0,1425:. 1|0:83,30:113:99:.:.:574,0,1915:. 0|1:43,73:116:99:.:.:1918,0,839:. 1|1:0,342:342:99:.:.:10634,1027,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,946:. 0|1:53,30:83:99:.:.:655,0,1240:. 0|1:60,57:117:99:0|1:125303_C_T:1847,0,1333:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1651:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1741,174,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1854,185,0:. 1|1:0,47:47:99:1|1:125303_C_T:2084,141,0:. 0|1:16,24:40:99:.:.:631,0,320:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,994:. 1|1:5,106:111:99:.:.:3153,194,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:125303_C_T:3307,244,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1750,171,0:. 0|1:133,44:177:99:0|1:125303_C_T:1280,0,6173:. 1|1:4,70:74:99:1|1:125303_C_T:2123,103,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1072:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1354:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1767,171,0:. 0|1:32,20:52:99:.:.:471,0,752:. 1|0:38,56:94:99:.:.:1416,0,746:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1074:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1071:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1243:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1186:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4507,441,0:. 1|1:9,111:120:99:.:.:3218,107,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1665:. 0|1:47,48:95:99:0|1:125303_C_T:1724,0,2212:. 1|0:16,76:92:99:0|1:125303_C_T:2317,0,146:. 1|0:27,30:57:99:.:.:751,0,566:. 1|1:0,161:161:99:1|1:125303_C_T:7163,491,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:.:.:6992,690,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4871,483,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3187,307,0:. 1|1:6,110:116:99:.:.:3221,186,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1701:. 1|1:12,196:208:99:.:.:5620,301,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1311:. 1|1:2,136:138:99:1|1:125303_C_T:6002,363,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1720:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4056,396,0:. 1|1:1,173:174:99:.:.:5336,496,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:102,46:148:99:0|1:125303_C_T:1616,0,5417:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1435:. 1|1:0,186:186:99:1|1:125303_C_T:8494,578,0:. 0|1:126,31:157:99:0|1:125303_C_T:894,0,6725:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6479,634,0:. 1|0:58,52:110:99:.:.:1267,0,1209:. 1|1:0,187:187:99:1|1:125303_C_T:6632,567,0:. 1|0:101,32:133:99:0|1:125303_C_T:723,0,2390:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:150,18:168:61:.:.:61,0,3674:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,141:145:99:.:.:4106,325,0:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4085,403,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1224:. 0|1:99,108:207:99:.:.:2700,0,2043:. 1|0:91,35:126:99:.:.:661,0,2076:. 1|1:1,162:163:99:.:.:4868,480,0:. 0|1:30,101:131:99:0|1:125303_C_T:3595,0,423:. 0|1:68,39:107:99:.:.:902,0,1499:. 0|1:63,9:72:40:.:.:40,0,1417:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1036:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5872,562,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6028,592,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1217:. 1|0:55,92:147:99:.:.:2391,0,1050:. 1|0:81,130:211:99:.:.:3252,0,1507:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1463:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4072,406,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5394,535,0:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2898,283,0:. 0|1:124,41:165:99:.:.:756,0,2945:. 1|0:131,54:185:99:0|1:125303_C_T:1859,0,7072:. 1|1:0,210:210:99:.:.:6544,631,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1172:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1570:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2020,195,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,38:54:99:0|1:125303_C_T:1226,0,286:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1323:. 1|1:0,67:67:99:1|1:125303_C_T:2570,207,0:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5665,562,0:. 1|1:2,100:102:99:.:.:2968,251,0:. 1|1:1,109:110:99:.:.:3395,302,0:. 0|1:64,38:102:99:.:.:900,0,1428:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1299:. 1|0:93,30:123:99:0|1:125303_C_T:751,0,2196:. 0|1:12,70:82:48:0|1:125303_C_T:2362,0,48:. 0|0:167,0:167:82:.:.:0,82,3887:. 1|0:79,76:155:99:0|1:125303_C_T:2793,0,1618:. 0|1:38,120:158:99:.:.:3255,0,597:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:7:.:.:0,7,302:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2474,240,0:. 1|0:51,74:125:99:.:.:1885,0,1033:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2009,192,0:. 1|1:1,80:81:99:1|1:125303_C_T:2989,234,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,104,1612:. 0|1:62,77:139:99:.:.:1901,0,1299:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1357:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1608:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3039,292,0:. 1|0:78,11:89:46:.:.:46,0,1926:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1997,192,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3042,297,0:. 0|1:44,88:132:99:.:.:2284,0,816:. 0|1:132,26:158:99:.:.:329,0,3250:. 1|0:59,20:79:99:0|1:125303_C_T:599,0,1404:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1279:. 1|1:1,125:126:99:.:.:3844,351,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:1,100:101:99:.:.:3012,274,0:. 0|1:47,54:101:99:0|1:125303_C_T:2126,0,2424:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2739,262,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1784,177,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1561:. 1|1:7,126:133:99:1|1:125303_C_T:5032,223,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1599:. 1|0:54,45:99:99:.:.:1231,0,1155:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,11:77:99:0|1:125303_C_T:164,0,1505:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1094:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1190:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1257:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:0:.:.:0,0,1931:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4677,459,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,69:77:20:.:.:1870,20,0:. 1|0:145,29:174:99:.:.:366,0,3263:. 1|1:0,86:86:99:1|1:125303_C_T:3736,262,0:. 0|1:21,43:64:99:.:.:1162,0,362:. 1|1:0,54:54:99:1|1:125303_C_T:2446,166,0:. 0|1:12,36:48:99:.:.:972,0,198:. 1|0:59,64:123:99:.:.:1620,0,1222:. 1|0:17,30:47:99:.:.:762,0,318:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1093:. 1|0:21,27:48:99:0|1:125303_C_T:739,0,424:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1106:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1128:. 0|1:50,46:96:99:0|1:125303_C_T:1298,0,1031:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1207:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:125303_C_T:2054,138,0:. 0|1:86,30:116:99:.:.:586,0,2101:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1462,144,0:. 0|1:13,40:55:99:.:.:1094,0,176:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1565:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,147:. 0|1:90,59:149:99:.:.:1341,0,2016:. 0|1:44,58:102:99:.:.:1526,0,914:. 1|0:73,50:123:99:.:.:1173,0,1683:. 1|1:0,96:96:99:1|1:125303_C_T:3076,289,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,36:109:99:.:.:765,0,1627:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:15,29:44:99:.:.:768,0,292:. 1|1:0,31:31:93:1|1:125303_C_T:1395,93,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1352:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1638:. 1|1:3,158:161:99:.:.:4831,397,0:. 0|0:22,0:22:39:.:.:0,39,553:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1026:. 1|0:35,108:143:99:.:.:2810,0,528:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1328:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1301:. 0|1:7,4:11:99:0|1:125303_C_T:159,0,163:. 0|1:26,24:50:99:.:.:593,0,589:. 1|1:1,36:37:83:.:.:1088,83,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,115,1521:. 1|0:111,65:176:99:.:.:1807,0,3307:. 1|0:63,81:144:99:.:.:2529,0,1786:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,76:149:99:.:.:2315,0,2039:. 1|1:0,175:175:99:.:.:6296,527,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3887,322,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,148:148:99:.:.:5352,445,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1130:. 1|1:0,26:26:78:.:.:947,78,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1513:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1460:. 1|1:6,139:145:15:1|1:125303_C_T:5824,15,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,27:154:99:.:.:521,0,3856:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1448:. 1|0:29,113:142:99:.:.:3714,0,586:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1227:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1197:. 1|1:0,184:184:99:.:.:6542,553,0:. 0|0:36,0:36:71:.:.:0,71,1159:. 0|1:34,70:104:99:.:.:2169,0,839:. 0|0:134,0:134:73:.:.:0,73,3965:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5949,491,0:. 1|1:0,196:196:99:1|1:125303_C_T:8849,596,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,167:167:99:.:.:6033,502,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 1|1:0,577:577:99:.:.:20906,1735,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,649:649:99:.:.:23233,1952,0:. 1|0:43,23:66:99:.:.:618,0,1268:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5171,450,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7365,655,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1076:. 1|0:95,58:153:99:.:.:1547,0,2580:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,235:237:99:.:.:7930,663,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:0:.:.:0,0,5579:. 1|1:1,332:333:99:.:.:11547,968,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1456:. 1|1:15,183:198:99:.:.:5782,116,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1339:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1524:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1209:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6685,589,0:. 0|1:45,198:243:99:.:.:5815,0,710:. 1|0:184,22:206:86:.:.:86,0,5423:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1110:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,16:102:99:.:.:227,0,2469:. 0|1:163,132:295:99:.:.:3545,0,4093:. 0|0:58,0:58:30:.:.:0,30,1629:. 1|1:17,202:219:97:.:.:6497,97,0:. 0|1:68,152:220:99:.:.:4714,0,1545:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1565:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1472:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1515:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1119:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1655:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1305:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:140,29:169:99:0|1:125303_C_T:764,0,8858:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1562:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1071:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1611:. 0|1:80,19:99:99:0|1:125303_C_T:556,0,4791:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,825:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,26:173:99:0|1:125303_C_T:587,0,4154:. 0|1:30,193:223:99:0|1:125303_C_T:7872,0,175:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1199:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,141:146:99:.:.:4764,285,0:. 1|0:168,144:312:99:.:.:4036,0,4242:. 1|1:22,517:539:99:.:.:17144,886,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,70:72:99:.:.:2435,147,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1345:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1318:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3965,340,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4854,427,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:6224,526,0:. 1|1:0,205:205:99:1|1:125303_C_T:8622,619,0:. 0|1:91,57:148:99:.:.:1548,0,2678:. 1|1:1,182:183:99:.:.:5999,515,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:6034,526,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1251:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1790,150,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1135:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1163:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1460:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1272:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1413:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,284:284:99:.:.:9754,851,0:. 1|0:152,85:237:99:.:.:2194,0,4334:. 0|1:72,164:236:99:.:.:4950,0,1669:. 1|1:0,24:24:72:.:.:789,72,0:. 1|1:2,219:221:99:.:.:7557,594,0:. 0|1:40,215:255:99:.:.:6710,0,564:. 1|1:0,147:147:99:.:.:5178,442,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1384:. 1|0:37,169:206:99:.:.:5219,0,576:. 0|1:70,136:206:99:.:.:4214,0,1640:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1210:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7247,631,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:195,271:466:99:.:.:8137,0,5158:. 1|1:1,58:59:99:1|1:125303_C_T:2386,151,0:. 1|1:0,294:294:99:1|1:125303_C_T:11549,895,0:. 1|1:0,597:597:99:.:.:20452,1793,0:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5605,479,0:. 1|1:0,248:248:99:.:.:8633,745,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1399:. 1|0:16,9:25:99:.:.:255,0,455:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1180:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5401,457,0:. Pf3D7_01_v3 125324 . G T 748671 PASS FS=0;MQ=62.26;QD=27.26;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=W224L;SNPEFF_CODON_CHANGE=tGg/tTg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MaTrA;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102700.1;SOR=0.711;VQSLOD=5.97;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.29;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=120.34;GQ_STDDEV=55.28;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9071;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.488;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7439403;AF=0.02;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=104;MLEAF=0.02;AN=858;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1355:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,673:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,1071:. 0|0:28,0:28:51:.:.:0,51,745:. 0|0:35,0:35:74:.:.:0,74,994:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,219:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:20,0:20:26:.:.:0,26,519:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1570:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:34,0:34:73:.:.:0,73,890:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1107:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,540:. 1|1:0,13:13:39:1|1:125303_C_T:544,39,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1408:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1147:. 1|0:39,45:84:99:0|1:125303_C_T:1670,0,1387:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1493:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1285:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1167:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1173:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,970:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1342:. 0|1:58,47:105:99:0|1:125303_C_T:1070,0,1529:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1565:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,20:61:99:0|1:125303_C_T:427,0,1264:. 1|1:0,89:89:99:1|1:125303_C_T:3730,268,0:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1533:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1300:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1413:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,946:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1719:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1651:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1403:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1509:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1044:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,994:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,74:76:99:1|1:125303_C_T:3039,145,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:142,41:183:99:0|1:125303_C_T:1197,0,6301:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1072:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1354:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1074:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1071:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1243:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1665:. 0|1:51,44:95:99:0|1:125303_C_T:1628,0,2352:. 1|0:73,25:98:99:0|1:125303_C_T:397,0,2101:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1701:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1311:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1720:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1435:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1224:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,81:125:99:0|1:125303_C_T:1994,0,1454:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1614:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1036:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1217:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1463:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1172:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1570:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,21:56:99:0|1:125303_C_T:473,0,1115:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1323:. 0|1:24,44:68:99:0|1:125303_C_T:1065,0,464:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1299:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1343:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,58:163:99:0|1:125303_C_T:1208,0,4363:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,323:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1728:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1643:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,104,1612:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1357:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1608:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1666:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1535:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1279:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1798:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1287:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1561:. 0|1:14,114:128:99:0|1:125303_C_T:2926,0,164:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1599:. 0|0:85,10:95:3:.:.:0,3,2825:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,5:73:65:0|1:125303_C_T:0,65,3038:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1094:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1190:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1257:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1179:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,993:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1106:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1128:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1207:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1186:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1565:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,245:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1632:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1352:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1638:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,716:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1026:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1328:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1301:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,115,1521:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1513:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1460:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1448:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1227:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1197:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:0:.:.:0,0,3818:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:.:.:.:.:120 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1456:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1339:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1524:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1209:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1110:. 0|0:208,0:208:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:.:.:.:.:120 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1393:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1565:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1472:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:116 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1515:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1119:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:104 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1305:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:120 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1562:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:102 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1611:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1783:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:81 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:.:.:.:.:106 0|0:201,0:201:.:.:.:.:120 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1199:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:87,0:87:.:.:.:.:120 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:.:.:.:.:102 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1345:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:105 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1318:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1793:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1135:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1163:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1460:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1272:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1413:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1384:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1210:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,41:57:99:0|1:125303_C_T:1271,0,381:. 1|0:135,139:274:99:0|1:125303_C_T:3966,0,3639:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1399:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 125757 . T A 2.28291e+06 PASS FS=1.849;MQ=60.16;QD=27.95;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.476;VQSLOD=4.2;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.975;GC=14.29;GQ_MEAN=182.36;GQ_STDDEV=117.09;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7473;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.892;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=2094491;AF=0.635;AS_InbreedingCoeff=0.258;MLEAC=3014;MLEAF=0.649;AN=738;AC=396 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:13,20:33:99:.:.:534,0,473:. 1|1:1,45:46:99:.:.:1302,126,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1299,128,0:. 1|1:1,41:42:99:.:.:1294,116,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1416,134,0:. 0|0:19,0:19:44:.:.:0,44,563:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,438:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,993:. 1|0:8,20:28:99:.:.:526,0,259:. 1|0:13,10:23:99:.:.:235,0,499:. 1|1:0,23:23:69:.:.:714,69,0:. 0|1:23,24:47:99:.:.:618,0,926:. 1|0:4,13:17:99:.:.:358,0,129:. 1|1:0,6:6:18:.:.:191,18,0:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,5:5:15:.:.:157,15,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:380,39,0:. 0|1:35,5:40:40:.:.:40,0,1290:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,207:. 1|1:0,16:16:48:.:.:500,48,0:. 1|1:0,19:19:56:.:.:511,56,0:. 0|1:0,4:4:12:.:.:122,12,0:. 1|1:0,2:2:6:.:.:66,6,0:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:52:.:.:0,52,592:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:81,5:86:99:.:.:0,126,3379:. 1|1:1,36:37:79:.:.:1072,79,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1353:. 0|0:42,0:42:97:.:.:0,97,1199:. 1|0:32,49:81:99:.:.:1172,0,965:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1313,112,0:. 0|1:8,4:12:85:.:.:85,0,308:. 0|1:11,6:17:99:.:.:129,0,401:. 1|0:5,22:27:67:.:.:514,0,67:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,617:. 1|0:12,57:69:99:.:.:1434,0,334:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1112,120,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,941:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,22:51:99:.:.:477,0,1119:. 0|1:13,13:26:99:.:.:320,0,503:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|1:38,8:46:86:.:.:86,0,1529:. 0|1:6,11:17:99:.:.:281,0,169:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:3,16:19:22:.:.:391,0,22:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1434:. 1|0:52,58:110:99:.:.:1375,0,1503:. 0|1:4,31:35:76:.:.:775,0,76:. 0|1:4,46:50:31:.:.:1170,0,31:. 0|1:1,10:11:0:.:.:268,0,0:. 1|1:2,21:23:35:.:.:551,35,0:. 0|1:30,10:40:99:.:.:169,0,1151:. 1|0:23,9:32:99:.:.:177,0,579:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1345,137,0:. 0|1:12,6:18:99:.:.:130,0,296:. 1|1:1,17:18:44:.:.:506,44,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,9:10:20:.:.:266,20,0:. 0|1:20,31:51:99:.:.:787,0,586:. 1|0:10,2:12:25:.:.:25,0,414:. 0|1:7,55:62:93:.:.:1300,0,93:. 1|1:0,22:22:65:.:.:626,65,0:. 1|1:3,44:47:5:.:.:1156,5,0:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,900:. 0|1:7,9:16:99:.:.:191,0,247:. 1|1:1,50:51:99:.:.:1393,141,0:. 1|1:1,20:21:32:.:.:521,32,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,17:17:51:.:.:530,51,0:. 1|0:10,25:35:99:.:.:550,0,306:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1159,116,0:. 1|1:0,18:18:53:.:.:470,53,0:. 1|1:0,20:20:59:.:.:574,59,0:. 0|1:1,8:9:5:.:.:158,0,5:. 1|1:2,15:17:31:.:.:420,31,0:. 1|1:1,36:37:99:.:.:1017,100,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:416,45,0:. 1|1:1,37:38:99:.:.:1038,103,0:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 1|1:1,20:21:51:.:.:492,51,0:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1739,183,0:. 1|1:2,50:52:99:.:.:1449,119,0:. 0|1:15,5:20:90:.:.:90,0,625:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,85:89:99:.:.:2472,206,0:. 1|1:3,51:54:88:.:.:1291,88,0:. 0|1:33,15:48:99:.:.:244,0,1064:. 1|0:12,9:21:99:.:.:204,0,394:. 1|1:0,24:24:72:.:.:704,72,0:. 0|1:15,2:17:8:.:.:8,0,609:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1146:. 1|1:1,41:42:99:.:.:1065,113,0:. 1|1:6,78:84:99:.:.:2141,129,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1411:. 1|1:0,36:36:99:.:.:897,104,0:. 0|1:33,20:53:99:.:.:467,0,1322:. 0|1:43,27:70:99:.:.:522,0,1010:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:9,2:11:26:.:.:26,0,372:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,46:51:41:.:.:1131,0,41:. 1|1:0,14:14:42:.:.:398,42,0:. 1|1:2,94:96:99:.:.:2649,265,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:5,75:80:81:.:.:1941,81,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,7:49:47:.:.:47,0,1649:. 1|1:1,83:84:99:.:.:2138,220,0:. 1|0:16,13:29:99:.:.:294,0,619:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,3:25:10:.:.:0,10,902:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1109,112,0:. 0|1:14,24:38:99:.:.:513,0,283:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,553:. 1|1:0,25:25:73:.:.:688,73,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:764,78,0:. 1|1:1,8:9:16:.:.:199,16,0:. 0|1:18,22:40:99:.:.:476,0,598:. 1|0:14,5:19:65:.:.:65,0,523:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:12,35:47:99:.:.:704,0,357:. 1|0:4,18:22:95:.:.:451,0,95:. 1|1:1,45:46:99:.:.:1316,128,0:. 1|0:17,22:39:99:.:.:503,0,605:. 1|1:1,23:24:62:.:.:667,62,0:. 0|1:3,22:25:61:.:.:539,0,61:. 1|1:1,31:32:85:.:.:851,85,0:. 1|0:6,33:39:43:.:.:843,0,43:. 1|0:7,11:18:99:.:.:264,0,261:. 1|0:5,10:15:99:.:.:211,0,181:. 1|1:1,46:47:99:.:.:1224,128,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1828,204,0:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,708:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:3,22:25:3:.:.:597,3,0:. 0|1:12,18:30:99:.:.:476,0,479:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,6:6:18:.:.:160,18,0:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1087:. 1|0:3,6:9:43:.:.:158,0,43:. 0|1:12,14:26:99:.:.:374,0,292:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|0:5,34:39:58:.:.:834,0,58:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:3,64:67:99:.:.:1742,147,0:. 0|1:7,52:59:41:.:.:1353,0,41:. 1|1:0,18:18:54:.:.:532,54,0:. 0|1:16,32:48:99:.:.:835,0,580:. 1|0:7,10:17:99:.:.:267,0,259:. 0|1:6,60:66:49:.:.:1496,0,49:. 0|0:32,3:35:13:.:.:0,13,1310:. 0|1:16,62:78:99:.:.:1458,0,501:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,1:1:3:.:.:30,3,0:. 1|1:2,21:23:48:.:.:583,48,0:. 1|1:1,44:45:99:.:.:1201,122,0:. 0|0:26,0:26:53:.:.:0,53,716:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,19:19:56:.:.:499,56,0:. 1|1:0,29:29:87:.:.:868,87,0:. 0|1:22,27:49:99:.:.:554,0,496:. 1|1:0,19:19:57:.:.:558,57,0:. 1|0:19,24:43:99:.:.:603,0,704:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1608,126,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1483,162,0:. 0|0:38,0:38:44:.:.:0,44,985:. 0|1:11,84:95:99:.:.:2151,0,178:. 1|1:2,33:35:62:.:.:827,62,0:. 1|1:0,21:21:62:.:.:620,62,0:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,668:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1394:. 1|1:0,17:17:50:.:.:464,50,0:. 1|1:2,86:88:99:.:.:2398,239,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1031,106,0:. 1|0:8,13:21:99:.:.:340,0,271:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1087:. 0|1:12,26:38:99:.:.:642,0,398:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1200:. 1|1:0,25:25:74:.:.:715,74,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,714:. 0|1:8,74:82:65:.:.:1824,0,65:. 1|1:2,21:23:32:.:.:522,32,0:. 0|0:48,0:48:89:.:.:0,89,1321:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,18:46:99:.:.:320,0,1042:. 0|1:16,13:29:99:.:.:301,0,567:. 1|0:5,16:21:90:.:.:587,0,90:. 1|1:0,32:32:95:.:.:923,95,0:. 0|1:19,7:26:91:.:.:91,0,772:. 0|1:20,10:30:99:.:.:196,0,828:. 0|1:4,12:16:99:.:.:309,0,132:. 0|1:33,6:39:54:.:.:54,0,1279:. 0|1:7,30:37:99:.:.:780,0,131:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1551,156,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1266,131,0:. 1|0:12,16:28:99:.:.:396,0,395:. 1|0:49,12:61:99:.:.:174,0,1267:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1103:. 1|1:0,9:9:27:.:.:267,27,0:. 0|0:25,0:25:47:.:.:0,47,662:. 1|1:0,25:25:74:.:.:691,74,0:. 0|1:4,21:25:99:.:.:543,0,105:. 1|1:0,23:23:69:.:.:711,69,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:5,24:29:99:.:.:550,0,139:. 1|1:0,18:18:54:.:.:562,54,0:. 0|0:27,0:27:71:.:.:0,71,748:. 0|1:13,12:25:99:.:.:264,0,303:. 1|1:2,57:59:99:.:.:1539,154,0:. 1|1:0,22:22:65:.:.:640,65,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 1|1:1,79:80:99:.:.:2087,225,0:. 1|1:1,20:21:53:.:.:590,53,0:. 1|0:54,10:64:99:.:.:100,0,2157:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,14:14:42:.:.:390,42,0:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|0:47,40:87:99:.:.:910,0,1800:. 1|1:1,44:45:99:.:.:1144,101,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,189:. 1|0:20,30:50:99:.:.:693,0,735:. 1|0:20,42:62:99:.:.:1031,0,389:. 1|1:1,43:44:99:.:.:1095,99,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1247:. 1|1:1,26:27:55:.:.:741,55,0:. 1|1:1,21:22:36:.:.:607,36,0:. 0|0:53,4:57:55:.:.:0,55,2235:. 1|0:16,4:20:63:.:.:63,0,566:. 1|1:0,6:6:18:.:.:187,18,0:. 1|1:1,28:29:55:.:.:782,55,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,28:31:4:.:.:651,4,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,277:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 1|0:2,24:26:12:.:.:625,0,12:. 1|0:49,9:58:84:.:.:84,0,1874:. 1|1:2,32:34:80:.:.:832,80,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1476,156,0:. 0|0:23,0:23:10:.:.:0,10,572:. 0|0:1,2:3:16:.:.:56,0,16:. 1|1:0,10:10:30:.:.:285,30,0:. 0|0:16,0:16:25:.:.:0,25,427:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,7:7:20:.:.:176,20,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:182,15,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,130:. 1|1:0,5:5:15:.:.:156,15,0:. 1|1:2,0:2:0:.:.:0,0,11:. 1|1:0,8:8:24:.:.:286,24,0:. 0|1:7,8:15:99:.:.:237,0,212:. 1|1:0,3:3:9:.:.:109,9,0:. 1|1:0,3:3:9:.:.:111,9,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:210,18,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,211:. 0|1:0,3:3:9:.:.:108,9,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:314,27,0:. 1|1:1,9:10:20:.:.:309,20,0:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,406:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,144:. 1|1:0,3:3:9:.:.:111,9,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:255,24,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:178,15,0:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|0:0,2:2:6:.:.:71,6,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:430,36,0:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:0,4:4:12:.:.:117,12,0:. 1|0:0,3:3:9:.:.:111,9,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:332,27,0:. 1|0:4,0:4:12:.:.:0,12,120:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,106:. 1|1:1,6:7:11:.:.:175,11,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,175:. 1|1:0,7:7:21:.:.:251,21,0:. 1|0:4,0:4:12:.:.:0,12,136:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,167:. 1|1:0,12:12:36:.:.:423,36,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:197,18,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:375,33,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:460,39,0:. 1|1:0,2:2:6:.:.:72,6,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,10:10:29:.:.:300,29,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:629,54,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:597,54,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:144,15,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:464,39,0:. 0|0:35,0:35:91:.:.:0,91,1184:. 1|1:2,27:29:67:.:.:879,67,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1434,134,0:. 0|0:0,2:2:6:.:.:75,6,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,141:. 1|1:0,7:7:21:.:.:226,21,0:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:50,0:50:5:.:.:0,5,1374:. 1|1:1,31:32:84:.:.:871,84,0:. 1|1:0,28:28:83:.:.:912,83,0:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1696,153,0:. 1|0:1,8:9:10:.:.:258,0,10:. 1|1:0,25:25:75:.:.:859,75,0:. 1|0:8,31:39:99:.:.:896,0,232:. 0|1:5,36:41:41:.:.:1091,0,41:. 0|0:33,2:35:31:.:.:0,31,1410:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:19,2:21:7:.:.:0,7,819:. 1|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|1:4,0:4:12:.:.:0,12,132:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:25,0:25:2:.:.:0,2,660:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,464:. 1|1:1,10:11:23:.:.:342,23,0:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:26,0:26:42:.:.:0,42,776:. 1|0:10,27:37:99:.:.:739,0,369:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:21,3:24:5:.:.:0,5,864:. 1|1:0,33:33:98:.:.:1101,98,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2078,195,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:21,12:33:99:.:.:271,0,863:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 1|0:2,14:16:25:.:.:399,0,25:. 0|0:0,3:3:9:.:.:105,9,0:. 1|0:3,20:23:66:.:.:592,0,66:. 1|1:0,9:9:27:.:.:300,27,0:. 1|0:10,37:47:99:.:.:1055,0,266:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,867:. 0|1:18,14:32:99:.:.:339,0,681:. 1|1:0,17:17:51:.:.:575,51,0:. 1|1:0,3:3:9:.:.:106,9,0:. 0|1:21,12:33:99:.:.:270,0,736:. 1|0:7,10:17:99:.:.:268,0,244:. 1|1:1,28:29:76:.:.:880,76,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,45:46:99:.:.:1451,127,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1293:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:4,22:26:96:.:.:605,0,96:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1300,113,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:496,45,0:. 0|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,477:. 1|1:0,0:.:.:.:.:.:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1225,108,0:. 1|1:0,14:14:42:.:.:483,42,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,231:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1180:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:211,18,0:. 1|1:0,1:1:3:.:.:33,3,0:. 1|1:1,15:16:38:.:.:504,38,0:. 0|1:1,4:5:21:.:.:126,0,21:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,284:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,70:. 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,143:. 1|0:3,0:3:9:.:.:0,9,100:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,249:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,225:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,207:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,95:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,191:. 0|0:12,0:12:16:.:.:0,16,334:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|0:0,3:3:9:.:.:111,9,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:433,36,0:. 1|1:0,26:26:77:.:.:837,77,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:218,18,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,5:5:14:.:.:97,14,0:. 1|1:0,4:4:12:.:.:120,12,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,455:. 0|1:10,3:13:69:.:.:69,0,378:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:379,36,0:. 0|1:3,3:6:59:.:.:59,0,117:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,208:. 0|0:17,0:17:38:.:.:0,38,494:. 1|0:2,0:2:6:.:.:0,6,63:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,122:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 1|1:0,22:22:66:.:.:656,66,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:381,33,0:. 0|1:21,16:37:99:.:.:446,0,644:. 1|1:0,6:6:18:.:.:189,18,0:. 1|0:11,13:24:99:.:.:374,0,302:. 1|1:1,42:43:99:.:.:1343,117,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:193,18,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:423,39,0:. 1|1:1,10:11:23:.:.:310,23,0:. 1|1:3,0:3:0:.:.:0,0,33:. 1|1:0,17:17:51:.:.:593,51,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:424,39,0:. Pf3D7_01_v3 127362 . A T 126324 PASS FS=0;MQ=59.96;QD=19.58;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I260;SNPEFF_CODON_CHANGE=atT/atA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0102800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102800.1;SOR=0.691;VQSLOD=5.5;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=120.56;GQ_STDDEV=41.24;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9461;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.7;culprit=FS;set=snp;DP=9141631;AF=0.008194;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=42;MLEAF=0.008003;AN=858;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:66,0:66:99:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1665:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1367:. 0|0:72,0:72:99:0,100,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1243:. 0|0:48,0:48:92:0,92,1397:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1517:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1402:. 0|0:10,0:10:21:0,21,315:. 0|0:32,0:32:63:0,63,869:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:84:0,84,939:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1533:. 0|0:53,0:53:99:0,112,1755:. 0|0:149,0:149:99:0,114,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1356:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1252:. 0|0:71,0:71:99:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:14,0:14:33:0,33,495:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1409:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1488:. 0|1:40,52:92:99:1339,0,930:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1506:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,103,1431:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1200:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:0,107,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1525:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1120:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:0,60,678:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 1|1:8,94:102:78:2589,78,0:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1476:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1206:. 0|0:98,0:98:99:0,112,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1172:. 0|0:72,0:72:99:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:0,107,1786:. 0|0:77,0:77:99:0,108,1620:. 0|0:30,0:30:90:0,90,852:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1109:. 0|0:19,0:19:57:0,57,596:. 0|0:68,0:68:99:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1207:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,104,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1256:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1224:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1325:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1492:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1015:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 1|0:37,27:64:99:610,0,904:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,101,1665:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1048:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,118,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,105,1575:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,111,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,115,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,105,1575:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,108,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,114,1710:. 0|0:146,0:146:99:0,118,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,109,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,117,1755:. 0|0:102,0:102:99:0,102,1530:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,112,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1572:. 0|0:59,0:59:99:0,109,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,111,1710:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1356:. 0|0:103,0:103:99:0,119,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,103,1410:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1250:. 0|0:98,0:98:99:0,110,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,111,1665:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,118,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:0,105,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:0,27,257:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,115,1529:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,111,1665:. 0|0:73,0:73:99:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1579:. 0|0:80,0:80:99:0,105,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,100,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,111,1665:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1369:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1401:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,117,1755:. 0|0:101,0:101:52:0,52,2559:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1141:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1171:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1510:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1634:. 0|0:99,0:99:99:0,108,1620:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,110,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1710:. 0|0:109,0:109:99:0,100,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1398:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1203:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1148:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1433:. 0|0:61,0:61:99:0,114,1643:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1302:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,107,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,113,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:0,113,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1153:. 1|0:22,79:101:99:2103,0,382:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1387:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,113,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,105,1575:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,106,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,114,1710:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,100,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1090:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:70,0:70:99:0,111,1665:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,635:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1200:. 0|0:103,0:103:99:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,105,1800:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1400:. 0|0:28,0:28:67:0,67,791:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:0,51,765:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:2258,190,0:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1755:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,109,1665:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:0,39,450:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1395:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1433:. 0|0:82,0:82:99:0,110,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1542:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:0,106,1710:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1480:. 0|0:85,0:85:99:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,828:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1165:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,108,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:299,0:299:99:0,120,1800:. 0|0:371,0:371:99:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1235:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:57,0:57:.:.:99 0|0:69,0:69:99:0,118,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:.:.:120 0|0:103,0:103:99:0,101,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:.:.:120 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:206,0:206:.:.:120 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 1|1:1,60:61:99:1992,150,0:. 0|0:117,0:117:.:.:120 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:.:.:120 0|0:85,0:85:99:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:.:.:120 0|1:9,26:35:99:754,0,210:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:37:0,37,5768:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:111 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:.:.:99 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:117 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:.:.:120 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:.:.:120 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:.:.:120 0|0:151,0:151:99:0,117,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:.:.:99 0|1:130,53:183:99:1229,0,3940:. 0|0:87,0:87:99:0,105,1575:. 0|0:116,0:116:99:0,108,1620:. 0|0:24,0:24:.:.:72 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:.:.:120 0|0:38,0:38:99:0,105,1534:. 0|0:155,0:155:.:.:120 0|0:130,0:130:.:.:120 0|0:102,0:102:92:0,92,2971:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,103,1800:. 0|0:125,0:125:.:.:120 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:.:.:120 0|0:286,0:286:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:.:.:120 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:99 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1743:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1314:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1482:. 0|0:76,0:76:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,109,1300:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1239:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1297:. 0|0:27,0:27:56:0,56,869:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,110,1527:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1306:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1527:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:0,81,917:. 0|0:17,0:17:51:0,51,615:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,114,1710:. 0|0:122,0:122:99:0,106,1800:. 0|0:10,0:10:30:0,30,327:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1143:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:0:0,0,2057:. 0|0:295,0:295:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1435:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:84:0,84,992:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 127906 . T A 147459 PASS FS=0;MQ=59.97;QD=19.26;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K79I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0102800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102800.1;SOR=0.702;VQSLOD=4.98;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.12;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=119.12;GQ_STDDEV=53.62;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0091;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.263;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6017071;AF=0.005333;AS_InbreedingCoeff=-0.0091;MLEAC=28;MLEAF=0.005333;AN=858;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1357:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1610:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1740:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1342:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1369:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1443:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1503:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1306:. 0|0:23,0:23:53:.:.:0,53,695:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1578:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1385:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1109:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,632:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1353:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1150:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1206:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1128:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1127:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1145:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1412:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1251:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:37,0:37:92:.:.:0,92,1067:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1619:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,112,1039:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1279:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1219:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,944:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1126:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1305:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:56,149:205:99:.:.:3908,0,948:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1291:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1331:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1408:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1415:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1342:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1401:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1343:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1460:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1306:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1281:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:41,22:63:99:.:.:457,0,1000:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1250:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1564:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1733:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1554:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,320:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1035:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:65,64:129:99:.:.:1593,0,1581:. 0|1:104,34:138:99:.:.:634,0,2598:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1314:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1199:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1359:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1045:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:59:.:.:0,59,1393:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1100:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1302:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1024:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:58,33:91:99:.:.:761,0,1497:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1407:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1323:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1013:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1231:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1082:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,797:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,371:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2352,193,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1406:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,355:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1484:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1518:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,902:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1457:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:103 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1424:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:210,0:210:.:.:.:.:120 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:105 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:105 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1312:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:99 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:102 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:99 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1385:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:99 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:100 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:108 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:108 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:105 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:99 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:48 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:111 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:114 0|0:53,0:53:.:.:.:.:111 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:111 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:196,0:196:.:.:.:.:100 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:102 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:99 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,154:154:99:.:.:5421,463,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1209:. 0|0:34,0:34:65:.:.:0,65,1116:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,349:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 127920 . A C 508625 PASS FS=0;MQ=60.2;QD=21.25;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H74Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=caT/caG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0102800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102800.1;SOR=0.667;VQSLOD=6.96;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.057;FractionInformativeReads=0.999;GC=38.1;GQ_MEAN=142.85;GQ_STDDEV=184.47;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5604;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.963;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=6047488;AF=0.032;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=166;MLEAF=0.032;AN=858;AC=39 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1357:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1610:. 0|0:51,0:51:66:.:.:0,66,1451:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1342:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1369:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1443:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1503:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1240:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1306:. 0|1:7,17:24:99:.:.:407,0,148:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,879:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:13,35:48:99:.:.:882,0,266:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1385:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1109:. 0|0:36,0:36:88:.:.:0,88,1017:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,649:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1353:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1409:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1145:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1206:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1128:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1127:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1145:. 0|1:43,64:107:99:.:.:1418,0,981:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1412:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1251:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:19,9:28:99:.:.:164,0,500:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1619:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,112,1039:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1279:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1219:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1192:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4133,446,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,944:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:11:.:.:0,11,1820:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1126:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1305:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1291:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1331:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,158:163:99:.:.:4295,345,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1408:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1415:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1342:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1401:. 0|1:70,62:132:99:.:.:1301,0,1689:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1343:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1460:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1306:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1281:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1250:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1564:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1733:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1554:. 1|0:7,4:11:81:.:.:81,0,189:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1035:. 1|0:86,50:136:99:.:.:1031,0,2158:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,50:139:99:.:.:978,0,2268:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1314:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1199:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1359:. 0|1:82,15:97:99:.:.:130,0,2233:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1108:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2219,247,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1045:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,73:91:99:.:.:1680,0,281:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1100:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1403:. 1|1:8,87:95:48:.:.:2153,48,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1302:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:54,47:101:99:.:.:995,0,1375:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1024:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1407:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1323:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1013:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1231:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,332:. 0|1:95,59:154:99:.:.:1153,0,2447:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1082:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,797:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:68,13:81:99:.:.:122,0,1843:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1827,198,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1406:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,158:159:99:.:.:5291,446,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:24,101:125:99:.:.:3124,0,456:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1484:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1518:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1457:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,734:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1325:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1424:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:4,190:194:99:.:.:5847,436,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1312:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,18:189:36:.:.:0,36,5373:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1385:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1435:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1224:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,971:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,373:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:105,76:181:99:.:.:1853,0,2823:. 1|1:19,432:451:99:.:.:13641,722,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5232,478,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1209:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1256:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1575:. 1|0:104,101:205:99:.:.:2650,0,3022:. 1|0:174,55:229:99:.:.:1127,0,5355:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:154,28:182:99:.:.:395,0,4845:. 1|1:3,118:121:99:.:.:3661,277,0:. 0|1:102,65:167:99:.:.:1673,0,2996:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 130121 . C T 278086 PASS FS=0.559;MQ=59.98;QD=20.75;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E240;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaG/gaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0102900;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102900.1;SOR=0.661;VQSLOD=4.2;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=139.66;GQ_STDDEV=124.34;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7917;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.822;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8188615;AF=0.007607;AS_InbreedingCoeff=0.7367;MLEAC=40;MLEAF=0.007607;AN=858;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1377:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1492:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1323:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1478:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1784:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1537:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1614:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:98:.:.:0,98,1155:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1270:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1351,129,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1270:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,996:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1174:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,209:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1472:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1276:. 0|1:39,62:101:99:.:.:1580,0,794:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1301:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1497:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1095:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1024:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1302:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1317:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:95,110:205:99:.:.:2636,0,2038:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,671:. 1|1:7,109:116:99:.:.:3102,144,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:4:.:.:0,4,3010:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1283:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1699:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1006:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1017:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1476:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1173:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1255:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,953:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1182:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1269:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1378:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1276:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1319:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1320:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1342:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1256:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,159:170:99:.:.:4400,207,0:. 1|1:1,219:220:99:.:.:6493,630,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1486:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,10:79:99:0|1:130107_TCA_T:203,0,4128:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1464:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1127:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1158:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1711:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1142:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1300:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,336:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1280:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1191:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1691:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,115,1745:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1599:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1469:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1441:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1235:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1525:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1036:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1229:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1187:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1024:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1305:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1304:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1022:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1226:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,174:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,24:118:99:.:.:358,0,2347:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1315:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1401:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1303:. 0|1:42,132:174:99:.:.:3271,0,615:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1296:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1783:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1397:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1168:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1314:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1663:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1360:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1414:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:103 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:.:.:.:.:120 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:120 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1578:. 0|0:118,0:118:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1547:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1324:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1505:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:106 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:99 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:102 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:110 0|0:110,0:110:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:104 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:120 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:.:.:.:.:120 0|0:47,0:47:.:.:.:.:99 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:.:.:.:.:120 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:120 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1688:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1750:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1411:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1631:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1282:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1301:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1006:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 130339 . C T 1.80472e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=30.38;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A168T;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gca/Aca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0102900;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0102900.1;SOR=0.708;VQSLOD=9.19;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.94;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=23.81;GQ_MEAN=358.02;GQ_STDDEV=335.4;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5993;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.426;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13357791;AF=0.622;AS_InbreedingCoeff=0.3852;MLEAC=3282;MLEAF=0.625;AN=858;AC=591 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:61,30:91:99:.:.:676,0,1470 1|1:0,108:108:99:.:.:3415,325,0 0|1:62,20:82:99:.:.:385,0,1470 1|1:1,77:78:99:.:.:2423,208,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2460,235,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2938,279,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1175 1|1:0,104:104:99:.:.:3287,313,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1492 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1323 1|1:1,55:56:99:.:.:1708,140,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2082,198,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1537 0|1:5,44:49:0:.:.:1239,0,0 1|1:0,38:38:99:1|1:130339_C_T:1230,114,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1209,114,0 1|1:0,12:12:36:.:.:383,36,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1265 1|1:0,24:24:72:.:.:764,72,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1288,129,0 0|1:37,16:53:99:.:.:336,0,911 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1222 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1270 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,996 1|1:0,33:33:98:.:.:964,98,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2551,261,0 1|1:0,12:12:36:1|1:130339_C_T:511,36,0 1|1:0,9:9:27:.:.:279,27,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1814,177,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2192,216,0 0|1:51,69:120:99:.:.:1685,0,1029 1|0:22,90:112:99:.:.:2353,0,286 1|1:0,46:46:99:.:.:1398,137,0 1|1:0,367:367:99:.:.:11057,1102,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1482,149,0 0|1:48,80:128:99:.:.:2100,0,970 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,49:49:99:.:.:1429,147,0 0|1:34,44:78:99:.:.:1080,0,694 1|0:52,21:73:99:.:.:402,0,1184 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1317 1|1:0,140:140:99:.:.:4107,420,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2495,249,0 1|0:111,100:211:99:.:.:2353,0,2397 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1078 0|1:41,63:104:99:0|1:130317_A_G:1864,0,848 0|1:26,67:93:99:.:.:1712,0,403 1|1:0,32:32:96:.:.:976,96,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3693,378,0 1|1:4,64:68:95:.:.:1814,95,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,26:26:78:.:.:767,78,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575 1|0:92,152:244:99:.:.:3825,0,1855 1|1:0,127:127:99:.:.:3821,381,0 1|1:8,86:94:61:.:.:2361,61,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1283 0|1:54,21:75:99:.:.:416,0,1248 1|1:0,71:71:99:.:.:2089,213,0 0|1:72,54:126:99:.:.:1236,0,1557 1|1:1,96:97:99:.:.:2866,282,0 1|0:97,37:134:99:.:.:721,0,2239 1|1:0,360:360:99:.:.:10951,1082,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1006 0|1:39,76:115:99:.:.:1921,0,724 1|0:67,73:140:99:.:.:1803,0,1416 1|1:0,95:95:99:.:.:2892,286,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1677,168,0 1|1:7,65:72:27:.:.:1737,27,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1152 1|1:0,62:62:99:.:.:1816,186,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3292,333,0 0|1:80,23:103:99:.:.:392,0,1834 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,59:59:99:.:.:1749,177,0 1|0:27,174:201:99:.:.:4577,0,138 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1199 1|1:3,52:55:99:.:.:1449,101,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2270,228,0 1|0:58,28:86:99:.:.:586,0,1341 1|1:0,65:65:99:.:.:1959,195,0 1|0:28,24:52:99:.:.:557,0,626 1|1:0,101:101:99:.:.:3021,304,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1032 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665 1|0:61,63:124:99:.:.:1477,0,1274 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1319 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,152:152:99:.:.:4425,455,0 0|1:84,22:106:99:.:.:335,0,2016 0|1:35,94:129:99:.:.:2468,0,602 1|1:3,144:147:99:.:.:4241,378,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1320 0|1:40,59:99:99:.:.:1425,0,788 0|1:28,29:57:99:.:.:671,0,592 1|1:0,169:169:99:.:.:5069,507,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1256 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575 1|1:1,258:259:99:.:.:7719,767,0 1|1:17,211:228:99:.:.:5883,224,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4680,470,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|0:103,32:135:99:.:.:529,0,2422 1|0:15,106:121:34:.:.:2843,0,34 1|1:11,240:251:99:.:.:7008,436,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,118,1800 1|1:1,203:204:99:.:.:6173,582,0 1|1:0,213:213:99:.:.:6382,639,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5230,536,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4881,485,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4845,483,0 1|0:76,108:184:99:.:.:2670,0,1505 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,192:192:99:.:.:5785,577,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1575 0|1:33,159:192:99:.:.:4302,0,325 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1486 1|0:69,46:115:99:.:.:1036,0,1527 1|1:1,211:212:99:.:.:6314,611,0 0|1:32,126:158:99:.:.:3386,0,416 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,180:180:99:.:.:5436,540,0 1|1:8,113:121:99:.:.:3133,168,0 0|1:20,154:174:10:.:.:4082,0,10 1|1:0,166:166:99:.:.:4896,498,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5130,510,0 1|1:0,248:248:99:.:.:7627,745,0 1|1:16,164:180:99:.:.:4440,101,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5400,547,0 1|1:9,131:140:99:.:.:3654,177,0 1|0:84,64:148:99:.:.:1494,0,1776 0|1:11,68:79:61:.:.:1695,0,61 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,223:223:99:.:.:6782,670,0 1|1:7,138:145:99:.:.:3803,239,0 1|1:0,259:259:99:.:.:7525,777,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4801,480,0 0|1:46,162:208:99:.:.:4109,0,583 1|0:39,181:220:99:.:.:4597,0,382 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,210:210:99:.:.:6262,631,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4571,473,0 1|1:1,219:220:99:.:.:6449,650,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|0:125,57:182:99:.:.:1195,0,2855 1|1:0,220:220:99:.:.:6561,661,0 1|1:0,231:231:99:.:.:7006,693,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3530,352,0 0|1:95,18:113:99:.:.:231,0,2238 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1127 1|1:0,88:88:99:.:.:2658,264,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1711 1|0:9,57:66:51:.:.:1568,0,51 1|1:0,155:155:99:.:.:4640,465,0 1|1:1,144:145:99:.:.:4180,406,0 1|0:33,38:71:99:.:.:893,0,640 1|1:0,181:181:99:.:.:5385,543,0 1|1:3,131:134:99:.:.:3844,318,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4364,437,0 0|1:93,54:147:99:.:.:1220,0,2150 1|1:0,92:92:99:.:.:2831,277,0 0|1:47,101:148:99:.:.:2648,0,849 1|0:63,49:112:99:.:.:1159,0,1340 1|1:1,174:175:99:.:.:5331,499,0 0|1:65,119:184:99:.:.:2975,0,1155 1|0:147,36:183:99:.:.:564,0,3531 1|1:1,195:196:99:.:.:5921,560,0 1|1:0,20:20:60:.:.:602,60,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2939,291,0 0|1:89,63:152:99:.:.:1438,0,1977 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1280 1|1:0,81:81:99:.:.:2460,243,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3126,312,0 1|1:9,147:156:99:.:.:4206,216,0 0|1:35,135:170:99:.:.:3532,0,434 1|1:0,132:132:99:.:.:3937,396,0 1|0:18,149:167:7:.:.:3998,0,7 1|1:0,135:135:99:.:.:4095,406,0 0|1:11,86:97:3:.:.:2307,0,3 1|1:0,71:71:99:.:.:2117,212,0 1|0:46,74:120:99:.:.:1858,0,906 0|1:26,117:143:99:.:.:3087,0,271 1|1:19,175:194:56:.:.:4824,56,0 1|0:16,85:101:99:.:.:2243,0,141 1|1:0,108:108:99:.:.:3304,324,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2627,267,0 1|1:0,249:249:99:.:.:7339,746,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:12,127:139:93:.:.:3492,93,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4296,430,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6114,595,0 1|1:2,113:115:99:.:.:3339,307,0 1|0:35,80:115:99:.:.:2012,0,624 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620 1|0:41,56:97:99:.:.:1416,0,842 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1305 1|1:0,79:79:99:.:.:2373,237,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485 1|1:7,192:199:99:.:.:5441,416,0 1|0:31,69:100:99:.:.:1683,0,516 1|1:8,123:131:99:.:.:3496,188,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3768,373,0 1|0:52,84:136:99:.:.:2235,0,1032 1|1:0,114:114:99:.:.:3375,342,0 1|0:19,62:81:99:.:.:1633,0,259 1|1:0,66:66:99:.:.:2042,198,0 0|1:31,22:53:99:.:.:518,0,702 1|0:23,82:105:99:.:.:2113,0,276 0|1:56,40:96:99:.:.:977,0,1232 0|1:111,18:129:99:.:.:110,0,2634 1|1:0,86:86:99:.:.:2631,258,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1530 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530 1|0:9,60:69:34:.:.:1569,0,34 1|1:2,202:204:99:.:.:5866,561,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3057,306,0 1|1:4,83:87:99:.:.:2421,151,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2067,204,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1867,188,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4125,408,0 1|0:10,54:64:80:.:.:1411,0,80 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1203 0|1:23,50:73:99:.:.:1275,0,380 1|1:0,74:74:99:.:.:2324,223,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2628,256,0 1|0:15,97:112:69:.:.:2545,0,69 1|1:1,206:207:99:.:.:6245,612,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2958,300,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3274,324,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,204:204:99:.:.:6055,612,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1068 0|0:131,0:131:99:.:.:0,99,3084 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1022 1|1:0,76:76:99:.:.:2222,228,0 1|1:3,79:84:99:.:.:2302,162,0 0|1:55,113:168:99:.:.:2865,0,1009 1|1:0,115:115:99:.:.:3534,346,0 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,221 1|0:43,121:164:99:.:.:3080,0,676 1|0:43,77:120:99:.:.:2033,0,805 1|1:1,151:152:99:.:.:4451,429,0 1|1:4,108:112:99:.:.:3125,242,0 1|1:2,143:145:99:.:.:4278,381,0 0|1:24,82:106:99:.:.:2119,0,340 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,55:55:99:.:.:1668,165,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1156,117,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2797,274,0 1|0:58,271:329:99:.:.:7162,0,618 1|0:92,39:131:99:.:.:778,0,2076 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,22:22:66:.:.:669,66,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1325,132,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5462,556,0 1|0:27,60:87:99:.:.:1528,0,504 1|1:0,75:75:99:.:.:2241,224,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1783 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|0:5,13:18:78:.:.:320,0,78 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1189 1|1:0,41:41:99:.:.:1222,123,0 1|1:5,112:117:99:.:.:3315,222,0 1|1:0,30:30:90:.:.:899,90,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,113:113:99:.:.:4064,340,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7638,638,0 1|1:0,180:180:99:.:.:6521,541,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7381,613,0 0|0:212,0:212:49:.:.:0,49,6175 1|1:0,220:220:99:.:.:7917,661,0 1|1:0,155:155:99:.:.:5546,466,0 1|1:2,244:246:99:.:.:8743,690,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6765,562,0 0|1:66,137:203:99:.:.:4268,0,1644 0|0:33,0:33:64:.:.:0,64,1051 1|1:0,198:198:99:.:.:7055,595,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6545,550,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7507,625,0 1|1:0,184:184:99:.:.:6633,553,0 1|1:0,239:239:99:.:.:8594,717,0 1|1:0,266:266:99:.:.:9329,799,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7833,659,0 1|1:12,155:167:99:.:.:5236,113,0 1|1:0,224:224:99:.:.:8012,673,0 1|1:1,156:157:99:.:.:5570,462,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7282,613,0 1|1:0,306:306:99:.:.:10931,918,0 0|1:41,126:167:99:.:.:4099,0,922 1|1:0,101:101:99:.:.:3533,304,0 1|1:1,118:119:99:.:.:4156,323,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7883,670,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1356,111,0 0|1:107,20:127:99:.:.:344,0,3241 1|1:0,169:169:99:.:.:6043,508,0 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150 1|1:0,229:229:99:.:.:8242,689,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8757,736,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3883,330,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6628,550,0 1|1:0,238:238:99:.:.:8412,715,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,734:734:99:.:.:26207,2205,0 1|1:1,766:767:99:.:.:27217,2296,0 1|1:0,646:646:99:.:.:22944,1942,0 1|0:37,46:83:99:.:.:1388,0,1003 1|1:0,28:28:84:.:.:975,84,0 1|1:2,124:126:99:.:.:4235,310,0 0|0:95,0:95:94:.:.:0,94,2726 1|1:0,171:171:99:.:.:5935,513,0 1|1:0,264:264:99:.:.:8936,793,0 1|1:0,482:482:99:.:.:16954,1443,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5807,510,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,281:281:99:.:.:9661,844,0 1|1:0,510:510:99:.:.:17918,1530,0 1|0:142,132:274:99:.:.:3717,0,3669 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,140:140:99:.:.:4779,421,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3329,294,0 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,107:107:99:.:.:3522,321,0 1|1:0,267:267:99:.:.:9092,802,0 1|0:215,29:244:99:.:.:257,0,6223 1|1:0,195:195:99:.:.:6782,586,0 1|1:0,272:272:99:.:.:9247,816,0 1|1:10,238:248:99:.:.:8114,398,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8254,709,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8756,754,0 1|1:1,261:262:99:.:.:8917,778,0 1|1:0,211:211:99:.:.:7115,634,0 1|1:2,381:383:99:.:.:13342,1105,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3922,340,0 1|1:5,373:378:99:.:.:12947,991,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1957,168,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9319,820,0 1|1:0,290:290:99:.:.:10032,870,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1505 1|1:0,272:272:99:.:.:9177,816,0 1|1:2,247:249:99:.:.:8402,698,0 0|1:206,28:234:99:.:.:246,0,5996 1|0:56,161:217:99:.:.:5065,0,1218 0|1:78,116:194:99:.:.:3468,0,1699 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,200:200:99:.:.:6866,601,0 1|1:0,241:241:99:.:.:8385,724,0 1|1:5,84:89:99:.:.:2812,109,0 0|1:204,52:256:99:.:.:1034,0,5838 1|0:17,58:75:99:.:.:1741,0,307 1|1:16,269:285:99:.:.:8702,329,0 1|1:1,498:499:99:.:.:16877,1462,0 1|0:70,106:176:99:.:.:2946,0,1811 1|1:4,441:445:99:.:.:15254,1225,0 1|1:1,229:230:99:.:.:7896,655,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1644 0|1:163,52:215:99:.:.:1102,0,4580 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|1:123,50:173:99:.:.:1183,0,3303 0|1:58,162:220:99:.:.:4841,0,1256 0|0:124,14:138:25:.:.:0,25,3452 1|1:11,177:188:99:.:.:5740,207,0 0|1:44,7:51:91:.:.:91,0,1186 0|1:33,212:245:99:.:.:6539,0,350 1|1:7,484:491:99:.:.:16253,1253,0 1|1:1,286:287:99:.:.:9815,827,0 1|1:20,235:255:98:.:.:7435,98,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485 1|1:12,122:134:29:.:.:3697,29,0 1|1:24,250:274:27:.:.:7752,27,0 0|0:202,20:222:1:.:.:0,1,5806 1|1:11,470:481:99:.:.:16155,1070,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6738,586,0 1|1:18,494:512:99:.:.:16712,964,0 1|1:3,622:625:99:.:.:21226,1775,0 1|1:3,529:532:99:.:.:18565,1542,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3629,304,0 1|1:0,459:459:99:.:.:15619,1378,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|0:106,166:272:99:.:.:4972,0,2709 1|1:2,499:501:99:.:.:17108,1436,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2753,238,0 0|1:87,64:151:99:.:.:1827,0,2404 1|1:0,147:147:99:.:.:5034,441,0 1|1:0,200:200:99:.:.:7023,602,0 0|1:147,53:200:99:.:.:1281,0,4226 1|0:102,62:164:99:.:.:1681,0,2876 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,205:206:99:.:.:7246,609,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8609,739,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7931,680,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2782,238,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1424 1|1:0,198:198:99:.:.:7101,596,0 1|1:0,179:179:99:.:.:6110,537,0 1|1:0,203:203:99:.:.:6944,610,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4455,387,0 1|1:0,231:231:99:.:.:8094,695,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,274:274:99:.:.:9667,824,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2459,216,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4249,375,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3819,327,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215 1|1:0,331:331:99:.:.:11643,995,0 1|1:0,300:300:99:.:.:10292,900,0 1|1:0,301:301:99:.:.:10420,904,0 1|1:0,28:28:84:.:.:971,84,0 1|1:0,233:233:99:.:.:7963,699,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9456,824,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4285,379,0 1|1:0,231:231:99:.:.:8028,694,0 1|1:0,191:191:99:.:.:6715,575,0 1|0:130,90:220:99:.:.:2552,0,3611 1|1:0,162:162:99:.:.:5712,487,0 1|1:18,213:231:95:.:.:6833,95,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6508,564,0 1|0:348,207:555:99:.:.:5676,0,9953 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1282 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,99,1485 0|1:45,139:184:99:.:.:4251,0,884 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665 1|1:2,49:51:99:.:.:1643,104,0 1|1:0,22:22:66:.:.:806,66,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 132258 . C T 41471.3 PASS FS=0;MQ=62.3;QD=21.58;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=6;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103000;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103000.1;SOR=0.671;VQSLOD=5.15;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=-0.0007;NCC=0;BaseQRankSum=2.91;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0.339;ReadPosRankSum=-0.809;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=3916191;AF=0.004469;MLEAC=22;MLEAF=0.004275;AN=842;AC=4 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1488:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1593:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1342:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1366:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1302:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1316:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1377:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1445:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,815:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,804:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,176:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,203:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,985:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1606:. 0|0:27,0:27:80:.:.:0,80,711:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1040:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,262:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,93:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,467:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:29,0:29:64:.:.:0,64,748:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1252:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1122:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1220:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,552:. 0|0:38,0:38:83:.:.:0,83,971:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,970:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:97:.:.:0,97,947:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,951:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1100:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1424:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:58,87:145:99:.:.:2231,0,1154:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1540:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1174:. 0|0:35,0:35:83:.:.:0,83,885:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1177:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:31,0:31:73:.:.:0,73,786:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,902:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1207:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1381:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:17,0:17:40:.:.:0,40,415:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1471:. 0|0:29,0:29:70:.:.:0,70,743:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1152:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:21:.:.:0,21,411:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1622:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1537:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1092:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1210:. 0|0:28,0:28:48:.:.:0,48,656:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,558:. 0|0:24,0:24:18:.:.:0,18,533:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1013:. 0|0:45,0:45:92:.:.:0,92,1138:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1288:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1668:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1752:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,579:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,602:. 0|0:40,0:40:83:.:.:0,83,961:. 0|0:44,0:44:92:.:.:0,92,1056:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1498:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1596:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,771:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1785:. 0|0:42,0:42:97:.:.:0,97,1055:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1393:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1245:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,998:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1117:. 0|0:51,0:51:86:.:.:0,86,1144:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1501:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1314:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1184:. 0|0:36,0:36:53:.:.:0,53,851:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1438:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1698:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1428:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,463:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1306:. 0|0:43,0:43:70:.:.:0,70,984:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,995:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1524:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1671:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1433:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1548:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1148:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,141:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1317:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1457:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1382:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,618:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1462:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1455:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:86:.:.:0,86,1194:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1626:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,866:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1671:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1558:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1386:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1219:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1420:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1152:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,712:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,931:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1027:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,590:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,58:60:99:.:.:1718,124,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1098:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,848:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,698:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:34,0:34:85:.:.:0,85,846:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,945:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,808:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1397:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,693:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,274:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:76:.:.:0,76,864:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,857:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1011:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,28:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1269:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1495:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1022:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,994:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,757:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,459:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1334:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:20:.:.:0,20,929:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1656:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:42,0:42:95:.:.:0,95,1049:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:70:.:.:0,70,758:. 0|0:28,0:28:70:.:.:0,70,739:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,164:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,360:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,400:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,476:. 0|0:22,0:22:19:.:.:0,19,612:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,587:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,304:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,394:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,680:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,169:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,405:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,477:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:31,0:31:58:.:.:0,58,957:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,443:. 1|0:5,22:27:85:.:.:690,0,85:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,471:. 0|0:23,0:23:38:.:.:0,38,689:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,272:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,169:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,97:. 0|0:10,0:10:13:.:.:0,13,258:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,468:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,138:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,475:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,616:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,780:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,173:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,156:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,633:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1430:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1043:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:105 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,319:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:80:.:.:0,80,1105:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1435:. 0|0:31,0:31:68:.:.:0,68,942:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1403:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1462:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:45 0|0:35,0:35:73:.:.:0,73,1019:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,686:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1772:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1572:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1422:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:45 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1161:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:102 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1755:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:99 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:39 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1108:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1474:. 0|0:19,0:19:.:.:.:.:57 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1390:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:99 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:100 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,868:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:93 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1568:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,442:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1493:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:60 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:39 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,453:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,588:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,748:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1246:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,708:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,941:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,699:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,286:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,219:. 0|0:23,0:23:52:.:.:0,52,694:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,788:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1314:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1255:. 0|0:38,0:38:80:.:.:0,80,1166:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,187:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,441:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,880:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,625:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,100:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,509:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,814:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1321:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1011:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,375:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,393:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,288:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 132574 . C T 1.23477e+06 PASS FS=0;MQ=60;QD=22.53;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E182K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=5;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103000;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103000.1;SOR=0.685;VQSLOD=5.61;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.24;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=147.76;GQ_STDDEV=112.57;HRun=2;InbreedingCoeff=0.8976;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.433;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6939438;AF=0.054;AS_InbreedingCoeff=0.411;MLEAC=281;MLEAF=0.054;AN=858;AC=79 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:97,0:97:30:.:.:0,30,2424:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1442:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1300:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1515:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1396:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1312:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:33,0:33:37:.:.:0,37,846:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1696:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4381,423,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,980:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,493:. 1|1:0,9:9:27:.:.:286,27,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1091:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1178:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1589:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1449:. 0|1:207,87:294:99:.:.:1771,0,4836:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1279:. 1|0:108,15:123:99:.:.:103,0,2779:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,115,1274:. 0|1:18,19:37:99:.:.:452,0,369:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1258:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,922:. 0|0:88,0:88:21:.:.:0,21,2017:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1486:. 1|0:82,88:170:99:.:.:2161,0,1828:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1430:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:73:.:.:0,73,771:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,10:39:99:.:.:187,0,671:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:17,5:22:90:.:.:90,0,412:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:31:.:.:0,31,2451:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1460:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1752:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1343:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1418:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1364:. 1|0:62,78:140:99:.:.:1914,0,1254:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,948:. 0|1:56,25:81:99:.:.:525,0,1368:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1022:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:16,65:81:99:.:.:1751,0,210:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1160:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1382:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1434:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1403:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2945,286,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1073:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,60:92:99:.:.:1532,0,604:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1027:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1792:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1498:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,92:144:99:.:.:2347,0,966:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1114:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1444:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,96:104:95:.:.:2633,95,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4461,451,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1561:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1737:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1379:. 1|0:123,23:146:99:.:.:254,0,2980:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,22:111:99:.:.:334,0,2124:. 0|1:106,26:132:99:.:.:338,0,2574:. 1|0:145,21:166:99:.:.:104,0,3435:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5416,549,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,134:135:99:.:.:3845,395,0:. 1|1:1,152:153:99:.:.:4404,430,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1286:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5290,526,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1267:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1200:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,16:51:99:.:.:310,0,834:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,23:142:99:.:.:276,0,2913:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1547:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,63:144:99:.:.:1481,0,1881:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1298:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,52:86:99:.:.:1353,0,717:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1432:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,116,1758:. 0|1:92,32:124:99:.:.:603,0,2210:. 1|0:79,24:103:99:.:.:407,0,1886:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1187:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:63,11:74:99:.:.:132,0,1539:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1316:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1161:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1161:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,993:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,30:83:99:.:.:647,0,1219:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,21:87:99:.:.:378,0,1563:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1307:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,955:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1549:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1232:. 1|0:17,43:60:99:.:.:1029,0,296:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,251:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,71:126:99:.:.:1757,0,1185:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1523:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,825:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1334:. 1|0:217,72:289:99:.:.:1348,0,5419:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1656:. 0|1:4,10:14:73:.:.:250,0,73:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1083:. 1|0:30,104:134:99:.:.:2642,0,414:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:16:.:.:0,16,396:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1091:. 0|0:40,0:40:91:.:.:0,91,1063:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,26:31:52:.:.:702,0,52:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1366:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1308:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1295:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1424:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1228:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1483:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4287,363,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,477:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1522:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,68:70:99:.:.:2384,152,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1293:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1359:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1500:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1465:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1296:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1385:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3707,313,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,143:144:99:.:.:4886,399,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1256:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1508:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1043:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1631:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3737,340,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1528:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1403:. 0|1:182,38:220:99:.:.:588,0,5332:. 0|0:210,0:210:71:.:.:0,71,5820:. 1|1:11,180:191:99:.:.:5614,241,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1089:. 0|1:16,98:114:99:.:.:2928,0,195:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1223:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1772:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1572:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,29:79:99:.:.:712,0,1315:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,31:35:26:.:.:911,0,26:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,19:31:99:.:.:511,0,305:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1309:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,479:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1170:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,153:182:99:.:.:4654,0,416:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1369:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1329:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,338:341:99:.:.:11504,922,0:. 1|0:29,46:75:99:.:.:1333,0,693:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1493:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1521:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1203:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1334:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,119:119:99:.:.:4121,358,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1345:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,119,1459:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4922,427,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4363,388,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,673:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1545:. 1|0:55,59:114:99:.:.:1732,0,1385:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1314:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1255:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,667:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1674:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,608:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1272:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1410:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1472:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,100:135:99:.:.:3047,0,791:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1103:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,356:. 1|1:5,223:228:99:.:.:7458,508,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 132642 . T G 148167 PASS FS=0.531;MQ=61.62;QD=18.27;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103000;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103000.1;SOR=0.634;VQSLOD=3.73;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=-0.0009;NCC=0;BaseQRankSum=-3.582;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=132.25;GQ_STDDEV=76.47;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.344;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=6337391;AF=0.006657;AS_InbreedingCoeff=-0.0323;MLEAC=35;MLEAF=0.006657;AN=856;AC=4 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:0,106,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|1:17,17:34:99:361,0,424:. 1|1:0,87:87:99:2392,260,0:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1515:. 0|0:46,0:46:99:0,115,1396:. 0|0:37,0:37:94:0,94,1017:. 0|0:33,0:33:70:0,70,848:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:35,0:35:99:0,99,977:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:77:0,77,988:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,110,1696:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1243:. 0|0:31,0:31:81:0,81,798:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:6,0:6:3:0,3,126:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1091:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1178:. 0|0:52,0:52:99:0,113,1589:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1449:. 0|0:297,0:297:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1279:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,115,1274:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:0,109,1258:. 0|0:34,0:34:99:0,102,922:. 0|0:87,0:87:99:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1486:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1430:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:70:0,70,803:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1110:. 0|0:63,0:63:99:0,115,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,110,1460:. 0|0:59,0:59:99:0,117,1752:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1343:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1418:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1364:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1046:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:0,81,821:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1022:. 0|0:37,0:37:87:0,87,1305:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1160:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1239:. 0|0:46,0:46:99:0,119,1434:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1103:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1243:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1403:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1073:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1103:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,110,1792:. 0|0:81,0:81:99:0,110,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,116,1498:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1114:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,110,1444:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,109,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,115,1561:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,107,1737:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,110,1800:. 0|1:33,54:87:99:1074,0,695:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1286:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1267:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1200:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1203:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,104,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,105,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:9:0,9,135:. 0|0:60,0:60:99:0,114,1547:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,117,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1298:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:112,9:121:99:0,130,3340:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1432:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,116,1758:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:93:0,93,1395:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1620:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1316:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1255:. 0|0:65,0:65:99:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1161:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1161:. 0|0:35,0:35:99:0,102,993:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,117,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1307:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,955:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,103,1549:. 0|0:41,0:41:99:0,107,1232:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:6:0,6,90:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1523:. 0|0:26,0:26:57:0,57,855:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1334:. 0|0:275,0:275:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,102,1656:. 0|0:13,0:13:39:0,39,389:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1098:. 0|0:82,0:82:99:0,109,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:27:0,27,405:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1091:. 0|0:36,0:36:81:0,81,1215:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1365:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1288:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1366:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1308:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1295:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1424:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1228:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1483:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,100,1522:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1293:. 0|0:39,0:39:99:0,106,1359:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1500:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1228:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1465:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1296:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1385:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1217:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1182:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1285:. 0|0:24,0:24:60:0,60,736:. 0|0:48,0:48:.:.:99 0|0:45,0:45:99:0,103,1508:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:.:.:120 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1043:. 0|0:54,0:54:.:.:115 0|0:118,0:118:99:0,107,1710:. 0|0:40,0:40:.:.:117 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:114 0|0:33,0:33:99:0,99,1115:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,117,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1403:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:120 0|0:40,0:40:99:0,111,1302:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1772:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1572:. 0|0:100,0:100:99:0,109,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:.:.:120 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:118 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:96 0|0:93,0:93:99:0,104,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:120 0|0:79,0:79:99:0,99,1800:. 0|0:67,0:67:.:.:120 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:.:.:120 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:117 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:.:.:42 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:108 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:.:.:120 0|0:43,0:43:.:.:102 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:120 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:106 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,109,1493:. 0|0:135,0:135:.:.:120 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:105 0|0:36,0:36:99:0,99,1167:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1334:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1345:. 0|0:41,0:41:99:0,119,1459:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1170:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:86:0,86,1082:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,109,1545:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1143:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1314:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1255:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1358:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1368:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1665:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:60:0,60,900:. 0|0:19,0:19:45:0,45,675:. 0|0:50,0:50:99:0,119,1674:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:39,0:39:99:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1272:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1410:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1472:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:362,0:362:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1316:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 132868 . T G 253088 PASS FS=0;MQ=59.87;QD=23.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q115H;SNPEFF_CODON_CHANGE=caA/caC;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103000;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103000.1;SOR=0.691;VQSLOD=6.43;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=-0.0005;NCC=0;BaseQRankSum=-3.658;ClippingRankSum=-0.034;MQRankSum=0.047;ReadPosRankSum=0.713;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9590692;AF=0.009722;MLEAC=51;MLEAF=0.009722;AN=858;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1339:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,104,1408:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1327:. 0|0:79,0:79:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1256:. 0|0:56,0:56:99:0,110,1745:. 0|0:47,0:47:93:0,93,1386:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1498:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:32,0:32:90:0,90,973:. 0|0:30,0:30:81:0,81,959:. 0|0:24,0:24:63:0,63,721:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1295:. 0|0:57,0:57:99:0,104,1665:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,103,1197:. 0|0:32,0:32:78:0,78,1170:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1302:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1148:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1417:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1209:. 0|0:268,0:268:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,118,1614:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|1:76,24:100:99:366,0,1915:. 1|1:0,81:81:99:2256,243,0:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1430:. 0|0:53,0:53:99:0,115,1601:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1113:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1456:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1157:. 0|0:14,0:14:42:0,42,383:. 0|0:68,0:68:99:0,111,1665:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1604:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1481:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:84:0,84,1260:. 0|0:71,0:71:99:0,117,1755:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1324:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1121:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:95,0:95:99:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:130,0:130:99:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1334:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1160:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1008:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1180:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:113,0:113:99:0,111,1665:. 0|0:126,0:126:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:99:0,114,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,111,1665:. 0|0:74,0:74:99:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:0,103,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,102,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1131:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1225:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1505:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:0,105,1575:. 0|0:120,0:120:99:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:0,117,1755:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,114,1710:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1329:. 0|0:141,0:141:99:0,108,1620:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:0,99,1485:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 1|0:61,57:118:99:1221,0,1508:. 0|0:82,0:82:99:0,109,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,119,1648:. 0|0:136,0:136:99:0,111,1665:. 0|0:132,0:132:99:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:0,99,1485:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:4659,520,0:. 0|0:98,0:98:99:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,114,1710:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,117,1755:. 0|0:114,0:114:99:0,99,1485:. 0|0:193,0:193:99:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,102,1530:. 0|0:165,0:165:99:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:0,102,1530:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:0,108,1620:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:172,0:172:99:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:0,104,1380:. 0|0:101,0:101:99:0,108,1620:. 0|0:107,0:107:99:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,114,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:24:0,24,360:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1242:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:0,105,1575:. 0|0:109,0:109:99:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1412:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:0,102,1530:. 0|0:158,0:158:99:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:0,114,1710:. 0|0:168,0:168:99:0,111,1665:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1365:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,100,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1220:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1205:. 0|0:49,0:49:99:0,118,1467:. 0|0:90,0:90:99:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:78:0,78,2390:. 1|1:0,143:143:99:3915,428,0:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1248:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1394:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1382:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1208:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:21:0,21,192:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,115,1504:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:0,105,1575:. 0|0:93,0:93:99:0,109,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1390:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1485:. 0|0:276,0:276:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,102,1530:. 0|0:153,0:153:99:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:48:0,48,449:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1603:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:0,60,544:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:0,99,929:. 0|0:110,0:110:99:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:110,0:110:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:141,0:141:99:0,119,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1547:. 0|0:167,0:167:99:0,114,1710:. 0|0:121,0:121:99:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,505:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1575:. 0|0:152,0:152:99:0,105,1575:. 0|0:122,0:122:99:0,99,1485:. 0|0:146,0:146:99:0,102,1530:. 0|0:154,0:154:99:0,114,1710:. 0|0:104,0:104:99:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:0,99,1485:. 0|0:151,0:151:99:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:99:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1475:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1542:. 0|0:83,0:83:99:0,111,1665:. 0|0:123,0:123:99:0,99,1485:. 0|0:150,0:150:99:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:0,102,1530:. 0|0:164,0:164:99:0,102,1530:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1477:. 0|0:24,0:24:72:0,72,821:. 0|0:41,0:41:.:.:105 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:196,0:196:99:0,117,1755:. 0|0:264,0:264:.:.:120 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1755:. 0|0:209,0:209:99:0,109,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:120 0|0:118,0:118:99:0,107,1710:. 0|0:59,0:59:.:.:120 0|0:134,0:134:99:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:.:.:114 0|0:65,0:65:99:0,102,1530:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1430:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 1|0:39,161:200:99:4699,0,743:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,108,1620:. 0|0:255,0:255:.:.:111 0|1:93,10:103:34:34,0,2761:. 0|0:50,0:50:.:.:99 0|0:40,0:40:99:0,111,1302:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:.:.:120 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,111,1665:. 0|0:208,0:208:99:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:.:.:100 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:.:.:105 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:.:.:108 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:.:.:99 0|0:210,0:210:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:.:.:102 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:.:.:105 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:.:.:93 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:120 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:.:.:99 0|0:56,0:56:.:.:114 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:.:.:114 0|0:133,0:133:99:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:.:.:120 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:.:.:117 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:105 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,108,1620:. 0|0:139,0:139:99:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 1|1:1,169:170:99:5464,499,0:. 0|0:162,0:162:99:0,117,1755:. 0|0:145,0:145:99:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1408:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:147,0:147:99:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:0,108,1620:. 0|0:201,0:201:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1297:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1665:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:69:0,69,1035:. 0|0:191,0:191:99:0,111,1665:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:48:0,48,720:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:436,0:436:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:260,0:260:99:0,105,1575:. 0|0:518,0:518:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,102,1530:. 0|0:200,0:200:99:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1338:. 0|0:22,0:22:63:0,63,702:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 135906 . T C 243360 PASS FS=0;MQ=60.09;QD=21.1;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1118E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aaa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=VPS51;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103100.1;SOR=0.717;VQSLOD=4.53;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=117.9;GQ_STDDEV=33.72;HRun=0;InbreedingCoeff=1;NCC=1;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;ClippingRankSum=0;BaseQRankSum=-2.982;MQRankSum=-0.21;ReadPosRankSum=0.201;culprit=FS;set=snp;DP=9560928;AF=0.007982;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=41;MLEAF=0.007792;AN=858;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:0,112,1656:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1535:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1342:. 0|0:52,0:52:99:0,113,1571:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1187:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1527:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1226:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1179:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1441:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1278:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1190:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:27,0:27:63:0,63,945:. 0|0:10,0:10:30:0,30,319:. 0|0:30,0:30:87:0,87,1305:. 0|0:27,0:27:63:0,63,945:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1030:. 0|0:49,0:49:99:0,110,1595:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1023:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:0,63,684:. 0|0:9,0:9:27:0,27,280:. 0|0:50,0:50:99:0,104,1388:. 0|0:47,0:47:99:0,103,1512:. 1|0:49,60:109:99:1367,0,1172:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1482:. 0|0:310,0:310:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1371:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1430:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,119,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,110,1320:. 0|0:21,0:21:60:0,60,674:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:83,0:83:99:0,109,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,119,1717:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1247:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|1:67,51:118:99:1045,0,1604:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1258:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1038:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1269:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1089:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1276:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,983:. 0|1:128,41:169:99:600,0,3374:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,110,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1048:. 0|0:45,0:45:99:0,113,1538:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1170:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1317:. 0|0:91,0:91:99:0,107,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,118,1177:. 0|0:118,0:118:99:0,100,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,112,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,918:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1387:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1653:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,107,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,115,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1414:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,105,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,112,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,102,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,112,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1008:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1074:. 0|0:186,0:186:99:0,109,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,109,1252:. 0|0:39,0:39:99:0,106,951:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,111,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,99,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 1|0:109,16:125:64:64,0,2999:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:0,18,169:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1318:. 0|0:56,0:56:99:0,107,1599:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1188:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1248:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1276:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1356:. 0|0:105,0:105:99:0,118,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,101,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1458:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,109,1273:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1446:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1120:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,113,1171:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1397:. 0|0:44,0:44:99:0,107,1190:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1480:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1179:. 0|0:88,0:88:99:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1326:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1594:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,242:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1751:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:0,60,587:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,720:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1184:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1624:. 0|1:12,4:16:70:70,0,321:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1018:. 0|0:34,0:34:99:0,99,924:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:0,90,931:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1620:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,104,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 1|0:129,71:200:99:1887,0,4070:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1593:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1186:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1422:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1506:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1260:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|1:144,55:199:99:1348,0,4567:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1478:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1401:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1518:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1164:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1124:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1216:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1178:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:886,0:886:99:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:0,120,1800:. 0|0:639,0:639:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:38,0:38:.:.:106 0|0:35,0:35:99:0,102,1237:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1656:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:.:.:120 0|0:127,0:127:99:0,117,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:108 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:.:.:120 0|0:45,0:45:99:0,99,1416:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1458:. 0|0:457,0:457:.:.:120 0|0:33,0:33:99:0,99,1104:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 1|0:21,215:236:18:6431,0,18:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,115,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:120 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:.:.:120 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 1|1:0,257:257:99:8710,772,0:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,116,1674:. 0|0:42,0:42:.:.:115 0|0:47,0:47:99:0,108,1683:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1528:. 0|0:41,0:41:.:.:112 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:104 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:99 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:.:.:111 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:.:.:120 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1392:. 0|0:36,0:36:.:.:108 0|0:44,0:44:99:0,119,1472:. 0|1:40,108:148:99:3119,0,893:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:107 0|0:44,0:44:99:0,101,1498:. 0|0:45,0:45:.:.:120 0|0:47,0:47:99:0,109,1573:. 0|0:47,0:47:.:.:120 0|0:48,0:48:.:.:120 0|0:41,0:41:99:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:101 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:400,0:400:.:.:120 0|0:44,0:44:99:0,115,1468:. 0|0:632,0:632:.:.:120 0|0:65,0:65:99:0,104,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1324:. 0|0:178,0:178:99:0,101,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1138:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,101,1489:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:0,118,1793:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,114,1710:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1232:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1220:. 0|0:78,0:78:99:0,101,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1158:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:278,0:278:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1156:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1209:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1076:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1138:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1165:. 0|0:40,0:40:99:0,116,1351:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:. 0|0:339,0:339:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1091:. Pf3D7_01_v3 136294 . G A 381082 PASS FS=0.552;MQ=59.98;QD=28.27;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=C988;SNPEFF_CODON_CHANGE=tgC/tgT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=VPS51;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103100.1;SOR=0.641;VQSLOD=4.29;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.41;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=115.97;GQ_STDDEV=30.73;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9071;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.491;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10133184;AF=0.006839;AS_InbreedingCoeff=-0.0702;MLEAC=35;MLEAF=0.006649;AN=858;AC=32 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1656:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1575:. 1|0:54,15:69:99:0|1:136294_G_A:512,0,2796:. 0|1:30,37:67:99:0|1:136294_G_A:1471,0,1429:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1342:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1340:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1527:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1668:. 0|1:15,14:29:99:0|1:136294_G_A:543,0,723:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1329:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1595:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1460:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1338:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:17,0:17:27:.:.:0,27,422:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1388:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1512:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1282:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1371:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1430:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1320:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,584:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,773:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:90:.:.:0,90,1925:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1717:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1258:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1038:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1269:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1276:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,983:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1645:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1322:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1538:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1170:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1317:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,118,1177:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,52:104:99:0|1:136294_G_A:2007,0,2399:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,918:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1387:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1653:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1414:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,35:199:99:0|1:136294_G_A:952,0,8106:. 0|1:188,49:237:99:0|1:136294_G_A:1485,0,9119:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1252:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,951:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,162:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1318:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1599:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,16:137:99:0|1:136294_G_A:287,0,6049:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1248:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1356:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,21:99:99:0|1:136294_G_A:657,0,3986:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1458:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1273:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1446:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1510:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1171:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:136294_G_A:3497,238,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1190:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1480:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1326:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1616:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1751:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,83:125:99:0|1:136294_G_A:3274,0,1821:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1624:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,583:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,966:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1361:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1593:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1422:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1260:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1478:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1401:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1474:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1124:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1216:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:729,0:729:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:639,0:639:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1387:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1172:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1656:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:556,0:556:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,235:235:99:1|1:136294_G_A:10595,713,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1379:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1416:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1371:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,273:273:99:1|1:136294_G_A:12281,831,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,279:300:99:0|1:136294_G_A:11542,0,542:. 0|1:183,74:257:99:0|1:136294_G_A:2553,0,10923:. 1|0:139,58:197:99:0|1:136294_G_A:2028,0,8097:. 1|0:13,282:295:12:0|1:136294_G_A:11741,0,12:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1528:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1451:. 1|0:40,218:258:99:0|1:136294_G_A:9180,0,1817:. 0|1:68,29:97:99:0|1:136294_G_A:1036,0,3880:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:107,67:174:99:0|1:136294_G_A:2514,0,6553:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1382:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,188:257:99:0|1:136294_G_A:7693,0,3584:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1392:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1116:. 1|0:196,78:274:99:0|1:136294_G_A:2625,0,11519:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,33:39:99:0|1:136294_G_A:1341,0,276:. 1|0:249,34:283:99:0|1:136294_G_A:678,0,14888:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1573:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:25,186:211:99:0|1:136294_G_A:7783,0,914:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1203:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:400,0:400:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:251,24:275:99:0|1:136294_G_A:249,0,14825:. 0|0:559,0:559:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1324:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1489:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1793:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,283:283:99:1|1:136294_G_A:12765,864,0:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1220:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:136294_G_A:3414,232,0:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1047:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1209:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:70:.:.:0,70,864:. 0|0:339,0:339:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1091:. Pf3D7_01_v3 136295 . C A 377098 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=28.19;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=C988F;SNPEFF_CODON_CHANGE=tGc/tTc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=VPS51;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103100.1;SOR=0.643;VQSLOD=6.28;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.08;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=115.97;GQ_STDDEV=30.73;HRun=2;InbreedingCoeff=0.9071;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.537;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10134392;AF=0.006839;AS_InbreedingCoeff=-0.0702;MLEAC=35;MLEAF=0.006649;AN=858;AC=32 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1656:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1575:. 1|0:54,18:72:99:0|1:136294_G_A:512,0,2796:. 0|1:29,38:67:99:0|1:136294_G_A:1471,0,1429:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1342:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1340:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1527:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1668:. 0|1:15,14:29:99:0|1:136294_G_A:543,0,723:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1329:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:21,0:21:34:.:.:0,34,491:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1595:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1460:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1338:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:17,0:17:24:.:.:0,24,401:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1388:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1512:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1282:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1371:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1430:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1320:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,584:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,773:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:90:.:.:0,90,1925:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1717:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1258:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1038:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1269:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1276:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,983:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1645:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1322:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1538:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1170:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1317:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,118,1177:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,51:104:99:0|1:136294_G_A:2007,0,2399:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,918:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1387:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1653:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1414:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:163,35:198:99:0|1:136294_G_A:952,0,8106:. 0|1:187,49:236:99:0|1:136294_G_A:1485,0,9119:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1252:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,951:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,162:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1318:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1599:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,15:134:99:0|1:136294_G_A:287,0,6049:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1248:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1356:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,22:103:99:0|1:136294_G_A:657,0,3986:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1458:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1273:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1446:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1510:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1171:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:136294_G_A:3497,238,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1190:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1480:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1326:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1616:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1751:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,83:124:99:0|1:136294_G_A:3274,0,1821:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1624:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,583:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,966:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1361:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1593:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1422:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1260:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1478:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1401:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1474:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1124:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1216:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:729,0:729:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:639,0:639:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1387:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1172:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1656:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:556,0:556:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,234:234:99:1|1:136294_G_A:10595,713,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1379:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1416:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1371:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,271:271:99:1|1:136294_G_A:12281,831,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,276:298:99:0|1:136294_G_A:11542,0,542:. 0|1:183,74:257:99:0|1:136294_G_A:2553,0,10923:. 1|0:139,58:197:99:0|1:136294_G_A:2028,0,8097:. 1|0:13,280:293:12:0|1:136294_G_A:11741,0,12:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1528:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1451:. 1|0:40,223:263:99:0|1:136294_G_A:9180,0,1817:. 0|1:66,30:96:99:0|1:136294_G_A:1036,0,3880:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:112,69:181:99:0|1:136294_G_A:2514,0,6553:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1382:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,187:257:99:0|1:136294_G_A:7693,0,3584:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1392:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1116:. 1|0:195,77:272:99:0|1:136294_G_A:2625,0,11519:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,33:39:99:0|1:136294_G_A:1341,0,276:. 1|0:246,34:280:99:0|1:136294_G_A:678,0,14888:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1573:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:25,188:213:99:0|1:136294_G_A:7783,0,914:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1203:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:400,0:400:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:250,24:274:99:0|1:136294_G_A:249,0,14825:. 0|0:559,0:559:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1324:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1489:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1793:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,284:284:99:1|1:136294_G_A:12765,864,0:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1220:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:136294_G_A:3414,232,0:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1047:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1209:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:70:.:.:0,70,864:. 0|0:339,0:339:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1091:. Pf3D7_01_v3 136422 . G T 7.03433e+06 PASS FS=0;MQ=59.27;QD=25.54;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q946K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Caa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=VPS51;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103100.1;SOR=0.683;VQSLOD=9.04;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.997;GC=23.81;GQ_MEAN=199.65;GQ_STDDEV=209.45;HRun=2;InbreedingCoeff=0.5942;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=-0.433;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12419891;AF=0.235;AS_InbreedingCoeff=0.7046;MLEAC=1230;MLEAF=0.236;AN=848;AC=328 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:54,8:62:76:.:.:76,0,1435:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1575:. 1|1:8,66:74:6:.:.:1902,6,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:39:.:.:0,39,1366:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1852,171,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1347,126,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2297,219,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2184,207,0:. 1|0:46,23:69:99:.:.:488,0,1147:. 1|0:26,16:42:99:.:.:398,0,638:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:26,31:57:99:.:.:810,0,626:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,261:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:57:.:.:0,57,845:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1218:. 1|0:47,10:57:99:.:.:147,0,1168:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1460:. 1|1:0,224:224:99:.:.:6864,673,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1213:. 0|1:42,68:110:99:.:.:1679,0,835:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1459:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1638,156,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,12:58:99:.:.:204,0,1151:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1310,128,0:. 0|1:93,55:148:99:.:.:1270,0,2201:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:32,32:64:99:.:.:770,0,654:. 0|1:33,16:49:99:.:.:314,0,741:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:.:.:6650,657,0:. 1|0:82,41:123:99:.:.:857,0,1961:. 1|0:72,12:84:99:.:.:112,0,1829:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1010:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,16:40:99:1|0:136410_C_T:344,0,767:. 1|1:3,95:98:99:.:.:2749,174,0:. 0|1:186,37:223:99:0|1:136422_G_T:420,0,5765:. 0|0:124,14:138:7:.:.:0,7,3137:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,105:106:99:1|1:136422_G_T:3745,296,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1247:. 0|1:11,70:81:72:.:.:1871,0,72:. 1|0:16,64:80:99:.:.:1711,0,209:. 1|0:58,82:140:99:.:.:1993,0,1226:. 1|0:88,33:121:99:0|1:136422_G_T:863,0,7304:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4426,435,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1258:. 0|1:94,35:129:99:.:.:675,0,2533:. 1|0:117,26:143:99:.:.:386,0,2901:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1038:. 1|1:2,71:73:99:.:.:2114,158,0:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,93:116:99:.:.:2504,0,309:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,983:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1645:. 1|0:26,36:62:99:.:.:923,0,557:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1322:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:50,0:50:27:.:.:0,27,1172:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1170:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4458,435,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1317:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,68:91:99:0|1:136422_G_T:1756,0,447:. 0|1:40,119:159:99:.:.:3177,0,626:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4258,418,0:. 1|0:63,46:109:99:.:.:1046,0,1438:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,30:80:99:.:.:683,0,1376:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1387:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:192,38:230:99:.:.:552,0,4625:. 1|1:0,163:163:99:1|1:136422_G_T:6111,494,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1653:. 1|0:102,32:134:99:.:.:576,0,2450:. 1|0:68,96:164:99:.:.:2252,0,1985:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:77,79:156:99:.:.:1988,0,1702:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,210:222:99:.:.:5979,325,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,126:194:99:.:.:3259,0,1303:. 1|1:0,238:238:99:.:.:7280,715,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:164,32:196:99:.:.:400,0,3940:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,60:149:99:.:.:1335,0,2049:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:123,40:163:99:.:.:675,0,3751:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:207,24:231:52:.:.:52,0,6634:. 1|1:1,164:165:99:.:.:4857,469,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1414:. 0|1:108,122:230:99:.:.:2918,0,2330:. 0|1:112,64:176:99:.:.:1371,0,3009:. 1|1:1,213:214:99:.:.:6345,615,0:. 1|0:125,54:179:99:.:.:1148,0,3014:. 0|1:116,14:130:34:.:.:34,0,2839:. 1|1:5,92:97:99:.:.:2590,156,0:. 0|1:24,168:192:94:.:.:4505,0,94:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,173:180:99:1|1:136422_G_T:5662,352,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5085,526,0:. 1|1:0,222:222:99:.:.:6694,667,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:152,43:195:99:.:.:760,0,3764:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,260:260:99:.:.:7990,781,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2832,279,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:47,30:77:99:.:.:675,0,1078:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4491,441,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1252:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,951:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,133:137:99:.:.:3926,307,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,64:159:99:.:.:1463,0,2340:. 1|0:60,45:105:99:.:.:1093,0,1412:. 1|1:15,203:218:99:.:.:5646,192,0:. 0|1:147,35:182:99:.:.:528,0,4135:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:10:.:.:0,10,344:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,83:161:99:.:.:1996,0,1722:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2585,255,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1318:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1599:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,152:202:99:.:.:3986,0,785:. 1|1:3,110:113:99:.:.:3227,252,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,15:97:99:.:.:162,0,2060:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1188:. 0|1:80,57:137:99:.:.:1869,0,2843:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,143:200:99:.:.:3778,0,1077:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1248:. 1|1:0,251:251:99:.:.:7670,754,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4120,417,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,18:141:99:.:.:142,0,3091:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,49:108:99:.:.:1187,0,1365:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1356:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3218,318,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1458:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:60,18:78:99:.:.:307,0,1480:. 1|0:88,36:124:99:.:.:734,0,2000:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1273:. 1|1:1,134:135:99:.:.:4045,376,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:.:.:6465,631,0:. 1|0:170,31:201:99:.:.:344,0,4163:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1446:. 0|1:39,14:53:99:0|1:136422_G_T:265,0,1256:. 0|1:51,159:210:99:.:.:4086,0,1330:. 1|1:5,126:131:99:.:.:3688,252,0:. 0|1:40,30:70:99:.:.:709,0,1195:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,2084:. 1|0:66,8:74:99:.:.:126,0,2400:. 1|0:96,45:141:99:0|1:136422_G_T:893,0,3457:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1510:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1945,170,0:. 0|1:49,24:73:99:.:.:506,0,1329:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1190:. 0|1:84,40:124:99:0|1:136422_G_T:813,0,2363:. 1|1:0,235:235:99:.:.:7159,705,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:83:.:.:0,83,1461:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1616:. 0|1:162,21:183:95:.:.:95,0,4035:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,5:10:99:.:.:126,0,109:. 0|1:108,66:174:99:.:.:1479,0,2761:. 0|1:75,59:134:99:.:.:1403,0,1737:. 1|0:86,52:138:99:0|1:136422_G_T:1117,0,2767:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,107:138:99:.:.:2865,0,715:. 1|1:7,201:208:99:.:.:5892,421,0:. 0|1:16,45:61:99:.:.:1194,0,272:. 1|1:0,31:31:93:.:.:961,93,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,14:15:17:.:.:405,17,0:. 1|1:2,46:48:86:.:.:1362,86,0:. 1|1:171,0:171:.:.:.:.:. 0|1:62,50:112:99:.:.:1242,0,1446:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2180,218,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:136422_G_T:4204,364,0:. 1|1:6,124:130:99:.:.:3730,237,0:. 0|1:14,7:21:99:.:.:152,0,331:. 1|0:32,30:62:99:.:.:989,0,1105:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1594,156,0:. 1|1:3,146:149:99:.:.:4400,362,0:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,826:. 1|1:1,204:205:99:.:.:7250,584,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:5231,442,0:. 1|0:80,151:231:99:.:.:4724,0,2128:. 1|0:142,113:255:99:.:.:3317,0,4188:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:115,108:223:99:0|1:136422_G_T:3119,0,4119:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,149:150:99:1|1:136422_G_T:6028,429,0:. 1|1:11,263:274:99:.:.:10358,423,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1361:. 1|1:0,261:261:99:.:.:9276,785,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:6724,569,0:. 1|1:0,264:264:99:.:.:11146,806,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1422:. 1|1:0,240:240:99:.:.:8420,721,0:. 1|1:2,237:239:99:.:.:8460,650,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1260:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,316:316:99:.:.:11204,950,0:. 0|1:144,43:187:99:0|1:136422_G_T:1298,0,5258:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1478:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1401:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1474:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,176:188:99:.:.:5882,151,0:. 1|1:0,157:157:99:.:.:6447,482,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1124:. 1|1:0,128:128:99:.:.:4573,385,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:136422_G_T:9471,702,0:. 1|1:0,245:245:99:.:.:8667,737,0:. 1|1:0,237:237:99:.:.:8245,712,0:. 1|1:0,828:828:99:.:.:29528,2491,0:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,724:725:99:.:.:29935,2195,0:. 1|0:69,24:93:99:.:.:595,0,2116:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1429,123,0:. 1|1:5,126:131:99:.:.:4233,227,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1656:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,563:568:99:.:.:19391,1559,0:. 0|0:170,0:170:16:.:.:0,16,4671:. 1|1:5,257:262:99:1|1:136422_G_T:10185,580,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,585:588:99:.:.:20422,1709,0:. 1|0:174,128:302:99:.:.:3358,0,4902:. 1|1:7,630:637:99:.:.:21353,1675,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4897,441,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:742,0:742:0:.:.:0,0,19306:. 1|1:1,75:76:99:.:.:2433,193,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7377,646,0:. 1|1:2,266:268:99:.:.:8887,734,0:. 1|1:273,0:273:.:.:.:0,0,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:218,48:266:99:.:.:787,0,6503:. 1|0:234,28:262:99:.:.:135,0,6865:. 1|1:19,224:243:99:.:.:7119,136,0:. 0|0:649,0:649:0:.:.:0,0,12842:. 1|0:28,96:124:99:.:.:2800,0,551:. 1|0:301,229:530:99:.:.:6097,0,8167:. 1|0:40,14:54:99:.:.:366,0,1083:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,278:278:99:1|1:136422_G_T:11374,868,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,284:284:99:.:.:9836,854,0:. 1|1:9,249:258:99:1|1:136422_G_T:9247,147,0:. 0|1:151,74:225:99:.:.:2249,0,4303:. 1|0:42,186:228:99:.:.:6201,0,872:. 1|1:0,255:255:99:1|1:136422_G_T:10181,778,0:. 1|1:0,240:240:99:.:.:8391,721,0:. 1|1:1,257:258:99:.:.:8803,741,0:. 1|1:4,129:133:99:.:.:4246,265,0:. 1|0:56,215:271:99:.:.:8117,0,1391:. 1|1:122,0:122:.:.:.:0,0,0:. 1|0:41,267:308:99:.:.:8355,0,424:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:73,134:207:99:.:.:4472,0,1825:. 1|1:8,570:578:99:.:.:19339,1509,0:. 1|1:0,294:294:99:.:.:10106,883,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,208:281:99:0|1:136422_G_T:7231,0,2620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1392:. 0|0:247,0:247:0:.:.:0,0,6127:. 1|0:80,171:251:99:.:.:5536,0,2320:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,77:230:99:.:.:1930,0,4352:. 1|1:0,49:49:99:1|1:136422_G_T:2091,153,0:. 0|1:60,232:292:99:.:.:6988,0,1031:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1573:. 1|0:39,209:248:99:.:.:6547,0,547:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:116,16:132:99:.:.:175,0,3790:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1203:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,544:546:99:.:.:18908,1570,0:. 1|0:36,73:109:99:0|1:136422_G_T:2147,0,991:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:4,432:436:99:.:.:14592,1247,0:. 1|0:198,71:269:99:.:.:1637,0,5850:. 1|1:2,673:675:99:.:.:22618,1947,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:90,72:162:99:.:.:2007,0,2518:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1324:. 1|1:0,195:195:99:.:.:7938,599,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,118:172:99:.:.:3598,0,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,263:263:99:.:.:9038,790,0:. 1|1:0,262:262:99:.:.:9130,788,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2652,226,0:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1953:. 1|1:0,226:226:99:.:.:7948,679,0:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7624,662,0:. 1|0:134,81:215:99:.:.:2200,0,3771:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,307:319:99:.:.:10222,568,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:3044,262,0:. 1|1:0,126:126:99:.:.:4462,379,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:136422_G_T:2262,163,0:. 1|1:0,14:14:42:.:.:507,42,0:. 1|1:0,324:324:99:.:.:11316,975,0:. 1|0:195,126:321:99:0|1:136422_G_T:3794,0,14028:. 0|1:159,163:322:99:.:.:5296,0,5441:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|1:267,0:267:.:.:.:0,0,0:. 1|1:3,159:162:99:.:.:5345,403,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1209:. 1|0:66,153:219:99:0|1:136422_G_T:5373,0,1988:. 1|1:0,246:246:99:.:.:8573,739,0:. 1|1:0,256:256:99:.:.:9055,770,0:. 1|1:18,227:245:30:.:.:8068,30,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 1|1:0,571:571:99:.:.:20069,1717,0:. 0|1:75,24:99:99:.:.:464,0,2225:. 0|1:187,161:348:99:.:.:4412,0,5299:. 1|1:0,705:705:99:.:.:24105,2118,0:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7308,643,0:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8906,764,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1929,171,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:14,355:369:99:.:.:11748,642,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1091:. Pf3D7_01_v3 136765 . A T 356324 PASS FS=0.538;MQ=59.13;QD=20.7;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A831;SNPEFF_CODON_CHANGE=gcT/gcA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=VPS51;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103100.1;SOR=0.65;VQSLOD=5.92;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;GQ_MEAN=119.5;GQ_STDDEV=54.8;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9476;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.18;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8847924;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=0.6192;MLEAC=130;MLEAF=0.025;AN=858;AC=24 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1538:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1931,186,0:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1569:. 0|0:64,0:64:73:.:.:0,73,1758:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1277:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1631:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1535:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1232:. 1|0:27,25:52:99:.:.:601,0,695:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,640:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1087:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1240:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1447:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1053:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1164:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,134:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1384:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1348:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1217:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1461:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,952:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1199:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:1,67:68:99:.:.:1939,175,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1137:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:8,98:106:76:.:.:3044,76,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,997:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1192:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1291:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1301:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1566:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1397:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,86:126:99:.:.:2177,0,785:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:88,17:105:99:.:.:199,0,2324:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:136600_ATTACTATGGATATCTTCATTACCATGAATATCTTCATTACTATGAATATCCTTATTACCATGAATATCTTCATTACTATGGATATCTTCT_A:6627,566,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6137,618,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:32,124:156:99:.:.:3255,0,508:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,277:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1763:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:12,63:75:99:.:.:1706,0,135:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1295:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1355:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,27:48:99:.:.:642,0,475:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:72,13:85:99:.:.:138,0,1868:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1319:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1390:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,252:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,41:112:99:.:.:936,0,1826:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:92,26:118:99:.:.:366,0,2417:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1201:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,718:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:168,0:168:21:.:.:0,21,3958:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1517:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1325:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:136681_G_GATATCTTCTTTACCATGAATATCTTCTTTACCATGAATATCCTTATTACCATGAATATCTTCATTACTATGGATATCTTCTTTACCATGA:4834,407,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1360:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1376:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1604:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:139,0:139:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:.:.:.:.:102 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:724,0:724:.:.:.:.:120 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:.:.:.:.:99 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:.:.:.:.:99 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1274:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:100 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1319:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:102 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:102 0|0:158,0:158:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:.:.:.:.:99 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:.:.:.:.:119 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:.:.:.:.:120 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:99 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:120 0|0:156,0:156:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:75,0:75:.:.:.:.:105 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:106,0:106:.:.:.:.:120 0|0:73,0:73:.:.:.:.:99 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:99 1|0:193,33:226:99:.:.:449,0,5977:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:120 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,8:106:37:.:.:0,37,3210:. 1|1:2,450:452:99:.:.:15259,1285,0:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:108 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:99 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1460:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,720:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1338:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 137258 . G A 1.23261e+07 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=32.18;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T667M;SNPEFF_CODON_CHANGE=aCg/aTg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=VPS51;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103100.1;SOR=0.631;VQSLOD=7.37;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=19.05;GQ_MEAN=210.48;GQ_STDDEV=98.65;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7756;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.106;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=DP;set=snp;DP=8544253;AF=0.819;AS_InbreedingCoeff=0.7272;MLEAC=4277;MLEAF=0.826;AN=856;AC=640 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:34,20:54:99:.:.:485,0,752 1|1:0,44:44:99:.:.:1395,132,0 1|0:33,15:48:99:.:.:335,0,710 1|1:0,48:48:99:.:.:1529,144,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1172,111,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1611,150,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1009,93,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2090,198,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1347,126,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1626,153,0 1|0:7,19:26:99:.:.:538,0,124 1|1:0,48:48:99:.:.:1514,144,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1472,138,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1366,129,0 0|1:5,10:15:91:.:.:271,0,91 1|1:0,11:11:33:.:.:361,33,0 1|1:0,5:5:15:.:.:165,15,0 1|1:2,27:29:32:.:.:782,32,0 1|1:0,25:25:75:.:.:816,75,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1186,114,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2013,195,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2872,274,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4631,453,0 1|1:0,32:32:96:.:.:993,96,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1450,141,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2699,276,0 0|0:15,0:15:12:.:.:0,12,353 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,171 0|0:57,0:57:97:.:.:0,97,1373 1|1:0,49:49:99:.:.:1514,147,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2107,207,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3208,309,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2107,201,0 0|1:152,72:224:99:.:.:1560,0,3254 1|1:1,56:57:99:.:.:1657,144,0 1|0:60,76:136:99:.:.:1986,0,1205 1|1:0,77:77:99:.:.:2337,231,0 0|1:22,18:40:99:.:.:389,0,443 1|0:12,47:59:99:.:.:1222,0,116 1|0:20,45:65:99:.:.:1184,0,285 0|0:55,0:55:73:.:.:0,73,1233 1|1:0,112:112:99:.:.:3407,337,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2345,231,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2989,295,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4221,421,0 0|1:46,54:100:99:.:.:1354,0,846 1|0:28,17:45:99:.:.:376,0,610 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,774 1|0:49,7:56:40:.:.:40,0,1148 0|1:7,34:41:67:.:.:884,0,67 1|1:0,91:91:99:.:.:2795,273,0 0|1:8,16:24:99:.:.:424,0,127 0|0:79,0:79:99:.:.:0,103,1667 1|0:52,90:142:99:.:.:2352,0,996 1|1:0,70:70:99:.:.:2019,209,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1690,168,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1753,177,0 1|1:2,51:53:99:.:.:1513,104,0 1|1:8,73:81:27:.:.:1994,27,0 1|1:3,62:65:99:.:.:1763,117,0 0|1:54,70:124:99:.:.:1731,0,1059 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,980 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:142,0:142:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,28:28:84:.:.:834,84,0 1|0:55,25:80:99:.:.:514,0,1231 1|1:0,63:63:99:.:.:1907,189,0 1|1:9,85:94:35:.:.:2396,35,0 1|1:0,23:23:69:.:.:673,69,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1626,159,0 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305 0|1:17,20:37:99:0|1:137235_G_T:723,0,556 1|1:0,67:67:99:.:.:2067,201,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1543,153,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2931,289,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1200,117,0 0|1:77,24:101:99:.:.:419,0,1608 1|1:0,79:79:99:.:.:2443,237,0 1|1:1,48:49:99:.:.:1365,119,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1757,174,0 0|1:6,38:44:6:.:.:999,0,6 1|1:0,49:49:99:.:.:1499,147,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1862,185,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1869,186,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1430 1|1:0,44:44:99:.:.:1325,132,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1407,144,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1979,189,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3514,366,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2305,233,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1138,114,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4091,402,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,79:79:99:.:.:2401,237,0 1|0:14,54:68:99:.:.:1358,0,153 1|0:9,42:51:76:.:.:1106,0,76 1|1:0,78:78:99:.:.:2337,234,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2675,267,0 1|1:2,96:98:99:.:.:2868,239,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3834,393,0 1|1:5,186:191:99:.:.:5699,455,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2048,204,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2569,252,0 1|1:8,126:134:99:.:.:3586,210,0 1|1:1,104:105:99:.:.:3033,286,0 1|1:2,197:199:99:.:.:6011,559,0 0|1:50,41:91:99:.:.:904,0,1004 1|1:1,188:189:99:.:.:5879,540,0 1|0:63,79:142:99:.:.:1942,0,1244 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,179:179:99:.:.:5452,537,0 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|0:40,125:165:99:.:.:3313,0,551 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,72:72:99:1|1:137235_G_T:2972,223,0 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,109:109:99:.:.:3253,327,0 1|1:1,169:170:99:.:.:5064,482,0 0|1:47,76:123:99:.:.:2175,0,812 1|1:1,185:186:99:.:.:5532,530,0 1|0:32,62:94:99:.:.:1569,0,567 1|1:7,151:158:99:.:.:4529,302,0 0|1:94,26:120:99:.:.:431,0,2140 0|1:12,80:92:24:.:.:2071,0,24 1|1:0,123:123:99:.:.:3624,369,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800 0|1:64,38:102:99:.:.:853,0,1340 0|1:45,59:104:99:.:.:1466,0,775 1|1:0,108:108:99:.:.:3132,324,0 1|1:3,99:102:99:.:.:2857,229,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2798,276,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2198,228,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3520,349,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4199,418,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2718,276,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4690,478,0 1|1:5,79:84:99:.:.:2342,122,0 0|1:77,32:109:99:.:.:589,0,1604 1|0:66,26:92:99:.:.:484,0,1364 1|1:0,132:132:99:.:.:3891,397,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,84:84:99:.:.:2465,252,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3645,364,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2137,218,0 1|0:76,26:102:99:.:.:517,0,1670 1|1:0,72:72:99:.:.:2197,216,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3499,343,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|1:50,14:64:99:.:.:225,0,1116 1|1:0,68:68:99:.:.:2081,204,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1440,144,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3116,318,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2106,204,0 0|1:53,46:99:99:.:.:1129,0,1081 1|1:1,90:91:99:.:.:2645,246,0 1|1:0,28:28:84:.:.:840,84,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4174,426,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2566,252,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3605,349,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3992,390,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1628 0|1:49,52:101:99:.:.:1250,0,993 1|1:1,84:85:99:.:.:2577,230,0 1|1:5,149:154:99:.:.:4425,326,0 1|1:4,156:160:99:.:.:4685,395,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3845,379,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4754,468,0 1|1:0,9:9:27:.:.:286,27,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2437,240,0 1|0:65,56:121:99:.:.:1336,0,1338 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1763 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|0:45,26:71:99:.:.:596,0,934 1|1:0,135:135:99:.:.:4123,406,0 1|0:24,104:128:99:.:.:2746,0,242 1|1:0,75:75:99:.:.:2295,225,0 1|1:7,106:113:99:.:.:3061,160,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,78:78:99:.:.:2368,234,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2357,231,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2668,259,0 0|1:14,100:114:20:.:.:2713,0,20 1|1:1,150:151:99:.:.:4559,427,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2580,250,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2925,286,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800 1|1:0,172:172:99:.:.:5161,516,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3882,379,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3185,310,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3618,361,0 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:.:.:2534,255,0 1|0:47,40:87:99:.:.:963,0,962 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,69:75:61:.:.:1967,61,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1340,132,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1602,156,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1466,147,0 1|0:20,143:163:2:.:.:3768,0,2 1|1:0,83:83:99:.:.:3223,256,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3070,309,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3201,319,0 0|1:28,107:135:99:.:.:3011,0,322 1|1:0,91:91:99:.:.:2743,273,0 1|1:2,45:47:99:.:.:1297,104,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1462 1|1:1,67:68:99:.:.:2026,178,0 1|0:16,52:68:99:.:.:1386,0,202 1|1:0,85:85:99:.:.:2585,255,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2762,270,0 1|1:6,65:71:58:.:.:1828,58,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4326,424,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,72:72:99:.:.:2193,216,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1733,168,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,93:93:99:.:.:2731,278,0 0|1:9,56:65:47:.:.:1546,0,47 1|1:0,49:49:99:.:.:1529,147,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1558,117,0 1|0:44,60:104:99:.:.:1542,0,770 0|1:27,29:56:99:.:.:691,0,526 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1800 0|1:13,36:49:99:.:.:940,0,184 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,59:59:99:.:.:1786,177,0 1|1:4,71:75:99:.:.:2002,124,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4997,481,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2259,222,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3577,349,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1205,117,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4116,408,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1730,168,0 1|0:21,81:102:99:.:.:2184,0,262 1|1:0,51:51:99:.:.:1529,153,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1427,141,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1813,177,0 1|1:14,144:158:99:.:.:3879,113,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1718,168,0 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,55 1|1:0,114:114:99:.:.:3486,342,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3408,333,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3271,325,0 1|0:62,15:77:99:.:.:216,0,1376 0|0:114,0:114:99:.:.:0,110,1800 1|1:0,79:79:99:.:.:2431,237,0 1|1:8,176:184:99:.:.:5230,346,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1376,135,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1048,102,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,249:251:99:.:.:7642,700,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2743,279,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5482,541,0 1|1:2,15:17:1:.:.:402,1,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1228 1|1:0,131:131:99:.:.:4075,397,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2854,284,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1878,183,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2452,237,0 1|1:2,93:95:99:.:.:2877,231,0 1|0:4,14:18:45:.:.:370,0,45 1|0:31,18:49:99:.:.:400,0,654 1|1:0,36:36:99:.:.:1101,108,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,343 1|1:0,64:64:99:.:.:2235,193,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1517 1|1:0,72:72:99:.:.:2613,216,0 1|1:0,28:28:84:.:.:1012,84,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2520,214,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2818,235,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1800 1|1:1,41:42:99:.:.:1447,116,0 1|1:2,78:80:99:.:.:2706,175,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2515,214,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2419,208,0 1|1:0,6:6:18:.:.:217,18,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2559,220,0 1|1:0,86:86:99:.:.:3087,258,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2270,192,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2682,228,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,32:32:96:.:.:1151,96,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2580,217,0 1|1:1,79:80:99:.:.:2830,207,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1984,168,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2686,220,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2281,193,0 1|1:0,62:62:99:.:.:2266,187,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1088,96,0 1|1:0,27:27:81:.:.:971,81,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,12:12:36:.:.:424,36,0 1|0:5,33:38:49:.:.:1092,0,49 1|1:0,65:65:99:.:.:2323,196,0 1|1:4,60:64:60:.:.:2002,60,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2844,249,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2703,232,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1339,111,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1660,138,0 0|0:76,0:76:51:.:.:0,51,2076 0|0:76,0:76:99:.:.:0,107,1800 1|1:0,183:183:99:.:.:6457,551,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8862,755,0 1|1:0,232:232:99:.:.:8138,698,0 1|1:0,8:8:24:.:.:292,24,0 1|1:0,9:9:27:.:.:326,27,0 1|1:0,20:20:59:.:.:624,59,0 1|1:3,69:72:99:.:.:2370,132,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4454,391,0 1|1:0,176:176:99:.:.:6083,528,0 1|1:1,116:117:99:.:.:3899,328,0 1|0:36,68:104:99:.:.:2006,0,773 1|1:0,140:140:99:.:.:4624,419,0 1|1:0,156:156:99:.:.:5318,468,0 1|1:0,92:92:99:.:.:3087,275,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8374,736,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6358,562,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,55:55:99:.:.:1940,165,0 1|1:1,71:72:99:.:.:2386,186,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1906,168,0 1|1:0,147:147:99:.:.:5198,442,0 1|1:9,150:159:99:.:.:4816,197,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3555,309,0 1|1:3,148:151:99:.:.:5049,352,0 1|1:8,162:170:99:.:.:5321,267,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3846,345,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|1:27,113:140:99:.:.:3428,0,419 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,73:74:99:.:.:2432,188,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|0:35,63:98:99:.:.:1878,0,741 1|0:13,12:25:99:.:.:344,0,374 0|0:139,0:139:99:.:.:0,119,1800 1|0:115,61:176:99:.:.:1551,0,3112 1|1:0,143:143:99:.:.:4894,429,0 1|1:0,155:155:99:.:.:5344,466,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4860,424,0 1|1:0,150:150:99:.:.:5092,451,0 1|1:3,152:155:99:.:.:5316,366,0 1|0:31,16:47:99:.:.:379,0,780 1|1:0,135:135:99:.:.:4779,405,0 1|1:1,162:163:99:.:.:5616,480,0 1|1:0,150:150:99:.:.:5156,449,0 0|0:27,0:27:11:.:.:0,11,694 1|1:7,145:152:99:.:.:4642,251,0 0|1:7,10:17:99:.:.:278,0,145 1|0:26,113:139:99:.:.:3452,0,386 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1800 0|1:39,49:88:99:.:.:1445,0,924 1|1:0,110:110:99:.:.:3780,330,0 1|1:0,175:175:99:.:.:6096,525,0 1|1:9,214:223:99:.:.:6649,385,0 1|0:15,142:157:25:.:.:4310,0,25 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1278 1|1:1,149:150:99:.:.:5060,421,0 0|1:14,73:87:99:.:.:2185,0,182 1|0:51,44:95:99:.:.:1255,0,1247 1|0:1,6:7:13:.:.:193,0,13 1|1:10,163:173:99:.:.:5265,195,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1800 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|0:82,0:82:47:.:.:0,47,2098 1|0:19,38:57:99:.:.:1117,0,410 1|1:5,136:141:99:.:.:4336,250,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3743,328,0 0|0:77,0:77:67:.:.:0,67,1966 1|1:0,89:89:99:.:.:3144,268,0 0|1:28,32:60:99:.:.:924,0,604 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,181:181:99:.:.:6237,543,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1856,159,0 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:97:.:.:0,97,1248 1|1:1,111:112:99:.:.:3813,303,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1538,137,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1833,159,0 0|1:14,21:35:99:.:.:626,0,325 1|1:0,41:41:99:.:.:1355,122,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575 0|1:33,14:47:99:.:.:340,0,922 1|0:21,24:45:99:.:.:677,0,499 1|1:0,77:77:99:.:.:2564,231,0 1|1:0,61:61:99:.:.:2097,183,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,23:23:69:.:.:788,69,0 1|1:0,22:22:66:.:.:730,66,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1476 0|1:43,35:78:99:.:.:970,0,1095 1|1:0,54:54:99:.:.:1832,162,0 1|1:2,67:69:99:.:.:1943,141,0 1|1:0,118:118:99:.:.:4058,355,0 1|1:0,92:92:99:.:.:3126,276,0 1|1:0,19:19:57:.:.:604,57,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1218,105,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1127,96,0 1|1:0,16:16:48:.:.:577,48,0 1|1:0,6:6:18:.:.:219,18,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2556,223,0 1|1:0,94:94:99:.:.:3278,282,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3491,309,0 1|1:0,9:9:27:.:.:281,27,0 1|1:0,62:62:99:.:.:2158,186,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2527,217,0 1|1:1,63:64:99:.:.:2111,182,0 1|1:0,89:89:99:.:.:3061,268,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2563,220,0 0|1:27,34:61:99:.:.:991,0,630 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,80:80:99:.:.:2750,240,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1658,150,0 0|1:103,135:238:99:.:.:4004,0,2596 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1299 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,297:297:99:.:.:10077,893,0 1|0:48,22:70:99:.:.:543,0,1326 1|1:0,91:91:99:.:.:3093,274,0 1|1:1,21:22:56:.:.:708,56,0 1|1:0,10:10:30:.:.:341,30,0 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,63:63:99:.:.:2192,189,0 Pf3D7_01_v3 138820 . T G 251961 PASS FS=0;MQ=60.6;QD=18.68;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V146;SNPEFF_CODON_CHANGE=gtA/gtC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=VPS51;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103100.1;SOR=0.703;VQSLOD=6;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.03;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=122.24;GQ_STDDEV=42.46;HRun=0;InbreedingCoeff=0.945;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.77;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12440743;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=0.945;MLEAC=58;MLEAF=0.011;AN=856;AC=14 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1653:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1440:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1492:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1793:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1240:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1224:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1403:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,336:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:71:.:.:0,71,873:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1087:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1715:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1437:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1567:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1250:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1680:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1234:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1637:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1205:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,96:104:49:0|1:138820_T_G:2314,0,49:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1678:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,76:86:99:0|1:138820_T_G:1834,0,219:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1186:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1133:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1248:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1300:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1711:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1551:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1152:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,15:129:2:0|1:138820_T_G:0,2,4130:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,98:200:99:0|1:138820_T_G:2037,0,3962:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:3706,418,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,186:190:99:.:.:4883,443,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,303:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1335:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1080:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1629:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,14:65:99:0|1:138820_T_G:188,0,1503:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1636:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1411:. 1|0:112,24:136:99:0|1:138820_T_G:236,0,4270:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1264:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1644:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1799:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1483:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,91:150:99:0|1:138820_T_G:2016,0,2163:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1089:. 1|1:0,22:22:66:.:.:597,66,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1086:. 1|0:114,21:135:99:0|1:138820_T_G:132,0,4504:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1580:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1755:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:674,0:674:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:131,0:131:.:.:.:.:120 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:432,0:432:.:.:.:.:120 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:.:.:.:.:120 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:439,0:439:.:.:.:.:120 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:.:.:.:.:120 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:.:.:120 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1560:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:.:.:.:.:116 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:.:.:.:.:120 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:.:.:.:.:120 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:120 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:109 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:502,0:502:.:.:.:.:120 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:.:.:.:.:120 0|0:403,0:403:.:.:.:.:120 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:.:.:.:.:120 1|0:175,20:195:83:.:.:83,0,5458:. 0|0:470,0:470:.:.:.:.:120 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:460,0:460:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:.:.:.:.:120 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1440:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1579:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1365:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 138823 . C T 6.39751e+06 PASS FS=0;MQ=60.09;QD=25.05;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K145;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=VPS51;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103100.1;SOR=0.685;VQSLOD=7.79;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=28.57;GQ_MEAN=228.07;GQ_STDDEV=198.88;HRun=5;InbreedingCoeff=0.7771;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.535;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13221037;AF=0.243;AS_InbreedingCoeff=0.309;MLEAC=1283;MLEAF=0.244;AN=856;AC=379 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:25,60:85:99:.:.:1594,0,482:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:48,22:70:99:.:.:493,0,1131:. 1|1:5,84:89:99:.:.:2435,118,0:. 1|0:57,8:65:62:.:.:62,0,1444:. 1|1:6,76:82:74:.:.:2194,74,0:. 1|1:1,50:51:99:.:.:1591,143,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,88:89:99:.:.:2761,239,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1841,177,0:. 1|0:12,27:39:99:.:.:685,0,227:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1517,128,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1646,159,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1716,162,0:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1160,108,0:. 0|1:8,3:11:65:.:.:65,0,177:. 0|0:50,0:50:52:.:.:0,52,1254:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1067,105,0:. 1|0:49,22:71:99:0|1:138823_C_T:634,0,1193:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2042,201,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:69,15:84:99:.:.:188,0,1582:. 1|1:0,18:18:54:.:.:562,54,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,318:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1755,174,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1250:. 1|0:52,62:114:99:.:.:1518,0,1090:. 0|1:25,77:102:99:.:.:2000,0,409:. 1|0:23,36:59:99:.:.:942,0,426:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1234:. 0|1:73,69:142:99:.:.:1693,0,1621:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2766,285,0:. 1|1:1,43:44:99:.:.:1238,105,0:. 1|1:3,71:74:99:.:.:1981,137,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1898,192,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2930,294,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2551,255,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5286,540,0:. 1|0:74,21:95:99:.:.:308,0,1763:. 1|0:41,27:68:99:.:.:588,0,957:. 1|1:0,32:32:96:.:.:959,96,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2566,264,0:. 1|1:4,56:60:70:.:.:1577,70,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2110,215,0:. 0|1:13,7:20:99:.:.:154,0,266:. 1|0:9,113:122:4:.:.:2937,0,4:. 0|1:34,173:207:99:.:.:4501,0,363:. 0|0:93,8:101:86:1|0:138820_T_G:0,86,3875:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1678:. 1|0:16,73:89:99:.:.:1914,0,173:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1982,201,0:. 1|0:61,10:71:73:.:.:73,0,1484:. 1|0:15,54:69:99:.:.:1396,0,199:. 1|0:81,49:130:99:.:.:1032,0,1846:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4373,447,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1032:. 1|1:8,77:85:40:.:.:2066,40,0:. 0|1:72,72:144:99:.:.:1739,0,1556:. 0|1:79,11:90:66:1|0:138820_T_G:66,0,3174:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1481,150,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1156,120,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1318,132,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,78:96:99:.:.:2025,0,218:. 1|1:4,115:119:99:.:.:3109,175,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1903,192,0:. 0|1:39,115:154:99:.:.:2920,0,578:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,56:68:99:.:.:1452,0,134:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1885,188,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1799,182,0:. 1|0:21,90:111:99:.:.:2312,0,252:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1948,201,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,127:130:99:.:.:3606,304,0:. 0|1:58,10:68:99:.:.:107,0,1436:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4243,435,0:. 1|0:64,20:84:99:.:.:347,0,1518:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,147:149:99:.:.:4175,387,0:. 0|1:51,24:75:99:.:.:492,0,1223:. 1|0:36,63:99:99:.:.:1583,0,669:. 1|0:22,29:51:99:.:.:704,0,459:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4383,438,0:. 1|1:3,188:191:99:.:.:5326,521,0:. 1|1:2,160:162:99:.:.:4655,428,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6428,663,0:. 1|0:155,29:184:99:.:.:283,0,3652:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,39:130:99:.:.:730,0,2093:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:.:.:6716,670,0:. 1|0:94,79:173:99:.:.:1801,0,2016:. 1|1:3,191:194:99:.:.:5598,494,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4902,497,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:.:.:5688,576,0:. 0|1:91,96:187:99:.:.:2250,0,1869:. 1|1:1,237:238:99:.:.:6925,685,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:.:.:6242,636,0:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4605,475,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:6741,692,0:. 0|1:65,76:141:99:.:.:1759,0,1376:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,75:133:99:1|0:138820_T_G:1715,0,1432:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6031,605,0:. 0|1:69,110:179:99:.:.:2680,0,1339:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5597,585,0:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4409,462,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,100:197:99:1|0:138820_T_G:2355,0,3780:. 0|1:47,123:170:99:.:.:3041,0,744:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,94:133:99:.:.:2330,0,671:. 1|1:13,125:138:56:.:.:3312,56,0:. 0|1:12,89:101:13:.:.:2189,0,13:. 0|1:23,147:170:99:.:.:3791,0,110:. 1|1:0,205:205:99:.:.:6007,614,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:6496,686,0:. 1|0:31,141:172:99:.:.:3676,0,349:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5172,531,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:5816,606,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3425,357,0:. 1|1:12,164:176:99:.:.:4479,197,0:. 0|1:110,86:196:99:.:.:1908,0,2445:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3206,324,0:. 1|1:8,75:83:19:.:.:1965,19,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2319,237,0:. 1|1:5,195:200:99:.:.:5519,466,0:. 0|1:33,28:61:99:.:.:648,0,738:. 0|1:75,66:141:99:.:.:1529,0,1676:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4123,426,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2029,216,0:. 1|1:3,193:196:99:.:.:5428,511,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4080,405,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3178,332,0:. 1|0:53,76:129:99:.:.:1821,0,1102:. 0|1:44,54:98:99:.:.:1276,0,885:. 1|1:13,205:218:99:.:.:5695,273,0:. 0|1:77,113:190:99:.:.:2754,0,1506:. 1|0:136,37:173:99:.:.:561,0,3154:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,303:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3098,313,0:. 1|0:50,87:137:99:.:.:2131,0,969:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2561,263,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2349,240,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,84:132:99:.:.:2086,0,917:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,56:133:99:.:.:1283,0,1756:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3915,404,0:. 1|1:7,63:70:18:.:.:1698,18,0:. 1|1:1,75:76:99:.:.:2129,200,0:. 1|0:42,66:108:99:.:.:1659,0,858:. 1|0:18,106:124:99:.:.:2755,0,102:. 1|1:18,170:188:63:.:.:4554,63,0:. 1|0:67,32:99:99:.:.:642,0,1545:. 1|1:3,108:111:99:.:.:3178,252,0:. 1|1:1,84:85:99:.:.:2464,232,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5836,600,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3996,400,0:. 1|1:5,116:121:99:.:.:3340,224,0:. 1|1:2,133:135:99:.:.:3744,350,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,52:112:99:.:.:1156,0,1333:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2106,216,0:. 1|1:3,172:175:99:.:.:4824,442,0:. 0|1:70,19:89:99:.:.:265,0,1575:. 1|0:16,121:137:91:.:.:3110,0,91:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3708,384,0:. 1|0:58,81:139:99:.:.:1899,0,1155:. 0|1:21,75:96:99:.:.:1893,0,283:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1080:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,17:59:99:.:.:336,0,1006:. 1|0:44,82:126:99:.:.:1970,0,811:. 1|0:68,49:117:99:.:.:1095,0,1508:. 0|0:120,0:120:20:.:.:0,20,2652:. 0|0:91,0:91:88:.:.:0,88,2152:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,199:200:99:.:.:5786,568,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1729,174,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3864,403,0:. 1|0:51,11:62:99:1|0:138820_T_G:108,0,1427:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1636:. 1|0:47,15:62:99:.:.:248,0,1037:. 0|1:50,89:139:99:1|0:138820_T_G:2257,0,1365:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1837,173,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2279,228,0:. 1|0:24,49:73:99:.:.:1183,0,387:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1644:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,63:106:99:.:.:1526,0,909:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,21:82:99:.:.:363,0,1363:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3848,386,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1741,182,0:. 1|1:0,172:172:99:.:.:4976,515,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1754,179,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3474,349,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2206,228,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1970,207,0:. 0|1:33,128:161:99:.:.:3332,0,410:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,56:. 0|1:54,118:172:99:.:.:2960,0,964:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,57:151:99:1|0:138820_T_G:1156,0,3674:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,71:106:99:.:.:1791,0,645:. 1|1:1,169:170:99:.:.:5016,481,0:. 1|0:30,22:52:99:.:.:509,0,673:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2264,230,0:. 0|1:75,218:293:99:.:.:5567,0,1202:. 0|1:84,52:136:99:.:.:1110,0,1784:. 1|1:0,192:192:99:.:.:5618,575,0:. 1|0:14,4:18:59:.:.:59,0,316:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1086:. 0|1:33,99:132:99:1|0:138820_T_G:2494,0,869:. 0|1:67,37:104:99:.:.:743,0,1568:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1580:. 0|1:45,68:113:99:.:.:1651,0,908:. 1|1:2,109:111:99:.:.:3245,277,0:. 0|1:6,7:13:99:.:.:167,0,124:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1755:. 0|0:34,0:34:74:.:.:0,74,881:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,600:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:.:.:7215,604,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:.:.:6133,523,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6891,588,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1077,90,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7495,631,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,153:160:99:.:.:5061,238,0:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6852,577,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:169,37:206:99:.:.:745,0,5126:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,89:170:99:.:.:2662,0,2265:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4815,415,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3242,281,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,188:189:99:.:.:6525,533,0:. 1|1:1,618:619:99:.:.:21786,1851,0:. 1|1:0,729:729:99:.:.:25887,2191,0:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,45:73:99:.:.:1358,0,738:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1069,93,0:. 1|1:6,125:131:99:.:.:3882,210,0:. 1|0:12,92:104:39:.:.:2952,0,39:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,560:562:99:.:.:19149,1637,0:. 0|1:149,174:323:99:.:.:4982,0,4093:. 0|0:435,0:435:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:439,0:439:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,71:74:99:.:.:2246,119,0:. 1|1:5,259:264:99:.:.:8640,588,0:. 0|0:237,0:237:97:.:.:0,97,6671:. 1|1:0,209:209:99:.:.:7285,628,0:. 1|1:0,240:240:99:.:.:8178,721,0:. 1|1:14,242:256:99:.:.:7934,290,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,207:257:99:.:.:6331,0,893:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,20:119:99:.:.:329,0,2915:. 1|1:4,479:483:99:.:.:15736,1320,0:. 1|0:10,52:62:99:.:.:1551,0,169:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,275:277:99:.:.:9400,765,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,158:241:99:.:.:4643,0,2014:. 1|0:139,27:166:99:.:.:415,0,3782:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,215:216:99:.:.:7331,615,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:198,34:232:99:.:.:559,0,5870:. 0|1:72,9:81:50:.:.:50,0,1928:. 1|0:34,237:271:99:.:.:7104,0,263:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,31:198:99:.:.:428,0,4950:. 1|0:218,259:477:99:.:.:7283,0,5164:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:235,34:269:99:.:.:357,0,6815:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:143,96:239:99:.:.:2626,0,4002:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,66:195:99:.:.:1627,0,3543:. 0|0:45,0:45:46:.:.:0,46,1183:. 0|1:56,252:308:99:.:.:7536,0,823:. 0|0:502,0:502:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,246:257:99:.:.:8031,423,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:403,0:403:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,25:122:99:.:.:484,0,2821:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:274,204:478:99:.:.:5531,0,7029:. 1|1:25,637:662:99:.:.:21022,1201,0:. 0|0:460,0:460:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,71:113:99:.:.:2160,0,1175:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:180,78:258:99:.:.:1841,0,5073:. 0|0:429,0:429:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:67,64:131:99:.:.:1706,0,1766:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1440:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:.:.:4010,360,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8478,748,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4068,366,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2529,220,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1579:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,267:267:99:.:.:9154,801,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,185:205:66:.:.:5864,0,66:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,36:59:99:.:.:1130,0,629:. 0|1:159,165:324:99:.:.:4703,0,4160:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,108:158:99:.:.:3330,0,1168:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1365:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 1|1:1,316:317:99:.:.:10902,917,0:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5422,477,0:. Pf3D7_01_v3 139191 . C T 1.752e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=33.03;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A23T;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gca/Aca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=VPS51;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103100.1;SOR=0.613;VQSLOD=8.05;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.51;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.981;GC=28.57;GQ_MEAN=165.86;GQ_STDDEV=51.68;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9311;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.275;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11263313;AF=0.897;AS_InbreedingCoeff=0.9998;MLEAC=4708;MLEAF=0.9;AN=858;AC=767 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,78:78:99:.:.:2457,234,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1822,174,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1487,141,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1673,156,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1884,183,0 1|1:1,64:65:99:.:.:2040,186,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1300,123,0 1|1:1,79:80:99:.:.:2461,212,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2380,225,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1978,186,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1157,111,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1688,165,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1999,189,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1152,108,0 1|1:0,25:25:75:.:.:795,75,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1030,99,0 1|1:0,12:12:36:.:.:390,36,0 1|1:0,32:32:95:.:.:953,95,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1173,111,0 1|1:0,25:25:75:.:.:766,75,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1962,192,0 1|1:0,54:54:99:1|1:139191_C_T:1693,162,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5223,529,0 1|1:2,59:61:99:.:.:1701,163,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1202,120,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2480,252,0 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,250 1|1:0,11:11:33:.:.:340,33,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1328,132,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1190,117,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2167,219,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2374,231,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2075,203,0 1|1:0,277:277:99:.:.:8103,828,0 1|1:0,50:50:99:1|1:139191_C_T:1790,149,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3212,317,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2048,210,0 1|1:3,35:38:32:.:.:926,32,0 1|0:9,49:58:59:.:.:1283,0,59 1|1:0,44:44:99:.:.:1305,132,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2309,236,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2739,281,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2314,231,0 1|1:2,131:133:99:.:.:3870,379,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3857,398,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2447,257,0 1|1:2,61:63:99:.:.:1737,132,0 1|1:0,31:31:92:.:.:878,92,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2305,234,0 1|1:1,57:58:99:.:.:1657,164,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2110,216,0 1|1:0,28:28:84:.:.:814,84,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2550,252,0 0|1:39,149:188:99:.:.:3879,0,452 1|1:0,82:82:99:.:.:2392,246,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1697,177,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2142,219,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1806,189,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1715,174,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1997,204,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3127,323,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1795,183,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3073,317,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,53:53:99:.:.:1543,159,0 1|1:1,72:73:99:.:.:2113,209,0 1|0:18,89:107:99:.:.:2285,0,179 1|1:0,102:102:99:.:.:3043,306,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1453,144,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1531,153,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1646,177,0 1|1:1,42:43:99:.:.:1194,101,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2686,279,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1921,195,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3207,324,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1145,111,0 1|0:48,92:140:99:.:.:2228,0,830 1|1:0,77:77:99:.:.:2283,230,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1586,162,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1840,183,0 1|1:2,65:67:99:.:.:1861,146,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1162,114,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710 1|0:58,32:90:99:.:.:650,0,1327 1|1:0,45:45:99:.:.:1341,135,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2343,237,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2563,267,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1966,195,0 1|1:0,112:112:99:.:.:4304,342,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3485,359,0 1|1:2,62:64:99:.:.:1786,135,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3227,327,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3652,375,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2437,252,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2419,249,0 1|0:7,35:42:46:.:.:909,0,46 1|1:0,100:100:99:.:.:2968,300,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4492,453,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3465,354,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4057,407,0 1|1:1,181:182:99:.:.:5298,535,0 1|1:1,86:87:99:.:.:2538,251,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3428,351,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3216,321,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3456,347,0 1|1:9,181:190:99:.:.:5171,339,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2921,297,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4577,459,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3863,395,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3657,372,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5015,501,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4305,440,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4365,449,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5138,518,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3061,315,0 1|1:0,166:166:99:.:.:4843,496,0 1|1:0,140:140:99:.:.:3999,420,0 1|1:0,172:172:99:.:.:5199,516,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3274,334,0 1|1:0,205:205:99:.:.:5971,613,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3236,324,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5267,510,0 1|1:0,136:136:99:.:.:3963,407,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2421,251,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3430,350,0 1|1:1,140:141:99:.:.:3958,412,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4163,434,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5638,569,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3460,361,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3650,388,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3870,399,0 1|1:0,110:110:99:.:.:4216,333,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1759,180,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4792,431,0 1|1:1,167:168:99:.:.:4897,493,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3116,321,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5498,583,0 1|1:0,102:102:99:.:.:2996,304,0 1|0:13,91:104:25:.:.:2296,0,25 0|1:20,128:148:56:.:.:3191,0,56 1|1:0,126:126:99:.:.:3641,377,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4628,475,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3574,374,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4650,479,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2738,279,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3345,333,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4251,435,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5002,501,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2687,273,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2028,206,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1944,192,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2021,204,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4618,482,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1575,159,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3543,354,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2590,269,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1673,182,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4321,449,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2665,275,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3083,310,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4052,404,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1892,189,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2817,279,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2459,243,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4554,460,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3974,399,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4093,403,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3497,349,0 0|1:6,7:13:99:.:.:162,0,120 1|1:0,73:73:99:.:.:2151,219,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3870,390,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2490,252,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2163,216,0 1|1:1,95:96:99:.:.:2755,266,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3512,345,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2979,297,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2811,290,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4082,422,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2799,282,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2618,267,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1647,167,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2795,279,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3178,329,0 1|1:0,166:166:99:.:.:4919,497,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2621,264,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2410,245,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1911,192,0 1|1:1,155:156:99:.:.:4596,458,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3566,362,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3274,333,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3355,350,0 1|1:0,183:183:99:.:.:5472,549,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2307,237,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2611,258,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4768,494,0 1|1:2,71:73:99:.:.:2100,199,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1554,156,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2303,234,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,165:166:99:.:.:4699,472,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2406,260,0 1|1:0,109:109:99:.:.:4586,331,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2296,228,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2796,274,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2171,225,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1634,165,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1585,159,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1612,165,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2372,228,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1896,192,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3455,348,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2277,234,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4824,477,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4446,446,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2748,274,0 0|1:9,56:65:44:.:.:1457,0,44 1|1:9,131:140:99:.:.:3607,179,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1951,198,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1720,174,0 1|1:0,39:39:99:1|1:139190_G_T:1755,117,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1215,117,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3116,304,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1343,135,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1764,188,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1757,180,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1985,195,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1976,195,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2837,285,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5122,510,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2587,266,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3010,294,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1050,105,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4036,419,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1491,146,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2699,273,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2498,255,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1237,123,0 0|1:14,40:54:99:.:.:1001,0,199 1|1:0,127:127:99:.:.:3863,381,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2389,240,0 1|1:0,6:6:18:.:.:154,18,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4872,441,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3478,350,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3770,388,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2371,244,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3564,351,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2462,255,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5077,510,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1508,150,0 1|1:0,18:18:54:.:.:561,54,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1959,195,0 1|1:0,265:265:99:.:.:7940,794,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2832,294,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4198,429,0 1|1:0,20:20:60:.:.:604,60,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1205,120,0 1|1:10,87:97:20:1|1:139191_C_T:2340,20,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3122,309,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1568,156,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2233,224,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2096,207,0 1|0:4,9:13:73:.:.:220,0,73 1|1:0,58:58:99:.:.:1750,174,0 1|1:0,33:33:99:.:.:960,99,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3271,326,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1134,114,0 1|1:0,144:144:99:.:.:5169,432,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3227,272,0 1|1:0,153:153:99:.:.:5553,460,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3853,324,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3907,330,0 0|1:66,92:158:99:.:.:2773,0,1652 1|1:0,106:106:99:.:.:3620,319,0 1|1:0,87:87:99:.:.:3078,260,0 1|0:132,17:149:99:.:.:201,0,4015 1|1:0,90:90:99:1|1:139191_C_T:3990,270,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4457,376,0 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,479 1|1:0,98:98:99:.:.:3389,294,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5070,443,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4974,420,0 1|1:1,132:133:99:.:.:4660,366,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,114,1800 1|1:0,159:159:99:.:.:5511,478,0 1|1:2,102:104:99:.:.:3648,267,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3875,328,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4708,402,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800 1|1:2,132:134:99:.:.:4686,335,0 1|1:0,176:176:99:.:.:6261,529,0 0|1:20,100:120:99:.:.:3185,0,267 1|1:0,68:68:99:1|1:139191_C_T:3054,205,0 1|1:0,77:77:99:1|1:139191_C_T:3453,232,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4533,388,0 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,908 1|0:44,26:70:99:.:.:759,0,1272 1|1:3,119:122:99:.:.:4061,261,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3535,300,0 1|1:0,145:145:99:.:.:5109,435,0 1|1:0,144:144:99:.:.:5080,432,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2430,210,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3685,313,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5886,496,0 1|1:0,141:141:99:1|1:139191_C_T:6361,427,0 1|1:0,489:489:99:.:.:17396,1470,0 1|1:0,529:529:99:.:.:18859,1589,0 1|1:0,430:430:99:.:.:15115,1292,0 1|0:23,34:57:99:.:.:1056,0,550 1|1:0,22:22:66:.:.:768,66,0 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,1818 1|1:0,86:86:99:.:.:3029,259,0 1|1:0,146:146:99:.:.:5100,439,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6640,585,0 1|1:0,181:181:99:.:.:6290,542,0 0|1:62,71:133:99:.:.:2014,0,1565 1|1:2,193:195:99:1|1:139190_G_C:8468,498,0 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,178:178:99:.:.:6925,538,0 1|1:0,220:220:99:.:.:9752,662,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,63:63:99:.:.:2190,189,0 1|1:1,198:199:99:.:.:6792,561,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2043,177,0 1|1:10,218:228:99:.:.:7022,396,0 1|1:1,202:203:99:.:.:6440,599,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4605,406,0 1|1:1,190:191:99:.:.:6431,536,0 1|1:6,191:197:99:.:.:6685,382,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|0:37,176:213:99:.:.:5361,0,566 0|1:35,194:229:99:.:.:5742,0,423 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,154:154:99:.:.:5414,463,0 0|1:101,15:116:99:.:.:154,0,2877 1|0:106,84:190:99:.:.:2376,0,2834 1|1:2,33:35:48:.:.:1046,48,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|0:137,61:198:99:.:.:1480,0,3664 1|1:0,190:190:99:1|1:139190_G_C:8572,578,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6617,579,0 1|1:0,226:226:99:1|1:139190_G_C:10188,695,0 1|1:0,163:163:99:.:.:7124,497,0 1|1:8,171:179:99:.:.:7308,284,0 1|0:37,43:80:99:.:.:1569,0,920 1|1:0,216:216:99:.:.:9702,657,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5737,509,0 1|1:0,202:202:99:.:.:9027,606,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,207:209:99:.:.:9074,536,0 0|1:19,15:34:99:.:.:502,0,507 1|1:3,184:187:99:.:.:6134,455,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6846,616,0 1|1:1,154:155:99:.:.:6006,435,0 1|1:4,194:198:99:.:.:7466,467,0 1|1:0,216:216:99:.:.:9772,659,0 1|1:3,180:183:99:.:.:5969,479,0 1|1:9,190:199:99:.:.:7939,323,0 1|1:0,162:162:99:.:.:5600,487,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2249,198,0 1|1:0,193:193:99:.:.:7298,583,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2858,252,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4966,450,0 1|1:0,12:12:36:1|1:139190_G_C:539,36,0 1|0:179,32:211:99:.:.:521,0,4830 1|1:3,232:235:99:.:.:7409,603,0 1|1:1,196:197:99:.:.:8720,562,0 0|1:144,32:176:99:.:.:563,0,4057 1|1:2,188:190:99:.:.:6265,502,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2893,258,0 1|1:1,181:182:99:.:.:6159,512,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4853,429,0 0|0:145,0:145:99:.:.:0,104,1800 1|1:0,129:129:99:.:.:4502,387,0 1|1:2,200:202:99:.:.:6847,547,0 1|1:10,395:405:99:.:.:12959,870,0 1|1:0,342:342:99:.:.:11845,1025,0 1|1:0,64:64:99:1|1:139190_G_C:2692,193,0 1|1:0,338:338:99:.:.:11277,1015,0 1|1:0,162:162:99:.:.:5396,483,0 1|1:3,192:195:99:.:.:6477,506,0 1|1:0,191:191:99:.:.:6514,573,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,103:103:99:.:.:3939,310,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,113:113:99:.:.:3878,340,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3976,343,0 1|1:0,96:96:99:.:.:3289,288,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3930,352,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,42:43:57:1|1:139191_C_T:1786,57,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1011,96,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1710 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|1:77,64:141:99:.:.:1735,0,2072 1|1:0,76:76:99:.:.:2598,228,0 1|1:0,177:177:99:.:.:6112,532,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6058,564,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6403,564,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1299 1|1:0,79:79:99:.:.:2564,237,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1983,168,0 1|1:0,42:42:99:1|1:139190_G_C:1890,126,0 1|1:0,21:21:63:.:.:713,63,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6999,607,0 1|0:120,73:193:99:.:.:1966,0,3309 0|1:78,109:187:99:.:.:3317,0,1993 1|1:0,18:18:54:.:.:657,54,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5377,483,0 0|1:54,120:174:99:.:.:3560,0,1236 1|1:0,104:104:99:.:.:3370,311,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|0:27,102:129:99:.:.:3164,0,515 0|1:47,80:127:99:.:.:2471,0,1165 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1253 1|1:0,141:141:99:.:.:4853,424,0 1|1:0,118:118:99:.:.:4210,355,0 0|1:151,186:337:99:.:.:5573,0,4113 1|1:0,52:52:99:.:.:1718,156,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7300,644,0 1|1:0,487:487:99:.:.:16358,1461,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4826,421,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5762,504,0 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350 1|0:3,8:11:63:.:.:189,0,63 1|1:0,222:222:99:1|1:139191_C_T:9874,664,0 1|1:0,88:88:99:1|1:139190_G_C:4078,277,0 Pf3D7_01_v3 139192 . C T 395258 PASS FS=0.594;MQ=62.31;QD=29.76;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E22;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaG/gaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=VPS51;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103100.1;SOR=0.616;VQSLOD=5.68;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.37;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=112.24;GQ_STDDEV=15.81;HRun=1;InbreedingCoeff=0.999;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-1.583;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=8315001;AF=0.021;AS_InbreedingCoeff=0.6423;MLEAC=112;MLEAF=0.021;AN=858;AC=21 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1383:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1538:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1262:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1516:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:70:.:.:0,70,900:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,367:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1682:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1241:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1310:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,259:. 0|0:11,0:11:22:.:.:0,22,283:. 0|0:49,0:49:65:.:.:0,65,1187:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1180:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1633:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1344:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1034:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1144:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,992:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1640:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1535:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1452:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1144:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1252:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1672:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1188:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1571:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1062:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1296:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1276:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1205:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1357:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1129:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1568:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1084:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1655:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1287:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1599:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1562:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1126:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1124:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1493:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1686:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,372:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1161:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1774:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1438:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1762:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1781:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1183:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1488:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1554:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1166:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1433:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1461:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1424:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1111:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1115:. 0|0:39,0:39:98:.:.:0,98,1047:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1039:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1111:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1085:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1286:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1487:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1153:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1457:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1626:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:139191_C_T:3990,270,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:139191_C_T:3054,205,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:139191_C_T:3453,232,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,908:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:139191_C_T:6361,427,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:100,77:177:99:.:.:2068,0,2774:. 1|1:2,216:218:99:.:.:7250,585,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1392:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1434:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:7,193:200:99:.:.:8363,290,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:97:.:.:0,97,1154:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:140,13:153:13:.:.:0,13,4919:. 0|1:105,93:198:99:.:.:2610,0,2831:. 1|0:31,185:216:99:.:.:7693,0,760:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,458:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:10,186:196:99:.:.:5886,176,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,42:43:57:1|1:139191_C_T:1786,57,0:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1543:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1299:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1368:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1253:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1299:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,304:. 1|1:0,220:220:99:1|1:139191_C_T:9874,664,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. Pf3D7_01_v3 139669 . T A 142391 PASS FS=0;MQ=58.16;QD=16.91;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.717;VQSLOD=4.51;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.18;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.998;GC=0;GQ_MEAN=132.71;GQ_STDDEV=108.03;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7864;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=2.12;culprit=FS;set=snp;DP=4324145;AF=0.022;AS_InbreedingCoeff=0.7864;MLEAC=118;MLEAF=0.023;AN=844;AC=39 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1738:. 0|0:54,0:54:40:.:.:0,40,1464:. 0|1:17,27:44:99:.:.:699,0,364:. 1|0:11,65:76:99:.:.:1268,0,99:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1547:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1314:. 0|0:27,0:27:22:.:.:0,22,732:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1540:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,161:. 0|0:35,0:35:70:.:.:0,70,979:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:25:.:.:0,25,840:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,108:. 0|0:26,0:26:31:.:.:0,31,697:. 0|0:34,0:34:37:.:.:0,37,904:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,702:. 0|0:49,0:49:49:.:.:0,49,1360:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1404:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,190:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:9:.:.:0,9,332:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:42,0:42:95:.:.:0,95,1194:. 0|0:55,0:55:73:.:.:0,73,1525:. 0|0:60,0:60:79:.:.:0,79,1632:. 0|0:91,0:91:48:.:.:0,48,2348:. 0|0:28,0:28:53:.:.:0,53,818:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:42:.:.:0,42,873:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1755:. 0|0:54,0:54:66:.:.:0,66,1404:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:26:.:.:0,26,747:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1031:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1371:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:74:.:.:0,74,976:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,536:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1526:. 0|0:46,0:46:18:.:.:0,18,1106:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1483:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,98:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:94:.:.:0,94,1216:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:. 0|0:43,0:43:18:.:.:0,18,1055:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:30,7:37:74:1|0:139667_AT_A:74,0,772:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,758:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1372:. 0|0:49,0:49:60:.:.:0,60,1296:. 1|1:5,71:76:97:.:.:2002,97,0:. 0|0:13,0:13:8:.:.:0,8,336:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1314:. 0|0:41,0:41:36:.:.:0,36,1042:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,672:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,960:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1313:. 0|0:63,0:63:93:.:.:0,93,1740:. 0|0:34,0:34:47:.:.:0,47,886:. 1|0:24,20:44:99:.:.:454,0,573:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,561:. 0|0:21,0:21:30:.:.:0,30,594:. 0|0:28,0:28:20:.:.:0,20,718:. 0|0:35,0:35:73:.:.:0,73,991:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1154:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1219:. 0|0:44,0:44:69:.:.:0,69,1213:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1060:. 1|0:96,17:113:99:.:.:172,0,2492:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1608:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1665:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1454:. 0|0:26,0:26:49:.:.:0,49,707:. 0|0:63,0:63:93:.:.:0,93,1642:. 0|0:66,0:66:58:.:.:0,58,1725:. 0|0:69,0:69:92:.:.:0,92,1796:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1348:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1340:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:88,0:88:50:.:.:0,50,2166:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:69:.:.:0,69,3136:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:60,13:73:62:.:.:62,0,1527:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1053:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:95,0:95:.:.:.:.:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1008:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:87,0:87:60:.:.:0,60,2131:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,7:58:19:.:.:19,0,1363:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,2534:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:47,7:54:47:.:.:47,0,1230:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:50:.:.:0,50,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:40:.:.:0,40,1560:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1311:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1507:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:97:.:.:0,97,1472:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:40,0:40:88:.:.:0,88,1126:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,992:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,340:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1482:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1515:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:30:.:.:0,30,1607:. 0|0:48,0:48:88:.:.:0,88,1322:. 0|0:89,0:89:26:.:.:0,26,2164:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:88,12:100:47:.:.:47,0,2308:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,160:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:60:.:.:0,60,1143:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1283:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:78:.:.:0,78,1259:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,814:. 0|1:64,0:64:.:.:.:.:. 0|0:65,8:73:4:.:.:0,4,1722:. 0|1:30,79:109:99:.:.:2018,0,548:. 0|0:54,0:54:97:.:.:0,97,1507:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:83:.:.:0,83,1343:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1354:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:81:.:.:0,81,1287:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,1045:. 0|0:42,0:42:63:.:.:0,63,1115:. 0|0:36,0:36:77:.:.:0,77,1000:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1254:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:87:.:.:0,87,1525:. 0|0:41,0:41:61:.:.:0,61,1117:. 0|0:44,0:44:34:.:.:0,34,1084:. 0|0:48,0:48:15:.:.:0,15,1155:. 0|1:50,9:59:92:1|0:139667_AT_A:92,0,1306:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1372:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:55,0:55:35:.:.:0,35,1416:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1314:. 0|0:64,0:64:82:.:.:0,82,1677:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,942:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1667:. 1|1:7,69:76:27:.:.:1813,27,0:. 1|0:12,18:30:99:.:.:460,0,256:. 0|0:39,0:39:54:.:.:0,54,1027:. 0|0:33,0:33:36:.:.:0,36,853:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1121:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1144:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:55,0:55:9:.:.:0,9,1301:. 1|1:0,31:31:93:.:.:957,93,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:121,0:121:.:.:.:.:. 0|0:44,0:44:69:.:.:0,69,1135:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:37:.:.:0,37,625:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,33:33:99:.:.:999,99,0:. 0|1:45,8:53:76:.:.:76,0,1130:. 0|0:46,0:46:76:.:.:0,76,1261:. 0|0:42,0:42:33:.:.:0,33,1056:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1058:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,193:. 0|0:79,5:84:99:.:.:0,113,2749:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:61:.:.:0,61,1336:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1123:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1369:. 1|0:21,8:29:99:1|0:139667_AT_A:147,0,540:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:52,0:52:59:.:.:0,59,1332:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,25:80:99:.:.:468,0,1258:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,187:. 0|0:24,0:24:16:.:.:0,16,608:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1022:. 0|1:23,31:54:99:.:.:804,0,512:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1323:. 0|0:13,0:13:7:.:.:0,7,335:. 0|0:34,0:34:73:.:.:0,73,963:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,379:. 0|0:33,0:33:62:.:.:0,62,1093:. 0|0:24,0:24:35:.:.:0,35,750:. 1|0:16,25:41:99:1|0:139668_T_TA:581,0,418:. 0|1:16,15:31:99:.:.:415,0,447:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1605,132,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:36,0:36:72:.:.:0,72,1188:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:41,0:41:88:.:.:0,88,1321:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1462:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,36:. 0|0:50,0:50:63:.:.:0,63,1483:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1721:. 0|0:50,0:50:40:.:.:0,40,1482:. 0|0:31,0:31:56:.:.:0,56,988:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,662:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1555,138,0:. 0|0:27,0:27:46:.:.:0,46,808:. 0|0:33,0:33:65:.:.:0,65,1085:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:24,0:24:35:.:.:0,35,756:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,531:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,202:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:47,0:47:61:.:.:0,61,1438:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:26:.:.:0,26,784:. 0|0:42,0:42:59:.:.:0,59,1281:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:12 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1686:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:102 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:102 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:102 0|0:93,0:93:93:.:.:0,93,2624:. 0|0:54,0:54:57:.:.:0,57,1557:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:101 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:26,96:122:99:.:.:2743,0,428:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:60 0|0:47,3:50:45:1|0:139667_AT_A:0,45,1401:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:98 0|0:31,0:31:55:.:.:0,55,878:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:84 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:36 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:36 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1710:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:99 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:99 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:.:.:.:.:30 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:3:.:.:0,3,1834:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:102 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:96,0:96:.:.:.:.:52 0|0:35,0:35:.:.:.:.:101 0|0:44,0:44:63:.:.:0,63,1262:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:109 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:83 0|0:106,0:106:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:36,0:36:3:.:.:0,3,896:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:117 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:45 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1324:. 0|0:32,0:32:59:.:.:0,59,1035:. 0|0:37,0:37:74:.:.:0,74,1143:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1400:. 0|0:44,0:44:96:.:.:0,96,1358:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:23:.:.:0,23,563:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:35,0:35:71:.:.:0,71,1074:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1003,99,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2620,246,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,368:. 0|0:47,0:47:73:.:.:0,73,1362:. 1|1:0,18:18:54:.:.:603,54,0:. 0|0:17,0:17:15:.:.:0,15,453:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,216:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,4:4:12:.:.:142,12,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1828,174,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1529:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1323:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,348:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,415:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,177:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1252:. Pf3D7_01_v3 140820 . A C 8.98653e+06 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=30.14;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S383A;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tct/Gct;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=NT4;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103200.1;SOR=0.686;VQSLOD=8.3;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.935;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0072;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=177.63;GQ_STDDEV=288.27;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6254;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.776;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8985636;AF=0.471;AS_InbreedingCoeff=0.6254;MLEAC=2485;MLEAF=0.473;AN=858;AC=351 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:99,28:127:99:.:.:379,0,2760:. 1|1:1,86:87:99:.:.:2238,227,0:. 1|0:68,32:100:99:.:.:544,0,1839:. 1|1:3,102:105:99:.:.:2579,216,0:. 0|0:136,0:136:0:.:.:0,0,3185:. 1|1:2,115:117:99:.:.:3047,288,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1396:. 1|1:0,136:136:99:.:.:3596,404,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:89:.:.:0,89,1615:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2678,305,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1586:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2203,244,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1169,126,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1243,139,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:521,54,0:. 1|1:2,46:48:82:.:.:1171,82,0:. 0|0:39,0:39:95:.:.:0,95,1182:. 1|1:0,37:37:99:.:.:966,110,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1501,166,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1717,202,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1408:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1423,161,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,992:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,2147:. 0|1:4,13:17:75:.:.:285,0,75:. 1|1:0,13:13:39:.:.:359,39,0:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1349,145,0:. 1|1:1,34:35:95:.:.:919,95,0:. 0|1:41,33:74:99:.:.:668,0,1001:. 0|1:71,24:95:99:.:.:351,0,1912:. 1|0:10,41:51:99:.:.:988,0,150:. 1|1:1,311:312:99:.:.:8331,922,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1176:. 1|1:9,151:160:99:.:.:3855,269,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1851,203,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1188,134,0:. 1|0:38,18:56:99:1|0:140812_G_T:294,0,1385:. 0|1:36,11:47:99:.:.:155,0,923:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1289:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2033,224,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:5841,666,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2411,268,0:. 0|1:55,38:93:99:.:.:715,0,1321:. 1|1:0,28:28:84:.:.:795,84,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:2944,323,0:. 1|1:5,54:59:24:.:.:1352,24,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1678:. 0|1:13,22:35:99:.:.:503,0,281:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1102:. 0|1:46,178:224:99:.:.:4292,0,734:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3780,410,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1584,175,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1159:. 0|0:46,0:46:66:.:.:0,66,1222:. 1|0:17,52:69:99:.:.:1162,0,318:. 0|1:10,62:72:60:.:.:1461,0,60:. 0|1:71,69:140:99:.:.:1460,0,1720:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3052,347,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3389,374,0:. 1|1:1,343:344:99:.:.:9083,1017,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,922:. 0|1:11,59:70:99:.:.:1408,0,103:. 1|0:34,87:121:99:.:.:1933,0,639:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2208,242,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1166,134,0:. 1|1:1,72:73:99:.:.:1956,188,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,964:. 0|1:20,18:38:99:.:.:351,0,495:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3411,374,0:. 1|1:1,73:74:99:.:.:1931,190,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1293:. 1|1:1,59:60:99:.:.:1547,169,0:. 1|1:0,174:174:99:.:.:4510,520,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1166:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1494,175,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1131:. 1|1:3,73:76:99:.:.:1896,145,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1307,146,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1169:. 1|0:13,75:88:94:.:.:1713,0,94:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1705,189,0:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4148,461,0:. 1|1:10,164:174:99:.:.:4086,281,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1712,185,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3179,367,0:. 1|1:1,128:129:99:.:.:3474,376,0:. 0|0:95,0:95:22:.:.:0,22,2334:. 1|1:2,115:117:99:.:.:3078,287,0:. 1|1:1,153:154:99:.:.:4092,432,0:. 0|1:62,35:97:99:.:.:679,0,1579:. 1|0:10,78:88:41:.:.:1801,0,41:. 1|0:31,25:56:99:.:.:512,0,728:. 1|1:13,124:137:53:.:.:3017,53,0:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4301,478,0:. 1|1:2,128:130:99:.:.:3375,326,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:190,29:219:82:.:.:82,0,5125:. 1|1:0,152:152:99:.:.:3997,453,0:. 1|0:91,17:108:99:.:.:140,0,2375:. 1|1:1,115:116:99:.:.:3023,314,0:. 1|0:67,65:132:99:.:.:1225,0,1617:. 1|1:5,176:181:99:.:.:4675,404,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3484,396,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:.:.:4443,499,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1530:. 1|1:4,151:155:99:.:.:3940,353,0:. 1|1:1,161:162:99:.:.:4248,452,0:. 0|1:50,83:133:99:1|0:140812_G_T:1835,0,1810:. 1|1:1,215:216:99:.:.:5778,614,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1226:. 1|1:0,174:174:99:.:.:4580,517,0:. 1|0:145,40:185:99:.:.:507,0,3712:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5184,579,0:. 1|0:56,72:128:99:.:.:1564,0,1293:. 1|0:59,137:196:99:.:.:3076,0,1167:. 1|0:112,42:154:99:.:.:680,0,2899:. 1|1:9,150:159:99:.:.:3800,205,0:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5326,584,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2342,269,0:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4086,457,0:. 1|1:0,164:164:99:.:.:4306,489,0:. 1|1:1,126:127:99:.:.:3382,371,0:. 1|0:122,57:179:99:.:.:1032,0,3174:. 1|0:52,82:134:99:.:.:1697,0,1144:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4047,467,0:. 0|1:22,104:126:99:.:.:2415,0,296:. 1|1:9,120:129:99:.:.:2953,117,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1830,214,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5019,566,0:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5344,592,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,189:190:99:.:.:4937,537,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,149:158:99:.:.:3751,192,0:. 0|1:19,171:190:9:.:.:3784,0,9:. 1|1:0,177:177:99:.:.:4627,528,0:. 1|1:0,209:209:99:.:.:5546,625,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2611,296,0:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4341,476,0:. 1|0:47,149:196:99:.:.:3441,0,763:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2733,300,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2349,263,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1378:. 1|1:1,202:203:99:.:.:5224,576,0:. 1|0:31,23:54:99:.:.:469,0,783:. 1|0:51,63:114:99:.:.:1421,0,1219:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3672,410,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1622,188,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4300,489,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2823,309,0:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3745,402,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1460:. 1|0:60,58:118:99:.:.:1184,0,1419:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2681,297,0:. 1|1:13,129:142:15:.:.:3197,15,0:. 1|1:4,165:169:99:.:.:4192,380,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:3954,431,0:. 1|1:2,152:154:99:.:.:4102,403,0:. 0|1:9,5:14:99:.:.:100,0,236:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2740,305,0:. 0|1:72,51:123:99:.:.:1000,0,1731:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1269:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1654,187,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2085,228,0:. 1|0:49,62:111:99:.:.:1332,0,1172:. 1|0:33,114:147:99:.:.:2561,0,551:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1044:. 0|1:84,30:114:99:.:.:479,0,2199:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1455:. 1|0:11,70:81:86:.:.:1695,0,86:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1372,152,0:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3190,353,0:. 0|1:42,92:134:99:.:.:2120,0,903:. 0|0:140,17:157:12:.:.:0,12,3795:. 0|1:49,30:79:99:.:.:605,0,1252:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2699,299,0:. 1|1:1,71:72:99:.:.:1942,184,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:2916,322,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1743:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5475,591,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,113,1100:. 1|0:43,56:99:99:.:.:1252,0,956:. 1|1:0,210:210:99:.:.:5597,628,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1383:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1252,113,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2283,254,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1619,180,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,19:94:99:.:.:212,0,1898:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:48,70:118:99:.:.:1479,0,1078:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2278,255,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1857,207,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:1989,219,0:. 1|0:35,26:61:99:.:.:510,0,870:. 0|1:21,80:101:99:.:.:1796,0,309:. 1|0:52,27:79:99:.:.:471,0,1352:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3312,370,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2717,305,0:. 1|1:0,138:138:99:.:.:3739,412,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:3795,423,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2763,306,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1842,206,0:. 1|0:136,32:168:99:.:.:280,0,3386:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1188:. 1|1:0,74:74:99:.:.:1998,222,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1510,168,0:. 0|0:58,0:58:51:.:.:0,51,1500:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2750,304,0:. 0|1:39,10:49:99:.:.:124,0,983:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1589,179,0:. 0|1:17,36:53:99:.:.:741,0,351:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1406,158,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2044,225,0:. 0|1:71,61:132:99:.:.:1218,0,1687:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1739:. 1|1:1,86:87:99:.:.:2271,227,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:2984,326,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1271,145,0:. 1|1:1,140:141:99:.:.:3767,412,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1228,135,0:. 1|0:16,105:121:99:.:.:2541,0,121:. 1|1:0,114:114:99:.:.:2983,341,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1288,144,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1927,215,0:. 1|1:8,158:166:99:.:.:4043,254,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2281,252,0:. 1|0:10,3:13:26:.:.:26,0,269:. 0|1:33,100:133:99:.:.:2352,0,559:. 1|0:73,52:125:99:.:.:1050,0,1850:. 0|1:53,62:115:99:.:.:1319,0,1205:. 1|1:8,84:92:22:.:.:1997,22,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3404,368,0:. 1|0:87,30:117:99:.:.:461,0,2192:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1371:. 0|1:12,44:56:99:.:.:1037,0,183:. 1|1:0,17:17:51:.:.:478,51,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2335,255,0:. 0|1:64,176:240:99:.:.:4149,0,1224:. 0|1:61,32:93:99:.:.:600,0,1578:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4763,526,0:. 1|0:5,15:20:93:.:.:355,0,93:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:13,132:145:87:.:.:3173,87,0:. 0|1:12,99:111:20:.:.:2431,0,20:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1341,144,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2244,248,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1144:. 0|0:10,0:10:2:.:.:0,2,236:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1343,144,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,21:22:35:.:.:522,35,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1132:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1262:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1683:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1249:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1515:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1167:. 0|0:24,0:24:64:.:.:0,64,840:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1417:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1557:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1484:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1380:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1211:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1164:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1347:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1583:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1310:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:.:105:.:.:.:.:99 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1551:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:383:.:.:.:.:99 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:490:.:.:.:.:99 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:419:.:.:.:.:99 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1030:. 0|0:.:369:.:.:.:.:99 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1301:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1721:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:.:361:.:.:.:.:99 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:357:.:.:.:.:99 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1272:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1613:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1785:. 1|0:71,133:204:99:.:.:3604,0,1778:. 0|0:.:128:.:.:.:.:94 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1401:. 0|0:.:78:.:.:.:.:99 0|1:198,41:239:99:.:.:637,0,5712:. 0|0:.:65:.:.:.:.:99 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:367:.:.:.:.:99 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:.:357:.:.:.:.:99 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:234:.:.:.:.:99 0|1:172,23:195:99:.:.:157,0,5326:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:154:.:.:.:.:99 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1392:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:35:.:.:.:.:99 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1369:. 0|0:.:422:.:.:.:.:99 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:204:.:.:.:.:99 0|0:.:338:.:.:.:.:99 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:357:.:.:.:.:99 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:.:341:.:.:.:.:99 0|0:117,0:117:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:.:309:.:.:.:.:99 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1528:. 0|0:.:296:.:.:.:.:99 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1240:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1355:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1192:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1192:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1496:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1477:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1433:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1130:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1372:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1151:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:73:.:.:0,73,919:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1539:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1414:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,713:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1205:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1549:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1190:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1257:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1144:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1204:. Pf3D7_01_v3 141594 . T A 1.44506e+06 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=22.81;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N209I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAc/aTc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=NT4;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103200.1;SOR=0.68;VQSLOD=7.79;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=141.22;GQ_STDDEV=108.05;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6848;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.11;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8455208;AF=0.05;AS_InbreedingCoeff=0.6301;MLEAC=260;MLEAF=0.049;AN=858;AC=75 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1360:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1794:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:27,27:54:99:.:.:688,0,648:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1746:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,480:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1271:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1272:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1375:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1516:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1154:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1565:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1257:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1755:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1181:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1060:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1158:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1566:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:64:.:.:0,64,2083:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1755:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1438:. 0|1:28,76:104:99:.:.:2047,0,533:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1142:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1415:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1755:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1033:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1067:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1220:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1450:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1454:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1097:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1231:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:46,16:62:99:.:.:311,0,1187:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1309:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1358:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1214:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1626:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,35:155:99:.:.:612,0,3094:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1364:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6665,664,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1451:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1704:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1289:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1312:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1564:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1319:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1401:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:61:.:.:0,61,1337:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1353:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1170:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,157:160:99:.:.:4703,390,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1335:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1432:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,614:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1314:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1285:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,94:97:99:.:.:2755,210,0:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1457:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|0:91,134:225:99:.:.:4153,0,2619:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:109,109:218:99:.:.:3241,0,3293:. 1|1:0,194:194:99:.:.:6985,583,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,21:21:63:.:.:773,63,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:137,92:229:99:.:.:2630,0,4262:. 1|1:0,236:236:99:.:.:8553,709,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:2,186:188:99:.:.:6660,515,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:143,58:201:99:.:.:1484,0,4615:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1327:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1351:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,789:789:99:.:.:28162,2370,0:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1748:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,262:264:99:.:.:8860,721,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,502:507:99:.:.:16410,1407,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,225:272:99:.:.:6645,0,847:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,15:124:99:.:.:173,0,3286:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,2:41:49:.:.:0,49,1282:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8851,763,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:36,217:253:99:.:.:6765,0,494:. 0|1:176,67:243:99:.:.:1594,0,5511:. 1|0:144,63:207:99:.:.:1479,0,4252:. 1|1:17,254:271:99:.:.:8338,208,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,188:247:99:.:.:5759,0,1301:. 0|1:68,29:97:99:.:.:634,0,1988:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,73:174:99:.:.:1950,0,2991:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,176:254:99:.:.:5293,0,1928:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:174,73:247:99:.:.:1796,0,5283:. 1|0:104,16:120:99:.:.:204,0,3285:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:3,40:43:23:.:.:1268,23,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,252:264:99:.:.:8330,393,0:. 0|1:202,29:231:99:.:.:291,0,6318:. 1|1:38,402:446:99:.:.:11737,122,0:. 0|1:67,56:123:99:.:.:1565,0,1959:. 1|1:12,208:220:99:.:.:6923,248,0:. 1|0:213,23:236:61:.:.:61,0,6461:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,154:179:99:.:.:4850,0,505:. 1|1:24,470:494:99:.:.:14606,709,0:. 1|1:19,626:645:99:.:.:21112,1248,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,49:114:99:.:.:1285,0,1932:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4908,435,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1440:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1809,153,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:18,236:254:99:.:.:7657,142,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1254:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1571:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1199:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2256,201,0:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,143:214:99:.:.:4480,0,1887:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1530:. 0|1:215,314:529:99:.:.:9752,0,6049:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,662:662:99:.:.:22569,1986,0:. 1|0:149,42:191:99:.:.:853,0,4601:. 1|1:0,250:250:99:.:.:8575,749,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,773:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 141658 . T A 1.80673e+06 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=22.46;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I188F;SNPEFF_CODON_CHANGE=Att/Ttt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=NT4;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103200.1;SOR=0.673;VQSLOD=5.44;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.32;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=172.73;GQ_STDDEV=250.88;HRun=5;InbreedingCoeff=0.8283;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.64;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8345351;AF=0.056;AS_InbreedingCoeff=0.4069;MLEAC=294;MLEAF=0.056;AN=856;AC=55 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1360:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1794:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1766:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1746:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1393:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1387:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1272:. 0|0:45,0:45:90:.:.:0,90,1285:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1375:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1516:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1154:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1565:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1257:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1755:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:30,10:40:99:.:.:189,0,775:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1060:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1158:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1566:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1755:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1142:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1755:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1033:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1067:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1450:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:26,35:61:99:.:.:889,0,614:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1454:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1097:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1231:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1309:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:67,65:132:99:.:.:1626,0,1648:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1358:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1214:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,370:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1626:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1364:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1451:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1704:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1289:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1312:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1564:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1319:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1401:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,11:72:99:.:.:116,0,1651:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1353:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1128:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1170:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,2347:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1335:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,678:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1432:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1314:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1285:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1457:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,145:145:99:.:.:5199,436,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,222:223:99:.:.:7944,634,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3787,319,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,107:199:99:.:.:3314,0,2753:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1327:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1351:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:3,137:140:99:.:.:4838,309,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,668:669:99:.:.:23846,1988,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1748:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,472:473:99:.:.:16474,1379,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5356,472,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,172:172:99:.:.:5983,517,0:. 1|1:3,261:264:99:.:.:8779,681,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:214,47:261:99:.:.:879,0,6583:. 1|0:200,35:235:99:.:.:525,0,6244:. 1|1:9,198:207:99:.:.:6523,303,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,102:115:99:.:.:3185,0,116:. 1|0:240,226:466:99:.:.:6377,0,6745:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1412:. 1|0:28,251:279:99:.:.:7755,0,135:. 0|1:73,178:251:99:.:.:5426,0,1785:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:112,101:213:99:.:.:2785,0,3109:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,107:115:60:.:.:3318,60,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,55:94:99:.:.:1546,0,988:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:0:.:.:0,0,6956:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:95:.:.:0,95,1395:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,26:181:99:.:.:365,0,4944:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,80:82:99:.:.:2735,197,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7461,641,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1440:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1533:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:115,103:218:99:.:.:2979,0,3374:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4853,421,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,289:289:99:.:.:10113,869,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1254:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1571:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3512,301,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1699:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,738:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,204:304:99:.:.:6090,0,2602:. 1|0:166,147:313:99:.:.:3993,0,4762:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,747:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:159,94:253:99:.:.:2400,0,4784:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8772,761,0:. 0|1:180,54:234:99:.:.:1070,0,5398:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1784,156,0:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 142744 . G A 172335 PASS FS=0;MQ=59.82;QD=19.67;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.658;VQSLOD=4.68;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.998;GC=14.29;GQ_MEAN=148.9;GQ_STDDEV=177.31;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7788;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.648;culprit=FS;set=snp;DP=2758746;AF=0.026;AS_InbreedingCoeff=0.8487;MLEAC=124;MLEAF=0.025;AN=796;AC=24 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1123:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1114:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,28:28:84:.:.:900,84,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1217:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2277,213,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1175:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,88:. 0|0:12,0:12:15:.:.:0,15,291:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,937:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1532:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1168:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,902:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,852:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,286:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,124:. 1|1:0,30:30:90:.:.:938,90,0:. 0|0:33,0:33:76:.:.:0,76,871:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1252:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1097:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1195:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,921:. 0|0:85,0:85:56:.:.:0,56,1932:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:62:.:.:0,62,766:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,612:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,968:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1711,171,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,711:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1118:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1025:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:41,0:41:44:.:.:0,44,1007:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1163:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1099:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,932:. 1|0:21,7:28:99:.:.:128,0,494:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1128:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1182:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,903:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1174:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1010:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,996:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,330:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1287:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,720:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1239:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1076:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,748:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1290:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1091:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,694:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,406:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,488:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,989:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,537:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,565:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,999:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1048:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1198:. 1|0:3,10:13:43:.:.:277,0,43:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1232:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1000:. 0|0:17,0:17:38:.:.:0,38,418:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,938:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1066:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1144:. 0|1:62,19:81:99:.:.:300,0,1411:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1434:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1053:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1447:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1194:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1028:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1155:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1030:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,984:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,958:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1316:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1161:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,944:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,982:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,106,986:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,979:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:43:.:.:0,43,873:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,946:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1099:. 1|0:23,14:37:99:.:.:311,0,529:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1047:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,937:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1229:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,988:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1021:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,914:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1109:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,839:. 1|1:2,49:51:99:.:.:1362,100,0:. 0|0:13,0:13:7:.:.:0,7,301:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1019:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,995:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1055:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,919:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,19:70:99:.:.:335,0,1132:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1447:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1171:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,139:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,906:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1038:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,955:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1151:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1221:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,936:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1190:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1029:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1353:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1184:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1165:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1064:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1329:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,968:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1253:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,921:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,523:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:6,30:36:51:.:.:732,0,51:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,908:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1151:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,912:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,658:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1146:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,896:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1150:. 1|1:2,36:38:58:.:.:1026,58,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1189:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,768:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1121:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,541:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,460:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,553:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,594:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,825:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,980:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2131,219,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,972:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1050:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,907:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1263:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:33,0:33:68:.:.:0,68,844:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1466:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:4,0:4:12:.:.:0,12,108:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,30:72:99:.:.:650,0,946:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,976:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1003:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1280:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1000:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,332:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,107,1041:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,998:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,280:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,585:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1228:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1061:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,885:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1056:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,164:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,403:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,826:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,71:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,797:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,140:. 1|0:3,19:22:18:.:.:536,0,18:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,651:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,780:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,307:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,262:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,219:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,558:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,117:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,348:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,201:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,196:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,241:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,368:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,225:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,298:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,460:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,842:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1363:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:0 0|0:29,0:29:50:.:.:0,50,832:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1161:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1213:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:27 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,878:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1282:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1386:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1211:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1147:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1113:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1065:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,239:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1132:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1026:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1327:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1238:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1085:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1038:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1296:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1211:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1418:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1210:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1192:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1213:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1052:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,834:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1344:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,515:. 1|1:0,24:24:72:.:.:731,72,0:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,446:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,826:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,587:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,342:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,703:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,657:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,189:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,383:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,240:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:21,0:21:28:.:.:0,28,616:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,639:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,332:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,437:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1497:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,294:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,173:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,522:. Pf3D7_01_v3 143794 . T C 245245 PASS FS=0.54;MQ=60.42;QD=19.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K868R;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103300;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103300.1;SOR=0.714;VQSLOD=3.62;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=133.29;GQ_STDDEV=142.67;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0103;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.164;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=5229052;AF=0.009129;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=48;MLEAF=0.009129;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1350:. 0|0:56,0:56:99:0,119,1789:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1310:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1218:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1477:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1593:. 0|0:70,0:70:99:0,118,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,107,1107:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1505:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1266:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1218:. 0|0:15,0:15:30:0,30,450:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1315:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1115:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1384:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1078:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1156:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:9,0:9:13:0,13,239:. 1|1:0,60:60:99:1644,178,0:. 0|0:49,0:49:99:0,103,1370:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1199:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1429:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1061:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1294:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1124:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1367:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1250:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,112,1420:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1440:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1080:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1086:. 0|0:39,0:39:99:0,110,1208:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1134:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1314:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1034:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1254:. 0|1:56,24:80:99:449,0,1414:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1299:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1090:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1109:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1034:. 0|0:39,0:39:99:0,106,1042:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1203:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1012:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1061:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1019:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1191:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:0,117,1211:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1160:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1052:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1169:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1135:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1132:. 0|0:35,0:35:99:0,102,945:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1020:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1135:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1096:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1232:. 0|0:34,0:34:99:0,99,995:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1398:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1388:. 0|0:33,0:33:99:0,99,967:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1409:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1211:. 0|0:52,0:52:99:0,112,1403:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1048:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1095:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1040:. 0|0:35,0:35:99:0,105,953:. 0|0:34,0:34:99:0,99,951:. 0|0:67,0:67:99:0,115,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1004:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1232:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,111,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1229:. 0|0:39,0:39:99:0,112,1147:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1130:. 0|0:70,0:70:99:0,106,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,119,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1139:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,116,1472:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1291:. 0|0:87,0:87:99:0,100,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1187:. 0|0:82,0:82:99:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1076:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1094:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1075:. 0|0:40,0:40:99:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:0,102,985:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1489:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1107:. 0|0:46,0:46:99:0,115,1339:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1248:. 0|0:35,0:35:99:0,102,944:. 0|0:38,0:38:99:0,109,1251:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1069:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1192:. 0|0:57,0:57:99:0,112,1622:. 0|0:36,0:36:99:0,101,1054:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1022:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1228:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1500:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1265:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1180:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1189:. 1|1:0,86:86:99:2375,257,0:. 0|0:43,0:43:99:0,113,1152:. 0|0:41,0:41:99:0,109,1214:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1089:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1093:. 0|0:52,0:52:99:0,116,1446:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1161:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1177:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1041:. 0|0:35,0:35:99:0,101,1008:. 0|0:43,0:43:99:0,113,1205:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1293:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,115,1570:. 0|0:7,0:7:21:0,21,197:. 0|0:37,0:37:99:0,104,1039:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1183:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:0,99,902:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1354:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1317:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1024:. 0|0:55,0:55:99:0,109,1572:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1350:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1452:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1100:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1017:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1061:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1172:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1208:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1533:. 0|0:53,0:53:99:0,112,1489:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1250:. 0|0:33,0:33:99:0,99,952:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1457:. 0|1:64,44:108:99:890,0,1611:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1071:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1027:. 0|0:37,0:37:99:0,104,1118:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1198:. 0|1:60,17:77:99:217,0,1519:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1160:. 0|0:43,0:43:99:0,109,1176:. 0|0:42,0:42:99:0,115,1389:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1066:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:0,109,1117:. 0|1:46,31:77:99:618,0,1147:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1205:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1133:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1096:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1130:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1365:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1019:. 1|1:0,60:60:99:1654,179,0:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1155:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1202:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,954:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1101:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1234:. 0|0:39,0:39:99:0,110,1198:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1079:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1358:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1117:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1325:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1256:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1227:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1143:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 1|0:130,17:147:47:47,0,3458:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:15:0,15,143:. 0|0:47,0:47:99:0,100,1203:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1322:. 1|0:69,50:119:99:1060,0,1637:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1019:. 0|0:89,0:89:99:0,115,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1070:. 0|0:72,0:72:99:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1177:. 0|0:22,0:22:60:0,60,628:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1082:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,104,1064:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1165:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1163:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1148:. 0|0:33,0:33:99:0,99,953:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1352:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:0,51,579:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1667:. 0|0:34,0:34:99:0,99,983:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1360:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1153:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1165:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1183:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1196:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1248:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1161:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1182:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,100,1242:. 0|0:39,0:39:99:0,109,1322:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1135:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1140:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1353:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1275:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1225:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1186:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1216:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1159:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1223:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1201:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1354:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1329:. 0|0:36,0:36:99:0,104,1215:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1320:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1171:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1179:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1219:. 0|0:42,0:42:99:0,106,1555:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1203:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1578:. 0|0:23,0:23:63:0,63,945:. 0|0:38,0:38:99:0,107,1271:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1300:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1264:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1408:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1243:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1346:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1186:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1412:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1311:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1349:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 1|1:3,424:427:99:13325,1178,0:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1463:. 0|0:39,0:39:99:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1130:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1514:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1171:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1112:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1361:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1261:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1382:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1270:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1191:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1183:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1144:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1146:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1278:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1245:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1179:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1082:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1205:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1116:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1346:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1115:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1229:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1263:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1163:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1167:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1100:. 0|0:39,0:39:99:0,110,1204:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1119:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1247:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1060:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1172:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1111:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1203:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1169:. 0|0:42,0:42:99:0,115,1530:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1134:. 0|0:41,0:41:99:0,116,1755:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1099:. 0|0:288,0:288:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1175:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1251:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1470:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1142:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1131:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1158:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1131:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1167:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1562:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1072:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1394:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1142:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1107:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1190:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1173:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1249:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:0,60,776:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1183:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1538:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1307:. 0|0:23,0:23:63:0,63,765:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1164:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1143:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1091:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1237:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1164:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1157:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1493:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1149:. 1|1:0,173:173:99:5930,519,0:. 0|0:36,0:36:99:0,103,1274:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1271:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1224:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1066:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1460:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1137:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1375:. Pf3D7_01_v3 143892 . T G 225658 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=19.57;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T835;SNPEFF_CODON_CHANGE=acA/acC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103300;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103300.1;SOR=0.73;VQSLOD=4.95;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.88;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=126.53;GQ_STDDEV=90.77;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9461;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.461;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=5530178;AF=0.008558;AS_InbreedingCoeff=-0.1077;MLEAC=43;MLEAF=0.008178;AN=856;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1755:. 0|1:26,63:89:99:1546,0,557:. 0|0:56,0:56:99:0,119,1789:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1310:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1218:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1477:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1593:. 0|0:70,0:70:99:0,118,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,107,1107:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1505:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1218:. 0|0:20,0:20:48:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1315:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1223:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1384:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1078:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1407:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:10,0:10:16:0,16,274:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1271:. 0|0:49,0:49:99:0,103,1370:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1199:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1429:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1061:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1294:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1124:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1367:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1250:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1440:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1080:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1086:. 0|0:39,0:39:99:0,110,1208:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1134:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1314:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1254:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 1|0:66,75:141:99:1709,0,1600:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1090:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1109:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1034:. 0|0:39,0:39:99:0,106,1042:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1203:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1012:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1106:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1019:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1191:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:0,117,1211:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1160:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1052:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1169:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1135:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1132:. 0|0:35,0:35:99:0,102,945:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1020:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1135:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1096:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1232:. 0|0:34,0:34:99:0,99,995:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1398:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1388:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1409:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1211:. 0|0:52,0:52:99:0,112,1403:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1048:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1095:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1040:. 0|0:35,0:35:99:0,105,953:. 0|0:34,0:34:99:0,99,951:. 0|0:67,0:67:99:0,115,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1004:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1232:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,111,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1229:. 0|0:39,0:39:99:0,112,1147:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1130:. 0|0:70,0:70:99:0,106,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,119,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1139:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,116,1472:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1291:. 0|0:87,0:87:99:0,100,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1187:. 0|0:82,0:82:99:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1076:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1094:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1075:. 0|0:40,0:40:99:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:0,102,985:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1489:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1107:. 0|0:46,0:46:99:0,115,1339:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1248:. 0|0:35,0:35:99:0,102,944:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1192:. 0|0:57,0:57:99:0,112,1622:. 0|0:36,0:36:99:0,101,1054:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1022:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1228:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1500:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1265:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1180:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1189:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,113,1152:. 0|0:41,0:41:99:0,109,1214:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1089:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1093:. 0|0:52,0:52:99:0,116,1446:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1161:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1177:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1041:. 0|0:35,0:35:99:0,101,1008:. 0|0:43,0:43:99:0,113,1205:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1293:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,115,1570:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:37,0:37:99:0,104,1039:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1183:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:0,99,902:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1354:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1024:. 0|0:55,0:55:99:0,109,1572:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1452:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1100:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1017:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1061:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1172:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1208:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1533:. 0|0:53,0:53:99:0,112,1489:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1250:. 0|0:33,0:33:99:0,99,952:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1457:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1071:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1027:. 0|0:37,0:37:99:0,104,1118:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1198:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 1|0:13,114:127:15:2656,0,15:. 0|0:43,0:43:99:0,109,1176:. 0|0:42,0:42:99:0,115,1389:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1066:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:0,109,1117:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1205:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1133:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1096:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1130:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1365:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1019:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1349:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1155:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1202:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,954:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1101:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1234:. 0|0:39,0:39:99:0,110,1198:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1079:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1358:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1117:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1325:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1256:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1227:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1143:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:6:0,6,58:. 0|0:47,0:47:99:0,100,1203:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1019:. 0|0:89,0:89:99:0,115,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1070:. 0|0:72,0:72:99:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1177:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1082:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,104,1064:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1044:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1163:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1148:. 0|0:33,0:33:99:0,99,953:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1352:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1667:. 0|0:37,0:37:99:0,99,978:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1360:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1153:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1183:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1196:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1248:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1161:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1182:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,100,1242:. 0|0:39,0:39:99:0,109,1322:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1135:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1140:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1353:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1275:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1225:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1186:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1216:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1159:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1223:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1201:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1354:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1329:. 0|0:36,0:36:99:0,104,1215:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1320:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1171:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1179:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1219:. 0|0:42,0:42:99:0,106,1555:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1203:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1578:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1194:. 0|0:38,0:38:.:.:107 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1300:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1264:. 0|0:44,0:44:.:.:99 0|0:38,0:38:99:0,114,1243:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1346:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1186:. 0|0:40,0:40:.:.:120 0|0:41,0:41:99:0,101,1311:. 0|0:38,0:38:.:.:114 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:.:.:120 0|0:40,0:40:99:0,105,1463:. 0|0:39,0:39:99:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1130:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1514:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:37,0:37:99:0,99,1361:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1261:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1382:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1270:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1191:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1183:. 0|0:154,0:154:.:.:120 0|0:33,0:33:99:0,99,1144:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1146:. 0|0:78,0:78:.:.:120 0|0:41,0:41:99:0,101,1278:. 0|0:67,0:67:.:.:120 0|0:38,0:38:99:0,114,1245:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:33,0:33:99:0,99,1082:. 0|0:36,0:36:.:.:108 0|0:35,0:35:99:0,105,1116:. 0|0:41,0:41:.:.:108 0|0:33,0:33:99:0,99,1115:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1229:. 0|0:39,0:39:.:.:117 0|1:182,86:268:99:2025,0,5536:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1167:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1100:. 0|0:60,0:60:.:.:92 1|0:265,29:294:90:90,0,8334:. 0|0:36,0:36:.:.:108 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1111:. 0|1:21,216:237:57:6253,0,57:. 0|0:35,0:35:.:.:105 0|0:36,0:36:99:0,108,1169:. 0|0:42,0:42:.:.:115 0|0:33,0:33:99:0,99,1134:. 0|0:41,0:41:99:0,116,1755:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1099:. 0|0:288,0:288:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|1:228,34:262:99:393,0,7092:. 0|0:36,0:36:.:.:105 0|0:38,0:38:99:0,102,1251:. 0|1:55,80:135:99:2300,0,1487:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1142:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1131:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1158:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1131:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1167:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1562:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1072:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1394:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1142:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1107:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1190:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1173:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1249:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1183:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1538:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1307:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1164:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1143:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1091:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1237:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1164:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1157:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1493:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1149:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,103,1274:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1271:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1224:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1066:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1460:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1137:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1375:. Pf3D7_01_v3 144877 . A G 1.90424e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=33.44;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V507A;SNPEFF_CODON_CHANGE=gTa/gCa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103300;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103300.1;SOR=0.696;VQSLOD=9.78;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=38.1;GQ_MEAN=503.05;GQ_STDDEV=608.45;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7551;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.025;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14197512;AF=0.461;AS_InbreedingCoeff=0.3065;MLEAC=2425;MLEAF=0.462;AN=856;AC=460 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:18,74:92:99:0|1:144870_A_G:2901,0,745:. 1|1:0,133:133:99:1|1:144870_A_G:6007,415,0:. 1|0:75,24:99:99:0|1:144870_A_G:696,0,4405:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:9,88:97:99:0|1:144870_A_G:3593,0,180:. 1|1:0,102:102:99:1|1:144870_A_G:4487,319,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:144870_A_G:3505,244,0:. 1|1:8,138:146:99:.:.:3435,177,0:. 1|1:0,118:118:99:1|1:144870_A_G:5064,369,0:. 1|0:59,35:94:99:.:.:694,0,1525:. 0|1:40,41:81:99:0|1:144870_A_G:1488,0,2163:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1505:. 0|1:36,69:105:99:0|1:144870_A_G:2715,0,1834:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1964,135,0:. 0|0:47,0:47:91:.:.:0,91,1263:. 1|1:0,43:43:99:1|1:144870_A_G:1952,135,0:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:52,0:52:94:.:.:0,94,1389:. 0|0:46,0:46:96:.:.:0,96,1280:. 1|1:0,23:23:69:1|1:144870_A_G:962,69,0:. 1|0:13,55:68:99:0|1:144870_A_G:2097,0,554:. 1|1:0,46:46:99:1|1:144870_A_G:2015,141,0:. 1|1:0,227:227:99:1|1:144870_A_G:9930,692,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:144870_A_G:3055,217,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:144870_A_G:1922,138,0:. 0|1:40,59:99:99:0|1:144870_A_G:2338,0,1797:. 1|1:0,20:20:63:1|1:144870_A_G:894,63,0:. 1|1:0,5:5:15:1|1:144870_A_G:225,15,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:144867_T_A:1692,120,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1475:. 1|1:0,92:92:99:1|1:144870_A_G:4035,285,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2916,272,0:. 0|1:22,29:51:99:0|1:144870_A_G:1056,0,975:. 0|1:237,81:318:99:0|1:144870_A_G:2660,0,12894:. 1|1:0,55:55:99:1|1:144870_A_G:2541,175,0:. 1|0:70,50:120:99:0|1:144870_A_G:1046,0,3420:. 1|1:0,80:80:99:1|1:144870_A_G:3601,253,0:. 1|0:18,29:47:99:0|1:144870_A_G:1085,0,918:. 0|1:17,70:87:99:0|1:144870_A_G:2814,0,475:. 1|1:0,73:73:99:1|1:144870_A_G:3126,223,0:. 1|1:0,125:125:99:1|1:144870_A_G:5645,391,0:. 1|0:83,29:112:99:0|1:144870_A_G:931,0,4352:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,257:257:99:1|1:144870_A_G:11217,776,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,33:100:99:0|1:144870_A_G:1168,0,3490:. 0|1:58,29:87:99:0|1:144870_A_G:514,0,3018:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:25,120:145:99:0|1:144870_A_G:4924,0,973:. 0|1:27,63:90:99:0|1:144870_A_G:2391,0,901:. 1|1:0,88:88:99:1|1:144870_A_G:3944,280,0:. 1|1:0,25:25:75:1|1:144870_A_G:1125,75,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:144870_A_G:5022,355,0:. 1|0:76,133:209:99:.:.:3132,0,1651:. 1|1:0,155:155:99:1|1:144870_A_G:6816,475,0:. 0|1:8,85:93:99:0|1:144870_A_G:3429,0,216:. 1|0:91,29:120:99:0|1:144870_A_G:873,0,4847:. 1|1:0,73:73:99:1|1:144870_A_G:3286,229,0:. 1|0:12,59:71:99:0|1:144870_A_G:2358,0,317:. 1|0:28,57:85:99:0|1:144870_A_G:2249,0,1397:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,32:120:99:0|1:144870_A_G:1126,0,4300:. 1|1:0,154:154:99:1|1:144870_A_G:6715,472,0:. 1|1:0,395:395:99:1|1:144870_A_G:17283,1206,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1059:. 1|0:46,64:110:99:0|1:144870_A_G:2463,0,2120:. 0|1:44,95:139:99:0|1:144870_A_G:3807,0,1852:. 1|0:12,87:99:99:0|1:144870_A_G:3522,0,391:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1106:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:144870_A_G:3526,246,0:. 1|0:17,33:50:99:0|1:144870_A_G:1269,0,576:. 1|1:0,118:118:99:1|1:144870_A_G:5274,373,0:. 0|0:107,0:107:83:.:.:0,83,2589:. 1|1:0,99:99:99:1|1:144870_A_G:4351,304,0:. 1|1:0,56:56:99:1|1:144870_A_G:2378,174,0:. 1|0:111,135:246:99:0|1:144870_A_G:5080,0,4143:. 0|1:8,69:77:99:0|1:144870_A_G:2756,0,250:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1135:. 1|0:29,44:73:99:1|0:144857_G_A:1684,0,1055:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1541:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1591:. 1|0:17,26:43:99:0|1:144870_A_G:607,0,350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1096:. 1|1:0,67:67:99:1|1:144870_A_G:2852,202,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,995:. 0|1:109,91:200:99:0|1:144870_A_G:1846,0,2500:. 1|1:0,66:66:99:1|1:144870_A_G:2979,205,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1398:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1388:. 1|0:21,97:118:99:0|1:144870_A_G:3942,0,814:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,87:94:99:0|1:144870_A_G:3434,0,166:. 0|1:48,67:115:99:0|1:144870_A_G:2569,0,2399:. 0|1:27,37:64:99:.:.:801,0,612:. 1|1:0,148:148:99:1|1:144870_A_G:6363,450,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1040:. 1|1:3,128:131:99:1|1:144870_A_G:3376,312,0:. 1|1:8,241:249:99:1|1:144870_A_G:10068,337,0:. 0|1:165,24:189:99:0|1:144870_A_G:435,0,8885:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,16:91:99:0|1:144870_A_G:401,0,3906:. 1|1:0,113:113:99:1|1:144870_A_G:5085,349,0:. 1|1:0,123:123:99:1|1:144870_A_G:5569,388,0:. 1|1:6,180:186:99:1|1:144870_A_G:7541,228,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,56:183:99:0|1:144870_A_G:1902,0,6768:. 1|1:0,132:132:99:1|1:144870_A_G:5756,403,0:. 1|1:4,175:179:99:1|1:144870_A_G:7323,314,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,54:173:99:0|1:144870_A_G:1887,0,6169:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,197:198:99:1|1:144870_A_G:8584,548,0:. 1|1:0,175:175:99:1|1:144870_A_G:7569,532,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:144870_A_G:9923,686,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,16:109:99:0|1:144870_A_G:385,0,4530:. 0|1:61,144:205:99:0|1:144870_A_G:5530,0,2668:. 0|1:56,106:162:99:0|1:144870_A_G:4219,0,2619:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:47,153:200:99:0|1:144870_A_G:6089,0,2296:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:1|1:144870_A_G:6947,482,0:. 1|1:0,248:248:99:1|1:144870_A_G:10994,764,0:. 0|1:50,107:157:99:0|1:144870_A_G:4178,0,2122:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,985:. 0|1:26,113:139:99:0|1:144870_A_G:4611,0,792:. 0|1:10,124:134:99:0|1:144870_A_G:4979,0,118:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,119:189:99:0|1:144870_A_G:4669,0,3096:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:0:.:.:0,0,2839:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,143:144:99:1|1:144870_A_G:6264,380,0:. 0|1:18,158:176:99:0|1:144870_A_G:6330,0,466:. 1|0:34,193:227:99:0|1:144870_A_G:7828,0,1153:. 1|1:0,204:204:99:1|1:144870_A_G:8933,620,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:144870_A_G:8675,610,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,115:166:99:0|1:144870_A_G:4629,0,2609:. 0|1:136,70:206:99:0|1:144870_A_G:2452,0,7303:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:1|1:144870_A_G:5240,358,0:. 1|0:16,88:104:99:0|1:144870_A_G:3489,0,599:. 1|1:0,139:139:99:1|1:144870_A_G:6107,418,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:144870_A_G:3931,277,0:. 1|1:10,205:215:94:1|1:144870_A_G:8508,94,0:. 0|1:24,55:79:99:0|1:144870_A_G:2222,0,1158:. 1|0:67,73:140:99:0|1:144870_A_G:2808,0,3446:. 1|1:0,148:148:99:1|1:144870_A_G:6562,463,0:. 0|1:30,53:83:99:0|1:144870_A_G:2068,0,1065:. 1|1:4,211:215:99:1|1:144870_A_G:9010,407,0:. 1|1:0,127:127:99:1|1:144870_A_G:5467,385,0:. 1|1:0,150:150:99:1|1:144870_A_G:6654,460,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,81:145:99:.:.:1706,0,1438:. 1|1:2,98:100:99:1|1:144870_A_G:4125,209,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,98:168:99:0|1:144870_A_G:3735,0,3347:. 0|1:35,140:175:99:0|1:144870_A_G:5505,0,1345:. 1|1:0,160:160:99:1|1:144870_A_G:7016,493,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:144870_A_G:450,30,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1039:. 0|1:67,88:155:99:0|1:144870_A_G:3408,0,3406:. 1|1:0,100:100:99:1|1:144870_A_G:4425,307,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:39,48:87:99:0|1:144870_A_G:1830,0,2083:. 1|0:72,52:124:99:0|1:144870_A_G:1835,0,3834:. 0|1:56,83:139:99:0|1:144870_A_G:3197,0,2680:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1024:. 0|1:93,60:153:99:0|1:144870_A_G:2299,0,3542:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:144870_A_G:3720,256,0:. 1|0:9,48:57:99:0|1:144870_A_G:1938,0,372:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1100:. 1|0:28,94:122:99:0|1:144870_A_G:3753,0,1154:. 0|1:26,172:198:99:0|1:144870_A_G:6961,0,921:. 0|1:53,27:80:99:0|1:144870_A_G:925,0,2925:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:144870_A_G:4208,289,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:1|1:144870_A_G:6713,466,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:144870_A_G:6084,424,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:1|1:144870_A_G:8579,595,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1250:. 0|1:25,63:88:99:0|1:144870_A_G:2521,0,1279:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,56:126:99:0|1:144870_A_G:2100,0,3740:. 1|1:1,62:63:99:1|1:144870_A_G:2716,133,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1027:. 1|1:1,64:65:99:1|1:144870_A_G:2822,141,0:. 0|1:212,42:254:99:0|1:144870_A_G:1093,0,11212:. 0|1:26,80:106:99:0|1:144870_A_G:3155,0,1123:. 0|0:152,0:152:0:.:.:0,0,3355:. 1|1:0,110:110:99:1|1:144870_A_G:4881,340,0:. 0|1:81,69:150:99:0|1:144870_A_G:2667,0,4388:. 1|0:70,16:86:99:0|1:144870_A_G:360,0,4000:. 1|0:9,67:76:99:0|1:144870_A_G:1568,0,186:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1117:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,27:114:99:0|1:144870_A_G:878,0,3422:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:62:.:.:0,62,3006:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1133:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,33:165:99:0|1:144870_A_G:894,0,6726:. 1|1:0,101:101:99:1|1:144870_A_G:4377,309,0:. 0|1:58,12:70:99:0|1:144870_A_G:110,0,2114:. 1|1:3,192:195:99:1|1:144870_A_G:8071,416,0:. 1|1:0,124:124:99:1|1:144870_A_G:5352,382,0:. 0|1:38,36:74:99:0|1:144870_A_G:1233,0,1978:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1030:. 0|1:44,19:63:99:0|1:144870_A_G:665,0,2298:. 1|0:66,24:90:99:0|1:144870_A_G:799,0,3558:. 1|0:5,44:49:99:0|1:144870_A_G:1797,0,149:. 1|1:0,67:67:99:1|1:144870_A_G:2908,208,0:. 1|0:36,30:66:99:0|1:144870_A_G:1117,0,1891:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1443:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,107:123:99:0|1:144870_A_G:4128,0,468:. 1|1:0,171:171:99:1|1:144870_A_G:7491,527,0:. 1|0:17,59:76:99:0|1:144870_A_G:2471,0,764:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1358:. 1|1:0,44:44:99:1|1:144870_A_G:1879,132,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1362:. 0|0:90,7:97:94:0|1:144870_A_G:0,94,2675:. 1|1:0,112:112:99:.:.:2974,336,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:144870_A_G:2330,162,0:. 1|0:10,61:71:99:0|1:144870_A_G:2544,0,294:. 0|1:33,133:166:99:0|1:144870_A_G:5419,0,1420:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:3,9:12:99:0|1:144870_A_G:369,0,115:. 0|1:16,138:154:99:0|1:144870_A_G:5631,0,420:. 0|1:17,98:115:99:0|1:144870_A_G:3993,0,644:. 1|0:60,81:141:99:0|1:144870_A_G:3248,0,2770:. 0|0:85,0:85:36:.:.:0,36,2057:. 1|1:0,119:119:99:1|1:144870_A_G:5404,376,0:. 0|1:83,28:111:99:0|1:144870_A_G:884,0,4460:. 1|1:0,206:206:99:.:.:5652,617,0:. 0|1:41,26:67:99:0|1:144870_A_G:932,0,1765:. 1|1:0,23:23:72:1|1:144870_A_G:1049,72,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1082:. 1|0:67,188:255:99:0|1:144870_A_G:7487,0,3251:. 1|1:0,120:120:99:1|1:144870_A_G:5120,361,0:. 1|0:12,157:169:99:0|1:144870_A_G:6363,0,162:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,760:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1203:. 1|0:22,128:150:99:0|1:144870_A_G:3030,0,124:. 0|1:11,86:97:99:0|1:144870_A_G:3418,0,338:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,953:. 0|1:52,42:94:99:0|1:144870_A_G:1640,0,2714:. 1|1:2,85:87:99:.:.:2307,197,0:. 0|1:8,7:15:99:0|1:144870_A_G:270,0,425:. 0|1:27,43:70:99:0|1:144870_A_G:1640,0,1324:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1014:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1360:. 1|0:2,29:31:1:0|1:144870_A_G:1098,0,1:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,139:214:99:0|1:144870_A_G:5677,0,4466:. 0|1:90,136:226:99:0|1:144870_A_G:5393,0,5476:. 1|1:0,230:230:99:1|1:144870_A_G:10130,701,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1196:. 1|1:0,150:150:99:1|1:144870_A_G:6801,467,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,182:182:99:1|1:144870_A_G:8243,563,0:. 0|1:87,133:220:99:0|1:144870_A_G:5317,0,5398:. 1|1:0,52:52:99:1|1:144870_A_G:2283,159,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1182:. 1|1:1,229:230:99:1|1:144870_A_G:10270,642,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1242:. 1|1:0,265:265:99:1|1:144870_A_G:11746,797,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1135:. 1|1:0,151:151:99:1|1:144870_A_G:6850,472,0:. 1|1:0,230:230:99:1|1:144870_A_G:10135,695,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:144870_A_G:6336,433,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1225:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,148:199:99:0|1:144870_A_G:5940,0,2888:. 1|1:0,95:95:99:1|1:144870_A_G:4213,286,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:144870_A_G:5026,340,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:144870_A_G:7749,530,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1500:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:144870_A_G:6657,454,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:144870_A_G:9510,647,0:. 1|1:2,256:258:99:1|1:144870_A_G:11460,659,0:. 1|1:0,107:107:99:1|1:144870_A_G:4915,337,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1320:. 1|1:5,217:222:99:1|1:144870_A_G:9386,351,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,743:743:99:1|1:144870_A_G:33242,2273,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1555:. 1|1:0,691:691:99:1|1:144870_A_G:31004,2133,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:144870_A_G:4437,301,0:. 0|0:44,0:44:82:.:.:0,82,1391:. 1|1:5,108:113:61:1|1:144870_A_G:4431,61,0:. 1|1:4,87:91:25:1|1:144870_A_G:3709,25,0:. 1|1:0,169:169:99:1|1:144870_A_G:7486,515,0:. 1|1:0,255:255:99:1|1:144870_A_G:11503,789,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1408:. 1|0:59,74:133:99:0|1:144870_A_G:2923,0,3593:. 1|1:0,233:233:99:1|1:144870_A_G:10500,705,0:. 1|1:0,245:245:99:1|1:144870_A_G:10943,749,0:. 1|1:1,612:613:99:1|1:144870_A_G:26575,1809,0:. 1|1:0,290:290:99:1|1:144870_A_G:13010,893,0:. 1|1:1,481:482:99:1|1:144870_A_G:20983,1398,0:. 1|1:0,114:114:99:1|1:144870_A_G:5201,355,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,484:485:99:1|1:144870_A_G:21015,1425,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:144870_A_G:3383,232,0:. 1|1:0,293:293:99:1|1:144870_A_G:13123,906,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:1|1:144870_A_G:8126,557,0:. 1|1:1,237:238:99:1|1:144870_A_G:10556,658,0:. 0|1:22,202:224:99:0|1:144870_A_G:8362,0,649:. 1|1:0,227:227:99:1|1:144870_A_G:10061,695,0:. 1|0:201,39:240:99:0|1:144870_A_G:1013,0,12351:. 1|1:3,258:261:99:1|1:144870_A_G:11364,593,0:. 1|1:0,208:208:99:1|1:144870_A_G:9307,641,0:. 1|1:2,427:429:99:1|1:144870_A_G:18331,1176,0:. 0|1:27,118:145:99:0|1:144870_A_G:4772,0,1249:. 1|0:240,207:447:99:0|1:144870_A_G:7809,0,12049:. 1|0:43,18:61:99:0|1:144870_A_G:607,0,2551:. 1|0:14,248:262:99:0|1:144870_A_G:10275,0,199:. 1|0:107,183:290:99:0|1:144870_A_G:7315,0,6078:. 1|1:0,258:258:99:1|1:144870_A_G:11626,797,0:. 1|1:0,259:259:99:1|1:144870_A_G:11627,806,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1191:. 1|1:12,244:256:99:1|1:144870_A_G:7425,351,0:. 1|1:6,210:216:99:1|1:144870_A_G:8935,237,0:. 1|1:9,177:186:28:1|1:144870_A_G:7225,28,0:. 1|1:2,229:231:99:1|1:144870_A_G:10106,581,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,223:226:99:1|1:144870_A_G:9707,486,0:. 1|1:4,113:117:86:1|1:144870_A_G:4609,86,0:. 1|1:6,259:265:99:1|1:144870_A_G:11292,506,0:. 1|1:2,84:86:99:1|1:144870_A_G:3549,161,0:. 1|1:1,280:281:99:1|1:144870_A_G:12505,801,0:. 1|1:2,538:540:99:1|1:144870_A_G:23144,1520,0:. 0|1:33,141:174:99:0|1:144870_A_G:5804,0,1429:. 0|1:255,201:456:99:0|1:144870_A_G:7340,0,14406:. 1|1:4,233:237:99:1|1:144870_A_G:10016,446,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1346:. 1|0:30,193:223:99:0|1:144870_A_G:7914,0,1280:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:130,48:178:99:0|1:144870_A_G:1563,0,6280:. 1|0:99,127:226:99:0|1:144870_A_G:5002,0,5655:. 0|0:134,0:134:96:.:.:0,96,3674:. 0|1:11,164:175:99:0|1:144870_A_G:4690,0,195:. 1|0:38,8:46:99:0|1:144870_A_G:204,0,2322:. 0|1:39,218:257:99:0|1:144870_A_G:8970,0,1756:. 1|1:2,516:518:99:1|1:144870_A_G:22243,1476,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,220:244:99:0|1:144870_A_G:9121,0,559:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1172:. 0|1:77,43:120:99:0|1:144870_A_G:1062,0,4317:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,481:494:99:1|1:144870_A_G:20323,832,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,116,1755:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,399:399:99:1|1:144870_A_G:17995,1208,0:. 1|1:1,352:353:99:1|1:144870_A_G:15032,1016,0:. 1|0:36,230:266:99:0|1:144870_A_G:9475,0,1539:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1251:. 1|1:0,168:168:99:1|1:144870_A_G:7591,524,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,255:255:99:1|1:144870_A_G:11302,785,0:. 0|1:113,199:312:99:0|1:144870_A_G:7949,0,6394:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:1|1:144870_A_G:3775,256,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:144870_A_G:2572,178,0:. 1|1:0,252:252:99:1|1:144870_A_G:11216,773,0:. 1|1:0,214:214:99:1|1:144870_A_G:9530,655,0:. 1|1:0,267:267:99:1|1:144870_A_G:11997,825,0:. 1|1:0,151:151:99:1|1:144870_A_G:6772,464,0:. 1|1:0,368:368:99:1|1:144870_A_G:16281,1123,0:. 1|1:0,350:350:99:1|1:144870_A_G:15724,1078,0:. 1|1:0,373:373:99:1|1:144870_A_G:16710,1150,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,138:138:99:1|1:144870_A_G:6158,418,0:. 1|1:0,122:122:99:1|1:144870_A_G:5408,370,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:144870_A_G:2422,169,0:. 1|1:1,25:26:6:1|1:144870_A_G:1033,6,0:. 1|1:0,346:346:99:1|1:144870_A_G:15534,1066,0:. 1|0:189,163:352:99:0|1:144870_A_G:6164,0,11215:. 0|1:135,167:302:99:0|1:144870_A_G:6617,0,8091:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|1:131,198:329:99:0|1:144870_A_G:7804,0,7280:. 1|1:0,194:194:99:1|1:144870_A_G:8577,587,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1237:. 1|0:70,214:284:99:0|1:144870_A_G:8602,0,3750:. 1|1:0,219:219:99:1|1:144870_A_G:9786,670,0:. 1|1:0,234:234:99:1|1:144870_A_G:10347,716,0:. 1|0:244,31:275:99:0|1:144870_A_G:578,0,14969:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,528:528:99:1|1:144870_A_G:23598,1616,0:. 1|0:49,23:72:99:0|1:144870_A_G:792,0,2597:. 0|1:225,160:385:99:0|1:144870_A_G:5909,0,11057:. 1|1:0,693:693:99:1|1:144870_A_G:31028,2134,0:. 1|0:174,68:242:99:0|1:144870_A_G:2276,0,10098:. 1|1:0,274:274:99:1|1:144870_A_G:12300,840,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1460:. 1|1:0,33:33:99:1|1:144870_A_G:1462,99,0:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1375:. Pf3D7_01_v3 145041 . T C 340662 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=20.16;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E452;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaA/gaG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103300;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103300.1;SOR=0.697;VQSLOD=6.51;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=0.0001;NCC=1;BaseQRankSum=1.29;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=133.22;GQ_STDDEV=72.94;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13121463;AF=0.01;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=54;MLEAF=0.01;AN=858;AC=4 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1505:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,444:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:70:.:.:0,70,744:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,407:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1125:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1234:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1449:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1562:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1290:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1106:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1116:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1225:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1135:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1541:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1591:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1196:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,995:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1398:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1388:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1040:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,985:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,37:148:99:.:.:582,0,2974:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,208:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1039:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,41:147:99:.:.:660,0,2759:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1100:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1250:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1117:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1133:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1134:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1443:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1358:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1296:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1362:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1308:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1203:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,953:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1014:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1360:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1196:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1341:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1242:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4567,403,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1225:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1500:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:726,0:726:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1555:. 0|0:648,0:648:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:126,0:126:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:99 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:623,0:623:.:.:.:.:120 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:517,0:517:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:431,0:431:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1647:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1191:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:.:.:.:.:120 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:.:.:.:.:120 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:120 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:.:.:.:.:120 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:493,0:493:.:.:.:.:120 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:108 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:108 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:.:.:.:.:120 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:514,0:514:.:.:.:.:120 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,116,1755:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:105 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1237:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:496,0:496:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:339,0:339:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:645,0:645:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1460:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1375:. Pf3D7_01_v3 145227 . C T 2.64662e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=32.62;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K390;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103300;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103300.1;SOR=0.7;VQSLOD=10.72;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.32;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=38.1;GQ_MEAN=565.14;GQ_STDDEV=295.95;HRun=2;InbreedingCoeff=0.847;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.994;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16882944;AF=0.851;AS_InbreedingCoeff=0.8152;MLEAC=4475;MLEAF=0.852;AN=858;AC=667 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,90:90:99:.:.:2877,271,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,25:109:99:.:.:464,0,2062:. 1|1:3,100:103:99:.:.:3102,218,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3380,313,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2714,250,0:. 1|1:1,75:76:99:.:.:2426,219,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3895,366,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3153,294,0:. 1|0:54,31:85:99:.:.:739,0,1268:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2352,220,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3057,289,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3180,292,0:. 1|0:22,45:67:99:.:.:1252,0,443:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1095,102,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1543,147,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:577,54,0:. 0|0:52,0:52:16:.:.:0,16,1216:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1167,108,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1048,99,0:. 1|0:29,41:70:99:.:.:1078,0,596:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2484,243,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6783,663,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2415,237,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1445,138,0:. 0|1:72,39:111:99:.:.:800,0,1577:. 1|1:0,8:8:24:.:.:246,24,0:. 1|1:1,10:11:3:.:.:292,3,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1295:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1234:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3138,314,0:. 1|1:1,85:86:99:.:.:2682,229,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2326,220,0:. 1|1:0,322:322:99:.:.:9845,966,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1448:. 0|1:17,115:132:92:.:.:3216,0,92:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2584,253,0:. 0|1:30,30:60:99:.:.:708,0,588:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1940,195,0:. 0|1:17,41:58:99:.:.:1080,0,296:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3391,328,0:. 1|0:99,29:128:99:.:.:466,0,2404:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2455,240,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:7312,718,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5776,567,0:. 0|1:35,67:102:99:.:.:1693,0,661:. 1|0:13,84:97:62:.:.:2313,0,62:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1020,102,0:. 1|1:1,128:129:99:.:.:3839,365,0:. 1|1:5,64:69:71:.:.:1851,71,0:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2699,267,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:714,72,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4016,387,0:. 0|1:37,199:236:99:.:.:5381,0,323:. 1|1:1,143:144:99:.:.:4293,422,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3635,355,0:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2701,267,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1842,185,0:. 1|1:3,82:85:99:.:.:2383,174,0:. 0|1:62,64:126:99:.:.:1561,0,1342:. 1|0:25,85:110:99:.:.:2234,0,336:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4398,439,0:. 1|1:0,360:360:99:.:.:11202,1081,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1565,159,0:. 0|1:11,89:100:13:.:.:2381,0,13:. 0|1:36,119:155:99:.:.:3238,0,504:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2882,279,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1601,162,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1515,150,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1858,180,0:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3573,351,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4022,388,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3367,327,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2162,210,0:. 1|1:2,192:194:99:.:.:5727,532,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2732,270,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1842,186,0:. 1|0:16,52:68:99:.:.:1379,0,244:. 1|1:2,73:75:99:.:.:2136,171,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1597,153,0:. 0|1:18,29:47:99:.:.:763,0,355:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3834,373,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1790,179,0:. 1|1:0,162:162:99:.:.:4925,486,0:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5507,555,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2224,213,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1398:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4667,465,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3959,382,0:. 1|0:102,29:131:99:.:.:522,0,2392:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4725,468,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3285,327,0:. 1|1:4,110:114:99:.:.:3197,245,0:. 1|0:25,32:57:99:.:.:790,0,509:. 1|1:0,168:168:99:.:.:4992,503,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5258,524,0:. 1|1:2,165:167:99:.:.:4952,446,0:. 1|1:0,270:270:99:.:.:8041,808,0:. 0|1:24,195:219:1:.:.:5303,0,1:. 1|1:0,192:192:99:.:.:5910,577,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3701,368,0:. 1|1:7,116:123:99:.:.:3337,200,0:. 0|1:65,65:130:99:.:.:1601,0,1378:. 1|1:0,246:246:99:.:.:7393,738,0:. 1|1:0,157:157:99:.:.:4734,470,0:. 1|1:0,236:236:99:.:.:7342,709,0:. 0|1:70,114:184:99:.:.:2889,0,1370:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5405,532,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6505,661,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:7139,717,0:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5790,569,0:. 1|1:0,246:246:99:.:.:7507,738,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:.:.:6997,697,0:. 1|1:1,237:238:99:.:.:7149,686,0:. 0|1:34,122:156:99:.:.:3254,0,416:. 1|0:67,140:207:99:.:.:3689,0,1200:. 0|1:26,126:152:99:.:.:3393,0,257:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:12,206:218:99:.:.:5838,349,0:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3563,363,0:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5487,541,0:. 1|1:0,172:172:99:.:.:5220,517,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5349,534,0:. 1|1:0,254:254:99:.:.:7601,761,0:. 0|1:89,87:176:99:.:.:2057,0,1841:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,985:. 1|1:6,142:148:99:.:.:4119,284,0:. 1|0:72,48:120:99:.:.:1115,0,1610:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2892,297,0:. 1|0:104,77:181:99:.:.:1814,0,2270:. 1|1:0,251:251:99:.:.:7596,753,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:.:.:7139,717,0:. 0|1:112,43:155:99:.:.:852,0,2614:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6398,634,0:. 1|1:0,229:229:99:.:.:6848,687,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5172,530,0:. 1|1:1,227:228:99:.:.:6801,656,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5629,540,0:. 1|1:7,241:248:99:.:.:7179,556,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3611,355,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3678,365,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,223:228:99:.:.:6534,549,0:. 0|1:59,20:79:99:.:.:359,0,1363:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4482,436,0:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5309,537,0:. 1|0:43,41:84:99:.:.:984,0,905:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6738,675,0:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4370,435,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4224,408,0:. 1|1:16,142:158:34:.:.:3791,34,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2780,271,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3921,381,0:. 0|1:33,77:110:99:.:.:2009,0,578:. 1|1:17,182:199:99:.:.:5084,143,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5420,535,0:. 1|1:0,193:193:99:.:.:5893,580,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5367,525,0:. 0|1:4,5:9:83:.:.:134,0,83:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3228,315,0:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5421,530,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2756,273,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2929,289,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2983,297,0:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3560,346,0:. 1|1:4,170:174:99:.:.:5021,409,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3031,294,0:. 0|1:90,74:164:99:.:.:1782,0,1983:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3775,364,0:. 0|1:83,14:97:99:.:.:107,0,2001:. 1|1:1,63:64:99:.:.:1883,164,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3023,294,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4083,400,0:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5741,562,0:. 1|0:88,16:104:99:.:.:176,0,2156:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3308,322,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2875,279,0:. 1|1:0,278:278:99:.:.:8354,835,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:90:.:.:0,90,3072:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4622,459,0:. 1|1:0,245:245:99:.:.:7531,735,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1250:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3701,370,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:7191,718,0:. 1|1:1,106:107:99:.:.:3213,311,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2303,225,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2666,259,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2773,279,0:. 0|1:210,43:253:99:.:.:526,0,4754:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3615,372,0:. 0|1:142,20:162:99:.:.:141,0,3308:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,149:151:99:.:.:4436,400,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2714,269,0:. 1|0:15,64:79:99:.:.:1729,0,166:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2423,235,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2395,231,0:. 1|0:28,65:93:99:.:.:1707,0,453:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2729,265,0:. 0|0:134,0:134:36:.:.:0,36,2888:. 1|0:11,80:91:33:.:.:2192,0,33:. 1|1:0,191:191:99:.:.:5811,573,0:. 1|0:157,29:186:99:.:.:341,0,3720:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3817,381,0:. 1|0:21,39:60:99:.:.:1005,0,402:. 0|1:187,32:219:99:.:.:307,0,4219:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3501,349,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2502,246,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1586,150,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2130,210,0:. 1|1:11,108:119:49:.:.:3020,49,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1449,141,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2371,234,0:. 1|0:22,50:72:99:.:.:1261,0,366:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1443:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,85:135:99:.:.:2217,0,949:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7025,684,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2452,240,0:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4606,444,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1296:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1362:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4064,391,0:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3342,336,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1643,165,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2273,225,0:. 1|0:34,142:176:99:.:.:3792,0,402:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2848,284,0:. 1|0:2,5:7:37:.:.:124,0,37:. 1|0:79,105:184:99:.:.:2632,0,1576:. 1|0:18,113:131:99:.:.:3051,0,118:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4758,476,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3146,311,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3690,369,0:. 1|1:4,195:199:99:.:.:5828,486,0:. 1|0:38,37:75:99:.:.:919,0,824:. 1|1:0,23:23:69:.:.:690,69,0:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2763,247,0:. 1|1:0,318:318:99:.:.:9799,955,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3748,374,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,26:26:78:.:.:786,78,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1525,153,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5373,534,0:. 1|0:19,84:103:99:.:.:2282,0,227:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1823,179,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2927,294,0:. 1|1:3,123:126:99:.:.:3712,291,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:478,45,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1548,155,0:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3464,344,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:846,81,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7742,638,0:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5507,457,0:. 1|1:0,242:242:99:.:.:8677,728,0:. 1|1:0,247:247:99:.:.:9014,743,0:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7993,662,0:. 1|1:0,250:250:99:.:.:8990,752,0:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7791,649,0:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5814,487,0:. 1|1:0,259:259:99:.:.:9429,779,0:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7756,650,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,251:251:99:.:.:8922,755,0:. 1|1:0,206:206:99:.:.:7468,620,0:. 1|1:0,226:226:99:.:.:8134,679,0:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7950,659,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:8443,695,0:. 1|1:0,257:257:99:.:.:9145,773,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:8153,671,0:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6885,581,0:. 1|1:0,262:262:99:.:.:9347,787,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5402,451,0:. 0|0:184,0:184:21:.:.:0,21,5296:. 1|1:0,338:338:99:.:.:12102,1017,0:. 0|1:122,92:214:99:.:.:2706,0,3580:. 1|1:0,92:92:99:.:.:3309,277,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4767,397,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1547,132,0:. 1|0:14,97:111:99:.:.:3176,0,161:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5794,481,0:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5986,499,0:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8960,743,0:. 1|1:0,222:222:99:.:.:8047,668,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7941,655,0:. 1|1:0,281:281:99:.:.:10155,844,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7850,665,0:. 1|1:1,897:898:99:.:.:32110,2689,0:. 1|1:0,910:910:99:.:.:33002,2737,0:. 1|1:0,736:736:99:.:.:26442,2213,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3327,274,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1340:. 1|1:1,136:137:99:.:.:4439,381,0:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3913,339,0:. 1|1:1,191:192:99:.:.:6661,544,0:. 1|1:0,292:292:99:.:.:9941,877,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1408:. 0|1:93,95:188:99:.:.:2749,0,2386:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,677:679:99:.:.:23137,1987,0:. 0|1:157,150:307:99:.:.:4369,0,4314:. 1|1:0,572:572:99:.:.:19070,1704,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5558,490,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,539:541:99:.:.:18303,1569,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2784,241,0:. 1|1:0,265:265:99:.:.:8921,795,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8301,725,0:. 1|1:2,213:215:99:.:.:7341,577,0:. 1|1:2,253:255:99:.:.:8788,696,0:. 1|1:13,240:253:99:.:.:7934,328,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,262:264:99:.:.:9125,725,0:. 1|1:19,256:275:99:.:.:8189,183,0:. 1|1:0,257:257:99:.:.:8883,772,0:. 1|1:4,453:457:99:.:.:14926,1276,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:4040,349,0:. 1|0:194,309:503:99:.:.:9040,0,4568:. 1|0:14,59:73:99:.:.:1822,0,267:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,262:263:99:.:.:9245,756,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,186:259:99:.:.:5787,0,1648:. 0|1:76,154:230:99:.:.:4411,0,1726:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,271:277:99:.:.:9004,621,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,116:122:99:.:.:3507,161,0:. 0|1:204,55:259:99:.:.:1182,0,5966:. 1|0:14,73:87:99:.:.:2154,0,194:. 0|1:278,57:335:99:.:.:927,0,8155:. 1|1:2,659:661:99:.:.:21997,1932,0:. 1|0:90,95:185:99:.:.:2704,0,2383:. 1|0:240,347:587:99:.:.:9969,0,5691:. 0|1:244,33:277:99:.:.:366,0,7149:. 1|1:2,368:370:99:.:.:12158,1040,0:. 0|1:161,83:244:99:.:.:2128,0,4579:. 1|1:7,247:254:99:.:.:8134,539,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7232,650,0:. 0|1:62,215:277:99:.:.:6393,0,1231:. 1|0:13,121:134:17:.:.:3746,0,17:. 0|1:72,147:219:99:.:.:4327,0,1643:. 0|1:10,43:53:99:.:.:1297,0,132:. 1|1:4,263:267:99:.:.:9090,686,0:. 1|1:0,623:623:99:.:.:20658,1853,0:. 1|1:0,281:281:99:.:.:9784,845,0:. 0|1:227,33:260:99:.:.:392,0,6738:. 1|1:20,475:495:99:.:.:15168,869,0:. 0|1:83,60:143:99:.:.:1571,0,2249:. 0|1:228,29:257:99:.:.:234,0,6674:. 1|0:30,241:271:99:.:.:7570,0,132:. 1|1:6,594:600:99:.:.:20223,1696,0:. 1|1:1,212:213:99:.:.:7367,604,0:. 1|0:263,297:560:99:.:.:8345,0,6401:. 1|1:1,679:680:99:.:.:23639,2035,0:. 1|1:1,559:560:99:.:.:19796,1653,0:. 1|1:1,115:116:99:.:.:4143,314,0:. 1|1:1,451:452:99:.:.:15430,1322,0:. 1|1:2,412:414:99:.:.:14230,1219,0:. 0|1:165,112:277:99:.:.:3036,0,4644:. 1|1:3,593:596:99:.:.:19824,1721,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3062,273,0:. 1|1:0,171:171:99:.:.:6070,514,0:. 1|1:0,156:156:99:.:.:5511,469,0:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8911,763,0:. 1|1:0,234:234:99:.:.:8134,703,0:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6733,575,0:. 1|1:0,236:236:99:.:.:8005,709,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,246:246:99:.:.:8555,739,0:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7853,677,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2712,226,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1958,165,0:. 1|1:0,206:206:99:.:.:7361,620,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:6950,604,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:8100,695,0:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4535,402,0:. 1|1:0,286:286:99:.:.:9838,860,0:. 1|1:0,304:304:99:.:.:10658,914,0:. 1|1:0,293:293:99:.:.:10172,880,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2388,213,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2988,259,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:75:.:.:891,75,0:. 1|1:0,320:320:99:.:.:11256,961,0:. 1|1:0,330:330:99:.:.:11595,993,0:. 1|1:0,330:330:99:.:.:11635,992,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:991,84,0:. 1|1:0,296:296:99:.:.:10403,890,0:. 1|1:0,267:267:99:.:.:9468,803,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:6494,568,0:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9415,821,0:. 1|1:0,248:248:99:.:.:8788,746,0:. 1|0:161,75:236:99:.:.:1909,0,4686:. 1|1:0,255:255:99:.:.:8997,767,0:. 1|1:0,265:265:99:.:.:9360,797,0:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7874,658,0:. 1|0:313,238:551:99:.:.:6727,0,9006:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2828,254,0:. 1|1:0,355:355:99:.:.:12227,1067,0:. 0|0:645,0:645:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,163:218:99:.:.:5179,0,1138:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:2037,174,0:. 1|1:0,21:21:63:.:.:763,63,0:. 1|1:0,373:373:99:.:.:13261,1122,0:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5906,502,0:. Pf3D7_01_v3 145515 . T A 6.99565e+06 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=25.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I294;SNPEFF_CODON_CHANGE=atA/atT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103300;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103300.1;SOR=0.737;VQSLOD=8.32;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=14.29;GQ_MEAN=226.46;GQ_STDDEV=308.67;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7671;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.914;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13715001;AF=0.285;AS_InbreedingCoeff=0.0684;MLEAC=1513;MLEAF=0.288;AN=858;AC=205 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:98,16:114:99:.:.:166,0,2737:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,82:90:11:.:.:2275,11,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,11:84:81:.:.:81,0,1998:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,70:71:99:.:.:2225,204,0:. 1|1:8,114:122:99:.:.:3295,135,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3263,309,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,27:61:99:.:.:645,0,869:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3451,331,0:. 0|1:57,37:94:99:.:.:869,0,1515:. 1|0:51,7:58:44:.:.:44,0,1395:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1024:. 1|0:2,13:15:10:.:.:327,0,10:. 1|1:4,59:63:77:.:.:1744,77,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1227:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1139:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,18:19:23:.:.:482,23,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:290,30,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2361,235,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1263:. 1|0:69,49:118:99:.:.:1085,0,1715:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1531:. 1|0:228,102:330:99:.:.:2027,0,5939:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1448:. 0|1:132,26:158:99:.:.:342,0,3510:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,18:61:99:.:.:357,0,1090:. 0|1:26,39:65:99:.:.:955,0,558:. 0|1:17,52:69:99:.:.:1366,0,312:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,28:132:99:.:.:441,0,2735:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,92:164:99:.:.:2264,0,1611:. 1|1:1,193:194:99:.:.:5704,554,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:2:.:.:0,2,2145:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1054,105,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2583,263,0:. 0|1:18,8:26:99:.:.:156,0,449:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,26:82:99:.:.:472,0,1426:. 1|0:56,43:99:99:.:.:958,0,1392:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,311:311:99:.:.:9453,933,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1660,173,0:. 0|0:108,0:108:6:.:.:0,6,2586:. 0|1:108,32:140:99:.:.:560,0,2823:. 1|1:8,84:92:54:.:.:2335,54,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1496,147,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,112,1342:. 1|0:28,33:61:99:.:.:811,0,639:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:51:.:.:0,51,2694:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,52:174:99:.:.:987,0,2972:. 1|1:6,89:95:99:.:.:2411,117,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1942,204,0:. 1|0:44,23:67:99:.:.:475,0,1080:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1980,195,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1357:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1398:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,127:130:99:.:.:3626,301,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:71,39:110:99:.:.:807,0,1762:. 1|0:50,15:65:99:.:.:244,0,1277:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5549,565,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,17:121:99:.:.:158,0,2666:. 0|0:132,0:132:79:.:.:0,79,3358:. 1|1:13,249:262:99:.:.:7076,373,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5061,518,0:. 1|1:1,255:256:99:.:.:7677,737,0:. 1|0:102,61:163:99:.:.:1329,0,2526:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:66:.:.:0,66,4578:. 1|0:152,46:198:99:.:.:730,0,4021:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3650,371,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:133,58:191:99:.:.:1173,0,3370:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5279,534,0:. 1|0:76,73:149:99:.:.:1727,0,1848:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,121:191:99:.:.:2915,0,1548:. 1|0:73,135:208:99:.:.:3349,0,1524:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,176:178:99:.:.:5051,485,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:5886,600,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,31:176:99:.:.:364,0,3795:. 0|1:121,63:184:99:.:.:1318,0,3056:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6473,634,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3214,324,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,209:211:99:.:.:6016,572,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,62:146:99:.:.:1373,0,2093:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3860,390,0:. 1|1:2,158:160:99:.:.:4608,415,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2500,249,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:21:.:.:0,21,5119:. 1|0:148,27:175:99:.:.:279,0,3794:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3437,343,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2468,246,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2698,278,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,27:175:99:.:.:309,0,3942:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2479,252,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:54:.:.:0,54,1573:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:78:.:.:0,78,3853:. 1|0:55,125:180:99:.:.:3235,0,1101:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:.:.:6844,694,0:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4741,476,0:. 1|1:4,118:122:99:.:.:3395,242,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4644,465,0:. 1|1:0,250:250:99:.:.:7463,748,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1250:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,40:98:99:.:.:956,0,1487:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,224:228:99:.:.:6411,577,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,116:138:99:.:.:3010,0,224:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,16:130:84:.:.:84,0,3027:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,48:57:99:.:.:1296,0,119:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,50:101:99:.:.:1154,0,1226:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,88:91:99:.:.:2599,178,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,90:101:22:.:.:2437,0,22:. 0|0:68,0:68:22:.:.:0,22,1703:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,86:123:99:.:.:2289,0,737:. 0|1:60,10:70:85:.:.:85,0,1579:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2010,206,0:. 1|0:58,11:69:99:.:.:112,0,1501:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1881,188,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,28:117:99:.:.:486,0,2257:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,101:128:99:.:.:2605,0,419:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1296:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1362:. 0|0:132,0:132:69:.:.:0,69,3361:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:9:.:.:0,9,2123:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,3:16:21:.:.:21,0,361:. 1|0:163,31:194:99:.:.:298,0,4213:. 1|0:49,83:132:99:.:.:1944,0,1065:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,15:110:99:.:.:123,0,2526:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,77:115:99:.:.:1885,0,760:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,42:69:99:.:.:1016,0,590:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2872,294,0:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,69:104:99:.:.:1714,0,702:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:47:.:.:0,47,698:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1139:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,5:18:98:.:.:98,0,340:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1093,116,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:41:.:.:0,41,691:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:61,145:206:99:.:.:4558,0,1591:. 1|0:99,105:204:99:.:.:3167,0,2918:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,122:227:99:.:.:3681,0,3132:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:78:.:.:0,78,1280:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6959,601,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7859,664,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:.:.:9124,775,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,276:276:99:.:.:9780,830,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1534:. 0|1:85,13:98:99:.:.:153,0,2633:. 1|1:1,171:172:99:.:.:5982,507,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:8143,689,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:.:.:7215,613,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:765,0:765:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,27:27:81:.:.:883,81,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,570:575:99:.:.:18146,1595,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,214:250:99:.:.:6496,0,462:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,18:148:99:.:.:170,0,4136:. 0|1:268,179:447:99:.:.:4440,0,7916:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1437:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:600,0:600:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:512,0:512:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:176,86:262:99:.:.:2137,0,5138:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,29:40:99:.:.:865,0,281:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:592,0:592:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:483,0:483:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:27,517:544:99:.:.:15705,807,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:523,0:523:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:613,0:613:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:562,0:562:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,72:125:99:.:.:2054,0,1447:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6819,601,0:. 0|1:44,129:173:99:.:.:3917,0,1012:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1621:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4935,441,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,241:259:99:.:.:7688,172,0:. 1|1:0,288:288:99:.:.:9828,866,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1430:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2906,249,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:185,123:308:99:.:.:3316,0,5352:. 0|1:141,183:324:99:.:.:5317,0,3910:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:104,167:271:99:.:.:4904,0,2789:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4752,424,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,131:164:99:.:.:4023,0,634:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:211,29:240:99:.:.:304,0,6497:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:525,0:525:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,18:72:99:.:.:399,0,1642:. 1|0:174,155:329:99:.:.:4315,0,5069:. 0|0:645,0:645:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1464:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4811,428,0:. Pf3D7_01_v3 145560 . A T 9.21496e+06 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=26.79;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S279;SNPEFF_CODON_CHANGE=tcT/tcA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103300;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103300.1;SOR=0.683;VQSLOD=9.42;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.01;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=9.52;GQ_MEAN=438.19;GQ_STDDEV=551.71;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6826;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.247;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13625884;AF=0.353;AS_InbreedingCoeff=0.462;MLEAC=1861;MLEAF=0.354;AN=858;AC=303 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:27,90:117:99:.:.:2561,0,517:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,97:104:98:.:.:2877,98,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,84:97:99:.:.:2393,0,115:. 0|1:71,13:84:99:.:.:174,0,2006:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,30:91:99:.:.:682,0,1638:. 0|1:29,33:62:99:.:.:884,0,734:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,53:77:99:.:.:1478,0,533:. 1|0:46,9:55:99:.:.:125,0,1269:. 0|1:12,27:39:99:.:.:733,0,245:. 1|1:1,41:42:92:.:.:1263,92,0:. 1|0:2,11:13:29:.:.:296,0,29:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1619,125,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1088:. 1|0:52,19:71:99:.:.:386,0,1375:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1088:. 0|1:26,100:126:99:.:.:2558,0,359:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,5:5:15:.:.:158,15,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2208,213,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1531:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1448:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,21:60:99:.:.:441,0,974:. 0|1:27,36:63:99:.:.:890,0,620:. 0|1:21,60:81:99:.:.:1585,0,369:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3374,328,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2786,273,0:. 0|1:95,91:186:99:.:.:2187,0,2235:. 1|1:0,199:199:99:.:.:6022,598,0:. 1|0:73,37:110:99:.:.:787,0,1759:. 1|0:42,44:86:99:.:.:1055,0,992:. 1|1:0,32:32:96:.:.:986,96,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,30:70:99:.:.:689,0,971:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,825:. 1|1:1,123:124:99:.:.:3722,363,0:. 0|1:36,176:212:99:.:.:4830,0,447:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,2053:. 1|1:2,77:79:99:.:.:2264,177,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:1,58:59:99:.:.:1747,146,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,47:74:99:.:.:1149,0,535:. 1|1:1,102:103:99:.:.:3110,279,0:. 0|0:77,0:77:52:.:.:0,52,1924:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,305:305:99:.:.:9305,916,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1269:. 0|1:58,51:109:99:.:.:1254,0,1387:. 1|0:55,76:131:99:.:.:1942,0,1260:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1308,132,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,112,1342:. 1|0:29,25:54:99:.:.:576,0,680:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,16:93:99:.:.:199,0,2039:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,68:170:99:.:.:1468,0,2515:. 1|1:6,82:88:79:.:.:2346,79,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1220:. 1|0:28,23:51:99:.:.:562,0,691:. 1|0:49,62:111:99:.:.:1544,0,1119:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,65:112:99:.:.:1545,0,1056:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,184:189:99:.:.:5276,429,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,14:93:99:.:.:141,0,2111:. 1|0:115,42:157:99:.:.:840,0,2992:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:47,59:106:99:.:.:1429,0,1043:. 0|1:31,27:58:99:.:.:629,0,715:. 1|1:1,132:133:99:.:.:3994,367,0:. 0|1:27,143:170:99:.:.:3885,0,304:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,246:256:99:.:.:7159,489,0:. 1|0:31,193:224:99:.:.:5182,0,263:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:42:.:.:0,42,3681:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,250:255:99:.:.:7680,624,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,210:223:99:.:.:6175,279,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,71:181:99:.:.:1588,0,2684:. 1|1:0,269:269:99:.:.:8197,807,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,141:171:99:.:.:3735,0,350:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,100:144:99:.:.:2540,0,854:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,31:154:99:.:.:487,0,3211:. 0|1:164,20:184:56:.:.:56,0,4367:. 1|1:15,177:192:99:.:.:4967,121,0:. 0|0:118,0:118:60:.:.:0,60,2812:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:207,23:230:33:.:.:33,0,5555:. 1|0:141,53:194:99:.:.:1029,0,3515:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5037,511,0:. 1|0:55,83:138:99:.:.:2067,0,1179:. 1|0:90,54:144:99:.:.:1241,0,2235:. 0|1:85,16:101:99:.:.:173,0,2077:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:7,151:158:99:.:.:4329,295,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,177:197:5:.:.:4802,0,5:. 1|1:12,213:225:99:.:.:5919,319,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:.:.:5188,523,0:. 1|1:0,214:214:99:.:.:6500,643,0:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3930,391,0:. 1|1:10,158:168:99:.:.:4559,201,0:. 0|1:129,59:188:99:.:.:1237,0,3248:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,28:68:99:.:.:677,0,1005:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5055,502,0:. 0|1:36,35:71:99:.:.:813,0,828:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,116:117:99:.:.:3516,321,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2299,225,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:77:.:.:0,77,2591:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5757,562,0:. 0|1:95,66:161:99:.:.:1589,0,2328:. 1|0:43,155:198:99:.:.:4174,0,680:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:12,0:12:5:.:.:0,5,286:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,101:168:99:.:.:2593,0,1482:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,47:94:99:.:.:1144,0,1117:. 0|1:70,83:153:99:.:.:2099,0,1598:. 1|0:110,55:165:99:.:.:1120,0,2722:. 0|0:81,0:81:65:.:.:0,65,2089:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,77:89:99:.:.:2035,0,100:. 1|0:8,49:57:73:.:.:1322,0,73:. 1|0:77,39:116:99:.:.:884,0,1899:. 0|1:78,54:132:99:.:.:1285,0,1883:. 1|0:112,57:169:99:.:.:1782,0,2785:. 1|0:10,80:90:38:.:.:2195,0,38:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5848,586,0:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5140,502,0:. 1|1:4,121:125:99:.:.:3629,266,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1250:. 1|0:42,64:106:99:.:.:1639,0,929:. 1|1:0,230:230:99:.:.:6809,691,0:. 1|0:33,52:85:99:.:.:1353,0,722:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2305,220,0:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2400,221,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2709,276,0:. 1|1:2,129:131:99:.:.:3824,333,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,42:144:99:.:.:855,0,2511:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,58:70:99:.:.:1522,0,151:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,32:100:99:.:.:673,0,1678:. 0|1:38,71:109:99:.:.:1804,0,792:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,91:96:99:.:.:2676,161,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3338,328,0:. 0|0:69,0:69:80:.:.:0,80,1785:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,42:56:99:.:.:1100,0,246:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1574,153,0:. 0|0:63,0:63:34:.:.:0,34,1575:. 1|0:103,22:125:99:.:.:319,0,2720:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1978,195,0:. 0|1:48,23:71:99:.:.:467,0,1173:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2282,222,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,48:98:99:.:.:1166,0,1134:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,91:129:99:.:.:2415,0,657:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3603,349,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1866,183,0:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5974,595,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1951,186,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2459,246,0:. 0|0:85,0:85:67:.:.:0,67,2159:. 1|0:139,28:167:99:.:.:359,0,3612:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:7:.:.:0,7,319:. 1|0:108,83:191:99:.:.:1969,0,2567:. 1|0:29,104:133:99:.:.:2823,0,468:. 0|1:65,66:131:99:.:.:1593,0,1499:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,28:115:99:.:.:481,0,2184:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,8:58:77:.:.:77,0,1312:. 1|1:0,25:25:75:.:.:741,75,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,202:303:99:.:.:5382,0,2111:. 0|1:85,36:121:99:.:.:691,0,2143:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:23:.:.:0,23,488:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1139:. 1|1:14,139:153:42:.:.:3749,42,0:. 1|0:68,25:93:99:.:.:496,0,1786:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,4:16:77:.:.:77,0,299:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1226,120,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:115,72:187:99:.:.:2024,0,3496:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:59,157:216:99:.:.:4910,0,1450:. 1|0:105,110:215:99:.:.:3319,0,3198:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:20,219:239:24:.:.:7170,0,24:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,86:214:99:.:.:2456,0,3932:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1287,111,0:. 1|1:0,208:208:99:.:.:7424,625,0:. 1|1:1,207:208:99:.:.:7411,588,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7934,671,0:. 1|1:0,226:226:99:.:.:8143,680,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9765,821,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:7406,620,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1499,126,0:. 0|1:80,25:105:99:.:.:557,0,2594:. 1|1:9,159:168:99:.:.:5330,179,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:.:.:7250,607,0:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7768,647,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,756:756:99:.:.:27026,2274,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,32:75:99:.:.:931,0,1315:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1408:. 0|1:87,68:155:99:.:.:1892,0,2553:. 1|1:0,256:256:99:.:.:8677,769,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,585:588:99:.:.:20324,1685,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2764,235,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7547,647,0:. 1|1:0,264:264:99:.:.:9208,793,0:. 0|1:30,253:283:99:.:.:7953,0,159:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,477:481:99:.:.:16642,1306,0:. 1|0:21,16:37:99:.:.:479,0,655:. 1|1:19,251:270:99:.:.:8286,175,0:. 0|1:90,188:278:99:.:.:5730,0,2375:. 1|1:0,262:262:99:.:.:8914,787,0:. 1|1:2,303:305:99:.:.:10195,845,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,280:310:84:.:.:8667,0,84:. 1|0:193,82:275:99:.:.:2008,0,5757:. 1|0:133,76:209:99:.:.:1945,0,3684:. 1|1:9,229:238:99:.:.:7857,384,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:59,191:250:99:.:.:5879,0,1266:. 0|1:96,20:116:99:.:.:327,0,2723:. 0|1:256,40:296:99:.:.:492,0,7842:. 1|1:2,628:630:99:.:.:21722,1846,0:. 0|1:50,141:191:99:.:.:4284,0,1129:. 0|0:512,0:512:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:227,47:274:99:.:.:736,0,7221:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,171:255:99:.:.:5183,0,2237:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,51:214:99:.:.:1170,0,4613:. 0|1:186,73:259:99:.:.:1738,0,5560:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,125:209:99:.:.:3747,0,2326:. 0|0:42,0:42:61:.:.:0,61,1236:. 0|1:286,32:318:99:.:.:154,0,8905:. 1|1:10,589:599:99:.:.:20278,1447,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:483,0:483:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,29:113:99:.:.:681,0,2603:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:29,561:590:99:.:.:18696,830,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:523,0:523:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:613,0:613:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,542:545:99:.:.:19039,1587,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,59:125:99:.:.:1682,0,1948:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6691,577,0:. 0|1:62,132:194:99:.:.:4088,0,1633:. 1|1:0,146:146:99:.:.:5156,439,0:. 1|1:1,172:173:99:.:.:5818,483,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1621:. 1|1:0,183:183:99:.:.:6463,550,0:. 1|1:0,171:171:99:.:.:5965,514,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:19,222:241:78:.:.:6947,78,0:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1430:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1967,165,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,857:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,138:140:99:.:.:4659,346,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7718,655,0:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6930,590,0:. 0|0:249,0:249:16:.:.:0,16,7194:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,570:570:99:.:.:20119,1714,0:. 0|1:49,19:68:99:.:.:466,0,1463:. 1|0:159,158:317:99:.:.:4471,0,4662:. 1|1:0,713:713:99:.:.:24554,2143,0:. 1|1:0,188:188:99:.:.:6632,565,0:. 1|1:0,263:263:99:.:.:9173,791,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1464:. 0|1:19,10:29:99:.:.:280,0,577:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4595,394,0:. Pf3D7_01_v3 145682 . G A 9.22329e+06 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=26.59;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L239;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ctg/Ttg;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103300;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103300.1;SOR=0.689;VQSLOD=7.51;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.36;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.988;GC=28.57;GQ_MEAN=468.03;GQ_STDDEV=341.13;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7384;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.04;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12922468;AF=0.283;AS_InbreedingCoeff=0.2162;MLEAC=1488;MLEAF=0.283;AN=858;AC=412 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:35,66:101:99:.:.:1763,0,656 1|1:0,110:110:99:.:.:3463,331,0 0|1:26,53:79:99:.:.:1434,0,480 0|1:38,74:112:99:.:.:1981,0,712 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|1:15,68:83:99:.:.:1940,0,178 1|1:0,79:79:99:.:.:2531,237,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4067,390,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3308,312,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710 1|0:22,31:53:99:.:.:826,0,458 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,89:89:99:.:.:2784,266,0 1|0:25,34:59:99:.:.:876,0,546 1|1:0,32:32:95:.:.:973,95,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1224 0|1:2,12:14:16:.:.:315,0,16 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1506 1|1:0,40:40:99:.:.:1281,120,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1232,120,0 1|0:71,12:83:54:.:.:54,0,1733 1|1:0,79:79:99:.:.:2422,237,0 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1185 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,881 1|0:52,69:121:99:.:.:1658,0,990 1|1:0,19:19:57:.:.:566,57,0 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,416 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1626 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1263 1|0:56,55:111:99:.:.:1258,0,1184 1|0:19,91:110:99:.:.:2469,0,211 1|0:45,29:74:99:.:.:684,0,1034 0|1:240,100:340:99:.:.:1905,0,5426 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1448 1|0:75,100:175:99:.:.:2553,0,1545 1|1:0,82:82:99:.:.:2429,246,0 0|1:32,18:50:99:.:.:390,0,716 1|1:0,59:59:99:1|1:145682_G_A:2184,177,0 0|1:42,15:57:99:.:.:269,0,925 1|1:0,99:99:99:.:.:2955,297,0 0|1:29,78:107:99:.:.:1952,0,450 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485 1|0:89,80:169:99:.:.:1900,0,1906 1|1:1,179:180:99:.:.:5278,513,0 0|1:27,82:109:99:.:.:2090,0,407 0|1:36,36:72:99:.:.:869,0,738 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,595 1|0:88,13:101:90:.:.:90,0,2064 1|0:22,20:42:99:.:.:470,0,471 1|1:0,104:104:99:.:.:3025,311,0 0|1:20,12:32:99:.:.:260,0,453 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|1:31,193:224:99:.:.:5008,0,208 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755 1|1:2,69:71:99:.:.:1955,153,0 1|0:66,8:74:20:.:.:20,0,1608 1|0:18,52:70:99:.:.:1305,0,292 1|1:2,127:129:99:.:.:3664,350,0 1|1:6,86:92:99:.:.:2367,117,0 0|1:116,35:151:99:.:.:540,0,2672 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,55:55:99:.:.:1606,165,0 0|1:42,46:88:99:.:.:1108,0,872 0|1:24,128:152:99:.:.:3390,0,183 1|1:5,64:69:63:.:.:1798,63,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1199,123,0 1|1:2,60:62:99:.:.:1760,130,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1745,183,0 0|1:23,20:43:99:.:.:482,0,498 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,58:58:99:.:.:1799,174,0 1|1:1,154:155:99:.:.:4445,439,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,60:60:99:.:.:1740,180,0 1|0:36,20:56:99:.:.:423,0,839 1|1:3,66:69:99:.:.:1885,123,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1220 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1132 1|1:0,102:102:99:.:.:3033,307,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,105:105:99:.:.:3085,315,0 0|1:56,49:105:99:.:.:1141,0,1190 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|0:109,0:109:99:.:.:0,117,1755 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|1:70,21:91:99:.:.:376,0,1607 1|0:98,36:134:99:.:.:688,0,2249 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755 0|1:43,41:84:99:.:.:973,0,918 1|0:27,70:97:99:.:.:1726,0,431 1|0:28,22:50:99:.:.:482,0,593 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|1:19,165:184:33:.:.:4267,33,0 1|1:9,141:150:99:.:.:4044,223,0 1|1:5,203:208:99:.:.:6053,489,0 1|1:10,217:227:99:.:.:6241,413,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3361,339,0 1|0:17,87:104:99:.:.:2318,0,135 0|1:16,117:133:99:.:.:3003,0,114 1|0:75,71:146:99:0|1:145682_G_A:1686,0,2844 1|1:12,213:225:99:.:.:6015,376,0 0|1:76,77:153:99:.:.:1828,0,1580 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 0|1:125,47:172:99:.:.:892,0,2816 1|1:1,163:164:99:.:.:4827,466,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,117,1755 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,145:150:99:.:.:4182,311,0 1|1:2,248:250:99:.:.:7285,692,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4371,446,0 1|1:0,217:217:99:.:.:6430,651,0 1|0:113,32:145:99:.:.:472,0,2666 1|1:2,229:231:99:.:.:6933,655,0 1|1:11,131:142:99:.:.:3473,123,0 1|1:0,228:228:99:.:.:6748,683,0 1|0:34,109:143:99:.:.:2841,0,505 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|1:56,134:190:99:.:.:3440,0,934 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,192:192:99:.:.:5669,576,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5075,525,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4815,485,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|0:71,107:178:99:.:.:2613,0,1329 1|1:0,200:200:99:.:.:5823,599,0 1|0:25,118:143:99:0|1:145678_T_C:3901,0,230 0|1:57,91:148:99:.:.:2249,0,1066 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755 0|1:25,139:164:99:.:.:3582,0,151 0|0:157,0:157:99:.:.:0,108,1620 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1485 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 1|0:36,108:144:99:.:.:2845,0,553 1|0:122,46:168:99:.:.:871,0,2720 0|1:133,50:183:99:.:.:926,0,2912 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,217:217:99:.:.:6350,651,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 0|0:151,0:151:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,126:126:99:.:.:3690,377,0 0|1:49,126:175:99:1|0:145674_A_G:3302,0,1401 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,212:212:99:.:.:6435,636,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,115:115:99:.:.:3384,344,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2779,276,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2578,255,0 1|1:2,212:214:99:.:.:5987,588,0 0|1:34,33:67:99:.:.:796,0,729 1|1:0,132:132:99:.:.:3967,396,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1620 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|0:40,87:127:99:.:.:2267,0,757 1|1:0,87:87:99:.:.:2593,261,0 1|0:66,64:130:99:.:.:1524,0,1366 1|1:2,96:98:99:.:.:2792,238,0 1|1:9,162:171:99:.:.:4581,278,0 1|0:126,74:200:99:.:.:1610,0,2788 1|1:0,175:175:99:.:.:5278,526,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,108,1620 1|0:2,8:10:27:.:.:192,0,27 1|1:0,91:91:99:.:.:2712,273,0 0|1:104,60:164:99:.:.:1279,0,2419 1|1:0,79:79:99:.:.:2381,237,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,150:150:99:.:.:4508,450,0 0|1:112,44:156:99:.:.:839,0,2494 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|1:118,54:172:99:.:.:1129,0,2698 1|1:0,132:132:99:.:.:3940,396,0 0|1:73,9:82:31:.:.:31,0,1744 0|1:49,15:64:99:.:.:265,0,1125 0|1:75,46:121:99:.:.:987,0,1701 0|1:27,95:122:99:.:.:2487,0,377 1|0:148,23:171:99:.:.:129,0,3533 1|1:8,98:106:96:.:.:2716,96,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,129:129:99:.:.:3752,386,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,100:100:99:.:.:2990,301,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,223:223:99:.:.:6555,669,0 0|1:47,41:88:99:.:.:942,0,1025 1|1:0,73:73:99:.:.:2132,218,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2365,240,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1625 1|1:3,189:192:99:.:.:5478,515,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,117:118:99:.:.:3407,325,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3105,312,0 1|0:117,22:139:99:.:.:250,0,2683 1|1:0,106:106:99:.:.:3170,319,0 0|1:54,7:61:21:.:.:21,0,1297 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|0:22,47:69:99:.:.:1195,0,405 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530 1|0:48,44:92:99:.:.:1051,0,1040 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,84:87:99:.:.:2453,176,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5369,538,0 1|0:39,149:188:99:.:.:3810,0,491 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|0:50,17:67:99:.:.:323,0,1157 1|0:22,115:137:99:.:.:2940,0,137 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|1:22,36:58:99:.:.:914,0,422 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1345 0|1:61,19:80:99:.:.:322,0,1422 1|0:105,26:131:99:1|0:145674_A_G:399,0,3499 1|1:0,54:54:99:.:.:1600,162,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2527,258,0 1|0:29,41:70:99:.:.:983,0,566 1|1:0,56:56:99:.:.:1716,168,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2058,207,0 0|1:31,68:99:99:.:.:1770,0,544 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 0|1:23,74:97:99:.:.:1969,0,320 1|1:0,135:135:99:.:.:4136,406,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1301 1|1:0,152:152:99:.:.:4500,455,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1433 1|0:94,24:118:99:.:.:367,0,2223 1|1:0,70:70:99:.:.:2024,209,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530 0|1:88,84:172:99:.:.:1995,0,2031 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|0:3,2:5:45:0|1:145682_G_A:45,0,120 0|1:69,107:176:99:.:.:2701,0,1333 0|1:109,36:145:99:.:.:683,0,2518 1|1:2,144:146:99:.:.:4046,396,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,117:117:99:.:.:3530,352,0 1|0:78,30:108:99:.:.:572,0,1764 1|1:3,181:184:99:.:.:5323,468,0 0|1:27,31:58:99:.:.:772,0,544 1|1:0,39:39:99:.:.:1179,117,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|0:302,0:302:1:.:.:0,1,6569 0|1:103,34:137:99:.:.:586,0,2327 1|1:2,185:187:99:.:.:5430,505,0 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900 1|1:1,52:53:99:.:.:1513,131,0 0|1:127,32:159:99:.:.:469,0,2925 1|0:86,12:98:79:.:.:79,0,2122 1|1:0,74:74:99:.:.:2205,222,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620 1|1:3,97:100:99:.:.:2853,216,0 0|1:13,7:20:99:.:.:154,0,285 0|1:32,32:64:99:.:.:726,0,668 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1232 1|1:0,126:126:99:.:.:3775,379,0 1|1:1,28:29:59:.:.:819,59,0 1|1:0,181:181:99:.:.:6465,544,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485 0|1:70,151:221:99:.:.:4811,0,1692 1|0:102,91:193:99:.:.:2742,0,2909 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|0:104,89:193:99:.:.:2687,0,2984 1|1:0,181:181:99:.:.:6515,544,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530 0|0:211,0:211:83:.:.:0,83,6114 1|1:0,222:222:99:.:.:7941,667,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7452,616,0 0|0:41,0:41:87:.:.:0,87,1304 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1665 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:13,143:156:50:.:.:4766,50,0 1|1:0,227:227:99:.:.:8157,683,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,199:205:99:.:.:6974,405,0 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|1:145,43:188:99:.:.:1023,0,4433 1|1:0,97:97:99:.:.:3502,292,0 1|1:0,118:118:99:.:.:4252,355,0 1|1:0,203:203:99:.:.:7237,610,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1532,129,0 0|1:18,77:95:99:.:.:2534,0,345 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,117:118:99:.:.:4118,322,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,245:245:99:.:.:8659,736,0 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,746:746:99:.:.:26599,2243,0 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,33:72:99:.:.:960,0,1134 1|1:0,28:28:84:.:.:996,84,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|0:116,0:116:91:.:.:0,91,3400 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 0|1:94,54:148:99:1|0:145674_A_G:1444,0,2824 1|1:6,274:280:99:.:.:9048,635,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 1|0:148,138:286:99:.:.:3957,0,4041 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,150:150:99:.:.:5161,451,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2862,254,0 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:.:.:2936,256,0 1|1:10,271:281:99:.:.:8940,522,0 1|0:201,29:230:99:.:.:233,0,5906 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|1:44,201:245:99:.:.:6216,0,704 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|0:192,49:241:99:.:.:976,0,5625 1|1:12,249:261:99:.:.:8080,374,0 1|1:0,239:239:99:.:.:8239,717,0 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800 0|1:12,113:125:27:.:.:3523,0,27 0|1:284,167:451:99:.:.:3931,0,7231 1|0:7,48:55:67:.:.:1542,0,67 0|0:255,0:255:68:.:.:0,68,7149 1|0:206,101:307:99:.:.:2517,0,5812 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,302:302:99:.:.:10167,906,0 1|1:1,268:269:99:.:.:9184,772,0 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|1:83,99:182:99:.:.:2734,0,1990 1|1:0,262:262:99:.:.:9120,786,0 1|1:0,270:270:99:.:.:9299,811,0 1|1:3,259:262:99:.:.:8935,681,0 1|1:8,95:103:44:.:.:2837,44,0 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800 1|0:21,74:95:99:.:.:2137,0,313 1|1:23,245:268:26:.:.:7671,26,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|1:52,138:190:99:.:.:4253,0,1152 1|1:10,475:485:99:.:.:15359,1185,0 1|0:30,211:241:99:.:.:6600,0,231 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 0|1:73,185:258:99:.:.:5671,0,1552 1|0:102,34:136:99:.:.:794,0,2926 1|0:143,74:217:99:.:.:1931,0,3933 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1213 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,290:291:99:.:.:10023,846,0 1|1:16,195:211:99:.:.:6292,108,0 1|1:33,429:462:99:.:.:12854,373,0 1|0:39,69:108:99:.:.:2061,0,931 1|1:23,251:274:89:.:.:7980,89,0 1|0:191,28:219:99:.:.:236,0,5539 1|1:23,502:525:99:.:.:15614,864,0 1|0:179,29:208:99:.:.:390,0,5134 1|1:37,455:494:99:.:.:13741,363,0 1|1:8,624:632:99:.:.:21629,1648,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|0:22,85:107:99:.:.:2589,0,421 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,356:358:99:.:.:11731,1023,0 1|0:109,151:260:99:.:.:4435,0,2918 1|1:1,461:462:99:.:.:14784,1337,0 1|1:3,79:82:99:.:.:2642,161,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4736,412,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,195:195:99:.:.:6814,586,0 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 0|0:117,0:117:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,67:67:99:.:.:2353,202,0 1|1:1,50:51:99:.:.:1686,118,0 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|0:95,97:192:99:.:.:2829,0,2540 1|1:0,134:134:99:.:.:4624,403,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8482,736,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,278:278:99:.:.:9587,835,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1430 1|1:0,118:118:99:.:.:4046,354,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2874,252,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2255,193,0 1|1:0,26:26:78:.:.:891,78,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:134,0:134:99:.:.:0,108,1620 1|0:210,23:233:99:.:.:137,0,6101 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 0|0:544,0:544:99:.:.:0,120,1800 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1464 1|0:6,14:20:99:.:.:435,0,124 1|1:8,308:316:99:.:.:10520,668,0 1|1:0,127:127:99:.:.:4410,381,0 Pf3D7_01_v3 146188 . T C 308551 PASS FS=0;MQ=60.71;QD=20.44;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N70S;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAt/aGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103300;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103300.1;SOR=0.716;VQSLOD=5.43;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=119.95;GQ_STDDEV=31.54;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0189;MQRankSum=0.523;NCC=0;ReadPosRankSum=0.806;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8375893;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=0.6168;MLEAC=72;MLEAF=0.014;AN=858;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1342:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1461:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1215:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1345:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,405:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1005:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1725:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:32,0:32:47:.:.:0,47,861:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1649:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1619:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1196:. 1|0:61,12:73:99:.:.:103,0,1619:. 1|0:7,30:37:99:.:.:710,0,101:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1370:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1525:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1307:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,4:69:97:.:.:0,97,1906:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1419:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1581:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1103:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1728:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1153:. 0|1:25,17:42:99:.:.:348,0,635:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1277:. 0|1:69,38:107:99:.:.:678,0,1932:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1066:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1398:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,1296:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1423:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:114,17:131:99:0|1:146178_G_T:337,0,4458:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:94:.:.:0,94,4726:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1442:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1503:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,335:. 0|0:62,0:62:6:.:.:0,6,90:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1376:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1375:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1625:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,35:59:99:.:.:793,0,556:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1411:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,28:89:99:.:.:470,0,1638:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1270:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1202:. 1|0:10,76:86:66:.:.:1867,0,66:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1353:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1761:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,394:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,13:85:99:.:.:115,0,1951:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1382:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,484:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2198,193,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,21:32:99:0|1:146158_CTATTATTAT_C:764,0,603:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1399:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,151:157:99:.:.:4352,281,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1555:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1139:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,164:174:99:.:.:4944,176,0:. 1|0:15,53:68:99:.:.:1276,0,313:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,567:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1542:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1449:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,569:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:73:.:.:0,73,1060:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,377:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,506:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1608:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,117:151:99:.:.:3309,0,787:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 146418 . A C 419423 PASS FS=0;MQ=60.58;QD=21.18;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.696;VQSLOD=5.66;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=174.24;GQ_STDDEV=337.97;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0175;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.647;culprit=FS;set=snp;DP=7242072;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=0.8227;MLEAC=132;MLEAF=0.025;AN=858;AC=23 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1342:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1461:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1215:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 1|1:2,33:35:40:.:.:914,40,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1725:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1374:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1568:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1619:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1014:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1370:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1525:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1307:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1352:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,572:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,2343:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1419:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1581:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1103:. 0|1:29,86:115:99:.:.:2077,0,540:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,984:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,999:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1728:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1277:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1066:. 0|1:30,24:54:99:.:.:542,0,752:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1005:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1423:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,186:193:99:.:.:4951,372,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,149:166:30:.:.:3650,0,30:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1442:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1503:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,13:101:72:.:.:72,0,2330:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,274:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1376:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,17:121:99:.:.:116,0,2758:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,91:123:99:.:.:2203,0,609:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1375:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1625:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,23:144:99:.:.:227,0,3244:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,33:52:99:.:.:771,0,433:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1328:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1188:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1202:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1353:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1761:. 0|0:11,0:11:5:.:.:0,5,287:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1042:. 1|1:0,23:23:69:.:.:657,69,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,558:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1136:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1382:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1328:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,460:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3361,292,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:102 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:108 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:120 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:.:.:.:.:120 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:75,0:75:.:.:.:.:102 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1399:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:120 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:114 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:.:.:.:.:84 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:.:.:.:.:72 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:120 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:120 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:.:.:.:.:120 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:106 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:36 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:99 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:111 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,27:57:99:.:.:725,0,839:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:108 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:100 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2404,219,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,646:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3882,354,0:. 0|0:123,0:123:27:.:.:0,27,3519:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,877:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:40:.:.:0,40,2918:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1608:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 1|1:4,189:193:99:.:.:6020,432,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 146603 . T A 226003 PASS FS=0;MQ=59.85;QD=30.25;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.652;VQSLOD=4.81;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0168;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=136.81;GQ_STDDEV=97.31;HRun=2;InbreedingCoeff=0.5416;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.27;culprit=FS;set=snp;DP=4796415;AF=0.009785;AS_InbreedingCoeff=-0.037;MLEAC=51;MLEAF=0.009785;AN=854;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1319:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1309:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1231:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1354:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1740:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:24,0:24:58:.:.:0,58,737:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,331:. 0|0:25,0:25:62:.:.:0,62,792:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1269:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:36,0:36:80:.:.:0,80,1040:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1237:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1441:. 0|1:65,178:243:99:0|1:146600_T_A:7492,0,2200:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1385:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1268:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1156:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1276:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1413:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,561:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1377:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1509:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1586:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1390:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1241:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1471:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1449:. 0|0:40,0:40:83:.:.:0,83,1108:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,983:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1014:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1240:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1602:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1038:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1041:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1292:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1313:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1721:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1471:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1793:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,850:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1641:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1664:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1345:. 0|0:92,0:92:9:.:.:0,9,2259:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,109:109:99:1|1:146600_T_A:5037,343,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1580:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1634:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1484:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1404:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1333:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1715:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1544:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1571:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1425:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1442:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1384:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1780:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1417:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1417:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1619:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1578:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1102:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1377:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1760:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1254:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1474:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:10,0:10:17:.:.:0,17,276:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1429:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1203:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1473:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1792:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1439:. 0|1:49,54:103:99:0|1:146600_T_A:2114,0,2087:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:46,0:46:94:.:.:0,94,1337:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1782:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1772:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1371:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1772:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1350:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1458:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1294:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1115:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1683:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1379:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1470:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1314:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1781:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1640:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1191:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1596:. 1|0:53,8:61:99:0|1:146599_T_TAA:167,0,2363:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1086:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1257:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1376:. 1|0:18,23:41:99:0|1:146599_T_TAA:934,0,725:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1218:. 1|1:0,35:35:99:1|1:146600_T_A:1601,108,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1161:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1645:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1737:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1681:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,988:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1086:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1546:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1125:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1093:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,153:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:11,137:148:57:0|1:146600_T_A:5831,0,57:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1446:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,753:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1731:. 1|1:4,78:82:46:1|1:146600_T_A:3358,46,0:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1360:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,892:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1513:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1279:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1725:. 1|1:0,6:6:18:1|1:146599_T_TAA:270,18,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,937:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1323:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1458:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1630:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1375:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,484:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1447:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1421:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,6:16:99:0|1:146599_T_TAA:222,0,1251:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:27,0:27:70:.:.:0,70,856:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1629:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1563:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1524:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1399:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1586:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1579:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1299:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1240:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1564:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1623:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1501:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1449:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:53,79:132:99:0|1:146600_T_A:3246,0,2146:. 1|0:32,3:35:30:0|1:146599_T_TAA:30,0,1545:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1582:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|0:151,40:191:99:0|1:146599_T_TAA:1207,0,6491:. 0|0:17,0:17:16:.:.:0,16,480:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1733:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:132,17:149:99:0|1:146599_T_TAA:308,0,5556:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1367:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1428:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,138:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1642:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1165:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:1,22:23:27:1|1:146599_T_TAA:990,27,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1292:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1346:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1329:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1499:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1483:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1497:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1174:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:27,0:27:62:.:.:0,62,772:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,366:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1491:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,238:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 146605 . T A 222771 PASS FS=0;MQ=59.84;QD=29.73;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.651;VQSLOD=5.39;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0168;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=136.63;GQ_STDDEV=96.92;HRun=3;InbreedingCoeff=0.5437;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.772;culprit=FS;set=snp;DP=4792776;AF=0.009781;AS_InbreedingCoeff=-0.037;MLEAC=51;MLEAF=0.009781;AN=854;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1319:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1309:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1231:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1354:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1740:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:24,0:24:49:.:.:0,49,713:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,331:. 0|0:25,0:25:62:.:.:0,62,792:. 0|0:24,0:24:38:.:.:0,38,733:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1269:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1237:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1441:. 0|1:65,177:242:99:0|1:146600_T_A:7303,0,2215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1385:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1268:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1156:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1276:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1413:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,561:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1377:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1509:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1586:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1390:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1241:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1471:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1449:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,983:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1014:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1240:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1602:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1193:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1292:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1313:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1721:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1471:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1793:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,850:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1641:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1664:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1345:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,2171:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,112:112:99:1|1:146600_T_A:5007,340,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1580:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1634:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1484:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1404:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1333:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1715:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1544:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1571:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1425:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1442:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1384:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1780:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1417:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1417:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1619:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1578:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1102:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1377:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1760:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1254:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1474:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,229:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1429:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1203:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1473:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1792:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1439:. 0|1:48,53:101:99:0|1:146600_T_A:2120,0,2041:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1199:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1782:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1772:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1371:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:69:.:.:0,69,2744:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1772:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1350:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1458:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1294:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1115:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1683:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1379:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1470:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1314:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1781:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1640:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1191:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1596:. 1|0:53,8:61:99:0|1:146599_T_TAA:173,0,2314:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1086:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1257:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1376:. 1|0:18,24:42:99:0|1:146599_T_TAA:934,0,725:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1218:. 1|1:0,36:36:99:1|1:146600_T_A:1600,108,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1161:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1645:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1737:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1681:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,988:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1086:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1546:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1125:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1093:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,153:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:11,136:147:60:0|1:146600_T_A:5789,0,60:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1446:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,753:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1731:. 1|1:5,77:82:43:1|1:146600_T_A:3327,43,0:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1360:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,892:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1513:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1279:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1725:. 1|1:0,6:6:18:1|1:146599_T_TAA:270,18,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,937:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1323:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1458:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1630:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1375:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,514:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1447:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1421:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,6:15:99:0|1:146599_T_TAA:222,0,1251:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1629:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1563:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1524:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1399:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1586:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1579:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1299:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1240:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1564:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1623:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1501:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1449:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:54,79:133:99:0|1:146600_T_A:3204,0,2149:. 1|0:32,3:35:30:0|1:146599_T_TAA:30,0,1545:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1582:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,557:. 1|0:152,40:192:99:0|1:146599_T_TAA:1219,0,6382:. 0|0:15,0:15:10:.:.:0,10,448:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1733:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:133,17:150:99:0|1:146599_T_TAA:313,0,5513:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1271:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1428:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,138:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1642:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1165:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:1,22:23:24:1|1:146599_T_TAA:945,24,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:86:.:.:0,86,1109:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1292:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1346:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1329:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1499:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1483:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1497:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1174:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:27,0:27:58:.:.:0,58,778:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,366:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1491:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,236:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 147198 . A G 212625 PASS FS=0;MQ=60.07;QD=23.24;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.629;VQSLOD=4.35;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;InbreedingCoeff=-0;NCC=1;ExcessHet=0.0706;GQ_MEAN=92.62;GQ_STDDEV=84.38;HRun=0;BaseQRankSum=-1.92;ClippingRankSum=0.311;MQRankSum=0.424;ReadPosRankSum=0.736;culprit=FS;set=snp;DP=2913962;AF=0.039;AS_InbreedingCoeff=0.9679;MLEAC=191;MLEAF=0.037;AN=806;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1288:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:12,0:12:21:.:.:0,21,315:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,310:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,61:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,92:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,182:. 0|0:27,0:27:73:.:.:0,73,865:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1282:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,992:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,318:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1332:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1235:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,472:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1328:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,972:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,821:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1106:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1444:. 0|0:23,0:23:40:.:.:0,40,637:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1016:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:29,0:29:11:.:.:0,11,721:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,545:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1026:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,411:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,980:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,885:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,636:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,312:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1220:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1458:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,996:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1025:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,971:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1087:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,989:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1302:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,952:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1304:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1314:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,969:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1329:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1387:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,972:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1336:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1212:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,979:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,986:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1239:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1036:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1656:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1010:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1390:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1006:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1349:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,991:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1085:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1207:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,666:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,910:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,895:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1026:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,959:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1719:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1409:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1073:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1439:. 1|0:20,30:50:99:.:.:622,0,456:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1475:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1495:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1077:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1041:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1085:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1282:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,812:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,624:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1568:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1032:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,557:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1461:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,981:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1131:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,958:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1057:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,600:. 0|0:28,0:28:71:.:.:0,71,776:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,902:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,592:. 0|0:26,0:26:53:.:.:0,53,717:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1079:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,587:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,129:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:42,0:42:98:.:.:0,98,1219:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:53:.:.:0,53,627:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,299:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,386:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,983:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1337:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,394:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1111:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1508:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,209:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,693:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1467:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,694:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1420:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,922:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1363:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1008:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,949:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,854:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1379:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1272:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1232:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,72:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,287:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2057,207,0:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2772,246,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1176:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1296:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,733:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1213:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1164:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1322:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1258:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1145:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:18 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1117:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1126:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:102 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1436:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:110 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:12 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1258:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1189:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1229:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:16,13:29:99:.:.:301,0,446:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1326:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,224:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1251:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1156:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,318:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:24,0:24:64:.:.:0,64,758:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1188:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1167:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,232:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1223:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. Pf3D7_01_v3 148336 . C T 593918 PASS FS=0;MQ=60.11;QD=19.37;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G1481E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gGa/gAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103400;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103400.1;SOR=0.684;VQSLOD=6.13;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.06;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.997;GC=14.29;GQ_MEAN=139.9;GQ_STDDEV=99.61;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7714;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.532;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13576026;AF=0.021;AS_InbreedingCoeff=-0.0453;MLEAC=112;MLEAF=0.021;AN=858;AC=28 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1431:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1456:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1241:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1371:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1763:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1270:. 0|1:34,17:51:99:.:.:387,0,824:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1504:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1356:. 0|0:44,0:44:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,724:. 1|1:0,23:23:72:1|1:148336_C_T:997,72,0:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,241:. 0|0:31,0:31:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,781:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1487:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:63:.:.:0,63,5155:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1792:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 0|0:6,0:6:3:.:.:0,3,45:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1473:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1577:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1558:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1158:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,730:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,974:. 0|0:105,11:116:19:.:.:0,19,2735:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1100:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1372:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,2586:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1599:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1582:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1340:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4437,446,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,14:69:99:0|1:148336_C_T:216,0,1449:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1705:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,21:86:99:.:.:343,0,1612:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2590,255,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1660:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:43,34:77:99:.:.:797,0,960:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1107:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,263:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1270:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1285:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,52:104:99:.:.:1285,0,1307:. 0|0:57,0:57:27:.:.:0,27,405:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|0:38,25:63:99:.:.:581,0,877:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:103,52:155:99:.:.:1402,0,3111:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,196:197:99:.:.:6782,582,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1169:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,166:176:99:.:.:5554,181,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:605,0:605:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:720,0:720:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:126,0:126:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:3:.:.:0,3,5555:. 0|0:241,0:241:0:.:.:0,0,6269:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,139:275:99:.:.:3994,0,3809:. 0|0:500,0:500:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:63:.:.:0,63,945:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:65:.:.:0,65,1425:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,221:229:99:.:.:7282,389,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,32:168:99:.:.:554,0,4063:. 0|1:233,129:362:99:.:.:3282,0,6451:. 1|0:40,211:251:99:.:.:6472,0,591:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1310:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:433,0:433:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:439,0:439:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:563,0:563:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:382,0:382:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,286:288:99:.:.:9669,802,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,61:123:99:.:.:1718,0,1684:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1647:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1403:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,221:236:99:.:.:7213,207,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:448,0:448:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:599,0:599:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1643:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,578:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 148539 . A G 170144 PASS FS=0;MQ=60.25;QD=18.4;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G1413;SNPEFF_CODON_CHANGE=ggT/ggC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103400;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103400.1;SOR=0.718;VQSLOD=5.83;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=132.39;GQ_STDDEV=125.57;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0128;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-2.594;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13684446;AF=0.008362;AS_InbreedingCoeff=0.9919;MLEAC=42;MLEAF=0.007982;AN=856;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:0,100,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1175:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1302:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1275:. 0|0:23,0:23:54:0,54,810:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:96:0,96,1440:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:27,0:27:70:0,70,823:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:87:0,87,1014:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:4,0:4:12:0,12,96:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1305:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1538:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:301,0:301:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1205:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1120:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1420:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1268:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1123:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,950:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,112,1464:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:351,0:351:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1142:. 1|1:0,150:150:99:4100,448,0:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,110,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 1|0:69,16:85:99:170,0,1705:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|1:61,11:72:78:78,0,1622:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,100,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,212:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1250:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:0,36,345:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 1|0:48,8:56:46:46,0,1259:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1218:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:42:0,42,630:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1102:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:0,54,536:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 1|1:1,196:197:99:6461,556,0:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1186:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:672,0:672:99:0,120,1800:. 0|0:790,0:790:99:0,120,1800:. 0|0:588,0:588:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1281:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,100,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:554,0:554:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:533,0:533:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:408,0:408:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:465,0:465:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1609:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,119,1486:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 1|1:31,450:481:99:13301,424,0:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:99:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,105,1800:. 0|0:384,0:384:99:0,120,1800:. 0|0:378,0:378:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:502,0:502:99:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|1:63,120:183:99:3358,0,1548:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:2521,231,0:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:261,0:261:99:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,117,1800:. 0|0:313,0:313:99:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:295,0:295:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 149598 . G T 6.00018e+06 PASS FS=0;MQ=60.85;QD=26.3;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=P1060;SNPEFF_CODON_CHANGE=ccC/ccA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103400;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103400.1;SOR=0.732;VQSLOD=9.07;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.2;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=52.38;GQ_MEAN=190.78;GQ_STDDEV=178.65;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6843;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.263;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13482816;AF=0.306;AS_InbreedingCoeff=0.6232;MLEAC=1655;MLEAF=0.316;AN=854;AC=263 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:19,9:28:99:.:.:195,0,440 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1042 1|0:10,27:37:99:.:.:725,0,123 0|0:45,0:45:44:.:.:0,44,1000 1|1:0,37:37:99:.:.:1131,111,0 0|0:35,0:35:28:.:.:0,28,767 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,893 1|1:1,37:38:99:.:.:1113,104,0 0|0:34,0:34:74:.:.:0,74,856 1|0:9,16:25:99:.:.:411,0,174 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945 1|1:0,49:49:99:.:.:1486,147,0 0|0:34,0:34:54:.:.:0,54,826 0|1:7,16:23:99:.:.:413,0,108 0|1:10,2:12:26:.:.:26,0,238 0|0:16,0:16:21:.:.:0,21,359 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,59 0|0:16,0:16:17:.:.:0,17,359 1|1:0,10:10:30:.:.:316,30,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1091,108,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1800 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1796 1|1:1,155:156:99:.:.:4594,439,0 0|0:70,0:70:16:.:.:0,16,1413 0|0:38,0:38:91:.:.:0,91,917 0|1:25,47:72:99:.:.:1029,0,432 1|1:0,10:10:30:.:.:296,30,0 0|0:0,4:4:12:.:.:123,12,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1556 1|1:0,39:39:99:.:.:1160,117,0 1|0:43,44:87:99:.:.:1028,0,865 0|0:83,5:88:99:.:.:0,109,2059 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1637 1|1:0,278:278:99:.:.:7995,828,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1384 1|0:39,62:101:99:0|1:149598_G_T:1577,0,721 1|1:0,64:64:99:.:.:1875,192,0 0|1:24,18:42:99:.:.:365,0,509 1|0:40,16:56:99:0|1:149598_G_T:285,0,937 1|1:0,41:41:99:.:.:1204,123,0 0|0:94,9:103:39:.:.:0,39,2182 0|1:68,23:91:99:.:.:394,0,1462 0|0:96,0:96:48:.:.:0,48,1882 1|1:0,164:164:99:.:.:4645,490,0 1|1:0,136:136:99:.:.:3851,407,0 0|1:70,30:100:99:.:.:567,0,1576 1|0:40,17:57:99:0|1:149598_G_T:333,0,911 1|1:0,39:39:99:.:.:1157,117,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|0:8,39:47:78:0|1:149598_G_T:960,0,78 1|1:1,76:77:99:1|1:149598_G_T:2203,207,0 0|0:42,0:42:33:.:.:0,33,838 0|0:125,0:125:96:.:.:0,96,2657 0|1:122,37:159:99:.:.:579,0,2814 0|0:106,10:116:55:.:.:0,55,2464 1|1:0,75:75:99:.:.:2137,224,0 0|0:114,0:114:99:.:.:0,118,1800 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 0|0:51,5:56:16:.:.:0,16,1156 0|1:37,24:61:99:.:.:515,0,804 0|1:52,82:134:99:.:.:1933,0,954 1|1:0,114:114:99:1|1:149598_G_T:3238,342,0 0|1:88,25:113:99:0|1:149598_G_T:408,0,1977 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,36:36:99:.:.:1036,108,0 0|1:71,9:80:18:.:.:18,0,1667 0|1:86,41:127:99:.:.:790,0,1849 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800 0|0:60,0:60:86:.:.:0,86,1319 0|0:96,0:96:26:.:.:0,26,1921 0|0:73,0:73:9:.:.:0,9,1308 0|0:43,0:43:10:.:.:0,10,867 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:.:.:2509,255,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1804,185,0 0|1:147,29:176:99:0|1:149598_G_T:283,0,3259 0|0:103,0:103:15:.:.:0,15,1970 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1327 0|1:20,32:52:99:0|1:149598_G_T:771,0,350 1|1:2,50:52:98:.:.:1362,98,0 0|0:70,0:70:91:.:.:0,91,1481 1|1:0,41:41:99:1|1:149598_G_T:1137,121,0 0|1:73,17:90:99:.:.:223,0,1559 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,133:133:99:.:.:3829,399,0 0|1:86,79:165:99:.:.:1768,0,1696 0|0:80,0:80:57:.:.:0,57,1676 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 0|0:160,0:160:99:.:.:0,99,1800 0|0:97,8:105:98:.:.:0,98,2266 0|1:14,76:90:75:.:.:1969,0,75 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:114,0:114:28:.:.:0,28,2232 1|0:75,17:92:99:.:.:206,0,1655 1|0:51,16:67:99:0|1:149598_G_T:252,0,1210 0|0:168,0:168:56:.:.:0,56,3329 1|1:1,124:125:99:.:.:3501,346,0 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,179:187:99:.:.:4765,337,0 0|1:24,113:137:99:.:.:2868,0,226 0|0:171,0:171:99:.:.:0,116,1800 1|1:6,76:82:81:.:.:2062,81,0 1|0:28,73:101:99:.:.:1763,0,446 1|0:12,63:75:76:0|1:149598_G_T:1587,0,76 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|1:64,49:113:99:.:.:1120,0,1336 1|1:2,168:170:99:.:.:4870,451,0 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 0|1:67,55:122:99:.:.:1160,0,1401 1|1:0,153:153:99:.:.:4528,457,0 1|1:0,102:102:99:.:.:2864,304,0 0|0:177,0:177:99:.:.:0,114,1800 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,186:187:99:.:.:5439,532,0 1|0:52,40:92:99:.:.:841,0,1082 1|0:103,46:149:99:.:.:893,0,2237 0|1:58,52:110:99:.:.:1170,0,1204 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|0:214,0:214:15:.:.:0,15,4105 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:11,120:131:99:.:.:3154,102,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,140:140:99:.:.:4087,419,0 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800 1|0:95,53:148:99:.:.:1078,0,1916 1|1:0,134:134:99:.:.:3627,397,0 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,4:73:99:.:.:0,100,1561 0|1:61,68:129:99:.:.:1543,0,1159 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 0|1:71,26:97:99:0|1:149598_G_T:458,0,1607 0|1:90,61:151:99:.:.:1349,0,1881 1|0:102,85:187:99:.:.:1851,0,2012 1|1:0,157:157:99:.:.:4358,467,0 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,135:135:99:.:.:3722,401,0 1|1:1,121:122:99:.:.:3477,355,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|1:110,22:132:99:.:.:223,0,2435 1|0:53,112:165:99:.:.:2660,0,845 1|1:0,141:141:99:.:.:4081,421,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|1:10,73:83:20:0|1:149598_G_T:1844,0,20 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1800 0|0:86,0:86:52:.:.:0,52,1740 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|1:21,23:44:99:.:.:535,0,432 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1722 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 1|0:70,37:107:99:.:.:809,0,1587 0|0:93,0:93:95:.:.:0,95,1843 1|0:67,21:88:99:.:.:371,0,1513 0|0:71,8:79:11:.:.:0,11,1591 1|0:93,11:104:25:.:.:25,0,2180 0|0:95,10:105:16:.:.:0,16,2170 0|1:83,26:109:99:.:.:427,0,1893 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,115 0|0:121,0:121:84:.:.:0,84,2305 0|1:53,65:118:99:.:.:1563,0,1060 0|0:88,0:88:25:.:.:0,25,1613 1|1:0,63:63:99:1|1:149598_G_T:1852,188,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|0:42,41:83:99:.:.:936,0,822 0|1:83,37:120:99:.:.:726,0,1717 0|0:73,7:80:35:.:.:0,35,1694 1|1:3,111:114:99:.:.:3268,265,0 1|1:1,95:96:99:1|1:149598_G_T:2795,278,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|1:55,11:66:99:.:.:133,0,1274 0|1:60,32:92:99:.:.:687,0,1308 0|1:29,83:112:99:.:.:2132,0,445 0|0:120,9:129:99:.:.:0,115,2882 0|1:58,13:71:99:.:.:165,0,1315 1|1:0,109:109:99:.:.:3125,324,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,197:197:99:.:.:5585,588,0 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,105:105:99:.:.:3020,313,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3012,319,0 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,64:64:99:.:.:1880,192,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,160:161:99:.:.:4472,456,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,32:32:96:.:.:961,96,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1760,184,0 0|0:82,0:82:94:.:.:0,94,1667 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 0|0:121,0:121:99:.:.:0,101,1800 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1800 1|0:72,30:102:99:0|1:149598_G_T:560,0,1465 1|0:16,51:67:99:.:.:1319,0,201 0|1:48,6:54:16:.:.:16,0,1077 0|0:87,0:87:99:.:.:0,107,1800 0|0:63,0:63:43:.:.:0,43,1302 0|0:99,0:99:99:.:.:0,104,1800 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800 1|1:3,78:81:99:.:.:2201,166,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1800 0|0:189,0:189:71:.:.:0,71,3708 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 0|0:123,0:123:99:.:.:0,112,1800 1|0:24,40:64:99:0|1:149598_G_T:977,0,403 1|0:34,130:164:99:.:.:3044,0,760 0|0:122,0:122:91:.:.:0,91,2410 0|0:68,0:68:77:.:.:0,77,1454 1|1:0,49:49:99:.:.:1412,146,0 0|1:11,37:48:99:.:.:970,0,142 1|0:82,13:95:85:.:.:85,0,1797 0|1:31,5:36:20:.:.:20,0,646 0|0:84,0:84:42:.:.:0,42,1662 0|0:68,6:74:43:.:.:0,43,1490 0|0:62,0:62:51:.:.:0,51,1261 1|1:0,67:67:99:.:.:1986,201,0 1|0:59,35:94:99:0|1:149598_G_T:744,0,1743 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|1:72,19:91:99:.:.:284,0,1556 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:19:.:.:0,19,1165 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:30:.:.:0,30,1069 1|1:7,71:78:63:.:.:1931,63,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1745,185,0 0|0:57,0:57:47:.:.:0,47,1138 1|1:1,44:45:99:.:.:1235,105,0 1|0:104,44:148:99:0|1:149598_G_T:829,0,2231 1|1:0,67:67:99:.:.:1938,200,0 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,70 0|0:159,0:159:35:.:.:0,35,3110 0|1:65,36:101:99:0|1:149598_G_T:748,0,1411 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:29:.:.:0,29,1817 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,7:87:53:.:.:0,53,1848 1|1:1,113:114:99:.:.:3167,314,0 0|0:52,0:52:35:.:.:0,35,1091 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,523 1|1:2,63:65:99:.:.:1797,146,0 0|0:257,0:257:99:.:.:0,105,1800 0|0:130,0:130:99:.:.:0,116,1800 1|1:2,139:141:99:.:.:4009,366,0 1|1:1,14:15:20:.:.:388,20,0 0|0:53,0:53:53:.:.:0,53,1123 0|1:103,13:116:29:.:.:29,0,2276 0|1:43,23:66:99:0|1:149598_G_T:475,0,934 0|0:74,0:74:41:.:.:0,41,1500 1|1:1,68:69:99:.:.:1981,181,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2896,292,0 0|1:13,2:15:13:.:.:13,0,300 0|0:76,0:76:35:.:.:0,35,1498 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1052 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|1:2,14:16:8:.:.:350,0,8 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:179,0:179:99:.:.:0,116,1800 0|1:76,87:163:99:.:.:2654,0,2046 1|1:0,173:173:99:.:.:6148,519,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3839,322,0 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,134:134:99:.:.:4711,402,0 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,933 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,153:154:99:.:.:5463,432,0 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,171:171:99:.:.:6059,514,0 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800 0|0:178,0:178:99:.:.:0,101,1800 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 0|1:121,34:155:99:0|1:149598_G_T:1031,0,7762 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:109,0:109:99:.:.:0,118,1800 1|1:0,150:150:99:.:.:5397,450,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1323 0|1:75,9:84:72:.:.:72,0,2233 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,171:171:99:.:.:5925,511,0 1|1:0,470:470:99:.:.:16718,1414,0 0|0:694,0:694:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,498:498:99:.:.:17718,1497,0 1|1:1,73:74:99:.:.:2571,190,0 1|1:0,28:28:84:.:.:999,84,0 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:493,0:493:99:.:.:0,120,1800 1|0:9,98:107:7:0|1:149598_G_T:3025,0,7 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,149:149:99:.:.:5163,446,0 0|0:595,0:595:99:.:.:0,103,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,54:54:99:.:.:1812,161,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,110,1800 1|0:162,29:191:99:.:.:355,0,4532 1|1:0,138:138:99:.:.:4735,412,0 1|1:1,187:188:99:.:.:6444,528,0 0|1:34,156:190:99:.:.:5029,0,549 1|1:0,185:185:99:.:.:6423,554,0 0|1:30,150:180:99:.:.:4742,0,466 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800 1|0:65,16:81:99:.:.:302,0,1869 1|0:176,116:292:99:.:.:2857,0,4509 1|0:38,16:54:99:.:.:384,0,990 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|0:116,82:198:99:.:.:2269,0,3180 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,203:204:99:.:.:6928,578,0 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:176,0:176:99:.:.:0,111,1800 0|0:106,0:106:99:.:.:0,100,1800 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:559,0:559:99:.:.:0,120,1800 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,193:198:99:.:.:6097,465,0 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1548 1|0:149,18:167:99:.:.:99,0,4231 0|0:605,0:605:99:.:.:0,120,1800 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800 0|1:77,9:86:70:.:.:70,0,2253 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 0|1:26,168:194:99:.:.:5130,0,269 0|0:482,0:482:99:.:.:0,120,1800 0|1:26,107:133:99:.:.:3285,0,423 1|0:146,151:297:99:.:.:3939,0,3659 1|1:14,392:406:99:.:.:13142,778,0 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,73:75:99:.:.:2408,158,0 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800 0|1:163,19:182:99:.:.:137,0,4814 0|0:526,0:526:99:.:.:0,120,1800 0|0:49,3:52:51:.:.:0,51,1515 0|1:65,58:123:99:.:.:1652,0,1680 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 0|1:43,77:120:99:.:.:2197,0,1067 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:.:.:6478,561,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4167,370,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1395 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:196,0:196:99:.:.:0,100,1800 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,231:232:99:.:.:7697,681,0 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1405 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,521 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800 0|0:27,0:27:56:.:.:0,56,794 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 0|0:184,0:184:99:.:.:0,101,1800 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800 0|1:37,9:46:99:.:.:154,0,1077 1|0:148,122:270:99:.:.:3328,0,3961 0|0:599,0:599:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,88:118:99:0|1:149598_G_T:3288,0,826 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1328 0|0:18,0:18:34:.:.:0,34,520 1|1:0,250:250:99:.:.:8776,742,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 150409 . T C 4.93297e+06 PASS FS=0.653;MQ=59.99;QD=25.09;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E790G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAa/gGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103400;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103400.1;SOR=0.656;VQSLOD=4.51;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.63;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=23.81;GQ_MEAN=134.36;GQ_STDDEV=102.89;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6469;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=2.8;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9674793;AF=0.183;AS_InbreedingCoeff=0.4635;MLEAC=964;MLEAF=0.183;AN=856;AC=110 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1177:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1299:. 0|1:33,17:50:99:.:.:330,0,857:. 0|0:35,0:35:74:.:.:0,74,1024:. 0|1:5,36:41:35:.:.:946,0,35:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1284:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1207:. 0|1:28,21:49:99:.:.:438,0,712:. 0|1:14,10:24:99:.:.:179,0,384:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,452:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,87:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,20:20:60:.:.:577,60,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1221:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1478:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1254:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1208:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:43,10:53:99:.:.:123,0,1173:. 1|0:95,241:336:99:.:.:5609,0,1834:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1407:. 1|0:83,33:116:99:.:.:603,0,2212:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1189:. 1|0:47,10:57:91:.:.:91,0,1243:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:145,129:274:99:.:.:2698,0,3503:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:78,31:109:99:.:.:532,0,1954:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:90,14:104:95:.:.:95,0,2384:. 0|0:76,0:76:22:.:.:0,22,1881:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,765:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,122:127:99:.:.:3349,231,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1405:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,113:127:39:.:.:2770,0,39:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1000:. 1|0:89,15:104:99:.:.:101,0,2388:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:6:.:.:0,6,2405:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1384:. 1|0:39,20:59:99:.:.:371,0,1020:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1272:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:113,96:209:99:.:.:1989,0,2643:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3764,400,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:65,39:104:99:.:.:785,0,1610:. 0|1:70,49:119:99:.:.:962,0,1728:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:136,33:169:99:.:.:440,0,3564:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:29,189:218:99:.:.:4458,0,176:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5162,559,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:168,40:208:99:.:.:471,0,4337:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,31:124:99:.:.:483,0,2415:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:9,142:151:99:.:.:3658,178,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,175:176:99:.:.:4816,516,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,65:180:99:.:.:1287,0,2883:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,64:151:99:.:.:1343,0,2199:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:0:.:.:0,0,4342:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:130,0:130:49:.:.:0,49,3065:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:77,98:175:99:.:.:2118,0,1718:. 0|1:118,139:257:99:.:.:2953,0,2776:. 1|1:2,189:191:99:.:.:5121,535,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3433,374,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,15:136:3:.:.:3,0,3304:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:15,163:178:65:.:.:4105,65,0:. 0|1:147,32:179:99:.:.:345,0,3911:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,175:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2127,230,0:. 0|1:41,57:98:99:.:.:1305,0,912:. 1|0:61,66:127:99:.:.:1449,0,1448:. 0|1:132,25:157:99:.:.:222,0,3455:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:19,61:80:99:.:.:1466,0,291:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1469:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:65,15:80:99:.:.:162,0,1739:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,276:276:99:.:.:7620,827,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:.:.:6432,669,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:128,20:148:96:.:.:96,0,3453:. 1|0:15,67:82:99:.:.:1578,0,223:. 0|0:87,0:87:8:.:.:0,8,2135:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:50,30:80:99:.:.:560,0,1293:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:17,107:124:99:.:.:2533,0,156:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,171:171:99:.:.:4715,512,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:23,37:60:99:.:.:866,0,497:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1195:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1818,201,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1764:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,43:121:99:.:.:774,0,1975:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:23,61:84:99:.:.:1444,0,449:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:14,100:114:86:.:.:2432,0,86:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:89:.:.:0,89,2226:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|0:64,85:149:99:.:.:1863,0,1455:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,64:139:99:.:.:1400,0,1792:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:29,23:52:99:.:.:504,0,695:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:36,73:109:99:.:.:1664,0,711:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,553:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,67:107:99:.:.:1572,0,835:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1006:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,23:24:41:.:.:614,41,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:142,106:248:99:.:.:2909,0,4242:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1382,123,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,248:249:99:.:.:8476,711,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7326,659,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1580,135,0:. 1|0:76,33:109:99:.:.:804,0,2357:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,250:251:99:.:.:8611,718,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,113,1710:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:4,255:259:99:.:.:8078,631,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:216,75:291:99:.:.:1515,0,6484:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,231:234:99:.:.:7553,620,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1756:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,73:180:99:.:.:1847,0,3060:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,24:132:99:.:.:394,0,3167:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1421:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:209,25:234:99:.:.:162,0,6460:. 1|0:49,435:484:99:.:.:12586,0,118:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,177:204:99:.:.:5266,0,324:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,40:119:99:.:.:994,0,2323:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2069,186,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2423,219,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2772,253,0:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,310:310:99:.:.:10533,932,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1406:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:2,196:198:99:.:.:6269,522,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:218,24:242:71:.:.:71,0,6748:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1419:. 0|1:5,14:19:99:.:.:382,0,116:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 150615 . A G 3.45174e+06 PASS FS=0;MQ=60;QD=24.77;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D721;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaT/gaC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103400;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103400.1;SOR=0.693;VQSLOD=6.29;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.997;GC=28.57;GQ_MEAN=161.24;GQ_STDDEV=203.47;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6089;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.476;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8387137;AF=0.127;AS_InbreedingCoeff=0.2355;MLEAC=669;MLEAF=0.127;AN=858;AC=97 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1284:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1240:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1132,119,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,597:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,18:18:54:.:.:521,54,0:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,786:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1041:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1478:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2464,267,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1172:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,882:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1254:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1208:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1407:. 1|0:111,23:134:99:.:.:252,0,3076:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1235,111,0:. 1|0:51,10:61:99:.:.:102,0,1346:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:119,129:248:99:.:.:2774,0,2817:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:72,19:91:99:.:.:246,0,1908:. 0|1:64,20:84:99:.:.:275,0,1736:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,995:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:8,11:19:99:.:.:261,0,192:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,60:61:99:.:.:1574,150,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1405:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:46,77:123:99:.:.:1701,0,1042:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1114,123,0:. 0|0:110,0:110:52:.:.:0,52,2784:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1001:. 1|1:2,65:67:99:.:.:1765,136,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1384:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1346:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1650,177,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1272:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1832,198,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:89,75:164:99:.:.:1550,0,2221:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:82,31:113:99:.:.:526,0,2086:. 1|0:45,9:54:87:.:.:87,0,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:135,37:172:99:.:.:494,0,3688:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:33,74:107:99:.:.:1737,0,664:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:2,239:241:99:.:.:6653,660,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:130,27:157:99:.:.:266,0,3441:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,69:177:99:.:.:1302,0,2762:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,53:147:99:.:.:988,0,2473:. 0|1:18,92:110:99:.:.:2072,0,212:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3654,405,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,20:138:99:.:.:137,0,3308:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:100,61:161:99:.:.:1161,0,2529:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1469:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:60,67:127:99:.:.:1493,0,1454:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:83,15:98:99:.:.:124,0,2263:. 1|1:9,117:126:87:.:.:2966,87,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:67,47:114:99:.:.:933,0,1737:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,54:103:99:.:.:1216,0,1242:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:59,9:68:29:.:.:29,0,1668:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1138:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,186:186:99:.:.:5225,558,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:37:.:.:0,37,4849:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:4,50:54:37:.:.:1199,37,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1195:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:70,0:70:20:.:.:0,20,1743:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:25,93:118:99:.:.:2265,0,399:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:158,26:184:99:.:.:160,0,4306:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,129:. 1|0:120,47:167:99:.:.:750,0,3207:. 1|0:37,97:134:99:.:.:2276,0,722:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,164:165:99:.:.:4473,461,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1321:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,862:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:87,40:127:99:.:.:718,0,2275:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:159,0:159:35:.:.:0,35,3980:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,740:. 0|1:32,32:64:99:.:.:718,0,784:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1006:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:30:.:.:0,30,802:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:.:.:7103,625,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1427,129,0:. 1|1:0,244:244:99:.:.:8177,733,0:. 1|1:1,206:207:99:.:.:6901,596,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,295:295:99:.:.:9979,887,0:. 1|0:45,138:183:99:.:.:4129,0,1110:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:96,21:117:99:.:.:382,0,3122:. 1|1:1,160:161:99:.:.:5365,450,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6660,590,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,113,1710:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:5,256:261:99:.:.:8314,626,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,225:241:99:.:.:6952,154,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1756:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,59:182:99:.:.:1330,0,3725:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:177,79:256:99:.:.:1788,0,5315:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:11,46:57:99:.:.:1206,0,176:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,70:113:99:.:.:1926,0,1185:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,61:172:99:.:.:1478,0,3408:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2223,199,0:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,346:346:99:.:.:11325,1039,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1161,102,0:. 1|1:4,255:259:99:.:.:8290,660,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,161:161:99:.:.:5292,484,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1419:. 0|1:12,22:34:99:.:.:615,0,333:. 1|1:7,368:375:99:.:.:11978,892,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 150836 . C A 907624 PASS FS=0;MQ=60.2;QD=20.9;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A648S;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gcc/Tcc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103400;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103400.1;SOR=0.681;VQSLOD=7.2;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;InbreedingCoeff=-0;NCC=1;BaseQRankSum=2.45;ClippingRankSum=0;ExcessHet=4.5961;GQ_MEAN=259.75;GQ_STDDEV=457.73;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.764;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=6781257;AF=0.043;AS_InbreedingCoeff=0.4493;MLEAC=226;MLEAF=0.043;AN=858;AC=66 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1347:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:40,0:40:81:.:.:0,81,1000:. 0|0:43,0:43:68:.:.:0,68,1023:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1208:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1311:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1270:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1071:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,317:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,159:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,599:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1478:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1006:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:27:.:.:0,27,463:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1254:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1483:. 1|0:127,43:170:99:.:.:838,0,2975:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:123,115:238:99:.:.:2728,0,2525:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:72,34:106:99:.:.:639,0,1623:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,960:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1228:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:61,22:83:99:.:.:352,0,1359:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:12,126:138:99:.:.:3380,105,0:. 1|0:94,48:142:99:.:.:923,0,2105:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1523,156,0:. 1|0:83,16:99:99:.:.:156,0,1855:. 1|0:70,73:143:99:.:.:1616,0,1415:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1384:. 1|0:23,17:40:99:.:.:371,0,491:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:99,86:185:99:.:.:1914,0,2045:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1340:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:79,17:96:99:.:.:135,0,1798:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:93,52:145:99:.:.:1048,0,2050:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:145,48:193:99:.:.:689,0,3093:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:71,136:207:99:.:.:3465,0,1219:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,59:167:99:.:.:1220,0,2367:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,79:144:99:.:.:1902,0,1285:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3784,395,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:13,251:264:99:.:.:6804,463,0:. 0|1:53,10:63:96:.:.:96,0,1230:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:30,53:83:99:.:.:1205,0,527:. 1|1:2,188:190:99:.:.:5433,520,0:. 1|1:4,129:133:99:.:.:3697,320,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:54,60:114:99:.:.:1401,0,1114:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:180,25:205:83:.:.:83,0,4248:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,278:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:64,34:98:99:.:.:722,0,1337:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:69,105:174:99:.:.:2568,0,1261:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1349:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:24,76:100:99:.:.:1982,0,339:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:6892,685,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:65:.:.:0,65,1942:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1138:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:116,18:134:99:.:.:191,0,2664:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1398:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1195:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:38,30:68:99:.:.:719,0,716:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2336,239,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1274:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:61,126:187:99:.:.:3069,0,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1575:. 1|0:5,5:10:91:.:.:113,0,91:. 1|0:121,51:172:99:.:.:974,0,2695:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:44,8:52:78:.:.:78,0,969:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:55:.:.:0,55,693:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:18,4:22:56:.:.:56,0,429:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1371:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:20,4:24:52:.:.:52,0,480:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1456:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,232:233:99:.:.:8137,665,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,113,1710:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,23:23:69:.:.:808,69,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1620:. 1|1:3,596:599:99:.:.:20190,1700,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:14,283:297:99:.:.:9298,443,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,261:262:99:.:.:8850,754,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:21,214:235:20:.:.:6751,20,0:. 1|0:208,76:284:99:.:.:1791,0,5726:. 0|1:149,57:206:99:.:.:1291,0,4068:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1756:. 0|1:51,186:237:99:.:.:5502,0,826:. 0|1:61,27:88:99:.:.:628,0,1679:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,163:245:99:.:.:4776,0,1913:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:17:.:.:0,17,1510:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,18:18:54:.:.:623,54,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,937:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1419:. 0|1:21,15:36:99:.:.:344,0,593:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 151088 . C T 120774 PASS FS=0;MQ=49.26;QD=22.57;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D564N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103400;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103400.1;SOR=0.707;VQSLOD=4.69;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=0;GC=28.57;NCC=0;InbreedingCoeff=-0;BaseQRankSum=3.36;ClippingRankSum=0.516;MQRankSum=0.477;ReadPosRankSum=0.365;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=5698129;AF=0.003645;MLEAC=19;MLEAF=0.003645;AN=856;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:28,0:28:63:0,63,945:. 0|0:23,0:23:51:0,51,765:. 0|0:23,0:23:54:0,54,810:. 0|0:18,0:18:36:0,36,540:. 0|0:25,0:25:51:0,51,765:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:40,0:40:90:0,90,1083:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:23,0:23:48:0,48,720:. 0|0:20,0:20:48:0,48,720:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:31:0,31,648:. 0|0:19,0:19:39:0,39,585:. 0|0:14,0:14:33:0,33,495:. 0|0:16,0:16:36:0,36,540:. 0|0:5,0:5:9:0,9,135:. 0|0:12,0:12:24:0,24,360:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:19,0:19:27:0,27,452:. 0|0:36,0:36:84:0,84,1260:. 0|0:36,0:36:72:0,72,1080:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:26,0:26:60:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:0:0,0,191:. 0|0:2,0:2:6:0,6,58:. 0|0:33,0:33:69:0,69,875:. 0|0:36,0:36:81:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:81:0,81,1215:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1299:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1246:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1172:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,114,1710:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:93:0,93,1395:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1665:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1228:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1001:. 0|0:49,0:49:99:0,114,1710:. 0|0:30,0:30:75:0,75,1125:. 0|0:26,0:26:63:0,63,945:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1340:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1575:. 0|0:63,0:63:99:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:164,0:164:1:0,1,3756:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1665:. 1|0:60,32:92:99:701,0,1415:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:89:0,89,1065:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1620:. 1|1:1,70:71:99:2118,185,0:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:15:0,15,143:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1349:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 1|1:0,100:100:99:3083,301,0:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:63:0,63,945:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1398:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:90:0,90,946:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1575:. 0|0:9,0:9:27:0,27,255:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1444:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1371:. 0|0:31,0:31:87:0,87,1305:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|1:80,57:137:99:1649,0,2403:. 1|0:87,91:178:99:2762,0,2445:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:60:0,60,900:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1620:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,113,1710:. 0|0:104,0:104:99:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:. 0|0:84,0:84:.:.:120 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:286,0:286:.:.:120 0|0:57,0:57:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:. 0|0:314,0:314:.:.:120 0|0:68,0:68:99:0,105,1575:. 0|0:306,0:306:.:.:120 0|0:57,0:57:99:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:0,103,1620:. 0|0:305,0:305:.:.:120 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:241,0:241:.:.:120 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:272,0:272:.:.:120 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:.:.:120 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:.:.:107 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:.:.:111 0|0:71,0:71:99:0,108,1620:. 0|0:278,0:278:.:.:120 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:307,0:307:.:.:120 0|0:59,0:59:99:0,114,1710:. 0|0:153,0:153:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:.:.:120 0|1:111,48:159:99:1131,0,3289:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:.:.:102 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:309,0:309:.:.:120 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:.:.:117 0|0:274,0:274:.:.:120 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:0,102,1530:. 0|0:273,0:273:.:.:120 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:281,0:281:.:.:120 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:0,114,1710:. 0|0:222,0:222:.:.:120 0|0:70,0:70:99:0,111,1665:. 0|0:327,0:327:.:.:120 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1575:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:65,0:65:99:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:33:0,33,495:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1620:. 0|0:254,0:254:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:0,108,1620:. 0|0:353,0:353:99:0,109,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 154976 . T C 246733 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=19.34;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N267;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.668;VQSLOD=5.53;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;GQ_MEAN=119.44;GQ_STDDEV=31.87;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9218;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=-4.64;ClippingRankSum=0.938;MQRankSum=0.382;ReadPosRankSum=1.24;culprit=FS;set=snp;DP=8700048;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=0.9218;MLEAC=57;MLEAF=0.011;AN=858;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1555:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1393:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1246:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1736:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1511:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:12,0:12:7:.:.:0,7,329:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1263:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1551:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1661:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1321:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1284:. 0|1:40,49:89:99:.:.:1096,0,968:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1433:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1568:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1316:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,891:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1189:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,757:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1792:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1192:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1264:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1137:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1065:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,29:117:99:.:.:429,0,2313:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1271:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1286:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1150:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1240:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1132:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:2,230:232:99:.:.:6383,632,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:53,77:130:99:.:.:1698,0,1189:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,12:56:99:.:.:167,0,1188:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,302:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1313:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1730:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1755:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1484:. 1|1:0,179:179:99:.:.:4846,537,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1255:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1437:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1373:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1767:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1469:. 0|1:72,21:93:99:.:.:280,0,1944:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:114,17:131:57:.:.:57,0,3097:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1330:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1284:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1301:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1459:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1290:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1383:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1256:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1151:. 1|0:107,56:163:99:.:.:1058,0,2792:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,140:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,38:96:99:.:.:741,0,1449:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,484:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,408:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1396:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1410:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:99 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:.:.:.:.:120 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:.:.:120 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1341:. 0|0:149,0:149:.:.:.:.:120 1|1:0,60:60:99:.:.:2019,180,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,194:256:99:.:.:5610,0,1358:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:.:.:.:.:115 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:.:.:.:.:120 1|0:27,7:34:99:.:.:104,0,860:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:120 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:103 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:.:.:.:.:120 0|0:133,0:133:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:260,0:260:.:.:.:.:120 0|0:190,0:190:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:207,0:207:.:.:.:.:120 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:.:.:120 0|0:201,0:201:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:72 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:.:.:.:.:120 0|0:169,0:169:.:.:.:.:115 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:173,0:173:.:.:.:.:120 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:.:.:.:.:120 0|0:334,0:334:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1175:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,104:112:75:.:.:3097,75,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,754:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1290:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,284:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 155402 . T C 384918 PASS FS=0.589;MQ=59.99;QD=22.12;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H409;SNPEFF_CODON_CHANGE=caT/caC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.728;VQSLOD=4.47;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=125.03;GQ_STDDEV=55.96;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8663;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.069;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=9365629;AF=0.013;AS_InbreedingCoeff=0.8663;MLEAC=66;MLEAF=0.013;AN=856;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,117,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1800:. 1|0:53,26:79:99:466,0,1490:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1555:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1417:. 0|0:73,0:73:99:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1215:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1590:. 1|0:66,27:93:99:483,0,1836:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1511:. 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1100:. 0|0:9,0:9:21:0,21,315:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1170:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1168:. 0|0:62,0:62:99:0,110,1551:. 0|0:65,0:65:99:0,107,1661:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1236:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:0,106,1800:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1338:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1343:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1433:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1377:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1162:. 0|0:54,0:54:99:0,104,1718:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1046:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1568:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1189:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,761:. 0|0:69,0:69:99:0,107,1792:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1192:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1264:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1137:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,970:. 0|0:67,0:67:99:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,107,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,977:. 0|0:70,0:70:99:0,107,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1065:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1104:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1575:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,106,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1271:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1710:. 0|0:45,0:45:99:0,110,1286:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1150:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1240:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1132:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1069:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,103,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,110,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,116,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,107,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,113,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,110,1800:. 0|1:102,52:154:99:955,0,2677:. 0|0:107,0:107:99:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,112,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:6684,743,0:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,117,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 1|0:30,50:80:99:1093,0,675:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,104,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,106,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,107,1665:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1313:. 0|0:71,0:71:99:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1665:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1730:. 0|0:59,0:59:99:0,119,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1755:. 0|0:87,0:87:99:0,115,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,113,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,107,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,105,1800:. 1|1:0,80:80:99:2203,240,0:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,103,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1255:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1437:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,115,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,110,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1373:. 0|0:63,0:63:99:0,109,1767:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,117,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,101,1330:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1710:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1284:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1301:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1459:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,110,1290:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1383:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1032:. 0|0:95,0:95:99:0,119,1800:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1213:. 0|0:41,0:41:99:0,107,1151:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,108,1620:. 0|0:2,0:2:6:0,6,59:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1096:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:275,0:275:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1202:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|1:13,6:19:99:112,0,332:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1259:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1103:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:94,0:94:99:0,103,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,104,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,108,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,104,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,116,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,119,1800:. 1|1:0,211:211:99:7085,633,0:. 0|0:111,0:111:99:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,119,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1575:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1396:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 1|1:2,110:112:99:3676,261,0:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1410:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,105,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1302:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:64,0:64:.:.:99 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:.:.:120 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,119,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:120 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:120 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1341:. 0|0:149,0:149:.:.:120 0|0:55,0:55:99:0,105,1665:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:.:.:115 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:.:.:120 0|0:40,0:40:99:0,101,1340:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:.:.:120 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:103 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:99 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:.:.:120 0|0:133,0:133:99:0,111,1800:. 0|0:260,0:260:.:.:120 0|0:190,0:190:99:0,112,1800:. 0|0:207,0:207:.:.:120 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,116,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:120 0|0:201,0:201:99:0,108,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,100,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:102 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:.:.:120 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:.:.:120 0|0:169,0:169:.:.:115 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,107,1800:. 0|0:173,0:173:.:.:120 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:.:.:120 0|0:334,0:334:99:0,117,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,117,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:.:.:120 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:120 0|0:37,0:37:99:0,105,1175:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:0,119,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:3882,346,0:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 1|1:0,287:287:99:9423,862,0:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 1|1:0,78:78:99:2606,235,0:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,108,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1800:. 0|0:336,0:336:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:205,0:205:99:0,106,1800:. 0|0:450,0:450:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,102,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 155460 . A G 411803 PASS FS=0;MQ=60.31;QD=20.66;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T429A;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aca/Gca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.695;VQSLOD=5.99;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=0.0567;NCC=0;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1527;GQ_MEAN=137.69;GQ_STDDEV=100.41;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.093;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9547674;AF=0.015;AS_InbreedingCoeff=-0.0667;MLEAC=79;MLEAF=0.015;AN=858;AC=10 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1555:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1417:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1360:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1511:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1100:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,327:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1256:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1275:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1551:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1661:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:39,0:39:94:.:.:0,94,1090:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,443:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1338:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1343:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1433:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1377:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1718:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1568:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1023:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1189:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1192:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1264:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1137:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,970:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,977:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1065:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1271:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1286:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1150:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1249:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1132:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,183:184:99:.:.:4856,540,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,97:190:99:.:.:2043,0,2125:. 1|0:117,128:245:99:.:.:2617,0,2714:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1641:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:40:.:.:0,40,4141:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:19:.:.:0,19,272:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1313:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,145:147:99:.:.:3953,383,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1755:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1255:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1437:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:49:.:.:0,49,1817:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1767:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:170,35:205:99:.:.:309,0,4535:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1330:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1284:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1301:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1459:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1290:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1383:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4218,458,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1032:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1151:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,174:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,92:171:99:.:.:1923,0,1841:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,853:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,914:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1396:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1410:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:99 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:.:.:.:.:120 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:.:.:120 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1341:. 0|0:149,0:149:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:.:.:.:.:115 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1340:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:.:.:.:.:120 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:103 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:99 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:.:.:.:.:120 0|0:133,0:133:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:260,0:260:.:.:.:.:120 0|0:190,0:190:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:207,0:207:.:.:.:.:120 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:.:.:120 0|0:201,0:201:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:102 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:.:.:.:.:120 0|0:169,0:169:.:.:.:.:115 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:173,0:173:.:.:.:.:120 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:.:.:.:.:120 0|0:334,0:334:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1175:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:59:.:.:0,59,795:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 155877 . G A 2.56656e+07 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=28.7;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D568N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gac/Aac;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.666;VQSLOD=9.36;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=38.1;GQ_MEAN=268.64;GQ_STDDEV=155.79;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7954;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.433;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13883880;AF=0.821;AS_InbreedingCoeff=0.4938;MLEAC=4318;MLEAF=0.824;AN=858;AC=637 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:65,15:80:99:0|1:155877_G_A:375,0,2390 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,88:88:99:1|1:155877_G_A:3661,269,0 1|1:5,78:83:99:.:.:2276,103,0 1|1:4,84:88:99:1|1:155877_G_A:3347,105,0 1|1:0,80:80:99:1|1:155877_G_A:3288,244,0 1|1:0,54:54:99:1|1:155877_G_A:2337,169,0 1|1:1,80:81:99:1|1:155877_G_A:3307,207,0 1|1:0,93:93:99:1|1:155877_G_A:4030,288,0 1|1:1,90:91:99:1|1:155877_G_A:3684,248,0 1|1:2,54:56:88:1|1:155877_G_A:2237,88,0 1|1:0,83:83:99:1|1:155877_G_A:3481,256,0 1|0:47,37:84:99:0|1:155877_G_A:1251,0,1686 0|1:27,31:58:99:0|1:155877_G_A:1136,0,868 1|1:0,37:37:99:1|1:155877_G_A:1564,111,0 1|1:0,47:47:99:1|1:155877_G_A:2009,147,0 1|1:0,15:15:45:1|1:155877_G_A:627,45,0 1|1:0,36:36:99:1|1:155877_G_A:1423,108,0 1|1:0,29:29:90:1|1:155877_G_A:1226,90,0 1|1:0,34:34:99:1|1:155877_G_A:1463,102,0 1|1:0,68:68:99:1|1:155877_G_A:2915,208,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,179:179:99:1|1:155877_G_A:7657,548,0 1|1:0,53:53:99:1|1:155877_G_A:2304,162,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1625,125,0 0|1:78,34:112:99:0|1:155877_G_A:1146,0,2827 1|1:0,12:12:39:1|1:155877_G_A:487,39,0 1|1:0,10:10:30:1|1:155877_G_A:394,30,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,60:60:99:1|1:155877_G_A:2604,190,0 1|1:0,97:97:99:1|1:155877_G_A:4219,295,0 1|1:0,121:121:99:1|1:155877_G_A:5108,373,0 0|1:17,45:62:99:0|1:155877_G_A:1748,0,508 0|1:223,79:302:99:0|1:155877_G_A:2482,0,8516 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1377 1|0:27,136:163:99:.:.:4892,0,286 1|1:0,90:90:99:1|1:155877_G_A:3780,277,0 0|1:23,29:52:99:0|1:155877_G_A:1081,0,739 1|0:29,34:63:99:0|1:155877_G_A:1222,0,1034 0|1:43,20:63:99:0|1:155877_G_A:675,0,1562 0|0:89,0:89:99:.:.:0,106,1800 1|1:0,127:127:99:1|1:155877_G_A:5392,385,0 1|1:0,86:86:99:1|1:155877_G_A:3718,262,0 1|1:0,195:195:99:1|1:155877_G_A:8283,602,0 1|1:0,166:166:99:1|1:155877_G_A:7085,512,0 0|1:87,31:118:99:0|1:155877_G_A:935,0,3300 1|1:2,69:71:99:1|1:155877_G_A:2856,138,0 1|1:0,37:37:99:1|1:155877_G_A:1543,111,0 1|1:0,108:108:99:1|1:155877_G_A:4666,334,0 0|1:9,76:85:99:0|1:155877_G_A:2918,0,143 1|1:0,111:111:99:1|1:155877_G_A:4776,340,0 1|0:26,8:34:99:0|1:155877_G_A:244,0,1028 1|1:0,90:90:99:1|1:155877_G_A:3858,277,0 1|0:92,133:225:99:0|1:155877_G_A:4862,0,3251 1|1:1,132:133:99:1|1:155877_G_A:5605,361,0 1|1:4,61:65:9:1|1:155877_G_A:2315,9,0 1|1:0,93:93:99:1|1:155877_G_A:4000,292,0 1|1:4,70:74:68:1|1:155877_G_A:2840,68,0 1|0:14,37:51:99:0|1:155877_G_A:1404,0,423 1|1:0,83:83:99:1|1:155877_G_A:3424,250,0 1|0:64,84:148:99:0|1:155877_G_A:3037,0,2298 1|1:1,118:119:99:1|1:155877_G_A:5021,316,0 1|1:0,139:139:99:1|1:155877_G_A:5963,427,0 1|1:1,345:346:99:1|1:155877_G_A:14825,1017,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755 1|0:19,88:107:99:0|1:155877_G_A:3502,0,495 1|1:0,133:133:99:1|1:155877_G_A:5745,409,0 1|1:0,83:83:99:1|1:155877_G_A:3587,253,0 1|1:0,50:50:99:1|1:155877_G_A:2075,150,0 0|1:34,30:64:99:0|1:155877_G_A:1061,0,1200 1|1:0,62:62:99:1|1:155877_G_A:2603,187,0 1|0:35,18:53:99:0|1:155877_G_A:619,0,1288 1|1:0,117:117:99:1|1:155877_G_A:4974,358,0 0|1:11,76:87:99:0|1:155877_G_A:3041,0,203 1|1:0,113:113:99:1|1:155877_G_A:4736,346,0 1|1:0,60:60:99:1|1:155877_G_A:2455,184,0 0|1:66,123:189:99:0|1:155877_G_A:4699,0,2256 1|1:0,97:97:99:1|1:155877_G_A:4143,298,0 1|1:0,70:70:99:1|1:155877_G_A:2921,214,0 0|1:34,44:78:99:0|1:155877_G_A:1596,0,1193 1|1:2,79:81:99:1|1:155877_G_A:3342,157,0 1|1:0,49:49:99:1|1:155877_G_A:2080,156,0 1|1:0,46:46:99:1|1:155877_G_A:2001,144,0 1|1:0,119:119:99:1|1:155877_G_A:5190,370,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,111:111:99:1|1:155877_G_A:4791,337,0 1|1:0,137:137:99:1|1:155877_G_A:5824,418,0 1|1:0,62:62:99:1|1:155877_G_A:2639,193,0 1|1:0,141:141:99:1|1:155877_G_A:6113,433,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,113:113:99:1|1:155877_G_A:4741,340,0 1|1:1,133:134:99:1|1:155877_G_A:5811,367,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,100:102:99:1|1:155877_G_A:4131,219,0 0|1:7,80:87:37:0|1:155877_G_A:3189,0,37 1|1:4,52:56:20:1|1:155877_G_A:2009,20,0 1|1:0,154:154:99:1|1:155877_G_A:6562,469,0 1|1:0,188:188:99:1|1:155877_G_A:8036,577,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,115,1800 1|1:12,226:238:99:1|1:155877_G_A:9116,214,0 1|1:0,222:222:99:1|1:155877_G_A:9445,677,0 1|1:1,168:169:99:1|1:155877_G_A:7278,485,0 1|1:0,92:92:99:1|1:155877_G_A:3874,277,0 1|0:25,106:131:99:0|1:155877_G_A:4135,0,660 1|1:8,121:129:31:1|1:155877_G_A:4822,31,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,127:127:99:1|1:155877_G_A:5467,394,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,185:185:99:1|1:155877_G_A:7833,556,0 1|1:0,158:158:99:1|1:155877_G_A:6543,478,0 1|1:1,190:191:99:1|1:155877_G_A:8044,532,0 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,176:176:99:1|1:155877_G_A:7471,542,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,152:152:99:1|1:155877_G_A:6550,469,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,182:183:99:1|1:155877_G_A:7707,512,0 1|1:6,219:225:99:1|1:155877_G_A:9124,454,0 0|1:62,77:139:99:0|1:155877_G_A:2945,0,2201 1|1:0,218:218:99:1|1:155877_G_A:9295,662,0 0|1:17,108:125:99:0|1:155877_G_A:4281,0,307 1|1:1,205:206:99:1|1:155877_G_A:8683,584,0 1|1:0,197:197:99:1|1:155877_G_A:8216,599,0 1|1:0,120:120:99:1|1:155877_G_A:4994,364,0 1|1:9,150:159:99:1|1:155877_G_A:6008,115,0 1|1:0,174:174:99:1|1:155877_G_A:7512,542,0 1|1:0,137:137:99:1|1:155877_G_A:5778,415,0 1|1:0,237:237:99:1|1:155877_G_A:9999,718,0 1|0:18,159:177:99:0|1:155877_G_A:6208,0,171 1|1:0,179:179:99:1|1:155877_G_A:7607,548,0 1|1:0,180:180:99:1|1:155877_G_A:7683,547,0 1|1:0,127:127:99:.:.:5412,394,0 0|1:81,10:91:99:0|1:155877_G_A:164,0,3109 0|1:83,93:176:99:0|1:155877_G_A:3539,0,3037 1|1:0,222:222:99:1|1:155877_G_A:9548,680,0 1|1:3,119:122:99:1|1:155877_G_A:4898,248,0 1|1:0,211:211:99:1|1:155877_G_A:9053,640,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,115,1800 1|0:113,52:165:99:0|1:155877_G_A:1667,0,4260 0|1:131,67:198:99:0|1:155877_G_A:2278,0,4784 1|1:0,205:205:99:1|1:155877_G_A:8736,623,0 1|1:0,210:210:99:1|1:155877_G_A:8733,637,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,107:107:99:1|1:155877_G_A:4830,337,0 1|1:0,148:148:99:1|1:155877_G_A:6276,454,0 1|1:1,223:224:99:1|1:155877_G_A:9526,641,0 1|1:0,223:223:99:1|1:155877_G_A:9568,686,0 1|1:1,121:122:99:1|1:155877_G_A:5107,328,0 1|1:0,84:84:99:1|1:155877_G_A:3564,258,0 1|1:0,110:110:99:1|1:155877_G_A:4617,337,0 1|1:0,66:66:99:1|1:155877_G_A:2787,202,0 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|0:25,38:63:99:0|1:155877_G_A:1411,0,878 1|1:0,138:138:99:1|1:155877_G_A:5720,415,0 1|1:0,142:142:99:1|1:155877_G_A:6021,433,0 1|1:0,64:64:99:1|1:155877_G_A:2808,199,0 1|1:0,210:210:99:1|1:155877_G_A:9025,649,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,130:130:99:1|1:155877_G_A:5401,394,0 1|1:0,116:116:99:1|1:155877_G_A:5050,361,0 1|1:0,93:93:99:1|1:155877_G_A:3916,283,0 1|1:3,111:114:99:1|1:155877_G_A:4569,217,0 1|1:1,89:90:99:1|1:155877_G_A:3898,238,0 1|1:1,201:202:99:1|1:155877_G_A:8560,572,0 1|1:0,165:165:99:1|1:155877_G_A:7148,506,0 0|0:174,0:174:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,163:163:99:1|1:155877_G_A:6934,499,0 0|1:7,9:16:99:0|1:155877_G_A:357,0,251 1|1:0,103:103:99:1|1:155877_G_A:4428,319,0 1|1:0,151:151:99:1|1:155877_G_A:6323,454,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,68:68:99:1|1:155877_G_A:2900,208,0 1|1:0,143:143:99:1|1:155877_G_A:6228,436,0 0|1:38,115:153:99:0|1:155877_G_A:4466,0,1146 1|1:0,89:89:99:1|1:155877_G_A:3863,274,0 1|1:3,163:166:99:1|1:155877_G_A:6784,368,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530 1|0:8,58:66:99:0|1:155877_G_A:2249,0,140 1|1:0,74:74:99:1|1:155877_G_A:3183,226,0 1|1:0,115:115:99:1|1:155877_G_A:4886,349,0 0|1:19,100:119:99:0|1:155877_G_A:3884,0,477 0|1:16,166:182:99:0|1:155877_G_A:6434,0,128 0|1:65,46:111:99:0|1:155877_G_A:1706,0,2319 1|1:0,121:121:99:1|1:155877_G_A:5319,376,0 1|1:0,102:102:99:1|1:155877_G_A:4345,313,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,144:144:99:1|1:155877_G_A:6284,448,0 1|1:0,139:139:99:1|1:155877_G_A:6016,424,0 1|1:0,144:144:99:1|1:155877_G_A:6033,441,0 1|1:0,231:231:99:1|1:155877_G_A:9917,707,0 1|1:0,96:96:99:1|1:155877_G_A:4068,295,0 1|0:49,63:112:99:0|1:155877_G_A:2306,0,1831 1|1:0,223:223:99:1|1:155877_G_A:9479,680,0 0|1:48,59:107:99:.:.:1494,0,1040 1|1:0,67:67:99:1|1:155877_G_A:2897,208,0 1|1:0,87:87:99:1|1:155877_G_A:3807,270,0 1|1:1,67:68:99:1|1:155877_G_A:2765,163,0 1|0:32,174:206:99:0|1:155877_G_A:6718,0,673 1|1:0,122:122:99:1|1:155877_G_A:5193,376,0 1|1:0,124:124:99:1|1:155877_G_A:5264,376,0 1|1:0,107:107:99:1|1:155877_G_A:4600,331,0 0|1:43,98:141:99:.:.:2477,0,1167 0|1:31,86:117:99:0|1:155877_G_A:3320,0,972 1|1:0,55:55:99:1|1:155877_G_A:2419,175,0 1|1:0,80:80:99:1|1:155877_G_A:3422,244,0 0|1:15,65:80:99:0|1:155877_G_A:2486,0,341 1|1:0,98:98:99:1|1:155877_G_A:4191,298,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,102:102:99:.:.:3260,306,0 1|1:0,190:190:99:1|1:155877_G_A:8162,584,0 1|0:39,132:171:99:0|1:155877_G_A:4932,0,1060 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1330 1|0:50,18:68:99:0|1:155877_G_A:540,0,1858 1|0:18,161:179:99:0|1:155877_G_A:6402,0,213 1|1:0,112:112:99:1|1:155877_G_A:4784,343,0 1|0:40,45:85:99:.:.:1133,0,837 1|1:0,77:77:99:1|1:155877_G_A:3350,232,0 0|1:41,13:54:99:.:.:231,0,1511 1|1:0,110:110:99:1|1:155877_G_A:4645,336,0 1|0:7,47:54:99:0|1:155877_G_A:1802,0,104 1|1:0,80:80:99:1|1:155877_G_A:3313,241,0 0|1:12,42:54:99:0|1:155877_G_A:1764,0,325 1|1:0,73:73:99:1|1:155877_G_A:3194,232,0 1|1:0,83:83:99:1|1:155877_G_A:3602,259,0 0|1:40,80:120:99:0|1:155877_G_A:3125,0,1249 1|1:0,208:208:99:1|1:155877_G_A:8862,635,0 1|1:0,84:84:99:1|1:155877_G_A:3530,256,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,60:60:99:1|1:155877_G_A:2612,187,0 1|1:0,196:196:99:1|1:155877_G_A:8416,595,0 0|0:50,0:50:90:.:.:0,90,1287 1|1:0,127:127:99:1|1:155877_G_A:5525,388,0 1|1:0,103:103:99:1|1:155877_G_A:4363,316,0 1|1:0,78:78:99:1|1:155877_G_A:3356,241,0 0|1:75,7:82:48:.:.:48,0,2921 0|1:138,56:194:99:0|1:155877_G_A:1741,0,5169 1|1:0,95:95:99:1|1:155877_G_A:4090,292,0 1|0:2,5:7:69:0|1:155877_G_A:204,0,69 1|1:1,182:183:99:.:.:7336,533,0 1|1:0,111:111:99:1|1:155877_G_A:4725,340,0 1|1:0,154:154:99:1|1:155877_G_A:6476,469,0 1|1:0,101:101:99:1|1:155877_G_A:4357,307,0 1|1:0,126:126:99:1|1:155877_G_A:5273,388,0 1|1:0,138:138:99:1|1:155877_G_A:6017,427,0 1|1:4,187:191:99:1|1:155877_G_A:7851,419,0 0|1:36,23:59:99:0|1:155877_G_A:833,0,1306 0|0:32,0:32:63:.:.:0,63,859 1|1:2,93:95:99:1|1:155877_G_A:3873,202,0 1|1:4,288:292:99:1|1:155877_G_A:12108,742,0 1|1:0,125:125:99:1|1:155877_G_A:5365,385,0 1|1:0,212:212:99:1|1:155877_G_A:9026,647,0 1|1:1,16:17:22:1|1:155877_G_A:663,22,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1185 1|1:6,136:142:99:1|1:155877_G_A:5548,195,0 0|1:32,75:107:99:0|1:155877_G_A:2979,0,1029 1|1:1,68:69:99:1|1:155877_G_A:2791,163,0 1|0:50,47:97:99:0|1:155877_G_A:1751,0,1776 1|1:1,114:115:99:1|1:155877_G_A:4807,304,0 0|1:1,10:11:12:0|1:155877_G_A:391,0,12 1|1:0,56:56:99:1|1:155877_G_A:2284,168,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1001 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|0:5,24:29:99:0|1:155877_G_A:864,0,138 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:1|1:155877_G_A:3958,277,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:1|1:155877_G_A:6083,424,0 0|1:12,149:161:31:0|1:155877_G_A:6151,0,31 1|1:0,166:166:99:1|1:155877_G_A:7384,512,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665 0|1:168,17:185:99:0|1:155877_G_A:172,0,6661 1|1:0,157:157:99:1|1:155877_G_A:6858,479,0 1|1:0,167:167:99:1|1:155877_G_A:7253,508,0 1|1:0,21:21:63:1|1:155877_G_A:917,63,0 1|1:0,207:207:99:1|1:155877_G_A:9033,632,0 1|1:0,215:215:99:1|1:155877_G_A:9365,662,0 1|1:0,170:170:99:.:.:6004,511,0 1|1:0,231:231:99:1|1:155877_G_A:10054,704,0 1|1:0,173:173:99:1|1:155877_G_A:7735,536,0 1|1:0,187:187:99:1|1:155877_G_A:8295,572,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530 1|1:1,143:144:99:1|1:155877_G_A:6159,408,0 1|1:0,232:232:99:1|1:155877_G_A:10182,713,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,163:165:99:1|1:155877_G_A:6891,408,0 1|1:0,273:273:99:1|1:155877_G_A:11970,837,0 1|0:36,117:153:99:0|1:155877_G_A:4655,0,1038 1|1:0,64:64:99:1|1:155877_G_A:2748,193,0 1|1:0,83:83:99:1|1:155877_G_A:3666,253,0 1|1:0,198:198:99:1|1:155877_G_A:8576,599,0 1|1:0,40:40:99:1|1:155877_G_A:1755,123,0 1|1:0,86:86:99:1|1:155877_G_A:3799,262,0 1|1:0,150:150:99:1|1:155877_G_A:6525,457,0 1|1:0,102:102:99:1|1:155877_G_A:4597,322,0 1|1:0,179:179:99:1|1:155877_G_A:7790,545,0 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,157:157:99:1|1:155877_G_A:6994,485,0 1|1:0,174:174:99:1|1:155877_G_A:7520,530,0 1|1:0,408:408:99:1|1:155877_G_A:17991,1252,0 1|1:0,646:646:99:1|1:155877_G_A:28446,1986,0 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800 1|0:23,35:58:99:0|1:155877_G_A:1376,0,783 0|0:31,0:31:55:.:.:0,55,990 1|1:2,104:106:99:1|1:155877_G_A:4542,235,0 1|1:0,89:89:99:1|1:155877_G_A:4047,283,0 1|1:0,222:222:99:1|1:155877_G_A:9653,677,0 1|1:0,264:264:99:1|1:155877_G_A:11476,813,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|1:81,56:137:99:0|1:155877_G_A:1948,0,3078 1|1:1,224:225:99:1|1:155877_G_A:9678,650,0 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,408:408:99:1|1:155877_G_A:18027,1246,0 1|1:0,257:257:99:1|1:155877_G_A:11188,794,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,145:146:99:1|1:155877_G_A:6273,441,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,294:295:99:1|1:155877_G_A:12987,849,0 1|1:0,77:77:99:1|1:155877_G_A:3353,238,0 1|1:1,241:242:99:1|1:155877_G_A:10485,695,0 1|1:0,199:199:99:1|1:155877_G_A:8777,614,0 1|1:0,190:190:99:1|1:155877_G_A:8393,581,0 1|1:2,245:247:99:1|1:155877_G_A:10340,656,0 0|1:28,218:246:99:.:.:8719,0,206 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,270:270:99:1|1:155877_G_A:11597,827,0 1|1:0,214:214:99:1|1:155877_G_A:9376,662,0 1|1:0,229:229:99:1|1:155877_G_A:10064,710,0 1|1:1,265:266:99:1|1:155877_G_A:11653,776,0 1|1:5,111:116:99:1|1:155877_G_A:4514,128,0 1|0:119,178:297:99:.:.:6462,0,2966 1|0:4,44:48:36:0|1:155877_G_A:1757,0,36 1|1:0,241:241:99:1|1:155877_G_A:10375,736,0 1|1:0,231:231:99:1|1:155877_G_A:10107,707,0 1|1:0,228:228:99:1|1:155877_G_A:9948,707,0 1|1:0,247:247:99:1|1:155877_G_A:10449,748,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,108,1620 1|1:16,246:262:99:1|1:155877_G_A:10077,123,0 1|0:164,84:248:99:0|1:155877_G_A:2780,0,6451 0|1:18,150:168:99:0|1:155877_G_A:6016,0,255 1|1:0,232:232:99:1|1:155877_G_A:10143,713,0 1|1:0,229:229:99:1|1:155877_G_A:9885,697,0 1|1:3,216:219:99:1|1:155877_G_A:9263,545,0 1|1:1,81:82:99:1|1:155877_G_A:3425,201,0 0|1:54,208:262:99:0|1:155877_G_A:8252,0,1621 1|0:7,62:69:99:0|1:155877_G_A:2490,0,104 0|1:236,34:270:99:0|1:155877_G_A:684,0,9379 1|1:0,322:322:99:1|1:155877_G_A:14499,990,0 1|1:0,141:141:99:1|1:155877_G_A:6187,436,0 1|1:0,369:369:99:1|1:155877_G_A:16282,1132,0 1|1:4,261:265:99:1|1:155877_G_A:11203,624,0 1|1:0,315:315:99:1|1:155877_G_A:13848,959,0 0|1:49,197:246:99:0|1:155877_G_A:7926,0,1368 1|1:2,244:246:99:1|1:155877_G_A:10658,677,0 1|1:1,135:136:99:1|1:155877_G_A:5917,364,0 1|0:65,163:228:99:0|1:155877_G_A:6401,0,1982 1|1:1,114:115:99:1|1:155877_G_A:4927,310,0 0|1:68,120:188:99:0|1:155877_G_A:4466,0,2370 0|1:21,5:26:99:0|1:155877_G_A:123,0,867 1|1:2,223:225:99:1|1:155877_G_A:9593,608,0 1|1:0,309:309:99:1|1:155877_G_A:13611,941,0 1|1:2,226:228:99:1|1:155877_G_A:9796,611,0 0|1:168,33:201:99:0|1:155877_G_A:772,0,6542 1|1:3,283:286:99:1|1:155877_G_A:12327,736,0 0|1:25,93:118:99:0|1:155877_G_A:3654,0,727 1|1:2,252:254:99:1|1:155877_G_A:10886,738,0 1|1:1,253:254:99:1|1:155877_G_A:11128,743,0 1|1:0,273:273:99:1|1:155877_G_A:12266,845,0 0|1:22,164:186:99:.:.:5130,0,200 1|1:8,434:442:99:1|1:155877_G_A:18658,879,0 1|1:0,549:549:99:1|1:155877_G_A:24037,1685,0 0|0:318,0:318:99:.:.:0,109,1800 1|1:1,82:83:99:1|1:155877_G_A:3579,222,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1620 1|1:0,349:349:99:1|1:155877_G_A:15072,1061,0 1|1:1,235:236:99:1|1:155877_G_A:10116,643,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1580 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575 0|1:60,63:123:99:0|1:155877_G_A:2410,0,2171 0|0:81,0:81:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,180:180:99:1|1:155877_G_A:7876,553,0 1|1:0,194:194:99:1|1:155877_G_A:8518,596,0 0|1:55,52:107:99:0|1:155877_G_A:1912,0,2017 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1432 1|1:0,163:163:99:1|1:155877_G_A:7198,506,0 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,52:52:99:1|1:155877_G_A:2325,166,0 1|1:0,56:56:99:1|1:155877_G_A:2388,174,0 1|1:0,208:208:99:1|1:155877_G_A:8958,631,0 1|1:0,169:169:99:1|1:155877_G_A:7331,515,0 1|1:0,213:213:99:1|1:155877_G_A:9295,653,0 1|1:0,126:126:99:1|1:155877_G_A:5394,379,0 1|1:0,184:184:99:1|1:155877_G_A:8077,571,0 1|1:0,251:251:99:1|1:155877_G_A:10928,767,0 1|1:0,274:274:99:1|1:155877_G_A:11998,842,0 1|1:0,40:40:99:1|1:155877_G_A:1678,120,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,82:82:99:1|1:155877_G_A:3604,250,0 1|1:0,46:46:99:1|1:155877_G_A:2037,141,0 1|1:0,17:17:51:.:.:583,51,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,105,1575 1|0:142,142:284:99:0|1:155877_G_A:5281,0,5385 0|1:125,179:304:99:0|1:155877_G_A:6870,0,4476 0|0:18,0:18:17:.:.:0,17,529 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|1:91,182:273:99:0|1:155877_G_A:6987,0,3162 1|1:0,147:147:99:1|1:155877_G_A:6306,445,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|0:42,146:188:99:0|1:155877_G_A:5664,0,1348 1|1:0,206:206:99:1|1:155877_G_A:8988,626,0 1|1:0,228:228:99:1|1:155877_G_A:9984,695,0 1|1:0,174:174:99:1|1:155877_G_A:7662,533,0 1|1:0,185:185:99:1|1:155877_G_A:7967,566,0 1|1:0,476:476:99:1|1:155877_G_A:20681,1456,0 1|0:61,21:82:99:0|1:155877_G_A:663,0,2273 0|1:162,127:289:99:0|1:155877_G_A:4527,0,6119 1|1:0,602:602:99:1|1:155877_G_A:26328,1841,0 1|0:103,54:157:99:0|1:155877_G_A:1878,0,3893 1|1:0,236:236:99:1|1:155877_G_A:10351,728,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1406 1|1:0,21:21:63:1|1:155877_G_A:887,63,0 1|1:0,331:331:99:1|1:155877_G_A:14439,1017,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 155895 . G A 2.59819e+07 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=31.54;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V574I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gta/Ata;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.687;VQSLOD=9.79;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=23.81;GQ_MEAN=269.34;GQ_STDDEV=159.67;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7954;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.152;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13945178;AF=0.804;AS_InbreedingCoeff=0.3792;MLEAC=4219;MLEAF=0.805;AN=858;AC=636 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:65,15:80:99:0|1:155877_G_A:386,0,2340 1|1:0,75:75:99:.:.:2408,226,0 1|1:0,80:80:99:1|1:155877_G_A:3521,257,0 1|1:0,77:77:99:.:.:3342,247,0 1|1:3,75:78:99:1|1:155877_G_A:3164,112,0 1|1:0,74:74:99:1|1:155877_G_A:3189,235,0 1|1:0,57:57:99:1|1:155877_G_A:2373,172,0 1|1:2,80:82:99:1|1:155877_G_A:3205,173,0 1|1:0,98:98:99:1|1:155877_G_A:4111,297,0 1|1:0,87:87:99:1|1:155877_G_A:3614,265,0 1|1:2,59:61:99:1|1:155877_G_A:2416,106,0 1|1:0,80:80:99:1|1:155877_G_A:3440,253,0 1|0:43,33:76:99:0|1:155877_G_A:1205,0,1620 0|1:27,27:54:99:0|1:155877_G_A:994,0,859 1|1:0,45:45:99:1|1:155877_G_A:1840,138,0 1|1:0,54:54:99:1|1:155877_G_A:2255,171,0 1|1:0,12:12:36:1|1:155877_G_A:522,36,0 1|1:0,38:38:99:1|1:155877_G_A:1529,117,0 1|1:0,30:30:96:1|1:155877_G_A:1295,96,0 1|1:0,41:41:99:1|1:155877_G_A:1661,123,0 1|1:0,67:67:99:1|1:155877_G_A:2858,202,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,182:182:99:1|1:155877_G_A:7837,569,0 1|1:0,64:64:99:1|1:155877_G_A:2649,199,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1447,113,0 0|1:70,41:111:99:0|1:155877_G_A:1340,0,2679 1|1:0,12:12:36:1|1:155877_G_A:479,36,0 1|1:0,7:7:21:1|1:155877_G_A:302,21,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,61:61:99:1|1:155877_G_A:2553,184,0 1|1:0,107:107:99:1|1:155877_G_A:4586,331,0 1|1:0,118:118:99:1|1:155877_G_A:5020,367,0 0|1:19,49:68:99:0|1:155877_G_A:1845,0,567 0|1:229,90:319:99:0|1:155877_G_A:2728,0,8703 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1377 1|0:42,111:153:99:.:.:2976,0,1084 1|1:0,91:91:99:1|1:155877_G_A:3891,289,0 0|1:22,27:49:99:0|1:155877_G_A:1055,0,705 1|0:28,35:63:99:0|1:155877_G_A:1323,0,999 0|1:43,20:63:99:0|1:155877_G_A:679,0,1556 0|0:89,0:89:99:.:.:0,106,1800 1|1:0,131:131:99:1|1:155877_G_A:5641,409,0 1|1:0,91:91:99:1|1:155877_G_A:3894,280,0 1|1:0,198:198:99:1|1:155877_G_A:8396,611,0 1|1:0,164:164:99:1|1:155877_G_A:7076,512,0 0|1:96,31:127:99:0|1:155877_G_A:911,0,3486 1|1:3,68:71:99:1|1:155877_G_A:2817,116,0 1|1:1,34:35:80:1|1:155877_G_A:1465,80,0 1|1:0,113:113:99:1|1:155877_G_A:4782,349,0 0|1:9,72:81:99:0|1:155877_G_A:2862,0,149 1|1:0,120:120:99:1|1:155877_G_A:5060,370,0 1|0:28,10:38:99:0|1:155877_G_A:289,0,1078 1|1:0,91:91:99:1|1:155877_G_A:3938,286,0 1|0:89,126:215:99:0|1:155877_G_A:4733,0,3223 1|1:1,129:130:99:1|1:155877_G_A:5549,352,0 0|1:6,54:60:30:0|1:155877_G_A:2207,0,30 1|1:0,92:92:99:1|1:155877_G_A:3967,289,0 1|1:5,69:74:38:1|1:155877_G_A:2739,38,0 1|0:11,35:46:99:0|1:155877_G_A:1345,0,378 1|1:0,80:80:99:1|1:155877_G_A:3405,246,0 1|0:66,77:143:99:0|1:155877_G_A:2953,0,2243 1|1:1,117:118:99:1|1:155877_G_A:4953,310,0 1|1:0,144:144:99:1|1:155877_G_A:6080,439,0 1|1:1,361:362:99:1|1:155877_G_A:15348,1071,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755 1|0:21,86:107:99:0|1:155877_G_A:3495,0,546 1|1:0,137:137:99:1|1:155877_G_A:5907,424,0 1|1:0,89:89:99:1|1:155877_G_A:3805,274,0 1|1:0,50:50:99:1|1:155877_G_A:2125,153,0 0|1:35,31:66:99:0|1:155877_G_A:1090,0,1240 1|1:0,62:62:99:1|1:155877_G_A:2652,190,0 1|0:33,18:51:99:0|1:155877_G_A:603,0,1223 1|1:0,122:122:99:1|1:155877_G_A:5103,370,0 0|1:13,81:94:99:0|1:155877_G_A:3200,0,202 1|1:0,108:108:99:1|1:155877_G_A:4614,334,0 1|1:0,63:63:99:1|1:155877_G_A:2579,196,0 0|1:72,113:185:99:0|1:155877_G_A:4537,0,2413 1|1:0,99:99:99:1|1:155877_G_A:4251,307,0 1|1:0,67:67:99:1|1:155877_G_A:2859,208,0 0|1:34,41:75:99:0|1:155877_G_A:1517,0,1226 1|1:2,85:87:99:1|1:155877_G_A:3613,184,0 1|1:0,47:47:99:1|1:155877_G_A:1967,144,0 1|1:0,53:53:99:1|1:155877_G_A:2164,160,0 1|1:0,124:124:99:1|1:155877_G_A:5271,376,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,119:119:99:1|1:155877_G_A:5100,367,0 1|1:0,144:144:99:1|1:155877_G_A:6144,451,0 1|1:0,60:60:99:1|1:155877_G_A:2505,181,0 1|1:0,159:159:99:1|1:155877_G_A:6665,490,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,111:111:99:1|1:155877_G_A:4785,340,0 1|1:1,154:155:99:1|1:155877_G_A:6409,427,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,103:108:99:1|1:155877_G_A:4176,160,0 0|1:6,85:91:16:0|1:155877_G_A:3373,0,16 1|1:4,45:49:4:1|1:155877_G_A:1862,4,0 1|1:0,151:151:99:1|1:155877_G_A:6505,466,0 1|1:0,187:187:99:1|1:155877_G_A:8106,581,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:12,227:239:99:1|1:155877_G_A:9073,185,0 1|1:0,217:217:99:1|1:155877_G_A:9341,665,0 1|1:1,176:177:99:1|1:155877_G_A:7544,513,0 1|1:0,90:90:99:1|1:155877_G_A:3964,286,0 1|0:27,111:138:99:0|1:155877_G_A:4285,0,708 1|1:9,116:125:9:1|1:155877_G_A:4701,9,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,122:122:99:1|1:155877_G_A:5344,385,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,175:175:99:1|1:155877_G_A:7623,535,0 1|1:0,147:147:99:1|1:155877_G_A:6379,463,0 1|1:2,201:203:99:1|1:155877_G_A:8446,549,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6284,619,0 1|1:0,167:167:99:1|1:155877_G_A:7214,518,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,154:154:99:1|1:155877_G_A:6551,469,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,195:196:99:1|1:155877_G_A:8026,550,0 1|1:5,225:230:99:1|1:155877_G_A:9453,485,0 0|1:61,78:139:99:0|1:155877_G_A:2909,0,2222 1|1:0,219:219:99:1|1:155877_G_A:9324,668,0 0|1:16,114:130:99:0|1:155877_G_A:4457,0,259 1|1:2,200:202:99:1|1:155877_G_A:8709,565,0 1|1:0,179:179:99:1|1:155877_G_A:7667,542,0 1|1:0,117:117:99:1|1:155877_G_A:5015,364,0 1|1:8,154:162:99:1|1:155877_G_A:6330,188,0 1|1:0,177:177:99:1|1:155877_G_A:7490,539,0 1|1:0,137:137:99:1|1:155877_G_A:5909,424,0 1|1:0,249:249:99:1|1:155877_G_A:10504,767,0 1|0:15,151:166:99:0|1:155877_G_A:6106,0,107 1|1:0,184:184:99:1|1:155877_G_A:7936,578,0 1|1:0,182:182:99:1|1:155877_G_A:7816,559,0 1|1:10,121:131:99:.:.:3298,111,0 0|1:87,12:99:99:0|1:155877_G_A:198,0,3210 0|1:90,111:201:99:0|1:155877_G_A:3970,0,3072 1|1:0,222:222:99:1|1:155877_G_A:9530,680,0 1|1:3,125:128:99:1|1:155877_G_A:5087,269,0 1|1:0,217:217:99:1|1:155877_G_A:9294,664,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,115,1800 1|0:116,48:164:99:0|1:155877_G_A:1579,0,4358 0|1:135,69:204:99:0|1:155877_G_A:2300,0,4941 1|1:0,211:211:99:1|1:155877_G_A:8905,640,0 1|1:0,217:217:99:1|1:155877_G_A:9099,668,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,123:123:99:1|1:155877_G_A:5147,370,0 1|1:0,148:148:99:1|1:155877_G_A:6326,457,0 1|1:2,225:227:99:1|1:155877_G_A:10120,634,0 1|1:0,224:224:99:1|1:155877_G_A:9593,686,0 1|1:1,118:119:99:1|1:155877_G_A:5057,322,0 1|1:0,80:80:99:1|1:155877_G_A:3415,244,0 1|1:0,100:100:99:1|1:155877_G_A:4391,313,0 1|1:0,66:66:99:1|1:155877_G_A:2803,205,0 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|0:27,40:67:99:0|1:155877_G_A:1490,0,961 1|1:0,128:128:99:1|1:155877_G_A:5594,403,0 1|1:0,149:149:99:1|1:155877_G_A:6269,460,0 1|1:0,70:70:99:1|1:155877_G_A:2993,217,0 1|1:0,209:209:99:1|1:155877_G_A:9798,673,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,120:120:99:1|1:155877_G_A:5334,385,0 1|1:0,130:130:99:1|1:155877_G_A:5492,400,0 1|1:0,97:97:99:1|1:155877_G_A:4077,298,0 1|1:3,111:114:99:1|1:155877_G_A:4700,229,0 1|1:1,98:99:99:1|1:155877_G_A:4160,265,0 1|1:1,210:211:99:1|1:155877_G_A:8800,596,0 1|1:0,180:180:99:1|1:155877_G_A:7606,551,0 0|0:174,0:174:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,176:176:99:1|1:155877_G_A:7485,551,0 0|1:6,9:15:99:0|1:155877_G_A:360,0,225 1|1:1,105:106:99:1|1:155877_G_A:4477,318,0 1|1:0,154:154:99:1|1:155877_G_A:6607,484,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,72:72:99:1|1:155877_G_A:3070,226,0 1|1:0,157:157:99:1|1:155877_G_A:6684,481,0 0|1:43,125:168:99:0|1:155877_G_A:4792,0,1240 1|1:0,92:92:99:1|1:155877_G_A:4009,289,0 1|1:3,169:172:99:1|1:155877_G_A:7079,398,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530 1|0:11,55:66:99:0|1:155877_G_A:2130,0,227 1|1:0,73:73:99:1|1:155877_G_A:3141,223,0 1|1:0,121:121:99:1|1:155877_G_A:5042,370,0 0|1:21,95:116:99:0|1:155877_G_A:3776,0,509 0|1:16,161:177:99:0|1:155877_G_A:6397,0,128 0|1:63,47:110:99:0|1:155877_G_A:1629,0,2321 1|1:0,134:134:99:1|1:155877_G_A:5679,409,0 1|1:0,97:97:99:1|1:155877_G_A:4210,298,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,166:166:99:1|1:155877_G_A:6931,511,0 1|1:0,139:139:99:1|1:155877_G_A:6102,430,0 1|1:0,148:148:99:1|1:155877_G_A:6267,457,0 1|1:0,223:223:99:1|1:155877_G_A:9659,680,0 1|1:0,100:100:99:1|1:155877_G_A:4181,307,0 1|0:53,58:111:99:0|1:155877_G_A:2168,0,1915 1|1:0,223:223:99:1|1:155877_G_A:9578,692,0 1|1:0,107:107:99:.:.:4057,330,0 1|1:0,62:62:99:1|1:155877_G_A:2716,190,0 1|1:0,91:91:99:1|1:155877_G_A:3888,277,0 1|1:1,71:72:99:1|1:155877_G_A:2980,184,0 1|0:28,172:200:99:0|1:155877_G_A:6760,0,582 1|1:0,116:116:99:1|1:155877_G_A:5068,361,0 1|1:0,127:127:99:1|1:155877_G_A:5507,400,0 1|1:0,112:112:99:1|1:155877_G_A:4804,349,0 0|1:31,108:139:99:.:.:4127,0,410 0|1:31,84:115:99:0|1:155877_G_A:3234,0,1018 1|1:0,59:59:99:1|1:155877_G_A:2497,184,0 1|1:0,87:87:99:1|1:155877_G_A:3705,271,0 0|1:17,67:84:99:0|1:155877_G_A:2580,0,393 1|1:0,105:105:99:1|1:155877_G_A:4448,325,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|1:87,13:100:99:.:.:121,0,1941 1|1:0,198:198:99:1|1:155877_G_A:8430,610,0 1|0:34,132:166:99:0|1:155877_G_A:5048,0,943 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1330 1|0:46,16:62:99:0|1:155877_G_A:503,0,1742 1|0:19,171:190:99:0|1:155877_G_A:6630,0,199 1|1:0,125:125:99:1|1:155877_G_A:5140,379,0 1|1:2,88:90:99:.:.:3210,223,0 1|1:0,81:81:99:1|1:155877_G_A:3510,247,0 0|1:42,17:59:99:.:.:522,0,958 1|1:0,106:106:99:1|1:155877_G_A:4607,331,0 1|0:5,51:56:67:0|1:155877_G_A:1962,0,67 1|1:0,75:75:99:1|1:155877_G_A:3217,232,0 0|1:13,54:67:99:0|1:155877_G_A:2021,0,320 1|1:0,74:74:99:1|1:155877_G_A:3144,226,0 1|1:0,86:86:99:1|1:155877_G_A:3625,259,0 0|1:37,83:120:99:0|1:155877_G_A:3217,0,1201 1|1:0,213:213:99:1|1:155877_G_A:9134,662,0 1|1:0,87:87:99:1|1:155877_G_A:3616,265,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,58:58:99:1|1:155877_G_A:2557,181,0 1|1:0,200:200:99:1|1:155877_G_A:8560,608,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1255 1|1:0,141:141:99:1|1:155877_G_A:5919,427,0 1|1:0,100:100:99:1|1:155877_G_A:4243,304,0 1|1:1,78:79:99:1|1:155877_G_A:3312,213,0 0|0:84,0:84:59:.:.:0,59,1899 0|1:135,54:189:99:0|1:155877_G_A:1731,0,5180 1|1:0,99:99:99:1|1:155877_G_A:4156,298,0 1|0:4,6:10:99:0|1:155877_G_A:220,0,109 1|0:24,150:174:99:.:.:4039,0,159 1|1:0,115:115:99:1|1:155877_G_A:4856,352,0 1|1:0,151:151:99:1|1:155877_G_A:6398,463,0 1|1:0,112:112:99:1|1:155877_G_A:4737,343,0 1|1:0,121:121:99:1|1:155877_G_A:5167,376,0 1|1:0,145:145:99:1|1:155877_G_A:6234,448,0 1|1:5,194:199:99:1|1:155877_G_A:8209,429,0 0|1:32,25:57:99:0|1:155877_G_A:896,0,1229 0|0:33,0:33:67:.:.:0,67,879 1|1:2,90:92:99:1|1:155877_G_A:3815,196,0 1|1:4,298:302:99:1|1:155877_G_A:12627,793,0 1|1:0,129:129:99:1|1:155877_G_A:5512,397,0 1|1:0,209:209:99:1|1:155877_G_A:9044,647,0 1|1:1,18:19:28:1|1:155877_G_A:719,28,0 0|0:47,0:47:76:.:.:0,76,1181 1|1:7,143:150:99:1|1:155877_G_A:5694,170,0 0|1:33,84:117:99:0|1:155877_G_A:3166,0,1075 1|1:1,67:68:99:1|1:155877_G_A:2835,166,0 1|0:50,50:100:99:0|1:155877_G_A:1841,0,1842 1|1:1,109:110:99:1|1:155877_G_A:4711,295,0 0|1:1,11:12:9:0|1:155877_G_A:418,0,9 1|1:0,52:52:99:1|1:155877_G_A:2217,162,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1001 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|0:5,21:26:99:0|1:155877_G_A:926,0,141 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,88:88:99:1|1:155877_G_A:3901,271,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,146:146:99:1|1:155877_G_A:6344,445,0 0|1:14,167:181:42:0|1:155877_G_A:6652,0,42 1|1:0,173:173:99:1|1:155877_G_A:7659,533,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665 0|1:165,16:181:99:0|1:155877_G_A:129,0,6784 1|1:0,158:158:99:1|1:155877_G_A:6928,482,0 1|1:0,168:168:99:1|1:155877_G_A:7462,521,0 1|1:0,19:19:57:1|1:155877_G_A:846,57,0 1|1:0,202:202:99:1|1:155877_G_A:8916,620,0 1|1:0,211:211:99:1|1:155877_G_A:9139,638,0 0|0:131,0:131:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,228:228:99:1|1:155877_G_A:10133,707,0 1|1:0,189:189:99:1|1:155877_G_A:8169,571,0 1|1:0,191:191:99:1|1:155877_G_A:8393,581,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,136:136:99:1|1:155877_G_A:6010,418,0 1|1:0,245:245:99:1|1:155877_G_A:10697,755,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,148:150:99:1|1:155877_G_A:6627,384,0 1|1:0,264:264:99:1|1:155877_G_A:11814,822,0 1|0:32,113:145:99:0|1:155877_G_A:4678,0,954 1|1:0,58:58:99:1|1:155877_G_A:2622,181,0 1|1:0,84:84:99:1|1:155877_G_A:3821,265,0 1|1:0,191:191:99:1|1:155877_G_A:8349,584,0 1|1:0,37:37:99:1|1:155877_G_A:1624,111,0 1|1:0,89:89:99:1|1:155877_G_A:3975,277,0 1|1:0,139:139:99:1|1:155877_G_A:6293,439,0 1|1:0,104:104:99:1|1:155877_G_A:4567,319,0 1|1:0,168:168:99:1|1:155877_G_A:7487,517,0 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,168:168:99:1|1:155877_G_A:7276,509,0 1|1:0,172:172:99:1|1:155877_G_A:7635,538,0 1|1:0,434:434:99:1|1:155877_G_A:18872,1321,0 1|1:0,636:636:99:1|1:155877_G_A:28347,1971,0 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800 1|0:20,32:52:99:0|1:155877_G_A:1255,0,726 0|0:33,0:33:63:.:.:0,63,1049 1|1:2,107:109:99:1|1:155877_G_A:4572,238,0 1|1:0,98:98:99:1|1:155877_G_A:4227,298,0 1|1:0,208:208:99:1|1:155877_G_A:9327,647,0 1|1:0,264:264:99:1|1:155877_G_A:11438,810,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|1:87,60:147:99:0|1:155877_G_A:2089,0,3244 1|1:1,222:223:99:1|1:155877_G_A:9723,653,0 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,420:420:99:1|1:155877_G_A:18464,1289,0 1|1:0,265:265:99:1|1:155877_G_A:11433,813,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,152:153:99:1|1:155877_G_A:6452,459,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,326:327:99:1|1:155877_G_A:14028,942,0 1|1:0,77:77:99:1|1:155877_G_A:3375,238,0 1|1:1,241:242:99:1|1:155877_G_A:10546,698,0 1|1:0,217:217:99:1|1:155877_G_A:9277,656,0 1|1:0,195:195:99:1|1:155877_G_A:8492,590,0 1|1:2,234:236:99:1|1:155877_G_A:10158,638,0 0|1:39,224:263:99:.:.:6963,0,798 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,270:270:99:1|1:155877_G_A:11639,824,0 1|1:0,211:211:99:1|1:155877_G_A:9328,653,0 1|1:0,232:232:99:1|1:155877_G_A:10151,713,0 1|1:1,286:287:99:1|1:155877_G_A:12325,839,0 1|1:6,100:106:77:1|1:155877_G_A:4176,77,0 1|0:182,143:325:99:.:.:3934,0,6102 1|0:5,45:50:60:0|1:155877_G_A:1820,0,60 1|1:0,248:248:99:1|1:155877_G_A:11428,771,0 1|1:0,254:254:99:1|1:155877_G_A:11407,785,0 1|1:0,241:241:99:1|1:155877_G_A:10534,758,0 1|1:0,240:240:99:1|1:155877_G_A:10452,742,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,108,1620 1|1:11,247:258:99:1|1:155877_G_A:10458,287,0 1|0:160,85:245:99:0|1:155877_G_A:2878,0,6286 0|1:16,156:172:99:0|1:155877_G_A:6185,0,162 1|1:0,232:232:99:1|1:155877_G_A:10046,706,0 1|1:0,233:233:99:1|1:155877_G_A:10142,716,0 1|1:3,212:215:99:1|1:155877_G_A:9088,530,0 1|1:1,85:86:99:1|1:155877_G_A:3628,217,0 0|1:55,211:266:99:0|1:155877_G_A:8439,0,1533 1|0:7,66:73:96:0|1:155877_G_A:2578,0,96 0|1:229,34:263:99:0|1:155877_G_A:708,0,9028 1|1:0,353:353:99:1|1:155877_G_A:15311,1065,0 1|1:0,148:148:99:1|1:155877_G_A:6374,448,0 1|1:0,379:379:99:1|1:155877_G_A:16677,1167,0 1|1:4,259:263:99:1|1:155877_G_A:11380,636,0 1|1:0,323:323:99:1|1:155877_G_A:14169,984,0 0|1:47,209:256:99:0|1:155877_G_A:8410,0,1249 1|1:1,256:257:99:1|1:155877_G_A:11079,743,0 1|1:1,147:148:99:1|1:155877_G_A:6342,406,0 1|0:59,168:227:99:0|1:155877_G_A:6578,0,1903 1|1:1,112:113:99:1|1:155877_G_A:4736,295,0 0|1:68,119:187:99:0|1:155877_G_A:4558,0,2365 0|1:23,4:27:88:0|1:155877_G_A:88,0,929 1|1:2,220:222:99:1|1:155877_G_A:9436,590,0 1|1:0,334:334:99:1|1:155877_G_A:14466,1015,0 1|1:2,247:249:99:1|1:155877_G_A:10489,668,0 0|1:171,30:201:99:0|1:155877_G_A:696,0,6722 1|1:3,303:306:99:1|1:155877_G_A:12926,785,0 0|1:30,101:131:99:0|1:155877_G_A:3946,0,843 1|1:0,255:255:99:1|1:155877_G_A:11069,785,0 1|1:1,267:268:99:1|1:155877_G_A:11660,792,0 1|1:0,297:297:99:1|1:155877_G_A:12962,908,0 1|1:0,187:187:99:.:.:7936,569,0 1|1:9,452:461:99:1|1:155877_G_A:19144,918,0 1|1:0,578:578:99:1|1:155877_G_A:24952,1766,0 0|0:318,0:318:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,95:95:99:1|1:155877_G_A:3999,289,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1620 1|1:0,354:354:99:1|1:155877_G_A:15394,1087,0 1|1:2,238:240:99:1|1:155877_G_A:10445,673,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1580 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575 0|1:55,66:121:99:0|1:155877_G_A:2490,0,2074 0|0:81,0:81:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,186:186:99:1|1:155877_G_A:8084,575,0 1|1:0,199:199:99:1|1:155877_G_A:8726,611,0 0|1:55,47:102:99:0|1:155877_G_A:1788,0,2123 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1432 1|1:0,176:176:99:1|1:155877_G_A:7607,539,0 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,54:54:99:1|1:155877_G_A:2334,166,0 1|1:0,48:48:99:1|1:155877_G_A:2060,144,0 1|1:0,212:212:99:1|1:155877_G_A:9298,656,0 1|1:0,171:171:99:1|1:155877_G_A:7439,520,0 1|1:0,223:223:99:1|1:155877_G_A:9733,689,0 1|1:0,121:121:99:1|1:155877_G_A:5366,373,0 1|1:0,195:195:99:1|1:155877_G_A:8487,602,0 1|1:0,249:249:99:1|1:155877_G_A:10882,764,0 1|1:0,274:274:99:1|1:155877_G_A:12022,843,0 1|1:0,44:44:99:1|1:155877_G_A:1916,138,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,82:82:99:1|1:155877_G_A:3691,256,0 1|1:0,47:47:99:1|1:155877_G_A:2038,141,0 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675 0|0:167,0:167:99:.:.:0,105,1575 1|0:151,139:290:99:0|1:155877_G_A:5166,0,5615 0|1:124,173:297:99:0|1:155877_G_A:6745,0,4429 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|1:97,176:273:99:0|1:155877_G_A:6874,0,3387 1|1:0,148:148:99:1|1:155877_G_A:6420,457,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|0:48,144:192:99:0|1:155877_G_A:5618,0,1490 1|1:0,211:211:99:1|1:155877_G_A:9314,653,0 1|1:0,239:239:99:1|1:155877_G_A:10468,734,0 1|1:0,190:190:99:1|1:155877_G_A:8283,584,0 1|1:0,180:180:99:1|1:155877_G_A:8002,563,0 1|1:0,473:473:99:1|1:155877_G_A:20760,1460,0 1|0:52,19:71:99:0|1:155877_G_A:601,0,2043 0|1:166,139:305:99:0|1:155877_G_A:4906,0,6185 1|1:0,606:606:99:1|1:155877_G_A:26647,1866,0 1|0:99,56:155:99:0|1:155877_G_A:1961,0,3954 1|1:0,249:249:99:1|1:155877_G_A:10758,764,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1406 1|1:0,20:20:60:1|1:155877_G_A:862,60,0 1|1:0,342:342:99:1|1:155877_G_A:14902,1050,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 155939 . G A 2.02501e+07 PASS FS=0;MQ=60.07;QD=31.61;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K588;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.729;VQSLOD=9.19;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=47.62;GQ_MEAN=267.62;GQ_STDDEV=189.99;HRun=4;InbreedingCoeff=0.7583;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.623;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13872103;AF=0.808;AS_InbreedingCoeff=0.1997;MLEAC=4245;MLEAF=0.809;AN=858;AC=654 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:60,17:77:99:.:.:307,0,1521 1|1:0,71:71:99:.:.:2224,213,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2326,225,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2239,213,0 0|1:6,45:51:16:.:.:1215,0,16 1|1:0,69:69:99:.:.:2167,207,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1687,162,0 1|1:5,80:85:99:.:.:2366,110,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2776,262,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2080,201,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1794,168,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2047,201,0 1|0:35,28:63:99:.:.:716,0,836 0|1:28,32:60:99:.:.:825,0,628 1|1:0,32:32:96:.:.:993,96,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1429,135,0 1|1:0,13:13:39:.:.:407,39,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1617,156,0 1|1:0,31:31:93:.:.:994,93,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1266,131,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1776,174,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,198:198:99:.:.:5924,593,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1594,171,0 1|1:0,34:34:99:1|1:155939_G_A:1375,105,0 0|1:50,37:87:99:.:.:787,0,1070 1|1:0,14:14:42:.:.:429,42,0 1|1:0,10:10:30:.:.:302,30,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,46:46:99:.:.:1418,138,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3109,323,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3416,338,0 0|1:24,35:59:99:.:.:878,0,500 1|1:2,287:289:99:.:.:7782,812,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1377 1|1:13,124:137:31:.:.:3451,31,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2552,261,0 0|1:24,24:48:99:.:.:535,0,489 1|0:20,53:73:99:.:.:1312,0,323 0|1:38,19:57:99:.:.:369,0,848 0|0:89,0:89:99:.:.:0,106,1800 1|1:0,138:138:99:.:.:4047,414,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2171,219,0 1|1:0,216:216:99:.:.:6283,648,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4724,483,0 0|1:80,30:110:99:.:.:534,0,1818 1|1:2,55:57:99:.:.:1562,120,0 1|1:2,24:26:38:.:.:634,38,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3578,367,0 1|1:6,72:78:65:.:.:1936,65,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2825,291,0 1|0:24,8:32:99:.:.:139,0,577 1|1:0,98:98:99:.:.:2898,293,0 1|0:81,110:191:99:.:.:2647,0,1743 1|1:0,126:126:99:.:.:3663,378,0 1|1:3,57:60:94:.:.:1511,94,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2826,285,0 1|1:4,75:79:99:.:.:2095,125,0 1|1:5,54:59:39:.:.:1410,39,0 1|1:7,66:73:19:.:.:1688,19,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3740,376,0 0|1:27,76:103:99:.:.:1898,0,439 1|1:0,129:129:99:.:.:3843,387,0 1|1:1,344:345:99:.:.:10198,1012,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755 1|0:22,74:96:99:.:.:1898,0,322 1|1:0,128:128:99:.:.:3800,385,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2405,240,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1502,156,0 0|1:31,38:69:99:.:.:892,0,699 1|1:0,64:64:99:.:.:1824,192,0 1|0:37,18:55:99:.:.:373,0,840 1|1:0,128:128:99:.:.:3720,383,0 1|1:6,85:91:99:.:.:2345,103,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3046,311,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1624,167,0 0|1:96,70:166:99:.:.:1543,0,2087 1|1:1,107:108:99:.:.:3081,292,0 1|1:1,72:73:99:.:.:1983,192,0 0|1:30,39:69:99:.:.:967,0,645 1|1:0,69:69:99:.:.:2032,207,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1871,189,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1823,183,0 0|1:19,99:118:99:.:.:2486,0,170 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,121:121:99:.:.:3511,363,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4341,450,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1680,168,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4502,476,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485 1|1:7,104:111:99:.:.:2806,138,0 1|1:1,142:143:99:.:.:4127,401,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,99:106:99:.:.:2696,124,0 1|1:4,83:87:99:.:.:2355,166,0 1|1:4,47:51:44:.:.:1246,44,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4595,467,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5042,523,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:11,223:234:99:.:.:6222,407,0 1|1:0,229:229:99:.:.:6704,687,0 1|1:1,171:172:99:.:.:4946,487,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2712,282,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3669,380,0 1|1:8,120:128:99:.:.:3274,181,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,125:125:99:.:.:3691,374,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755 1|1:1,170:171:99:.:.:4918,502,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4711,485,0 1|1:2,178:180:99:.:.:5063,483,0 1|1:0,199:199:99:.:.:5766,596,0 1|1:0,178:178:99:.:.:5170,533,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,141:141:99:.:.:4140,423,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,179:180:99:.:.:5214,510,0 1|1:5,223:228:99:.:.:6435,549,0 0|1:60,70:130:99:.:.:1685,0,1232 1|1:0,217:217:99:.:.:6295,651,0 1|1:9,116:125:6:.:.:3059,6,0 1|1:1,184:185:99:.:.:5570,546,0 1|1:11,175:186:99:.:.:4760,254,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3089,321,0 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,178:179:99:.:.:5061,509,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3931,404,0 1|1:0,254:254:99:.:.:7538,762,0 1|1:15,148:163:87:.:.:3785,87,0 1|1:0,206:206:99:.:.:5844,615,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5082,522,0 1|1:6,113:119:99:.:.:3167,188,0 0|0:92,0:92:41:.:.:0,41,1968 0|1:81,104:185:99:.:.:2405,0,1645 1|1:1,225:226:99:.:.:6567,649,0 1|1:3,145:148:99:.:.:4055,362,0 1|1:0,206:206:99:.:.:5857,617,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,115,1800 1|0:24,144:168:99:.:.:3725,0,162 0|1:25,169:194:99:.:.:4232,0,113 1|1:0,197:197:99:.:.:5743,591,0 1|1:0,217:217:99:.:.:6320,651,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,121:121:99:.:.:3545,363,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4630,468,0 1|1:2,232:234:99:.:.:6770,645,0 1|1:0,212:212:99:.:.:6386,637,0 1|1:1,113:114:99:.:.:3259,311,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2386,243,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2728,274,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2035,201,0 1|1:6,189:195:99:.:.:5254,424,0 1|0:23,40:63:99:.:.:1044,0,427 0|1:52,86:138:99:.:.:2110,0,987 1|1:0,141:141:99:.:.:3976,421,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1979,204,0 1|1:1,220:221:99:.:.:6392,654,0 1|1:2,135:137:99:.:.:3902,355,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3360,342,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4142,425,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2679,281,0 1|1:2,121:125:99:.:.:3492,310,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2695,276,0 1|1:1,195:196:99:.:.:5788,557,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5384,551,0 0|0:174,0:174:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,178:178:99:.:.:5215,533,0 0|1:4,5:9:82:.:.:123,0,82 1|1:0,97:97:99:.:.:2859,291,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4392,443,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,78:78:99:.:.:2320,234,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4548,459,0 0|1:40,126:166:99:.:.:3155,0,601 1|1:0,91:91:99:.:.:2710,273,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4782,489,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530 1|0:10,61:71:73:.:.:1627,0,73 1|1:1,88:89:99:.:.:2546,238,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3504,348,0 0|1:19,95:114:99:.:.:2422,0,186 0|1:21,159:180:44:.:.:4116,0,44 0|1:65,48:113:99:.:.:1081,0,1471 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,105:105:99:.:.:3080,315,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,167:167:99:.:.:4885,501,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4207,426,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4486,467,0 1|1:0,212:212:99:.:.:6279,637,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3302,341,0 1|0:58,70:128:99:.:.:1675,0,1220 1|1:0,229:229:99:.:.:6566,687,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3597,363,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2034,204,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2438,249,0 1|1:2,72:74:99:.:.:2001,164,0 1|1:20,183:203:73:.:.:4756,73,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3033,318,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3447,348,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575 0|1:30,95:125:99:.:.:2461,0,413 0|1:28,88:116:99:.:.:2188,0,413 1|1:0,72:72:99:.:.:2174,216,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2583,261,0 0|1:14,64:78:99:.:.:1769,0,141 1|1:0,103:103:99:.:.:3037,309,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|0:89,6:95:99:.:.:0,101,2212 1|1:0,212:212:99:.:.:6216,636,0 1|0:27,158:185:99:.:.:4011,0,179 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1330 1|0:55,14:69:99:.:.:216,0,1305 1|1:18,163:181:79:.:.:4253,79,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3462,357,0 1|1:3,90:93:99:.:.:2585,201,0 1|1:1,80:81:99:.:.:2334,233,0 0|1:40,17:57:99:.:.:318,0,1521 1|1:0,113:113:99:.:.:3378,339,0 1|1:6,54:60:34:.:.:1372,34,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2200,228,0 0|1:16,58:74:99:.:.:1432,0,164 1|1:0,69:69:99:.:.:2031,207,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2574,264,0 0|1:38,73:111:99:.:.:1815,0,701 1|1:0,215:215:99:.:.:6342,645,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2544,261,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3254,323,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1891,189,0 1|1:0,204:204:99:.:.:5945,612,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1686,168,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4434,452,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3129,321,0 1|1:1,69:70:99:.:.:1895,181,0 0|0:85,0:85:83:.:.:0,83,1995 0|1:114,55:169:99:.:.:1058,0,2626 1|1:0,94:94:99:.:.:2786,282,0 1|0:3,3:6:62:.:.:72,0,62 1|0:20,151:171:41:.:.:3876,0,41 1|1:0,134:134:99:.:.:3912,400,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4335,453,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3338,334,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3730,375,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4241,443,0 1|1:6,184:190:99:.:.:5322,402,0 0|1:28,25:53:99:.:.:583,0,632 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305 1|1:3,96:99:99:.:.:2675,211,0 1|1:2,291:293:99:.:.:8596,841,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3539,369,0 1|1:0,230:230:99:.:.:6657,689,0 1|1:1,19:20:32:.:.:525,32,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1380 1|1:9,140:149:99:.:.:3838,200,0 0|1:45,68:113:99:.:.:1636,0,928 1|1:1,65:66:99:.:.:1961,170,0 1|0:51,42:93:99:.:.:985,0,1163 1|1:0,104:104:99:.:.:3084,312,0 1|1:1,13:14:13:.:.:357,13,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1814,183,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1001 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,28:28:84:.:.:1124,84,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,78:78:99:.:.:2786,235,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,139:140:99:.:.:4920,388,0 1|1:11,162:173:99:.:.:5457,141,0 1|1:0,179:179:99:.:.:6233,538,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665 0|1:173,18:191:71:.:.:71,0,5385 1|1:0,166:166:99:.:.:5746,499,0 1|1:1,171:172:99:.:.:6047,485,0 1|1:0,18:18:54:.:.:646,54,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7453,638,0 1|1:1,217:218:99:.:.:7658,624,0 0|0:131,0:131:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,243:243:99:.:.:8701,731,0 1|1:0,180:180:99:.:.:6380,540,0 1|1:1,200:201:99:.:.:6847,594,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,163:163:99:.:.:5754,490,0 1|1:0,230:230:99:.:.:8167,691,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,146:150:99:.:.:4977,317,0 1|1:0,239:239:99:.:.:8436,719,0 1|0:32,122:154:99:.:.:3843,0,601 1|1:0,66:66:99:.:.:2226,198,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2600,225,0 1|1:0,184:184:99:.:.:6342,552,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1270,108,0 1|1:0,87:87:99:.:.:3027,262,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4539,394,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3495,294,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5218,445,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5840,496,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:.:.:6618,563,0 1|1:0,175:175:99:.:.:6098,526,0 1|1:0,432:432:99:.:.:15026,1299,0 1|1:0,627:627:99:.:.:22048,1886,0 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800 1|0:22,35:57:99:.:.:1085,0,597 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990 1|1:1,110:111:99:.:.:3664,322,0 1|1:0,96:96:99:.:.:3200,289,0 1|1:0,202:202:99:.:.:7044,608,0 1|1:1,261:262:99:.:.:8807,755,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|1:84,64:148:99:.:.:1732,0,2293 1|1:1,259:260:99:.:.:8767,747,0 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,472:472:99:.:.:16086,1411,0 1|1:0,271:271:99:.:.:9264,814,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,141:141:99:.:.:4797,424,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,366:370:99:.:.:12648,1098,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2152,189,0 1|1:2,260:262:99:.:.:8798,719,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7607,673,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6986,616,0 1|1:2,219:221:99:.:.:7374,592,0 0|1:36,227:263:99:.:.:6992,0,393 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,277:277:99:.:.:9504,833,0 1|1:0,203:203:99:.:.:7015,610,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7789,680,0 1|1:1,321:322:99:.:.:10531,927,0 1|1:2,92:94:99:.:.:3096,214,0 1|0:204,169:373:99:.:.:4534,0,5381 1|1:3,39:42:35:.:.:1238,35,0 1|1:0,239:239:99:.:.:8247,718,0 1|1:0,294:294:99:.:.:10107,884,0 1|1:0,265:265:99:.:.:9008,796,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8677,765,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,108,1620 1|1:12,254:266:99:.:.:8045,382,0 1|0:168,94:262:99:.:.:2346,0,4779 0|1:22,163:185:99:.:.:4774,0,170 1|1:0,251:251:99:.:.:8409,753,0 1|1:1,222:223:99:.:.:7583,634,0 1|1:1,248:249:99:.:.:8436,738,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2757,248,0 0|1:49,212:261:99:.:.:6488,0,851 1|1:7,74:81:7:.:.:2160,7,0 0|1:218,51:269:99:.:.:942,0,6488 1|1:3,393:396:99:.:.:12991,1155,0 1|1:1,152:153:99:.:.:5153,423,0 1|1:1,401:402:99:.:.:13285,1192,0 1|1:1,230:231:99:.:.:7944,660,0 1|1:0,319:319:99:.:.:10378,954,0 0|1:48,213:261:99:.:.:6360,0,714 1|1:1,238:239:99:.:.:7947,686,0 1|1:1,153:154:99:.:.:4984,426,0 1|0:63,167:230:99:.:.:4997,0,1374 1|1:1,123:124:99:.:.:4163,339,0 0|1:69,131:200:99:.:.:3742,0,1574 0|1:27,5:32:53:.:.:53,0,814 1|1:3,250:253:99:.:.:8372,685,0 1|1:1,399:400:99:.:.:13076,1182,0 1|1:1,231:232:99:.:.:7878,664,0 0|1:161,29:190:99:.:.:360,0,4716 1|1:4,355:359:99:.:.:11823,942,0 0|1:28,107:135:99:.:.:3199,0,502 1|1:1,238:239:99:.:.:8190,683,0 1|1:1,244:245:99:.:.:8406,702,0 1|1:1,366:367:99:.:.:12327,1062,0 1|1:0,180:180:99:.:.:6050,541,0 1|1:13,462:475:99:.:.:15106,990,0 1|1:0,624:624:99:.:.:20888,1876,0 0|0:318,0:318:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,103:103:99:.:.:3513,310,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1620 1|1:0,382:382:99:.:.:12673,1142,0 1|1:1,242:243:99:.:.:8118,694,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1580 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,121:121:99:.:.:4140,363,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,177:177:99:.:.:6057,532,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7138,625,0 0|1:59,44:103:99:.:.:1217,0,1692 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1432 1|1:0,178:178:99:.:.:6128,535,0 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,69:69:99:.:.:2265,207,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1577,135,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6528,568,0 1|1:0,171:171:99:.:.:5821,513,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7424,653,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3657,327,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6986,616,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8458,754,0 1|1:0,261:261:99:.:.:9082,784,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1764,162,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,87:87:99:.:.:2829,261,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1277,108,0 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810 0|0:167,0:167:99:.:.:0,105,1575 1|0:150,142:292:99:.:.:4005,0,4067 0|1:110,170:280:99:.:.:5046,0,2818 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|1:84,174:258:99:.:.:5233,0,1983 1|1:0,171:171:99:.:.:5742,514,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|0:43,161:204:99:.:.:5000,0,824 1|1:0,218:218:99:.:.:7455,655,0 1|1:0,236:236:99:.:.:7954,710,0 1|1:0,194:194:99:.:.:6659,583,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5900,508,0 1|1:0,479:479:99:.:.:16703,1440,0 1|0:45,20:65:99:.:.:504,0,1316 0|1:168,151:319:99:.:.:4190,0,4623 1|1:0,635:635:99:.:.:21935,1908,0 1|0:115,51:166:99:.:.:1270,0,3324 1|1:0,267:267:99:.:.:9118,802,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1406 1|1:1,20:21:34:.:.:626,34,0 1|1:9,351:360:99:.:.:11648,779,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 155977 . G A 2.7069e+07 PASS FS=1.245;MQ=60.02;QD=27.31;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G601D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gGc/gAc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.502;VQSLOD=4.85;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=33.33;GQ_MEAN=251.36;GQ_STDDEV=156.68;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8474;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.311;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=13779483;AF=0.818;AS_InbreedingCoeff=0.1891;MLEAC=4304;MLEAF=0.82;AN=858;AC=642 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:3,74:77:99:1|1:155977_G_A:3233,109,0 1|1:0,79:79:99:1|1:155977_G_A:3503,238,0 1|1:0,69:69:99:1|1:155977_G_A:3074,208,0 1|1:0,79:79:99:1|1:155977_G_A:3532,238,0 0|1:5,53:58:24:0|1:155977_G_A:2194,0,24 1|1:0,65:65:99:1|1:155977_G_A:2920,196,0 1|1:0,38:38:99:1|1:155977_G_A:1653,114,0 1|1:4,93:97:99:1|1:155977_G_A:4039,118,0 1|1:0,64:64:99:1|1:155977_G_A:2891,196,0 1|0:43,27:70:99:0|1:155977_G_A:990,0,1650 1|1:0,36:36:99:1|1:155977_G_A:1585,108,0 1|1:0,66:66:99:1|1:155977_G_A:2966,199,0 1|0:31,22:53:99:0|1:155977_G_A:813,0,1226 0|1:19,39:58:99:0|1:155977_G_A:1561,0,669 1|1:0,25:25:78:1|1:155977_G_A:1136,78,0 1|1:0,36:36:99:1|1:155977_G_A:1593,108,0 1|1:0,19:19:57:1|1:155977_G_A:854,57,0 1|0:3,39:42:6:0|1:155977_G_A:1573,0,6 1|1:0,36:36:99:1|1:155977_G_A:1620,108,0 1|1:0,43:43:99:1|1:155977_G_A:1910,132,0 1|1:0,76:76:99:1|1:155977_G_A:3380,232,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,212:212:99:1|1:155977_G_A:9467,641,0 1|1:0,65:65:99:1|1:155977_G_A:2916,199,0 1|1:0,32:32:96:1|1:155939_G_A:1440,96,0 0|1:51,33:84:99:0|1:155977_G_A:1229,0,2058 1|1:0,18:18:54:1|1:155977_G_A:810,54,0 1|1:0,5:5:18:1|1:155977_G_A:255,18,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,62:62:99:1|1:155977_G_A:2732,190,0 1|1:0,112:112:99:1|1:155977_G_A:4964,337,0 1|1:0,115:115:99:1|1:155977_G_A:5048,345,0 0|1:16,28:44:99:0|1:155977_G_A:1114,0,549 1|1:0,327:327:99:1|1:155977_G_A:14741,999,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1377 1|0:16,134:150:99:0|1:155977_G_A:5544,0,296 1|1:0,82:82:99:1|1:155977_G_A:3690,247,0 0|1:29,18:47:99:0|1:155977_G_A:700,0,1131 1|0:15,67:82:99:0|1:155977_G_A:2768,0,410 0|1:38,11:49:99:0|1:155977_G_A:345,0,1523 1|1:4,91:95:65:1|1:155977_G_A:3885,65,0 1|1:0,141:141:99:1|1:155977_G_A:6360,430,0 1|1:0,73:73:99:1|1:155977_G_A:3261,223,0 1|1:0,198:198:99:1|1:155977_G_A:8886,599,0 1|1:0,173:173:99:1|1:155977_G_A:7813,527,0 0|1:38,78:116:99:0|1:155977_G_A:3157,0,1330 1|1:2,57:59:88:1|1:155977_G_A:2475,88,0 1|1:1,24:25:30:1|1:155977_G_A:1030,30,0 1|1:0,107:107:99:1|1:155977_G_A:4806,325,0 1|1:3,70:73:85:1|1:155977_G_A:3008,85,0 1|1:0,106:106:99:1|1:155977_G_A:4691,319,0 1|0:25,10:35:99:0|1:155977_G_A:338,0,1001 1|1:0,123:123:99:1|1:155977_G_A:5454,372,0 1|0:73,117:190:99:0|1:155977_G_A:4639,0,2659 1|1:0,101:101:99:1|1:155977_G_A:4514,304,0 1|1:2,70:72:99:1|1:155977_G_A:3030,127,0 1|1:0,105:105:99:1|1:155977_G_A:4711,316,0 1|1:3,72:75:91:1|1:155977_G_A:3068,91,0 1|1:4,63:67:22:1|1:155977_G_A:2655,22,0 0|1:8,75:83:88:0|1:155977_G_A:3119,0,88 1|1:0,142:142:99:1|1:155977_G_A:6363,433,0 0|1:19,68:87:99:0|1:155977_G_A:2844,0,587 1|1:0,142:142:99:1|1:155977_G_A:6346,433,0 1|1:0,334:334:99:1|1:155977_G_A:14901,1005,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755 1|0:20,72:92:99:0|1:155977_G_A:2942,0,616 1|1:0,130:130:99:1|1:155977_G_A:5810,391,0 1|1:0,88:88:99:1|1:155977_G_A:3944,268,0 1|1:0,56:56:99:1|1:155977_G_A:2520,169,0 0|1:35,44:79:99:0|1:155977_G_A:1690,0,1340 1|1:0,64:64:99:1|1:155977_G_A:2830,193,0 1|0:36,18:54:99:0|1:155977_G_A:644,0,1476 1|1:0,134:134:99:1|1:155977_G_A:5984,403,0 0|1:9,104:113:65:0|1:155977_G_A:4298,0,65 1|1:0,115:115:99:1|1:155977_G_A:5163,349,0 1|1:0,65:65:99:1|1:155977_G_A:2934,198,0 0|1:86,76:162:99:0|1:155977_G_A:2885,0,3392 1|1:1,111:112:99:1|1:155977_G_A:4938,295,0 1|1:1,77:78:99:1|1:155977_G_A:3408,190,0 0|1:27,35:62:99:0|1:155977_G_A:1354,0,983 1|1:0,76:76:99:1|1:155977_G_A:3443,232,0 1|1:0,60:60:99:1|1:155977_G_A:2700,181,0 1|1:0,60:60:99:1|1:155977_G_A:2704,187,0 0|1:15,98:113:99:0|1:155977_G_A:4077,0,354 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,116:116:99:1|1:155977_G_A:5250,352,0 1|1:0,159:159:99:1|1:155977_G_A:7220,488,0 1|1:0,57:57:99:1|1:155977_G_A:2493,171,0 1|1:0,164:164:99:1|1:155977_G_A:7426,503,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485 1|0:7,92:99:14:0|1:155977_G_A:3859,0,14 1|1:1,139:140:99:1|1:155977_G_A:6230,382,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,96:103:18:1|1:155977_G_A:3998,18,0 1|1:4,94:98:99:1|1:155977_G_A:4056,126,0 1|0:5,47:52:55:0|1:155977_G_A:1968,0,55 1|1:0,156:156:99:1|1:155977_G_A:6992,475,0 1|1:0,149:149:99:1|1:155977_G_A:6690,454,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,224:232:99:1|1:155977_G_A:9619,338,0 1|1:0,239:239:99:1|1:155977_G_A:10739,719,0 1|1:1,161:162:99:1|1:155977_G_A:7139,443,0 1|1:0,86:86:99:1|1:155977_G_A:3862,259,0 1|1:0,134:134:99:1|1:155977_G_A:5986,406,0 1|0:9,118:127:17:0|1:155977_G_A:4938,0,17 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,135:135:99:1|1:155977_G_A:6035,409,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,158:158:99:1|1:155977_G_A:7084,482,0 1|1:0,148:148:99:1|1:155977_G_A:6660,446,0 1|1:2,166:168:99:1|1:155977_G_A:7389,425,0 1|1:0,168:168:99:1|1:155977_G_A:7599,512,0 1|1:0,186:186:99:1|1:155977_G_A:8389,566,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,141:141:99:1|1:155977_G_A:6293,427,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,191:191:99:1|1:155977_G_A:8613,581,0 1|1:2,231:233:99:1|1:155977_G_A:10379,638,0 0|1:58,70:128:99:0|1:155977_G_A:2756,0,2237 1|1:0,223:223:99:1|1:155977_G_A:10010,680,0 0|1:14,118:132:99:0|1:155977_G_A:4908,0,256 1|1:0,180:180:99:1|1:155977_G_A:8103,551,0 1|0:17,160:177:99:0|1:155977_G_A:6645,0,227 1|1:0,114:114:99:1|1:155977_G_A:5126,343,0 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,165:166:99:1|1:155977_G_A:7353,458,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,241:241:99:1|1:155977_G_A:10777,728,0 1|0:13,152:165:72:0|1:155977_G_A:6376,0,72 1|1:0,195:195:99:1|1:155977_G_A:8722,587,0 1|1:0,166:166:99:1|1:155977_G_A:7493,509,0 1|1:6,118:124:99:1|1:155977_G_A:5090,109,0 0|0:94,0:94:75:.:.:0,75,2063 1|1:0,167:167:99:1|1:155977_G_A:7443,506,0 1|1:0,221:221:99:1|1:155977_G_A:9911,674,0 1|1:5,149:154:99:1|1:155977_G_A:6440,258,0 1|1:0,210:210:99:1|1:155977_G_A:9444,638,0 0|1:29,93:122:99:0|1:155977_G_A:3813,0,1101 1|0:24,150:174:99:0|1:155977_G_A:6214,0,540 0|1:22,180:202:99:0|1:155977_G_A:7429,0,382 1|1:0,202:202:99:1|1:155977_G_A:9138,617,0 1|1:0,243:243:99:1|1:155977_G_A:10938,737,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:1|1:155977_G_A:6130,415,0 1|1:0,153:153:99:1|1:155977_G_A:6941,472,0 1|1:2,196:198:99:1|1:155977_G_A:8737,501,0 1|1:0,201:201:99:1|1:155977_G_A:9105,620,0 1|1:0,110:110:99:1|1:155977_G_A:4999,337,0 1|1:0,83:83:99:1|1:155977_G_A:3722,253,0 1|1:0,99:99:99:1|1:155977_G_A:4424,298,0 1|1:0,75:75:99:1|1:155977_G_A:3340,225,0 1|1:3,199:202:99:1|1:155977_G_A:8661,446,0 1|0:12,50:62:99:0|1:155977_G_A:2080,0,350 0|1:56,83:139:99:0|1:155977_G_A:3317,0,2062 1|1:0,158:158:99:1|1:155977_G_A:7041,478,0 1|1:0,68:68:99:1|1:155977_G_A:3083,208,0 1|1:0,234:234:99:1|1:155977_G_A:10467,710,0 1|1:2,117:119:99:1|1:155977_G_A:5205,260,0 1|1:0,108:108:99:1|1:155977_G_A:4844,325,0 0|1:15,133:148:99:0|1:155977_G_A:5492,0,224 1|1:0,108:108:99:1|1:155977_G_A:4874,331,0 1|1:3,141:144:99:1|1:155977_G_A:6252,304,0 1|1:0,105:105:99:1|1:155977_G_A:4689,316,0 1|1:1,202:203:99:1|1:155977_G_A:9021,575,0 1|1:0,184:184:99:1|1:155977_G_A:8265,554,0 0|1:42,158:200:99:0|1:155977_G_A:6449,0,1595 1|1:0,181:181:99:1|1:155977_G_A:8167,548,0 0|1:6,5:11:99:0|1:155977_G_A:187,0,237 1|1:0,114:114:99:1|1:155977_G_A:5121,346,0 1|1:0,169:169:99:1|1:155977_G_A:7581,509,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,87:87:99:1|1:155977_G_A:3884,262,0 1|1:0,149:149:99:1|1:155977_G_A:6709,452,0 0|1:35,129:164:99:0|1:155977_G_A:5309,0,1032 1|1:0,100:100:99:1|1:155977_G_A:4473,301,0 1|1:0,160:160:99:1|1:155977_G_A:7221,485,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530 1|0:10,71:81:99:0|1:155977_G_A:2991,0,200 1|1:1,76:77:99:1|1:155977_G_A:3372,187,0 1|1:0,115:115:99:1|1:155977_G_A:5138,346,0 0|1:22,100:122:99:0|1:155977_G_A:4116,0,612 0|1:20,166:186:99:0|1:155977_G_A:6928,0,321 0|1:66,49:115:99:0|1:155977_G_A:1815,0,2615 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,87:87:99:1|1:155977_G_A:3907,262,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,188:188:99:1|1:155977_G_A:8426,566,0 1|1:0,135:135:99:1|1:155977_G_A:6029,409,0 1|1:0,147:147:99:1|1:155977_G_A:6680,451,0 1|1:0,188:188:99:1|1:155977_G_A:8491,575,0 1|1:0,123:123:99:1|1:155977_G_A:5496,370,0 1|1:0,126:126:99:1|1:155977_G_A:5649,382,0 1|1:0,227:227:99:1|1:155977_G_A:10194,683,0 1|1:0,122:122:99:1|1:155977_G_A:5529,373,0 1|1:0,70:70:99:1|1:155977_G_A:3130,211,0 1|1:0,89:89:99:1|1:155977_G_A:3908,268,0 1|1:1,78:79:99:1|1:155977_G_A:3445,193,0 1|0:20,195:215:99:0|1:155977_G_A:8102,0,238 1|1:0,96:96:99:1|1:155977_G_A:4324,292,0 1|1:0,131:131:99:1|1:155977_G_A:5885,394,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575 0|1:34,116:150:99:0|1:155977_G_A:4764,0,1030 0|1:19,92:111:99:0|1:155977_G_A:3855,0,537 1|1:0,70:70:99:1|1:155977_G_A:3127,211,0 1|1:0,88:88:99:1|1:155977_G_A:3948,265,0 0|1:21,61:82:99:0|1:155977_G_A:2483,0,650 1|1:0,108:108:99:1|1:155977_G_A:4846,325,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,6:108:99:.:.:0,127,2540 1|1:0,210:210:99:1|1:155977_G_A:9454,635,0 1|0:31,179:210:99:0|1:155977_G_A:7421,0,698 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1330 1|0:61,19:80:99:0|1:155977_G_A:611,0,2468 1|0:24,161:185:99:0|1:155977_G_A:6712,0,497 1|1:0,131:131:99:1|1:155977_G_A:5845,394,0 1|1:2,91:93:99:1|1:155977_G_A:4048,196,0 1|1:0,69:69:99:1|1:155977_G_A:3085,208,0 0|1:43,20:63:99:0|1:155977_G_A:701,0,1811 1|1:0,103:103:99:1|1:155977_G_A:4663,313,0 1|1:0,60:60:99:1|1:155977_G_A:2727,184,0 1|1:0,73:73:99:1|1:155977_G_A:3259,220,0 0|1:13,56:69:99:0|1:155977_G_A:2290,0,303 1|1:0,84:84:99:1|1:155977_G_A:3818,262,0 1|1:0,104:104:99:1|1:155977_G_A:4648,313,0 0|1:53,49:102:99:0|1:155977_G_A:1935,0,2002 1|1:0,217:217:99:1|1:155977_G_A:9792,659,0 1|1:0,90:90:99:1|1:155977_G_A:4146,283,0 1|1:0,124:124:99:1|1:155977_G_A:5550,373,0 1|1:0,56:56:99:1|1:155977_G_A:2514,169,0 1|1:0,194:194:99:1|1:155977_G_A:8709,587,0 1|1:0,66:66:99:1|1:155977_G_A:2996,202,0 1|1:0,145:145:99:1|1:155977_G_A:6541,442,0 1|1:0,112:112:99:1|1:155977_G_A:5051,343,0 1|1:1,74:75:99:1|1:155977_G_A:3259,181,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1448 0|1:128,62:190:99:0|1:155977_G_A:2187,0,5191 1|1:0,98:98:99:1|1:155977_G_A:4372,295,0 1|0:6,3:9:99:0|1:155977_G_A:108,0,243 1|0:21,125:146:99:0|1:155977_G_A:5152,0,456 1|1:0,126:126:99:1|1:155977_G_A:5652,382,0 1|1:0,150:150:99:1|1:155977_G_A:6690,452,0 1|1:0,101:101:99:1|1:155977_G_A:4586,310,0 1|1:0,130:130:99:1|1:155977_G_A:5826,391,0 1|1:0,131:131:99:1|1:155977_G_A:5884,400,0 1|1:3,210:213:99:1|1:155977_G_A:9267,509,0 0|1:21,27:48:99:0|1:155977_G_A:1088,0,798 0|0:35,0:35:73:.:.:0,73,922 1|1:3,108:111:99:1|1:155977_G_A:4727,205,0 1|1:1,309:310:99:1|1:155977_G_A:13849,900,0 1|1:0,119:119:99:1|1:155977_G_A:5402,367,0 1|1:0,216:216:99:1|1:155977_G_A:9684,653,0 1|0:2,22:24:18:0|1:155977_G_A:907,0,18 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1380 0|1:10,139:149:29:0|1:155977_G_A:5792,0,29 0|1:46,63:109:99:0|1:155977_G_A:2467,0,1734 1|1:0,68:68:99:1|1:155977_G_A:3084,208,0 1|0:49,37:86:99:0|1:155977_G_A:1390,0,1906 1|1:2,105:107:99:1|1:155977_G_A:4581,205,0 1|1:0,14:14:45:1|1:155977_G_A:657,45,0 1|1:0,67:67:99:1|1:155977_G_A:3003,202,0 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,23:23:69:1|1:155977_G_A:1030,69,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,91:91:99:1|1:155977_G_A:4156,280,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,147:148:99:1|1:155977_G_A:6562,401,0 1|1:7,163:170:99:1|1:155977_G_A:7067,203,0 1|1:0,174:174:99:1|1:155977_G_A:7875,533,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665 0|0:193,0:193:64:.:.:0,64,5547 1|1:0,148:148:99:1|1:155977_G_A:6702,452,0 1|1:1,198:199:99:1|1:155977_G_A:8834,554,0 1|1:0,21:21:63:1|1:155977_G_A:945,63,0 1|1:0,212:212:99:1|1:155977_G_A:9636,650,0 1|1:1,195:196:99:1|1:155977_G_A:8760,551,0 0|0:131,0:131:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,233:233:99:1|1:155977_G_A:10526,707,0 1|1:0,189:189:99:1|1:155977_G_A:8508,572,0 1|1:0,192:192:99:1|1:155977_G_A:8618,578,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,155:155:99:1|1:155977_G_A:7024,476,0 1|1:0,212:212:99:1|1:155977_G_A:9595,647,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,143:147:99:1|1:155977_G_A:6286,266,0 1|1:0,227:227:99:1|1:155977_G_A:10274,689,0 1|0:37,126:163:99:0|1:155977_G_A:5164,0,1174 1|1:0,66:66:99:1|1:155977_G_A:3049,208,0 1|1:0,70:70:99:1|1:155977_G_A:3135,211,0 1|1:0,169:169:99:1|1:155977_G_A:7624,512,0 1|1:0,32:32:96:1|1:155977_G_A:1429,96,0 1|1:0,83:83:99:1|1:155977_G_A:3780,256,0 1|1:0,138:138:99:1|1:155977_G_A:6209,415,0 1|1:0,120:120:99:1|1:155977_G_A:5477,370,0 1|1:0,161:161:99:1|1:155977_G_A:7252,488,0 1|1:0,166:166:99:1|1:155977_G_A:7580,512,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,180:180:99:1|1:155977_G_A:8130,548,0 1|1:0,180:180:99:1|1:155977_G_A:8068,542,0 1|1:0,444:444:99:1|1:155977_G_A:20045,1352,0 1|1:0,621:621:99:1|1:155977_G_A:28078,1890,0 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800 1|0:18,35:53:99:0|1:155977_G_A:1402,0,682 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,856 1|1:1,119:120:99:1|1:155977_G_A:5260,322,0 1|1:0,87:87:99:1|1:155977_G_A:3918,265,0 1|1:0,187:187:99:1|1:155977_G_A:8409,569,0 1|1:1,262:263:99:1|1:155977_G_A:11705,750,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|1:94,75:169:99:0|1:155977_G_A:2781,0,3695 1|1:0,244:244:99:1|1:155977_G_A:11026,746,0 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,505:505:99:1|1:155977_G_A:22414,1523,0 1|1:0,296:296:99:1|1:155977_G_A:13357,900,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,135:135:99:1|1:155977_G_A:6097,412,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,395:395:99:1|1:155977_G_A:17533,1188,0 1|1:0,74:74:99:1|1:155977_G_A:3276,223,0 1|1:1,243:244:99:1|1:155977_G_A:10891,692,0 1|1:0,222:222:99:1|1:155977_G_A:9929,671,0 1|1:0,215:215:99:1|1:155977_G_A:9664,653,0 1|1:3,211:214:99:1|1:155977_G_A:9403,515,0 0|1:28,224:252:99:0|1:155977_G_A:9248,0,456 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,278:278:99:1|1:155977_G_A:12582,849,0 1|1:0,218:218:99:1|1:155977_G_A:9872,668,0 1|1:0,211:211:99:1|1:155977_G_A:9514,644,0 1|1:1,342:343:99:1|1:155977_G_A:15105,993,0 1|1:2,100:102:99:1|1:155977_G_A:4457,196,0 1|0:213,183:396:99:0|1:155977_G_A:7072,0,8110 1|0:3,40:43:6:0|1:155977_G_A:1660,0,6 1|1:0,258:258:99:1|1:155977_G_A:11579,780,0 1|1:0,326:326:99:1|1:155977_G_A:14617,982,0 1|1:0,254:254:99:1|1:155977_G_A:11605,786,0 1|1:0,253:253:99:1|1:155977_G_A:11447,771,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,108,1620 1|1:16,217:233:5:1|1:155977_G_A:9044,5,0 1|0:168,90:258:99:0|1:155977_G_A:3216,0,6841 0|1:24,165:189:99:0|1:155977_G_A:6758,0,511 1|1:0,237:237:99:1|1:155977_G_A:10678,719,0 1|1:1,246:247:99:1|1:155977_G_A:11012,701,0 1|1:1,247:248:99:1|1:155977_G_A:11031,707,0 1|1:0,80:80:99:1|1:155977_G_A:3561,241,0 0|1:34,234:268:99:0|1:155977_G_A:9721,0,680 1|0:8,73:81:99:0|1:155977_G_A:3007,0,105 0|1:224,58:282:99:0|1:155977_G_A:1747,0,9208 1|1:0,421:421:99:1|1:155977_G_A:18706,1272,0 1|1:2,157:159:99:1|1:155977_G_A:7003,398,0 1|1:0,433:433:99:1|1:155977_G_A:19170,1305,0 1|1:2,235:237:99:1|1:155977_G_A:10434,626,0 1|1:0,317:317:99:1|1:155977_G_A:14103,957,0 0|1:40,210:250:99:0|1:155977_G_A:8657,0,1073 1|1:2,230:232:99:1|1:155977_G_A:10272,617,0 1|1:1,158:159:99:1|1:155977_G_A:6980,439,0 1|0:61,167:228:99:0|1:155977_G_A:6803,0,2036 1|1:5,116:121:99:1|1:155977_G_A:5015,142,0 0|1:56,130:186:99:0|1:155977_G_A:5280,0,1956 0|1:31,8:39:99:0|1:155977_G_A:240,0,1202 1|1:1,269:270:99:1|1:155977_G_A:12108,783,0 1|1:0,409:409:99:1|1:155977_G_A:18254,1248,0 1|1:1,253:254:99:1|1:155977_G_A:11265,722,0 0|1:179,27:206:99:0|1:155977_G_A:592,0,7402 1|1:5,370:375:99:1|1:155977_G_A:16079,863,0 0|1:24,99:123:99:0|1:155977_G_A:4119,0,704 1|1:1,242:243:99:1|1:155977_G_A:10888,698,0 1|1:0,237:237:99:1|1:155977_G_A:10655,719,0 1|1:2,373:375:99:1|1:155977_G_A:16593,1073,0 1|1:0,197:197:99:1|1:155977_G_A:8835,593,0 1|1:12,486:498:99:1|1:155977_G_A:21104,879,0 1|1:0,597:597:99:1|1:155977_G_A:26938,1818,0 1|1:0,397:397:99:1|1:155977_G_A:17955,1210,0 1|1:0,114:114:99:1|1:155977_G_A:5148,346,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1620 1|1:0,386:386:99:1|1:155977_G_A:17038,1164,0 1|1:2,244:246:99:1|1:155977_G_A:10878,654,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1580 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,105:105:99:1|1:155977_G_A:4811,325,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,179:179:99:1|1:155977_G_A:8055,539,0 1|1:0,193:193:99:1|1:155977_G_A:8770,590,0 0|1:60,37:97:99:0|1:155977_G_A:1370,0,2431 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1432 1|1:0,192:192:99:1|1:155977_G_A:8573,578,0 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,68:68:99:1|1:155977_G_A:3103,211,0 1|1:0,37:37:99:1|1:155977_G_A:1663,111,0 1|1:0,177:177:99:1|1:155977_G_A:8008,539,0 1|1:0,172:172:99:1|1:155977_G_A:7794,524,0 1|1:0,212:212:99:1|1:155977_G_A:9572,644,0 1|1:0,106:106:99:1|1:155977_G_A:4770,319,0 1|1:0,200:200:99:1|1:155977_G_A:8940,605,0 1|1:0,247:247:99:1|1:155977_G_A:11118,747,0 1|1:0,249:249:99:1|1:155977_G_A:11287,762,0 1|1:0,58:58:99:1|1:155977_G_A:2633,178,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,86:86:99:1|1:155977_G_A:3894,265,0 1|1:0,39:39:99:1|1:155977_G_A:1735,117,0 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720 0|0:167,0:167:99:.:.:0,105,1575 1|0:143,137:280:99:0|1:155977_G_A:5275,0,5607 0|1:96,174:270:99:0|1:155977_G_A:7087,0,3481 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,234 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|1:72,158:230:99:0|1:155977_G_A:6424,0,2564 1|1:0,180:180:99:1|1:155977_G_A:8168,551,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|0:37,151:188:99:0|1:155977_G_A:6248,0,1062 1|1:0,204:204:99:1|1:155977_G_A:9130,617,0 1|1:0,207:207:99:1|1:155977_G_A:9274,623,0 1|1:0,196:196:99:1|1:155977_G_A:8856,596,0 1|1:0,152:152:99:1|1:155977_G_A:6823,461,0 1|1:0,480:480:99:1|1:155977_G_A:21662,1460,0 1|0:43,23:66:99:0|1:155977_G_A:836,0,1736 0|1:166,159:325:99:.:.:6184,0,4498 1|1:0,651:651:99:1|1:155977_G_A:29348,1977,0 1|0:119,53:172:99:0|1:155977_G_A:1897,0,4805 1|1:0,264:264:99:1|1:155977_G_A:11889,801,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1406 1|1:0,19:19:57:1|1:155977_G_A:855,57,0 1|1:10,340:350:99:1|1:155977_G_A:14928,616,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 155978 . C T 2.70781e+07 PASS FS=1.245;MQ=60.01;QD=36.06;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G601;SNPEFF_CODON_CHANGE=ggC/ggT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.505;VQSLOD=5.23;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=28.57;GQ_MEAN=251.26;GQ_STDDEV=156.61;HRun=2;InbreedingCoeff=0.8474;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.353;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=13789436;AF=0.818;AS_InbreedingCoeff=0.1891;MLEAC=4309;MLEAF=0.821;AN=858;AC=644 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:3,75:78:99:1|1:155977_G_A:3233,109,0 1|1:0,78:78:99:1|1:155977_G_A:3503,238,0 1|1:0,69:69:99:1|1:155977_G_A:3074,208,0 1|1:0,78:78:99:1|1:155977_G_A:3532,238,0 0|1:5,53:58:24:0|1:155977_G_A:2194,0,24 1|1:0,65:65:99:1|1:155977_G_A:2920,196,0 1|1:0,36:36:99:1|1:155977_G_A:1653,114,0 1|1:4,95:99:99:1|1:155977_G_A:4039,118,0 1|1:0,65:65:99:1|1:155977_G_A:2891,196,0 1|0:42,26:68:99:0|1:155977_G_A:990,0,1650 1|1:0,36:36:99:1|1:155977_G_A:1585,108,0 1|1:0,66:66:99:1|1:155977_G_A:2966,199,0 1|0:31,22:53:99:0|1:155977_G_A:813,0,1226 0|1:19,39:58:99:0|1:155977_G_A:1561,0,669 1|1:0,25:25:78:1|1:155977_G_A:1136,78,0 1|1:0,36:36:99:1|1:155977_G_A:1593,108,0 1|1:0,19:19:57:1|1:155977_G_A:854,57,0 1|0:3,39:42:6:0|1:155977_G_A:1573,0,6 1|1:0,36:36:99:1|1:155977_G_A:1620,108,0 1|1:0,44:44:99:1|1:155977_G_A:1910,132,0 1|1:0,76:76:99:1|1:155977_G_A:3380,232,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,211:211:99:1|1:155977_G_A:9467,641,0 1|1:0,65:65:99:1|1:155977_G_A:2916,199,0 1|1:0,32:32:96:1|1:155939_G_A:1440,96,0 0|1:52,33:85:99:0|1:155977_G_A:1229,0,2058 1|1:0,18:18:54:1|1:155977_G_A:810,54,0 1|1:0,6:6:18:1|1:155977_G_A:255,18,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,61:61:99:1|1:155977_G_A:2732,190,0 1|1:0,111:111:99:1|1:155977_G_A:4964,337,0 1|1:0,114:114:99:1|1:155977_G_A:5048,345,0 0|1:16,28:44:99:0|1:155977_G_A:1114,0,549 1|1:0,330:330:99:1|1:155977_G_A:14741,999,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1377 1|0:17,134:151:99:0|1:155977_G_A:5544,0,296 1|1:0,82:82:99:1|1:155977_G_A:3690,247,0 0|1:29,20:49:99:0|1:155977_G_A:700,0,1131 1|0:15,68:83:99:0|1:155977_G_A:2768,0,410 0|1:39,11:50:99:0|1:155977_G_A:345,0,1523 1|1:4,91:95:65:1|1:155977_G_A:3885,65,0 1|1:0,142:142:99:1|1:155977_G_A:6360,430,0 1|1:0,73:73:99:1|1:155977_G_A:3261,223,0 1|1:0,196:196:99:1|1:155977_G_A:8886,599,0 1|1:0,175:175:99:1|1:155977_G_A:7813,527,0 0|1:38,79:117:99:0|1:155977_G_A:3157,0,1330 1|1:2,57:59:88:1|1:155977_G_A:2475,88,0 1|1:1,24:25:30:1|1:155977_G_A:1030,30,0 1|1:0,107:107:99:1|1:155977_G_A:4806,325,0 1|1:3,70:73:85:1|1:155977_G_A:3008,85,0 1|1:0,104:104:99:1|1:155977_G_A:4691,319,0 1|0:26,10:36:99:0|1:155977_G_A:338,0,1001 1|1:0,122:122:99:1|1:155977_G_A:5454,372,0 1|0:73,118:191:99:0|1:155977_G_A:4639,0,2659 1|1:0,100:100:99:1|1:155977_G_A:4514,304,0 1|1:2,69:71:99:1|1:155977_G_A:3030,127,0 1|1:0,104:104:99:1|1:155977_G_A:4711,316,0 1|1:3,71:74:91:1|1:155977_G_A:3068,91,0 1|1:4,63:67:22:1|1:155977_G_A:2655,22,0 0|1:8,75:83:88:0|1:155977_G_A:3119,0,88 1|1:0,142:142:99:1|1:155977_G_A:6363,433,0 0|1:19,70:89:99:0|1:155977_G_A:2844,0,587 1|1:0,141:141:99:1|1:155977_G_A:6346,433,0 1|1:0,330:330:99:1|1:155977_G_A:14901,1005,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755 1|0:20,72:92:99:0|1:155977_G_A:2942,0,616 1|1:0,128:128:99:1|1:155977_G_A:5810,391,0 1|1:0,88:88:99:1|1:155977_G_A:3944,268,0 1|1:0,56:56:99:1|1:155977_G_A:2520,169,0 0|1:37,44:81:99:0|1:155977_G_A:1690,0,1340 1|1:0,64:64:99:1|1:155977_G_A:2830,193,0 1|0:37,18:55:99:0|1:155977_G_A:644,0,1476 1|1:0,133:133:99:1|1:155977_G_A:5984,403,0 0|1:9,102:111:65:0|1:155977_G_A:4298,0,65 1|1:0,114:114:99:1|1:155977_G_A:5163,349,0 1|1:0,66:66:99:1|1:155977_G_A:2934,198,0 0|1:87,73:160:99:0|1:155977_G_A:2885,0,3392 1|1:1,110:111:99:1|1:155977_G_A:4938,295,0 1|1:1,77:78:99:1|1:155977_G_A:3408,190,0 0|1:27,35:62:99:0|1:155977_G_A:1354,0,983 1|1:0,77:77:99:1|1:155977_G_A:3443,232,0 1|1:0,60:60:99:1|1:155977_G_A:2700,181,0 1|1:0,60:60:99:1|1:155977_G_A:2704,187,0 0|1:16,98:114:99:0|1:155977_G_A:4077,0,354 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,117:117:99:1|1:155977_G_A:5250,352,0 1|1:0,161:161:99:1|1:155977_G_A:7220,488,0 1|1:0,55:55:99:1|1:155977_G_A:2493,171,0 1|1:0,167:167:99:1|1:155977_G_A:7426,503,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485 1|0:7,93:100:14:0|1:155977_G_A:3859,0,14 1|1:1,141:142:99:1|1:155977_G_A:6230,382,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,97:104:18:1|1:155977_G_A:3998,18,0 1|1:4,94:98:99:1|1:155977_G_A:4056,126,0 1|0:5,48:53:55:0|1:155977_G_A:1968,0,55 1|1:0,158:158:99:1|1:155977_G_A:6992,475,0 1|1:0,148:148:99:1|1:155977_G_A:6690,454,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,223:231:99:1|1:155977_G_A:9619,338,0 1|1:0,239:239:99:1|1:155977_G_A:10739,719,0 1|1:1,159:160:99:1|1:155977_G_A:7139,443,0 1|1:0,86:86:99:1|1:155977_G_A:3862,259,0 1|1:0,134:134:99:1|1:155977_G_A:5986,406,0 1|0:9,120:129:17:0|1:155977_G_A:4938,0,17 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,134:134:99:1|1:155977_G_A:6035,409,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,160:160:99:1|1:155977_G_A:7084,482,0 1|1:0,148:148:99:1|1:155977_G_A:6660,446,0 1|1:2,169:171:99:1|1:155977_G_A:7389,425,0 1|1:0,170:170:99:1|1:155977_G_A:7599,512,0 1|1:0,187:187:99:1|1:155977_G_A:8389,566,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,139:139:99:1|1:155977_G_A:6293,427,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,192:192:99:1|1:155977_G_A:8613,581,0 1|1:2,234:236:99:1|1:155977_G_A:10379,638,0 0|1:59,71:130:99:0|1:155977_G_A:2756,0,2237 1|1:0,226:226:99:1|1:155977_G_A:10010,680,0 0|1:13,119:132:99:0|1:155977_G_A:4911,0,230 1|1:0,183:183:99:1|1:155977_G_A:8103,551,0 1|0:17,162:179:99:0|1:155977_G_A:6645,0,227 1|1:0,114:114:99:1|1:155977_G_A:5126,343,0 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,164:165:99:1|1:155977_G_A:7353,458,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,241:241:99:1|1:155977_G_A:10777,728,0 1|0:13,155:168:72:0|1:155977_G_A:6376,0,72 1|1:0,194:194:99:1|1:155977_G_A:8722,587,0 1|1:0,168:168:99:1|1:155977_G_A:7493,509,0 1|1:6,120:126:99:1|1:155977_G_A:5090,109,0 0|0:92,0:92:59:.:.:0,59,1983 1|1:0,164:164:99:1|1:155977_G_A:7443,506,0 1|1:0,220:220:99:1|1:155977_G_A:9911,674,0 1|1:5,147:152:99:1|1:155977_G_A:6440,258,0 1|1:0,212:212:99:1|1:155977_G_A:9444,638,0 0|1:28,94:122:99:0|1:155977_G_A:3813,0,1101 1|0:24,151:175:99:0|1:155977_G_A:6214,0,540 0|1:22,179:201:99:0|1:155977_G_A:7429,0,382 1|1:0,205:205:99:1|1:155977_G_A:9138,617,0 1|1:0,244:244:99:1|1:155977_G_A:10938,737,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,135:135:99:1|1:155977_G_A:6130,415,0 1|1:0,156:156:99:1|1:155977_G_A:6941,472,0 1|1:2,197:199:99:1|1:155977_G_A:8737,501,0 1|1:0,203:203:99:1|1:155977_G_A:9105,620,0 1|1:0,112:112:99:1|1:155977_G_A:4999,337,0 1|1:0,83:83:99:1|1:155977_G_A:3722,253,0 1|1:0,98:98:99:1|1:155977_G_A:4424,298,0 1|1:0,74:74:99:1|1:155977_G_A:3340,225,0 1|1:3,197:200:99:1|1:155977_G_A:8661,446,0 1|0:12,51:63:99:0|1:155977_G_A:2080,0,350 0|1:56,83:139:99:0|1:155977_G_A:3317,0,2062 1|1:0,157:157:99:1|1:155977_G_A:7041,478,0 1|1:0,69:69:99:1|1:155977_G_A:3083,208,0 1|1:0,232:232:99:1|1:155977_G_A:10467,710,0 1|1:2,119:121:99:1|1:155977_G_A:5205,260,0 1|1:0,108:108:99:1|1:155977_G_A:4844,325,0 0|1:15,132:147:99:0|1:155977_G_A:5492,0,224 1|1:0,109:109:99:1|1:155977_G_A:4874,331,0 1|1:3,143:146:99:1|1:155977_G_A:6252,304,0 1|1:0,103:103:99:1|1:155977_G_A:4689,316,0 1|1:1,204:205:99:1|1:155977_G_A:9021,575,0 1|1:0,184:184:99:1|1:155977_G_A:8265,554,0 0|1:43,157:200:99:0|1:155977_G_A:6449,0,1595 1|1:0,182:182:99:1|1:155977_G_A:8167,548,0 0|1:6,5:11:99:0|1:155977_G_A:187,0,237 1|1:0,114:114:99:1|1:155977_G_A:5121,346,0 1|1:0,169:169:99:1|1:155977_G_A:7581,509,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,86:86:99:1|1:155977_G_A:3884,262,0 1|1:0,150:150:99:1|1:155977_G_A:6709,452,0 0|1:34,130:164:99:0|1:155977_G_A:5309,0,1032 1|1:0,99:99:99:1|1:155977_G_A:4473,301,0 1|1:0,161:161:99:1|1:155977_G_A:7221,485,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530 1|0:10,73:83:99:0|1:155977_G_A:2991,0,200 1|1:1,76:77:99:1|1:155977_G_A:3372,187,0 1|1:0,115:115:99:1|1:155977_G_A:5138,346,0 0|1:22,100:122:99:0|1:155977_G_A:4116,0,612 0|1:20,167:187:99:0|1:155977_G_A:6928,0,321 0|1:66,47:113:99:0|1:155977_G_A:1815,0,2615 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,87:87:99:1|1:155977_G_A:3907,262,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:1|1:155977_G_A:8426,566,0 1|1:0,135:135:99:1|1:155977_G_A:6029,409,0 1|1:0,150:150:99:1|1:155977_G_A:6680,451,0 1|1:0,190:190:99:1|1:155977_G_A:8491,575,0 1|1:0,122:122:99:1|1:155977_G_A:5496,370,0 1|1:0,124:124:99:1|1:155977_G_A:5649,382,0 1|1:0,227:227:99:1|1:155977_G_A:10194,683,0 1|1:0,123:123:99:1|1:155977_G_A:5529,373,0 1|1:0,69:69:99:1|1:155977_G_A:3130,211,0 1|1:0,87:87:99:1|1:155977_G_A:3908,268,0 1|1:1,77:78:99:1|1:155977_G_A:3445,193,0 1|0:20,195:215:99:0|1:155977_G_A:8102,0,238 1|1:0,96:96:99:1|1:155977_G_A:4324,292,0 1|1:0,131:131:99:1|1:155977_G_A:5885,394,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575 0|1:34,116:150:99:0|1:155977_G_A:4764,0,1030 0|1:19,93:112:99:0|1:155977_G_A:3884,0,534 1|1:0,69:69:99:1|1:155977_G_A:3127,211,0 1|1:0,88:88:99:1|1:155977_G_A:3948,265,0 0|1:21,60:81:99:0|1:155977_G_A:2483,0,650 1|1:0,108:108:99:1|1:155977_G_A:4846,325,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,108:108:99:.:.:3248,324,0 1|1:0,210:210:99:1|1:155977_G_A:9454,635,0 1|0:29,180:209:99:0|1:155977_G_A:7421,0,698 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1330 1|0:61,19:80:99:0|1:155977_G_A:611,0,2468 1|0:24,162:186:99:0|1:155977_G_A:6712,0,497 1|1:0,129:129:99:1|1:155977_G_A:5845,394,0 1|1:2,93:95:99:1|1:155977_G_A:4048,196,0 1|1:0,69:69:99:1|1:155977_G_A:3085,208,0 0|1:46,20:66:99:0|1:155977_G_A:701,0,1811 1|1:0,104:104:99:1|1:155977_G_A:4663,313,0 1|1:0,61:61:99:1|1:155977_G_A:2727,184,0 1|1:0,73:73:99:1|1:155977_G_A:3259,220,0 0|1:13,55:68:99:0|1:155977_G_A:2290,0,303 1|1:0,86:86:99:1|1:155977_G_A:3818,262,0 1|1:0,102:102:99:1|1:155977_G_A:4648,313,0 0|1:52,51:103:99:0|1:155977_G_A:1935,0,2002 1|1:0,218:218:99:1|1:155977_G_A:9792,659,0 1|1:0,94:94:99:1|1:155977_G_A:4146,283,0 1|1:0,123:123:99:1|1:155977_G_A:5550,373,0 1|1:0,56:56:99:1|1:155977_G_A:2514,169,0 1|1:0,195:195:99:1|1:155977_G_A:8709,587,0 1|1:0,67:67:99:1|1:155977_G_A:2996,202,0 1|1:0,146:146:99:1|1:155977_G_A:6541,442,0 1|1:0,112:112:99:1|1:155977_G_A:5051,343,0 1|1:1,73:74:99:1|1:155977_G_A:3259,181,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1448 0|1:128,61:189:99:0|1:155977_G_A:2187,0,5191 1|1:0,97:97:99:1|1:155977_G_A:4372,295,0 1|0:6,3:9:99:0|1:155977_G_A:108,0,243 1|0:19,126:145:99:0|1:155977_G_A:5152,0,456 1|1:0,126:126:99:1|1:155977_G_A:5652,382,0 1|1:0,149:149:99:1|1:155977_G_A:6690,452,0 1|1:0,103:103:99:1|1:155977_G_A:4586,310,0 1|1:0,129:129:99:1|1:155977_G_A:5826,391,0 1|1:0,130:130:99:1|1:155977_G_A:5884,400,0 1|1:3,209:212:99:1|1:155977_G_A:9267,509,0 0|1:21,28:49:99:0|1:155977_G_A:1088,0,798 0|0:35,0:35:73:.:.:0,73,922 1|1:3,109:112:99:1|1:155977_G_A:4727,205,0 1|1:1,311:312:99:1|1:155977_G_A:13849,900,0 1|1:0,120:120:99:1|1:155977_G_A:5402,367,0 1|1:0,215:215:99:1|1:155977_G_A:9684,653,0 1|0:2,22:24:18:0|1:155977_G_A:907,0,18 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1380 0|1:11,139:150:29:0|1:155977_G_A:5792,0,29 0|1:47,63:110:99:0|1:155977_G_A:2467,0,1734 1|1:0,69:69:99:1|1:155977_G_A:3084,208,0 1|0:49,37:86:99:0|1:155977_G_A:1390,0,1906 1|1:3,105:108:99:1|1:155977_G_A:4581,205,0 1|1:0,15:15:45:1|1:155977_G_A:657,45,0 1|1:0,67:67:99:1|1:155977_G_A:3003,202,0 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,23:23:69:1|1:155977_G_A:1030,69,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,93:93:99:1|1:155977_G_A:4156,280,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,147:148:99:1|1:155977_G_A:6562,401,0 1|1:7,164:171:99:1|1:155977_G_A:7067,203,0 1|1:0,174:174:99:1|1:155977_G_A:7875,533,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665 0|0:197,0:197:43:.:.:0,43,5640 1|1:0,148:148:99:1|1:155977_G_A:6702,452,0 1|1:1,196:197:99:1|1:155977_G_A:8834,554,0 1|1:0,21:21:63:1|1:155977_G_A:945,63,0 1|1:0,214:214:99:1|1:155977_G_A:9636,650,0 1|1:1,195:196:99:1|1:155977_G_A:8760,551,0 0|0:131,0:131:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,234:234:99:1|1:155977_G_A:10526,707,0 1|1:0,187:187:99:1|1:155977_G_A:8508,572,0 1|1:0,190:190:99:1|1:155977_G_A:8618,578,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,158:158:99:1|1:155977_G_A:7024,476,0 1|1:0,213:213:99:1|1:155977_G_A:9595,647,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,144:148:99:1|1:155977_G_A:6286,266,0 1|1:0,229:229:99:1|1:155977_G_A:10274,689,0 1|0:37,125:162:99:0|1:155977_G_A:5164,0,1174 1|1:0,69:69:99:1|1:155977_G_A:3049,208,0 1|1:0,69:69:99:1|1:155977_G_A:3135,211,0 1|1:0,170:170:99:1|1:155977_G_A:7624,512,0 1|1:0,31:31:96:1|1:155977_G_A:1429,96,0 1|1:0,84:84:99:1|1:155977_G_A:3780,256,0 1|1:0,138:138:99:1|1:155977_G_A:6209,415,0 1|1:0,121:121:99:1|1:155977_G_A:5477,370,0 1|1:0,162:162:99:1|1:155977_G_A:7252,488,0 1|1:0,169:169:99:1|1:155977_G_A:7580,512,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,179:179:99:1|1:155977_G_A:8130,548,0 1|1:0,178:178:99:1|1:155977_G_A:8068,542,0 1|1:0,443:443:99:1|1:155977_G_A:20045,1352,0 1|1:0,622:622:99:1|1:155977_G_A:28078,1890,0 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800 1|0:19,34:53:99:0|1:155977_G_A:1402,0,682 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,856 1|1:1,121:122:99:1|1:155977_G_A:5260,322,0 1|1:0,86:86:99:1|1:155977_G_A:3918,265,0 1|1:0,189:189:99:1|1:155977_G_A:8409,569,0 1|1:1,260:261:99:1|1:155977_G_A:11705,750,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|1:94,74:168:99:0|1:155977_G_A:2781,0,3695 1|1:0,246:246:99:1|1:155977_G_A:11026,746,0 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,500:500:99:1|1:155977_G_A:22414,1523,0 1|1:0,297:297:99:1|1:155977_G_A:13357,900,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:1|1:155977_G_A:6097,412,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,390:390:99:1|1:155977_G_A:17533,1188,0 1|1:0,72:72:99:1|1:155977_G_A:3276,223,0 1|1:1,242:243:99:1|1:155977_G_A:10891,692,0 1|1:0,220:220:99:1|1:155977_G_A:9929,671,0 1|1:0,216:216:99:1|1:155977_G_A:9664,653,0 1|1:3,213:216:99:1|1:155977_G_A:9403,515,0 0|1:28,221:249:99:0|1:155977_G_A:9248,0,456 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,280:280:99:1|1:155977_G_A:12582,849,0 1|1:0,220:220:99:1|1:155977_G_A:9872,668,0 1|1:0,209:209:99:1|1:155977_G_A:9514,644,0 1|1:1,340:341:99:1|1:155977_G_A:15105,993,0 1|1:3,102:105:99:1|1:155977_G_A:4457,196,0 1|0:213,185:398:99:0|1:155977_G_A:7072,0,8110 1|0:3,40:43:6:0|1:155977_G_A:1660,0,6 1|1:0,257:257:99:1|1:155977_G_A:11579,780,0 1|1:0,325:325:99:1|1:155977_G_A:14617,982,0 1|1:0,258:258:99:1|1:155977_G_A:11605,786,0 1|1:0,255:255:99:1|1:155977_G_A:11447,771,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,108,1620 1|1:15,216:231:5:1|1:155977_G_A:9044,5,0 1|0:169,88:257:99:0|1:155977_G_A:3216,0,6841 0|1:24,165:189:99:0|1:155977_G_A:6758,0,511 1|1:0,238:238:99:1|1:155977_G_A:10678,719,0 1|1:1,246:247:99:1|1:155977_G_A:11012,701,0 1|1:1,245:246:99:1|1:155977_G_A:11031,707,0 1|1:0,80:80:99:1|1:155977_G_A:3561,241,0 0|1:32,233:265:99:0|1:155977_G_A:9721,0,680 1|0:8,74:82:99:0|1:155977_G_A:3007,0,105 0|1:224,58:282:99:0|1:155977_G_A:1747,0,9208 1|1:0,419:419:99:1|1:155977_G_A:18706,1272,0 1|1:2,158:160:99:1|1:155977_G_A:7003,398,0 1|1:0,429:429:99:1|1:155977_G_A:19170,1305,0 1|1:2,235:237:99:1|1:155977_G_A:10434,626,0 1|1:0,316:316:99:1|1:155977_G_A:14103,957,0 0|1:41,209:250:99:0|1:155977_G_A:8657,0,1073 1|1:2,231:233:99:1|1:155977_G_A:10272,617,0 1|1:1,159:160:99:1|1:155977_G_A:6980,439,0 1|0:61,166:227:99:0|1:155977_G_A:6803,0,2036 1|1:5,116:121:99:1|1:155977_G_A:5015,142,0 0|1:56,131:187:99:0|1:155977_G_A:5280,0,1956 0|1:32,8:40:99:0|1:155977_G_A:240,0,1202 1|1:1,270:271:99:1|1:155977_G_A:12108,783,0 1|1:0,412:412:99:1|1:155977_G_A:18254,1248,0 1|1:1,251:252:99:1|1:155977_G_A:11265,722,0 0|1:180,27:207:99:0|1:155977_G_A:592,0,7402 1|1:5,369:374:99:1|1:155977_G_A:16079,863,0 0|1:24,101:125:99:0|1:155977_G_A:4119,0,704 1|1:1,242:243:99:1|1:155977_G_A:10888,698,0 1|1:0,234:234:99:1|1:155977_G_A:10655,719,0 1|1:2,373:375:99:1|1:155977_G_A:16593,1073,0 1|1:0,195:195:99:1|1:155977_G_A:8835,593,0 1|1:12,488:500:99:1|1:155977_G_A:21104,879,0 1|1:0,599:599:99:1|1:155977_G_A:26938,1818,0 1|1:0,397:397:99:1|1:155977_G_A:17955,1210,0 1|1:0,115:115:99:1|1:155977_G_A:5148,346,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1620 1|1:0,385:385:99:1|1:155977_G_A:17038,1164,0 1|1:2,244:246:99:1|1:155977_G_A:10878,654,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1580 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,107:107:99:1|1:155977_G_A:4811,325,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,179:179:99:1|1:155977_G_A:8055,539,0 1|1:0,195:195:99:1|1:155977_G_A:8770,590,0 0|1:61,37:98:99:0|1:155977_G_A:1370,0,2431 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1432 1|1:0,190:190:99:1|1:155977_G_A:8573,578,0 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,68:68:99:1|1:155977_G_A:3103,211,0 1|1:0,37:37:99:1|1:155977_G_A:1663,111,0 1|1:0,178:178:99:1|1:155977_G_A:8008,539,0 1|1:0,173:173:99:1|1:155977_G_A:7794,524,0 1|1:0,212:212:99:1|1:155977_G_A:9562,641,0 1|1:0,106:106:99:1|1:155977_G_A:4770,319,0 1|1:0,198:198:99:1|1:155977_G_A:8940,605,0 1|1:0,248:248:99:1|1:155977_G_A:11118,747,0 1|1:0,250:250:99:1|1:155977_G_A:11287,762,0 1|1:0,59:59:99:1|1:155977_G_A:2633,178,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,87:87:99:1|1:155977_G_A:3894,265,0 1|1:0,38:38:99:1|1:155977_G_A:1735,117,0 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630 0|0:167,0:167:99:.:.:0,105,1575 1|0:143,136:279:99:0|1:155977_G_A:5275,0,5607 0|1:95,176:271:99:0|1:155977_G_A:7087,0,3481 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,262 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|1:72,158:230:99:0|1:155977_G_A:6424,0,2564 1|1:0,182:182:99:1|1:155977_G_A:8168,551,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|0:35,151:186:99:0|1:155977_G_A:6248,0,1062 1|1:0,204:204:99:1|1:155977_G_A:9130,617,0 1|1:0,206:206:99:1|1:155977_G_A:9274,623,0 1|1:0,197:197:99:1|1:155977_G_A:8856,596,0 1|1:0,150:150:99:1|1:155977_G_A:6823,461,0 1|1:0,481:481:99:1|1:155977_G_A:21662,1460,0 1|0:43,23:66:99:0|1:155977_G_A:836,0,1736 0|1:170,158:328:99:.:.:4485,0,6603 1|1:0,654:654:99:1|1:155977_G_A:29348,1977,0 1|0:119,54:173:99:0|1:155977_G_A:1897,0,4805 1|1:0,263:263:99:1|1:155977_G_A:11889,801,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1406 1|1:0,19:19:57:1|1:155977_G_A:855,57,0 1|1:10,342:352:99:1|1:155977_G_A:14928,616,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 157806 . C G 1.76756e+06 PASS FS=0;MQ=60.16;QD=23.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F1165L;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttC/ttG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.686;VQSLOD=6.16;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=138.03;GQ_STDDEV=140.55;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7139;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.327;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9429641;AF=0.071;AS_InbreedingCoeff=-0.0433;MLEAC=370;MLEAF=0.07;AN=858;AC=62 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:103,18:121:99:.:.:187,0,3740:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1060:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,937:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1358:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1210:. 1|0:73,22:95:99:.:.:392,0,1886:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1284:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,64:66:99:.:.:1791,140,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,993:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1423:. 0|1:33,14:47:99:.:.:272,0,831:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:45,0:45:89:.:.:0,89,1261:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1077:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1218:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1578:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,57:58:99:.:.:1555,144,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1645:. 0|1:37,66:103:99:.:.:1469,0,709:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,387:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1502:. 0|0:57,0:57:98:.:.:0,98,1457:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1374:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1036:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1614:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1657:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1082:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,978:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,13:65:99:.:.:174,0,1262:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:11,66:77:93:.:.:1633,0,93:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1145:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:4,102:106:99:.:.:2719,196,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1017:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1288:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:7:.:.:0,7,1973:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,2198:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,927:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1196:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1341,144,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1399:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1255:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1274:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1369:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1194:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1252:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1742:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,104:106:99:.:.:2851,258,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1533:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1700:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,48:126:99:.:.:967,0,1810:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:194,26:220:54:.:.:54,0,4914:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,71:132:99:.:.:1600,0,1300:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:141,19:160:56:.:.:56,0,3513:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4252,465,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1108:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1406:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:2,93:95:99:.:.:2558,235,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,313:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1009:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1482:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1878,178,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,10:134:99:0|1:157806_C_G:0,125,3548:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,930:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1194:. 0|1:41,15:56:99:.:.:259,0,968:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:54,32:86:99:.:.:642,0,1296:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:7,74:81:48:.:.:1885,48,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1421:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1001:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1175:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1160:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1003:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,946:. 0|1:99,14:113:63:.:.:63,0,2518:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,986:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1637:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2462,261,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,143:. 0|0:158,0:158:82:.:.:0,82,3635:. 0|1:89,51:140:99:.:.:1014,0,2113:. 1|0:63,69:132:99:.:.:1536,0,1391:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1697:. 1|0:41,89:130:99:.:.:2107,0,772:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1090:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:65,44:109:99:.:.:928,0,1548:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1207:. 1|0:49,51:100:99:.:.:1142,0,1096:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,538:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1434:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,662:. 1|0:53,96:149:99:.:.:2886,0,1379:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3784,336,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,877:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,121:123:99:.:.:4140,302,0:. 1|1:7,112:119:99:.:.:3609,112,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1607:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,424:426:99:.:.:14543,1218,0:. 0|0:56,0:56:98:.:.:0,98,1823:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,941:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,2615:. 1|1:1,151:152:99:.:.:5129,421,0:. 1|1:0,230:230:99:.:.:7662,690,0:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1457:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:1,182:183:99:.:.:5887,513,0:. 1|1:2,223:225:99:.:.:7267,603,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:192,162:354:99:.:.:4132,0,5044:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1367:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,925:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2784,253,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1331:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,69:147:99:.:.:1832,0,2123:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,548:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,142:146:99:.:.:4439,317,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:9,3:12:70:.:.:70,0,257:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 157827 . C T 1.45055e+06 PASS FS=0;MQ=60.18;QD=27.38;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1172;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaC/aaT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.661;VQSLOD=6.28;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.98;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=119.98;GQ_STDDEV=31.22;HRun=2;InbreedingCoeff=0.9707;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.396;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9636312;AF=0.082;AS_InbreedingCoeff=0.9707;MLEAC=428;MLEAF=0.081;AN=858;AC=32 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:26,77:103:99:.:.:2191,0,621:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1060:. 0|1:27,37:64:99:.:.:1004,0,588:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1358:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1210:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1284:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,993:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1423:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1341:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1241:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:40,0:40:86:.:.:0,86,1062:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1218:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1578:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1207:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:29:.:.:0,29,452:. 0|0:14,0:14:29:.:.:0,29,345:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1502:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1642:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1374:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1036:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1508:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1657:. 0|1:109,21:130:99:.:.:267,0,2703:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,22:43:99:.:.:550,0,408:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,978:. 1|1:5,84:89:99:.:.:2471,135,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2726,261,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:71:.:.:0,71,867:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1145:. 0|0:29,0:29:76:.:.:0,76,783:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1017:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1288:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,68:117:99:.:.:1658,0,1000:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,238:240:99:.:.:7365,685,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1196:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,851:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,9:74:60:.:.:60,0,1522:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1736:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1399:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1255:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1274:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1369:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1194:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1252:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1742:. 1|0:138,37:175:99:.:.:556,0,3243:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,23:76:99:.:.:447,0,1353:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1533:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:118,29:147:99:.:.:384,0,2740:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1700:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,90:126:99:.:.:2366,0,610:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1108:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,166:173:99:.:.:4822,333,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1406:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4007,399,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,333:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1009:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1482:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,2098:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,26:137:99:1|0:157806_C_G:391,0,2740:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,930:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1421:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1001:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1175:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1710:. 0|0:56,0:56:77:.:.:0,77,1309:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1003:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,946:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,986:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1637:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1697:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,9:33:99:.:.:176,0,563:. 1|1:0,30:30:90:.:.:927,90,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1090:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2344,228,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:15,5:20:73:.:.:73,0,336:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1434:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:32:.:.:0,32,513:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,82:140:99:.:.:2537,0,1584:. 0|1:74,82:156:99:.:.:2507,0,2085:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:6011,505,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1607:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:436,0:436:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:106 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:.:.:.:.:115 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:.:.:.:.:120 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:.:.:.:.:120 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:261,0:261:.:.:.:.:120 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1457:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:.:.:.:.:120 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:120 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:110 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:.:.:.:.:120 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:.:.:.:.:120 0|0:199,0:199:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:.:.:120 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:93 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:.:.:.:.:120 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:.:.:.:.:120 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:120 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:.:.:.:.:120 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:.:.:.:.:120 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:102,19:121:99:.:.:296,0,3002:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1331:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 158952 . T C 1.87962e+06 PASS FS=0.714;MQ=60.21;QD=23.28;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F1547;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttT/ttC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.56;VQSLOD=3.09;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.04;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.999;GC=38.1;GQ_MEAN=165.05;GQ_STDDEV=179.12;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6251;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.4;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9058167;AF=0.127;AS_InbreedingCoeff=-0.0607;MLEAC=673;MLEAF=0.128;AN=858;AC=57 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1593:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1312:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1213:. 0|1:55,8:63:47:.:.:47,0,1591:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1222:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1480:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1753:. 0|1:23,8:31:99:.:.:123,0,652:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1344:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1457:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1612:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1435:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1254,142,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:773,84,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1325:. 0|0:12,0:12:21:.:.:0,21,315:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1382:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,56:69:99:.:.:1342,0,199:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1186:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1151:. 0|0:45,0:45:13:.:.:0,13,1089:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,19:82:99:0|1:158948_G_T:623,0,2510:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,14:93:99:.:.:126,0,1999:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1374:. 0|1:45,20:65:99:.:.:351,0,1145:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,650:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1163:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1281:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1374:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:38,62:100:99:.:.:1415,0,831:. 0|1:39,67:106:99:.:.:1536,0,873:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1299,153,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1621:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1586:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1277:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1120:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:70,8:78:6:.:.:0,6,1907:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1098:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1476:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1149:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1552:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1107:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,44:51:66:.:.:1042,0,66:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,30:64:99:.:.:621,0,842:. 1|0:53,51:104:99:.:.:1093,0,1235:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1029:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1623:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1378:. 1|0:16,131:147:43:.:.:3048,0,43:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1526:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4146,483,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:.:.:4664,514,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1327:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1569:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:41:.:.:0,41,1062:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1254:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1634:. 1|0:84,17:101:99:.:.:151,0,2239:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:103,36:139:99:.:.:576,0,2580:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,5:7:28:.:.:95,0,28:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1245:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1479:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1169:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:40,57:97:99:.:.:1203,0,973:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1464:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1274:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1498:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1744:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1139:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:2995,326,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1485:. 1|0:53,28:81:99:.:.:551,0,1334:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1111:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:32,152:184:99:.:.:3483,0,388:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1559:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1178:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1531:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1784:. 1|0:36,52:88:99:.:.:1131,0,795:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1492:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:26,34:60:99:.:.:674,0,631:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1112:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1139:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,10:55:92:.:.:92,0,1184:. 1|1:0,73:73:99:.:.:1953,218,0:. 0|0:63,0:63:69:.:.:0,69,1618:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1584,181,0:. 1|0:82,20:102:99:.:.:220,0,2114:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,59:60:99:.:.:1619,149,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1326:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1206:. 0|0:49,0:49:69:.:.:0,69,1318:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1528:. 1|0:6,2:8:34:.:.:34,0,163:. 0|0:134,0:134:9:.:.:0,9,3192:. 1|0:86,27:113:99:.:.:441,0,2277:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:8,154:162:99:.:.:4075,257,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1125:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,516:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,58:79:99:.:.:1296,0,372:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:8:.:.:0,8,308:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1156:. 0|1:26,110:136:99:.:.:2583,0,344:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1612:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1944,212,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1730:. 1|1:2,86:88:99:.:.:2324,202,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,251:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1447:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,66:131:99:.:.:1877,0,1935:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1574:. 1|0:13,145:158:8:.:.:4492,0,8:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,968:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:108,24:132:99:.:.:413,0,4070:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1617:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1478:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,744:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1664:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1769:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1464:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1739:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1506:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1690:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1392:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:7,251:258:99:.:.:7680,529,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:44:.:.:0,44,631:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1241:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1424:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1701:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1231:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7258,676,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1571:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1442:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,778:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1309:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1755:. Pf3D7_01_v3 159562 . A G 3.48565e+06 PASS FS=0;MQ=59.83;QD=29.47;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L1623;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttA/ttG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=5;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103500.1;SOR=0.771;VQSLOD=6.18;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.979;GC=14.29;GQ_MEAN=273.61;GQ_STDDEV=219.57;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7535;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.049;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=3450518;AF=0.57;AS_InbreedingCoeff=0.4069;MLEAC=2821;MLEAF=0.578;AN=808;AC=686 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:7,17:24:99:.:.:418,0,160 1|1:1,58:59:99:.:.:1686,143,0 1|1:0,16:16:48:.:.:457,48,0 1|1:0,32:32:96:.:.:961,96,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1765,180,0 1|1:0,24:24:72:.:.:705,72,0 1|1:0,20:20:60:.:.:597,60,0 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810 1|1:0,38:38:99:.:.:1144,114,0 1|1:0,24:24:72:.:.:692,72,0 1|0:5,11:16:99:.:.:282,0,109 1|1:0,37:37:99:.:.:1081,111,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1242,125,0 1|1:0,9:9:27:.:.:246,27,0 1|1:0,3:3:9:.:.:90,9,0 1|1:0,5:5:15:.:.:148,15,0 0|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:3,0:3:.:.:.:. 1|1:0,10:10:30:.:.:270,30,0 1|1:0,17:17:50:.:.:462,50,0 0|1:9,32:41:99:.:.:802,0,162 1|1:0,34:34:99:.:.:987,102,0 1|1:0,26:26:78:.:.:719,78,0 1|1:0,6:6:18:.:.:150,18,0 1|1:0,26:26:78:.:.:748,78,0 1|1:0,23:23:69:.:.:640,69,0 1|0:2,6:8:36:.:.:153,0,36 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1143,117,0 1|1:0,29:29:87:.:.:847,87,0 1|1:0,26:26:78:.:.:713,78,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1415,147,0 0|1:8,25:33:99:.:.:591,0,149 1|1:0,60:60:99:.:.:1609,180,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1138 1|0:9,71:80:46:.:.:1807,0,46 1|1:0,32:32:95:.:.:856,95,0 0|1:5,7:12:99:.:.:153,0,118 1|1:0,22:22:66:.:.:586,66,0 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,662 1|1:0,24:24:72:.:.:680,72,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1410,150,0 1|1:0,29:29:87:.:.:827,87,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1343,147,0 1|1:0,37:37:99:.:.:973,110,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1728,187,0 1|1:1,26:27:58:.:.:723,58,0 1|1:0,4:4:12:.:.:119,12,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1462,156,0 1|0:6,21:27:99:.:.:527,0,107 1|1:1,67:68:99:.:.:1754,176,0 1|0:8,12:20:99:.:.:258,0,168 1|1:0,21:21:63:.:.:605,63,0 0|1:18,118:136:99:.:.:2905,0,131 1|1:0,37:37:99:.:.:1014,111,0 1|1:0,30:30:89:.:.:823,89,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1103,117,0 1|1:2,39:41:60:.:.:1038,60,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1434,141,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1056,116,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1639,181,0 0|0:19,0:19:27:.:.:0,27,516 1|1:0,24:24:72:.:.:667,72,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1947,207,0 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,116 1|1:2,43:45:97:.:.:1126,97,0 0|1:19,29:48:99:.:.:651,0,435 1|1:3,40:43:36:.:.:1035,36,0 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,55 0|1:8,27:35:99:.:.:650,0,145 1|1:0,22:22:66:.:.:581,66,0 1|1:0,21:21:63:.:.:593,63,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1131,125,0 0|1:6,7:13:99:.:.:148,0,148 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,426 1|0:13,25:38:99:.:.:581,0,265 0|1:37,10:47:99:.:.:151,0,982 1|1:0,16:16:48:.:.:428,48,0 1|0:20,20:40:99:.:.:422,0,488 1|0:3,22:25:16:.:.:547,0,16 1|1:0,30:30:90:.:.:834,90,0 1|1:0,8:8:24:.:.:230,24,0 0|1:10,22:32:99:.:.:516,0,186 1|1:0,14:14:42:.:.:371,42,0 1|1:0,22:22:66:.:.:617,66,0 1|0:6,20:26:86:.:.:483,0,86 0|0:34,0:34:42:.:.:0,42,917 1|1:0,56:56:99:.:.:1471,167,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1630,176,0 1|1:1,21:22:33:.:.:545,33,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1546,165,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1949,207,0 1|1:1,36:37:79:.:.:960,79,0 0|1:6,44:50:20:.:.:1065,0,20 1|1:0,12:12:36:.:.:318,36,0 1|1:0,30:30:90:.:.:795,90,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1174,126,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1012 1|1:0,63:63:99:.:.:1692,189,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2289,248,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1317,144,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1924,204,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1924,204,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1592,174,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3679,392,0 1|1:0,33:33:99:.:.:888,99,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1025,113,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1865,204,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1272,143,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2473,269,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1043,111,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1784,200,0 1|1:0,136:136:99:.:.:3773,407,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1145,128,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2489,267,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1167,129,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2036,225,0 1|1:3,31:34:14:.:.:758,14,0 0|1:36,28:64:99:.:.:578,0,854 1|1:0,37:37:99:.:.:1017,111,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1971,213,0 0|1:6,46:52:35:.:.:994,0,35 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,820 1|1:0,53:53:99:.:.:1451,159,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1451,162,0 1|1:0,28:28:84:.:.:754,84,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2311,249,0 0|1:5,28:33:49:.:.:669,0,49 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1120 1|1:1,55:56:99:.:.:1444,135,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1092,120,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1045,117,0 1|1:0,36:36:99:.:.:959,108,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2378,263,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1085,123,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1637,183,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1287,141,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1043,119,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1513,171,0 1|1:0,34:34:99:.:.:906,102,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1511 1|1:0,48:48:99:.:.:1290,144,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1844,206,0 1|1:0,34:34:99:.:.:908,101,0 1|1:0,36:36:99:.:.:986,108,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1345,149,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2053,222,0 1|1:0,33:33:99:1|1:159549_T_A:1371,99,0 1|1:0,17:17:51:.:.:475,51,0 1|1:0,16:16:48:.:.:438,48,0 1|1:0,17:17:51:.:.:442,51,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1827,204,0 1|0:3,18:21:33:.:.:442,0,33 1|1:0,59:59:99:.:.:1637,177,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1149,126,0 1|1:0,35:35:99:.:.:914,105,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2257,252,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1205,132,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1636,173,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1430,150,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1032,114,0 1|0:14,41:55:99:.:.:974,0,247 1|1:1,23:24:40:.:.:621,40,0 1|1:5,94:99:99:.:.:2544,139,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1747,194,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1267,138,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1064,120,0 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,141 1|1:0,43:43:99:.:.:1122,127,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1323,141,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1046,114,0 1|1:0,25:25:75:1|1:159540_C_A:1086,75,0 1|1:0,34:34:99:.:.:883,101,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1181,129,0 1|0:5,43:48:13:.:.:1036,0,13 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,462 1|0:30,35:65:99:.:.:785,0,726 1|1:0,63:63:99:.:.:1742,189,0 1|1:0,34:34:99:.:.:932,102,0 1|0:5,20:25:86:.:.:457,0,86 1|1:0,36:36:99:.:.:963,107,0 1|1:0,27:27:81:.:.:748,81,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1663,183,0 1|1:1,44:45:99:.:.:1221,102,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1362,144,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1036,111,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2898,314,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2218,234,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1102,122,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1691,183,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2294,245,0 1|1:0,31:31:93:.:.:859,93,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1018,110,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2372,263,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1203,129,0 1|1:0,24:24:72:.:.:664,72,0 1|1:0,22:22:66:.:.:592,66,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1086,120,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1794,200,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1126,126,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1274,148,0 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,602 1|1:2,51:53:94:.:.:1285,94,0 1|1:0,23:23:69:.:.:644,69,0 1|0:5,33:38:44:.:.:742,0,44 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,595 1|0:2,13:15:18:.:.:329,0,18 1|1:0,36:36:99:.:.:984,108,0 1|1:0,29:29:86:.:.:761,86,0 1|1:0,38:38:99:.:.:993,113,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1124,126,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2365,262,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1155,128,0 1|1:0,31:31:93:.:.:827,93,0 0|1:4,14:18:75:.:.:337,0,75 1|1:0,53:53:99:.:.:1408,159,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1145,123,0 0|1:8,8:16:99:.:.:167,0,178 1|1:0,19:19:57:.:.:506,57,0 1|1:0,17:17:50:.:.:454,50,0 1|1:0,36:36:99:.:.:981,108,0 1|0:6,22:28:96:.:.:513,0,96 1|1:0,39:39:99:.:.:1024,116,0 1|0:8,11:19:99:.:.:225,0,190 1|1:0,12:12:36:.:.:327,36,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1098 1|1:0,36:36:99:.:.:966,107,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1314,146,0 0|1:10,17:27:99:.:.:368,0,201 1|1:0,33:33:99:.:.:940,99,0 1|1:0,35:35:99:.:.:937,104,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1501,170,0 1|1:0,6:6:18:.:.:171,18,0 1|0:54,9:63:52:.:.:52,0,1412 1|1:0,26:26:78:.:.:718,78,0 1|1:0,9:9:26:.:.:217,26,0 1|1:0,31:31:93:.:.:831,93,0 1|1:5,75:80:85:.:.:1968,85,0 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080 1|1:2,0:2:0:.:.:0,0,3 1|1:4,47:51:26:.:.:1108,26,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1044,111,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2154,239,0 1|0:15,5:20:62:.:.:62,0,406 1|1:0,67:67:99:.:.:1881,201,0 1|1:0,35:35:99:.:.:955,105,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1605,168,0 0|1:9,3:12:47:.:.:47,0,243 1|1:0,14:14:42:.:.:393,42,0 1|1:1,29:30:58:.:.:794,58,0 1|1:1,113:114:99:.:.:3239,318,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1168,132,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1455,162,0 1|1:0,7:7:21:.:.:187,21,0 1|1:0,29:29:87:.:.:791,87,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1240,135,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1270,132,0 1|1:0,21:21:63:.:.:609,63,0 0|1:30,10:40:99:.:.:154,0,812 1|1:0,32:32:96:.:.:906,96,0 1|1:0,7:7:21:.:.:196,21,0 1|1:0,30:30:90:.:.:863,90,0 1|1:0,2:2:6:.:.:54,6,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1651,174,0 1|1:0,10:10:30:.:.:279,30,0 1|1:0,9:9:27:.:.:295,27,0 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,274 1|1:0,18:18:54:.:.:638,54,0 1|0:0,4:4:12:.:.:140,12,0 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720 1|1:0,26:26:78:.:.:839,78,0 1|1:0,20:20:60:.:.:660,60,0 1|1:0,12:12:36:.:.:424,36,0 1|1:1,14:15:7:.:.:396,7,0 1|1:0,16:16:48:.:.:517,48,0 1|0:9,10:19:99:.:.:275,0,275 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,171 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170 1|1:0,16:16:48:.:.:482,48,0 1|1:0,10:10:30:.:.:331,30,0 1|1:0,19:19:57:.:.:643,57,0 1|1:0,14:14:42:.:.:440,42,0 1|1:0,23:23:69:.:.:773,69,0 1|1:0,18:18:54:.:.:602,54,0 1|1:0,19:19:57:.:.:640,57,0 1|1:0,13:13:39:.:.:441,39,0 1|1:0,19:19:57:.:.:660,57,0 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,481 1|0:10,4:14:99:.:.:101,0,333 1|1:0,10:10:30:.:.:332,30,0 1|1:0,9:9:27:.:.:292,27,0 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855 1|1:0,4:4:12:.:.:140,12,0 0|1:1,10:11:2:.:.:323,0,2 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,501 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,670 1|1:0,18:18:54:.:.:541,54,0 1|1:0,22:22:66:.:.:712,66,0 1|1:0,14:14:42:.:.:439,42,0 1|1:0,7:7:21:.:.:247,21,0 1|1:0,24:24:72:.:.:791,72,0 1|1:0,21:21:63:.:.:695,63,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1326,120,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3600,324,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3244,294,0 0|1:0,3:3:9:.:.:85,9,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,19:19:57:.:.:577,57,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1221 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,7:7:21:.:.:227,21,0 1|0:21,20:41:99:.:.:461,0,495 1|1:0,60:60:99:.:.:1873,180,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1546,144,0 1|1:0,3:3:9:.:.:103,9,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2372,225,0 1|1:0,7:7:21:.:.:237,21,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1194,120,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1406,138,0 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,628 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,45:45:99:.:.:1370,135,0 1|1:1,42:43:91:.:.:1166,91,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1437,138,0 1|0:46,9:55:99:.:.:106,0,1374 1|1:0,30:30:90:.:.:880,90,0 0|1:88,14:102:99:.:.:123,0,2551 1|1:2,59:61:99:.:.:1555,110,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1331,129,0 1|0:0,2:2:6:.:.:67,6,0 1|0:7,15:22:99:.:.:441,0,126 1|1:0,6:6:18:.:.:207,18,0 0|1:5,12:17:99:.:.:334,0,111 1|1:0,52:52:99:.:.:1631,156,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1026,96,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2349,216,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159 1|1:0,70:70:99:.:.:2219,210,0 1|1:1,59:60:99:.:.:1813,145,0 1|1:0,4:4:12:.:.:129,12,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2169,213,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1383,138,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1935,177,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:3,69:72:99:.:.:1992,131,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:1,64:65:99:.:.:1896,158,0 1|1:0,8:8:24:.:.:272,24,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1195,114,0 1|1:0,17:17:51:.:.:557,51,0 1|0:11,50:61:99:.:.:1385,0,146 1|1:0,84:84:99:.:.:2704,251,0 1|1:5,55:60:22:.:.:1547,22,0 0|0:47,0:47:25:.:.:0,25,1204 0|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 0|1:16,21:37:99:.:.:576,0,378 1|1:0,29:29:87:.:.:912,87,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1267,123,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|1:5,45:50:30:.:.:1203,0,30 1|1:0,8:8:24:.:.:257,24,0 1|1:2,51:53:99:.:.:1450,109,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1570,152,0 1|1:0,20:20:59:.:.:649,59,0 1|1:2,16:18:7:.:.:430,7,0 1|1:1,23:24:35:.:.:675,35,0 0|0:41,0:41:87:.:.:0,87,1167 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1148,111,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:2,121:123:99:.:.:3660,295,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2180,219,0 1|1:0,12:12:36:.:.:390,36,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2504,255,0 1|1:0,12:12:36:.:.:415,36,0 1|0:3,32:35:3:.:.:896,0,3 1|1:0,30:30:90:.:.:967,90,0 1|1:0,28:28:84:.:.:876,84,0 1|1:0,20:20:60:.:.:613,60,0 1|1:0,22:22:66:.:.:684,66,0 1|1:0,31:31:93:.:.:909,93,0 1|1:0,28:28:84:.:.:873,84,0 0|1:12,3:15:61:.:.:61,0,292 1|1:0,46:46:99:.:.:1368,138,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1070,102,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1010,99,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1105,111,0 1|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0 1|1:0,9:9:27:.:.:255,27,0 1|1:0,17:17:51:.:.:538,51,0 1|1:0,21:21:63:.:.:646,63,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1571,153,0 1|1:0,19:19:57:.:.:611,57,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1835,180,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1388,135,0 1|1:0,26:26:78:.:.:856,78,0 1|1:0,5:5:15:.:.:156,15,0 1|1:0,23:23:69:.:.:768,69,0 1|1:0,18:18:54:.:.:539,54,0 1|1:0,5:5:15:.:.:135,15,0 1|1:0,6:6:18:.:.:213,18,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1361,126,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1290,117,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1692,165,0 1|1:0,2:2:6:.:.:72,6,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1205,117,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1309,132,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1014,99,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1398,141,0 1|1:0,26:26:78:.:.:774,78,0 1|1:0,25:25:75:.:.:748,75,0 1|1:0,17:17:51:1|1:159562_A_G:561,51,0 1|1:0,25:25:75:.:.:782,75,0 1|1:0,25:25:75:.:.:767,75,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2227,204,0 1|1:0,16:16:48:.:.:524,48,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1944,186,0 1|1:0,99:99:99:.:.:3081,297,0 1|1:0,28:28:84:.:.:877,84,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1077,105,0 1|1:0,11:11:33:.:.:409,33,0 1|1:0,9:9:27:.:.:288,27,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1272,131,0 1|1:0,25:25:75:.:.:756,75,0 Pf3D7_01_v3 160872 . G A 3.65722e+06 PASS FS=0;MQ=59.29;QD=32.68;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.609;VQSLOD=4.44;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.77;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=0.934;GC=4.76;GQ_MEAN=175.64;GQ_STDDEV=66.71;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0104;MQRankSum=7.55;NCC=1;ReadPosRankSum=1.76;culprit=FS;set=snp;DP=2211840;AF=0.97;AS_InbreedingCoeff=-0.0073;MLEAC=4294;MLEAF=0.976;AN=724;AC=693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,50:50:99:.:.:1632,150,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1961,183,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1542,144,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1453,135,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1889,177,0 1|1:0,36:36:99:1|1:160858_A_T:1413,108,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1145,105,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1276,120,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2050,189,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2383,223,0 1|1:0,27:27:81:.:.:869,81,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1192,114,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2118,198,0 1|1:0,17:17:51:.:.:536,51,0 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,9:9:27:.:.:298,27,0 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,14:14:42:.:.:455,42,0 1|1:0,16:16:48:.:.:500,48,0 1|1:0,32:32:95:.:.:960,95,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1606,150,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1589,155,0 1|1:0,11:11:33:.:.:344,33,0 1|1:0,12:12:36:.:.:292,36,0 1|1:0,29:29:87:.:.:912,87,0 1|1:0,31:31:93:.:.:897,93,0 1|1:0,8:8:24:.:.:256,24,0 1|1:7,0:7:.:.:.:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1434,140,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1001,96,0 1|1:0,7:7:21:.:.:222,21,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2112,198,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1360,129,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1269,126,0 1|1:0,30:30:90:.:.:962,90,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2802,265,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1311,129,0 1|1:0,28:28:84:.:.:845,84,0 1|1:1,20:21:39:.:.:597,39,0 1|1:0,28:28:84:.:.:868,84,0 1|1:1,23:24:43:.:.:694,43,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1347,132,0 1|1:0,24:24:72:.:.:762,72,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1223,120,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1576,153,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1537,152,0 0|1:2,16:18:2:.:.:451,0,2 1|1:0,17:17:51:.:.:521,51,0 1|1:0,20:20:60:.:.:635,60,0 1|1:0,32:32:96:.:.:934,96,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1392,138,0 1|1:0,13:13:39:.:.:376,39,0 1|1:0,26:26:77:.:.:765,77,0 1|1:4,55:59:65:.:.:1598,65,0 1|1:0,21:21:63:.:.:639,63,0 1|1:1,36:37:99:.:.:1015,100,0 1|1:0,15:15:45:.:.:474,45,0 1|1:0,31:31:93:.:.:927,93,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1249,126,0 1|1:0,25:25:75:.:.:746,75,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1011,99,0 1|1:0,16:16:48:.:.:489,48,0 0|1:16,5:21:82:.:.:82,0,352 1|1:0,72:72:99:.:.:2217,216,0 1|1:0,9:9:27:.:.:277,27,0 1|1:0,27:27:81:.:.:833,81,0 1|1:0,24:24:72:.:.:738,72,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1060,107,0 1|1:0,20:20:60:.:.:602,60,0 1|1:0,28:28:84:.:.:886,84,0 1|1:0,18:18:53:.:.:511,53,0 1|1:0,20:20:60:.:.:595,60,0 1|1:0,30:30:90:.:.:919,90,0 1|1:0,4:4:12:.:.:124,12,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1846,180,0 1|1:0,27:27:81:.:.:842,81,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1802,180,0 0|1:7,39:46:34:.:.:1043,0,34 1|1:0,28:28:84:.:.:857,84,0 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,329 1|1:1,18:19:29:.:.:519,29,0 1|1:0,12:12:36:.:.:370,36,0 1|1:0,18:18:54:.:.:571,54,0 1|1:0,11:11:33:.:.:333,33,0 1|1:0,23:23:69:.:.:709,69,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1021,99,0 1|1:0,20:20:60:.:.:606,60,0 1|1:0,24:24:72:.:.:720,72,0 1|1:0,33:33:99:.:.:998,99,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1188,117,0 1|1:0,24:24:72:.:.:693,72,0 1|1:0,92:92:99:1|1:160872_G_A:2999,280,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1690,168,0 1|1:0,27:27:81:.:.:822,81,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1615,162,0 1|0:5,4:9:99:.:.:99,0,114 1|1:0,11:11:33:.:.:309,33,0 1|1:0,19:19:57:.:.:546,57,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1128,120,0 1|1:0,20:20:60:.:.:582,60,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2683,272,0 1|1:0,26:26:78:.:.:754,78,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1081,111,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2542,255,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1379,135,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4413,440,0 0|1:12,11:23:99:.:.:239,0,261 1|1:0,62:62:99:.:.:1906,186,0 1|1:0,30:30:90:.:.:873,90,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1067,117,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2297,228,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1132,120,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1831,183,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4325,423,0 1|1:0,15:15:45:.:.:455,45,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2433,243,0 1|1:0,20:20:60:.:.:556,60,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1915,195,0 1|1:0,26:26:78:.:.:763,78,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3205,319,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1301,129,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2560,252,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1694,179,0 1|1:0,29:29:87:.:.:861,87,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1399,149,0 1|1:0,42:42:99:1|1:160799_AT_A:1490,126,0 1|1:0,15:15:45:.:.:420,45,0 1|1:0,20:20:60:.:.:607,60,0 1|1:0,31:31:93:.:.:896,93,0 1|1:0,20:20:60:.:.:571,60,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1254,126,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1189,102,0 1|1:0,24:24:71:.:.:647,71,0 0|1:18,26:44:99:.:.:643,0,332 1|1:1,51:52:99:.:.:1510,146,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1443,150,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1061,111,0 1|1:0,30:30:89:.:.:873,89,0 1|1:0,22:22:66:.:.:662,66,0 1|1:0,34:34:99:.:.:899,100,0 1|1:0,22:22:66:.:.:625,66,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1906,198,0 1|1:0,17:17:51:.:.:517,51,0 1|1:0,22:22:66:.:.:676,66,0 1|1:0,24:24:72:.:.:730,72,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1159,120,0 1|1:0,14:14:42:.:.:423,42,0 1|1:0,24:24:72:.:.:701,72,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1084,111,0 1|1:0,9:9:27:.:.:288,27,0 1|1:0,20:20:60:.:.:600,60,0 1|1:0,22:22:65:.:.:661,65,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1046,108,0 1|1:0,16:16:48:.:.:497,48,0 1|1:0,34:34:99:.:.:997,102,0 1|1:0,24:24:72:.:.:707,72,0 1|1:0,6:6:18:.:.:166,18,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1645,168,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1259,126,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1688,167,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1375,135,0 1|1:0,32:32:96:.:.:975,96,0 1|0:15,34:49:99:.:.:885,0,266 1|1:0,27:27:81:.:.:820,81,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2218,224,0 1|0:6,45:51:14:.:.:1109,0,14 1|1:0,47:47:99:.:.:1444,141,0 1|1:0,21:21:63:.:.:602,63,0 0|1:1,4:5:14:.:.:110,0,14 1|1:0,17:17:51:.:.:527,51,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1926,189,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1078,108,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1057,105,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1364,141,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1695,171,0 1|1:0,62:62:99:.:.:2268,186,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1163,117,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1502,132,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1827,180,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1153,114,0 1|1:0,26:26:78:.:.:790,78,0 1|1:0,47:47:99:1|1:160789_ATATATATATATATATATATATATATATATAT_A:1610,141,0 1|1:0,26:26:78:.:.:808,78,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1726,171,0 1|1:0,15:15:45:.:.:471,45,0 1|1:0,31:31:93:.:.:908,93,0 1|1:0,8:8:24:.:.:253,24,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2604,258,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1408,141,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1613,165,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1004,99,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2235,225,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1227,123,0 1|1:0,31:31:93:.:.:937,93,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1303,135,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1107,108,0 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,699 1|1:0,35:35:99:.:.:1055,105,0 1|1:0,19:19:57:.:.:583,57,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2147,216,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1097,114,0 1|1:0,19:19:57:1|1:160854_T_A:708,57,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1388,141,0 1|1:7,60:67:5:.:.:1614,5,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1194,123,0 1|1:0,16:16:48:.:.:497,48,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1001,99,0 1|1:0,16:16:48:.:.:480,48,0 1|1:0,25:25:75:.:.:733,75,0 1|1:0,14:14:42:.:.:427,42,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1126,114,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1409,141,0 1|1:0,23:23:69:.:.:693,69,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1711,174,0 1|1:0,28:28:84:.:.:806,84,0 1|1:0,16:16:48:.:.:507,48,0 1|1:0,29:29:87:.:.:891,87,0 1|1:0,11:11:33:.:.:301,33,0 1|1:0,14:14:42:.:.:424,42,0 1|1:0,18:18:54:.:.:541,54,0 1|1:0,4:4:12:.:.:118,12,0 1|1:0,20:20:60:.:.:583,60,0 1|1:0,18:18:54:.:.:551,54,0 1|1:0,18:18:54:.:.:499,54,0 0|1:3,10:13:41:.:.:256,0,41 1|1:0,21:21:63:.:.:653,63,0 1|1:0,23:23:69:.:.:694,69,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1190,114,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1454,150,0 1|1:0,25:25:75:.:.:728,75,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1602,156,0 1|1:0,14:14:42:.:.:449,42,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1087,116,0 0|0:34,0:34:45:.:.:0,45,778 1|1:0,50:50:99:.:.:1533,150,0 1|1:0,29:29:87:.:.:841,87,0 1|1:0,13:13:39:.:.:390,39,0 1|1:0,25:25:75:.:.:689,75,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2001,201,0 1|1:0,32:32:96:.:.:988,96,0 1|1:0,4:4:12:.:.:127,12,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1710,153,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1153,111,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1009,107,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1130,111,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1676,162,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1228,129,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2920,288,0 1|1:0,20:20:60:.:.:601,60,0 1|1:0,10:10:30:.:.:292,30,0 1|1:0,25:25:75:.:.:752,75,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3020,295,0 1|1:0,30:30:90:.:.:852,90,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1310,129,0 1|1:0,7:7:21:.:.:200,21,0 1|1:0,18:18:54:.:.:527,54,0 1|1:0,25:25:75:.:.:709,75,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1508,150,0 1|1:0,25:25:75:.:.:758,75,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1278,126,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1421,135,0 1|0:2,8:10:24:.:.:176,0,24 1|1:0,12:12:35:.:.:305,35,0 1|1:0,9:9:27:.:.:271,27,0 1|1:0,28:28:84:.:.:840,84,0 1|1:0,9:9:27:.:.:278,27,0 1|1:0,2:2:6:.:.:49,6,0 1|1:0,3:3:9:.:.:109,9,0 1|1:0,5:5:15:.:.:175,15,0 1|1:0,2:2:6:.:.:76,6,0 1|1:0,5:5:15:.:.:175,15,0 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,146 1|1:0,7:7:21:.:.:211,21,0 1|1:4,0:4:.:.:.:0,0,0 1|1:0,7:7:21:.:.:259,21,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:11,0:11:.:.:.:0,0,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,15:15:45:.:.:445,45,0 1|1:0,4:4:12:.:.:145,12,0 1|1:0,4:4:12:.:.:150,12,0 1|1:0,6:6:18:.:.:198,18,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,5:5:15:.:.:160,15,0 1|1:0,4:4:12:.:.:147,12,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,6:6:18:.:.:198,18,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|0:1,7:8:11:.:.:205,0,11 1|1:0,3:3:9:.:.:111,9,0 1|1:0,14:14:42:.:.:518,42,0 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,102 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,27 1|1:0,19:19:57:.:.:624,57,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,5:5:15:.:.:189,15,0 1|1:0,1:1:3:.:.:37,3,0 1|1:4,0:4:9:.:.:0,9,135 1|1:0,9:9:27:.:.:301,27,0 1|1:0,3:3:9:.:.:112,9,0 1|1:0,3:3:9:.:.:109,9,0 1|1:0,4:4:12:.:.:123,12,0 1|1:0,14:14:42:.:.:451,42,0 1|1:0,18:18:54:.:.:652,54,0 1|1:0,26:26:78:.:.:901,78,0 1|1:0,7:7:21:.:.:233,21,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,5:5:15:.:.:136,15,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,23:23:69:.:.:756,69,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1611,147,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1390,129,0 1|1:0,2:2:6:.:.:73,6,0 1|1:0,18:18:54:.:.:578,54,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1784,185,0 1|1:0,24:24:72:.:.:740,72,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2079,195,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,19:19:57:.:.:619,57,0 1|1:0,18:18:54:.:.:579,54,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,15:15:45:.:.:467,45,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1594,156,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1156,105,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1027,96,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1010,96,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1125,108,0 1|1:0,27:27:81:.:.:863,81,0 1|1:0,26:26:78:.:.:898,78,0 1|1:0,15:15:45:.:.:484,45,0 1|1:0,27:27:81:.:.:867,81,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,10:10:30:.:.:283,30,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,424 1|0:9,14:23:99:.:.:370,0,163 1|1:0,45:45:99:.:.:1344,135,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1528,147,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1471,135,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1015,93,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1025,102,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,29:29:87:.:.:978,87,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1328,126,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1157,114,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2002,201,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,24:24:72:.:.:760,72,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,31:31:93:.:.:942,93,0 1|1:5,0:5:.:.:.:0,0,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1020,96,0 1|1:0,13:13:39:.:.:445,39,0 1|1:0,29:29:87:.:.:930,87,0 1|1:0,26:26:78:.:.:827,78,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1435,135,0 1|1:0,13:13:39:.:.:433,39,0 1|1:0,32:32:96:.:.:988,96,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|1:6,16:22:96:.:.:461,0,96 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,19:19:57:.:.:663,57,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1025,99,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,12:12:36:.:.:366,36,0 1|0:1,10:11:3:.:.:286,0,3 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,502 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,9:9:27:.:.:260,27,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1058,99,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1371 1|1:0,7:7:21:.:.:221,21,0 1|1:0,22:22:66:.:.:645,66,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|0:3,19:22:36:.:.:524,0,36 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,7:7:21:.:.:255,21,0 1|1:4,0:4:.:.:.:0,0,0 1|1:0,13:13:39:.:.:424,39,0 1|1:0,5:5:15:.:.:159,15,0 1|1:0,6:6:18:.:.:173,18,0 1|1:0,7:7:21:.:.:186,21,0 1|1:0,13:13:39:.:.:404,39,0 1|1:0,10:10:30:.:.:308,30,0 1|1:0,9:9:27:.:.:297,27,0 1|1:0,12:12:36:.:.:394,36,0 1|1:0,3:3:9:.:.:86,9,0 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,75 1|1:0,7:7:21:.:.:254,21,0 1|1:0,6:6:18:.:.:216,18,0 1|1:0,11:11:33:.:.:308,33,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,14:14:45:1|1:160789_AT_A:554,45,0 1|1:0,8:8:24:.:.:261,24,0 1|1:0,6:6:18:.:.:197,18,0 1|1:0,7:7:21:.:.:210,21,0 1|1:0,13:13:39:.:.:380,39,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,4:4:12:.:.:147,12,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,6:6:18:.:.:184,18,0 1|1:0,12:12:36:.:.:369,36,0 1|1:0,11:11:33:.:.:363,33,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|0:6,0:6:.:.:.:0,0,0 1|1:0,14:14:42:.:.:483,42,0 1|1:0,21:21:63:.:.:656,63,0 1|1:0,14:14:42:.:.:437,42,0 1|1:0,4:4:12:.:.:124,12,0 1|1:0,7:7:21:.:.:234,21,0 1|1:0,7:7:21:.:.:202,21,0 1|1:0,3:3:9:.:.:86,9,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1117,105,0 1|1:0,4:4:12:.:.:147,12,0 1|0:12,5:17:99:.:.:120,0,407 1|1:0,41:41:99:.:.:1292,123,0 1|1:0,4:4:12:.:.:149,12,0 1|1:0,15:15:45:.:.:427,45,0 1|1:0,4:4:12:.:.:117,12,0 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,49 1|1:0,25:25:75:.:.:822,75,0 1|1:0,11:11:33:.:.:304,33,0 Pf3D7_01_v3 161271 . G A 321052 PASS FS=0;MQ=60.74;QD=18.51;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K47;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.704;VQSLOD=4.77;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=116.28;GQ_STDDEV=28.4;HRun=6;InbreedingCoeff=1;NCC=1;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;ClippingRankSum=0;BaseQRankSum=2.9;MQRankSum=0.129;ReadPosRankSum=0.616;culprit=MQ;set=snp;DP=5398046;AF=0.021;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=107;MLEAF=0.02;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1425:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1201:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1356:. 1|1:2,31:33:58:1|1:161270_AG_A:644,58,0:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1182:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1162:. 0|0:33,0:33:63:.:.:0,63,794:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1396:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1216:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1350:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1334:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1009:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1477:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1043:. 0|0:48,0:48:84:.:.:0,84,1194:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1493:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1193:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1481:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1590:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,115,1695:. 1|0:20,5:25:76:.:.:76,0,475:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1256:. 1|1:5,54:59:71:1|1:161270_AG_A:1206,71,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1357:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1259:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1174:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1496:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,965:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1168:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1679:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,920:. 0|1:110,35:145:99:.:.:564,0,2489:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1073:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:3,24:27:5:.:.:570,0,5:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1041:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1039:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1404:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,46:63:99:0|1:161264_T_TA:1187,0,283:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1479:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1231:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1126:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1041:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1335:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1433:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1444:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1647:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:42:.:.:0,42,2804:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1597:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1449:. 0|0:191,0:191:0:.:.:0,0,4153:. 0|0:120,0:120:46:.:.:0,46,2632:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1352:. 0|0:66,0:66:74:.:.:0,74,1505:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1735:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1462:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1225:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1543:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1450:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:54,81:135:99:.:.:2066,0,1098:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1292:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1377:. 0|1:13,70:83:92:0|1:161264_T_TA:1945,0,92:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1182:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1132:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1632:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1421:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1191:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1178:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1431:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1350:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1391:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:7,6:13:99:.:.:134,0,158:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1522:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1426:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1039:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1020:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1322:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,8:73:27:.:.:27,0,1586:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,969:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1137:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1249:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1570:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1079:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1032:. 0|0:154,0:154:0:.:.:0,0,2112:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1439:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1002:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1382:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1467:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1053:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1159:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,909:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1227:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1287:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1265:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1077:. 0|1:67,20:87:99:.:.:408,0,1878:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1402:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1129:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1039:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,977:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,991:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1053:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,258:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:31:.:.:0,31,1900:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1542:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,726:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1294:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1273:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1773:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1135:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1461:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1211:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1392:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1520:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1532:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1599:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1144:. 1|1:3,92:95:99:.:.:2430,218,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1279:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1489:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1446:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1312:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1702:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1189:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1224:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,10:26:99:.:.:245,0,436:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:102 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1111:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1645:. 0|0:99,0:99:.:.:.:.:108 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1290:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:105 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1671:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:120 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1429:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1333:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:109 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1185:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1163:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1187:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:99 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1515:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:50,0:54:99:0|1:161271_G_GA:0,150,2245:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,119,1576:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:102 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:100 0|0:189,0:189:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:104 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:120 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1305:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:111 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:152,0:152:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1335:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:110 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1457:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:60 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1220:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:105 0|0:44,0:44:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1450:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:102 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:113 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:105 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1303:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1235:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1310:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1537:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1556:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1245:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1382:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1389:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1196:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,426:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1517:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1231:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1458:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1204:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1357:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1211:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1187:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1102:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,490:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1179:. Pf3D7_01_v3 161480 . G A 5.98253e+06 PASS FS=0;MQ=60.64;QD=26.87;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=C117Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=tGt/tAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.71;VQSLOD=8.12;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.58;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.988;GC=9.52;GQ_MEAN=196.02;GQ_STDDEV=221.18;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5605;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.097;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8810985;AF=0.46;AS_InbreedingCoeff=0.6639;MLEAC=2423;MLEAF=0.465;AN=858;AC=333 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:10,112:122:71:.:.:3323,71,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,19:88:99:.:.:352,0,1648:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,72:83:81:.:.:2032,0,81:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,34:106:99:.:.:737,0,1706:. 0|1:9,51:60:87:.:.:1486,0,87:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1695:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2194,204,0:. 0|1:25,33:58:99:.:.:850,0,564:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1644,153,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1333:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1495,138,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1712,156,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1352:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2259,228,0:. 0|0:126,0:126:0:.:.:0,0,2795:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,880:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1382,135,0:. 1|0:68,24:92:99:.:.:435,0,1559:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,214:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1431,143,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:17,54:71:99:.:.:1472,0,264:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1598,158,0:. 1|0:94,53:147:99:.:.:1180,0,2171:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1574:. 0|0:49,1:50:99:.:.:0,118,1244:. 1|0:13,32:45:99:.:.:858,0,203:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2442,237,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2186,213,0:. 0|0:139,0:139:0:.:.:0,0,2862:. 1|1:2,137:139:99:.:.:4111,362,0:. 1|0:58,43:101:99:.:.:1026,0,1278:. 0|1:32,11:43:99:.:.:204,0,715:. 1|1:0,28:28:84:.:.:883,84,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:6,42:48:9:.:.:1127,0,9:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2310,233,0:. 1|0:9,13:22:99:.:.:340,0,182:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:158,39:197:99:.:.:519,0,3878:. 1|1:8,87:95:65:.:.:2458,65,0:. 1|1:3,66:69:99:.:.:1902,119,0:. 1|0:71,14:85:99:.:.:189,0,1624:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,6:70:33:.:.:0,33,1535:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1609,162,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1496:. 1|0:37,16:53:99:.:.:332,0,866:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,1438:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:12:.:.:0,12,804:. 0|1:28,60:88:99:.:.:1519,0,488:. 0|1:29,70:99:99:.:.:1884,0,478:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2131,207,0:. 1|1:0,29:29:87:.:.:894,87,0:. 1|1:4,66:70:99:.:.:1947,114,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1125:. 1|1:0,25:25:75:.:.:770,75,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:58,3:61:89:.:.:0,89,1478:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1645,159,0:. 0|1:94,15:109:97:.:.:97,0,2083:. 0|0:107,0:107:35:.:.:0,35,2444:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1065:. 0|1:32,36:68:99:.:.:830,0,691:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1177,120,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1322:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1396,135,0:. 1|1:3,50:53:76:.:.:1434,76,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1243:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1752,176,0:. 1|0:42,36:78:99:.:.:867,0,897:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1707,168,0:. 1|1:8,131:139:99:.:.:3662,204,0:. 1|1:1,119:120:99:.:.:3664,351,0:. 1|1:2,61:63:99:.:.:1828,134,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,38:75:99:.:.:903,0,756:. 1|0:51,43:94:99:.:.:1052,0,1042:. 0|1:5,34:39:1:.:.:945,0,1:. 0|0:77,8:85:2:.:.:0,2,1848:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,108:111:99:.:.:3257,251,0:. 1|1:10,141:151:99:.:.:4112,198,0:. 0|0:176,18:194:30:.:.:0,30,4194:. 1|1:1,94:95:99:.:.:2778,256,0:. 1|0:89,13:102:65:.:.:65,0,2122:. 0|1:86,28:114:99:.:.:527,0,1845:. 0|1:35,58:93:99:.:.:1491,0,651:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:3044,246,0:. 1|1:3,179:182:99:.:.:5578,459,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,54:170:99:.:.:1171,0,2623:. 1|1:0,217:217:99:.:.:6732,650,0:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3447,337,0:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4998,498,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,25:86:99:.:.:470,0,1343:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:24,66:90:99:.:.:1783,0,417:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:4,140:144:99:.:.:4144,319,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:14:.:.:0,14,2592:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4576,445,0:. 0|1:43,67:110:99:.:.:1709,0,837:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:37,68:105:99:.:.:1742,0,713:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2588,255,0:. 0|1:21,40:61:99:.:.:999,0,353:. 1|1:0,115:115:99:.:.:4227,354,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1735:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5140,519,0:. 0|1:13,65:78:99:.:.:1812,0,111:. 1|0:58,59:117:99:.:.:1429,0,1255:. 0|1:67,49:116:99:.:.:1084,0,1382:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3977,398,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2874,285,0:. 0|1:88,15:103:99:.:.:163,0,2130:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,2902:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:68,4:72:99:.:.:0,103,1744:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2577,247,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1098:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4491,448,0:. 0|1:28,23:51:99:.:.:570,0,623:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2684,261,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1474:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2610,253,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:73,35:108:99:.:.:740,0,1721:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1996,192,0:. 1|0:68,35:103:99:.:.:798,0,1550:. 1|0:35,51:86:99:.:.:1332,0,1227:. 1|1:11,123:134:98:.:.:3531,98,0:. 0|1:37,97:134:99:.:.:2576,0,587:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,3:11:61:.:.:61,0,197:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1774,174,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3397,328,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1620:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2368,209,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:55,69:124:99:.:.:1718,0,1161:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,75:91:99:.:.:2041,0,174:. 1|0:10,32:42:99:.:.:857,0,140:. 1|0:63,42:105:99:.:.:976,0,1392:. 0|0:118,8:126:99:.:.:0,126,3001:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4249,405,0:. 0|1:65,17:82:99:.:.:299,0,1514:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2513,243,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,82:86:99:.:.:2446,164,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2069,201,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,40:79:99:.:.:997,0,851:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1079:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1601:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2006,204,0:. 0|0:101,10:111:16:.:.:0,16,2440:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:50,67:117:99:.:.:1732,0,956:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:50,0:50:85:.:.:0,85,1216:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,51:61:90:.:.:1391,0,90:. 1|1:1,74:75:99:.:.:2216,199,0:. 0|1:35,35:70:99:.:.:896,0,780:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,13:86:99:.:.:153,0,1744:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4238,422,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,20:48:99:.:.:477,0,585:. 1|1:6,109:115:99:.:.:3081,177,0:. 1|0:73,10:83:52:.:.:52,0,1591:. 0|1:54,14:68:99:.:.:249,0,1243:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1970,186,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1146:. 1|0:35,45:80:99:.:.:1138,0,693:. 0|1:32,11:43:99:.:.:220,0,702:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1612:. 1|0:39,15:54:99:.:.:279,0,867:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1273:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1474:. 0|1:24,69:93:99:.:.:1870,0,369:. 1|1:0,179:179:99:.:.:5582,538,0:. 0|1:62,15:77:99:.:.:234,0,1428:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1352:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:96,8:104:58:.:.:0,58,2466:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1937,192,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,3:54:66:.:.:0,66,1279:. 0|1:66,65:131:99:.:.:1603,0,1422:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2223,213,0:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,195:. 1|0:16,95:111:99:.:.:2615,0,112:. 0|1:63,47:110:99:.:.:1169,0,1356:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1542:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3473,337,0:. 1|0:82,15:97:99:.:.:167,0,1877:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,18:46:99:.:.:427,0,629:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1120,108,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1891,186,0:. 1|1:8,249:257:99:.:.:7426,551,0:. 1|0:37,55:92:99:.:.:1332,0,689:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,10:11:5:.:.:282,5,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:769,78,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,18:91:99:.:.:285,0,1817:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1899,180,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2484,243,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,4:16:76:.:.:76,0,281:. 0|0:72,0:72:26:.:.:0,26,1660:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1088:. 1|1:1,101:102:99:.:.:3132,277,0:. 0|0:29,0:29:55:.:.:0,55,756:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2725,229,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1520:. 0|1:58,36:94:99:.:.:930,0,1702:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2674,226,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2763,237,0:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3719,315,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1895,133,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1908,165,0:. 0|1:56,15:71:99:.:.:306,0,1550:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:19,69:88:99:.:.:2169,0,373:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1500:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|1:27,16:43:99:.:.:451,0,772:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,71:72:99:.:.:2467,186,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1616:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:3514,259,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,14:30:99:.:.:412,0,455:. 0|0:13,0:13:6:.:.:0,6,343:. 0|0:44,0:44:68:.:.:0,68,1238:. 1|1:4,58:62:49:.:.:1880,49,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:54,33:87:99:.:.:849,0,1481:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6353,570,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3288,288,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1531,138,0:. 1|1:1,92:93:99:.:.:3124,248,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1720:. 1|1:4,161:165:99:.:.:5320,367,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,12:172:99:.:.:0,130,4729:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4504,403,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5000,450,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4834,418,0:. 1|1:1,97:98:99:.:.:3396,261,0:. 1|1:1,87:88:99:.:.:3037,229,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4479,403,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3562,323,0:. 1|1:0,146:146:99:.:.:5033,439,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4082,366,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:1,167:168:99:.:.:5601,478,0:. 1|0:99,49:148:99:.:.:1245,0,2880:. 0|1:9,41:50:99:.:.:1248,0,116:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3626,324,0:. 1|1:1,106:107:99:.:.:3577,287,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:928,81,0:. 0|1:25,175:200:99:.:.:5411,0,233:. 1|1:2,21:23:11:.:.:673,11,0:. 0|1:147,19:166:99:.:.:119,0,4238:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3305,276,0:. 1|0:51,57:108:99:.:.:1542,0,1346:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2699,232,0:. 1|1:1,153:154:99:.:.:5051,434,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,118:164:99:.:.:3525,0,909:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1335:. 0|1:42,4:46:8:.:.:8,0,1051:. 0|1:87,47:134:99:.:.:1108,0,2401:. 1|0:82,11:93:50:.:.:50,0,2450:. 0|1:52,52:104:99:.:.:1327,0,1383:. 0|0:18,0:18:17:.:.:0,17,499:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,74:76:99:1|1:161480_G_A:3341,157,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,13:143:19:.:.:0,19,3748:. 1|1:9,72:81:14:.:.:2407,14,0:. 0|1:38,16:54:99:.:.:347,0,1021:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,71:89:99:.:.:2142,0,284:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,168:169:99:.:.:5812,471,0:. 1|1:1,35:36:76:.:.:1339,76,0:. 1|1:1,144:145:99:.:.:4804,399,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,62:131:99:.:.:1675,0,1936:. 1|1:1,86:87:99:.:.:3004,229,0:. 1|1:1,34:35:73:.:.:1147,73,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1310:. 0|1:45,23:68:99:.:.:599,0,1251:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1537:. 1|1:0,58:58:99:.:.:2061,175,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1962,168,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1782,156,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1168:. 1|1:0,20:20:60:.:.:693,60,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1107:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2888,253,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,785:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1438:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,729:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,301:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1204:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1403,123,0:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4258,364,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,478:. 1|1:5,135:140:99:.:.:5298,219,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2175,194,0:. Pf3D7_01_v3 161523 . C T 4.5977e+06 PASS FS=0.642;MQ=59.8;QD=31.7;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N131;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaC/aaT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.796;VQSLOD=5.64;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0003;FractionInformativeReads=0.993;GC=33.33;GQ_MEAN=156.56;GQ_STDDEV=147.4;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5915;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.727;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9149951;AF=0.259;AS_InbreedingCoeff=0.6786;MLEAC=1350;MLEAF=0.258;AN=858;AC=183 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:92,17:109:99:.:.:367,0,3726:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,70:83:99:0|1:161514_C_A:2833,0,331:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,33:101:99:.:.:1129,0,2598:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1695:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1600:. 0|1:38,24:62:99:.:.:823,0,1399:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1333:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:38,0:38:84:.:.:0,84,1049:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1181:. 1|0:63,7:70:44:0|1:161514_C_A:44,0,2555:. 1|1:0,75:75:99:.:.:3236,234,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:85:.:.:0,85,1164:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1220:. 1|0:87,16:103:99:0|1:161514_C_A:295,0,3485:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,44:44:99:1|1:161514_C_A:1934,132,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1329:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1591:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1841,129,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:161510_C_CA:3257,226,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1497:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1600:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1214:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,76:77:99:.:.:3226,204,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,12:60:99:0|1:161514_C_A:326,0,1788:. 1|1:0,20:20:63:1|1:161514_C_A:904,63,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:39,16:55:99:.:.:246,0,1281:. 1|1:2,73:75:99:.:.:3097,146,0:. 1|0:8,10:18:99:0|1:161514_C_A:364,0,294:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:166,33:199:99:.:.:890,0,6630:. 0|1:9,86:95:96:.:.:3413,0,96:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1419:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1777:. 1|0:22,39:61:99:.:.:1532,0,709:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1496:. 0|0:82,0:82:71:.:.:0,71,1863:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1042:. 0|1:33,56:89:99:.:.:2191,0,1145:. 0|1:90,26:116:99:0|1:161514_C_A:783,0,3577:. 0|1:11,56:67:99:.:.:2211,0,253:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1125:. 0|1:17,20:37:99:0|1:161514_C_A:742,0,654:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1214:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1065:. 0|1:36,37:73:99:0|1:161514_C_A:1346,0,1344:. 1|0:6,42:48:99:0|1:161514_C_A:1564,0,126:. 1|1:0,37:37:99:1|1:161513_AC_A:1594,111,0:. 0|1:28,31:59:99:.:.:1085,0,1046:. 1|0:25,42:67:99:0|1:161514_C_A:1632,0,849:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:9,43:52:99:.:.:1815,0,150:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,15:84:99:0|1:161514_C_A:363,0,2760:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,39:81:99:.:.:1481,0,1578:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,16:41:99:.:.:550,0,944:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:5267,373,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,97:99:99:.:.:4150,217,0:. 1|0:115,10:125:62:0|1:161514_C_A:62,0,4606:. 0|1:119,17:136:99:0|1:161514_C_A:317,0,4738:. 0|1:49,47:96:99:.:.:1719,0,1827:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:3448,253,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:.:.:8919,634,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,11:92:99:0|1:161514_C_A:193,0,3269:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:87,14:101:99:0|1:161514_C_A:273,0,3458:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:126,31:157:99:.:.:918,0,2894:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,28:132:99:0|1:161514_C_A:681,0,4090:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:50,66:116:99:.:.:2494,0,1824:. 1|0:54,32:86:99:.:.:1171,0,2101:. 0|1:21,50:71:99:.:.:1917,0,699:. 1|0:59,68:127:99:.:.:1572,0,1137:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1735:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:.:.:8334,584,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:63,77:140:99:.:.:2907,0,2369:. 0|1:72,46:118:99:0|1:161514_C_A:1601,0,2843:. 1|1:0,135:135:99:.:.:5813,406,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:4126,286,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1339:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:161514_C_A:1906,141,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,20:53:99:.:.:740,0,759:. 1|1:0,97:97:99:.:.:4295,301,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1474:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,2598:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,9:93:99:0|1:161514_C_A:123,0,3300:. 0|0:93,0:93:33:.:.:0,33,2071:. 0|1:17,122:139:99:.:.:4853,0,328:. 0|1:118,35:153:99:.:.:477,0,4547:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,73:73:99:.:.:3149,223,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:59,54:113:99:.:.:2099,0,2235:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:14,36:50:99:0|1:161514_C_A:1397,0,408:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,105:144:99:.:.:4114,0,1278:. 0|1:84,17:101:99:0|1:161514_C_A:457,0,3409:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1079:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1601:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,55:72:99:.:.:2151,0,509:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:66,66:132:99:.:.:2055,0,1430:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,7:53:99:0|1:161514_C_A:156,0,1767:. 1|0:50,21:71:99:.:.:711,0,1915:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,9:88:99:0|1:161514_C_A:121,0,3150:. 1|1:0,134:134:99:.:.:5869,414,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,22:59:99:.:.:737,0,796:. 1|1:6,124:130:99:.:.:5176,133,0:. 1|0:10,85:95:99:.:.:3421,0,119:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1388:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1124:. 0|0:49,0:49:1:.:.:0,1,1073:. 1|0:29,53:82:99:.:.:2079,0,991:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1312:. 1|1:0,63:63:99:1|1:161514_C_A:2914,208,0:. 1|0:46,11:57:99:.:.:315,0,1806:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1273:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1474:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1352:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1516:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:82:.:.:0,82,1519:. 0|1:93,47:140:99:.:.:1616,0,3713:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2712,187,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,147:. 1|0:73,60:133:99:.:.:2178,0,2802:. 1|0:74,39:113:99:.:.:1336,0,2948:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1542:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3726,364,0:. 1|0:84,17:101:99:0|1:161514_C_A:415,0,3340:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,17:51:99:0|1:161514_C_A:590,0,1381:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2863,199,0:. 1|0:21,213:234:99:.:.:8651,0,151:. 1|0:40,51:91:99:.:.:1958,0,1448:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,479:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:10:.:.:0,10,1973:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1182:. 1|0:50,31:81:99:.:.:1112,0,1881:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,7:26:99:0|1:161514_C_A:209,0,692:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1590:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1088:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1520:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:.:.:4010,277,0:. 0|1:41,57:98:99:.:.:2229,0,1484:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,756:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:4958,357,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,74:77:76:.:.:3179,76,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:161514_C_A:3089,214,0:. 0|1:79,10:89:99:0|1:161514_C_A:182,0,3149:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:24,88:112:99:.:.:3474,0,679:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1500:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,840:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,104:105:99:.:.:4457,271,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1616:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,964:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1531:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3123,282,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:2442,171,0:. 1|1:1,130:131:99:.:.:5694,349,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1720:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:153,27:180:99:.:.:394,0,4389:. 1|1:4,187:191:99:.:.:7761,464,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5469,489,0:. 1|1:3,99:102:99:.:.:4181,172,0:. 1|1:9,88:97:31:.:.:2768,31,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1270:. 1|1:0,151:151:99:.:.:6670,464,0:. 1|1:3,127:130:99:.:.:5495,259,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:.:.:6896,487,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,28:61:99:.:.:712,0,885:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,138:139:99:.:.:5867,414,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,29:30:58:.:.:916,58,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,17:28:99:.:.:508,0,272:. 0|1:183,19:202:99:0|1:161514_C_A:270,0,7322:. 1|1:1,145:146:99:.:.:6315,415,0:. 1|0:75,49:124:99:.:.:1252,0,2802:. 1|0:35,75:110:99:.:.:2078,0,749:. 0|1:144,17:161:62:.:.:62,0,4121:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:164,19:183:99:.:.:148,0,4771:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1335:. 0|1:51,12:63:99:.:.:235,0,2002:. 0|1:96,50:146:99:.:.:1693,0,3796:. 1|0:92,10:102:99:0|1:161514_C_A:106,0,3698:. 0|1:65,55:120:99:0|1:161514_C_A:2036,0,2474:. 0|0:22,0:22:29:.:.:0,29,633:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,113:115:99:1|1:161480_G_A:4931,259,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:130,18:148:99:0|1:161514_C_A:323,0,5224:. 1|0:11,99:111:99:.:.:4121,0,151:. 0|1:55,25:80:99:0|1:161514_C_A:864,0,2120:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,96:116:99:.:.:3839,0,531:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,237:237:99:.:.:10442,725,0:. 0|1:42,21:63:99:0|1:161514_C_A:702,0,1664:. 1|1:2,224:226:99:.:.:9688,609,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,65:142:99:.:.:2373,0,2967:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1329:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1310:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1537:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:3068,212,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:3327,234,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1168:. 1|1:0,23:23:69:.:.:1023,69,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1107:. 1|0:60,69:129:99:.:.:1941,0,1440:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1425:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,240:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,223:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1204:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1298:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1290:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:3329,232,0:. Pf3D7_01_v3 161599 . T C 78984.2 PASS FS=0.588;MQ=61.58;QD=21.34;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S157P;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tcc/Ccc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.795;VQSLOD=3.99;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.01;FractionInformativeReads=0;GC=23.81;NCC=0;BaseQRankSum=-0.227;GQ_MEAN=104.81;GQ_STDDEV=38.49;HRun=2;InbreedingCoeff=0.3535;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.487;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=9041573;AF=0.005905;AS_InbreedingCoeff=-0.022;MLEAC=29;MLEAF=0.005524;AN=854;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,114,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1775:. 0|0:64,0:64:99:0,103,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,108,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,115,1695:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1600:. 0|0:61,0:61:99:0,110,1643:. 0|0:27,0:27:63:0,63,945:. 0|0:43,0:43:90:0,90,1350:. 0|0:12,0:12:0:0,0,211:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1265:. 0|0:38,0:38:93:0,93,1395:. 0|0:40,0:40:95:0,95,1063:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:96:0,96,1333:. 0|0:44,0:44:81:0,81,1215:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:12:0,12,180:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1570:. 0|0:50,0:50:95:0,95,1332:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:91:0,91,1517:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,112,1675:. 0|0:45,3:48:80:0,80,1255:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1201:. 0|0:82,0:82:99:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1389:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:82,0:82:99:0,111,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,115,1274:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:0,36,540:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1419:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1414:. 0|0:56,0:56:99:0,119,1480:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,109,1800:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:75,0:75:99:0,116,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,106,1800:. 0|0:36,0:36:87:0,87,1305:. 0|0:66,0:66:99:0,109,1535:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:86:0,86,975:. 0|0:72,0:72:99:0,115,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1219:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,114,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,101,1240:. 0|0:63,0:63:99:0,118,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,103,1373:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1313:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1415:. 0|0:69,0:69:99:0,104,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1243:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,103,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1227:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,100,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1015:. 1|1:3,78:81:99:2053,175,0:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,102,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,104,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,105,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,112,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,118,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,115,1509:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,109,1735:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,106,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1339:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1584:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1763:. 0|0:100,0:100:99:0,116,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,100,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,116,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,104,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,106,1800:. 0|0:91,10:101:49:0,49,2260:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:9:0,9,135:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:3204,359,0:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,107,1620:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,117,1755:. 0|0:110,0:110:99:0,101,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,112,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,114,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,110,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,113,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1079:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,110,1601:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,119,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,107,1426:. 0|0:29,0:29:84:0,84,1260:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,104,1556:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,118,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1483:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1425:. 0|0:38,0:38:84:0,84,1260:. 0|0:37,0:37:48:0,48,900:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:93:0,93,1395:. 0|0:67,0:67:99:0,110,1737:. 0|0:49,0:49:99:0,110,1092:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1395:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1366:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:0,110,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1075:. 0|0:96,0:96:99:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,116,1359:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1521:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1641:. 0|0:3,0:3:9:0,9,87:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,112,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1641:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:93:0,93,958:. 0|0:24,0:24:62:0,62,678:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1609:. 0|0:227,0:227:99:0,115,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,119,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:0,51,765:. 0|0:26,0:26:54:0,54,810:. 0|0:119,0:119:99:0,107,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:65:0,65,1039:. 0|0:82,0:82:99:0,114,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:0,51,765:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1286:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:84:0,84,828:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,104,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1520:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1153:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,100,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:63:0,63,945:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,106,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1158:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,117,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,100,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,110,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,108,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:0,105,1800:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,110,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1693,153,0:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:72:0,72,1002:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1752:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,108,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 1|1:3,170:173:99:5403,425,0:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1658:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1672:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,101,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:6:0,6,650:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,112,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 1|1:5,153:158:99:4657,300,0:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1357:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:92:0,92,1048:. 1|0:21,124:145:99:3487,0,269:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|1:62,39:101:99:888,0,1801:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1335:. 0|0:76,0:76:99:0,118,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 1|0:68,39:107:99:870,0,2021:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 1|0:20,93:113:99:2563,0,308:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 1|0:38,15:53:99:320,0,1056:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1329:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,110,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,115,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1310:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1537:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,113,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1109:. 0|0:21,0:21:48:0,48,720:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1107:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1425:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:87:0,87,1305:. 1|1:0,53:53:99:1714,159,0:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1261:. 1|1:0,41:41:99:1303,123,0:. 0|0:4,0:4:12:0,12,127:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:0,15,172:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1204:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1145:. 0|0:65,0:65:99:0,110,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1406:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:75:0,75,1125:. 0|0:26,0:26:60:0,60,900:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 161862 . A G 133097 PASS FS=0.534;MQ=62.76;QD=25.79;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q244;SNPEFF_CODON_CHANGE=caA/caG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.654;VQSLOD=4.48;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=121.17;GQ_STDDEV=30.41;HRun=0;InbreedingCoeff=0.907;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;ClippingRankSum=0;BaseQRankSum=-0.019;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.714;culprit=MQ;set=snp;DP=10820638;AF=0.006091;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=32;MLEAF=0.006091;AN=858;AC=10 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:103,0:103:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1711:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1710:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:1|1:161862_A_G:1903,132,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:161862_A_G:3587,249,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1459:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1759:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:86:.:.:0,86,1043:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1281:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,386:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1414:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:81,16:97:99:.:.:333,0,3317:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1573:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1720:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1040:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1445:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:59,7:66:99:0|1:161862_A_G:101,0,2401:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1070:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1311:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1342:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1457:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1352:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1767:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1513:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1298:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1605:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1304:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1770:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:10,58:68:86:.:.:1405,0,86:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1106:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,5:46:3:.:.:0,3,1270:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1221:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1235:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1755:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1229:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:83:.:.:0,83,1081:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1480:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,178:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:15,0:15:30:.:.:0,30,450:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1584:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:473,0:473:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1396:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:.:.:.:.:120 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:431,0:431:.:.:.:.:120 0|0:111,0:111:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:431,0:431:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,10:167:79:0|1:161862_A_G:0,79,6475:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:312,0:312:.:.:.:.:120 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:362,0:362:.:.:.:.:120 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1060:. 0|1:15,140:155:99:0|1:161862_A_G:5713,0,195:. 0|1:64,116:180:99:0|1:161862_A_G:4493,0,2299:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:152,0:152:.:.:.:.:120 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:120 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:.:.:.:.:120 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:.:.:.:.:120 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:.:.:.:.:120 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:102 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:.:.:.:.:120 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:.:.:.:.:120 0|0:369,0:369:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:403,0:403:.:.:.:.:120 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:.:.:.:.:120 0|0:354,0:354:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:.:.:.:.:120 0|0:157,0:157:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:384,0:384:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,25:85:99:0|1:161862_A_G:832,0,2417:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1530:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,430:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1155:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 161865 . G T 6.0595e+06 PASS FS=0;MQ=60.8;QD=28.7;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K245N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.699;VQSLOD=8.72;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.5046;FractionInformativeReads=0.983;GC=23.81;GQ_MEAN=108.93;GQ_STDDEV=174.38;HRun=0;InbreedingCoeff=0.2525;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.337;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10452185;AF=0.366;AS_InbreedingCoeff=0.7855;MLEAC=1954;MLEAF=0.372;AN=858;AC=261 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:28,66:94:99:.:.:1824,0,810:. 1|1:1,86:87:99:.:.:2668,233,0:. 0|0:72,7:79:14:.:.:0,14,2478:. 1|1:2,59:61:92:.:.:1743,92,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1710:. 0|0:54,6:60:2:.:.:0,2,1323:. 1|1:0,43:43:99:1|1:161862_A_G:1903,132,0:. 1|1:5,96:101:99:.:.:2773,154,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:161862_A_G:3506,240,0:. 0|0:89,0:89:56:.:.:0,56,1995:. 0|0:49,3:52:59:.:.:0,59,1544:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1818,174,0:. 0|1:51,12:63:99:0|1:161865_G_T:311,0,1773:. 1|0:32,29:61:99:.:.:726,0,1123:. 0|0:33,0:33:6:.:.:0,6,690:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1272,120,0:. 0|0:23,0:23:23:.:.:0,23,540:. 1|1:0,38:38:99:1|1:161865_G_T:1599,117,0:. 0|0:41,0:41:76:.:.:0,76,1063:. 0|0:52,0:52:58:.:.:0,58,1147:. 0|0:67,6:73:25:.:.:0,25,1629:. 0|0:78,0:78:61:.:.:0,61,1685:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4245,418,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1487,144,0:. 1|1:0,32:32:99:1|1:161865_G_T:1321,99,0:. 0|1:11,70:81:45:.:.:1731,0,45:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,267:. 1|1:0,8:8:24:1|1:161865_G_T:327,24,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1414:. 0|0:62,0:62:92:.:.:0,92,1460:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:75,18:93:99:.:.:526,0,1739:. 0|1:42,14:56:99:.:.:265,0,1404:. 1|0:58,135:193:99:.:.:3416,0,955:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1720:. 0|0:100,13:113:3:.:.:0,3,2412:. 0|0:66,0:66:72:.:.:0,72,1512:. 1|1:1,28:29:61:.:.:848,61,0:. 1|0:40,16:56:99:0|1:161865_G_T:283,0,1423:. 1|1:0,40:40:99:1|1:161865_G_T:1627,120,0:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2339,192,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:58,61:119:99:.:.:1506,0,1791:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3725,377,0:. 0|0:114,0:114:60:.:.:0,60,2529:. 0|1:35,8:43:94:.:.:94,0,1327:. 1|1:0,15:15:45:.:.:438,45,0:. 0|1:12,56:68:99:.:.:1488,0,256:. 0|0:28,3:31:2:.:.:0,2,641:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1868,190,0:. 0|1:3,16:19:26:.:.:439,0,26:. 0|0:92,0:92:60:.:.:0,60,2107:. 1|0:45,88:133:99:.:.:2219,0,1092:. 1|0:60,7:67:18:.:.:18,0,2116:. 1|1:4,40:44:40:.:.:1101,40,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,3:54:66:0|1:161865_G_T:0,66,1269:. 0|1:33,12:45:99:.:.:222,0,1135:. 0|0:114,0:114:0:.:.:0,0,2252:. 1|0:40,18:58:99:.:.:532,0,919:. 1|0:23,64:87:99:.:.:1707,0,671:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4399,444,0:. 0|0:51,0:51:71:.:.:0,71,1179:. 1|0:52,9:61:97:.:.:97,0,1207:. 0|1:12,65:77:88:.:.:1706,0,88:. 1|0:58,6:64:74:0|1:161862_A_G:74,0,2404:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1013:. 1|0:23,25:48:99:0|1:161865_G_T:827,0,658:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1070:. 0|0:43,0:43:70:.:.:0,70,1037:. 0|0:105,0:105:39:.:.:0,39,2181:. 0|1:73,9:82:10:.:.:10,0,3025:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1185,117,0:. 0|1:69,49:118:99:.:.:1077,0,2277:. 0|1:9,48:57:88:.:.:1222,0,88:. 0|0:56,0:56:50:.:.:0,50,1193:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1342:. 1|1:3,40:43:28:.:.:1083,28,0:. 0|0:48,0:48:82:.:.:0,82,1137:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1549,153,0:. 0|1:66,16:82:99:.:.:256,0,2234:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:161865_G_T:3241,250,0:. 1|0:24,32:56:99:.:.:743,0,711:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:161865_G_T:3385,258,0:. 0|0:51,2:53:96:.:.:0,96,1490:. 0|0:132,0:132:17:.:.:0,17,2721:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1629,166,0:. 0|1:37,24:61:99:.:.:518,0,1261:. 0|1:29,8:37:99:.:.:136,0,982:. 1|1:4,80:84:79:.:.:2235,79,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3944,312,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:68:.:.:0,68,3631:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:90:.:.:0,90,1941:. 0|1:20,57:77:99:.:.:1512,0,305:. 0|0:107,0:107:96:.:.:0,96,2380:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,114:115:99:1|1:161865_G_T:4425,327,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:91,6:97:99:.:.:0,107,3381:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3401,338,0:. 1|0:83,36:119:99:.:.:773,0,2842:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:33:.:.:0,33,2122:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,66:82:99:.:.:1743,0,190:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,14:83:99:0|1:161865_G_T:167,0,1607:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,49:83:99:.:.:1234,0,1161:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,46:99:99:.:.:1137,0,1118:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,103:113:58:.:.:2682,0,58:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3106,312,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2759,284,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3922,385,0:. 0|1:66,46:112:99:.:.:1012,0,1468:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3310,339,0:. 1|0:55,52:107:99:.:.:1219,0,1778:. 0|1:55,42:97:99:.:.:971,0,1847:. 0|1:4,44:48:17:.:.:1133,0,17:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,5:76:74:.:.:0,74,2766:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:85:.:.:0,85,2326:. 0|1:83,27:110:99:.:.:483,0,1786:. 1|0:88,42:130:99:.:.:772,0,1822:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2716,282,0:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3468,344,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:73,26:99:99:.:.:448,0,3001:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:70,0:70:61:.:.:0,61,1498:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:91:.:.:0,91,1344:. 0|0:130,0:130:45:.:.:0,45,2616:. 1|0:17,27:44:99:.:.:650,0,287:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:79:.:.:0,79,1954:. 0|0:50,0:50:27:.:.:0,27,993:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:161865_G_T:3543,270,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:161865_G_T:1960,147,0:. 0|1:50,20:70:99:.:.:418,0,1121:. 0|1:17,31:48:99:.:.:769,0,337:. 0|0:150,0:150:4:.:.:0,4,3233:. 0|1:52,35:87:99:.:.:824,0,1085:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,104:109:99:.:.:2947,117,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,173:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1767:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1513:. 1|0:37,21:58:99:.:.:490,0,1183:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,17:91:99:.:.:197,0,2572:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,54:92:99:.:.:1377,0,744:. 1|1:0,70:70:99:1|1:161865_G_T:2839,211,0:. 0|1:48,14:62:99:.:.:251,0,1092:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1298:. 1|0:54,32:86:99:0|1:161865_G_T:1093,0,1930:. 1|0:72,14:86:99:.:.:135,0,1699:. 0|0:101,9:110:61:.:.:0,61,2563:. 1|1:7,47:54:4:.:.:1216,4,0:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1897,165,0:. 0|0:55,0:55:93:.:.:0,93,1291:. 1|1:1,133:134:99:.:.:4003,373,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,79:81:99:.:.:2308,168,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2408,236,0:. 0|0:49,3:52:83:.:.:0,83,1792:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:32,38:70:99:.:.:884,0,996:. 0|0:52,0:52:83:.:.:0,83,1140:. 1|1:0,53:53:99:1|1:161865_G_T:2074,159,0:. 0|0:63,0:63:91:.:.:0,91,1418:. 0|1:95,17:112:99:.:.:183,0,2155:. 0|0:83,0:83:58:.:.:0,58,1763:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2794,272,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2634,268,0:. 0|0:61,7:68:12:.:.:0,12,1982:. 1|0:53,13:66:99:.:.:206,0,1831:. 0|1:33,6:39:66:.:.:66,0,755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1304:. 1|0:18,13:31:99:.:.:310,0,436:. 1|0:28,29:57:99:.:.:642,0,949:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1770:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2778,202,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,38:46:62:.:.:977,0,62:. 1|1:3,97:100:99:.:.:2725,221,0:. 1|1:6,55:61:17:.:.:1513,17,0:. 0|1:25,13:38:99:.:.:260,0,531:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1545,149,0:. 0|1:26,5:31:67:.:.:67,0,969:. 1|1:1,74:75:99:.:.:2562,196,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1106:. 0|0:60,0:60:65:.:.:0,65,1322:. 1|0:10,36:46:99:.:.:1021,0,126:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1221:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1235:. 0|1:52,20:72:99:.:.:408,0,1097:. 1|1:0,114:114:99:1|1:161865_G_T:4547,343,0:. 0|1:13,40:53:99:.:.:1064,0,188:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1229:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:82:.:.:0,82,927:. 1|0:71,12:83:87:.:.:87,0,2462:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1480:. 0|0:55,0:55:86:.:.:0,86,1290:. 0|0:56,0:56:81:.:.:0,81,1307:. 0|0:93,11:104:4:.:.:0,4,3338:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:4:.:.:0,4,98:. 0|1:70,36:106:99:.:.:731,0,2208:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:74,0:74:91:.:.:0,91,1740:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2607,259,0:. 0|1:17,66:83:99:.:.:2556,0,188:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,15:39:99:.:.:320,0,682:. 0|0:23,0:23:37:.:.:0,37,550:. 1|1:5,68:73:75:.:.:1909,75,0:. 0|1:64,120:184:99:.:.:3081,0,1207:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:1,13:14:14:.:.:338,14,0:. 0|0:46,0:46:91:.:.:0,91,1152:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:161865_G_T:1995,150,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:9,3:12:59:.:.:59,0,292:. 0|0:47,0:47:96:.:.:0,96,1171:. 1|1:0,24:24:71:.:.:675,71,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,19:19:57:.:.:570,57,0:. 1|0:33,69:102:99:.:.:2155,0,800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:161865_G_T:3193,226,0:. 0|1:71,37:108:99:.:.:995,0,2590:. 0|1:56,66:122:99:.:.:2036,0,2004:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,69:120:99:.:.:2037,0,1409:. 1|1:0,28:28:84:.:.:1023,84,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:2,88:90:99:.:.:3094,202,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:161865_G_T:3695,265,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,20:123:99:.:.:333,0,3399:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1584:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:28,0:28:32:.:.:0,32,801:. 1|0:56,11:67:99:.:.:180,0,1737:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,143:143:99:1|1:161865_G_T:6084,431,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:473,0:473:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1396:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,615:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,2326:. 1|0:4,46:50:10:.:.:1420,0,10:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:336,0:336:0:.:.:0,0,7130:. 0|1:67,29:96:99:.:.:693,0,2467:. 1|1:0,134:134:99:.:.:5486,402,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:0:.:.:0,0,7504:. 0|1:88,83:171:99:.:.:2344,0,3148:. 1|1:2,218:220:99:.:.:7196,610,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1634,146,0:. 0|0:383,0:383:0:.:.:0,0,7391:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,145:157:19:.:.:4479,0,19:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:1|1:161865_G_T:4969,360,0:. 1|1:0,146:146:99:1|1:161865_G_T:6056,439,0:. 1|0:139,20:159:99:.:.:229,0,4096:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,10:158:72:0|1:161862_A_G:0,72,6413:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:272,0:272:0:.:.:0,0,4984:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,73:174:99:.:.:2020,0,2623:. 0|0:28,0:28:25:.:.:0,25,824:. 0|1:14,136:150:99:0|1:161862_A_G:5685,0,170:. 0|1:62,109:171:99:0|1:161862_A_G:4447,0,2248:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,12:150:30:.:.:0,30,5133:. 0|1:52,102:154:99:.:.:3016,0,1754:. 1|0:56,7:63:48:.:.:48,0,2050:. 1|1:4,147:151:99:.:.:4989,315,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1305:. 1|0:134,29:163:99:.:.:589,0,3953:. 0|0:29,1:30:58:.:.:0,58,1152:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:0:.:.:0,0,8073:. 0|1:68,38:106:99:.:.:999,0,2254:. 0|0:348,0:348:0:.:.:0,0,6084:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:0:.:.:0,0,4585:. 1|0:108,39:147:99:.:.:897,0,3168:. 1|1:5,142:147:99:.:.:4734,267,0:. 1|0:23,41:64:99:.:.:1063,0,712:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,6:68:16:.:.:16,0,2322:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:1,12:13:6:.:.:382,0,6:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:9:.:.:0,9,9548:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:325,0:325:0:.:.:0,0,6342:. 0|1:42,34:76:99:.:.:984,0,1455:. 1|0:11,125:136:6:.:.:3782,0,6:. 0|0:134,12:146:24:.:.:0,24,5087:. 1|1:8,162:170:99:.:.:5013,288,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,89:182:99:.:.:2401,0,3269:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:94:.:.:0,94,2155:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:0:.:.:0,0,5940:. 0|1:65,87:152:99:.:.:2619,0,2218:. 0|0:353,0:353:0:.:.:0,0,7526:. 0|0:48,0:48:61:.:.:0,61,1309:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2914,248,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,70:80:99:.:.:2175,0,211:. 1|0:59,25:84:99:0|1:161862_A_G:833,0,2396:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:4074,351,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:40,0:40:82:.:.:0,82,1188:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1123:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,72:135:99:.:.:2105,0,1670:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:91:.:.:0,91,1293:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:94:.:.:0,94,1762:. 1|1:0,37:37:99:1|1:161865_G_T:1506,111,0:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,406:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,93:161:99:.:.:2647,0,1743:. 1|0:91,74:165:99:.:.:2034,0,2496:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,350:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,67:163:99:.:.:1827,0,2780:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:161865_G_T:4919,366,0:. 0|1:90,24:114:99:.:.:471,0,2654:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,10:41:99:.:.:238,0,1073:. 1|0:92,82:174:99:.:.:2255,0,3367:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1155:. 1|1:1,21:22:31:.:.:667,31,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 161885 . A G 8.71626e+06 PASS FS=0;MQ=60.16;QD=30.37;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y252C;SNPEFF_CODON_CHANGE=tAt/tGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.748;VQSLOD=7.43;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.952;GC=14.29;GQ_MEAN=179.44;GQ_STDDEV=80.12;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.315;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8687429;AF=0.702;AS_InbreedingCoeff=0.626;MLEAC=3715;MLEAF=0.71;AN=856;AC=608 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:58,20:78:99:.:.:330,0,2189 0|0:82,0:82:99:.:.:0,103,1800 1|0:6,48:54:99:.:.:1140,0,105 0|0:43,2:45:84:.:.:0,84,1849 1|1:0,52:52:99:.:.:1396,154,0 0|0:77,0:77:63:.:.:0,63,2019 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1188 1|1:0,72:72:99:.:.:3236,231,0 0|0:80,0:80:79:.:.:0,79,2082 1|1:1,54:55:99:.:.:1558,155,0 0|1:19,16:35:99:.:.:359,0,508 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755 1|0:32,10:42:99:0|1:161865_G_T:299,0,1349 0|1:26,28:54:99:.:.:598,0,968 1|1:0,19:19:57:.:.:541,57,0 0|0:42,0:42:36:.:.:0,36,996 1|1:0,13:13:39:.:.:376,39,0 1|1:0,33:33:99:1|1:161865_G_T:1385,102,0 1|1:1,28:29:76:.:.:769,76,0 1|1:1,33:34:91:.:.:883,91,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1404,148,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1176,133,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:69:.:.:0,69,1704 1|1:0,25:25:75:1|1:161865_G_T:1048,75,0 1|1:0,57:57:99:.:.:2281,171,0 1|1:0,11:11:33:.:.:313,33,0 1|1:0,7:7:21:1|1:161865_G_T:290,21,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1714 1|1:0,44:44:99:.:.:1160,130,0 1|1:2,61:63:96:.:.:1475,96,0 0|1:14,66:80:99:.:.:1722,0,344 1|0:9,25:34:99:.:.:589,0,303 1|1:0,131:131:99:.:.:5120,402,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1159,125,0 1|1:3,84:87:99:.:.:2184,161,0 1|1:0,32:32:94:.:.:827,94,0 0|0:43,0:43:35:.:.:0,35,972 0|1:16,36:52:99:1|0:161865_G_T:796,0,491 1|1:0,31:31:96:1|1:161865_G_T:1359,96,0 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,2220 1|1:0,66:66:99:.:.:1789,197,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1296,140,0 1|0:49,42:91:99:.:.:735,0,1924 0|0:138,0:138:98:.:.:0,98,3297 1|1:1,54:55:99:.:.:1353,152,0 1|0:6,28:34:99:.:.:657,0,162 0|0:20,0:20:30:.:.:0,30,450 1|0:40,7:47:39:.:.:39,0,1655 1|0:3,18:21:30:.:.:420,0,30 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,286 1|1:2,50:52:78:.:.:1292,78,0 0|1:89,15:104:97:.:.:97,0,3256 0|1:7,47:54:99:.:.:1090,0,117 0|0:58,0:58:18:.:.:0,18,1254 1|1:0,54:54:99:.:.:1399,160,0 1|1:0,28:28:83:.:.:741,83,0 1|1:0,40:40:99:1|1:161865_G_T:1125,119,0 1|0:8,27:35:99:.:.:620,0,241 0|1:31,30:61:99:.:.:616,0,719 0|1:36,11:47:99:.:.:175,0,1404 0|1:43,19:62:99:.:.:316,0,1645 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,31:31:93:.:.:837,93,0 1|1:1,44:45:99:.:.:1299,114,0 1|0:27,27:54:99:.:.:496,0,647 0|1:6,48:54:74:.:.:1144,0,74 1|1:0,22:22:65:.:.:538,65,0 1|0:13,19:32:99:0|1:161865_G_T:672,0,441 1|1:0,23:23:66:.:.:515,66,0 1|1:0,25:25:75:.:.:696,75,0 1|1:1,48:49:99:.:.:1214,134,0 1|1:3,55:58:12:.:.:1337,12,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1674,180,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1513 1|0:32,52:84:99:.:.:1146,0,1143 1|1:0,37:37:99:.:.:1637,125,0 1|1:0,31:31:91:.:.:715,91,0 1|1:0,26:26:77:.:.:685,77,0 0|0:32,2:34:48:.:.:0,48,1319 1|1:0,22:22:65:.:.:552,65,0 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1368 1|1:0,57:57:99:.:.:1639,168,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1009,116,0 1|1:0,58:58:99:1|1:161865_G_T:2513,183,0 0|1:23,16:39:99:.:.:315,0,890 0|1:8,31:39:99:.:.:758,0,137 1|1:3,77:80:99:.:.:1864,150,0 1|1:0,64:64:99:1|1:161865_G_T:2802,206,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1140,120,0 1|1:1,64:65:99:.:.:1639,181,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1675,192,0 0|0:78,0:78:66:.:.:0,66,1841 1|0:16,27:43:99:.:.:583,0,625 1|0:7,20:27:99:.:.:430,0,200 0|0:55,4:59:81:.:.:0,81,2259 0|1:9,58:67:65:.:.:1340,0,65 1|1:1,72:73:99:.:.:1734,169,0 1|1:1,89:90:99:.:.:2340,247,0 1|1:10,117:127:36:.:.:2763,36,0 1|1:0,74:74:99:.:.:1914,219,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1166,135,0 1|0:40,19:59:99:.:.:277,0,957 0|1:38,32:70:99:.:.:592,0,909 1|1:0,89:89:99:.:.:2398,263,0 1|1:1,94:95:99:.:.:2444,251,0 1|1:1,82:83:99:1|1:161865_G_T:3515,242,0 0|1:30,43:73:99:.:.:926,0,677 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,73:77:52:.:.:1697,52,0 0|0:135,0:135:88:.:.:0,88,3295 0|1:28,60:88:99:.:.:1308,0,999 1|1:1,118:119:99:.:.:2991,319,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1440,159,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2476,276,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2695,209,0 1|1:1,125:126:99:.:.:3269,365,0 1|1:0,68:68:99:1|1:161865_G_T:1968,202,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2434,278,0 1|0:48,29:77:99:.:.:548,0,1764 0|1:12,89:101:78:.:.:2025,0,78 1|1:0,72:72:99:.:.:2612,219,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1373,166,0 0|0:72,7:79:43:.:.:0,43,2990 0|0:132,0:132:99:.:.:0,109,1800 0|0:114,0:114:99:.:.:0,117,1800 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|0:27,57:84:99:.:.:1205,0,495 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,2564 1|0:36,43:79:99:.:.:865,0,1338 1|0:33,40:73:99:.:.:817,0,1208 0|0:33,3:36:29:.:.:0,29,1353 1|1:0,80:80:99:.:.:2123,238,0 1|1:0,107:107:99:.:.:2921,319,0 1|1:4,60:64:79:.:.:1439,79,0 1|1:0,115:115:99:.:.:2973,341,0 1|1:1,49:50:99:.:.:1250,115,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2423,246,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3152,298,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2362,270,0 1|1:0,114:114:99:.:.:2925,337,0 0|0:106,0:106:58:.:.:0,58,2441 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,54:54:99:.:.:1435,161,0 0|1:21,60:81:99:.:.:1386,0,661 1|1:0,83:83:99:.:.:2175,246,0 1|1:0,108:108:99:.:.:2870,319,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1691,188,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1058,119,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1299,141,0 1|1:0,29:29:86:.:.:765,86,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2266,250,0 0|1:16,19:35:99:.:.:405,0,348 1|1:0,79:79:99:.:.:2189,236,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1184,138,0 1|1:0,24:24:71:.:.:611,71,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2417,281,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1308,148,0 1|1:0,68:68:99:1|1:161865_G_T:2867,204,0 0|1:15,49:64:99:.:.:1172,0,242 1|1:0,40:40:99:1|1:161865_G_T:1657,119,0 1|0:7,50:57:56:.:.:1157,0,56 1|1:2,35:37:49:.:.:1320,49,0 1|1:3,94:97:99:.:.:2447,195,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2446,226,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2173,245,0 0|0:113,0:113:24:.:.:0,24,2699 1|0:2,3:5:49:.:.:52,0,49 1|1:0,60:60:99:.:.:1628,179,0 1|1:0,72:72:99:.:.:1923,213,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1084,126,0 1|1:0,37:37:99:.:.:978,110,0 0|1:16,23:39:99:.:.:462,0,510 1|1:0,69:69:99:.:.:1748,203,0 0|1:15,54:69:99:.:.:1209,0,381 1|1:0,37:37:99:.:.:962,109,0 1|0:39,40:79:99:.:.:804,0,946 1|1:0,56:56:99:1|1:161865_G_T:2373,170,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1597,152,0 1|1:1,32:33:92:.:.:835,92,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,103,1800 1|1:0,67:67:99:.:.:2001,200,0 1|0:11,71:82:99:.:.:1615,0,107 1|0:28,10:38:99:.:.:123,0,708 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1853 0|0:59,0:59:87:.:.:0,87,1437 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,69:69:99:.:.:1769,203,0 0|0:103,0:103:12:.:.:0,12,2384 1|1:0,73:73:99:.:.:1866,216,0 1|1:10,84:94:73:.:.:2084,73,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,112,1800 0|1:3,32:35:20:.:.:743,0,20 1|1:0,83:83:99:.:.:2115,246,0 0|1:28,24:52:99:.:.:415,0,1139 1|1:0,31:31:92:.:.:815,92,0 1|1:0,36:36:99:1|1:161865_G_T:1704,123,0 1|1:0,34:34:99:.:.:891,101,0 1|1:8,85:93:67:.:.:1944,67,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1149,136,0 0|0:70,5:75:99:.:.:0,102,1851 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|0:11,37:48:99:.:.:798,0,236 0|1:11,40:51:99:.:.:841,0,310 1|1:0,23:23:74:.:.:726,74,0 1|1:0,26:26:77:.:.:688,77,0 0|1:20,3:23:16:.:.:16,0,661 0|1:21,22:43:99:.:.:568,0,768 1|1:0,39:39:99:.:.:1020,115,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1538,179,0 0|0:73,0:73:24:.:.:0,24,1674 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|1:59,9:68:51:.:.:51,0,1549 1|1:0,52:52:99:.:.:1338,154,0 1|0:23,11:34:99:.:.:193,0,535 1|0:10,69:79:40:.:.:1511,0,40 1|1:0,45:45:99:.:.:1999,141,0 1|1:2,20:22:4:.:.:460,4,0 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1303 1|0:4,21:25:91:.:.:517,0,91 0|1:24,31:55:99:.:.:610,0,517 0|1:17,12:29:99:.:.:225,0,435 1|1:0,39:39:99:.:.:958,114,0 0|1:24,9:33:99:.:.:145,0,686 1|1:0,27:27:81:.:.:755,81,0 0|0:52,0:52:58:.:.:0,58,1288 1|0:8,48:56:72:.:.:1101,0,72 1|1:0,77:77:99:1|1:161865_G_T:3684,259,0 0|0:58,0:58:93:.:.:0,93,1561 1|1:0,52:52:99:.:.:1442,155,0 1|1:0,23:23:69:.:.:623,69,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,27:27:80:.:.:721,80,0 0|1:11,47:58:99:.:.:1101,0,293 1|1:0,33:33:98:.:.:836,98,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1093,120,0 1|1:0,28:28:83:.:.:722,83,0 1|0:11,66:77:99:.:.:1564,0,197 1|1:0,47:47:99:.:.:1270,140,0 1|1:0,4:4:12:.:.:94,12,0 1|0:37,37:74:99:.:.:781,0,1324 1|1:0,54:54:99:.:.:1445,161,0 0|1:34,25:59:99:.:.:484,0,864 1|1:0,42:42:99:.:.:1161,127,0 0|0:125,0:125:68:.:.:0,68,2827 1|1:5,71:76:68:.:.:1668,68,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2442,274,0 0|1:22,8:30:99:.:.:130,0,686 1|1:0,12:12:36:.:.:323,36,0 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1870 1|1:8,134:142:99:.:.:3523,184,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1327,149,0 0|0:149,0:149:0:.:.:0,0,3233 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,246 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,66:66:99:.:.:1698,195,0 1|1:2,62:64:99:.:.:1597,100,0 1|1:0,37:37:99:1|1:161865_G_T:1682,120,0 1|1:1,48:49:99:.:.:1236,134,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1445,155,0 0|1:4,5:9:97:.:.:97,0,118 1|1:1,35:36:97:.:.:927,97,0 0|0:32,0:32:21:.:.:0,21,770 0|0:66,4:70:93:.:.:0,93,1875 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,365 1|1:0,80:80:99:.:.:3330,257,0 1|1:0,59:59:99:1|1:161865_G_T:2637,183,0 1|0:30,53:83:99:.:.:1384,0,1021 1|0:49,49:98:99:.:.:1299,0,1945 1|1:0,97:97:99:.:.:3280,290,0 1|1:1,77:78:99:.:.:2557,223,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2797,246,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,98:98:99:.:.:3233,292,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2735,255,0 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1800 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,725 1|1:0,90:90:99:.:.:3001,269,0 1|1:0,92:92:99:.:.:3017,276,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3736,330,0 1|1:1,107:108:99:.:.:3550,293,0 0|0:158,0:158:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,96:96:99:.:.:3003,284,0 1|1:0,93:93:99:.:.:3096,278,0 1|1:0,76:76:99:.:.:3430,241,0 1|1:0,111:111:99:.:.:4393,339,0 1|1:0,66:66:99:1|1:161865_G_T:2869,203,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2739,245,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4199,384,0 0|1:25,67:92:99:.:.:2171,0,552 1|1:0,41:41:99:.:.:1254,121,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1386,130,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|0:33,0:33:32:.:.:0,32,890 1|1:0,52:52:99:.:.:1822,158,0 1|1:0,89:89:99:.:.:3043,267,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1709,155,0 0|0:134,0:134:42:.:.:0,42,3781 1|1:0,106:106:99:.:.:3534,318,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1338,122,0 1|1:0,105:105:99:1|1:161865_G_T:4874,334,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3755,354,0 1|1:0,97:97:99:.:.:3053,287,0 1|1:0,320:320:99:.:.:10724,968,0 1|1:0,359:359:99:.:.:11841,1072,0 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,28:28:84:.:.:962,84,0 1|1:0,15:15:45:.:.:511,45,0 1|1:2,62:64:99:.:.:1782,142,0 0|0:38,2:40:53:.:.:0,53,1542 1|1:0,110:110:99:.:.:3567,328,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3947,384,0 1|1:1,162:163:99:.:.:5329,464,0 1|0:26,53:79:99:.:.:1385,0,886 1|1:2,108:110:99:.:.:4504,257,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3393,315,0 1|1:5,178:183:99:.:.:5580,491,0 1|0:74,72:146:99:.:.:1840,0,2748 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,73:73:99:.:.:2184,214,0 0|0:51,0:51:76:.:.:0,76,1540 1|1:0,170:170:99:.:.:5816,518,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1258,118,0 0|0:110,8:118:97:.:.:0,97,4504 1|1:0,101:101:99:.:.:3184,300,0 1|1:0,91:91:99:1|1:161865_G_T:4107,294,0 1|1:0,106:106:99:1|1:161865_G_T:4790,333,0 1|1:3,121:124:99:.:.:3676,257,0 1|1:0,96:96:99:.:.:3146,287,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3390,312,0 1|0:8,109:117:3:.:.:3108,0,3 1|1:0,117:117:99:.:.:3502,344,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4966,460,0 1|1:1,78:79:99:.:.:2480,225,0 1|1:8,156:164:99:.:.:5589,340,0 1|1:1,19:20:22:.:.:490,22,0 1|0:99,12:111:34:.:.:34,0,4176 0|1:84,46:130:99:.:.:1070,0,3438 1|1:0,117:117:99:.:.:3688,347,0 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,153:153:99:.:.:5019,456,0 1|1:7,102:109:8:.:.:2840,8,0 1|0:68,42:110:99:.:.:1058,0,2691 0|1:7,42:49:99:.:.:1104,0,170 1|1:0,114:114:99:.:.:5010,356,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3678,344,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3450,330,0 1|1:0,19:19:57:.:.:574,57,0 0|1:25,112:137:99:.:.:3084,0,435 1|1:0,25:25:74:.:.:745,74,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3305,317,0 1|1:8,160:168:99:1|1:161884_T_C:7069,418,0 1|1:1,82:83:99:.:.:3324,245,0 1|1:2,162:164:99:.:.:5354,413,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3967,376,0 1|1:1,131:132:99:.:.:3862,355,0 0|1:24,87:111:99:.:.:2540,0,487 1|1:3,98:101:99:.:.:2966,201,0 1|1:2,48:50:99:.:.:2052,119,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3655,358,0 0|1:18,48:66:99:.:.:1274,0,497 1|1:0,83:83:99:.:.:3017,246,0 1|0:7,1:8:8:.:.:8,0,283 1|1:2,134:136:99:.:.:3919,309,0 1|1:1,215:216:99:1|1:161884_T_C:9466,631,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3939,385,0 1|0:11,101:112:31:.:.:2742,0,31 0|0:150,15:165:25:.:.:0,25,5104 1|0:28,29:57:99:.:.:913,0,1037 0|0:188,0:188:0:.:.:0,0,4512 0|1:9,106:115:60:.:.:2904,0,60 0|0:404,0:404:99:.:.:0,117,10328 1|0:59,13:72:99:.:.:168,0,1870 1|0:72,77:149:99:.:.:1757,0,2823 1|1:7,260:267:99:.:.:7869,501,0 1|1:3,263:266:99:.:.:8039,675,0 1|0:8,36:44:99:.:.:1062,0,114 1|1:1,205:206:99:.:.:6545,587,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4214,396,0 1|0:63,48:111:99:.:.:1200,0,2571 1|1:1,174:175:99:.:.:5822,511,0 1|1:0,30:30:88:.:.:930,88,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1835,167,0 0|0:98,0:98:43:.:.:0,43,2620 1|1:0,90:90:99:.:.:2895,268,0 0|1:45,11:56:99:.:.:167,0,1926 0|1:23,48:71:99:.:.:1331,0,786 1|1:0,91:91:99:.:.:2858,277,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,96:96:99:.:.:3025,284,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2301,215,0 1|1:0,24:24:72:.:.:766,72,0 0|0:36,0:36:60:.:.:0,60,1094 1|1:0,79:79:99:.:.:2522,236,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2497,229,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3717,303,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2822,226,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3447,340,0 0|0:173,0:173:27:.:.:0,27,4420 1|1:0,146:146:99:.:.:5717,443,0 1|1:0,31:31:93:1|1:161884_T_C:1333,93,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1777,166,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1791,137,0 1|1:0,22:22:76:1|1:161865_G_T:1056,76,0 1|1:0,10:10:30:.:.:337,30,0 1|1:1,142:143:99:.:.:4255,411,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4631,368,0 1|1:0,127:127:99:.:.:4654,383,0 1|1:0,12:12:36:.:.:394,36,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3272,306,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4590,384,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2231,223,0 1|1:11,82:93:65:1|1:161865_G_T:3563,65,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2904,262,0 1|1:1,72:73:99:.:.:2228,206,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2932,285,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2788,261,0 1|1:0,67:67:99:1|1:161884_T_C:3208,220,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8049,746,0 0|1:7,23:30:99:.:.:557,0,213 1|0:66,73:139:99:.:.:1899,0,2355 1|1:1,294:295:99:.:.:9172,863,0 1|0:49,21:70:99:.:.:487,0,1536 1|1:0,105:105:99:.:.:3389,313,0 0|0:30,0:30:54:.:.:0,54,910 0|0:18,0:18:20:.:.:0,20,586 1|1:0,162:162:99:.:.:5106,481,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1653,160,0 Pf3D7_01_v3 162384 . T G 3.08914e+06 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=21.62;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H418Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=caT/caG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.721;VQSLOD=6.87;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=23.81;GQ_MEAN=255.24;GQ_STDDEV=449.4;HRun=1;InbreedingCoeff=0.74;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.358;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14235441;AF=0.133;AS_InbreedingCoeff=0.4155;MLEAC=701;MLEAF=0.133;AN=856;AC=148 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1549:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:44,40:84:99:.:.:927,0,1173:. 0|1:32,36:68:99:.:.:846,0,805:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,1192:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1499:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,519:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1106:. 0|0:75,0:75:21:.:.:0,21,1858:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,34:35:72:.:.:932,72,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,2:15:14:.:.:14,0,339:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1747:. 1|1:1,70:71:99:.:.:1976,185,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,13:110:44:.:.:44,0,2720:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1421:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1269:. 0|1:91,32:123:99:1|0:162360_C_A:513,0,2582:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,17:71:99:.:.:250,0,1404:. 1|0:16,39:55:99:.:.:906,0,302:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,71:120:99:.:.:1629,0,1121:. 0|0:92,0:92:78:.:.:0,78,2360:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1255:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,191:228:99:.:.:4808,0,435:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:20,50:70:99:.:.:1220,0,408:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1173,140,0:. 0|1:67,58:125:99:.:.:1227,0,1668:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1137:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1037:. 1|0:19,29:48:99:.:.:690,0,417:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,14:108:66:.:.:66,0,2560:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,33:76:99:.:.:685,0,1061:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1681,182,0:. 0|1:32,25:57:99:.:.:534,0,800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1858,209,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,60:131:99:.:.:1257,0,1713:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:30,128:158:99:.:.:3094,0,440:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,38:94:99:.:.:727,0,1388:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1535:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,239:245:99:.:.:6286,556,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,224:238:99:.:.:5797,276,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:150,37:187:99:.:.:471,0,3965:. 1|1:0,264:264:99:.:.:7252,790,0:. 1|1:0,146:146:99:.:.:3986,438,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,97:167:99:.:.:2143,0,1663:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,54:188:99:.:.:911,0,3436:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:159,30:189:99:.:.:229,0,4125:. 1|1:1,224:225:99:.:.:5832,640,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:173,26:199:99:.:.:129,0,4619:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,250:251:99:.:.:6623,719,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:.:.:6007,676,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,147:203:99:.:.:3469,0,1110:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,15:63:99:.:.:220,0,1280:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:.:.:3808,408,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:100,47:147:99:.:.:853,0,2561:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,173:195:60:.:.:4333,0,60:. 0|1:108,81:189:99:.:.:1627,0,2737:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,296:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,39:158:99:.:.:611,0,3137:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:43,60:103:99:.:.:1320,0,1047:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,77:119:99:.:.:1823,0,924:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:.:.:6017,654,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,115:122:99:.:.:2964,161,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,56:121:99:.:.:1213,0,1634:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,14:81:99:.:.:139,0,1689:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,40:179:99:.:.:555,0,3666:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1763:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1594:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1800:. 0|1:54,41:95:99:.:.:833,0,1366:. 1|0:14,117:131:25:.:.:2823,0,25:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3267,362,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,178:203:99:.:.:4139,0,171:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,94:106:39:.:.:2238,0,39:. 0|1:40,39:79:99:.:.:831,0,999:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1128:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1541:. 0|1:82,22:104:99:.:.:241,0,2279:. 0|0:70,0:70:97:.:.:0,97,1874:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2438,269,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1599,176,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:30:.:.:0,30,2667:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3524,378,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1743,194,0:. 0|0:129,0:129:38:.:.:0,38,3257:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1631:. 1|1:6,67:73:40:.:.:1676,40,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,3:4:21:.:.:73,0,21:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,46:120:99:.:.:932,0,1928:. 0|1:80,60:140:99:.:.:1207,0,1978:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1518:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,677:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,25:104:99:.:.:371,0,2044:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,77:131:99:.:.:1735,0,1289:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,5:21:76:.:.:76,0,421:. 0|1:32,42:74:99:.:.:930,0,730:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1198:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:3,175:178:99:.:.:5975,450,0:. 0|1:28,232:260:99:.:.:7296,0,217:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7804,682,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,250:251:99:.:.:8664,718,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,148:149:99:.:.:5001,410,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,94:208:99:.:.:2630,0,3422:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:36,82:118:99:.:.:2513,0,933:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:3,757:760:99:.:.:25914,2202,0:. 0|0:857,0:857:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,681:682:99:.:.:23445,2012,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1088,93,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,540:545:99:.:.:17265,1458,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:561,0:561:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:510,0:510:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,152:153:99:.:.:4992,424,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:4,672:676:99:.:.:21512,1881,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:213,43:256:99:.:.:660,0,6594:. 1|0:24,242:266:84:.:.:7202,0,84:. 1|1:1,201:202:99:.:.:6768,570,0:. 0|0:439,0:439:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,93:111:99:.:.:2795,0,233:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1723:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,286:287:99:.:.:9452,823,0:. 1|1:1,347:348:99:.:.:11599,1009,0:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:116,135:251:99:.:.:3461,0,3084:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,121:133:24:.:.:3491,0,24:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,55:85:99:.:.:1514,0,690:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:574,0:574:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:216,27:243:99:.:.:187,0,6826:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,43:54:99:.:.:1246,0,222:. 0|0:262,0:262:0:.:.:0,0,7599:. 0|0:587,0:587:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:234,26:260:99:.:.:111,0,7510:. 1|0:27,227:254:99:.:.:6727,0,150:. 0|0:465,0:465:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,154:191:99:.:.:4637,0,706:. 0|0:500,0:500:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:593,0:593:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,34:123:99:.:.:734,0,2767:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:235,31:266:99:.:.:268,0,7494:. 0|0:454,0:454:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4911,445,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,146:175:99:.:.:4329,0,528:. 0|1:94,53:147:99:.:.:1412,0,2815:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,124:232:99:.:.:3344,0,3044:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1670:. 1|1:0,25:25:75:.:.:876,75,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1070,96,0:. 1|1:2,270:272:99:.:.:8967,749,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,158:230:99:.:.:4594,0,1853:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:228,305:533:99:.:.:8848,0,6539:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,687:687:99:.:.:22876,2063,0:. 1|0:161,48:209:99:.:.:903,0,5102:. 1|1:1,277:278:99:.:.:9205,798,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:14,0:14:7:.:.:0,7,408:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 162981 . C G 2.15463e+07 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=34.4;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I617M;SNPEFF_CODON_CHANGE=atC/atG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.686;VQSLOD=9.98;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0003;FractionInformativeReads=0.982;GC=14.29;GQ_MEAN=716.9;GQ_STDDEV=606.78;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5323;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.108;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14776928;AF=0.753;AS_InbreedingCoeff=0.2;MLEAC=3986;MLEAF=0.76;AN=856;AC=559 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:112,0:112:33:.:.:0,33,2723 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,74:82:96:.:.:2898,0,96 0|1:43,68:111:99:.:.:1568,0,1051 0|0:78,0:78:85:.:.:0,85,1948 1|0:16,66:82:99:.:.:1571,0,224 1|1:0,49:49:99:1|1:162967_C_CATAATA:2133,158,0 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:1|1:162967_C_CATAATA:3244,234,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2930,235,0 1|1:3,57:60:98:.:.:1524,98,0 1|1:0,71:71:99:1|1:162967_C_CATAATA:2977,214,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2528,266,0 1|0:32,36:68:99:0|1:162967_C_CATAATA:1356,0,1167 1|1:0,35:35:99:1|1:162967_C_CATAATA:1452,105,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1207,123,0 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360 1|1:0,44:44:99:.:.:1283,132,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1235,129,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1160,126,0 0|1:46,21:67:99:.:.:374,0,1156 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,63:63:99:.:.:2816,193,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1249 1|1:8,97:105:91:.:.:2224,91,0 1|1:0,14:14:42:1|1:162967_C_CATAATA:518,42,0 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315 1|1:0,72:72:99:.:.:1928,214,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1296 0|1:74,54:128:99:.:.:1025,0,1703 1|1:0,115:115:99:.:.:3056,340,0 1|0:51,21:72:99:0|1:162967_C_CATAATA:716,0,3866 1|0:214,106:320:99:.:.:3593,0,9006 1|1:0,73:73:99:.:.:3065,220,0 1|0:16,120:136:99:.:.:4645,0,249 1|1:1,76:77:99:.:.:2024,201,0 0|0:52,0:52:89:.:.:0,89,1269 0|1:42,21:63:99:.:.:403,0,894 1|1:1,83:84:99:.:.:2128,239,0 0|0:97,0:97:85:.:.:0,85,2347 1|1:1,109:110:99:.:.:2954,318,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1800 1|0:119,98:217:99:.:.:1911,0,2685 1|1:0,191:191:99:.:.:5026,569,0 0|1:29,66:95:99:.:.:1421,0,506 1|1:3,62:65:99:.:.:1510,107,0 1|1:0,31:31:93:.:.:875,93,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2103,235,0 0|1:17,46:63:99:.:.:1058,0,261 1|1:0,94:94:99:.:.:2427,278,0 1|0:6,18:24:99:.:.:398,0,110 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,1996 1|0:84,145:229:99:0|1:162967_C_CATAATA:5409,0,3287 0|0:126,0:126:65:.:.:0,65,3027 1|1:0,76:76:99:.:.:3242,230,0 1|0:81,28:109:99:0|1:162967_C_CATAATA:948,0,6837 1|1:3,61:64:99:.:.:1571,106,0 1|0:10,72:82:45:.:.:1644,0,45 1|1:7,75:82:82:.:.:1768,82,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4939,425,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,159:159:99:.:.:4284,475,0 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,54:54:99:.:.:1438,162,0 1|0:86,24:110:99:.:.:307,0,2279 1|0:77,62:139:99:.:.:1220,0,2700 0|0:125,0:125:57:.:.:0,57,2992 1|1:0,37:37:99:.:.:957,110,0 1|0:36,33:69:99:.:.:654,0,827 1|1:0,45:45:99:.:.:1063,131,0 1|0:27,16:43:99:0|1:162967_C_CATAATA:556,0,1052 1|1:0,103:103:99:1|1:162967_C_CATAATA:4619,327,0 0|1:94,25:119:99:.:.:302,0,2310 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,74:74:99:.:.:1992,221,0 1|1:0,191:191:99:.:.:6022,576,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2731,271,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1716,202,0 0|1:39,22:61:99:.:.:374,0,863 1|1:2,69:71:99:.:.:1817,155,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1383 1|1:0,50:50:99:.:.:1327,148,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2568,289,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1531,177,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4023,440,0 1|1:0,168:168:99:.:.:4379,501,0 0|1:50,10:60:99:.:.:102,0,1288 0|0:144,0:144:0:.:.:0,0,2637 1|1:0,129:129:99:1|1:162967_C_CATAATA:5646,402,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2848,315,0 1|0:101,34:135:99:0|1:162967_C_CATAATA:1042,0,4593 0|0:150,0:150:0:.:.:0,0,3216 1|1:0,97:97:99:.:.:2583,288,0 1|1:0,95:95:99:.:.:4064,288,0 0|1:24,39:63:99:.:.:1309,0,472 1|1:1,149:150:99:.:.:3643,412,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4369,484,0 1|1:3,164:167:99:.:.:7291,383,0 1|1:1,230:231:99:.:.:9879,703,0 0|1:231,29:260:99:0|1:162967_C_CATAATA:307,0,5541 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|1:86,34:120:99:.:.:537,0,2037 1|0:62,88:150:99:.:.:1786,0,1251 1|1:13,262:275:99:.:.:6544,424,0 1|0:66,77:143:99:.:.:1576,0,1421 1|1:0,199:199:99:.:.:5450,594,0 1|0:127,63:190:99:0|1:162967_C_CATAATA:2095,0,5395 1|1:0,163:163:99:.:.:4217,483,0 1|1:4,201:205:99:.:.:5253,515,0 1|1:0,192:192:99:1|1:162967_C_CATAATA:8264,585,0 1|0:54,129:183:99:.:.:4941,0,1755 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,133:133:99:.:.:3403,393,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|1:35,146:181:99:.:.:3391,0,390 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 0|1:38,69:107:99:.:.:1490,0,752 1|1:1,217:218:99:.:.:9528,659,0 1|1:2,148:150:99:1|1:162967_C_CATAATA:4635,390,0 1|1:0,196:196:99:.:.:5342,585,0 1|1:14,162:176:99:.:.:5975,143,0 1|1:0,133:133:99:1|1:162967_C_CATAATA:5685,411,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:159,0:159:72:.:.:0,72,3539 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 0|0:197,24:221:24:.:.:0,24,4865 1|0:104,67:171:99:0|1:162967_C_CATAATA:2465,0,4234 1|1:0,150:150:99:1|1:162967_C_CATAATA:6529,457,0 1|0:77,68:145:99:.:.:1332,0,1707 1|1:0,124:124:99:.:.:3244,369,0 1|1:0,109:109:99:.:.:2715,323,0 1|0:92,63:155:99:.:.:2058,0,3343 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 0|0:144,0:144:0:.:.:0,0,3054 1|1:0,260:260:99:.:.:11339,809,0 1|1:0,144:144:99:.:.:3808,428,0 1|0:49,116:165:99:.:.:3174,0,854 0|1:67,140:207:99:.:.:3689,0,1209 0|0:153,0:153:99:.:.:0,102,1800 1|1:16,206:222:99:.:.:5337,560,0 1|1:0,144:144:99:.:.:6172,441,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4023,461,0 1|1:0,119:119:99:.:.:5132,367,0 0|1:18,141:159:40:.:.:3210,0,40 0|1:67,136:203:99:.:.:2999,0,1284 1|1:0,226:226:99:1|1:162967_C_CATAATA:9743,691,0 1|1:0,111:111:99:.:.:2755,327,0 1|0:92,15:107:41:.:.:41,0,2209 1|1:0,110:110:99:.:.:2892,327,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2444,266,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|0:15,38:53:99:.:.:827,0,271 0|1:67,69:136:99:0|1:162967_C_CATAATA:2608,0,2549 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,79:79:99:.:.:2006,234,0 1|1:1,209:210:99:1|1:162967_C_CATAATA:9342,612,0 1|1:0,129:129:99:1|1:162967_C_CATAATA:5390,387,0 1|1:1,134:135:99:1|1:162967_C_CATAATA:5663,379,0 1|0:87,45:132:99:.:.:887,0,2044 1|1:0,95:95:99:.:.:2498,282,0 1|0:41,93:134:99:.:.:3578,0,710 1|0:45,68:113:99:.:.:2425,0,861 0|0:167,0:167:0:.:.:0,0,3356 1|0:82,98:180:99:.:.:1886,0,2129 1|0:166,50:216:99:0|1:162967_C_CATAATA:1426,0,7413 1|1:0,169:169:99:.:.:7364,533,0 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,112 1|1:0,105:105:99:.:.:2717,312,0 1|1:0,156:156:99:.:.:6829,481,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2460,282,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,2104 1|1:0,107:107:99:.:.:2909,320,0 1|0:78,88:166:99:.:.:3226,0,2821 0|1:74,77:151:99:.:.:3072,0,2743 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,154:154:99:.:.:4133,460,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,103,1800 0|0:81,0:81:7:.:.:0,7,1805 0|1:17,42:59:99:.:.:966,0,274 1|1:0,103:103:99:.:.:2716,306,0 1|0:109,18:127:99:.:.:107,0,2682 0|1:32,128:160:99:.:.:5335,0,883 1|0:84,18:102:99:.:.:193,0,2079 1|1:0,118:118:99:1|1:162967_C_CATAATA:5058,358,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,235:235:99:.:.:10394,737,0 1|1:0,147:147:99:.:.:3984,440,0 1|1:7,129:136:99:.:.:3283,230,0 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,202:202:99:.:.:5371,599,0 1|1:1,97:98:99:.:.:2458,260,0 0|1:31,85:116:99:.:.:1779,0,518 0|0:216,0:216:0:.:.:0,0,4543 1|1:0,105:105:99:.:.:2845,314,0 1|1:0,73:73:99:1|1:162967_C_CATAATA:3192,222,0 1|1:0,72:72:99:.:.:3260,231,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1620 1|1:0,198:198:99:1|1:162967_C_CATAATA:8288,604,0 0|1:97,23:120:99:.:.:267,0,2129 1|1:3,144:147:99:.:.:6069,312,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3354,376,0 0|1:62,81:143:99:.:.:1742,0,1246 0|1:89,29:118:99:0|1:162967_C_CATAATA:865,0,3802 1|1:0,63:63:99:.:.:1569,185,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1850,211,0 1|0:62,20:82:99:0|1:162967_C_CATAATA:636,0,2495 1|0:54,35:89:99:.:.:667,0,3102 1|1:1,97:98:99:.:.:2549,281,0 0|1:105,19:124:99:0|1:162967_C_CATAATA:466,0,8689 1|1:0,92:92:99:.:.:2444,274,0 1|1:0,191:191:99:1|1:162967_C_CATAATA:8485,602,0 0|1:28,158:186:99:0|1:162967_C_CATAATA:6171,0,749 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1800 0|1:47,36:83:99:.:.:620,0,1021 1|0:132,29:161:99:.:.:300,0,3025 1|1:0,99:99:99:.:.:2566,293,0 1|0:15,63:78:99:.:.:1471,0,154 1|1:0,53:53:99:.:.:1396,158,0 1|1:5,49:54:17:.:.:1137,17,0 0|1:18,121:139:91:.:.:2714,0,91 1|1:0,66:66:99:1|1:162967_C_CATAATA:2733,202,0 1|1:0,82:82:99:1|1:162967_C_CATAATA:3501,245,0 0|1:28,39:67:99:.:.:668,0,549 1|1:0,75:75:99:1|1:162967_C_CATAATA:3222,229,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1821,206,0 1|0:41,71:112:99:.:.:2146,0,786 1|1:0,183:183:99:1|1:162967_C_CATAATA:7973,562,0 1|1:0,91:91:99:1|1:162967_C_CATAATA:4002,285,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:91:.:.:0,91,1525 1|1:0,183:183:99:.:.:8140,570,0 1|1:0,73:73:99:.:.:1918,217,0 1|1:0,120:120:99:1|1:162967_C_CATAATA:5165,366,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2253,257,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1698,194,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1720,189,0 1|1:1,166:167:99:.:.:7090,492,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|0:6,2:8:30:.:.:30,0,152 1|1:0,158:158:99:.:.:4059,467,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3125,355,0 1|1:0,142:142:99:.:.:3726,422,0 1|1:0,92:92:99:.:.:4130,286,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4024,449,0 1|1:0,108:108:99:.:.:2811,321,0 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 0|1:21,24:45:99:0|1:162967_C_CATAATA:883,0,929 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080 1|1:5,92:97:99:.:.:2355,157,0 1|0:210,86:296:99:0|1:162967_C_CATAATA:2829,0,9243 1|1:0,117:117:99:.:.:3094,349,0 1|1:13,183:196:39:.:.:7768,39,0 1|1:0,27:27:81:.:.:713,81,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1001 1|1:1,157:158:99:.:.:4011,440,0 1|0:23,92:115:99:.:.:2199,0,330 1|1:0,56:56:99:.:.:1442,165,0 1|1:0,105:105:99:1|1:162967_C_CATAATA:4482,318,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,12:24:99:.:.:203,0,266 1|1:0,68:68:99:.:.:3020,208,0 1|1:0,38:38:99:.:.:989,113,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|0:27,9:36:99:.:.:141,0,661 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,192:192:99:.:.:6511,577,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6284,550,0 0|0:181,0:181:0:.:.:0,0,5090 1|0:96,106:202:99:.:.:2900,0,2697 0|0:160,0:160:0:.:.:0,0,4483 1|1:0,129:129:99:1|1:162967_C_CATAATA:6140,421,0 1|1:12,200:212:99:.:.:6331,210,0 1|1:1,146:147:99:.:.:4890,413,0 1|0:108,71:179:99:0|1:162967_C_CATAATA:2540,0,4659 1|1:0,28:28:84:.:.:928,84,0 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 0|0:160,0:160:99:.:.:0,117,1800 1|1:0,186:186:99:.:.:6152,556,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7558,674,0 1|1:0,189:189:99:1|1:162967_C_CATAATA:8276,577,0 0|0:208,0:208:99:.:.:0,106,1800 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,157:157:99:1|1:162967_C_CATAATA:7050,483,0 1|1:0,197:197:99:1|1:162967_C_CATAATA:8671,605,0 1|1:0,122:122:99:.:.:5355,373,0 1|1:2,155:157:99:.:.:5097,398,0 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,170:171:99:1|1:162967_C_CATAATA:7495,422,0 1|1:0,69:69:99:1|1:162967_C_CATAATA:3045,210,0 1|1:1,78:79:99:.:.:2611,204,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6174,561,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 0|1:13,63:76:99:.:.:1855,0,205 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,112:114:99:.:.:3685,272,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,211:211:99:.:.:6870,629,0 0|0:104,0:104:22:.:.:0,22,3005 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:.:.:6083,559,0 1|1:0,568:568:99:.:.:19060,1706,0 0|0:653,0:653:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,535:536:99:.:.:23642,1638,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,27:27:81:.:.:924,81,0 1|1:4,104:108:99:1|1:162967_C_CATAATA:4348,178,0 0|0:89,7:96:42:.:.:0,42,2484 1|1:0,223:223:99:.:.:9794,685,0 1|1:1,259:260:99:1|1:162967_C_CATAATA:11096,753,0 1|1:3,434:437:99:.:.:19301,1241,0 0|1:87,68:155:99:.:.:1661,0,2220 1|1:0,247:247:99:1|1:162967_C_CATAATA:10684,750,0 0|0:272,0:272:34:.:.:0,34,7452 1|1:2,467:469:99:.:.:20741,1361,0 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 0|0:547,0:547:0:.:.:0,0,13211 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,79:79:99:.:.:2490,236,0 1|1:2,443:445:99:.:.:19266,1267,0 1|1:3,70:73:99:.:.:2048,107,0 1|1:0,288:288:99:.:.:12505,882,0 1|1:5,251:256:99:.:.:7558,605,0 1|1:0,225:225:99:.:.:9956,694,0 1|1:0,241:241:99:.:.:10800,746,0 1|1:13,222:235:99:.:.:6635,260,0 0|0:199,0:199:63:.:.:0,63,5649 1|0:53,211:264:99:0|1:162967_C_CATAATA:8475,0,1879 0|0:237,0:237:23:.:.:0,23,6489 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,372:376:99:.:.:11331,1009,0 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,2577 1|1:2,418:420:99:.:.:18144,1207,0 1|0:7,39:46:52:.:.:1075,0,52 1|1:0,259:259:99:.:.:8207,771,0 1|1:5,255:260:99:.:.:10814,574,0 1|1:0,241:241:99:.:.:7518,716,0 1|1:0,276:276:99:.:.:11984,841,0 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,272:272:99:1|1:162967_C_CATAATA:11938,836,0 1|0:158,75:233:99:.:.:1614,0,4442 1|0:122,76:198:99:.:.:1644,0,5526 1|1:1,242:243:99:.:.:7979,719,0 1|1:3,274:277:99:.:.:8656,726,0 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:108,0:108:15:.:.:0,15,2782 0|1:54,214:268:99:.:.:6017,0,910 0|1:64,17:81:99:0|1:162967_C_CATAATA:303,0,6022 0|0:284,0:284:0:.:.:0,0,7498 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800 0|1:87,94:181:99:.:.:2419,0,2312 1|0:177,239:416:99:.:.:6156,0,4286 0|1:226,33:259:99:0|1:162967_C_CATAATA:683,0,11663 1|1:3,263:266:99:.:.:11576,666,0 1|0:84,192:276:99:.:.:5092,0,1990 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|0:89,177:266:99:.:.:4908,0,2051 1|1:6,131:137:99:.:.:5334,145,0 1|0:190,29:219:99:.:.:192,0,7156 1|0:38,4:42:54:0|1:162967_C_CATAATA:54,0,1961 1|1:10,250:260:99:.:.:10079,483,0 0|0:482,0:482:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,264:268:99:.:.:8252,664,0 0|1:189,24:213:99:.:.:102,0,5414 1|1:9,424:435:99:.:.:12927,1004,0 0|1:45,55:100:99:.:.:1442,0,1190 1|1:11,212:223:99:.:.:6388,314,0 1|1:6,240:246:99:.:.:7322,526,0 1|1:0,386:386:99:.:.:17206,1184,0 1|1:3,167:170:99:.:.:5336,395,0 0|1:199,219:418:99:.:.:5397,0,4812 0|0:608,0:608:0:.:.:0,0,14731 1|1:1,467:468:99:.:.:20537,1386,0 1|1:0,94:94:99:.:.:3031,280,0 0|0:350,0:350:99:.:.:0,118,1800 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800 0|1:150,89:239:99:.:.:2149,0,4244 0|0:372,0:372:99:.:.:0,114,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1754 1|0:73,66:139:99:.:.:1710,0,2004 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,198:198:99:.:.:6379,591,0 1|1:1,170:171:99:.:.:7419,505,0 1|0:51,97:148:99:.:.:2771,0,1296 1|1:1,168:169:99:.:.:7222,466,0 1|1:0,201:201:99:1|1:162967_C_CATAATA:8600,606,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6795,625,0 1|1:0,197:197:99:1|1:162967_C_CATAATA:8636,604,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2065,196,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1258,114,0 1|1:0,198:198:99:.:.:8650,608,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4750,444,0 0|1:101,111:212:99:0|1:162967_C_CATAATA:4089,0,4224 1|1:0,136:136:99:.:.:4399,408,0 1|1:0,261:261:99:.:.:8120,777,0 1|1:0,241:241:99:.:.:8072,724,0 1|1:0,233:233:99:.:.:7634,694,0 1|1:0,56:56:99:1|1:162967_C_CATAATA:2427,168,0 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2826 1|1:0,83:83:99:.:.:2594,246,0 1|1:0,61:61:99:1|1:162967_C_CATAATA:2682,186,0 1|1:0,13:13:39:.:.:417,39,0 1|1:0,259:259:99:.:.:11301,793,0 1|1:0,236:236:99:.:.:7544,703,0 1|1:0,256:256:99:.:.:7942,760,0 0|0:32,0:32:58:.:.:0,58,1018 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,276:276:99:.:.:8778,823,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5321,496,0 1|1:0,240:240:99:1|1:162967_C_CATAATA:10248,731,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6149,572,0 1|1:1,198:199:99:.:.:6310,583,0 1|1:0,206:206:99:.:.:8962,625,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6548,613,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,561:561:99:.:.:24669,1725,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2451,229,0 1|1:0,314:314:99:.:.:14098,981,0 1|1:0,589:589:99:.:.:25918,1814,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5475,522,0 1|1:0,241:241:99:.:.:7813,720,0 1|1:0,52:52:99:1|1:162967_C_CATAATA:2313,162,0 1|1:0,21:21:63:.:.:684,63,0 1|1:4,328:332:99:.:.:14397,846,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 163071 . C T 5.15413e+06 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=30.58;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D647;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaC/gaT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.68;VQSLOD=7.41;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.95;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=47.62;GQ_MEAN=273.39;GQ_STDDEV=360.81;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6347;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.243;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13915424;AF=0.146;AS_InbreedingCoeff=0.7677;MLEAC=764;MLEAF=0.145;AN=858;AC=168 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,86:87:99:1|1:163071_C_T:3719,223,0:. 0|1:72,9:81:99:0|1:163071_C_T:123,0,2932:. 1|0:53,35:88:99:0|1:163071_C_T:1324,0,1959:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1328:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:10:.:.:0,10,1040:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,5:33:99:0|1:163071_C_T:127,0,1328:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1364:. 0|0:18,0:18:26:.:.:0,26,473:. 0|0:36,0:36:42:.:.:0,42,904:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:70:.:.:0,70,756:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1471:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,991:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,50:50:99:1|1:163071_C_T:2191,156,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1446,141,0:. 1|0:51,68:119:99:0|1:163071_C_T:2515,0,1817:. 0|1:92,22:114:99:0|1:163071_C_T:644,0,3614:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1405:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1468:. 0|1:112,17:129:99:.:.:148,0,2618:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1717:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,12:58:99:0|1:163071_C_T:312,0,2036:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:136,121:257:99:0|1:163071_C_T:4482,0,5058:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1583:. 1|1:0,35:35:99:1|1:163071_C_T:1486,105,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1297:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,3:19:75:0|1:163071_C_T:75,0,711:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,124:214:99:0|1:163071_C_T:4890,0,3484:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:25:.:.:0,25,1619:. 1|0:80,31:111:99:0|1:163071_C_T:957,0,3645:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1687:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,68:128:99:0|1:163071_C_T:2661,0,2703:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1073:. 0|1:77,22:99:99:0|1:163071_C_T:642,0,2970:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1063:. 0|1:36,38:74:99:0|1:163071_C_T:1488,0,1315:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1268:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3325,335,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:1|1:163071_C_T:2653,187,0:. 1|0:154,62:216:99:0|1:163071_C_T:2067,0,6228:. 1|0:62,11:73:99:0|1:163071_C_T:292,0,2612:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1740:. 1|1:0,58:58:99:1|1:163071_C_T:2517,175,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1389:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1249:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:24,84:108:99:0|1:163071_C_T:3317,0,762:. 1|1:6,109:115:99:.:.:3412,178,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:1|1:163071_C_T:7177,488,0:. 0|1:12,97:109:99:0|1:163071_C_T:4030,0,276:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,28:129:99:0|1:163071_C_T:866,0,4058:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,14:121:99:0|1:163071_C_T:238,0,4399:. 1|1:0,200:200:99:1|1:163071_C_T:8858,611,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:163071_C_T:6521,463,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,24:166:99:0|1:163071_C_T:527,0,5822:. 1|1:0,136:136:99:1|1:163071_C_T:6118,430,0:. 0|1:58,69:127:99:0|1:163071_C_T:2688,0,2102:. 1|0:115,16:131:99:0|1:163071_C_T:249,0,4695:. 1|0:23,70:93:99:0|1:163071_C_T:2775,0,715:. 0|1:106,61:167:99:0|1:163071_C_T:2135,0,4309:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,56:170:99:0|1:163071_C_T:1946,0,4478:. 1|0:143,74:217:99:0|1:163071_C_T:2651,0,5561:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1589:. 1|0:79,77:156:99:0|1:163071_C_T:2867,0,2967:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,15:123:99:0|1:163071_C_T:237,0,4427:. 0|1:63,39:102:99:0|1:163071_C_T:1395,0,2507:. 1|0:11,130:141:17:0|1:163071_C_T:5217,0,17:. 1|0:130,35:165:99:0|1:163071_C_T:1064,0,5102:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,5:12:99:0|1:163071_C_T:181,0,263:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:163071_C_T:3601,250,0:. 0|1:50,60:110:99:0|1:163071_C_T:2358,0,1970:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,47:155:99:0|1:163071_C_T:1740,0,4162:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,83:155:99:0|1:163071_C_T:3212,0,2898:. 1|1:3,112:115:99:1|1:163071_C_T:4872,220,0:. 0|1:69,14:83:99:0|1:163071_C_T:344,0,2753:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:163071_C_T:3784,265,0:. 1|1:0,239:239:99:1|1:163071_C_T:10692,746,0:. 1|1:0,147:147:99:1|1:163071_C_T:6513,448,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:163071_C_T:9166,632,0:. 1|0:50,62:112:99:0|1:163071_C_T:2307,0,2068:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1620:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,37:142:99:0|1:163071_C_T:1196,0,4753:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,20:155:99:0|1:163071_C_T:401,0,5615:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:17:.:.:0,17,1371:. 1|1:0,70:70:99:1|1:163071_C_T:3156,220,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,83:91:74:0|1:163071_C_T:3440,0,74:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,62:125:99:0|1:163071_C_T:2337,0,2426:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1196:. 1|1:1,73:74:99:1|1:163071_C_T:3184,184,0:. 0|0:68,0:68:2:.:.:0,2,1384:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,36:105:99:0|1:163071_C_T:1354,0,2714:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,119:120:99:1|1:163071_C_T:5241,307,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:163071_C_T:2721,190,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1429:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,256:. 1|0:124,29:153:99:0|1:163071_C_T:820,0,5221:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,86:153:99:0|1:163071_C_T:3279,0,2481:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,14:50:99:0|1:163071_C_T:475,0,1364:. 0|0:28,0:28:73:.:.:0,73,820:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:24,251:275:99:.:.:9953,194,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:23:.:.:0,23,2094:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,42:110:99:0|1:163071_C_T:1562,0,3034:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,7:15:99:.:.:205,0,174:. 1|1:2,61:63:99:.:.:2115,134,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:67:.:.:0,67,846:. 1|0:74,109:183:99:0|1:163071_C_T:4416,0,2708:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:163071_C_T:8843,608,0:. 1|0:116,90:206:99:0|1:163071_C_T:3357,0,4465:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,205:224:99:0|1:163071_C_T:8399,0,198:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:107,67:174:99:0|1:163071_C_T:2406,0,5618:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:163071_C_T:9345,641,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:1|1:163071_C_T:4885,337,0:. 1|0:26,181:207:99:0|1:163071_C_T:7382,0,571:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:48:.:.:0,48,1091:. 1|0:93,16:109:99:0|1:163071_C_T:410,0,3795:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:1|1:163071_C_T:8445,575,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:564,0:564:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,764:766:99:1|1:163071_C_T:34150,2272,0:. 0|0:526,0:526:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:8,127:135:12:1|1:163071_C_T:5224,12,0:. 1|0:14,87:101:99:0|1:163071_C_T:3527,0,577:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:493,0:493:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,79:131:99:0|1:163071_C_T:3160,0,1860:. 1|1:6,212:218:99:1|1:163071_C_T:9145,396,0:. 1|1:1,256:257:99:1|1:163071_C_T:11557,735,0:. 1|1:4,484:488:99:1|1:163071_C_T:21234,1279,0:. 0|1:120,121:241:99:0|1:163071_C_T:4628,0,6971:. 0|0:422,0:422:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,456:459:99:.:.:20008,1337,0:. 1|1:2,73:75:99:1|1:163071_C_T:3221,142,0:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,187:250:99:0|1:163071_C_T:7663,0,2067:. 1|1:0,229:229:99:1|1:163071_C_T:10198,704,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,371:378:99:1|1:163071_C_T:16150,848,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:436,0:436:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,10:45:99:0|1:163071_C_T:289,0,1381:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:201,77:278:99:0|1:163071_C_T:2582,0,7948:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,222:239:4:0|1:163071_C_T:9022,0,4:. 1|1:4,249:253:99:1|1:163071_C_T:10821,589,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:93:.:.:0,93,8150:. 1|1:3,543:546:99:1|1:163071_C_T:23809,1507,0:. 0|1:29,153:182:99:0|1:163071_C_T:6302,0,806:. 1|0:177,257:434:99:0|1:163071_C_T:9995,0,7013:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,271:277:99:1|1:163071_C_T:11499,493,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,35:154:99:0|1:163071_C_T:1054,0,4691:. 1|0:77,179:256:99:0|1:163071_C_T:7104,0,2665:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,128:190:99:0|1:163071_C_T:5088,0,2170:. 0|0:46,0:46:79:.:.:0,79,1254:. 0|1:35,242:277:99:0|1:163071_C_T:9841,0,803:. 1|1:1,463:464:99:1|1:163071_C_T:20341,1376,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,26:92:99:0|1:163071_C_T:924,0,2872:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,413:428:99:1|1:163071_C_T:17530,546,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:426,0:426:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,366:371:99:1|1:163071_C_T:16184,876,0:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1754:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:163071_C_T:2635,181,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,260:260:99:1|1:163071_C_T:11666,804,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:163071_C_T:3862,265,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:163071_C_T:2882,196,0:. 1|1:1,17:18:12:1|1:163071_C_T:745,12,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,23:23:69:1|1:163071_C_T:989,69,0:. 1|1:0,244:244:99:1|1:163071_C_T:10988,755,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:571,0:571:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1532:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 163080 . G A 5.03539e+06 PASS FS=0;MQ=60.1;QD=30.48;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V650;SNPEFF_CODON_CHANGE=gtG/gtA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.7;VQSLOD=8.02;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.31;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0072;FractionInformativeReads=0.997;GC=23.81;GQ_MEAN=247.31;GQ_STDDEV=364.67;HRun=1;InbreedingCoeff=0.4836;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.37;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13966825;AF=0.138;AS_InbreedingCoeff=0.7093;MLEAC=723;MLEAF=0.138;AN=858;AC=171 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,86:87:99:1|1:163071_C_T:3727,223,0:. 0|1:82,8:90:74:0|1:163071_C_T:74,0,3147:. 1|0:53,36:89:99:0|1:163071_C_T:1269,0,1979:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1328:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:22:.:.:0,22,1086:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,9:40:99:0|1:163071_C_T:203,0,1369:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,424:. 0|0:41,0:41:58:.:.:0,58,1074:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,813:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1471:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:29:.:.:0,29,316:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,206:. 1|1:0,51:51:99:1|1:163071_C_T:2184,156,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1266:. 1|0:48,64:112:99:0|1:163071_C_T:2472,0,1769:. 0|1:91,25:116:99:0|1:163071_C_T:698,0,3531:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1405:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1468:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1717:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,12:62:99:0|1:163071_C_T:311,0,2127:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:139,123:262:99:0|1:163071_C_T:4600,0,5068:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1583:. 1|1:0,37:37:99:1|1:163071_C_T:1550,111,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1297:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,4:22:93:0|1:163071_C_T:93,0,753:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,128:222:99:0|1:163071_C_T:4881,0,3511:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1630:. 1|0:79,28:107:99:0|1:163071_C_T:998,0,3593:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1687:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,73:139:99:0|1:163071_C_T:2691,0,2831:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1073:. 0|1:78,19:97:99:0|1:163071_C_T:561,0,3001:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1063:. 0|1:35,41:76:99:0|1:163071_C_T:1524,0,1282:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1268:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:163071_C_T:2694,190,0:. 1|0:155,62:217:99:0|1:163071_C_T:2077,0,6289:. 1|0:68,12:80:99:0|1:163071_C_T:277,0,2745:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1740:. 1|1:0,58:58:99:1|1:163071_C_T:2538,178,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1389:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1249:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:21,81:102:99:0|1:163071_C_T:3200,0,705:. 1|0:94,21:115:99:.:.:308,0,2358:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:1|1:163071_C_T:7444,515,0:. 0|1:11,97:108:99:0|1:163071_C_T:4021,0,254:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,30:131:99:0|1:163071_C_T:906,0,4135:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,17:126:99:0|1:163071_C_T:311,0,4423:. 1|1:0,203:203:99:1|1:163071_C_T:8890,614,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:163071_C_T:6641,475,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:144,26:170:99:0|1:163071_C_T:576,0,5831:. 1|1:0,149:149:99:1|1:163071_C_T:6344,454,0:. 0|1:54,74:128:99:0|1:163071_C_T:2892,0,2033:. 1|0:115,13:128:99:0|1:163071_C_T:165,0,4717:. 1|0:22,68:90:99:0|1:163071_C_T:2741,0,744:. 0|1:102,65:167:99:0|1:163071_C_T:2257,0,4276:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,58:171:99:0|1:163071_C_T:2027,0,4448:. 1|0:140,78:218:99:0|1:163071_C_T:2633,0,5569:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:75:.:.:0,75,1650:. 1|0:82,74:156:99:0|1:163071_C_T:2784,0,3090:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,13:133:99:0|1:163071_C_T:208,0,4682:. 0|1:69,39:108:99:0|1:163071_C_T:1439,0,2606:. 1|1:9,126:135:25:1|1:163071_C_T:5150,25,0:. 1|0:133,36:169:99:0|1:163071_C_T:1052,0,5183:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,8:14:99:0|1:163071_C_T:266,0,254:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:163071_C_T:3773,268,0:. 0|1:46,58:104:99:0|1:163071_C_T:2202,0,1959:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,53:160:99:0|1:163071_C_T:1795,0,4161:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,82:156:99:0|1:163071_C_T:3196,0,2993:. 1|1:3,115:118:99:1|1:163071_C_T:4893,223,0:. 0|1:73,13:86:99:0|1:163071_C_T:307,0,2882:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,85:86:99:1|1:163071_C_T:3694,232,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:163071_C_T:10824,758,0:. 1|1:0,150:150:99:1|1:163071_C_T:6608,457,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:163071_C_T:9399,653,0:. 1|0:52,60:112:99:0|1:163071_C_T:2286,0,2151:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1620:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,38:148:99:0|1:163071_C_T:1192,0,4854:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,19:156:99:0|1:163071_C_T:377,0,5610:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:17:.:.:0,17,1482:. 1|1:0,73:73:99:1|1:163071_C_T:3189,223,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,85:93:75:0|1:163071_C_T:3425,0,75:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,61:121:99:0|1:163071_C_T:2327,0,2369:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1196:. 1|1:1,75:76:99:1|1:163071_C_T:3207,187,0:. 1|0:60,7:67:99:.:.:107,0,2417:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,39:112:99:0|1:163071_C_T:1349,0,2800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,127:128:99:1|1:163071_C_T:5429,325,0:. 1|1:0,65:65:99:1|1:163071_C_T:2834,202,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1429:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:2:.:.:0,2,262:. 1|0:132,30:162:99:0|1:163071_C_T:826,0,5379:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,82:153:99:0|1:163071_C_T:3135,0,2648:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,16:49:99:0|1:163071_C_T:512,0,1294:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,213:293:99:.:.:5659,0,1780:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:30:.:.:0,30,2196:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,44:109:99:0|1:163071_C_T:1570,0,2915:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,2:14:20:.:.:20,0,385:. 0|1:35,31:66:99:.:.:760,0,767:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:29:.:.:0,29,761:. 1|0:76,113:189:99:0|1:163071_C_T:4453,0,2766:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,196:196:99:1|1:163071_C_T:8689,596,0:. 1|0:113,84:197:99:0|1:163071_C_T:3145,0,4460:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,198:219:99:0|1:163071_C_T:8355,0,238:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:105,65:170:99:0|1:163071_C_T:2423,0,5573:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,195:195:99:.:.:6692,585,0:. 1|1:0,181:181:99:.:.:6275,544,0:. 1|1:0,207:207:99:1|1:163071_C_T:9400,650,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:163071_C_T:4931,343,0:. 1|0:26,178:204:99:0|1:163071_C_T:7362,0,513:. 1|1:0,264:264:99:.:.:9176,794,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:77:.:.:0,77,1220:. 1|0:96,16:112:99:0|1:163071_C_T:404,0,3847:. 1|1:1,166:167:99:.:.:5759,465,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:1|1:163071_C_T:8544,584,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:564,0:564:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,764:766:99:1|1:163071_C_T:34595,2320,0:. 0|0:526,0:526:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:7,130:137:22:1|1:163071_C_T:5288,22,0:. 1|0:14,87:101:99:0|1:163071_C_T:3570,0,571:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:493,0:493:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,79:129:99:0|1:163071_C_T:3075,0,1797:. 1|1:5,213:218:99:1|1:163071_C_T:9110,399,0:. 1|1:1,269:270:99:1|1:163071_C_T:11773,759,0:. 1|1:4,479:483:99:1|1:163071_C_T:20887,1240,0:. 0|1:119,127:246:99:0|1:163071_C_T:4787,0,6878:. 0|0:422,0:422:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,441:442:99:.:.:19573,1286,0:. 1|1:2,81:83:99:1|1:163071_C_T:3417,160,0:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,193:253:99:0|1:163071_C_T:7738,0,1942:. 1|1:0,229:229:99:1|1:163071_C_T:10247,710,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,375:381:99:1|1:163071_C_T:16258,862,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:436,0:436:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,9:47:99:0|1:163071_C_T:285,0,1396:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:197,83:280:99:0|1:163071_C_T:2729,0,7764:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,217:234:17:0|1:163071_C_T:8955,0,17:. 1|1:5,254:259:99:1|1:163071_C_T:10855,576,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:70:.:.:0,70,7952:. 1|1:3,544:547:99:1|1:163071_C_T:23860,1509,0:. 0|1:27,151:178:99:0|1:163071_C_T:6160,0,851:. 1|0:181,256:437:99:0|1:163071_C_T:10009,0,7024:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,268:274:99:1|1:163071_C_T:11495,486,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,34:157:99:0|1:163071_C_T:1034,0,4804:. 1|0:81,169:250:99:0|1:163071_C_T:6770,0,2691:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,125:186:99:0|1:163071_C_T:5050,0,2144:. 0|0:46,0:46:30:.:.:0,30,1247:. 0|1:32,226:258:99:0|1:163071_C_T:9391,0,804:. 1|1:0,458:458:99:1|1:163071_C_T:20391,1396,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,29:92:99:0|1:163071_C_T:994,0,2813:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,404:420:99:1|1:163071_C_T:17203,519,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:426,0:426:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,378:382:99:1|1:163071_C_T:16394,923,0:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1754:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:163071_C_T:2612,178,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:1|1:163071_C_T:11410,786,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:163071_C_T:3869,268,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:163071_C_T:2908,199,0:. 1|1:1,19:20:15:1|1:163071_C_T:778,15,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,22:22:69:1|1:163071_C_T:989,69,0:. 1|1:1,246:247:99:1|1:163071_C_T:10829,716,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:571,0:571:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,139:200:99:.:.:4030,0,1434:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1532:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 163145 . A T 1.46456e+07 PASS FS=0;MQ=60.17;QD=28.95;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H672L;SNPEFF_CODON_CHANGE=cAt/cTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.722;VQSLOD=9.74;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.35;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=19.05;GQ_MEAN=671.37;GQ_STDDEV=653.65;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7852;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.073;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14679862;AF=0.585;AS_InbreedingCoeff=0.7231;MLEAC=3086;MLEAF=0.588;AN=858;AC=402 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:86,33:119:99:.:.:673,0,2415:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:7,83:90:41:.:.:2386,41,0:. 0|1:44,49:93:99:.:.:1261,0,1072:. 1|0:9,55:64:90:.:.:1514,0,90:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1674,159,0:. 1|1:5,117:122:99:.:.:3514,205,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2152,204,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2289,219,0:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,1142:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2633,256,0:. 0|1:23,54:77:99:.:.:1494,0,501:. 1|0:30,30:60:99:.:.:769,0,781:. 0|0:32,0:32:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1045,96,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:399,39,0:. 0|1:4,38:42:8:.:.:1093,0,8:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1473,141,0:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1138,111,0:. 1|0:31,28:59:99:.:.:669,0,802:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2339,231,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2011,204,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1026:. 1|0:26,66:92:99:.:.:1583,0,509:. 1|1:1,12:13:7:.:.:311,7,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:280,27,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1852,182,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1266:. 0|1:56,44:100:99:.:.:1016,0,1400:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3005,294,0:. 0|1:24,29:53:99:.:.:734,0,595:. 1|0:80,209:289:99:.:.:5340,0,1611:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1266:. 1|0:58,55:113:99:.:.:1340,0,1433:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1717:. 1|0:35,19:54:99:.:.:394,0,903:. 0|1:49,24:73:99:.:.:495,0,1277:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,86:118:99:.:.:2165,0,651:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,23:108:99:.:.:335,0,2236:. 1|0:8,62:70:30:.:.:1639,0,30:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1087,111,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3235,330,0:. 1|1:4,68:72:90:.:.:1854,90,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:41:.:.:0,41,662:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:193,52:245:99:.:.:850,0,5202:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,3182:. 1|1:4,67:71:93:.:.:1853,93,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,63:64:99:.:.:1828,162,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,72:78:47:.:.:1931,47,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4032,406,0:. 1|1:2,315:317:99:.:.:9466,911,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1386,141,0:. 1|0:75,23:98:99:.:.:336,0,2020:. 1|0:34,94:128:99:.:.:2453,0,646:. 1|1:6,102:108:99:.:.:2886,139,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1049:. 1|0:49,32:81:99:.:.:715,0,1257:. 0|0:54,2:56:99:.:.:0,110,1555:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:35:.:.:0,35,3086:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1787:. 0|1:164,44:208:99:.:.:666,0,4296:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,49:57:78:.:.:1233,0,78:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1335:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1611,162,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1570,162,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,198:203:99:.:.:5701,456,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2057,207,0:. 1|1:8,145:153:99:.:.:3806,216,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5130,532,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:101,23:124:99:.:.:316,0,2778:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3107,318,0:. 1|0:51,66:117:99:.:.:1560,0,1175:. 0|1:39,20:59:99:.:.:395,0,975:. 1|1:7,156:163:99:.:.:4363,266,0:. 1|1:1,152:153:99:.:.:4402,427,0:. 1|1:2,159:161:99:.:.:4542,418,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:35:.:.:0,35,5689:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,33:113:99:.:.:638,0,2116:. 0|0:145,0:145:23:.:.:0,23,3602:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:6,191:197:99:.:.:5625,394,0:. 1|0:113,47:160:99:.:.:961,0,2943:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:2,210:212:99:.:.:6085,570,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,177:182:99:.:.:5078,392,0:. 1|1:1,238:239:99:.:.:7014,685,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3135,320,0:. 1|1:0,215:215:99:.:.:6208,643,0:. 1|0:154,42:196:99:.:.:656,0,4082:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,51:114:99:.:.:1143,0,1627:. 1|0:136,58:194:99:.:.:1143,0,3555:. 1|0:68,52:120:99:.:.:1210,0,1738:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,107:181:99:.:.:2623,0,1751:. 0|0:104,0:104:77:.:.:0,77,2675:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:6739,686,0:. 1|0:121,42:163:99:.:.:709,0,3160:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,26:140:99:.:.:329,0,3122:. 0|1:52,92:144:99:.:.:2277,0,1140:. 0|1:75,16:91:99:.:.:181,0,1917:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,130:139:99:.:.:3361,145,0:. 1|1:0,219:219:99:.:.:6314,657,0:. 1|1:2,132:134:99:.:.:3883,352,0:. 1|0:82,91:173:99:.:.:2156,0,2019:. 0|1:116,98:214:99:.:.:2113,0,2759:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5481,561,0:. 1|1:0,179:179:99:.:.:5124,536,0:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5643,581,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3121,321,0:. 1|0:40,139:179:99:.:.:3620,0,686:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:.:.:6923,690,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2983,297,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,46:63:99:.:.:1169,0,348:. 0|1:62,81:143:99:.:.:1984,0,1515:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3802,396,0:. 1|0:38,47:85:99:.:.:1074,0,863:. 1|1:2,238:240:99:.:.:6774,660,0:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3450,351,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,100:151:99:.:.:2483,0,1193:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3053,312,0:. 1|0:73,38:111:99:.:.:812,0,1953:. 1|0:43,56:99:99:.:.:1348,0,1032:. 0|0:136,13:149:55:.:.:0,55,3843:. 1|0:27,140:167:99:.:.:3593,0,306:. 1|0:30,141:171:99:.:.:3678,0,430:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:42:.:.:413,42,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,140:141:99:.:.:4200,392,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,57:93:99:.:.:1403,0,827:. 0|1:68,61:129:99:.:.:1397,0,1668:. 0|1:111,39:150:99:.:.:622,0,2944:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,13:71:99:.:.:181,0,1595:. 0|1:50,78:128:99:.:.:1924,0,1123:. 1|0:102,25:127:99:.:.:361,0,2773:. 0|1:37,130:167:99:.:.:3299,0,621:. 0|1:77,29:106:99:.:.:572,0,2050:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4198,420,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:.:.:6691,678,0:. 1|1:1,98:99:99:.:.:2833,265,0:. 0|1:42,76:118:99:.:.:1847,0,904:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,10:104:19:.:.:0,19,2657:. 1|1:1,62:63:99:.:.:1843,159,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2089,215,0:. 1|1:1,69:70:99:.:.:1925,177,0:. 1|1:7,238:245:99:.:.:6710,528,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3603,371,0:. 1|0:83,66:149:99:.:.:1504,0,2099:. 0|1:78,25:103:99:.:.:431,0,2072:. 1|0:13,53:66:99:.:.:1397,0,215:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,17:61:99:.:.:336,0,1200:. 1|0:52,56:108:99:.:.:1333,0,1288:. 0|1:32,47:79:99:.:.:1150,0,735:. 0|1:118,21:139:99:.:.:212,0,3221:. 0|0:101,10:111:35:.:.:0,35,2800:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5038,507,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:68,0:68:22:.:.:0,22,1673:. 1|0:26,151:177:99:.:.:3813,0,258:. 1|0:16,102:118:99:.:.:2580,0,142:. 1|0:60,12:72:99:.:.:155,0,1638:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1927,198,0:. 1|1:4,59:63:65:.:.:1628,65,0:. 0|1:56,51:107:99:.:.:1186,0,1438:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,1084:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,34:59:99:.:.:788,0,589:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2122,218,0:. 1|0:74,30:104:99:.:.:563,0,1953:. 1|1:0,188:188:99:.:.:5541,564,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2297,236,0:. 1|1:1,136:137:99:.:.:4052,379,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1438:. 1|1:0,167:167:99:.:.:4958,501,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3293,332,0:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3356,353,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1429:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:20,113:133:99:.:.:2879,0,201:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2978,311,0:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,234:. 0|1:74,94:168:99:.:.:2250,0,1740:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3213,321,0:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4402,453,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2942,299,0:. 1|1:1,149:150:99:.:.:4362,419,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2796,285,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,34:54:99:.:.:872,0,470:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:203,81:284:99:.:.:1525,0,5285:. 0|1:80,38:118:99:.:.:756,0,2046:. 1|1:4,201:205:99:.:.:5865,503,0:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,459:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1057,105,0:. 0|1:118,24:142:99:.:.:290,0,3175:. 1|0:65,35:100:99:.:.:702,0,1686:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1889,189,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,11:19:99:.:.:267,0,197:. 1|0:34,30:64:99:.:.:672,0,829:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1145,117,0:. 1|1:3,133:136:99:.:.:3884,312,0:. 0|0:32,0:32:3:.:.:0,3,812:. 0|1:107,81:188:99:.:.:2342,0,3298:. 1|1:1,123:124:99:.:.:4387,336,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:7461,620,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,206:212:99:.:.:7234,417,0:. 1|1:1,165:166:99:.:.:5878,464,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 1|1:0,202:202:99:.:.:7100,608,0:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6585,557,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:.:.:8331,692,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,159:160:99:.:.:5681,446,0:. 1|1:0,180:180:99:.:.:6197,541,0:. 1|1:1,198:199:99:.:.:6917,561,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:176,31:207:99:.:.:461,0,5590:. 1|1:0,239:239:99:.:.:8406,718,0:. 1|0:41,172:213:99:.:.:5520,0,831:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:.:.:6492,544,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1285,105,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3772,328,0:. 1|1:7,149:156:99:.:.:5070,216,0:. 1|1:3,127:130:99:.:.:4470,279,0:. 1|1:1,194:195:99:.:.:6933,549,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,93:94:99:.:.:3242,246,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:8147,688,0:. 1|1:1,662:663:99:.:.:23399,1958,0:. 0|0:588,0:588:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:512,0:512:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2358,196,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1440,120,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:70:.:.:0,70,3200:. 1|1:0,236:236:99:.:.:8067,708,0:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8615,763,0:. 1|1:5,486:491:99:.:.:16065,1308,0:. 0|1:91,71:162:99:.:.:1991,0,2627:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:422,0:422:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2300,210,0:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,266:280:99:.:.:8636,376,0:. 1|1:2,209:211:99:.:.:7076,563,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,212:260:99:.:.:6672,0,927:. 1|0:27,188:215:99:.:.:5840,0,290:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,21:147:99:.:.:266,0,3745:. 0|1:200,208:408:99:.:.:5644,0,5792:. 0|1:15,36:51:99:.:.:1080,0,405:. 0|1:250,25:275:42:.:.:42,0,7869:. 0|1:186,89:275:99:.:.:2290,0,5621:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,300:300:99:.:.:10402,901,0:. 1|1:0,296:296:99:.:.:10231,888,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:99,0:99:47:.:.:0,47,2899:. 1|0:41,229:270:99:.:.:6892,0,688:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:212,27:239:99:.:.:226,0,6671:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:221,35:256:99:.:.:390,0,6943:. 1|1:8,254:262:99:.:.:8384,521,0:. 1|0:40,122:162:99:.:.:3538,0,937:. 0|1:157,68:225:99:.:.:1639,0,4886:. 1|0:13,122:135:43:.:.:3689,0,43:. 1|0:114,57:171:99:.:.:1365,0,3487:. 1|0:7,36:43:99:.:.:1047,0,124:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,256:269:99:.:.:8495,405,0:. 1|1:4,197:201:99:.:.:6790,467,0:. 1|1:21,404:425:99:.:.:12506,532,0:. 1|0:81,23:104:99:.:.:471,0,2446:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,179:180:99:.:.:6182,506,0:. 0|0:426,0:426:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,105:108:99:.:.:3608,217,0:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,320:321:99:.:.:10695,928,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,457:460:99:.:.:14897,1261,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,56:130:99:.:.:1583,0,2180:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5732,505,0:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7394,643,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,58:171:99:.:.:1508,0,3427:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6752,592,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,257:257:99:.:.:8809,772,0:. 1|1:0,244:244:99:.:.:8361,733,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2528,214,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,106:205:99:.:.:3092,0,2768:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4505,388,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,291:291:99:.:.:10177,874,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1300:. 1|1:0,119:119:99:.:.:4091,358,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3629,318,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1718:. 0|0:26,0:26:41:.:.:0,41,789:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,272:272:99:.:.:9338,818,0:. 1|1:1,272:273:99:.:.:9467,811,0:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,256:256:99:.:.:8971,769,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8753,763,0:. 1|1:0,211:211:99:.:.:7374,635,0:. 0|1:70,126:196:99:.:.:3870,0,1874:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,240:240:99:.:.:8331,722,0:. 1|1:1,228:229:99:.:.:8019,652,0:. 0|1:229,331:560:99:.:.:10011,0,6385:. 1|1:0,90:90:99:.:.:3114,270,0:. 1|1:0,356:356:99:.:.:12413,1071,0:. 1|1:1,651:652:99:.:.:22601,1924,0:. 1|0:129,57:186:99:.:.:1420,0,3788:. 1|1:0,230:230:99:.:.:8066,692,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1915,171,0:. 1|0:3,24:27:0:.:.:687,0,0:. 1|1:0,396:396:99:.:.:13709,1190,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 163890 . T A 117315 PASS FS=0.542;MQ=62.93;QD=20.93;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I920;SNPEFF_CODON_CHANGE=atT/atA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.634;VQSLOD=4.59;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.27;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=4.76;GQ_MEAN=134.39;GQ_STDDEV=103.96;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9946;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.535;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=11282923;AF=0.005325;AS_InbreedingCoeff=0.9842;MLEAC=28;MLEAF=0.005325;AN=856;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:96,0:96:99:0,115,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1306:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1331:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,107,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1449:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1747:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,106,1130:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1279:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1221:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1223:. 0|0:45,0:45:35:0,35,1046:. 0|0:66,0:66:99:0,105,1572:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1234:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1194:. 0|0:72,0:72:99:0,118,1672:. 0|0:10,0:10:24:0,24,360:. 0|0:4,0:4:12:0,12,123:. 0|0:58,0:58:99:0,119,1472:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1506:. 0|0:75,0:75:99:0,100,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,118,1538:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1436,152,0:. 0|0:49,0:49:99:0,103,1299:. 0|0:72,0:72:99:0,104,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|1:51,25:76:99:502,0,1253:. 0|0:73,0:73:99:0,103,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1113:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1257:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:64:0,64,716:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1498:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1496:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1445:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 1|0:33,27:60:99:592,0,710:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,112,1170:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:75:0,75,837:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1262:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,101,1596:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,119,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:40,2:42:62:0,62,1039:. 0|0:69,0:69:99:0,108,1732:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1299:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1706:. 0|0:70,0:70:99:0,110,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1771:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,111,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1115:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,106,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,111,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:143,14:157:43:0,43,3625:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,102,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,118,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1417:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:2121,207,0:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1712:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,115,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,105,1746:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:31:0,31,403:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,113,1393:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,112,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1579:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,117,1633:. 0|0:80,0:80:99:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,110,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,112,1741:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1351:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 1|0:46,15:61:99:277,0,1082:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,114,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|1:40,16:56:99:310,0,935:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,103,1704:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1274:. 0|0:71,0:71:99:0,100,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1128:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,104,1726:. 0|0:69,0:69:99:0,104,1742:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,117,1760:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1546:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1310:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1540:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,219:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,116,1432:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1398:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1499:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:0:0,0,318:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:74:0,74,886:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,116,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,101,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:0,84,1260:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,116,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1165:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:66,0:66:99:0,111,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,115,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:99:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,114,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:362,0:362:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:353,0:353:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1716:. 0|0:305,0:305:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,118,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:79:0,79,1354:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,107,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,116,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1332:. 0|0:230,0:230:66:0,66,5962:. 0|0:154,0:154:99:0,116,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 1|1:10,218:228:99:7183,351,0:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,113,1800:. 0|0:336,0:336:99:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,119,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1385:. 0|0:40,0:40:99:0,109,1251:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:93:0,93,1000:. 0|0:53,0:53:99:0,115,1428:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1278:. 0|0:13,0:13:39:0,39,443:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:0,72,803:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 1|1:3,121:124:99:3932,298,0:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,112,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,109,1800:. 0|0:305,0:305:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,107,1447:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:474,0:474:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,106,1263:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 164024 . A C 9.99156e+06 PASS FS=0;MQ=60;QD=27.99;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H965P;SNPEFF_CODON_CHANGE=cAt/cCt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.695;VQSLOD=8.98;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.37;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=28.57;GQ_MEAN=396.59;GQ_STDDEV=560.62;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7854;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.491;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11813081;AF=0.502;AS_InbreedingCoeff=0.9945;MLEAC=2667;MLEAF=0.508;AN=854;AC=315 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:96,0:96:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,52:85:99:.:.:1234,0,789:. 0|1:53,26:79:99:.:.:509,0,1479:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1306:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1331:. 1|1:1,109:110:99:.:.:3085,298,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:30,65:95:99:.:.:1530,0,673:. 1|0:5,40:45:30:.:.:1003,0,30:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2100,218,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1747:. 0|0:71,0:71:25:.:.:0,25,1860:. 1|0:11,31:42:99:.:.:746,0,229:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1102,113,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:287,30,0:. 0|1:6,36:42:69:.:.:937,0,69:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1166,123,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1572:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:36,58:94:99:.:.:1281,0,824:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:17,0:17:23:.:.:0,23,407:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1377:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1506:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:97,0:97:80:.:.:0,80,2539:. 0|1:16,31:47:99:.:.:751,0,357:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1881,200,0:. 1|0:69,65:134:99:.:.:1435,0,1769:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1221:. 0|1:61,15:76:99:.:.:200,0,1629:. 0|1:8,37:45:99:.:.:873,0,108:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3428,365,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:94,84:178:99:.:.:1795,0,2286:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,89:111:99:.:.:2052,0,318:. 1|0:34,22:56:99:.:.:445,0,858:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1324:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,36:48:99:.:.:846,0,225:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,19:29:99:.:.:459,0,224:. 1|1:4,97:101:99:.:.:2574,175,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,98:108:32:.:.:2421,32,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1498:. 1|0:82,20:102:99:.:.:264,0,2221:. 1|1:2,57:59:99:.:.:1509,112,0:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1606:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1445:. 1|0:69,51:120:99:.:.:1051,0,1742:. 1|0:20,53:73:99:.:.:1262,0,380:. 1|0:43,98:141:99:.:.:2292,0,839:. 1|1:0,300:300:99:.:.:8447,900,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1120,125,0:. 1|0:75,25:100:99:.:.:397,0,1956:. 1|0:35,66:101:99:.:.:1522,0,793:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1062,122,0:. 1|0:46,35:81:99:.:.:773,0,1174:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1391,156,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:900,96,0:. 1|1:1,118:119:99:.:.:3254,346,0:. 1|0:14,71:85:99:.:.:1694,0,190:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2909,311,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1596:. 0|0:152,0:152:0:.:.:0,0,3590:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:1,67:68:99:.:.:1705,192,0:. 0|1:39,22:61:99:.:.:421,0,1003:. 0|0:51,0:51:43:.:.:0,43,1321:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1160:. 0|1:23,37:60:99:.:.:879,0,522:. 1|0:36,67:103:99:.:.:1493,0,808:. 1|1:1,66:67:99:.:.:1807,191,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:47,60:107:99:.:.:1299,0,1100:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1705,177,0:. 1|1:9,150:159:99:.:.:3724,210,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,70:76:41:.:.:1742,41,0:. 1|0:100,31:131:99:.:.:455,0,2703:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,71:124:99:.:.:1525,0,1238:. 1|0:29,76:105:99:.:.:1771,0,529:. 1|0:28,9:37:99:.:.:134,0,735:. 1|1:1,94:95:99:.:.:2504,253,0:. 0|1:24,121:145:99:.:.:2914,0,286:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,190:194:99:.:.:5043,455,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:87,14:101:52:.:.:52,0,2360:. 1|0:27,92:119:99:.:.:2160,0,461:. 0|1:77,42:119:99:.:.:799,0,1975:. 1|1:1,212:213:99:.:.:5858,606,0:. 1|0:58,64:122:99:.:.:1409,0,1390:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,159:167:99:.:.:4201,264,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,154:157:99:.:.:4124,376,0:. 1|1:0,173:173:99:.:.:4751,519,0:. 1|0:98,52:150:99:.:.:967,0,2528:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3669,399,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:4781,523,0:. 1|0:127,26:153:99:.:.:257,0,3425:. 1|1:2,204:206:99:.:.:5492,553,0:. 0|1:45,57:102:99:.:.:1263,0,1062:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,83:126:99:.:.:1899,0,932:. 1|1:8,164:172:99:.:.:4396,261,0:. 1|0:70,100:170:99:.:.:2237,0,1669:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2481,284,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,148:150:99:.:.:3979,399,0:. 1|0:187,24:211:7:.:.:7,0,5112:. 1|0:97,39:136:99:.:.:608,0,2464:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,39:123:99:.:.:698,0,2246:. 0|1:45,80:125:99:.:.:1836,0,981:. 1|0:45,20:65:99:.:.:340,0,1146:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:113,41:154:99:.:.:684,0,3015:. 0|1:118,49:167:99:.:.:781,0,3024:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5014,549,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:5738,618,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1417:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2360,252,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,188:193:99:.:.:4839,435,0:. 1|0:41,16:57:99:.:.:277,0,1122:. 0|1:64,57:121:99:.:.:1238,0,1608:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,34:67:99:.:.:712,0,744:. 1|1:1,178:179:99:.:.:4753,503,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,127:139:46:.:.:3228,46,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1876,206,0:. 1|0:78,34:112:99:.:.:593,0,2053:. 1|0:48,31:79:99:.:.:610,0,1245:. 0|1:24,147:171:99:.:.:3595,0,237:. 1|0:110,43:153:99:.:.:712,0,2910:. 0|1:38,120:158:99:.:.:2743,0,700:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,0:4:12:.:.:0,12,113:. 1|1:1,76:77:99:.:.:2057,202,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1393:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,68:151:99:.:.:1421,0,2027:. 1|1:2,90:92:99:.:.:2454,212,0:. 0|1:98,47:145:99:.:.:871,0,2613:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,62:85:99:.:.:1468,0,453:. 0|1:50,12:62:99:.:.:153,0,1350:. 1|0:69,37:106:99:.:.:707,0,1804:. 0|1:93,16:109:99:.:.:107,0,2524:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,14:79:99:.:.:165,0,1802:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:.:.:5929,648,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3695,399,0:. 1|1:6,109:115:99:.:.:2811,154,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,79:97:99:.:.:1869,0,252:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,47:120:99:.:.:957,0,1845:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1871,207,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2486,272,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1897,207,0:. 0|1:31,138:169:99:.:.:3154,0,424:. 0|1:30,67:97:99:.:.:1483,0,612:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,49:153:99:.:.:888,0,2708:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,112,1741:. 0|1:14,55:69:99:.:.:1249,0,221:. 1|1:0,75:75:99:.:.:1992,223,0:. 1|0:43,21:64:99:.:.:379,0,1155:. 0|1:19,65:84:99:.:.:1531,0,345:. 0|1:60,32:92:99:.:.:608,0,1566:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2459,269,0:. 1|1:1,195:196:99:.:.:5408,556,0:. 0|1:138,20:158:74:.:.:74,0,3749:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:36:.:.:0,36,1472:. 0|0:163,0:163:45:.:.:0,45,3855:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,34:56:99:.:.:728,0,520:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1274:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,96:121:99:.:.:2263,0,437:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1128:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2164,234,0:. 0|1:19,46:65:99:.:.:988,0,376:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1742:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2169,239,0:. 1|0:71,20:91:99:.:.:266,0,1910:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1760:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3269,353,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1546:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4420,487,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1424:. 0|1:12,80:92:99:.:.:1993,0,103:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,64:67:99:.:.:1647,106,0:. 0|1:127,23:150:99:.:.:190,0,3466:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,111:. 0|1:49,103:152:99:.:.:2338,0,982:. 1|0:59,80:139:99:.:.:1795,0,1421:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,12:90:77:.:.:77,0,2171:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,35:73:99:.:.:765,0,973:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,185:272:99:.:.:4330,0,1873:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,4:22:29:.:.:29,0,464:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1491,159,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:46:.:.:0,46,2314:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1499:. 1|1:1,102:103:99:.:.:2808,276,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,5:8:69:.:.:109,0,69:. 1|0:23,21:44:99:.:.:449,0,570:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:7,124:131:99:.:.:3283,172,0:. 0|0:27,0:27:51:.:.:0,51,784:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,122:157:99:.:.:3690,0,758:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,21:21:63:.:.:735,63,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5191,465,0:. 1|1:1,143:144:99:.:.:4896,395,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5502,496,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5776,505,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,33:147:99:.:.:690,0,3610:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6424,560,0:. 1|0:106,24:130:99:.:.:441,0,3452:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1222,108,0:. 0|1:29,47:76:99:.:.:1428,0,742:. 1|1:6,115:121:99:.:.:3829,140,0:. 0|0:87,0:87:91:.:.:0,91,2734:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,158:161:99:.:.:5315,376,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,566:566:99:.:.:19325,1701,0:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,25:43:99:.:.:737,0,525:. 1|1:0,14:14:42:.:.:467,42,0:. 1|1:5,85:90:95:.:.:2314,95,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6354,571,0:. 1|1:0,233:233:99:.:.:7725,700,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,60:150:99:.:.:1569,0,2636:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,341:341:99:.:.:10232,1013,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,324:329:99:.:.:9522,838,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3618,334,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1716:. 1|1:3,279:282:99:.:.:8364,747,0:. 1|1:1,58:59:99:.:.:1904,140,0:. 1|1:1,223:224:99:.:.:7465,637,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5373,481,0:. 1|1:4,230:234:99:.:.:7289,538,0:. 0|1:24,181:205:99:.:.:5385,0,156:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:190,39:229:99:.:.:636,0,5965:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,198:206:99:.:.:6211,349,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:19,92:111:99:.:.:2658,0,326:. 1|0:123,193:316:99:.:.:4808,0,3248:. 1|0:28,6:34:99:.:.:108,0,898:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:168,89:257:99:.:.:2219,0,5023:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,145:211:99:.:.:4277,0,1697:. 0|1:49,96:145:99:.:.:2376,0,1178:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,187:191:99:.:.:6190,431,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,55:59:39:.:.:1500,39,0:. 1|0:200,50:250:99:.:.:872,0,6179:. 1|0:18,49:67:99:.:.:1294,0,428:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,28:158:99:.:.:427,0,4011:. 1|0:140,206:346:99:.:.:4926,0,3767:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,54:202:99:.:.:1164,0,4531:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:54,140:194:99:.:.:4068,0,1272:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,22:27:93:.:.:593,0,93:. 0|1:22,191:213:99:.:.:5615,0,162:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,178:195:35:.:.:5268,0,35:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,68:182:99:.:.:1654,0,3512:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,59:112:99:.:.:1611,0,1520:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3213,285,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4828,433,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1385:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1653,153,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,88:181:99:.:.:2286,0,2609:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3053,274,0:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5572,499,0:. 0|0:190,0:190:84:.:.:0,84,5491:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6922,608,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1144,108,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1428:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2108,186,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7560,686,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6678,601,0:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7104,643,0:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6152,556,0:. 1|1:8,146:154:99:.:.:4469,193,0:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6106,558,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4805,427,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1447:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:474,0:474:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,115:152:99:.:.:3199,0,820:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1241:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 164242 . G A 77192.1 PASS FS=0;MQ=60.74;QD=22.04;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V1038I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gta/Ata;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.681;VQSLOD=6.41;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=3.69;ClippingRankSum=0;ExcessHet=8.7178;FractionInformativeReads=0.995;GC=4.76;GQ_MEAN=67.58;GQ_STDDEV=91.73;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0216;MQRankSum=-0.316;NCC=0;ReadPosRankSum=2.52;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11076164;AF=0.003997;AS_InbreedingCoeff=-0.0216;MLEAC=25;MLEAF=0.004758;AN=858;AC=5 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,2019:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1398:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1251:. 0|0:158,0:158:0:.:.:0,0,3274:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,1981:. 0|0:106,0:106:89:.:.:0,89,2673:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1629:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:53,0:53:60:.:.:0,60,1356:. 0|0:41,0:41:31:.:.:0,31,1007:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,989:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1566:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,302:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1581:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,902:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:21:.:.:0,21,1751:. 0|0:316,0:316:0:.:.:0,0,6341:. 0|0:92,0:92:0:.:.:0,0,1612:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1433:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1083:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1563:. 0|0:30,0:30:99:0|1:164242_G_A:0,102,1372:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:0:.:.:0,0,2690:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1222:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1591:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,499:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:0:.:.:0,0,3961:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,1874:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,1566:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1557:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1648:. 0|0:78,0:78:47:.:.:0,47,1848:. 0|0:67,0:67:77:.:.:0,77,1615:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:91:.:.:0,91,1506:. 0|0:131,0:131:0:.:.:0,0,2764:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:76,0:76:69:.:.:0,69,1891:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,802:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2217:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1477:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,2981:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1282:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1392:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1258:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1110:. 0|0:69,0:69:51:.:.:0,51,1642:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1172:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1244:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1375:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:0:.:.:0,0,2736:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:61:.:.:0,61,1729:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1054:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,2586:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:0:.:.:0,0,2394:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:0:.:.:0,0,4133:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,1691:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,1695:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:171,0:171:0:.:.:0,0,3578:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:0:.:.:0,0,3313:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,2303:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,2769:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:0:.:.:0,0,4842:. 0|0:98,0:98:20:.:.:0,20,2216:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:0:.:.:0,0,3492:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:5:.:.:0,5,3337:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2183:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1398:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,2379:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:20:.:.:0,20,2814:. 0|0:128,0:128:0:.:.:0,0,2410:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,3690:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,2622:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,27:28:35:1|1:164224_A_G:851,35,0:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,2661:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1718:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1328:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:36:.:.:0,36,2726:. 0|0:55,0:55:37:.:.:0,37,1243:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:0:.:.:0,0,2744:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:0:.:.:0,0,3069:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,227:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,1505:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1912:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1204:. 0|0:124,0:124:49:.:.:0,49,2824:. 0|0:156,0:156:28:.:.:0,28,3486:. 0|0:89,0:89:0:.:.:0,0,1380:. 0|0:104,0:104:6:.:.:0,6,2278:. 0|0:146,0:146:17:.:.:0,17,3302:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,1641:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:165,0:165:0:.:.:0,0,3133:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,2003:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:254,0:254:0:.:.:0,0,3891:. 0|0:124,0:124:0:.:.:0,0,2010:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,1979:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:0:.:.:0,0,4820:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1292:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,2126:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:0:.:.:0,0,1822:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:90:.:.:0,90,2178:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1455:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1653:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,835:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,2349:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1666:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1002:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1338:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,2060:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1658:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1362:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,1126:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,2398:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1153:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1144:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:4:.:.:0,4,1576:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1405:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1735:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,342:. 0|0:134,0:134:0:.:.:0,0,2850:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:0:.:.:0,0,3329:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:0:.:.:0,0,1922:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,1945:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1514:. 1|1:0,8:8:23:1|1:164242_G_A:302,23,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:38:.:.:0,38,801:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,906:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1718:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,412:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1194:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1146:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,1868:. 0|0:28,0:28:42:.:.:0,42,630:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,2312:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1559:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:60:.:.:0,60,3446:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2085:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,625:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:0:.:.:0,0,3516:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,2492:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,1703:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,2743:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1443:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,1518:. 0|0:159,0:159:53:.:.:0,53,4518:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:0:.:.:0,0,3620:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,2103:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2898:. 0|0:126,0:126:52:.:.:0,52,3596:. 0|0:354,0:354:0:.:.:0,0,8979:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,1090:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:101 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,2147:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:.:.:.:.:120 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:.:.:.:.:120 0|0:262,0:262:0:.:.:0,0,6245:. 0|0:185,0:185:.:.:.:.:0 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1963:. 0|0:167,0:167:.:.:.:.:120 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1837:. 0|0:229,0:229:0:.:.:0,0,5061:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:0:.:.:0,0,5630:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:0:.:.:0,0,5065:. 0|0:214,0:214:34:.:.:0,34,5926:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:.:.:.:.:120 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,1105:. 0|0:249,0:249:0:.:.:0,0,5170:. 0|0:207,0:207:0:.:.:0,0,4451:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:0:.:.:0,0,6134:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:0:.:.:0,0,5358:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:0 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:0:.:.:0,0,6406:. 0|0:208,0:208:0:.:.:0,0,5360:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:71 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:13 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:.:.:.:.:0 0|0:230,0:230:22:.:.:0,22,6281:. 0|0:247,0:247:.:.:.:.:120 0|0:191,0:191:0:.:.:0,0,5086:. 0|0:205,0:205:0:.:.:0,0,4524:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:0 0|0:242,0:242:0:.:.:0,0,6324:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:48 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:102 0|0:243,0:243:0:.:.:0,0,4216:. 0|0:160,0:160:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,2226:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,4050:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:.:.:0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:.:.:.:.:0 0|0:367,0:367:0:.:.:0,0,8192:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:24:.:.:0,24,1845:. 0|0:208,0:208:0:.:.:0,0,4104:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:120 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:108 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1168:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,2046:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,31:35:79:0|1:164211_C_T:871,0,79:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,2317:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:23:.:.:0,23,922:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1600:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,689:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1502:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,66:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,212:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,3060:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:70:.:.:0,70,1716:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,3018:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:22,0:22:29:.:.:0,29,621:. 0|0:162,0:162:15:.:.:0,15,4395:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 165214 . A T 5.47828e+06 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=26.45;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S1362C;SNPEFF_CODON_CHANGE=Agt/Tgt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.748;VQSLOD=7;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.984;GC=28.57;GQ_MEAN=551.67;GQ_STDDEV=543.62;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6902;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.583;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=7836764;AF=0.336;AS_InbreedingCoeff=0.4298;MLEAC=1772;MLEAF=0.339;AN=858;AC=436 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:19,32:51:99:.:.:859,0,435:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:39,19:58:99:.:.:410,0,1021:. 1|1:4,62:66:71:.:.:1788,71,0:. 1|0:8,53:61:62:.:.:1459,0,62:. 0|0:67,0:67:74:.:.:0,74,1862:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1291:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1466:. 0|1:45,16:61:99:.:.:316,0,1222:. 1|0:8,24:32:99:.:.:663,0,157:. 1|1:1,48:49:99:.:.:1403,115,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2184,204,0:. 0|1:9,21:30:99:.:.:564,0,196:. 1|0:4,16:20:61:.:.:442,0,61:. 1|1:0,20:20:60:.:.:607,60,0:. 1|0:2,7:9:38:.:.:186,0,38:. 1|1:0,29:29:87:.:.:940,87,0:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,674:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,592:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1581,132,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1866,188,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1435,147,0:. 0|0:22,0:22:61:.:.:0,61,730:. 1|0:59,26:85:99:.:.:473,0,1444:. 0|1:8,4:12:87:.:.:87,0,210:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1070,105,0:. 0|1:55,35:90:99:.:.:775,0,1361:. 0|1:25,59:84:99:.:.:1547,0,525:. 0|1:11,37:48:99:.:.:982,0,191:. 1|0:124,61:185:99:.:.:1238,0,3128:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1163:. 1|0:46,62:108:99:.:.:1547,0,1076:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1801,183,0:. 1|0:11,19:30:99:.:.:447,0,232:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1529,161,0:. 1|0:7,31:38:94:.:.:758,0,94:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2044,207,0:. 1|0:28,68:96:99:.:.:1740,0,536:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1227:. 1|0:76,60:136:99:.:.:1363,0,1778:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3050,315,0:. 0|1:56,31:87:99:.:.:605,0,1383:. 0|1:19,41:60:99:.:.:1011,0,375:. 1|1:0,18:18:53:.:.:490,53,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1870,192,0:. 0|1:18,19:37:99:.:.:433,0,426:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2859,293,0:. 1|0:17,17:34:99:.:.:403,0,366:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:76,122:198:99:.:.:3014,0,1623:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:55,0:55:19:.:.:0,19,1288:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1495,153,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1365,138,0:. 0|1:49,10:59:99:.:.:130,0,1227:. 1|0:62,11:73:97:.:.:97,0,1583:. 0|1:87,61:148:99:.:.:1335,0,2097:. 0|1:13,53:66:99:.:.:1352,0,180:. 1|0:69,19:88:99:.:.:313,0,1794:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1037,108,0:. 1|0:42,34:76:99:.:.:737,0,1010:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1964,198,0:. 0|1:59,13:72:99:.:.:161,0,1570:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1080,111,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1318:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1178,123,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1062:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2640,278,0:. 0|1:8,47:55:69:.:.:1216,0,69:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2268,233,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1062:. 0|1:95,38:133:99:.:.:695,0,2298:. 0|1:50,12:62:99:.:.:180,0,1291:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1279,114,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1321:. 0|1:36,14:50:99:.:.:248,0,913:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1354,138,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1203,123,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2078,210,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1827,186,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2381,240,0:. 0|1:36,38:74:99:.:.:885,0,815:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1283:. 1|1:0,108:108:99:.:.:2968,323,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1895,171,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2970,300,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,53:94:99:.:.:1293,0,901:. 1|0:16,65:81:99:.:.:1642,0,218:. 0|1:24,13:37:99:.:.:277,0,594:. 1|1:9,97:106:53:.:.:2574,53,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3032,311,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:6,63:69:34:.:.:1704,34,0:. 1|0:54,18:72:99:.:.:308,0,1331:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:2,182:184:99:.:.:5497,489,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1180:. 1|1:3,165:168:99:.:.:5029,423,0:. 1|0:82,41:123:99:.:.:782,0,2015:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2869,291,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3706,384,0:. 1|0:73,44:117:99:.:.:959,0,1833:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,100:102:99:.:.:2846,256,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4086,417,0:. 0|1:19,80:99:99:.:.:2056,0,237:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:46,31:77:99:.:.:680,0,1113:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5471,555,0:. 1|0:83,12:95:75:.:.:75,0,2158:. 1|1:7,120:127:99:.:.:3389,163,0:. 1|0:86,32:118:99:.:.:595,0,2104:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:124,0:124:45:.:.:0,45,2960:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3438,360,0:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2725,282,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3807,388,0:. 1|0:76,20:96:99:.:.:310,0,1870:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2429,255,0:. 1|0:90,16:106:99:.:.:129,0,2303:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,52:58:6:.:.:1276,6,0:. 1|0:57,52:109:99:.:.:1204,0,1319:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:46:.:.:0,46,2095:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,64:132:99:.:.:1438,0,1638:. 1|0:77,60:137:99:.:.:1272,0,1691:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2918,303,0:. 1|1:1,132:133:99:.:.:3765,389,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2446,255,0:. 1|0:20,66:86:99:.:.:1729,0,337:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3780,393,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3850,388,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1183:. 0|1:7,32:39:57:.:.:855,0,57:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1092,111,0:. 1|1:1,61:62:99:.:.:1791,158,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4160,441,0:. 1|0:13,16:29:99:.:.:398,0,288:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1176:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3343,348,0:. 1|0:22,25:47:99:.:.:588,0,475:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2955,311,0:. 1|1:2,66:68:99:.:.:1874,144,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,31:100:99:.:.:631,0,1787:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1614,165,0:. 1|0:42,61:103:99:.:.:1512,0,961:. 1|0:29,34:63:99:.:.:851,0,649:. 1|1:6,138:144:99:.:.:3966,245,0:. 0|1:95,47:142:99:.:.:959,0,2388:. 1|0:134,21:155:99:.:.:151,0,3487:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,6:6:18:.:.:183,18,0:. 1|1:1,62:63:99:.:.:1865,159,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1420,144,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1540:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:88,16:104:99:.:.:153,0,2303:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1614,162,0:. 0|1:21,132:153:99:.:.:3432,0,144:. 1|1:2,94:96:99:.:.:2706,239,0:. 1|0:44,19:63:99:.:.:385,0,1099:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:19,60:79:99:.:.:1506,0,325:. 1|0:17,122:139:99:.:.:3193,0,101:. 1|0:13,49:62:99:.:.:1292,0,213:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1386:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5544,567,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,91:92:99:.:.:2654,247,0:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3732,390,0:. 1|1:1,136:137:99:.:.:4095,386,0:. 1|1:1,72:73:99:.:.:2038,187,0:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1337:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,41:85:99:.:.:954,0,1018:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1196:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1962,195,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:123,22:145:99:.:.:205,0,3100:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2226,234,0:. 1|1:6,86:92:91:.:.:2364,91,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:31,71:102:99:.:.:1731,0,607:. 1|0:56,13:69:99:.:.:183,0,1443:. 1|0:15,40:55:99:.:.:1001,0,283:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1069:. 1|0:31,19:50:99:.:.:411,0,787:. 1|0:70,11:81:67:.:.:67,0,1829:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1965,204,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2657,273,0:. 1|1:5,78:83:96:.:.:2168,96,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,120:121:99:.:.:3546,354,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1858,192,0:. 1|1:3,59:62:93:.:.:1629,93,0:. 0|1:99,24:123:99:.:.:325,0,2442:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2252,239,0:. 0|1:53,10:63:99:.:.:102,0,1352:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:44,8:52:85:.:.:85,0,1150:. 0|1:68,14:82:99:.:.:184,0,1761:. 1|0:6,21:27:95:.:.:542,0,95:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1649,171,0:. 0|1:15,28:43:99:.:.:690,0,304:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1361:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1068,108,0:. 0|1:30,43:73:99:.:.:1034,0,645:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3061,312,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1272:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2232,228,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:961,96,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3217,330,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:.:.:960,102,0:. 1|1:2,43:45:75:.:.:1215,75,0:. 0|1:31,94:125:99:.:.:2420,0,555:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1225:. 0|1:2,3:5:47:.:.:75,0,47:. 0|1:90,24:114:99:.:.:352,0,2316:. 1|0:74,39:113:99:.:.:856,0,1887:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1398:. 1|0:56,9:65:71:.:.:71,0,1441:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:41,24:65:99:.:.:525,0,990:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3916,394,0:. 1|0:11,23:34:99:.:.:559,0,213:. 1|1:0,23:23:69:.:.:687,69,0:. 1|1:1,76:77:99:.:.:2221,203,0:. 1|0:195,69:264:99:.:.:1217,0,5072:. 1|0:58,17:75:99:.:.:269,0,1417:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,12:12:36:.:.:362,36,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1109,114,0:. 1|0:11,97:108:5:.:.:2450,0,5:. 1|0:28,53:81:99:.:.:1282,0,557:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2417,243,0:. 1|0:3,7:10:60:.:.:170,0,60:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1232,126,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:689,69,0:. 1|1:5,80:85:99:.:.:2280,102,0:. 1|1:0,18:18:53:.:.:492,53,0:. 1|0:36,45:81:99:.:.:1320,0,1028:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2314,196,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3977,349,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1953,165,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4465,382,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2448,207,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1563:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3301,280,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:316,27,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,101:102:99:.:.:3589,272,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1599:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1750:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2853,209,0:. 0|1:89,11:100:88:.:.:88,0,2842:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,45:85:99:.:.:1395,0,1159:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,18:19:20:.:.:590,20,0:. 0|1:17,34:51:99:.:.:1078,0,433:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,59:63:43:.:.:1928,43,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3454,295,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1621,135,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1421:. 0|0:106,0:106:86:.:.:0,86,3260:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,317:317:99:.:.:11262,954,0:. 1|1:0,388:388:99:.:.:13576,1167,0:. 1|1:0,345:345:99:.:.:12049,1038,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 1|1:1,20:21:26:.:.:611,26,0:. 0|0:73,0:73:37:.:.:0,37,2222:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,99:108:20:.:.:3069,20,0:. 1|1:1,144:145:99:.:.:4853,399,0:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4817,439,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4454,396,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1755:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3670,327,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2974,273,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2999,261,0:. 0|0:45,0:45:98:.:.:0,98,1385:. 1|1:0,151:151:99:.:.:5152,453,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,16:122:99:.:.:226,0,3241:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5277,472,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5921,511,0:. 0|1:119,31:150:99:.:.:534,0,3618:. 1|1:4,122:126:99:.:.:3905,255,0:. 1|1:2,91:93:99:.:.:3021,208,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2387,216,0:. 0|1:31,56:87:99:.:.:1650,0,757:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,933:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5638,498,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5892,511,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:.:.:5894,517,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:35,76:111:99:.:.:2264,0,795:. 0|1:12,40:52:99:.:.:1187,0,218:. 1|1:4,147:151:99:.:.:4737,310,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,20:22:3:.:.:632,0,3:. 1|0:135,41:176:99:.:.:794,0,4057:. 1|0:5,11:16:99:.:.:337,0,128:. 1|1:8,146:154:99:.:.:4310,159,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4595,409,0:. 0|1:32,79:111:99:.:.:2428,0,770:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,29:109:99:.:.:694,0,2339:. 1|1:7,145:152:99:.:.:4611,199,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1683,150,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1345:. 1|1:11,140:151:99:.:.:4468,102,0:. 1|0:1,7:8:11:.:.:190,0,11:. 0|1:22,130:152:99:.:.:3908,0,287:. 1|1:1,134:135:99:.:.:4395,369,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:15,92:107:99:.:.:2909,0,201:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,24:65:99:.:.:618,0,1186:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1727:. 1|0:92,15:107:99:.:.:197,0,2768:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,272:273:99:.:.:9273,784,0:. 0|0:54,0:54:57:.:.:0,57,1655:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1797:. 0|1:28,129:157:99:.:.:3836,0,478:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1422:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1306:. 1|0:49,38:87:99:0|1:165214_A_T:998,0,1934:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,123:123:99:.:.:4163,369,0:. 1|1:0,120:120:99:.:.:4097,361,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3366,301,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3732,334,0:. 1|1:0,126:126:99:.:.:4334,379,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:165197_G_T:1416,129,0:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:71,56:127:99:.:.:1554,0,2093:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:6,184:190:99:.:.:5935,357,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1169,99,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:2013,180,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1085,96,0:. 0|0:18,0:18:19:.:.:0,19,508:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1665:. 0|1:81,87:168:99:.:.:2515,0,2200:. 1|0:98,79:177:99:.:.:2078,0,2761:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,266:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:91,44:135:99:.:.:1029,0,2506:. 1|1:1,133:134:99:.:.:4300,366,0:. 1|1:0,148:148:99:.:.:5045,445,0:. 0|1:92,30:122:99:.:.:658,0,2742:. 0|1:36,56:92:99:.:.:1662,0,953:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:122,166:288:99:.:.:5055,0,3380:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,436:436:99:.:.:14645,1310,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3320,292,0:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5712,505,0:. 1|1:0,21:21:63:.:.:722,63,0:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,512:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3031,274,0:. Pf3D7_01_v3 165588 . C T 9.15492e+06 PASS FS=0;MQ=59.92;QD=30.05;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1396;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaC/aaT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0103600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103600.1;SOR=0.638;VQSLOD=6.89;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.72;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.983;GC=47.62;GQ_MEAN=309.59;GQ_STDDEV=222.73;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7675;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.097;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=7719385;AF=0.642;AS_InbreedingCoeff=0.4282;MLEAC=3356;MLEAF=0.646;AN=852;AC=470 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:33,24:57:99:.:.:606,0,808:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2175,205,0:. 1|0:43,20:63:99:.:.:449,0,995:. 0|1:41,40:81:99:.:.:984,0,893:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1422:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2243,210,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1170:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2120,201,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1711:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2334,217,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1344:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2065,198,0:. 1|0:10,33:43:99:.:.:925,0,165:. 1|0:19,17:36:99:.:.:445,0,411:. 0|1:6,12:18:99:.:.:314,0,117:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,462:. 1|0:1,5:6:13:.:.:148,0,13:. 0|0:33,0:33:32:.:.:0,32,801:. 1|1:0,19:19:57:.:.:617,57,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1093:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1933,183,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1660,159,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1519:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1097:. 1|1:1,23:24:62:.:.:695,62,0:. 0|1:40,17:57:99:.:.:345,0,918:. 1|1:1,13:14:13:.:.:384,13,0:. 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,111:. 1|1:1,25:26:50:.:.:761,50,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,974:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1563,149,0:. 1|0:14,55:69:99:.:.:1487,0,191:. 1|0:22,15:37:99:.:.:345,0,470:. 0|1:141,54:195:99:.:.:1087,0,3179:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1297:. 1|0:45,55:100:99:.:.:1314,0,929:. 1|1:2,71:73:99:.:.:1998,160,0:. 1|0:26,13:39:99:.:.:283,0,553:. 0|1:10,51:61:81:.:.:1382,0,81:. 1|0:9,24:33:99:.:.:640,0,153:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1487:. 1|1:1,85:86:99:.:.:2484,227,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1463:. 0|1:74,85:159:99:.:.:2041,0,1536:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4026,404,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1767:. 0|1:9,37:46:99:.:.:997,0,116:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|1:64,11:75:99:.:.:126,0,1487:. 0|1:21,39:60:99:.:.:957,0,377:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:51:.:.:522,51,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2372,231,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2210:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1959,195,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1638:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1294:. 0|0:58,0:58:80:.:.:0,80,1403:. 0|1:54,17:71:99:.:.:305,0,1273:. 1|0:62,61:123:99:.:.:1460,0,1295:. 1|1:5,60:65:61:.:.:1664,61,0:. 0|1:12,52:64:99:.:.:1361,0,150:. 1|1:1,193:194:99:.:.:5901,573,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:732,75,0:. 0|1:35,27:62:99:.:.:606,0,774:. 0|1:28,47:75:99:.:.:1195,0,532:. 0|1:47,7:54:57:.:.:57,0,1151:. 1|1:0,32:32:96:.:.:965,96,0:. 1|0:26,35:61:99:.:.:859,0,530:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1065,113,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1164,117,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1332,129,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1269,123,0:. 0|1:60,38:98:99:.:.:828,0,1252:. 1|1:4,50:54:65:.:.:1417,65,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1030:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1131,114,0:. 1|0:6,34:40:38:.:.:920,0,38:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,732:. 0|1:11,17:28:99:.:.:416,0,232:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1776,174,0:. 1|1:0,38:38:99:1|1:165502_A_AAT:1465,117,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,54:104:99:.:.:1284,0,989:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1366,132,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,18:70:99:.:.:351,0,1180:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3801,377,0:. 1|0:49,30:79:99:.:.:649,0,1073:. 1|1:9,86:95:38:.:.:2147,38,0:. 0|1:10,34:44:99:.:.:898,0,141:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:87,0:87:19:.:.:0,19,1894:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2528,254,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4208,425,0:. 1|1:7,181:188:99:.:.:5176,368,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2166,215,0:. 1|1:5,82:87:99:.:.:2332,138,0:. 0|1:54,47:101:99:.:.:1092,0,1141:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4704,474,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1760,180,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4459,446,0:. 0|1:31,67:98:99:.:.:1764,0,539:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2385,243,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,141:142:99:.:.:4141,414,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3936,399,0:. 1|1:5,88:93:99:.:.:2516,145,0:. 1|1:2,159:161:99:.:.:4792,427,0:. 1|1:6,76:82:75:.:.:2149,75,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,77:116:99:.:.:1989,0,680:. 0|0:51,0:51:31:.:.:0,31,1105:. 1|1:4,79:83:99:.:.:2263,145,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2879,291,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1773,177,0:. 0|0:154,0:154:41:.:.:0,41,3302:. 1|1:5,74:79:99:.:.:2081,102,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2717,273,0:. 0|1:18,58:76:99:.:.:1454,0,249:. 1|0:36,57:93:99:.:.:1440,0,701:. 1|1:5,47:52:23:.:.:1267,23,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3215,324,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:5,85:90:99:.:.:2325,138,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,69:70:99:.:.:2017,181,0:. 0|1:63,33:96:99:.:.:678,0,1382:. 1|0:77,44:121:99:.:.:958,0,1664:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2711,269,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4393,447,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2708,275,0:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4480,444,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1870,183,0:. 1|0:20,55:75:99:.:.:1436,0,322:. 1|1:4,128:132:99:.:.:3679,288,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4224,411,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1654:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1349,135,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1456,147,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1475,150,0:. 1|1:3,106:109:99:.:.:3046,263,0:. 0|1:11,26:37:99:.:.:700,0,178:. 1|0:37,41:78:99:.:.:1022,0,733:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2178,218,0:. 1|0:16,36:52:99:.:.:901,0,272:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3289,333,0:. 1|1:1,66:67:99:.:.:1920,191,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,34:113:99:.:.:733,0,1853:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1285:. 0|1:43,40:83:99:.:.:973,0,874:. 1|1:4,65:69:99:.:.:1906,99,0:. 0|1:104,12:116:28:.:.:28,0,2547:. 0|1:74,29:103:99:.:.:577,0,1641:. 1|0:99,22:121:99:.:.:332,0,2255:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3520,344,0:. 0|1:4,6:10:82:.:.:147,0,82:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2647,258,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1652,162,0:. 0|1:21,47:68:99:.:.:1142,0,335:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2913,291,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2815,273,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:165543_A_G:2415,189,0:. 1|0:16,75:91:99:.:.:2014,0,159:. 1|1:1,94:95:99:.:.:2845,257,0:. 1|0:36,19:55:99:.:.:384,0,821:. 0|0:41,0:41:91:.:.:0,91,1073:. 0|1:24,55:79:99:.:.:1419,0,416:. 1|1:9,86:95:34:.:.:2338,34,0:. 1|0:16,113:129:52:.:.:3106,0,52:. 1|1:6,54:60:23:.:.:1470,23,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2542,249,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1271:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,82:87:99:.:.:2355,129,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4738,466,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1871,183,0:. 1|1:4,70:74:99:.:.:1978,108,0:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4554,459,0:. 0|1:33,47:80:99:.:.:1173,0,635:. 0|0:36,0:36:76:.:.:0,76,931:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1457:. 1|1:1,49:50:91:1|1:165502_A_AAT:1724,91,0:. 1|0:22,144:166:78:.:.:3724,0,78:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,121:128:99:.:.:3503,193,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,92:115:99:.:.:2419,0,244:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2150,218,0:. 1|0:14,45:59:99:.:.:1146,0,200:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1837,186,0:. 1|0:5,31:36:33:.:.:819,0,33:. 1|0:34,32:66:99:.:.:800,0,696:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1148:. 0|1:71,10:81:72:.:.:72,0,1708:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2117,207,0:. 1|1:1,105:106:99:.:.:3239,293,0:. 1|1:1,115:116:99:.:.:3438,320,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1955,189,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1241,126,0:. 1|1:2,131:133:99:.:.:3759,350,0:. 0|1:7,49:56:26:.:.:1354,0,26:. 0|1:42,18:60:99:.:.:384,0,941:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1720,171,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1675,162,0:. 0|1:39,35:74:99:.:.:816,0,826:. 1|0:12,19:31:99:.:.:453,0,209:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1554,158,0:. 1|0:24,24:48:99:.:.:549,0,480:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1100:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1477:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2991,297,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:165543_A_G:2414,188,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,27:27:81:.:.:797,81,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:94:.:.:0,94,995:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1692:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2189,227,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1357,138,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1321:. 1|0:19,87:106:99:.:.:2369,0,209:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1672,162,0:. 0|1:1,2:3:18:.:.:56,0,18:. 1|0:61,53:114:99:.:.:1126,0,1307:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2198,213,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1652,165,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2734,270,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,13:31:99:.:.:320,0,389:. 0|0:27,0:27:50:.:.:0,50,693:. 1|1:4,66:70:99:.:.:1896,115,0:. 1|1:3,237:240:99:.:.:7107,632,0:. 0|1:21,71:92:99:.:.:1828,0,293:. 1|1:3,146:149:99:.:.:4274,360,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:504,51,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:76,11:87:75:.:.:75,0,1811:. 1|0:12,61:73:99:.:.:1669,0,133:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1326,132,0:. 0|1:25,47:72:99:.:.:1157,0,450:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1668:. 0|1:3,8:11:44:.:.:205,0,44:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1172,114,0:. 1|1:1,37:38:85:.:.:1040,85,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,18:18:54:.:.:543,54,0:. 1|0:20,34:54:99:.:.:1067,0,512:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1376,117,0:. 0|1:50,21:71:99:.:.:535,0,1434:. 1|0:26,14:40:99:.:.:398,0,772:. 1|1:0,82:82:99:.:.:3025,247,0:. 1|0:41,42:83:99:.:.:1239,0,1158:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1420:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:74:.:.:0,74,1883:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2827,238,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,210:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2295,196,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2692,228,0:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2727,213,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2734,231,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1431:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3955,334,0:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,846:. 1|1:0,57:57:99:.:.:2032,171,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2244,187,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1409:. 0|1:14,57:71:99:.:.:1780,0,266:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3720,318,0:. 1|0:19,53:72:99:.:.:1741,0,412:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1351,117,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:960,81,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:3096,256,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:576,51,0:. 1|0:6,33:39:96:.:.:1103,0,96:. 1|1:0,57:57:99:.:.:2042,171,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2179,184,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1469,126,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:3058,250,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3130,265,0:. 1|1:0,234:234:99:.:.:8370,704,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,8:20:99:.:.:237,0,349:. 1|1:0,3:3:9:.:.:106,9,0:. 1|1:0,10:10:29:.:.:275,29,0:. 1|1:6,62:68:43:.:.:1937,43,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1264:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1577:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1827,174,0:. 0|1:61,64:125:99:.:.:1796,0,1565:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1719,123,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2660,249,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1559,132,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:165502_A_AATAT:1325,109,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:151,0:151:96:.:.:0,96,4096:. 1|1:3,112:115:99:.:.:3677,240,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:165502_A_AATATAT:3257,247,0:. 1|1:1,123:124:99:.:.:3998,339,0:. 1|0:118,14:132:99:.:.:103,0,3358:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1395:. 1|0:117,20:137:99:.:.:210,0,3415:. 0|1:123,19:142:99:.:.:117,0,3487:. 1|0:11,80:91:68:.:.:2365,0,68:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2327,209,0:. 1|0:15,58:73:99:.:.:1822,0,256:. 1|0:28,43:71:99:.:.:1279,0,587:. 0|1:13,16:29:99:.:.:419,0,303:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5882,511,0:. 0|0:132,0:132:37:.:.:0,37,3472:. 0|1:26,67:93:99:0|1:165502_A_AATATATAT:2394,0,692:. 0|1:13,24:37:99:.:.:646,0,308:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:1,22:23:35:.:.:666,35,0:. 1|0:114,15:129:94:.:.:94,0,3230:. 1|0:2,5:7:43:.:.:152,0,43:. 1|0:27,109:136:99:.:.:3277,0,472:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:104,15:119:99:.:.:162,0,2960:. 1|1:2,131:133:99:.:.:4126,328,0:. 0|1:86,39:125:99:.:.:868,0,2389:. 1|1:5,136:141:99:.:.:4328,247,0:. 1|0:6,24:30:95:.:.:681,0,95:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:13,41:54:99:.:.:1170,0,239:. 1|0:64,43:107:99:.:.:1071,0,1699:. 1|0:1,9:10:1:.:.:295,0,1:. 0|1:14,137:151:11:.:.:4071,0,11:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1443:. 1|1:11,119:130:32:.:.:3741,32,0:. 1|1:8,112:120:99:.:.:3578,119,0:. 0|0:46,0:46:64:.:.:0,64,1289:. 1|0:39,19:58:99:.:.:405,0,1050:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,89:98:15:.:.:2740,0,15:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:61,0:61:80:.:.:0,80,1656:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,20:35:99:.:.:548,0,418:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,119:126:99:.:.:3710,162,0:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,884:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1178:. 1|0:31,32:63:99:.:.:868,0,802:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1444:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3214,279,0:. 0|1:60,22:82:99:.:.:523,0,1683:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1899,162,0:. 1|1:1,88:89:99:.:.:2897,235,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2975,256,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3484,304,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3373,304,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,806:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,602:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1512:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1499:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3206,279,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2237,192,0:. 1|1:0,128:128:99:.:.:4318,384,0:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3813,335,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3847,333,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:926,81,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1617,140,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1068,93,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,709:. 1|1:0,14:14:42:.:.:506,42,0:. 1|1:0,118:118:99:.:.:4113,355,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,15:15:45:.:.:500,45,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2807,249,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3122,283,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1317:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1367:. 1|1:7,74:81:48:.:.:2456,48,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3104,273,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,28:43:99:.:.:845,0,341:. 1|0:62,96:158:99:.:.:2778,0,1504:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,41:69:99:.:.:1241,0,677:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,26:26:78:.:.:859,78,0:. 1|0:9,3:12:75:.:.:75,0,227:. 1|1:0,144:144:99:.:.:5761,433,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3415,297,0:. Pf3D7_01_v3 167139 . A C 2.3999e+06 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=27.67;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S209;SNPEFF_CODON_CHANGE=tcA/tcC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PSTK;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103700.1;SOR=0.61;VQSLOD=4.22;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.61;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=167.75;GQ_STDDEV=237.71;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7585;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.733;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=6364230;AF=0.183;AS_InbreedingCoeff=0.8477;MLEAC=962;MLEAF=0.183;AN=856;AC=48 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:46,61:107:99:.:.:1437,0,1081:. 1|0:12,79:91:99:.:.:1889,0,109:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1732:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1322:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:5,24:29:73:.:.:595,0,73:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1248:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1409:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1216:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1521:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1029:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1235:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1282:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1196:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1339:. 1|0:100,18:118:99:.:.:164,0,2774:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1261:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,19:75:99:.:.:322,0,1454:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:1,138:139:99:.:.:3736,389,0:. 0|1:74,15:89:99:.:.:146,0,1916:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1191:. 1|1:0,30:30:90:.:.:885,90,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1335:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,6:22:99:.:.:108,0,419:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1578:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1265:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,65:129:99:.:.:1449,0,1502:. 1|0:10,42:52:99:.:.:1016,0,132:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,38:39:99:.:.:999,107,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,25:84:99:.:.:440,0,1512:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1269:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,717:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:12,46:58:99:.:.:1104,0,171:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1208:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1035:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1181:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1077:. 0|1:19,17:36:99:.:.:382,0,453:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1201:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1110:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1118:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1528:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,42:72:99:.:.:1000,0,685:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,828:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1312:. 0|1:14,85:99:99:.:.:2041,0,108:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,970:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1434:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:2991,334,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1454:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1096:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1083:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:65:.:.:0,65,1593:. 0|0:110,0:110:61:.:.:0,61,2694:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1327:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1289:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2723,305,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1505:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1204:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:67:.:.:0,67,908:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1137:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1447:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:131,0:131:38:.:.:0,38,3266:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,5:7:41:.:.:121,0,41:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1722,186,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:15:.:.:0,15,2453:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1291:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,154:155:99:.:.:4092,434,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1348:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1942,207,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1145:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,988:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1255:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1343:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,12:83:79:.:.:79,0,1851:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1254:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1074:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1364:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1646,179,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,151:152:99:.:.:4155,445,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1105:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1761:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1427:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:20,56:76:99:.:.:1320,0,356:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1386:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,221:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,830:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,695:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1300:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1436:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1304:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1640:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,504:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1282:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1407:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3908,352,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1199:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1167:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1152:. 1|0:85,21:106:99:.:.:411,0,2794:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:5,110:115:99:.:.:3564,166,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1591:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,379:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1455:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1320:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1490:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1294:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1183:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:55:.:.:0,55,914:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,603:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,15:93:99:.:.:247,0,2383:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1435:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,378:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1465:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,110:122:28:.:.:3121,0,28:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1491:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1317:. 1|1:6,111:117:99:.:.:3188,142,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1255:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1435:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1170:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1434:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1344:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1246:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,723:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1489:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1310:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1358:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,828:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,414:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,447:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1114:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1440:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1487:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:29,16:45:99:.:.:362,0,867:. 1|0:89,67:156:99:.:.:1703,0,2555:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,745:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,407:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 167312 . A G 5.99167e+06 PASS FS=0;MQ=60;QD=24.66;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y267C;SNPEFF_CODON_CHANGE=tAt/tGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PSTK;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103700.1;SOR=0.671;VQSLOD=7.53;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.997;GC=28.57;GQ_MEAN=296.19;GQ_STDDEV=431.55;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5772;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8833988;AF=0.296;AS_InbreedingCoeff=0.869;MLEAC=1556;MLEAF=0.296;AN=856;AC=201 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:28,64:92:99:.:.:1610,0,630:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,79:91:99:.:.:2002,0,124:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1732:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,20:83:99:.:.:328,0,1796:. 0|1:43,22:65:99:.:.:406,0,1201:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:56,25:81:99:.:.:493,0,1582:. 0|1:29,53:82:99:.:.:1291,0,689:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1209:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:4913,547,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1029:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1102:. 1|0:33,60:93:99:.:.:1327,0,741:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:9,0:9:13:.:.:0,13,233:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1235:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1308:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1282:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1374:. 0|1:195,87:282:99:.:.:1548,0,5267:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1166:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1096:. 1|0:36,24:60:99:.:.:465,0,933:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1209:. 1|1:8,85:93:27:.:.:2092,27,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2353,249,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,24:75:99:.:.:431,0,1357:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1116:. 1|0:57,11:68:99:.:.:113,0,1535:. 0|0:57,0:57:84:.:.:0,84,1584:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2458,266,0:. 1|0:10,10:20:99:.:.:223,0,253:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:154,38:192:99:.:.:481,0,4294:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,59:64:34:.:.:1504,34,0:. 1|0:78,16:94:99:.:.:150,0,2171:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1265:. 1|0:20,44:64:99:.:.:1023,0,418:. 1|1:6,67:73:33:.:.:1631,33,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:20,49:69:99:.:.:1139,0,400:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1105:. 1|0:59,29:88:99:.:.:520,0,1526:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1269:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1297:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1870,199,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1198,137,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1786:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1668,182,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,55:64:95:.:.:1345,0,95:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1035:. 1|0:34,41:75:99:.:.:905,0,824:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1181:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1077:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1218:. 1|0:97,18:115:99:.:.:142,0,2600:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1110:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1118:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1755:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1736,183,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,62:79:99:.:.:1424,0,299:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:17,31:48:99:.:.:689,0,376:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1312:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,137:154:59:.:.:3185,0,59:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:16,81:97:99:.:.:1927,0,207:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,970:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,165:177:99:.:.:4234,183,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1434:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,74:152:99:.:.:1562,0,1955:. 1|1:0,218:218:99:.:.:6023,653,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1454:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,18:126:98:.:.:98,0,2983:. 1|1:16,160:176:56:.:.:3911,56,0:. 0|1:115,47:162:99:.:.:779,0,3063:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3424,389,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4305,480,0:. 0|1:140,26:166:99:.:.:206,0,3806:. 0|0:144,0:144:16:.:.:0,16,3401:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1083:. 1|0:69,75:144:99:.:.:1610,0,1698:. 1|0:61,32:93:99:.:.:575,0,1655:. 0|1:74,18:92:99:.:.:193,0,1921:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1327:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,19:133:99:.:.:120,0,3104:. 1|0:142,38:180:99:.:.:487,0,3680:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1505:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:34,103:137:99:.:.:2418,0,649:. 1|1:5,161:166:99:.:.:4319,359,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1148:. 1|0:9,80:89:25:.:.:1913,0,25:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1204:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:20:.:.:0,20,1369:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3177,351,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2497,269,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,68:83:99:.:.:1638,0,217:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,26:154:99:.:.:261,0,3536:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,65:67:99:.:.:1743,152,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:65,34:99:99:.:.:628,0,1681:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,36:144:99:.:.:565,0,2889:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2880,309,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:6,55:61:15:.:.:1303,0,15:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,60:85:99:.:.:1409,0,537:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1670,183,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:80,18:98:99:.:.:183,0,2212:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1833,198,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:172,0:172:65:.:.:0,65,4189:. 0|1:68,21:89:99:.:.:281,0,1737:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,68:128:99:.:.:1416,0,1476:. 1|0:24,96:120:99:.:.:2206,0,374:. 0|0:65,0:65:27:.:.:0,27,1649:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,988:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1050:. 0|1:67,22:89:99:.:.:296,0,1777:. 1|0:33,52:85:99:.:.:1163,0,794:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:68:.:.:0,68,2100:. 1|1:0,172:172:99:.:.:4733,515,0:. 1|1:0,169:169:99:.:.:4577,504,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1255:. 0|1:23,41:64:99:.:.:935,0,528:. 1|0:23,140:163:99:.:.:3214,0,196:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,42:62:99:.:.:908,0,457:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1688,186,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1074:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,19:68:99:.:.:300,0,1264:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1364:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1094:. 0|1:63,39:102:99:.:.:715,0,1638:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,25:95:99:.:.:387,0,1867:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2885,311,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1446,159,0:. 1|1:0,165:165:99:.:.:4412,493,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1105:. 0|1:12,95:107:38:.:.:2305,0,38:. 1|1:0,73:73:99:.:.:1957,219,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,22:147:99:.:.:150,0,3461:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1427:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 1|0:83,61:144:99:.:.:1236,0,2150:. 1|0:60,51:111:99:.:.:1082,0,1576:. 1|0:38,69:107:99:.:.:1548,0,823:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3710,396,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,13:38:99:.:.:247,0,649:. 1|1:0,27:27:81:.:.:769,81,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,180:255:99:.:.:4327,0,1580:. 0|1:30,72:102:99:.:.:1649,0,601:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,434:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,11:70:96:.:.:96,0,1676:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1660,180,0:. 1|0:47,37:84:99:.:.:783,0,1194:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:3,8:11:62:.:.:194,0,62:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|1:94,60:154:99:.:.:1528,0,2910:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1300:. 1|1:12,161:173:77:.:.:5038,77,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3410,298,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1720:. 0|1:110,82:192:99:.:.:2220,0,3350:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 1|1:1,169:170:99:.:.:5717,473,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1282:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1407:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6520,589,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,175:177:99:.:.:5820,458,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3663,328,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1167:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 1|0:69,36:105:99:.:.:894,0,2145:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:5,181:186:99:.:.:5953,378,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1591:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,535:536:99:.:.:17981,1577,0:. 1|0:36,16:52:99:.:.:396,0,1162:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1029,114,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,187:187:99:.:.:6085,562,0:. 1|1:2,212:214:99:.:.:6677,592,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1455:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:2,208:210:99:.:.:6734,559,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,191:191:99:.:.:5574,567,0:. 1|0:123,127:250:99:.:.:3250,0,3465:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1490:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1260:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4338,460,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1294:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,191:223:99:.:.:5511,0,447:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,143:145:99:.:.:3826,379,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:159,82:241:99:.:.:1914,0,4776:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1183:. 1|1:0,213:213:99:.:.:6938,640,0:. 1|1:1,196:197:99:.:.:6382,558,0:. 1|1:2,217:219:99:.:.:7079,588,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:46:.:.:0,46,803:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1134:. 0|1:58,105:163:99:.:.:2849,0,1562:. 1|1:1,170:171:99:.:.:4814,474,0:. 1|0:33,162:195:99:.:.:4693,0,526:. 1|1:7,182:189:99:.:.:5066,317,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1155:. 1|0:130,79:209:99:.:.:1925,0,3914:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1435:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,466:. 0|1:49,216:265:99:.:.:6119,0,858:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1465:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1491:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1317:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:1,133:134:99:.:.:3737,358,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1435:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3011,334,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1434:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4429,406,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:51,76:127:99:.:.:2176,0,1392:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2150,192,0:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1240:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1489:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3525,327,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1310:. 1|1:11,196:207:99:.:.:5990,226,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7436,670,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1880,174,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2090,189,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2213,210,0:. 0|0:24,0:24:37:.:.:0,37,773:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:67:.:.:0,67,761:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1114:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1440:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1487:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1563:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,109:137:99:.:.:3114,0,594:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 167899 . C T 4.61414e+06 PASS FS=0;MQ=59.94;QD=25.78;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y429;SNPEFF_CODON_CHANGE=taC/taT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PSTK;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103700.1;SOR=0.71;VQSLOD=6.04;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.17;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.988;GC=23.81;GQ_MEAN=284.67;GQ_STDDEV=267.96;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8263;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.019;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7125476;AF=0.26;AS_InbreedingCoeff=0.4622;MLEAC=1364;MLEAF=0.262;AN=856;AC=304 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:47,10:57:99:.:.:156,0,1229:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:61,12:73:99:.:.:166,0,1570:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2813,259,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2769,259,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:22,31:53:99:.:.:805,0,475:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:24,39:63:99:.:.:1068,0,523:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:27,0:27:70:.:.:0,70,810:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,352:. 0|0:29,0:29:54:.:.:0,54,755:. 1|1:1,31:32:73:.:.:1002,73,0:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,522:. 0|1:47,7:54:64:.:.:64,0,1170:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1254:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:32,0:32:71:.:.:0,71,824:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,116:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1703,165,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:94:.:.:0,94,1114:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:66,38:104:99:.:.:763,0,1572:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:45,0:45:11:.:.:0,11,949:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1138:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1154:. 1|0:49,17:66:99:.:.:314,0,1159:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1306:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3455,342,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:62,15:77:99:.:.:230,0,1481:. 1|0:40,6:46:45:.:.:45,0,969:. 1|1:0,28:28:84:.:.:885,84,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1554:. 0|1:23,17:40:99:.:.:406,0,519:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2653,258,0:. 1|0:3,20:23:19:.:.:537,0,19:. 1|1:2,93:95:99:.:.:2761,227,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1429:. 1|1:2,37:39:60:.:.:1063,60,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1331:. 1|0:37,13:50:99:.:.:245,0,887:. 0|1:44,17:61:99:.:.:327,0,1012:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1181:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4673,459,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:45,19:64:99:.:.:378,0,1074:. 1|0:54,28:82:99:.:.:596,0,1232:. 0|0:68,0:68:48:.:.:0,48,1615:. 1|1:1,25:26:52:.:.:722,52,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1389:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1000:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2627,266,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1275:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,978:. 1|0:68,36:104:99:.:.:761,0,1729:. 0|1:42,10:52:99:.:.:143,0,1010:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:24,24:48:99:.:.:570,0,500:. 0|0:27,0:27:19:.:.:0,19,630:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,993:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1581,153,0:. 0|0:71,0:71:67:.:.:0,67,1663:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1163:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,917:. 1|1:5,71:76:97:.:.:2008,97,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1347:. 1|1:1,101:102:99:.:.:2919,278,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:94:.:.:0,94,1333:. 1|0:77,22:99:99:.:.:349,0,1839:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:68,17:85:99:.:.:268,0,1556:. 0|1:18,16:34:99:.:.:382,0,386:. 1|1:1,112:113:99:.:.:3253,307,0:. 1|1:1,95:96:99:.:.:2894,259,0:. 1|1:1,99:100:99:.:.:2962,273,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1050:. 1|0:50,13:63:99:.:.:219,0,1197:. 1|0:25,79:104:99:.:.:2072,0,350:. 0|0:98,0:98:2:.:.:0,2,2088:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:61,39:100:99:.:.:916,0,1339:. 1|1:1,143:144:99:.:.:4428,422,0:. 1|0:66,38:104:99:.:.:905,0,1525:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:5,119:124:99:.:.:3451,228,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3191,310,0:. 0|1:59,58:117:99:.:.:1408,0,1260:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1628:. 1|1:0,174:174:99:.:.:5329,523,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1043:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:63,14:77:99:.:.:197,0,1544:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1670,171,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:47,51:98:99:.:.:1269,0,972:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2883,291,0:. 0|1:70,41:111:99:.:.:830,0,1625:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,50:52:99:.:.:2010,106,0:. 0|1:44,60:104:99:0|1:167899_C_T:1526,0,1397:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:6:.:.:0,6,1647:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1181:. 1|1:6,103:109:99:.:.:2882,159,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2980,310,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2867,285,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2075,210,0:. 1|0:71,20:91:99:.:.:363,0,1747:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4246,423,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1206:. 1|1:4,106:110:99:.:.:2971,224,0:. 0|1:13,19:32:99:.:.:470,0,260:. 1|0:40,25:65:99:.:.:560,0,914:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3118,315,0:. 1|0:37,18:55:99:.:.:361,0,824:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3876,394,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2223,216,0:. 1|1:2,83:85:99:.:.:2501,202,0:. 1|1:6,98:104:99:.:.:2898,152,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1169:. 0|1:66,22:88:99:.:.:411,0,1526:. 0|1:33,24:57:99:.:.:565,0,711:. 0|0:152,0:152:84:.:.:0,84,3548:. 1|0:93,29:122:99:.:.:497,0,2423:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3750,373,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,171:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1079:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1711,168,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,27:89:99:.:.:543,0,1420:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2282:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1614,153,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1330:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1085:. 0|1:31,46:77:99:.:.:1172,0,623:. 1|0:9,95:104:10:.:.:2536,0,10:. 1|0:81,33:114:99:.:.:675,0,1950:. 1|0:14,50:64:99:.:.:1346,0,197:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1665:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4547,448,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1212:. 1|0:52,28:80:99:.:.:619,0,1233:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,49:51:99:.:.:1418,102,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1618,159,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1057:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1334:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1268:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,44:99:99:.:.:1043,0,1189:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1425:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1180:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1122:. 0|1:44,23:67:99:.:.:494,0,954:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1527:. 1|1:3,49:52:78:.:.:1412,78,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4229,409,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,12:53:99:.:.:182,0,1055:. 0|1:107,25:132:99:.:.:323,0,2416:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1620:. 1|0:22,10:32:99:.:.:209,0,494:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1329,129,0:. 1|0:41,5:46:2:.:.:2,0,990:. 0|1:55,17:72:99:.:.:291,0,1285:. 0|1:26,12:38:99:.:.:236,0,569:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:26,11:37:99:.:.:219,0,566:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:42,17:59:99:.:.:343,0,980:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3615,325,0:. 0|1:23,39:62:99:.:.:972,0,433:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1473:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3617,361,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2985,286,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,41:42:99:.:.:1228,99,0:. 1|1:2,32:34:46:.:.:931,46,0:. 0|1:82,23:105:99:.:.:403,0,1965:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1812,177,0:. 0|1:3,2:5:49:.:.:49,0,72:. 0|0:95,10:105:4:.:.:0,4,2549:. 0|1:63,19:82:99:.:.:343,0,2302:. 0|1:37,31:68:99:.:.:743,0,836:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1438:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2812,279,0:. 1|0:15,52:67:99:.:.:1400,0,207:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:21,10:31:99:.:.:207,0,500:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,663:. 1|1:2,69:71:99:.:.:2102,175,0:. 0|1:149,61:210:99:.:.:1265,0,3583:. 0|1:59,31:90:99:.:.:647,0,1326:. 1|1:7,99:106:99:.:.:2742,117,0:. 0|1:2,25:27:9:.:.:658,0,9:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,70:95:99:.:.:1841,0,416:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1110,108,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1317:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:11,2:13:24:.:.:24,0,262:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1509:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 1|0:35,49:84:99:.:.:1530,0,926:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1115:. 1|1:0,112:112:99:.:.:4015,337,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:4216,358,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,123:132:84:.:.:4111,84,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1697:. 0|1:24,50:74:99:.:.:1501,0,610:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,115,1401:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1251:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3452,289,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1230:. 1|1:1,97:98:99:.:.:3364,259,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2221,187,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3618,306,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1316:. 1|0:31,66:97:99:.:.:2048,0,784:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3211,280,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:850,72,0:. 1|0:43,7:50:58:.:.:58,0,1297:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1147:. 1|1:3,72:75:99:.:.:2485,120,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1538:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1758,147,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3761,321,0:. 1|1:0,343:343:99:.:.:12152,1030,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:15,9:24:99:.:.:259,0,438:. 1|1:0,13:13:39:.:.:477,39,0:. 0|0:19,0:19:21:.:.:0,21,518:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2704,202,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4661,408,0:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5323,478,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:63,47:110:99:.:.:1294,0,1787:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:1,218:219:99:.:.:7427,625,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1301:. 0|1:100,98:198:99:.:.:2819,0,2658:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:69:.:.:0,69,1981:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1619:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1199:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3617,324,0:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4837,439,0:. 1|0:110,14:124:99:.:.:112,0,3263:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6620,580,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,13:131:59:.:.:59,0,3388:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1530:. 1|1:2,70:72:99:.:.:2369,176,0:. 0|0:29,0:29:18:.:.:0,18,827:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5629,499,0:. 1|1:6,195:201:99:.:.:6357,396,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5914,520,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1554:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1097:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4646,411,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1448:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,632:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,432:. 1|0:16,105:121:99:.:.:3259,0,160:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,17:122:99:.:.:174,0,2878:. 1|0:38,24:62:99:.:.:657,0,982:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1381:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1607:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1539:. 1|0:33,90:123:99:.:.:2608,0,667:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:82,31:113:99:.:.:721,0,2190:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 1|0:130,22:152:99:.:.:266,0,3648:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:17,94:111:99:.:.:2730,0,214:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1478:. 1|0:59,8:67:39:.:.:39,0,1750:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:14,104:118:99:.:.:3072,0,117:. 1|1:1,59:60:99:.:.:1883,143,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1697:. 1|0:64,33:97:99:.:.:818,0,1695:. 1|1:1,378:379:99:.:.:12511,1101,0:. 1|1:0,310:310:99:.:.:10699,932,0:. 1|0:14,31:45:99:.:.:967,0,333:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,121:125:99:.:.:3894,254,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1413:. 0|1:35,28:63:99:.:.:776,0,944:. 1|1:1,76:77:99:.:.:2598,227,0:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4167,363,0:. 0|1:67,20:87:99:.:.:442,0,1890:. 0|1:28,49:77:99:.:.:1434,0,703:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1400:. 1|1:0,90:90:99:.:.:3069,271,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3412,304,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4228,381,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1100:. 1|1:0,23:23:69:.:.:837,69,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2563,225,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3482,310,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2115,189,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1225:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4527,399,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1474,138,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1814,159,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1776,156,0:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,14:14:42:.:.:483,42,0:. 1|1:0,148:148:99:.:.:5135,445,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,9:9:27:.:.:325,27,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3271,285,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,25:87:99:.:.:596,0,1757:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3258,285,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1499:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2538,217,0:. 1|0:152,120:272:99:.:.:3242,0,4182:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1194:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1452,126,0:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 1|1:5,179:184:99:.:.:5935,420,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2853,255,0:. Pf3D7_01_v3 167962 . A C 4.11829e+06 PASS FS=0;MQ=60.78;QD=25.75;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PSTK;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103700.1;SOR=0.68;VQSLOD=7.57;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.984;GC=28.57;GQ_MEAN=209.29;GQ_STDDEV=185.77;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7562;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.784;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=5645238;AF=0.347;AS_InbreedingCoeff=0.6007;MLEAC=1822;MLEAF=0.35;AN=852;AC=442 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,86:86:99:.:.:2356,256,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485 1|1:3,93:96:99:.:.:2647,187,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575 1|1:1,69:70:99:.:.:1937,178,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,102:102:99:.:.:2734,303,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485 1|1:4,52:56:41:.:.:1317,41,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485 0|1:42,37:79:99:.:.:810,0,1110 1|0:33,26:59:99:.:.:574,0,818 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,434 0|0:25,0:25:44:.:.:0,44,689 1|1:1,41:42:93:.:.:1096,93,0 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,876 0|1:41,15:56:99:.:.:246,0,1055 1|1:0,77:77:99:.:.:2009,228,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,20:20:60:.:.:548,60,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 1|1:3,55:58:85:.:.:1269,85,0 0|1:4,13:17:71:.:.:282,0,71 1|1:0,13:13:39:.:.:351,39,0 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810 1|1:0,37:37:99:.:.:1017,110,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1568,135,0 1|0:15,73:88:99:.:.:1772,0,196 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395 1|0:55,57:112:99:.:.:1201,0,1374 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485 0|0:24,0:24:45:.:.:0,45,675 0|0:39,3:42:63:.:.:0,63,1087 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1173 0|0:33,0:33:19:.:.:0,19,816 1|0:41,11:52:99:.:.:129,0,1045 1|1:0,58:58:99:.:.:1497,171,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2518,284,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1755 0|1:52,16:68:99:.:.:201,0,1312 1|0:34,6:40:39:.:.:39,0,880 1|1:0,32:32:95:.:.:871,95,0 0|1:8,52:60:67:.:.:1180,0,67 0|1:23,19:42:99:.:.:394,0,571 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620 1|0:8,3:11:32:.:.:32,0,214 1|1:3,82:85:99:1|1:167962_A_C:3258,123,0 0|0:124,0:124:99:.:.:0,102,1530 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350 1|1:1,33:34:71:.:.:817,71,0 0|0:50,0:50:96:.:.:0,96,1440 1|1:0,46:46:99:.:.:1210,137,0 1|1:4,45:49:42:.:.:1027,42,0 1|1:5,54:59:30:.:.:1252,30,0 0|1:43,61:104:99:.:.:1300,0,931 0|0:31,2:33:42:.:.:0,42,860 0|1:39,16:55:99:.:.:281,0,1017 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1755 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080 0|1:64,18:82:99:.:.:192,0,1609 1|0:29,39:68:99:.:.:813,0,604 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,17:17:51:.:.:455,51,0 1|0:26,19:45:99:.:.:357,0,661 1|1:0,33:33:97:.:.:795,97,0 0|1:7,10:17:99:.:.:223,0,166 1|1:0,74:74:99:.:.:1922,219,0 1|0:10,39:49:99:.:.:892,0,160 1|1:0,32:32:96:.:.:889,96,0 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1080 1|0:40,66:106:99:.:.:1311,0,858 1|0:37,11:48:99:.:.:166,0,968 1|1:1,14:15:15:.:.:337,15,0 1|0:26,38:64:99:.:.:739,0,585 0|1:15,5:20:79:.:.:79,0,378 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125 1|1:0,44:44:99:.:.:1182,131,0 0|1:9,47:56:99:.:.:1114,0,105 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1163 1|1:0,59:59:99:.:.:1511,175,0 1|1:2,44:46:76:.:.:1041,76,0 0|1:37,5:42:9:.:.:9,0,1005 1|1:1,86:87:99:.:.:2114,229,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485 0|1:39,18:57:99:.:.:333,0,1026 1|1:1,102:103:99:.:.:2620,276,0 1|1:3,91:94:99:.:.:2135,195,0 0|0:48,0:48:81:.:.:0,81,1215 1|0:31,49:80:99:.:.:1057,0,722 0|1:5,15:20:93:.:.:332,0,93 1|1:4,86:90:99:.:.:2200,147,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2217,255,0 1|1:2,74:76:99:.:.:1860,165,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485 0|0:147,17:164:84:.:.:0,84,4014 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1050 1|0:42,7:49:30:.:.:30,0,1074 1|1:11,106:117:16:.:.:2470,16,0 0|1:38,49:87:99:.:.:935,0,880 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530 1|1:2,137:139:99:.:.:3401,348,0 1|0:53,23:76:99:.:.:398,0,1352 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,92:92:99:.:.:2371,273,0 0|1:16,75:91:99:.:.:1645,0,173 0|0:138,0:138:99:.:.:0,108,1620 1|1:1,84:85:99:.:.:2119,220,0 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485 0|1:22,50:72:99:.:.:1136,0,450 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485 1|0:34,54:88:99:.:.:1133,0,747 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1665 0|1:34,15:49:99:.:.:265,0,868 1|0:82,13:95:42:.:.:42,0,2136 0|1:51,73:124:99:.:.:1578,0,1137 1|1:0,56:56:99:.:.:1431,165,0 1|1:6,85:91:86:.:.:1992,86,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1570,181,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575 0|1:48,15:63:99:.:.:219,0,1269 1|1:0,64:64:99:.:.:1655,191,0 0|1:59,32:91:99:.:.:612,0,1505 1|0:52,35:87:99:.:.:669,0,1279 1|1:2,54:56:99:.:.:1289,107,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575 1|1:1,48:49:99:.:.:1217,117,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1181 0|1:16,62:78:99:.:.:1329,0,252 1|0:25,49:74:99:.:.:1044,0,522 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,46:46:99:.:.:1212,137,0 1|1:3,65:68:99:.:.:1694,112,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,89:89:99:.:.:2327,263,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,46:46:99:.:.:1228,137,0 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215 1|1:0,86:86:99:.:.:2229,257,0 0|1:4,16:20:60:.:.:384,0,60 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1788 1|1:0,88:88:99:.:.:2334,263,0 0|0:50,0:50:93:.:.:0,93,1395 1|1:0,96:96:99:.:.:2467,286,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1499,174,0 1|1:2,54:56:99:.:.:1449,107,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2234,254,0 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215 0|1:44,48:92:99:.:.:1016,0,1024 1|1:0,58:58:99:.:.:1466,171,0 1|1:4,137:141:99:.:.:3556,295,0 1|0:55,55:110:99:.:.:1089,0,1319 1|1:0,107:107:99:.:.:2629,314,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1231 1|1:0,114:114:99:1|1:167953_A_G:5025,352,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1079 1|1:0,61:61:99:.:.:1523,179,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1578,188,0 0|1:51,30:81:99:.:.:546,0,1285 1|0:42,65:107:99:.:.:1666,0,1293 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485 1|0:82,28:110:99:.:.:336,0,2089 1|1:0,41:41:99:.:.:1135,123,0 1|0:16,29:45:99:.:.:649,0,346 1|0:37,9:46:88:.:.:88,0,981 0|1:31,51:82:99:.:.:1107,0,673 1|0:16,68:84:99:.:.:1565,0,233 1|0:25,100:125:99:.:.:2237,0,373 0|0:58,5:63:46:.:.:0,46,1597 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485 1|1:2,67:69:99:.:.:1683,143,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1665 1|1:0,132:132:99:.:.:3465,393,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1212 1|0:37,26:63:99:.:.:502,0,895 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485 0|1:40,65:105:99:.:.:1393,0,867 1|1:0,45:45:99:.:.:1123,133,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1169,129,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1057 1|1:5,69:74:72:.:.:1608,72,0 1|0:42,8:50:62:.:.:62,0,1047 0|1:5,42:47:18:.:.:930,0,18 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|1:41,34:75:99:.:.:667,0,986 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485 0|0:41,0:41:87:.:.:0,87,1305 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395 0|1:18,34:52:99:.:.:724,0,387 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1052 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1527 1|1:0,36:36:99:.:.:964,108,0 1|1:0,144:144:99:1|1:167962_A_C:6227,442,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,60:60:99:.:.:1495,177,0 1|0:37,16:53:99:.:.:245,0,906 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1620 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1620 1|0:16,6:22:99:.:.:103,0,431 1|1:0,36:36:99:.:.:854,105,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1185,136,0 0|1:46,13:59:99:.:.:155,0,1224 0|1:27,12:39:99:.:.:151,0,650 1|1:0,30:30:88:.:.:746,88,0 1|0:16,22:38:99:.:.:438,0,356 1|1:0,36:36:99:.:.:886,105,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|0:38,13:51:99:.:.:174,0,992 1|1:0,119:119:99:.:.:2970,350,0 0|1:15,26:41:99:.:.:561,0,327 1|1:1,82:83:99:.:.:1903,231,0 0|0:24,0:24:42:.:.:0,42,630 1|1:0,92:92:99:.:.:2337,272,0 1|1:0,22:22:64:.:.:529,64,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1784,202,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530 1|1:1,32:33:68:.:.:790,68,0 1|1:1,33:34:68:.:.:716,68,0 0|1:86,28:114:99:.:.:432,0,2184 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485 0|1:2,1:3:20:.:.:20,0,54 1|0:32,42:74:99:.:.:878,0,755 0|1:37,37:74:99:.:.:790,0,914 0|1:36,24:60:99:.:.:478,0,835 1|0:9,42:51:99:.:.:955,0,119 1|1:0,93:93:99:.:.:2469,277,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1575 0|1:8,22:30:99:.:.:498,0,152 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765 1|1:0,62:62:99:.:.:1658,186,0 0|1:120,52:172:99:.:.:919,0,3087 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485 1|1:6,72:78:47:.:.:1772,47,0 1|1:3,26:29:7:.:.:614,7,0 0|0:21,0:21:8:.:.:0,8,486 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|0:24,56:80:99:.:.:1257,0,482 1|1:0,51:51:99:.:.:1330,151,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1317 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620 0|1:2,6:8:35:.:.:140,0,35 0|0:22,0:22:13:.:.:0,13,519 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405 1|1:0,74:74:99:.:.:2396,222,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1530,138,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1115 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530 1|0:42,24:66:99:.:.:612,0,1315 1|1:0,87:87:99:.:.:2892,261,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1787,162,0 1|1:1,96:97:99:.:.:3021,278,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2017,178,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1799,170,0 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405 1|1:0,68:68:99:.:.:2180,203,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1753,166,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2176,198,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2386,212,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2240,198,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1230 1|1:0,77:77:99:.:.:2619,231,0 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,79:79:99:.:.:2579,237,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2729,248,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2294,204,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1143,102,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1362,123,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1820,165,0 1|1:0,19:19:57:.:.:611,57,0 0|1:24,14:38:99:.:.:369,0,735 1|1:0,56:56:99:.:.:1883,168,0 1|1:2,56:58:99:.:.:1771,104,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,82:82:99:.:.:2712,246,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1275,116,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,78:79:99:.:.:2642,228,0 1|1:0,230:230:99:.:.:7641,689,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,111,1665 1|1:1,200:201:99:.:.:6463,589,0 1|0:7,7:14:99:.:.:181,0,197 1|1:1,12:13:5:.:.:370,5,0 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720 1|1:1,54:55:99:.:.:1619,127,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2905,293,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3478,344,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530 1|0:52,47:99:99:.:.:1164,0,1502 1|1:0,79:79:99:.:.:2337,235,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5727,552,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1301 0|1:80,81:161:99:.:.:2090,0,2175 1|1:2,33:35:36:.:.:956,36,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2141,209,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,32:32:95:.:.:1001,95,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1619 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1199 1|1:0,56:56:99:.:.:1805,167,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3468,331,0 0|1:14,64:78:99:.:.:1720,0,236 1|1:0,154:154:99:.:.:4808,460,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2967,271,0 0|1:56,15:71:99:.:.:288,0,1697 1|0:6,61:67:11:.:.:1747,0,11 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1377 1|1:0,41:41:99:.:.:1334,123,0 1|1:1,52:53:99:.:.:1646,124,0 1|0:18,2:20:11:.:.:11,0,533 1|1:0,107:107:99:.:.:3336,318,0 1|1:1,120:121:99:.:.:3764,326,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,109:109:99:.:.:3303,324,0 1|1:1,91:92:99:.:.:2961,265,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1554 0|0:78,7:85:20:.:.:0,20,2414 0|1:8,15:23:99:.:.:431,0,211 1|1:0,102:102:99:.:.:3256,304,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2197,204,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1448 1|1:0,17:17:51:.:.:571,51,0 0|0:77,7:84:30:.:.:0,30,2349 1|1:0,7:7:21:.:.:237,21,0 1|1:2,69:71:99:.:.:2218,164,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3194,312,0 0|1:9,79:88:39:.:.:2144,0,39 1|0:21,15:36:99:.:.:405,0,624 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1381 1|1:0,32:32:96:.:.:1049,96,0 0|1:60,14:74:99:.:.:239,0,1783 1|1:5,59:64:44:.:.:1510,44,0 1|1:0,25:25:75:.:.:788,75,0 1|1:1,65:66:99:.:.:2027,161,0 0|0:52,0:52:93:.:.:0,93,1395 1|1:0,81:81:99:.:.:2486,242,0 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,133 1|0:68,14:82:99:.:.:210,0,2055 1|1:3,92:95:99:.:.:2651,201,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575 1|0:10,58:68:99:.:.:1588,0,155 0|0:48,0:48:91:.:.:0,91,1419 1|0:34,17:51:99:.:.:381,0,934 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530 0|1:15,69:84:99:.:.:1782,0,210 1|1:1,41:42:91:.:.:1324,91,0 0|1:8,52:60:83:.:.:1483,0,83 1|0:45,17:62:99:.:.:374,0,1375 1|1:1,227:228:99:.:.:7138,646,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,99,1485 1|0:4,29:33:41:.:.:856,0,41 1|1:0,147:147:99:.:.:4600,440,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,78:80:99:.:.:2530,171,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1378,134,0 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810 0|1:32,17:49:99:.:.:351,0,971 1|1:0,64:64:99:.:.:2080,192,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2629,248,0 0|1:62,11:73:99:.:.:140,0,1897 0|1:14,26:40:99:.:.:702,0,362 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1400 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,73:73:99:.:.:2424,219,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2427,227,0 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900 1|1:0,11:11:33:.:.:364,33,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,64:64:99:.:.:2128,192,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1177,107,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530 1|1:4,80:84:99:.:.:2469,139,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2501,222,0 1|1:0,26:26:78:.:.:854,78,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1309,120,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1048,93,0 1|1:0,18:18:54:.:.:565,54,0 1|1:0,14:14:42:.:.:455,42,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2820,255,0 0|1:36,64:100:99:.:.:1716,0,849 1|0:41,66:107:99:.:.:1849,0,1084 1|1:0,4:4:12:.:.:131,12,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1791,162,0 1|0:50,46:96:99:.:.:1214,0,1447 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1400 1|1:0,118:118:99:.:.:3766,353,0 0|1:45,19:64:99:.:.:398,0,1390 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1345 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1499 1|1:0,42:42:99:.:.:1382,126,0 0|0:114,0:114:99:.:.:0,111,1665 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1194 1|1:0,35:35:99:.:.:1157,105,0 1|1:0,7:7:21:.:.:230,21,0 1|1:1,120:121:99:.:.:3824,352,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1493,140,0 Pf3D7_01_v3 169707 . G A 574747 PASS FS=0.574;MQ=60.15;QD=21;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=6;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=ARP1;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103800.1;SOR=0.667;VQSLOD=4.08;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=151.41;GQ_STDDEV=107.28;HRun=2;InbreedingCoeff=1;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.04;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6325620;AF=0.034;AS_InbreedingCoeff=0.8452;MLEAC=175;MLEAF=0.033;AN=858;AC=67 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1453:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,78:108:99:.:.:2188,0,577:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1582:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1565:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1669:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:16:.:.:0,16,298:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,180:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1189:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1505:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1777:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1187:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1016:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1041:. 0|0:74,0:74:31:.:.:0,31,1746:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1564,155,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1051:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,19:50:99:.:.:436,0,730:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,125:208:99:.:.:3190,0,1779:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,36:41:24:.:.:961,0,24:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1412:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,52:128:99:.:.:1190,0,1783:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1702:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,767:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,28:28:84:.:.:858,84,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,983:. 1|0:98,43:141:99:.:.:893,0,2283:. 1|0:21,67:88:99:.:.:1811,0,346:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1057:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1056:. 1|0:21,25:46:99:.:.:621,0,469:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1454:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1107:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3315,322,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1754:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,36:87:99:.:.:822,0,1195:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,6:31:93:.:.:93,0,622:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1372:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1679:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,13:83:99:.:.:120,0,1645:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1321:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1462:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,966:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2158,216,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1278:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,68:139:99:.:.:1646,0,1588:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,44:76:99:.:.:1124,0,698:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,71:121:99:.:.:1810,0,1087:. 1|0:42,113:155:99:.:.:2972,0,761:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1644:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,180:181:99:.:.:5496,516,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:57,44:101:99:.:.:996,0,1327:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1454:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1197:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1537:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:61,33:94:99:.:.:719,0,1396:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1743:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:80:.:.:0,80,1708:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:88,0:88:45:.:.:0,45,2061:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1065:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1277:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2213,216,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4806,466,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1173:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1421:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1680:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1380:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1695:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,29:94:99:.:.:600,0,1608:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1357:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,346:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1430:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1556:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1669:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1463:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1347:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2370,199,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1631:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1578:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1480:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1402:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,108:109:99:.:.:3711,293,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3568,300,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1321:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1384:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1428:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1765:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1691:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1450:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:.:.:9179,796,0:. 0|0:27,0:27:43:.:.:0,43,842:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1279:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,54:111:99:.:.:1545,0,1513:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,187:187:99:.:.:6433,562,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1142:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1442:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1597:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:.:.:6669,604,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:37,5:42:54:.:.:54,0,1053:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7118,661,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,197:199:99:.:.:6570,531,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1242:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:58:.:.:0,58,754:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,22:126:99:.:.:385,0,2933:. 1|0:66,83:149:99:.:.:2436,0,1610:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1307:. 0|1:124,56:180:99:.:.:1422,0,3557:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,273:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1444:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1380:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1640:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,92:100:58:.:.:2907,58,0:. 1|0:21,96:117:99:.:.:2931,0,340:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,16:62:99:.:.:327,0,1310:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1471:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1407:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1360:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,20:108:99:.:.:367,0,2595:. 0|1:55,30:85:99:.:.:771,0,1565:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2406,205,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3519,322,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,759:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1157:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,470:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1445:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1708:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:71,35:106:99:.:.:864,0,2097:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3175,274,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1367:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:199,136:335:99:.:.:3784,0,5745:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1435:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 170715 . A C 1.11719e+06 PASS FS=0;MQ=61.87;QD=22.04;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=ARP1;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103800.1;SOR=0.685;VQSLOD=5.89;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.994;GC=9.52;GQ_MEAN=134.47;GQ_STDDEV=90.14;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7204;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.6;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6969058;AF=0.062;AS_InbreedingCoeff=0.9997;MLEAC=313;MLEAF=0.06;AN=858;AC=72 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1460:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1744:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1585:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1406:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1180:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1239:. 0|1:7,15:22:99:.:.:305,0,157:. 0|0:45,0:45:88:.:.:0,88,1328:. 0|0:15,0:15:32:.:.:0,32,425:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,995:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:11,40:51:99:1|0:170672_CACAT_C:1335,0,313:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,225:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,204:. 0|0:61,0:61:90:.:.:0,90,1629:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1399,140,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1288:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2280,233,0:. 0|0:113,10:123:85:.:.:0,85,3615:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1515:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,32:74:99:.:.:621,0,1425:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1145:. 0|0:99,7:106:99:.:.:0,123,2733:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,9:40:99:.:.:126,0,962:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,650:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,512:. 1|1:2,100:102:99:.:.:2860,250,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1559:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1694:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1744:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,80:86:82:.:.:2159,82,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1462:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1063:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1550:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,113,1082:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1453:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1409:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1304:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1339:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1583:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1716:. 0|1:38,115:153:99:.:.:2615,0,705:. 1|1:2,107:109:99:.:.:2884,264,0:. 0|1:38,45:83:99:.:.:962,0,1357:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1237:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3181,340,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:48,68:116:99:.:.:1403,0,1562:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,18:84:99:.:.:236,0,2422:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1539:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1778:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1504:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,72:99:99:.:.:1715,0,519:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:116,48:164:99:.:.:863,0,3105:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1451:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1442:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,4:47:52:.:.:0,52,1577:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,66:110:99:.:.:1503,0,1079:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,7:83:83:.:.:0,83,2690:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,117:134:99:.:.:2897,0,295:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2669,278,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1648:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1210:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,10:109:77:.:.:0,77,3929:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:8045,587,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1377:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1482:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,15:128:13:.:.:0,13,3389:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1694:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1267:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1299:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:15,87:102:99:.:.:1989,0,124:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,10:45:99:.:.:123,0,1312:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1388:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1514:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1373:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1745:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1599:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1243:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1154:. 0|0:91,12:103:6:.:.:0,6,2605:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1275:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,128:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:11,74:85:79:.:.:1736,0,79:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:4,178:182:99:.:.:4817,417,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1299:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1684:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:46:.:.:0,46,596:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,14:80:99:.:.:339,0,2602:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,109:113:99:.:.:2943,216,0:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,486:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1554:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:170694_C_CAT:3141,223,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:170694_CAT_C:3397,305,0:. 1|0:53,42:95:99:.:.:1135,0,1992:. 0|0:12,0:12:1:.:.:0,1,334:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1651:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:1,127:128:99:.:.:4172,346,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2645,234,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1618:. 1|1:4,77:81:50:.:.:2387,50,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,104:104:99:.:.:4444,322,0:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,462:. 0|0:40,3:43:33:.:.:0,33,1331:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1719:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:.:.:10312,747,0:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1579:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1430:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1291:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1224:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,3:63:96:.:.:0,96,2068:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1115:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1005:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:129,11:140:99:.:.:0,101,5170:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1796:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,12:72:99:.:.:117,0,2393:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:1,14:15:9:.:.:393,9,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,15:169:51:.:.:0,51,4843:. 0|1:16,132:148:99:.:.:3667,0,111:. 0|0:58,2:60:99:.:.:0,120,2119:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1577:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1660:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1688:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:1,95:96:99:.:.:3220,264,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1293:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3751,336,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:53:.:.:0,53,807:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2305,201,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3180,291,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1486:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1482:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:63,29:92:99:.:.:612,0,2234:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2820,261,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:154,129:283:99:.:.:3423,0,4405:. 0|1:40,13:53:99:0|1:170694_C_CAT:388,0,1578:. 1|0:111,92:203:99:.:.:2303,0,3282:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,48:70:99:.:.:1281,0,721:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1277,119,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,363:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 174089 . A T 917614 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=22.51;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N409I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAt/aTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PIESP15;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0103900.1;SOR=0.666;VQSLOD=5.67;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=14.29;GQ_MEAN=144.78;GQ_STDDEV=123.49;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8448;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.456;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7671408;AF=0.028;AS_InbreedingCoeff=0.8477;MLEAC=144;MLEAF=0.027;AN=858;AC=45 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1397:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,63:98:99:.:.:1726,0,817:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,45:51:41:.:.:1279,0,41:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1546:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1273:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1319:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1072:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1329:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1179:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,997:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,168:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1235:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1444:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,73:95:99:.:.:2039,0,415:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1503:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1449:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1292:. 1|0:101,31:132:99:.:.:537,0,2758:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1775:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1083:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1063:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1082:. 0|0:83,0:83:37:.:.:0,37,2122:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1523:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1484:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1305:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1049:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3690,367,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1139:. 1|0:74,47:121:99:.:.:1063,0,1861:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1065:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1151:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1294:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1144:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1413:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1676:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1079:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1213:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1796:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1608:. 1|1:14,137:151:26:.:.:3753,26,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1589:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4183,420,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1223:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1755:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1176:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4429,456,0:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6233,618,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5536,548,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1561:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1182:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1249:. 0|1:46,63:109:99:.:.:1568,0,1105:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1004:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4975,498,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1267:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1255:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1524:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1130:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2364,203,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,932:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,41:143:99:.:.:771,0,2650:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,32:45:99:.:.:846,0,268:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,19:155:99:.:.:117,0,3742:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1780:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1568:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1066:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1704:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1431:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1157:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1616:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1792:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1035:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1278:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1385:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1526:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1443:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1111:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1576:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1745:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1437:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1137:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1306:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1153:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,309:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1294:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1258:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,405:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1482:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,297:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1270:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:94,34:128:99:.:.:837,0,2957:. 0|1:56,63:119:99:.:.:1965,0,1681:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1164:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1301:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1092:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1542:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4393,364,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1560:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1239:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1609:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1390:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1631:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1271:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8502,748,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:85,128:213:99:.:.:3772,0,2328:. 0|0:114,0:114:65:.:.:0,65,3348:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1431:. 1|0:208,41:249:99:.:.:589,0,6450:. 0|0:59,0:59:49:.:.:0,49,1781:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1256:. 1|0:184,35:219:99:.:.:561,0,5645:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,18:110:99:.:.:230,0,2843:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1381:. 1|0:197,40:237:99:.:.:730,0,5932:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:26,284:310:15:.:.:8874,15,0:. 0|0:89,0:89:78:.:.:0,78,2656:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1215:. 0|1:21,169:190:99:.:.:5207,0,142:. 1|1:10,256:266:99:.:.:8595,437,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:153,32:185:99:.:.:486,0,4634:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:1,137:138:99:.:.:4776,379,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1318:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1291:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:18,0:18:21:.:.:0,21,530:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1231:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,749:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1217:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1255:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:148,19:167:99:.:.:195,0,4590:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1546:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1414:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1311:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 177040 . A C 7.48407e+06 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=30.84;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.691;VQSLOD=7.56;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.965;GC=14.29;GQ_MEAN=152.12;GQ_STDDEV=110.36;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5515;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.109;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=5828549;AF=0.664;AS_InbreedingCoeff=0.7354;MLEAC=3420;MLEAF=0.681;AN=846;AC=591 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:27,2:29:27:.:.:0,27,785 1|1:0,48:48:99:.:.:1409,144,0 0|1:8,41:49:99:.:.:995,0,114 1|0:13,24:37:99:.:.:535,0,279 1|1:1,40:41:99:.:.:1115,113,0 1|1:0,31:31:93:1|1:177040_A_C:986,93,0 1|1:0,24:24:72:.:.:693,72,0 0|0:26,0:26:19:.:.:0,19,710 1|1:0,42:42:99:.:.:1213,125,0 1|0:31,8:39:99:.:.:116,0,871 1|0:13,8:21:99:0|1:177040_A_C:141,0,422 1|1:0,29:29:87:.:.:829,87,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1328,105,0 1|0:10,12:22:99:1|0:177039_A_C:291,0,384 1|1:0,17:17:51:.:.:466,51,0 1|1:0,26:26:77:.:.:737,77,0 1|1:0,8:8:24:.:.:235,24,0 1|1:0,19:19:57:.:.:565,57,0 1|1:0,17:17:51:.:.:505,51,0 1|1:0,22:22:72:1|1:177040_A_C:1039,72,0 0|1:37,9:46:99:.:.:117,0,1080 1|1:0,38:38:99:.:.:1019,113,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2614,293,0 1|1:0,34:34:99:.:.:932,102,0 1|1:0,14:14:48:1|1:177040_A_C:699,48,0 1|0:44,30:74:99:.:.:569,0,1737 1|1:1,8:9:17:.:.:202,17,0 1|1:0,5:5:15:.:.:148,15,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1180 1|1:0,32:32:95:.:.:849,95,0 0|1:30,22:52:99:.:.:439,0,1217 0|1:43,24:67:99:1|0:177039_A_C:428,0,1770 0|0:42,0:42:75:.:.:0,75,1125 1|1:0,164:164:99:.:.:6498,502,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1209,129,0 0|1:23,48:71:99:0|1:177040_A_C:1123,0,586 1|1:0,29:29:87:.:.:798,87,0 1|1:0,24:24:72:.:.:646,72,0 1|0:36,12:48:99:.:.:172,0,1480 1|0:17,7:24:99:.:.:100,0,439 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530 0|0:47,0:47:21:.:.:0,21,315 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1067 1|1:0,95:95:99:.:.:2539,284,0 1|1:1,82:83:99:.:.:2173,221,0 1|0:25,29:54:99:.:.:637,0,576 0|1:24,19:43:99:.:.:378,0,786 1|1:0,30:30:96:1|1:177040_A_C:1402,96,0 1|0:9,43:52:99:.:.:1041,0,209 1|0:10,20:30:99:.:.:475,0,216 1|1:0,50:50:99:.:.:1373,150,0 1|1:0,15:15:45:1|1:177040_A_C:560,45,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1084,117,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:26:.:.:0,26,1304 1|1:0,54:54:99:.:.:1462,161,0 0|1:6,24:30:81:.:.:576,0,81 1|1:0,36:36:99:.:.:989,108,0 0|1:37,12:49:99:.:.:168,0,1548 1|1:0,50:50:99:.:.:1339,150,0 0|1:32,35:67:99:.:.:756,0,1126 1|1:0,36:36:99:1|1:177040_A_C:1004,108,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1448,159,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3134,342,0 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945 0|1:8,40:48:99:.:.:1211,0,200 0|1:45,13:58:99:.:.:185,0,1592 1|0:31,12:43:99:.:.:209,0,1302 0|0:13,0:13:3:.:.:0,3,45 0|1:3,37:40:15:.:.:944,0,15 1|1:0,23:23:69:.:.:597,69,0 1|1:0,13:13:39:.:.:345,39,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1924,212,0 1|1:1,34:35:95:.:.:916,95,0 0|0:62,0:62:15:.:.:0,15,225 1|1:0,33:33:99:.:.:897,99,0 1|1:3,75:78:99:.:.:1922,142,0 1|1:2,52:54:72:.:.:1352,72,0 1|1:0,30:30:90:.:.:787,90,0 1|1:1,38:39:99:.:.:1037,107,0 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,924 1|1:0,26:26:84:1|1:177040_A_C:1181,84,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1229,132,0 0|1:21,37:58:99:.:.:789,0,733 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,990 1|1:0,31:31:93:.:.:839,93,0 0|0:39,0:39:57:.:.:0,57,855 0|1:47,8:55:55:.:.:55,0,1905 0|0:76,0:76:27:.:.:0,27,405 0|0:58,0:58:6:.:.:0,6,90 0|1:22,6:28:84:.:.:84,0,655 1|1:0,62:62:99:.:.:1738,186,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,864 0|1:17,30:47:99:.:.:664,0,354 0|1:12,17:29:99:0|1:177040_A_C:377,0,358 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,7:68:16:.:.:0,16,2501 0|0:89,7:96:99:.:.:0,121,3877 0|0:68,0:68:40:.:.:0,40,1636 0|0:121,0:121:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,55:55:99:.:.:1486,165,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2208,242,0 1|1:4,71:75:7:.:.:1675,7,0 1|0:52,10:62:89:.:.:89,0,2044 1|1:8,138:146:99:.:.:3574,217,0 1|0:26,51:77:99:.:.:1084,0,539 1|1:1,126:127:99:.:.:3338,368,0 0|0:102,0:102:75:.:.:0,75,1125 1|1:0,84:84:99:.:.:2240,252,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,22:22:69:1|1:177021_TCTCATATATGTTTA_T:949,69,0 1|0:58,50:108:99:0|1:177040_A_C:1014,0,2235 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1114 1|1:0,118:118:99:.:.:3186,352,0 1|0:20,69:89:99:.:.:1554,0,621 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1800 1|1:6,70:76:55:.:.:1695,55,0 1|1:0,141:141:99:.:.:3819,422,0 1|0:5,62:67:24:1|0:177039_A_C:1457,0,24 1|1:8,103:111:51:.:.:2550,51,0 0|1:35,13:48:99:.:.:207,0,861 1|1:0,43:43:99:.:.:1133,129,0 1|1:0,85:85:99:.:.:3708,265,0 1|1:0,93:93:99:1|1:177040_A_C:4182,289,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2472,281,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,112,1551 0|1:58,26:84:99:.:.:449,0,2227 0|0:85,0:85:24:.:.:0,24,360 0|1:36,59:95:99:.:.:1305,0,1359 0|1:34,43:77:99:.:.:945,0,1116 1|1:0,35:35:99:.:.:916,105,0 1|1:0,111:111:99:.:.:2945,332,0 1|1:0,32:32:99:1|1:177020_TTCTCATATATGTTTA_T:1404,100,0 0|0:61,3:64:99:0|1:177040_A_C:0,114,2671 0|0:128,0:128:24:.:.:0,24,360 1|0:36,18:54:99:.:.:315,0,1457 0|1:16,55:71:99:.:.:1864,0,480 1|0:26,67:93:99:1|0:177039_A_C:2443,0,842 1|1:0,88:88:99:.:.:2310,264,0 0|0:123,0:123:9:.:.:0,9,135 1|1:0,88:88:99:.:.:2305,264,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2382,267,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1893,212,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2449,267,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2572,282,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2654,288,0 1|1:0,73:73:99:.:.:1967,219,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1125,126,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,46:46:99:.:.:1226,138,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1414 1|0:11,20:31:99:.:.:457,0,253 1|1:0,83:83:99:.:.:2903,249,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1712,192,0 0|1:18,21:39:99:0|1:177040_A_C:421,0,673 1|1:0,126:126:99:.:.:3301,378,0 1|1:1,63:64:99:.:.:1624,147,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1758,192,0 1|1:2,76:78:99:.:.:1959,143,0 0|0:57,0:57:12:.:.:0,12,180 0|1:12,69:81:99:.:.:1638,0,114 1|0:32,19:51:99:.:.:356,0,810 1|1:7,88:95:69:.:.:2249,69,0 1|1:2,66:68:99:.:.:1694,114,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2418,269,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2744,296,0 1|1:0,4:4:12:.:.:111,12,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1064,120,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2659,288,0 0|0:28,0:28:3:.:.:0,3,45 1|1:0,34:34:99:.:.:937,102,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1724,150,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1800 1|0:8,69:77:14:.:.:1634,0,14 0|0:44,0:44:54:.:.:0,54,1173 0|1:25,48:73:99:.:.:1092,0,858 1|1:1,79:80:99:.:.:2145,209,0 0|1:43,13:56:99:.:.:179,0,1124 1|1:1,45:46:99:.:.:1143,105,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1643,185,0 1|0:40,30:70:99:.:.:603,0,1017 0|0:80,5:85:99:.:.:0,123,2495 1|0:52,8:60:33:.:.:33,0,1371 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,36:36:99:.:.:937,108,0 1|1:0,111:111:99:.:.:2983,333,0 1|1:0,89:89:99:1|1:177040_A_C:3869,271,0 0|0:56,0:56:21:.:.:0,21,315 1|1:1,81:82:99:1|1:177040_A_C:3622,241,0 0|0:117,0:117:18:.:.:0,18,270 0|0:50,0:50:9:.:.:0,9,135 1|0:4,43:47:39:.:.:1039,0,39 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1751 1|0:34,21:55:99:0|1:177040_A_C:406,0,1285 0|0:42,0:42:97:.:.:0,97,1161 0|0:46,0:46:9:.:.:0,9,135 0|0:46,0:46:.:.:.:. 1|1:3,85:88:99:.:.:2088,140,0 1|0:43,0:43:.:.:.:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1760,195,0 1|1:2,82:84:99:1|1:177040_A_C:3676,218,0 0|1:17,21:38:99:0|1:177040_A_C:445,0,750 1|0:34,10:44:99:0|1:177040_A_C:130,0,1419 0|0:34,0:34:6:.:.:0,6,90 1|1:1,41:42:99:.:.:1091,116,0 1|1:0,35:35:99:1|1:177040_A_C:1155,105,0 0|1:20,32:52:99:.:.:872,0,443 0|1:18,28:46:99:.:.:630,0,387 1|1:0,71:71:99:.:.:1883,212,0 0|0:51,0:51:9:.:.:0,9,135 1|1:0,94:94:99:.:.:2588,282,0 1|0:17,79:96:99:1|0:177039_A_C:3189,0,489 0|0:56,0:56:9:.:.:0,9,135 1|0:15,12:27:99:0|1:177040_A_C:249,0,574 0|1:36,16:52:99:.:.:291,0,2152 0|1:39,5:44:6:.:.:6,0,1033 1|1:0,27:27:81:.:.:726,81,0 0|0:28,0:28:56:.:.:0,56,775 1|0:4,25:29:37:.:.:614,0,37 0|0:67,0:67:63:.:.:0,63,945 1|0:10,21:31:99:.:.:474,0,193 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1023 1|0:18,14:32:99:.:.:278,0,451 1|1:0,59:59:99:.:.:1623,177,0 0|0:27,0:27:.:.:.:. 1|0:8,42:50:99:.:.:959,0,112 1|1:0,92:92:99:.:.:2454,275,0 0|1:20,0:20:.:.:.:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1305,144,0 1|1:0,23:23:69:.:.:617,69,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,34:34:99:.:.:944,102,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1486,159,0 0|0:34,0:34:6:.:.:0,6,90 1|1:0,35:35:99:.:.:907,104,0 1|1:0,26:26:78:.:.:689,78,0 1|0:10,83:93:97:0|1:177040_A_C:2005,0,97 0|0:50,0:50:6:.:.:0,6,90 0|1:1,6:7:10:.:.:147,0,10 0|1:56,36:92:99:.:.:717,0,1919 0|1:47,17:64:99:.:.:282,0,1970 0|1:30,35:65:99:.:.:772,0,1171 1|1:0,8:8:24:.:.:229,24,0 0|0:100,0:100:12:.:.:0,12,180 1|1:1,42:43:99:.:.:1056,118,0 1|0:9,96:105:62:.:.:2330,0,62 1|1:0,27:27:81:.:.:716,81,0 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,390 0|0:46,2:48:90:.:.:0,90,1988 1|0:116,31:147:99:.:.:428,0,3144 1|1:0,48:48:99:.:.:1319,144,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3340,371,0 1|0:2,14:16:42:.:.:332,0,42 0|0:25,0:25:15:.:.:0,15,225 1|1:6,89:95:99:.:.:2240,110,0 1|1:0,51:51:99:1|1:177040_A_C:1521,153,0 0|0:29,0:29:9:.:.:0,9,135 0|0:54,0:54:18:.:.:0,18,270 1|1:1,55:56:99:.:.:1511,137,0 0|1:2,4:6:72:1|0:177039_A_C:92,0,72 1|1:0,15:15:45:.:.:422,45,0 1|1:0,12:12:36:.:.:302,36,0 0|0:52,0:52:6:.:.:0,6,90 1|1:0,16:16:48:.:.:433,48,0 0|0:57,0:57:21:.:.:0,21,315 1|1:0,43:43:99:1|1:177040_A_C:1937,132,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2387,219,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1075,93,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2566,229,0 1|0:21,35:56:99:0|1:177040_A_C:1449,0,594 1|1:0,76:76:99:.:.:2543,229,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1303,117,0 1|1:0,86:86:99:.:.:3907,271,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,67:67:99:.:.:2278,202,0 0|0:0,4:4:12:.:.:117,12,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,112,1351 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,67:67:99:.:.:2265,202,0 1|1:0,78:78:99:1|1:177040_A_C:3484,235,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1805,162,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2943,270,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1115,99,0 1|1:0,60:60:99:.:.:2691,187,0 1|1:0,61:61:99:1|1:177040_A_C:2935,199,0 1|1:0,62:62:99:1|1:177040_A_C:2969,202,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2859,243,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,34:73:99:0|1:177040_A_C:968,0,1535 0|0:25,0:25:3:.:.:0,3,45 0|0:36,0:36:9:.:.:0,9,135 1|1:0,57:57:99:1|1:177040_A_C:2565,172,0 1|1:0,9:9:27:.:.:310,27,0 1|0:10,37:47:99:.:.:1494,0,216 0|0:56,3:59:43:0|1:177040_A_C:0,43,2385 0|0:34,0:34:2:.:.:0,2,1015 1|1:0,63:63:99:.:.:2097,189,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1968,180,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1424,129,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1458,129,0 1|1:1,72:73:99:.:.:2439,185,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,1213 1|1:0,163:163:99:.:.:5313,490,0 1|1:0,263:263:99:.:.:8677,790,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6308,577,0 1|1:0,9:9:30:1|1:177040_A_C:410,30,0 1|1:0,11:11:33:.:.:367,33,0 1|1:0,19:19:57:.:.:583,57,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1690,162,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3289,309,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2855,276,0 1|1:0,60:60:99:1|1:177040_A_C:2700,181,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2250,201,0 0|0:115,0:115:21:.:.:0,21,315 1|1:0,108:108:99:.:.:3337,324,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1866,179,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4471,424,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2212,219,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2021,207,0 1|1:0,38:38:99:1|1:177040_A_C:1808,123,0 1|1:1,57:58:99:.:.:1661,162,0 1|1:1,33:34:70:.:.:1003,70,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4133,400,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2934,276,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2432,228,0 1|1:1,100:101:99:.:.:3126,267,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4180,377,0 1|1:0,96:96:99:.:.:3032,288,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4916,381,0 0|1:100,11:111:3:0|1:177040_A_C:3,0,4103 1|1:4,80:84:99:.:.:2331,107,0 0|0:50,0:50:97:.:.:0,97,1547 1|1:0,46:46:99:.:.:1465,138,0 1|0:19,32:51:99:.:.:783,0,703 1|1:0,15:15:45:1|1:177040_A_C:583,45,0 1|1:8,114:122:26:.:.:3261,26,0 0|1:38,70:108:99:.:.:1927,0,1362 1|1:0,83:83:99:1|1:177040_A_C:3735,250,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5179,484,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5119,489,0 1|1:1,139:140:99:1|1:177040_A_C:6330,414,0 1|1:0,100:100:99:.:.:4540,310,0 1|1:0,26:26:78:1|1:177040_A_C:1012,78,0 0|0:93,0:93:21:.:.:0,21,315 1|1:0,106:106:99:.:.:3338,319,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2709,255,0 1|1:0,21:21:63:.:.:643,63,0 1|1:2,117:119:99:.:.:3630,307,0 1|1:0,7:7:20:.:.:158,20,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3678,349,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1827,183,0 0|1:33,49:82:99:0|1:177040_A_C:1319,0,1216 1|1:0,57:57:99:.:.:1795,170,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2699,261,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3021,292,0 1|1:0,123:123:99:.:.:5318,373,0 1|1:0,94:94:99:.:.:4286,298,0 1|1:0,27:27:81:1|1:177040_A_C:1073,81,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3162,303,0 0|0:61,6:67:5:.:.:0,5,2591 1|1:1,65:66:99:.:.:1907,163,0 1|1:0,7:7:20:.:.:183,20,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3324,309,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2430,234,0 1|1:0,100:100:99:.:.:4534,307,0 1|0:8,84:92:83:.:.:2436,0,83 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,51:54:27:1|1:177039_A_C:1535,27,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2881,273,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2752,270,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2633,178,0 1|0:12,69:81:99:.:.:1915,0,297 1|1:0,47:47:99:.:.:1481,140,0 1|1:0,259:259:99:.:.:8459,777,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|1:31,13:44:99:.:.:273,0,911 1|1:0,197:197:99:.:.:6072,591,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1643 1|1:0,106:106:99:.:.:3322,318,0 0|0:37,0:37:6:.:.:0,6,90 1|1:0,32:32:96:.:.:998,96,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1480,114,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1814,174,0 1|1:0,55:55:99:1|1:177040_A_C:2485,169,0 1|1:0,54:54:99:1|1:177040_A_C:1812,162,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1224,117,0 1|1:0,92:92:99:1|1:177040_A_C:4234,289,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2780,264,0 1|1:0,70:70:99:1|1:177038_G_C:3130,211,0 1|1:0,77:77:99:1|1:177038_G_C:3463,232,0 1|1:0,29:29:87:.:.:950,87,0 1|1:0,10:10:30:1|1:177040_A_C:427,30,0 1|1:0,60:60:99:1|1:177040_A_C:2812,190,0 1|1:0,66:66:99:1|1:177040_A_C:3036,205,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1993,186,0 1|1:0,46:46:99:1|1:177040_A_C:2114,141,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3088,300,0 0|1:77,9:86:31:.:.:31,0,3190 1|1:0,87:87:99:1|1:177040_A_C:3872,262,0 1|1:0,23:23:69:.:.:695,69,0 1|1:0,31:31:93:.:.:936,93,0 1|1:0,33:33:99:1|1:177040_A_C:1507,102,0 0|0:20,0:20:9:.:.:0,9,135 1|1:0,8:8:24:.:.:237,24,0 1|1:1,84:85:99:.:.:2712,245,0 1|1:0,100:100:99:1|1:177040_A_C:3897,300,0 1|1:0,101:101:99:1|1:177040_A_C:3856,310,0 1|1:0,5:5:15:.:.:174,15,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2605,243,0 1|1:0,79:79:99:1|1:177040_A_C:3051,247,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2919,282,0 1|1:0,89:89:99:1|1:177040_A_C:4027,271,0 1|1:0,63:63:99:1|1:177040_A_C:2326,189,0 1|1:0,60:60:99:1|1:177040_A_C:2165,180,0 1|1:0,66:66:99:1|1:177040_A_C:2970,202,0 0|0:62,3:65:99:0|1:177040_A_C:0,100,2816 1|1:0,49:49:99:.:.:1621,147,0 1|1:0,231:231:99:.:.:8776,698,0 0|1:6,16:22:99:.:.:468,0,243 1|0:58,69:127:99:.:.:1852,0,2228 1|1:0,228:228:99:.:.:7173,685,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1889,177,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2937,274,0 1|1:0,13:13:42:1|1:177040_A_C:629,42,0 1|1:0,10:10:30:1|1:177040_A_C:449,30,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1709 1|1:0,59:59:99:1|1:177040_A_C:2676,181,0 Pf3D7_01_v3 177152 . T C 1.44278e+06 PASS FS=0.607;MQ=61.57;QD=22.3;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.768;VQSLOD=3.72;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0;ClippingRankSum=0;ExcessHet=2.9574;FractionInformativeReads=0.967;GC=23.81;GQ_MEAN=38.34;GQ_STDDEV=47.62;HRun=0;InbreedingCoeff=0.1437;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.028;culprit=FS;set=snp;DP=5117207;AF=0.207;AS_InbreedingCoeff=-0.193;MLEAC=1542;MLEAF=0.303;AN=846;AC=323 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,36:36:99:.:.:1100,108,0:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,946:. 1|1:2,39:41:31:.:.:903,31,0:. 1|1:2,38:40:54:.:.:875,54,0:. 1|1:1,26:27:49:.:.:647,49,0:. 0|0:34,2:36:56:.:.:0,56,986:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,430:. 0|0:47,0:47:48:.:.:0,48,1183:. 0|0:48,0:48:1:.:.:0,1,1161:. 0|1:9,29:38:99:.:.:627,0,134:. 0|1:11,10:21:99:.:.:222,0,252:. 0|0:37,0:37:63:.:.:0,63,994:. 1|0:5,18:23:89:.:.:415,0,89:. 0|1:9,8:17:99:.:.:156,0,229:. 1|1:0,9:9:27:.:.:254,27,0:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,463:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,291:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,353:. 1|1:0,20:20:58:.:.:463,58,0:. 0|0:30,0:30:50:.:.:0,50,821:. 1|1:0,28:28:83:.:.:725,83,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1145,133,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1657,189,0:. 0|0:46,0:46:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,14:14:42:.:.:357,42,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:957,115,0:. 1|0:2,4:6:23:.:.:89,0,23:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,108:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,748:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1084:. 1|0:18,26:44:99:0|1:177152_T_C:713,0,479:. 1|0:8,38:46:99:.:.:874,0,108:. 0|1:7,22:29:99:.:.:457,0,135:. 0|0:163,0:163:0:.:.:0,0,2122:. 1|1:0,34:34:99:.:.:902,101,0:. 1|0:33,52:85:99:.:.:1082,0,700:. 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,1170:. 1|0:11,6:17:99:.:.:102,0,409:. 1|0:15,12:27:99:.:.:214,0,339:. 0|1:7,14:21:99:.:.:280,0,146:. 1|1:3,35:38:20:.:.:803,20,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1236,142,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:562,60,0:. 0|1:19,42:61:99:.:.:1381,0,447:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,1777:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,761:. 0|1:14,16:30:99:.:.:340,0,291:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,495:. 0|0:30,2:32:40:.:.:0,40,748:. 0|1:7,26:33:99:.:.:561,0,104:. 1|1:0,27:27:81:.:.:742,81,0:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,306:. 1|1:2,26:28:21:.:.:607,21,0:. 0|1:21,85:106:99:.:.:2540,0,271:. 0|1:6,30:36:52:.:.:671,0,52:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,607:. 1|0:20,6:26:87:.:.:87,0,474:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,755:. 1|0:3,15:18:40:.:.:367,0,40:. 1|1:1,24:25:64:.:.:590,64,0:. 1|0:21,27:48:99:.:.:534,0,440:. 0|1:4,16:20:35:.:.:366,0,35:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1201:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,1785:. 1|1:0,11:11:33:.:.:273,33,0:. 1|0:11,15:26:99:.:.:427,0,211:. 0|1:30,8:38:67:.:.:67,0,702:. 1|1:0,36:36:99:.:.:835,104,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:200,24,0:. 1|0:15,15:30:99:.:.:298,0,313:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,477:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,254:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1330,158,0:. 1|0:14,4:18:51:.:.:51,0,327:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1227:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:55,3:58:97:.:.:0,97,1478:. 0|0:40,2:42:73:.:.:0,73,1065:. 1|1:0,14:14:42:.:.:363,42,0:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,633:. 0|0:19,1:20:33:.:.:0,33,519:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,347:. 1|0:6,9:15:99:.:.:204,0,137:. 1|1:2,21:23:9:.:.:474,9,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,35:35:99:.:.:870,103,0:. 1|1:0,32:32:94:.:.:770,94,0:. 1|1:1,28:29:55:.:.:971,55,0:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,611:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,752:. 1|0:3,21:24:1:.:.:505,0,1:. 1|0:39,13:52:99:.:.:190,0,931:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1100,124,0:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,522:. 1|0:14,19:33:99:.:.:309,0,288:. 1|0:7,12:19:99:.:.:280,0,125:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1082:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1027:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1738,192,0:. 0|0:43,2:45:74:.:.:0,74,1063:. 1|0:93,12:105:14:.:.:14,0,2410:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,915:. 0|1:30,9:39:90:.:.:90,0,755:. 1|0:5,41:46:16:.:.:901,0,16:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1990,185,0:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,2254:. 0|1:25,21:46:99:.:.:347,0,572:. 1|1:2,86:88:99:.:.:2095,215,0:. 1|0:39,16:55:99:.:.:263,0,877:. 1|1:2,74:76:99:.:.:1805,203,0:. 0|0:54,2:56:99:.:.:0,107,1444:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1466,179,0:. 1|0:40,12:52:99:.:.:179,0,875:. 1|1:1,92:93:99:.:.:2377,244,0:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,773:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1073:. 0|1:45,15:60:99:.:.:186,0,1119:. 1|1:1,102:103:99:.:.:2323,266,0:. 1|0:24,35:59:99:.:.:1035,0,767:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,1558:. 0|0:39,5:44:27:.:.:0,27,1023:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,1703:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1535,180,0:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,732:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,1591:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,1490:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1637,201,0:. 1|1:1,53:54:99:.:.:1317,129,0:. 1|1:6,61:67:33:.:.:1312,33,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1511,185,0:. 0|0:89,0:89:82:.:.:0,82,2130:. 1|0:13,43:56:99:.:.:874,0,170:. 1|0:7,22:29:99:.:.:455,0,214:. 1|1:9,58:67:13:.:.:1170,13,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1135:. 1|1:1,60:61:99:.:.:1352,149,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2367,300,0:. 0|1:13,24:37:99:.:.:502,0,246:. 1|0:18,41:59:99:.:.:787,0,526:. 0|1:19,44:63:99:.:.:863,0,448:. 1|1:0,39:39:99:.:.:995,116,0:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,1715:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1193:. 1|1:2,54:56:99:.:.:1307,104,0:. 1|0:17,50:67:99:.:.:1022,0,285:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,1334:. 1|1:0,38:38:99:.:.:858,110,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1409:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,535:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,321:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,1350:. 0|1:11,8:19:99:.:.:147,0,262:. 1|0:29,25:54:99:.:.:493,0,648:. 1|1:0,33:33:96:.:.:778,96,0:. 1|0:11,14:25:99:.:.:267,0,232:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2147,269,0:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1435:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,7:41:99:0|1:177145_A_T:215,0,1473:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1117,137,0:. 1|0:39,14:53:99:.:.:167,0,875:. 0|1:15,25:40:99:.:.:498,0,242:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,1609:. 0|1:33,5:38:25:.:.:25,0,826:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1487:. 1|0:1,4:5:16:.:.:99,0,16:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,609:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,1719:. 1|1:0,23:23:70:.:.:629,70,0:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,685:. 1|0:19,23:42:99:.:.:400,0,374:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1448:. 1|1:2,58:60:99:.:.:1886,121,0:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,842:. 1|0:13,17:30:99:.:.:379,0,266:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1090:. 0|1:42,12:54:99:.:.:119,0,980:. 1|0:20,8:28:99:.:.:121,0,547:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1227:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1726,132,0:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2694,212,0:. 1|1:2,44:46:73:.:.:1056,73,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:921,104,0:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,589:. 1|1:0,46:46:99:1|1:177117_T_C:2079,141,0:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,974:. 0|0:40,2:42:68:.:.:0,68,1023:. 0|0:43,2:45:81:.:.:0,81,1208:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,1328:. 1|1:0,42:42:99:.:.:954,122,0:. 0|1:24,25:49:99:.:.:504,0,497:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1160:. 1|0:17,11:28:99:.:.:212,0,658:. 0|0:32,0:32:65:.:.:0,65,763:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,951:. 1|1:0,24:24:71:.:.:614,71,0:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1373:. 0|1:31,6:37:49:.:.:49,0,645:. 1|0:36,6:42:17:.:.:17,0,840:. 1|1:0,34:34:99:.:.:831,99,0:. 1|0:6,34:40:63:.:.:732,0,63:. 1|0:24,7:31:98:.:.:98,0,592:. 1|1:2,33:35:42:.:.:755,42,0:. 1|1:0,26:26:76:.:.:638,76,0:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,620:. 1|0:7,32:39:71:.:.:655,0,71:. 1|0:5,24:29:26:.:.:496,0,26:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1303,165,0:. 1|1:1,40:41:99:.:.:868,108,0:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,1638:. 1|1:4,76:80:99:.:.:1697,130,0:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,493:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,739:. 0|0:37,3:40:40:.:.:0,40,944:. 1|1:0,19:19:56:.:.:470,56,0:. 0|1:11,2:13:16:.:.:16,0,248:. 1|1:0,15:15:44:.:.:377,44,0:. 0|1:7,4:11:41:.:.:41,0,162:. 0|0:34,2:36:53:.:.:0,53,949:. 1|1:0,22:22:65:.:.:624,65,0:. 1|1:0,13:13:38:.:.:324,38,0:. 0|1:11,7:18:99:.:.:149,0,270:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,368:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,628:. 0|1:17,25:42:99:.:.:537,0,348:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,23:30:94:.:.:448,0,94:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,984:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,726:. 1|1:0,56:56:99:1|1:177145_A_T:2427,168,0:. 1|1:0,14:14:41:.:.:325,41,0:. 0|0:35,2:37:72:.:.:0,72,930:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,507:. 1|1:0,15:15:43:.:.:332,43,0:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,378:. 0|1:20,55:75:99:.:.:1133,0,400:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1232,144,0:. 1|0:0,3:3:9:.:.:86,9,0:. 1|0:18,56:74:99:.:.:1621,0,311:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1517,182,0:. 1|0:16,23:39:99:.:.:473,0,349:. 1|1:1,20:21:31:.:.:469,31,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2051,239,0:. 0|0:37,1:38:84:.:.:0,84,985:. 1|1:1,46:47:99:.:.:1163,107,0:. 0|0:36,0:36:20:.:.:0,20,861:. 1|1:0,13:13:38:.:.:317,38,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1079,129,0:. 0|1:26,76:102:99:.:.:1642,0,432:. 0|1:4,30:34:13:.:.:674,0,13:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,1646:. 0|1:2,6:8:39:.:.:106,0,39:. 1|1:0,12:12:35:.:.:299,35,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,20:43:99:.:.:381,0,546:. 1|1:0,32:32:93:.:.:748,93,0:. 1|1:1,38:39:87:.:.:898,87,0:. 1|1:0,29:29:86:.:.:746,86,0:. 1|0:5,3:8:58:.:.:58,0,129:. 0|0:36,0:36:12:.:.:0,12,799:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,115:. 1|1:0,37:37:99:.:.:969,110,0:. 1|1:1,14:15:13:.:.:334,13,0:. 1|0:18,23:41:99:.:.:600,0,420:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,397:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1283:. 0|0:25,0:25:30:.:.:0,30,695:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1339:. 0|1:25,17:42:99:.:.:402,0,689:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1757:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,642:. 0|0:72,0:72:30:.:.:0,30,1921:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,866:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 1|1:0,31:31:91:.:.:937,91,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1381,130,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1285,122,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,23:23:69:.:.:785,69,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,12:12:35:.:.:348,35,0:. 1|1:1,21:22:33:.:.:677,33,0:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1132:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:50,7:57:45:.:.:45,0,1434:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1168,112,0:. 0|0:81,0:81:24:.:.:0,24,2162:. 0|0:35,0:35:76:.:.:0,76,1067:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1273:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1225,111,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:230,21,0:. 0|0:57,0:57:70:.:.:0,70,1563:. 1|1:3,31:34:8:.:.:933,8,0:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,775:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1350:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,699:. 1|1:0,26:26:78:.:.:887,78,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,1213:. 0|0:136,0:136:0:.:.:0,0,2273:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:0:.:.:0,0,4021:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,53:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,269:. 0|1:26,3:29:11:.:.:11,0,790:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2005:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,2260:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:23,16:39:99:.:.:431,0,626:. 0|0:128,0:128:0:.:.:0,0,2591:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1846,173,0:. 0|0:70,0:70:58:.:.:0,58,1573:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,2293:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,9:. 0|0:59,0:59:54:.:.:0,54,1551:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,786:. 1|1:0,13:13:36:.:.:234,36,0:. 1|1:1,25:26:39:.:.:746,39,0:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2951:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1847:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2448:. 0|1:25,52:77:99:.:.:1368,0,542:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1714,158,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,2085:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1836:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:39,2:41:52:.:.:0,52,1292:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,256:. 0|1:5,2:7:49:.:.:49,0,129:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:136,0:136:43:.:.:0,43,3548:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3084,290,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,208:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,2011:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,1817:. 0|0:54,1:55:99:.:.:0,128,1689:. 0|1:15,0:15:.:.:.:0,0,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0|0:62,5:67:24:.:.:0,24,1804:. 1|1:1,11:12:23:.:.:194,23,0:. 1|0:27,13:40:99:.:.:297,0,761:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,804:. 0|1:60,9:69:98:.:.:98,0,1759:. 1|1:1,47:48:99:.:.:860,123,0:. 0|0:87,6:93:70:.:.:0,70,2486:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,1835:. 0|1:4,2:6:2:.:.:2,0,111:. 0|1:45,14:59:99:.:.:287,0,1180:. 0|0:62,0:62:62:.:.:0,62,1688:. 0|1:20,21:41:99:.:.:499,0,448:. 1|1:0,4:4:12:.:.:121,12,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,16:16:44:.:.:300,44,0:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,2393:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,1927:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,20:35:99:.:.:522,0,364:. 1|0:9,56:65:78:.:.:1373,0,78:. 0|0:63,6:69:47:.:.:0,47,1793:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,70:. 1|0:8,37:45:99:.:.:1053,0,156:. 0|1:12,8:20:94:.:.:94,0,347:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2958,281,0:. 0|1:37,6:43:78:.:.:78,0,1136:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:63:.:.:0,63,945:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:1,8:9:10:.:.:156,0,10:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,795:. 0|0:46,0:46:48:.:.:0,48,1296:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,1045:. 0|0:65,0:65:33:.:.:0,33,1793:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1353:. 0|0:36,0:36:22:.:.:0,22,973:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1845:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:0,32:32:94:.:.:943,94,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1413,141,0:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,371:. 0|0:0,4:4:12:.:.:136,12,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,1050:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2466:. 0|0:58,3:61:94:.:.:0,94,1593:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1611:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,524:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,628:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,445:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,226:. 1|1:0,9:9:27:.:.:297,27,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1645,160,0:. 0|0:89,0:89:39:.:.:0,39,2398:. 0|0:101,0:101:16:.:.:0,16,2590:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,19:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1099:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1342:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1220:. 0|1:18,23:41:99:.:.:610,0,379:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:91,75:166:99:.:.:1894,0,2390:. 1|1:0,21:21:63:.:.:654,63,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2640,260,0:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4720,450,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1637,166,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1845,177,0:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,347:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,304:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1709:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 177242 . T C 124826 PASS FS=0.636;MQ=60.63;QD=21.72;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.59;VQSLOD=5.17;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.993;GC=23.81;GQ_MEAN=102.02;GQ_STDDEV=39.8;HRun=0;InbreedingCoeff=0.779;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=2.86;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=5217281;AF=0.019;AS_InbreedingCoeff=-0.0279;MLEAC=96;MLEAF=0.018;AN=850;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1353:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1208:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1337:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,737:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1425:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1436:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1587:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1290:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:28,0:28:68:.:.:0,68,859:. 0|0:8,0:8:3:.:.:0,3,203:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,666:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1354:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1421:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,781:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1466:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,364:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,89:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1226:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1252:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1257:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1446:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1541:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1771:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1254:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1525:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:26,0:26:64:.:.:0,64,713:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1141:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1570:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1717:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1415:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:48,0:48:54:.:.:0,54,1246:. 0|0:38,0:38:74:.:.:0,74,962:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1462:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,923:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1294:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:58:.:.:0,58,756:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,772:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1675:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1088:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1231:. 0|0:32,0:32:80:.:.:0,80,923:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1115:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1158:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1030:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1695:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1297:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,103,1638:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1538:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1716:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1242:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1426:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1247:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1626:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1021:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1313:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1770:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1421:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1286:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1484:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,983:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1382:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1523:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1770:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1710:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1299:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:95:.:.:0,95,1346:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1386:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1510:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1082:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1684:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1415:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1337:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1721:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1731:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1695:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1723:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1785:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1140:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1353:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1495:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,988:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1290:. 0|0:48,0:48:52:.:.:0,52,1305:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1341:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1415:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1142:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1193:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:32,0:32:85:.:.:0,85,930:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1015:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1043:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1155:. 0|0:40,0:40:79:.:.:0,79,1128:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1410:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,958:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:42,0:42:94:.:.:0,94,1251:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,898:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1191:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1406:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1020:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,616:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1467:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:83:.:.:0,83,1109:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1448:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,389:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1116:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1393:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1790:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1478:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1387:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1393:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1491:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1422:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2169,197,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1335:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1401:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,968:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:25,0:25:53:.:.:0,53,695:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1404:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1289:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1710:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,955:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1540:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,959:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1366:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1710:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:13:.:.:0,13,292:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2618,260,0:. 1|0:7,7:14:99:.:.:158,0,174:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1388:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1495:. 0|0:35,0:35:89:.:.:0,89,1111:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1394:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1432:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1428:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1356:. 1|1:4,69:73:99:.:.:2004,105,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1653:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,349:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1686,155,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2364,218,0:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,514:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1063:. 1|1:0,31:31:91:.:.:915,91,0:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,175:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1565:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1332:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1434:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:37:.:.:0,37,750:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,345:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 177254 . T C 229639 PASS FS=0;MQ=61.55;QD=21.84;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.713;VQSLOD=5.47;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=23.81;GQ_MEAN=82.17;GQ_STDDEV=43.18;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7968;NCC=0;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.1;culprit=FS;set=snp;DP=5218243;AF=0.019;AS_InbreedingCoeff=-0.0142;MLEAC=94;MLEAF=0.018;AN=850;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1353:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1208:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1337:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1425:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1436:. 0|0:40,0:40:36:.:.:0,36,1070:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1587:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1290:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:8,0:8:2:.:.:0,2,209:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1354:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1421:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,781:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1466:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1355:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1252:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1257:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:79:.:.:0,79,1594:. 0|0:36,0:36:97:.:.:0,97,1038:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1541:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1005:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1771:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:47,43:90:99:0|1:177254_T_C:1556,0,1670:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1546:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,922:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,785:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1141:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,645:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1717:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1415:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1075:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1760:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,818:. 1|0:31,45:76:99:.:.:1005,0,622:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1247:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1675:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,936:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2081,227,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:78:.:.:0,78,1003:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1131:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1002:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1078:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1115:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1158:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1030:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1695:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1280:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1103:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,531:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,103,1638:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1538:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1716:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,40:80:99:.:.:775,0,1335:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1331:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1426:. 1|0:89,37:126:99:.:.:630,0,2335:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1247:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1626:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1021:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:177254_T_C:4399,327,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1313:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1770:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1396:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,755:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1484:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1382:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1523:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1770:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1710:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,83:. 0|0:45,0:45:92:.:.:0,92,1257:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1284:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1386:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1510:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1684:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1415:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1337:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1721:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,70:76:45:.:.:1685,45,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:1|1:177254_T_C:2863,214,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1723:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1076,119,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1353:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1495:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1229:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1290:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1341:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1415:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1142:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1193:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1015:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1140:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1196:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1410:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,958:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1091:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1100:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,971:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,116:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1191:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1406:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,4:37:1:.:.:1,0,827:. 0|0:22,0:22:42:.:.:0,42,579:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1467:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:35,0:35:77:.:.:0,77,956:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1044:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1448:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1474:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,348:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1116:. 1|1:0,15:15:45:.:.:397,45,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,458:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1318:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1478:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1387:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1393:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1491:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1422:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1335:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,553:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:69:.:.:0,69,1114:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,309:. 0|0:.:20:.:.:.:.:44 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:.:92:.:.:.:.:99 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1404:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:82:.:.:.:.:99 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:92:.:.:.:.:99 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1240:. 0|0:.:64:.:.:.:.:99 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:.:68:.:.:.:.:99 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1426:. 0|0:.:60:.:.:.:.:99 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:.:49:.:.:.:.:99 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1710:. 0|0:.:22:.:.:.:.:63 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:.:11:.:.:.:.:0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:.:63:.:.:.:.:99 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:.:91:.:.:.:.:99 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:233:.:.:.:.:99 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:30:.:.:.:.:84 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:.:10:.:.:.:.:30 0|0:107,10:117:17:.:.:0,17,3209:. 0|0:.:75:.:.:.:.:99 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:115:.:.:.:.:99 0|0:.:173:.:.:.:.:99 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1388:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:19,115:134:99:.:.:3112,0,215:. 0|0:.:68:.:.:.:.:99 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:.:48:.:.:.:.:6 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:70:.:.:.:.:99 0|1:91,11:102:31:.:.:31,0,2693:. 0|0:.:55:.:.:.:.:99 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1103:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1394:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1432:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1428:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1356:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1653:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,407:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,623:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,951:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,642:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,201:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1332:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1434:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,659:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:35:.:.:0,35,719:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,327:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 178094 . A G 1.75302e+06 PASS FS=0;MQ=58.45;QD=23.16;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D3G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAc/gGc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.738;VQSLOD=5.09;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=33.33;GQ_MEAN=101.93;GQ_STDDEV=58.58;HRun=1;InbreedingCoeff=0.735;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.395;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=5201126;AF=0.349;AS_InbreedingCoeff=0.3067;MLEAC=1909;MLEAF=0.381;AN=812;AC=350 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,25:25:74:.:.:700,74,0:. 0|0:60,0:60:10:.:.:0,10,1166:. 0|1:16,19:35:99:.:.:321,0,383:. 1|1:0,28:28:82:.:.:723,82,0:. 1|0:5,23:28:70:.:.:484,0,70:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,171:. 1|1:0,14:14:42:.:.:377,42,0:. 1|1:2,32:34:63:.:.:742,63,0:. 1|1:1,21:22:37:1|1:178061_A_T:498,37,0:. 0|1:18,9:27:99:0|1:178061_A_T:185,0,487:. 1|1:1,21:22:36:.:.:461,36,0:. 0|0:48,0:48:19:.:.:0,19,975:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,522:. 0|1:3,11:14:13:.:.:213,0,13:. 1|1:0,6:6:18:.:.:168,18,0:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,356:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,116:. 0|0:20,0:20:18:.:.:0,18,382:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,171:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,525:. 1|0:3,18:21:28:.:.:412,0,28:. 1|1:1,19:20:49:.:.:464,49,0:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,677:. 1|1:0,12:12:36:.:.:309,36,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:122,15,0:. 0|1:4,22:26:24:.:.:499,0,24:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,181:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,59:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,367:. 1|1:0,20:20:60:.:.:532,60,0:. 1|0:11,5:16:53:.:.:53,0,246:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,944:. 0|1:23,9:32:99:.:.:165,0,558:. 0|0:141,0:141:0:.:.:0,0,2450:. 0|0:44,0:44:39:.:.:0,39,940:. 1|0:17,41:58:99:.:.:820,0,293:. 1|1:0,23:23:66:.:.:523,66,0:. 0|0:27,0:27:8:.:.:0,8,560:. 1|0:11,7:18:99:.:.:119,0,324:. 0|1:6,18:24:99:.:.:407,0,132:. 1|0:4,30:34:8:0|1:178060_T_A:584,0,8:. 0|1:11,30:41:99:.:.:641,0,166:. 1|1:0,23:23:69:.:.:623,69,0:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,1168:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,1355:. 0|1:5,25:30:99:.:.:574,0,136:. 1|0:13,8:21:99:0|1:178061_A_T:151,0,353:. 0|0:31,0:31:40:.:.:0,40,624:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,871:. 0|1:37,0:37:.:.:.:.:. 1|1:0,32:32:95:.:.:850,95,0:. 0|0:10,0:10:16:.:.:0,16,258:. 1|1:1,34:35:74:.:.:842,74,0:. 1|0:23,42:65:99:.:.:1008,0,466:. 1|1:6,54:60:25:.:.:1214,25,0:. 1|1:2,24:26:18:.:.:549,18,0:. 0|0:58,0:58:3:.:.:0,3,994:. 0|0:39,0:39:31:.:.:0,31,853:. 0|0:22,1:23:41:.:.:0,41,616:. 0|1:4,25:29:12:.:.:530,0,12:. 0|1:26,17:43:99:.:.:259,0,675:. 1|1:2,25:27:28:.:.:594,28,0:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,797:. 1|1:0,109:109:99:.:.:2922,326,0:. 1|1:0,9:9:3:1|1:178061_A_T:199,3,0:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,198:. 1|0:40,0:40:.:.:.:.:. 0|1:12,3:15:40:.:.:40,0,323:. 1|1:20,0:20:.:.:.:.:. 0|1:8,14:22:99:.:.:349,0,158:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,361:. 0|1:6,2:8:24:.:.:24,0,330:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1545:. 1|0:5,20:25:61:.:.:420,0,61:. 1|1:0,25:25:73:1|1:178061_A_T:617,73,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:324,39,0:. 0|1:17,32:49:99:.:.:689,0,350:. 1|1:0,20:20:60:.:.:542,60,0:. 1|1:30,0:30:.:.:.:.:. 0|1:8,8:16:99:.:.:172,0,196:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,548:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,961:. 1|0:9,12:21:99:.:.:258,0,201:. 1|1:49,0:49:.:.:.:.:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,288:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,926:. 1|0:24,11:35:99:.:.:165,0,583:. 1|1:2,19:21:2:.:.:455,2,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:981,122,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1105,122,0:. 0|1:15,9:24:99:.:.:162,0,368:. 0|1:6,43:49:70:.:.:944,0,70:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1318,151,0:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,837:. 1|0:14,9:23:99:.:.:123,0,322:. 0|1:4,12:16:68:.:.:260,0,68:. 1|1:63,0:63:.:.:.:.:. 0|1:2,28:30:52:.:.:662,0,52:. 0|0:51,2:53:99:.:.:0,103,1424:. 1|1:4,60:64:67:.:.:1411,67,0:. 1|0:47,9:56:75:.:.:75,0,1203:. 1|1:63,0:63:.:.:.:.:. 1|1:3,35:38:41:.:.:844,41,0:. 0|1:14,11:25:99:.:.:197,0,310:. 0|1:20,29:49:99:.:.:568,0,682:. 1|1:2,57:59:99:.:.:1347,120,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:965,108,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1301,155,0:. 1|1:2,53:55:99:.:.:1334,103,0:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,736:. 1|1:2,45:47:47:.:.:979,47,0:. 0|0:109,0:109:90:.:.:0,90,2266:. 0|1:13,31:44:99:.:.:589,0,227:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,1521:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1031,119,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1544,199,0:. 1|1:4,43:47:43:.:.:1029,43,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1758,201,0:. 1|0:15,12:27:99:.:.:214,0,333:. 1|1:1,60:61:99:.:.:1518,150,0:. 0|1:17,6:23:99:.:.:101,0,420:. 1|0:5,62:67:22:.:.:1420,0,22:. 1|0:20,24:44:99:.:.:470,0,420:. 0|0:48,0:48:87:.:.:0,87,1209:. 0|0:43,3:46:55:.:.:0,55,1086:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1306,156,0:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1292,151,0:. 1|0:8,22:30:99:.:.:507,0,182:. 1|1:0,37:37:99:.:.:853,107,0:. 1|0:17,23:40:99:.:.:454,0,363:. 1|1:4,30:34:11:.:.:666,11,0:. 1|1:0,18:18:53:.:.:425,53,0:. 1|1:3,45:48:53:.:.:1112,53,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1619,200,0:. 0|1:31,6:37:35:.:.:35,0,732:. 1|1:0,64:64:99:1|1:178060_T_TAAAAAAAAAA:1640,187,0:. 0|1:11,21:32:99:.:.:474,0,221:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1039,126,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1142,140,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1173,141,0:. 0|0:108,0:108:88:.:.:0,88,2299:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,981:. 0|0:81,0:81:5:.:.:0,5,1574:. 0|0:45,0:45:36:.:.:0,36,941:. 1|0:16,21:37:99:.:.:437,0,300:. 1|0:29,19:48:99:.:.:311,0,1146:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1791,196,0:. 0|0:42,0:42:21:.:.:0,21,906:. 0|1:24,5:29:27:.:.:27,0,651:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:. 1|1:0,14:14:42:.:.:395,42,0:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1142:. 0|1:9,16:25:99:.:.:357,0,221:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,489:. 1|1:1,34:35:73:.:.:857,73,0:. 1|0:12,9:21:99:.:.:138,0,269:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:. 1|1:1,27:28:50:.:.:627,50,0:. 1|1:0,21:21:62:.:.:526,62,0:. 0|1:12,37:49:99:.:.:774,0,208:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,971:. 1|0:14,28:42:99:.:.:565,0,276:. 0|1:26,16:42:99:.:.:259,0,880:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,939:. 1|0:24,23:47:99:.:.:424,0,969:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:. 1|1:1,43:44:97:.:.:1005,97,0:. 0|1:2,2:4:42:.:.:42,0,49:. 1|1:0,27:27:79:.:.:651,79,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1110,126,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:260,30,0:. 1|1:0,24:24:69:.:.:537,69,0:. 0|1:18,9:27:99:0|1:178060_T_TA:159,0,654:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,871:. 0|1:24,18:42:99:.:.:276,0,790:. 0|0:51,0:51:34:.:.:0,34,1001:. 1|0:23,26:49:99:.:.:549,0,575:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1146,135,0:. 1|0:13,3:16:18:.:.:18,0,444:. 1|1:30,0:30:.:.:.:.:. 0|0:59,0:59:49:.:.:0,49,1205:. 1|0:7,26:33:57:.:.:580,0,57:. 0|1:9,30:39:99:.:.:696,0,158:. 1|1:0,27:27:81:.:.:754,81,0:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,563:. 1|1:0,25:25:75:.:.:668,75,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:35:.:.:0,35,1538:. 1|1:1,31:32:62:.:.:744,62,0:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1083:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,1874:. 1|1:1,23:24:41:.:.:565,41,0:. 0|1:14,12:26:99:.:.:218,0,318:. 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,1961:. 1|0:11,13:24:99:.:.:260,0,246:. 1|1:0,30:30:88:.:.:737,88,0:. 1|1:0,25:25:74:.:.:642,74,0:. 1|1:0,21:21:61:.:.:504,61,0:. 0|1:8,38:46:80:.:.:808,0,80:. 1|1:0,17:17:51:.:.:456,51,0:. 0|0:73,0:73:1:.:.:0,1,1444:. 0|0:58,0:58:38:.:.:0,38,1204:. 1|0:21,16:37:99:.:.:283,0,693:. 1|0:9,17:26:99:.:.:288,0,194:. 0|1:2,13:15:20:.:.:242,0,20:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,384:. 0|0:37,0:37:44:.:.:0,44,899:. 0|1:18,6:24:87:.:.:87,0,404:. 1|0:9,14:23:99:.:.:251,0,200:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,984:. 1|0:23,6:29:56:.:.:56,0,899:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1214,144,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1240,150,0:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,564:. 0|1:7,10:17:99:.:.:163,0,153:. 0|1:41,8:49:11:.:.:11,0,972:. 0|0:27,4:31:2:.:.:0,2,672:. 0|0:29,0:29:29:.:.:0,29,629:. 0|0:28,0:28:17:.:.:0,17,507:. 0|1:5,12:17:99:.:.:172,0,111:. 0|1:17,5:22:51:0|1:178060_T_A:51,0,672:. 1|0:9,5:14:89:.:.:89,0,348:. 1|1:0,28:28:81:.:.:616,81,0:. 0|1:8,10:18:99:.:.:158,0,186:. 1|1:0,13:13:39:.:.:337,39,0:. 0|0:43,0:43:24:.:.:0,24,919:. 0|1:6,16:22:99:.:.:288,0,102:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,1060:. 1|0:20,4:24:40:.:.:40,0,461:. 1|1:1,35:36:81:1|1:178061_A_T:752,81,0:. 0|0:24,0:24:2:.:.:0,2,520:. 1|1:0,40:40:99:.:.:954,117,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:455,51,0:. 1|0:6,32:38:76:.:.:749,0,76:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,450:. 0|0:34,0:34:18:.:.:0,18,687:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,221:. 0|1:39,9:48:85:.:.:85,0,1100:. 1|1:0,28:28:83:.:.:746,83,0:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:. 1|0:43,0:43:.:.:.:.:. 1|0:18,3:21:22:.:.:22,0,466:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,796:. 0|0:44,0:44:16:.:.:0,16,822:. 0|0:69,0:69:28:.:.:0,28,1342:. 1|0:36,5:41:10:.:.:10,0,1435:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1404,160,0:. 0|1:8,3:11:48:.:.:48,0,207:. 1|1:10,0:10:.:.:.:.:. 0|0:38,0:38:38:.:.:0,38,789:. 0|0:73,9:82:5:.:.:0,5,1860:. 0|1:5,29:34:44:.:.:607,0,44:. 0|0:52,3:55:80:.:.:0,80,1370:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,368:. 1|1:0,14:14:42:.:.:362,42,0:. 0|0:36,4:40:5:.:.:0,5,904:. 1|0:8,15:23:99:.:.:343,0,263:. 1|1:0,13:13:39:.:.:361,39,0:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,507:. 1|1:0,29:29:87:.:.:806,87,0:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,101:. 1|0:25,0:25:.:.:.:.:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,346:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1130,125,0:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,205:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1200:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,714:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1488,135,0:. 1|1:1,36:37:99:.:.:1122,100,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,11:30:99:.:.:256,0,555:. 0|0:80,0:80:69:.:.:0,69,1920:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,907:. 0|0:39,2:41:52:.:.:0,52,1249:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1006:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1406,106,0:. 0|0:12,0:12:5:.:.:0,5,291:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,572:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,520:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1202:. 1|0:64,0:64:.:.:.:0,0,0:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,850:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,1416:. 1|1:1,46:47:99:.:.:1367,104,0:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,884:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,951:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,729:. 1|0:3,30:33:10:.:.:804,0,10:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1196:. 0|0:41,2:43:85:.:.:0,85,1372:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,304:. 0|0:38,0:38:19:.:.:0,19,811:. 0|0:75,0:75:28:.:.:0,28,1536:. 0|0:12,0:12:20:.:.:0,20,307:. 0|1:14,4:18:82:.:.:82,0,407:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,438:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,653:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,798:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1308,125,0:. 0|0:32,0:32:30:.:.:0,30,710:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,713:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1079:. 1|1:1,38:39:99:.:.:1225,107,0:. 0|0:185,0:185:0:.:.:0,0,2870:. 0|0:227,0:227:0:.:.:0,0,2820:. 0|0:254,0:254:0:.:.:0,0,4488:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,375:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,58:. 0|0:46,0:46:90:.:.:0,90,1138:. 1|1:1,24:25:41:.:.:696,41,0:. 0|0:70,0:70:62:.:.:0,62,1618:. 0|0:98,0:98:5:.:.:0,5,2080:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:7,18:25:99:.:.:454,0,111:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1990,167,0:. 1|1:0,55:55:99:1|1:178060_TAA_T:1625,163,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:0:.:.:0,0,545:. 1|1:0,120:120:99:.:.:4326,361,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1318,128,0:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,497:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,16:16:48:.:.:541,48,0:. 0|0:86,0:86:92:.:.:0,92,1944:. 0|0:70,0:70:34:.:.:0,34,1606:. 1|1:0,30:30:89:.:.:910,89,0:. 1|1:1,49:50:99:.:.:1438,124,0:. 1|1:72,0:72:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1490,156,0:. 0|1:57,13:70:99:.:.:175,0,1688:. 1|0:37,5:42:40:.:.:40,0,1137:. 1|1:2,44:46:72:.:.:1219,72,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,22:28:99:0|1:178060_T_A:527,0,130:. 1|0:10,83:93:42:.:.:2373,0,42:. 0|1:8,6:14:99:.:.:132,0,205:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1270:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1031:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,2092:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,1451:. 0|0:119,0:119:8:.:.:0,8,2561:. 0|0:92,0:92:0:.:.:0,0,1588:. 0|0:54,4:58:69:.:.:0,69,1732:. 0|1:23,34:57:99:.:.:897,0,592:. 1|1:84,0:84:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1436,145,0:. 0|0:105,0:105:28:.:.:0,28,2497:. 1|1:1,20:21:37:.:.:605,37,0:. 0|0:65,3:68:99:.:.:0,121,1996:. 1|0:10,7:17:99:.:.:185,0,336:. 0|1:40,11:51:99:.:.:203,0,1687:. 1|1:3,110:113:99:.:.:3492,245,0:. 1|1:3,38:41:60:1|1:178060_TA_T:1072,60,0:. 1|0:56,63:119:99:.:.:1557,0,1469:. 0|1:38,10:48:99:.:.:172,0,1049:. 0|0:71,4:75:98:.:.:0,98,2972:. 0|0:45,2:47:71:.:.:0,71,1424:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1398:. 0|1:24,8:32:99:.:.:161,0,709:. 1|0:12,43:55:99:.:.:1040,0,208:. 1|0:16,6:22:87:.:.:87,0,441:. 0|1:11,18:29:99:.:.:376,0,380:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,386:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,1359:. 1|1:2,101:103:99:.:.:3316,239,0:. 0|0:47,2:49:97:.:.:0,97,1517:. 0|0:45,5:50:1:0|1:178061_A_T:0,1,1858:. 1|1:8,89:97:49:.:.:2749,49,0:. 0|1:7,17:24:99:.:.:442,0,180:. 1|0:7,54:61:57:.:.:1383,0,57:. 0|0:39,2:41:55:.:.:0,55,1179:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1308:. 0|1:46,49:95:99:.:.:1246,0,1305:. 0|0:170,0:170:0:.:.:0,0,3018:. 0|0:151,0:151:0:.:.:0,0,1918:. 1|0:8,13:21:99:.:.:296,0,204:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,1993:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3360,291,0:. 0|1:21,23:44:99:.:.:573,0,593:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:3:.:.:0,3,654:. 1|1:0,21:21:63:.:.:673,63,0:. 0|0:49,0:49:92:.:.:0,92,1307:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1287,127,0:. 0|0:65,0:65:31:.:.:0,31,1486:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1059:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1447,145,0:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1417:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1098:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,940:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,438:. 0|0:11,0:11:32:.:.:0,32,311:. 1|1:0,33:33:98:.:.:1006,98,0:. 1|1:58,0:58:.:.:.:0,0,0:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1030:. 0|0:46,0:46:14:.:.:0,14,939:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1488,143,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:104,0:104:59:.:.:0,59,2193:. 1|1:0,9:9:27:.:.:259,27,0:. 0|0:39,0:39:5:.:.:0,5,834:. 0|0:35,0:35:56:.:.:0,56,773:. 1|1:0,9:9:27:.:.:297,27,0:. 0|1:0,4:4:12:.:.:136,12,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:178060_T_TA:1741,172,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1967,198,0:. 1|1:0,3:3:9:.:.:93,9,0:. 1|1:1,40:41:85:.:.:1204,85,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1132,108,0:. 0|0:57,0:57:66:.:.:0,66,1308:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1755,176,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1424,142,0:. 1|0:28,17:45:99:.:.:350,0,777:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1194,116,0:. 1|0:34,7:41:81:.:.:81,0,988:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,911:. 1|0:93,33:126:99:.:.:591,0,2785:. 1|0:10,5:15:99:.:.:117,0,393:. 0|1:38,29:67:99:.:.:652,0,1541:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:38:.:.:0,38,1767:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,1899:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,650:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,110:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2155,213,0:. 0|0:38,0:38:5:.:.:0,5,798:. Pf3D7_01_v3 178201 . G A 189826 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=20.93;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E39K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.753;VQSLOD=4.76;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=-0.0012;NCC=0;BaseQRankSum=5.35;ClippingRankSum=-0.252;MQRankSum=-0.471;ReadPosRankSum=0.724;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9158905;AF=0.006283;MLEAC=33;MLEAF=0.006283;AN=858;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1197:. 0|0:56,0:56:99:0,119,1710:. 0|0:37,0:37:96:0,96,1440:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,114,1710:. 1|0:22,40:62:99:1126,0,454:. 0|0:32,0:32:29:0,29,801:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1554:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1134:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:. 0|0:49,0:49:99:0,117,1397:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,100,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1205:. 0|0:33,0:33:80:0,80,868:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:31:0,31,414:. 0|0:7,0:7:21:0,21,186:. 0|0:54,0:54:99:0,117,1702:. 0|0:44,0:44:82:0,82,1133:. 0|0:71,0:71:99:0,107,1702:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1599:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1251:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1210:. 0|0:47,0:47:99:0,103,1355:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1196:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1478:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1189:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,113,1408:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,116,1618:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:88:0,88,912:. 0|0:68,0:68:82:0,82,1699:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:87:0,87,1305:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:0,84,1260:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,112,1670:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:0,93,1395:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,101,1549:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1264:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1293:. 0|0:48,0:48:88:0,88,1249:. 0|0:43,0:43:99:0,107,1191:. 0|0:33,0:33:96:0,96,1440:. 0|0:75,0:75:99:0,119,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,103,979:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1198:. 0|0:92,0:92:99:0,105,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1213:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,113,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,114,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,118,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,118,1625:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,119,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1776:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1601:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1459:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,112,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:0,18,175:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,983:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1522:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1687:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,100,1631:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1449:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,101,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:5286,545,0:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,119,1318:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1247:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,109,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,119,1612:. 0|0:47,0:47:99:0,118,1332:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,103,1796:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1255:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,101,997:. 0|1:38,6:44:54:54,0,948:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,972:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1442:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,117,1762:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1163:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:0,30,274:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,966:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1553:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1191:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,104,1691:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,106,1778:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 1|0:31,17:48:99:386,0,737:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,489:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,116,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,109,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,118,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1561:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 1|1:0,418:418:99:14970,1257,0:. 0|0:335,0:335:99:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1339:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:73,0:73:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:.:.:120 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:.:.:120 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:.:.:120 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1800:. 0|0:249,0:249:.:.:120 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 1|1:8,177:185:99:5678,277,0:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:120 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:.:.:120 0|0:38,0:38:99:0,101,1263:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:120 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:113 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:.:.:110 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:.:.:120 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:.:.:120 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:.:.:120 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,100,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:120 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|1:26,77:103:99:2358,0,537:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:.:.:90 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:.:.:120 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:.:.:120 0|0:227,0:227:.:.:101 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:120 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:.:.:120 0|0:347,0:347:99:0,120,1800:. 1|1:1,389:390:99:13596,1137,0:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:.:.:120 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:.:.:120 0|0:46,0:46:99:0,117,1656:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1419:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:70:0,70,1065:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1458:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1314:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,107,1386:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 178338 . A C 366030 PASS FS=0.587;MQ=59.98;QD=21.83;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L84F;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttA/ttC;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.732;VQSLOD=4.49;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=0.0883;NCC=0;BaseQRankSum=-3.894;ClippingRankSum=0.4;MQRankSum=0.215;ReadPosRankSum=0.506;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9627312;AF=0.014;MLEAC=70;MLEAF=0.013;AN=858;AC=51 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1197:. 0|0:56,0:56:99:0,119,1710:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1421:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1158:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1554:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1174:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1451:. 0|0:13,0:13:39:0,39,377:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1274:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1288:. 1|0:58,14:72:99:136,0,1554:. 1|1:0,67:67:99:1845,200,0:. 0|0:106,0:106:99:0,100,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1205:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|1:41,81:122:99:1694,0,829:. 0|0:14,0:14:42:0,42,418:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:54,0:54:99:0,117,1702:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1135:. 1|0:60,75:135:99:1616,0,1393:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|1:24,22:46:99:479,0,563:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1251:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1210:. 0|1:65,10:75:8:8,0,1675:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1196:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 1|0:39,65:104:99:1496,0,827:. 1|1:1,78:79:99:2136,206,0:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:0,66,990:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1189:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,113,1408:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,116,1618:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1033:. 0|1:66,17:83:99:225,0,1728:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1233:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1831,212,0:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1249:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,112,1670:. 1|1:2,93:95:99:2426,225,0:. 0|0:37,0:37:99:0,103,1066:. 1|0:135,35:170:99:387,0,3487:. 0|0:62,0:62:99:0,101,1549:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1264:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1290:. 0|0:43,0:43:99:0,107,1191:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|1:42,71:113:99:1566,0,916:. 1|1:1,62:63:99:1602,157,0:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1150:. 0|0:92,0:92:99:0,105,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:66:0,66,2911:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 1|0:42,59:101:99:1257,0,954:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1213:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 1|0:147,22:169:52:52,0,3895:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|1:46,176:222:99:4019,0,718:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 1|1:4,177:181:99:4604,430,0:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 1|0:131,35:166:99:386,0,3361:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,118,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,118,1625:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 1|0:189,25:214:44:44,0,5061:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 1|0:73,38:111:99:683,0,1826:. 1|0:21,70:91:99:1499,0,560:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,119,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1776:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1800:. 1|1:0,100:100:99:2711,300,0:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1601:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 1|1:1,124:125:99:3204,344,0:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1459:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,112,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 1|0:9,5:14:98:98,0,206:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,983:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1522:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1687:. 1|0:79,80:159:99:1625,0,1927:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,100,1631:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1449:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 1|0:40,65:105:99:1443,0,882:. 0|0:82,0:82:99:0,101,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:2034,232,0:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1247:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,109,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,119,1612:. 0|0:47,0:47:99:0,118,1332:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,103,1796:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1255:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,101,997:. 0|1:58,17:75:99:216,0,1556:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,972:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1442:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,117,1762:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1163:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 1|0:109,56:165:99:996,0,2785:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|1:92,67:159:99:1302,0,2257:. 0|0:77,0:77:99:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 1|1:11,194:205:99:4907,281,0:. 0|0:34,0:34:99:0,102,966:. 0|0:30,0:30:78:0,78,1170:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1553:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|1:75,41:116:99:706,0,1788:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 1|1:5,54:59:15:1268,15,0:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,104,1691:. 1|1:0,58:58:99:1573,173,0:. 0|0:64,0:64:99:0,106,1778:. 1|1:2,105:107:99:2804,262,0:. 0|0:18,0:18:3:0,3,430:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:. 1|1:4,116:120:99:3040,236,0:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,116,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,109,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,118,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1464:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1561:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:99:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,923:. 0|0:73,0:73:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:.:.:120 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:.:.:120 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:.:.:120 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1800:. 0|0:249,0:249:.:.:120 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:120 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:.:.:120 0|0:38,0:38:99:0,101,1263:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:120 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:113 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:.:.:110 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:.:.:120 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:.:.:120 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:.:.:120 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,100,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:120 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:.:.:120 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:.:.:120 0|0:227,0:227:.:.:101 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:.:.:120 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:.:.:120 0|0:347,0:347:99:0,120,1800:. 0|0:378,0:378:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:.:.:120 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:.:.:120 0|0:46,0:46:99:0,117,1656:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1419:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1306:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1458:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:51:0,51,571:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1314:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,107,1386:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1124:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 178419 . A G 266908 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=22.14;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L111;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttA/ttG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.698;VQSLOD=5.96;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;GQ_MEAN=112.95;GQ_STDDEV=25.64;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8543;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.853;culprit=MQ;set=snp;DP=9787144;AF=0.003992;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=21;MLEAF=0.003992;AN=858;AC=1 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1197:. 0|0:56,0:56:99:0,119,1710:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1332:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1268:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1554:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1174:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1451:. 0|0:9,0:9:27:0,27,301:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1215:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1187:. 0|0:34,0:34:84:0,84,1075:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,100,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1205:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:21:0,21,315:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1373:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1135:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1251:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1210:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1196:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1189:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,113,1408:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,116,1618:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1033:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1233:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,112,1670:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,103,1066:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,101,1549:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1264:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1290:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1243:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1150:. 0|0:92,0:92:99:0,105,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1213:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,118,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,119,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1776:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,119,1519:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,112,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,983:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1522:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1687:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1449:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1247:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,109,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,119,1612:. 0|0:47,0:47:99:0,118,1332:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,103,1796:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,101,997:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,972:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1442:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1163:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:0,15,146:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1553:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,104,1691:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:0,106,1778:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1209:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,116,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,109,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,118,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1399:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1561:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:99:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:73,0:73:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:.:.:120 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:.:.:120 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:.:.:120 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1800:. 0|0:249,0:249:.:.:120 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:120 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:.:.:120 0|0:38,0:38:99:0,101,1263:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:120 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:113 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:.:.:110 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:.:.:120 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:.:.:120 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:.:.:120 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,100,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:120 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:120 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:.:.:120 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:.:.:120 0|0:227,0:227:.:.:101 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:.:.:120 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:.:.:120 0|0:347,0:347:99:0,120,1800:. 0|0:378,0:378:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:.:.:120 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:.:.:120 0|0:46,0:46:99:0,117,1656:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|1:73,55:128:99:1438,0,2267:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1419:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1306:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1458:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1314:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,107,1386:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 178474 . T C 1.87666e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=30.73;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=C130R;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tgt/Cgt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.707;VQSLOD=9.84;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0016;FractionInformativeReads=0.99;GC=28.57;GQ_MEAN=213.59;GQ_STDDEV=89.73;HRun=0;InbreedingCoeff=0.528;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.449;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14307598;AF=0.663;AS_InbreedingCoeff=0.6344;MLEAC=3486;MLEAF=0.665;AN=858;AC=709 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:9,72:81:44:.:.:1834,0,44 1|1:0,114:114:99:.:.:3202,340,0 0|1:11,69:80:99:.:.:1626,0,114 1|1:0,79:79:99:.:.:2149,235,0 0|0:99,0:99:69:.:.:0,69,2650 1|1:1,55:56:99:.:.:1448,134,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1641,174,0 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1615 1|1:0,66:66:99:.:.:1867,198,0 0|1:53,14:67:99:.:.:203,0,1493 1|1:0,41:41:99:.:.:1098,122,0 1|1:0,72:72:99:.:.:1873,213,0 0|1:21,58:79:99:0|1:178474_T_C:1363,0,685 1|1:0,50:50:99:.:.:1389,149,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1064,114,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1438,155,0 1|1:0,8:8:24:.:.:221,24,0 0|1:5,32:37:31:.:.:803,0,31 1|1:0,43:43:99:.:.:1241,129,0 1|1:0,31:31:93:.:.:859,93,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1608,176,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1786,199,0 1|1:0,176:176:99:.:.:4799,528,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1663,185,0 1|1:0,35:35:99:.:.:925,104,0 0|1:69,33:102:99:.:.:550,0,1708 1|1:0,11:11:32:.:.:267,32,0 1|1:0,10:10:30:.:.:294,30,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1373 1|1:0,50:50:99:.:.:1348,149,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3368,372,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2716,301,0 1|0:13,46:59:99:.:.:1056,0,202 0|1:100,222:322:99:.:.:5029,0,2041 1|1:0,47:47:99:.:.:1273,141,0 1|1:6,124:130:99:.:.:3267,218,0 1|1:1,81:82:99:.:.:2164,214,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1153,131,0 0|1:9,50:59:94:.:.:1173,0,94 1|1:0,55:55:99:.:.:1405,163,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2492,276,0 1|1:0,106:106:99:.:.:2821,316,0 1|1:1,84:85:99:.:.:2243,225,0 1|1:1,177:178:99:.:.:4759,523,0 1|1:0,198:198:99:.:.:5315,592,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3177,352,0 1|1:4,57:61:63:.:.:1387,63,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1194,129,0 1|0:22,79:101:99:.:.:1805,0,360 1|1:1,61:62:99:.:.:1671,156,0 1|1:0,110:110:99:.:.:2989,329,0 1|1:0,24:24:72:.:.:631,72,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2416,263,0 0|1:38,190:228:99:.:.:4555,0,443 1|1:0,102:102:99:.:.:2808,305,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1900,212,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3390,380,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1885,209,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2130,230,0 0|1:12,54:66:99:0|1:178474_T_C:1239,0,358 1|1:0,138:138:99:.:.:3709,413,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2205,252,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4223,470,0 1|1:0,288:288:99:.:.:7856,863,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1101,131,0 0|1:22,69:91:99:.:.:1573,0,392 1|1:0,99:99:99:.:.:2631,296,0 1|0:67,17:84:99:.:.:226,0,1770 1|1:0,53:53:99:.:.:1324,156,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2563,278,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|1:13,26:39:99:.:.:586,0,266 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,126:127:99:.:.:3341,354,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,74:74:99:.:.:1944,221,0 1|1:16,161:177:63:.:.:3724,63,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2683,293,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1274,156,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2354,252,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1689,189,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1243 0|1:27,27:54:99:.:.:582,0,664 1|1:0,108:108:99:.:.:2907,324,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1676,196,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|0:53,49:102:99:.:.:1002,0,1273 1|1:0,59:59:99:.:.:1649,177,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,155:155:99:.:.:4121,462,0 1|1:0,109:109:99:.:.:2940,327,0 0|1:22,111:133:99:.:.:2602,0,235 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,74:78:99:.:.:1923,131,0 0|1:22,71:93:99:.:.:1542,0,387 0|1:13,65:78:99:.:.:1452,0,154 1|1:9,129:138:99:.:.:3156,145,0 1|1:1,189:190:99:.:.:4982,536,0 1|1:0,167:167:99:.:.:4523,501,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,220:222:99:.:.:5727,599,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3260,366,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2715,302,0 1|1:1,128:129:99:.:.:3364,354,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4089,455,0 1|1:0,260:260:99:.:.:7020,777,0 1|0:73,73:146:99:.:.:1544,0,1709 1|1:0,201:201:99:.:.:5533,602,0 0|1:62,146:208:99:.:.:3267,0,1249 1|1:0,177:177:99:.:.:4664,527,0 1|1:1,194:195:99:.:.:5193,554,0 1|1:2,213:215:99:.:.:5573,605,0 1|1:7,145:152:99:.:.:3678,299,0 1|1:0,269:269:99:.:.:7139,803,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3495,395,0 1|1:0,224:224:99:.:.:6000,670,0 1|0:144,36:180:99:.:.:428,0,3743 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,120:159:99:0|1:178474_T_C:2654,0,1160 1|1:0,220:220:99:.:.:5859,657,0 1|0:14,127:141:13:.:.:3054,0,13 1|1:0,197:197:99:.:.:5552,592,0 1|1:0,201:201:99:.:.:5364,601,0 1|1:8,99:107:86:.:.:2289,86,0 0|0:185,0:185:63:.:.:0,63,4444 1|1:0,167:167:99:.:.:4328,498,0 1|1:0,206:206:99:.:.:5489,616,0 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 0|1:40,162:202:99:.:.:3570,0,577 1|1:0,178:178:99:.:.:4537,531,0 1|1:4,181:185:99:.:.:4734,435,0 1|1:1,116:117:99:.:.:3116,322,0 0|1:57,25:82:99:.:.:398,0,1384 0|1:28,167:195:99:0|1:178474_T_C:3866,0,643 1|1:0,268:268:99:.:.:7050,801,0 1|1:3,126:129:99:.:.:3166,297,0 1|1:0,264:264:99:.:.:6830,789,0 1|0:105,44:149:99:.:.:733,0,2706 1|1:2,187:189:99:.:.:4847,500,0 1|1:0,217:217:99:.:.:5612,648,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,251:251:99:.:.:6714,752,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1776 1|1:6,179:185:99:.:.:4693,377,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,218:218:99:.:.:5895,652,0 1|1:1,112:113:99:.:.:3031,307,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2739,303,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2146,243,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2446,272,0 1|1:0,187:187:99:.:.:4825,560,0 1|0:17,46:63:99:.:.:1050,0,343 1|1:0,127:127:99:.:.:3432,381,0 1|1:0,142:142:99:.:.:3692,423,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1674,189,0 1|1:0,210:210:99:.:.:5429,628,0 1|1:0,137:137:99:.:.:3623,410,0 1|1:0,140:140:99:.:.:3802,419,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3667,401,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800 1|1:5,114:119:99:.:.:2824,136,0 1|0:44,74:118:99:0|1:178474_T_C:1621,0,1589 0|1:138,26:164:99:.:.:219,0,3722 1|1:0,152:152:99:.:.:4060,454,0 1|1:0,167:167:99:.:.:4395,498,0 1|1:0,178:178:99:.:.:4758,532,0 0|1:1,8:9:3:.:.:198,0,3 1|1:0,103:103:99:.:.:2691,308,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4136,452,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2263,252,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2539,284,0 0|1:51,49:100:99:0|1:178474_T_C:1009,0,1959 1|0:68,82:150:99:.:.:1767,0,1624 1|1:7,172:179:99:.:.:4394,335,0 1|1:3,84:87:99:.:.:2165,166,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4186,475,0 1|1:1,128:129:99:.:.:3412,354,0 0|1:16,76:92:99:0|1:178474_T_C:2823,0,221 1|1:0,88:88:99:.:.:2372,264,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2515,273,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3243,354,0 1|1:3,182:185:99:.:.:4814,460,0 0|1:58,37:95:99:.:.:707,0,1419 1|1:0,141:141:99:.:.:3792,422,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2467,270,0 1|1:0,228:228:99:.:.:6037,683,0 1|1:0,142:142:99:.:.:3912,426,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3319,371,0 1|1:0,141:141:99:.:.:3796,423,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5147,558,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,97:98:99:.:.:2594,264,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5079,581,0 0|1:53,59:112:99:.:.:1254,0,1234 1|1:0,48:48:99:.:.:1272,144,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2551,287,0 1|1:0,76:76:99:.:.:1981,227,0 1|1:0,217:217:99:.:.:5607,649,0 1|0:34,69:103:99:.:.:1415,0,671 1|1:5,148:153:99:.:.:3851,330,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,140:140:99:.:.:3737,420,0 0|1:22,78:100:99:.:.:1740,0,366 1|1:0,69:69:99:.:.:1873,207,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2206,252,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2375,255,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2492,286,0 1|1:0,102:102:99:.:.:2794,306,0 1|1:1,134:135:99:.:.:3528,371,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2090,238,0 1|1:0,169:169:99:.:.:4513,506,0 1|0:148,23:171:99:.:.:113,0,3899 0|0:79,0:79:99:.:.:0,103,1796 1|1:0,57:57:99:.:.:1491,170,0 1|1:8,157:165:99:.:.:3833,284,0 1|1:8,106:114:99:.:.:2535,101,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2184,242,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,997 1|1:0,63:63:99:.:.:1702,189,0 0|1:80,31:111:99:.:.:489,0,2074 0|1:16,39:55:99:0|1:178474_T_C:812,0,505 1|1:0,74:74:99:.:.:1957,222,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1375,168,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1815,206,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,114:114:99:.:.:2966,340,0 1|1:0,204:204:99:.:.:5515,610,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2249,249,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3452,390,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1528,173,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:.:.:1532,175,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3139,342,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,63:63:99:.:.:1643,188,0 1|1:4,63:67:79:.:.:1572,79,0 1|0:32,129:161:99:.:.:3035,0,627 1|1:0,74:74:99:.:.:1941,221,0 1|1:0,7:7:21:.:.:184,21,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4415,493,0 1|1:0,103:103:99:.:.:2799,308,0 1|1:0,140:140:99:.:.:3701,419,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2567,282,0 1|1:0,144:144:99:.:.:3974,432,0 1|0:89,29:118:99:.:.:420,0,2340 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 1|0:24,29:53:99:0|1:178474_T_C:607,0,850 0|0:27,0:27:33:.:.:0,33,702 1|1:3,77:80:99:.:.:1919,105,0 1|1:3,281:284:99:.:.:7591,758,0 0|1:81,27:108:99:.:.:407,0,2052 1|1:6,223:229:99:.:.:5781,510,0 1|1:0,17:17:51:.:.:449,51,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1400,159,0 1|1:0,183:183:99:.:.:4801,548,0 0|1:54,52:106:99:.:.:1118,0,1317 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665 0|1:56,47:103:99:1|0:178465_T_G:958,0,2183 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,20:20:60:1|1:178470_A_G:576,60,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1761,198,0 1|1:1,38:39:92:.:.:973,92,0 1|1:1,109:110:99:.:.:2920,300,0 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,745 1|1:0,165:165:99:.:.:5503,496,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3812,340,0 1|1:0,227:227:99:.:.:7506,682,0 1|1:0,196:196:99:.:.:6602,590,0 1|1:0,238:238:99:.:.:7988,716,0 1|0:95,148:243:99:1|0:178465_T_G:4209,0,3384 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,155:155:99:.:.:5196,466,0 1|1:0,221:221:99:.:.:7420,664,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7596,679,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7642,686,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,193:193:99:.:.:6448,580,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6380,585,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7453,673,0 1|1:0,208:208:99:.:.:6949,624,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6405,580,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,183:183:99:.:.:6048,550,0 0|0:193,0:193:40:.:.:0,40,5626 1|1:1,219:220:99:.:.:7211,624,0 1|1:1,128:129:99:.:.:4257,361,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6220,559,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8133,736,0 1|0:32,150:182:99:.:.:4528,0,621 1|1:0,93:93:99:.:.:3076,280,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3786,348,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6787,616,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1334,120,0 1|1:0,120:120:99:.:.:4003,360,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5475,490,0 1|1:5,159:164:99:.:.:5175,325,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6612,595,0 1|1:0,253:253:99:.:.:8356,761,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3469,310,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6474,569,0 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,245:245:99:.:.:8076,737,0 0|0:418,0:418:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,782:782:99:.:.:26044,2351,0 1|1:1,639:640:99:.:.:20868,1883,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2937,265,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1035,93,0 1|1:1,107:108:99:.:.:3189,289,0 1|1:2,112:114:99:.:.:3587,293,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6619,618,0 1|1:1,266:267:99:.:.:8463,768,0 1|1:0,534:534:99:.:.:15898,1586,0 0|1:100,93:193:99:.:.:2344,0,2850 1|1:0,261:261:99:.:.:8440,784,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,518:519:99:.:.:15817,1537,0 1|1:0,314:314:99:.:.:10213,944,0 1|1:0,519:519:99:.:.:15575,1544,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5358,498,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2811,264,0 1|1:1,454:455:99:.:.:13457,1314,0 1|1:0,95:95:99:.:.:3013,285,0 1|1:0,265:265:99:.:.:8516,796,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,200:200:99:.:.:6524,601,0 1|1:0,241:241:99:.:.:7626,723,0 1|1:0,272:272:99:.:.:8877,817,0 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,218:218:99:.:.:6911,656,0 1|1:0,277:277:99:.:.:8925,831,0 1|1:0,235:235:99:.:.:7653,706,0 1|1:0,476:476:99:.:.:14489,1423,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3948,367,0 1|1:0,433:433:99:.:.:12970,1287,0 1|1:3,70:73:99:.:.:2183,133,0 1|1:0,263:263:99:.:.:8578,790,0 1|1:0,306:306:99:.:.:9850,918,0 1|1:0,262:262:99:.:.:8442,787,0 1|1:0,274:274:99:.:.:8782,823,0 1|1:0,363:363:99:.:.:11678,1089,0 1|1:1,273:274:99:.:.:8842,812,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8018,750,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5137,523,0 1|1:0,274:274:99:.:.:8974,823,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8233,765,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8211,754,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2738,274,0 1|1:0,266:266:99:.:.:8676,798,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2562,251,0 1|1:0,287:287:99:.:.:9114,862,0 1|1:2,502:507:99:.:.:15152,1469,0 1|1:2,176:178:99:.:.:5573,459,0 1|1:1,404:405:99:.:.:12251,1183,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8028,749,0 1|1:0,282:282:99:.:.:8500,843,0 1|1:0,215:215:99:.:.:6785,644,0 1|1:0,241:241:99:.:.:7622,723,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5527,547,0 0|1:79,147:226:99:.:.:4079,0,2014 1|0:113,13:126:67:.:.:67,0,3565 1|1:0,193:193:99:.:.:6154,578,0 1|1:1,57:58:99:.:.:1652,137,0 1|1:0,298:298:99:.:.:9462,893,0 1|1:0,532:532:99:.:.:16183,1585,0 1|1:6,240:246:99:.:.:7667,526,0 1|0:21,204:225:6:.:.:5876,0,6 0|0:227,0:227:99:.:.:0,101,1800 1|1:7,116:123:99:.:.:3404,116,0 1|1:8,260:268:99:.:.:8002,561,0 1|1:2,229:231:99:.:.:7165,623,0 1|1:2,472:474:99:.:.:14200,1340,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6495,601,0 0|1:210,272:482:99:.:.:6710,0,5651 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800 0|0:378,0:378:99:.:.:0,120,1800 0|1:64,38:102:99:.:.:965,0,1883 1|1:1,398:399:99:.:.:12729,1162,0 1|1:0,406:406:99:.:.:12449,1210,0 1|1:1,265:266:99:.:.:8625,764,0 1|1:1,512:513:99:.:.:15159,1512,0 1|1:1,68:69:99:.:.:2114,169,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3732,345,0 1|1:0,157:157:99:.:.:5113,472,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6760,616,0 1|1:0,191:191:99:.:.:6132,573,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4482,412,0 1|1:0,201:201:99:.:.:6216,603,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7359,667,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6309,586,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6252,580,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2580,240,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2040,189,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5556,502,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6377,594,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7017,646,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4133,379,0 1|1:1,235:236:99:.:.:7674,699,0 1|1:0,296:296:99:.:.:9634,889,0 1|1:0,259:259:99:.:.:8505,778,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,111:111:99:.:.:3595,334,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2470,234,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2022,189,0 1|1:0,20:20:60:.:.:661,60,0 1|1:0,314:314:99:.:.:10206,944,0 1|1:0,312:312:99:.:.:10044,938,0 1|1:0,294:294:99:.:.:9455,883,0 1|1:0,19:19:57:.:.:619,57,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7119,661,0 1|1:0,262:262:99:.:.:8446,786,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5609,531,0 1|1:0,234:234:99:.:.:7475,703,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6437,594,0 1|1:0,191:191:99:.:.:6244,574,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5755,529,0 1|1:0,239:239:99:.:.:7848,719,0 1|1:0,172:172:99:.:.:5456,514,0 1|1:0,563:563:99:.:.:18559,1692,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2290,216,0 1|1:0,322:322:99:.:.:10382,966,0 1|1:0,641:641:99:.:.:20534,1924,0 1|1:0,172:172:99:.:.:5628,517,0 1|1:0,234:234:99:.:.:7605,702,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1985,180,0 1|1:0,26:26:78:.:.:853,78,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,140:140:99:.:.:4646,421,0 Pf3D7_01_v3 178512 . T G 495283 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=19.79;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N142K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.683;VQSLOD=6.23;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=124.27;GQ_STDDEV=71.26;HRun=1;InbreedingCoeff=0.4456;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.67;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11857720;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=0.8479;MLEAC=74;MLEAF=0.014;AN=858;AC=17 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1700:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1420:. 1|1:2,72:74:99:.:.:1998,156,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1342:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1375:. 0|0:12,0:12:3:.:.:0,3,333:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1183:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1249:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:70:.:.:0,70,909:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1373:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1368:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1496:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1315:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:79,16:95:99:.:.:173,0,2132:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,656:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1343:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1401:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1243:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1446:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,218:227:99:.:.:5654,397,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1776:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,142:202:99:.:.:3343,0,1223:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1247:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1343:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,25:110:99:.:.:321,0,2147:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1229:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,103,1796:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1409:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,997:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1241:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1574:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1345:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,583:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1240:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,49:109:99:.:.:1019,0,1533:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,397:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1322:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:687,0:687:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:120 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:.:.:.:.:120 1|0:90,86:176:99:.:.:2311,0,2498:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,282:283:99:.:.:9227,816,0:. 0|0:313,0:313:.:.:.:.:120 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:.:.:.:.:120 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1456:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6701,618,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:.:.:.:.:120 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:.:.:.:.:120 0|0:66,0:66:26:.:.:0,26,2022:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:114 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:120 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:.:.:.:.:120 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:120 1|0:164,79:243:99:.:.:1806,0,4913:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:99 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:.:.:.:.:120 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:.:.:.:.:120 0|0:227,0:227:.:.:.:.:101 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:.:.:.:.:120 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:.:.:120 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:378,0:378:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,49:83:99:.:.:1412,0,937:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:.:.:120 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1398:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,827:. 1|1:8,368:376:99:.:.:12252,833,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 178726 . G A 1.86236e+07 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=31.81;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V214I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gtt/Att;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.664;VQSLOD=9.01;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.976;GC=33.33;GQ_MEAN=158.41;GQ_STDDEV=62.35;HRun=7;InbreedingCoeff=0.7315;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.58;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12425145;AF=0.846;AS_InbreedingCoeff=0.5949;MLEAC=4450;MLEAF=0.848;AN=858;AC=768 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,53:53:99:.:.:1699,159,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2408,225,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1787,168,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1573,147,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2141,204,0 0|0:39,0:39:94:.:.:0,94,1092 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1348 1|1:0,56:56:99:.:.:1807,168,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1620 1|1:2,60:62:99:.:.:1857,128,0 1|0:8,24:32:99:0|1:178726_G_A:894,0,231 1|1:2,57:59:99:.:.:1753,128,0 1|0:19,45:64:99:.:.:1298,0,376 1|1:0,39:39:99:.:.:1212,117,0 1|1:0,23:23:69:.:.:739,69,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1042,99,0 1|1:0,7:7:21:.:.:228,21,0 1|1:2,28:30:44:1|1:178725_AG_A:617,44,0 1|1:0,30:30:90:1|1:178718_C_CA:986,90,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1037,99,0 0|1:12,55:67:99:.:.:1547,0,123 1|1:0,62:62:99:.:.:1868,185,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5108,498,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1895,183,0 1|1:0,23:23:69:.:.:710,69,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2516,258,0 1|1:0,12:12:36:.:.:370,36,0 1|1:0,13:13:39:.:.:391,39,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1396,135,0 1|1:0,38:38:99:1|1:178718_C_CA:1201,114,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2716,267,0 1|1:1,84:85:99:.:.:2643,245,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1561,152,0 1|1:0,285:285:99:.:.:8686,854,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1293,128,0 1|1:3,119:122:99:.:.:3623,283,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,51:51:99:.:.:1573,153,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1617,173,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1283,126,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3090,305,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2726,270,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1608,153,0 1|1:0,210:210:99:.:.:6399,631,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5768,565,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2703,267,0 1|1:6,59:65:35:.:.:1328,35,0 1|1:2,40:42:81:1|1:178725_AG_A:938,81,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3253,325,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2107,213,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2611,258,0 0|1:10,15:25:99:.:.:383,0,199 1|1:0,71:71:99:.:.:2154,213,0 0|1:21,150:171:66:.:.:4069,0,66 1|1:0,109:109:99:.:.:3284,326,0 1|1:1,95:96:99:.:.:2756,277,0 0|1:24,62:86:99:.:.:1663,0,381 1|1:0,67:67:99:.:.:2010,201,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2221,216,0 1|0:21,51:72:99:.:.:1335,0,351 0|1:81,60:141:99:.:.:1402,0,1750 0|1:29,72:101:99:.:.:1859,0,473 1|1:3,115:118:99:.:.:2788,282,0 1|1:0,284:284:99:.:.:8765,853,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1343,135,0 1|0:18,76:94:99:.:.:2019,0,227 1|1:2,100:102:99:.:.:2487,259,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2132,204,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1150,111,0 1|1:4,91:95:99:.:.:2080,191,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1740,174,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1068,105,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3832,378,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2640,258,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2241,216,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1612,156,0 1|1:0,187:187:99:.:.:5630,562,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2364,234,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1324,132,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2051,198,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1695,168,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1627,159,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1096,105,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3361,331,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1905,189,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4414,433,0 1|1:4,137:141:99:.:.:4035,312,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1539,150,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3938,404,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3991,390,0 0|1:85,15:100:99:.:.:170,0,2014 1|1:0,110:110:99:.:.:3342,328,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4062,407,0 1|1:2,84:86:99:.:.:2499,204,0 1|1:2,101:103:99:.:.:2936,272,0 1|1:1,50:51:99:.:.:1498,125,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3954,387,0 1|1:3,131:134:99:.:.:3300,337,0 1|1:2,116:118:99:.:.:2887,307,0 1|1:9,204:213:99:.:.:5874,419,0 1|1:0,215:215:99:.:.:6496,645,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,89:89:99:.:.:2709,267,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2704,275,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3652,357,0 1|1:0,215:215:99:.:.:6603,645,0 1|1:2,117:119:99:.:.:2938,309,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4950,491,0 1|0:113,61:174:99:.:.:1367,0,2548 1|1:0,147:147:99:.:.:4528,441,0 1|1:2,141:143:99:.:.:3432,379,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5274,519,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4193,422,0 1|1:2,240:242:99:.:.:5770,680,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3791,375,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5636,555,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5695,571,0 1|1:0,218:218:99:.:.:6587,655,0 1|0:16,109:125:65:.:.:2905,0,65 1|1:0,180:180:99:.:.:5422,540,0 0|1:11,77:88:41:.:.:2158,0,41 1|1:2,206:208:99:.:.:4943,577,0 1|1:18,152:170:10:.:.:4119,10,0 1|1:9,76:85:10:.:.:2043,10,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4444,444,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4652,462,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4124,402,0 1|1:3,196:199:99:.:.:4912,521,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3871,389,0 1|1:2,132:134:99:.:.:3300,355,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4532,468,0 1|1:1,123:124:99:.:.:3772,346,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2170,222,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4041,403,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,108:108:99:.:.:3161,324,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6223,627,0 0|1:26,87:113:99:.:.:2327,0,380 1|1:0,138:138:99:.:.:4203,415,0 1|1:1,159:160:99:.:.:4065,456,0 1|1:0,181:181:99:.:.:5489,544,0 1|1:0,196:196:99:.:.:5798,588,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:.:.:2770,276,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4040,396,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5722,556,0 1|1:6,214:220:99:.:.:5342,518,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2481,243,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2479,243,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1915,186,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1247 1|1:0,184:184:99:.:.:5481,553,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1638,159,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3337,327,0 1|1:3,117:120:99:.:.:2892,287,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2231,231,0 1|1:3,211:214:99:.:.:5214,565,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2999,295,0 1|1:2,112:114:99:.:.:2658,295,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4201,410,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2107,218,0 1|0:38,82:120:99:.:.:2194,0,662 1|1:2,105:107:99:.:.:2534,276,0 1|1:10,163:173:99:.:.:3650,245,0 1|1:1,128:129:99:.:.:3937,377,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4289,423,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5490,546,0 1|1:0,6:6:18:.:.:194,18,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3073,300,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4447,432,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2164,213,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2159,213,0 1|0:49,32:81:99:0|1:178726_G_A:725,0,1693 1|0:59,59:118:99:0|1:178726_G_A:1486,0,1969 1|1:6,154:160:99:.:.:4433,324,0 1|1:5,64:69:97:1|1:178725_AG_A:1461,97,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3982,387,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3458,337,0 0|1:24,75:99:99:.:.:1958,0,352 1|1:0,58:58:99:.:.:1819,174,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2947,291,0 1|0:65,52:117:99:.:.:956,0,1415 1|1:0,148:148:99:.:.:4505,444,0 1|0:59,28:87:99:.:.:603,0,1383 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,87:87:99:.:.:2686,262,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6771,670,0 1|1:2,149:151:99:.:.:3619,408,0 1|1:2,142:144:99:.:.:3385,384,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3150,315,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,86:86:99:.:.:2670,259,0 0|1:11,87:98:6:.:.:2388,0,6 1|1:2,212:214:99:.:.:5334,595,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2434,240,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1207,123,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1824,174,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2241,219,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5625,567,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2851,288,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5402,536,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2567,258,0 1|0:40,84:124:99:.:.:1714,0,671 1|1:0,94:94:99:.:.:2863,282,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1697,165,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1987,206,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2058,206,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2786,282,0 0|1:33,52:85:99:0|1:178726_G_A:1275,0,1108 0|0:140,0:140:46:.:.:0,46,3042 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1229 1|1:0,162:162:99:.:.:4878,484,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4480,448,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3436,337,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1486,147,0 1|1:11,132:143:99:.:.:3622,143,0 0|1:76,12:88:99:.:.:108,0,1746 1|1:0,65:65:99:.:.:1991,195,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,997 1|1:0,46:46:99:.:.:1424,138,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3232,313,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1600,159,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1801,174,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1200,117,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1729,171,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2047,201,0 1|0:17,69:86:99:.:.:1859,0,204 1|1:0,156:156:99:.:.:4806,468,0 1|1:0,78:78:99:1|1:178726_G_A:2691,235,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1241 1|1:0,53:53:99:.:.:1603,159,0 1|1:2,130:132:99:.:.:3241,348,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1760,171,0 1|1:0,96:96:99:1|1:178726_G_A:3071,289,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2269,222,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1902,189,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2426,243,0 1|1:14,132:146:54:.:.:3744,54,0 1|1:0,72:74:99:.:.:2238,217,0 1|1:0,12:12:36:.:.:376,36,0 1|1:13,125:138:74:.:.:2780,74,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2969,291,0 1|1:1,117:118:99:.:.:2914,330,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2770,270,0 1|1:2,124:126:99:.:.:2950,329,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3320,330,0 1|1:0,181:181:99:.:.:5572,543,0 1|1:0,28:28:84:.:.:862,84,0 1|1:0,25:25:75:.:.:777,75,0 1|1:2,57:59:99:.:.:1311,128,0 1|0:66,193:259:99:.:.:5203,0,1053 1|1:0,111:111:99:.:.:3337,333,0 1|1:6,153:159:99:.:.:3714,338,0 1|1:0,25:25:75:.:.:767,75,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1038,102,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3756,367,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2518,249,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1459,141,0 1|1:2,74:76:99:.:.:1763,179,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2727,259,0 0|1:9,11:20:99:.:.:259,0,180 1|1:0,49:49:99:.:.:1497,147,0 1|1:0,32:32:96:.:.:948,96,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3944,381,0 1|1:0,23:23:69:.:.:697,69,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4645,385,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2609,219,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4932,418,0 1|1:0,142:142:99:.:.:5149,427,0 1|1:0,170:170:99:.:.:6142,511,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5848,490,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4928,409,0 1|1:0,116:116:99:.:.:4198,349,0 1|1:1,174:175:99:.:.:6170,516,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 0|1:107,58:165:99:.:.:1589,0,3097 1|1:0,25:25:75:.:.:908,75,0 1|1:0,151:151:99:.:.:5389,454,0 1|1:0,149:149:99:.:.:5373,448,0 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,133:133:99:.:.:4829,400,0 1|1:2,116:118:99:.:.:3364,292,0 1|1:1,205:206:99:.:.:7157,584,0 1|1:0,111:111:99:.:.:4012,334,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4663,397,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,86:86:99:.:.:3085,259,0 1|1:3,133:136:99:.:.:3924,317,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6945,586,0 1|0:34,92:126:99:.:.:2964,0,806 1|1:0,66:66:99:.:.:2340,198,0 1|1:0,86:86:99:.:.:3144,259,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5873,499,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1346,111,0 1|1:2,101:103:99:.:.:2973,248,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4670,391,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3845,330,0 1|1:0,153:153:99:.:.:5486,460,0 1|1:0,171:171:99:.:.:6137,514,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,158:158:99:.:.:5733,475,0 1|1:0,150:150:99:.:.:5361,451,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7444,637,0 1|1:3,499:502:99:.:.:14904,1416,0 1|1:3,636:639:99:.:.:19000,1827,0 1|1:5,486:491:99:.:.:14340,1320,0 1|0:23,21:44:99:0|1:178726_G_A:634,0,859 1|1:0,17:17:51:.:.:610,51,0 1|1:2,59:61:99:.:.:2034,124,0 1|1:5,103:108:99:.:.:3331,160,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4902,438,0 1|1:1,229:230:99:.:.:7613,655,0 1|1:0,231:231:99:.:.:7995,690,0 1|1:5,115:120:99:.:.:3225,204,0 1|1:2,171:173:99:.:.:4854,456,0 1|1:2,196:198:99:.:.:5746,533,0 1|1:2,281:283:99:.:.:9744,807,0 1|1:0,263:263:99:.:.:8792,791,0 1|1:0,287:287:99:.:.:10042,859,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3985,360,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1889,165,0 1|1:0,284:284:99:.:.:9864,847,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1456 1|1:0,241:241:99:.:.:8034,722,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6995,619,0 1|1:0,171:171:99:.:.:5923,514,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6583,591,0 1|0:121,60:181:99:.:.:1498,0,3391 1|1:0,185:185:99:.:.:6169,555,0 1|1:1,224:225:99:1|1:178726_G_A:9247,679,0 1|1:0,172:172:99:.:.:5943,517,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6480,565,0 1|1:2,230:232:99:.:.:7843,627,0 1|1:0,84:84:99:1|1:178726_G_A:2949,253,0 1|1:0,196:196:99:.:.:6867,587,0 1|0:7,35:42:88:.:.:1059,0,88 1|1:0,223:223:99:.:.:7574,669,0 1|1:4,214:218:99:.:.:6215,550,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6370,556,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6868,612,0 1|1:3,283:286:99:.:.:8184,769,0 1|1:0,230:230:99:.:.:7818,692,0 1|1:1,185:186:99:.:.:6417,525,0 1|1:4,107:111:99:.:.:3499,202,0 1|1:2,197:199:99:.:.:5810,536,0 1|1:1,200:201:99:.:.:6737,579,0 1|1:5,173:178:99:.:.:4909,403,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1732,152,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7015,613,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1544,132,0 0|1:174,35:209:99:.:.:503,0,5092 1|1:1,246:247:99:.:.:8469,730,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4785,427,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8683,751,0 1|0:27,171:198:99:.:.:5189,0,283 1|1:2,177:179:99:.:.:5067,472,0 1|1:1,186:187:99:.:.:6259,528,0 1|1:3,159:162:99:.:.:4503,393,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3408,301,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7278,654,0 1|1:9,115:124:99:.:.:3626,101,0 0|1:52,110:162:99:.:.:3148,0,1190 1|1:0,26:26:78:.:.:903,78,0 1|1:2,206:208:99:.:.:5913,563,0 1|1:6,272:278:99:.:.:7748,685,0 1|1:4,210:214:99:.:.:6060,520,0 0|1:160,29:189:99:.:.:418,0,4617 1|1:1,215:216:99:.:.:7550,624,0 0|1:13,73:86:99:.:.:2214,0,168 1|1:0,224:224:99:.:.:7577,673,0 1|1:2,168:170:99:.:.:4819,448,0 1|1:0,226:226:99:.:.:8104,678,0 1|0:23,123:146:99:0|1:178726_G_A:3797,0,538 1|1:4,233:237:99:.:.:6682,585,0 1|1:4,487:491:99:.:.:14173,1348,0 1|1:2,421:423:99:.:.:12439,1209,0 1|1:6,69:75:37:.:.:2264,37,0 1|1:3,333:336:99:.:.:9648,913,0 1|1:0,232:232:99:.:.:8074,693,0 0|1:125,96:221:99:.:.:2659,0,3423 1|1:0,245:245:99:.:.:8481,732,0 1|1:0,61:61:99:.:.:2087,183,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3805,330,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4574,411,0 1|1:2,163:165:99:.:.:4771,434,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5603,484,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4590,388,0 1|1:2,194:196:99:.:.:5553,526,0 1|1:0,176:176:99:.:.:6017,528,0 1|1:0,180:180:99:.:.:6143,541,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5788,499,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2242,198,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1462,129,0 1|1:2,144:146:99:.:.:4271,377,0 1|1:0,177:177:99:.:.:6200,532,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,247:247:99:.:.:8545,742,0 1|1:13,241:254:99:.:.:7799,312,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,47:47:99:.:.:1560,141,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,64:64:99:.:.:2177,192,0 1|1:0,21:21:63:.:.:741,63,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8717,766,0 1|1:2,235:237:99:.:.:6899,661,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7633,667,0 1|1:0,21:21:63:.:.:691,63,0 1|1:3,203:206:99:.:.:5900,526,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8091,704,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4900,433,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6617,580,0 1|1:0,153:153:99:.:.:5299,460,0 1|1:2,155:157:99:.:.:4560,410,0 1|1:2,151:153:99:.:.:4461,398,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7053,613,0 1|1:2,155:157:99:.:.:4552,410,0 1|1:0,437:437:99:.:.:15193,1313,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2357,204,0 1|1:2,278:280:99:.:.:8177,780,0 1|1:4,552:556:99:.:.:16123,1553,0 1|1:0,153:153:99:.:.:5213,460,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7678,667,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1544,138,0 1|1:0,23:23:69:.:.:821,69,0 1|1:0,301:301:99:.:.:10345,904,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5131,444,0 Pf3D7_01_v3 178748 . C T 501920 PASS FS=0;MQ=61.34;QD=21.55;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A221V;SNPEFF_CODON_CHANGE=gCt/gTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.68;VQSLOD=5.44;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.057;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=113.29;GQ_STDDEV=22.74;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6578;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.458;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=6281023;AF=0.021;AS_InbreedingCoeff=0.6578;MLEAC=105;MLEAF=0.02;AN=858;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1447:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1269:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1282:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1497:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1146:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1080,102,0:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1117:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1510,141,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1163:. 0|1:23,9:32:99:1|0:178726_G_A:198,0,837:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1166:. 0|0:28,0:28:57:.:.:0,57,764:. 0|0:23,0:23:41:.:.:0,41,575:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1069:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:26,0:26:70:.:.:0,70,734:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1419:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1322:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1328:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:14:.:.:0,14,535:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1233:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2303,210,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,933:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1475:. 0|0:48,0:48:97:.:.:0,97,1169:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1304:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1247:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1304:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1342:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,572:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1167:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1408:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,860:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1418:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1026:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1028:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1345:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1060:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1195:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1073:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1556:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1215:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1487:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1253:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1072:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1431:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1344:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1359:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1413:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1187:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1247:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1233:. 0|0:98,9:107:53:.:.:0,53,2413:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,42:73:99:1|0:178726_G_A:1015,0,1063:. 0|1:57,51:108:99:1|0:178726_G_A:1172,0,2029:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1557:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1278:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1335:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1360:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1210:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1039:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1440:. 1|0:46,34:80:99:1|0:178726_G_A:780,0,1674:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1229:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1410:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1155:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,997:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1282:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,955:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1241:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1202:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1533:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1333:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1341:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1397:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,346:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1137:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,785:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,616:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,130:132:99:.:.:4665,331,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1482:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5751,478,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1402:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,26:47:99:1|0:178726_G_A:792,0,739:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:120 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1443:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:120 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1549:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:108 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:.:.:.:.:119 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1282:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1456:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,170:202:99:0|1:178726_G_A:5117,0,467:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:114 1|0:63,13:76:99:0|1:178726_G_A:219,0,1817:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:102 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:102 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:105 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:108 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:117 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:102 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1711:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:66 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:114 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:105 0|0:64,0:64:.:.:.:.:120 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:120 0|1:100,19:119:99:1|0:178726_G_A:304,0,4189:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:111 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,4:74:79:.:.:0,79,2216:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:120 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1472:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1242:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,750:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1381:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1447:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. Pf3D7_01_v3 179265 . A G 5.41794e+06 PASS FS=0;MQ=59.64;QD=24.85;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E284G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAa/gGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.639;VQSLOD=7.67;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=42.86;GQ_MEAN=124.08;GQ_STDDEV=96.26;HRun=1;InbreedingCoeff=0.712;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.123;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8946873;AF=0.317;AS_InbreedingCoeff=0.5055;MLEAC=1661;MLEAF=0.321;AN=850;AC=349 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:7,24:31:99:.:.:593,0,134:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1180:. 0|1:5,39:44:25:.:.:1002,0,25:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1604,170,0:. 1|1:1,57:58:99:.:.:1542,142,0:. 0|1:27,5:32:49:.:.:49,0,745:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,949:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1243:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1255:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1374:. 0|0:38,0:38:31:.:.:0,31,1015:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1131,122,0:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:20,0:20:4:.:.:0,4,516:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,650:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:30,11:41:99:.:.:197,0,828:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1289,137,0:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4118,443,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,934:. 1|1:0,18:18:54:.:.:494,54,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,16:17:18:.:.:402,18,0:. 0|1:0,3:3:9:.:.:88,9,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1213:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,51:72:99:.:.:1179,0,667:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,724:. 1|0:60,132:192:99:.:.:3032,0,1247:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1122,117,0:. 1|0:59,38:97:99:.:.:751,0,1679:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1171:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1186:. 0|1:25,40:65:99:.:.:848,0,510:. 0|1:29,13:42:99:.:.:191,0,764:. 1|0:9,90:99:99:.:.:2117,0,110:. 1|0:20,76:96:99:.:.:1724,0,599:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,29:76:99:.:.:562,0,1150:. 0|1:37,24:61:99:.:.:452,0,1056:. 1|1:0,33:33:99:.:.:913,99,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2487,273,0:. 0|1:22,30:52:99:.:.:651,0,529:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1914,208,0:. 1|0:4,16:20:63:.:.:387,0,63:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1889,213,0:. 0|1:142,25:167:99:.:.:238,0,3756:. 1|1:7,104:111:99:.:.:2659,131,0:. 1|1:6,66:72:30:.:.:1669,30,0:. 1|0:61,19:80:99:.:.:281,0,2493:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1273:. 1|0:48,7:55:31:.:.:31,0,1240:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,38:92:99:.:.:746,0,1727:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,20:79:99:0|1:179265_A_G:308,0,1970:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,32:32:95:.:.:850,95,0:. 0|1:25,57:82:99:.:.:1318,0,592:. 0|1:67,18:85:99:.:.:236,0,2232:. 0|1:25,51:76:99:.:.:1212,0,541:. 1|1:0,30:30:90:.:.:794,90,0:. 0|1:30,25:55:99:.:.:546,0,752:. 1|1:0,37:37:99:1|1:179265_A_G:1197,117,0:. 0|1:20,14:34:99:.:.:278,0,491:. 1|1:1,122:123:99:.:.:3246,336,0:. 1|0:10,61:71:67:.:.:1443,0,67:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2653,281,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1195:. 0|1:57,122:179:99:.:.:2746,0,1108:. 1|0:20,58:78:99:.:.:1330,0,388:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1057,129,0:. 1|0:29,20:49:99:.:.:438,0,1127:. 0|0:43,0:43:22:.:.:0,22,1095:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1478,164,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1547,164,0:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2587,281,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1405,162,0:. 1|1:1,152:153:99:.:.:4025,425,0:. 1|0:74,69:143:99:.:.:1378,0,1757:. 0|1:7,52:59:34:.:.:1284,0,34:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3079,329,0:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2391,241,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4008,430,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,26:96:99:.:.:422,0,1810:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1009,122,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1729:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3138,349,0:. 1|1:4,119:123:99:.:.:3147,254,0:. 1|1:9,166:175:99:.:.:4382,262,0:. 1|0:151,32:183:99:.:.:316,0,3909:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3310,365,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1712:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1512:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,48:137:99:.:.:896,0,2235:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,135:138:99:.:.:3441,316,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,73:129:99:.:.:1551,0,1660:. 1|1:3,172:175:99:.:.:4462,431,0:. 1|1:0,140:140:99:.:.:3771,418,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1750:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,17:70:99:.:.:251,0,1391:. 0|1:115,30:145:99:.:.:354,0,2999:. 1|0:22,56:78:99:.:.:1336,0,436:. 1|1:4,140:144:99:.:.:3669,314,0:. 1|1:13,131:144:47:.:.:3180,47,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1671,187,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,74:93:99:0|1:179265_A_G:2154,0,375:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,60:96:99:.:.:1307,0,1023:. 0|0:80,0:80:46:.:.:0,46,1997:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1515,171,0:. 0|1:30,91:121:99:.:.:2065,0,522:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,61:83:99:.:.:1412,0,426:. 1|1:10,100:110:44:.:.:2476,44,0:. 1|1:6,120:126:99:.:.:3016,194,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4225,472,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1674:. 0|1:76,23:99:99:.:.:357,0,2060:. 0|1:101,34:135:99:.:.:518,0,2614:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:63:.:.:0,63,1678:. 1|1:0,64:64:99:1|1:179265_A_G:1988,199,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1497,162,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,34:55:99:.:.:777,0,484:. 1|1:0,106:106:99:.:.:2857,317,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2348,257,0:. 1|0:34,23:57:99:.:.:450,0,780:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1599:. 0|1:34,72:106:99:.:.:1685,0,723:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1447:. 1|0:48,42:90:99:.:.:821,0,1191:. 0|1:13,69:82:99:.:.:1569,0,233:. 1|0:11,102:113:72:.:.:2578,0,72:. 0|1:71,45:116:99:.:.:886,0,1748:. 1|0:35,104:139:99:.:.:2382,0,632:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,0:3:0:.:.:0,0,31:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2091,230,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3551,369,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1544:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1247:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,118,1364:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,74:108:99:.:.:1625,0,697:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1268:. 1|0:74,37:111:99:.:.:703,0,1949:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1660:. 0|1:36,23:59:99:.:.:466,0,938:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1678,177,0:. 0|1:27,33:60:99:.:.:730,0,630:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,120:140:99:.:.:2865,0,120:. 1|0:16,44:60:99:.:.:1051,0,508:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1223:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,114:115:99:.:.:3091,312,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2381,263,0:. 1|1:1,101:102:99:.:.:2752,296,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,35:75:99:.:.:750,0,1085:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1547,168,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1430:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1945,212,0:. 1|1:8,155:163:99:.:.:3959,258,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2360,274,0:. 1|0:17,122:139:99:.:.:2732,0,244:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:44,55:99:99:.:.:1185,0,1054:. 0|1:23,58:81:99:.:.:1311,0,418:. 0|1:46,8:54:53:.:.:53,0,1178:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1360:. 0|1:20,25:45:99:.:.:536,0,745:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1502:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1496:. 0|0:50,0:50:41:.:.:0,41,1318:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3205,347,0:. 1|0:99,16:115:66:.:.:66,0,4053:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,21:31:99:.:.:458,0,337:. 1|0:109,31:140:99:.:.:355,0,2746:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1913,212,0:. 0|1:34,22:56:99:.:.:366,0,858:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,902:. 1|0:26,10:36:99:.:.:111,0,708:. 1|0:62,11:73:28:.:.:28,0,1954:. 0|1:40,6:46:8:.:.:8,0,1481:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,904:. 1|0:19,16:35:99:.:.:328,0,651:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,42:93:99:.:.:813,0,1259:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4176,469,0:. 0|1:13,39:52:99:.:.:918,0,361:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2199,239,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,975:. 1|1:0,136:136:99:.:.:3715,407,0:. 1|1:0,30:30:90:.:.:804,90,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2111,228,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,53:54:99:.:.:1412,129,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,2:6:39:.:.:39,0,162:. 0|1:54,37:91:99:.:.:742,0,1306:. 1|0:55,21:76:99:.:.:366,0,1790:. 1|0:53,61:114:99:.:.:1354,0,1177:. 1|0:58,12:70:99:.:.:116,0,2385:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,21:105:99:.:.:244,0,2150:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,17:42:99:.:.:358,0,628:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1676,180,0:. 0|1:68,134:202:99:.:.:3149,0,1464:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2267,251,0:. 1|1:7,126:133:99:.:.:3248,180,0:. 1|1:1,18:19:25:.:.:434,25,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2691,296,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,960:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,6:11:99:.:.:138,0,110:. 1|0:31,20:51:99:.:.:413,0,752:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1032:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:2,20:22:3:.:.:458,3,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3270,291,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1382:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4110,375,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3475,320,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:66,69:135:99:.:.:1903,0,2533:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2902,258,0:. 1|0:50,74:124:99:.:.:2128,0,1412:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,40:108:99:.:.:996,0,2092:. 1|1:0,19:19:57:.:.:650,57,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1770:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4004,363,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3186,290,0:. 0|1:86,12:98:49:.:.:49,0,2727:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1501:. 0|1:76,19:95:99:.:.:378,0,2368:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3545,315,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,664:. 0|1:17,30:47:99:.:.:919,0,624:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2419,216,0:. 1|1:0,126:126:99:.:.:4184,379,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1768:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5062,455,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,409:409:99:.:.:13396,1225,0:. 1|1:0,397:397:99:.:.:12943,1189,0:. 0|1:13,28:41:99:.:.:755,0,353:. 1|1:0,18:18:53:.:.:548,53,0:. 0|0:58,0:58:92:.:.:0,92,1779:. 0|1:11,60:71:99:.:.:1659,0,134:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,189:191:99:.:.:5930,523,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5195,478,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5580,509,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2197,204,0:. 1|1:10,167:177:99:.:.:4973,194,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,145:187:99:.:.:4076,0,975:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,102:135:99:.:.:2897,0,678:. 1|0:19,132:151:99:.:.:3828,0,182:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,5:53:1:.:.:0,1,1482:. 0|1:121,30:151:99:.:.:543,0,4292:. 0|1:34,6:40:88:.:.:88,0,1099:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5203,500,0:. 1|1:1,174:175:99:.:.:5511,485,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,165:167:99:.:.:5126,428,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:158,0:158:.:.:.:0,0,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:46,0:46:73:.:.:0,73,1371:. 1|1:1,173:174:99:.:.:5458,484,0:. 1|1:1,210:211:99:.:.:6771,595,0:. 1|0:17,78:95:99:.:.:2110,0,400:. 0|1:107,74:181:99:0|1:179265_A_G:2383,0,4327:. 1|0:15,126:141:67:.:.:3600,0,67:. 1|1:2,119:121:99:.:.:3804,316,0:. 0|1:117,18:135:99:.:.:149,0,3488:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:61,16:77:99:.:.:316,0,1876:. 1|0:47,95:142:99:.:.:2578,0,1383:. 0|0:74,0:74:72:.:.:0,72,2194:. 1|1:1,110:111:99:.:.:3327,295,0:. 1|0:2,20:22:6:.:.:599,0,6:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,218:224:99:.:.:7033,467,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,128:138:62:.:.:3725,62,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:35,30:65:99:.:.:687,0,956:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3607,335,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,22:54:99:.:.:570,0,926:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3935,360,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,199:200:99:1|1:179265_A_G:8127,572,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1359:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2278,210,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5206,481,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5718,525,0:. 0|1:42,74:116:99:.:.:2015,0,1109:. 1|1:0,164:164:99:.:.:5083,492,0:. 1|1:0,138:138:99:1|1:179265_A_G:5107,432,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1373:. 1|1:0,32:32:95:.:.:1019,95,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:51:.:.:0,51,5170:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1420,126,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3116,295,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1781:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1219,111,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:353,33,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,637:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,92:143:99:.:.:2508,0,1280:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3897,365,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4926,451,0:. 0|1:89,183:272:99:.:.:5192,0,2350:. 1|0:46,17:63:99:.:.:345,0,1339:. 0|1:95,86:181:99:.:.:2311,0,2650:. 1|1:0,412:412:99:.:.:13150,1236,0:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3840,358,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4349,398,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:858,84,0:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,533:. 1|1:6,193:199:99:.:.:6022,378,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 179326 . T G 882395 PASS FS=0;MQ=61.41;QD=26.99;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S304R;SNPEFF_CODON_CHANGE=agT/agG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.726;VQSLOD=6.21;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=33.33;GQ_MEAN=120.12;GQ_STDDEV=73.14;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7893;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.495;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8870521;AF=0.036;AS_InbreedingCoeff=-0.0462;MLEAC=189;MLEAF=0.036;AN=856;AC=35 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,1140:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1152:. 1|0:12,30:42:99:.:.:692,0,250:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:59,7:66:11:0|1:179326_T_G:0,11,1630:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1357:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1463:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,853:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:16,13:29:99:0|1:179326_T_G:251,0,986:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:24,0:24:41:.:.:0,41,671:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,230:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1308:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1202:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,934:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1213:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1108:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1397:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,2524:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1171:. 1|0:20,28:48:99:0|1:179326_T_G:534,0,1237:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,25:53:99:.:.:522,0,658:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1273:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,63:107:99:.:.:1390,0,1291:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,79:102:99:1|0:179265_A_G:3102,0,767:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,719:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,38:90:99:.:.:748,0,1494:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,808:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1139:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,974:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,964:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1187:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1176:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1729:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1712:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1512:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,62:147:99:.:.:1160,0,2600:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1750:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:51:.:.:0,51,2637:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,19:102:99:0|1:179264_G_A:344,0,2750:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1738:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:179326_T_G:3212,232,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:1|1:179326_T_G:6600,480,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1432:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1232:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,139:141:99:1|1:179326_T_G:3611,361,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1599:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1447:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1544:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1247:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,118,1364:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1268:. 0|0:108,10:118:75:.:.:0,75,3194:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1660:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1223:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:179326_T_G:3101,225,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,163:193:99:.:.:3668,0,266:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1360:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1502:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1496:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1011:. 0|1:14,64:78:99:.:.:1448,0,255:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,904:. 0|0:42,2:44:77:.:.:0,77,1275:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,960:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1461:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,164:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,714:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:179326_T_G:2175,156,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:77:.:.:0,77,843:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,560:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1382:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1770:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1501:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1768:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,17:17:51:1|1:179326_T_G:656,51,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,5:82:83:.:.:0,83,2409:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:1,146:147:99:1|1:179326_T_G:6381,399,0:. 1|1:5,172:177:99:1|1:179326_T_G:5303,350,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,108:233:99:.:.:2733,0,3134:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,138:139:99:1|1:179326_T_G:6065,394,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1450:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,20:122:99:.:.:227,0,3482:. 1|0:115,153:268:99:1|0:179265_A_G:4601,0,3935:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,56:166:99:.:.:1254,0,3735:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1359:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1373:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1313:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1781:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1269:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,224:224:99:1|1:179326_T_G:9477,680,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,462:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 179346 . G A 2.23459e+07 PASS FS=0;MQ=59.67;QD=29.65;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G311E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gGa/gAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.727;VQSLOD=8.7;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.39;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0482;FractionInformativeReads=0.979;GC=33.33;GQ_MEAN=157.34;GQ_STDDEV=73.87;HRun=3;InbreedingCoeff=-0.0209;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.65;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11714095;AF=0.766;AS_InbreedingCoeff=-0.0002;MLEAC=3959;MLEAF=0.77;AN=852;AC=728 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,56:56:99:1|1:179346_G_A:2458,169,0 1|1:0,47:47:99:1|1:179346_G_A:2068,144,0 1|1:0,39:39:99:1|1:179346_G_A:1799,123,0 1|1:0,53:53:99:1|1:179346_G_A:2373,166,0 1|1:1,48:49:99:1|1:179346_G_A:2133,122,0 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945 1|1:0,29:29:87:1|1:179346_G_A:1274,87,0 1|1:0,64:64:99:1|1:179326_T_G:2870,199,0 1|1:0,50:50:99:1|1:179346_G_A:2173,150,0 1|1:0,47:47:99:1|1:179346_G_A:2078,144,0 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,852 1|1:0,31:31:99:1|1:179346_G_A:1441,99,0 1|1:0,47:47:99:1|1:179346_G_A:2084,144,0 0|1:16,24:40:99:0|1:179326_T_G:936,0,799 1|1:0,15:15:48:1|1:179346_G_A:667,48,0 1|1:0,22:22:66:1|1:179346_G_A:959,66,0 1|1:0,8:8:24:1|1:179346_G_A:360,24,0 1|1:0,18:18:57:1|1:179346_G_A:830,57,0 1|1:0,19:19:57:1|1:179346_G_A:840,57,0 1|1:0,36:36:99:1|1:179346_G_A:1560,111,0 1|1:55,0:55:.:.:.:. 1|1:0,56:56:99:1|1:179346_G_A:2511,175,0 1|1:0,174:174:99:1|1:179346_G_A:7756,527,0 1|1:0,49:49:99:1|1:179346_G_A:2149,147,0 0|0:23,0:23:61:.:.:0,61,658 1|1:0,86:86:99:1|1:179346_G_A:3868,262,0 1|1:0,8:8:24:1|1:179346_G_A:355,24,0 1|1:0,5:5:15:1|1:179346_G_A:225,15,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1213 1|1:0,48:48:99:1|1:179346_G_A:2127,147,0 1|1:0,97:97:99:1|1:179346_G_A:4311,300,0 1|1:0,88:88:99:1|1:179346_G_A:3873,268,0 0|1:13,30:43:99:0|1:179346_G_A:1116,0,465 1|1:0,240:240:99:1|1:179346_G_A:10631,737,0 1|1:0,53:53:99:1|1:179346_G_A:2370,163,0 1|1:0,116:116:99:1|1:179346_G_A:5105,352,0 0|0:59,0:59:54:.:.:0,54,1434 1|0:17,34:51:99:0|1:179326_T_G:1424,0,804 1|1:1,69:70:99:1|1:179346_G_A:3075,174,0 1|1:0,58:58:99:1|1:179346_G_A:2536,175,0 1|1:0,97:97:99:1|1:179346_G_A:4283,298,0 1|1:0,103:103:99:1|1:179346_G_A:4562,316,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710 1|0:113,93:206:99:0|1:179346_G_A:3525,0,5492 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|1:28,63:91:99:0|1:179346_G_A:2502,0,998 1|0:28,44:72:99:0|1:179346_G_A:1728,0,1015 1|1:0,34:34:99:1|1:179346_G_A:1490,102,0 1|1:0,113:113:99:1|1:179346_G_A:5057,349,0 1|1:0,57:57:99:1|1:179346_G_A:2540,175,0 1|1:0,82:82:99:1|1:179346_G_A:3666,247,0 1|1:0,19:19:60:1|1:179346_G_A:870,60,0 1|1:0,79:79:99:1|1:179346_G_A:3475,244,0 0|1:51,130:181:99:0|1:179346_G_A:5318,0,1809 1|1:0,104:104:99:1|1:179346_G_A:4601,322,0 1|1:0,67:67:99:1|1:179346_G_A:2956,205,0 1|1:0,88:88:99:1|1:179346_G_A:3900,265,0 1|1:0,50:50:99:1|1:179346_G_A:2181,150,0 1|1:3,51:54:46:1|1:179346_G_A:2122,46,0 1|0:5,79:84:11:0|1:179346_G_A:3230,0,11 1|1:0,112:112:99:1|1:179346_G_A:5010,343,0 1|0:44,54:98:99:0|1:179346_G_A:2096,0,2180 0|1:26,84:110:99:1|0:179265_A_G:3413,0,836 1|1:0,279:279:99:1|1:179346_G_A:12427,855,0 1|1:0,28:28:84:1|1:179346_G_A:1139,84,0 1|1:0,73:73:99:1|1:179346_G_A:3215,220,0 1|1:0,100:100:99:1|1:179346_G_A:4505,310,0 1|1:0,59:59:99:1|1:179346_G_A:2676,184,0 1|1:0,36:36:99:1|1:179346_G_A:1611,111,0 0|1:24,35:59:99:0|1:179346_G_A:1390,0,877 1|1:0,43:43:99:1|1:179265_A_G:1892,129,0 1|1:1,29:30:57:1|1:179346_G_A:1268,57,0 1|1:0,133:133:99:1|1:179346_G_A:5892,406,0 1|0:11,54:65:99:0|1:179346_G_A:2177,0,294 1|1:0,91:91:99:1|1:179346_G_A:4041,274,0 1|1:0,42:42:99:1|1:179346_G_A:1894,129,0 1|0:51,131:182:99:0|1:179346_G_A:5252,0,1726 1|1:0,73:73:99:1|1:179346_G_A:3292,226,0 1|1:0,56:56:99:1|1:179346_G_A:2374,171,0 1|1:0,65:65:99:1|1:179346_G_A:2866,196,0 1|1:0,56:56:99:1|1:179346_G_A:2472,174,0 1|1:0,45:45:99:1|1:179346_G_A:1962,135,0 1|1:0,44:44:99:1|1:179346_G_A:1913,132,0 0|1:16,80:96:99:0|1:179346_G_A:3239,0,380 1|1:0,48:48:99:1|1:179346_G_A:2129,156,0 1|1:0,162:162:99:1|1:179346_G_A:7187,493,0 1|0:76,78:154:99:0|1:179346_G_A:3056,0,2991 1|1:0,56:56:99:1|1:179346_G_A:2510,175,0 1|1:0,103:103:99:1|1:179346_G_A:4468,310,0 1|1:0,117:117:99:1|1:179346_G_A:5199,364,0 1|0:6,80:86:8:0|1:179346_G_A:3324,0,8 1|1:0,107:107:99:1|1:179346_G_A:4736,328,0 1|1:3,147:150:99:1|1:179346_G_A:6388,345,0 1|0:28,50:78:99:0|1:179346_G_A:1989,0,1338 0|1:44,38:82:99:0|1:179346_G_A:1444,0,1729 1|0:11,29:40:99:0|1:179346_G_A:1126,0,326 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1729 1|1:0,136:136:99:1|1:179346_G_A:5969,412,0 1|1:0,158:158:99:1|1:179346_G_A:7102,488,0 1|1:0,206:206:99:1|1:179346_G_A:9371,644,0 1|1:1,175:176:99:1|1:179346_G_A:7756,517,0 1|1:0,146:146:99:1|1:179346_G_A:6491,442,0 1|0:9,66:75:99:0|1:179346_G_A:2756,0,266 0|1:91,15:106:99:0|1:179346_G_A:353,0,4737 0|1:8,106:114:31:0|1:179346_G_A:4432,0,31 1|1:2,175:177:99:1|1:179346_G_A:7772,434,0 1|1:0,106:106:99:1|1:179346_G_A:4690,319,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,155:155:99:1|1:179346_G_A:6912,467,0 1|1:0,119:119:99:1|1:179346_G_A:5344,367,0 1|1:1,169:170:99:1|1:179346_G_A:7330,454,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,153:153:99:1|1:179346_G_A:6781,472,0 1|1:0,192:192:99:1|1:179346_G_A:8513,583,0 1|1:0,167:167:99:1|1:179346_G_A:7482,517,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1750 1|1:0,166:166:99:1|1:179346_G_A:7423,509,0 1|1:0,164:164:99:1|1:179346_G_A:7426,511,0 0|1:23,74:97:99:0|1:179346_G_A:2923,0,711 1|1:0,186:186:99:1|1:179346_G_A:8188,569,0 0|1:41,50:91:99:0|1:179346_G_A:1919,0,1533 1|1:9,157:166:99:1|1:179346_G_A:6583,123,0 0|1:21,138:159:99:0|1:179346_G_A:5666,0,434 1|1:0,69:69:99:1|1:179346_G_A:3113,214,0 1|1:0,131:131:99:1|1:179346_G_A:5759,394,0 1|1:0,122:122:99:1|1:179346_G_A:5426,367,0 1|1:0,152:152:99:1|1:179346_G_A:6731,461,0 1|1:0,183:183:99:1|1:179346_G_A:8123,560,0 0|1:22,88:110:99:0|1:179265_A_G:3580,0,887 1|1:0,149:149:99:1|1:179346_G_A:6624,451,0 1|1:0,103:103:99:1|1:179346_G_A:4650,322,0 0|1:45,72:117:99:0|1:179346_G_A:2803,0,2190 1|0:13,50:63:99:0|1:179346_G_A:2039,0,385 1|1:0,126:126:99:1|1:179346_G_A:5537,382,0 1|1:0,210:210:99:1|1:179346_G_A:9398,644,0 0|1:8,85:93:99:0|1:179346_G_A:3494,0,163 1|1:0,187:187:99:1|1:179346_G_A:8310,568,0 1|1:2,98:100:99:1|1:179346_G_A:4322,217,0 1|1:0,138:138:99:1|1:179346_G_A:6090,415,0 1|1:0,137:137:99:1|1:179346_G_A:6096,415,0 1|1:0,165:165:99:1|1:179346_G_A:7269,500,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,132:132:99:1|1:179346_G_A:5859,409,0 1|1:0,156:156:99:1|1:179346_G_A:6917,473,0 1|1:0,76:76:99:1|1:179326_T_G:3450,235,0 0|1:85,49:134:99:0|1:179346_G_A:1786,0,3321 1|1:0,163:163:99:1|1:179346_G_A:7312,500,0 1|1:0,152:152:99:1|1:179326_T_G:7007,479,0 1|1:0,81:81:99:1|1:179346_G_A:3604,247,0 1|1:0,75:75:99:1|1:179346_G_A:3294,229,0 1|1:0,65:65:99:1|1:179265_A_G:2978,208,0 1|1:0,59:59:99:1|1:179346_G_A:2642,181,0 1|1:0,167:167:99:1|1:179346_G_A:7431,503,0 1|1:1,45:46:99:1|1:179346_G_A:2011,99,0 1|1:0,119:119:99:1|1:179346_G_A:5241,361,0 1|1:0,102:102:99:1|1:179346_G_A:4552,307,0 1|1:0,67:67:99:1|1:179346_G_A:2992,202,0 1|1:0,150:150:99:1|1:179326_T_G:6836,469,0 1|1:0,89:89:99:1|1:179346_G_A:3924,268,0 1|1:0,95:95:99:1|1:179346_G_A:4230,289,0 1|1:0,119:119:99:1|1:179346_G_A:5313,364,0 1|1:0,76:76:99:1|1:179346_G_A:3365,232,0 0|1:16,101:117:99:0|1:179346_G_A:4195,0,389 1|1:4,67:71:3:1|1:179346_G_A:2810,3,0 1|1:0,134:134:99:1|1:179346_G_A:5879,406,0 1|0:92,53:145:99:0|1:179346_G_A:1951,0,3606 1|1:0,165:165:99:1|1:179346_G_A:7427,506,0 1|1:0,149:149:99:1|1:179346_G_A:6669,460,0 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,81 1|1:0,83:83:99:1|1:179346_G_A:3729,256,0 1|1:0,124:124:99:1|1:179346_G_A:5607,382,0 1|1:0,70:70:99:1|1:179346_G_A:3111,214,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1247 1|1:0,71:71:99:1|1:179346_G_A:3137,214,0 1|1:0,93:93:99:1|1:179346_G_A:4107,289,0 1|1:0,118:118:99:1|1:179346_G_A:5191,358,0 1|1:0,85:85:99:1|1:179346_G_A:3796,259,0 1|1:7,122:129:85:1|1:179346_G_A:5066,85,0 1|1:0,93:93:99:1|1:179346_G_A:4131,280,0 0|1:50,27:77:99:0|1:179346_G_A:983,0,1944 1|1:0,57:57:99:1|1:179346_G_A:2609,178,0 0|1:28,60:88:99:0|1:179346_G_A:2421,0,960 0|1:8,111:119:10:0|1:179346_G_A:4593,0,10 0|1:22,159:181:99:0|1:179346_G_A:6514,0,438 1|1:1,87:88:99:1|1:179346_G_A:3827,223,0 1|1:0,97:97:99:1|1:179346_G_A:4407,301,0 1|1:0,62:62:99:1|1:179346_G_A:2778,190,0 1|1:0,207:207:99:1|1:179346_G_A:9167,626,0 1|1:1,130:131:99:1|1:179346_G_A:5780,358,0 1|1:5,121:126:99:1|1:179346_G_A:5164,160,0 1|1:0,120:120:99:1|1:179346_G_A:5337,367,0 1|1:0,165:165:99:1|1:179346_G_A:7329,497,0 1|1:0,81:81:99:1|1:179346_G_A:3625,244,0 0|1:39,47:86:99:0|1:179346_G_A:1831,0,1463 1|1:0,184:184:99:1|1:179346_G_A:8156,560,0 1|1:0,72:72:99:1|1:179346_G_A:3140,217,0 1|1:0,67:67:99:1|1:179346_G_A:3027,205,0 1|1:0,74:74:99:1|1:179326_T_G:3358,229,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,196:198:99:1|1:179346_G_A:8983,553,0 0|1:27,76:103:99:0|1:179346_G_A:3080,0,858 0|1:11,134:145:35:0|1:179346_G_A:5578,0,35 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800 0|1:33,95:128:99:0|1:179346_G_A:3788,0,1077 1|1:0,92:92:99:1|1:179346_G_A:4088,280,0 1|1:0,75:75:99:1|1:179346_G_A:3358,226,0 1|1:0,49:49:99:1|1:179346_G_A:2159,147,0 1|1:0,44:44:99:1|1:179346_G_A:1942,132,0 1|0:26,66:92:99:0|1:179346_G_A:2656,0,1006 1|1:0,77:77:99:1|1:179346_G_A:3429,232,0 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,2587 1|1:0,70:70:99:1|1:179346_G_A:3192,223,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,132:132:99:1|1:179346_G_A:5833,406,0 1|1:0,94:94:99:1|1:179346_G_A:4211,289,0 0|1:6,51:57:99:0|1:179346_G_A:2153,0,106 1|1:3,173:176:99:1|1:179346_G_A:7572,404,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800 1|0:32,27:59:99:0|1:179346_G_A:1023,0,1305 1|1:0,50:50:99:1|1:179346_G_A:2199,151,0 1|1:0,43:43:99:1|1:179346_G_A:1924,132,0 1|1:5,79:84:45:1|1:179346_G_A:3440,45,0 1|1:0,49:49:99:1|1:179346_G_A:2183,150,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,904 1|1:2,42:44:42:1|1:179346_G_A:1745,42,0 1|1:0,63:63:99:1|1:179346_G_A:2812,193,0 1|1:0,66:66:99:1|1:179346_G_A:2966,208,0 1|0:11,77:88:99:0|1:179346_G_A:3116,0,227 1|1:0,180:180:99:1|1:179346_G_A:7943,545,0 1|1:3,61:64:45:1|1:179346_G_A:2568,45,0 1|1:0,97:97:99:1|1:179346_G_A:4407,304,0 1|1:0,51:51:99:1|1:179346_G_A:2282,157,0 1|1:0,142:142:99:1|1:179346_G_A:6301,433,0 1|1:0,39:39:99:1|1:179346_G_A:1701,117,0 1|0:9,98:107:99:0|1:179346_G_A:4026,0,214 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,57:57:99:1|1:179264_G_A:2550,175,0 1|1:0,55:55:99:1|1:179346_G_A:2435,169,0 1|1:0,137:137:99:1|1:179346_G_A:6188,421,0 1|1:0,74:74:99:1|1:179346_G_A:3315,226,0 1|0:1,6:7:20:0|1:179346_G_A:218,0,20 0|1:35,71:106:99:0|1:179346_G_A:2848,0,1232 0|1:37,49:86:99:0|1:179346_G_A:1896,0,1468 1|1:0,110:110:99:1|1:179346_G_A:4942,340,0 1|1:0,81:81:99:1|1:179346_G_A:3685,253,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,93:93:99:1|1:179346_G_A:4160,289,0 1|1:0,154:154:99:1|1:179346_G_A:6953,479,0 1|1:0,44:44:99:1|1:179346_G_A:1930,132,0 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035 1|1:0,70:70:99:1|1:179346_G_A:3113,211,0 1|0:55,176:231:99:0|1:179346_G_A:7192,0,1742 1|0:29,66:95:99:0|1:179346_G_A:2608,0,974 1|1:6,172:178:99:1|1:179346_G_A:7315,254,0 1|1:0,15:15:45:1|1:179346_G_A:655,45,0 1|1:0,32:32:99:1|1:179346_G_A:1443,99,0 1|1:0,129:129:99:1|1:179346_G_A:5697,388,0 1|0:6,93:99:20:0|1:179346_G_A:3861,0,20 1|1:0,54:54:99:1|1:179326_T_G:2440,166,0 1|0:32,51:83:99:0|1:179346_G_A:2039,0,1219 1|1:0,81:81:99:1|1:179346_G_A:3609,253,0 1|1:0,10:10:30:1|1:179346_G_A:440,30,0 1|1:0,59:59:99:1|1:179346_G_A:2582,178,0 1|1:0,34:34:99:1|1:179346_G_A:1491,102,0 1|1:0,95:95:99:1|1:179346_G_A:4193,286,0 1|1:0,23:23:81:1|1:179346_G_A:1120,81,0 1|1:0,103:103:99:1|1:179346_G_A:4610,313,0 1|1:0,68:68:99:1|1:179346_G_A:3072,208,0 1|1:0,118:118:99:1|1:179346_G_A:5266,355,0 1|1:0,85:85:99:1|1:179346_G_A:3811,256,0 1|1:0,147:147:99:1|1:179346_G_A:6599,445,0 1|1:0,118:118:99:1|1:179346_G_A:5267,355,0 1|1:0,136:136:99:1|1:179346_G_A:6117,412,0 1|1:0,95:95:99:1|1:179346_G_A:4224,286,0 1|1:0,136:136:99:1|1:179346_G_A:6078,412,0 1|1:0,96:96:99:1|1:179346_G_A:4325,292,0 1|1:0,122:122:99:1|1:179346_G_A:5456,370,0 1|1:0,17:17:51:1|1:179346_G_A:734,51,0 1|1:0,154:154:99:1|1:179346_G_A:6973,476,0 1|1:0,121:121:99:1|1:179346_G_A:5366,364,0 1|1:0,146:146:99:1|1:179346_G_A:6625,449,0 1|1:0,110:110:99:1|1:179346_G_A:4868,334,0 1|1:0,130:130:99:1|1:179346_G_A:5784,394,0 1|1:0,172:172:99:1|1:179346_G_A:7657,518,0 1|1:0,95:95:99:1|1:179346_G_A:4233,289,0 1|1:0,116:116:99:1|1:179346_G_A:5184,349,0 1|1:0,149:149:99:1|1:179346_G_A:6696,455,0 1|1:0,89:89:99:1|1:179346_G_A:3963,268,0 1|1:0,115:115:99:1|1:179346_G_A:5167,349,0 1|1:0,161:161:99:1|1:179346_G_A:7184,485,0 1|1:0,115:115:99:1|1:179346_G_A:5093,346,0 1|1:0,54:54:99:1|1:179346_G_A:2374,163,0 1|1:0,61:61:99:1|1:179346_G_A:2751,187,0 1|1:0,162:162:99:1|1:179346_G_A:7255,491,0 1|1:0,29:29:90:1|1:179346_G_A:1309,90,0 1|1:0,52:52:99:1|1:179346_G_A:2357,160,0 1|1:0,94:94:99:1|1:179346_G_A:4184,286,0 1|1:0,77:77:99:1|1:179346_G_A:3470,235,0 1|1:0,141:141:99:1|1:179346_G_A:6342,427,0 1|1:0,149:149:99:1|1:179346_G_A:6681,455,0 1|1:0,79:79:99:1|1:179346_G_A:3617,247,0 1|1:0,133:133:99:1|1:179346_G_A:5944,403,0 1|1:0,120:120:99:1|1:179346_G_A:5444,367,0 1|1:0,167:167:99:1|1:179346_G_A:7486,509,0 1|1:0,407:407:99:1|1:179346_G_A:18067,1231,0 1|1:0,448:448:99:1|1:179346_G_A:20025,1354,0 1|1:0,435:435:99:1|1:179346_G_A:19585,1327,0 0|1:10,21:31:99:0|1:179346_G_A:847,0,404 1|1:0,14:14:45:1|1:179326_T_G:662,45,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:1|1:179346_G_A:3877,265,0 1|1:0,147:147:99:1|1:179346_G_A:6534,442,0 1|1:0,166:166:99:1|1:179346_G_A:7403,506,0 1|1:0,265:265:99:1|1:179264_G_A:11930,815,0 1|1:0,111:111:99:1|1:179346_G_A:5081,346,0 1|1:0,210:210:99:1|1:179346_G_A:9285,635,0 1|1:1,207:208:99:1|1:179346_G_A:9185,584,0 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,220:220:99:1|1:179346_G_A:9873,665,0 1|1:0,223:223:99:1|1:179346_G_A:9866,674,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,74:74:99:1|1:179346_G_A:3279,226,0 1|1:1,255:256:99:1|1:179346_G_A:11159,701,0 1|1:0,79:79:99:1|1:179346_G_A:3452,238,0 1|1:7,201:208:99:1|1:179346_G_A:8709,340,0 1|1:0,198:198:99:1|1:179346_G_A:8884,602,0 1|1:1,157:158:99:1|1:179326_T_G:7076,430,0 1|1:0,178:178:99:1|1:179326_T_G:8120,548,0 1|1:7,198:205:99:1|1:179346_G_A:8524,308,0 1|1:0,189:189:99:1|1:179346_G_A:8462,572,0 1|0:46,137:183:99:0|1:179346_G_A:5625,0,1664 1|0:21,197:218:99:0|1:179346_G_A:8195,0,338 0|0:161,0:161:52:.:.:0,52,4359 1|1:1,246:247:99:1|1:179346_G_A:10953,703,0 1|0:62,13:75:99:0|1:179346_G_A:347,0,2672 1|1:0,204:204:99:1|1:179346_G_A:9280,629,0 1|1:1,35:36:89:1|1:179346_G_A:1525,89,0 1|1:0,182:182:99:1|1:179346_G_A:8110,554,0 1|1:0,226:226:99:1|1:179346_G_A:10041,692,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800 1|1:0,215:215:99:1|1:179346_G_A:9659,662,0 1|1:1,223:224:99:1|1:179346_G_A:9893,607,0 0|0:190,0:190:30:.:.:0,30,5267 0|1:53,112:165:99:0|1:179346_G_A:4484,0,2931 1|0:72,21:93:99:0|1:179346_G_A:633,0,4073 1|1:0,182:182:99:1|1:179346_G_A:8078,551,0 1|1:0,157:157:99:1|1:179326_T_G:7181,485,0 1|1:192,0:192:.:.:.:0,0,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800 1|0:159,45:204:99:0|1:179346_G_A:1416,0,8706 0|1:40,10:50:99:0|1:179346_G_A:282,0,2354 1|1:4,218:222:99:1|1:179346_G_A:9462,488,0 1|1:0,271:271:99:1|1:179346_G_A:12029,824,0 1|1:0,119:119:99:1|1:179346_G_A:5345,367,0 1|1:1,216:217:99:1|1:179265_A_G:9743,596,0 1|1:0,184:184:99:1|1:179346_G_A:8139,559,0 1|1:2,164:166:99:1|1:179346_G_A:7219,415,0 1|0:117,51:168:99:0|1:179346_G_A:1754,0,4762 1|1:6,190:196:99:1|1:179346_G_A:8070,172,0 1|1:0,105:105:99:1|1:179346_G_A:4675,319,0 1|1:0,189:189:99:1|1:179346_G_A:8523,578,0 1|1:0,93:93:99:1|1:179346_G_A:4159,283,0 1|1:0,155:155:99:1|1:179346_G_A:6935,470,0 1|1:1,31:32:51:1|1:179346_G_A:1321,51,0 1|0:165,52:217:99:0|1:179346_G_A:957,0,9793 1|1:7,285:292:99:1|1:179346_G_A:12305,503,0 1|1:0,222:222:99:1|1:179346_G_A:9969,677,0 1|1:0,158:158:99:1|1:179346_G_A:7033,476,0 1|1:0,236:236:99:1|1:179346_G_A:10373,710,0 1|1:1,70:71:99:1|1:179346_G_A:3094,172,0 1|1:7,207:214:99:1|1:179346_G_A:8698,251,0 1|1:3,170:173:99:1|1:179346_G_A:7465,351,0 1|1:5,193:198:99:1|1:179346_G_A:8203,280,0 1|1:0,147:147:99:1|1:179346_G_A:6601,448,0 1|1:1,238:239:99:1|1:179346_G_A:10481,667,0 1|1:0,424:424:99:1|1:179346_G_A:19014,1291,0 1|1:0,389:389:99:1|1:179346_G_A:17485,1186,0 1|1:0,80:80:99:1|1:179346_G_A:3508,244,0 1|1:0,323:323:99:1|1:179346_G_A:14433,987,0 1|1:0,185:185:99:1|1:179346_G_A:8106,559,0 1|1:0,149:149:99:1|1:179346_G_A:6616,449,0 1|1:0,244:244:99:1|1:179265_A_G:11060,752,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1359 1|1:0,77:77:99:1|1:179346_G_A:3540,241,0 1|1:0,119:119:99:1|1:179346_G_A:5305,358,0 1|1:0,157:157:99:1|1:179346_G_A:7157,488,0 1|1:0,188:188:99:1|1:179346_G_A:8426,575,0 1|1:0,110:110:99:1|1:179346_G_A:4941,334,0 1|1:0,181:181:99:1|1:179346_G_A:8135,548,0 1|1:0,162:162:99:1|1:179265_A_G:7540,512,0 1|1:0,182:182:99:1|1:179346_G_A:8203,554,0 1|1:0,170:170:99:1|1:179346_G_A:7622,518,0 1|1:0,64:64:99:1|1:179346_G_A:2839,193,0 1|1:0,53:53:99:1|1:179346_G_A:2366,160,0 1|1:0,111:111:99:1|1:179346_G_A:4941,334,0 1|1:0,136:136:99:1|1:179346_G_A:6177,418,0 1|1:0,166:166:99:1|1:179346_G_A:7486,506,0 1|1:0,111:111:99:1|1:179346_G_A:4971,334,0 1|1:0,227:227:99:1|1:179346_G_A:10191,692,0 1|1:0,237:237:99:1|1:179346_G_A:10720,725,0 1|1:0,202:202:99:1|1:179346_G_A:9135,620,0 1|1:0,47:47:99:1|1:179346_G_A:2084,141,0 1|1:0,123:123:99:1|1:179346_G_A:5493,373,0 1|1:0,69:69:99:1|1:179346_G_A:3089,211,0 1|1:0,47:47:99:1|1:179346_G_A:2096,141,0 1|1:0,12:12:36:1|1:179346_G_A:535,36,0 1|1:0,229:229:99:1|1:179326_T_G:10535,713,0 1|1:0,217:217:99:1|1:179346_G_A:9707,659,0 1|1:0,244:244:99:1|1:179346_G_A:10974,743,0 1|1:0,18:18:54:1|1:179346_G_A:785,54,0 1|1:0,189:189:99:1|1:179346_G_A:8536,581,0 1|1:0,208:208:99:1|1:179346_G_A:9290,635,0 1|1:0,130:130:99:1|1:179346_G_A:5794,394,0 1|1:0,166:166:99:1|1:179346_G_A:7408,503,0 1|1:0,157:157:99:1|1:179346_G_A:7152,485,0 1|1:0,147:147:99:1|1:179346_G_A:6503,442,0 1|1:0,184:184:99:1|1:179346_G_A:8268,563,0 1|1:0,177:177:99:1|1:179346_G_A:7860,533,0 1|1:0,148:148:99:1|1:179346_G_A:6715,455,0 1|1:0,369:369:99:1|1:179346_G_A:16629,1135,0 1|1:0,80:80:99:1|1:179346_G_A:3549,241,0 1|1:0,241:241:99:1|1:179346_G_A:10760,731,0 1|1:0,491:491:99:1|1:179346_G_A:21784,1490,0 1|1:0,140:140:99:1|1:179346_G_A:6251,421,0 1|1:0,208:208:99:1|1:179346_G_A:9276,632,0 1|1:0,39:39:99:1|1:179346_G_A:1745,117,0 1|1:0,17:17:51:1|1:179346_G_A:739,51,0 1|1:0,249:249:99:1|1:179346_G_A:11122,761,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 179474 . G A 939380 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=21.83;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G354R;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ggg/Agg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.688;VQSLOD=6.14;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.63;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=38.1;GQ_MEAN=136.67;GQ_STDDEV=80.81;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8141;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11338430;AF=0.036;AS_InbreedingCoeff=0.6304;MLEAC=189;MLEAF=0.036;AN=858;AC=59 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1799:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1355:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1495:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1274:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1062:. 1|0:25,21:46:99:.:.:538,0,607:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,661:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,666:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1546:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1662:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,565:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1213:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1068:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1229:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1658:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,34:65:99:.:.:804,0,628:. 1|0:61,11:72:80:.:.:80,0,1439:. 1|0:20,49:69:99:.:.:1260,0,327:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,71:72:99:.:.:2121,188,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,733:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:6,86:92:99:.:.:2386,105,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,115:145:99:.:.:3107,0,433:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1016:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1827,186,0:. 0|1:170,35:205:99:.:.:427,0,4023:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1176:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1224:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1055:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1729:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,59:143:99:.:.:1347,0,1842:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1750:. 0|1:34,184:218:99:.:.:4714,0,284:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,60:140:99:.:.:1331,0,1746:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5758,571,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,259:259:99:.:.:7531,777,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,136:195:99:.:.:3485,0,1049:. 1|1:0,224:224:99:.:.:6645,672,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,185:186:99:.:.:5400,531,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,42:156:99:.:.:785,0,2792:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,134:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1247:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,104:106:99:.:.:3071,265,0:. 0|1:77,76:153:99:.:.:1787,0,1676:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:.:.:7323,736,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,13:111:77:.:.:77,0,2395:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,27:115:99:.:.:421,0,2052:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,52:113:99:.:.:1233,0,1322:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1436:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,22:58:99:.:.:488,0,789:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,904:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1169:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,37:133:99:.:.:674,0,2253:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1162:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1369:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:20:.:.:0,20,407:. 1|0:147,21:168:99:.:.:142,0,3597:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,94:139:99:.:.:2349,0,794:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,52:88:99:.:.:1300,0,762:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,4:16:75:.:.:75,0,289:. 0|1:31,26:57:99:.:.:632,0,675:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,140:214:99:.:.:4407,0,1910:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1412:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,203:204:99:.:.:7160,578,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,162:170:99:.:.:5485,238,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,570:572:99:.:.:20239,1675,0:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1414:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:68:.:.:0,68,2816:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,433:438:99:.:.:15015,1168,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,201:205:99:.:.:6802,473,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,200:201:99:.:.:6779,567,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,27:163:99:.:.:440,0,3927:. 1|0:177,201:378:99:.:.:5831,0,4607:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,95:224:99:.:.:2677,0,3437:. 1|0:45,93:138:99:.:.:2743,0,1000:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1270:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1359:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1449:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1439:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,618:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:378,0:378:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,629:. 1|1:16,301:317:99:.:.:10034,423,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 179913 . C T 1.64817e+06 PASS FS=0.602;MQ=60.09;QD=24.21;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T500I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aCa/aTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.62;VQSLOD=4.87;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.58;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1148;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=141.72;GQ_STDDEV=159.31;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4463;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.407;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=11801726;AF=0.066;AS_InbreedingCoeff=0.3219;MLEAC=346;MLEAF=0.066;AN=854;AC=26 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|1:44,22:66:99:504,0,1089:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,119,1799:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1355:. 0|0:48,0:48:99:0,103,1315:. 0|0:38,0:38:81:0,81,1064:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1246:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1227:. 0|0:48,0:48:0:0,0,1088:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1314:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1327:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1212:. 0|0:28,0:28:81:0,81,817:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:4,0:4:12:0,12,121:. 0|0:28,0:28:71:0,71,770:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1289:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1123:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1546:. 0|0:58,0:58:99:0,117,1662:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,101,1109:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:0,30,322:. 1|0:4,0:4:12:0,12,106:. 0|0:48,0:48:99:0,107,1249:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1068:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,116,1782:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1327:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1198:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1200:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|1:30,94:124:99:2454,0,474:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:63:0,63,945:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:87:0,87,1305:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1016:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,953:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:55:0,55,2934:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1474:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1176:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1224:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1055:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1729:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|1:16,87:103:99:2366,0,122:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1750:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|1:38,136:174:99:3650,0,514:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:27:0,27,1344:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,190:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,109,1247:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,108,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|1:58,20:78:99:370,0,1338:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 1|1:14,124:138:41:3417,41,0:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,114,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,116,1436:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,904:. 0|1:50,14:64:99:232,0,1094:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:3925,375,0:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1162:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1369:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|1:7,3:10:66:66,0,166:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1143:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|1:49,26:75:99:588,0,1109:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,779:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1360:. 0|0:37,0:37:87:0,87,1305:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:78:0,78,1170:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:483,0:483:99:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:0,111,1665:. 0|0:441,0:441:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1414:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 1|1:2,143:145:99:4774,386,0:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|1:235,36:271:99:425,0,6762:. 0|1:239,24:263:64:64,0,6936:. 1|1:14,206:220:99:6644,204,0:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|1:19,104:123:99:3279,0,261:. 1|0:272,146:418:99:3818,0,7152:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,118,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|1:97,92:189:99:2550,0,2382:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 1|1:9,98:107:23:3169,23,0:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 1|0:29,63:92:99:1930,0,636:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1262:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1359:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1449:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1439:. 0|0:26,0:26:69:0,69,1035:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:378,0:378:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:57:0,57,664:. 0|0:319,0:319:99:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:5905,502,0:. Pf3D7_01_v3 179949 . A G 765231 PASS FS=0;MQ=61.1;QD=28.56;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K512R;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.664;VQSLOD=7.08;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.19;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=133.45;GQ_STDDEV=142.52;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0087;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.854;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11777988;AF=0.018;AS_InbreedingCoeff=-0.0956;MLEAC=92;MLEAF=0.017;AN=858;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1799:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1355:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1315:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1227:. 0|0:42,1:43:99:.:.:0,101,1417:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1314:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1327:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,240:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1546:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1662:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1109:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,192:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1068:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1782:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1327:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1198:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1200:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1016:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,953:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1474:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1176:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1224:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1055:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1729:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1750:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,141:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1247:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,22:88:99:.:.:310,0,2129:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1436:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,904:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1162:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1369:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1360:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:483,0:483:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1414:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,130:131:99:1|1:179949_A_G:5815,358,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:224,42:266:99:0|1:179949_A_G:1011,0,9440:. 0|0:266,23:289:99:.:.:0,100,8308:. 1|1:13,226:239:99:.:.:6992,291,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,109:126:99:.:.:3288,0,399:. 1|0:266,152:418:99:0|1:179949_A_G:5451,0,10614:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,90:194:99:.:.:2255,0,3267:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,98:108:64:.:.:2880,0,64:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,66:94:99:.:.:1878,0,728:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1361:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1359:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1449:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1439:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:378,0:378:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:1|1:179949_A_G:7418,512,0:. Pf3D7_01_v3 179952 . A G 9.34321e+06 PASS FS=0;MQ=60.62;QD=26.91;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H513R;SNPEFF_CODON_CHANGE=cAt/cGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.678;VQSLOD=9.11;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=14.29;GQ_MEAN=230.43;GQ_STDDEV=308.32;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6869;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.039;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13596307;AF=0.39;AS_InbreedingCoeff=0.5309;MLEAC=2051;MLEAF=0.39;AN=858;AC=250 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:45,27:72:99:.:.:550,0,1628:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:31,39:70:99:.:.:810,0,1132:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1355:. 1|1:2,51:53:68:.:.:1330,68,0:. 0|0:31,0:31:73:.:.:0,73,930:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1227:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1319,123,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1314:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1327:. 0|1:34,17:51:99:.:.:299,0,957:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,240:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1006:. 0|0:68,8:76:17:.:.:0,17,1880:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1662:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:179952_A_G:1876,141,0:. 1|0:33,64:97:99:.:.:1333,0,722:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,9:9:27:.:.:245,27,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1068:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,28:53:99:.:.:586,0,604:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1327:. 1|0:106,34:140:99:0|1:179952_A_G:485,0,2976:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2395,267,0:. 1|0:19,31:50:99:.:.:582,0,431:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1200:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,103:131:99:.:.:2228,0,854:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2120,242,0:. 0|1:101,119:220:99:.:.:2417,0,3583:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5021,590,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,36:36:99:.:.:934,107,0:. 1|0:19,98:117:99:0|1:179952_A_G:2206,0,249:. 1|0:37,35:72:99:.:.:686,0,1122:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,8:31:99:.:.:117,0,604:. 1|1:0,90:90:99:.:.:3752,274,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,36:113:99:.:.:590,0,2882:. 0|1:53,111:164:99:.:.:2370,0,1140:. 1|1:0,301:301:99:.:.:7806,899,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1016:. 0|0:89,8:97:97:.:.:0,97,2536:. 1|0:123,22:145:99:0|1:179952_A_G:143,0,4251:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1156,137,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,15:122:39:.:.:39,0,2891:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1360,160,0:. 0|1:78,139:217:99:.:.:2899,0,2726:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1176:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1224:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,66:75:99:.:.:1518,0,139:. 1|1:12,143:155:99:.:.:3157,114,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,24:153:99:.:.:161,0,3476:. 1|1:4,139:143:99:.:.:3505,278,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,15:71:99:.:.:167,0,1687:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1729:. 0|1:26,138:164:99:.:.:3062,0,324:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,84:101:99:.:.:1858,0,229:. 1|1:12,123:135:41:.:.:2859,41,0:. 1|0:68,57:125:99:.:.:1122,0,1680:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,198:200:99:.:.:5131,507,0:. 1|0:135,51:186:99:.:.:794,0,3451:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:1|1:179952_A_G:9798,719,0:. 1|0:48,169:217:99:.:.:3708,0,827:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,48:126:99:.:.:898,0,1982:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,20:135:99:0|1:179952_A_G:128,0,4781:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,63:192:99:.:.:1078,0,3402:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,177:177:99:.:.:4500,528,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,189:216:99:.:.:4289,0,202:. 1|0:147,21:168:29:0|1:179952_A_G:29,0,4955:. 1|1:0,192:192:99:.:.:4747,570,0:. 0|0:120,12:132:97:.:.:0,97,3330:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,57:80:99:.:.:1114,0,435:. 0|1:23,150:173:99:.:.:3355,0,489:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,13:147:99:0|1:179952_A_G:0,126,5278:. 1|1:0,241:241:99:1|1:179952_A_G:9983,731,0:. 1|0:111,35:146:99:.:.:459,0,4247:. 1|0:106,99:205:99:.:.:1886,0,3783:. 0|1:109,101:210:99:.:.:1958,0,3821:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:4615,538,0:. 1|1:0,180:180:99:.:.:4477,536,0:. 1|1:1,173:174:99:.:.:4351,509,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,126:191:99:.:.:2721,0,1391:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,262:262:99:.:.:6782,780,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,17:56:99:.:.:319,0,1032:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,247:250:99:.:.:6149,652,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,141:143:99:.:.:3606,364,0:. 0|1:106,48:154:99:.:.:785,0,2832:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,45:136:99:.:.:774,0,2335:. 0|1:75,45:120:99:.:.:798,0,2855:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,110:208:99:.:.:2166,0,2420:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,99:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2300,269,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1934,216,0:. 1|0:54,37:91:99:.:.:671,0,1380:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,51:171:99:.:.:846,0,4630:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3565,398,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,45:127:99:.:.:813,0,2126:. 0|0:101,10:111:78:.:.:0,78,2800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,9:116:99:.:.:0,110,3059:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3267,380,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,74:131:99:.:.:1538,0,1373:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,61:104:99:.:.:1348,0,1532:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,177:206:99:.:.:3814,0,570:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:100,39:139:99:.:.:553,0,2564:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3725,380,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,30:67:99:.:.:602,0,1180:. 0|1:29,61:90:99:0|1:179952_A_G:1855,0,945:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,120:137:23:.:.:2735,0,23:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:.:.:5607,634,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:2914,348,0:. 0|0:56,2:58:99:.:.:0,122,1662:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:61,37:98:99:.:.:579,0,1591:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1436:. 1|0:16,59:75:99:.:.:1284,0,279:. 0|0:102,6:108:94:.:.:0,94,2945:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2313,269,0:. 0|1:47,17:64:99:.:.:232,0,1254:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1705,195,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2071,236,0:. 1|0:55,62:117:99:.:.:1199,0,1330:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,92:93:99:.:.:2415,246,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:3542,405,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,171:172:99:.:.:4401,484,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1162:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1369:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,67:181:99:.:.:1195,0,2947:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2531,288,0:. 0|1:6,5:11:92:.:.:92,0,202:. 1|0:129,32:161:99:.:.:363,0,3379:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,84:132:99:.:.:1822,0,1036:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,128:129:99:.:.:3374,356,0:. 1|0:33,96:129:99:.:.:2075,0,1017:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,8:53:59:.:.:59,0,1246:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1047,120,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:233,85:318:99:.:.:1307,0,6229:. 0|1:33,84:117:99:.:.:1776,0,685:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,2:39:64:.:.:0,64,1040:. 0|1:30,139:169:99:.:.:3132,0,428:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1493,168,0:. 1|1:1,87:88:99:.:.:2287,231,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:53:.:.:0,53,726:. 0|1:37,24:61:99:.:.:467,0,935:. 1|1:0,31:31:92:.:.:777,92,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,5:28:32:.:.:32,0,849:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,118:217:99:.:.:3240,0,2979:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,157:158:99:.:.:5092,442,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,241:242:99:.:.:7824,690,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,289:290:99:1|1:179952_A_G:12521,852,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,168:177:99:.:.:5055,146,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3941,355,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:83,35:118:99:.:.:779,0,3328:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:.:.:5538,513,0:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6848,634,0:. 1|1:0,259:259:99:.:.:8563,779,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,255:265:99:1|1:179952_A_G:7817,425,0:. 1|1:0,233:233:99:.:.:7543,700,0:. 0|0:483,0:483:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,679:679:99:.:.:22133,2040,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1414:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:1,126:127:99:.:.:3693,340,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,57:139:99:0|1:179952_A_G:1422,0,2445:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,581:584:99:.:.:17322,1663,0:. 1|0:117,137:254:99:.:.:3503,0,4255:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,129:130:99:1|1:179949_A_G:5849,361,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,562:564:99:.:.:16737,1590,0:. 1|1:2,65:67:99:.:.:2051,153,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,227:269:99:.:.:6589,0,1004:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:223,40:263:99:0|1:179949_A_G:1008,0,9516:. 1|1:15,275:290:99:.:.:8454,233,0:. 1|1:0,233:233:99:.:.:10425,722,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,111:126:99:.:.:4627,0,242:. 1|0:262,153:415:99:0|1:179949_A_G:5433,0,10881:. 0|1:40,12:52:99:.:.:252,0,1268:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:229,97:326:99:.:.:2079,0,9081:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7306,687,0:. 1|1:0,284:284:99:.:.:9091,852,0:. 1|1:0,288:288:99:.:.:9124,863,0:. 1|0:26,250:276:99:.:.:7187,0,280:. 1|0:160,86:246:99:.:.:2217,0,4827:. 0|1:41,153:194:99:.:.:5235,0,1192:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7584,723,0:. 1|1:3,230:233:99:.:.:7216,564,0:. 1|1:5,101:106:99:.:.:4244,105,0:. 0|1:59,206:265:99:.:.:5909,0,1256:. 1|1:7,88:95:12:.:.:3299,12,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,42:170:99:.:.:789,0,4015:. 1|1:5,502:507:99:.:.:14820,1295,0:. 1|1:5,274:279:99:.:.:8447,705,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,158:226:99:0|1:179952_A_G:4470,0,2074:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,101:255:99:.:.:2297,0,4625:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,4:41:8:.:.:0,8,1156:. 1|1:15,221:236:99:.:.:6339,190,0:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,24:268:45:.:.:0,45,7889:. 1|0:29,184:213:99:.:.:5166,0,352:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:255,33:288:99:.:.:181,0,7911:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2999,282,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4619,430,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5406,502,0:. 1|1:0,232:232:99:.:.:7257,696,0:. 1|1:0,217:217:99:.:.:6895,652,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1449:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1439:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 1|1:0,316:316:99:.:.:10130,949,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,79:233:99:.:.:1843,0,4728:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5820,555,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:346,223:569:99:.:.:5522,0,10692:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,148:206:99:0|1:179952_A_G:4056,0,1999:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:179949_A_G:7435,515,0:. Pf3D7_01_v3 179969 . G A 1.9508e+07 PASS FS=0;MQ=60.17;QD=30.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E519K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.679;VQSLOD=10.41;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=9.52;GQ_MEAN=222.92;GQ_STDDEV=267.11;HRun=4;InbreedingCoeff=0.5814;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.026;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16162751;AF=0.654;AS_InbreedingCoeff=0.5731;MLEAC=3447;MLEAF=0.655;AN=858;AC=529 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:29,42:71:99:.:.:1101,0,1006 1|1:0,78:78:99:.:.:2468,234,0 0|1:16,57:73:99:.:.:1597,0,245 1|0:44,33:77:99:.:.:822,0,1552 1|1:0,49:49:99:.:.:1540,147,0 0|0:50,2:52:98:.:.:0,98,1984 1|1:0,35:35:99:.:.:1103,105,0 0|0:70,0:70:81:.:.:0,81,1764 1|1:0,60:60:99:.:.:1930,180,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1227 1|0:23,17:40:99:.:.:383,0,530 1|1:0,57:57:99:.:.:1783,171,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1661,153,0 1|0:47,5:52:5:.:.:5,0,1462 1|1:0,31:31:93:.:.:974,93,0 1|1:0,28:28:84:.:.:889,84,0 1|1:0,10:10:30:.:.:316,30,0 1|1:1,33:34:72:.:.:978,72,0 1|1:0,28:28:84:.:.:863,84,0 1|1:0,33:33:97:.:.:933,97,0 0|1:23,52:75:99:.:.:1352,0,403 1|1:0,72:72:99:.:.:2192,216,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,75:75:99:.:.:2212,224,0 1|1:0,43:43:99:1|1:179952_A_G:1830,132,0 0|1:65,25:90:99:.:.:469,0,1489 1|1:0,15:15:45:.:.:467,45,0 0|0:14,0:14:20:.:.:0,20,322 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,51:51:99:.:.:1545,152,0 1|0:54,72:126:99:.:.:1740,0,1141 1|0:26,82:108:99:.:.:2252,0,424 0|1:28,23:51:99:.:.:555,0,651 1|1:0,353:353:99:.:.:10532,1057,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1958,192,0 1|1:4,135:139:99:1|1:179952_A_G:4461,307,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|1:37,19:56:99:.:.:412,0,826 1|1:0,77:77:99:.:.:2309,231,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1799,180,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3612,351,0 1|0:105,32:137:99:.:.:550,0,4023 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|0:121,99:220:99:.:.:2335,0,4386 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|1:29,74:103:99:.:.:1870,0,466 0|1:22,69:91:99:.:.:1759,0,329 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1167 1|1:0,121:121:99:1|1:179952_A_G:4897,370,0 0|1:49,19:68:99:.:.:334,0,1633 1|1:0,96:96:99:.:.:2853,288,0 0|1:7,23:30:99:.:.:584,0,109 1|1:2,90:92:99:.:.:2698,218,0 0|1:170,51:221:99:.:.:950,0,4245 1|1:0,124:124:99:.:.:3724,372,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:.:.:2302,231,0 1|0:18,62:80:99:.:.:1588,0,257 1|1:0,94:94:99:.:.:2717,281,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4000,406,0 1|0:53,67:120:99:.:.:1649,0,1633 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1016 1|0:56,32:88:99:.:.:669,0,1289 0|1:37,112:149:99:0|1:179952_A_G:3228,0,598 1|1:0,101:101:99:.:.:3060,303,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,76:76:99:.:.:2285,228,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,42:42:99:.:.:1240,126,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4009,405,0 1|1:12,106:118:5:.:.:2950,5,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3578,355,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1845,180,0 1|0:138,79:217:99:.:.:1721,0,5118 1|1:0,93:93:99:.:.:2747,278,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1895,195,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1900,189,0 0|1:58,15:73:99:.:.:224,0,1370 1|1:0,64:64:99:.:.:1934,192,0 0|1:35,32:67:99:.:.:782,0,803 0|1:99,17:116:99:.:.:162,0,2404 1|1:0,67:67:99:.:.:2012,201,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5394,529,0 1|1:2,162:164:99:.:.:4908,438,0 0|0:65,6:71:34:.:.:0,34,2577 1|1:0,155:155:99:.:.:4509,465,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4561,467,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|1:28,129:157:99:.:.:3446,0,300 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|0:43,76:119:99:.:.:1896,0,877 1|1:4,90:94:99:.:.:2580,175,0 1|0:54,14:68:99:.:.:230,0,1451 1|1:2,171:173:99:.:.:5078,461,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,168:173:99:.:.:4881,376,0 1|1:10,250:260:99:.:.:7218,507,0 0|1:28,189:217:99:.:.:5151,0,106 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|1:16,117:133:16:.:.:3135,0,16 1|1:4,228:232:99:.:.:6711,515,0 1|1:5,170:175:99:.:.:4943,384,0 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,173:173:99:.:.:5158,519,0 1|1:9,192:201:99:.:.:5337,269,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|0:141,49:190:99:.:.:907,0,3321 1|1:2,243:245:99:.:.:7159,677,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6003,600,0 1|1:0,239:239:99:1|1:179952_A_G:10101,739,0 0|1:40,160:200:99:.:.:4158,0,547 1|1:1,214:215:99:.:.:6407,617,0 0|1:19,101:120:99:.:.:2679,0,170 1|1:0,224:224:99:.:.:6624,672,0 0|1:69,67:136:99:0|1:179952_A_G:1864,0,1524 0|0:190,0:190:34:.:.:0,34,4379 0|1:20,160:180:26:.:.:4332,0,26 1|1:0,123:123:99:.:.:3624,369,0 1|1:11,161:172:99:.:.:4450,204,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,199:199:99:.:.:5971,597,0 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 0|1:90,85:175:99:1|0:179952_A_G:1974,0,2270 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 1|1:15,126:141:44:.:.:3409,44,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|0:160,26:186:99:.:.:218,0,6033 1|1:0,204:204:99:.:.:6059,612,0 0|1:12,131:143:85:1|0:179952_A_G:3403,0,85 1|1:0,247:247:99:1|1:179952_A_G:10310,754,0 0|1:45,109:154:99:.:.:2858,0,1308 0|1:110,87:197:99:.:.:2028,0,3768 1|0:112,89:201:99:.:.:2023,0,3810 1|1:0,189:189:99:.:.:5607,567,0 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|1:163,24:187:99:.:.:141,0,3943 1|1:0,217:217:99:.:.:6476,651,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,103:103:99:.:.:3049,309,0 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,198:204:99:.:.:5698,468,0 1|0:15,38:53:99:.:.:1006,0,299 1|0:72,75:147:99:.:.:1816,0,1555 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,79:79:99:.:.:2334,237,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,125:125:99:.:.:3757,375,0 1|1:2,148:150:99:.:.:4385,392,0 1|0:87,63:150:99:.:.:1446,0,2046 1|1:0,104:104:99:.:.:3124,313,0 0|1:63,73:136:99:.:.:1774,0,1314 1|0:47,71:118:99:.:.:1725,0,1575 1|1:10,181:191:99:.:.:5084,153,0 1|0:107,102:209:99:.:.:2446,0,2326 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|1:1,5:6:11:.:.:134,0,11 1|1:0,112:112:99:.:.:3350,336,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,89:89:99:.:.:2604,266,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:.:.:2729,281,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4396,436,0 1|0:53,118:171:99:.:.:2971,0,1755 1|1:3,100:103:99:.:.:2946,222,0 1|1:14,128:142:32:.:.:3496,32,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|1:10,73:83:36:.:.:1948,0,36 1|1:0,72:72:99:.:.:2208,216,0 0|1:46,75:121:99:.:.:1883,0,931 0|1:97,28:125:99:.:.:446,0,2325 1|1:12,193:205:99:.:.:5345,271,0 0|1:14,82:96:99:.:.:2198,0,111 1|1:0,128:128:99:.:.:3830,383,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2813,285,0 1|1:0,244:244:99:.:.:7289,733,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,159:159:99:.:.:4705,477,0 1|1:1,191:192:99:.:.:5697,551,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|1:16,115:131:58:.:.:3083,0,58 1|1:0,217:217:99:.:.:6375,651,0 0|1:64,42:106:99:.:.:912,0,2399 1|1:0,65:65:99:.:.:1947,195,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2671,267,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|1:170,26:196:99:.:.:137,0,6633 0|1:98,30:128:99:.:.:504,0,2244 1|1:20,162:182:18:.:.:4299,18,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800 1|0:105,38:143:99:.:.:744,0,2404 0|1:91,28:119:99:.:.:453,0,2133 1|1:0,50:50:99:.:.:1547,150,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 1|0:61,17:78:99:.:.:294,0,1948 1|0:70,27:97:99:1|0:179952_A_G:624,0,2628 1|1:0,103:103:99:.:.:3050,309,0 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:.:.:2308,231,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,192:192:99:.:.:5765,575,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,60:66:46:.:.:1662,46,0 1|1:2,167:169:99:.:.:4718,423,0 0|1:98,14:112:93:.:.:93,0,2330 1|0:18,77:95:99:.:.:2058,0,204 1|1:0,58:58:99:.:.:1787,174,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2163,216,0 1|0:33,79:112:99:.:.:2044,0,592 1|1:0,73:73:99:.:.:2139,218,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|0:46,17:63:99:.:.:330,0,1070 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|1:48,73:121:99:.:.:1815,0,931 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575 1|0:23,65:88:99:.:.:1662,0,387 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,48:49:99:.:.:1411,119,0 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,65:65:99:.:.:1958,195,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4158,409,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1369 1|1:2,66:68:99:.:.:1912,145,0 1|0:80,103:183:99:.:.:2559,0,1695 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|0:5,4:9:94:.:.:94,0,182 0|1:145,19:164:61:.:.:61,0,3544 1|1:1,131:132:99:.:.:3924,385,0 0|1:79,52:131:99:.:.:1124,0,1814 1|0:84,14:98:99:.:.:145,0,2106 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|1:96,32:128:99:.:.:567,0,3681 1|1:6,180:186:99:.:.:5143,309,0 0|1:9,42:51:99:.:.:1101,0,104 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,327:331:99:.:.:9723,886,0 1|1:1,114:115:99:.:.:4398,320,0 1|1:7,207:214:99:.:.:6055,461,0 1|1:0,30:30:90:.:.:870,90,0 1|1:3,41:44:54:.:.:1171,54,0 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 1|0:65,52:117:99:.:.:1188,0,1468 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,110:115:99:.:.:3164,140,0 0|1:11,20:31:99:.:.:487,0,222 1|1:0,62:62:99:.:.:1822,185,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,112:112:99:.:.:3339,335,0 1|0:19,7:26:99:.:.:183,0,458 1|0:78,126:204:99:.:.:3871,0,2047 1|1:0,122:122:99:.:.:4365,367,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7920,670,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8614,722,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8766,734,0 1|0:117,94:211:99:.:.:2774,0,3433 1|1:0,224:224:99:.:.:7874,673,0 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|1:92,150:242:99:.:.:4655,0,2437 1|1:0,193:193:99:.:.:6828,579,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8291,700,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1112,93,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7888,674,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6860,581,0 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,209:209:99:.:.:7426,627,0 1|1:0,296:296:99:1|1:179952_A_G:12922,903,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6717,565,0 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,256:257:99:.:.:9079,736,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,196:200:99:.:.:6797,443,0 1|1:0,305:305:99:.:.:10667,917,0 1|1:0,200:200:99:.:.:7029,601,0 1|1:1,78:79:99:.:.:2695,227,0 1|1:0,127:127:99:.:.:4572,382,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7945,668,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2107,178,0 0|1:46,92:138:99:.:.:2805,0,1500 1|1:0,161:161:99:.:.:5718,484,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,271:271:99:.:.:9718,815,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,214:214:99:.:.:7694,643,0 1|1:0,249:249:99:1|1:179952_A_G:10840,770,0 1|1:0,230:230:99:.:.:8080,691,0 1|1:0,703:703:99:.:.:24872,2113,0 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665 0|0:672,0:672:99:.:.:0,120,1800 1|0:55,48:103:99:.:.:1409,0,1577 1|1:0,32:32:96:.:.:1156,96,0 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,90:98:18:.:.:2820,0,18 1|1:0,201:201:99:.:.:6888,604,0 1|1:0,280:280:99:.:.:9458,841,0 1|1:2,508:510:99:.:.:17563,1487,0 1|1:0,135:135:99:1|1:179952_A_G:5194,415,0 1|1:0,267:267:99:.:.:9054,802,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8537,752,0 0|0:641,0:641:99:.:.:0,120,1800 0|1:131,118:249:99:.:.:3246,0,4952 1|1:1,514:515:99:.:.:17141,1510,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,108:108:99:.:.:3558,324,0 0|0:646,0:646:99:.:.:0,120,1800 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|1:14,274:288:99:.:.:8461,261,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8272,751,0 1|1:0,214:214:99:.:.:7320,643,0 1|1:2,242:244:99:.:.:8132,662,0 1|0:231,38:269:99:.:.:440,0,9033 1|1:0,255:255:99:.:.:8756,766,0 1|0:37,211:248:99:.:.:6469,0,837 0|0:287,0:287:99:.:.:0,115,1800 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,482:487:99:.:.:15825,1232,0 1|0:113,14:127:95:.:.:95,0,4714 0|1:156,251:407:99:.:.:7347,0,5480 1|0:16,42:58:99:.:.:1313,0,385 1|1:15,280:295:99:.:.:8967,215,0 0|1:99,231:330:99:.:.:6846,0,3321 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800 0|0:254,24:278:11:.:.:0,11,10122 0|1:83,159:242:99:.:.:4694,0,1994 1|0:148,38:186:99:.:.:681,0,5951 1|1:5,269:274:99:.:.:9132,587,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 1|0:213,56:269:99:.:.:1145,0,6200 0|0:89,5:94:99:.:.:0,122,3774 0|1:247,53:300:99:.:.:917,0,7350 1|1:0,518:518:99:.:.:17361,1552,0 1|0:42,139:181:99:.:.:4246,0,828 0|0:544,0:544:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,345:354:99:.:.:10838,669,0 1|0:190,50:240:99:1|0:179952_A_G:938,0,7334 1|1:6,232:238:99:.:.:7627,444,0 1|1:4,211:215:99:.:.:6886,491,0 0|1:99,155:254:99:.:.:4518,0,2463 1|1:5,118:123:99:.:.:3800,196,0 0|1:62,127:189:99:.:.:3627,0,1432 1|0:37,7:44:99:.:.:104,0,1064 1|0:191,53:244:99:.:.:989,0,5362 1|1:12,596:608:99:.:.:19040,1258,0 1|1:4,278:282:99:.:.:9420,721,0 0|1:213,29:242:99:.:.:254,0,6286 1|1:12,477:489:99:.:.:15801,1082,0 0|1:18,94:112:99:.:.:2890,0,242 1|1:4,264:268:99:.:.:8876,692,0 1|1:8,211:219:99:.:.:7023,386,0 1|1:15,498:513:99:.:.:16133,1022,0 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,599:606:99:.:.:20169,1605,0 1|1:0,638:638:99:.:.:21861,1917,0 1|1:0,531:531:99:.:.:18391,1594,0 1|0:40,66:106:99:.:.:1933,0,1047 1|1:0,425:425:99:.:.:14296,1277,0 1|1:1,418:419:99:.:.:14130,1220,0 1|1:0,283:283:99:.:.:9552,850,0 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,165:165:99:.:.:5693,496,0 1|1:1,145:146:99:.:.:4981,413,0 1|1:0,270:270:99:.:.:9358,811,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7942,674,0 1|0:76,100:176:99:.:.:2915,0,2007 1|1:0,220:220:99:.:.:7467,661,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8501,736,0 1|1:0,230:230:99:.:.:8058,691,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8179,703,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2988,259,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1807,153,0 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,147:147:99:.:.:5083,442,0 1|1:1,293:294:99:.:.:10066,873,0 1|1:0,295:295:99:.:.:10325,887,0 1|1:0,327:327:99:.:.:11489,983,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2484,219,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:.:.:3165,276,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2166,192,0 1|1:0,26:26:78:.:.:817,78,0 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,306:306:99:.:.:10549,920,0 1|1:0,289:289:99:.:.:10099,869,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1391,120,0 1|1:0,214:214:99:.:.:7537,643,0 1|1:0,298:298:99:.:.:10435,896,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5741,508,0 1|1:0,248:248:99:.:.:8489,744,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8174,701,0 0|1:78,142:220:99:.:.:4372,0,2011 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,272:272:99:.:.:9510,818,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7155,613,0 0|1:219,338:557:99:.:.:10158,0,5872 1|1:0,90:90:99:.:.:3039,270,0 1|1:0,373:373:99:.:.:12762,1120,0 1|1:0,711:711:99:.:.:24288,2136,0 1|0:145,63:208:99:1|0:179952_A_G:1527,0,5682 1|1:0,262:262:99:.:.:9095,787,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1951,168,0 1|1:0,26:26:78:.:.:914,78,0 1|1:9,396:405:99:.:.:13619,898,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 180034 . A T 2.84194e+07 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=35.92;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E540D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaA/gaT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.687;VQSLOD=10.55;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.14;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=23.81;GQ_MEAN=176.14;GQ_STDDEV=79.2;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8373;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.24;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16867015;AF=0.853;AS_InbreedingCoeff=0.758;MLEAC=4488;MLEAF=0.856;AN=858;AC=762 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:7,60:67:18:.:.:2141,0,18 1|1:1,77:78:99:.:.:2436,204,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2856,217,0 1|0:31,21:52:99:.:.:704,0,824 1|1:0,50:50:99:.:.:2140,150,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1796,159,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1371,126,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2421,228,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2053,195,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2291,181,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1243,99,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1614,150,0 0|1:21,22:43:99:0|1:180034_A_T:866,0,852 1|0:16,22:38:99:.:.:594,0,354 1|1:0,24:24:75:1|1:180034_A_T:1028,75,0 1|1:0,40:40:99:1|1:180034_A_T:1809,126,0 1|1:0,6:6:18:1|1:180034_A_T:244,18,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1324,96,0 1|1:1,32:33:89:.:.:1048,89,0 1|1:0,44:44:99:1|1:180034_A_T:1888,132,0 1|1:0,81:81:99:.:.:3214,249,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2405,231,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6291,594,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2179,215,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1279,123,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3264,325,0 1|1:0,13:13:39:1|1:180034_A_T:495,39,0 1|1:0,13:13:39:.:.:399,39,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,45:45:99:1|1:180034_A_T:1781,135,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3795,363,0 1|0:12,89:101:47:.:.:3167,0,47 1|1:0,44:44:99:.:.:1330,131,0 1|1:0,342:342:99:.:.:13157,1034,0 1|1:0,69:69:99:1|1:180034_A_T:3123,217,0 1|1:0,131:131:99:.:.:5192,400,0 1|1:1,95:96:99:.:.:2907,279,0 0|1:34,25:59:99:0|1:180034_A_T:884,0,1243 1|1:0,80:80:99:.:.:3045,249,0 1|1:0,55:55:99:.:.:2180,165,0 1|1:0,112:112:99:.:.:4630,340,0 1|0:87,32:119:99:0|1:180034_A_T:1087,0,3365 1|1:0,89:89:99:.:.:2795,268,0 1|1:0,232:232:99:.:.:7079,697,0 1|1:0,207:207:99:.:.:6307,621,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3368,339,0 1|1:2,97:99:99:.:.:3080,238,0 1|1:0,44:44:99:1|1:180034_A_T:1964,135,0 1|1:0,118:118:99:1|1:180034_A_T:5191,361,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1894,185,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3265,321,0 1|1:1,24:25:65:.:.:918,65,0 1|1:6,97:103:99:.:.:2834,148,0 0|1:54,187:241:99:.:.:5740,0,845 1|1:1,128:129:99:.:.:3809,376,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2672,267,0 1|1:0,131:131:99:.:.:5023,403,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2229,219,0 1|1:1,75:76:99:.:.:2414,199,0 1|0:14,60:74:99:.:.:1563,0,450 1|1:0,117:117:99:.:.:4130,354,0 0|1:11,96:107:1:.:.:2801,0,1 1|0:114,50:164:99:.:.:1070,0,2918 1|1:0,330:330:99:.:.:10231,991,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1877,186,0 0|1:22,83:105:99:.:.:2487,0,356 1|1:0,150:150:99:.:.:6104,457,0 1|1:0,103:103:99:.:.:4087,312,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1589,156,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2532,216,0 1|1:0,72:72:99:1|1:180034_A_T:3222,226,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1555,153,0 1|1:1,146:147:99:1|1:180034_A_T:6144,444,0 1|0:12,106:118:99:.:.:4173,0,148 1|1:1,122:123:99:.:.:3793,360,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,210:210:99:.:.:6331,631,0 1|1:0,84:84:99:.:.:3700,261,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2145,218,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2590,219,0 1|1:0,77:77:99:.:.:3035,231,0 1|1:0,63:63:99:1|1:180034_A_T:2743,193,0 1|1:0,58:58:99:.:.:2162,177,0 1|1:0,116:116:99:.:.:4108,348,0 1|1:0,83:83:99:1|1:180034_A_T:3544,252,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4460,433,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5210,522,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2139,207,0 1|1:0,149:149:99:.:.:6703,463,0 1|1:0,149:149:99:1|1:180034_A_T:6742,461,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4107,381,0 1|1:0,134:134:99:.:.:5332,409,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3080,306,0 1|1:6,111:117:99:.:.:4094,167,0 1|1:2,106:108:99:.:.:3975,276,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2180,204,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5344,525,0 1|0:133,35:168:99:.:.:564,0,5227 1|1:0,169:169:99:.:.:7211,518,0 1|1:1,238:239:99:.:.:9939,715,0 1|1:16,221:237:99:.:.:6309,234,0 1|1:0,143:143:99:1|1:180034_A_T:6101,442,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3205,312,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3347,312,0 1|1:0,130:130:99:.:.:5623,406,0 1|1:0,255:255:99:.:.:10771,785,0 1|1:5,166:171:99:.:.:5000,371,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5998,565,0 1|1:0,179:179:99:.:.:6211,541,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6145,606,0 1|1:0,188:188:99:.:.:7803,571,0 1|1:1,217:218:99:.:.:6614,623,0 1|0:82,125:207:99:.:.:3174,0,1790 1|1:0,254:254:99:1|1:180034_A_T:10883,779,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4986,495,0 1|1:0,238:238:99:.:.:7243,715,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5815,568,0 1|1:0,221:221:99:1|1:180034_A_T:9449,680,0 1|1:13,144:157:99:.:.:4274,109,0 1|1:0,233:233:99:.:.:9132,709,0 1|1:0,164:164:99:.:.:6353,505,0 1|1:0,212:212:99:.:.:6722,636,0 1|1:0,179:179:99:.:.:6158,538,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3840,372,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5582,541,0 1|1:0,176:176:99:1|1:180034_A_T:7497,545,0 1|1:0,175:175:99:1|1:180034_A_T:7310,540,0 1|1:0,238:238:99:.:.:7533,714,0 1|1:12,192:204:99:1|1:180034_A_T:7512,145,0 1|1:0,196:196:99:1|1:180034_A_T:8346,610,0 1|1:0,153:153:99:.:.:6150,463,0 1|1:0,123:123:99:.:.:4975,382,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2401,251,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5333,526,0 1|1:0,239:239:99:.:.:7297,717,0 1|1:0,139:139:99:.:.:5778,427,0 1|1:0,245:245:99:.:.:7386,736,0 0|1:26,108:134:99:.:.:4195,0,402 1|1:0,196:196:99:.:.:7097,598,0 1|1:0,213:213:99:.:.:7493,642,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5363,529,0 1|1:0,207:207:99:.:.:6256,622,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,116:116:99:.:.:3606,349,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6132,593,0 1|1:0,231:231:99:.:.:7062,693,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,130:130:99:1|1:180034_A_T:5736,400,0 1|1:0,123:123:99:1|1:180034_A_T:5485,376,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3529,343,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2311,222,0 1|1:0,229:229:99:.:.:6933,688,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1887,147,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5131,504,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5393,540,0 1|1:0,79:79:99:.:.:3356,240,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,112:112:99:1|1:180034_A_T:4706,340,0 1|1:0,135:135:99:.:.:6073,424,0 1|1:0,162:162:99:.:.:5013,486,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3199,318,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4378,394,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4003,379,0 1|1:8,178:186:99:.:.:5316,319,0 1|1:0,188:188:99:.:.:7209,574,0 0|1:45,147:192:99:.:.:3906,0,752 0|1:5,183:188:99:0|1:180034_A_T:7454,0,259 1|1:0,8:8:24:1|1:180034_A_T:347,24,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3402,328,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5920,571,0 1|1:0,90:90:99:1|1:180034_A_T:4075,286,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2485,235,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,144:144:99:.:.:5210,439,0 1|1:0,167:167:99:.:.:6323,511,0 1|1:0,101:101:99:.:.:4368,316,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4219,409,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4520,439,0 1|1:0,81:81:99:.:.:3388,250,0 1|1:1,78:79:99:1|1:180034_A_T:3549,214,0 1|1:0,133:133:99:.:.:5064,412,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4512,412,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5821,565,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2892,274,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,81:81:99:.:.:2541,244,0 1|1:0,244:244:99:.:.:7485,733,0 1|1:1,162:163:99:1|1:180034_A_T:6687,276,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3757,373,0 1|1:0,176:176:99:1|1:180034_A_T:7464,542,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6845,670,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,128:128:99:.:.:3898,385,0 1|1:0,202:202:99:1|1:180034_A_T:8651,628,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3374,333,0 1|1:0,71:71:99:1|1:180034_A_T:3049,219,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2591,252,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2499,241,0 1|1:1,204:205:99:.:.:6116,584,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3526,325,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4799,460,0 1|1:0,121:121:99:1|1:180034_A_T:5255,376,0 1|1:0,147:147:99:1|1:180034_A_T:6066,448,0 0|1:89,28:117:99:.:.:482,0,2359 1|1:0,48:48:99:.:.:2054,147,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2419,234,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2209,201,0 0|1:19,88:107:99:.:.:3127,0,249 1|1:0,91:91:99:.:.:3492,283,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4244,396,0 1|1:0,89:89:99:1|1:180034_A_T:3793,274,0 1|1:0,187:187:99:.:.:5761,562,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6285,571,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3247,321,0 1|1:0,76:76:99:.:.:3009,232,0 1|1:0,178:178:99:.:.:7612,545,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3486,325,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3994,304,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1959,189,0 1|1:0,75:75:99:1|1:180034_A_T:3226,229,0 1|1:0,118:118:99:.:.:4104,355,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2861,237,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2470,240,0 1|0:13,45:58:99:.:.:1270,0,392 1|1:0,66:66:99:.:.:2083,198,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2701,259,0 1|0:86,37:123:99:.:.:886,0,2668 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,81:81:99:.:.:3179,244,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4548,433,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1474,144,0 1|1:1,179:180:99:1|1:180034_A_T:7475,514,0 1|1:0,61:61:99:1|1:180034_A_T:2526,187,0 1|1:0,123:123:99:.:.:5090,373,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3325,328,0 1|1:0,76:76:99:1|1:180034_A_T:3330,235,0 1|1:1,76:77:99:.:.:3280,216,0 1|1:10,153:163:54:1|1:180030_G_A:5822,54,0 1|1:0,104:104:99:1|1:180034_A_T:4448,322,0 1|1:0,7:7:21:.:.:223,21,0 1|1:0,169:169:99:.:.:6448,511,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3615,345,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4302,427,0 1|1:0,105:105:99:.:.:4262,319,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4537,439,0 1|1:0,123:123:99:.:.:4023,370,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5742,555,0 0|1:13,55:68:99:.:.:1878,0,159 1|1:0,26:26:78:.:.:826,78,0 1|1:0,97:97:99:1|1:180034_A_T:4111,294,0 1|1:0,331:331:99:.:.:10602,995,0 1|1:0,116:116:99:1|1:180034_A_T:5110,361,0 1|1:0,224:224:99:.:.:6936,673,0 1|1:0,30:30:90:.:.:916,90,0 1|1:4,49:53:35:.:.:1355,35,0 1|1:0,152:152:99:.:.:6440,466,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3523,318,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,101:101:99:.:.:3161,304,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3238,307,0 1|1:0,26:26:78:.:.:801,78,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2680,225,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,936 1|1:3,145:148:99:.:.:4364,353,0 1|0:18,6:24:99:.:.:144,0,481 1|1:0,206:206:99:.:.:7451,620,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4649,396,0 1|1:0,235:235:99:.:.:8991,710,0 1|1:0,244:244:99:.:.:9687,739,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8770,730,0 1|1:1,216:217:99:.:.:8502,649,0 1|1:0,233:233:99:1|1:180034_A_T:10174,716,0 1|1:0,160:160:99:.:.:5639,481,0 1|1:0,271:271:99:.:.:9747,815,0 1|1:0,217:217:99:1|1:180034_A_T:9438,659,0 1|1:0,229:229:99:.:.:8150,688,0 1|1:0,34:34:99:1|1:180034_A_T:1514,105,0 1|1:0,208:208:99:1|1:180034_A_T:9050,638,0 1|1:0,224:224:99:1|1:180034_A_T:9834,686,0 1|1:0,244:244:99:1|1:180034_A_T:10579,746,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,206:206:99:1|1:180034_A_T:9225,644,0 1|1:0,325:325:99:.:.:11514,976,0 1|1:0,207:207:99:1|1:180034_A_T:9126,638,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5960,504,0 1|1:0,254:254:99:.:.:9104,762,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,219:225:99:.:.:9072,473,0 1|1:0,326:326:99:1|1:180034_A_T:14230,996,0 1|1:0,202:202:99:.:.:8060,614,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3459,295,0 1|1:0,118:118:99:.:.:4231,355,0 1|1:0,240:240:99:1|1:180034_A_T:10344,734,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1900,156,0 0|1:20,112:132:99:.:.:3793,0,300 1|1:0,171:171:99:.:.:7445,527,0 1|1:0,147:147:99:.:.:5312,442,0 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,111:111:99:.:.:3951,334,0 1|1:0,249:249:99:.:.:8949,749,0 1|1:0,277:277:99:.:.:10054,833,0 1|1:0,256:256:99:.:.:8890,769,0 1|1:0,753:753:99:.:.:26846,2262,0 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,704:704:99:.:.:25295,2118,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3790,319,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1143,105,0 1|1:1,128:129:99:.:.:5830,367,0 1|1:8,94:102:32:.:.:2932,32,0 1|1:0,200:200:99:1|1:180034_A_T:8309,601,0 1|1:0,271:271:99:1|1:180034_A_T:11735,831,0 1|1:1,526:527:99:.:.:18518,1568,0 1|0:60,100:160:99:0|1:180034_A_T:3717,0,2282 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,283:283:99:.:.:9708,850,0 1|1:0,576:576:99:.:.:25713,1753,0 1|1:0,262:262:99:.:.:8978,788,0 1|1:1,500:501:99:.:.:17532,1491,0 1|1:0,148:148:99:1|1:180030_G_A:6677,458,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3463,307,0 1|1:3,591:594:99:.:.:20645,1708,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2875,255,0 1|1:3,283:286:99:.:.:9792,752,0 1|1:0,231:231:99:.:.:7686,693,0 1|1:0,213:213:99:.:.:7402,640,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8606,756,0 1|1:0,300:300:99:.:.:10441,900,0 1|1:0,264:264:99:.:.:8975,793,0 1|1:0,258:258:99:.:.:9127,780,0 1|1:0,291:291:99:.:.:10425,880,0 1|1:0,257:257:99:.:.:11455,789,0 1|1:1,445:446:99:.:.:15490,1322,0 1|1:0,127:127:99:.:.:5571,391,0 1|1:3,399:402:99:.:.:15239,1150,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1650,150,0 1|1:0,275:275:99:.:.:11683,839,0 1|1:0,298:298:99:.:.:12088,909,0 1|1:0,235:235:99:1|1:180034_A_T:10316,713,0 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,335:336:99:.:.:11476,976,0 1|1:0,294:294:99:.:.:12679,896,0 1|1:0,220:220:99:.:.:8371,664,0 1|1:1,184:185:99:1|1:180030_G_A:8138,533,0 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,271:271:99:.:.:9202,814,0 1|1:0,91:91:99:.:.:4072,277,0 1|1:0,240:240:99:.:.:10070,731,0 1|1:0,94:94:99:.:.:4275,289,0 1|1:0,295:295:99:.:.:10326,885,0 1|1:0,497:497:99:.:.:21730,1508,0 1|0:121,84:205:99:.:.:2774,0,3364 0|1:287,231:518:99:.:.:6345,0,7917 1|1:1,264:265:99:.:.:9654,772,0 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,228:231:99:.:.:9897,586,0 1|1:1,249:250:99:.:.:8418,715,0 1|1:1,184:185:99:.:.:6693,517,0 0|1:167,79:246:99:.:.:2621,0,4761 1|1:0,130:130:99:.:.:4731,393,0 1|1:11,181:192:99:.:.:6989,230,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1636,132,0 0|1:29,237:266:99:.:.:9606,0,502 1|1:0,568:568:99:.:.:24893,1734,0 1|1:7,265:272:99:.:.:8918,567,0 1|1:0,216:216:99:.:.:7758,649,0 1|1:3,452:455:99:.:.:19325,1270,0 1|1:4,108:112:99:.:.:4317,202,0 1|0:23,238:261:99:.:.:9546,0,277 0|1:193,36:229:99:.:.:812,0,7551 1|1:8,459:467:99:.:.:15809,1036,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6324,549,0 1|1:16,538:554:99:.:.:23368,996,0 1|1:1,660:661:99:.:.:28045,1974,0 1|1:0,565:565:99:.:.:19859,1698,0 1|1:0,117:117:99:.:.:4620,352,0 1|1:2,440:442:99:1|1:180034_A_T:19122,1270,0 1|1:1,405:406:99:.:.:14357,1181,0 1|0:35,225:260:99:.:.:8491,0,860 1|1:0,590:590:99:.:.:20129,1761,0 1|1:1,78:79:99:.:.:2741,228,0 1|1:0,163:163:99:.:.:6390,496,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,248:248:99:1|1:180034_A_T:10736,758,0 1|0:200,51:251:99:.:.:1017,0,5973 1|1:0,177:177:99:.:.:7036,538,0 1|1:0,231:231:99:.:.:7651,694,0 1|1:0,247:247:99:1|1:180034_A_T:10647,758,0 1|1:1,238:239:99:.:.:8316,708,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8459,736,0 1|1:0,70:70:99:1|1:180034_A_T:3019,214,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1894,165,0 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,153:153:99:.:.:5237,460,0 1|1:1,278:279:99:.:.:9616,832,0 1|1:0,279:279:99:.:.:12037,861,0 1|1:0,344:344:99:.:.:11964,1034,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2140,198,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4791,415,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3593,318,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,21:21:63:1|1:180034_A_T:880,63,0 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,315:315:99:.:.:10997,947,0 1|1:0,316:316:99:.:.:10901,950,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1137,96,0 1|1:0,241:241:99:.:.:8403,724,0 1|1:0,316:316:99:.:.:10954,950,0 1|1:0,184:184:99:.:.:6306,553,0 1|1:1,278:279:99:.:.:9586,829,0 1|1:1,228:229:99:.:.:7942,664,0 0|1:68,167:235:99:.:.:5210,0,1652 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,278:278:99:.:.:9659,838,0 1|1:0,193:193:99:1|1:180034_A_T:8418,596,0 0|1:225,334:559:99:.:.:10179,0,6173 1|0:48,24:72:99:.:.:573,0,1974 0|1:208,189:397:99:.:.:5087,0,8219 1|1:0,742:742:99:.:.:25619,2230,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6753,577,0 1|1:0,259:259:99:.:.:9133,779,0 1|1:0,56:56:99:1|1:180034_A_T:2464,172,0 1|1:0,25:25:75:.:.:856,75,0 1|1:5,418:423:99:1|1:180034_A_T:18028,1106,0 1|1:0,162:162:99:1|1:180030_G_A:7424,509,0 Pf3D7_01_v3 180042 . C A 2.10087e+06 PASS FS=0;MQ=60.71;QD=31.58;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T543K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aCa/aAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.685;VQSLOD=8.56;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1897;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=133.85;GQ_STDDEV=90.87;HRun=1;InbreedingCoeff=0.3562;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.444;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16257087;AF=0.061;AS_InbreedingCoeff=-0.0335;MLEAC=322;MLEAF=0.061;AN=856;AC=37 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1536:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1389:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,930:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,196:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1263:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:81:.:.:0,81,1162:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,295:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,311:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1223:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1307:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,23:125:99:.:.:328,0,3709:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:180034_A_T:2115,141,0:. 1|0:9,107:116:92:0|1:180042_C_A:4358,0,92:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,10:100:99:0|1:180042_C_A:104,0,3630:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,10:118:39:.:.:39,0,4258:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,136:143:99:1|1:180042_C_A:5895,127,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,55:130:99:.:.:1219,0,1847:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:152,19:171:99:0|1:180042_C_A:338,0,6106:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,45:174:99:0|1:180042_C_A:1329,0,5128:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:180042_C_A:6078,430,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:162,26:188:99:.:.:213,0,6092:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,219:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:180034_A_T:3971,268,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,11:130:87:0|1:180042_C_A:87,0,4641:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,24:95:99:0|1:180042_C_A:728,0,2822:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,52:67:99:0|1:180042_C_A:2088,0,433:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,6:59:64:.:.:64,0,2016:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:18,48:66:99:0|1:180042_C_A:1902,0,561:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,94:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,115:147:99:0|1:180042_C_A:4501,0,885:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,936:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,4:25:99:0|1:180042_C_A:102,0,962:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,14:219:23:0|1:180042_C_A:0,23,8466:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:733,0:733:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:4,130:134:99:1|1:180042_C_A:5620,229,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,579:580:99:1|1:180042_C_A:26833,1780,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1590:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:1|1:180034_A_T:10691,722,0:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,256:287:99:0|1:180042_C_A:10323,0,479:. 1|0:160,58:218:99:0|1:180042_C_A:1928,0,6380:. 1|0:128,54:182:99:0|1:180030_G_A:1777,0,5222:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,4:90:94:0|1:180042_C_A:0,94,3692:. 0|1:61,172:233:99:0|1:180042_C_A:6819,0,1949:. 0|1:72,22:94:99:0|1:180042_C_A:700,0,2992:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,157:239:99:.:.:5899,0,2974:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,6:42:99:0|1:180042_C_A:144,0,1444:. 0|1:43,215:258:99:.:.:8170,0,1093:. 0|0:653,0:653:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:510,0:510:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:630,0:630:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:652,0:652:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:669,0:669:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:548,0:548:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:701,0:701:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180046 . T G 202360 PASS FS=0;MQ=60.49;QD=31.52;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F544L;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttT/ttG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.736;VQSLOD=8.29;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=121.22;GQ_STDDEV=31.66;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9504;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=-3.627;ClippingRankSum=0.444;MQRankSum=0.213;ReadPosRankSum=0.422;culprit=MQ;set=snp;DP=16217171;AF=0.004373;AS_InbreedingCoeff=0.9504;MLEAC=23;MLEAF=0.004373;AN=856;AC=17 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,50:66:99:.:.:1255,0,496:. 0|0:56,2:58:91:0|1:180046_T_G:0,91,2508:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1536:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1389:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,930:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,37:37:99:1|1:180034_A_T:1816,123,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,182:. 0|1:3,24:27:51:0|1:180046_T_G:951,0,51:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,44:44:99:1|1:180034_A_T:2083,141,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1327:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,347:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1223:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1307:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,15:76:99:.:.:186,0,2185:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,6:68:41:.:.:0,41,1891:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,13:90:74:.:.:74,0,3185:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:180034_A_T:5847,394,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,7:51:48:.:.:48,0,1649:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,36:75:99:0|1:180046_T_G:1252,0,1619:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,219:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,8:93:80:.:.:80,0,3470:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,94:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,12:69:99:0|1:180046_T_G:326,0,2391:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,19:96:99:.:.:221,0,2758:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,936:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:733,0:733:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:155,0:155:.:.:.:.:120 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:597,0:597:.:.:.:.:120 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:665,0:665:.:.:.:.:120 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:.:.:.:.:120 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:.:.:.:.:120 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:.:.:.:.:120 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1590:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:.:.:.:.:120 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:.:.:120 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:.:.:120 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:.:.:.:.:120 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:.:.:.:.:120 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:120 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:653,0:653:.:.:.:.:120 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:.:.:.:.:120 0|0:510,0:510:.:.:.:.:120 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:.:.:.:.:120 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:630,0:630:.:.:.:.:120 0|0:652,0:652:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:.:.:.:.:120 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:669,0:669:.:.:.:.:120 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:180034_A_T:2996,202,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:548,0:548:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:701,0:701:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180054 . G A 5.70232e+06 PASS FS=0;MQ=60.77;QD=30.55;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R547K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGa/aAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.69;VQSLOD=8.73;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=166.05;GQ_STDDEV=254.58;HRun=2;InbreedingCoeff=0.721;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16241571;AF=0.148;AS_InbreedingCoeff=-0.1001;MLEAC=772;MLEAF=0.147;AN=856;AC=190 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:20,38:58:99:0|1:180054_G_A:1473,0,706:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,11:64:99:.:.:144,0,2288:. 1|0:44,19:63:99:.:.:382,0,1825:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1536:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,3:29:39:0|1:180030_G_A:39,0,1178:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:23,22:45:99:0|1:180034_A_T:967,0,891:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,24:24:72:1|1:180034_A_T:1080,72,0:. 0|0:37,0:37:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,6:6:18:1|1:180034_A_T:270,18,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:45,0:45:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:22,58:80:99:0|1:180054_G_A:2359,0,754:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,10:10:33:1|1:180034_A_T:480,33,0:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:180034_A_T:2437,166,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,67:105:99:0|1:180054_G_A:2606,0,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1307:. 1|0:89,236:325:99:0|1:180054_G_A:9602,0,2821:. 1|1:0,78:78:99:1|1:180034_A_T:3728,250,0:. 0|1:108,22:130:99:.:.:250,0,4190:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,25:59:99:0|1:180034_A_T:1041,0,1414:. 0|1:43,30:73:99:.:.:666,0,1455:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,95:104:99:0|1:180054_G_A:3993,0,122:. 1|0:83,36:119:99:0|1:180034_A_T:1302,0,3421:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:106,12:118:99:.:.:167,0,4565:. 1|0:58,6:64:72:.:.:72,0,2383:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,14:22:99:0|1:180054_G_A:575,0,275:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:192,52:244:99:0|1:180054_G_A:1502,0,8002:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:45,82:127:99:.:.:2141,0,867:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,9:68:99:0|1:180054_G_A:188,0,2512:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,49:126:99:.:.:1106,0,1820:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,25:103:99:.:.:403,0,3220:. 0|1:75,64:139:99:.:.:1534,0,2012:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,30:69:99:0|1:180054_G_A:1129,0,1596:. 1|1:0,75:75:99:1|1:180034_A_T:3549,238,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:1|1:180034_A_T:5734,385,0:. 1|0:23,87:110:99:.:.:3555,0,725:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,75:92:99:.:.:2860,0,483:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,37:83:99:0|1:180054_G_A:1348,0,1810:. 0|1:17,52:69:99:.:.:1359,0,335:. 1|1:0,63:63:99:1|1:180034_A_T:2913,196,0:. 0|1:34,28:62:99:0|1:180054_G_A:1046,0,1261:. 0|1:57,44:101:99:0|1:180054_G_A:1586,0,2264:. 1|1:0,83:83:99:1|1:180034_A_T:3916,265,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,15:123:51:.:.:51,0,2810:. 0|1:23,102:125:99:0|1:180054_G_A:4166,0,579:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,77:116:99:0|1:180054_G_A:3052,0,1361:. 0|1:42,67:109:99:.:.:1660,0,910:. 1|0:53,9:62:99:0|1:180054_G_A:254,0,2203:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,162:167:99:1|1:180054_G_A:6860,300,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,13:107:99:.:.:231,0,3924:. 0|0:119,8:127:25:.:.:0,25,4993:. 1|1:13,224:237:92:.:.:9119,92,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,170:174:99:1|1:180054_G_A:7119,387,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:1|1:180034_A_T:11620,783,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:1|1:180034_A_T:10201,689,0:. 0|0:139,13:152:64:.:.:0,64,5850:. 0|1:72,163:235:99:0|1:180054_G_A:6507,0,2436:. 1|0:90,82:172:99:.:.:2014,0,3030:. 0|1:180,20:200:4:.:.:4,0,4492:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,10:116:53:0|1:180054_G_A:53,0,4402:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:162,48:210:99:.:.:840,0,6014:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,117:137:99:.:.:3628,0,516:. 1|1:13,107:120:6:.:.:2875,6,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,128:141:99:0|1:180054_G_A:5248,0,176:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,12:180:33:0|1:180054_G_A:0,33,7138:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,10:122:68:0|1:180034_A_T:68,0,4831:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,6:54:1:.:.:1,0,1812:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:1|1:180034_A_T:5240,352,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:107,12:119:99:.:.:154,0,4359:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,123:192:99:.:.:4873,0,2429:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,180:185:99:0|1:180034_A_T:7642,0,428:. 1|1:0,8:8:24:1|1:180034_A_T:360,24,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,60:132:99:0|1:180054_G_A:2327,0,2851:. 1|0:141,35:176:99:.:.:962,0,5913:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,78:87:99:0|1:180054_G_A:3066,0,101:. 1|1:1,80:81:99:1|1:180034_A_T:3723,211,0:. 0|1:58,87:145:99:0|1:180054_G_A:3550,0,2114:. 0|1:112,19:131:99:.:.:165,0,3196:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,5:92:99:.:.:0,116,2413:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,157:158:99:1|1:180034_A_T:7150,273,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,74:75:99:1|1:180034_A_T:3052,196,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:180034_A_T:5758,388,0:. 1|0:77,66:143:99:0|1:180034_A_T:1713,0,2697:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,41:50:99:.:.:1709,0,216:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,14:55:99:0|1:180054_G_A:427,0,1686:. 0|1:79,26:105:99:0|1:180054_G_A:845,0,3318:. 1|0:35,60:95:99:.:.:1512,0,668:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,77:85:99:.:.:3180,0,101:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:155,35:190:99:0|1:180054_G_A:995,0,6231:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,50:73:99:0|1:180054_G_A:1908,0,797:. 1|1:11,172:183:99:.:.:6484,219,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,40:96:99:.:.:1431,0,2279:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,14:64:99:.:.:457,0,2070:. 1|0:88,28:116:99:.:.:519,0,2344:. 0|1:53,12:65:99:.:.:324,0,2181:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,2:55:99:.:.:0,105,1918:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,7:126:31:.:.:0,31,5312:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:180034_A_T:2664,181,0:. 1|0:29,97:126:99:.:.:2510,0,1043:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:180034_A_T:3782,256,0:. 1|1:4,72:76:71:.:.:2936,71,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,86:. 0|1:56,111:167:99:.:.:2813,0,1478:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,81:103:99:0|1:180054_G_A:3381,0,631:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,27:118:99:0|1:180054_G_A:935,0,3769:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,25:69:99:.:.:513,0,1471:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,97:97:99:1|1:180034_A_T:4486,301,0:. 1|0:298,27:325:99:.:.:145,0,12270:. 1|0:43,73:116:99:.:.:3021,0,1597:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,12:141:91:.:.:0,91,5160:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 1|0:41,29:70:99:0|1:180054_G_A:1083,0,1580:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,936:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,77:232:99:.:.:2083,0,4627:. 0|1:130,114:244:99:.:.:3397,0,3833:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:131,82:213:99:.:.:2274,0,5348:. 1|1:0,237:237:99:1|1:180034_A_T:11164,750,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:1|1:180034_A_T:10021,674,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:180034_A_T:1605,108,0:. 1|1:0,205:205:99:1|1:180034_A_T:9378,629,0:. 1|1:0,230:230:99:1|1:180034_A_T:10729,719,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:1|1:180034_A_T:10348,695,0:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:1|1:180034_A_T:9657,647,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,184:226:99:0|1:180054_G_A:7432,0,1161:. 1|1:0,305:305:99:1|1:180034_A_T:14129,948,0:. 1|0:95,94:189:99:.:.:3676,0,3655:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:1|1:180034_A_T:10567,710,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,161:166:99:1|1:180054_G_A:6987,304,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:733,0:733:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:665,0:665:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,20:261:89:.:.:0,89,7717:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1590:. 1|1:20,262:282:99:.:.:8394,148,0:. 0|1:85,189:274:99:.:.:5633,0,2078:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:236,40:276:99:0|1:180054_G_A:881,0,9858:. 1|1:3,519:522:99:1|1:180054_G_A:23274,1462,0:. 1|0:136,52:188:99:.:.:1224,0,5511:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:218,44:262:99:.:.:686,0,8974:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,57:192:99:.:.:1365,0,3710:. 0|1:175,76:251:99:.:.:1781,0,7112:. 0|1:106,33:139:99:0|1:180054_G_A:1161,0,4330:. 0|1:72,118:190:99:.:.:3371,0,2605:. 0|0:43,2:45:48:.:.:0,48,1876:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,580:596:99:.:.:18833,1073,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:190,19:209:99:0|1:180054_G_A:187,0,7850:. 1|1:29,429:458:99:.:.:13177,103,0:. 0|1:21,82:103:99:.:.:2509,0,566:. 1|0:23,238:261:99:0|1:180054_G_A:9972,0,306:. 0|1:199,27:226:99:.:.:505,0,8507:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:19,561:580:99:.:.:23923,901,0:. 1|1:24,628:652:99:1|1:180054_G_A:27205,942,0:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,435:437:99:1|1:180034_A_T:20210,1280,0:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:176,73:249:99:.:.:1734,0,5757:. 0|0:669,0:669:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,79:158:99:0|1:180054_G_A:3183,0,3106:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,244:244:99:1|1:180034_A_T:11520,777,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,102:164:99:0|1:180054_G_A:3972,0,2240:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:1|1:180034_A_T:11087,744,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,271:286:99:.:.:8624,198,0:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,16:16:48:1|1:180034_A_T:720,48,0:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:1|1:180034_A_T:8608,608,0:. 0|0:548,0:548:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:701,0:701:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:180034_A_T:2653,178,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180056 . A T 6.79988e+06 PASS FS=0;MQ=60.56;QD=29.18;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I548L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ata/Tta;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.673;VQSLOD=9.84;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0044;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=153.07;GQ_STDDEV=140.7;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5492;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.356;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16302943;AF=0.196;AS_InbreedingCoeff=0.2175;MLEAC=1026;MLEAF=0.195;AN=856;AC=67 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1536:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:24,23:47:99:0|1:180056_A_T:850,0,965:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:47:.:.:0,47,728:. 0|0:37,0:37:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,198:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1353:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1307:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,38:131:99:.:.:1065,0,3565:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,37:51:99:0|1:180056_A_T:1538,0,469:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,82:119:99:.:.:3166,0,1283:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:1|1:180034_A_T:1980,132,0:. 1|0:12,110:122:99:0|1:180042_C_A:4512,0,173:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:93:.:.:0,93,2412:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,14:64:99:0|1:180056_A_T:402,0,2072:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,8:101:38:0|1:180042_C_A:38,0,4064:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,19:113:99:.:.:503,0,3844:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:180056_A_T:2826,196,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,131:137:99:1|1:180042_C_A:5371,148,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,145:179:99:0|1:180056_A_T:5668,0,1002:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,5:108:99:.:.:0,121,4554:. 1|0:12,114:126:99:.:.:4678,0,158:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:155,19:174:99:0|1:180042_C_A:285,0,6379:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:133,42:175:99:0|1:180042_C_A:1288,0,5122:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:180034_A_T:7679,517,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,13:205:99:1|0:180034_A_T:0,116,8695:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,42:71:99:0|1:180056_A_T:1697,0,1221:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:180042_C_A:6331,424,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,12:131:33:.:.:0,33,4460:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:180034_A_T:3960,265,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,63:102:99:0|1:180056_A_T:2410,0,5744:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,98:102:88:1|1:180056_A_T:4034,88,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:169:99:.:.:7656,515,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,15:128:99:0|1:180042_C_A:323,0,4790:. 1|0:76,8:84:99:.:.:101,0,3180:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,24:96:99:0|1:180042_C_A:811,0,3042:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,50:64:99:0|1:180042_C_A:2045,0,437:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,23:67:99:.:.:744,0,1785:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,19:57:99:.:.:457,0,1444:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,35:128:99:.:.:1119,0,3802:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:16,58:74:99:0|1:180042_C_A:2429,0,494:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,15:163:97:.:.:97,0,5250:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:53:.:.:0,53,727:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,108:141:99:0|1:180042_C_A:4292,0,973:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,765:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,936:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,4:26:87:0|1:180042_C_A:87,0,1172:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,14:222:57:0|1:180042_C_A:0,57,8729:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,298:298:99:1|1:180056_A_T:13345,909,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:733,0:733:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:4,131:135:99:1|1:180042_C_A:5884,238,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:1|1:180034_A_T:8458,569,0:. 1|1:0,266:266:99:1|1:180034_A_T:12446,837,0:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,66:165:99:1|0:180034_A_T:2695,0,4061:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,580:582:99:1|1:180042_C_A:26872,1733,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1590:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:1|1:180034_A_T:10755,719,0:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,247:280:99:0|1:180042_C_A:10055,0,569:. 1|0:153,63:216:99:0|1:180042_C_A:2109,0,6209:. 1|0:136,58:194:99:0|1:180030_G_A:1875,0,5639:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,4:92:97:0|1:180042_C_A:0,97,3776:. 0|1:58,171:229:99:0|1:180042_C_A:6897,0,1931:. 0|1:69,22:91:99:0|1:180042_C_A:709,0,2900:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,161:243:99:.:.:6307,0,2819:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,6:46:99:0|1:180042_C_A:132,0,1662:. 1|0:17,233:250:28:.:.:9743,0,28:. 0|0:692,0:692:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:527,0:527:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:243,22:265:93:0|1:180056_A_T:93,0,10615:. 1|0:34,186:220:99:.:.:7593,0,887:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:650,0:650:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:215,34:249:99:0|1:180056_A_T:738,0,9161:. 0|0:669,0:669:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:1|1:180056_A_T:5510,382,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:548,0:548:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:701,0:701:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180068 . C G 8.06101e+06 PASS FS=0;MQ=60.65;QD=32.6;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q552E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Caa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.687;VQSLOD=8.84;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.92;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=191.42;GQ_STDDEV=211.77;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7958;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.595;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16244963;AF=0.222;AS_InbreedingCoeff=0.6617;MLEAC=1164;MLEAF=0.222;AN=858;AC=226 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1650:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,46:61:99:0|1:180060_GAA_G:2000,0,650:. 0|0:61,4:65:22:0|1:180046_T_G:0,22,2627:. 1|1:3,51:54:42:.:.:2146,42,0:. 1|1:2,56:58:84:.:.:1580,84,0:. 1|1:0,47:47:99:1|1:180060_GAA_G:2160,144,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:180060_GAA_G:3105,208,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,10:34:99:.:.:183,0,961:. 1|1:0,53:53:99:1|1:180060_GAA_G:2413,163,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:29,16:45:99:.:.:323,0,721:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,32:32:96:1|1:180034_A_T:1440,96,0:. 0|0:11,0:11:19:.:.:0,19,279:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1395,96,0:. 1|1:0,33:33:99:1|1:180060_GAA_G:1530,102,0:. 1|1:0,32:32:96:1|1:180034_A_T:1440,96,0:. 0|1:58,24:82:99:.:.:646,0,2403:. 1|1:0,70:70:99:1|1:180060_GAA_G:3392,229,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:180060_GAA_G:3359,226,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1343:. 1|0:41,91:132:99:.:.:2057,0,1490:. 0|0:11,0:11:12:.:.:0,12,180:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1380:. 0|1:52,67:119:99:.:.:1489,0,1067:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,19:49:99:.:.:365,0,1105:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,20:136:99:.:.:244,0,4384:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2601,275,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,28:71:99:0|1:180060_GAA_G:1147,0,1796:. 0|1:38,13:51:99:0|1:180060_GAA_G:503,0,1718:. 1|0:98,9:107:68:0|1:180060_GAA_G:68,0,4298:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,116:238:99:.:.:2482,0,4881:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5448,590,0:. 0|1:40,77:117:99:0|1:180060_GAA_G:3155,0,1445:. 0|1:65,27:92:99:.:.:463,0,2614:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,39:61:99:.:.:1065,0,828:. 1|1:0,103:103:99:1|1:180060_GAA_G:4778,322,0:. 1|0:15,5:20:99:.:.:162,0,657:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:187,47:234:99:0|1:180054_G_A:1455,0,8237:. 0|1:12,111:123:99:0|1:180060_GAA_G:4664,0,218:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,48:67:99:.:.:1934,0,681:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,23:96:99:.:.:320,0,2865:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,10:109:44:.:.:0,44,3875:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:180060_GAA_G:4185,280,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1255,140,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,29:49:99:0|1:180060_GAA_G:1183,0,749:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,107:109:99:1|1:180060_GAA_G:2986,307,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,132:205:99:.:.:3245,0,2695:. 1|1:0,82:82:99:1|1:180060_GAA_G:3952,268,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:180060_GAA_G:3129,211,0:. 1|0:33,42:75:99:0|1:180060_GAA_G:1700,0,1340:. 0|0:63,2:65:99:0|1:180060_GAA_G:0,115,2880:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1488:. 1|0:29,29:58:99:0|1:180060_GAA_G:1205,0,1250:. 1|0:51,61:112:99:.:.:1320,0,2127:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:1|1:180034_A_T:6958,467,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3393,359,0:. 0|1:81,37:118:99:0|1:180060_GAA_G:1301,0,3416:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,51:62:99:.:.:2072,0,299:. 1|1:7,173:180:99:1|1:180068_C_G:7711,251,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,199:225:99:0|1:180060_GAA_G:8385,0,526:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,83:94:99:.:.:2026,0,213:. 1|0:17,96:113:99:.:.:2324,0,426:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,80:169:99:0|1:180060_GAA_G:3175,0,3490:. 1|1:7,175:182:99:.:.:4756,312,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:.:.:7480,512,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,65:195:99:0|1:180060_GAA_G:2323,0,5489:. 1|1:0,257:257:99:1|1:180034_A_T:11789,792,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:141,23:164:99:.:.:140,0,5504:. 1|0:153,70:223:99:0|1:180060_GAA_G:2578,0,6583:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,111:119:10:1|1:180060_GAA_G:4795,10,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:130,79:209:99:.:.:1643,0,5129:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,19:143:99:.:.:101,0,5178:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,83:89:3:.:.:2116,0,3:. 0|1:31,154:185:99:.:.:3681,0,924:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,14:138:51:.:.:0,51,5426:. 1|1:0,230:230:99:1|1:180060_GAA_G:10654,716,0:. 0|1:29,88:117:99:.:.:2089,0,1022:. 1|0:88,101:189:99:.:.:2303,0,3385:. 0|1:104,107:211:99:.:.:2232,0,4094:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,203:203:99:.:.:5639,609,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,137:190:99:.:.:3279,0,1898:. 1|1:5,204:209:99:1|1:180060_GAA_G:9205,422,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:180034_A_T:5641,379,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:1|1:180060_GAA_G:5787,388,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,21:51:99:.:.:525,0,830:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:1|1:180060_GAA_G:7875,527,0:. 0|1:42,29:71:99:0|1:180046_T_G:1236,0,1706:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,14:159:99:.:.:142,0,6096:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,41:129:99:.:.:733,0,3002:. 1|0:42,84:126:99:.:.:3314,0,986:. 1|0:31,131:162:99:0|1:180060_GAA_G:5636,0,931:. 0|1:90,99:189:99:.:.:2760,0,3512:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,8:8:27:1|1:180034_A_T:405,27,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:1|1:180060_GAA_G:8198,551,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2211,234,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,68:131:99:0|1:180060_GAA_G:2747,0,2477:. 0|1:94,82:176:99:.:.:2284,0,3716:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,17:149:99:.:.:311,0,5476:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3738,399,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,53:147:99:.:.:1034,0,3872:. 0|0:116,14:130:14:.:.:0,14,5067:. 0|1:23,147:170:99:.:.:6136,0,514:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3028,324,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2517,272,0:. 1|0:70,48:118:99:.:.:1659,0,2623:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3546,300,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:3518,238,0:. 1|0:35,167:202:99:.:.:3915,0,327:. 0|1:92,21:113:99:0|1:180040_T_C:660,0,3962:. 1|0:13,126:139:99:0|1:180060_GAA_G:5378,0,158:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,23:137:99:0|1:180034_A_T:567,0,4385:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,4:50:52:.:.:0,52,2064:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,16:51:99:.:.:301,0,1464:. 0|1:75,25:100:99:.:.:374,0,2888:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5104,539,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3155,347,0:. 0|1:44,23:67:99:.:.:772,0,1862:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:180060_GAA_G:5658,382,0:. 0|1:68,30:98:99:.:.:667,0,2917:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:1984,218,0:. 1|0:45,13:58:99:.:.:177,0,1824:. 1|1:0,81:81:99:1|1:180060_GAA_G:3735,250,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2440,263,0:. 0|0:113,7:120:64:.:.:0,64,5170:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:58,15:73:99:.:.:198,0,2516:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,27:120:99:0|1:180060_GAA_G:956,0,3857:. 1|1:0,111:111:99:1|1:180060_GAA_G:5265,352,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,13:162:65:.:.:0,65,5496:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,5:5:15:.:.:177,15,0:. 1|0:148,24:172:99:.:.:137,0,6293:. 0|1:76,29:105:99:.:.:496,0,2465:. 1|0:55,99:154:99:.:.:2268,0,2101:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3704,393,0:. 1|0:30,96:126:99:.:.:2430,0,1014:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,11:69:99:0|1:180046_T_G:329,0,2399:. 1|1:0,22:22:66:.:.:644,66,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,212:311:99:.:.:8248,0,3576:. 1|1:0,115:115:99:1|1:180034_A_T:5251,352,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,23:23:72:1|1:180060_GAA_G:1080,72,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,34:91:99:.:.:957,0,2144:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,57:99:99:.:.:1318,0,1660:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:41:.:.:0,41,593:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,936:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,3:29:45:0|1:180060_GAA_G:45,0,1151:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,151:259:99:.:.:6012,0,4082:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,91:210:99:0|1:180060_GAA_G:3574,0,4924:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:187,35:222:99:0|1:180060_GAA_G:874,0,8209:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,88:187:99:0|1:180060_GAA_G:3530,0,4016:. 1|1:0,108:108:99:1|1:180060_GAA_G:4971,334,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:180060_GAA_G:5220,349,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,93:132:99:.:.:3594,0,1426:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:724,0:724:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,25:88:99:.:.:881,0,2535:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,89:94:64:1|1:180060_GAA_G:3850,64,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,537:537:99:1|1:180060_GAA_G:24679,1655,0:. 1|0:68,99:167:99:0|1:180060_GAA_G:4007,0,2677:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,276:276:99:1|1:180060_GAA_G:12911,867,0:. 0|0:642,0:642:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:139,123:262:99:0|1:180060_GAA_G:4961,0,5569:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,257:259:99:1|1:180060_GAA_G:11839,717,0:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:525,0:525:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:345,64:409:99:0|1:180060_GAA_G:1651,0,14631:. 1|0:39,8:47:99:.:.:102,0,1454:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:596,0:596:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,106:142:99:0|1:180060_GAA_G:4481,0,1307:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:675,0:675:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:21,454:477:99:.:.:20654,569,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:427,0:427:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,416:417:99:1|1:180060_GAA_G:19011,1234,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:670,0:670:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,81:167:99:0|1:180060_GAA_G:3211,0,3571:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:172,49:221:99:0|1:180060_GAA_G:1513,0,7402:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,218:224:99:1|1:180060_GAA_G:9855,428,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:1|1:180060_GAA_G:10665,713,0:. 1|1:0,236:236:99:1|1:180060_GAA_G:11013,737,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:180034_A_T:2970,199,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:180060_GAA_G:2732,184,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:1|1:180060_GAA_G:11443,771,0:. 0|0:264,17:281:60:0|1:180060_GAA_G:0,60,11356:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:1|1:180060_GAA_G:8710,584,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:556,0:556:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,24:73:99:0|1:180060_GAA_G:857,0,2013:. 0|1:189,161:350:99:0|1:180060_GAA_G:6408,0,7620:. 0|0:696,0:696:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,24:24:75:1|1:180060_GAA_G:1125,75,0:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180071 . G A 1.20422e+07 PASS FS=0;MQ=60.36;QD=36.1;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V553I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gtc/Atc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.672;VQSLOD=8.62;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=213.8;GQ_STDDEV=262.27;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6873;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.314;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16219410;AF=0.313;AS_InbreedingCoeff=0.5;MLEAC=1644;MLEAF=0.313;AN=858;AC=284 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:43,15:58:99:0|1:180060_GAA_G:481,0,1844:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,46:64:99:0|1:180060_GAA_G:1871,0,687:. 0|0:63,3:66:76:0|1:180046_T_G:0,76,2839:. 1|1:0,55:55:99:1|1:180060_GAA_G:2457,166,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:180060_GAA_G:2142,144,0:. 1|1:2,63:65:37:1|1:180060_GAA_G:2838,37,0:. 1|1:0,71:71:99:1|1:180060_GAA_G:3158,214,0:. 0|1:44,12:56:99:0|1:180069_A_G:371,0,1770:. 0|1:14,19:33:99:0|1:180055_A_T:798,0,528:. 1|1:0,54:54:99:1|1:180060_GAA_G:2413,163,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1569:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,30:30:93:1|1:180034_A_T:1395,93,0:. 0|0:12,0:12:9:.:.:0,9,263:. 0|1:3,29:32:36:0|1:180046_T_G:1238,0,36:. 1|1:0,34:34:99:1|1:180060_GAA_G:1530,102,0:. 1|1:0,33:33:99:1|1:180034_A_T:1455,99,0:. 0|1:67,12:79:99:0|1:180060_GAA_G:273,0,2945:. 1|1:0,67:67:99:1|1:180060_GAA_G:3212,217,0:. 1|1:0,196:196:99:1|1:180060_GAA_G:8883,596,0:. 1|1:0,71:71:99:1|1:180060_GAA_G:3158,214,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:180060_GAA_G:2025,135,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:15:.:.:0,15,225:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1884:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1380:. 1|1:4,116:120:99:1|1:180060_GAA_G:5069,190,0:. 0|1:78,27:105:99:0|1:180060_GAA_G:860,0,3517:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:229,89:318:99:0|1:180060_GAA_G:3081,0,9835:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,51:134:99:0|1:180060_GAA_G:1920,0,3687:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,31:74:99:0|1:180060_GAA_G:1130,0,1796:. 0|1:40,14:54:99:0|1:180060_GAA_G:452,0,1824:. 1|0:99,9:108:62:0|1:180060_GAA_G:62,0,4340:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,120:234:99:0|1:180060_GAA_G:4750,0,4493:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,78:119:99:0|1:180060_GAA_G:3125,0,1551:. 0|1:58,33:91:99:0|1:180060_GAA_G:1231,0,2434:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,32:65:99:0|1:180060_GAA_G:1221,0,1269:. 1|1:0,106:106:99:1|1:180060_GAA_G:4806,328,0:. 1|0:13,8:21:99:0|1:180060_GAA_G:297,0,522:. 1|1:4,96:100:79:1|1:180060_GAA_G:4028,79,0:. 0|1:193,44:237:99:0|1:180054_G_A:1353,0,8431:. 0|1:11,109:120:99:0|1:180060_GAA_G:4625,0,179:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,61:70:99:0|1:180060_GAA_G:2470,0,236:. 1|0:11,48:59:99:0|1:180060_GAA_G:1976,0,401:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,56:97:99:0|1:180060_GAA_G:2178,0,1637:. 1|0:121,52:173:99:0|1:180060_GAA_G:1807,0,4981:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:180060_GAA_G:2830,193,0:. 1|0:71,44:115:99:0|1:180060_GAA_G:1631,0,2869:. 1|0:113,20:133:99:0|1:180060_GAA_G:458,0,4922:. 1|1:0,92:92:99:1|1:180060_GAA_G:4185,280,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:33,36:69:99:0|1:180060_GAA_G:1445,0,1400:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,31:50:99:0|1:180060_GAA_G:1202,0,830:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,107:109:99:1|1:180060_GAA_G:2986,307,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:142,59:201:99:0|1:180060_GAA_G:2067,0,5800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:180060_GAA_G:3727,253,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:180060_GAA_G:2994,202,0:. 1|0:35,42:77:99:0|1:180060_GAA_G:1649,0,1469:. 0|0:61,2:63:99:0|1:180060_GAA_G:0,127,3060:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1488:. 1|0:30,30:60:99:0|1:180060_GAA_G:1148,0,1237:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,80:186:99:0|1:180060_GAA_G:3096,0,4414:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,147:147:99:1|1:180034_A_T:6719,452,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,36:119:99:0|1:180060_GAA_G:1253,0,3503:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,45:64:99:0|1:180060_GAA_G:1798,0,724:. 1|1:7,174:181:99:1|1:180068_C_G:7531,236,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,195:221:99:0|1:180060_GAA_G:8304,0,490:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,11:89:99:0|1:180060_GAA_G:221,0,3318:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,80:170:99:0|1:180060_GAA_G:3088,0,3518:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,160:162:99:1|1:180054_G_A:6798,379,0:. 1|1:0,227:227:99:1|1:180060_GAA_G:10462,704,0:. 1|0:129,64:193:99:0|1:180060_GAA_G:2332,0,5282:. 1|1:0,260:260:99:1|1:180034_A_T:11739,795,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:1|1:180060_GAA_G:10214,686,0:. 1|1:0,166:166:99:1|1:180060_GAA_G:7557,509,0:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,129:163:99:0|1:180060_GAA_G:5422,0,1264:. 1|0:153,65:218:99:0|1:180060_GAA_G:2281,0,6627:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,113:121:4:1|1:180060_GAA_G:4684,4,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,80:209:99:0|1:180069_A_G:2978,0,5405:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,18:87:99:0|1:180060_GAA_G:519,0,2969:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:1|1:180060_GAA_G:10486,707,0:. 0|1:29,95:124:99:0|1:180060_GAA_G:3913,0,845:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,200:204:99:1|1:180060_GAA_G:8965,407,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:180034_A_T:5596,376,0:. 1|0:11,105:116:99:0|1:180034_A_T:4400,0,185:. 1|1:0,124:124:99:1|1:180060_GAA_G:5681,382,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:180060_GAA_G:3503,235,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,37:52:99:0|1:180060_GAA_G:1483,0,565:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:1|1:180060_GAA_G:7633,512,0:. 0|1:42,32:74:99:0|1:180046_T_G:1185,0,1835:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:1|1:180060_GAA_G:7309,491,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,42:126:99:0|1:180060_GAA_G:1541,0,3440:. 1|0:51,80:131:99:0|1:180060_GAA_G:3135,0,1898:. 1|0:31,133:164:99:0|1:180060_GAA_G:5481,0,940:. 0|1:85,105:190:99:0|1:180060_GAA_G:4212,0,3506:. 0|1:44,154:198:99:0|1:180060_GAA_G:6483,0,1411:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,8:8:24:1|1:180034_A_T:360,24,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:1|1:180060_GAA_G:8032,542,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,68:126:99:0|1:180060_GAA_G:2726,0,2561:. 0|1:147,27:174:99:0|1:180069_A_G:700,0,6315:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,100:151:99:0|1:180060_GAA_G:4107,0,1799:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,17:130:99:0|1:180060_GAA_G:350,0,5030:. 1|1:0,173:173:99:1|1:180060_GAA_G:7824,527,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:1|1:180060_GAA_G:10372,695,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:180060_GAA_G:9416,638,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,97:118:99:0|1:180060_GAA_G:4103,0,542:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,41:97:99:0|1:180060_GAA_G:1595,0,2193:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,76:78:99:1|1:180060_GAA_G:3359,148,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,22:113:99:0|1:180040_T_C:621,0,3923:. 1|0:13,124:137:99:0|1:180060_GAA_G:5252,0,167:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,19:134:99:0|1:180034_A_T:473,0,5046:. 0|1:83,27:110:99:0|1:180060_GAA_G:884,0,3474:. 0|1:43,8:51:99:0|1:180060_GAA_G:200,0,1865:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,23:54:99:0|1:180060_GAA_G:866,0,1292:. 0|1:71,27:98:99:0|1:180069_A_G:914,0,2965:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,120:137:99:0|1:180060_GAA_G:5014,0,350:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,157:189:99:0|1:180060_GAA_G:6616,0,895:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,19:66:99:0|1:180069_A_G:647,0,2003:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:1|1:180060_GAA_G:5388,364,0:. 0|1:85,14:99:99:0|1:180060_GAA_G:317,0,3726:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,19:117:99:0|1:180060_GAA_G:539,0,4139:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:87:.:.:0,87,1419:. 1|1:0,77:77:99:1|1:180060_GAA_G:3600,241,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,17:120:99:0|1:180060_GAA_G:379,0,4339:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:1|1:180060_GAA_G:6138,412,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,28:118:99:0|1:180060_GAA_G:878,0,3741:. 1|1:0,113:113:99:1|1:180060_GAA_G:5175,346,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,76:77:99:1|1:180060_GAA_G:3393,190,0:. 0|1:150,12:162:76:0|1:180060_GAA_G:76,0,6492:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,3:5:64:0|1:180060_GAA_G:110,0,64:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:180060_GAA_G:4858,328,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,20:105:99:0|1:180060_GAA_G:563,0,3768:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,10:124:65:0|1:180060_GAA_G:65,0,4906:. 1|1:2,182:184:99:1|1:180060_GAA_G:8149,470,0:. 1|0:58,11:69:99:0|1:180046_T_G:272,0,2612:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,646:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,281:313:99:0|1:180060_GAA_G:11673,0,740:. 1|1:0,110:110:99:1|1:180034_A_T:5161,346,0:. 1|1:12,203:215:99:1|1:180060_GAA_G:8716,119,0:. 1|1:0,23:23:69:1|1:180060_GAA_G:1035,69,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,46:92:99:0|1:180060_GAA_G:1835,0,1782:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,43:101:99:0|1:180060_GAA_G:1656,0,2278:. 1|1:5,101:106:99:1|1:180060_GAA_G:4379,115,0:. 0|1:13,10:23:99:0|1:180060_GAA_G:349,0,558:. 0|1:32,36:68:99:0|1:180060_GAA_G:1390,0,1359:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,936:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,3:29:48:0|1:180060_GAA_G:48,0,1083:. 0|1:129,78:207:99:0|1:180060_GAA_G:2910,0,5512:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:1|1:180060_GAA_G:10822,728,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,254:261:99:1|1:180060_GAA_G:11211,483,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,91:212:99:0|1:180060_GAA_G:3484,0,5179:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:1|1:180034_A_T:10507,704,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,292:292:99:1|1:180060_GAA_G:13291,894,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,9:171:99:0|1:180069_A_G:0,131,7172:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:187,35:222:99:0|1:180060_GAA_G:856,0,8461:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,87:188:99:0|1:180060_GAA_G:3408,0,3959:. 1|1:0,108:108:99:1|1:180060_GAA_G:4949,334,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:180060_GAA_G:5130,343,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,116:131:99:0|1:180060_GAA_G:4855,0,278:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:1|1:180060_GAA_G:4981,334,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:180060_GAA_G:11145,750,0:. 1|1:0,260:260:99:1|1:180060_GAA_G:11775,792,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,723:723:99:1|1:180060_GAA_G:32852,2209,0:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:180060_GAA_G:4092,277,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,89:94:64:1|1:180060_GAA_G:3838,64,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,536:536:99:1|1:180060_GAA_G:24251,1628,0:. 1|0:69,99:168:99:0|1:180060_GAA_G:3919,0,2599:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,275:275:99:1|1:180060_GAA_G:12654,852,0:. 0|0:642,0:642:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,127:265:99:0|1:180060_GAA_G:4913,0,5558:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:1|1:180060_GAA_G:7697,518,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,86:89:99:1|1:180060_GAA_G:3715,133,0:. 1|1:17,256:273:75:1|1:180069_A_C:11000,75,0:. 1|1:7,208:215:99:1|1:180060_GAA_G:9151,341,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,235:305:99:0|1:180060_GAA_G:9838,0,2424:. 1|1:2,256:258:99:1|1:180060_GAA_G:11488,696,0:. 0|1:254,44:298:99:0|1:180060_GAA_G:1126,0,11300:. 0|1:243,21:264:99:0|1:180060_GAA_G:126,0,10386:. 1|1:13,234:247:99:1|1:180060_GAA_G:10062,176,0:. 0|0:525,0:525:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,101:123:99:0|1:180060_GAA_G:4138,0,620:. 1|0:345,64:409:99:0|1:180060_GAA_G:1669,0,14379:. 0|1:29,18:47:99:0|1:180060_GAA_G:661,0,1206:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,99:192:99:0|1:180030_G_A:3888,0,3798:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,88:95:29:0|1:180060_GAA_G:3632,0,29:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,56:83:99:0|1:180060_GAA_G:2293,0,1004:. 1|0:41,233:274:99:0|1:180060_GAA_G:9829,0,1140:. 0|0:596,0:596:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:205,29:234:99:0|1:180060_GAA_G:619,0,8854:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,102:139:99:0|1:180060_GAA_G:4333,0,1316:. 1|0:128,53:181:99:0|1:180060_GAA_G:1851,0,5439:. 1|0:10,35:45:99:0|1:180060_GAA_G:1440,0,315:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:675,0:675:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,191:211:99:0|1:180060_GAA_G:8172,0,277:. 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,13:107:99:0|1:180060_GAA_G:222,0,4244:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:23,463:486:99:1|1:180069_A_G:14533,483,0:. 1|1:0,173:173:99:1|1:180060_GAA_G:7932,533,0:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,46:122:99:0|1:180060_GAA_G:1754,0,3131:. 0|0:427,0:427:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,420:421:99:1|1:180060_GAA_G:18855,1225,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,582:586:99:1|1:180069_A_C:18746,1666,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,80:170:99:0|1:180060_GAA_G:3127,0,3564:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:175,47:222:99:0|1:180060_GAA_G:1432,0,7185:. 0|1:98,62:160:99:0|1:180060_GAA_G:2362,0,4342:. 1|1:6,217:223:99:1|1:180060_GAA_G:9540,368,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:1|1:180060_GAA_G:10395,695,0:. 1|1:0,231:231:99:1|1:180060_GAA_G:10612,713,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:180034_A_T:2869,193,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:180060_GAA_G:2642,178,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,250:250:99:1|1:180060_GAA_G:11353,765,0:. 0|0:264,17:281:90:0|1:180060_GAA_G:0,90,11175:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:1|1:180060_GAA_G:2700,181,0:. 1|1:0,131:131:99:1|1:180060_GAA_G:5983,403,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:1|1:180060_GAA_G:8305,557,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:556,0:556:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,23:71:99:0|1:180060_GAA_G:863,0,1929:. 0|1:187,163:350:99:0|1:180060_GAA_G:6265,0,7576:. 0|0:696,0:696:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,26:26:78:1|1:180060_GAA_G:1139,78,0:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:180060_GAA_G:6648,446,0:. Pf3D7_01_v3 180131 . G C 1.81365e+06 PASS FS=0.69;MQ=60.09;QD=35.51;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E573Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Caa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.74;VQSLOD=7.34;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;InbreedingCoeff=0.0567;NCC=0;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=104.78;GQ_STDDEV=38.93;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.456;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15592065;AF=0.066;AS_InbreedingCoeff=-0.0335;MLEAC=345;MLEAF=0.066;AN=858;AC=14 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1191:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,23:62:99:0|1:180131_G_C:827,0,1526:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1400:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:38,0:38:58:.:.:0,58,956:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,495:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:59:.:.:0,59,1028:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:20,0:20:30:.:.:0,30,511:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,21:85:99:0|1:180131_G_C:677,0,2584:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:180131_G_C:3262,225,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,194:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,15:168:99:0|1:180131_G_C:136,0,6456:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,252:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,731:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,936:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1019:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,255:255:99:1|1:180131_G_C:11620,786,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:706,0:706:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:122,0:122:.:.:.:.:120 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:.:.:.:.:120 0|1:83,65:148:99:0|1:180131_G_C:2564,0,3227:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:626,0:626:.:.:.:.:120 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:.:.:.:.:120 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:514,0:514:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:.:.:.:.:120 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:.:.:.:.:120 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:120 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:.:.:.:.:120 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:.:.:120 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:.:.:.:.:120 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:120 1|0:227,24:251:99:0|1:180131_G_C:271,0,9442:. 0|0:645,0:645:.:.:.:.:120 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:.:.:.:.:120 0|0:484,0:484:.:.:.:.:120 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:276,22:298:56:0|1:180131_G_C:56,0,11289:. 1|0:42,196:238:99:0|1:180131_G_C:8064,0,1164:. 0|0:512,0:512:.:.:.:.:120 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:599,0:599:.:.:.:.:120 0|0:605,0:605:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:.:.:.:.:120 0|1:224,31:255:99:0|1:180131_G_C:597,0,9101:. 0|0:577,0:577:.:.:.:.:120 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:1|1:180131_G_C:7140,479,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:559,0:559:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:686,0:686:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:382,0:382:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180135 . C T 1.86483e+06 PASS FS=1.442;MQ=60.96;QD=32.28;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A574V;SNPEFF_CODON_CHANGE=gCt/gTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.754;VQSLOD=6.12;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;InbreedingCoeff=0.0567;NCC=0;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=104.11;GQ_STDDEV=39.58;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.197;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15584290;AF=0.066;AS_InbreedingCoeff=-0.0335;MLEAC=347;MLEAF=0.066;AN=858;AC=14 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1191:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,22:62:99:0|1:180131_G_C:827,0,1524:. 0|0:46,0:46:79:.:.:0,79,1079:. 0|0:24,0:24:5:.:.:0,5,492:. 0|0:34,0:34:57:.:.:0,57,833:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,827:. 0|0:33,0:33:66:.:.:0,66,823:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,579:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,22:86:99:0|1:180131_G_C:674,0,2640:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:180131_G_C:3255,220,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,194:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:158,14:172:99:0|1:180131_G_C:103,0,6621:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,252:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,731:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,936:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1019:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,264:264:99:1|1:180131_G_C:12350,831,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:706,0:706:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:122,0:122:.:.:.:.:120 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:.:.:.:.:120 0|1:82,69:151:99:0|1:180131_G_C:2594,0,3224:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:626,0:626:.:.:.:.:120 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:.:.:.:.:120 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:514,0:514:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:.:.:.:.:120 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:.:.:.:.:120 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:120 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:.:.:.:.:120 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:.:.:120 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:.:.:.:.:120 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:120 1|0:223,24:247:99:0|1:180131_G_C:250,0,9731:. 0|0:645,0:645:.:.:.:.:120 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:.:.:.:.:120 0|0:484,0:484:.:.:.:.:120 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:278,21:299:84:0|1:180131_G_C:84,0,11353:. 1|0:41,197:238:99:0|1:180131_G_C:8106,0,1107:. 0|0:512,0:512:.:.:.:.:120 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:599,0:599:.:.:.:.:120 0|0:605,0:605:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:.:.:.:.:120 0|1:214,29:243:99:0|1:180131_G_C:606,0,9058:. 0|0:577,0:577:.:.:.:.:120 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:1|1:180131_G_C:7320,491,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:559,0:559:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:686,0:686:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:382,0:382:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180170 . A C 2.02844e+07 PASS FS=0;MQ=59.94;QD=28.21;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K586Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aaa/Caa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.715;VQSLOD=10.03;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=189.36;GQ_STDDEV=248.96;HRun=1;InbreedingCoeff=0.569;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.178;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=DP;set=snp;DP=16321270;AF=0.544;AS_InbreedingCoeff=0.5783;MLEAC=2866;MLEAF=0.547;AN=858;AC=404 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:27,51:78:99:0|1:180170_A_C:2065,0,977:. 1|1:0,71:71:99:1|1:180158_ACT_A:3330,223,0:. 1|1:2,69:71:99:1|1:180158_ACT_A:3105,130,0:. 1|0:36,26:62:99:0|1:180158_ACT_A:1016,0,1556:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1191:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1377:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:180158_ACT_A:2430,163,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1391:. 1|0:10,6:16:99:0|1:180170_A_C:216,0,464:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1097:. 1|1:0,6:6:18:1|1:180158_ACT_A:270,18,0:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1271:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158:. 1|0:20,45:65:99:0|1:180170_A_C:1820,0,702:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,28:28:84:1|1:180158_ACT_A:1260,84,0:. 0|1:82,23:105:99:0|1:180170_A_C:753,0,3578:. 1|1:0,18:18:57:1|1:180158_ACT_A:855,57,0:. 0|0:15,0:15:17:.:.:0,17,406:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:180158_ACT_A:2295,154,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,75:106:99:0|1:180158_ACT_A:3056,0,1076:. 0|1:29,41:70:99:0|1:180158_ACT_A:1709,0,1214:. 1|1:0,313:313:99:1|1:180158_ACT_A:14715,984,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:180158_ACT_A:2970,199,0:. 1|0:38,99:137:99:0|1:180158_ACT_A:4247,0,1367:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,24:69:99:0|1:180158_ACT_A:863,0,1943:. 0|1:25,39:64:99:0|1:180158_ACT_A:1682,0,1007:. 1|0:10,49:59:99:0|1:180158_ACT_A:2237,0,257:. 1|1:0,139:139:99:1|1:180158_ACT_A:6615,442,0:. 1|1:1,124:125:99:1|1:180158_ACT_A:5805,349,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,77:105:99:0|1:180170_A_C:3104,0,909:. 1|0:57,33:90:99:0|1:180170_A_C:1185,0,2420:. 1|1:0,43:43:99:1|1:180158_ACT_A:1935,129,0:. 1|1:0,117:117:99:1|1:180158_ACT_A:5310,355,0:. 1|0:37,21:58:99:.:.:800,0,1655:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,10:30:99:0|1:180158_ACT_A:399,0,849:. 1|0:3,114:117:99:0|1:180158_ACT_A:5324,0,471:. 0|1:189,38:227:99:0|1:180170_A_C:1029,0,8007:. 1|0:97,14:111:99:0|1:180170_A_C:293,0,4073:. 0|0:79,4:83:76:0|1:180170_A_C:0,76,3465:. 1|1:0,120:120:99:1|1:180158_ACT_A:5715,382,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:180158_ACT_A:3825,256,0:. 1|0:61,17:78:99:0|1:180170_A_C:480,0,2519:. 0|1:57,34:91:99:0|1:180158_ACT_A:1250,0,2375:. 1|1:0,126:126:99:1|1:180158_ACT_A:5940,397,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:113,43:156:99:0|1:180158_ACT_A:1627,0,4687:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,49:94:99:0|1:180158_ACT_A:2084,0,1814:. 0|1:48,88:136:99:0|1:180170_A_C:3620,0,1724:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:180158_ACT_A:3195,214,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:180158_ACT_A:2430,163,0:. 1|1:0,148:148:99:1|1:180158_ACT_A:6975,467,0:. 1|1:6,108:114:88:1|1:180170_A_C:4742,88,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:180131_G_C:3375,226,0:. 1|0:140,74:214:99:0|1:180158_ACT_A:2752,0,5902:. 1|0:18,78:96:99:0|1:180158_ACT_A:3383,0,593:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,31:68:99:0|1:180158_ACT_A:1229,0,1499:. 1|1:5,79:84:31:1|1:180158_ACT_A:3375,31,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:180158_ACT_A:2340,157,0:. 1|0:30,26:56:99:0|1:180158_ACT_A:1082,0,1217:. 0|1:90,51:141:99:0|1:180158_ACT_A:1988,0,3743:. 1|1:0,79:79:99:1|1:180158_ACT_A:3780,253,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,90:189:99:0|1:180158_ACT_A:3718,0,4078:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1328:. 1|1:0,158:158:99:1|1:180158_ACT_A:7515,503,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,107:118:99:0|1:180158_ACT_A:4628,0,128:. 0|1:25,111:136:99:0|1:180158_ACT_A:4864,0,904:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,58:91:99:0|1:180170_A_C:2365,0,1205:. 0|1:13,98:111:99:0|1:180158_ACT_A:4244,0,239:. 1|0:39,29:68:99:0|1:180158_ACT_A:1178,0,1628:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,177:177:99:1|1:180158_ACT_A:8055,539,0:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,179:220:99:0|1:180170_A_C:7441,0,1218:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,14:126:99:0|1:180158_ACT_A:278,0,4868:. 0|1:10,123:133:99:0|1:180158_ACT_A:5255,0,125:. 1|1:10,213:223:99:1|1:180158_ACT_A:9578,251,0:. 1|1:1,140:141:99:1|1:180158_ACT_A:6435,391,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,9:176:89:0|1:180170_A_C:0,89,7067:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,199:201:99:1|1:180158_ACT_A:9045,527,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:180158_ACT_A:10530,704,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:1|1:180158_ACT_A:11250,753,0:. 1|1:0,177:177:99:1|1:180158_ACT_A:8370,560,0:. 1|1:0,222:222:99:1|1:180158_ACT_A:10395,695,0:. 1|1:0,169:169:99:1|1:180158_ACT_A:8055,539,0:. 1|1:2,225:227:99:1|1:180158_ACT_A:10440,620,0:. 0|1:99,47:146:99:0|1:180158_ACT_A:1738,0,4303:. 1|1:0,209:209:99:1|1:180158_ACT_A:9585,641,0:. 1|0:116,50:166:99:0|1:180158_ACT_A:1780,0,4885:. 1|1:2,185:187:99:1|1:180170_A_C:8242,482,0:. 1|1:9,181:190:99:1|1:180158_ACT_A:8235,200,0:. 0|0:108,8:116:7:0|1:180158_ACT_A:0,7,4770:. 1|1:0,190:190:99:1|1:180158_ACT_A:8910,596,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:1|1:180158_ACT_A:9135,611,0:. 1|1:16,235:251:72:1|1:180158_ACT_A:10395,72,0:. 1|0:97,106:203:99:0|1:180170_A_C:4138,0,3835:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,87:166:99:0|1:180158_ACT_A:3535,0,3130:. 1|1:0,130:130:99:1|1:180158_ACT_A:6120,409,0:. 0|0:97,4:101:94:0|1:180158_ACT_A:0,94,4320:. 1|0:187,25:212:99:0|1:180158_ACT_A:550,0,8065:. 1|1:0,251:251:99:1|1:180158_ACT_A:11610,777,0:. 1|1:7,145:152:99:1|1:180158_ACT_A:6705,176,0:. 1|1:0,222:222:99:1|1:180158_ACT_A:10440,698,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,10:191:99:0|1:180158_ACT_A:0,119,8190:. 1|0:187,18:205:99:0|1:180158_ACT_A:169,0,8134:. 1|1:0,198:198:99:1|1:180158_ACT_A:9630,644,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,10:159:57:0|1:180170_A_C:0,57,6451:. 1|1:0,246:246:99:1|1:180158_ACT_A:11205,750,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,10:125:99:0|1:180158_ACT_A:155,0,4835:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,45:66:99:.:.:1560,0,665:. 1|0:64,65:129:99:0|1:180170_A_C:2705,0,2543:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,55:92:99:0|1:180158_ACT_A:2273,0,1508:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,106:108:99:1|1:180170_A_C:4749,241,0:. 1|1:2,139:141:99:1|1:180170_A_C:6729,374,0:. 1|0:104,45:149:99:0|1:180158_ACT_A:1651,0,4351:. 1|1:0,95:95:99:1|1:180158_ACT_A:4500,301,0:. 1|0:58,52:110:99:0|1:180158_ACT_A:2126,0,2520:. 0|1:75,16:91:99:0|1:180158_ACT_A:482,0,3182:. 1|0:18,154:172:99:0|1:180170_A_C:6527,0,346:. 1|0:76,126:202:99:.:.:5218,0,2968:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:21:1|1:180158_ACT_A:315,21,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:180158_ACT_A:5130,343,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:1|1:180158_ACT_A:5085,340,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,57:89:99:0|1:180158_ACT_A:2459,0,1244:. 1|1:1,132:133:99:1|1:180158_ACT_A:6120,370,0:. 1|0:122,34:156:99:0|1:180158_ACT_A:1042,0,5272:. 1|1:4,103:107:99:1|1:180158_ACT_A:4545,109,0:. 0|1:77,80:157:99:0|1:180158_ACT_A:3286,0,3106:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,83:89:7:1|1:180158_ACT_A:3600,7,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:180158_ACT_A:4410,295,0:. 0|1:46,90:136:99:0|1:180158_ACT_A:3890,0,1685:. 0|1:120,18:138:99:0|1:180170_A_C:428,0,5072:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,102:126:99:0|1:180170_A_C:4195,0,719:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:180158_ACT_A:4545,304,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:1|1:180158_ACT_A:7605,509,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:1|1:180158_ACT_A:10260,686,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,55:111:99:0|1:180158_ACT_A:2171,0,2351:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:132,13:145:99:0|1:180170_A_C:185,0,5568:. 1|1:0,119:119:99:1|1:180158_ACT_A:5445,364,0:. 1|0:93,74:167:99:0|1:180170_A_C:2746,0,3810:. 0|1:91,24:115:99:0|1:180158_ACT_A:887,0,24498:. 1|0:19,49:68:99:0|1:180170_A_C:2024,0,647:. 1|1:1,94:95:99:1|1:180158_ACT_A:4320,250,0:. 0|1:48,15:63:99:0|1:180158_ACT_A:476,0,2096:. 1|0:78,37:115:99:0|1:180170_A_C:1391,0,3293:. 1|1:0,97:97:99:1|1:180170_A_C:4437,298,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,76:86:99:0|1:180170_A_C:3184,0,188:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:1|1:180158_ACT_A:9405,629,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,60:68:99:0|1:180158_ACT_A:2663,0,143:. 0|1:149,38:187:99:0|1:180158_ACT_A:1135,0,6310:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,14:89:99:0|1:180158_ACT_A:428,0,3353:. 1|1:0,64:64:99:1|1:180158_ACT_A:3150,211,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:180158_ACT_A:2790,187,0:. 1|0:15,92:107:99:0|1:180158_ACT_A:3944,0,344:. 1|0:36,31:67:99:0|1:180158_ACT_A:1184,0,1544:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,20:58:99:0|1:180170_A_C:722,0,1577:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,40:114:99:0|1:180170_A_C:1541,0,2981:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:29,70:99:99:0|1:180170_A_C:2959,0,1040:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:180158_ACT_A:3330,223,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:180158_ACT_A:2610,175,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:180170_A_C:3083,216,0:. 1|0:128,35:163:99:0|1:180170_A_C:1040,0,5686:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,3:7:99:0|1:180158_ACT_A:114,0,159:. 0|1:35,148:183:99:0|1:180158_ACT_A:6484,0,1039:. 1|0:64,50:114:99:0|1:180170_A_C:1933,0,2615:. 0|1:86,60:146:99:0|1:180170_A_C:2225,0,3437:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,34:141:99:0|1:180158_ACT_A:1136,0,4556:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,19:56:99:0|1:180170_A_C:725,0,1535:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,909:. 1|1:0,78:78:99:1|1:180158_ACT_A:3600,241,0:. 1|0:204,103:307:99:0|1:180170_A_C:3692,0,8270:. 1|0:42,101:143:99:0|1:180170_A_C:4095,0,1525:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 1|1:1,52:53:99:1|1:180158_ACT_A:2385,121,0:. 1|0:17,153:170:99:0|1:180170_A_C:6470,0,238:. 0|1:81,28:109:99:0|1:180170_A_C:1007,0,3437:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,11:22:99:0|1:180158_ACT_A:468,0,468:. 0|1:44,32:76:99:0|1:180158_ACT_A:1286,0,1871:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1294:. 1|1:2,126:128:99:1|1:180158_ACT_A:5895,316,0:. 0|1:29,3:32:39:0|1:180170_A_C:39,0,1209:. 0|1:119,80:199:99:0|1:180161_A_AAG:3081,0,4821:. 1|1:0,149:149:99:1|1:180158_ACT_A:6975,467,0:. 1|1:0,232:232:99:1|1:180158_ACT_A:10935,731,0:. 1|1:0,217:217:99:1|1:180158_ACT_A:10485,701,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,111:225:99:0|1:180158_ACT_A:4645,0,4555:. 1|1:0,229:229:99:1|1:180158_ACT_A:10620,710,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,116:279:99:0|1:180170_A_C:4477,0,6496:. 1|1:0,220:220:99:1|1:180158_ACT_A:10215,683,0:. 0|1:107,149:256:99:0|1:180158_ACT_A:6222,0,4107:. 1|1:0,28:28:90:1|1:180158_ACT_A:1350,90,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:180158_ACT_A:9945,665,0:. 1|1:1,227:228:99:1|1:180158_ACT_A:10485,662,0:. 1|1:0,326:326:99:1|1:180158_ACT_A:14985,1002,0:. 1|1:2,213:215:99:1|1:180158_ACT_A:10035,593,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:1|1:180158_ACT_A:11205,750,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:157,46:203:99:0|1:180170_A_C:1504,0,6602:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:180158_ACT_A:9855,659,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:180158_ACT_A:7110,476,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,268:268:99:1|1:180131_G_C:12690,849,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:180158_ACT_A:6075,406,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,247:253:99:1|1:180158_ACT_A:11160,474,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:180158_ACT_A:11070,741,0:. 1|1:0,739:739:99:1|1:180158_ACT_A:34740,2324,0:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:180158_ACT_A:4635,310,0:. 1|1:1,20:21:18:1|1:180170_A_C:855,18,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:1|1:180158_ACT_A:9450,632,0:. 1|1:0,258:258:99:1|1:180158_ACT_A:12150,813,0:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,145:154:77:1|1:180158_ACT_A:6390,77,0:. 1|1:3,261:264:99:1|1:180158_ACT_A:12015,687,0:. 1|1:0,253:253:99:1|1:180158_ACT_A:11835,792,0:. 0|0:626,0:626:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:180158_ACT_A:4050,271,0:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:15,262:277:99:1|1:180158_ACT_A:11552,150,0:. 1|1:0,243:243:99:1|1:180158_ACT_A:11385,762,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:238,26:264:99:0|1:180158_ACT_A:333,0,10503:. 1|1:0,243:243:99:1|1:180158_ACT_A:11340,759,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,440:442:99:1|1:180158_ACT_A:20115,1268,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,37:51:99:0|1:180158_ACT_A:1511,0,476:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:258,26:284:99:0|1:180158_ACT_A:273,0,11343:. 0|1:66,150:216:99:0|1:180170_A_C:6165,0,2434:. 1|0:171,29:200:99:0|1:180030_G_A:733,0,7236:. 1|1:13,261:274:99:1|1:180158_ACT_A:11430,219,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,2:73:99:0|1:180170_A_C:0,130,3053:. 1|0:208,47:255:99:0|1:180170_A_C:1492,0,8621:. 0|1:50,6:56:99:0|1:180170_A_C:101,0,2071:. 1|1:6,277:283:99:1|1:180170_A_C:12237,594,0:. 1|1:0,510:510:99:1|1:180158_ACT_A:23535,1574,0:. 1|0:45,139:184:99:0|1:180158_ACT_A:5860,0,1585:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:223,46:269:99:0|1:180158_ACT_A:1275,0,9600:. 1|1:9,324:333:99:1|1:180170_A_C:14244,583,0:. 1|0:169,66:235:99:0|1:180170_A_C:2251,0,7088:. 1|1:5,237:242:99:1|1:180170_A_C:10482,512,0:. 1|1:0,149:149:99:1|1:180170_A_C:6928,467,0:. 0|1:189,76:265:99:0|1:180158_ACT_A:2691,0,7911:. 0|1:102,27:129:99:0|1:180158_ACT_A:902,0,4322:. 1|1:0,196:196:99:1|1:180158_ACT_A:9270,620,0:. 1|0:6,43:49:99:0|1:180158_ACT_A:1871,0,116:. 1|0:210,38:248:99:0|1:180170_A_C:990,0,8851:. 1|1:13,554:567:99:.:.:17134,1145,0:. 1|1:10,246:256:99:1|1:180158_ACT_A:11250,363,0:. 1|1:15,232:247:90:1|1:180158_ACT_A:10080,90,0:. 1|1:14,409:423:99:1|1:180158_ACT_A:18225,673,0:. 1|1:0,101:101:99:1|1:180158_ACT_A:4725,316,0:. 1|1:5,263:268:99:1|1:180158_ACT_A:12195,621,0:. 1|1:6,228:234:99:1|1:180158_ACT_A:10350,458,0:. 1|1:9,428:437:99:1|1:180158_ACT_A:19485,914,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:180158_ACT_A:9675,647,0:. 1|1:2,549:551:99:1|1:180158_ACT_A:25155,1605,0:. 1|1:1,606:607:99:1|1:180158_ACT_A:28395,1860,0:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,104:105:99:1|1:180158_ACT_A:4905,289,0:. 1|1:0,400:400:99:1|1:180158_ACT_A:19080,1276,0:. 0|0:435,0:435:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,178:252:99:0|1:180158_ACT_A:7455,0,2640:. 1|1:1,489:490:99:1|1:180158_ACT_A:22950,1496,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,65:147:99:0|1:180158_ACT_A:2641,0,3361:. 1|1:0,160:160:99:1|1:180131_G_C:7470,500,0:. 1|1:0,261:261:99:1|1:180158_ACT_A:12105,810,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,61:170:99:0|1:180170_A_C:2241,0,4555:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,237:237:99:1|1:180158_ACT_A:11295,756,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:180158_ACT_A:7290,488,0:. 1|1:0,283:283:99:1|1:180158_ACT_A:13230,885,0:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,316:316:99:1|1:180158_ACT_A:14895,996,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:1|1:180158_ACT_A:6480,433,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:180158_ACT_A:3915,262,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:180158_ACT_A:2880,193,0:. 1|1:0,17:17:63:1|1:180158_ACT_A:945,63,0:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,311:311:99:1|1:180158_ACT_A:14400,963,0:. 1|1:0,301:301:99:1|1:180158_ACT_A:14175,948,0:. 1|1:0,29:29:87:1|1:180158_ACT_A:1305,87,0:. 1|1:0,243:243:99:1|1:180158_ACT_A:11565,774,0:. 1|1:0,294:294:99:1|1:180158_ACT_A:13545,906,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,271:271:99:1|1:180158_ACT_A:12465,834,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:180158_ACT_A:11115,744,0:. 0|1:73,165:238:99:0|1:180170_A_C:6731,0,2571:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:199,17:216:99:0|1:180170_A_C:126,0,8449:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:245,336:581:99:0|1:180170_A_C:13449,0,9162:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,689:689:99:1|1:180158_ACT_A:32850,2197,0:. 1|0:144,56:200:99:0|1:180158_ACT_A:2029,0,6079:. 1|1:0,295:295:99:1|1:180158_ACT_A:13950,933,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:180158_ACT_A:2835,190,0:. 1|1:0,22:22:69:1|1:180158_ACT_A:1035,69,0:. 1|1:10,370:380:99:1|1:180158_ACT_A:16740,730,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180174 . T G 2.02572e+07 PASS FS=0;MQ=59.95;QD=29.05;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I587S;SNPEFF_CODON_CHANGE=aTt/aGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.72;VQSLOD=9.71;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.8;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=191.93;GQ_STDDEV=245.75;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5797;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.146;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16539684;AF=0.542;AS_InbreedingCoeff=0.5859;MLEAC=2861;MLEAF=0.546;AN=858;AC=404 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:25,51:76:99:0|1:180170_A_C:2212,0,926:. 1|1:0,72:72:99:1|1:180158_ACT_A:3465,232,0:. 1|1:2,70:72:97:1|1:180158_ACT_A:3195,97,0:. 1|0:37,27:64:99:0|1:180158_ACT_A:1016,0,1556:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1378:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1377:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:180158_ACT_A:2610,175,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1391:. 1|0:11,7:18:99:0|1:180170_A_C:303,0,438:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1097:. 1|1:0,5:5:18:1|1:180158_ACT_A:270,18,0:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,953:. 0|0:44,0:44:84:.:.:0,84,1255:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158:. 1|0:21,47:68:99:0|1:180170_A_C:1914,0,780:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,29:29:99:1|1:180158_ACT_A:1485,99,0:. 0|1:85,25:110:99:0|1:180170_A_C:986,0,3479:. 1|1:0,17:17:60:1|1:180158_ACT_A:900,60,0:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:180158_ACT_A:2340,157,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,74:103:99:0|1:180158_ACT_A:3182,0,1067:. 0|1:29,40:69:99:0|1:180158_ACT_A:1628,0,1178:. 1|1:0,313:313:99:1|1:180158_ACT_A:14490,969,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:180158_ACT_A:2970,199,0:. 1|0:38,97:135:99:0|1:180158_ACT_A:4079,0,1379:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,25:70:99:0|1:180158_ACT_A:905,0,1940:. 0|1:25,42:67:99:0|1:180158_ACT_A:1688,0,923:. 1|0:11,50:61:99:0|1:180158_ACT_A:2276,0,296:. 1|1:0,145:145:99:1|1:180158_ACT_A:6615,442,0:. 1|1:1,122:123:99:1|1:180158_ACT_A:5850,352,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,75:102:99:0|1:180170_A_C:3087,0,957:. 1|0:60,33:93:99:0|1:180170_A_C:1266,0,2456:. 1|1:0,43:43:99:1|1:180158_ACT_A:1935,129,0:. 1|1:0,117:117:99:1|1:180158_ACT_A:5490,367,0:. 1|0:38,22:60:99:.:.:809,0,1529:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,11:32:99:0|1:180158_ACT_A:441,0,846:. 1|0:3,121:124:99:0|1:180158_ACT_A:5324,0,471:. 0|1:190,39:229:99:0|1:180170_A_C:1152,0,8093:. 1|0:96,14:110:99:0|1:180170_A_C:287,0,4157:. 0|0:81,4:85:79:0|1:180170_A_C:0,79,3510:. 1|1:0,121:121:99:1|1:180158_ACT_A:5625,376,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:180158_ACT_A:3645,244,0:. 1|0:60,16:76:99:0|1:180170_A_C:494,0,2579:. 0|1:59,32:91:99:0|1:180158_ACT_A:1244,0,2459:. 1|1:0,130:130:99:1|1:180158_ACT_A:5985,400,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:116,45:161:99:0|1:180158_ACT_A:1612,0,4897:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,48:93:99:0|1:180158_ACT_A:1919,0,1784:. 0|1:47,92:139:99:0|1:180170_A_C:3800,0,1786:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:180158_ACT_A:3195,214,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:180158_ACT_A:2295,154,0:. 1|1:0,149:149:99:1|1:180158_ACT_A:7020,470,0:. 1|1:6,111:117:88:1|1:180170_A_C:4778,88,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:180131_G_C:3240,217,0:. 1|0:147,73:220:99:0|1:180158_ACT_A:2605,0,6205:. 1|0:19,79:98:99:0|1:180158_ACT_A:3341,0,596:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,29:66:99:0|1:180158_ACT_A:1178,0,1628:. 1|1:5,79:84:37:1|1:180158_ACT_A:3465,37,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:180158_ACT_A:2340,157,0:. 1|0:28,28:56:99:0|1:180158_ACT_A:1085,0,1175:. 0|1:93,51:144:99:0|1:180158_ACT_A:1936,0,3871:. 1|1:0,82:82:99:1|1:180158_ACT_A:3825,256,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,91:190:99:0|1:180158_ACT_A:3718,0,4078:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1293:. 1|1:0,159:159:99:1|1:180158_ACT_A:7515,503,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,108:119:99:0|1:180158_ACT_A:4586,0,131:. 0|1:27,115:142:99:0|1:180158_ACT_A:4871,0,821:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,59:91:99:0|1:180170_A_C:2462,0,1202:. 0|1:13,100:113:99:0|1:180158_ACT_A:4283,0,278:. 1|0:40,28:68:99:0|1:180158_ACT_A:1217,0,1667:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,179:179:99:1|1:180158_ACT_A:8325,557,0:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,182:225:99:0|1:180170_A_C:7633,0,1333:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,15:126:99:0|1:180158_ACT_A:281,0,4826:. 0|1:12,120:132:99:0|1:180158_ACT_A:5297,0,122:. 1|1:10,213:223:99:1|1:180158_ACT_A:9405,239,0:. 1|1:1,145:146:99:1|1:180158_ACT_A:6570,362,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,10:176:65:0|1:180170_A_C:0,65,7328:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,196:198:99:1|1:180158_ACT_A:9180,536,0:. 1|1:0,229:229:99:1|1:180158_ACT_A:10665,713,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,246:246:99:1|1:180158_ACT_A:11385,762,0:. 1|1:0,178:178:99:1|1:180158_ACT_A:8325,557,0:. 1|1:0,223:223:99:1|1:180158_ACT_A:10575,707,0:. 1|1:0,180:180:99:1|1:180158_ACT_A:8415,563,0:. 1|1:2,226:228:99:1|1:180158_ACT_A:10305,611,0:. 0|1:103,49:152:99:0|1:180158_ACT_A:1732,0,4387:. 1|1:0,206:206:99:1|1:180158_ACT_A:9704,650,0:. 1|0:114,49:163:99:0|1:180158_ACT_A:1915,0,4750:. 1|1:2,183:185:99:1|1:180170_A_C:8269,479,0:. 1|1:9,186:195:99:1|1:180158_ACT_A:8505,218,0:. 0|1:112,8:120:71:0|1:180158_ACT_A:71,0,4841:. 1|1:0,192:192:99:1|1:180158_ACT_A:8955,599,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:1|1:180158_ACT_A:8955,599,0:. 1|1:16,236:252:63:1|1:180158_ACT_A:10260,63,0:. 1|0:94,104:198:99:0|1:180170_A_C:4333,0,3739:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,87:166:99:0|1:180158_ACT_A:3580,0,3085:. 1|1:0,131:131:99:1|1:180158_ACT_A:6300,421,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:191,25:216:99:0|1:180158_ACT_A:445,0,8365:. 1|1:0,254:254:99:1|1:180158_ACT_A:11880,795,0:. 1|1:4,149:153:99:1|1:180158_ACT_A:6615,248,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:180158_ACT_A:10575,707,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:191,18:209:99:0|1:180158_ACT_A:160,0,8260:. 1|1:0,205:205:99:1|1:180158_ACT_A:9630,644,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,10:161:56:0|1:180170_A_C:0,56,6660:. 1|1:0,247:247:99:1|1:180158_ACT_A:11565,774,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,12:125:99:0|1:180158_ACT_A:146,0,4961:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,29:69:99:0|1:180174_T_G:1091,0,1676:. 1|0:65,70:135:99:0|1:180170_A_C:2744,0,2519:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,53:90:99:0|1:180158_ACT_A:2279,0,1424:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,107:109:99:1|1:180170_A_C:4950,253,0:. 1|1:2,155:157:99:1|1:180170_A_C:7134,401,0:. 1|0:100,47:147:99:0|1:180158_ACT_A:1750,0,4135:. 1|1:0,97:97:99:1|1:180158_ACT_A:4680,313,0:. 1|0:59,55:114:99:0|1:180158_ACT_A:2210,0,2472:. 0|1:74,16:90:99:0|1:180158_ACT_A:446,0,3101:. 1|0:19,157:176:99:0|1:180170_A_C:6773,0,304:. 1|0:80,123:203:99:.:.:5080,0,3145:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:21:1|1:180158_ACT_A:315,21,0:. 1|1:0,111:111:99:1|1:180158_ACT_A:5085,340,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:180158_ACT_A:5040,337,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,60:92:99:0|1:180158_ACT_A:2543,0,1238:. 1|1:1,133:134:99:1|1:180158_ACT_A:6120,370,0:. 1|0:124,35:159:99:0|1:180158_ACT_A:1123,0,5308:. 1|1:4,105:109:99:1|1:180158_ACT_A:4545,148,0:. 0|1:78,80:158:99:0|1:180158_ACT_A:3157,0,3157:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,84:89:52:1|1:180158_ACT_A:3690,52,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:180158_ACT_A:4410,295,0:. 0|1:46,91:137:99:0|1:180158_ACT_A:3848,0,1688:. 0|1:121,19:140:99:0|1:180170_A_C:419,0,5198:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,101:125:99:0|1:180170_A_C:4187,0,764:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:1|1:180158_ACT_A:4500,301,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:1|1:180158_ACT_A:7740,518,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:180158_ACT_A:10215,683,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,56:112:99:0|1:180158_ACT_A:2267,0,2177:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,14:150:99:0|1:180170_A_C:217,0,5707:. 1|1:0,121:121:99:1|1:180158_ACT_A:5535,370,0:. 1|0:97,70:167:99:0|1:180170_A_C:2731,0,3939:. 0|1:92,25:117:99:0|1:180158_ACT_A:803,0,24508:. 1|0:19,53:72:99:0|1:180170_A_C:2318,0,626:. 1|1:1,96:97:99:1|1:180158_ACT_A:4320,250,0:. 0|1:48,13:61:99:0|1:180158_ACT_A:473,0,2138:. 1|0:79,40:119:99:0|1:180170_A_C:1475,0,3305:. 1|1:0,96:96:99:1|1:180170_A_C:4437,298,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,78:88:99:0|1:180170_A_C:3352,0,176:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:1|1:180158_ACT_A:9225,617,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,64:72:99:0|1:180158_ACT_A:2747,0,137:. 0|1:147,38:185:99:0|1:180158_ACT_A:1177,0,6307:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,15:93:99:0|1:180158_ACT_A:389,0,3314:. 1|1:0,67:67:99:1|1:180158_ACT_A:3285,220,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:180158_ACT_A:2880,193,0:. 1|0:15,95:110:99:0|1:180158_ACT_A:4067,0,377:. 1|0:35,31:66:99:0|1:180158_ACT_A:1277,0,1412:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,20:60:99:0|1:180170_A_C:741,0,1700:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,42:115:99:0|1:180170_A_C:1544,0,2939:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:30,72:102:99:0|1:180170_A_C:3140,0,1070:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:180158_ACT_A:3285,220,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:180158_ACT_A:2655,178,0:. 0|1:66,6:72:47:0|1:180158_ACT_A:47,0,2837:. 1|0:136,33:169:99:0|1:180170_A_C:1025,0,5896:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,3:7:99:0|1:180158_ACT_A:114,0,159:. 0|1:33,156:189:99:0|1:180158_ACT_A:6655,0,985:. 1|0:66,50:116:99:0|1:180170_A_C:1988,0,2654:. 0|1:85,60:145:99:0|1:180170_A_C:2348,0,3448:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,35:143:99:0|1:180158_ACT_A:1171,0,4636:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,20:58:99:0|1:180170_A_C:716,0,1661:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,909:. 1|1:0,79:79:99:1|1:180158_ACT_A:3600,241,0:. 1|0:203,103:306:99:0|1:180170_A_C:3928,0,8472:. 1|0:43,101:144:99:0|1:180170_A_C:4179,0,1519:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,54:54:99:1|1:180158_ACT_A:2565,133,0:. 1|0:17,152:169:99:0|1:180170_A_C:6456,0,286:. 0|1:83,31:114:99:0|1:180170_A_C:1043,0,3518:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,11:22:99:0|1:180158_ACT_A:471,0,426:. 0|1:44,32:76:99:0|1:180158_ACT_A:1247,0,1832:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1294:. 1|1:2,131:133:99:1|1:180158_ACT_A:5895,316,0:. 0|1:30,3:33:36:0|1:180170_A_C:36,0,1251:. 0|1:119,77:196:99:0|1:180161_A_AAG:2974,0,5134:. 1|1:0,148:148:99:1|1:180158_ACT_A:7065,473,0:. 1|1:0,229:229:99:1|1:180158_ACT_A:10800,722,0:. 1|1:0,224:224:99:1|1:180158_ACT_A:10350,692,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,118:233:99:0|1:180158_ACT_A:4639,0,4639:. 1|1:0,224:224:99:1|1:180158_ACT_A:10440,698,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:162,118:280:99:0|1:180170_A_C:4536,0,6630:. 1|1:0,222:222:99:1|1:180158_ACT_A:10305,689,0:. 0|1:104,151:255:99:0|1:180158_ACT_A:6267,0,4062:. 1|1:0,27:27:87:1|1:180158_ACT_A:1305,87,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:180158_ACT_A:9900,662,0:. 1|1:1,218:219:99:1|1:180158_ACT_A:10035,632,0:. 1|1:0,320:320:99:1|1:180158_ACT_A:14715,984,0:. 1|1:2,216:218:99:1|1:180158_ACT_A:9990,590,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:1|1:180158_ACT_A:11160,747,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,47:202:99:0|1:180170_A_C:1540,0,6683:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:1|1:180158_ACT_A:10170,680,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:1|1:180158_ACT_A:7155,479,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,277:277:99:1|1:180131_G_C:12825,858,0:. 1|1:0,131:131:99:1|1:180158_ACT_A:5985,400,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,250:257:99:1|1:180158_ACT_A:11295,483,0:. 1|1:0,244:244:99:1|1:180158_ACT_A:11295,756,0:. 1|1:0,753:753:99:1|1:180158_ACT_A:35190,2354,0:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:1|1:180158_ACT_A:4635,310,0:. 1|1:1,20:21:21:1|1:180170_A_C:900,21,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:180158_ACT_A:9360,626,0:. 1|1:0,262:262:99:1|1:180158_ACT_A:12195,816,0:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,146:155:77:1|1:180158_ACT_A:6390,77,0:. 1|1:3,264:267:99:1|1:180158_ACT_A:12015,687,0:. 1|1:0,250:250:99:1|1:180158_ACT_A:11655,780,0:. 0|0:626,0:626:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:180158_ACT_A:3870,259,0:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:15,274:289:99:1|1:180158_ACT_A:11970,216,0:. 1|1:0,244:244:99:1|1:180158_ACT_A:11610,777,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:238,27:265:99:0|1:180158_ACT_A:381,0,10416:. 1|1:0,243:243:99:1|1:180158_ACT_A:11295,756,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,437:439:99:1|1:180158_ACT_A:20025,1262,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,37:51:99:0|1:180158_ACT_A:1553,0,473:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:256,26:282:99:0|1:180158_ACT_A:336,0,11077:. 0|1:64,150:214:99:0|1:180170_A_C:6352,0,2299:. 1|0:170,30:200:99:0|1:180030_G_A:781,0,7171:. 1|1:14,263:277:99:1|1:180158_ACT_A:11700,237,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,2:69:99:0|1:180170_A_C:0,124,2989:. 1|0:210,50:260:99:0|1:180170_A_C:1477,0,8876:. 0|1:48,6:54:99:0|1:180170_A_C:104,0,2029:. 1|1:7,277:284:99:1|1:180170_A_C:12499,570,0:. 1|1:0,512:512:99:1|1:180158_ACT_A:23535,1574,0:. 1|0:44,143:187:99:0|1:180158_ACT_A:5989,0,1534:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:222,48:270:99:0|1:180158_ACT_A:1323,0,9513:. 1|1:9,324:333:99:1|1:180170_A_C:14272,583,0:. 1|0:171,65:236:99:0|1:180170_A_C:2304,0,7211:. 1|1:5,241:246:99:1|1:180170_A_C:11006,546,0:. 1|1:0,151:151:99:1|1:180170_A_C:7018,473,0:. 0|1:192,74:266:99:0|1:180158_ACT_A:2685,0,7995:. 0|1:99,27:126:99:0|1:180158_ACT_A:860,0,4325:. 1|1:0,201:201:99:1|1:180158_ACT_A:9270,620,0:. 1|0:6,42:48:99:0|1:180158_ACT_A:1829,0,119:. 1|0:212,38:250:99:0|1:180170_A_C:975,0,9061:. 1|1:11,547:558:99:1|1:180158_ACT_A:24779,1230,0:. 1|1:10,255:265:99:1|1:180158_ACT_A:11385,333,0:. 1|1:15,233:248:87:1|1:180158_ACT_A:10035,87,0:. 1|1:15,418:433:99:1|1:180158_ACT_A:18495,614,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:180158_ACT_A:4725,316,0:. 1|1:4,262:266:99:1|1:180158_ACT_A:12195,660,0:. 1|1:5,226:231:99:1|1:180158_ACT_A:10305,494,0:. 1|1:10,427:437:99:1|1:180158_ACT_A:19035,845,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:180158_ACT_A:9765,653,0:. 1|1:2,549:551:99:1|1:180158_ACT_A:25110,1563,0:. 1|1:0,609:609:99:1|1:180158_ACT_A:27900,1827,0:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,101:102:99:1|1:180158_ACT_A:4725,277,0:. 1|1:0,407:407:99:1|1:180158_ACT_A:18810,1258,0:. 0|0:440,0:440:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,175:248:99:0|1:180158_ACT_A:7413,0,2643:. 1|1:1,496:497:99:1|1:180158_ACT_A:22905,1454,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,68:152:99:0|1:180158_ACT_A:2644,0,3319:. 1|1:0,162:162:99:1|1:180131_G_C:7650,512,0:. 1|1:0,265:265:99:1|1:180158_ACT_A:12240,819,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,60:172:99:0|1:180170_A_C:2202,0,4630:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:1|1:180158_ACT_A:10710,716,0:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:180158_ACT_A:7425,497,0:. 1|1:0,289:289:99:1|1:180158_ACT_A:13590,909,0:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,328:328:99:1|1:180158_ACT_A:15480,1035,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:1|1:180158_ACT_A:6300,421,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:180158_ACT_A:3915,262,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:180158_ACT_A:2790,187,0:. 1|1:0,18:18:60:1|1:180158_ACT_A:900,60,0:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,307:307:99:1|1:180158_ACT_A:14760,987,0:. 1|1:0,306:306:99:1|1:180158_ACT_A:14355,960,0:. 1|1:0,30:30:90:1|1:180158_ACT_A:1350,90,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:180158_ACT_A:11430,765,0:. 1|1:0,296:296:99:1|1:180158_ACT_A:13590,909,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,272:272:99:1|1:180158_ACT_A:12780,855,0:. 1|1:0,237:237:99:1|1:180158_ACT_A:10980,734,0:. 0|1:72,164:236:99:0|1:180170_A_C:6864,0,2646:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:201,17:218:88:0|1:180170_A_C:88,0,8634:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:238,338:576:99:0|1:180170_A_C:13841,0,9339:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,703:703:99:1|1:180158_ACT_A:32805,2194,0:. 1|0:144,52:196:99:0|1:180158_ACT_A:1855,0,6175:. 1|1:0,303:303:99:1|1:180158_ACT_A:14175,948,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:180158_ACT_A:2835,190,0:. 1|1:0,22:22:66:1|1:180158_ACT_A:990,66,0:. 1|1:10,365:375:99:1|1:180158_ACT_A:16605,721,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180175 . T G 2.02678e+07 PASS FS=0;MQ=59.96;QD=28.71;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I587M;SNPEFF_CODON_CHANGE=atT/atG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.721;VQSLOD=10.1;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.68;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=192.24;GQ_STDDEV=248.21;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5807;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.457;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16553956;AF=0.542;AS_InbreedingCoeff=0.5669;MLEAC=2856;MLEAF=0.545;AN=858;AC=404 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:25,51:76:99:0|1:180170_A_C:2192,0,887:. 1|1:0,72:72:99:1|1:180158_ACT_A:3555,238,0:. 1|1:3,69:72:99:1|1:180158_ACT_A:3285,103,0:. 1|0:38,27:65:99:0|1:180158_ACT_A:1016,0,1556:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1378:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1377:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:180158_ACT_A:2610,175,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1391:. 1|0:11,7:18:99:0|1:180170_A_C:303,0,438:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1097:. 1|1:0,5:5:18:1|1:180158_ACT_A:270,18,0:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1438:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158:. 1|0:20,47:67:99:0|1:180170_A_C:1917,0,738:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:99:1|1:180158_ACT_A:1485,99,0:. 0|1:85,27:112:99:0|1:180170_A_C:983,0,3521:. 1|1:0,17:17:60:1|1:180158_ACT_A:900,60,0:. 0|0:15,0:15:21:.:.:0,21,421:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:180158_ACT_A:2385,160,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,76:105:99:0|1:180158_ACT_A:3227,0,1022:. 0|1:28,40:68:99:0|1:180158_ACT_A:1583,0,1223:. 1|1:0,312:312:99:1|1:180158_ACT_A:14670,981,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:180158_ACT_A:2970,199,0:. 1|0:38,98:136:99:0|1:180158_ACT_A:4121,0,1376:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,24:70:99:0|1:180158_ACT_A:905,0,1940:. 0|1:25,42:67:99:0|1:180158_ACT_A:1685,0,965:. 1|0:11,50:61:99:0|1:180158_ACT_A:2234,0,299:. 1|1:0,146:146:99:1|1:180158_ACT_A:6615,442,0:. 1|1:1,123:124:99:1|1:180158_ACT_A:5715,343,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,75:102:99:0|1:180170_A_C:3132,0,929:. 1|0:61,33:94:99:0|1:180170_A_C:1266,0,2456:. 1|1:0,42:42:99:1|1:180158_ACT_A:1935,129,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:180158_ACT_A:5445,364,0:. 1|0:37,22:59:99:.:.:848,0,1568:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,12:33:99:0|1:180158_ACT_A:441,0,846:. 1|0:3,118:121:99:0|1:180158_ACT_A:5279,0,562:. 0|1:190,39:229:99:0|1:180170_A_C:1126,0,8170:. 1|0:97,14:111:99:0|1:180170_A_C:332,0,4112:. 0|0:79,4:83:82:0|1:180170_A_C:0,82,3555:. 1|1:0,122:122:99:1|1:180158_ACT_A:5625,376,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:180158_ACT_A:3600,241,0:. 1|0:61,17:78:99:0|1:180170_A_C:494,0,2579:. 0|1:59,32:91:99:0|1:180158_ACT_A:1205,0,2420:. 1|1:0,131:131:99:1|1:180158_ACT_A:5985,400,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:114,45:159:99:0|1:180158_ACT_A:1612,0,4897:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,49:94:99:0|1:180158_ACT_A:1919,0,1784:. 0|1:47,93:140:99:0|1:180170_A_C:3842,0,1761:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:180158_ACT_A:3240,217,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:180158_ACT_A:2340,157,0:. 1|1:0,150:150:99:1|1:180158_ACT_A:7200,482,0:. 1|1:5,110:115:85:1|1:180170_A_C:4753,85,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:180131_G_C:3240,217,0:. 1|0:148,73:221:99:0|1:180158_ACT_A:2644,0,6244:. 1|0:19,80:99:99:0|1:180158_ACT_A:3299,0,599:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,30:65:99:0|1:180158_ACT_A:1136,0,1631:. 1|1:5,76:81:40:1|1:180158_ACT_A:3510,40,0:. 1|1:0,51:51:99:1|1:180158_ACT_A:2340,157,0:. 1|0:28,27:55:99:0|1:180158_ACT_A:1079,0,1259:. 0|1:94,51:145:99:0|1:180158_ACT_A:1936,0,3871:. 1|1:0,82:82:99:1|1:180158_ACT_A:3780,253,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,92:192:99:0|1:180158_ACT_A:3724,0,3994:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1293:. 1|1:0,156:156:99:1|1:180158_ACT_A:7335,491,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,107:117:99:0|1:180158_ACT_A:4586,0,131:. 0|1:27,114:141:99:0|1:180158_ACT_A:4871,0,821:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,59:91:99:0|1:180170_A_C:2465,0,1160:. 0|1:14,99:113:99:0|1:180158_ACT_A:4241,0,281:. 1|0:41,28:69:99:0|1:180158_ACT_A:1217,0,1667:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,179:179:99:1|1:180158_ACT_A:8415,563,0:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,183:226:99:0|1:180170_A_C:7714,0,1327:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,15:124:99:0|1:180158_ACT_A:284,0,4784:. 0|1:12,119:131:99:0|1:180158_ACT_A:5297,0,122:. 1|1:10,214:224:99:1|1:180158_ACT_A:9450,242,0:. 1|1:2,145:147:99:1|1:180158_ACT_A:6570,362,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,10:177:59:0|1:180170_A_C:0,59,7270:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,197:198:99:1|1:180158_ACT_A:9225,539,0:. 1|1:0,229:229:99:1|1:180158_ACT_A:10617,710,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:1|1:180158_ACT_A:11385,762,0:. 1|1:0,179:179:99:1|1:180158_ACT_A:8370,560,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:180158_ACT_A:10530,704,0:. 1|1:0,184:184:99:1|1:180158_ACT_A:8505,569,0:. 1|1:2,224:226:99:1|1:180158_ACT_A:10350,614,0:. 0|1:106,49:155:99:0|1:180158_ACT_A:1735,0,4345:. 1|1:0,208:208:99:1|1:180158_ACT_A:9659,647,0:. 1|0:114,51:165:99:0|1:180158_ACT_A:1918,0,4708:. 1|1:2,181:183:99:1|1:180170_A_C:8217,473,0:. 1|1:9,189:198:99:1|1:180158_ACT_A:8415,212,0:. 0|1:112,9:121:77:0|1:180158_ACT_A:77,0,4757:. 1|1:0,194:194:99:1|1:180158_ACT_A:8955,599,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:1|1:180158_ACT_A:9000,602,0:. 1|1:16,237:253:57:1|1:180158_ACT_A:10170,57,0:. 1|0:95,104:199:99:0|1:180170_A_C:4315,0,3658:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,88:166:99:0|1:180158_ACT_A:3538,0,3068:. 1|1:0,131:131:99:1|1:180158_ACT_A:6345,424,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:189,25:214:99:0|1:180158_ACT_A:490,0,8320:. 1|1:0,254:254:99:1|1:180158_ACT_A:11970,801,0:. 1|1:4,149:153:99:1|1:180158_ACT_A:6615,248,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:180158_ACT_A:10752,719,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:189,17:206:99:0|1:180158_ACT_A:157,0,8302:. 1|1:0,206:206:99:1|1:180158_ACT_A:9495,635,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,10:161:59:0|1:180170_A_C:0,59,6705:. 1|1:0,250:250:99:1|1:180158_ACT_A:11565,774,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,12:124:99:0|1:180158_ACT_A:146,0,4961:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,29:71:99:0|1:180174_T_G:1091,0,1676:. 1|0:64,70:134:99:0|1:180170_A_C:2786,0,2516:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,50:86:99:0|1:180158_ACT_A:2279,0,1424:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,110:112:99:1|1:180170_A_C:5040,259,0:. 1|1:2,156:158:99:1|1:180170_A_C:7269,410,0:. 1|0:99,47:146:99:0|1:180158_ACT_A:1711,0,4096:. 1|1:0,101:101:99:1|1:180158_ACT_A:4725,316,0:. 1|0:59,55:114:99:0|1:180158_ACT_A:2252,0,2469:. 0|1:75,16:91:99:0|1:180158_ACT_A:485,0,3140:. 1|0:19,156:175:99:0|1:180170_A_C:6773,0,304:. 1|0:80,122:202:99:.:.:5041,0,3106:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:21:1|1:180158_ACT_A:315,21,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:180158_ACT_A:5130,343,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:1|1:180158_ACT_A:4995,334,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,61:93:99:0|1:180158_ACT_A:2540,0,1280:. 1|1:1,130:131:99:1|1:180158_ACT_A:6075,367,0:. 1|0:122,35:157:99:0|1:180158_ACT_A:1123,0,5308:. 1|1:4,105:109:99:1|1:180158_ACT_A:4590,151,0:. 0|1:79,79:158:99:0|1:180158_ACT_A:3157,0,3157:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,85:90:52:1|1:180158_ACT_A:3690,52,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:180158_ACT_A:4455,298,0:. 0|1:47,93:140:99:0|1:180158_ACT_A:3848,0,1688:. 0|1:118,19:137:99:0|1:180170_A_C:464,0,5131:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,101:126:99:0|1:180170_A_C:4187,0,764:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:1|1:180158_ACT_A:4545,304,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:1|1:180158_ACT_A:7695,515,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:1|1:180158_ACT_A:10215,683,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,57:113:99:0|1:180158_ACT_A:2225,0,2180:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,15:151:99:0|1:180170_A_C:214,0,5749:. 1|1:0,121:121:99:1|1:180158_ACT_A:5580,373,0:. 1|0:99,70:169:99:0|1:180170_A_C:2725,0,3942:. 0|1:94,24:118:99:0|1:180158_ACT_A:839,0,24599:. 1|0:19,56:75:99:0|1:180170_A_C:2360,0,623:. 1|1:1,97:98:99:1|1:180158_ACT_A:4410,256,0:. 0|1:49,13:62:99:0|1:180158_ACT_A:431,0,2141:. 1|0:79,40:119:99:0|1:180170_A_C:1475,0,3305:. 1|1:0,95:95:99:1|1:180170_A_C:4437,298,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,79:89:99:0|1:180170_A_C:3329,0,179:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:1|1:180158_ACT_A:9225,617,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,66:74:99:0|1:180158_ACT_A:2747,0,137:. 0|1:147,39:186:99:0|1:180158_ACT_A:1180,0,6265:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,15:92:99:0|1:180158_ACT_A:392,0,3272:. 1|1:0,67:67:99:1|1:180158_ACT_A:3195,214,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:180158_ACT_A:2880,193,0:. 1|0:16,96:112:99:0|1:180158_ACT_A:4190,0,410:. 1|0:34,31:65:99:0|1:180158_ACT_A:1238,0,1373:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,20:61:99:0|1:180170_A_C:735,0,1784:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,42:115:99:0|1:180170_A_C:1583,0,2978:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:30,74:104:99:0|1:180170_A_C:3266,0,1061:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:180158_ACT_A:3322,223,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:180158_ACT_A:2655,178,0:. 0|1:65,6:71:47:0|1:180158_ACT_A:47,0,2837:. 1|0:135,33:168:99:0|1:180170_A_C:981,0,5860:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,3:7:99:0|1:180158_ACT_A:114,0,159:. 0|1:33,157:190:99:0|1:180158_ACT_A:6574,0,949:. 1|0:67,51:118:99:0|1:180170_A_C:2030,0,2651:. 0|1:86,60:146:99:0|1:180170_A_C:2320,0,3508:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,36:145:99:0|1:180158_ACT_A:1211,0,4633:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,19:59:99:0|1:180170_A_C:719,0,1619:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,909:. 1|1:0,79:79:99:1|1:180158_ACT_A:3645,244,0:. 1|0:205,101:306:99:0|1:180170_A_C:3905,0,8475:. 1|0:42,101:143:99:0|1:180170_A_C:4155,0,1522:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,55:55:99:1|1:180158_ACT_A:2565,133,0:. 1|0:17,150:167:99:0|1:180170_A_C:6477,0,286:. 0|1:83,31:114:99:0|1:180170_A_C:1043,0,3518:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,11:22:99:0|1:180158_ACT_A:471,0,426:. 0|1:44,32:76:99:0|1:180158_ACT_A:1253,0,1748:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1294:. 1|1:2,132:134:99:1|1:180158_ACT_A:5895,316,0:. 0|1:30,3:33:36:0|1:180170_A_C:36,0,1251:. 0|1:124,77:201:99:0|1:180161_A_AAG:2977,0,5092:. 1|1:0,148:148:99:1|1:180158_ACT_A:6930,464,0:. 1|1:0,231:231:99:1|1:180158_ACT_A:10665,713,0:. 1|1:0,221:221:99:1|1:180158_ACT_A:10395,695,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,118:233:99:0|1:180158_ACT_A:4603,0,4558:. 1|1:0,223:223:99:1|1:180158_ACT_A:10620,710,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,120:283:99:0|1:180170_A_C:4578,0,6639:. 1|1:0,223:223:99:1|1:180158_ACT_A:10260,686,0:. 0|1:106,153:259:99:0|1:180158_ACT_A:6225,0,4065:. 1|1:0,28:28:84:1|1:180158_ACT_A:1260,84,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:1|1:180158_ACT_A:9810,656,0:. 1|1:1,217:218:99:1|1:180158_ACT_A:9810,617,0:. 1|1:0,318:318:99:1|1:180158_ACT_A:14667,981,0:. 1|1:2,215:217:99:1|1:180158_ACT_A:9990,590,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:1|1:180158_ACT_A:11115,744,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:156,47:203:99:0|1:180170_A_C:1594,0,6526:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:1|1:180158_ACT_A:10215,683,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:1|1:180158_ACT_A:7020,470,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,276:276:99:1|1:180131_G_C:12600,843,0:. 1|1:0,132:132:99:1|1:180158_ACT_A:5985,400,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,250:257:99:1|1:180158_ACT_A:11337,486,0:. 1|1:0,243:243:99:1|1:180158_ACT_A:11205,750,0:. 1|1:0,758:758:99:1|1:180158_ACT_A:35055,2345,0:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:1|1:180158_ACT_A:4545,304,0:. 1|1:1,21:22:24:1|1:180170_A_C:945,24,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:180158_ACT_A:9225,617,0:. 1|1:0,264:264:99:1|1:180158_ACT_A:12510,837,0:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,147:156:80:1|1:180158_ACT_A:6435,80,0:. 1|1:3,265:268:99:1|1:180158_ACT_A:12015,687,0:. 1|1:0,249:249:99:1|1:180158_ACT_A:11655,780,0:. 0|0:626,0:626:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:180158_ACT_A:3870,259,0:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:15,275:290:99:1|1:180158_ACT_A:12015,219,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:180158_ACT_A:11475,768,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:240,26:266:99:0|1:180158_ACT_A:393,0,10248:. 1|1:0,243:243:99:1|1:180158_ACT_A:11430,765,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,437:439:99:1|1:180158_ACT_A:20070,1265,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,37:51:99:0|1:180158_ACT_A:1553,0,473:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:258,27:285:99:0|1:180158_ACT_A:339,0,11035:. 0|1:65,151:216:99:0|1:180170_A_C:6328,0,2260:. 1|0:170,31:201:99:0|1:180030_G_A:778,0,7213:. 1|1:14,265:279:99:1|1:180158_ACT_A:11700,237,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,2:69:99:0|1:180170_A_C:0,121,2959:. 1|0:210,49:259:99:0|1:180170_A_C:1449,0,8919:. 0|1:48,6:54:99:0|1:180170_A_C:101,0,2071:. 1|1:7,275:282:99:1|1:180170_A_C:12389,558,0:. 1|1:0,512:512:99:1|1:180158_ACT_A:23580,1577,0:. 1|0:44,143:187:99:0|1:180158_ACT_A:5992,0,1492:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:224,48:272:99:0|1:180158_ACT_A:1329,0,9429:. 1|1:9,323:332:99:1|1:180170_A_C:14482,618,0:. 1|0:172,65:237:99:0|1:180170_A_C:2271,0,7313:. 1|1:5,242:247:99:1|1:180170_A_C:11112,552,0:. 1|1:0,152:152:99:1|1:180170_A_C:7058,476,0:. 0|1:190,75:265:99:0|1:180158_ACT_A:2724,0,8034:. 0|1:101,27:128:99:0|1:180158_ACT_A:905,0,4280:. 1|1:0,202:202:99:1|1:180158_ACT_A:9402,629,0:. 1|0:6,43:49:99:0|1:180158_ACT_A:1784,0,164:. 1|0:212,38:250:99:0|1:180170_A_C:984,0,8975:. 1|1:11,549:560:99:1|1:180158_ACT_A:24824,1233,0:. 1|1:11,259:270:99:1|1:180158_ACT_A:11430,336,0:. 1|1:15,233:248:90:1|1:180158_ACT_A:10077,90,0:. 1|1:15,419:434:99:1|1:180158_ACT_A:18495,614,0:. 1|1:0,100:100:99:1|1:180158_ACT_A:4590,307,0:. 1|1:4,263:267:99:1|1:180158_ACT_A:12105,654,0:. 1|1:5,226:231:99:1|1:180158_ACT_A:10125,482,0:. 1|1:10,427:437:99:1|1:180158_ACT_A:18990,842,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:180158_ACT_A:9855,659,0:. 1|1:2,549:551:99:1|1:180158_ACT_A:24975,1554,0:. 1|1:0,604:604:99:1|1:180158_ACT_A:27945,1869,0:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,99:100:99:1|1:180158_ACT_A:4725,277,0:. 1|1:0,406:406:99:1|1:180158_ACT_A:18765,1255,0:. 0|0:440,0:440:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,174:247:99:0|1:180158_ACT_A:7413,0,2643:. 1|1:1,492:493:99:1|1:180158_ACT_A:22902,1454,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,69:153:99:0|1:180158_ACT_A:2644,0,3319:. 1|1:0,165:165:99:1|1:180131_G_C:7605,509,0:. 1|1:0,266:266:99:1|1:180158_ACT_A:12195,816,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,60:172:99:0|1:180170_A_C:2196,0,4729:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:1|1:180158_ACT_A:10890,728,0:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:180158_ACT_A:7335,491,0:. 1|1:0,293:293:99:1|1:180158_ACT_A:13545,906,0:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,330:330:99:1|1:180158_ACT_A:15300,1023,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:1|1:180158_ACT_A:6210,415,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:180158_ACT_A:3915,262,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:180158_ACT_A:2790,187,0:. 1|1:0,18:18:63:1|1:180158_ACT_A:945,63,0:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,310:310:99:1|1:180158_ACT_A:14535,972,0:. 1|1:0,310:310:99:1|1:180158_ACT_A:14310,957,0:. 1|1:0,30:30:90:1|1:180158_ACT_A:1350,90,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:180158_ACT_A:11340,759,0:. 1|1:0,295:295:99:1|1:180158_ACT_A:13725,918,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,274:274:99:1|1:180158_ACT_A:12735,852,0:. 1|1:0,240:240:99:1|1:180158_ACT_A:10935,731,0:. 0|1:72,163:235:99:0|1:180170_A_C:6848,0,2536:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:200,17:217:88:0|1:180170_A_C:88,0,8668:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:240,341:581:99:0|1:180170_A_C:13763,0,9445:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,701:701:99:1|1:180158_ACT_A:32625,2182,0:. 1|0:144,52:196:99:0|1:180158_ACT_A:1810,0,6220:. 1|1:0,303:303:99:1|1:180158_ACT_A:14400,963,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:180158_ACT_A:2790,187,0:. 1|1:0,22:22:66:1|1:180158_ACT_A:990,66,0:. 1|1:10,363:373:99:1|1:180158_ACT_A:16605,721,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180179 . T C 1.38115e+06 PASS FS=0;MQ=60.51;QD=34.71;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F589L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ttt/Ctt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.693;VQSLOD=8.85;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=-0.0017;NCC=0;BaseQRankSum=-4.206;ClippingRankSum=0.388;MQRankSum=0.822;ReadPosRankSum=0.407;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16627175;AF=0.049;MLEAC=255;MLEAF=0.049;AN=858;AC=24 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1378:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1269:. 1|1:0,61:61:99:1|1:180179_T_C:2763,193,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1391:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1438:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:85:.:.:0,85,1023:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,64:132:99:0|1:180179_T_C:2382,0,2609:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,4:93:99:.:.:0,124,3847:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:180179_T_C:2688,187,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,4:81:67:0|1:180179_T_C:0,67,3316:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,24:91:99:.:.:742,0,2763:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,13:69:99:.:.:155,0,2131:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,78:166:99:.:.:1683,0,3000:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,29:111:99:.:.:413,0,2092:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,119:120:99:1|1:180179_T_C:5295,339,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,5:66:27:.:.:0,27,2605:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:1|1:180179_T_C:7014,482,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,60:195:99:.:.:1951,0,5656:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,14:159:81:.:.:0,81,6144:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,34:111:99:.:.:617,0,2824:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,81:85:99:.:.:2140,130,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,136:146:99:1|1:180179_T_C:3449,126,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,12:111:99:.:.:104,0,4288:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:1|1:180179_T_C:4502,310,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,67:170:99:.:.:1371,0,3746:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,89:101:99:0|1:180179_T_C:3623,0,217:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1294:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:760,0:760:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:122,0:122:.:.:.:.:120 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:.:.:.:.:120 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:626,0:626:.:.:.:.:120 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:.:.:.:.:120 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:512,0:512:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:.:.:.:.:120 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:.:.:.:.:120 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:.:.:.:.:120 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:587,0:587:.:.:.:.:120 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:.:.:120 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:371,0:371:.:.:.:.:120 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:120 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:120 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:659,0:659:.:.:.:.:120 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:.:.:.:.:120 0|0:509,0:509:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:.:.:.:.:120 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:627,0:627:.:.:.:.:120 0|0:606,0:606:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:396,0:396:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:.:.:.:.:120 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:586,0:586:.:.:.:.:120 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:702,0:702:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180181 . T C 2.02273e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=28.7;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F589;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttT/ttC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.737;VQSLOD=9.82;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=186.78;GQ_STDDEV=232.29;HRun=2;InbreedingCoeff=0.5832;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.115;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16609834;AF=0.542;AS_InbreedingCoeff=0.5246;MLEAC=2853;MLEAF=0.544;AN=856;AC=403 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:22,45:67:99:0|1:180170_A_C:2021,0,941:. 1|1:0,74:74:99:1|1:180158_ACT_A:3420,229,0:. 1|1:3,77:80:99:1|1:180158_ACT_A:3375,109,0:. 1|0:40,28:68:99:0|1:180158_ACT_A:1091,0,1676:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1378:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1269:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:180158_ACT_A:2565,172,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1391:. 1|0:12,9:21:99:0|1:180170_A_C:339,0,519:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1097:. 1|1:0,4:4:15:1|1:180158_ACT_A:225,15,0:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1438:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158:. 1|0:17,48:65:99:0|1:180170_A_C:2042,0,647:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,29:29:99:1|1:180158_ACT_A:1575,105,0:. 0|1:87,31:118:99:0|1:180170_A_C:1034,0,3644:. 1|1:0,18:18:57:1|1:180158_ACT_A:855,57,0:. 0|0:14,0:14:21:.:.:0,21,382:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:180158_ACT_A:2520,169,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,75:105:99:0|1:180158_ACT_A:3305,0,1100:. 0|1:30,36:66:99:0|1:180158_ACT_A:1502,0,1187:. 1|1:0,327:327:99:1|1:180158_ACT_A:14985,1002,0:. 1|1:0,64:64:99:1|1:180158_ACT_A:2880,193,0:. 1|0:37,98:135:99:0|1:180158_ACT_A:4082,0,1321:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,25:70:99:0|1:180158_ACT_A:914,0,1814:. 0|1:25,41:66:99:0|1:180158_ACT_A:1727,0,962:. 1|0:11,50:61:99:0|1:180158_ACT_A:2063,0,353:. 1|1:0,142:142:99:1|1:180158_ACT_A:6570,439,0:. 1|1:1,125:126:99:1|1:180158_ACT_A:5760,346,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,73:98:99:0|1:180170_A_C:3110,0,905:. 1|0:59,32:91:99:0|1:180170_A_C:1238,0,2526:. 1|1:0,42:42:99:1|1:180158_ACT_A:1980,132,0:. 1|1:0,124:124:99:1|1:180158_ACT_A:5675,382,0:. 1|0:40,21:61:99:.:.:755,0,1700:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,11:34:99:0|1:180158_ACT_A:393,0,933:. 1|0:4,119:123:99:0|1:180158_ACT_A:5111,0,574:. 0|1:190,39:229:99:0|1:180170_A_C:1045,0,8155:. 1|0:98,15:113:99:0|1:180170_A_C:317,0,4322:. 0|0:79,4:83:82:0|1:180170_A_C:0,82,3555:. 1|1:0,124:124:99:1|1:180158_ACT_A:5850,391,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:180158_ACT_A:3645,244,0:. 1|0:59,16:75:99:0|1:180170_A_C:482,0,2597:. 0|1:58,31:89:99:0|1:180158_ACT_A:1199,0,2504:. 1|1:0,127:127:99:1|1:180158_ACT_A:5819,391,0:. 0|0:129,0:129:41:.:.:0,41,3187:. 1|0:114,44:158:99:0|1:180158_ACT_A:1612,0,4897:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,49:92:99:0|1:180158_ACT_A:2051,0,1691:. 0|1:49,88:137:99:0|1:180170_A_C:3713,0,1798:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:1|1:180158_ACT_A:3375,226,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:180158_ACT_A:2295,154,0:. 1|1:0,154:154:99:1|1:180158_ACT_A:7155,479,0:. 1|1:5,106:111:99:1|1:180170_A_C:4755,124,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:180131_G_C:3140,211,0:. 1|0:143,70:213:99:0|1:180158_ACT_A:2575,0,6040:. 1|0:21,79:100:99:0|1:180158_ACT_A:3335,0,680:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,29:65:99:0|1:180158_ACT_A:1100,0,1550:. 1|1:5,76:81:22:1|1:180158_ACT_A:3240,22,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:180158_ACT_A:2385,160,0:. 1|0:30,26:56:99:0|1:180158_ACT_A:1001,0,1181:. 0|1:94,50:144:99:0|1:180158_ACT_A:1894,0,3874:. 1|1:0,84:84:99:1|1:180158_ACT_A:3870,259,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,91:191:99:0|1:180158_ACT_A:3592,0,4087:. 0|1:48,8:56:99:0|1:180181_T_C:233,0,1988:. 1|1:0,154:154:99:1|1:180158_ACT_A:7290,488,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,106:115:44:0|1:180158_ACT_A:4634,0,44:. 0|1:27,113:140:99:0|1:180158_ACT_A:4745,0,830:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,63:92:99:0|1:180170_A_C:2600,0,1025:. 0|1:14,96:110:99:0|1:180158_ACT_A:4136,0,329:. 1|0:40,28:68:99:0|1:180158_ACT_A:1091,0,1676:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:180158_ACT_A:8370,560,0:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,184:227:99:0|1:180170_A_C:7888,0,1231:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,15:123:99:0|1:180158_ACT_A:365,0,4820:. 0|1:12,124:136:99:0|1:180158_ACT_A:5339,0,119:. 1|1:9,219:228:99:1|1:180158_ACT_A:9585,212,0:. 1|1:2,148:150:99:1|1:180158_ACT_A:6840,380,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,10:176:99:0|1:180170_A_C:0,101,7335:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,199:200:99:1|1:180158_ACT_A:9270,581,0:. 1|1:0,227:227:99:1|1:180158_ACT_A:10617,710,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:1|1:180158_ACT_A:11250,753,0:. 1|1:0,184:184:99:1|1:180158_ACT_A:8460,566,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:180158_ACT_A:10485,701,0:. 1|1:0,180:180:99:1|1:180158_ACT_A:8415,563,0:. 1|1:2,231:233:99:1|1:180158_ACT_A:10800,644,0:. 0|1:101,47:148:99:0|1:180158_ACT_A:1789,0,4174:. 1|1:0,210:210:99:1|1:180158_ACT_A:9638,650,0:. 1|0:112,53:165:99:0|1:180158_ACT_A:1873,0,4753:. 1|1:1,177:178:99:1|1:180170_A_C:8115,470,0:. 1|1:8,194:202:99:1|1:180158_ACT_A:8505,257,0:. 0|1:107,10:117:86:0|1:180158_ACT_A:86,0,4631:. 1|1:0,196:196:99:1|1:180158_ACT_A:9180,614,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:1|1:180158_ACT_A:8910,596,0:. 0|1:18,235:253:33:0|1:180158_ACT_A:9940,0,33:. 1|0:90,104:194:99:0|1:180170_A_C:4315,0,3658:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,85:160:99:0|1:180158_ACT_A:3460,0,2990:. 1|1:0,140:140:99:1|1:180158_ACT_A:6570,439,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:195,26:221:99:0|1:180158_ACT_A:499,0,8194:. 1|1:0,248:248:99:1|1:180158_ACT_A:11610,777,0:. 1|1:5,149:154:99:1|1:180158_ACT_A:6615,209,0:. 1|1:0,232:232:99:1|1:180158_ACT_A:10702,716,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:193,18:211:99:0|1:180158_ACT_A:148,0,8428:. 1|1:0,201:201:99:1|1:180158_ACT_A:9315,623,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:149,11:160:4:0|1:180170_A_C:4,0,6349:. 1|1:0,243:243:99:1|1:180158_ACT_A:11336,759,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,11:120:99:0|1:180158_ACT_A:164,0,4709:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,27:68:99:0|1:180174_T_G:1049,0,1679:. 1|0:60,67:127:99:0|1:180170_A_C:2870,0,2510:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,53:91:99:0|1:180158_ACT_A:2153,0,1433:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,110:112:99:1|1:180170_A_C:5130,265,0:. 1|1:2,161:163:99:1|1:180170_A_C:7400,425,0:. 1|0:92,49:141:99:0|1:180158_ACT_A:1901,0,3749:. 1|1:0,102:102:99:1|1:180158_ACT_A:4635,310,0:. 1|0:57,56:113:99:0|1:180158_ACT_A:2171,0,2420:. 0|1:75,16:91:99:0|1:180158_ACT_A:437,0,3227:. 1|0:19,150:169:99:0|1:180170_A_C:6445,0,373:. 1|0:76,117:193:99:.:.:4714,0,3004:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:24:1|1:180158_ACT_A:360,24,0:. 1|1:0,107:107:99:1|1:180158_ACT_A:5040,337,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:180158_ACT_A:4724,319,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,60:91:99:0|1:180158_ACT_A:2591,0,1151:. 1|1:1,123:124:99:1|1:180158_ACT_A:5625,337,0:. 1|0:120,34:154:99:0|1:180158_ACT_A:1060,0,5020:. 1|1:4,103:107:99:1|1:180158_ACT_A:4545,148,0:. 0|1:82,74:156:99:0|1:180158_ACT_A:3103,0,3286:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,83:88:1:1|1:180158_ACT_A:3510,1,0:. 1|1:0,92:92:99:1|1:180158_ACT_A:4320,289,0:. 0|1:46,93:139:99:0|1:180158_ACT_A:3803,0,1733:. 0|1:119,18:137:99:0|1:180170_A_C:386,0,5069:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,98:123:99:0|1:180170_A_C:4124,0,749:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:1|1:180158_ACT_A:4545,304,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,157:157:99:1|1:180158_ACT_A:7380,494,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:1|1:180158_ACT_A:9900,662,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,55:109:99:0|1:180158_ACT_A:2183,0,2183:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,10:187:62:.:.:0,62,7920:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,14:151:99:0|1:180170_A_C:208,0,5833:. 1|1:0,123:123:99:1|1:180158_ACT_A:5580,373,0:. 1|0:92,70:162:99:0|1:180170_A_C:2692,0,3852:. 0|1:92,25:117:99:0|1:180158_ACT_A:761,0,23955:. 1|0:19,56:75:99:0|1:180170_A_C:2350,0,707:. 1|1:1,95:96:99:1|1:180158_ACT_A:4455,259,0:. 0|1:49,13:62:99:0|1:180158_ACT_A:392,0,2102:. 1|0:77,40:117:99:0|1:180170_A_C:1439,0,3239:. 1|1:0,98:98:99:1|1:180170_A_C:4590,307,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,77:87:99:0|1:180170_A_C:3203,0,188:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:1|1:180158_ACT_A:8861,593,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,59:67:99:0|1:180158_ACT_A:2576,0,191:. 0|1:147,41:188:99:0|1:180158_ACT_A:1295,0,6298:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,16:94:99:0|1:180158_ACT_A:437,0,3227:. 1|1:0,67:67:99:1|1:180158_ACT_A:3015,202,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:180158_ACT_A:2790,187,0:. 1|0:17,100:117:99:0|1:180158_ACT_A:4313,0,443:. 1|0:34,31:65:99:0|1:180158_ACT_A:1238,0,1373:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,18:62:99:0|1:180170_A_C:603,0,1861:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,40:112:99:0|1:180170_A_C:1454,0,3029:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:30,76:106:99:0|1:180170_A_C:3204,0,1064:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:180158_ACT_A:3126,211,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:180158_ACT_A:2745,184,0:. 0|1:66,6:72:50:0|1:180158_ACT_A:50,0,2795:. 1|0:139,33:172:99:0|1:180170_A_C:949,0,5989:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,3:6:99:0|1:180158_ACT_A:117,0,117:. 0|1:33,160:193:99:0|1:180158_ACT_A:6955,0,880:. 1|0:69,51:120:99:0|1:180170_A_C:1976,0,2741:. 0|1:82,59:141:99:0|1:180170_A_C:2348,0,3383:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,34:143:99:0|1:180158_ACT_A:1127,0,4639:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,19:56:99:0|1:180170_A_C:725,0,1535:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,76:76:99:1|1:180158_ACT_A:3600,241,0:. 1|0:197,103:300:99:0|1:180170_A_C:3864,0,8454:. 1|0:38,98:136:99:0|1:180170_A_C:4055,0,1447:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,57:57:99:1|1:180158_ACT_A:2565,172,0:. 1|0:19,144:163:99:0|1:180170_A_C:6031,0,361:. 0|1:87,31:118:99:0|1:180170_A_C:1037,0,3602:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,11:21:99:0|1:180158_ACT_A:429,0,429:. 0|1:44,31:75:99:0|1:180158_ACT_A:1163,0,1838:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1294:. 1|1:2,128:130:99:1|1:180158_ACT_A:5805,310,0:. 0|1:33,3:36:24:0|1:180170_A_C:24,0,1394:. 0|1:120,70:190:99:0|1:180161_A_AAG:2815,0,5020:. 1|1:0,147:147:99:1|1:180158_ACT_A:6795,455,0:. 1|1:0,230:230:99:1|1:180158_ACT_A:10800,722,0:. 1|1:0,225:225:99:1|1:180158_ACT_A:10530,704,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,121:234:99:0|1:180158_ACT_A:4900,0,4495:. 1|1:0,223:223:99:1|1:180158_ACT_A:10215,683,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:170,113:283:99:0|1:180170_A_C:4551,0,7026:. 1|1:0,220:220:99:1|1:180158_ACT_A:10215,683,0:. 0|1:105,152:257:99:0|1:180158_ACT_A:6309,0,4059:. 1|1:0,29:29:90:1|1:180158_ACT_A:1350,90,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:1|1:180158_ACT_A:10080,674,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:180158_ACT_A:9180,614,0:. 1|1:0,311:311:99:1|1:180158_ACT_A:14156,948,0:. 1|1:2,214:216:99:1|1:180158_ACT_A:9765,575,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:1|1:180158_ACT_A:10845,725,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:156,48:204:99:0|1:180170_A_C:1540,0,6490:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:1|1:180158_ACT_A:10125,677,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:1|1:180158_ACT_A:6975,467,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,276:276:99:1|1:180131_G_C:12825,858,0:. 1|1:0,129:129:99:1|1:180158_ACT_A:6120,409,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,250:257:99:1|1:180158_ACT_A:11382,489,0:. 1|1:0,239:239:99:1|1:180158_ACT_A:11115,744,0:. 1|1:0,759:759:99:1|1:180158_ACT_A:35730,2390,0:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,97:98:99:1|1:180158_ACT_A:4500,262,0:. 1|1:1,22:23:30:1|1:180170_A_C:1013,30,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:1|1:180158_ACT_A:9270,620,0:. 1|1:0,262:262:99:1|1:180158_ACT_A:12015,804,0:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,151:159:95:1|1:180158_ACT_A:6660,95,0:. 1|1:4,266:270:99:1|1:180158_ACT_A:12150,657,0:. 1|1:0,255:255:99:1|1:180158_ACT_A:11790,789,0:. 0|0:626,0:626:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:180158_ACT_A:3915,262,0:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:15,281:296:99:1|1:180158_ACT_A:12330,240,0:. 1|1:0,258:258:99:1|1:180158_ACT_A:11880,795,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:237,26:263:99:0|1:180158_ACT_A:393,0,10248:. 1|1:0,249:249:99:1|1:180158_ACT_A:11655,780,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,432:434:99:1|1:180158_ACT_A:19845,1250,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,39:53:99:0|1:180158_ACT_A:1595,0,470:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:254,26:280:99:0|1:180158_ACT_A:375,0,11116:. 0|1:66,154:220:99:0|1:180170_A_C:6517,0,2332:. 1|0:167,33:200:99:0|1:180030_G_A:862,0,7201:. 1|1:14,266:280:99:1|1:180158_ACT_A:11790,243,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,2:66:99:0|1:180170_A_C:0,112,2835:. 1|0:210,46:256:99:0|1:180170_A_C:1359,0,8975:. 0|1:47,5:52:62:0|1:180170_A_C:62,0,2042:. 1|1:7,276:283:99:1|1:180170_A_C:12507,564,0:. 1|1:0,513:513:99:1|1:180158_ACT_A:23889,1598,0:. 1|0:47,142:189:99:0|1:180158_ACT_A:5980,0,1660:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:222,45:267:99:0|1:180158_ACT_A:1314,0,9639:. 1|1:9,327:336:99:1|1:180170_A_C:14535,621,0:. 1|0:177,67:244:99:0|1:180170_A_C:2414,0,7429:. 1|1:5,242:247:99:1|1:180170_A_C:10953,540,0:. 1|1:0,151:151:99:1|1:180170_A_C:6830,461,0:. 0|1:193,75:268:99:0|1:180158_ACT_A:2601,0,8001:. 0|1:98,28:126:99:0|1:180158_ACT_A:872,0,4157:. 1|1:0,197:197:99:1|1:180158_ACT_A:9447,632,0:. 1|0:8,43:51:99:0|1:180158_ACT_A:1823,0,203:. 1|0:211,41:252:99:0|1:180170_A_C:1059,0,9114:. 1|1:10,548:558:99:1|1:180158_ACT_A:25044,1248,0:. 1|1:10,254:264:99:1|1:180158_ACT_A:11700,393,0:. 1|1:16,229:245:36:1|1:180158_ACT_A:9852,36,0:. 1|1:15,421:436:99:1|1:180158_ACT_A:18630,623,0:. 1|1:0,98:98:99:1|1:180158_ACT_A:4635,310,0:. 1|1:4,260:264:99:1|1:180158_ACT_A:11925,642,0:. 1|1:6,223:229:99:1|1:180158_ACT_A:9942,431,0:. 1|1:11,413:424:99:1|1:180158_ACT_A:18540,811,0:. 1|1:0,208:208:99:1|1:180158_ACT_A:9585,641,0:. 1|1:3,551:554:99:1|1:180158_ACT_A:25008,1557,0:. 1|1:0,600:600:99:1|1:180158_ACT_A:27990,1872,0:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,100:101:99:1|1:180158_ACT_A:4635,271,0:. 1|1:0,392:392:99:1|1:180158_ACT_A:18225,1219,0:. 0|0:440,0:440:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,170:242:99:0|1:180158_ACT_A:7200,0,2700:. 1|1:2,490:492:99:1|1:180158_ACT_A:22400,1421,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,67:147:99:0|1:180158_ACT_A:2734,0,3229:. 1|1:0,163:163:99:1|1:180131_G_C:7560,506,0:. 1|1:0,261:261:99:1|1:180158_ACT_A:12150,813,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,57:170:99:0|1:180170_A_C:2119,0,4819:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:1|1:180158_ACT_A:10620,710,0:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:1|1:180158_ACT_A:7245,485,0:. 1|1:0,295:295:99:1|1:180158_ACT_A:13680,915,0:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,322:322:99:1|1:180158_ACT_A:14940,999,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:1|1:180158_ACT_A:6390,427,0:. 1|1:0,87:87:99:1|1:180158_ACT_A:4140,277,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:180158_ACT_A:2700,181,0:. 1|1:0,20:20:66:1|1:180158_ACT_A:990,66,0:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,316:316:99:1|1:180158_ACT_A:14670,981,0:. 1|1:0,309:309:99:1|1:180158_ACT_A:14580,975,0:. 1|1:0,30:30:93:1|1:180158_ACT_A:1395,93,0:. 1|1:0,250:250:99:1|1:180158_ACT_A:11655,780,0:. 1|1:0,296:296:99:1|1:180158_ACT_A:13815,924,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,273:273:99:1|1:180158_ACT_A:12735,852,0:. 1|1:0,239:239:99:1|1:180158_ACT_A:11160,747,0:. 0|1:74,167:241:99:0|1:180170_A_C:7158,0,2703:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:196,17:213:99:0|1:180170_A_C:109,0,8389:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:233,341:574:99:0|1:180170_A_C:13797,0,9162:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,697:697:99:1|1:180158_ACT_A:32715,2188,0:. 1|0:141,53:194:99:0|1:180158_ACT_A:2029,0,6079:. 1|1:0,305:305:99:1|1:180158_ACT_A:14175,948,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:180158_ACT_A:2655,178,0:. 1|1:0,21:21:66:1|1:180158_ACT_A:990,66,0:. 1|1:10,357:367:99:1|1:180158_ACT_A:16335,703,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180185 . G A 1.2781e+07 PASS FS=0;MQ=60.36;QD=34.65;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E591K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.667;VQSLOD=8.88;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=23.81;GQ_MEAN=232.51;GQ_STDDEV=262.7;HRun=4;InbreedingCoeff=0.7555;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.976;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16802475;AF=0.303;AS_InbreedingCoeff=0.6417;MLEAC=1589;MLEAF=0.303;AN=858;AC=314 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:45,21:66:99:.:.:792,0,1862:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,49:52:28:1|1:180158_ACT_A:2160,28,0:. 1|0:9,42:51:99:0|1:180185_G_A:1715,0,246:. 1|1:0,45:45:99:1|1:180172_A_C:1994,135,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,60:61:91:1|1:180172_A_C:2623,91,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:1|1:180185_G_A:1781,120,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:180179_T_C:2755,187,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,34:60:99:0|1:180185_G_A:1323,0,923:. 0|1:8,13:21:99:.:.:564,0,294:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:40,0:40:84:.:.:0,84,1089:. 1|1:0,48:48:99:1|1:180158_ACT_A:2228,153,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158:. 0|1:57,5:62:23:.:.:23,0,2563:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:180172_A_C:2894,199,0:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:30,87:117:99:.:.:3493,0,1082:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,477:. 1|0:1,9:10:15:0|1:180185_G_A:375,0,15:. 1|1:0,68:68:99:1|1:180185_G_A:3024,208,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,64:129:99:0|1:180179_T_C:2442,0,2531:. 0|1:90,8:98:22:.:.:22,0,3961:. 1|0:51,12:63:99:.:.:318,0,2195:. 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,13:139:99:.:.:101,0,5506:. 1|1:0,88:88:99:1|1:180185_G_A:3900,265,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,12:61:99:.:.:315,0,2105:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,93:207:99:0|1:180185_G_A:3507,0,4436:. 1|1:0,211:211:99:1|1:180185_G_A:9316,638,0:. 0|1:72,28:100:99:.:.:950,0,3065:. 0|1:37,51:88:99:.:.:2049,0,1547:. 0|0:41,0:41:91:.:.:0,91,1131:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,31:63:99:.:.:1177,0,1250:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,11:33:99:.:.:396,0,884:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,149:236:99:.:.:6071,0,3280:. 0|1:15,101:116:99:0|1:180147_G_A:4299,0,359:. 1|1:4,75:79:67:.:.:3315,67,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,56:75:99:0|1:180182_C_G:2362,0,623:. 1|0:32,59:91:99:.:.:2357,0,1166:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,361:362:99:1|1:180185_G_A:15978,1062,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:180185_G_A:2347,160,0:. 1|0:85,9:94:57:.:.:57,0,3568:. 1|0:88,49:137:99:.:.:1786,0,3598:. 1|1:0,92:92:99:1|1:180158_ACT_A:4230,283,0:. 1|1:0,51:51:99:1|1:180185_G_A:2259,156,0:. 1|0:51,36:87:99:0|1:180172_A_C:1357,0,2000:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1428:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,6:117:99:.:.:0,101,4801:. 1|1:2,104:106:99:1|1:180172_A_C:4516,144,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,5:95:73:.:.:0,73,3985:. 1|1:0,57:57:99:1|1:180179_T_C:2600,177,0:. 1|0:27,36:63:99:0|1:180172_A_C:1492,0,1100:. 0|0:75,4:79:76:0|1:180179_T_C:0,76,3451:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1448:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,100:191:99:.:.:3939,0,3637:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:1|1:180158_ACT_A:7020,470,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,152:156:99:.:.:6471,293,0:. 0|1:64,26:90:99:.:.:959,0,2726:. 1|0:95,15:110:99:0|1:180172_A_C:329,0,4122:. 0|1:35,29:64:99:.:.:1083,0,1424:. 1|1:0,176:176:99:1|1:180158_ACT_A:7965,539,0:. 1|1:1,198:199:99:1|1:180185_G_A:8924,563,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,243:250:99:.:.:10791,476,0:. 1|0:181,43:224:99:.:.:1199,0,7689:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:180185_G_A:4200,295,0:. 1|0:17,109:126:99:.:.:4428,0,380:. 1|0:123,12:135:99:.:.:115,0,5336:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,216:219:99:.:.:9197,544,0:. 0|1:75,99:174:99:.:.:4081,0,2917:. 1|1:0,203:203:99:1|1:180185_G_A:9069,623,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:180185_G_A:8309,563,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,114:168:99:.:.:4615,0,1963:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,101:112:99:0|1:180172_A_C:4318,0,170:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,72:194:99:.:.:2615,0,4932:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,21:161:99:.:.:457,0,5750:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,108:112:99:.:.:4639,160,0:. 0|1:26,191:217:99:.:.:7839,0,517:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,116:124:40:1|1:180185_G_A:5246,40,0:. 1|0:87,103:190:99:.:.:3990,0,3319:. 0|1:114,105:219:99:.:.:3950,0,4477:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:1|1:180158_ACT_A:10753,725,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:180158_ACT_A:6311,427,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:180158_ACT_A:9643,650,0:. 1|1:0,113:113:99:1|1:180158_ACT_A:5214,349,0:. 1|0:11,145:156:16:.:.:6048,0,16:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,110:121:99:.:.:4490,0,131:. 1|1:0,119:119:99:1|1:180179_T_C:5477,373,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,33:70:99:.:.:1270,0,1438:. 0|1:66,57:123:99:.:.:2344,0,2714:. 1|1:0,155:155:99:1|1:180179_T_C:7081,479,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,57:115:99:1|0:180158_ACT_A:2170,0,2315:. 1|0:57,30:87:99:.:.:1065,0,2338:. 0|1:150,18:168:99:.:.:292,0,6365:. 0|1:115,71:186:99:.:.:2635,0,4928:. 1|0:143,51:194:99:0|1:180185_G_A:1713,0,5765:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,200:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:180172_A_C:7324,503,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:180185_G_A:4022,274,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,84:155:99:.:.:3319,0,2711:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:137,17:154:99:.:.:302,0,5730:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,5:88:55:.:.:0,55,3686:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,47:137:99:.:.:1655,0,3764:. 1|0:31,104:135:99:.:.:4243,0,1005:. 0|1:14,165:179:82:0|1:180172_A_C:6937,0,82:. 1|0:104,19:123:99:.:.:476,0,4436:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,121:128:33:1|1:180185_G_A:5020,33,0:. 1|1:0,136:136:99:1|1:180158_ACT_A:6203,418,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,55:107:99:.:.:2141,0,2099:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:1|1:180185_G_A:5118,346,0:. 1|1:1,63:64:99:1|1:180185_G_A:2800,151,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:180158_ACT_A:3825,256,0:. 1|1:1,79:80:99:1|1:180185_G_A:3594,205,0:. 1|0:15,178:193:79:.:.:7399,0,79:. 1|1:0,101:101:99:1|1:180158_ACT_A:4680,313,0:. 1|0:14,138:152:99:.:.:5852,0,160:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,54:153:99:.:.:1983,0,4075:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,5:75:35:.:.:35,0,2967:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,47:62:99:.:.:1860,0,516:. 0|1:58,54:112:99:.:.:2062,0,2431:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:1|1:180179_T_C:6610,451,0:. 1|0:75,9:84:99:.:.:191,0,3161:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:180158_ACT_A:4956,334,0:. 0|1:25,70:95:99:.:.:2849,0,781:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,16:118:99:.:.:353,0,4403:. 0|1:30,31:61:99:.:.:1180,0,1250:. 1|1:0,88:88:99:1|1:180185_G_A:3953,271,0:. 1|0:22,42:64:99:.:.:1633,0,783:. 1|1:0,65:65:99:1|1:180185_G_A:2912,199,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,61:108:99:.:.:2517,0,1859:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:75,29:104:99:.:.:962,0,3068:. 1|1:0,135:135:99:1|1:180172_A_C:6133,415,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:1|1:180185_G_A:5538,376,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:180179_T_C:4434,301,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,63:68:15:.:.:2664,0,15:. 0|1:41,131:172:99:.:.:5433,0,1421:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,2:5:69:.:.:69,0,120:. 1|0:160,32:192:99:1|0:180158_ACT_A:820,0,6889:. 0|1:92,27:119:99:0|1:180182_C_G:909,0,3876:. 1|0:60,81:141:99:.:.:3363,0,2429:. 0|1:12,88:100:99:0|1:180179_T_C:3681,0,236:. 1|1:0,142:142:99:1|1:180185_G_A:6343,433,0:. 1|0:33,105:138:99:.:.:4202,0,1112:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,27:58:99:.:.:1040,0,1220:. 0|0:31,0:31:77:.:.:0,77,907:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,195:298:99:.:.:7986,0,3867:. 0|1:94,39:133:99:.:.:1341,0,3935:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,24:24:50:1|1:180172_A_C:1054,50,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:142,16:158:99:.:.:304,0,6214:. 0|1:59,55:114:99:.:.:2241,0,2285:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:1|1:180185_G_A:4881,331,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:16:.:.:0,16,560:. 1|0:29,46:75:99:0|1:180172_A_C:1844,0,1079:. 1|1:0,46:46:99:1|1:180158_ACT_A:2130,144,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,2:36:21:0|1:180182_C_G:0,21,1485:. 1|0:73,117:190:99:0|1:180157_A_AGAAG:4725,0,2684:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,263:263:99:1|1:180158_ACT_A:12068,810,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:1|1:180185_G_A:7672,524,0:. 1|0:112,169:281:99:.:.:6844,0,4269:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:156,105:261:99:0|1:180172_A_C:3968,0,6648:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,199:199:99:1|1:180172_A_C:9057,611,0:. 1|1:0,190:190:99:1|1:180172_A_C:8693,587,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:1|1:180185_G_A:7401,503,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:180158_ACT_A:7546,506,0:. 1|1:1,218:219:99:1|1:180185_G_A:9895,626,0:. 1|1:0,339:339:99:1|1:180172_A_C:15480,1042,0:. 0|1:48,153:201:99:.:.:6332,0,1549:. 1|1:0,106:106:99:1|1:180172_A_C:4903,331,0:. 1|1:0,106:106:99:1|1:180172_A_C:4869,328,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:180157_A_AGAAG:2552,172,0:. 1|0:49,89:138:99:0|1:180172_A_C:3612,0,4226:. 1|1:0,178:178:99:1|1:180185_G_A:8063,542,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:1|1:180158_ACT_A:11801,792,0:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:1|1:180172_A_C:9967,671,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:768,0:768:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,746:746:99:1|1:180185_G_A:33428,2272,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 1|1:2,107:111:99:.:.:4665,204,0:. 0|1:6,95:101:70:0|1:180172_A_C:4034,0,70:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,537:537:99:1|1:180172_A_C:24424,1651,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,598:598:99:1|1:180185_G_A:26529,1817,0:. 1|1:0,256:256:99:1|1:180185_G_A:11596,786,0:. 1|1:0,496:496:99:1|1:180185_G_A:22042,1508,0:. 1|1:0,146:146:99:1|1:180158_ACT_A:6837,461,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,559:559:99:.:.:24684,1691,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:233,26:259:99:.:.:421,0,9665:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:1|1:180158_ACT_A:11488,771,0:. 0|1:22,253:275:99:0|1:180185_G_A:10469,0,195:. 1|1:2,231:233:99:.:.:10451,626,0:. 0|0:500,0:500:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,123:124:99:1|1:180185_G_A:5525,331,0:. 1|0:194,215:409:99:0|1:180185_G_A:8423,0,7434:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:224,84:308:99:0|1:180185_G_A:2914,0,8997:. 1|1:0,254:254:99:1|1:180185_G_A:11376,777,0:. 1|1:1,302:303:99:1|1:180158_ACT_A:13646,911,0:. 1|1:0,317:317:99:1|1:180185_G_A:14155,963,0:. 1|0:27,251:278:99:.:.:10486,0,381:. 1|0:156,64:220:99:.:.:2132,0,6652:. 0|1:41,157:198:99:0|1:180030_G_A:6538,0,1295:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,268:268:99:1|1:180185_G_A:11935,810,0:. 1|1:2,62:64:99:.:.:2745,106,0:. 0|1:49,210:259:99:.:.:8526,0,1411:. 1|0:5,46:51:71:.:.:1916,0,71:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,14:191:40:.:.:0,40,7444:. 0|1:251,205:456:99:.:.:7637,0,9717:. 1|0:48,225:273:99:.:.:9217,0,1441:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,177:247:99:.:.:7012,0,2449:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:166,95:261:99:.:.:3400,0,6796:. 1|0:27,96:123:99:.:.:3990,0,881:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,7:52:99:.:.:133,0,1910:. 0|1:40,207:247:99:.:.:8423,0,1099:. 0|0:637,0:637:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:230,18:248:15:.:.:15,0,9664:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:623,0:623:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:600,0:600:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,609:609:99:1|1:180185_G_A:27163,1848,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,407:410:99:1|1:180172_A_C:18134,1071,0:. 1|0:169,72:241:99:0|1:180172_A_C:2484,0,7094:. 0|0:571,0:571:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:180185_G_A:3033,205,0:. 0|1:66,81:147:99:0|1:180172_A_C:3219,0,2634:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:201,34:235:99:0|1:180172_A_C:799,0,18592:. 0|1:57,115:172:99:.:.:4676,0,2212:. 1|1:0,211:211:99:1|1:180185_G_A:9693,656,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:1|1:180172_A_C:12274,834,0:. 1|1:0,231:231:99:1|1:180172_A_C:10584,713,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:180172_A_C:2850,193,0:. 1|1:0,159:159:99:1|1:180158_ACT_A:7614,515,0:. 1|1:0,191:191:99:1|1:180158_ACT_A:8888,599,0:. 1|1:0,230:230:99:1|1:180158_ACT_A:10463,704,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:180185_G_A:3153,214,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:28:.:.:0,28,689:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,171:175:99:1|1:180172_A_C:7497,276,0:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:168,70:238:99:.:.:2560,0,7125:. 1|1:0,211:211:99:1|1:180158_ACT_A:9705,650,0:. 0|1:16,193:209:99:.:.:8337,0,140:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:335,230:565:99:.:.:8823,0,13902:. 1|1:0,82:82:99:1|1:180185_G_A:3716,250,0:. 1|1:0,329:329:99:1|1:180185_G_A:14883,1002,0:. 0|0:694,0:694:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,141:198:99:.:.:5615,0,2054:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:29:.:.:0,29,622:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:1|1:180158_ACT_A:7365,494,0:. Pf3D7_01_v3 180186 . A G 3.36002e+07 PASS FS=0;MQ=59.79;QD=28.19;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E591G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAa/gGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.736;VQSLOD=9.86;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=23.81;GQ_MEAN=184.72;GQ_STDDEV=97.41;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8813;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.5;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16757666;AF=0.83;AS_InbreedingCoeff=0.7595;MLEAC=4357;MLEAF=0.832;AN=856;AC=689 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,67:67:99:.:.:3070,208,0 1|1:0,73:73:99:1|1:180158_ACT_A:3465,232,0 1|1:3,74:77:87:1|1:180158_ACT_A:3392,87,0 1|0:39,26:65:99:0|1:180158_ACT_A:1040,0,1623 1|1:3,51:54:43:1|1:180158_ACT_A:2385,43,0 1|0:9,43:52:99:0|1:180185_G_A:1715,0,246 1|1:0,45:45:99:1|1:180172_A_C:1994,135,0 0|0:81,3:84:99:0|1:180186_A_G:0,130,3690 1|1:1,58:59:88:1|1:180172_A_C:2595,88,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,39:39:99:1|1:180185_G_A:1781,120,0 1|1:0,60:60:99:1|1:180179_T_C:2726,184,0 1|1:0,58:58:99:1|1:180158_ACT_A:2700,181,0 1|0:25,34:59:99:0|1:180185_G_A:1323,0,923 1|1:0,21:21:66:1|1:180158_ACT_A:990,66,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1097 1|1:0,4:4:12:1|1:180158_ACT_A:180,12,0 0|0:36,0:36:62:.:.:0,62,998 1|1:0,48:48:99:1|1:180158_ACT_A:2183,150,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158 0|1:11,52:63:99:0|1:180158_ACT_A:2293,0,293 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,65:65:99:1|1:180172_A_C:2894,199,0 1|1:0,34:34:99:1|1:180158_ACT_A:1530,102,0 1|1:0,117:117:99:.:.:5246,355,0 1|1:0,18:18:54:1|1:180158_ACT_A:810,54,0 1|0:1,9:10:15:0|1:180185_G_A:375,0,15 1|1:0,67:67:99:1|1:180185_G_A:3024,208,0 1|1:0,55:55:99:1|1:180158_ACT_A:2475,166,0 0|1:63,66:129:99:.:.:2583,0,2430 1|0:21,77:98:99:.:.:3436,0,625 0|1:16,47:63:99:.:.:2025,0,527 1|1:0,327:327:99:1|1:180158_ACT_A:15150,1026,0 1|1:0,59:59:99:1|1:180158_ACT_A:2931,199,0 1|0:27,114:141:99:.:.:4832,0,767 1|1:0,88:88:99:1|1:180185_G_A:3900,265,0 0|1:44,25:69:99:0|1:180158_ACT_A:914,0,1775 0|1:23,41:64:99:0|1:180158_ACT_A:1691,0,859 1|1:0,62:62:99:.:.:2800,190,0 1|1:0,145:145:99:1|1:180158_ACT_A:6840,458,0 1|1:1,118:119:99:1|1:180158_ACT_A:5535,331,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|1:113,92:205:99:0|1:180185_G_A:3507,0,4436 1|1:0,210:210:99:1|1:180185_G_A:9316,638,0 1|1:0,99:99:99:1|1:180158_ACT_A:4680,313,0 1|0:6,83:89:20:.:.:3542,0,20 1|1:0,42:42:99:1|1:180158_ACT_A:1954,132,0 1|1:0,120:120:99:1|1:180158_ACT_A:5475,370,0 1|0:11,52:63:99:.:.:2122,0,305 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|1:11,22:33:99:.:.:891,0,389 1|0:4,117:121:99:0|1:180158_ACT_A:5026,0,577 0|1:50,184:234:99:0|1:180158_ACT_A:7784,0,1528 1|1:0,114:114:99:1|1:180158_ACT_A:5245,352,0 1|1:0,77:77:99:1|1:180158_ACT_A:3585,241,0 1|1:0,126:126:99:1|1:180158_ACT_A:5940,397,0 1|1:0,78:78:99:1|1:180158_ACT_A:3735,250,0 1|1:3,71:74:94:1|1:180158_ACT_A:3150,94,0 1|1:0,91:91:99:.:.:4071,274,0 1|1:0,123:123:99:1|1:180158_ACT_A:5864,394,0 0|0:131,0:131:34:.:.:0,34,3166 1|0:116,46:162:99:0|1:180158_ACT_A:1562,0,4712 1|1:1,360:361:99:1|1:180185_G_A:15978,1062,0 1|1:0,53:53:99:1|1:180185_G_A:2347,160,0 1|0:34,61:95:99:.:.:2508,0,1219 1|1:0,137:137:99:1|1:180158_ACT_A:6312,424,0 1|1:0,92:92:99:1|1:180158_ACT_A:4140,277,0 1|1:0,51:51:99:1|1:180185_G_A:2259,156,0 1|0:49,35:84:99:0|1:180172_A_C:1357,0,2000 1|1:0,70:70:99:1|1:180158_ACT_A:3240,217,0 1|1:0,48:48:99:1|1:180158_ACT_A:2250,151,0 1|1:0,152:152:99:1|1:180158_ACT_A:7155,479,0 1|1:0,118:118:99:.:.:5388,361,0 1|1:2,105:107:99:1|1:180172_A_C:4516,144,0 1|1:0,67:67:99:1|1:180131_G_C:3121,211,0 1|0:127,81:208:99:.:.:3094,0,5121 1|0:16,78:94:99:.:.:3353,0,408 1|1:0,57:57:99:1|1:180179_T_C:2600,177,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2973,202,0 1|1:0,80:80:99:.:.:3704,222,0 1|1:0,50:50:99:1|1:180158_ACT_A:2430,163,0 1|0:29,25:54:99:0|1:180158_ACT_A:1001,0,1181 0|1:93,49:142:99:0|1:180158_ACT_A:1846,0,3961 1|1:0,79:79:99:1|1:180158_ACT_A:3766,253,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,195:195:99:.:.:8807,596,0 0|1:47,7:54:99:0|1:180181_T_C:152,0,1952 1|1:0,154:154:99:1|1:180158_ACT_A:7155,479,0 1|1:0,148:148:99:1|1:180158_ACT_A:7065,473,0 1|0:9,109:118:32:0|1:180158_ACT_A:4802,0,32 0|1:24,113:137:99:0|1:180158_ACT_A:4871,0,806 1|1:1,150:151:99:.:.:6680,383,0 1|1:0,92:92:99:.:.:4218,286,0 1|1:0,108:108:99:.:.:5098,343,0 1|0:10,57:67:99:.:.:2321,0,245 1|1:0,178:178:99:1|1:180158_ACT_A:7965,539,0 1|1:1,197:198:99:1|1:180185_G_A:8924,563,0 1|1:0,177:177:99:1|1:180158_ACT_A:8595,575,0 1|1:0,249:249:99:1|1:180158_ACT_A:11248,758,0 1|1:0,221:221:99:.:.:10191,689,0 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,96:96:99:1|1:180185_G_A:4200,295,0 1|1:0,124:124:99:.:.:5578,385,0 1|1:0,137:137:99:.:.:6254,421,0 1|1:0,225:225:99:.:.:10606,710,0 1|1:2,147:149:99:1|1:180158_ACT_A:6969,392,0 1|1:2,216:218:99:.:.:9501,569,0 0|1:65,109:174:99:0|1:180158_ACT_A:4398,0,2460 1|1:0,206:206:99:1|1:180185_G_A:9069,623,0 1|1:1,198:199:99:1|1:180158_ACT_A:9315,584,0 1|1:0,222:222:99:1|1:180158_ACT_A:10123,686,0 1|1:0,185:185:99:1|1:180185_G_A:8309,563,0 1|1:0,244:244:99:1|1:180158_ACT_A:11418,768,0 1|1:0,184:184:99:1|1:180158_ACT_A:8685,581,0 1|1:0,229:229:99:1|1:180158_ACT_A:10578,713,0 1|1:0,183:183:99:1|1:180158_ACT_A:8377,566,0 1|1:2,229:231:99:1|1:180158_ACT_A:10665,635,0 0|1:99,50:149:99:0|1:180158_ACT_A:1820,0,4012 0|1:66,145:211:99:0|1:180186_A_G:5815,0,2253 1|1:0,166:166:99:.:.:7662,515,0 1|1:0,182:182:99:.:.:8186,560,0 1|1:9,191:200:99:1|1:180158_ACT_A:8286,201,0 1|1:0,110:110:99:.:.:5093,343,0 1|1:0,194:194:99:1|1:180158_ACT_A:9045,605,0 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,190:190:99:1|1:180158_ACT_A:9000,602,0 0|1:16,233:249:46:0|1:180158_ACT_A:9636,0,46 1|0:25,169:194:99:.:.:6941,0,432 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|0:58,102:160:99:.:.:4069,0,2075 1|1:0,141:141:99:1|1:180158_ACT_A:6646,446,0 1|1:0,113:113:99:.:.:5043,343,0 1|1:0,215:215:99:.:.:9662,653,0 1|1:0,240:240:99:1|1:180158_ACT_A:11160,747,0 1|1:0,157:157:99:.:.:7250,488,0 1|1:0,231:231:99:1|1:180158_ACT_A:10559,713,0 1|1:8,119:127:31:1|1:180185_G_A:5111,31,0 1|0:80,110:190:99:.:.:4350,0,2959 1|0:97,122:219:99:.:.:4805,0,3622 1|1:0,199:199:99:1|1:180158_ACT_A:9514,644,0 1|1:0,233:233:99:1|1:180158_ACT_A:10663,719,0 1|1:0,139:139:99:1|1:180158_ACT_A:6221,421,0 1|1:0,211:211:99:1|1:180158_ACT_A:9598,647,0 1|1:0,113:113:99:1|1:180158_ACT_A:5079,340,0 1|1:0,155:155:99:.:.:6976,476,0 1|1:0,227:227:99:1|1:180158_ACT_A:10552,710,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,120:120:99:.:.:5349,364,0 1|1:0,121:121:99:1|1:180179_T_C:5448,370,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 0|1:10,59:69:99:.:.:2485,0,221 1|1:0,122:122:99:1|1:180158_ACT_A:5795,388,0 1|1:0,155:155:99:1|1:180179_T_C:7052,476,0 1|0:35,54:89:99:0|1:180158_ACT_A:2234,0,1469 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,116:116:99:1|1:180158_ACT_A:5580,373,0 1|1:0,164:164:99:1|1:180158_ACT_A:7785,521,0 1|0:88,48:136:99:0|1:180158_ACT_A:1742,0,3620 1|1:0,101:101:99:1|1:180158_ACT_A:4860,325,0 1|1:2,112:114:99:1|1:180158_ACT_A:5239,243,0 0|1:43,45:88:99:.:.:1785,0,1618 1|1:0,168:168:99:.:.:7713,521,0 1|1:7,177:184:99:.:.:8072,272,0 1|0:142,52:194:99:0|1:180185_G_A:1713,0,5765 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,8:8:24:1|1:180158_ACT_A:360,24,0 1|1:0,106:106:99:1|1:180158_ACT_A:5040,337,0 1|1:0,162:162:99:1|1:180172_A_C:7238,494,0 1|1:0,98:98:99:1|1:180158_ACT_A:4544,307,0 1|1:0,91:91:99:1|1:180185_G_A:4022,274,0 0|1:29,65:94:99:0|1:180158_ACT_A:2624,0,1274 1|1:1,128:129:99:1|1:180158_ACT_A:5883,358,0 1|0:38,119:157:99:.:.:4849,0,1195 1|1:4,102:106:99:1|1:180158_ACT_A:4559,123,0 1|0:62,92:154:99:.:.:3720,0,2269 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,87:88:99:.:.:4013,232,0 1|1:0,94:94:99:1|1:180158_ACT_A:4416,298,0 1|1:0,137:137:99:.:.:6307,424,0 1|0:14,122:136:99:.:.:5124,0,192 1|1:7,170:177:99:.:.:7444,227,0 1|1:5,118:123:99:.:.:5265,157,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:1|1:180158_ACT_A:4545,304,0 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,154:154:99:1|1:180158_ACT_A:7425,497,0 1|1:6,119:125:33:1|1:180185_G_A:5020,33,0 1|1:0,135:135:99:1|1:180158_ACT_A:6203,418,0 1|1:0,211:211:99:1|1:180158_ACT_A:9712,656,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,107:107:99:.:.:4844,325,0 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,113:113:99:1|1:180185_G_A:5118,346,0 1|1:1,64:65:99:1|1:180185_G_A:2800,151,0 1|1:0,82:82:99:1|1:180158_ACT_A:3825,256,0 1|1:1,78:79:99:1|1:180185_G_A:3535,199,0 1|1:4,193:197:99:.:.:8310,416,0 1|1:0,101:101:99:1|1:180158_ACT_A:4635,310,0 1|1:0,153:153:99:1|1:180158_ACT_A:6862,464,0 1|1:0,121:121:99:1|1:180158_ACT_A:5805,388,0 1|0:33,120:153:99:.:.:5004,0,976 0|1:98,24:122:99:0|1:180158_ACT_A:713,0,23307 1|0:15,60:75:99:0|1:180158_ACT_A:2637,0,434 1|1:0,99:99:99:1|1:180158_ACT_A:4680,274,0 1|1:0,61:61:99:.:.:2755,190,0 1|0:22,90:112:99:.:.:3808,0,634 1|1:0,100:100:99:1|1:180170_A_C:4660,313,0 1|1:0,142:142:99:1|1:180179_T_C:6582,448,0 1|1:0,82:82:99:1|1:180158_ACT_A:3915,262,0 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,188:188:99:1|1:180158_ACT_A:8852,596,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|0:8,56:64:99:0|1:180158_ACT_A:2439,0,200 0|1:150,42:192:99:0|1:180158_ACT_A:1283,0,6401 1|1:0,108:108:99:1|1:180158_ACT_A:4956,334,0 1|0:9,88:97:52:.:.:3660,0,52 1|1:0,65:65:99:1|1:180158_ACT_A:3157,214,0 1|1:0,59:59:99:1|1:180158_ACT_A:2880,193,0 1|1:0,119:119:99:.:.:5535,370,0 1|1:1,59:60:99:.:.:2675,142,0 1|1:0,89:89:99:1|1:180185_G_A:3953,271,0 1|1:4,58:62:13:.:.:2502,13,0 1|1:0,65:65:99:1|1:180185_G_A:2912,199,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|1:10,97:107:99:.:.:4206,0,110 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,103:103:99:.:.:4614,313,0 1|1:0,134:134:99:1|1:180172_A_C:6133,415,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,70:70:99:1|1:180158_ACT_A:3106,211,0 1|1:0,124:124:99:1|1:180185_G_A:5554,376,0 1|1:0,97:97:99:1|1:180179_T_C:4406,298,0 1|1:0,59:59:99:1|1:180158_ACT_A:2835,190,0 1|1:0,68:68:99:1|1:180170_A_C:3090,208,0 1|1:11,164:175:58:.:.:6892,58,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,5:5:15:.:.:219,15,0 1|1:0,192:192:99:1|1:180158_ACT_A:9024,605,0 1|0:42,77:119:99:0|1:180158_ACT_A:3227,0,1520 1|1:0,146:146:99:1|1:180158_ACT_A:6694,451,0 0|1:12,86:98:99:0|1:180179_T_C:3659,0,239 1|1:0,143:143:99:1|1:180185_G_A:6343,433,0 1|1:0,137:137:99:.:.:6114,415,0 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 0|1:11,48:59:99:.:.:1961,0,317 0|0:31,0:31:77:.:.:0,77,907 1|1:0,75:75:99:1|1:180158_ACT_A:3465,232,0 1|1:0,299:299:99:.:.:13968,939,0 1|1:0,133:133:99:1|1:180158_ACT_A:6210,415,0 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,24:25:50:1|1:180172_A_C:1054,50,0 1|1:0,56:56:99:1|1:180158_ACT_A:2565,172,0 1|1:0,156:156:99:1|1:180158_ACT_A:7514,506,0 0|1:28,86:114:99:.:.:3620,0,876 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,110:110:99:1|1:180185_G_A:4881,331,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|1:10,11:21:99:0|1:180158_ACT_A:426,0,471 1|1:0,75:75:99:.:.:3399,229,0 1|1:0,46:46:99:1|1:180158_ACT_A:2085,141,0 1|1:0,123:123:99:.:.:5850,391,0 0|1:30,5:35:99:0|1:180158_ACT_A:114,0,1304 1|1:0,195:195:99:.:.:8679,587,0 1|1:0,145:145:99:1|1:180158_ACT_A:6930,464,0 1|1:0,231:231:99:1|1:180158_ACT_A:10705,719,0 1|1:0,227:227:99:1|1:180158_ACT_A:10612,710,0 1|1:0,262:262:99:1|1:180158_ACT_A:11933,801,0 0|1:109,124:233:99:0|1:180158_ACT_A:4987,0,4447 1|1:0,226:226:99:1|1:180158_ACT_A:10411,698,0 1|1:0,170:170:99:1|1:180185_G_A:7672,524,0 1|1:11,273:284:99:.:.:11825,376,0 1|1:0,218:218:99:1|1:180158_ACT_A:10050,674,0 1|1:0,262:262:99:.:.:12315,825,0 1|1:0,28:28:90:1|1:180158_ACT_A:1350,90,0 1|1:0,200:200:99:1|1:180172_A_C:8987,605,0 1|1:0,189:189:99:1|1:180172_A_C:8693,587,0 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,217:217:99:1|1:180158_ACT_A:9900,662,0 1|1:0,186:186:99:1|1:180158_ACT_A:8640,578,0 1|1:0,298:298:99:1|1:180158_ACT_A:13575,912,0 1|1:2,203:205:99:1|1:180158_ACT_A:9568,566,0 1|1:0,162:162:99:1|1:180185_G_A:7401,503,0 1|1:0,226:226:99:1|1:180158_ACT_A:10970,734,0 1|1:0,162:162:99:1|1:180158_ACT_A:7501,503,0 1|1:1,220:221:99:1|1:180185_G_A:9895,626,0 1|1:0,336:336:99:1|1:180172_A_C:15411,1035,0 1|1:0,201:201:99:.:.:9103,611,0 1|1:0,107:107:99:1|1:180172_A_C:4834,325,0 1|1:0,106:106:99:1|1:180172_A_C:4800,322,0 1|1:0,214:214:99:1|1:180158_ACT_A:10008,674,0 1|1:0,55:55:99:1|1:180157_A_AGAAG:2552,172,0 1|0:48,89:137:99:0|1:180172_A_C:3615,0,4193 1|1:0,176:176:99:1|1:180185_G_A:8063,542,0 1|1:0,150:150:99:1|1:180158_ACT_A:6975,467,0 1|1:0,255:255:99:1|1:180158_ACT_A:11756,789,0 1|1:0,266:266:99:1|1:180131_G_C:12471,837,0 1|1:0,130:130:99:1|1:180158_ACT_A:5959,400,0 1|1:0,221:221:99:1|1:180172_A_C:9967,671,0 1|1:0,251:251:99:.:.:11604,780,0 1|1:0,233:233:99:1|1:180158_ACT_A:10890,728,0 1|1:0,778:778:99:1|1:180158_ACT_A:36045,2411,0 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,744:744:99:1|1:180185_G_A:33428,2272,0 1|1:1,99:100:99:1|1:180158_ACT_A:4455,259,0 1|1:1,22:23:30:1|1:180170_A_C:998,30,0 1|1:2,108:110:99:.:.:4705,204,0 0|1:6,94:100:70:0|1:180172_A_C:4034,0,70 1|1:0,200:200:99:1|1:180158_ACT_A:9315,623,0 1|1:0,262:262:99:1|1:180158_ACT_A:11925,798,0 1|1:1,534:535:99:1|1:180172_A_C:24237,1633,0 1|1:0,162:162:99:.:.:7533,506,0 1|1:4,264:268:99:1|1:180158_ACT_A:12330,669,0 1|1:0,255:255:99:1|1:180158_ACT_A:11970,801,0 1|1:0,597:597:99:1|1:180185_G_A:26529,1817,0 1|1:0,260:260:99:1|1:180185_G_A:11561,783,0 1|1:0,496:496:99:1|1:180185_G_A:22042,1508,0 1|1:0,146:146:99:1|1:180158_ACT_A:6702,452,0 1|1:0,82:82:99:1|1:180158_ACT_A:3735,250,0 1|1:0,554:554:99:.:.:24684,1691,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800 1|1:2,292:294:99:.:.:13525,834,0 1|1:0,246:246:99:1|1:180158_ACT_A:11610,777,0 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 1|0:205,54:259:99:.:.:1678,0,8447 1|1:0,248:248:99:1|1:180158_ACT_A:11790,789,0 1|1:0,252:252:99:1|1:180158_ACT_A:11443,768,0 0|1:24,252:276:99:0|1:180185_G_A:10469,0,195 1|1:0,231:231:99:.:.:10586,713,0 1|1:2,438:440:99:1|1:180158_ACT_A:20070,1265,0 1|1:1,123:124:99:1|1:180185_G_A:5525,331,0 1|0:196,214:410:99:0|1:180185_G_A:8396,0,7437 1|0:13,37:50:99:0|1:180158_ACT_A:1553,0,473 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800 1|0:223,87:310:99:0|1:180185_G_A:2914,0,8997 1|1:0,256:256:99:1|1:180185_G_A:11376,777,0 1|1:1,300:301:99:1|1:180158_ACT_A:13646,911,0 1|1:0,314:314:99:1|1:180185_G_A:14155,963,0 1|1:1,280:281:99:.:.:12445,789,0 1|1:4,214:218:99:.:.:9701,497,0 1|1:9,189:198:99:1|1:180030_G_A:8232,225,0 1|1:11,265:276:99:.:.:11936,380,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,265:265:99:1|1:180185_G_A:11935,810,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2925,196,0 1|1:0,257:257:99:.:.:11747,797,0 1|1:0,51:51:99:.:.:2295,154,0 1|1:4,280:284:99:1|1:180158_ACT_A:12616,696,0 1|1:0,517:517:99:1|1:180158_ACT_A:23434,1587,0 1|0:33,157:190:99:.:.:6640,0,868 0|1:246,206:452:99:.:.:7778,0,9582 1|1:2,269:271:99:.:.:12159,746,0 1|1:1,329:330:99:1|1:180158_ACT_A:15144,975,0 1|1:3,244:247:99:.:.:10890,646,0 1|1:0,244:244:99:.:.:11156,756,0 1|1:0,153:153:99:1|1:180170_A_C:6895,469,0 0|1:92,165:257:99:.:.:6820,0,3376 1|1:0,122:122:99:.:.:5594,376,0 1|1:0,199:199:99:1|1:180158_ACT_A:9297,626,0 1|1:1,50:51:99:.:.:2273,115,0 1|1:0,247:247:99:.:.:11041,749,0 1|1:0,562:562:99:.:.:25920,1742,0 1|1:9,261:270:99:1|1:180158_ACT_A:11520,420,0 1|1:0,247:247:99:.:.:11200,759,0 1|1:0,433:434:99:.:.:20320,1361,0 1|1:0,100:100:99:1|1:180158_ACT_A:4625,310,0 1|1:0,259:259:99:.:.:12160,819,0 1|1:0,231:231:99:.:.:10438,707,0 1|1:1,414:415:99:.:.:19306,1257,0 1|1:0,206:206:99:1|1:180158_ACT_A:9433,638,0 1|1:0,560:560:99:.:.:25820,1741,0 1|1:0,595:595:99:1|1:180158_ACT_A:27429,1839,0 1|1:0,604:604:99:1|1:180185_G_A:27163,1848,0 1|1:0,98:98:99:.:.:4615,310,0 1|1:0,395:395:99:1|1:180158_ACT_A:18675,1249,0 1|1:0,406:406:99:.:.:18522,1243,0 1|1:0,240:240:99:.:.:11194,750,0 1|1:0,487:487:99:.:.:22110,1490,0 1|1:0,67:67:99:1|1:180185_G_A:3033,205,0 1|1:0,148:148:99:.:.:6830,461,0 1|1:0,164:164:99:1|1:180131_G_C:7460,503,0 1|1:0,256:256:99:1|1:180158_ACT_A:12330,825,0 1|0:202,34:236:99:0|1:180172_A_C:799,0,18592 1|1:0,172:172:99:1|1:180158_ACT_A:7999,536,0 1|1:0,215:215:99:1|1:180185_G_A:9658,653,0 1|1:0,224:224:99:1|1:180158_ACT_A:10710,716,0 1|1:0,267:267:99:1|1:180172_A_C:12187,825,0 1|1:0,227:227:99:1|1:180172_A_C:10584,713,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,62:62:99:1|1:180172_A_C:2816,190,0 1|1:0,163:163:99:1|1:180158_ACT_A:7569,512,0 1|1:0,195:195:99:1|1:180158_ACT_A:8843,596,0 1|1:0,231:231:99:1|1:180158_ACT_A:10463,704,0 1|1:0,149:149:99:1|1:180158_ACT_A:6930,464,0 1|1:0,297:297:99:1|1:180158_ACT_A:14023,951,0 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,309:309:99:1|1:180158_ACT_A:14805,990,0 1|1:0,71:71:99:1|1:180185_G_A:3153,214,0 1|1:0,141:141:99:1|1:180158_ACT_A:6303,424,0 1|1:0,85:85:99:1|1:180158_ACT_A:4050,271,0 1|1:0,58:58:99:1|1:180158_ACT_A:2655,178,0 1|1:0,23:23:69:1|1:180158_ACT_A:1035,69,0 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,312:312:99:1|1:180158_ACT_A:14670,981,0 1|1:0,306:306:99:1|1:180158_ACT_A:14220,951,0 1|1:0,31:31:93:1|1:180158_ACT_A:1395,93,0 1|1:0,252:252:99:1|1:180158_ACT_A:11655,780,0 1|1:0,298:298:99:1|1:180158_ACT_A:13860,927,0 1|1:0,174:174:99:.:.:7977,536,0 1|1:0,268:268:99:1|1:180158_ACT_A:12735,852,0 1|1:0,248:248:99:1|1:180158_ACT_A:11565,774,0 1|1:0,242:242:99:1|1:180158_ACT_A:11139,747,0 1|1:0,210:210:99:1|1:180158_ACT_A:9705,650,0 1|1:0,212:212:99:1|1:180158_ACT_A:9629,650,0 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,567:567:99:1|1:180158_ACT_A:26061,1746,0 1|1:0,82:82:99:1|1:180185_G_A:3671,247,0 1|1:0,330:330:99:1|1:180185_G_A:14883,1002,0 1|1:0,701:701:99:1|1:180158_ACT_A:33120,2215,0 1|1:0,197:197:99:.:.:8916,604,0 1|1:0,300:300:99:1|1:180158_ACT_A:13860,927,0 1|1:0,57:57:99:1|1:180158_ACT_A:2603,175,0 1|1:0,21:21:69:1|1:180158_ACT_A:1035,69,0 1|1:0,373:373:99:.:.:17476,1174,0 1|1:0,162:162:99:1|1:180158_ACT_A:7365,494,0 Pf3D7_01_v3 180192 . A T 1.38634e+07 PASS FS=0;MQ=60.12;QD=30.31;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N593I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAt/aTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.705;VQSLOD=10.4;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=186.17;GQ_STDDEV=215.63;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5818;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.537;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16222497;AF=0.367;AS_InbreedingCoeff=0.2112;MLEAC=1932;MLEAF=0.369;AN=856;AC=336 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:23,45:68:99:0|1:180170_A_C:2066,0,896:. 1|1:0,75:75:99:1|1:180158_ACT_A:3735,250,0:. 1|1:3,76:79:99:1|1:180158_ACT_A:3559,99,0:. 1|0:43,26:69:99:0|1:180158_ACT_A:936,0,1662:. 1|1:3,59:62:64:1|1:180158_ACT_A:2700,64,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1427:. 0|0:78,3:81:99:0|1:180186_A_G:0,130,3690:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:49:.:.:0,49,1377:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,53:53:99:1|1:180158_ACT_A:2599,175,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:15,6:21:99:0|1:180170_A_C:288,0,648:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1305:. 1|0:0,3:3:9:1|1:180158_ACT_A:135,9,0:. 0|0:31,0:31:70:.:.:0,70,941:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:17,47:64:99:0|1:180170_A_C:1884,0,544:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:180158_ACT_A:1621,111,0:. 0|1:95,32:127:99:0|1:180170_A_C:1049,0,4019:. 1|1:0,16:16:51:1|1:180158_ACT_A:765,51,0:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,279:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:1|1:180158_ACT_A:2655,178,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,73:101:99:0|1:180158_ACT_A:3062,0,992:. 0|1:29,37:66:99:0|1:180158_ACT_A:1502,0,1187:. 1|0:75,259:334:99:.:.:10230,0,2397:. 1|1:0,61:61:99:1|1:180158_ACT_A:2769,190,0:. 1|0:79,61:140:99:0|1:180192_A_T:2048,0,3172:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:33,28:61:99:.:.:997,0,1369:. 1|0:9,50:59:99:0|1:180158_ACT_A:2114,0,224:. 1|1:0,146:146:99:1|1:180158_ACT_A:6795,455,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:180158_ACT_A:5670,379,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,69:99:99:0|1:180170_A_C:2921,0,1010:. 1|0:64,28:92:99:.:.:690,0,2595:. 1|1:0,40:40:99:1|1:180158_ACT_A:1850,126,0:. 0|1:101,26:127:99:.:.:381,0,2696:. 1|0:56,6:62:74:.:.:74,0,2325:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,11:34:99:0|1:180158_ACT_A:390,0,944:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:194,36:230:99:0|1:180170_A_C:964,0,8094:. 1|0:101,15:116:99:0|1:180170_A_C:302,0,4532:. 0|0:74,4:78:73:0|1:180170_A_C:0,73,3420:. 1|1:0,129:129:99:1|1:180158_ACT_A:6255,418,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:180158_ACT_A:3915,262,0:. 1|0:69,7:76:63:.:.:63,0,3030:. 0|1:59,31:90:99:0|1:180158_ACT_A:1196,0,2546:. 0|1:58,74:132:99:0|1:180192_A_T:2722,0,2107:. 0|0:131,0:131:36:.:.:0,36,3236:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,32:94:99:.:.:1137,0,2496:. 0|1:29,97:126:99:.:.:4283,0,852:. 0|1:26,67:93:99:0|1:180192_A_T:2487,0,886:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:180158_ACT_A:3240,217,0:. 0|1:30,16:46:99:0|1:180192_A_T:602,0,1267:. 1|1:0,150:150:99:1|1:180158_ACT_A:7110,476,0:. 1|0:10,104:114:28:.:.:3070,0,28:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:182,27:209:99:0|1:180192_A_T:547,0,8094:. 1|0:21,66:87:99:0|1:180158_ACT_A:2866,0,668:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,28:67:99:0|1:180158_ACT_A:1027,0,1514:. 1|1:4,77:81:73:1|1:180158_ACT_A:3420,73,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:180158_ACT_A:2475,166,0:. 1|0:26,25:51:99:0|1:180158_ACT_A:1010,0,1055:. 0|1:96,47:143:99:0|1:180158_ACT_A:1759,0,4009:. 1|1:0,80:80:99:1|1:180158_ACT_A:3704,253,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,92:193:99:0|1:180158_ACT_A:3799,0,4114:. 0|1:46,6:52:99:0|1:180181_T_C:101,0,2081:. 1|1:0,156:156:99:1|1:180158_ACT_A:7237,485,0:. 1|1:0,150:150:99:1|1:180158_ACT_A:6885,461,0:. 1|0:11,106:117:76:0|1:180158_ACT_A:4922,0,76:. 0|1:26,114:140:99:0|1:180158_ACT_A:4919,0,705:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,65:95:99:0|1:180170_A_C:2717,0,1142:. 0|1:16,92:108:99:0|1:180158_ACT_A:4035,0,359:. 1|0:63,5:68:17:.:.:17,0,2515:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,181:189:99:1|1:180192_A_T:8075,233,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,17:128:99:0|1:180158_ACT_A:446,0,4856:. 0|1:12,127:139:99:0|1:180158_ACT_A:5507,0,107:. 1|1:12,216:228:99:1|1:180158_ACT_A:9810,188,0:. 1|1:2,144:146:99:1|1:180158_ACT_A:6463,364,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,196:197:99:1|1:180158_ACT_A:9315,584,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,51:189:99:.:.:1527,0,3703:. 1|1:0,241:241:99:1|1:180158_ACT_A:11100,755,0:. 1|1:0,183:183:99:1|1:180158_ACT_A:8910,596,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:180158_ACT_A:10302,716,0:. 0|1:147,30:177:99:.:.:802,0,5882:. 1|1:2,232:234:99:1|1:180158_ACT_A:11070,663,0:. 0|1:133,23:156:99:.:.:574,0,5360:. 0|1:65,147:212:99:0|1:180186_A_G:5874,0,2242:. 1|0:111,54:165:99:0|1:180158_ACT_A:2004,0,4657:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,127:197:99:0|1:180192_A_T:5003,0,2300:. 0|1:104,13:117:99:0|1:180158_ACT_A:187,0,4305:. 1|1:0,193:193:99:1|1:180158_ACT_A:9135,611,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:1|1:180158_ACT_A:8775,587,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,98:190:99:.:.:3926,0,3502:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:180158_ACT_A:6451,433,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:190,23:213:99:0|1:180158_ACT_A:382,0,7906:. 1|1:0,245:245:99:1|1:180158_ACT_A:11790,789,0:. 1|1:6,148:154:99:1|1:180158_ACT_A:6441,206,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,94:130:99:0|1:180192_A_T:3601,0,1216:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:202,17:219:99:0|1:180158_ACT_A:115,0,8819:. 1|1:0,200:200:99:1|1:180158_ACT_A:9019,617,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:146,11:157:55:0|1:180170_A_C:55,0,6213:. 0|1:79,147:226:99:0|1:180158_ACT_A:5818,0,2777:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,10:114:98:0|1:180158_ACT_A:98,0,4402:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,3:66:67:.:.:0,67,2712:. 1|0:57,68:125:99:0|1:180170_A_C:2795,0,2390:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,54:90:99:0|1:180158_ACT_A:2318,0,1463:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,118:120:99:1|1:180170_A_C:5400,283,0:. 1|1:0,162:162:99:1|1:180158_ACT_A:7515,503,0:. 1|0:116,10:126:99:.:.:99,0,4969:. 1|1:0,101:101:99:1|1:180158_ACT_A:4680,313,0:. 1|0:34,80:114:99:0|1:180158_ACT_A:3327,0,1189:. 0|1:79,16:95:99:0|1:180158_ACT_A:393,0,3166:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,112:187:99:.:.:4489,0,2889:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:24:1|1:180158_ACT_A:360,24,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:180158_ACT_A:5445,364,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,63:96:99:0|1:180158_ACT_A:2711,0,1226:. 0|1:63,67:130:99:0|1:180192_A_T:2668,0,2549:. 1|0:127,26:153:99:.:.:583,0,5359:. 1|1:5,99:104:99:1|1:180158_ACT_A:4312,111,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,27:94:99:.:.:853,0,2603:. 0|1:21,77:98:99:.:.:2885,0,358:. 0|1:43,88:131:99:0|1:180158_ACT_A:3722,0,1697:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,98:122:99:0|1:180170_A_C:4373,0,773:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:180158_ACT_A:4590,307,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:1|1:180158_ACT_A:7560,506,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:180158_ACT_A:4140,277,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,32:103:99:0|1:180192_A_T:1069,0,2718:. 0|1:137,13:150:99:0|1:180170_A_C:151,0,6039:. 1|1:0,123:123:99:1|1:180158_ACT_A:5985,400,0:. 1|0:85,59:144:99:0|1:180170_A_C:2519,0,3539:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,61:77:99:0|1:180158_ACT_A:2557,0,466:. 1|1:0,102:102:99:1|1:180158_ACT_A:4815,322,0:. 0|1:44,17:61:99:0|1:180158_ACT_A:549,0,1803:. 1|0:77,36:113:99:0|1:180170_A_C:1247,0,3050:. 1|1:0,99:99:99:1|1:180170_A_C:4517,307,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,73:81:99:0|1:180170_A_C:3139,0,149:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:1|1:180158_ACT_A:8538,581,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,63:72:99:0|1:180158_ACT_A:2492,0,168:. 0|1:154,41:195:99:0|1:180158_ACT_A:1312,0,6317:. 1|0:101,9:110:10:0|1:180192_A_T:10,0,3829:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:180158_ACT_A:3023,208,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:180158_ACT_A:2761,187,0:. 1|0:16,107:123:99:0|1:180158_ACT_A:4594,0,364:. 1|0:33,30:63:99:0|1:180158_ACT_A:1160,0,1295:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,17:66:99:0|1:180192_A_T:477,0,2003:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,33:104:99:0|1:180170_A_C:1205,0,2926:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,11:125:84:0|1:180192_A_T:84,0,4316:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:180158_ACT_A:2835,190,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,33:187:99:0|1:180170_A_C:916,0,6205:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,3:5:75:0|1:180158_ACT_A:120,0,75:. 0|1:29,154:183:99:0|1:180158_ACT_A:6797,0,774:. 1|0:72,48:120:99:0|1:180170_A_C:1830,0,2867:. 0|1:81,65:146:99:0|1:180170_A_C:2647,0,3277:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,19:135:99:0|1:180192_A_T:494,0,5060:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:5,72:77:28:1|1:180192_A_T:3280,28,0:. 1|0:231,75:306:99:.:.:2438,0,9331:. 1|1:0,130:130:99:1|1:180158_ACT_A:5880,397,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:14:.:.:0,14,654:. 1|1:1,53:54:99:1|1:180158_ACT_A:2520,130,0:. 1|0:19,146:165:99:0|1:180170_A_C:6086,0,294:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,11:22:99:0|1:180158_ACT_A:458,0,426:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,121:123:99:1|1:180158_ACT_A:5670,301,0:. 0|0:37,0:37:77:.:.:0,77,1065:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:1|1:180158_ACT_A:6930,464,0:. 1|1:0,234:234:99:1|1:180158_ACT_A:10785,725,0:. 1|1:0,223:223:99:1|1:180158_ACT_A:10524,707,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,125:234:99:0|1:180158_ACT_A:5116,0,4396:. 1|1:0,215:215:99:1|1:180158_ACT_A:9950,671,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,215:216:99:1|1:180158_ACT_A:9729,628,0:. 0|1:105,164:269:99:0|1:180158_ACT_A:6771,0,4026:. 1|1:0,27:27:84:1|1:180158_ACT_A:1237,84,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:1|1:180158_ACT_A:9740,665,0:. 1|1:0,177:177:99:1|1:180158_ACT_A:8055,539,0:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,209:210:99:1|1:180158_ACT_A:9396,602,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:1|1:180158_ACT_A:11060,740,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,46:198:99:0|1:180170_A_C:1531,0,6448:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:1|1:180158_ACT_A:9930,680,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1598:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,146:151:99:1|1:180192_A_T:6554,170,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:1|1:180158_ACT_A:10620,710,0:. 1|1:0,782:782:99:1|1:180158_ACT_A:36945,2471,0:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:714,0:714:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,51:105:99:.:.:1940,0,2101:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:1|1:180158_ACT_A:9405,629,0:. 1|1:0,260:260:99:1|1:180158_ACT_A:12015,804,0:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,88:164:99:.:.:3610,0,2971:. 1|1:4,260:264:99:1|1:180158_ACT_A:12373,672,0:. 1|1:0,259:259:99:1|1:180158_ACT_A:12061,810,0:. 0|0:641,0:641:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:1|1:180158_ACT_A:3780,253,0:. 0|0:632,0:632:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:14,278:292:99:1|1:180158_ACT_A:11891,286,0:. 1|1:0,243:243:99:1|1:180158_ACT_A:11430,765,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:241,27:268:99:0|1:180158_ACT_A:423,0,10413:. 1|1:0,241:241:99:1|1:180158_ACT_A:11253,756,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,431:432:99:1|1:180158_ACT_A:19800,1285,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:460,0:460:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,40:53:99:0|1:180158_ACT_A:1718,0,495:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:251,26:277:99:0|1:180158_ACT_A:381,0,11032:. 0|1:68,147:215:99:0|1:180170_A_C:6256,0,2476:. 1|0:171,32:203:99:0|1:180030_G_A:823,0,7168:. 1|1:16,258:274:87:1|1:180158_ACT_A:11205,87,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,2:62:97:0|1:180170_A_C:0,97,2610:. 1|0:216,46:262:99:.:.:1187,0,8779:. 0|0:47,2:49:45:0|1:180192_A_T:0,45,2051:. 0|1:246,45:291:99:.:.:1076,0,10014:. 1|1:0,506:506:99:1|1:180158_ACT_A:22810,1556,0:. 1|0:48,140:188:99:0|1:180158_ACT_A:6026,0,1535:. 0|0:518,0:518:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:221,42:263:99:0|1:180158_ACT_A:1192,0,9201:. 1|1:9,322:331:99:1|1:180170_A_C:14535,621,0:. 1|0:196,43:239:99:.:.:1108,0,8185:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,46:151:99:.:.:1041,0,3086:. 0|1:187,73:260:99:0|1:180158_ACT_A:2553,0,8088:. 0|1:106,27:133:99:0|1:180158_ACT_A:851,0,4291:. 0|1:76,128:204:99:.:.:4962,0,2688:. 1|0:47,5:52:61:.:.:61,0,1916:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,553:563:99:1|1:180158_ACT_A:24397,1275,0:. 1|1:8,252:260:99:1|1:180158_ACT_A:11687,393,0:. 0|0:234,15:249:99:0|1:180192_A_T:0,99,10168:. 1|1:27,410:437:99:.:.:17556,117,0:. 0|1:20,82:102:99:.:.:3442,0,564:. 1|0:28,230:258:99:.:.:9465,0,450:. 0|1:199,26:225:99:.:.:471,0,8182:. 1|1:15,401:416:99:1|1:180192_A_T:17845,619,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,531:549:99:.:.:22522,885,0:. 1|1:2,592:594:99:.:.:26441,1734,0:. 0|0:596,0:596:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,63:105:99:.:.:2436,0,1512:. 1|1:0,395:395:99:1|1:180158_ACT_A:18765,1255,0:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,136:241:99:.:.:5422,0,4192:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,68:147:99:0|1:180158_ACT_A:2551,0,3238:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,264:264:99:1|1:180158_ACT_A:12375,828,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,63:173:99:0|1:180170_A_C:2370,0,4627:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:1|1:180158_ACT_A:10845,725,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:180158_ACT_A:6750,452,0:. 1|1:0,305:305:99:1|1:180158_ACT_A:13559,930,0:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,323:323:99:1|1:180158_ACT_A:15120,1011,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:180158_ACT_A:4140,277,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:180158_ACT_A:2835,190,0:. 1|1:0,23:23:69:1|1:180158_ACT_A:1011,69,0:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,318:318:99:1|1:180158_ACT_A:15210,1017,0:. 1|1:0,299:299:99:1|1:180158_ACT_A:14490,969,0:. 1|1:0,28:28:87:1|1:180158_ACT_A:1305,87,0:. 1|1:0,254:254:99:1|1:180158_ACT_A:12015,804,0:. 1|1:0,302:302:99:1|1:180158_ACT_A:13995,936,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,268:268:99:1|1:180158_ACT_A:12600,843,0:. 1|1:0,259:259:99:1|1:180158_ACT_A:11835,792,0:. 0|1:74,172:246:99:0|1:180170_A_C:7071,0,2751:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:195,16:211:3:0|1:180170_A_C:3,0,8312:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:227,335:562:99:0|1:180170_A_C:14241,0,8796:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,702:702:99:1|1:180158_ACT_A:33165,2218,0:. 1|0:136,59:195:99:0|1:180158_ACT_A:2164,0,5779:. 1|1:0,293:293:99:1|1:180158_ACT_A:13950,933,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:180158_ACT_A:2626,178,0:. 1|1:0,22:22:72:1|1:180158_ACT_A:1080,72,0:. 1|1:9,363:372:99:1|1:180158_ACT_A:15836,733,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180216 . T A 1.89379e+06 PASS FS=0.566;MQ=61;QD=24.09;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I601N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aTc/aAc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.739;VQSLOD=5.78;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=127.15;GQ_STDDEV=45.17;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9819;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.453;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16046847;AF=0.07;AS_InbreedingCoeff=0.5599;MLEAC=366;MLEAF=0.07;AN=858;AC=83 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,4:57:53:.:.:0,53,2291:. 0|1:40,11:51:99:.:.:195,0,1488:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1192:. 1|1:2,71:73:99:.:.:2180,130,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1784,168,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1087,107,0:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,163:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1007,96,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1522,144,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1049,102,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2584,260,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2074,207,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:15:.:.:0,15,437:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,61:122:99:.:.:1461,0,1546:. 0|1:70,19:89:99:.:.:313,0,3116:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,10:142:99:.:.:0,126,5697:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:44,21:65:99:.:.:445,0,1479:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,110:211:99:.:.:2667,0,3766:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,11:98:32:.:.:32,0,3124:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3230,329,0:. 1|0:26,7:33:91:.:.:91,0,953:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,50:80:99:.:.:1244,0,693:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,16:81:99:.:.:216,0,2742:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,22:41:99:.:.:538,0,757:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5285,525,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,52:55:12:.:.:1412,0,12:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,10:62:99:.:.:122,0,1575:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5139,525,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,71:174:99:.:.:1640,0,2632:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4610,466,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,19:198:46:.:.:0,46,6520:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5329,548,0:. 0|1:116,46:162:99:.:.:864,0,3382:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,72:176:99:.:.:1604,0,4019:. 0|1:124,101:225:99:.:.:2213,0,4713:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4103,415,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2894,286,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,13:71:99:.:.:153,0,2012:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,41:97:99:.:.:855,0,2313:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,49:83:99:.:.:1228,0,935:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,150:203:99:.:.:3878,0,1665:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,196:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,37:150:99:.:.:655,0,4513:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,230:231:99:.:.:6759,683,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:.:.:7517,760,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,18:128:99:.:.:120,0,4968:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,5:79:88:.:.:0,88,2941:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,6:81:70:.:.:0,70,2359:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,4:57:46:.:.:0,46,1698:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5162,525,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2578,261,0:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,12:95:85:.:.:85,0,2250:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,202:207:99:.:.:5802,412,0:. 1|0:50,9:59:80:.:.:80,0,1356:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,795:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,190:203:99:.:.:5161,129,0:. 0|0:26,0:26:47:.:.:0,47,759:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,20:113:99:.:.:251,0,2621:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2677,262,0:. 1|0:11,8:19:99:.:.:186,0,387:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,2:30:32:.:.:0,32,785:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,94:228:99:.:.:2721,0,5518:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:150,47:197:99:0|1:180170_A_C:1420,0,6371:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1598:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:787,0:787:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:714,0:714:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:119,0:119:.:.:.:.:120 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:.:.:.:.:120 1|0:84,82:166:99:.:.:3021,0,3145:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,280:280:99:1|1:180158_ACT_A:11858,849,0:. 0|0:641,0:641:.:.:.:.:120 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:632,0:632:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,260:260:99:1|1:180158_ACT_A:11135,794,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:473,0:473:.:.:.:.:120 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:460,0:460:.:.:.:.:120 0|0:56,2:58:91:.:.:0,91,2488:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:.:.:.:.:120 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:.:.:120 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:564,0:564:.:.:.:.:120 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:.:.:.:.:120 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:.:.:.:.:120 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:.:.:.:.:120 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:.:.:.:.:120 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:.:.:.:.:120 0|0:503,0:503:.:.:.:.:120 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:.:.:.:.:120 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:620,0:620:.:.:.:.:120 0|0:564,0:564:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:596,0:596:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:.:.:.:.:120 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:.:.:.:.:120 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2436,213,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,317:331:99:.:.:10680,516,0:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:7132,593,0:. 0|0:539,0:539:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:702,0:702:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180233 . A G 1.0222e+07 PASS FS=0;MQ=60.27;QD=32.41;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N607D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aat/Gat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.689;VQSLOD=10.28;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0013;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=182.95;GQ_STDDEV=193.18;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5167;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.174;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16020877;AF=0.306;AS_InbreedingCoeff=0.2709;MLEAC=1609;MLEAF=0.307;AN=858;AC=288 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:17,44:61:99:0|1:180170_A_C:1745,0,577:. 1|1:0,87:87:99:1|1:180158_ACT_A:3883,267,0:. 1|1:4,73:77:91:1|1:180158_ACT_A:3081,91,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,58:63:13:0|1:180158_ACT_A:2158,0,13:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1256:. 0|1:77,6:83:11:0|1:180186_A_G:11,0,3280:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,120,1347:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:28,19:47:99:.:.:424,0,758:. 1|0:30,14:44:99:.:.:284,0,796:. 1|0:20,8:28:99:0|1:180170_A_C:262,0,800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1255:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,209:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1566:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:59,8:67:19:.:.:19,0,1571:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1061:. 0|1:14,116:130:22:.:.:3432,0,22:. 1|1:0,14:14:42:1|1:180158_ACT_A:552,42,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:175,18,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2025,215,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:180158_ACT_A:2176,159,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,71:94:99:.:.:2702,0,665:. 0|1:18,49:67:99:.:.:1658,0,361:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,58:140:99:0|1:180192_A_T:2138,0,3030:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,40:52:99:0|1:180158_ACT_A:1598,0,426:. 1|1:0,134:134:99:1|1:180158_ACT_A:6156,415,0:. 1|1:0,113:113:99:1|1:180158_ACT_A:4853,343,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2430,252,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,74:114:99:.:.:2169,0,1394:. 1|0:88,14:102:99:0|1:180217_C_T:294,0,3748:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,24:71:99:.:.:461,0,1371:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,10:32:99:.:.:194,0,666:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,18:124:99:0|1:180170_A_C:390,0,4093:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:180158_ACT_A:5287,382,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:180158_ACT_A:3522,241,0:. 0|0:74,5:79:99:.:.:0,113,2992:. 0|1:59,27:86:99:0|1:180158_ACT_A:1001,0,2279:. 0|1:65,81:146:99:0|1:180192_A_T:3207,0,2550:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1481,167,0:. 0|1:78,20:98:99:0|1:180217_C_T:573,0,3091:. 0|1:60,69:129:99:0|1:180217_C_T:2484,0,2211:. 0|1:30,64:94:99:0|1:180192_A_T:2412,0,1079:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:1|1:180158_ACT_A:2876,202,0:. 0|1:34,12:46:99:0|1:180192_A_T:345,0,1275:. 1|1:0,130:130:99:1|1:180158_ACT_A:5585,397,0:. 1|0:98,13:111:99:0|1:180217_C_T:227,0,3785:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:187,33:220:99:0|1:180192_A_T:842,0,7228:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,72:84:99:0|1:180217_C_T:2849,0,230:. 1|1:0,50:50:99:1|1:180158_ACT_A:2316,165,0:. 1|0:27,28:55:99:0|1:180158_ACT_A:905,0,944:. 0|1:93,55:148:99:0|1:180158_ACT_A:1887,0,3733:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,89:194:99:0|1:180158_ACT_A:3243,0,3960:. 0|1:57,5:62:18:0|1:180181_T_C:18,0,2403:. 1|1:0,145:145:99:1|1:180158_ACT_A:6156,444,0:. 1|1:0,166:166:99:1|1:180158_ACT_A:6864,505,0:. 1|0:12,104:116:99:0|1:180217_C_T:4449,0,178:. 0|1:26,111:137:99:0|1:180217_C_T:4250,0,704:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,64:93:99:0|1:180170_A_C:2518,0,963:. 0|1:52,42:94:99:0|1:180217_C_T:1588,0,1955:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,162:166:99:.:.:4290,351,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,168:175:99:1|1:180192_A_T:6835,232,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,100:112:99:0|1:180217_C_T:3777,0,208:. 0|1:125,21:146:99:0|1:180158_ACT_A:440,0,4953:. 1|1:6,119:125:99:1|1:180158_ACT_A:4744,109,0:. 1|1:10,197:207:99:1|1:180158_ACT_A:7993,194,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,203:204:99:1|1:180158_ACT_A:9091,616,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,50:171:99:0|1:180217_C_T:1630,0,4873:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,179:179:99:1|1:180158_ACT_A:7815,554,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,236:238:99:1|1:180158_ACT_A:9759,629,0:. 0|1:126,15:141:99:.:.:229,0,5064:. 0|1:137,67:204:99:.:.:1196,0,3468:. 1|0:70,75:145:99:.:.:2265,0,1732:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,144:212:99:0|1:180192_A_T:5772,0,2253:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:1|1:180158_ACT_A:8707,593,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:1|1:180158_ACT_A:8528,581,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,66:181:99:0|1:180217_C_T:2372,0,4431:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,18:148:99:.:.:334,0,3936:. 1|0:71,50:121:99:0|1:180217_C_T:1923,0,2761:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,39:185:99:.:.:535,0,6048:. 1|1:0,225:225:99:1|1:180158_ACT_A:9724,686,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,96:134:99:0|1:180192_A_T:3636,0,1348:. 1|0:64,102:166:99:.:.:2372,0,2300:. 1|0:96,134:230:99:.:.:3098,0,3388:. 1|1:0,183:183:99:.:.:4977,548,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,16:153:99:0|1:180170_A_C:217,0,5449:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,22:70:99:0|1:180217_C_T:756,0,2030:. 1|0:58,69:127:99:0|1:180170_A_C:2632,0,2036:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,58:102:99:0|1:180158_ACT_A:2264,0,1677:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,139:140:99:1|1:180170_A_C:5810,384,0:. 1|1:0,154:154:99:1|1:180158_ACT_A:6804,481,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:180158_ACT_A:4737,325,0:. 1|0:36,88:124:99:0|1:180158_ACT_A:3390,0,1391:. 0|1:59,36:95:99:.:.:743,0,2249:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,37:173:99:.:.:1008,0,5464:. 0|1:155,52:207:99:.:.:782,0,6047:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,222:. 1|1:0,104:104:99:1|1:180158_ACT_A:4422,321,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,66:102:99:0|1:180158_ACT_A:2587,0,1325:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:127,25:152:99:0|1:180217_C_T:575,0,5020:. 1|1:0,104:104:99:1|1:180217_C_T:4840,325,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,64:89:99:0|1:180217_C_T:2481,0,807:. 0|1:34,78:112:99:0|1:180158_ACT_A:2905,0,1213:. 0|1:112,18:130:99:.:.:112,0,3028:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,83:102:99:0|1:180170_A_C:3262,0,528:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:1|1:180158_ACT_A:3742,253,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:180158_ACT_A:6942,496,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,64:101:99:.:.:2355,0,833:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:180158_ACT_A:3619,259,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,212:224:99:.:.:5334,273,0:. 0|1:79,37:116:99:0|1:180192_A_T:1186,0,3061:. 1|1:8,136:144:99:.:.:3521,180,0:. 1|1:0,121:121:99:1|1:180158_ACT_A:5266,376,0:. 1|0:46,86:132:99:.:.:3038,0,1588:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,8:83:92:0|1:180217_C_T:92,0,2916:. 1|1:0,96:96:99:1|1:180158_ACT_A:4307,292,0:. 0|1:42,19:61:99:.:.:352,0,1449:. 1|0:73,33:106:99:.:.:542,0,2018:. 1|0:42,54:96:99:0|1:180217_C_T:1973,0,1556:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:153,27:180:99:0|1:180217_C_T:639,0,6120:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,4:75:65:.:.:0,65,2880:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,96:98:99:.:.:2824,254,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1759,171,0:. 1|0:8,44:52:99:0|1:180217_C_T:1690,0,172:. 1|1:1,118:119:99:.:.:5034,333,0:. 1|0:35,19:54:99:0|1:180217_C_T:649,0,1468:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,33:57:99:.:.:924,0,558:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,18:102:99:0|1:180217_C_T:430,0,3415:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:66,26:92:99:.:.:426,0,1674:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,8:118:18:.:.:0,18,4424:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:180158_ACT_A:2875,214,0:. 1|0:8,86:94:58:0|1:180217_C_T:3543,0,58:. 1|0:131,20:151:99:.:.:321,0,4184:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,225:. 0|1:84,103:187:99:0|1:180158_ACT_A:3728,0,3011:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,69:139:99:0|1:180170_A_C:2750,0,2782:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,29:135:99:0|1:180192_A_T:788,0,4353:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:4,73:77:71:1|1:180192_A_T:3076,71,0:. 1|0:105,188:293:99:.:.:4456,0,2267:. 1|0:77,39:116:99:0|1:180217_C_T:1258,0,3210:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,487:. 1|1:1,55:56:99:1|1:180158_ACT_A:2475,127,0:. 1|0:149,11:160:5:.:.:5,0,5912:. 0|0:103,5:108:99:.:.:0,121,4301:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,5:18:99:0|1:180217_C_T:171,0,531:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,125:126:99:1|1:180158_ACT_A:5625,343,0:. 0|0:29,0:29:59:.:.:0,59,834:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:1|1:180158_ACT_A:6905,464,0:. 1|0:80,147:227:99:0|1:180217_C_T:5781,0,2765:. 0|1:122,112:234:99:0|1:180217_C_T:4091,0,4714:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,112:215:99:0|1:180158_ACT_A:4364,0,4076:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,150:247:99:0|1:180158_ACT_A:5749,0,3561:. 0|0:32,0:32:62:.:.:0,62,1074:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,240:242:99:1|1:180217_C_T:10284,638,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,46:180:99:.:.:1058,0,5552:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1598:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:97:.:.:0,97,5081:. 1|1:7,136:143:99:1|1:180192_A_T:5651,142,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:1|1:180158_ACT_A:9827,662,0:. 1|1:0,762:762:99:1|1:180158_ACT_A:34782,2345,0:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:674,0:674:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:1|1:180158_ACT_A:8762,590,0:. 1|1:0,243:243:99:1|1:180158_ACT_A:11202,755,0:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,240:242:99:1|1:180158_ACT_A:10650,665,0:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:641,0:641:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:131,125:256:99:.:.:3360,0,3781:. 1|1:0,495:495:99:.:.:16088,1481,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:180158_ACT_A:4015,274,0:. 1|1:0,562:562:99:.:.:18552,1688,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,231:237:99:1|1:180217_C_T:10082,410,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:221,35:256:99:.:.:652,0,6905:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,224:269:99:.:.:6567,0,756:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,426:428:99:1|1:180158_ACT_A:18426,1218,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:274,161:435:99:.:.:3973,0,7913:. 1|0:13,36:49:99:0|1:180217_C_T:1508,0,496:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:205,82:287:99:.:.:1909,0,6214:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,295:296:99:.:.:9897,878,0:. 0|1:225,23:248:99:0|1:180158_ACT_A:267,0,9645:. 0|1:69,148:217:99:0|1:180170_A_C:6031,0,2525:. 1|0:174,30:204:99:0|1:180030_G_A:778,0,7066:. 1|1:16,245:263:85:.:.:9863,85,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,263:266:99:.:.:8359,691,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:202,37:239:99:0|1:180217_C_T:975,0,8348:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:564,0:564:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,70:170:99:.:.:2496,0,3146:. 0|1:260,214:474:99:.:.:5611,0,7263:. 1|0:41,201:242:99:.:.:5905,0,652:. 1|1:10,316:326:99:1|1:180170_A_C:13396,538,0:. 1|0:187,35:222:99:0|1:180217_C_T:892,0,7930:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:166,82:248:99:0|1:180158_ACT_A:2682,0,6585:. 0|1:99,31:130:99:.:.:871,0,3036:. 0|0:185,11:196:99:.:.:0,116,7808:. 0|0:50,2:52:70:0|1:180217_C_T:0,70,2091:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,260:268:99:1|1:180158_ACT_A:11553,471,0:. 0|1:224,19:243:99:0|1:180192_A_T:99,0,9389:. 1|0:53,430:483:99:0|1:180217_C_T:18027,0,801:. 0|1:104,23:127:99:0|1:180217_C_T:647,0,4077:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:24,426:450:99:1|1:180192_A_T:17562,351,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:620,0:620:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:564,0:564:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,601:602:99:.:.:19890,1771,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,408:413:99:1|1:180217_C_T:18341,1063,0:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,139:245:99:.:.:5174,0,3278:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1892,168,0:. 0|1:62,78:140:99:0|1:180217_C_T:3237,0,2427:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,267:267:99:1|1:180158_ACT_A:11880,828,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:6421,529,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:1|1:180158_ACT_A:9832,685,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:1|1:180158_ACT_A:5717,385,0:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,328:328:99:1|1:180158_ACT_A:14855,1005,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:180158_ACT_A:3870,259,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:180158_ACT_A:2701,190,0:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,343:343:99:1|1:180158_ACT_A:15506,1050,0:. 1|1:0,292:292:99:1|1:180158_ACT_A:13663,927,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:180158_ACT_A:1554,105,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:180158_ACT_A:10360,695,0:. 1|1:0,273:273:99:1|1:180158_ACT_A:12717,855,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,261:261:99:1|1:180158_ACT_A:11882,806,0:. 1|1:0,258:258:99:1|1:180158_ACT_A:11666,789,0:. 0|1:72,159:231:99:0|1:180170_A_C:6347,0,2506:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:224,314:538:99:0|1:180170_A_C:12155,0,8245:. 0|1:56,17:73:99:0|1:180217_C_T:534,0,2268:. 1|0:173,153:326:99:0|1:180217_C_T:5949,0,6882:. 1|1:0,729:729:99:1|1:180158_ACT_A:32224,2251,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7845,637,0:. 1|1:0,272:272:99:1|1:180158_ACT_A:11837,831,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,21:21:63:1|1:180158_ACT_A:945,63,0:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180264 . A C 1.21096e+07 PASS FS=0;MQ=60.31;QD=34.65;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K617T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aCa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.702;VQSLOD=9.24;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=33.33;GQ_MEAN=182.24;GQ_STDDEV=226.06;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6103;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.305;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14905629;AF=0.417;AS_InbreedingCoeff=0.2902;MLEAC=2194;MLEAF=0.418;AN=858;AC=360 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,71:75:52:1|1:180264_A_C:2964,52,0 1|0:54,23:77:99:0|1:180264_A_C:732,0,2130 1|1:0,70:70:99:1|1:180264_A_C:3132,220,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1339 0|1:8,71:79:99:0|1:180264_A_C:2913,0,103 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:1|1:180264_A_C:2604,181,0 0|0:39,0:39:68:.:.:0,68,1143 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,55:55:99:1|1:180264_A_C:2485,169,0 1|0:26,11:37:99:0|1:180264_A_C:406,0,996 1|0:22,7:29:99:0|1:180264_A_C:210,0,871 1|1:0,48:48:99:1|1:180264_A_C:2125,144,0 1|1:0,9:9:27:1|1:180264_A_C:405,27,0 1|1:0,30:30:93:1|1:180264_A_C:1353,93,0 1|1:0,42:42:99:1|1:180264_A_C:1819,126,0 1|1:0,26:26:78:1|1:180264_A_C:1138,78,0 1|0:19,52:71:99:0|1:180264_A_C:2059,0,655 1|1:0,86:86:99:1|1:180264_A_C:3791,265,0 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,78:78:99:1|1:180264_A_C:3472,237,0 1|1:0,40:40:99:1|1:180264_A_C:1763,126,0 0|1:49,93:142:99:0|1:180264_A_C:3634,0,1762 0|1:1,13:14:3:0|1:180264_A_C:543,0,3 1|1:0,8:8:24:1|1:180264_A_C:341,24,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,50:50:99:1|1:180264_A_C:2161,153,0 1|0:58,58:116:99:0|1:180264_A_C:2228,0,2223 1|0:8,90:98:53:0|1:180264_A_C:3667,0,53 0|1:43,20:63:99:0|1:180264_A_C:706,0,1622 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,57:58:99:1|1:180264_A_C:2491,168,0 1|0:82,47:129:99:0|1:180264_A_C:1709,0,3235 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710 0|1:9,65:74:99:0|1:180264_A_C:2665,0,176 1|0:15,41:56:99:0|1:180264_A_C:1599,0,496 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,121:121:99:1|1:180264_A_C:5336,370,0 1|1:0,70:70:99:1|1:180264_A_C:3170,223,0 1|0:121,126:247:99:0|1:180264_A_C:4896,0,4628 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 1|0:48,76:124:99:0|1:180264_A_C:2979,0,1698 1|0:75,29:104:99:0|1:180264_A_C:935,0,3036 1|1:0,42:42:99:1|1:180264_A_C:1851,126,0 0|1:92,15:107:99:0|1:180264_A_C:334,0,3792 1|0:57,26:83:99:.:.:951,0,2270 1|1:0,107:107:99:1|1:180264_A_C:4758,325,0 0|1:10,18:28:99:0|1:180264_A_C:720,0,450 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 1|0:113,13:126:99:0|1:180264_A_C:287,0,4604 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,139:139:99:1|1:180264_A_C:6367,430,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|0:68,9:77:99:0|1:180264_A_C:173,0,2828 0|1:66,15:81:99:0|1:180264_A_C:470,0,2691 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 0|1:116,18:134:99:0|1:180264_A_C:404,0,5084 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,47:47:99:1|1:180264_A_C:2048,144,0 0|1:66,36:102:99:0|1:180264_A_C:1310,0,2686 0|1:22,107:129:99:0|1:180264_A_C:4466,0,590 0|1:28,59:87:99:0|1:180264_A_C:2362,0,953 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|1:32,44:76:99:0|1:180264_A_C:1718,0,1153 1|1:0,68:68:99:1|1:180264_A_C:2977,208,0 0|1:32,13:45:99:0|1:180264_A_C:432,0,1270 1|1:0,140:140:99:1|1:180264_A_C:6190,427,0 1|0:9,93:102:89:0|1:180264_A_C:3870,0,89 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 0|1:73,10:83:99:.:.:108,0,3057 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800 0|1:44,28:72:99:0|1:180264_A_C:991,0,1978 1|1:5,81:86:48:1|1:180264_A_C:3412,48,0 1|1:0,52:52:99:1|1:180264_A_C:2447,166,0 1|1:0,55:55:99:1|1:180264_A_C:2511,172,0 0|1:86,51:137:99:0|1:180264_A_C:1806,0,3499 1|1:0,89:89:99:1|1:180264_A_C:3764,268,0 1|1:0,205:205:99:1|1:180264_A_C:9283,629,0 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|0:9,58:67:99:0|1:180264_A_C:2322,0,203 1|1:9,143:152:99:1|1:180264_A_C:6071,113,0 1|1:0,169:169:99:1|1:180264_A_C:7532,515,0 1|0:14,126:140:99:0|1:180264_A_C:5351,0,197 0|1:25,115:140:99:0|1:180264_A_C:4684,0,740 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|0:28,74:102:99:0|1:180264_A_C:2972,0,950 1|0:48,51:99:99:0|1:180264_A_C:1952,0,1809 1|0:50,9:59:99:0|1:180264_A_C:199,0,2042 1|1:4,160:164:99:1|1:180264_A_C:7049,326,0 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,177:180:99:1|1:180264_A_C:7816,413,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,174:174:99:1|1:180264_A_C:7968,538,0 1|0:14,98:112:99:0|1:180264_A_C:4141,0,270 0|1:132,18:150:99:0|1:180264_A_C:342,0,5566 1|1:7,114:121:70:1|1:180264_A_C:4734,70,0 1|1:9,209:218:99:1|1:180264_A_C:8835,257,0 0|1:76,71:147:99:0|1:180264_A_C:2694,0,2926 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 1|0:108,74:182:99:0|1:180264_A_C:2691,0,4212 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,193:195:99:1|1:180264_A_C:8348,528,0 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 1|0:113,49:162:99:0|1:180264_A_C:1698,0,4516 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,179:179:99:1|1:180264_A_C:8184,554,0 1|1:0,236:236:99:1|1:180264_A_C:10409,719,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,251:251:99:1|1:180264_A_C:11330,770,0 0|1:132,18:150:99:0|1:180264_A_C:322,0,5342 1|1:0,190:190:99:1|1:180264_A_C:8406,581,0 1|0:67,74:141:99:0|1:180264_A_C:2841,0,2528 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|1:101,8:109:49:0|1:180264_A_C:49,0,4182 0|1:161,13:174:49:0|1:180264_A_C:49,0,6782 1|1:0,157:157:99:1|1:180264_A_C:7022,484,0 1|1:0,181:181:99:1|1:180264_A_C:8063,560,0 0|0:230,16:246:2:0|1:180264_A_C:0,2,9538 1|0:94,80:174:99:0|1:180264_A_C:3063,0,3657 1|1:0,172:172:99:1|1:180264_A_C:7661,523,0 0|1:79,62:141:99:0|1:180264_A_C:2295,0,3077 0|1:46,90:136:99:0|1:180264_A_C:3593,0,1648 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,185:185:99:1|1:180264_A_C:8155,566,0 1|1:0,234:234:99:1|1:180264_A_C:10466,722,0 1|1:10,133:143:23:1|1:180264_A_C:5435,23,0 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 0|1:41,113:154:99:0|1:180264_A_C:4536,0,1365 1|0:49,123:172:99:0|1:180264_A_C:5144,0,1753 1|0:59,177:236:99:0|1:180264_A_C:7317,0,1884 1|1:0,200:200:99:1|1:180264_A_C:8996,608,0 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,150:150:99:1|1:180264_A_C:6811,463,0 1|0:81,15:96:99:0|1:180264_A_C:379,0,3277 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,90:90:99:1|1:180264_A_C:4065,279,0 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 0|1:34,41:75:99:0|1:180264_A_C:1517,0,1304 1|0:70,75:145:99:0|1:180264_A_C:3034,0,2625 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,90:90:99:1|1:180264_A_C:4042,283,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,169:169:99:1|1:180264_A_C:7696,521,0 0|1:56,99:155:99:0|1:180264_A_C:3881,0,2154 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|0:36,84:120:99:0|1:180158_ACT_A:3398,0,2065 0|1:64,30:94:99:0|1:180264_A_C:1145,0,2633 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 1|0:132,47:179:99:.:.:1605,0,5319 0|1:47,152:199:99:0|1:180264_A_C:6079,0,1521 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,8:8:24:1|1:180264_A_C:360,24,0 1|1:0,111:111:99:1|1:180264_A_C:4926,337,0 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|1:43,76:119:99:0|1:180264_A_C:3101,0,1596 0|1:75,55:130:99:0|1:180264_A_C:2145,0,3049 1|0:118,35:153:99:0|1:180264_A_C:1031,0,4848 1|1:0,108:108:99:1|1:180264_A_C:4805,331,0 1|0:147,11:158:13:0|1:180264_A_C:13,0,6005 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|0:61,27:88:99:0|1:180264_A_C:913,0,2473 0|1:20,60:80:99:0|1:180264_A_C:2472,0,650 0|1:35,77:112:99:0|1:180264_A_C:3029,0,1266 0|1:112,16:128:99:0|1:180264_A_C:308,0,4640 0|0:179,11:190:95:0|1:180264_A_C:0,95,7673 0|1:16,77:93:99:0|1:180264_A_C:3232,0,398 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,242:242:99:1|1:180264_A_C:10931,743,0 1|1:0,164:164:99:1|1:180264_A_C:7412,506,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:110,6:116:99:0|1:180264_A_C:0,102,4722 1|1:0,244:244:99:1|1:180264_A_C:10715,755,0 1|0:43,64:107:99:0|1:180264_A_C:2490,0,1596 1|1:1,72:73:99:1|1:180264_A_C:3231,181,0 1|1:0,94:94:99:1|1:180264_A_C:4138,283,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:14,245:259:99:1|1:180264_A_C:10478,191,0 0|1:87,32:119:99:0|1:180264_A_C:1023,0,3661 1|1:4,143:147:99:1|1:180264_A_C:6214,289,0 1|1:0,129:129:99:1|1:180264_A_C:5656,391,0 1|0:35,112:147:99:0|1:180264_A_C:4746,0,1330 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|0:69,16:85:99:0|1:180264_A_C:461,0,2789 1|1:0,107:107:99:1|1:180264_A_C:4754,328,0 0|1:44,19:63:99:0|1:180264_A_C:622,0,1889 1|0:45,63:108:99:0|1:180264_A_C:2462,0,1673 1|0:53,55:108:99:0|1:180264_A_C:2086,0,2043 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,82:86:88:1|1:180264_A_C:3592,88,0 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,181:181:99:1|1:180264_A_C:8181,566,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|0:5,69:74:2:0|1:180264_A_C:2726,0,2 0|1:161,17:178:99:0|1:180264_A_C:188,0,6686 1|1:2,97:99:99:1|1:180264_A_C:4309,217,0 1|0:83,10:93:99:0|1:180264_A_C:119,0,3604 1|1:0,74:74:99:1|1:180264_A_C:3276,223,0 1|1:0,51:51:99:1|1:180264_A_C:2340,157,0 1|0:87,35:122:99:0|1:180264_A_C:1133,0,3643 1|0:37,28:65:99:0|1:180264_A_C:1015,0,1464 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|1:18,48:66:99:0|1:180264_A_C:1986,0,638 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|1:80,31:111:99:0|1:180264_A_C:1095,0,3302 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575 0|1:58,22:80:99:0|1:180264_A_C:696,0,2287 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218 1|1:0,185:185:99:1|1:180264_A_C:8246,569,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|0:17,124:141:99:0|1:180264_A_C:5157,0,315 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,70:70:99:1|1:180264_A_C:3091,211,0 1|1:2,94:96:99:1|1:180264_A_C:4075,208,0 1|0:134,31:165:99:0|1:180264_A_C:836,0,5489 1|1:0,90:90:99:1|1:180264_A_C:4045,277,0 0|1:2,4:6:69:0|1:180264_A_C:204,0,69 0|1:105,81:186:99:0|1:180158_ACT_A:3081,0,4161 1|0:87,43:130:99:0|1:180264_A_C:1497,0,3479 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|0:71,11:82:99:0|1:180264_A_C:220,0,2902 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|1:99,29:128:99:0|1:180264_A_C:893,0,4026 1|1:4,193:197:99:1|1:180264_A_C:8225,416,0 1|0:47,4:51:99:0|1:180264_A_C:152,0,1865 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,710 1|1:4,82:86:96:1|1:180264_A_C:3465,96,0 0|1:29,274:303:99:0|1:180264_A_C:11420,0,426 1|0:65,34:99:99:0|1:180264_A_C:1223,0,2718 1|1:6,193:199:99:1|1:180264_A_C:8209,276,0 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,453 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|0:14,137:151:99:0|1:180264_A_C:5647,0,140 1|0:84,19:103:99:0|1:180264_A_C:581,0,3408 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,88:88:99:1|1:180264_A_C:3948,268,0 1|0:7,14:21:99:0|1:180264_A_C:568,0,249 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:27,2:29:0:0|1:180264_A_C:0,0,1132 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,41:41:99:1|1:180264_A_C:2070,138,0 1|1:0,158:158:99:1|1:180264_A_C:7196,485,0 1|1:0,175:175:99:1|1:180264_A_C:7985,544,0 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|0:40,123:163:99:0|1:180264_A_C:4906,0,1385 1|1:0,201:201:99:1|1:180264_A_C:9116,623,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,206:206:99:1|1:180264_A_C:9344,641,0 0|1:97,67:164:99:0|1:180264_A_C:2680,0,3875 1|1:0,28:28:84:1|1:180264_A_C:1247,84,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,221:221:99:1|1:180264_A_C:9986,680,0 1|1:1,211:212:99:1|1:180264_A_C:9211,283,0 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,220:220:99:1|1:180264_A_C:9933,680,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620 0|1:163,45:208:99:0|1:180264_A_C:1415,0,6677 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|0:91,87:178:99:0|1:180264_A_C:3276,0,3663 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,234:234:99:1|1:180264_A_C:10646,728,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1598 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:157,0:157:99:.:.:0,117,1800 1|0:6,63:69:53:0|1:180264_A_C:2753,0,53 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:756,0:756:99:.:.:0,120,1800 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665 0|0:674,0:674:99:.:.:0,120,1800 1|0:63,41:104:99:0|1:180264_A_C:1523,0,2504 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,71:71:99:1|1:180264_A_C:3324,226,0 1|1:1,97:98:99:1|1:180264_A_C:4480,265,0 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800 1|0:71,83:154:99:0|1:180264_A_C:3250,0,2721 1|1:2,120:122:99:1|1:180264_A_C:5488,161,0 1|1:0,283:283:99:1|1:180264_A_C:12869,879,0 0|0:641,0:641:99:.:.:0,120,1800 1|0:111,142:253:99:0|1:180264_A_C:5594,0,4262 1|1:1,489:490:99:1|1:180264_A_C:21693,1461,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,570:570:99:1|1:180264_A_C:25308,1743,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800 1|1:18,258:276:66:1|1:180264_A_C:10731,66,0 0|0:86,5:91:70:.:.:0,70,3960 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,277:277:99:1|1:180264_A_C:12373,846,0 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800 0|1:48,214:262:99:0|1:180264_A_C:8841,0,1296 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,398:399:99:1|1:180264_A_C:17751,1156,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|1:276,156:432:99:0|1:180264_A_C:5542,0,11135 0|0:52,0:52:70:.:.:0,70,1588 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800 1|0:226,91:317:99:0|1:180264_A_C:3081,0,9379 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,306:306:99:1|1:180264_A_C:13490,927,0 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,144:145:99:1|1:180264_A_C:6504,377,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,263:263:99:1|1:180264_A_C:11773,801,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,6:110:64:0|1:180264_A_C:0,64,4382 0|1:238,41:279:99:0|1:180264_A_C:945,0,9813 1|1:0,585:585:99:1|1:180264_A_C:25911,1781,0 1|0:26,127:153:99:0|1:180264_A_C:5301,0,708 0|1:261,221:482:99:0|1:180264_A_C:8292,0,10043 1|1:2,253:255:99:1|1:180264_A_C:11115,659,0 1|1:10,308:318:99:1|1:180264_A_C:13151,482,0 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 0|1:140,48:188:99:0|1:180264_A_C:1565,0,5727 0|1:159,47:206:99:0|1:180264_A_C:1528,0,6423 0|0:135,7:142:93:0|1:180264_A_C:0,93,5825 0|1:74,123:197:99:0|1:180264_A_C:4798,0,2687 0|0:42,0:42:99:0|1:180264_A_C:0,126,1904 1|0:217,17:234:49:0|1:180264_A_C:49,0,8915 1|1:12,610:622:99:1|1:180264_A_C:26409,1349,0 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800 1|0:79,36:115:99:0|1:180264_A_C:1243,0,3204 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 0|1:27,165:192:99:0|1:180264_A_C:6928,0,647 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|0:305,266:571:99:0|1:180264_A_C:9945,0,11733 1|1:2,584:586:99:1|1:180264_A_C:26029,1700,0 1|1:2,622:624:99:1|1:180264_A_C:27989,1848,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:411,0:411:99:.:.:0,120,1800 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800 0|1:108,151:259:99:0|1:180264_A_C:6074,0,4076 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,54:54:99:1|1:180264_A_C:2503,169,0 1|1:0,145:145:99:1|1:180264_A_C:6476,442,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,119:119:99:1|1:180264_A_C:5535,370,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|1:68,124:192:99:0|1:180264_A_C:5017,0,2644 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,126:126:99:1|1:180264_A_C:5850,391,0 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,72:72:99:1|1:180264_A_C:3285,223,0 1|1:0,70:70:99:1|1:180264_A_C:3139,217,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800 1|1:12,318:330:99:1|1:180264_A_C:13648,426,0 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,30:30:90:1|1:180264_A_C:1350,90,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1134 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,945 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|1:76,70:146:99:0|1:180264_A_C:2774,0,2992 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 1|0:220,27:247:99:0|1:180264_A_C:478,0,9201 1|1:0,214:214:99:1|1:180264_A_C:9529,647,0 0|1:224,150:374:99:0|1:180264_A_C:5825,0,8887 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,350:350:99:1|1:180264_A_C:16384,1099,0 1|1:0,219:219:99:1|1:180264_A_C:9919,683,0 1|1:0,139:139:99:1|1:180264_A_C:6705,449,0 1|1:0,36:36:99:1|1:180264_A_C:1702,117,0 1|1:0,8:8:24:1|1:180264_A_C:360,24,0 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 180270 . C A 1.26577e+07 PASS FS=0;MQ=60.21;QD=34.99;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T619N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aCc/aAc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.705;VQSLOD=9.9;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=33.33;GQ_MEAN=180.76;GQ_STDDEV=222.31;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6118;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.219;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15126450;AF=0.42;AS_InbreedingCoeff=0.2893;MLEAC=2206;MLEAF=0.421;AN=858;AC=362 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,68:72:52:1|1:180264_A_C:3054,52,0 1|0:52,22:74:99:0|1:180264_A_C:708,0,2141 1|1:0,70:70:99:1|1:180264_A_C:3169,214,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1339 0|1:7,73:80:99:0|1:180264_A_C:3178,0,104 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,56:56:99:1|1:180264_A_C:2587,178,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,56:56:99:1|1:180264_A_C:2792,190,0 1|0:23,14:37:99:0|1:180264_A_C:551,0,964 1|0:21,6:27:99:0|1:180264_A_C:186,0,888 1|1:0,48:48:99:1|1:180264_A_C:2250,151,0 1|1:0,10:10:30:1|1:180264_A_C:435,30,0 1|1:0,30:30:90:1|1:180264_A_C:1345,90,0 1|1:0,39:39:99:1|1:180264_A_C:1842,123,0 1|1:0,26:26:81:1|1:180264_A_C:1183,81,0 1|0:19,52:71:99:0|1:180264_A_C:2126,0,707 1|1:0,80:80:99:1|1:180264_A_C:3787,259,0 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:1|1:180264_A_C:3544,238,0 1|1:0,38:38:99:1|1:180264_A_C:1708,120,0 0|1:51,92:143:99:0|1:180264_A_C:3847,0,1975 1|1:1,14:15:3:1|1:180264_A_C:630,3,0 1|1:0,7:7:21:1|1:180264_A_C:315,21,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,45:45:99:1|1:180264_A_C:2041,138,0 1|0:60,57:117:99:0|1:180264_A_C:2338,0,2441 1|0:8,92:100:53:0|1:180264_A_C:3696,0,53 0|1:39,22:61:99:0|1:180264_A_C:832,0,1585 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,58:58:99:1|1:180264_A_C:2566,181,0 1|0:77,46:123:99:0|1:180264_A_C:1790,0,3345 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710 0|1:9,64:73:99:0|1:180264_A_C:2717,0,230 1|0:15,44:59:99:0|1:180264_A_C:1635,0,488 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,117:117:99:1|1:180264_A_C:5358,370,0 1|1:0,71:71:99:1|1:180264_A_C:3235,220,0 1|0:125,129:254:99:0|1:180264_A_C:5092,0,5029 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 1|0:46,76:122:99:0|1:180264_A_C:3034,0,1767 1|0:76,26:102:99:0|1:180264_A_C:914,0,3368 1|1:0,45:45:99:1|1:180264_A_C:1943,138,0 0|1:91,16:107:99:0|1:180264_A_C:389,0,3770 1|0:58,30:88:99:.:.:1017,0,2384 1|1:0,106:106:99:1|1:180264_A_C:4895,328,0 0|1:13,19:32:99:0|1:180264_A_C:759,0,489 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 1|0:113,16:129:99:0|1:180264_A_C:314,0,4895 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,144:144:99:1|1:180264_A_C:6554,439,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|0:71,9:80:99:0|1:180264_A_C:161,0,2996 0|1:67,17:84:99:0|1:180264_A_C:536,0,2801 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 0|1:119,18:137:99:0|1:180264_A_C:395,0,5154 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,46:46:99:1|1:180264_A_C:2016,141,0 0|1:71,36:107:99:0|1:180264_A_C:1295,0,2871 0|1:23,110:133:99:0|1:180264_A_C:4599,0,668 0|1:27,62:89:99:0|1:180264_A_C:2519,0,974 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|1:28,46:74:99:0|1:180264_A_C:1905,0,1128 1|1:0,67:67:99:1|1:180264_A_C:3163,214,0 0|1:30,12:42:99:0|1:180264_A_C:432,0,1289 1|1:0,141:141:99:1|1:180264_A_C:6585,445,0 1|0:10,99:109:99:0|1:180264_A_C:3975,0,119 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 0|1:77,12:89:99:.:.:209,0,1835 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800 0|1:47,29:76:99:0|1:180264_A_C:1025,0,2037 1|1:4,82:86:82:1|1:180264_A_C:3533,82,0 1|1:0,56:56:99:1|1:180264_A_C:2558,172,0 1|1:0,57:57:99:1|1:180264_A_C:2593,175,0 0|1:88,53:141:99:0|1:180264_A_C:2073,0,3521 1|1:0,87:87:99:1|1:180264_A_C:3777,268,0 1|1:0,217:217:99:1|1:180264_A_C:9970,671,0 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|0:9,56:65:99:0|1:180264_A_C:2501,0,194 1|1:6,143:149:99:1|1:180264_A_C:6218,128,0 1|1:0,170:170:99:1|1:180264_A_C:7950,533,0 1|0:15,132:147:99:0|1:180264_A_C:5694,0,208 0|1:28,116:144:99:0|1:180264_A_C:4980,0,850 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|0:32,73:105:99:0|1:180264_A_C:3100,0,1154 1|0:48,55:103:99:0|1:180264_A_C:2057,0,1847 1|0:51,11:62:99:0|1:180264_A_C:302,0,2135 1|1:4,166:170:99:1|1:180264_A_C:7558,353,0 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,188:191:99:1|1:180264_A_C:8452,452,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,180:180:99:1|1:180264_A_C:8294,557,0 1|0:15,104:119:99:0|1:180264_A_C:4405,0,336 0|1:136,21:157:99:0|1:180264_A_C:498,0,5778 1|1:7,115:122:67:1|1:180264_A_C:4734,67,0 1|1:10,206:216:99:1|1:180264_A_C:9044,224,0 0|1:78,76:154:99:0|1:180264_A_C:2767,0,3114 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 1|0:103,71:174:99:0|1:180264_A_C:2681,0,4241 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,194:195:99:1|1:180264_A_C:8481,547,0 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 1|0:111,51:162:99:0|1:180264_A_C:1825,0,4826 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:1|1:180264_A_C:8713,584,0 1|1:0,240:240:99:1|1:180264_A_C:10523,731,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,255:255:99:1|1:180264_A_C:11942,804,0 0|1:129,17:146:99:0|1:180264_A_C:338,0,5446 1|1:0,185:185:99:1|1:180264_A_C:8347,572,0 1|0:66,72:138:99:0|1:180264_A_C:2892,0,2638 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|1:105,11:116:71:0|1:180264_A_C:71,0,4593 0|1:162,13:175:43:0|1:180264_A_C:43,0,6930 1|1:0,162:162:99:1|1:180264_A_C:7624,514,0 1|1:0,187:187:99:1|1:180264_A_C:8148,569,0 0|1:234,17:251:52:0|1:180264_A_C:52,0,10066 1|0:93,84:177:99:0|1:180264_A_C:3361,0,3794 1|1:0,175:175:99:1|1:180264_A_C:8271,560,0 0|1:76,65:141:99:0|1:180264_A_C:2489,0,3117 0|1:44,94:138:99:0|1:180264_A_C:3649,0,1593 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,188:188:99:1|1:180264_A_C:8442,581,0 1|1:0,236:236:99:1|1:180264_A_C:10945,743,0 1|1:8,136:144:85:1|1:180264_A_C:5665,85,0 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 0|1:42,109:151:99:0|1:180264_A_C:4639,0,1548 1|0:54,126:180:99:0|1:180264_A_C:5260,0,1918 1|0:60,178:238:99:0|1:180264_A_C:7420,0,2056 1|1:0,208:208:99:1|1:180264_A_C:9592,644,0 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,154:154:99:1|1:180264_A_C:7217,485,0 1|0:76,16:92:99:0|1:180264_A_C:408,0,3322 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,90:90:99:1|1:180264_A_C:4215,283,0 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 0|1:37,41:78:99:0|1:180264_A_C:1614,0,1399 1|0:72,81:153:99:0|1:180264_A_C:3288,0,2841 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,89:89:99:1|1:180264_A_C:4116,283,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,176:176:99:1|1:180264_A_C:8044,542,0 0|1:57,94:151:99:0|1:180264_A_C:4021,0,2237 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,83:122:99:0|1:180158_ACT_A:3404,0,2355 0|1:72,33:105:99:0|1:180264_A_C:1334,0,2949 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 1|0:135,52:187:99:.:.:1856,0,5669 0|1:47,150:197:99:0|1:180264_A_C:6420,0,1498 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,8:8:24:1|1:180264_A_C:360,24,0 1|1:0,111:111:99:1|1:180264_A_C:5173,346,0 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|1:46,80:126:99:0|1:180264_A_C:3299,0,1749 0|1:81,61:142:99:0|1:180264_A_C:2358,0,3282 1|0:120,35:155:99:0|1:180264_A_C:1118,0,4886 1|1:0,106:106:99:1|1:180264_A_C:4777,328,0 1|0:141,12:153:67:0|1:180264_A_C:67,0,6012 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|0:61,28:89:99:0|1:180264_A_C:954,0,2547 0|1:22,60:82:99:0|1:180264_A_C:2553,0,818 0|1:37,76:113:99:0|1:180264_A_C:3201,0,1355 0|1:119,16:135:99:0|1:180264_A_C:357,0,5002 0|0:186,12:198:32:0|1:180264_A_C:0,32,8013 0|1:15,80:95:99:0|1:180264_A_C:3398,0,383 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,253:253:99:1|1:180264_A_C:11737,789,0 1|1:0,168:168:99:1|1:180264_A_C:7695,515,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,6:118:99:0|1:180264_A_C:0,114,4939 1|1:0,244:244:99:1|1:180264_A_C:10651,746,0 1|0:43,60:103:99:0|1:180264_A_C:2412,0,1622 1|1:1,74:75:99:1|1:180264_A_C:3343,187,0 1|1:0,90:90:99:1|1:180264_A_C:4050,271,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:15,250:265:99:1|1:180264_A_C:10889,194,0 0|1:90,29:119:99:0|1:180264_A_C:959,0,3683 1|1:5,146:151:99:1|1:180264_A_C:6179,264,0 1|1:0,124:124:99:1|1:180264_A_C:5860,397,0 1|0:37,114:151:99:0|1:180264_A_C:4760,0,1378 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|0:66,16:82:99:0|1:180264_A_C:452,0,2933 1|1:0,107:107:99:1|1:180264_A_C:4740,325,0 0|1:45,21:66:99:0|1:180264_A_C:847,0,1930 1|0:48,64:112:99:0|1:180264_A_C:2600,0,1814 1|0:55,57:112:99:0|1:180264_A_C:2311,0,2294 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,87:92:61:1|1:180264_A_C:3790,61,0 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,189:189:99:1|1:180264_A_C:8262,575,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|0:5,63:68:14:0|1:180264_A_C:2642,0,14 0|1:162,18:180:99:0|1:180264_A_C:216,0,6813 1|1:2,101:103:99:1|1:180264_A_C:4618,232,0 1|0:89,10:99:99:0|1:180264_A_C:107,0,3791 1|1:0,75:75:99:1|1:180264_A_C:3583,241,0 1|1:0,55:55:99:1|1:180264_A_C:2507,169,0 1|0:91,36:127:99:0|1:180264_A_C:1353,0,3740 1|0:38,27:65:99:0|1:180264_A_C:987,0,1490 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|1:19,48:67:99:0|1:180264_A_C:2019,0,722 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|1:88,34:122:99:0|1:180264_A_C:1151,0,3466 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575 0|1:54,20:74:99:0|1:180264_A_C:659,0,2224 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218 1|1:0,185:185:99:1|1:180264_A_C:8601,581,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|0:16,126:142:99:0|1:180264_A_C:5636,0,259 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,69:69:99:1|1:180264_A_C:3316,226,0 1|1:2,93:95:99:1|1:180264_A_C:3982,199,0 1|0:138,32:170:99:0|1:180264_A_C:1008,0,5805 1|1:0,89:89:99:1|1:180264_A_C:4191,283,0 0|1:2,5:7:69:0|1:180264_A_C:204,0,69 0|1:101,82:183:99:0|1:180158_ACT_A:3067,0,4107 1|0:89,45:134:99:0|1:180264_A_C:1551,0,3525 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|0:70,11:81:99:0|1:180264_A_C:231,0,3028 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|1:101,28:129:99:0|1:180264_A_C:860,0,4277 1|1:5,181:186:99:1|1:180264_A_C:8271,362,0 1|0:45,8:53:99:0|1:180264_A_C:191,0,1943 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,710 1|1:3,84:87:99:1|1:180264_A_C:3825,120,0 0|1:34,281:315:99:0|1:180264_A_C:11866,0,546 1|0:69,34:103:99:0|1:180264_A_C:1248,0,2876 1|1:6,192:198:99:1|1:180264_A_C:8568,291,0 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,371 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|0:13,136:149:99:0|1:180264_A_C:5559,0,150 1|0:81,20:101:99:0|1:180264_A_C:584,0,3467 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:1|1:180264_A_C:4230,283,0 1|0:9,13:22:99:0|1:180264_A_C:541,0,317 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:28,2:30:0:0|1:180264_A_C:0,0,1133 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,51:51:99:1|1:180264_A_C:2340,157,0 1|1:0,171:171:99:1|1:180264_A_C:8067,545,0 1|1:0,190:190:99:1|1:180264_A_C:8685,590,0 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|0:45,121:166:99:0|1:180264_A_C:5175,0,1580 1|1:0,212:212:99:1|1:180264_A_C:9466,653,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,210:210:99:1|1:180264_A_C:9320,638,0 0|1:96,78:174:99:0|1:180264_A_C:3187,0,3898 1|1:0,31:31:93:1|1:180264_A_C:1348,93,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,219:219:99:1|1:180264_A_C:9874,668,0 1|1:1,215:216:99:1|1:180264_A_C:9830,313,0 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,220:220:99:1|1:180264_A_C:9913,677,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620 0|1:160,45:205:99:0|1:180264_A_C:1404,0,6949 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|0:96,84:180:99:0|1:180264_A_C:3423,0,3954 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,239:239:99:1|1:180264_A_C:10570,722,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1598 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:157,0:157:99:.:.:0,117,1800 1|0:6,70:76:32:0|1:180264_A_C:3047,0,32 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:756,0:756:99:.:.:0,120,1800 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665 0|0:674,0:674:99:.:.:0,120,1800 1|0:64,38:102:99:0|1:180264_A_C:1406,0,2570 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,87:87:99:1|1:180264_A_C:3700,262,0 1|1:1,113:114:99:1|1:180264_A_C:4829,298,0 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800 1|0:72,80:152:99:0|1:180264_A_C:3234,0,2895 1|1:2,136:138:99:1|1:180264_A_C:6118,203,0 1|1:0,293:293:99:1|1:180264_A_C:13497,909,0 0|0:641,0:641:99:.:.:0,120,1800 1|0:114,145:259:99:0|1:180264_A_C:5578,0,4539 1|1:1,490:491:99:1|1:180264_A_C:21777,1463,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,579:579:99:1|1:180264_A_C:25614,1776,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800 1|1:18,263:281:23:1|1:180264_A_C:10790,23,0 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,271:271:99:1|1:180264_A_C:12672,858,0 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800 0|1:46,217:263:99:0|1:180264_A_C:8898,0,1386 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,409:411:99:1|1:180264_A_C:18576,1171,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|1:281,152:433:99:0|1:180264_A_C:5619,0,11503 0|0:51,0:51:47:.:.:0,47,1476 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800 1|0:229,92:321:99:0|1:180264_A_C:3107,0,9853 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,297:297:99:1|1:180264_A_C:13340,912,0 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,150:151:99:1|1:180264_A_C:6954,407,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,267:267:99:1|1:180264_A_C:11836,807,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,6:110:67:0|1:180264_A_C:0,67,4476 0|1:244,38:282:99:0|1:180264_A_C:867,0,10567 1|1:0,587:587:99:1|1:180264_A_C:25972,1784,0 1|0:29,130:159:99:0|1:180264_A_C:5415,0,766 0|1:256,220:476:99:0|1:180264_A_C:8349,0,10016 1|1:3,248:251:99:1|1:180264_A_C:11045,650,0 1|1:11,312:323:99:1|1:180264_A_C:13129,440,0 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 0|1:141,49:190:99:0|1:180264_A_C:1623,0,5799 0|1:156,53:209:99:0|1:180264_A_C:1759,0,6850 0|0:138,9:147:80:0|1:180264_A_C:0,80,6129 0|1:72,117:189:99:0|1:180264_A_C:4750,0,2718 0|0:42,0:42:99:0|1:180264_A_C:0,129,1949 1|0:207,19:226:99:0|1:180264_A_C:103,0,9028 1|1:12,608:620:99:1|1:180264_A_C:26354,1336,0 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800 1|0:81,36:117:99:0|1:180264_A_C:1244,0,3224 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 0|1:28,175:203:99:0|1:180264_A_C:7348,0,617 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|0:299,266:565:99:0|1:180264_A_C:9914,0,11582 1|1:2,590:592:99:1|1:180264_A_C:26386,1731,0 1|1:2,623:625:99:1|1:180264_A_C:27779,1827,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:411,0:411:99:.:.:0,120,1800 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800 0|1:109,160:269:99:0|1:180264_A_C:6641,0,4084 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,58:58:99:1|1:180264_A_C:2645,178,0 1|1:0,142:142:99:1|1:180264_A_C:6624,452,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,141:141:99:1|1:180264_A_C:6660,446,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|1:74,126:200:99:0|1:180264_A_C:5393,0,2830 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,141:141:99:1|1:180264_A_C:6705,449,0 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,75:75:99:1|1:180264_A_C:3478,235,0 1|1:0,69:69:99:1|1:180264_A_C:3121,214,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800 1|1:13,314:327:99:1|1:180264_A_C:13946,393,0 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,34:34:99:1|1:180264_A_C:1665,111,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1134 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|1:74,77:151:99:0|1:180264_A_C:3155,0,2989 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 1|0:225,29:254:99:0|1:180264_A_C:465,0,9898 1|1:0,214:214:99:1|1:180264_A_C:9980,671,0 0|1:221,175:396:99:0|1:180264_A_C:6992,0,9041 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,393:393:99:1|1:180264_A_C:18475,1237,0 1|1:0,219:219:99:1|1:180264_A_C:9900,680,0 1|1:0,163:163:99:1|1:180264_A_C:7695,515,0 1|1:0,40:40:99:1|1:180264_A_C:1747,120,0 1|1:0,8:8:24:1|1:180264_A_C:360,24,0 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 180285 . G T 1.71982e+07 PASS FS=0;MQ=60.15;QD=31.97;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R624I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGa/aTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.7;VQSLOD=10.28;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=203.74;GQ_STDDEV=206.53;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7547;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.042;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16311870;AF=0.444;AS_InbreedingCoeff=0.3803;MLEAC=2336;MLEAF=0.445;AN=858;AC=382 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,66:66:99:1|1:180277_G_A:3145,214,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:180277_G_A:2835,190,0:. 0|0:73,0:73:88:.:.:0,88,1899:. 0|1:21,52:73:99:0|1:180277_G_A:2211,0,716:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,7:54:99:0|1:180277_G_A:180,0,1974:. 1|1:0,47:47:99:1|1:180277_G_A:2271,154,0:. 1|0:73,8:81:92:0|1:180277_G_A:92,0,3360:. 0|1:1,67:68:83:0|1:180277_G_A:3024,0,83:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1496:. 0|1:28,10:38:99:0|1:180277_G_A:366,0,1282:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,24:42:99:.:.:948,0,768:. 0|1:7,23:30:99:0|1:180277_G_A:1013,0,261:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:76:.:.:0,76,1037:. 0|0:29,0:29:73:.:.:0,73,793:. 0|1:52,17:69:99:0|1:180285_G_T:536,0,2174:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:1|1:180277_G_A:9005,605,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:180264_A_C:3683,247,0:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:94,44:138:99:0|1:180285_G_T:1640,0,3935:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,329:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:61,60:121:99:0|1:180277_G_A:2419,0,2414:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,42:63:99:0|1:180285_G_T:1800,0,788:. 0|1:239,93:332:99:0|1:180277_G_A:3415,0,9891:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1384:. 0|1:64,50:114:99:.:.:1879,0,2650:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,29:51:99:0|1:180277_G_A:1145,0,920:. 1|0:62,14:76:99:.:.:328,0,2629:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:180277_G_A:5630,379,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:141,132:273:99:0|1:180277_G_A:5294,0,5749:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,43:120:99:0|1:180285_G_T:1610,0,3266:. 0|1:68,35:103:99:.:.:1211,0,2768:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,58:90:99:.:.:2423,0,1163:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,128:128:99:1|1:180277_G_A:6062,406,0:. 0|1:38,216:254:99:0|1:180277_G_A:9284,0,1005:. 0|1:20,122:142:99:0|1:180277_G_A:5263,0,497:. 1|1:1,69:70:99:1|1:180277_G_A:3085,169,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:180277_G_A:4232,286,0:. 0|1:69,12:81:99:0|1:180277_G_A:287,0,2972:. 1|0:19,72:91:99:0|1:180277_G_A:2963,0,623:. 1|1:0,174:174:99:1|1:180277_G_A:8074,542,0:. 1|0:101,28:129:99:0|1:180277_G_A:883,0,5446:. 1|0:114,38:152:99:0|1:180277_G_A:1265,0,4827:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1159:. 1|0:52,61:113:99:0|1:180277_G_A:2486,0,2036:. 1|0:109,24:133:99:0|1:180277_G_A:746,0,4751:. 1|0:68,23:91:99:0|1:180277_G_A:763,0,2648:. 1|1:0,65:65:99:1|1:180277_G_A:3048,205,0:. 1|0:45,31:76:99:0|1:180277_G_A:1154,0,1964:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,33:49:99:0|1:180277_G_A:1291,0,489:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:180277_G_A:5013,337,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,241:246:99:1|1:180277_G_A:10876,534,0:. 1|0:8,83:91:72:0|1:180277_G_A:3340,0,72:. 1|1:0,57:57:99:1|1:180277_G_A:2696,181,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,5:94:79:0|1:180277_G_A:0,79,4095:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,94:148:99:0|1:180277_G_A:3870,0,2085:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,85:202:99:0|1:180277_G_A:3431,0,4854:. 0|1:61,10:71:99:0|1:180277_G_A:227,0,2657:. 0|0:143,7:150:80:0|1:180285_G_T:0,80,6435:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,17:153:99:0|1:180277_G_A:282,0,5663:. 1|0:121,29:150:99:0|1:180277_G_A:821,0,4881:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,38:110:99:0|1:180277_G_A:1619,0,3059:. 0|1:56,52:108:99:0|1:180277_G_A:2118,0,2312:. 0|1:18,44:62:99:0|1:180277_G_A:1913,0,678:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:1|1:180277_G_A:9339,629,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,233:252:67:.:.:9341,0,67:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,14:117:99:0|1:180277_G_A:269,0,4409:. 1|0:20,129:149:99:0|1:180277_G_A:5519,0,430:. 0|0:112,5:117:99:.:.:0,118,5055:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,77:154:99:0|1:180277_G_A:3055,0,3205:. 1|1:1,207:208:99:1|1:180277_G_A:9251,593,0:. 0|1:74,100:174:99:0|1:180277_G_A:4119,0,2962:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:1|1:180277_G_A:10666,716,0:. 0|1:51,116:167:99:.:.:4840,0,1945:. 1|1:0,243:243:99:1|1:180277_G_A:11417,771,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:1|1:180277_G_A:9063,608,0:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,93:143:99:0|1:180277_G_A:3797,0,2090:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,72:139:99:1|0:180264_A_C:2894,0,2759:. 1|1:0,210:210:99:1|1:180277_G_A:9904,665,0:. 1|0:66,147:213:99:.:.:5935,0,2378:. 1|0:8,105:113:47:0|1:180277_G_A:4494,0,47:. 1|0:14,154:168:99:0|1:180277_G_A:6541,0,112:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:17,242:259:21:1|1:180277_G_A:10511,21,0:. 0|1:85,95:180:99:1|0:180264_A_C:3779,0,3367:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,76:145:99:.:.:2912,0,2754:. 1|0:88,40:128:99:0|1:180277_G_A:1451,0,3656:. 1|0:65,30:95:99:0|1:180277_G_A:1071,0,2808:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:1|1:180277_G_A:10569,710,0:. 1|0:107,50:157:99:0|1:180277_G_A:1813,0,4423:. 0|1:130,58:188:99:0|1:180285_G_T:2152,0,5527:. 0|1:165,64:229:99:0|1:180285_G_T:2277,0,7063:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:1|1:180277_G_A:9837,662,0:. 1|1:0,156:156:99:1|1:180277_G_A:7262,488,0:. 1|1:0,206:206:99:1|1:180277_G_A:9505,641,0:. 1|1:0,122:122:99:1|1:180277_G_A:5650,379,0:. 1|1:2,151:153:99:1|1:180277_G_A:7170,416,0:. 1|1:4,231:235:99:1|1:180277_G_A:10575,551,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,82:96:99:0|1:180277_G_A:3510,0,332:. 1|1:0,120:120:99:1|1:180277_G_A:5521,370,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,222:226:99:1|1:180277_G_A:9894,509,0:. 1|0:44,32:76:99:0|1:180277_G_A:1205,0,1828:. 0|1:83,75:158:99:0|1:180277_G_A:2909,0,3424:. 1|1:0,156:156:99:1|1:180277_G_A:7366,494,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:1|1:180277_G_A:6577,445,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,56:154:99:0|1:180277_G_A:2017,0,3965:. 1|1:0,103:103:99:1|1:180277_G_A:4944,334,0:. 0|1:90,31:121:99:0|1:180158_ACT_A:1025,0,4348:. 1|0:90,25:115:99:0|1:180285_G_T:812,0,3810:. 1|1:4,173:177:99:1|1:180277_G_A:7980,383,0:. 0|1:95,94:189:99:.:.:3528,0,3030:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:1|1:180277_G_A:8758,590,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,200:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,165:166:99:1|1:180277_G_A:7368,218,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:180277_G_A:5208,349,0:. 1|0:79,45:124:99:0|1:180277_G_A:1643,0,3177:. 1|0:61,77:138:99:0|1:180277_G_A:3194,0,2360:. 0|1:97,59:156:99:0|1:180277_G_A:2315,0,4031:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,145:157:61:.:.:5836,0,61:. 1|1:0,119:119:99:1|1:180277_G_A:5566,376,0:. 0|1:29,61:90:99:0|1:180285_G_T:2468,0,1118:. 1|0:59,21:80:99:0|1:180277_G_A:723,0,2453:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,123:141:99:.:.:5413,0,315:. 1|1:13,187:200:23:1|1:180277_G_A:7748,23,0:. 1|0:86,13:99:99:0|1:180277_G_A:346,0,3734:. 1|1:5,101:106:99:1|1:180285_G_T:4318,100,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:180277_G_A:4712,316,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:1|1:180277_G_A:5985,403,0:. 1|1:0,140:140:99:1|1:180277_G_A:6431,433,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:180277_G_A:9730,653,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,117:122:99:1|1:180285_G_T:5265,118,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,42:101:99:0|1:180285_G_T:1594,0,2474:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:180277_G_A:4590,307,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,91:119:99:0|1:180277_G_A:3664,0,901:. 1|0:14,145:159:99:0|1:180277_G_A:6197,0,125:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,31:167:99:.:.:889,0,6018:. 1|1:0,107:107:99:1|1:180277_G_A:5009,340,0:. 0|1:14,60:74:99:0|1:180277_G_A:2587,0,440:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,30:68:99:0|1:180285_G_T:1175,0,1640:. 0|1:89,23:112:99:0|1:180277_G_A:722,0,3707:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:180277_G_A:7310,491,0:. 0|0:92,6:98:25:0|1:180277_G_A:0,25,3870:. 1|1:0,173:173:99:1|1:180277_G_A:8102,545,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:1|1:180277_G_A:5346,361,0:. 0|0:63,4:67:28:0|1:180277_G_A:0,28,2745:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,64:101:99:.:.:2574,0,1380:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,88:121:99:.:.:3711,0,1151:. 0|0:64,2:66:99:0|1:180277_G_A:0,121,2952:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,15:62:99:.:.:532,0,2109:. 1|1:0,57:57:99:1|1:180277_G_A:2607,177,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:180277_G_A:4510,304,0:. 1|0:100,22:122:99:0|1:180285_G_T:531,0,4243:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:1|1:180277_G_A:6602,442,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:180277_G_A:3645,244,0:. 0|1:146,13:159:99:0|1:180285_G_T:176,0,6377:. 1|1:0,99:99:99:1|1:180277_G_A:4710,316,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,131:165:99:1|0:180264_A_C:5599,0,1226:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:1:.:.:0,1,254:. 1|0:91,88:179:99:0|1:180158_ACT_A:3451,0,3952:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:1|1:180277_G_A:7049,473,0:. 0|1:14,72:86:99:0|1:180277_G_A:3045,0,365:. 1|1:0,175:175:99:1|1:180277_G_A:8133,545,0:. 0|0:119,8:127:49:0|1:180277_G_A:0,49,5034:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,35:48:99:0|1:180277_G_A:1431,0,441:. 1|1:0,27:27:87:1|1:180277_G_A:1287,87,0:. 0|0:88,4:92:99:.:.:0,103,3870:. 1|0:302,33:335:99:1|0:180264_A_C:449,0,12182:. 0|1:38,78:116:99:0|1:180277_G_A:3340,0,1556:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,486:. 1|1:0,55:55:99:1|1:180277_G_A:2665,181,0:. 0|1:141,12:153:64:0|1:180277_G_A:64,0,6094:. 0|1:20,77:97:99:0|1:180277_G_A:3314,0,764:. 1|1:0,70:70:99:1|1:180277_G_A:3243,220,0:. 1|1:0,101:101:99:1|1:180277_G_A:4731,322,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,7:19:99:0|1:180277_G_A:258,0,509:. 1|1:0,70:70:99:1|1:180277_G_A:3375,226,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,135:135:99:1|1:180277_G_A:6197,415,0:. 1|0:5,27:32:99:0|1:180285_G_T:1143,0,168:. 1|0:69,137:206:99:0|1:180277_G_A:5568,0,2588:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:1|1:180277_G_A:10667,716,0:. 0|1:122,64:186:99:0|1:180277_G_A:2482,0,5002:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,306:306:99:1|1:180277_G_A:14119,948,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,94:190:99:1|0:180264_A_C:3809,0,3898:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,303:303:99:1|1:180277_G_A:13985,936,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:1|1:180277_G_A:8057,545,0:. 1|1:0,152:152:99:1|1:180277_G_A:7110,476,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:39,174:213:99:0|1:180277_G_A:7396,0,1099:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:180277_G_A:4355,292,0:. 1|1:0,135:135:99:1|1:180277_G_A:6155,412,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:180277_G_A:2241,151,0:. 1|0:16,110:126:99:0|1:180277_G_A:5009,0,350:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:92,5:97:37:0|1:180277_G_A:0,37,4050:. 1|1:0,251:251:99:1|1:180277_G_A:11520,771,0:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:180277_G_A:5570,373,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:180277_G_A:10204,692,0:. 1|1:0,248:248:99:1|1:180277_G_A:11443,768,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:180277_G_A:6165,412,0:. 1|1:0,417:417:99:1|1:180277_G_A:19787,1324,0:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:693,0:693:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:90:1|1:180277_G_A:1350,90,0:. 1|1:1,123:124:99:1|1:180277_G_A:5456,259,0:. 1|1:5,100:105:68:1|1:180277_G_A:4335,68,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,578:581:99:.:.:20359,1677,0:. 0|0:134,8:142:56:0|1:180277_G_A:0,56,6044:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,589:590:99:1|1:180277_G_A:27124,1753,0:. 0|1:146,115:261:99:0|1:180277_G_A:4585,0,5912:. 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:1|1:180277_G_A:6835,461,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:180277_G_A:2160,144,0:. 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,70:71:99:1|1:180277_G_A:3195,178,0:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,150:155:99:1|1:180277_G_A:6660,251,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,254:287:99:.:.:10878,0,636:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:201,37:238:99:0|1:180285_G_T:962,0,8171:. 0|1:230,37:267:99:0|1:180285_G_T:807,0,9900:. 1|1:9,223:232:99:1|1:180277_G_A:10006,326,0:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,89:106:99:0|1:180285_G_T:3737,0,412:. 1|0:346,78:424:99:0|1:180285_G_T:2268,0,14785:. 1|1:0,27:27:87:1|1:180277_G_A:1305,87,0:. 0|1:22,281:303:57:0|1:180285_G_T:11393,0,57:. 0|1:95,218:313:99:0|1:180285_G_T:8537,0,3576:. 1|1:0,225:225:99:1|1:180277_G_A:10465,701,0:. 1|1:0,286:286:99:1|1:180277_G_A:13462,906,0:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,261:261:99:1|1:180277_G_A:12197,821,0:. 1|1:0,162:162:99:1|1:180277_G_A:7403,497,0:. 1|1:2,174:176:99:1|1:180277_G_A:7795,445,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:180277_G_A:4309,289,0:. 1|1:4,234:238:99:1|1:180277_G_A:10965,582,0:. 1|1:6,105:111:64:1|1:180277_G_A:4454,64,0:. 1|0:38,253:291:99:0|1:180277_G_A:10885,0,969:. 0|0:610,0:610:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,227:242:81:1|1:180277_G_A:9868,81,0:. 1|1:3,231:234:99:1|1:180277_G_A:10587,593,0:. 1|0:48,133:181:99:0|1:180277_G_A:5549,0,1690:. 0|1:159,73:232:99:0|1:180277_G_A:2726,0,6662:. 1|0:12,139:151:99:0|1:180277_G_A:5792,0,104:. 1|0:118,68:186:99:0|1:180277_G_A:2407,0,4877:. 1|1:1,40:41:12:1|1:180277_G_A:1730,12,0:. 0|1:45,200:245:99:0|1:180277_G_A:8556,0,1367:. 0|0:664,0:664:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,165:175:38:1|1:180277_G_A:6975,38,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:180277_G_A:10375,701,0:. 1|0:26,207:233:99:0|1:180277_G_A:8859,0,433:. 0|1:93,30:123:99:0|1:180277_G_A:966,0,3930:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,15:234:5:0|1:180277_G_A:0,5,9405:. 1|1:1,161:162:99:1|1:180277_G_A:7503,467,0:. 0|0:630,0:630:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:600,0:600:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:575,0:575:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:180277_G_A:4670,313,0:. 1|1:5,219:224:99:1|1:180277_G_A:10014,404,0:. 1|1:3,398:401:99:1|1:180277_G_A:18141,1099,0:. 1|0:201,71:272:99:0|1:180277_G_A:2382,0,8508:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:193,41:234:99:0|1:180277_G_A:1217,0,24598:. 1|0:126,80:206:99:0|1:180277_G_A:2968,0,5218:. 1|1:0,220:220:99:1|1:180277_G_A:10550,710,0:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,266:266:99:1|1:180277_G_A:12471,837,0:. 1|1:0,242:242:99:1|1:180277_G_A:11280,759,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,180:180:99:1|1:180277_G_A:8316,557,0:. 1|1:0,215:215:99:1|1:180277_G_A:10099,677,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:180277_G_A:10961,737,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:180277_G_A:3510,235,0:. 1|1:0,273:273:99:1|1:180277_G_A:13037,879,0:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,179:179:99:1|1:180277_G_A:8415,563,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:180277_G_A:3510,235,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:180277_G_A:5542,373,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:180277_G_A:1845,123,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,297:297:99:1|1:180277_G_A:14044,945,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:180277_G_A:8235,551,0:. 1|1:0,179:179:99:1|1:180277_G_A:8370,560,0:. 1|1:0,11:11:33:1|1:180277_G_A:495,33,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:180277_G_A:6030,403,0:. 1|1:0,170:170:99:1|1:180277_G_A:7830,524,0:. 1|1:0,162:162:99:1|1:180277_G_A:7403,500,0:. 1|1:0,147:147:99:1|1:180277_G_A:6885,461,0:. 1|1:0,126:126:99:1|1:180277_G_A:5985,400,0:. 1|0:99,79:178:99:0|1:180277_G_A:3020,0,4336:. 1|1:0,217:217:99:1|1:180277_G_A:10070,674,0:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:210,220:430:99:0|1:180277_G_A:8866,0,8425:. 1|1:0,76:76:99:1|1:180277_G_A:3448,232,0:. 1|1:0,329:329:99:1|1:180277_G_A:15197,1020,0:. 0|0:727,0:727:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1437:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,578:. 1|1:4,376:380:99:1|1:180277_G_A:17479,1021,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:180277_G_A:6468,436,0:. Pf3D7_01_v3 180288 . A C 2.37631e+07 PASS FS=0;MQ=59.89;QD=24.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N625T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAt/aCt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.701;VQSLOD=9.67;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.37;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=19.05;GQ_MEAN=186.95;GQ_STDDEV=120.13;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6648;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16193108;AF=0.589;AS_InbreedingCoeff=0.3862;MLEAC=3099;MLEAF=0.591;AN=858;AC=588 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,67:67:99:1|1:180277_G_A:3060,205,0 1|1:0,61:61:99:1|1:180277_G_A:2925,196,0 1|1:0,69:69:99:1|1:180288_A_C:3179,214,0 0|1:21,51:72:99:0|1:180277_G_A:2243,0,758 1|1:0,72:72:99:1|1:180264_A_C:3465,232,0 0|1:47,4:51:99:0|1:180277_G_A:101,0,2081 1|1:0,46:46:99:1|1:180277_G_A:2205,147,0 1|1:0,86:86:99:1|1:180288_A_C:4005,268,0 0|1:1,64:65:95:0|1:180277_G_A:2936,0,95 0|1:19,35:54:99:.:.:833,0,430 0|1:30,11:41:99:0|1:180277_G_A:369,0,1269 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620 0|1:27,35:62:99:0|1:180288_A_C:1517,0,1004 0|1:6,37:43:99:.:.:1516,0,171 1|1:0,31:31:99:1|1:180288_A_C:1485,99,0 1|1:0,46:46:99:1|1:180264_A_C:2160,144,0 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360 1|1:1,29:30:48:1|1:180264_A_C:1305,48,0 1|1:0,35:35:99:1|1:180264_A_C:1620,108,0 1|1:0,32:32:96:1|1:180264_A_C:1440,96,0 0|1:43,26:69:99:0|1:180277_G_A:1074,0,1760 1|1:0,74:74:99:1|1:180264_A_C:3686,247,0 1|1:0,195:195:99:1|1:180277_G_A:9180,614,0 1|1:0,78:78:99:1|1:180264_A_C:3555,238,0 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215 1|0:91,45:136:99:0|1:180285_G_T:1646,0,3851 1|1:0,14:14:42:1|1:180264_A_C:630,42,0 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,45:45:99:1|1:180264_A_C:2195,147,0 1|1:0,116:116:99:1|1:180288_A_C:5625,376,0 1|0:84,24:108:99:0|1:180288_A_C:599,0,3200 1|0:21,42:63:99:0|1:180285_G_T:1781,0,791 0|1:233,94:327:99:0|1:180277_G_A:3336,0,9996 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1384 0|1:37,71:108:99:.:.:2827,0,1381 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|1:22,29:51:99:0|1:180277_G_A:1145,0,920 1|0:30,47:77:99:0|1:180288_A_C:1860,0,1106 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,121:121:99:1|1:180277_G_A:5670,379,0 1|0:88,30:118:99:0|1:180288_A_C:905,0,3498 1|1:0,61:61:99:1|1:180264_A_C:2782,187,0 1|1:0,277:277:99:.:.:12864,873,0 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|1:75,45:120:99:0|1:180285_G_T:1622,0,3098 0|1:38,67:105:99:0|1:180288_A_C:2825,0,1364 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|1:32,61:93:99:.:.:2549,0,1154 1|1:2,105:107:99:1|1:180288_A_C:4430,235,0 0|1:12,17:29:99:0|1:180264_A_C:678,0,453 1|1:0,131:131:99:1|1:180277_G_A:6345,424,0 0|1:40,222:262:99:0|1:180277_G_A:9489,0,1074 1|1:1,145:146:99:1|1:180288_A_C:6660,368,0 1|1:1,66:67:99:1|1:180277_G_A:3240,178,0 1|1:0,143:143:99:1|1:180264_A_C:6615,442,0 1|1:0,88:88:99:1|1:180277_G_A:4222,283,0 0|1:59,24:83:99:0|1:180288_A_C:824,0,2489 1|0:20,69:89:99:0|1:180277_G_A:2963,0,623 1|1:0,174:174:99:1|1:180277_G_A:8055,539,0 1|0:103,28:131:99:0|1:180277_G_A:887,0,5588 1|0:112,37:149:99:0|1:180277_G_A:1282,0,4837 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1159 1|0:27,85:112:99:0|1:180288_A_C:3639,0,908 1|0:37,98:135:99:0|1:180288_A_C:4069,0,1243 1|1:0,97:97:99:1|1:180288_A_C:4410,295,0 1|1:0,64:64:99:1|1:180277_G_A:3015,202,0 1|1:0,77:77:99:1|1:180288_A_C:3555,238,0 1|1:0,69:69:99:1|1:180264_A_C:3285,220,0 1|1:0,50:50:99:1|1:180288_A_C:2475,166,0 1|1:0,140:140:99:1|1:180264_A_C:6570,439,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,106:106:99:1|1:180277_G_A:4960,334,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,239:243:99:1|1:180277_G_A:11070,585,0 1|1:0,94:94:99:1|1:180288_A_C:4230,283,0 1|1:0,57:57:99:1|1:180277_G_A:2745,184,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,91:98:2:1|1:180288_A_C:3788,2,0 1|1:0,56:56:99:1|1:180264_A_C:2655,178,0 1|1:0,54:54:99:1|1:180264_A_C:2475,166,0 1|0:26,123:149:99:.:.:5050,0,592 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,235:235:99:1|1:180264_A_C:10890,728,0 0|1:108,97:205:99:0|1:180288_A_C:3868,0,4318 1|1:0,73:73:99:1|1:180288_A_C:3375,226,0 0|0:146,9:155:74:0|1:180285_G_T:0,74,6345 1|1:0,172:172:99:1|1:180264_A_C:8190,548,0 1|1:4,144:148:99:.:.:4209,319,0 1|1:0,144:144:99:1|1:180288_A_C:6795,455,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,115:115:99:1|1:180288_A_C:5265,352,0 0|1:57,55:112:99:0|1:180277_G_A:2177,0,2267 0|1:8,55:63:99:.:.:2267,0,195 1|1:6,157:163:99:1|1:180264_A_C:7020,236,0 1|1:0,200:200:99:1|1:180277_G_A:9360,626,0 1|1:0,195:195:99:1|1:180288_A_C:9270,620,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 1|1:11,247:258:99:1|1:180277_G_A:11187,321,0 1|1:0,186:186:99:1|1:180264_A_C:8730,584,0 1|1:0,112:112:99:1|1:180288_A_C:5400,361,0 1|1:6,142:148:99:.:.:6173,205,0 1|0:104,16:120:99:.:.:325,0,3971 1|1:7,217:224:99:1|1:180264_A_C:9855,386,0 1|0:77,78:155:99:0|1:180277_G_A:3160,0,3115 1|1:0,212:212:99:.:.:9539,650,0 1|1:0,172:172:99:1|1:180288_A_C:8190,548,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,223:223:99:1|1:180277_G_A:10615,710,0 1|1:3,167:170:99:1|1:180277_G_A:7676,362,0 1|1:0,243:243:99:1|1:180277_G_A:11205,750,0 1|1:0,195:195:99:1|1:180264_A_C:9180,614,0 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,197:197:99:1|1:180277_G_A:9180,614,0 1|1:0,261:261:99:1|1:180264_A_C:12105,810,0 1|0:44,102:146:99:0|1:180288_A_C:4312,0,1638 0|1:130,64:194:99:0|1:180277_G_A:2430,0,5479 0|1:38,99:137:99:0|1:180288_A_C:4124,0,1315 1|1:0,216:216:99:1|1:180277_G_A:9765,653,0 1|0:63,153:216:99:0|1:180288_A_C:6394,0,2282 1|1:7,106:113:1:1|1:180277_G_A:4550,1,0 1|1:0,167:167:99:1|1:180288_A_C:8055,539,0 1|1:0,166:166:99:1|1:180264_A_C:7875,527,0 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,264:264:99:.:.:11941,816,0 0|1:24,154:178:99:0|1:180288_A_C:6344,0,544 1|1:0,198:198:99:1|1:180264_A_C:9270,620,0 1|1:0,149:149:99:1|1:180288_A_C:6930,464,0 1|0:87,41:128:99:0|1:180277_G_A:1577,0,3647 1|0:67,28:95:99:0|1:180277_G_A:1010,0,2810 1|0:163,26:189:99:0|1:180288_A_C:579,0,6947 1|1:0,246:246:99:1|1:180264_A_C:11467,768,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,227:227:99:1|1:180277_G_A:10755,719,0 1|1:5,149:154:99:1|1:180288_A_C:6422,229,0 0|1:99,94:193:99:0|1:180288_A_C:3880,0,3928 0|1:113,113:226:99:0|1:180288_A_C:4554,0,4443 1|1:0,203:203:99:1|1:180264_A_C:9630,644,0 1|1:0,203:203:99:1|1:180277_G_A:9765,653,0 1|1:0,159:159:99:1|1:180277_G_A:7245,485,0 1|1:0,203:203:99:1|1:180277_G_A:9720,650,0 1|1:0,125:125:99:1|1:180277_G_A:5895,394,0 1|1:0,161:161:99:.:.:7261,497,0 1|1:4,232:236:99:1|1:180277_G_A:10665,557,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,156:156:99:1|1:180264_A_C:7335,491,0 0|1:14,84:98:99:0|1:180277_G_A:3547,0,371 1|1:0,117:117:99:1|1:180277_G_A:5490,367,0 1|1:0,90:90:99:1|1:180264_A_C:4095,274,0 1|1:0,222:222:99:1|1:180288_A_C:10305,689,0 1|0:35,42:77:99:.:.:1651,0,1302 1|1:0,159:159:99:1|1:180288_A_C:7605,509,0 1|1:0,162:162:99:1|1:180277_G_A:7515,503,0 0|1:49,38:87:99:0|1:180288_A_C:1303,0,1728 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,140:140:99:1|1:180277_G_A:6398,430,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,160:160:99:1|1:180288_A_C:7290,488,0 1|1:0,106:106:99:1|1:180277_G_A:4860,325,0 0|1:10,105:115:99:0|1:180158_ACT_A:4757,0,655 1|0:89,25:114:99:0|1:180285_G_T:821,0,3701 1|1:5,178:183:99:1|1:180277_G_A:8100,347,0 1|1:0,196:196:99:.:.:9225,617,0 0|1:40,151:191:99:0|1:180264_A_C:6508,0,1246 1|1:0,184:184:99:1|1:180277_G_A:8775,587,0 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,200 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,160:161:99:1|1:180277_G_A:7257,206,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,112:112:99:1|1:180277_G_A:5265,352,0 1|1:0,120:120:99:1|1:180288_A_C:5670,379,0 1|1:0,134:134:99:1|1:180288_A_C:6390,427,0 0|1:67,88:155:99:0|1:180288_A_C:3563,0,2545 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,160:160:99:1|1:180288_A_C:7605,509,0 1|1:0,119:119:99:1|1:180277_G_A:5670,379,0 0|1:28,61:89:99:0|1:180285_G_T:2597,0,1067 1|1:3,72:75:97:1|1:180288_A_C:3033,97,0 0|1:45,75:120:99:0|1:180264_A_C:3140,0,1655 1|1:0,142:142:99:1|1:180277_G_A:6602,442,0 1|1:0,202:202:99:.:.:9482,635,0 1|0:78,22:100:99:.:.:647,0,3177 1|1:5,100:105:99:1|1:180285_G_T:4491,109,0 1|1:0,100:100:99:1|1:180277_G_A:4725,316,0 1|1:0,249:249:99:1|1:180264_A_C:11520,771,0 1|1:0,171:171:99:1|1:180264_A_C:8100,542,0 1|1:0,127:127:99:1|1:180277_G_A:6057,409,0 1|1:0,139:139:99:1|1:180277_G_A:6660,446,0 1|1:0,208:208:99:1|1:180277_G_A:9720,650,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,121:127:99:1|1:180285_G_T:5445,130,0 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,100:102:99:1|1:180288_A_C:4637,235,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,86:86:99:1|1:180264_A_C:4005,268,0 1|1:0,100:100:99:1|1:180277_G_A:4680,313,0 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,120:120:99:1|1:180288_A_C:5490,367,0 1|1:4,156:160:99:.:.:6781,316,0 1|1:0,128:128:99:1|1:180264_A_C:6300,421,0 0|1:59,106:165:99:0|1:180288_A_C:4180,0,2447 1|1:0,106:106:99:1|1:180277_G_A:4905,328,0 1|1:1,71:72:99:.:.:3292,197,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,32:71:99:0|1:180285_G_T:1278,0,1577 0|1:56,55:111:99:0|1:180288_A_C:2104,0,2185 1|0:59,57:116:99:0|1:180264_A_C:2339,0,2339 1|1:0,156:156:99:1|1:180288_A_C:7200,482,0 1|1:0,96:96:99:.:.:4590,307,0 1|1:0,171:171:99:1|1:180277_G_A:8055,539,0 0|1:178,25:203:99:0|1:180288_A_C:497,0,7260 1|1:0,113:113:99:1|1:180277_G_A:5265,352,0 0|1:59,9:68:99:0|1:180288_A_C:174,0,2427 1|0:36,140:176:99:0|1:180277_G_A:6044,0,1066 1|1:2,96:98:99:1|1:180264_A_C:4365,214,0 0|1:28,69:97:99:0|1:180288_A_C:2904,0,1026 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|1:53,5:58:47:0|1:180288_A_C:47,0,2180 1|1:1,119:120:99:1|1:180288_A_C:5760,346,0 0|0:69,2:71:99:0|1:180277_G_A:0,127,3042 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,27:66:99:.:.:994,0,1588 1|1:0,58:58:99:1|1:180277_G_A:2587,177,0 1|1:0,97:97:99:1|1:180277_G_A:4455,298,0 1|0:83,38:121:99:0|1:180288_A_C:1421,0,3360 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,138:138:99:1|1:180277_G_A:6615,442,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218 1|1:0,186:186:99:1|1:180264_A_C:8505,569,0 1|1:0,80:80:99:1|1:180277_G_A:3600,241,0 0|1:141,24:165:99:0|1:180288_A_C:680,0,5932 1|1:0,100:100:99:1|1:180277_G_A:4770,319,0 1|1:0,75:75:99:1|1:180264_A_C:3510,235,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|1:23,142:165:99:0|1:180288_A_C:6253,0,547 1|1:0,95:95:99:1|1:180264_A_C:4500,301,0 0|1:2,7:9:63:0|1:180264_A_C:288,0,63 1|0:79,98:177:99:0|1:180158_ACT_A:3949,0,3325 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,147:147:99:1|1:180277_G_A:6930,464,0 1|1:1,85:86:99:1|1:180288_A_C:4005,229,0 1|1:0,179:179:99:1|1:180277_G_A:8280,554,0 0|1:89,36:125:99:0|1:180288_A_C:1313,0,3833 1|1:0,192:192:99:1|1:180288_A_C:9045,605,0 1|0:7,39:46:99:0|1:180288_A_C:1659,0,174 1|1:0,25:25:84:1|1:180277_G_A:1256,84,0 1|1:0,93:93:99:1|1:180288_A_C:4320,289,0 1|0:80,252:332:99:0|1:180277_G_A:10660,0,2757 1|1:0,121:121:99:1|1:180288_A_C:5760,385,0 1|1:6,193:199:99:1|1:180264_A_C:8834,328,0 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,413 1|1:0,61:61:99:1|1:180277_G_A:2745,184,0 0|1:126,24:150:99:0|1:180288_A_C:637,0,5175 1|1:1,100:101:99:1|1:180288_A_C:4680,274,0 1|1:0,67:67:99:1|1:180277_G_A:3186,214,0 1|1:0,101:101:99:1|1:180277_G_A:4684,319,0 1|1:0,90:90:99:1|1:180264_A_C:4275,286,0 0|1:6,12:18:99:0|1:180288_A_C:486,0,228 1|1:0,75:75:99:1|1:180277_G_A:3510,235,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,136:136:99:1|1:180277_G_A:6300,421,0 1|0:5,27:32:99:0|1:180285_G_T:1143,0,168 1|0:67,133:200:99:0|1:180277_G_A:5539,0,2569 1|1:0,77:77:99:1|1:180264_A_C:3600,241,0 1|0:88,113:201:99:0|1:180288_A_C:4645,0,3344 0|1:118,96:214:99:0|1:180288_A_C:3877,0,4657 1|1:0,229:229:99:1|1:180277_G_A:10620,710,0 0|1:18,170:188:99:0|1:180288_A_C:7217,0,205 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,307:307:99:1|1:180277_G_A:14343,960,0 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,198:198:99:1|1:180264_A_C:9137,617,0 0|0:35,0:35:78:.:.:0,78,1195 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,232:233:99:1|1:180264_A_C:10247,340,0 1|1:0,309:309:99:1|1:180277_G_A:14310,957,0 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,177:177:99:1|1:180277_G_A:7941,536,0 1|1:0,160:160:99:1|1:180277_G_A:7335,491,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620 1|0:39,173:212:99:0|1:180277_G_A:7390,0,1183 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|0:104,97:201:99:0|1:180264_A_C:3748,0,4243 1|1:0,94:94:99:1|1:180277_G_A:4455,298,0 1|1:0,134:134:99:1|1:180277_G_A:6300,421,0 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,48:48:99:1|1:180277_G_A:2295,154,0 1|0:16,113:129:99:0|1:180277_G_A:5027,0,392 0|0:157,0:157:99:.:.:0,117,1800 1|1:0,104:104:99:1|1:180288_A_C:4905,328,0 1|1:0,250:250:99:1|1:180277_G_A:11655,780,0 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,121:121:99:1|1:180277_G_A:5670,379,0 1|1:0,219:219:99:1|1:180277_G_A:9940,671,0 1|1:0,248:248:99:1|1:180277_G_A:11610,777,0 1|1:0,139:139:99:1|1:180277_G_A:6525,436,0 1|1:0,447:447:99:1|1:180277_G_A:20790,1391,0 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665 0|0:693,0:693:99:.:.:0,120,1800 0|1:43,63:106:99:0|1:180277_G_A:2516,0,1616 1|1:0,30:30:93:1|1:180277_G_A:1395,93,0 1|1:2,123:125:99:1|1:180277_G_A:5580,295,0 1|1:5,102:107:99:1|1:180277_G_A:4369,100,0 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,572:572:99:1|1:180277_G_A:26394,1767,0 1|0:57,88:145:99:0|1:180288_A_C:3640,0,2245 1|1:1,191:192:99:1|1:180264_A_C:8664,437,0 1|1:0,299:299:99:1|1:180264_A_C:14130,945,0 1|1:1,584:585:99:1|1:180277_G_A:27097,1741,0 0|1:146,118:264:99:0|1:180277_G_A:4388,0,5792 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,145:145:99:1|1:180277_G_A:6840,458,0 1|1:0,48:48:99:1|1:180277_G_A:2295,154,0 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,69:70:99:1|1:180277_G_A:3150,175,0 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,154:159:99:1|1:180277_G_A:6885,266,0 1|1:0,229:229:99:1|1:180288_A_C:10184,698,0 1|1:0,221:221:99:1|1:180288_A_C:9793,677,0 1|1:12,272:284:99:1|1:180288_A_C:12065,342,0 1|1:0,268:268:99:1|1:180264_A_C:12555,840,0 1|1:0,241:241:99:1|1:180277_G_A:11104,744,0 0|1:226,39:265:99:0|1:180277_G_A:933,0,9708 1|1:9,220:229:99:1|1:180277_G_A:9900,272,0 1|1:1,402:403:99:1|1:180288_A_C:18583,1204,0 1|1:2,105:107:99:1|1:180288_A_C:4804,244,0 1|0:151,286:437:99:0|1:180288_A_C:11617,0,5588 1|1:0,28:28:93:1|1:180277_G_A:1395,93,0 1|1:19,283:302:99:1|1:180277_G_A:12555,99,0 0|1:90,223:313:99:0|1:180277_G_A:9450,0,3375 1|1:0,223:223:99:1|1:180277_G_A:10485,701,0 1|1:0,291:291:99:1|1:180277_G_A:13545,906,0 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,262:262:99:1|1:180277_G_A:12060,807,0 1|1:0,163:163:99:1|1:180277_G_A:7560,506,0 1|1:2,172:174:99:1|1:180277_G_A:7785,443,0 1|1:2,189:191:99:1|1:180288_A_C:8548,464,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:1|1:180277_G_A:4275,286,0 1|1:3,239:242:99:1|1:180277_G_A:11115,588,0 1|1:5,102:107:67:1|1:180277_G_A:4499,67,0 1|0:39,250:289:99:0|1:180277_G_A:10917,0,972 0|0:610,0:610:99:.:.:0,120,1800 1|0:112,53:165:99:.:.:1932,0,4423 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,311:312:99:1|1:180288_A_C:13538,897,0 1|1:12,236:248:99:1|1:180288_A_C:10350,225,0 1|1:3,231:234:99:1|1:180277_G_A:10710,599,0 1|0:44,138:182:99:0|1:180288_A_C:5830,0,1362 0|1:95,144:239:99:0|1:180288_A_C:5961,0,3666 1|1:11,139:150:99:.:.:6029,106,0 1|0:109,75:184:99:0|1:180288_A_C:2828,0,4311 1|1:1,37:38:6:1|1:180288_A_C:1640,6,0 0|1:35,216:251:99:0|1:180288_A_C:9449,0,825 0|0:664,0:664:99:.:.:0,120,1800 1|1:11,168:179:68:1|1:180288_A_C:7425,68,0 1|1:0,219:219:99:1|1:180277_G_A:10383,695,0 1|1:10,233:243:99:.:.:10301,308,0 0|1:34,90:124:99:0|1:180288_A_C:3681,0,1131 1|0:20,239:259:72:0|1:180288_A_C:9762,0,72 0|1:186,18:204:99:0|1:180288_A_C:166,0,7821 1|1:10,232:242:99:1|1:180288_A_C:10260,297,0 1|1:1,161:162:99:1|1:180277_G_A:7515,464,0 0|1:269,290:559:99:0|1:180288_A_C:11189,0,10484 0|0:600,0:600:99:.:.:0,120,1800 0|0:575,0:575:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,99:99:99:1|1:180277_G_A:4680,313,0 1|1:3,239:242:99:1|1:180288_A_C:11115,627,0 1|1:3,395:398:99:1|1:180277_G_A:18090,1093,0 1|0:42,235:277:99:0|1:180288_A_C:9959,0,1191 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|1:68,76:144:99:0|1:180288_A_C:2929,0,2627 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,186:186:99:1|1:180264_A_C:8685,581,0 1|0:192,44:236:99:0|1:180277_G_A:1289,0,24411 1|1:0,201:201:99:1|1:180288_A_C:9450,632,0 1|1:0,218:218:99:1|1:180277_G_A:10260,686,0 1|1:0,194:194:99:1|1:180264_A_C:8955,599,0 1|1:0,268:268:99:1|1:180277_G_A:12555,840,0 1|1:0,244:244:99:1|1:180277_G_A:11385,762,0 1|1:0,76:76:99:1|1:180264_A_C:3555,238,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,178:178:99:1|1:180277_G_A:8370,560,0 1|1:0,214:214:99:1|1:180277_G_A:9990,668,0 1|1:0,233:233:99:1|1:180277_G_A:10800,722,0 1|1:0,80:80:99:1|1:180277_G_A:3735,250,0 1|1:0,271:271:99:1|1:180277_G_A:13005,870,0 1|1:0,308:308:99:1|1:180288_A_C:14355,960,0 1|1:0,191:191:99:1|1:180277_G_A:8910,596,0 1|1:0,74:74:99:1|1:180277_G_A:3465,232,0 1|1:0,116:116:99:1|1:180277_G_A:5670,379,0 1|1:0,43:43:99:1|1:180277_G_A:2070,138,0 1|1:0,46:46:99:1|1:180264_A_C:2115,141,0 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215 1|1:0,297:297:99:1|1:180277_G_A:13995,936,0 1|1:0,186:186:99:1|1:180277_G_A:8550,572,0 1|1:0,188:188:99:1|1:180277_G_A:8550,572,0 1|1:0,11:11:33:1|1:180277_G_A:495,33,0 1|1:0,134:134:99:1|1:180277_G_A:6300,421,0 1|1:0,179:179:99:1|1:180277_G_A:8325,557,0 1|1:0,164:164:99:1|1:180277_G_A:7531,512,0 1|1:0,156:156:99:1|1:180277_G_A:7335,491,0 1|1:0,137:137:99:1|1:180277_G_A:6390,427,0 1|1:0,185:185:99:1|1:180288_A_C:8819,590,0 1|1:0,220:220:99:1|1:180277_G_A:10215,683,0 0|1:27,240:267:99:0|1:180277_G_A:10310,0,384 1|1:0,224:224:99:1|1:180264_A_C:10620,710,0 1|1:0,436:436:99:1|1:180288_A_C:20430,1367,0 1|1:0,76:76:99:1|1:180277_G_A:3459,232,0 1|1:0,328:328:99:1|1:180277_G_A:15136,1017,0 1|1:0,519:519:99:1|1:180264_A_C:23940,1601,0 1|0:152,68:220:99:0|1:180288_A_C:2326,0,6188 1|1:0,220:220:99:1|1:180264_A_C:10080,674,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1437 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,619 1|1:4,374:378:99:1|1:180277_G_A:17190,955,0 1|1:0,138:138:99:1|1:180277_G_A:6480,433,0 Pf3D7_01_v3 180293 . C T 1.43314e+06 PASS FS=0;MQ=60.99;QD=26.27;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R627C;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cgt/Tgt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.715;VQSLOD=10.11;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.2;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.242;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=130;GQ_STDDEV=80.27;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0288;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.363;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=16552306;AF=0.056;AS_InbreedingCoeff=-0.0303;MLEAC=292;MLEAF=0.056;AN=858;AC=54 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:39,27:66:99:.:.:940,0,1640:. 1|0:36,7:43:99:.:.:153,0,1600:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,945:. 0|0:43,0:43:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:45,81:126:99:0|1:180264_A_C:3400,0,1712:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,8:8:24:.:.:255,24,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,21:61:99:0|1:180264_A_C:775,0,1655:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1384:. 1|0:87,26:113:99:.:.:786,0,3748:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,35:121:99:.:.:1141,0,3616:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:14,96:110:99:0|1:180277_G_A:3706,0,419:. 1|0:59,32:91:99:.:.:1164,0,2462:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1717:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,19:86:99:0|1:180264_A_C:551,0,2756:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1159:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,21:112:99:.:.:484,0,3631:. 1|1:2,109:111:99:.:.:4584,244,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,151:160:82:1|1:180264_A_C:5838,82,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,38:136:99:1|0:180288_A_C:1299,0,4166:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:150,66:216:99:.:.:2138,0,6388:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:176,24:200:99:0|1:180277_G_A:397,0,7595:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,102:198:99:.:.:3843,0,3883:. 1|0:115,108:223:99:.:.:4116,0,4747:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:1|1:180264_A_C:6746,481,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,37:109:99:0|1:180264_A_C:1290,0,2904:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:180277_G_A:4452,313,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,8:88:44:.:.:44,0,3461:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:170,32:202:99:.:.:736,0,7261:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,6:96:66:.:.:0,66,4196:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,71:72:99:.:.:2101,189,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:17,232:249:99:.:.:6417,325,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,32:166:99:.:.:929,0,5734:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,21:72:99:0|1:180264_A_C:700,0,2044:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,60:118:99:0|1:180277_G_A:2181,0,2339:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,15:95:99:.:.:330,0,3316:. 1|1:0,76:76:99:1|1:180264_A_C:3214,229,0:. 1|0:8,48:56:99:.:.:1325,0,215:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,37:61:99:.:.:1502,0,932:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,32:123:99:.:.:980,0,3699:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,79:81:99:1|1:180277_G_A:3257,157,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,136:159:99:.:.:5491,0,631:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,13:159:94:0|1:180293_C_T:94,0,6297:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,3:31:25:.:.:25,0,1209:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:5316,453,0:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:92:.:.:0,92,1140:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:784,0:784:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,701:702:99:.:.:25004,2079,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:616,0:616:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:650,0:650:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:286,151:437:99:0|1:180264_A_C:5313,0,11762:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:610,0:610:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:664,0:664:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:545,0:545:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:632,0:632:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:600,0:600:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:575,0:575:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:2110,177,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:191,45:236:99:0|1:180277_G_A:1256,0,23836:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,855:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:726,0:726:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1437:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180297 . A G 1.73048e+07 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=28.08;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D628G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAt/gGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.654;VQSLOD=9.82;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=217.59;GQ_STDDEV=286.98;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6632;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.255;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15769629;AF=0.486;AS_InbreedingCoeff=0.5125;MLEAC=2562;MLEAF=0.488;AN=858;AC=445 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:15,52:67:99:.:.:2097,0,525 1|1:0,60:60:99:1|1:180277_G_A:2880,193,0 1|1:0,68:68:99:1|1:180288_A_C:3224,217,0 0|1:23,49:72:99:0|1:180277_G_A:2111,0,851 1|1:1,70:71:99:1|1:180264_A_C:3285,181,0 0|0:54,3:57:49:0|1:180277_G_A:0,49,2475 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,74:74:99:1|1:180288_A_C:3735,250,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,60:60:99:1|1:180297_A_G:2773,187,0 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620 0|1:29,37:66:99:0|1:180288_A_C:1665,0,1091 0|1:30,14:44:99:0|1:180297_A_G:489,0,1344 1|0:23,6:29:99:0|1:180264_A_C:180,0,990 1|1:0,38:38:99:1|1:180264_A_C:1890,126,0 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,270 1|1:2,31:33:12:1|1:180264_A_C:1350,12,0 1|1:0,34:34:99:1|1:180264_A_C:1620,108,0 1|1:0,33:33:99:1|1:180264_A_C:1620,108,0 1|0:43,23:66:99:0|1:180277_G_A:956,0,1811 1|1:0,68:68:99:1|1:180264_A_C:3150,211,0 1|1:0,200:200:99:1|1:180277_G_A:9270,620,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260 1|0:93,31:124:99:.:.:988,0,4022 1|1:0,12:12:39:1|1:180264_A_C:585,39,0 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,193 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,47:47:99:1|1:180264_A_C:2340,157,0 1|0:60,60:120:99:0|1:180264_A_C:2462,0,2372 1|1:6,96:102:42:1|1:180297_A_G:4012,42,0 1|0:21,36:57:99:0|1:180285_G_T:1700,0,755 0|1:223,93:316:99:0|1:180277_G_A:3291,0,9456 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1384 0|1:52,57:109:99:0|1:180297_A_G:2425,0,2172 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|1:23,25:48:99:0|1:180277_G_A:1064,0,884 1|0:29,47:76:99:0|1:180288_A_C:1927,0,1070 1|0:18,40:58:99:0|1:180297_A_G:1608,0,635 1|1:0,128:128:99:1|1:180277_G_A:5940,397,0 1|0:83,27:110:99:0|1:180288_A_C:954,0,3465 1|1:0,59:59:99:1|1:180264_A_C:2745,184,0 1|0:134,133:267:99:0|1:180264_A_C:5544,0,5409 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|1:37,85:122:99:0|1:180297_A_G:3584,0,1289 0|1:42,62:104:99:.:.:2417,0,1619 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|1:42,46:88:99:.:.:1847,0,1622 1|1:3,96:99:99:1|1:180288_A_C:4275,169,0 0|1:14,16:30:99:0|1:180264_A_C:630,0,540 1|1:0,131:131:99:1|1:180277_G_A:6120,409,0 0|1:205,51:256:99:.:.:1617,0,8496 1|0:130,19:149:99:0|1:180264_A_C:395,0,5485 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1717 1|1:0,138:138:99:1|1:180264_A_C:6525,436,0 1|1:0,87:87:99:1|1:180277_G_A:4095,274,0 0|1:58,22:80:99:0|1:180288_A_C:818,0,2573 1|0:75,9:84:99:0|1:180297_A_G:143,0,3248 0|1:74,87:161:99:.:.:3443,0,2757 1|0:107,32:139:99:0|1:180277_G_A:1129,0,5696 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1159 0|1:31,82:113:99:0|1:180288_A_C:3476,0,1046 1|0:63,76:139:99:.:.:3195,0,2402 1|1:0,93:93:99:1|1:180288_A_C:4365,292,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,75:75:99:1|1:180288_A_C:3510,196,0 1|1:0,74:74:99:1|1:180264_A_C:3375,226,0 1|1:0,52:52:99:1|1:180288_A_C:2430,163,0 1|1:0,138:138:99:1|1:180264_A_C:6480,433,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:12,234:246:99:.:.:10019,212,0 1|1:0,92:92:99:1|1:180288_A_C:4275,286,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|1:9,89:98:99:.:.:3793,0,101 1|1:0,51:51:99:1|1:180264_A_C:2385,160,0 1|1:0,54:54:99:1|1:180264_A_C:2520,169,0 1|1:0,155:155:99:1|1:180297_A_G:7155,479,0 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,236:236:99:1|1:180264_A_C:10935,731,0 0|1:112,101:213:99:0|1:180288_A_C:3895,0,4525 1|1:0,74:74:99:1|1:180288_A_C:3375,226,0 0|0:157,7:164:99:0|1:180285_G_T:0,119,7020 1|1:0,172:172:99:1|1:180264_A_C:8010,536,0 1|1:0,148:148:99:1|1:180297_A_G:6779,455,0 1|1:0,139:139:99:1|1:180288_A_C:6480,433,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|0:42,74:116:99:0|1:180264_A_C:3191,0,1526 0|1:62,45:107:99:0|1:180297_A_G:1753,0,2585 0|1:28,34:62:99:.:.:1365,0,1140 1|1:8,162:170:99:1|1:180264_A_C:7065,122,0 1|0:34,164:198:99:.:.:6865,0,958 1|1:3,183:186:99:1|1:180264_A_C:8370,443,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,222:252:99:.:.:9314,0,657 1|1:0,180:180:99:1|1:180264_A_C:8235,551,0 1|1:0,109:109:99:1|1:180288_A_C:5175,346,0 0|1:134,15:149:99:0|1:180297_A_G:209,0,5707 0|1:43,71:114:99:0|1:180297_A_G:2849,0,1634 1|1:5,213:218:99:1|1:180264_A_C:9855,464,0 1|0:80,68:148:99:0|1:180297_A_G:2630,0,3261 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|0:86,89:175:99:.:.:3497,0,3378 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,184:187:99:1|1:180297_A_G:8125,428,0 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 1|0:112,53:165:99:0|1:180297_A_G:1906,0,4876 1|1:0,237:237:99:1|1:180277_G_A:11160,747,0 1|1:0,186:186:99:1|1:180264_A_C:9000,602,0 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,208:208:99:1|1:180277_G_A:9585,641,0 1|1:0,254:254:99:1|1:180264_A_C:11835,792,0 1|0:45,104:149:99:.:.:4161,0,1605 0|1:136,66:202:99:0|1:180277_G_A:2518,0,5668 0|1:103,29:132:99:.:.:932,0,4487 1|0:178,22:200:99:0|1:180297_A_G:294,0,7453 1|0:65,144:209:99:0|1:180288_A_C:6049,0,2449 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,169:169:99:1|1:180288_A_C:7830,524,0 1|1:0,174:174:99:1|1:180264_A_C:8100,542,0 1|1:0,184:184:99:1|1:180297_A_G:8277,557,0 1|0:242,18:260:9:0|1:180264_A_C:9,0,10359 0|1:45,128:173:99:.:.:5330,0,1601 1|1:0,205:205:99:1|1:180264_A_C:9495,635,0 1|1:0,149:149:99:1|1:180288_A_C:6750,452,0 1|0:90,40:130:99:0|1:180277_G_A:1481,0,3821 1|0:25,74:99:99:.:.:3116,0,806 1|0:174,29:203:99:0|1:180288_A_C:704,0,7410 1|1:0,233:233:99:1|1:180264_A_C:10890,728,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,214:214:99:1|1:180277_G_A:10035,671,0 0|1:53,95:148:99:0|1:180297_A_G:3947,0,1927 0|1:103,97:200:99:0|1:180288_A_C:3880,0,4150 0|1:113,117:230:99:0|1:180288_A_C:4783,0,4378 1|1:0,203:203:99:1|1:180264_A_C:9540,638,0 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 0|1:139,25:164:99:.:.:606,0,5795 1|1:3,227:230:99:1|1:180277_G_A:10485,584,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,146:146:99:1|1:180264_A_C:6660,446,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,84:84:99:1|1:180264_A_C:3915,262,0 1|1:0,215:215:99:1|1:180288_A_C:10035,671,0 1|0:25,50:75:99:.:.:2066,0,886 1|0:77,85:162:99:0|1:180264_A_C:3425,0,3147 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:1|1:180297_A_G:3808,256,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,103:103:99:1|1:180277_G_A:4815,322,0 1|0:33,87:120:99:0|1:180158_ACT_A:3716,0,2129 1|0:79,24:103:99:0|1:180285_G_T:794,0,3494 1|0:17,160:177:99:0|1:180297_A_G:6712,0,220 1|0:68,120:188:99:.:.:4984,0,2506 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,161:162:99:1|1:180277_G_A:7212,203,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,104:104:99:1|1:180277_G_A:4860,325,0 0|1:42,81:123:99:.:.:3314,0,1559 1|1:0,128:128:99:1|1:180288_A_C:5850,391,0 0|1:67,92:159:99:0|1:180288_A_C:3980,0,2727 1|1:0,112:112:99:1|1:180297_A_G:5165,349,0 1|0:25,145:170:99:.:.:5938,0,638 1|1:0,114:114:99:1|1:180277_G_A:5265,352,0 0|1:31,58:89:99:0|1:180285_G_T:2465,0,1160 0|1:20,48:68:99:0|1:180297_A_G:1997,0,731 0|1:41,78:119:99:0|1:180264_A_C:3278,0,1478 0|1:106,30:136:99:0|1:180297_A_G:957,0,4384 1|0:35,172:207:99:0|1:180297_A_G:7139,0,1017 1|0:77,14:91:99:.:.:374,0,3389 1|1:6,89:95:25:1|1:180285_G_T:3870,25,0 1|1:0,97:97:99:1|1:180277_G_A:4455,298,0 1|1:0,245:245:99:1|1:180264_A_C:11430,765,0 1|1:0,176:176:99:1|1:180264_A_C:8145,545,0 0|0:119,7:126:64:0|1:180297_A_G:0,64,4998 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,210:210:99:1|1:180277_G_A:9765,653,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,95:98:99:1|1:180288_A_C:4500,184,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,79:79:99:1|1:180264_A_C:3825,256,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,111:111:99:1|1:180288_A_C:5355,358,0 1|1:8,150:158:99:.:.:6552,134,0 1|1:0,127:127:99:1|1:180264_A_C:5850,391,0 0|1:64,98:162:99:.:.:4080,0,2598 1|1:0,104:104:99:1|1:180277_G_A:4860,325,0 1|0:53,21:74:99:.:.:694,0,2226 1|1:0,97:97:99:1|1:180297_A_G:4441,301,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|1:75,33:108:99:.:.:1169,0,3131 1|0:60,57:117:99:0|1:180264_A_C:2249,0,2429 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,90:96:31:1|1:180264_A_C:3960,31,0 1|1:0,161:161:99:1|1:180277_G_A:7335,491,0 0|1:171,26:197:99:0|1:180288_A_C:570,0,7522 1|1:0,115:115:99:1|1:180277_G_A:5355,358,0 0|1:58,8:66:99:0|1:180288_A_C:177,0,2521 1|0:33,145:178:99:0|1:180277_G_A:6283,0,928 1|1:1,93:94:99:1|1:180264_A_C:4230,244,0 0|1:28,69:97:99:0|1:180288_A_C:2897,0,962 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|1:51,5:56:50:0|1:180288_A_C:50,0,2210 1|1:1,127:128:99:1|1:180288_A_C:5940,358,0 1|0:50,24:74:99:0|1:180297_A_G:836,0,2039 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|0:38,24:62:99:0|1:180297_A_G:890,0,1565 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,87:87:99:1|1:180277_G_A:4095,274,0 1|0:99,21:120:99:0|1:180285_G_T:658,0,4236 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,130:130:99:1|1:180277_G_A:6030,403,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1218 1|1:0,180:180:99:1|1:180264_A_C:8325,557,0 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|0:151,9:160:89:0|1:180297_A_G:0,89,6570 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:1|1:180264_A_C:3555,238,0 1|1:7,90:97:3:1|1:180297_A_G:3808,3,0 0|1:137,24:161:99:.:.:603,0,5997 1|1:0,91:91:99:1|1:180264_A_C:4140,277,0 0|1:3,7:10:99:0|1:180264_A_C:285,0,105 1|0:112,64:176:99:0|1:180158_ACT_A:2409,0,4806 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|1:82,74:156:99:.:.:3070,0,3191 1|0:77,11:88:99:0|1:180264_A_C:221,0,3326 1|1:0,178:178:99:1|1:180277_G_A:8235,551,0 0|1:80,38:118:99:0|1:180288_A_C:1382,0,3452 1|1:2,179:181:99:1|1:180264_A_C:8280,476,0 1|0:23,20:43:99:.:.:797,0,903 1|1:0,25:25:78:1|1:180277_G_A:1170,78,0 1|1:0,88:88:99:1|1:180288_A_C:4005,268,0 1|0:101,215:316:99:.:.:8961,0,3771 1|1:0,127:127:99:1|1:180288_A_C:5940,397,0 1|1:6,191:197:99:1|1:180264_A_C:8609,313,0 1|0:16,2:18:33:0|1:180297_A_G:33,0,708 1|1:0,59:59:99:1|1:180277_G_A:2745,184,0 0|1:131,22:153:99:0|1:180288_A_C:553,0,5634 1|0:33,66:99:99:.:.:2678,0,1237 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,84:84:99:1|1:180264_A_C:4095,274,0 0|1:7,9:16:99:.:.:357,0,293 0|1:43,34:77:99:0|1:180297_A_G:1337,0,1717 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,129:129:99:1|1:180277_G_A:6210,415,0 1|0:5,28:33:99:0|1:180285_G_T:1203,0,123 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,91:91:99:1|1:180264_A_C:4185,280,0 1|0:90,127:217:99:0|1:180288_A_C:5095,0,3498 0|1:119,107:226:99:0|1:180288_A_C:4156,0,4931 1|1:0,238:238:99:1|1:180277_G_A:11025,737,0 0|1:16,181:197:99:0|1:180288_A_C:7769,0,151 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,294:294:99:1|1:180277_G_A:13995,936,0 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|1:98,115:213:99:0|1:180264_A_C:4768,0,4003 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,1305 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,256:256:99:1|1:180297_A_G:11569,783,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,235:236:99:1|1:180264_A_C:10607,364,0 1|1:0,321:321:99:1|1:180277_G_A:15345,1026,0 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,176:176:99:1|1:180277_G_A:8190,548,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|0:103,96:199:99:0|1:180264_A_C:3922,0,4147 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755 1|0:108,22:130:99:0|1:180297_A_G:573,0,4637 0|0:157,0:157:99:.:.:0,117,1800 1|1:0,109:109:99:1|1:180288_A_C:4950,331,0 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,129:129:99:1|1:180277_G_A:5850,391,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,242:242:99:1|1:180277_G_A:11295,756,0 1|1:0,162:162:99:1|1:180277_G_A:7380,494,0 1|1:0,515:515:99:1|1:180277_G_A:24255,1622,0 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800 0|1:43,57:100:99:0|1:180297_A_G:2258,0,1718 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,140:141:99:1|1:180297_A_G:6480,394,0 1|1:0,181:181:99:1|1:180297_A_G:8505,569,0 0|0:616,0:616:99:.:.:0,120,1800 1|0:68,79:147:99:0|1:180264_A_C:3313,0,2728 1|1:1,221:222:99:1|1:180264_A_C:9879,518,0 1|1:0,294:294:99:1|1:180264_A_C:14130,945,0 0|0:650,0:650:99:.:.:0,120,1800 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,147:147:99:1|1:180277_G_A:6795,455,0 1|1:0,56:56:99:1|1:180277_G_A:2610,175,0 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,70:71:99:1|1:180297_A_G:3240,178,0 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,178:183:99:1|1:180277_G_A:7965,338,0 1|1:0,229:229:99:1|1:180288_A_C:10464,704,0 1|1:1,216:217:99:1|1:180288_A_C:10020,635,0 0|1:30,244:274:99:.:.:10439,0,517 1|1:0,275:275:99:1|1:180264_A_C:12870,861,0 0|1:199,40:239:99:0|1:180285_G_T:1140,0,8376 0|1:229,20:249:99:.:.:117,0,10017 1|1:11,227:238:99:1|1:180277_G_A:9990,239,0 1|1:2,397:399:99:1|1:180288_A_C:18045,1129,0 0|1:18,94:112:99:0|1:180285_G_T:4077,0,458 1|0:226,211:437:99:.:.:8233,0,8930 1|1:0,32:32:99:1|1:180277_G_A:1485,99,0 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800 0|1:223,25:248:99:.:.:374,0,9523 0|1:56,119:175:99:.:.:4793,0,1970 0|1:60,121:181:99:.:.:4876,0,2182 1|1:2,210:212:99:1|1:180288_A_C:9572,530,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800 1|0:8,87:95:66:.:.:3634,0,66 1|0:191,48:239:99:.:.:1432,0,7916 1|0:38,65:103:99:.:.:2569,0,1400 1|0:47,245:292:99:.:.:10138,0,1305 0|0:610,0:610:99:.:.:0,120,1800 1|0:108,52:160:99:0|1:180297_A_G:1915,0,4599 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,309:310:99:1|1:180288_A_C:14037,906,0 1|0:172,64:236:99:.:.:2201,0,7127 1|1:6,230:236:99:.:.:9970,452,0 1|0:41,134:175:99:0|1:180288_A_C:5578,0,1404 0|1:94,146:240:99:0|1:180288_A_C:6048,0,3618 1|0:125,18:143:99:0|1:180297_A_G:350,0,5280 1|0:107,73:180:99:0|1:180288_A_C:2980,0,4440 1|0:8,32:40:99:.:.:1320,0,309 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800 0|0:664,0:664:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,195:204:99:1|1:180288_A_C:8685,230,0 1|1:10,215:225:99:1|1:180277_G_A:9426,245,0 1|0:34,231:265:99:.:.:9769,0,717 0|1:32,91:123:99:0|1:180288_A_C:3839,0,1188 1|0:22,231:253:99:.:.:9925,0,201 0|1:188,14:202:40:.:.:40,0,8115 0|1:26,235:261:99:0|1:180264_A_C:9826,0,438 1|0:26,135:161:99:.:.:5602,0,657 0|1:276,282:558:99:.:.:11315,0,10892 0|0:600,0:600:99:.:.:0,120,1800 0|0:575,0:575:99:.:.:0,120,1800 1|0:7,89:96:26:.:.:3685,0,26 1|1:3,278:281:99:1|1:180288_A_C:12600,726,0 1|1:3,404:407:99:1|1:180277_G_A:18315,1108,0 1|0:118,165:283:99:0|1:180297_A_G:7031,0,4545 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530 0|1:68,74:142:99:0|1:180288_A_C:3072,0,2733 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,213:213:99:1|1:180264_A_C:9765,653,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,199:199:99:1|1:180288_A_C:9135,611,0 1|1:2,224:226:99:.:.:9923,596,0 1|1:0,221:221:99:1|1:180264_A_C:9945,665,0 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,75:75:99:1|1:180264_A_C:3555,238,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,99:99:99:1|1:180277_G_A:4590,307,0 1|1:0,272:272:99:1|1:180277_G_A:12555,840,0 1|1:0,287:287:99:1|1:180288_A_C:13590,909,0 1|1:0,224:224:99:1|1:180277_G_A:10305,689,0 1|1:0,77:77:99:1|1:180277_G_A:3555,238,0 1|1:0,118:118:99:1|1:180277_G_A:5445,364,0 1|1:0,54:54:99:1|1:180277_G_A:2520,169,0 1|1:0,55:55:99:1|1:180264_A_C:2520,169,0 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,215:215:99:1|1:180277_G_A:9900,662,0 1|1:0,210:210:99:1|1:180277_G_A:9630,644,0 1|1:0,14:14:42:1|1:180277_G_A:630,42,0 1|1:0,169:169:99:1|1:180277_G_A:7740,518,0 1|1:0,212:212:99:1|1:180277_G_A:9720,650,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,189:189:99:1|1:180277_G_A:8685,581,0 1|1:0,156:156:99:1|1:180277_G_A:7245,485,0 0|1:71,127:198:99:0|1:180264_A_C:5194,0,2719 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,223:223:99:1|1:180264_A_C:10530,704,0 0|1:236,249:485:99:0|1:180264_A_C:9973,0,9478 0|1:55,22:77:99:0|1:180297_A_G:752,0,2327 1|0:186,148:334:99:0|1:180297_A_G:5838,0,7415 1|1:0,575:575:99:1|1:180264_A_C:26685,1785,0 1|0:152,65:217:99:0|1:180288_A_C:2466,0,6232 1|1:0,241:241:99:1|1:180264_A_C:11025,737,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1437 1|1:0,12:12:39:1|1:180297_A_G:585,39,0 1|1:0,387:387:99:1|1:180297_A_G:17910,1198,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 180299 . G C 2.48191e+07 PASS FS=0;MQ=59.93;QD=29.81;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G629R;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gga/Cga;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.673;VQSLOD=10.26;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=38.1;GQ_MEAN=205.49;GQ_STDDEV=216.25;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6987;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.136;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15820682;AF=0.647;AS_InbreedingCoeff=0.6709;MLEAC=3396;MLEAF=0.648;AN=858;AC=582 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,69:69:99:1|1:180277_G_A:3133,197,0 1|1:0,60:60:99:1|1:180277_G_A:2970,199,0 1|1:0,67:67:99:1|1:180288_A_C:3240,217,0 0|1:22,45:67:99:0|1:180277_G_A:2027,0,857 1|1:1,70:71:99:1|1:180264_A_C:3240,178,0 0|0:55,3:58:43:0|1:180277_G_A:0,43,2385 1|1:0,49:49:99:1|1:180277_G_A:2475,166,0 1|1:0,74:74:99:1|1:180288_A_C:3375,226,0 0|1:1,61:62:99:0|1:180277_G_A:2810,0,104 1|1:0,60:60:99:1|1:180297_A_G:2818,190,0 0|1:30,11:41:99:0|1:180277_G_A:453,0,1263 1|1:0,51:51:99:1|1:180299_G_C:2385,160,0 0|1:27,39:66:99:0|1:180288_A_C:1631,0,1136 0|1:31,14:45:99:0|1:180297_A_G:492,0,1302 1|1:0,28:28:87:1|1:180288_A_C:1305,87,0 1|1:0,34:34:99:1|1:180264_A_C:1755,117,0 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,270 1|1:2,32:34:18:1|1:180264_A_C:1440,18,0 1|1:0,33:33:99:1|1:180264_A_C:1530,102,0 1|1:0,32:32:99:1|1:180264_A_C:1530,102,0 0|1:43,23:66:99:0|1:180277_G_A:869,0,1859 1|1:0,69:69:99:1|1:180264_A_C:3195,214,0 1|1:0,201:201:99:1|1:180277_G_A:9720,650,0 1|1:0,73:73:99:1|1:180264_A_C:3420,229,0 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350 1|0:81,44:125:99:0|1:180285_G_T:1757,0,3467 1|1:0,12:12:39:1|1:180264_A_C:585,39,0 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,193 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,47:47:99:1|1:180264_A_C:2205,147,0 1|1:0,120:120:99:1|1:180288_A_C:5580,373,0 1|1:6,94:100:60:1|1:180297_A_G:4282,60,0 1|0:21,38:59:99:0|1:180285_G_T:1613,0,803 0|1:220,94:314:99:0|1:180277_G_A:3462,0,9402 0|0:62,0:62:95:.:.:0,95,1568 0|1:54,56:110:99:0|1:180297_A_G:2341,0,2178 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|1:23,26:49:99:0|1:180277_G_A:1019,0,929 1|0:28,46:74:99:0|1:180288_A_C:1873,0,1160 1|0:18,39:57:99:0|1:180297_A_G:1608,0,635 1|1:0,129:129:99:1|1:180277_G_A:6120,409,0 1|0:81,27:108:99:0|1:180288_A_C:911,0,3611 1|1:0,59:59:99:1|1:180264_A_C:2790,187,0 1|0:135,133:268:99:0|1:180264_A_C:5334,0,5424 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|1:36,84:120:99:0|1:180297_A_G:3749,0,1319 0|1:35,68:103:99:0|1:180288_A_C:2831,0,1301 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|1:41,47:88:99:.:.:1928,0,1658 1|1:3,97:100:99:1|1:180288_A_C:4275,169,0 0|1:13,16:29:99:0|1:180264_A_C:666,0,621 1|1:0,130:130:99:1|1:180277_G_A:6075,406,0 0|1:43,214:257:99:0|1:180277_G_A:9402,0,1122 1|1:1,150:151:99:1|1:180288_A_C:7245,446,0 1|1:2,67:69:99:1|1:180277_G_A:3105,130,0 1|1:0,139:139:99:1|1:180264_A_C:6480,433,0 1|1:0,88:88:99:1|1:180277_G_A:4050,271,0 0|1:59,24:83:99:0|1:180288_A_C:869,0,2444 1|0:76,9:85:99:0|1:180297_A_G:137,0,3332 1|1:0,158:158:99:1|1:180277_G_A:7605,509,0 1|0:110,35:145:99:0|1:180277_G_A:1210,0,5732 1|0:112,33:145:99:0|1:180277_G_A:1195,0,4885 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1159 1|0:31,82:113:99:0|1:180288_A_C:3431,0,1091 1|0:38,101:139:99:0|1:180288_A_C:4331,0,1361 1|1:0,92:92:99:1|1:180288_A_C:4275,286,0 1|1:0,60:60:99:1|1:180277_G_A:2925,196,0 1|1:1,73:74:99:1|1:180288_A_C:3465,193,0 1|1:0,74:74:99:1|1:180264_A_C:3330,223,0 1|1:0,53:53:99:1|1:180288_A_C:2475,166,0 1|1:0,136:136:99:1|1:180264_A_C:6480,433,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,242:244:99:1|1:180277_G_A:11520,693,0 1|1:0,92:92:99:1|1:180288_A_C:4230,283,0 1|1:0,59:59:99:1|1:180277_G_A:2700,181,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,92:98:37:1|1:180288_A_C:4039,37,0 1|1:0,49:49:99:1|1:180264_A_C:2385,160,0 1|1:0,53:53:99:1|1:180264_A_C:2565,172,0 1|1:0,156:156:99:1|1:180297_A_G:7380,494,0 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,236:236:99:1|1:180264_A_C:11070,741,0 0|1:111,101:212:99:0|1:180288_A_C:4063,0,4513 1|1:0,73:73:99:1|1:180288_A_C:3465,232,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,172:172:99:1|1:180264_A_C:7920,530,0 1|1:0,147:147:99:1|1:180297_A_G:7155,479,0 1|1:0,137:137:99:1|1:180288_A_C:6525,436,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,117:117:99:1|1:180288_A_C:5490,367,0 0|1:59,50:109:99:0|1:180277_G_A:2000,0,2405 0|1:9,56:65:99:0|1:180299_G_C:2408,0,228 1|1:8,161:169:99:1|1:180264_A_C:7515,191,0 1|1:0,200:200:99:1|1:180277_G_A:9360,626,0 1|1:0,184:184:99:1|1:180288_A_C:8640,578,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 1|1:17,235:252:27:1|1:180299_G_C:10196,27,0 1|1:0,177:177:99:1|1:180264_A_C:8325,557,0 1|1:0,106:106:99:1|1:180288_A_C:5265,352,0 0|1:134,14:148:99:0|1:180297_A_G:203,0,5791 0|1:44,71:115:99:0|1:180297_A_G:2891,0,1631 1|1:5,217:222:99:1|1:180264_A_C:9945,470,0 1|0:73,76:149:99:0|1:180277_G_A:3175,0,2905 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,174:174:99:1|1:180288_A_C:8280,554,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,180:183:99:1|1:180297_A_G:8530,455,0 1|1:0,226:226:99:1|1:180277_G_A:10485,701,0 0|1:69,95:164:99:0|1:180299_G_C:3940,0,2687 1|1:0,237:237:99:1|1:180277_G_A:11115,744,0 1|1:0,190:190:99:1|1:180264_A_C:9090,608,0 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,203:203:99:1|1:180277_G_A:9540,638,0 1|1:0,251:251:99:1|1:180264_A_C:11835,792,0 1|0:42,103:145:99:0|1:180288_A_C:4570,0,1510 0|1:135,67:202:99:0|1:180277_G_A:2503,0,5878 0|1:33,98:131:99:0|1:180288_A_C:4256,0,1241 1|1:0,194:194:99:1|1:180277_G_A:9585,641,0 1|0:65,142:207:99:0|1:180288_A_C:6178,0,2398 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,161:161:99:1|1:180288_A_C:8190,548,0 1|1:0,176:176:99:1|1:180264_A_C:8325,557,0 1|1:0,183:183:99:1|1:180297_A_G:8502,572,0 0|0:238,17:255:3:0|1:180264_A_C:0,3,10530 0|1:40,133:173:99:0|1:180299_G_C:5652,0,1329 1|1:0,206:206:99:1|1:180264_A_C:9585,641,0 1|1:0,146:146:99:1|1:180288_A_C:7065,473,0 1|0:92,40:132:99:0|1:180277_G_A:1523,0,3818 1|1:0,101:101:99:1|1:180299_G_C:4590,307,0 1|0:173,29:202:99:0|1:180288_A_C:673,0,7513 1|1:0,227:227:99:1|1:180264_A_C:10980,734,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,217:217:99:1|1:180277_G_A:10170,680,0 1|1:5,144:149:99:1|1:180288_A_C:6300,227,0 0|1:102,96:198:99:0|1:180288_A_C:3916,0,4231 0|1:108,117:225:99:0|1:180288_A_C:4738,0,4423 1|1:0,204:204:99:1|1:180264_A_C:9765,653,0 1|1:0,198:198:99:1|1:180277_G_A:9495,635,0 1|1:0,159:159:99:1|1:180277_G_A:7515,503,0 1|1:0,211:211:99:1|1:180277_G_A:9900,662,0 1|1:0,132:132:99:1|1:180277_G_A:6075,406,0 0|1:111,54:165:99:0|1:180299_G_C:2008,0,4612 1|1:3,224:227:99:1|1:180277_G_A:10440,581,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,145:145:99:1|1:180264_A_C:6750,452,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,114:114:99:1|1:180277_G_A:5490,367,0 1|1:0,82:82:99:1|1:180264_A_C:3870,259,0 1|1:0,215:215:99:1|1:180288_A_C:10260,686,0 1|0:17,59:76:99:0|1:180299_G_C:2468,0,537 1|1:0,163:163:99:1|1:180288_A_C:7560,506,0 1|1:0,159:159:99:1|1:180277_G_A:7425,497,0 1|1:0,83:83:99:1|1:180297_A_G:3943,265,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,158:158:99:1|1:180288_A_C:7245,485,0 1|1:0,102:102:99:1|1:180277_G_A:4680,313,0 1|0:33,89:122:99:0|1:180158_ACT_A:3842,0,2120 1|0:81,23:104:99:0|1:180285_G_T:797,0,3452 1|1:5,173:178:99:1|1:180277_G_A:7965,338,0 1|1:0,189:189:99:.:.:8775,587,0 0|1:35,148:183:99:0|1:180264_A_C:6433,0,1168 1|1:0,179:179:99:1|1:180277_G_A:8415,563,0 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,160:161:99:1|1:180277_G_A:7212,203,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,103:103:99:1|1:180277_G_A:4860,325,0 1|1:0,123:123:99:1|1:180288_A_C:5805,388,0 1|1:0,125:125:99:1|1:180288_A_C:6120,409,0 0|1:68,94:162:99:0|1:180288_A_C:4108,0,2713 1|1:0,113:113:99:1|1:180297_A_G:5182,349,0 1|1:0,167:167:99:1|1:180288_A_C:8055,539,0 1|1:0,110:110:99:1|1:180277_G_A:5265,352,0 0|1:30,58:88:99:0|1:180285_G_T:2465,0,1160 1|1:3,63:66:76:1|1:180288_A_C:2880,76,0 0|1:41,78:119:99:0|1:180264_A_C:3230,0,1565 1|1:4,132:136:99:1|1:180299_G_C:5863,238,0 1|0:32,176:208:99:0|1:180299_G_C:7546,0,796 1|0:64,28:92:99:0|1:180299_G_C:1013,0,2768 1|1:6,85:91:25:1|1:180285_G_T:3870,25,0 1|1:0,95:95:99:1|1:180277_G_A:4365,292,0 1|1:0,243:243:99:1|1:180264_A_C:11610,777,0 1|1:0,170:170:99:1|1:180264_A_C:8190,548,0 0|0:116,7:123:70:0|1:180297_A_G:0,70,5088 1|1:0,139:139:99:1|1:180277_G_A:6525,436,0 1|1:0,206:206:99:1|1:180277_G_A:9900,662,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,119:125:99:1|1:180285_G_T:5490,133,0 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,97:100:99:1|1:180288_A_C:4545,187,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:1|1:180264_A_C:3735,250,0 1|1:2,87:89:99:1|1:180277_G_A:3784,139,0 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,111:111:99:1|1:180288_A_C:5265,352,0 1|1:0,161:161:99:1|1:180299_G_C:7679,515,0 1|1:0,129:129:99:1|1:180264_A_C:5850,391,0 0|1:59,104:163:99:0|1:180288_A_C:4289,0,2379 1|1:0,107:107:99:1|1:180277_G_A:4860,325,0 1|1:0,77:77:99:1|1:180299_G_C:3491,235,0 1|1:0,97:97:99:1|1:180297_A_G:4621,313,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|1:53,52:105:99:0|1:180288_A_C:2147,0,2102 1|0:59,54:113:99:0|1:180264_A_C:2333,0,2423 1|1:0,157:157:99:1|1:180288_A_C:7515,503,0 1|1:6,88:94:31:1|1:180264_A_C:3960,31,0 1|1:0,159:159:99:1|1:180277_G_A:7605,509,0 0|1:175,25:200:99:0|1:180288_A_C:550,0,7480 1|1:0,113:113:99:1|1:180277_G_A:5355,358,0 0|1:59,8:67:99:0|1:180288_A_C:236,0,2531 1|0:33,147:180:99:0|1:180277_G_A:6400,0,1045 1|1:1,90:91:99:1|1:180264_A_C:4320,250,0 0|1:28,67:95:99:0|1:180288_A_C:2852,0,1007 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|1:52,5:57:41:0|1:180288_A_C:41,0,2336 1|1:1,126:127:99:1|1:180288_A_C:5940,358,0 1|0:49,24:73:99:0|1:180297_A_G:830,0,2123 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|0:37,24:61:99:0|1:180297_A_G:893,0,1523 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,89:89:99:1|1:180277_G_A:4365,292,0 1|0:77,39:116:99:0|1:180288_A_C:1457,0,3531 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,130:130:99:1|1:180277_G_A:6165,412,0 1|1:0,53:53:99:1|1:180299_G_C:2565,172,0 1|1:0,179:179:99:1|1:180264_A_C:8325,557,0 1|1:0,72:72:99:1|1:180277_G_A:3375,226,0 1|0:133,24:157:99:0|1:180288_A_C:634,0,5719 1|1:0,99:99:99:1|1:180277_G_A:4680,313,0 1|1:0,74:74:99:1|1:180264_A_C:3510,235,0 1|1:6,90:96:12:1|1:180297_A_G:3943,12,0 0|1:15,151:166:99:1|0:180293_C_T:6463,0,246 1|1:0,90:90:99:1|1:180264_A_C:4140,277,0 0|1:3,7:10:99:0|1:180264_A_C:285,0,105 1|0:80,94:174:99:0|1:180158_ACT_A:3994,0,3384 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,160:161:99:1|1:180277_G_A:7470,461,0 1|1:0,88:88:99:1|1:180288_A_C:4275,286,0 1|1:0,177:177:99:1|1:180277_G_A:8460,566,0 0|1:81,37:118:99:0|1:180288_A_C:1385,0,3410 1|1:0,179:179:99:1|1:180288_A_C:8505,569,0 1|0:8,34:42:99:0|1:180288_A_C:1566,0,306 1|1:0,24:24:75:1|1:180277_G_A:1125,75,0 1|1:0,87:87:99:1|1:180288_A_C:4140,277,0 1|0:97,215:312:99:0|1:180299_G_C:9144,0,3564 1|1:0,127:127:99:1|1:180288_A_C:5985,400,0 1|1:6,186:192:99:1|1:180264_A_C:8384,259,0 1|0:16,2:18:33:0|1:180297_A_G:33,0,708 1|1:0,58:58:99:1|1:180277_G_A:2745,184,0 0|1:131,23:154:99:0|1:180288_A_C:598,0,5638 1|1:1,100:101:99:1|1:180288_A_C:4725,277,0 1|1:0,71:71:99:1|1:180277_G_A:3465,232,0 1|0:52,58:110:99:0|1:180299_G_C:2321,0,1990 1|1:0,85:85:99:1|1:180264_A_C:3960,265,0 0|1:5,11:16:99:0|1:180288_A_C:489,0,200 1|1:0,77:77:99:1|1:180277_G_A:3600,241,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,129:129:99:1|1:180277_G_A:6165,412,0 1|0:5,29:34:99:0|1:180285_G_T:1329,0,114 1|0:67,120:187:99:0|1:180277_G_A:4921,0,2446 1|1:0,93:93:99:1|1:180264_A_C:4545,304,0 1|0:86,128:214:99:0|1:180288_A_C:5263,0,3508 0|1:120,108:228:99:0|1:180288_A_C:4336,0,4786 1|1:0,236:236:99:1|1:180277_G_A:11385,762,0 0|1:17,183:200:99:0|1:180288_A_C:8008,0,178 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,291:293:99:.:.:13813,926,0 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|1:101,121:222:99:0|1:180264_A_C:4936,0,3991 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,1305 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,252:252:99:1|1:180297_A_G:11794,798,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,237:238:99:1|1:180264_A_C:10652,367,0 1|1:0,328:328:99:1|1:180277_G_A:15525,1039,0 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,181:181:99:1|1:180277_G_A:8280,554,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620 1|0:41,159:200:99:0|1:180277_G_A:6802,0,1267 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|0:103,99:202:99:0|1:180264_A_C:3883,0,4108 1|1:0,98:98:99:1|1:180277_G_A:4680,313,0 1|1:0,130:130:99:1|1:180277_G_A:5985,400,0 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,53:53:99:1|1:180277_G_A:2475,166,0 1|1:0,130:130:99:1|1:180299_G_C:5972,400,0 0|0:157,0:157:99:.:.:0,117,1800 1|1:0,110:110:99:1|1:180288_A_C:5265,352,0 1|1:0,239:239:99:1|1:180277_G_A:11295,756,0 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,127:127:99:1|1:180277_G_A:5850,391,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,242:242:99:1|1:180277_G_A:11430,765,0 1|1:0,164:164:99:1|1:180277_G_A:7740,518,0 1|1:0,537:537:99:1|1:180277_G_A:25110,1680,0 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800 0|1:41,57:98:99:0|1:180277_G_A:2351,0,1586 1|1:0,30:30:93:1|1:180277_G_A:1395,93,0 1|1:2,119:121:99:1|1:180277_G_A:5490,289,0 0|1:110,9:119:47:0|1:180299_G_C:47,0,4592 1|1:1,145:146:99:1|1:180297_A_G:6885,422,0 1|1:0,189:189:99:1|1:180297_A_G:8730,584,0 1|1:0,565:565:99:1|1:180277_G_A:25920,1734,0 1|0:60,88:148:99:0|1:180288_A_C:3763,0,2278 1|1:1,222:223:99:1|1:180264_A_C:9969,524,0 1|1:0,301:301:99:1|1:180264_A_C:14175,948,0 1|1:1,579:580:99:1|1:180277_G_A:26470,1699,0 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,147:147:99:1|1:180277_G_A:6930,464,0 1|1:0,58:58:99:1|1:180277_G_A:2655,178,0 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,72:73:99:1|1:180297_A_G:3240,139,0 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,181:187:99:.:.:8252,359,0 1|1:0,220:220:99:1|1:180288_A_C:10649,713,0 1|1:1,218:219:99:1|1:180288_A_C:10249,647,0 1|1:10,270:280:99:1|1:180288_A_C:12105,420,0 1|1:0,274:274:99:1|1:180264_A_C:13005,870,0 1|1:0,235:235:99:1|1:180277_G_A:11025,737,0 0|1:210,38:248:99:0|1:180277_G_A:975,0,9120 1|1:11,228:239:99:1|1:180277_G_A:10080,246,0 1|1:2,390:392:99:1|1:180288_A_C:18225,1141,0 1|1:2,107:109:99:1|1:180288_A_C:5040,259,0 1|0:148,284:432:99:0|1:180288_A_C:11630,0,5600 1|1:0,33:33:99:1|1:180277_G_A:1485,99,0 1|1:15,301:316:99:1|1:180277_G_A:13410,312,0 0|1:86,224:310:99:0|1:180277_G_A:9639,0,3069 1|1:0,221:221:99:1|1:180277_G_A:10575,707,0 1|1:0,286:286:99:1|1:180277_G_A:13410,897,0 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,254:254:99:1|1:180277_G_A:11835,792,0 1|1:0,172:172:99:1|1:180277_G_A:8010,536,0 1|1:1,178:179:99:1|1:180277_G_A:8100,464,0 1|1:2,214:216:99:1|1:180288_A_C:9954,555,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,96:96:99:1|1:180277_G_A:4455,298,0 1|1:4,231:237:99:.:.:10891,575,0 1|1:5,97:102:91:1|1:180277_G_A:4275,91,0 1|0:45,243:288:99:0|1:180277_G_A:10734,0,1194 0|0:610,0:610:99:.:.:0,120,1800 1|0:106,52:158:99:0|1:180297_A_G:1930,0,4540 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,306:307:99:1|1:180288_A_C:14374,924,0 1|1:12,225:237:99:1|1:180288_A_C:9990,201,0 1|1:3,226:229:99:1|1:180277_G_A:10845,609,0 1|0:41,132:173:99:0|1:180288_A_C:5752,0,1342 0|1:91,148:239:99:0|1:180288_A_C:6093,0,3573 1|0:126,17:143:99:0|1:180297_A_G:338,0,5448 1|0:108,74:182:99:0|1:180288_A_C:2947,0,4342 1|1:1,39:40:12:1|1:180288_A_C:1730,12,0 0|1:34,219:253:99:0|1:180288_A_C:9636,0,771 0|0:664,0:664:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,202:210:99:1|1:180288_A_C:8910,245,0 1|1:10,217:227:99:1|1:180277_G_A:9561,254,0 1|0:29,239:268:99:.:.:10670,0,444 0|1:33,93:126:99:0|1:180288_A_C:3929,0,1139 1|0:18,231:249:66:0|1:180288_A_C:10146,0,66 0|1:180,19:199:99:0|1:180288_A_C:217,0,8036 1|1:11,256:267:99:1|1:180288_A_C:11295,288,0 1|1:0,157:157:99:1|1:180277_G_A:7470,461,0 0|1:272,285:557:99:0|1:180288_A_C:11718,0,10805 0|0:600,0:600:99:.:.:0,120,1800 0|0:575,0:575:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,95:95:99:1|1:180277_G_A:4545,304,0 1|1:3,283:286:99:1|1:180288_A_C:13095,759,0 1|1:3,397:400:99:1|1:180277_G_A:18585,1126,0 1|0:44,241:285:99:0|1:180288_A_C:10485,0,1170 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530 0|1:69,75:144:99:0|1:180288_A_C:3061,0,2746 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,215:215:99:1|1:180264_A_C:9990,668,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,196:196:99:1|1:180288_A_C:9135,611,0 1|1:0,222:222:99:1|1:180277_G_A:10440,698,0 1|1:0,221:221:99:1|1:180264_A_C:10215,683,0 1|1:0,269:269:99:1|1:180277_G_A:12915,864,0 1|1:0,240:240:99:1|1:180277_G_A:10890,728,0 1|1:0,78:78:99:1|1:180264_A_C:3600,241,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,178:178:99:1|1:180277_G_A:8505,569,0 1|1:0,215:215:99:1|1:180277_G_A:10035,671,0 1|1:0,235:235:99:1|1:180277_G_A:10980,734,0 1|1:0,102:102:99:1|1:180277_G_A:4770,319,0 1|1:0,271:271:99:1|1:180277_G_A:12600,843,0 1|1:0,287:287:99:1|1:180288_A_C:13770,921,0 1|1:0,229:229:99:1|1:180277_G_A:10800,722,0 1|1:0,78:78:99:1|1:180277_G_A:3600,241,0 1|1:0,116:116:99:1|1:180277_G_A:5670,379,0 1|1:0,56:56:99:1|1:180277_G_A:2520,169,0 1|1:0,56:56:99:1|1:180264_A_C:2565,172,0 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,288:288:99:1|1:180277_G_A:13545,906,0 1|1:0,220:220:99:1|1:180277_G_A:10710,716,0 1|1:0,214:214:99:1|1:180277_G_A:10215,683,0 1|1:0,14:14:42:1|1:180277_G_A:630,42,0 1|1:0,172:172:99:1|1:180277_G_A:8010,536,0 1|1:0,216:216:99:1|1:180277_G_A:10305,689,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,193:193:99:1|1:180277_G_A:8865,593,0 1|1:0,161:161:99:1|1:180277_G_A:7650,512,0 1|1:0,201:201:99:1|1:180288_A_C:9450,632,0 1|1:0,204:204:99:1|1:180277_G_A:9540,638,0 0|1:25,243:268:99:0|1:180299_G_C:10542,0,372 1|1:0,223:223:99:1|1:180264_A_C:10440,698,0 1|1:0,490:490:99:1|1:180288_A_C:22860,1529,0 0|1:57,22:79:99:0|1:180297_A_G:749,0,2369 1|0:183,152:335:99:0|1:180297_A_G:5955,0,7532 1|1:0,589:589:99:1|1:180264_A_C:27360,1830,0 1|0:149,65:214:99:0|1:180288_A_C:2383,0,6388 1|1:0,245:245:99:1|1:180264_A_C:11295,756,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1437 1|1:0,13:13:45:1|1:180297_A_G:675,45,0 1|1:0,388:388:99:1|1:180297_A_G:18450,1234,0 1|1:0,142:142:99:1|1:180277_G_A:6795,455,0 Pf3D7_01_v3 180309 . A C 1.48073e+07 PASS FS=0;MQ=60.17;QD=34.57;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E632A;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAa/gCa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.697;VQSLOD=10.45;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.44;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=219.19;GQ_STDDEV=283.45;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7516;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.388;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16178599;AF=0.357;AS_InbreedingCoeff=0.2272;MLEAC=1882;MLEAF=0.359;AN=858;AC=405 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:1,57:58:99:1|1:180277_G_A:2682,169,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:180277_G_A:2762,187,0:. 0|1:8,57:65:99:0|1:180309_A_C:2337,0,161:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,9:65:52:.:.:52,0,1579:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:180277_G_A:2487,169,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:180288_A_C:3401,229,0:. 0|1:1,55:56:99:0|1:180277_G_A:2510,0,122:. 1|1:0,59:59:99:1|1:180297_A_G:2651,178,0:. 0|1:28,11:39:99:0|1:180277_G_A:438,0,1213:. 1|1:0,53:53:99:1|1:180299_G_C:2588,178,0:. 0|1:28,42:70:99:0|1:180288_A_C:1712,0,1172:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,23:23:75:1|1:180288_A_C:1125,75,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:180264_A_C:1620,108,0:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 1|1:2,32:34:15:1|1:180264_A_C:1395,15,0:. 1|1:0,27:27:81:1|1:180264_A_C:1215,81,0:. 1|1:0,29:29:96:1|1:180264_A_C:1440,96,0:. 0|1:56,8:64:99:.:.:158,0,2425:. 1|1:0,73:73:99:1|1:180264_A_C:3481,235,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:180264_A_C:3279,220,0:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,944:. 1|0:89,43:132:99:0|1:180285_G_T:1598,0,3725:. 1|1:0,12:12:39:1|1:180264_A_C:585,39,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,234:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:180264_A_C:2070,138,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:180288_A_C:5876,394,0:. 1|0:79,22:101:99:0|1:180288_A_C:686,0,3595:. 1|0:35,22:57:99:.:.:839,0,1425:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1499:. 0|1:75,31:106:99:.:.:1055,0,3401:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,30:78:99:0|1:180309_A_C:1116,0,1890:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:180277_G_A:5845,394,0:. 1|0:87,28:115:99:0|1:180288_A_C:947,0,3692:. 1|1:0,61:61:99:1|1:180264_A_C:2880,193,0:. 1|0:142,138:280:99:0|1:180264_A_C:5641,0,5652:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,44:101:99:.:.:1321,0,2220:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,94:99:99:.:.:2283,138,0:. 0|1:24,5:29:99:0|1:180309_A_C:135,0,1035:. 1|1:0,134:134:99:1|1:180277_G_A:6073,406,0:. 0|1:38,210:248:99:0|1:180277_G_A:9081,0,936:. 1|1:1,157:158:99:1|1:180288_A_C:7155,440,0:. 1|1:3,65:68:49:1|1:180277_G_A:3060,49,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:180277_G_A:4064,274,0:. 0|1:68,15:83:99:0|1:180264_A_C:461,0,2891:. 1|0:78,8:86:92:0|1:180297_A_G:92,0,3357:. 1|1:0,156:156:99:1|1:180277_G_A:7357,494,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,40:154:99:0|1:180277_G_A:1353,0,4730:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1159:. 1|0:85,28:113:99:.:.:888,0,3865:. 1|0:79,59:138:99:.:.:1626,0,2614:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:1|1:180277_G_A:3060,205,0:. 1|1:1,74:75:99:1|1:180288_A_C:3523,199,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:180264_A_C:3150,211,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:180264_A_C:6705,449,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:211,36:247:99:.:.:867,0,8820:. 1|1:0,89:89:99:1|1:180288_A_C:4316,292,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:180277_G_A:2835,193,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1234:. 0|1:10,87:97:99:.:.:3868,0,140:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:180264_A_C:2466,166,0:. 1|0:120,27:147:99:0|1:180309_A_C:782,0,5109:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,234:234:99:1|1:180264_A_C:11070,741,0:. 0|1:116,92:208:99:0|1:180277_G_A:3663,0,4757:. 1|1:0,74:74:99:1|1:180288_A_C:3420,229,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,139:142:99:.:.:6250,307,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:180288_A_C:5291,355,0:. 0|1:59,51:110:99:0|1:180277_G_A:2000,0,2321:. 0|1:34,35:69:99:.:.:1448,0,1369:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:155,33:188:99:0|1:180300_G_A:967,0,6840:. 1|1:0,187:187:99:1|1:180288_A_C:8775,587,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:1|1:180264_A_C:7963,536,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:180288_A_C:5085,340,0:. 0|1:139,12:151:80:0|1:180309_A_C:80,0,6007:. 0|0:117,0:117:75:.:.:0,75,2978:. 1|1:4,222:226:99:1|1:180264_A_C:10305,533,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,173:187:49:0|1:180309_A_C:7474,0,49:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:1|1:180277_G_A:10654,716,0:. 0|1:130,47:177:99:.:.:1570,0,5442:. 1|1:0,241:241:99:1|1:180277_G_A:11484,777,0:. 1|1:0,189:189:99:1|1:180264_A_C:9081,608,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,170:200:99:.:.:6946,0,737:. 1|1:0,255:255:99:1|1:180264_A_C:11835,792,0:. 1|0:134,18:152:99:.:.:319,0,5858:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,77:133:99:0|1:180309_A_C:3241,0,2130:. 0|1:20,178:198:99:0|1:180300_G_A:7806,0,258:. 1|0:73,138:211:99:.:.:5939,0,2603:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:1|1:180288_A_C:7780,530,0:. 1|1:0,183:183:99:1|1:180264_A_C:8370,560,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,16:249:35:0|1:180264_A_C:0,35,10187:. 0|1:121,45:166:99:.:.:1245,0,4951:. 1|1:0,210:210:99:1|1:180264_A_C:9647,647,0:. 0|1:87,73:160:99:.:.:2386,0,3489:. 1|0:83,43:126:99:0|1:180277_G_A:1589,0,3462:. 1|0:80,24:104:99:0|1:180300_G_A:895,0,3359:. 1|0:171,28:199:99:0|1:180288_A_C:724,0,7384:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,47:140:99:0|1:180277_G_A:1782,0,3946:. 0|1:164,33:197:99:.:.:978,0,7156:. 0|1:171,57:228:99:.:.:1861,0,7208:. 1|1:0,214:214:99:1|1:180264_A_C:9945,665,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:180277_G_A:9495,635,0:. 1|1:0,161:161:99:1|1:180277_G_A:7319,491,0:. 1|1:0,214:214:99:1|1:180277_G_A:9850,662,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:180277_G_A:6435,430,0:. 0|1:108,53:161:99:0|1:180299_G_C:2050,0,4544:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:1|1:180264_A_C:7065,473,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:180277_G_A:5187,349,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:180264_A_C:3645,244,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,17:79:99:.:.:520,0,2575:. 1|1:0,164:164:99:1|1:180288_A_C:7560,506,0:. 1|1:0,159:159:99:1|1:180277_G_A:7678,515,0:. 0|1:41,33:74:99:0|1:180288_A_C:1266,0,1832:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,115:156:99:.:.:4837,0,1399:. 1|1:0,94:94:99:1|1:180277_G_A:4508,304,0:. 1|0:73,47:120:99:0|1:180158_ACT_A:1796,0,3876:. 1|0:90,16:106:99:.:.:389,0,3853:. 0|1:171,12:183:82:.:.:82,0,7273:. 0|1:27,160:187:99:.:.:6452,0,209:. 0|1:39,146:185:99:0|1:180264_A_C:6226,0,1219:. 1|1:8,167:175:99:1|1:180309_A_C:7146,189,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,231:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,45:128:99:0|1:180300_G_A:1558,0,3311:. 0|1:73,56:129:99:0|1:180264_A_C:2234,0,2984:. 0|1:139,27:166:99:0|1:180309_A_C:823,0,5998:. 1|0:102,6:108:1:0|1:180309_A_C:1,0,4393:. 1|0:135,36:171:99:.:.:1080,0,5591:. 1|1:0,111:111:99:1|1:180277_G_A:5239,355,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,61:63:70:1|1:180288_A_C:2790,70,0:. 0|1:45,78:123:99:0|1:180264_A_C:3257,0,1772:. 0|1:32,100:132:99:0|1:180300_G_A:4271,0,1031:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,18:91:99:.:.:524,0,3136:. 1|1:6,89:95:25:1|1:180285_G_T:3870,25,0:. 1|1:0,95:95:99:1|1:180277_G_A:4455,298,0:. 1|1:0,252:252:99:1|1:180264_A_C:11880,795,0:. 1|1:0,173:173:99:1|1:180264_A_C:8145,545,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:180277_G_A:6636,448,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,122:127:99:1|1:180285_G_T:5432,133,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,60:103:99:0|1:180309_A_C:2454,0,1661:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,89:91:99:1|1:180277_G_A:3973,151,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:143,18:161:99:0|1:180309_A_C:304,0,6234:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,73:165:99:.:.:2600,0,3687:. 0|1:86,18:104:99:0|1:180300_G_A:514,0,3650:. 0|1:14,59:73:99:.:.:2334,0,322:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,48:101:99:0|1:180288_A_C:1968,0,2137:. 1|0:58,56:114:99:0|1:180264_A_C:2297,0,2342:. 1|1:0,160:160:99:1|1:180277_G_A:7581,515,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:176,25:201:99:0|1:180288_A_C:496,0,7651:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,4:65:28:.:.:0,28,2701:. 1|0:35,151:186:99:0|1:180277_G_A:6607,0,1072:. 1|1:7,88:95:78:.:.:2176,78,0:. 0|1:32,70:102:99:0|1:180288_A_C:2884,0,1211:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,4:65:25:0|1:180288_A_C:0,25,2700:. 1|1:1,126:127:99:1|1:180288_A_C:5832,352,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,13:62:99:.:.:335,0,2072:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,24:119:99:.:.:735,0,4068:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:1|1:180264_A_C:7965,533,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:180277_G_A:3356,226,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:1|1:180277_G_A:4773,322,0:. 1|1:0,68:68:99:1|1:180264_A_C:3420,229,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,150:173:99:0|1:180288_A_C:6370,0,581:. 1|1:0,91:91:99:1|1:180264_A_C:4275,286,0:. 0|1:1,7:8:63:0|1:180264_A_C:288,0,63:. 1|0:95,84:179:99:0|1:180158_ACT_A:3489,0,4108:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,164:165:99:1|1:180277_G_A:7529,467,0:. 1|1:0,91:91:99:1|1:180288_A_C:4301,289,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:1|1:180288_A_C:8460,566,0:. 1|0:26,22:48:99:.:.:888,0,1023:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 1|1:5,80:85:52:1|1:180264_A_C:3690,52,0:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,82:125:99:0|1:180277_G_A:3540,0,1581:. 1|1:7,190:197:99:1|1:180264_A_C:8413,223,0:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,58:58:99:1|1:180277_G_A:2710,184,0:. 0|1:141,12:153:58:0|1:180309_A_C:58,0,6178:. 1|0:38,65:103:99:.:.:2735,0,1410:. 1|1:0,74:74:99:1|1:180277_G_A:3517,238,0:. 1|0:46,59:105:99:0|1:180299_G_C:2403,0,1853:. 1|1:0,84:84:99:1|1:180264_A_C:3960,265,0:. 0|1:6,12:18:99:.:.:486,0,242:. 1|0:38,41:79:99:0|1:180300_G_A:1630,0,1469:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,129:129:99:1|1:180277_G_A:5958,403,0:. 0|0:34,0:34:77:.:.:0,77,975:. 1|0:68,124:192:99:0|1:180277_G_A:5203,0,2593:. 1|1:0,107:107:99:1|1:180264_A_C:4950,331,0:. 1|0:84,143:227:99:0|1:180288_A_C:5959,0,3124:. 0|1:113,123:236:99:0|1:180288_A_C:4836,0,4791:. 1|1:0,233:233:99:1|1:180277_G_A:10890,728,0:. 0|1:16,200:216:99:0|1:180288_A_C:8517,0,139:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,241:241:99:1|1:180297_A_G:11340,759,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,232:233:99:1|1:180264_A_C:10427,352,0:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:180277_G_A:9134,617,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:42,156:198:99:0|1:180277_G_A:6715,0,1315:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,56:198:99:0|1:180309_A_C:1899,0,5745:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:180277_G_A:2430,163,0:. 1|1:0,117:117:99:1|1:180299_G_C:5760,385,0:. 0|0:154,0:154:78:.:.:0,78,4690:. 1|1:3,123:126:99:1|1:180264_A_C:5535,253,0:. 1|1:0,238:238:99:1|1:180277_G_A:11254,759,0:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,196:197:99:1|1:180277_G_A:7284,589,0:. 1|1:0,614:614:99:1|1:180277_G_A:28047,1887,0:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:96:1|1:180277_G_A:1440,96,0:. 1|1:3,124:127:99:1|1:180300_G_A:5532,253,0:. 0|0:110,8:118:10:0|1:180299_G_C:0,10,4815:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,565:565:99:1|1:180277_G_A:26052,1752,0:. 1|0:64,94:158:99:0|1:180288_A_C:3952,0,2557:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,308:308:99:1|1:180264_A_C:14130,945,0:. 1|1:0,588:588:99:1|1:180277_G_A:26982,1806,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:180277_G_A:7494,506,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:180277_G_A:2865,193,0:. 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,16:287:93:0|1:180309_A_C:0,93,11880:. 1|1:7,211:218:99:1|1:180277_G_A:9268,350,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:180288_A_C:10440,698,0:. 1|1:1,229:230:99:1|1:180288_A_C:10744,680,0:. 1|0:225,65:290:99:.:.:2067,0,9519:. 1|1:0,274:274:99:1|1:180264_A_C:13039,873,0:. 0|1:202,39:241:99:0|1:180285_G_T:1076,0,8658:. 0|1:212,35:247:99:0|1:180285_G_T:849,0,9129:. 1|1:11,228:239:99:1|1:180277_G_A:9999,206,0:. 0|0:481,0:481:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,101:118:99:0|1:180285_G_T:4333,0,398:. 1|0:147,278:425:99:0|1:180288_A_C:11429,0,5468:. 1|0:11,25:36:99:0|1:180277_G_A:1017,0,387:. 1|1:18,294:312:99:1|1:180285_G_T:12914,171,0:. 0|1:88,226:314:99:0|1:180285_G_T:9403,0,3459:. 1|1:0,221:221:99:1|1:180277_G_A:10215,683,0:. 1|1:0,291:291:99:1|1:180277_G_A:13501,909,0:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:1|1:180277_G_A:11925,798,0:. 1|1:4,181:185:99:.:.:8131,389,0:. 1|0:16,162:178:99:.:.:6866,0,203:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:1|1:180277_G_A:4784,322,0:. 1|1:8,233:241:99:.:.:10585,404,0:. 1|0:7,94:101:8:.:.:3955,0,8:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:587,0:587:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,210:247:99:.:.:9082,0,894:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:176,75:251:99:0|1:180277_G_A:2694,0,7212:. 1|0:131,15:146:99:0|1:180297_A_G:310,0,5521:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,7:41:99:0|1:180309_A_C:234,0,1444:. 0|1:29,219:248:99:.:.:8970,0,673:. 0|0:649,0:649:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,220:229:99:1|1:180277_G_A:9588,293,0:. 0|0:214,13:227:99:0|1:180277_G_A:0,119,9299:. 1|0:43,255:298:99:.:.:10641,0,1023:. 0|1:60,62:122:99:0|1:180309_A_C:2426,0,2487:. 1|1:16,224:240:6:1|1:180288_A_C:9708,6,0:. 0|1:191,20:211:99:.:.:166,0,8380:. 1|1:12,281:293:99:.:.:12240,351,0:. 0|1:149,22:171:99:0|1:180300_G_A:457,0,6360:. 0|1:269,288:557:99:0|1:180288_A_C:11587,0,10587:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:575,0:575:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,9:99:98:0|1:180300_G_A:98,0,3867:. 1|1:3,331:334:99:1|1:180288_A_C:14946,888,0:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:201,88:289:99:.:.:3143,0,6542:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:76,77:153:99:0|1:180288_A_C:3037,0,3082:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:232:99:.:.:10616,713,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:1|1:180288_A_C:8834,593,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,268:268:99:1|1:180277_G_A:12601,852,0:. 1|1:0,234:234:99:1|1:180277_G_A:11096,752,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:180264_A_C:3870,259,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,181:181:99:1|1:180277_G_A:8665,584,0:. 1|1:0,215:215:99:1|1:180277_G_A:9938,668,0:. 1|1:0,228:228:99:1|1:180277_G_A:10736,722,0:. 1|1:0,117:117:99:1|1:180277_G_A:5360,361,0:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,297:297:99:1|1:180288_A_C:14085,942,0:. 1|1:0,265:265:99:1|1:180277_G_A:12047,810,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:180277_G_A:3420,229,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:180277_G_A:3023,205,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,286:286:99:1|1:180277_G_A:13200,891,0:. 1|1:0,265:265:99:1|1:180277_G_A:12109,816,0:. 1|1:0,246:246:99:1|1:180277_G_A:11169,750,0:. 1|1:0,20:20:66:1|1:180277_G_A:966,66,0:. 1|1:0,192:192:99:1|1:180277_G_A:8835,596,0:. 1|1:0,256:256:99:1|1:180277_G_A:11628,783,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,215:215:99:1|1:180277_G_A:9832,662,0:. 1|1:0,192:192:99:1|1:180277_G_A:8895,602,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:180288_A_C:10167,680,0:. 1|1:0,204:204:99:1|1:180277_G_A:9494,638,0:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,527:527:99:1|1:180288_A_C:24263,1625,0:. 0|1:53,23:76:99:0|1:180297_A_G:797,0,2262:. 1|0:184,153:337:99:0|1:180297_A_G:6300,0,7441:. 1|1:0,654:654:99:1|1:180264_A_C:30192,2020,0:. 1|0:152,59:211:99:0|1:180288_A_C:2173,0,6375:. 1|1:0,275:275:99:1|1:180264_A_C:12555,840,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1411:. 0|0:25,0:25:6:.:.:0,6,694:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:180277_G_A:7290,488,0:. Pf3D7_01_v3 180311 . C A 2.37699e+07 PASS FS=0;MQ=59.9;QD=35.56;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H633N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.682;VQSLOD=10.32;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=28.57;GQ_MEAN=205.12;GQ_STDDEV=203;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7051;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.178;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16049265;AF=0.618;AS_InbreedingCoeff=0.5859;MLEAC=3240;MLEAF=0.62;AN=858;AC=543 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:1,59:60:99:1|1:180277_G_A:2637,166,0 1|1:0,61:61:99:1|1:180277_G_A:2717,184,0 0|1:8,54:62:99:0|1:180309_A_C:2364,0,158 0|1:21,43:64:99:0|1:180277_G_A:1876,0,768 1|1:1,66:67:99:1|1:180264_A_C:2954,160,0 0|1:51,5:56:56:0|1:180277_G_A:56,0,2126 1|1:0,54:54:99:1|1:180277_G_A:2442,166,0 1|1:0,74:74:99:1|1:180288_A_C:3486,241,0 0|1:1,58:59:99:0|1:180277_G_A:2384,0,131 1|1:0,58:58:99:1|1:180297_A_G:2651,178,0 0|1:29,12:41:99:0|1:180277_G_A:399,0,1174 1|1:0,56:56:99:1|1:180299_G_C:2498,172,0 0|1:30,42:72:99:0|1:180288_A_C:1736,0,1211 0|1:27,14:41:99:0|1:180297_A_G:546,0,1118 1|1:0,24:24:72:1|1:180288_A_C:1080,72,0 1|1:0,35:35:99:1|1:180264_A_C:1575,105,0 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360 1|1:2,30:32:12:1|1:180264_A_C:1350,12,0 1|1:0,25:25:87:1|1:180264_A_C:1278,87,0 1|1:0,32:32:96:1|1:180264_A_C:1440,96,0 0|1:44,19:63:99:0|1:180277_G_A:659,0,1846 1|1:0,72:72:99:1|1:180264_A_C:3420,232,0 1|1:0,215:215:99:1|1:180277_G_A:9887,662,0 1|1:0,70:70:99:1|1:180264_A_C:3279,220,0 0|0:33,0:33:85:.:.:0,85,827 1|0:89,45:134:99:0|1:180285_G_T:1604,0,3641 0|1:0,12:12:6:0|1:180264_A_C:501,0,6 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,234 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,44:44:99:1|1:180264_A_C:2070,138,0 1|1:0,125:125:99:1|1:180288_A_C:5814,391,0 1|1:6,100:106:58:1|1:180297_A_G:4336,58,0 1|0:17,41:58:99:0|1:180285_G_T:1690,0,587 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1499 0|1:60,46:106:99:.:.:1765,0,2579 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|1:20,30:50:99:0|1:180277_G_A:1140,0,773 1|0:31,46:77:99:0|1:180288_A_C:1907,0,1202 1|0:17,42:59:99:0|1:180297_A_G:1709,0,629 1|1:0,122:122:99:1|1:180277_G_A:5575,376,0 1|0:87,29:116:99:0|1:180288_A_C:947,0,3692 1|1:0,62:62:99:1|1:180264_A_C:2903,199,0 1|0:141,142:283:99:0|1:180264_A_C:5563,0,5560 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|1:36,85:121:99:0|1:180297_A_G:3503,0,1253 0|1:34,68:102:99:0|1:180288_A_C:2778,0,1211 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|1:68,22:90:99:.:.:717,0,2702 1|1:3,98:101:99:1|1:180288_A_C:4484,184,0 0|1:13,15:28:99:0|1:180264_A_C:588,0,543 1|1:0,131:131:99:1|1:180277_G_A:6028,403,0 0|1:37,209:246:99:0|1:180277_G_A:8865,0,946 1|1:1,158:159:99:1|1:180288_A_C:7110,437,0 1|1:4,65:69:34:1|1:180277_G_A:2817,34,0 1|0:95,52:147:99:0|1:180311_C_A:1883,0,3849 1|1:0,88:88:99:1|1:180277_G_A:3929,265,0 0|1:69,15:84:99:0|1:180264_A_C:419,0,2880 1|0:75,8:83:98:0|1:180297_A_G:98,0,3273 1|1:0,156:156:99:1|1:180277_G_A:7267,488,0 1|0:115,36:151:99:0|1:180277_G_A:1124,0,5761 1|0:112,40:152:99:0|1:180277_G_A:1356,0,4688 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1159 1|0:54,60:114:99:.:.:2350,0,1948 1|0:38,102:140:99:0|1:180288_A_C:4170,0,1304 1|1:0,91:91:99:1|1:180288_A_C:4122,277,0 1|1:0,67:67:99:1|1:180277_G_A:3060,205,0 1|1:1,77:78:99:1|1:180288_A_C:3388,190,0 1|1:0,65:65:99:1|1:180264_A_C:3015,202,0 1|1:1,52:53:99:1|1:180288_A_C:2340,118,0 1|1:0,146:146:99:1|1:180264_A_C:6649,446,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,237:240:99:1|1:180277_G_A:10873,612,0 1|1:0,91:91:99:1|1:180288_A_C:4091,277,0 1|1:0,63:63:99:1|1:180277_G_A:2790,190,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1234 0|1:8,90:98:62:0|1:180288_A_C:3790,0,62 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,52:52:99:1|1:180264_A_C:2376,160,0 1|1:0,149:149:99:1|1:180297_A_G:6733,452,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,235:235:99:1|1:180264_A_C:10755,719,0 0|1:106,98:204:99:0|1:180288_A_C:3823,0,4286 1|1:0,73:73:99:1|1:180288_A_C:3330,223,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,188:188:99:1|1:180264_A_C:8533,572,0 1|1:0,149:149:99:1|1:180297_A_G:6953,470,0 1|1:0,143:143:99:1|1:180288_A_C:6560,442,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,113:113:99:1|1:180288_A_C:5156,346,0 0|1:59,50:109:99:0|1:180277_G_A:1958,0,2324 0|1:10,61:71:99:0|1:180299_G_C:2531,0,261 1|1:9,157:166:99:1|1:180264_A_C:6858,110,0 1|1:0,190:190:99:1|1:180277_G_A:8517,577,0 1|1:0,192:192:99:1|1:180288_A_C:8775,587,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 0|1:19,239:258:63:0|1:180299_G_C:10005,0,63 1|1:0,175:175:99:1|1:180264_A_C:7873,530,0 1|1:0,106:106:99:1|1:180288_A_C:4995,334,0 0|1:134,16:150:99:0|1:180297_A_G:259,0,5649 0|1:43,69:114:99:.:.:2886,0,1586 1|1:4,228:232:99:1|1:180264_A_C:10150,524,0 1|0:71,86:157:99:0|1:180277_G_A:3545,0,2704 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|0:14,174:188:49:0|1:180309_A_C:7443,0,49 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,188:191:99:1|1:180297_A_G:8252,456,0 1|1:0,235:235:99:1|1:180277_G_A:10609,713,0 0|1:72,104:176:99:0|1:180299_G_C:4304,0,2668 1|1:0,243:243:99:1|1:180277_G_A:10989,743,0 1|1:0,190:190:99:1|1:180264_A_C:8771,590,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,199:199:99:1|1:180277_G_A:9055,608,0 1|1:0,257:257:99:1|1:180264_A_C:11694,786,0 1|0:44,110:154:99:0|1:180288_A_C:4598,0,1507 0|1:148,72:220:99:0|1:180277_G_A:2517,0,6050 0|1:57,75:132:99:0|1:180309_A_C:3070,0,2184 1|1:0,204:204:99:1|1:180277_G_A:9173,626,0 1|0:62,159:221:99:0|1:180288_A_C:6343,0,2164 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,173:173:99:1|1:180288_A_C:7735,527,0 1|1:0,182:182:99:1|1:180264_A_C:8398,563,0 1|1:0,183:183:99:1|1:180297_A_G:8505,569,0 0|0:235,17:252:29:0|1:180264_A_C:0,29,10097 0|1:42,128:170:99:0|1:180299_G_C:5361,0,1408 1|1:0,208:208:99:1|1:180264_A_C:9467,635,0 1|1:0,159:159:99:1|1:180288_A_C:7290,497,0 1|0:83,40:123:99:0|1:180277_G_A:1553,0,3381 1|1:6,98:104:52:.:.:4222,52,0 1|0:174,29:203:99:0|1:180288_A_C:673,0,7435 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,228:228:99:1|1:180277_G_A:10389,698,0 1|1:5,139:144:99:1|1:180288_A_C:6103,214,0 0|1:104,99:203:99:0|1:180288_A_C:3830,0,4108 0|1:102,128:230:99:0|1:180288_A_C:5098,0,4063 1|1:0,213:213:99:1|1:180264_A_C:9765,653,0 1|1:0,204:204:99:1|1:180277_G_A:9315,623,0 1|1:0,161:161:99:1|1:180277_G_A:7274,488,0 1|1:0,214:214:99:1|1:180277_G_A:9715,653,0 1|1:0,134:134:99:1|1:180277_G_A:6171,415,0 0|1:111,54:165:99:0|1:180299_G_C:1930,0,4470 1|1:3,228:231:99:1|1:180277_G_A:10305,572,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,149:149:99:1|1:180264_A_C:6938,467,0 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,112:112:99:1|1:180277_G_A:5142,346,0 1|1:0,81:81:99:1|1:180264_A_C:3645,244,0 1|1:0,218:218:99:1|1:180288_A_C:10021,671,0 1|0:17,63:80:99:0|1:180299_G_C:2704,0,519 1|1:0,162:162:99:1|1:180288_A_C:7519,506,0 1|1:0,162:162:99:1|1:180277_G_A:7343,494,0 1|1:0,73:73:99:1|1:180297_A_G:3375,226,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,160:160:99:1|1:180288_A_C:7226,488,0 1|1:0,96:96:99:1|1:180277_G_A:4283,289,0 1|0:33,88:121:99:0|1:180158_ACT_A:3661,0,2092 1|0:82,24:106:99:0|1:180285_G_T:755,0,3409 1|1:7,179:186:99:1|1:180277_G_A:7792,259,0 1|1:0,187:187:99:.:.:8545,575,0 0|1:39,144:183:99:0|1:180264_A_C:6100,0,1228 1|1:0,175:175:99:1|1:180277_G_A:8040,539,0 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,169 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755 1|1:1,162:163:99:1|1:180277_G_A:7061,194,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,103:103:99:1|1:180277_G_A:4708,316,0 1|1:0,128:128:99:1|1:180288_A_C:5815,391,0 1|1:0,135:135:99:1|1:180288_A_C:6030,409,0 0|1:71,96:167:99:0|1:180288_A_C:3895,0,2753 1|1:0,107:107:99:1|1:180297_A_G:5085,340,0 1|1:0,169:169:99:1|1:180288_A_C:7877,535,0 1|1:0,115:115:99:1|1:180277_G_A:5104,346,0 0|1:30,54:84:99:0|1:180285_G_T:2300,0,1130 1|1:2,64:66:99:1|1:180288_A_C:2790,109,0 0|1:47,79:126:99:0|1:180264_A_C:3266,0,1769 1|1:3,128:131:99:1|1:180299_G_C:5777,232,0 1|0:36,184:220:99:0|1:180299_G_C:7699,0,978 1|0:66,28:94:99:0|1:180299_G_C:974,0,2686 1|1:6,88:94:25:1|1:180285_G_T:3855,25,0 1|1:0,94:94:99:1|1:180277_G_A:4275,286,0 1|1:0,254:254:99:1|1:180264_A_C:11708,786,0 1|1:0,170:170:99:1|1:180264_A_C:8056,545,0 0|0:119,6:125:82:0|1:180297_A_G:0,82,5291 1|1:0,143:143:99:1|1:180277_G_A:6501,439,0 1|1:0,213:213:99:1|1:180277_G_A:9435,647,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,121:126:99:1|1:180285_G_T:5342,166,0 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,99:103:99:1|1:180288_A_C:4452,145,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,80:80:99:1|1:180264_A_C:3735,250,0 1|1:2,88:90:99:1|1:180277_G_A:3973,190,0 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,123:123:99:1|1:180288_A_C:5580,373,0 1|1:0,160:160:99:1|1:180299_G_C:7412,497,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|1:58,108:166:99:0|1:180288_A_C:4450,0,2175 1|1:0,104:104:99:1|1:180277_G_A:4802,322,0 1|1:0,74:74:99:1|1:180299_G_C:3420,229,0 1|1:0,97:97:99:1|1:180297_A_G:4455,298,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|1:52,51:103:99:0|1:180288_A_C:1929,0,2098 1|0:58,55:113:99:0|1:180264_A_C:2207,0,2432 1|1:0,163:163:99:1|1:180277_G_A:7366,502,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,171:171:99:1|1:180277_G_A:7804,524,0 0|1:178,25:203:99:0|1:180288_A_C:502,0,7567 1|1:0,115:115:99:1|1:180277_G_A:5310,355,0 0|1:58,9:67:99:0|1:180288_A_C:203,0,2365 1|0:34,154:188:99:0|1:180277_G_A:6509,0,994 1|1:1,97:98:99:1|1:180264_A_C:4438,259,0 0|1:33,72:105:99:0|1:180288_A_C:2887,0,1169 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,4:68:6:0|1:180288_A_C:0,6,2720 1|1:1,125:126:99:1|1:180288_A_C:5652,340,0 1|0:51,20:71:99:0|1:180297_A_G:728,0,2078 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|0:37,29:66:99:0|1:180297_A_G:1106,0,1466 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,98:98:99:1|1:180277_G_A:4552,310,0 1|0:82,39:121:99:0|1:180288_A_C:1436,0,3327 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,140:140:99:1|1:180277_G_A:6377,427,0 1|1:0,62:62:99:1|1:180299_G_C:2897,196,0 1|1:0,164:164:99:1|1:180264_A_C:7839,530,0 1|1:0,73:73:99:1|1:180277_G_A:3311,223,0 1|0:127,25:152:99:0|1:180288_A_C:724,0,5419 1|1:0,105:105:99:1|1:180277_G_A:4683,316,0 1|1:0,69:69:99:1|1:180264_A_C:3133,211,0 1|0:10,94:104:99:0|1:180311_C_A:4043,0,128 0|1:15,160:175:99:1|0:180293_C_T:6786,0,221 1|1:0,92:92:99:1|1:180264_A_C:4306,295,0 0|1:1,6:7:21:0|1:180264_A_C:291,0,21 1|0:82,98:180:99:0|1:180158_ACT_A:3899,0,3391 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,163:164:99:1|1:180277_G_A:7618,479,0 1|1:0,89:89:99:1|1:180288_A_C:4121,277,0 1|1:0,181:181:99:1|1:180277_G_A:8415,563,0 0|1:112,9:121:2:.:.:2,0,4411 1|1:0,184:184:99:1|1:180288_A_C:8428,566,0 1|0:8,40:48:99:0|1:180288_A_C:1628,0,216 1|1:0,23:23:78:1|1:180277_G_A:1157,78,0 1|1:0,89:89:99:1|1:180288_A_C:4050,271,0 1|0:96,220:316:99:0|1:180299_G_C:9132,0,3354 1|1:0,127:127:99:1|1:180288_A_C:5733,388,0 1|1:8,191:199:99:1|1:180264_A_C:8376,223,0 1|0:15,2:17:30:0|1:180297_A_G:30,0,750 1|1:0,56:56:99:1|1:180277_G_A:2665,181,0 0|1:133,22:155:99:0|1:180288_A_C:540,0,5641 1|1:1,104:105:99:1|1:180288_A_C:4680,274,0 1|1:0,75:75:99:1|1:180277_G_A:3382,229,0 1|0:45,59:104:99:0|1:180299_G_C:2367,0,1773 1|1:0,84:84:99:1|1:180264_A_C:3838,259,0 0|1:5,13:18:99:0|1:180288_A_C:531,0,197 1|1:0,79:79:99:1|1:180277_G_A:3645,247,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,131:131:99:1|1:180277_G_A:5868,397,0 1|0:6,28:34:99:0|1:180285_G_T:1158,0,168 1|0:70,125:195:99:0|1:180277_G_A:5183,0,2635 1|1:0,110:110:99:1|1:180264_A_C:4950,331,0 1|0:82,148:230:99:0|1:180288_A_C:6070,0,3154 0|1:114,124:238:99:0|1:180288_A_C:4914,0,4576 1|1:0,232:232:99:1|1:180277_G_A:10722,719,0 0|1:16,199:215:61:0|1:180288_A_C:8439,0,61 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,294:294:99:1|1:180277_G_A:13623,912,0 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|1:98,145:243:99:0|1:180264_A_C:5844,0,3840 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,242:242:99:1|1:180297_A_G:11509,777,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,230:231:99:1|1:180264_A_C:10335,349,0 1|1:0,316:316:99:1|1:180277_G_A:14625,978,0 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,204:204:99:1|1:180277_G_A:9089,614,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620 1|0:42,155:197:99:0|1:180277_G_A:6599,0,1321 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|0:106,85:191:99:0|1:180264_A_C:3484,0,4400 1|1:0,94:94:99:1|1:180277_G_A:4201,286,0 1|1:0,132:132:99:1|1:180277_G_A:6007,406,0 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,53:53:99:1|1:180277_G_A:2458,166,0 1|1:0,117:117:99:1|1:180299_G_C:5380,361,0 0|0:153,0:153:63:.:.:0,63,4485 1|1:0,129:129:99:1|1:180288_A_C:5874,394,0 1|1:0,241:241:99:1|1:180277_G_A:10939,737,0 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,239:239:99:1|1:180277_G_A:11340,759,0 1|1:0,203:204:99:.:.:9064,614,0 1|1:0,625:625:99:1|1:180277_G_A:28047,1887,0 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800 0|1:41,53:94:99:0|1:180277_G_A:2218,0,1548 1|1:0,32:32:99:1|1:180277_G_A:1485,99,0 1|1:2,122:124:99:1|1:180277_G_A:5580,295,0 0|1:111,7:118:11:0|1:180299_G_C:11,0,4780 1|1:1,172:173:99:1|1:180297_A_G:7920,491,0 1|1:0,225:225:99:1|1:180297_A_G:10330,692,0 1|1:0,563:563:99:1|1:180277_G_A:25422,1709,0 1|0:64,95:159:99:0|1:180288_A_C:3889,0,2434 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,306:306:99:1|1:180264_A_C:14234,960,0 1|1:0,586:586:99:1|1:180277_G_A:26853,1803,0 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,161:161:99:1|1:180277_G_A:7269,491,0 1|1:0,64:64:99:1|1:180277_G_A:2865,193,0 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,71:73:99:1|1:180297_A_G:3240,139,0 0|0:277,17:294:99:0|1:180309_A_C:0,126,11790 1|1:6,214:220:99:1|1:180277_G_A:9268,350,0 1|1:0,223:223:99:1|1:180288_A_C:10493,686,0 1|1:1,229:230:99:1|1:180288_A_C:10543,668,0 1|1:6,277:283:99:1|1:180288_A_C:12594,534,0 1|1:0,279:279:99:1|1:180264_A_C:12930,870,0 1|1:0,238:238:99:1|1:180277_G_A:11121,747,0 0|1:212,37:249:99:0|1:180277_G_A:900,0,8979 1|1:12,231:243:99:1|1:180277_G_A:9861,176,0 1|1:2,403:405:99:1|1:180288_A_C:18189,1147,0 1|1:2,117:119:99:1|1:180288_A_C:5195,271,0 1|0:145,280:425:99:0|1:180288_A_C:11465,0,5333 1|1:0,36:36:99:1|1:180277_G_A:1620,108,0 1|1:14,303:317:99:1|1:180277_G_A:13049,336,0 0|1:90,229:319:99:0|1:180277_G_A:9508,0,3147 1|1:0,218:218:99:1|1:180277_G_A:10072,677,0 1|1:0,291:291:99:1|1:180277_G_A:13276,894,0 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,259:259:99:1|1:180277_G_A:11963,804,0 1|1:0,185:185:99:1|1:180277_G_A:8415,566,0 1|1:1,177:178:99:1|1:180277_G_A:7993,497,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,104:104:99:1|1:180277_G_A:4694,316,0 1|1:5,239:244:99:1|1:180277_G_A:10850,545,0 1|1:5,96:101:79:1|1:180277_G_A:4095,79,0 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800 0|0:587,0:587:99:.:.:0,120,1800 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 1|0:25,225:250:99:.:.:9653,0,348 1|1:4,232:236:99:1|1:180277_G_A:10716,566,0 1|0:43,133:176:99:0|1:180288_A_C:5551,0,1396 0|1:175,74:249:99:0|1:180277_G_A:2614,0,7176 1|0:132,15:147:99:0|1:180297_A_G:230,0,5485 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 0|1:34,8:42:99:0|1:180309_A_C:260,0,1441 0|1:30,224:254:99:0|1:180288_A_C:9524,0,687 0|0:649,0:649:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,223:232:99:1|1:180277_G_A:9588,293,0 0|0:215,13:228:99:0|1:180277_G_A:0,128,9495 1|0:41,261:302:99:.:.:10721,0,910 0|1:62,63:125:99:0|1:180309_A_C:2432,0,2417 1|0:17,224:241:12:0|1:180288_A_C:9438,0,12 0|1:189,20:209:99:0|1:180288_A_C:295,0,8125 1|1:11,280:291:99:.:.:12394,363,0 0|1:150,22:172:99:0|1:180300_G_A:463,0,6276 0|1:271,291:562:99:0|1:180288_A_C:11383,0,10519 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800 0|0:575,0:575:99:.:.:0,120,1800 0|1:31,66:97:99:.:.:2768,0,1083 1|1:3,337:340:99:1|1:180288_A_C:14946,888,0 1|1:3,398:401:99:1|1:180277_G_A:18212,1105,0 1|0:40,245:285:99:0|1:180288_A_C:10475,0,996 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530 0|1:77,76:153:99:0|1:180288_A_C:3018,0,3166 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,237:237:99:1|1:180264_A_C:10927,737,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,189:189:99:1|1:180288_A_C:8668,584,0 1|1:0,230:230:99:1|1:180277_G_A:10500,704,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,274:274:99:1|1:180277_G_A:12376,837,0 1|1:0,236:236:99:1|1:180277_G_A:10871,737,0 1|1:0,82:82:99:1|1:180264_A_C:3814,256,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,181:181:99:1|1:180277_G_A:8305,560,0 1|1:0,207:207:99:1|1:180277_G_A:9803,659,0 1|1:0,229:229:99:1|1:180277_G_A:10421,701,0 1|1:0,120:120:99:1|1:180277_G_A:5360,361,0 1|1:0,276:276:99:1|1:180277_G_A:12870,861,0 1|1:0,300:300:99:1|1:180288_A_C:13884,933,0 1|1:0,269:269:99:1|1:180277_G_A:12047,810,0 1|1:0,73:73:99:1|1:180277_G_A:3330,223,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,68:68:99:1|1:180277_G_A:3023,205,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395 1|1:0,291:291:99:1|1:180277_G_A:13155,888,0 1|1:0,271:271:99:1|1:180277_G_A:12109,816,0 1|1:0,249:249:99:1|1:180277_G_A:11169,750,0 1|1:0,22:22:66:1|1:180277_G_A:966,66,0 1|1:0,198:198:99:1|1:180277_G_A:8835,596,0 1|1:0,260:260:99:1|1:180277_G_A:11628,783,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,220:220:99:1|1:180277_G_A:9832,662,0 1|1:0,200:200:99:1|1:180277_G_A:8895,602,0 1|1:0,223:223:99:1|1:180288_A_C:10179,683,0 1|1:0,205:205:99:1|1:180277_G_A:9269,623,0 0|1:24,248:272:99:0|1:180299_G_C:10623,0,282 1|1:0,222:222:99:1|1:180264_A_C:10172,683,0 1|1:0,530:530:99:1|1:180288_A_C:24262,1631,0 0|1:53,23:76:99:0|1:180297_A_G:803,0,2178 1|0:183,151:334:99:0|1:180297_A_G:5973,0,7339 1|1:0,670:670:99:1|1:180264_A_C:30566,2056,0 1|0:150,58:208:99:0|1:180288_A_C:2014,0,6262 1|1:0,278:278:99:1|1:180264_A_C:12656,852,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1411 1|1:0,18:18:57:1|1:180297_A_G:844,57,0 1|1:0,394:394:99:1|1:180297_A_G:18270,1222,0 1|1:0,156:156:99:1|1:180277_G_A:7245,485,0 Pf3D7_01_v3 180314 . C A 7.71646e+06 PASS FS=0;MQ=60.44;QD=31.69;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L634I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ctt/Att;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.691;VQSLOD=8.48;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=38.1;GQ_MEAN=159.34;GQ_STDDEV=189.79;HRun=0;InbreedingCoeff=0.738;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.104;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15555247;AF=0.242;AS_InbreedingCoeff=0.2404;MLEAC=1272;MLEAF=0.242;AN=858;AC=112 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:22,45:67:99:0|1:180277_G_A:1789,0,781:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,5:57:50:0|1:180277_G_A:50,0,2199:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1251:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:12,0:12:23:.:.:0,23,319:. 0|0:32,0:32:64:.:.:0,64,915:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:52,10:62:99:0|1:180285_G_T:296,0,2243:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:180277_G_A:9678,650,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1434:. 0|0:35,0:35:70:.:.:0,70,876:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,234:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,80:108:99:0|1:180314_C_A:3392,0,1017:. 0|1:40,16:56:99:.:.:614,0,1599:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1499:. 0|1:90,15:105:99:.:.:375,0,3972:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1333:. 1|0:63,14:77:99:.:.:405,0,2562:. 1|0:17,43:60:99:0|1:180297_A_G:1880,0,575:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,85:119:99:0|1:180297_A_G:3506,0,1211:. 0|1:86,15:101:99:.:.:244,0,3641:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,22:87:99:.:.:694,0,2690:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,10:26:99:.:.:369,0,684:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1234:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1159:. 0|1:80,31:111:99:.:.:1043,0,3253:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,35:53:99:.:.:1397,0,660:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,153:234:99:.:.:3893,0,2180:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:90,3:93:99:0|1:180277_G_A:0,109,3934:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,118:146:99:.:.:4993,0,835:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,24:149:99:.:.:613,0,5156:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,25:70:99:.:.:897,0,1860:. 1|1:9,146:155:77:1|1:180264_A_C:6349,77,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,59:109:99:.:.:2363,0,2003:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,83:160:99:0|1:180297_A_G:3208,0,3022:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,58:172:99:0|1:180297_A_G:2122,0,4755:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:168,30:198:99:.:.:782,0,6926:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,93:156:99:.:.:3637,0,2334:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:1|1:180297_A_G:8460,566,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,42:166:99:.:.:1179,0,5013:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,73:103:99:.:.:3065,0,997:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:1|1:180277_G_A:10238,689,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,63:199:99:0|1:180285_G_T:2180,0,5680:. 0|1:155,69:224:99:0|1:180285_G_T:2478,0,6460:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,223:225:99:1|1:180277_G_A:10335,575,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,211:216:99:1|1:180277_G_A:9391,434,0:. 1|0:31,43:74:99:.:.:1692,0,1225:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,39:69:99:0|1:180314_C_A:1580,0,1265:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,43:156:99:.:.:1378,0,4677:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,37:116:99:0|1:180158_ACT_A:1372,0,4255:. 1|0:97,9:106:83:0|1:180314_C_A:83,0,4088:. 1|0:23,160:183:99:0|1:180297_A_G:6762,0,480:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,172:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:1|1:180277_G_A:4618,310,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,59:163:99:.:.:2156,0,4292:. 1|1:7,98:105:16:1|1:180314_C_A:4320,16,0:. 0|1:110,60:170:99:.:.:1346,0,3201:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,27:131:99:0|1:180297_A_G:885,0,4332:. 1|0:57,157:214:99:.:.:6335,0,1947:. 1|0:85,10:95:99:0|1:180314_C_A:158,0,3623:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,6:124:99:0|1:180297_A_G:0,112,5156:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,41:101:99:0|1:180285_G_T:1491,0,2506:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,141:159:99:.:.:5880,0,328:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,17:165:99:.:.:262,0,6240:. 1|0:20,90:110:99:.:.:3642,0,517:. 1|0:65,7:72:92:.:.:92,0,2775:. 1|1:0,97:97:99:1|1:180297_A_G:4545,304,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:1|1:180277_G_A:7730,521,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:1|1:180277_G_A:5130,343,0:. 0|1:62,5:67:23:0|1:180277_G_A:23,0,2574:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,20:67:99:0|1:180297_A_G:692,0,1997:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:1|1:180277_G_A:4583,313,0:. 1|0:107,13:120:99:.:.:236,0,4569:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:1|1:180277_G_A:6273,421,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:180299_G_C:2762,187,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1138:. 1|0:136,16:152:99:0|1:180285_G_T:242,0,5746:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,93:103:99:0|1:180311_C_A:3875,0,140:. 0|0:184,0:184:70:.:.:0,70,4260:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,216:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:180277_G_A:8370,560,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,24:24:72:1|1:180277_G_A:1067,72,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,212:314:99:.:.:5718,0,3701:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,10:150:33:0|1:180277_G_A:0,33,6091:. 0|0:96,9:105:50:.:.:0,50,3632:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,1:15:6:0|1:180314_C_A:0,6,702:. 0|1:40,38:78:99:0|1:180297_A_G:1440,0,1661:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,27:33:99:0|1:180285_G_T:1158,0,168:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,279:280:99:.:.:12903,831,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,853:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,316:316:99:1|1:180277_G_A:14670,981,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:161,28:189:99:.:.:710,0,6760:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1705:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,237:242:99:1|1:180314_C_A:10980,540,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:753,0:753:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,50:95:99:0|1:180297_A_G:2038,0,1706:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,177:178:99:1|1:180297_A_G:8010,497,0:. 1|1:2,230:232:99:1|1:180314_C_A:10519,626,0:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:657,0:657:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,71:73:99:1|1:180297_A_G:3105,130,0:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,214:285:99:.:.:8833,0,2399:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:481,0:481:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,11:38:99:0|1:180277_G_A:412,0,1065:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,16:179:99:.:.:161,0,6831:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:587,0:587:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,226:234:99:.:.:9948,320,0:. 1|0:49,127:176:99:.:.:5194,0,1714:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:649,0:649:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:575,0:575:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,58:97:99:0|1:180314_C_A:2460,0,1493:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,396:399:99:1|1:180277_G_A:17829,1081,0:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,273:273:99:1|1:180277_G_A:12915,864,0:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:709,0:709:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1411:. 1|1:0,19:19:57:1|1:180297_A_G:844,57,0:. 1|1:5,384:389:99:1|1:180277_G_A:17910,1003,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180317 . A G 7.32356e+06 PASS FS=0;MQ=60.37;QD=30.09;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R635G;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aga/Gga;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.698;VQSLOD=8.43;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=28.57;GQ_MEAN=194.95;GQ_STDDEV=197.07;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6485;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.156;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15432652;AF=0.169;AS_InbreedingCoeff=0.5952;MLEAC=886;MLEAF=0.169;AN=858;AC=260 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:9,54:63:99:0|1:180309_A_C:2219,0,180:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:1,68:69:99:1|1:180264_A_C:3030,172,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1251:. 1|1:4,72:76:64:1|1:180264_A_C:3022,64,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:28,42:70:99:0|1:180288_A_C:1704,0,1170:. 0|1:33,14:47:99:0|1:180297_A_G:514,0,1230:. 1|1:0,24:24:75:1|1:180288_A_C:1125,75,0:. 1|1:0,32:32:99:1|1:180264_A_C:1495,102,0:. 0|0:11,0:11:2:.:.:0,2,286:. 1|1:2,30:32:9:1|1:180264_A_C:1248,9,0:. 1|1:0,20:20:72:1|1:180264_A_C:1053,72,0:. 1|1:0,32:32:96:1|1:180264_A_C:1423,96,0:. 0|1:11,52:63:99:.:.:1358,0,292:. 1|1:0,73:73:99:1|1:180264_A_C:3242,226,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1434:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:119,16:135:99:0|1:180300_G_A:284,0,5042:. 0|1:1,12:13:6:0|1:180264_A_C:501,0,6:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1596,168,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:180264_A_C:2089,144,0:. 1|0:67,58:125:99:0|1:180264_A_C:2186,0,2394:. 1|0:82,29:111:99:.:.:792,0,3521:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1499:. 0|1:86,20:106:99:.:.:544,0,3655:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1333:. 1|0:44,29:73:99:0|1:180309_A_C:1128,0,1693:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,29:113:99:0|1:180288_A_C:950,0,3650:. 1|1:0,66:66:99:1|1:180264_A_C:2900,205,0:. 1|0:134,137:271:99:0|1:180264_A_C:5347,0,5408:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,32:96:99:.:.:1232,0,2516:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1277:. 1|1:3,96:99:99:1|1:180288_A_C:4155,169,0:. 0|1:21,5:26:99:0|1:180309_A_C:147,0,867:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,154:243:99:0|1:180300_G_A:5738,0,3309:. 1|1:1,149:150:99:1|1:180288_A_C:6611,407,0:. 1|1:3,63:66:64:1|1:180277_G_A:2664,64,0:. 1|0:99,51:150:99:0|1:180311_C_A:1849,0,3935:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1234:. 0|1:66,14:80:99:0|1:180264_A_C:431,0,2694:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,47:146:99:.:.:1684,0,2658:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1305,147,0:. 1|0:85,25:110:99:.:.:762,0,3509:. 1|0:18,116:134:99:.:.:3958,0,398:. 0|1:21,66:87:99:.:.:1615,0,586:. 1|1:0,66:66:99:1|1:180277_G_A:3015,202,0:. 0|1:35,41:76:99:0|1:180264_A_C:1508,0,1285:. 1|1:0,62:62:99:1|1:180264_A_C:2846,193,0:. 0|1:35,18:53:99:.:.:638,0,1464:. 1|1:0,141:141:99:1|1:180264_A_C:6499,436,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,11:88:56:.:.:56,0,2036:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1234:. 0|1:12,77:89:99:.:.:3330,0,246:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:180264_A_C:2313,157,0:. 1|0:119,28:147:99:0|1:180309_A_C:779,0,4934:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,228:228:99:1|1:180264_A_C:10423,698,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,55:67:99:0|1:180264_A_C:2372,0,326:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:180264_A_C:8196,554,0:. 1|0:24,125:149:99:.:.:5131,0,626:. 0|1:33,110:143:99:.:.:2644,0,590:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,69:111:99:0|1:180264_A_C:2952,0,1709:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,20:67:99:.:.:491,0,1756:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:162,29:191:99:0|1:180300_G_A:766,0,6557:. 1|1:2,186:188:99:1|1:180264_A_C:8407,488,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:10,87:97:99:0|1:180264_A_C:3788,0,188:. 0|1:136,11:147:99:0|1:180309_A_C:106,0,5616:. 1|0:99,9:108:65:.:.:65,0,4340:. 1|1:4,217:221:99:1|1:180264_A_C:9755,506,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,172:186:61:0|1:180309_A_C:7127,0,61:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,35:169:99:.:.:453,0,5551:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:180264_A_C:8279,562,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,251:251:99:1|1:180264_A_C:11493,777,0:. 0|0:144,12:156:1:.:.:0,1,5465:. 1|1:1,223:224:99:.:.:7323,662,0:. 0|0:125,8:133:52:.:.:0,52,5257:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:199,15:214:58:.:.:58,0,8518:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:145,18:163:99:0|1:180264_A_C:279,0,6339:. 1|1:0,183:183:99:1|1:180264_A_C:8105,554,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,54:163:99:.:.:1913,0,4056:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,68:150:99:.:.:2529,0,1985:. 1|0:57,67:124:99:.:.:1477,0,2193:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1500:. 1|0:179,27:206:99:0|1:180288_A_C:670,0,7363:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,125:131:99:.:.:3198,209,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,89:144:99:0|1:180297_A_G:3491,0,1956:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:193,26:219:25:.:.:25,0,7806:. 1|1:0,204:204:99:1|1:180264_A_C:9360,626,0:. 1|1:0,203:203:99:1|1:180277_G_A:9316,626,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:180277_G_A:6028,409,0:. 0|1:128,34:162:99:.:.:977,0,5452:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:180264_A_C:6455,436,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:180264_A_C:3593,247,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,14:73:99:.:.:369,0,2507:. 1|1:0,163:163:99:1|1:180288_A_C:7323,500,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,31:71:99:0|1:180288_A_C:1161,0,1628:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,38:116:99:0|1:180158_ACT_A:1311,0,4010:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:133,52:185:99:.:.:1319,0,4428:. 0|1:140,39:179:99:.:.:513,0,5884:. 1|1:7,163:170:99:1|1:180309_A_C:7087,208,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,244:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:1,153:154:99:1|1:180277_G_A:6589,166,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:180288_A_C:5513,373,0:. 0|1:71,56:127:99:0|1:180264_A_C:2170,0,2840:. 0|1:135,28:163:99:0|1:180309_A_C:811,0,5567:. 0|0:97,7:104:13:0|1:180309_A_C:0,13,4275:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,47:64:99:0|1:180297_A_G:1998,0,563:. 0|1:47,82:129:99:0|1:180264_A_C:3210,0,1816:. 0|1:51,76:127:99:.:.:2655,0,1584:. 0|1:195,17:212:92:.:.:92,0,8261:. 0|0:88,5:93:25:0|1:180317_A_G:0,25,3803:. 1|1:6,86:92:7:1|1:180285_G_T:3551,7,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,250:250:99:1|1:180264_A_C:11355,768,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:180264_A_C:7715,527,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,11:124:47:0|1:180317_A_G:47,0,4249:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,52:95:99:0|1:180309_A_C:2179,0,1705:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:1|1:180264_A_C:3402,229,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:180288_A_C:5524,373,0:. 0|1:141,18:159:99:0|1:180309_A_C:322,0,5929:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,84:163:99:.:.:3332,0,3058:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,64:71:95:.:.:2715,0,95:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,77:99:99:1|0:180305_G_A:2921,0,705:. 1|0:60,53:113:99:0|1:180264_A_C:2081,0,2441:. 0|0:143,16:159:82:.:.:0,82,3883:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:178,25:203:99:0|1:180288_A_C:516,0,7732:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,153:185:99:0|1:180277_G_A:6350,0,880:. 1|1:1,94:95:99:1|1:180264_A_C:4094,241,0:. 0|0:99,6:105:49:0|1:180264_A_C:0,49,4153:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,5:67:3:0|1:180288_A_C:0,3,2675:. 1|0:93,35:128:99:0|1:180264_A_C:1183,0,3756:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,27:65:99:.:.:880,0,1484:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:1|1:180264_A_C:7238,491,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1138:. 0|1:137,12:149:55:0|1:180297_A_G:55,0,5800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:180264_A_C:3115,211,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,77:174:99:.:.:1879,0,2896:. 1|1:0,93:93:99:1|1:180264_A_C:4245,291,0:. 0|1:1,5:6:24:0|1:180264_A_C:249,0,24:. 1|0:119,52:171:99:0|1:180158_ACT_A:1322,0,4772:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,83:167:99:0|1:180300_G_A:3060,0,3202:. 1|0:80,11:91:99:0|1:180264_A_C:206,0,3137:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,181:184:99:1|1:180264_A_C:7826,437,0:. 1|0:40,6:46:99:0|1:180264_A_C:129,0,1683:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 1|1:5,80:85:40:1|1:180264_A_C:3494,40,0:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,43:129:99:0|1:180264_A_C:1440,0,3435:. 1|1:7,191:198:99:1|1:180264_A_C:8451,305,0:. 1|0:16,2:18:30:0|1:180297_A_G:30,0,723:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,11:144:64:0|1:180309_A_C:64,0,6094:. 1|0:46,57:103:99:.:.:2168,0,1657:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:180264_A_C:3777,256,0:. 1|0:8,6:14:99:.:.:225,0,386:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,117:118:99:1|1:180264_A_C:5160,330,0:. 1|0:87,155:242:99:0|1:180288_A_C:6143,0,3271:. 0|1:115,131:246:99:0|1:180288_A_C:5051,0,4770:. 1|1:0,231:231:99:1|1:180277_G_A:10499,710,0:. 1|0:105,119:224:99:.:.:4392,0,3953:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,149:249:99:0|1:180264_A_C:5909,0,3721:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,221:222:99:1|1:180264_A_C:9835,319,0:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:39,148:187:99:0|1:180277_G_A:6065,0,1224:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,55:184:99:0|1:180309_A_C:1936,0,5407:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1705:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,81:113:99:.:.:3337,0,1086:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,133:136:99:1|1:180264_A_C:5771,274,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:753,0:753:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:3,121:124:99:1|1:180300_G_A:5279,243,0:. 0|0:110,8:118:27:0|1:180299_G_C:0,27,4682:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,91:156:99:0|1:180264_A_C:3374,0,2453:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,300:300:99:1|1:180264_A_C:13552,921,0:. 1|1:0,583:583:99:1|1:180277_G_A:26231,1770,0:. 1|0:127,157:284:99:.:.:4249,0,3566:. 1|1:1,486:487:99:.:.:15192,1444,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,573:574:99:1|1:180317_A_G:23986,1693,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:273,16:289:99:0|1:180309_A_C:0,110,11855:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,220:221:99:1|1:180288_A_C:9846,647,0:. 1|1:1,232:233:99:1|1:180288_A_C:10284,659,0:. 1|0:245,39:284:99:.:.:833,0,10155:. 1|1:0,281:281:99:1|1:180264_A_C:12578,854,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,212:250:99:.:.:6217,0,1001:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,399:403:99:1|1:180264_A_C:17705,1053,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,281:429:99:.:.:10327,0,5332:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1361:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:220,88:308:99:.:.:1934,0,9006:. 1|1:0,216:216:99:1|1:180277_G_A:9731,665,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,293:293:99:.:.:12174,881,0:. 1|0:22,234:256:99:0|1:180300_G_A:9583,0,190:. 1|0:133,57:190:99:0|1:180300_G_A:1968,0,5267:. 1|0:127,52:179:99:0|1:180300_G_A:1802,0,5018:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,232:235:99:.:.:7578,570,0:. 0|1:95,8:103:44:0|1:180300_G_A:44,0,3898:. 0|1:54,189:243:99:.:.:7665,0,1716:. 0|1:62,36:98:99:.:.:1286,0,2578:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:587,0:587:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,16:149:57:.:.:57,0,5406:. 0|1:272,220:492:99:.:.:5613,0,7995:. 1|0:32,221:253:99:.:.:6471,0,689:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,176:259:99:.:.:6741,0,2894:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,7:44:99:0|1:180300_G_A:141,0,1549:. 0|1:30,224:254:99:0|1:180288_A_C:9325,0,609:. 0|0:649,0:649:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,295:306:99:1|1:180288_A_C:12594,426,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,569:571:99:.:.:19158,1642,0:. 0|0:96,6:102:99:.:.:0,118,4116:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,164:279:99:0|1:180297_A_G:6577,0,4272:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:80,75:155:99:0|1:180288_A_C:2894,0,3214:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:1|1:180264_A_C:11012,746,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,114:194:99:0|1:180264_A_C:4519,0,2945:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,83:83:99:1|1:180264_A_C:3770,256,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,282:294:99:1|1:180264_A_C:12079,334,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,163:237:99:0|1:180264_A_C:6138,0,2590:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,228:229:99:1|1:180264_A_C:10214,669,0:. 0|1:235,310:545:99:0|1:180264_A_C:11661,0,8920:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,698:698:99:1|1:180264_A_C:31037,2107,0:. 1|1:1,204:205:99:.:.:7564,621,0:. 1|1:0,290:290:99:1|1:180264_A_C:12840,873,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1411:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180328 . G A 1.08951e+07 PASS FS=0;MQ=60.29;QD=26.37;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L638;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttG/ttA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.669;VQSLOD=9.26;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.02;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.999;GC=38.1;GQ_MEAN=146.12;GQ_STDDEV=124.24;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6102;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.602;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14429304;AF=0.326;AS_InbreedingCoeff=0.3427;MLEAC=1716;MLEAF=0.327;AN=858;AC=141 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:47,11:58:99:0|1:180304_G_A:314,0,2008:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1692:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1790:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1251:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:39,29:68:99:0|1:180328_G_A:1065,0,1657:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:32:.:.:0,32,566:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:1,10:11:12:0|1:180328_G_A:417,0,12:. 0|0:32,0:32:64:.:.:0,64,881:. 0|0:24,0:24:38:.:.:0,38,631:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1098:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1412:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1434:. 0|0:34,0:34:76:.:.:0,76,885:. 0|1:44,90:134:99:0|1:180328_G_A:3510,0,1677:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1336:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1195:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:28,84:112:99:0|1:180314_C_A:3570,0,953:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,222:321:99:0|1:180328_G_A:8836,0,3501:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1255:. 1|0:68,44:112:99:0|1:180328_G_A:1645,0,2859:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1333:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,42:57:99:0|1:180297_A_G:1778,0,623:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,87:117:99:0|1:180328_G_A:3573,0,1073:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,79:106:99:0|1:180297_A_G:3386,0,908:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,33:33:99:1|1:180328_G_A:1485,102,0:. 1|0:17,101:118:99:0|1:180328_G_A:4117,0,383:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1277:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:13,11:24:99:.:.:420,0,555:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:63,3:66:73:0|1:180328_G_A:0,73,2815:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1234:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,17:81:99:0|1:180328_G_A:542,0,2625:. 1|0:84,67:151:99:0|1:180300_G_A:2754,0,3475:. 0|1:131,12:143:99:0|1:180328_G_A:107,0,5845:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,21:116:99:0|1:180328_G_A:576,0,3902:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:180328_G_A:3004,205,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:1|1:180264_A_C:2585,175,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1098:. 0|1:115,29:144:99:0|1:180328_G_A:848,0,4783:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:7,151:158:99:1|1:180328_G_A:6427,167,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,7:68:95:.:.:95,0,2468:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:9,84:93:99:0|1:180264_A_C:3794,0,104:. 0|0:133,7:140:99:.:.:0,105,5521:. 0|1:13,91:104:99:0|1:180328_G_A:3779,0,301:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,155:160:99:1|1:180328_G_A:6899,270,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:168,35:203:99:0|1:180328_G_A:972,0,7486:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,17:128:99:0|1:180328_G_A:390,0,4712:. 1|0:168,19:187:99:0|1:180297_A_G:264,0,7228:. 0|1:144,58:202:99:0|1:180328_G_A:1973,0,6328:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:1|1:180297_A_G:8548,578,0:. 1|0:18,229:247:55:0|1:180328_G_A:9445,0,55:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,14:154:99:0|1:180328_G_A:154,0,5934:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1500:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:91,95:186:99:0|1:180328_G_A:3629,0,3644:. 1|0:122,98:220:99:0|1:180328_G_A:3671,0,5004:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,150:216:99:0|1:180328_G_A:6006,0,2287:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,18:73:99:0|1:180328_G_A:579,0,2263:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,40:71:99:0|1:180314_C_A:1679,0,1172:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,154:155:99:1|1:180328_G_A:6766,424,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,9:103:92:0|1:180314_C_A:92,0,3925:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,211:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:180328_G_A:4584,316,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,93:102:77:0|1:180314_C_A:4102,0,77:. 0|0:162,12:174:2:0|1:180305_GAT_G:0,2,7011:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,54:89:99:0|1:180285_G_T:2230,0,1284:. 1|0:46,16:62:99:0|1:180277_G_A:528,0,2016:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,10:100:99:0|1:180314_C_A:146,0,3785:. 0|0:84,7:91:21:0|1:180328_G_A:0,21,3646:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:180328_G_A:4510,304,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:180264_A_C:5621,379,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,2:67:99:0|1:180328_G_A:0,124,2966:. 1|1:0,93:93:99:1|1:180297_A_G:4337,292,0:. 0|1:29,38:67:99:0|1:180328_G_A:1530,0,1100:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,85:91:9:1|1:180264_A_C:3697,9,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,180:206:99:0|1:180328_G_A:7476,0,586:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,14:67:99:0|1:180328_G_A:405,0,2188:. 0|1:166,15:181:99:0|1:180328_G_A:118,0,7012:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,16:98:99:0|1:180328_G_A:422,0,3392:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,62:71:99:0|1:180328_G_A:2550,0,185:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,20:68:99:0|1:180297_A_G:692,0,1978:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,31:63:99:0|1:180328_G_A:1172,0,1292:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:94,31:125:99:0|1:180328_G_A:1005,0,3879:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:4,85:89:91:1|1:180328_G_A:3661,91,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:94,4:98:99:0|1:180328_G_A:0,121,4140:. 1|0:154,22:176:99:0|1:180328_G_A:463,0,6679:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:1,5:6:77:0|1:180264_A_C:201,0,77:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:180277_G_A:8444,569,0:. 0|1:92,21:113:99:0|1:180328_G_A:631,0,4172:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,682:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,121:144:99:0|1:180328_G_A:5001,0,700:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:13,2:15:45:0|1:180314_C_A:45,0,566:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,4:38:60:0|1:180328_G_A:60,0,1478:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:161,82:243:99:0|1:180328_G_A:2878,0,6800:. 1|0:128,121:249:99:0|1:180328_G_A:4829,0,5106:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,203:203:99:1|1:180328_G_A:9021,614,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,29:29:93:1|1:180328_G_A:1361,93,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:180328_G_A:10078,683,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,300:300:99:1|1:180277_G_A:13859,930,0:. 1|1:3,220:223:99:1|1:180328_G_A:9891,554,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1705:. 1|1:0,230:230:99:1|1:180328_G_A:10328,704,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,262:262:99:1|1:180328_G_A:11686,798,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:180277_G_A:5497,370,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,230:238:99:1|1:180314_C_A:10194,371,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:753,0:753:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:96:1|1:180277_G_A:1440,96,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1732:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,195:196:99:1|1:180297_A_G:8886,557,0:. 1|1:2,260:262:99:1|1:180314_C_A:11697,708,0:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,60:161:99:0|1:180328_G_A:2180,0,4146:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:639,0:639:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:15,275:290:99:1|1:180328_G_A:11606,154,0:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,269:277:99:1|1:180328_G_A:12109,436,0:. 1|1:4,549:553:99:1|1:180328_G_A:24263,1501,0:. 1|0:95,60:155:99:0|1:180328_G_A:2226,0,3831:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:219,27:246:99:0|1:180328_G_A:457,0,9432:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:247,20:267:99:0|1:180328_G_A:111,0,10462:. 1|1:5,231:236:99:1|1:180328_G_A:10370,500,0:. 1|1:7,164:171:99:1|1:180328_G_A:7258,220,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,167:178:60:1|1:180328_G_A:6975,60,0:. 0|0:46,1:47:99:0|1:180328_G_A:0,99,2095:. 1|0:216,25:241:99:0|1:180328_G_A:408,0,9327:. 1|1:8,586:594:99:1|1:180328_G_A:25839,1430,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,195:220:99:0|1:180277_G_A:8609,0,481:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,44:112:99:0|1:180328_G_A:1640,0,2936:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,186:206:99:0|1:180328_G_A:7794,0,391:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,65:102:99:0|1:180314_C_A:2710,0,1378:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:225,35:260:99:0|1:180328_G_A:768,0,9636:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:76,77:153:99:0|1:180328_G_A:2932,0,3074:. 1|1:0,173:173:99:1|1:180328_G_A:7705,530,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1273:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,286:286:99:1|1:180277_G_A:13250,891,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,125:125:99:1|1:180277_G_A:5859,397,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:257,25:282:99:.:.:203,0,11195:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,659:. 1|1:8,405:413:99:1|1:180277_G_A:18199,913,0:. 1|1:0,154:154:99:1|1:180277_G_A:7122,479,0:. Pf3D7_01_v3 180341 . C G 2.60687e+06 PASS FS=0;MQ=60.98;QD=22.8;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q643E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Caa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.686;VQSLOD=7.16;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.15;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=123.88;GQ_STDDEV=54.65;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7183;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.655;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13692350;AF=0.074;AS_InbreedingCoeff=-0.0625;MLEAC=383;MLEAF=0.073;AN=858;AC=112 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:16,38:54:99:.:.:939,0,481:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1692:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1681:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1251:. 0|0:66,5:71:77:.:.:0,77,2708:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,17:23:99:.:.:416,0,109:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:51:.:.:0,51,762:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1151:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1412:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1434:. 0|0:33,0:33:54:.:.:0,54,840:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,17:18:9:1|1:180264_A_C:541,9,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,255:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1336:. 1|1:0,43:43:99:1|1:180264_A_C:1760,131,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,29:58:99:.:.:666,0,630:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1255:. 0|1:92,29:121:99:.:.:432,0,3136:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1333:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,105:113:99:.:.:2722,107,0:. 1|0:96,25:121:99:0|1:180288_A_C:713,0,3689:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,15:107:99:.:.:105,0,2734:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1277:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 1|1:4,115:119:99:.:.:3133,246,0:. 0|1:173,50:223:99:.:.:709,0,6196:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1234:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,9:85:34:.:.:0,34,2246:. 0|1:65,80:145:99:.:.:1716,0,2541:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,373:375:99:.:.:10123,1063,0:. 0|0:46,0:46:96:.:.:0,96,1155:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2179:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:64,18:82:99:.:.:260,0,2429:. 1|1:0,60:60:99:1|1:180277_G_A:2762,193,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1188:. 0|1:18,31:49:99:.:.:690,0,678:. 1|1:0,128:128:99:1|1:180264_A_C:5678,409,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1128:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1098:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:4,181:185:99:.:.:4777,375,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,132:136:99:.:.:4862,291,0:. 1|1:6,164:170:99:.:.:4389,378,0:. 1|0:42,72:114:99:0|1:180264_A_C:2724,0,1408:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,29:63:99:.:.:642,0,903:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,167:170:99:.:.:4565,376,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:12,77:89:99:0|1:180264_A_C:3274,0,206:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,221:223:99:.:.:9019,628,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,230:231:99:.:.:6312,678,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,169:204:99:.:.:4067,0,945:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,70:164:99:.:.:1498,0,2436:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,128:199:99:.:.:3067,0,2477:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,144:161:99:.:.:3483,0,234:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,29:165:99:.:.:290,0,4759:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1500:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:180277_G_A:7756,566,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,21:156:99:.:.:108,0,3777:. 0|1:141,66:207:99:.:.:1234,0,5611:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2573,280,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:7,189:196:99:.:.:4824,292,0:. 0|1:61,12:73:92:.:.:92,0,1997:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,42:142:99:.:.:734,0,2581:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:77:.:.:0,77,2957:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1626:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,48:151:99:.:.:911,0,2941:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,58:171:99:.:.:1083,0,2940:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,46:125:99:.:.:892,0,2937:. 1|0:47,69:116:99:.:.:1586,0,1716:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,4:95:99:0|1:180317_A_G:0,131,3722:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,107:109:99:.:.:2953,289,0:. 1|0:102,9:111:26:0|1:180317_A_G:26,0,3909:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,45:150:99:.:.:817,0,2934:. 0|1:87,22:109:99:.:.:281,0,2056:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,51:107:99:0|1:180264_A_C:1829,0,2073:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,18:104:99:.:.:161,0,2421:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,110:124:30:.:.:2712,0,30:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,8:59:23:.:.:23,0,1753:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1912,207,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:129,14:143:35:.:.:0,35,3399:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,293:. 1|0:134,22:156:99:0|1:180158_ACT_A:155,0,4210:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,84:118:99:.:.:1960,0,985:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1151:. 1|1:0,21:21:63:.:.:601,63,0:. 1|1:4,79:83:92:1|1:180264_A_C:3230,92,0:. 1|0:105,221:326:99:.:.:5460,0,2281:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 1|1:1,55:56:99:.:.:1464,137,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:38,55:93:99:.:.:1249,0,809:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:10,3:13:46:.:.:46,0,388:. 1|0:41,37:78:99:.:.:781,0,876:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3135,329,0:. 1|0:9,34:43:99:.:.:811,0,199:. 0|1:112,52:164:99:1|0:180277_G_A:1263,0,4569:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:203,87:290:99:.:.:2140,0,6184:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,58:184:99:0|1:180309_A_C:1944,0,4925:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1705:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1467:. 0|1:105,15:120:99:.:.:153,0,3936:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,745:745:99:.:.:25261,2236,0:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,48:93:99:.:.:1357,0,1254:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1732:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,551:552:99:.:.:17595,1623,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,553:554:99:1|1:180317_A_G:23534,1650,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,237:243:99:.:.:7475,566,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:16,273:289:99:.:.:8134,211,0:. 0|1:95,214:309:99:.:.:6160,0,3235:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:2,278:280:99:.:.:8892,788,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1406:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,151:170:99:.:.:4484,0,142:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,35:110:99:.:.:840,0,3037:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,572:572:99:.:.:17961,1708,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1273:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1003:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:152,163:315:99:.:.:4452,0,4115:. 1|0:152,145:297:99:.:.:3906,0,3997:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:162,138:300:99:.:.:3675,0,4477:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,255:255:99:.:.:8453,766,0:. 0|1:164,54:218:99:.:.:1119,0,4744:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180379 . T A 1.19411e+07 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=30.02;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N655K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.655;VQSLOD=9.14;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=14.29;GQ_MEAN=177.47;GQ_STDDEV=216.6;HRun=4;InbreedingCoeff=0.7016;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.369;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13420998;AF=0.493;AS_InbreedingCoeff=0.4285;MLEAC=2600;MLEAF=0.495;AN=858;AC=184 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:39,8:47:99:.:.:111,0,1130:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1692:. 0|1:23,50:73:99:.:.:1340,0,516:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1681:. 1|1:5,57:62:22:.:.:1636,22,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1251:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:36,29:65:99:.:.:746,0,979:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,739:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,141:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1126:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1412:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1434:. 0|0:36,0:36:82:.:.:0,82,1045:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,7:7:21:.:.:221,21,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1210:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:26,92:118:99:.:.:2478,0,466:. 1|0:50,13:63:99:.:.:218,0,1371:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1255:. 1|0:80,39:119:99:.:.:829,0,2155:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2133,218,0:. 1|0:24,21:45:99:.:.:461,0,600:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,38:55:99:.:.:992,0,317:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,88:123:99:.:.:2287,0,693:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2451,240,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,212:214:99:.:.:6296,581,0:. 1|0:70,39:109:99:.:.:810,0,1769:. 1|0:95,16:111:99:.:.:127,0,2719:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 1|0:17,88:105:99:.:.:2295,0,189:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1277:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|1:7,114:121:99:.:.:3235,170,0:. 0|1:185,46:231:99:.:.:753,0,4972:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2411,243,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1234:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,18:80:99:.:.:307,0,1631:. 1|0:76,65:141:99:.:.:1498,0,1834:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:40,94:134:99:.:.:2398,0,813:. 1|1:1,327:328:99:.:.:10023,956,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1132:. 1|0:82,21:103:99:.:.:333,0,2339:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1712,173,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:95,25:120:99:.:.:395,0,2561:. 1|1:3,128:131:99:.:.:3724,299,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2092,207,0:. 1|0:93,128:221:99:1|0:180368_C_T:3153,0,2434:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1128:. 0|0:30,0:30:61:.:.:0,61,785:. 0|1:100,26:126:99:.:.:392,0,2662:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:8,152:160:99:.:.:4144,245,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,24:124:99:.:.:375,0,2646:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1613:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,11:59:99:.:.:135,0,1295:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:.:.:7143,713,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2836,279,0:. 0|0:139,0:139:0:.:.:0,0,3372:. 1|1:8,89:97:41:.:.:2394,41,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:82,63:145:99:.:.:1424,0,2032:. 1|1:5,196:201:99:.:.:5836,461,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6091,610,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,50:170:99:.:.:985,0,3137:. 1|1:1,237:238:99:.:.:7058,682,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,175:205:99:.:.:4586,0,287:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,18:128:99:.:.:176,0,3030:. 1|1:16,180:196:93:.:.:4892,93,0:. 0|1:150,56:206:99:.:.:1057,0,4093:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4774,482,0:. 1|1:19,234:253:99:.:.:6440,156,0:. 1|0:139,26:165:99:.:.:277,0,3857:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,19:158:99:.:.:116,0,3728:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1500:. 0|0:192,0:192:10:.:.:0,10,4766:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5311,534,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:53,139:192:99:.:.:3660,0,1058:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5938,581,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,96:114:99:.:.:2569,0,221:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2959,291,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,11:69:99:.:.:130,0,1657:. 0|1:76,73:149:99:.:.:1797,0,1821:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,44:70:99:.:.:1074,0,594:. 1|1:2,196:198:99:.:.:5624,532,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,153:154:99:.:.:4558,429,0:. 1|0:105,37:142:99:.:.:671,0,2748:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,60:115:99:0|1:180158_ACT_A:1459,0,1543:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1626:. 1|0:28,161:189:99:.:.:4211,0,313:. 1|0:126,32:158:99:.:.:493,0,3358:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,3:11:61:.:.:61,0,208:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2698,264,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,48:109:99:.:.:1079,0,1549:. 1|0:61,58:119:99:.:.:1396,0,1548:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,107:115:96:.:.:2985,96,0:. 1|0:31,135:166:99:.:.:3495,0,480:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3150,320,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,12:63:99:.:.:173,0,1429:. 1|0:71,47:118:99:.:.:1043,0,1834:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:171,37:208:99:.:.:470,0,4688:. 0|1:71,21:92:99:.:.:346,0,1965:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,116:118:99:.:.:3450,289,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,222:223:99:.:.:6740,646,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:31:.:.:0,31,2970:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,60:117:99:.:.:1455,0,1408:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1824,183,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,23:102:99:.:.:397,0,2128:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2490,246,0:. 0|1:48,24:72:99:.:.:513,0,1279:. 1|0:49,38:87:99:.:.:882,0,1243:. 1|0:46,42:88:99:.:.:1014,0,1159:. 0|1:17,121:138:98:.:.:3155,0,98:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,17:88:99:.:.:252,0,2033:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1983,197,0:. 1|0:13,55:68:99:.:.:1479,0,195:. 0|0:126,0:126:94:.:.:0,94,3401:. 0|1:15,48:63:99:.:.:1215,0,264:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,11:63:99:.:.:143,0,1390:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:69,43:112:99:.:.:976,0,1799:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:32,64:96:99:.:.:1680,0,663:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1297:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1138:. 1|0:25,86:111:99:.:.:2262,0,452:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:78,85:163:99:.:.:2077,0,1954:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,7:10:63:.:.:182,0,63:. 0|1:120,29:149:99:0|1:180158_ACT_A:318,0,3445:. 0|1:71,49:120:99:.:.:1090,0,1767:. 0|1:80,75:155:99:.:.:1761,0,1914:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,93:131:99:.:.:2413,0,740:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:51:.:.:515,51,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3018,303,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:4,6:10:95:.:.:152,0,95:. 1|0:48,24:72:99:.:.:477,0,1266:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:9:.:.:0,9,871:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,209:209:99:.:.:7481,628,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,287:287:99:.:.:10125,863,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,159:171:85:.:.:5138,85,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1705:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1467:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,270:270:99:.:.:9543,811,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,210:223:99:.:.:6966,199,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,47:95:99:.:.:1355,0,1442:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1732:. 1|0:110,16:126:99:.:.:176,0,3472:. 1|1:1,200:201:99:.:.:6874,595,0:. 1|1:2,257:259:99:.:.:8831,705,0:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,72:176:99:.:.:1822,0,3033:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4615,403,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:196,38:234:99:.:.:548,0,6161:. 1|0:233,23:256:45:.:.:45,0,7364:. 1|1:13,205:218:99:.:.:6417,214,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:19,93:112:99:.:.:2810,0,301:. 0|1:252,133:385:99:.:.:3420,0,7445:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,88:197:99:.:.:2335,0,3105:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,217:220:99:.:.:7312,551,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,106:117:30:.:.:3247,30,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,49:91:99:.:.:1397,0,1095:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,25:163:99:.:.:385,0,4251:. 1|0:218,260:478:99:.:.:7315,0,5975:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,149:233:99:.:.:4439,0,2199:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1406:. 0|0:256,0:256:48:.:.:0,48,7419:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,182:205:99:.:.:5651,0,160:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,76:111:99:.:.:2219,0,884:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:219,32:251:99:.:.:372,0,6676:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5888,511,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,218:220:99:.:.:7203,587,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1273:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,779:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 1|1:13,409:422:99:.:.:13592,799,0:. 1|1:0,154:154:99:.:.:5346,463,0:. Pf3D7_01_v3 180554 . G A 5.4684e+06 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=25.42;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D714N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104100.1;SOR=0.699;VQSLOD=7.8;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=19.05;GQ_MEAN=199.78;GQ_STDDEV=202.14;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7504;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.031;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11797251;AF=0.225;AS_InbreedingCoeff=0.1604;MLEAC=1187;MLEAF=0.226;AN=858;AC=174 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:5,60:65:43:.:.:1797,43,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:87:.:.:0,87,2008:. 1|1:2,80:82:99:.:.:2494,187,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1681:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1319:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1557:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1268:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1219:. 0|0:43,0:43:91:.:.:0,91,1152:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1412:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1434:. 0|0:28,0:28:74:.:.:0,74,899:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:24:.:.:0,24,402:. 1|1:1,9:10:2:.:.:238,2,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1421:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:27,94:121:99:.:.:2573,0,426:. 1|0:37,23:60:99:.:.:532,0,854:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1324:. 1|0:90,66:156:99:.:.:1559,0,2120:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1695:. 1|0:30,31:61:99:.:.:738,0,639:. 0|0:67,0:67:96:.:.:0,96,1623:. 1|0:11,40:51:99:.:.:1050,0,111:. 1|1:10,110:120:66:.:.:3114,66,0:. 0|1:30,96:126:99:.:.:2482,0,459:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,38:106:99:.:.:811,0,1609:. 0|1:70,22:92:99:.:.:391,0,1660:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:18,84:102:99:.:.:2214,0,210:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1277:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 1|1:5,110:115:99:.:.:3217,215,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1790,185,0:. 0|1:24,74:98:99:.:.:1951,0,398:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1234:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,72:138:99:.:.:1711,0,1464:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:42,107:149:99:.:.:2804,0,741:. 1|1:0,301:301:99:.:.:9431,905,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:123,0:123:0:.:.:0,0,2781:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1851,189,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3803,375,0:. 1|1:1,83:84:99:.:.:2499,223,0:. 1|0:85,129:214:99:.:.:3198,0,1728:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1128:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1211:. 0|1:102,25:127:99:.:.:396,0,2516:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4527,462,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1613:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,34:62:99:.:.:848,0,595:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,171:175:99:.:.:5019,411,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:15,93:108:99:.:.:2509,0,102:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,61:125:99:.:.:1413,0,1409:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:90,78:168:99:.:.:1832,0,2040:. 1|1:7,210:217:99:.:.:6098,438,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:130,45:175:99:.:.:765,0,3141:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,148:185:99:.:.:3932,0,499:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:96:.:.:0,96,3434:. 1|1:24,194:218:33:.:.:5200,33,0:. 0|1:133,66:199:99:.:.:1409,0,3104:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5408,545,0:. 1|0:26,187:213:99:.:.:5020,0,101:. 1|0:137,21:158:99:.:.:174,0,3186:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,22:151:99:.:.:179,0,3153:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1500:. 1|0:165,30:195:99:.:.:312,0,4018:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:.:.:5505,552,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:63,142:205:99:.:.:3737,0,1170:. 1|1:0,224:226:99:.:.:6937,673,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,81:98:99:.:.:2209,0,159:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3325,332,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:4,222:226:99:.:.:6384,566,0:. 1|0:43,19:62:99:.:.:361,0,1045:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,28:58:99:.:.:625,0,646:. 1|1:0,209:209:99:.:.:6097,626,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,148:149:99:.:.:4396,419,0:. 1|0:110,29:139:99:.:.:415,0,2754:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,43:139:99:.:.:887,0,2246:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1626:. 1|0:29,157:186:99:.:.:4188,0,244:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,5:10:99:.:.:128,0,114:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3395,333,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,48:107:99:.:.:1075,0,1269:. 1|0:74,64:138:99:.:.:1516,0,1658:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,107:110:99:.:.:3096,247,0:. 1|0:88,68:156:99:.:.:1590,0,2023:. 1|1:2,116:118:99:.:.:3486,304,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,13:78:99:.:.:161,0,1593:. 1|0:53,37:90:99:.:.:836,0,1260:. 0|0:117,0:117:58:.:.:0,58,2706:. 1|0:167,36:203:99:.:.:483,0,4104:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,125:128:99:.:.:3710,299,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,17:92:99:.:.:214,0,1855:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,62:123:99:.:.:1451,0,1357:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2738,276,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2692,267,0:. 0|1:36,152:188:99:.:.:3910,0,400:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,16:142:22:.:.:22,0,3106:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:154,30:184:99:.:.:365,0,3654:. 0|1:93,27:120:99:.:.:450,0,2194:. 1|0:59,11:70:99:.:.:115,0,1495:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2750,273,0:. 0|1:45,36:81:99:.:.:766,0,1011:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,116:141:99:.:.:3009,0,276:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,20:85:99:.:.:340,0,1544:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1959,195,0:. 1|0:10,50:60:81:.:.:1361,0,81:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1211:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,16:58:99:.:.:301,0,966:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:22,69:91:99:.:.:1755,0,300:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3565,355,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1297:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1138:. 1|0:27,85:112:99:.:.:2270,0,410:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:96,76:172:99:.:.:1661,0,2198:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3229,326,0:. 1|0:3,7:10:52:.:.:174,0,52:. 0|1:126,29:155:99:.:.:406,0,3076:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:68,93:161:99:.:.:2260,0,1409:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,92:142:99:.:.:2196,0,969:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1159:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:15:.:.:0,15,605:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:92:.:.:0,92,2499:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3387,346,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:17,7:24:99:.:.:145,0,404:. 1|0:33,33:66:99:.:.:797,0,756:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:16:.:.:0,16,867:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,88:196:99:.:.:2545,0,3252:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,233:233:99:.:.:8301,701,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,282:282:99:.:.:9917,848,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,160:164:99:.:.:5438,361,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1705:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:101,23:124:99:.:.:455,0,3178:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,278:278:99:.:.:9917,836,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,211:218:99:.:.:7266,434,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1444:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1732:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,71:162:99:.:.:1981,0,2460:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5499,496,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:206,47:253:99:.:.:887,0,6136:. 1|0:240,30:270:99:.:.:125,0,7239:. 1|1:16,194:210:99:.:.:6045,131,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:14,98:112:99:.:.:3000,0,111:. 0|1:253,157:410:99:.:.:4128,0,6921:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1253:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,66:163:99:.:.:1695,0,2555:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,237:240:99:.:.:7911,614,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,87:97:39:.:.:2608,0,39:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,51:98:99:.:.:1420,0,1211:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:146,25:171:99:.:.:301,0,4269:. 1|0:191,255:446:99:.:.:7147,0,4851:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:169,81:250:99:.:.:2018,0,4834:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1406:. 0|1:235,32:267:99:.:.:276,0,6904:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:221,23:244:48:.:.:48,0,6595:. 1|0:17,169:186:4:.:.:5140,0,4:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,72:113:99:.:.:2161,0,1052:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,364:369:99:.:.:12095,1032,0:. 0|1:230,35:265:99:.:.:455,0,6644:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5284,457,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,202:213:99:.:.:6526,276,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1273:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,17:17:51:.:.:611,51,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:126,164:290:99:.:.:4777,0,3263:. 1|0:156,161:317:99:.:.:4422,0,4404:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,100:254:99:.:.:2761,0,4390:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,262:262:99:.:.:8926,787,0:. 0|1:136,51:187:99:.:.:1212,0,4143:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1369:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,670:. 1|1:10,355:365:99:.:.:11924,754,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 180956 . C A 479668 PASS FS=0;MQ=60.2;QD=22.73;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.68;VQSLOD=5.91;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.19;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=116.69;GQ_STDDEV=39.01;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7383;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.912;culprit=FS;set=snp;DP=7950143;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=-0.1429;MLEAC=128;MLEAF=0.024;AN=858;AC=56 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:59,6:65:3:.:.:3,0,1585:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1693:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1411:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1599:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1625:. 1|0:16,47:63:99:.:.:1313,0,292:. 0|0:51,0:51:89:.:.:0,89,1353:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1551:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1527:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1246:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1045:. 0|0:11,0:11:9:.:.:0,9,267:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:38,0:38:61:.:.:0,61,957:. 0|1:27,40:67:99:.:.:1043,0,561:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1375:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,970:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1166:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1557,147,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1263:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1456:. 0|1:81,25:106:99:.:.:416,0,1973:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1783:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:77,66:143:99:.:.:1610,0,1738:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:51,10:61:99:.:.:130,0,1144:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:87:.:.:0,87,1666:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,59:82:99:.:.:1497,0,393:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1357:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,218:218:99:.:.:6715,655,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,986:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:19,17:36:99:.:.:423,0,425:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:84:.:.:0,84,1993:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1073:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1208:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1395:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1145:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1407:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1545:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:61,42:103:99:.:.:973,0,1357:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:54:.:.:0,54,2402:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:21,105:126:99:.:.:2868,0,234:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:67,0:67:55:.:.:0,55,1580:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,125:137:80:.:.:3375,80,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,12:103:48:.:.:48,0,2200:. 1|0:59,133:192:99:.:.:3471,0,997:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:60,99:159:99:.:.:2510,0,1149:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,44:99:99:.:.:1034,0,1240:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,72:79:40:.:.:1996,40,0:. 0|1:71,52:123:99:.:.:1197,0,1587:. 1|0:62,56:118:99:.:.:1237,0,1306:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3624,367,0:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4795,484,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1467:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:23,30:53:99:.:.:740,0,455:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3593,352,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1673:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:78,0:78:45:.:.:0,45,1823:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1678:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,104,1620:. 0|1:25,92:117:99:.:.:2427,0,319:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,39:78:99:.:.:996,0,878:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1473:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1753:. 1|0:32,167:199:99:.:.:4391,0,277:. 0|1:19,55:74:99:.:.:1403,0,289:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:92,22:114:99:.:.:363,0,2176:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,30:70:99:.:.:681,0,910:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1736:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,100,1575:. 1|1:6,84:90:99:.:.:2409,107,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:21,57:78:99:.:.:1440,0,320:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1342,135,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1243:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1710:. 0|1:43,15:58:99:.:.:258,0,967:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1444:. 1|0:99,61:160:99:.:.:1355,0,2290:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,4:8:95:.:.:102,0,95:. 1|0:86,41:127:99:.:.:879,0,2043:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1326:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:2,15:17:19:.:.:501,0,19:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2326,199,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:84:.:.:0,84,1288:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,703:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:108 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:.:.:.:.:99 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:.:120 0|0:202,0:202:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:191,0:191:.:.:.:.:120 0|0:111,0:111:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:.:.:.:.:102 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7816,688,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:108 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:75 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:.:.:.:.:102 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:.:.:.:.:106 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:.:.:.:.:106 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:120 0|0:154,0:154:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:63 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:120 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:.:.:.:.:102 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:105 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:114 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,36:52:99:.:.:1053,0,365:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:.:.:.:.:120 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:.:.:.:.:102 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1072:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2819,264,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,864:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,228:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1431:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 1|1:4,193:197:99:.:.:6501,450,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. Pf3D7_01_v3 181131 . A G 148454 PASS FS=0.569;MQ=57.33;QD=22.96;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.676;VQSLOD=4.42;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=119.42;GQ_STDDEV=53.01;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0095;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.014;culprit=FS;set=snp;DP=7879766;AF=0.004413;AS_InbreedingCoeff=0.5623;MLEAC=23;MLEAF=0.004413;AN=858;AC=5 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1474:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1599:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1625:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:79:.:.:0,79,1114:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1403:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1375:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1392:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1232:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1721:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,628:. 0|0:12,0:12:25:.:.:0,25,340:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1119:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1421:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1418:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1782:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,112,1719:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1785:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,924:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1210:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1073:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1162:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1241:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1764:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1649:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1728:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1467:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1282:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1673:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1630:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1473:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1753:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1405:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1450:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1290:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1324:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1638:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1550:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1571:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1435:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1444:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,249:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,349:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:88:.:.:0,88,1175:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,735:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,95:95:99:1|1:181116_T_A:4118,286,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:49,23:72:99:.:.:550,0,1523:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1386:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1575:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4131,382,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,667:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:102 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:.:.:.:.:99 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:.:120 0|0:169,0:169:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:135,0:135:.:.:.:.:120 0|0:111,0:111:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:111 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:108,0:108:.:.:.:.:120 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,737:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:110 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:101 0|0:197,0:197:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:63 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:.:.:.:.:102 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:.:.:120 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:.:.:120 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:104 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:120 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:.:.:.:.:99 0|0:86,0:86:.:.:.:.:113 0|0:90,0:90:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:.:.:.:.:100 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:.:.:.:.:99 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:.:.:.:.:120 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:109 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1454:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,363:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1538:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:382,0:382:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1074:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. Pf3D7_01_v3 181412 . T G 209694 PASS FS=0;MQ=61.9;QD=22.23;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.657;VQSLOD=6.33;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.93;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=118.05;GQ_STDDEV=17.5;HRun=0;InbreedingCoeff=0.633;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=3.07;culprit=FS;set=snp;DP=9734250;AF=0.008006;AS_InbreedingCoeff=0.633;MLEAC=42;MLEAF=0.008006;AN=858;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:51,23:74:99:.:.:437,0,1451:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1721:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1400:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1396:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1443:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1340:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1490:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1469:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1302:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1349:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1367:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1403:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1469:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1557:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1216:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1394:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1225:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1522:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1745:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1130:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1343:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1209:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1796:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1601:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:1|1:181405_CT_C:9000,640,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,52:155:99:.:.:905,0,3318:. 1|0:105,41:146:99:.:.:650,0,3191:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,117:118:99:1|1:181405_CT_C:4940,344,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,12:89:62:.:.:62,0,2041:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,24:132:99:.:.:258,0,3523:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1446:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1459:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,82:86:44:1|1:181405_CT_C:3285,44,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1302:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1486:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1549:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,35:145:99:.:.:500,0,2946:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1674:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1285:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1286:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,61:63:99:1|1:181405_CT_C:2476,127,0:. 1|1:0,72:72:99:1|1:181405_CT_C:3151,217,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:487,0:487:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1564:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,509:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:103 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:287,0:287:.:.:.:.:120 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:.:.:.:.:120 0|0:171,0:171:51:.:.:0,51,765:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:111 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:240,0:240:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:234,0:234:.:.:.:.:120 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1480:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:.:.:.:.:120 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:.:.:.:.:36 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:63 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:.:.:.:.:120 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:.:.:.:.:120 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:.:.:.:.:120 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:120 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:111 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:.:.:.:.:105 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:111 0|0:225,0:225:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:237,0:237:.:.:.:.:120 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:.:.:.:.:120 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:.:.:.:.:120 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,61:96:99:0|1:181405_CT_C:2372,0,1223:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1313:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1447:. 1|1:0,11:11:33:1|1:181405_CT_C:470,33,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:62:.:.:0,62,809:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:519,0:519:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:3,15:18:99:0|1:181405_CT_C:621,0,138:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 181659 . A G 7.26286e+06 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=25.29;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.72;VQSLOD=8.45;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=38.1;GQ_MEAN=235.49;GQ_STDDEV=253.34;HRun=2;InbreedingCoeff=0.644;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.063;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9608569;AF=0.365;AS_InbreedingCoeff=0.5587;MLEAC=1926;MLEAF=0.366;AN=856;AC=355 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1346:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1619,170,0:. 1|1:3,58:61:89:.:.:1550,89,0:. 1|0:50,9:59:86:.:.:86,0,1394:. 0|1:47,8:55:67:.:.:67,0,1284:. 1|1:4,46:50:17:.:.:1176,17,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:990,99,0:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1286:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1243,128,0:. 0|1:30,11:41:99:.:.:197,0,823:. 1|1:0,33:33:99:.:.:929,99,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1574,172,0:. 1|0:30,22:52:99:.:.:472,0,808:. 0|0:42,0:42:95:.:.:0,95,1237:. 1|0:17,4:21:52:.:.:52,0,444:. 1|1:0,28:28:84:.:.:833,84,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,234:. 1|1:0,18:18:54:.:.:513,54,0:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,22:22:66:.:.:630,66,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1282:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,112,1609:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1161:. 1|1:0,22:22:65:.:.:588,65,0:. 1|0:17,84:101:99:.:.:1897,0,163:. 0|0:20,0:20:28:.:.:0,28,485:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,110:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1218:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2183,216,0:. 1|1:3,90:93:99:.:.:2421,184,0:. 0|1:32,28:60:99:.:.:627,0,788:. 1|1:0,279:279:99:.:.:7423,831,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1169:. 1|0:98,19:117:99:.:.:178,0,2653:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1394:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1091:. 1|0:17,36:53:99:.:.:825,0,338:. 0|1:8,39:47:82:.:.:899,0,82:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,27:86:99:.:.:482,0,1445:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:.:.:5942,653,0:. 1|1:3,151:154:99:.:.:3979,371,0:. 0|1:57,31:88:99:.:.:574,0,1379:. 0|1:75,10:85:20:.:.:20,0,1901:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1019,105,0:. 1|0:9,79:88:8:.:.:1972,0,8:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2393,262,0:. 1|0:5,22:27:59:.:.:512,0,59:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,80:106:99:.:.:1872,0,449:. 1|1:3,53:56:99:.:.:1400,100,0:. 0|1:43,15:58:99:.:.:247,0,1122:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1855,203,0:. 1|0:50,53:103:99:.:.:1158,0,1113:. 0|1:59,29:88:99:.:.:531,0,1468:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1011,114,0:. 1|0:10,56:66:92:.:.:1315,0,92:. 1|0:75,23:98:99:.:.:328,0,1882:. 0|1:53,19:72:99:.:.:315,0,1390:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,746:. 0|1:32,38:70:99:.:.:850,0,772:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,48:64:99:.:.:1131,0,298:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1332,144,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,10:72:55:.:.:55,0,1636:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1291,151,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,13:52:99:.:.:199,0,996:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1465,156,0:. 0|1:23,15:38:99:.:.:323,0,589:. 1|0:52,28:80:99:.:.:509,0,1282:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3577,395,0:. 1|0:74,79:153:99:.:.:1661,0,1727:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1938,204,0:. 1|1:4,102:106:99:.:.:2561,198,0:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3095,337,0:. 0|0:84,0:84:81:.:.:0,81,2186:. 1|0:88,28:116:99:.:.:427,0,2186:. 1|1:2,134:136:99:.:.:3568,344,0:. 1|1:4,86:90:99:.:.:2282,150,0:. 0|1:69,22:91:99:.:.:291,0,1732:. 0|1:22,16:38:99:.:.:330,0,510:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,178:204:99:.:.:4191,0,113:. 1|1:0,141:141:99:.:.:3787,422,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,87:104:99:.:.:2040,0,165:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,168:169:99:.:.:4643,474,0:. 0|1:46,56:102:99:.:.:1162,0,1040:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3039,332,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,161:162:99:.:.:4271,451,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,37:114:99:.:.:649,0,1908:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,68:126:99:.:.:1495,0,1331:. 0|0:172,0:172:85:.:.:0,85,4305:. 0|1:103,56:159:99:.:.:1126,0,2568:. 1|0:11,95:106:6:.:.:2202,0,6:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3604,401,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,172:190:46:.:.:4177,46,0:. 0|1:79,69:148:99:.:.:1334,0,1792:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3538,403,0:. 1|0:84,33:117:99:.:.:540,0,2098:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,62:72:74:.:.:1400,0,74:. 0|1:44,118:162:99:.:.:2709,0,840:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:39:.:.:0,39,2815:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,149:162:99:.:.:3727,124,0:. 1|1:11,152:163:99:.:.:3708,174,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:4841,538,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,32:153:99:.:.:412,0,3059:. 0|1:119,56:175:99:.:.:986,0,2996:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2151,236,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2487,277,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2062,219,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,8:43:97:.:.:97,0,936:. 1|0:59,54:113:99:.:.:1102,0,1423:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1362,153,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,103:105:99:.:.:2759,254,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2545,281,0:. 1|0:41,43:84:99:.:.:916,0,990:. 0|1:84,12:96:28:.:.:28,0,2155:. 1|0:17,100:117:99:.:.:2471,0,175:. 0|1:40,97:137:99:.:.:2225,0,773:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:5,5:10:94:.:.:94,0,124:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2441,264,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1809,195,0:. 1|0:33,48:81:99:.:.:1084,0,732:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3569,398,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,71:74:99:.:.:1875,131,0:. 1|0:19,129:148:99:.:.:3073,0,145:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:97:.:.:0,97,2033:. 0|1:39,12:51:99:.:.:154,0,988:. 0|1:29,62:91:99:.:.:1430,0,544:. 0|1:74,29:103:99:.:.:469,0,1894:. 0|1:28,129:157:99:.:.:3054,0,330:. 1|0:27,59:86:99:.:.:1376,0,555:. 1|1:1,99:100:99:.:.:2675,271,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1446:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3215,351,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2403,264,0:. 1|0:20,88:108:99:.:.:2107,0,258:. 1|1:0,192:192:99:.:.:5070,574,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1481,167,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2170,237,0:. 1|0:204,29:233:77:.:.:77,0,5189:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2686,309,0:. 1|0:26,148:174:99:.:.:3466,0,236:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2220,248,0:. 0|1:67,50:117:99:.:.:1021,0,1597:. 1|0:61,17:78:99:.:.:209,0,1507:. 1|0:55,16:71:99:.:.:218,0,1383:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,30:54:99:.:.:650,0,551:. 0|1:55,27:82:99:.:.:479,0,1375:. 1|0:43,35:78:99:.:.:748,0,1020:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2858,311,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3398,384,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:46,17:63:99:.:.:254,0,1133:. 1|1:0,173:173:99:.:.:4474,515,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:28,22:50:99:.:.:440,0,645:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:5,39:44:21:.:.:956,0,21:. 0|0:100,0:100:80:.:.:0,80,2502:. 0|1:13,40:53:99:.:.:872,0,221:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1302:. 1|0:22,31:53:99:.:.:657,0,456:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1310,148,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:71,42:113:99:.:.:763,0,1737:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,61:63:99:.:.:1574,132,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2636,292,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1486:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1282,140,0:. 0|0:82,0:82:25:.:.:0,25,1983:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1600,177,0:. 1|1:4,59:63:65:.:.:1494,65,0:. 0|1:23,101:124:99:.:.:2441,0,308:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,3:11:52:.:.:52,0,211:. 0|1:80,53:133:99:.:.:1059,0,1948:. 1|0:50,38:88:99:.:.:765,0,1226:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,66:81:99:.:.:1564,0,215:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,30:99:99:.:.:535,0,1689:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,14:30:99:.:.:293,0,392:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,577:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:225,75:300:99:.:.:1181,0,5777:. 1|0:61,27:88:99:.:.:489,0,1400:. 1|1:5,185:190:99:.:.:4924,425,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:453,48,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,38:81:99:.:.:804,0,1047:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:44,35:79:99:.:.:747,0,1084:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,17:27:99:.:.:382,0,224:. 0|1:23,32:55:99:.:.:724,0,496:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,729:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,19:20:29:.:.:502,29,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3011,265,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2552,223,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4523,400,0:. 1|1:1,114:115:99:.:.:3869,309,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4618,409,0:. 0|1:64,93:157:99:.:.:2746,0,1828:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,15:15:45:.:.:515,45,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3957,349,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2883,256,0:. 0|0:122,0:122:88:.:.:0,88,3738:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5298,466,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,104:125:99:.:.:3170,0,403:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4793,427,0:. 0|0:30,0:30:41:.:.:0,41,952:. 0|1:11,55:66:99:.:.:1693,0,203:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,116:119:99:.:.:3851,248,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6838,607,0:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,514:515:99:.:.:17458,1512,0:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1618:. 1|0:10,71:81:64:.:.:2131,0,64:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6398,576,0:. 1|1:0,222:222:99:.:.:7264,666,0:. 1|1:1,261:262:99:.:.:8183,745,0:. 1|0:63,57:122:99:.:.:1526,0,1811:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6401,590,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,95:219:99:.:.:2387,0,3540:. 1|1:1,257:258:99:.:.:7989,757,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1620:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2699,249,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:2,57:59:99:.:.:1802,127,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,125:168:99:.:.:3676,0,1044:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6239,570,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,163:199:99:.:.:4693,0,625:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,38:41:13:.:.:1099,13,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:162,79:241:99:.:.:1732,0,4822:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:81,11:92:78:.:.:78,0,2407:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:79:.:.:0,79,2040:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:27,7:34:99:.:.:125,0,782:. 0|1:179,22:201:61:.:.:61,0,5537:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6437,604,0:. 1|0:103,35:138:99:.:.:651,0,3055:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,244:251:99:.:.:7297,518,0:. 0|1:147,28:175:99:.:.:351,0,4299:. 1|1:7,195:202:99:.:.:5966,345,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3102,293,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,72:117:99:.:.:1929,0,1184:. 1|0:4,21:25:39:.:.:583,0,39:. 1|0:179,19:198:45:.:.:45,0,5555:. 1|1:2,216:218:99:.:.:6804,582,0:. 1|1:13,185:198:99:.:.:5625,162,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:225,0:225:57:.:.:0,57,6280:. 0|1:27,75:102:99:.:.:2029,0,631:. 1|0:36,177:213:99:.:.:5122,0,500:. 0|1:106,15:121:99:.:.:125,0,3359:. 1|1:15,230:245:99:.:.:6611,203,0:. 1|0:127,27:154:99:.:.:445,0,3943:. 0|1:105,137:242:99:.:.:3590,0,2960:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:16:.:.:0,16,2208:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,60:188:99:.:.:1470,0,3742:. 1|1:2,218:220:99:.:.:6771,587,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1816,165,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:27,131:158:99:.:.:3822,0,451:. 1|0:78,45:123:99:.:.:1129,0,2351:. 1|1:3,202:205:99:.:.:6460,529,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7189,664,0:. 1|1:1,183:184:99:.:.:5993,543,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2070,186,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4219,382,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:.:.:7593,692,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1492:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2612,240,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,132:237:99:.:.:3747,0,2836:. 1|0:116,89:205:99:.:.:2185,0,3310:. 1|1:0,24:24:72:.:.:787,72,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4949,450,0:. 1|0:108,72:180:99:.:.:1819,0,3141:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,158:158:99:.:.:5169,475,0:. 0|1:113,53:166:99:.:.:1189,0,3464:. 0|1:57,96:153:99:.:.:2747,0,1532:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6095,559,0:. 1|1:0,156:156:99:.:.:5128,469,0:. 0|1:153,253:406:99:.:.:7283,0,4192:. 0|1:22,36:58:99:.:.:1023,0,552:. 1|0:106,133:239:99:.:.:3595,0,2892:. 1|1:0,559:559:99:.:.:18166,1676,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4322,388,0:. 1|1:2,233:235:99:.:.:7613,657,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1184:. 1|0:21,3:24:33:.:.:33,0,618:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4746,447,0:. Pf3D7_01_v3 182435 . A G 50408 PASS FS=0.558;MQ=61.14;QD=17.25;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.751;VQSLOD=3.26;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=0.999;GC=4.76;GQ_MEAN=112.97;GQ_STDDEV=18.33;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0062;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.76;culprit=FS;set=snp;DP=3217010;AF=0.009635;AS_InbreedingCoeff=-0.0062;MLEAC=43;MLEAF=0.008631;AN=830;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:0,99,1243:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1343:. 0|0:31,0:31:75:0,75,1125:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1279:. 0|0:27,0:27:66:0,66,990:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:90:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:63:0,63,829:. 0|0:38,0:38:84:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:75:0,75,1125:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:10,0:10:24:0,24,360:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:. 0|0:3,0:3:6:0,6,90:. 0|0:11,0:11:33:0,33,333:. 0|0:18,0:18:39:0,39,585:. 0|0:23,0:23:41:0,41,662:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:85:0,85,1197:. 0|0:31,0:31:72:0,72,1080:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1391:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:6,0:6:18:0,18,192:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1242:. 0|0:41,0:41:96:0,96,1172:. 0|0:26,0:26:66:0,66,990:. 0|0:83,0:83:99:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1261:. 0|0:130,0:130:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1685:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,107,1443:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1130:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1337:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1221:. 0|0:65,0:65:99:0,116,1591:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:32:0,32,569:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:14,0:14:33:0,33,495:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:92:0,92,1173:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1346:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:. 0|0:54,0:54:99:0,103,1524:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1431:. 0|0:25,0:25:60:0,60,694:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,680:. 0|0:55,0:55:99:0,110,1579:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1474:. 0|0:22,0:22:60:0,60,597:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:78:0,78,1170:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1251:. 0|0:19,0:19:45:0,45,675:. 0|0:66,0:66:99:0,101,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,756:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1168:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1031:. 0|0:32,0:32:90:0,90,875:. 0|0:35,0:35:99:0,99,971:. 0|0:26,0:26:66:0,66,990:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1017:. 0|0:32,0:32:96:0,96,873:. 0|0:29,0:29:80:0,80,822:. 0|0:33,0:33:99:0,99,918:. 0|0:30,0:30:69:0,69,1035:. 0|0:63,3:66:99:0,123,1719:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:66:0,66,990:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,115,1631:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1234:. 0|0:15,0:15:33:0,33,495:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1131:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1710:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:81:0,81,1215:. 0|0:71,0:71:99:0,117,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1110:. 0|0:26,0:26:54:0,54,810:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1113:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,115,1800:. 0|0:25,0:25:63:0,63,945:. 0|0:80,0:80:99:0,102,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:98:0,98,1215:. 0|0:36,0:36:86:0,86,1037:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:87:0,87,1305:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1547:. 0|0:54,0:54:99:0,107,1665:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1123:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1170:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1108:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:87:0,87,1305:. 0|0:35,0:35:24:0,24,836:. 1|0:38,8:46:52:52,0,993:. 0|0:62,0:62:99:0,110,1800:. 0|0:27,0:27:57:0,57,855:. 0|0:72,0:72:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1302:. 0|0:29,0:29:75:0,75,1125:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1375:. 1|1:2,58:60:99:1469,159,0:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1117:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:90:0,90,1350:. 0|0:17,0:17:39:0,39,585:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1444:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:69:0,69,1035:. 0|0:24,0:24:54:0,54,810:. 0|0:26,0:26:78:0,78,756:. 0|0:49,0:49:99:0,109,1428:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1209:. 0|0:14,0:14:33:0,33,495:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1205:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:36,0:36:72:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:60:0,60,900:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1005:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1665:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:91,0:91:99:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1665:. 0|0:83,0:83:99:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:0,15,153:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1385:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1218:. 0|0:24,0:24:61:0,61,779:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1346:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1436:. 0|0:12,0:12:27:0,27,405:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:60:0,60,900:. 0|0:67,0:67:99:0,113,1710:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:99:0,110,1480:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:0,84,1260:. 0|0:48,0:48:99:0,110,1369:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1800:. 0|0:38,0:38:96:0,96,1440:. 1|1:1,15:16:16:366,16,0:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1038:. 0|0:26,0:26:60:0,60,792:. 0|0:106,0:106:99:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:78:0,78,1170:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1390:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1127:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:90:0,90,951:. 0|0:51,0:51:99:0,113,1308:. 0|0:33,0:33:72:0,72,1080:. 0|0:69,0:69:99:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:0,99,952:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1220:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1174:. 0|0:26,0:26:72:0,72,760:. 0|0:59,0:59:99:0,114,1607:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1083:. 0|0:15,0:15:45:0,45,444:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1344:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:72:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1240:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:18,0:18:42:0,42,630:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1800:. 0|0:23,0:23:57:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1047:. 0|0:13,0:13:30:0,30,450:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:87,0:87:99:0,104,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1710:. 0|0:6,0:6:18:0,18,162:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:0,101,1800:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1191:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:0,111,1800:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:5,0:5:12:0,12,180:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1351:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1665:. 0|0:107,0:107:99:0,119,1800:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,106,1547:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1248:. 0|0:9,0:9:27:0,27,276:. 0|0:13,0:13:39:0,39,417:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:. 0|0:17,0:17:36:0,36,540:. 0|0:23,0:23:57:0,57,855:. 0|0:13,0:13:39:0,39,470:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:8,0:8:24:0,24,271:. 0|0:31,0:31:78:0,78,1170:. 0|0:1,0:1:3:0,3,35:. 0|0:22,0:22:39:0,39,585:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:24,0:24:57:0,57,855:. 0|0:10,0:10:30:0,30,352:. 0|0:21,0:21:51:0,51,765:. 0|0:16,0:16:33:0,33,495:. 0|0:4,0:4:6:0,6,90:. 0|0:6,0:6:18:0,18,204:. 0|0:37,0:37:96:0,96,1440:. 0|0:13,0:13:39:0,39,435:. 0|0:14,0:14:33:0,33,495:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:12,0:12:0:0,0,338:. 0|0:5,0:5:15:0,15,176:. 0|0:3,0:3:9:0,9,101:. 0|0:23,0:23:54:0,54,810:. 0|0:5,0:5:15:0,15,162:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:19,0:19:42:0,42,630:. 0|0:27,0:27:63:0,63,945:. 0|0:20,0:20:39:0,39,585:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:7,0:7:21:0,21,240:. 0|0:6,0:6:18:0,18,203:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:35,0:35:84:0,84,1260:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:0,105,1575:. 0|0:1,0:1:3:0,3,33:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:7,0:7:.:.:18 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,110,1800:. 0|0:26,0:26:.:.:70 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:0,110,1800:. 0|0:9,0:9:.:.:24 0|0:75,0:75:99:0,117,1755:. 0|0:15,0:15:.:.:45 0|0:44,0:44:99:0,106,1371:. 0|0:24,0:24:69:0,69,1035:. 0|0:10,0:10:.:.:27 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1227:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:84:0,84,1260:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,109,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1705:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1710:. 0|0:7,0:7:.:.:21 0|0:25,0:25:60:0,60,767:. 0|0:12,0:12:.:.:36 0|0:18,0:18:39:0,39,585:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1432:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1428:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1294:. 0|0:7,0:7:.:.:21 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1620:. 0|0:2,0:2:.:.:6 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:.:.:3 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:14,0:14:.:.:36 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:.:.:60 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:73,0:73:.:.:100 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:4,0:4:.:.:6 0|0:66,0:66:99:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:45:0,45,675:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1575:. 0|0:0,0:0:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1386:. 0|0:15,0:15:.:.:36 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:.:.:102 0|0:12,0:12:.:.:33 0|0:25,0:25:60:0,60,790:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1319:. 0|0:21,0:21:45:0,45,675:. 0|0:7,0:7:.:.:18 0|0:26,0:26:63:0,63,945:. 0|0:9,0:9:.:.:18 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:0,48,511:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1620:. 0|0:6,0:6:.:.:15 0|0:34,0:34:78:0,78,1170:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 1|1:0,26:26:78:723,78,0:. 0|0:13,0:13:27:0,27,405:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:12,0:12:27:0,27,405:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:6,0:6:9:0,9,135:. 0|0:5,0:5:15:0,15,155:. 0|0:8,0:8:24:0,24,261:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:18,0:18:39:0,39,585:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:25,0:25:66:0,66,990:. 0|0:3,0:3:9:0,9,106:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:5,0:5:12:0,12,180:. 0|0:1,0:1:3:0,3,35:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1144:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1384:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:90:0,90,959:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1686:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1056:. 0|0:5,0:5:15:0,15,176:. 0|0:1,0:1:3:0,3,31:. 0|0:15,0:15:33:0,33,495:. 0|0:12,0:12:36:0,36,394:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:39:0,39,585:. 0|0:42,0:42:96:0,96,1440:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:81:0,81,1215:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:6,0:6:18:0,18,212:. 0|0:5,0:5:12:0,12,180:. 0|0:27,0:27:81:0,81,912:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. Pf3D7_01_v3 182559 . C T 1.93147e+06 PASS FS=0;MQ=56.97;QD=32.08;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.784;VQSLOD=5;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.64;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.986;GC=33.33;GQ_MEAN=113.64;GQ_STDDEV=113.67;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6705;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.024;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=2007109;AF=0.568;AS_InbreedingCoeff=0.3473;MLEAC=2516;MLEAF=0.581;AN=734;AC=378 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,19:19:57:.:.:708,57,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:941,75,0:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,257:. 1|1:23,0:23:.:.:.:.:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,996:. 0|0:20,0:20:49:.:.:0,49,505:. 1|1:0,21:21:63:.:.:655,63,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:895,75,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1489,111,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,574:. 1|0:11,3:14:55:.:.:55,0,369:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1067:. 0|1:3,8:11:48:.:.:229,0,48:. 1|1:0,12:12:36:.:.:370,36,0:. 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,82:. 1|1:0,9:9:27:.:.:352,27,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,11:. 1|1:0,17:17:51:1|1:182530_A_ATTT:644,51,0:. 0|0:16,0:16:12:.:.:0,12,313:. 1|1:2,18:20:10:.:.:590,10,0:. 1|1:0,21:21:63:.:.:634,63,0:. 0|0:19,0:19:56:.:.:0,56,420:. 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,72:. 0|0:22,0:22:40:.:.:0,40,471:. 1|0:28,4:32:27:.:.:27,0,574:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,190:. 1|1:0,5:5:15:.:.:132,15,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:182533_T_TTC:1381,102,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,868:. 0|1:3,5:8:60:.:.:98,0,60:. 0|1:14,45:59:99:.:.:1202,0,166:. 1|0:8,16:24:99:.:.:333,0,174:. 1|0:43,35:78:99:.:.:893,0,950:. 0|0:41,0:41:60:.:.:0,60,874:. 1|0:41,18:59:99:.:.:491,0,976:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1307,105,0:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,92:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,381:. 1|0:12,7:19:99:0|1:182533_T_TTC:256,0,395:. 1|1:0,13:13:39:.:.:392,39,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1140,93,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:11,16:27:99:0|1:182533_T_TTC:538,0,306:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1652,138,0:. 1|0:6,5:11:99:.:.:119,0,185:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,336:. 1|1:0,13:13:39:1|1:182530_A_ATT:420,39,0:. 1|0:3,11:14:75:0|1:182530_A_ATT:295,0,75:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1096,93,0:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:. 1|1:1,11:12:6:.:.:344,6,0:. 1|1:7,47:54:1:.:.:1524,1,0:. 1|1:0,15:15:44:1|1:182530_A_ATT:448,44,0:. 1|1:0,29:29:87:.:.:1016,87,0:. 0|1:25,3:28:8:.:.:8,0,584:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,15:15:48:.:.:574,48,0:. 1|0:21,6:27:99:.:.:109,0,677:. 1|1:0,27:27:81:.:.:1004,81,0:. 0|0:25,0:25:10:.:.:0,10,443:. 1|1:0,6:6:16:1|1:182530_A_ATT:194,16,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|1:17,9:26:99:.:.:179,0,332:. 0|1:5,13:18:79:.:.:347,0,79:. 0|1:6,14:20:99:0|1:182530_A_ATTT:431,0,193:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:22,2:24:9:.:.:0,9,547:. 0|0:24,0:24:43:.:.:0,43,520:. 1|0:9,7:16:99:.:.:156,0,190:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,869:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,39:39:99:1|1:182530_A_ATT:1471,120,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:362,33,0:. 0|0:44,0:44:83:.:.:0,83,959:. 1|1:2,21:23:39:.:.:754,39,0:. 1|1:0,14:14:45:1|1:182533_T_TTC:574,45,0:. 0|1:9,7:16:99:.:.:214,0,163:. 0|0:24,0:24:7:.:.:0,7,456:. 0|0:30,0:30:46:.:.:0,46,652:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:12,2:14:20:.:.:20,0,309:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,618:. 1|1:0,16:16:48:.:.:674,48,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:182530_A_ATTT:371,30,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1215,108,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1365,117,0:. 0|1:4,13:17:99:.:.:427,0,130:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1702:. 1|1:1,41:42:81:.:.:1634,81,0:. 1|0:10,7:17:99:.:.:129,0,367:. 1|0:7,24:31:99:.:.:772,0,107:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,93:. 1|1:35,0:35:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:55:.:.:0,55,733:. 0|0:28,0:28:68:.:.:0,68,648:. 0|0:53,0:53:29:.:.:0,29,959:. 1|1:5,62:67:69:.:.:2222,69,0:. 1|1:0,26:26:77:.:.:740,77,0:. 1|0:3,12:15:33:.:.:363,0,33:. 1|1:2,36:38:54:.:.:1281,54,0:. 1|1:3,32:35:45:.:.:1122,45,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:2163,162,0:. 1|1:0,14:14:42:1|1:182535_T_TTC:538,42,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1152:. 0|1:12,12:24:99:.:.:386,0,396:. 0|0:25,0:25:74:.:.:0,74,571:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1855,161,0:. 1|1:0,29:29:85:1|1:182530_A_ATT:842,85,0:. 0|1:11,36:47:99:.:.:1223,0,131:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2221,195,0:. 0|0:20,0:20:59:.:.:0,59,459:. 1|1:0,59:59:99:.:.:2482,187,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1260,116,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1474,132,0:. 1|0:12,8:20:99:0|1:182533_T_TTC:208,0,377:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1857,144,0:. 0|1:2,12:14:10:.:.:431,0,10:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,799:. 0|1:16,34:50:99:.:.:1075,0,439:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1169:. 1|1:0,36:36:99:1|1:182530_A_ATT:1244,108,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:182533_T_TTC:1966,153,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:666,60,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1284,105,0:. 0|1:19,3:22:21:.:.:21,0,367:. 1|1:0,26:26:78:.:.:978,78,0:. 0|1:4,24:28:24:.:.:733,0,24:. 1|0:13,15:28:99:.:.:432,0,270:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,203:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,925:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,136:. 0|0:57,0:57:83:.:.:0,83,1191:. 1|0:27,6:33:85:.:.:85,0,577:. 0|1:4,18:22:76:0|1:182530_A_ATT:534,0,76:. 1|1:1,10:11:4:.:.:238,4,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,894:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1205,105,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:803,78,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1041,106,0:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 1|1:1,16:17:21:.:.:495,21,0:. 0|1:20,8:28:99:.:.:148,0,440:. 1|1:0,26:26:78:.:.:934,78,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,494:. 1|1:0,6:6:18:1|1:182530_A_ATT:228,18,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:580,45,0:. 0|0:24,0:24:59:.:.:0,59,587:. 1|1:1,35:36:80:.:.:1170,80,0:. 1|0:5,3:8:72:.:.:72,0,123:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1384,116,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1115:. 0|1:5,13:18:99:0|1:182533_T_TTC:377,0,137:. 1|1:0,24:24:72:.:.:816,72,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:182530_A_ATTT:319,30,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:861,72,0:. 1|0:5,52:57:55:.:.:1316,0,55:. 1|1:0,25:25:74:.:.:817,74,0:. 0|1:15,10:25:99:.:.:222,0,496:. 1|1:0,21:21:64:1|1:182530_A_ATT:741,64,0:. 1|1:1,39:40:90:.:.:1196,90,0:. 0|1:18,15:33:99:0|1:182530_A_ATT:366,0,525:. 1|0:10,32:42:99:.:.:935,0,100:. 1|1:0,28:28:87:.:.:1104,87,0:. 1|1:0,2:2:6:1|1:182530_A_ATT:77,6,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1155,96,0:. 0|0:39,0:39:33:.:.:0,33,804:. 1|1:0,10:10:30:.:.:303,30,0:. 1|0:9,20:29:99:0|1:182530_A_ATTT:595,0,229:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1243,105,0:. 0|1:14,36:50:99:.:.:949,0,276:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:16,14:30:99:0|1:182530_A_ATT:373,0,436:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,29:29:90:.:.:986,90,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,270:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,10:35:99:.:.:275,0,807:. 1|0:39,18:57:99:.:.:443,0,892:. 1|1:1,9:10:4:.:.:204,4,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:932,75,0:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,675:. 0|0:26,0:26:65:.:.:0,65,587:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2428,183,0:. 1|1:1,26:27:56:.:.:904,56,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:182530_A_ATT:1488,119,0:. 1|0:31,0:31:.:.:.:.:. 1|1:0,16:16:50:.:.:519,50,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:787,66,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1385,116,0:. 0|1:9,5:14:99:.:.:128,0,255:. 0|0:15,0:15:32:.:.:0,32,346:. 0|0:26,0:26:59:.:.:0,59,563:. 1|1:0,19:19:56:1|1:182530_A_ATT:594,56,0:. 1|0:8,52:60:25:.:.:1265,0,25:. 1|1:0,16:16:48:.:.:533,48,0:. 1|1:1,49:50:99:.:.:1698,124,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2630,204,0:. 1|0:12,22:34:99:.:.:713,0,296:. 0|0:20,2:22:9:.:.:0,9,533:. 0|1:24,3:27:13:.:.:13,0,649:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:29,0:29:.:.:.:.:. 1|1:2,17:19:2:.:.:555,2,0:. 1|0:15,8:23:99:0|1:182530_A_AT:167,0,417:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1321:. 0|1:30,0:30:.:.:.:.:. 0|0:22,0:22:49:.:.:0,49,458:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1659,144,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:561,60,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:221,24,0:. 1|0:27,6:33:81:.:.:81,0,783:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,790:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,113:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,9:9:27:1|1:182530_A_ATT:360,27,0:. 0|0:34,0:34:22:.:.:0,22,670:. 0|0:21,0:21:32:.:.:0,32,448:. 1|1:0,12:12:36:.:.:372,36,0:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,169:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,12:12:36:1|1:182530_A_AT:368,36,0:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,346:. 0|0:51,0:51:90:.:.:0,90,1130:. 0|1:9,0:9:.:.:.:.:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1260:. 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,24:24:72:1|1:182530_A_ATT:904,72,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:563,51,0:. 0|0:14,0:14:18:.:.:0,18,257:. 1|1:12,0:12:.:.:.:.:. 1|1:0,55:55:99:.:.:2160,165,0:. 1|1:0,25:25:74:.:.:735,74,0:. 1|1:4,0:4:.:.:.:.:. 0|1:19,16:35:99:.:.:318,0,385:. 1|1:6,28:34:4:.:.:998,4,0:. 0|1:25,29:54:99:.:.:813,0,744:. 1|1:1,10:11:23:.:.:299,23,0:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,262:. 1|0:14,19:33:99:0|1:182530_A_ATT:568,0,437:. 1|1:0,25:25:72:1|1:182530_A_ATT:889,72,0:. 1|0:3,6:9:88:0|1:182530_A_ATTTT:196,0,88:. 1|1:2,0:2:.:.:.:.:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1356,114,0:. 1|1:7,74:81:85:.:.:2685,85,0:. 1|1:0,31:31:92:.:.:1177,92,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1440,125,0:. 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,96:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|1:2,17:19:5:.:.:435,5,0:. 0|1:3,14:17:27:.:.:369,0,27:. 1|1:0,16:16:48:.:.:571,48,0:. 1|0:14,3:17:41:.:.:41,0,279:. 1|1:0,20:20:58:.:.:610,58,0:. 1|0:2,4:6:31:.:.:93,0,31:. 1|1:0,7:7:21:.:.:197,21,0:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:4,0:4:.:.:.:.:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,49:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,952:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,361:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,57:. 1|0:2,12:14:37:0|1:182533_T_TTC:458,0,37:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,81:. 0|0:0,3:3:9:.:.:85,9,0:. 1|0:4,3:7:89:.:.:89,0,97:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:182533_T_TTC:430,30,0:. 1|1:0,14:14:42:1|1:182533_T_TTC:582,42,0:. 1|1:0,18:18:54:1|1:182530_A_ATT:662,54,0:. 1|1:3,0:3:0:.:.:0,0,10:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,354:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,293:. 0|1:11,0:11:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,3:3:15:1|1:182533_T_TTC:225,15,0:. 1|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,2:2:6:1|1:182530_AT_A:90,6,0:. 0|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 1|1:21,0:21:.:.:.:0,0,0:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|0:1,4:5:19:.:.:128,0,19:. 1|1:0,5:5:15:1|1:182533_T_TTC:216,15,0:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,371:. 1|1:0,10:10:30:1|1:182530_A_ATT:401,30,0:. 1|1:0,4:4:12:.:.:121,12,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:147,15,0:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,71:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,13:13:39:.:.:413,39,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,668:. 0|0:23,0:23:52:.:.:0,52,576:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1183:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1013:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,13:13:39:.:.:534,39,0:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,487:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1334:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1300:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:29,0:29:70:.:.:0,70,781:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,489:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:248,24,0:. 1|1:1,33:34:68:1|1:182533_T_TTC:1279,68,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1229:. 1|1:0,9:9:27:1|1:182530_A_ATT:364,27,0:. 1|1:0,27:27:81:1|1:182530_A_ATT:963,81,0:. 1|1:1,22:23:35:.:.:759,35,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1302:. 0|1:6,22:28:99:0|1:182530_A_ATT:716,0,147:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,106,1027:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|0:23,0:23:52:.:.:0,52,621:. 1|1:3,0:3:0:.:.:0,0,17:. 0|1:5,1:6:7:.:.:7,0,137:. 0|0:27,2:29:25:.:.:0,25,815:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,429:. 1|1:0,22:22:66:1|1:182533_T_TTC:858,66,0:. 0|0:48,0:48:60:.:.:0,60,1242:. 0|0:35,0:35:88:.:.:0,88,886:. 1|1:2,29:31:38:.:.:1069,38,0:. 1|1:0,14:14:42:.:.:464,42,0:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,42:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1487,122,0:. 1|1:0,11:11:33:1|1:182530_A_ATT:350,33,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,27:28:74:1|1:182533_T_TTC:1065,74,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,27:28:47:1|1:182530_A_ATT:818,47,0:. 0|0:0,3:3:9:1|1:182530_A_ATTT:126,9,0:. 0|1:11,12:23:99:.:.:415,0,374:. 1|1:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,18:18:54:1|1:182530_A_ATT:599,54,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:958,66,0:. 1|0:7,23:30:99:0|1:182533_T_TTC:819,0,145:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,617:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:12,24:36:99:0|1:182530_A_ATT:732,0,304:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,753:. 1|1:0,12:12:36:.:.:392,36,0:. 0|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:2,40:42:73:.:.:1360,73,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1541,125,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|0:3,9:12:66:.:.:243,0,66:. 1|1:2,18:20:4:.:.:510,4,0:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,268:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:16,0:16:10:.:.:0,10,377:. 0|1:5,2:7:48:.:.:48,0,126:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1119:. 1|0:2,10:12:23:.:.:301,0,23:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,883:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,19:20:35:1|1:182530_A_ATT:634,35,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,6:6:18:1|1:182530_A_ATT:211,18,0:. 1|1:1,11:12:1:1|1:182530_A_ATTT:353,1,0:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,317:. 1|1:0,8:8:24:1|1:182530_A_ATT:264,24,0:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,714:. 1|1:0,11:11:33:1|1:182530_A_ATT:419,33,0:. 1|1:0,17:17:51:1|1:182530_A_ATT:567,51,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:209,21,0:. 0|0:9,0:9:6:.:.:0,6,213:. 0|0:10,0:10:13:.:.:0,13,195:. 1|1:0,5:5:15:1|1:182530_A_AT:178,15,0:. 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,73:. 1|1:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:203,21,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:312,30,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,176:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,460:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,456:. 0|0:20,0:20:59:.:.:0,59,523:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,8:8:24:1|1:182530_A_ATT:279,24,0:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:6,0:6:17:.:.:0,17,121:. 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,909:. 1|1:0,30:30:96:1|1:182530_A_ATT:1176,96,0:. 1|1:2,26:28:64:.:.:980,64,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,17:17:51:.:.:645,51,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:565,45,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:721,60,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:250,30,0:. 1|0:10,0:10:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,7:7:21:1|1:182530_A_ATT:274,21,0:. 0|0:20,0:20:44:.:.:0,44,434:. 1|1:0,3:3:9:1|1:182530_A_ATT:115,9,0:. 1|0:9,4:13:99:.:.:100,0,302:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,28:28:83:.:.:733,83,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1206:. 0|1:6,5:11:98:.:.:98,0,137:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,108:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,175:. 1|1:0,2:2:6:.:.:74,6,0:. 1|1:0,32:32:96:1|1:182530_A_ATT:1194,96,0:. 0|0:25,0:25:56:.:.:0,56,587:. Pf3D7_01_v3 182927 . T C 4.75407e+06 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=24.18;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G432;SNPEFF_CODON_CHANGE=ggA/ggG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104200;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104200.1;SOR=0.701;VQSLOD=6.05;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=28.57;GQ_MEAN=147.47;GQ_STDDEV=113.31;HRun=2;InbreedingCoeff=0.8714;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.906;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7224117;AF=0.223;AS_InbreedingCoeff=0.2598;MLEAC=1174;MLEAF=0.223;AN=854;AC=148 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1355:. 1|0:12,34:46:99:.:.:784,0,238:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1308:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:7,63:70:16:.:.:1511,0,16:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,781:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1044:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,91:. 1|1:1,25:26:45:.:.:692,45,0:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,36:36:99:.:.:996,108,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1274:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1285:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1073:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1483,167,0:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,648:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,445:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1165:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1115:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1379:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1247:. 1|0:189,80:269:99:.:.:1268,0,4876:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1107:. 1|0:96,31:127:99:.:.:444,0,2555:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1053:. 0|0:50,0:50:93:.:.:0,93,1425:. 1|0:71,12:83:20:.:.:20,0,1855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,996:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1175:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1285:. 1|0:49,15:64:99:.:.:213,0,1257:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1037:. 0|0:82,0:82:40:.:.:0,40,2013:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,655:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,112:131:99:.:.:2704,0,187:. 1|1:5,87:92:99:.:.:2200,122,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1222:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1035:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,18:83:99:.:.:187,0,1714:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:41,59:100:99:.:.:1263,0,898:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,979:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:63,32:95:99:.:.:578,0,1593:. 1|0:74,28:102:99:.:.:435,0,1920:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1217:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,938:. 0|1:39,53:92:99:.:.:1239,0,888:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1411:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,953:. 1|1:1,84:85:99:.:.:2280,223,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,13:74:99:.:.:134,0,1506:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1352,160,0:. 1|0:29,31:60:99:.:.:674,0,665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,960:. 0|1:15,24:39:99:.:.:533,0,348:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1036:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:94,79:173:99:.:.:1506,0,2252:. 1|0:36,9:45:99:.:.:116,0,989:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1442:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1057:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1297:. 0|1:69,35:104:99:.:.:612,0,1798:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1169:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1187:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,61:129:99:.:.:1285,0,1689:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1381:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1202:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1126:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1384:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1303:. 0|1:112,36:148:99:.:.:522,0,2849:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1048:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1077:. 0|1:35,167:202:99:.:.:3804,0,447:. 1|1:3,189:192:99:.:.:5054,479,0:. 1|0:116,16:132:45:.:.:45,0,3032:. 1|0:51,146:197:99:.:.:3281,0,934:. 0|0:102,12:114:10:.:.:0,10,2781:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1626:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:6,87:93:99:.:.:2121,121,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1373:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1217:. 0|1:23,184:207:68:.:.:4276,0,68:. 0|1:125,19:144:85:.:.:85,0,3298:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,118,1427:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1322:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1365:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1051:. 1|1:0,238:238:99:.:.:6305,711,0:. 1|0:102,21:123:99:.:.:154,0,2631:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1054:. 0|1:114,52:166:99:.:.:894,0,2988:. 1|0:134,54:188:99:.:.:858,0,3418:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1743:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5191,588,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1247:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1024:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1036:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1412:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,919:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,976:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1102:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1237:. 1|0:42,12:54:99:.:.:152,0,1107:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1251:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,963:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1125:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1151:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:165,37:202:99:.:.:382,0,4326:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1062:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1230:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,957:. 1|0:37,32:69:99:.:.:644,0,907:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1302:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1339:. 1|0:31,53:84:99:.:.:1221,0,658:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,984:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1291:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,16:89:99:.:.:170,0,1949:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1233:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1398:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1416:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1014:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:58,46:104:99:.:.:920,0,1394:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1847,209,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1894,207,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:87,25:112:99:.:.:306,0,2249:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1020:. 1|0:100,30:130:99:.:.:435,0,2648:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1561:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1113:. 0|1:56,24:80:99:.:.:403,0,1469:. 0|1:63,15:78:99:.:.:163,0,1695:. 0|1:41,56:97:99:.:.:1233,0,965:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1258:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,16:64:99:.:.:244,0,1262:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1359:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1196:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,905:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1168:. 0|1:53,11:64:99:.:.:111,0,1398:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,979:. 0|0:51,0:51:24:.:.:0,24,1231:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,920:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1374:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,977:. 1|0:102,14:116:22:.:.:22,0,2809:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,998:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1357:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1110:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1080:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1059:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1204:. 1|0:136,18:154:36:.:.:36,0,3597:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,988:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,67:. 0|0:151,0:151:79:.:.:0,79,3831:. 0|1:39,84:123:99:.:.:1927,0,834:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,113,1024:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1141:. 1|0:30,85:115:99:.:.:1974,0,582:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:43,6:49:19:.:.:19,0,1125:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 1|1:4,53:57:43:.:.:1301,43,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1332,149,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:27:.:.:0,27,2116:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,107,1041:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1128:. 1|0:11,4:15:65:.:.:65,0,308:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1023:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:8,113:121:99:.:.:2881,122,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:90,58:148:99:.:.:1431,0,2783:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1258:. 1|0:53,108:161:99:.:.:3166,0,1369:. 0|1:68,46:114:99:.:.:1210,0,2100:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1146:. 1|0:85,67:152:99:.:.:1712,0,2537:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5741,520,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3699,330,0:. 0|1:120,59:179:99:.:.:1492,0,3657:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1241:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1278:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,713:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1207:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,116,1488:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1190:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1251:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4484,408,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1262:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1189:. 1|0:97,29:126:99:.:.:624,0,3087:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,154:154:99:.:.:5115,463,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1233:. 1|0:87,13:100:99:.:.:139,0,2775:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1189:. 1|1:1,87:88:99:.:.:2844,228,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1331:. 1|1:1,523:524:99:.:.:17324,1536,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1139:. 1|1:0,18:18:54:.:.:591,54,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1381:. 1|1:4,86:90:99:.:.:2586,128,0:. 1|1:1,155:156:99:.:.:4964,431,0:. 1|1:2,221:223:99:.:.:6941,619,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1381:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1488:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1188:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1558:. 1|1:2,239:241:99:.:.:7592,672,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1149:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1252:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1346:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1375:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1224:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1318:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1494:. 0|0:32,0:32:61:.:.:0,61,1000:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1452:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1221:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1327:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1111:. 1|1:4,223:227:99:.:.:6852,536,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1310:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1252:. 1|0:42,188:230:99:.:.:5288,0,728:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1127:. 0|1:132,21:155:99:.:.:205,0,3897:. 0|1:125,113:238:99:.:.:2774,0,3517:. 1|1:1,175:176:99:.:.:5635,518,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1245:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1639:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1225:. 1|0:102,43:145:99:.:.:894,0,2972:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1304:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1329:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1236:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1207:. 1|0:25,140:165:99:.:.:3974,0,334:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,20:106:99:.:.:270,0,2503:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1094:. 1|1:10,218:228:99:.:.:6333,342,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4010,375,0:. 1|0:163,140:303:99:.:.:3448,0,4581:. 1|1:2,504:506:99:.:.:16166,1444,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,88:90:99:.:.:2753,196,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1296:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1517:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,287:289:99:.:.:8507,790,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1808,162,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1147:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1242:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1229:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1191:. 1|1:0,199:199:99:.:.:6417,597,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5905,547,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1097:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1202:. 1|1:0,277:277:99:.:.:8796,830,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1285:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1206:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3544,330,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,732:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1282:. 0|1:110,127:237:99:.:.:3366,0,3129:. 1|0:150,128:278:99:.:.:3315,0,4099:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1227:. 1|0:147,116:263:99:.:.:2844,0,4225:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7092,669,0:. 0|1:153,53:206:99:.:.:1120,0,4734:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1203:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1249:. 0|1:46,121:167:99:.:.:3402,0,1006:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,23:25:2:.:.:647,2,0:. 1|1:7,341:348:99:.:.:10540,813,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. Pf3D7_01_v3 183096 . A T 156196 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=20.31;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F376Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=tTt/tAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104200;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104200.1;SOR=0.698;VQSLOD=5.46;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=127.76;GQ_STDDEV=157.59;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0102;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.245;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6914085;AF=0.002853;AS_InbreedingCoeff=0.4945;MLEAC=15;MLEAF=0.002853;AN=858;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:0,99,1257:. 0|0:57,0:57:99:0,116,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1225:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1500:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1363:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1295:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1276:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1044:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1327:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1164:. 0|0:6,0:6:18:0,18,190:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:49:0,49,800:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1274:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1285:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1073:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:81:0,81,849:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:0,60,630:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:54,0:54:99:0,107,1700:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1165:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1115:. 0|0:43,0:43:99:0,115,1379:. 0|0:45,0:45:99:0,110,1247:. 0|0:273,0:273:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1320:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1053:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1105:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,996:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1175:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1285:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1107:. 0|0:24,0:24:66:0,66,990:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1222:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,979:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1057:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1217:. 0|0:34,0:34:99:0,102,938:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1058:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1166:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1411:. 0|0:36,0:36:99:0,105,953:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1010:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1232:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:0,99,960:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1316:. 0|0:87,0:87:99:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1011:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1665:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1163:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1442:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1057:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1297:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1187:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1071:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1381:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1202:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1126:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1303:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1048:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1077:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1626:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 1|1:9,107:116:73:2914,73,0:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1373:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1217:. 0|0:173,0:173:99:0,101,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,118,1427:. 0|0:41,0:41:99:0,109,1322:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1365:. 0|0:58,0:58:99:0,106,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1051:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1054:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1743:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1247:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1024:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1036:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1412:. 0|0:34,0:34:99:0,102,919:. 0|0:33,0:33:99:0,99,976:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1102:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1248:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1237:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1251:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,963:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1125:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1330:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1151:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:41,0:41:99:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1062:. 0|0:43,0:43:99:0,110,1230:. 0|0:34,0:34:99:0,102,957:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1302:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1620:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1339:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1291:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1233:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1398:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1416:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1014:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1110:. 0|0:54,0:54:99:0,101,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1018:. 0|0:67,0:67:99:0,109,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1020:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,110,1561:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1015:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1113:. 0|0:52,0:52:99:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,116,1258:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1359:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1196:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1168:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1076:. 0|0:36,0:36:99:0,102,920:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1374:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,105,977:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1055:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1346:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1357:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1110:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1083:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1080:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1407:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1204:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,988:. 0|0:7,0:7:21:0,21,189:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,113,1024:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1141:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1160:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,110,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:63:0,63,945:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1212:. 0|0:95,0:95:99:0,117,1755:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:0,107,1041:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1128:. 0|0:20,0:20:60:0,60,618:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:0,99,915:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1258:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1146:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1241:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1278:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1156:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1201:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1190:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1251:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1148:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1165:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1187:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1262:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1620:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1170:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1151:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1195:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1185:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1122:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1166:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1331:. 0|0:539,0:539:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1139:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1381:. 0|0:89,0:89:99:0,105,1575:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,107,1381:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1488:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1188:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1558:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1149:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1086:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1252:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1175:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1103:. 0|0:39,0:39:99:0,110,1346:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1139:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1154:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1151:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1180:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1375:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1212:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1187:. 0|0:249,0:249:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|1:207,107:314:99:2799,0,5842:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1154:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1180:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1166:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1108:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1186:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1027:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1327:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1111:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1310:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1149:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1252:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 1|1:4,356:360:99:12108,963,0:. 1|0:118,50:168:99:1200,0,3498:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1245:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1165:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1112:. 0|1:118,40:158:99:918,0,3268:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1639:. 1|0:33,84:117:99:2664,0,695:. 0|1:68,108:176:99:3202,0,1714:. 0|0:59,0:59:67:0,67,1730:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1329:. 1|1:9,369:378:99:12505,839,0:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1207:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 1|0:77,28:105:99:639,0,2287:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1147:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1094:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1296:. 0|0:41,0:41:99:0,107,1517:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1185:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1147:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1169:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1242:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1229:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1191:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,108,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1097:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1248:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1173:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1200:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1172:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1202:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1285:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1210:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1110:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1176:. 0|0:20,0:20:60:0,60,686:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1282:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1227:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1169:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1183:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1203:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1159:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1189:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1620:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1249:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1147:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1346:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1165:. Pf3D7_01_v3 183969 . T C 824031 PASS FS=0;MQ=60.7;QD=26.42;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D85G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAt/gGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104200;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104200.1;SOR=0.686;VQSLOD=6.76;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0174;FractionInformativeReads=0.997;GC=33.33;GQ_MEAN=150.26;GQ_STDDEV=128.91;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5439;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.746;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10976163;AF=0.022;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=114;MLEAF=0.022;AN=856;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:9,20:29:99:0|1:183969_T_C:761,0,359:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1118:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1535:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1657:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1043:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,942:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,604:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:26,0:26:61:.:.:0,61,825:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:52,11:63:99:0|1:183969_T_C:108,0,2234:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1350:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1145:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1052:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,19:22:69:.:.:685,0,69:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1341:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1464:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1038:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1580:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1645:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1005:. 1|0:8,100:108:84:0|1:183969_T_C:3922,0,84:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1189:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1299:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1532:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,641:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1711:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1167:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1413:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1323:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1295:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1161:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1232:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1427:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:45,12:57:99:0|1:183969_T_C:343,0,2280:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1442:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,108:162:99:0|1:183969_T_C:2438,0,1164:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1800:. 0|1:157,52:209:99:.:.:1541,0,6846:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,118,1427:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1024:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1634:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,919:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1259:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:3,7:10:99:0|1:183969_T_C:285,0,125:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1511:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1230:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,42:96:99:0|1:183969_T_C:827,0,1386:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,16:146:0:0|1:183969_T_C:0,0,5108:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1072:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,59:103:99:0|1:183969_T_C:2234,0,2057:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1695:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1416:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1014:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,240:240:99:1|1:183969_T_C:9847,734,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1638:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1454:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1086:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1258:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1132:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1247:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1287:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1784:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1540:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1080:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1407:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1134:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1374:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,74:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1402:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,377:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,488:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1506:. 0|1:141,15:156:25:0|1:183969_T_C:25,0,4583:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1252:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1331:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1381:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1488:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1188:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1558:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1149:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1775:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1384:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1375:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1580:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1735:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1327:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,107,1216:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1245:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,64:212:99:0|1:183969_T_C:2011,0,7063:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,979:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:379,0:379:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1399:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,268:281:97:1|1:183969_T_C:10841,97,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:55,77:132:99:0|1:183969_T_C:2893,0,2944:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1223:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,151:157:99:1|1:183969_T_C:6255,223,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1446:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 184490 . T C 115621 PASS FS=0;MQ=59.95;QD=18.82;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.716;VQSLOD=6.69;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=113.2;GQ_STDDEV=30.75;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8078;NCC=0;BaseQRankSum=-3.531;ClippingRankSum=0.38;MQRankSum=-0.108;POSITIVE_TRAIN_SITE;ReadPosRankSum=1.18;culprit=FS;set=snp;DP=4731828;AF=0.02;AS_InbreedingCoeff=0.8078;MLEAC=101;MLEAF=0.02;AN=850;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1511:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,599:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,28:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,278:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1332:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1301:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1205:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,434:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,159:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,875:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1561:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1226:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1243:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1005:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1307:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1632:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1386:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,889:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1360:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,489:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1508:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1161:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1296:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:38,8:46:74:.:.:74,0,1023:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,607:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1403:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,623:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1269:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1423:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1250:. 0|0:23,0:23:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:34,0:34:80:.:.:0,80,1023:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1399:. 0|1:24,32:56:99:.:.:703,0,555:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1526:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,974:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1269:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1718:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1053:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1531:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1242:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1719:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,104,1790:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1465:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1437:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,996:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1598:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1439:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1366:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:93,27:120:99:.:.:362,0,2403:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1283:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1727:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:81,12:93:45:.:.:45,0,2115:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1716:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1720:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1557:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1671:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1514:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1310:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1763:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1412:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1707:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1563:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1551:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1022:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1316:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1411:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1314:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1420:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1649:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1131:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1516:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1420:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1462:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1622:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1604:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1312:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,115,1396:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1126:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1047:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1080:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1120:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1374:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1364:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:10,94:104:5:.:.:2177,5,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1452:. 0|0:55,0:55:31:.:.:0,31,1356:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1098:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1487:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,880:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1433:. 0|0:35,0:35:68:.:.:0,68,948:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,727:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1215:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1209:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1621:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1384:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1722:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,49:77:99:.:.:1080,0,640:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1438:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,113,1472:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1464:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1460:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1475:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,181:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1576:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1626:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1448:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1423:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1757:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1573:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1614:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1432:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1268:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1549:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,334:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1469:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:84 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1392:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:.:.:.:.:58 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:.:.:.:.:77 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1782:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:24 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:96 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1497:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:30 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:45 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:.:.:.:.:54 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:.:.:.:.:72 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:101 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1796:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:45 0|0:98,0:98:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1727:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1533:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:27 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:107 0|0:22,0:22:.:.:.:.:66 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1565:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:24 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1398:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:29,0:29:.:.:.:.:81 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:51 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1617:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1779:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1502:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1624:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,421:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1424:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1317:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,695:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,460:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,424:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,264:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1586:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1403:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1240:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1634:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1420:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1324:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,309:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1154:. Pf3D7_01_v3 186188 . A T 227778 PASS FS=0.647;MQ=57.7;QD=24.11;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.589;VQSLOD=3.25;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.3738;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=104.42;GQ_STDDEV=89.34;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0289;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.395;culprit=FS;set=snp;DP=3290648;AF=0.059;AS_InbreedingCoeff=0.2;MLEAC=282;MLEAF=0.057;AN=782;AC=47 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:6,14:20:99:.:.:366,0,131:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,972:. 0|1:7,17:24:99:.:.:430,0,123:. 0|0:23,0:24:72:0|1:186179_T_A:0,72,999:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:17,0:17:23:.:.:0,23,444:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,495:. 0|0:11,0:11:17:.:.:0,17,268:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,86:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,313:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:41,12:53:99:.:.:178,0,1053:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1644:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,17:17:50:.:.:438,50,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1063:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,7:35:99:.:.:105,0,679:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:1,26:27:51:.:.:764,51,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1436:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1644:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1377:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,663:. 0|0:26,0:26:27:.:.:0,27,622:. 0|0:37,0:37:79:.:.:0,79,890:. 1|1:0,30:30:90:.:.:924,90,0:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:66:.:.:0,66,990:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1065:. 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:38:.:.:0,38,501:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1272:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1317:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:87:.:.:0,87,1305:. 1|0:23,6:29:69:.:.:69,0,541:. 1|0:10,34:44:99:.:.:899,0,165:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:22,0:22:44:.:.:0,44,580:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:25,0:25:48:.:.:0,48,720:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:23,0:23:53:.:.:0,53,606:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1293:. 1|1:2,20:22:41:.:.:615,41,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1471:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1317:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,654:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:78:.:.:0,78,1245:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1399:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,228:. 0|0:30,0:30:66:.:.:0,66,990:. 0|0:36,0:36:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,112,1602:. 0|0:55,0:55:87:.:.:0,87,1383:. 0|0:148,0:148:96:.:.:0,96,3339:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1082,101,0:. 0|1:41,23:64:99:.:.:497,0,1246:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:63:.:.:0,63,945:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1343:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,987:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1288:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:32,0:32:66:.:.:0,66,990:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1486:. 1|0:31,5:36:30:.:.:30,0,956:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,465:. 0|0:45,0:45:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1247:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1934,189,0:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:71:.:.:0,71,968:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,115,1596:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:78:.:.:0,78,1220:. 0|0:61,0:61:6:.:.:0,6,90:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1283:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1297:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,540:. 0|0:57,0:57:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:23,0:23:48:.:.:0,48,720:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 0|0:24,0:24:45:.:.:0,45,675:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1239:. 1|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:75:.:.:0,75,1125:. 1|0:37,13:50:99:.:.:166,0,1091:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:9,44:53:87:.:.:931,0,87:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:60,0:60:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1322,124,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1387:. 1|0:18,17:35:99:.:.:365,0,448:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,29:30:63:.:.:819,63,0:. 0|1:56,20:76:99:.:.:294,0,1629:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1156:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:15,25:40:99:.:.:545,0,317:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1308:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:91:.:.:0,91,923:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1402:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:51:.:.:0,51,765:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1130:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,498:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1450:. 1|1:1,60:61:99:.:.:1676,170,0:. 0|0:40,3:43:56:.:.:0,56,1311:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1324:. 1|0:13,4:17:28:.:.:28,0,334:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1362:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1161:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1690:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:36:.:.:0,36,1116:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1034:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:74:.:.:0,74,1252:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:37,8:45:46:.:.:46,0,1001:. 0|0:30,0:30:16:.:.:0,16,683:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:16:.:.:0,16,1023:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,14:15:33:.:.:313,33,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:54:.:.:0,54,810:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:38,0:38:83:.:.:0,83,992:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:63:.:.:0,63,945:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:. 1|0:44,8:52:58:.:.:58,0,1532:. 0|1:36,7:43:24:.:.:24,0,1037:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,9:27:99:.:.:128,0,439:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1082:. 0|1:17,0:17:.:.:.:.:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1384:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,360:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,109,1565:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1275:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,453:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:19,0:19:30:.:.:0,30,450:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:29,0:29:36:.:.:0,36,801:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,195:. 0|0:25,0:25:42:.:.:0,42,630:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 0|0:19,0:19:33:.:.:0,33,495:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:19,0:19:20:.:.:0,20,556:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,718:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,330:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,368:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:6,0:6:4:.:.:0,4,155:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:76:.:.:0,76,1151:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:5,0:5:2:.:.:0,2,129:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,288:. 0|0:18,0:18:33:.:.:0,33,495:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,307:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,74:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,810:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,540:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,203:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:12,0:12:21:.:.:0,21,315:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,926:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1607:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:36,0:36:63:.:.:0,63,990:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,96:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1366:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,25:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1313:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:34,0:34:12:.:.:0,12,950:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,672:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,24:24:70:.:.:668,70,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,904:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,492:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 0|0:37,0:37:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1434:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,23:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1588:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1354:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,124:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,721:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,508:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,225:. 0|0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 1|1:0,10:10:30:.:.:310,30,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:248,21,0:. 0|0:19,0:19:43:.:.:0,43,622:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,576:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,275:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,275:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,628:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:18,0:18:36:.:.:0,36,540:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,488:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,103:. 1|1:0,8:8:24:.:.:294,24,0:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|0:32,18:50:99:.:.:400,0,910:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,156:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,776:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. Pf3D7_01_v3 187588 . G A 2.8353e+06 PASS FS=0.663;MQ=60.74;QD=24.65;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.769;VQSLOD=3.5;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.99;GC=33.33;GQ_MEAN=236.48;GQ_STDDEV=281.02;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6403;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.509;culprit=MQ;set=snp;DP=4200499;AF=0.328;AS_InbreedingCoeff=0.4462;MLEAC=1682;MLEAF=0.329;AN=814;AC=237 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:1,23:24:41:.:.:700,41,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1384,135,0:. 0|0:34,0:34:8:.:.:0,8,784:. 1|1:0,26:26:78:.:.:966,78,0:. 0|1:18,4:22:35:0|1:187588_G_A:35,0,739:. 0|0:30,0:30:59:.:.:0,59,817:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|0:2,17:19:33:0|1:187588_G_A:475,0,33:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:18,8:26:99:0|1:187588_G_A:170,0,717:. 0|1:16,9:25:99:0|1:187588_G_A:197,0,456:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 1|0:8,15:23:99:.:.:403,0,151:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,200:. 0|0:0,3:3:9:.:.:90,9,0:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:0,3:3:9:1|1:187588_G_A:135,9,0:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,28:. 1|1:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1237:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,14:14:42:.:.:429,42,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1056:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,193:. 1|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 1|1:0,29:29:86:.:.:800,86,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:792,78,0:. 1|0:38,26:64:99:0|1:187588_G_A:568,0,1427:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,965:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,22:22:65:.:.:636,65,0:. 0|1:83,42:125:99:0|1:187588_G_A:886,0,2608:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1891,197,0:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:35,0:35:73:.:.:0,73,914:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,965:. 1|1:4,51:55:65:.:.:1343,65,0:. 1|0:67,17:84:99:0|1:187588_G_A:245,0,2684:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1235:. 1|1:0,74:74:99:1|1:187583_T_G:3185,222,0:. 0|1:41,39:80:99:.:.:863,0,902:. 0|0:30,2:32:37:0|1:187588_G_A:0,37,1130:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1201:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,51:53:99:.:.:1469,152,0:. 0|1:13,2:15:17:0|1:187588_G_A:17,0,430:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1193:. 1|1:2,35:37:21:1|1:187588_G_A:962,21,0:. 1|0:39,9:48:99:.:.:104,0,890:. 0|0:43,0:43:98:.:.:0,98,1144:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1193:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1163:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,19:21:27:0|1:187588_G_A:478,0,27:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1196:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1774:. 1|1:0,19:19:57:.:.:572,57,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1111:. 1|0:19,43:62:99:0|1:187588_G_A:1036,0,514:. 1|0:26,12:38:99:0|1:187588_G_A:239,0,1031:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 1|0:37,16:53:99:.:.:338,0,924:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1056,111,0:. 0|1:8,11:19:99:.:.:279,0,160:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1373:. 1|1:2,30:32:47:.:.:830,47,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|0:36,25:61:99:0|1:187588_G_A:532,0,1255:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1574:. 1|1:0,25:25:75:.:.:697,75,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,603:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:29,6:35:62:.:.:62,0,673:. 0|0:35,0:35:91:.:.:0,91,915:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1182,126,0:. 1|0:22,22:44:99:.:.:500,0,441:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1355:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1632:. 1|1:2,36:38:55:.:.:985,55,0:. 1|1:5,120:125:99:.:.:3460,254,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1436:. 0|1:51,17:68:99:0|1:187588_G_A:222,0,1645:. 0|0:29,0:29:59:.:.:0,59,754:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:48,14:62:99:.:.:190,0,1128:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:4,83:87:99:.:.:2259,157,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1169:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,39:64:99:0|1:187588_G_A:961,0,841:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1076:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1701:. 1|0:21,51:72:99:0|1:187588_G_A:1173,0,654:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1428:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2476,262,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2434,256,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:3866,405,0:. 0|1:43,35:78:99:.:.:813,0,1724:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1153:. 1|0:66,13:79:99:0|1:187588_G_A:137,0,2580:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:25,40:65:99:.:.:958,0,507:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1795:. 1|0:20,74:94:99:.:.:1845,0,212:. 0|0:52,0:52:76:.:.:0,76,1229:. 1|0:12,85:97:37:.:.:2166,0,37:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:31,19:50:99:0|1:187588_G_A:389,0,1127:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1174:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1472:. 1|1:3,63:66:99:.:.:1692,109,0:. 0|0:34,0:34:77:.:.:0,77,838:. 1|0:15,75:90:99:0|1:187588_G_A:1880,0,368:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:6,55:61:22:.:.:1397,22,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1211:. 0|1:21,34:55:99:0|1:187588_G_A:828,0,780:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1304:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2802,295,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,32:32:95:.:.:895,95,0:. 0|1:19,54:73:99:0|1:187588_G_A:1283,0,637:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1687:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1291:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1785,191,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1063,113,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1632,180,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:22,8:30:99:.:.:120,0,459:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1605:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1598:. 1|0:27,36:63:99:0|1:187588_G_A:872,0,851:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1237:. 0|1:32,26:58:99:0|1:187588_G_A:599,0,833:. 0|1:21,36:57:99:0|1:187588_G_A:874,0,687:. 0|0:85,6:91:85:0|1:187588_G_A:0,85,3439:. 0|1:80,15:95:99:0|1:187588_G_A:138,0,2548:. 0|1:20,69:89:99:0|1:187588_G_A:1779,0,613:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1755:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2586,265,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1259:. 0|1:31,16:47:99:.:.:327,0,709:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1239:. 0|1:56,20:76:99:.:.:361,0,2049:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:44,32:76:99:0|1:187588_G_A:733,0,1484:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:26,19:45:99:.:.:437,0,576:. 0|1:22,8:30:99:0|1:187588_G_A:140,0,900:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1440:. 1|0:53,10:63:85:0|1:187588_G_A:85,0,1478:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1687:. 0|0:52,2:54:98:0|1:187588_G_A:0,98,1590:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1230:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3544,363,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1294:. 1|1:1,118:119:99:.:.:3477,347,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2183,229,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1679:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,31:31:93:.:.:866,93,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1291:. 1|0:71,8:79:3:0|1:187588_G_A:3,0,2847:. 1|0:13,42:55:99:0|1:187588_G_A:1012,0,412:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1227:. 1|0:40,23:63:99:0|1:187588_G_A:464,0,1168:. 1|0:43,7:50:64:0|1:187588_G_A:64,0,1765:. 0|0:41,0:41:29:.:.:0,29,932:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:8,20:28:99:0|1:187588_G_A:503,0,256:. 0|1:17,30:47:99:.:.:750,0,330:. 0|1:28,14:42:99:.:.:274,0,639:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:30,0:30:57:.:.:0,57,784:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1125:. 1|0:34,6:40:63:0|1:187588_G_A:63,0,1041:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:28,14:42:99:0|1:187588_G_A:390,0,639:. 0|0:42,3:45:51:0|1:187588_G_A:0,51,1630:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1072:. 1|0:13,8:21:99:0|1:187588_G_A:141,0,439:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1038,99,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,31:49:99:0|1:187588_G_A:769,0,584:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1530:. 1|0:26,13:39:99:0|1:187588_G_A:256,0,1046:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:90:.:.:915,90,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1540:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 1|1:4,57:61:2:1|1:187588_G_A:1499,2,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:77:.:.:0,77,925:. 1|0:91,14:105:93:0|1:187588_G_A:93,0,3117:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1093:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,87:. 1|0:17,81:98:99:.:.:2010,0,152:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:34,35:69:99:.:.:786,0,743:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1425:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:21,19:40:99:0|1:187588_G_A:421,0,805:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,8:26:99:0|1:187588_G_A:128,0,495:. 1|1:0,13:13:39:.:.:371,39,0:. 1|1:3,56:59:89:.:.:1594,89,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,434:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,617:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,867:. 1|0:37,30:67:99:0|1:187588_G_A:694,0,1150:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|1:28,23:51:99:0|1:187588_G_A:527,0,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1291:. 0|1:9,4:13:70:0|1:187588_G_A:70,0,259:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1331:. 0|0:15,0:15:14:.:.:0,14,356:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,757:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 1|0:22,11:33:99:.:.:234,0,639:. 0|1:2,5:7:50:.:.:115,0,50:. 1|1:0,26:26:77:.:.:822,77,0:. 1|0:18,19:37:99:0|1:187588_G_A:477,0,695:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1209,111,0:. 1|1:1,28:29:77:.:.:888,77,0:. 1|0:36,13:49:99:0|1:187588_G_A:251,0,1495:. 1|1:0,26:26:78:.:.:900,78,0:. 0|1:10,14:24:99:.:.:417,0,210:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,754:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1282:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,915:. 1|1:0,16:16:48:.:.:514,48,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,170:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2071,188,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:10,25:35:99:0|1:187588_G_A:709,0,330:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,853:. 1|0:10,7:17:99:0|1:187588_G_A:172,0,368:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,421:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|0:19,6:25:99:.:.:107,0,796:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:40:.:.:0,40,657:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,31:32:86:.:.:986,86,0:. 1|1:0,19:19:57:.:.:582,57,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,61:62:99:.:.:1839,175,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2850,270,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1354:. 1|1:0,126:126:99:.:.:4131,378,0:. 0|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,2:2:6:.:.:68,6,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:28,2:30:21:0|1:187588_G_A:0,21,1134:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2526,243,0:. 1|1:1,85:86:99:.:.:2598,247,0:. 0|0:12,0:12:13:.:.:0,13,320:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,96:98:99:.:.:2835,203,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1160:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,75:. 1|0:49,60:109:99:0|1:187588_G_A:1530,0,1872:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,314:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2658,255,0:. 1|1:0,31:31:92:.:.:940,92,0:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,51:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:6,120:126:99:.:.:3624,168,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2905,295,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1515:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1175:. 0|1:80,16:96:99:.:.:210,0,2225:. 0|0:110,7:117:99:0|1:187588_G_A:0,114,4595:. 1|0:6,81:87:9:0|1:187588_G_A:2256,0,9:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,138:. 1|1:4,49:53:64:.:.:1462,64,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,126:. 1|0:5,10:15:99:0|1:187588_G_A:258,0,168:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1196:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1727:. 0|0:1,2:3:36:0|1:187588_G_A:58,0,36:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2700,256,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,83:85:99:.:.:2412,187,0:. 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:10,74:84:99:0|1:187588_G_A:1930,0,174:. 1|1:0,6:6:18:.:.:152,18,0:. 1|0:10,61:71:99:.:.:1630,0,123:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,42:. 1|1:1,79:80:99:.:.:2334,216,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,7:85:63:0|1:187588_G_A:0,63,2478:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1322:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|1:74,29:103:99:0|1:187588_G_A:620,0,2289:. 1|0:5,52:57:14:0|1:187588_G_A:1396,0,14:. 1|0:7,63:70:99:.:.:1728,0,99:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,3:3:8:.:.:54,8,0:. 1|1:3,82:85:99:.:.:2519,189,0:. 1|0:65,7:72:11:0|1:187588_G_A:11,0,2637:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|0:28,20:48:99:0|1:187588_G_A:471,0,686:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1328:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1341:. 1|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:50,3:53:80:0|1:187588_G_A:0,80,2177:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,77:. 1|1:1,172:173:99:.:.:5238,494,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5631,546,0:. 0|0:31,2:33:27:0|1:187588_G_A:0,27,957:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,103:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,68:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1029:. 1|0:7,38:45:99:0|1:187588_G_A:1015,0,180:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1368:. 1|1:0,25:25:75:.:.:763,75,0:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,750:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1068:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2129,212,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:42:.:.:434,42,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1172,114,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,14:14:42:.:.:380,42,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,29:55:99:0|1:187588_G_A:732,0,963:. 1|0:44,32:76:99:0|1:187588_G_A:772,0,1742:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,274:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:53,23:76:99:0|1:187588_G_A:454,0,2125:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2071,206,0:. 0|1:47,18:65:99:0|1:187588_G_A:312,0,1854:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1915,189,0:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1195:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1193:. 0|1:14,52:66:99:.:.:1329,0,401:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1047:. 1|1:0,7:7:21:.:.:221,21,0:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1318:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 189598 . T G 38213.8 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=19.15;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.643;VQSLOD=4.23;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=0;InbreedingCoeff=0.0163;NCC=0;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1527;GQ_MEAN=113.44;GQ_STDDEV=173.65;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.623;culprit=FS;set=snp;DP=2128935;AF=0.00798;AS_InbreedingCoeff=-0.0722;MLEAC=37;MLEAF=0.00777;AN=738;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,801:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,317:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,97:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,94:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,173:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,89:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,638:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1193:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1403:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1009:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,179:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,184:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1229:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1439:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1621:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1365:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1050:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,551:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,820:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1231:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,482:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,657:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,651:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1395:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1070:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1242:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1066:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1443:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1204:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,454:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,693:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1042:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,116:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,794:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,768:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1082:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1944,207,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1406:. 0|0:19,0:19:28:.:.:0,28,516:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,854:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,969:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1661:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1679:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1296:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,640:. 1|1:4,93:97:99:.:.:2417,161,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,675:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,894:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:58,26:84:99:.:.:446,0,1418:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,519:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1069:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:73:.:.:0,73,923:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,987:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,941:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1094:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 1|1:5,35:40:20:.:.:829,20,0:. 1|0:11,3:14:17:.:.:17,0,284:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,360:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,971:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1059:. 1|0:35,10:45:99:.:.:121,0,850:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,369:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1275:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,814:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,854:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,835:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1240:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,616:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,697:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,784:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,551:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1196:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,209:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1102:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1658:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1056:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:68:.:.:0,68,1296:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1243:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1083:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1124:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1419:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1319:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1241:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1208:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1320:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1513:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1183:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1068:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1135:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1132:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1564:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,585:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1633:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,973:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1003:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1130:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1308:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,431:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1759:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,941:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1322:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1388:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1401:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1259:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1004:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1087:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1124:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1209:. 1|1:3,35:38:18:.:.:827,18,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1228:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1348:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,648:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,751:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1089:. 1|0:19,8:27:99:.:.:135,0,462:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,742:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,670:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1125:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,689:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1113:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1270:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,945:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1279:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,423:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,867:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1149:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1041,117,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,701:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1660:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1057:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2713,291,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1420:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,864:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,813:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,976:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1361:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,226:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,469:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,381:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,386:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,157:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,283:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,222:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,218:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,146:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,286:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,189:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,193:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,416:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,391:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,380:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,638:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,59:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,121:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,284:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,217:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,203:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,104:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,848:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,116:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,374:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1028:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:23,0:23:34:.:.:0,34,591:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1254:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1038:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1281:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,697:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,576:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1206:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1505:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:30,0:30:20:.:.:0,20,816:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1164:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,875:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1367:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1162:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1355,147,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1187:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1302:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1138:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:69:.:.:0,69,1088:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1034:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,807:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1141:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:51 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,803:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1343:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,841:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,607:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,496:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1533,156,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,276:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,498:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,154:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,156:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,527:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,155:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,154:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,49:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,278:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,142:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,398:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,650:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,654:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,301:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,41:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,348:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,412:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,270:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,531:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,302:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,342:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,229:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1174:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,331:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,965:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,242:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,532:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,376:. Pf3D7_01_v3 190390 . A G 130274 PASS FS=1.338;MQ=60.31;QD=22.7;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D41G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAt/gGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.572;VQSLOD=3.14;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=-0.0001;NCC=0;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.01;BaseQRankSum=-1.739;GQ_MEAN=162.17;GQ_STDDEV=215.71;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.416;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8995872;AF=0.006852;AS_InbreedingCoeff=0.7851;MLEAC=34;MLEAF=0.006471;AN=858;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:0,104,1245:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1352:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1273:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1395:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1279:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1072:. 0|0:51,0:51:99:0,104,1426:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1279:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1278:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1054:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1404:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1348:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1077:. 0|0:26,0:26:69:0,69,1035:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:7,0:7:21:0,21,211:. 0|0:23,0:23:57:0,57,855:. 0|0:25,0:25:72:0,72,831:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1068:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,117,1799:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1100:. 0|0:35,0:35:90:0,90,905:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,464:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1239:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,118,1238:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,117,1486:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1444:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,100,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,103,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,100,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,107,1583:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1575:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,109,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1582:. 0|0:94,0:94:99:0,100,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1039:. 0|0:76,0:76:99:0,102,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1025:. 0|0:74,0:74:99:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:0,90,865:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,116,1632:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,113,1108:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1090:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1201:. 0|0:78,0:78:99:0,119,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1233:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,102,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1300:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,104,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,117,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,100,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1308:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1343:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,100,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,109,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,116,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,102,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,112,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1538:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1508:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,106,1682:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1580:. 0|0:44,0:44:99:0,116,1382:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:0,15,144:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,119,1622:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1578:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,106,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,101,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,101,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,111,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,118,1470:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:0,110,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,109,1117:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,111,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,106,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1116:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,109,1405:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1581:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1506:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1120:. 0|0:92,0:92:99:0,110,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,106,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1302:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1748:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1780:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,105,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,108,1620:. 0|0:15,0:15:45:0,45,423:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1172:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:0,30,288:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1177:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1704:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,112,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1197:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1710:. 0|0:68,0:68:99:0,104,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1295:. 0|0:81,0:81:99:0,105,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:0,60,702:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:1687,150,0:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1160:. 0|0:253,0:253:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:44,0:44:.:.:101 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:.:.:110 0|0:80,0:80:99:0,107,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,116,1800:. 0|0:126,0:126:.:.:105 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:.:.:120 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,110,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:102 0|0:58,0:58:99:0,114,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:99 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:120 0|0:30,0:30:87:0,87,1305:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1150:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:.:.:120 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1249:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:103 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:.:.:93 1|0:45,189:234:99:5409,0,794:. 0|0:60,0:60:.:.:120 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:.:.:120 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:112 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1085:. 0|0:46,0:46:.:.:104 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,109,1800:. 1|0:86,53:139:99:1231,0,2521:. 0|0:24,0:24:.:.:72 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:.:.:120 0|0:91,0:91:.:.:120 1|0:77,18:95:99:318,0,2419:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:.:.:120 0|0:77,0:77:99:0,117,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:120 0|0:33,0:33:99:0,99,1128:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1767:. 0|0:165,0:165:99:0,119,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:120 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:120 0|0:43,0:43:99:0,110,1710:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1049:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1239:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,104,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1351:. 1|1:0,77:77:99:2460,231,0:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:0,72,820:. 0|0:11,0:11:33:0,33,364:. 0|0:99,0:99:99:0,100,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:0,48,541:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1081:. 0|0:72,0:72:99:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,851:. 0|0:11,0:11:33:0,33,377:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 190616 . A G 2.27526e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=31.42;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T116;SNPEFF_CODON_CHANGE=acA/acG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.713;VQSLOD=9.85;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.48;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0072;FractionInformativeReads=0.98;GC=42.86;GQ_MEAN=464.76;GQ_STDDEV=207.11;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6469;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.462;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14552990;AF=0.958;AS_InbreedingCoeff=-0.0056;MLEAC=5040;MLEAF=0.96;AN=858;AC=818 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,51:51:99:.:.:1425,153,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1496 1|1:3,57:60:85:.:.:1485,85,0 1|1:4,46:50:27:.:.:1161,27,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1397,160,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1115,122,0 1|1:0,29:29:87:.:.:794,87,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1669,188,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2077,224,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1217,134,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1133,125,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1418,163,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1068,114,0 1|1:0,30:30:89:.:.:844,89,0 1|1:0,17:17:51:.:.:473,51,0 1|1:0,11:11:33:.:.:289,33,0 1|1:0,6:6:18:.:.:145,18,0 1|1:0,26:26:77:.:.:666,77,0 1|1:0,21:21:63:.:.:601,63,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1018,116,0 0|1:22,40:62:99:.:.:906,0,498 1|1:0,66:66:99:.:.:1718,196,0 1|1:0,183:183:99:.:.:4795,546,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1327,150,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1015,111,0 1|1:0,107:107:99:.:.:2741,320,0 1|1:0,22:22:66:.:.:609,66,0 1|1:0,8:8:23:.:.:189,23,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1857,209,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1470,164,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2454,272,0 1|1:0,138:138:99:.:.:3666,412,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1427,161,0 1|1:0,303:303:99:.:.:7995,905,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1629,180,0 0|1:25,93:118:99:.:.:2127,0,356 1|1:0,73:73:99:.:.:1972,219,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1001,114,0 1|1:1,68:69:99:.:.:1655,173,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1377,153,0 1|1:0,110:110:99:.:.:2935,330,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3204,361,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1957,213,0 1|1:0,260:260:99:.:.:6874,780,0 1|1:0,166:166:99:.:.:4231,493,0 1|1:0,109:109:99:.:.:2905,325,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1745,198,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1197,132,0 1|1:0,109:109:99:.:.:2880,325,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2063,227,0 1|1:0,107:107:99:.:.:2834,319,0 1|1:0,31:31:93:.:.:846,93,0 1|1:0,106:106:99:.:.:2928,317,0 0|1:42,192:234:99:.:.:4507,0,570 1|1:0,159:159:99:.:.:4319,474,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2159,240,0 1|1:0,111:111:99:.:.:2946,333,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1786,202,0 1|1:0,72:72:99:.:.:1897,214,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2076,238,0 1|1:0,167:167:99:.:.:4404,497,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3364,391,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3244,368,0 1|1:0,327:327:99:.:.:8550,977,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1153,134,0 0|1:12,95:107:30:.:.:2194,0,30 1|1:0,149:149:99:.:.:3866,445,0 1|1:0,104:104:99:.:.:2860,312,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1386,167,0 1|1:0,73:73:99:.:.:1956,217,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1723,202,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1344,149,0 1|1:0,106:106:99:.:.:2788,315,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2516,290,0 1|1:0,113:113:99:.:.:2994,337,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1644,183,0 1|1:0,195:195:99:.:.:4936,582,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2265,253,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1307,160,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2059,231,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1266,153,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1619,187,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1452,156,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2526,290,0 1|1:1,64:65:99:.:.:1635,184,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4173,486,0 1|1:1,208:209:99:.:.:5266,613,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2003,216,0 1|1:0,158:158:99:.:.:3867,468,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4334,486,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3130,364,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3582,399,0 1|1:0,149:149:99:.:.:3974,445,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2547,284,0 1|1:0,102:102:99:.:.:2739,306,0 1|1:1,63:64:99:.:.:1608,160,0 1|1:0,138:138:99:.:.:3526,410,0 1|1:0,177:177:99:.:.:4512,526,0 1|1:0,156:156:99:.:.:3994,464,0 1|1:0,229:229:99:.:.:6032,685,0 1|1:4,218:222:99:.:.:5534,537,0 1|1:0,179:179:99:.:.:4647,535,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2566,295,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3217,372,0 1|1:1,114:115:99:.:.:3004,316,0 1|1:0,218:218:99:.:.:5804,652,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3341,385,0 1|1:0,213:213:99:.:.:5784,636,0 1|1:0,185:185:99:.:.:4922,553,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4326,494,0 1|1:0,177:177:99:.:.:4579,527,0 1|1:0,200:200:99:.:.:5193,598,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4338,490,0 1|1:0,215:215:99:.:.:5672,640,0 1|1:0,167:167:99:.:.:4380,500,0 1|1:0,191:191:99:.:.:4889,567,0 1|1:0,235:235:99:.:.:6228,705,0 1|1:0,217:217:99:.:.:5720,649,0 1|1:2,126:128:99:.:.:3206,327,0 1|1:0,210:210:99:.:.:5447,626,0 1|1:0,145:145:99:.:.:3846,433,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5193,578,0 1|1:0,225:225:99:.:.:5965,673,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2537,298,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4117,475,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4077,472,0 1|1:0,186:186:99:.:.:4895,557,0 1|1:0,242:242:99:.:.:6455,725,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4198,484,0 1|1:0,181:181:99:.:.:4592,540,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3077,350,0 1|1:0,113:113:99:.:.:2975,338,0 1|1:0,111:111:99:.:.:2780,331,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4287,493,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5138,580,0 1|1:0,155:155:99:.:.:3889,462,0 1|1:0,204:204:99:.:.:5161,608,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3429,385,0 1|1:0,170:170:99:.:.:4486,507,0 1|1:0,198:198:99:.:.:5089,592,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4186,490,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5102,581,0 1|1:0,156:156:99:.:.:3941,465,0 1|1:0,203:203:99:.:.:5206,607,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3090,366,0 1|1:0,175:175:99:.:.:4634,523,0 1|1:0,205:205:99:.:.:5349,611,0 1|1:0,225:225:99:.:.:5921,672,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2224,254,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2537,285,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1790,203,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2139,242,0 1|1:1,223:224:99:.:.:5523,657,0 1|0:16,38:54:99:.:.:868,0,330 1|1:0,133:133:99:.:.:3564,398,0 1|1:0,144:144:99:.:.:3734,431,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2088,249,0 1|1:0,189:189:99:.:.:4848,565,0 1|1:0,114:114:99:.:.:2955,341,0 1|1:0,112:112:99:.:.:2925,333,0 1|0:34,105:139:99:.:.:2457,0,597 1|1:0,88:88:99:.:.:2266,262,0 1|1:5,134:139:99:.:.:3429,261,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2461,286,0 1|1:0,175:175:99:.:.:4693,523,0 1|1:0,183:183:99:.:.:4736,547,0 1|1:0,167:167:99:.:.:4395,499,0 1|1:0,191:191:99:.:.:5082,571,0 1|1:0,13:13:39:.:.:355,39,0 1|1:0,112:112:99:.:.:2857,333,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4134,459,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2093,237,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2452,278,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2029,233,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3165,358,0 0|1:15,129:144:9:.:.:2905,0,9 1|1:0,99:99:99:.:.:2637,296,0 1|1:0,145:145:99:.:.:3827,434,0 1|1:0,109:109:99:.:.:2942,327,0 1|1:1,64:65:99:.:.:1694,166,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1807,204,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3259,357,0 1|1:0,141:141:99:.:.:3771,422,0 1|1:0,174:174:99:.:.:4565,520,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2524,281,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3008,341,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2288,260,0 1|1:0,269:269:99:.:.:7027,805,0 1|1:0,147:147:99:.:.:3948,441,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3187,363,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3281,380,0 1|1:0,207:207:99:.:.:5537,619,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2579,296,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3150,354,0 1|1:0,212:212:99:.:.:5416,633,0 1|1:0,103:103:99:.:.:2729,308,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1696,191,0 1|1:0,73:73:99:.:.:1906,218,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2060,244,0 1|1:0,248:248:99:.:.:6427,742,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3199,381,0 1|1:0,152:152:99:.:.:3986,454,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,130:130:99:.:.:3644,387,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3005,347,0 1|1:2,72:74:99:.:.:1846,160,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,72:72:99:.:.:1888,215,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2448,286,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3157,354,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3414,386,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2474,286,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5012,562,0 1|1:0,185:185:99:.:.:4784,552,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3274,381,0 1|1:2,58:60:99:.:.:1426,121,0 1|1:0,217:217:99:.:.:5474,647,0 1|1:0,107:107:99:.:.:2765,320,0 1|0:36,34:70:99:.:.:644,0,841 1|1:0,87:87:99:.:.:2208,258,0 1|1:0,72:72:99:.:.:1786,212,0 1|1:1,123:124:99:.:.:3156,358,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1453,168,0 1|1:0,73:73:99:.:.:1846,217,0 1|1:0,72:72:99:.:.:1693,212,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1510,168,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2233,256,0 0|1:22,90:112:99:.:.:1902,0,314 1|1:0,220:220:99:.:.:5822,657,0 1|1:0,74:74:99:.:.:1957,222,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3230,367,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1480 1|1:0,182:182:99:.:.:4885,546,0 1|1:1,54:55:99:.:.:1372,137,0 1|1:0,111:111:99:.:.:2944,332,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3399,396,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1478,170,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1738,199,0 1|1:9,156:165:99:.:.:3857,241,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1863,212,0 1|1:0,12:12:36:.:.:342,36,0 1|1:0,178:178:99:.:.:4690,532,0 1|0:33,79:112:99:.:.:1795,0,667 1|1:1,158:159:99:.:.:4094,448,0 1|1:1,90:91:99:1|1:190616_A_G:3724,250,0 1|1:0,138:138:99:.:.:3688,413,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2770,314,0 1|1:0,187:187:99:.:.:4899,558,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1228,138,0 1|1:0,37:37:99:.:.:961,110,0 1|1:1,108:109:99:.:.:2848,315,0 1|1:0,300:300:99:.:.:7994,897,0 1|1:0,110:110:99:.:.:2867,329,0 0|0:171,0:171:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,17:17:51:.:.:439,51,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1448,165,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4031,464,0 1|1:0,106:106:99:.:.:2833,316,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1713,196,0 1|1:0,87:87:99:1|1:190601_A_T:2915,264,0 1|1:0,109:109:99:.:.:2978,326,0 1|1:0,18:18:54:.:.:486,54,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2217,246,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1035,120,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3556,400,0 1|1:0,28:28:84:.:.:754,84,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4779,436,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3323,300,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5844,526,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4422,406,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4634,424,0 1|0:14,126:140:80:.:.:3700,0,80 1|1:0,157:157:99:.:.:5054,471,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3667,336,0 1|1:0,215:215:99:.:.:6949,645,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4682,430,0 1|1:0,158:158:99:.:.:5241,474,0 1|1:0,20:20:60:.:.:662,60,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4067,378,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5136,477,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6205,576,0 1|1:0,152:152:99:.:.:5007,457,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5355,498,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5562,522,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3411,312,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4699,433,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5613,524,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4184,379,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4227,385,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7115,660,0 1|0:34,106:140:99:0|1:190616_A_G:3017,0,1104 1|1:0,64:64:99:.:.:2067,192,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2252,208,0 1|1:1,154:155:99:.:.:5022,428,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1305,123,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3520,324,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4073,367,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4053,367,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4876,442,0 1|1:0,191:191:99:.:.:6275,574,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2734,255,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4512,411,0 1|1:0,158:158:99:.:.:5122,475,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5625,519,0 1|1:0,510:510:99:.:.:16637,1532,0 1|1:0,605:605:99:.:.:19676,1818,0 1|1:0,510:510:99:.:.:16557,1532,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1357,126,0 1|1:0,21:21:63:.:.:695,63,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2642,255,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2474,237,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5385,504,0 1|1:0,213:213:99:.:.:6699,639,0 1|1:0,322:322:99:.:.:9722,963,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3936,375,0 1|1:0,243:243:99:.:.:7666,729,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6739,633,0 1|1:0,330:330:99:.:.:9974,986,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7374,687,0 1|1:0,328:328:99:.:.:9875,979,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4040,384,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2237,216,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1086 1|1:0,79:79:99:.:.:2492,237,0 1|1:0,262:262:99:.:.:8208,785,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6360,612,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4957,468,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6664,632,0 1|1:20,206:226:4:.:.:5943,4,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7184,684,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7273,685,0 1|1:0,237:237:99:.:.:7592,712,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6379,605,0 1|1:0,246:246:99:.:.:7405,737,0 1|1:1,130:131:99:.:.:4111,356,0 1|1:0,237:237:99:.:.:7124,708,0 1|1:1,22:23:38:.:.:687,38,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7049,657,0 1|1:0,262:262:99:.:.:8279,786,0 1|1:0,252:252:99:.:.:7920,756,0 1|1:0,242:242:99:.:.:7657,727,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,252:253:99:.:.:8072,750,0 1|0:126,70:196:99:.:.:1650,0,3745 0|1:15,117:132:99:.:.:3116,0,101 1|1:0,198:198:99:.:.:6420,595,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5766,537,0 1|1:3,220:223:99:.:.:6967,584,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2097,209,0 0|1:44,177:221:99:.:.:5008,0,892 1|1:4,58:62:47:.:.:1642,47,0 1|1:1,211:212:99:.:.:6772,600,0 1|1:0,279:279:99:.:.:8405,835,0 1|1:1,141:142:99:.:.:4378,390,0 1|1:4,295:299:99:.:.:8728,776,0 1|1:2,177:179:99:.:.:5579,465,0 1|1:0,246:246:99:.:.:7498,737,0 0|1:27,181:208:99:.:.:5032,0,303 1|1:1,195:196:99:.:.:6094,550,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3673,362,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7042,675,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3293,313,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5586,537,0 1|1:0,25:25:75:.:.:782,75,0 1|1:1,224:225:99:.:.:7000,636,0 1|1:0,336:336:99:.:.:10068,1003,0 1|1:0,246:246:99:.:.:7671,738,0 1|1:2,198:200:99:.:.:6246,528,0 1|1:1,222:223:99:.:.:6712,633,0 1|1:2,96:98:99:.:.:3022,223,0 1|1:0,250:250:99:.:.:7863,750,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5366,508,0 1|1:0,308:308:99:.:.:9422,920,0 1|0:122,23:145:99:.:.:280,0,3761 1|1:0,250:250:99:.:.:7523,747,0 1|1:0,474:474:99:.:.:14985,1423,0 1|1:0,425:425:99:.:.:13861,1277,0 1|0:35,70:105:99:.:.:1904,0,858 1|1:0,361:361:99:.:.:11435,1084,0 1|1:1,263:264:99:.:.:8057,782,0 1|1:2,203:205:99:.:.:6510,567,0 1|1:0,284:284:99:.:.:8606,850,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1906,182,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3685,351,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3587,336,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6217,586,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6363,606,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4582,433,0 1|1:0,216:216:99:.:.:6726,649,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5991,571,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7182,684,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5313,510,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1900,177,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1846,177,0 1|1:1,155:156:99:.:.:4932,458,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5312,502,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6047,578,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,246:246:99:.:.:7809,739,0 1|1:0,241:241:99:.:.:7688,724,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,55:55:99:.:.:1789,165,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4186,394,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,52:52:99:.:.:1656,156,0 1|1:0,26:26:78:.:.:764,78,0 1|1:0,263:263:99:.:.:8410,790,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6847,634,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7371,686,0 1|1:0,26:26:78:.:.:824,78,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5930,558,0 1|1:0,246:246:99:.:.:7611,738,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,203:203:99:.:.:6425,610,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5755,553,0 1|1:0,199:199:99:.:.:6366,597,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5848,541,0 1|1:0,212:212:99:.:.:6805,637,0 1|1:0,191:191:99:.:.:6047,573,0 1|1:0,469:469:99:.:.:15306,1409,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2723,255,0 1|1:0,289:289:99:.:.:9229,866,0 1|1:0,590:590:99:.:.:18773,1770,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5583,528,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7321,688,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1688,156,0 1|1:0,25:25:75:.:.:816,75,0 1|1:0,339:339:99:.:.:10715,1018,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5189,491,0 Pf3D7_01_v3 190739 . C A 4.35828e+06 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=23.37;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N157K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaC/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.676;VQSLOD=8.42;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.7;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=23.81;GQ_MEAN=186.29;GQ_STDDEV=190.53;HRun=5;InbreedingCoeff=0.7994;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.231;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12847639;AF=0.179;AS_InbreedingCoeff=0.6171;MLEAC=940;MLEAF=0.179;AN=856;AC=219 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:17,37:54:99:.:.:1001,0,301:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1496:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1559:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1234:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1265:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1231:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:46,13:59:99:.:.:235,0,1060:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,750:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 1|0:4,0:4:12:.:.:0,12,126:. 1|1:0,21:21:63:.:.:669,63,0:. 0|0:26,0:26:61:.:.:0,61,822:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1254,123,0:. 1|0:13,56:69:99:.:.:1488,0,154:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,866:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:2,15:17:2:.:.:384,0,2:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2247,219,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1191:. 0|1:70,32:102:99:.:.:636,0,1557:. 0|1:32,85:117:99:.:.:2224,0,502:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:88,37:125:99:.:.:726,0,1995:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:28,39:67:99:.:.:974,0,506:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:14,44:58:99:.:.:1140,0,186:. 1|1:7,105:112:99:.:.:3010,154,0:. 0|1:111,42:153:99:.:.:769,0,2490:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:33,38:71:99:0|1:190739_C_A:900,0,798:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1195:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1390:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:92,142:234:99:.:.:3492,0,1756:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:32,88:120:99:.:.:2228,0,509:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1408:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1242:. 1|0:72,27:99:99:.:.:507,0,1568:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3925,404,0:. 1|0:19,72:91:99:.:.:1875,0,186:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1721,177,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,12:93:66:.:.:66,0,1863:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1637,171,0:. 0|1:31,47:78:99:.:.:1164,0,583:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1075:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2208,222,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:8,151:159:99:.:.:4145,289,0:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5055,519,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4339,455,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:32,24:56:99:.:.:535,0,638:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5171,530,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:14,90:104:57:.:.:2290,0,57:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,73:133:99:.:.:1673,0,1136:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6047,618,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,71:175:99:.:.:1586,0,2172:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:125,17:142:92:.:.:92,0,2814:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:163,44:207:99:.:.:707,0,3681:. 1|1:9,101:110:96:.:.:2516,96,0:. 0|0:142,0:142:84:.:.:0,84,2989:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,66:134:99:.:.:1513,0,1338:. 1|0:84,13:97:74:.:.:74,0,1784:. 0|1:48,141:189:99:.:.:3485,0,651:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,85:171:99:.:.:1919,0,1743:. 0|1:114,104:218:99:.:.:2348,0,2190:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2655,273,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:39,23:62:99:.:.:496,0,826:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,132:134:99:.:.:3799,352,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2488,260,0:. 0|0:159,0:159:17:.:.:0,17,3306:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:154,28:182:99:.:.:275,0,3333:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,136:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3047,306,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,48:137:99:.:.:1008,0,1953:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:54,94:148:99:.:.:2346,0,968:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,18:73:99:.:.:306,0,1254:. 1|0:54,33:87:99:.:.:711,0,1176:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,209:209:99:.:.:6118,627,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2265,233,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,228:228:99:.:.:6522,684,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:206,37:243:99:.:.:338,0,4486:. 1|0:43,95:138:99:.:.:2259,0,644:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:122,18:140:99:.:.:122,0,2658:. 1|0:91,31:122:99:.:.:550,0,1973:. 0|0:85,0:85:42:.:.:0,42,1787:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,34:100:99:.:.:716,0,1432:. 1|1:13,123:136:54:.:.:3225,54,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:36,169:205:99:.:.:4265,0,293:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:49,41:90:99:.:.:918,0,1016:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2088,207,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:32,63:95:99:.:.:1598,0,533:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2199,222,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2866,291,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1480:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1319:. 0|0:109,0:109:19:.:.:0,19,2290:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2581,270,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1775,183,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:5,2:7:39:.:.:39,0,114:. 1|0:113,33:146:99:.:.:540,0,2433:. 0|1:38,78:116:99:.:.:1998,0,653:. 1|0:75,70:145:99:.:.:1583,0,1523:. 1|0:13,64:77:99:.:.:1684,0,117:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:76,26:102:99:.:.:443,0,1637:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:60:.:.:0,60,1140:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,20:21:35:.:.:535,35,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1235:. 1|0:38,115:153:99:.:.:2961,0,497:. 0|1:65,28:93:99:.:.:519,0,1472:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2051,209,0:. 0|1:49,32:81:99:.:.:724,0,1064:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,8:18:99:.:.:163,0,209:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1850,191,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1063:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,156:156:99:.:.:5479,469,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:123,48:171:99:.:.:1151,0,3409:. 0|1:50,69:119:99:.:.:2113,0,1243:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:79,69:148:99:.:.:1990,0,2097:. 1|1:0,145:145:99:.:.:5019,436,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,175:176:99:.:.:6099,497,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3673,319,0:. 0|1:50,84:134:99:.:.:2575,0,1219:. 1|1:0,24:24:72:.:.:805,72,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4660,394,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:.:.:6418,553,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:9,103:112:56:.:.:3312,56,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4598,394,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4823,420,0:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,839:. 0|1:20,60:80:99:.:.:1798,0,397:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,157:158:99:.:.:5516,444,0:. 1|1:1,175:176:99:.:.:6040,496,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:1,133:134:99:.:.:4570,369,0:. 1|1:8,190:198:99:.:.:6453,349,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,568:569:99:.:.:19939,1681,0:. 0|0:406,0:406:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1263:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:4,317:321:99:.:.:10901,846,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,72:73:99:.:.:2441,186,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1086:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2697,213,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,147:195:99:.:.:4482,0,949:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:8,33:41:99:.:.:952,0,134:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:195,76:271:99:.:.:1739,0,5132:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,13:99:99:.:.:129,0,2251:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:4,209:213:99:.:.:6950,515,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:54:.:.:0,54,1353:. 0|1:212,32:244:99:.:.:322,0,5722:. 1|1:4,275:279:99:.:.:9197,730,0:. 0|1:89,86:175:99:.:.:2354,0,2184:. 1|0:136,146:282:99:.:.:4061,0,3216:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:158,15:173:8:.:.:8,0,4461:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:66,29:95:99:.:.:691,0,1686:. 1|0:64,141:205:99:.:.:4031,0,1435:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,105:153:99:.:.:2967,0,1049:. 1|0:5,24:29:59:.:.:709,0,59:. 1|0:190,20:210:73:.:.:73,0,5170:. 1|1:3,322:325:99:.:.:10688,882,0:. 1|1:5,211:216:99:.:.:6909,504,0:. 1|1:10,153:163:99:.:.:4864,188,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:36,79:115:99:.:.:2211,0,724:. 1|0:21,190:211:7:.:.:5758,0,7:. 0|1:136,15:151:65:.:.:65,0,3683:. 1|1:11,238:249:99:.:.:7853,441,0:. 0|1:21,146:167:99:.:.:4464,0,135:. 1|1:9,227:236:99:.:.:7573,443,0:. 1|1:1,458:459:99:.:.:15355,1348,0:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,31:95:99:.:.:773,0,1820:. 1|1:0,325:325:99:.:.:10830,977,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,111:180:99:.:.:3138,0,1665:. 1|1:2,254:256:99:.:.:8718,748,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5245,456,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:88,47:135:99:.:.:1241,0,2365:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5426,486,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1369:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1474:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:2,162:164:99:.:.:5365,433,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:4027,369,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:.:.:8618,757,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1401:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2170,189,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1380:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:123,103:226:99:.:.:2728,0,3211:. 0|1:117,151:268:99:.:.:4253,0,2796:. 1|1:0,19:19:57:.:.:615,57,0:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6507,574,0:. 0|1:84,142:226:99:.:.:4057,0,1968:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4231,390,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:44,158:202:99:.:.:4829,0,740:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1523:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:467,0:467:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1547,141,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:558,48,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 191523 . T C 207595 PASS FS=0;MQ=58.84;QD=21.29;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S419P;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tct/Cct;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.647;VQSLOD=5.67;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0.0052;NCC=0;BaseQRankSum=-6.116;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.2154;GQ_MEAN=218.69;GQ_STDDEV=295.54;HRun=1;MQRankSum=0.609;ReadPosRankSum=0.887;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9040846;AF=0.004947;AS_InbreedingCoeff=0.6322;MLEAC=25;MLEAF=0.004756;AN=858;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:0,117,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1115:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1056:. 0|0:73,0:73:99:0,111,1800:. 0|0:88,0:88:0:0,0,2197:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1285:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1076:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,101,1024:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1252:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1357:. 0|0:33,0:33:99:0,99,969:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:32,0:32:84:0,84,1260:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:72,0:72:0:0,0,1711:. 0|0:35,0:35:99:0,105,958:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1091:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1662:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:10,0:10:24:0,24,360:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1196:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1146:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1175:. 0|0:44,0:44:99:0,107,1365:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1228:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1061:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,110,1652:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1041:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,100,1800:. 0|0:91,0:91:78:0,78,2348:. 0|0:29,0:29:56:0,56,844:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|1:52,9:61:57:57,0,1667:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:74,0:74:99:0,118,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1073:. 1|0:62,30:92:99:546,0,1612:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1040:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1535:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,113,1465:. 0|0:103,0:103:99:0,105,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1006:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,103,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,111,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1129:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,104,1175:. 1|0:29,14:43:99:243,0,746:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,115,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,113,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1268:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1563:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1322:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1043:. 0|0:64,0:64:99:0,101,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1332:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1223:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1755:. 0|0:33,0:33:99:0,99,988:. 0|0:58,0:58:99:0,109,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,106,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,996:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,106,1800:. 1|0:21,72:93:99:1675,0,344:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,116,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1129:. 0|0:96,0:96:99:0,111,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,103,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,119,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,100,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,115,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,104,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1665:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,111,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,105,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,104,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1292:. 0|0:117,0:117:99:0,114,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|1:72,90:162:99:1896,0,1740:. 1|0:81,106:187:99:2196,0,1862:. 0|0:165,0:165:99:0,116,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,106,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,117,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,109,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,108,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,104,1740:. 0|0:126,0:126:99:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1340:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,115,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,108,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,106,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1193:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,105,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,109,1800:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1604:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1135:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:0,117,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,109,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1022:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,106,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1325:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,99,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1059:. 0|0:61,0:61:99:0,117,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1025:. 0|0:70,0:70:99:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,103,1511:. 0|0:80,0:80:99:0,106,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 1|0:15,54:69:99:1250,0,267:. 0|0:34,0:34:99:0,102,936:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1066:. 0|0:85,0:85:99:0,113,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,119,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,103,1787:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,102,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1710:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1020:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,109,1800:. 1|0:49,11:60:99:108,0,1303:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1235:. 0|0:49,0:49:99:0,112,1439:. 0|0:57,0:57:99:0,109,1418:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,915:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1043:. 0|0:95,0:95:99:0,111,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1000:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1340:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:105,0:105:99:0,99,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,114,1710:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1190:. 0|0:21,0:21:60:0,60,644:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,106,1800:. 0|0:23,0:23:63:0,63,945:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:111,0:111:99:0,114,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1289:. 0|0:56,0:56:99:0,110,1456:. 0|0:78,0:78:99:0,103,1781:. 0|0:15,0:15:45:0,45,462:. 0|0:47,0:47:99:0,113,1376:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1070:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:86:0,86,1131:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,112,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,119,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,103,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,109,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|1:59,125:184:99:3745,0,1550:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1005:. 0|0:97,0:97:99:0,118,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,100,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,104,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,107,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,106,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,101,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,113,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1632:. 0|0:62,0:62:99:0,117,1794:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:0,108,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:0,120,1800:. 0|0:339,0:339:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1183:. 0|0:17,0:17:29:0,29,553:. 0|0:89,0:89:.:.:96 0|0:67,0:67:99:0,112,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,104,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,101,1800:. 0|0:331,0:331:.:.:120 0|0:119,0:119:99:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,114,1800:. 0|0:357,0:357:.:.:120 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:.:.:120 0|0:97,0:97:99:0,119,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1158:. 0|0:284,0:284:.:.:120 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,106,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,117,1800:. 0|0:294,0:294:.:.:120 0|0:74,0:74:99:0,103,1800:. 0|0:288,0:288:.:.:120 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:87,0:87:99:0,112,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,114,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:.:.:120 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:.:.:115 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:105 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:.:.:120 0|0:61,0:61:99:0,117,1755:. 0|0:297,0:297:.:.:120 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:.:.:120 0|0:130,0:130:99:0,111,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:.:.:101 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:59 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:.:.:120 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:.:.:120 0|0:253,0:253:.:.:116 0|0:77,0:77:99:0,116,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,112,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,113,1800:. 0|0:228,0:228:.:.:106 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:.:.:120 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1620:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:.:.:120 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:.:.:120 0|0:47,0:47:99:0,108,1566:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,112,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1148:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1101:. 0|0:86,0:86:99:0,116,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,100,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1134:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1622:. 0|0:34,0:34:99:0,100,1226:. 0|0:20,0:20:48:0,48,720:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,103,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,112,1800:. 0|0:295,0:295:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,111,1800:. 0|0:297,0:297:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,107,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1125:. 0|0:23,0:23:60:0,60,821:. 0|0:134,0:134:99:0,119,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. Pf3D7_01_v3 192084 . G A 1.54344e+06 PASS FS=0;MQ=61.63;QD=21.39;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D606N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.717;VQSLOD=6.41;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=184.44;GQ_STDDEV=309.06;HRun=3;InbreedingCoeff=0.4679;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.419;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11872384;AF=0.066;AS_InbreedingCoeff=0.5882;MLEAC=341;MLEAF=0.065;AN=858;AC=93 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:50,13:63:99:.:.:211,0,1296:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,7:65:12:.:.:12,0,1408:. 0|0:64,4:68:75:.:.:0,75,1791:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1342:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1726:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:37,5:42:32:.:.:32,0,954:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1115:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,303:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:79:.:.:0,79,1104:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1250:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1531:. 1|1:1,71:72:99:.:.:2152,186,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:29,30:59:99:.:.:779,0,667:. 0|1:108,256:364:99:.:.:6566,0,1971:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,36:159:99:.:.:617,0,2964:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1510:. 0|1:31,20:51:99:.:.:444,0,723:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1621:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1369:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1594:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,62:86:99:.:.:1535,0,385:. 0|0:84,5:89:99:.:.:0,118,2227:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,290:291:99:.:.:8951,846,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,997:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1482:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:2,112:114:99:.:.:3324,305,0:. 1|0:26,97:123:99:.:.:2632,0,377:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1963,192,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1185:. 0|1:52,31:83:99:.:.:691,0,1240:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1514:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1688:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1428:. 0|1:95,19:114:99:.:.:215,0,2307:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1441:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,157:157:99:.:.:4684,471,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,151:153:99:.:.:4444,400,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,38:101:99:.:.:815,0,1487:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1271:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4245,425,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6297,633,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,75:151:99:.:.:1798,0,1611:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,53:180:99:.:.:1030,0,2910:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,13:122:40:.:.:40,0,2698:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4460,453,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:142,26:168:99:.:.:269,0,3370:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1673:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,140:143:99:.:.:3957,347,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1713:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:59,21:80:99:.:.:384,0,1450:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1493:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,12:135:42:.:.:0,42,3068:. 1|0:111,14:125:33:.:.:33,0,2719:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,4:11:66:.:.:66,0,165:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3587,354,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1537:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:88,17:105:99:.:.:216,0,2180:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1635:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,36:138:99:.:.:656,0,2540:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,12:72:99:.:.:149,0,1431:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,116,1587:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,113,1751:. 0|1:65,46:111:99:.:.:1064,0,1446:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,123:139:38:.:.:3237,0,38:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5069,506,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1705:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,15:80:99:.:.:207,0,1541:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,39:51:99:.:.:999,0,178:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,14:56:99:.:.:257,0,965:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2492,249,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1210:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2449,240,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,18:118:99:.:.:195,0,2363:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1273:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:7,68:75:25:.:.:1766,25,0:. 1|0:126,55:181:99:.:.:1056,0,3011:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,2:9:35:.:.:35,0,156:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:96,54:150:99:.:.:1189,0,2264:. 0|1:76,55:131:99:.:.:1280,0,1702:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1109:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:88,216:304:99:.:.:5521,0,1589:. 1|1:1,127:128:99:.:.:3718,356,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,2:28:24:.:.:0,24,657:. 0|0:40,2:42:63:.:.:0,63,1065:. 0|1:126,16:142:65:.:.:65,0,3028:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1421:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:43,24:67:99:.:.:553,0,995:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,896:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:71:.:.:0,71,953:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5610,471,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,80:147:99:.:.:2420,0,1909:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1437:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1664:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:3,96:99:99:.:.:3260,190,0:. 1|1:2,143:145:99:.:.:5035,365,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:1,458:459:99:.:.:16140,1345,0:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,302:302:99:.:.:10197,906,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,302:302:99:.:.:10343,905,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1649:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,192:197:99:.:.:6266,419,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,21:250:60:.:.:0,60,6800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,190:231:99:.:.:5809,0,664:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,10:129:23:.:.:0,23,3501:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,252:254:99:.:.:8629,713,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,137:209:99:.:.:4041,0,1774:. 0|1:109,20:129:99:.:.:274,0,3025:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1626:. 0|1:205,40:245:99:.:.:558,0,6121:. 0|0:44,3:47:35:.:.:0,35,1289:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:197,34:231:99:.:.:476,0,5761:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:224,31:255:99:.:.:300,0,6614:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:47,55:102:99:.:.:1613,0,1319:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1555:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1492:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1781:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1484:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1597:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:2086,180,0:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,668:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 192147 . G A 273871 PASS FS=0;MQ=61.86;QD=21.45;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V627I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gtt/Att;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.703;VQSLOD=6.46;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0.0009;NCC=0;BaseQRankSum=3.09;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=123.25;GQ_STDDEV=24.84;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-1.286;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13629228;AF=0.007222;AS_InbreedingCoeff=-0.0323;MLEAC=37;MLEAF=0.007032;AN=856;AC=5 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:0,102,1261:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:69,4:73:91:0,91,1684:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1538:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1271:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1167:. 0|0:56,0:56:99:0,107,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1475:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1239:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1020:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1356:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1325:. 0|0:36,0:36:75:0,75,914:. 0|0:30,0:30:67:0,67,790:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:31:0,31,370:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1090:. 0|0:65,0:65:99:0,113,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,106,1733:. 0|0:164,0:164:99:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1246:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:11:0,11,234:. 0|0:10,0:10:24:0,24,360:. 0|0:43,0:43:99:0,116,1339:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,105,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1248:. 0|0:310,0:310:99:0,103,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,103,1408:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,110,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,104,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1168:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:93,0:93:99:0,114,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,100,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,102,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,981:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,100,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1082:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,103,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1421:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1425:. 0|0:54,0:54:99:0,117,1800:. 0|1:71,9:80:27:27,0,1585:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1193:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,113,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,107,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,110,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,111,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,108,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:6576,652,0:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,111,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,109,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,115,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|1:129,40:169:99:666,0,2780:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,112,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,115,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,112,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,103,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,108,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,112,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,106,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,104,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,105,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,115,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,116,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|1:76,29:105:99:573,0,1675:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,104,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,108,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1504:. 0|0:102,0:102:99:0,117,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,105,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,117,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1740:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1595:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,106,1800:. 0|0:4,0:4:12:0,12,114:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,112,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1477:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,114,1710:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:0,107,1165:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,104,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,106,1800:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,109,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,109,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,103,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:151,0:151:99:0,109,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,119,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1318:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,115,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,111,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:99:0,120,1800:. 0|0:598,0:598:99:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1585:. 0|0:20,0:20:60:0,60,659:. 0|0:91,0:91:.:.:120 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:400,0:400:.:.:120 0|0:119,0:119:99:0,104,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,117,1800:. 0|0:405,0:405:.:.:120 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:.:.:120 0|0:119,0:119:99:0,99,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:.:.:120 0|0:61,0:61:99:0,109,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,106,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:120 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:.:.:120 0|0:39,0:39:99:0,102,1319:. 0|0:178,0:178:99:0,107,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:120 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:120 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:111 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:.:.:120 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:.:.:120 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:.:.:120 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:.:.:120 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,117,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:100 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:.:.:120 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:120 0|0:372,0:372:.:.:120 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:352,0:352:.:.:120 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:.:.:120 0|0:498,0:498:99:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:.:.:111 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:.:.:120 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,103,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1370:. 0|0:143,0:143:99:0,114,1710:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,112,1710:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1585:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1094:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,99,1485:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:465,0:465:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:0,120,1800:. 0|0:603,0:603:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1520:. 0|0:22,0:22:63:0,63,945:. 0|0:312,0:312:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 192188 . T G 274812 PASS FS=0.546;MQ=60;QD=19.22;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N640K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.649;VQSLOD=4.93;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=126;GQ_STDDEV=70.76;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9707;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=-0.73;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.293;culprit=FS;set=snp;DP=13600890;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=0.9707;MLEAC=57;MLEAF=0.011;AN=856;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1261:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1308:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1167:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1104:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1356:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,985:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:38,0:38:74:.:.:0,74,1073:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1733:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1339:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1248:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1408:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:67,0:67:31:.:.:0,31,1703:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,848:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,981:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:39,0:39:68:.:.:0,68,1064:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1421:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1425:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,164:166:99:.:.:4597,434,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,69:167:99:.:.:1412,0,2533:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,146:165:84:.:.:3609,0,84:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,366:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1504:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:47,81:128:99:.:.:1819,0,1099:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1740:. 0|0:64,0:64:88:.:.:0,88,1765:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1595:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4295,456,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1477:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,780:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1165:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1378:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:598,0:598:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1585:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:91,0:91:.:.:.:.:120 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:400,0:400:.:.:.:.:120 0|0:119,0:119:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:405,0:405:.:.:.:.:120 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:.:.:.:.:120 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:.:.:.:.:120 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1319:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:.:.:120 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:120 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:111 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:.:.:.:.:120 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:.:.:.:.:120 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:.:.:.:.:120 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:.:.:.:.:120 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:100 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:.:.:.:.:120 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:120 0|0:372,0:372:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:352,0:352:.:.:.:.:120 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:.:.:.:.:120 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:.:.:.:.:111 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:.:.:.:.:120 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1585:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,672:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:465,0:465:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:603,0:603:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1520:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 193667 . G C 1.79724e+07 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=27.74;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R1133S;SNPEFF_CODON_CHANGE=agG/agC;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.667;VQSLOD=9.81;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.981;GC=23.81;GQ_MEAN=465.9;GQ_STDDEV=382.86;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7868;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.112;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15868152;AF=0.705;AS_InbreedingCoeff=0.2917;MLEAC=3713;MLEAF=0.707;AN=858;AC=503 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:13,45:58:99:0|1:193648_G_GA:1108,0,155:. 1|1:1,41:42:95:.:.:1060,95,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1537,172,0:. 0|1:19,48:67:99:.:.:948,0,303:. 1|1:0,33:33:98:.:.:857,98,0:. 1|0:7,36:43:74:.:.:836,0,74:. 0|0:30,0:30:85:.:.:0,85,828:. 1|1:7,65:72:40:.:.:1506,40,0:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:61,0:61:85:.:.:0,85,1538:. 1|0:9,12:21:99:.:.:264,0,199:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1253,137,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:721,81,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:16,10:26:99:.:.:204,0,345:. 1|1:0,14:14:42:.:.:401,42,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:205,21,0:. 1|1:0,23:23:68:.:.:612,68,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:464,48,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1345:. 1|0:9,57:66:55:0|1:193648_G_GA:1366,0,55:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2065,231,0:. 1|1:0,186:186:99:.:.:4966,553,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1412:. 1|1:0,34:34:99:.:.:882,100,0:. 0|1:23,73:96:99:.:.:1585,0,324:. 0|0:21,0:21:21:.:.:0,21,505:. 1|1:0,6:6:18:.:.:168,18,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1545:. 1|1:0,66:66:99:1|1:193648_G_GA:1766,195,0:. 1|0:71,42:113:99:.:.:790,0,1641:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3207,349,0:. 0|1:16,60:76:99:.:.:1320,0,135:. 0|1:100,210:310:99:.:.:4757,0,1731:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1644:. 0|1:23,123:146:99:.:.:3318,0,170:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,29:58:99:.:.:589,0,600:. 1|0:17,52:69:99:.:.:1113,0,247:. 0|1:17,51:68:99:.:.:1162,0,202:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3576,397,0:. 0|1:101,35:136:99:.:.:502,0,2408:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1848,203,0:. 1|1:0,294:294:99:.:.:7699,875,0:. 1|1:1,186:187:99:.:.:4939,549,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3207,362,0:. 1|0:17,63:80:99:.:.:1432,0,203:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1155:. 0|1:22,113:135:99:.:.:2654,0,209:. 0|1:20,54:74:99:.:.:1182,0,311:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,26:26:77:.:.:679,77,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:115,161:276:99:.:.:3526,0,2436:. 1|1:0,140:140:99:.:.:3712,414,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:1952,229,0:. 0|1:40,81:121:99:.:.:1798,0,677:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2109,235,0:. 1|1:4,68:72:95:.:.:1719,95,0:. 1|0:29,47:76:99:.:.:996,0,600:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,88:132:99:.:.:1938,0,763:. 0|1:39,113:152:99:.:.:2481,0,634:. 1|1:3,378:381:99:.:.:10166,1094,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1438,171,0:. 0|1:38,69:107:99:.:.:1423,0,696:. 1|1:1,144:145:99:.:.:3799,405,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1314,147,0:. 0|1:34,44:78:99:.:.:980,0,724:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1588,187,0:. 0|1:18,24:42:99:.:.:519,0,344:. 1|1:1,144:145:99:.:.:3730,419,0:. 0|1:105,18:123:99:.:.:131,0,2435:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1860,211,0:. 1|1:22,200:222:51:.:.:4530,51,0:. 0|1:19,83:102:99:.:.:1916,0,209:. 1|1:1,72:73:99:.:.:1774,193,0:. 1|0:42,29:71:99:.:.:545,0,1006:. 1|0:69,12:81:91:.:.:91,0,1570:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1544,175,0:. 1|0:27,106:133:99:.:.:2398,0,343:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2324,263,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:5558,626,0:. 0|1:115,97:212:99:.:.:1867,0,2373:. 1|0:53,9:62:39:.:.:39,0,1319:. 1|1:0,205:205:99:.:.:5180,609,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:97,21:118:99:.:.:175,0,2323:. 1|1:1,128:129:99:.:.:3448,354,0:. 1|1:7,161:168:99:.:.:4014,316,0:. 0|1:86,37:123:99:.:.:651,0,2072:. 1|0:15,101:116:45:.:.:2268,0,45:. 1|0:9,54:63:56:.:.:1289,0,56:. 1|1:0,150:150:99:.:.:3965,446,0:. 1|1:0,169:169:99:.:.:4517,502,0:. 1|1:2,165:167:99:.:.:4340,443,0:. 1|1:0,259:259:99:.:.:6811,769,0:. 1|0:25,211:236:99:.:.:4927,0,118:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5134,579,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3595,408,0:. 1|1:7,94:101:99:.:.:2275,105,0:. 1|0:40,68:108:99:.:.:1415,0,681:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,63:126:99:.:.:1221,0,1384:. 1|1:5,190:195:99:.:.:4960,445,0:. 1|1:6,197:203:99:.:.:5073,425,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:3897,441,0:. 1|1:1,170:171:99:.:.:4384,479,0:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5110,578,0:. 1|1:8,158:166:99:.:.:3851,268,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:.:.:4374,501,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4089,465,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,116:119:99:.:.:2883,283,0:. 1|0:129,82:211:99:.:.:1469,0,2969:. 0|1:17,129:146:59:.:.:3120,0,59:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,161:213:99:.:.:3596,0,861:. 0|0:131,0:131:72:.:.:0,72,2887:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4661,524,0:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4146,478,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:25,203:228:19:.:.:4597,0,19:. 1|0:56,122:178:99:.:.:2576,0,979:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,132:146:58:.:.:3125,58,0:. 1|0:54,84:138:99:.:.:1723,0,1197:. 1|1:0,114:114:99:.:.:2949,338,0:. 1|1:20,162:182:15:.:.:3506,15,0:. 1|1:0,199:199:99:.:.:5115,588,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,116:144:99:.:.:2660,0,369:. 1|1:0,169:169:99:.:.:4347,500,0:. 1|1:0,250:250:99:.:.:6465,742,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:5618,639,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,83:117:99:.:.:1845,0,586:. 1|1:0,181:181:99:.:.:4846,536,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3362,383,0:. 0|1:16,87:103:99:.:.:1966,0,168:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3212,366,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:1,187:188:99:.:.:4855,550,0:. 0|1:35,30:65:99:.:.:612,0,777:. 1|1:1,147:148:99:.:.:3946,432,0:. 1|1:0,138:138:99:.:.:3628,410,0:. 0|1:30,39:69:99:.:.:799,0,597:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:2970,325,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,56:117:99:.:.:1052,0,1337:. 1|1:8,111:119:99:.:.:2673,158,0:. 1|1:15,159:174:46:.:.:3800,46,0:. 1|1:1,190:191:99:.:.:4927,556,0:. 1|1:0,207:207:99:.:.:5608,616,0:. 1|1:0,183:183:99:.:.:4748,542,0:. 0|1:4,6:10:89:.:.:134,0,89:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1909,214,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:1,98:99:99:.:.:2522,283,0:. 1|0:62,80:142:99:.:.:1696,0,1220:. 0|1:31,113:144:99:.:.:2591,0,348:. 0|0:107,0:107:93:.:.:0,93,2511:. 1|0:87,66:153:99:.:.:1253,0,1887:. 1|1:1,125:126:99:.:.:3358,348,0:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2371,242,0:. 0|1:14,66:80:99:.:.:1565,0,159:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2884,320,0:. 1|1:14,133:147:70:.:.:3291,70,0:. 1|0:48,149:197:99:.:.:3494,0,711:. 0|1:15,85:100:86:.:.:1947,0,86:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4104,471,0:. 1|1:2,127:129:99:.:.:3380,350,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,122:123:99:.:.:3185,337,0:. 1|0:14,86:100:79:.:.:2036,0,79:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,115:119:99:.:.:3019,250,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2614,291,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1837,205,0:. 1|0:199,35:234:99:.:.:144,0,4659:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3146,372,0:. 1|1:0,146:146:99:.:.:3805,434,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,92:128:99:.:.:1967,0,600:. 1|1:2,107:109:99:.:.:2771,265,0:. 1|0:15,61:76:99:.:.:1416,0,156:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1794:. 0|1:31,61:92:99:.:.:1374,0,590:. 1|0:46,43:89:99:.:.:859,0,944:. 1|0:62,48:110:99:.:.:906,0,1310:. 1|1:12,136:148:99:.:.:3168,109,0:. 1|1:3,74:77:99:.:.:1777,142,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:153,27:180:99:.:.:171,0,3534:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:19,50:69:99:.:.:1039,0,300:. 1|1:8,166:174:99:.:.:3976,319,0:. 1|0:17,101:118:99:.:.:2271,0,107:. 1|1:3,78:81:99:.:.:1926,155,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1745,199,0:. 1|0:11,53:64:99:.:.:1233,0,120:. 1|1:10,118:128:99:.:.:2777,108,0:. 1|0:13,48:61:99:.:.:1018,0,175:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,61:62:99:.:.:1551,155,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2662,300,0:. 0|1:79,48:127:99:.:.:897,0,1725:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5006,558,0:. 1|0:22,66:88:99:.:.:1517,0,313:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1253:. 1|1:0,185:185:99:.:.:4826,552,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1333:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3066,329,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1760,212,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:1924,222,0:. 1|0:18,125:143:91:.:.:2877,0,91:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2233,249,0:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|0:56,125:181:99:.:.:2873,0,1043:. 1|0:70,51:121:99:.:.:966,0,1658:. 1|1:0,142:142:99:.:.:3825,424,0:. 0|1:13,94:107:41:.:.:2198,0,41:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4183,475,0:. 1|1:1,113:114:99:.:.:3008,314,0:. 1|1:6,218:224:99:.:.:5724,501,0:. 1|1:5,49:54:17:.:.:1222,17,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,589:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:36,290:326:16:.:.:6776,16,0:. 0|1:43,67:110:99:.:.:1495,0,851:. 1|1:0,213:213:99:.:.:5826,636,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,583:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1761,138,0:. 1|0:142,42:184:99:.:.:527,0,3329:. 1|0:15,88:103:99:.:.:2207,0,103:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1519:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2723,307,0:. 1|1:2,98:100:99:.:.:2650,260,0:. 0|1:6,10:16:99:.:.:223,0,124:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1806,202,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1165,137,0:. 1|1:0,120:120:99:.:.:4989,369,0:. 1|1:1,23:24:41:.:.:573,41,0:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6013,569,0:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4571,421,0:. 0|1:66,164:230:99:.:.:4309,0,1534:. 1|0:131,88:219:99:.:.:2216,0,3639:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7372,681,0:. 1|1:1,207:208:99:.:.:6662,597,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:72,157:229:99:.:.:4442,0,1679:. 1|1:0,187:187:99:1|1:193645_A_G:7981,578,0:. 1|1:0,237:237:99:.:.:7591,710,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1360:. 1|1:0,264:264:99:.:.:8301,789,0:. 1|1:0,183:183:99:.:.:6033,550,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6409,597,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,164:179:28:.:.:4651,28,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:10,174:184:99:.:.:5343,207,0:. 1|1:0,287:287:99:.:.:9271,859,0:. 0|1:137,55:192:99:.:.:1208,0,3933:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2987,275,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4200,387,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1458:. 1|0:26,104:130:99:.:.:2844,0,473:. 1|1:10,164:174:99:.:.:4962,210,0:. 1|1:5,132:137:99:.:.:4137,235,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7324,685,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,839:840:99:.:.:26719,2497,0:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,55:78:99:.:.:1495,0,503:. 1|1:0,36:36:99:1|1:193643_C_G:1476,108,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3694,347,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3440,324,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6304,601,0:. 1|1:1,241:242:99:.:.:7531,686,0:. 1|1:1,401:402:99:.:.:12277,1161,0:. 1|1:0,126:126:99:.:.:4083,377,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,260:260:99:.:.:8045,779,0:. 1|1:1,473:474:99:.:.:14818,1379,0:. 1|1:0,272:272:99:.:.:8407,809,0:. 1|1:4,405:409:99:.:.:12365,1112,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,456:457:99:.:.:14117,1328,0:. 1|1:2,82:84:99:.:.:2438,182,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,216:220:99:.:.:6492,517,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:6397,600,0:. 1|1:1,226:227:99:.:.:7049,667,0:. 1|1:17,238:255:99:.:.:6837,198,0:. 1|1:1,214:215:99:.:.:6873,608,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:5,344:349:99:.:.:10327,871,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,326:327:99:.:.:10249,945,0:. 0|1:21,15:36:99:.:.:367,0,560:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:.:.:7264,692,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,268:268:99:.:.:8410,798,0:. 1|1:16,225:241:99:.:.:6328,193,0:. 1|0:146,68:214:99:.:.:1514,0,4066:. 1|0:99,55:154:99:.:.:1203,0,2800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:1,244:245:99:.:.:7637,694,0:. 0|0:107,0:107:35:.:.:0,35,2824:. 1|0:51,207:258:99:.:.:5476,0,881:. 0|1:51,23:74:99:.:.:504,0,1438:. 0|0:266,0:266:53:.:.:0,53,6910:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,27:175:99:.:.:266,0,4232:. 0|1:224,168:392:99:.:.:4002,0,6166:. 1|1:0,235:235:99:.:.:7171,700,0:. 1|1:1,251:252:99:.:.:7767,741,0:. 0|1:61,147:208:99:.:.:3940,0,1278:. 1|1:3,208:211:99:.:.:6232,529,0:. 1|0:46,107:153:99:.:.:2806,0,1054:. 0|1:154,79:233:99:.:.:1692,0,4071:. 1|1:4,129:133:99:.:.:3798,268,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,6:27:96:.:.:96,0,568:. 0|1:39,211:250:99:.:.:5498,0,387:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,177:186:99:.:.:5224,272,0:. 1|1:9,354:363:99:.:.:10762,798,0:. 0|1:63,43:106:99:.:.:1030,0,1702:. 0|1:31,180:211:99:.:.:4901,0,379:. 0|0:209,0:209:11:.:.:0,11,5395:. 1|1:14,380:394:99:.:.:11150,737,0:. 0|1:27,165:192:99:.:.:4555,0,308:. 1|0:205,210:415:99:.:.:5174,0,5372:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,523:524:99:.:.:16666,1528,0:. 1|1:7,118:125:99:.:.:3479,138,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,127:221:99:.:.:3361,0,2223:. 1|1:1,410:411:99:.:.:12530,1188,0:. 1|1:2,83:85:99:.:.:2514,186,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4680,448,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4406,412,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:198,42:240:99:.:.:553,0,5873:. 0|1:70,103:173:99:.:.:2701,0,1818:. 1|1:2,214:216:99:.:.:6408,574,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,272:272:99:.:.:8580,812,0:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7051,658,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3090,295,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1954,188,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,222:225:99:.:.:6979,568,0:. 1|1:0,145:145:99:1|1:193660_G_A:6365,445,0:. 1|1:0,274:274:99:.:.:8667,823,0:. 1|1:17,287:304:99:.:.:8665,409,0:. 1|1:0,300:302:99:.:.:13331,921,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1229:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:193660_G_A:4135,286,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1629:. 1|1:0,26:26:78:1|1:193648_G_GA:881,78,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,134:285:99:.:.:3356,0,4061:. 0|1:131,178:309:99:.:.:4739,0,3355:. 1|1:0,22:22:66:.:.:719,66,0:. 1|1:2,247:249:99:.:.:7690,677,0:. 0|1:117,178:295:99:.:.:4611,0,2805:. 1|1:1,168:169:99:.:.:5037,491,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,172:224:99:.:.:4758,0,960:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,237:261:14:.:.:6646,0,14:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2242,210,0:. 1|1:0,350:350:99:.:.:10557,1040,0:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1360:. 1|1:1,28:29:58:.:.:885,58,0:. 1|1:0,374:374:99:.:.:11805,1115,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5005,503,0:. Pf3D7_01_v3 193846 . A C 1.10652e+06 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=24.72;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1193T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aCa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.711;VQSLOD=7.59;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=14.29;GQ_MEAN=154.47;GQ_STDDEV=134.84;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9553;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.158;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14398253;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=-0.0236;MLEAC=128;MLEAF=0.024;AN=858;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:0,104,1412:. 0|0:46,0:46:81:0,81,1362:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1305:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|1:6,30:36:84:762,0,84:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:99:0,109,1526:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1052:. 0|1:19,31:50:99:738,0,443:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1210:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1292:. 0|0:32,0:32:87:0,87,1305:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:5,0:5:12:0,12,180:. 0|0:30,0:30:75:0,75,1125:. 0|0:22,0:22:60:0,60,708:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1026:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1564:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,113,1412:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:6,0:6:18:0,18,173:. 0|0:59,0:59:99:0,117,1545:. 0|0:54,0:54:99:0,110,1318:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1634:. 0|0:299,0:299:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1644:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,115,1532:. 0|0:100,0:100:64:0,64,2403:. 1|0:53,13:66:99:158,0,1388:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1155:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,107,1800:. 0|0:22,0:22:63:0,63,655:. 0|0:102,0:102:99:0,104,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1172:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1370:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 1|0:23,107:130:99:2573,0,341:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,118,1496:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,116,1438:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,119,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 1|1:11,95:106:11:2280,11,0:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:4966,551,0:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,108,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,115,1321:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:0,27,260:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,107,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1595:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:2149,234,0:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1794:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,103,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1379:. 0|0:58,0:58:62:0,62,1524:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1444:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,107,1253:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1333:. 0|0:127,0:127:45:0,45,3187:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:0,27,268:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 1|0:77,69:146:99:1473,0,1852:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1222:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1306:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1519:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1369:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,751:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,112,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1360:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 1|1:8,183:191:99:5886,322,0:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1458:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,102,1800:. 0|0:334,0:334:99:0,120,1800:. 0|0:736,0:736:99:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1415:. 0|0:110,0:110:.:.:120 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:.:.:120 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:533,0:533:.:.:120 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:.:.:120 0|0:101,0:101:99:0,114,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:.:.:120 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,107,1800:. 0|0:349,0:349:.:.:120 0|0:79,0:79:99:0,106,1800:. 0|0:370,0:370:.:.:120 0|0:38,0:38:99:0,101,1244:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,109,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:.:.:120 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,101,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:101 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:.:.:120 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:.:.:120 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:428,0:428:.:.:120 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:.:.:120 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:.:.:120 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:110 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:.:.:120 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:120 0|0:401,0:401:.:.:120 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:.:.:120 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:.:.:120 0|0:299,0:299:99:0,120,1800:. 0|0:466,0:466:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:.:.:120 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:461,0:461:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,114,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1229:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1629:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:99:0,114,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,109,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:0,60,813:. 0|0:366,0:366:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 194267 . T C 134054 PASS FS=2.057;MQ=59.96;QD=21.78;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H1333;SNPEFF_CODON_CHANGE=caT/caC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.52;VQSLOD=3.45;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=129.9;GQ_STDDEV=83.41;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9718;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.17;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=14078141;AF=0.003234;AS_InbreedingCoeff=0.9718;MLEAC=16;MLEAF=0.003044;AN=858;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:0,108,1389:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1479:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1324:. 0|0:34,0:34:87:0,87,1305:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1596:. 0|0:33,0:33:70:0,70,994:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1442:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1251:. 0|0:33,0:33:81:0,81,911:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1312:. 0|0:36,0:36:99:0,102,972:. 0|0:34,0:34:81:0,81,882:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:29,0:29:60:0,60,900:. 0|0:10,0:10:24:0,24,360:. 0|0:19,0:19:42:0,42,630:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 1|1:0,30:30:88:748,88,0:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,109,1336:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1556:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1188:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:19:0,19,346:. 0|0:6,0:6:18:0,18,167:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1196:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1391:. 0|0:294,0:294:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,100,1331:. 0|0:98,8:106:99:0,113,2775:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1263:. 0|0:57,0:57:99:0,101,1349:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,117,1800:. 0|0:36,0:36:81:0,81,1215:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:96:0,96,1440:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,115,1709:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,111,1800:. 0|0:355,0:355:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,117,1184:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,116,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1755:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 1|0:62,9:71:19:19,0,1683:. 0|0:58,0:58:99:0,106,1461:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1339:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1461:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|1:54,79:133:99:1643,0,1263:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,100,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,100,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,119,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,108,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1401:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,105,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:36:0,36,540:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,111,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,101,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1404:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,112,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1496:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,99,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1232:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1777:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1324:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1368:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,116,1719:. 0|0:72,0:72:99:0,117,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:2748,311,0:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,107,1342:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,117,1481:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,101,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1199:. 0|0:26,0:26:63:0,63,738:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,119,1800:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1259:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1207:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:0,51,765:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1197:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,114,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:94,0:94:99:0,105,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,119,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:594,0:594:99:0,120,1800:. 0|0:632,0:632:99:0,120,1800:. 0|0:587,0:587:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:0,57,855:. 0|0:110,0:110:.:.:120 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,104,1800:. 0|0:467,0:467:.:.:120 0|0:113,0:113:99:0,108,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:.:.:120 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:469,0:469:.:.:120 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:449,0:449:.:.:120 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,109,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:.:.:120 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:371,0:371:.:.:120 0|0:49,0:49:99:0,110,1535:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:.:.:120 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:.:.:120 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:100 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:403,0:403:.:.:120 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:.:.:120 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:.:.:120 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:120 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:60 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:483,0:483:.:.:120 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:120 0|0:371,0:371:.:.:120 0|0:79,0:79:99:0,109,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,115,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:.:.:120 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:.:.:120 0|0:498,0:498:99:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:99:0,120,1800:. 0|0:325,0:325:.:.:120 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:.:.:120 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,102,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,106,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1646:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,109,1800:. 0|0:270,0:270:99:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,116,1631:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,109,1800:. 0|0:21,0:21:30:0,30,630:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:481,0:481:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,114,1800:. 0|0:300,0:300:99:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 194477 . C T 185189 PASS FS=0;MQ=59.95;QD=23.71;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H1403;SNPEFF_CODON_CHANGE=caC/caT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.698;VQSLOD=6.85;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=0.045;NCC=0;BaseQRankSum=2.95;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=326.5;GQ_STDDEV=292.04;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.457;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=12199164;AF=0.006276;MLEAC=33;MLEAF=0.006276;AS_InbreedingCoeff=-0.0224;AN=854;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1273:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1671:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1282:. 0|0:46,0:46:80:.:.:0,80,1208:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1241:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1429:. 0|0:30,0:30:57:.:.:0,57,855:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:42:.:.:0,42,794:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1777:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1532:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1749:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:20,0:20:37:.:.:0,37,466:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,139:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1361:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1237:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1336:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1230:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1120:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1317:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1350:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:26,0:26:58:.:.:0,58,629:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1591:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1208:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1522:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1592:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:51,0:51:96:.:.:0,96,1264:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1478:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1793:. 1|1:9,132:141:99:.:.:3629,186,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1091:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1732:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,360:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1260:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1598:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1167:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1512:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1378:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1394:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1204:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1576:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1220:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,676:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:40:.:.:0,40,538:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1148:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,481:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1260:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,734:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:95:.:.:0,95,1201:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,525:526:99:.:.:18718,1553,0:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:499,0:499:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,196:200:99:.:.:6384,461,0:. 1|1:1,185:186:99:.:.:6343,526,0:. 1|1:7,228:235:99:.:.:7415,472,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,109:249:99:.:.:2975,0,3530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1501:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1148:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:368,0:368:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1375:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,693:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,653:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1277:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 194935 . A G 323597 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=21.43;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y1556C;SNPEFF_CODON_CHANGE=tAc/tGc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.686;VQSLOD=6.46;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.998;GC=14.29;GQ_MEAN=118.41;GQ_STDDEV=25.55;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9504;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.53;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12412016;AF=0.007976;AS_InbreedingCoeff=0.9504;MLEAC=41;MLEAF=0.007786;AN=856;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:0,108,1483:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1409:. 0|0:55,0:55:99:0,119,1545:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1644:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1188:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1486:. 0|0:33,0:33:87:0,87,1305:. 0|0:58,0:58:99:0,104,1614:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1408:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1695:. 0|0:39,0:39:90:0,90,1106:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1237:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1324:. 0|0:38,0:38:83:0,83,1113:. 0|0:26,0:26:60:0,60,900:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:2,0:2:6:0,6,60:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1151:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1573:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1482:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1133:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 0|0:10,0:10:21:0,21,315:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1427:. 0|0:51,0:51:99:0,109,1462:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1338:. 0|0:299,0:299:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1355:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1456:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:0,114,1710:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1620:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,106,1783:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,110,1442:. 0|0:73,0:73:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:80:0,80,940:. 0|0:96,0:96:99:0,117,1755:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1249:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:0,118,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1185:. 0|0:102,0:102:99:0,111,1665:. 0|0:95,0:95:99:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1665:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1522:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1713:. 0|0:49,0:49:99:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,114,1710:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1530:. 0|0:137,0:137:99:0,108,1620:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,102,1530:. 0|0:126,0:126:99:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,117,1219:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,99,1800:. 1|1:11,227:238:99:5791,373,0:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,117,1755:. 0|0:108,0:108:99:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:0,105,1575:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,108,1620:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,111,1665:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,100,1620:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 1|1:13,184:197:99:4600,232,0:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,108,1620:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,104,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,114,1710:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,114,1710:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,99,1485:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,114,1800:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,111,1665:. 0|0:132,0:132:99:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:0,117,1755:. 0|0:121,0:121:99:0,101,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,108,1620:. 0|0:112,0:112:99:0,111,1665:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,113,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,105,1575:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,117,1755:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1755:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,100,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,108,1620:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:0,108,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1417:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1779:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1378:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1186:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1204:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:0,27,242:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,111,1665:. 0|0:132,0:132:99:0,111,1665:. 0|0:107,0:107:99:0,100,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:69:0,69,1035:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:45:0,45,675:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1312:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:0,117,1755:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:49,0:49:99:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1242:. 0|0:99,0:99:99:0,108,1620:. 0|0:27,0:27:81:0,81,847:. 0|0:129,0:129:99:0,113,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1427:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1487:. 0|0:75,0:75:99:0,105,1575:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,108,1620:. 0|0:149,0:149:99:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:0,101,1710:. 0|0:145,0:145:99:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:99:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,104,1620:. 0|0:33,0:33:96:0,96,1440:. 0|0:82,0:82:.:.:113 0|0:82,0:82:99:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:.:.:120 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:.:.:120 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:.:.:120 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1665:. 0|0:281,0:281:.:.:120 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,117,1800:. 0|0:259,0:259:.:.:120 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:383,0:383:.:.:120 0|0:42,0:42:99:0,99,1434:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,118,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:.:.:107 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:.:.:99 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:120 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:368,0:368:.:.:120 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:.:.:120 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:.:.:120 0|0:185,0:185:99:0,99,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:.:.:120 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,109,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:103 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:.:.:120 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:.:.:120 0|0:421,0:421:.:.:120 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:.:.:120 0|1:23,145:168:99:4206,0,265:. 0|0:280,0:280:.:.:120 0|0:476,0:476:99:0,120,1800:. 0|0:368,0:368:99:0,120,1800:. 0|1:70,36:106:99:887,0,2039:. 0|0:317,0:317:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:120 0|0:173,0:173:99:0,116,1800:. 0|0:262,0:262:.:.:120 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,118,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 1|1:3,250:253:99:8029,655,0:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,117,1755:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1442:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:45:0,45,485:. 0|0:253,0:253:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,99,1485:. 0|0:173,0:173:99:0,109,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:457,0:457:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1254:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:283,0:283:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 196945 . G A 314828 PASS FS=0;MQ=61.67;QD=20.81;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R2226K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGa/aAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.677;VQSLOD=5.94;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=127.69;GQ_STDDEV=78.14;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9707;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.218;culprit=MQ;set=snp;DP=9935683;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=0.5707;MLEAC=55;MLEAF=0.01;AN=858;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:59,12:71:99:.:.:170,0,1553:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1606:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1564:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1499:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1446:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1540:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1309:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1251:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,236:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1175:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1774:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1523:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,462:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1402:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1253:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1306:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1524:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,940:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1307:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1283:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1214:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,850:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,918:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1315:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,981:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,978:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1256:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1158:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1384:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,143:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1519:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1603:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1300:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1128:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1471:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1505:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,249:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1223:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,698:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,243:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,121:173:99:.:.:3867,0,1332:. 0|1:62,56:118:99:.:.:1702,0,1818:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5546,466,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6544,559,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1044:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,61:126:99:.:.:1723,0,1814:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8082,724,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,297:298:99:.:.:9570,853,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1496:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7399,649,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,6:40:99:.:.:99,0,987:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1384:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,106,1211:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,694:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,104:233:99:.:.:2801,0,3337:. 1|1:21,501:522:99:.:.:16471,852,0:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1419:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1593:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7432,646,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1502:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1598:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1432:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,814:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 196974 . T C 6.46905e+06 PASS FS=0;MQ=60.68;QD=31.97;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L2236;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ttg/Ctg;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.695;VQSLOD=6.41;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=28.57;GQ_MEAN=312.05;GQ_STDDEV=416.15;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7223;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.534;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11293146;AF=0.202;AS_InbreedingCoeff=0.5709;MLEAC=1062;MLEAF=0.202;AN=858;AC=410 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:21,49:70:99:.:.:1201,0,473:. 1|1:0,70:70:99:1|1:196974_T_C:3153,222,0:. 0|1:33,33:66:99:0|1:196974_T_C:734,0,854:. 0|1:36,28:64:99:0|1:196974_T_C:615,0,977:. 1|1:0,58:58:99:1|1:196974_T_C:2673,187,0:. 1|0:8,47:55:99:0|1:196974_T_C:1935,0,268:. 1|1:0,47:47:99:1|1:196974_T_C:2113,147,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:196974_T_C:3668,252,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:196974_T_C:3382,237,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:196974_T_C:3000,208,0:. 1|1:1,37:38:95:1|1:196974_T_C:1607,95,0:. 1|1:0,51:51:99:1|1:196974_T_C:2388,166,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:196974_T_C:1899,132,0:. 0|1:23,27:50:99:0|1:196974_T_C:641,0,600:. 1|1:0,24:24:81:1|1:196974_T_C:1147,81,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:196974_T_C:1829,123,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,366:. 1|1:0,25:25:75:1|1:196974_T_C:1081,75,0:. 1|1:0,28:28:87:1|1:196974_T_C:1237,87,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:196974_T_C:2143,147,0:. 0|1:8,54:62:21:0|1:196974_T_C:1350,0,21:. 1|1:0,52:52:99:1|1:196974_T_C:2223,156,0:. 1|1:0,194:194:99:1|1:196974_T_C:8592,592,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,118:118:99:1|1:196974_T_C:5220,358,0:. 1|1:0,12:12:36:1|1:196974_T_C:489,36,0:. 1|1:0,8:8:24:1|1:196974_T_C:343,24,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:196974_T_C:2274,165,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1253:. 1|0:59,61:120:99:0|1:196974_T_C:1274,0,1438:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,10:51:99:.:.:123,0,1105:. 0|1:245,91:336:99:0|1:196974_T_C:1513,0,6421:. 1|1:0,46:46:99:1|1:196974_T_C:2013,144,0:. 1|0:22,106:128:99:.:.:2538,0,319:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,19:50:99:0|1:196974_T_C:330,0,770:. 0|1:30,36:66:99:0|1:196974_T_C:781,0,681:. 1|1:0,51:51:99:1|1:196974_T_C:2249,154,0:. 1|1:0,125:125:99:1|1:196974_T_C:5576,388,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:196974_T_C:5611,391,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:1|1:196974_T_C:8718,602,0:. 1|0:36,57:93:99:0|1:196974_T_C:1272,0,786:. 0|1:54,21:75:99:.:.:346,0,1479:. 1|1:0,34:34:99:1|1:196974_T_C:1430,102,0:. 1|0:26,84:110:99:0|1:196974_T_C:1957,0,437:. 1|1:0,66:66:99:1|1:196974_T_C:2904,204,0:. 1|1:0,106:106:99:1|1:196974_T_C:4578,322,0:. 0|1:15,9:24:99:0|1:196974_T_C:181,0,348:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,202:236:99:0|1:196974_T_C:8274,0,1021:. 0|0:110,13:123:25:0|1:196974_T_C:0,25,3003:. 0|0:71,5:76:83:0|1:196974_T_C:0,83,1836:. 1|0:74,26:100:99:0|1:196974_T_C:426,0,1961:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1214:. 1|1:3,77:80:99:1|1:196974_T_C:2057,147,0:. 0|0:74,8:82:35:0|1:196974_T_C:0,35,1944:. 1|1:0,124:124:99:1|1:196974_T_C:5591,388,0:. 0|1:72,52:124:99:0|1:196974_T_C:1063,0,1747:. 1|1:0,141:141:99:1|1:196974_T_C:6165,433,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:196974_T_C:1499,105,0:. 1|0:30,68:98:99:0|1:196974_T_C:1614,0,649:. 1|1:0,95:95:99:1|1:196974_T_C:4227,289,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:196974_T_C:3628,247,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:196974_T_C:2200,153,0:. 1|1:3,71:74:99:1|1:196974_T_C:1861,128,0:. 1|1:0,54:54:99:1|1:196974_T_C:2381,163,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:196974_T_C:2334,163,0:. 1|1:1,104:105:99:1|1:196974_T_C:4564,293,0:. 1|0:89,13:102:53:.:.:53,0,2445:. 1|1:0,100:100:99:1|1:196974_T_C:4479,304,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:196974_T_C:2651,189,0:. 0|1:75,128:203:99:0|1:196974_T_C:2862,0,1669:. 1|1:0,84:84:99:1|1:196974_T_C:3627,253,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:196974_T_C:2693,189,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1110:. 1|1:4,61:65:71:1|1:196974_T_C:1513,71,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1212:. 1|1:0,50:50:99:1|1:196974_T_C:2239,154,0:. 1|1:0,125:125:99:1|1:196974_T_C:5578,382,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:196974_T_C:2878,198,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,76:150:99:0|1:196974_T_C:1593,0,1766:. 1|1:0,55:55:99:1|1:196974_T_C:2397,172,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:196974_T_C:4570,322,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:1|1:196974_T_C:6470,454,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,51:101:99:0|1:196974_T_C:1105,0,1099:. 0|1:23,33:56:99:0|1:196974_T_C:730,0,532:. 1|1:0,149:149:99:1|1:196974_T_C:6503,451,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,156:160:99:1|1:196974_T_C:4050,357,0:. 1|1:8,223:231:99:1|1:196974_T_C:5764,455,0:. 1|1:3,240:243:99:1|1:196974_T_C:6467,632,0:. 1|1:0,163:163:99:1|1:196974_T_C:7125,499,0:. 1|0:16,91:107:99:0|1:196974_T_C:3748,0,539:. 0|0:106,10:116:47:0|1:196974_T_C:0,47,2993:. 0|1:74,61:135:99:0|1:196974_T_C:1277,0,3493:. 1|1:0,219:219:99:1|1:196974_T_C:9410,671,0:. 1|1:0,125:125:99:1|1:196974_T_C:5445,379,0:. 1|1:0,190:190:99:1|1:196974_T_C:8231,575,0:. 1|0:47,128:175:99:0|1:196974_T_C:2998,0,906:. 1|1:0,158:158:99:1|1:196974_T_C:6935,481,0:. 1|1:2,220:222:99:1|1:196974_T_C:5939,604,0:. 1|1:0,207:207:99:1|1:196974_T_C:9231,641,0:. 1|1:5,142:147:99:1|1:196974_T_C:3719,285,0:. 1|1:0,229:229:99:1|1:196974_T_C:10078,704,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,137:193:99:1|0:196957_A_C:4962,0,1822:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,97:144:99:0|1:196974_T_C:2203,0,1004:. 1|1:0,202:202:99:1|1:196974_T_C:8937,620,0:. 0|1:24,96:120:99:0|1:196974_T_C:2299,0,374:. 1|1:0,187:187:99:1|1:196974_T_C:8381,583,0:. 1|0:24,167:191:99:0|1:196974_T_C:3936,0,176:. 0|0:102,11:113:76:.:.:0,76,2776:. 1|1:0,154:154:99:1|1:196974_T_C:6817,478,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:196974_T_C:7299,512,0:. 0|1:164,21:185:13:0|1:196974_T_C:13,0,4423:. 1|1:8,157:165:99:1|1:196974_T_C:3956,259,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,58:163:99:0|1:196974_T_C:1087,0,5306:. 1|1:0,139:139:99:1|1:196974_T_C:5984,426,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:196974_T_C:3700,259,0:. 1|1:0,136:136:99:1|1:196974_T_C:5907,415,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:196974_T_C:6087,430,0:. 1|1:0,217:217:99:1|1:196974_T_C:9439,662,0:. 1|0:32,96:128:99:0|1:196974_T_C:2245,0,575:. 1|1:15,165:180:95:1|1:196974_T_C:4018,95,0:. 1|1:13,179:192:99:1|1:196974_T_C:4352,209,0:. 1|1:0,180:180:99:1|1:196974_T_C:7923,545,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:196974_T_C:8571,601,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:196974_T_C:6090,424,0:. 1|1:0,201:201:99:1|1:196974_T_C:8997,620,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:196974_T_C:5014,349,0:. 1|1:0,176:176:99:1|1:196974_T_C:7853,550,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:196974_T_C:9501,647,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:196974_T_C:3877,277,0:. 1|1:7,87:94:62:1|1:196974_T_C:2115,62,0:. 1|1:0,87:87:99:1|1:196974_T_C:3754,265,0:. 1|1:0,71:71:99:1|1:196974_T_C:3192,223,0:. 1|1:6,183:189:99:1|1:196974_T_C:4659,378,0:. 1|0:13,50:63:99:0|1:196974_T_C:1208,0,215:. 1|0:66,55:121:99:0|1:196974_T_C:1131,0,1654:. 1|1:0,148:148:99:1|1:196974_T_C:6512,451,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:196974_T_C:3368,235,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:196974_T_C:5792,397,0:. 1|1:2,142:144:99:1|1:196974_T_C:3883,370,0:. 1|0:100,53:153:99:0|1:196974_T_C:1018,0,2575:. 1|1:0,94:94:99:1|1:196974_T_C:4159,289,0:. 1|0:29,85:114:99:0|1:196974_T_C:1998,0,569:. 1|1:2,84:86:99:1|1:196974_T_C:2229,196,0:. 1|0:170,22:192:35:.:.:35,0,4560:. 0|1:68,101:169:99:0|1:196974_T_C:2226,0,3212:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:1|1:196974_T_C:7081,494,0:. 1|0:1,4:5:13:0|1:196974_T_C:132,0,13:. 1|1:0,92:92:99:1|1:196974_T_C:4082,277,0:. 1|1:0,148:148:99:1|1:196974_T_C:6666,460,0:. 1|1:0,105:105:99:1|1:196974_T_C:4526,318,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1092:. 1|1:2,83:85:99:1|1:196974_T_C:2199,192,0:. 1|0:76,81:157:99:0|1:196974_T_C:1775,0,1840:. 1|1:0,124:124:99:1|1:196974_T_C:5644,394,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:196974_T_C:4301,298,0:. 0|1:30,129:159:99:0|1:196974_T_C:3126,0,437:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,77:90:99:0|1:196974_T_C:1872,0,146:. 1|0:52,15:67:99:0|1:196974_T_C:202,0,1434:. 1|1:0,108:108:99:1|1:196974_T_C:4810,340,0:. 1|1:8,109:117:99:1|1:196974_T_C:2781,125,0:. 1|1:6,166:172:99:1|1:196974_T_C:4442,358,0:. 1|0:89,21:110:99:0|1:196974_T_C:266,0,2446:. 1|1:0,123:123:99:1|1:196974_T_C:5447,376,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,131:132:99:1|1:196974_T_C:5718,370,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:1|1:196974_T_C:4833,337,0:. 0|1:75,27:102:99:0|1:196974_T_C:437,0,2040:. 1|1:0,231:231:99:1|1:196974_T_C:10159,707,0:. 1|1:0,113:113:99:1|1:196974_T_C:4901,346,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1603:. 1|1:0,80:80:99:1|1:196974_T_C:3396,243,0:. 1|1:0,86:86:99:1|1:196974_T_C:3791,262,0:. 1|0:36,205:241:99:0|1:196974_T_C:4729,0,314:. 1|1:0,121:121:99:1|1:196974_T_C:5479,379,0:. 1|1:0,167:167:99:1|1:196974_T_C:7493,518,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,95:149:99:.:.:2153,0,1186:. 0|1:41,80:121:99:0|1:196974_T_C:1767,0,848:. 0|1:9,57:66:99:1|0:196957_A_C:2119,0,194:. 1|1:0,78:78:99:1|1:196974_T_C:3409,244,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:196974_T_C:2652,187,0:. 1|1:0,86:86:99:1|1:196974_T_C:3798,268,0:. 1|0:59,42:101:99:0|1:196974_T_C:799,0,1511:. 0|0:120,0:120:28:.:.:0,28,3008:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:1|1:196974_T_C:7067,494,0:. 1|1:0,101:101:99:1|1:196974_T_C:4609,319,0:. 1|0:11,46:57:99:0|1:196974_T_C:1095,0,165:. 1|0:36,142:178:99:.:.:3128,0,571:. 1|0:19,105:124:99:0|1:196974_T_C:2478,0,217:. 1|1:0,86:86:99:1|1:196974_T_C:3905,268,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:196974_T_C:3520,244,0:. 1|0:13,48:61:99:.:.:1109,0,204:. 1|1:0,105:105:99:1|1:196974_T_C:4666,322,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:196974_T_C:3449,241,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:196974_T_C:3544,244,0:. 0|1:9,51:60:84:0|1:196974_T_C:1160,0,84:. 1|1:0,78:78:99:1|1:196974_T_C:3428,241,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:196974_T_C:4159,286,0:. 1|1:12,122:134:54:1|1:196974_T_C:2903,54,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:196974_T_C:9597,665,0:. 0|1:23,76:99:99:0|1:196974_T_C:1806,0,366:. 1|1:0,143:143:99:1|1:196974_T_C:6249,442,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:196974_T_C:3035,214,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1505:. 1|0:20,99:119:99:0|1:196974_T_C:2415,0,253:. 1|1:0,95:95:99:1|1:196974_T_C:4199,298,0:. 1|1:0,72:72:99:1|1:196974_T_C:3207,222,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:196974_T_C:2657,186,0:. 0|1:94,74:168:99:0|1:196974_T_C:1535,0,2592:. 1|1:0,98:98:99:1|1:196974_T_C:4297,301,0:. 1|0:7,2:9:27:0|1:196974_T_C:27,0,183:. 1|0:24,145:169:99:.:.:3456,0,189:. 1|1:0,123:123:99:1|1:196974_T_C:5509,385,0:. 1|0:59,61:120:99:0|1:196974_T_C:1310,0,1355:. 1|1:0,88:88:99:1|1:196974_T_C:3880,268,0:. 1|1:0,147:147:99:1|1:196974_T_C:6420,448,0:. 0|1:42,72:114:99:0|1:196974_T_C:1622,0,968:. 1|1:0,187:187:99:1|1:196974_T_C:8358,575,0:. 1|0:27,23:50:99:0|1:196974_T_C:494,0,1079:. 1|1:0,22:22:66:1|1:196974_T_C:961,66,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:213,78:291:99:0|1:196974_T_C:1281,0,5627:. 0|1:40,80:120:99:0|1:196974_T_C:1817,0,837:. 1|1:0,193:193:99:1|1:196974_T_C:8460,596,0:. 1|1:0,21:21:63:1|1:196974_T_C:877,63,0:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,158:158:99:1|1:196974_T_C:6846,484,0:. 1|0:14,89:103:78:.:.:2180,0,78:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:1|1:196974_T_C:5280,370,0:. 1|1:0,12:12:36:1|1:196974_T_C:524,36,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:196974_T_C:2599,186,0:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,20:22:33:0|1:196974_T_C:834,0,33:. 1|0:66,95:161:99:0|1:196974_T_C:2739,0,1915:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,87:179:99:.:.:2455,0,2787:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,112:181:99:0|1:196974_T_C:3308,0,1950:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:196974_T_C:9583,647,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,137:169:99:0|1:196974_T_C:4181,0,671:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1084:. 1|0:75,14:89:99:0|1:196974_T_C:213,0,3114:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,159:162:99:1|1:196974_T_C:5309,378,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,648:648:99:1|1:196974_T_C:28889,1977,0:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,32:59:99:0|1:196974_T_C:927,0,805:. 0|0:30,0:30:56:.:.:0,56,957:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,59:147:99:.:.:1545,0,2578:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:1|1:196974_T_C:6688,457,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1496:. 1|1:19,236:255:99:.:.:7060,107,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:181,51:232:99:0|1:196974_T_C:957,0,5582:. 0|1:22,232:254:65:0|1:196974_T_C:6866,0,65:. 1|1:0,227:227:99:1|1:196974_T_C:10088,695,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,104:117:67:0|1:196974_T_C:2969,0,67:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,51:106:99:0|1:196974_T_C:1275,0,1651:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,61:65:50:1|1:196974_T_C:1711,50,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,24:41:99:0|1:196974_T_C:642,0,449:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,214:226:99:1|1:196974_T_C:6516,295,0:. 1|0:28,84:112:99:0|1:196974_T_C:2223,0,603:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,18:127:99:0|1:196974_T_C:201,0,3176:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,787:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,210:243:99:.:.:5589,0,342:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,68:97:99:0|1:196974_T_C:1935,0,719:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:196974_T_C:9462,647,0:. 1|0:27,152:179:99:0|1:196974_T_C:4516,0,450:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1419:. 1|1:0,135:135:99:1|1:196974_T_C:6068,418,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1593:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,173:173:99:1|1:196974_T_C:7668,524,0:. 1|1:0,171:171:99:1|1:196974_T_C:7618,527,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1502:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1598:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1432:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,17:17:51:1|1:196974_T_C:752,51,0:. 1|1:0,265:265:99:1|1:196974_T_C:11805,816,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,58:186:99:0|1:196974_T_C:1334,0,3894:. 1|1:0,157:157:99:1|1:196974_T_C:6994,473,0:. 0|1:21,180:201:99:0|1:196974_T_C:5432,0,117:. 1|1:0,179:179:99:1|1:196974_T_C:8007,551,0:. 1|0:262,212:474:99:0|1:196974_T_C:5650,0,7744:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 1|1:6,339:345:99:1|1:196974_T_C:11074,867,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 196981 . G A 2.60134e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=29.5;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R2238K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGa/aAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.703;VQSLOD=9.91;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=23.81;GQ_MEAN=527.14;GQ_STDDEV=250.45;HRun=2;InbreedingCoeff=0.8141;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.374;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14573067;AF=0.945;AS_InbreedingCoeff=-0.036;MLEAC=4964;MLEAF=0.946;AN=856;AC=818 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,64:64:99:.:.:2634,199,0 1|1:0,76:76:99:1|1:196974_T_C:3316,237,0 1|1:1,61:62:99:1|1:196974_T_C:2317,183,0 1|1:0,66:66:99:1|1:196974_T_C:2440,201,0 1|1:0,63:63:99:1|1:196974_T_C:2710,190,0 1|0:8,50:58:99:0|1:196974_T_C:2016,0,258 1|1:0,48:48:99:1|1:196974_T_C:2109,147,0 1|1:0,81:81:99:1|1:196974_T_C:3637,247,0 1|1:0,80:80:99:1|1:196974_T_C:3478,244,0 1|1:0,69:69:99:1|1:196974_T_C:3069,214,0 1|1:1,38:39:95:1|1:196974_T_C:1630,95,0 1|1:0,55:55:99:1|1:196974_T_C:2413,169,0 1|1:0,44:44:99:1|1:196974_T_C:1939,135,0 1|1:1,51:52:99:1|1:196974_T_C:1910,129,0 1|1:0,25:25:75:1|1:196974_T_C:1088,75,0 1|1:0,43:43:99:1|1:196974_T_C:1889,129,0 1|1:0,13:13:39:.:.:420,39,0 1|1:0,26:26:84:1|1:196974_T_C:1175,84,0 1|1:0,27:27:81:1|1:196974_T_C:1177,81,0 1|1:0,52:52:99:1|1:196974_T_C:2217,159,0 1|1:0,58:58:99:1|1:196974_T_C:2531,181,0 1|1:0,52:52:99:1|1:196974_T_C:2278,165,0 1|1:0,192:192:99:1|1:196974_T_C:8540,584,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1529,156,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1002,101,0 1|1:0,119:119:99:1|1:196974_T_C:5244,361,0 1|1:0,10:10:30:1|1:196974_T_C:436,30,0 1|1:0,9:9:27:1|1:196974_T_C:375,27,0 1|1:0,52:52:99:1|1:196974_T_C:2287,165,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1382,132,0 1|1:0,116:116:99:1|1:196974_T_C:4446,358,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3222,315,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1664,150,0 1|1:0,338:338:99:1|1:196974_T_C:11460,1020,0 1|1:0,47:47:99:1|1:196974_T_C:2020,144,0 1|1:0,129:129:99:.:.:5117,399,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2408,240,0 1|1:0,56:56:99:1|1:196974_T_C:1961,168,0 1|1:0,70:70:99:1|1:196974_T_C:2570,210,0 1|1:0,54:54:99:1|1:196974_T_C:2298,162,0 1|1:0,127:127:99:1|1:196974_T_C:5600,388,0 1|1:0,126:126:99:1|1:196974_T_C:5586,388,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1988,198,0 1|1:0,244:244:99:.:.:7352,733,0 1|1:0,199:199:99:1|1:196974_T_C:8756,605,0 1|1:0,98:98:99:1|1:196974_T_C:3785,300,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2711,238,0 1|1:0,30:30:90:1|1:196974_T_C:1340,90,0 1|1:0,106:106:99:1|1:196974_T_C:4338,322,0 1|1:0,67:67:99:1|1:196974_T_C:2902,202,0 1|1:0,102:102:99:1|1:196974_T_C:4608,325,0 1|1:0,27:27:81:1|1:196974_T_C:919,81,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3418,336,0 0|1:36,209:245:99:0|1:196974_T_C:8339,0,1023 1|1:0,122:122:99:1|1:196974_T_C:3906,367,0 1|1:0,79:79:99:1|1:196974_T_C:2355,237,0 1|1:0,99:99:99:1|1:196974_T_C:3417,298,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1889,192,0 1|1:0,80:80:99:1|1:196974_T_C:3483,250,0 1|1:0,85:85:99:1|1:196974_T_C:2599,255,0 1|1:0,133:133:99:1|1:196974_T_C:5726,403,0 1|1:0,119:119:99:1|1:196974_T_C:4372,373,0 1|1:0,135:135:99:1|1:196974_T_C:5970,412,0 1|1:0,298:298:99:.:.:9221,895,0 1|1:0,35:35:99:1|1:196974_T_C:1490,105,0 1|1:0,104:104:99:1|1:196974_T_C:4044,312,0 1|1:0,98:98:99:1|1:196974_T_C:4294,295,0 1|1:0,88:88:99:1|1:196974_T_C:3824,268,0 1|1:0,51:51:99:1|1:196974_T_C:2262,159,0 1|1:0,72:72:99:1|1:196974_T_C:3094,220,0 1|1:0,57:57:99:1|1:196974_T_C:2476,172,0 1|1:0,53:53:99:1|1:196974_T_C:2313,160,0 1|1:0,109:109:99:1|1:196974_T_C:4713,308,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3247,304,0 1|1:0,105:105:99:1|1:196974_T_C:4621,319,0 1|1:0,61:61:99:1|1:196974_T_C:2606,186,0 1|1:0,196:196:99:1|1:196974_T_C:7680,601,0 1|1:0,83:83:99:1|1:196974_T_C:3690,259,0 1|1:0,64:64:99:1|1:196974_T_C:2734,195,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1613,159,0 1|1:0,66:66:99:1|1:196974_T_C:2866,202,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1744,171,0 1|1:0,51:51:99:1|1:196974_T_C:2235,154,0 1|1:0,129:129:99:1|1:196974_T_C:5707,394,0 1|1:0,66:66:99:1|1:196974_T_C:2885,198,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4692,463,0 1|1:0,153:153:99:1|1:196974_T_C:5647,460,0 1|1:0,55:55:99:1|1:196974_T_C:2403,172,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4412,444,0 1|1:0,143:143:99:1|1:196957_A_C:5874,441,0 1|1:0,104:104:99:1|1:196974_T_C:4530,316,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3504,345,0 1|1:0,139:139:99:1|1:196974_T_C:6233,424,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3051,301,0 1|1:0,100:100:99:1|1:196974_T_C:3713,309,0 1|1:0,55:55:99:1|1:196974_T_C:2149,165,0 1|1:0,149:149:99:1|1:196974_T_C:6537,454,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4317,431,0 1|1:0,158:158:99:1|1:196974_T_C:7018,482,0 1|1:0,239:239:99:1|1:196974_T_C:10378,728,0 1|1:0,236:236:99:1|1:196974_T_C:10529,728,0 1|1:0,160:160:99:1|1:196974_T_C:7169,500,0 1|0:16,96:112:99:0|1:196974_T_C:3825,0,530 1|1:5,110:115:99:1|1:196974_T_C:3285,233,0 0|1:66,61:127:99:0|1:196974_T_C:2258,0,1362 1|1:0,213:213:99:1|1:196974_T_C:9183,646,0 1|1:0,120:120:99:1|1:196974_T_C:5370,370,0 1|1:0,187:187:99:1|1:196974_T_C:8295,581,0 1|1:0,170:170:99:1|1:196974_T_C:6840,516,0 1|1:0,155:155:99:1|1:196974_T_C:6860,473,0 1|1:0,218:218:99:1|1:196974_T_C:9758,674,0 1|1:0,209:209:99:1|1:196974_T_C:9183,635,0 1|1:0,145:145:99:1|1:196974_T_C:6389,445,0 1|1:0,226:226:99:1|1:196974_T_C:10064,703,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4256,434,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5766,579,0 1|1:0,196:196:99:1|1:196957_A_C:8432,599,0 1|1:0,227:227:99:.:.:6721,679,0 1|1:1,144:145:99:1|1:196974_T_C:5607,429,0 1|1:0,206:206:99:1|1:196974_T_C:8979,623,0 1|1:1,124:125:99:1|1:196974_T_C:5040,348,0 1|1:0,199:199:99:1|1:196974_T_C:8608,607,0 1|1:0,189:189:99:1|1:196974_T_C:8129,584,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3655,356,0 1|1:0,152:152:99:1|1:196974_T_C:6748,469,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4468,450,0 1|1:0,166:166:99:1|1:196974_T_C:7314,512,0 1|1:0,181:181:99:1|1:196974_T_C:5718,543,0 1|1:0,168:168:99:1|1:196974_T_C:7252,508,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4632,481,0 0|1:102,64:166:99:0|1:196974_T_C:2234,0,2293 1|1:0,130:130:99:1|1:196974_T_C:5783,402,0 1|1:0,86:86:99:1|1:196974_T_C:3819,271,0 1|1:0,134:134:99:1|1:196974_T_C:5896,412,0 1|1:0,242:242:99:.:.:7168,725,0 1|1:0,133:133:99:1|1:196974_T_C:5976,415,0 1|1:0,214:214:99:1|1:196974_T_C:9474,665,0 1|1:0,123:123:99:1|1:196974_T_C:5106,373,0 1|1:0,181:181:99:1|1:196974_T_C:7760,557,0 1|1:0,198:198:99:1|1:196974_T_C:8331,602,0 1|1:0,180:180:99:1|1:196974_T_C:7966,548,0 1|1:0,195:195:99:1|1:196974_T_C:8544,595,0 1|1:0,141:141:99:1|1:196974_T_C:6169,433,0 1|1:0,203:203:99:1|1:196974_T_C:9003,620,0 1|1:0,111:111:99:1|1:196974_T_C:4980,343,0 1|1:0,176:176:99:1|1:196974_T_C:7738,538,0 1|1:0,219:219:99:1|1:196974_T_C:9651,662,0 1|1:0,213:213:99:.:.:6554,640,0 1|1:0,84:84:99:1|1:196974_T_C:3704,258,0 1|1:0,88:88:99:1|1:196974_T_C:3886,277,0 1|1:0,81:81:99:1|1:196974_T_C:3580,244,0 1|1:0,74:74:99:1|1:196974_T_C:3248,229,0 1|1:0,192:192:99:1|1:196974_T_C:8411,587,0 1|1:0,64:64:99:1|1:196974_T_C:2657,193,0 1|1:0,121:121:99:1|1:196974_T_C:4448,364,0 1|1:0,149:149:99:1|1:196974_T_C:6612,460,0 1|1:0,74:74:99:1|1:196974_T_C:3288,226,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5604,570,0 1|1:0,131:131:99:1|1:196974_T_C:5800,397,0 1|1:0,140:140:99:1|1:196974_T_C:6201,424,0 1|1:0,157:157:99:1|1:196974_T_C:5487,480,0 1|1:0,93:93:99:1|1:196974_T_C:4138,288,0 1|1:0,113:113:99:1|1:196974_T_C:4637,349,0 1|1:0,88:88:99:1|1:196974_T_C:3892,274,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6088,578,0 0|1:63,113:176:99:0|1:196974_T_C:4322,0,1212 1|1:0,186:186:99:.:.:5513,557,0 1|1:0,167:167:99:1|1:196974_T_C:7260,509,0 1|1:0,2:2:6:1|1:196974_T_C:90,6,0 1|1:0,93:93:99:1|1:196974_T_C:4144,283,0 1|1:0,155:155:99:1|1:196974_T_C:6735,469,0 1|1:0,101:101:99:1|1:196974_T_C:4507,313,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1092 1|1:0,80:80:99:1|1:196974_T_C:3519,249,0 1|1:0,153:153:99:1|1:196974_T_C:5795,475,0 1|1:0,134:134:99:1|1:196974_T_C:5794,409,0 1|1:0,100:100:99:1|1:196974_T_C:4380,304,0 1|1:0,159:159:99:1|1:196974_T_C:6590,493,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3651,372,0 1|1:0,93:93:99:1|1:196974_T_C:3945,280,0 1|1:0,75:75:99:1|1:196974_T_C:2440,227,0 1|1:0,108:108:99:1|1:196974_T_C:4716,328,0 1|1:1,112:113:99:1|1:196974_T_C:4825,315,0 1|1:0,168:168:99:1|1:196974_T_C:7388,515,0 1|1:0,111:111:99:1|1:196974_T_C:3666,334,0 1|1:0,124:124:99:1|1:196974_T_C:5493,379,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3092,307,0 1|1:0,271:271:99:.:.:7977,814,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4181,414,0 1|1:0,128:128:99:1|1:196974_T_C:5685,388,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,208:208:99:.:.:6168,622,0 1|1:0,108:108:99:1|1:196974_T_C:4793,331,0 1|1:0,95:95:99:1|1:196974_T_C:3254,285,0 1|1:0,225:225:99:1|1:196974_T_C:10062,695,0 1|1:0,110:110:99:1|1:196974_T_C:4856,340,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2126,216,0 1|1:0,74:74:99:1|1:196974_T_C:3238,225,0 1|1:0,86:86:99:1|1:196974_T_C:3802,262,0 1|1:0,243:243:99:1|1:196974_T_C:10184,742,0 1|1:0,135:135:99:1|1:196974_T_C:5748,406,0 1|1:0,172:172:99:1|1:196974_T_C:7534,521,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4340,436,0 1|1:1,151:152:99:.:.:5846,434,0 1|1:0,128:128:99:1|1:196974_T_C:4911,390,0 1|1:0,68:68:99:1|1:196957_A_C:3020,208,0 1|1:0,74:74:99:1|1:196974_T_C:3336,235,0 1|1:0,62:62:99:1|1:196974_T_C:2717,193,0 1|1:0,87:87:99:1|1:196974_T_C:3842,271,0 1|1:0,108:108:99:1|1:196974_T_C:3776,325,0 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,2560 1|1:0,92:92:99:.:.:2834,276,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6117,615,0 1|1:0,158:158:99:1|1:196974_T_C:6945,479,0 1|1:0,107:107:99:1|1:196974_T_C:4654,322,0 1|1:0,62:62:99:1|1:196974_T_C:2535,187,0 1|1:0,191:191:99:.:.:7748,578,0 1|1:0,126:126:99:1|1:196974_T_C:5279,382,0 1|1:0,91:91:99:1|1:196974_T_C:4024,280,0 1|1:0,78:78:99:1|1:196974_T_C:3523,244,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2434,181,0 1|1:0,114:114:99:1|1:196974_T_C:4947,352,0 1|1:0,78:78:99:1|1:196974_T_C:3426,238,0 1|1:0,82:82:99:1|1:196974_T_C:3623,253,0 1|1:0,63:63:99:1|1:196974_T_C:2643,196,0 1|1:0,76:76:99:1|1:196974_T_C:3351,232,0 1|1:0,93:93:99:1|1:196974_T_C:4123,282,0 1|1:0,138:138:99:1|1:196974_T_C:5804,418,0 1|1:0,214:214:99:1|1:196974_T_C:9616,665,0 1|1:0,103:103:99:1|1:196974_T_C:4133,315,0 1|1:0,135:135:99:1|1:196974_T_C:6070,418,0 1|1:0,67:67:99:1|1:196974_T_C:2995,208,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4657,471,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2091,207,0 1|1:0,118:118:99:1|1:196974_T_C:4986,358,0 1|1:0,93:93:99:1|1:196974_T_C:4071,283,0 1|1:0,73:73:99:1|1:196974_T_C:3188,219,0 1|1:0,63:63:99:1|1:196974_T_C:2696,189,0 1|1:11,156:167:99:1|1:196974_T_C:5371,195,0 1|1:0,95:95:99:1|1:196974_T_C:4218,292,0 1|1:0,9:9:27:1|1:196974_T_C:284,27,0 1|1:0,172:172:99:.:.:7132,521,0 1|1:0,126:126:99:1|1:196974_T_C:5544,388,0 1|1:0,120:120:99:1|1:196974_T_C:4391,360,0 1|1:0,89:89:99:1|1:196974_T_C:3880,268,0 1|1:0,148:148:99:1|1:196974_T_C:6576,463,0 1|1:0,118:118:99:1|1:196974_T_C:4541,355,0 1|1:0,194:194:99:1|1:196974_T_C:8505,589,0 1|0:16,34:50:99:0|1:196974_T_C:1209,0,300 1|1:0,22:22:66:1|1:196974_T_C:963,66,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2578,263,0 1|1:0,299:299:99:1|1:196974_T_C:10077,905,0 1|1:0,119:119:99:1|1:196974_T_C:4668,363,0 1|1:0,197:197:99:1|1:196974_T_C:8639,614,0 1|1:0,20:20:60:1|1:196974_T_C:854,60,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1135,117,0 1|1:0,152:152:99:1|1:196974_T_C:6764,472,0 1|1:0,102:102:99:.:.:4336,319,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2160,221,0 1|0:49,42:91:99:.:.:992,0,1084 1|1:0,119:119:99:1|1:196974_T_C:5226,364,0 1|1:0,12:12:36:1|1:196974_T_C:527,36,0 1|1:0,57:57:99:1|1:196974_T_C:2570,181,0 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440 1|1:0,128:128:99:.:.:3932,386,0 1|0:2,20:22:33:0|1:196974_T_C:834,0,33 1|1:0,156:156:99:1|1:196974_T_C:6365,469,0 1|1:0,86:86:99:.:.:3045,259,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5910,505,0 1|1:0,116:116:99:.:.:4223,349,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5955,502,0 1|1:0,184:184:99:.:.:7343,554,0 1|1:0,149:149:99:.:.:5289,448,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3848,334,0 1|1:0,186:186:99:1|1:196974_T_C:7653,565,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,184:184:99:.:.:6573,554,0 1|1:0,27:27:81:.:.:974,81,0 1|1:0,184:184:99:.:.:6395,553,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5206,445,0 1|1:0,194:194:99:.:.:6949,583,0 1|1:0,172:172:99:.:.:6172,517,0 1|1:0,176:176:99:.:.:6346,529,0 1|1:0,223:223:99:1|1:196974_T_C:9839,674,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4495,373,0 1|1:11,147:158:87:.:.:4707,87,0 1|1:0,171:171:99:.:.:6082,514,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3742,319,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6653,568,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8245,703,0 1|1:0,172:172:99:1|1:196974_T_C:7367,521,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2789,238,0 1|1:0,96:96:99:.:.:3330,289,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6619,580,0 0|0:34,0:34:65:.:.:0,65,1080 0|1:19,68:87:99:0|1:196974_T_C:2269,0,416 1|1:0,132:132:99:.:.:4552,396,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4596,382,0 1|1:0,172:172:99:.:.:6073,517,0 1|1:0,150:150:99:.:.:5279,451,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2833,241,0 1|1:0,146:146:99:.:.:5325,439,0 1|1:0,166:166:99:1|1:196974_T_C:7333,508,0 1|1:0,190:190:99:.:.:6688,571,0 1|1:0,573:573:99:.:.:20309,1723,0 1|1:0,653:653:99:1|1:196974_T_C:28942,1978,0 1|1:0,518:518:99:.:.:18164,1557,0 1|1:0,56:56:99:1|1:196974_T_C:2290,169,0 1|1:0,30:30:90:.:.:1035,90,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2581,233,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3540,313,0 1|1:0,211:211:99:.:.:7075,634,0 1|1:0,238:238:99:.:.:8034,716,0 1|1:0,327:327:99:.:.:11112,982,0 1|1:0,145:145:99:.:.:5570,439,0 1|1:0,281:281:99:1|1:196979_G_A:12650,864,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8224,720,0 1|1:0,358:358:99:.:.:12224,1073,0 1|1:0,259:259:99:.:.:8710,778,0 1|1:0,326:326:99:.:.:10869,977,0 1|1:0,153:153:99:1|1:196974_T_C:6697,460,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2820,247,0 1|1:0,277:277:99:.:.:9450,829,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1496 1|1:2,264:266:99:.:.:11369,737,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7667,687,0 1|1:0,194:194:99:.:.:6649,583,0 1|1:0,261:261:99:.:.:8764,783,0 1|0:166,58:224:99:.:.:1313,0,4882 1|1:0,242:242:99:.:.:8079,727,0 1|1:0,228:228:99:1|1:196974_T_C:8321,685,0 1|1:1,246:247:99:1|1:196974_T_C:10665,719,0 1|1:0,226:226:99:1|1:196974_T_C:10061,692,0 1|1:1,278:279:99:.:.:9335,825,0 1|1:0,121:121:99:1|1:196974_T_C:5237,367,0 1|1:1,271:272:99:.:.:9174,806,0 1|0:7,29:36:99:.:.:897,0,126 1|1:0,239:239:99:.:.:8172,718,0 1|1:0,303:303:99:.:.:10347,909,0 1|1:0,213:213:99:.:.:7323,640,0 1|1:0,277:277:99:.:.:9178,831,0 1|1:0,275:275:99:.:.:9325,826,0 1|1:0,257:257:99:.:.:8378,772,0 1|1:2,238:240:99:.:.:8169,671,0 1|1:5,106:111:99:1|1:196974_T_C:3924,193,0 1|1:8,226:234:99:1|1:196979_G_A:9841,455,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7529,668,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8053,700,0 1|1:0,64:64:99:1|1:196974_T_C:2815,198,0 1|1:0,266:266:99:.:.:8969,799,0 1|1:0,45:45:99:1|1:196974_T_C:1751,135,0 1|1:2,249:251:99:.:.:8399,685,0 1|1:1,267:268:99:.:.:8905,768,0 1|1:3,188:191:99:.:.:7059,481,0 1|1:1,314:315:99:.:.:10341,932,0 1|1:0,239:239:99:.:.:8224,719,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8371,763,0 1|1:1,222:223:99:.:.:7645,635,0 1|1:0,230:230:99:1|1:196974_T_C:10037,707,0 1|1:0,116:116:99:1|1:196974_T_C:4805,349,0 1|1:0,222:222:99:.:.:8131,668,0 1|1:0,121:121:99:1|1:196974_T_C:4108,362,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5443,499,0 1|1:0,24:24:72:.:.:816,72,0 1|1:2,248:250:99:.:.:8501,706,0 1|1:2,319:321:99:.:.:10607,907,0 1|1:0,260:260:99:.:.:8811,781,0 1|0:184,26:210:99:.:.:441,0,5360 1|1:0,249:249:99:.:.:10538,748,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3568,320,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7571,667,0 1|1:3,238:241:99:.:.:7980,639,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8560,751,0 1|1:0,196:196:99:.:.:6760,589,0 1|1:1,258:259:99:.:.:8827,742,0 1|1:0,554:554:99:.:.:18473,1663,0 1|1:0,431:431:99:.:.:14966,1299,0 1|1:0,99:99:99:1|1:196974_T_C:4093,298,0 1|1:0,371:371:99:.:.:12277,1114,0 1|1:0,217:217:99:1|1:196974_T_C:9573,656,0 1|1:1,184:185:99:1|1:196974_T_C:7836,526,0 1|1:0,231:231:99:.:.:7865,691,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2269,204,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4442,388,0 1|1:0,133:133:99:1|1:196974_T_C:5898,400,0 1|1:0,203:203:99:.:.:6895,610,0 1|0:34,159:193:99:.:.:4832,0,526 1|1:0,148:148:99:.:.:5083,445,0 1|1:0,221:221:99:.:.:7138,664,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5852,520,0 1|1:0,232:232:99:.:.:7956,698,0 1|1:0,208:208:99:.:.:6950,625,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1368 1|1:0,57:57:99:.:.:1947,171,0 1|1:0,171:171:99:1|1:196974_T_C:7626,518,0 1|1:0,167:167:99:1|1:196974_T_C:7387,506,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,264:264:99:.:.:9040,793,0 1|1:0,230:230:99:.:.:7835,691,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,48:48:99:.:.:1708,144,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3798,348,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1432 1|1:0,68:68:99:1|1:196979_G_A:3005,205,0 1|1:0,17:17:51:1|1:196974_T_C:755,51,0 1|1:0,267:267:99:1|1:196974_T_C:11854,818,0 1|1:0,268:268:99:.:.:9143,805,0 1|1:0,291:291:99:.:.:9895,874,0 1|1:0,17:17:51:.:.:617,51,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5970,520,0 1|1:0,263:263:99:.:.:8953,791,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5072,445,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8286,730,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6432,568,0 1|1:1,189:190:99:1|1:196974_T_C:7141,564,0 1|1:0,161:161:99:1|1:196974_T_C:7139,488,0 1|1:0,205:205:99:1|1:196974_T_C:8880,623,0 1|1:0,186:186:99:1|1:196974_T_C:8142,565,0 1|1:0,470:470:99:1|1:196974_T_C:18553,1420,0 1|1:1,71:72:99:.:.:2377,187,0 1|1:0,320:320:99:.:.:11055,962,0 1|1:0,604:604:99:.:.:20406,1815,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6758,586,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7019,615,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1150,105,0 1|1:0,21:21:63:.:.:740,63,0 1|1:0,352:352:99:1|1:196974_T_C:15478,1068,0 1|1:0,172:172:99:.:.:5912,516,0 Pf3D7_01_v3 198353 . A G 499047 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=19.84;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=M2618V;SNPEFF_CODON_CHANGE=Atg/Gtg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.686;VQSLOD=5.4;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=128.58;GQ_STDDEV=82.42;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7812;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.807;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6938799;AF=0.017;AS_InbreedingCoeff=-0.0268;MLEAC=87;MLEAF=0.017;AN=858;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1428:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1672:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1481:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1403:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1342:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1492:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1322:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1522:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1359:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1124:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1738:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1300:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1298:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1380:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1715:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1595:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,975:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,917:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1304:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,995:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,615:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:165,57:222:99:.:.:941,0,4473:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,973:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1096:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1126:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,18:100:99:.:.:174,0,2292:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,978:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1171:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:69:.:.:0,69,3231:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,977:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,950:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,992:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,958:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1293:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1016:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1625:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1394:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1676:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1139:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1364:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,848:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1309:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:2,208:210:99:.:.:5716,561,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:5555,614,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1742:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1562:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:87,94:181:99:.:.:2017,0,2128:. 1|0:93,108:201:99:.:.:2294,0,2215:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3217,357,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,963:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1747:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1616:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1362:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1292:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1256:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1547:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1411:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1125:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,254:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2626,285,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1187:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1581:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1595:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1012:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1150:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1315:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1655:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1209:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1393:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1020:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1365:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1541:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1206:. 1|0:80,25:105:99:.:.:372,0,2141:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1154:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1794:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,934:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1304:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1173:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1348:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1280:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1151:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1253:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1114:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1127:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,945:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1205:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1053:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1006:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1038:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1003:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,32:62:99:.:.:689,0,768:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:85,0:85:60:.:.:0,60,2277:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1306:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1079:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1589:. 1|0:66,46:112:99:.:.:950,0,1706:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1336:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,990:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|1:25,24:49:99:.:.:524,0,619:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1136:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1724:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1178:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1415:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1771:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1580:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5350,472,0:. 1|0:32,190:222:99:.:.:5737,0,519:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1146:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1189:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1401:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1370:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:526,0:526:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1678:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:574,0:574:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1456:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1171:. 0|1:304,189:493:99:.:.:4424,0,9337:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1318:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1279:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1149:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:523,0:523:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1393:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1423:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1653:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2677,212,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1652:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1715:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1376:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,119,1535:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1243:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1023:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1693:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1517:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1655:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1535:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 198519 . A G 197758 PASS FS=0;MQ=59.97;QD=21.32;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y2673C;SNPEFF_CODON_CHANGE=tAt/tGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=UBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104300.1;SOR=0.705;VQSLOD=5.75;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=125.79;GQ_STDDEV=70.03;HRun=0;InbreedingCoeff=1;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.759;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=7461463;AF=0.004184;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=22;MLEAF=0.004184;AN=858;AC=10 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:0,105,1428:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1672:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1481:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1403:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1319:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1099:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1492:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1249:. 0|0:47,0:47:99:0,116,1322:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1522:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1243:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1434:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1191:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1070:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,119,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,118,1738:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1276:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1300:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:10,0:10:30:0,30,305:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1298:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1380:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,113,1715:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1424:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1289:. 0|0:156,0:156:77:0,77,4030:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1159:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1093:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1193:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,101,1800:. 1|0:76,46:122:99:916,0,1929:. 0|0:33,0:33:99:0,99,917:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1201:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,100,995:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,990:. 0|0:69,0:69:99:0,115,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,103,973:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1096:. 0|0:39,0:39:99:0,106,1126:. 1|0:98,43:141:99:753,0,2617:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,978:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1171:. 0|0:28,0:28:81:0,81,887:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,977:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 1|0:90,14:104:75:75,0,2438:. 0|0:36,0:36:99:0,102,950:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1126:. 0|0:37,0:37:99:0,105,992:. 0|0:34,0:34:99:0,102,958:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1293:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1016:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1020:. 0|0:58,0:58:99:0,109,1625:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1394:. 0|0:66,0:66:99:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,100,1676:. 0|0:47,0:47:99:0,103,1139:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,118,1364:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,848:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1346:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1309:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|1:78,108:186:99:2405,0,1831:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,101,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1742:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,109,1562:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:0,102,963:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1001:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1747:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1074:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,109,1616:. 0|0:48,0:48:99:0,110,1362:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1292:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1256:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1547:. 1|1:0,97:97:99:2679,291,0:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,104,1125:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,107,1187:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1581:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1595:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1012:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1150:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1315:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,118,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:0,113,1655:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1209:. 0|0:48,0:48:99:0,112,1393:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1020:. 0|0:86,0:86:99:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,107,1365:. 0|0:69,0:69:99:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1541:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1206:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,117,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1154:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,114,1794:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,934:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1304:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1200:. 1|0:59,10:69:41:41,0,1624:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1348:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1280:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1151:. 0|1:44,12:56:99:155,0,1190:. 0|0:43,0:43:99:0,116,1253:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1114:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1710:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1127:. 1|1:0,130:130:99:3600,389,0:. 0|0:33,0:33:99:0,99,945:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1300:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1205:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:0,110,1053:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1006:. 0|0:82,0:82:99:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1038:. 0|0:9,0:9:27:0,27,258:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1003:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:69:0,69,1035:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1306:. 0|0:62,0:62:99:0,106,1800:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1079:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1589:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1230:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1336:. 0|0:34,0:34:99:0,99,990:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1136:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,744:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1724:. 0|0:34,0:34:99:0,100,1178:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1415:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1173:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,113,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,119,1771:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1580:. 0|0:50,0:50:99:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1146:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1665:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1189:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:.:.:110 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:526,0:526:.:.:120 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:.:.:120 0|0:273,0:273:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:.:.:120 0|0:46,0:46:99:0,118,1678:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1272:. 0|0:574,0:574:.:.:120 0|0:34,0:34:99:0,99,1214:. 0|0:73,0:73:99:0,118,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,109,1456:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:103 0|0:34,0:34:99:0,102,1171:. 0|0:429,0:429:.:.:120 0|0:36,0:36:99:0,99,1318:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:105 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:104 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:101 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:.:.:109 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:523,0:523:.:.:120 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:120 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:118 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1393:. 0|0:60,0:60:99:0,107,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:102 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:.:.:99 0|0:71,0:71:99:0,108,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:109 0|0:128,0:128:.:.:120 0|0:37,0:37:99:0,102,1251:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:.:.:120 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:.:.:120 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,119,1653:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:.:.:101 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:120 0|0:76,0:76:99:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1652:. 0|0:55,0:55:99:0,117,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1715:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1376:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1218:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,119,1535:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1243:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:33:0,33,495:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,117,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:51,0:51:99:0,118,1693:. 0|0:72,0:72:99:0,109,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1517:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1655:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1099:. 0|0:85,0:85:99:0,100,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,111,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1535:. 0|0:72,0:72:99:0,111,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1232:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 201268 . T C 201357 PASS FS=0;MQ=60.15;QD=18.26;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.653;VQSLOD=4.93;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0075;FractionInformativeReads=0.995;GC=19.05;GQ_MEAN=134.36;GQ_STDDEV=77.58;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6485;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.284;culprit=MQ;set=snp;DP=6542742;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=-0.0229;MLEAC=55;MLEAF=0.01;AN=858;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,113,1673:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1471:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1613:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1222:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1070:. 1|1:0,106:106:99:3048,318,0:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1800:. 0|0:36,0:36:75:0,75,1125:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1345:. 0|0:9,0:9:27:0,27,295:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1225:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1180:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1130:. 0|1:52,13:65:99:178,0,1446:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,108,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1233:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1229:. 0|0:81,0:81:99:0,112,1800:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:13,0:13:39:0,39,398:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1216:. 1|1:0,54:54:99:1460,160,0:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1233:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|1:110,15:125:34:34,0,3023:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1081:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1165:. 0|0:56,0:56:99:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,115,1245:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1360:. 1|0:109,87:196:99:1748,0,2707:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1481:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1670:. 0|0:29,0:29:78:0,78,1170:. 0|0:88,0:88:99:0,109,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,114,1484:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:63:0,63,846:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1454:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1141:. 0|0:63,0:63:99:0,115,1521:. 0|0:71,0:71:99:0,105,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1704:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,105,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1122:. 0|0:49,0:49:99:0,117,1265:. 1|0:73,22:95:99:317,0,1980:. 0|0:60,0:60:99:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1186:. 1|0:39,26:65:99:550,0,1040:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1147:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,103,1166:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,111,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1432:. 0|1:13,49:62:99:1086,0,215:. 0|0:45,0:45:99:0,118,1539:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1288:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,104,1519:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1459:. 0|0:77,0:77:99:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1487:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,106,1533:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|1:21,91:112:99:2203,0,318:. 0|0:80,0:80:99:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1157:. 0|0:50,0:50:99:0,104,1251:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,108,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,104,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,101,985:. 0|0:59,0:59:99:0,101,1739:. 0|0:102,0:102:99:0,111,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,101,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,117,1698:. 0|0:100,0:100:99:0,117,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,104,1661:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1210:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1499:. 0|0:62,0:62:99:0,113,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,112,1515:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,101,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1387:. 0|0:65,0:65:99:0,113,1583:. 0|0:98,0:98:97:0,97,2344:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,103,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,112,1760:. 0|0:69,0:69:99:0,103,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,115,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1203:. 0|0:95,0:95:99:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:77:0,77,1241:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1197:. 0|0:52,0:52:99:0,119,1337:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1084:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,114,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,119,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,119,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,103,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,116,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:15:0,15,272:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1447:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1151:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1079:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,118,1749:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,115,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:66:0,66,1752:. 0|0:56,0:56:99:0,114,1691:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1655:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,112,1385:. 0|0:72,0:72:99:0,108,1782:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,103,1393:. 0|0:71,0:71:99:0,116,1582:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1169:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1425:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1084:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1396:. 0|0:141,0:141:99:0,114,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,112,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1158:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1770:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1445:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1291:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1246:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1175:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,982:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1473:. 0|0:55,0:55:99:0,103,1402:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1168:. 0|0:34,0:34:99:0,102,939:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1083:. 0|0:39,0:39:99:0,102,934:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1314:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1531:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1160:. 0|0:60,0:60:99:0,107,1549:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1093:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,119,1732:. 0|0:37,0:37:99:0,102,995:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,118,1800:. 0|0:10,0:10:30:0,30,296:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,109,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1206:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1109:. 0|0:31,0:31:81:0,81,853:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,100,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:0,51,500:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1154:. 0|0:70,0:70:99:0,100,1737:. 1|0:40,44:84:99:1000,0,966:. 0|0:49,0:49:99:0,117,1446:. 0|0:60,0:60:99:0,107,1581:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:0,33,305:. 0|0:35,0:35:99:0,100,1064:. 0|0:36,0:36:99:0,102,955:. 0|0:55,0:55:99:0,115,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:58,0:58:99:0,112,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,107,1740:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1453:. 0|0:74,0:74:99:0,113,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,110,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1519:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1542:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:49,0:49:99:0,114,1652:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1449:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,102,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1327:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1800:. 1|1:10,139:149:85:4263,85,0:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,111,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,105,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,115,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:72:0,72,1080:. 0|0:77,0:77:99:0,102,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1492:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1337:. 0|0:47,0:47:99:0,100,1459:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1259:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1574:. 0|0:45,0:45:99:0,118,1562:. 0|0:38,0:38:99:0,103,1315:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:63:0,63,945:. 0|0:58,0:58:99:0,106,1565:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1466:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,118,1800:. 0|0:290,0:290:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,106,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,118,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,102,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1497:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1558:. 0|0:250,0:250:99:0,119,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1268:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,114,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1435:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,102,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1561:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1425:. 0|0:142,0:142:99:0,118,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,112,1430:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,103,1243:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,117,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,101,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,118,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,114,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,114,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,113,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1594:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,106,1698:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1307:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1514:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1782:. 0|0:74,0:74:99:0,115,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1289:. 0|0:45,0:45:99:0,113,1531:. 0|0:32,0:32:44:0,44,886:. 0|0:103,0:103:99:0,114,1800:. 0|0:278,0:278:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|1:59,29:88:99:682,0,1802:. 1|0:18,167:185:99:4867,0,104:. 0|1:139,17:156:99:112,0,4265:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|1:128,113:241:99:2666,0,3755:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1137:. 0|0:214,0:214:99:0,111,1800:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,104,1708:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1423:. 0|0:72,0:72:99:0,100,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1305:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,110,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,116,1483:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1359:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1352:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1346:. 0|0:64,0:64:99:0,113,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,112,1466:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,115,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1323:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1373:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1393:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1364:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,114,1670:. 0|0:21,0:21:60:0,60,695:. 0|0:95,0:95:99:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1197:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1386:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1572:. 1|1:14,180:194:99:5484,128,0:. 0|0:99,0:99:99:0,110,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,115,1429:. 0|0:70,0:70:99:0,103,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1599:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:91:0,91,1199:. 0|0:10,0:10:30:0,30,296:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 203013 . G A 123373 PASS FS=1.131;MQ=60.26;QD=19.16;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E160K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=LytB;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104400.1;SOR=0.587;VQSLOD=3.15;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=116.78;GQ_STDDEV=41.68;HRun=3;InbreedingCoeff=0.9504;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=6.19;ClippingRankSum=0.743;MQRankSum=-0.015;ReadPosRankSum=0.42;culprit=FS;set=snp;DP=12112814;AF=0.002854;AS_InbreedingCoeff=0.9504;MLEAC=15;MLEAF=0.002854;AN=858;AC=3 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1416:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1476:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1081:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:38,0:38:82:.:.:0,82,1040:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1075:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1411:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1088:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:12:.:.:0,12,246:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1332:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1281:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1133:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1189:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1606:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1250:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,47:125:99:.:.:1074,0,1810:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:33:.:.:0,33,2539:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1232:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1236:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1533:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1233:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1559:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1350:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,172:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,42:98:99:.:.:949,0,1290:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1751:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1636:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1583:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:55,11:66:99:.:.:131,0,1212:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1601:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1216:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1195:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,262:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1425:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1328:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1295:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1400:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1431:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1236:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:132,0:132:.:.:.:.:120 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:527,0:527:.:.:.:.:120 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:584,0:584:.:.:.:.:120 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:459,0:459:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:.:.:.:.:120 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:400,0:400:.:.:.:.:120 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:405,0:405:.:.:.:.:120 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:.:.:.:.:120 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1483:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:120 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:556,0:556:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:483,0:483:.:.:.:.:120 0|0:231,0:231:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:271,0:271:.:.:.:.:120 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1618:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:.:.:.:.:120 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:111 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:.:.:.:.:120 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:.:.:.:.:120 0|0:455,0:455:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:.:.:.:.:120 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:.:.:.:.:120 0|0:565,0:565:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:.:.:.:.:117 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:101 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1151:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1146:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:495,0:495:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1472:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 203030 . T C 154507 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=19.96;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N165;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=LytB;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104400.1;SOR=0.709;VQSLOD=6.24;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;InbreedingCoeff=0.0085;NCC=0;BaseQRankSum=-5.444;ClippingRankSum=-0.1;MQRankSum=0.17;ReadPosRankSum=0.851;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12155319;AF=0.008184;MLEAC=43;MLEAF=0.008184;AN=858;AC=31 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:98,0:98:66:.:.:0,66,2628:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:7,107:114:99:.:.:2867,141,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,22:78:99:.:.:407,0,1568:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1416:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2401,257,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1476:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,339:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1075:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1411:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1088:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,9:9:27:.:.:247,27,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1332:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1281:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1917,203,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1133:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1189:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:58:.:.:0,58,1915:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1606:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,881:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,90:161:99:.:.:1979,0,1590:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1250:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,67:87:99:.:.:1608,0,364:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1232:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1236:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1533:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1233:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:52,96:148:99:.:.:2193,0,1178:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,167:168:99:.:.:4471,471,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1559:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,15:125:34:.:.:34,0,3037:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1350:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:1,162:163:99:.:.:4384,458,0:. 1|0:19,90:109:99:.:.:2066,0,270:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:225,34:259:99:.:.:140,0,6348:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,16:120:97:.:.:97,0,2884:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:71,134:205:99:.:.:3080,0,1587:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:21,205:226:65:.:.:4993,65,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:148,24:172:99:.:.:126,0,3950:. 0|0:197,0:197:91:.:.:0,91,4915:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,187:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,47:151:99:.:.:843,0,2686:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,64:140:99:.:.:1336,0,2072:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,46:133:99:.:.:832,0,2247:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1751:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1636:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1570,171,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1583:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,35:104:99:.:.:625,0,1799:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1601:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1216:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1195:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1425:. 0|0:35,0:35:89:.:.:0,89,1012:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1328:. 0|1:236,50:286:99:.:.:568,0,6397:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1295:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1400:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:52:.:.:0,52,637:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1236:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:132,0:132:.:.:.:.:120 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:527,0:527:.:.:.:.:120 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:584,0:584:.:.:.:.:120 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:459,0:459:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:.:.:.:.:120 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:400,0:400:.:.:.:.:120 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:405,0:405:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:.:.:.:.:120 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1483:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:120 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:556,0:556:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:483,0:483:.:.:.:.:120 0|0:231,0:231:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:271,0:271:.:.:.:.:120 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1618:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:.:.:.:.:120 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:111 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:.:.:.:.:120 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:.:.:.:.:120 0|0:455,0:455:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:.:.:.:.:120 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:.:.:.:.:120 0|0:565,0:565:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:.:.:.:.:117 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:101 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1151:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,853:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1146:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:495,0:495:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1472:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 205066 . G A 6.69809e+06 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=24.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F130;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttC/ttT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104500.1;SOR=0.682;VQSLOD=7.9;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=28.57;GQ_MEAN=225.9;GQ_STDDEV=262.11;HRun=3;InbreedingCoeff=0.8033;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.49;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9321204;AF=0.21;AS_InbreedingCoeff=0.5698;MLEAC=1102;MLEAF=0.21;AN=858;AC=297 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:144,0:144:16:.:.:0,16,3496:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3075,288,0:. 1|0:48,49:97:99:.:.:1296,0,1148:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1363:. 0|1:9,80:89:1:.:.:2262,0,1:. 1|0:18,73:91:99:.:.:2092,0,269:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1427:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1495:. 1|0:59,26:85:99:.:.:581,0,1431:. 0|0:46,0:46:7:.:.:0,7,1085:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1300:. 1|0:62,20:82:99:.:.:407,0,1618:. 0|1:45,31:76:99:.:.:760,0,1125:. 1|0:11,36:47:99:.:.:997,0,189:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:76:.:.:0,76,1247:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1274:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1058:. 0|1:47,13:60:99:.:.:231,0,1189:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1375:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1395:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1148:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:4,11:15:63:.:.:295,0,63:. 0|0:8,0:8:2:.:.:0,2,185:. 1|1:1,67:68:99:.:.:2049,194,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1283:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1250:. 0|1:23,85:108:99:.:.:2239,0,353:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1408:. 0|1:104,251:355:99:.:.:6476,0,1834:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1187:. 1|0:107,38:145:99:.:.:726,0,2668:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2176,224,0:. 0|1:33,26:59:99:.:.:617,0,722:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,935:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,860:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1465:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1408:. 0|1:122,139:261:99:.:.:3418,0,2636:. 1|1:2,218:220:99:.:.:6580,605,0:. 1|0:55,50:105:99:.:.:1196,0,1236:. 1|0:31,34:65:99:.:.:851,0,659:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1039,105,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1224:. 1|0:57,15:72:99:.:.:191,0,1370:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1157:. 1|0:15,11:26:99:.:.:254,0,347:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1490:. 0|1:191,54:245:99:.:.:921,0,4784:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1275:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1982,180,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1229:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1325:. 1|0:65,9:74:62:.:.:62,0,1626:. 1|1:8,81:89:47:.:.:2133,47,0:. 0|1:63,83:146:99:.:.:2023,0,1304:. 0|1:75,49:124:99:.:.:1083,0,1693:. 1|0:115,45:160:99:.:.:876,0,2746:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1709,173,0:. 1|0:81,18:99:99:.:.:263,0,1994:. 1|0:55,60:115:99:.:.:1481,0,1187:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1404:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1059:. 1|0:45,55:100:99:.:.:1327,0,1009:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1194:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3936,394,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1204:. 0|1:11,80:91:51:.:.:2177,0,51:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1263:. 1|0:142,40:182:99:.:.:673,0,3415:. 0|1:94,15:109:99:.:.:139,0,2285:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1074:. 0|1:40,30:70:99:.:.:711,0,935:. 0|1:12,56:68:99:.:.:1490,0,125:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2021,198,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1129:. 1|0:24,102:126:99:.:.:2708,0,304:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1077:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:90,79:169:99:.:.:1853,0,1944:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:100,29:129:99:.:.:480,0,2427:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:1,141:142:99:.:.:4165,396,0:. 0|1:13,82:95:88:.:.:2158,0,88:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1242:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,918:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1136:. 1|0:34,142:176:99:.:.:3810,0,383:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:15,225:240:99:.:.:6295,294,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1139:. 0|1:17,105:122:75:.:.:2767,0,75:. 1|0:26,103:129:99:.:.:2609,0,361:. 1|0:85,71:156:99:.:.:1656,0,1890:. 0|1:197,26:223:99:.:.:143,0,4954:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1589:. 1|1:7,200:207:99:.:.:5833,424,0:. 1|0:135,64:199:99:.:.:1321,0,3241:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1348:. 1|1:0,215:215:99:.:.:6400,645,0:. 0|1:45,149:194:99:.:.:3767,0,657:. 1|1:1,232:233:99:.:.:6789,674,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,57:191:99:.:.:1142,0,3204:. 1|1:0,238:238:99:.:.:7125,714,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,116:142:99:.:.:3120,0,319:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:143,48:191:99:.:.:893,0,3400:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1518:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1731:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1357:. 1|1:26,228:254:37:.:.:6125,37,0:. 1|0:158,27:185:99:.:.:271,0,3704:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1202:. 1|0:45,124:169:99:.:.:3134,0,758:. 1|0:95,49:144:99:.:.:970,0,2233:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1123:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,264:264:99:.:.:7920,791,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1426:. 1|1:0,213:213:99:.:.:6248,639,0:. 1|0:106,36:142:99:.:.:650,0,2571:. 0|1:67,102:169:99:.:.:2523,0,1353:. 1|0:73,150:223:99:.:.:3656,0,1294:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1115:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1163:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4749,497,0:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5159,519,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3715,369,0:. 0|0:160,0:160:61:.:.:0,61,3661:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3314,344,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1408:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1060:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1282:. 0|1:64,68:132:99:.:.:1680,0,1421:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:26,59:85:99:.:.:1425,0,431:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1358:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4491,455,0:. 1|0:88,58:146:99:.:.:1258,0,2087:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1201:. 1|0:41,87:128:99:.:.:2245,0,754:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,34:180:99:.:.:385,0,3522:. 1|0:34,127:163:99:.:.:3284,0,456:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1394:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2823,282,0:. 1|0:51,55:106:99:.:.:1342,0,1091:. 0|1:60,66:126:99:.:.:1575,0,1332:. 0|1:90,66:156:99:.:.:1355,0,1951:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2868,285,0:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,3322:. 1|1:1,112:113:99:.:.:3317,309,0:. 1|0:29,70:99:99:.:.:1737,0,503:. 1|0:20,65:85:99:.:.:1728,0,305:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1398:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1366:. 0|1:32,142:174:99:.:.:3777,0,390:. 0|1:86,18:104:99:.:.:232,0,2098:. 1|1:1,107:108:99:.:.:3189,297,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1753:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,170:171:99:.:.:5094,483,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1549:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1657:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1199:. 0|1:15,82:97:99:.:.:2136,0,115:. 1|1:0,224:224:99:.:.:6607,673,0:. 0|1:62,45:107:99:.:.:977,0,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1112:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2270,230,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3196,329,0:. 0|1:193,36:229:99:.:.:360,0,4477:. 1|0:93,24:117:99:.:.:336,0,2144:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1303:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2798,282,0:. 1|0:108,28:136:99:.:.:400,0,2614:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1369:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1324:. 0|1:59,41:100:99:.:.:925,0,1305:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2870,286,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1018:. 1|1:7,71:78:34:.:.:1905,34,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:170,29:199:99:.:.:259,0,3999:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3660,364,0:. 0|0:60,0:60:89:.:.:0,89,1516:. 0|1:54,150:204:99:.:.:3770,0,817:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1530:. 0|1:41,48:89:99:.:.:1162,0,872:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1224:. 1|0:53,9:62:89:.:.:89,0,1299:. 0|1:96,35:131:99:.:.:616,0,2236:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1108:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1232:. 0|1:45,11:56:99:.:.:161,0,1011:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1115:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,970:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1276:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1077:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1312:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5073,509,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1010:. 1|0:35,93:128:99:.:.:2295,0,602:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1151:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1705,176,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1014:. 1|0:74,93:167:99:.:.:2291,0,1583:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3419,344,0:. 0|1:5,2:7:40:.:.:40,0,117:. 0|1:103,61:164:99:.:.:1345,0,2404:. 0|1:49,85:134:99:.:.:2155,0,981:. 0|1:77,78:155:99:.:.:1890,0,1711:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1390:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,104:111:99:.:.:2884,132,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1628:. 1|0:52,7:59:38:.:.:38,0,1297:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1164,114,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1259:. 0|1:124,28:152:99:.:.:350,0,2940:. 1|0:32,75:107:99:.:.:1836,0,616:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,962:. 0|1:56,53:109:99:.:.:1262,0,1264:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,22:32:99:.:.:533,0,192:. 1|0:29,31:60:99:.:.:717,0,634:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1117:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1735:. 0|1:4,27:31:24:.:.:708,0,24:. 0|1:117,74:191:99:.:.:2075,0,3539:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1309:. 0|1:85,147:232:99:.:.:4513,0,2283:. 1|0:78,110:188:99:.:.:3371,0,2221:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:84:.:.:0,84,6911:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1401:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,172:173:99:.:.:6067,483,0:. 0|1:69,134:203:99:.:.:4175,0,1763:. 1|1:0,26:26:78:.:.:907,78,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:7084,604,0:. 1|1:0,233:233:99:.:.:8238,701,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1428:. 1|1:0,238:238:99:.:.:8367,715,0:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6821,570,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5472,466,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,112,1351:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,269:270:99:.:.:9431,781,0:. 1|1:0,211:211:99:.:.:7521,634,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1522:. 1|1:0,209:209:99:.:.:7378,628,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1364:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1277:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5554,472,0:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5766,487,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1528:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1295:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1395:. 1|1:10,212:222:99:.:.:7282,334,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7836,671,0:. 1|1:0,791:791:99:.:.:27962,2379,0:. 1|1:0,837:837:99:.:.:29659,2515,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:53,35:88:99:.:.:993,0,1590:. 1|1:0,24:24:72:.:.:865,72,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,244:244:99:.:.:8341,732,0:. 1|1:0,291:291:99:.:.:9753,874,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,59:162:99:.:.:1528,0,2970:. 1|1:5,269:274:99:.:.:8880,665,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1567:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:157,142:299:99:.:.:3948,0,4422:. 1|1:6,464:470:99:.:.:15014,1249,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1346:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1303:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:10,283:293:99:.:.:9256,520,0:. 1|1:7,215:222:99:.:.:6988,421,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1500:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1472:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1257:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1588:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1487:. 0|1:270,128:398:99:.:.:3139,0,7218:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1362:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1586:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1448:. 1|1:4,247:251:99:.:.:8375,611,0:. 1|1:1,275:276:99:.:.:9345,794,0:. 1|1:9,241:250:99:.:.:8007,431,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,118,1659:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1543:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1062:. 1|0:243,31:274:99:.:.:246,0,7091:. 1|1:3,468:471:99:.:.:15245,1329,0:. 1|1:2,176:178:99:.:.:5840,463,0:. 1|1:4,393:397:99:.:.:12814,1072,0:. 1|1:3,226:229:99:.:.:7600,579,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1314:. 0|1:135,54:189:99:.:.:1262,0,3735:. 1|0:72,158:230:99:.:.:4606,0,1635:. 1|0:104,27:131:99:.:.:549,0,3081:. 0|1:90,134:224:99:.:.:3792,0,2273:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1293:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1392:. 1|1:11,497:508:99:.:.:15909,1135,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:208,25:233:99:.:.:148,0,6263:. 1|1:25,344:369:99:.:.:10509,335,0:. 0|1:38,66:104:99:.:.:1949,0,994:. 1|0:37,209:246:99:.:.:6470,0,519:. 0|1:222,22:244:52:.:.:52,0,6578:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:228,240:468:99:.:.:6590,0,5905:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1568:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:4,320:324:99:.:.:10458,862,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,413:414:99:.:.:13617,1224,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5457,478,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5280,466,0:. 1|1:0,199:199:99:.:.:6855,598,0:. 0|1:200,31:231:99:.:.:393,0,6194:. 1|1:0,164:164:99:.:.:5735,493,0:. 1|0:194,40:234:99:.:.:631,0,5529:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1336:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8813,761,0:. 1|1:0,234:234:99:.:.:7897,703,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,226:227:99:.:.:7742,650,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1499:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:15,277:292:99:.:.:9099,400,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1380:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1355:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2340,216,0:. 0|0:33,0:33:64:.:.:0,64,1070:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:141,159:300:99:.:.:4449,0,3849:. 1|0:184,134:318:99:.:.:3661,0,5333:. 1|1:0,27:27:81:.:.:909,81,0:. 1|1:0,240:240:99:.:.:8416,721,0:. 1|0:169,97:266:99:.:.:2485,0,5058:. 1|1:2,151:153:99:.:.:4898,392,0:. 1|1:0,232:232:99:.:.:8048,697,0:. 0|1:183,35:218:99:.:.:562,0,5610:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1450:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:17,221:238:99:.:.:6974,107,0:. 1|1:0,195:195:99:.:.:6925,586,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1432:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1546,135,0:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,182:182:99:.:.:6236,547,0:. Pf3D7_01_v3 205186 . C T 375054 PASS FS=0.577;MQ=60.15;QD=22.43;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q90;SNPEFF_CODON_CHANGE=caG/caA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104500.1;SOR=0.771;VQSLOD=3.64;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=112.27;GQ_STDDEV=27.59;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9071;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=11.89;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.938;culprit=MQ;set=snp;DP=5634741;AF=0.009115;AS_InbreedingCoeff=-0.0359;MLEAC=48;MLEAF=0.009115;AN=858;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1363:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:14,64:78:99:.:.:1839,0,178:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1427:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1495:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1405:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1441:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1433:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1323:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:56,0:56:38:.:.:0,38,1348:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1375:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1395:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:24,0:24:56:.:.:0,56,604:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1348:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1187:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1250:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1408:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1187:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,908:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,935:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,860:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1465:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1408:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1463:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1484:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,995:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1157:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1490:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1275:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1384:. 0|1:20,65:85:99:.:.:1762,0,301:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1325:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1220:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1363:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,950:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1404:. 0|0:46,0:46:96:.:.:0,96,1126:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1289:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1204:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1277:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1489:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1074:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1280:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1077:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3338,333,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1246:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1242:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,918:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1139:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,61:152:99:.:.:1331,0,1999:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1589:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1668:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1348:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1367:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1557:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1518:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1731:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1357:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1202:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1133:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1123:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1197:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1426:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1299:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:85,80:165:99:.:.:1957,0,1840:. 1|0:105,112:217:99:.:.:2610,0,2096:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1115:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1163:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1237:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1375:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:148,48:196:99:.:.:867,0,3464:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1276:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1408:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1060:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:71,88:159:99:.:.:2216,0,1444:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1358:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3268,322,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1201:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1093:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1428:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,282:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1394:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1455:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1276:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,975:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1199:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1398:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1366:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1268:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1753:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:4,111:115:99:.:.:3300,238,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1549:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1657:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1199:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1536:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1112:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:32,166:198:99:.:.:4374,0,245:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1268:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1303:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:26:.:.:0,26,1724:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1324:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1021:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1342:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1018:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1716:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1329:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:77,0:77:38:.:.:0,38,1784:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1538:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1256:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,988:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1232:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1115:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,970:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1276:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1077:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1312:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1347:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1404:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1189:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,49:136:99:.:.:1108,0,2008:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1390:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1628:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,973:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:161,0:161:33:.:.:0,33,3462:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,962:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1309:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,673:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1735:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,628:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1568:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1401:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1428:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1507:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,112,1351:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1522:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1364:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1528:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1295:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1395:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1482:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,628:628:99:.:.:22652,1890,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1280:. 1|1:4,395:399:99:.:.:13281,1088,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1567:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1277:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1346:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1303:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:15,184:199:99:.:.:5899,173,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1500:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1472:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1257:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1588:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1487:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1362:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1586:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1448:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1447:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,118,1659:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1543:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1062:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1321:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1314:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1415:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1223:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1392:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1739:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1356:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1568:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1288:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:78,71:149:99:.:.:2030,0,2156:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1499:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1380:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1355:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1450:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1432:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1429:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,786:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 207645 . T C 429129 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=21.64;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y492;SNPEFF_CODON_CHANGE=taT/taC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104600.1;SOR=0.72;VQSLOD=6.14;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;InbreedingCoeff=-0.0009;NCC=0;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1527;GQ_MEAN=256;GQ_STDDEV=570.81;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.977;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10020920;AF=0.015;AS_InbreedingCoeff=-0.0667;MLEAC=81;MLEAF=0.015;AN=858;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:96,14:110:68:.:.:68,0,2723:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1664:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1638:. 1|0:34,14:48:99:.:.:264,0,958:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1383:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1405:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,984:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:15,0:15:27:.:.:0,27,402:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1572:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1250:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1390:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1644:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,943:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,12:65:99:.:.:140,0,1448:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1710:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1334:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1029:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1356:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1348:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1447:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1430:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:44:.:.:0,44,2981:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,74:99:99:.:.:1623,0,432:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,12:69:99:.:.:107,0,1563:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,84:126:99:.:.:1981,0,928:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,187:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4175,452,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,22:144:99:.:.:166,0,3277:. 1|1:3,94:97:99:.:.:2495,195,0:. 1|0:113,43:156:99:.:.:723,0,2976:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1759:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1497:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1328:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1371:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1659:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1208:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,11:106:18:.:.:0,18,2644:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1445:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1480:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,939:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1181:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1003:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,203:203:99:.:.:6794,609,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:461,0:461:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:100 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:241,0:241:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:.:.:.:.:120 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:475,0:475:.:.:.:.:120 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:154,0:154:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1796:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:319,0:319:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:.:.:.:.:101 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:116 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:103 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:.:.:.:.:120 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:.:.:.:.:120 0|0:166,0:166:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:343,0:343:.:.:.:.:108 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:.:.:120 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,80:107:99:.:.:2305,0,658:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:100 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:.:.:.:.:120 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:.:.:.:.:120 0|0:200,0:200:.:.:.:.:120 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:419,0:419:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:.:.:120 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:407,0:407:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:120 0|0:178,0:178:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:397,0:397:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:46,94:140:99:.:.:2717,0,1171:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1481:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,222:222:99:.:.:7388,668,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1301:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1421:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1389:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 207736 . T C 3.12392e+06 PASS FS=0;MQ=60.07;QD=21.71;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y523H;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tat/Cat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104600.1;SOR=0.713;VQSLOD=7.78;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=210.47;GQ_STDDEV=275.99;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6659;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.106;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10310910;AF=0.144;AS_InbreedingCoeff=0.3937;MLEAC=758;MLEAF=0.144;AN=858;AC=154 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:45,107:152:99:.:.:2712,0,1007:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:69,35:104:99:.:.:704,0,1885:. 1|1:8,80:88:3:.:.:1978,3,0:. 1|1:7,84:91:41:.:.:2238,41,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:31,25:56:99:.:.:570,0,849:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1638:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1383:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,952:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1461:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1405:. 1|1:0,35:35:99:.:.:958,105,0:. 0|1:78,18:96:99:.:.:191,0,2084:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,8:8:24:.:.:230,24,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1572:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1148:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:36,25:61:99:.:.:520,0,950:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1644:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,943:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,11:92:27:.:.:27,0,2081:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1710:. 1|1:9,91:100:34:.:.:2243,34,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,209:213:99:.:.:5515,513,0:. 0|1:44,65:109:99:.:.:1426,0,976:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:56,30:86:99:.:.:566,0,1470:. 1|1:1,113:114:99:.:.:3085,311,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:654,69,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,87:89:99:.:.:2348,205,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1334:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,81:144:99:.:.:1849,0,1497:. 1|0:84,30:114:99:.:.:473,0,2221:. 0|1:86,37:123:99:.:.:666,0,2262:. 1|1:0,356:356:99:.:.:9993,1068,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1084,120,0:. 1|0:77,11:88:20:.:.:20,0,2110:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,59:83:99:.:.:1419,0,514:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,993:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1356:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:20,98:118:99:.:.:2324,0,263:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1348:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1186:. 1|0:22,37:59:99:.:.:854,0,519:. 1|0:90,44:134:99:.:.:803,0,2356:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1425:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,111:115:99:.:.:2938,218,0:. 0|1:80,33:113:99:.:.:571,0,2071:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1376:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1430:. 1|0:137,31:168:99:.:.:292,0,3695:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,86:97:60:.:.:2043,0,60:. 0|1:116,26:142:99:.:.:291,0,3114:. 1|0:68,79:147:99:.:.:1711,0,1612:. 1|0:31,183:214:99:.:.:4432,0,324:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,52:183:99:.:.:897,0,3447:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,53:164:99:.:.:946,0,2875:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,173:174:99:.:.:4685,497,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,123:186:99:.:.:2792,0,1383:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,64:149:99:.:.:1319,0,2244:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:129,68:197:99:.:.:1289,0,3413:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,38:136:99:.:.:644,0,2527:. 0|0:129,0:129:70:.:.:0,70,3178:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1787:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,203:203:99:.:.:5566,608,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,239:239:99:.:.:6407,716,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2725,302,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,70:199:99:.:.:1333,0,3434:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:94:.:.:0,94,2540:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2683,291,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2131,231,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,16:62:99:.:.:254,0,1230:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:3794,419,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3421,377,0:. 1|0:118,24:142:99:.:.:261,0,3201:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2679,296,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,29:140:99:.:.:388,0,3000:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,127:133:99:.:.:3443,245,0:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2211,216,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,137:139:99:.:.:3686,355,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:1,226:227:99:.:.:6088,649,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,28:117:99:.:.:391,0,2301:. 0|0:123,0:123:96:.:.:0,96,3174:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:108,30:138:99:.:.:406,0,2939:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:42,25:67:99:.:.:489,0,1135:. 0|1:50,49:99:99:.:.:1031,0,1274:. 1|0:40,47:87:99:.:.:1040,0,998:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3113,345,0:. 0|1:66,24:90:99:.:.:386,0,1808:. 0|1:21,187:208:13:.:.:4285,0,13:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1497:. 1|0:36,49:85:99:.:.:1026,0,853:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2157,237,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1328:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1243:. 0|1:55,12:67:99:.:.:128,0,1466:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1659:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1208:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,160:162:99:.:.:4317,421,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1657,177,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:26,83:109:99:.:.:1878,0,472:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1167:. 1|1:3,74:77:99:.:.:1899,134,0:. 0|0:157,0:157:62:.:.:0,62,4023:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:4:.:.:0,4,283:. 1|0:156,20:176:9:.:.:9,0,4194:. 1|0:96,24:120:99:.:.:289,0,2653:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,2283:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:74:.:.:0,74,2933:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:30,12:42:99:.:.:206,0,826:. 1|1:0,35:35:99:.:.:991,105,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1620:. 1|0:81,194:275:99:.:.:4621,0,1711:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:38:.:.:0,38,845:. 0|0:53,0:53:82:.:.:0,82,1481:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,16:89:99:.:.:179,0,1973:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1676,183,0:. 0|1:44,52:96:99:.:.:1172,0,1081:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:21:.:.:0,21,453:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:4,23:27:47:.:.:567,0,47:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:131,72:203:99:.:.:1884,0,4089:. 1|0:131,101:232:99:.:.:2770,0,4087:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:123,95:218:99:.:.:2621,0,3805:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:154,92:246:99:.:.:2390,0,4807:. 1|1:1,156:157:99:.:.:5263,434,0:. 0|1:84,111:195:99:.:.:3184,0,2443:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,211:213:99:.:.:7174,567,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:.:.:7971,710,0:. 1|1:2,161:163:99:.:.:5398,419,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:1,216:217:99:.:.:7348,618,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1683,156,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7454,658,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:461,0:461:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,54:85:99:.:.:1606,0,882:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1607:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,520:525:99:.:.:15878,1390,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1796:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,201:242:99:.:.:5757,0,678:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,13:123:46:.:.:46,0,3507:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,294:296:99:.:.:9556,815,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1402:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:190,86:276:99:.:.:1821,0,5515:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1182:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:407,0:407:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7285,658,0:. 1|0:46,210:256:99:.:.:6150,0,855:. 1|0:92,56:148:99:.:.:1456,0,2748:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1481:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4960,451,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,297:307:99:.:.:9477,557,0:. 1|1:0,296:296:99:.:.:9987,890,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3315,298,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1301:. 0|0:22,0:22:33:.:.:0,33,705:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1062:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7185,640,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1421:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1389:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 207876 . G A 561330 PASS FS=0;MQ=58.16;QD=25.54;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R569;SNPEFF_CODON_CHANGE=agG/agA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104600.1;SOR=0.678;VQSLOD=6.46;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=1;GC=47.62;GQ_MEAN=132.03;GQ_STDDEV=136.23;HRun=3;InbreedingCoeff=0.5908;MQRankSum=-0.823;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.251;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8992843;AF=0.026;AS_InbreedingCoeff=0.6343;MLEAC=135;MLEAF=0.026;AN=858;AC=23 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1162:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1449:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1638:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1447:. 1|1:0,21:21:63:.:.:643,63,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1274:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1461:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1405:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1029:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,297:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1572:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1182:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:35,17:52:99:.:.:355,0,793:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,943:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1724:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1296:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,741:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:20,34:54:99:.:.:865,0,410:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:73,19:92:99:.:.:306,0,1840:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,984:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1447:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1348:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1242:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1425:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1430:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,166:171:99:.:.:4916,363,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,202:205:99:.:.:5990,527,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1787:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1268:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,291:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3684,372,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1515:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1497:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1328:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1243:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1058:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1659:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1208:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1417:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,75:76:99:1|1:207876_G_A:2524,207,0:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,931:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1520:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1393:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:96,27:123:99:0|1:207876_G_A:502,0,3223:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:461,0:461:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1402:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1607:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,80:147:99:.:.:2282,0,1771:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8747,779,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1796:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8142,706,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:42:.:.:0,42,1520:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,241:242:99:.:.:8206,693,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1402:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:12,302:314:99:.:.:9489,540,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1236:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:407,0:407:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1481:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1301:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1421:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1389:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 208265 . C G 174458 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=17.6;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S699W;SNPEFF_CODON_CHANGE=tCg/tGg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104600.1;SOR=0.733;VQSLOD=4.77;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=0.0883;NCC=0;BaseQRankSum=1.45;ClippingRankSum=0.409;MQRankSum=0.183;ReadPosRankSum=0.192;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=7981501;AF=0.005891;MLEAC=31;MLEAF=0.005891;AN=858;AC=24 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1086:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1076:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1175:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1226:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1036:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1289:. 0|0:34,0:34:99:0,101,973:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1370:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1274:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1150:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|1:25,12:37:99:216,0,578:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1176:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1053:. 0|0:54,0:54:97:0,97,1382:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1308:. 0|0:41,0:41:99:0,113,1385:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1129:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1405:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1114:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1710:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:8,0:8:18:0,18,270:. 1|1:0,56:56:99:1582,168,0:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1355:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,971:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1341:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1125:. 1|0:133,22:155:99:152,0,3196:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1800:. 0|0:43,0:43:96:0,96,1084:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,984:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1013:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1105:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:0,57,855:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1250:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1115:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,963:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1800:. 0|1:93,36:129:99:616,0,2115:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,984:. 0|1:50,37:87:99:792,0,1131:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1163:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1050:. 0|0:34,0:34:99:0,102,929:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1014:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,108,964:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1348:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1186:. 0|1:32,29:61:99:629,0,723:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1034:. 0|0:66,0:66:99:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1425:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1038:. 1|0:117,20:137:99:140,0,2761:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:13:0,13,1106:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,954:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 1|0:42,187:229:99:4455,0,451:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,104,1121:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|1:71,81:152:99:1805,0,1437:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:4829,524,0:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,102,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 1|1:7,106:113:99:2647,151,0:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,113,1787:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1620:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 1|1:1,114:115:99:3094,319,0:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 1|1:3,210:213:99:5711,560,0:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1054:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1069:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1197:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1193:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:0,0,175:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 1|0:48,53:101:99:1158,0,992:. 0|1:56,80:136:99:1824,0,1070:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1054:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1123:. 0|0:34,0:34:99:0,102,964:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,110,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,113,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,985:. 0|0:34,0:34:99:0,102,963:. 0|0:34,0:34:99:0,102,968:. 0|0:65,0:65:99:0,101,1688:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,960:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1014:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1294:. 0|0:74,0:74:99:0,106,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:0,114,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1497:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,99,992:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1243:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1400:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1800:. 0|1:60,9:69:25:25,0,1358:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1208:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1016:. 0|0:73,0:73:99:0,110,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:3531,380,0:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1255:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,938:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1167:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1417:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,939:. 0|0:7,0:7:15:0,15,225:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,113,1492:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,961:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1052:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:34,0:34:99:0,99,936:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 1|0:89,16:105:99:140,0,2115:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1262:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1789:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:0,60,593:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1082:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:104,0:104:99:0,100,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,115,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,115,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:0,75,913:. 0|0:105,0:105:99:0,111,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1310:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1409:. 0|0:80,0:80:99:0,100,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1497:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1369:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:. 0|0:461,0:461:99:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,104,1402:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:60,0:60:.:.:100 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:.:.:120 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:.:.:120 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:105 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1122:. 0|0:154,0:154:.:.:120 0|0:57,0:57:99:0,106,1796:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,113,1800:. 0|0:165,0:165:.:.:120 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:.:.:120 0|0:33,0:33:99:0,99,1122:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,114,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:120 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:116 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:105 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:.:.:120 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:.:.:120 0|0:166,0:166:99:0,115,1800:. 0|0:235,0:235:.:.:111 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:.:.:107 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:104 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:336,0:336:.:.:120 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:120 0|0:200,0:200:.:.:120 0|0:44,0:44:99:0,114,1502:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,119,1800:. 0|0:181,0:181:.:.:120 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:120 0|0:372,0:372:99:0,120,1800:. 0|0:407,0:407:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:120 0|0:178,0:178:99:0,102,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:120 0|0:49,0:49:99:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1316:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1199:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1165:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:72:0,72,778:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,104,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:54:0,54,810:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,103,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1421:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1352:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1103:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 208563 . T C 279073 PASS FS=0;MQ=59.97;QD=20.33;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I798;SNPEFF_CODON_CHANGE=atT/atC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104600.1;SOR=0.688;VQSLOD=5.08;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.45;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=142.58;GQ_STDDEV=224.45;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0041;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.14;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8004842;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=0.0041;MLEAC=55;MLEAF=0.01;AN=858;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1086:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1076:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1175:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1226:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1036:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1289:. 0|0:34,0:34:99:0,101,973:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1370:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1274:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1150:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1131:. 0|0:62,0:62:93:0,93,1793:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1053:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1464:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1386:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1432:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1129:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1405:. 0|0:40,0:40:91:0,91,1140:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1710:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:12,0:12:27:0,27,405:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1369:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1355:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,971:. 0|0:58,0:58:99:0,119,1665:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1125:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1013:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,984:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1755:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1013:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1105:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1250:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 1|1:4,74:78:99:1976,109,0:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1115:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1028:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1141:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1163:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:0,102,929:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1040:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,964:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1348:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1298:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1034:. 0|0:66,0:66:99:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1425:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1038:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:96:0,96,1440:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,954:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,104,1121:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 1|0:69,57:126:99:1185,0,1685:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,102,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,113,1787:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1054:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1069:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1197:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1193:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,187:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1054:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1123:. 0|0:34,0:34:99:0,102,964:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,110,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,113,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,985:. 0|0:34,0:34:99:0,102,963:. 0|0:34,0:34:99:0,102,968:. 0|0:65,0:65:99:0,101,1688:. 1|0:71,17:88:99:192,0,1806:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1014:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1294:. 0|1:80,15:95:99:124,0,2178:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:0,114,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1497:. 0|0:71,0:71:98:0,98,1950:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,99,992:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1243:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1400:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1208:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1016:. 0|0:73,0:73:99:0,110,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1255:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1424:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1167:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1417:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,939:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,113,1492:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,961:. 0|0:29,0:29:84:0,84,897:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1052:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1157:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1262:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:104,0:104:99:0,100,1800:. 1|1:0,103:103:99:3606,310,0:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,115,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 1|0:106,67:173:99:1803,0,3243:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:105,0:105:99:0,111,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1409:. 0|0:80,0:80:99:0,100,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1497:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1369:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:. 0|0:461,0:461:99:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1298:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 0|0:60,0:60:.:.:100 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:.:.:120 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:.:.:120 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:105 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1122:. 0|0:154,0:154:.:.:120 0|0:57,0:57:99:0,106,1796:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,113,1800:. 0|0:165,0:165:.:.:120 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:120 0|0:40,0:40:99:0,99,1455:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,114,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:120 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:116 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:105 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:.:.:120 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:.:.:120 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:.:.:111 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:.:.:107 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:99 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:336,0:336:.:.:120 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:120 0|0:200,0:200:.:.:120 0|0:44,0:44:99:0,114,1502:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,119,1800:. 0|0:181,0:181:.:.:120 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:120 0|0:372,0:372:99:0,120,1800:. 1|1:2,419:421:99:14215,1218,0:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:120 0|0:178,0:178:99:0,102,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:120 0|0:49,0:49:99:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:4075,370,0:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|1:134,29:163:99:505,0,3941:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1476:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1492:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:3197,280,0:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 1|1:0,201:201:99:6827,604,0:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1383:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1918,168,0:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1475:. 0|0:20,0:20:60:0,60,654:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,104,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:395,0:395:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1421:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1352:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 209101 . G A 2.80115e+06 PASS FS=0;MQ=59.97;QD=29.72;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E978K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104600.1;SOR=0.655;VQSLOD=6.21;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=116.59;GQ_STDDEV=38.56;HRun=4;InbreedingCoeff=0.6144;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.03;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8642719;AF=0.143;AS_InbreedingCoeff=0.6144;MLEAC=753;MLEAF=0.144;AN=856;AC=2 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1086:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1226:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1036:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1645:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1150:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1422:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:35,0:35:94:.:.:0,94,946:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1432:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1405:. 0|0:29,0:29:58:.:.:0,58,737:. 0|1:42,66:108:99:.:.:1592,0,815:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1425:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,971:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1362:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,116,1501:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,33:112:99:.:.:666,0,1823:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:31:.:.:0,31,1119:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1104:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1013:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,634:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1085:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:68:.:.:0,68,811:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,929:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1040:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,964:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1348:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1115:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1034:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1425:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1038:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1037:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,954:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1121:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1787:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1054:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1069:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1197:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1193:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,83:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1054:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1123:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,964:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,985:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,968:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1688:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1497:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,992:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1243:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1400:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1208:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1016:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1114:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1417:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,939:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1492:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,961:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,733:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1052:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:64:.:.:0,64,696:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:34:.:.:0,34,382:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:13:.:.:0,13,421:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,890:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1409:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1497:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1369:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:461,0:461:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,679:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:100 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:.:.:.:.:120 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:105 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:154,0:154:.:.:.:.:120 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:165,0:165:.:.:.:.:120 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:120 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:102 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:105 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:.:.:.:.:120 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:.:.:.:.:120 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:.:.:.:.:111 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:.:.:120 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:44 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:.:.:120 0|0:200,0:200:.:.:.:.:120 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:181,0:181:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:.:.:120 0|0:178,0:178:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1449:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1421:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 209793 . T G 327247 PASS FS=0.527;MQ=60.12;QD=17.19;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V1208;SNPEFF_CODON_CHANGE=gtT/gtG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0104600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104600.1;SOR=0.648;VQSLOD=3.64;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=131.17;GQ_STDDEV=145.16;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0095;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.268;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6673829;AF=0.015;AS_InbreedingCoeff=-0.0095;MLEAC=81;MLEAF=0.015;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1747:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1378:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1554:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1361:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1434:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1124:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,328:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1249:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1634:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1059:. 0|0:41,0:41:91:.:.:0,91,1150:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:28:.:.:0,28,353:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1195:. 1|0:44,59:103:99:.:.:1314,0,1005:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1679:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1332:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1457:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1072:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1476:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1212:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1365:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1195:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1216:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1442:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1118:. 1|0:62,26:88:99:.:.:494,0,1604:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1255:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,48:50:99:.:.:1284,130,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1543:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1442:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1545:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1264:. 1|0:43,70:113:99:.:.:1542,0,960:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1286:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1321:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1379:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:85,13:98:70:.:.:70,0,2152:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:74,42:116:99:.:.:768,0,1803:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1528:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1038:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1293:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1329:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,60:114:99:.:.:1351,0,1278:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1271:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1377:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,457:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1094:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1139:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:2,142:144:99:.:.:3802,367,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1190:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1343:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1218:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1058:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:45,13:58:99:.:.:168,0,1137:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1250:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1362:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1282:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1376:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 1|0:130,46:176:99:.:.:704,0,3388:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1416:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1422:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,984:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1505:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1137:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1079:. 1|0:61,123:184:99:.:.:3594,0,1555:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1364:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:163,31:194:99:.:.:469,0,5132:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1413:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1471:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:114 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:99 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1465:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:99 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:105 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:102 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:100 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:99 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:99 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:117 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:105 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:.:.:.:.:99 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1467:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:102 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:101 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:.:.:.:.:105 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:105 0|0:46,0:46:.:.:.:.:99 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:104 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:99 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:105 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:111 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1526:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1316:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1859,174,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1277:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1633:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1486:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1175:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 210688 . T A 280556 PASS FS=0.569;MQ=59.93;QD=21.04;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.775;VQSLOD=3.34;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.11;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1148;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=130.62;GQ_STDDEV=86.51;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4821;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.588;culprit=FS;set=snp;DP=3682957;AF=0.032;AS_InbreedingCoeff=0.4603;MLEAC=163;MLEAF=0.032;AN=844;AC=54 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,14:39:99:.:.:342,0,685:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1309:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1390:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1046:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:24:.:.:0,24,360:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,168:. 0|0:28,0:28:64:.:.:0,64,818:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1249:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1009:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,499:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,86:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,996:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,917:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1230:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1546:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1181:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1001:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,998:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1041:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1128:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1196:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1509:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,830:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,711:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1046:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1328:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1085:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1242:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1242:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,3:27:1:.:.:0,1,624:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,994:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,589:. 0|0:60,0:60:84:.:.:0,84,1597:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1306:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1119:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1109:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1207:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,662:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1031:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1065:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,579:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1152:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,892:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1425:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1122:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,597:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,989:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1174:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1270:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1539:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,930:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1122:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1025:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1141:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1559:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1303:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1033:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1301:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,119,1280:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1141:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,898:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1521:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1083:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1089:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1540:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1433:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1354:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,106,1004:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1324:. 1|1:0,24:24:72:.:.:711,72,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,611:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,739:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1428:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,523:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1079:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1323:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1105:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1392:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1307:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1295:. 0|1:71,26:97:99:.:.:494,0,1848:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1223:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1575:. 1|0:1,0:1:3:.:.:0,3,28:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1318:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1208:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1039:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1013:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1061:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:31,39:70:99:.:.:960,0,718:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1097:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3453,346,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1232:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1070:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,978:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1392:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1164:. 1|0:10,29:39:99:.:.:784,0,177:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,937:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1025:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1371:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1084:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1095:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,997:. 1|0:27,11:38:99:.:.:229,0,669:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1660:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,945:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,689:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:29,0:29:74:.:.:0,74,881:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:27,0:27:19:.:.:0,19,686:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1141:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1129:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:48,15:63:99:.:.:263,0,1219:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,760:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1255:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1354:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,239:. 0|1:73,12:85:63:.:.:63,0,1924:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1527:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1053:. 1|0:22,28:50:99:.:.:676,0,449:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,104,1620:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,920:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1286:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1212:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1063:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1138:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1436:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1016:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,580:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,272:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,398:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1075:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 1|0:17,14:31:99:.:.:347,0,500:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1221,108,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1614,141,0:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1102:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,22:22:66:.:.:731,66,0:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,23:23:69:.:.:719,69,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:198,18,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,157:. 1|0:14,5:19:99:.:.:100,0,431:. 1|1:2,28:30:17:.:.:841,17,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,36:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,317:. 1|0:9,25:34:99:.:.:719,0,146:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1446:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1479:. 1|1:0,21:21:63:.:.:728,63,0:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1342:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1479:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1173:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,536:. 0|1:59,43:102:99:.:.:1006,0,1681:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,565:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1220:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1426,135,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1204:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1330:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1164:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,164:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:8,10:18:99:.:.:267,0,192:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1392:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,115,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:81,10:91:69:.:.:69,0,2440:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,146:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1356:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1450:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1357:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,150:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,112:. 0|0:91,0:91:91:.:.:0,91,2603:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1412:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1309:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1355:. 1|1:4,109:113:99:.:.:3458,223,0:. 1|1:1,13:14:10:.:.:387,10,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1166:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,132:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1239:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,554:. 1|1:3,67:70:99:.:.:2105,123,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1215:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,284:. 0|0:40,0:40:86:.:.:0,86,1237:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1327:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,353:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,636:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1211:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4591,412,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,978:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1435:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,932:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1242:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1420:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,30:30:90:.:.:954,90,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1533,138,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1086:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:31,0:31:62:.:.:0,62,951:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,484:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,179:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,155:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1178:. 1|0:23,7:30:99:.:.:141,0,625:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1628,150,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1146:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:105,67:172:99:.:.:1708,0,2931:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1375:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1134:. 1|1:0,16:16:48:.:.:544,48,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,194:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1340:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1350,117,0:. Pf3D7_01_v3 211436 . T A 320780 PASS FS=0.585;MQ=59.99;QD=23.2;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S189;SNPEFF_CODON_CHANGE=tcT/tcA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=MFR2;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104700.1;SOR=0.641;VQSLOD=4.47;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.04;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=125.57;GQ_STDDEV=45.84;HRun=0;InbreedingCoeff=0.848;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.82;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9295635;AF=0.006464;AS_InbreedingCoeff=0.848;MLEAC=34;MLEAF=0.006464;AN=858;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:65,0:65:99:0,109,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1576:. 0|0:60,0:60:99:0,116,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,104,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1360:. 0|0:59,0:59:99:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,113,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1237:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1447:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1706:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1293:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|1:35,6:41:71:71,0,942:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 1|1:0,23:23:69:697,69,0:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1402:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,109,1697:. 0|0:35,0:35:99:0,99,955:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:7,0:7:21:0,21,193:. 0|0:59,0:59:99:0,101,1435:. 0|0:48,0:48:99:0,112,1642:. 0|0:56,0:56:99:0,110,1533:. 0|0:83,0:83:99:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1178:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1172:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1240:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1269:. 0|0:59,0:59:99:0,116,1631:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1050:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,116,1465:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:0,72,720:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1357:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,111,1004:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,102,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,105,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1112:. 0|0:66,0:66:99:0,115,1597:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1107:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1097:. 0|0:81,0:81:99:0,103,1636:. 0|0:80,0:80:99:0,114,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,101,965:. 0|0:46,0:46:99:0,103,1471:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1205:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1431:. 0|0:57,0:57:99:0,115,1501:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,104,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,118,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1340:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,114,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,100,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1038:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,106,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,106,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,112,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,109,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,118,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,113,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:0,106,1437:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,110,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,102,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,102,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1748:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,119,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,101,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,100,1647:. 0|0:58,0:58:99:0,112,1645:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,109,1594:. 0|0:80,0:80:99:0,118,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,113,1515:. 0|0:92,0:92:99:0,105,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,108,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,109,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,101,1474:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,111,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,103,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,119,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,112,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,109,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1559:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1465:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,104,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1431:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1617:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,101,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1318:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1292:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1058:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,101,1017:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,117,1078:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1141:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,102,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1344:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1257:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,104,1569:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,100,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,107,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,109,1317:. 0|0:34,0:34:96:0,96,1440:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1213:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1462:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1738:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1122:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1064:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,101,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,117,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,107,1800:. 1|1:0,51:51:99:1822,153,0:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,116,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,99,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,107,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,99,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|1:168,36:204:99:657,0,5437:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:9113,775,0:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1415:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1054:. 0|0:92,0:92:.:.:120 0|0:52,0:52:99:0,115,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:.:.:120 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1800:. 0|0:255,0:255:.:.:120 0|0:91,0:91:99:0,119,1800:. 0|0:325,0:325:.:.:120 0|0:70,0:70:99:0,117,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1189:. 0|0:276,0:276:.:.:120 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,108,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:.:.:120 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:.:.:120 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,115,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:99 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:.:.:112 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:120 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:.:.:120 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:.:.:101 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:.:.:120 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:.:.:112 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1673:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:103 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:.:.:120 0|0:83,0:83:99:0,107,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:100 0|0:198,0:198:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,100,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:.:.:120 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:120 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,100,1800:. 0|0:233,0:233:.:.:115 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:.:.:120 0|0:49,0:49:99:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1544:. 0|0:65,0:65:99:0,112,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,106,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,101,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1253:. 0|0:58,0:58:99:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1477:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1380:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1325:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1443:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1324:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1413:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1237:. 0|0:223,0:223:99:0,100,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,103,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,119,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,100,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,119,1680:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,114,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1446:. 0|0:24,0:24:63:0,63,725:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 211516 . G A 2.72429e+06 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=29.58;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R216K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGg/aAg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MFR2;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104700.1;SOR=0.668;VQSLOD=6.74;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=42.86;GQ_MEAN=113.83;GQ_STDDEV=7.07;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0087;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.363;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9765793;AF=0.12;AS_InbreedingCoeff=-0.0087;MLEAC=630;MLEAF=0.12;AN=854;AC=2 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1576:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,17:72:99:.:.:295,0,1285:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1360:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1706:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,662:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,322:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1469:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1223:. 0|0:38,0:38:66:.:.:0,66,921:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1402:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1697:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1264:. 0|1:42,57:99:99:.:.:1352,0,821:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,423:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1271:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1410:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1376:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1217:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1172:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1240:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1269:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1631:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1465:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,804:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1357:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1312:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1115:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1597:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1107:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,103,1636:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,965:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1471:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1109:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1431:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1501:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1038:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1437:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1748:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1647:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1645:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1594:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1515:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,81:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1474:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1681:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1559:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1465:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1431:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1318:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1292:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1058:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1331:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1078:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1259:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1344:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1569:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,106:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1317:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,653:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1462:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1738:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,517:. 0|0:43,0:43:98:.:.:0,98,1124:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,945:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,512:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1482:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1415:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:92,0:92:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:255,0:255:.:.:.:.:120 0|0:91,0:91:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:325,0:325:.:.:.:.:120 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1189:. 0|0:276,0:276:.:.:.:.:120 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:.:.:.:.:120 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:.:99 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:112 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:.:.:.:.:101 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:.:.:.:.:120 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:.:.:.:.:112 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1673:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:110 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:.:.:100 0|0:198,0:198:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:.:.:.:.:120 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:.:.:120 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:233,0:233:.:.:.:.:115 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1544:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1477:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1380:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1325:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1443:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1324:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1413:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,119,1680:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1395:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,577:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 212369 . G A 195854 PASS FS=1.213;MQ=61.34;QD=21.47;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E500;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaG/gaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=MFR2;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104700.1;SOR=0.572;VQSLOD=3.17;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=0.999;GC=52.38;GQ_MEAN=127.31;GQ_STDDEV=117.92;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7413;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.674;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10455561;AF=0.01;AS_InbreedingCoeff=0.7413;MLEAC=55;MLEAF=0.01;AN=858;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1300:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1675:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1399:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:62:.:.:0,62,646:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1284:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:41,0:41:88:.:.:0,88,997:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1697:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1428:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1371:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1090:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1346:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1015:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1527:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1691:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1631:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1632:. 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1043:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1465:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:201,49:250:99:.:.:722,0,4899:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,20:81:99:.:.:376,0,1432:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1033:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,103,1636:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1490:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1109:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1265:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,212:213:99:.:.:6266,609,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1748:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1645:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1426:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1474:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1465:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1127:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1478:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1706:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1402:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1278:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1259:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1256:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1569:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,16:178:76:.:.:0,76,4001:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1213:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,53:98:99:.:.:1275,0,932:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1462:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1015:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:74:.:.:0,74,884:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:436,0:436:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:92,0:92:.:.:.:.:120 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:.:.:.:.:120 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:255,0:255:.:.:.:.:120 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:325,0:325:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1189:. 0|0:397,0:397:.:.:.:.:120 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:.:.:.:.:120 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:.:.:.:.:116 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:108 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:101 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:.:.:.:.:120 0|0:153,0:153:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:216,0:216:.:.:.:.:120 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:.:.:.:.:120 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:.:.:.:.:120 0|0:184,0:184:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:99 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:.:.:100 0|0:198,0:198:.:.:.:.:120 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:.:.:.:.:120 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:.:.:.:.:120 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1609:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:233,0:233:.:.:.:.:115 1|0:33,165:198:99:.:.:4868,0,410:. 0|0:260,0:260:.:.:.:.:105 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1376:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1325:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1443:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:29:.:.:0,29,393:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1283:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 212424 . G A 131067 PASS FS=0.573;MQ=60.82;QD=23.48;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A519T;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gca/Aca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MFR2;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104700.1;SOR=0.728;VQSLOD=4.74;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.79;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=126.31;GQ_STDDEV=113.85;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0095;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.949;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10726763;AF=0.001141;AS_InbreedingCoeff=-0.0095;MLEAC=6;MLEAF=0.001141;AN=858;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1488:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,117,1690:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1307:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,101,1578:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1421:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1123:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:0,51,536:. 0|0:12,0:12:36:0,36,317:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1236:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1515:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1454:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1088:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1021:. 0|0:51,0:51:99:0,116,1465:. 0|0:39,0:39:83:0,83,956:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,107,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1461:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,110,1721:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1158:. 0|0:79,0:79:99:0,101,1784:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:0,81,857:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,112,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,112,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,99,1874:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1560:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:0,90,917:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:95:0,95,1020:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1120:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1279:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,106,1614:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1228:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1173:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1242:. 0|0:85,0:85:99:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1357:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1414:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1314:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,111,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,107,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,108,1620:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,112,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,112,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,113,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,114,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:3489,364,0:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:54:0,54,1576:. 0|0:114,0:114:99:0,113,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,101,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,107,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,411:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,117,1410:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,113,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,118,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,110,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,103,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,111,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,107,1610:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,114,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1127:. 0|1:64,49:113:99:1109,0,1214:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,103,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,110,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1327:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1318:. 0|0:109,0:109:72:0,72,2348:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1071:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1476:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,102,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1158:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,119,1345:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,101,1608:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:81:0,81,782:. 0|0:64,0:64:99:0,119,1743:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:78:0,78,713:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1269:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 1|0:85,13:98:99:111,0,1978:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1361:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:0,57,563:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1119:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1137:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,973:. 0|0:108,0:108:99:0,108,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:0,72,813:. 0|0:112,0:112:99:0,119,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:6168,522,0:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,102,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,101,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:0,111,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,114,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,118,1800:. 0|0:457,0:457:99:0,120,1800:. 0|0:391,0:391:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1160:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:65,0:65:.:.:115 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:120 0|0:54,0:54:99:0,117,1755:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1800:. 0|0:255,0:255:.:.:120 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:.:.:120 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1710:. 0|0:230,0:230:.:.:120 0|0:56,0:56:99:0,101,1782:. 0|0:212,0:212:99:0,108,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,107,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:.:.:113 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:.:.:120 0|0:42,0:42:99:0,103,1390:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,99,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,102,1800:. 0|0:78,0:78:.:.:112 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:109 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:113 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:.:.:120 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:.:.:120 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:.:.:120 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:120 0|0:184,0:184:99:0,110,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,118,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:.:.:90 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:.:.:120 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:100 0|0:212,0:212:.:.:120 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,113,1800:. 0|0:219,0:219:.:.:120 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:.:.:120 0|0:399,0:399:99:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,100,1800:. 0|0:180,0:180:.:.:120 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:.:.:105 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:0,119,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1366:. 0|0:72,0:72:99:0,105,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:96:0,96,1440:. 0|0:18,0:18:54:0,54,615:. 0|0:184,0:184:99:0,104,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,103,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1575:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:96:0,96,1063:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:263,0:263:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 215922 . G T 799625 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=26.08;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A49;SNPEFF_CODON_CHANGE=gcG/gcT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=NPT1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0104800.1;SOR=0.787;VQSLOD=3.95;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.81;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.057;FractionInformativeReads=1;GC=47.62;GQ_MEAN=114.12;GQ_STDDEV=34.53;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7226;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.143;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7115723;AF=0.032;AS_InbreedingCoeff=0.7226;MLEAC=163;MLEAF=0.031;AN=858;AC=4 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1761:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1593:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1366:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1633:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1501:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1168:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,737:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,979:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,167:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1191:. 0|1:29,44:73:99:.:.:1090,0,554:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1606:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:38,0:38:95:.:.:0,95,960:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1286:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1179:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1162:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1719:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1348:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1304:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1332:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1117:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1005:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1457:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:66,0:66:75:.:.:0,75,1471:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1025:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1525:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1098:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1494:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1456:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1019:. 0|0:69,0:69:54:.:.:0,54,1600:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1205:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1150:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,875:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1168:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1146:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,951:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,975:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1012:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1098:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1163:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1406:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,104,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1515:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:66:.:.:0,66,1352:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1477:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1595:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1411:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1527:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1367:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1313:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1562:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1782:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1778:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1345:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1145:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1068:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1261:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1790:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,341:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1129:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1714:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1773:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1340:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:101,16:117:99:.:.:123,0,2344:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1503:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1364:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1595:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1054:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1078:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:82,21:103:99:.:.:295,0,1751:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1659:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1248:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1142:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1578:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1030:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1196:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1175:. 1|0:55,12:67:99:.:.:163,0,1264:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1354:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,964:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1217:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1312:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1100:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:101,0:101:98:.:.:0,98,2248:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1281:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1415:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1037:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1447:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1092:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1334:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1391:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1543:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1496:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,984:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1647:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1293:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1703:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1303:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,572:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1615:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1681:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,619:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,113,1433:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1364:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1291:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1487:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1407:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1495:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1397:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1437:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1243:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,841:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:106 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1402:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:.:.:.:.:114 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:124,0:124:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:110 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:111 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1138:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:.:.:.:.:120 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:111 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1504:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:109 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:102 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1320:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:99 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1691:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:113 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:.:.:.:.:120 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:103 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:93 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:99 0|0:110,0:110:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:112,0:112:.:.:.:.:120 0|0:59,0:59:.:.:.:.:109 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1374:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:99 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1702:. 0|0:133,0:133:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:120 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1440:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:106 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1406:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1690:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1654:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1221:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1265:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,107,1377:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1515:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1542:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1454:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1309:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,930:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1400:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1710:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1380:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1292:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1435:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,770:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1521:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 217568 . G A 208328 PASS FS=0.651;MQ=62.62;QD=22.69;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.765;VQSLOD=3.77;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.34;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0522;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=102.1;GQ_STDDEV=58.66;HRun=5;InbreedingCoeff=0.5305;MQRankSum=-0.409;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.25;culprit=FS;set=snp;DP=6214113;AF=0.013;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=66;MLEAF=0.013;AN=858;AC=17 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,71:83:99:.:.:2019,0,102:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1419:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1428:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1228:. 0|1:21,5:26:79:.:.:79,0,525:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,238:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1228:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,581:. 0|1:44,14:58:99:.:.:230,0,1069:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1408:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:56:.:.:0,56,602:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,988:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1357:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,434:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1106:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1108:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1200:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:30,0:30:38:.:.:0,38,743:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1628:. 0|0:44,0:44:39:.:.:0,39,1038:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,745:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1027:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1125:. 1|1:2,34:36:53:.:.:939,53,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1414:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1310:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1358:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,787:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1379:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,949:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,870:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1228:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,798:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,853:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:49,0:49:80:.:.:0,80,1187:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1175:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1724:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1450:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1366:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,110:112:99:.:.:3244,279,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1594:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1280:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,99,1665:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1399:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2032,213,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1474:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,981:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1479:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1270:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1050:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,920:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1569:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1298:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,10:135:99:.:.:0,119,3016:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,191:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1364:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1345:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1579:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1304:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1461:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1275:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1602:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1374:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:64:.:.:0,64,986:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1490:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1252:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1313:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1268:. 1|0:21,12:33:99:.:.:266,0,468:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1560:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1381:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,974:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,874:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:62:.:.:0,62,813:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1107:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1240:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1406:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1628,165,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:64:.:.:0,64,663:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1454:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1086:. 0|0:38,0:38:84:.:.:0,84,959:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,153:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1044:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1411:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,10:47:99:.:.:161,0,857:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1579:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,311:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1767:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,886:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,193:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:16,0:16:20:.:.:0,20,374:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,693:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1062:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,268:. 0|1:15,42:57:99:.:.:1309,0,313:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:19:.:.:0,19,326:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1465:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1738:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:98:.:.:0,98,1506:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1748:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:91,6:97:74:.:.:0,74,2829:. 1|0:50,44:94:99:.:.:1232,0,1381:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:28,0:28:57:.:.:0,57,855:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:96:.:.:0,96,3272:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,109,1755:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1466:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,97:98:99:.:.:3244,284,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:70:.:.:0,70,996:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1548:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1461:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1302:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,232:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1460:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1452:. Pf3D7_01_v3 217958 . A G 429398 PASS FS=0;MQ=55.14;QD=26.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.696;VQSLOD=5.17;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.1;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0081;FractionInformativeReads=0.995;GC=0;GQ_MEAN=110.53;GQ_STDDEV=96.37;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5906;MQRankSum=0.589;NCC=0;ReadPosRankSum=0.013;culprit=FS;set=snp;DP=2923091;AF=0.036;AS_InbreedingCoeff=0.7686;MLEAC=181;MLEAF=0.037;AN=782;AC=77 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,116,1487:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1387:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1363:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1264:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1378:. 0|0:104,0:104:.:.:.:.:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1289:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1186:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1379:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,353:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,200:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1157:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,445:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,994:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,679:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1251:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1025:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,790:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,995:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,160:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1168:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1052:. 1|0:29,13:42:99:.:.:243,0,758:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,1922:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1183:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,970:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1155:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,826:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,970:. 0|0:33,0:33:86:.:.:0,86,961:. 0|0:36,0:36:95:.:.:0,95,1079:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1345:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1110:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1458:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:29,0:29:61:.:.:0,61,798:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,591:. 0|0:30,0:30:1:.:.:0,1,729:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,956:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1017:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,521:. 1|1:2,66:68:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:2359,145,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1347:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,103,1097:. 0|0:37,0:37:87:.:.:0,87,1090:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,821:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1022:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1112:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,574:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,718:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1183:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,962:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,810:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1185:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,845:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1158:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,603:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1447:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,753:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1273:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1014:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1022:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,38:38:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:1445,117,0:. 0|1:15,22:37:99:.:.:711,0,425:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,35:35:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:1287,106,0:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,853:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,959:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,113,1226:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1138:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1159:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1446:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1223:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1655:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,867:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,823:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,857:. 0|0:71,0:71:98:.:.:0,98,1908:. 1|1:0,63:63:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:2196,193,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1518:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1689:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,996:. 1|1:1,144:145:99:.:.:4888,414,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1202:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1009:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1424:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,626:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1639:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,999:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1204:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1229:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1010:. 1|1:8,144:152:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:3746,202,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1303:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,976:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1030:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1090:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,988:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,107,1125:. 0|0:48,0:48:62:.:.:0,62,1262:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:35,15:50:99:.:.:261,0,1101:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,107,1131:. 0|0:48,0:48:4:.:.:0,4,1116:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1066:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1438:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,984:. 1|1:0,117:117:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:3826,360,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1031:. 1|0:20,13:33:99:0|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:389,0,716:. 1|0:26,15:41:99:.:.:453,0,690:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1294:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1154:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1405:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1138:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1027:. 1|0:9,29:38:99:0|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:697,0,131:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1096:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,599:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,894:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,750:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1105:. 0|0:28,0:28:3:.:.:0,3,699:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1052:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,930:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,446:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1054:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,976:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1291:. 1|0:80,24:104:99:.:.:501,0,2677:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,993:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1738:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,37:101:99:.:.:690,0,1859:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,92:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1197:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1019:. 1|1:0,51:51:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:1831,156,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1031:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,990:. 0|1:67,23:90:99:.:.:365,0,1764:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,106,1103:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1025:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:96:.:.:0,96,1469:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1330:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1249:. 1|1:1,80:81:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:2859,214,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1035:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1269:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1046:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1273:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,997:. 1|1:0,30:30:96:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:1036,96,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1382:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,991:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1255:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1062:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1376:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1065:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,897:. 1|1:0,54:54:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:2015,168,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:42,0:42:41:.:.:0,41,1114:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1099:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,988:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1035:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,986:. 0|0:66,0:66:94:.:.:0,94,1723:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1339:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1101:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,783:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1027:. 0|1:27,14:41:99:.:.:261,0,685:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1029:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,587:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,46:46:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:1675,142,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1095:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1289:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1171:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1146:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,476:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1213:. 1|1:0,32:32:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:1291,100,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,990:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1014:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,326:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1676:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1310:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,9:61:80:0|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:80,0,1359:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1507:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1090:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,394:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1019:. 0|1:168,15:183:1:.:.:1,0,6434:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,379:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,807:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1155:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1040:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:14,0:14:15:.:.:0,15,368:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,605:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,557:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1353:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,324:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,446:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,504:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,743:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,63:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,423:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,355:. 1|1:0,37:37:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:1492,112,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,369:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,729:. 0|0:34,0:34:66:.:.:0,66,1116:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,610:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 1|1:0,27:27:84:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:1035,84,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:438,39,0:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,70:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,212:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,661:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,639:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,676:. 0|0:24,0:24:38:.:.:0,38,770:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,203:. 1|1:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,704:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,226:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,753:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,442:. 1|0:2,19:21:11:0|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:553,0,11:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,536:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:20,0:20:25:.:.:0,25,626:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,342:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,225:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,141:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,485:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1047:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1065:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,112,1336:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1156:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1254:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1277:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,54:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1452:. 1|1:0,9:9:27:.:.:261,27,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1113:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,645:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,152:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1457:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1369:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1384:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1127:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:61,5:66:25:.:.:0,25,2075:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1138:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,201:. 1|1:1,83:84:99:1|1:217857_TTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTA_T:3202,220,0:. 0|1:24,48:72:99:0|1:217857_TTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTA_T:1690,0,784:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,104,1164:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1423:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,56:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1272:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1520:. 0|0:2,0:2:0:.:.:0,0,14:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1233:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1507:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1229:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1160:. 0|0:50,0:50:4:.:.:0,4,1297:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1131:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1240:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1126:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1256:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,55:. 0|1:22,14:36:99:.:.:314,0,824:. 1|1:3,72:75:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:2688,130,0:. 0|1:17,4:21:72:.:.:72,0,489:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,48:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,118:119:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:4523,336,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1382:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,298:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,171:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,827:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,292:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,358:. 1|1:0,17:17:55:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:693,55,0:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,188:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,140:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,267:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,509:. 1|1:0,16:16:49:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:606,49,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:1338,108,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,138:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,23:23:70:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:865,70,0:. 1|1:0,16:16:48:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:601,48,0:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,17:17:51:1|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:621,51,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,671:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,300:. 1|1:0,29:29:87:.:.:906,87,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:205,18,0:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 1|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,69:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,710:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,965:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,542:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,264:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,788:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,302:. 1|1:0,23:23:69:.:.:716,69,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,647:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|0:47,43:90:99:0|1:217849_GTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTATTT_G:1152,0,1277:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,587:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1178:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,600:. 0|0:17,0:17:16:.:.:0,16,517:. 1|1:0,11:11:33:.:.:370,33,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,172:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,579:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,358:. Pf3D7_01_v3 219067 . C A 428319 PASS FS=0.575;MQ=60.08;QD=22.34;RegionType=Core;SOR=0.641;VQSLOD=3.94;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.21;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=19.05;GQ_MEAN=155.86;GQ_STDDEV=155.13;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9879;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.529;culprit=FS;set=snp;DP=6439824;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=0.6364;MLEAC=127;MLEAF=0.024;AN=856;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1612:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1572:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1401:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1404:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1511:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,789:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1112:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1650:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1663:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1248:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1019:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,346:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1162:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:54:.:.:0,54,1035:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1257:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1253:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1220:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1407:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1231:. 0|0:27,0:27:71:.:.:0,71,801:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1257:. 1|0:27,13:40:99:.:.:286,0,652:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1391:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1365:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1132:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1731:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1281:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1108:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1427:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1536:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1314:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,695:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1467:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1140:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1704:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:77,10:87:41:.:.:41,0,1854:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1055:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1468:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1347:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,944:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1241:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1425:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1129:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1155:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1378:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1118:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1715:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1285:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1322:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1273:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1712:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1758:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1212:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1633:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1175:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1676:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1752:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3746,375,0:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3590,357,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1550:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1380:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1323:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1243:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:25,64:89:99:.:.:1738,0,448:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1578:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1238:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1342:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1404:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1637:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1238:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1178:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1686:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1523:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1694:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1243:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1538:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1641:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1647:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1648:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1164:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1619:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1683:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1243:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1410:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1120:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1556:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1401:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:42,0:42:62:.:.:0,62,1077:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1518:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1336:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1256:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1354:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1098:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1397:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1041:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1106:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1469:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1596:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1200:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1476:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1339:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,186:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1517:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,52:79:99:.:.:1329,0,518:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:45,14:59:99:.:.:270,0,1105:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,274:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1216:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1639:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:14,0:14:9:.:.:0,9,333:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1139:. 1|1:0,28:28:84:.:.:842,84,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1761:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1344:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1520:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1528:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1753:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1622:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1640:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1706:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1384:. 0|0:34,0:34:24:.:.:0,24,360:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1653:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1866,153,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1349:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1397:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1291:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1785:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1417:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1431:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2798,232,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1328:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1659:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1608:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:12 0|0:51,5:56:7:.:.:0,7,1553:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1756:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1687:. 0|0:142,0:142:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:101 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:103 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1375:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:103 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1478:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:107 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1728:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:110 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1718:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:116 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:63 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:33 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:120 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1440:. 0|0:108,0:108:.:.:.:.:109 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:.:.:.:.:120 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1524:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:110 0|0:130,0:130:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:120 0|0:92,0:92:.:.:.:.:112 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,113,1319:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:112 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1633:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:111 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:42:.:.:0,42,630:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1527:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:120 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1411:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1622:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1516:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1295:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1318:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1527:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1384:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,126:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1721:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1385:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1225:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:111,11:122:41:.:.:41,0,3466:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1312:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,41:54:99:.:.:1293,0,229:. 1|0:82,102:184:99:.:.:3018,0,2209:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1473:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1521:. Pf3D7_01_v3 219179 . T G 202354 PASS FS=0;MQ=61.7;QD=20.55;RegionType=Core;SOR=0.683;VQSLOD=5.31;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0;ExcessHet=45.4337;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=8.02;GQ_STDDEV=61.58;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.3409;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.24;culprit=FS;set=snp;DP=7280108;AF=0.017;AS_InbreedingCoeff=-0.3585;MLEAC=87;MLEAF=0.017;AN=854;AC=33 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1612:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1572:. 0|0:67,5:72:90:.:.:0,90,1998:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:17:.:.:0,17,1326:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1361:. 0|0:31,0:31:62:.:.:0,62,884:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1516:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1219:. 1|1:0,35:35:99:.:.:979,104,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1650:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1663:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:94:.:.:0,94,1053:. 0|0:68,0:68:73:.:.:0,73,1555:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,392:. 0|0:10,0:10:13:.:.:0,13,245:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1084:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1220:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:44,0:44:80:.:.:0,80,1177:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1018:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1331:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1345:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1678:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1355:. 0|0:35,0:35:60:.:.:0,60,935:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1386:. 0|0:53,0:53:88:.:.:0,88,1396:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1538:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,666:. 0|0:83,0:83:83:.:.:0,83,1974:. 0|1:43,80:123:99:.:.:1904,0,939:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:30:.:.:0,30,882:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:76:.:.:0,76,934:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1731:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:81:.:.:0,81,1117:. 0|1:9,35:44:99:.:.:870,0,150:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,5:48:16:.:.:0,16,1288:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1527:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1467:. 0|0:39,0:39:24:.:.:0,24,921:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,945:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,7:59:22:.:.:22,0,1403:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:55,12:67:99:.:.:130,0,1461:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:36,0:36:76:.:.:0,76,939:. 0|0:50,0:50:78:.:.:0,78,1257:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1076:. 1|0:8,11:19:99:.:.:258,0,179:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1519:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1496:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1068:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:71:.:.:0,71,2034:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,97:98:99:.:.:2631,281,0:. 1|0:33,50:83:99:.:.:1098,0,743:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:74,0:74:71:.:.:0,71,1761:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,63:67:74:.:.:1594,74,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1633:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:68:.:.:0,68,1773:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1550:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:91:.:.:0,91,1395:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:15,3:18:33:.:.:33,0,404:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:90,0:90:35:.:.:0,35,1907:. 1|0:13,20:33:99:.:.:420,0,283:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,69:73:95:.:.:1877,95,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1578:. 1|0:65,16:81:99:.:.:180,0,1738:. 0|1:38,14:52:99:.:.:230,0,1006:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,193:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1792,192,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1447:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1241:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1637:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:16,33:49:99:.:.:779,0,352:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1378:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1791:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:74:.:.:0,74,1150:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1743:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:37,3:40:31:.:.:0,31,1064:. 0|0:54,0:54:83:.:.:0,83,1367:. 0|0:57,0:57:93:.:.:0,93,1449:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1560:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1683:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1720,183,0:. 0|0:61,5:66:59:.:.:0,59,1732:. 0|0:44,0:44:81:.:.:0,81,1104:. 0|0:43,0:43:71:.:.:0,71,1080:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1550:. 0|1:13,19:32:99:.:.:428,0,315:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1618:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1442:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1656:. 0|0:46,0:46:68:.:.:0,68,1139:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1256:. 0|0:43,0:43:84:.:.:0,84,1068:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1781:. 0|0:29,3:32:13:.:.:0,13,794:. 0|0:43,0:43:98:.:.:0,98,1152:. 0|0:41,0:41:87:.:.:0,87,1082:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1292:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1359:. 0|0:75,0:75:78:.:.:0,78,1837:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:79:.:.:0,79,1192:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:70:.:.:0,70,1106:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:33:.:.:0,33,720:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1271:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1649:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1519:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,20:30:99:.:.:469,0,218:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:55,0:55:90:.:.:0,90,1423:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1539:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,296:. 0|0:32,0:32:85:.:.:0,85,970:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1639:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:51,0:51:81:.:.:0,81,1272:. 0|0:25,0:25:23:.:.:0,23,588:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:84:.:.:0,84,1240:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:48,0:48:84:.:.:0,84,1264:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1828:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1640:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1706:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:80:.:.:0,80,1210:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1193:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:73:.:.:0,73,918:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1627:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1291:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:30,0:30:73:.:.:0,73,861:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:29,0:29:52:.:.:0,52,770:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1600:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1659:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1549:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1608:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:15,0:15:4:.:.:0,4,356:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,312:. 0|0:52,0:52:86:.:.:0,86,1459:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1756:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1687:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1826,173,0:. 0|0:59,3:62:99:.:.:0,108,1925:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:0:.:.:0,0,746:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,1884:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:98,0:98:.:.:.:0,0,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1478:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,835:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,455:. 0|0:33,0:33:68:.:.:0,68,948:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1718:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,496:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1755:. 1|1:1,126:127:99:.:.:4177,343,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,228:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,90:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:0:.:.:0,0,728:. 1|0:61,7:68:13:.:.:13,0,1873:. 1|0:11,26:37:99:.:.:670,0,234:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:0:.:.:0,0,3576:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,220:. 1|0:76,36:112:99:.:.:847,0,2289:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,127:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,253:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,728:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,518:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,500:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,747:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,94:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:32,13:45:99:.:.:293,0,959:. 0|0:67,0:67:89:.:.:0,89,1817:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:63,0:63:52:.:.:0,52,1597:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1692:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1318:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1527:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:55:.:.:0,55,864:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1669:. 0|0:35,0:35:25:.:.:0,25,917:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:3:.:.:0,3,342:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:10:.:.:0,10,240:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1721:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1225:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:96:.:.:0,96,2375:. 0|0:72,0:72:15:.:.:0,15,1874:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1312:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:86:.:.:0,86,1171:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 219285 . A T 140800 PASS FS=0;MQ=60.22;QD=26.18;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.606;VQSLOD=4.35;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=3.26;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.993;GC=23.81;GQ_MEAN=120.29;GQ_STDDEV=40.39;HRun=0;InbreedingCoeff=0.848;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=5.95;culprit=MQ;set=snp;DP=4923977;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=0.848;MLEAC=56;MLEAF=0.011;AN=854;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,108,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1272:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1792:. 0|0:73,0:73:99:0,118,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1338:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1478:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,110,1642:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1113:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1280:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1063:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1099:. 0|0:38,0:38:84:0,84,1062:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1535:. 0|0:56,0:56:99:0,116,1629:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:73:0,73,787:. 0|0:35,0:35:96:0,96,1440:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1800:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:. 0|0:9,0:9:27:0,27,258:. 0|0:52,0:52:99:0,104,1265:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1198:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1230:. 0|0:111,0:111:99:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,119,1429:. 0|0:31,0:31:84:0,84,1260:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1314:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,116,1435:. 0|0:70,0:70:99:0,111,1515:. 0|0:96,0:96:99:0,99,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,104,1756:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1256:. 0|0:25,0:25:60:0,60,622:. 0|0:57,0:57:99:0,110,1549:. 0|0:55,0:55:99:0,115,1383:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1358:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,112,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,106,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1108:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1234:. 0|0:41,0:41:99:0,115,1197:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1279:. 0|0:53,0:53:99:0,117,1568:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1138:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1168:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1370:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:63,0:63:99:0,116,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1091:. 0|0:27,0:27:78:0,78,1170:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1117:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,103,1230:. 0|0:62,0:62:99:0,118,1444:. 0|0:62,0:62:99:0,110,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,682:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1231:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,109,1331:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1316:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1126:. 0|0:36,0:36:99:0,106,1032:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1219:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1131:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1666:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1280:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,114,1781:. 0|0:59,0:59:99:0,118,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1407:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1554:. 0|0:62,0:62:99:0,106,1630:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,111,1773:. 0|0:70,0:70:99:0,112,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1313:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1697:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1349:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1477:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1275:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1610:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,109,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1410:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1395:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1269:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1704:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1277:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1353:. 0|0:65,0:65:99:0,103,1422:. 0|0:51,0:51:99:0,104,1302:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1240:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:0,115,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1273:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1577:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1459:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1412:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1108:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1181:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1181:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1337:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1127:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:27,0:27:78:0,78,1170:. 0|0:83,0:83:99:0,118,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,103,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,119,1523:. 0|0:65,0:65:99:0,114,1729:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,103,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,107,1762:. 0|0:5,0:5:15:0,15,155:. 0|0:63,0:63:99:0,101,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,113,1257:. 0|0:49,0:49:99:0,116,1369:. 0|0:45,0:45:99:0,113,1164:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1434:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1368:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,110,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1474:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1275:. 0|0:105,0:105:99:0,114,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1755:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1665:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,109,1487:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1329:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1370:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1474:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1126:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,105,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,110,1316:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1410:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1190:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1637:. 0|0:62,0:62:99:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1018:. 0|0:64,0:64:99:0,106,1354:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1316:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1338:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:87:0,87,1305:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1125:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1126:. 0|0:44,0:44:99:0,113,1150:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1214:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:0,81,756:. 0|0:90,0:90:99:0,110,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1051:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1147:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1248:. 0|0:115,0:115:99:0,102,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:0,12,119:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,112,1498:. 0|0:21,0:21:60:0,60,641:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,118,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:0,100,968:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1373:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1241:. 0|0:81,0:81:99:0,108,1800:. 0|0:13,0:13:39:0,39,393:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1408:. 0|0:38,0:38:96:0,96,1440:. 0|0:85,0:85:99:0,102,1800:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1367:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1427:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1277:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1509:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:9:0,9,109:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:0,107,1528:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:0,113,1687:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1262:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1294:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1575:. 0|0:10,0:10:30:0,30,345:. 0|0:17,0:17:51:0,51,585:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1644:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1521:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|1:4,10:14:99:332,0,104:. 0|0:6,0:6:18:0,18,201:. 0|0:21,0:21:.:.:60 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:102 1|0:20,29:49:99:854,0,492:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 1|1:1,99:100:99:3224,288,0:. 0|0:44,0:44:.:.:102 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:120 0|0:64,0:64:99:0,110,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1336:. 0|0:39,0:39:.:.:105 0|0:46,0:46:99:0,105,1486:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1681:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:2819,248,0:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:100 0|0:40,0:40:99:0,117,1337:. 0|0:48,0:48:.:.:108 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,108,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,106,1549:. 0|0:35,0:35:.:.:90 0|0:66,0:66:99:0,114,1669:. 0|0:64,0:64:99:0,107,1643:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:.:.:69 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:.:.:27 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:105 0|0:51,0:51:99:0,102,1413:. 0|0:70,0:70:.:.:120 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:.:.:120 0|0:67,0:67:99:0,105,1478:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1457:. 0|0:35,0:35:.:.:90 0|0:65,0:65:99:0,115,1718:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1482:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:.:.:30 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:99 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:116 0|0:44,0:44:.:.:105 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:.:.:114 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:.:.:99 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:99 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:.:.:99 0|0:24,0:24:72:0,72,819:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:72:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1215:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1319:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:66:0,66,770:. 0|0:6,0:6:18:0,18,216:. 0|0:32,0:32:93:0,93,1395:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1246:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1232:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:27:0,27,405:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:60:0,60,823:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:7,0:7:21:0,21,234:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1169:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:0,21,228:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1460:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1384:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1291:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1357:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:96:0,96,1064:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1241:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1242:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:10,0:10:30:0,30,352:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1506:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. Pf3D7_01_v3 220194 . T C 339732 PASS FS=0.552;MQ=60.11;QD=19.72;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.756;VQSLOD=4.01;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=135.25;GQ_STDDEV=86.7;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9569;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.63;culprit=QD;set=snp;DP=7514464;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=0.8489;MLEAC=70;MLEAF=0.013;AN=858;AC=17 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1443:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1499:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1261:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1208:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,210:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1465:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1385:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1543:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1555:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1426:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1229:. 0|0:63,0:63:73:.:.:0,73,1641:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1199:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1399:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1453:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1051:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1210:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1306:. 1|0:103,42:145:99:.:.:720,0,2671:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,950:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1745:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1135:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,936:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1289:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,107,1708:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1422:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1183:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,971:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1733:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1166:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1421:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1623:. 0|1:53,11:64:99:.:.:114,0,1409:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1755:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1003:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1319:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,110,1591:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1296:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1613:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1304:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1165:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1429:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1771:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,10:59:99:.:.:102,0,1304:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,132:142:99:.:.:3432,134,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1424:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,794:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1385:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1592:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1366:. 0|1:74,15:89:99:.:.:128,0,1892:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1717:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1568:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1213:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1059:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1194:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1197:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1486:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1233:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1207:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1437:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1033:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1214:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1369:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1402:. 1|0:100,53:153:99:.:.:1025,0,2563:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1483:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,720:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,578:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1261:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1437:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1549:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3992,354,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1737:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,345:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1081:. 1|1:7,91:98:46:.:.:2826,46,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1340:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1394:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1331:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1183:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,462:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1786:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1331:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1268:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1444:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,891:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:140,135:275:99:.:.:3632,0,3923:. 1|1:9,393:402:99:.:.:12435,881,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,119,1216:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1510:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1508:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1447:. 1|0:90,38:128:99:.:.:780,0,2609:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1518:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1167:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1601:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1613:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1637,153,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1432:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,366:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,552:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1500:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,799:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 220950 . A G 126872 PASS FS=0;MQ=59.95;QD=19.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.672;VQSLOD=5.13;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=-0.0007;NCC=0;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=119.94;GQ_STDDEV=76.61;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.119;culprit=FS;set=snp;DP=5729028;AF=0.009376;AS_InbreedingCoeff=-0.0323;MLEAC=48;MLEAF=0.009185;AN=858;AC=14 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1528:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1495:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2697,282,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,932:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1323:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1571:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:73:.:.:0,73,936:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1359:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:15,0:15:30:.:.:0,30,450:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1342:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1436:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1688:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1665:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1497:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1183:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1259:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1005:. 1|0:68,21:89:99:.:.:319,0,1784:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1454:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1223:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1263:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:95,0:95:34:.:.:0,34,2379:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1510:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1498:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:14,22:36:99:.:.:499,0,336:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1435:. 1|0:42,7:49:43:.:.:43,0,1159:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:.:.:924,102,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,941:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1161:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1281:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1379:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1105:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1368:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1419:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,982:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:179,0:179:58:.:.:0,58,4550:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1396:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1743:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1141:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1644:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1231:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1409:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1362:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:105,34:139:99:.:.:496,0,2791:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1195:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:34,12:46:99:.:.:195,0,902:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1132:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:122,21:143:99:.:.:135,0,3279:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1610:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1320:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1474:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:85:.:.:0,85,3091:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,44:67:99:.:.:1025,0,498:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1472:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1376:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1562:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1246:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1221:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1108:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1467:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1421:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:81:.:.:0,81,2516:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1531:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1022:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1339:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1444:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1318:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1295:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1125:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,962:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1160:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1319:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1480:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1234:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1192:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1464:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1481:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1156:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,850:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1278:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1657:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1422:. 1|0:58,38:96:99:.:.:970,0,1735:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1491:. 1|1:0,8:8:24:.:.:268,24,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1438:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1344:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1316:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1482:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1646:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1430:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1380:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1474:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1628:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,347:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:6 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1211:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:3 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:105 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:171,0:171:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:48 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:48 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1572:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:18 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:112 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:108 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:148,0:148:.:.:.:.:99 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1753:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:60 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1513:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:33 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:102 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:103 0|0:73,0:73:.:.:.:.:100 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1498:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:105 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:.:.:.:.:109 0|0:165,0:165:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:93 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1596:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:60 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1461:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1386:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1355:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1111:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1557:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:27,0:27:46:.:.:0,46,893:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,395:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1616:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1316:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1426:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1200:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1341:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1263:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1468:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1290:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1528:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1153:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1213:. Pf3D7_01_v3 226913 . C T 1.48801e+07 PASS FS=0;MQ=57.09;QD=33.97;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105400.1;SOR=0.669;VQSLOD=8.92;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.06;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=23.81;GQ_MEAN=142.49;GQ_STDDEV=167.41;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6374;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.195;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10613694;AF=0.729;AS_InbreedingCoeff=0.4581;MLEAC=3518;MLEAF=0.777;AN=746;AC=378 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:49,93:142:99:.:.:2590,0,973 1|1:1,143:144:99:1|1:226913_C_T:6380,424,0 0|1:80,27:107:99:.:.:565,0,1897 0|0:112,8:120:99:.:.:0,107,2728 1|0:183,0:183:.:.:.:. 0|1:20,102:122:99:.:.:2927,0,192 1|1:0,101:101:99:1|1:226913_C_T:4435,307,0 1|1:1,130:131:99:1|1:226913_C_T:5741,372,0 1|1:2,200:202:99:1|1:226913_C_T:8850,583,0 1|1:2,152:154:99:1|1:226913_C_T:6672,440,0 1|0:46,38:84:99:.:.:976,0,1087 0|0:134,0:134:.:.:.:. 0|1:34,89:123:99:.:.:2511,0,598 0|0:89,0:89:3:.:.:0,3,45 0|0:48,0:48:3:.:.:0,3,45 0|0:80,0:80:6:.:.:0,6,90 1|1:0,13:13:38:1|1:226913_C_T:531,38,0 1|1:0,59:59:99:1|1:226913_C_T:2549,177,0 1|1:0,59:59:99:1|1:226913_C_T:2617,180,0 0|0:48,0:48:3:.:.:0,3,45 1|0:10,45:55:99:.:.:1237,0,125 0|0:69,0:69:12:.:.:0,12,180 1|1:0,176:176:99:1|1:226913_C_T:7838,542,0 0|0:59,0:59:3:.:.:0,3,45 0|0:50,0:50:3:.:.:0,3,45 1|0:33,79:112:99:.:.:2965,0,552 1|1:0,14:14:45:1|1:226913_C_T:658,45,0 1|1:12,0:12:.:.:.:. 1|1:0,63:63:99:1|1:226913_C_T:2788,193,0 1|1:0,44:44:99:1|1:226913_C_T:2026,138,0 1|0:63,34:97:99:.:.:804,0,1429 1|1:6,86:92:99:.:.:2523,127,0 0|0:52,0:52:3:.:.:0,3,45 1|0:193,78:271:99:.:.:1587,0,4527 1|1:0,54:54:99:1|1:226913_C_T:2423,166,0 0|1:46,89:135:99:.:.:2313,0,896 1|1:0,79:79:99:1|1:226913_C_T:3535,246,0 0|1:7,50:57:24:.:.:1319,0,24 1|0:40,14:54:99:.:.:244,0,909 1|0:12,36:48:99:.:.:962,0,193 1|1:0,96:96:99:1|1:226913_C_T:4283,292,0 0|1:28,55:83:99:.:.:1412,0,530 0|0:83,0:83:3:.:.:0,3,45 1|0:81,102:183:99:.:.:2585,0,1635 0|0:205,0:205:3:.:.:0,3,45 0|1:75,21:96:99:.:.:267,0,1722 0|1:56,13:69:99:.:.:198,0,1289 1|1:0,35:35:99:1|1:226913_C_T:1509,105,0 1|0:11,69:80:70:.:.:1825,0,70 0|1:60,7:67:7:.:.:7,0,1472 0|0:105,0:105:6:.:.:0,6,90 1|1:0,24:24:72:1|1:226913_C_T:1023,72,0 0|1:112,0:112:.:.:.:. 0|0:163,0:163:96:.:.:0,96,1440 1|1:9,103:112:67:.:.:2860,67,0 0|0:60,4:64:68:.:.:0,68,1565 1|0:62,22:84:99:.:.:440,0,1444 0|0:48,0:48:3:.:.:0,3,45 1|0:65,11:76:99:.:.:113,0,1526 0|1:43,30:73:99:.:.:693,0,972 1|0:65,78:143:99:.:.:1932,0,1374 0|1:74,10:84:40:.:.:40,0,1774 1|0:79,39:118:99:.:.:831,0,1857 1|1:0,257:257:99:1|1:226913_C_T:11388,786,0 0|0:29,0:29:.:.:.:. 1|0:33,47:80:99:.:.:1164,0,677 1|0:44,55:99:99:.:.:1424,0,864 1|1:0,67:67:99:1|1:226913_C_T:2907,202,0 0|0:27,0:27:.:.:.:. 1|0:37,34:71:99:.:.:859,0,849 1|1:0,55:55:99:1|1:226913_C_T:2455,169,0 1|1:0,47:47:99:1|1:226913_C_T:2143,147,0 1|1:0,90:90:99:1|1:226913_C_T:3966,274,0 1|0:63,0:63:.:.:.:. 0|1:89,0:89:.:.:.:. 1|1:4,42:46:28:.:.:1188,28,0 1|1:0,161:161:99:1|1:226913_C_T:7190,494,0 0|1:71,12:83:99:.:.:133,0,1715 0|0:41,0:41:.:.:.:. 1|1:60,0:60:.:.:.:. 0|1:31,15:46:99:.:.:331,0,723 1|1:0,65:65:99:1|1:226913_C_T:2905,196,0 1|1:0,56:56:99:1|1:226913_C_T:2504,169,0 0|1:19,76:95:99:.:.:2063,0,213 1|1:66,0:66:.:.:.:. 0|0:113,0:113:6:.:.:0,6,90 1|1:0,122:122:99:1|1:226913_C_T:5409,373,0 1|1:68,0:68:.:.:.:. 1|1:0,115:115:99:1|1:226913_C_T:5144,349,0 1|1:0,136:136:99:1|1:226913_C_T:6122,424,0 1|1:2,76:78:99:.:.:2273,182,0 0|1:24,96:120:99:.:.:2605,0,304 1|1:0,128:128:99:1|1:226913_C_T:5670,391,0 0|1:68,22:90:99:.:.:379,0,1629 0|1:51,56:107:99:.:.:1363,0,1079 1|0:35,17:52:99:.:.:364,0,784 1|1:4,97:101:99:.:.:2940,210,0 1|1:0,133:133:99:1|1:226913_C_T:5756,405,0 0|0:131,0:131:9:.:.:0,9,135 0|0:199,0:199:6:.:.:0,6,90 1|0:24,190:214:24:.:.:5304,0,24 1|1:0,137:137:99:1|1:226913_C_T:6072,412,0 1|1:81,0:81:.:.:.:. 0|1:28,80:108:99:.:.:2093,0,457 0|1:75,60:135:99:.:.:1451,0,1604 1|1:5,220:225:99:.:.:6687,558,0 0|0:115,0:115:3:.:.:0,3,45 0|0:182,0:182:3:.:.:0,3,45 0|1:60,99:159:99:.:.:2642,0,1198 1|1:0,134:134:99:1|1:226913_C_T:5868,409,0 1|1:5,195:200:99:.:.:5832,464,0 1|1:0,161:161:99:1|1:226913_C_T:7073,485,0 0|0:182,0:182:9:.:.:0,9,135 0|0:215,0:215:6:.:.:0,6,90 1|1:0,141:141:99:1|1:226913_C_T:6369,433,0 0|0:186,0:186:9:.:.:0,9,135 0|0:167,0:167:3:.:.:0,3,45 1|1:4,201:205:99:.:.:6055,510,0 1|0:76,42:118:99:.:.:935,0,1756 0|1:69,174:243:99:.:.:4521,0,1190 0|1:92,28:120:99:.:.:512,0,2229 1|1:0,188:188:99:1|1:226913_C_T:8368,580,0 1|0:67,91:158:99:.:.:2372,0,1391 1|1:0,118:118:99:1|1:226913_C_T:5292,358,0 0|0:153,0:153:6:.:.:0,6,90 0|0:145,0:145:9:.:.:0,9,135 1|1:0,119:119:99:1|1:226913_C_T:5266,358,0 1|1:17,162:179:65:.:.:4487,65,0 0|1:46,89:135:99:.:.:2328,0,859 0|0:154,0:154:15:.:.:0,15,225 0|0:98,6:104:99:.:.:0,122,2540 1|1:0,118:118:99:1|1:226913_C_T:5232,358,0 1|0:20,70:90:99:.:.:1784,0,250 0|0:128,10:138:99:.:.:0,102,3203 1|1:0,174:174:99:1|1:226913_C_T:7801,538,0 1|1:11,102:113:50:.:.:2802,50,0 0|0:190,0:190:12:.:.:0,12,180 0|0:108,0:108:.:.:.:. 1|0:50,101:151:99:.:.:2653,0,904 1|0:44,114:158:99:.:.:2995,0,725 1|1:0,120:120:99:1|1:226913_C_T:5171,360,0 1|1:0,169:169:99:1|1:226913_C_T:7528,515,0 1|1:0,133:133:99:1|1:226913_C_T:5883,406,0 1|1:0,151:151:99:1|1:226913_C_T:6691,460,0 1|1:0,103:103:99:1|1:226913_C_T:4645,319,0 1|0:100,25:125:99:.:.:350,0,2415 1|1:1,173:174:99:1|1:226913_C_T:7464,497,0 0|0:212,0:212:.:.:.:. 1|1:0,125:125:99:1|1:226913_C_T:5535,376,0 0|1:9,54:63:39:.:.:1423,0,39 0|0:62,0:62:3:.:.:0,3,45 0|0:84,0:84:.:.:.:. 0|0:160,0:160:12:.:.:0,12,180 0|1:36,22:58:99:.:.:513,0,773 1|1:0,118:118:99:1|1:226913_C_T:5188,370,0 1|1:0,100:100:99:1|1:226913_C_T:4414,304,0 0|0:59,0:59:6:.:.:0,6,90 1|1:0,155:155:99:1|1:226913_C_T:6906,475,0 1|1:0,101:101:99:1|1:226913_C_T:4491,310,0 0|0:105,0:105:6:.:.:0,6,90 0|1:84,34:118:99:.:.:711,0,1975 0|0:89,0:89:9:.:.:0,9,135 1|0:62,64:126:99:.:.:1723,0,1344 1|1:7,91:98:99:.:.:2546,100,0 1|1:14,145:159:81:.:.:4183,81,0 1|0:79,81:160:99:.:.:2155,0,1659 0|0:167,0:167:12:.:.:0,12,180 0|0:152,0:152:3:.:.:0,3,45 0|1:11,0:11:.:.:.:. 1|1:0,81:81:99:1|1:226913_C_T:3578,244,0 0|0:157,0:157:6:.:.:0,6,90 1|1:0,66:66:99:1|1:226913_C_T:2890,201,0 1|1:0,65:65:99:1|1:226913_C_T:2877,196,0 1|0:31,43:74:99:.:.:1102,0,630 1|1:0,109:109:99:1|1:226913_C_T:4812,331,0 1|0:56,89:145:99:.:.:2321,0,1124 0|0:94,0:94:.:.:.:. 0|0:144,0:144:3:.:.:0,3,45 0|0:128,0:128:3:.:.:0,3,45 0|1:36,52:88:99:.:.:1350,0,735 1|1:0,65:65:99:1|1:226913_C_T:2843,196,0 0|0:129,0:129:.:.:.:. 1|0:21,82:103:99:.:.:2230,0,285 0|1:125,37:162:99:.:.:655,0,2999 1|0:19,74:93:99:.:.:1989,0,240 1|1:0,110:110:99:1|1:226913_C_T:4932,331,0 1|1:0,77:77:99:1|1:226913_C_T:3383,235,0 0|0:213,0:213:12:.:.:0,12,180 1|1:0,162:162:99:1|1:226913_C_T:7108,488,0 1|1:0,133:133:99:1|1:226913_C_T:5900,403,0 1|1:0,112:112:99:1|1:226913_C_T:4928,337,0 1|1:227,0:227:.:.:.:. 0|0:83,0:83:3:.:.:0,3,45 0|0:95,7:102:81:.:.:0,81,2450 1|1:0,198:198:99:1|1:226913_C_T:8853,608,0 0|1:45,43:88:99:.:.:1107,0,1005 1|1:0,59:59:99:1|1:226913_C_T:2655,181,0 0|0:83,0:83:3:.:.:0,3,45 1|1:3,85:88:99:.:.:2516,181,0 0|1:25,191:216:0:.:.:5114,0,0 1|1:0,115:115:99:1|1:226913_C_T:5115,352,0 1|1:10,145:155:99:.:.:4128,180,0 1|1:0,113:115:99:.:.:5200,366,0 1|0:28,102:130:99:.:.:2775,0,367 1|0:86,27:113:99:.:.:508,0,1976 0|1:19,62:81:99:.:.:1612,0,257 1|1:63,0:63:.:.:.:. 0|1:23,34:57:99:.:.:910,0,459 0|1:61,20:81:99:.:.:372,0,1406 1|0:30,50:80:99:.:.:1302,0,612 0|0:130,12:142:35:.:.:0,35,3152 1|1:0,102:102:99:1|1:226913_C_T:4614,313,0 0|0:177,0:177:15:.:.:0,15,225 0|1:35,124:159:99:.:.:3262,0,464 1|1:0,94:94:99:1|1:226913_C_T:4187,286,0 0|0:59,0:59:6:.:.:0,6,90 0|1:130,44:174:99:.:.:802,0,2937 0|0:95,0:95:9:.:.:0,9,135 1|0:20,50:70:99:.:.:1309,0,342 0|0:57,0:57:6:.:.:0,6,90 1|0:35,20:55:99:.:.:464,0,777 0|1:89,20:109:99:.:.:290,0,2108 0|0:48,0:48:6:.:.:0,6,90 1|1:0,68:68:99:1|1:226913_C_T:3025,205,0 0|1:52,15:67:99:.:.:265,0,1166 0|0:64,0:64:.:.:.:. 1|1:0,80:80:99:1|1:226913_C_T:3529,241,0 0|1:11,88:99:4:.:.:2448,0,4 1|1:181,0:181:.:.:.:. 0|0:87,0:87:.:.:.:. 1|1:0,109:109:99:1|1:226913_C_T:4808,334,0 0|0:61,0:61:6:.:.:0,6,90 0|0:160,0:160:15:.:.:0,15,225 0|0:62,0:62:6:.:.:0,6,90 1|0:12,85:97:46:.:.:2385,0,46 0|0:96,0:96:3:.:.:0,3,45 0|0:44,0:44:3:.:.:0,3,45 1|1:2,67:69:99:.:.:2008,157,0 1|0:153,22:175:99:.:.:157,0,3637 1|1:88,0:88:.:.:.:. 1|0:11,2:13:22:.:.:22,0,274 1|0:27,114:143:99:.:.:3155,0,308 1|0:28,68:96:99:.:.:1812,0,493 1|1:0,124:124:99:1|1:226913_C_T:5550,379,0 1|0:9,63:72:15:.:.:1765,0,15 1|1:121,0:121:.:.:.:. 0|1:84,39:123:99:.:.:798,0,1926 0|0:178,0:178:15:.:.:0,15,225 0|1:33,16:49:99:.:.:361,0,778 0|1:24,0:24:.:.:.:. 1|1:79,0:79:.:.:.:. 1|1:9,185:194:99:.:.:6184,344,0 0|1:78,35:113:99:.:.:764,0,1782 0|0:165,0:165:9:.:.:0,9,135 0|1:26,0:26:.:.:.:. 0|0:49,0:49:.:.:.:. 0|1:27,102:129:99:.:.:2747,0,347 1|0:67,28:95:99:.:.:572,0,1598 0|0:57,0:57:3:.:.:0,3,45 0|0:89,0:89:3:.:.:0,3,45 0|0:87,0:87:6:.:.:0,6,90 1|0:12,5:17:99:.:.:106,0,275 0|1:24,22:46:99:.:.:542,0,528 1|1:0,24:24:72:1|1:226913_C_T:1080,72,0 0|0:121,0:121:3:.:.:0,3,45 1|1:0,20:20:63:1|1:226913_C_T:928,63,0 0|0:110,0:110:3:.:.:0,3,45 0|0:89,0:89:.:.:.:0,0,0 1|1:125,0:125:.:.:.:0,0,0 1|0:86,0:86:.:.:.:0,0,0 0|0:123,0:123:6:.:.:0,6,90 1|0:13,118:131:62:.:.:4337,0,62 0|0:122,0:122:6:.:.:0,6,90 0|0:106,0:106:6:.:.:0,6,90 1|0:93,46:139:99:.:.:1261,0,2795 1|1:0,102:102:99:1|1:226913_C_T:4582,313,0 0|1:47,83:130:99:.:.:2602,0,1214 1|1:11,0:11:.:.:.:0,0,0 1|1:0,83:83:99:1|1:226913_C_T:3679,250,0 1|1:1,120:121:99:1|1:226913_C_T:5393,344,0 1|1:0,138:138:99:1|1:226913_C_T:6153,421,0 0|0:140,0:140:15:.:.:0,15,225 1|1:114,0:114:.:.:.:0,0,0 1|1:166,0:166:.:.:.:0,0,0 0|0:99,0:99:3:.:.:0,3,45 1|1:0,110:110:99:1|1:226913_C_T:4916,331,0 1|1:0,137:137:99:1|1:226913_C_T:6100,412,0 1|1:0,81:81:99:1|1:226913_C_T:3622,244,0 0|0:121,0:121:3:.:.:0,3,45 1|1:0,151:151:99:1|1:226913_C_T:6785,461,0 0|0:123,0:123:3:.:.:0,3,45 0|0:49,0:49:.:.:.:0,0,0 1|1:61,0:61:.:.:.:0,0,0 0|0:119,0:119:.:.:.:0,0,0 1|1:0,21:21:63:1|1:226913_C_T:945,63,0 0|0:58,0:58:3:.:.:0,3,45 1|1:0,83:83:99:1|1:226913_C_T:3688,250,0 0|0:100,0:100:3:.:.:0,3,45 0|0:133,0:133:12:.:.:0,12,180 1|1:0,118:118:99:1|1:226913_C_T:5207,355,0 1|1:59,0:59:.:.:.:0,0,0 0|0:112,0:112:3:.:.:0,3,45 1|1:131,0:131:.:.:.:0,0,0 1|1:0,130:130:99:1|1:226913_C_T:5796,391,0 0|0:392,0:392:15:.:.:0,15,225 1|1:0,453:453:99:1|1:226913_C_T:20255,1379,0 0|0:394,0:394:15:.:.:0,15,225 1|0:38,0:38:.:.:.:0,0,0 1|1:22,0:22:.:.:.:0,0,0 0|0:76,0:76:18:.:.:0,18,270 0|1:83,14:97:99:.:.:184,0,2414 1|1:0,151:151:99:1|1:226913_C_T:6725,460,0 1|1:3,205:208:99:.:.:6997,523,0 1|1:0,234:234:99:1|1:226913_C_T:10353,704,0 1|0:54,73:127:99:.:.:2041,0,1384 0|0:201,0:201:3:.:.:0,3,45 1|1:0,204:204:99:1|1:226913_C_T:9128,623,0 0|0:295,0:295:33:.:.:0,33,495 0|0:247,0:247:6:.:.:0,6,90 0|0:269,0:269:72:.:.:0,72,1080 0|0:140,0:140:12:.:.:0,12,180 0|0:60,0:60:6:.:.:0,6,90 1|1:0,187:187:99:1|1:226913_C_T:8280,563,0 1|1:0,60:60:99:1|1:226913_C_T:2610,180,0 0|0:210,0:210:9:.:.:0,9,135 0|0:164,0:164:6:.:.:0,6,90 0|0:158,0:158:6:.:.:0,6,90 0|0:196,0:196:6:.:.:0,6,90 0|1:32,154:186:99:.:.:4758,0,509 1|1:0,189:189:99:1|1:226913_C_T:8424,572,0 1|1:0,189:189:99:1|1:226913_C_T:8453,578,0 0|0:187,0:187:12:.:.:0,12,180 0|0:188,0:188:9:.:.:0,9,135 0|0:234,0:234:45:.:.:0,45,675 1|1:0,73:73:99:1|1:226913_C_T:3220,220,0 0|1:73,99:172:99:.:.:2773,0,1790 0|1:27,9:36:99:.:.:218,0,699 0|0:211,0:211:9:.:.:0,9,135 0|0:223,0:223:3:.:.:0,3,45 0|0:172,0:172:.:.:.:0,0,0 1|1:0,244:244:99:1|1:226913_C_T:10970,747,0 1|1:0,221:221:99:1|1:226913_C_T:9879,677,0 0|0:229,0:229:6:.:.:0,6,90 0|0:173,0:173:9:.:.:0,9,135 0|0:88,7:95:38:.:.:0,38,2308 0|0:216,0:216:12:.:.:0,12,180 0|0:221,0:221:15:.:.:0,15,225 0|0:208,0:208:12:.:.:0,12,180 0|0:51,0:51:3:.:.:0,3,45 0|0:194,0:194:6:.:.:0,6,90 0|0:37,0:37:3:.:.:0,3,45 0|0:184,0:184:12:.:.:0,12,180 0|0:280,0:280:75:.:.:0,75,1125 0|0:143,0:143:3:.:.:0,3,45 0|0:285,0:285:57:.:.:0,57,855 0|1:137,33:170:99:.:.:605,0,3940 1|1:9,187:196:99:.:.:5962,349,0 0|1:180,20:200:43:.:.:43,0,5211 1|1:4,170:174:99:.:.:5765,388,0 1|0:26,55:81:99:.:.:1582,0,554 0|1:134,61:195:99:.:.:1593,0,3668 1|1:103,0:103:.:.:.:0,0,0 0|0:133,0:133:6:.:.:0,6,90 1|1:2,19:21:4:.:.:571,4,0 0|0:217,0:217:6:.:.:0,6,90 0|0:285,0:285:48:.:.:0,48,720 0|0:230,0:230:6:.:.:0,6,90 0|0:158,0:158:15:.:.:0,15,225 0|0:273,0:273:24:.:.:0,24,360 0|0:76,3:79:99:.:.:0,127,2294 0|0:181,0:181:3:.:.:0,3,45 0|0:159,0:159:3:.:.:0,3,45 0|0:232,0:232:60:.:.:0,60,900 1|0:129,0:129:.:.:.:0,0,0 0|0:269,0:269:81:.:.:0,81,1215 0|0:353,0:353:3:.:.:0,3,45 0|0:360,0:360:6:.:.:0,6,90 0|0:61,0:61:3:.:.:0,3,45 0|0:249,0:249:6:.:.:0,6,90 0|0:188,0:188:21:.:.:0,21,315 0|0:158,0:158:.:.:.:0,0,0 0|0:202,0:202:36:.:.:0,36,540 0|0:56,0:56:3:.:.:0,3,45 1|0:41,21:62:99:.:.:567,0,1166 1|1:0,74:74:99:1|1:226913_C_T:3211,223,0 1|1:0,144:144:99:1|1:226913_C_T:6383,436,0 1|0:24,93:117:99:.:.:2893,0,420 1|0:29,58:87:99:.:.:1726,0,671 1|1:0,108:108:99:1|1:226913_C_T:4842,328,0 0|0:146,0:146:.:.:.:0,0,0 0|0:157,0:157:.:.:.:0,0,0 0|0:122,0:122:6:.:.:0,6,90 0|0:34,0:34:15:.:.:0,15,225 0|0:28,0:28:9:.:.:0,9,135 1|1:0,122:122:99:1|1:226913_C_T:5425,367,0 1|1:0,111:111:99:1|1:226913_C_T:4948,340,0 1|1:0,144:144:99:1|1:226913_C_T:6391,433,0 1|1:0,87:87:99:1|1:226913_C_T:3807,262,0 0|0:179,0:179:12:.:.:0,12,180 1|1:0,172:172:99:1|1:226913_C_T:7695,524,0 1|1:0,171:171:99:1|1:226913_C_T:7657,521,0 1|1:40,0:40:.:.:.:0,0,0 1|1:93,0:93:.:.:.:0,0,0 1|1:0,43:43:99:1|1:226913_C_T:1895,129,0 0|0:36,0:36:.:.:.:0,0,0 1|1:0,11:11:33:1|1:226913_C_T:483,33,0 0|0:188,0:188:.:.:.:0,0,0 0|0:187,0:187:3:.:.:0,3,45 0|0:175,0:175:.:.:.:0,0,0 1|1:0,14:14:42:1|1:226913_C_T:597,42,0 1|1:0,127:127:99:1|1:226913_C_T:5650,385,0 0|0:152,0:152:.:.:.:0,0,0 1|1:0,96:96:99:1|1:226913_C_T:4241,289,0 0|0:146,0:146:12:.:.:0,12,180 0|0:136,0:136:3:.:.:0,3,45 1|1:0,113:113:99:1|1:226913_C_T:4991,340,0 1|1:0,110:110:99:1|1:226913_C_T:4862,331,0 0|1:14,134:148:35:.:.:4220,0,35 1|1:0,124:124:99:1|1:226913_C_T:5529,376,0 1|1:0,346:346:99:1|1:226913_C_T:15409,1045,0 0|0:73,0:73:.:.:.:0,0,0 0|0:245,0:245:3:.:.:0,3,45 1|1:0,497:497:99:1|1:226913_C_T:22273,1520,0 1|0:76,40:116:99:.:.:1032,0,2113 1|1:0,183:183:99:1|1:226913_C_T:8143,559,0 1|1:0,40:40:99:1|1:226913_C_T:1791,120,0 1|1:0,19:19:57:1|1:226913_C_T:833,57,0 0|0:251,0:251:24:.:.:0,24,360 0|0:111,0:111:6:.:.:0,6,90 Pf3D7_01_v3 227401 . T C 829662 PASS FS=0.61;MQ=61.6;QD=23.99;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.633;VQSLOD=5.49;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1932;FractionInformativeReads=0.995;GC=14.29;GQ_MEAN=48.63;GQ_STDDEV=57.03;HRun=0;InbreedingCoeff=0.3173;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.261;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=4611618;AF=0.169;AS_InbreedingCoeff=-0.1739;MLEAC=947;MLEAF=0.187;AN=846;AC=134 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:46,10:56:99:.:.:106,0,1280:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:32,23:55:99:.:.:482,0,823:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:64,13:77:99:.:.:117,0,1748:. 0|0:60,0:60:47:.:.:0,47,1560:. 0|0:54,0:54:87:.:.:0,87,1477:. 0|0:62,0:62:90:.:.:0,90,1592:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,2178:. 0|0:96,0:96:11:.:.:0,11,2206:. 1|0:30,9:39:99:.:.:142,0,839:. 0|0:70,0:70:92:.:.:0,92,1809:. 0|0:84,0:84:49:.:.:0,49,2111:. 1|0:20,5:25:32:.:.:32,0,565:. 0|0:25,0:25:24:.:.:0,24,577:. 0|0:51,0:51:65:.:.:0,65,1262:. 0|0:11,0:11:17:.:.:0,17,263:. 0|0:33,0:33:29:.:.:0,29,850:. 1|1:0,13:13:39:.:.:356,39,0:. 0|0:23,0:23:38:.:.:0,38,562:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:42:.:.:0,42,1105:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:49:.:.:0,49,610:. 0|0:39,0:39:24:.:.:0,24,934:. 0|0:69,0:69:96:.:.:0,96,1681:. 0|0:17,0:17:34:.:.:0,34,454:. 0|0:6,0:6:1:.:.:0,1,119:. 0|0:40,0:40:49:.:.:0,49,1042:. 1|1:0,26:26:78:.:.:704,78,0:. 0|0:55,0:55:35:.:.:0,35,1335:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,5:31:42:.:.:42,0,709:. 0|1:36,71:107:99:.:.:1506,0,1283:. 0|0:41,0:41:49:.:.:0,49,1042:. 0|1:55,26:81:99:.:.:451,0,1396:. 0|0:41,0:41:42:.:.:0,42,1023:. 0|0:34,0:34:70:.:.:0,70,921:. 0|0:35,0:35:23:.:.:0,23,796:. 0|1:9,16:25:99:.:.:311,0,185:. 0|0:43,0:43:10:.:.:0,10,1047:. 0|1:7,25:32:99:.:.:509,0,122:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1257:. 1|0:17,23:40:99:.:.:507,0,376:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1347,159,0:. 0|0:66,0:66:67:.:.:0,67,1614:. 0|0:28,0:28:14:.:.:0,14,611:. 1|1:0,10:10:29:.:.:249,29,0:. 0|0:39,0:39:46:.:.:0,46,975:. 0|0:50,0:50:18:.:.:0,18,1132:. 1|1:0,28:28:83:.:.:711,83,0:. 0|1:5,4:9:62:.:.:62,0,120:. 1|1:2,29:31:48:.:.:627,48,0:. 0|0:126,0:126:24:.:.:0,24,2892:. 0|0:61,0:61:25:.:.:0,25,1453:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,924:. 1|0:19,3:22:14:.:.:14,0,499:. 0|0:43,0:43:57:.:.:0,57,1051:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1235:. 0|0:53,0:53:50:.:.:0,50,1232:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:30,0:30:33:.:.:0,33,692:. 0|0:62,0:62:73:.:.:0,73,1424:. 0|0:114,0:114:40:.:.:0,40,2586:. 0|0:15,0:15:21:.:.:0,21,360:. 1|0:22,6:28:84:.:.:84,0,570:. 0|0:47,0:47:43:.:.:0,43,1204:. 0|0:56,0:56:57:.:.:0,57,1373:. 0|0:22,0:22:43:.:.:0,43,537:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1297:. 0|0:42,0:42:78:.:.:0,78,1097:. 0|1:6,7:13:99:.:.:122,0,142:. 0|0:57,0:57:95:.:.:0,95,1487:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,968:. 0|0:41,5:46:21:.:.:0,21,1149:. 0|0:34,0:34:1:.:.:0,1,758:. 0|0:72,0:72:26:.:.:0,26,1621:. 0|1:6,21:27:99:.:.:445,0,112:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 1|0:9,6:15:86:.:.:86,0,206:. 1|0:4,10:14:57:.:.:181,0,57:. 0|0:26,0:26:36:.:.:0,36,687:. 0|1:14,11:25:99:.:.:232,0,353:. 0|0:37,0:37:53:.:.:0,53,940:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1028:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,490:. 0|0:46,0:46:32:.:.:0,32,1064:. 1|0:23,5:28:54:.:.:54,0,625:. 0|0:72,0:72:49:.:.:0,49,1578:. 0|0:59,0:59:84:.:.:0,84,1416:. 1|0:4,10:14:81:.:.:207,0,81:. 0|1:6,43:49:42:.:.:1031,0,42:. 0|0:92,0:92:82:.:.:0,82,2194:. 0|0:56,0:56:31:.:.:0,31,1321:. 0|0:20,3:23:5:.:.:0,5,536:. 0|1:10,3:13:43:.:.:43,0,243:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:6,43:49:17:.:.:923,0,17:. 0|0:35,3:38:49:.:.:0,49,964:. 0|0:45,3:48:77:.:.:0,77,1247:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1092,129,0:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1479:. 0|0:53,2:55:99:.:.:0,103,1403:. 1|0:27,16:43:99:.:.:255,0,622:. 0|0:124,0:124:0:.:.:0,0,2718:. 0|0:56,0:56:58:.:.:0,58,1323:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:78:.:.:0,78,2319:. 0|0:68,0:68:66:.:.:0,66,1732:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:90:.:.:732,90,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1194:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2277,272,0:. 0|0:48,0:48:62:.:.:0,62,1212:. 0|0:84,0:84:60:.:.:0,60,2050:. 0|0:35,3:38:28:.:.:0,28,919:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:10,15:25:99:.:.:284,0,245:. 1|1:6,60:66:29:.:.:1379,29,0:. 0|0:76,0:76:26:.:.:0,26,1759:. 0|0:58,0:58:16:.:.:0,16,1273:. 0|0:79,0:79:68:.:.:0,68,1906:. 0|0:76,0:76:80:.:.:0,80,1860:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1666:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:89:.:.:0,89,1164:. 0|0:53,0:53:22:.:.:0,22,1206:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1137:. 0|0:53,0:53:41:.:.:0,41,1258:. 0|0:54,0:54:6:.:.:0,6,1200:. 0|1:6,27:33:52:.:.:512,0,52:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,46:49:54:.:.:1041,54,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:20:.:.:0,20,1070:. 0|0:64,0:64:18:.:.:0,18,1494:. 0|0:79,0:79:57:.:.:0,57,1814:. 0|0:63,0:63:85:.:.:0,85,1622:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1442:. 0|0:74,0:74:34:.:.:0,34,1731:. 0|0:51,0:51:90:.:.:0,90,1300:. 0|0:59,0:59:81:.:.:0,81,1510:. 0|0:81,0:81:86:.:.:0,86,2002:. 0|0:73,0:73:81:.:.:0,81,1894:. 0|0:55,0:55:64:.:.:0,64,1315:. 0|1:2,19:21:1:.:.:410,0,1:. 0|0:34,0:34:29:.:.:0,29,777:. 0|0:37,0:37:36:.:.:0,36,938:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:9,7:16:99:.:.:124,0,243:. 0|0:57,0:57:21:.:.:0,21,1285:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1583:. 0|0:41,0:41:44:.:.:0,44,963:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1158:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:14,24:38:99:.:.:526,0,307:. 0|0:58,0:58:69:.:.:0,69,1452:. 0|0:43,3:46:54:.:.:0,54,1381:. 0|0:69,0:69:56:.:.:0,56,1559:. 0|0:38,3:41:35:.:.:0,35,1028:. 0|0:77,0:77:12:.:.:0,12,1731:. 0|0:111,0:111:80:.:.:0,80,2591:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,34:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1390:. 0|0:118,0:118:93:.:.:0,93,2714:. 0|0:35,0:35:12:.:.:0,12,832:. 0|0:43,0:43:98:.:.:0,98,1197:. 1|0:20,10:30:99:.:.:136,0,523:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:92,0:92:0:.:.:0,0,1708:. 0|0:41,0:41:12:.:.:0,12,946:. 0|1:30,15:45:99:.:.:283,0,805:. 0|0:51,0:51:71:.:.:0,71,1298:. 0|0:37,2:39:62:.:.:0,62,1084:. 0|0:35,0:35:29:.:.:0,29,892:. 0|0:53,0:53:31:.:.:0,31,1204:. 1|0:28,11:39:99:.:.:173,0,745:. 0|0:113,0:113:51:.:.:0,51,2584:. 0|0:41,2:43:73:.:.:0,73,1143:. 1|1:0,29:29:83:.:.:644,83,0:. 0|0:36,0:36:29:.:.:0,29,823:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,1789:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1593:. 1|1:1,55:56:99:.:.:1405,156,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:62,0:62:37:.:.:0,37,1446:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1620:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2062,243,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1568:. 1|1:0,37:37:99:.:.:953,110,0:. 0|0:43,0:43:63:.:.:0,63,1094:. 0|0:43,0:43:71:.:.:0,71,1068:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:38,11:49:99:.:.:120,0,974:. 0|0:72,0:72:41:.:.:0,41,1704:. 0|0:67,0:67:67:.:.:0,67,1649:. 0|1:41,11:52:94:.:.:94,0,1071:. 0|0:53,0:53:3:.:.:0,3,1143:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,809:. 0|0:41,0:41:30:.:.:0,30,972:. 0|0:40,0:40:9:.:.:0,9,913:. 0|0:68,0:68:46:.:.:0,46,1590:. 0|1:15,11:26:99:.:.:203,0,387:. 1|1:1,40:41:99:.:.:1021,111,0:. 1|0:20,3:23:16:.:.:16,0,546:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2055,239,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1501:. 0|0:43,0:43:38:.:.:0,38,1007:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:42,0:42:81:.:.:0,81,1105:. 0|0:38,0:38:33:.:.:0,33,907:. 0|0:42,0:42:64:.:.:0,64,1008:. 0|1:8,11:19:99:.:.:234,0,193:. 1|0:34,17:51:99:.:.:261,0,921:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1059:. 0|0:44,0:44:87:.:.:0,87,1152:. 0|1:10,8:18:99:.:.:108,0,252:. 0|0:50,0:50:72:.:.:0,72,1222:. 0|0:46,0:46:76:.:.:0,76,1166:. 0|1:28,7:35:79:.:.:79,0,743:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1088:. 0|0:51,0:51:8:.:.:0,8,1194:. 0|0:39,0:39:52:.:.:0,52,955:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:33,0:33:53:.:.:0,53,855:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1457:. 0|0:58,0:58:30:.:.:0,30,1308:. 0|0:35,0:35:13:.:.:0,13,761:. 0|0:43,0:43:82:.:.:0,82,1059:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1190,129,0:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:48,2:50:97:.:.:0,97,1377:. 0|0:83,0:83:14:.:.:0,14,1886:. 0|1:16,10:26:99:.:.:150,0,375:. 1|0:31,13:44:99:.:.:170,0,783:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:17,25:42:99:.:.:453,0,354:. 1|1:5,49:54:31:.:.:1047,31,0:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,512:. 0|0:30,0:30:73:.:.:0,73,802:. 0|0:50,0:50:90:.:.:0,90,1325:. 0|0:186,0:186:0:.:.:0,0,3924:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1607:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,156:. 0|0:19,0:19:29:.:.:0,29,470:. 1|0:53,9:62:37:.:.:37,0,1412:. 0|0:72,0:72:67:.:.:0,67,1689:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1066,117,0:. 0|1:23,9:32:99:.:.:138,0,613:. 1|1:2,35:37:51:.:.:758,51,0:. 1|0:4,1:5:14:.:.:14,0,114:. 0|0:25,0:25:28:.:.:0,28,603:. 0|0:32,0:32:18:.:.:0,18,663:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,6:8:32:.:.:146,0,32:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,1047:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,558:. 0|0:46,0:46:71:.:.:0,71,1275:. 0|0:33,0:33:17:.:.:0,17,814:. 0|0:39,0:39:3:.:.:0,3,1015:. 0|0:33,0:33:23:.:.:0,23,918:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1605:. 0|0:25,0:25:42:.:.:0,42,725:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,720:. 0|0:38,0:38:1:.:.:0,1,997:. 0|0:30,0:30:4:.:.:0,4,781:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,87:. 0|0:25,0:25:45:.:.:0,45,804:. 0|0:52,0:52:97:.:.:0,97,1533:. 0|0:36,0:36:74:.:.:0,74,1134:. 0|0:23,0:23:36:.:.:0,36,617:. 0|0:40,0:40:26:.:.:0,26,1094:. 0|0:33,0:33:47:.:.:0,47,968:. 0|0:30,0:30:63:.:.:0,63,945:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,905:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:25,0:25:8:.:.:0,8,621:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1325:. 0|0:35,0:35:52:.:.:0,52,1004:. 0|0:39,0:39:28:.:.:0,28,1094:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,258:. 0|0:12,0:12:1:.:.:0,1,322:. 1|1:0,31:31:92:.:.:962,92,0:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0|0:16,0:16:16:.:.:0,16,417:. 0|0:33,0:33:54:.:.:0,54,810:. 1|1:1,26:27:76:.:.:853,76,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:345,30,0:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:15,0:15:9:.:.:0,9,354:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:34,0:34:16:.:.:0,16,924:. 0|0:42,0:42:62:.:.:0,62,1235:. 0|0:55,0:55:74:.:.:0,74,1609:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,3:7:83:.:.:83,0,123:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,180:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,875:. 1|1:0,17:17:51:.:.:543,51,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:32:.:.:0,32,1111:. 0|1:29,21:50:99:.:.:567,0,814:. 0|0:56,0:56:93:.:.:0,93,1708:. 0|0:118,0:118:98:.:.:0,98,3099:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,45:106:99:.:.:1122,0,1832:. 1|1:0,31:31:91:.:.:884,91,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:74:.:.:806,74,0:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,889:. 1|1:0,19:19:56:.:.:561,56,0:. 1|1:3,81:84:99:.:.:2344,151,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1589,156,0:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2566,209,0:. 0|1:10,37:47:99:.:.:1058,0,175:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,50:66:99:.:.:1350,0,546:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1693:. 0|0:63,0:63:91:.:.:0,91,1857:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,697:. 0|0:38,2:40:60:.:.:0,60,1592:. 1|0:6,12:18:99:.:.:287,0,153:. 0|1:2,7:9:3:.:.:218,0,3:. 0|0:60,2:62:99:.:.:0,115,1882:. 0|0:89,0:89:54:.:.:0,54,2257:. 0|0:36,0:36:92:.:.:0,92,1178:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,5:63:20:.:.:0,20,2484:. 0|0:47,0:47:31:.:.:0,31,1305:. 0|0:14,0:14:5:.:.:0,5,287:. 0|0:23,2:25:3:.:.:0,3,689:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,2:56:98:.:.:0,98,1781:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,279:. 0|0:80,0:80:16:.:.:0,16,2070:. 0|0:10,0:10:10:.:.:0,10,233:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:4:.:.:0,4,1242:. 0|0:47,0:47:58:.:.:0,58,1311:. 0|0:64,0:64:66:.:.:0,66,1456:. 0|0:71,4:75:99:.:.:0,121,2339:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:67,0:67:32:.:.:0,32,1780:. 0|0:71,0:71:97:.:.:0,97,1944:. 0|0:25,0:25:22:.:.:0,22,597:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,14:21:99:.:.:403,0,146:. 0|0:48,0:48:48:.:.:0,48,1338:. 0|0:9,0:9:6:.:.:0,6,90:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:29:.:.:0,29,1111:. 1|1:3,68:71:99:.:.:2088,128,0:. 0|1:4,17:21:76:.:.:460,0,76:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,825:. 0|0:40,0:40:62:.:.:0,62,1094:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:47,0:47:19:.:.:0,19,1039:. 0|0:62,0:62:32:.:.:0,32,1682:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,805:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:18,0:18:10:.:.:0,10,479:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1938:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1398:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,916:. 1|1:0,16:16:48:.:.:499,48,0:. 0|0:17,0:17:9:.:.:0,9,438:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:14:.:.:0,14,390:. 0|0:22,0:22:17:.:.:0,17,628:. 0|1:10,5:15:99:.:.:127,0,291:. 0|0:35,0:35:63:.:.:0,63,983:. 0|0:37,0:37:66:.:.:0,66,990:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:44:.:.:0,44,1687:. 1|1:0,5:5:14:.:.:111,14,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,242:. 0|0:38,0:38:48:.:.:0,48,1134:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:56,0:56:47:.:.:0,47,1587:. 1|1:0,7:7:20:.:.:191,20,0:. 0|0:38,0:38:64:.:.:0,64,1178:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,25:25:74:.:.:777,74,0:. 0|0:18,0:18:36:.:.:0,36,538:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,5:5:15:.:.:137,15,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,141:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,97:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:36,0:36:54:.:.:0,54,992:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:38,0:38:7:.:.:0,7,910:. 0|0:52,0:52:97:.:.:0,97,1646:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:32,0:32:62:.:.:0,62,975:. 0|0:30,0:30:71:.:.:0,71,891:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:27:.:.:0,27,692:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:37:.:.:0,37,1387:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,321:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1383:. 1|1:0,16:16:48:.:.:500,48,0:. Pf3D7_01_v3 231000 . A G 128187 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=18.89;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D988;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaT/gaC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105600.1;SOR=0.669;VQSLOD=4.97;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=-0.0009;NCC=0;BaseQRankSum=-8.513;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=781;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.35;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;GQ_STDDEV=157.83;culprit=FS;set=snp;DP=7404283;AF=0.005133;MLEAC=27;MLEAF=0.005133;AS_InbreedingCoeff=0.3067;AN=858;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,119,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,110,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,109,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,117,1791:. 0|0:43,0:43:99:0,107,1279:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1512:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1192:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1754:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1249:. 0|0:31,0:31:63:0,63,891:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1158:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1191:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1204:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1554:. 0|0:33,0:33:99:0,99,994:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1205:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1206:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:39:0,39,585:. 0|0:11,0:11:33:0,33,344:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1232:. 0|0:48,0:48:99:0,107,1246:. 0|0:79,0:79:99:0,107,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,111,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,107,1228:. 0|0:272,0:272:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1427:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,103,1519:. 0|0:38,0:38:99:0,104,1045:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1090:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1388:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,100,1545:. 0|0:85,0:85:99:0,114,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:93:860,93,0:. 0|0:46,0:46:99:0,109,1282:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1627:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1489:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:0:0,0,2032:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1318:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1098:. 0|0:111,0:111:0:0,0,2635:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,111,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1346:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1004:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1132:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,101,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,114,1679:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1132:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|1:65,15:80:99:185,0,1763:. 0|0:39,0:39:99:0,104,1005:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1252:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1174:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1282:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1211:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1349:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,116,1410:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,110,1283:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1291:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1508:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1596:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1221:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,117,1702:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1548:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,111,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,108,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,112,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,110,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1319:. 0|0:90,0:90:99:0,118,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,114,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1045:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1135:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1331:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1415:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1609:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1538:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,113,1392:. 0|0:44,0:44:99:0,119,1333:. 0|0:34,0:34:99:0,102,982:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1800:. 1|1:3,197:200:99:5164,512,0:. 0|0:48,0:48:99:0,112,1219:. 0|0:59,0:59:99:0,115,1762:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1561:. 0|0:44,0:44:99:0,112,1140:. 0|0:133,0:133:99:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,101,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,113,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,119,1768:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:0,27,276:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1142:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1221:. 0|0:74,0:74:99:0,113,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1307:. 0|0:72,0:72:99:0,109,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1058:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,107,1238:. 0|0:73,0:73:99:0,110,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1113:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,104,1646:. 0|0:110,0:110:99:0,111,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,116,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1227:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1469:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,103,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1136:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1094:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1147:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,109,1021:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1149:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1026:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1125:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1559:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1056:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1167:. 0|0:47,0:47:99:0,116,1259:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1670:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1013:. 0|0:51,0:51:99:0,115,1523:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1074:. 0|0:68,0:68:99:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1259:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1086:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1428:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:60,0:60:99:0,119,1631:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1026:. 0|0:64,0:64:99:0,119,1739:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1271:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1086:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:0,81,801:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1159:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1072:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1534:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1793:. 0|0:20,0:20:60:0,60,578:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1276:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1142:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1224:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1288:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1150:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,110,1624:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1157:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1147:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1420:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1321:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1199:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1240:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1592:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,100,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1126:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,110,1706:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,109,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1298:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1708:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1188:. 0|0:38,0:38:99:0,113,1214:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1208:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1574:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1381:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:96:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:.:.:108 0|0:52,0:52:99:0,103,1798:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1147:. 0|0:37,0:37:99:0,103,1217:. 0|0:242,0:242:.:.:120 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,99,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:114 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:120 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1437:. 0|0:48,0:48:.:.:120 0|0:40,0:40:99:0,105,1330:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,117,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,108,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,109,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:.:.:120 0|0:72,0:72:99:0,111,1800:. 0|0:185,0:185:.:.:120 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1220:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1250:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:.:.:120 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,102,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1173:. 0|0:48,0:48:.:.:105 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:106 0|0:40,0:40:99:0,120,1389:. 0|0:77,0:77:.:.:114 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:120 0|0:43,0:43:99:0,112,1546:. 0|0:201,0:201:.:.:120 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:116 0|0:122,0:122:99:0,104,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1121:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1156:. 0|0:38,0:38:.:.:100 0|0:34,0:34:99:0,100,1155:. 0|0:95,0:95:.:.:120 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:108 0|0:38,0:38:.:.:107 0|0:39,0:39:99:0,103,1281:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1364:. 0|0:225,0:225:.:.:120 0|0:33,0:33:99:0,99,1167:. 0|0:170,0:170:.:.:120 0|0:305,0:305:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1300:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1749:. 0|0:78,0:78:99:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:109 0|0:39,0:39:99:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:.:.:108 0|0:34,0:34:99:0,102,1087:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1154:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1378:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1319:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1283:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1177:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1309:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1492:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1136:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1079:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1179:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:264,0:264:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1131:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1208:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1347:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1194:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1412:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1091:. 1|1:12,366:378:99:11672,747,0:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 232431 . G A 200412 PASS FS=0;MQ=59.91;QD=22.96;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A594V;SNPEFF_CODON_CHANGE=gCa/gTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105600.1;SOR=0.721;VQSLOD=5.69;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.87;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=134.69;GQ_STDDEV=170.29;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0103;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.242;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6854278;AF=0.007423;AS_InbreedingCoeff=-0.0103;MLEAC=38;MLEAF=0.007233;AN=858;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1396:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1315:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1283:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1420:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1396:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1283:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1445:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1604:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1532:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1305:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:34,0:34:47:.:.:0,47,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1223:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1289:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,903:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:24:.:.:0,24,419:. 0|0:6,0:6:4:.:.:0,4,133:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1108:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1478:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1531:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1549:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1097:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1135:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1409:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1488:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1235:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1433:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1198:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1041:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1328:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1140:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1153:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1314:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,989:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1150:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1280:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1658:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1484:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1123:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1729:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1569:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1483:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,281:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1402:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1026:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1391:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1433:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1503:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1267:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,2452:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1368:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1335:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1069:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1084:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:58,10:68:99:.:.:112,0,1322:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1559:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1158:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1109:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1092:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1242:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1413:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1279:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,282:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1263:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|1:3,51:54:84:.:.:1377,84,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1124:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 1|0:23,21:44:99:.:.:529,0,460:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1206:. 1|1:3,133:136:99:.:.:4007,332,0:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1500:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1347:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:107 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:105 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:.:.:.:.:120 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:189,0:189:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:111 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:108 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:108 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1374:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:99 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:102 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:91 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:99 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:99 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:.:.:.:.:99 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:90 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:102 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:151,0:151:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:.:.:.:.:105 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:.:.:120 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:102 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1411:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1693:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1415:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,528:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 233535 . T C 1.78301e+06 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=23.08;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K226R;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105600.1;SOR=0.657;VQSLOD=7.27;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=126.22;GQ_STDDEV=50.9;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9649;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.476;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=6713964;AF=0.089;AS_InbreedingCoeff=-0.0233;MLEAC=467;MLEAF=0.089;AN=856;AC=96 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:43,13:56:99:.:.:229,0,1176:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1332:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1421:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1239,128,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1290:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1659,168,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1297:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1157:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1283:. 1|0:29,14:43:99:.:.:304,0,821:. 0|1:17,23:40:99:.:.:547,0,425:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1005:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,610:. 0|0:31,0:31:30:.:.:0,30,847:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1431:. 0|1:61,19:80:99:.:.:279,0,1664:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6269,663,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1289:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1108:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1227:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1448:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1568:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,983:. 1|0:24,34:58:99:.:.:767,0,553:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1409:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1166:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:46,57:103:99:.:.:1297,0,1056:. 0|1:48,15:63:99:.:.:221,0,1274:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1488:. 0|1:44,10:54:99:.:.:118,0,1165:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,680:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1433:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1198:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:46,79:125:99:.:.:1879,0,1002:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1099:. 0|1:24,100:124:99:.:.:2369,0,371:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1075:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1328:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:32,0:32:65:.:.:0,65,859:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1061:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1073:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1547:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,907:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1156:. 1|0:15,42:57:99:.:.:956,0,258:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,989:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1280:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1484:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3647,394,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1390:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3184,322,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,18:108:99:.:.:179,0,2260:. 0|1:33,14:47:99:.:.:252,0,875:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4375,468,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1729:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,111:181:99:.:.:2450,0,1531:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:115,15:130:18:.:.:18,0,3027:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,222:222:99:.:.:6151,665,0:. 0|1:14,99:113:60:.:.:2254,0,60:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1569:. 1|0:51,96:147:99:.:.:2228,0,1101:. 1|0:47,103:150:99:.:.:2454,0,977:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3269,359,0:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,2004:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1483:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:117,10:127:99:0|1:233535_T_C:0,117,3401:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,23:170:99:.:.:130,0,3847:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1402:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1026:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:104,49:153:99:0|1:233535_T_C:889,0,3025:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:132,17:149:31:.:.:31,0,3510:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:50,15:65:99:.:.:235,0,1363:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1433:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1503:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1267:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:18,75:93:99:.:.:1792,0,253:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1071:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2648,284,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1446:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:122,18:140:68:.:.:68,0,3213:. 1|0:24,61:85:99:.:.:1434,0,462:. 0|1:52,9:61:62:.:.:62,0,1361:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1069:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1084:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:137,29:166:99:.:.:275,0,3507:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2621,290,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1143:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1559:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1158:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1109:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:67,30:97:99:.:.:525,0,1664:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3710,395,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,999:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1511,161,0:. 0|0:109,0:109:41:.:.:0,41,2745:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1413:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:170,0:170:64:.:.:0,64,4194:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1279:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:79,16:95:99:.:.:150,0,2043:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,653:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:4,19:23:43:.:.:466,0,43:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:26,118:144:99:.:.:2813,0,347:. 0|0:95,0:95:91:.:.:0,91,2458:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2128,225,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1124:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:13,5:18:89:.:.:89,0,351:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,25:31:71:.:.:619,0,71:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1500:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,11:11:33:.:.:392,33,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4702,411,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:99,25:124:99:.:.:502,0,3202:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:95,22:117:99:.:.:429,0,2980:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|1:18,61:79:99:.:.:1866,0,390:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:3,67:70:99:.:.:2194,107,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,402:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1606:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5750,507,0:. 1|1:0,230:230:99:.:.:7591,691,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,203:205:99:.:.:6767,548,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:145,65:210:99:.:.:1588,0,4319:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1447:. 1|1:5,207:212:99:.:.:6718,460,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1603:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1106:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:111,62:173:99:.:.:1469,0,3277:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1470:. 1|0:166,62:228:99:0|1:233535_T_C:1302,0,5496:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,503:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:73,43:116:99:.:.:1138,0,2125:. 1|0:38,167:205:99:.:.:4838,0,658:. 0|0:186,0:186:12:.:.:0,12,5071:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:83,113:196:99:.:.:3040,0,2169:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:34,37:71:99:.:.:1026,0,1012:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:58,13:71:99:.:.:192,0,1835:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,129:129:99:1|1:233523_A_G:5858,400,0:. 1|1:0,123:123:99:1|1:233523_A_G:5361,376,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1028,90,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:4,138:142:99:.:.:4523,287,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1171,105,0:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,459:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,393:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3003,264,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 236012 . A G 138659 PASS FS=0;MQ=59.94;QD=20.44;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.644;VQSLOD=4.1;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=101.08;GQ_STDDEV=24.18;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8891;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.533;culprit=FS;set=snp;DP=4294903;AF=0.013;AS_InbreedingCoeff=0.6363;MLEAC=67;MLEAF=0.013;AN=852;AC=15 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,483:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,677:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,412:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,334:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,906:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,940:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1029:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1086:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,281:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,116:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1303:. 0|0:31,0:31:82:.:.:0,82,950:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1160:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1224:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:87,14:101:70:.:.:70,0,2376:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1021:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,823:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1309:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1105:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1246:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,956:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:12,64:76:99:.:.:1524,0,138:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1218:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1247:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1192:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1312:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1227:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:24,0:24:71:.:.:0,71,680:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1084:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1403:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1174:. 0|1:40,12:52:99:.:.:151,0,1033:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1054:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1275:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1184:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,899:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1376:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1239:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,835:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1153:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,885:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1068:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1130:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1155:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1109:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1205:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,721:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1185:. 0|1:14,60:74:99:.:.:1340,0,212:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1149:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1319:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1577:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1747:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1459:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1425:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1762:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1190:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1549:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,118,1731:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,90:95:99:.:.:2248,141,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1315:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1293:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1510:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1212:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1342:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1496:. 1|0:66,20:86:99:.:.:255,0,1684:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1157:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,971:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1018:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,852:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1340:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1444:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,18:60:99:.:.:288,0,1066:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1799:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,246:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1096:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1033:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,948:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1181:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1552:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1198:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1129:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1395:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1112:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1139:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1155:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1158:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,71:72:99:.:.:1856,203,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,893:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1462:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1065:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1265:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1221:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1321:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1333:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1059:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1268:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1077:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1164:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1121:. 1|1:2,98:100:99:.:.:2478,274,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1527:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1337:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,989:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,903:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,958:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1678:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,682:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,901:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,104,857:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1363:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,803:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,704:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1268:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,932:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,118,1103:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1581:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1200:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1034:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1127:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,462:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1306:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1293:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1470:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,657:. 0|1:55,13:68:99:.:.:124,0,1395:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,944:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,988:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1179:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,4:15:62:.:.:62,0,264:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1149:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1439:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1643:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1552:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1404:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1515:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1728:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,101:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1437:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1678:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1414:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1561:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1299:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1385:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,682:. 1|0:11,33:44:99:.:.:983,0,259:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1633:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,961:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1429:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,934:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1314:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,307:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,263:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:36 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:99 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:99 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1441:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1158:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:90 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1504:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1176:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,977:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,110,1019:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1370:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1436:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1423:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:81 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1329:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:117 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,678:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1532:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1565:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1176:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1657:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:36 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:33 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:27 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:.:.:.:.:96 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:114 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:20 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1128:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1547:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:24 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1294:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:112 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1205:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1375:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:90 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1406:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:73 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1353:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:60 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1307:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:33 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1318:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1329:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1525:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1220:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1129:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,644:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1256:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1551:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1541:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1029:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1021:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,622:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1563:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,288:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1386:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1360:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1467:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1315:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,493:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1711:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,828:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,287:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1143:. Pf3D7_01_v3 236258 . T A 279403 PASS FS=0.536;MQ=62.99;QD=20.81;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.63;VQSLOD=3.7;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.998;GC=9.52;GQ_MEAN=115.2;GQ_STDDEV=35.5;HRun=3;InbreedingCoeff=0.8043;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.657;culprit=FS;set=snp;DP=5766836;AF=0.023;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=118;MLEAF=0.023;AN=854;AC=23 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:28,0:28:69:0,69,1035:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1365:. 0|0:26,0:26:60:0,60,900:. 0|0:39,0:39:96:0,96,1440:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1280:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:45:0,45,675:. 0|0:37,0:37:96:0,96,1440:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1430:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1342:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:63:0,63,906:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:24,0:24:60:0,60,779:. 0|0:5,0:5:15:0,15,150:. 0|0:16,0:16:36:0,36,540:. 0|0:8,0:8:24:0,24,261:. 0|0:34,0:34:72:0,72,961:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1366:. 0|0:62,0:62:99:0,116,1675:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:37:0,37,461:. 0|0:13,0:13:14:0,14,346:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:62,2:64:99:0,127,1720:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,112,1310:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1465:. 0|0:134,0:134:99:0,111,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,109,1515:. 0|0:37,0:37:99:0,102,981:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1133:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1171:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1628:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,103,1758:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1102:. 0|0:28,0:28:72:0,72,806:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:0,60,679:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1344:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1433:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1163:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1107:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,647:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1382:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,858:. 0|0:52,0:52:99:0,104,1612:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1314:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:66,0:66:99:0,118,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1040:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,948:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1275:. 1|0:12,39:51:99:977,0,178:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1086:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1232:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1296:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1294:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 1|1:1,99:100:99:2887,271,0:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1318:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,112,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|1:32,4:36:9:9,0,818:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,119,1672:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,99,1800:. 0|0:170,19:189:20:0,20,4563:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,113,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|1:39,40:79:99:916,0,902:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:0,106,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,113,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,110,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,106,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,110,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1434:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1298:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1192:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1212:. 0|0:93,0:93:99:0,109,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:73:0,73,902:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 1|1:1,84:85:99:2535,226,0:. 0|0:91,0:91:99:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,447:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,117,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|1:13,41:54:99:1072,0,181:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1378:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|1:24,68:92:99:1821,0,451:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1451:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,113,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|1:42,7:49:67:67,0,1091:. 0|0:52,0:52:99:0,113,1652:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1296:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1538:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|1:46,9:55:95:95,0,1244:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1402:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1493:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1102:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1460:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1121:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1019:. 0|0:57,0:57:99:0,117,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1081:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 1|1:1,40:41:97:1152,97,0:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1626:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:60:0,60,613:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:0,36,365:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1460:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1310:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:0,69,1035:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1662:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:27,0:27:63:0,63,945:. 0|0:55,0:55:99:0,112,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1611:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:0,112,1673:. 0|0:48,0:48:99:0,119,1647:. 0|1:39,25:64:99:701,0,1154:. 1|1:0,6:6:18:189,18,0:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1640:. 0|0:63,0:63:99:0,103,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1575:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1453:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1346:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1116:. 0|0:66,0:66:99:0,106,1800:. 0|0:40,0:40:96:0,96,1440:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:0,106,1800:. 0|0:27,0:27:69:0,69,1035:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1620:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:27,0:27:81:0,81,980:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1374:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:22,0:22:50:0,50,736:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1739:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1667:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1620:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:7989,691,0:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|1:6,5:11:99:149,0,178:. 0|0:2,0:2:6:0,6,64:. 0|0:27,0:27:.:.:75 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:120 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:120 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:99 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1461:. 0|0:40,0:40:.:.:99 0|0:43,0:43:99:0,111,1647:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,111,1665:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:113 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:120 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,117,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,102,1755:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1496:. 0|0:78,0:78:99:0,100,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:.:.:75 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:45 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:.:.:33 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:99 0|0:85,0:85:99:0,100,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:120 0|0:60,0:60:99:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:102 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:81 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,103,1800:. 0|0:9,0:9:.:.:27 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:120 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:.:.:105 0|0:48,0:48:.:.:104 0|0:50,0:50:99:0,112,1720:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:115 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:118 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:89,0:89:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:.:.:100 0|0:80,0:80:99:0,107,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:105 0|0:43,0:43:92:0,92,1284:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1177:. 0|0:53,0:53:99:0,113,1800:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1651:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:15,0:15:45:0,45,488:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:66:0,66,990:. 0|0:53,0:53:99:0,103,1766:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:72,0:72:99:0,114,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:0,51,575:. 0|0:32,0:32:87:0,87,1305:. 0|0:24,0:24:66:0,66,990:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:6,0:6:18:0,18,213:. 1|1:0,69:69:99:2360,207,0:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 1|1:0,3:3:9:105,9,0:. 1|1:0,56:56:99:1892,168,0:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:96:0,96,1440:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:75:0,75,1125:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1398:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:69:0,69,1035:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,107,1800:. 0|0:34,0:34:65:0,65,1038:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1620:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1303:. Pf3D7_01_v3 236418 . A T 157200 PASS FS=0;MQ=59.88;QD=21.75;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.661;VQSLOD=5.33;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0174;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=125.62;GQ_STDDEV=84.12;HRun=0;InbreedingCoeff=0.544;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.168;culprit=MQ;set=snp;DP=5987665;AF=0.009586;AS_InbreedingCoeff=-0.0233;MLEAC=44;MLEAF=0.008436;AN=858;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1402:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1281:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:36,0:36:72:.:.:0,72,978:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1366:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1675:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1318:. 0|0:38,0:38:82:.:.:0,82,1011:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,464:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1310:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1465:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1515:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1133:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1166:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1628:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1758:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1158:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,597:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1344:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1433:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1334:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,811:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1382:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1612:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1028:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,806:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1150:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1094:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1127:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1339:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1296:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1261:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:33,22:55:99:.:.:468,0,798:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1318:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1672:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:9,59:68:62:.:.:1467,0,62:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1192:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1785:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,92:94:99:.:.:2663,219,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1451:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1652:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1296:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1538:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1178:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1102:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1460:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,942:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1626:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,381:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1310:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,633:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1376:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1611:. 1|1:0,90:90:99:.:.:3158,271,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1673:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1647:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1640:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,809:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1374:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1739:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1667:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1337:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1461:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1647:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,102,1755:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1496:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1315:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,869:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1597:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1181:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,556:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1611:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1720:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1611:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,47:97:99:.:.:1303,0,1369:. 1|1:7,344:351:99:.:.:11255,797,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1522:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1392:. 1|0:28,127:155:99:.:.:3755,0,456:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1255:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2631,228,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1651:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1766:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1312:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,176:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1378:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1398:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1022:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,510:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1303:. Pf3D7_01_v3 238688 . T C 1.42044e+07 PASS FS=0;MQ=59.95;QD=29.16;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I8T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aTt/aCt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.706;VQSLOD=8.49;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.97;GC=33.33;GQ_MEAN=103.72;GQ_STDDEV=61.93;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6222;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.511;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12183380;AF=0.66;AS_InbreedingCoeff=0.6176;MLEAC=3476;MLEAF=0.663;AN=856;AC=605 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1316 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1358 1|1:3,37:40:22:.:.:915,22,0 1|0:27,14:41:99:.:.:283,0,737 1|1:1,41:42:93:.:.:1134,93,0 1|0:4,37:41:9:.:.:936,0,9 1|1:0,26:26:78:.:.:749,78,0 0|0:46,0:46:53:.:.:0,53,1294 1|1:0,60:60:99:.:.:1736,179,0 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350 0|1:10,21:31:99:.:.:487,0,223 0|0:41,0:41:71:.:.:0,71,1178 0|1:27,14:41:99:.:.:286,0,750 1|0:13,14:27:99:.:.:332,0,326 1|1:0,23:23:69:.:.:674,69,0 1|1:0,20:20:59:.:.:535,59,0 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,241 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,789 1|1:0,35:35:99:.:.:991,104,0 1|1:1,33:34:92:.:.:916,92,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1743,193,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1485,168,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4138,452,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1267,143,0 1|1:0,32:32:96:.:.:853,96,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1636,185,0 1|1:0,12:12:36:.:.:334,36,0 1|1:0,5:5:15:.:.:139,15,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1094,120,0 1|1:1,51:52:99:.:.:1374,128,0 1|1:0,72:72:99:.:.:1943,215,0 0|1:19,76:95:99:.:.:1807,0,328 0|1:30,19:49:99:.:.:395,0,768 1|1:0,260:260:99:.:.:7110,778,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1647,177,0 0|1:21,95:116:99:.:.:2306,0,325 1|1:0,61:61:99:.:.:1672,182,0 0|1:8,28:36:99:.:.:640,0,144 1|0:11,43:54:99:.:.:960,0,183 1|1:0,63:63:99:.:.:1667,188,0 0|0:109,0:109:0:.:.:0,0,2713 0|1:70,26:96:99:.:.:443,0,1794 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1673 1|1:0,191:191:99:.:.:5111,572,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4047,457,0 0|1:43,36:79:99:.:.:766,0,1096 0|1:10,54:64:99:.:.:1244,0,107 1|1:0,27:27:81:.:.:786,81,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2362,255,0 1|1:5,54:59:19:.:.:1318,19,0 1|1:1,90:91:99:.:.:2442,242,0 1|1:0,19:19:57:.:.:534,57,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|0:156,32:188:99:.:.:355,0,4212 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:86:.:.:0,86,1465 1|1:0,105:105:99:.:.:2847,315,0 1|1:5,69:74:75:.:.:1705,75,0 1|1:4,71:75:99:.:.:1791,100,0 0|1:15,47:62:99:.:.:1107,0,269 1|0:49,58:107:99:.:.:1219,0,1177 1|0:27,59:86:99:.:.:1323,0,551 1|1:0,110:110:99:.:.:3028,330,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,33:33:99:.:.:889,99,0 1|0:9,62:71:62:.:.:1465,0,62 1|0:19,96:115:99:.:.:2271,0,256 1|1:0,88:88:99:.:.:2429,263,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1130,126,0 1|0:24,30:54:99:.:.:688,0,592 1|1:0,49:49:99:.:.:1319,147,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1088,117,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3007,326,0 1|1:2,82:84:99:.:.:2196,189,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2767,300,0 0|0:50,0:50:67:.:.:0,67,1389 1|1:8,170:178:99:.:.:4327,295,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1968,207,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1598,183,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1563 0|0:67,0:67:59:.:.:0,59,1748 1|1:0,49:49:99:.:.:1320,146,0 0|1:24,31:55:99:.:.:711,0,577 0|1:19,84:103:99:.:.:1954,0,265 1|1:0,53:53:99:.:.:1344,156,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2691,297,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3429,388,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1545,162,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3396,391,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3725,404,0 1|1:1,69:70:99:.:.:1830,179,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3152,346,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2488,272,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2243,250,0 1|1:1,83:84:99:.:.:2184,219,0 1|0:24,25:49:99:.:.:530,0,594 1|1:0,107:107:99:.:.:2962,321,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3297,367,0 0|0:105,0:105:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,213:213:99:.:.:5741,637,0 1|1:7,168:175:99:.:.:4289,300,0 1|1:0,136:136:99:.:.:3685,407,0 1|1:0,74:74:99:.:.:1997,221,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2556,281,0 1|0:33,64:97:99:.:.:1400,0,740 1|1:0,196:196:99:.:.:5377,585,0 0|1:48,48:96:99:.:.:1007,0,1183 1|1:2,137:139:99:.:.:3714,349,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3321,360,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2655,296,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3440,385,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4406,486,0 1|0:44,111:155:99:.:.:2395,0,945 1|1:1,181:182:99:.:.:4886,519,0 1|1:2,124:126:99:.:.:3268,313,0 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 1|0:83,48:131:99:.:.:907,0,2134 0|0:157,0:157:99:.:.:0,104,1665 1|0:39,70:109:99:.:.:1556,0,886 1|1:0,169:169:99:.:.:4525,505,0 1|0:43,50:93:99:.:.:1116,0,1070 1|0:149,23:172:90:.:.:90,0,4197 0|0:137,16:153:13:.:.:0,13,3719 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|1:19,128:147:99:.:.:3044,0,108 1|1:0,151:151:99:.:.:3961,450,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3243,359,0 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|1:59,76:135:99:.:.:1595,0,1384 1|1:0,114:114:99:.:.:2965,339,0 1|0:101,15:116:60:.:.:60,0,2720 1|0:51,58:109:99:.:.:1240,0,1284 1|0:21,66:87:99:.:.:1433,0,361 0|1:22,134:156:99:.:.:3148,0,212 0|0:158,0:158:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,117:117:99:.:.:3040,350,0 1|1:0,184:184:99:.:.:4839,550,0 1|0:30,84:114:99:.:.:1938,0,592 1|0:22,128:150:99:.:.:2964,0,233 1|0:32,161:193:99:.:.:3641,0,408 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,163:163:99:.:.:4395,487,0 1|1:0,145:145:99:.:.:3807,434,0 1|1:0,174:174:99:.:.:4723,522,0 1|1:0,104:104:99:.:.:2729,311,0 0|1:18,98:116:99:.:.:2344,0,232 1|1:0,159:159:99:.:.:4342,476,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5040,555,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2560,279,0 0|0:87,0:87:41:.:.:0,41,2219 1|1:0,70:70:99:.:.:1919,210,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2207,242,0 1|1:15,198:213:99:.:.:4706,187,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1070,120,0 0|1:43,61:104:99:.:.:1336,0,1051 1|1:0,123:123:99:.:.:3276,368,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1575 1|1:0,155:155:99:.:.:4107,465,0 1|1:3,103:106:99:.:.:2664,223,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,118,1800 1|0:29,76:105:99:.:.:1839,0,561 1|1:0,71:71:99:.:.:1916,213,0 1|0:68,61:129:99:.:.:1273,0,1670 1|1:0,96:96:99:.:.:2554,286,0 0|0:143,0:143:0:.:.:0,0,3442 1|1:3,127:130:99:.:.:3314,297,0 1|0:128,18:146:63:.:.:63,0,3446 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,5:5:15:.:.:141,15,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2404,264,0 0|0:105,0:105:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,64:64:99:.:.:1717,192,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1884,207,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2200,240,0 0|1:45,41:86:99:.:.:851,0,1086 0|1:25,92:117:99:.:.:2129,0,402 1|1:0,81:81:99:.:.:2200,243,0 1|1:9,125:134:27:.:.:3047,27,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2689,296,0 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1723 0|1:50,8:58:55:.:.:55,0,1388 1|0:21,45:66:99:.:.:1060,0,443 1|0:60,46:106:99:.:.:954,0,1512 1|0:38,128:166:99:.:.:3010,0,664 1|1:2,88:90:99:.:.:2329,205,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1669 0|0:152,0:152:99:.:.:0,103,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:.:.:2480,275,0 1|1:1,88:89:99:.:.:2344,235,0 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,84:84:99:.:.:2207,250,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,119,1800 1|1:2,205:207:99:.:.:5439,571,0 0|1:62,22:84:99:.:.:331,0,1618 1|1:0,60:60:99:.:.:1637,180,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1538 1|1:0,73:73:99:.:.:1956,218,0 1|0:14,127:141:4:.:.:2862,0,4 0|1:25,42:67:99:.:.:892,0,539 1|1:5,103:108:99:.:.:2512,161,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575 1|0:27,77:104:99:.:.:1772,0,542 1|1:0,76:76:99:.:.:2018,227,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1251,143,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1409,161,0 0|1:18,47:65:99:.:.:1140,0,336 1|1:0,68:68:99:.:.:1825,204,0 0|1:32,40:72:99:.:.:858,0,775 1|1:0,114:114:99:.:.:3035,340,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2068,228,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3652,395,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4066,454,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|1:9,29:38:99:.:.:692,0,172 1|1:0,177:177:99:.:.:4624,530,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2424,272,0 0|1:31,27:58:99:.:.:540,0,778 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1254 1|0:43,8:51:70:.:.:70,0,1161 1|0:26,62:88:99:.:.:1391,0,543 0|0:49,0:49:94:.:.:0,94,1366 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1439 0|1:12,46:58:99:.:.:1011,0,186 1|1:1,56:57:99:.:.:1502,139,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1280 1|1:7,86:93:72:.:.:2068,72,0 1|1:0,148:148:99:.:.:3996,442,0 0|1:55,13:68:99:.:.:158,0,1523 1|1:0,102:102:99:.:.:2800,305,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,128:128:99:.:.:3494,383,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1185 1|0:81,16:97:99:.:.:152,0,2192 1|1:0,63:63:99:.:.:1693,189,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1731,192,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1384 0|1:15,132:147:9:.:.:3141,0,9 1|1:0,68:68:99:.:.:1896,204,0 0|1:2,2:4:40:0|1:238688_T_C:40,0,93 1|0:47,88:135:99:.:.:1982,0,1046 1|1:0,81:81:99:.:.:2223,242,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2522,276,0 0|1:71,16:87:99:.:.:180,0,1888 1|1:0,112:112:99:.:.:3081,336,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2669,296,0 1|1:2,136:138:99:.:.:3695,352,0 0|1:18,23:41:99:.:.:519,0,441 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,818 1|1:5,75:80:87:.:.:1929,87,0 1|1:8,249:257:99:.:.:6655,524,0 0|1:55,23:78:99:.:.:364,0,1442 1|1:0,124:124:99:.:.:3397,372,0 1|1:0,13:13:39:.:.:366,39,0 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350 1|1:1,106:107:99:.:.:2812,290,0 1|1:6,90:96:98:.:.:2373,98,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1647,177,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2012,219,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2508,270,0 1|0:8,16:24:99:.:.:347,0,311 1|1:0,47:47:99:.:.:1292,141,0 1|1:0,35:35:99:.:.:942,105,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1800 1|1:0,14:14:42:.:.:379,42,0 1|1:0,153:153:99:.:.:5137,459,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1800 1|1:0,152:152:99:.:.:5221,457,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4428,394,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,153:154:99:.:.:5164,426,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5015,445,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4385,385,0 0|1:64,142:206:99:.:.:4174,0,1700 1|1:0,173:173:99:.:.:5915,520,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5440,478,0 1|1:0,18:18:54:.:.:616,54,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5639,510,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6181,550,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,182:182:99:.:.:6217,547,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6930,628,0 1|1:3,131:134:99:.:.:4340,295,0 1|1:5,121:126:99:.:.:3901,199,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5821,508,0 1|1:0,89:89:99:.:.:3030,268,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5981,520,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5841,525,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5973,526,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3118,274,0 1|1:0,89:89:99:.:.:3041,268,0 1|1:0,155:155:99:.:.:5239,466,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,83:83:99:.:.:2875,250,0 1|1:6,119:125:99:.:.:3879,157,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,202:202:99:.:.:6913,608,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5459,483,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2848,255,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5843,508,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6094,550,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6657,592,0 1|1:0,583:583:99:.:.:19785,1754,0 1|1:0,684:684:99:.:.:23049,2056,0 1|1:0,530:530:99:.:.:17640,1592,0 1|0:46,22:68:99:.:.:525,0,1471 1|1:0,28:28:84:.:.:947,84,0 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,2020 0|0:85,0:85:6:.:.:0,6,2379 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 0|0:149,0:149:99:.:.:0,100,1800 1|1:1,223:224:99:.:.:7081,633,0 1|1:1,112:113:99:.:.:3572,302,0 1|1:0,181:181:99:.:.:5909,544,0 1|1:0,196:196:99:.:.:6442,588,0 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800 1|0:114,117:231:99:.:.:3097,0,3281 0|0:346,0:346:95:.:.:0,95,9246 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800 1|1:0,60:60:99:.:.:1929,180,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6983,666,0 1|1:1,68:69:99:.:.:2246,172,0 1|1:8,207:215:99:.:.:6524,368,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5429,506,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5725,531,0 1|1:1,183:184:99:.:.:5780,518,0 1|1:6,183:189:99:.:.:5749,355,0 1|1:0,201:201:99:.:.:6607,604,0 0|1:29,158:187:99:.:.:4631,0,471 0|1:26,175:201:99:.:.:5139,0,308 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,232:232:99:.:.:7143,690,0 1|0:71,15:86:99:.:.:190,0,2107 1|1:0,222:222:99:.:.:6897,662,0 1|1:1,38:39:81:.:.:1249,81,0 1|1:3,198:201:99:.:.:6315,494,0 1|1:1,211:212:99:.:.:6756,599,0 1|1:0,199:199:99:.:.:6490,598,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7183,658,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6498,602,0 1|0:171,37:208:99:.:.:627,0,5255 1|0:78,143:221:99:.:.:4025,0,2082 1|0:76,19:95:99:.:.:312,0,2179 1|1:5,180:185:99:.:.:5607,374,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5738,535,0 1|1:2,192:194:99:.:.:6270,510,0 0|0:69,0:69:14:.:.:0,14,1944 1|0:152,49:201:99:.:.:922,0,4640 0|1:24,4:28:49:.:.:49,0,712 1|1:7,228:235:99:.:.:7193,496,0 1|1:1,233:234:99:.:.:7248,665,0 1|1:2,128:130:99:.:.:4118,340,0 1|1:3,272:275:99:.:.:8478,736,0 1|0:18,161:179:99:.:.:4691,0,125 0|0:195,0:195:99:.:.:0,113,1800 1|0:150,49:199:99:.:.:1031,0,4544 1|1:9,193:202:99:.:.:5980,329,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3266,305,0 1|1:0,199:199:99:.:.:6483,598,0 1|1:3,100:103:99:.:.:3178,214,0 1|0:13,131:144:31:.:.:3702,0,31 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,693 0|1:180,41:221:99:.:.:581,0,5549 1|1:2,255:257:99:.:.:7895,699,0 1|1:0,203:203:99:.:.:6479,609,0 0|1:171,18:189:22:.:.:22,0,5282 1|1:6,197:203:99:.:.:5985,389,0 1|0:35,55:90:99:.:.:1537,0,917 0|1:197,21:218:61:.:.:61,0,6145 1|1:12,165:177:99:.:.:4946,144,0 1|1:6,231:237:99:.:.:6910,490,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4841,450,0 1|0:106,128:234:99:.:.:3323,0,2917 1|1:0,525:525:99:.:.:17448,1577,0 1|1:1,364:365:99:.:.:12157,1059,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2768,256,0 1|1:1,353:354:99:.:.:11488,1027,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5331,507,0 0|1:162,26:188:99:.:.:319,0,4967 1|1:0,197:197:99:.:.:6129,586,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,121:121:99:.:.:4012,364,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800 1|1:0,171:171:99:.:.:5657,512,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4024,366,0 1|0:132,35:167:99:.:.:638,0,3891 1|1:0,192:192:99:.:.:6303,576,0 1|1:0,194:194:99:.:.:6261,582,0 1|1:1,181:182:99:.:.:5787,512,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1474 1|1:0,43:43:99:.:.:1414,129,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5473,501,0 1|1:0,154:154:99:.:.:5012,462,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,105:105:99:.:.:3423,316,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6320,585,0 1|1:0,236:236:99:.:.:7792,710,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8025,720,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1298 1|1:0,106:106:99:.:.:3435,319,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2625,238,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2170,198,0 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810 1|1:0,227:227:99:.:.:7438,680,0 1|0:130,139:269:99:.:.:3702,0,3717 0|1:88,134:222:99:.:.:3718,0,2443 1|1:0,14:14:42:.:.:478,42,0 1|1:2,176:178:99:.:.:5786,462,0 0|1:84,130:214:99:.:.:3672,0,2298 1|1:0,144:144:99:.:.:4665,433,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|0:33,147:180:99:.:.:4324,0,649 1|1:0,161:161:99:.:.:5297,483,0 1|1:0,171:171:99:.:.:5600,513,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6449,592,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,107,1665 1|1:0,434:434:99:.:.:14681,1304,0 0|1:31,18:49:99:.:.:463,0,935 1|0:138,131:269:99:.:.:3589,0,3970 1|1:0,556:556:99:.:.:18132,1668,0 1|0:116,41:157:99:.:.:898,0,3539 1|1:0,213:213:99:.:.:6931,639,0 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,22:22:66:.:.:705,66,0 1|1:10,254:264:99:.:.:8096,455,0 1|1:0,121:121:99:.:.:4033,363,0 Pf3D7_01_v3 239376 . G T 1.22453e+06 PASS FS=0.56;MQ=60.07;QD=20.66;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S237;SNPEFF_CODON_CHANGE=tcG/tcT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.756;VQSLOD=4.67;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.1;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0072;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=123.25;GQ_STDDEV=72.6;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6108;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.031;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11918056;AF=0.039;AS_InbreedingCoeff=-0.0317;MLEAC=207;MLEAF=0.039;AN=858;AC=79 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1687:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1398:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1303:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1391:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1400:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1428:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1512:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:11:.:.:0,11,689:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1669:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1441:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,7:7:21:.:.:211,21,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1313:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1391,138,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1756:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1511:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,44:133:99:.:.:880,0,1971:. 0|0:81,0:81:91:.:.:0,91,1812:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:10:.:.:0,10,1490:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,37:189:99:.:.:566,0,3413:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,989:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,28:145:99:.:.:363,0,2589:. 0|1:67,15:82:99:.:.:190,0,1541:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,979:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1299:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1208:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1720,171,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1329:. 0|1:50,72:122:99:.:.:1726,0,933:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,93:198:99:.:.:2116,0,2038:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1657:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,15:105:99:.:.:129,0,1997:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:43,7:50:39:.:.:39,0,932:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,225:233:99:.:.:6200,478,0:. 1|0:43,150:193:99:.:.:3750,0,747:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,110:184:99:.:.:2660,0,1315:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,213:214:99:.:.:6222,616,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,80:135:99:.:.:1889,0,1018:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1758:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,68:136:99:.:.:1537,0,1353:. 1|0:90,106:196:99:.:.:2483,0,1745:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:.:.:3929,420,0:. 1|1:0,213:213:99:.:.:5980,637,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3128,326,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:.:.:6806,689,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,7:50:63:.:.:63,0,971:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3445,359,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1502:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:76,12:88:99:.:.:101,0,1705:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:1,4:5:14:.:.:107,0,14:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1923,195,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:69,66:135:99:.:.:1533,0,1388:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,22:135:99:.:.:216,0,2468:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:20,50:70:99:.:.:1195,0,329:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1417:. 1|0:90,18:108:99:.:.:220,0,1924:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,148:149:99:.:.:4251,418,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1686:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1254:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1494:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1267:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1493:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3282,347,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,169:. 1|0:105,60:165:99:.:.:1190,0,2226:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,10:46:99:.:.:167,0,814:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:204,46:250:99:.:.:611,0,4644:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,25:94:99:.:.:454,0,1523:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,45:95:99:.:.:1012,0,1003:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:50:.:.:0,50,592:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1300,137,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|1:46,91:137:99:.:.:2829,0,1050:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:44,122:166:99:.:.:3785,0,897:. 0|1:59,104:163:99:.:.:3266,0,1412:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:38:.:.:0,38,5370:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1151:. 1|1:0,201:201:99:.:.:7097,605,0:. 1|1:2,184:186:99:.:.:6358,489,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,195:196:99:.:.:6815,557,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7844,655,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:7,147:154:99:.:.:5042,233,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3126,264,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:556,0:556:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1474:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:7,259:266:99:.:.:8174,615,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:242,54:296:99:.:.:883,0,6286:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1528:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1469:. 1|0:29,202:231:99:.:.:6130,0,226:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,61:179:99:.:.:1613,0,3118:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1240:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,13:91:99:.:.:187,0,2213:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,153:183:99:.:.:4610,0,351:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,33:70:99:.:.:911,0,1016:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,183:219:99:.:.:5828,0,502:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1511:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,139:140:99:.:.:4649,387,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1713:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1317:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 239972 . G A 1.6208e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=30.15;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S436N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGt/aAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.691;VQSLOD=9.41;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.99;GC=14.29;GQ_MEAN=288.97;GQ_STDDEV=236.11;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7296;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.527;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13620002;AF=0.649;AS_InbreedingCoeff=0.7091;MLEAC=3417;MLEAF=0.651;AN=856;AC=592 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:1,58:59:99:.:.:1859,148,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1908,174,0 0|1:44,24:68:99:.:.:570,0,1078 1|1:1,66:67:99:.:.:2101,171,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1130,105,0 1|1:2,50:52:96:.:.:1564,96,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1298,120,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1995,183,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2077,190,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1464,135,0 0|1:19,12:31:99:.:.:293,0,467 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1280 1|1:0,54:54:99:.:.:1742,162,0 0|1:4,31:35:14:.:.:887,0,14 1|1:0,37:37:99:.:.:1138,110,0 0|0:25,0:25:64:.:.:0,64,847 1|1:0,12:12:36:.:.:398,36,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1291,123,0 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900 0|0:44,0:44:88:.:.:0,88,1113 1|1:0,64:64:99:.:.:2052,192,0 1|1:1,73:74:99:.:.:2279,212,0 1|1:0,212:212:99:.:.:6595,636,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1402 1|1:0,41:41:99:.:.:1206,121,0 1|0:86,19:105:99:.:.:227,0,1968 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765 1|1:0,8:8:24:.:.:255,24,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2674,258,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1583,153,0 0|1:68,46:114:99:.:.:1079,0,1456 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,65:65:99:.:.:2034,195,0 1|0:102,257:359:99:.:.:6796,0,1705 1|1:0,52:52:99:.:.:1629,156,0 0|1:66,86:152:99:.:.:2254,0,1424 1|1:0,77:77:99:.:.:2293,231,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1718,168,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1312,129,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1915,189,0 1|1:3,90:93:99:.:.:2717,194,0 0|1:80,31:111:99:.:.:598,0,1895 1|1:0,66:66:99:.:.:2063,198,0 1|1:0,196:196:99:.:.:6080,589,0 1|1:0,210:210:99:.:.:6384,629,0 0|1:30,100:130:99:.:.:2615,0,409 0|1:34,23:57:99:.:.:546,0,767 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 1|0:70,21:91:99:.:.:360,0,1683 1|1:2,59:61:99:.:.:1753,133,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2860,276,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1132,114,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3377,328,0 1|0:37,187:224:99:.:.:5120,0,375 1|1:1,121:122:99:.:.:3694,338,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1650 0|1:18,78:96:99:.:.:2067,0,217 1|1:0,64:64:99:.:.:1925,191,0 1|0:54,23:77:99:.:.:470,0,1264 1|0:25,53:78:99:.:.:1405,0,470 0|1:55,88:143:99:.:.:2214,0,1080 1|0:13,70:83:99:.:.:1860,0,106 1|0:52,96:148:99:.:.:2497,0,971 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,49:49:99:.:.:1423,146,0 0|1:21,80:101:99:.:.:2172,0,287 1|0:88,39:127:99:.:.:831,0,2035 1|1:0,100:100:99:.:.:3100,300,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1295 1|1:0,74:74:99:.:.:2299,222,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2113,213,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,103:110:99:.:.:2929,134,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3412,331,0 1|1:3,43:46:74:.:.:1256,74,0 0|1:88,100:188:99:.:.:2459,0,1831 1|1:4,96:100:99:.:.:2854,181,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1675,168,0 1|0:29,31:60:99:.:.:792,0,617 0|1:50,6:56:33:0|1:239972_G_A:33,0,1163 1|1:1,55:56:99:.:.:1705,146,0 1|0:28,30:58:99:.:.:774,0,616 1|1:0,106:106:99:.:.:3259,319,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1755 1|1:0,124:124:99:.:.:3797,372,0 1|1:6,114:120:99:.:.:3269,212,0 0|1:59,8:67:48:.:.:48,0,1484 1|1:0,153:153:99:.:.:4555,459,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4279,417,0 0|1:70,27:97:99:.:.:554,0,1632 1|1:0,149:149:99:.:.:4588,447,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,99:99:99:.:.:2959,297,0 1|1:1,96:97:99:.:.:2851,267,0 1|0:49,15:64:99:0|1:239972_G_A:320,0,1119 1|1:0,135:135:99:.:.:4125,405,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,103,1620 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,202:203:99:.:.:6124,581,0 1|1:7,219:226:99:.:.:6437,481,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3958,387,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,112,1755 1|1:1,142:143:99:.:.:4274,399,0 1|1:9,119:128:99:.:.:3429,158,0 1|0:201,43:244:99:.:.:618,0,4724 1|0:67,76:143:99:.:.:1848,0,1384 1|1:1,210:211:99:.:.:6532,604,0 0|1:55,121:176:99:.:.:3140,0,1012 1|1:0,154:154:99:.:.:4647,462,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,206:206:99:.:.:6234,619,0 0|1:52,144:196:99:.:.:3787,0,845 1|1:2,268:270:99:.:.:8160,753,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,196:197:99:.:.:5970,581,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,225:225:99:.:.:6855,675,0 1|0:34,109:143:99:.:.:2917,0,465 1|1:0,239:239:99:.:.:7271,717,0 1|1:3,122:125:99:.:.:3697,292,0 1|1:2,193:195:99:.:.:6064,527,0 1|1:5,196:201:99:.:.:5829,485,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4006,405,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5599,547,0 1|1:1,156:157:99:.:.:4774,444,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5522,541,0 1|1:21,199:220:99:.:.:5617,99,0 0|1:39,137:176:99:.:.:3619,0,484 1|1:0,163:163:99:.:.:4915,489,0 1|1:10,141:151:99:.:.:4021,191,0 1|1:8,111:119:99:.:.:3161,133,0 1|0:26,69:95:99:.:.:1739,0,394 1|1:0,168:168:99:.:.:5160,505,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6318,607,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5146,524,0 1|1:0,224:224:99:.:.:6633,671,0 1|0:114,33:147:99:.:.:587,0,2717 1|1:0,166:166:99:.:.:5174,499,0 1|1:0,197:197:99:.:.:5943,591,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6159,607,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6301,627,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4768,472,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5594,552,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4021,399,0 1|0:118,36:154:99:.:.:658,0,2818 1|1:0,179:179:99:.:.:5425,537,0 1|1:0,264:264:99:.:.:8308,794,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 0|0:89,0:89:50:.:.:0,50,2022 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,213:213:99:.:.:6426,640,0 1|1:8,64:72:5:.:.:1802,5,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1800 1|1:2,170:172:99:.:.:5080,467,0 1|0:51,35:86:99:.:.:789,0,1109 1|1:0,196:196:99:.:.:5835,588,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,129:129:99:.:.:3955,386,0 1|0:50,86:136:99:.:.:2244,0,1002 1|1:0,106:106:99:.:.:3138,317,0 1|0:17,111:128:77:.:.:3025,0,77 0|1:55,48:103:99:.:.:1175,0,1195 0|0:148,0:148:99:.:.:0,112,1800 1|0:60,140:200:99:.:.:3745,0,985 0|1:170,22:192:99:.:.:112,0,4061 1|1:0,176:176:99:.:.:5362,529,0 1|1:0,7:7:21:.:.:219,21,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4255,414,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5219,506,0 1|1:1,97:98:99:.:.:3020,284,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2362,228,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2566,252,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4200,412,0 1|0:95,70:165:99:.:.:1705,0,2086 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,151:160:99:.:.:4397,230,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3891,378,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2281,227,0 1|1:2,52:54:99:.:.:1573,113,0 1|0:66,53:119:99:.:.:1253,0,1431 0|1:31,106:137:99:.:.:2835,0,444 1|1:17,169:186:69:.:.:4722,69,0 1|1:2,108:110:99:.:.:3186,281,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3961,390,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,175:175:99:.:.:5473,526,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,142:142:99:.:.:4314,426,0 1|1:0,230:230:99:.:.:7090,689,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3315,322,0 0|1:103,17:120:99:.:.:178,0,2465 1|1:0,202:202:99:.:.:6041,605,0 0|1:90,19:109:99:.:.:228,0,2212 1|1:1,97:98:99:.:.:2929,266,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2595,258,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2291,225,0 0|0:213,0:213:39:.:.:0,39,4559 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:106,0:106:99:.:.:0,118,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|0:55,100:155:99:.:.:2576,0,982 1|1:0,109:109:99:.:.:3302,327,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1480,147,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2118,210,0 1|1:1,57:58:99:.:.:1733,147,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3442,339,0 0|1:38,64:102:99:.:.:1657,0,741 1|1:0,151:151:99:.:.:4603,454,0 0|0:109,0:109:39:.:.:0,39,2409 1|1:0,180:180:99:.:.:5537,541,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5916,580,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3644,357,0 0|1:17,56:73:99:.:.:1503,0,253 1|1:0,182:182:99:.:.:5316,546,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3897,386,0 1|0:25,44:69:99:.:.:1154,0,468 1|1:0,55:55:99:.:.:1706,165,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2268,222,0 1|0:56,71:127:99:.:.:1838,0,1165 1|0:49,16:65:99:.:.:288,0,1082 1|1:0,93:93:99:.:.:2778,279,0 0|1:13,64:77:98:.:.:1747,0,98 1|1:0,62:62:99:.:.:1871,185,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575 0|1:72,40:112:99:.:.:915,0,1615 1|1:0,212:212:99:.:.:6560,637,0 0|1:24,74:98:99:.:.:2016,0,356 1|1:0,123:123:99:.:.:3866,369,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1229 1|1:0,193:193:99:.:.:5818,580,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1674,161,0 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,2677 1|1:0,81:81:99:.:.:2422,243,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485 1|1:2,70:72:99:.:.:2045,166,0 1|0:75,94:169:99:.:.:2395,0,1564 1|1:0,93:93:99:.:.:2859,279,0 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,86 1|1:11,146:157:99:.:.:4261,169,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3637,349,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4136,414,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2813,274,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4614,452,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3533,345,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6473,627,0 0|1:27,27:54:99:.:.:659,0,574 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350 1|1:5,99:104:99:.:.:2899,168,0 1|1:5,276:281:99:.:.:8301,700,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4251,420,0 1|1:0,207:207:99:.:.:6311,622,0 1|1:1,26:27:52:.:.:720,52,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1376,138,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5042,495,0 1|0:61,35:96:99:.:.:772,0,1397 1|1:0,70:70:99:.:.:2181,210,0 1|0:51,58:109:99:.:.:1435,0,1082 1|1:0,99:99:99:.:.:3081,297,0 0|1:13,11:24:99:.:.:266,0,279 0|1:25,39:64:99:.:.:1000,0,493 1|1:0,47:47:99:.:.:1417,141,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4267,414,0 1|1:0,18:18:54:.:.:575,54,0 0|1:47,97:144:99:.:.:3048,0,1184 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800 0|1:64,129:193:99:.:.:4024,0,1635 0|1:101,95:196:99:.:.:2857,0,2885 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,181:181:99:.:.:6491,544,0 1|1:0,177:177:99:.:.:6283,532,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4430,373,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800 1|0:103,83:186:99:.:.:2405,0,2955 1|1:0,36:36:99:.:.:1321,108,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7824,671,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6686,560,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,209:209:99:.:.:7397,628,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:10,139:149:99:.:.:4653,128,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7378,616,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4744,406,0 1|0:38,140:178:99:.:.:4505,0,781 1|1:0,246:246:99:.:.:8711,740,0 0|1:100,87:187:99:1|0:239952_C_T:2588,0,3712 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1800 1|1:0,189:189:99:.:.:6683,568,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1380,120,0 0|1:17,65:82:99:.:.:2043,0,345 1|0:13,123:136:48:.:.:3964,0,48 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,192:192:99:.:.:6863,577,0 1|1:2,77:79:99:.:.:2707,191,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,191:191:99:.:.:6890,574,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,578:578:99:.:.:20636,1737,0 1|1:0,718:718:99:.:.:25669,2160,0 1|1:0,543:543:99:.:.:19469,1633,0 1|0:26,35:61:99:.:.:1069,0,712 1|1:0,36:36:99:.:.:1272,108,0 1|1:4,120:124:99:.:.:3943,242,0 1|1:2,100:102:99:.:.:3333,238,0 1|1:0,176:176:99:.:.:6036,529,0 1|1:2,235:237:99:.:.:8007,663,0 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 0|1:81,74:155:99:.:.:2063,0,2262 1|1:1,257:258:99:.:.:8715,741,0 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,516:519:99:.:.:17538,1448,0 1|1:0,295:295:99:.:.:10236,887,0 1|1:2,467:469:99:.:.:15830,1338,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530 1|1:3,403:406:99:.:.:13682,1117,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2699,235,0 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,203:203:99:.:.:7107,610,0 1|1:0,233:233:99:.:.:7947,701,0 1|1:18,237:255:99:.:.:7714,202,0 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,252:252:99:.:.:8761,757,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,329:331:99:.:.:11151,948,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3786,330,0 1|1:2,407:409:99:.:.:13631,1156,0 0|1:41,8:49:99:.:.:142,0,1286 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|0:183,99:282:99:.:.:2688,0,5323 0|0:168,0:168:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,279:279:99:.:.:9559,839,0 1|1:0,203:203:99:.:.:7097,611,0 1|1:20,227:247:72:.:.:7117,72,0 0|1:199,106:305:99:.:.:2722,0,5662 1|0:134,64:198:99:.:.:1565,0,3553 1|1:0,256:256:99:.:.:8999,770,0 1|1:0,290:290:99:.:.:9864,871,0 1|1:2,250:252:99:.:.:8469,698,0 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2606 0|1:43,195:238:99:.:.:6162,0,729 0|1:55,12:67:99:.:.:217,0,1393 1|1:3,274:277:99:.:.:9351,731,0 1|1:3,393:396:99:.:.:13136,1086,0 1|1:2,178:180:99:.:.:6163,492,0 1|1:3,476:479:99:.:.:16183,1336,0 1|0:35,229:264:99:.:.:7229,0,354 1|1:4,301:305:99:.:.:9810,778,0 0|1:62,184:246:99:.:.:5691,0,1249 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530 0|1:128,44:172:99:.:.:907,0,3429 1|1:0,224:224:99:.:.:7695,674,0 0|1:104,17:121:99:.:.:240,0,3026 1|1:3,190:193:99:.:.:6302,495,0 1|1:3,42:45:56:.:.:1348,56,0 1|1:18,252:270:99:.:.:7901,200,0 1|1:2,449:451:99:.:.:15138,1304,0 0|0:197,0:197:99:.:.:0,105,1575 1|1:5,257:262:99:.:.:8618,609,0 1|0:43,389:432:53:.:.:11976,0,53 1|0:60,60:120:99:.:.:1718,0,1615 0|1:216,27:243:99:.:.:220,0,6372 1|1:17,240:257:99:.:.:7593,216,0 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|1:27,184:211:99:.:.:5889,0,240 1|0:257,192:449:99:.:.:5198,0,6604 1|1:21,544:565:99:.:.:17838,1016,0 1|1:0,487:487:99:.:.:17097,1465,0 1|1:4,75:79:99:.:.:2579,101,0 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,205:214:99:.:.:6730,326,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:.:.:3242,283,0 0|1:64,52:116:99:.:.:1429,0,1765 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,176:176:99:.:.:6026,529,0 1|0:35,121:156:99:.:.:3801,0,676 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,163:163:99:.:.:5468,490,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4974,430,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,64:64:99:.:.:2241,192,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,150:150:99:.:.:5283,451,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5499,478,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,103:103:99:.:.:3648,310,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6522,565,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,244:244:99:.:.:8624,734,0 1|1:1,57:58:99:.:.:1921,164,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3765,334,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2737,238,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1908,174,0 1|1:0,25:25:75:.:.:900,75,0 1|1:0,230:230:99:.:.:8031,692,0 1|1:0,237:237:99:.:.:8093,712,0 1|1:0,268:268:99:.:.:9352,806,0 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,726 0|0:79,0:79:99:.:.:0,118,1800 1|1:0,221:221:99:.:.:7600,664,0 1|1:1,148:149:99:.:.:5039,412,0 1|1:0,227:227:99:.:.:7668,682,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5868,502,0 1|1:0,154:154:99:.:.:5359,463,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8081,703,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7239,614,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,528:528:99:.:.:18657,1588,0 1|0:20,59:79:99:.:.:1799,0,458 0|1:150,178:328:99:.:.:4982,0,3935 1|1:0,645:645:99:.:.:22428,1939,0 1|1:0,175:175:99:.:.:6201,526,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8441,731,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1516,129,0 0|1:22,4:26:71:.:.:71,0,643 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 241071 . T G 156577 PASS FS=0;MQ=59.97;QD=21.77;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I802M;SNPEFF_CODON_CHANGE=atT/atG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.723;VQSLOD=6;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=-0.0017;NCC=0;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0485;GQ_MEAN=134.39;GQ_STDDEV=108.95;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.46;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9890714;AF=0.008752;AS_InbreedingCoeff=0.9979;MLEAC=46;MLEAF=0.008752;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1409:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1410:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1173:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1285:. 0|1:34,11:45:99:.:.:200,0,963:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,212:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1425:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1161:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,178:178:99:.:.:4979,532,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1112:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,12:12:36:.:.:351,36,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1182:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1169:. 1|0:45,46:91:99:.:.:1024,0,1097:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1583:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1354:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1255:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:67,69:136:99:.:.:1537,0,1602:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:10:.:.:0,10,541:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1677:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1555:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1276:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1109:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,977:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1404:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1220:. 1|0:114,25:139:99:.:.:264,0,3012:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1678:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1704:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1147:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1239:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,103:148:99:.:.:2406,0,878:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1507:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3294,322,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,116:168:99:.:.:2716,0,1085:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,194:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2120,227,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1496:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1243:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1123:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1242:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1356:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,488:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:37,0:37:82:.:.:0,82,1071:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,903:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1593:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,784:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1706:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,115,1366:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,678:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1299:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1489:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,735:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,219:220:99:.:.:7118,624,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1747:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1615:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1092:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1398:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1461:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1535:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:408,0:408:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 241076 . A G 263474 PASS FS=0.565;MQ=60.54;QD=19.76;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D804G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAt/gGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.648;VQSLOD=4.4;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-3.768;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=132.15;GQ_STDDEV=130.7;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0103;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.581;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=9937098;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=-0.0103;MLEAC=56;MLEAF=0.011;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1409:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1410:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1173:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1285:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1425:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1161:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1112:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1182:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1259,134,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1583:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1354:. 0|1:119,20:139:99:.:.:154,0,3299:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1079:. 1|0:50,12:62:99:.:.:115,0,1299:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1255:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,26:115:99:.:.:370,0,2336:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,952:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1677:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1555:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1276:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1109:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,977:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1404:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1220:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1678:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1704:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1147:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1239:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:44,118:162:99:.:.:2691,0,858:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,47:151:99:.:.:827,0,2612:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:65:.:.:0,65,4183:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1507:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,219:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2152,239,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:153,31:184:99:.:.:292,0,4170:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1496:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,50:68:99:.:.:1134,0,353:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1243:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1123:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1242:. 0|1:115,60:175:99:.:.:1121,0,3029:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1356:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,517:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1070:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,23:27:48:.:.:542,0,48:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2687,238,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1593:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,784:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1706:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,115,1366:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:.:.:.:.:120 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:.:.:120 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:287,0:287:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:.:.:.:.:120 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:216,0:216:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:118 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:105 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:108 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:.:.:.:.:120 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:.:.:.:.:120 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:.:.:.:.:120 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,90:117:99:.:.:2574,0,549:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:.:.:.:.:120 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:.:.:.:.:120 0|0:177,0:177:.:.:.:.:120 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:120 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:.:.:.:.:120 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1747:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1615:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1398:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1461:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1535:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:408,0:408:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,326:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 242877 . A G 1.63573e+06 PASS FS=0;MQ=60;QD=22.86;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I1404M;SNPEFF_CODON_CHANGE=atA/atG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.691;VQSLOD=7.27;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.38;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=123.81;GQ_STDDEV=80.23;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0041;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.348;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13987307;AF=0.073;AS_InbreedingCoeff=0.8986;MLEAC=386;MLEAF=0.073;AN=856;AC=87 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1315,110,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1447:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:55:.:.:0,55,950:. 0|0:76,0:76:91:.:.:0,91,2119:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:33,0:33:69:.:.:0,69,982:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1162:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,984:. 0|0:34,0:34:18:.:.:0,18,883:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1743,183,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1385:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1041:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1450:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1328:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,18:95:99:.:.:194,0,2102:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1246:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1312:. 1|0:98,25:123:99:.:.:342,0,2653:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,54:58:49:.:.:1340,49,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1441:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6042,658,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:56,32:88:99:.:.:616,0,1422:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,9:28:99:.:.:163,0,457:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,7:78:31:.:.:0,31,1858:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:41,89:130:99:.:.:2161,0,852:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1014:. 0|1:68,31:99:99:.:.:545,0,1739:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,68:84:99:.:.:1722,0,239:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,26:65:99:.:.:544,0,977:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,89:218:99:.:.:1802,0,3183:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,10:74:55:.:.:55,0,1650:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1591:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,185:186:99:.:.:5142,547,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1426:. 1|1:1,182:183:99:.:.:4796,515,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,88:112:99:.:.:2152,0,389:. 0|1:88,20:108:99:.:.:222,0,2335:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1646:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,35:139:99:.:.:549,0,2732:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,82:146:99:.:.:1840,0,1501:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4137,449,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,164:165:99:.:.:4524,463,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:132,52:184:99:.:.:924,0,3391:. 0|1:169,77:246:99:.:.:1366,0,4283:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:.:.:6452,703,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1253:. 1|0:62,73:135:99:.:.:1683,0,1478:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:162,26:188:99:.:.:152,0,4343:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,329:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2882,303,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4276,449,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:51,39:90:99:.:.:825,0,1263:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,41:169:99:.:.:585,0,3296:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:59,20:79:99:.:.:333,0,1573:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1438:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,68:108:99:.:.:1588,0,897:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2279,243,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:48:.:.:0,48,3030:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,24:104:99:.:.:385,0,2114:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1740:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,197:247:99:.:.:4638,0,767:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:69:.:.:0,69,3483:. 1|0:26,75:101:99:.:.:1775,0,479:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1210:. 0|1:51,64:115:99:.:.:1425,0,1227:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,124:165:99:.:.:2932,0,776:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3185,350,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,26:84:99:.:.:488,0,1504:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,119,1474:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1510:. 0|0:121,0:121:73:.:.:0,73,3127:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1290:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1564:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1001:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1446:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1452:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,138:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:5,180:185:99:.:.:4946,414,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1298:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,759:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:30:.:.:0,30,464:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1849,195,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,97:98:99:.:.:2713,267,0:. 1|0:15,5:20:84:.:.:84,0,375:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1745:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1083:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1452:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1384:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8727,763,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:711,0:711:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:760,0:760:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:.:.:.:.:120 1|0:84,87:171:99:.:.:2326,0,2319:. 1|1:4,250:254:99:.:.:7972,617,0:. 1|1:2,244:246:99:.:.:7980,689,0:. 0|0:533,0:533:.:.:.:.:120 0|0:236,0:236:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:526,0:526:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:621,0:621:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:.:.:8158,736,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:.:.:.:.:120 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:.:.:.:.:120 1|0:42,14:56:99:.:.:291,0,1266:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:192,0:192:.:.:.:.:120 1|1:14,237:251:99:.:.:7557,296,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:.:.:.:.:120 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:.:.:.:.:113 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:481,0:481:.:.:.:.:120 0|1:128,78:206:99:.:.:1900,0,3553:. 0|0:471,0:471:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:.:.:.:.:120 0|0:222,0:222:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:248,0:248:.:.:.:.:120 1|0:129,110:239:99:.:.:2821,0,3689:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:102 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:.:.:.:.:120 0|0:453,0:453:.:.:.:.:120 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:564,0:564:.:.:.:.:120 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:.:.:.:.:120 0|0:499,0:499:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,72:124:99:.:.:2050,0,1386:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:.:.:.:.:120 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:.:.:.:.:120 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:276,72:348:99:.:.:1335,0,8399:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:200,59:259:99:.:.:1113,0,5922:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2317,213,0:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:171,187:358:99:.:.:5085,0,4855:. 1|0:170,147:317:99:.:.:3914,0,4956:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,691:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:183,113:296:99:.:.:2887,0,5550:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,270:270:99:.:.:9080,812,0:. 0|1:179,74:253:99:.:.:1730,0,5483:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:230,25:255:99:.:.:101,0,7108:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:496,0:496:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:628,0:628:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1505:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. Pf3D7_01_v3 243031 . G A 546740 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=20.61;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D1456N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.699;VQSLOD=6.54;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=131.88;GQ_STDDEV=79.98;HRun=3;InbreedingCoeff=0.8224;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.741;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13808942;AF=0.015;AS_InbreedingCoeff=0.9999;MLEAC=78;MLEAF=0.015;AN=856;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:36,0:36:78:0,78,1170:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1201:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1447:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1251:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 1|1:2,57:59:99:1782,120,0:. 0|0:29,0:29:66:0,66,990:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:87:0,87,1118:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1201:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1257:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:16,0:16:48:0,48,511:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:2,0:2:6:0,6,67:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:19,0:19:23:0,23,484:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1120:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,118,1630:. 0|0:165,0:165:99:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1385:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1530:. 0|1:4,14:18:42:391,0,42:. 0|0:7,0:7:21:0,21,207:. 0|0:53,0:53:99:0,116,1450:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1328:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1244:. 1|0:101,224:325:99:5769,0,1827:. 0|0:45,0:45:99:0,112,1312:. 0|0:112,0:112:99:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1441:. 0|0:88,0:88:99:0,115,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,113,1800:. 0|0:74,0:74:0:0,0,1633:. 0|0:30,0:30:57:0,57,778:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,103,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:0,60,592:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,102,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,119,1800:. 0|0:303,0:303:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1228:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1225:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:2469,255,0:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1324:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,101,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1591:. 0|1:31,29:60:99:670,0,717:. 0|0:111,0:111:99:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1426:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|1:44,29:73:99:655,0,971:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,115,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,100,1800:. 1|0:93,71:164:99:1605,0,2060:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,111,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,110,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,105,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,104,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,103,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,107,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1253:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,109,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,113,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,117,1800:. 1|0:91,15:106:99:121,0,2201:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 1|0:108,25:133:99:356,0,2552:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1438:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,109,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1740:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,112,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:0:0,0,1403:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1210:. 0|0:80,0:80:99:0,107,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,113,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,119,1474:. 0|0:47,0:47:99:0,113,1601:. 0|0:100,0:100:99:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1290:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1564:. 0|0:73,0:73:99:0,115,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,100,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1001:. 0|0:144,0:144:99:0,101,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1109:. 0|0:100,0:100:28:0,28,2348:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1452:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,107,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,222:. 0|0:147,0:147:99:0,118,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,117,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|1:71,10:81:64:64,0,1777:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,108,1620:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1298:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 1|1:2,25:27:23:699,23,0:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1218:. 0|0:138,0:138:99:0,119,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,103,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1745:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1218:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:32:0,32,524:. 0|0:142,0:142:99:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1452:. 0|0:278,0:278:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,104,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1384:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,104,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,107,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,109,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,109,1800:. 0|0:711,0:711:99:0,120,1800:. 0|0:760,0:760:99:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1280:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,114,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:533,0:533:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,112,1800:. 0|0:526,0:526:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:621,0:621:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,113,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:86:0,86,6695:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:93:0,93,1395:. 0|1:28,277:305:40:8510,0,40:. 0|1:94,209:303:99:6183,0,2318:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,105,1800:. 0|0:277,0:277:99:0,117,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,113,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:481,0:481:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,105,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,105,1575:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1255:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 1|1:28,606:634:99:19496,1057,0:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:99:0,120,1800:. 0|0:499,0:499:99:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,116,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,107,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,107,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,108,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:496,0:496:99:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1800:. 0|0:275,0:275:99:0,120,1800:. 0|0:628,0:628:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1505:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 1|1:10,406:416:99:13856,927,0:. 0|0:75,0:75:99:0,108,1800:. Pf3D7_01_v3 243210 . A T 279107 PASS FS=0;MQ=59.95;QD=24.41;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1515D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaA/gaT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.679;VQSLOD=9.22;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=118.36;GQ_STDDEV=31.65;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9921;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.503;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=13770018;AF=0.015;AS_InbreedingCoeff=0.9921;MLEAC=77;MLEAF=0.015;AN=858;AC=3 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:0,111,1514:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1201:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1447:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1251:. 0|0:31,0:31:84:0,84,1260:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1375:. 0|0:25,0:25:63:0,63,945:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1330:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1126:. 1|0:21,16:37:99:407,0,535:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1374:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1071:. 0|0:25,0:25:57:0,57,855:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:19,0:19:57:0,57,552:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1145:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,118,1630:. 0|0:165,0:165:99:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1385:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1194:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:8,0:8:24:0,24,248:. 0|0:53,0:53:99:0,116,1450:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1323:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,104,1362:. 0|0:312,0:312:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,112,1312:. 0|0:112,0:112:99:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1441:. 0|0:88,0:88:99:0,115,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,113,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:88:0,88,1050:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,116,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1090:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,102,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,119,1800:. 0|0:303,0:303:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1228:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1225:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1154:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,101,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1591:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1757:. 0|0:111,0:111:99:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1426:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,114,1456:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,115,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,100,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,112,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,111,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,110,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,105,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,104,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,103,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,107,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1253:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,109,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,113,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,117,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,114,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1438:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,109,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1740:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,112,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1755:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1210:. 0|0:80,0:80:99:0,107,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,113,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,119,1474:. 0|0:47,0:47:99:0,113,1601:. 0|0:100,0:100:99:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1290:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1564:. 0|0:73,0:73:99:0,115,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,100,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1001:. 0|0:144,0:144:99:0,101,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1109:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1452:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,107,1800:. 0|0:10,0:10:30:0,30,278:. 0|0:147,0:147:99:0,118,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,117,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,108,1620:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:0,75,717:. 0|0:39,0:39:99:0,111,1665:. 0|0:138,0:138:99:0,119,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,103,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,637:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1745:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1151:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:142,0:142:99:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1452:. 0|0:278,0:278:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,104,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,104,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,107,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,109,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,109,1800:. 1|1:3,899:902:99:32284,2683,0:. 0|0:760,0:760:99:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:.:.:120 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,114,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:.:.:120 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:533,0:533:.:.:120 0|0:236,0:236:99:0,112,1800:. 0|0:526,0:526:.:.:120 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:621,0:621:.:.:120 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,113,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:.:.:120 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:.:.:120 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,105,1800:. 0|0:277,0:277:99:0,117,1800:. 0|0:221,0:221:.:.:120 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:.:.:120 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:109 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:481,0:481:.:.:120 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:.:.:120 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:.:.:120 0|0:222,0:222:99:0,105,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,105,1575:. 0|0:248,0:248:.:.:120 0|0:188,0:188:99:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:120 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:.:.:120 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:.:.:120 0|0:453,0:453:.:.:120 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:464,0:464:.:.:120 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:.:.:120 0|0:499,0:499:99:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:.:.:120 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:.:.:120 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,116,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,107,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,107,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,108,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:496,0:496:99:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1800:. 0|0:275,0:275:99:0,120,1800:. 0|0:628,0:628:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1505:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:319,0:319:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,108,1800:. Pf3D7_01_v3 243772 . G A 1.15378e+06 PASS FS=0;MQ=60.37;QD=21.03;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1703K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.719;VQSLOD=6.72;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.999;GC=42.86;GQ_MEAN=157.76;GQ_STDDEV=248.01;HRun=3;InbreedingCoeff=0.6445;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.009;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13856097;AF=0.032;AS_InbreedingCoeff=0.9995;MLEAC=170;MLEAF=0.032;AN=858;AC=30 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1242:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1466:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1392:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1280:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1319:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1622:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,642:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1218:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1385:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:12:.:.:0,12,271:. 0|0:12,0:12:16:.:.:0,16,298:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1450:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1308:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1289:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2284:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,869:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:35:.:.:0,35,2074:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1256:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1591:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1476:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,17:157:2:.:.:0,2,3469:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:207,28:235:99:.:.:134,0,5164:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:24:.:.:0,24,4659:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2821,277,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1334:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,154:199:99:.:.:3974,0,630:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,278:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,23:98:99:.:.:390,0,1798:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2393,237,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1210:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:9,97:106:75:.:.:2668,75,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,119,1474:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1310:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1336:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1751:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1127:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1345:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1632:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1548:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,650:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:54,49:103:99:.:.:1151,0,1201:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,646:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1745:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1287:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:71:.:.:0,71,780:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:156,85:241:99:.:.:2336,0,4686:. 1|0:147,102:249:99:.:.:2857,0,4390:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1381:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:179,47:226:99:.:.:999,0,5556:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1423:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,261:261:99:.:.:9351,785,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:627,0:627:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,896:896:99:.:.:31699,2693,0:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,12:117:11:.:.:11,0,3188:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:533,0:533:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:5,508:513:99:.:.:16453,1390,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,271:289:99:.:.:8508,296,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:97:.:.:0,97,1650:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:481,0:481:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1169:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:499,0:499:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2723,238,0:. 1|0:83,77:160:99:.:.:2194,0,2359:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,154:217:99:.:.:4732,0,1516:. 0|1:40,159:199:99:.:.:4858,0,672:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:1,72:73:99:.:.:2401,185,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1376:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:554,0:554:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:628,0:628:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1620:. 1|0:5,37:42:47:.:.:1188,0,47:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. Pf3D7_01_v3 243925 . A G 439103 PASS FS=0.579;MQ=60;QD=21.96;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1754D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aat/Gat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.606;VQSLOD=6.7;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0.0013;NCC=0;BaseQRankSum=-5.994;ClippingRankSum=-0.059;MQRankSum=-0.096;POSITIVE_TRAIN_SITE;ReadPosRankSum=0.987;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13594832;AF=0.027;MLEAC=143;MLEAF=0.027;AN=858;AC=15 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1242:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1466:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1392:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1046:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1280:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1286:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1188:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1385:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1450:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1522:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1308:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1289:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1256:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1591:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1476:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:165,34:199:99:.:.:349,0,4284:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1334:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:153,50:203:99:.:.:774,0,4014:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,204:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1210:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,119,1474:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1310:. 0|1:70,66:136:99:.:.:1436,0,1744:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1336:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1751:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1127:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1345:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1632:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,162:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1548:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,484:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1243:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1381:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,257:257:99:.:.:8985,773,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1423:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:627,0:627:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:693,0:693:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:533,0:533:.:.:.:.:120 0|0:236,0:236:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:495,0:495:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:.:.:.:.:120 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:.:.:.:.:120 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:120 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:109 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:481,0:481:.:.:.:.:120 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:.:.:.:.:120 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:.:.:.:.:120 0|0:188,0:188:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:100 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:.:.:.:.:120 0|0:453,0:453:.:.:.:.:120 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:464,0:464:.:.:.:.:120 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:.:.:.:.:120 0|0:499,0:499:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:.:.:.:.:120 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,68:147:99:.:.:1863,0,2282:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5033,457,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,175:205:99:.:.:5337,0,460:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:262,335:597:99:.:.:9724,0,7477:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,708:708:99:.:.:23752,2128,0:. 1|0:142,53:195:99:.:.:1188,0,4423:. 1|1:0,276:276:99:.:.:9442,830,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1620:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. Pf3D7_01_v3 244080 . T C 1.31675e+06 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=20.41;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D1805;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaT/gaC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.692;VQSLOD=6.38;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=165.02;GQ_STDDEV=213.03;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7204;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.121;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13600262;AF=0.038;AS_InbreedingCoeff=-0.0369;MLEAC=202;MLEAF=0.038;AN=858;AC=68 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1242:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1466:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1392:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1376:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1280:. 0|1:15,32:47:99:.:.:769,0,352:. 0|0:35,0:35:76:.:.:0,76,1029:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,700:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,845:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,201:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,704:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1234:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1385:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,145:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1670:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1522:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1701,182,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1289:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,13:55:99:.:.:154,0,1105:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,47:130:99:.:.:885,0,2075:. 0|0:81,0:81:49:.:.:0,49,2097:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,11:69:99:.:.:112,0,1533:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:81:.:.:0,81,2408:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1109:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,35:147:99:.:.:536,0,3038:. 0|1:80,23:103:99:.:.:327,0,2206:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1797:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1256:. 0|1:144,32:176:99:.:.:335,0,3823:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1887,204,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,90:131:99:.:.:2037,0,900:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,99:201:99:.:.:2057,0,2479:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1476:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,16:114:99:.:.:112,0,2684:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,25:111:99:.:.:358,0,2312:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,7:46:58:.:.:58,0,1069:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,256:304:99:.:.:6193,0,550:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,120:197:99:.:.:2785,0,1855:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,160:214:99:.:.:3785,0,1027:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,88:126:99:.:.:2036,0,828:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,101:190:99:.:.:2201,0,2174:. 1|0:111,132:243:99:.:.:2825,0,2577:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5215,590,0:. 1|1:0,254:254:99:.:.:6825,761,0:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3449,382,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,270:270:99:.:.:7464,809,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1580:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,168:169:99:.:.:4450,495,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,128:129:99:.:.:3533,355,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,6:11:99:.:.:138,0,127:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,43:66:99:.:.:951,0,521:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1210:. 1|0:74,32:106:99:.:.:507,0,1966:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:11:.:.:0,11,1931:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1310:. 0|1:116,18:134:92:.:.:92,0,3264:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1336:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1751:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1127:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1345:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3117,348,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1632:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 1|0:100,89:189:99:.:.:1822,0,2525:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,12:66:99:.:.:136,0,1463:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 1|0:155,33:188:99:.:.:327,0,4077:. 1|0:92,27:119:99:.:.:392,0,2566:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:64,42:106:99:.:.:861,0,1687:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,333:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1243:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1401,156,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,805:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,293:293:99:.:.:9847,880,0:. 1|1:3,225:228:99:.:.:7561,576,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:.:.:7501,666,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,281:281:99:.:.:9391,844,0:. 0|1:138,44:182:99:.:.:979,0,4457:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1423:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,161:168:99:.:.:5285,246,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3630,324,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:627,0:627:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:693,0:693:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:533,0:533:.:.:.:.:120 0|0:236,0:236:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:495,0:495:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:.:.:.:.:120 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:.:.:.:.:120 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1309:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:.:.:.:.:120 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:120 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:109 1|0:40,247:287:99:.:.:7207,0,533:. 0|0:481,0:481:.:.:.:.:120 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:.:.:.:.:120 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:.:.:.:.:120 0|0:188,0:188:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:165,65:230:99:.:.:1482,0,4956:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:100 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:.:.:.:.:120 0|0:453,0:453:.:.:.:.:120 1|0:81,17:98:99:.:.:275,0,2549:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:464,0:464:.:.:.:.:120 0|1:30,166:196:99:.:.:4801,0,470:. 0|0:440,0:440:.:.:.:.:120 0|0:499,0:499:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,33:92:99:.:.:822,0,1865:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:.:.:.:.:120 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,198:236:99:.:.:5896,0,635:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3292,297,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:502,0:502:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1620:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. Pf3D7_01_v3 246913 . A C 1.1619e+06 PASS FS=0;MQ=59.03;QD=21.69;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I2750L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ata/Cta;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0105700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0105700.1;SOR=0.678;VQSLOD=6.56;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.11;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.997;GC=47.62;GQ_MEAN=265.75;GQ_STDDEV=463.62;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6924;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.499;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12009598;AF=0.035;AS_InbreedingCoeff=0.6;MLEAC=182;MLEAF=0.035;AN=856;AC=40 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1537:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1345:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1348:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1574:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1516:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1564:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:25,0:25:62:.:.:0,62,764:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,329:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1458:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:68:.:.:0,68,946:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,164:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1350:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,241:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1289:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1133:. 0|0:63,0:63:53:.:.:0,53,1562:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:30,72:102:99:.:.:1619,0,594:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,112:113:99:1|1:246865_A_G:4223,329,0:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,627:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1387:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:246850_C_CGTGATGAAAAATTAACGT:1854,167,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1715:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1403:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1713:. 1|1:2,47:49:99:.:.:1243,127,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1041:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1483:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1447:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1384:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1246:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1613:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1406:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1432:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,32:167:99:.:.:385,0,3574:. 1|1:7,127:134:99:.:.:3157,223,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,56:118:99:.:.:1137,0,1525:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,136:137:99:.:.:3660,381,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,24:145:99:.:.:143,0,3825:. 0|1:74,147:221:99:.:.:3162,0,2289:. 0|0:151,0:151:34:.:.:0,34,3729:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,13:95:43:0|1:246913_A_C:43,0,2210:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1519:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1452:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,50:119:99:.:.:996,0,1754:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:42,61:103:99:.:.:1368,0,960:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,86:130:99:.:.:1915,0,959:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1390:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:122,20:142:99:.:.:110,0,6936:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:111,11:122:66:.:.:0,66,3063:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1477:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:45,31:76:99:1|0:246865_ACG_A:645,0,2222:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1678:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1659:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1797:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1468:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1786,199,0:. 1|0:74,37:111:99:.:.:653,0,1963:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1683,186,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1388:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1755:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,179:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:100,185:285:99:0|1:246848_T_C:6112,0,9797:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1509:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 1|0:19,22:41:99:.:.:482,0,444:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1083:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,867:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1605:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,93:219:99:0|1:246913_A_C:3512,0,5009:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1541:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1448:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:611,0:611:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,446:456:99:1|1:246913_A_C:18099,964,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,18:219:58:.:.:0,58,7039:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,353:354:99:.:.:13628,1004,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,206:207:99:.:.:6591,589,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,159:248:99:1|0:246850_C_CGTGATGAAAAATTAACGT:4537,0,2647:. 0|0:244,0:244:33:.:.:0,33,6709:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:0:.:.:0,0,5658:. 0|0:103,0:103:23:.:.:0,23,2716:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:427,0:427:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:0:.:.:0,0,6352:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1217:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,786:. 1|0:27,201:228:99:.:.:7461,0,730:. 1|0:225,21:246:48:.:.:48,0,8389:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:176,29:205:99:.:.:299,0,5420:. 0|1:202,225:427:99:.:.:7252,0,7639:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:42:.:.:0,42,2826:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1468:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:45:.:.:0,45,675:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1327:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:496,0:496:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 252604 . A G 35970 PASS FS=0;MQ=62.06;QD=17.35;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.666;VQSLOD=4.39;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.58;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=115.93;GQ_STDDEV=21.09;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8824;MQRankSum=-0.167;NCC=0;ReadPosRankSum=1.77;culprit=MQ;set=snp;DP=2818006;AF=0.007868;AS_InbreedingCoeff=-0.0746;MLEAC=39;MLEAF=0.007671;AN=802;AC=3 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1117:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1517:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:58:.:.:0,58,902:. 0|0:29,0:29:61:.:.:0,61,854:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1379:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,256:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:21,0:21:33:.:.:0,33,613:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,903:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,363:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1222:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,460:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,976:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,839:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1205:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1294:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:67:.:.:0,67,963:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1242:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1388:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,2:20:10:.:.:0,10,511:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:33,0:33:82:.:.:0,82,965:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1084:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,996:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1223:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,926:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1073:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1746:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:70:.:.:0,70,886:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1796:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,674:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:25:.:.:0,25,766:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1180:. 0|0:23,0:23:61:.:.:0,61,688:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1369:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1361:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1318:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1032:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1602:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1331:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,557:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1278:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,990:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1574:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1293:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1461:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,705:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1224:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1572:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1480:. 0|1:33,58:91:99:.:.:1149,0,608:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1318:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1675:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1111:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1066:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1160:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,795:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1214:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1385:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1720:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1212:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1259:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1029:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1037:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1736:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1312:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1175:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1276:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1646:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:17,0:17:26:.:.:0,26,473:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1086:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1152:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1462:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1594:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1022:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1120:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1397:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1720:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,160:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1061:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1666:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:28,0:28:73:.:.:0,73,816:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1172:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1701:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,607:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1433:. 0|0:28,0:28:73:.:.:0,73,822:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1740:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1272:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1426:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1535:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1111:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1419:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,602:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1309:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1467:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,906:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,714:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1229:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,153:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,953:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,830:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1695:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1257:. 0|0:32,0:32:32:.:.:0,32,860:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1215:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,452:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1519:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,774:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,94:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1561:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1376:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1454:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1746:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,472:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,210:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,969:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1394:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,994:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1578:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,181:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1317:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,147:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,710:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,129:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,718:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,296:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,709:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,717:. 1|0:6,9:15:99:.:.:266,0,174:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:22,0:22:62:.:.:0,62,841:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,929:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,248:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,689:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,519:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,469:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,689:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,127:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,164:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,192:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,463:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,164:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,310:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,596:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1596:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,57:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,180:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,109,1248:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1449:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1152:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1713:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1361:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,787:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,752:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1250:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1635:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1223:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1283:. 0|0:35,0:35:71:.:.:0,71,1102:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1284:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,946:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1260:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1471:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1162:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1553:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:3 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,922:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1305:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:33 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1578:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1297:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:3 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1245:. 0|1:3,9:12:51:.:.:220,0,51:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:101 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1712:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1163:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1152:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,190:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1424:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,265:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,624:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,569:. 0|0:24,0:24:41:.:.:0,41,746:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,271:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,272:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,399:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,461:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,383:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,177:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,613:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,138:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,172:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,102:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,536:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:21,0:21:4:.:.:0,4,586:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,692:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,671:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1700:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,956:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,470:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,223:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,71:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1121:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. Pf3D7_01_v3 253194 . C G 94407.3 PASS FS=0.608;MQ=60.28;QD=19.68;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.787;VQSLOD=3.21;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=116.63;GQ_STDDEV=36.82;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9461;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.195;culprit=FS;set=snp;DP=3383791;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=-0.0435;MLEAC=57;MLEAF=0.011;AN=806;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1151:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1460:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1259:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1418:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1502:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1414:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,324:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,397:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,211:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,208:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1038:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,197:. 0|0:14,0:14:19:.:.:0,19,324:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:22:.:.:0,22,313:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,964:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1392:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1235:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,566:. 0|0:29,0:29:58:.:.:0,58,715:. 0|1:8,9:17:99:.:.:210,0,154:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1304:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,992:. 0|1:23,20:43:99:.:.:428,0,524:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1474:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,944:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1095:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1436:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,280:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,738:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1099:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1205:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,579:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,473:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1483:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,353:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1717:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,982:. 0|0:24,0:24:47:.:.:0,47,630:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:82:.:.:0,82,865:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,681:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1220:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,773:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,109,1789:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1585:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1284:. 0|1:17,4:21:55:.:.:55,0,408:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1091:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1361:. 1|0:23,46:69:99:.:.:1004,0,430:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1133:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1212:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1344:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1323:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1038:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1090:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,638:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:39,0:39:91:.:.:0,91,973:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1553:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1341:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1017:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:81:.:.:0,81,1322:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,993:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1335:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1252:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1097:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1372:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1376:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1058:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,974:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1419:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,460:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,780:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,952:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1404:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1110:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1495:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1237:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1021:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1475:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1467:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1370:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1488:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1694:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,751:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1151:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1402:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1662:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1260:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1458:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,107,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1205:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1223:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1197:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1083:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1194:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1266:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1622:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1117:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,886:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,851:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,704:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,943:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1022:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1141:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,554:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,733:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1094:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,223:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1787:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1397:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1255:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,303:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1366:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1057:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,183:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,691:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,783:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,368:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,186:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,203:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,582:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,231:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,955:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,852:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,636:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,533:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,756:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:19,0:19:19:.:.:0,19,540:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,842:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,427:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,239:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,642:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,774:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,639:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,203:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,113:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,225:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,316:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,677:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1309:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1091:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1316:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:21 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1351:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1419:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1114:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1614:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1267:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1407:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1322:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1369:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:60 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1275:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1429:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1428:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1379:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,859:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1206:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2555,264,0:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,735:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,670:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,632:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,803:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,565:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1006:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,935:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,969:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,589:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1362:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:72:.:.:0,72,961:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1064:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,708:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1463:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,976:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,558:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,900:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1335:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,119:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1013:. Pf3D7_01_v3 253375 . A T 936791 PASS FS=0;MQ=60.45;QD=24.41;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.668;VQSLOD=6.84;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=23.81;GQ_MEAN=236.15;GQ_STDDEV=268.56;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5726;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.235;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=SOR;set=snp;DP=2614250;AF=0.212;AS_InbreedingCoeff=0.2506;MLEAC=1017;MLEAF=0.211;AN=748;AC=305 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:17,54:71:99:.:.:1501,0,333:. 0|1:30,13:43:99:.:.:293,0,826:. 0|0:64,4:68:77:.:.:0,77,1920:. 1|0:30,7:37:99:.:.:122,0,846:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,5:68:53:.:.:0,53,1866:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:13,51:64:99:.:.:1398,0,221:. 1|0:25,3:28:16:.:.:16,0,722:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2467,237,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:10,22:32:99:.:.:578,0,221:. 0|1:4,14:18:76:.:.:399,0,76:. 1|1:0,11:11:33:.:.:339,33,0:. 0|0:6,0:6:7:.:.:0,7,152:. 1|1:0,13:13:39:.:.:423,39,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:262,24,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1206:. 0|1:15,33:48:99:.:.:913,0,341:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1649,166,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2054,207,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,739:. 1|0:33,17:50:99:.:.:353,0,818:. 1|1:0,10:10:29:.:.:274,29,0:. 1|0:0,4:4:12:.:.:118,12,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1226:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,610:. 1|1:3,65:68:99:.:.:1974,129,0:. 0|1:30,11:41:99:.:.:214,0,793:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1459:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1526,147,0:. 1|0:87,22:109:99:.:.:367,0,2355:. 0|0:47,0:47:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:8,10:18:99:.:.:260,0,185:. 0|0:12,0:12:4:.:.:0,4,300:. 0|1:5,13:18:91:.:.:359,0,91:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 1|0:25,37:62:99:.:.:944,0,577:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1154:. 1|0:30,25:55:99:.:.:602,0,699:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:18,8:26:99:.:.:155,0,476:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 1|0:34,9:43:99:.:.:146,0,875:. 0|1:7,41:48:74:.:.:1073,0,74:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:4,5:9:78:.:.:132,0,78:. 0|1:35,6:41:55:.:.:55,0,916:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|1:11,21:32:99:.:.:529,0,399:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1692,170,0:. 0|1:15,30:45:99:.:.:784,0,320:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:30,53:83:99:.:.:1299,0,628:. 0|1:6,16:22:99:.:.:396,0,116:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2866,283,0:. 0|0:19,0:19:30:.:.:0,30,450:. 0|1:42,11:53:99:.:.:173,0,1110:. 1|0:18,17:35:99:.:.:424,0,460:. 1|0:18,14:32:99:.:.:333,0,472:. 1|1:0,18:18:54:.:.:560,54,0:. 0|0:43,0:43:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1051,105,0:. 1|1:0,30:30:90:.:.:944,90,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1126,116,0:. 0|1:2,11:13:24:.:.:302,0,24:. 1|1:7,81:88:52:.:.:2246,52,0:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1295:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,20:20:60:.:.:595,60,0:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1158,111,0:. 0|1:16,13:29:99:.:.:291,0,415:. 0|1:3,28:31:0:.:.:768,0,0:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:19,0:19:39:.:.:0,39,585:. 1|1:1,38:39:88:.:.:1091,88,0:. 1|0:30,7:37:99:.:.:111,0,793:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2543,263,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:20,3:23:25:.:.:25,0,791:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1654,162,0:. 0|1:5,20:25:76:.:.:504,0,76:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1510:. 0|1:11,13:24:99:.:.:344,0,287:. 1|1:2,19:21:1:.:.:458,1,0:. 0|1:6,5:11:99:.:.:105,0,139:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,978:. 0|0:34,2:36:47:.:.:0,47,1436:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1127:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:32,125:157:99:.:.:3306,0,470:. 0|1:9,11:20:99:.:.:272,0,184:. 1|1:2,105:107:99:.:.:3058,258,0:. 1|0:44,12:56:99:.:.:207,0,1118:. 1|1:0,26:26:78:.:.:775,78,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1886,194,0:. 1|0:64,10:74:74:.:.:74,0,1734:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,34:34:99:.:.:970,102,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1111:. 0|1:49,26:75:99:.:.:571,0,1184:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:15,8:23:99:.:.:173,0,402:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,5:54:1:.:.:0,1,1222:. 1|0:19,3:22:28:.:.:28,0,484:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,34:34:99:.:.:991,102,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1090:. 0|1:17,8:25:99:.:.:160,0,431:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|1:42,5:47:16:.:.:16,0,1100:. 1|0:27,5:32:63:.:.:63,0,666:. 1|0:20,6:26:99:.:.:106,0,481:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1000:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,886:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|0:20,9:29:99:.:.:186,0,469:. 1|0:8,13:21:99:.:.:298,0,164:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:40,0:40:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,22:22:66:.:.:624,66,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:967,96,0:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:7,23:30:99:.:.:632,0,123:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2590,257,0:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,26:26:78:.:.:817,78,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:846,81,0:. 0|0:54,5:59:22:.:.:0,22,1375:. 1|0:8,8:16:99:.:.:190,0,166:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:39:.:.:0,39,585:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1006:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:31,12:43:99:.:.:257,0,804:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,750:. 1|0:35,3:38:23:.:.:23,0,972:. 0|1:7,44:51:99:.:.:1201,0,121:. 1|1:1,102:103:99:.:.:3018,277,0:. 0|1:26,17:43:99:.:.:375,0,676:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3050,308,0:. 1|1:3,49:52:74:.:.:1429,74,0:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,23:23:69:.:.:717,69,0:. 0|1:18,28:46:99:.:.:688,0,410:. 1|0:44,34:78:99:.:.:784,0,1068:. 1|0:52,7:59:29:.:.:29,0,1364:. 0|0:44,0:44:96:.:.:0,96,1440:. 0|1:14,43:57:99:.:.:1099,0,223:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,2:41:57:.:.:0,57,1063:. 1|0:10,32:42:99:.:.:792,0,179:. 1|0:42,10:52:99:.:.:147,0,1093:. 1|0:36,27:63:99:.:.:627,0,901:. 0|0:32,3:35:8:.:.:0,8,840:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1161:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1748,171,0:. 1|1:5,76:81:83:.:.:2067,83,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1321:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,24:24:72:.:.:739,72,0:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,752:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:53:.:.:0,53,925:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,29:29:87:.:.:877,87,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1430,155,0:. 1|1:3,49:52:66:.:.:1313,66,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1393:. 1|0:61,19:80:99:.:.:306,0,1581:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1307,129,0:. 0|0:25,3:28:2:.:.:0,2,704:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|1:6,11:17:99:.:.:300,0,126:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:22,22:44:99:.:.:530,0,536:. 1|1:2,44:46:75:.:.:1255,75,0:. 1|1:3,34:37:17:.:.:933,17,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:58,16:74:99:.:.:269,0,1611:. 0|0:47,0:47:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:18,13:31:99:.:.:309,0,457:. 1|0:9,65:74:30:.:.:1709,0,30:. 0|0:61,6:67:55:.:.:0,55,1688:. 0|1:13,11:24:99:.:.:268,0,327:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,696:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 1|0:7,22:29:99:.:.:589,0,131:. 0|0:27,0:27:26:.:.:0,26,690:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|1:17,2:19:4:.:.:4,0,433:. 1|1:0,21:21:63:.:.:634,63,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1204,123,0:. 1|0:21,20:41:99:.:.:517,0,512:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1389:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1387:. 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,907:. 1|1:0,19:19:57:.:.:580,57,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1423:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1469,150,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:905,93,0:. 1|0:5,22:27:34:.:.:597,0,34:. 1|0:51,27:78:99:.:.:562,0,1290:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 0|1:2,3:5:44:.:.:79,0,44:. 1|0:52,8:60:53:.:.:53,0,1377:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:13,31:44:99:.:.:740,0,193:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:15,9:24:99:.:.:181,0,341:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,25:29:27:.:.:660,0,27:. 1|1:0,13:13:39:.:.:415,39,0:. 0|0:30,3:33:8:.:.:0,8,848:. 1|1:8,121:129:97:.:.:3314,97,0:. 0|1:9,19:28:99:.:.:473,0,199:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1032:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 1|1:1,21:22:35:.:.:624,35,0:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1469,123,0:. 0|1:22,23:45:99:.:.:585,0,532:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 1|0:16,15:31:99:.:.:384,0,384:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1144:. 1|0:5,2:7:42:.:.:42,0,138:. 1|0:4,4:8:98:.:.:98,0,100:. 1|1:0,16:16:48:.:.:488,48,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1914,192,0:. 0|1:3,11:14:34:.:.:280,0,34:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,142:. 1|0:4,0:4:12:.:.:0,12,136:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,173:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,128:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|1:5,9:14:99:.:.:283,0,140:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,9:9:27:.:.:324,27,0:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,270:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:338,30,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:334,27,0:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,12:12:36:.:.:385,36,0:. 1|1:1,3:4:20:.:.:97,0,20:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,329:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,239:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 1|0:3,13:16:58:.:.:412,0,58:. 1|1:0,4:4:12:.:.:146,12,0:. 1|0:4,7:11:99:.:.:201,0,111:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,3:3:9:.:.:107,9,0:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 1|1:0,9:9:27:.:.:327,27,0:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,98:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:183,15,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,118:. 1|1:0,7:7:21:.:.:242,21,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,273:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 1|1:0,24:24:72:.:.:826,72,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:0,2:2:6:.:.:72,6,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:641,54,0:. 1|1:1,24:25:40:.:.:797,40,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1412,132,0:. 0|0:0,3:3:9:.:.:111,9,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:508,48,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:457,39,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:569,51,0:. 1|1:0,3:3:9:.:.:111,9,0:. 0|1:15,38:53:99:.:.:1039,0,366:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1317:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:0,3:3:9:.:.:109,9,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:422,39,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,599:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,420:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,8:8:24:.:.:258,24,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:975,84,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:603,51,0:. 0|1:2,5:7:42:.:.:103,0,42:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:597,54,0:. 0|0:1,3:4:24:.:.:97,0,24:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1401,132,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:324,27,0:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1898,177,0:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,10:10:30:.:.:320,30,0:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,211:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,21:22:28:.:.:618,28,0:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,256:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:1,9:10:7:.:.:245,0,7:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:313,33,0:. 0|0:0,2:2:6:.:.:70,6,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:192,18,0:. 0|0:5,0:5:6:.:.:0,6,90:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,255:. 0|0:61,0:61:60:.:.:0,60,900:. 0|1:3,5:8:63:.:.:133,0,63:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,69:. 1|0:7,7:14:99:.:.:187,0,183:. 1|1:0,15:15:45:.:.:514,45,0:. 1|0:2,10:12:35:.:.:300,0,35:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:1,4:5:10:.:.:108,0,10:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|1:19,5:24:86:.:.:86,0,477:. 1|1:0,4:4:12:.:.:144,12,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:154,15,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:173,18,0:. 1|1:0,14:14:42:.:.:466,42,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:159,15,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:217,18,0:. 0|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:16,0:16:11:.:.:0,11,377:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 1|0:3,0:3:0:.:.:0,0,12:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:337,30,0:. 1|0:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:180,15,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,155:. 1|1:0,13:13:39:.:.:453,39,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:237,24,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|1:2,4:6:50:.:.:129,0,50:. 1|1:0,10:10:30:.:.:271,30,0:. 0|0:15,0:15:30:.:.:0,30,450:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 1|1:0,6:6:18:.:.:192,18,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,9:9:27:.:.:304,27,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:319,27,0:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 1|1:0,4:4:12:.:.:146,12,0:. 1|1:0,2:2:6:.:.:74,6,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:184,15,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:266,27,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,206:. 1|1:0,6:6:18:.:.:192,18,0:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|1:0,3:3:9:.:.:87,9,0:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:353,30,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,108:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|1:12,43:55:99:.:.:1323,0,248:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,87:. 1|0:2,4:6:55:.:.:125,0,55:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3047,273,0:. 1|0:4,10:14:99:.:.:280,0,101:. 1|1:0,12:12:36:.:.:388,36,0:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 1|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:248,24,0:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. Pf3D7_01_v3 255188 . G C 260845 PASS FS=0;MQ=59.92;QD=23.43;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.679;VQSLOD=5.66;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=130.2;GQ_STDDEV=97.88;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9461;NCC=0;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.69;culprit=MQ;set=snp;DP=5088465;AF=0.02;AS_InbreedingCoeff=0.9461;MLEAC=103;MLEAF=0.02;AN=850;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1258:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1082:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1341:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1046:. 0|0:42,0:42:94:.:.:0,94,1152:. 0|0:46,0:46:81:.:.:0,81,1126:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1253:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1290:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1130:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1582:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1157:. 1|0:45,24:69:99:.:.:446,0,980:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,12:44:99:.:.:203,0,764:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1359:. 1|0:10,24:34:99:0|1:255188_G_C:542,0,166:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1284:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1209:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1061:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1458:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1157:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1529:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1454:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1368:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1422:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,757:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1625:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1576:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1578:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1488:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1236:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,965:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1314:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1347:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1009:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1148:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,994:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1009:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1071:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1507:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1039:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1654:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,892:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1365:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1307:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1541:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1121:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:3830,429,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1546:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1618:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,116,1184:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1625:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1630:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1647:. 0|0:86,0:86:88:.:.:0,88,1948:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1409:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1375:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1658:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1183:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1467:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1340:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1388:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,997:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1281:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,981:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1608:. 0|0:60,0:60:73:.:.:0,73,1432:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,175:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1319:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1198:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1652:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1006:. 0|0:48,0:48:79:.:.:0,79,1180:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1326:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,10:62:99:.:.:100,0,1236:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1333:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1008:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1454:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1543:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1178:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1526:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1541:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1057:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1486:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1154:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1359:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1223:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1386:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,69:80:52:.:.:1591,0,52:. 0|0:35,0:35:28:.:.:0,28,776:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,113,1227:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1313:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,992:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1053:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1390:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1354:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1299:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,971:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,113:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1544:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:94:.:.:0,94,1041:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,572:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1096:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1223:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1009:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1469:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1560:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1143:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,437:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1680:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,566:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1322:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,926:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1436:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1344:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1317:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1457:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1428:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1298:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1644:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1497:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1229:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1468:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1184:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,366:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,656:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1267:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1554:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:84 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1307:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:120 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1491:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:104 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:99 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1511:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1787:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:112 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1366:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:102 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:.:.:.:.:69 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:45 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:24 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1480:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:99 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:99 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1616:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:98 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1638:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1072:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1525:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1631:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:102 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1559:. 0|0:83,0:83:.:.:.:.:107 0|0:44,0:44:.:.:.:.:118 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1332:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:110 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1363:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:119 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:81 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1105:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1224:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1553:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1044:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1343:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1430:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1373:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,478:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,339:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,167:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1109:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,190:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1378:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1676:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1435:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1239:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1206:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1059:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1457:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,17:23:99:.:.:507,0,136:. 0|1:73,77:150:99:.:.:2096,0,1851:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1274:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:22:.:.:0,22,552:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 256650 . G T 161776 PASS FS=0.603;MQ=59.91;QD=23.42;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H632N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106000;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106000.1;SOR=0.59;VQSLOD=4.15;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=-0.0005;NCC=0;BaseQRankSum=6.15;ClippingRankSum=-0.081;MQRankSum=0.026;ReadPosRankSum=1.51;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9101137;AF=0.005329;MLEAC=28;MLEAF=0.005329;AN=858;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:0,99,929:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1323:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1755:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1371:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1189:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1274:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1254:. 0|0:40,0:40:87:0,87,1074:. 0|0:35,0:35:93:0,93,895:. 0|0:52,0:52:99:0,111,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1380:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1196:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1766:. 0|0:15,0:15:45:0,45,421:. 0|0:10,0:10:30:0,30,306:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1335:. 0|0:56,0:56:99:0,112,1595:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1575:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1226:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,104,1362:. 0|0:102,0:102:99:0,100,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1469:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1074:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,119,1498:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,106,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1481:. 0|0:145,0:145:99:0,107,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,917:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1404:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,114,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,115,1213:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,115,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1217:. 0|0:77,0:77:99:0,116,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,107,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,887:. 0|0:56,0:56:99:0,119,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1051:. 0|0:39,0:39:87:0,87,1041:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,109,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1249:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1375:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1124:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1330:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1308:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1172:. 0|0:79,0:79:99:0,108,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,100,1490:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:0,101,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1299:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,115,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1665:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,100,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,119,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 1|0:60,91:151:99:2380,0,1202:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,112,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,100,1597:. 0|0:65,0:65:99:0,103,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1665:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,100,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:4875,503,0:. 1|1:0,208:208:99:6261,624,0:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:0,102,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1468:. 0|0:102,0:102:99:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1366:. 0|0:84,0:84:99:0,117,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,105,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,107,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,110,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:0,110,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,103,1588:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|1:8,6:14:99:143,0,181:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,119,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1547:. 0|0:95,0:95:99:0,104,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1494:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1286:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|1:58,111:169:99:2784,0,1157:. 0|1:33,76:109:99:1966,0,594:. 0|0:92,0:92:99:0,116,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,116,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,100,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,110,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,105,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,113,1734:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,104,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1502:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1126:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1260:. 0|0:55,0:55:99:0,100,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,118,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1157:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,109,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1127:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1381:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,111,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1154:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1163:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,115,1520:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1429:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:76,0:76:99:0,112,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,119,1522:. 0|0:89,0:89:99:0,110,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,115,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1104:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1620:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1232:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:0,103,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,106,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,623:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1204:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1119:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:86,0:86:99:0,107,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,110,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,108,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,118,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 1|1:0,29:29:87:1046,87,0:. 0|0:82,0:82:99:0,104,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,101,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,109,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,118,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,118,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:0,107,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1352:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,107,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,106,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:3528,301,0:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:0,120,1800:. 0|0:396,0:396:99:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1487:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:70,0:70:.:.:115 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,102,1800:. 0|0:285,0:285:.:.:102 0|0:105,0:105:99:0,119,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:.:.:120 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:.:.:105 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:.:.:99 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,116,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:.:.:104 0|0:73,0:73:99:0,108,1800:. 0|0:268,0:268:.:.:108 0|0:37,0:37:99:0,99,1391:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,100,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,114,1710:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:.:.:111 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:120 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:106 1|0:51,194:245:99:5821,0,905:. 0|0:317,0:317:.:.:120 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:.:.:120 0|0:134,0:134:99:0,109,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:120 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:.:.:112 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 1|0:117,76:193:99:1901,0,3135:. 0|0:39,0:39:.:.:103 0|0:142,0:142:99:0,111,1800:. 0|0:275,0:275:.:.:120 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:.:.:120 0|0:304,0:304:.:.:120 1|0:93,20:113:99:341,0,2710:. 0|0:100,0:100:99:0,102,1530:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:120 0|0:90,0:90:99:0,107,1800:. 0|0:285,0:285:.:.:120 0|0:346,0:346:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:.:.:120 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:.:.:109 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1569:. 0|0:85,0:85:99:0,106,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,114,1710:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,104,1329:. 1|1:0,105:105:99:3609,316,0:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:36:0,36,413:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,109,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,103,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,109,1800:. 0|0:323,0:323:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1574:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:368,0:368:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,100,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:1982,180,0:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,100,1800:. Pf3D7_01_v3 257976 . T C 156184 PASS FS=0;MQ=60.17;QD=18.18;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N190D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aat/Gat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106000;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106000.1;SOR=0.706;VQSLOD=5.35;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=-0;NCC=1;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=-0.151;MQRankSum=0.612;ReadPosRankSum=1.14;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8582664;AF=0.008378;MLEAC=43;MLEAF=0.008187;AN=854;AC=24 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1276:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1622:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1256:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1583:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1489:. 1|1:7,100:107:98:.:.:2675,98,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1600:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1545:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1266:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,696:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1190:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1192:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1539:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1265:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1443:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1344:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1256:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1269:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1299:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1267:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,78:152:99:.:.:1728,0,1759:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1612:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1448:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1267:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1677:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,766:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1300:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1343:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1569:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1075:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:17,41:58:99:.:.:1003,0,358:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1060:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,112,1798:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,965:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1271:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1167:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,930:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1380:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1611:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1780:. 0|1:44,12:56:99:.:.:174,0,1164:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1041:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1438:. 1|0:28,76:104:99:.:.:1833,0,522:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:.:.:5640,604,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1735:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:92,15:107:97:.:.:97,0,2445:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1797:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1228:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1754:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1270:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1190:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1065:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1469:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1384:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1341:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1471:. 1|1:1,98:99:99:.:.:2718,267,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1524:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1400:. 0|1:78,31:109:99:.:.:563,0,2052:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1252:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1294:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1663:. 0|1:108,16:124:66:.:.:66,0,2883:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1132:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1483:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1414:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1250:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2404,261,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1714:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1280:. 1|0:9,44:53:99:.:.:1070,0,105:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1334:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1403:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1201:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1195:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1339:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,849:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|1:1,36:37:79:.:.:976,79,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1494:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2005,215,0:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1725:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:19,0:19:41:.:.:0,41,623:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1772:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1626:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1318:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1503:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:.:.:120 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:.:.:.:.:120 0|0:136,0:136:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:185,0:185:.:.:.:.:109 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:132,0:132:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1499:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:.:.:.:.:118 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:.:.:.:.:101 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:108 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:99 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:.:.:.:.:109 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:157,0:157:.:.:.:.:114 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:120 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:100 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:.:.:.:.:104 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:.:.:.:.:118 0|0:141,0:141:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:.:.:.:.:110 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:.:.:.:.:120 0|0:263,0:263:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:113 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1509:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1466:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,83:197:99:.:.:2200,0,3369:. 0|1:89,110:199:99:.:.:3006,0,2463:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,90:160:99:.:.:2530,0,1912:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:37,94:131:99:.:.:2733,0,903:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1800:. Pf3D7_01_v3 260489 . A G 709508 PASS FS=0.613;MQ=60.4;QD=20.54;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.801;VQSLOD=3.33;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0046;FractionInformativeReads=0.998;GC=42.86;GQ_MEAN=163.81;GQ_STDDEV=164.7;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5623;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.446;culprit=MQ;set=snp;DP=4771902;AF=0.05;AS_InbreedingCoeff=0.5313;MLEAC=259;MLEAF=0.049;AN=854;AC=72 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:70,0:70:67:.:.:0,67,1992:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1417:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1399:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1352:. 0|0:57,0:57:35:.:.:0,35,1514:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1380:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1204:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1586:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1398:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1480:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,394:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1469:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,349:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1039:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1279:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,18:43:99:.:.:392,0,644:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1214:. 0|1:80,26:106:99:.:.:408,0,2176:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1129:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1252:. 1|0:19,6:25:91:.:.:91,0,510:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,46:87:99:.:.:999,0,1010:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1489:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1258:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,998:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1195:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1156:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,98:110:47:.:.:2345,0,47:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1366:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1227:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1574:. 0|1:15,46:61:99:.:.:1094,0,281:. 1|0:38,56:94:99:.:.:1205,0,877:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,916:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1357:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:.:.:993,118,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1187:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1317:. 0|1:9,20:29:99:.:.:472,0,177:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1355:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,891:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:12,116:128:14:.:.:2719,14,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1073:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1193:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1283:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1236:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1009:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,985:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2516:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,940:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:9,38:47:99:.:.:883,0,130:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1204:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1178:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,42:132:99:.:.:740,0,2382:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:1,201:202:99:.:.:5412,592,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1476:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1211:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:109,31:140:99:.:.:370,0,2891:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1432:. 1|1:1,143:144:99:.:.:3784,399,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1296:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:63,20:83:99:.:.:274,0,1687:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1800,204,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1208:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1214:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1556:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1339:. 0|1:24,50:74:99:.:.:1153,0,535:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1338:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,115,1758:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1158:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1533:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1558:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1418:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,951:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1199:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1043:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1237:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1097:. 1|0:65,26:91:99:.:.:424,0,1704:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,922:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1430:. 0|1:96,15:111:74:.:.:74,0,2576:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1548:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,58:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1488:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,984:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1458:. 0|1:42,19:61:99:.:.:343,0,1099:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,4:75:99:.:.:0,117,2799:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1435:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:17,32:49:99:.:.:728,0,375:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1719:. 1|0:90,20:110:99:.:.:196,0,2388:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,95:96:99:.:.:2573,256,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1234:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:7,83:90:53:.:.:2013,53,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1508:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1326:. 0|0:72,0:72:28:.:.:0,28,1808:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1203:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1404:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1325:. 1|0:61,10:71:56:.:.:56,0,1682:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|1:28,14:42:99:.:.:227,0,737:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1349:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,20:109:99:.:.:212,0,2366:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1301:. 0|0:46,0:46:85:.:.:0,85,1286:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1693:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1112:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:7:.:.:0,7,845:. 1|1:1,62:63:99:.:.:1665,158,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1715:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1081:. 1|0:11,86:97:62:.:.:2101,0,62:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1598:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1114:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1004:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1347:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,311:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1767:. 0|0:71,0:71:22:.:.:0,22,1742:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1268:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1049:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:36,6:42:40:.:.:40,0,998:. 1|1:0,16:16:48:.:.:441,48,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,250:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,984:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1209:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1596:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,229:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1150:. 1|0:5,10:15:99:.:.:236,0,116:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1766,153,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1452:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1386:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1404:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1324:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2603,232,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1238:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1396:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1245:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1447:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|1:19,54:73:99:.:.:1651,0,473:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1183:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1493:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1462:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1199:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1513:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1119:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1259:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1286:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1261:. 1|1:1,183:184:99:.:.:5614,511,0:. 1|0:38,41:79:99:.:.:1078,0,1067:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,129:130:99:.:.:4207,355,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,938:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1167:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:107,0:107:44:.:.:0,44,3227:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3362,304,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1157:. 0|0:26,0:26:43:.:.:0,43,815:. 0|0:118,0:118:79:.:.:0,79,3508:. 1|0:66,55:121:99:.:.:1459,0,1976:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1127:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1321:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1142:. 0|1:69,24:93:99:.:.:468,0,2155:. 0|0:61,0:61:1:.:.:0,1,1653:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1385:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,929:. 1|0:28,76:104:99:.:.:2140,0,647:. 0|1:13,3:16:53:.:.:53,0,357:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1211:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1340:. 1|1:2,164:166:99:.:.:4858,422,0:. 1|0:39,55:94:99:.:.:1495,0,1059:. 1|1:1,110:111:99:.:.:3414,294,0:. 1|0:31,20:51:99:.:.:486,0,864:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1114:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1150:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1073:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1161:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1662:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1475:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1465:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2841,265,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1209:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1153:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4074,375,0:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1161:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1473,132,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:28,0:28:70:.:.:0,70,902:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1213:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:29,9:38:99:.:.:202,0,924:. 0|1:88,75:163:99:.:.:1868,0,2583:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1204:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1198:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,268:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 262778 . T A 142950 PASS FS=0;MQ=61.11;QD=24.21;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.72;VQSLOD=4.19;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=0.999;GC=0;GQ_MEAN=104.34;GQ_STDDEV=21.66;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8543;NCC=0;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.723;culprit=FS;set=snp;DP=2672633;AF=0.029;AS_InbreedingCoeff=0.8543;MLEAC=139;MLEAF=0.028;AN=796;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:31,0:31:63:.:.:0,63,945:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1291:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:31,2:33:32:.:.:0,32,910:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:33,0:33:70:.:.:0,70,1035:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1071:. 0|0:28,0:28:61:.:.:0,61,840:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:48:.:.:0,48,700:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:17,0:17:25:.:.:0,25,477:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,305:. 0|0:32,0:32:57:.:.:0,57,855:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1366:. 1|1:1,57:58:99:.:.:1784,163,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,936:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,214:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1179:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1368:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1092:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1231:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:66:.:.:0,66,1194:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:30,0:30:62:.:.:0,62,826:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:39,0:39:82:.:.:0,82,1106:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1333:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1395:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1060:. 0|0:20,0:20:36:.:.:0,36,540:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,718:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:17,0:17:5:.:.:0,5,386:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1560:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:88:.:.:0,88,1147:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1062:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1386:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1403:. 0|0:37,0:37:83:.:.:0,83,1056:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:38,0:38:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:21,0:21:32:.:.:0,32,546:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1190:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:25,0:25:45:.:.:0,45,675:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|1:14,18:32:99:.:.:421,0,327:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:32,0:32:66:.:.:0,66,990:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1168:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1340:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1202:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,2:18:7:.:.:7,0,435:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1108:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1223:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1737:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1536:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:33,2:35:58:.:.:0,58,1022:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1207:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1289:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:16,0:16:17:.:.:0,17,416:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,26:41:99:.:.:747,0,273:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1173:. 0|0:42,0:42:94:.:.:0,94,1227:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1095:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1253:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1243:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1634,150,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1161:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:46:.:.:0,46,721:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1005:. 0|0:26,3:29:19:.:.:0,19,813:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1106:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,653:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1502:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1279:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1157:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1705,168,0:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1016:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1070:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1461:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1299:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,24:24:72:.:.:748,72,0:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:1:.:.:0,1,519:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1453:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1565:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1367:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1682:. 0|0:29,0:29:71:.:.:0,71,829:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1212:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1622:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:76:.:.:0,76,1193:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1328:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1065:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1652:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1331:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,858:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1175:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1021:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1269:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1377:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1488:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1590:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1124:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,606:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:33,0:33:64:.:.:0,64,868:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1737:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1427:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1063:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1007:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,689:. 0|0:29,0:29:54:.:.:0,54,810:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:70:.:.:0,70,978:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1129:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1025:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1479:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1526:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:48:.:.:0,48,720:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:12,4:16:73:.:.:73,0,337:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1112,107,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1166:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,765:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1152:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1507:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1550:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,945:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1010:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:28,0:28:51:.:.:0,51,765:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1105:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,241:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,999:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1162:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1522:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1504:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 1|1:4,38:42:8:.:.:1100,8,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1560:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1174:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,109,1137:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,202:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:20,0:20:39:.:.:0,39,585:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,549:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,471:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,210:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,118:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,204:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,706:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1227:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,92:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:16,0:16:14:.:.:0,14,449:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,642:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1217:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:39 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1404:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:18,0:18:21:.:.:0,21,542:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1097:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1214:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1243:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,152:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1429:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1617:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:6 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1292:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1338:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:102 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1418:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,612:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1186:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1379:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:8,0:8:.:.:.:.:24 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1364:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:3 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1124:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1438:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,181:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:21 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,515:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,319:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,177:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,912:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,457:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,456:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,283:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,61:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:28,0:28:21:.:.:0,21,809:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,626:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,656:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1025:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1220:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,210:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. Pf3D7_01_v3 263684 . A C 5.19015e+06 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=27.71;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y102D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tat/Gat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106200;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106200.1;SOR=0.679;VQSLOD=8.05;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.22;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.997;GC=14.29;GQ_MEAN=138.85;GQ_STDDEV=101.45;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6752;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.874;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=7932727;AF=0.253;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=1330;MLEAF=0.254;AN=858;AC=73 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:57,7:64:24:.:.:24,0,1638:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1668:. 0|1:49,7:56:46:1|0:263669_G_T:46,0,1453:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1329:. 0|1:11,65:76:99:.:.:1656,0,130:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1409:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1306:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1205:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1229:. 1|0:30,25:55:99:0|1:263684_A_C:574,0,1062:. 1|0:13,17:30:99:.:.:417,0,336:. 0|0:39,0:39:86:.:.:0,86,1179:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,424:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:34,0:34:70:.:.:0,70,1016:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1299:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1252:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,987:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2161,233,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1297:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,754:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,589:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1301:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1415:. 1|0:75,53:128:99:.:.:1110,0,1880:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1697:. 0|1:41,18:59:99:.:.:312,0,1082:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1352:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1200:. 0|1:61,20:81:99:.:.:311,0,1559:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1296:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:81:.:.:0,81,1547:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1675:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1149:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1629:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:21,34:55:99:.:.:820,0,431:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,32:92:99:.:.:602,0,1550:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1206:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1707:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,952:. 1|0:88,15:103:99:.:.:124,0,2326:. 0|1:82,32:114:99:.:.:564,0,2183:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1671:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,946:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1219:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1188:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1254:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1072:. 0|1:75,30:105:99:.:.:550,0,1957:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1189:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,950:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1339:. 0|0:147,0:147:81:.:.:0,81,3555:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1156:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1169:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,976:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3789,402,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1308:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1122:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1498:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,889:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1070:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1229:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1319:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:137,38:175:99:.:.:532,0,3601:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1351:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,967:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1295:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1359:. 1|1:0,170:170:99:.:.:4633,510,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1516:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,878:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1119:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1265:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:98,37:135:99:.:.:657,0,2606:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4108,453,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:4870,532,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,972:. 0|1:9,86:95:6:.:.:2078,0,6:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1378:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1073:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1271:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1003:. 0|0:102,0:102:47:.:.:0,47,2600:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1197:. 1|1:21,190:211:17:.:.:4801,17,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1405:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1080:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1043:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1539:. 1|0:52,71:123:99:.:.:1656,0,1222:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,977:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,978:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1261:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1304:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1459:. 0|1:44,50:94:99:.:.:1119,0,1028:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,912:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1098:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1047:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1522:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1018:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1831,201,0:. 0|1:44,20:64:99:.:.:341,0,1110:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1710:. 0|1:75,34:109:99:.:.:605,0,1918:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1405:. 1|0:68,22:90:99:.:.:328,0,1815:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1205:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1055:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,939:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1062:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,213:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,899:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1219:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:44,0:44:75:.:.:0,75,1217:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,606:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,913:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,984:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:1:.:.:0,1,687:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1154:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1342:. 1|0:38,54:92:99:.:.:1207,0,868:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1256:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,757:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1244:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1302,141,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1110:. 0|0:35,0:35:76:.:.:0,76,963:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1387:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1217:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,827:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4421,390,0:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5358,472,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1246:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1457:. 1|1:7,128:135:99:.:.:4131,159,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1262:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1416:. 1|1:1,221:222:99:.:.:7544,632,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2200,198,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:3090,270,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1370:. 1|1:9,144:153:99:.:.:4698,154,0:. 1|1:2,115:117:99:.:.:3914,294,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1195:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:5,73:78:52:.:.:2069,52,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1289:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1614:. 1|0:64,82:146:99:.:.:2334,0,1651:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1426:. 1|1:0,255:255:99:.:.:8297,766,0:. 1|1:5,386:391:99:.:.:11819,986,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1605:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1519:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,211:211:99:.:.:7071,634,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,280:280:99:.:.:8488,832,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1324:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1107:. 1|0:34,8:42:99:.:.:124,0,1067:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1644:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1303:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1339:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,113,1448:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1698:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1197:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1565:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1056:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1236:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1371:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1188:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:6,23:29:99:.:.:645,0,103:. 1|0:61,216:277:99:.:.:6260,0,1128:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1505:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1500:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1098:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1262:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1679:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1145:. 1|0:42,169:211:99:.:.:5171,0,763:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1286:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1294:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,999:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1118:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,617:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1755:. 1|1:0,17:17:51:.:.:564,51,0:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7603,676,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1591:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1411:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1216:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,643:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1190:. Pf3D7_01_v3 263751 . T C 250075 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=19.73;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q79;SNPEFF_CODON_CHANGE=caA/caG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106200;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106200.1;SOR=0.701;VQSLOD=4.81;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;InbreedingCoeff=-0;NCC=1;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=-0.125;MQRankSum=0.469;ReadPosRankSum=0.912;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6801522;AF=0.013;MLEAC=66;MLEAF=0.013;AN=856;AC=25 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2018,215,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1261:. 0|0:52,0:52:64:.:.:0,64,1516:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1236:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1306:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1205:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1244:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1184:. 0|0:30,0:30:71:.:.:0,71,835:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,111:. 0|0:30,0:30:66:.:.:0,66,990:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1299:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1252:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,987:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1146:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:77:.:.:0,77,895:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1822,196,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1415:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1697:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1486:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1352:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1296:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1290:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1778:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,661:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1149:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1629:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1206:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1707:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,952:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,2525:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1671:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,946:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1219:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1188:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1254:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1072:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1189:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,950:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1339:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1575:. 0|0:44,0:44:89:.:.:0,89,1268:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1169:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,976:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1308:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,66:132:99:.:.:1409,0,1618:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1122:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:111,55:166:99:.:.:981,0,2911:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,889:. 1|0:107,64:171:99:.:.:1196,0,2779:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,139:141:99:.:.:3689,359,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1229:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1319:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1351:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,967:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1295:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1359:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1516:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,878:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:6,130:136:99:.:.:3127,234,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,972:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1378:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1073:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1271:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1003:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1405:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1080:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,135:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1043:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1539:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,977:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,978:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1261:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1304:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:62,0:62:46:.:.:0,46,1610:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1459:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,912:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1098:. 1|0:131,18:149:13:.:.:13,0,3543:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1047:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1522:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1180:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1414,158,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1431:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:.:.:4606,509,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1205:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1055:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,939:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1062:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:92,55:147:99:.:.:1053,0,2333:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1219:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,147:149:99:.:.:3921,383,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1089:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,913:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,984:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1154:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1342:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,90:93:99:.:.:2451,185,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1110:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1387:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1217:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1246:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1457:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1262:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:35,85:120:99:.:.:2587,0,908:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1195:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1072:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:99 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1289:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:111 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1426:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:163,0:163:.:.:.:.:120 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1605:. 0|0:103,0:103:.:.:.:.:105 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1519:. 0|0:124,0:124:.:.:.:.:120 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1324:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1644:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1303:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1339:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:113 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1698:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:101 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1565:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:102 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1236:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:102 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:99 0|1:160,70:230:99:.:.:1627,0,4768:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1188:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:81 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:109,0:109:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:102 0|0:44,0:44:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1500:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:.:.:.:.:100 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1098:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:117 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1679:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:105 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:111 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1294:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,999:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1118:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1755:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1591:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1411:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1216:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1062:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1166,105,0:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,497:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1190:. Pf3D7_01_v3 264059 . A C 729343 PASS FS=0.562;MQ=62.12;QD=23.45;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106200;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106200.1;SOR=0.618;VQSLOD=3.72;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.11;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0046;FractionInformativeReads=0.997;GC=0;GQ_MEAN=139.09;GQ_STDDEV=91.31;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5623;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.356;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=5507692;AF=0.05;AS_InbreedingCoeff=0.4375;MLEAC=252;MLEAF=0.05;AN=852;AC=93 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:12,26:38:99:.:.:697,0,377:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1403:. 0|0:49,0:49:92:.:.:0,92,1421:. 0|1:22,33:55:99:.:.:805,0,778:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1264:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1335:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1624:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1425:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:61:.:.:0,61,1154:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:1,21:22:31:.:.:545,31,0:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,21:21:63:.:.:629,63,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:468,48,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1313:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1418:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2538,193,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:30,0:30:59:.:.:0,59,864:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:66,19:85:99:.:.:263,0,2321:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1457:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1471:. 1|0:32,29:61:99:1|0:264038_AAT_A:583,0,809:. 1|1:4,95:99:99:.:.:2594,232,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1242:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1451:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1182:. 0|1:8,38:46:99:.:.:1375,0,166:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1904,177,0:. 0|1:37,62:99:99:.:.:1470,0,813:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1364:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1015:. 1|0:7,52:59:27:.:.:1868,0,27:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1336:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1621:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1571:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1584:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1250:. 1|0:24,56:80:99:.:.:1335,0,516:. 0|1:47,9:56:90:1|0:264038_AAT_A:90,0,1265:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1148:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,806:. 0|1:63,19:82:99:.:.:276,0,1945:. 0|1:41,18:59:99:.:.:317,0,1222:. 0|1:32,44:76:99:.:.:1050,0,732:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:83:.:.:0,83,1481:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:7,32:39:99:.:.:792,0,174:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1296:. 0|0:75,7:82:33:.:.:0,33,2381:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1045:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1341:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1339:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:49,0:49:57:.:.:0,57,1317:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1532:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1476:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1116:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,15:61:99:.:.:237,0,1781:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,109,1795:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1308:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1512:. 0|0:67,4:71:99:.:.:0,99,2427:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2179,225,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1369:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:98:.:.:0,98,1439:. 1|1:1,187:188:99:.:.:5316,554,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1610:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3598,389,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,23:70:99:.:.:457,0,1546:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1423:. 1|1:9,101:110:8:.:.:2495,8,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1536:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1604:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,929:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,621:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1490:. 0|1:27,20:47:99:.:.:390,0,641:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,3:60:99:.:.:0,116,2304:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1694:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:42,11:53:99:.:.:213,0,1713:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1377:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,7:90:77:.:.:0,77,3206:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1611:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3405,362,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1261:. 1|0:16,67:83:99:.:.:2401,0,427:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1657:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1309:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1495:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:86,17:103:99:.:.:162,0,3024:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1660:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1543:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1289:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1305:. 1|0:71,12:83:99:.:.:120,0,1924:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1356:. 0|1:29,97:126:99:.:.:2279,0,717:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:35,11:46:99:.:.:151,0,1209:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:31,6:37:48:.:.:48,0,1153:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,61:61:99:1|1:264038_AAT_A:1682,182,0:. 0|1:20,19:39:99:.:.:378,0,590:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1252:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1725:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1720:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,42:53:99:.:.:1106,0,277:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1106:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:92:.:.:0,92,1396:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:3063,229,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1170:. 1|0:9,43:52:99:.:.:1101,0,129:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,251:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,53:113:99:.:.:1150,0,1805:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,22:67:99:.:.:390,0,1278:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:22,79:101:99:.:.:1865,0,625:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:28,0:28:53:.:.:0,53,769:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1434:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1564:. 0|0:11,0:11:4:.:.:0,4,281:. 0|0:49,0:49:90:.:.:0,90,1359:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:70:.:.:0,70,1320:. 0|0:22,0:22:38:.:.:0,38,709:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1879,132,0:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1082:. 0|0:29,0:29:17:.:.:0,17,846:. 0|0:40,0:40:15:.:.:0,15,1155:. 1|1:0,56:56:99:1|1:264038_AAT_A:1934,168,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1492:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,36:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1009:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1515:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1411:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:29,0:29:25:.:.:0,25,901:. 0|0:30,0:30:55:.:.:0,55,952:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:36,0:36:41:.:.:0,41,1089:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:89:.:.:0,89,1341:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,702:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1239:. 0|0:16,0:16:22:.:.:0,22,504:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,20:20:63:1|1:264038_A_AATAT:846,63,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1405:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1153:. 1|1:0,113:113:99:.:.:4900,352,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,178:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:26,0:26:43:.:.:0,43,819:. 0|0:49,0:49:76:.:.:0,76,1490:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3633,327,0:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5376,506,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:47,39:86:99:.:.:957,0,1324:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,88:90:99:1|1:264038_A_AAT:3713,201,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1364:. 0|0:26,0:26:61:.:.:0,61,852:. 0|0:36,0:36:76:.:.:0,76,1107:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3864,351,0:. 1|1:3,158:161:99:.:.:5090,397,0:. 0|0:95,6:101:99:.:.:0,129,3860:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:109,0:109:93:.:.:0,93,3203:. 1|1:6,121:127:99:.:.:5023,193,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,32:60:99:.:.:868,0,764:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:72:.:.:0,72,3094:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,4:66:96:.:.:0,96,2353:. 0|1:3,9:12:71:.:.:243,0,71:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,13:14:32:1|1:264038_A_AAT:556,32,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:1,7:8:10:0|1:264038_A_AAT:291,0,10:. 1|0:28,87:115:99:.:.:3145,0,856:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,7:92:81:.:.:0,81,2903:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:57,23:80:99:.:.:739,0,2263:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:31,0:31:77:.:.:0,77,991:. 1|0:45,5:50:96:.:.:96,0,1745:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:56:.:.:0,56,795:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1429:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1528,143,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:92:.:.:0,92,1359:. 0|1:14,17:31:99:.:.:453,0,487:. 0|0:26,0:26:65:.:.:0,65,835:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:67:.:.:0,67,1083:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1236:. 0|0:37,0:37:86:.:.:0,86,1209:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:91:.:.:0,91,1214:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1379:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1517:. 1|1:5,81:86:99:.:.:2466,100,0:. 0|0:44,0:44:98:.:.:0,98,1442:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,33:33:99:1|1:264038_A_AATAT:1257,99,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,307:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,142:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1978,186,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:42,0:42:91:.:.:0,91,1295:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:61:.:.:0,61,991:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1343:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:28,0:28:73:.:.:0,73,918:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,821:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1680:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:24:.:.:0,24,563:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,228:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:70:.:.:0,70,1298:. Pf3D7_01_v3 265938 . G A 1.57576e+06 PASS FS=2.27;MQ=60.32;QD=23.85;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=C1031;SNPEFF_CODON_CHANGE=tgC/tgT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=ATP6;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106300.1;SOR=0.486;VQSLOD=4.72;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.73;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0482;FractionInformativeReads=0.999;GC=47.62;GQ_MEAN=112.93;GQ_STDDEV=31.35;HRun=0;InbreedingCoeff=0.31;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.37;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=6787210;AF=0.115;AS_InbreedingCoeff=0.7177;MLEAC=609;MLEAF=0.116;AN=856;AC=65 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,660:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1268:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1441:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1128:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:46,0:46:84:.:.:0,84,976:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,736:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1537:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:40,0:40:86:.:.:0,86,923:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1101,111,0:. 0|0:41,0:41:98:.:.:0,98,1010:. 0|0:22,0:22:4:.:.:0,4,432:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,319:. 0|0:11,0:11:20:.:.:0,20,265:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,97:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,415:. 0|0:10,0:10:2:.:.:0,2,202:. 0|0:38,0:38:89:.:.:0,89,813:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1094:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1265:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1103,114,0:. 0|0:38,0:38:27:.:.:0,27,713:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,70:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1277:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1099:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1607:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1578:. 0|0:51,0:51:97:.:.:0,97,1104:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1260:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1462:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1009:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,943:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1417:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,133:134:99:.:.:3768,378,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:77:.:.:0,77,852:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1399:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:3,84:87:99:.:.:2277,180,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1348:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1776:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,6:58:1:.:.:0,1,1115:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1134:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1477:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1567:. 1|1:1,220:221:99:.:.:6313,635,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,969:. 0|1:42,27:69:99:.:.:599,0,803:. 0|1:48,27:75:99:.:.:519,0,941:. 1|0:38,39:77:99:.:.:922,0,767:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,807:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1272:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1395:. 0|0:35,0:35:74:.:.:0,74,825:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:89:.:.:0,89,1040:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,786:. 0|1:119,24:149:99:.:.:255,0,2246:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,883:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1299:. 0|0:36,0:36:2:.:.:0,2,760:. 0|0:44,0:44:35:.:.:0,35,936:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:92:.:.:0,92,1021:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1221:. 1|1:8,115:123:99:.:.:3001,193,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1284:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:92:.:.:0,92,991:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,74:87:18:.:.:1900,0,18:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,131:157:99:.:.:3223,0,151:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1497:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,77:146:99:.:.:1756,0,1239:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:36,115:151:99:.:.:2932,0,439:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,75:84:65:.:.:1986,65,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:21:.:.:0,21,2059:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,26:74:99:.:.:514,0,996:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4305,443,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:48,43:91:99:.:.:1000,0,863:. 0|1:70,87:157:99:.:.:1860,0,1229:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1373:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,972:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1682:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,67:74:31:.:.:1690,31,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1051:. 1|1:0,35:35:99:.:.:970,104,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,6:30:85:.:.:85,0,541:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:45:.:.:0,45,1145:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:4,82:86:99:.:.:2292,153,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1182:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,46:132:99:.:.:920,0,1614:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,248:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1017:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1594:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1617:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1726:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:101,21:122:99:.:.:280,0,1884:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1174:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1219:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1296:. 0|1:30,71:101:99:.:.:1860,0,491:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:60:.:.:0,60,1808:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1050:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1329:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1203:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,968:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1242:. 0|1:57,19:76:99:.:.:347,0,1041:. 1|0:31,50:81:99:.:.:1170,0,519:. 0|1:74,14:88:99:.:.:139,0,1505:. 0|0:41,5:46:0:.:.:0,0,847:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1197:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1253:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:48,14:62:99:.:.:240,0,987:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1068:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1000:. 1|0:49,25:74:99:.:.:515,0,898:. 1|0:18,41:59:99:.:.:952,0,250:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1223:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,899:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1507:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1552:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1250:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:71,9:80:23:.:.:23,0,1516:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:18:.:.:0,18,1187:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1261:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|0:81,46:127:99:.:.:864,0,1622:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:59,0:59:84:.:.:0,84,1307:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3542,361,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1170:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,60:92:99:.:.:1443,0,527:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,637:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,889:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1490:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:37,0:37:82:.:.:0,82,953:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,888:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:47:.:.:0,47,641:. 1|0:43,39:82:99:.:.:1122,0,1131:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1665:. 0|0:104,0:104:26:.:.:0,26,2729:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,332:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1684:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1138:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1429:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1200:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1673:. 1|0:20,78:98:99:.:.:2401,0,371:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1460:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,500:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1311:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1301:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,106:107:99:.:.:3595,288,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,946:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1234:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1709:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1435:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1338:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1774:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1359:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1727:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1754:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,738:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,32:135:99:.:.:697,0,2768:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1159:. 1|1:2,197:199:99:.:.:6213,537,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1381:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,853:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,728:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1788:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1517:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1237:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1523:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1636:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1753:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1421:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1600:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1755:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1463:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3448,306,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1509:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1577:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1400:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4382,398,0:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3077,281,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:12,171:183:99:.:.:5339,201,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1454:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,238:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1398:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1531:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1584:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,46:52:27:.:.:1408,0,27:. 1|0:101,115:216:99:.:.:3013,0,2373:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,491:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1203:. Pf3D7_01_v3 266480 . A T 2.10362e+07 PASS FS=0.913;MQ=59.99;QD=30.94;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I898;SNPEFF_CODON_CHANGE=atT/atA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=ATP6;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106300.1;SOR=0.72;VQSLOD=6.59;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.991;GC=14.29;GQ_MEAN=254.24;GQ_STDDEV=230.6;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5304;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.707;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14932249;AF=0.719;AS_InbreedingCoeff=0.9294;MLEAC=3794;MLEAF=0.722;AN=854;AC=491 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:53,7:60:34:.:.:34,0,1474:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2189,205,0:. 1|0:34,27:61:99:.:.:662,0,895:. 1|0:52,7:59:48:.:.:48,0,1436:. 0|0:47,0:47:9:.:.:0,9,1223:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1566,147,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1269,120,0:. 0|0:71,0:71:28:.:.:0,28,1847:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2232,211,0:. 1|0:52,17:69:99:.:.:325,0,1433:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1176,114,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1844,177,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1386,129,0:. 0|1:25,17:42:99:.:.:423,0,645:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 1|0:2,2:4:54:.:.:54,0,54:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1393,132,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1011:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1513,150,0:. 0|1:36,24:60:99:.:.:566,0,907:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1926,186,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1942,192,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1107:. 0|1:24,91:115:99:.:.:2303,0,338:. 1|1:1,14:15:18:.:.:391,18,0:. 0|0:0,4:4:12:.:.:126,12,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1907,186,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1908,186,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,112:121:84:.:.:3114,84,0:. 1|0:11,45:56:99:.:.:1185,0,183:. 1|0:223,103:326:99:.:.:2134,0,5693:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1379:. 0|1:51,94:145:99:.:.:2428,0,1162:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2706,276,0:. 0|1:34,25:59:99:.:.:584,0,838:. 1|0:30,46:76:99:.:.:1104,0,664:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2024,204,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,69:137:99:.:.:1657,0,1577:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2602,256,0:. 1|1:0,243:243:99:.:.:7219,730,0:. 1|1:1,198:199:99:.:.:5800,567,0:. 0|1:42,72:114:99:.:.:1824,0,934:. 1|0:68,14:82:99:.:.:181,0,1749:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:27,115:142:99:.:.:3020,0,367:. 1|0:42,47:89:99:.:.:1137,0,970:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3019,303,0:. 1|0:16,14:30:99:.:.:331,0,399:. 1|1:1,105:106:99:.:.:3108,287,0:. 0|1:42,181:223:99:.:.:4807,0,611:. 1|1:8,115:123:99:.:.:3252,171,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3050,309,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3381,334,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1466:. 1|0:13,54:67:99:.:.:1385,0,184:. 0|1:58,28:86:99:.:.:551,0,1472:. 1|0:90,62:152:99:.:.:1395,0,2174:. 0|1:110,41:151:99:.:.:769,0,2795:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1742:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1191:. 0|1:35,79:114:99:.:.:2026,0,713:. 1|0:28,90:118:99:.:.:2337,0,485:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2582,253,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1827,183,0:. 1|1:2,77:79:99:.:.:2318,181,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1032:. 0|1:16,24:40:99:.:.:627,0,345:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4509,453,0:. 1|0:28,90:118:99:.:.:2360,0,483:. 0|1:118,15:133:59:.:.:59,0,3088:. 0|0:67,0:67:77:.:.:0,77,1737:. 0|1:119,103:222:99:.:.:2386,0,2839:. 0|1:11,72:83:98:.:.:1890,0,98:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1700,174,0:. 0|1:36,31:67:99:.:.:758,0,903:. 1|0:24,74:98:99:.:.:1892,0,418:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1207:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1732,174,0:. 0|1:73,37:110:99:.:.:763,0,1847:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5249,528,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:5994,607,0:. 0|1:60,10:70:99:.:.:104,0,1619:. 1|1:0,170:170:99:.:.:4906,510,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,112:126:48:.:.:2953,0,48:. 0|1:27,107:134:99:.:.:2799,0,419:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:23,75:98:99:.:.:1937,0,392:. 1|1:1,110:111:99:.:.:3215,302,0:. 0|1:22,47:69:99:.:.:1187,0,447:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,26:173:99:.:.:287,0,3789:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:.:.:6874,694,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:1,200:201:99:.:.:5937,573,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3028,303,0:. 1|0:19,95:114:99:.:.:2458,0,220:. 1|0:84,68:152:99:.:.:1592,0,2025:. 1|1:0,222:222:99:.:.:6854,667,0:. 1|1:5,153:158:99:.:.:4453,319,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1448:. 1|1:6,158:164:99:.:.:4639,308,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:98,86:184:99:.:.:1957,0,2375:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:.:.:5719,574,0:. 1|1:0,207:207:99:.:.:6306,622,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5989,601,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:4,151:155:99:.:.:4311,347,0:. 0|1:154,61:215:99:.:.:1127,0,3898:. 1|0:16,128:144:32:.:.:3562,0,32:. 1|1:2,183:185:99:.:.:5517,506,0:. 0|1:98,62:160:99:.:.:1416,0,2471:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3854,390,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1450:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:.:.:7099,703,0:. 1|0:71,107:178:99:.:.:2639,0,1522:. 1|1:0,193:193:99:.:.:5528,577,0:. 1|1:7,155:162:99:.:.:4393,291,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4226,418,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2758,291,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1040:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:7,144:151:99:.:.:3999,251,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:6117,636,0:. 1|1:8,130:138:99:.:.:3745,168,0:. 1|0:42,143:185:99:.:.:3745,0,725:. 0|1:83,164:247:99:.:.:4093,0,1689:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1679:. 1|1:0,213:213:99:.:.:6263,639,0:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5406,556,0:. 1|1:0,234:234:99:.:.:6878,703,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4559,453,0:. 1|1:1,193:194:99:.:.:5811,552,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3543,357,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2976,292,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2266,225,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,52:63:99:.:.:1383,0,148:. 0|1:60,90:150:99:.:.:2229,0,1275:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:60,30:90:99:.:.:593,0,1410:. 1|1:0,230:230:99:.:.:6690,691,0:. 1|1:3,135:138:99:.:.:3978,321,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:10,135:145:99:.:.:3801,117,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,90:148:99:.:.:2296,0,1316:. 1|0:46,73:119:99:.:.:1800,0,1029:. 0|1:24,143:167:99:.:.:3969,0,229:. 1|1:8,196:204:99:.:.:5563,364,0:. 1|0:158,21:179:99:.:.:105,0,4131:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5514,547,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:343,33,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3340,331,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2784,279,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:57,38:95:99:.:.:852,0,1399:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:20,150:170:99:.:.:4012,0,111:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3222,316,0:. 1|0:135,17:152:61:.:.:61,0,3620:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:76,22:98:99:.:.:385,0,2003:. 1|0:11,58:69:99:.:.:1599,0,110:. 1|0:42,99:141:99:.:.:2576,0,833:. 1|1:10,143:153:99:.:.:4053,162,0:. 1|0:34,148:182:99:.:.:3967,0,498:. 1|0:18,76:94:99:.:.:2041,0,282:. 1|1:1,118:119:99:.:.:3541,326,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5474,535,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3810,388,0:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4485,457,0:. 1|1:0,282:282:99:.:.:8564,848,0:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3552,358,0:. 1|0:10,89:99:6:.:.:2452,0,6:. 1|1:0,252:252:99:.:.:7429,757,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1925,192,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2629,258,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2924,294,0:. 1|1:0,266:266:99:.:.:7876,799,0:. 0|1:61,93:154:99:.:.:2245,0,1264:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5601,561,0:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4142,415,0:. 1|0:51,95:146:99:.:.:2471,0,1053:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3039,307,0:. 1|0:62,7:69:16:.:.:16,0,1666:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2213,219,0:. 1|0:39,15:54:99:.:.:304,0,1006:. 1|0:39,70:109:99:.:.:1820,0,816:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2886,288,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4474,448,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3378,334,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6086,601,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5189,525,0:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3424,346,0:. 1|0:26,45:71:99:.:.:1164,0,551:. 1|0:168,39:207:99:.:.:513,0,4213:. 1|1:9,102:111:58:.:.:2678,58,0:. 1|0:36,50:86:99:.:.:1251,0,813:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1584,156,0:. 1|0:56,10:66:99:0|1:266465_T_C:209,0,2792:. 1|0:40,68:108:99:.:.:1789,0,857:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2184,222,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2260,231,0:. 1|0:38,36:74:99:.:.:869,0,876:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2164,216,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4284,432,0:. 1|1:0,226:226:99:.:.:6862,679,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2764,276,0:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4474,436,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2106,207,0:. 1|1:0,164:164:99:.:.:4935,492,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1108:. 0|1:94,13:107:88:.:.:88,0,2464:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3474,352,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2060,207,0:. 1|1:2,75:77:99:.:.:2195,168,0:. 1|0:26,139:165:99:.:.:3723,0,285:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2917,289,0:. 0|1:1,5:6:15:.:.:137,0,15:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5666,568,0:. 0|1:30,113:143:99:.:.:3007,0,461:. 0|1:76,66:142:99:.:.:1525,0,1785:. 1|1:8,74:82:10:.:.:2032,10,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4135,409,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3889,399,0:. 1|1:1,195:196:99:.:.:5855,559,0:. 1|0:63,9:72:63:.:.:63,0,1684:. 1|1:0,28:28:84:.:.:830,84,0:. 1|1:5,83:88:99:.:.:2358,111,0:. 1|1:0,286:286:99:.:.:8787,859,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3189,322,0:. 1|1:0,224:224:99:.:.:6750,673,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:839,84,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1271,129,0:. 1|1:0,167:167:99:.:.:4913,501,0:. 0|1:59,23:82:99:.:.:462,0,1535:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1144:. 0|1:66,42:108:99:.:.:970,0,1632:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3482,343,0:. 0|1:13,12:25:99:.:.:277,0,310:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1173:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1598,162,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3934,382,0:. 1|1:1,23:24:41:.:.:663,41,0:. 1|0:121,88:209:99:.:.:2551,0,3647:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1747:. 0|1:67,147:214:99:.:.:4663,0,1753:. 0|1:78,99:177:99:.:.:3104,0,2237:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:23,174:197:99:.:.:5773,0,225:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7426,632,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:76,171:247:99:.:.:5501,0,1906:. 1|1:0,201:201:99:.:.:7187,605,0:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7687,643,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7698,647,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,203:203:99:.:.:7402,611,0:. 1|1:1,273:274:99:.:.:9661,788,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:1,225:226:99:.:.:8147,647,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4955,417,0:. 1|0:21,158:179:99:.:.:5245,0,215:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:43,119:162:99:.:.:3868,0,1064:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3460,294,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3893,325,0:. 1|1:1,184:185:99:.:.:6580,520,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1783,147,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3627,301,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4929,412,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:.:.:9185,764,0:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7606,646,0:. 1|1:1,734:735:99:.:.:26282,2177,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:33,38:71:99:.:.:1157,0,959:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1497,129,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:3,483:486:99:.:.:16703,1351,0:. 0|1:75,88:163:99:.:.:2443,0,2060:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:3117,268,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:14,244:258:99:.:.:8019,279,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:7854,694,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:223,22:245:53:.:.:53,0,6916:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,198:250:99:.:.:6141,0,1051:. 0|1:22,228:250:24:.:.:7144,0,24:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,366:374:99:.:.:12396,874,0:. 0|1:120,17:137:99:.:.:174,0,3732:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,43:66:99:.:.:1275,0,576:. 1|1:2,266:268:99:.:.:9281,730,0:. 1|1:3,275:278:99:.:.:9610,756,0:. 1|1:1,227:228:99:.:.:7786,651,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:251,33:284:99:.:.:293,0,7718:. 1|0:76,144:220:99:.:.:4288,0,1960:. 1|0:142,29:171:99:.:.:463,0,3997:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,226:230:99:.:.:7618,549,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:75:.:.:0,75,2875:. 0|1:194,34:228:99:.:.:545,0,5964:. 0|0:91,0:91:28:.:.:0,28,2367:. 1|0:26,259:285:46:.:.:7960,0,46:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,26:181:99:.:.:322,0,4718:. 1|0:215,250:465:99:.:.:7185,0,5522:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,264:269:99:.:.:8779,638,0:. 0|1:195,37:232:99:.:.:618,0,5930:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:142,105:247:99:.:.:2814,0,4041:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,81:187:99:.:.:2215,0,3066:. 0|0:47,0:47:40:.:.:0,40,1294:. 0|1:243,48:291:99:.:.:831,0,7282:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,253:256:99:.:.:8843,663,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,81:125:99:.:.:2416,0,1109:. 1|1:10,246:256:99:.:.:8297,409,0:. 1|1:5,194:199:99:.:.:6546,425,0:. 1|1:14,427:441:99:.:.:14256,854,0:. 1|0:158,32:190:99:.:.:498,0,4911:. 1|1:6,415:421:99:.:.:14321,1054,0:. 1|1:0,647:647:99:.:.:22369,1945,0:. 1|1:3,531:534:99:.:.:18822,1496,0:. 1|0:33,85:118:99:.:.:2612,0,760:. 1|1:0,410:410:99:.:.:14146,1233,0:. 1|1:1,354:355:99:.:.:12103,1030,0:. 1|1:3,231:234:99:.:.:8052,593,0:. 1|1:2,484:486:99:.:.:16575,1411,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:59,234:293:99:.:.:7435,0,1201:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6806,578,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,280:280:99:.:.:9786,842,0:. 1|1:0,248:248:99:.:.:8388,745,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1440:. 1|1:1,215:216:99:.:.:7608,613,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7414,631,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8364,724,0:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5483,481,0:. 1|1:0,332:332:99:.:.:11552,999,0:. 0|1:261,30:291:99:.:.:169,0,8160:. 1|1:0,339:339:99:.:.:11865,1020,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1555:. 1|1:1,139:140:99:.:.:4858,383,0:. 1|1:0,87:87:99:.:.:3054,262,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1195:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,307:307:99:.:.:10968,924,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,26:26:78:.:.:890,78,0:. 1|1:0,274:274:99:.:.:9575,824,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,139:142:99:.:.:4638,320,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:191,32:223:99:.:.:460,0,6000:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7567,656,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:303,211:514:99:.:.:5953,0,9065:. 1|1:0,77:77:99:1|1:266471_T_A:3175,238,0:. 1|1:0,318:318:99:1|1:266471_T_A:12647,959,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,144:196:99:.:.:4571,0,1211:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,58:58:99:.:.:2075,175,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:681,60,0:. 1|1:0,355:355:99:.:.:12415,1067,0:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7556,640,0:. Pf3D7_01_v3 266935 . G A 224961 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=23.62;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H747Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cat/Tat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=ATP6;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106300.1;SOR=0.692;VQSLOD=6.33;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=141.88;GQ_STDDEV=122.45;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6843;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.085;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10273844;AF=0.012;AS_InbreedingCoeff=-0.0277;MLEAC=61;MLEAF=0.012;AN=858;AC=29 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:53,0:53:99:0,116,1750:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1660:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1425:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1347:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1212:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,110,1577:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1270:. 0|0:36,0:36:87:0,87,1305:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1240:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1334:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1329:. 0|0:21,0:21:63:0,63,684:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1059:. 0|0:10,0:10:15:0,15,244:. 1|1:1,42:43:99:1310,100,0:. 0|0:30,0:30:58:0,58,821:. 1|1:0,41:41:99:1281,123,0:. 1|0:49,7:56:51:51,0,1250:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1361:. 0|0:116,0:116:99:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1153:. 0|0:39,0:39:92:0,92,1051:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:32:0,32,586:. 0|0:7,0:7:15:0,15,225:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1387:. 1|1:0,69:69:99:2142,207,0:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,119,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1346:. 0|0:263,0:263:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1455:. 0|1:114,40:154:99:781,0,2834:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1251:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1251:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1111:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:90,0:90:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,115,1774:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1566:. 1|0:94,29:123:99:515,0,2294:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1466:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|1:64,62:126:99:1440,0,1431:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1742:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1191:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1108:. 1|0:42,36:78:99:812,0,999:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1032:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1105:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,118,1455:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1176:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1108:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 1|0:25,81:106:99:2142,0,399:. 0|1:39,120:159:99:3140,0,656:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 1|0:55,7:62:28:28,0,1384:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1448:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,101,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,115,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1450:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:10:0,10,4356:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1040:. 0|0:148,0:148:99:0,107,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1679:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,107,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 1|1:1,131:132:99:3875,367,0:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 1|1:10,212:222:99:5985,398,0:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,100,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:2891,294,0:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,115,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1626:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1120:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1266:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:32:0,32,3044:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1629:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1429:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:60:0,60,1566:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 1|0:64,17:81:99:283,0,1552:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|1:55,8:63:63:63,0,1332:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,109,1332:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|1:62,8:70:38:38,0,1447:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,118,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1665:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1108:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1563:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1232:. 0|0:7,0:7:15:0,15,225:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:0,72,846:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:0,48,476:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1371:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,106,1144:. 0|1:59,40:99:99:950,0,1338:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:55:0,55,592:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1173:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1274:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1747:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,103,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1321:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,110,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,106,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,119,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,115,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1711:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1455:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:676,0:676:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1491:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,116,1800:. 0|0:507,0:507:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,119,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,107,1620:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1530:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:253,0:253:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 1|1:1,204:205:99:6965,580,0:. 1|1:5,244:249:99:8099,615,0:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:401,0:401:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 1|0:298,244:542:99:6675,0,7946:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1418:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,116,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,105,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:291,0:291:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,100,1180:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:474,0:474:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:99:0,120,1800:. 0|0:559,0:559:99:0,120,1800:. 0|0:482,0:482:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,111,1665:. 0|0:388,0:388:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1093:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,118,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1440:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:0,117,1555:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1195:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:0,107,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,110,1486:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:342,0:342:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 267007 . T C 246843 PASS FS=0;MQ=60;QD=19.32;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I723V;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ata/Gta;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=ATP6;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106300.1;SOR=0.695;VQSLOD=7.09;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=115.27;GQ_STDDEV=20.54;HRun=0;InbreedingCoeff=0.907;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.75;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10280466;AF=0.015;AS_InbreedingCoeff=0.907;MLEAC=78;MLEAF=0.015;AN=858;AC=5 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:53,0:53:99:0,116,1750:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1660:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1425:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1347:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1212:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1370:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,110,1577:. 0|0:42,0:42:99:0,106,1401:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1339:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1240:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1242:. 0|0:46,0:46:94:0,94,1356:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:76:0,76,1095:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:62:0,62,974:. 0|0:37,0:37:95:0,95,1112:. 0|0:58,0:58:99:0,109,1554:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1361:. 0|0:116,0:116:99:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1153:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1150:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:0,36,366:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1387:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,119,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1346:. 0|0:263,0:263:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1455:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1251:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1251:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,107,1171:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,801:. 0|0:90,0:90:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,115,1774:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1566:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1466:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1742:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1191:. 1|0:93,13:106:47:47,0,2498:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1108:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1032:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1105:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,118,1455:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1176:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1108:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 1|0:14,53:67:99:1250,0,247:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,106,1598:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1448:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,101,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,115,1800:. 1|0:126,77:203:99:1447,0,3232:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1450:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:93:0,93,4529:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1040:. 0|0:148,0:148:99:0,107,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1679:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,107,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1708:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,100,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:0,36,365:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,115,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1626:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1120:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1266:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1629:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1429:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,109,1332:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,118,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1665:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1108:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1563:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1232:. 0|0:9,0:9:27:0,27,275:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:48:0,48,720:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1371:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,106,1144:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:36:0,36,540:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1173:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1274:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1747:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,103,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,110,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,106,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,119,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,115,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1711:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1455:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:676,0:676:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:.:.:102 0|0:57,0:57:99:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,116,1800:. 0|0:507,0:507:.:.:120 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,119,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:107 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1530:. 0|0:198,0:198:.:.:120 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:253,0:253:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|1:191,49:240:99:871,0,5982:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:401,0:401:.:.:120 1|0:17,96:113:99:2871,0,290:. 0|0:483,0:483:.:.:120 0|0:42,0:42:99:0,105,1418:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,116,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,105,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:.:.:120 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:.:.:120 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:120 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:.:.:120 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:108 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:291,0:291:.:.:120 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:.:.:102 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:100 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:.:.:120 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:.:.:120 0|0:76,0:76:.:.:120 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:474,0:474:.:.:120 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:.:.:120 0|0:559,0:559:99:0,120,1800:. 0|0:482,0:482:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,111,1665:. 0|0:388,0:388:.:.:120 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:.:.:120 0|0:33,0:33:99:0,99,1093:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,118,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1440:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:0,117,1555:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1195:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:0,107,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,110,1486:. 0|0:27,0:27:81:0,81,917:. 0|0:342,0:342:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 267258 . C T 304857 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=22.7;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G639D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gGc/gAc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=ATP6;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106300.1;SOR=0.687;VQSLOD=8.2;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;GQ_MEAN=111.91;GQ_STDDEV=10.02;HRun=0;InbreedingCoeff=1;NCC=1;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=4.02;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-1.35;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10215180;AF=0.022;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=115;MLEAF=0.022;AN=858;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|1:58,20:78:99:407,0,1400:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1502:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1425:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1347:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1154:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1212:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,112,1301:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1645:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1240:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1242:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1087:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:59:0,59,813:. 0|0:7,0:7:21:0,21,194:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:74:0,74,902:. 0|0:54,0:54:99:0,109,1589:. 0|0:53,0:53:99:0,112,1739:. 0|0:116,0:116:99:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1153:. 0|0:46,0:46:94:0,94,1161:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:0,33,318:. 0|0:9,0:9:0:0,0,165:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1396:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,119,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,110,1351:. 0|0:263,0:263:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1455:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1651:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1251:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:90,0:90:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,115,1774:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1566:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1466:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1742:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1191:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1108:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1032:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1090:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,118,1455:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1176:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1094:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,106,1598:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1448:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,101,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,115,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1450:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1040:. 0|0:148,0:148:99:0,107,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1679:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,107,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1708:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,100,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:0,0,191:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,115,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1120:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1266:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1629:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1429:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:82:0,82,1792:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,112,1292:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,118,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:3952,390,0:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1108:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1563:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1232:. 0|0:5,0:5:15:0,15,139:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,651:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,629:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1173:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1181:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1747:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,103,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,110,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,106,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,119,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,115,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1711:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1375:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:676,0:676:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:.:.:102 1|1:8,109:117:99:3407,99,0:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,116,1800:. 0|0:507,0:507:.:.:120 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,119,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:107 0|1:135,137:272:99:3937,0,3456:. 0|0:272,0:272:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1530:. 0|0:198,0:198:.:.:120 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:253,0:253:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:401,0:401:.:.:120 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:.:.:120 0|0:45,0:45:99:0,112,1459:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,116,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,105,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:.:.:120 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:.:.:120 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:120 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:.:.:120 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:108 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:291,0:291:.:.:120 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:.:.:102 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:102 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:.:.:120 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:.:.:120 0|0:76,0:76:.:.:120 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:474,0:474:.:.:120 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:.:.:120 0|0:559,0:559:99:0,120,1800:. 0|0:482,0:482:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,111,1665:. 0|0:388,0:388:.:.:120 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:.:.:120 0|0:33,0:33:99:0,99,1093:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,118,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1440:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:0,117,1555:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1755:. 0|0:26,0:26:72:0,72,864:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:0,107,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:96:0,96,1440:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,110,1486:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1233:. 0|0:342,0:342:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 267467 . A T 3.63614e+06 PASS FS=0;MQ=60.06;QD=21.61;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N569K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=ATP6;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106300.1;SOR=0.719;VQSLOD=6.28;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=28.57;GQ_MEAN=105.14;GQ_STDDEV=29.46;HRun=7;InbreedingCoeff=0.9266;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.406;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10829338;AF=0.135;AS_InbreedingCoeff=0.4735;MLEAC=708;MLEAF=0.135;AN=858;AC=225 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:52,16:68:99:.:.:300,0,1437:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1502:. 0|1:45,28:73:99:.:.:629,0,1210:. 1|0:45,20:65:99:.:.:462,0,1232:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1312:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1212:. 1|1:0,49:49:99:1|1:267465_G_GT:1514,147,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2890,270,0:. 1|0:47,16:63:99:.:.:312,0,1283:. 0|1:19,17:36:99:.:.:430,0,499:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1674,162,0:. 0|1:43,23:66:99:.:.:515,0,1180:. 1|0:28,30:58:99:.:.:759,0,705:. 0|0:30,0:30:56:.:.:0,56,896:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1215:. 0|0:13,0:13:6:.:.:0,6,366:. 0|0:32,0:32:33:.:.:0,33,894:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,31:31:93:.:.:908,93,0:. 0|1:43,15:58:99:.:.:298,0,1132:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1817,177,0:. 1|1:0,174:174:99:.:.:5317,521,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1165:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3211,325,0:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,354:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,209:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1396:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1461:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,22:106:99:1|0:267457_C_T:331,0,3363:. 1|0:42,17:59:99:.:.:354,0,1057:. 1|1:0,299:299:99:.:.:8955,895,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1679:. 1|0:60,65:125:99:0|1:267460_G_A:1784,0,1454:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,30:59:99:.:.:736,0,688:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1251:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1151:. 0|0:120,0:120:18:.:.:0,18,2944:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4172,415,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2379,237,0:. 1|0:106,119:225:99:.:.:2826,0,2489:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,11:91:61:.:.:61,0,2209:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1291,129,0:. 0|1:23,91:114:99:.:.:2409,0,344:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,700:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1774:. 1|0:126,18:144:77:.:.:77,0,3414:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1566:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1466:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,65:149:99:.:.:1402,0,2101:. 0|1:37,86:123:99:.:.:2166,0,756:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1742:. 1|1:0,56:56:99:1|1:267465_G_GT:1660,167,0:. 1|0:70,28:98:99:.:.:526,0,1765:. 0|1:92,39:131:99:.:.:763,0,2427:. 0|1:46,44:90:99:.:.:1059,0,1120:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1108:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1032:. 1|0:29,18:47:99:.:.:379,0,729:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:116,0:116:94:.:.:0,94,3053:. 0|1:11,91:102:39:.:.:2417,0,39:. 1|1:4,44:48:45:.:.:1204,45,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,20:99:99:.:.:253,0,2098:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1969,201,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1176:. 0|1:28,32:60:99:.:.:816,0,658:. 1|0:46,73:119:99:.:.:1459,0,1047:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,12:72:99:.:.:129,0,1671:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2537:. 1|0:123,19:142:99:.:.:141,0,3350:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,72:93:99:.:.:1923,0,386:. 0|1:59,52:111:99:.:.:1189,0,1458:. 1|0:52,10:62:99:.:.:120,0,1387:. 0|0:124,14:138:11:.:.:0,11,3394:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,236:245:99:.:.:6627,519,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,15:103:99:.:.:148,0,2327:. 0|1:45,100:145:99:.:.:2513,0,894:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4648,472,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1448:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:4,187:191:99:.:.:5296,446,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:.:.:6265,627,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:97,22:119:99:.:.:255,0,2605:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,30:131:99:.:.:479,0,2726:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1450:. 1|1:2,161:163:99:.:.:4071,442,0:. 1|1:0,240:240:99:.:.:7147,719,0:. 1|0:113,68:181:99:.:.:1490,0,2819:. 1|1:0,165:165:99:.:.:4857,494,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,42:127:99:.:.:785,0,2188:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1040:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:10,131:141:99:.:.:3499,120,0:. 1|1:0,226:226:99:.:.:6725,679,0:. 0|1:34,84:118:99:.:.:1732,0,673:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1679:. 1|1:0,224:224:99:.:.:6793,672,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,159:164:99:.:.:4615,329,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3464,345,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2663,275,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1708:. 0|1:36,29:65:99:.:.:669,0,912:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4434,435,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:54,46:100:99:.:.:1030,0,1309:. 1|1:1,220:221:99:.:.:6295,631,0:. 1|1:3,110:113:99:.:.:2682,268,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:112,35:147:99:.:.:603,0,2982:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,22:126:99:.:.:255,0,2836:. 0|1:46,53:99:99:.:.:1279,0,1119:. 0|1:19,156:175:47:.:.:3233,0,47:. 0|0:182,0:182:45:.:.:0,45,4575:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,8:12:92:.:.:205,0,92:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5105,522,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3049,300,0:. 1|1:1,86:87:99:.:.:2498,228,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:117,28:145:99:.:.:373,0,3148:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3330,325,0:. 1|0:80,57:137:99:.:.:1318,0,2074:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:12,43:55:99:.:.:1114,0,196:. 1|0:30,78:108:99:.:.:2009,0,618:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,138:169:99:.:.:3599,0,433:. 1|0:64,12:76:99:.:.:130,0,1766:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,83:84:99:.:.:2489,222,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4814,473,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4002,402,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:2,104:106:99:.:.:2504,273,0:. 1|0:9,85:94:6:.:.:2228,0,6:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:186,26:212:99:.:.:116,0,4872:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1266:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1187:. 0|1:96,35:131:99:.:.:654,0,2586:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1629:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1429:. 1|0:22,49:71:99:.:.:991,0,428:. 1|0:29,55:84:99:.:.:1416,0,642:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:167,0:167:52:.:.:0,52,4212:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:29,33:62:99:.:.:815,0,718:. 1|0:50,157:207:99:.:.:3874,0,874:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:83:.:.:0,83,2068:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1529,160,0:. 0|0:62,0:62:94:.:.:0,94,1737:. 0|1:102,22:124:99:.:.:329,0,2815:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2127,213,0:. 0|1:51,37:88:99:.:.:811,0,1186:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1244:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2647,262,0:. 0|1:77,18:95:99:.:.:268,0,2112:. 1|1:1,206:207:99:.:.:6176,610,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,978:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2237,219,0:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5917,593,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1108:. 1|1:7,98:105:93:.:.:2638,93,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3583,365,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2295,231,0:. 1|0:9,71:80:35:.:.:1958,0,35:. 0|1:89,89:178:99:.:.:2129,0,2210:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,205:. 1|0:131,75:206:99:.:.:1597,0,3385:. 1|0:97,42:139:99:.:.:842,0,2572:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,27:119:99:.:.:447,0,2413:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,7:47:74:.:.:74,0,1075:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:4,97:101:99:.:.:2823,175,0:. 1|0:242,78:320:99:.:.:1365,0,6562:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,233:234:99:.:.:6772,666,0:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:149,18:167:13:.:.:13,0,4054:. 1|0:77,31:108:99:.:.:367,0,2075:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:50:.:.:0,50,2476:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,255:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,941:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:14:.:.:0,14,793:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4605,397,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:93,142:235:99:.:.:4251,0,2594:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,248:249:99:.:.:8445,710,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,123:125:99:.:.:3471,315,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:132,37:169:99:.:.:776,0,4240:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1711:. 1|1:1,218:219:99:.:.:7434,621,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1375:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,237:237:99:.:.:8321,711,0:. 1|1:2,218:220:99:.:.:6174,600,0:. 0|0:676,0:676:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:52,40:92:99:.:.:1129,0,1580:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,171:174:99:.:.:5687,438,0:. 1|1:2,270:272:99:.:.:8838,743,0:. 1|1:5,508:513:99:.:.:17211,1345,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,279:286:99:.:.:8893,653,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2559,228,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,195:205:99:.:.:6202,260,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,186:239:99:.:.:5573,0,1106:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,402:411:99:.:.:11070,927,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,12:47:99:.:.:250,0,1094:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,272:285:99:.:.:8636,407,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:91:.:.:0,91,8600:. 1|1:4,543:547:99:.:.:15417,1532,0:. 0|1:57,128:185:99:.:.:3788,0,1347:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:157,54:211:99:.:.:1113,0,4515:. 1|0:92,144:236:99:.:.:3413,0,2357:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,121:194:99:.:.:3353,0,1843:. 0|0:46,0:46:49:.:.:0,49,1399:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,525:533:99:.:.:17323,1367,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,16:106:99:.:.:230,0,2849:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:559,0:559:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:482,0:482:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,117:203:99:.:.:3338,0,2406:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7524,669,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1440:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:2,317:319:99:.:.:8890,896,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2690,243,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1827,168,0:. 1|1:0,19:19:57:.:.:606,57,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:41,60:101:99:.:.:1774,0,1094:. 0|1:154,187:341:99:.:.:5399,0,4326:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1486:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:14,370:384:99:.:.:10083,684,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 267883 . C T 2.6923e+06 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=22.2;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E431K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=ATP6;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106300.1;SOR=0.686;VQSLOD=6.16;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=47.62;GQ_MEAN=127.2;GQ_STDDEV=78.99;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7319;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.413;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9879783;AF=0.1;AS_InbreedingCoeff=0.8413;MLEAC=523;MLEAF=0.1;AN=858;AC=190 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1502:. 0|1:49,25:74:99:.:.:579,0,1171:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1405:. 0|0:51,0:51:93:.:.:0,93,1321:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1756,165,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1330:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2251,219,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1323:. 0|1:8,34:42:72:.:.:959,0,72:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2448,237,0:. 0|1:49,14:63:99:.:.:263,0,1153:. 1|0:50,6:56:27:.:.:27,0,1145:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,760:. 0|0:26,0:26:71:.:.:0,71,726:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1033,99,0:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:47,15:62:99:.:.:266,0,1096:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1427:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:71,32:103:99:.:.:626,0,1618:. 0|0:17,0:17:5:.:.:0,5,367:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,151:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1176:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1830,179,0:. 0|1:57,31:88:99:1|0:267881_T_C:666,0,2317:. 1|0:90,23:113:99:.:.:389,0,2141:. 0|1:13,40:53:99:.:.:1089,0,198:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1679:. 0|1:87,29:116:99:.:.:557,0,2064:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,49:51:96:.:.:1410,96,0:. 0|1:27,38:65:99:.:.:985,0,555:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1322:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3578,361,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1363:. 1|0:119,126:245:99:.:.:3029,0,2509:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:80:.:.:0,80,1895:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1158:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3619,366,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2367,210,0:. 1|0:9,16:25:99:.:.:381,0,187:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1774:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1471:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1566:. 1|0:67,30:97:99:.:.:610,0,1549:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1466:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,63:84:99:.:.:1573,0,311:. 1|0:75,60:135:99:.:.:1385,0,1722:. 0|0:140,0:140:82:.:.:0,82,3205:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1742:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1505,153,0:. 1|0:81,13:94:97:1|0:267868_C_T:97,0,2201:. 0|1:60,71:131:99:.:.:1787,0,1280:. 0|1:54,50:104:99:.:.:1216,0,1236:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1108:. 1|1:6,87:93:99:.:.:2515,107,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1125:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1371:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:30,36:66:99:.:.:858,0,666:. 0|1:21,54:75:99:.:.:1432,0,366:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1176:. 0|1:23,25:48:99:.:.:627,0,485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2021,201,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5172,511,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1246:. 1|0:47,12:59:99:.:.:194,0,1140:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,75:103:99:.:.:2035,0,471:. 0|1:31,88:119:99:.:.:2268,0,554:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4256,426,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,26:91:99:.:.:447,0,1501:. 1|0:52,14:66:99:.:.:208,0,1249:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:156,28:184:99:.:.:277,0,3745:. 1|1:4,142:146:99:.:.:4237,328,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5543,547,0:. 1|0:74,16:90:99:.:.:207,0,1728:. 0|1:32,84:116:99:.:.:2132,0,538:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1448:. 0|1:66,125:191:99:.:.:3146,0,1297:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:4,171:175:99:.:.:5016,417,0:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5368,540,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:.:.:5687,573,0:. 0|1:73,138:211:99:.:.:3542,0,1401:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,35:143:99:.:.:619,0,2653:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1450:. 1|1:0,199:199:99:.:.:5795,595,0:. 0|1:202,24:226:28:.:.:28,0,4979:. 1|0:110,47:157:99:.:.:913,0,2463:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,56:156:99:.:.:1193,0,2277:. 0|0:126,0:126:26:.:.:0,26,2896:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1040:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,137:141:99:.:.:4063,310,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1679:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1247:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5001,508,0:. 1|1:0,252:252:99:.:.:7477,756,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,128:183:99:.:.:3298,0,1003:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1708:. 0|1:63,11:74:86:.:.:86,0,1547:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4502,453,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6222,633,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:8,117:125:99:.:.:3285,142,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,15:129:52:.:.:52,0,2772:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:182,23:205:75:.:.:75,0,4413:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5447,548,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2807,279,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:66,31:97:99:.:.:599,0,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:60,9:69:63:.:.:63,0,1479:. 1|0:50,76:126:99:.:.:1889,0,1028:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,117:168:99:.:.:2973,0,923:. 1|0:20,78:98:99:.:.:2054,0,265:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,244:244:99:.:.:7310,733,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1382:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,144:145:99:.:.:4268,406,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3258,324,0:. 1|0:98,15:113:99:.:.:99,0,2429:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,102:110:99:.:.:2792,100,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1266:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1187:. 1|0:93,56:149:99:.:.:1254,0,2083:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1629:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1429:. 1|0:18,43:61:99:.:.:1098,0,305:. 1|0:55,47:102:99:.:.:1083,0,1232:. 0|1:43,55:98:99:.:.:1349,0,920:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,63:70:5:.:.:1734,5,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:28,143:171:99:.:.:3706,0,258:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:33,47:80:99:.:.:1164,0,672:. 1|0:172,35:207:99:.:.:460,0,3912:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,10:73:86:.:.:86,0,1493:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1655:. 0|1:130,16:146:63:.:.:63,0,3141:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1816,186,0:. 0|1:54,20:74:99:.:.:382,0,1233:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:.:.:6344,638,0:. 1|0:68,21:89:99:.:.:356,0,1569:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,978:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1690,171,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5307,533,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1108:. 1|1:12,108:120:10:.:.:2884,10,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1913,198,0:. 1|1:4,75:79:99:.:.:2124,121,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,176:. 0|1:128,49:177:99:.:.:906,0,3077:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4571,456,0:. 1|1:10,102:112:61:.:.:2746,61,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:34:.:.:0,34,1408:. 1|1:0,25:25:75:.:.:728,75,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1126:. 0|1:244,84:328:99:.:.:1491,0,5947:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:38:.:.:0,38,577:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:34,117:151:99:.:.:3010,0,487:. 1|0:93,22:115:99:.:.:300,0,2338:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2138,210,0:. 1|1:1,94:95:99:.:.:2723,254,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:11,5:16:99:1|0:267867_T_C:100,0,299:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1189:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1762,177,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:40:.:.:0,40,744:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:112,111:223:99:.:.:3277,0,3188:. 1|1:0,232:232:99:.:.:8182,698,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,73:204:99:.:.:2002,0,3920:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7566,644,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:3,259:262:99:.:.:9086,681,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1711:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6718,575,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8447,725,0:. 1|1:2,748:750:99:.:.:26237,2183,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,176:224:99:.:.:5141,0,882:. 0|1:40,193:233:99:.:.:5887,0,644:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,427:433:99:.:.:13676,1131,0:. 0|0:121,0:121:63:.:.:0,63,3237:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,6:52:53:.:.:53,0,1357:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,302:307:99:.:.:9409,759,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1786:. 0|0:55,0:55:71:.:.:0,71,1578:. 0|1:227,35:262:99:.:.:342,0,6564:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,56:122:99:.:.:1561,0,1710:. 1|1:8,231:239:99:.:.:7618,466,0:. 1|1:7,204:211:99:.:.:6753,400,0:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,524:537:99:.:.:16605,1199,0:. 1|1:17,558:575:99:.:.:18540,1172,0:. 0|0:482,0:482:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:202,27:229:99:.:.:167,0,5976:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:51,214:265:99:.:.:6524,0,909:. 1|0:85,119:204:99:.:.:3576,0,2210:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1474:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,726:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1730,153,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 268447 . G A 431823 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=20.46;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H243Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cat/Tat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=ATP6;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106300.1;SOR=0.662;VQSLOD=5.39;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.57;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.057;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=114.41;GQ_STDDEV=48.75;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6578;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-1.234;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8049486;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=-0.0698;MLEAC=58;MLEAF=0.011;AN=858;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1332:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1314:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,939:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1169:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,140:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1427:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,491:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,287:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1176:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1464:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1375:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,2440:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:66,17:83:99:.:.:263,0,1501:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1322:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1363:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:74:.:.:0,74,871:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:66,9:75:36:.:.:36,0,1605:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,657:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1774:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1471:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1466:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1742:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,949:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,943:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1371:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1176:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1091:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1246:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,15:85:99:.:.:166,0,1665:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1319:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,63:137:99:.:.:1464,0,1605:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1448:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1450:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1498:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1040:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1679:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1440:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:165,67:232:99:.:.:1318,0,3776:. 1|1:0,234:234:99:.:.:7101,702,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1708:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1251:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1322:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,133:137:99:.:.:3911,317,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1568:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1128:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1276:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1382:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1655:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1266:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1187:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1629:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1429:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1529:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1371:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1337:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1291:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1377:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1338:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1219:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,978:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1232:. 1|0:11,4:15:77:.:.:77,0,263:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,28:131:99:.:.:417,0,2393:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1437:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1228:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1126:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,545:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1344:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:88,172:260:99:.:.:5435,0,2211:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:88,133:221:99:.:.:4063,0,2278:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1299:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1711:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1382:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:22,262:284:99:.:.:8182,112,0:. 0|1:81,210:291:99:.:.:6325,0,1739:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:170,64:234:99:.:.:1464,0,4753:. 1|0:149,64:213:99:.:.:1542,0,4131:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,206:251:99:.:.:6232,0,674:. 0|1:86,19:105:99:.:.:317,0,2413:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:88,170:258:99:.:.:4937,0,2032:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1786:. 1|0:42,6:48:70:.:.:70,0,1222:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1307:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1474:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,817:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 269132 . C T 344758 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=21.7;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E14;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaG/gaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=ATP6;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106300.1;SOR=0.755;VQSLOD=5.65;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=0.999;GC=38.1;GQ_MEAN=102.97;GQ_STDDEV=18.07;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8551;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=2.72;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.93;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=6882351;AF=0.042;AS_InbreedingCoeff=0.4434;MLEAC=220;MLEAF=0.042;AN=856;AC=50 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:23,0:23:55:0,55,647:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|1:26,7:33:99:128,0,618:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:21,0:21:60:0,60,764:. 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:23,0:23:52:0,52,586:. 0|0:27,0:27:72:0,72,830:. 1|0:10,12:22:99:321,0,197:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:3,0:3:9:0,9,88:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:17,0:17:51:0,51,512:. 0|0:25,0:25:72:0,72,709:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1427:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1153:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|1:23,49:72:99:1146,0,381:. 0|0:16,0:16:16:0,16,375:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1314:. 0|0:36,0:36:87:0,87,1305:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:96:0,96,1440:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:76:0,76,969:. 1|0:104,15:119:94:94,0,2456:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1347:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1047:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1322:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,115,1363:. 0|0:60,0:60:99:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|1:48,9:57:96:96,0,1096:. 1|1:0,29:29:87:881,87,0:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 1|0:11,10:21:99:238,0,250:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1154:. 0|0:74,0:74:99:0,115,1774:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1471:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1466:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1198:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1742:. 0|0:36,0:36:99:0,99,949:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,943:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1030:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1665:. 0|1:21,58:79:99:1530,0,321:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 1|0:110,28:138:99:425,0,2500:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1371:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1027:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1176:. 0|1:10,17:27:99:434,0,200:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1091:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1246:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1147:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|1:60,18:78:99:311,0,1380:. 1|0:29,7:36:93:93,0,640:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,104,1487:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1448:. 0|0:59,0:59:99:0,114,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 1|0:90,33:123:99:581,0,2034:. 0|0:129,0:129:99:0,111,1665:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,99,1485:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1383:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1020:. 0|0:136,0:136:39:0,39,3104:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1450:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1498:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:59:0,59,2624:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 1|0:76,32:108:99:644,0,1745:. 1|0:18,45:63:99:1024,0,295:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1040:. 1|1:0,163:163:99:4856,489,0:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1665:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1679:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1247:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1440:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|1:97,14:111:84:84,0,2384:. 0|0:62,0:62:99:0,107,1637:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1310:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1525:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1708:. 1|0:20,9:29:99:194,0,474:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|1:26,27:53:99:602,0,550:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1139:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 1|0:85,11:96:33:33,0,2062:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1568:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1279:. 0|0:9,0:9:27:0,27,257:. 0|0:44,0:44:99:0,113,1128:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:0,112,1276:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 1|1:1,108:109:99:3153,299,0:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1665:. 0|1:21,61:82:99:1531,0,344:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|1:121,21:142:99:177,0,2900:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 1|1:1,57:58:99:1663,147,0:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1382:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1148:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1120:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:0,106,1655:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1308:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1266:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1187:. 0|0:79,0:79:99:0,114,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1629:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1429:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1371:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,101,1337:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1245:. 0|0:55,0:55:99:0,110,1291:. 0|0:81,0:81:43:0,43,1824:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1377:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1338:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 1|0:44,10:54:99:121,0,949:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1244:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|1:43,20:63:99:403,0,919:. 0|0:66,0:66:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,101,978:. 1|1:0,34:34:99:977,101,0:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1755:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1153:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 1|0:87,42:129:99:873,0,1998:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1232:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 1|0:81,51:132:99:1098,0,1852:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1437:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1126:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1066:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1073:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1079:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1755:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:0,117,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1665:. 1|1:0,129:129:99:4585,388,0:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:17,0:17:35:0,35,532:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,110,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,115,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1711:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,118,1800:. 1|1:4,98:102:99:3336,169,0:. 0|0:80,0:80:99:0,113,1800:. 1|1:0,177:177:99:6142,531,0:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:410,0:410:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:0,100,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1491:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1620:. 0|0:115,0:115:99:0,119,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,107,1620:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 1|1:3,264:267:99:8131,745,0:. 1|1:1,91:92:99:3060,266,0:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:264,0:264:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1404:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 1|1:14,153:167:65:4655,65,0:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:46:0,46,840:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|1:44,44:88:99:1090,0,976:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 1|0:6,50:56:2:1319,0,2:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 1|0:24,43:67:99:1154,0,543:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1786:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,117,1755:. 0|0:312,0:312:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1093:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1307:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:84:0,84,1260:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|1:161,16:177:26:26,0,4764:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1350:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 269190 . A C 3.87166e+06 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=24.28;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.67;VQSLOD=7.36;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=19.05;GQ_MEAN=91.73;GQ_STDDEV=27.23;HRun=2;InbreedingCoeff=0.8992;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.472;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=6047946;AF=0.245;AS_InbreedingCoeff=0.8043;MLEAC=1297;MLEAF=0.248;AN=854;AC=238 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:11,4:15:67:.:.:67,0,306:. 1|1:0,32:32:95:.:.:898,95,0:. 0|1:18,10:28:99:.:.:195,0,486:. 0|0:24,0:24:41:.:.:0,41,694:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,650:. 1|0:3,17:20:39:.:.:424,0,39:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 1|1:2,22:24:10:.:.:569,10,0:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,583:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,427:. 1|1:0,21:21:63:.:.:599,63,0:. 0|0:26,0:26:52:.:.:0,52,773:. 1|0:6,8:14:99:.:.:194,0,153:. 0|1:8,4:12:84:.:.:84,0,229:. 0|0:14,0:14:11:.:.:0,11,384:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 1|1:0,15:15:45:.:.:430,45,0:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 1|0:14,45:59:99:.:.:1105,0,260:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1217:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,734:. 0|1:34,18:52:99:.:.:328,0,781:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,7:7:21:1|1:269189_C_A:288,21,0:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1052,111,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1208:. 1|0:20,38:58:99:.:.:866,0,430:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,990:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:70,14:84:99:.:.:123,0,1855:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1476,159,0:. 1|0:20,19:39:99:.:.:415,0,452:. 0|0:30,0:30:4:.:.:0,4,723:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1322:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1342,141,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:51,23:74:99:.:.:410,0,1312:. 0|0:46,0:46:3:.:.:0,3,1074:. 0|0:19,0:19:28:.:.:0,28,514:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:28,13:41:99:.:.:252,0,730:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,532:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1774:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1471:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1195:. 1|0:42,16:58:99:.:.:271,0,1121:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1466:. 0|0:62,0:62:44:.:.:0,44,1535:. 0|1:14,43:57:99:.:.:1033,0,244:. 0|1:59,74:133:99:.:.:1628,0,1348:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1198:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1742:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,835:. 0|0:65,0:65:13:.:.:0,13,1536:. 1|0:33,38:71:99:.:.:847,0,778:. 1|0:24,38:62:99:.:.:897,0,551:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1526,133,0:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|1:17,11:28:99:.:.:188,0,428:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1371:. 1|1:0,35:35:99:.:.:895,104,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1027:. 0|1:22,12:34:99:.:.:219,0,517:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:20,13:33:99:.:.:275,0,515:. 1|0:23,38:61:99:.:.:882,0,507:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1091:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2266,217,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1246:. 1|0:5,29:34:40:.:.:742,0,40:. 1|1:1,107:108:99:.:.:2774,293,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2370,257,0:. 1|1:3,67:70:99:.:.:1763,119,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2401,262,0:. 1|0:12,52:64:99:.:.:1188,0,172:. 0|0:73,0:73:35:.:.:0,35,1729:. 1|0:28,12:40:99:.:.:210,0,722:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:11,78:89:73:.:.:1843,0,73:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1487:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,89:91:99:.:.:2414,214,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1448:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3308,362,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,69:109:99:.:.:1516,0,854:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2825,309,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:74,45:119:99:.:.:848,0,1783:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:28:.:.:0,28,1739:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1383:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1020:. 1|1:8,87:95:80:.:.:2203,80,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2818,309,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1450:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1498:. 1|1:10,149:159:99:.:.:3836,204,0:. 0|1:74,27:101:99:.:.:703,0,1836:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,41:77:99:.:.:902,0,836:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1521:. 1|0:54,15:69:99:.:.:201,0,1314:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1040:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1430:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2389,261,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1679:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1440:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,69:91:99:.:.:1578,0,363:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1637:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1310:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1949,210,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1525:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1708:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,814:. 0|1:45,46:91:99:.:.:994,0,1060:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:16,24:40:99:.:.:510,0,341:. 1|1:3,103:106:99:.:.:2687,229,0:. 1|1:2,79:81:99:.:.:2104,180,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1139:. 0|0:71,4:75:99:1|0:269182_T_TACA:0,112,2207:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1203,129,0:. 1|0:60,12:72:95:.:.:95,0,1596:. 0|1:26,31:57:99:.:.:700,0,585:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:80,12:92:44:.:.:44,0,2117:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1568:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,257:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1128:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1251,135,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1283,138,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1276:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:54,29:83:99:.:.:553,0,1338:. 1|1:4,44:48:33:.:.:1078,33,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2084,222,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:39,6:45:36:.:.:36,0,1038:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:77,0:77:9:.:.:0,9,1857:. 0|1:29,90:119:99:.:.:2174,0,518:. 0|0:57,0:57:93:.:.:0,93,1564:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1390,147,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1248:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1382:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2274,249,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1148:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3084,344,0:. 1|1:6,72:78:51:.:.:1825,51,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1501,162,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1655:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1266:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1187:. 1|0:50,39:89:99:.:.:797,0,1201:. 0|1:10,40:50:99:.:.:902,0,142:. 0|1:39,6:45:36:.:.:36,0,1048:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1258,140,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:38,26:64:99:.:.:511,0,930:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1371:. 0|0:35,0:35:77:.:.:0,77,1035:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1337:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:25,12:37:99:.:.:191,0,601:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1291:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:17,20:37:99:.:.:430,0,398:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1034:. 1|1:1,27:28:73:.:.:716,73,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:31,13:44:99:.:.:188,0,795:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1315,149,0:. 0|0:55,0:55:84:.:.:0,84,1479:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,978:. 1|1:0,32:32:96:.:.:867,96,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,739:. 1|0:10,59:69:99:.:.:1502,0,109:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:10:.:.:0,10,2120:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1232:. 0|1:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1437:. 0|0:49,0:49:46:.:.:0,46,1263:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:19:.:.:0,19,858:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1126:. 0|1:126,40:166:99:.:.:625,0,3325:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1066:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:2,12:14:20:.:.:299,0,20:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:85,0:85:39:.:.:0,39,2058:. 0|1:41,10:51:99:.:.:131,0,1077:. 1|1:0,35:35:99:.:.:974,105,0:. 0|1:32,24:56:99:.:.:501,0,792:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,198:. 1|1:3,46:49:54:.:.:1177,54,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,625:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4114,364,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3621,316,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:108,44:152:99:.:.:1017,0,3321:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|1:1,121:122:99:.:.:4026,330,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:4091,369,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4524,408,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3359,295,0:. 1|1:1,134:135:99:.:.:4573,396,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:11,73:84:99:.:.:2153,0,136:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:70:.:.:0,70,2679:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5320,466,0:. 1|0:41,62:103:99:.:.:1801,0,1161:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1711:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3786,340,0:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 1|0:23,36:59:99:0|1:269190_A_C:1081,0,715:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3909,343,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4142,367,0:. 1|1:0,161:161:99:.:.:5421,484,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3863,349,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,415:415:99:.:.:13920,1247,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:23,23:46:99:.:.:644,0,665:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,743:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:46,51:97:99:.:.:1256,0,1276:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,156:157:99:.:.:4933,435,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2692,255,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,250:250:99:.:.:7939,749,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1680,165,0:. 1|1:12,196:208:99:.:.:5895,199,0:. 1|1:4,131:135:99:.:.:4056,262,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3431,312,0:. 1|1:3,132:135:99:.:.:4143,295,0:. 0|1:32,110:142:99:.:.:3270,0,674:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4389,411,0:. 0|1:113,30:143:99:.:.:481,0,3455:. 1|1:2,156:158:99:.:.:4864,424,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4287,399,0:. 1|1:2,163:165:99:.:.:5116,426,0:. 1|0:8,59:67:79:.:.:1749,0,79:. 1|0:86,77:163:99:.:.:2001,0,2466:. 0|1:14,12:26:99:.:.:351,0,405:. 1|1:1,127:128:99:.:.:4098,350,0:. 1|1:2,126:128:99:.:.:4079,317,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4902,453,0:. 1|1:2,150:152:99:.:.:4732,382,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:29,30:59:99:.:.:744,0,811:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,39:41:56:.:.:1125,56,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,33:47:99:.:.:929,0,332:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1786:. 0|0:19,0:19:22:.:.:0,22,588:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,33:77:99:.:.:819,0,1230:. 1|1:8,149:157:99:.:.:4458,193,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:99,13:112:75:.:.:75,0,2907:. 0|1:89,87:176:99:.:.:2159,0,2497:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:4,304:308:99:.:.:9992,804,0:. 0|0:83,0:83:64:.:.:0,64,2332:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,195:196:99:.:.:5992,548,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|1:42,40:82:99:.:.:1121,0,1199:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3919,358,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4447,405,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4866,448,0:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,18:18:54:.:.:629,54,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:57,88:145:99:.:.:2439,0,1476:. 1|0:86,74:160:99:.:.:1994,0,2389:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:93,48:141:99:.:.:1106,0,2801:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4931,454,0:. 0|1:115,29:144:99:.:.:559,0,3464:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:164,0:164:20:.:.:0,20,4644:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:15,29:44:99:.:.:832,0,358:. 1|0:93,111:204:99:.:.:2985,0,2414:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1087,99,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:244,21,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 271484 . C T 1.07162e+06 PASS FS=0.598;MQ=60.83;QD=23.54;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.666;VQSLOD=5.38;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=28.57;GQ_MEAN=107.16;GQ_STDDEV=48.45;HRun=3;InbreedingCoeff=0.5966;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.547;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=3514136;AF=0.165;AS_InbreedingCoeff=0.303;MLEAC=841;MLEAF=0.169;AN=810;AC=224 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:8,25:33:99:.:.:687,0,145:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:19,0:19:41:.:.:0,41,521:. 1|0:19,9:28:99:.:.:199,0,439:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,584:. 0|0:27,0:27:24:.:.:0,24,653:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:68:.:.:0,68,861:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:20,9:29:99:.:.:203,0,480:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:32,0:32:70:.:.:0,70,858:. 0|1:11,8:19:99:.:.:205,0,259:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,226:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,193:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,344:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,129:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,1125:. 0|1:8,52:60:53:.:.:1418,0,53:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1777,171,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1262:. 1|1:0,17:17:51:.:.:507,51,0:. 0|0:29,0:29:70:.:.:0,70,755:. 0|0:64,0:64:74:.:.:0,74,1430:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,286:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1272:. 1|1:1,49:50:99:.:.:1475,124,0:. 0|0:41,0:41:59:.:.:0,59,1014:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1244:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1393,114,0:. 1|0:84,29:113:99:.:.:533,0,2077:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:29,0:29:55:.:.:0,55,697:. 0|1:8,20:28:99:.:.:531,0,143:. 1|0:6,26:32:56:.:.:689,0,56:. 1|1:3,38:41:35:.:.:1089,35,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1360:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1489,144,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1447:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2577,258,0:. 1|0:38,30:68:99:.:.:718,0,830:. 0|1:22,15:37:99:.:.:360,0,521:. 0|0:18,0:18:11:.:.:0,11,427:. 1|0:3,24:27:6:.:.:666,0,6:. 0|0:22,2:24:11:.:.:0,11,562:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1180:. 1|0:8,4:12:90:.:.:90,0,206:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1718:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1773:. 1|1:5,44:49:8:.:.:1222,8,0:. 0|0:36,1:37:80:.:.:0,80,981:. 0|1:5,19:24:72:.:.:492,0,72:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,948:. 1|0:22,11:33:99:.:.:222,0,503:. 0|0:39,0:39:92:.:.:0,92,1060:. 0|1:31,50:81:99:.:.:1246,0,572:. 0|0:21,0:21:47:.:.:0,47,499:. 0|0:37,0:37:83:.:.:0,83,938:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:3:.:.:0,3,291:. 1|0:47,6:53:3:.:.:3,0,1349:. 0|0:45,0:45:95:.:.:0,95,1165:. 1|0:27,37:64:99:.:.:915,0,566:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,509:. 1|0:26,30:56:99:.:.:727,0,566:. 1|1:0,18:18:54:.:.:529,54,0:. 0|0:23,0:23:56:.:.:0,56,625:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1465,150,0:. 0|0:34,0:34:80:.:.:0,80,872:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:26,0:26:47:.:.:0,47,677:. 0|0:45,4:49:43:.:.:0,43,1195:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1472:. 1|1:0,30:30:90:.:.:905,90,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1020:. 0|1:8,13:21:99:.:.:331,0,165:. 0|0:26,0:26:43:.:.:0,43,658:. 0|0:34,0:34:77:.:.:0,77,881:. 0|1:18,5:23:77:.:.:77,0,472:. 1|1:0,30:30:90:.:.:880,90,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:808,81,0:. 0|0:38,0:38:95:.:.:0,95,970:. 1|0:11,31:42:99:.:.:828,0,192:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1624,165,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1708,168,0:. 0|0:20,0:20:12:.:.:0,12,441:. 0|1:18,90:108:99:.:.:2470,0,184:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1876,165,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1213:. 0|1:46,8:54:82:.:.:82,0,1346:. 0|1:15,3:18:17:.:.:17,0,352:. 1|1:1,28:29:59:.:.:790,59,0:. 1|0:32,7:39:99:.:.:110,0,767:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1804,174,0:. 0|0:38,0:38:68:.:.:0,68,925:. 1|0:30,94:124:99:.:.:2517,0,463:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1043,105,0:. 0|1:45,7:52:64:.:.:64,0,1116:. 0|0:77,0:77:68:.:.:0,68,1721:. 1|0:10,70:80:30:.:.:1817,0,30:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:87:.:.:0,87,1194:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3926,388,0:. 0|1:18,47:65:99:.:.:1255,0,310:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1346:. 1|1:2,84:86:99:.:.:2415,201,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1180,114,0:. 1|0:73,31:104:99:.:.:596,0,1680:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:82:.:.:0,82,807:. 1|1:1,121:122:99:.:.:3589,340,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1430:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:48,8:56:78:.:.:78,0,1085:. 1|0:88,39:127:99:.:.:761,0,2015:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,1055:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,35:57:99:.:.:861,0,772:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1054:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,110,1466:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1284,126,0:. 0|0:48,6:54:1:.:.:0,1,1092:. 1|0:16,20:36:99:.:.:486,0,341:. 0|0:42,0:42:85:.:.:0,85,985:. 1|0:30,20:50:99:.:.:432,0,658:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1500:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1317:. 1|0:51,10:61:99:.:.:135,0,1248:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1499:. 1|1:1,38:39:88:.:.:1055,88,0:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2740,267,0:. 0|1:19,29:48:99:.:.:749,0,344:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1515,150,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1637:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1204:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1303:. 0|0:50,0:50:79:.:.:0,79,1167:. 0|1:11,32:43:99:.:.:868,0,172:. 0|0:58,0:58:90:.:.:0,90,1441:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1282:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,659:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1393:. 1|0:3,16:19:33:.:.:436,0,33:. 0|0:60,0:60:78:.:.:0,78,1367:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1475,153,0:. 1|0:10,4:14:80:.:.:80,0,219:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1960,198,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,22:79:99:.:.:433,0,1347:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1562,156,0:. 1|0:28,16:44:99:.:.:355,0,907:. 0|0:51,5:56:22:.:.:0,22,1219:. 0|0:112,0:112:63:.:.:0,63,2453:. 0|1:47,35:82:99:.:.:810,0,1010:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1070:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:83:.:.:0,83,816:. 0|0:43,0:43:87:.:.:0,87,1121:. 0|0:39,0:39:33:.:.:0,33,842:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2564,255,0:. 0|1:27,66:93:99:.:.:1731,0,464:. 0|0:40,0:40:77:.:.:0,77,971:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1640,162,0:. 1|0:11,36:47:99:.:.:968,0,143:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,714:. 1|0:43,13:56:99:.:.:248,0,960:. 1|0:6,46:52:12:.:.:1228,0,12:. 1|0:77,12:89:99:.:.:116,0,1885:. 0|0:55,0:55:16:.:.:0,16,1205:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1538:. 1|1:0,26:26:78:.:.:813,78,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:3,77:80:99:.:.:2278,155,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1691,168,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1271,126,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1035:. 1|1:0,26:26:78:.:.:806,78,0:. 0|0:51,0:51:48:.:.:0,48,1102:. 1|1:0,22:22:66:.:.:640,66,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,18:47:99:.:.:388,0,609:. 1|1:7,59:66:13:.:.:1614,13,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1551:. 1|0:41,45:86:99:.:.:1108,0,986:. 0|1:32,11:43:99:.:.:188,0,701:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1016,99,0:. 0|0:55,0:55:77:.:.:0,77,1275:. 0|0:23,0:23:37:.:.:0,37,543:. 0|1:27,23:50:99:.:.:531,0,565:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1730:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1128,111,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1360:. 1|0:31,7:38:99:.:.:108,0,702:. 1|0:49,6:55:22:.:.:22,0,1107:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1490,150,0:. 0|0:23,2:25:11:.:.:0,11,568:. 1|1:0,22:22:66:.:.:672,66,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1085,108,0:. 0|1:19,31:50:99:.:.:823,0,341:. 0|0:25,0:25:73:.:.:0,73,661:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1092:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,618:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,999:. 0|0:33,0:33:60:.:.:0,60,808:. 0|0:54,3:57:81:.:.:0,81,1742:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,104,1754:. 1|0:11,36:47:99:.:.:891,0,137:. 0|0:57,0:57:86:.:.:0,86,1317:. 1|1:0,28:28:84:.:.:872,84,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:91:.:.:0,91,945:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1037:. 0|0:31,0:31:68:.:.:0,68,763:. 0|0:39,0:39:82:.:.:0,82,937:. 0|1:86,13:99:71:.:.:71,0,2719:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1179:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|1:67,11:78:57:.:.:57,0,1779:. 1|0:56,35:91:99:.:.:815,0,1979:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1974,192,0:. 1|0:36,7:43:83:.:.:83,0,786:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:4,44:48:34:.:.:1236,34,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,3:32:0:.:.:0,0,707:. 0|0:15,0:15:29:.:.:0,29,384:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1656:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1800:. 0|1:0,3:3:9:.:.:88,9,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:784,78,0:. 1|0:13,50:63:99:.:.:1322,0,152:. 1|0:43,17:60:99:.:.:345,0,996:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1534,150,0:. 1|1:1,56:57:99:.:.:1673,143,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,2:6:45:.:.:45,0,75:. 0|0:28,0:28:29:.:.:0,29,597:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,712:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1661,159,0:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 1|0:3,10:13:61:.:.:321,0,61:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|0:16,9:25:99:.:.:251,0,479:. 0|1:1,1:2:31:.:.:32,0,31:. 0|0:15,0:15:16:.:.:0,16,457:. 0|0:23,0:23:32:.:.:0,32,705:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,771:. 0|0:13,0:13:11:.:.:0,11,327:. 1|1:0,24:24:72:.:.:776,72,0:. 0|1:10,11:21:99:.:.:308,0,264:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:20,0:20:38:.:.:0,38,622:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1042:. 1|1:0,11:11:33:.:.:396,33,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:590,51,0:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 1|0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0|0:23,0:23:52:.:.:0,52,721:. 1|1:0,21:21:63:.:.:736,63,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:668,60,0:. 0|0:22,0:22:52:.:.:0,52,693:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|0:14,8:22:99:.:.:200,0,427:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,29:29:87:.:.:1026,87,0:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,102:. 0|0:17,0:17:14:.:.:0,14,430:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,573:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,664:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,567:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,632:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,22:22:66:.:.:796,66,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1359:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,235:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:26,0:26:28:.:.:0,28,733:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,419:. 0|0:37,0:37:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,13:13:39:.:.:475,39,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1431:. 0|0:29,0:29:62:.:.:0,62,860:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,77:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1701:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,3:65:86:.:.:0,86,1939:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:69,8:77:37:.:.:37,0,1911:. 1|0:9,59:68:59:.:.:1798,0,59:. 0|0:54,3:57:61:.:.:0,61,1674:. 0|0:9,0:9:8:.:.:0,8,249:. 0|1:4,28:32:36:.:.:845,0,36:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,281:. 0|0:84,0:84:39:.:.:0,39,2240:. 1|0:42,15:57:99:.:.:359,0,1110:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2220,198,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1413:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1284:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1672:. 1|0:26,47:73:99:.:.:1476,0,655:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,35:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1598:. 1|1:1,52:53:99:.:.:1622,123,0:. 0|0:62,3:65:99:.:.:0,111,1855:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,143:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1728:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1341:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 1|0:36,7:43:98:.:.:98,0,1026:. 1|0:9,14:23:99:.:.:433,0,220:. 0|1:37,9:46:99:.:.:141,0,1100:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2932,255,0:. 0|1:53,10:63:99:.:.:172,0,1492:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1353:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,55:. 0|0:87,0:87:75:.:.:0,75,2282:. 0|0:33,0:33:71:.:.:0,71,968:. 0|0:36,0:36:83:.:.:0,83,1012:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1409:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,502:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1407:. 0|1:49,8:57:99:.:.:110,0,1367:. 0|0:18,0:18:17:.:.:0,17,507:. 0|0:37,0:37:38:.:.:0,38,1060:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1579:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,78:. 1|1:1,26:27:45:.:.:831,45,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,131:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,4:11:99:.:.:112,0,212:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,601:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,155:. 0|0:17,0:17:35:.:.:0,35,491:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,305:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,903:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|0:10,8:18:99:.:.:208,0,213:. 1|0:4,2:6:57:.:.:57,0,93:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1159:. 1|1:0,23:23:69:.:.:812,69,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:739,72,0:. 1|1:0,19:19:57:.:.:632,57,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,277:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,97:. 0|0:10,0:10:8:.:.:0,8,264:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,477:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,712:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,5:5:15:.:.:184,15,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,303:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,69:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1048,96,0:. 1|0:11,12:23:99:.:.:312,0,278:. 0|1:25,20:45:99:.:.:535,0,620:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,832:. 0|1:9,6:15:99:.:.:162,0,235:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 1|0:3,10:13:42:.:.:317,0,42:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,370:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,383:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,174:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:20,0:20:7:.:.:0,7,478:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,983:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,138:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,104:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1438,126,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:523,45,0:. Pf3D7_01_v3 274263 . A C 151459 PASS FS=0;MQ=63.17;QD=18.6;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.702;VQSLOD=5.61;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0469;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=115.25;GQ_STDDEV=61.3;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0146;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.7;culprit=FS;set=snp;DP=8385868;AF=0.015;AS_InbreedingCoeff=-0.0146;MLEAC=73;MLEAF=0.014;AN=856;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:56,0:56:81:0,81,1553:. 0|0:65,0:65:99:0,100,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1418:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1411:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,115,1590:. 0|0:35,0:35:52:0,52,932:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1322:. 0|0:47,0:47:65:0,65,1273:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:15,0:15:33:0,33,495:. 0|0:37,0:37:81:0,81,1045:. 0|0:13,0:13:22:0,22,336:. 0|0:42,0:42:58:0,58,1118:. 0|0:33,0:33:73:0,73,854:. 0|0:33,0:33:75:0,75,1125:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,100,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1318:. 0|0:34,0:34:72:0,72,917:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:7,0:7:0:0,0,72:. 0|0:52,0:52:87:0,87,1407:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1610:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,117,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1252:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,116,1243:. 0|0:77,0:77:99:0,114,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:0,72,845:. 0|0:63,0:63:99:0,104,1667:. 0|0:36,0:36:77:0,77,997:. 0|0:73,0:73:99:0,113,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1340:. 0|0:60,0:60:93:0,93,1462:. 0|0:37,3:40:33:0,33,1005:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1550:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:90:0,90,1061:. 0|0:95,0:95:99:0,102,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:0,84,844:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,107,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:64:0,64,763:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:30,0:30:41:0,41,726:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,108,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1665:. 0|0:91,0:91:99:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,103,1721:. 0|0:36,0:36:95:0,95,963:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,104,1544:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,115,1328:. 0|0:104,0:104:99:0,100,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,100,1800:. 0|0:40,0:40:56:0,56,959:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,116,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,99,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,100,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,99,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,117,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,101,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,105,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,100,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,100,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|1:77,18:95:99:217,0,2039:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,102,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,102,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1445:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,100,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,104,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,118,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,117,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,116,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,109,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:78,5:83:99:0,103,2202:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:97:0,97,1955:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,103,1794:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,113,1800:. 1|0:16,10:26:99:203,0,419:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:82:0,82,1338:. 0|0:159,0:159:99:0,103,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,118,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,115,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,103,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,114,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,109,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:77:0,77,1845:. 0|0:106,0:106:99:0,105,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,101,1686:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,118,1537:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,111,1648:. 0|0:83,0:83:99:0,107,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:88:0,88,1139:. 0|0:54,0:54:99:0,103,1435:. 0|0:61,0:61:99:0,115,1639:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,113,1537:. 0|0:93,0:93:99:0,117,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,103,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,109,1241:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|1:42,9:51:82:82,0,1079:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1677:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,108,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1270:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:84:0,84,1395:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1330:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:71:0,71,1192:. 0|0:59,0:59:99:0,118,1575:. 0|0:59,0:59:99:0,106,1598:. 0|0:52,0:52:73:0,73,1305:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,103,1540:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:28:0,28,1094:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:80:0,80,920:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:0,9,83:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,113,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:78:0,78,1113:. 0|0:19,0:19:39:0,39,502:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:83:0,83,1680:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:21:0,21,242:. 0|0:25,0:25:64:0,64,711:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1346:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:25:0,25,485:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:94:0,94,1051:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:54:0,54,810:. 0|0:94,0:94:99:0,105,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,112,1800:. 1|0:31,75:106:99:2224,0,795:. 1|0:41,62:103:99:1845,0,1172:. 0|0:58,0:58:99:0,109,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,104,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,101,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:83,0:83:99:0,111,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,117,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,119,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,109,1733:. 0|0:87,0:87:99:0,111,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,112,1710:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,113,1800:. 1|1:0,18:18:54:625,54,0:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,103,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,103,1800:. 0|0:367,0:367:99:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1375:. 0|0:13,0:13:21:0,21,404:. 0|0:65,0:65:.:.:120 0|0:59,0:59:99:0,106,1630:. 0|0:127,0:127:99:0,102,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,99,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:106 0|0:100,0:100:99:0,102,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:.:.:113 0|0:177,0:177:99:0,108,1800:. 0|0:78,0:78:.:.:120 0|0:69,0:69:99:0,118,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:.:.:120 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,109,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,111,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,111,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,107,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,107,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,103,1800:. 0|0:157,0:157:.:.:120 0|0:84,0:84:99:0,108,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:106 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,102,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:.:.:120 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,116,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:.:.:117 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:100 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:120 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:.:.:120 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:120 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:.:.:112 0|0:174,0:174:99:0,106,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,110,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,107,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:87 0|0:184,0:184:99:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:120 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:.:.:120 0|0:65,0:65:.:.:120 0|0:74,0:74:99:0,103,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,109,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:102 0|0:99,0:99:99:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:.:.:120 0|0:344,0:344:99:0,111,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,114,1710:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:.:.:120 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:101 0|0:52,0:52:95:0,95,1440:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1774:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 1|0:15,43:58:99:1273,0,312:. 0|0:107,0:107:99:0,118,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:64:0,64,846:. 0|0:36,0:36:85:0,85,1157:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,106,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,118,1800:. 0|0:26,0:26:60:0,60,927:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,118,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,112,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,113,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,107,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,113,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,117,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,116,1800:. 0|0:311,0:311:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:96:0,96,1440:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 274434 . A G 215676 PASS FS=0;MQ=59.97;QD=29.97;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L40;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttA/ttG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106500.1;SOR=0.639;VQSLOD=6.95;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=-0.0017;NCC=0;BaseQRankSum=-10.85;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=2978;GQ_STDDEV=4950.2;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.189;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11896502;AF=0.006084;MLEAC=32;MLEAF=0.006084;AS_InbreedingCoeff=0.5361;AN=858;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1463:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1475:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:42,0:42:75:.:.:0,75,1220:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1670:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1555:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1458:. 0|0:32,0:32:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1301:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1290:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1762:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1625:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:70:.:.:0,70,769:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1677:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1428:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1307:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1352:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1128:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1118:. 1|0:6,35:41:99:0|1:274430_A_ATTT:1467,0,308:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1790:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1371:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1536:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1779:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1352:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1322:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1188:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1622:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1426:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1385:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1657:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1720:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1187:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1348:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1630:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1797:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,57:78:99:0|1:274430_A_ATTT:2306,0,1009:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1627:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1526:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,112,1787:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1461:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1344:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1180:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1786:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1765:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1141:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1281:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1474:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,222:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1659:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1775:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1063:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,712:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,742:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,166:167:99:1|1:274430_A_ATTT:7414,463,0:. 1|1:6,234:240:99:1|1:274430_A_ATTT:10162,295,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,316:319:99:1|1:274434_A_G:13832,828,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,115:254:99:0|1:274430_A_ATTT:4339,0,5440:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1565:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1492:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1535:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1393:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,109,1325:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,705:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,530:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 275057 . A T 291957 PASS FS=0.566;MQ=60.03;QD=22.79;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H248L;SNPEFF_CODON_CHANGE=cAt/cTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106500.1;SOR=0.62;VQSLOD=5.12;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=122.36;GQ_STDDEV=42.48;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7957;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.992;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13562663;AF=0.01;AS_InbreedingCoeff=-0.0337;MLEAC=52;MLEAF=0.009875;AN=858;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1486:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1377:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1367:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1222:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1689:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1712:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,938:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1242:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1499:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1504:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1360:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1481:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1298:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,36:105:99:.:.:731,0,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1646:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4485,453,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,953:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1254:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1227,134,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1180:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,144:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,15:123:60:.:.:60,0,2942:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1354:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1618,167,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2456,249,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,286:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,572:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:31:.:.:0,31,815:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:608,0:608:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:707,0:707:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,159:314:99:0|1:275033_A_G:5925,0,7091:. 0|0:487,0:487:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1471:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,236:259:99:0|1:275033_A_G:9337,0,575:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,220:225:99:1|1:275033_A_G:9059,315,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,17:184:43:.:.:43,0,5328:. 0|1:308,228:536:99:0|1:275033_A_G:8151,0,14652:. 1|0:34,227:261:99:0|1:275033_A_G:8852,0,1405:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1295:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:407,0:407:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:466,0:466:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:582,0:582:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:496,0:496:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:377,0:377:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:460,0:460:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,785:. 1|1:0,283:283:99:.:.:9793,851,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:500,0:500:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:647,0:647:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 275432 . C T 381393 PASS FS=0;MQ=59.56;QD=23.44;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T373I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aCt/aTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106500.1;SOR=0.723;VQSLOD=7;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=4.4598;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=70.93;GQ_STDDEV=91.05;HRun=1;InbreedingCoeff=0.1032;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.479;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13025056;AF=0.013;AS_InbreedingCoeff=-0.0607;MLEAC=67;MLEAF=0.013;AN=858;AC=17 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1779:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1639:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1331:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1493:. 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,1017:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1154:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1265:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:68,0:68:79:.:.:0,79,1678:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:228,0:228:52:.:.:0,52,5107:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1359:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1125:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1788:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1433:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1760:. 1|0:14,43:57:99:.:.:1065,0,194:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1761:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:78:.:.:0,78,1928:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1007:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1104:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1252:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,2288:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:73:.:.:0,73,1534:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1513:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1438:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1755:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3337,322,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1299:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:0:.:.:0,0,3434:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:102,0:102:58:.:.:0,58,2282:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,34:134:99:.:.:659,0,2342:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:.:.:4827,486,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5612,567,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1366:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,140:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:116,0:116:43:.:.:0,43,2595:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,123:174:99:.:.:3280,0,863:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,14:94:99:.:.:161,0,1814:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1028:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1566:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1367:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:89:.:.:0,89,1579:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,5:42:32:.:.:32,0,901:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,389:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1662:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1169,114,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:20,0:20:29:.:.:0,29,494:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:33:.:.:0,33,5229:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:65:.:.:0,65,1354:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:0:.:.:0,0,3711:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:0:.:.:0,0,5880:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:572,0:572:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:653,0:653:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:426,0:426:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:98,0:98:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:.:.:.:.:12 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:.:.:.:.:120 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:.:.:.:.:0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:460,0:460:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:47:.:.:0,47,2356:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:.:.:.:.:120 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:161,0:161:.:.:.:.:106 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:107 0|0:221,0:221:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:65,0:65:.:.:.:.:120 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:.:.:.:.:120 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:.:.:.:.:120 0|0:195,0:195:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:363,0:363:.:.:.:.:0 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:.:.:.:.:120 0|0:250,0:250:0:.:.:0,0,4015:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:14 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:495,0:495:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:.:.:.:.:113 0|0:533,0:533:.:.:.:.:0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:.:.:.:.:120 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:466,0:466:.:.:.:.:120 0|0:561,0:561:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:.:.:.:.:120 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:408,0:408:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:20:.:.:0,20,6500:. 0|0:216,0:216:5:.:.:0,5,5841:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1439:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1524:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:23,0:23:50:.:.:0,50,692:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,126:279:99:.:.:3561,0,4120:. 0|1:124,163:287:99:.:.:4816,0,3214:. 0|0:22,0:22:31:.:.:0,31,667:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,137:222:99:.:.:4139,0,2220:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,169:214:99:.:.:5229,0,866:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:621,0:621:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:0:.:.:0,0,4002:. Pf3D7_01_v3 275799 . T A 544716 PASS FS=0.549;MQ=60.07;QD=20.64;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T495;SNPEFF_CODON_CHANGE=acT/acA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106500.1;SOR=0.642;VQSLOD=4.59;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1864;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=141.71;GQ_STDDEV=148.99;HRun=1;InbreedingCoeff=0.3916;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.015;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11021406;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=0.3916;MLEAC=128;MLEAF=0.024;AN=858;AC=24 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1638:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1435:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1515:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1499:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1173:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1211:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,947:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1437:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1314:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1464:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1077:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1515:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,576:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1332:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1071:. 0|1:44,52:96:99:.:.:1297,0,1053:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1075:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:109,16:125:99:.:.:100,0,2827:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1661,167,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1191:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1091:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,11:68:99:.:.:128,0,1540:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,63:128:99:.:.:1489,0,1547:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1541:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,138:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1140:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,985:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,71:110:99:.:.:1808,0,851:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1441:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,15:133:51:.:.:51,0,3030:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1456:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1208:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1913,191,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,63:85:99:.:.:1662,0,421:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1007:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:71:.:.:0,71,2596:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:52,7:59:36:.:.:36,0,1368:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:3,14:17:29:.:.:369,0,29:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,443:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:33,0:33:88:.:.:0,88,920:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,116:171:99:.:.:3582,0,1453:. 1|0:63,66:129:99:.:.:1978,0,1852:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:.:.:4428,379,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,38:127:99:.:.:970,0,2843:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:66,18:84:99:.:.:334,0,2113:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4885,412,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:396,0:396:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,562:562:99:.:.:19667,1690,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,535:. 0|0:65,0:65:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:120 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:.:.:.:.:120 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:291,0:291:.:.:.:.:120 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:.:.:.:.:99 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:263,0:263:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:120 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:111 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:120 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:.:.:.:.:120 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:.:.:.:.:120 0|0:189,0:189:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:101 0|0:201,0:201:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:265,0:265:.:.:.:.:120 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:.:.:.:.:120 0|0:231,0:231:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:.:.:.:.:116 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:.:.:.:.:120 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,47:110:99:.:.:1265,0,1803:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1439:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,808:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1348:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,511:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,827:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 276845 . G A 2.78331e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=33.89;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S844N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGt/aAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106500.1;SOR=0.663;VQSLOD=10.56;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.983;GC=23.81;GQ_MEAN=661.78;GQ_STDDEV=242.46;HRun=3;InbreedingCoeff=0.9718;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.36;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16660747;AF=0.931;AS_InbreedingCoeff=0.4488;MLEAC=4899;MLEAF=0.933;AN=856;AC=811 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,74:74:99:.:.:2389,223,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2622,247,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2772,259,0 1|1:0,94:94:99:.:.:3041,283,0 1|0:7,57:64:13:.:.:1632,0,13 1|1:0,61:61:99:.:.:1947,183,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1240,117,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2832,268,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1355,126,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1851,171,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1630,150,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2527,241,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1985,180,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1701,159,0 1|1:0,24:24:71:.:.:719,71,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1208,111,0 1|1:0,3:3:9:.:.:94,9,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1236,114,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1092,102,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1231,120,0 1|0:36,21:57:99:.:.:501,0,838 1|1:1,69:70:99:.:.:2174,201,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7073,677,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2454,240,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1338,126,0 1|0:37,79:116:99:.:.:2000,0,625 1|1:0,13:13:39:.:.:397,39,0 1|1:0,17:17:51:.:.:541,51,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1411 1|1:0,63:63:99:.:.:2001,189,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3208,310,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2911,279,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1474,141,0 1|1:0,378:378:99:.:.:11533,1136,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1640,156,0 1|1:1,146:147:99:.:.:4508,410,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,48:48:99:.:.:1457,144,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1707,168,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2269,225,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3641,360,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3951,393,0 1|1:1,83:84:99:.:.:2568,226,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6054,595,0 1|1:0,191:191:99:.:.:5797,573,0 0|1:23,91:114:99:.:.:2395,0,308 1|1:0,79:79:99:.:.:2365,237,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1251,120,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2794,276,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1940,195,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2402,237,0 1|0:9,16:25:99:.:.:414,0,184 1|1:0,119:119:99:.:.:3522,356,0 0|1:43,217:260:99:.:.:5926,0,420 1|1:7,98:105:99:.:.:2782,121,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2361,231,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3090,300,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2326,225,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1899,188,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2639,264,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4216,416,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2189,216,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4433,436,0 1|1:0,290:290:99:.:.:9078,872,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1615,159,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2953,289,0 1|1:1,155:156:99:.:.:4808,459,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2972,286,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1674,168,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2188,210,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1406,141,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1235,120,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3651,368,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3145,306,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3480,336,0 1|1:0,61:61:99:1|1:276841_C_A:2657,187,0 1|1:0,178:178:99:.:.:5389,535,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2748,272,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,64:64:99:.:.:1995,192,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1894,186,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1742,165,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1859,180,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3346,331,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2428,240,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4398,433,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5108,502,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1780,171,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4649,479,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4871,475,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3791,369,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3960,387,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5461,540,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2843,287,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2683,270,0 0|1:9,62:71:38:.:.:1651,0,38 1|1:0,145:145:99:.:.:4488,435,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5824,578,0 1|1:1,177:178:99:.:.:5368,507,0 1|1:0,237:237:99:.:.:7306,717,0 1|1:9,218:227:99:.:.:6450,438,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4347,426,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3837,386,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4200,419,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4162,411,0 1|1:0,213:213:99:.:.:6693,640,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4057,394,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6453,618,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4575,461,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5470,538,0 1|1:0,183:183:99:.:.:5490,548,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6806,669,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3908,391,0 1|1:0,271:271:99:.:.:8296,814,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5402,539,0 1|1:0,217:217:99:.:.:6622,651,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5037,495,0 1|1:0,275:275:99:.:.:8333,825,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4340,430,0 1|1:0,229:229:99:.:.:6977,688,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4357,420,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5604,540,0 1|1:1,196:197:99:.:.:5966,563,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4184,418,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4888,486,0 1|1:1,164:165:99:.:.:5028,486,0 1|1:0,178:178:99:.:.:5378,534,0 1|1:0,222:222:99:.:.:6830,666,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6127,607,0 1|1:0,198:198:99:.:.:5944,595,0 1|1:1,176:177:99:.:.:5313,522,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3916,388,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3104,315,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5522,538,0 1|1:0,210:210:99:.:.:6422,630,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4248,433,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6145,616,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4524,429,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5125,502,0 1|1:0,227:227:99:.:.:6781,681,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6036,600,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6053,594,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5271,532,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6305,634,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3705,367,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4973,475,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5791,567,0 1|1:0,219:219:99:.:.:6845,658,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3502,345,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2853,277,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3293,316,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2793,273,0 1|1:0,222:222:99:.:.:6706,667,0 1|1:0,75:75:99:1|1:276845_G_A:2355,225,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4187,417,0 1|1:0,168:168:99:.:.:4932,503,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2734,276,0 1|1:0,237:237:99:.:.:7108,712,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3682,369,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4685,456,0 0|1:65,44:109:99:.:.:1033,0,1484 1|1:0,114:114:99:.:.:3479,343,0 1|1:4,134:138:99:.:.:3987,320,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3449,340,0 1|1:1,204:205:99:.:.:6262,587,0 0|1:56,122:178:99:.:.:3240,0,979 1|1:0,172:172:99:1|1:276845_G_A:5481,516,0 1|1:5,171:176:99:.:.:5093,389,0 1|1:0,10:10:30:.:.:317,30,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,166:166:99:.:.:5086,497,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2963,286,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2956,294,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2597,258,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5522,541,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5196,511,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800 1|1:0,157:157:99:.:.:4787,471,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4131,408,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2808,279,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2496,241,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3683,357,0 1|1:1,125:126:99:.:.:4145,350,0 0|1:25,138:163:99:.:.:3800,0,198 1|1:0,101:101:99:.:.:3130,304,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4583,447,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2562,250,0 1|1:0,266:266:99:.:.:7949,796,0 1|1:1,139:140:99:.:.:4243,391,0 1|1:0,144:144:99:1|1:276845_G_A:6369,454,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3879,387,0 1|1:0,218:218:99:.:.:6807,655,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800 1|1:0,96:96:99:.:.:2943,288,0 1|1:0,236:236:99:.:.:7099,709,0 1|1:0,99:99:99:.:.:3045,298,0 1|1:1,58:59:99:.:.:1725,148,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3361,333,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2883,285,0 1|0:29,186:215:99:.:.:4881,0,122 1|1:0,105:105:99:.:.:3118,316,0 1|1:13,140:153:99:.:.:3895,115,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2948,289,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4251,421,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4025,399,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2072,201,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2614,255,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2151,213,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3715,369,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3341,328,0 1|1:15,124:139:29:.:.:3499,29,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3515,349,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5537,541,0 1|1:0,199:199:99:.:.:6071,598,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3741,372,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1883,189,0 0|0:189,0:189:46:.:.:0,46,4006 1|1:0,112:112:99:.:.:3329,336,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2533,244,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1925,183,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2199,216,0 1|0:42,76:118:99:.:.:1986,0,776 1|1:0,63:63:99:.:.:1906,189,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2631,264,0 0|1:14,58:72:99:.:.:1557,0,124 1|1:0,76:76:99:.:.:2325,228,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2699,265,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3705,366,0 1|1:0,191:191:99:.:.:5911,574,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3118,307,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3859,372,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1860,183,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5707,556,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1765,171,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4054,393,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2136,210,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1725,168,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2353,231,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5335,519,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2975,291,0 1|1:0,7:7:21:.:.:202,21,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4736,462,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4125,397,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4350,435,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3059,294,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3841,378,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3351,328,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5936,579,0 1|1:1,57:58:99:.:.:1713,145,0 1|1:0,23:23:69:.:.:710,69,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2318,225,0 1|1:3,295:298:99:.:.:8975,809,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3591,358,0 1|1:0,219:219:99:.:.:6654,657,0 1|1:0,24:24:72:.:.:728,72,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1229,120,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4987,493,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2807,271,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2312,225,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2816,279,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4058,390,0 1|1:1,18:19:29:.:.:513,29,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1820,180,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1517,150,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3685,357,0 1|1:0,33:33:99:.:.:996,99,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6743,557,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4659,390,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7817,655,0 1|1:0,241:241:99:.:.:8822,725,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,236:236:99:.:.:8579,710,0 1|1:0,201:201:99:.:.:7218,605,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5328,445,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8787,734,0 1|1:0,197:197:99:.:.:7125,593,0 1|1:0,214:214:99:.:.:7621,643,0 1|1:0,29:29:87:.:.:1073,87,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6758,568,0 1|1:0,230:230:99:.:.:8295,692,0 1|1:0,275:275:99:.:.:9872,826,0 1|1:0,198:198:99:.:.:7201,596,0 1|1:0,265:265:99:.:.:9585,797,0 1|1:0,279:279:99:.:.:9891,839,0 1|1:0,225:225:99:.:.:8217,677,0 1|1:0,180:180:99:.:.:6331,541,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7379,614,0 1|1:0,171:171:99:.:.:6142,514,0 1|0:163,34:197:99:.:.:646,0,5109 1|1:0,307:307:99:.:.:11021,923,0 1|1:0,226:226:99:.:.:8167,679,0 1|1:0,86:86:99:.:.:3078,259,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3872,322,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7639,637,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1432,117,0 0|1:83,38:121:99:.:.:994,0,2476 1|1:0,163:163:99:.:.:5781,490,0 1|1:0,146:146:99:.:.:5270,439,0 1|1:0,206:206:99:.:.:7392,620,0 1|1:1,251:252:99:.:.:9008,721,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4503,376,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7313,614,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7677,647,0 1|1:0,239:239:99:.:.:8410,718,0 1|1:0,774:774:99:.:.:27670,2328,0 1|1:0,862:862:99:.:.:30783,2592,0 1|1:0,700:700:99:.:.:25236,2105,0 0|1:52,38:90:99:.:.:1137,0,1493 1|1:0,33:33:99:.:.:1203,99,0 1|1:0,145:145:99:.:.:5004,435,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3913,337,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6420,562,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8304,731,0 1|1:1,575:576:99:.:.:19945,1713,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5770,502,0 1|1:1,261:262:99:.:.:8904,752,0 1|1:0,287:287:99:.:.:10012,863,0 1|1:0,668:668:99:.:.:23335,1999,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9524,824,0 1|1:0,549:549:99:.:.:18899,1643,0 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,69:69:99:.:.:2301,207,0 1|1:1,611:612:99:.:.:21430,1824,0 1|1:1,66:67:99:.:.:2299,192,0 1|1:0,288:288:99:.:.:10026,866,0 1|1:0,237:237:99:.:.:8030,711,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6525,562,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8415,741,0 1|1:0,281:281:99:.:.:9934,845,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7972,685,0 1|1:0,238:238:99:.:.:8156,714,0 1|1:10,224:234:99:.:.:7355,355,0 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,466:468:99:.:.:16118,1399,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4234,367,0 1|1:1,468:469:99:.:.:16106,1378,0 1|1:1,55:56:99:.:.:1870,134,0 1|1:0,258:258:99:.:.:9074,776,0 1|1:0,310:310:99:.:.:10774,931,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8255,709,0 1|1:0,289:289:99:.:.:9900,869,0 1|1:0,254:254:99:.:.:8908,763,0 1|1:0,266:266:99:.:.:9000,799,0 1|1:8,223:231:99:.:.:7410,415,0 1|0:105,102:207:99:.:.:2779,0,2572 1|1:0,282:282:99:.:.:9894,848,0 1|1:0,237:237:99:.:.:8324,712,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7782,667,0 0|0:114,0:114:9:.:.:0,9,2931 1|1:7,254:261:99:.:.:8343,540,0 0|1:67,40:107:99:.:.:1033,0,1769 1|1:1,249:250:99:.:.:8565,717,0 1|1:0,557:557:99:.:.:19106,1670,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6290,549,0 1|1:0,560:560:99:.:.:19275,1676,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8455,731,0 1|1:5,300:305:99:.:.:9940,747,0 1|1:11,250:261:99:.:.:8361,466,0 1|1:0,248:248:99:.:.:8488,745,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7152,624,0 1|1:0,227:227:99:.:.:7852,683,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4831,424,0 1|1:1,185:186:99:.:.:6265,526,0 1|1:2,55:57:99:.:.:1899,127,0 1|1:5,278:283:99:.:.:9150,695,0 1|1:0,630:630:99:.:.:21566,1887,0 1|1:0,262:262:99:.:.:9240,788,0 1|1:0,214:214:99:.:.:7442,643,0 1|1:1,534:535:99:.:.:18184,1566,0 1|1:0,117:117:99:.:.:4137,352,0 1|1:0,279:279:99:.:.:9638,838,0 1|1:2,257:259:99:.:.:8856,718,0 1|1:1,525:526:99:.:.:18126,1562,0 1|1:0,166:166:99:1|1:276845_G_A:7178,508,0 1|1:0,559:559:99:.:.:19557,1676,0 1|1:0,610:610:99:.:.:21049,1833,0 1|1:0,571:571:99:.:.:20171,1717,0 1|1:1,114:115:99:1|1:276845_G_A:4318,316,0 1|1:1,469:470:99:.:.:16130,1384,0 1|1:0,434:434:99:.:.:15261,1302,0 1|1:1,236:237:99:.:.:8174,678,0 1|1:2,597:599:99:.:.:20781,1756,0 1|1:0,93:93:99:.:.:3199,279,0 1|1:0,152:152:99:.:.:5236,456,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800 1|1:0,190:190:99:.:.:6596,571,0 1|1:0,211:211:99:.:.:7337,634,0 1|1:0,174:174:99:.:.:6063,523,0 1|1:0,210:210:99:.:.:7062,630,0 1|1:0,227:227:99:.:.:8061,683,0 1|1:0,229:229:99:.:.:8046,688,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7067,616,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2753,231,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1596,135,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6635,560,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6529,568,0 1|1:3,227:230:99:.:.:7825,589,0 1|1:0,123:123:99:.:.:4341,370,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8664,755,0 1|1:0,275:275:99:.:.:9573,827,0 1|1:0,308:308:99:.:.:10881,926,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1491 1|1:0,128:128:99:.:.:4530,385,0 1|1:0,127:127:99:.:.:4412,382,0 1|1:0,58:58:99:.:.:2038,174,0 1|1:0,21:21:63:.:.:768,63,0 1|1:0,314:314:99:.:.:10959,943,0 1|1:0,320:320:99:.:.:11068,962,0 1|1:0,304:304:99:.:.:10577,914,0 1|1:0,19:19:57:.:.:665,57,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8882,758,0 1|1:0,241:241:99:.:.:8562,725,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6361,556,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7775,677,0 1|1:0,202:202:99:.:.:7093,607,0 1|1:0,206:206:99:.:.:7174,619,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7901,677,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8752,751,0 1|1:0,172:172:99:.:.:6190,517,0 1|1:0,563:563:99:.:.:20123,1694,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2625,234,0 1|1:0,370:370:99:.:.:12784,1112,0 1|1:0,684:684:99:.:.:23632,2056,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5961,508,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9482,821,0 1|1:0,58:58:99:.:.:2034,174,0 1|0:4,32:36:23:.:.:1015,0,23 1|1:0,385:385:99:.:.:13630,1157,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4982,430,0 Pf3D7_01_v3 276857 . A G 290869 PASS FS=0;MQ=61.19;QD=21.4;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D848G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAt/gGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106500.1;SOR=0.692;VQSLOD=6.48;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=121.15;GQ_STDDEV=43.92;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9707;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.578;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11445879;AF=0.009886;AS_InbreedingCoeff=0.9707;MLEAC=50;MLEAF=0.009506;AN=856;AC=14 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1647:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1286:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1404:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1331:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1196:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1364:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,111:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1600:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1192:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1185:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,545:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1411:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1329:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1302:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1237:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1260:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,640:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1320:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,923:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1084:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1246:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1313:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1314:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1327:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1507:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1606:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,3:67:99:0|1:276845_G_A:0,121,1890:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,21:175:65:0|1:276845_G_A:65,0,4226:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,334:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:146,31:177:99:.:.:280,0,3977:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,66:93:99:.:.:1575,0,523:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,24:129:99:.:.:265,0,2876:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,147:151:99:1|1:276845_G_A:3917,335,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1627:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1763:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1389:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1538:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1455:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,173:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1366:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:232,73:305:99:.:.:1096,0,6246:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 1|0:33,28:61:99:.:.:582,0,839:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1137:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,70:204:99:.:.:1781,0,4264:. 1|0:156,97:253:99:.:.:2533,0,4938:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1483:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:864,0:864:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:.:.:.:.:120 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:406,0:406:.:.:.:.:120 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:381,0:381:.:.:.:.:120 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:.:.:120 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:.:.:.:.:120 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:110 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:120 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:.:.:.:.:120 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:.:.:.:.:120 0|0:141,0:141:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:278,0:278:.:.:.:.:120 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:120 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:100 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:.:.:.:.:120 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:.:.:.:.:103 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:.:.:.:.:120 0|1:15,154:169:49:0|1:276845_G_A:4577,0,49:. 0|0:376,0:376:.:.:.:.:120 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,41:113:99:0|1:276845_G_A:980,0,2177:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:.:.:.:.:103 0|0:185,0:185:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:294,0:294:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1694:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1391:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1363:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1427:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1741:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1491:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,616:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1696:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:558,0:558:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:672,0:672:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2077,189,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,118,1800:. Pf3D7_01_v3 277523 . T A 396908 PASS FS=0;MQ=60.06;QD=22.78;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F1070Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=tTt/tAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106500.1;SOR=0.68;VQSLOD=6.28;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=125.51;GQ_STDDEV=58.51;HRun=0;InbreedingCoeff=0.651;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.478;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=10513340;AF=0.01;AS_InbreedingCoeff=0.651;MLEAC=53;MLEAF=0.01;AN=858;AC=28 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1348:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1647:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1286:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1271:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,159:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,718:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1090:. 1|0:46,20:66:99:.:.:429,0,1196:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1192:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1132:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1399:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1474:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1252:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1457:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1260:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:48,19:67:99:.:.:386,0,1183:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1134:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:20:.:.:0,20,1348:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1320:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,22:83:99:.:.:421,0,1550:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,923:. 1|0:93,15:108:99:.:.:134,0,2402:. 0|1:97,31:128:99:.:.:564,0,2514:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1084:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1246:. 0|0:37,0:37:82:.:.:0,82,1063:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1313:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1003:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1314:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1327:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1394:. 0|1:95,33:128:99:.:.:623,0,2480:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1665:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,53:61:58:.:.:1479,0,58:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1384:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1606:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,61:190:99:.:.:1326,0,3299:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:.:.:6324,628,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:94,23:117:99:0|1:277523_T_A:364,0,2739:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,446:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:144,0:144:88:.:.:0,88,3720:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1627:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3548,348,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:2,96:98:99:.:.:2893,236,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1763:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1389:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:16,44:60:99:.:.:1161,0,299:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1611:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,23:107:99:.:.:389,0,2159:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1538:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1455:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:6,2:8:41:.:.:41,0,137:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,76:131:99:.:.:1894,0,1250:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1366:. 0|0:29,0:29:55:.:.:0,55,838:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,84:124:99:.:.:2200,0,815:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1635:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1660:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1514:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:5095,436,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:584,0:584:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:.:.:.:.:120 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:406,0:406:.:.:.:.:120 0|0:168,0:168:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:381,0:381:.:.:.:.:120 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:.:.:120 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1425:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:.:.:.:.:120 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:110 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:120 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:.:.:.:.:120 0|0:102,0:102:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:359,0:359:.:.:.:.:120 0|0:141,0:141:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:278,0:278:.:.:.:.:120 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:120 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:100 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:.:.:.:.:120 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:.:.:.:.:103 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:120 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:376,0:376:.:.:.:.:120 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1522:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:.:.:.:.:103 0|0:185,0:185:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:294,0:294:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1694:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1391:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1363:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1427:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3602,315,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8985,784,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1491:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,83:84:99:.:.:2781,243,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1199:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1696:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1435:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,118,1800:. Pf3D7_01_v3 277896 . T C 215199 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=19.33;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1194;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0106500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106500.1;SOR=0.704;VQSLOD=5.65;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=136.27;GQ_STDDEV=162.62;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0091;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.024;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8867997;AF=0.005706;AS_InbreedingCoeff=-0.0091;MLEAC=30;MLEAF=0.005706;AN=856;AC=2 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1206:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1306:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1307:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,162:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1054:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1576:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1233:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1453:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,579:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1398:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1306:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1258:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1482:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1119:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1797:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1605:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1423:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1574:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,10:70:77:.:.:77,0,1590:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1448:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1395:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1341:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1039:. 1|0:104,20:124:99:.:.:200,0,2779:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1152:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1167:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1311:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1281:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1412:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1245:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1112:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1372:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1098:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1606:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1671:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1479:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1479:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1487:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,91:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1363:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1529:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1278:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1425:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1632:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1303:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1451:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1250:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1198:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1238:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1258:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1315:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1386:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1319:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1191:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1561:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,221:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1311:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:61:.:.:0,61,749:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1168:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1279:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1121:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1386:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1437:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1553:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1635:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1660:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1514:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1674:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1394:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1558:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:584,0:584:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1358:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1211:. 0|0:112,0:112:.:.:.:.:120 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:110 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:.:.:.:.:120 0|0:168,0:168:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:.:.:120 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1614:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:.:.:120 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:353,0:353:.:.:.:.:120 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1482:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:99 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:105 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:105 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:.:.:120 0|0:102,0:102:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:162,0:162:.:.:.:.:120 0|0:141,0:141:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:161,0:161:.:.:.:.:120 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:109 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:106 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:.:.:.:.:120 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:.:.:.:.:103 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:120 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:142,0:142:.:.:.:.:120 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1522:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:.:.:.:.:103 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1450:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1283:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1397:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1391:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1363:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1364:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1627:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,885:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,858:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1696:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,113,1518:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1472:. Pf3D7_01_v3 280174 . T G 231682 PASS FS=0.554;MQ=63.32;QD=19.4;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.639;VQSLOD=3.69;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=118.71;GQ_STDDEV=28;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7997;NCC=0;ClippingRankSum=0;BaseQRankSum=-1.85;MQRankSum=-1.088;ReadPosRankSum=1.68;culprit=FS;set=snp;DP=5162092;AF=0.027;AS_InbreedingCoeff=0.7997;MLEAC=133;MLEAF=0.026;AN=852;AC=27 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:71,0:71:99:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1625:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1264:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1308:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1074:. 0|0:54,0:54:99:0,104,1373:. 0|0:47,0:47:90:0,90,1313:. 0|0:36,0:36:84:0,84,1260:. 0|0:28,0:28:63:0,63,945:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:25,0:25:66:0,66,990:. 0|0:29,0:29:57:0,57,855:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,110,1521:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1433:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1314:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1406:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1259:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1328:. 0|0:70,0:70:99:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1383:. 0|0:158,0:158:99:0,116,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,111,1278:. 0|0:118,0:118:99:0,114,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1179:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1058:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1097:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1447:. 0|0:58,0:58:99:0,104,1439:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,100,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1132:. 0|0:18,0:18:27:0,27,405:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:93:0,93,1395:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1282:. 0|0:14,0:14:42:0,42,414:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1784:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1665:. 0|0:73,0:73:99:0,110,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1481:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1520:. 0|0:37,0:37:69:0,69,1035:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,113,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:0,103,1643:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1508:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:51:0,51,765:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:81:0,81,972:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:93:0,93,1395:. 0|0:75,0:75:99:0,117,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1771:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1119:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:33,0:33:72:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1260:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,116,1264:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1620:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1213:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|1:47,10:57:99:107,0,1204:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1757:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,106,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,111,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,106,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 1|0:23,18:41:99:336,0,548:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,103,1332:. 0|0:106,0:106:99:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:0,100,1573:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1193:. 0|0:114,0:114:99:0,118,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,104,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,101,1610:. 0|0:75,0:75:99:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,115,1748:. 1|1:1,74:75:99:1849,211,0:. 0|0:73,0:73:99:0,110,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1733:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1283:. 0|0:75,0:75:99:0,112,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1232:. 0|0:66,0:66:99:0,102,1599:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1384:. 0|0:58,0:58:99:0,117,1714:. 0|0:74,0:74:99:0,101,1740:. 0|0:105,0:105:99:0,102,1530:. 1|1:2,62:64:99:1518,168,0:. 1|1:0,84:84:99:2120,248,0:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,105,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1572:. 0|0:35,0:35:84:0,84,1260:. 0|0:47,0:47:42:0,42,1208:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,113,1472:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1151:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:84:0,84,1260:. 0|0:93,0:93:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,104,1700:. 0|0:89,0:89:99:0,119,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,108,1800:. 0|0:10,0:10:30:0,30,304:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,107,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,109,1389:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1800:. 0|0:54,2:56:99:0,118,1565:. 1|0:49,44:93:99:924,0,1192:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1490:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 1|0:26,53:79:99:1164,0,520:. 0|0:57,0:57:99:0,103,1492:. 0|0:72,0:72:99:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,116,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,107,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1258:. 0|0:64,0:64:99:0,104,1557:. 1|1:0,54:54:99:1427,162,0:. 0|0:100,0:100:99:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:0,102,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,105,1797:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1392:. 0|0:128,0:128:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1208:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1093:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|1:66,17:83:99:192,0,1765:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1008:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1214:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1284:. 0|0:79,0:79:99:0,113,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,117,1463:. 0|0:136,0:136:99:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1492:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1214:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1130:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1256:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1022:. 0|0:80,6:86:99:0,121,2343:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 1|0:35,5:40:16:16,0,1000:. 0|0:47,0:47:99:0,113,1234:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1145:. 0|0:69,0:69:99:0,115,1715:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1427:. 0|0:77,0:77:99:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:81:0,81,1215:. 0|0:82,0:82:99:0,106,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1114:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,113,1392:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1220:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:86:0,86,1718:. 0|0:6,0:6:18:0,18,183:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,103,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1370:. 0|0:91,0:91:99:0,109,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,118,1562:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:51:0,51,765:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:33:0,33,495:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:101,0:101:99:0,99,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,110,1657:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1592:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:0,36,336:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1168:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1421:. 0|0:32,0:32:84:0,84,1260:. 1|0:16,34:50:99:984,0,414:. 1|0:9,12:21:99:309,0,261:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1494:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1467:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1134:. 0|0:38,0:38:90:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1665:. 1|0:18,26:44:99:683,0,481:. 0|0:3,0:3:9:0,9,106:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1293:. 0|0:44,0:44:99:0,115,1524:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:72:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:75:0,75,1125:. 1|1:3,41:44:31:1144,31,0:. 0|0:37,0:37:55:0,55,1122:. 0|0:33,0:33:84:0,84,1260:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1389:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1352:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:18:0,18,212:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1297:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1260:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:25,0:25:72:0,72,837:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:60:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1259:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,104,1800:. 0|0:5,0:5:12:0,12,180:. 0|0:3,0:3:9:0,9,107:. 0|0:.:37:.:.:99 0|0:43,0:43:91:0,91,1337:. 0|0:78,0:78:99:0,115,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,105,1800:. 0|0:.:90:.:.:99 0|0:59,0:59:99:0,105,1694:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:.:96:.:.:99 0|0:108,0:108:99:0,111,1665:. 0|0:.:81:.:.:99 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1438:. 0|0:.:56:.:.:99 0|0:31,0:31:75:0,75,1125:. 0|0:94,0:94:99:0,102,1665:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,108,1620:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,114,1800:. 1|0:22,106:128:99:2836,0,303:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:.:65:.:.:99 0|0:52,3:55:97:0,97,1624:. 0|0:.:80:.:.:99 0|0:19,0:19:40:0,40,570:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,115,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,118,1800:. 1|1:1,112:113:99:3355,324,0:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,118,1800:. 0|0:.:26:.:.:60 0|0:59,0:59:99:0,119,1708:. 0|0:74,0:74:99:0,101,1620:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:.:23:.:.:60 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:.:18:.:.:42 0|0:86,0:86:99:0,107,1800:. 0|0:.:69:.:.:99 0|0:45,0:45:99:0,103,1428:. 0|0:.:85:.:.:99 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:.:159:.:.:99 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:.:51:.:.:99 0|0:83,0:83:99:0,118,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1253:. 0|0:66,0:66:99:0,111,1665:. 0|0:.:8:.:.:21 0|0:84,0:84:99:0,106,1800:. 0|0:.:70:.:.:99 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:.:101:.:.:99 0|0:.:63:.:.:99 0|0:48,0:48:99:0,111,1449:. 0|0:91,10:101:3:0,3,2760:. 0|1:9,71:80:61:1954,0,61:. 0|0:.:40:.:.:54 0|0:40,0:40:99:0,101,1203:. 0|0:.:60:.:.:99 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:.:66:.:.:99 0|1:44,5:49:4:4,0,1291:. 0|0:.:32:.:.:72 0|0:49,0:49:99:0,117,1542:. 1|0:15,8:23:99:182,0,454:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:51:0,51,765:. 0|0:23,0:23:63:0,63,767:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1152:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1327:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:39:0,39,585:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1245:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1196:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1429:. 0|0:33,0:33:72:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1154:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:25,0:25:57:0,57,855:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:9,0:9:27:0,27,271:. 1|1:0,61:61:99:1845,182,0:. 0|0:55,0:55:99:0,110,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:3:0,3,45:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1283:. 0|0:54,0:54:99:0,117,1678:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1392:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1409:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:45:0,45,675:. 0|0:86,0:86:99:0,108,1620:. 0|0:29,0:29:84:0,84,1109:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1366:. 0|0:40,0:40:99:0,114,1363:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1399:. 0|0:34,0:34:87:0,87,1305:. Pf3D7_01_v3 281975 . A T 9.17328e+06 PASS FS=0;MQ=60.34;QD=25.79;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H274L;SNPEFF_CODON_CHANGE=cAt/cTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=AARP2;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106700.1;SOR=0.699;VQSLOD=9.15;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=33.33;GQ_MEAN=354.54;GQ_STDDEV=482.45;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7033;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.376;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12977585;AF=0.357;AS_InbreedingCoeff=-0.1043;MLEAC=1876;MLEAF=0.357;AN=856;AC=269 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:49,11:60:99:.:.:169,0,1398:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:56,13:69:99:.:.:200,0,1565:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1458:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1249:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1525:. 0|0:32,3:35:9:.:.:0,9,933:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2086,204,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1730,162,0:. 0|1:26,32:58:99:.:.:840,0,663:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1057,102,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:94:.:.:0,94,1071:. 1|0:31,41:72:99:.:.:1053,0,726:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2005,198,0:. 1|1:0,228:228:99:.:.:6747,682,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1123:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1368:. 1|1:2,18:20:4:.:.:489,4,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:342,33,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1711,176,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1439:. 0|1:36,15:51:99:.:.:311,0,966:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1383:. 1|0:85,61:146:99:.:.:1404,0,2242:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:19:.:.:0,19,1585:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1338:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:53,63:116:99:.:.:1488,0,1243:. 0|1:65,30:95:99:.:.:600,0,1651:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3255,330,0:. 1|0:64,17:81:99:.:.:268,0,1717:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2718,278,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:108,153:261:99:.:.:3780,0,2540:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1576:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1121:. 1|0:74,11:85:67:.:.:67,0,1984:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3986,404,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1702,180,0:. 1|0:90,23:113:99:.:.:338,0,2354:. 1|0:87,47:134:99:.:.:1003,0,2246:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1725,177,0:. 0|1:48,32:80:99:.:.:699,0,1192:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1855,195,0:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1412:. 0|1:16,92:108:99:.:.:2382,0,163:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1031:. 0|1:115,50:165:99:.:.:966,0,2963:. 0|1:12,75:87:99:.:.:1892,0,120:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1831,192,0:. 0|1:27,48:75:99:.:.:1174,0,602:. 0|1:31,47:78:99:.:.:1135,0,677:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,29:58:99:.:.:693,0,707:. 0|1:38,109:147:99:.:.:2790,0,710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1324:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3650,377,0:. 0|1:107,20:127:99:.:.:214,0,2923:. 1|1:8,131:139:99:.:.:3561,166,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:25,84:109:99:.:.:2163,0,414:. 0|1:77,52:129:99:.:.:1092,0,1871:. 0|1:51,28:79:99:.:.:524,0,1292:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,102:122:99:.:.:2586,0,229:. 0|1:90,20:110:99:.:.:255,0,2369:. 0|1:56,77:133:99:.:.:1838,0,1234:. 1|0:39,173:212:99:.:.:4473,0,557:. 0|1:74,70:144:99:.:.:1555,0,1818:. 1|1:2,196:198:99:.:.:5746,528,0:. 1|0:56,93:149:99:.:.:2336,0,1277:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:89,93:182:99:.:.:2202,0,2177:. 1|1:0,249:249:99:.:.:7312,746,0:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4407,455,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1636:. 1|0:102,61:163:99:.:.:1311,0,2592:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:129,13:142:63:.:.:0,63,3521:. 0|1:69,156:225:99:.:.:3823,0,1390:. 1|0:91,72:163:99:.:.:1631,0,2297:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:78,102:180:99:.:.:2441,0,1817:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4079,425,0:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5529,569,0:. 1|1:21,225:246:95:.:.:5927,95,0:. 0|1:147,53:200:99:.:.:862,0,3798:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,145:147:99:.:.:4163,377,0:. 1|0:18,66:84:99:.:.:1560,0,295:. 1|0:165,40:205:99:.:.:591,0,4350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1204:. 0|1:17,136:153:29:.:.:3297,0,29:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,40:145:99:.:.:786,0,2793:. 1|0:146,33:179:99:.:.:422,0,3855:. 1|0:184,32:216:99:.:.:238,0,4743:. 1|1:2,218:220:99:.:.:6219,610,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:.:.:5250,551,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:6187,636,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:46,119:165:99:.:.:2852,0,928:. 0|1:66,142:208:99:.:.:3556,0,1412:. 1|1:0,212:212:99:.:.:6200,633,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1542:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3144,323,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2517,257,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,26:73:99:.:.:565,0,1263:. 0|1:63,71:134:99:.:.:1637,0,1535:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4468,465,0:. 1|0:38,42:80:99:.:.:952,0,895:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:78,45:123:99:.:.:956,0,2076:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,13:128:32:.:.:0,32,3121:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:185,0:185:17:.:.:0,17,4621:. 1|0:70,98:168:99:.:.:2339,0,1626:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,173:177:99:.:.:4947,409,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,115:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3673,372,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1528:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:3,90:93:99:.:.:2502,183,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:70,96:166:99:.:.:2277,0,1615:. 1|1:1,100:101:99:.:.:2884,270,0:. 1|0:50,89:139:99:.:.:2236,0,1108:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1710:. 1|0:31,103:134:99:.:.:2601,0,533:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,28:119:99:.:.:486,0,2414:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,248:248:99:.:.:7201,743,0:. 1|1:1,164:165:99:.:.:4830,464,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1304:. 1|1:0,261:261:99:.:.:7480,783,0:. 1|0:21,91:112:99:.:.:2274,0,319:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2783,285,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:77,53:130:99:.:.:1134,0,1868:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,67:142:99:.:.:1486,0,1901:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:49,17:66:99:.:.:313,0,1316:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:57,10:67:99:.:.:105,0,1576:. 0|1:56,41:97:99:.:.:903,0,1413:. 1|0:56,46:102:99:.:.:1036,0,1418:. 0|1:124,19:143:99:.:.:118,0,3383:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5013,522,0:. 1|0:49,145:194:99:.:.:3652,0,913:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,16:129:93:.:.:93,0,3029:. 0|1:48,32:80:99:.:.:686,0,1223:. 1|1:1,57:58:99:.:.:1646,143,0:. 1|0:57,15:72:99:.:.:219,0,1542:. 1|0:54,41:95:99:.:.:918,0,1409:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1453:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1349:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2098,213,0:. 0|1:99,12:111:26:.:.:26,0,2661:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1244:. 1|1:0,199:199:99:.:.:5769,596,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1333:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1743,180,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:113,75:188:99:.:.:1624,0,2905:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2768,286,0:. 1|0:9,3:12:54:.:.:54,0,250:. 1|0:51,138:189:99:.:.:3447,0,977:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,71:141:99:.:.:1596,0,1706:. 1|0:14,76:90:99:.:.:1980,0,160:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1531:. 1|0:18,40:58:99:.:.:1021,0,399:. 1|1:0,31:31:93:.:.:906,93,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1514:. 0|1:99,190:289:99:.:.:4648,0,2215:. 0|1:77,33:110:99:.:.:632,0,2005:. 1|1:16,172:188:85:.:.:4544,85,0:. 1|0:3,13:16:38:.:.:323,0,38:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,29:97:99:.:.:559,0,1811:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1425:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,4:15:73:.:.:73,0,302:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1124:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1203,123,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:14:.:.:0,14,638:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3979,334,0:. 0|1:71,167:238:99:.:.:5113,0,1852:. 0|1:124,163:287:99:.:.:5065,0,3577:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7671,654,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1157:. 1|1:0,184:184:99:.:.:6455,553,0:. 1|0:96,182:278:99:.:.:5656,0,2562:. 1|1:1,204:205:99:.:.:7052,583,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1397,120,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:.:.:8482,715,0:. 1|1:0,286:286:99:.:.:9937,860,0:. 1|1:1,229:230:99:.:.:8111,655,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:9,222:231:99:.:.:7662,365,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1415:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5851,500,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:.:.:4044,340,0:. 1|1:0,217:217:99:.:.:7799,653,0:. 1|1:0,237:237:99:.:.:8547,713,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,924:926:99:.:.:32753,2710,0:. 1|1:0,731:731:99:.:.:25944,2196,0:. 0|1:56,52:108:99:.:.:1533,0,1724:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,167:168:99:.:.:5599,495,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:6,542:548:99:.:.:17190,1432,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:17,250:267:99:.:.:7992,215,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:196,57:253:99:.:.:1125,0,6071:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1182:. 1|0:20,211:231:0:.:.:6582,0,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:16,102:118:99:.:.:3040,0,218:. 0|1:266,232:498:99:.:.:6105,0,7555:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1180:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 1|1:1,251:252:99:.:.:8754,721,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1514:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1463:. 0|1:103,102:205:99:.:.:2501,0,2866:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:9,90:99:15:.:.:2579,15,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,45:80:99:.:.:1208,0,974:. 1|0:39,252:291:99:.:.:7733,0,461:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,287:290:99:.:.:9213,763,0:. 0|1:228,24:252:36:.:.:36,0,7246:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1330:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,16:127:99:.:.:178,0,3425:. 1|0:131,76:207:99:.:.:1955,0,3859:. 1|0:12,46:58:99:.:.:1344,0,221:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:215,26:241:99:.:.:127,0,6697:. 1|0:69,463:532:99:.:.:13045,0,749:. 1|0:88,30:118:99:.:.:652,0,2731:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,113,1392:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1233:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1268:. 0|0:426,0:426:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:5059,439,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1233:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,116:190:99:.:.:3414,0,1974:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,60:60:99:.:.:2099,180,0:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7592,657,0:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7771,685,0:. 1|1:0,230:230:99:.:.:7856,691,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:16,315:331:99:.:.:10287,443,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1119:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4752,415,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1223:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,23:23:69:.:.:806,69,0:. 1|1:0,284:284:99:.:.:9815,853,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:1,213:214:99:.:.:7334,606,0:. 1|1:0,266:266:99:.:.:9342,800,0:. 0|0:254,0:254:64:.:.:0,64,7525:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,549:550:99:.:.:19277,1628,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,686:686:99:.:.:23571,2059,0:. 1|0:142,55:197:99:.:.:1315,0,4450:. 1|1:0,260:260:99:.:.:8874,780,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1713,147,0:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,173:174:99:.:.:6101,513,0:. Pf3D7_01_v3 282004 . G A 7.20395e+06 PASS FS=0;MQ=60.41;QD=30.1;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A284T;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gca/Aca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=AARP2;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106700.1;SOR=0.7;VQSLOD=9.39;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=4.23;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=309.53;GQ_STDDEV=467.07;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6212;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.089;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12785480;AF=0.228;AS_InbreedingCoeff=-0.1089;MLEAC=1197;MLEAF=0.228;AN=856;AC=144 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:56,9:65:99:0|1:282004_G_A:139,0,2125:. 0|0:74,0:74:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:54,12:66:99:.:.:172,0,2317:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1458:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1194:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1525:. 0|1:29,6:35:99:0|1:282004_G_A:136,0,1413:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,593:. 0|1:36,17:53:99:.:.:377,0,843:. 0|0:51,5:56:11:.:.:0,11,1219:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,955:. 0|0:42,0:42:72:.:.:0,72,1000:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,972:. 1|0:35,44:79:99:0|1:282004_G_A:1544,0,1191:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1179:. 1|1:0,231:231:99:1|1:282004_G_A:9598,707,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1368:. 1|0:4,17:21:99:0|1:282004_G_A:593,0,106:. 1|1:0,8:8:30:1|1:282004_G_A:359,30,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:282004_G_A:2379,181,0:. 0|1:60,49:109:99:.:.:1096,0,1247:. 1|0:23,74:97:99:0|1:282004_G_A:2741,0,1600:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1525:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1383:. 1|0:78,59:137:99:0|1:282004_G_A:2047,0,2710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1338:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,5:82:88:.:.:0,88,1706:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:58,24:82:99:.:.:463,0,1275:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1576:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:91:.:.:0,91,1946:. 1|0:77,10:87:39:.:.:39,0,3206:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:282004_G_A:2462,174,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,21:136:99:0|1:282004_G_A:471,0,5672:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1871,192,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1412:. 0|1:13,91:104:99:0|1:282004_G_A:3483,0,292:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1031:. 0|1:128,32:160:99:0|1:282004_G_A:906,0,6513:. 0|1:11,83:94:99:.:.:2176,0,268:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1493:. 0|1:29,52:81:99:0|1:282004_G_A:1923,0,1300:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1062:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1136:. 0|1:57,82:139:99:0|1:282004_G_A:3075,0,2196:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1324:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,19:130:99:0|1:282004_G_A:348,0,5917:. 1|1:7,129:136:99:.:.:4795,240,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:119,0:119:38:.:.:0,38,2536:. 1|0:74,49:123:99:.:.:1015,0,2941:. 0|1:56,9:65:99:.:.:105,0,1158:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:88,20:108:99:0|1:282004_G_A:551,0,4502:. 0|1:64,64:128:99:0|1:282004_G_A:2436,0,2537:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,69:137:99:0|1:282004_G_A:2479,0,3299:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:47,110:157:99:.:.:4279,0,747:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:131,51:182:99:0|1:282004_G_A:1503,0,5755:. 1|1:0,243:243:99:1|1:282004_G_A:10406,752,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1636:. 1|0:99,56:155:99:.:.:1171,0,2048:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:152,0:152:64:.:.:0,64,3142:. 0|1:76,158:234:99:0|1:282004_G_A:5856,0,2714:. 1|0:142,24:166:99:0|1:282004_G_A:497,0,6750:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,201:201:99:1|1:282004_G_A:8598,614,0:. 1|1:16,220:236:99:.:.:8527,100,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,44:152:99:0|1:282004_G_A:1289,0,5401:. 1|0:66,71:137:99:.:.:1656,0,1291:. 1|0:25,65:90:99:.:.:1572,0,353:. 1|0:156,44:200:99:0|1:282004_G_A:1203,0,7547:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1204:. 0|1:17,135:152:36:.:.:3387,0,36:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,51:155:99:.:.:1696,0,5000:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,196:198:99:1|1:282004_G_A:7881,489,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:282004_G_A:7678,569,0:. 1|1:0,217:219:99:.:.:9289,674,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,143:226:99:0|1:282004_G_A:5377,0,3751:. 1|1:1,207:208:99:1|1:282004_G_A:8750,634,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1542:. 0|0:124,0:124:2:.:.:0,2,2499:. 1|1:0,97:97:99:1|1:282004_G_A:4021,294,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,30:72:99:.:.:748,0,874:. 0|1:62,72:134:99:0|1:282004_G_A:2584,0,2907:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:40,46:86:99:0|1:282004_G_A:1713,0,2036:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,25:134:99:.:.:308,0,5248:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,107:191:99:0|1:282004_G_A:4020,0,3748:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,166:170:99:1|1:282004_G_A:6619,286,0:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 1|1:0,103:103:99:1|1:282004_G_A:4420,319,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1528:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:74,91:165:99:.:.:2177,0,1383:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,80:143:99:0|1:282004_G_A:2985,0,2744:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1710:. 1|0:50,85:135:99:.:.:2061,0,2054:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,165:166:99:1|1:282004_G_A:7083,497,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1304:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,8:120:61:.:.:0,61,4459:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:81,50:131:99:0|1:282004_G_A:1568,0,4100:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,56:146:99:.:.:1192,0,3519:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:54:.:.:0,54,810:. 1|0:56,12:68:99:0|1:282004_G_A:372,0,3031:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,47:101:99:0|1:282004_G_A:1714,0,2771:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,21:87:99:0|1:282004_G_A:585,0,3279:. 1|1:1,59:60:99:1|1:282004_G_A:2528,162,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:54,50:104:99:0|1:282004_G_A:1802,0,2761:. 1|0:52,17:69:99:0|1:282004_G_A:539,0,2514:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1453:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1349:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,16:122:99:.:.:102,0,2322:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1244:. 1|1:0,191:191:99:1|1:282004_G_A:8154,593,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1333:. 0|1:29,96:125:99:0|1:282004_G_A:3669,0,2301:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:114,70:184:99:.:.:1468,0,5528:. 1|1:0,84:84:99:1|1:282004_G_A:3402,256,0:. 1|0:10,2:12:26:.:.:26,0,384:. 1|0:143,61:204:99:.:.:1371,0,3061:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,70:138:99:0|1:282004_G_A:2512,0,2346:. 1|0:14,79:93:99:0|1:282004_G_A:3104,0,452:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1531:. 1|0:17,51:68:99:.:.:1346,0,422:. 1|1:0,29:29:87:.:.:860,87,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1514:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,187:200:99:0|1:282004_G_A:7226,0,123:. 1|0:3,11:14:99:0|1:282004_G_A:417,0,104:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1425:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,367:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1124:. 1|1:0,41:41:99:1|1:282004_G_A:1938,138,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:82,154:236:99:0|1:282004_G_A:5847,0,3584:. 0|1:120,161:281:99:0|1:282004_G_A:6139,0,6700:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,187:269:99:0|1:282004_G_A:7287,0,3805:. 1|1:1,207:208:99:.:.:7248,591,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1358:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,264:265:99:.:.:9496,762,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:177,49:226:99:0|1:282004_G_A:1497,0,7053:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:63:.:.:0,63,945:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,179:181:99:1|1:282004_G_A:7533,455,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3992,328,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:282004_G_A:9497,665,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,921:922:99:1|1:282004_G_A:40147,2788,0:. 0|0:684,0:684:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:565,0:565:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:17,260:277:99:.:.:8312,268,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1182:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:263,218:481:99:.:.:6031,0,9982:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1180:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1514:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1463:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,252:293:99:.:.:7775,0,369:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,275:283:99:1|1:282004_G_A:11666,468,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1330:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,16:127:99:.:.:197,0,4281:. 1|0:127,79:206:99:.:.:2147,0,3321:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1391:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:216,23:239:99:0|1:282004_G_A:303,0,11502:. 1|0:66,449:515:99:.:.:17881,0,403:. 1|0:97,32:129:99:.:.:818,0,2642:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,113,1392:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1233:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1268:. 0|0:426,0:426:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1701:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1233:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,118:198:99:0|1:282004_G_A:4513,0,3423:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,61:61:99:1|1:282004_G_A:2597,184,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,243:244:99:1|1:282004_G_A:10317,698,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:13,307:320:99:.:.:10370,521,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1119:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,153:153:99:.:.:5199,460,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1172:. 1|1:0,324:324:99:1|1:282004_G_A:14043,991,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1223:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:2,42:44:57:1|1:282004_G_A:1683,57,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 282270 . A T 249980 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=23.13;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T372;SNPEFF_CODON_CHANGE=acA/acT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=AARP2;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106700.1;SOR=0.668;VQSLOD=6.73;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0.0017;NCC=0;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=168.69;GQ_STDDEV=233.39;HRun=3;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.252;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=QD;set=snp;DP=12045802;AF=0.005701;AS_InbreedingCoeff=-0.0323;MLEAC=29;MLEAF=0.005511;AN=856;AC=5 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:0,102,1553:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1374:. 1|1:0,33:33:99:1033,99,0:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 1|1:0,61:61:99:1932,183,0:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1227:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1282:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:19,0:19:57:0,57,591:. 0|0:2,0:2:6:0,6,65:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:28:0,28,571:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1221:. 0|0:62,0:62:99:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1179:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1156:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:61:0,61,678:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,112,1270:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1575:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1196:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1383:. 0|0:123,0:123:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,111,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:90,0:90:99:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,108,1620:. 0|0:23,0:23:63:0,63,945:. 0|0:77,0:77:99:0,99,1485:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1576:. 0|0:56,0:56:99:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,113,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,111,1665:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1027:. 0|0:81,0:81:99:0,115,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1301:. 0|0:75,0:75:99:0,114,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1412:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,103,1031:. 0|1:205,24:229:2:2,0,5372:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1493:. 0|0:51,0:51:99:0,115,1357:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1136:. 0|0:115,0:115:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1324:. 0|0:155,0:155:99:0,104,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:0,117,1755:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1179:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,105,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,105,1575:. 0|0:145,0:145:99:0,99,1485:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:0,102,1530:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1636:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,114,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,104,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,108,1620:. 0|0:172,0:172:99:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,106,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1204:. 0|0:125,0:125:99:0,99,1485:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,106,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,111,1665:. 0|0:61,0:61:99:0,115,1542:. 0|0:93,0:93:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,114,1710:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:0,109,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1528:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:0,107,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:0,108,1620:. 0|0:113,0:113:99:0,105,1575:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,111,1665:. 0|0:103,0:103:99:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:0,99,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1304:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,106,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,119,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1238:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,114,1710:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:168,0:168:99:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:0,109,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,118,1453:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1349:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1244:. 0|0:157,0:157:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1333:. 0|0:97,0:97:99:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1698:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:126,0:126:99:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1531:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 0|0:19,0:19:57:0,57,534:. 0|0:55,0:55:99:0,100,1514:. 0|0:267,0:267:99:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,108,1620:. 0|0:28,0:28:30:0,30,739:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1150:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,107,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1425:. 0|0:58,0:58:99:0,116,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1074:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,102,1530:. 0|0:201,0:201:99:0,100,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,113,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:249,0:249:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,103,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,116,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,111,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,108,1620:. 0|0:420,0:420:99:0,120,1800:. 0|0:816,0:816:99:0,120,1800:. 0|0:684,0:684:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1320:. 0|0:66,0:66:.:.:120 0|0:76,0:76:99:0,111,1665:. 0|0:113,0:113:99:0,108,1620:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:.:.:120 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:.:.:120 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:.:.:120 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1575:. 0|0:565,0:565:.:.:120 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,105,1575:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1182:. 0|0:163,0:163:99:0,117,1755:. 0|0:178,0:178:.:.:113 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:.:.:120 0|0:43,0:43:99:0,104,1245:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1151:. 0|0:194,0:194:99:0,108,1620:. 0|0:232,0:232:99:0,109,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,113,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:120 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,116,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:120 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:120 0|0:252,0:252:99:0,112,1800:. 0|0:242,0:242:.:.:120 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:.:.:120 0|0:215,0:215:99:0,104,1800:. 0|0:303,0:303:.:.:120 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,104,1330:. 0|0:104,0:104:.:.:120 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:115 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:.:.:120 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:.:.:120 0|0:450,0:450:.:.:120 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,113,1392:. 0|0:35,0:35:.:.:105 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:482,0:482:.:.:120 0|0:502,0:502:99:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:.:.:120 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,108,1620:. 0|0:142,0:142:99:0,103,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1233:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,114,1710:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,106,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,117,1755:. 0|0:284,0:284:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,101,1119:. 0|0:83,0:83:99:0,100,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:0,48,558:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,111,1665:. 0|0:191,0:191:99:0,105,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1383:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:239,0:239:99:0,105,1575:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 282852 . A G 3.76197e+06 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=22.21;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K566;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaA/aaG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=AARP2;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106700.1;SOR=0.706;VQSLOD=6.89;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=28.57;GQ_MEAN=296.2;GQ_STDDEV=381.8;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6874;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.559;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14964332;AF=0.109;AS_InbreedingCoeff=0.7978;MLEAC=571;MLEAF=0.109;AN=856;AC=178 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1342:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1443:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1675:. 0|1:9,40:49:99:.:.:976,0,145:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1502:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1272:. 1|0:22,20:42:99:.:.:443,0,580:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1237:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1488:. 0|1:19,21:40:99:.:.:490,0,476:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,765:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 1|1:1,26:27:49:.:.:723,49,0:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1250:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2167,235,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1319:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|0:1,6:7:6:.:.:155,0,6:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1667,179,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1284:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1250:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1187:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2026,222,0:. 0|1:104,21:125:99:.:.:219,0,2781:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1374:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1473:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1310:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:70,51:121:99:.:.:1074,0,1745:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,24:111:99:.:.:306,0,2240:. 1|0:72,21:93:99:.:.:287,0,1875:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1125,117,0:. 0|1:94,23:117:99:.:.:263,0,2435:. 0|0:82,0:82:98:.:.:0,98,2147:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,10:21:99:.:.:212,0,266:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:195,51:246:99:.:.:708,0,5157:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2520,269,0:. 1|0:90,31:121:99:.:.:517,0,2331:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,78:82:99:.:.:2003,121,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,44:126:99:.:.:841,0,2081:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1324,151,0:. 1|0:79,30:109:99:.:.:497,0,2031:. 0|1:69,80:149:99:.:.:1795,0,1589:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1201:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,150:151:99:.:.:4188,421,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1364:. 0|1:138,81:219:99:.:.:1510,0,3469:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1824,196,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1227:. 1|0:108,22:130:99:.:.:234,0,2834:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:.:.:6166,669,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1791,183,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4448,475,0:. 1|0:24,104:128:99:.:.:2538,0,360:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,85:107:99:.:.:2073,0,305:. 1|0:105,18:123:99:.:.:116,0,2668:. 0|0:74,0:74:81:.:.:0,81,1987:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,22:109:99:.:.:289,0,2139:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:180,33:213:99:.:.:282,0,4731:. 1|0:75,76:151:99:.:.:1624,0,1787:. 1|1:4,200:204:99:.:.:5514,480,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4413,486,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,48:193:99:.:.:675,0,3799:. 1|1:0,237:237:99:.:.:6548,708,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,150:228:99:.:.:3519,0,1636:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:2:.:.:0,2,3353:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,184:187:99:.:.:5033,463,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5349,584,0:. 1|1:0,188:188:99:.:.:5104,562,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:132,49:181:99:.:.:800,0,3326:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,80:174:99:.:.:1644,0,2288:. 0|0:128,0:128:45:.:.:0,45,3180:. 1|0:28,71:99:99:.:.:1597,0,528:. 0|1:22,159:181:99:.:.:3904,0,140:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,115:151:99:.:.:2792,0,606:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:.:.:6305,688,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,178:182:99:.:.:4777,413,0:. 1|0:158,60:218:99:.:.:1031,0,4062:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,127:128:99:.:.:3532,354,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3255,348,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,11:62:99:.:.:133,0,1360:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:1,97:98:99:.:.:2615,263,0:. 1|0:72,62:134:99:.:.:1252,0,1709:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,62:187:99:.:.:1132,0,3190:. 1|0:163,25:188:99:.:.:117,0,4324:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2872,313,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:72,95:167:99:.:.:2181,0,1677:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,90:120:99:.:.:2161,0,566:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,121:129:99:.:.:3137,150,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:.:.:6986,736,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2531,251,0:. 1|1:4,285:289:99:.:.:7636,754,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3350,362,0:. 1|0:75,65:140:99:.:.:1426,0,1839:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:81,11:92:21:.:.:21,0,2137:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,33:95:99:.:.:627,0,1526:. 0|1:47,47:94:99:.:.:1032,0,1107:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,105:114:80:.:.:2644,80,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,128:166:99:.:.:3039,0,627:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,36:58:99:.:.:825,0,471:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,2996:. 1|0:80,20:100:99:.:.:255,0,2142:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1274:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,72:141:99:.:.:1589,0,1590:. 0|1:27,52:79:99:.:.:1158,0,557:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,23:80:99:.:.:351,0,1472:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1373,149,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1892,210,0:. 1|1:3,70:73:99:.:.:1831,125,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,2:4:43:.:.:43,0,47:. 0|1:132,29:161:99:.:.:334,0,3504:. 0|1:72,39:111:99:.:.:796,0,1858:. 1|0:91,86:177:99:.:.:1823,0,2207:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4157,446,0:. 0|1:30,87:117:99:.:.:2021,0,550:. 1|1:4,200:204:99:.:.:5434,492,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:236,65:301:99:.:.:898,0,6222:. 1|1:1,125:126:99:.:.:3393,349,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:14:.:.:0,14,372:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,929:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,22:82:99:.:.:380,0,1529:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:5,119:124:99:.:.:3168,213,0:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,618:. 1|0:22,32:54:99:.:.:713,0,510:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1853,162,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,237:237:99:.:.:8168,713,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,217:218:99:.:.:7474,620,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6911,606,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1186:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,12:160:89:.:.:0,89,4878:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:719,0:719:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:825,0:825:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:625,0:625:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,105:108:99:.:.:3215,236,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,72:149:99:.:.:1803,0,2180:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,644:645:99:.:.:20557,1895,0:. 1|0:125,127:252:99:.:.:3418,0,3500:. 0|0:508,0:508:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:553,0:553:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2656,237,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,201:264:99:.:.:5846,0,1273:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,15:73:99:.:.:287,0,1722:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,231:258:99:.:.:6779,0,123:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,270:270:99:.:.:8767,809,0:. 1|1:7,251:258:99:.:.:8143,578,0:. 0|0:127,0:127:65:.:.:0,65,3550:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:530,0:530:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,44:197:99:.:.:827,0,4606:. 1|1:9,592:601:99:.:.:18109,1510,0:. 1|1:3,244:247:99:.:.:7847,636,0:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:0:.:.:0,0,6397:. 1|0:107,17:124:99:.:.:201,0,3308:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1260:. 1|0:47,214:261:99:.:.:6213,0,719:. 0|0:585,0:585:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,442:496:99:.:.:12477,0,306:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:560,0:560:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,20:184:99:.:.:134,0,5100:. 0|0:512,0:512:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:427,0:427:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:96:.:.:0,96,3683:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:514,0:514:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:.:.:5795,514,0:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,341:341:99:.:.:11469,1025,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3019,265,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1639:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,351:351:99:.:.:11679,1055,0:. 1|0:176,154:330:99:.:.:4196,0,5052:. 0|1:165,181:346:99:.:.:5080,0,4649:. 1|1:1,34:35:95:.:.:1097,95,0:. 1|1:3,260:263:99:.:.:8708,730,0:. 0|1:102,208:310:99:.:.:5974,0,2598:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,205:264:99:.:.:5948,0,1262:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:499,0:499:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 283144 . C G 1.80343e+07 PASS FS=0;MQ=55.26;QD=31.77;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H664D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cac/Gac;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=AARP2;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106700.1;SOR=0.667;VQSLOD=10.63;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.77;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.99;GC=61.9;GQ_MEAN=397.52;GQ_STDDEV=471.63;HRun=6;InbreedingCoeff=0.5593;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.267;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16806572;AF=0.663;AS_InbreedingCoeff=0.2726;MLEAC=2954;MLEAF=0.673;AN=778;AC=566 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:87,0:87:62:.:.:0,62,2008 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575 1|1:69,0:69:.:.:.:. 1|1:79,0:79:.:.:.:. 1|1:68,0:68:.:.:.:. 0|1:78,0:78:.:.:.:. 0|0:54,0:54:.:.:.:. 1|1:0,112:112:99:.:.:2727,327,0 1|1:78,0:78:.:.:.:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,841 1|1:48,0:48:.:.:.:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1237 1|1:63,0:63:.:.:.:. 0|1:37,0:37:.:.:.:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810 0|0:27,0:27:.:.:.:. 0|1:2,0:2:.:.:.:. 1|1:31,0:31:.:.:.:. 0|0:34,0:34:.:.:.:. 1|1:35,0:35:.:.:.:. 0|1:78,0:78:.:.:.:. 0|0:54,0:54:.:.:.:. 0|0:238,0:238:0:.:.:0,0,4630 1|1:0,64:64:99:.:.:1766,191,0 1|1:37,0:37:.:.:.:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3464,306,0 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585 1|1:8,0:8:.:.:.:. 1|1:66,0:66:.:.:.:. 1|1:56,0:56:.:.:.:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3140,316,0 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,936 1|1:54,0:54:.:.:.:. 1|0:82,206:288:99:.:.:4827,0,1345 1|1:67,0:67:.:.:.:. 1|1:123,0:123:.:.:.:. 1|1:0,88:88:99:1|1:283144_C_G:3218,270,0 1|1:2,71:73:99:.:.:1773,161,0 0|1:17,60:77:99:.:.:1303,0,213 0|1:14,39:53:99:0|1:283144_C_G:1179,0,170 0|0:123,0:123:99:.:.:0,99,1485 0|1:63,64:127:99:0|1:283144_C_G:1793,0,1701 1|1:0,75:75:99:1|1:283144_C_G:2671,225,0 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800 0|0:219,0:219:.:.:.:. 1|0:48,50:98:99:.:.:1074,0,1005 1|0:13,48:61:99:.:.:1123,0,184 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1060 0|1:103,25:128:99:0|1:283144_C_G:497,0,3252 1|1:101,0:101:.:.:.:. 1|1:1,82:83:99:1|1:283144_C_G:2812,239,0 1|1:1,19:20:32:.:.:502,32,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2479,265,0 0|1:42,179:221:99:0|1:283144_C_G:5332,0,798 1|1:0,145:145:99:.:.:3994,432,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2613,286,0 1|0:118,48:166:99:.:.:683,0,2391 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,78:79:99:.:.:2166,208,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2611,279,0 1|1:0,160:160:99:1|1:283144_C_G:5597,488,0 1|1:9,146:155:99:.:.:3463,226,0 1|1:2,177:179:99:1|1:283144_C_G:6326,491,0 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,49:49:99:1|1:283144_C_G:1575,146,0 1|1:4,87:91:99:.:.:2609,177,0 0|1:57,64:121:99:.:.:1715,0,1522 0|1:49,36:85:99:.:.:783,0,1059 1|1:0,63:63:99:1|1:283144_C_G:1971,186,0 1|1:1,87:88:99:.:.:2407,234,0 1|1:0,81:81:99:1|1:283144_C_G:2763,242,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,140:140:99:.:.:3841,418,0 0|1:15,102:117:4:.:.:3103,0,4 0|1:99,0:99:.:.:.:. 1|1:0,52:52:99:1|1:283144_C_G:1770,161,0 0|1:47,175:222:99:0|1:283144_C_G:5040,0,1184 1|1:0,82:82:99:.:.:2276,244,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1678,188,0 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,249 1|1:79,0:79:.:.:.:. 1|1:0,63:63:99:1|1:283144_C_G:1986,191,0 1|0:20,26:46:99:.:.:599,0,400 1|0:20,89:109:99:.:.:2666,0,172 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,224:224:99:1|1:283144_C_G:7042,667,0 1|1:1,59:60:99:.:.:1560,149,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,133:133:99:1|1:283144_C_G:4609,405,0 1|1:4,121:125:99:1|1:283144_C_G:3943,203,0 1|0:27,88:115:99:.:.:2115,0,388 1|1:1,165:166:99:1|1:283144_C_G:5551,380,0 0|1:92,18:110:99:.:.:168,0,2162 1|0:71,52:123:99:.:.:1055,0,1531 0|1:27,49:76:99:.:.:1026,0,511 1|1:0,136:136:99:.:.:4553,410,0 1|0:24,120:144:99:0|1:283144_C_G:3670,0,209 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,231:231:99:.:.:6332,689,0 1|0:22,188:210:31:.:.:4551,0,31 1|1:0,167:167:99:1|1:283144_C_G:5776,505,0 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 0|1:81,29:110:99:.:.:479,0,2403 0|1:64,47:111:99:.:.:972,0,1375 1|1:8,161:169:99:.:.:4263,277,0 1|1:0,167:167:99:.:.:4655,500,0 1|1:1,174:175:99:1|1:283144_C_G:6142,487,0 0|0:175,0:175:.:.:.:. 1|1:1,127:128:99:1|1:283144_C_G:4191,342,0 1|1:0,177:177:99:1|1:283144_C_G:6151,531,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5905,527,0 1|0:66,62:128:99:.:.:1256,0,1417 1|1:0,239:239:99:.:.:6661,715,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800 1|1:0,197:197:99:.:.:5299,587,0 1|0:216,0:216:.:.:.:. 1|1:0,209:209:99:.:.:5908,626,0 1|0:99,26:125:99:.:.:422,0,2446 1|1:2,179:181:99:.:.:4382,481,0 1|0:42,84:126:99:.:.:2039,0,710 1|1:7,152:159:99:.:.:4058,277,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5004,544,0 1|0:150,0:150:.:.:.:. 1|1:0,171:171:99:1|1:283144_C_G:5858,520,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,99,1485 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,197:197:99:.:.:5550,588,0 0|1:74,97:171:99:.:.:2121,0,1457 1|1:0,160:160:99:1|1:283144_C_G:4805,485,0 1|1:12,115:127:52:.:.:2881,52,0 0|0:120,0:120:67:.:.:0,67,2666 1|1:0,89:89:99:.:.:2407,267,0 1|1:0,191:191:99:1|1:283144_C_G:6769,581,0 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,168:170:99:1|1:283144_C_G:5624,445,0 1|1:0,248:248:99:.:.:6651,742,0 1|1:134,0:134:.:.:.:. 1|0:121,57:178:99:.:.:1010,0,2684 1|0:159,62:221:99:.:.:1020,0,3382 1|1:0,213:213:99:1|1:283144_C_G:7274,644,0 1|1:0,243:243:99:.:.:6671,728,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 0|1:32,118:150:99:.:.:2853,0,379 1|1:0,190:190:99:.:.:5651,569,0 1|1:0,198:198:99:.:.:5548,592,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3043,332,0 1|1:0,103:103:99:.:.:2824,307,0 1|1:0,94:94:99:1|1:283144_C_G:3221,282,0 1|1:0,75:75:99:1|1:283144_C_G:2620,228,0 1|1:9,216:225:99:.:.:5535,436,0 1|1:6,63:69:42:.:.:1569,42,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5199,498,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,79:79:99:.:.:2697,243,0 0|0:255,0:255:.:.:.:. 1|1:1,142:143:99:.:.:3901,401,0 1|1:0,127:127:99:.:.:4399,385,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3999,386,0 1|1:0,104:104:99:.:.:2822,311,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4073,368,0 0|1:56,48:104:99:.:.:989,0,1194 1|1:5,180:185:99:.:.:6026,412,0 1|0:34,161:195:99:.:.:3763,0,314 1|0:211,0:211:.:.:.:. 1|1:6,167:173:99:.:.:4305,372,0 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,107 1|1:0,113:113:99:1|1:283144_C_G:3783,338,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,88:88:99:.:.:2498,264,0 1|1:0,68:68:99:1|1:283144_C_G:2504,207,0 1|0:53,23:76:99:0|1:283144_C_G:605,0,1620 1|1:0,133:133:99:.:.:4591,400,0 0|1:98,89:187:99:.:.:1917,0,2989 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1800 1|0:38,103:141:99:.:.:3839,0,588 1|1:0,132:132:99:1|1:283144_C_G:4682,400,0 0|1:63,29:92:99:.:.:495,0,1856 0|1:66,18:84:99:.:.:268,0,1554 1|1:0,103:103:99:.:.:2894,309,0 1|0:28,105:133:99:0|1:283144_C_G:3159,0,517 0|1:129,35:164:99:.:.:468,0,2996 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,83:83:99:.:.:2261,248,0 1|1:1,292:293:99:1|1:283144_C_G:10230,881,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4335,467,0 1|1:0,128:128:99:1|1:283144_C_G:4403,386,0 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,238:238:99:.:.:6745,713,0 1|1:0,100:100:99:1|1:283144_C_G:3680,306,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,105:105:99:.:.:2946,314,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,65:65:99:.:.:1845,195,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,277:277:99:.:.:7784,832,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4637,463,0 1|1:0,196:196:99:.:.:6532,592,0 1|1:0,103:103:99:.:.:2746,307,0 1|0:55,81:136:99:.:.:1857,0,1059 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,76:76:99:.:.:2610,231,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2273,249,0 1|1:0,71:71:99:1|1:283144_C_G:2543,214,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2767,301,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3296,359,0 1|1:0,146:146:99:.:.:3989,437,0 1|1:1,106:107:99:.:.:2784,290,0 1|1:0,201:201:99:1|1:283144_C_G:6941,616,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6014,553,0 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,53:59:34:1|1:283144_C_G:1466,34,0 1|1:18,198:216:99:.:.:4697,183,0 1|1:11,107:118:79:.:.:2684,79,0 1|0:16,59:75:99:.:.:1554,0,187 1|1:0,69:69:99:1|1:283144_C_G:2412,213,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1753,193,0 1|1:6,112:118:99:.:.:3214,216,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1847,209,0 1|1:0,85:85:99:1|1:283144_C_G:3016,255,0 1|0:16,57:73:99:.:.:1284,0,202 1|1:0,69:69:99:1|1:283144_C_G:2144,209,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2604,294,0 1|0:111,28:139:99:.:.:356,0,2528 1|1:0,207:207:99:.:.:5673,618,0 1|1:0,97:97:99:.:.:3266,297,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3389,365,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1376,150,0 1|1:0,168:168:99:.:.:4590,502,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,123:123:99:1|1:283144_C_G:4406,375,0 1|1:0,126:126:99:1|1:283144_C_G:4347,380,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,79:81:99:.:.:2084,188,0 0|1:132,50:182:99:.:.:842,0,3431 1|1:0,93:93:99:.:.:2579,278,0 1|0:2,3:5:40:.:.:77,0,40 0|1:109,55:164:99:.:.:1296,0,3193 1|1:0,131:131:99:.:.:3742,393,0 1|0:56,71:127:99:.:.:1604,0,1152 1|0:5,86:91:76:0|1:283144_C_G:2966,0,76 1|1:1,137:138:99:1|1:283144_C_G:4816,372,0 0|1:80,37:117:99:.:.:890,0,2340 1|1:0,169:169:99:.:.:4762,506,0 1|1:5,53:58:35:.:.:1351,35,0 1|1:0,33:33:99:1|1:283144_C_G:1123,99,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3066,275,0 1|0:296,0:296:.:.:.:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3036,330,0 1|1:14,183:197:99:.:.:4691,193,0 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,232 1|1:1,37:38:70:1|1:283144_C_G:1272,70,0 1|1:0,179:179:99:.:.:6412,554,0 1|0:67,11:78:83:.:.:83,0,1618 1|1:0,55:55:99:.:.:1589,165,0 1|1:0,93:93:99:.:.:3106,290,0 1|1:1,104:105:99:.:.:2965,285,0 1|1:2,21:23:14:.:.:528,14,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1861,198,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1597,176,0 1|1:0,116:116:99:1|1:283144_C_G:4236,357,0 1|0:6,22:28:99:0|1:283144_C_G:746,0,288 0|1:70,117:187:99:.:.:4185,0,2364 0|0:112,0:112:99:.:.:0,103,1800 0|1:70,122:192:99:0|1:283144_C_G:3390,0,1637 0|1:96,107:203:99:0|1:283144_C_G:2827,0,2500 1|1:0,232:232:99:1|1:283144_C_G:8934,704,0 1|1:14,170:184:79:.:.:5894,79,0 1|1:1,214:215:99:1|1:283144_C_G:8188,623,0 1|1:0,160:160:99:1|1:283144_C_G:6286,496,0 1|1:12,244:256:99:.:.:7502,436,0 1|1:1,175:176:99:1|1:283144_C_G:6610,502,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,109,1800 1|1:36,0:36:.:.:.:0,0,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7183,676,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6164,575,0 1|1:0,210:210:99:1|1:283144_C_G:8297,655,0 1|1:0,217:217:99:1|1:283144_C_G:8174,651,0 1|1:0,213:213:99:1|1:283144_C_G:8047,653,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,199:199:99:1|1:283144_C_G:7353,597,0 1|1:0,141:141:99:1|1:283144_C_G:5181,425,0 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,130:130:99:.:.:4296,390,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5959,555,0 1|1:0,256:256:99:.:.:8265,766,0 0|1:46,129:175:99:.:.:4396,0,1344 1|1:0,114:114:99:1|1:283144_C_G:4195,343,0 1|1:0,142:142:99:1|1:283144_C_G:5354,429,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6183,579,0 1|1:0,40:40:99:1|1:283144_C_G:1664,123,0 1|0:23,93:116:99:.:.:2672,0,427 1|1:0,154:154:99:.:.:5026,462,0 1|1:2,145:147:99:1|1:283144_C_G:5716,398,0 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,200:200:99:.:.:6381,598,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710 0|0:147,0:147:99:.:.:0,108,1620 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,227:228:99:1|1:283144_C_G:8671,653,0 1|1:0,710:710:99:1|1:283144_C_G:27154,2171,0 1|1:0,828:828:99:1|1:283144_C_G:31685,2537,0 1|1:0,651:651:99:1|1:283144_C_G:24141,1985,0 1|0:44,30:74:99:.:.:899,0,1623 1|1:0,28:28:83:.:.:837,83,0 1|1:4,115:119:99:.:.:3668,250,0 1|1:3,79:82:99:1|1:283144_C_G:2840,156,0 1|1:166,0:166:.:.:.:0,0,0 1|1:0,235:235:99:1|1:283144_C_G:8878,716,0 1|1:0,431:431:99:.:.:16688,1301,0 1|1:1,114:115:99:1|1:283144_C_G:4372,348,0 1|1:1,220:221:99:.:.:6883,627,0 1|1:0,262:262:99:1|1:283144_C_G:9579,795,0 1|1:1,564:565:99:.:.:18241,1681,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8598,757,0 1|1:1,453:454:99:.:.:14518,1321,0 1|1:0,129:129:99:1|1:283144_C_G:4654,388,0 1|1:1,64:65:99:1|1:283144_C_G:2282,161,0 1|1:0,444:444:99:1|1:283144_C_G:17492,1344,0 0|0:89,0:89:73:.:.:0,73,2384 1|1:0,241:241:99:.:.:7511,720,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7487,617,0 1|1:0,168:168:99:1|1:283144_C_G:6240,508,0 1|1:1,206:207:99:1|1:283144_C_G:7545,596,0 0|0:236,0:236:0:.:.:0,0,3505 1|1:0,215:215:99:1|1:283144_C_G:7980,662,0 0|1:195,42:237:99:0|1:283144_C_G:847,0,6485 0|0:223,0:223:96:.:.:0,96,5656 1|1:10,164:174:99:.:.:4682,250,0 0|0:178,0:178:99:.:.:0,113,1800 0|1:11,81:92:99:0|1:283144_C_G:2671,0,173 1|0:38,265:303:99:.:.:7751,0,333 1|0:11,39:50:99:0|1:283144_C_G:1258,0,255 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|0:161,65:226:99:.:.:1301,0,4289 1|1:1,240:241:99:.:.:7138,682,0 1|1:0,235:235:99:1|1:283144_C_G:8734,714,0 1|1:0,169:169:99:1|1:283144_C_G:6214,513,0 1|1:0,230:230:99:.:.:7344,687,0 1|1:2,200:202:99:.:.:6208,533,0 1|1:6,160:166:99:.:.:5026,308,0 1|1:9,191:200:99:.:.:5568,343,0 1|1:207,0:207:.:.:.:0,0,0 1|1:0,220:220:99:.:.:6674,654,0 1|1:2,79:81:99:1|1:283144_C_G:3151,164,0 1|1:1,216:217:99:.:.:6582,613,0 1|1:2,55:57:84:1|1:283144_C_G:2005,84,0 0|1:199,41:240:99:.:.:490,0,5409 1|1:2,416:418:99:1|1:283144_C_G:16325,934,0 1|1:4,148:152:99:.:.:4596,322,0 1|1:2,425:427:99:.:.:15613,1216,0 1|1:0,181:181:99:.:.:5413,536,0 1|1:3,267:270:99:.:.:8419,728,0 1|1:6,221:227:99:1|1:283144_C_G:7936,529,0 1|1:1,213:214:99:.:.:6429,604,0 1|1:3,145:148:99:.:.:4824,370,0 0|1:83,144:227:99:.:.:3645,0,1728 1|1:4,102:106:99:.:.:3646,207,0 0|1:57,126:183:99:.:.:3150,0,1188 0|1:3,32:35:5:0|1:283144_C_G:1131,0,5 1|0:24,187:211:99:.:.:4967,0,193 1|1:0,438:438:99:.:.:17662,1337,0 1|1:6,228:234:99:1|1:283144_C_G:8140,551,0 1|0:134,28:162:99:.:.:380,0,3560 1|1:7,363:370:99:.:.:11510,889,0 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,421 0|0:202,0:202:58:.:.:0,58,5085 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:560,0:560:99:.:.:0,120,1800 1|0:25,186:211:99:.:.:5169,0,323 0|0:532,0:532:0:.:.:0,0,586 1|1:24,573:597:99:1|1:283144_C_G:20864,924,0 1|1:0,456:456:99:1|1:283144_C_G:17531,1393,0 1|0:52,31:83:99:.:.:683,0,1706 1|1:0,351:351:99:1|1:283144_C_G:13722,1092,0 1|1:2,323:325:99:1|1:283144_C_G:12843,921,0 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|0:514,0:514:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,64:64:99:1|1:283144_C_G:2532,199,0 1|0:62,108:170:99:0|1:283144_C_G:3477,0,3471 1|1:0,162:162:99:.:.:5089,486,0 1|1:0,290:290:99:.:.:9142,868,0 0|1:244,61:305:99:0|1:283144_C_G:1272,0,8284 1|0:75,108:183:99:0|1:283144_C_G:3396,0,4549 0|1:170,59:229:99:0|1:283144_C_G:1472,0,6008 1|1:293,0:293:.:.:.:0,0,0 1|1:0,268:268:99:.:.:8285,801,0 1|1:1,218:219:99:.:.:6700,646,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665 1|1:78,0:78:.:.:.:0,0,0 1|1:0,222:222:99:1|1:283144_C_G:8488,683,0 1|1:0,226:226:99:1|1:283144_C_G:8624,697,0 1|1:0,255:255:99:.:.:7784,760,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4728,439,0 1|1:0,371:371:99:1|1:283144_C_G:15405,1133,0 0|0:325,0:325:.:.:.:0,0,0 1|1:0,336:336:99:.:.:10580,1006,0 1|1:0,91:91:99:1|1:283144_C_G:3397,277,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,99:99:99:.:.:3089,296,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2268,216,0 1|1:0,5:5:15:.:.:144,15,0 1|1:0,311:311:99:1|1:283144_C_G:11809,963,0 1|1:0,341:341:99:.:.:10491,1020,0 1|1:0,305:305:99:.:.:9693,914,0 1|1:0,24:24:71:.:.:752,71,0 1|1:0,241:241:99:.:.:7541,721,0 1|1:0,284:284:99:.:.:8760,849,0 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,258:258:99:.:.:8048,773,0 1|1:0,243:243:99:.:.:7437,727,0 1|1:0,226:226:99:1|1:283144_C_G:8555,687,0 1|1:0,244:244:99:.:.:7610,730,0 1|1:0,227:227:99:.:.:8508,690,0 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,503:503:99:1|1:283144_C_G:19333,1539,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1864,141,0 1|1:0,277:277:99:1|1:283144_C_G:10504,852,0 1|1:0,613:613:99:1|1:283144_C_G:22819,1856,0 1|1:1,164:165:99:.:.:5887,469,0 1|1:0,215:215:99:1|1:283144_C_G:8263,655,0 1|1:0,49:49:99:1|1:283144_C_G:1934,153,0 1|1:0,15:15:45:.:.:449,45,0 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,199:199:99:1|1:283144_C_G:7461,604,0 Pf3D7_01_v3 284238 . G T 270690 PASS FS=0.547;MQ=59.98;QD=20.34;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L1028F;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttG/ttT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=AARP2;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106700.1;SOR=0.735;VQSLOD=4.1;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.49;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=133.76;GQ_STDDEV=121.85;HRun=2;InbreedingCoeff=0.998;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.98;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8325329;AF=0.007792;AS_InbreedingCoeff=0.7788;MLEAC=41;MLEAF=0.007792;AN=858;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:61,0:61:99:0,104,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,118,1760:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1755:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,109,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:0,112,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1539:. 0|0:28,0:28:69:0,69,1035:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1110:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1141:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1361:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1194:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1200:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1132:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1137:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1192:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:7,0:7:21:0,21,206:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1307:. 0|0:57,0:57:99:0,118,1620:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1222:. 0|0:84,0:84:99:0,102,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,116,1402:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:2111,204,0:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1325:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1274:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1302:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,111,1665:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:87:0,87,1305:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1170:. 0|0:56,0:56:99:0,115,1565:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:73,0:73:99:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:0,101,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1119:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1578:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1299:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1377:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1152:. 0|0:133,0:133:61:0,61,3120:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1030:. 0|0:54,0:54:99:0,116,1476:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1099:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1269:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1158:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1413:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1412:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1075:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1303:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1399:. 0|0:114,0:114:99:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1710:. 0|0:100,0:100:99:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1490:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1149:. 0|0:72,0:72:99:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1408:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,100,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,106,1580:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1410:. 0|0:80,0:80:99:0,102,1575:. 0|0:120,0:120:99:0,111,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,104,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,117,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,100,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1404:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1454:. 0|0:55,0:55:99:0,101,1394:. 0|0:86,0:86:99:0,108,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,111,1665:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1405:. 0|0:65,0:65:99:0,101,1640:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1276:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:0,112,1664:. 0|0:112,0:112:99:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,108,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:154,0:154:99:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:0,119,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,111,1665:. 0|0:89,0:89:99:0,102,1530:. 1|0:49,38:87:99:861,0,1081:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,103,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,107,1641:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1306:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:0,109,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,106,1620:. 0|0:14,0:14:42:0,42,406:. 0|0:65,0:65:99:0,106,1776:. 0|0:83,0:83:99:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:0,119,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,107,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,116,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,104,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:0,105,1575:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1531:. 0|0:88,0:88:99:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1565:. 0|0:103,0:103:99:0,106,1755:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1582:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,102,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,101,1521:. 0|0:48,0:48:99:0,104,1394:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1233:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1444:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,117,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1050:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1464:. 1|1:0,199:199:99:5971,596,0:. 0|0:84,0:84:99:0,117,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1728:. 0|0:114,0:114:99:0,114,1710:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 1|0:48,24:72:99:522,0,1132:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1156:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1306:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1159:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1425:. 0|0:88,0:88:99:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:0,112,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1190:. 0|0:60,0:60:99:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1395:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1298:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1181:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:. 0|0:5,0:5:15:0,15,145:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:0,101,1620:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,110,1646:. 0|0:84,0:84:99:0,113,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1356:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1210:. 0|0:187,0:187:99:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1755:. 0|0:90,0:90:99:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,119,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1438:. 0|0:52,0:52:99:0,110,1441:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,958:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1620:. 0|0:67,0:67:99:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1326:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1343:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,111,1665:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,114,1710:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1265:. 0|0:48,0:48:.:.:114 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:0,117,1755:. 0|0:153,0:153:.:.:120 0|0:70,0:70:99:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:.:.:120 0|0:66,0:66:99:0,111,1665:. 0|0:142,0:142:.:.:120 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:.:.:120 0|0:42,0:42:99:0,105,1332:. 0|0:66,0:66:99:0,102,1755:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1620:. 0|0:104,0:104:99:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:0,108,1620:. 0|0:100,0:100:99:0,111,1665:. 0|0:86,0:86:99:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:0,117,1755:. 0|0:96,0:96:99:0,99,1620:. 0|0:118,0:118:.:.:110 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:.:.:102 0|0:39,0:39:99:0,103,1362:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:.:.:100 0|0:65,0:65:99:0,102,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:.:.:120 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:103 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:.:.:120 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:.:.:108 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:.:.:120 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:119 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:103 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:135,0:135:.:.:120 0|0:54,0:54:99:0,108,1620:. 0|0:100,0:100:.:.:111 0|0:163,0:163:.:.:99 0|0:114,0:114:99:0,109,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1620:. 0|0:57,0:57:.:.:105 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:.:.:102 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:105 0|0:70,0:70:99:0,108,1620:. 0|0:172,0:172:.:.:120 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1376:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 1|1:0,259:259:99:8840,778,0:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1563:. 0|0:29,0:29:78:0,78,1170:. 0|0:81,0:81:99:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:0,60,727:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1356:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1507:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1350:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 285788 . C T 54700.6 PASS FS=0.582;MQ=60.96;QD=21.54;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.77;VQSLOD=3.28;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=0.0082;NCC=0;BaseQRankSum=2.82;ClippingRankSum=0.216;MQRankSum=-0.036;ReadPosRankSum=-0.331;culprit=FS;set=snp;DP=2843169;AF=0.008013;MLEAC=38;MLEAF=0.007612;AN=798;AC=5 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1520:. 1|0:40,15:55:99:.:.:310,0,973:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1452:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1576:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:32,0:32:69:.:.:0,69,825:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1137:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1364:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,645:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:6,0:6:3:.:.:0,3,97:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,370:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,254:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,373:. 0|0:38,0:38:70:.:.:0,70,853:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1105:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1345:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,328:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:94:.:.:0,94,904:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,239:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,122:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,736:. 0|0:30,0:30:51:.:.:0,51,649:. 0|0:31,0:31:63:.:.:0,63,773:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1505:. 0|0:37,0:37:72:.:.:0,72,904:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,912:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1107:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:30,0:30:70:.:.:0,70,927:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,328:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,673:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1069:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,761:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:88:.:.:0,88,1059:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,245:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,304:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,762:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,386:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1038:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1204:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1505:. 0|0:37,0:37:87:.:.:0,87,958:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,744:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,871:. 0|0:39,0:39:95:.:.:0,95,981:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1181:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1448:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,146:. 0|0:16,0:16:47:.:.:0,47,373:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1273:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,995:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1282:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,466:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:5,4:9:99:.:.:100,0,104:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,583:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1767:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,487:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:50:.:.:0,50,528:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:14,0:14:10:.:.:0,10,308:. 0|0:16,0:16:27:.:.:0,27,385:. 0|0:16,0:16:24:.:.:0,24,379:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,523:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,503:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1166:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,666:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1124:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,276:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,618:. 0|0:38,0:38:80:.:.:0,80,876:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1004:. 0|0:42,0:42:92:.:.:0,92,992:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:44:.:.:0,44,1285:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,995:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1614:. 0|0:31,0:31:53:.:.:0,53,706:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1219:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,518:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1304:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,838:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:22:.:.:0,22,354:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1337:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1099:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,986:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:50:.:.:0,50,556:. 0|0:34,0:34:85:.:.:0,85,747:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1049:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,861:. 0|0:70,0:70:94:.:.:0,94,1532:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1418:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:85:.:.:0,85,871:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1043:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1094:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1174:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,920:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1098:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,702:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,560:. 0|0:29,0:29:62:.:.:0,62,705:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,370:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1149:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,467:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1072:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,166:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1151:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1070:. 0|0:35,0:35:92:.:.:0,92,877:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:56,25:81:99:.:.:445,0,1338:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1047:. 0|0:62,0:62:9:.:.:0,9,1296:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,955:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,868:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1256:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,584:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1447:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1023:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1286:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,991:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,688:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,757:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,861:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1071:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1551:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,317:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,830:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,672:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1154:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,816:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:97:.:.:0,97,975:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1737:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1125:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,549:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,506:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1139:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,999:. 0|0:23,2:25:13:.:.:0,13,524:. 0|0:28,0:28:65:.:.:0,65,685:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1003:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,876:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1248:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,955:. 0|0:38,0:38:89:.:.:0,89,926:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,534:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:2,0:2:6:.:.:0,6,49:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1627:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1668:. 0|0:34,0:34:74:.:.:0,74,807:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,909:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,777:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,142:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,995:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1056:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:17:.:.:0,17,217:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,444:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1286:. 0|1:27,17:44:99:.:.:417,0,588:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1150:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,657:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,249:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:28:.:.:0,28,477:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,74:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,411:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,653:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,143:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|1:8,6:14:99:.:.:175,0,185:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,635:. 0|0:11,0:11:13:.:.:0,13,284:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,301:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,379:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,776:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,437:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,595:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,331:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,238:. 0|0:19,0:19:41:.:.:0,41,527:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,299:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,151:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,633:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,636:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,719:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,298:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,75:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,63:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,397:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,38:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,361:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,163:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,380:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,693:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,751:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,891:. 0|0:44,0:44:98:.:.:0,98,1191:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,761:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1319:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1316:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1135:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1478:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:33 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1004:. 0|0:25,0:25:70:.:.:0,70,758:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1225:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,366:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1103:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1426:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,443:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:11,0:11:17:.:.:0,17,251:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1212:. 0|0:39,0:39:80:.:.:0,80,963:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,401:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1082:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,981:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1440:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1595:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1164:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,947:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1162:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1491:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1314:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:105 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,874:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:21 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,628:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,356:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1384:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,855:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,216:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,503:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,452:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,369:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,250:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,670:. 0|0:18,0:18:6:.:.:0,6,364:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,390:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,717:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,337:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,257:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,359:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,466:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,737:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,471:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,966:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,168:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,460:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,432:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,69:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,583:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,953:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:19,0:19:26:.:.:0,26,477:. 0|0:20,0:20:59:.:.:0,59,503:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,557:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,544:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,318:. 0|0:17,0:17:35:.:.:0,35,431:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,809:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,292:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1545:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,373:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1367:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,654:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,833:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,154:. 1|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,526:. Pf3D7_01_v3 287184 . A T 26881.5 PASS FS=0.551;MQ=56.16;QD=17.23;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=RAB5c;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106800.1;SOR=0.638;VQSLOD=3.18;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=-0.0103;NCC=0;BaseQRankSum=1.61;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=306;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.786;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;GQ_STDDEV=606.24;culprit=FS;set=snp;DP=2449006;AF=0.00618;MLEAC=29;MLEAF=0.005974;AS_InbreedingCoeff=-0.0435;AN=780;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:59:.:.:0,59,1274:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:56,0:56:82:.:.:0,82,1609:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1319:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1555:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:60:.:.:0,60,900:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:18,0:18:29:.:.:0,29,497:. 0|0:32,0:32:54:.:.:0,54,810:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,174:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1305:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1362:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1375:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:94:.:.:0,94,1861:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1298:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:32,0:32:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:62,0:62:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1190:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:33:.:.:0,33,495:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:42,0:42:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:15,0:15:27:.:.:0,27,405:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1353:. 0|0:38,0:38:51:.:.:0,51,1026:. 0|0:46,0:46:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:44,0:44:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:21,0:21:24:.:.:0,24,360:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,546:. 0|0:49,0:49:65:.:.:0,65,1319:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,956:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:51:.:.:0,51,765:. 0|0:22,0:22:42:.:.:0,42,630:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:33:.:.:0,33,495:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:21,0:21:33:.:.:0,33,535:. 0|0:35,0:35:63:.:.:0,63,945:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:25,0:25:45:.:.:0,45,675:. 0|0:34,0:34:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:11:.:.:0,11,354:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,363:. 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:38,0:38:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,540:. 0|0:22,0:22:39:.:.:0,39,585:. 0|0:35,0:35:60:.:.:0,60,900:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1364:. 0|0:25,0:25:45:.:.:0,45,702:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1572:. 0|0:37,0:37:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1074:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:15,0:15:24:.:.:0,24,360:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1311:. 0|0:102,0:102:88:.:.:0,88,2440:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:42:.:.:0,42,630:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1418:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1375:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:30,0:30:51:.:.:0,51,765:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:54:.:.:0,54,810:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:32,0:32:48:.:.:0,48,720:. 0|0:52,0:52:35:.:.:0,35,1264:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1427:. 0|0:23,0:23:36:.:.:0,36,540:. 0|0:54,0:54:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:21,0:21:42:.:.:0,42,630:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,187:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:51,0:51:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:32,0:32:60:.:.:0,60,900:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:20,4:24:52:.:.:52,0,481:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1420:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1217:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1224:. 0|0:49,0:49:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,855:. 0|0:45,0:45:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1368:. 0|0:37,0:37:63:.:.:0,63,945:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,267:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,495:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,720:. 1|0:9,9:18:99:.:.:220,0,219:. 0|0:49,0:49:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1024:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1522:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:25,0:25:48:.:.:0,48,720:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:36:.:.:0,36,540:. 0|0:38,0:38:63:.:.:0,63,945:. 0|0:47,0:47:63:.:.:0,63,945:. 0|0:52,0:52:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:43,0:43:63:.:.:0,63,945:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:42,0:42:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1365:. 0|0:103,0:103:17:.:.:0,17,2514:. 0|0:33,0:33:48:.:.:0,48,720:. 0|0:57,0:57:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1225:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1395:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,967:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:28,0:28:42:.:.:0,42,630:. 0|0:32,0:32:45:.:.:0,45,675:. 0|0:32,0:32:54:.:.:0,54,810:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:52:.:.:0,52,1177:. 0|0:61,0:61:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,969:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1218:. 0|0:44,0:44:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:39:.:.:0,39,585:. 0|0:41,0:41:61:.:.:0,61,1110:. 0|0:51,0:51:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1149:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:63:.:.:0,63,945:. 0|0:82,5:87:99:.:.:0,114,2205:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,720:. 0|0:25,0:25:45:.:.:0,45,675:. 0|0:54,0:54:84:.:.:0,84,1467:. 0|0:30,0:30:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:57:.:.:0,57,855:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:23,0:23:45:.:.:0,45,675:. 0|0:45,0:45:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1365:. 0|0:28,0:28:48:.:.:0,48,720:. 0|0:55,0:55:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:24,0:24:45:.:.:0,45,675:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:51:.:.:0,51,765:. 0|0:23,0:23:45:.:.:0,45,675:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1488:. 0|0:27,0:27:30:.:.:0,30,450:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1122:. 1|0:44,33:77:99:.:.:776,0,1074:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,996:. 0|0:39,0:39:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,973:. 0|0:47,0:47:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:27,9:36:99:.:.:166,0,697:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:49,0:49:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:10,0:10:15:.:.:0,15,225:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,450:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:43:.:.:0,43,735:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1286:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,22:22:66:.:.:637,66,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1257:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:15,0:15:24:.:.:0,24,360:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|1:6,8:14:99:.:.:244,0,152:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,147:. 0|0:20,0:20:36:.:.:0,36,540:. 0|0:14,0:14:21:.:.:0,21,315:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,225:. 0|0:10,0:10:16:.:.:0,16,315:. 0|0:15,0:15:30:.:.:0,30,450:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,360:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:7,0:7:7:.:.:0,7,198:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:12,0:12:15:.:.:0,15,225:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:17,0:17:24:.:.:0,24,360:. 0|0:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:16,0:16:27:.:.:0,27,405:. 0|0:17,0:17:27:.:.:0,27,405:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 0|0:7,0:7:.:.:.:0,0,0:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 0|0:8,0:8:9:.:.:0,9,135:. 0|0:23,0:23:45:.:.:0,45,675:. 0|0:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,177:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,243:. 0|0:5,0:5:6:.:.:0,6,90:. 0|0:5,0:5:3:.:.:0,3,45:. 0|0:13,0:13:3:.:.:0,3,45:. 0|0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0|0:43,0:43:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,495:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:19,0:19:20:.:.:0,20,620:. 0|0:13,0:13:20:.:.:0,20,409:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:0 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:27:.:.:0,27,405:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:54:.:.:0,54,810:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:36 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:24:.:.:0,24,360:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,371:. 0|0:47,0:47:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:28,0:28:42:.:.:0,42,630:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,540:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:36:.:.:0,36,540:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:30:.:.:0,30,450:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,405:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 0|0:36,0:36:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:21:.:.:0,21,315:. 0|0:14,0:14:21:.:.:0,21,315:. 0|0:31,0:31:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:13,0:13:15:.:.:0,15,225:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,585:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:51:.:.:0,51,765:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,810:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:3 0|0:23,0:23:45:.:.:0,45,675:. 0|0:32,0:32:.:.:.:.:45 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,675:. 0|0:13,0:13:21:.:.:0,21,315:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:40,0:40:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,450:. 0|0:20,0:20:49:.:.:0,49,679:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:23,0:23:39:.:.:0,39,585:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:9 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:19,0:19:.:.:.:.:24 0|0:3,0:3:.:.:.:.:3 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,306:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:17,0:17:30:.:.:0,30,450:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:14,0:14:21:.:.:0,21,315:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:19,0:19:18:.:.:0,18,270:. 0|0:20,0:20:30:.:.:0,30,450:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:15,0:15:27:.:.:0,27,405:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:3 0|0:17,0:17:24:.:.:0,24,360:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:13,0:13:24:.:.:0,24,360:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,292:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:17,0:17:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,7:7:21:.:.:227,21,0:. 0|0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,215:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,495:. 0|0:9,0:9:12:.:.:0,12,180:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,180:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:8,0:8:10:.:.:0,10,237:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,417:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:15,0:15:21:.:.:0,21,315:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,171:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:10,0:10:12:.:.:0,12,180:. 0|0:39,0:39:66:.:.:0,66,990:. 0|0:13,0:13:25:.:.:0,25,377:. 0|0:15,0:15:30:.:.:0,30,450:. 0|0:46,0:46:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,495:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,225:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:17,0:17:24:.:.:0,24,360:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. Pf3D7_01_v3 287408 . G A 322564 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=21.3;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=RAB5c;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106800.1;SOR=0.704;VQSLOD=7.27;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=4.6;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1897;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=215.61;GQ_STDDEV=480.38;HRun=0;InbreedingCoeff=0.3682;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.153;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=5799944;AF=0.039;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=204;MLEAF=0.039;AN=856;AC=39 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:0,105,1221:. 0|0:57,0:57:99:0,104,1439:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1202:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1421:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1326:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1160:. 0|0:55,0:55:99:0,109,1582:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1721:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1579:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1445:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1467:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1092:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:26,0:26:60:0,60,900:. 0|0:12,0:12:17:0,17,283:. 0|0:23,0:23:53:0,53,607:. 0|0:19,0:19:42:0,42,630:. 0|0:43,0:43:78:0,78,993:. 0|0:59,0:59:99:0,109,1563:. 0|0:59,0:59:99:0,114,1710:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,101,1056:. 0|0:36,0:36:96:0,96,931:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:17,0:17:51:0,51,471:. 1|1:0,10:10:30:308,30,0:. 0|0:63,0:63:92:0,92,1394:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1110:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1361:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,103,1277:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1358:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|1:24,3:27:6:6,0,739:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1015:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1081:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,101,991:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1299:. 1|1:1,69:70:99:1984,180,0:. 0|0:19,0:19:57:0,57,485:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,117,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1290:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1741:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1162:. 0|0:49,3:52:66:0,66,1264:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,107,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:89:0,89,938:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1620:. 0|0:32,0:32:96:0,96,860:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,901:. 0|0:33,0:33:75:0,75,888:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1251:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,963:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:0,63,553:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1036:. 0|0:40,0:40:99:0,109,1075:. 0|0:36,0:36:82:0,82,931:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1080:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1184:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1044:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1160:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1399:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1163:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1094:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,116,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1228:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:3179,323,0:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1767:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:2663,277,0:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,109,1763:. 1|0:70,28:98:99:528,0,1536:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|1:14,86:100:85:2205,0,85:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,103,1383:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|1:72,15:87:99:162,0,1674:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1157:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1190:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1187:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:91:0,91,973:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,101,1497:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:103,0:103:99:0,107,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1476:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1294:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1392:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1466:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,107,1571:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1428:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,116,1539:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1313:. 0|0:58,0:58:99:0,113,1523:. 0|0:46,0:46:99:0,109,1345:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1170:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1278:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,113,1423:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:0:0,0,1050:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1275:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1086:. 0|0:74,0:74:99:0,112,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:0,101,977:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1103:. 0|0:35,0:35:99:0,105,953:. 0|0:62,0:62:99:0,113,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1407:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:93:0,93,984:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,953:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1532:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1321:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1260:. 0|1:97,52:149:99:1144,0,2168:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1568:. 0|0:9,0:9:27:0,27,229:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1311:. 0|0:18,0:18:54:0,54,506:. 0|0:62,0:62:99:0,100,1657:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:0,42,366:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1048:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1216:. 0|0:64,0:64:99:0,109,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1665:. 0|0:8,0:8:24:0,24,215:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1038:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1231:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1115:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1655:. 0|0:20,0:20:30:0,30,580:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:. 0|1:34,16:50:99:398,0,989:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1433:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1426:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1710:. 0|0:4,0:4:12:0,12,132:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1144:. 0|0:57,0:57:99:0,110,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1280:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1392:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1235:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1409:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1367:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1665:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:57:0,57,641:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 1|1:1,19:20:27:625,27,0:. 0|0:32,0:32:93:0,93,1015:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1391:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1544:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 1|1:0,23:23:69:802,69,0:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1449:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:0,113,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,225:. 0|0:11,0:11:33:0,33,374:. 0|0:14,0:14:42:0,42,467:. 1|1:1,57:58:99:1876,139,0:. 1|1:0,123:123:99:4138,368,0:. 1|1:0,156:156:99:5051,467,0:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1140:. 0|1:57,28:85:99:704,0,1475:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|1:83,58:141:99:1511,0,2164:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 1|1:1,102:103:99:3392,276,0:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1346:. 0|0:24,0:24:72:0,72,704:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|1:153,20:173:99:188,0,4122:. 1|0:18,104:122:99:3042,0,227:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,955:. 0|1:7,61:68:20:1909,0,20:. 0|0:39,0:39:84:0,84,1019:. 0|0:21,0:21:60:0,60,715:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,112,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:0,30,308:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,200:. 1|0:35,114:149:99:3389,0,641:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1229:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1191:. 0|0:115,0:115:99:0,109,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:94:0,94,3452:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:28:0,28,391:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 1|0:58,39:97:99:974,0,1541:. 0|1:1,4:5:13:99,0,13:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,837:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,108,1800:. 0|0:22,0:22:63:0,63,945:. 1|0:59,12:71:99:173,0,1623:. 0|0:115,0:115:99:0,114,1710:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:25,0:25:66:0,66,990:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1317:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:78:0,78,733:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,414:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1244:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1368:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1421:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1499:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1172:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1400:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1768:. 0|0:24,0:24:69:0,69,1035:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1592:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1384:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1665:. 1|1:0,105:105:99:3383,313,0:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 1|1:0,44:44:99:1484,132,0:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:7,0:7:21:0,21,220:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,276:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1346:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:0:0,0,1830:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1364:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1164:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1620:. 0|0:17,0:17:51:0,51,561:. 0|0:14,0:14:42:0,42,439:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 290661 . C T 248980 PASS FS=0.542;MQ=59.98;QD=19.84;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F92;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttC/ttT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=IspD;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106900.1;SOR=0.651;VQSLOD=4.45;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=125.56;GQ_STDDEV=63.31;HRun=2;InbreedingCoeff=0.9846;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.349;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10430912;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=58;MLEAF=0.011;AN=858;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,115,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,117,1572:. 0|0:106,0:106:99:0,105,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1484:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,109,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1271:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1573:. 0|0:23,0:23:57:0,57,855:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1517:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1173:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1346:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,103,1528:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1373:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1130:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:. 0|0:11,0:11:33:0,33,314:. 0|0:51,0:51:99:0,115,1419:. 0|0:44,0:44:73:0,73,1055:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1224:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|1:132,20:152:99:146,0,3290:. 0|0:64,0:64:99:0,116,1716:. 0|0:38,0:38:99:0,103,991:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,119,1772:. 0|0:61,0:61:99:0,104,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,111,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:0,100,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1134:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:77,0:77:99:0,110,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,109,1504:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,104,1566:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1246:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1504:. 0|0:88,0:88:99:0,113,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1075:. 0|0:61,0:61:99:0,115,1708:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:90,0:90:99:0,111,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1031:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1029:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:0,118,1701:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1123:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1314:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1334:. 1|1:0,92:92:99:2776,277,0:. 0|0:77,0:77:99:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1258:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,102,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,110,1631:. 0|0:93,0:93:99:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,112,1319:. 0|0:115,0:115:99:0,112,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,104,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,114,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,115,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,107,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,105,1575:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,119,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,102,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:95:0,95,1878:. 0|0:105,0:105:99:0,118,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,117,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,111,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,101,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,112,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,113,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,108,1620:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,114,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,118,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,212:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,117,1755:. 0|0:63,0:63:99:0,114,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1604:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1581:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,104,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1764:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,110,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,103,1775:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1710:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,113,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,111,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1305:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,106,1787:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1271:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1158:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1151:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1708:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1183:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1449:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,109,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,104,1645:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1075:. 0|0:116,0:116:99:0,114,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1151:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,113,1621:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,119,1800:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:129,0:129:99:0,118,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,99,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1113:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,104,1800:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1254:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,104,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|1:17,30:47:99:741,0,332:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1233:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,918:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,99,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|1:93,65:158:99:1817,0,2734:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,111,1800:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:101,0:101:99:0,113,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,116,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,101,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,110,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1381:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,109,1800:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:69,0:69:99:0,117,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,104,1800:. 0|0:359,0:359:99:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:55,0:55:.:.:106 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:.:.:120 0|0:103,0:103:99:0,114,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:.:.:120 0|0:165,0:165:99:0,111,1800:. 0|0:222,0:222:.:.:120 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,106,1710:. 0|0:175,0:175:.:.:120 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:.:.:109 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:.:.:120 0|0:43,0:43:99:0,102,1404:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,114,1800:. 0|0:83,0:83:.:.:115 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:114 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:99 0|0:165,0:165:99:0,109,1800:. 0|0:200,0:200:.:.:120 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:120 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:.:.:120 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:111 0|0:149,0:149:99:0,100,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,108,1754:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:.:.:60 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:.:.:120 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:.:.:120 0|0:195,0:195:.:.:120 0|0:73,0:73:99:0,115,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:.:.:120 0|0:119,0:119:99:0,110,1800:. 0|0:170,0:170:.:.:120 0|0:323,0:323:99:0,106,1800:. 0|0:289,0:289:99:0,116,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,104,1800:. 0|0:265,0:265:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:.:.:120 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:.:.:120 1|1:0,55:55:99:1922,165,0:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,102,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,107,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,113,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1575:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,108,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,112,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,118,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1304:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,110,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1177:. 0|0:12,0:12:36:0,36,392:. 0|0:162,0:162:99:0,108,1800:. 0|1:83,74:157:99:2093,0,2269:. 1|0:102,82:184:99:2335,0,2742:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 1|0:120,60:180:99:1470,0,3358:. 0|0:100,0:100:99:0,112,1800:. 1|1:0,158:158:99:5431,475,0:. 0|1:120,30:150:99:600,0,3557:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,103,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:19,0:19:45:0,45,675:. 0|0:173,0:173:99:0,100,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 291322 . A T 601059 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=21.88;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N313Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aat/Tat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=IspD;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106900.1;SOR=0.733;VQSLOD=5.96;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=-0.0001;NCC=0;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=80.5;GQ_STDDEV=51.62;HRun=4;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.193;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10834674;AF=0.016;MLEAC=81;MLEAF=0.015;AS_InbreedingCoeff=-0.0337;AN=858;AC=50 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1572:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1484:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,43:95:99:.:.:1112,0,1401:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1294:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1627:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1176:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1528:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5821,581,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1373:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1194:. 0|1:48,59:107:99:.:.:1414,0,1055:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,141:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1619,156,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1318:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,16:58:99:.:.:335,0,1101:. 1|0:104,194:298:99:.:.:4966,0,2248:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1129:. 0|0:156,0:156:45:.:.:0,45,3953:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2624,264,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,991:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1772:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1605:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1504:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1566:. 0|0:66,0:66:46:.:.:0,46,1693:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1058:. 0|1:82,15:97:99:.:.:169,0,2201:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1151,114,0:. 0|1:48,40:88:99:.:.:950,0,1200:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1146:. 1|0:115,36:151:99:.:.:649,0,3022:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1084:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1701:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1061:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1194:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1303:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1258:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,110,1631:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,25:53:99:.:.:604,0,661:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:21,86:107:99:.:.:2337,0,286:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,75:159:99:.:.:1716,0,1983:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:202,33:235:99:.:.:278,0,5426:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3559,358,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,255:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,38:124:99:.:.:795,0,2246:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1604:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,58:93:99:.:.:1509,0,797:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1764:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6091,613,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1775:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1235:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1787:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1271:. 1|0:46,10:56:99:.:.:141,0,1228:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,950:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1708:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1449:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3533,342,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1075:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1274:. 0|1:92,11:103:28:.:.:28,0,2529:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1621:. 1|0:104,44:148:99:.:.:906,0,2704:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1113:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1331:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:39:.:.:0,39,636:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:153,19:172:99:.:.:150,0,4865:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1381:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1429:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,759:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,197:198:99:.:.:6831,560,0:. 1|1:4,205:209:99:.:.:6723,486,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:211,190:401:99:.:.:4913,0,6146:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1404:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:185,77:262:99:.:.:1905,0,5674:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1275:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1140:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:3,415:418:99:.:.:13714,1153,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1431:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1426:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,646:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,179:199:86:.:.:5555,0,86:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7275,640,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:221,338:559:99:.:.:10142,0,6167:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,601:602:99:.:.:20454,1799,0:. 1|0:132,54:186:99:.:.:1348,0,4122:. 1|1:0,296:296:99:.:.:10226,889,0:. 1|1:1,52:53:99:.:.:1743,123,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 292162 . A C 311096 PASS FS=1.179;MQ=59.99;QD=20.33;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N593H;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aat/Cat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=IspD;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0106900.1;SOR=0.797;VQSLOD=3.22;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.65;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=155.78;GQ_STDDEV=221.44;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9586;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.73;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=11615962;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=0.9439;MLEAC=56;MLEAF=0.011;AN=858;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1308:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 1|1:1,20:21:30:557,30,0:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1209:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,104,1074:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1362:. 0|0:74,0:74:99:0,103,1800:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:11,0:11:33:0,33,351:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,101,1388:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1376:. 0|0:290,0:290:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1404:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,108,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1288:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1273:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,112,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1098:. 0|0:70,0:70:99:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1229:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 1|0:115,156:271:99:3629,0,2729:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,107,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,101,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1170:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1015:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1116:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,119,1800:. 1|0:141,39:180:99:521,0,3732:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1233:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1437:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,103,1309:. 0|0:85,0:85:99:0,117,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1432:. 0|0:104,0:104:99:0,110,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,114,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,108,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|1:143,50:193:99:760,0,3755:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 1|1:1,216:217:99:6074,619,0:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,101,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,119,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,113,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,116,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,106,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,106,1393:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,115,1457:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,117,1633:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,111,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,106,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,118,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1426:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,115,1682:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1185:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,108,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,108,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1547:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1604:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1052:. 0|0:68,0:68:99:0,109,1686:. 0|0:58,0:58:10:0,10,1427:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1322:. 0|0:67,0:67:99:0,111,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,106,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,118,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1277:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,115,1764:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:0,15,138:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,110,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1275:. 0|0:27,0:27:81:0,81,868:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1800:. 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:0,107,1213:. 0|0:116,0:116:99:0,114,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,104,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1356:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:0,112,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,117,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,114,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1456:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,103,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,112,1661:. 0|0:149,0:149:99:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,112,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,104,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:0,120,1800:. 0|0:469,0:469:99:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:66:0,66,990:. 0|0:82,0:82:.:.:120 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:.:.:120 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:.:.:120 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:.:.:120 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,101,1709:. 0|0:322,0:322:.:.:120 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,111,1665:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:.:.:120 0|0:94,0:94:99:0,115,1800:. 0|0:311,0:311:.:.:120 0|0:38,0:38:99:0,102,1402:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:.:.:120 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,100,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:120 0|0:222,0:222:99:0,100,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:115 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:.:.:120 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:.:.:120 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:.:.:120 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:120 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:101 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:.:.:120 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:.:.:120 0|0:275,0:275:.:.:120 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:.:.:120 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:.:.:120 0|0:413,0:413:99:0,99,1800:. 0|0:373,0:373:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:.:.:120 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:.:.:120 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,116,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1317:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1453:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,106,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1514:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:0,120,1800:. 0|1:19,65:84:99:1894,0,376:. 1|0:157,185:342:99:5184,0,4407:. 0|0:542,0:542:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1665:. 0|0:25,0:25:75:0,75,830:. 0|0:291,0:291:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 293353 . T C 947178 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=23.48;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.666;VQSLOD=7.04;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=9.52;GQ_MEAN=197.44;GQ_STDDEV=245.4;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7425;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.285;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=4668635;AF=0.105;AS_InbreedingCoeff=0.7677;MLEAC=542;MLEAF=0.106;AN=844;AC=94 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1581:. 1|1:2,92:94:99:.:.:2598,216,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1255:. 1|0:45,20:65:99:.:.:390,0,1262:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1795:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1502:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,79:80:99:.:.:2234,208,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1311:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1339:. 0|1:25,22:47:99:.:.:497,0,661:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1304:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1810,191,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1127:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:26,0:26:15:.:.:0,15,700:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,215:. 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1371:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,35:35:99:.:.:947,104,0:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,940:. 1|0:18,42:60:99:.:.:863,0,349:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,270:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1327:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1372,147,0:. 0|1:37,32:69:99:.:.:649,0,883:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:26,13:39:99:.:.:241,0,700:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1173:. 0|1:83,33:116:99:.:.:604,0,2196:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1656:. 1|0:12,17:29:99:.:.:357,0,240:. 1|0:38,6:44:36:.:.:36,0,1026:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1271:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1514:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2913,321,0:. 0|1:24,42:66:99:.:.:929,0,511:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1019:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,459:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1158:. 0|0:36,0:36:62:.:.:0,62,960:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1451,158,0:. 1|0:12,13:25:99:.:.:276,0,299:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:35,73:108:99:.:.:1717,0,756:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1420:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1380:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1012:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1091:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1128:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1710:. 1|0:9,21:30:99:.:.:481,0,185:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:29,0:29:56:.:.:0,56,777:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 1|0:20,27:47:99:.:.:626,0,484:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:46:.:.:0,46,742:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1183:. 1|0:7,28:35:99:.:.:687,0,115:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:82:.:.:0,82,1055:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:16,61:77:99:.:.:1462,0,246:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,583:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,794:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1207:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1017:. 0|0:38,0:38:54:.:.:0,54,975:. 1|0:5,41:46:19:.:.:929,0,19:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1314:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,110,1457:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:20,76:96:99:.:.:1841,0,325:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,947:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:7:.:.:0,7,611:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1072:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1396:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1283:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1312:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1417:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2229,252,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:16:.:.:0,16,1673:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1313:. 1|0:37,44:81:99:.:.:931,0,863:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:33,8:41:89:.:.:89,0,860:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1570:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1450:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1125:. 0|0:85,0:85:34:.:.:0,34,2141:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1357:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,793:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1457:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1203:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:26,101:127:99:.:.:2383,0,381:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:4,7:11:80:.:.:170,0,80:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3078,334,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1213:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1199:. 1|0:38,48:86:99:.:.:1016,0,932:. 0|1:90,19:109:99:.:.:166,0,2420:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1353:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3040,340,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,68:70:99:.:.:1712,145,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,48:49:99:.:.:1258,114,0:. 1|0:58,10:68:72:.:.:72,0,1556:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:21,38:59:99:.:.:865,0,452:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1046:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:33,0:33:58:.:.:0,58,921:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1308:. 1|0:4,31:35:21:.:.:740,0,21:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1037:. 1|0:31,33:64:99:.:.:688,0,794:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1268:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1719:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1072:. 0|0:69,0:69:59:.:.:0,59,1689:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:92:.:.:0,92,1127:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1023:. 0|0:38,0:38:84:.:.:0,84,1094:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1863:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1182:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1197,137,0:. 0|0:38,0:38:89:.:.:0,89,1091:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1575:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:10,35:45:99:.:.:791,0,146:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1012:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3054,335,0:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1228:. 1|1:0,35:35:99:.:.:923,105,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:97:.:.:0,97,3307:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:3,5:8:47:.:.:121,0,47:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,61:73:99:.:.:1414,0,166:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,20:42:99:.:.:413,0,523:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1490,159,0:. 1|0:164,46:210:99:.:.:589,0,4641:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1283:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:13,0:13:16:.:.:0,16,323:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1234:. 0|0:48,0:48:14:.:.:0,14,1181:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:7,3:10:51:.:.:51,0,191:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:30,0:30:73:.:.:0,73,935:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,315:. 1|0:21,11:32:99:.:.:280,0,660:. 1|1:0,25:25:75:.:.:820,75,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,555:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1428:. 1|1:1,45:46:99:.:.:1509,101,0:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1358:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1430:. 1|1:0,19:19:57:.:.:638,57,0:. 1|1:4,58:62:46:.:.:1845,46,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1394:. 0|1:38,8:46:99:.:.:141,0,1234:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:17,0:17:29:.:.:0,29,548:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1452:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1423:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,906:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,103,1575:. 1|1:0,8:8:24:.:.:274,24,0:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,69:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,75:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:20:.:.:0,20,532:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,499:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1196:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1656:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,269:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:16:.:.:0,16,365:. 0|0:17,0:17:13:.:.:0,13,537:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,146:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1620:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,57:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,3016:. 1|1:0,16:16:48:.:.:532,48,0:. 1|0:48,28:76:99:.:.:719,0,1402:. 0|0:23,0:23:29:.:.:0,29,698:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:10,4:14:71:.:.:71,0,293:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:33,53:86:99:.:.:1465,0,842:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,103:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,15:15:45:.:.:452,45,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,177:. 1|0:35,24:59:99:.:.:584,0,1022:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:1:.:.:0,1,172:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,350:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,246:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,5:5:15:.:.:160,15,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1294:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1822,165,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1015:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1651:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,8:8:24:.:.:258,24,0:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1517:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1282:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,205:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,63:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2032,194,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,978:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:13,42:55:99:.:.:1139,0,287:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1339:. Pf3D7_01_v3 294264 . A T 62069.1 PASS FS=0.528;MQ=59.93;QD=17.19;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I69;SNPEFF_CODON_CHANGE=atA/atT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=CEN1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107000.1;SOR=0.748;VQSLOD=3.44;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1231;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=172.47;GQ_STDDEV=258.02;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0262;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.188;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=5736081;AF=0.004032;AS_InbreedingCoeff=-0.0262;MLEAC=20;MLEAF=0.00384;AN=852;AC=4 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:0,111,1498:. 0|0:60,0:60:99:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1572:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1167:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1487:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1262:. 0|0:22,0:22:48:0,48,720:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:10,0:10:30:0,30,297:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:33,0:33:81:0,81,968:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1216:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1294:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:22,0:22:51:0,51,765:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1755:. 0|0:12,0:12:36:0,36,352:. 0|0:12,0:12:36:0,36,340:. 0|0:47,0:47:99:0,116,1531:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1353:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1288:. 0|0:127,0:127:99:0,110,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1111:. 0|0:110,0:110:99:0,103,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:63:0,63,945:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1149:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1141:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1144:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,101,1515:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1325:. 0|0:21,0:21:60:0,60,695:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1144:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1265:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1505:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1530:. 1|0:54,111:165:99:2846,0,1156:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1128:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1265:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1755:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1398:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1269:. 0|0:92,0:92:99:0,117,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1168:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:0,100,1800:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1435:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1379:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1041:. 0|0:28,0:28:55:0,55,809:. 0|0:71,0:71:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1133:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1103:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1178:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1093:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1328:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:0,119,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,108,1755:. 0|0:134,0:134:99:0,99,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1415:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,105,1575:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,111,1665:. 0|0:140,0:140:99:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,102,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:2753,279,0:. 0|0:134,0:134:99:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:0,113,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:139,0:139:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1275:. 0|0:88,0:88:99:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,100,1530:. 0|0:69,0:69:99:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1211:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1269:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1387:. 0|0:76,0:76:99:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1550:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1329:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:0,108,1665:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1125:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1575:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1106:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1147:. 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:76,0:76:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1491:. 0|0:34,0:34:99:0,102,994:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1535:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:150,0:150:99:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,224:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:0,107,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1213:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1438:. 0|0:78,0:78:99:0,110,1665:. 0|0:70,0:70:99:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,999:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,112,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1456:. 0|0:54,0:54:99:0,104,1568:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1231:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1201:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1144:. 0|0:138,0:138:99:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:0,105,1665:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:84:0,84,1260:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 1|0:31,13:44:99:249,0,807:. 0|0:52,0:52:99:0,104,1580:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1665:. 0|0:74,0:74:99:0,102,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1195:. 0|0:85,0:85:99:0,110,1665:. 0|0:113,0:113:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1239:. 0|0:79,0:79:99:0,112,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1215:. 0|0:35,0:35:99:0,99,931:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1008:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1156:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1235:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1393:. 0|0:36,0:36:99:0,100,1009:. 0|0:63,0:63:70:0,70,1723:. 0|0:107,0:107:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1215:. 0|0:79,0:79:99:0,105,1665:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,105,1800:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:. 0|0:73,0:73:99:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1166:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1141:. 0|0:37,0:37:99:0,99,966:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1316:. 0|0:3,0:3:6:0,6,90:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1747:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:125,0:125:99:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:36:0,36,339:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,113,1284:. 0|0:109,0:109:99:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,117,1650:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1260:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1148:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1319:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1675:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1665:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,114,1710:. 0|0:4,0:4:12:0,12,143:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:90:0,90,1353:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1196:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1226:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1349:. 0|0:57,0:57:99:0,113,1710:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1496:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:57:0,57,669:. 0|0:59,0:59:99:0,118,1800:. 0|0:12,0:12:36:0,36,427:. 0|0:25,0:25:72:0,72,898:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1667:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1364:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1432:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1574:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:0,33,352:. 0|0:9,0:9:27:0,27,316:. 0|0:20,0:20:.:.:60 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:.:.:101 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:0,105,1755:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:.:.:103 0|0:116,0:116:99:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:.:.:105 0|0:46,0:46:99:0,101,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1528:. 0|0:25,0:25:.:.:72 0|0:36,0:36:99:0,99,1388:. 0|0:107,0:107:99:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:0,114,1710:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:0,109,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:99 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:.:.:102 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:80,0:80:99:0,99,1665:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:0,117,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:99 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:.:.:90 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:.:.:54 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:108 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:.:.:111 0|0:101,0:101:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:.:.:106 0|0:77,0:77:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:.:.:90 0|0:88,0:88:99:0,113,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1480:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:49,0:49:99:0,102,1507:. 0|0:38,0:38:.:.:102 0|0:77,0:77:99:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:.:.:105 0|0:38,0:38:.:.:99 0|0:59,0:59:99:0,99,1575:. 0|0:108,0:108:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,113,1747:. 0|0:34,0:34:.:.:96 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:99 0|0:102,0:102:99:0,111,1665:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1467:. 0|0:97,0:97:99:0,105,1575:. 0|0:11,0:11:.:.:33 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:40,0:40:99:0,99,1472:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1424:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1423:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1244:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1557:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1343:. 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1246:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1665:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1260:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1394:. 0|0:24,0:24:72:0,72,753:. 0|0:5,0:5:15:0,15,177:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1494:. 0|0:76,0:76:99:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:21:0,21,223:. 0|0:51,0:51:99:0,104,1585:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1384:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1575:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1224:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,106,1170:. 0|0:152,0:152:99:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1351:. 0|0:83,0:83:99:0,99,1485:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,100,1800:. 0|0:19,0:19:57:0,57,656:. 0|0:15,0:15:45:0,45,445:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1161:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1347:. Pf3D7_01_v3 295465 . T C 165113 PASS FS=0;MQ=60.22;QD=20.6;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L489;SNPEFF_CODON_CHANGE=ctA/ctG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107100;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107100.1;SOR=0.697;VQSLOD=5.9;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=-0.0001;NCC=0;BaseQRankSum=-10.27;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=216.43;GQ_STDDEV=528.01;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.023;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10260271;AF=0.005518;AS_InbreedingCoeff=-0.0326;MLEAC=27;MLEAF=0.005137;AN=858;AC=10 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1548:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1480:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1363:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1778:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,961:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1526:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1322:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1215:. 0|0:18,0:18:23:.:.:0,23,492:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,204:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1374:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1264:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1573:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1421:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1400:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1555:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1151:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1564:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1049:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1344:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1600:. 0|0:78,9:87:4:.:.:0,4,2131:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1482:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1466:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1257:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1781:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1452:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1267:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1299:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1245:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1275:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1190:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1748:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1430:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1726:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1726:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1576:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1324:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1250:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1217:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1488:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:28:.:.:0,28,350:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1608:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1526:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1278:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1405:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1637:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1358:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1643:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1409:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1268:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1696:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1527:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1331:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1239:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1324:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4231,461,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1414:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1419:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1124:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1140:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1141:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1166:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1338:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1321:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1718:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1145:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1388:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1735:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,110,1721:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1640:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1451:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1407:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,978:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1560:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1155:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1454:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1263:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:5299,469,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:.:.:6138,553,0:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1361:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1514:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1642:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1438:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1317:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1638:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:8:.:.:0,8,604:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,38:96:99:.:.:944,0,1747:. 0|1:37,191:228:99:.:.:5592,0,678:. 1|0:148,18:166:83:.:.:83,0,4708:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,107:224:99:.:.:2634,0,3498:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1417:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1398:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1375:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,930:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:407,0:407:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1314:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:562,0:562:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1390:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,109,1800:. Pf3D7_01_v3 295937 . A G 372687 PASS FS=0;MQ=60.18;QD=21.07;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I332T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aTa/aCa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107100.1;SOR=0.647;VQSLOD=5.84;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=137.9;GQ_STDDEV=122.12;HRun=0;InbreedingCoeff=1;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.719;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10629432;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=0.3327;MLEAC=72;MLEAF=0.014;AN=858;AC=15 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:118,0:118:90:0,90,3227:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,107,1480:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,119,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1463:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1363:. 0|0:71,0:71:99:0,117,1778:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1247:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1311:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1365:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1067:. 0|0:64,0:64:99:0,106,1626:. 0|0:48,0:48:99:0,103,1300:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,103,1322:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1081:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1215:. 0|0:12,0:12:27:0,27,405:. 0|0:9,0:9:21:0,21,315:. 1|1:1,48:49:99:1292,115,0:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1150:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,113,1573:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1421:. 0|0:192,0:192:99:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1400:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,115,1555:. 0|0:58,0:58:50:0,50,1445:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1564:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1049:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1344:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:0,90,915:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,113,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,821:. 0|0:72,0:72:99:0,109,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,119,1600:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,116,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1109:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1482:. 0|1:95,62:157:99:1174,0,2419:. 0|0:56,0:56:99:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1091:. 0|0:48,0:48:99:0,116,1466:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1257:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1025:. 0|0:80,0:80:99:0,100,1781:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1452:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1234:. 0|0:43,0:43:99:0,110,1267:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1299:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1245:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1207:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,117,1275:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,103,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,100,1625:. 0|0:76,0:76:99:0,108,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1190:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,101,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|1:45,61:106:99:1328,0,984:. 0|0:129,0:129:99:0,111,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,103,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,113,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,105,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,107,1800:. 1|1:0,153:153:99:4024,455,0:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,106,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,113,1800:. 1|0:59,66:125:99:1469,0,1356:. 0|0:57,0:57:99:0,103,1430:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,102,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:5842,623,0:. 0|0:63,0:63:99:0,118,1726:. 0|0:72,0:72:99:0,108,1726:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1576:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1324:. 0|0:124,0:124:99:0,109,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1250:. 0|0:78,0:78:99:0,111,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1217:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1488:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:0,0,136:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1608:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,109,1526:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1278:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1405:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,114,1637:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1358:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,117,1643:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,104,1409:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1268:. 0|0:47,0:47:99:0,118,1696:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1527:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,104,1331:. 0|0:50,0:50:99:0,104,1239:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1324:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1800:. 1|0:10,80:90:30:1888,0,30:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1414:. 0|0:50,0:50:99:0,113,1419:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1124:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1140:. 0|0:73,0:73:99:0,110,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1141:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1166:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1338:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1321:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,100,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,115,1718:. 0|0:43,0:43:99:0,113,1145:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1201:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,110,1735:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1180:. 0|0:172,0:172:92:0,92,4177:. 0|0:67,0:67:99:0,110,1721:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 1|0:144,37:181:99:456,0,3722:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,103,1640:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,105,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1451:. 0|0:21,0:21:60:0,60,625:. 0|0:49,0:49:99:0,113,1407:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,114,1800:. 0|0:27,0:27:62:0,62,765:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1021:. 0|0:153,0:153:0:0,0,3696:. 0|0:56,0:56:99:0,118,1560:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1155:. 0|0:86,0:86:0:0,0,2049:. 0|0:61,0:61:99:0,101,1454:. 0|0:13,0:13:39:0,39,357:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1263:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:78,0:78:99:0,119,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,116,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:4121,380,0:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:54:0,54,810:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,115,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,101,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,117,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,115,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,110,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,110,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,101,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,116,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:99:0,120,1800:. 1|1:2,541:543:99:17839,1563,0:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1361:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:48,0:48:.:.:107 0|0:57,0:57:99:0,101,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:113 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:.:.:120 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:120 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,104,1642:. 0|0:244,0:244:.:.:120 0|0:47,0:47:99:0,111,1438:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,114,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:.:.:120 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:120 0|0:50,0:50:99:0,108,1799:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,116,1800:. 0|0:93,0:93:.:.:120 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:110 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:99 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:.:.:113 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:.:.:120 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:.:.:120 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:120 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:117 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:111 0|0:138,0:138:99:0,117,1800:. 0|0:118,0:118:.:.:120 0|0:230,0:230:.:.:120 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:.:.:120 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:.:.:120 0|0:330,0:330:99:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:120 0|0:142,0:142:99:0,114,1800:. 0|0:224,0:224:.:.:120 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,106,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1245:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,112,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1398:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1375:. 0|0:29,0:29:67:0,67,896:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:13:0,13,375:. 0|0:105,0:105:99:0,101,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:407,0:407:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1314:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:562,0:562:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1390:. 0|0:20,0:20:43:0,43,645:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,109,1800:. Pf3D7_01_v3 297614 . T G 2.04149e+06 PASS FS=0.696;MQ=61.03;QD=26.27;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107200;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107200.1;SOR=0.634;VQSLOD=3.5;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=136.27;GQ_STDDEV=119.49;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6217;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.215;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=4118511;AF=0.255;AS_InbreedingCoeff=0.3644;MLEAC=1310;MLEAF=0.256;AN=836;AC=108 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:35,9:44:99:.:.:135,0,944:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:36,22:58:99:.:.:410,0,953:. 1|0:29,7:36:67:.:.:67,0,784:. 0|0:45,0:45:95:.:.:0,95,1323:. 0|0:35,0:35:82:.:.:0,82,1065:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1352:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1668:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1393:. 1|0:11,46:57:99:.:.:1085,0,167:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1335:. 1|0:19,5:24:67:.:.:67,0,494:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,92:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,15:15:45:.:.:423,45,0:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1182:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1763:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1461:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,559:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,1035:. 1|0:37,13:50:99:.:.:213,0,837:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,145:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1264:. 1|1:1,42:43:99:.:.:1155,119,0:. 0|1:10,21:31:99:.:.:440,0,217:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,6:36:10:.:.:10,0,811:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1356:. 0|1:88,22:110:99:.:.:270,0,2325:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,946:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,118,1322:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1090:. 0|1:27,38:65:99:.:.:769,0,603:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1423:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1773:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1335:. 1|0:21,7:28:94:.:.:94,0,549:. 0|0:25,0:25:47:.:.:0,47,662:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1311:. 0|0:50,3:53:76:.:.:0,76,1371:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1720:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1705,172,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1692:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1126:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1125:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1466:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1272:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,925:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|1:47,21:68:99:.:.:357,0,1140:. 1|0:26,11:37:99:.:.:190,0,683:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1197:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,654:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1213:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,737:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1263:. 0|0:26,0:26:73:.:.:0,73,739:. 1|0:61,18:79:99:.:.:225,0,1586:. 1|0:47,12:59:99:.:.:150,0,1115:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:19,40:59:99:.:.:905,0,390:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,947:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,918:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:80:.:.:0,80,1027:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1185:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1421:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1085:. 0|1:15,71:86:99:.:.:1697,0,195:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1288:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1749:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,495:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:42,0:42:78:.:.:0,78,1055:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,110,1731:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1168:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1438:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1290:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1213:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1511:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1277:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,17:59:99:.:.:275,0,947:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:47,3:50:83:.:.:0,83,1180:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:76:.:.:0,76,965:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1746:. 0|0:39,0:39:86:.:.:0,86,1005:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2134,239,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1181:. 0|1:32,29:61:99:.:.:561,0,769:. 1|0:33,36:69:99:.:.:775,0,699:. 1|0:14,29:43:99:.:.:625,0,271:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1170:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:62:.:.:0,62,1209:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1362:. 0|1:53,11:64:99:.:.:103,0,1309:. 1|0:50,13:63:99:.:.:155,0,1250:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1085:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1474:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1264:. 0|1:29,7:36:92:.:.:92,0,693:. 0|0:31,0:31:70:.:.:0,70,844:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,890:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:15,8:23:99:.:.:138,0,323:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1548:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1097:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:3,69:72:99:.:.:1810,135,0:. 1|1:1,87:88:99:.:.:2203,229,0:. 0|0:94,8:102:99:.:.:0,103,2621:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1519:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:26,35:61:99:.:.:751,0,534:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,24:76:99:.:.:429,0,1308:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,193:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1428,161,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1179:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1197,136,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,20:117:99:.:.:168,0,2417:. 0|0:29,0:29:59:.:.:0,59,798:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1251:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1368:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,2:40:63:.:.:0,63,1057:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1708:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1264:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:71:.:.:0,71,842:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:17,28:45:99:.:.:595,0,390:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1311:. 0|0:41,0:41:91:.:.:0,91,1124:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1149:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1583:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1342:. 1|0:26,9:35:99:.:.:140,0,676:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1590,177,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,652:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1235:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1420:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1659:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1230:. 0|1:33,7:40:79:.:.:79,0,837:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,795:. 0|1:23,44:67:99:.:.:998,0,470:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,935:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1305:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1073:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1576:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1437:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1419:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,799:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1377:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,951:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,147:. 1|0:60,26:86:99:.:.:450,0,1506:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1429:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1385:. 1|1:1,91:92:99:.:.:2472,244,0:. 0|1:29,11:40:99:.:.:169,0,726:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:16,18:34:99:.:.:378,0,398:. 1|1:0,16:16:48:.:.:456,48,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:146,38:184:99:.:.:511,0,3688:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1013:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:11,0:11:4:.:.:0,4,251:. 1|1:0,25:25:73:.:.:610,73,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1754:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1333:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1763:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|0:11,16:27:99:.:.:330,0,196:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,732:. 1|1:1,74:75:99:.:.:2015,194,0:. 1|0:9,2:11:17:.:.:17,0,208:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:8,0:8:7:.:.:0,7,214:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,682:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,890:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,689:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,729:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,340:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1028:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1002:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:25,0:25:59:.:.:0,59,807:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,274:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,359:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,354:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,615:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,763:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,19:19:57:.:.:646,57,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1037:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,131:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,153:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1591:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1469:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,621:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1324:. 1|1:2,103:105:99:.:.:3154,268,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1089:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1568:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2788,261,0:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,124:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1435:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1452:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,25:84:99:.:.:556,0,1652:. 1|0:48,13:61:99:.:.:188,0,1335:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|1:7,36:43:99:.:.:1037,0,116:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1019:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 1|1:1,114:115:99:.:.:3569,311,0:. 0|1:18,70:88:99:.:.:1920,0,306:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1231:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2126,195,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1476:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,308:. 1|1:2,48:50:99:.:.:1516,100,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1465:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,56:. 1|1:4,92:96:99:.:.:2725,148,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,186:. 0|1:23,19:42:99:.:.:504,0,659:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1621:. 1|1:1,59:60:99:.:.:1804,146,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:224,21,0:. 1|0:34,51:85:99:.:.:1355,0,852:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,877:. 1|0:29,30:59:99:.:.:793,0,795:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,51:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,285:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1433:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,681:. 0|1:36,5:41:32:.:.:32,0,1065:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1307:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|1:34,4:38:9:.:.:9,0,1000:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1474:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1406:. 1|0:5,24:29:93:.:.:680,0,93:. 1|1:1,98:99:99:.:.:3102,261,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1416:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,150:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,744:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,819:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,951:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,665:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,746:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,449:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1280:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,348:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,64:. 1|1:0,28:28:84:.:.:895,84,0:. 1|1:0,33:33:97:.:.:952,97,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,716:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1365,126,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1300:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,404:. 1|1:0,28:28:84:.:.:884,84,0:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,594:. 1|1:0,3:3:9:.:.:104,9,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,191:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1549:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,116,1454:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1159,108,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,2:25:9:.:.:0,9,730:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1233:. 1|0:27,5:32:57:.:.:57,0,825:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:79,47:126:99:.:.:1105,0,2252:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,524:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1387:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1911,179,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1616:. Pf3D7_01_v3 299081 . G A 580685 PASS FS=2.209;MQ=59.63;QD=23.83;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E280K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=9;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107200;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107200.1;SOR=0.939;VQSLOD=3.99;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1897;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=109.76;GQ_STDDEV=62.22;HRun=2;InbreedingCoeff=0.3561;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.13;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=4956031;AF=0.079;AS_InbreedingCoeff=-0.0813;MLEAC=411;MLEAF=0.079;AN=848;AC=45 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1247:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1217:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1260:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,932:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1334:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1380:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,678:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1148:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,150:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,377:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,235:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,496:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1195:. 0|0:49,0:49:94:.:.:0,94,1242:. 0|0:51,0:51:80:.:.:0,80,1232:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1290:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:50:.:.:0,50,612:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,977:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,356:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,139:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:36,0:36:83:.:.:0,83,933:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,897:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:83:.:.:0,83,873:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1355:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,937:. 0|1:10,8:18:99:.:.:188,0,216:. 0|0:42,0:42:47:.:.:0,47,1014:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,578:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1293:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1143:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1252,123,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:44:.:.:0,44,908:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1444:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:25,0:25:52:.:.:0,52,624:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1369:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1203:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1149:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1515:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,878:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,779:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,28:28:84:.:.:827,84,0:. 0|0:58,0:58:57:.:.:0,57,1390:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1183:. 1|1:0,23:23:69:.:.:691,69,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,715:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|1:9,38:47:99:.:.:1028,0,110:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1006:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1033:. 0|0:27,0:27:22:.:.:0,22,636:. 1|1:0,20:20:60:.:.:600,60,0:. 0|0:37,0:37:89:.:.:0,89,1016:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1022:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,676:. 0|0:38,0:38:69:.:.:0,69,904:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1285:. 0|1:38,7:45:70:.:.:70,0,934:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1166:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1172:. 0|1:41,18:59:99:.:.:376,0,956:. 0|1:23,5:28:69:.:.:69,0,573:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1145:. 1|0:56,8:64:53:.:.:53,0,1332:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1158:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3336,339,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1463:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:64,37:101:99:.:.:785,0,1439:. 0|1:18,109:127:96:.:.:2942,0,96:. 0|0:48,0:48:83:.:.:0,83,1210:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1488:. 1|0:12,35:47:99:.:.:932,0,182:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1298:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1587:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1354:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,960:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:82:.:.:0,82,988:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:54,12:66:99:.:.:171,0,1276:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1343:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1368:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1071:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1314:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1274:. 0|0:78,0:78:92:.:.:0,92,1788:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1586:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1643:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1078:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,877:. 1|1:0,27:27:81:.:.:841,81,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:14,4:18:72:.:.:72,0,389:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:93:.:.:904,93,0:. 1|0:11,13:24:99:.:.:320,0,228:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2493,251,0:. 0|1:65,27:92:99:.:.:545,0,1573:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,386:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1169:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1143:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,571:. 1|0:29,17:46:99:.:.:390,0,672:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1395:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,960:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1311:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:39,60:99:99:.:.:1476,0,789:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1783:. 0|0:42,0:42:48:.:.:0,48,962:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1433:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4079,421,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1443:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1086:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,968:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,997:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1516:. 0|0:45,0:45:61:.:.:0,61,1084:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,924:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1075:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1140:. 1|0:18,35:53:99:.:.:913,0,329:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1367:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1266:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1611:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,992:. 0|1:25,88:113:99:.:.:2244,0,339:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1026:. 0|0:21,0:21:47:.:.:0,47,485:. 1|0:7,21:28:99:.:.:544,0,112:. 0|1:66,18:84:99:.:.:294,0,1575:. 1|0:17,2:19:2:.:.:2,0,395:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1033:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1021:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,931:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1212:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1054:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1535:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,811:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1014:. 0|1:7,41:48:57:.:.:1107,0,57:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2151,219,0:. 0|0:31,0:31:74:.:.:0,74,771:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,749:. 0|1:108,18:126:99:.:.:162,0,3080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,167:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1283:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:14:.:.:0,14,518:. 0|0:28,0:28:52:.:.:0,52,718:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1235:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,194:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,560:. 0|1:9,36:45:99:.:.:946,0,114:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:59:.:.:0,59,839:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1052:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,358:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,878:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1512:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,310:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,605:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1331:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:34,0:34:85:.:.:0,85,1099:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1455:. 0|0:21,0:21:46:.:.:0,46,668:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,552:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,729:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,64:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1267:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1015:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:98:.:.:0,98,1299:. 0|0:15,0:15:12:.:.:0,12,439:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,780:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,1074:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1354:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,735:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1306:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,797:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,697:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1289:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,219:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,752:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1315:. 0|0:41,0:41:98:.:.:0,98,1349:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,877:. 0|0:33,0:33:65:.:.:0,65,1050:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:96:.:.:0,96,1674:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1299:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,125:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,268:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,758:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1271:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,39:40:85:.:.:1366,85,0:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1782:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1570:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,87:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1713:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1107:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,463:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1358:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1073:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,763:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1203:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,351:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,292:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1467:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1455:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1375:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,528:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,279:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1002:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1217:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1268:. 0|0:23,0:23:52:.:.:0,52,722:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,944:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,518:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,827:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1319:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1382:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1009:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,429:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,529:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,100:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,212:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1352:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1214:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1222:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1710:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1481:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,269:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,354:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1494:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1237:. Pf3D7_01_v3 300872 . A T 287058 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=20.02;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.71;VQSLOD=4.51;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=129.81;GQ_STDDEV=134.78;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6144;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-2.591;culprit=MQ;set=snp;DP=7032243;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=0.6144;MLEAC=72;MLEAF=0.014;AN=858;AC=17 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1427:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1345:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1367:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1399:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1306:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1710:. 0|1:29,9:38:99:.:.:178,0,826:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1211:. 0|0:34,0:34:61:.:.:0,61,1026:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:27,0:27:71:.:.:0,71,906:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1315:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1382:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1488:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1098:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1342:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1280:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1512:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1266:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1211:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1232:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1421:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1401:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,8:57:64:.:.:64,0,1319:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1540:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1056:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1352:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1340:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1625:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1221:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1788:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1150:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1676:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1574:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1061:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1046:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1433:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1363:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1117:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1353:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1576:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1244:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,107,1675:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1727:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1653:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1650:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1647:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1603:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1777:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1523:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1711:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1392:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1144:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1269:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1531:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,201:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1688:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1667:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,115,1749:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1437:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1058:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1535:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1737:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1600:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1309:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1146:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1467:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1519:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1542:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1377:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1339:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1305:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1359:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,443:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,580:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1259:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,625:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1736:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1458:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1665:. 0|1:141,20:161:99:.:.:229,0,4647:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1488:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:130,57:187:99:.:.:1487,0,4108:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1517:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1436:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1394:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1582:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1447:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1503:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1648:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,778:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1636:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1531:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1453:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1640:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:99 1|0:9,93:102:11:.:.:2940,0,11:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:.:.:.:.:120 0|0:103,0:103:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:.:.:104 0|1:121,126:247:99:.:.:3444,0,3466:. 0|0:104,0:104:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1530:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:116 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1510:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:.:.:.:.:120 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:.:.:.:.:120 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:104 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:120 0|0:160,0:160:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:101,0:101:.:.:.:.:120 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:.:.:.:.:100 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:109 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:100 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1692:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:.:.:.:.:120 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1645:. 0|0:201,0:201:.:.:.:.:120 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1493:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:.:.:.:.:111 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1508:. 1|0:47,58:105:99:.:.:1688,0,1336:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3485,310,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1306:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1554:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1215:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1104,93,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1340:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1666:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1544:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1545:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1545:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1520:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,794:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:84,133:217:99:.:.:4024,0,2314:. 1|0:127,68:195:99:.:.:1820,0,3774:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1475:. 1|0:137,57:194:99:.:.:1378,0,4131:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,188:188:99:.:.:6532,565,0:. 0|1:127,32:159:99:.:.:653,0,4035:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1724:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1778:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1131:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,852:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1470:. Pf3D7_01_v3 301413 . T A 233157 PASS FS=0;MQ=60.23;QD=22.84;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.716;VQSLOD=5.38;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1148;FractionInformativeReads=0.996;GC=19.05;GQ_MEAN=119.33;GQ_STDDEV=51.89;HRun=2;InbreedingCoeff=0.4821;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.659;culprit=FS;set=snp;DP=4773214;AF=0.019;AS_InbreedingCoeff=0.6363;MLEAC=97;MLEAF=0.019;AN=852;AC=41 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ:PGT:PID 0|0:47,0:47:0:0,0,1187:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,100,1620:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1240:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1637:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1665:.:.:. 1|0:38,5:43:36:36,0,1077:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:.:.:. 0|0:29,0:29:61:0,61,889:.:.:. 0|0:8,0:8:24:0,24,259:.:.:. 0|0:19,0:19:57:0,57,568:.:.:. 0|0:20,0:20:60:0,60,618:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1256:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1428:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:.:.:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1631:.:.:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:.:.:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1143:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1142:.:.:. 1|0:40,24:64:99:532,0,1039:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,100,1620:.:.:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1132:.:.:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1599:.:.:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1472:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1025:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1665:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1710:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,101,1696:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,108,990:.:.:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1421:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1195:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:11,0:11:33:0,33,311:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,110,1800:.:.:. 1|1:3,61:64:99:1748,120,0:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,104,1219:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1381:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,115,1373:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:26,0:26:69:0,69,1035:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1632:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1329:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,107,1665:.:.:. 0|0:24,0:24:72:0,72,661:.:.:. 1|0:33,24:57:99:520,0,854:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1030:.:.:. 0|0:22,0:22:60:0,60,652:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1755:.:.:. 0|0:30,0:30:90:0,90,796:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1127:.:.:. 0|0:29,0:29:78:0,78,1170:.:.:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1176:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:1,102:103:99:2895,298,0:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1201:.:.:. 0|0:107,0:107:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,951:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1292:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:141,0:141:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:.:.:. 1|0:38,53:91:99:1271,0,880:.:.:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1424:.:.:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:96,0:96:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1179:.:.:. 1|1:0,134:134:99:3902,401,0:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1665:.:.:. 0|1:16,133:149:15:3584,0,15:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1575:.:.:. 1|0:66,9:75:38:38,0,1692:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1514:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:93,0:93:16:0,16,2290:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:0,92:92:99:2634,276,0:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,113,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1435:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1426:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1213:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:.:.:. 0|1:64,16:80:99:231,0,1725:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:118,0:118:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,109,1800:.:.:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:7,0:7:21:0,21,195:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1195:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1620:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1482:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1067:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,119,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1323:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1122:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1212:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1074:.:.:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:33,0:33:90:0,90,947:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1247:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:.:.:. 0|1:69,10:79:68:68,0,1850:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1352:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1222:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:110,0:110:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1783:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1575:.:.:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1255:.:.:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1001:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1234:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1344:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1094:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1439:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1040:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1572:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1226:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:8,0:8:24:0,24,224:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1561:.:.:. 0|0:84,0:84:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1144:.:.:. 0|0:29,0:29:60:0,60,881:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,110,1665:.:.:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:.:.:. 0|0:31,0:31:82:0,82,941:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:0,40:40:99:1200,120,0:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,101,1726:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:24,0:24:72:0,72,679:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:19,0:19:45:0,45,675:.:.:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:22,0:22:60:0,60,740:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:1,0:1:3:0,3,34:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1180:.:.:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:9,0:9:27:0,27,291:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1288:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:17,0:17:51:0,51,588:.:.:. 0|0:13,0:13:39:0,39,470:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:9,0:9:27:0,27,294:.:.:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:36,0:36:72:0,72,1163:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1462:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:22,0:22:60:0,60,763:.:.:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:39,0:39:80:0,80,1286:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:.:.:. 0|0:9,0:9:27:0,27,295:.:.:. 1|1:0,8:8:24:285,24,0:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:27,0:27:81:0,81,793:.:.:. 1|0:34,27:61:99:778,0,987:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,102,1530:.:.:. 1|1:0,147:147:99:4825,442,0:.:.:. 1|1:0,24:24:72:842,72,0:.:1|1:301409_T_A 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1300:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1348:.:.:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1293:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:111,0:111:99:0,117,1800:.:.:. 1|1:0,113:113:99:3761,339,0:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1800:.:.:. 0|0:27,0:27:81:0,81,875:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:30,0:30:90:0,90,871:.:.:. 1|0:29,4:33:48:48,0,866:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:.:.:. 1|0:78,22:100:99:458,0,2410:.:.:. 1|0:4,4:8:99:102,0,117:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:.:.:. 0|1:29,105:134:99:3224,0,647:.:.:. 0|0:3,0:3:9:0,9,80:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,104,1800:.:.:. 0|0:19,0:19:57:0,57,561:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:27,0:27:81:0,81,856:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:111,0:111:99:0,114,1800:.:.:. 1|0:47,92:139:99:2655,0,1218:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:12,0:12:1:0,1,314:.:.:. 0|1:89,40:129:99:914,0,2613:.:.:. 1|0:69,11:80:99:155,0,2016:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:5,0:5:0:0,0,95:.:.:. 1|0:18,110:128:99:3297,0,203:.:.:. 0|0:23,0:23:63:0,63,945:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:1,17:18:19:522,19,0:.:.:. 0|0:66,0:66:64:0,64,1929:.:.:. 0|0:111,0:111:88:0,88,3251:.:.:. 1|1:7,84:91:37:2525,37,0:.:.:. 0|0:19,0:19:57:0,57,627:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:19,0:19:57:0,57,567:.:.:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:29,0:29:81:0,81,897:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:21,0:21:60:0,60,704:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:9,0:9:6:0,6,258:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:22,0:22:63:0,63,945:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1311:.:.:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:.:.:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1327:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:22,0:22:60:0,60,745:.:.:. 0|0:10,0:10:30:0,30,311:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1453:.:.:. 1|1:0,61:61:99:1998,183,0:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:21,0:21:60:0,60,749:.:.:. 0|0:30,0:30:90:0,90,991:.:.:. 0|0:33,0:33:87:0,87,1305:.:.:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:.:.:. 0|0:6,0:6:18:0,18,177:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1481:.:.:. 0|0:4,0:4:12:0,12,119:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1242:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1309:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:20,0:20:48:0,48,720:.:.:. 0|0:11,0:11:33:0,33,324:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:.:.:. Pf3D7_01_v3 304969 . A T 166711 PASS FS=0.543;MQ=63.45;QD=20.85;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107500;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107500.1;SOR=0.621;VQSLOD=3.63;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.32;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;GQ_MEAN=130.22;GQ_STDDEV=97.43;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0091;MQRankSum=0.657;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.198;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=5393569;AF=0.021;AS_InbreedingCoeff=0.6362;MLEAC=105;MLEAF=0.02;AN=850;AC=29 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,107,1598:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1110:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1390:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1559:. 0|0:46,0:46:80:.:.:0,80,1305:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|1:1,6:7:12:.:.:172,0,12:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1369:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,145:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,187:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1687:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:3,13:16:44:.:.:337,0,44:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,7:23:99:.:.:142,0,371:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1571:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1252:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,7:48:37:.:.:37,0,1139:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1862:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1365:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:18,5:23:52:.:.:52,0,433:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1392:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1730:. 0|0:68,0:68:47:.:.:0,47,1650:. 1|0:4,4:8:58:.:.:58,0,88:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,71:79:99:.:.:2565,252,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,6:34:66:.:.:66,0,765:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1508:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,3:42:61:.:.:0,61,1064:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1263:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:4,81:85:99:.:.:2160,164,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:2,54:56:99:.:.:1496,126,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,91:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1737:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1318:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1352:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,14:60:99:.:.:220,0,1175:. 1|0:80,12:92:71:.:.:71,0,2135:. 0|1:19,32:52:99:.:.:782,0,358:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1722:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1432:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,63:65:99:.:.:1707,151,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,99:102:99:.:.:3102,320,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1793:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,7:76:58:.:.:0,58,1895:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1548:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1385:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:7,8:15:99:.:.:187,0,175:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1411:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1797:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1513:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:92:.:.:0,92,1046:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:18,3:21:27:.:.:27,0,477:. 0|1:33,8:41:95:.:.:95,0,861:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1078:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1238:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1654:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1392:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1474:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1371:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1079:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,732:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,477:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1455:. 0|0:17,0:17:14:.:.:0,14,517:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1647:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1346:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1448:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,135:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1362:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1568:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,310:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,686:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1485:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1000:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1458:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,158:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,131:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1292:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1292:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1691:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1384:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,680:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1614:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,534:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,432:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,157:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,2:35:56:.:.:0,56,1054:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,209:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,11:28:99:.:.:251,0,471:. 0|1:12,58:70:99:.:.:1547,0,172:. 0|0:60,6:66:15:.:.:0,15,1737:. 0|0:34,0:34:82:.:.:0,82,1126:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,6:29:99:.:.:129,0,729:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,474:. 1|1:0,32:32:94:.:.:1009,94,0:. 1|0:17,16:33:99:.:.:364,0,453:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1571:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1638:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1269:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1491:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1643:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,158:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1526:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1776:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1435:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,796:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,149:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 305289 . A T 303073 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=21.51;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T1323;SNPEFF_CODON_CHANGE=acT/acA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107500.1;SOR=0.654;VQSLOD=5.62;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;GQ_MEAN=124.73;GQ_STDDEV=70.15;HRun=1;InbreedingCoeff=0.633;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.612;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8065579;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=0.633;MLEAC=58;MLEAF=0.011;AN=858;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1339:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1357:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1343:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1131:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1273:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1135:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1455:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1296:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,139:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1163:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1302:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1564:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1188:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1618:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1541:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1130:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1606:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1389:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:39:.:.:0,39,637:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1521:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,985:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1130:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,948:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1039:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1652:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1762:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1041:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1357:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1140:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,112,1192:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1624:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1633:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1499:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1563:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1786:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1435:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,113,1188:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,45:173:99:.:.:798,0,3263:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1431:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1433:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1733:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1338:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,228:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1654:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1320:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1666:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1785:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1782:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1583:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1733:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1259:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1727:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1710:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1430:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1388:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1155:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1481:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1187:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1229:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1617:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1265:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1360:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1086:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1089:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,360:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1487:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1243:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,605:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1109:. 0|1:46,51:97:99:.:.:1217,0,1129:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:46:.:.:0,46,529:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1201:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1445:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1496:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,54:146:99:.:.:1467,0,2915:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,180:182:99:.:.:6256,473,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1488:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:76,0:76:77:.:.:0,77,2367:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1461:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:1,83:84:99:.:.:2849,216,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,581:. 0|0:91,0:91:.:.:.:.:118 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:289,0:289:.:.:.:.:120 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:.:.:.:.:120 1|1:0,117:117:99:.:.:3842,351,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1457:. 0|0:214,0:214:.:.:.:.:104 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1402:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:193,0:193:.:.:.:.:120 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1641:. 0|0:211,0:211:.:.:.:.:120 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1786:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1707:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:.:.:.:.:103 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:101 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:105 1|0:30,181:211:99:.:.:5395,0,420:. 0|0:236,0:236:.:.:.:.:120 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:228,0:228:.:.:.:.:120 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:108,0:108:.:.:.:.:120 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1422:. 1|0:108,49:157:99:.:.:1160,0,3283:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:102 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:.:.:.:.:120 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:120 0|0:260,0:260:.:.:.:.:120 0|1:109,14:123:68:.:.:68,0,3322:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:224,0:224:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:198,0:198:.:.:.:.:119 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1401:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1613:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1787:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:42,167:209:99:.:.:5097,0,797:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1658:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1541:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6993,618,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1428:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4294,375,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2638,229,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1389:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,635:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1551:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1376:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 306237 . C A 232101 PASS FS=0.585;MQ=59.97;QD=22.94;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T1007;SNPEFF_CODON_CHANGE=acG/acT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107500.1;SOR=0.63;VQSLOD=5.99;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=-0.0007;NCC=0;BaseQRankSum=3.29;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=110.81;GQ_STDDEV=9.77;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-1.003;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8459633;AF=0.021;AS_InbreedingCoeff=-0.0224;MLEAC=109;MLEAF=0.021;AN=858;AC=10 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1339:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1357:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1282:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1303:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1476:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1455:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1576:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:82:.:.:0,82,1123:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:19:.:.:0,19,363:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1453:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1298:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1564:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1194:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1330:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1618:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1541:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1130:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1606:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,981:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1389:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1246:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1521:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1041:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1130:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,948:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1181:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1652:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1762:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1041:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1357:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1140:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1624:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1633:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1499:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1563:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1786:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1435:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,88:158:99:.:.:2159,0,1425:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1433:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1733:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1338:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,443:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2585,253,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1654:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1320:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1666:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,238:238:99:.:.:6932,713,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1785:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1782:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1583:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1733:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1259:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1727:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1710:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1430:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1388:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1155:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1481:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1187:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1229:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1617:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1265:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1360:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1086:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1089:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,268:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1487:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1243:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,786:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1109:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,560:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1201:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1496:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,1042:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1488:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1461:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:5147,436,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1457:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1402:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1641:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1786:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1707:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1422:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,36:111:99:.:.:939,0,2035:. 0|1:36,213:249:99:.:.:6585,0,390:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:226,188:414:99:.:.:5355,0,5988:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:39:.:.:0,39,585:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1401:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1613:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1787:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1212:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1658:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1541:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1492:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,739:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1551:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 306495 . A G 169214 PASS FS=0;MQ=60.18;QD=17.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G921;SNPEFF_CODON_CHANGE=ggT/ggC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107500.1;SOR=0.731;VQSLOD=4.95;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=0;NCC=1;ExcessHet=0.0625;GQ_MEAN=93.61;GQ_STDDEV=33.47;HRun=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.238;MQRankSum=0.435;ReadPosRankSum=1.17;culprit=FS;set=snp;DP=8766909;AF=0.007233;AS_InbreedingCoeff=0.9674;MLEAC=38;MLEAF=0.007233;AN=858;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,114,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,110,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1339:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1357:. 0|0:88,0:88:99:0,111,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1528:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1117:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1283:. 0|0:52,0:52:99:0,112,1582:. 0|0:40,0:40:92:0,92,1117:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1455:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1576:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:0,63,667:. 0|0:5,0:5:15:0,15,144:. 0|0:50,0:50:99:0,115,1453:. 0|0:49,0:49:99:0,112,1298:. 0|0:55,0:55:99:0,103,1564:. 0|0:84,0:84:99:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1194:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1409:. 0|0:106,0:106:99:0,105,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1618:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1165:. 0|0:49,0:49:99:0,114,1541:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1130:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1606:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,115,1389:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:0,63,744:. 0|0:82,0:82:99:0,108,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1246:. 0|0:58,0:58:99:0,112,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,101,1521:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1041:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1293:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1130:. 0|0:34,0:34:99:0,99,948:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1229:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,101,1652:. 0|0:71,0:71:99:0,99,1762:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,101,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1261:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1357:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1140:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:0,99,1624:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1633:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1499:. 0|0:114,0:114:99:0,114,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,104,1563:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,108,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,113,1786:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1435:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1090:. 0|0:88,0:88:99:0,119,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,118,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,103,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,117,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,104,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,103,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,102,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,109,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,101,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,99,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,103,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 1|1:2,166:168:99:4258,467,0:. 1|1:1,211:212:99:5509,610,0:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,104,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,106,1433:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1733:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,113,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1165:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 1|1:3,151:154:99:4023,373,0:. 0|0:88,0:88:99:0,106,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,114,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,115,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,118,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,99,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,112,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1654:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1320:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,104,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,107,1666:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,113,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,118,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,110,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,110,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,103,1785:. 0|0:61,0:61:99:0,100,1782:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1583:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1733:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,107,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1800:. 0|1:116,29:145:99:303,0,2968:. 0|1:24,76:100:99:1726,0,367:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,113,1727:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1710:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,115,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:37:0,37,1425:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1430:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1388:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1067:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1481:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1187:. 0|0:44,0:44:99:0,107,1229:. 0|0:66,0:66:99:0,104,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,107,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,110,1617:. 0|0:90,0:90:99:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,117,1265:. 0|0:83,0:83:99:0,110,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1360:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,112,1086:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1089:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,100,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1487:. 0|0:105,0:105:99:0,111,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 1|0:47,9:56:79:79,0,1216:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,108,1800:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1210:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1109:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:69:0,69,1035:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1201:. 1|1:0,44:44:99:1178,132,0:. 0|0:83,0:83:99:0,104,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,680:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,119,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,99,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|1:100,86:186:99:2436,0,3054:. 0|0:69,0:69:99:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1496:. 0|0:77,0:77:99:0,110,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,109,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,109,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,113,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,107,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,103,1488:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,119,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1461:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,113,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:.:.:118 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:.:.:120 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,109,1800:. 0|0:289,0:289:.:.:120 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:.:.:120 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,104,1457:. 0|0:214,0:214:.:.:104 0|0:35,0:35:99:0,99,1402:. 0|0:96,0:96:99:0,118,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,106,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,107,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,108,1800:. 0|0:193,0:193:.:.:120 0|0:46,0:46:99:0,116,1641:. 0|0:211,0:211:.:.:120 0|0:39,0:39:99:0,102,1392:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,114,1786:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1707:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:.:.:103 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:101 0|0:102,0:102:99:0,114,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:105 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:120 0|0:56,0:56:99:0,115,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:120 0|0:72,0:72:99:0,114,1800:. 0|0:228,0:228:.:.:120 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,107,1800:. 0|0:108,0:108:.:.:120 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1422:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:102 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:.:.:120 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:.:.:120 0|0:260,0:260:.:.:120 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:.:.:120 0|0:60,0:60:99:0,103,1800:. 0|0:416,0:416:.:.:120 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|1:36,64:100:99:1855,0,989:. 0|0:334,0:334:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:.:.:120 0|0:89,0:89:99:0,100,1800:. 0|0:198,0:198:.:.:119 0|0:45,0:45:99:0,114,1401:. 0|0:50,0:50:99:0,104,1613:. 0|0:55,0:55:99:0,101,1787:. 0|0:87,0:87:99:0,111,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,112,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1658:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1541:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1492:. 0|0:16,0:16:36:0,36,540:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:0,75,855:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1551:. 0|0:94,0:94:99:0,112,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,112,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,107,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1408:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 306549 . T A 260084 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=20.73;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I903;SNPEFF_CODON_CHANGE=atA/atT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107500.1;SOR=0.642;VQSLOD=4.85;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=0.0567;NCC=0;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=113.3;GQ_STDDEV=27.88;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.65;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=8894921;AF=0.008935;AS_InbreedingCoeff=-0.0226;MLEAC=46;MLEAF=0.008745;AN=858;AC=14 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,114,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,110,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1339:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1357:. 0|0:88,0:88:99:0,111,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1528:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1117:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1283:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1305:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1178:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1455:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1576:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:0,57,855:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:50,0:50:99:0,115,1453:. 0|0:49,0:49:99:0,112,1298:. 0|0:55,0:55:99:0,103,1564:. 1|0:29,102:131:99:2799,0,514:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1194:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1409:. 0|0:106,0:106:99:0,105,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1618:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1165:. 0|0:49,0:49:99:0,114,1541:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1130:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 1|0:87,11:98:41:41,0,2357:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 1|0:18,82:100:99:2106,0,245:. 0|0:44,0:44:99:0,115,1389:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:82,0:82:99:0,108,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1246:. 0|0:58,0:58:99:0,112,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,101,1521:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1041:. 0|0:90,0:90:34:0,34,2274:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1293:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,948:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1229:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,101,1652:. 0|0:71,0:71:99:0,99,1762:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,101,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1261:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1357:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1140:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:0,99,1624:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1633:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1499:. 0|0:114,0:114:99:0,114,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,104,1563:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,108,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,113,1786:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1435:. 1|0:41,31:72:99:700,0,1039:. 0|0:88,0:88:99:0,119,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,118,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,103,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,117,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|1:143,56:199:99:1073,0,3746:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,104,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,103,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,102,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,109,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,101,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,99,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,103,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,104,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,106,1433:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1733:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,113,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1165:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,113,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,112,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,106,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,114,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,115,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,118,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,99,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,112,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1654:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,109,1800:. 1|0:18,50:68:99:1349,0,352:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,104,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,107,1666:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,113,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,118,1800:. 1|1:7,148:155:99:4262,258,0:. 0|0:98,0:98:99:0,110,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,103,1785:. 0|0:61,0:61:99:0,100,1782:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1583:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1733:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,107,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:70:0,70,1498:. 1|1:0,80:80:99:2460,240,0:. 1|0:37,28:65:99:640,0,893:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,113,1727:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1710:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,115,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,102,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1710:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1430:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1388:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1067:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1481:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1187:. 0|0:44,0:44:99:0,107,1229:. 0|0:66,0:66:99:0,104,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,107,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,110,1617:. 0|0:90,0:90:99:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,117,1265:. 0|0:83,0:83:99:0,110,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1360:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,112,1086:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:0,18,181:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,100,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1487:. 0|0:105,0:105:99:0,111,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,108,1800:. 0|0:21,0:21:48:0,48,720:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1210:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1109:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1201:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1143:. 0|0:83,0:83:99:0,104,1800:. 0|0:23,0:23:63:0,63,945:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,119,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,99,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1496:. 0|0:77,0:77:99:0,110,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,860:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,109,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,109,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,113,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,107,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,103,1488:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|1:46,64:110:99:1980,0,1332:. 0|0:70,0:70:99:0,119,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1461:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,113,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:0,118,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,109,1800:. 0|0:289,0:289:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,104,1457:. 0|0:214,0:214:99:0,104,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1402:. 0|0:96,0:96:99:0,118,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,106,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,107,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,108,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,116,1641:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1392:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,114,1786:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1707:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,103,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,101,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,114,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,115,1800:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,114,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,107,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 1|0:112,19:131:99:253,0,3517:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1263:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:85:0,85,7046:. 1|0:42,357:399:99:10616,0,191:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,103,1800:. 0|0:416,0:416:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:334,0:334:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,100,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,119,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1401:. 0|0:50,0:50:99:0,104,1613:. 0|0:55,0:55:99:0,101,1787:. 0|0:87,0:87:99:0,111,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,112,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1658:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1541:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1492:. 0|0:16,0:16:48:0,48,527:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,758:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1551:. 0|0:94,0:94:99:0,112,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,112,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,107,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1408:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 307353 . G A 782238 PASS FS=0;MQ=60.07;QD=21.97;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S635;SNPEFF_CODON_CHANGE=tcC/tcT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107500.1;SOR=0.691;VQSLOD=6.97;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=3.3;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=0.999;GC=47.62;GQ_MEAN=122.69;GQ_STDDEV=71.37;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0027;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.314;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13642294;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=0.7614;MLEAC=131;MLEAF=0.025;AN=856;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1298:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1410:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1364:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1106:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1615:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1258:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:38,0:38:97:.:.:0,97,1008:. 0|0:24,0:24:62:.:.:0,62,677:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1715:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1407:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:17:.:.:0,17,232:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1293:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1237:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1232:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1334:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1329:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1673:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,144:255:99:.:.:3589,0,2322:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1236:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1281:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1151:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1224:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1214:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1458:. 1|1:10,129:139:99:.:.:3357,162,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:10:.:.:0,10,4038:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1321:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:43,36:79:99:.:.:851,0,885:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1248:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,218:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1294:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,14:15:18:.:.:390,18,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1433:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1547:. 0|0:28,0:28:62:.:.:0,62,708:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7940,675,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1453:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:773,0:773:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:617,0:617:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:119,0:119:.:.:.:.:120 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:.:.:.:.:120 1|1:14,133:147:47:.:.:4247,47,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,270:270:99:.:.:9207,811,0:. 0|0:546,0:546:.:.:.:.:120 0|0:228,0:228:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:512,0:512:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:476,0:476:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,236:237:99:.:.:8165,679,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:.:.:.:.:108 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:383,0:383:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:18:.:.:0,18,1536:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,214:216:99:.:.:7392,599,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:.:.:.:.:120 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:.:.:.:.:120 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:120 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:514,0:514:.:.:.:.:120 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:.:.:.:.:120 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:100 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:531,0:531:.:.:.:.:120 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:.:.:.:.:120 0|0:443,0:443:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:.:.:.:.:108 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:487,0:487:.:.:.:.:120 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:401,0:401:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:.:.:.:.:120 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:572,0:572:.:.:.:.:120 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,153:154:99:.:.:5340,453,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,57:58:99:.:.:1991,148,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:19,312:331:99:.:.:10278,398,0:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1357:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:35:.:.:0,35,7333:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:565,0:565:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 307859 . C T 604822 PASS FS=0;MQ=60;QD=22.69;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D467N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gac/Aac;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107500.1;SOR=0.695;VQSLOD=6.51;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=109.73;GQ_STDDEV=16.02;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7585;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.116;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13631660;AF=0.018;AS_InbreedingCoeff=0.8089;MLEAC=93;MLEAF=0.018;AN=858;AC=21 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|1:51,17:68:99:337,0,1330:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,110,1410:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1141:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1364:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1476:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1106:. 0|0:56,0:56:99:0,118,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1230:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1615:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1269:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:8,0:8:24:0,24,250:. 0|0:26,0:26:63:0,63,945:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 0|0:59,0:59:99:0,113,1715:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1407:. 0|0:43,0:43:99:0,107,1113:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1393:. 0|0:48,0:48:99:0,109,1232:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,101,1394:. 0|0:290,0:290:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,110,1263:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:0,118,1334:. 0|0:47,0:47:99:0,115,1329:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1673:. 0|0:71,0:71:99:0,111,1665:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,113,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1236:. 0|0:61,0:61:99:0,118,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1281:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 1|0:90,46:136:99:1008,0,2142:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1151:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,118,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1084:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1214:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1458:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|1:27,88:115:99:2295,0,428:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 1|0:35,184:219:99:4926,0,318:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 1|1:1,181:182:99:5403,521,0:. 0|0:175,0:175:99:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 1|1:4,91:95:99:2764,173,0:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1665:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:0,33,310:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1321:. 0|0:79,0:79:99:0,110,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:2986,292,0:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,115,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|1:57,121:178:99:3179,0,1037:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,103,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 1|1:0,83:83:99:2534,249,0:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:6266,612,0:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1665:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1248:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:0,15,153:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|1:27,25:52:99:612,0,587:. 0|0:33,0:33:96:0,96,1440:. 0|0:64,0:64:99:0,101,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:0,63,612:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1130:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1433:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,434:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1547:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1094:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,936:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,117,1755:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,105,1575:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,101,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,104,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1309:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,110,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:682,0:682:99:0,120,1800:. 0|0:773,0:773:99:0,120,1800:. 0|0:617,0:617:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,105,1800:. 0|0:512,0:512:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,117,1755:. 0|0:476,0:476:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:383,0:383:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1398:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:514,0:514:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 1|1:14,246:260:99:7878,340,0:. 1|0:69,160:229:99:4747,0,1575:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1503:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:531,0:531:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:0,108,1620:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:487,0:487:99:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:0,120,1800:. 0|0:401,0:401:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:572,0:572:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1755:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,112,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:0,101,1800:. 0|0:275,0:275:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:0,120,1800:. 0|0:565,0:565:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:333,0:333:99:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:5551,484,0:. Pf3D7_01_v3 308232 . C T 1.02567e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=28.26;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K342;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107500.1;SOR=0.669;VQSLOD=9.25;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=118.69;GQ_STDDEV=45.2;HRun=3;InbreedingCoeff=0.9921;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.254;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15008812;AF=0.403;AS_InbreedingCoeff=0.1262;MLEAC=2123;MLEAF=0.404;AN=858;AC=224 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:7,56:63:19:.:.:1572,0,19:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1410:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1707:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1420,135,0:. 1|1:1,86:87:99:.:.:2624,231,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2235,208,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1260:. 0|0:39,0:39:86:.:.:0,86,1079:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1469:. 0|1:30,21:51:99:.:.:514,0,723:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,309:. 0|0:35,0:35:38:.:.:0,38,917:. 0|0:38,0:38:98:.:.:0,98,1086:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1067:. 0|1:49,21:70:99:.:.:432,0,1202:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:6434,644,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2331,238,0:. 0|0:42,0:42:84:.:.:0,84,1042:. 1|0:43,68:111:99:.:.:1615,0,834:. 0|1:2,13:15:15:.:.:365,0,15:. 1|1:0,7:7:21:.:.:218,21,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2034,195,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2145,210,0:. 0|1:74,43:117:99:.:.:955,0,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,47:70:99:.:.:1229,0,426:. 1|0:261,100:361:99:.:.:1967,0,6329:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1998,192,0:. 0|1:87,42:129:99:.:.:875,0,2071:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:22,44:66:99:.:.:1164,0,433:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1334:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1329:. 1|1:7,107:114:99:.:.:3122,150,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:126,124:250:99:.:.:3041,0,2781:. 1|1:3,200:203:99:.:.:6022,526,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,16:97:99:.:.:203,0,1934:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1673:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:12,16:28:99:.:.:400,0,262:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:176,59:235:99:.:.:1113,0,4331:. 0|1:116,15:131:61:.:.:61,0,2906:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2902,291,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1994,180,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,382:384:99:.:.:11716,1097,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1281:. 1|0:74,41:115:99:.:.:899,0,1743:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1151:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:14,20:34:99:.:.:511,0,286:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2341:. 1|1:2,61:63:99:.:.:1811,129,0:. 0|1:155,45:200:99:.:.:758,0,3712:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1990,204,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,41:71:99:.:.:1001,0,614:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,28:46:99:.:.:696,0,370:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1458:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,135:161:99:.:.:3615,0,235:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,75:88:86:.:.:1935,0,86:. 0|0:90,0:90:86:.:.:0,86,2159:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:.:.:5212,516,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,85:105:99:.:.:2232,0,253:. 1|0:49,80:129:99:.:.:1962,0,988:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,210:212:99:.:.:6284,575,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,202:207:99:.:.:5770,483,0:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5381,540,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,30:140:99:.:.:442,0,2665:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,17:140:82:.:.:82,0,3033:. 0|0:218,0:218:8:.:.:0,8,5003:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:47:.:.:0,47,2597:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5328,534,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,120:191:99:.:.:2965,0,1390:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,52:133:99:.:.:1133,0,1856:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,95:122:99:.:.:2339,0,352:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,240:240:99:.:.:7082,720,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5454,556,0:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5721,584,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,64:177:99:.:.:1447,0,2605:. 1|1:1,263:264:99:.:.:7871,762,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,115:116:99:.:.:3463,320,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,208:221:99:.:.:5621,302,0:. 0|0:77,0:77:83:.:.:0,83,1919:. 1|0:64,76:140:99:.:.:1897,0,1403:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,40:81:99:.:.:860,0,893:. 1|1:1,218:219:99:.:.:6363,629,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:110,48:158:99:.:.:930,0,2668:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:52,151:203:99:.:.:3878,0,849:. 0|1:27,168:195:99:.:.:4474,0,181:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:44,68:112:99:.:.:1672,0,890:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2900,286,0:. 0|1:132,17:149:78:.:.:78,0,3276:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,28:99:99:.:.:523,0,1706:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1321:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:60,84:144:99:.:.:2087,0,1227:. 1|0:114,59:173:99:.:.:1259,0,2713:. 0|1:29,62:91:99:.:.:1621,0,549:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,277:278:99:.:.:8292,809,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5268,527,0:. 0|0:151,0:151:58:.:.:0,58,3415:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:.:.:6797,678,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:1,245:246:99:.:.:7208,713,0:. 0|1:66,43:109:99:.:.:1008,0,1542:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3071,306,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:181,29:210:99:.:.:220,0,4343:. 0|1:37,72:109:99:.:.:1726,0,660:. 1|0:19,131:150:71:.:.:3472,0,71:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,22:143:99:.:.:254,0,2899:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:61,17:78:99:.:.:291,0,1487:. 1|0:63,37:100:99:.:.:795,0,1410:. 0|1:46,46:92:99:.:.:1042,0,1005:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,104:177:99:.:.:2581,0,1503:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3751,370,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4130,418,0:. 1|0:54,13:67:99:.:.:205,0,1302:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,49:59:69:.:.:1257,0,69:. 0|1:64,35:99:99:.:.:789,0,1543:. 1|0:15,52:67:99:.:.:1370,0,212:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:16:.:.:0,16,1681:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2015,206,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:.:.:6467,647,0:. 1|0:17,71:88:99:.:.:1825,0,218:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1854,180,0:. 1|0:121,17:138:99:.:.:116,0,3024:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3236,330,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:4,73:77:99:.:.:2058,117,0:. 0|1:115,64:179:99:.:.:1332,0,2729:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,6:8:35:.:.:154,0,35:. 0|0:165,0:165:0:.:.:0,0,3674:. 0|1:72,57:129:99:.:.:1274,0,1687:. 0|1:78,60:138:99:.:.:1335,0,1768:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,25:111:99:.:.:409,0,2104:. 1|1:1,207:208:99:.:.:6090,591,0:. 1|0:54,17:71:99:.:.:271,0,1317:. 1|1:0,30:30:90:.:.:914,90,0:. 1|1:3,88:91:99:.:.:2544,184,0:. 1|0:81,232:313:99:.:.:6044,0,1371:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 1|1:2,57:59:99:.:.:1686,121,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,14:112:92:.:.:92,0,2475:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:98,0:98:17:.:.:0,17,2265:. 1|1:2,88:90:99:.:.:2507,218,0:. 0|1:11,5:16:99:.:.:99,0,231:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1547:. 1|1:0,33:33:99:.:.:955,99,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4479,441,0:. 0|0:31,0:31:44:.:.:0,44,767:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,167:264:99:.:.:5190,0,2580:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:90,136:226:99:.:.:4198,0,2424:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,127:128:99:.:.:4514,349,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,791:792:99:.:.:27925,2350,0:. 0|0:773,0:773:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:617,0:617:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,52:97:99:.:.:1579,0,1289:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:3,142:145:99:.:.:4567,331,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,589:593:99:.:.:19333,1650,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:512,0:512:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5079,451,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,194:195:99:.:.:6713,550,0:. 1|1:4,241:245:99:.:.:8030,592,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:231,209:440:99:.:.:5651,0,6112:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,229:230:99:.:.:7648,654,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,240:258:99:.:.:7649,203,0:. 1|1:5,591:596:99:.:.:19473,1624,0:. 1|0:109,78:187:99:.:.:2145,0,2978:. 1|0:218,291:509:99:.:.:8154,0,5464:. 0|1:209,37:246:99:.:.:539,0,6182:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,67:214:99:.:.:1607,0,3856:. 0|1:83,201:284:99:.:.:5921,0,1847:. 1|0:99,29:128:99:.:.:538,0,2831:. 1|1:14,193:207:99:.:.:6114,177,0:. 0|0:55,0:55:61:.:.:0,61,1481:. 1|0:34,230:264:99:.:.:6919,0,322:. 1|1:3,623:626:99:.:.:20469,1779,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:205,37:242:99:.:.:548,0,6112:. 0|1:59,421:480:99:.:.:12447,0,415:. 0|1:84,37:121:99:.:.:909,0,2493:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:487,0:487:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:401,0:401:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,204:242:99:.:.:6114,0,561:. 1|1:3,576:579:99:.:.:19264,1660,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4538,394,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:177,51:228:99:.:.:1119,0,5372:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4738,415,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:26:.:.:0,26,678:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,184:206:99:.:.:5757,0,162:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8223,707,0:. 1|1:0,288:288:99:.:.:10013,866,0:. 1|1:0,209:209:99:.:.:7309,629,0:. 0|1:219,318:537:99:.:.:9504,0,6027:. 0|1:55,17:72:99:.:.:367,0,1597:. 1|0:216,166:382:99:.:.:4503,0,6208:. 1|1:0,686:686:99:.:.:23664,2065,0:. 1|0:128,54:182:99:.:.:1301,0,3785:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7817,673,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,958:. 1|1:3,383:386:99:.:.:13239,1057,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 309018 . G C 1.94456e+06 PASS FS=0;MQ=60.27;QD=20.73;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T80;SNPEFF_CODON_CHANGE=acC/acG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107500.1;SOR=0.677;VQSLOD=6.02;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.16;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=38.1;GQ_MEAN=121.37;GQ_STDDEV=40.2;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7511;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.516;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10069491;AF=0.076;AS_InbreedingCoeff=0.6;MLEAC=397;MLEAF=0.076;AN=858;AC=106 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:16,28:44:99:.:.:667,0,337:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1390:. 0|1:7,39:46:62:.:.:846,0,62:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:70:.:.:0,70,842:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1262:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1298:. 1|0:14,21:35:99:.:.:515,0,316:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:8,5:13:99:.:.:118,0,201:. 1|1:0,22:22:66:.:.:624,66,0:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,192:. 0|0:21,0:21:44:.:.:0,44,553:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,630:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,903:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1326:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1520,165,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,109,1104:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,954:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,391:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,221:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1114:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1321:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1617:. 1|0:45,10:55:99:.:.:114,0,1066:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1671,187,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1643:. 1|1:3,73:76:99:.:.:1791,140,0:. 0|0:56,0:56:53:.:.:0,53,1303:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1290:. 1|1:6,123:129:99:.:.:3108,217,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1795,198,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1474:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1641:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,11:62:99:.:.:115,0,1242:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2319,264,0:. 0|1:22,5:27:55:.:.:55,0,536:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,26:93:99:.:.:415,0,1544:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1432:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1174:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1372:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1440:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,308:308:99:.:.:8270,922,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,913:. 1|0:73,16:89:99:.:.:162,0,1790:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,15:85:99:.:.:152,0,1725:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1136:. 0|1:43,34:77:99:.:.:654,0,964:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,972:. 0|1:18,26:44:99:.:.:508,0,373:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,2152:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1416:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1008:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1213:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1317:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,152:172:11:.:.:3387,0,11:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1266:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:36,99:135:99:.:.:2190,0,602:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,17:96:99:.:.:159,0,1967:. 0|0:83,0:83:41:.:.:0,41,1875:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,964:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:1,168:169:99:.:.:4339,476,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,78:146:99:.:.:1686,0,1444:. 1|1:3,153:156:99:.:.:4130,383,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,37:136:99:.:.:591,0,2292:. 1|1:0,208:208:99:.:.:5575,622,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4691,525,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,9:119:99:.:.:0,110,2746:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,27:124:99:.:.:346,0,2371:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:157,35:192:99:.:.:368,0,3807:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1476:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,109:116:99:.:.:2687,152,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1279:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,30:181:99:.:.:258,0,3540:. 1|0:151,28:179:99:.:.:197,0,3534:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1371:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:51:.:.:0,51,1224:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1676:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,29:109:99:.:.:439,0,1950:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1276:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,17:163:44:.:.:0,44,3461:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,103,1795:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2218,253,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1673:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,28:131:99:.:.:367,0,2402:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1232:. 1|0:92,34:126:99:0|1:309018_G_C:535,0,3249:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3361,372,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1466:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1639:. 1|0:125,40:165:99:.:.:567,0,3015:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1519:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1400:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:.:.:4854,541,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:35:.:.:0,35,2085:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1335:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1554:. 0|1:160,31:191:99:.:.:217,0,3695:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3215,387,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,71:94:99:.:.:1569,0,340:. 0|0:66,0:66:22:.:.:0,22,1459:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1229:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1410:. 1|0:72,18:90:99:.:.:199,0,1689:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1473:. 0|0:128,0:128:30:.:.:0,30,2795:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,91:173:99:.:.:1855,0,1730:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:6:.:.:0,6,1371:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1655:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,116,1120:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1617:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1201:. 0|1:51,37:88:99:.:.:671,0,1096:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5375,599,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1573:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1346:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1137:. 0|1:6,3:9:51:.:.:51,0,144:. 1|0:37,107:144:99:.:.:2397,0,611:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:31,24:55:99:.:.:468,0,716:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,74:112:99:.:.:1639,0,708:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,305:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,13:82:99:.:.:119,0,1687:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1253:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:28:.:.:0,28,450:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1085:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,103,1752:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7312,660,0:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5482,501,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8196,742,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,180:182:99:.:.:5828,480,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,157:197:99:.:.:4686,0,781:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:145,44:189:99:.:.:881,0,4425:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1421:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1581:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1748:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1401:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1542:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,263:266:99:.:.:8243,693,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:10,42:52:99:.:.:1158,0,185:. 0|0:277,0:277:69:.:.:0,69,7520:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,196:239:99:.:.:5441,0,713:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,164:186:99:.:.:4609,0,190:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,65:112:99:.:.:1821,0,1212:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:185,30:215:99:.:.:287,0,5588:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,76:78:99:.:.:2391,185,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:1,216:217:99:.:.:7081,619,0:. 1|1:0,240:240:99:.:.:7862,721,0:. 1|1:0,203:203:99:.:.:6569,610,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2004,186,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1201:. 1|1:0,203:203:99:.:.:6661,610,0:. 1|1:0,207:207:99:.:.:6733,622,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1232:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,911:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,826:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:185,33:218:99:.:.:406,0,5513:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:301,212:513:99:.:.:5237,0,8561:. 1|0:59,21:80:99:.:.:456,0,1742:. 0|1:198,181:379:99:.:.:4599,0,5408:. 0|0:558,0:558:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1514:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,103,1800:. Pf3D7_01_v3 309042 . C T 3.4063e+06 PASS FS=0;MQ=60.14;QD=23.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S72;SNPEFF_CODON_CHANGE=tcG/tcA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107500.1;SOR=0.646;VQSLOD=6.12;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.07;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.987;GC=42.86;GQ_MEAN=178.76;GQ_STDDEV=172.16;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7222;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.495;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10121838;AF=0.103;AS_InbreedingCoeff=0.8478;MLEAC=543;MLEAF=0.103;AN=858;AC=141 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:9,47:56:75:.:.:1322,0,75:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:82:.:.:0,82,885:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1005:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1298:. 1|0:13,26:39:99:.:.:740,0,250:. 0|1:22,18:40:99:.:.:453,0,440:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,722:. 0|0:7,0:7:7:.:.:0,7,155:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:17,0:17:34:.:.:0,34,419:. 0|0:29,0:29:56:.:.:0,56,711:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1326:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1349:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,109,1104:. 1|1:0,29:29:87:.:.:899,87,0:. 0|1:40,49:89:99:.:.:1215,0,733:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,238:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1114:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1321:. 0|1:41,66:107:99:.:.:1709,0,743:. 1|0:62,24:86:99:.:.:473,0,1384:. 1|0:30,20:50:99:.:.:481,0,621:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1315:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1643:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1461:. 0|0:54,0:54:68:.:.:0,68,1231:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1204:. 0|1:10,45:55:77:.:.:1220,0,77:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:2,173:175:99:.:.:5169,476,0:. 0|1:60,40:100:99:.:.:908,0,1278:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1641:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1244,123,0:. 1|0:16,94:110:98:.:.:2449,0,98:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1254:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1457:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 1|1:4,90:94:99:.:.:2676,174,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,76:77:99:.:.:2218,204,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,112,1675:. 1|1:1,50:51:99:.:.:1511,127,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1174:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1372:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1440:. 1|0:98,16:114:99:.:.:137,0,2088:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,913:. 0|0:80,5:85:94:.:.:0,94,1970:. 0|1:59,46:105:99:.:.:1030,0,1198:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1228:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1136:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1347:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,972:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:28,92:120:99:.:.:2456,0,336:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1251:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1416:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1008:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1213:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1896,189,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1266:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,964:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,139:163:99:.:.:3732,0,126:. 1|1:5,133:138:99:.:.:3916,284,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,123:124:99:.:.:3664,347,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,61:126:99:.:.:1491,0,1270:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,23:128:99:.:.:305,0,2294:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,154:186:99:.:.:4161,0,292:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1476:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,31:164:99:.:.:430,0,2887:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,115,1737:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1279:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,125:127:99:.:.:3645,328,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1371:. 1|0:126,35:161:99:.:.:637,0,2789:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2632:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2652,259,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:6,215:221:99:.:.:6261,516,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1271:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,29:72:99:.:.:635,0,816:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3779,372,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1276:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,143:158:99:.:.:4086,106,0:. 0|1:128,27:155:99:.:.:344,0,2798:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,212:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,103,1795:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1297:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1673:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:61,66:127:99:.:.:1621,0,1239:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1232:. 0|1:57,78:135:99:1|0:309018_G_C:1998,0,1668:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3450,334,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1466:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1639:. 0|1:103,64:167:99:.:.:1439,0,2246:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1519:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1400:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:77:.:.:0,77,2074:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,74:77:99:.:.:2163,155,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1335:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1554:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,43:121:99:.:.:870,0,1489:. 1|1:14,109:123:25:.:.:3017,25,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1471:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1223:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1229:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1410:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1473:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1567:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,79:168:99:.:.:1850,0,1784:. 1|1:1,107:108:99:.:.:3186,315,0:. 0|0:59,0:59:21:.:.:0,21,1258:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,1744:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1655:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1122:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1581,153,0:. 0|1:73,32:105:99:.:.:664,0,1477:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1617:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1201:. 0|1:74,14:88:99:.:.:169,0,1574:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1573:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1346:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1778,177,0:. 1|1:6,66:72:53:.:.:1883,53,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1137:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,132:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:73,23:96:99:.:.:442,0,1612:. 0|1:68,71:139:99:.:.:1691,0,1372:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,162:168:99:.:.:4861,349,0:. 0|1:18,27:45:99:.:.:715,0,353:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2338,231,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,36:116:99:.:.:750,0,1705:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,14:17:30:.:.:384,0,30:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,15:81:99:.:.:229,0,1508:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1253:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2606,252,0:. 0|1:10,4:14:79:.:.:79,0,205:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:36:.:.:0,36,479:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,103,1752:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:.:.:7220,596,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,139:140:99:.:.:4954,385,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,124:209:99:.:.:3821,0,2168:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,114,1755:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2984,259,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3855,322,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1421:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1581:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,755:755:99:.:.:26893,2270,0:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,640:640:99:.:.:22883,1924,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1748:. 1|1:0,179:179:99:.:.:6360,538,0:. 1|1:0,258:258:99:.:.:8881,775,0:. 1|1:6,475:481:99:.:.:16140,1274,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,260:263:99:.:.:8782,688,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1401:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:0:.:.:0,0,6951:. 1|1:11,214:225:99:.:.:7155,322,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1542:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:23:.:.:0,23,1502:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:176,77:253:99:.:.:1911,0,4808:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,70:150:99:.:.:1938,0,1907:. 1|1:6,254:260:99:.:.:8755,585,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,96:105:49:.:.:3029,49,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,49:76:99:.:.:1466,0,564:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,56:130:99:.:.:1555,0,1944:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:141,83:224:99:.:.:2172,0,3801:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1456:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,166:168:99:.:.:5816,437,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,44:108:99:.:.:1227,0,1692:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1463:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:4337,370,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5896,496,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1237:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1574,132,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1232:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1967,171,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,911:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,192:221:99:.:.:6170,0,243:. 1|1:1,203:204:99:.:.:7186,579,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,184:184:99:.:.:6544,553,0:. 0|1:188,302:490:99:.:.:9240,0,4677:. 1|0:22,55:77:99:.:.:1717,0,460:. 0|1:167,205:372:99:.:.:5971,0,4155:. 1|1:0,608:608:99:.:.:21145,1828,0:. 1|0:116,45:161:99:.:.:1083,0,3170:. 1|1:0,269:269:99:.:.:9468,809,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1832,159,0:. 0|0:26,0:26:41:.:.:0,41,737:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,103,1800:. Pf3D7_01_v3 309278 . G A 161409 PASS FS=0;MQ=63.4;QD=20.55;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.632;VQSLOD=4.57;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0934;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=74.68;GQ_STDDEV=53.22;HRun=3;InbreedingCoeff=0.445;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.063;culprit=MQ;set=snp;DP=4656654;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=-0.0588;MLEAC=70;MLEAF=0.013;AN=852;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:68:.:.:0,68,909:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:23,0:23:17:.:.:0,17,502:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:56:.:.:0,56,811:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,87:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:12,0:12:3:.:.:0,3,278:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,654:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1106:. 0|0:42,0:42:71:.:.:0,71,1024:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,654:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1082:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,87:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1053:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1105:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:78:.:.:0,78,919:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:25:.:.:0,25,872:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1764:. 0|1:16,2:18:10:1|0:309256_AT_A:10,0,524:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:35,14:49:99:.:.:280,0,771:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1165:. 0|0:24,0:24:71:.:.:0,71,639:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1239:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,711:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1184:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1075:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:93:.:.:0,93,1104:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,579:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:65,0:65:63:.:.:0,63,1509:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,757:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,445:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,698:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1025:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,996:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1313:. 0|0:32,0:32:70:.:.:0,70,813:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1063:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1214:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1181:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1420:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1314:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1541:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1108:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,968:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:74:.:.:0,74,827:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,980:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1524:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1343:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:43,8:51:76:.:.:76,0,1102:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,112:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1283:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:42,0:42:70:.:.:0,70,996:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1288:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,2:46:72:.:.:0,72,1390:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1043:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1077:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,989:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1137:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1230:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,874:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1077:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:32,0:32:54:.:.:0,54,767:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1234:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1112:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1082:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,943:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,834:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:25,0:25:56:.:.:0,56,605:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1043:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,993:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1596:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:92:.:.:0,92,1023:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1296:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,890:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1083:. 0|1:49,27:76:99:.:.:611,0,1224:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,136:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1138:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:29,0:29:52:.:.:0,52,682:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1239:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,403:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1044:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,967:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1316:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,252:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,445:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,171:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1483:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,443:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1297:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1494:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,286:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1252,117,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,78:97:99:.:.:2333,0,314:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:16,4:20:83:.:.:83,0,477:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,2:38:65:.:.:0,65,1275:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:76,10:86:57:.:.:57,0,2254:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:1,14:15:0:1|0:309256_A_AT:464,0,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1385:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1356:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1432:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1147,96,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,941:. 0|0:27,0:27:73:.:.:0,73,927:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,359:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1020:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:77:.:.:0,77,960:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 315855 . T C 1.12378e+06 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=20.14;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=M413T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aTg/aCg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107600.1;SOR=0.707;VQSLOD=5.76;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.96;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0168;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=229.63;GQ_STDDEV=386.93;HRun=0;InbreedingCoeff=0.543;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.075;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11284852;AF=0.04;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=211;MLEAF=0.04;AN=858;AC=39 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,24:95:99:.:.:293,0,1940:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,74:82:22:.:.:1625,0,22:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1360:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1470:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1227:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1330:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1004:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1206:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1570:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,873:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1523:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1405,163,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,11:63:99:.:.:104,0,1348:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1418,161,0:. 0|1:107,27:134:99:.:.:256,0,2863:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,988:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1260:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1313:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:67,9:76:10:.:.:10,0,1754:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,813:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1480:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,644:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,943:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1144:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1004:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1764:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:32,35:67:99:.:.:736,0,767:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1634,191,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1319:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,15:57:99:.:.:194,0,1076:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:11,139:150:99:.:.:3193,116,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:20:.:.:0,20,2624:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,131:204:99:.:.:2841,0,1632:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:138,21:159:47:.:.:47,0,3665:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,114:153:99:.:.:2549,0,729:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1285:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1194:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,87:125:99:.:.:1939,0,743:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,48:107:99:.:.:957,0,1470:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1440:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1535:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1724:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,10:75:42:.:.:42,0,1663:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:49,26:75:99:.:.:455,0,1269:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,17:89:99:.:.:189,0,1980:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1675:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1255:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1324:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1187:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:65,0:65:34:.:.:0,34,1572:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1462:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,221:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,76:116:99:.:.:1653,0,843:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1053:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,190:276:99:.:.:4273,0,1859:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1412:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,805:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,951:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,198:199:99:.:.:6331,561,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,76:154:99:.:.:1989,0,2284:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1296:. 0|1:92,14:106:99:.:.:102,0,2947:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1763:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1312:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1650:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,272:274:99:.:.:8368,748,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1677:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:63:.:.:0,63,3598:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1381:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,33:82:99:.:.:784,0,1525:. 0|1:28,201:229:99:.:.:5523,0,198:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:180,141:321:99:.:.:3315,0,5381:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,182:220:99:.:.:5097,0,616:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1614:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6961,663,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:.:.:6723,642,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1403:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1414:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1638:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,953:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:496,0:496:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 316425 . G A 164516 PASS FS=0;MQ=59.97;QD=19.23;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=C603Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=tGt/tAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107600.1;SOR=0.708;VQSLOD=5.76;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.63;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;GQ_MEAN=122.32;GQ_STDDEV=37.04;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0086;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.253;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9956442;AF=0.00552;AS_InbreedingCoeff=-0.0086;MLEAC=29;MLEAF=0.00552;AN=858;AC=2 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:94,0:94:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1658:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1586:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,879:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1287:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1166:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1389:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1089:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1451:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:71:.:.:0,71,918:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1706:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1376:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1034:. 1|0:25,35:60:99:.:.:910,0,515:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1164:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1713:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1372:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1077:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,736:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1005:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1243:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:74:.:.:0,74,876:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1306:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1504:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1335:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,47:55:62:.:.:1321,0,62:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1697:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1755:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1436:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1304:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1671:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1654:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1733:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1376:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1212:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1300:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1325:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1231:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1341:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1375:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,612:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,576:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1470:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:99 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:209,0:209:.:.:.:.:104 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:.:.:.:.:120 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:.:.:.:.:99 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:.:.:.:.:120 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:.:.:.:.:108 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:.:.:.:.:120 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1415:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:120 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:120 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:107 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:.:.:.:.:120 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:.:.:.:.:120 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:.:.:120 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:.:.:.:.:120 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:72 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:.:.:.:.:120 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:.:.:.:.:120 0|0:175,0:175:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:.:.:.:.:120 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:.:.:120 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:.:.:.:.:105 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:.:.:.:.:120 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1519:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 316780 . T A 859888 PASS FS=0.553;MQ=59.98;QD=20.56;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L721;SNPEFF_CODON_CHANGE=ctT/ctA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107600;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107600.1;SOR=0.655;VQSLOD=4.34;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=4.34;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1897;FractionInformativeReads=0.999;GC=4.76;GQ_MEAN=312.19;GQ_STDDEV=826.41;HRun=0;InbreedingCoeff=0.3707;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.09;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9321777;AF=0.047;AS_InbreedingCoeff=0.6071;MLEAC=239;MLEAF=0.046;AN=858;AC=72 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,23:79:99:.:.:508,0,1583:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1697:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1460:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:28,29:57:99:.:.:771,0,725:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1592:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1257:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1358:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1678:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1285:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,721:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,320:. 0|0:10,0:10:7:.:.:0,7,262:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1463:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1342:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1662:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1396:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1267:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1517:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1462:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:10,11:21:99:.:.:281,0,241:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,20:79:99:.:.:372,0,1544:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1640:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1702:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1720:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,2007:. 0|1:63,21:84:99:.:.:394,0,1681:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,952:. 0|1:37,20:57:99:.:.:450,0,980:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1258:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,995:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,60:146:99:.:.:1394,0,2132:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|1:17,38:55:99:.:.:978,0,326:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1224:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1765:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1387:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,69:87:99:.:.:1881,0,307:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,14:81:99:.:.:172,0,1745:. 0|0:42,0:42:67:.:.:0,67,1145:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,131:135:99:.:.:3890,276,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,20:108:99:.:.:308,0,2325:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,39:137:99:.:.:809,0,2491:. 1|1:0,242:242:99:.:.:7507,727,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:86,15:101:99:.:.:158,0,2274:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,66:114:99:.:.:1672,0,1104:. 1|0:38,51:89:99:.:.:1338,0,855:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,25:151:99:.:.:283,0,3330:. 0|1:136,20:156:99:.:.:146,0,3588:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1760:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1251:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1689:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,39:133:99:.:.:834,0,2453:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,19:120:99:.:.:250,0,2720:. 0|1:75,31:106:99:.:.:612,0,1932:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,131:134:99:.:.:3945,307,0:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1181:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2433,234,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,26:138:99:.:.:387,0,2925:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:8:.:.:0,8,3968:. 0|0:93,0:93:23:.:.:0,23,2330:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5120,508,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1508:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1527:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1531:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:55:.:.:0,55,2854:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4716,459,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1782:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,16:109:99:.:.:138,0,2385:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1668:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1471:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1112:. 1|1:1,53:54:99:.:.:1613,134,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1314:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1464:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1717:. 0|1:48,24:72:99:.:.:527,0,1241:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1599:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1240:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1428:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1353:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,154:. 1|0:96,40:136:99:.:.:801,0,2383:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1511:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,25:53:99:.:.:605,0,694:. 0|0:23,0:23:61:.:.:0,61,686:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:21:.:.:0,21,483:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:67,19:86:99:.:.:345,0,1817:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1311:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1336:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,89:89:99:.:.:3268,268,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:3278,271,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2720,223,0:. 1|1:0,87:87:99:.:.:3178,262,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:2185,181,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,65:86:99:.:.:2042,0,509:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,723:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:80,9:89:63:.:.:63,0,2577:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3463,292,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3347,279,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1357:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1718:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:75:.:.:0,75,5693:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:160,28:188:99:.:.:420,0,4897:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,168:172:99:.:.:5730,381,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,88:106:99:.:.:2731,0,309:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1311:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,49:178:99:.:.:1177,0,3844:. 1|0:13,74:87:99:.:.:2186,0,157:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,43:45:65:.:.:1422,65,0:. 1|0:55,185:240:99:.:.:5802,0,1114:. 1|1:1,20:21:27:.:.:644,27,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,111:164:99:.:.:3393,0,1290:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,577:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1720:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:2144,181,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1497:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1018:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1348:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,8:8:24:.:.:271,24,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,365:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1661:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:6:.:.:0,6,372:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 319089 . T A 124202 PASS FS=1.807;MQ=62.5;QD=19.06;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V1491D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gTt/gAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107600.1;SOR=0.87;VQSLOD=3.25;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.44;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=125.81;GQ_STDDEV=48.85;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6577;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.118;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12320876;AF=0.012;AS_InbreedingCoeff=0.8768;MLEAC=58;MLEAF=0.011;AN=858;AC=15 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1722:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1546:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:84:.:.:0,84,1119:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1650:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1933:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1398:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1255:. 0|0:44,0:44:56:.:.:0,56,1017:. 0|0:54,0:54:78:.:.:0,78,1382:. 0|0:41,0:41:89:.:.:0,89,1053:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:29:.:.:0,29,951:. 0|0:32,0:32:66:.:.:0,66,990:. 0|0:50,0:50:77:.:.:0,77,1297:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1526:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,109,1740:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,549:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:24,0:24:40:.:.:0,40,570:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:74:.:.:0,74,993:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1496:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1362:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1633:. 0|0:45,0:45:96:.:.:0,96,1219:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:74:.:.:0,74,1720:. 0|0:39,0:39:47:.:.:0,47,872:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:44:.:.:0,44,525:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1375:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:93:.:.:0,93,1188:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1405:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:40:.:.:0,40,914:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:41:.:.:0,41,1419:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1447:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:59:.:.:0,59,1394:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1592:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1308:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:93:.:.:0,93,1988:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:67,0:67:71:.:.:0,71,1536:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1711:. 0|0:79,0:79:92:.:.:0,92,1900:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:91:.:.:0,91,1116:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1521:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,78:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1292:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,103,1681:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1471:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1364:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1718:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1423:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1490:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:94:.:.:0,94,1324:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1645:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1752:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:4,31:35:20:.:.:835,0,20:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,2113:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1452:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1169:. 0|0:52,0:52:77:.:.:0,77,1263:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1343:. 0|0:48,0:48:77:.:.:0,77,1083:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1631:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1514:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1664:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,643:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1469:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,484:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,838:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:26:.:.:0,26,409:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:30,0:30:57:.:.:0,57,732:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:23:.:.:0,23,482:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,765:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:621,0:621:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:561,0:561:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1624:. 0|0:25,0:25:56:.:.:0,56,727:. 1|1:3,50:53:49:.:.:1503,49,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1755:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,189:190:99:.:.:6151,528,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,34:35:65:.:.:935,65,0:. 0|0:103,8:111:82:.:.:0,82,2950:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,70:92:99:.:.:1995,0,485:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:14,7:21:99:.:.:139,0,340:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1687:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,42:78:99:.:.:949,0,885:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:97:.:.:0,97,1179:. 1|0:18,69:87:99:.:.:1994,0,333:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:371,0:371:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:423,0:423:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:42,0:42:76:.:.:0,76,1027:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2384,230,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2839,277,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1465:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1508:. 0|0:22,0:22:35:.:.:0,35,636:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1415:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1754:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:528,0:528:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:74:.:.:0,74,1132:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 319673 . G A 89015.4 PASS FS=0;MQ=56.28;QD=22.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.76;VQSLOD=5.87;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0;ExcessHet=21.3348;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=24.02;GQ_STDDEV=105.29;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.1464;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.033;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=1919069;AF=0.042;AS_InbreedingCoeff=-0.264;MLEAC=361;MLEAF=0.077;AN=726;AC=23 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:29,0:29:40:.:.:0,40,725:. 0|0:36,0:36:29:.:.:0,29,861:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,553:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,705:. 0|0:38,0:38:40:.:.:0,40,940:. 0|0:24,0:24:45:.:.:0,45,672:. 0|0:27,0:27:2:.:.:0,2,613:. 0|0:24,0:24:8:.:.:0,8,579:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,557:. 0|0:37,0:37:27:.:.:0,27,839:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,569:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,943:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,627:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,27:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,86:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,122:. 0|1:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,560:. 0|0:50,0:50:11:.:.:0,11,1099:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1163:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,362:. 1|1:0,5:5:15:.:.:141,15,0:. 0|0:20,0:20:36:.:.:0,36,481:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,778:. 0|0:12,0:12:7:.:.:0,7,283:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,60:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,846:. 0|0:41,0:41:49:.:.:0,49,946:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,161:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1216:. 0|0:36,0:36:11:.:.:0,11,783:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,811:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|0:89,0:89:0:.:.:0,0,1829:. 0|0:34,0:34:32:.:.:0,32,743:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,522:. 0|0:25,0:25:47:.:.:0,47,600:. 0|0:14,0:14:26:.:.:0,26,339:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,589:. 0|0:39,0:39:18:.:.:0,18,868:. 0|0:34,0:34:31:.:.:0,31,789:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1092:. 0|0:33,0:33:52:.:.:0,52,828:. 0|0:41,0:41:28:.:.:0,28,892:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,451:. 0|0:4,0:4:1:.:.:0,1,63:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,297:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,502:. 0|0:31,0:31:45:.:.:0,45,749:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,249:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1179:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1575:. 0|0:42,0:42:7:.:.:0,7,871:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,490:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,396:. 0|0:18,0:18:25:.:.:0,25,436:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,820:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,908:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1048:. 0|0:13,0:13:15:.:.:0,15,297:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,514:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1117:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,133:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,820:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,455:. 0|0:20,0:20:37:.:.:0,37,518:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,109:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,460:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,135:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,323:. 1|1:1,28:29:59:.:.:826,59,0:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,257:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1327:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,481:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,708:. 0|0:32,0:32:20:.:.:0,20,733:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,114:. 1|1:0,20:20:60:.:.:627,60,0:. 0|0:9,0:9:7:.:.:0,7,199:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,610:. 0|0:14,0:14:17:.:.:0,17,338:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,430:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,407:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,488:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,587:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,574:. 1|1:2,35:37:58:.:.:979,58,0:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,783:. 0|0:27,0:27:53:.:.:0,53,672:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,969:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,779:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,986:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,775:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,368:. 0|0:19,0:19:9:.:.:0,9,415:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,258:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,523:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,289:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,1817:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,367:. 0|0:35,0:35:13:.:.:0,13,738:. 0|0:54,0:54:11:.:.:0,11,1197:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1152:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1384:. 0|0:17,0:17:4:.:.:0,4,346:. 0|0:55,0:55:47:.:.:0,47,1287:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,386:. 0|0:29,0:29:8:.:.:0,8,567:. 0|0:45,0:45:20:.:.:0,20,986:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,806:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1138:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,2300:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,386:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,2284:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,954:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1045,111,0:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,466:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1905:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,251:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1728:. 0|1:25,6:31:60:.:.:60,0,517:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,626:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,203:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,639:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,568:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,618:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,165:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,346:. 0|0:40,0:40:10:.:.:0,10,839:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,463:. 0|0:45,0:45:16:.:.:0,16,939:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,787:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,741:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,566:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,808:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,441:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,305:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,387:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,373:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,777:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,365:. 0|0:32,0:32:24:.:.:0,24,665:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,180:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,332:. 0|0:37,0:37:1:.:.:0,1,797:. 0|0:38,0:38:10:.:.:0,10,819:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,464:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,192:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,280:. 1|1:0,13:13:38:.:.:366,38,0:. 0|0:30,0:30:23:.:.:0,23,626:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,315:. 0|0:25,0:25:27:.:.:0,27,593:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,561:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,399:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,818:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,407:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,978:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,388:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,454:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,856:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,518:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1190:. 0|0:53,0:53:4:.:.:0,4,1131:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1198:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1009:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,600:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,916:. 0|0:23,0:23:31:.:.:0,31,528:. 1|1:0,24:24:72:.:.:720,72,0:. 1|0:8,11:19:99:.:.:269,0,135:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,778:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,926:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,434:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1100:. 0|0:54,0:54:13:.:.:0,13,1116:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,874:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,377:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,983:. 0|0:39,0:39:7:.:.:0,7,840:. 0|0:63,0:63:6:.:.:0,6,1403:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,722:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,825:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,425:. 0|0:54,0:54:44:.:.:0,44,1219:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,538:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,768:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,880:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,738:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,133:. 0|0:24,0:24:42:.:.:0,42,614:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,636:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,944:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,240:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,556:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,446:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1372:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,786:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,953:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,876:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,863:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,873:. 0|0:19,0:19:38:.:.:0,38,445:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,592:. 0|0:14,0:14:5:.:.:0,5,283:. 0|0:33,0:33:23:.:.:0,23,747:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,334:. 0|0:33,0:33:6:.:.:0,6,697:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,492:. 0|0:62,0:62:65:.:.:0,65,1444:. 0|1:19,29:48:99:.:.:685,0,345:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,449:. 0|1:10,14:24:99:.:.:344,0,209:. 0|0:46,0:46:62:.:.:0,62,1071:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,383:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,394:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,337:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,176:. 0|0:45,0:45:50:.:.:0,50,1047:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,461:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,352:. 0|0:22,0:22:5:.:.:0,5,451:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,366:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,277:. 0|0:23,0:23:28:.:.:0,28,536:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1087,112,0:. 0|0:26,0:26:21:.:.:0,21,602:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,545:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,64:. 0|0:40,0:40:58:.:.:0,58,944:. 0|0:21,0:21:24:.:.:0,24,481:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1175:. 1|1:0,22:22:66:.:.:661,66,0:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,390:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,275:. 0|0:89,0:89:0:.:.:0,0,1619:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,520:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1021:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,991:. 0|0:46,0:46:12:.:.:0,12,1009:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,372:. 0|0:53,0:53:80:.:.:0,80,1308:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,498:. 0|0:129,0:129:0:.:.:0,0,2537:. 0|0:22,0:22:23:.:.:0,23,520:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,219:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,742:. 0|0:160,0:160:0:.:.:0,0,3312:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,495:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,971:. 0|0:7,0:7:3:.:.:0,3,138:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,293:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,458:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1055:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,347:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,356:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,819:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,141:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,409:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,832:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,78:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,228:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,148:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,358:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,70:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,21:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,101:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,71:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,47:. 0|0:10,0:10:3:.:.:0,3,278:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,174:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,226:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,139:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,73:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,40:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,222:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,308:. 0|0:11,0:11:13:.:.:0,13,289:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,175:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,314:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,175:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,242:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,140:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,157:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,101:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,37:. 0|0:2,0:2:0:.:.:0,0,13:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,70:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,81:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,85:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,28:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,310:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,32:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,81:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,482:. 0|0:23,0:23:37:.:.:0,37,687:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,109:. 0|0:34,0:34:9:.:.:0,9,851:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,336:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,1003:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:18,0:18:1:.:.:0,1,469:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,274:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,197:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,1040:. 0|0:20,0:20:2:.:.:0,2,428:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,464:. 0|0:42,0:42:17:.:.:0,17,1084:. 0|0:17,0:17:31:.:.:0,31,511:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,682:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,557:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,552:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,254:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,164:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 0|0:12,0:12:9:.:.:0,9,312:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,372:. 0|0:21,0:21:28:.:.:0,28,557:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,375:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,433:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,351:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,428:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:22,0:22:6:.:.:0,6,537:. 0|0:19,0:19:37:.:.:0,37,558:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,272:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,752:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,362:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,274:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,421:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:33 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,592:. 0|0:19,0:19:10:.:.:0,10,484:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:23,0:23:30:.:.:0,30,652:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,295:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,736:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,368:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,501:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:11,0:11:7:.:.:0,7,263:. 0|0:16,0:16:5:.:.:0,5,400:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,305:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,162:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:19,0:19:1:.:.:0,1,477:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,127:. 0|0:9,0:9:5:.:.:0,5,231:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,542:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,570:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,122:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,152:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,19:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,280:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,46:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,105:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,713:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,178:. 0|0:11,0:11:6:.:.:0,6,271:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,258:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,244:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,256:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,246:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,235:. 0|0:13,0:13:28:.:.:0,28,371:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,222:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,281:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,162:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,145:. 0|0:2,0:2:0:.:.:0,0,17:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,33:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,231:. 0|0:12,0:12:13:.:.:0,13,299:. 0|0:13,0:13:16:.:.:0,16,366:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,156:. 0|0:9,0:9:7:.:.:0,7,194:. 0|0:10,0:10:4:.:.:0,4,214:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,134:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,37:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,69:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,295:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,62:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,496:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,178:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,163:. 0|0:37,0:37:15:.:.:0,15,881:. 0|1:5,6:11:93:.:.:139,0,93:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,493:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,83:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,47:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,96:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,78:. Pf3D7_01_v3 320102 . T A 241364 PASS FS=0;MQ=63.19;QD=23.17;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.677;VQSLOD=6.29;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;InbreedingCoeff=-0;NCC=0;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=243.67;GQ_STDDEV=214.2;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.168;culprit=FS;set=snp;DP=8409853;AF=0.009939;MLEAC=51;MLEAF=0.009748;AN=856;AC=27 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,66:68:99:.:.:2013,139,0:. 1|0:48,11:59:99:.:.:178,0,1300:. 0|1:14,37:51:99:.:.:1036,0,279:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1359:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1488:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1579:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:16,55:71:99:.:.:1524,0,265:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,756:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1283:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1158:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,540:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,230:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 1|1:1,32:35:75:.:.:1038,75,0:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1587:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1129:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,675:. 0|1:57,13:70:99:.:.:182,0,1465:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 1|0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1304:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1389:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,5:58:44:.:.:0,44,1513:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1336:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1181:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,855:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:22,14:36:99:.:.:320,0,503:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1110:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1537:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1097:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1306:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1087:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:98:.:.:0,98,1339:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1611:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:26,151:179:99:.:.:4433,0,193:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,28:145:99:.:.:399,0,3084:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,64:88:99:.:.:1674,0,446:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2428,249,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1255:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1614:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1697:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,240:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1566:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1358:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:67,51:120:99:.:.:1311,0,2439:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1455:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1275:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1456:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1768:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:81,26:109:99:.:.:554,0,2320:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,8:52:84:.:.:84,0,1627:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1515:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1550:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1384:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1095:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1258:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1539:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1454:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:62:99:.:.:2011,208,0:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1210:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:167,59:226:99:.:.:1065,0,4434:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,526:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1597:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1405:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1041:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1517:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:55,48:103:99:.:.:1341,0,2122:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1588:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:1,116:117:99:.:.:3781,326,0:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:42,0:42:18:.:.:0,18,1184:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:107 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:.:.:.:.:120 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:.:.:.:.:120 0|0:175,0:175:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:170,0:170:.:.:.:.:120 0|0:90,0:90:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1522:. 0|0:166,0:166:.:.:.:.:120 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:.:.:.:.:120 0|0:88,0:88:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:153,0:153:.:.:.:.:120 0|0:30,0:30:74:.:.:0,74,891:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:.:.:.:.:107 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:101 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:.:.:.:.:54 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:.:.:113 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:.:.:.:.:106 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:.:.:.:.:120 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:.:.:120 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:45 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:.:.:.:.:120 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:.:.:.:.:120 0|0:182,0:182:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:.:.:.:.:120 0|0:90,0:90:7:.:.:0,7,2298:. 0|0:204,0:204:.:.:.:.:120 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,4:56:45:.:.:0,45,1538:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:.:.:.:.:120 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1545:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1674:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,1005:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2087,192,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1494:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1454:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,974:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,240:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1394:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,38:39:99:.:.:1257,107,0:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,558:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. Pf3D7_01_v3 320530 . G T 1.28288e+06 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=22.44;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q121H;SNPEFF_CODON_CHANGE=caG/caT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0107700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107700.1;SOR=0.707;VQSLOD=6.2;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.64;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=33.33;GQ_MEAN=352.97;GQ_STDDEV=1010.42;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7108;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.227;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10080606;AF=0.054;AS_InbreedingCoeff=-0.0824;MLEAC=282;MLEAF=0.054;AN=858;AC=66 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:26,53:79:99:.:.:1493,0,549:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1591:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1665:. 1|1:6,64:70:26:.:.:1850,26,0:. 0|0:57,0:57:71:.:.:0,71,1479:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1297:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1310:. 1|0:40,22:62:99:.:.:517,0,991:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1347:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,832:. 0|0:47,0:47:75:.:.:0,75,1253:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1255:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,780:. 0|1:45,7:52:70:.:.:70,0,1156:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1194:. 0|0:36,0:36:83:.:.:0,83,918:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1725:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1482:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:31,44:75:99:.:.:1160,0,696:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1280:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1103:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,89:94:99:.:.:2636,147,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,719:. 1|0:23,75:98:99:.:.:2010,0,377:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:59:.:.:0,59,2004:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,127:128:99:.:.:3838,355,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,246:247:99:.:.:7644,713,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,80:103:99:.:.:2194,0,367:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,959:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1488:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1127:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1164:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,941:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1237:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1237:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1254:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1483:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1568:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1521:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1554:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,77:164:99:.:.:1851,0,1948:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:.:.:5860,577,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,39:153:99:.:.:724,0,2718:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,208:208:99:.:.:6254,625,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,76:205:99:.:.:1720,0,2949:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,172:177:99:.:.:5088,399,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,11:98:36:.:.:36,0,2138:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,40:170:99:.:.:706,0,3178:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1965,189,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1812,174,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1568:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,25:171:99:.:.:248,0,3561:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1360:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:26,49:75:99:.:.:1257,0,487:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1529:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1480:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2725,265,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1381:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:44:.:.:0,44,1786:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1337:. 0|1:18,48:66:99:.:.:1283,0,297:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:20,42:62:99:.:.:1088,0,363:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1515:. 1|0:38,13:51:99:.:.:252,0,893:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,15:97:99:.:.:159,0,1962:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1357:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1549:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,183:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,50:132:99:.:.:1196,0,1956:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,12:54:99:.:.:215,0,1018:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,604:. 1|1:5,99:104:99:.:.:2946,167,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1761:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1613:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:14:.:.:0,14,359:. 0|1:37,25:62:99:.:.:569,0,843:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1154:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:66,97:163:99:.:.:2954,0,1743:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:9,119:128:99:.:.:3933,122,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6828,580,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1778:. 1|1:0,182:182:99:.:.:6292,546,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:8076,719,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:75:.:.:0,75,1442:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:129,55:184:99:0|1:320506_A_T:1770,0,7381:. 1|0:121,40:161:99:0|1:320506_A_T:1196,0,7234:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1710:. 1|0:52,182:234:99:0|1:320506_A_T:6920,0,2231:. 0|1:36,19:55:99:0|1:320506_A_T:638,0,2189:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,152:242:99:0|1:320506_A_T:5778,0,4587:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:55:.:.:0,55,934:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,168:191:99:.:.:5143,0,164:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1260:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,137:180:99:.:.:3888,0,808:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2366,204,0:. 0|0:43,0:43:92:.:.:0,92,1362:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6430,556,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1411:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1426:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,731:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:134,98:232:99:0|1:320491_T_C:3582,0,10723:. 0|1:107,139:246:99:0|1:320491_T_C:5315,0,7720:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,672:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:94,95:189:99:0|1:320491_T_C:3585,0,7186:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,106:155:99:0|1:320491_T_C:4194,0,3687:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1243:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1800:. Pf3D7_01_v3 322326 . A C 756549 PASS FS=0.647;MQ=60.06;QD=20.74;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.606;VQSLOD=3.42;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.997;GC=14.29;GQ_MEAN=267.44;GQ_STDDEV=495.41;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6758;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.275;culprit=FS;set=snp;DP=5425118;AF=0.056;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=287;MLEAF=0.055;AN=858;AC=57 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1411:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1305:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:36,0:36:97:.:.:0,97,1117:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,234:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,622:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,858:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1109:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1065:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,827:. 0|0:39,0:39:46:.:.:0,46,1000:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1397:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1160:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1309:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1516:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,947:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1172:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1345:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1622:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1331:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:61,29:90:99:.:.:501,0,1546:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,998:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,699:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1220:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1121:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1211:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1275:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1261:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,983:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1440:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1417:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1208:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,944:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1491:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1763:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1738:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1074:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,811:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1180:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1023:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,981:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1075:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:19,71:90:99:.:.:1688,0,288:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1724:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:71:.:.:0,71,803:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1698:. 1|1:4,131:135:99:.:.:3429,283,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1391:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1599:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1666:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1385:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1297:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1761:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1445:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1421:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:67:.:.:0,67,1941:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,15:66:99:.:.:217,0,1413:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1607:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1539:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3261,356,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1494:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1364:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1243:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1086:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,916:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:62:.:.:0,62,2598:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,307:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1248:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1651:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1164:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:103,12:115:3:.:.:3,0,2712:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1314:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1238:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1248:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1075:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1443:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1740:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1327:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1449:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1040:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1268:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1144:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,895:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1367:. 0|0:66,0:66:2:.:.:0,2,1585:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:32,0:32:80:.:.:0,80,972:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,791:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1466:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1146:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1195:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,675:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1465:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,338:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1534:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1666:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,14:14:42:.:.:387,42,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1426:. 0|1:45,30:75:99:.:.:811,0,1355:. 1|0:29,39:68:99:.:.:1105,0,804:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2627,234,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2363,215,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,399:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1755:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1501:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1636:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1342:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1996,177,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1591:. 1|1:1,25:26:41:.:.:808,41,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1490,135,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,427:. 0|1:34,19:53:99:.:.:506,0,1064:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,285:285:99:.:.:9510,856,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:13,0:13:20:.:.:0,20,392:. 1|0:3,16:19:50:.:.:464,0,50:. 1|1:2,56:58:99:.:.:1752,105,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3939,366,0:. 0|1:80,66:146:99:.:.:1758,0,2249:. 0|0:178,0:178:81:.:.:0,81,4651:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:35,0:35:86:.:.:0,86,1045:. 1|1:2,138:140:99:.:.:4506,349,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1681:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,29:138:99:.:.:564,0,3244:. 0|0:128,0:128:9:.:.:0,9,3580:. 1|1:8,107:115:54:.:.:3187,54,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,57:68:99:.:.:1659,0,173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:.:.:4279,384,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,91:122:99:.:.:2590,0,677:. 0|1:21,30:51:99:.:.:771,0,536:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,29:36:99:.:.:778,0,150:. 1|0:139,44:183:99:.:.:858,0,4110:. 1|0:5,16:21:84:.:.:438,0,84:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:37:.:.:0,37,4326:. 0|1:97,32:129:99:.:.:633,0,2793:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:74:.:.:0,74,1704:. 0|1:63,87:150:99:.:.:2271,0,1627:. 0|1:16,46:62:99:.:.:1266,0,333:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:3,9:12:46:.:.:229,0,46:. 1|0:15,106:121:99:.:.:3043,0,117:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1475:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1673:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2935,243,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:43:.:.:0,43,4043:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1275,116,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1467:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1480:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1204:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2932,267,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1457:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1105:. 1|1:0,19:19:57:.:.:648,57,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1562:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1450:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1300:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,241:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1389:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1458:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1307:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,917:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1573:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1453:. Pf3D7_01_v3 323071 . A G 341873 PASS FS=0.588;MQ=60;QD=22.13;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E234G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAa/gGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MRE11;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107800.1;SOR=0.758;VQSLOD=4.23;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=136.69;GQ_STDDEV=165.87;HRun=1;InbreedingCoeff=0.998;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.34;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8700208;AF=0.007417;AS_InbreedingCoeff=0.998;MLEAC=39;MLEAF=0.007417;AN=858;AC=27 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1290:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,5:50:4:.:.:0,4,1271:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1057:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1395:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1514,156,0:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,785:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1374:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,828:. 0|1:65,23:88:99:.:.:352,0,1652:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1540:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1245:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1488:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1540:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,917:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1324:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1579:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,692:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1004:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1637:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1417:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1076:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1035:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,952:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1545:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1387:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1222:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1379:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1410:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,953:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1183:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:41,183:224:99:.:.:4321,0,579:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:194,39:233:99:.:.:378,0,5239:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:128,33:161:99:.:.:377,0,3260:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:1:.:.:0,1,3190:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:38,94:132:99:.:.:2139,0,744:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,75:76:99:.:.:2037,216,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1475:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:66:.:.:0,66,2465:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,202:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1651:. 0|1:68,73:141:99:.:.:1592,0,1579:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,18:78:99:.:.:274,0,1587:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,59:62:51:.:.:1527,51,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2458,246,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,28:114:99:.:.:420,0,2236:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1672:. 0|0:51,0:51:10:.:.:0,10,1225:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1256:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1171:. 1|0:5,40:45:22:.:.:976,0,22:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1331:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1071:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1120:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1658:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1266:. 0|1:108,47:155:99:.:.:860,0,2784:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,198:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:217,72:289:99:.:.:1167,0,5751:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,391:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1382:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1403:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1542:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1293:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1394:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1457:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,188:188:99:.:.:6438,565,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1379:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1187:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6279,558,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1340:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1376:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:102 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:132,0:132:.:.:.:.:120 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:.:.:.:.:111 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:114 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:.:120 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1374:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:106 0|0:77,0:77:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:118 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:102 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:105 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:.:.:.:.:106 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:.:.:117 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:102 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:129,0:129:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:114,0:114:.:.:.:.:102 0|0:141,0:141:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:122,0:122:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:.:.:.:.:120 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:.:.:.:.:120 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:120 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:105 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:114 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4806,441,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1371:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1390:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1389:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1422:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1076,99,0:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 323801 . C T 948210 PASS FS=0;MQ=60.23;QD=21.85;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y477;SNPEFF_CODON_CHANGE=taC/taT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=MRE11;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107800.1;SOR=0.696;VQSLOD=4.81;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=6.61;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.393;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=277.12;GQ_STDDEV=634.39;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0442;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.085;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11457807;AF=0.028;AS_InbreedingCoeff=0.5;MLEAC=148;MLEAF=0.028;AN=858;AC=38 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1483:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1296:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:33,25:58:99:.:.:629,0,701:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1636:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1777:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1219:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1528:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1468:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1043:. 1|0:96,17:113:99:.:.:173,0,2092:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,216:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1255:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1148:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1313:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1485:. 0|1:43,12:55:99:.:.:202,0,966:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2851,255,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:46:.:.:0,46,1688:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1739:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,805:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1437:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1004:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1069:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1075:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,933:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1545:. 1|0:67,21:88:99:.:.:379,0,1368:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1222:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1379:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,953:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1183:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,18:58:99:.:.:379,0,813:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,173:181:99:.:.:5006,328,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:116,42:158:99:.:.:789,0,2598:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:125,20:145:99:.:.:145,0,2761:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:67:.:.:0,67,2219:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,11:101:16:.:.:16,0,2055:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,207:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,37:142:99:.:.:710,0,2328:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1459:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,49:109:99:.:.:1150,0,1284:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1256:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,18:112:99:.:.:218,0,2087:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1332:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1587:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,22:94:99:.:.:398,0,1549:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1386:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1292:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3117,309,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1658:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,52:121:99:.:.:1262,0,1490:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,651:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,860:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1382:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,802:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1293:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1394:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1379:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1340:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:.:.:6685,566,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1376:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:465,0:465:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:460,0:460:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:429,0:429:.:.:.:.:120 1|0:16,143:159:37:.:.:4488,0,37:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8368,730,0:. 0|0:403,0:403:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:.:.:.:.:120 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:338,0:338:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:12,244:256:99:.:.:8137,368,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,234:235:99:.:.:8270,671,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:104,0:104:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:362,0:362:.:.:.:.:103 1|0:55,6:61:34:.:.:34,0,1516:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:183,84:267:99:.:.:2131,0,4991:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:106 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:118 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:99 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:.:.:.:.:120 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:336,0:336:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:.:.:.:.:120 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:102 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:352,0:352:.:.:.:.:120 0|0:219,0:219:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:173,0:173:.:.:.:.:120 0|0:359,0:359:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:.:.:.:.:120 0|1:21,180:201:53:.:.:5676,0,53:. 0|0:372,0:372:.:.:.:.:120 0|0:461,0:461:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,41:121:99:.:.:994,0,2187:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:.:.:.:.:120 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:.:.:.:.:120 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7967,682,0:. 1|1:0,187:187:99:.:.:6620,563,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1422:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1540:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:1,331:332:99:.:.:11739,966,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 324292 . A T 195060 PASS FS=0.582;MQ=59.83;QD=22.18;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H641L;SNPEFF_CODON_CHANGE=cAt/cTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MRE11;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107800.1;SOR=0.748;VQSLOD=4.25;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;InbreedingCoeff=-0.0003;NCC=0;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=700;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.218;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=8579434;AF=0.009129;MLEAC=48;MLEAF=0.009129;AN=858;AC=10 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1349:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1379:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1448:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1566:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,860:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1278:. 0|0:46,0:46:54:.:.:0,54,1237:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1594:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1205:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,310:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,222:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1306:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1242:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1786:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1512:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1499:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1176:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1422:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1658:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1560:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1643:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1618:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1084:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1281:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1406:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1681:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1149:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1367:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1089:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1677:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1471:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1774:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1475:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1793:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1535:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1614:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1314:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1742:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1210:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1751:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1480:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,228:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1677:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1306:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1435:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1406:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1284:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1253:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1635:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1470:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1342:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1591:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1404:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1728:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1664:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1169:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1279:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1211:. 0|1:116,74:190:99:.:.:1609,0,2942:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,396:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1360:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1647:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1607:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,672:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4834,414,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:91,43:134:99:.:.:1112,0,2924:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1401:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:27,0:27:70:.:.:0,70,896:. 0|1:20,43:63:99:.:.:1373,0,538:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1796:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1398:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:115 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:191,0:191:.:.:.:.:120 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:.:.:.:.:120 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:165,0:165:.:.:.:.:120 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1197:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:.:.:.:.:119 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1353:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:99,0:99:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:117 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:103 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:.:.:.:.:106 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:109 0|0:122,0:122:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:99 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:.:.:.:.:118 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:154,0:154:.:.:.:.:120 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:.:.:120 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:.:.:.:.:120 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:.:.:.:.:120 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1569:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1685:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:20,86:106:99:.:.:2682,0,356:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1428:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,920:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:.:.:5301,462,0:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,931:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1461:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1952,168,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,699:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,286:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,288:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 324294 . G A 199016 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=20.64;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D642N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MRE11;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107800.1;SOR=0.661;VQSLOD=5.64;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0.0005;NCC=0;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.01;BaseQRankSum=4.48;MQRankSum=0.322;ReadPosRankSum=0.901;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=8576121;AF=0.011;MLEAC=58;MLEAF=0.011;AN=858;AC=17 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1349:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1379:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1448:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1566:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,860:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1278:. 0|0:45,0:45:80:.:.:0,80,1178:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1594:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1205:. 0|0:33,0:33:58:.:.:0,58,856:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,310:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1306:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1242:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1786:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1512:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1499:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1176:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1422:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:70:.:.:0,70,902:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1658:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1560:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1643:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1618:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1382,138,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1084:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1281:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1406:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1681:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1149:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1367:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1089:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1677:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1471:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1774:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,9:52:99:.:.:117,0,1053:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,15:125:99:.:.:109,0,2754:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1793:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,51:131:99:.:.:1091,0,1818:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:1,118:119:99:.:.:3444,329,0:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5032,507,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1535:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1614:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1314:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1742:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1210:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1751:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1480:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,228:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1677:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1306:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1435:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1406:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1284:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1253:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1635:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1470:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1342:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1591:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1404:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1728:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1664:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1169:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1279:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1211:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,396:. 1|0:124,28:152:99:.:.:357,0,3057:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:47,0:47:20:.:.:0,20,1086:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1647:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1607:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:125,16:141:46:.:.:46,0,3039:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,551:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1358:. 1|1:0,31:31:93:.:.:946,93,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,672:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1401:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:27,0:27:70:.:.:0,70,896:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1796:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1398:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:115 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:191,0:191:.:.:.:.:120 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:.:.:.:.:120 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:165,0:165:.:.:.:.:120 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1197:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:.:.:.:.:119 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:.:.:.:.:120 1|0:24,17:41:99:.:.:477,0,700:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:99,0:99:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:117 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:103 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:.:.:.:.:106 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:109 0|0:122,0:122:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:99 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,80:107:99:.:.:2396,0,483:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:.:.:.:.:118 1|1:9,185:194:99:.:.:6161,266,0:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:154,0:154:.:.:.:.:120 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:.:.:120 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:.:.:.:.:120 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:.:.:.:.:120 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1569:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1685:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1428:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,920:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,931:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1461:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1405:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,699:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,286:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,288:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 324380 . C T 372468 PASS FS=0.557;MQ=60.28;QD=21.54;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y670;SNPEFF_CODON_CHANGE=taC/taT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=MRE11;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0107800.1;SOR=0.626;VQSLOD=4.15;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;GQ_MEAN=138.05;GQ_STDDEV=153.49;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9999;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.411;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8538654;AF=0.016;AS_InbreedingCoeff=0.9999;MLEAC=83;MLEAF=0.016;AN=858;AC=43 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1349:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1448:. 0|0:64,0:64:32:.:.:0,32,1554:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1295:. 1|1:0,12:12:36:.:.:393,36,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1349:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1165,105,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1594:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1396:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1205:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,3:20:35:.:.:35,0,427:. 0|0:11,0:11:20:.:.:0,20,269:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1306:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1242:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1786:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1244:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1499:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1176:. 0|0:49,0:49:89:.:.:0,89,1225:. 0|1:18,35:53:99:.:.:933,0,322:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,84:110:99:.:.:2180,0,363:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1658:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,886:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:26:.:.:0,26,1683:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,127:128:99:.:.:3827,356,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1643:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1618:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:27,0:27:68:.:.:0,68,670:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1084:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,961:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1281:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1406:. 0|1:116,24:140:99:.:.:316,0,2718:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1681:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1149:. 0|1:32,35:67:99:.:.:859,0,691:. 0|0:57,0:57:43:.:.:0,43,1329:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1036:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1677:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1471:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1774:. 0|1:71,31:102:99:.:.:633,0,1646:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1108:. 1|1:12,109:121:53:.:.:3021,53,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:119,28:147:99:.:.:404,0,2800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,35:190:99:.:.:506,0,3724:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:2,241:243:99:.:.:7423,676,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:1,236:237:99:.:.:7353,686,0:. 0|1:48,106:154:99:.:.:2790,0,820:. 1|1:0,218:218:99:.:.:6735,655,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1793:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:133,35:168:99:.:.:580,0,3127:. 0|1:114,32:146:99:.:.:496,0,2607:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1535:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1614:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1314:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1742:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1751:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1480:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1897,180,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1677:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1306:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1435:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:53,18:71:99:.:.:340,0,1252:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1406:. 0|1:67,16:83:99:.:.:266,0,1614:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1284:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1253:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1635:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:27:.:.:0,27,2831:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:95:.:.:0,95,1572:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,15:107:99:.:.:137,0,2083:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1470:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1342:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,44:66:99:.:.:1201,0,381:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1404:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,52:68:99:.:.:1411,0,233:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1664:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1169:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1279:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3199,304,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1211:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3508,340,0:. 0|0:13,0:13:20:.:.:0,20,312:. 0|1:124,30:154:99:.:.:420,0,2874:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,13:101:99:.:.:118,0,2143:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1647:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1607:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1210:. 1|0:29,114:143:99:.:.:3031,0,328:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,898:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,854:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1796:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:115 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:191,0:191:.:.:.:.:120 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:.:.:.:.:120 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:165,0:165:.:.:.:.:120 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1197:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:.:.:.:.:119 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1522:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:.:.:8801,757,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:99,0:99:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:117 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:103 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:.:.:.:.:106 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:109 0|0:122,0:122:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:99 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:.:.:.:.:118 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:154,0:154:.:.:.:.:120 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:.:.:120 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1517:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:.:.:.:.:120 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:.:.:.:.:120 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1569:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1685:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1620:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3270,280,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1428:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,996:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,1081:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1461:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1405:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,467:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:13,0:13:2:.:.:0,2,368:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 326268 . A T 60494.3 PASS FS=0.591;MQ=60.93;QD=21.44;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.648;VQSLOD=3.81;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0072;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=198.36;GQ_STDDEV=343.86;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6327;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.21;culprit=MQ;set=snp;DP=4896135;AF=0.007825;AS_InbreedingCoeff=0.6327;MLEAC=39;MLEAF=0.007629;AN=844;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:106,0:106:99:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:0,117,1800:. 0|1:32,52:84:99:1392,0,743:. 0|0:60,0:60:99:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1221:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1800:. 0|1:22,22:44:99:547,0,580:. 0|0:19,0:19:57:0,57,549:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1202:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:72:0,72,773:. 0|0:31,0:31:61:0,61,843:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1250:. 0|0:64,0:64:99:0,117,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,625:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1294:. 0|0:57,0:57:99:0,117,1409:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:8,0:8:24:0,24,237:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1267:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1426:. 0|0:54,0:54:99:0,104,1415:. 0|0:74,0:74:99:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:149,0:149:99:0,105,1575:. 1|1:0,55:55:99:1632,165,0:. 1|0:84,29:113:99:553,0,2225:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:. 1|0:41,7:48:69:69,0,1096:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1297:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1415:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,99,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1099:. 0|0:15,0:15:36:0,36,540:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1425:. 0|0:57,0:57:99:0,104,1575:. 0|0:71,0:71:99:0,114,1800:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:74,0:74:99:0,117,1755:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1262:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1380:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1486:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,112,1584:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:0,84,1260:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1229:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:62:0,62,662:. 0|0:63,0:63:99:0,103,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,115,1386:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1345:. 0|0:31,0:31:87:0,87,1305:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:0,100,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,989:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,101,1610:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1127:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1221:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1183:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1241:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1094:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1047:. 0|0:50,0:50:99:0,115,1532:. 0|0:41,0:41:99:0,107,1186:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1425:. 0|0:98,0:98:99:0,114,1710:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1527:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1149:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,109,1755:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1748:. 0|0:149,0:149:99:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1512:. 0|0:75,0:75:99:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,117,1755:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:96:0,96,1161:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,112,1800:. 1|1:0,54:54:99:1648,162,0:. 0|0:138,0:138:99:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:0,117,1755:. 0|0:166,0:166:99:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 1|0:45,12:57:99:165,0,1349:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1286:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1165:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1285:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1570:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1340:. 1|0:13,59:72:99:1500,0,162:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,112,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1326:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,113,1466:. 0|0:91,0:91:99:0,119,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1250:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1383:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1012:. 1|1:0,48:48:99:1386,143,0:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:86,0:86:99:0,105,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1155:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1174:. 0|0:92,0:92:99:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1710:. 1|1:2,123:125:99:3649,317,0:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1298:. 0|0:67,0:67:99:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,108,1620:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1295:. 0|0:104,0:104:99:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,117,1413:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:69:0,69,1216:. 0|0:79,0:79:99:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:0,113,1748:. 0|0:86,0:86:99:0,111,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,110,1466:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1267:. 0|0:140,0:140:99:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1584:. 0|0:62,0:62:99:0,103,1724:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1232:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1208:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1184:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1237:. 0|0:90,0:90:99:0,101,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1119:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1468:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1001:. 0|0:82,0:82:99:0,113,1755:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1330:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1285:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1111:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1341:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1090:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,103,1109:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1098:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1298:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1102:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1121:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:88:0,88,1122:. 0|0:83,0:83:99:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1186:. 0|0:84,0:84:14:0,14,2108:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1495:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1052:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1035:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,113,1587:. 0|1:4,0:4:0:0,0,65:. 0|0:107,0:107:99:0,116,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,105,1665:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1233:. 0|0:102,0:102:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1235:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1124:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:66,0:66:99:0,105,1747:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|1:13,36:49:99:894,0,258:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:77,0:77:99:0,108,1620:. 0|1:68,9:77:40:40,0,1863:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1206:. 0|0:85,0:85:99:0,117,1755:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:30,0:30:77:0,77,818:. 0|0:24,0:24:66:0,66,791:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,650:. 0|0:23,0:23:35:0,35,746:. 0|0:25,0:25:66:0,66,990:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1370:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1199:. 0|0:23,0:23:66:0,66,787:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1284:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:1,0:1:3:0,3,30:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1225:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1214:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1286:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:63:0,63,755:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1333:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:16,0:16:48:0,48,562:. 0|0:37,0:37:86:0,86,1198:. 0|0:8,0:8:24:0,24,276:. 0|0:15,0:15:45:0,45,543:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1305:. 0|0:10,0:10:24:0,24,360:. 0|0:24,0:24:42:0,42,769:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:64:0,64,890:. 0|0:37,0:37:94:0,94,1314:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1105:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:11,0:11:33:0,33,372:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1174:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1252:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,100,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:18:0,18,270:. 0|0:2,0:2:6:0,6,60:. 0|0:27,0:27:.:.:78 0|0:38,0:38:87:0,87,1174:. 0|0:59,0:59:99:0,117,1755:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:.:.:106 0|0:46,0:46:99:0,117,1398:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:117 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:102 0|0:76,0:76:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1060:. 0|0:37,0:37:.:.:100 0|0:35,0:35:99:0,99,1158:. 0|0:103,0:103:99:0,102,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,108,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:0,101,1575:. 0|0:33,0:33:.:.:96 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:.:.:99 0|0:23,0:23:66:0,66,711:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1665:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:0,108,1665:. 0|0:20,0:20:.:.:60 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,117,1755:. 0|0:14,0:14:.:.:42 0|0:82,0:82:99:0,111,1665:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:83,0:83:99:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:.:.:100 0|0:49,0:49:99:0,113,1429:. 0|0:46,0:46:.:.:110 0|0:72,0:72:99:0,111,1665:. 0|0:182,0:182:.:.:120 0|0:56,0:56:99:0,101,1620:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:.:.:103 0|0:82,0:82:99:0,117,1755:. 0|0:27,0:27:56:0,56,797:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1633:. 0|0:5,0:5:.:.:15 0|0:76,0:76:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:.:.:108 0|0:65,0:65:99:0,99,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:111 0|0:39,0:39:.:.:99 0|0:37,0:37:99:0,108,1239:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:.:.:107 0|0:33,0:33:99:0,99,1019:. 0|0:35,0:35:.:.:99 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:0,104,1800:. 0|0:24,0:24:72:0,72,820:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:.:.:99 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:.:.:87 0|0:33,0:33:86:0,86,1118:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:60:0,60,663:. 0|0:17,0:17:51:0,51,570:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1392:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:28,0:28:81:0,81,911:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:22,0:22:66:0,66,744:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1230:. 0|0:30,0:30:90:0,90,982:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1345:. 1|1:2,55:57:99:1731,99,0:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1096:. 0|0:15,0:15:45:0,45,480:. 0|0:19,0:19:57:0,57,643:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:7,0:7:21:0,21,196:. 0|0:1,0:1:3:0,3,35:. 0|0:15,0:15:45:0,45,488:. 0|0:24,0:24:72:0,72,789:. 0|0:35,0:35:96:0,96,1440:. 0|0:2,0:2:6:0,6,64:. 0|0:24,0:24:72:0,72,715:. 0|0:31,0:31:93:0,93,928:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1330:. 0|0:29,0:29:87:0,87,975:. 0|0:20,0:20:60:0,60,676:. 0|0:21,0:21:60:0,60,785:. 0|0:30,0:30:90:0,90,963:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:28,0:28:84:0,84,937:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1226:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1195:. 0|0:12,0:12:36:0,36,434:. 1|0:3,0:3:6:0,6,90:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1277:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. Pf3D7_01_v3 327760 . C A 245247 PASS FS=0.59;MQ=59.29;QD=23.03;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.748;VQSLOD=3.68;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=166.25;GQ_STDDEV=269.29;HRun=0;InbreedingCoeff=0.463;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.217;culprit=FS;set=snp;DP=4353010;AF=0.017;AS_InbreedingCoeff=0.463;MLEAC=84;MLEAF=0.016;AN=850;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1075:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1072:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1608,150,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1302:. 1|1:1,69:70:99:.:.:2233,181,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1532:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1103:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1340:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1110:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1000:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1111:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1160:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1241:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:50:.:.:0,50,595:. 0|0:38,0:38:84:.:.:0,84,928:. 1|0:44,18:62:99:1|0:327653_GTTTTATTTTATTTTATTTTATTATATTTTTTATTA_G:624,0,1510:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,451:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,149:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1249:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1041:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1168:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1133:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1149:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:84:.:.:0,84,1132:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,738:. 0|0:52,0:52:39:.:.:0,39,1158:. 0|0:29,0:29:39:.:.:0,39,680:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1037:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1095:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,103,1107:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1688:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1642:. 0|0:35,0:35:62:.:.:0,62,893:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,825:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1058:. 0|0:32,0:32:95:.:.:0,95,836:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1247:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1246:. 0|0:45,0:45:70:.:.:0,70,1144:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1092:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1039:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1413:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,295:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1699:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1313:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,584:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1501:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,825:. 0|1:9,14:23:99:.:.:352,0,192:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1417:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,797:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1115:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,799:. 0|0:37,0:37:95:.:.:0,95,1006:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,909:. 0|0:33,0:33:61:.:.:0,61,851:. 0|0:26,0:26:14:.:.:0,14,557:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1062:. 0|0:39,0:39:76:.:.:0,76,983:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,771:. 0|1:4,25:29:28:.:.:626,0,28:. 0|0:40,0:40:82:.:.:0,82,1023:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1386:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1171:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1373:. 1|0:52,11:63:99:.:.:132,0,1890:. 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,790:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1029:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1447:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1786:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,4:76:99:.:.:0,110,1938:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1318:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1749:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1176:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,21:62:99:.:.:473,0,1170:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1430:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1525:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1467:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1223:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1375:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,115,1281:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1456:. 1|0:20,53:73:99:.:.:1260,0,623:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1247:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1325:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1698:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1562:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1379:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1255:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:327685_ATTATTTTATTTTATTTTATTTTATTATATTTTTTATTATT_A:2526,193,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,110,1131:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1059:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1319:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,813:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1486:. 0|0:63,0:63:94:.:.:0,94,1498:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,993:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1444:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1291:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1399:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:98,27:125:99:.:.:470,0,2430:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1196:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:327685_ATTATTTTATTTTATTTTATTTTATTATATTTTTTATTATT_A:2288,171,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1205:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1000:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1404:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1273:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,994:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1186:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:92:.:.:0,92,994:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1330:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,115,1095:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1071:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1417:. 0|0:39,0:39:79:.:.:0,79,954:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1157:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,920:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1294:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1547:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1520:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1386:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,501:. 0|0:74,0:74:91:.:.:0,91,1698:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1683:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,895:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,795:. 0|0:40,0:40:91:.:.:0,91,1022:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1188:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,772:. 0|0:35,0:35:86:.:.:0,86,880:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,871:. 0|0:37,0:37:65:.:.:0,65,865:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,988:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1385:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1255:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1451:. 0|0:42,0:42:79:.:.:0,79,1069:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,27:27:81:.:.:812,81,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1287:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1142:. 0|0:43,0:43:82:.:.:0,82,1018:. 1|1:2,41:43:77:.:.:1201,77,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1242:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,57:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1569:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1460:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1653:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,736:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,402:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1733:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:10:.:.:0,10,150:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,719:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1539:. 0|0:69,4:73:99:.:.:0,102,2101:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1138:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1669:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,295:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1036:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,613:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1470:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1213:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,824:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1362:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,548:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1491:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1256:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,203:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1199:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,929:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1327:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,570:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1323:. 0|0:46,0:46:90:.:.:0,90,1332:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,1107:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1263:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1114:. 0|0:38,0:38:98:.:.:0,98,1170:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,846:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1645:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,374:. 0|1:7,18:25:99:0|1:327690_TTTATTTTATTTTATTTTATTATATTTTTTA_T:626,0,174:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1243:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,958:. 0|0:37,0:37:95:.:.:0,95,1131:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1247:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,846:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1099:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1282:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,295:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,139:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:45 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1351:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:71 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:106 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:114 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:91:.:.:0,91,1255:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:81 0|0:39,0:39:28:.:.:0,28,1076:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:100 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1403:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:45 0|0:36,0:36:99:.:.:0,103,1247:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:60 0|0:83,0:83:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:36 0|0:105,0:105:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:63 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:112 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:45 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1486:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1552:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:81 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:114 0|0:33,0:33:.:.:.:.:83 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1239:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:71 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1690:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:74 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,940:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:77 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1612:. 0|0:26,0:26:.:.:.:.:56 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,1069:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,588:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1112:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1155:. 0|0:28,0:28:71:.:.:0,71,914:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1151:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1175:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1378:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1317:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,521:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,528:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:37,0:37:91:.:.:0,91,1144:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:73:.:.:0,73,895:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1525:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1569:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,509:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,829:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,608:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,717:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,142:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1214:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,165:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1430:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1524:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1488:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1043:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1170:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,817:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:68:.:.:0,68,1220:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1215:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,456:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,248:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. Pf3D7_01_v3 328008 . G C 1.68886e+06 PASS FS=0;MQ=60.12;QD=22.76;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.683;VQSLOD=7.58;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.67;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=28.57;GQ_MEAN=366.32;GQ_STDDEV=529.55;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7704;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.521;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=6292743;AF=0.145;AS_InbreedingCoeff=0.2987;MLEAC=748;MLEAF=0.144;AN=854;AC=186 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:42,62:104:99:.:.:1509,0,871:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:62,14:76:99:.:.:189,0,1438:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,1922:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1699,176,0:. 1|1:7,84:91:73:.:.:2185,73,0:. 1|1:1,79:80:99:.:.:2301,217,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:83:.:.:0,83,1395:. 1|1:1,89:90:99:.:.:2514,244,0:. 0|1:20,50:70:99:.:.:1251,0,345:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1404:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:92:.:.:0,92,1097:. 0|1:1,3:4:19:.:.:77,0,19:. 0|1:3,26:29:3:.:.:665,0,3:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,782:. 0|1:55,10:65:75:.:.:75,0,1324:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1526:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,858:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,764:. 1|0:51,26:77:99:.:.:448,0,1113:. 1|1:0,10:10:30:.:.:284,30,0:. 1|1:0,9:9:26:.:.:216,26,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1397:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1219:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,69:91:99:.:.:1642,0,313:. 0|1:36,16:52:99:.:.:306,0,778:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1576:. 0|1:85,34:119:99:.:.:594,0,1929:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1260:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1208:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,50:91:99:.:.:1136,0,833:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:56,57:113:99:.:.:1258,0,1122:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3117,341,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,11:52:99:.:.:146,0,906:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,739:. 1|0:52,10:62:99:.:.:106,0,1186:. 0|1:28,16:44:99:.:.:312,0,612:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,9:16:99:.:.:211,0,148:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1371:. 1|1:3,53:56:81:.:.:1310,81,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1286:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1172:. 1|0:48,9:57:91:1|0:328003_T_A:91,0,1121:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1354:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2941,315,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,723:. 1|0:68,12:80:84:.:.:84,0,1610:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1522:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:69,0:69:83:.:.:0,83,1656:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:36:.:.:0,36,946:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:91:.:.:0,91,1035:. 0|1:47,44:91:99:.:.:890,0,965:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1161:. 0|0:49,0:49:42:.:.:0,42,1084:. 1|1:0,31:31:93:.:.:848,93,0:. 0|1:14,26:40:99:.:.:612,0,268:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1028:. 1|1:2,51:53:99:.:.:1342,104,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1470:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1162:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:28:.:.:0,28,1446:. 0|1:60,15:75:99:.:.:144,0,1375:. 0|1:14,15:29:99:.:.:342,0,257:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1627:. 0|0:82,0:82:24:.:.:0,24,1784:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,91:96:99:.:.:2364,148,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:2:.:.:0,2,1601:. 0|1:15,111:126:34:.:.:2616,0,34:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,169:175:99:.:.:4621,359,0:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,2351:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3312,363,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,212:213:99:.:.:5759,606,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1328:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,137:138:99:.:.:3799,384,0:. 0|0:96,0:96:71:.:.:0,71,2132:. 0|1:73,126:199:99:.:.:2860,0,1256:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,60:104:99:.:.:1361,0,879:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1117:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3284,370,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:13:.:.:0,13,2412:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:.:.:3723,413,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:3859,434,0:. 1|0:64,21:85:99:.:.:333,0,1524:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:3934,432,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,24:88:99:.:.:418,0,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2955,320,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,59:63:71:.:.:1525,71,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1060:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1355,144,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,895:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1779:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,20:61:99:.:.:347,0,881:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3232,359,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1776:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2312,249,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1617:. 0|1:15,59:74:99:.:.:1427,0,175:. 1|1:11,131:142:99:.:.:3412,149,0:. 0|1:86,29:115:99:.:.:425,0,1893:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,298:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1788,195,0:. 0|1:44,28:72:99:.:.:559,0,916:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,60:98:99:.:.:1316,0,734:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1359:. 0|0:98,0:98:90:.:.:0,90,2248:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1563:. 0|1:9,41:50:99:.:.:996,0,100:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,61:96:99:.:.:1400,0,656:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:74,12:86:74:.:.:74,0,1720:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1165:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1179:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1158:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1056:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1364:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,38:101:99:.:.:705,0,1326:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1718:. 1|0:40,7:47:35:.:.:35,0,906:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,24:50:99:.:.:525,0,562:. 1|0:47,18:65:99:.:.:261,0,1040:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1290:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1698:. 1|0:71,10:81:27:.:.:27,0,1624:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:79:.:.:0,79,1142:. 0|1:23,63:86:99:.:.:1433,0,342:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1029:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,35:42:65:.:.:803,0,65:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1670,186,0:. 0|0:52,0:52:51:.:.:0,51,1136:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1412,153,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1364:. 0|1:61,10:71:67:.:.:67,0,1343:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1159:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,878:. 0|1:16,65:81:99:.:.:1600,0,211:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1161:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1316:. 1|1:1,50:51:99:.:.:1358,127,0:. 0|1:36,88:124:99:.:.:2092,0,598:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2243,246,0:. 1|0:1,4:5:15:.:.:95,0,15:. 0|0:135,0:135:44:.:.:0,44,2959:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,16:86:99:.:.:184,0,1631:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,11:53:99:.:.:148,0,973:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1760:. 1|0:73,166:239:99:.:.:3982,0,1307:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,161:164:99:.:.:4342,408,0:. 1|0:7,12:19:99:.:.:261,0,133:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:75,34:109:99:.:.:581,0,1642:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1421:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,5:11:99:.:.:109,0,139:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1259:. 1|1:0,29:29:87:.:.:796,87,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:45:.:.:0,45,621:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1739,153,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1303:. 0|1:29,48:77:99:.:.:1461,0,727:. 0|1:3,18:21:45:.:.:528,0,45:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,31:70:99:.:.:848,0,1098:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1921,183,0:. 1|1:4,65:69:69:.:.:2021,69,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,161:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1724:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1275:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:48,18:66:99:.:.:416,0,1428:. 1|1:0,28:28:84:.:.:936,84,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:673,60,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:37,0:37:42:.:.:0,42,1014:. 0|0:54,0:54:41:.:.:0,41,1586:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1140:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2525,223,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2334,210,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6824,619,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:357,33,0:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:25,0:25:53:.:.:0,53,712:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1418:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4033,366,0:. 1|1:1,150:151:99:.:.:4854,420,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:11,74:85:99:.:.:2151,0,111:. 1|1:2,146:148:99:.:.:4664,376,0:. 1|1:3,156:159:99:.:.:4821,390,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1141:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1444:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,69:70:99:.:.:2254,177,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4555,423,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,143:164:99:.:.:4185,0,183:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:1,85:86:99:.:.:2664,222,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1203:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,1002:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6000,569,0:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6339,588,0:. 1|0:140,21:161:99:.:.:216,0,3989:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1242:. 1|1:2,127:129:99:.:.:4133,338,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,527:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,133:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:55,39:94:99:.:.:968,0,1430:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,818:. 1|0:108,73:181:99:.:.:1694,0,2861:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,121:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,2184:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1128:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1133:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1151,110,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1266:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1425,129,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1321,129,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1296:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2596,246,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,599:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,29:29:87:.:.:902,87,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,181:. 1|1:1,101:102:99:.:.:3149,296,0:. 0|1:46,46:92:99:.:.:1178,0,1199:. 1|0:76,57:133:99:.:.:1333,0,1975:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:47,40:87:99:.:.:1018,0,1287:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3283,315,0:. 0|1:54,13:67:99:.:.:201,0,1502:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1575:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1532,138,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1442:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,409:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4360,393,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 330921 . A G 521687 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=20.69;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N62D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aac/Gac;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108100.1;SOR=0.656;VQSLOD=5.28;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1897;FractionInformativeReads=0.993;GC=33.33;GQ_MEAN=126.75;GQ_STDDEV=66.22;HRun=0;InbreedingCoeff=0.3481;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.488;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6697858;AF=0.019;AS_InbreedingCoeff=0.5292;MLEAC=101;MLEAF=0.019;AN=858;AC=37 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1616:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1320:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1527:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1204:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1371:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1781:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1440:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1444:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1510:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1237:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1134:. 1|1:0,177:177:99:.:.:4687,528,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,113,1227:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:12,0:12:11:.:.:0,11,325:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1210:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1424:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1264:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,115,1471:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1344:. 0|1:23,24:47:99:.:.:452,0,558:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1077:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,908:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1412:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1461:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1312:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,669:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1656:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1202:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1348:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1398:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1127:. 0|1:79,21:100:99:.:.:275,0,2116:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1173:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1540:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1376:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1175:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1113:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1174:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1303:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1201:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1038:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1729:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1569:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1504:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1764:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,112,1623:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1719:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1757:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1288:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1534:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1448:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1472:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1231:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,961:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1271:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1320:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1770:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,108:111:99:.:.:2791,237,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1528:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1392:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,425:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1216:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1540:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1407:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1504:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1245:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1495:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1191:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,104,1061:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1272:. 1|1:1,97:98:99:.:.:2530,261,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1124:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1394:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,994:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1327:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1435:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1313:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1488:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1024:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1410:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1160:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1080:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1456:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1255:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1268:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1300:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,296:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,27:107:99:.:.:409,0,2105:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1782:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:13:.:.:0,13,1169:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1413:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1507:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1494:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1347:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1736:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:4092,369,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1450:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1706:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1070:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1518:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1525:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1371:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,136:187:99:.:.:3929,0,1267:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1342:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1324:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1417:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,573:. 1|1:5,109:114:99:.:.:3142,184,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1362:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1373:. 1|1:4,477:481:99:.:.:14507,1303,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:219,35:254:99:.:.:313,0,6789:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1667:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,118,1520:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1375:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,207:209:99:.:.:6609,552,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,174:191:16:.:.:5087,0,16:. 0|1:100,94:194:99:.:.:2263,0,2732:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1322:. 1|1:12,255:267:99:.:.:7855,376,0:. 0|1:63,26:89:99:.:.:526,0,1775:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1614:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1750:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:25,201:226:99:.:.:5586,0,198:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:107,110:217:99:.:.:2869,0,2983:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1513:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,35:38:14:.:.:966,14,0:. 1|0:45,237:282:99:.:.:6591,0,731:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,56:140:99:.:.:1317,0,2519:. 1|0:20,206:226:9:.:.:6063,0,9:. 0|0:200,0:200:38:.:.:0,38,5546:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:196,218:414:99:.:.:5522,0,5426:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1677:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1316:. 0|1:69,75:144:99:.:.:1981,0,1897:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1461:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:.:.:7310,679,0:. 1|1:0,213:213:99:.:.:6891,640,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1243:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1311:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1496:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1321:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1567:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1391:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1352:. Pf3D7_01_v3 331563 . C G 430484 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=21.6;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q276E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Caa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108100.1;SOR=0.708;VQSLOD=7.26;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.01;FractionInformativeReads=0;GC=33.33;NCC=0;InbreedingCoeff=0;BaseQRankSum=1.64;GQ_MEAN=222.09;GQ_STDDEV=460.31;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-1.208;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=6540297;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=-0.0485;MLEAC=131;MLEAF=0.025;AN=858;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1240:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:19,34:53:99:.:.:819,0,388:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1371:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1167:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:86:.:.:0,86,1102:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1134:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,915:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,362:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1376:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1354:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1424:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1609:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1344:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1077:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1650:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1461:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1375:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1312:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:13,12:25:99:.:.:271,0,287:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1656:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1202:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,975:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1173:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1540:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,952:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1331:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1083:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1201:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1396:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,97:131:99:.:.:2327,0,554:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1504:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1764:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,112,1623:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:1,172:173:99:.:.:4666,489,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,45:171:99:.:.:717,0,2981:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1288:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,35:126:99:.:.:619,0,2066:. 0|1:103,30:133:99:.:.:421,0,2359:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1271:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1320:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1770:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1479:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1528:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1392:. 0|0:111,0:111:78:.:.:0,78,2606:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1216:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1540:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1245:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1495:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1191:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,104,1061:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1272:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1639:. 0|1:36,136:172:99:.:.:3144,0,453:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1124:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1394:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1697:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1327:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1761:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1313:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:7,74:81:46:.:.:1884,46,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1141:. 1|0:58,12:70:99:.:.:118,0,1343:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1293:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1671:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1137:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1080:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1456:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1255:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1179:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1300:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,135:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,22:131:99:.:.:244,0,2625:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1782:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,43:61:99:.:.:1040,0,306:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1413:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1507:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1494:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1744:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1347:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,578:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1706:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1518:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1525:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1480:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1371:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1367:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1173:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1362:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1373:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1667:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,118,1520:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,46:149:99:.:.:1098,0,3005:. 1|0:62,21:83:99:.:.:442,0,1676:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1322:. 1|0:59,180:239:99:.:.:5300,0,1170:. 0|1:26,10:36:99:.:.:218,0,744:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1750:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:61,131:192:99:.:.:3696,0,1433:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1513:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,651:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,30:73:99:.:.:791,0,1168:. 0|1:22,196:218:49:.:.:5959,0,49:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:115,89:204:99:.:.:2304,0,2969:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1677:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1447:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1461:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,761:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1567:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1352:. Pf3D7_01_v3 331934 . A G 1.70286e+06 PASS FS=0;MQ=60.1;QD=20.54;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S399;SNPEFF_CODON_CHANGE=tcA/tcG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108100;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108100.1;SOR=0.71;VQSLOD=5.67;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=157.83;GQ_STDDEV=162.73;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7991;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.287;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7845538;AF=0.064;AS_InbreedingCoeff=0.5998;MLEAC=328;MLEAF=0.063;AN=858;AC=122 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1406:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1267:. 0|1:22,36:58:99:.:.:799,0,519:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,42:43:98:.:.:1164,98,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1459:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1671,179,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1404:. 1|0:6,35:41:72:.:.:814,0,72:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1463:. 1|0:17,19:36:99:.:.:449,0,430:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,845:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,963:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1673:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1134:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,997:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2033,219,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1253:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1424:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1315:. 1|0:253,82:335:99:.:.:1243,0,6707:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1373:. 0|0:154,0:154:66:.:.:0,66,3886:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1344:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1179:. 0|1:8,52:60:45:.:.:1174,0,45:. 1|1:0,74:74:99:.:.:1778,217,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1650:. 0|1:77,67:144:99:.:.:1384,0,1867:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1375:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:49,27:76:99:.:.:530,0,1209:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:7,89:96:88:.:.:2180,88,0:. 1|0:203,50:253:99:.:.:637,0,5299:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1202:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,58:69:99:.:.:1329,0,118:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:89:.:.:0,89,1721:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2546,279,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1102,123,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1114:. 1|1:0,109:109:99:.:.:2936,325,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,2355:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,85:101:99:.:.:2015,0,176:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1124:. 0|1:38,34:72:99:.:.:677,0,921:. 0|1:19,37:56:99:.:.:750,0,395:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1191:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1201:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1396:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1460:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3416,382,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1504:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1764:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:66,61:127:99:.:.:1247,0,1624:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,33:152:99:.:.:428,0,3154:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:81:.:.:0,81,3179:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,36:151:99:.:.:516,0,3041:. 0|1:85,41:126:99:.:.:722,0,2184:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,116:123:99:.:.:2770,151,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,104:144:99:.:.:2421,0,778:. 0|1:62,116:178:99:.:.:2525,0,1358:. 1|0:65,114:179:99:.:.:2431,0,1341:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,187:191:99:.:.:4716,447,0:. 0|1:57,10:67:63:.:.:63,0,1536:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1320:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1770:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1479:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,134:135:99:.:.:3469,370,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1528:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:2:.:.:0,2,3536:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,44:174:99:.:.:629,0,3405:. 0|0:165,0:165:64:.:.:0,64,4047:. 1|1:0,171:171:99:.:.:4628,511,0:. 1|0:5,7:12:99:.:.:163,0,121:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1216:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1540:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,26:148:99:.:.:226,0,3189:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,70:97:99:.:.:1587,0,541:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1245:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1495:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1191:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4390,480,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:.:.:6129,671,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,104,1061:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1272:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1639:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1124:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1394:. 0|1:49,9:58:78:.:.:78,0,1305:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1327:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1761:. 0|1:45,40:85:99:.:.:822,0,1085:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,20:81:99:.:.:298,0,1595:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:35:.:.:0,35,1512:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1694,191,0:. 0|1:10,51:61:99:.:.:1173,0,129:. 1|0:75,35:110:99:.:.:603,0,1914:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1434:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1671:. 0|1:50,17:67:99:.:.:241,0,1291:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1080:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1889,210,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1255:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2347,267,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1300:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,128:. 0|1:171,28:199:99:.:.:165,0,4520:. 0|1:61,46:107:99:.:.:925,0,1549:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1782:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:48,65:113:99:.:.:1408,0,1095:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1268:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1413:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1507:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:50,0:50:97:.:.:0,97,1386:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1494:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1744:. 1|0:70,41:111:99:.:.:769,0,1748:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:79:.:.:0,79,1022:. 1|1:0,187:187:99:.:.:6306,562,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1706:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 1|1:1,175:176:99:.:.:5710,492,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:5011,448,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1518:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:2,184:186:99:.:.:6098,512,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1480:. 1|0:151,17:168:57:.:.:57,0,4800:. 1|1:0,179:179:99:.:.:6029,538,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,43:181:99:.:.:903,0,4305:. 1|1:0,222:222:99:.:.:7479,668,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:7,133:140:99:.:.:4270,200,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2592,235,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5641,508,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6270,571,0:. 1|1:1,230:231:99:.:.:7371,656,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1362:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1373:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:2,469:471:99:.:.:14708,1351,0:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4914,456,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:.:.:6305,582,0:. 1|1:5,240:245:99:.:.:7515,557,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1667:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,118,1520:. 1|0:203,210:413:99:.:.:5494,0,5659:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1482:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1322:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1643:. 1|0:51,255:306:99:.:.:7235,0,886:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1750:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1513:. 1|0:109,62:171:99:.:.:1460,0,3311:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1088:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:74:.:.:0,74,3119:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1677:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1447:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1461:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:23,114:137:99:.:.:3375,0,396:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1176:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,154:154:99:.:.:5029,462,0:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4696,439,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:.:.:7571,698,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1329:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3030,280,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2448,228,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,693:. 1|1:0,269:269:99:.:.:8886,808,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,701:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1567:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4856,463,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:143,20:163:99:.:.:182,0,4556:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:323,176:499:99:.:.:4342,0,9851:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1416:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1352:. Pf3D7_01_v3 332415 . A G 912924 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=22.44;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K560E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aaa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108100.1;SOR=0.7;VQSLOD=7.72;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.05;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=126.41;GQ_STDDEV=91.81;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7529;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.507;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8088693;AF=0.045;AS_InbreedingCoeff=0.4153;MLEAC=234;MLEAF=0.044;AN=856;AC=27 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1439:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1465:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1225:. 0|0:32,0:32:93:0,93,1036:. 0|0:26,0:26:63:0,63,945:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1459:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1510:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1324:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1217:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:72:0,72,810:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:32,0:32:78:0,78,1170:. 0|1:1,7:8:9:184,0,9:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:69:0,69,1025:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1243:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1673:. 0|0:69,0:69:99:0,113,1771:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1069:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:75,0:75:99:0,119,1800:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:4,0:4:12:0,12,105:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1391:. 0|0:56,0:56:99:0,113,1441:. 0|0:53,0:53:99:0,116,1424:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1315:. 0|0:284,0:284:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1373:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1344:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1410:. 0|0:43,0:43:99:0,109,1250:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,113,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,113,1375:. 0|0:28,0:28:81:0,81,857:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:99:0,113,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,791:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1274:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,108,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1071:. 0|0:71,0:71:99:0,116,1800:. 1|0:103,20:123:99:222,0,2794:. 1|0:66,17:83:99:252,0,1781:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1102:. 0|0:61,0:61:99:0,114,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1110:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1052:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1755:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1112:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1200:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1316:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1191:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1201:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1396:. 0|0:51,0:51:99:0,116,1460:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1272:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1123:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1504:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,107,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,119,1764:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,106,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,112,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,112,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 1|1:3,229:232:99:6321,626,0:. 0|0:67,0:67:99:0,100,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 1|0:96,21:117:99:209,0,2635:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,103,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|1:80,76:156:99:1643,0,1897:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,109,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,100,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1307:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 1|0:69,59:128:99:1251,0,1633:. 0|0:67,0:67:99:0,118,1770:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1479:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,109,1528:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:0,24,360:. 0|0:38,0:38:99:0,104,1216:. 0|0:91,0:91:99:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,111,1540:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 1|0:10,82:92:23:2036,0,23:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1245:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,110,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1495:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1191:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,104,1061:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1272:. 0|0:51,0:51:99:0,118,1639:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,115,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|1:89,23:112:99:290,0,2392:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1394:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1327:. 0|0:52,0:52:99:0,110,1761:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1483:. 1|0:44,151:195:99:3461,0,689:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1084:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1434:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1671:. 0|0:49,0:49:99:0,109,1200:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1080:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,107,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1255:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1434:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1160:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1253:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1274:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1300:. 0|0:7,0:7:21:0,21,199:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,116,1782:. 0|0:92,0:92:99:0,112,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1268:. 1|1:0,34:34:99:967,102,0:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1413:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1507:. 0|0:105,0:105:99:0,109,1800:. 0|0:25,0:25:54:0,54,685:. 0|0:40,0:40:99:0,117,1183:. 1|0:31,113:144:99:2678,0,482:. 0|0:51,0:51:99:0,110,1494:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1744:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:0,48,468:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1188:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 1|0:125,56:181:99:1416,0,3912:. 1|0:89,75:164:99:2176,0,2718:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1706:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|1:85,126:211:99:3793,0,2331:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 1|1:1,212:213:99:7383,605,0:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1518:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1480:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,112,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:6383,553,0:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,119,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 1|0:29,29:58:99:831,0,873:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1458:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,106,1362:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1373:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,106,1800:. 0|0:289,0:289:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1187:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1226:. 0|0:96,0:96:99:0,111,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1667:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,106,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,118,1520:. 0|1:180,175:355:99:4516,0,4922:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1482:. 0|0:60,0:60:99:0,119,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,100,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,112,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,106,1322:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1643:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1750:. 0|0:64,0:64:99:0,109,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1513:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:96:0,96,1440:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,119,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1218:. 0|0:329,0:329:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1677:. 0|0:78,0:78:99:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1447:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1461:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 1|1:0,224:224:99:7263,673,0:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1176:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1380:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:0,81,963:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1567:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1710:. 0|0:427,0:427:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1360:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,103,1800:. 1|1:0,50:50:99:1706,150,0:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:77,0:77:99:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1352:. Pf3D7_01_v3 338675 . G A 166324 PASS FS=0;MQ=59.96;QD=21.61;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S503N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGt/aAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=ARP;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108300.1;SOR=0.721;VQSLOD=5.75;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.59;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=118.97;GQ_STDDEV=46.73;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9461;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.988;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=8190174;AF=0.004751;AS_InbreedingCoeff=0.9461;MLEAC=25;MLEAF=0.004751;AN=858;AC=1 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:49,0:49:99:0,115,1529:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1447:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1294:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1116:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1262:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:55,0:55:99:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:90:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1360:. 0|0:30,0:30:58:0,58,816:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1196:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1179:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:75:0,75,1125:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1334:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1291:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1229:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:0,48,446:. 0|0:5,0:5:15:0,15,141:. 0|0:62,0:62:99:0,111,1658:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1402:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1349:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1046:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1261:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1065:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1492:. 0|0:114,0:114:99:0,105,1575:. 0|0:139,0:139:99:0,104,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1109:. 0|0:65,0:65:99:0,109,1709:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1460:. 0|0:58,0:58:99:0,117,1800:. 1|0:18,5:23:85:85,0,426:. 0|0:75,0:75:99:0,103,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,118,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,111,1665:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,923:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1146:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1265:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1007:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1159:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1356:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1232:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1552:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1724:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,119,1287:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,100,1498:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1424:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,108,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,117,1755:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,102,1530:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,117,1755:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,114,1710:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:. 0|0:114,0:114:99:0,108,1620:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,118,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,119,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,111,1665:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,103,1710:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,104,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,106,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1240:. 0|0:114,0:114:99:0,111,1665:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:0,27,246:. 0|0:81,0:81:99:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:0,100,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,103,1656:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,114,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,117,1755:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,105,1575:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,117,1755:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1604:. 0|0:45,0:45:99:0,110,1391:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:0,118,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1185:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1188:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1311:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,113,1279:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1006:. 0|0:114,0:114:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1115:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:5,0:5:15:0,15,144:. 0|0:112,0:112:99:0,108,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,102,1530:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1226:. 0|0:83,0:83:99:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1184:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1089:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:0,106,1665:. 0|0:65,0:65:99:0,111,1665:. 0|0:77,0:77:99:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,116,1737:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,107,1665:. 0|0:73,0:73:99:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,101,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1165:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1336:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1439:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:0,118,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,99,1485:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:66:0,66,990:. 0|0:36,0:36:.:.:99 0|0:49,0:49:99:0,117,1722:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,112,1800:. 0|0:145,0:145:.:.:120 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:0,103,1665:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:.:.:117 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:.:.:99 0|0:44,0:44:99:0,103,1485:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1665:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,100,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:99 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:108 0|0:35,0:35:99:0,99,1196:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,112,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,109,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:107 0|0:108,0:108:99:0,114,1710:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:101 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:102 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:.:.:115 0|0:80,0:80:99:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:.:.:120 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:.:.:120 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:102 0|0:80,0:80:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,103,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:.:.:99 0|0:165,0:165:99:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:.:.:107 0|0:84,0:84:99:0,119,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:120 0|0:117,0:117:.:.:120 0|0:53,0:53:99:0,111,1665:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:120 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:.:.:105 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:.:.:100 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:99 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1488:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1710:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1569:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:75:0,75,1028:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,119,1647:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:0,39,453:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,116,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1755:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:0,111,1665:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,101,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1385:. 0|0:27,0:27:81:0,81,900:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 339432 . G A 283166 PASS FS=0;MQ=53.9;QD=27.41;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E755;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaG/gaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=ARP;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108300.1;SOR=0.67;VQSLOD=6.76;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=124.05;GQ_STDDEV=58.64;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8543;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.546;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9933658;AF=0.009119;AS_InbreedingCoeff=-0.0223;MLEAC=47;MLEAF=0.008929;AN=858;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1535:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1200:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:66:.:.:0,66,990:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1476:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1458:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1192:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1319:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,827:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1726:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1531:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1362:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1331:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1503:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1675:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1436:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1388:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1177:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1339:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,956:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,958:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1224:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1661:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1040:. 1|0:40,32:72:99:0|1:339432_G_A:1213,0,1591:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1222:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1372:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1375:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1783:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1124:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,17:114:99:0|1:339360_A_G:461,0,4061:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1751:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1433:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1434:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,249:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1718:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1137:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1193:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1418:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1510:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1787:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1383:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:12,103:115:78:0|1:339432_G_A:3246,0,78:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:143,140:283:99:.:.:3908,0,3921:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1584:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1548:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1267:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1300:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1235:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,206:237:99:.:.:6233,0,510:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1299:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1528:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:339432_G_A:3730,256,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1322:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1525:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1273:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,714:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 339436 . A G 1.86139e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=29.54;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I757V;SNPEFF_CODON_CHANGE=Att/Gtt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=ARP;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108300.1;SOR=0.721;VQSLOD=9.6;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.987;GC=14.29;GQ_MEAN=453.54;GQ_STDDEV=554.81;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7117;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.087;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14580885;AF=0.727;AS_InbreedingCoeff=0.3476;MLEAC=3838;MLEAF=0.731;AN=858;AC=544 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:35,17:52:99:.:.:322,0,978:. 1|1:1,60:61:99:.:.:1729,173,0:. 1|0:22,37:59:99:.:.:895,0,536:. 1|1:1,70:71:99:.:.:1969,180,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1297:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1230,126,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:905,93,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1314,135,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1458:. 1|0:11,26:37:99:.:.:622,0,251:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1223,131,0:. 0|1:15,17:32:99:.:.:394,0,395:. 0|0:41,0:41:7:.:.:0,7,1045:. 0|1:7,20:27:99:.:.:482,0,146:. 1|1:0,23:23:69:.:.:685,69,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:181,18,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:717,72,0:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1093,119,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2294,245,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1805,194,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:5990,661,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1780,194,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1151:. 1|0:14,105:119:80:.:.:2441,0,80:. 1|0:15,4:19:54:.:.:54,0,412:. 1|1:0,12:12:36:.:.:338,36,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1385,149,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1777,189,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3200,348,0:. 1|0:20,99:119:99:.:.:2427,0,272:. 1|0:8,39:47:99:.:.:935,0,111:. 1|1:0,343:343:99:.:.:9356,1027,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1941,201,0:. 1|0:41,108:149:99:.:.:2576,0,835:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1511,167,0:. 0|1:14,55:69:99:.:.:1249,0,209:. 1|0:56,14:70:99:.:.:148,0,1507:. 1|1:7,101:108:99:.:.:2575,105,0:. 1|0:55,54:109:99:.:.:1176,0,1348:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2410,260,0:. 1|0:126,87:213:99:.:.:1702,0,3228:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4704,526,0:. 0|1:36,82:118:99:.:.:1922,0,739:. 0|1:41,35:76:99:.:.:727,0,1070:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1033,111,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3097,333,0:. 0|1:11,70:81:81:.:.:1645,0,81:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2484,251,0:. 0|1:18,8:26:99:.:.:148,0,487:. 1|1:1,122:123:99:.:.:3433,359,0:. 1|0:91,156:247:99:.:.:3655,0,2097:. 0|0:122,0:122:84:.:.:0,84,3173:. 1|1:2,73:75:99:.:.:1964,163,0:. 0|1:26,68:94:99:.:.:1613,0,513:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2208,239,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1954,213,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2325,255,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2678,292,0:. 1|1:6,97:103:99:.:.:2480,130,0:. 1|1:1,151:152:99:.:.:4210,425,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1272,146,0:. 1|0:70,32:102:99:.:.:599,0,1845:. 0|1:46,73:119:99:.:.:1673,0,1067:. 0|1:22,72:94:99:.:.:1763,0,418:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1189,132,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2359,256,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1706,194,0:. 0|0:29,0:29:59:.:.:0,59,835:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2740,299,0:. 0|0:60,0:60:94:.:.:0,94,1714:. 1|1:0,183:183:99:.:.:4970,549,0:. 1|1:3,90:93:99:.:.:2385,183,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1818,210,0:. 1|0:42,32:74:99:0|1:339432_G_A:1211,0,1641:. 1|0:18,58:76:99:.:.:1355,0,335:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1246,135,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1411,150,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3070,333,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:.:.:3933,426,0:. 0|0:136,0:136:32:.:.:0,32,3387:. 1|0:52,7:59:19:.:.:19,0,1474:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3505,393,0:. 0|1:79,35:114:99:.:.:638,0,2084:. 1|0:95,29:124:99:.:.:436,0,2573:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,102:106:99:.:.:2653,190,0:. 1|0:51,43:94:99:.:.:916,0,1266:. 1|1:3,84:87:99:.:.:2180,170,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4797,528,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:197,28:225:99:.:.:100,0,5342:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3608,396,0:. 1|1:11,104:115:18:.:.:2500,18,0:. 0|1:125,35:160:99:.:.:504,0,3354:. 1|0:60,81:141:99:.:.:1753,0,1471:. 0|1:49,194:243:99:.:.:4613,0,794:. 1|0:74,89:163:99:.:.:1960,0,1786:. 1|1:7,190:197:99:.:.:5043,359,0:. 1|1:0,181:181:99:.:.:4984,543,0:. 1|1:0,172:172:99:.:.:4660,515,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:.:.:5546,619,0:. 1|0:47,139:186:99:.:.:3224,0,873:. 1|1:0,232:232:99:.:.:6345,693,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,103:164:99:.:.:2244,0,1377:. 1|1:2,255:257:99:.:.:7032,721,0:. 0|1:55,92:147:99:.:.:2057,0,1185:. 1|0:94,121:215:99:.:.:2670,0,2168:. 0|1:31,119:150:99:.:.:2891,0,520:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5389,581,0:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5256,569,0:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3010,338,0:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4118,456,0:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4480,497,0:. 1|1:1,174:175:99:.:.:4637,494,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,101:172:99:.:.:2182,0,1659:. 1|1:0,186:186:99:.:.:5006,558,0:. 1|0:97,46:143:99:.:.:834,0,2585:. 1|1:1,140:141:99:.:.:3811,392,0:. 0|1:91,18:109:99:.:.:149,0,2618:. 1|1:0,181:181:99:.:.:4899,543,0:. 1|1:0,206:206:99:.:.:5635,618,0:. 1|1:10,136:146:99:.:.:3310,142,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,25:163:99:.:.:188,0,3809:. 1|0:176,32:208:99:.:.:208,0,4652:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5159,570,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1751:. 0|1:40,137:177:99:.:.:3241,0,683:. 1|1:1,206:207:99:.:.:5595,587,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:6437,703,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2751,308,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2772,307,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1433:. 1|1:2,235:237:99:.:.:6132,650,0:. 1|0:25,42:67:99:.:.:944,0,598:. 0|1:77,64:141:99:.:.:1349,0,1913:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3292,363,0:. 0|1:54,46:100:99:.:.:934,0,1318:. 1|1:1,244:245:99:.:.:6408,723,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:3965,432,0:. 1|1:4,131:135:99:.:.:3477,292,0:. 1|1:8,123:131:99:.:.:3202,135,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,41:144:99:.:.:725,0,2784:. 1|0:45,44:89:99:.:.:950,0,1135:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,89:174:99:.:.:1902,0,2093:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,9:9:27:.:.:250,27,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2838,314,0:. 1|1:5,161:166:99:.:.:4422,378,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2510,279,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2313,251,0:. 0|1:38,64:102:99:.:.:1418,0,871:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,134:167:99:.:.:3098,0,520:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,81:134:99:.:.:1808,0,1231:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,64:81:99:.:.:1557,0,280:. 0|1:16,47:63:99:.:.:1105,0,306:. 1|0:27,74:101:99:.:.:1723,0,553:. 1|1:8,125:133:99:.:.:3198,160,0:. 1|0:18,166:184:21:.:.:4094,0,21:. 1|0:33,77:110:99:.:.:1817,0,723:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:.:.:4493,491,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:1,135:136:99:.:.:3623,376,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,106:107:99:.:.:2847,289,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:.:.:5951,662,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3099,333,0:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1801,166,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2231,243,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:172,35:207:99:.:.:314,0,4644:. 0|1:36,64:100:99:.:.:1353,0,800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:1,114:115:99:.:.:3103,312,0:. 0|1:47,81:128:99:.:.:1768,0,1084:. 0|1:22,95:117:99:.:.:2224,0,328:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1568,176,0:. 1|1:1,62:63:99:.:.:1645,156,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,76:109:99:.:.:1698,0,668:. 1|1:1,97:98:99:.:.:2648,262,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:3984,439,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2253,246,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5013,534,0:. 1|0:57,121:178:99:.:.:2792,0,1229:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:49,22:71:99:.:.:400,0,1254:. 1|1:8,168:176:99:.:.:4192,280,0:. 0|0:103,0:103:18:.:.:0,18,2545:. 1|0:8,69:77:28:.:.:1643,0,28:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1193:. 0|1:8,51:59:78:.:.:1235,0,78:. 1|0:67,35:102:99:.:.:666,0,1838:. 0|1:41,19:60:99:.:.:325,0,1084:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2310,257,0:. 0|1:15,61:76:99:.:.:1368,0,217:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2295,248,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,87:114:99:.:.:2067,0,508:. 1|1:0,223:223:99:.:.:6183,669,0:. 0|1:68,23:91:99:.:.:354,0,1804:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1678,188,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4153,463,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1826,198,0:. 1|1:11,111:122:16:.:.:2797,16,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2462,276,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:1956,219,0:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1851:. 1|0:56,120:176:99:.:.:2758,0,1204:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,4:7:73:.:.:94,0,73:. 1|0:43,108:151:99:.:.:2455,0,883:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3196,342,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:3944,431,0:. 1|1:2,111:113:99:.:.:2978,275,0:. 1|1:0,140:140:99:.:.:3952,420,0:. 1|0:43,61:104:99:.:.:1348,0,1027:. 1|1:0,207:207:99:.:.:5697,620,0:. 0|1:39,12:51:99:.:.:175,0,1087:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:2,101:103:99:.:.:2743,244,0:. 0|1:90,210:300:99:.:.:5032,0,1852:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3115,320,0:. 1|1:10,164:174:99:.:.:4340,233,0:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1246,112,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:3803,424,0:. 0|1:92,28:120:99:.:.:415,0,2512:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1906,204,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2662,290,0:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3126,335,0:. 0|1:8,4:12:75:.:.:75,0,206:. 1|0:30,34:64:99:.:.:739,0,720:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1425,159,0:. 1|1:0,141:141:99:.:.:3923,423,0:. 1|0:4,33:37:16:.:.:804,0,16:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6432,575,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:.:.:6923,604,0:. 1|1:1,198:199:99:.:.:6810,564,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,229:230:99:.:.:7741,658,0:. 1|1:0,199:199:99:.:.:6850,599,0:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6646,589,0:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,209:209:99:.:.:7057,628,0:. 1|1:0,179:179:99:.:.:6061,538,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6369,574,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:5042,454,0:. 1|0:37,167:204:99:.:.:5042,0,736:. 1|1:0,274:274:99:.:.:9248,823,0:. 0|1:34,168:202:99:.:.:5102,0,598:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2792,250,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3657,322,0:. 1|1:1,184:185:99:.:.:6145,519,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1315,120,0:. 0|1:79,15:94:99:.:.:238,0,2554:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5784,508,0:. 1|1:4,143:147:99:.:.:4720,321,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3725,328,0:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5997,532,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,690:691:99:.:.:23258,2070,0:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,34:72:99:.:.:948,0,1159:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,118:118:99:1|1:339432_G_A:5155,361,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5764,534,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:7918,719,0:. 1|1:2,524:526:99:.:.:15843,1492,0:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4821,445,0:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7374,672,0:. 1|1:0,270:270:99:.:.:8868,811,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,274:274:99:.:.:10693,830,0:. 1|1:4,485:489:99:.:.:14625,1310,0:. 1|1:0,171:171:99:.:.:5443,513,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3223,297,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2872,267,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:39,204:243:99:.:.:6155,0,618:. 1|1:0,276:276:99:.:.:9034,828,0:. 1|1:0,277:277:99:.:.:9166,832,0:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8512,782,0:. 1|1:0,236:236:99:.:.:7763,708,0:. 1|1:2,414:416:99:.:.:12430,1188,0:. 1|1:2,122:124:99:.:.:3882,300,0:. 0|0:415,0:415:34:.:.:0,34,11885:. 1|1:1,53:54:99:.:.:1699,125,0:. 1|1:1,253:254:99:.:.:8411,753,0:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8226,742,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,301:301:99:.:.:9794,904,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,258:261:99:.:.:8365,699,0:. 0|1:146,76:222:99:.:.:1864,0,4490:. 1|0:26,167:193:99:.:.:4389,0,328:. 1|1:1,220:221:99:.:.:7275,654,0:. 1|1:2,221:223:99:.:.:7195,598,0:. 1|1:6,265:271:99:.:.:8525,616,0:. 1|1:5,98:103:99:.:.:2808,136,0:. 0|1:50,189:239:99:.:.:5499,0,1017:. 1|0:10,68:78:99:.:.:1790,0,123:. 1|0:33,271:304:99:.:.:7967,0,199:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,117:174:99:.:.:3333,0,1421:. 1|1:2,469:471:99:.:.:14042,1325,0:. 1|0:24,184:208:99:.:.:5465,0,244:. 1|1:1,357:358:99:.:.:10526,1027,0:. 1|0:63,188:251:99:.:.:5477,0,1465:. 1|1:3,241:244:99:.:.:7772,646,0:. 1|0:53,152:205:99:.:.:3930,0,1189:. 1|0:118,107:225:99:.:.:2897,0,3463:. 1|0:27,115:142:99:.:.:3355,0,505:. 1|0:110,94:204:99:.:.:2417,0,3146:. 0|1:37,10:47:99:.:.:165,0,1145:. 0|1:245,42:287:99:.:.:493,0,7594:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,265:272:99:.:.:8481,561,0:. 1|1:17,221:238:99:.:.:9122,126,0:. 1|0:347,47:394:99:.:.:176,0,10919:. 1|0:38,93:131:99:.:.:2644,0,940:. 1|1:7,244:251:99:.:.:7737,522,0:. 1|1:4,236:240:99:.:.:7398,570,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5897,529,0:. 0|1:188,251:439:99:.:.:6331,0,5302:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,545:545:99:.:.:18129,1638,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2942,265,0:. 1|1:1,384:385:99:.:.:12805,1120,0:. 1|1:0,410:410:99:.:.:12549,1220,0:. 1|0:199,39:238:99:.:.:574,0,6244:. 1|1:1,471:472:99:.:.:13945,1361,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,61:119:99:.:.:1620,0,1693:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4612,420,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,142:176:99:.:.:4110,0,631:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8113,746,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7073,638,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:339432_G_A:3664,250,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1867,168,0:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6483,581,0:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5891,541,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3765,336,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,303:304:99:.:.:10045,882,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2047,192,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3470,319,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1322:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1641,147,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:775,69,0:. 1|1:1,285:286:99:.:.:9322,849,0:. 1|1:0,282:282:99:.:.:9435,848,0:. 1|1:0,278:278:99:.:.:9178,835,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:810,75,0:. 1|1:1,230:231:99:.:.:7669,660,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:6946,631,0:. 1|1:1,192:193:99:.:.:6394,570,0:. 1|1:0,265:265:99:.:.:8744,796,0:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6260,573,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5910,529,0:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6823,613,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,533:533:99:.:.:17992,1602,0:. 1|0:43,22:65:99:.:.:537,0,1290:. 0|1:183,140:323:99:.:.:3738,0,5350:. 1|1:0,660:660:99:.:.:21743,1982,0:. 1|1:1,182:183:99:.:.:6000,539,0:. 1|1:0,256:256:99:.:.:8188,768,0:. 1|1:1,48:49:99:.:.:1556,111,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,714:. 1|1:0,346:346:99:.:.:11471,1040,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4646,418,0:. Pf3D7_01_v3 340029 . T C 1.07767e+06 PASS FS=0;MQ=60.23;QD=21.71;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N954;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=ARP;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108300.1;SOR=0.732;VQSLOD=6.36;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0044;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=193.22;GQ_STDDEV=357.75;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5553;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.41;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13147026;AF=0.035;AS_InbreedingCoeff=0.9867;MLEAC=183;MLEAF=0.035;AN=856;AC=60 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:38,43:81:99:.:.:1014,0,978:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1555:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1289:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1168:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1127:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1309:. 0|1:9,47:56:99:.:.:1196,0,115:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1340:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1363:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2046,219,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1263:. 1|0:62,56:118:99:.:.:1145,0,1479:. 1|0:3,16:19:63:.:.:388,0,63:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1532:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1431:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:39,87:126:99:.:.:1998,0,785:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1357:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1415:. 0|0:131,15:146:42:.:.:0,42,3779:. 1|1:3,98:101:99:.:.:2641,238,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:50,19:69:99:.:.:309,0,1336:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,98:106:63:.:.:2449,63,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1034,113,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,538:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:78,137:215:99:.:.:3303,0,1787:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,36:153:99:.:.:532,0,3511:. 1|0:70,20:90:99:.:.:280,0,1936:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1319:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1726,201,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:61:.:.:0,61,2159:. 1|0:120,85:205:99:.:.:1676,0,3016:. 1|0:87,13:100:74:.:.:74,0,2319:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1511:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,42:62:99:.:.:944,0,382:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1303:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2029,226,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,246:252:99:.:.:6558,562,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:100,22:122:99:.:.:242,0,2785:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:175,30:205:99:.:.:215,0,4871:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,16:121:73:.:.:73,0,3241:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,49:157:99:.:.:863,0,2916:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,163:164:99:.:.:4391,460,0:. 1|0:220,36:256:99:.:.:235,0,6096:. 0|1:142,33:175:99:.:.:374,0,4201:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:143,28:171:99:.:.:259,0,3845:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:10,162:172:99:.:.:3696,129,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2541,279,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1467:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:2,141:143:99:.:.:3740,339,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,145:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2243,248,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1369:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:44,50:94:99:.:.:1089,0,1550:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,79:100:99:.:.:1909,0,355:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:4,86:90:99:.:.:2178,142,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,7:76:43:1|0:340023_G_GAAT:0,43,2107:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,30:99:99:.:.:492,0,1838:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1527:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1324:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,52:173:99:.:.:904,0,3429:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,110:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:53,8:61:35:.:.:35,0,1478:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,47:104:99:.:.:993,0,1573:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:9:.:.:0,9,2615:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,50:51:99:.:.:1304,122,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,901:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,227:228:99:.:.:7618,650,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:46,121:167:99:.:.:3642,0,1178:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1345:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1311:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:514,0:514:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:9,433:442:99:.:.:13037,986,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1505:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1219:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:578,0:578:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:517,0:517:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2142,195,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1549:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:481,0:481:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1615:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 340263 . G A 444210 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=20.74;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1032;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=ARP;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108300.1;SOR=0.66;VQSLOD=6.32;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.47;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=124.37;GQ_STDDEV=69.45;HRun=3;InbreedingCoeff=0.9461;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.778;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11991593;AF=0.013;AS_InbreedingCoeff=-0.0229;MLEAC=65;MLEAF=0.012;AN=858;AC=10 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1555:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1244:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1168:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:44,0:44:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,898:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1154:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,938:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,391:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1588:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,976:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1319:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1451:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1320:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1467:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,39:173:99:.:.:673,0,3188:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1369:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1710:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1527:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,100,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1544:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,506:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1121:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,647:647:99:.:.:22892,1946,0:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1311:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,31:48:99:.:.:845,0,416:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,315:320:99:.:.:10390,806,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,45:129:99:.:.:1124,0,2425:. 0|1:33,207:240:99:.:.:5592,0,289:. 1|0:168,18:186:63:.:.:63,0,5142:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:235,266:501:99:.:.:7522,0,6046:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1549:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,760:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:481,0:481:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1473:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 340796 . C T 256190 PASS FS=0;MQ=60.17;QD=19.11;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A1210V;SNPEFF_CODON_CHANGE=gCa/gTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=ARP;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108300.1;SOR=0.687;VQSLOD=5.98;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.36;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=0.999;GC=47.62;GQ_MEAN=136.1;GQ_STDDEV=119.6;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7211;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.117;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11985553;AF=0.007605;AS_InbreedingCoeff=0.6349;MLEAC=39;MLEAF=0.007414;AN=856;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1368:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1456:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1495:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:32,0:32:49:.:.:0,49,795:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1288:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1486:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:33,0:33:55:.:.:0,55,838:. 0|0:21,0:21:33:.:.:0,33,573:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,132:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1517:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1198:. 0|0:45,0:45:92:.:.:0,92,1095:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,89:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1456:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1488:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1459:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1262:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1089:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,1660:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1650:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,892:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:4,104:108:99:.:.:3005,209,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1043:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1357:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1170:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1150:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1303:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1278:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1454:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,162:193:99:.:.:4153,0,235:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1769:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1788:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,127:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1224:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2572,249,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1723:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1491:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1355:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,19:103:99:.:.:268,0,1989:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1434:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1669:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,380:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1540:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:28:.:.:0,28,442:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1336:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,552:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1743:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,207:208:99:.:.:7490,600,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1504:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:83,0:83:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:.:.:.:.:120 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:457,0:457:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,91:92:99:.:.:3014,242,0:. 0|0:446,0:446:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:9,230:239:99:.:.:7700,434,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:.:.:.:.:120 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:359,0:359:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1397:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:228,29:257:99:.:.:210,0,6646:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:.:.:.:.:120 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:120 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:119 0|0:161,0:161:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:267,0:267:.:.:.:.:120 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:337,0:337:.:.:.:.:120 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:.:.:.:.:120 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:.:.:.:.:120 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:100 0|0:223,0:223:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:305,0:305:.:.:.:.:120 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:.:.:.:.:120 0|0:283,0:283:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:224,0:224:.:.:.:.:120 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:.:.:.:.:120 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:218,0:218:.:.:.:.:120 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:.:.:.:.:120 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1610:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1256:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1768:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1724:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,843:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 345730 . A G 1.38936e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=31.04;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S130P;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tca/Cca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108400;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108400.1;SOR=0.698;VQSLOD=8.05;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.965;GC=19.05;GQ_MEAN=737.32;GQ_STDDEV=340.9;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8461;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.558;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9180314;AF=0.949;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=4960;MLEAF=0.951;AN=856;AC=798 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,56:56:99:.:.:1552,167,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1374,151,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1475,161,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1836,197,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1211,132,0 1|0:32,9:41:99:.:.:114,0,867 1|1:0,32:32:96:.:.:895,96,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1285,142,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1431,159,0 1|0:50,7:57:23:.:.:23,0,1385 1|1:1,27:28:73:.:.:716,73,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1479,164,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1409,147,0 1|1:0,31:31:93:.:.:882,93,0 1|1:0,18:18:54:.:.:504,54,0 1|1:0,20:20:60:.:.:578,60,0 1|1:0,14:14:42:.:.:408,42,0 1|1:0,19:19:57:.:.:548,57,0 1|1:0,29:29:85:.:.:744,85,0 1|1:0,30:30:90:.:.:829,90,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1274,138,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1390,152,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3542,396,0 1|1:0,30:30:88:.:.:754,88,0 1|1:0,25:25:75:.:.:696,75,0 0|1:22,63:85:99:.:.:1369,0,362 1|1:0,16:16:48:.:.:433,48,0 1|1:0,5:5:15:.:.:139,15,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1217,134,0 1|1:0,32:32:95:.:.:847,95,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1687,196,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2675,293,0 1|1:0,33:33:98:.:.:886,98,0 1|1:0,207:207:99:.:.:5529,619,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1415,157,0 0|1:46,73:119:99:.:.:1663,0,1031 1|1:0,62:62:99:.:.:1638,185,0 1|1:0,34:34:99:.:.:795,99,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1630,191,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1335,156,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2075,228,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2070,239,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1565,170,0 1|1:0,147:147:99:.:.:3905,439,0 1|1:0,110:110:99:.:.:2898,328,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2302,259,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1278,146,0 1|1:0,31:31:92:.:.:843,92,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2312,259,0 1|0:6,53:59:6:.:.:1194,0,6 1|1:0,84:84:99:.:.:2282,250,0 1|1:0,23:23:69:.:.:612,69,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2138,240,0 0|1:42,151:193:99:.:.:3479,0,700 1|1:7,84:91:67:.:.:2070,67,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1522,175,0 0|1:13,69:82:99:.:.:1555,0,138 1|1:0,44:44:99:.:.:1165,131,0 1|1:2,59:61:99:.:.:1518,122,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1573,181,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3112,351,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1456,164,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2341,267,0 1|1:0,213:213:99:.:.:5726,637,0 1|1:0,29:29:86:.:.:726,86,0 1|1:0,72:72:99:.:.:1953,216,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2218,251,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1751,196,0 1|1:0,24:24:72:.:.:617,72,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1349,147,0 1|1:0,31:31:92:.:.:787,92,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1006,115,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2042,237,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1300,154,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2208,244,0 1|1:0,29:29:87:.:.:768,87,0 1|1:0,141:141:99:.:.:3638,420,0 0|1:13,63:76:99:.:.:1479,0,155 1|1:0,29:32:86:.:.:711,86,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1448,161,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1081,124,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1188,134,0 1|1:0,30:30:88:.:.:767,88,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1467,165,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1136 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,102:106:99:.:.:2643,196,0 1|1:1,35:36:98:1|1:345716_G_C:1103,98,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2401,285,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3478,386,0 0|1:54,15:69:99:.:.:184,0,1403 1|1:0,96:96:99:.:.:2568,286,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3077,353,0 1|1:0,74:74:99:.:.:1915,220,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2085,236,0 1|1:1,34:35:73:.:.:841,73,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,82:82:99:.:.:2204,245,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2756,313,0 1|1:0,147:147:99:.:.:3902,439,0 1|1:2,164:166:99:.:.:4213,432,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2606,295,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2608,298,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2488,283,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2196,257,0 1|1:2,171:173:99:.:.:4538,466,0 1|1:0,73:73:99:.:.:1877,217,0 1|1:0,176:176:99:.:.:4562,522,0 1|0:104,26:130:99:.:.:627,0,2694 1|1:0,97:97:99:.:.:2480,288,0 1|1:0,143:143:99:.:.:3732,426,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3009,345,0 0|1:44,100:144:99:0|1:345730_A_G:2396,0,890 1|1:1,210:211:99:.:.:5513,618,0 1|1:1,109:110:99:.:.:2823,317,0 1|1:0,175:175:99:.:.:4550,520,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3197,361,0 1|1:3,178:181:99:.:.:4611,466,0 1|1:0,103:103:99:.:.:2619,306,0 1|1:1,172:173:99:.:.:4387,508,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2420,272,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4262,486,0 0|1:72,51:123:99:.:.:1047,0,1779 1|1:0,86:86:99:.:.:2209,256,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2278,262,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2511,298,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2554,296,0 1|1:0,147:147:99:.:.:3906,439,0 1|1:4,81:85:99:.:.:2021,139,0 1|1:0,111:111:99:.:.:2875,331,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2428,272,0 1|1:1,85:86:99:.:.:2195,226,0 1|0:38,20:58:99:.:.:337,0,906 1|1:0,102:102:99:.:.:2734,305,0 1|1:0,168:168:99:.:.:4286,498,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2535,292,0 1|1:0,151:151:99:1|1:345730_A_G:6746,457,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2103,236,0 1|1:1,118:119:99:.:.:3109,346,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3211,378,0 1|1:0,140:140:99:.:.:3608,418,0 1|1:0,143:143:99:.:.:3626,423,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3254,383,0 1|1:0,108:108:99:.:.:2765,321,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2183,248,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2629,296,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3244,362,0 1|1:0,147:147:99:.:.:3948,439,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2202,250,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1481,172,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1317,146,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1190,137,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3458,400,0 1|1:1,46:47:99:.:.:1205,108,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2241,248,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800 1|1:0,43:43:99:.:.:1130,129,0 1|1:0,181:181:99:.:.:4723,541,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2431,282,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2597,293,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800 1|1:0,86:86:99:.:.:2278,257,0 1|1:1,107:108:99:.:.:3199,293,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2077,239,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3649,398,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3427,388,0 1|1:0,144:144:99:.:.:3821,430,0 1|1:0,144:144:99:.:.:3688,427,0 1|1:0,8:8:24:.:.:217,24,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2030,230,0 1|1:1,118:119:99:.:.:3128,322,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1401,165,0 1|1:0,56:56:99:1|1:345716_G_A:1501,167,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1847,212,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2517,285,0 1|1:0,111:111:99:.:.:2971,332,0 1|1:5,66:71:64:.:.:1583,64,0 1|1:0,110:110:99:.:.:2987,330,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2099,237,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1626,182,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1485,164,0 1|1:0,76:76:99:.:.:1975,226,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2689,299,0 0|1:26,119:145:99:.:.:2780,0,371 1|1:0,75:75:99:.:.:2047,224,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2188,245,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1641,183,0 1|1:0,185:185:99:.:.:4901,553,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2526,288,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3054,348,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2409,267,0 1|1:0,183:183:99:.:.:4944,546,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1876,210,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2097,236,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4244,487,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2191,242,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1532,173,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1641,185,0 1|1:0,74:74:99:.:.:1956,221,0 1|1:0,152:152:99:.:.:3963,454,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2487,287,0 1|1:4,126:130:99:.:.:3041,264,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2508,294,0 1|1:1,111:112:99:.:.:2842,305,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2208,253,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1821,211,0 1|1:0,37:37:99:.:.:965,110,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1697,191,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2130,245,0 1|1:0,74:74:99:.:.:1861,219,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3068,360,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1582,182,0 1|1:0,146:146:99:.:.:3885,437,0 1|1:0,140:140:99:.:.:3616,416,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2237,256,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1499,167,0 1|1:0,142:142:99:.:.:3706,423,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2101,238,0 1|1:5,49:54:30:.:.:1127,30,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1219,137,0 1|1:3,44:47:53:.:.:1033,53,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2331,270,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1063,127,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1407,163,0 1|1:1,51:52:99:.:.:1261,125,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1339,152,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1462,169,0 0|1:25,57:82:99:.:.:1392,0,496 1|1:0,149:149:99:.:.:3924,444,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1369,153,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2387,273,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1194,137,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3533,400,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1218,140,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2491,280,0 1|1:0,75:75:99:.:.:1927,223,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1080,123,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1235,141,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3601,398,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2211,248,0 1|1:0,3:3:9:.:.:85,9,0 0|1:31,83:114:99:.:.:1887,0,558 1|1:0,99:99:99:.:.:2708,297,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2492,285,0 1|1:0,72:72:99:.:.:1878,214,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,69:77:13:.:.:1557,0,13 0|0:120,0:120:99:.:.:0,113,1800 1|1:0,39:39:99:.:.:979,115,0 1|1:0,21:21:63:.:.:562,63,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1867,209,0 1|1:0,233:233:99:.:.:6258,695,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2359,264,0 1|1:0,145:145:99:.:.:3809,432,0 1|1:0,23:23:69:.:.:619,69,0 1|1:0,36:36:99:.:.:925,107,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3033,348,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2197,241,0 1|1:0,57:57:99:1|1:345730_A_G:2532,172,0 1|0:39,31:70:99:.:.:538,0,852 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,13:13:39:.:.:340,39,0 0|1:16,24:40:99:.:.:548,0,367 1|1:0,28:28:84:.:.:734,84,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2000,224,0 1|1:0,23:23:68:.:.:581,68,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1884,171,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1129,99,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2613,240,0 1|1:0,29:29:87:.:.:986,87,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2139,192,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2203,204,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2274,210,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1786,167,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2715,249,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2040,189,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2194,203,0 1|1:0,8:8:24:.:.:254,24,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1559,146,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2533,240,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1785 1|1:0,60:60:99:.:.:1934,180,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1681,153,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,28:28:84:.:.:883,84,0 1|1:0,71:71:99:1|1:345730_A_G:3144,214,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2472,231,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1245,114,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2689,247,0 1|1:0,97:97:99:.:.:3157,291,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2175,204,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1066,102,0 1|1:0,23:23:69:.:.:740,69,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2641,254,0 1|1:0,16:16:48:.:.:548,48,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1177,105,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2631,246,0 1|1:4,43:47:18:.:.:1319,18,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1884,174,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3034,273,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1254,114,0 1|1:0,62:62:99:.:.:2102,187,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,104:104:99:.:.:3415,313,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5859,564,0 1|1:0,273:273:99:.:.:8758,818,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8009,743,0 1|1:0,9:9:27:.:.:282,27,0 1|1:0,7:7:21:.:.:237,21,0 1|1:0,23:23:69:.:.:735,69,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1654,156,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3628,336,0 1|1:0,162:162:99:.:.:5059,485,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3190,323,0 1|1:0,97:97:99:.:.:3019,291,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5335,506,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5022,477,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3995,399,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5706,552,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3914,388,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3814,365,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1363,134,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2527,250,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1772,173,0 1|1:0,183:183:99:.:.:5828,548,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4761,460,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3460,327,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5150,490,0 1|1:8,139:147:99:.:.:4228,146,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4754,453,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5669,540,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5329,525,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4927,477,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3028,313,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2174,198,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3202,318,0 1|1:0,30:30:90:.:.:978,90,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5358,519,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5447,521,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,148:148:99:.:.:4704,443,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4908,470,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5555,525,0 1|0:99,38:137:99:0|1:345730_A_G:1174,0,3027 1|1:3,43:46:31:1|1:345730_A_G:1253,31,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4079,391,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2839,267,0 1|1:1,129:130:99:.:.:4014,353,0 1|1:0,16:16:48:.:.:506,48,0 1|0:28,139:167:99:0|1:345730_A_G:5028,0,456 1|1:1,34:35:70:1|1:345730_A_G:1068,70,0 1|1:12,161:173:99:.:.:4674,108,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2512,255,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3502,344,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2929,300,0 1|1:1,143:144:99:.:.:4495,394,0 1|1:0,130:130:99:1|1:345730_A_G:5495,394,0 1|0:19,119:138:99:0|1:345730_A_G:4136,0,239 1|1:0,124:124:99:.:.:3846,372,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1602,166,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4456,424,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2599,249,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2893,270,0 1|1:0,6:6:18:.:.:185,18,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5360,524,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2726,273,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5083,488,0 1|1:7,111:118:99:.:.:3325,123,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2893,292,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2072,189,0 1|1:2,127:129:99:.:.:3962,336,0 1|1:1,108:109:99:.:.:3331,315,0 1|1:0,73:73:99:.:.:1975,214,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2642,252,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2576,254,0 1|1:0,319:319:99:.:.:10104,956,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,52:53:99:.:.:1623,149,0 1|1:0,216:216:99:.:.:6491,647,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2279,237,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4046,376,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1964,203,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1214,120,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2213,204,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1316 1|1:0,83:83:99:.:.:2589,249,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2315,213,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1662,153,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3556,345,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2719,266,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2958,293,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2726,261,0 1|1:0,28:28:84:.:.:944,84,0 1|1:0,25:25:75:.:.:774,75,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1853,176,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2173,210,0 1|1:1,98:99:99:.:.:3097,262,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1418 1|1:0,124:124:99:.:.:3974,372,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3575,340,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2997,284,0 1|1:0,20:20:60:.:.:629,60,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1629,153,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1602,147,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1237,120,0 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630 1|1:0,130:130:99:.:.:4097,391,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3785,366,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3944,381,0 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,336 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1772 1|1:0,83:83:99:.:.:2679,250,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2750,258,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3485,339,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2821,263,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2822,264,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2559,240,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2495,239,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2376,219,0 1|1:0,261:261:99:.:.:8393,783,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1452,141,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5757,551,0 1|1:0,396:396:99:.:.:12350,1185,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2804,267,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5022,476,0 1|1:0,29:29:87:.:.:933,87,0 1|1:0,13:13:39:.:.:400,39,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5522,526,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2774,258,0 Pf3D7_01_v3 346472 . A T 178868 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=19;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108400.1;SOR=0.66;VQSLOD=4.61;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.29;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.997;GC=19.05;GQ_MEAN=183.31;GQ_STDDEV=322.13;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7532;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.04;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=3628582;AF=0.02;AS_InbreedingCoeff=0.0737;MLEAC=98;MLEAF=0.02;AN=828;AC=34 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1489:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1453:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:4:.:.:0,4,256:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,157:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,253:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,935:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1436:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1356:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1209:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,221:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1333:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:73:.:.:0,73,2085:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1319:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1277:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1422:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,963:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1361:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1569:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,729:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1201:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1319:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1675:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1208:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,593:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1726:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1325:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:14,0:14:10:.:.:0,10,359:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1644:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,960:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1351:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1276:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1708:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,710:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,741:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,628:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,878:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:42,0:42:64:.:.:0,64,1103:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1642:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,114:115:99:.:.:3298,315,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1233:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:37:.:.:0,37,587:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1535:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1410:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1304:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,15:40:99:.:.:304,0,595:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1456:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1258:. 1|1:3,112:115:99:.:.:3112,250,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1474:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1399:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,10:44:99:.:.:122,0,889:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1702:. 1|0:35,36:71:99:.:.:785,0,862:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1347:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1322:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1358:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1111:. 1|0:25,29:54:99:.:.:665,0,604:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1643:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1432:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1421:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1115:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1034:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1737:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1497:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1352:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:42,23:65:99:.:.:498,0,1054:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1570:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1036:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1563:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1442:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1432:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,120:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1129:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1205:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1622:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1311:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,54:56:99:.:.:1518,124,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1080,111,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1397:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1317:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1294:. 0|0:80,0:80:18:.:.:0,18,1958:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,925:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,948:. 1|0:18,15:33:99:.:.:313,0,451:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1102:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1309:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1037:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1353:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,659:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1390,135,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1215:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,15:55:99:.:.:267,0,1004:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1212:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,110,1706:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1371:. 1|0:58,11:69:99:.:.:104,0,1588:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1230:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1346:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,265:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,802:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,360:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,397:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,173:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,584:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,470:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,236:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1001,93,0:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|1:29,5:34:78:.:.:78,0,872:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:15,0:15:7:.:.:0,7,352:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,217:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,63:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,373:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,363:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,381:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,25:25:75:.:.:750,75,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,154:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,38:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1232:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,132:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,416:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1189:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,79:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1107:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1507:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1395:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1660:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1414:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1543:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1317:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,119:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1176:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1447:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:76,0:76:93:.:.:0,93,2285:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1268:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,52:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1758:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1070:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1497:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1344:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,70:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,60:66:25:.:.:1704,25,0:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,309:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1366:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,469:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1498:. 0|0:8,0:8:4:.:.:0,4,215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:25,0:25:48:.:.:0,48,792:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,650:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:4,12:16:73:.:.:331,0,73:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,295:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,8:8:24:.:.:264,24,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:183,15,0:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,558:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1153:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1121,111,0:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,315:. 0|0:15,0:15:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,22:22:66:.:.:675,66,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,312:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1140:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1398:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,159:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,893:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,473:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,279:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 349253 . A G 2.9599e+06 PASS FS=0;MQ=61.44;QD=25.97;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V28;SNPEFF_CODON_CHANGE=gtA/gtG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108500.1;SOR=0.66;VQSLOD=8.21;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=42.86;GQ_MEAN=227.07;GQ_STDDEV=443.97;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6927;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.013;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10380290;AF=0.146;AS_InbreedingCoeff=0.9997;MLEAC=763;MLEAF=0.146;AN=858;AC=175 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:26,21:47:99:0|1:349247_C_T:482,0,689:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,53:74:99:0|1:349247_C_T:1252,0,445:. 1|0:25,23:48:99:0|1:349247_C_T:490,0,638:. 1|0:10,48:58:99:0|1:349247_C_T:1162,0,130:. 1|0:11,49:60:99:0|1:349247_C_T:1256,0,172:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1544:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,2:32:38:0|1:349247_C_T:0,38,906:. 1|1:0,58:58:99:1|1:349247_C_T:2513,181,0:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,145:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,722:. 0|1:26,27:53:99:0|1:349247_C_T:536,0,612:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1192:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1099:. 1|1:0,31:31:99:1|1:349247_C_T:1360,99,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,270:. 1|1:0,32:32:99:1|1:349247_C_T:1456,99,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,45:59:99:0|1:349247_C_T:1094,0,235:. 0|1:31,7:38:87:0|1:349247_C_T:87,0,856:. 1|0:60,132:192:99:0|1:349247_C_T:3067,0,1271:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1120:. 0|0:92,8:100:66:0|1:349247_C_T:0,66,2559:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:17,32:49:99:0|1:349247_C_T:684,0,378:. 1|0:21,9:30:99:0|1:349247_C_T:153,0,534:. 1|1:6,86:92:99:1|1:349247_C_T:2205,102,0:. 0|1:40,37:77:99:0|1:349247_C_T:809,0,982:. 1|1:0,51:51:99:1|1:349247_C_T:2251,154,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,37:72:99:0|1:349247_C_T:811,0,789:. 0|1:45,6:51:22:0|1:349247_C_T:22,0,1189:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,579:. 1|0:16,88:104:99:0|1:349247_C_T:2141,0,133:. 0|1:19,31:50:99:0|1:349247_C_T:662,0,428:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,10:17:99:0|1:349247_C_T:240,0,156:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,6:68:37:0|1:349247_C_T:0,37,1681:. 0|1:19,54:73:99:0|1:349247_C_T:1235,0,312:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,2:50:90:0|1:349247_C_T:0,90,1389:. 0|1:29,40:69:99:0|1:349247_C_T:919,0,667:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,30:84:99:0|1:349247_C_T:541,0,1322:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,765:. 0|0:61,2:63:99:0|1:349247_C_T:0,130,1718:. 0|1:52,38:90:99:0|1:349247_C_T:732,0,1250:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1407:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,879:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,7:77:37:0|1:349247_C_T:0,37,1896:. 0|1:23,4:27:35:0|1:349247_C_T:35,0,608:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1405:. 1|1:0,32:32:96:1|1:349247_C_T:1372,96,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1305:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,40:48:99:0|1:349247_C_T:1017,0,103:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:349247_C_T:3817,264,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,82:85:99:1|1:349247_C_T:2204,161,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,17:76:99:0|1:349247_C_T:244,0,1541:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:1|1:349247_C_T:7072,499,0:. 0|1:24,142:166:99:0|1:349247_C_T:3392,0,251:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:23,114:137:99:0|1:349247_C_T:2697,0,295:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:1|1:349247_C_T:6401,442,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,125:144:99:0|1:349247_C_T:3127,0,133:. 0|0:126,13:139:67:0|1:349247_C_T:0,67,3428:. 0|0:63,6:69:39:0|1:349247_C_T:0,39,1695:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:349247_C_T:5439,376,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,6:90:99:0|1:349247_C_T:0,103,2281:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,54:107:99:0|1:349247_C_T:1176,0,1192:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,5:60:42:0|1:349247_C_T:0,42,1452:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,7:96:99:0|1:349247_C_T:0,105,2415:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,26:119:99:0|1:349247_C_T:340,0,2399:. 0|1:98,26:124:99:0|1:349247_C_T:342,0,2444:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,105:110:99:.:.:2769,170,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:349247_C_T:2868,199,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1513:. 1|1:4,154:158:99:1|1:349247_C_T:4058,361,0:. 1|0:38,10:48:99:0|1:349247_C_T:136,0,995:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,22:66:99:0|1:349247_C_T:391,0,1108:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:1|1:349247_C_T:3721,255,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1221:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,10:110:56:0|1:349247_C_T:0,56,2713:. 1|0:87,47:134:99:0|1:349247_C_T:867,0,2179:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,231:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:349247_C_T:2278,160,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:40,32:72:99:0|1:349247_C_T:664,0,921:. 0|1:38,40:78:99:0|1:349247_C_T:814,0,909:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,8:77:13:0|1:349247_C_T:0,13,1817:. 0|1:55,37:92:99:0|1:349247_C_T:768,0,1499:. 1|1:0,54:54:99:1|1:349247_C_T:2403,169,0:. 1|0:44,12:56:99:0|1:349247_C_T:173,0,1170:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1648:. 1|1:2,87:89:99:1|1:349247_C_T:2410,203,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,75:77:99:1|1:349247_C_T:2035,171,0:. 1|1:0,124:124:99:1|1:349247_C_T:5459,382,0:. 1|1:0,149:149:99:1|1:349247_C_T:6646,460,0:. 1|1:0,65:65:99:1|1:349247_C_T:2826,196,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,43:78:99:.:.:986,0,833:. 1|1:0,49:49:99:1|1:349247_C_T:2090,147,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1277:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,69:107:99:0|1:349247_C_T:1542,0,771:. 0|1:14,124:140:4:.:.:2951,0,4:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,25:92:99:0|1:349247_C_T:434,0,1711:. 1|0:18,51:69:99:0|1:349247_C_T:1200,0,332:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1445:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,12:38:99:0|1:349247_C_T:206,0,637:. 0|1:65,29:94:99:0|1:349247_C_T:448,0,1617:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,72:76:99:1|1:349247_C_T:1877,115,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:349247_C_T:3793,265,0:. 0|0:41,0:41:35:.:.:0,35,1044:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,29:75:99:0|1:349247_C_T:561,0,1169:. 1|1:0,33:33:99:1|1:349247_C_T:1467,99,0:. 1|0:25,4:29:9:0|1:349247_C_T:9,0,668:. 0|0:73,9:82:8:0|1:349247_C_T:0,8,2019:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,2:40:68:0|1:349247_C_T:0,68,1074:. 0|0:39,0:39:91:.:.:0,91,1027:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,18:76:99:0|1:349247_C_T:242,0,1520:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1177:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,6:67:43:0|1:349247_C_T:0,43,1719:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:349247_C_T:1488,105,0:. 1|0:52,7:59:10:0|1:349247_C_T:10,0,1358:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,2:8:25:0|1:349247_C_T:25,0,166:. 0|0:96,9:105:99:0|1:349247_C_T:0,110,2648:. 0|1:29,46:75:99:0|1:349247_C_T:1092,0,679:. 0|1:49,43:92:99:0|1:349247_C_T:933,0,1175:. 1|0:39,17:56:99:.:.:279,0,1027:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,16:71:99:0|1:349247_C_T:227,0,1391:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,6:45:29:0|1:349247_C_T:29,0,1091:. 1|1:0,17:17:57:1|1:349247_C_T:792,57,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:17,178:195:70:1|1:349247_C_T:4545,70,0:. 0|1:54,33:87:99:0|1:349247_C_T:651,0,1300:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,470:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:19,67:86:99:0|1:349247_C_T:1572,0,300:. 0|1:37,27:64:99:0|1:349247_C_T:583,0,909:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1302:. 1|1:5,51:56:12:1|1:349247_C_T:1298,12,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:10:.:.:0,10,334:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1382:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,810:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:16,0:16:23:.:.:0,23,369:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,62:123:99:0|1:349247_C_T:1696,0,1748:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,42:100:99:0|1:349247_C_T:1090,0,1727:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:349247_C_T:5294,363,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1012:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,23:23:69:1|1:349247_C_T:1004,69,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:349247_C_T:4067,277,0:. 1|1:0,143:143:99:1|1:349247_C_T:6509,445,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,123:127:99:1|1:349247_C_T:3938,237,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:349247_C_T:5089,349,0:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,429:429:99:1|1:349247_C_T:19334,1336,0:. 0|0:367,0:367:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1529:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,4:75:85:0|1:349247_C_T:0,85,2086:. 1|1:0,108:108:99:1|1:349247_C_T:4760,325,0:. 1|1:3,135:138:99:1|1:349247_C_T:4118,309,0:. 1|1:0,193:193:99:1|1:349247_C_T:8467,580,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:349247_C_T:2486,180,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1541:. 1|1:6,154:160:99:1|1:349247_C_T:4634,275,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:29,150:179:99:0|1:349247_C_T:4085,0,464:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,12:68:99:0|1:349247_C_T:173,0,1630:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,25:43:99:0|1:349247_C_T:698,0,427:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:1|1:349247_C_T:7182,500,0:. 1|0:146,27:173:99:0|1:349247_C_T:347,0,4371:. 1|0:86,42:128:99:0|1:349247_C_T:932,0,2480:. 1|0:46,28:74:99:0|1:349247_C_T:622,0,1203:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1507:. 1|0:33,129:162:99:0|1:349247_C_T:3716,0,592:. 0|1:21,13:34:99:0|1:349247_C_T:320,0,573:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,95:151:99:0|1:349247_C_T:2517,0,1379:. 1|1:2,114:116:99:1|1:349247_C_T:3378,276,0:. 1|0:20,55:75:99:0|1:349247_C_T:1462,0,457:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,16:84:99:0|1:349247_C_T:224,0,1922:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,412:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,171:173:99:.:.:5129,451,0:. 0|0:111,8:119:96:0|1:349247_C_T:0,96,3363:. 0|1:18,125:143:99:0|1:349247_C_T:3642,0,195:. 0|1:67,11:78:99:0|1:349247_C_T:112,0,1890:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,7:97:56:0|1:349247_C_T:0,56,2782:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1288:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,130:171:99:0|1:349247_C_T:3502,0,842:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,47:47:99:1|1:349247_C_T:2119,144,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1442:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,198:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,85:189:99:0|1:349247_C_T:2136,0,2918:. 0|1:82,114:196:99:0|1:349247_C_T:2986,0,2086:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,83:153:99:0|1:349247_C_T:2199,0,1878:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,111:149:99:0|1:349247_C_T:3134,0,833:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:13,132:145:36:1|1:349247_C_T:3788,36,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:349247_C_T:5781,394,0:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,26:26:78:1|1:349247_C_T:1154,78,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 349536 . C A 1.4741e+06 PASS FS=0;MQ=59.92;QD=27.01;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H123N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108500.1;SOR=0.724;VQSLOD=7.67;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.027;FractionInformativeReads=0.88;GC=47.62;GQ_MEAN=96.95;GQ_STDDEV=167.13;HRun=1;InbreedingCoeff=0.4443;MQRankSum=-0.892;NCC=0;ReadPosRankSum=3.15;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14155412;AF=0.232;AS_InbreedingCoeff=0.2597;MLEAC=1209;MLEAF=0.23;AN=802;AC=100 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:96,0:96:60:.:.:0,60,2229:. 0|0:0,0:0:4:0|1:349519_T_C:0,4,8:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:73,0:73:58:.:.:0,58,1734:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1453:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:12:.:.:0,12,2142:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1766:. 0|1:4,0:4:21:0|1:349474_T_C:0,21,238:. 0|0:102,0:102:32:.:.:0,32,2307:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:62:.:.:0,62,1228:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,625:. 0|0:31,0:31:58:.:.:0,58,778:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:4,0:4:24:.:.:0,24,129:. 1|1:0,0:0:2:.:.:0,2,5:. 0|0:30,0:30:49:.:.:0,49,730:. 0|0:59,0:59:90:.:.:0,90,1356:. 0|0:0,0:0:7:0|1:349536_C_A:0,7,14:. 1|1:0,24:24:46:1|1:349519_T_C:530,46,0:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,691:. 0|0:0,0:0:5:0|1:349474_T_C:0,5,10:. 0|0:10,0:10:39:0|1:349519_T_C:0,39,334:. 0|0:17,0:17:23:.:.:0,23,382:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,163:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1198:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1163:. 0|0:29,0:29:99:0|1:349519_T_C:0,99,1269:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:65:.:.:0,65,1169:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:72:.:.:0,72,1302:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:45:.:.:0,45,1798:. 1|0:19,6:25:61:0|1:349519_T_C:61,0,716:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1338:. 0|0:55,0:55:44:.:.:0,44,1266:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:28:.:.:0,28,2204:. 0|0:57,0:57:50:.:.:0,50,1347:. 1|1:0,35:35:95:1|1:349519_T_C:748,95,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:69:.:.:0,69,866:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,472:. 0|0:116,0:116:44:.:.:0,44,2607:. 0|0:37,0:37:99:0|1:349525_G_A:0,117,1663:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,1718:. 0|1:16,5:21:40:0|1:349507_AAGG_A:40,0,643:. 0|0:63,2:65:99:.:.:0,99,1442:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:3:.:.:0,3,2125:. 0|0:59,7:66:42:0|1:349519_T_C:0,42,2079:. 1|1:1,13:14:29:1|1:349519_T_C:303,29,0:. 0|0:8,0:8:39:0|1:349492_AAGG_A:0,39,397:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,1702:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,129,1523:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:0:.:.:0,0,3588:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1175:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:34:.:.:0,34,2903:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:10,0:10:41:0|1:349474_T_C:0,41,472:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1166:. 0|0:0,0:0:7:.:.:0,7,15:. 0|0:151,0:151:97:.:.:0,97,3409:. 0|0:13,0:13:38:0|1:349519_T_C:0,38,500:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1366:. 0|0:281,0:281:0:.:.:0,0,5192:. 0|0:30,0:30:99:0|1:349519_T_C:0,99,1142:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1043:. 0|0:39,0:39:99:0|1:349530_G_C:0,128,1855:. 0|0:18,0:18:53:0|1:349519_T_C:0,53,784:. 0|0:55,0:55:76:.:.:0,76,1338:. 0|0:11,0:11:39:0|1:349519_T_C:0,39,457:. 0|0:22,0:22:81:.:.:0,81,941:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1626:. 1|1:0,35:35:46:1|1:349519_T_C:804,46,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:89:0|1:349519_T_C:0,89,1211:. 0|1:6,32:38:99:0|1:349504_T_C:588,0,164:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:1,0:1:21:0|1:349519_T_C:0,21,82:. 0|0:110,0:110:84:.:.:0,84,2561:. 0|0:194,0:194:0:.:.:0,0,4157:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,131,1776:. 0|0:122,0:122:90:.:.:0,90,2728:. 0|0:76,0:76:68:.:.:0,68,1746:. 0|0:1,1:2:9:.:.:53,9,0:. 0|1:0,0:0:17:0|1:349519_T_C:0,17,34:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,23:23:79:.:.:667,79,0:. 0|0:32,0:32:99:.:.:0,131,1314:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,2856:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,12:33:99:0|1:349519_T_C:130,0,742:. 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,1638:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:0:.:.:0,0,2763:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,1:45:79:0|1:349536_C_A:0,79,1914:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:13:.:.:0,13,2797:. 0|0:205,0:205:0:.:.:0,0,3561:. 0|0:186,0:186:71:.:.:0,71,4075:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:75:.:.:0,75,4064:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:30:.:.:0,30,2422:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,3104:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:0:.:.:0,0,3415:. 0|0:4,0:4:60:0|1:349519_T_C:0,60,281:. 1|1:0,30:30:61:1|1:349492_AAGG_A:1288,61,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:93:.:.:0,93,3757:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,2982:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,130,1406:. 0|0:8,0:8:46:0|1:349519_T_C:0,46,417:. 0|0:12,0:12:47:0|1:349519_T_C:0,47,546:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,35:36:54:1|1:349519_T_C:755,54,0:. 0|1:5,4:9:44:0|1:349519_T_C:44,0,202:. 0|0:188,0:188:0:.:.:0,0,3731:. 0|0:126,0:126:4:.:.:0,4,2735:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:46:.:.:0,46,4043:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:0:.:.:0,0,3928:. 0|0:164,0:164:0:.:.:0,0,3124:. 0|0:193,0:193:0:.:.:0,0,3482:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:0:.:.:0,0,3299:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,3861:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,1716:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:9,0:9:31:0|1:349519_T_C:0,31,288:. 0|0:14,0:14:69:.:.:0,69,883:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2590:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,6:51:37:0|1:349519_T_C:0,37,1738:. 0|0:208,0:208:0:.:.:0,0,4303:. 0|0:90,0:90:56:.:.:0,56,2046:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,10:20:99:0|1:349492_AAGG_A:236,0,298:. 0|0:38,0:38:99:0|1:349531_A_C:0,107,1430:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,2002:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,2045:. 1|0:11,17:28:99:0|1:349519_T_C:352,0,398:. 0|0:153,0:153:0:.:.:0,0,3147:. 0|0:16,0:16:77:.:.:0,77,797:. 0|1:8,27:35:99:0|1:349519_T_C:606,0,230:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,11:11:29:1|1:349519_T_C:295,29,0:. 1|1:0,13:13:18:1|1:349519_T_C:278,18,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,3:40:50:0|1:349519_T_C:0,50,1469:. 0|0:106,0:106:87:.:.:0,87,2428:. 0|0:30,0:30:99:.:.:0,120,1173:. 0|0:0,0:0:14:.:.:0,14,30:. 0|0:133,0:133:0:.:.:0,0,2553:. 1|1:0,15:15:55:1|1:349492_AAGG_A:327,55,0:. 0|0:15,0:15:62:0|1:349474_T_C:0,62,597:. 0|0:1,0:1:19:0|1:349519_T_C:0,19,77:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,10:24:99:0|1:349519_T_C:155,0,471:. 0|0:159,0:159:75:.:.:0,75,3669:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,13:13:32:1|1:349519_T_C:284,32,0:. 0|0:240,0:240:0:.:.:0,0,5201:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2575:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:46:.:.:0,46,2094:. 0|0:71,0:71:1:.:.:0,1,1548:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,12:12:32:1|1:349519_T_C:301,32,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:27:.:.:0,27,2523:. 0|0:194,0:194:90:.:.:0,90,4276:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:29:.:.:0,29,2337:. 0|0:21,0:21:72:0|1:349519_T_C:0,72,986:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1474:. 1|1:0,23:23:64:.:.:766,64,0:. 0|0:56,2:58:99:0|1:349519_T_C:0,120,2173:. 1|1:0,20:20:57:1|1:349519_T_C:512,57,0:. 1|0:0,0:0:12:.:.:0,12,27:. 0|0:83,0:83:92:.:.:0,92,1931:. 1|1:0,27:27:60:1|1:349519_T_C:661,60,0:. 0|0:171,0:171:30:.:.:0,30,3743:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2107:. 0|0:0,0:0:10:.:.:0,10,21:. 0|0:199,0:199:46:.:.:0,46,4170:. 0|0:127,0:127:55:.:.:0,55,2738:. 0|0:80,0:80:57:.:.:0,57,1843:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1141:. 0|0:38,0:38:99:0|1:349519_T_C:0,121,1537:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:10,0:10:40:0|1:349519_T_C:0,40,419:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0|1:349536_C_A:0,122,1434:. 0|0:0,0:0:3:0|1:349474_T_C:0,3,6:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1673:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:98:.:.:0,98,4326:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1460:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:56:.:.:0,56,1369:. 1|1:0,23:23:68:1|1:349519_T_C:615,68,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1325:. 1|1:0,8:8:23:.:.:153,23,0:. 0|0:158,0:158:0:.:.:0,0,3242:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:7:0|1:349519_T_C:0,7,108:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1139:. 0|0:23,0:23:82:0|1:349519_T_C:0,82,1036:. 0|0:0,0:0:41:0|1:349519_T_C:0,41,87:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,16:16:45:1|1:349519_T_C:400,45,0:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1681:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,922:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1227:. 0|0:22,0:22:35:.:.:0,35,550:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:1,0:1:8:0|1:349519_T_C:0,8,55:. 1|1:0,5:5:12:1|1:349519_T_C:124,12,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:44:0|1:349519_T_C:0,44,483:. 0|0:37,0:37:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:28,0:28:91:0|1:349519_T_C:0,91,1148:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,454:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,277:. 1|0:16,2:18:2:0|1:349519_T_C:2,0,538:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,546:. 1|1:0,16:16:37:1|1:349519_T_C:377,37,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,659:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,11:11:15:1|1:349474_T_C:292,15,0:. 1|0:4,25:29:80:.:.:601,0,80:. 1|1:0,14:14:21:1|1:349519_T_C:393,21,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:71:0|1:349519_T_C:0,71,822:. 1|1:0,20:20:44:1|1:349519_T_C:587,44,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:99:.:.:0,111,1338:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:0:.:.:0,0,3485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:0:.:.:0,0,3262:. 1|1:0,24:24:64:1|1:349519_T_C:663,64,0:. 0|1:1,7:8:23:0|1:349474_T_C:202,0,23:. 0|0:132,0:132:98:.:.:0,98,3728:. 0|0:189,0:189:0:.:.:0,0,4897:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,2033:. 0|0:22,0:22:78:0|1:349519_T_C:0,78,967:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,0:51:99:.:.:2652,0,1885:. 0|0:1,0:1:2:0|1:349489_C_T:2,0,39:. 0|0:0,0:0:11:1|1:349489_C_T:24,11,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,3:3:5:1|1:349519_T_C:96,5,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:1,16:17:21:0|1:349519_T_C:402,0,21:. 0|0:124,0:124:0:.:.:0,0,2816:. 1|1:0,30:30:83:1|1:349519_T_C:902,83,0:. 1|1:0,14:14:40:1|1:349474_T_C:395,40,0:. 0|0:166,0:166:0:.:.:0,0,3586:. 1|1:0,0:0:20:0|1:349519_T_C:0,20,41:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:349519_T_C:2418,223,0:. 0|0:435,0:435:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:27:.:.:0,27,1555:. 0|0:17,0:17:19:.:.:0,19,491:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,2273:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1906:. 0|0:157,0:157:0:.:.:0,0,3788:. 0|0:167,0:167:0:.:.:0,0,3824:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,13:19:99:0|1:349519_T_C:271,0,231:. 1|1:0,21:21:47:1|1:349474_T_C:569,47,0:. 1|1:0,27:27:73:1|1:349519_T_C:690,73,0:. 0|0:3,0:3:46:0|1:349474_T_C:0,46,108:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:65:0|1:349519_T_C:0,65,173:. 1|1:0,16:16:46:1|1:349474_T_C:411,46,0:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1356:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1327:. 1|1:1,27:28:66:1|1:349519_T_C:657,66,0:. 1|0:18,20:38:99:0|1:349519_T_C:404,0,621:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,3087:. 0|0:202,0:202:0:.:.:0,0,4614:. 1|0:21,22:43:99:0|1:349519_T_C:410,0,799:. 1|1:0,22:22:60:1|1:349519_T_C:582,60,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:0:.:.:0,0,4423:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,2166:. 0|0:256,0:256:0:.:.:0,0,5077:. 1|0:1,4:5:43:0|1:349519_T_C:59,0,43:. 0|0:201,0:201:0:.:.:0,0,4576:. 0|0:213,0:213:0:.:.:0,0,5550:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:0:.:.:0,0,5475:. 0|0:242,0:242:0:.:.:0,0,5630:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:0:.:.:0,0,3514:. 0|1:37,17:54:99:0|1:349519_T_C:299,0,1375:. 1|0:7,16:23:99:0|1:349474_T_C:333,0,278:. 0|0:144,0:144:14:.:.:0,14,3716:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1740:. 0|0:200,0:200:0:.:.:0,0,3614:. 0|0:32,3:35:24:0|1:349515_G_A:0,24,1364:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:0:.:.:0,0,3156:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:48:.:.:0,48,269:. 0|0:170,0:170:0:.:.:0,0,3029:. 0|0:123,0:123:0:.:.:0,0,2852:. 0|0:134,0:134:0:.:.:0,0,2892:. 0|0:201,0:201:0:.:.:0,0,4552:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,503:. 0|1:6,3:9:46:.:.:46,0,241:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,24:28:99:0|1:349519_T_C:469,0,127:. 0|0:156,0:156:56:.:.:0,56,4026:. 0|0:18,1:19:48:.:.:0,48,817:. 0|1:47,4:51:11:0|1:349530_G_C:11,0,1787:. 0|0:156,0:156:0:.:.:0,0,3538:. 0|0:6,0:6:34:0|1:349519_T_C:0,34,283:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:46:0|1:349492_AAGG_A:0,46,448:. 0|0:354,0:354:0:.:.:0,0,7060:. 0|1:8,4:12:99:0|1:349519_T_C:537,0,321:. 0|0:366,0:366:0:.:.:0,0,9240:. 0|0:19,0:19:64:.:.:0,64,871:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,107:108:99:1|1:349474_T_C:3491,272,0:. 0|0:116,9:125:99:0|1:349525_G_A:0,121,4216:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1232:. 0|1:52,13:65:99:0|1:349519_T_C:121,0,2037:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:0,8:8:8:0|1:349519_T_C:125,0,8:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:0:.:.:0,0,5404:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1891:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1542:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:52:0|1:349519_T_C:0,52,178:. 0|0:0,0:0:23:0|1:349519_T_C:0,23,46:. 1|1:0,47:47:99:1|1:349519_T_C:1121,123,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:0:.:.:0,0,7692:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,2156:. 1|1:0,16:16:43:1|1:349474_T_C:381,43,0:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,2389:. 1|1:1,13:14:15:1|1:349474_T_C:311,15,0:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,474:. 0|0:319,0:319:0:.:.:0,0,5610:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:39:.:.:0,39,956:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:33:0|1:349519_T_C:0,33,136:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,34:34:94:1|1:349519_T_C:979,94,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2827:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,671:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:289,0:289:0:.:.:0,0,7466:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 350535 . A C 499892 PASS FS=0.564;MQ=60.26;QD=20.07;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108600.1;SOR=0.781;VQSLOD=3.8;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=139.49;GQ_STDDEV=127.18;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9921;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.65;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=6980165;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=-0.0588;MLEAC=130;MLEAF=0.025;AN=854;AC=30 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1469:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1431:. 0|0:21,0:21:27:.:.:0,27,518:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,309:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1274:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1261:. 0|0:33,0:33:70:.:.:0,70,900:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1684:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1092:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1301:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1362:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1247:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1492:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1052:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1223:. 0|0:25,0:25:64:.:.:0,64,715:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1098:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1558:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1639:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1154:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1622:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1081:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,968:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1039:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1187:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1645:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1226:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:5,107:112:99:.:.:2741,184,0:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3602,378,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1134:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,113,1710:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1181:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:132,0:132:21:.:.:0,21,3036:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1342:. 1|0:66,21:87:99:.:.:319,0,1707:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|1:48,52:100:99:.:.:1146,0,1129:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1440:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,86:147:99:.:.:1889,0,1349:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,248:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1426:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1534:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5338,560,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1518:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1195:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:47:.:.:0,47,2501:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1440:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1300:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4124,441,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1271:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1783:. 0|1:66,19:85:99:.:.:223,0,1782:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1069:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1251:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,972:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1017:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1278:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1485:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2307,250,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1162:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1213:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1672:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1477:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,671:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:21:.:.:0,21,315:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1393:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1070:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:8,0:8:13:.:.:0,13,237:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2354,208,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3272,286,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:79:.:.:0,79,1034:. 1|0:58,7:65:32:.:.:32,0,1838:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3210,289,0:. 1|0:49,12:61:99:.:.:247,0,1475:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1260:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1237:. 1|1:3,92:95:99:.:.:2994,199,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:114 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:32,0:32:.:.:.:.:78 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:120 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:99 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:111 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:102 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1237:. 1|1:9,126:135:99:.:.:3802,111,0:. 0|1:67,117:184:99:.:.:3266,0,1711:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:99 0|0:150,0:150:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:81 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:99 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:.:.:.:.:114 0|0:106,0:106:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:88,0:88:.:.:.:.:102 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:97 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:22,63:85:99:.:.:1613,0,406:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:51 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:114 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:.:.:.:.:105 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:102 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:102 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:108 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1098:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,809:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1196:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,176:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1217:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1445:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3400,306,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1287:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,413:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 350646 . C A 54409.5 PASS FS=0.572;MQ=59.88;QD=16.47;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D214Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Tat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108600;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108600.1;SOR=0.791;VQSLOD=3.4;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=33.33;GQ_MEAN=144.37;GQ_STDDEV=125.32;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9946;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.32;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=7667980;AF=0.003992;AS_InbreedingCoeff=-0.0233;MLEAC=20;MLEAF=0.003802;AN=856;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:74,0:74:99:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:0,111,1665:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,107,1710:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1449:. 0|0:70,0:70:99:0,104,1575:. 0|0:64,0:64:99:0,104,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1286:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1185:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1225:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1304:. 0|0:31,0:31:75:0,75,1125:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1359:. 0|0:107,0:107:99:0,110,1710:. 0|0:38,0:38:93:0,93,1395:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:33:0,33,313:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1199:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1755:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1532:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1067:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1197:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1223:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:81,0:81:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:0,108,1620:. 0|0:17,0:17:39:0,39,585:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1098:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1558:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1029:. 0|0:58,0:58:99:0,104,1639:. 0|0:73,0:73:99:0,117,1755:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,106,1622:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:78:0,78,1170:. 0|0:74,0:74:99:0,100,1710:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1233:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1081:. 0|0:93,0:93:99:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1083:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1039:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1056:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1165:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1645:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1226:. 0|0:71,0:71:99:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:0,105,1575:. 0|0:114,0:114:99:0,100,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1134:. 0|0:85,0:85:99:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:0,113,1710:. 0|0:90,0:90:99:0,99,1485:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1181:. 0|0:164,0:164:99:0,102,1530:. 0|0:116,0:116:99:0,108,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1575:. 0|0:163,0:163:99:0,104,1575:. 0|0:119,0:119:99:0,108,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,103,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1397:. 0|0:129,0:129:99:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:0,108,1620:. 0|0:108,0:108:99:0,106,1710:. 0|0:74,0:74:99:0,102,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,99,1485:. 0|0:166,0:166:99:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:0,112,1342:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:0,109,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:0,108,1620:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,106,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,115,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1036:. 0|0:67,0:67:99:0,103,1732:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1440:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,100,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,117,1755:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:0,27,254:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1710:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1426:. 0|0:82,0:82:99:0,105,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,102,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1534:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1575:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,110,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,111,1665:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:0,115,1518:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1195:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,111,1665:. 0|0:80,0:80:99:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1440:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1300:. 0|0:83,0:83:99:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1530:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1271:. 0|0:140,0:140:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1783:. 1|0:42,31:73:99:698,0,925:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1069:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1157:. 0|0:81,0:81:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1017:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1278:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1159:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1141:. 0|0:79,0:79:99:0,117,1755:. 0|0:137,0:137:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1485:. 0|0:82,0:82:99:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:91,0:91:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1213:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1672:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1477:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 0|0:9,0:9:27:0,27,244:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,113,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:0,99,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1136:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,464:. 0|0:26,0:26:66:0,66,990:. 0|0:101,0:101:99:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1393:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1298:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1154:. 0|0:80,0:80:99:0,105,1575:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1378:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1460:. 0|0:68,0:68:99:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:93:0,93,1382:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:4,0:4:12:0,12,138:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1271:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1297:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1699:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:45:0,45,505:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1237:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1575:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:0,72,863:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:14,0:14:42:0,42,461:. 1|1:6,67:73:20:2156,20,0:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1710:. 0|0:76,0:76:99:0,105,1575:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1316:. 0|1:83,113:196:99:3222,0,2089:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1179:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1234:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,108,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1263:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,108,1620:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,117,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1183:. 0|0:150,0:150:99:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:66:0,66,699:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:78:0,78,1170:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1179:. 0|0:87,0:87:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,114,1710:. 0|0:106,0:106:99:0,118,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,102,1575:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1303:. 0|0:113,0:113:99:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1280:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|1:27,149:176:99:4493,0,288:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1453:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1293:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:94:0,94,1172:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1353:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1165:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1098:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:1659,141,0:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1196:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1117:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:81:0,81,896:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1300:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1217:. 1|0:81,47:128:99:1252,0,2317:. 0|1:69,72:141:99:2011,0,1813:. 0|0:5,0:5:15:0,15,175:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|1:30,61:91:99:1768,0,675:. 0|0:97,0:97:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1445:. 1|0:31,61:92:99:1745,0,706:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:0,105,1575:. 0|0:162,0:162:99:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:0,119,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:0,102,1755:. 0|0:38,0:38:93:0,93,1395:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 351273 . A T 44007.4 PASS FS=0;MQ=57.58;QD=24.01;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108600.1;SOR=0.689;VQSLOD=5.22;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=3.51;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0031;FractionInformativeReads=0.923;GC=4.76;GQ_MEAN=104.09;GQ_STDDEV=157.37;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5335;MQRankSum=-0.221;NCC=1;ReadPosRankSum=1.74;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=2736726;AF=0.067;AS_InbreedingCoeff=-0.1246;MLEAC=242;MLEAF=0.053;AN=754;AC=33 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:32,0:32:49:.:.:0,49,884:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:16:.:.:0,16,1604:. 0|0:62,0:62:45:.:.:0,45,1638:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,497:. 0|0:15,0:15:18:.:.:0,18,270:. 0|0:45,0:45:75:.:.:0,75,1238:. 0|0:36,0:36:33:.:.:0,33,495:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:66:.:.:0,66,1355:. 1|0:7,2:9:13:0|1:351254_A_T:13,0,136:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,253:. 0|0:20,0:20:19:.:.:0,19,506:. 0|0:12,0:12:17:.:.:0,17,340:. 0|0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 0|0:5,0:5:6:.:.:0,6,90:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,196:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,762:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,693:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1270:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,720:. 0|0:13,0:13:6:.:.:0,6,90:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:29,0:29:52:.:.:0,52,778:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:10,0:10:9:.:.:0,9,135:. 0|0:40,0:40:60:.:.:0,60,1011:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:30,0:30:14:.:.:0,14,695:. 0|0:29,1:30:85:0|1:351254_A_T:0,85,1250:. 0|0:36,0:36:18:.:.:0,18,948:. 1|0:19,8:27:99:.:.:218,0,727:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,720:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,808:. 0|0:17,0:17:27:.:.:0,27,405:. 0|0:32,0:32:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:18:.:.:0,18,270:. 0|0:31,0:31:18:.:.:0,18,270:. 0|0:62,0:62:80:.:.:0,80,1215:. 0|0:46,0:46:30:.:.:0,30,450:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,1:16:39:0|1:351268_A_T:0,39,510:. 0|0:27,0:27:87:0|1:351273_A_T:0,87,1172:. 0|0:16,0:16:9:.:.:0,9,135:. 0|0:19,0:19:2:.:.:0,2,438:. 0|0:39,0:39:48:.:.:0,48,720:. 0|0:26,0:26:83:0|1:351273_A_T:0,83,1176:. 1|1:0,7:7:20:1|1:351261_A_T:303,20,0:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:27:.:.:0,27,405:. 0|0:23,0:23:33:.:.:0,33,495:. 0|0:16,0:16:50:.:.:0,50,634:. 1|1:0,18:18:54:1|1:351254_A_T:787,54,0:. 0|0:48,0:48:57:.:.:0,57,855:. 0|0:65,0:65:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:70,0:70:66:.:.:0,66,990:. 0|0:37,0:37:57:.:.:0,57,855:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,26:. 0|0:100,0:100:63:.:.:0,63,945:. 0|0:27,0:27:9:.:.:0,9,135:. 0|0:44,0:44:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,126,1787:. 0|0:26,0:26:39:.:.:0,39,585:. 0|0:18,0:18:30:.:.:0,30,441:. 0|0:38,0:38:53:.:.:0,53,968:. 0|0:12,0:12:5:.:.:0,5,297:. 0|0:26,0:26:12:.:.:0,12,589:. 0|0:66,0:66:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:66:.:.:0,66,990:. 0|0:47,0:47:35:.:.:0,35,1047:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,103:. 0|0:48,0:48:60:.:.:0,60,900:. 0|0:58,0:58:54:.:.:0,54,810:. 0|0:30,0:30:21:.:.:0,21,315:. 1|0:6,2:8:66:.:.:66,0,189:. 0|0:28,0:28:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,609:. 0|0:33,0:33:11:.:.:0,11,767:. 0|0:30,0:30:51:.:.:0,51,765:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1339:. 0|0:41,0:41:32:.:.:0,32,1000:. 0|0:61,0:61:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:12,0:12:34:0|1:351261_A_T:0,34,537:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,290:. 0|0:68,0:68:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:2,2:4:49:0|1:351267_A_ATAGTTT:49,0,79:. 0|0:57,0:57:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:32,0:32:42:.:.:0,42,630:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,299:. 0|0:22,0:22:67:0|1:351268_A_T:0,67,557:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,564:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,113:. 0|1:4,9:13:99:.:.:361,0,146:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1298:. 0|0:34,0:34:63:.:.:0,63,945:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,184:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:21:.:.:0,21,315:. 0|0:90,0:90:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:16,2:18:21:0|1:351261_A_T:21,0,837:. 0|0:69,0:69:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:10,1:11:11:0|1:351254_A_T:11,0,397:. 0|0:71,0:71:59:.:.:0,59,1699:. 0|0:25,0:25:14:.:.:0,14,621:. 0|1:14,8:22:99:.:.:246,0,529:. 0|0:77,0:77:22:.:.:0,22,1891:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,81:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:46,0:46:53:.:.:0,53,1123:. 0|0:19,1:20:55:0|1:351268_A_T:0,55,717:. 0|0:76,0:76:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:45:.:.:0,45,675:. 0|0:39,0:39:39:.:.:0,39,585:. 0|0:24,0:24:80:0|1:351254_A_T:0,80,1174:. 0|0:72,0:72:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:60:.:.:0,60,900:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:. 1|0:3,8:11:42:0|1:351254_A_T:183,0,42:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,908:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,587:. 0|0:49,0:49:42:.:.:0,42,630:. 0|0:42,0:42:54:.:.:0,54,810:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,912:. 0|0:57,0:57:24:.:.:0,24,360:. 0|0:90,0:90:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,2:2:4:1|1:351254_A_T:86,4,0:. 1|1:0,6:6:15:1|1:351254_A_T:265,15,0:. 0|0:36,0:36:33:.:.:0,33,495:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,10:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,5:5:13:1|1:351269_A_T:189,13,0:. 0|0:0,2:2:5:1|1:351254_A_T:88,5,0:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:47,0:47:32:.:.:0,32,1130:. 0|0:15,0:15:26:.:.:0,26,361:. 0|0:46,0:46:48:.:.:0,48,720:. 0|0:12,0:12:12:.:.:0,12,180:. 0|0:35,0:35:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,0:37:42:.:.:0,42,630:. 0|0:12,1:13:34:0|1:351261_A_T:0,34,539:. 0|0:88,0:88:57:.:.:0,57,855:. 0|0:32,0:32:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,9:9:27:1|1:351254_A_T:386,27,0:. 0|0:88,0:88:51:.:.:0,51,765:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,46:. 0|0:31,0:31:99:0|1:351268_A_T:0,103,1467:. 0|1:15,5:20:62:.:.:62,0,660:. 0|0:57,2:59:99:.:.:0,102,2433:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:42:.:.:0,42,630:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|0:38,0:38:6:.:.:0,6,90:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:3,6:9:38:0|1:351254_A_T:129,0,38:. 0|0:42,0:42:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,10:10:30:.:.:443,30,0:. 0|0:40,0:40:99:0|1:351254_A_T:0,126,1809:. 0|0:22,2:24:26:.:.:0,26,905:. 0|0:29,0:29:12:.:.:0,12,180:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1555:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:62,0:62:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:24,0:24:16:.:.:0,16,579:. 1|1:0,8:8:24:.:.:289,24,0:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,705:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:42:.:.:0,42,630:. 0|0:92,0:92:95:.:.:0,95,2309:. 0|0:46,0:46:48:.:.:0,48,720:. 0|0:88,0:88:26:.:.:0,26,1972:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,96:. 0|0:58,0:58:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:77,0:77:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:118,0:118:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:60,0:60:48:.:.:0,48,720:. 0|0:54,0:54:36:.:.:0,36,540:. 0|0:46,0:46:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:24:.:.:0,24,360:. 0|0:52,0:52:63:.:.:0,63,945:. 0|0:52,0:52:27:.:.:0,27,405:. 0|0:43,0:43:15:.:.:0,15,225:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:57:.:.:0,57,855:. 1|0:8,10:18:99:0|1:351254_A_T:294,0,293:. 0|0:60,0:60:50:.:.:0,50,1386:. 0|0:43,0:43:34:.:.:0,34,1023:. 0|0:32,0:32:45:.:.:0,45,675:. 0|0:28,0:28:34:.:.:0,34,664:. 0|0:32,0:32:45:.:.:0,45,675:. 0|0:32,0:32:30:.:.:0,30,450:. 0|0:53,0:53:36:.:.:0,36,540:. 0|0:19,0:19:27:.:.:0,27,405:. 0|1:4,7:11:99:0|1:351273_A_T:254,0,148:. 0|0:26,0:26:84:0|1:351254_A_T:0,84,1248:. 0|0:48,0:48:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:32,2:34:17:0|1:351268_A_T:0,17,1328:. 0|0:33,0:33:30:.:.:0,30,450:. 1|0:5,1:6:6:0|1:351261_A_T:6,0,207:. 0|0:34,0:34:66:.:.:0,66,990:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,426:. 0|0:6,0:6:18:0|1:351269_A_T:0,18,271:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,187:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:35,0:35:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:24:.:.:0,24,360:. 0|0:8,0:8:9:.:.:0,9,135:. 0|0:28,0:28:24:.:.:0,24,360:. 0|0:22,0:22:12:.:.:0,12,180:. 0|0:66,0:66:51:.:.:0,51,765:. 0|0:42,0:42:12:.:.:0,12,916:. 0|0:0,1:1:3:.:.:44,3,0:. 0|0:18,0:18:2:.:.:0,2,401:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,577:. 0|0:18,0:18:21:.:.:0,21,315:. 0|0:55,0:55:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:73:.:.:0,73,1164:. 0|0:24,0:24:82:0|1:351254_A_T:0,82,1047:. 1|1:0,10:10:29:1|1:351261_A_T:402,29,0:. 0|0:21,0:21:30:.:.:0,30,450:. 0|0:25,0:25:24:.:.:0,24,360:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:11,0:11:9:.:.:0,9,135:. 0|0:60,0:60:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:15,3:18:37:0|1:351254_A_T:37,0,570:. 1|0:15,3:18:59:0|1:351254_A_T:59,0,622:. 0|0:33,2:35:60:0|1:351268_A_T:0,60,740:. 0|0:18,0:18:58:0|1:351264_TAAAAA_T:0,58,780:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1665:. 0|0:21,0:21:18:.:.:0,18,478:. 0|0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0|0:52,0:52:36:.:.:0,36,540:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,4:43:20:0|1:351254_A_T:20,0,1795:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:78,0:78:12:.:.:0,12,180:. 1|0:3,3:6:99:.:.:116,0,158:. 0|0:29,0:29:42:.:.:0,42,630:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:62,0:62:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,79:. 0|0:15,0:15:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,2:2:7:1|1:351261_A_T:91,7,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:. 0|0:27,0:27:39:.:.:0,39,585:. 0|0:12,0:12:3:.:.:0,3,45:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,82:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,71:. 0|0:15,0:15:27:.:.:0,27,405:. 0|0:24,0:24:30:.:.:0,30,450:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:9,0:9:3:.:.:0,3,45:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,225:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 0|0:29,0:29:18:.:.:0,18,270:. 0|0:40,0:40:24:.:.:0,24,360:. 0|0:27,0:27:33:.:.:0,33,753:. 0|0:15,0:15:12:.:.:0,12,180:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,147:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,180:. 0|0:12,0:12:15:.:.:0,15,225:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,213:. 0|0:52,0:52:27:.:.:0,27,405:. 0|0:11,0:11:3:.:.:0,3,45:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,605:. 0|0:35,0:35:30:.:.:0,30,450:. 0|0:13,0:13:6:.:.:0,6,90:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,15:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,225:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,626:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:14,0:14:9:.:.:0,9,135:. 0|0:30,0:30:27:.:.:0,27,405:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:10,0:10:6:.:.:0,6,90:. 0|0:23,0:23:12:.:.:0,12,180:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,60:. 0|0:8,0:8:3:.:.:0,3,45:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,919:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,93:. 0|0:53,0:53:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,233:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,69:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:17,0:17:12:.:.:0,12,180:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,28:. 0|0:15,0:15:21:.:.:0,21,315:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:12 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,40:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:10:.:.:0,10,410:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:39,0:39:33:.:.:0,33,495:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:58 0|0:67,0:67:60:.:.:0,60,900:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:15 0|0:16,0:16:12:.:.:0,12,180:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,362:. 0|0:46,0:46:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:30:.:.:0,30,450:. 0|0:77,0:77:27:.:.:0,27,405:. 0|0:64,0:64:51:.:.:0,51,765:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,739:. 0|0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:15:.:.:0,15,446:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:9 0|0:14,0:14:6:.:.:0,6,90:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:6 0|0:13,0:13:21:.:.:0,21,315:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,424:. 0|0:32,0:32:30:.:.:0,30,450:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,688:. 0|0:48,0:48:33:.:.:0,33,495:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:30,0:30:24:.:.:0,24,360:. 0|0:42,0:42:63:.:.:0,63,945:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:9 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:32,0:32:30:.:.:0,30,949:. 0|0:44,0:44:30:.:.:0,30,450:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:6 0|0:80,0:80:63:.:.:0,63,945:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:3 0|0:17,0:17:15:.:.:0,15,462:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:0 0|0:34,0:34:18:.:.:0,18,270:. 0|0:150,0:150:.:.:.:.:60 0|0:60,0:60:80:.:.:0,80,1747:. 0|0:33,0:33:27:.:.:0,27,405:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:. 0|0:44,0:44:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:14,0:14:10:.:.:0,10,433:. 0|0:26,0:26:15:.:.:0,15,225:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:12,0:12:12:.:.:0,12,180:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:44,0:44:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:18 0|0:5,0:5:.:.:.:.:6 0|0:42,0:42:39:.:.:0,39,585:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:3:.:.:0,3,45:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:12 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,474:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:15 0|0:75,0:75:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,179:. 0|0:38,0:38:9:.:.:0,9,135:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:18 0|0:13,0:13:15:.:.:0,15,225:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:27 0|0:14,0:14:7:.:.:0,7,383:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,144:. 0|0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,512:. 0|0:19,0:19:21:.:.:0,21,315:. 0|0:25,0:25:39:.:.:0,39,585:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,64:. 0|1:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 1|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,26:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0|0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,240:. 0|0:24,0:24:12:.:.:0,12,180:. 0|0:10,0:10:15:.:.:0,15,255:. 0|0:38,0:38:19:.:.:0,19,1103:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:24,0:24:21:.:.:0,21,315:. 0|0:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,36:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,213:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,149:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,131:. 0|0:14,0:14:.:.:.:0,0,0:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,159:. 0|0:7,0:7:.:.:.:0,0,0:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,270:. 0|0:7,0:7:3:.:.:0,3,45:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,391:. 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. 0|0:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,205:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:9,0:9:12:.:.:0,12,180:. 0|0:15,0:15:11:.:.:0,11,457:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:13,0:13:.:.:.:0,0,0:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,76:. Pf3D7_01_v3 352549 . A G 288671 PASS FS=0.564;MQ=61.78;QD=19.57;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PSOP24;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108700.1;SOR=0.62;VQSLOD=5;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1525;FractionInformativeReads=0.996;GC=33.33;GQ_MEAN=248.64;GQ_STDDEV=492.52;HRun=0;InbreedingCoeff=0.2948;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.023;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=2892281;AF=0.062;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=317;MLEAF=0.063;AN=826;AC=89 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1230:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1332:. 0|0:23,0:23:60:0,60,714:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1179:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1216:. 0|1:21,16:37:99:314,0,557:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1034:. 1|0:43,14:57:99:232,0,1165:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:3,0:3:9:0,9,84:. 0|0:14,0:14:42:0,42,435:. 0|0:4,0:4:12:0,12,115:. 0|0:11,0:11:33:0,33,337:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:13,0:13:28:0,28,358:. 0|0:32,0:32:84:0,84,960:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:6:0,6,63:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1047:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:2,0:2:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|1:14,17:31:99:352,0,330:. 0|0:57,0:57:99:0,103,1405:. 0|0:38,0:38:56:0,56,1018:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 1|0:64,9:73:32:32,0,1720:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1163:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:43,0:43:72:0,72,1167:. 0|1:7,26:33:88:579,0,88:. 0|0:37,0:37:83:0,83,1039:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1104:. 0|0:32,0:32:84:0,84,1260:. 1|1:0,65:65:99:1645,193,0:. 1|1:0,81:81:99:2135,241,0:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1112:. 0|1:9,2:11:21:21,0,240:. 0|0:14,0:14:33:0,33,495:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:42,5:47:8:0,8,1125:. 0|0:33,0:33:99:0,99,927:. 1|0:6,4:10:88:88,0,135:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1274:. 1|0:76,18:94:99:247,0,2060:. 1|0:39,6:45:20:20,0,1015:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:43:0,43,665:. 0|0:35,0:35:99:0,101,1021:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1136:. 0|0:26,0:26:72:0,72,725:. 0|0:64,0:64:99:0,111,1665:. 1|0:7,29:36:74:664,0,74:. 0|0:37,0:37:99:0,99,976:. 0|0:34,0:34:99:0,102,907:. 0|0:22,0:22:66:0,66,585:. 0|1:35,7:42:75:75,0,919:. 0|1:50,15:65:99:196,0,1261:. 0|0:33,0:33:72:0,72,1080:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|1:21,35:56:99:803,0,457:. 0|0:25,0:25:62:0,62,681:. 1|0:8,6:14:99:123,0,203:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1146:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 1|1:6,57:63:7:1374,7,0:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|1:28,12:40:99:182,0,702:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:60:0,60,535:. 1|0:10,22:32:99:524,0,213:. 0|0:34,0:34:72:0,72,996:. 0|0:18,0:18:54:0,54,502:. 0|0:24,0:24:64:0,64,749:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,895:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1232:. 0|0:40,0:40:99:0,102,990:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1024:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1437:. 0|0:74,0:74:99:0,118,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,104,1134:. 0|0:12,0:12:15:0,15,300:. 0|0:25,0:25:57:0,57,855:. 1|0:4,30:34:8:662,0,8:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1242:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1218:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:1361,150,0:. 1|0:17,28:45:99:636,0,325:. 0|1:36,41:77:99:826,0,847:. 0|0:94,0:94:99:0,99,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1150:. 0|0:83,0:83:99:0,103,1620:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1218:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1003:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1083:. 1|1:0,95:95:99:2621,284,0:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1155:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|1:37,8:45:80:80,0,906:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1710:. 0|0:30,3:33:15:0,15,807:. 0|0:83,0:83:99:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1590:. 1|0:4,29:33:20:639,0,20:. 0|0:36,0:36:99:0,100,1014:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1172:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 1|1:3,88:91:99:2300,174,0:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 1|1:0,28:28:83:705,83,0:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1051:. 1|0:49,22:71:99:271,0,1208:. 0|0:36,0:36:75:0,75,1125:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:0,104,1665:. 0|0:41,0:41:81:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1050:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 1|0:28,11:39:99:180,0,710:. 0|1:39,8:47:71:71,0,989:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1007:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1155:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1086:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1031:. 0|0:31,0:31:75:0,75,824:. 1|1:5,48:53:13:1126,13,0:. 1|0:65,23:88:99:353,0,1609:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1294:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1033:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:24:0,24,241:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1234:. 0|0:20,0:20:51:0,51,765:. 1|0:9,12:21:99:239,0,206:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1352:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1201:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1048:. 1|1:2,46:48:99:1186,101,0:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1106:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1352:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1417:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1323:. 0|0:3,0:3:9:0,9,85:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:81:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1310:. 0|0:33,0:33:99:0,99,889:. 0|1:24,43:67:99:949,0,536:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:42,3:45:49:0,49,1198:. 0|1:56,29:85:99:528,0,1387:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1251:. 0|0:34,0:34:99:0,99,963:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1021:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1075:. 0|0:54,4:58:64:0,64,1488:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1147:. 0|0:28,0:28:84:0,84,742:. 1|1:0,43:43:99:1158,129,0:. 0|0:92,0:92:99:0,114,1710:. 0|0:29,0:29:69:0,69,1035:. 0|0:40,0:40:99:0,106,1065:. 0|0:48,0:48:99:0,112,1213:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1118:. 1|1:1,25:26:45:631,45,0:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1082:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|1:24,21:45:99:388,0,586:. 1|1:0,31:31:93:838,93,0:. 0|0:14,0:14:42:0,42,439:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1188:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:80,6:86:91:0,91,2229:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1257:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,101,985:. 1|0:6,20:26:99:452,0,99:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:35,0:35:99:0,102,946:. 1|1:0,38:38:99:1009,113,0:. 0|1:13,51:64:99:1088,0,173:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1408:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1219:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1189:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1160:. 1|0:12,17:29:99:381,0,290:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 1|0:27,5:32:48:48,0,706:. 0|0:36,0:36:99:0,108,954:. 0|1:9,26:35:99:587,0,171:. 0|0:37,0:37:87:0,87,1305:. 0|0:24,0:24:60:0,60,729:. 1|1:0,16:16:48:457,48,0:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1156:. 0|1:39,9:48:99:102,0,1040:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,882:. 0|0:27,0:27:60:0,60,755:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 1|0:51,6:57:1:1,0,1372:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1057:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 1|1:1,14:15:13:350,13,0:. 0|0:75,0:75:99:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:0,99,998:. 0|0:3,0:3:9:0,9,85:. 1|0:40,10:50:93:93,0,1047:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,113,1422:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1366:. 0|0:33,0:33:99:0,99,930:. 0|0:23,0:23:60:0,60,603:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 1|0:26,7:33:90:90,0,698:. 0|0:13,0:13:27:0,27,405:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1083:. 1|0:72,34:106:99:614,0,1864:. 0|1:24,26:50:99:544,0,543:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1184:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1035:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1130:. 0|0:22,0:22:60:0,60,682:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1530:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:23,0:23:57:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1125:. 1|0:1,7:8:6:172,0,6:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 1|1:0,17:17:51:513,51,0:. 0|0:19,0:19:42:0,42,591:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:24,0:24:69:0,69,1035:. 0|1:15,8:23:99:204,0,434:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:14,0:14:33:0,33,495:. 0|0:2,0:2:3:0,3,45:. 0|0:31,0:31:84:0,84,1047:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:42:0,42,630:. 0|0:5,0:5:15:0,15,185:. 0|0:12,0:12:36:0,36,388:. 0|0:21,0:21:63:0,63,724:. 0|0:6,0:6:18:0,18,211:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:23,0:23:48:0,48,720:. 0|0:8,0:8:15:0,15,225:. 0|0:11,0:11:21:0,21,315:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:6,0:6:12:0,12,180:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:29,0:29:71:0,71,884:. 0|0:1,0:1:3:0,3,35:. 0|0:15,0:15:36:0,36,540:. 0|0:29,0:29:78:0,78,1170:. 0|0:5,0:5:9:0,9,135:. 0|0:6,0:6:18:0,18,197:. 1|1:0,14:14:42:443,42,0:. 0|0:2,0:2:6:0,6,62:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:20,0:20:45:0,45,675:. 0|0:36,0:36:99:0,103,1156:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1153:. 0|0:38,0:38:79:0,79,1217:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1164:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:2,0:2:6:0,6,68:. 0|0:6,0:6:.:.:18 1|1:2,21:23:1:567,1,0:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1204:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:.:.:108 0|0:28,0:28:71:0,71,855:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1456:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:8,0:8:.:.:21 0|1:40,32:72:99:788,0,1164:. 0|0:26,0:26:.:.:51 0|0:37,0:37:99:0,102,1209:. 0|0:25,0:25:54:0,54,810:. 0|0:17,0:17:.:.:51 0|0:22,0:22:51:0,51,765:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1096:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1186:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1198:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1214:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1205:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1312:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1031:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1440:. 0|0:15,0:15:.:.:36 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:15,0:15:11:0,11,390:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1176:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1196:. 0|0:22,0:22:60:0,60,706:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1108:. 1|1:0,67:67:99:2074,201,0:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:9,0:9:.:.:27 0|0:38,0:38:99:0,108,1255:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1069:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1348:. 0|0:19,0:19:.:.:57 0|0:36,0:36:99:0,99,1152:. 0|0:6,0:6:.:.:18 0|0:37,0:37:99:0,99,1114:. 0|0:35,0:35:.:.:99 0|0:57,2:59:99:0,128,1738:. 0|0:28,0:28:.:.:60 0|0:43,0:43:99:0,99,1440:. 0|0:38,0:38:.:.:99 0|0:33,0:33:99:0,99,1009:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1031:. 0|0:12,0:12:.:.:33 0|0:35,0:35:99:0,99,1162:. 0|0:20,0:20:48:0,48,720:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1004:. 1|0:3,0:3:.:.:9 0|0:36,0:36:91:0,91,1038:. 0|0:34,0:34:.:.:99 0|0:33,0:33:99:0,99,992:. 0|0:25,0:25:.:.:54 0|0:17,0:17:.:.:51 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1072:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1077:. 0|0:39,0:39:.:.:99 0|0:15,0:15:45:0,45,498:. 0|0:15,0:15:.:.:42 0|0:33,0:33:99:0,99,1141:. 1|1:0,31:31:93:916,93,0:. 0|0:8,0:8:24:0,24,252:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1138:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:.:.:102 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:15,0:15:27:0,27,394:. 0|0:33,0:33:84:0,84,1260:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:24,0:24:57:0,57,855:. 0|0:20,0:20:42:0,42,630:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1314:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1128:. 0|0:19,0:19:42:0,42,630:. 0|0:37,0:37:81:0,81,1215:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:5,0:5:15:0,15,165:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:16,0:16:36:0,36,540:. 1|1:0,55:55:99:1614,163,0:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1123:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1008:. 0|0:3,0:3:9:0,9,106:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:14,0:14:33:0,33,495:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 1|1:0,38:38:99:1079,113,0:. 0|0:29,0:29:72:0,72,867:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1710:. 0|0:1,0:1:3:0,3,30:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:33,0:33:99:0,99,999:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:11,0:11:33:0,33,353:. 1|1:1,10:11:1:277,1,0:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:4,0:4:9:0,9,135:. 0|0:43,0:43:90:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1062:. 0|0:26,0:26:57:0,57,855:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:6,0:6:18:0,18,182:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1143:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1306:. Pf3D7_01_v3 353274 . C T 7.94044e+06 PASS FS=0;MQ=60;QD=26.26;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V980I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gta/Ata;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PSOP24;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108700.1;SOR=0.7;VQSLOD=8.75;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.52;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=14.29;GQ_MEAN=299.45;GQ_STDDEV=416.35;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8117;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.11;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13628627;AF=0.285;AS_InbreedingCoeff=0.3481;MLEAC=1507;MLEAF=0.287;AN=856;AC=232 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:37,25:62:99:.:.:627,0,918:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:67,23:90:99:.:.:485,0,1601:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,68:75:33:.:.:2001,33,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1754,162,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2555,238,0:. 0|1:17,42:59:99:.:.:1191,0,322:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1281:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1727:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1425:. 1|1:5,54:59:28:.:.:1578,28,0:. 0|0:23,0:23:35:.:.:0,35,582:. 0|0:27,0:27:52:.:.:0,52,733:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,415:. 1|1:3,39:42:58:.:.:1205,58,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1296:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1104:. 0|1:35,46:81:99:.:.:1200,0,743:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,69:70:99:.:.:2157,183,0:. 0|0:29,0:29:58:.:.:0,58,747:. 0|1:89,29:118:99:.:.:508,0,2025:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1387:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2072,198,0:. 0|1:55,34:89:99:.:.:797,0,1242:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,27:71:99:.:.:631,0,989:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1387:. 1|0:90,58:148:99:.:.:1354,0,2037:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:11,28:39:99:.:.:766,0,189:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2319,225,0:. 0|0:131,0:131:0:.:.:0,0,2885:. 0|1:62,69:131:99:.:.:1710,0,1296:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,254:254:99:.:.:7799,763,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,28:82:99:.:.:611,0,1212:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:46,17:63:99:.:.:344,0,1079:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3241,310,0:. 1|0:21,7:28:99:.:.:109,0,496:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1561:. 1|0:69,31:100:99:.:.:686,0,1624:. 1|1:3,69:72:99:.:.:2057,131,0:. 1|0:62,17:79:99:.:.:282,0,1454:. 0|0:80,0:80:67:.:.:0,67,1896:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,330:330:99:.:.:10372,992,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1599,156,0:. 0|1:91,23:114:99:.:.:383,0,2170:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1235:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1908,192,0:. 0|0:36,0:36:76:.:.:0,76,952:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3242,313,0:. 1|1:4,70:74:99:.:.:2087,108,0:. 1|0:123,100:223:99:.:.:2387,0,2614:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:57,28:85:99:.:.:619,0,1294:. 1|0:38,31:69:99:.:.:676,0,840:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:101,23:124:99:.:.:349,0,2396:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2146,213,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:18,96:114:99:.:.:2639,0,154:. 0|1:141,31:172:99:.:.:441,0,3401:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,32:80:99:.:.:728,0,1034:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1371:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:22,229:251:99:.:.:6463,161,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,102:121:99:.:.:2781,0,141:. 1|0:45,88:133:99:.:.:2316,0,836:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:195,38:233:99:.:.:453,0,4653:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7093,682,0:. 0|1:74,129:203:99:.:.:3345,0,1369:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,131:209:99:.:.:3436,0,1490:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,101:158:99:.:.:2671,0,1131:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4889,484,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5442,535,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:131,38:169:99:.:.:669,0,3005:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,47:143:99:.:.:1078,0,2242:. 0|1:63,86:149:99:.:.:2172,0,1288:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,150:165:99:.:.:4152,103,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,36:149:99:.:.:692,0,2685:. 1|0:168,26:194:99:.:.:204,0,3953:. 0|1:192,33:225:99:.:.:290,0,4413:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,155:169:99:.:.:4450,125,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,212:213:99:.:.:6636,630,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1263:. 1|0:16,119:135:29:.:.:3289,0,29:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1171:. 1|1:2,219:221:99:.:.:6652,611,0:. 0|1:47,17:64:99:.:.:347,0,1109:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:31,58:89:99:.:.:1420,0,566:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1357:. 1|1:14,125:139:71:.:.:3540,71,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2877,280,0:. 0|1:107,38:145:99:.:.:738,0,2531:. 1|0:51,67:118:99:.:.:1717,0,1066:. 1|1:22,187:209:13:.:.:5305,13,0:. 1|0:154,25:179:99:.:.:219,0,3608:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,3:3:9:.:.:95,9,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,76:160:99:.:.:1849,0,1839:. 0|1:130,38:168:99:.:.:644,0,3060:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:58,91:149:99:.:.:2389,0,1149:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,23:97:99:.:.:430,0,1760:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2520,238,0:. 1|0:48,80:128:99:.:.:2115,0,978:. 0|0:146,0:146:19:.:.:0,19,3256:. 0|1:118,67:185:99:.:.:1499,0,2774:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1164:. 1|1:0,269:269:99:.:.:8311,809,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5315,511,0:. 1|1:8,155:163:99:.:.:4504,274,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,89:107:99:.:.:2471,0,186:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,44:106:99:.:.:1002,0,1272:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4513,448,0:. 1|0:84,47:131:99:.:.:1061,0,1857:. 1|0:90,18:108:99:.:.:199,0,2060:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2517,243,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,52:109:99:.:.:1286,0,1237:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3902,376,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:5,79:84:99:.:.:2280,114,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:6595,631,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4325,427,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1645:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,56:71:99:.:.:1538,0,206:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,15:68:99:.:.:246,0,1185:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1200:. 1|0:28,57:85:99:.:.:1500,0,461:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3403,325,0:. 0|1:50,70:120:99:.:.:1817,0,977:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,68:108:99:.:.:1764,0,769:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1446:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2654,259,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:121,77:198:99:.:.:1784,0,2733:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,224:. 1|0:114,50:164:99:.:.:1055,0,2612:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4534,436,0:. 0|1:58,77:135:99:.:.:1922,0,1179:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,22:55:99:.:.:524,0,760:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,725:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,228:325:99:.:.:6077,0,1777:. 0|1:39,88:127:99:.:.:2351,0,688:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1347:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,14:123:58:.:.:58,0,2694:. 1|1:1,66:67:99:.:.:2089,192,0:. 0|1:62,35:97:99:.:.:823,0,1431:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,4:13:74:.:.:74,0,208:. 1|0:34,35:69:99:.:.:876,0,727:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:55:.:.:0,55,760:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:.:.:7236,604,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6772,572,0:. 1|1:0,161:161:99:.:.:5822,484,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,200:201:99:.:.:7306,574,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:8100,665,0:. 1|1:0,264:264:99:.:.:9429,794,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,228:229:99:.:.:8195,653,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1397:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:.:.:9424,797,0:. 0|1:163,41:204:99:.:.:892,0,4964:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2794,235,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3685,310,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1339:. 0|1:12,91:103:99:.:.:3032,0,113:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6268,538,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4993,412,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:1,210:211:99:.:.:7648,600,0:. 1|1:2,199:201:99:.:.:7162,533,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:473,0:473:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:.:.:5428,484,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1598:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1041:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,262:277:99:.:.:8483,374,0:. 1|0:37,182:219:99:.:.:5720,0,597:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,203:242:99:.:.:6388,0,582:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,433:438:99:.:.:15122,1176,0:. 0|1:100,23:123:99:.:.:419,0,2960:. 0|1:240,204:444:99:.:.:5863,0,6063:. 1|0:28,27:55:99:.:.:788,0,767:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,272:273:99:.:.:9381,785,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,94:103:30:.:.:3093,30,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1657:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:11,259:270:99:.:.:8544,422,0:. 0|1:21,207:228:3:.:.:6541,0,3:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:269,221:490:99:.:.:6389,0,6871:. 1|1:21,557:578:99:.:.:18522,1060,0:. 1|1:4,506:510:99:.:.:17779,1392,0:. 0|1:110,21:131:99:.:.:356,0,3343:. 1|1:2,416:418:99:.:.:14118,1185,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:26,200:226:99:.:.:6221,0,193:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,1207:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1753:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,175:219:99:.:.:5628,0,821:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5731,490,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7480,647,0:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7955,683,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:2116,175,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1488:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,282:282:99:.:.:9960,848,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:2021,177,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3323,286,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1454:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1065:. 1|1:0,280:280:99:.:.:9717,842,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,23:71:99:.:.:588,0,1368:. 1|0:207,146:353:99:.:.:4044,0,5663:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,52:199:99:.:.:1259,0,4348:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1602,132,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:3,353:356:99:.:.:12478,966,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 353661 . T C 429873 PASS FS=0.553;MQ=60;QD=19.37;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=M851V;SNPEFF_CODON_CHANGE=Atg/Gtg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PSOP24;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108700.1;SOR=0.649;VQSLOD=5.02;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-5.619;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=135.98;GQ_STDDEV=133.66;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0087;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.301;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14033364;AF=0.016;AS_InbreedingCoeff=0.9958;MLEAC=83;MLEAF=0.016;AN=858;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:0,103,1422:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,116,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1555:. 0|0:56,0:56:99:0,107,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1293:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1306:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:0,109,1416:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1273:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:0,90,940:. 0|0:16,0:16:39:0,39,585:. 0|0:38,0:38:82:0,82,1053:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1008:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|0:61,0:61:99:0,110,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1007:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:0:0,0,372:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:51,0:51:99:0,109,1390:. 0|0:47,0:47:99:0,115,1221:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1440:. 0|0:314,0:314:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1391:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,113,1253:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,103,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1103:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|1:123,33:156:99:380,0,3270:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,956:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1494:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1292:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,119,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1266:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,104,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,117,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,109,1521:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,113,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,119,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,107,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,103,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,112,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,103,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:3:0,3,1716:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,118,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,198:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,119,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,116,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,101,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1509:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1510:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,112,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:0,30,280:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1288:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:0,120,1800:. 1|0:36,74:110:99:1606,0,780:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,652:. 0|0:33,0:33:99:0,99,976:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:44,0:44:99:0,115,1512:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1033:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,577:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:7108,647,0:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:5888,543,0:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1396:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:626,0:626:99:0,120,1800:. 1|1:2,745:747:99:24500,2172,0:. 0|0:386,0:386:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:95,0:95:.:.:111 0|0:91,0:91:99:0,112,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:.:.:120 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:.:.:116 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 0|0:487,0:487:.:.:120 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:.:.:120 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 1|1:12,275:287:99:8294,420,0:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,114,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:395,0:395:.:.:120 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:.:.:120 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:0,116,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:.:.:120 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:118 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:120 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:.:.:120 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:477,0:477:.:.:120 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:.:.:115 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:.:.:117 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:99 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:.:.:112 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:.:.:120 0|0:442,0:442:.:.:120 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,118,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:.:.:120 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:494,0:494:.:.:120 0|0:514,0:514:99:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:0,120,1800:. 0|1:83,17:100:99:250,0,2597:. 0|0:364,0:364:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:.:.:117 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:.:.:120 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1753:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,112,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1505:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,119,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,768:. 0|0:281,0:281:99:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,886:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,118,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,103,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:0,120,1800:. 0|0:567,0:567:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1625:. 0|0:20,0:20:60:0,60,684:. 0|0:312,0:312:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,102,1800:. Pf3D7_01_v3 356027 . C T 264023 PASS FS=0;MQ=58.14;QD=22.11;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G62E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gGa/gAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PSOP24;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108700.1;SOR=0.714;VQSLOD=5.66;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=0;GC=23.81;NCC=0;InbreedingCoeff=-0;BaseQRankSum=5.83;ClippingRankSum=0.011;MQRankSum=0.24;ReadPosRankSum=0.86;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=8921941;AF=0.004187;MLEAC=20;MLEAF=0.003807;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1325:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1439:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1134:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1174:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:25,11:36:99:.:.:245,0,626:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1456:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1558:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:25,0:25:42:.:.:0,42,665:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:38,0:38:92:.:.:0,92,1043:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1250:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,955:. 0|0:39,0:39:98:.:.:0,98,1049:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,555:. 0|0:9,0:9:6:.:.:0,6,204:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1456:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1386:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1421:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1100:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1440:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1321:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1704:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1221:. 1|0:40,78:118:99:.:.:2009,0,765:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1016:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1268:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1295:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1668:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1006:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1669:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1134:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,982:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1043:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1282:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1213:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1548:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1512:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1651:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,41:141:99:.:.:823,0,2264:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1723:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1545:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1561:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1663:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1315:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1383:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1546:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,1401:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1489:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1523:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1268:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1245:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1769:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1569:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1322:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1420:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1479:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1683:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1375:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1777:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1335:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1404:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1650:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1786:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1609:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1783:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1062:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1369:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 1|0:121,25:146:99:.:.:319,0,2966:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1687:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1034:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1200:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,156:156:99:.:.:5533,469,0:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4580,394,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,267:267:99:.:.:9531,803,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,158:160:99:.:.:5458,415,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:106 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1445:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:143,0:143:.:.:.:.:120 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:.:.:.:.:120 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,109,1347:. 0|0:124,0:124:.:.:.:.:120 1|1:0,72:72:99:.:.:2485,216,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,175:234:99:.:.:5302,0,1260:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:.:.:.:.:120 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:114,0:114:.:.:.:.:120 0|1:33,10:43:99:.:.:201,0,968:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:102 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:104 0|0:149,0:149:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:117 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:.:.:.:.:99 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:100 0|0:143,0:143:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:.:.:120 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:41 0|0:162,0:162:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:139,0:139:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:120 0|0:127,0:127:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:.:.:120 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:.:.:.:.:120 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1177:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1390:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1393:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1625:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1456:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. Pf3D7_01_v3 356341 . T A 29164.9 PASS FS=0.565;MQ=54.33;QD=21.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.627;VQSLOD=3.26;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;InbreedingCoeff=-0;NCC=1;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.01;BaseQRankSum=0.775;MQRankSum=0.418;ReadPosRankSum=0;culprit=FS;set=snp;DP=2432571;AF=0.006141;MLEAC=29;MLEAF=0.006141;AN=730;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:16,0:16:12:.:.:0,12,180:. 0|0:40,0:40:57:.:.:0,57,855:. 0|0:23,0:23:36:.:.:0,36,540:. 0|0:32,0:32:20:.:.:0,20,830:. 0|0:19,0:19:24:.:.:0,24,360:. 0|0:22,0:22:30:.:.:0,30,450:. 0|0:14,0:14:21:.:.:0,21,315:. 0|0:27,0:27:39:.:.:0,39,585:. 0|0:26,0:26:33:.:.:0,33,495:. 0|0:22,0:22:24:.:.:0,24,360:. 0|0:13,0:13:24:.:.:0,24,360:. 0|0:22,0:22:24:.:.:0,24,360:. 0|0:28,0:28:36:.:.:0,36,540:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,199:. 0|0:10,0:10:6:.:.:0,6,90:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:18,0:18:36:.:.:0,36,540:. 0|0:51,0:51:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:42:.:.:0,42,630:. 0|0:52,0:52:39:.:.:0,39,585:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:23,0:23:27:.:.:0,27,405:. 0|0:42,0:42:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:15:.:.:0,15,225:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:54,0:54:54:.:.:0,54,810:. 0|0:39,0:39:63:.:.:0,63,945:. 0|0:18,0:18:15:.:.:0,15,225:. 0|0:63,0:63:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:57:.:.:0,57,855:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:42:.:.:0,42,630:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:63:.:.:0,63,945:. 0|0:18,0:18:26:.:.:0,26,491:. 0|0:29,0:29:45:.:.:0,45,675:. 0|0:31,0:31:54:.:.:0,54,810:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,962:. 0|0:48,0:48:42:.:.:0,42,630:. 0|0:60,0:60:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:73,0:73:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:29,0:29:51:.:.:0,51,765:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,270:. 0|0:29,0:29:27:.:.:0,27,405:. 0|0:29,0:29:42:.:.:0,42,630:. 0|0:49,0:49:85:.:.:0,85,1297:. 0|0:19,0:19:30:.:.:0,30,450:. 0|0:50,0:50:60:.:.:0,60,900:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:36:.:.:0,36,540:. 0|0:53,0:53:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:39:.:.:0,39,585:. 0|0:31,0:31:36:.:.:0,36,540:. 0|0:47,0:47:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:15:.:.:0,15,225:. 0|0:21,0:21:30:.:.:0,30,450:. 0|0:65,0:65:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:37,0:37:60:.:.:0,60,900:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,495:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:54:.:.:0,54,810:. 0|0:24,0:24:33:.:.:0,33,495:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:46,0:46:48:.:.:0,48,720:. 0|0:20,0:20:36:.:.:0,36,540:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:48:.:.:0,48,720:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,765:. 0|0:23,0:23:24:.:.:0,24,360:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:21,0:21:33:.:.:0,33,495:. 0|0:11,0:11:9:.:.:0,9,135:. 0|0:36,0:36:39:.:.:0,39,585:. 0|0:28,0:28:30:.:.:0,30,450:. 0|0:25,0:25:42:.:.:0,42,630:. 0|0:44,0:44:54:.:.:0,54,810:. 0|0:48,0:48:42:.:.:0,42,630:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:15:.:.:0,15,225:. 0|0:91,0:91:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:57:.:.:0,57,855:. 0|0:28,0:28:42:.:.:0,42,630:. 0|0:16,0:16:27:.:.:0,27,405:. 0|0:26,0:26:36:.:.:0,36,540:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,405:. 0|0:39,0:39:45:.:.:0,45,675:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:24:.:.:0,24,360:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1459:. 0|0:88,0:88:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:9:.:.:0,9,135:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:36:.:.:0,36,540:. 0|0:67,0:67:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:51:.:.:0,51,765:. 0|0:80,0:80:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:14,0:14:6:.:.:0,6,90:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,900:. 0|0:52,0:52:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,855:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:36:.:.:0,36,540:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:39:.:.:0,39,585:. 0|0:33,0:33:33:.:.:0,33,495:. 0|0:42,0:42:42:.:.:0,42,630:. 0|0:62,0:62:63:.:.:0,63,945:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:30,0:30:36:.:.:0,36,540:. 1|0:21,3:24:20:.:.:20,0,547:. 1|1:0,13:13:39:.:.:375,39,0:. 0|0:35,0:35:42:.:.:0,42,630:. 0|0:29,0:29:51:.:.:0,51,765:. 0|0:35,0:35:42:.:.:0,42,630:. 0|0:42,0:42:57:.:.:0,57,855:. 0|0:66,0:66:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:23,0:23:39:.:.:0,39,585:. 0|0:37,0:37:54:.:.:0,54,810:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:33:.:.:0,33,495:. 0|0:35,0:35:27:.:.:0,27,405:. 0|0:31,0:31:61:.:.:0,61,763:. 0|0:28,0:28:30:.:.:0,30,450:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,495:. 0|0:34,0:34:39:.:.:0,39,585:. 0|0:29,0:29:42:.:.:0,42,630:. 0|0:9,0:9:12:.:.:0,12,180:. 0|0:32,0:32:54:.:.:0,54,810:. 0|0:20,0:20:30:.:.:0,30,450:. 0|0:32,0:32:60:.:.:0,60,900:. 0|0:12,0:12:15:.:.:0,15,225:. 0|0:50,0:50:42:.:.:0,42,630:. 0|0:24,0:24:24:.:.:0,24,360:. 0|0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0|0:44,0:44:45:.:.:0,45,675:. 0|0:35,0:35:30:.:.:0,30,450:. 0|0:48,0:48:51:.:.:0,51,765:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:49,0:49:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:93,0:93:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:51,0:51:48:.:.:0,48,720:. 0|0:55,0:55:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:73,0:73:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:56,0:56:57:.:.:0,57,855:. 0|0:64,0:64:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:31,0:31:24:.:.:0,24,360:. 0|0:40,0:40:39:.:.:0,39,585:. 0|0:48,0:48:66:.:.:0,66,990:. 0|0:48,0:48:57:.:.:0,57,855:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:48:.:.:0,48,720:. 0|0:69,0:69:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:57:.:.:0,57,855:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,675:. 0|0:31,0:31:51:.:.:0,51,765:. 0|0:49,0:49:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:50,0:50:54:.:.:0,54,810:. 0|0:68,0:68:63:.:.:0,63,945:. 0|0:43,0:43:45:.:.:0,45,675:. 0|0:62,0:62:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:60:.:.:0,60,900:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:63:.:.:0,63,945:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:35,0:35:24:.:.:0,24,360:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:45:.:.:0,45,675:. 0|0:81,0:81:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:48:.:.:0,48,720:. 0|0:43,0:43:57:.:.:0,57,855:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1145:. 0|0:56,0:56:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:39:.:.:0,39,585:. 0|0:27,0:27:30:.:.:0,30,450:. 0|0:42,0:42:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:51:.:.:0,51,765:. 0|0:28,0:28:30:.:.:0,30,450:. 0|0:40,0:40:51:.:.:0,51,765:. 0|0:53,0:53:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:36:.:.:0,36,540:. 0|0:62,0:62:66:.:.:0,66,990:. 0|0:58,0:58:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:18:.:.:0,18,270:. 0|0:48,0:48:63:.:.:0,63,945:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1505:. 0|0:26,0:26:33:.:.:0,33,495:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:43,0:43:48:.:.:0,48,720:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,540:. 0|0:36,0:36:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,720:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:24:.:.:0,24,360:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:44,0:44:57:.:.:0,57,855:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:58,0:58:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:48:.:.:0,48,720:. 0|0:60,0:60:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:21:.:.:0,21,315:. 0|0:28,0:28:39:.:.:0,39,585:. 0|0:24,0:24:27:.:.:0,27,405:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:24:.:.:0,24,360:. 0|0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 0|0:65,0:65:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:51,0:51:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:51,0:51:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:24:.:.:0,24,360:. 0|0:77,0:77:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:24,0:24:33:.:.:0,33,495:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:51,0:51:57:.:.:0,57,855:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:60:.:.:0,60,900:. 0|0:87,0:87:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 0|0:18,0:18:15:.:.:0,15,225:. 0|0:54,0:54:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:55,0:55:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:26,0:26:39:.:.:0,39,585:. 0|0:46,0:46:45:.:.:0,45,675:. 0|0:55,0:55:60:.:.:0,60,900:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:24,0:24:33:.:.:0,33,495:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|0:50,0:50:42:.:.:0,42,630:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,250:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:22,0:22:21:.:.:0,21,315:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:18,0:18:9:.:.:0,9,135:. 0|0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:19,0:19:27:.:.:0,27,405:. 0|0:12,0:12:15:.:.:0,15,225:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:5,0:5:6:.:.:0,6,90:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:4,5:9:99:.:.:153,0,103:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 0|0:16,0:16:12:.:.:0,12,180:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,42:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:9,0:9:9:.:.:0,9,135:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:5,0:5:6:.:.:0,6,90:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,110:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:31,0:31:18:.:.:0,18,270:. 0|0:24,0:24:30:.:.:0,30,450:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:21,0:21:12:.:.:0,12,180:. 0|0:45,0:45:51:.:.:0,51,765:. 0|0:47,0:47:48:.:.:0,48,720:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:3 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:54,0:54:45:.:.:0,45,675:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:43,0:43:45:.:.:0,45,675:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:20,0:20:30:.:.:0,30,450:. 0|0:28,0:28:27:.:.:0,27,405:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:48:.:.:0,48,720:. 0|0:32,0:32:42:.:.:0,42,630:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:47,0:47:54:.:.:0,54,810:. 0|0:32,0:32:30:.:.:0,30,450:. 0|0:45,0:45:39:.:.:0,39,585:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:36:.:.:0,36,540:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,720:. 0|0:19,0:19:12:.:.:0,12,180:. 0|0:41,0:41:36:.:.:0,36,540:. 0|0:42,0:42:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,27:27:81:.:.:903,81,0:. 0|0:22,0:22:18:.:.:0,18,270:. 0|0:24,0:24:30:.:.:0,30,450:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:68,0:68:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:39:.:.:0,39,585:. 0|0:47,0:47:48:.:.:0,48,720:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:32,0:32:36:.:.:0,36,540:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:19,0:19:22:.:.:0,22,530:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:3 0|0:20,0:20:30:.:.:0,30,450:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:33,0:33:33:.:.:0,33,495:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:12 0|0:31,0:31:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:47,0:47:54:.:.:0,54,810:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|0:14,0:14:7:.:.:0,7,364:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:60:.:.:0,60,900:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:29,0:29:61:.:.:0,61,944:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:63 0|0:4,0:4:.:.:.:.:3 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,251:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:8,0:8:9:.:.:0,9,135:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,270:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:3 0|0:30,0:30:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:42:.:.:0,42,630:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,75:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:21,0:21:15:.:.:0,15,225:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,360:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,69:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:10,0:10:3:.:.:0,3,45:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,266:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:7,0:7:.:.:.:0,0,0:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0|0:14,0:14:12:.:.:0,12,180:. 0|0:15,0:15:9:.:.:0,9,135:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:8,0:8:9:.:.:0,9,135:. 0|0:16,0:16:24:.:.:0,24,360:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:9,0:9:12:.:.:0,12,180:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,156:. 0|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:30,0:30:21:.:.:0,21,315:. 0|0:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 1|0:4,7:11:99:.:.:174,0,102:. 0|0:49,0:49:39:.:.:0,39,585:. 0|0:10,0:10:9:.:.:0,9,135:. 0|0:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 0|0:16,0:16:21:.:.:0,21,315:. 0|0:7,0:7:3:.:.:0,3,45:. Pf3D7_01_v3 357946 . G A 170964 PASS FS=0;MQ=62.07;QD=23.04;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0108800;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0108800.1;SOR=0.634;VQSLOD=5.57;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.82;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0163;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=104.76;GQ_STDDEV=37.42;HRun=5;InbreedingCoeff=0.5608;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.262;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=3370361;AF=0.029;AS_InbreedingCoeff=0.5608;MLEAC=149;MLEAF=0.029;AN=832;AC=24 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:40,0:40:79:0,79,1018:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:42,0:42:98:0,98,1168:. 0|0:25,0:25:60:0,60,668:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1002:. 0|0:16,0:16:48:0,48,418:. 1|1:2,36:38:59:1111,59,0:. 0|0:38,0:38:90:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:11,0:11:24:0,24,360:. 0|0:39,0:39:62:0,62,970:. 0|0:29,0:29:72:0,72,802:. 0|0:15,0:15:30:0,30,450:. 0|1:15,4:19:76:76,0,333:. 0|0:13,0:13:27:0,27,405:. 0|0:5,0:5:15:0,15,149:. 0|0:9,0:9:27:0,27,246:. 0|0:18,0:18:36:0,36,475:. 0|0:29,0:29:35:0,35,647:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1401:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1534:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:0,36,540:. 0|0:32,0:32:74:0,74,909:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:20:0,20,367:. 0|0:7,0:7:0:0,0,124:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1048:. 0|0:28,0:28:57:0,57,855:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1216:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1188:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1191:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1110:. 0|0:83,0:83:99:0,111,1665:. 1|1:0,50:50:99:1437,149,0:. 0|0:27,0:27:63:0,63,690:. 0|0:37,0:37:96:0,96,943:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:90:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1575:. 1|1:0,75:75:99:2282,225,0:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1484:. 0|0:58,0:58:99:0,104,1427:. 0|0:29,0:29:72:0,72,772:. 0|0:33,0:33:73:0,73,835:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1207:. 1|0:21,11:32:99:234,0,460:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 1|0:102,36:138:99:666,0,2230:. 0|0:46,0:46:89:0,89,1117:. 0|0:25,0:25:51:0,51,621:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1234:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1139:. 0|0:34,0:34:85:0,85,853:. 0|0:37,0:37:54:0,54,824:. 0|0:75,0:75:99:0,108,1620:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:14:0,14,299:. 0|0:53,0:53:99:0,103,1505:. 0|0:37,0:37:82:0,82,908:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:44:0,44,447:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1124:. 0|0:21,0:21:60:0,60,695:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:62,0:62:99:0,111,1665:. 0|0:29,0:29:81:0,81,757:. 0|0:40,0:40:81:0,81,951:. 0|0:26,0:26:78:0,78,692:. 0|1:40,9:49:99:131,0,837:. 0|0:41,0:41:65:0,65,957:. 0|0:24,0:24:72:0,72,607:. 0|0:33,0:33:83:0,83,860:. 0|0:26,0:26:65:0,65,654:. 0|0:23,0:23:30:0,30,528:. 0|0:35,0:35:52:0,52,820:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1028:. 0|0:27,0:27:66:0,66,990:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:0,99,995:. 0|0:24,0:24:56:0,56,592:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1065:. 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1220:. 0|0:44,0:44:63:0,63,933:. 0|0:24,0:24:57:0,57,855:. 0|0:43,0:43:70:0,70,967:. 0|0:37,0:37:81:0,81,1215:. 0|0:48,2:50:99:0,112,1137:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,99,1800:. 1|1:0,47:47:99:1387,141,0:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1155:. 1|0:23,65:88:99:1733,0,292:. 0|0:61,0:61:99:0,117,1755:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,997:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,108,1620:. 0|1:50,27:77:99:582,0,982:. 1|1:2,176:178:99:5271,477,0:. 0|0:51,0:51:99:0,110,1334:. 0|0:90,0:90:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1581:. 0|0:68,0:68:99:0,107,1620:. 0|1:35,4:39:11:11,0,732:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1035:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1054:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1181:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1304:. 0|0:46,0:46:87:0,87,1112:. 0|0:31,0:31:71:0,71,895:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1710:. 1|0:29,24:53:99:565,0,574:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1254:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1441:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,110,1483:. 0|0:77,0:77:99:0,107,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1087:. 0|0:69,0:69:99:0,100,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1282:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,112,1178:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1233:. 0|0:66,0:66:99:0,111,1613:. 0|0:74,0:74:99:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1323:. 0|0:32,0:32:64:0,64,746:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1245:. 0|0:47,0:47:99:0,116,1285:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:61,0:61:99:0,101,1593:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1251:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1328:. 0|0:73,0:73:99:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:84:0,84,987:. 0|1:34,17:51:99:356,0,781:. 0|0:28,0:28:54:0,54,666:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,100,1613:. 0|0:86,0:86:99:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:0:0,0,63:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1084:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1239:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1257:. 0|0:42,0:42:99:0,113,1242:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1521:. 0|0:80,0:80:99:0,115,1800:. 0|0:29,0:29:63:0,63,696:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,116,1755:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1161:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1333:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1423:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1409:. 0|0:41,0:41:88:0,88,948:. 0|0:57,0:57:99:0,110,1340:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1480:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,804:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1150:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1350:. 0|0:60,0:60:99:0,101,1464:. 0|0:30,0:30:71:0,71,707:. 0|0:40,0:40:84:0,84,951:. 0|0:34,0:34:90:0,90,860:. 0|0:77,0:77:99:0,107,1800:. 0|0:27,0:27:81:0,81,694:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:81:0,81,789:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1017:. 0|0:19,0:19:30:0,30,448:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:95:0,95,1028:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:80:0,80,886:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,116,1264:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:21,0:21:22:0,22,451:. 0|0:28,0:28:29:0,29,618:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1002:. 0|0:28,0:28:84:0,84,701:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1011:. 0|0:32,0:32:78:0,78,1170:. 0|0:30,0:30:26:0,26,601:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:98:0,98,1144:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,114,1510:. 0|0:38,0:38:99:0,99,968:. 0|0:45,0:45:36:0,36,994:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 1|0:41,9:50:99:139,0,911:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1108:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1289:. 0|0:29,0:29:61:0,61,722:. 0|0:76,0:76:99:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1256:. 0|0:7,0:7:15:0,15,225:. 0|0:69,0:69:99:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 1|0:36,19:55:99:382,0,780:. 0|0:80,0:80:99:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:63:0,63,945:. 0|0:14,0:14:24:0,24,311:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1132:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 1|1:6,89:95:99:2564,118,0:. 0|0:8,0:8:18:0,18,270:. 0|0:12,0:12:27:0,27,405:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 1|0:25,23:48:99:559,0,515:. 0|0:22,0:22:16:0,16,481:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1551:. 0|0:66,0:66:99:0,110,1592:. 0|0:11,0:11:33:0,33,286:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:15,0:15:33:0,33,318:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1028:. 0|0:17,0:17:20:0,20,410:. 0|0:21,0:21:47:0,47,588:. 0|0:18,0:18:10:0,10,502:. 0|0:29,0:29:87:0,87,894:. 0|0:9,0:9:0:0,0,219:. 0|0:35,0:35:96:0,96,1440:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:19,0:19:42:0,42,630:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:51:0,51,765:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:25,0:25:75:0,75,818:. 0|0:1,0:1:3:0,3,29:. 0|0:25,0:25:58:0,58,760:. 0|0:27,0:27:64:0,64,848:. 0|0:30,0:30:69:0,69,1035:. 0|0:39,0:39:83:0,83,1129:. 0|0:29,0:29:55:0,55,824:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:23,0:23:63:0,63,816:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1106:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:26,0:26:45:0,45,762:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1082:. 0|0:26,0:26:60:0,60,802:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:7,0:7:21:0,21,236:. 0|0:35,0:35:57:0,57,1055:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:21,0:21:60:0,60,749:. 0|0:19,0:19:40:0,40,581:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:28,0:28:69:0,69,1035:. 0|0:25,0:25:62:0,62,875:. 0|0:34,0:34:29:0,29,976:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:0,111,1665:. 0|0:5,0:5:15:0,15,161:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:.:4:.:.:12 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:.:13:.:.:33 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:0,110,1426:. 0|0:73,0:73:99:0,111,1665:. 0|0:.:17:.:.:51 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:.:13:.:.:36 0|0:61,0:61:99:0,117,1755:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:.:11:.:.:33 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:94,0:94:99:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:84:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1665:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1575:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:.:8:.:.:24 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|1:.:3:.:.:9 0|0:25,0:25:30:0,30,699:. 0|0:50,0:50:99:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1515:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:.:9:.:.:24 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1377:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:.:2:.:.:6 0|0:52,0:52:99:0,116,1755:. 0|0:.:3:.:.:9 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:.:15:.:.:42 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:.:15:.:.:36 0|0:41,0:41:90:0,90,1251:. 0|0:.:44:.:.:99 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:.:5:.:.:15 0|0:43,0:43:99:0,108,1459:. 0|0:27,0:27:33:0,33,752:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|1:.:2:.:.:6 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:.:6:.:.:18 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:.:43:.:.:90 0|0:.:10:.:.:27 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1335:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|0:.:9:.:.:27 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:.:6:.:.:12 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1401:. 0|0:.:6:.:.:12 0|0:33,0:33:82:0,82,1040:. 0|0:.:4:.:.:12 0|0:29,0:29:81:0,81,987:. 0|0:16,0:16:36:0,36,540:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:13,0:13:39:0,39,420:. 0|0:26,0:26:60:0,60,900:. 0|0:16,0:16:0:0,0,351:. 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:7,0:7:21:0,21,210:. 0|0:14,0:14:30:0,30,450:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:22,0:22:60:0,60,754:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:74:0,74,903:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:4,0:4:9:0,9,135:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:16,0:16:39:0,39,585:. 0|0:7,0:7:21:0,21,255:. 0|0:1,0:1:3:0,3,28:. 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:1,0:1:3:0,3,31:. 0|0:33,0:33:75:0,75,1125:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:23,0:23:66:0,66,990:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:16,0:16:39:0,39,585:. 0|0:20,0:20:48:0,48,720:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:76,0:76:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:50:0,50,587:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1410:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|1:2,0:2:6:0,6,70:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:. Pf3D7_01_v3 365691 . C A 143071 PASS FS=0.629;MQ=59.96;QD=22.39;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L28I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ctt/Att;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=CCp5;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109100.1;SOR=0.751;VQSLOD=3.8;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=100.6;GQ_STDDEV=27.4;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8996;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.851;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=5898062;AF=0.01;AS_InbreedingCoeff=0.8996;MLEAC=53;MLEAF=0.01;AN=856;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1543:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1164:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,866:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1255:. 1|0:14,34:48:99:.:.:961,0,270:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,578:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,83:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,673:. 0|0:28,0:28:73:.:.:0,73,854:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1474:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1273:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1266:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1091:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,707:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,148:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1353:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1026:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1275:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1159:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1143:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2387,240,0:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1256:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1020:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,990:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:38,56:94:99:.:.:1437,0,785:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1284:. 0|1:60,9:69:62:1|0:365687_G_A:62,0,1610:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,648:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1757:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1388:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1182:. 0|0:50,0:50:72:.:.:0,72,1229:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1427:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,70:132:99:.:.:1699,0,1346:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1781:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,899:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1728:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1482:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,912:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1238:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1149:. 0|1:9,55:64:65:.:.:1533,0,65:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,655:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1513:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1012:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1021:. 0|1:19,24:43:99:.:.:622,0,415:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1313:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1603:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1300:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1707:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1690:. 0|1:37,6:43:52:.:.:52,0,923:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1466:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1337:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1373:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1707:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1740:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1244:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1721:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,113,1703:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1243:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1406:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1434:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1200:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1780:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1397:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1099:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1025:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1998,195,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,697:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1662:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1202:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,113,1674:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1695:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,145:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1335:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1713:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,46:107:99:.:.:1091,0,1406:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1431:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,44:73:99:.:.:1160,0,601:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1169:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1785:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,953:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1344:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1223:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1407:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:12:.:.:0,12,2356:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1175:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1128:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1079:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1353:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1520:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2576,255,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1216:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,980:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1406:. 0|1:31,18:49:99:.:.:392,0,712:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1447:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1125:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1193:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1038:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,965:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1191:. 1|1:3,55:58:89:.:.:1587,89,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1328:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,224:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1472:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,36:52:99:.:.:971,0,309:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:43,10:53:99:.:.:140,0,1068:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,654:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1213:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1354:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,453:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1193:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1395:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,30:30:90:.:.:886,90,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1691:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1250:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1144:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1314:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1147:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1706:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,289:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1763:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1707:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1257:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1501:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1425:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1655:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1498:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1297:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,487:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:114 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1678:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:102 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1179:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:116 0|0:82,0:82:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:99 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1175:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1273:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1173:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:120 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1698:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:117 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1428:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:63 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1683:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:102 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1343:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:99 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1710:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:102 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1634:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:107 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:90 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:100 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:120 0|0:51,0:51:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1273:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1591:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:114 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:108 0|0:118,0:118:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:102 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1352:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1074:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1435:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1547:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1444:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1450:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1473:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,110,1665:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1556:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1305:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1775:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1387:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1193:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1528:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1518:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1234:. Pf3D7_01_v3 366017 . G A 260837 PASS FS=0;MQ=60.65;QD=20.89;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L104;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttG/ttA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=CCp5;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109100.1;SOR=0.657;VQSLOD=4.95;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=96.91;GQ_STDDEV=20.04;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7955;NCC=1;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=6.93;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.934;culprit=FS;set=snp;DP=7359554;AF=0.009119;AS_InbreedingCoeff=0.7955;MLEAC=48;MLEAF=0.009119;AN=858;AC=14 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1737:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1452:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1425:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1162:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1480:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1428:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1600:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1362:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1487:. 0|0:32,0:32:38:.:.:0,38,780:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1162:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1382,129,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1303:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1266:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1300:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1127,116,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,387:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1143:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1324:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1303:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1215:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1079:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1351:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1284:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1328:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1757:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1388:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1182:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1427:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,828:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1353:. 0|1:61,24:85:99:.:.:459,0,1402:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,66:68:99:.:.:1953,149,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1029:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1574:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1281:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1372:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1603:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1300:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1707:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1466:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1337:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1707:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1740:. 1|0:185,26:211:99:.:.:144,0,4383:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1244:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1434:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1099:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1025:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1662:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1202:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,113,1674:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1695:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,300:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1335:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1713:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,47:98:99:.:.:1121,0,1100:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1169:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,953:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1175:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1353:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1520:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1174:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1172:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1447:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1193:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1544:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1124:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|1:67,49:116:99:.:.:1128,0,1469:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1472:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1213:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1354:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1196:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1691:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1250:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1307:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1314:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1147:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1706:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:27,0:27:71:.:.:0,71,993:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1763:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1707:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1501:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1425:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1472:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1655:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1588:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1677:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:120 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1678:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:102 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1179:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:116 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:99 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1173:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:120 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1428:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:115 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:.:.:.:.:120 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:102 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1634:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:.:.:.:.:120 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:102 0|0:229,23:252:16:.:.:0,16,6405:. 0|0:181,0:181:.:.:.:.:113 0|0:186,0:186:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:120 0|0:51,0:51:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:18,163:181:46:.:.:5036,0,46:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:114 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:108 0|0:118,0:118:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1796:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:102 0|1:188,24:212:99:.:.:193,0,5444:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1074:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1435:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1547:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1444:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1473:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1462:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1556:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,565:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1193:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1528:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,53:62:99:.:.:1709,0,119:. 1|0:125,156:281:99:.:.:4601,0,3130:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1393:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1518:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1234:. Pf3D7_01_v3 368786 . G A 460323 PASS FS=0;MQ=62.23;QD=22.46;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L1027;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttG/ttA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=CCp5;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109100.1;SOR=0.689;VQSLOD=6.42;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=0.0449;NCC=0;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.4523;GQ_MEAN=156.19;GQ_STDDEV=156.1;HRun=4;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.044;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=10227060;AF=0.023;AS_InbreedingCoeff=0.4809;MLEAC=118;MLEAF=0.022;AN=856;AC=23 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1781:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1629:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1484:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1404:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1121:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1214:. 0|1:21,25:46:99:.:.:670,0,486:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:11:.:.:0,11,351:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,887:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1356:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1394:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1267:. 0|0:43,0:43:69:.:.:0,69,1034:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:31:.:.:0,31,378:. 0|0:6,0:6:4:.:.:0,4,129:. 0|0:47,0:47:90:.:.:0,90,1173:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1351:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1608:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2451,222,0:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:11,33:44:99:.:.:870,0,173:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1516:. 1|1:0,213:213:99:.:.:6470,640,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,938:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:61:.:.:0,61,788:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1182:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,995:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1153:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1252:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1470:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1454:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1158:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1603:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1569:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,100:129:99:.:.:2639,0,418:. 0|1:55,63:118:99:.:.:1574,0,1195:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1244:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1434:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1099:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:18,164:182:27:.:.:4548,27,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,12:83:99:.:.:105,0,1722:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1169:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,6:97:99:.:.:0,101,2348:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1305:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,111,1755:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,958:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1124:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,176:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,581:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1213:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,50:97:99:.:.:1248,0,1064:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1138:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,601:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1706:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1575:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:6193,541,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1501:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1425:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,2773:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,160:163:99:.:.:5468,384,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:544,0:544:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:20,0:20:25:.:.:0,25,593:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:105 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:216,0:216:.:.:.:.:120 0|0:144,0:144:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:191,0:191:.:.:.:.:109 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:99 0|0:126,0:126:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:191,42:233:99:.:.:634,0,5542:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1173:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|1:15,82:97:99:.:.:2507,0,193:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:120 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:102 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1428:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:120 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:.:.:.:.:120 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:.:.:.:.:120 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:120 0|1:103,126:229:99:.:.:3524,0,2617:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:.:.:.:.:113 0|0:225,0:225:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:.:.:.:.:120 0|0:51,0:51:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:.:.:.:.:120 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:161,0:161:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:102 0|0:183,0:183:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:360,0:360:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1547:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1444:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1131:. 1|1:0,267:267:99:.:.:9218,803,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1556:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1460:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:10,314:324:99:.:.:10513,643,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 371480 . T G 88530.3 PASS FS=0;MQ=59.9;QD=18.9;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.717;VQSLOD=4.99;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=-0;NCC=1;BaseQRankSum=1.7;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=149.5;GQ_STDDEV=210.13;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=2.55;culprit=FS;set=snp;DP=4843307;AF=0.006262;AS_InbreedingCoeff=-0.0378;MLEAC=32;MLEAF=0.006262;AN=840;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:62,0:62:99:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,100,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,117,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,109,1750:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:0,109,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1441:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:40:0,40,592:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1259:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1162:. 0|1:24,39:63:99:944,0,580:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,580:. 0|0:25,0:25:66:0,66,990:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:5,0:5:0:0,0,103:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1240:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1269:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1673:. 0|0:87,0:87:99:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1624:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,100,1272:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1209:. 0|0:69,0:69:94:0,94,1914:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,115,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,108,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,100,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1200:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1225:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1323:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:0,72,740:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1626:. 1|0:42,85:127:99:2067,0,928:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1669:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1710:. 1|1:1,49:50:99:1322,119,0:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1495:. 0|0:66,0:66:99:0,118,1670:. 0|0:99,0:99:99:0,104,1800:. 0|0:22,0:22:63:0,63,716:. 0|0:58,0:58:99:0,106,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:63:0,63,945:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1733:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1228:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1033:. 0|0:32,0:32:90:0,90,903:. 0|0:58,0:58:99:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1159:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1122:. 0|0:61,0:61:99:0,112,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,114,1673:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1019:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1209:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1230:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1436:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1150:. 0|0:42,0:42:99:0,113,1241:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1281:. 0|0:39,0:39:99:0,111,1057:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1230:. 0|0:64,0:64:99:0,111,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,975:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,119,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:35,0:35:99:0,101,1099:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1657:. 0|0:76,0:76:99:0,102,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,102,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,108,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1404:. 0|0:142,0:142:99:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,117,1755:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1335:. 0|0:101,0:101:99:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1395:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,118,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,112,1782:. 0|0:59,0:59:99:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1438:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1570:. 0|0:65,0:65:99:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,101,1621:. 0|1:76,13:89:81:81,0,1978:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1665:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,106,1792:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:2685,302,0:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,100,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1519:. 0|0:71,0:71:99:0,105,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1611:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1011:. 0|0:48,0:48:99:0,110,1662:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1118:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:89:0,89,1063:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1005:. 0|0:66,0:66:99:0,115,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:0:0,0,2270:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,109,1800:. 0|0:6,0:6:18:0,18,174:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1432:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,110,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:0,105,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1216:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1324:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1530:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:60:0,60,1533:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1546:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1105:. 0|0:75,0:75:99:0,113,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1294:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1635:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,111,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,111,1800:. 0|0:93,0:93:86:0,86,2412:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1660:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,118,1740:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,108,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1329:. 0|0:88,0:88:99:0,101,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1324:. 0|0:53,0:53:99:0,103,1729:. 0|0:68,0:68:99:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1332:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1364:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1060:. 0|0:66,0:66:99:0,100,1800:. 0|1:29,11:40:99:163,0,760:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1352:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1173:. 0|0:46,0:46:99:0,116,1340:. 0|0:60,0:60:99:0,103,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 1|0:50,23:73:99:411,0,1220:. 0|0:59,0:59:99:0,117,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1104:. 0|0:83,0:83:99:0,102,1800:. 0|0:30,0:30:59:0,59,880:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1632:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1277:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1192:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:0,18,186:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,110,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,110,1643:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,100,1074:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,107,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,100,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:0,39,375:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1238:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,197:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:0,36,540:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1607:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:96:0,96,1440:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:57:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1362:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:3,0:3:9:0,9,103:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1266:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1392:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:28,0:28:81:0,81,992:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1475:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1355:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1485:. 0|0:6,0:6:18:0,18,205:. 0|0:18,0:18:42:0,42,630:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1331:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:25,0:25:66:0,66,990:. 0|0:35,0:35:99:0,100,1240:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1185:. 0|0:122,0:122:99:0,102,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1800:. 0|0:3,0:3:9:0,9,102:. 0|0:3,0:3:9:0,9,104:. 0|0:10,0:10:.:.:30 0|0:41,0:41:99:0,102,1359:. 0|0:87,0:87:99:0,103,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:.:.:70 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:.:.:48 0|0:49,0:49:99:0,117,1755:. 0|0:33,0:33:.:.:80 0|0:66,0:66:99:0,115,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:.:.:36 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1535:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1296:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:.:.:54 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:. 0|0:23,0:23:.:.:60 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,106,1238:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1467:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1342:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1449:. 0|0:6,0:6:.:.:15 0|0:36,0:36:99:0,105,1180:. 0|0:106,0:106:99:0,111,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1058:. 0|0:3,0:3:.:.:9 0|0:48,0:48:99:0,108,1487:. 0|0:1,0:1:.:.:3 0|0:77,0:77:99:0,101,1800:. 0|0:18,0:18:.:.:51 0|0:69,0:69:99:0,117,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:66 0|0:81,0:81:99:0,114,1800:. 0|0:98,0:98:.:.:120 0|0:39,0:39:99:0,103,1492:. 0|0:74,0:74:99:0,104,1800:. 0|0:9,0:9:.:.:24 0|0:54,0:54:99:0,104,1656:. 0|0:60,0:60:99:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1722:. 0|0:3,0:3:.:.:9 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:.:.:27 0|0:70,0:70:99:0,106,1755:. 0|0:78,0:78:.:.:99 0|0:9,0:9:.:.:27 0|0:48,0:48:99:0,103,1614:. 0|0:91,0:91:99:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:45 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:.:.:33 0|0:61,0:61:99:0,116,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:0,60,651:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:.:.:36 0|0:40,0:40:99:0,101,1495:. 0|0:2,0:2:.:.:6 0|0:42,0:42:99:0,100,1497:. 0|0:10,0:10:30:0,30,308:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1383:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1002:. 0|0:19,0:19:45:0,45,675:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1405:. 1|1:1,37:38:76:1155,76,0:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:87:0,87,1305:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:9,0:9:27:0,27,298:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:93:0,93,1079:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1480:. 0|0:25,0:25:63:0,63,945:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:5,0:5:15:0,15,150:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1418:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1501:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:6:0,6,70:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1352:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1237:. 0|0:20,0:20:60:0,60,668:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1405:. 0|0:28,0:28:81:0,81,937:. 0|0:135,0:135:99:0,117,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1407:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1388:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1330:. 0|0:18,0:18:54:0,54,628:. 0|0:3,0:3:9:0,9,109:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1319:. Pf3D7_01_v3 371495 . C T 90553.2 PASS FS=0;MQ=60.23;QD=24.82;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.743;VQSLOD=4.73;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.08;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=118.64;GQ_STDDEV=34.12;HRun=2;InbreedingCoeff=1;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.857;culprit=MQ;set=snp;DP=4901115;AF=0.002743;AS_InbreedingCoeff=0.8669;MLEAC=12;MLEAF=0.002351;AN=840;AC=4 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1750:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1441:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1762:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,765:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,677:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,492:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:56,0:56:98:.:.:0,98,1334:. 0|0:42,0:42:80:.:.:0,80,1056:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1673:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1624:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1272:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1425:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1225:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1323:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1626:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1669:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1495:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1670:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1733:. 0|1:34,15:49:99:.:.:313,0,774:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1228:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1159:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1122:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1673:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1019:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1209:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1436:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1150:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1174:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1112:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1281:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1057:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1230:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,975:. 0|1:34,80:114:99:.:.:2076,0,557:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1099:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1657:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1404:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1335:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1395:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1782:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1438:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1570:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:31:.:.:0,31,1593:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1792:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1519:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1611:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1662:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1005:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1432:. 1|0:39,38:77:99:.:.:902,0,799:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1216:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1324:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1686:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1546:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1635:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1660:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,16:60:99:.:.:257,0,1026:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,118,1740:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1324:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1729:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1332:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1364:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1220:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1352:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1173:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1340:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1757:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1632:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1277:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1192:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,256:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1643:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1074:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,393:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,224:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1607:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1392:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1475:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1485:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,253:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1331:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,688:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,956:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1240:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,102:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,104:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:14 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1359:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:46 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:51 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:81 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1535:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1296:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:48 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:63 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,517:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,106,1238:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1467:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1342:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1449:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1180:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1487:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:54 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:22,0:22:.:.:.:.:31 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:98,0:98:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1492:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:24 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1656:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1722:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:27 0|0:70,0:70:99:.:.:0,106,1755:. 0|0:78,0:78:.:.:.:.:99 0|0:7,0:7:.:.:.:.:1 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1614:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:9 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1495:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1497:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1383:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,270:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1480:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,633:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,712:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,345:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1501:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,70:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1407:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1388:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1330:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,172:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1319:. Pf3D7_01_v3 373189 . A G 1.76525e+06 PASS FS=0.832;MQ=60.21;QD=22.01;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.643;VQSLOD=3.67;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.982;GC=0;GQ_MEAN=163.47;GQ_STDDEV=132.34;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7363;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.669;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=3281526;AF=0.429;AS_InbreedingCoeff=0.7085;MLEAC=2171;MLEAF=0.428;AN=846;AC=247 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:24,22:46:99:.:.:495,0,545:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1256:. 1|0:34,10:44:99:.:.:157,0,971:. 1|0:29,14:43:99:.:.:232,0,772:. 0|1:70,18:88:99:.:.:199,0,1848:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1751:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:6,33:39:16:.:.:756,0,16:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:49,11:60:65:.:.:65,0,1371:. 0|1:29,13:42:94:.:.:94,0,683:. 1|1:1,49:50:99:.:.:1249,139,0:. 1|0:13,25:38:99:.:.:577,0,228:. 0|1:17,11:28:99:.:.:211,0,381:. 0|1:8,4:12:77:.:.:77,0,194:. 1|1:1,17:18:30:.:.:400,30,0:. 1|1:0,5:5:14:.:.:105,14,0:. 0|0:17,0:17:21:.:.:0,21,460:. 0|0:9,0:9:12:.:.:0,12,180:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:34,8:42:59:.:.:59,0,959:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1353:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1533:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:24,0:24:44:.:.:0,44,625:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:89:.:.:0,89,1011:. 0|1:11,45:56:99:.:.:975,0,124:. 1|0:30,10:40:99:.:.:104,0,826:. 1|0:31,67:98:99:.:.:1484,0,647:. 0|0:32,0:32:69:.:.:0,69,1035:. 0|1:48,18:66:99:.:.:299,0,1275:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1537:. 1|1:0,18:18:54:.:.:463,54,0:. 0|0:21,0:21:6:.:.:0,6,519:. 1|1:1,13:14:31:.:.:323,31,0:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,50:53:97:.:.:806,97,0:. 1|1:4,36:40:38:.:.:753,38,0:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:18,3:21:17:.:.:17,0,516:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,843:. 0|0:30,0:30:19:.:.:0,19,753:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1554:. 0|1:6,12:18:86:.:.:260,0,86:. 1|1:1,46:47:99:.:.:1168,106,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,667:. 1|1:2,23:25:28:.:.:386,28,0:. 0|0:36,0:36:76:.:.:0,76,1032:. 0|1:3,20:23:22:.:.:438,0,22:. 0|1:7,20:27:99:.:.:393,0,134:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1637:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 1|0:16,13:29:99:.:.:261,0,409:. 0|1:20,11:31:99:.:.:165,0,455:. 0|0:37,0:37:79:.:.:0,79,1068:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:38,0:38:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 1|1:1,34:35:77:.:.:909,77,0:. 1|0:27,5:32:6:.:.:6,0,640:. 0|0:30,1:31:73:.:.:0,73,863:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,232:. 1|0:33,11:44:77:.:.:77,0,792:. 0|0:39,0:39:43:.:.:0,43,1000:. 1|1:0,13:13:39:.:.:336,39,0:. 1|0:6,14:20:99:.:.:302,0,125:. 1|0:12,7:19:99:.:.:135,0,312:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|0:6,26:32:72:.:.:605,0,72:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1053:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:3,19:22:2:.:.:322,0,2:. 0|1:12,5:17:49:.:.:49,0,315:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,21:26:46:.:.:294,0,46:. 1|1:3,38:41:59:.:.:710,59,0:. 1|1:1,41:42:99:.:.:1017,113,0:. 1|0:9,24:33:99:.:.:344,0,117:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:12,3:15:13:.:.:13,0,326:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 1|0:6,33:39:65:.:.:708,0,65:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,5:61:67:.:.:0,67,1624:. 1|1:1,34:35:81:.:.:632,81,0:. 1|0:15,3:18:15:.:.:15,0,373:. 1|0:11,36:47:99:.:.:795,0,150:. 0|0:30,1:31:64:.:.:0,64,894:. 1|0:15,80:95:41:.:.:1127,0,41:. 0|0:33,0:33:70:.:.:0,70,956:. 1|1:13,78:91:58:.:.:1168,58,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1325:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1502:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:26,14:40:99:.:.:197,0,605:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,30:30:89:.:.:754,89,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,45:52:2:.:.:701,2,0:. 1|0:15,13:28:99:.:.:166,0,342:. 0|1:62,30:92:99:.:.:491,0,1556:. 0|1:11,38:49:99:.:.:823,0,165:. 1|1:5,59:64:90:.:.:1045,90,0:. 1|0:37,14:51:99:.:.:222,0,970:. 1|1:0,23:23:68:.:.:568,68,0:. 1|1:4,30:34:6:.:.:408,6,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1465:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:9,46:55:12:.:.:819,12,0:. 0|1:11,15:26:99:.:.:315,0,259:. 1|1:0,34:34:99:.:.:832,100,0:. 0|0:29,5:34:8:.:.:0,8,731:. 0|1:17,23:40:99:.:.:457,0,336:. 1|0:4,22:26:19:.:.:334,0,19:. 0|0:57,5:62:45:.:.:0,45,1590:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,29:33:21:.:.:619,0,21:. 1|1:8,58:66:73:.:.:1089,73,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:38,5:43:12:.:.:12,0,1062:. 0|0:37,6:43:5:.:.:0,5,1007:. 1|0:10,37:47:54:.:.:546,0,54:. 1|1:8,49:57:27:.:.:777,27,0:. 1|1:1,35:36:93:.:.:736,93,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2022,237,0:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:38,1:39:95:.:.:0,95,1181:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:4,40:44:43:.:.:665,43,0:. 1|1:1,30:31:82:.:.:764,82,0:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 1|1:2,21:23:47:.:.:466,47,0:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1315,154,0:. 1|0:4,7:11:68:.:.:142,0,68:. 0|1:6,33:39:0:.:.:571,0,0:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1653:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:9,33:42:56:.:.:500,0,56:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:19,24:43:99:.:.:350,0,415:. 0|0:28,2:30:50:.:.:0,50,771:. 0|0:58,5:63:44:.:.:0,44,1616:. 0|0:59,6:65:73:.:.:0,73,1650:. 1|0:18,31:49:99:.:.:661,0,355:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,2:2:6:.:.:56,6,0:. 1|1:2,19:21:28:.:.:375,28,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,33:36:42:.:.:612,42,0:. 1|1:3,28:31:42:.:.:552,42,0:. 1|0:18,19:37:99:.:.:315,0,418:. 1|0:8,19:27:99:.:.:426,0,161:. 0|1:33,20:53:99:.:.:259,0,735:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:21,18:39:99:.:.:338,0,476:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,924:. 1|0:11,11:22:99:.:.:209,0,266:. 0|1:12,30:42:99:.:.:657,0,162:. 0|0:62,8:70:21:.:.:0,21,1742:. 0|1:11,21:32:99:.:.:419,0,253:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1655:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:7,69:76:71:.:.:1155,71,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,49:55:57:.:.:949,57,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:17,0:17:24:.:.:0,24,465:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,25:25:75:.:.:667,75,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:49:.:.:0,49,930:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1584:. 0|1:6,33:39:8:.:.:501,0,8:. 0|1:35,11:46:99:.:.:145,0,1004:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:38,0:38:62:.:.:0,62,1022:. 1|1:4,32:36:44:.:.:620,44,0:. 0|1:8,10:18:99:.:.:145,0,162:. 1|0:17,23:40:99:.:.:398,0,380:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:9,57:66:45:.:.:1279,45,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1424:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1682:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:87,0:87:96:.:.:0,96,2177:. 1|0:4,25:29:37:.:.:464,0,37:. 0|1:5,13:18:91:.:.:262,0,91:. 0|1:4,22:26:14:.:.:331,0,14:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|1:13,17:30:99:.:.:357,0,287:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|1:8,9:17:99:.:.:172,0,157:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,643:. 0|1:22,6:28:78:.:.:78,0,540:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1495:. 0|0:31,0:31:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:3,37:40:50:.:.:606,50,0:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1431:. 0|0:46,0:46:72:.:.:0,72,1244:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:1,15:16:15:.:.:339,15,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,26:26:77:.:.:675,77,0:. 1|0:4,0:4:12:.:.:0,12,109:. 0|0:50,3:53:73:.:.:0,73,1497:. 0|1:23,15:38:99:.:.:152,0,602:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,19:25:52:.:.:278,0,52:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,15:36:99:.:.:255,0,521:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,5:17:84:.:.:84,0,397:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 1|0:6,16:22:76:.:.:253,0,76:. 0|1:73,33:106:99:.:.:310,0,1841:. 0|0:29,2:31:44:.:.:0,44,820:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:31,0:31:61:.:.:0,61,824:. 1|0:36,6:42:22:.:.:22,0,924:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1595:. 1|1:3,18:21:8:.:.:269,8,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1236:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|1:4,5:9:83:.:.:114,0,83:. 0|1:6,3:9:61:.:.:61,0,123:. 1|1:0,17:17:49:.:.:388,49,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:41,0:41:55:.:.:0,55,1142:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,18:18:53:.:.:532,53,0:. 0|1:2,16:18:0:1|0:373188_A_AG:363,0,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,720:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:22,0:22:37:.:.:0,37,631:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|1:15,5:20:99:.:.:105,0,431:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1056,105,0:. 0|0:35,0:35:69:.:.:0,69,1102:. 1|1:0,8:8:24:.:.:220,24,0:. 1|1:1,13:14:32:.:.:420,32,0:. 1|0:3,20:23:17:1|0:373186_TA_T:453,0,17:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|1:8,5:13:99:.:.:115,0,245:. 1|1:2,24:26:23:1|1:373188_A_AG:576,23,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,693:. 1|1:2,20:22:11:1|1:373188_A_AG:439,11,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:848,81,0:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:20,0:20:29:.:.:0,29,614:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,353:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 1|1:1,92:93:99:.:.:2836,268,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,6:6:18:.:.:194,18,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,136:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:18,2:20:25:.:.:0,25,569:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1263,120,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2087,221,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1739:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:3,60:63:99:.:.:1593,129,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,31:32:77:.:.:955,77,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:32:.:.:0,32,1421:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:4,14:18:56:1|0:373188_A_AG:259,0,56:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|1:18,26:44:99:.:.:594,0,497:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1725:. 1|1:4,47:51:55:.:.:1063,55,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1747:. 0|1:14,27:41:99:.:.:739,0,337:. 0|0:22,0:22:5:.:.:0,5,596:. 1|1:1,42:43:97:.:.:1251,97,0:. 1|0:10,35:45:99:.:.:791,0,117:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|1:60,11:71:99:.:.:110,0,1733:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:47,3:50:76:.:.:0,76,1433:. 1|1:1,44:45:98:.:.:1281,98,0:. 0|1:5,34:39:44:.:.:844,0,44:. 1|0:12,31:43:99:.:.:744,0,286:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1415:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,10:66:79:.:.:79,0,1721:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1108:. 0|1:6,5:11:80:.:.:80,0,175:. 0|1:19,25:44:99:1|0:373186_TA_T:531,0,481:. 1|0:7,29:36:99:1|0:373186_T_TA:718,0,130:. 0|1:12,23:35:99:.:.:554,0,255:. 1|1:0,5:5:15:.:.:153,15,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,21:24:26:1|0:373188_A_AG:497,0,26:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:33,0:33:16:.:.:0,16,880:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,1253:. 0|1:18,6:24:69:.:.:69,0,485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:95:.:.:0,95,1390:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:42,0:42:80:.:.:0,80,1307:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:73:.:.:0,73,1128:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,892:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:33,0:33:64:.:.:0,64,995:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 1|0:11,20:31:99:.:.:500,0,241:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:2,33:35:84:.:.:1006,84,0:. 1|1:0,23:23:67:.:.:652,67,0:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,6:6:17:.:.:150,17,0:. 1|1:3,23:26:12:1|1:373188_A_AG:458,12,0:. 1|1:0,24:24:71:.:.:714,71,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1532:. 1|1:0,11:11:31:.:.:243,31,0:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,12:12:36:.:.:361,36,0:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,1192:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,705:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,28:28:84:.:.:862,84,0:. 1|1:2,23:25:20:1|1:373188_A_AG:544,20,0:. 1|1:2,31:33:53:.:.:905,53,0:. 0|0:24,0:24:32:.:.:0,32,687:. 1|1:9,69:78:35:1|1:373188_A_AG:1595,35,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:339,30,0:. 1|1:1,38:39:99:.:.:1171,106,0:. 1|1:7,82:89:99:.:.:1955,125,0:. 0|1:19,11:30:99:1|0:373158_A_G:249,0,523:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1071,109,0:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,304:. 0|0:0,2:2:6:.:.:68,6,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1440:. Pf3D7_01_v3 373434 . A T 252494 PASS FS=0;MQ=60.18;QD=20.88;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.695;VQSLOD=4.94;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=0.999;GC=0;GQ_MEAN=116.81;GQ_STDDEV=35.08;HRun=3;InbreedingCoeff=0.9846;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.519;culprit=FS;set=snp;DP=3925630;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=-0.1038;MLEAC=128;MLEAF=0.025;AN=852;AC=39 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1493:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1145:. 1|0:40,51:91:99:.:.:1378,0,1011:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1463:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1381:. 0|1:69,9:78:52:.:.:52,0,1986:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:53:.:.:0,53,768:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1337:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,286:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:56:.:.:0,56,716:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1142:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1082:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,686:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1293:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1229:. 0|0:43,0:43:90:.:.:0,90,1244:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:71,15:86:99:.:.:200,0,1934:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1163:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1228:. 0|0:112,0:112:74:.:.:0,74,2952:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1393:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,972:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1232:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1434:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1373:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1067:. 1|0:27,26:53:99:.:.:593,0,657:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1288:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:91:.:.:0,91,1074:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1281:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1730:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,726:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1514:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1006:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1265:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,912:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,777:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:25,0:25:10:.:.:0,10,657:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1203:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:26,11:37:99:.:.:223,0,696:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1291:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,899:. 0|0:50,0:50:22:.:.:0,22,1279:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1110:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1294:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,994:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1225:. 1|0:11,48:59:99:.:.:1250,0,156:. 0|1:48,17:65:99:.:.:304,0,1283:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1019:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1058:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1343:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1269:. 0|0:97,0:97:77:.:.:0,77,2588:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1205:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1177:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2302,234,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1354:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3145,323,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1179:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1638:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1393:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1159:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1057:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1077:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1225:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1168:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1282:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1255:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1622:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1365:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,984:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1021:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1313:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1220:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,896:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,985:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1239:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1743:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1326:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,999:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,995:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1306:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1705:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,93:95:99:.:.:2720,223,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1038:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1321:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1160:. 1|1:1,34:35:71:.:.:972,71,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1332:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1626:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1063:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1232:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1309:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1324:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1357:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,109,1147:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1411:. 0|0:49,0:49:86:.:.:0,86,1360:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1255:. 0|1:35,12:47:99:.:.:212,0,964:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1146,114,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:46,0:46:78:.:.:0,78,1279:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1174:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1462:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1422:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1096:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1344:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1076:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,87:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1166:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,118,1116:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1592:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1178:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:15,16:31:99:.:.:403,0,365:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:48,0:48:21:.:.:0,21,1266:. 0|1:180,59:239:99:.:.:1010,0,4879:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,992:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,459:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,844:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1187:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1298:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,280:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,973:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,703:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1572,132,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2238,204,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,140:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1311:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:97:.:.:0,97,1247:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:64:.:.:0,64,954:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,218:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,968:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1387:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1155:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1603:. 0|0:11,0:11:7:.:.:0,7,339:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,716:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1282:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1213:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1141:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1143:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1129:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1424:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1504:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1241:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1432:. 1|0:14,106:120:99:.:.:3124,0,138:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1440:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1468:. 0|0:116,0:116:70:.:.:0,70,3394:. 1|1:8,103:111:87:.:.:3202,87,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1073:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1277:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1195:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1236:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1442:. 0|0:103,0:103:19:.:.:0,19,2851:. 0|1:11,12:23:99:.:.:337,0,271:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1260:. 1|1:2,119:121:99:.:.:3891,314,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:22,0:22:31:.:.:0,31,653:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:4,10:14:99:.:.:304,0,103:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:83,19:102:99:.:.:330,0,2502:. 1|0:30,44:74:99:.:.:1216,0,761:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1378:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1755:. 0|1:96,10:106:17:.:.:17,0,2856:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1304:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:90,10:100:7:.:.:7,0,2718:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1314:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,278:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1258:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,980:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1125:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1109:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1136:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:34,29:63:99:0|1:373434_A_T:817,0,965:. 1|1:5,176:181:99:.:.:5813,386,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1477:. 1|0:14,97:111:99:.:.:2731,0,146:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1333:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,991:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,277:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1327:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,538:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,364:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,221:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,219:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1223:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1473:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:83:.:.:0,83,1269:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1271:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1597:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1327:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1416:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1455:. Pf3D7_01_v3 374284 . A G 250955 PASS FS=0.658;MQ=59.89;QD=22.18;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.772;VQSLOD=5.01;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0334;FractionInformativeReads=0.997;GC=14.29;GQ_MEAN=144.2;GQ_STDDEV=129.74;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4495;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.787;NEGATIVE_TRAIN_SITE;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=3714326;AF=0.045;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=229;MLEAF=0.046;AN=834;AC=29 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,90:104:99:.:.:2089,0,126:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,12:12:36:.:.:320,36,0:. 0|0:26,0:26:50:.:.:0,50,760:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1379:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1600:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:30,0:30:62:.:.:0,62,832:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1226:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1201:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1426:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1249:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,573:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2805,318,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,16:16:46:.:.:382,46,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1072:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,802:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1375:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,999:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,106,947:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,326:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,9:47:80:.:.:80,0,990:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,929:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1465:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,356:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1185:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1395:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1048:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:49:.:.:0,49,707:. 0|1:20,63:83:99:.:.:1493,0,341:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1786:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,865:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1589:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:68:.:.:0,68,1292:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1172:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,52:98:99:.:.:1003,0,1091:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,59:61:99:.:.:1547,138,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,937:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1535:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1090:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1190:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1379:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,771:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:50:.:.:0,50,621:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:30,0:30:77:.:.:0,77,865:. 0|0:35,0:35:77:.:.:0,77,964:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1031:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1158:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,40:42:84:.:.:966,84,0:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1446:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1128:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1401:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1339:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1016:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1329:. 1|0:30,20:50:99:.:.:367,0,744:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1248:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1442:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1010:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1120:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 1|1:1,31:32:65:.:.:792,65,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1394:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1193:. 0|1:10,25:35:99:.:.:511,0,187:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1364:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,959:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1788:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1050:. 0|0:20,0:20:43:.:.:0,43,564:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1073:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,917:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1242:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1232:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1431:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,106,1006:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1518:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,679:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,682:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1432:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1449:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1245:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1565:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,284:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1159:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,413:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1161:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1440:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,251:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1252:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,409:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:61:.:.:0,61,829:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,906:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,615:. 0|0:36,0:36:37:.:.:0,37,1169:. 0|0:30,0:30:73:.:.:0,73,907:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,705:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,129:. 0|0:30,0:30:59:.:.:0,59,1001:. 0|0:36,0:36:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,640:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,471:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,25:25:75:.:.:831,75,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1466:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:13,0:13:24:.:.:0,24,360:. 0|0:40,0:40:85:.:.:0,85,1282:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,826:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,108:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:0,3:3:9:.:.:102,9,0:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:19 1|1:2,22:24:9:.:.:592,9,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:111 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,981:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:.:.:.:.:81 0|1:41,38:79:99:.:.:989,0,1132:. 0|0:90,0:90:.:.:.:.:105 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1620:. 1|1:1,39:40:99:.:.:1213,109,0:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:60 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,748:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1457:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1667:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1315:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:42 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:87 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1506:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:69,12:81:99:.:.:158,0,2077:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:24 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:18 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1471:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:100 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1509:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:105 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:111 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:90 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1180:. 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,1136:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:29,0:29:.:.:.:.:84 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1199:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1755:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:102 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:111 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,314:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:48 0|1:9,25:34:99:.:.:688,0,208:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:106 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,176:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,486:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,384:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,259:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,328:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,467:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,39:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,139:. 1|1:0,29:29:87:.:.:934,87,0:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1109:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,253:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,646:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,504:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,325:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,320:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1338:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,404:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,349:. 0|0:2,0:2:0:.:.:0,0,15:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. Pf3D7_01_v3 374504 . A G 6.69945e+06 PASS FS=0;MQ=59.94;QD=26.19;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S146P;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tca/Cca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0109400;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109400.1;SOR=0.701;VQSLOD=8.22;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=33.33;GQ_MEAN=316.81;GQ_STDDEV=369.08;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7447;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.469;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8751254;AF=0.428;AS_InbreedingCoeff=0.5325;MLEAC=2261;MLEAF=0.433;AN=858;AC=458 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:56,82:138:99:.:.:1925,0,1387:. 1|1:1,172:173:99:.:.:4769,489,0:. 0|1:53,35:88:99:.:.:741,0,1426:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3289,341,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:5322,557,0:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4501,479,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3433,366,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3637,374,0:. 0|1:42,36:78:99:.:.:798,0,1098:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1755,190,0:. 1|1:0,15:15:44:.:.:388,44,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1473,165,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1198:. 1|1:0,34:34:99:.:.:924,101,0:. 0|1:13,48:61:99:.:.:1167,0,234:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1845,205,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:3764,415,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1195:. 1|1:0,31:31:93:.:.:853,93,0:. 1|0:30,47:77:99:.:.:1026,0,668:. 1|1:0,15:15:45:.:.:412,45,0:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,228:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1183,129,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1240:. 0|1:33,56:89:99:.:.:1251,0,716:. 1|0:73,23:96:99:.:.:339,0,2828:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1319,143,0:. 1|1:0,220:220:99:.:.:5845,656,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1193,133,0:. 0|1:69,48:117:99:.:.:971,0,1697:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,20:27:99:.:.:445,0,121:. 1|0:44,15:59:99:.:.:211,0,1138:. 1|0:11,32:43:99:.:.:657,0,210:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1860,204,0:. 1|0:38,25:63:99:.:.:510,0,951:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1221:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:32,41:73:99:.:.:891,0,715:. 1|0:34,15:49:99:.:.:236,0,851:. 1|1:0,25:25:73:.:.:642,73,0:. 1|0:13,85:98:83:.:.:1993,0,83:. 0|1:37,10:47:99:.:.:123,0,921:. 1|1:2,69:71:99:.:.:1826,149,0:. 0|1:13,15:28:99:.:.:319,0,252:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:25,127:152:99:.:.:3113,0,266:. 1|1:13,118:131:8:.:.:2868,8,0:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1406:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1911,210,0:. 1|1:3,64:67:99:.:.:1626,106,0:. 1|0:45,13:58:99:.:.:184,0,1222:. 1|0:57,15:72:99:.:.:169,0,1427:. 0|1:89,64:153:99:.:.:1333,0,2216:. 1|0:53,9:62:59:.:.:59,0,1399:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:1,234:235:99:.:.:6363,672,0:. 0|0:20,0:20:46:.:.:0,46,575:. 1|0:63,18:81:99:.:.:232,0,1720:. 1|0:19,74:93:99:.:.:1715,0,294:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1684:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1033:. 0|1:47,29:76:99:.:.:591,0,1169:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1035:. 1|1:0,25:25:75:.:.:717,75,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,18:67:99:.:.:277,0,1241:. 0|1:54,10:64:85:.:.:85,0,1420:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1021:. 1|1:12,119:131:57:.:.:2818,57,0:. 1|1:3,78:81:99:.:.:2075,147,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:816,93,0:. 1|1:0,29:29:86:.:.:765,86,0:. 1|1:2,42:44:72:.:.:1074,72,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1158:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1148:. 0|1:74,24:98:99:.:.:353,0,1873:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1293,148,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3440,375,0:. 1|0:90,14:104:63:.:.:63,0,2293:. 0|1:46,6:52:14:.:.:14,0,1256:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2517,284,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2788,303,0:. 1|0:11,58:69:99:.:.:1300,0,109:. 1|0:88,18:106:99:.:.:170,0,2265:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2575,275,0:. 1|0:18,52:70:99:.:.:1193,0,334:. 1|0:23,7:30:99:.:.:109,0,597:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,64:83:99:.:.:1497,0,253:. 1|1:2,93:95:99:.:.:2467,220,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:11:.:.:0,11,4326:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3090,344,0:. 0|0:81,0:81:37:.:.:0,37,2044:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:98:.:.:0,98,2943:. 0|1:154,29:183:99:.:.:219,0,4147:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:5,148:153:99:.:.:3890,292,0:. 1|1:3,85:88:99:.:.:2213,167,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2688,296,0:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3193,353,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,32:115:99:.:.:490,0,2532:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4303,472,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,35:99:99:.:.:638,0,1651:. 1|1:1,141:142:99:.:.:3854,393,0:. 1|0:30,50:80:99:.:.:1093,0,670:. 0|1:62,73:135:99:.:.:1601,0,1474:. 1|0:34,61:95:99:.:.:1389,0,709:. 1|1:1,129:130:99:.:.:3525,355,0:. 1|0:50,72:122:99:.:.:1550,0,1152:. 0|1:7,53:60:36:.:.:1211,0,36:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3285,365,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:2917,328,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,21:169:56:.:.:56,0,3795:. 0|1:17,77:94:99:.:.:1751,0,237:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2534,291,0:. 1|0:74,23:97:99:.:.:336,0,1883:. 1|1:10,85:95:1:.:.:2062,1,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1301:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3513,400,0:. 1|1:1,170:171:99:.:.:4598,480,0:. 0|1:9,67:76:47:.:.:1528,0,47:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,67:93:99:.:.:1571,0,471:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3143,354,0:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3513,399,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3451,386,0:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4153,461,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2736,311,0:. 1|1:1,152:153:99:.:.:3974,426,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2638,294,0:. 0|0:92,0:92:37:.:.:0,37,2210:. 0|1:85,57:142:99:.:.:1081,0,2028:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2293,254,0:. 1|0:59,11:70:87:.:.:87,0,1565:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1417,158,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1281,141,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:14,11:25:99:.:.:227,0,370:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,17:46:99:.:.:319,0,648:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3604,410,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2059,219,0:. 0|0:108,0:108:91:.:.:0,91,2763:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,28:89:99:.:.:444,0,1602:. 0|1:13,63:76:99:.:.:1477,0,129:. 0|1:105,18:123:99:.:.:145,0,2771:. 0|1:48,78:126:99:.:.:1739,0,1044:. 0|1:49,73:122:99:.:.:1577,0,1106:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3293,372,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:344,36,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1285:. 1|1:1,98:99:99:.:.:2720,266,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1479:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2053,225,0:. 0|1:26,30:56:99:.:.:641,0,641:. 0|1:44,63:107:99:.:.:1361,0,1081:. 1|0:48,62:110:99:.:.:1315,0,1119:. 0|0:75,0:75:95:.:.:0,95,1950:. 0|1:31,75:106:99:.:.:1768,0,603:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1250:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1668,183,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:37,49:86:99:.:.:1109,0,916:. 1|0:84,51:135:99:.:.:1038,0,2093:. 1|0:8,60:68:49:.:.:1455,0,49:. 1|1:4,97:101:99:.:.:2599,190,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1457:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2266,256,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2862,315,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1705,184,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2272,243,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:4719,532,0:. 0|1:35,34:69:99:.:.:735,0,824:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1319,144,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1175:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1894,210,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2188,249,0:. 0|0:102,0:102:65:.:.:0,65,2497:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1734,196,0:. 0|1:47,57:104:99:.:.:1188,0,1101:. 0|1:43,14:57:99:.:.:206,0,1088:. 1|0:38,19:57:99:.:.:318,0,999:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1269:. 1|0:21,13:34:99:.:.:245,0,530:. 1|0:58,9:67:43:.:.:43,0,1500:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1564:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,2570:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1332:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3402,374,0:. 1|0:56,56:112:99:.:.:1184,0,1331:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2479,283,0:. 1|0:17,26:43:99:.:.:558,0,362:. 1|1:8,147:155:99:.:.:3536,227,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1946,216,0:. 1|1:4,52:56:42:.:.:1253,42,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1250,140,0:. 1|0:8,17:25:99:.:.:398,0,177:. 1|0:34,51:85:99:.:.:1141,0,781:. 1|0:13,26:39:99:.:.:563,0,284:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1072,120,0:. 1|0:7,31:38:99:.:.:659,0,104:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1031:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:45,20:65:99:.:.:341,0,1138:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3298,370,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1329:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2294,258,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1063,122,0:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3663,404,0:. 0|0:27,0:27:68:.:.:0,68,757:. 0|0:82,0:82:60:.:.:0,60,2114:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1737:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1348:. 0|0:55,0:55:66:.:.:0,66,1437:. 0|1:46,66:112:99:.:.:1504,0,1077:. 1|1:1,74:75:99:.:.:1955,190,0:. 0|1:4,4:8:83:.:.:83,0,101:. 1|0:39,73:112:99:.:.:1661,0,850:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2441,263,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2842,306,0:. 1|0:15,47:62:99:.:.:1078,0,250:. 1|1:1,98:99:99:.:.:2647,264,0:. 1|0:24,42:66:99:.:.:914,0,440:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,11:29:99:.:.:220,0,459:. 1|1:0,11:11:33:.:.:307,33,0:. 1|1:3,53:56:74:.:.:1384,74,0:. 1|0:68,162:230:99:.:.:3791,0,1302:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,151:165:91:.:.:3721,91,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:468,51,0:. 0|0:28,0:28:53:.:.:0,53,785:. 1|0:17,86:103:99:.:.:1990,0,198:. 0|1:43,19:62:99:.:.:360,0,1145:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1082:. 1|1:4,45:49:47:.:.:1141,47,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:8,8:16:99:.:.:182,0,188:. 1|0:26,26:52:99:.:.:572,0,628:. 1|1:0,16:16:47:.:.:401,47,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:1,18:19:23:.:.:429,23,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1547:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,56:100:99:.:.:1622,0,1252:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3828,340,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1942,171,0:. 1|1:3,123:126:99:.:.:4015,270,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:4010,349,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:336,30,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2830,255,0:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3768,336,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3490,323,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:4001,354,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1501:. 0|1:78,22:100:99:.:.:453,0,2438:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4385,396,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1540:. 0|0:44,0:44:88:.:.:0,88,1357:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1422:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4037,366,0:. 1|1:0,19:19:57:.:.:641,57,0:. 1|0:6,51:57:43:.:.:1559,0,43:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3141,280,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:4089,358,0:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3839,339,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1470:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3596,318,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:1,278:279:99:.:.:9000,796,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,322:322:99:.:.:10669,966,0:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,10:10:30:.:.:322,30,0:. 1|1:0,14:14:42:.:.:439,42,0:. 1|1:7,66:73:11:.:.:1978,11,0:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4329,401,0:. 1|1:2,148:150:99:.:.:4769,377,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:11,70:81:99:.:.:2009,0,116:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5265,485,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3236,307,0:. 0|1:81,79:160:99:.:.:2104,0,2322:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1949,177,0:. 0|0:130,0:130:33:.:.:0,33,2801:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1788,168,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:20,121:141:99:.:.:3404,0,197:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,128:141:11:.:.:3831,11,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4242,397,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,133:143:62:.:.:3929,62,0:. 0|0:152,0:152:95:.:.:0,95,4219:. 1|1:1,87:88:99:.:.:2741,229,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:38,36:74:99:.:.:896,0,1067:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1097,102,0:. 1|1:6,136:142:99:.:.:4276,201,0:. 0|1:55,96:151:99:.:.:2632,0,1448:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5655,538,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,175:176:99:.:.:5693,518,0:. 1|0:136,16:152:42:.:.:42,0,4106:. 0|1:42,64:106:99:.:.:1747,0,1076:. 1|0:25,6:31:89:.:.:89,0,697:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3985,385,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,19:21:5:.:.:530,0,5:. 0|1:130,33:163:99:.:.:627,0,3828:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,348:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1690:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:90,18:108:99:.:.:284,0,2671:. 1|0:49,36:85:99:.:.:898,0,1258:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:2,53:55:92:.:.:1533,92,0:. 1|0:85,27:112:99:.:.:549,0,2531:. 1|1:10,150:160:99:.:.:5604,156,0:. 1|0:12,30:42:99:0|1:374472_G_A:1035,0,367:. 1|0:163,19:182:49:.:.:49,0,4825:. 0|1:69,15:84:99:.:.:245,0,2003:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,2856:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,399:. 1|1:5,152:157:99:.:.:4652,285,0:. 0|0:180,0:180:0:.:.:0,0,3975:. 1|1:6,183:189:99:.:.:5659,345,0:. 1|1:2,117:119:99:.:.:3652,283,0:. 1|1:6,64:70:29:.:.:1794,29,0:. 1|0:29,36:65:99:.:.:967,0,719:. 1|1:6,162:168:99:.:.:4975,281,0:. 1|1:2,118:120:99:.:.:3578,285,0:. 1|1:2,95:97:99:.:.:2957,223,0:. 1|0:87,12:99:99:.:.:103,0,2560:. 1|1:2,93:95:99:.:.:2785,211,0:. 1|1:1,353:354:99:.:.:11413,1028,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,36:65:99:.:.:984,0,748:. 1|1:1,246:247:99:.:.:7951,705,0:. 1|1:1,63:64:99:.:.:1956,156,0:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4342,394,0:. 0|0:154,0:154:0:.:.:0,0,3282:. 0|0:47,0:47:69:.:.:0,69,1420:. 0|1:39,36:75:99:.:.:990,0,1073:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1728:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3998,372,0:. 1|0:23,100:123:99:.:.:2886,0,370:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3429,321,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4572,441,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4530,418,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3934,366,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3355,318,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1229,108,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1656:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1536:. 1|1:3,128:131:99:.:.:3885,280,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1338:. 1|1:0,181:181:99:.:.:5813,543,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4685,426,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5635,511,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1118,108,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1606:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2344,210,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:.:.:6575,624,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4711,441,0:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,542:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4331,405,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,153:154:99:.:.:4889,427,0:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3757,345,0:. 0|1:8,80:88:29:.:.:2363,0,29:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3786,357,0:. 0|0:154,0:154:33:.:.:0,33,4157:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,170:295:99:.:.:4698,0,3364:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1417:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,417:417:99:.:.:13462,1250,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3849,348,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5272,488,0:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,449:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 378370 . T C 718434 PASS FS=0;MQ=60.23;QD=22.97;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0109600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109600.1;SOR=0.671;VQSLOD=6.71;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0018;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=135.17;GQ_STDDEV=90.86;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6227;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.692;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10539204;AF=0.036;AS_InbreedingCoeff=-0.0588;MLEAC=196;MLEAF=0.037;AN=858;AC=15 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1561:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1405:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1383:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1485:. 1|0:26,26:52:99:.:.:606,0,649:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1135:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|1:39,6:45:43:.:.:43,0,1093:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:35,0:35:86:.:.:0,86,966:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1473:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:62,0:62:64:.:.:0,64,1599:. 0|0:45,0:45:74:.:.:0,74,1241:. 0|0:77,0:77:67:.:.:0,67,1885:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,601:. 0|0:9,0:9:10:.:.:0,10,210:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1599:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1428:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1366:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1392:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:61:.:.:0,61,2187:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,989:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1593:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:108,0:108:74:.:.:0,74,2717:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:245,0:245:71:.:.:0,71,5943:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:98,0:98:98:.:.:0,98,2526:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1413:. 0|0:30,0:30:74:.:.:0,74,882:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1468:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,494:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1619:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,2112:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:293,0:293:87:.:.:0,87,7131:. 0|0:48,0:48:19:.:.:0,19,1168:. 0|0:103,0:103:65:.:.:0,65,2562:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,2066:. 0|0:40,0:40:89:.:.:0,89,1164:. 0|0:77,0:77:81:.:.:0,81,1948:. 0|0:53,0:53:67:.:.:0,67,1370:. 0|0:45,0:45:17:.:.:0,17,1089:. 0|0:145,0:145:76:.:.:0,76,3599:. 0|0:100,0:100:46:.:.:0,46,2419:. 0|0:91,0:91:45:.:.:0,45,2298:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1513:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:94:.:.:0,94,2151:. 0|0:47,0:47:58:.:.:0,58,1240:. 0|0:53,0:53:57:.:.:0,57,1391:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:52,0:52:2:.:.:0,2,1231:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1091:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:62:.:.:0,62,3442:. 0|0:82,0:82:54:.:.:0,54,2117:. 0|0:129,0:129:94:.:.:0,94,3043:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:20,76:96:99:.:.:1772,0,323:. 0|1:74,9:83:5:.:.:5,0,1934:. 0|0:62,0:62:91:.:.:0,91,1688:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:21:.:.:0,21,3414:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:83:.:.:0,83,2587:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:163,0:163:0:.:.:0,0,3661:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:0:.:.:0,0,4813:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:0:.:.:0,0,4838:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,2752:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:40:.:.:0,40,3437:. 0|0:164,0:164:75:.:.:0,75,4178:. 0|0:167,0:167:12:.:.:0,12,4006:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,3497:. 0|0:132,0:132:56:.:.:0,56,3285:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1772:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:125,0:125:74:.:.:0,74,3205:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:0:.:.:0,0,3180:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:24:.:.:0,24,2691:. 0|0:138,0:138:0:.:.:0,0,3202:. 0|0:198,0:198:60:.:.:0,60,4904:. 0|0:177,0:177:0:.:.:0,0,4234:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:78:.:.:0,78,2046:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1819:. 1|1:4,150:154:99:.:.:3849,334,0:. 0|1:39,17:56:99:.:.:281,0,1068:. 0|1:54,52:106:99:.:.:1135,0,1317:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:214,0:214:40:.:.:0,40,5168:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:82:.:.:0,82,2687:. 0|0:124,0:124:90:.:.:0,90,3156:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1705:. 0|0:143,0:143:64:.:.:0,64,3658:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:97:.:.:0,97,4239:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,225:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:167,0:167:75:.:.:0,75,4106:. 0|0:80,0:80:11:.:.:0,11,2026:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2146:. 0|0:120,0:120:3:.:.:0,3,2888:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1738:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:118,0:118:74:.:.:0,74,3049:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:84,0:84:78:.:.:0,78,2226:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:66,0:66:51:.:.:0,51,1638:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1930:. 0|0:61,0:61:97:.:.:0,97,1679:. 0|0:89,0:89:13:.:.:0,13,2172:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1813:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:94,0:94:35:.:.:0,35,2150:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1743:. 0|1:47,11:58:99:.:.:132,0,1326:. 0|0:84,0:84:44:.:.:0,44,2081:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:10,123:133:83:.:.:3094,83,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1610:. 0|0:155,0:155:52:.:.:0,52,3685:. 0|0:95,0:95:95:.:.:0,95,2474:. 0|0:74,0:74:73:.:.:0,73,1948:. 0|0:57,0:57:83:.:.:0,83,1529:. 0|0:62,0:62:74:.:.:0,74,1639:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1096:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1790:. 0|0:60,0:60:96:.:.:0,96,1650:. 0|0:62,0:62:57:.:.:0,57,1634:. 0|0:81,0:81:42:.:.:0,42,1997:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,2312:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:101,0:101:42:.:.:0,42,2591:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1466:. 0|0:156,0:156:0:.:.:0,0,3677:. 0|0:55,0:55:32:.:.:0,32,1428:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,2067:. 0|0:64,0:64:32:.:.:0,32,1562:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1619:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:34:.:.:0,34,2050:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,101:. 0|0:144,0:144:0:.:.:0,0,3307:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:38:.:.:0,38,2503:. 0|0:133,0:133:8:.:.:0,8,3222:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:0:.:.:0,0,4256:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,944:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,2073:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:24:.:.:0,24,4352:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,484:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,1041:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:64:.:.:0,64,1447:. 0|0:89,0:89:28:.:.:0,28,2182:. 0|0:110,0:110:7:.:.:0,7,2714:. 0|0:11,0:11:11:.:.:0,11,294:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:40,0:40:77:.:.:0,77,1081:. 0|0:111,0:111:70:.:.:0,70,2803:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,299:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:51:.:.:0,51,2793:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:54:.:.:0,54,3331:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:12,0:12:20:.:.:0,20,377:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:140,0:140:72:.:.:0,72,4081:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1732:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:33:.:.:0,33,1103:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:34:.:.:0,34,3513:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1994:. 0|0:24,0:24:56:.:.:0,56,798:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:113 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:.:.:.:.:120 0|0:106,0:106:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:.:.:.:.:120 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:310,0:310:.:.:.:.:107 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,185:213:99:.:.:5372,0,371:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:.:.:.:.:120 0|1:75,9:84:52:.:.:52,0,2373:. 0|0:231,0:231:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:60:.:.:0,60,1184:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:101 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:58 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:56 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:.:.:.:.:120 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:.:.:120 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:.:.:.:.:120 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:86:.:.:0,86,4974:. 0|0:120,0:120:.:.:.:.:120 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:25 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:120 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:.:.:.:.:120 0|0:249,0:249:.:.:.:.:105 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:.:.:.:.:120 0|0:127,0:127:55:.:.:0,55,3697:. 0|0:253,0:253:.:.:.:.:103 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:219,0:219:.:.:.:.:120 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1747:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:113,0:113:45:.:.:0,45,3043:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1745:. 0|0:46,0:46:92:.:.:0,92,1460:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7207,660,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:71:.:.:0,71,1565:. 0|0:92,0:92:54:.:.:0,54,2574:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:58,0:58:98:.:.:0,98,1837:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,517:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,922:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:382,0:382:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:542,0:542:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:86:.:.:0,86,1599:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,469:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:0:.:.:0,0,3885:. Pf3D7_01_v3 379319 . G T 368371 PASS FS=0;MQ=60.19;QD=21.05;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L128I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cta/Ata;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RRP36;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109700.1;SOR=0.713;VQSLOD=3.98;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=3.08;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1897;FractionInformativeReads=0.997;GC=19.05;GQ_MEAN=119;GQ_STDDEV=29;HRun=0;InbreedingCoeff=0.422;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.17;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6006889;AF=0.019;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=100;MLEAF=0.019;AN=854;AC=33 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:49,0:49:99:0,105,1307:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1433:. 0|0:69,0:69:99:0,119,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1321:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1458:. 0|0:61,0:61:99:0,109,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,114,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1661:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,101,1385:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1288:. 0|0:12,0:12:36:0,36,369:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:90:0,90,1093:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1106:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1225:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1294:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1185:. 0|0:34,0:34:75:0,75,883:. 0|0:39,0:39:99:0,102,974:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:6,0:6:0:0,0,118:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1177:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1040:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1078:. 0|1:78,14:92:99:124,0,1944:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1146:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,118,1302:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,109,1484:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1060:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1309:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1141:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1475:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:0,114,1605:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1214:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1297:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,108,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1445:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1139:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,118,1503:. 0|0:60,0:60:99:0,103,1477:. 0|0:84,0:84:99:0,119,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1387:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1169:. 0|0:85,0:85:0:0,0,1860:. 0|0:67,0:67:99:0,113,1631:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1224:. 0|0:34,0:34:99:0,99,948:. 0|0:50,0:50:99:0,107,1390:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1177:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1215:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,103,1187:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1065:. 1|0:126,38:164:99:641,0,2899:. 0|0:79,0:79:99:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1018:. 0|0:37,0:37:99:0,109,1046:. 0|0:48,0:48:99:0,106,1242:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1185:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1080:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1376:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1494:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1141:. 0|0:71,0:71:99:0,114,1710:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,109,1669:. 0|0:77,0:77:99:0,103,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,100,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,104,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1257:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1213:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1668:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:0,103,1756:. 1|0:73,18:91:99:272,0,1748:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,103,1300:. 0|1:147,39:186:99:629,0,3541:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:0,105,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,110,1710:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,110,1665:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 1|0:75,107:182:99:2683,0,1455:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,101,1573:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,118,1460:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,111,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1369:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1688:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1129:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,106,1709:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1626:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1495:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 1|1:0,174:174:99:5479,523,0:. 0|0:72,0:72:99:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,116,1460:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1274:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,116,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1387:. 0|0:112,0:112:99:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1516:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,107,1447:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 1|0:87,12:99:65:65,0,2142:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1174:. 0|0:87,0:87:99:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1620:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1217:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1059:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1300:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1281:. 1|0:64,64:128:99:1619,0,1338:. 0|0:82,0:82:99:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,101,1601:. 0|0:69,0:69:99:0,107,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,100,1495:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1321:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1226:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1215:. 0|0:35,0:35:99:0,102,958:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1354:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1199:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1097:. 0|0:94,0:94:99:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,103,1402:. 0|0:33,0:33:99:0,99,984:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1166:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1514:. 0|0:96,0:96:99:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:0,115,1532:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,109,1596:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1266:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,112,1373:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1211:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1686:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1487:. 0|0:65,0:65:99:0,106,1740:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:0,117,1482:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1156:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1249:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1172:. 0|0:46,0:46:99:0,109,1216:. 1|0:46,22:68:99:481,0,996:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1192:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1206:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1385:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1547:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1524:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1142:. 0|0:71,0:71:99:0,105,1575:. 1|1:0,56:56:99:1777,168,0:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,103,1248:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1242:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1226:. 0|0:125,0:125:99:0,109,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,107,1264:. 0|1:3,0:3:9:0,9,94:. 0|0:67,0:67:99:0,106,1667:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1673:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,101,1592:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1286:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1189:. 0|0:21,0:21:60:0,60,660:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1639:. 1|0:202,42:244:99:585,0,4841:. 0|1:85,29:114:99:539,0,1931:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:0,104,1099:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1216:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1305:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1372:. 0|0:67,0:67:99:0,115,1800:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1192:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:51:0,51,765:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,117,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1710:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:4,0:4:12:0,12,134:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1399:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,112,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1416:. 0|0:42,0:42:99:0,113,1420:. 0|0:49,0:49:99:0,103,1575:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1339:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1672:. 1|1:0,145:145:99:5057,436,0:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1767:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1183:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:0,111,1665:. 0|0:89,0:89:99:0,118,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:20,0:20:60:0,60,571:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1270:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1665:. 0|0:93,0:93:99:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:0,111,1665:. 0|0:79,0:79:99:0,112,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1268:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1318:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:0,99,1485:. 1|1:0,131:131:99:4457,393,0:. 1|1:1,170:171:99:5682,481,0:. 1|0:194,31:225:99:398,0,5654:. 0|0:71,0:71:99:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1710:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 1|0:34,35:69:99:1017,0,693:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1456:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,108,1800:. 1|1:1,199:200:99:6663,571,0:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:0,110,1800:. 0|1:70,96:166:99:2802,0,1787:. 1|0:41,5:46:37:37,0,1025:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1043:. 0|1:170,28:198:99:307,0,4996:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:0,102,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:0,111,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1665:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 1|0:162,25:187:99:299,0,4578:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1464:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1468:. 0|0:6,0:6:18:0,18,143:. 0|0:63,0:63:99:0,112,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,103,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1287:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:0,104,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,114,1710:. 0|0:84,0:84:99:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1229:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,105,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1093:. 0|1:54,41:95:99:1151,0,1482:. 0|0:40,0:40:99:0,109,1337:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:3240,277,0:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1665:. 0|0:48,0:48:99:0,103,1575:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1305:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:0,109,1665:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1315:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 1|1:1,46:47:99:1586,110,0:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1401:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,100,1346:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:30:0,30,450:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1348:. 0|0:61,0:61:99:0,115,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:0,104,1319:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1287:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:77,0:77:99:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1341:. Pf3D7_01_v3 379362 . C T 243736 PASS FS=0.541;MQ=60.17;QD=19.68;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R113;SNPEFF_CODON_CHANGE=agG/agA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=RRP36;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109700.1;SOR=0.692;VQSLOD=3.76;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.07;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=116.88;GQ_STDDEV=17.44;HRun=3;InbreedingCoeff=0.5903;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.73;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=5980562;AF=0.019;AS_InbreedingCoeff=0.9997;MLEAC=98;MLEAF=0.019;AN=856;AC=30 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:63,8:71:41:.:.:41,0,1604:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1433:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1321:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1458:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1661:. 0|0:39,0:39:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:61,0:61:83:.:.:0,83,1499:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1005:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. 0|0:32,0:32:50:.:.:0,50,772:. 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,934:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1225:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1294:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1185:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,974:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1344:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1078:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,24:51:99:.:.:577,0,621:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1302:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1484:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1060:. 0|1:62,10:72:40:.:.:40,0,1370:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1141:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1475:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:36,44:80:99:.:.:1025,0,776:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,9:25:99:.:.:189,0,364:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1297:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1139:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1503:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1477:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:38,54:92:99:.:.:1331,0,774:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:95:.:.:0,95,1120:. 1|0:67,14:81:99:.:.:123,0,1517:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1631:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1224:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1390:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1187:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1065:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1018:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,109,1046:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1242:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1287:. 0|1:17,16:33:99:.:.:377,0,413:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1376:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1494:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1581:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1669:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1257:. 0|0:41,0:41:80:.:.:0,80,985:. 1|1:2,117:119:99:.:.:3481,301,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1756:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,23:83:99:.:.:423,0,1361:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1300:. 1|0:148,36:184:99:.:.:509,0,3561:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:8,166:174:99:.:.:4874,335,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,110,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,148:168:28:.:.:4083,0,28:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4367,433,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1573:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1460:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1369:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1688:. 0|1:14,96:110:22:.:.:2574,0,22:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1129:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1709:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1626:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1495:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1460:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1274:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1387:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1516:. 1|1:3,156:159:99:.:.:4538,417,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1447:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2197:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1174:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,255:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1059:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1300:. 1|0:48,44:92:99:.:.:991,0,1032:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,29:128:99:.:.:499,0,2233:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1601:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1495:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1321:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,958:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1354:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1097:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1402:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,984:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1514:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:32,31:63:99:.:.:706,0,682:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1596:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1373:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1211:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1686:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1487:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1740:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,30:55:99:.:.:737,0,572:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1482:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1249:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1172:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1216:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1192:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1385:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1547:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1524:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1142:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1248:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1242:. 1|1:1,52:53:99:.:.:1517,129,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1264:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,83:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1667:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1673:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1592:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1286:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1189:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1639:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1392:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,411:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1216:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1305:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1192:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,865:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2825,243,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,158:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1399:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1416:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,113,1420:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1672:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1767:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1183:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:66 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1665:. 0|0:93,0:93:.:.:.:.:111 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:111 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:102 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:114,0:114:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1318:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:122,0:122:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:114 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1456:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:110 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:109 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:54 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:120 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:105 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:122,0:122:.:.:.:.:120 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:114 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1464:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1468:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:103 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:99 0|0:77,0:77:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1287:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:108 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:108 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:.:.:.:.:120 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,109,1337:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1315:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1401:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,513:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1348:. 1|1:14,156:170:78:.:.:4868,78,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1319:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1287:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1341:. Pf3D7_01_v3 380527 . A C 179543 PASS FS=0.589;MQ=60.06;QD=22.28;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.597;VQSLOD=3.38;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.16;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1897;FractionInformativeReads=0.996;GC=14.29;GQ_MEAN=132.78;GQ_STDDEV=143.2;HRun=2;InbreedingCoeff=0.3475;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.36;culprit=MQ;set=snp;DP=3702347;AF=0.022;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=112;MLEAF=0.022;AN=838;AC=29 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1499:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,33:51:99:.:.:1251,0,861:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1458:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1417:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1556:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1337:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1456:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1164:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 1|1:1,9:10:20:.:.:377,20,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1220:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1474:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1272:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,524:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,999:. 0|1:54,16:70:99:0|1:380512_A_ATATATT:398,0,2716:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,7:7:24:1|1:380512_A_ATATTT:341,24,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1944,144,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1170:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1679:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1386:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1331:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,673:. 0|0:51,0:51:27:.:.:0,27,1199:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1144:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1407:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1554:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1345:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1528:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1467:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,514:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1460:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1417:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1167:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1434:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,595:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1614:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,599:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1620:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,925:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1054:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1756:. 1|0:18,11:29:99:0|1:380510_A_AT:340,0,836:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|0:17,15:32:99:.:.:547,0,1014:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,764:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1005:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,969:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1042:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1073:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1673:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1449:. 0|1:47,13:60:99:0|1:380504_G_GTA:345,0,2125:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,547:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:9,48:57:99:.:.:1773,0,296:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1495:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1486:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1284:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1226:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1319:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1177:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1139:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3979,292,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,113,1189:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1406:. 1|0:40,3:43:6:0|1:380512_A_ATATTT:6,0,1535:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1567:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1266:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1404:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1079:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1369:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1782:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1593:. 0|1:70,11:81:99:.:.:212,0,3404:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1308:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1538:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1483:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1423:. 1|1:2,67:69:99:.:.:2674,120,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1299:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1078:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1344:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1342:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1005:. 0|0:30,0:30:82:.:.:0,82,873:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1751:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1003:. 0|0:29,0:29:67:.:.:0,67,739:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1703:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1089:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,155:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1363:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1167:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1306:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1369:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1335:. 0|1:32,41:73:99:.:.:1505,0,2012:. 0|1:88,39:127:99:.:.:1242,0,4304:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1026:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,975:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1766:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1790:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1155:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,870:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1448:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,883:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,978:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1217:. 1|0:72,10:82:99:.:.:155,0,3994:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,965:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1085:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1054:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1007:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1588:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1121:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1694:. 0|0:26,0:26:54:.:.:0,54,708:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:38,0:38:89:.:.:0,89,1038:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1305:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1109:. 1|0:71,7:78:90:.:.:90,0,2841:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1341:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1449:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1292:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1167:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1031:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1455:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,174:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1061:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1073:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1131:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,826:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1042:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1064:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:24,0:24:71:.:.:0,71,613:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1188:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1174:. 1|0:29,24:53:99:0|1:380527_A_C:939,0,1167:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,385:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,654:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,974:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,680:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,977:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,870:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,102:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,1034:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:35,0:35:78:.:.:0,78,1085:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:0,23:23:72:1|1:380512_A_ATATTT:1018,72,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,933:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1009:. 0|0:23,0:23:61:.:.:0,61,733:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,982:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,967:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,493:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1361:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,247:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,448:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:52:.:.:0,52,968:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1325:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1553:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,230:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,201:. 0|0:27,0:27:70:.:.:0,70,913:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1619:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,938:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1450:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,1090:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:31,0:31:76:.:.:0,76,923:. 1|1:0,19:19:57:1|1:380467_AATATATATATATTAAAT_A:656,57,0:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1107:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1501:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1651:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1780:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1605:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1189:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,661:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1090:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,692:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,384:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,364:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1458:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,91:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1679:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1240:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,626:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1625:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1563:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,259:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1317:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,98:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,733:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,760:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1261:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,498:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,692:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1249:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,491:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,596:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,396:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,825:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,513:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,689:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,844:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,879:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,621:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,994:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,964:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,383:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,277:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1157:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1107:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,49:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,444:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,180:. 1|1:0,19:19:57:.:.:766,57,0:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,875:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1449:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,903:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,389:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,858:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,504:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,651:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,560:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,507:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. Pf3D7_01_v3 383595 . A T 275998 PASS FS=0.591;MQ=59.99;QD=22.16;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L104F;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttA/ttT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0109850;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109850.1;SOR=0.63;VQSLOD=3.79;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=130.08;GQ_STDDEV=105.98;HRun=3;InbreedingCoeff=0.651;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.89;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=5573878;AF=0.013;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=66;MLEAF=0.013;AN=856;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1688:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1554:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1788:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1202:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1488:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1444:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1261:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1322:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1460:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1352:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,436:. 0|0:49,0:49:84:.:.:0,84,1469:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1235:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1769:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1283:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,156:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1065:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1292:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1237:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1385:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1630:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1007:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1238:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1046:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1365:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1648:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1164:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1288:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1110:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1724:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1308:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1218:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1236:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1351:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,959:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1243:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:102,11:113:8:0|1:383595_A_T:0,8,2938:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1271:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1123:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1321:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1305:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,984:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1209:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1019:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,115,1189:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1686:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1242:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1300:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1058:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1696:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1240:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1526:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1425:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1326:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1355:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1370:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1612:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1656:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1621:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1535:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1780:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1644:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1348:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1514:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1341:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1399:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1619:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1151:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1119:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1306:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1281:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1294:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1636:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1293:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1304:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1468:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1672:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1300:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1300:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1341:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1147:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1169:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1394:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1394:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1442:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1258:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1549:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1138:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1680:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1369:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1506:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1088:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1623:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1399:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1755:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1529:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1244:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1061:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1181:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1230:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1084:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1520:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1652:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1137:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1165:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1269:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1138:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1448:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1107:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2350,239,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1389:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1020:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1086:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1500:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1130:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,998:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1295:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1707:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1218:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1498:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1122:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,977:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,928:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1225:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,159:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1467:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1447:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1665:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1516:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1121:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1279:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,678:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1484:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1270:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1379:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1728:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1682:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1528:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1718:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1664:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1234:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1289:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1359:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1520:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1373:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1421:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1328:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1375:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1319:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1458:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1371:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1253:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,115,1718:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1175:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1552:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1493:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1493:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1360:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1668:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1440:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1242:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1518:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1319:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1601:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1565:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1090:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1474:. 1|0:129,62:191:99:.:.:1618,0,3948:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1228:. 1|0:89,39:128:99:.:.:959,0,2685:. 0|1:71,24:95:99:.:.:494,0,2104:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1682:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1184:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1187:. 1|0:50,138:188:99:.:.:4094,0,1188:. 0|1:30,7:37:88:.:.:88,0,905:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1792:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1259:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1151:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:53,91:144:99:.:.:2777,0,1412:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1323:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1461:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1478:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,112,1268:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1692:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1423:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1560:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1017:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1419:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,20:123:99:.:.:295,0,3167:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1075:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:73,8:81:5:.:.:5,0,2278:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1679:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1578:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1427:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1144:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1451:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1320:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1249:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1608:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1365:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1327:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1440:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1599:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1732:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,392:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1467:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1121:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1636:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1361:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3050,264,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1413:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,116,1469:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1399:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1440:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1338:. Pf3D7_01_v3 384714 . T A 93588.8 PASS FS=0.647;MQ=59.73;QD=21.38;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y301N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=5;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0109850;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109850.1;SOR=0.632;VQSLOD=3.52;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.13;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.997;GC=4.76;GQ_MEAN=112.58;GQ_STDDEV=22.17;HRun=8;InbreedingCoeff=0.9944;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=2.92;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=5183019;AF=0.012;AS_InbreedingCoeff=0.9944;MLEAC=62;MLEAF=0.012;AN=856;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1428:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1380:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1448:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,112,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,576:. 0|0:31,0:31:58:.:.:0,58,896:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:34,0:34:67:.:.:0,67,1006:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1079:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1323:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1888,191,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1208:. 0|0:23,0:23:20:.:.:0,20,588:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1394:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,308:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1210:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1660:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1454:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1365:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1377:. 0|0:28,0:28:70:.:.:0,70,860:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:40,0:40:89:.:.:0,89,1140:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1482:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1665:. 1|1:1,49:50:99:.:.:1323,117,0:. 1|0:45,25:70:99:.:.:506,0,1122:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1312:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1036:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1167:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:25,0:25:40:.:.:0,40,677:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1529:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:34:.:.:0,34,639:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1396:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,742:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1384:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1110:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,831:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,948:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1063:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:73:.:.:0,73,1041:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:11,59:70:99:.:.:1575,0,134:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1755:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1594:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,103,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:138,0:138:0:.:.:0,0,2570:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1169:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:26:.:.:0,26,1187:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1303:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1063:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,6:33:60:.:.:60,0,723:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1310:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:94,0:94:22:.:.:0,22,2369:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,118:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1292:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:95,0:95:19:.:.:0,19,2347:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1703:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1283:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1220:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1203:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1328:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1430:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:33,0:33:67:.:.:0,67,969:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:93:.:.:0,93,1734:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,1025:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1319:. 0|1:70,17:87:99:.:.:252,0,1730:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1533:. 0|0:30,0:30:55:.:.:0,55,884:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1241:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,177:. 1|0:81,17:98:99:.:.:211,0,2130:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1088:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1555:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1299:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1446:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:96:.:.:0,96,1592:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,529:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1530:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:32,0:32:61:.:.:0,61,1044:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:84:.:.:0,84,1705:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1436:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,250:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1386:. 1|1:1,63:64:99:.:.:2054,157,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:71:.:.:0,71,1162:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,304:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:29,0:29:52:.:.:0,52,898:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:19,0:19:.:.:.:.:57 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1423:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:108 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:99 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:102 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:73:.:.:0,73,889:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:102 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:102 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:102 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:100 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:48 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:51 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:102 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:.:.:.:.:99 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:72 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:105 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:0 0|0:37,0:37:.:.:.:.:99 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:102 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:101 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:99 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:102 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1229:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1441:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,503:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,444:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1562:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:16:.:.:0,16,520:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,707:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1442:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,245:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,707:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,277:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 384985 . C T 1.31064e+06 PASS FS=0;MQ=61.93;QD=22.12;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S361;SNPEFF_CODON_CHANGE=agC/agT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=6;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0109850;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109850.1;SOR=0.698;VQSLOD=4.83;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=14.29;GQ_MEAN=198.9;GQ_STDDEV=261.29;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6843;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.439;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=5337921;AF=0.137;AS_InbreedingCoeff=0.4929;MLEAC=708;MLEAF=0.137;AN=848;AC=156 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1296:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:43,22:65:99:.:.:495,0,964:. 1|0:81,10:91:3:.:.:3,0,1862:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:77:.:.:0,77,1216:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:36,12:48:99:.:.:236,0,720:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:52,13:65:99:.:.:218,0,1096:. 0|0:26,0:26:61:.:.:0,61,770:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:44,0:44:70:.:.:0,70,1030:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,162:. 1|1:2,19:21:10:.:.:549,10,0:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:31,21:52:99:.:.:491,0,635:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2276,228,0:. 0|0:25,0:25:58:.:.:0,58,617:. 1|1:0,32:32:95:.:.:923,95,0:. 0|0:56,0:56:89:.:.:0,89,1161:. 0|0:14,0:14:17:.:.:0,17,316:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1070,108,0:. 0|0:41,0:41:66:.:.:0,66,917:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1326:. 0|1:56,18:74:99:.:.:295,0,1237:. 1|0:24,7:31:99:.:.:125,0,530:. 0|1:101,58:159:99:.:.:1141,0,1997:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1391:. 0|1:59,24:83:99:.:.:448,0,1319:. 1|1:1,36:37:84:.:.:998,84,0:. 0|0:22,2:24:12:.:.:0,12,522:. 0|1:13,30:43:99:.:.:742,0,175:. 0|0:45,0:45:83:.:.:0,83,1089:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1005:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1746:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1287:. 0|1:23,18:41:99:.:.:399,0,482:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,669:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1565:. 0|0:43,0:43:98:.:.:0,98,1068:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,382:. 0|0:58,2:60:99:.:.:0,118,1513:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1897,197,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1076:. 1|0:10,37:47:99:.:.:911,0,111:. 0|0:43,0:43:82:.:.:0,82,952:. 0|0:47,0:47:62:.:.:0,62,1061:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1518:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:12,28:40:99:.:.:651,0,193:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:74:.:.:679,74,0:. 0|1:43,12:55:99:.:.:174,0,968:. 0|1:25,7:32:99:.:.:117,0,565:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1506:. 0|0:18,0:18:41:.:.:0,41,420:. 1|0:24,25:49:99:.:.:612,0,456:. 0|0:26,0:26:16:.:.:0,16,499:. 1|0:15,13:28:99:.:.:277,0,279:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1392:. 0|0:30,4:34:8:.:.:0,8,636:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1480:. 0|0:32,0:32:83:.:.:0,83,816:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1606:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,660:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,828:. 1|1:0,29:29:87:.:.:877,87,0:. 0|1:13,19:32:99:.:.:471,0,246:. 1|0:29,9:38:99:.:.:158,0,623:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,891:. 0|0:40,0:40:76:.:.:0,76,874:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1399:. 1|0:8,16:24:99:.:.:416,0,150:. 1|1:2,66:68:99:.:.:1740,149,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:55,0:55:86:.:.:0,86,1236:. 0|1:25,75:100:99:.:.:1827,0,329:. 1|1:1,84:85:99:.:.:2357,225,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1682:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1565:. 0|0:27,0:27:61:.:.:0,61,670:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,16:73:99:.:.:261,0,1141:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,11:106:2:.:.:2,0,2022:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:55,12:67:99:.:.:147,0,1188:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1773:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,3:56:73:.:.:0,73,1222:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,115,1685:. 1|1:1,100:101:99:.:.:2806,276,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,41:107:99:.:.:859,0,1304:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3105,322,0:. 1|0:53,38:91:99:.:.:799,0,1036:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:71,6:77:43:.:.:0,43,1440:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1236:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2451,264,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1949,198,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1381:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,19:70:99:.:.:338,0,948:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,5:69:75:.:.:0,75,1496:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1189:. 0|1:46,10:56:99:.:.:102,0,942:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:.:.:3987,422,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1278:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1546:. 1|0:53,12:65:99:.:.:157,0,1155:. 1|0:68,20:88:99:.:.:228,0,1391:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3174,344,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1605:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1338,148,0:. 0|1:15,50:65:99:.:.:1190,0,160:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1282:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1129:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,572:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,892:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1574:. 0|0:19,3:22:0:.:.:0,0,380:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1693,176,0:. 0|1:31,16:47:99:.:.:274,0,613:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1264:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1126:. 0|1:74,14:88:99:.:.:162,0,1525:. 1|0:54,7:61:40:.:.:40,0,1066:. 1|1:11,100:111:65:.:.:2622,65,0:. 0|1:50,40:90:99:.:.:849,0,887:. 1|0:66,10:76:81:.:.:81,0,1369:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,5:7:34:.:.:105,0,34:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3004,305,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1251:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1328,140,0:. 1|0:24,25:49:99:.:.:601,0,432:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1118:. 0|1:46,33:79:99:.:.:681,0,926:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1307:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1530:. 1|0:39,34:73:99:.:.:692,0,738:. 1|0:60,8:68:6:.:.:6,0,1344:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1491:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1618:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1039:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1306:. 0|1:24,53:77:99:.:.:1323,0,333:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,37:93:99:.:.:749,0,1107:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1223:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1079:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1277:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,30:79:99:.:.:626,0,981:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,4:73:91:.:.:0,91,1518:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1712:. 0|1:28,5:33:41:.:.:41,0,602:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1104:. 0|1:22,14:36:99:.:.:296,0,453:. 0|1:19,48:67:99:.:.:1077,0,264:. 0|1:16,20:36:99:.:.:482,0,312:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1610:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1602,165,0:. 0|1:36,4:40:6:.:.:6,0,778:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1341:. 0|0:33,3:36:33:.:.:0,33,736:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:57,10:67:93:.:.:93,0,1178:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,789:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,887:. 0|0:34,0:34:27:.:.:0,27,655:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:26,17:43:99:.:.:346,0,448:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1213:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1516:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,648:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:95:.:.:0,95,888:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1305:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1018:. 1|1:3,37:40:36:.:.:922,36,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1059:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:91:.:.:0,91,1282:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2832,284,0:. 0|1:33,17:50:99:.:.:333,0,648:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|1:7,53:60:11:.:.:1404,0,11:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,24:70:99:.:.:438,0,946:. 1|1:4,126:130:99:.:.:3440,276,0:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,156:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:8,66:74:27:.:.:1580,27,0:. 0|0:55,3:58:80:.:.:0,80,1380:. 1|1:0,31:31:92:.:.:883,92,0:. 0|0:45,2:47:80:.:.:0,80,1146:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1304:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,185:. 1|0:18,17:35:99:.:.:399,0,365:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1717:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,24:24:72:.:.:774,72,0:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,4:53:24:.:.:0,24,1358:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,998:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1520:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1739:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1186:. 0|0:45,0:45:90:.:.:0,90,1333:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:53,0:53:93:.:.:0,93,1421:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1325:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1267,125,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1456:. 0|1:29,29:58:99:.:.:733,0,696:. 0|0:29,0:29:70:.:.:0,70,775:. 0|0:18,0:18:21:.:.:0,21,407:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1763,161,0:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:26,0:26:4:.:.:0,4,620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1196:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:88:.:.:0,88,1043:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:91:.:.:0,91,1679:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:1,193:194:99:.:.:6411,544,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,31:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1181:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1278:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1051,102,0:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,26:26:78:.:.:825,78,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:9,76:85:54:.:.:2165,0,54:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,777:. 0|0:55,0:55:89:.:.:0,89,1501:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,479:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,87:88:99:.:.:2778,232,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,7:95:26:.:.:0,26,2435:. 0|1:25,50:75:99:.:.:1441,0,501:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,215:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,92:95:99:.:.:2964,213,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,2:2:6:.:.:72,6,0:. 0|1:86,19:105:99:.:.:288,0,2237:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,102:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|1:48,12:60:99:.:.:187,0,1170:. 1|0:4,11:15:66:.:.:295,0,66:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,5:69:31:.:.:0,31,1824:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,183:. 0|0:103,0:103:51:.:.:0,51,2641:. 1|1:2,35:37:41:.:.:946,41,0:. 0|0:65,2:67:99:.:.:0,127,1859:. 1|0:3,0:3:9:.:.:0,9,66:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,671:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1384:. 1|0:69,10:79:99:.:.:119,0,1805:. 1|1:1,11:12:3:.:.:357,3,0:. 1|0:20,13:33:99:.:.:322,0,473:. 0|1:13,78:91:67:.:.:2289,0,67:. 1|0:73,10:83:79:.:.:79,0,1751:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,576:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1402:. 0|1:5,5:10:99:.:.:145,0,119:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1372:. 1|0:11,25:36:99:.:.:638,0,248:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1740:. 1|1:0,14:14:42:.:.:445,42,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1469:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,378:. 1|1:0,27:27:81:.:.:898,81,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1384:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1317,119,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1374:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:46:.:.:0,46,680:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1301:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1213:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:53:.:.:0,53,655:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:40,0:40:85:.:.:0,85,977:. 1|1:0,9:9:27:.:.:263,27,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1172:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,134:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1299:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1372:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1801,164,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1238:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1542:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1210:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:79:.:.:0,79,940:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,34:50:99:.:.:1003,0,335:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1324:. 1|1:0,13:13:39:.:.:449,39,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,218:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1507:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1192,108,0:. Pf3D7_01_v3 387389 . G A 225882 PASS FS=0;MQ=60.98;QD=24.07;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0109950;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109950.1;SOR=0.697;VQSLOD=5.64;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0.0005;NCC=0;BaseQRankSum=3.38;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=418;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.353;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;GQ_STDDEV=14.36;culprit=FS;set=snp;DP=4658382;AF=0.008206;MLEAC=43;MLEAF=0.008206;AN=856;AC=24 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1567:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1360:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1467:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1679:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1241:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1115:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1730:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,307:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1052:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1291:. 1|0:52,18:70:99:0|1:387389_G_A:500,0,1144:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:6048,475,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1099:. 0|0:37,0:37:92:.:.:0,92,931:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1193:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,174:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1359:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1330:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1240:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:3047,235,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1070:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1177:. 0|1:34,13:47:99:0|1:387389_G_A:266,0,1079:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1518:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1027:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1297:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1433:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1284:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:65:.:.:0,65,668:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,89:94:99:.:.:3430,160,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1192:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,995:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1005:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,587:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1366:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1268:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1006:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1214:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,984:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1768:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1049:. 0|0:119,14:133:10:.:.:0,10,4585:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1558:. 0|0:43,0:43:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,919:. 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1103:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1240:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1524:. 1|0:5,39:44:34:.:.:1435,0,34:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1632:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1152:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1546:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,2:45:74:.:.:0,74,1106:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1206:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1444:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1759:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1180:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1649:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1219:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,53:134:99:.:.:1102,0,1759:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,994:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1328:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1525:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1371:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1444:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1274:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1513:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:.:.:6597,528,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1389:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1213:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1524:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1357:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1028:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,6:55:93:.:.:93,0,1752:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1428:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1159:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1347:. 0|1:74,21:95:99:.:.:505,0,1751:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,265:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1153:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1580:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1622:. 1|0:55,69:124:99:.:.:1687,0,1153:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1703:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1303:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1378:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:58,33:91:99:.:.:763,0,1321:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1228:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,64:102:99:.:.:2141,0,728:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1060:. 1|1:0,80:80:99:.:.:3105,241,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1134:. 0|1:54,26:80:99:0|1:387389_G_A:534,0,1862:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1092:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,959:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1132:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1097:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:95,0:95:62:.:.:0,62,2167:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,109,1025:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1487:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1065:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1268:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1110:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,824:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1314:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1328:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,980:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1300:. 0|0:8,0:8:13:.:.:0,13,181:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1608:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,50:114:99:.:.:1128,0,1434:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1086:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1309:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1354:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,286:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:69,0:69:92:.:.:0,92,1887:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1355:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1273:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1369:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1419:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1161:. 1|0:102,24:126:99:.:.:692,0,4808:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1274:. 1|1:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1416:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1478:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1204:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1554:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1307:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1548:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1375:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1350:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:19,0:19:18:.:.:0,18,270:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1224:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1249:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1099:. 1|1:0,89:89:99:.:.:3135,266,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1691:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:63 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:106 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:103 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1255:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:104 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1296:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1672:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1136:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1283:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:109 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:103 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1402:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1607:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:77 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:42 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:36 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1434:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1296:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:101 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1293:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:32,0:32:.:.:.:.:90 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1496:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1241:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:12 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1483:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1557:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:100 0|0:47,0:47:.:.:.:.:109 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1431:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1393:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1152:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:100 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:105 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:108 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:81 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1304:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,115,1377:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1261:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1457:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1331:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1572:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1270:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1131:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1383:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,987:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,317:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. Pf3D7_01_v3 387715 . C A 1.75656e+06 PASS FS=0.827;MQ=61;QD=33.86;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H141N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cac/Aac;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=5;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0109950;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109950.1;SOR=0.855;VQSLOD=3.55;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.4;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=38.1;GQ_MEAN=103.53;GQ_STDDEV=41.92;HRun=1;InbreedingCoeff=0.888;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.08;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=4533817;AF=0.216;AS_InbreedingCoeff=-0.0509;MLEAC=1123;MLEAF=0.217;AN=838;AC=51 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1286:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1452:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1369:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1285:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:24,0:24:42:.:.:0,42,634:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,290:. 0|0:25,0:25:64:.:.:0,64,626:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1322:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,644:. 0|0:29,0:29:68:.:.:0,68,761:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,183:. 0|0:23,0:23:37:.:.:0,37,564:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:91:.:.:0,91,994:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:73:.:.:0,73,734:. 1|0:86,11:97:52:.:.:52,0,2872:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,9:17:99:0|1:387715_C_A:318,0,271:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1369:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1035:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1301:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1594:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:43:.:.:0,43,829:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1147:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1229:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1253:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1173:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1013:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1078:. 1|1:0,39:39:99:1|1:387715_C_A:1647,117,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|0:34,6:40:62:.:.:62,0,1095:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1464:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,269:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1192:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,950:. 0|1:10,12:22:99:.:.:282,0,219:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1214:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,625:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1600:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:24,36:60:99:.:.:900,0,694:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|1:12,13:25:99:0|1:387715_C_A:510,0,441:. 1|0:21,12:33:99:0|1:387715_C_A:404,0,757:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,518:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1071:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1427:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1524:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1097:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,16:60:99:.:.:256,0,1088:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,6:17:99:.:.:113,0,334:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,643:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,4:66:92:.:.:0,92,1581:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1219:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,26:51:99:.:.:629,0,872:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,858:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,655:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1525:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1371:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,12:47:99:.:.:231,0,1001:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1133:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1348:. 0|0:31,0:31:85:.:.:0,85,844:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1353:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1358:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,784:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1524:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,599:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,821:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,3:15:27:.:.:27,0,290:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:12,22:34:99:.:.:526,0,199:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,928:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1345:. 1|0:35,4:39:9:.:.:9,0,890:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1194:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,19:81:99:.:.:326,0,2137:. 0|1:50,20:70:99:0|1:387715_C_A:655,0,1936:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,79:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1580:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1113:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1027:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:24,30:54:99:.:.:767,0,504:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:80:.:.:0,80,875:. 1|0:23,9:32:99:.:.:129,0,583:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:64:.:.:0,64,761:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,30:50:99:0|1:387715_C_A:1227,0,711:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,8:90:44:.:.:0,44,2001:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1303:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1125:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1260:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,6:40:66:.:.:66,0,1252:. 0|0:28,0:28:59:.:.:0,59,686:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,603:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,740:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1110:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1162:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,612:. 1|1:0,63:63:99:1|1:387715_C_A:2713,195,0:. 0|0:27,0:27:62:.:.:0,62,694:. 0|0:53,2:55:99:.:.:0,106,2308:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,855:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,111:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1106:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1124:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,13:57:99:.:.:211,0,1580:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1086:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:2:.:.:0,2,249:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,302:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,698:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1043:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,744:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,702:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1326:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1378:. 1|1:0,18:18:54:1|1:387715_C_A:797,54,0:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1176:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1004,90,0:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,166:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|1:8,26:34:99:.:.:802,0,187:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,18:18:54:1|1:387715_C_A:777,54,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:387715_C_A:430,30,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,139:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,393:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,810:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,955:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,271:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1315:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1664:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1488:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:6,89:95:27:.:.:2755,27,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,65:86:99:.:.:1850,0,408:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1283:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:25,8:33:99:.:.:189,0,731:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1755:. 1|0:62,21:83:99:.:.:438,0,1767:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1402:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1607:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:70,3:73:99:.:.:0,117,2090:. 1|1:0,56:56:99:1|1:387715_C_A:2467,169,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,332:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:47,3:50:48:.:.:0,48,1426:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1195:. 0|1:35,5:40:21:.:.:21,0,1080:. 1|0:23,26:49:99:0|1:387715_C_A:1006,0,1362:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1296:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1293:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,580:. 1|0:62,7:69:40:.:.:40,0,1762:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,97:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,43:53:99:.:.:1221,0,180:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,925:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1393:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1152:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,886:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:91:.:.:0,91,1139:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,604:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,811:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,785:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1491:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,832:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,42:42:99:1|1:387715_C_A:1871,126,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:387715_C_A:2213,156,0:. 1|1:0,16:16:48:1|1:387715_C_A:720,48,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,230:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1755:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,563:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1572:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1202:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1514:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,111:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. Pf3D7_01_v3 387722 . C T 6.97894e+06 PASS FS=0;MQ=60.06;QD=33.39;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S143L;SNPEFF_CODON_CHANGE=tCa/tTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=5;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0109950;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0109950.1;SOR=0.761;VQSLOD=6.37;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.929;GC=52.38;GQ_MEAN=149.61;GQ_STDDEV=101.33;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7343;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.858;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=4804438;AF=0.821;AS_InbreedingCoeff=0.5608;MLEAC=4242;MLEAF=0.829;AN=838;AC=536 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:28,20:48:99:.:.:512,0,715 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|0:8,45:53:86:.:.:1306,0,86 0|1:21,50:71:99:.:.:1421,0,416 1|1:3,54:57:82:.:.:1610,82,0 0|1:67,7:74:3:.:.:3,0,1770 1|1:0,66:66:99:.:.:2136,198,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,80:80:99:.:.:2530,239,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1853,171,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1089,102,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1467,141,0 0|1:12,35:47:99:.:.:1011,0,227 1|0:9,15:24:99:.:.:407,0,181 1|1:0,12:12:36:.:.:383,36,0 1|1:0,24:24:72:.:.:759,72,0 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225 1|1:0,19:19:57:.:.:608,57,0 1|1:0,9:9:27:.:.:285,27,0 1|1:0,23:23:69:.:.:731,69,0 1|0:20,16:36:99:.:.:362,0,450 1|1:0,52:52:99:.:.:1610,156,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1098 1|1:0,21:21:63:.:.:656,63,0 0|0:29,0:29:56:.:.:0,56,765 1|1:0,52:52:99:.:.:1461,155,0 1|1:0,13:13:39:.:.:395,39,0 1|1:0,6:6:18:.:.:169,18,0 1|1:0,20:20:60:.:.:627,60,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1177,114,0 1|0:9,23:32:99:.:.:544,0,154 1|1:2,66:68:99:.:.:1980,142,0 1|1:0,30:30:90:.:.:951,90,0 0|1:30,90:120:99:.:.:2283,0,442 1|1:0,26:26:78:.:.:812,78,0 1|0:46,49:95:99:.:.:1395,0,1042 1|1:0,48:48:99:.:.:1370,143,0 0|1:6,10:16:99:0|1:387715_C_A:321,0,247 0|1:9,36:45:99:.:.:952,0,108 0|1:17,10:27:99:.:.:180,0,384 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1035 1|0:23,22:45:99:.:.:492,0,535 1|1:0,52:52:99:.:.:1563,155,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2878,290,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2690,273,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1773,182,0 0|1:7,27:34:97:.:.:651,0,97 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810 1|1:0,45:45:99:.:.:1329,135,0 0|1:21,16:37:99:.:.:380,0,486 1|1:0,80:80:99:.:.:2393,240,0 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,218 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485 0|1:33,84:117:99:.:.:2204,0,545 1|1:0,54:54:99:.:.:1584,161,0 0|0:44,0:44:62:.:.:0,62,1077 1|0:8,37:45:91:.:.:958,0,91 1|1:0,41:41:99:.:.:1148,122,0 1|0:11,38:49:99:.:.:952,0,156 1|0:10,24:34:99:.:.:595,0,161 1|1:0,85:85:99:.:.:2537,255,0 1|0:13,28:41:99:.:.:683,0,226 1|1:0,36:36:99:1|1:387715_C_A:1568,108,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2853,279,0 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,345 0|1:16,25:41:99:.:.:682,0,313 0|1:11,31:42:99:.:.:806,0,190 1|1:0,45:45:99:.:.:1331,134,0 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,269 1|1:1,36:37:81:.:.:1102,81,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1045,108,0 1|1:0,23:23:69:.:.:832,69,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1207,122,0 0|0:25,0:25:44:.:.:0,44,614 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1600 1|1:0,29:29:87:.:.:859,87,0 1|0:14,47:61:99:.:.:1750,0,188 1|1:3,60:63:97:.:.:1668,97,0 1|1:0,18:18:54:.:.:520,54,0 1|0:12,13:25:99:0|1:387715_C_A:510,0,441 0|1:19,12:31:99:0|1:387715_C_A:407,0,747 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,518 1|1:0,28:28:84:.:.:859,84,0 1|0:26,6:32:89:.:.:89,0,560 1|1:0,14:14:42:.:.:431,42,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1504,147,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1524 1|1:0,37:37:99:.:.:1101,110,0 0|0:47,0:47:80:.:.:0,80,1072 1|1:0,95:95:99:.:.:2776,284,0 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,855 0|1:11,52:63:99:.:.:1378,0,134 1|1:0,47:47:99:.:.:1437,141,0 1|1:3,59:62:99:.:.:1896,99,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1503,155,0 1|0:5,10:15:75:.:.:305,0,75 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1360 1|1:4,43:47:26:.:.:1104,26,0 0|0:34,0:34:69:.:.:0,69,857 0|0:88,0:88:89:.:.:0,89,2077 0|0:130,0:130:89:.:.:0,89,2925 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1620 1|1:0,48:48:99:.:.:1411,144,0 1|1:7,62:69:29:.:.:1577,29,0 1|0:16,54:70:99:.:.:1380,0,210 0|1:21,84:105:99:.:.:2151,0,289 0|1:16,8:24:99:.:.:184,0,352 0|0:109,0:109:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,69:69:99:.:.:2105,206,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1233,123,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,61:61:99:.:.:1768,182,0 1|1:8,72:80:14:.:.:1942,14,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,57:57:99:.:.:1707,171,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2953,296,0 0|1:43,19:62:99:.:.:379,0,983 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|1:19,29:48:99:.:.:1092,0,364 0|0:91,0:91:99:.:.:0,103,1800 1|0:18,14:32:99:.:.:303,0,376 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|0:10,62:72:64:.:.:1675,0,64 1|1:0,24:24:72:.:.:704,72,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1566,162,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2460,249,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1228,125,0 1|1:2,58:60:99:.:.:1747,131,0 0|1:10,36:46:99:.:.:1126,0,127 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1133 1|1:2,51:53:99:.:.:1375,100,0 1|0:24,17:41:99:.:.:381,0,549 1|0:22,11:33:99:.:.:197,0,494 1|1:0,56:56:99:.:.:1646,168,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1167 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1348 0|1:23,6:29:99:.:.:102,0,538 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,1088 1|0:35,7:42:64:.:.:64,0,837 1|1:0,83:83:99:.:.:2471,249,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1800 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1358 1|1:0,27:27:81:.:.:802,81,0 0|1:33,10:43:99:.:.:189,0,809 1|0:59,21:80:99:.:.:426,0,1377 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080 1|1:1,20:21:33:.:.:590,33,0 1|1:0,24:24:71:.:.:678,71,0 1|1:0,29:29:86:.:.:829,86,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1692,173,0 1|1:1,15:16:19:.:.:478,19,0 0|1:20,20:40:99:.:.:492,0,437 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080 1|1:0,33:33:98:.:.:1256,98,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,36:36:99:.:.:1055,108,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1345 1|1:0,38:38:99:.:.:1250,114,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1331,138,0 0|1:14,52:66:99:.:.:1368,0,163 0|1:35,26:61:99:.:.:604,0,797 1|1:3,92:95:99:.:.:2561,193,0 0|1:33,43:76:99:.:.:1057,0,992 0|1:46,18:64:99:0|1:387715_C_A:606,0,1899 1|1:3,74:77:99:.:.:2131,152,0 1|1:0,3:3:9:.:.:92,9,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1064,105,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1580 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720 1|0:9,20:29:99:.:.:501,0,159 1|0:28,35:63:99:.:.:807,0,522 0|1:16,26:42:99:.:.:646,0,281 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1027 1|1:6,62:68:35:.:.:1701,35,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1077,105,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1332,137,0 1|1:0,31:31:93:.:.:955,93,0 1|1:0,52:52:99:.:.:2004,156,0 1|1:4,73:77:99:.:.:2063,114,0 1|0:31,54:85:99:.:.:1292,0,569 1|1:0,39:39:99:.:.:1166,117,0 1|1:3,32:35:15:.:.:871,15,0 1|1:0,34:34:99:.:.:979,101,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3299,332,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2078,209,0 1|1:6,63:69:54:.:.:1707,54,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,71:71:99:.:.:2151,212,0 1|1:0,29:29:87:.:.:876,87,0 1|1:0,30:30:90:.:.:1006,90,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620 0|1:34,29:63:99:.:.:652,0,704 0|0:30,0:30:67:.:.:0,67,740 1|1:0,26:26:78:.:.:758,78,0 0|0:26,0:26:55:.:.:0,55,627 1|1:0,99:99:99:.:.:2862,296,0 1|0:18,34:52:99:0|1:387715_C_A:1303,0,678 1|1:4,86:90:99:.:.:2387,159,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2013,200,0 1|1:3,85:88:99:.:.:2438,182,0 0|1:29,16:45:99:.:.:334,0,558 0|1:5,36:41:22:.:.:927,0,22 1|1:0,47:47:99:.:.:1450,141,0 1|1:0,26:26:78:.:.:811,78,0 1|0:11,32:43:99:.:.:847,0,149 0|1:12,20:32:99:.:.:515,0,227 1|1:0,78:78:99:.:.:2320,233,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,79:79:99:.:.:2332,235,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1142,114,0 1|0:37,10:47:99:.:.:166,0,863 1|1:0,77:77:99:.:.:2305,231,0 0|0:52,0:52:92:.:.:0,92,1243 0|1:27,11:38:99:.:.:292,0,609 1|1:0,25:25:74:.:.:741,74,0 0|1:12,11:23:99:.:.:280,0,232 0|1:5,41:46:5:.:.:1060,0,5 1|0:10,13:23:99:.:.:330,0,185 1|1:0,44:44:99:.:.:1242,131,0 0|1:7,17:24:87:.:.:400,0,87 1|1:0,28:28:84:.:.:854,84,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1214,120,0 0|1:12,25:37:99:.:.:657,0,231 1|1:0,79:79:99:.:.:2383,236,0 1|1:0,32:32:96:.:.:998,96,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1331,131,0 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,612 1|1:0,58:58:99:1|1:387715_C_A:2595,183,0 0|0:28,0:28:44:.:.:0,44,692 1|1:3,58:61:63:.:.:1628,63,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1525,155,0 0|0:29,0:29:58:.:.:0,58,721 1|1:0,18:18:54:.:.:570,54,0 1|1:0,99:99:99:.:.:3023,297,0 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395 1|1:0,4:4:12:.:.:126,12,0 1|0:11,47:58:99:.:.:1207,0,144 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1106 1|1:2,65:67:99:.:.:1850,162,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1124 1|1:0,82:82:99:.:.:2524,246,0 0|1:32,30:62:99:.:.:869,0,696 0|0:96,0:96:99:.:.:0,100,1800 1|0:14,6:20:99:.:.:127,0,334 1|1:0,12:12:36:.:.:374,36,0 0|0:40,0:40:94:.:.:0,94,1030 0|1:125,57:182:99:.:.:1145,0,2956 0|1:11,16:27:99:.:.:427,0,207 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,8:8:24:.:.:251,24,0 0|0:10,0:10:13:.:.:0,13,239 0|0:63,0:63:51:.:.:0,51,1400 1|0:45,19:64:99:.:.:361,0,1056 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900 1|0:4,22:26:17:.:.:604,0,17 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485 0|1:0,3:3:7:1|1:387704_C_A:93,7,0 1|1:0,31:31:93:.:.:906,93,0 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,790 0|0:45,0:45:43:.:.:0,43,1026 0|1:4,13:17:38:.:.:350,0,38 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,705 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,702 1|1:0,42:42:99:.:.:1475,126,0 1|1:0,26:26:78:.:.:932,78,0 1|1:0,15:15:45:.:.:550,45,0 1|0:10,18:28:99:.:.:522,0,243 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,831 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,820 0|1:6,34:40:83:.:.:1070,0,83 1|1:0,17:17:54:1|1:387715_C_A:797,54,0 1|1:0,21:21:63:.:.:776,63,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|0:18,0:18:30:.:.:0,30,534 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855 1|1:0,37:37:99:.:.:1365,111,0 0|0:26,0:26:44:.:.:0,44,804 1|1:0,17:17:51:.:.:606,51,0 0|0:27,0:27:65:.:.:0,65,809 1|1:0,5:5:15:.:.:169,15,0 1|1:0,26:26:78:.:.:919,78,0 1|1:0,30:30:90:.:.:1086,90,0 1|1:0,20:20:60:.:.:730,60,0 1|1:1,33:34:68:.:.:1389,68,0 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1010 1|1:0,26:26:78:.:.:863,78,0 1|1:0,16:16:48:1|1:387715_C_A:710,48,0 1|1:0,9:9:27:1|1:387715_C_A:392,27,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1816,158,0 1|0:4,0:4:12:.:.:0,12,139 1|0:2,10:12:34:.:.:294,0,34 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,810 1|1:0,19:19:57:.:.:687,57,0 1|1:0,30:30:90:.:.:1081,90,0 1|1:0,19:19:57:.:.:676,57,0 1|1:0,14:14:42:.:.:491,42,0 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,960 1|1:0,74:74:99:.:.:2660,223,0 1|1:0,114:114:99:.:.:4083,343,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,5:5:15:.:.:186,15,0 1|0:2,0:2:6:.:.:0,6,60 1|1:0,7:7:21:.:.:251,21,0 1|1:0,28:28:84:.:.:902,84,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1800 0|0:46,0:46:66:.:.:0,66,1401 1|1:2,40:42:82:.:.:1301,82,0 1|1:0,95:95:99:.:.:3154,284,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2645,226,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1473,126,0 0|1:43,35:78:99:.:.:1039,0,1164 1|1:0,49:49:99:.:.:1771,147,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1390,123,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1220 1|1:1,26:27:46:.:.:904,46,0 1|1:0,30:30:90:.:.:991,90,0 0|0:84,5:89:96:.:.:0,96,3660 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800 1|1:2,60:62:99:.:.:1992,115,0 1|1:1,68:69:99:.:.:2331,171,0 1|1:0,81:81:99:.:.:3415,250,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2425,210,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1686,147,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1138,93,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1199,96,0 0|1:11,12:23:99:.:.:342,0,297 1|1:0,12:12:36:.:.:409,36,0 1|1:0,94:94:99:.:.:3137,284,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2972,241,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1992,184,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,113:114:99:.:.:3688,308,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,68:68:99:.:.:2115,203,0 1|1:0,18:18:54:.:.:632,54,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2265,198,0 1|1:0,53:53:99:1|1:387715_C_A:2442,166,0 0|0:71,0:71:60:.:.:0,60,1907 1|1:0,10:10:30:.:.:372,30,0 1|1:0,123:123:99:.:.:4043,369,0 1|1:0,7:7:21:.:.:239,21,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1526,126,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1235,105,0 0|1:7,31:38:79:.:.:1021,0,79 1|0:22,25:47:99:0|1:387715_C_A:981,0,1337 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1603 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800 1|1:1,85:86:99:.:.:2828,222,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2812,258,0 1|1:0,17:17:51:.:.:603,51,0 1|1:0,61:61:99:.:.:2135,183,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1332,126,0 1|1:1,39:40:86:.:.:1302,86,0 1|1:0,3:3:9:.:.:108,9,0 1|0:14,96:110:99:.:.:2925,0,109 1|1:0,35:35:99:.:.:1214,104,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1929,165,0 1|1:3,46:49:53:.:.:1966,53,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2059,177,0 1|1:2,24:26:9:.:.:707,9,0 0|1:5,40:45:31:.:.:1289,0,31 1|0:70,9:79:45:.:.:45,0,1954 1|1:2,23:25:5:.:.:693,5,0 1|1:3,34:37:6:.:.:1087,6,0 0|1:9,21:30:99:.:.:666,0,209 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485 0|1:4,14:18:75:.:.:439,0,75 1|1:0,83:83:99:.:.:2832,250,0 1|1:0,18:18:54:.:.:665,54,0 0|0:56,2:58:99:.:.:0,101,1633 1|1:0,24:24:72:.:.:872,72,0 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,785 1|1:0,23:23:69:.:.:802,69,0 1|1:0,23:23:69:.:.:823,69,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1034,93,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1542,129,0 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,809 1|1:0,91:91:99:.:.:2786,273,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1617,147,0 1|1:0,41:41:99:1|1:387715_C_A:1845,123,0 1|1:0,45:45:99:1|1:387715_C_A:2049,138,0 1|1:0,16:16:48:1|1:387715_C_A:720,48,0 1|1:0,7:7:21:.:.:208,21,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1106,102,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1302,120,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1847,159,0 1|1:0,26:26:78:.:.:915,78,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2673,243,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,44:44:99:.:.:1579,132,0 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450 1|1:0,27:27:81:.:.:955,81,0 1|1:0,15:15:45:.:.:527,45,0 1|1:0,12:12:36:.:.:408,36,0 0|0:0,4:4:12:.:.:125,12,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1588,143,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1336 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1149 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1259,108,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:3,45:48:59:.:.:1312,59,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1212 1|1:0,20:20:60:.:.:702,60,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1248,111,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1978,182,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1375,114,0 1|1:1,96:97:99:.:.:3281,257,0 1|0:5,10:15:99:.:.:292,0,111 0|1:41,43:84:99:.:.:1229,0,1113 1|1:0,181:181:99:.:.:5974,542,0 0|1:12,36:48:99:.:.:1069,0,229 1|1:0,34:34:99:.:.:1191,102,0 1|1:0,8:8:24:.:.:246,24,0 0|1:0,3:3:9:.:.:98,9,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2647,226,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1314,114,0 Pf3D7_01_v3 388383 . C T 618239 PASS FS=0;MQ=60.35;QD=22.07;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H4;SNPEFF_CODON_CHANGE=caC/caT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110000;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110000.1;SOR=0.659;VQSLOD=5.06;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.53;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=118.85;GQ_STDDEV=35.05;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7387;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.33;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=5804911;AF=0.033;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=174;MLEAF=0.033;AN=858;AC=51 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,105:106:99:.:.:3360,290,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1629:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1139:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1447:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1382:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1521:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1146:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1448:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1231:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1132:. 1|0:20,42:62:99:.:.:1148,0,387:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1283:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1584:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:37:.:.:0,37,417:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1211:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1155:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1412:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1292:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1181:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,912:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1617:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1719:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,8:53:89:.:.:89,0,1080:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,113,1727:. 0|1:21,5:26:81:.:.:81,0,500:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1643:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1390:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1050:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1028:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1132:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,113,1154:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:31,35:66:99:.:.:884,0,669:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1173:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1703:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1247:. 1|0:74,11:85:89:.:.:89,0,1793:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1351:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1550:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1090:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1047:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1003:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1476:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3792,373,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1311:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1482:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1692:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1177:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1211:. 1|0:16,92:108:99:.:.:2519,0,119:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3642,364,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1542:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,163:168:99:.:.:5027,369,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1068:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1271:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1646:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1276:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1257:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1209:. 1|0:44,60:104:99:.:.:1517,0,862:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,16:131:83:.:.:83,0,2693:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1288:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3775,370,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1428:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1552:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1361:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1270:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1380:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5778,568,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1216:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1149:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1467:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1141:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1100:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1472:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,196:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1309:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1706:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1357:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1262:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1535:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1360:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1480:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1264:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1469:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1124:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1757:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1337:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1397:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1202:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1763:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1548:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1583:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1428:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1643:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1042:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,74:77:99:.:.:2229,148,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1313:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1108:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1113:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1147:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1338:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1278:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1213:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1359:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,224:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1577:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,157:159:99:.:.:4869,424,0:. 0|1:37,6:43:49:.:.:49,0,897:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,496:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1203:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1654:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1713:. 1|1:2,92:94:99:.:.:2836,226,0:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1075:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1135,114,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,550:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1443:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1355:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1348:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1733:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1311:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1502:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1233:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1363:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1455:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1505:. 1|1:0,28:28:84:.:.:994,84,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,101:103:99:.:.:3543,242,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1276:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1357:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1637:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1267:. 1|1:0,22:22:66:.:.:784,66,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1306:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1473:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1787:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:164,32:196:99:.:.:454,0,4579:. 1|1:0,147:147:99:.:.:5256,442,0:. 1|1:2,186:188:99:.:.:6137,499,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1662:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1348:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,95:192:99:.:.:2761,0,2408:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1055:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,230:231:99:.:.:7870,659,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1718:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1087:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1207:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1478:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1679:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1627:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1222:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1336:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1523:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,642:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,1065:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1506:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1504:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1507:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1609:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3341,295,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1044:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1585:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1327:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,353:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1184:. 1|0:86,104:190:99:.:.:3077,0,2248:. 0|1:104,92:196:99:.:.:2615,0,2781:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1337:. 0|1:98,57:155:99:.:.:1545,0,2635:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1179:. 1|1:0,164:164:99:.:.:5617,493,0:. 1|0:106,43:149:99:.:.:1097,0,2984:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1377:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1440:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1335:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1379:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 388752 . C A 1.4197e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=29.61;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D127E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaC/gaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110000;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110000.1;SOR=0.7;VQSLOD=9.18;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=33.33;GQ_MEAN=217.24;GQ_STDDEV=144.62;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8056;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.547;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12168997;AF=0.424;AS_InbreedingCoeff=0.2593;MLEAC=2231;MLEAF=0.425;AN=858;AC=585 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:4,138:142:99:.:.:4226,316,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4226,405,0 1|0:72,47:119:99:.:.:1086,0,1593 0|1:89,37:126:99:.:.:798,0,1911 1|1:14,111:125:15:.:.:3090,15,0 1|0:12,88:100:30:.:.:2507,0,30 1|1:1,86:87:99:.:.:2705,235,0 1|1:9,171:180:99:.:.:5041,300,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3512,336,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,55:58:94:.:.:1634,94,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1382 1|1:0,90:90:99:.:.:2862,270,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2827,270,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1403,137,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1152 0|0:18,0:18:7:.:.:0,7,389 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1208 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755 0|0:35,0:35:80:.:.:0,80,935 1|0:18,53:71:99:.:.:1418,0,265 1|1:1,53:54:99:.:.:1622,152,0 1|1:0,183:183:99:.:.:5409,549,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1046 1|1:0,24:24:72:.:.:740,72,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3261,347,0 1|1:0,12:12:36:.:.:374,36,0 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,123 1|1:0,51:51:99:.:.:1495,152,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1624,164,0 1|0:39,59:98:99:.:.:1454,0,738 1|0:77,14:91:99:.:.:137,0,1762 1|0:18,27:45:99:.:.:685,0,336 1|1:2,300:302:99:.:.:8788,855,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1165,114,0 1|1:10,99:109:65:.:.:2753,65,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1181 0|1:10,42:52:99:.:.:1051,0,101 0|0:74,0:74:37:.:.:0,37,1564 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,912 1|1:0,149:149:99:.:.:4457,448,0 1|0:67,44:111:99:.:.:904,0,1390 1|1:0,76:76:99:.:.:2238,228,0 1|1:0,295:295:99:.:.:8634,885,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1785 0|1:55,50:105:99:.:.:1157,0,1136 0|1:11,69:80:24:.:.:1800,0,24 1|1:0,44:44:99:.:.:1296,132,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3556,373,0 0|1:74,19:93:99:.:.:238,0,1687 1|1:1,124:125:99:.:.:3556,346,0 0|1:15,25:40:99:.:.:617,0,290 1|1:1,130:131:99:.:.:3767,382,0 0|1:39,181:220:99:.:.:4650,0,410 1|1:0,129:129:99:.:.:3792,386,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,85:124:99:.:.:2153,0,644 1|1:0,82:82:99:.:.:2414,246,0 1|0:49,21:70:99:.:.:379,0,1123 1|0:58,31:89:99:.:.:617,0,1226 1|1:0,150:150:99:.:.:4387,449,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3906,404,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3821,387,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,48:48:99:.:.:1412,144,0 0|1:39,52:91:99:.:.:1270,0,738 1|0:63,70:133:99:.:.:1645,0,1230 1|1:0,87:87:99:.:.:2526,260,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1059 0|1:29,46:75:99:.:.:1130,0,544 1|1:0,60:60:99:.:.:1658,179,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1850,191,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4064,419,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1247 1|1:1,100:101:99:.:.:2976,293,0 0|0:69,0:69:58:.:.:0,58,1517 1|1:2,262:264:99:.:.:7535,740,0 1|0:14,89:103:77:.:.:2336,0,77 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1020 1|1:0,75:75:99:.:.:2217,225,0 1|1:2,71:73:99:.:.:2045,168,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1808,183,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1466,147,0 0|1:25,98:123:99:.:.:2488,0,280 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1003 1|1:0,200:200:99:.:.:5947,601,0 1|1:4,204:208:99:.:.:5873,520,0 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,772 1|1:9,167:176:99:.:.:4580,300,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4418,455,0 1|0:96,17:113:99:.:.:165,0,2104 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,125:125:99:.:.:3716,375,0 0|1:32,100:132:99:.:.:2471,0,416 1|0:40,24:64:99:.:.:496,0,761 1|1:0,176:176:99:.:.:5079,526,0 1|1:1,161:162:99:.:.:4738,457,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4204,430,0 1|1:0,263:263:99:.:.:7694,787,0 1|1:15,227:242:99:.:.:6228,364,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5109,526,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2965,303,0 1|1:4,110:114:99:.:.:3123,235,0 1|0:99,18:117:99:.:.:172,0,2245 1|1:2,226:228:99:.:.:6673,631,0 1|1:5,144:149:99:.:.:4073,317,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,177:177:99:.:.:5232,531,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5281,544,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,190:190:99:.:.:5563,570,0 1|0:85,78:163:99:.:.:1733,0,1655 1|1:1,219:220:99:.:.:6300,646,0 1|1:1,165:166:99:.:.:4799,471,0 1|1:1,226:227:99:.:.:6534,669,0 0|1:60,140:200:99:.:.:3497,0,962 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|1:95,27:122:99:0|1:388737_A_G:601,0,2056 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 1|0:34,135:169:99:.:.:3465,0,379 1|1:17,165:182:99:.:.:4406,107,0 1|1:0,232:232:99:.:.:6774,694,0 0|1:92,15:107:99:.:.:103,0,1973 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1646 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1800 1|1:0,237:237:99:.:.:6994,711,0 1|1:16,131:147:29:.:.:3422,29,0 1|1:1,149:150:99:.:.:4285,423,0 0|1:108,27:135:99:.:.:398,0,2354 1|1:5,121:126:99:.:.:3386,241,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2239,244,0 1|1:1,178:179:99:.:.:5229,527,0 1|1:0,260:260:99:.:.:7694,779,0 1|1:7,117:124:99:.:.:3191,192,0 1|1:0,225:225:99:.:.:6477,677,0 1|0:123,32:155:99:.:.:520,0,2750 1|0:116,65:181:99:.:.:1374,0,2470 1|0:167,80:247:99:.:.:1606,0,3459 1|1:0,190:190:99:.:.:5439,569,0 1|1:0,242:242:99:.:.:7082,726,0 1|1:0,170:170:99:.:.:4784,508,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5531,567,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3484,359,0 0|1:117,45:162:99:.:.:875,0,2545 1|0:122,68:190:99:.:.:1487,0,2654 1|1:0,200:200:99:.:.:5966,600,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3085,317,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3187,325,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2344,236,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2523,257,0 1|1:0,197:197:99:.:.:5667,590,0 1|0:43,26:69:99:.:.:564,0,938 0|1:65,85:150:99:.:.:1992,0,1295 1|1:0,145:145:99:.:.:4159,434,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1997,207,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,124:124:99:.:.:3662,372,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,97:97:99:.:.:2827,291,0 0|1:18,104:122:95:.:.:2773,0,95 1|0:45,57:102:99:.:.:1390,0,900 0|0:191,0:191:95:.:.:0,95,4150 0|1:30,139:169:99:.:.:3520,0,276 1|1:0,169:169:99:.:.:5026,508,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4552,459,0 1|1:0,7:7:21:.:.:211,21,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,136:137:99:.:.:3960,401,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1309 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1706 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1357 1|0:80,46:126:99:.:.:967,0,1686 0|1:53,113:166:99:.:.:2770,0,831 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1262 0|1:66,83:149:99:.:.:1965,0,1266 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1360 0|1:18,54:72:99:.:.:1416,0,262 0|1:42,88:130:99:.:.:2234,0,709 1|0:103,30:133:99:.:.:530,0,2323 1|1:0,128:128:99:.:.:3849,384,0 0|1:27,74:101:99:.:.:1927,0,421 1|1:0,119:119:99:.:.:3489,357,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3078,323,0 1|1:0,283:283:99:.:.:8213,848,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1264 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,100:100:99:.:.:2978,300,0 1|0:69,23:92:99:.:.:416,0,1538 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|1:50,52:102:99:.:.:1241,0,1013 1|1:0,63:63:99:.:.:1834,189,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2547,258,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1202 1|0:46,208:254:99:.:.:5196,0,419 1|1:0,137:137:99:.:.:3959,411,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800 1|1:0,119:119:99:.:.:3496,357,0 1|1:6,123:129:99:.:.:3473,227,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3527,366,0 0|1:51,32:83:99:.:.:685,0,1049 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1428 1|0:18,57:75:99:.:.:1462,0,259 1|0:64,38:102:99:.:.:775,0,1360 1|0:39,49:88:99:.:.:1221,0,722 1|1:14,135:149:83:.:.:3605,83,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3049,309,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6023,614,0 1|0:69,109:178:99:.:.:2666,0,1225 1|1:0,108:108:99:.:.:3187,325,0 0|1:39,20:59:99:.:.:394,0,855 1|0:43,150:193:99:.:.:3728,0,443 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800 1|0:40,52:92:99:.:.:1281,0,756 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1208 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1082 0|1:34,88:122:99:.:.:2207,0,525 1|1:1,59:60:99:.:.:1670,155,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1113 0|1:30,37:67:99:.:.:881,0,520 1|1:0,62:62:99:.:.:1789,185,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1147 0|1:65,69:134:99:.:.:1568,0,1251 1|1:0,206:206:99:.:.:6131,618,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3069,320,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1204 1|1:0,210:210:99:.:.:6056,629,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1338 1|1:0,112:112:99:.:.:3359,336,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1278 1|1:0,77:77:99:.:.:2229,231,0 1|1:3,87:90:99:.:.:2440,193,0 0|1:65,109:174:99:.:.:2715,0,1161 1|1:0,95:95:99:.:.:2745,284,0 1|1:1,9:10:5:.:.:250,5,0 1|0:41,135:176:99:.:.:3473,0,536 1|0:42,81:123:99:.:.:2086,0,717 0|0:103,0:103:99:.:.:0,114,1800 1|0:93,23:116:99:.:.:340,0,2147 1|1:0,129:129:99:.:.:3841,387,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3226,327,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5512,566,0 0|1:34,14:48:99:.:.:266,0,769 1|1:0,27:27:81:.:.:808,81,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2298,234,0 0|1:216,97:313:99:.:.:1931,0,4856 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1237 1|1:10,207:217:99:.:.:5808,396,0 1|0:4,25:29:22:.:.:652,0,22 1|1:0,36:36:99:.:.:1091,108,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4544,478,0 1|0:27,70:97:99:.:.:1756,0,425 1|1:0,63:63:99:.:.:1875,189,0 1|0:33,43:76:99:.:.:1047,0,648 1|1:2,97:99:99:.:.:2908,240,0 0|1:11,6:17:99:.:.:127,0,238 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1075 1|1:0,43:43:99:.:.:1255,129,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3171,323,0 0|0:37,0:37:19:.:.:0,19,805 1|1:0,194:194:99:.:.:6929,584,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1443 1|1:0,200:200:99:.:.:7130,602,0 1|1:0,176:176:99:.:.:6325,529,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6548,551,0 0|1:101,121:222:99:.:.:3668,0,2620 1|1:0,175:175:99:.:.:6251,526,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5761,489,0 1|0:174,72:246:99:.:.:1802,0,4917 1|1:0,192:192:99:.:.:6800,577,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1311 1|1:0,25:25:75:.:.:853,75,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7189,613,0 1|1:0,181:181:99:.:.:6529,545,0 1|1:0,228:228:99:.:.:8089,685,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,229:229:99:.:.:8012,687,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7927,679,0 1|1:0,151:151:99:.:.:5370,453,0 1|1:0,158:158:99:.:.:5544,475,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6541,550,0 1|1:0,144:144:99:.:.:5160,433,0 1|1:3,151:154:99:.:.:5304,362,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8828,750,0 1|0:101,86:187:99:.:.:2557,0,2741 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1214 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1455 1|1:0,223:223:99:.:.:7825,669,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1604,135,0 0|1:100,20:120:99:.:.:334,0,2866 1|1:0,173:173:99:.:.:6190,520,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5279,445,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1276 1|1:0,219:219:99:.:.:7808,658,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3889,331,0 1|1:0,202:202:99:.:.:7219,607,0 1|1:11,216:227:99:.:.:7372,315,0 1|1:0,209:209:99:.:.:7473,629,0 1|1:0,724:724:99:.:.:25529,2176,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1800 1|1:1,626:627:99:.:.:22049,1851,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2722,232,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1084,93,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1306 1|1:4,84:88:99:.:.:2792,128,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,521:524:99:.:.:17502,1515,0 1|1:2,142:144:99:.:.:4904,371,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8080,708,0 1|1:0,275:275:99:.:.:9486,827,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800 1|1:0,254:254:99:.:.:8747,764,0 1|1:5,496:501:99:.:.:16268,1403,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4933,438,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2935,267,0 1|1:1,469:470:99:.:.:15862,1394,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1280 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,204:204:99:.:.:6899,612,0 1|1:0,175:175:99:.:.:6087,526,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8413,754,0 1|0:184,56:240:99:.:.:1216,0,5148 1|1:1,209:210:99:.:.:7127,595,0 0|1:44,175:219:99:.:.:5293,0,753 1|1:10,209:219:99:.:.:6871,329,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6782,601,0 1|1:0,383:383:99:.:.:12658,1143,0 1|0:89,11:100:92:.:.:92,0,2476 1|1:21,387:408:99:.:.:11941,612,0 1|0:18,38:56:99:0|1:388747_G_A:1150,0,401 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|0:172,108:280:99:.:.:2852,0,4705 1|1:0,214:214:99:.:.:7317,643,0 1|1:1,296:297:99:.:.:9740,858,0 1|1:0,270:270:99:.:.:9204,811,0 1|1:1,226:227:99:.:.:7667,645,0 1|1:2,226:228:99:.:.:7716,627,0 1|1:3,177:180:99:.:.:5737,442,0 1|1:10,248:258:99:.:.:8151,460,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800 1|1:0,204:204:99:.:.:6957,613,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1087 1|1:0,245:245:99:.:.:8404,736,0 1|1:1,73:74:99:.:.:2447,191,0 1|1:15,228:243:99:.:.:7403,285,0 1|1:1,520:521:99:.:.:17091,1546,0 1|0:26,127:153:99:.:.:3899,0,345 0|1:230,201:431:99:.:.:5251,0,5401 1|1:0,231:231:99:.:.:7826,694,0 1|1:5,272:277:99:.:.:8650,669,0 1|1:0,221:221:99:.:.:7461,662,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7885,689,0 1|1:1,180:181:99:.:.:5843,530,0 0|1:143,73:216:99:.:.:1872,0,3765 1|1:0,125:125:99:.:.:4293,375,0 1|1:2,164:166:99:.:.:5637,450,0 1|1:2,49:51:99:.:.:1530,115,0 0|1:193,41:234:99:.:.:705,0,5149 1|1:10,510:520:99:.:.:16357,1292,0 1|1:5,247:252:99:.:.:8278,608,0 1|0:174,41:215:99:.:.:733,0,4750 1|1:8,407:415:99:.:.:13255,1040,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3739,340,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8274,738,0 1|1:2,197:199:99:.:.:6751,530,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,1065 1|0:135,21:156:99:.:.:248,0,3787 1|1:4,505:509:99:.:.:16668,1437,0 1|1:15,583:598:99:.:.:19435,1313,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575 1|0:24,69:93:99:.:.:2189,0,489 1|1:0,367:367:99:.:.:12441,1103,0 1|1:1,351:352:99:.:.:11649,1041,0 1|1:5,214:219:99:.:.:7128,495,0 1|1:0,404:404:99:.:.:13449,1206,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1609 1|1:1,165:166:99:.:.:5641,471,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1238 1|1:0,263:263:99:.:.:9237,791,0 1|0:41,253:294:99:.:.:7597,0,399 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1139 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,257:257:99:.:.:8877,773,0 1|1:0,285:285:99:.:.:9731,856,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7077,625,0 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1044 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1461 1|1:0,199:199:99:.:.:6906,597,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7774,668,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8610,758,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1665 1|1:0,356:356:99:.:.:12162,1068,0 1|1:14,273:287:99:.:.:9148,437,0 1|1:0,307:307:99:.:.:10680,923,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1296 1|1:0,151:151:99:.:.:5058,453,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3634,316,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2241,198,0 1|1:0,25:25:74:.:.:801,74,0 1|1:0,277:277:99:.:.:9637,832,0 1|1:0,293:293:99:.:.:10149,881,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9587,824,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1190,99,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8033,700,0 1|1:0,265:265:99:.:.:9280,797,0 1|1:0,171:171:99:.:.:5672,514,0 1|1:0,272:272:99:.:.:9233,816,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8329,721,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7910,687,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7067,614,0 0|0:256,0:256:55:.:.:0,55,6706 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,531:531:99:.:.:18541,1596,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3117,273,0 1|1:0,318:318:99:.:.:10849,953,0 1|1:0,657:657:99:.:.:22594,1974,0 0|1:132,50:182:99:.:.:1144,0,3656 1|1:0,226:226:99:.:.:7853,679,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1303 1|1:0,34:34:99:.:.:1211,102,0 1|1:1,341:342:99:.:.:11812,994,0 1|1:0,199:199:99:.:.:7004,598,0 Pf3D7_01_v3 390488 . A G 261980 PASS FS=0.553;MQ=59.99;QD=19.95;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N526;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110100;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110100.1;SOR=0.712;VQSLOD=4.36;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=112.36;GQ_STDDEV=15.41;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9461;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=-3.476;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.796;culprit=FS;set=snp;DP=9434168;AF=0.006081;AS_InbreedingCoeff=0.6902;MLEAC=32;MLEAF=0.006081;AN=858;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:56,0:56:99:0,105,1705:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1505:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,112,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1243:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1471:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,110,1537:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1266:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:0,104,1507:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1665:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:0,39,585:. 0|0:13,0:13:19:0,19,359:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1387:. 0|0:83,0:83:99:0,101,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1344:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,113,1621:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1160:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1616:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1751:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1081:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1014:. 0|0:66,0:66:99:0,106,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1030:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:84:0,84,822:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1005:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1031:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1150:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,106,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1251:. 0|0:108,0:108:99:0,104,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,99,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 1|1:3,160:163:99:4307,394,0:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,103,1800:. 1|1:7,231:238:99:6155,504,0:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 1|0:18,108:126:99:2532,0,179:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,119,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,102,953:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:128,0:128:99:0,102,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1724:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,104,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1011:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,117,1755:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,110,1210:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1223:. 0|0:47,0:47:99:0,118,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1620:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,103,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,113,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,103,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1741:. 0|0:34,0:34:99:0,102,986:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1463:. 0|0:105,0:105:99:0,111,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,116,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:0,107,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:175,0:175:99:0,108,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,999:. 0|0:76,0:76:99:0,105,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1159:. 0|0:63,0:63:99:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:0,109,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,103,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,117,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1015:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1627:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1265:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1360:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1022:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1285:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1620:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1311:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:12,0:12:36:0,36,380:. 0|0:139,0:139:99:0,103,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1213:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1232:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:19:0,19,433:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:51:0,51,485:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:75,0:75:99:0,109,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1042:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1196:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1210:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|1:21,221:242:49:6810,0,49:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:157,0:157:99:0,116,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:0,109,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:152,0:152:99:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:0,119,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1584:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1620:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,119,1800:. 0|0:501,0:501:99:0,120,1800:. 0|0:600,0:600:99:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:68:0,68,930:. 1|1:7,129:136:99:3830,158,0:. 0|0:65,0:65:99:0,114,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:496,0:496:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:0,114,1710:. 0|0:70,0:70:99:0,114,1710:. 1|1:2,590:592:99:18131,1691,0:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:502,0:502:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1663:. 0|0:477,0:477:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,110,1800:. 1|1:0,212:212:99:6945,637,0:. 1|1:2,251:253:99:8073,686,0:. 0|0:72,0:72:99:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1665:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 1|0:241,222:463:99:5346,0,6928:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:0,117,1755:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,101,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,109,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,114,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1620:. 0|0:513,0:513:99:0,104,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:477,0:477:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,112,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1710:. 0|0:142,0:142:99:0,105,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1286:. 1|0:59,215:274:99:5928,0,1144:. 0|0:554,0:554:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,114,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 0|0:475,0:475:99:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:0,114,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:350,0:350:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,100,1174:. 0|0:81,0:81:99:0,119,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1267:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1228:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,103,1264:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 1|1:2,219:221:99:7030,589,0:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:54:0,54,612:. 1|1:0,263:263:99:8685,790,0:. 0|0:236,0:236:99:0,118,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,893:. 0|0:177,0:177:99:0,115,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1420:. 0|0:162,0:162:99:0,109,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,101,1800:. 0|0:271,0:271:99:0,120,1800:. 0|0:561,0:561:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,100,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1258:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,114,1710:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 391780 . C A 252465 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=21.43;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D96Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Tat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110100;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110100.1;SOR=0.694;VQSLOD=5.79;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=0.0567;NCC=0;BaseQRankSum=5.66;ClippingRankSum=0.14;MQRankSum=-0.161;ReadPosRankSum=0.814;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10020352;AF=0.009509;MLEAC=50;MLEAF=0.009509;AN=856;AC=26 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,110,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1282:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1320:. 0|0:35,0:35:99:0,105,982:. 0|0:41,0:41:99:0,109,1320:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1300:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1008:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1319:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1298:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1288:. 0|0:12,0:12:36:0,36,362:. 1|1:3,44:47:50:1297,50,0:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,104,1492:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1171:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1037,102,0:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:36:0,36,563:. 0|0:3,0:3:9:0,9,91:. 1|1:0,57:57:99:1747,170,0:. 0|0:52,0:52:70:0,70,1269:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1209:. 0|0:290,0:290:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1240:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1341:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1144:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1056:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,921:. 0|0:78,0:78:99:0,110,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,829:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,117,1800:. 0|0:22,0:22:66:0,66,630:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|1:94,137:231:99:3569,0,1970:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,101,1611:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,101,1643:. 0|0:33,0:33:99:0,99,926:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,108,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1011:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,104,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1093:. 0|0:42,0:42:99:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:0,119,1741:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1090:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,115,1618:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1529:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,110,1139:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1710:. 0|0:108,0:108:99:0,115,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,106,1576:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,99,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,117,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1638:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,118,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,103,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,116,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,101,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1004:. 0|0:128,0:128:99:0,102,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,917:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1166:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:4951,501,0:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:6288,642,0:. 0|0:92,0:92:99:0,100,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,101,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,100,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,113,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,979:. 0|0:76,0:76:99:0,104,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,106,1405:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,103,1613:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 1|1:0,110:110:99:3249,330,0:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:0,27,262:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,110,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,102,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,102,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,974:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,110,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,107,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1620:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,117,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,107,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,103,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1159:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,967:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,99,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,971:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,112,1800:. 0|1:68,143:211:99:3707,0,1135:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1609:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,103,1653:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1143:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:0,103,1341:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,104,1621:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,113,1800:. 1|1:0,223:223:99:6848,670,0:. 0|0:52,0:52:99:0,116,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,115,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,104,1125:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,113,1544:. 0|0:68,0:68:99:0,107,1558:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1104:. 1|0:6,4:10:91:91,0,146:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 1|0:30,7:37:99:102,0,724:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:63,0:63:99:0,112,1561:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:0,63,648:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1384:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,102,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1075:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,111,1800:. 0|0:15,0:15:20:0,20,382:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1300:. 0|0:36,0:36:99:0,99,989:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,697:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1196:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,112,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,115,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1323:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1094:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1146:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1152:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1237:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,116,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,113,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1246:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,99,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1413:. 0|0:102,0:102:99:0,118,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1312:. 0|0:79,0:79:99:0,119,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1187:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1172:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1129:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,119,1800:. 0|0:501,0:501:99:0,120,1800:. 0|0:590,0:590:99:0,120,1800:. 0|0:339,0:339:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1126:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:91,0:91:.:.:120 0|0:65,0:65:99:0,114,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,100,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:.:.:120 0|0:41,0:41:99:0,111,1368:. 1|1:3,216:219:99:7278,556,0:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:.:.:120 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:.:.:120 0|0:34,0:34:99:0,102,1107:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1663:. 0|0:479,0:479:.:.:120 0|0:47,0:47:99:0,109,1586:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,110,1526:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1277:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,113,1421:. 0|0:374,0:374:.:.:120 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:.:.:120 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,106,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,101,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:.:.:120 1|1:8,225:233:99:7464,428,0:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:.:.:120 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:120 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:.:.:120 1|0:129,58:187:99:1372,0,3669:. 0|0:428,0:428:.:.:120 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:120 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:.:.:120 0|1:163,88:251:99:2248,0,4681:. 0|0:83,0:83:99:0,100,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:101 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:.:.:120 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:.:.:120 0|0:404,0:404:.:.:120 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:409,0:409:.:.:120 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:.:.:120 0|0:442,0:442:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:.:.:120 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:.:.:120 0|0:34,0:34:99:0,100,1174:. 0|0:116,0:116:99:0,115,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,117,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,111,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,101,1775:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1501:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1575:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1265:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1800:. 1|1:0,70:70:99:2416,211,0:. 0|0:32,0:32:87:0,87,1305:. 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1420:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1665:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,100,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1638:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 392491 . T C 164542 PASS FS=0.571;MQ=55.69;QD=21.63;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.626;VQSLOD=5.54;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.01;FractionInformativeReads=0;GC=4.76;NCC=0;BaseQRankSum=-2.641;GQ_MEAN=96.31;GQ_STDDEV=51.54;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0361;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.927;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=5551563;AF=0.023;AS_InbreedingCoeff=-0.0361;MLEAC=119;MLEAF=0.024;AN=844;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:57:.:.:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1327:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:40,0:40:24:.:.:0,24,360:. 0|0:41,0:41:21:.:.:0,21,315:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:74,0:74:36:.:.:0,36,540:. 0|0:141,0:141:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,216:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,461:. 0|0:74,0:74:39:.:.:0,39,585:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1633:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:57:.:.:0,57,855:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:21:.:.:0,21,315:. 0|0:55,0:55:66:.:.:0,66,990:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1371:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1797:. 0|0:78,0:78:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2944,321,0:. 0|0:127,0:127:66:.:.:0,66,990:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1434:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:15:.:.:0,15,225:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1599:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:63:.:.:0,63,945:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:66:.:.:0,66,990:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:54,2:56:99:.:.:0,121,1742:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,779:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:30:.:.:0,30,450:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,720:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1504:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:48:.:.:0,48,720:. 0|0:37,0:37:21:.:.:0,21,315:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1449:. 0|0:47,0:47:63:.:.:0,63,945:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1256:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1269:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1257:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:89,0:89:51:.:.:0,51,765:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1405:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,66:101:99:.:.:1455,0,1021:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,10:63:83:.:.:83,0,1516:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:54:.:.:0,54,810:. 0|0:105,0:105:30:.:.:0,30,450:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1427:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:30:.:.:0,30,450:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:45:.:.:0,45,675:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1751:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:66:.:.:0,66,990:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:39:.:.:0,39,585:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:105,0:105:45:.:.:0,45,675:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:78,0:78:30:.:.:0,30,450:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:89,0:89:45:.:.:0,45,675:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1417:. 0|0:34,0:34:80:.:.:0,80,958:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:39:.:.:0,39,585:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:42:.:.:0,42,630:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:36:.:.:0,36,540:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:48:.:.:0,48,720:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1572:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:45:.:.:0,45,675:. 0|0:80,0:80:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:66:.:.:0,66,990:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:94,0:94:36:.:.:0,36,540:. 0|0:113,0:113:60:.:.:0,60,900:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1358:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:81,0:81:39:.:.:0,39,585:. 0|0:45,0:45:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:117,0:117:42:.:.:0,42,630:. 0|0:75,0:75:39:.:.:0,39,585:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1223:. 0|0:36,0:36:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:48,0:48:27:.:.:0,27,405:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:146,0:146:63:.:.:0,63,945:. 0|0:67,0:67:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:93,0:93:39:.:.:0,39,585:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:131,0:131:45:.:.:0,45,675:. 0|0:47,0:47:30:.:.:0,30,450:. 0|0:113,0:113:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:30:.:.:0,30,450:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1192:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,180:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:42:.:.:0,42,630:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:12:.:.:0,12,180:. 0|0:31,0:31:74:.:.:0,74,924:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:57:.:.:0,57,855:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:45,0:45:57:.:.:0,57,855:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1424:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:95:.:.:0,95,1269:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,896:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1531:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:21:.:.:0,21,315:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:12:.:.:0,12,180:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1456:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,140:. 0|0:43,0:43:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:1,61:62:99:.:.:1965,150,0:. 0|0:22,0:22:3:.:.:0,3,45:. 0|0:48,0:48:18:.:.:0,18,270:. 0|0:41,0:41:15:.:.:0,15,225:. 0|0:40,0:40:12:.:.:0,12,180:. 0|0:33,0:33:33:.:.:0,33,495:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:48:.:.:0,48,720:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:63,0:63:30:.:.:0,30,450:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,897:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 1|1:0,26:26:78:.:.:885,78,0:. 0|0:44,0:44:9:.:.:0,9,135:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,407:. 0|0:33,0:33:24:.:.:0,24,360:. 1|1:1,39:40:84:.:.:1305,84,0:. 0|0:47,0:47:30:.:.:0,30,450:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,179:. 0|0:6,0:6:3:.:.:0,3,45:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:3 1|1:2,57:59:99:.:.:1823,102,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:108 0|0:46,0:46:24:.:.:0,24,360:. 0|0:106,0:106:36:.:.:0,36,540:. 0|0:113,0:113:48:.:.:0,48,720:. 0|0:26,0:26:.:.:.:.:3 0|1:77,67:144:99:.:.:1786,0,2228:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:112 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:.:.:.:.:84 0|0:32,0:32:24:.:.:0,24,360:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1556:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:48:.:.:0,48,720:. 0|0:123,0:123:66:.:.:0,66,990:. 0|0:146,0:146:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:3 0|0:69,0:69:24:.:.:0,24,360:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:22,0:22:39:.:.:0,39,585:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:48:.:.:0,48,720:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:27 0|0:83,0:83:33:.:.:0,33,495:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:6 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:15 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:80 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:102 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:.:.:.:.:120 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:63:.:.:0,63,945:. 0|0:19,0:19:.:.:.:.:18 0|0:102,0:102:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:81 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:117 0|0:31,0:31:.:.:.:.:90 0|0:55,0:55:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:116,0:116:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:.:.:.:.:63 0|0:56,0:56:21:.:.:0,21,315:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:48 0|0:102,0:102:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:.:.:.:.:78 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1462:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:60 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,360:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1171:. 0|0:22,0:22:3:.:.:0,3,45:. 0|0:24,0:24:21:.:.:0,21,315:. 0|0:23,0:23:6:.:.:0,6,90:. 0|0:28,0:28:12:.:.:0,12,180:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1439:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:35,0:35:3:.:.:0,3,45:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:59,0:59:27:.:.:0,27,405:. 0|0:56,0:56:15:.:.:0,15,225:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:6,0:6:3:.:.:0,3,45:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:42,0:42:9:.:.:0,9,135:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 0|0:24,0:24:12:.:.:0,12,180:. 0|0:35,0:35:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:6:.:.:0,6,90:. 0|0:44,0:44:6:.:.:0,6,90:. 0|0:31,0:31:54:.:.:0,54,810:. 0|0:39,0:39:18:.:.:0,18,270:. 0|0:30,0:30:9:.:.:0,9,135:. 0|0:49,0:49:18:.:.:0,18,270:. 0|0:26,0:26:.:.:.:0,0,0:. 0|0:157,0:157:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:18:.:.:0,18,270:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:42:.:.:0,42,630:. 0|0:54,0:54:39:.:.:0,39,585:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1246:. Pf3D7_01_v3 392877 . C A 2.48379e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=33.75;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H92N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=ERV1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110200.1;SOR=0.701;VQSLOD=9.22;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.988;GC=9.52;GQ_MEAN=195.66;GQ_STDDEV=55.72;HRun=1;InbreedingCoeff=1;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.542;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14477300;AF=0.984;AS_InbreedingCoeff=-0.0031;MLEAC=5165;MLEAF=0.984;AN=858;AC=830 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:9,119:128:99:.:.:3560,116,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4270,402,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3495,327,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4404,406,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3701,348,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2718,255,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2548,240,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4599,433,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4007,383,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3990,376,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2177,202,0 1|1:1,109:110:99:.:.:3405,320,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2522,232,0 1|1:0,95:95:99:.:.:3029,285,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1569,147,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2477,234,0 1|1:0,17:17:51:.:.:544,51,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2405,226,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1958,186,0 0|0:38,0:38:40:.:.:0,40,907 1|1:0,76:76:99:.:.:2417,229,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2498,243,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5704,570,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2135,212,0 1|1:0,28:28:84:.:.:854,84,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3067,320,0 1|1:0,20:20:60:.:.:617,60,0 1|1:0,8:8:24:.:.:231,24,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2091,203,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1446,143,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3086,312,0 1|1:1,119:120:99:.:.:3702,350,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2125,204,0 1|1:0,282:282:99:.:.:8574,845,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2092,198,0 1|1:9,123:132:99:.:.:3618,142,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2484,249,0 0|1:20,28:48:99:.:.:694,0,404 1|1:1,72:73:99:.:.:2162,209,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1552,153,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3980,385,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3054,317,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2534,247,0 1|1:0,228:228:99:.:.:6951,685,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5236,520,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3538,359,0 1|1:2,70:72:99:.:.:2055,160,0 1|1:0,34:34:99:.:.:987,101,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3300,336,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2014,207,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3257,323,0 1|0:13,5:18:88:.:.:88,0,316 1|1:0,93:93:99:.:.:2827,279,0 1|0:32,184:216:99:.:.:4953,0,255 1|1:0,152:152:99:.:.:4484,455,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2166,216,0 1|1:0,99:99:99:.:.:3068,298,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2317,228,0 1|1:1,68:69:99:.:.:1971,176,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2338,234,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3572,359,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3167,313,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4347,432,0 1|1:0,272:272:99:.:.:8491,817,0 1|1:0,34:34:99:.:.:989,102,0 0|1:24,66:90:99:.:.:1689,0,390 1|1:0,116:116:99:.:.:3586,349,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2774,276,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1175,114,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1969,195,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1555,162,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1192,124,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3157,323,0 1|1:2,86:88:99:.:.:2629,207,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2993,297,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1892,189,0 1|0:36,149:185:99:.:.:3939,0,418 1|1:0,104:104:99:.:.:3152,312,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1562,159,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1807,177,0 1|1:4,46:50:44:.:.:1266,44,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1932,189,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2071,204,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3116,307,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1998,201,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4572,450,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5869,583,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1689,165,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4529,468,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3689,368,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2873,277,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3968,395,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5022,504,0 1|1:1,107:108:99:.:.:3190,314,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3151,323,0 1|1:5,46:51:13:.:.:1248,13,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4899,489,0 1|1:1,160:161:99:.:.:4614,453,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4034,405,0 1|1:0,259:259:99:.:.:7692,776,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5672,576,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4076,405,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3087,304,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3486,351,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3516,354,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5743,579,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4061,402,0 1|1:0,201:201:99:.:.:6036,601,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4558,453,0 1|1:1,157:158:99:.:.:4642,447,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5170,522,0 1|1:0,187:187:99:.:.:5644,562,0 1|1:0,178:178:99:.:.:5299,534,0 1|1:0,238:238:99:.:.:7047,713,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4555,450,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5722,584,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5602,558,0 1|1:0,265:265:99:.:.:7934,795,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3225,324,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5474,561,0 1|0:13,101:114:23:.:.:2724,0,23 0|1:154,24:178:99:.:.:194,0,3708 1|1:0,193:193:99:.:.:5715,579,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3200,327,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5762,582,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4642,472,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4609,467,0 1|1:11,191:202:99:.:.:5530,294,0 1|1:12,128:140:93:.:.:3514,93,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4046,411,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3921,393,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3302,339,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2272,234,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5566,555,0 1|1:0,234:234:99:.:.:7030,702,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4460,467,0 1|1:0,224:224:99:.:.:6543,672,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3766,369,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4728,468,0 1|1:0,225:225:99:.:.:6575,674,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4646,470,0 1|1:0,208:208:99:.:.:6222,624,0 1|1:0,166:166:99:.:.:4773,496,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5604,564,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3443,348,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4218,417,0 1|1:0,214:214:99:.:.:6485,641,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6072,595,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3026,303,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3246,321,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2715,268,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2724,270,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5220,525,0 1|1:1,65:66:99:.:.:1927,172,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4605,459,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3581,365,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1987,204,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5644,579,0 1|1:0,99:99:99:.:.:3018,298,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4111,419,0 1|1:1,145:146:99:.:.:4274,407,0 1|1:1,81:82:99:.:.:2372,236,0 1|1:12,108:120:18:.:.:2870,18,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2762,285,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5759,578,0 0|1:55,119:174:99:.:.:3062,0,936 1|1:0,171:171:99:.:.:5159,514,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4621,465,0 1|1:0,10:10:30:.:.:309,30,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2521,247,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4416,441,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2894,286,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2493,249,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2647,267,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3110,307,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3896,393,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2816,282,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4234,420,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3600,363,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2488,251,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2130,210,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3457,346,0 1|1:9,122:131:99:.:.:3391,148,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4586,462,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2563,252,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3237,326,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2394,240,0 1|1:0,197:197:99:.:.:5919,591,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4656,459,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3976,396,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3783,381,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5864,582,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3288,322,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3391,345,0 1|1:0,208:208:99:.:.:6117,623,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3289,332,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2009,201,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2585,255,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2393,243,0 1|1:0,221:221:99:.:.:6503,662,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3753,378,0 1|1:0,166:166:99:.:.:4939,498,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4020,405,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4506,465,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2837,285,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1951,195,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2177,216,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1837,180,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2528,257,0 0|1:44,40:84:99:.:.:930,0,933 1|1:7,137:144:99:.:.:3942,232,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2271,225,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5649,569,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5421,557,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3271,325,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1704,168,0 0|1:30,131:161:99:.:.:3345,0,290 1|1:0,99:99:99:.:.:2953,297,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2521,252,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1779,174,0 0|1:54,18:72:99:.:.:329,0,1198 1|1:0,117:117:99:.:.:3543,351,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1626,162,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1934,192,0 1|0:30,52:82:99:.:.:1248,0,530 1|1:0,53:53:99:.:.:1595,158,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2301,225,0 1|1:7,98:105:99:.:.:2750,127,0 1|1:0,220:220:99:.:.:6445,657,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,135:135:99:.:.:4130,405,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1614,162,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4777,480,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1559,153,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3516,351,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3328,336,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1765,182,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1844,186,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5037,504,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2698,270,0 1|1:0,10:10:30:.:.:284,30,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4504,458,0 0|1:76,42:118:99:.:.:875,0,1768 1|1:0,122:122:99:.:.:3655,366,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2762,281,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4691,473,0 1|1:1,112:113:99:.:.:3339,317,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5782,581,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1586,156,0 1|1:0,27:27:81:.:.:818,81,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2313,236,0 1|1:0,313:313:99:.:.:9377,937,0 0|1:39,82:121:99:.:.:2003,0,673 1|1:0,196:196:99:.:.:5653,586,0 1|1:0,17:17:51:.:.:510,51,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1082 1|1:0,145:145:99:.:.:4232,434,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2513,246,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1834,185,0 1|1:8,68:76:6:.:.:1845,6,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2976,289,0 1|1:0,14:14:42:.:.:433,42,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1898,194,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1376,138,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,23:23:69:.:.:693,69,0 1|1:0,169:169:99:.:.:6021,508,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3785,319,0 1|1:0,171:171:99:.:.:6059,514,0 1|1:0,118:118:99:.:.:4266,355,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5987,502,0 0|1:63,107:170:99:.:.:3370,0,1663 1|1:0,171:171:99:.:.:6089,514,0 1|1:0,121:121:99:.:.:4332,364,0 1|1:0,206:206:99:.:.:7372,620,0 1|1:0,145:145:99:.:.:5246,436,0 1|1:0,154:154:99:.:.:5456,463,0 1|1:0,15:15:45:.:.:545,45,0 1|1:0,141:141:99:.:.:5020,424,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5898,502,0 1|1:0,180:180:99:.:.:6361,541,0 1|1:0,197:197:99:.:.:7092,593,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6800,568,0 1|1:0,214:214:99:.:.:7599,643,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4430,373,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4908,424,0 1|1:0,178:178:99:.:.:6317,535,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4710,397,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5752,490,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8727,737,0 1|1:0,154:154:99:.:.:5509,463,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2862,238,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2852,241,0 1|1:0,153:153:99:.:.:5274,460,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1373,120,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3493,295,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4438,376,0 1|1:0,120:120:99:.:.:4258,361,0 1|1:0,171:171:99:.:.:6142,515,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5913,510,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3268,273,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5307,445,0 1|1:0,179:179:99:.:.:6401,538,0 1|1:0,203:203:99:.:.:7216,610,0 1|1:0,578:578:99:.:.:20555,1738,0 1|1:0,689:689:99:.:.:24530,2073,0 1|1:0,521:521:99:.:.:18394,1566,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1604,132,0 1|1:0,19:19:57:.:.:692,57,0 1|1:0,92:92:99:.:.:3021,274,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2926,255,0 1|1:0,177:177:99:.:.:6059,532,0 1|1:0,227:227:99:.:.:7795,682,0 1|1:2,371:373:99:.:.:12373,1093,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4609,408,0 1|1:0,234:234:99:.:.:7700,703,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8347,739,0 1|1:1,357:358:99:.:.:12024,1061,0 1|1:0,264:264:99:.:.:8996,793,0 1|1:1,329:330:99:.:.:11000,976,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5345,489,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2461,216,0 1|1:2,327:329:99:.:.:11025,948,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2411,211,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8671,766,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6630,592,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5776,502,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7658,671,0 1|1:0,232:232:99:.:.:8009,696,0 1|1:0,242:242:99:.:.:8274,727,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7717,688,0 1|1:0,261:261:99:.:.:8845,783,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7399,646,0 1|1:0,305:305:99:.:.:10149,911,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3675,327,0 1|1:4,297:301:99:.:.:10074,862,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1721,153,0 1|1:0,290:290:99:.:.:9973,872,0 1|1:0,264:264:99:.:.:9183,794,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7514,661,0 1|1:0,275:275:99:.:.:9259,826,0 1|1:0,287:287:99:.:.:9871,861,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8299,736,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7068,625,0 1|1:1,140:141:99:.:.:4694,412,0 1|1:0,231:231:99:.:.:8132,694,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7202,637,0 1|1:0,227:227:99:.:.:7788,681,0 1|1:1,73:74:99:.:.:2481,212,0 1|1:0,281:281:99:.:.:9577,845,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2173,192,0 1|1:0,249:249:99:.:.:8430,748,0 1|1:2,319:321:99:.:.:10381,913,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5985,532,0 1|1:0,296:296:99:.:.:9918,886,0 1|1:0,213:213:99:.:.:7191,640,0 1|1:1,221:222:99:.:.:7291,656,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7863,686,0 1|1:0,201:201:99:.:.:6824,603,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3986,354,0 1|1:1,252:253:99:.:.:8614,750,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4239,372,0 1|1:0,157:157:99:.:.:5284,471,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1285,117,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8000,710,0 1|1:1,401:402:99:.:.:13208,1189,0 1|1:0,256:256:99:.:.:8784,769,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6920,616,0 1|1:1,291:292:99:.:.:9833,864,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3891,342,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7306,646,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5973,522,0 1|1:0,291:291:99:.:.:9963,871,0 1|1:0,154:154:99:.:.:5231,463,0 1|1:1,299:300:99:.:.:9951,885,0 1|1:0,508:508:99:.:.:17363,1528,0 1|1:0,459:459:99:.:.:15770,1379,0 0|1:41,50:91:99:.:.:1419,0,1085 1|1:0,354:354:99:.:.:11825,1063,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9315,818,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6975,613,0 1|1:1,294:295:99:.:.:9826,872,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2350,210,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3913,334,0 1|1:0,118:118:99:.:.:4077,354,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6890,596,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5913,502,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4526,385,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6491,580,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6987,616,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7591,653,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7848,688,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2476,210,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1573,135,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5834,496,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6488,562,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6720,580,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3897,337,0 1|1:0,235:235:99:.:.:8081,706,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7613,656,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8500,722,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1835,159,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4273,372,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2383,208,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2303,196,0 1|1:0,17:17:51:.:.:587,51,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7719,667,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8280,704,0 1|1:0,229:229:99:.:.:8028,689,0 1|1:0,21:21:63:.:.:756,63,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6856,592,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7841,686,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4439,394,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6905,619,0 1|1:0,174:174:99:.:.:6116,523,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6672,565,0 1|1:0,179:179:99:.:.:6192,537,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7435,637,0 1|1:0,178:178:99:.:.:6319,534,0 1|1:0,496:496:99:.:.:17391,1491,0 1|0:22,46:68:99:.:.:1332,0,470 0|1:166,141:307:99:.:.:3995,0,4551 1|1:0,664:664:99:.:.:22675,1996,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7590,670,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8407,730,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2044,177,0 0|0:24,0:24:37:.:.:0,37,696 1|1:1,318:319:99:.:.:10889,923,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5678,484,0 Pf3D7_01_v3 394250 . A C 165963 PASS FS=0.554;MQ=59.95;QD=19.62;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D125E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaT/gaG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RPB9;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110400.1;SOR=0.774;VQSLOD=3.64;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=108.51;GQ_STDDEV=16.28;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0128;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.111;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=6652827;AF=0.005896;AS_InbreedingCoeff=0.0128;MLEAC=31;MLEAF=0.005896;AN=858;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1669:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1206:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1425:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1393:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1319:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1127:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,630:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1300:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1069:. 0|1:25,78:103:99:.:.:1803,0,465:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,909:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1074:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1280:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1326:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1144:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1501:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1796:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1299:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1487:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1476:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1532:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1293:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,983:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1016:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1094:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1295:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1175:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1039:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,999:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1303:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1026:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1240:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1284:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1000:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1770:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1533:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1426:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1157:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1458:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1340:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1450:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1436:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1564:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2544,267,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1242:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1488:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1582:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1273:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1196:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1053:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1544:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,970:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1452:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1136:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1690:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1434:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1238:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1201:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1257:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1021:. 0|1:38,131:169:99:.:.:2922,0,604:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:63,12:75:99:.:.:114,0,1775:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1002:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1313:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1609:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1498:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1228:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1134:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1392:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:11,0:11:6:.:.:0,6,289:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,818:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1456:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1654:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:15,208:223:99:.:.:6686,121,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1559:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1520:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1459:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1411:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:108 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:114 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:99 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1549:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1417:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:102 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:102 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:99 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:108 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:100 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:108 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:111 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:.:.:.:.:120 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:99 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1514:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1279:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:90 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:108 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:108 0|0:103,0:103:.:.:.:.:120 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:114 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:114 0|0:118,0:118:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:102 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:111 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1494:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1452:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1551:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1015:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1433:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1411:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,885:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 394916 . T G 1.28534e+06 PASS FS=0;MQ=60.29;QD=22.24;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.683;VQSLOD=7.68;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0;ExcessHet=9.9601;FractionInformativeReads=0.994;GC=14.29;GQ_MEAN=22.36;GQ_STDDEV=55.29;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0258;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.374;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=7318559;AF=0.119;AS_InbreedingCoeff=0.0096;MLEAC=704;MLEAF=0.134;AN=856;AC=124 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:3:.:.:0,3,1606:. 0|0:66,0:66:64:.:.:0,64,1798:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1702:. 1|1:2,65:67:99:.:.:1838,137,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1356:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,22:50:99:.:.:470,0,749:. 0|1:24,10:34:99:.:.:210,0,629:. 0|1:18,6:24:99:.:.:104,0,492:. 1|1:0,28:28:84:.:.:833,84,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 1|1:1,22:23:35:.:.:615,35,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1254:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1218:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:46:.:.:0,46,1126:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:25,45:70:99:.:.:953,0,442:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1189:. 1|1:0,33:33:99:.:.:915,99,0:. 1|0:35,16:51:99:.:.:262,0,856:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1604:. 0|0:57,0:57:93:.:.:0,93,1540:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1461:. 1|0:82,35:117:99:.:.:627,0,2194:. 0|0:66,0:66:58:.:.:0,58,1653:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,884:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1590:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,1872:. 1|1:0,34:34:99:.:.:958,102,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1172:. 0|0:26,0:26:22:.:.:0,22,594:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:87:.:.:0,87,1432:. 1|1:1,58:59:99:.:.:1611,166,0:. 0|0:19,0:19:41:.:.:0,41,544:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1408:. 0|0:65,0:65:40:.:.:0,40,1512:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:9,27:36:99:.:.:648,0,129:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1519:. 0|1:41,43:84:99:.:.:910,0,892:. 0|0:80,0:80:44:.:.:0,44,1878:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,1977:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,700:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1471:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:54,0:54:43:.:.:0,43,1308:. 0|0:44,0:44:63:.:.:0,63,1157:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1588:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1444:. 0|1:20,16:36:99:.:.:330,0,457:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:50:.:.:0,50,1429:. 1|1:5,67:72:57:.:.:1591,57,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1277:. 1|0:62,43:105:99:.:.:834,0,1452:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1255:. 0|0:41,0:41:52:.:.:0,52,982:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,943:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1264:. 0|1:23,17:40:99:.:.:314,0,564:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1457:. 1|1:0,30:30:89:.:.:814,89,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:2,34:36:44:.:.:838,44,0:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,2052:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1381:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,2481:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,1641:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1702:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,830:. 0|0:92,0:92:62:.:.:0,62,2101:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,2623:. 0|0:104,0:104:89:.:.:0,89,2494:. 1|1:3,101:104:99:.:.:2663,214,0:. 0|1:25,70:95:99:.:.:1634,0,436:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:27:.:.:0,27,2277:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1292:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,1934:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,14:73:99:.:.:142,0,1508:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:37:.:.:0,37,1556:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:60:.:.:0,60,2317:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:0:.:.:0,0,2909:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2195:. 0|0:102,0:102:97:.:.:0,97,2437:. 1|0:70,15:85:99:.:.:144,0,1728:. 0|1:22,36:58:99:.:.:760,0,504:. 1|0:12,30:42:99:.:.:650,0,190:. 0|0:121,0:121:63:.:.:0,63,2970:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,1855:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:82:.:.:0,82,1773:. 1|0:87,13:100:24:.:.:24,0,2085:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2435:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:32:.:.:0,32,2853:. 1|1:0,73:73:99:.:.:1901,216,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2976,319,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1597:. 0|0:94,0:94:83:.:.:0,83,2291:. 0|1:28,87:115:99:.:.:1919,0,523:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3172,315,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1249:. 1|1:1,38:39:84:.:.:981,84,0:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1179:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1221:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,965:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1560:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1342:. 1|1:1,95:96:99:.:.:2423,251,0:. 0|0:94,0:94:92:.:.:0,92,2248:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,65:70:49:.:.:1674,49,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:2:.:.:0,2,1866:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1550:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:82,25:107:99:.:.:309,0,2176:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,248:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,91:92:99:.:.:2536,242,0:. 0|0:76,0:76:20:.:.:0,20,1881:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:66,21:87:99:.:.:303,0,1595:. 0|1:88,27:115:99:.:.:371,0,2236:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,2493:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1197:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:28,67:95:99:.:.:1494,0,514:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1030:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1344:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1631:. 1|0:14,36:50:99:.:.:797,0,293:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:83:.:.:0,83,1454:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1065:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:136,0:136:62:.:.:0,62,3262:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:84,0:84:31:.:.:0,31,2001:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1424:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1334:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:79:.:.:0,79,1544:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1755:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:4,48:52:68:.:.:1168,68,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:97,0:97:13:.:.:0,13,2211:. 0|0:45,0:45:74:.:.:0,74,1145:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:73:.:.:0,73,1978:. 0|1:41,7:48:29:.:.:29,0,1032:. 1|1:0,35:35:99:.:.:917,103,0:. 1|0:9,28:37:99:.:.:568,0,157:. 1|0:47,27:74:99:.:.:441,0,1171:. 1|0:7,30:37:94:.:.:669,0,94:. 0|0:47,0:47:4:.:.:0,4,1074:. 0|0:58,0:58:14:.:.:0,14,1360:. 0|0:46,0:46:62:.:.:0,62,1193:. 0|0:48,0:48:95:.:.:0,95,1253:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1323:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2087,241,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1140:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2187,212,0:. 0|0:44,0:44:84:.:.:0,84,1194:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:1930,217,0:. 0|0:42,0:42:4:.:.:0,4,996:. 0|0:38,0:38:69:.:.:0,69,1020:. 0|1:51,20:71:99:.:.:355,0,1319:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1469:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,109:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:62:.:.:0,62,2543:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,32:71:99:.:.:654,0,933:. 1|1:1,116:117:99:.:.:3176,317,0:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,735:. 0|0:22,0:22:8:.:.:0,8,525:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1696:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,472:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,2146:. 0|0:83,0:83:78:.:.:0,78,2012:. 0|0:60,0:60:94:.:.:0,94,1507:. 0|1:56,10:66:55:.:.:55,0,1530:. 1|1:2,49:51:93:.:.:1274,93,0:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,456:. 0|0:38,0:38:3:.:.:0,3,890:. 1|1:0,17:17:51:.:.:449,51,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,414:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1851:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,2298:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1445:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2849,272,0:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,2267:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1451:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2129,186,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:10,0:10:9:.:.:0,9,282:. 0|0:81,0:81:36:.:.:0,36,2109:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:67:.:.:0,67,2534:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2085,183,0:. 0|0:87,0:87:85:.:.:0,85,2412:. 0|0:116,0:116:92:.:.:0,92,3206:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,1981:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1657:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,2096:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,38:83:99:.:.:1154,0,1259:. 0|0:50,0:50:95:.:.:0,95,1501:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1335:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,555:. 0|1:6,29:35:99:.:.:863,0,111:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:54,0:54:13:.:.:0,13,1509:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2971,277,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:76:.:.:0,76,1509:. 0|0:79,0:79:60:.:.:0,60,2341:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,2602:. 0|0:308,0:308:0:.:.:0,0,8194:. 0|0:365,0:365:0:.:.:0,0,8214:. 0|0:292,0:292:0:.:.:0,0,7030:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,821:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,415:. 0|0:62,0:62:24:.:.:0,24,1774:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,43:44:98:.:.:1311,98,0:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1959:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:21:.:.:0,21,4511:. 0|0:159,0:159:0:.:.:0,0,1450:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1871,173,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,1751:. 0|0:42,0:42:54:.:.:0,54,1272:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:153,0:153:0:.:.:0,0,3811:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,12:107:86:.:.:86,0,2971:. 0|0:124,0:124:67:.:.:0,67,3357:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:0:.:.:0,0,2990:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:58:.:.:0,58,3344:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1500:. 0|1:15,20:35:99:.:.:482,0,419:. 0|0:26,0:26:29:.:.:0,29,735:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,53:147:99:.:.:1154,0,2638:. 0|0:142,0:142:0:.:.:0,0,3658:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3177,311,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,45:127:99:.:.:1107,0,2349:. 0|1:4,16:20:32:.:.:436,0,32:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:117,0:117:3:.:.:0,3,2955:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,399:. 1|0:36,120:156:99:.:.:3321,0,815:. 1|1:0,9:9:27:.:.:265,27,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,1175:. 0|0:99,0:99:38:.:.:0,38,2679:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,1369:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:0:.:.:0,0,3127:. 0|1:35,106:141:99:.:.:2824,0,720:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,848:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 0|0:169,0:169:16:.:.:0,16,4332:. 0|0:124,0:124:0:.:.:0,0,1320:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,68:77:99:.:.:2017,0,99:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,1171:. 1|0:24,15:39:99:.:.:349,0,679:. 0|1:16,89:105:99:.:.:2595,0,247:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,2270:. 0|0:39,1:40:87:.:.:0,87,1169:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,18:42:99:.:.:478,0,696:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:58:.:.:0,58,1522:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,996:. 0|0:105,0:105:98:.:.:0,98,2823:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,1292:. 1|1:3,42:45:26:.:.:1119,26,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1491:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1490:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2256:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1309:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:92:.:.:984,92,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:485,45,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2797,261,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2998,295,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2662,246,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:85:.:.:0,85,3745:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:32:.:.:0,32,873:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:68:.:.:0,68,1181:. 0|0:51,0:51:92:.:.:0,92,1437:. 0|0:13,0:13:1:.:.:0,1,334:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:146,0:146:44:.:.:0,44,3930:. 0|0:143,0:143:0:.:.:0,0,3613:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,224:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,2360:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:39:.:.:0,39,2936:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,2695:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,2105:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,2504:. 0|0:90,0:90:61:.:.:0,61,2488:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:54:.:.:0,54,1240:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:14:.:.:0,14,8421:. 1|0:62,26:88:99:.:.:634,0,1801:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,3001:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1179:. 0|0:11,0:11:17:.:.:0,17,317:. 1|1:1,151:152:99:.:.:4919,443,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,110,1800:. Pf3D7_01_v3 395768 . A T 4.95698e+06 PASS FS=0;MQ=60.25;QD=29.44;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.645;VQSLOD=6.79;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.985;GC=19.05;GQ_MEAN=136.62;GQ_STDDEV=102.09;HRun=4;InbreedingCoeff=0.6038;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.034;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=4066660;AF=0.655;AS_InbreedingCoeff=0.5977;MLEAC=3311;MLEAF=0.666;AN=822;AC=368 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:34,21:55:99:.:.:476,0,928:. 1|1:1,61:62:99:.:.:1913,154,0:. 1|0:41,20:61:99:.:.:450,0,1095:. 0|0:78,5:83:87:.:.:0,87,2291:. 0|0:47,3:50:58:.:.:0,58,1413:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1247,117,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,86:89:99:.:.:2662,171,0:. 1|0:30,6:36:78:.:.:78,0,856:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1509,144,0:. 1|0:24,19:43:99:.:.:456,0,656:. 0|1:14,18:32:99:.:.:457,0,355:. 1|1:0,16:16:48:.:.:491,48,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:905,84,0:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,16:16:48:.:.:477,48,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:745,69,0:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|1:39,17:56:99:.:.:361,0,1019:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1485,144,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1475,147,0:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|1:45,16:61:99:.:.:289,0,1152:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,28:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1321,126,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1239,120,0:. 1|0:21,19:40:99:.:.:436,0,513:. 0|1:18,48:66:99:.:.:1282,0,349:. 1|0:23,7:30:99:.:.:104,0,636:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,28:28:84:.:.:855,84,0:. 1|0:60,38:98:99:.:.:885,0,1587:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1248,126,0:. 0|1:13,13:26:99:.:.:302,0,316:. 0|0:36,2:38:55:.:.:0,55,961:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1045:. 0|1:31,4:35:18:.:.:18,0,772:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1536:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1362:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2268,228,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,968:. 0|1:73,19:92:99:.:.:260,0,1896:. 1|0:4,19:23:57:.:.:466,0,57:. 1|1:0,23:23:69:.:.:714,69,0:. 0|1:35,7:42:77:.:.:77,0,927:. 1|0:7,26:33:99:.:.:688,0,118:. 1|1:1,76:77:99:.:.:2280,198,0:. 1|0:6,7:13:99:.:.:171,0,150:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1574:. 0|1:41,69:110:99:.:.:1780,0,871:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1656,170,0:. 1|1:2,41:43:66:.:.:1094,66,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,754:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1294,132,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1352,132,0:. 1|0:22,37:59:99:.:.:869,0,431:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2489,249,0:. 0|1:3,20:23:23:.:.:536,0,23:. 0|0:33,0:33:57:.:.:0,57,914:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2814,271,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:522,51,0:. 1|0:32,26:58:99:.:.:604,0,811:. 0|1:5,19:24:87:.:.:527,0,87:. 1|0:10,33:43:99:.:.:896,0,105:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,528:. 1|0:30,17:47:99:.:.:384,0,792:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1095:. 0|1:13,23:36:99:.:.:570,0,276:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1979,198,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1036,99,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1059,105,0:. 1|0:26,30:56:99:.:.:738,0,721:. 0|1:49,12:61:99:.:.:197,0,1255:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1139,114,0:. 1|1:1,26:27:49:.:.:770,49,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,686:. 1|1:0,27:27:81:.:.:822,81,0:. 1|0:8,21:29:99:.:.:550,0,154:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,968:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,606:. 1|1:3,30:33:7:.:.:779,7,0:. 1|0:8,25:33:99:.:.:651,0,140:. 0|0:52,3:55:96:.:.:0,96,1443:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1455:. 0|1:24,5:29:60:.:.:60,0,642:. 0|1:20,57:77:99:.:.:1447,0,394:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:48:.:.:0,48,929:. 1|0:36,24:60:99:.:.:513,0,914:. 1|0:18,9:27:99:.:.:189,0,462:. 1|1:1,42:43:98:.:.:1204,98,0:. 1|1:1,59:60:99:.:.:1709,157,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1452:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,929:. 1|1:6,88:94:99:.:.:2462,130,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1137:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:20,58:78:99:.:.:1440,0,365:. 0|0:80,4:84:99:.:.:0,124,2258:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:26,14:40:99:.:.:296,0,674:. 1|1:1,103:104:99:.:.:2979,278,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1057,105,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3175,323,0:. 0|0:64,6:70:20:.:.:0,20,1711:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,32:57:99:.:.:755,0,515:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1311:. 1|0:37,29:66:99:.:.:639,0,875:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4932,444,0:. 1|0:31,14:45:99:.:.:305,0,730:. 1|0:9,70:79:12:.:.:1903,0,12:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1710:. 0|0:56,3:59:90:.:.:0,90,1596:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1336,140,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2666,273,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2260,225,0:. 1|0:30,20:50:99:.:.:429,0,779:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1807,192,0:. 1|0:31,36:67:99:.:.:895,0,707:. 0|1:17,18:35:99:.:.:447,0,409:. 1|0:14,25:39:99:.:.:561,0,293:. 0|1:59,13:72:99:.:.:163,0,1507:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,7:55:41:.:.:41,0,1173:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:80:.:.:0,80,1118:. 0|1:58,13:71:99:.:.:181,0,1511:. 0|0:51,5:56:17:.:.:0,17,1331:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2010,207,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2356,245,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1941,198,0:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,996:. 1|0:45,15:60:99:.:.:294,0,1157:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1436:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3022,300,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,1022:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1178,120,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1120:. 1|0:13,9:22:99:.:.:205,0,311:. 0|1:22,21:43:99:.:.:513,0,579:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1181:. 1|1:0,23:23:69:.:.:656,69,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1999,200,0:. 1|1:5,96:101:99:.:.:2674,146,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1704,174,0:. 1|0:39,22:61:99:.:.:499,0,1029:. 1|0:32,11:43:99:.:.:205,0,845:. 0|0:131,0:131:89:.:.:0,89,3297:. 1|0:56,11:67:99:.:.:127,0,1464:. 0|1:91,11:102:30:.:.:30,0,2447:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1955,197,0:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,791:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1241:. 0|1:19,29:48:99:.:.:711,0,428:. 1|0:29,24:53:99:.:.:535,0,667:. 0|1:52,40:92:99:.:.:919,0,1293:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:58,4:62:73:.:.:0,73,1653:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1611,162,0:. 0|1:12,38:50:99:.:.:965,0,170:. 0|1:5,31:36:37:.:.:824,0,37:. 0|1:62,31:93:99:.:.:653,0,1574:. 0|1:25,44:69:99:.:.:1140,0,540:. 0|1:71,13:84:99:.:.:134,0,1915:. 0|1:49,12:61:99:.:.:168,0,1270:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1095:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2292,234,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3162,316,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3101,321,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:29,0:29:28:.:.:0,28,743:. 1|1:4,46:50:38:.:.:1290,38,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3068,315,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1095,111,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1329,138,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1044,108,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,16:45:99:.:.:308,0,704:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1834,162,0:. 1|0:49,24:73:99:.:.:492,0,1225:. 0|0:54,2:56:99:.:.:0,117,1539:. 1|0:24,7:31:99:.:.:112,0,652:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:13,20:33:99:.:.:493,0,286:. 1|0:27,22:49:99:.:.:490,0,660:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1157:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2005,207,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1194:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2623,261,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1233:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1006:. 0|1:27,5:32:39:.:.:39,0,723:. 1|1:6,87:93:99:.:.:2299,119,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1135:. 1|1:2,28:30:24:.:.:746,24,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1080,105,0:. 1|0:21,6:27:99:.:.:104,0,551:. 1|0:51,7:58:2:.:.:2,0,1382:. 1|1:2,24:26:17:.:.:661,17,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:796,81,0:. 0|1:17,23:40:99:.:.:599,0,373:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,964:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1109:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1334:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1268,132,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1747,177,0:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,27:27:81:.:.:817,81,0:. 1|1:2,75:77:99:.:.:2175,165,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1205:. 1|1:0,33:33:99:.:.:948,99,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:916,93,0:. 1|0:59,56:115:99:.:.:1307,0,1444:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,111:. 1|0:18,54:72:99:.:.:1415,0,319:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:39:.:.:0,39,949:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,20:47:99:.:.:476,0,649:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,10:21:99:.:.:236,0,253:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1318:. 0|1:126,44:170:99:.:.:784,0,3405:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1089,116,0:. 1|1:4,107:111:99:.:.:3023,214,0:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:26,0:26:14:.:.:0,14,633:. 1|1:8,84:92:58:.:.:2288,58,0:. 1|0:50,13:63:99:.:.:195,0,1683:. 1|1:0,28:28:84:.:.:861,84,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1380,138,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1537:. 0|1:2,3:5:45:.:.:79,0,45:. 1|0:14,17:31:99:.:.:422,0,300:. 1|1:0,21:21:63:.:.:620,63,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:1,7:8:9:.:.:181,0,9:. 1|1:0,17:17:51:.:.:624,51,0:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,845:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,311:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|1:3,21:24:2:.:.:672,0,2:. 1|1:0,18:18:54:.:.:655,54,0:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:38,3:41:37:.:.:0,37,1221:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,20:20:60:.:.:729,60,0:. 0|0:0,2:2:6:.:.:76,6,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1164,99,0:. 1|1:0,19:19:57:.:.:683,57,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:525,45,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,261:. 0|0:36,4:40:28:.:.:0,28,1165:. 1|1:1,23:24:36:.:.:773,36,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:978,81,0:. 0|1:9,16:25:99:.:.:504,0,240:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,584:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,928:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,171:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,654:. 0|1:3,9:12:69:.:.:279,0,69:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,378:. 1|1:0,22:22:66:.:.:804,66,0:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:32,0:32:59:.:.:0,59,1092:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1058,90,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2072,183,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:851,75,0:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,276:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1237:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2572,234,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3155,283,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,199:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,850:. 0|0:10,0:10:9:.:.:0,9,222:. 1|1:0,20:20:60:.:.:692,60,0:. 0|0:65,4:69:94:.:.:0,94,2000:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1914,180,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1984,180,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2532,226,0:. 0|1:8,53:61:78:.:.:1636,0,78:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2738,238,0:. 0|1:11,68:79:99:.:.:1925,0,132:. 0|0:65,0:65:55:.:.:0,55,1893:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,174:. 1|0:2,15:17:19:.:.:483,0,19:. 1|0:0,4:4:12:.:.:138,12,0:. 0|1:14,2:16:24:.:.:24,0,396:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:57,4:61:37:.:.:0,37,1796:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2583,228,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:10,104:114:14:.:.:3137,0,14:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,50:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2512,228,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,76:77:99:.:.:2567,197,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,21:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:46,7:53:86:.:.:86,0,1370:. 1|1:0,8:8:24:.:.:279,24,0:. 1|0:9,33:42:99:.:.:1020,0,197:. 0|1:1,8:9:9:.:.:243,0,9:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2599,234,0:. 1|1:2,49:51:79:.:.:1473,79,0:. 0|0:48,3:51:48:.:.:0,48,1539:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1465:. 0|0:13,0:13:4:.:.:0,4,315:. 0|1:8,41:49:99:.:.:1221,0,116:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:11,28:39:99:.:.:802,0,271:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:2,73:75:99:.:.:2307,164,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:237,21,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1369:. 0|1:10,45:55:99:.:.:1343,0,175:. 0|0:9,0:9:8:.:.:0,8,226:. 0|1:22,8:30:99:.:.:171,0,637:. 0|0:53,4:57:21:.:.:0,21,1539:. 0|1:5,30:35:55:.:.:960,0,55:. 0|1:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|1:5,37:42:35:.:.:1210,0,35:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:3,99:102:99:.:.:3306,232,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 0|1:3,12:15:68:.:.:353,0,68:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1588:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,65:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1576,141,0:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 1|1:0,17:17:51:.:.:577,51,0:. 0|1:9,6:15:99:.:.:148,0,271:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:4,11:15:99:.:.:322,0,100:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,705:. 1|0:10,34:44:99:.:.:1006,0,206:. 1|1:0,27:27:81:.:.:906,81,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:860,78,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1125,96,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:554,51,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,168:. 1|1:0,18:18:54:.:.:615,54,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1089,96,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:823,72,0:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1256,111,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,22:22:66:.:.:756,66,0:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,10:10:30:.:.:352,30,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:178,15,0:. 0|0:0,4:4:12:.:.:145,12,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1142,102,0:. 0|1:26,10:36:99:.:.:253,0,741:. 1|0:15,25:40:99:.:.:720,0,422:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,134:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1653:. 1|0:9,20:29:99:.:.:571,0,192:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1451:. 0|1:11,32:43:99:.:.:924,0,272:. 0|1:1,8:9:8:.:.:233,0,8:. 1|1:0,17:17:51:.:.:575,51,0:. 1|1:0,29:29:87:.:.:935,87,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:660,60,0:. 0|1:48,37:85:99:.:.:1026,0,1476:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1145:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3648,321,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1233:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1198,99,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:331,27,0:. 0|1:0,4:4:12:.:.:149,12,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1203:. 1|1:0,30:30:96:1|1:395743_T_A:1341,96,0:. Pf3D7_01_v3 397985 . G A 1.6679e+06 PASS FS=0;MQ=60.19;QD=21.09;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K465;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110500.1;SOR=0.684;VQSLOD=6.33;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0044;FractionInformativeReads=0.997;GC=38.1;GQ_MEAN=169.76;GQ_STDDEV=185.1;HRun=4;InbreedingCoeff=0.5492;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.322;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11245687;AF=0.053;AS_InbreedingCoeff=0.9999;MLEAC=280;MLEAF=0.053;AN=858;AC=58 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:75,52:127:99:.:.:1202,0,1738:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:96,16:112:99:.:.:164,0,2385:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,79:88:13:.:.:2235,13,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1265:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:32,0:32:66:.:.:0,66,842:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1159:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:94:.:.:0,94,1129:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1614:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1245:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:19,0:19:44:.:.:0,44,479:. 0|0:11,0:11:7:.:.:0,7,245:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1459:. 0|0:61,0:61:89:.:.:0,89,1449:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,17:69:99:.:.:319,0,1216:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1337:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:114,31:145:99:.:.:378,0,2650:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:15,11:26:99:.:.:223,0,320:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1231:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1353:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,110,1755:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,953:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1127:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1106:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:67:.:.:0,67,2029:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:20,46:66:99:.:.:1124,0,344:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:24,39:63:99:.:.:971,0,465:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1447:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,10:65:92:.:.:92,0,1293:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:105,27:132:99:.:.:359,0,2456:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:67,0:67:47:.:.:0,47,1495:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,99,1665:. 1|0:116,17:133:74:.:.:74,0,2716:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,25:138:99:.:.:286,0,2628:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:157,43:200:99:.:.:639,0,3458:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:117,47:164:99:.:.:846,0,2559:. 1|0:74,86:160:99:.:.:2042,0,1516:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:165,42:207:99:.:.:589,0,3816:. 0|1:176,49:225:99:.:.:726,0,3945:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:68,145:213:99:.:.:3712,0,1243:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,165:165:99:.:.:4858,494,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1034:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,148:151:99:.:.:4263,385,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1935,192,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,32:143:99:.:.:497,0,2534:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:60:.:.:0,60,3710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:48,69:117:99:.:.:1677,0,961:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,991:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2892,294,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:181,29:210:99:.:.:190,0,4107:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:130,24:154:99:.:.:231,0,2964:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,110,1599:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:99,28:127:99:.:.:433,0,2368:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:59,36:95:99:.:.:739,0,1300:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,966:. 1|0:53,7:60:34:.:.:34,0,1209:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1782:. 1|0:62,14:76:99:.:.:163,0,1382:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2350,234,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1312:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1130:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,78:125:99:.:.:1894,0,932:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1614:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,103,1620:. 1|1:4,201:205:99:.:.:5813,505,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,525:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1538:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,2008:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3625,368,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,644:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1213:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1313:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1402,120,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7641,646,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1420:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:1,202:203:99:.:.:7141,578,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1277:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:6,114:120:99:.:.:3485,165,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,578:579:99:.:.:19035,1714,0:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1332:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1369:. 1|0:47,223:270:99:.:.:6575,0,689:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,234:266:99:.:.:7207,0,243:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,149:149:99:.:.:5087,448,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4628,403,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,949:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. Pf3D7_01_v3 398253 . C A 156848 PASS FS=0;MQ=60.59;QD=19.4;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q555K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cag/Aag;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110500.1;SOR=0.682;VQSLOD=5.92;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=0.999;GC=57.14;GQ_MEAN=120.33;GQ_STDDEV=30.31;HRun=1;InbreedingCoeff=1;NCC=1;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.508;culprit=FS;set=snp;DP=10667975;AF=0.005513;AS_InbreedingCoeff=-0.0319;MLEAC=29;MLEAF=0.005513;AN=858;AC=2 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1272:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1430:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1363:. 0|0:27,0:27:55:.:.:0,55,699:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1021:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,394:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1614:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1245:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1285:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1629:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1331:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1337:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,586:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1231:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1353:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,110,1755:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,953:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1127:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1106:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1447:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,99,1665:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:75,12:87:68:0|1:398253_C_A:68,0,2846:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1034:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,991:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,110,1599:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:67,25:92:99:.:.:454,0,1467:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,966:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1782:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1312:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1130:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,196:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1614:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,559:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,366:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1538:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1213:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1313:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1420:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1277:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:.:.:.:.:120 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:.:.:120 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:238,0:238:.:.:.:.:120 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:.:.:.:.:106 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:91,0:91:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:99 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:99 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:.:.:.:.:120 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:341,0:341:.:.:.:.:120 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:232,0:232:.:.:.:.:120 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:.:.:.:.:102 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:72 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:.:.:.:.:120 0|0:164,0:164:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:130,0:130:.:.:.:.:114 0|0:228,0:228:.:.:.:.:120 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:237,0:237:.:.:.:.:120 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:303,0:303:.:.:.:.:120 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:.:.:.:.:120 0|0:164,0:164:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:120 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,437:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,599:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,109,1273:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,398:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. Pf3D7_01_v3 398569 . G A 313033 PASS FS=0;MQ=59.95;QD=22.22;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R660K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGa/aAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110500.1;SOR=0.703;VQSLOD=6.41;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.93;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=135.03;GQ_STDDEV=157.1;HRun=2;InbreedingCoeff=0.0041;MQRankSum=-1.027;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.179;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10828800;AF=0.013;AS_InbreedingCoeff=0.0041;MLEAC=70;MLEAF=0.013;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1492:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1364:. 0|0:84,0:84:99:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,100,1370:. 0|0:49,0:49:99:0,115,1494:. 0|0:41,0:41:90:0,90,1127:. 0|0:50,0:50:99:0,110,1669:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1366:. 0|0:33,0:33:84:0,84,1260:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:9,0:9:27:0,27,269:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1217:. 0|0:26,0:26:66:0,66,990:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1203:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1756:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1533:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1086:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:35:0,35,400:. 0|0:16,0:16:48:0,48,421:. 0|0:53,0:53:99:0,109,1676:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1373:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1407:. 0|0:276,0:276:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,111,1438:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1073:. 0|0:53,0:53:99:0,109,1635:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1195:. 0|0:90,0:90:99:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1527:. 0|0:27,0:27:81:0,81,846:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:0,57,855:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,115,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 1|0:90,22:112:99:321,0,2121:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,984:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1136:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1131:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1206:. 0|0:103,0:103:99:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1216:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1369:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,118,1447:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,101,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,116,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:0,115,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:96:0,96,1368:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,117,1755:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,108,1800:. 0|1:48,205:253:99:5349,0,635:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,111,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,118,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,105,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,112,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,100,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,117,1755:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 1|0:142,43:185:99:743,0,3376:. 1|0:157,46:203:99:803,0,3666:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,104,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,99,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,107,1525:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,116,1681:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,112,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|1:124,21:145:99:186,0,3048:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:0,30,289:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 1|1:2,142:144:99:4203,375,0:. 0|0:72,0:72:99:0,110,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,111,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,106,1710:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,112,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:0,117,1560:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,118,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,117,1755:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,100,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:56:0,56,2307:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1269:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1244:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,106,1639:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1271:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1499:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1800:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,102,1800:. 1|0:84,24:108:99:351,0,2105:. 1|1:2,155:157:99:4623,416,0:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:80,0:80:99:0,109,1800:. 0|0:269,0:269:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1079:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,104,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,101,1800:. 0|0:18,0:18:42:0,42,630:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1089:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,104,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,103,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,101,1755:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 1|1:0,27:27:81:975,81,0:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,102,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,116,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,115,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:0,72,876:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,108,1620:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,106,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:99:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:0,120,1800:. 0|0:337,0:337:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:67,0:67:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,108,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:.:.:120 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:.:.:120 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:.:.:120 0|0:107,0:107:99:0,117,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:.:.:120 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:.:.:120 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:.:.:120 0|0:39,0:39:99:0,102,1251:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:7988,706,0:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,101,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:108 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:106 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:107 0|0:203,0:203:99:0,107,1800:. 0|0:275,0:275:.:.:120 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:.:.:120 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:.:.:120 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:.:.:120 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:.:.:93 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:.:.:120 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:.:.:120 0|0:218,0:218:.:.:120 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,105,1800:. 0|0:167,0:167:.:.:120 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:.:.:120 0|0:441,0:441:99:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:.:.:100 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:.:.:120 0|0:54,0:54:99:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:0,118,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,114,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,101,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1311:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1346:. 1|1:1,24:25:45:783,45,0:. 0|0:143,0:143:99:0,113,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,107,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,479:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,119,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,106,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1337:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1348:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,103,1800:. Pf3D7_01_v3 398787 . A G 586460 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=21.05;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N733D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aac/Gac;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110500.1;SOR=0.679;VQSLOD=6.05;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=123.27;GQ_STDDEV=67.22;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8566;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.5;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11037996;AF=0.023;AS_InbreedingCoeff=0.8566;MLEAC=118;MLEAF=0.022;AN=856;AC=68 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,21:80:99:.:.:367,0,1598:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:33:.:.:0,33,1546:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1370:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1494:. 0|1:28,16:44:99:.:.:329,0,769:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1669:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:68:.:.:0,68,910:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,245:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1183,120,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1762:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1533:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1086:. 1|1:0,37:37:99:.:.:994,110,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,756:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 1|1:1,67:68:99:.:.:1847,193,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1373:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,19:66:99:.:.:340,0,1271:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1565:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1073:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1635:. 1|0:63,15:78:99:.:.:188,0,1687:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1527:. 0|0:25,0:25:40:.:.:0,40,726:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:5,123:128:99:.:.:3336,223,0:. 0|1:85,142:227:99:.:.:3381,0,1877:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,79:171:99:.:.:1722,0,2246:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,984:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1131:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1216:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,21:105:99:.:.:295,0,2286:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1369:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1447:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1479:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4668,498,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,219:222:99:.:.:6099,569,0:. 0|1:35,176:211:99:.:.:4295,0,437:. 1|1:0,188:188:99:.:.:5188,563,0:. 1|1:6,176:182:99:.:.:4715,358,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,177:180:99:.:.:4859,446,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,68:159:99:.:.:1421,0,2270:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4761,526,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:153,21:174:58:.:.:58,0,4038:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,146:215:99:.:.:3381,0,1488:. 1|0:66,128:194:99:.:.:2942,0,1369:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3227,348,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3013,321,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1525:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1681:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,30:135:99:.:.:395,0,2826:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3703,390,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:127,62:189:99:.:.:1173,0,3300:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1560:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,83:109:99:.:.:1907,0,444:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,23:85:99:.:.:363,0,1661:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1269:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1800:. 0|1:88,32:120:99:.:.:513,0,2360:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1244:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1639:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1271:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1499:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:9,71:80:44:.:.:1746,0,44:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:10,0:10:2:.:.:0,2,239:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,177:178:99:.:.:4975,502,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,18:68:99:.:.:315,0,1342:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 1|1:4,94:98:99:.:.:2575,170,0:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,400:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:25,0:25:18:.:.:0,18,646:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1186:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:30,90:120:99:.:.:2694,0,694:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3535,312,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,256:259:99:.:.:8254,668,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:.:.:.:.:120 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:.:.:.:.:120 1|1:0,122:122:99:.:.:4028,366,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:229,25:254:47:.:.:47,0,7196:. 1|1:15,224:239:99:.:.:6949,205,0:. 0|0:168,0:168:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:.:.:108 1|1:12,276:288:99:.:.:8800,432,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:106 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:107 1|0:51,222:273:99:.:.:6398,0,922:. 0|0:275,0:275:.:.:.:.:120 1|0:117,78:195:99:.:.:1951,0,3345:. 0|0:288,0:288:.:.:.:.:120 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:.:.:.:.:120 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:.:.:.:.:120 0|1:153,111:264:99:.:.:2757,0,4314:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,65:204:99:.:.:1420,0,4088:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:111 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:.:.:.:.:120 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:.:.:.:.:120 0|0:218,0:218:.:.:.:.:120 1|0:91,18:109:99:.:.:291,0,2845:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:167,0:167:.:.:.:.:120 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:.:.:.:.:120 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:.:.:.:.:100 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:.:.:.:.:120 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1311:. 1|0:65,48:113:99:.:.:1306,0,1927:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,22:47:99:.:.:581,0,697:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1337:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1417:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,103,1800:. Pf3D7_01_v3 399991 . A G 253895 PASS FS=0.543;MQ=59.99;QD=19.81;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1134R;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110500.1;SOR=0.729;VQSLOD=4.57;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.09;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=123.2;GQ_STDDEV=47.57;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9504;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.68;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=11258036;AF=0.007988;AS_InbreedingCoeff=-0.0222;MLEAC=42;MLEAF=0.007988;AN=858;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,35:68:99:.:.:800,0,843:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1543:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1401:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1722:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1225:. 0|1:39,7:46:50:.:.:50,0,1096:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,280:. 0|0:30,0:30:63:.:.:0,63,945:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1283:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1396:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1384:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1781:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1564:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1298:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1557:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1438:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1592:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1792:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1670:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1392:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1673:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1239:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1441:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,129:130:99:.:.:3552,377,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1482:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1322:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,972:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,35:150:99:.:.:522,0,3033:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1128:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1313:. 0|1:25,26:51:99:.:.:594,0,592:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1130:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1399:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1243:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1565:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1399:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,53:170:99:.:.:975,0,3016:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:68,0:68:98:.:.:0,98,1859:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,374:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1487:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1521:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1691:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1561:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1346:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1560:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1545:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,24:75:99:.:.:434,0,1312:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1777:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1567:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1244:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1336:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1499:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1587:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,218:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1504:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,828:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1414:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1638:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1350:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1672:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,118,1325:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:598,0:598:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1426:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:640,0:640:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1262:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,86:98:99:.:.:2453,0,108:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1499:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1504:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,746:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,997:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1337:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:406,0:406:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1272:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:15,371:386:99:.:.:12044,648,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 401126 . C T 189808 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=18.84;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H1512;SNPEFF_CODON_CHANGE=caC/caT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110500.1;SOR=0.68;VQSLOD=5.55;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=4.2;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;GQ_MEAN=130.78;GQ_STDDEV=111.5;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0095;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.13;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=10445399;AF=0.005509;AS_InbreedingCoeff=-0.0226;MLEAC=28;MLEAF=0.005319;AN=856;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1312:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1558:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1523:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1214:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1393:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1436:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1431:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:59:.:.:0,59,920:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,488:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,175:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,928:. 0|0:28,0:28:22:.:.:0,22,650:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1416:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,585:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,248:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1338:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1075:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1324:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1391:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1740:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1122:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1394:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,788:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1709:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1038:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1610:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1214:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1637:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,40:187:99:.:.:666,0,3630:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1444:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,105:142:99:1|0:401111_A_G:2851,0,1117:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,118,1266:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,59:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1421:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1097:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2734,270,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1274:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1193:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1249:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1583:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1408:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1358:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1512:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,230:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1252:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,709:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,633:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:61:.:.:0,61,657:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,247:249:99:.:.:8710,678,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:143,48:191:99:.:.:1187,0,4154:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1410:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1411:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:519,0:519:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1560:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1429:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1231:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:226,22:248:99:0|1:401126_C_T:149,0,13018:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,47:53:99:0|1:401126_C_T:1771,0,144:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,183:234:99:.:.:5652,0,932:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,255:255:99:.:.:8794,766,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,314:314:99:.:.:10889,944,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3069,265,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1469:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1077:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1553:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1470:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 401869 . C A 858755 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=20.95;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T1760K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aCa/aAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110500.1;SOR=0.678;VQSLOD=6.26;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.21;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=162.61;GQ_STDDEV=235.43;HRun=1;InbreedingCoeff=0.4746;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.341;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10825942;AF=0.027;AS_InbreedingCoeff=0.4746;MLEAC=142;MLEAF=0.027;AN=856;AC=31 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,945:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1004:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1083:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1113:. 0|0:31,0:31:61:.:.:0,61,841:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1412:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,20:20:60:.:.:642,60,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1494:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:33,0:33:58:.:.:0,58,813:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,91:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1127:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1063:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1370:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1549:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1298:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1403:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1402:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1025:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,10:65:99:.:.:114,0,1315:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1549:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,881:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1432:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1054:. 1|0:43,37:80:99:.:.:851,0,970:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1551:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1358:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:50,57:107:99:.:.:1428,0,1069:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1106:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1315:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,42:75:99:.:.:1012,0,686:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,978:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1349:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:79:.:.:0,79,2340:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1056:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4462,456,0:. 1|1:1,211:212:99:.:.:6237,608,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:.:.:7240,706,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1680:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:3,113:116:99:.:.:3333,266,0:. 1|1:5,115:120:99:.:.:3351,220,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1770:. 0|1:42,61:103:99:.:.:1537,0,843:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,51:142:99:.:.:1091,0,2093:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,91:116:99:.:.:2385,0,349:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1145:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1604:. 1|0:29,84:113:99:.:.:2187,0,453:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1645:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1666:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,976:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1344:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1184:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1106:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1785:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,214:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,13:63:99:.:.:207,0,1216:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1592:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:56,41:97:99:.:.:985,0,1253:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|0:34,28:62:99:.:.:663,0,753:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1326,135,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:8006,676,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:80:.:.:0,80,4265:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1387:. 0|1:98,15:113:99:.:.:182,0,3010:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:408,0:408:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:125,0:125:.:.:.:.:114 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:502,0:502:.:.:.:.:109 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:454,0:454:.:.:.:.:120 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:502,0:502:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:353,0:353:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:107 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:.:.:105 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:109 0|0:163,0:163:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:465,0:465:.:.:.:.:120 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:439,0:439:.:.:.:.:120 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:.:.:.:.:120 0|0:148,0:148:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:.:.:.:.:120 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:102 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:.:.:.:.:120 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:120 0|0:369,0:369:.:.:.:.:120 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:430,0:430:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:412,0:412:.:.:.:.:120 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:426,0:426:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,36:110:99:.:.:934,0,2109:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:.:.:.:.:113 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:461,0:461:.:.:.:.:120 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1227:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1288:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1690:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,637:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1210:. 1|1:1,34:35:70:.:.:1073,70,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 401939 . T A 1.40381e+06 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=29.04;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1783K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110500.1;SOR=0.697;VQSLOD=5.3;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.17;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=155.05;GQ_STDDEV=213.74;HRun=2;InbreedingCoeff=0.786;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.585;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11077783;AF=0.057;AS_InbreedingCoeff=0.786;MLEAC=299;MLEAF=0.057;AN=858;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1340:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1083:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1264:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:43:.:.:0,43,703:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,661:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,209:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1494:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,163:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1127:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1063:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1444:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1775:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1549:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1298:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1403:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1402:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1025:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1549:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,881:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1432:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1551:. 0|1:34,25:59:99:.:.:573,0,885:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1106:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1315:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,978:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1349:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1056:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1680:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,131:195:99:0|1:401939_T_A:3275,0,1977:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,196:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1770:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1145:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1604:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1645:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,42:94:99:.:.:957,0,1295:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1666:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,976:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1344:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1184:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2155,221,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1106:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1785:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,214:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1427:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1592:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1580:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1334,111,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1387:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:408,0:408:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:125,0:125:.:.:.:.:114 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:502,0:502:.:.:.:.:109 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:454,0:454:.:.:.:.:120 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:502,0:502:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:353,0:353:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:107 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:.:.:105 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:109 0|0:163,0:163:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:465,0:465:.:.:.:.:120 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:439,0:439:.:.:.:.:120 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:.:.:.:.:120 0|0:148,0:148:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:.:.:.:.:120 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:102 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:.:.:.:.:120 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:120 0|0:369,0:369:.:.:.:.:120 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:430,0:430:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:412,0:412:.:.:.:.:120 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:426,0:426:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:.:.:.:.:113 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:461,0:461:.:.:.:.:120 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1227:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:.:.:7093,614,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1288:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,202:205:99:.:.:6701,504,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1690:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 404150 . T A 557283 PASS FS=0;MQ=59.91;QD=21.43;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.711;VQSLOD=4.85;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=0;GQ_MEAN=140.9;GQ_STDDEV=96.29;HRun=2;InbreedingCoeff=0.8943;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.624;culprit=FS;set=snp;DP=4615703;AF=0.046;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=234;MLEAF=0.046;AN=844;AC=66 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1268:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1293:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1304:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1629:. 0|0:44,0:44:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1197:. 0|0:33,0:33:65:.:.:0,65,1011:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1754:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:28,0:28:42:.:.:0,42,630:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,7:7:21:.:.:230,21,0:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,1035:. 0|1:26,36:62:99:.:.:888,0,626:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1564:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,896:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1179:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1461:. 0|0:37,0:37:91:.:.:0,91,1134:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:50,0:50:64:.:.:0,64,1354:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1515:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,979:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1707:. 0|1:63,22:85:99:.:.:417,0,1614:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,6:34:55:.:.:55,0,719:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1430:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,887:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1605:. 0|0:24,0:24:52:.:.:0,52,645:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:113,39:152:99:.:.:728,0,3027:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1787:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,966:. 0|0:44,0:44:15:.:.:0,15,225:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1452:. 1|0:42,18:60:99:.:.:354,0,1091:. 1|0:43,41:84:99:.:.:969,0,1050:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 1|0:55,12:67:99:.:.:165,0,1433:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1320:. 1|0:23,39:62:99:.:.:1017,0,545:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,542:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1385:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1163:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,16:49:99:.:.:353,0,848:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1113:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1415:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1306:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1176:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1041:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2559,255,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1029:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1547:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1718:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1632:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1678:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1737:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,115,1090:. 0|1:56,11:67:99:.:.:113,0,1504:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1260:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2166,216,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1688:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,187:190:99:.:.:5529,473,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1137:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,120:121:99:.:.:3569,331,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1371:. 0|1:54,103:157:99:.:.:2610,0,1169:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1496:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1416:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1492:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1064:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1542:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:21,55:76:99:.:.:1355,0,402:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3620,360,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1276:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1798:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1290:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1708:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1730:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1756:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1435:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1491:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1407:. 0|0:27,0:27:22:.:.:0,22,703:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2679,275,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1259:. 1|0:65,21:86:99:.:.:376,0,1746:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1515:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,11:101:37:.:.:37,0,2448:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1305:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,41:43:71:.:.:1166,71,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,17:50:99:.:.:370,0,901:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1498:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:33,52:85:99:.:.:1237,0,757:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,10:85:43:.:.:43,0,2043:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1443:. 1|0:48,16:64:99:.:.:309,0,1267:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1411:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1217:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1245:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1595:. 1|0:69,28:97:99:.:.:543,0,1816:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,986:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1241:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1020:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1691:. 1|0:21,33:54:99:.:.:850,0,484:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1534:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,983:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,112,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:98:.:.:0,98,1237:. 0|0:27,0:27:68:.:.:0,68,833:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1465:. 1|0:12,46:58:99:.:.:1198,0,202:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1091:. 1|0:40,6:46:45:.:.:45,0,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1287:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1622,162,0:. 1|0:45,20:65:99:.:.:403,0,1164:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1242:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,995:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1043:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:103,0:103:31:.:.:0,31,2560:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1276:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1299:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:12,3:15:35:.:.:35,0,317:. 1|1:0,25:25:75:.:.:758,75,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1738:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1460:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:8,2:10:33:.:.:33,0,202:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2704,240,0:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1163,99,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1389:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1439:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1316:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1398:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1499:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,214:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1212:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1335:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1476:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:73:.:.:0,73,1609:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,826:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1160:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,372:. 1|0:10,25:35:99:.:.:795,0,264:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1055:. 1|1:2,29:31:19:.:.:940,19,0:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:95:.:.:0,95,1225:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,607:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1398:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1610:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,361:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,295:. 1|1:1,58:59:99:.:.:1916,140,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1708:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1286:. 0|1:67,79:146:99:.:.:2215,0,1902:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1725:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,903:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:63:.:.:0,63,1119:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1370:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,918:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,478:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3890,317,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:9,0:9:5:.:.:0,5,263:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,84:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1221:. 1|0:57,18:75:99:.:.:368,0,1657:. 1|0:15,26:41:99:.:.:774,0,430:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1627:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,315:. 1|0:102,13:115:97:.:.:97,0,3156:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,115,1314:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1540:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,38:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1270:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:26,0:26:40:.:.:0,40,799:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1400:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:24,0:24:52:.:.:0,52,794:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,999:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,933:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1100:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1035:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1129,102,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1937,171,0:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,232:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,824:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1118:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,113,1291:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,821:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,535:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,686:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,71:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,115,1486:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1396:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1532:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,104:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1347:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1815,165,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1210:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1393:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,323:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1137:. Pf3D7_01_v3 407719 . G T 2.7852e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=33.94;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V661L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gtg/Ttg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PIP5K;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110600.1;SOR=0.643;VQSLOD=10.23;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=3.12;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.986;GC=33.33;GQ_MEAN=492.78;GQ_STDDEV=202.73;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6144;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.827;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16545956;AF=0.967;AS_InbreedingCoeff=-0.0303;MLEAC=5087;MLEAF=0.968;AN=858;AC=811 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,45:45:99:.:.:1396,135,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1816,176,0 1|1:1,61:62:99:1|1:407711_A_T:2047,163,0 1|0:21,55:76:99:.:.:1541,0,327 1|1:4,41:45:38:.:.:1185,38,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1672,159,0 1|1:0,29:29:87:.:.:926,87,0 1|1:0,80:80:99:1|1:407711_A_T:3258,241,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1679,164,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1764,168,0 1|1:0,30:30:90:.:.:958,90,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1684,162,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1563,147,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1325,126,0 1|1:0,21:21:63:.:.:669,63,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1210,117,0 1|1:0,16:16:48:.:.:487,48,0 1|1:0,27:27:81:.:.:865,81,0 1|1:0,29:29:87:.:.:914,87,0 1|1:0,29:29:87:.:.:888,87,0 1|1:1,60:61:99:.:.:1808,154,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1984,192,0 1|1:0,231:231:99:.:.:6725,690,0 1|1:1,57:58:99:.:.:1666,149,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1103,110,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3547,369,0 1|1:0,20:20:60:.:.:623,60,0 1|1:0,9:9:27:.:.:274,27,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1176 1|1:0,69:69:99:.:.:2060,207,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3506,354,0 1|1:1,92:93:99:.:.:2803,268,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1988,195,0 1|1:1,368:369:99:.:.:10708,1093,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1887,183,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4117,402,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2488,259,0 1|1:0,49:49:99:1|1:407711_A_T:1625,146,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1773,187,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1491,158,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3144,313,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3240,335,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2587,266,0 1|1:0,215:215:99:.:.:6345,646,0 1|1:0,204:204:99:.:.:5841,611,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3371,355,0 1|1:3,70:73:99:1|1:407711_A_T:2015,175,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1002,104,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3353,349,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2105,215,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2677,280,0 1|1:0,29:29:87:.:.:829,87,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3160,323,0 1|0:53,183:236:99:.:.:4831,0,710 1|1:0,142:142:99:.:.:4143,425,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2202,230,0 1|1:0,120:120:99:1|1:407711_A_T:4859,367,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2442,252,0 0|1:10,70:80:32:.:.:1786,0,32 1|1:0,74:74:99:.:.:2124,221,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3916,403,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2917,295,0 1|1:1,138:139:99:.:.:4027,406,0 1|1:0,381:381:99:.:.:11501,1143,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1174,123,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2797,282,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4223,421,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2881,290,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1307,135,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2251,230,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1775,188,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1316,137,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,123:123:99:.:.:3688,369,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2913,294,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2125,218,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5902,546,0 1|1:1,84:85:99:.:.:2456,244,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1688,182,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1751,177,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2049,215,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2281,234,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1677,170,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4075,408,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2114,219,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4281,433,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4525,457,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1473,149,0 1|1:0,169:169:99:.:.:4735,505,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4773,491,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3305,333,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3934,398,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3921,401,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2838,294,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2615,282,0 1|0:9,59:68:22:.:.:1571,0,22 1|1:1,173:174:99:.:.:5016,510,0 1|1:1,170:171:99:.:.:5009,502,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4393,448,0 1|1:0,238:238:99:.:.:6928,711,0 1|1:0,214:214:99:.:.:6298,640,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4468,460,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3200,328,0 1|0:27,109:136:99:.:.:2749,0,273 1|1:2,103:105:99:.:.:3056,261,0 1|1:3,207:210:99:.:.:6166,554,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4270,446,0 1|1:0,222:222:99:.:.:6564,664,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5009,504,0 1|1:1,166:167:99:.:.:4854,490,0 1|1:0,225:225:99:.:.:6561,673,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6017,615,0 1|1:0,196:196:99:.:.:5657,585,0 1|1:1,238:239:99:.:.:6933,703,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5599,570,0 1|1:0,233:233:99:.:.:6806,698,0 1|1:2,208:210:99:.:.:6001,609,0 1|1:1,238:239:99:.:.:6994,706,0 1|1:1,142:143:99:.:.:4026,402,0 1|1:0,236:236:99:.:.:6859,705,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3910,401,0 1|1:0,207:207:99:.:.:6249,620,0 1|1:0,214:214:99:.:.:6260,641,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3427,352,0 1|1:0,171:171:99:.:.:4975,512,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,171:171:99:.:.:4912,511,0 1|1:0,252:252:99:.:.:7365,754,0 1|0:44,116:160:99:.:.:2848,0,671 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,148:148:99:.:.:4310,442,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3532,366,0 1|0:16,76:92:99:.:.:1856,0,118 1|1:0,195:195:99:.:.:5544,582,0 1|1:0,218:218:99:.:.:6471,654,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4091,429,0 1|1:0,238:238:99:.:.:6653,710,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3943,398,0 1|0:33,184:217:99:.:.:4850,0,192 1|0:50,193:243:99:.:.:4767,0,546 1|1:0,192:192:99:.:.:5577,575,0 1|1:0,210:210:99:.:.:6088,628,0 1|1:0,173:173:99:.:.:4991,519,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5689,580,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3640,379,0 1|0:34,124:158:99:.:.:3208,0,396 1|1:1,230:231:99:.:.:6744,664,0 1|1:0,228:228:99:.:.:6663,681,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3666,372,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2835,287,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3189,321,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2764,279,0 1|1:0,229:229:99:.:.:6603,685,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2381,245,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4577,468,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3438,365,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2711,282,0 1|1:0,227:227:99:.:.:6430,677,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3689,373,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4162,427,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4222,428,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2906,294,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4444,452,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3082,315,0 1|1:0,171:171:99:.:.:5093,513,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5015,520,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5604,570,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5393,554,0 1|1:0,11:11:33:.:.:335,33,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2600,269,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4007,409,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2269,233,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2531,255,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2389,248,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4281,437,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4138,429,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3044,306,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4770,485,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|0:76,21:97:99:.:.:318,0,1704 1|1:0,80:80:99:.:.:2300,239,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3703,381,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4255,421,0 1|1:0,183:183:99:.:.:5387,549,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3153,318,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3566,362,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2639,270,0 1|1:0,237:237:99:.:.:6859,710,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4489,458,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4242,422,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3777,392,0 1|1:0,228:228:99:.:.:6834,684,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3034,309,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3299,338,0 1|1:0,249:249:99:.:.:7182,746,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3126,320,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2214,225,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2675,270,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2266,233,0 1|0:27,179:206:81:.:.:4497,0,81 1|1:0,106:106:99:.:.:3020,318,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5194,530,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3851,395,0 1|1:12,123:135:84:.:.:3292,84,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3464,359,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2062,207,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2511,260,0 1|1:0,79:79:99:1|1:407711_A_T:2903,240,0 1|0:26,81:107:99:.:.:2100,0,332 1|1:0,126:126:99:.:.:3639,376,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4189,430,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3622,371,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5347,543,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5043,528,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3318,345,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2054,217,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5286,551,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3505,372,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2358,247,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1925,197,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1702,180,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3309,335,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1647,175,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2087,223,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2140,224,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2214,225,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2089,212,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3133,321,0 1|1:1,220:221:99:.:.:6478,653,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2868,296,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3887,399,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1786,182,0 1|1:0,167:167:99:.:.:4866,499,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2210,227,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3130,317,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3260,341,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2523,258,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2453,251,0 1|1:0,206:206:99:.:.:5947,616,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3114,319,0 1|1:0,14:14:42:.:.:426,42,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4466,463,0 1|1:1,135:136:99:.:.:4017,397,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3635,374,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2815,285,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3713,382,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3045,316,0 1|1:1,203:204:99:.:.:5876,584,0 0|1:10,42:52:99:.:.:1071,0,111 1|1:0,25:25:75:.:.:728,75,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2463,251,0 1|1:0,289:289:99:.:.:8545,865,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2605,269,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5642,582,0 1|1:2,21:23:17:.:.:563,17,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1315,132,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4651,482,0 0|1:14,94:110:54:.:.:2428,0,54 1|1:0,63:63:99:.:.:1875,188,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3524,359,0 1|1:1,103:104:99:.:.:3080,286,0 1|1:0,26:26:78:.:.:748,78,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1741,176,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1372,141,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3862,401,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1040,108,0 1|1:0,173:173:99:.:.:6167,520,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3756,315,0 1|1:0,203:203:99:.:.:7292,611,0 1|1:0,221:221:99:.:.:7984,665,0 1|1:0,181:181:99:.:.:6425,544,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6783,565,0 1|1:0,197:197:99:.:.:7100,593,0 1|1:0,162:162:99:.:.:5767,487,0 1|1:1,265:266:99:.:.:9526,767,0 1|1:0,177:177:99:.:.:6199,532,0 1|1:0,198:198:99:.:.:7083,595,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1222,102,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6800,578,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7386,625,0 1|1:0,227:227:99:.:.:8093,682,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7968,662,0 1|1:0,226:226:99:.:.:8066,677,0 1|1:0,254:254:99:.:.:9128,764,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6964,581,0 1|1:0,160:160:99:.:.:5593,481,0 1|1:0,230:230:99:.:.:8191,691,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,192:192:99:.:.:6930,577,0 1|1:1,271:272:99:.:.:9644,783,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6704,556,0 1|1:0,97:97:99:.:.:3355,291,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3723,316,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7282,616,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1749,144,0 1|1:0,118:118:99:.:.:4272,355,0 1|1:0,180:180:99:.:.:6416,541,0 1|1:0,142:142:99:.:.:5125,427,0 1|1:1,241:242:99:.:.:8572,702,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7323,616,0 1|1:0,84:84:99:.:.:3014,253,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7604,646,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7997,662,0 1|1:0,229:229:99:.:.:8085,688,0 1|1:0,707:707:99:.:.:25028,2125,0 1|1:1,760:761:99:.:.:26875,2277,0 1|1:0,656:656:99:.:.:23330,1972,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,38:38:99:.:.:1338,114,0 1|1:2,123:125:99:.:.:3760,349,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3371,299,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6871,586,0 1|1:0,227:227:99:.:.:7779,682,0 1|1:9,515:524:99:.:.:16066,1411,0 1|1:0,150:150:99:.:.:5156,451,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8372,735,0 1|1:0,263:263:99:.:.:8957,790,0 1|1:5,565:570:99:.:.:17849,1637,0 1|1:1,284:285:99:.:.:9852,846,0 1|1:12,514:526:99:.:.:15538,1394,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5548,502,0 1|1:0,93:93:99:.:.:3221,279,0 1|1:7,546:553:99:.:.:17150,1565,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2919,262,0 1|1:0,271:271:99:.:.:9380,814,0 1|1:0,235:235:99:.:.:7961,704,0 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,101,1800 1|1:12,247:259:99:.:.:8146,387,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7460,646,0 1|1:0,249:249:99:.:.:8625,748,0 1|1:0,207:207:99:.:.:7140,622,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7176,625,0 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,104:105:99:.:.:3521,280,0 0|1:220,227:447:99:.:.:5618,0,5149 1|1:0,46:46:99:.:.:1638,138,0 1|1:0,288:288:99:.:.:9892,865,0 1|1:1,264:265:99:.:.:9199,787,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8185,721,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9228,819,0 1|1:0,237:237:99:.:.:8227,711,0 1|1:2,246:248:99:.:.:8293,679,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8950,766,0 1|1:2,206:208:99:.:.:6472,576,0 1|1:1,245:246:99:.:.:8402,728,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7627,669,0 1|1:3,236:239:99:.:.:8051,627,0 1|1:2,107:109:99:.:.:3271,280,0 1|1:1,253:254:99:.:.:8720,730,0 1|1:4,88:92:99:.:.:2709,156,0 1|0:25,235:260:13:.:.:7380,0,13 0|0:510,0:510:99:.:.:0,120,1800 1|0:51,103:154:99:.:.:3140,0,1181 1|1:10,484:494:99:.:.:14624,1335,0 1|0:27,209:236:99:.:.:6553,0,136 1|1:1,296:297:99:.:.:8871,866,0 1|1:5,252:257:99:.:.:8515,603,0 1|1:0,235:235:99:.:.:8115,707,0 1|0:48,127:175:99:.:.:3226,0,877 1|1:0,271:271:99:.:.:9356,814,0 1|1:2,118:120:99:.:.:3927,292,0 1|0:98,83:181:99:.:.:2230,0,2478 1|1:2,47:49:77:.:.:1333,77,0 1|1:10,269:279:99:.:.:8709,509,0 0|0:530,0:530:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,283:283:99:.:.:9716,850,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7785,666,0 1|1:12,435:447:99:.:.:13163,1136,0 1|0:33,88:121:99:.:.:2577,0,631 1|1:0,248:248:99:.:.:8605,745,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7454,637,0 1|1:9,479:488:99:.:.:14542,1299,0 1|1:0,190:190:99:.:.:6666,571,0 1|1:3,536:539:99:.:.:16675,1560,0 1|1:0,598:598:99:.:.:20522,1798,0 1|1:0,520:520:99:.:.:18222,1563,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4271,375,0 1|1:0,411:411:99:.:.:14227,1236,0 1|1:3,380:383:99:.:.:11543,1097,0 1|1:0,254:254:99:.:.:8668,762,0 1|1:5,512:517:99:.:.:16021,1481,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2741,240,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5493,483,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4934,429,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7731,667,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7579,646,0 1|1:0,143:143:99:.:.:5075,430,0 1|1:0,207:207:99:.:.:7138,623,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7876,674,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8131,703,0 1|1:0,235:235:99:.:.:7987,705,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2698,232,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1958,171,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6288,549,0 1|1:1,183:184:99:.:.:6384,543,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7309,652,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4958,436,0 1|1:0,271:271:99:.:.:9140,813,0 1|1:1,287:288:99:.:.:9974,856,0 1|1:1,323:324:99:.:.:11194,964,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2271,198,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3645,321,0 1|1:0,89:89:99:.:.:3164,268,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2478,225,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1165,99,0 1|1:0,285:285:99:.:.:9607,856,0 1|1:0,305:305:99:.:.:10485,916,0 1|1:0,310:310:99:.:.:10519,929,0 1|1:0,23:23:69:.:.:816,69,0 1|1:0,213:213:99:.:.:7368,638,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8706,757,0 1|1:0,153:153:99:.:.:5223,460,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8465,733,0 1|1:0,209:209:99:.:.:7266,629,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6942,596,0 1|1:0,216:216:99:.:.:7393,648,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7900,688,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6638,567,0 1|1:0,506:506:99:.:.:17767,1522,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2344,204,0 1|1:0,350:350:99:.:.:12293,1052,0 1|1:0,649:649:99:.:.:22327,1949,0 1|0:122,58:180:99:.:.:1516,0,3435 1|1:0,244:244:99:.:.:8450,732,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1676,141,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1020,93,0 1|1:1,358:359:99:.:.:12312,1068,0 1|1:0,146:146:99:.:.:5136,438,0 Pf3D7_01_v3 408914 . A G 907527 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=20.09;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H1059R;SNPEFF_CODON_CHANGE=cAt/cGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PIP5K;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110600.1;SOR=0.69;VQSLOD=4.83;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-3.084;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=218.32;GQ_STDDEV=565.69;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6915;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.49;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9026127;AF=0.033;AS_InbreedingCoeff=0.3842;MLEAC=175;MLEAF=0.033;AN=858;AC=53 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1357:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1401:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1228:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1335:. 0|0:35,0:35:76:.:.:0,76,1052:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1356:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1430:. 0|1:27,16:43:99:.:.:321,0,723:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1419:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1090:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1286:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,29:29:86:.:.:765,86,0:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,1037:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1220:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1307:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1438:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1214:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:19,0:19:40:.:.:0,40,557:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,448:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1012:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1177:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,21:65:99:.:.:386,0,1141:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1484:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1121:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1108:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,992:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,18:95:99:.:.:154,0,2025:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1311:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1781:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1587:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1074:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:63,80:143:99:.:.:1690,0,1529:. 1|0:27,58:85:99:.:.:1247,0,554:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,322:324:99:.:.:8453,908,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1003:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,950:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1222:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1737:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,933:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,21:102:99:.:.:251,0,2181:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1049:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1392:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1012:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1230:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1066:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:36,37:73:99:.:.:711,0,864:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,171:221:99:.:.:3771,0,830:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4014,458,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:114,30:144:99:.:.:316,0,2990:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,122:217:99:.:.:2507,0,2256:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,106:134:99:.:.:2214,0,435:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1513:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3146,364,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1397:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1198:. 0|1:79,69:148:99:.:.:1400,0,1936:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1702:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1465:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1634:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1659:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,52:134:99:.:.:957,0,2123:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1338:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1525:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1465:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1274:. 1|0:174,30:204:99:.:.:198,0,4786:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,136:140:99:.:.:3370,293,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1590:. 1|1:2,70:72:99:.:.:1802,154,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1886,212,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1645:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1783:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1526:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1605:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1179:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1325:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,113,1090:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1022:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1629:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1106:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1870,212,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1260:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1487:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,994:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:38:.:.:0,38,609:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1249:. 1|0:73,46:119:99:.:.:854,0,1892:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,21:28:99:.:.:454,0,116:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1738:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1459:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:494,0:494:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:454,0:454:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1662:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1527:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1215:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2502,240,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:51,199:250:99:.:.:5730,0,1052:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:261,245:506:99:.:.:5836,0,7543:. 0|1:44,14:58:99:.:.:287,0,1401:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:1,293:294:99:.:.:9365,850,0:. 1|1:1,283:284:99:.:.:9079,818,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1692:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,48:60:99:.:.:1232,0,227:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,115,1749:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,532:536:99:.:.:15952,1492,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:80,85:165:99:.:.:2256,0,2333:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3824,355,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:39,183:222:99:.:.:4984,0,703:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2346,219,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1657:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1593:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1427:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,906:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1700:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,23:190:99:.:.:172,0,5492:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1710:. 1|0:330,223:553:99:.:.:5625,0,10149:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1347:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,49:181:99:.:.:969,0,4061:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 409089 . T A 211279 PASS FS=0;MQ=59.96;QD=20.15;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I1117;SNPEFF_CODON_CHANGE=atT/atA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PIP5K;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110600.1;SOR=0.751;VQSLOD=5.08;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=126.8;GQ_STDDEV=99.04;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9707;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.28;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=8687017;AF=0.008545;AS_InbreedingCoeff=0.9979;MLEAC=45;MLEAF=0.008545;AN=858;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1401:. 0|0:39,0:39:99:0,107,1228:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1170:. 0|0:43,0:43:99:0,116,1335:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1103:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1047:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1356:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1430:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1342:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1419:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1235:. 0|0:29,0:29:70:0,70,938:. 0|0:28,0:28:69:0,69,1035:. 0|0:31,0:31:75:0,75,1125:. 0|0:12,0:12:27:0,27,405:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1220:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1307:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1438:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1039:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1710:. 0|0:15,0:15:33:0,33,495:. 0|0:11,0:11:33:0,33,339:. 0|0:57,0:57:99:0,117,1669:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1177:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1471:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 1|1:1,54:55:99:1605,133,0:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1121:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,992:. 0|0:90,0:90:99:0,114,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,103,1311:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:99:0,116,1781:. 0|0:158,0:158:99:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1074:. 0|0:68,0:68:99:0,100,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1003:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,950:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1222:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1737:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,102,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,933:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|1:21,69:90:99:1880,0,354:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1049:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1392:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1012:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1230:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1122:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,100,1066:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,115,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,117,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,119,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,112,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,115,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,113,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,100,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,116,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,104,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,103,1800:. 1|1:13,177:190:99:5221,159,0:. 0|0:118,0:118:99:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,106,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,117,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,113,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,109,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,106,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,103,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,117,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1513:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,109,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,117,1397:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1198:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,112,1702:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,100,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:0,42,427:. 0|0:61,0:61:99:0,103,1465:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,104,1634:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1659:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,105,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,115,1338:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,104,1525:. 0|0:57,0:57:99:0,107,1465:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1274:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,106,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1126:. 0|0:156,0:156:99:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,106,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,117,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,107,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,113,1590:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,106,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,101,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1119:. 0|0:67,0:67:99:0,114,1645:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1237:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1783:. 0|0:57,0:57:99:0,107,1526:. 0|0:85,0:85:99:0,110,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,106,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:0,101,1605:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1179:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1325:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,113,1090:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1022:. 0|0:51,0:51:99:0,106,1617:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,101,1629:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1106:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1118:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1260:. 0|0:124,0:124:99:0,103,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,116,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,106,1487:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:33:0,33,553:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1212:. 0|0:80,0:80:99:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1249:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,110,1710:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1131:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:58:0,58,857:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,109,1738:. 0|0:99,0:99:99:0,112,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,100,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,106,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,107,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,111,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,109,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:0,114,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:75,0:75:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,103,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,103,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1459:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,103,1665:. 0|0:494,0:494:99:0,99,1485:. 0|0:454,0:454:99:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:96:0,96,1440:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1662:. 0|0:58,0:58:99:0,103,1527:. 0|0:81,0:81:99:0,102,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,100,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1215:. 0|0:349,0:349:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1376:. 0|0:149,0:149:99:0,105,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,118,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,101,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,100,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,106,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1331:. 0|0:72,0:72:99:0,107,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,101,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,114,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,112,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,105,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1692:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,112,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,105,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,119,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,119,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1203:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,115,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,112,1800:. 1|1:25,459:484:99:15336,574,0:. 0|0:95,0:95:99:0,114,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,118,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,115,1749:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,105,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1523:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1108:. 0|0:84,0:84:99:0,115,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,104,1657:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:0,103,1593:. 0|0:103,0:103:99:0,106,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,118,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1427:. 0|0:14,0:14:42:0,42,451:. 1|1:0,264:264:99:9235,793,0:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,117,1800:. 0|0:14,0:14:42:0,42,481:. 0|0:62,0:62:99:0,112,1700:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,112,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,106,1710:. 0|0:455,0:455:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1557:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1230:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 409707 . T G 216734 PASS FS=0;MQ=61.13;QD=20.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G1323;SNPEFF_CODON_CHANGE=ggT/ggG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PIP5K;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110600.1;SOR=0.728;VQSLOD=5.08;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.55;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=168.07;GQ_STDDEV=327.83;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7585;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.746;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=8596950;AF=0.006091;AS_InbreedingCoeff=0.9966;MLEAC=30;MLEAF=0.00571;AN=858;AC=10 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:49,0:49:99:0,107,1535:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1575:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,115,1410:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1047:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1257:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1576:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1348:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:0,90,895:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:16,0:16:33:0,33,495:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:84:0,84,1260:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1021:. 0|0:52,0:52:99:0,104,1448:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1307:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1438:. 0|0:32,0:32:71:0,71,803:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1710:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1228:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1177:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,107,1294:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,109,1334:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1121:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1516:. 0|0:35,0:35:99:0,105,992:. 0|0:90,0:90:99:0,114,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1153:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,103,1311:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:0,60,561:. 0|0:64,0:64:99:0,116,1781:. 0|0:158,0:158:99:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1232:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1074:. 0|0:68,0:68:99:0,100,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,976:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1003:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,950:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1225:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1737:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,102,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,933:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,118,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1049:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1392:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1012:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1358:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1122:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,100,1066:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,114,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,115,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,114,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1050:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,117,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,119,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,112,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,115,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,113,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,100,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,116,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,101,1800:. 0|1:66,125:191:99:2844,0,1323:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,104,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,106,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,117,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,113,1800:. 1|0:111,35:146:99:504,0,2924:. 1|0:24,57:81:99:1299,0,426:. 0|0:98,0:98:99:0,109,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,106,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,103,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,117,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1513:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,109,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,117,1397:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1198:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,112,1702:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,100,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:15:0,15,225:. 0|0:61,0:61:99:0,103,1465:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,104,1634:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1659:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1499:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,105,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,115,1338:. 0|0:111,0:111:99:0,107,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,104,1525:. 0|0:57,0:57:99:0,107,1465:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1274:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,106,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1265:. 0|0:156,0:156:99:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,106,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,117,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,107,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,113,1590:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1480:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,106,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,101,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1673:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1119:. 0|0:61,0:61:99:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1237:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1783:. 0|0:57,0:57:99:0,107,1526:. 0|0:85,0:85:99:0,110,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,106,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,113,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,101,1605:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1179:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,116,1413:. 0|0:44,0:44:99:0,119,1302:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1325:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1383:. 0|0:38,0:38:99:0,113,1090:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1022:. 0|0:51,0:51:99:0,106,1617:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,102,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,114,1540:. 0|0:60,0:60:99:0,101,1629:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1106:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1118:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,107,1566:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1260:. 0|0:124,0:124:99:0,103,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,104,1800:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|1:140,42:183:99:593,0,3535:. 0|0:69,0:69:99:0,116,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,106,1487:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1025:. 0|0:80,0:80:99:0,103,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,104,1593:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1249:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1201:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1251:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,109,1738:. 0|0:99,0:99:99:0,112,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,100,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,103,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,107,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,115,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:0,54,585:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,111,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,109,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,114,1800:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,103,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,103,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1459:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,103,1665:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:454,0:454:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1662:. 0|0:58,0:58:99:0,103,1527:. 0|0:81,0:81:99:0,102,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,100,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1215:. 1|1:2,394:396:99:12743,1123,0:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1376:. 0|0:149,0:149:99:0,105,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,118,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,101,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,100,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,106,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1331:. 0|0:72,0:72:99:0,107,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,101,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,114,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,112,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,105,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1692:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,112,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,105,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,119,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,119,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,117,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:26:0,26,1186:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,115,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,112,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,114,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,118,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,115,1749:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,105,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1491:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,103,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1523:. 1|1:0,48:48:99:1598,143,0:. 0|0:84,0:84:99:0,115,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,104,1657:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:0,103,1593:. 0|0:103,0:103:99:0,106,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,118,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,100,1575:. 1|1:0,63:63:99:2091,189,0:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1589:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,117,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,723:. 0|0:62,0:62:99:0,112,1700:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,110,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,112,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,106,1710:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1557:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1428:. 0|0:29,0:29:84:0,84,1260:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 410480 . A G 402329 PASS FS=0.563;MQ=60.1;QD=20.75;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PIP5K;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110600.1;SOR=0.74;VQSLOD=3.96;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;GQ_MEAN=126.78;GQ_STDDEV=81;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9461;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.58;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6368561;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=0.5253;MLEAC=123;MLEAF=0.023;AN=858;AC=43 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:2,97:99:99:.:.:2756,230,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1334:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1365:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:2,19:21:6:.:.:468,0,6:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1299:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1297:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1163:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,14:15:18:.:.:369,18,0:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1043:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1459:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1319:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:23,13:36:99:.:.:255,0,596:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:81,0:81:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1616:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,954:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:83,100:183:99:.:.:2212,0,2023:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1300:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1494:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1520:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1699:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1019:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1562:. 1|0:74,25:99:99:.:.:390,0,2012:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1276:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1004:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:28,26:54:99:.:.:553,0,725:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1292:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1068:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1334:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1074:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1340:. 1|0:25,23:48:99:.:.:505,0,633:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1220:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1346:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,11:106:12:.:.:0,12,2569:. 1|0:44,9:53:89:.:.:89,0,1183:. 1|1:6,104:110:99:.:.:2677,167,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1570:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,98:153:99:.:.:2215,0,1216:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1541:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1389:. 0|1:123,26:149:99:.:.:249,0,3290:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4316,482,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4068,450,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1554:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1663:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1175:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1355:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2854,314,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,13:14:10:.:.:334,10,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1548:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1393:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:4,83:87:99:.:.:2121,134,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1419:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1293:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1594:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,130:132:99:.:.:3461,331,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1442:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,90:97:65:.:.:2294,65,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1318:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1235:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1102:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:18,147:165:53:.:.:3510,0,53:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,32:111:99:.:.:509,0,2154:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1787:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1495:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1229:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1470:. 1|0:30,37:67:99:.:.:775,0,754:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:54,0:54:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1087:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1306:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1344:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1525:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:55,51:106:99:.:.:1104,0,1393:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1294:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:108,0:108:49:.:.:0,49,2836:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1167:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:71,32:103:99:.:.:586,0,1831:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1526:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1690:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1413:. 1|0:73,11:84:99:.:.:107,0,2358:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1307:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1330:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:104 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:.:.:.:.:100 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:.:.:120 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1444:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1544:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:177,43:220:99:.:.:758,0,5360:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:117 0|1:22,91:113:99:.:.:2571,0,440:. 0|0:129,0:129:.:.:.:.:109 0|0:33,0:33:60:.:.:0,60,900:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:101 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:96 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:99 0|0:95,0:95:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:129,0:129:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:.:.:.:.:101 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:165,0:165:.:.:.:.:120 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1747:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:118 0|1:80,80:160:99:.:.:2086,0,2377:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:51 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:120 0|0:105,0:105:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:109 0|0:107,0:107:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1629:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1789:. 0|0:92,0:92:.:.:.:.:120 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:96,0:96:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,36:62:99:.:.:936,0,761:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:120 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1414:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1538:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1711:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1157:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1599:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,118,1759:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:2,98:100:99:.:.:3145,228,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1623:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1444:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,22:22:66:.:.:671,66,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. Pf3D7_01_v3 410655 . C G 187602 PASS FS=0;MQ=60.12;QD=23.16;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T1544S;SNPEFF_CODON_CHANGE=aCc/aGc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PIP5K;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110600.1;SOR=0.655;VQSLOD=6.97;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=52.38;InbreedingCoeff=0.0567;NCC=0;BaseQRankSum=1.28;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.442;GQ_MEAN=251.63;GQ_STDDEV=421.33;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.183;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=6987857;AF=0.017;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=91;MLEAF=0.017;AN=858;AC=2 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1365:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,830:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:38,0:38:95:.:.:0,95,1039:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1297:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1163:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:21:.:.:0,21,331:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,197:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1043:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1459:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1319:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1207:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1616:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1405:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,587:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1300:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1699:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1019:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1562:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1276:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1004:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1267:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1292:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1068:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1449:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1074:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1317:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1220:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1435:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1346:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1170:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1570:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1541:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1484:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1554:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1663:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1175:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1355:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,167:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1548:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1393:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1293:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1594:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1442:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1318:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1235:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1102:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1414:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1495:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1470:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1247:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1306:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1265:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1525:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1294:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1297:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1167:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,703:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,764:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1119:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,691:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1526:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,673:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:1,161:162:99:.:.:5405,453,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1413:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1307:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1330:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:104 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:.:.:.:.:100 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:.:.:120 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1444:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1544:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:117 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:.:.:.:.:109 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:101 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:95,0:95:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:129,0:129:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:165,0:165:.:.:.:.:120 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1747:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:118 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:102 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:120 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:109 0|0:107,0:107:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1629:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1789:. 0|0:92,0:92:.:.:.:.:120 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:96,0:96:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:120 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1414:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1538:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1711:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1157:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,118,1759:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1623:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1444:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1123:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,790:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. Pf3D7_01_v3 411392 . A G 1.12505e+07 PASS FS=0;MQ=59.85;QD=32.03;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PIP5K;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110600.1;SOR=0.686;VQSLOD=7.74;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.29;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.987;GC=9.52;GQ_MEAN=663.69;GQ_STDDEV=256.87;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9505;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.327;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=6478782;AF=0.955;AS_InbreedingCoeff=-0.0326;MLEAC=4833;MLEAF=0.959;AN=844;AC=785 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,107:107:99:.:.:3242,322,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3190,330,0 1|0:29,55:84:99:.:.:1289,0,667 1|1:0,85:85:99:.:.:2453,254,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2065,220,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3433,345,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1311 1|1:0,95:95:99:.:.:2781,285,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,109:109:99:.:.:3159,326,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1174,120,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1989,206,0 1|1:1,78:79:99:.:.:2275,205,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1767,144,0 1|1:0,29:29:87:.:.:865,87,0 1|1:0,24:24:71:.:.:679,71,0 1|1:0,20:20:60:.:.:603,60,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1024,102,0 1|1:0,26:26:77:.:.:761,77,0 1|1:0,32:32:96:.:.:920,96,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1787,183,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2190,225,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3004,321,0 1|1:0,22:22:66:.:.:629,66,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1090,114,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2278,251,0 1|1:0,14:14:42:.:.:423,42,0 1|1:0,12:12:36:.:.:350,36,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1339,138,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1027,112,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1574,171,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3268,340,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2125,221,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4379,473,0 1|1:1,54:55:99:.:.:1552,155,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3784,395,0 1|1:1,92:93:99:.:.:2523,268,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1118,125,0 0|1:5,40:45:20:.:.:980,0,20 1|1:0,51:51:99:.:.:1417,153,0 1|1:2,62:64:99:.:.:1685,129,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3201,341,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1622,173,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2957,315,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3346,364,0 1|1:0,103:103:99:.:.:2969,309,0 1|0:24,19:43:99:.:.:389,0,597 1|1:0,32:32:99:1|1:411392_A_G:1279,99,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1866,203,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1289,144,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2718,288,0 1|1:0,13:13:39:.:.:378,39,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2704,289,0 0|1:35,136:171:99:.:.:3442,0,562 1|1:0,79:79:99:.:.:2244,236,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2164,230,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1726,183,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1814,191,0 1|0:10,53:63:99:.:.:1267,0,110 1|1:0,65:65:99:.:.:1838,195,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4195,448,0 1|1:0,29:29:87:.:.:813,87,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2109,228,0 1|1:0,167:167:99:.:.:4777,501,0 1|1:0,28:28:84:.:.:784,84,0 1|0:17,59:76:99:.:.:1446,0,266 1|1:0,63:63:99:.:.:1742,188,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1947,206,0 1|1:0,16:16:48:.:.:453,48,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1927,203,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1284,146,0 1|1:0,33:33:99:.:.:921,99,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2115,225,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1188,129,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2803,294,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1065,111,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2251,243,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2427,261,0 1|1:0,35:35:99:.:.:907,104,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1380,149,0 1|1:0,31:31:92:.:.:834,92,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1130,120,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1151,120,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1627,171,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1227,135,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1079,114,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1952,213,0 0|1:6,38:44:25:.:.:950,0,25 1|1:0,128:128:99:.:.:3404,382,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3023,321,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1288,135,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3766,403,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3207,333,0 1|1:3,67:70:99:.:.:1791,120,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2552,275,0 1|1:0,23:23:69:.:.:632,69,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1696,186,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2276,251,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2545,276,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2845,314,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4268,461,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2371,261,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2684,291,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3266,351,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2575,278,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5209,553,0 1|1:1,85:86:99:.:.:2336,229,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4494,485,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2921,315,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2585,282,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4266,470,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3083,330,0 1|1:0,171:171:99:.:.:4695,512,0 1|1:0,198:198:99:.:.:5426,592,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1711,183,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,106,1800 1|1:0,115:115:99:.:.:3192,345,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3366,365,0 1|1:2,89:91:99:.:.:2413,212,0 1|1:0,173:173:99:.:.:4710,516,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1621,171,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4314,462,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3201,339,0 1|1:1,89:90:99:.:.:2363,260,0 1|1:0,104:104:99:.:.:2860,312,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2332,263,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1905,206,0 1|1:0,107:107:99:.:.:2932,321,0 1|1:0,73:73:99:.:.:1958,218,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2616,296,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2216,237,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1980,213,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1637,183,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2523,273,0 1|1:0,167:167:99:.:.:4577,500,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2095,238,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3442,386,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2273,240,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2281,249,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2293,252,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2503,273,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2915,315,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,77:77:99:.:.:2091,231,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1880,201,0 1|1:1,113:114:99:.:.:3122,314,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3050,323,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1931,210,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1734,189,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1337,141,0 1|1:1,45:46:99:.:.:1203,127,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3269,369,0 1|1:0,29:29:87:.:.:786,87,0 1|1:1,82:83:99:.:.:2284,218,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2009,225,0 1|1:0,37:37:99:.:.:987,111,0 1|1:0,144:144:99:.:.:3935,432,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1580,168,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3106,335,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2610,276,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1817,198,0 1|1:1,90:91:99:.:.:2404,239,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2093,230,0 1|1:7,129:136:99:.:.:3387,188,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2768,302,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3289,356,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3409,364,0 1|1:0,5:5:15:.:.:147,15,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1628,177,0 1|1:1,112:113:99:.:.:3166,307,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1742,186,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1611,171,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2026,216,0 1|1:0,109:109:99:.:.:2984,325,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3110,335,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2489,270,0 1|1:7,95:102:88:.:.:2367,88,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1997,210,0 1|1:3,73:76:99:.:.:1998,148,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1369,144,0 1|1:0,86:88:99:.:.:2417,258,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2336,246,0 1|0:13,117:130:14:.:.:2938,0,14 1|1:0,71:71:99:.:.:1983,213,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2147,227,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2008,216,0 1|1:0,145:145:99:.:.:3995,434,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3331,356,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2694,294,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3320,357,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4282,456,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1968,212,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2701,294,0 1|1:0,143:143:99:.:.:3857,429,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1993,213,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1602,171,0 1|1:0,72:72:99:.:.:1916,215,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1549,171,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4080,450,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2101,236,0 1|1:0,144:144:99:.:.:3898,430,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2592,281,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2420,263,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1941,213,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1268,138,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2391,263,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1442,156,0 1|0:9,74:83:32:.:.:1732,0,32 1|1:0,86:86:99:.:.:2316,257,0 1|1:0,106:106:99:.:.:2913,317,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1688,180,0 1|1:0,142:142:99:.:.:3950,425,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3394,376,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2607,281,0 1|1:2,52:54:99:.:.:1405,99,0 1|1:1,138:139:99:.:.:3713,391,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1824,198,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1759,192,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1255,134,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1022,110,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2334,249,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1220,132,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1738,192,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1466,164,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1753,186,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1419,155,0 1|0:10,64:74:85:.:.:1540,0,85 1|1:0,154:154:99:.:.:4348,462,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1800,192,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2218,237,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1061,116,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3139,336,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1208,131,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3318,348,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:.:.:1592,177,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1598,172,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4529,483,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1857,198,0 1|0:1,7:8:7:.:.:174,0,7 1|1:0,101:101:99:.:.:2779,302,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2757,293,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2745,296,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1910,204,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3373,352,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1703,183,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5026,532,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1545,162,0 1|1:0,17:17:51:.:.:495,51,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1455,153,0 1|1:1,262:263:99:.:.:7476,779,0 1|0:54,22:76:99:.:.:356,0,1332 1|1:0,147:147:99:.:.:4125,441,0 1|1:0,14:14:42:.:.:384,42,0 1|1:0,20:20:60:.:.:565,60,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3074,344,0 1|1:0,104:104:99:.:.:2917,311,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1597,168,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2288,246,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2220,234,0 1|1:1,10:11:3:.:.:240,3,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1265,132,0 1|1:0,33:33:99:.:.:909,99,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2589,275,0 1|1:0,23:23:69:.:.:672,69,0 1|1:2,32:34:53:.:.:1056,53,0 1|1:0,25:25:75:.:.:857,75,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675 1|1:0,46:46:99:.:.:1568,138,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1483,126,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,28:28:84:.:.:923,84,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1140,105,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1166,105,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1365,123,0 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,136 1|1:0,30:30:90:.:.:1008,90,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1621,153,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1377,125,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1084,96,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1657,144,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1895,177,0 1|1:0,21:21:63:.:.:738,63,0 1|1:0,30:30:90:.:.:1009,90,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1775,159,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1220,111,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1101,96,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1622,144,0 0|1:15,25:40:99:.:.:766,0,417 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720 1|1:0,53:53:99:.:.:1702,159,0 1|1:0,3:3:9:.:.:107,9,0 1|1:0,29:29:87:.:.:955,87,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1193,102,0 1|1:0,23:23:69:.:.:773,69,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1098,99,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1134,102,0 1|1:0,20:20:60:.:.:667,60,0 1|1:0,23:23:69:.:.:747,69,0 1|1:3,38:41:13:.:.:1212,13,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1687,147,0 1|1:0,95:95:99:.:.:3142,285,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4946,439,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4584,415,0 1|1:0,9:9:27:.:.:307,27,0 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,128 1|1:0,9:9:27:.:.:258,27,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1489,144,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3272,309,0 1|1:0,121:121:99:1|1:411327_G_A:4576,379,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1676,161,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2285,213,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3507,332,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3608,342,0 1|1:0,18:18:53:.:.:544,53,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4516,429,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1660,160,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2476,234,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1786,165,0 1|1:0,13:13:39:.:.:439,39,0 1|1:0,32:32:96:.:.:976,96,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4096,387,0 1|1:1,125:126:99:.:.:3955,368,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3233,301,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4307,419,0 0|1:10,91:101:9:.:.:2524,0,9 1|1:0,115:115:99:.:.:3680,345,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3889,363,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3734,360,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2929,276,0 1|1:0,10:10:30:.:.:321,30,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1451,129,0 1|1:0,22:22:65:.:.:664,65,0 1|1:1,13:14:12:.:.:403,12,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2897,262,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2596,243,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1800 1|1:0,145:145:99:.:.:4617,435,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3585,336,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3724,356,0 1|0:55,40:95:99:.:.:989,0,1473 0|1:2,12:14:28:.:.:353,0,28 1|1:0,99:99:99:.:.:3284,297,0 1|1:0,95:95:99:.:.:3104,285,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3105,299,0 1|1:0,2:2:6:.:.:63,6,0 1|0:19,117:136:99:.:.:3300,0,254 1|1:0,3:3:9:.:.:99,9,0 1|1:2,99:101:99:.:.:3030,253,0 1|1:0,5:5:15:.:.:137,15,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2396,231,0 1|1:0,29:29:86:.:.:932,86,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3196,300,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2928,282,0 0|1:17,73:90:99:.:.:2003,0,292 1|1:0,98:98:99:.:.:3063,294,0 1|1:0,9:9:27:.:.:307,27,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3862,375,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1825,177,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2969,282,0 1|1:0,6:6:18:.:.:202,18,0 1|0:17,69:86:99:.:.:1830,0,312 1|1:0,17:17:50:.:.:493,50,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2523,240,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2299,213,0 1|1:0,16:16:46:.:.:438,46,0 1|1:3,43:46:29:.:.:1301,29,0 1|0:14,86:100:99:.:.:2242,0,124 1|0:75,14:89:99:.:.:181,0,2157 1|1:0,14:14:41:.:.:413,41,0 1|1:3,47:50:64:.:.:1344,64,0 0|1:6,13:19:99:.:.:348,0,148 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,118:118:99:.:.:3771,355,0 1|0:16,20:36:99:.:.:511,0,426 1|1:0,123:123:99:.:.:3694,368,0 1|1:0,6:6:18:.:.:194,18,0 0|1:17,71:88:99:.:.:2021,0,247 1|1:0,3:3:9:.:.:105,9,0 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170 0|1:14,17:31:99:.:.:422,0,364 1|1:0,36:36:99:.:.:1121,108,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1233,117,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1234,120,0 1|1:0,25:25:75:.:.:819,75,0 1|1:1,47:48:99:.:.:1467,110,0 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,903 1|1:0,51:51:99:.:.:1581,153,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2018,192,0 1|1:0,12:12:36:.:.:386,36,0 1|1:0,13:13:39:.:.:426,39,0 1|1:0,25:25:75:.:.:815,75,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1443,141,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1940,183,0 1|1:0,30:30:90:.:.:946,90,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2290,216,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1576,146,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2140,198,0 1|1:0,16:16:48:.:.:526,48,0 1|1:0,28:28:84:.:.:848,84,0 1|1:0,18:18:54:.:.:605,54,0 1|1:0,11:11:33:.:.:345,33,0 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315 1|1:0,62:62:99:.:.:2002,186,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2195,213,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2740,264,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1329,129,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1364,129,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1226,111,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1470,141,0 1|1:0,29:29:87:.:.:912,87,0 0|1:4,22:26:66:.:.:598,0,66 1|1:0,35:35:99:.:.:1102,105,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1029,105,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1359,120,0 0|1:67,80:147:99:.:.:2136,0,1827 1|1:0,27:27:81:.:.:885,81,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3930,378,0 1|1:1,263:264:99:.:.:8289,782,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1406,138,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1815,171,0 1|1:0,25:25:75:.:.:762,75,0 1|1:0,8:8:24:.:.:240,24,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2519,246,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1236,114,0 Pf3D7_01_v3 412344 . T G 385547 PASS FS=0.543;MQ=62.08;QD=24.54;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.737;VQSLOD=4.34;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.48;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=0.997;GC=19.05;GQ_MEAN=149.32;GQ_STDDEV=251.77;HRun=0;InbreedingCoeff=0.3925;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.37;culprit=FS;set=snp;DP=8880454;AF=0.018;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=91;MLEAF=0.017;AN=856;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1516:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1610:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1223,132,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,634:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1723:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1211:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1465:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1348:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1549:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1679:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1412:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1310:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:62:.:.:0,62,694:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1607:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1164:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1633:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1330:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1547:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1359:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1602:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1730:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,113,1710:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,10:110:46:.:.:0,46,2829:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1430:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1544:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1282:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1738:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1590:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1530:. 0|1:73,86:159:99:.:.:1876,0,1888:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1684:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1452:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1574:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1276:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1420:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1154:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1233:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1730:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1322:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,223:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1338:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1536:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,690:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1040:. 0|1:131,18:149:83:.:.:83,0,3334:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1394:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1140:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,981:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1743:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1243:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1660:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1502:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1569:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,628:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1505:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1745:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,512:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1520:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1737:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1779:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,936:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,844:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,137:148:21:.:.:3893,21,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1519:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1504:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,905:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,849:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,430:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1288:. 0|0:19,0:19:39:.:.:0,39,585:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:1|1:412321_T_TAAC:4431,328,0:. Pf3D7_01_v3 414374 . G C 492529 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=19.48;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q243E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Caa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110700;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110700.1;SOR=0.717;VQSLOD=5.37;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=129.95;GQ_STDDEV=126.38;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4464;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.431;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7894342;AF=0.012;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=64;MLEAF=0.012;AN=858;AC=21 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1356:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1387:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1151:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1097:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,550:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1074:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1256:. 0|1:53,23:76:99:.:.:410,0,1318:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1345:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1439:. 0|0:19,0:19:32:.:.:0,32,494:. 0|0:13,0:13:21:.:.:0,21,316:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1292:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1510:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,19:65:99:.:.:321,0,1061:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1576:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1012:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1104:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1063:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1395:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1381:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1358:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,50:90:99:.:.:1098,0,859:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1426:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1674:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1577:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,952:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1132:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1234:. 0|1:89,17:106:99:1|0:414361_T_A:167,0,2366:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1229:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,978:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1232:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1100:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1191:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1368:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1380:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,984:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1420:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,118,988:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1070:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1244:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1303:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1249:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1741:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1638:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1130:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1722:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1468:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1651:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1653:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1497:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1713:. 0|1:100,121:221:99:.:.:2698,0,2044:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1416:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1631:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1248:. 1|1:1,163:164:99:.:.:4389,464,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1541:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1565:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2201:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1342:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1321:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1788:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,101:117:73:.:.:2467,0,73:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,949:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1466:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1403:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1748:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1551:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1311:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,116,1100:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1545:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1213:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,107,1563:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1283:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1241:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1775:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1438:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1574:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1084:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1718:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1210:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1682:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1264:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1092:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1766:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1367:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1220:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:16,49:65:99:.:.:1157,0,252:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1434:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,992:. 0|0:69,0:69:50:.:.:0,50,1556:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1134:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,998:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1234:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1036:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1385:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1725:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,284:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1719:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1728:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1306:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1275:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1402:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1075:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,26:98:99:.:.:430,0,1770:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1131:. 1|0:99,18:117:99:.:.:167,0,2412:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1676:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,633:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1720:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1344:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1522:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,953:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1705:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1646:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1410:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1440:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1387:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1105:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1892,168,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1362:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1758:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1448:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1341:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,788:789:99:.:.:26870,2335,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1206:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1370:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1757:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1761:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1424:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1036:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1271:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1785:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1352:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1545:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1716:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1323:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1469:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1518:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1107:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,444:449:99:.:.:13983,1204,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1391:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1112:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,270:270:99:.:.:9081,812,0:. 1|1:0,199:199:99:.:.:6713,598,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1127:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1503:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1135:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1323:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,899:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1773:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1368:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1315:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1796:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1800:. Pf3D7_01_v3 414870 . G A 3.36574e+06 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=23.02;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D77;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaC/gaT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110700;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110700.1;SOR=0.686;VQSLOD=6.2;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.988;GC=33.33;GQ_MEAN=191;GQ_STDDEV=142.93;HRun=3;InbreedingCoeff=0.8093;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.404;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9791465;AF=0.119;AS_InbreedingCoeff=0.6417;MLEAC=620;MLEAF=0.118;AN=856;AC=164 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1199:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:31,50:81:99:.:.:1340,0,642:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1374:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1338:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1686:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1197:. 0|0:46,0:46:72:.:.:0,72,1191:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1150:. 1|0:22,44:66:99:.:.:1227,0,427:. 0|1:37,18:55:99:.:.:401,0,855:. 0|1:7,19:26:99:.:.:509,0,128:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:15,0:15:14:.:.:0,14,366:. 1|1:3,40:43:42:.:.:1160,42,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1177:. 1|1:0,219:219:99:.:.:6679,656,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1481,151,0:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1439:. 1|1:1,15:16:19:.:.:444,19,0:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1488:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1231:. 1|0:58,54:112:99:.:.:1340,0,1206:. 1|0:24,83:107:99:.:.:2293,0,316:. 0|0:46,0:46:86:.:.:0,86,1138:. 1|0:231,94:325:99:.:.:1957,0,5202:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,21:64:99:.:.:449,0,956:. 0|0:64,0:64:98:.:.:0,98,1539:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1346:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1395:. 0|1:81,39:120:99:.:.:844,0,1852:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2196,216,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7254,723,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:34,54:88:99:.:.:1333,0,662:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,924:. 1|0:95,19:114:99:.:.:211,0,2242:. 1|0:47,22:69:99:.:.:467,0,1064:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,13:25:99:.:.:317,0,261:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1674:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3560,349,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1132:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1565:. 0|1:68,73:141:99:.:.:1756,0,1390:. 0|1:43,79:122:99:.:.:2048,0,810:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,992:. 0|1:75,20:95:99:.:.:310,0,1721:. 0|1:99,26:125:99:.:.:433,0,2314:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1369:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1365,138,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1351:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1115:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1126:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4147,418,0:. 1|0:54,43:97:99:.:.:1047,0,1187:. 0|1:13,81:94:83:.:.:2201,0,83:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1149:. 0|1:155,65:220:99:.:.:1300,0,3507:. 0|1:59,15:74:99:.:.:218,0,1399:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,22:64:99:.:.:482,0,924:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1148:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1146:. 0|1:81,15:96:99:.:.:175,0,1893:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1267:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1239:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,90:104:60:.:.:2454,0,60:. 1|0:28,112:140:99:.:.:3001,0,361:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,88:98:32:.:.:2365,32,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1638:. 0|1:53,12:65:99:.:.:184,0,1200:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:50,186:236:99:.:.:4888,0,587:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,80:93:90:.:.:2070,0,90:. 1|1:9,124:133:99:.:.:3432,147,0:. 0|1:83,46:129:99:.:.:941,0,1820:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1653:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:97:.:.:0,97,3223:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1497:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:3,222:225:99:.:.:6617,597,0:. 0|1:101,25:126:99:0|1:414863_G_T:520,0,2316:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,55:124:99:.:.:1316,0,1509:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,106,1691:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:.:.:4916,486,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1631:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,56:164:99:.:.:1165,0,2310:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:115,40:155:99:.:.:743,0,2656:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1789:. 1|0:93,15:108:99:0|1:414819_T_A:332,0,5990:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1342:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:.:.:4862,487,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6677,663,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1321:. 0|1:120,23:143:99:.:.:286,0,2870:. 0|1:175,31:206:99:.:.:344,0,4130:. 1|1:1,207:208:99:.:.:6335,614,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1527:. 1|1:7,98:105:99:.:.:2828,152,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1269:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1466:. 1|1:1,204:205:99:.:.:6035,588,0:. 1|1:3,102:105:99:.:.:2986,232,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,121:130:99:.:.:3421,127,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:21:.:.:222,21,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2906,285,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2159,210,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,59:127:99:.:.:1390,0,1495:. 1|0:97,46:143:99:.:.:956,0,2197:. 1|1:4,95:99:99:.:.:2801,183,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3660,361,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,104,1589:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1135:. 1|0:34,59:93:99:.:.:1555,0,662:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,137:152:39:.:.:3763,39,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1574:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:140,0:140:61:.:.:0,61,3113:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:.:.:6940,681,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,70:82:80:.:.:1914,0,80:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1757:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1438:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1637:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3314,333,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1718:. 1|0:114,15:129:65:.:.:65,0,2557:. 1|0:19,88:107:99:.:.:2316,0,207:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1682:. 0|1:59,21:80:99:.:.:418,0,1307:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2526,252,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2845,277,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2762,254,0:. 0|1:55,21:76:99:.:.:430,0,1264:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1347:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,975:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1058:. 0|0:106,0:106:34:.:.:0,34,2356:. 1|0:20,29:49:99:.:.:753,0,390:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1219:. 1|0:51,7:58:41:.:.:41,0,1164:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1134:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,31:113:99:.:.:570,0,1815:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1437:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4418,444,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:95,0:95:63:.:.:0,63,2225:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1567:. 1|0:2,7:9:27:.:.:186,0,27:. 0|1:138,28:166:99:.:.:369,0,3216:. 1|0:74,55:129:99:.:.:1299,0,1665:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1728:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1672:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1781:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:44,15:59:99:.:.:295,0,1040:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1012:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,457:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1005:. 0|0:154,0:154:37:.:.:0,37,3338:. 1|0:42,42:84:99:.:.:1046,0,859:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1313:. 1|0:48,30:78:99:.:.:688,0,1082:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1671:. 1|0:5,3:8:71:.:.:71,0,117:. 1|0:31,35:66:99:.:.:859,0,634:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1228:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,174:174:99:.:.:6234,523,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1522:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,26:26:78:.:.:947,78,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:2,216:218:99:.:.:7715,587,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1646:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4411,375,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1440:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1563:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,954:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1362:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,132:141:99:.:.:4464,110,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1448:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1341:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,662:662:99:.:.:23759,1991,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1206:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1296,108,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1370:. 0|0:88,0:88:30:.:.:0,30,2441:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1761:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1424:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:163,35:198:99:.:.:612,0,4620:. 1|1:1,180:181:99:.:.:6243,510,0:. 1|1:3,272:275:99:.:.:9015,725,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1785:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:180,185:365:99:.:.:4832,0,4246:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1545:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:72,0:72:37:.:.:0,37,1831:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:88:.:.:0,88,7070:. 1|1:9,210:219:99:.:.:6726,346,0:. 1|0:44,84:128:99:.:.:2484,0,883:. 0|1:143,106:249:99:.:.:2735,0,3848:. 1|0:23,82:105:99:.:.:2521,0,443:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:7,31:38:99:.:.:865,0,105:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1518:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:19,357:376:99:.:.:10581,546,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1107:. 1|1:1,427:428:99:.:.:14423,1249,0:. 1|1:2,296:298:99:.:.:9566,818,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1712:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1187:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1946,173,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1503:. 1|1:2,216:218:99:.:.:7355,588,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1584:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:2037,177,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1778:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1737:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1343:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1054,90,0:. 1|1:2,215:217:99:.:.:7337,583,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1368:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1315:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1442:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,53:178:99:.:.:1328,0,3614:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5900,504,0:. Pf3D7_01_v3 415520 . T A 168862 PASS FS=0;MQ=60.46;QD=23.05;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.669;VQSLOD=5.37;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.48;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=0;GQ_MEAN=113.95;GQ_STDDEV=55.94;HRun=3;InbreedingCoeff=-0.0087;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.32;culprit=FS;set=snp;DP=4100313;AF=0.017;AS_InbreedingCoeff=-0.0087;MLEAC=84;MLEAF=0.016;AN=842;AC=24 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:35,0:35:93:0,93,1135:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1628:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1112:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1665:. 0|0:31,0:31:72:0,72,1080:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1400:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 1|0:26,17:43:99:431,0,680:. 0|0:50,0:50:95:0,95,1472:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1322:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1068:. 1|0:15,7:22:99:165,0,412:. 0|0:21,0:21:60:0,60,692:. 0|0:7,0:7:21:0,21,222:. 0|0:22,0:22:40:0,40,619:. 0|0:22,0:22:60:0,60,728:. 0|0:27,0:27:70:0,70,814:. 1|0:46,9:55:99:116,0,1278:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1470:. 0|0:47,0:47:99:0,118,1282:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1021:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:8,0:8:24:0,24,248:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1338:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1274:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1195:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1130:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:91:0,91,1443:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1126:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1231:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:0,102,962:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1559:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1070:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1360:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1217:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1322:. 0|0:33,0:33:67:0,67,901:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1117:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1414:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,116,1645:. 0|0:36,0:36:99:0,100,974:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1029:. 0|0:38,0:38:99:0,103,1069:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1021:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:0,109,1056:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,568:. 0|0:44,0:44:99:0,107,1225:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1248:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1090:. 0|0:34,0:34:99:0,99,896:. 0|0:38,0:38:83:0,83,1129:. 0|0:50,0:50:99:0,119,1442:. 0|0:31,0:31:72:0,72,1080:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:56,0:56:99:0,105,1567:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1078:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1132:. 0|0:27,0:27:51:0,51,765:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1083:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1100:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1123:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1063:. 0|0:32,0:32:84:0,84,1260:. 0|0:77,0:77:99:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1167:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1372:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1088:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1349:. 0|0:28,0:28:60:0,60,900:. 0|0:50,0:50:99:0,116,1284:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1358:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1141:. 0|1:12,67:79:90:1827,0,90:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:0,112,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,113,1279:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:0,118,1717:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,920:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|1:62,42:104:99:970,0,1526:. 0|0:67,0:67:99:0,106,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1425:. 0|0:108,0:108:99:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1145:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,117,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1113:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1173:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1131:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1111:. 0|0:35,0:35:99:0,99,960:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1647:. 0|0:38,0:38:99:0,107,1107:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1126:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1246:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,119,1603:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,118,1434:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1084:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1115:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1077:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1125:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1159:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:29,0:29:57:0,57,855:. 0|0:34,0:34:99:0,99,913:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1177:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 1|0:23,12:35:99:245,0,548:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,112,1773:. 1|1:0,119:119:99:3668,358,0:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1088:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1232:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,103,1800:. 1|1:9,105:114:77:2876,77,0:. 0|0:2,0:2:6:0,6,58:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1045:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1317:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:0,110,1163:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1159:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|1:29,54:83:99:1407,0,597:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,104,1009:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1264:. 0|0:70,0:70:99:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,116,1684:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:0,115,1391:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1302:. 0|0:38,0:38:93:0,93,1395:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:93:0,93,1395:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1175:. 0|0:52,0:52:99:0,106,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1196:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1254:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1059:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1145:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1392:. 0|0:52,0:52:99:0,112,1421:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1332:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1093:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1173:. 0|0:34,0:34:99:0,99,955:. 0|0:34,0:34:99:0,99,988:. 0|0:35,0:35:99:0,105,960:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:. 0|0:29,0:29:78:0,78,1170:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:0,111,965:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1174:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1141:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1231:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1136:. 0|0:31,0:31:72:0,72,1080:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1408:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1110:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:96,0:96:99:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1388:. 0|0:39,0:39:81:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1211:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1313:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1253:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1058:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,107,1027:. 0|0:74,0:74:99:0,115,1800:. 1|0:48,33:81:99:726,0,1193:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 1|1:0,16:16:48:504,48,0:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1007:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 1|1:9,133:142:99:3806,159,0:. 0|0:11,0:11:33:0,33,320:. 0|0:23,0:23:45:0,45,675:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:1276,126,0:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1414:. 0|0:50,0:50:99:0,110,1431:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1138:. 0|0:25,0:25:72:0,72,752:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1620:. 0|0:15,0:15:45:0,45,442:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:20,0:20:51:0,51,765:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1363:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1308:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1399:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1216:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,107,1369:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1458:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1124:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:29,0:29:78:0,78,1170:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1106:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1044:. 0|0:8,0:8:18:0,18,270:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1482:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1211:. 0|0:41,0:41:81:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1240:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1276:. 0|0:28,0:28:60:0,60,900:. 0|0:18,0:18:36:0,36,540:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1093:. 0|0:7,0:7:21:0,21,251:. 0|0:16,0:16:48:0,48,578:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1145:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1376:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1133:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1062:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 1|1:0,40:40:99:1440,120,0:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1093:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1182:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1536:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,102,1530:. 0|0:4,0:4:6:0,6,90:. 0|0:4,0:4:3:0,3,45:. 0|0:1,0:1:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1455:. 1|1:0,130:130:99:4263,391,0:. 1|1:1,125:126:99:4101,341,0:. 0|0:12,0:12:.:.:33 0|0:49,0:49:99:0,101,1622:. 0|0:61,0:61:99:0,116,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:45 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:50 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:0,110,1159:. 0|0:10,0:10:.:.:27 0|0:31,0:31:66:0,66,990:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1225:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,111,1668:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,119,1677:. 0|0:31,0:31:.:.:84 0|0:45,0:45:99:0,116,1578:. 0|0:25,0:25:.:.:45 0|0:18,0:18:42:0,42,630:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1768:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:10,0:10:.:.:30 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1701:. 0|0:40,0:40:99:0,114,1710:. 0|0:7,0:7:.:.:21 0|0:48,0:48:99:0,110,1649:. 0|0:1,0:1:.:.:3 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:.:.:45 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:.:.:63 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:.:.:101 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,109,1699:. 0|0:9,0:9:.:.:27 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1127:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1615:. 0|0:1,0:1:.:.:3 0|0:73,0:73:99:0,114,1800:. 0|0:14,0:14:.:.:19 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:10,0:10:.:.:30 0|0:33,0:33:99:0,99,1101:. 0|0:63,0:63:99:0,101,1760:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1193:. 0|0:12,0:12:.:.:33 0|0:33,0:33:99:0,99,1079:. 0|0:6,0:6:.:.:18 0|0:36,0:36:99:0,99,1326:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:21 0|0:40,0:40:99:0,99,1444:. 0|0:8,0:8:.:.:24 0|0:39,0:39:99:0,102,1404:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1054:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1370:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:72:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1107:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1269:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1289:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1160:. 0|0:20,0:20:51:0,51,765:. 0|0:15,0:15:45:0,45,497:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1111:. 0|0:38,0:38:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1317:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1302:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1097:. 0|0:10,0:10:30:0,30,364:. 0|0:39,0:39:90:0,90,1350:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:5,0:5:15:0,15,175:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1106:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1287:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1111:. 0|0:2,0:2:6:0,6,69:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1103:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1099:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1013:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1185:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1217:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:0,100,1088:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1090:. 0|0:23,0:23:60:0,60,825:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:0,84,1260:. 0|0:62,0:62:99:0,117,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,100,1140:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:5,0:5:12:0,12,180:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 415694 . T A 7.9827e+06 PASS FS=0;MQ=59.94;QD=32.11;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.741;VQSLOD=6.76;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=0.959;GC=0;GQ_MEAN=198.62;GQ_STDDEV=102.66;HRun=7;InbreedingCoeff=-0;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.66;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=4517930;AF=0.973;AS_InbreedingCoeff=-0;MLEAC=4780;MLEAF=0.975;AN=822;AC=789 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:2,41:43:86:1|1:415693_AT_A:951,86,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2021,198,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1584,150,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1668,157,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2132,201,0 1|1:2,38:40:78:1|1:415693_AT_A:893,78,0 1|1:0,31:31:93:.:.:981,93,0 1|1:4,58:62:98:1|1:415693_AT_A:1338,98,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1680,159,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2011,192,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1614,153,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1855,186,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1997,192,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1087,105,0 1|1:0,16:16:48:.:.:505,48,0 1|1:0,31:31:93:.:.:976,93,0 1|1:0,9:9:27:.:.:290,27,0 1|1:0,18:18:54:.:.:546,54,0 1|1:0,9:9:27:.:.:269,27,0 1|1:0,27:27:81:.:.:813,81,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2049,195,0 1|1:0,52:52:99:1|1:415694_T_A:2142,162,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2689,270,0 1|1:0,15:15:45:.:.:456,45,0 1|1:0,26:26:78:.:.:764,78,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1271,135,0 1|1:0,21:21:63:.:.:615,63,0 1|1:0,11:11:33:.:.:332,33,0 1|1:2,36:38:71:1|1:415693_AT_A:846,71,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1683,165,0 0|1:20,13:33:99:.:.:241,0,492 1|1:0,89:89:99:.:.:2691,267,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1743,156,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3571,359,0 1|1:4,45:49:85:1|1:415693_AT_A:1040,85,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3941,387,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1684,176,0 1|1:0,31:31:93:.:.:913,93,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1070,113,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1341,135,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1385,138,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2115,219,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1193,125,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1740,177,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2657,267,0 1|1:3,72:75:99:.:.:1750,161,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1371,141,0 1|1:0,17:17:51:.:.:507,51,0 0|1:36,10:46:99:.:.:136,0,966 1|1:0,45:45:99:.:.:1309,135,0 1|1:0,49:49:99:1|1:415694_T_A:2076,150,0 1|1:0,28:28:84:.:.:780,84,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2404,245,0 0|1:28,119:147:99:.:.:3185,0,431 1|1:2,76:78:99:.:.:1714,188,0 1|1:6,53:59:12:.:.:1368,12,0 1|1:0,38:38:99:1|1:415694_T_A:1460,118,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1526,158,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1139,114,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1134,114,0 1|0:48,53:101:99:.:.:1237,0,1116 1|1:0,24:24:72:.:.:726,72,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1563,159,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2422,241,0 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720 1|1:0,76:76:99:.:.:2282,227,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1475,150,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1750,182,0 1|1:0,28:28:84:.:.:818,84,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1912,194,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1166,123,0 1|1:0,27:27:80:.:.:762,80,0 1|1:2,45:47:97:1|1:415693_AT_A:1020,97,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1011,105,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1805,188,0 1|1:0,32:32:96:.:.:932,96,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1839,186,0 1|1:4,81:85:99:.:.:1788,178,0 1|1:0,29:29:86:1|1:415686_T_TA:841,86,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1049,107,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1060,107,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1087,111,0 1|1:0,28:28:84:.:.:822,84,0 1|1:0,25:25:75:.:.:747,75,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1221,123,0 1|1:0,29:29:87:.:.:865,87,0 1|1:0,30:30:90:.:.:882,90,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1105,110,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2047,213,0 1|1:1,77:78:99:.:.:1745,210,0 1|1:0,33:33:99:.:.:986,99,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4081,409,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2493,258,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1595,165,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1992,205,0 1|1:0,28:28:84:.:.:856,84,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1061,108,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1413,144,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2037,208,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2216,222,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4618,474,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1141 1|1:0,73:73:99:.:.:2118,219,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3351,352,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2938,297,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4626,467,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1193,120,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4416,457,0 1|1:2,78:80:99:.:.:1868,196,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1606,170,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4360,447,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2066,210,0 1|1:2,102:104:99:.:.:2775,265,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5605,564,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1405,144,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4144,431,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2346,243,0 1|1:3,92:95:99:.:.:2132,220,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1610,170,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4520,453,0 1|1:0,23:23:69:.:.:695,69,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3998,404,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2591,258,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1232,128,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2499,249,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1755,178,0 1|1:2,61:63:99:.:.:1409,145,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1617,165,0 1|1:0,34:34:99:.:.:936,101,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1503,158,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1593,162,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2032,211,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1129,117,0 1|0:49,16:65:99:.:.:263,0,1283 1|1:0,100:100:99:.:.:2957,300,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1823,192,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3082,318,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1693,176,0 1|0:49,18:67:99:.:.:306,0,1276 1|0:28,20:48:99:.:.:445,0,690 1|1:0,63:63:99:.:.:1888,189,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2538,255,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1779,183,0 1|1:3,54:57:99:.:.:1229,118,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1069,108,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1727,174,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1945,198,0 1|1:2,47:49:99:1|1:415693_AT_A:1094,102,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1185,117,0 1|1:0,26:26:78:.:.:777,78,0 1|1:0,33:33:99:.:.:997,99,0 1|1:0,34:34:99:.:.:967,102,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2617,273,0 1|1:1,26:27:49:.:.:747,49,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1997,201,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1741,180,0 1|1:0,32:32:96:.:.:931,96,0 1|1:3,95:98:99:.:.:2265,218,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1644,174,0 1|1:1,90:91:99:.:.:2599,248,0 1|1:2,82:84:99:.:.:1839,210,0 1|1:2,52:54:99:1|1:415693_AT_A:1182,119,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2342,234,0 0|1:29,40:69:99:.:.:953,0,673 1|1:0,117:117:99:.:.:3506,351,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2853,294,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3683,373,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3238,332,0 1|1:0,8:8:24:.:.:231,24,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1925,193,0 1|1:3,125:128:99:.:.:2798,316,0 1|1:1,39:40:87:.:.:1119,87,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1454,150,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1412,147,0 0|1:40,47:87:99:.:.:1145,0,961 1|1:0,98:98:99:.:.:2854,294,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1621,162,0 1|1:1,97:98:99:.:.:2269,273,0 1|1:1,82:83:99:.:.:2422,218,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1770,174,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1548,158,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2644,267,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2032,204,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3362,345,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1766,180,0 1|1:3,70:73:99:.:.:1549,152,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1042,105,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2860,294,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2658,269,0 0|1:4,33:37:5:.:.:664,0,5 1|1:0,89:89:99:.:.:2608,267,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3832,378,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1635,165,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1647,168,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2800,295,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1802,186,0 1|1:0,30:30:90:.:.:872,90,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1379,141,0 1|1:0,25:25:73:.:.:684,73,0 1|1:1,99:100:99:.:.:2887,272,0 1|1:1,51:52:99:.:.:1178,134,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2007,204,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2142,222,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2808,282,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1771,180,0 1|1:0,26:26:78:.:.:785,78,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1447,150,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1008,99,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2203,222,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1754,183,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3026,309,0 1|0:43,6:49:22:.:.:22,0,1154 1|1:0,107:107:99:.:.:3177,320,0 1|1:2,103:105:99:.:.:2414,272,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1847,191,0 1|1:1,48:49:99:.:.:1450,137,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2349,240,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1716,171,0 1|1:0,27:27:81:.:.:830,81,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1049,105,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1116,114,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1856,189,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1003,102,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1141 1|1:0,42:42:99:.:.:1180,125,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1350,135,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1281,129,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1536,158,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3469,357,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1259,126,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2034,204,0 1|1:0,26:26:78:.:.:755,78,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2954,300,0 1|1:0,29:29:87:.:.:883,87,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2585,263,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1536,161,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1056,105,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1093,111,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3587,363,0 1|1:2,40:42:81:1|1:415693_AT_A:905,81,0 1|1:0,2:2:6:.:.:63,6,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2838,288,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2196,219,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2416,251,0 1|1:0,56:56:99:1|1:415686_T_TA:1687,168,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2938,295,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1892,195,0 1|1:2,114:116:99:.:.:2567,310,0 1|1:0,30:30:89:.:.:889,89,0 1|1:0,17:17:51:.:.:494,51,0 0|0:57,0:57:9:.:.:0,9,1438 1|1:0,200:200:99:.:.:5951,596,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1723,180,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3399,348,0 1|1:0,17:17:51:.:.:514,51,0 1|1:0,28:28:84:.:.:844,84,0 1|1:1,72:73:99:.:.:2065,208,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2534,260,0 1|1:0,32:32:96:.:.:938,96,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2374,213,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2172,219,0 1|1:0,11:11:33:.:.:325,33,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1341,138,0 1|1:0,21:21:63:.:.:602,63,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2267,230,0 1|1:1,15:16:15:.:.:392,15,0 1|1:28,0:28:.:.:.:0,0,0 1|1:0,23:23:69:.:.:777,69,0 1|1:0,29:29:87:.:.:992,87,0 1|1:0,6:6:18:.:.:203,18,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1059,93,0 1|1:0,22:22:66:.:.:761,66,0 1|1:0,27:27:81:.:.:946,81,0 1|1:0,22:22:66:.:.:754,66,0 1|1:2,32:34:34:.:.:1045,34,0 1|1:0,27:27:81:.:.:935,81,0 1|1:0,21:21:63:.:.:694,63,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,13:13:39:.:.:450,39,0 1|1:0,27:27:81:.:.:891,81,0 1|1:0,24:24:72:.:.:821,72,0 1|1:0,27:27:81:.:.:933,81,0 1|1:0,25:25:75:.:.:884,75,0 1|1:0,25:25:75:.:.:846,75,0 1|1:0,8:8:24:.:.:275,24,0 1|1:0,21:21:63:.:.:707,63,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1182,105,0 1|1:0,29:29:87:.:.:1007,87,0 1|1:0,27:27:81:.:.:942,81,0 1|1:0,23:23:69:.:.:742,69,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1074,96,0 1|1:0,11:11:33:.:.:381,33,0 1|1:0,19:19:57:.:.:657,57,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1669,153,0 1|1:0,4:4:12:.:.:143,12,0 1|1:0,21:21:63:.:.:743,63,0 1|1:0,22:22:66:.:.:761,66,0 0|1:3,13:16:42:1|0:415693_AT_A:329,0,42 1|1:0,23:23:69:.:.:795,69,0 1|1:0,30:30:90:.:.:1000,90,0 1|1:0,10:10:30:.:.:349,30,0 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540 1|1:0,24:24:72:.:.:769,72,0 1|1:0,29:29:87:.:.:995,87,0 1|1:1,44:45:99:.:.:1433,109,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2691,238,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2456,214,0 1|1:0,2:2:6:.:.:66,6,0 1|1:0,3:3:9:.:.:102,9,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,28:28:84:.:.:854,84,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2804,256,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2829,276,0 1|1:0,7:7:21:.:.:220,21,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1589,144,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3881,363,0 1|1:0,94:94:99:.:.:3052,282,0 1|1:0,5:5:15:.:.:172,15,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3444,318,0 1|1:0,19:19:57:.:.:609,57,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1709,156,0 1|1:0,27:27:81:.:.:851,81,0 1|1:0,8:8:24:.:.:270,24,0 1|1:0,20:20:60:.:.:645,60,0 1|1:2,85:87:99:.:.:2342,201,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2570,243,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1991,177,0 1|1:1,87:88:99:.:.:2841,255,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2061,189,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2800,253,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3642,338,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2420,228,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2185,204,0 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,199 1|1:0,29:29:87:.:.:956,87,0 1|1:0,10:10:30:.:.:336,30,0 1|1:0,16:16:48:.:.:524,48,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2758,267,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2062,198,0 1|1:1,65:66:99:.:.:2040,174,0 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1577 1|1:0,83:83:99:.:.:2736,249,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2297,216,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2093,195,0 1|1:0,4:4:12:.:.:129,12,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2631,237,0 1|1:0,60:60:99:.:.:2000,180,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2132,198,0 1|1:0,3:3:9:.:.:105,9,0 1|1:0,93:93:99:.:.:3145,280,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2398,228,0 1|1:0,7:7:21:.:.:211,21,0 1|1:1,54:55:99:.:.:1776,155,0 1|1:0,9:9:27:.:.:310,27,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2993,282,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2694,249,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1944,174,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2083,192,0 1|1:0,5:5:15:.:.:154,15,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2739,255,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1382,132,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1977,183,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:3,76:79:99:.:.:2388,157,0 1|1:0,12:12:36:.:.:389,36,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2127,204,0 1|1:0,60:60:99:.:.:2005,180,0 1|1:0,4:4:12:.:.:138,12,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1222,111,0 1|1:1,79:80:99:.:.:2577,230,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1223,111,0 1|1:0,6:6:18:.:.:184,18,0 1|1:0,24:24:72:.:.:762,72,0 1|1:0,4:4:12:.:.:125,12,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3262,307,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2422,219,0 1|1:0,14:14:42:.:.:450,42,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1809,162,0 1|1:0,4:4:12:.:.:130,12,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1365,123,0 1|1:0,7:7:21:.:.:233,21,0 1|1:0,29:29:87:.:.:946,87,0 1|1:0,15:15:45:.:.:451,45,0 1|1:0,25:25:75:.:.:840,75,0 1|1:0,27:27:81:.:.:912,81,0 1|1:0,10:10:30:1|1:415670_T_C:357,30,0 1|1:0,17:17:51:.:.:581,51,0 1|1:0,21:21:63:.:.:686,63,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1030,93,0 1|1:0,16:16:48:.:.:507,48,0 1|1:0,19:19:57:.:.:657,57,0 1|1:0,9:9:27:.:.:292,27,0 1|1:0,3:3:9:.:.:108,9,0 0|0:20,0:20:25:.:.:0,25,605 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855 1|1:0,32:32:96:.:.:1034,96,0 1|1:0,14:14:42:.:.:446,42,0 0|0:34,0:34:66:.:.:0,66,990 1|1:0,23:23:69:.:.:750,69,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1235,114,0 1|1:0,10:10:30:.:.:359,30,0 1|1:0,13:13:39:.:.:438,39,0 1|1:0,17:17:51:.:.:506,51,0 1|1:0,6:6:18:.:.:185,18,0 1|1:0,2:2:6:.:.:73,6,0 1|1:0,27:27:81:.:.:903,81,0 1|1:0,24:24:72:.:.:789,72,0 1|1:0,30:30:90:.:.:942,90,0 1|1:0,3:3:9:.:.:107,9,0 1|1:0,30:30:90:.:.:1025,90,0 1|1:0,17:17:51:.:.:541,51,0 1|1:0,19:19:57:.:.:649,57,0 1|1:0,30:30:90:.:.:932,90,0 1|1:0,25:25:75:.:.:834,75,0 1|1:0,17:17:51:.:.:549,51,0 1|1:0,14:14:42:.:.:497,42,0 1|1:0,17:17:51:.:.:537,51,0 1|1:0,18:18:54:.:.:541,54,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2729,252,0 1|1:0,13:13:39:.:.:415,39,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1610,153,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4671,435,0 0|1:9,21:30:99:.:.:642,0,234 1|1:0,19:19:57:.:.:634,57,0 1|1:1,14:15:13:.:.:461,13,0 1|1:0,3:3:9:.:.:85,9,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1518,138,0 1|1:0,33:33:99:1|1:415685_T_C:1063,99,0 Pf3D7_01_v3 418468 . A G 485944 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=20.64;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K54;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaA/aaG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0110800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0110800.1;SOR=0.685;VQSLOD=5.46;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.057;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=130;GQ_STDDEV=90.91;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6578;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.191;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6229670;AF=0.021;AS_InbreedingCoeff=0.785;MLEAC=113;MLEAF=0.021;AN=858;AC=34 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:63,56:119:99:.:.:1300,0,1639:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,28:83:99:.:.:541,0,1469:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1766:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1207:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1361:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1018:. 1|1:0,36:36:99:.:.:942,107,0:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1114:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1331:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1163:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1296:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1541:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1218:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1303:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,931:. 1|0:55,16:71:99:.:.:235,0,1394:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1128:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1456:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1140:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1316:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1287:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1099:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,971:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,852:. 1|0:73,16:89:99:1|0:418456_C_T:189,0,1994:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1205:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1070:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1286:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1381:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1182:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1519:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1108:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1053:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1284:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1037:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1196:. 0|1:16,31:47:99:.:.:722,0,329:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1378:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,961:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1383:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1587:. 1|0:7,37:44:78:.:.:937,0,78:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1713:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1766:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,112,1713:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,920:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,149:183:99:.:.:3579,0,641:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1486:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1354:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1318:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1591:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1268:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1317:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:50,118:168:99:.:.:2752,0,980:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1790:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1496:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1262:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1480:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1417:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1578:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1006:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1241:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,8:57:42:.:.:42,0,1275:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1467:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:80,24:104:99:.:.:338,0,2009:. 1|0:72,34:106:99:.:.:578,0,1760:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,43:140:99:.:.:688,0,2476:. 0|0:186,0:186:69:.:.:0,69,4473:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:65,38:103:99:.:.:733,0,1614:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1241:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1416:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1245:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1329:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1260:. 0|0:209,0:209:0:.:.:0,0,4745:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1490:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,11:66:99:.:.:106,0,1418:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1719:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1415:. 0|1:13,88:101:74:.:.:2126,0,74:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1242:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1092:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1085:. 1|0:67,23:90:99:.:.:377,0,1723:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,984:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1482:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1000:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:25,60:85:99:.:.:1348,0,499:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1275:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1409:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1732:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1137:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1798,192,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,198:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1276:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:36,10:46:99:.:.:140,0,953:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1331:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1522:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1074:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|1:26,23:49:99:.:.:487,0,629:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1320:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1482:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1362:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1406:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1723:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4616,400,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1422:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1551:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1359:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:102 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1173:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:102 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:102 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:99 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:102 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1363:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1534:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:99 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:.:.:.:.:120 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1494:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,218:219:99:.:.:7073,620,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:102 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:.:.:.:.:120 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1330:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1597:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:105 0|0:70,0:70:.:.:.:.:117 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:164,0:164:.:.:.:.:109 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:.:.:.:.:120 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:102 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1545:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1380:. 1|0:47,129:176:99:.:.:3815,0,1089:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1410:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1394:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1466:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1435:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,187:187:99:.:.:6214,562,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1632:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2537,231,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1604:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1379:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1416:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 1|1:6,287:293:99:.:.:9104,663,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1192:. Pf3D7_01_v3 421092 . T G 521562 PASS FS=0;MQ=60.13;QD=21.11;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.679;VQSLOD=4.96;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.998;GC=14.29;GQ_MEAN=120.51;GQ_STDDEV=76.49;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6624;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.808;culprit=FS;set=snp;DP=2225023;AF=0.123;AS_InbreedingCoeff=0.5464;MLEAC=604;MLEAF=0.123;AN=798;AC=219 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:29,9:38:99:.:.:119,0,799:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1620:. 1|0:38,14:52:99:.:.:229,0,1053:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,138:145:99:.:.:3540,212,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1336:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:61:.:.:0,61,751:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1327:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1292:. 0|0:44,0:44:95:.:.:0,95,1249:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,55:. 1|1:0,23:23:69:.:.:632,69,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,196:. 0|0:16,0:16:27:.:.:0,27,432:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1250:. 1|1:0,9:9:27:.:.:231,27,0:. 1|1:1,13:14:8:.:.:297,8,0:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,395:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:1,10:11:1:.:.:218,1,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,28:. 0|0:33,0:33:69:.:.:0,69,955:. 0|0:19,0:19:25:.:.:0,25,463:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,609:. 1|1:2,52:54:97:.:.:1311,97,0:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1023:. 0|1:23,28:51:99:.:.:568,0,564:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,307:. 0|0:28,0:28:9:.:.:0,9,699:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,173:. 1|0:7,28:35:93:.:.:627,0,93:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,966:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:6,9:15:99:.:.:163,0,101:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:14,9:23:99:.:.:151,0,302:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|1:5,9:14:97:.:.:188,0,97:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,663:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:59:.:.:0,59,634:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1155:. 1|1:1,11:12:3:.:.:257,3,0:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,337:. 0|0:28,0:28:30:.:.:0,30,663:. 0|1:17,7:24:99:.:.:115,0,423:. 1|0:38,32:70:99:.:.:654,0,909:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,401:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,140:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1066,119,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|0:18,10:28:99:.:.:176,0,465:. 0|1:17,9:26:99:.:.:158,0,429:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,6:6:18:.:.:151,18,0:. 1|0:7,18:25:99:.:.:414,0,141:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:1,17:18:43:.:.:384,43,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1175,132,0:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:79:.:.:0,79,1011:. 0|0:21,0:21:37:.:.:0,37,553:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|1:14,13:27:99:.:.:253,0,284:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,668:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:96:.:.:0,96,1279:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,393:. 0|0:59,2:61:99:.:.:0,130,2284:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1279:. 0|0:21,2:23:14:.:.:0,14,795:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,755:. 0|0:12,1:13:9:.:.:0,9,301:. 1|1:1,13:14:31:.:.:307,31,0:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,575:. 0|0:26,3:29:3:0|1:421092_T_G:0,3,909:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|1:40,16:56:99:.:.:253,0,964:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,173:. 0|0:44,0:44:2:.:.:0,2,956:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,516:. 0|0:97,0:97:39:.:.:0,39,2283:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:5,46:51:27:.:.:1027,27,0:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,370:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|1:25,25:50:99:.:.:506,0,568:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1401:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,526:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2151,257,0:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,675:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,593:. 1|0:10,19:29:99:.:.:353,0,195:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:61:.:.:0,61,632:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1666,185,0:. 0|1:16,34:50:99:.:.:667,0,267:. 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,568:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1057:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,702:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|1:12,6:18:70:.:.:70,0,269:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1207,150,0:. 0|0:26,4:30:4:.:.:0,4,821:. 1|1:0,32:32:96:.:.:855,96,0:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,765:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,33:33:98:.:.:839,98,0:. 1|0:41,8:49:44:.:.:44,0,980:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1476:. 0|1:5,8:13:99:.:.:179,0,104:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1049,125,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1026,132,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1016:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1304,152,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1412,174,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1743,203,0:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:17,9:26:99:.:.:160,0,431:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 1|1:2,17:19:8:.:.:398,8,0:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1104,131,0:. 1|0:3,13:16:44:.:.:305,0,44:. 0|1:12,8:20:99:.:.:157,0,243:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,860:. 1|0:7,14:21:99:.:.:266,0,150:. 1|1:0,30:30:90:.:.:764,90,0:. 1|1:0,19:19:56:.:.:451,56,0:. 1|1:0,28:28:83:.:.:720,83,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1359:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1082:. 1|0:16,8:24:99:.:.:201,0,396:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,957:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:19,7:26:99:.:.:109,0,486:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,4:37:5:.:.:0,5,1330:. 0|0:0,2:2:6:.:.:54,6,0:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,414:. 0|0:25,0:25:46:.:.:0,46,622:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,32:32:95:.:.:837,95,0:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|1:5,20:25:70:.:.:405,0,70:. 0|1:18,29:47:99:.:.:593,0,383:. 0|0:23,2:25:20:.:.:0,20,576:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 1|0:20,5:25:52:.:.:52,0,505:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,765:. 0|1:33,11:44:99:.:.:169,0,763:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,706:. 0|1:28,28:56:99:.:.:572,0,621:. 1|0:5,7:12:99:.:.:143,0,122:. 0|0:23,0:23:34:.:.:0,34,572:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,28:28:83:.:.:705,83,0:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,721:. 1|1:0,34:34:99:.:.:794,99,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1048:. 1|1:0,19:19:56:.:.:455,56,0:. 1|0:8,42:50:78:.:.:953,0,78:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:43:.:.:0,43,493:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:20,0:20:19:.:.:0,19,461:. 0|0:49,6:55:6:.:.:0,6,1150:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:32,0:32:53:.:.:0,53,798:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:25,17:42:99:.:.:321,0,554:. 1|1:1,16:17:20:.:.:379,20,0:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|1:1,8:9:1:.:.:158,1,0:. 0|1:22,9:31:99:.:.:141,0,500:. 1|0:4,9:13:79:.:.:191,0,79:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,827:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:33,34:67:99:.:.:689,0,742:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:6,12:18:99:.:.:233,0,136:. 1|1:0,29:29:86:.:.:724,86,0:. 0|0:31,0:31:18:.:.:0,18,719:. 1|0:4,11:15:82:.:.:250,0,82:. 1|1:0,19:19:56:.:.:476,56,0:. 0|1:1,5:6:16:.:.:109,0,16:. 1|0:18,14:32:99:.:.:278,0,477:. 0|1:4,6:10:91:.:.:97,0,91:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,629:. 1|0:11,8:19:99:.:.:154,0,256:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,24:24:71:.:.:603,71,0:. 0|0:18,0:18:5:.:.:0,5,433:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,8:23:99:.:.:143,0,328:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,230:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,31:31:92:.:.:804,92,0:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|1:35,37:72:99:.:.:749,0,794:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 1|0:4,0:4:12:.:.:0,12,112:. 0|1:6,41:47:44:.:.:939,0,44:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1055:. 0|0:30,0:30:64:.:.:0,64,747:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1444:. 1|0:13,12:25:99:.:.:235,0,278:. 1|1:2,57:59:99:.:.:1552,117,0:. 0|0:11,0:11:4:.:.:0,4,257:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 1|1:3,45:48:50:.:.:1107,50,0:. 0|1:89,26:115:99:.:.:302,0,2237:. 1|1:1,27:28:60:.:.:660,60,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|1:21,8:29:99:.:.:118,0,415:. 1|0:6,29:35:39:.:.:656,0,39:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|0:18,17:35:99:.:.:332,0,428:. 1|1:1,19:20:29:.:.:463,29,0:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,66:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,443:. 1|1:0,22:22:66:.:.:564,66,0:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,147:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,25:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,311:. 1|1:0,10:10:30:.:.:299,30,0:. 1|1:0,4:4:12:.:.:133,12,0:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,438:. 0|1:2,7:9:47:.:.:171,0,47:. 1|1:0,17:17:51:.:.:545,51,0:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,328:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:0,3:3:9:.:.:92,9,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,685:. 0|0:17,0:17:14:.:.:0,14,475:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,419:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,141:. 1|1:0,13:13:39:.:.:391,39,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,253:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,256:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:8,0:8:9:.:.:0,9,232:. 1|0:1,9:10:6:.:.:243,0,6:. 1|1:0,5:5:15:.:.:172,15,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,5:5:15:1|1:421092_T_G:225,15,0:. 0|1:4,4:8:75:.:.:107,0,75:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,11:11:33:.:.:344,33,0:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,620:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,150:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,57:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,190:. 1|1:0,16:16:48:.:.:483,48,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,19:19:56:.:.:560,56,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1167:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,46:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,354:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1484,143,0:. 1|0:13,40:53:99:.:.:888,0,151:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1271,128,0:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,871:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,7:7:21:.:.:223,21,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:516,54,0:. 0|0:16,0:16:27:.:.:0,27,463:. 0|1:15,49:64:99:.:.:1229,0,297:. 1|1:0,16:16:48:.:.:491,48,0:. 1|1:0,28:28:83:.:.:730,83,0:. 0|1:6,18:24:99:.:.:450,0,142:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|1:19,12:31:99:.:.:210,0,453:. 0|0:23,2:25:32:1|0:421069_G_A:0,32,1008:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,30:30:90:.:.:968,90,0:. 1|0:3,17:20:48:.:.:403,0,48:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,424:. 0|1:0,4:4:12:.:.:138,12,0:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1168:. 1|1:1,34:35:67:.:.:825,67,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1258:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,946:. 1|0:21,13:34:99:.:.:286,0,580:. 0|1:7,3:10:44:.:.:44,0,215:. 0|0:24,0:24:38:.:.:0,38,657:. 0|0:20,0:20:25:.:.:0,25,484:. 1|1:1,43:44:96:.:.:1250,96,0:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,237:. 1|0:9,54:63:58:.:.:1382,0,58:. 1|1:1,5:6:8:.:.:154,8,0:. 1|0:13,4:17:57:.:.:57,0,306:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|1:16,5:21:97:.:.:97,0,424:. 1|1:0,13:13:39:.:.:417,39,0:. 1|0:5,33:38:55:.:.:825,0,55:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1399:. 0|1:14,41:55:99:.:.:970,0,312:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,647:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,239:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:14:.:.:0,14,403:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,779:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 1|0:7,40:47:68:.:.:977,0,68:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,342:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:11:.:.:0,11,359:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,177:. 0|0:25,0:25:13:.:.:0,13,553:. 0|0:33,0:33:31:.:.:0,31,909:. 0|1:0,2:2:6:.:.:68,6,0:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,695:. 1|1:0,14:14:42:.:.:447,42,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2610,278,0:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,219:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,48:. 1|1:1,15:16:11:.:.:320,11,0:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,206:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,16:16:48:.:.:441,48,0:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,7:7:21:.:.:199,21,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,208:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,5:5:15:.:.:138,15,0:. 0|0:0,4:4:12:.:.:119,12,0:. 0|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,10:10:30:.:.:265,30,0:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,209:. 1|1:0,12:12:36:.:.:350,36,0:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,148:. 1|1:0,7:7:21:.:.:181,21,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:152,15,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,148:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|0:3,8:11:73:.:.:199,0,73:. 0|1:7,10:17:99:.:.:201,0,152:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,270:. 0|1:4,14:18:69:.:.:344,0,69:. 1|1:0,11:11:33:.:.:282,33,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|1:4,11:15:78:.:.:264,0,78:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,43:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,152:. 0|0:18,0:18:19:.:.:0,19,475:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:64:.:.:0,64,691:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,23:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1291,135,0:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. Pf3D7_01_v3 421099 . T G 29800.5 PASS FS=0;MQ=59.92;QD=19.8;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.641;VQSLOD=4.31;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0482;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=130.73;GQ_STDDEV=117.04;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0243;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.663;culprit=FS;set=snp;DP=2025794;AF=0.007545;AS_InbreedingCoeff=0.0243;MLEAC=33;MLEAF=0.006729;AN=786;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1529:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1336:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1327:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1292:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1222:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,239:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1188:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,28:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,993:. 0|0:16,0:16:28:.:.:0,28,435:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,651:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:34,0:34:70:.:.:0,70,949:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1269:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,233:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,359:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,966:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:71:.:.:0,71,819:. 0|0:16,0:16:20:.:.:0,20,418:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,48:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:23,0:23:38:.:.:0,38,614:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,351:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,23:23:68:.:.:628,68,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,134:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1249:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,657:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|1:12,16:28:99:.:.:330,0,272:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:12,0:12:7:.:.:0,7,308:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,203:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|1:11,11:22:99:.:.:196,0,260:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1111:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,372:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1279:. 0|1:3,16:19:49:.:.:369,0,49:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,21:21:61:.:.:499,61,0:. 1|0:3,23:26:60:1|0:421092_T_G:420,0,60:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,550:. 0|0:8,0:8:8:.:.:0,8,181:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,762:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1322:. 0|0:19,0:19:40:.:.:0,40,489:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1401:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,675:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,681:. 0|0:30,0:30:64:.:.:0,64,755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,718:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1057:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,736:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,821:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,988:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1163:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1476:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,659:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,745:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,400:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:16,0:16:20:.:.:0,20,395:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1170:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,872:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:29,0:29:70:.:.:0,70,811:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1234:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1133:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,957:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,28:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:25,0:25:56:.:.:0,56,684:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,296:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,944:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1048:. 0|0:21,0:21:42:.:.:0,42,630:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1347:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,981:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,161:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,268:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,753:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,230:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,526:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1366:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1055:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,615:. 1|0:13,7:20:99:.:.:119,0,345:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1444:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1155:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,582:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,53:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:21,0:21:36:.:.:0,36,540:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,312:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,36:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,311:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,323:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,72:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,63:. 0|0:8,0:8:6:.:.:0,6,214:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,93:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,438:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,312:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,257:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,197:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,389:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,255:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,248:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,245:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,321:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,139:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,57:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,190:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,218:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:45 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:93 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,713:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:27,0:27:71:.:.:0,71,800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,534:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:54 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,129:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,977:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:82:.:.:0,82,971:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:27 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:27 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1494:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:21 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:36 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:105 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,676:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:24 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,299:. 0|0:22,0:22:.:.:.:.:57 0|0:8,0:8:.:.:.:.:24 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:21 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,688:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,222:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,90:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,174:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:15,0:15:21:.:.:0,21,315:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:28,0:28:15:.:.:0,15,749:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,171:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,201:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,97:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,92:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,102:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,283:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,373:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,152:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,111:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,882:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,43:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,631:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. Pf3D7_01_v3 421795 . G T 169635 PASS FS=1.191;MQ=59.91;QD=21.18;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=P1659Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=cCg/cAg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=6;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0111000;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0111000.1;SOR=0.595;VQSLOD=3.08;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=4.53;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=132.58;GQ_STDDEV=81.14;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7727;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.97;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=9486886;AF=0.008949;AS_InbreedingCoeff=0.7727;MLEAC=47;MLEAF=0.008949;AN=858;AC=15 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:123,26:149:99:.:.:363,0,2797:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1734:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,728:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:58:.:.:0,58,829:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1750:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1681:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1303:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1964,188,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1376:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1535:. 1|0:98,44:142:99:.:.:925,0,2227:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1014:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1349:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1075:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1342:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1204:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1223:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1243:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1007:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1093:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1244:. 1|0:103,21:124:99:.:.:217,0,2212:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1086:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1443:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1340:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1503:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,952:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,84:100:99:.:.:2150,0,102:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1288:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1413:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1368:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1454:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1452:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,31:87:99:.:.:640,0,1184:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,564:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1351:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,422:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:2:.:.:0,2,327:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1711,144,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1945,162,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,435:436:99:.:.:15324,1277,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1455:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:.:.:.:.:120 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:.:.:.:.:120 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:120 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:105 0|0:161,0:161:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:99 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:.:.:.:.:120 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:.:.:.:.:120 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:.:.:.:.:120 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:118 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:42 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:.:.:.:.:120 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:.:.:.:.:120 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:101,0:101:.:.:.:.:120 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:.:.:120 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:120 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:120 1|1:1,63:64:99:.:.:2099,157,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1376:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,906:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,410:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1618:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 422562 . A G 2.45867e+06 PASS FS=1.912;MQ=61.61;QD=30.63;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0111000;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0111000.1;SOR=0.561;VQSLOD=5.45;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.8762;FractionInformativeReads=0.844;GC=4.76;GQ_MEAN=86.07;GQ_STDDEV=210.25;HRun=0;InbreedingCoeff=0.2163;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.74;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=12434629;AF=0.212;AS_InbreedingCoeff=0.1572;MLEAC=1059;MLEAF=0.202;AN=776;AC=138 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:28:0|1:422554_ATAAT_A:28,0,72:. 0|0:22,0:22:69:.:.:0,69,995:. 0|0:20,2:22:27:.:.:0,27,783:. 0|0:371,0:371:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,30:31:54:1|1:422547_A_AT:967,54,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,45:46:99:1|1:422547_A_AT:1301,140,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:422547_A_AT:1264,113,0:. 0|0:23,0:23:58:0|1:422550_TA_T:0,58,582:. 0|0:32,0:32:99:0|1:422554_ATAAT_A:0,101,1511:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,129,1761:. 0|0:22,0:22:70:.:.:0,70,1006:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,0:2:2:0|1:422554_ATAAT_A:0,2,48:. 1|1:0,0:0:28:0|1:422547_A_AT:0,28,57:. 0|0:18,0:18:49:0|1:422554_ATAAT_A:0,49,488:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,6:8:54:0|1:422547_A_AT:149,0,54:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,9:9:27:1|1:422547_A_AT:199,27,0:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:1,13:14:20:.:.:426,20,0:. 1|1:0,6:6:19:1|1:422547_A_AT:176,19,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,241:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:5:1|1:422554_ATAAT_A:10,5,0:. 0|0:92,0:92:0:.:.:0,0,2058:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,109:. 0|0:57,0:57:80:.:.:0,80,1561:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:0,0:0:21:0|1:422547_A_AT:0,21,44:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,123,1415:. 1|1:0,22:22:54:1|1:422542_A_AT:846,54,0:. 0|0:19,0:19:59:0|1:422559_A_AG:0,59,858:. 0|0:12,0:12:37:.:.:0,37,432:. 0|0:39,0:39:99:0|1:422554_ATAAT_A:0,118,1519:. 0|0:29,0:29:81:0|1:422554_ATAAT_A:0,81,1153:. 1|1:0,14:14:36:1|1:422559_A_AG:345,36,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:1|1:422542_A_AT:8790,593,0:. 0|0:61,5:66:58:0|1:422547_A_AT:0,58,2755:. 0|0:10,0:10:41:.:.:0,41,420:. 0|0:7,0:7:24:0|1:422554_ATAAT_A:0,24,344:. 1|1:0,33:33:99:1|1:422562_A_G:802,103,0:. 0|0:19,0:19:56:.:.:0,56,696:. 0|0:114,0:114:0:.:.:0,0,2781:. 0|0:11,0:11:47:0|1:422547_A_AT:0,47,636:. 1|1:0,30:30:93:1|1:422547_A_AT:1130,93,0:. 1|0:95,52:147:99:0|1:422547_A_AT:905,0,3820:. 1|1:0,31:31:95:1|1:422547_A_AT:852,95,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:422547_A_AT:849,100,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,110,1518:. 0|0:59,0:59:37:.:.:0,37,1515:. 0|0:31,0:31:99:0|1:422547_A_AT:0,106,1537:. 0|0:12,0:12:38:0|1:422550_TA_T:0,38,500:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:62:.:.:0,62,1747:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:0:.:.:0,0,7465:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:24,11:35:99:.:.:157,0,1037:. 0|0:86,0:86:1:.:.:0,1,2125:. 0|0:126,0:126:0:.:.:0,0,2325:. 0|0:40,0:40:35:.:.:0,35,1028:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1188:. 1|1:0,15:15:45:1|1:422547_A_AT:350,45,0:. 1|1:0,7:7:21:1|1:422547_A_AT:265,21,0:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,2199:. 0|0:24,0:24:80:0|1:422562_A_G:0,80,1074:. 0|0:37,0:37:99:0|1:422562_A_G:0,100,878:. 1|1:0,17:17:50:1|1:422562_A_G:418,50,0:. 0|0:16,0:16:66:0|1:422554_ATAAT_A:0,66,714:. 0|1:5,20:25:99:.:.:407,0,151:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0|1:422554_ATAAT_A:0,105,1415:. 0|0:15,0:15:42:0|1:422559_A_AG:0,42,546:. 0|0:19,0:19:50:0|1:422554_ATAAT_A:0,50,667:. 0|0:35,0:35:99:0|1:422547_A_AT:0,111,1368:. 0|0:44,5:49:44:0|1:422547_A_AT:0,44,1892:. 1|1:0,55:55:99:1|1:422530_T_A:2445,166,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,16:55:99:0|1:422554_ATAAT_A:297,0,1622:. 0|0:8,0:8:27:0|1:422562_A_G:0,27,240:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,36:38:9:1|1:422559_A_AG:859,9,0:. 0|0:29,0:29:90:0|1:422554_ATAAT_A:0,90,1196:. 0|1:1,0:1:18:.:.:0,18,74:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0|1:422558_T_A:0,127,1825:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,101,1428:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,800:. 1|1:7,145:152:99:1|1:422542_A_AT:6186,170,0:. 0|0:9,0:9:31:0|1:422554_ATAAT_A:0,31,392:. 0|0:126,0:126:0:.:.:0,0,3001:. 0|0:164,0:164:0:.:.:0,0,3798:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:35,0:35:85:0|1:422559_A_AG:0,85,1363:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,2546:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:24:.:.:0,24,98:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,18:52:99:.:.:238,0,1346:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:0:.:.:0,0,4497:. 1|1:0,163:163:99:1|1:422542_A_AT:7629,518,0:. 0|0:174,0:174:0:.:.:0,0,4042:. 0|0:184,0:184:0:.:.:0,0,3934:. 0|0:25,0:25:87:.:.:0,87,1151:. 0|0:253,0:253:0:.:.:0,0,5293:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0|1:422562_A_G:0,113,1567:. 0|0:3,0:3:10:.:.:0,10,83:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:9:.:.:0,9,3077:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,9:54:17:.:.:0,17,1663:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,3681:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:3:.:.:0,3,2440:. 0|0:179,0:179:0:.:.:0,0,3037:. 1|1:0,65:65:99:1|1:422547_A_AT:1643,194,0:. 0|0:173,0:173:0:.:.:0,0,3749:. 0|0:167,0:167:0:.:.:0,0,1641:. 0|0:32,4:36:19:.:.:0,19,1205:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:0:.:.:0,0,3303:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,4:73:99:.:.:0,125,2723:. 0|0:8,0:8:29:.:.:0,29,368:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:0:.:.:0,0,4302:. 1|1:1,0:1:6:.:.:0,6,51:. 0|0:152,0:152:0:.:.:0,0,3190:. 0|0:181,0:181:0:.:.:0,0,3885:. 0|0:191,0:191:46:.:.:0,46,4587:. 0|0:21,0:21:66:0|1:422550_TA_T:0,66,804:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:3:.:.:0,3,2970:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0|1:422554_ATAAT_A:0,127,1341:. 0|0:40,1:41:99:0|1:422547_A_AT:0,101,1862:. 0|0:99,0:99:98:.:.:0,98,2644:. 1|1:0,0:0:11:0|1:422547_A_AT:0,11,23:. 0|0:185,0:185:0:.:.:0,0,4409:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,126,1420:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,3746:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:46:0|1:422547_A_AT:0,46,638:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:0|1:422554_ATAAT_A:0,51,780:. 1|1:0,41:41:99:1|1:422547_A_AT:1088,124,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:53:1|1:422547_A_AT:462,53,0:. 0|0:24,0:24:83:.:.:0,83,1071:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,118,1396:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:0:.:.:0,0,3967:. 0|0:172,0:172:0:.:.:0,0,4164:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,8:8:24:1|1:422542_A_AT:347,24,0:. 1|1:0,29:29:88:1|1:422547_A_AT:752,88,0:. 1|1:1,61:62:99:1|1:422547_A_AT:1537,140,0:. 0|0:18,0:18:51:0|1:422554_ATAAT_A:0,51,693:. 1|1:1,23:24:61:1|1:422547_A_AT:536,61,0:. 0|0:37,0:37:99:0|1:422547_A_AT:0,121,1715:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,2698:. 0|0:25,0:25:76:.:.:0,76,904:. 0|0:100,0:100:41:.:.:0,41,2504:. 0|0:141,0:141:80:.:.:0,80,3595:. 1|1:0,100:100:99:1|1:422542_A_AT:4511,310,0:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,2701:. 0|0:26,0:26:79:.:.:0,79,976:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:35:.:.:0,35,2919:. 1|0:36,16:52:99:.:.:231,0,1499:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1618:. 0|0:93,0:93:44:.:.:0,44,2380:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1620:. 1|1:0,75:75:99:1|1:422547_A_AT:2052,227,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:422547_A_AT:1230,137,0:. 0|0:19,0:19:46:0|1:422562_A_G:0,46,593:. 0|0:0,0:0:22:0|1:422547_A_AT:0,22,45:. 0|0:183,0:183:0:.:.:0,0,3341:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,2:27:29:0|1:422562_A_G:0,29,661:. 0|0:38,0:38:99:0|1:422554_ATAAT_A:0,113,1606:. 0|0:54,3:57:98:0|1:422562_A_G:0,98,2317:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,1199:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:20:.:.:0,20,1945:. 0|0:222,0:222:56:.:.:0,56,5391:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:12:.:.:0,12,71:. 0|0:25,0:25:74:0|1:422554_ATAAT_A:0,74,1026:. 0|0:31,0:31:99:.:.:0,108,1430:. 0|0:0,1:1:7:.:.:47,7,0:. 1|1:0,10:10:28:.:.:208,28,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,1:33:71:0|1:422554_ATAAT_A:0,71,1238:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,2214:. 0|0:0,0:0:5:.:.:0,5,9:. 1|1:1,38:39:72:.:.:937,72,0:. 0|0:41,0:41:99:0|1:422562_A_G:0,123,1883:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1069,136,0:. 0|0:0,0:0:21:0|1:422547_A_AT:0,21,42:. 0|0:21,0:21:68:.:.:0,68,909:. 0|0:15,0:15:55:.:.:0,55,553:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1448:. 1|1:0,18:18:55:1|1:422547_A_AT:483,55,0:. 0|0:7,0:7:30:0|1:422547_A_AT:0,30,333:. 1|0:21,8:29:88:.:.:88,0,850:. 0|0:6,0:6:19:0|1:422562_A_G:0,19,202:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1501:. 0|0:25,0:25:77:.:.:0,77,1072:. 0|0:17,0:17:46:0|1:422554_ATAAT_A:0,46,611:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1703:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2988:. 1|1:0,67:67:99:1|1:422547_A_AT:1645,201,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,98:98:99:1|1:422530_T_A:4405,298,0:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1116:. 1|1:0,43:43:99:1|1:422547_A_AT:1048,128,0:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1343:. 0|0:30,0:30:92:0|1:422547_A_AT:0,92,1165:. 1|1:0,84:84:99:1|1:422542_A_AT:3808,262,0:. 0|0:61,0:61:68:.:.:0,68,1597:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:6:.:.:0,6,4053:. 1|1:0,31:31:94:1|1:422547_A_AT:797,94,0:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,188:. 0|0:160,0:160:0:.:.:0,0,3540:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,2478:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:0:.:.:0,0,3719:. 0|0:24,0:24:67:.:.:0,67,600:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,1:15:24:0|1:422562_A_G:0,24,637:. 0|0:0,0:0:3:0|1:422547_A_AT:0,3,6:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1391:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,131,1919:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,263:. 0|0:15,0:15:16:.:.:0,16,382:. 1|1:0,0:0:5:0|1:422562_A_G:0,5,9:. 1|0:9,2:11:31:.:.:31,0,260:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0|1:422562_A_G:0,116,1655:. 0|0:115,0:115:20:.:.:0,20,2895:. 1|0:1,0:1:3:0|1:422547_A_AT:0,3,45:. 0|1:20,9:29:99:0|1:422562_A_G:105,0,782:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1261:. 1|1:0,0:0:16:0|1:422547_A_AT:0,16,33:. 0|1:2,8:10:60:0|1:422547_A_AT:157,0,60:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:85:0|1:422554_ATAAT_A:0,85,1254:. 0|0:1,0:1:27:0|1:422545_TA_T:0,27,93:. 1|1:0,0:0:19:0|1:422545_TA_T:0,19,38:. 0|0:0,0:0:32:0|1:422547_A_AT:0,32,65:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,129,1431:. 0|0:44,0:44:99:0|1:422554_ATAAT_A:0,122,1792:. 0|0:63,0:63:56:.:.:0,56,1953:. 0|0:160,0:160:13:.:.:0,13,4736:. 0|0:140,0:140:0:.:.:0,0,3902:. 0|0:0,0:0:10:0|1:422547_A_AT:0,10,21:. 0|0:21,0:21:68:0|1:422554_ATAAT_A:0,68,928:. 0|0:149,0:149:27:.:.:0,27,4338:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,4155:. 0|0:0,0:0:7:.:.:0,7,14:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,3983:. 0|0:168,0:168:0:.:.:0,0,4325:. 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,3178:. 0|0:35,0:35:99:0|1:422547_A_AT:0,115,1667:. 0|0:167,0:167:0:.:.:0,0,4211:. 0|0:0,0:0:5:0|1:422547_A_AT:0,5,11:. 1|1:0,17:17:51:1|1:422547_A_AT:541,51,0:. 0|0:198,0:198:0:.:.:0,0,5497:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,3559:. 0|0:22,0:22:31:.:.:0,31,692:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,100,1024:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:70:0|1:422554_ATAAT_A:0,70,1116:. 0|0:0,0:0:7:0|1:422562_A_G:0,7,14:. 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,1632:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1521:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,3:56:79:0|1:422554_ATAAT_A:0,79,1884:. 0|0:38,0:38:99:0|1:422554_ATAAT_A:0,106,1505:. 0|0:330,0:330:0:.:.:0,0,5815:. 0|0:598,0:598:0:.:.:0,0,12667:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:43:1|1:422547_A_AT:463,43,0:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,697:. 0|0:71,0:71:10:.:.:0,10,2033:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2154:. 1|1:0,81:81:99:1|1:422547_A_AT:2304,240,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:422547_A_AT:1961,203,0:. 0|0:426,0:426:0:.:.:0,0,5291:. 1|0:0,0:0:13:0|1:422562_A_G:0,13,27:. 1|1:2,229:231:99:1|1:422559_A_AG:6648,615,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:422547_A_AT:2693,256,0:. 0|0:297,0:297:76:.:.:0,76,8320:. 0|0:246,0:246:0:.:.:0,0,5719:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:47:.:.:0,47,2943:. 1|1:0,15:15:42:1|1:422542_A_AT:468,42,0:. 0|0:244,0:244:0:.:.:0,0,3632:. 0|1:3,32:35:30:0|1:422547_A_AT:866,0,30:. 0|0:218,0:218:0:.:.:0,0,5718:. 0|0:0,0:0:29:.:.:0,29,59:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,57:80:99:0|1:422562_A_G:2394,0,822:. 1|1:0,72:72:99:1|1:422547_A_AT:2089,216,0:. 0|0:18,0:18:82:0|1:422562_A_G:0,82,809:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:202,0:202:0:.:.:0,0,5423:. 0|0:230,0:230:0:.:.:0,0,3785:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,41:100:99:0|1:422562_A_G:1243,0,2085:. 0|0:8,0:8:22:.:.:0,22,253:. 0|0:0,0:0:41:.:.:0,41,84:. 1|1:1,0:1:40:.:.:0,40,111:. 0|0:178,0:178:0:.:.:0,0,4785:. 0|0:234,0:234:98:.:.:0,98,6817:. 0|0:0,0:0:15:0|1:422547_A_AT:0,15,30:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:232,0:232:0:.:.:0,0,5571:. 0|0:15,0:15:62:.:.:0,62,597:. 1|1:0,244:244:99:1|1:422542_A_AT:10925,751,0:. 0|0:222,0:222:0:.:.:0,0,5586:. 1|1:1,59:60:99:1|1:422562_A_G:1832,177,0:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1299:. 0|0:264,0:264:0:.:.:0,0,4827:. 0|0:5,0:5:23:.:.:0,23,230:. 0|0:225,0:225:0:.:.:0,0,5981:. 0|0:331,0:331:0:.:.:0,0,1723:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,118,1591:. 0|0:110,12:122:20:.:.:0,20,3402:. 0|0:19,0:19:65:0|1:422550_TA_T:0,65,815:. 0|0:311,0:311:0:.:.:0,0,4228:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,1159:. 0|0:193,0:193:15:.:.:0,15,5277:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,1197:. 0|1:97,33:130:99:.:.:594,0,3620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:0:.:.:0,0,4067:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,339:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:0:.:.:0,0,2768:. 0|0:197,0:197:0:.:.:0,0,5140:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:0:.:.:0,0,5267:. 0|0:20,0:20:76:.:.:0,76,1005:. 0|0:223,0:223:25:.:.:0,25,6366:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,78:81:68:1|1:422547_A_AT:2973,68,0:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,3248:. 0|0:348,0:348:0:.:.:0,0,3398:. 0|0:1,0:1:17:0|1:422562_A_G:0,17,64:. 1|1:0,95:95:99:1|1:422542_A_AT:2961,263,0:. 0|0:28,0:28:93:0|1:422554_ATAAT_A:0,93,1216:. 1|1:1,279:280:99:1|1:422542_A_AT:12809,849,0:. 1|1:2,9:11:46:1|1:422554_ATAAT_A:408,46,0:. 0|0:9,1:10:9:0|1:422562_A_G:0,9,347:. 0|0:265,0:265:0:.:.:0,0,2209:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1738:. 0|0:29,0:29:94:0|1:422547_A_AT:0,94,1313:. 0|0:0,0:0:14:0|1:422542_A_AT:0,14,28:. 1|1:0,62:62:99:1|1:422547_A_AT:2377,188,0:. 0|0:137,0:137:69:.:.:0,69,3968:. 0|0:0,0:0:2:0|1:422554_ATAAT_A:0,2,5:. 0|0:141,0:141:0:.:.:0,0,3443:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,3439:. 0|0:150,0:150:16:.:.:0,16,4276:. 1|1:0,61:61:99:1|1:422542_A_AT:2738,184,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:422542_A_AT:1773,120,0:. 0|0:34,0:34:97:0|1:422554_ATAAT_A:0,97,1340:. 0|0:30,0:30:92:0|1:422554_ATAAT_A:0,92,1225:. 0|0:2,0:2:26:0|1:422554_ATAAT_A:0,26,115:. 0|0:0,0:0:11:0|1:422547_A_AT:0,11,22:. 0|0:196,0:196:0:.:.:0,0,3906:. 0|0:169,0:169:0:.:.:0,0,4425:. 0|0:147,0:147:0:.:.:0,0,4224:. 1|1:0,15:15:45:1|1:422547_A_AT:533,45,0:. 0|1:10,10:20:99:0|1:422562_A_G:281,0,430:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,1119:. 1|0:0,0:0:1:0|1:422547_A_AT:0,1,2:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:140,0:140:0:.:.:0,0,2132:. 0|0:193,0:193:0:.:.:0,0,4447:. 0|0:229,0:229:0:.:.:0,0,5078:. 1|1:0,5:5:14:1|1:422547_A_AT:125,14,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:422547_A_AT:1428,147,0:. 0|0:186,0:186:0:.:.:0,0,3774:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:1|1:422542_A_AT:1250,116,0:. 0|0:147,0:147:0:.:.:0,0,2251:. 0|0:12,0:12:52:0|1:422547_A_AT:0,52,562:. 0|0:0,0:0:13:0|1:422547_A_AT:0,13,27:. 0|0:143,0:143:0:.:.:0,0,3591:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2914:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1483:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:99:0|1:422547_A_AT:0,101,321:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:3,0:3:29:0|1:422547_A_AT:0,29,175:. 1|1:0,9:9:28:1|1:422547_A_AT:385,28,0:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,2825:. Pf3D7_01_v3 422755 . G A 293980 PASS FS=0.588;MQ=60.26;QD=22.75;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L1529;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cta/Tta;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0111000;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0111000.1;SOR=0.617;VQSLOD=4.2;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=0.995;GC=19.05;GQ_MEAN=147.88;GQ_STDDEV=153.61;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7585;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.508;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=8433360;AF=0.008381;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=43;MLEAF=0.00819;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:90,0:90:99:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,102,1755:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,107,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:0,102,1530:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1486:. 0|0:26,0:26:63:0,63,945:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1459:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:91:0,91,1029:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1476:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1098:. 0|0:136,0:136:99:0,113,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1194:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:43:0,43,471:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1353:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1323:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1509:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1253:. 0|0:123,0:123:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1301:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1278:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1204:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1486:. 0|0:73,0:73:99:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,110,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1620:. 0|0:116,0:116:99:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:0,109,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1594:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1239:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1359:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:63,0:63:99:0,106,1626:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1331:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1051:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1126:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1268:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1114:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1641:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1236:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1335:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1150:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1449:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1710:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1710:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 1|0:16,70:86:99:1881,0,206:. 0|0:75,0:75:99:0,115,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1204:. 0|0:90,0:90:99:0,114,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1620:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1710:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,109,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,108,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:0,111,1665:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:0,108,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:170,0:170:99:0,112,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,115,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,99,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,118,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,117,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,108,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,104,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1620:. 0|0:145,0:145:99:0,117,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,106,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|1:143,20:163:99:122,0,3548:. 0|0:165,0:165:99:0,111,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,105,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1575:. 0|0:88,0:88:99:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,113,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,108,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,114,1800:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:74,0:74:99:0,108,1620:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1665:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1117:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,114,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1653:. 1|0:133,57:190:99:1145,0,3164:. 0|0:65,0:65:99:0,100,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,103,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1503:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,100,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,99,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,118,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,105,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 1|0:20,137:157:95:3616,0,95:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1470:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1158:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1377:. 0|0:65,0:65:99:0,107,1698:. 0|0:61,0:61:99:0,100,1721:. 0|0:80,0:80:99:0,104,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,115,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1527:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1195:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1183:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1615:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1133:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1160:. 0|0:48,0:48:99:0,119,1513:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,99,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,119,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1274:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1441:. 0|0:94,0:94:99:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1736:. 0|0:57,0:57:99:0,107,1787:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,115,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,112,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,113,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,102,1575:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:78:0,78,1170:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:19:0,19,412:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1212:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,103,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:0,105,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1299:. 0|0:40,0:40:90:0,90,1050:. 0|0:73,0:73:99:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:0,113,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,108,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 1|1:0,113:113:99:4027,340,0:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:78:0,78,1170:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:99:0,111,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1617:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1166:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1578:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1620:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 1|1:0,496:496:99:17621,1492,0:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1512:. 0|0:23,0:23:60:0,60,845:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1402:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1572:. 0|0:74,0:74:99:0,114,1710:. 0|0:84,0:84:99:0,99,1485:. 1|1:3,274:277:99:9137,742,0:. 0|0:123,12:135:42:0,42,3780:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,108,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:0,116,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1435:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,106,1620:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,105,1575:. 0|0:119,0:119:99:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:0,113,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,114,1710:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:74:0,74,1414:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1620:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:10:0,10,577:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1710:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,104,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:0,114,1710:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 1|1:1,459:460:99:15828,1348,0:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,117,1755:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,113,1710:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1620:. 0|0:73,0:73:99:0,103,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 1|1:0,146:146:99:4997,439,0:. 1|1:0,189:189:99:6398,568,0:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1552:. 0|0:24,0:24:72:0,72,847:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:138,0:138:99:0,103,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1246:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1313:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1395:. 0|0:83,0:83:99:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:0,112,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:78:0,78,1170:. 0|0:148,0:148:99:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 423551 . A G 734898 PASS FS=0;MQ=60.41;QD=22.18;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L1342S;SNPEFF_CODON_CHANGE=tTg/tCg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0111000;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0111000.1;SOR=0.668;VQSLOD=6.33;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-3.331;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=0.998;GC=19.05;GQ_MEAN=151.66;GQ_STDDEV=167.17;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4784;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.576;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10308586;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=-0.0455;MLEAC=132;MLEAF=0.025;AN=858;AC=30 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:14,150:164:47:.:.:3676,47,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1595:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1237:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1328:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1423:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1231:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1655:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1567:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:38,0:38:79:.:.:0,79,1070:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1415:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1254:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,19:90:99:.:.:223,0,1909:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1433:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1178:. 0|1:102,28:130:99:.:.:351,0,2778:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,109,1007:. 0|1:54,13:67:99:.:.:124,0,1367:. 0|1:15,45:60:99:.:.:983,0,272:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,29:121:99:.:.:420,0,2394:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1552:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1572:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:62,25:87:99:.:.:399,0,1559:. 1|0:106,17:123:63:.:.:63,0,2779:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1429:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1473:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1109:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1426:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1331:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:124,0:124:85:.:.:0,85,3107:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,172:172:99:.:.:4533,514,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:.:.:5247,600,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1761:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2744,311,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1426:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1329:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1711:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1442:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1090:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1449:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1682:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1367:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1588:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1429:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1710:. 1|0:2,5:7:92:0|1:423535_G_A:202,0,92:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,20:119:99:.:.:178,0,2604:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1208:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,814:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,895:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1161:. 1|0:53,43:96:99:.:.:886,0,1318:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,731:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1768:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1509:. 0|1:99,93:192:99:.:.:2582,0,2957:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:.:.:6214,562,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1720:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1595:. 0|1:68,120:188:99:.:.:3383,0,1856:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,43:172:99:.:.:888,0,4014:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1151:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1333:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1334:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:562,0:562:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2188,201,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1251:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1181:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1618:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1219:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1268:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,274:276:99:.:.:8706,780,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1637:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,20:127:99:.:.:219,0,3255:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1364:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,118,1539:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:196,23:219:99:.:.:113,0,5955:. 0|1:58,385:443:99:.:.:10154,0,656:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1320:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1747:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1238:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1403:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1147:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1428:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:27,0:27:71:.:.:0,71,968:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1302:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 425148 . G A 272570 PASS FS=0;MQ=60;QD=20.74;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=P810S;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cct/Tct;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0111000;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0111000.1;SOR=0.698;VQSLOD=6.42;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=123.78;GQ_STDDEV=52.04;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7585;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.845;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11833077;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=0.7585;MLEAC=74;MLEAF=0.014;AN=858;AC=32 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1758:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1555:. 1|0:53,8:61:68:.:.:68,0,1398:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1282:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1482:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1266:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1287:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1717:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1292:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1084:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,16:16:48:.:.:488,48,0:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1490:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1287:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1368:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1360:. 0|1:96,41:137:99:.:.:851,0,2329:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,936:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1916,191,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,77:122:99:.:.:1929,0,854:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1512:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,852:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1734:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,792:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1037:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1211:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1149:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,63:65:99:.:.:1769,139,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1324:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1213:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1757:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:1,163:164:99:.:.:4869,464,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1342:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:120,74:194:99:.:.:1593,0,2722:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,33:132:99:.:.:621,0,2348:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:150,23:173:99:.:.:157,0,3610:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,31:127:99:.:.:544,0,2294:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3740,372,0:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1892:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2500,248,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1602:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1602:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:50,47:97:99:.:.:1109,0,1059:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,92:93:99:.:.:2717,250,0:. 1|0:101,40:141:99:.:.:781,0,2347:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,133:137:99:.:.:3786,319,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:187,39:226:99:.:.:457,0,4359:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:121,14:135:24:.:.:24,0,2888:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:177,30:207:99:.:.:279,0,4015:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1284:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1921,192,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,205:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1150:. 0|1:128,18:146:99:.:.:114,0,3086:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,12:106:37:.:.:37,0,2280:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,568:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1514:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1768:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1509:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1720:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:499,0:499:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:533,0:533:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:.:.:.:.:120 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:460,0:460:.:.:.:.:120 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:.:.:.:.:120 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:104 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:.:.:.:.:120 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:.:.:.:.:120 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1418:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:.:.:.:.:120 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:.:.:.:.:120 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:107 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:428,0:428:.:.:.:.:120 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:468,0:468:.:.:.:.:120 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:102 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:.:.:.:.:120 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:.:.:.:.:120 0|0:403,0:403:.:.:.:.:120 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:.:.:120 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:.:.:.:.:120 0|0:383,0:383:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:.:.:.:.:120 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1592:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1747:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1386:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1483:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1216:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:433,0:433:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:581,0:581:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 425332 . T C 505548 PASS FS=0.576;MQ=60.11;QD=21.26;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L748;SNPEFF_CODON_CHANGE=ctA/ctG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0111000;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0111000.1;SOR=0.736;VQSLOD=6.53;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1231;FractionInformativeReads=1;GC=47.62;GQ_MEAN=165.64;GQ_STDDEV=239.38;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0271;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.067;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11907285;AF=0.033;AS_InbreedingCoeff=0.8958;MLEAC=167;MLEAF=0.032;AN=858;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1340:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1758:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1186:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1758:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1427:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1282:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1482:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1379:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1346:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1287:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1186:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,651:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,400:. 0|0:39,0:39:70:.:.:0,70,1114:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1399,153,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1084:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,257:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1517:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1219:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1324:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1373:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1000:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1739:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1512:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,944:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1734:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1037:. 0|0:78,9:87:13:.:.:0,13,2007:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1013:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3234,355,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1149:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1601:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1213:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1757:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1342:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1602:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1261:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3644,409,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:10:.:.:0,10,195:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:135,41:176:99:.:.:590,0,3556:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1284:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,3:8:62:.:.:62,0,127:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,679:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1150:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1514:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1768:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1509:. 1|0:110,84:194:99:.:.:2219,0,3365:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1720:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1015:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,974:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:499,0:499:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:533,0:533:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:460,0:460:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1418:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7027,653,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,159:254:99:.:.:4453,0,2463:. 1|0:170,31:201:99:.:.:322,0,5061:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:178,34:212:99:.:.:469,0,5339:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:428,0:428:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:181,25:206:99:.:.:229,0,5574:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1223:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:403,0:403:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:383,0:383:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1592:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:163,47:210:99:.:.:896,0,4815:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1747:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1200:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2295,215,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:4,227:231:99:.:.:7319,571,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1483:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1216:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,566:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,243:243:99:.:.:7873,729,0:. 0|0:433,0:433:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:581,0:581:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 426924 . C T 273053 PASS FS=0.556;MQ=62.08;QD=23.88;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E218K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0111000;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0111000.1;SOR=0.65;VQSLOD=4.99;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=119.03;GQ_STDDEV=26.52;HRun=3;InbreedingCoeff=0.9658;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.746;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12213817;AF=0.01;AS_InbreedingCoeff=0.9658;MLEAC=54;MLEAF=0.01;AN=858;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1557:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1088:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1404:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1179:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1262:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:52:.:.:0,52,690:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,736:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,888:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1224:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,483:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1650:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1145:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1463:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1430:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1062:. 0|1:23,52:75:99:0|1:426924_C_T:1757,0,656:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1524:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,996:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1059:. 1|0:38,41:79:99:.:.:1408,0,1207:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1071:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1112:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1001:. 1|0:42,29:71:99:.:.:690,0,987:. 0|0:86,0:86:15:.:.:0,15,1958:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1355:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1335:. 0|0:178,0:178:0:.:.:0,0,3699:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,13:95:95:.:.:95,0,2060:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:272,0:272:0:.:.:0,0,5782:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:8:.:.:0,8,5970:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,75:192:99:.:.:1623,0,2719:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:0:.:.:0,0,3925:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,86:158:99:.:.:2111,0,1826:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:172,26:198:99:0|1:426924_C_T:450,0,6252:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:1|1:426924_C_T:8367,626,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1728:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:65:.:.:0,65,3470:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,235:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:72:.:.:0,72,2344:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:68:.:.:0,68,3187:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,1999:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1373:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:0:.:.:0,0,2729:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1410:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1538:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1457:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1325:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,80:201:99:.:.:2599,0,5516:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,31:57:99:.:.:763,0,565:. 1|1:0,32:32:97:1|1:426924_C_T:1279,97,0:. 0|0:75,7:82:34:.:.:0,34,1928:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,81:134:99:.:.:2011,0,1068:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1006:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,372:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1315:. 0|0:161,0:161:0:.:.:0,0,3378:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:500,0:500:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:554,0:554:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:593,0:593:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:544,0:544:.:.:.:.:120 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:637,0:637:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:.:.:.:.:120 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:545,0:545:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:.:.:.:.:120 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:40:.:.:0,40,1421:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:120 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:0:.:.:0,0,7044:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:120 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:.:.:.:.:120 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:662,0:662:.:.:.:.:0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:.:.:.:.:120 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:.:.:.:.:120 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:100 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:593,0:593:.:.:.:.:120 0|0:343,0:343:0:.:.:0,0,7948:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:517,0:517:.:.:.:.:120 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:120 0|0:195,0:195:0:.:.:0,0,4893:. 0|0:549,0:549:.:.:.:.:120 0|0:569,0:569:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:.:.:.:.:120 0|0:272,0:272:0:.:.:0,0,7418:. 0|0:594,0:594:.:.:.:.:120 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1416:. 1|1:1,197:198:99:.:.:6944,560,0:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6846,588,0:. 0|0:263,0:263:0:.:.:0,0,6734:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1708:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1647:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:436,0:436:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1344:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:454,0:454:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1299:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 428849 . C T 23478.6 PASS FS=0.55;MQ=52.81;QD=18.56;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.681;VQSLOD=3.39;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=47.62;InbreedingCoeff=-0.3108;NCC=1;BaseQRankSum=1.21;ClippingRankSum=0.094;MQRankSum=0.683;ReadPosRankSum=-0.404;culprit=FS;set=snp;DP=2838961;AF=0.012;MLEAC=83;MLEAF=0.017;AN=792;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,653:. 0|0:28,0:28:8:.:.:0,8,521:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,708:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,782:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,320:. 0|0:27,0:27:25:.:.:0,25,559:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,459:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,361:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,413:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,242:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,276:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,502:. 0|0:20,0:20:22:.:.:0,22,398:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,188:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,151:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,82:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,50:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,206:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,113:. 0|0:18,0:18:22:.:.:0,22,360:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,777:. 0|0:45,0:45:10:.:.:0,10,881:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,764:. 0|0:12,0:12:8:.:.:0,8,236:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,316:. 0|0:46,0:46:44:.:.:0,44,923:. 0|0:8,0:8:5:.:.:0,5,162:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,4:. 0|0:41,0:41:61:.:.:0,61,843:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,468:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,311:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1095:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,410:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,1970:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,279:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1091:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,520:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,286:. 0|0:28,0:28:59:.:.:0,59,645:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,782:. 0|0:42,0:42:13:.:.:0,13,827:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,861:. 0|0:23,0:23:53:.:.:0,53,497:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,925:. 0|0:46,0:46:11:.:.:0,11,786:. 0|0:58,0:58:57:.:.:0,57,1158:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,256:. 0|0:19,0:19:16:.:.:0,16,362:. 0|0:51,0:51:6:.:.:0,6,914:. 0|0:38,0:38:14:.:.:0,14,717:. 0|0:53,0:53:47:.:.:0,47,1087:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,209:. 0|0:46,0:46:34:.:.:0,34,884:. 0|0:85,0:85:82:.:.:0,82,1724:. 0|0:42,0:42:15:.:.:0,15,788:. 0|0:34,0:34:39:.:.:0,39,739:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,476:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,383:. 0|0:31,0:31:45:.:.:0,45,636:. 0|0:39,0:39:40:.:.:0,40,755:. 0|0:71,0:71:58:.:.:0,58,1484:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,290:. 0|0:45,0:45:30:.:.:0,30,850:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1248:. 0|0:16,0:16:11:.:.:0,11,296:. 0|0:45,0:45:26:.:.:0,26,830:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,448:. 0|0:36,0:36:69:.:.:0,69,809:. 0|0:17,0:17:17:.:.:0,17,364:. 0|0:47,0:47:66:.:.:0,66,1010:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,548:. 0|0:13,0:13:10:.:.:0,10,286:. 0|0:43,0:43:63:.:.:0,63,941:. 1|0:7,5:12:70:.:.:70,0,122:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,546:. 0|0:31,0:31:30:.:.:0,30,640:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,444:. 0|0:52,0:52:31:.:.:0,31,956:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,334:. 0|0:44,0:44:70:.:.:0,70,945:. 0|0:17,0:17:40:.:.:0,40,395:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,270:. 0|0:33,0:33:4:.:.:0,4,608:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,224:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,601:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,420:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,712:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,478:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,762:. 0|0:70,0:70:75:.:.:0,75,1454:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,319:. 0|0:63,0:63:23:.:.:0,23,1164:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,887:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,605:. 0|0:41,0:41:63:.:.:0,63,853:. 0|0:15,0:15:18:.:.:0,18,305:. 0|0:35,0:35:28:.:.:0,28,681:. 0|0:40,0:40:2:.:.:0,2,736:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,404:. 0|0:40,0:40:77:.:.:0,77,866:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,1532:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,675:. 0|0:38,0:38:18:.:.:0,18,726:. 0|0:53,0:53:46:.:.:0,46,1094:. 0|0:58,0:58:4:.:.:0,4,1146:. 0|0:46,3:49:89:.:.:0,89,1228:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,297:. 0|0:89,0:89:93:.:.:0,93,1909:. 0|0:52,0:52:27:.:.:0,27,1000:. 0|0:29,0:29:23:.:.:0,23,583:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1279:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,849:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1305:. 0|0:131,0:131:39:.:.:0,39,2399:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,730:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1618:. 0|0:49,0:49:21:.:.:0,21,935:. 0|0:58,0:58:20:.:.:0,20,1068:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,599:. 0|0:81,0:81:47:.:.:0,47,1634:. 0|0:59,0:59:76:.:.:0,76,1223:. 0|0:32,0:32:25:.:.:0,25,581:. 0|0:66,0:66:45:.:.:0,45,1304:. 0|0:40,0:40:71:.:.:0,71,902:. 0|0:42,0:42:75:.:.:0,75,956:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,681:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,646:. 0|0:39,0:39:52:.:.:0,52,865:. 0|0:40,0:40:42:.:.:0,42,782:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,875:. 0|0:44,0:44:90:.:.:0,90,904:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,831:. 0|0:48,0:48:58:.:.:0,58,965:. 0|0:32,0:32:62:.:.:0,62,726:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1507:. 0|0:30,0:30:18:.:.:0,18,612:. 0|0:46,0:46:6:.:.:0,6,815:. 0|0:48,0:48:32:.:.:0,32,928:. 0|0:46,0:46:53:.:.:0,53,880:. 0|0:61,0:61:35:.:.:0,35,1156:. 0|0:33,0:33:41:.:.:0,41,684:. 0|0:50,0:50:27:.:.:0,27,900:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,489:. 0|0:20,0:20:13:.:.:0,13,356:. 0|0:50,0:50:56:.:.:0,56,971:. 0|0:79,0:79:19:.:.:0,19,1434:. 0|0:43,0:43:66:.:.:0,66,912:. 0|0:31,0:31:33:.:.:0,33,649:. 0|0:22,0:22:46:.:.:0,46,492:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,302:. 0|0:60,0:60:4:.:.:0,4,1068:. 0|0:17,0:17:16:.:.:0,16,310:. 0|0:33,0:33:54:.:.:0,54,768:. 0|0:37,0:37:63:.:.:0,63,851:. 0|0:28,0:28:12:.:.:0,12,504:. 0|0:79,0:79:70:.:.:0,70,1538:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,772:. 0|0:26,0:26:50:.:.:0,50,610:. 0|0:63,0:63:32:.:.:0,32,1236:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1113:. 0|0:36,0:36:18:.:.:0,18,728:. 0|0:36,0:36:17:.:.:0,17,687:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1139:. 0|0:53,0:53:56:.:.:0,56,1084:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:42:.:.:0,42,867:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,99:. 0|0:25,0:25:41:.:.:0,41,486:. 0|0:57,0:57:9:.:.:0,9,1101:. 0|0:24,0:24:34:.:.:0,34,480:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,314:. 0|0:37,0:37:36:.:.:0,36,736:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1124:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,494:. 0|0:52,0:52:95:.:.:0,95,1120:. 0|0:26,0:26:61:.:.:0,61,655:. 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,580:. 0|0:26,0:26:15:.:.:0,15,553:. 0|0:35,0:35:88:.:.:0,88,879:. 0|0:56,0:56:86:.:.:0,86,1220:. 0|0:73,0:73:82:.:.:0,82,1480:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,514:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,554:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,753:. 0|0:81,0:81:74:.:.:0,74,1626:. 0|0:48,0:48:69:.:.:0,69,996:. 0|0:36,0:36:48:.:.:0,48,737:. 0|0:48,0:48:73:.:.:0,73,1012:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:29:.:.:0,29,510:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,588:. 0|0:61,0:61:79:.:.:0,79,1267:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,633:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,655:. 0|0:33,0:33:50:.:.:0,50,741:. 0|0:22,0:22:15:.:.:0,15,474:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:28,0:28:65:.:.:0,65,622:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,516:. 0|0:36,0:36:49:.:.:0,49,744:. 0|0:57,0:57:81:.:.:0,81,1135:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,942:. 0|0:17,0:17:34:.:.:0,34,397:. 0|0:26,0:26:18:.:.:0,18,476:. 0|0:23,0:23:10:.:.:0,10,432:. 0|0:30,0:30:17:.:.:0,17,606:. 0|0:34,0:34:85:.:.:0,85,835:. 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,863:. 0|0:35,0:35:51:.:.:0,51,735:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1744:. 0|0:47,0:47:52:.:.:0,52,978:. 0|0:38,0:38:69:.:.:0,69,867:. 0|0:37,0:37:65:.:.:0,65,822:. 0|0:42,0:42:31:.:.:0,31,750:. 0|0:45,0:45:60:.:.:0,60,918:. 0|0:21,0:21:5:.:.:0,5,408:. 0|0:18,0:18:22:.:.:0,22,374:. 0|0:23,0:23:30:.:.:0,30,461:. 0|0:43,0:43:76:.:.:0,76,926:. 0|0:23,0:23:29:.:.:0,29,500:. 0|0:23,0:23:22:.:.:0,22,455:. 0|0:21,0:21:7:.:.:0,7,373:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,219:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,162:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,329:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,899:. 0|0:34,0:34:5:.:.:0,5,605:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,757:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,582:. 0|0:59,0:59:29:.:.:0,29,1066:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,181:. 0|0:51,0:51:26:.:.:0,26,1059:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,536:. 0|0:26,0:26:22:.:.:0,22,470:. 0|0:23,0:23:8:.:.:0,8,395:. 0|0:79,0:79:53:.:.:0,53,1595:. 0|0:32,0:32:3:.:.:0,3,592:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,102:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,727:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,667:. 0|0:40,0:40:20:.:.:0,20,789:. 0|0:21,0:21:50:.:.:0,50,502:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,619:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,448:. 0|0:68,0:68:85:.:.:0,85,1448:. 0|0:30,0:30:71:.:.:0,71,748:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,203:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,614:. 0|0:107,0:107:97:.:.:0,97,2113:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,585:. 0|0:49,0:49:32:.:.:0,32,987:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,34:. 0|0:14,0:14:5:.:.:0,5,278:. 1|1:3,22:25:10:.:.:505,10,0:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,547:. 0|0:15,0:15:21:.:.:0,21,299:. 0|0:30,0:30:61:.:.:0,61,689:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,697:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,127:. 0|0:21,0:21:10:.:.:0,10,415:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,98:. 0|0:50,0:50:97:.:.:0,97,1205:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,196:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,369:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,267:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,503:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,182:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,363:. 1|0:2,5:7:42:.:.:103,0,42:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,544:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,223:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,118:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,449:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,517:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,469:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,598:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,384:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,227:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,224:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,474:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,104:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,309:. 0|0:23,0:23:49:.:.:0,49,659:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,360:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,707:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,101:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,266:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,80:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,147:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,173:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,400:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,36:. 0|0:13,0:13:14:.:.:0,14,305:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,328:. 0|0:9,0:9:14:.:.:0,14,178:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,357:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,527:. 1|1:0,11:11:32:.:.:345,32,0:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,411:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1222:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,808:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,61:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,531:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,757:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1297:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:2 0|0:42,0:42:7:.:.:0,7,886:. 0|0:86,0:86:15:.:.:0,15,1959:. 0|0:54,0:54:5:.:.:0,5,1179:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:0 0|0:81,0:81:84:.:.:0,84,1893:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,841:. 0|0:20,0:20:24:.:.:0,24,491:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:24,0:24:24:.:.:0,24,584:. 0|0:53,0:53:43:.:.:0,43,1176:. 0|0:55,0:55:5:.:.:0,5,1328:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,880:. 0|0:60,0:60:93:.:.:0,93,1629:. 0|0:44,0:44:22:.:.:0,22,1059:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,1723:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,953:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,816:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,977:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,207:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:0 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,305:. 0|0:64,0:64:32:.:.:0,32,1504:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,859:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,981:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1976:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1477:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,648:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,833:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:89,0:89:78:.:.:0,78,2082:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1024:. 0|0:58,0:58:69:.:.:0,69,1395:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,633:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1171:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:. 0|1:13,5:18:92:.:.:92,0,362:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:3 0|1:29,5:34:63:.:.:63,0,624:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:0 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,565:. 0|0:35,0:35:22:.:.:0,22,883:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1192:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,270:. 0|1:9,12:21:99:.:.:276,0,217:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,858:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:39,0:39:10:.:.:0,10,797:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:0 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|1:9,3:12:32:.:.:32,0,206:. 0|0:40,0:40:4:.:.:0,4,962:. 0|0:58,0:58:8:.:.:0,8,1159:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,358:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,2018:. 0|0:52,0:52:26:.:.:0,26,1273:. 0|0:19,0:19:17:.:.:0,17,452:. 0|0:54,0:54:20:.:.:0,20,1342:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,858:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,236:. 0|0:10,0:10:2:.:.:0,2,209:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,335:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,880:. 0|0:20,0:20:2:.:.:0,2,431:. 1|1:0,14:14:41:.:.:421,41,0:. 0|0:25,0:25:19:.:.:0,19,600:. 0|0:32,0:32:33:.:.:0,33,768:. 0|0:33,0:33:61:.:.:0,61,852:. 0|0:32,0:32:3:.:.:0,3,624:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,80:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,116:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,292:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,622:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,445:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,100:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,751:. 0|0:55,0:55:28:.:.:0,28,1179:. 0|0:30,0:30:9:.:.:0,9,718:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,69:. 0|0:18,0:18:24:.:.:0,24,415:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,195:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:5,0:5:2:.:.:0,2,74:. 0|0:27,0:27:46:.:.:0,46,683:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,816:. 0|0:47,0:47:46:.:.:0,46,1067:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:25,0:25:18:.:.:0,18,607:. 0|0:29,0:29:19:.:.:0,19,683:. 0|0:35,0:35:2:.:.:0,2,820:. 0|0:28,0:28:34:.:.:0,34,641:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,168:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,224:. 0|0:37,0:37:19:.:.:0,19,846:. 0|0:22,0:22:30:.:.:0,30,545:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,235:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,964:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,300:. 0|0:54,0:54:27:.:.:0,27,1293:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,1526:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,433:. 0|0:31,0:31:24:.:.:0,24,731:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,275:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,313:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,415:. Pf3D7_01_v3 430677 . A C 147954 PASS FS=0;MQ=60.17;QD=20.6;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0111200;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0111200.1;SOR=0.65;VQSLOD=5.33;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.43;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;GQ_MEAN=123.49;GQ_STDDEV=53.87;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9505;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.72;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7117338;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=0.8447;MLEAC=55;MLEAF=0.011;AN=856;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:83:0,83,1068:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:75:0,75,1125:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1201:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:33,0:33:72:0,72,1022:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1211:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:9,0:9:15:0,15,225:. 0|0:26,0:26:51:0,51,765:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1285:. 0|0:60,0:60:99:0,104,1581:. 0|0:54,0:54:99:0,117,1755:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1083:. 0|0:35,0:35:87:0,87,1305:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1176:. 0|0:50,0:50:99:0,104,1309:. 0|0:71,0:71:99:0,107,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1474:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1396:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:2228,239,0:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1254:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1187:. 0|0:60,0:60:99:0,110,1546:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,113,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1162:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1257:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:0,63,692:. 0|0:72,0:72:99:0,113,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1372:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1161:. 0|0:40,0:40:99:0,109,1218:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1222:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:78:0,78,1170:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,116,1694:. 0|0:52,0:52:99:0,106,1561:. 1|1:0,31:31:93:858,93,0:. 0|0:55,0:55:99:0,112,1520:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1145:. 0|0:32,0:32:81:0,81,907:. 0|0:75,0:75:99:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1202:. 0|0:90,0:90:99:0,116,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1105:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,113,1632:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1036:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1271:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1712:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1189:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,111,1543:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 1|0:89,35:124:99:625,0,2355:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,119,1793:. 0|0:62,0:62:99:0,115,1594:. 0|1:32,6:38:59:59,0,857:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,103,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,118,1690:. 0|0:76,0:76:99:0,109,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,103,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,104,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,110,1625:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,109,1800:. 1|1:0,126:126:99:3516,377,0:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|1:140,38:178:99:541,0,3695:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:2795,300,0:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,115,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,103,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,109,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,114,1771:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,115,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,119,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,119,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,100,1502:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:5190,561,0:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,109,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,119,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,104,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,106,1564:. 0|1:28,81:109:99:1930,0,519:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1525:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1145:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:97,0:97:99:0,106,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,103,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,229:. 0|0:68,0:68:99:0,113,1739:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1638:. 0|0:63,0:63:99:0,113,1599:. 0|0:65,0:65:99:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,104,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,119,1800:. 0|0:78,0:78:22:0,22,1937:. 0|0:106,0:106:99:0,110,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,113,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,112,1621:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1231:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,101,1443:. 0|0:77,0:77:99:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,118,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,114,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,106,1698:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1550:. 0|0:65,0:65:99:0,115,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1471:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,107,1497:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1075:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1519:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1323:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,101,1557:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,100,1681:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1375:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1384:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1019:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1265:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1218:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1256:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 1|0:57,33:90:99:620,0,1498:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1252:. 0|0:114,0:114:99:0,106,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,988:. 0|0:103,0:103:99:0,107,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|1:113,52:165:99:972,0,2923:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1696:. 0|0:3,0:3:9:0,9,93:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,117,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,100,1762:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1403:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:59,0:59:99:0,100,1467:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,101,1712:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,109,1768:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1481:. 0|0:73,0:73:99:0,112,1735:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:0,36,371:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1474:. 0|0:26,0:26:63:0,63,945:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:77,0:77:99:0,104,1800:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,107,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,113,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,101,1800:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:68,0:68:99:0,107,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,113,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,100,1800:. 0|0:26,0:26:54:0,54,810:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,115,1800:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:0,48,559:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1796:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,119,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,110,1800:. 1|1:0,316:316:99:10754,950,0:. 0|0:261,0:261:99:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:0,57,696:. 0|0:7,0:7:21:0,21,241:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:54,0:54:99:0,109,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,109,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,108,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,107,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1506:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,112,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,103,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:145,0:145:99:0,112,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,102,1800:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,108,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:0,39,585:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:0,33,379:. 0|0:150,0:150:99:0,114,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,104,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,107,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,113,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,112,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,106,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,107,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,117,1800:. 0|0:86,0:86:79:0,79,2518:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:168,0:168:99:0,106,1800:. 1|1:1,84:85:99:2518,242,0:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1575:. 1|1:1,62:63:99:2022,152,0:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1800:. 0|0:50,0:50:79:0,79,1550:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1451:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:72:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:42:0,42,630:. 0|0:53,0:53:99:0,117,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,100,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1634:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,104,1800:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1356:. 0|0:21,0:21:41:0,41,652:. 0|0:26,0:26:57:0,57,855:. 0|0:9,0:9:27:0,27,309:. 0|0:76,0:76:99:0,119,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,105,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,249:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,114,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1755:. 0|0:70,0:70:99:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,103,1423:. 0|0:225,0:225:99:0,107,1800:. 0|0:35,0:35:78:0,78,1170:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,106,1800:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:13,0:13:30:0,30,450:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1522:. Pf3D7_01_v3 431434 . A T 555424 PASS FS=0;MQ=61.93;QD=23.52;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.681;VQSLOD=7.44;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.1;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.3882;FractionInformativeReads=0.998;GC=14.29;GQ_MEAN=45.1;GQ_STDDEV=50.86;HRun=3;InbreedingCoeff=0.0962;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.031;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=5286487;AF=0.065;AS_InbreedingCoeff=0.1529;MLEAC=338;MLEAF=0.065;AN=852;AC=86 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,875:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,888:. 0|0:30,0:30:67:.:.:0,67,915:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:61:.:.:0,61,887:. 0|0:21,0:21:47:.:.:0,47,628:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:6,21:27:99:.:.:604,0,109:. 0|1:7,6:13:99:.:.:155,0,172:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,9:9:27:.:.:278,27,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1392:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1367:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:77:.:.:0,77,1008:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:11,0:11:4:.:.:0,4,248:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1221:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1200:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1659:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1314:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1732:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1588:. 0|0:34,0:34:80:.:.:0,80,946:. 0|0:43,0:43:54:.:.:0,54,1064:. 1|0:4,26:30:35:.:.:696,0,35:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,24:39:99:.:.:585,0,306:. 0|0:32,0:32:80:.:.:0,80,881:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1681:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1779:. 0|0:36,0:36:51:.:.:0,51,965:. 0|0:21,0:21:47:.:.:0,47,604:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1471:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1087:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,520:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1610,127,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:95:.:.:0,95,1306:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:29,10:39:99:.:.:188,0,779:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1351:. 0|0:49,0:49:80:.:.:0,80,1232:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1564:. 0|1:47,17:64:99:.:.:291,0,1169:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1268:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:38,8:46:89:.:.:89,0,989:. 0|1:33,18:51:99:.:.:388,0,850:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1667:. 0|0:35,0:35:91:.:.:0,91,1011:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1585:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1029:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,790:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1557:. 0|0:43,0:43:21:.:.:0,21,988:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1486:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,894:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1721:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1539:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,748:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1115:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,698:. 0|1:20,18:38:99:.:.:427,0,506:. 0|1:24,7:31:98:.:.:98,0,639:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1226:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1488:. 0|0:49,3:52:64:.:.:0,64,1346:. 1|0:6,25:31:96:.:.:676,0,96:. 1|1:2,54:56:99:.:.:1525,107,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,19:21:1:.:.:509,1,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,7:46:58:.:.:58,0,1055:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,1:11:3:0|1:431434_A_T:0,3,344:. 0|0:78,0:78:67:.:.:0,67,1856:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1588:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1616:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,82:106:99:.:.:2203,0,428:. 0|1:21,28:49:99:.:.:696,0,502:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,14:66:99:.:.:234,0,1404:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:92:.:.:0,92,1797:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1584:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,12:72:99:.:.:155,0,1688:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1750:. 0|0:68,4:72:96:.:.:0,96,1994:. 0|0:62,3:65:99:.:.:0,103,1784:. 0|0:65,0:65:27:.:.:0,27,1512:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1774:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1688:. 0|0:48,0:48:46:.:.:0,46,1080:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2325,237,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:20,29:49:99:.:.:753,0,456:. 1|0:12,34:46:99:.:.:892,0,223:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1643:. 1|0:42,13:55:99:.:.:217,0,1120:. 0|1:18,37:55:99:.:.:976,0,392:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1417:. 0|0:45,0:45:78:.:.:0,78,1157:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1479,147,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1265:. 0|0:58,3:61:92:.:.:0,92,1696:. 0|0:32,0:32:91:.:.:0,91,1038:. 0|0:53,0:53:76:.:.:0,76,1390:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1387,138,0:. 0|0:35,0:35:74:.:.:0,74,969:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1260:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2241,226,0:. 1|0:54,6:60:8:.:.:8,0,1541:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1221:. 1|0:41,15:56:99:.:.:292,0,1075:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1488:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,146:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:97:.:.:0,97,1564:. 0|0:52,0:52:92:.:.:0,92,1390:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1240:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:64,10:74:95:.:.:95,0,1752:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,6:72:28:.:.:0,28,1838:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1647:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,116,1224:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1676:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1237:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1437:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1352:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1273:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,20:36:99:.:.:471,0,374:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1760:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:92:.:.:0,92,1464:. 1|0:5,14:19:95:.:.:377,0,95:. 0|0:46,0:46:42:.:.:0,42,1088:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1203:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1562:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,116,1480:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1302:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1470:. 0|0:43,0:43:4:.:.:0,4,975:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1502:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1533:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1381:. 1|1:0,26:26:78:.:.:800,78,0:. 0|0:38,0:38:80:.:.:0,80,1058:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:97:.:.:0,97,999:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:61:.:.:0,61,1026:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:46:.:.:0,46,1397:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1512:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1413:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,925:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:23,0:23:26:.:.:0,26,569:. 1|0:11,61:72:99:.:.:1651,0,137:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1276:. 0|0:56,0:56:16:.:.:0,16,1239:. 0|0:40,0:40:59:.:.:0,59,1078:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1318:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,106:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:40,26:66:99:.:.:540,0,1054:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1702:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:22,4:26:47:.:.:47,0,590:. 0|0:19,0:19:37:.:.:0,37,525:. 0|0:36,0:36:73:.:.:0,73,1014:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:27:.:.:0,27,3092:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,363:. 0|0:33,0:33:82:.:.:0,82,935:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,8:47:98:.:.:98,0,1061:. 0|0:41,0:41:71:.:.:0,71,1030:. 0|0:61,0:61:98:.:.:0,98,1463:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1246:. 0|0:33,0:33:61:.:.:0,61,860:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:15:.:.:0,15,380:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1571:. 0|0:41,0:41:68:.:.:0,68,1171:. 0|0:72,0:72:87:.:.:0,87,2190:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1258:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1678:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1607:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1361,114,0:. 0|0:40,0:40:80:.:.:0,80,1313:. 1|1:2,37:39:43:.:.:1217,43,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1470:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,141:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1564:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,57:58:99:.:.:1941,137,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1726:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1460:. 0|0:49,0:49:98:.:.:0,98,1557:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1819,156,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1393:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1639:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1607:. 0|0:29,0:29:74:.:.:0,74,872:. 0|0:31,0:31:70:.:.:0,70,1014:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1576:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,618:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1283:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1494:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1622:. 0|0:53,0:53:88:.:.:0,88,1629:. 1|1:0,27:27:81:.:.:934,81,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1473:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1758:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1149,102,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,474:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,238:. 0|0:45,0:45:67:.:.:0,67,1319:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1583:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2344,204,0:. 1|1:1,89:90:99:.:.:3050,234,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,4119:. 1|1:1,75:76:99:.:.:2503,194,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1473:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,784:. 1|1:7,76:83:33:.:.:2351,33,0:. 0|1:9,51:60:99:.:.:1570,0,121:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,5:83:69:.:.:0,69,2558:. 1|1:3,78:81:99:.:.:2596,135,0:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,3165:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1568:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,2874:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,325:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:18:.:.:0,18,1309:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:70:.:.:0,70,969:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:19,0:19:21:.:.:0,21,554:. 1|0:13,73:86:99:.:.:2273,0,172:. 0|0:152,0:152:0:.:.:0,0,3841:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:32:.:.:0,32,3230:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:65:.:.:0,65,1876:. 0|1:49,31:80:99:.:.:760,0,1480:. 1|0:4,37:41:22:.:.:1112,0,22:. 1|0:31,19:50:99:.:.:487,0,927:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,170:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,2994:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,3:59:72:.:.:0,72,1931:. 0|1:42,15:57:99:.:.:363,0,1265:. 0|0:77,5:82:59:.:.:0,59,2540:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:95,0:95:19:.:.:0,19,2659:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1539:. 1|0:49,23:72:99:.:.:583,0,1582:. 1|1:3,143:146:99:.:.:4851,332,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:32,0:32:80:.:.:0,80,999:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:118,0:118:76:.:.:0,76,3355:. 0|0:30,0:30:43:.:.:0,43,865:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1178:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1162:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1559:. 1|0:4,24:28:62:.:.:784,0,62:. 0|0:32,0:32:70:.:.:0,70,997:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1693:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1556:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1553:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,560:. 0|0:10,0:10:14:.:.:0,14,285:. 0|0:40,0:40:88:.:.:0,88,1274:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1359:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1722:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1313:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1730:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2095,183,0:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,731:. 1|0:13,15:28:99:.:.:436,0,332:. 1|1:0,12:12:36:.:.:412,36,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,230:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,128:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,192:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1508:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1739:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1508:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1093:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,2:56:95:.:.:0,95,1824:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1833,156,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1119:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,525:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,474:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1489:. Pf3D7_01_v3 433161 . A G 175964 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=19.18;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L628;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tta/Cta;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0111300;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0111300.1;SOR=0.698;VQSLOD=5.54;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=-0.0015;NCC=0;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=93.5;GQ_STDDEV=41.15;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.543;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=9100982;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=-0.0485;MLEAC=55;MLEAF=0.01;AN=858;AC=3 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:0,99,1226:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1453:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1618:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:90:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:87:0,87,1305:. 0|0:55,0:55:99:0,113,1620:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1320:. 0|0:50,0:50:99:0,115,1612:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1483:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1450:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:48:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1128:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1353:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1090:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1602:. 0|0:52,0:52:99:0,119,1428:. 0|0:149,0:149:99:0,113,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1141:. 0|0:39,0:39:99:0,106,1218:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:17,0:17:36:0,36,540:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1303:. 0|0:55,0:55:99:0,109,1567:. 0|0:82,0:82:99:0,111,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,118,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1238:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1564:. 0|0:108,0:108:99:0,115,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1146:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1111:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1288:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1584:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:0,84,943:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1256:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:73,0:73:99:0,107,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1073:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1421:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1570:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1499:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1057:. 0|0:81,0:81:99:0,107,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:0,102,982:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1112:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1211:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1674:. 0|0:37,0:37:99:0,99,962:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1369:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1320:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1519:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1199:. 0|0:68,0:68:99:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1070:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,112,1454:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1751:. 0|0:100,0:100:99:0,102,1530:. 1|1:0,118:118:99:3246,353,0:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1116:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,109,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,106,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,117,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,117,1755:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,106,1531:. 0|0:93,0:93:99:0,107,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,119,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,104,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,107,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,104,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,107,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,99,1485:. 0|0:157,0:157:99:0,99,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,117,1755:. 0|0:121,0:121:99:0,102,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,106,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,112,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,107,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,111,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,99,1493:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,106,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,117,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,114,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,100,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,101,1471:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1660:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1647:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1351:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,107,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,117,1755:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,100,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,103,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,198:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1285:. 0|0:70,0:70:99:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,114,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,116,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,111,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1457:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1620:. 0|0:104,0:104:99:0,105,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,99,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:154,0:154:99:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,112,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,100,1530:. 0|0:111,0:111:99:0,99,1485:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,111,1665:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,114,1682:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1243:. 0|0:57,0:57:99:0,107,1639:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1620:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1620:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1502:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1184:. 0|0:57,0:57:99:0,116,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,107,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1374:. 0|0:108,0:108:99:0,103,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1358:. 0|0:38,0:38:99:0,99,985:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1332:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1245:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1666:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1575:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1226:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:90,0:90:99:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1421:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1503:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,115,1755:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1292:. 0|0:28,0:28:84:0,84,811:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:220,0:220:99:0,105,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,104,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,639:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1106:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:0,103,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,107,1800:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1118:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1731:. 0|0:50,0:50:99:0,112,1524:. 0|0:137,0:137:99:0,111,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 1|0:104,79:183:99:2160,0,3217:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,119,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,101,1800:. 0|0:19,0:19:57:0,57,685:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1724:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,99,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,99,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,117,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1333:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:78:0,78,1170:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,101,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,114,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1514:. 0|0:27,0:27:78:0,78,1170:. 0|0:67,0:67:.:.:108 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:.:.:120 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:.:.:104 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:.:.:120 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1707:. 0|0:196,0:196:.:.:120 0|0:50,0:50:99:0,109,1755:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,103,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,110,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,101,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:.:.:120 0|0:65,0:65:99:0,110,1800:. 0|0:145,0:145:.:.:120 0|0:35,0:35:99:0,99,1450:. 0|0:119,0:119:99:0,107,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,115,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,105,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:111 0|0:147,0:147:99:0,101,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,105,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:116 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:120 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:120 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:120 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:.:.:120 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:120 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,118,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:117 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:.:.:120 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:.:.:120 0|0:165,0:165:.:.:120 0|0:87,0:87:99:0,102,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:.:.:120 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:.:.:120 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,112,1768:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:.:.:120 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:120 0|0:55,0:55:99:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1602:. 0|0:73,0:73:99:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:0,116,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1334:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,107,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1469:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1456:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,110,1669:. 0|0:68,0:68:99:0,104,1735:. 0|0:50,0:50:99:0,110,1655:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,115,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1492:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1582:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1361:. 0|0:21,0:21:60:0,60,762:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:96,0:96:99:0,116,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,112,1643:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,107,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,106,1508:. 0|0:85,0:85:99:0,110,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,104,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:0,116,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,110,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1310:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,115,1800:. Pf3D7_01_v3 433264 . T C 154051 PASS FS=0;MQ=59.96;QD=22.23;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q593;SNPEFF_CODON_CHANGE=caA/caG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0111300;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0111300.1;SOR=0.707;VQSLOD=5;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=0;NCC=1;BaseQRankSum=4.12;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=145.62;GQ_STDDEV=131.01;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.314;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9246463;AF=0.005896;AS_InbreedingCoeff=-0.0323;MLEAC=31;MLEAF=0.005896;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:0,99,1226:. 0|0:44,0:44:99:0,109,1453:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1618:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:9:0,9,1528:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:0,99,981:. 0|0:55,0:55:99:0,113,1620:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1320:. 0|0:50,0:50:99:0,115,1612:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1483:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1450:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 1|1:2,33:35:41:903,41,0:. 1|1:0,37:37:99:1136,111,0:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1602:. 1|1:0,69:69:99:1981,207,0:. 0|0:149,0:149:99:0,113,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1141:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1466:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1407:. 0|0:82,0:82:99:0,111,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,118,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1238:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1564:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1146:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1111:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1288:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1584:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:0,75,793:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1256:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:73,0:73:99:0,107,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1073:. 1|0:28,88:116:99:2140,0,520:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1421:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1570:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1499:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1057:. 0|0:81,0:81:99:0,107,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:0,102,982:. 1|0:51,25:76:99:503,0,1273:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1112:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1211:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 1|0:19,77:96:99:1924,0,300:. 0|0:37,0:37:99:0,99,962:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1369:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1320:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1519:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1199:. 0|0:68,0:68:99:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1070:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|1:74,48:122:99:984,0,1849:. 0|0:48,0:48:99:0,112,1454:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1751:. 0|0:100,0:100:99:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1116:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,109,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,106,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,117,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,117,1755:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,106,1531:. 0|0:93,0:93:99:0,107,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,119,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,104,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,107,1800:. 1|1:0,186:186:99:5163,557,0:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,104,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,107,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,99,1485:. 0|0:157,0:157:99:0,99,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,117,1755:. 0|0:121,0:121:99:0,102,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,106,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,112,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,107,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,111,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,99,1493:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,106,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,117,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,114,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,100,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,101,1471:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1660:. 0|0:62,0:62:99:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1647:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1351:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 1|1:1,115:116:99:3204,316,0:. 0|0:113,0:113:99:0,117,1755:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,100,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,103,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:0,48,468:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1285:. 0|0:70,0:70:99:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,114,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,116,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,111,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1457:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1620:. 0|0:104,0:104:99:0,105,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,99,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:154,0:154:99:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,112,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,100,1530:. 0|0:111,0:111:99:0,99,1485:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,111,1665:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,114,1682:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1243:. 0|0:57,0:57:99:0,107,1639:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1620:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1620:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1502:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1184:. 0|0:57,0:57:99:0,116,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,107,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1374:. 0|0:108,0:108:99:0,103,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,108,1620:. 1|0:49,33:82:99:697,0,1279:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1358:. 0|0:38,0:38:99:0,99,985:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1332:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1245:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1666:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1575:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1226:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:90,0:90:99:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,100,1421:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1503:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,115,1755:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1292:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:220,0:220:99:0,105,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,104,1800:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1135:. 0|1:48,120:168:99:2797,0,914:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:0,103,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,107,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1118:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1731:. 0|0:50,0:50:99:0,112,1524:. 0|0:137,0:137:99:0,111,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,119,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,101,1800:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1724:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,99,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,99,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,117,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:0,104,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,979:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,101,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,114,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1514:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:67,0:67:.:.:108 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:.:.:120 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:.:.:104 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:.:.:120 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1707:. 0|0:196,0:196:.:.:120 0|0:50,0:50:99:0,109,1755:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,103,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,110,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,101,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:.:.:120 0|0:65,0:65:99:0,110,1800:. 0|0:145,0:145:.:.:120 0|0:35,0:35:99:0,99,1450:. 0|0:119,0:119:99:0,107,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,115,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,105,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:111 0|0:147,0:147:99:0,101,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,105,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:116 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:120 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:120 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:120 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:.:.:120 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:120 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,118,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:117 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:.:.:120 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:.:.:120 0|0:165,0:165:.:.:120 0|0:87,0:87:99:0,102,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:.:.:120 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:.:.:120 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,112,1768:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:.:.:120 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:120 0|0:55,0:55:99:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,111,1602:. 0|0:73,0:73:99:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:0,116,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1334:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,107,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1469:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1456:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,110,1669:. 0|0:68,0:68:99:0,104,1735:. 0|0:50,0:50:99:0,110,1655:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,115,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1492:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1582:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1361:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1063:. 0|0:96,0:96:99:0,116,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,112,1643:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,107,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,106,1508:. 0|0:85,0:85:99:0,110,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,104,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:0,116,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,110,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1310:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,115,1800:. Pf3D7_01_v3 438733 . A C 3.20179e+06 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=24.35;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.697;VQSLOD=5.68;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.12;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=28.57;GQ_MEAN=496.81;GQ_STDDEV=722.66;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8131;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.275;culprit=FS;set=snp;DP=5441526;AF=0.233;AS_InbreedingCoeff=0.6234;MLEAC=1233;MLEAF=0.236;AN=854;AC=345 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,44:100:99:.:.:964,0,1513:. 0|1:46,53:99:99:1|0:438705_A_T:1213,0,1584:. 1|0:11,75:86:73:.:.:1873,0,73:. 1|0:14,83:97:99:.:.:2101,0,155:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1526:. 1|0:58,9:67:68:.:.:68,0,1625:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1204:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:17:.:.:0,17,1387:. 1|1:0,32:32:96:.:.:921,96,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1345:. 1|1:0,8:8:24:.:.:234,24,0:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:60:.:.:0,60,908:. 1|0:45,19:64:99:0|1:438709_G_GTATAA:568,0,3072:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1025:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:62:.:.:0,62,671:. 0|1:18,43:61:99:.:.:954,0,340:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,371:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,1035:. 1|0:22,32:54:99:.:.:679,0,472:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1584:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:147,58:205:99:.:.:950,0,3721:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1045:. 0|0:114,0:114:0:.:.:0,0,2686:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1640,180,0:. 0|1:22,8:30:99:.:.:128,0,568:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,847:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,816:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1399:. 1|1:1,66:67:99:.:.:1763,190,0:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1020,111,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1462:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1429:. 0|1:30,10:40:99:.:.:164,0,749:. 1|1:1,27:28:52:.:.:735,52,0:. 1|0:47,10:57:99:.:.:101,0,1226:. 1|0:24,23:47:99:.:.:480,0,568:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1941,210,0:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,393:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2287,248,0:. 0|0:49,0:49:35:.:.:0,35,1241:. 1|0:16,57:73:99:.:.:1320,0,280:. 1|1:1,38:39:87:.:.:1000,87,0:. 0|0:38,0:38:29:.:.:0,29,971:. 0|1:31,39:70:99:.:.:837,0,706:. 0|1:49,43:92:99:.:.:902,0,1176:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1145:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1917,207,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5521,600,0:. 1|1:1,17:18:25:.:.:438,25,0:. 1|0:56,15:71:99:.:.:198,0,1484:. 1|0:50,37:87:99:.:.:764,0,1246:. 0|1:45,8:53:65:.:.:65,0,1177:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,567:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1296:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,24:24:72:.:.:660,72,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1549:. 1|0:12,39:51:99:.:.:916,0,212:. 1|1:5,49:54:6:.:.:1189,6,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,950:. 0|1:110,19:129:99:.:.:135,0,2926:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,889:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1224:. 1|1:1,41:42:94:1|1:438709_G_GTATAA:1516,94,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,962:. 1|1:0,32:32:96:.:.:895,96,0:. 1|0:45,15:60:99:.:.:213,0,1185:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1178:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1485:. 1|1:2,88:90:99:.:.:2317,210,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1118,120,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1101:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1636:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1421:. 1|0:41,22:63:99:.:.:418,0,1003:. 1|0:23,10:33:99:.:.:166,0,587:. 0|0:77,0:77:67:.:.:0,67,1992:. 0|1:71,13:84:87:.:.:87,0,1802:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1273:. 1|1:4,143:147:99:.:.:3778,317,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,106:106:99:.:.:2860,318,0:. 0|1:12,51:63:99:.:.:1234,0,160:. 0|0:80,0:80:75:.:.:0,75,2056:. 0|1:32,57:89:99:.:.:1253,0,705:. 1|1:1,141:142:99:.:.:3888,395,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1406:. 1|1:1,143:144:99:.:.:3916,400,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:438709_G_GTATAA:3361,253,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1364:. 1|1:0,108:108:99:.:.:2947,324,0:. 1|0:20,87:107:99:.:.:2004,0,229:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1604:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,141:142:99:.:.:3851,395,0:. 0|1:40,24:64:99:.:.:446,0,1012:. 1|0:66,49:115:99:.:.:1003,0,1635:. 1|0:76,20:96:99:.:.:271,0,1934:. 1|1:7,89:96:80:.:.:2242,80,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:76:.:.:0,76,1602:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2270,252,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3147,348,0:. 1|1:0,82:82:99:1|1:438709_G_GTATAA:3406,250,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:3831,425,0:. 0|1:25,45:70:99:.:.:987,0,566:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2554,293,0:. 0|1:23,64:87:99:0|1:438709_G_GTATAA:1974,0,406:. 0|0:78,0:78:45:.:.:0,45,1969:. 1|0:11,42:53:99:.:.:933,0,158:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1254:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3587,402,0:. 1|0:49,14:63:99:.:.:181,0,1332:. 1|0:39,74:113:99:.:.:1672,0,808:. 1|0:47,72:119:99:.:.:1548,0,1027:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1100:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1530:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2443,279,0:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3289,371,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1052:. 0|1:22,64:86:99:.:.:1485,0,401:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1353:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1586:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1679,191,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1248:. 1|1:0,36:36:99:.:.:978,108,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1185,132,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:26,0:26:50:.:.:0,50,735:. 0|1:44,40:84:99:.:.:805,0,1116:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1332:. 0|1:25,28:53:99:.:.:591,0,529:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,976:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:79,0:79:17:.:.:0,17,1890:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1176:. 1|0:59,27:86:99:.:.:478,0,1532:. 1|0:27,25:52:99:.:.:536,0,660:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1628:. 0|1:76,37:113:99:.:.:662,0,1916:. 0|1:70,39:109:99:.:.:730,0,1804:. 1|1:2,97:99:99:.:.:2617,236,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:194,21,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2484,264,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,932:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1673,180,0:. 1|0:21,31:52:99:.:.:664,0,469:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,31:99:99:.:.:569,0,1715:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1488,162,0:. 1|0:72,34:106:99:.:.:868,0,1876:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1290:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1373:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,953:. 1|0:33,51:84:99:.:.:1127,0,752:. 0|1:87,13:100:64:.:.:64,0,2218:. 1|0:80,23:103:99:.:.:341,0,2111:. 0|1:41,18:59:99:.:.:315,0,1041:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1278:. 1|1:1,52:53:70:1|1:438709_G_GTATAA:1935,70,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2687,294,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1307:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,61:62:99:.:.:1575,155,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1219:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,71:72:99:.:.:1964,185,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1527,171,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1493:. 1|1:0,61:61:99:1|1:438709_G_GTATAA:2523,183,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1553:. 1|0:36,18:54:99:.:.:300,0,901:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2073,230,0:. 0|1:71,27:98:99:.:.:446,0,1789:. 1|0:11,50:61:99:0|1:438709_G_GTATAA:1711,0,746:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1049,117,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1208,135,0:. 1|0:22,14:36:99:.:.:266,0,527:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,924:. 0|1:27,34:61:99:.:.:767,0,629:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2144,214,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1006:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3145,341,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1111:. 0|0:41,0:41:46:.:.:0,46,1051:. 1|0:22,71:93:99:.:.:1552,0,379:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1281,141,0:. 1|0:25,7:32:95:.:.:95,0,657:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1155:. 0|1:11,27:38:99:.:.:629,0,183:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:12,27:39:99:.:.:595,0,233:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1281:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,746:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1600,171,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1726:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,934:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1312,141,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:850,93,0:. 1|1:0,141:141:99:.:.:3793,422,0:. 1|1:0,30:30:90:.:.:845,90,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1366:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1430:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1159:. 1|0:28,6:34:64:.:.:64,0,724:. 0|1:94,27:121:99:.:.:376,0,2533:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1181:. 0|0:0,2:2:50:0|1:438709_G_GTATAA:81,0,50:. 0|1:38,65:103:99:0|1:438709_G_GTATAA:1693,0,811:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1376,150,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2856,312,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1641,180,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2731,297,0:. 0|1:26,32:58:99:.:.:675,0,612:. 1|1:6,102:108:99:.:.:2582,139,0:. 0|1:7,30:37:87:.:.:1015,0,87:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,250:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1335:. 0|1:167,35:202:99:.:.:385,0,4435:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1157:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:16,0:16:17:.:.:0,17,394:. 1|1:0,26:26:78:.:.:706,78,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1550:. 0|1:11,46:57:99:.:.:1108,0,172:. 0|0:35,0:35:47:.:.:0,47,949:. 0|1:23,43:66:99:.:.:980,0,503:. 1|1:3,51:54:68:.:.:1333,68,0:. 1|0:3,5:8:70:.:.:113,0,70:. 0|1:26,15:41:99:.:.:313,0,646:. 1|1:0,30:30:90:.:.:800,90,0:. 1|1:5,84:89:99:.:.:2158,108,0:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,300:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1854,168,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1135:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3120,280,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,88:89:99:.:.:2831,236,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2160,192,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1338:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2675,238,0:. 1|1:0,89:89:99:.:.:3040,268,0:. 1|1:0,6:6:18:1|1:438709_G_GTATAA:258,18,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1228:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1597:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1317:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1266:. 1|1:5,86:91:96:.:.:2708,96,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3581,325,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2282,204,0:. 1|0:23,44:67:99:.:.:1298,0,616:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:48,21:69:99:.:.:473,0,1511:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1233,111,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:885,78,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1416:. 1|1:0,17:17:51:.:.:560,51,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1086,99,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1404:. 1|1:2,52:54:87:.:.:1696,87,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1140:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3251,289,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1356:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2675,227,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9192,821,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:558,51,0:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,770:. 0|0:48,0:48:7:.:.:0,7,1312:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3852,358,0:. 1|1:1,144:145:99:.:.:4508,398,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1373:. 1|1:0,145:145:99:1|1:438709_G_GTATAA:5827,439,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1117:. 1|0:53,85:138:99:.:.:2382,0,1425:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1323:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1560:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1221,108,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1082:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1322,126,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4509,432,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,105:132:99:.:.:3028,0,492:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1748:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,134:154:99:.:.:3928,0,213:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1322:. 0|0:81,0:81:95:.:.:0,95,2351:. 0|1:20,9:29:99:.:.:210,0,594:. 1|1:7,136:143:99:.:.:4102,170,0:. 0|1:36,80:116:99:.:.:2244,0,839:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1198:. 1|1:0,128:128:99:.:.:4151,385,0:. 1|1:0,161:161:99:.:.:5267,484,0:. 0|1:130,20:150:99:.:.:169,0,3937:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1339:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,973:. 1|1:1,118:119:99:1|1:438709_G_GTATAA:4915,329,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,119,1513:. 1|1:2,138:140:99:.:.:4300,346,0:. 1|1:1,22:23:35:.:.:642,35,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1603:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,502:. 0|1:101,19:120:99:.:.:231,0,3010:. 1|1:1,92:93:99:.:.:2813,244,0:. 0|1:12,69:81:99:.:.:2234,0,139:. 0|1:43,36:79:99:.:.:889,0,1166:. 1|0:15,122:137:76:.:.:3462,0,76:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3145,315,0:. 0|0:122,0:122:56:.:.:0,56,3345:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1568:. 0|1:18,17:35:99:.:.:401,0,446:. 0|1:17,126:143:99:.:.:3608,0,131:. 1|0:13,57:70:99:.:.:1582,0,228:. 0|1:26,69:95:99:.:.:1895,0,508:. 1|0:1,11:12:0:.:.:322,0,0:. 0|0:120,0:120:74:.:.:0,74,3438:. 1|1:2,87:89:99:.:.:2615,196,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1217:. 0|0:132,0:132:48:.:.:0,48,3721:. 1|0:62,10:72:82:.:.:82,0,1856:. 1|0:17,55:72:99:.:.:1624,0,374:. 1|1:12,127:139:7:.:.:3718,7,0:. 0|0:97,0:97:88:.:.:0,88,2798:. 1|1:4,61:65:53:.:.:1818,53,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1185:. 1|1:4,82:86:99:.:.:2472,116,0:. 1|1:1,312:313:99:.:.:9944,904,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1586:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1114:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2099,201,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1396:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1135:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:29,33:62:99:0|1:438709_G_GTATAA:1214,0,2271:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2610,252,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1344:. 0|1:55,16:71:99:.:.:294,0,1729:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2514,234,0:. 0|1:70,32:102:99:.:.:686,0,2028:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3131,292,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3033,279,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3429,333,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1207,108,0:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,988:. 1|1:2,101:103:99:.:.:3189,237,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2623,243,0:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3988,372,0:. 1|1:5,129:134:99:.:.:4073,220,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,885:. 0|1:34,36:70:99:.:.:892,0,996:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,34:34:99:1|1:438709_G_GTATAA:1086,102,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:453,45,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 1|0:57,65:122:99:.:.:1730,0,1444:. 0|1:74,81:155:99:.:.:2115,0,2016:. 1|1:0,6:6:18:.:.:205,18,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3495,330,0:. 1|0:99,23:122:99:.:.:396,0,2909:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1200:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4125,393,0:. 0|1:81,11:92:49:.:.:49,0,2494:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1199:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,112,1314:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1510:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,813:. 1|1:0,14:14:42:.:.:441,42,0:. 1|1:5,186:191:99:.:.:5772,391,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1157:. Pf3D7_01_v3 438835 . A T 324802 PASS FS=0;MQ=60.42;QD=20.66;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.693;VQSLOD=6.93;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=133.1;GQ_STDDEV=106.35;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6579;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.499;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=5213350;AF=0.034;AS_InbreedingCoeff=0.9897;MLEAC=177;MLEAF=0.034;AN=858;AC=29 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1646:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,235:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1366:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1586:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1311:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1153:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1406:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,211:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1506:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1297:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1064:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2328,239,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:36,9:45:99:.:.:141,0,1331:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1089:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1399:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1291:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1680:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1093:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:40,9:49:99:.:.:124,0,1108:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,759:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1223:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1380:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:10:.:.:0,10,2876:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1145:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3322,330,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,852:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1609:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1316:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1296:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1549:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1362:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1012:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1326:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1282:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1258:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1316:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1178:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,43:49:41:.:.:1145,0,41:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1620:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1101:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,27:77:99:.:.:570,0,1304:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1425:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1273:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1687:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1117:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:164,30:194:99:.:.:324,0,4561:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1168:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1604:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,60:166:99:.:.:1227,0,2700:. 0|0:120,0:120:72:.:.:0,72,3120:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3587,367,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1396:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1755:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1254:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1445:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1100:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1353:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1586:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1147:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1306:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1332:. 0|1:27,38:65:99:.:.:959,0,589:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1456:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1176:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1300:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,365:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1286:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1186:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,37:127:99:.:.:726,0,2453:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1290:. 0|1:65,19:84:99:.:.:296,0,1756:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1406:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,11:74:99:.:.:118,0,1696:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,44:112:99:.:.:981,0,1768:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1219:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1514:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1504:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1146:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,25:70:99:.:.:525,0,1121:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,15:107:99:.:.:132,0,2707:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1310:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1339:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1353:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1268:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1006:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1111:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1220:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1218:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1247:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,934:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1241:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1242:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1555:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1349:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1366:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1430:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1245:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1181:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,224:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1662:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1376:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,494:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1443:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1157:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1550:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1264:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1778:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1062:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,638:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1722:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1436:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1445:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1491:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1338:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,116:116:99:.:.:4067,348,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,272:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1228:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1597:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1317:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1637:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1171:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1615:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1175:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1074:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1416:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,631:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1822:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1404:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1400:. 1|1:0,113:113:99:.:.:4074,340,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1356:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1692:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,733:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1373:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1117:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1323:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1560:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1521:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1748:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1322:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1494:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1569:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1198:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:1,232:233:99:.:.:7883,668,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1411:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,119,1513:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,20:21:25:.:.:588,25,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1603:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1773:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1568:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1314:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1785:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,328:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1217:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1231:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1586:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1114:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1552:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1396:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1135:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1344:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1249:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1358:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1290:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1479:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1328:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,988:. 1|1:4,145:149:99:.:.:4771,276,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1509:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1736:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,295:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1200:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1199:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,112,1128:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,112,1314:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1510:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,176:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1157:. Pf3D7_01_v3 445541 . G T 60024.1 PASS FS=3.119;MQ=61.07;QD=17.57;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=1.025;VQSLOD=3.35;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.9979;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=93.53;GQ_STDDEV=49.56;HRun=1;InbreedingCoeff=0.2306;NCC=0;BaseQRankSum=2.76;ClippingRankSum=-0.266;MQRankSum=-0.27;POSITIVE_TRAIN_SITE;ReadPosRankSum=0.139;culprit=FS;set=snp;DP=3301891;AF=0.017;AS_InbreedingCoeff=0.2306;MLEAC=87;MLEAF=0.017;AN=842;AC=4 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1373:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1441:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1580:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1163:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1118:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1403:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1331:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,414:. 0|0:31,0:31:82:.:.:0,82,910:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,428:. 0|0:30,0:30:50:.:.:0,50,764:. 0|0:49,0:49:84:.:.:0,84,1259:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1305:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1284:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,396:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,747:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1206:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,115:. 0|0:39,0:39:67:.:.:0,67,986:. 0|0:32,0:32:61:.:.:0,61,814:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,862:. 0|0:68,3:71:99:.:.:0,118,1848:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1156:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,666:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,730:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,903:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1047:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1012:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1100:. 0|0:28,0:28:53:.:.:0,53,709:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,947:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,941:. 0|0:32,0:32:80:.:.:0,80,855:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,384:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1357:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1383:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,992:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1038:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,679:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1601:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,746:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,905:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,538:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1441:. 0|0:19,0:19:33:.:.:0,33,454:. 0|0:18,0:18:23:.:.:0,23,446:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1200:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,863:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1041:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,796:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1423:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,550:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,720:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,410:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:8,11:19:99:.:.:289,0,174:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,914:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:21,6:27:99:.:.:101,0,476:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,825:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:24,3:27:14:.:.:14,0,616:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1010:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,902:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,674:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,578:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1211:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1508:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1249:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1697:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,974:. 0|0:60,0:60:83:.:.:0,83,1432:. 0|1:44,31:75:99:.:.:678,0,981:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,812:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1055:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1602:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1216:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1045:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1686:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1356:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1396:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1220:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1017:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,930:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,972:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1305:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1254:. 0|0:31,0:31:36:.:.:0,36,715:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1007:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1069:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1757:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1170:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1268:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1087:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1338:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1147:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1085:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1121:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,489:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,982:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1248:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,636:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1049:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,576:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,103,1084:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1220:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1301:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1323:. 0|0:38,0:38:82:.:.:0,82,952:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1333:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1299:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1336:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,139:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1736:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1432:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,556:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,807:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1301:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1651:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1473:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1212:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1591:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1285:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1582:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1011:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1652:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1413:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1225:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1030:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1148:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,842:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,996:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1293:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1181:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,598:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,682:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1167:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1151:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,116,1118:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:27,0:27:74:.:.:0,74,956:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1166:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1062:. 0|0:27,0:27:50:.:.:0,50,676:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,585:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:59:.:.:0,59,693:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,715:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,675:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1115:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,944:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,662:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,832:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,970:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,761:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1171:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,858:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,889:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,703:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1326:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,944:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,922:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1212:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,171:. 0|0:33,0:33:86:.:.:0,86,899:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1154:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,166:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,635:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1292:. 0|0:26,0:26:71:.:.:0,71,777:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,252:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,727:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,491:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,301:. 0|0:15,0:15:28:.:.:0,28,443:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1043:. 0|0:5,0:5:4:.:.:0,4,128:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,971:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,702:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,755:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,901:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,616:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,353:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,674:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,290:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,579:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,530:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,507:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,670:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,592:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,242:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1503:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,93:. 0|0:7,0:7:4:.:.:0,4,178:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,711:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,154:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,776:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,579:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,350:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,653:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,871:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,165:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,102:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,801:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1114:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:90 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:45 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:36 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,475:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:36 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,718:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1277:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1151:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1364:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1246:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1168:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1089:. 0|0:22,0:22:.:.:.:.:47 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,585:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1661:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1407:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1311:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1221:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:32 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:110 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:33 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,780:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:27 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:102 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,598:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,792:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:24 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1269:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,500:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:33 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,805:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,524:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,753:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,517:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,380:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,997:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,952:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,856:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,470:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,805:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,987:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,669:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,566:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1051:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,338:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,648:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,407:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,331:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,239:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,941:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,633:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,649:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,747:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,912:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,672:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,618:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,498:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,652:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,229:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1772:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1146:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,551:. Pf3D7_01_v3 448630 . T A 153060 PASS FS=0;MQ=60.87;QD=24.54;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N548K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=8;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0111800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0111800.1;SOR=0.743;VQSLOD=5.37;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0168;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=158.83;GQ_STDDEV=165.32;HRun=2;InbreedingCoeff=0.5445;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.712;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7264885;AF=0.002859;AS_InbreedingCoeff=0.5445;MLEAC=12;MLEAF=0.002287;AN=854;AC=3 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,117,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,104,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1261:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:57:0,57,855:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1337:. 0|0:49,0:49:99:0,119,1516:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,118,1580:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1246:. 0|0:66,0:66:99:0,109,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1061:. 0|0:44,0:44:99:0,112,1248:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:45:0,45,675:. 0|0:2,0:2:6:0,6,59:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1349:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1251:. 0|0:72,0:72:99:0,111,1665:. 0|0:79,0:79:99:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1269:. 0|0:159,0:159:99:0,119,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1272:. 0|0:90,0:90:99:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1791:. 0|0:35,0:35:90:0,90,945:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1358:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1100:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1710:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,101,1761:. 0|0:81,0:81:99:0,109,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1153:. 0|0:29,0:29:78:0,78,1170:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1091:. 0|0:61,0:61:99:0,112,1800:. 0|0:24,0:24:57:0,57,855:. 0|0:62,0:62:99:0,116,1449:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1319:. 0|0:53,0:53:99:0,106,1524:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1381:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1106:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1122:. 0|0:98,0:98:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1261:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,101,1755:. 0|0:36,0:36:99:0,99,959:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1005:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1134:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:73,0:73:99:0,118,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1575:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1074:. 0|0:72,0:72:99:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:0,100,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1049:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1086:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1392:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1066:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1234:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1159:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1290:. 0|0:76,0:76:99:0,105,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1463:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:99:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1202:. 0|0:76,0:76:99:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,104,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1200:. 0|0:86,0:86:99:0,113,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:0,111,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:0,108,1620:. 0|0:116,0:116:99:0,114,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,113,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1326:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,111,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,118,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,108,1620:. 0|0:71,0:71:99:0,103,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1471:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,106,1742:. 0|0:44,0:44:99:0,119,1438:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,103,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1278:. 0|0:92,0:92:99:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:0,114,1710:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1397:. 0|0:73,0:73:99:0,103,1575:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1262:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1221:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1170:. 0|0:79,0:79:99:0,103,1760:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1374:. 0|0:70,0:70:99:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:0,110,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1236:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,229:. 0|0:62,0:62:99:0,101,1622:. 0|0:74,0:74:99:0,112,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,101,832:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1104:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:99:0,119,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,119,1457:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1578:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1341:. 0|0:69,0:69:99:0,101,1584:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1487:. 0|0:113,0:113:99:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,100,1532:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:0,106,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,117,1705:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,104,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1132:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:0,103,1511:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,107,1434:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1169:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1262:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1009:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1360:. 0|0:88,0:88:99:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1575:. 0|0:109,0:109:99:0,114,1710:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,107,1551:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1317:. 0|0:107,0:107:99:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1557:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1384:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1202:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1168:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1245:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1219:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1108:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1280:. 0|0:61,0:61:99:0,104,1629:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1171:. 0|0:70,0:70:99:0,119,1734:. 0|0:49,0:49:99:0,103,1360:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1309:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1152:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,115,1466:. 0|0:4,0:4:12:0,12,112:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,119,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:97,0:97:99:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1227:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1108:. 0|0:20,0:20:60:0,60,604:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,116,1597:. 0|0:137,0:137:99:0,111,1665:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1127:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,101,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,447:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1148:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1038:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:69:0,69,1035:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1344:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,109,1605:. 0|0:48,0:48:99:0,106,1620:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1620:. 0|0:10,0:10:0:0,0,290:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:0,116,1677:. 1|1:0,103:103:99:3634,310,0:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1409:. 0|0:69,0:69:99:0,116,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1379:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:0,60,755:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1438:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:57:0,57,697:. 0|0:38,0:38:.:.:99 0|0:51,0:51:99:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:.:.:105 0|0:98,0:98:99:0,102,1530:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:.:.:120 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:100 0|0:109,0:109:99:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:.:.:104 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1374:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,113,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,110,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,102,1530:. 0|0:153,0:153:99:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:.:.:102 0|0:60,0:60:99:0,109,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:120 0|0:39,0:39:99:0,101,1433:. 0|0:148,0:148:99:0,99,1485:. 0|0:139,0:139:99:0,108,1620:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,117,1755:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:113 0|0:114,0:114:99:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:104 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:.:.:81 0|0:166,0:166:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:.:.:119 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:.:.:99 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:111 0|0:92,0:92:99:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:.:.:102 0|0:98,0:98:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,103,1531:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:47,0:47:99:0,106,1544:. 0|0:50,0:50:.:.:99 0|0:63,0:63:99:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:.:.:102 0|0:105,0:105:.:.:99 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1495:. 0|0:41,0:41:.:.:99 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:.:.:99 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|1:85,20:105:99:410,0,2583:. 0|0:100,0:100:99:0,116,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:99 0|0:55,0:55:99:0,108,1665:. 0|0:45,0:45:.:.:102 0|0:40,0:40:99:0,108,1473:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1305:. 0|0:53,0:53:99:0,103,1755:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1529:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1122:. 0|0:33,0:33:84:0,84,1260:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,111,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1501:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1466:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1370:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:63,0:63:99:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:0,110,1800:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:177,18:195:0:0,0,5483:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1097:. 0|0:24,0:24:72:0,72,818:. 0|0:96,0:96:99:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 455855 . C A 3.4938e+06 PASS FS=0;MQ=60.61;QD=26.94;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.719;VQSLOD=5.8;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=0.0565;NCC=0;BaseQRankSum=1.68;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.4523;GQ_MEAN=148;GQ_STDDEV=90.65;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-1.032;culprit=FS;set=snp;DP=6956144;AF=0.176;AS_InbreedingCoeff=0.5596;MLEAC=915;MLEAF=0.175;AN=858;AC=99 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:10,7:17:99:.:.:174,0,242:. 1|1:0,19:19:57:.:.:602,57,0:. 0|1:14,6:20:99:0|1:455855_C_A:125,0,416:. 1|0:26,6:32:70:.:.:70,0,629:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,504:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:37:.:.:0,37,567:. 0|0:25,0:25:43:.:.:0,43,654:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,28:28:84:.:.:877,84,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,644:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1441,143,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1320:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1595:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1079:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,22:27:58:.:.:598,0,58:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1385:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1408:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1641:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1214:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1345:. 0|1:105,21:126:99:.:.:222,0,2465:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,23:47:99:.:.:541,0,454:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1500:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1151:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,5:50:39:.:.:0,39,1091:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,576:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1083:. 0|1:41,5:46:16:.:.:16,0,1015:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,3:38:22:.:.:0,22,841:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:154,29:183:99:.:.:333,0,3644:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1372:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1453:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1240:. 0|1:17,51:68:99:.:.:1318,0,263:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1343:. 1|0:42,50:92:99:.:.:1216,0,870:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,945:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:37,40:77:99:.:.:977,0,754:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1619:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1790,183,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,2:59:99:.:.:0,116,1474:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,43:48:4:.:.:1120,0,4:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1787:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1121:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1240:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1752,171,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1319:. 0|1:7,50:57:17:.:.:1280,0,17:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1102:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1559:. 1|0:9,57:66:37:.:.:1530,0,37:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:53,10:63:99:.:.:106,0,1245:. 1|0:24,92:116:99:.:.:2370,0,285:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1410:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1275:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1506:. 0|1:40,6:46:12:.:.:12,0,926:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,17:168:38:.:.:0,38,3809:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1766:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5938,591,0:. 1|0:137,19:156:99:.:.:114,0,3223:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:140,48:188:99:.:.:887,0,3115:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,195:197:99:.:.:5805,555,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,27:131:99:.:.:420,0,2371:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,100:105:99:.:.:2860,186,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,107:126:99:.:.:2761,0,113:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3973,403,0:. 0|0:112,0:112:65:.:.:0,65,2377:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1527:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1174:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1473:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1517:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3773,393,0:. 1|0:34,12:46:99:.:.:227,0,750:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1597:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2252,225,0:. 0|1:112,23:135:99:.:.:296,0,2591:. 0|1:67,29:96:99:.:.:615,0,1481:. 0|1:25,166:191:99:.:.:4478,0,117:. 1|0:62,94:156:99:.:.:2326,0,1313:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:52,0:52:94:.:.:0,94,1259:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1493:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1588:. 0|1:49,30:79:99:.:.:655,0,1040:. 1|0:41,69:110:99:.:.:1737,0,792:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1301:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1524:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2729,270,0:. 0|1:103,24:127:99:.:.:321,0,2409:. 1|1:14,178:192:22:.:.:4795,22,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,201:202:99:.:.:6012,581,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1645:. 0|0:83,6:89:94:.:.:0,94,2054:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1177:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1405:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1198:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,26:91:99:0|1:455855_C_A:473,0,2402:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1640:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,32:49:99:.:.:824,0,313:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1424:. 1|0:37,15:52:99:.:.:306,0,817:. 0|1:57,21:78:99:.:.:387,0,1213:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1606:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1385:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:36,22:58:99:.:.:494,0,797:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1332:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1316:. 1|0:31,11:42:99:.:.:204,0,676:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1621:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1302:. 0|0:53,4:57:46:.:.:0,46,1245:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1736,168,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1677:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1136:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1589,159,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1071:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1613:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2473,243,0:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,89:. 1|0:108,64:172:99:.:.:1375,0,2332:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,71:99:99:.:.:1826,0,437:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:68,40:108:99:.:.:844,0,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1218:. 1|1:0,27:27:81:.:.:805,81,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,154:231:99:.:.:4015,0,1505:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,577:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1207:. 0|0:111,9:120:87:.:.:0,87,2633:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,107,1792:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|1:27,27:54:99:.:.:626,0,592:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1439:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1524:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2903,241,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,296:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1445:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1581:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1457:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1247:. 1|1:9,104:113:41:.:.:3358,41,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:84,28:112:99:.:.:696,0,2413:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1568:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1739:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1373:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:30,0:30:74:.:.:0,74,954:. 0|0:73,5:78:54:.:.:0,54,2234:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1383:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1547:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,270:270:99:.:.:9564,812,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,343:343:99:.:.:12227,1032,0:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:21,0:21:46:.:.:0,46,615:. 0|0:39,0:39:94:.:.:0,94,1107:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1551:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1476:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1540:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1687:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:14,22:36:99:.:.:589,0,362:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:5,117:122:99:.:.:3772,195,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:25,0:25:20:.:.:0,20,593:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,29:148:99:.:.:505,0,3390:. 1|0:55,68:123:99:.:.:1905,0,1302:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:8,140:148:99:.:.:4427,197,0:. 1|0:16,26:42:99:0|1:455855_C_A:778,0,502:. 1|0:84,123:207:99:.:.:3613,0,2054:. 0|1:29,96:125:99:.:.:2828,0,632:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,202:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,170:176:99:.:.:5692,343,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:97:.:.:0,97,2401:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1419:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1798:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1410:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1196:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1471:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1427:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1442:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1615:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1786:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1701:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1564:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1563:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1444:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,43:65:99:.:.:1271,0,453:. 0|1:120,96:216:99:.:.:2715,0,3174:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1629:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 464563 . C G 156802 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=18.55;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.654;VQSLOD=4.59;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=-0;NCC=1;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=760.33;GQ_STDDEV=1142.87;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.2;culprit=MQ;set=snp;DP=3835738;AF=0.012;MLEAC=64;MLEAF=0.012;AN=858;AC=39 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 1|1:0,37:37:99:956,109,0:. 0|0:36,0:36:0:0,0,793:. 0|0:29,0:29:7:0,7,657:. 0|0:25,0:25:54:0,54,810:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:20,0:20:42:0,42,630:. 0|0:32,0:32:64:0,64,847:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 0|0:20,0:20:40:0,40,530:. 1|1:0,25:25:75:680,75,0:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:20,0:20:48:0,48,720:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:20,0:20:51:0,51,765:. 0|0:8,0:8:0:0,0,183:. 0|0:11,0:11:33:0,33,322:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1259:. 0|0:63,0:63:99:0,107,1619:. 0|0:39,0:39:99:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1041:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1346:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1040:. 0|0:20,0:20:29:0,29,500:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:58,0:58:99:0,113,1665:. 0|0:41,0:41:99:0,112,1253:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1036:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1080:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1493:. 0|0:34,0:34:99:0,102,952:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1068:. 0|1:113,22:135:99:119,0,2774:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1040:. 1|0:20,12:32:99:204,0,397:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1289:. 0|1:48,15:63:99:213,0,1157:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1196:. 0|0:33,0:33:99:0,99,960:. 0|0:35,0:35:99:0,99,970:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1161:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1011:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1021:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1071:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1181:. 0|0:36,0:36:99:0,100,1192:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1049:. 0|1:113,37:150:99:583,0,2801:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1009:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1227:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1022:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1006:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1033:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1191:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1026:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1062:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1003:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1191:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1143:. 0|0:24,0:24:72:0,72,689:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1102:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1072:. 0|0:37,0:37:99:0,108,1305:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1107:. 0|0:33,0:33:99:0,99,917:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1060:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1327:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1089:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1053:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1071:. 1|0:64,10:74:36:36,0,1530:. 1|1:0,42:42:99:1054,125,0:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1361:. 0|0:34,0:34:99:0,102,992:. 1|0:11,48:59:99:1170,0,117:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1079:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1146:. 1|0:25,94:119:99:2211,0,364:. 1|1:4,110:114:99:2801,223,0:. 0|0:34,0:34:99:0,101,966:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1036:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1117:. 0|0:33,0:33:99:0,99,942:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1057:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1065:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1018:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1181:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1243:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1238:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1065:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1710:. 0|1:134,33:167:99:367,0,3221:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1297:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1420:. 1|1:0,181:181:99:4928,543,0:. 0|0:33,0:33:99:0,99,898:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:0,99,929:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,109,1214:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1037:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1047:. 0|0:34,0:34:99:0,99,947:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1026:. 0|0:33,0:33:99:0,99,915:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1078:. 0|0:34,0:34:99:0,102,943:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 1|0:48,49:97:99:1045,0,1007:. 0|0:33,0:33:99:0,99,944:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1311:. 0|0:35,0:35:99:0,100,985:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1072:. 0|0:34,0:34:99:0,102,948:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1013:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1065:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,991:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1239:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1167:. 0|0:40,0:40:99:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1238:. 0|0:93,0:93:99:0,104,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1099:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1308:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1030:. 0|0:33,0:33:99:0,99,959:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1141:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1079:. 1|1:0,141:141:99:3652,421,0:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1049:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1098:. 0|0:34,0:34:99:0,99,967:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1267:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1366:. 0|1:23,147:170:99:3553,0,141:. 1|0:141,23:164:99:124,0,3321:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1159:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:33,0:33:99:0,99,902:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1296:. 0|0:34,0:34:99:0,99,950:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1180:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1113:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1135:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1016:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1041:. 0|1:76,52:128:99:1032,0,1750:. 0|0:33,0:33:99:0,99,935:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1096:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1313:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1085:. 0|1:141,31:172:99:326,0,3434:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,947:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1020:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1023:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 1|1:0,201:201:99:5518,603,0:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1000:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1098:. 0|0:36,0:36:99:0,104,1098:. 1|1:0,79:79:99:2104,236,0:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|1:64,30:94:99:495,0,1396:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1035:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1016:. 0|1:7,27:34:90:627,0,90:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 1|0:44,22:66:99:399,0,1000:. 0|1:66,29:95:99:504,0,1539:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1095:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1124:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1013:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1222:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 1|0:22,20:42:99:415,0,490:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1166:. 0|0:47,0:47:95:0,95,1183:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1282:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1033:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1016:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1144:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:0,104,1081:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1019:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1081:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1134:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1217:. 1|1:0,47:47:99:1205,139,0:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,102,974:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1144:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1265:. 0|0:34,0:34:99:0,102,993:. 0|0:7,0:7:21:0,21,197:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,934:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1380:. 1|0:30,60:90:99:1355,0,590:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 1|0:49,33:82:99:632,0,1087:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:0,99,967:. 0|0:27,0:27:72:0,72,731:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 1|0:82,178:260:99:4049,0,1531:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1025:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:37:0,37,514:. 0|0:33,0:33:99:0,99,995:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1150:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1050:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1076:. 0|0:20,0:20:60:0,60,607:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1352:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1073:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:31:0,31,485:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1212:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1154:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1658:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1322:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1322:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1151:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1299:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1167:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1160:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1306:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1149:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1203:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1158:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1156:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1157:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1107:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1193:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1363:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1208:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1147:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1142:. 0|0:13,0:13:39:0,39,469:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1210:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1353:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1348:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1552:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1154:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1224:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1193:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1300:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1356:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:39,0:39:.:.:111 0|0:34,0:34:99:0,99,1233:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1158:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1326:. 0|0:34,0:34:.:.:99 0|0:34,0:34:99:0,99,1261:. 0|0:40,0:40:99:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1167:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:42,0:42:99:0,120,1513:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:42,0:42:99:0,115,1466:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:.:.:105 0|0:34,0:34:99:0,99,1361:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1329:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,104,1423:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1175:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:114 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:.:.:108 0|0:38,0:38:99:0,99,1289:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1153:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,100,1139:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1202:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:.:.:107 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1445:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:.:.:99 0|0:38,0:38:99:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:.:.:120 0|0:34,0:34:99:0,102,1202:. 0|0:34,0:34:.:.:102 0|0:37,0:37:99:0,108,1464:. 0|0:39,0:39:.:.:111 0|0:33,0:33:99:0,99,1115:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:.:.:99 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1620:. 0|0:32,0:32:.:.:96 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:.:.:104 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:.:.:102 0|0:36,0:36:.:.:108 0|0:33,0:33:99:0,99,1183:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1227:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1173:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:33,0:33:99:0,99,1146:. 0|0:34,0:34:.:.:99 0|0:36,0:36:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1151:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1131:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1188:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:.:.:99 0|0:33,0:33:99:0,99,1129:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1236:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1161:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1208:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1272:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1180:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1060:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1122:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1152:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1179:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1294:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1095:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1180:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1167:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1327:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1195:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1434:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1094:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1184:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1188:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1462:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1115:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1156:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1125:. 0|0:21,0:21:60:0,60,743:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1333:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1158:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1122:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1393:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1180:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1181:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1264:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1404:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1212:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1216:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1196:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1224:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1168:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1126:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:48:0,48,720:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1214:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 467092 . A T 352637 PASS FS=0;MQ=59.89;QD=23.02;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K789N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaA/aaT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MRP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0112200.1;SOR=0.68;VQSLOD=6.52;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=143.58;GQ_STDDEV=156.67;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7366;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.653;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10328083;AF=0.012;AS_InbreedingCoeff=0.2936;MLEAC=64;MLEAF=0.012;AN=858;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:79:.:.:0,79,1090:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1296:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1322:. 0|0:42,0:42:53:.:.:0,53,1163:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1437:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1182:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,802:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,873:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,150:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1416:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1617:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1107:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,637:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,263:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1388:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1249:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1448:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1293:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1135:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1227:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1126:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1763:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1406:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1211:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,998:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1292:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1498:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1139:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,992:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1166:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1133:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1288:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1305:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1116:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1308:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1540:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1672:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,25:176:99:.:.:175,0,3801:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1352:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1524:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1417:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1509:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1337:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1457:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1743:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1395:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1482:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1699:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1272:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1287:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1266:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1142:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1587:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,217:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1525:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1698:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1731:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1112:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,984:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1623:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1405:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:600,0:600:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1678:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1769:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1349:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:221,66:287:99:.:.:1436,0,6692:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,108:120:76:.:.:3401,0,76:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,51:70:99:.:.:1542,0,477:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1746:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,196:200:99:.:.:6820,452,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:133,23:156:99:.:.:331,0,4186:. 1|0:232,288:520:99:.:.:8289,0,6274:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:235,34:269:99:.:.:325,0,7074:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1281:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,221:232:99:.:.:7295,329,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1559:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1446:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1297:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1429:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 467351 . A G 7.329e+06 PASS FS=0;MQ=59.97;QD=29.64;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I876V;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ata/Gta;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MRP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0112200.1;SOR=0.69;VQSLOD=8.94;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=129.69;GQ_STDDEV=96.55;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7184;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.56;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11203443;AF=0.328;AS_InbreedingCoeff=0.3813;MLEAC=1732;MLEAF=0.33;AN=858;AC=43 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1448:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1359:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1221:. 0|0:39,0:39:91:.:.:0,91,1224:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1141:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:33,0:33:83:.:.:0,83,997:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:53:.:.:0,53,634:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,349:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1416:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1617:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1394:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,394:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,181:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1388:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1249:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:31,27:58:99:.:.:586,0,760:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1585:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1135:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1227:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:1,178:179:99:.:.:4782,505,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1126:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1763:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1406:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1211:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,998:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1292:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1498:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1139:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,992:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1055:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1133:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1288:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1305:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1116:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1308:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,29:93:99:.:.:504,0,1695:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1540:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3326,368,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1672:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5191,561,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,30:145:99:.:.:387,0,3091:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:170,26:196:96:.:.:96,0,4569:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:.:.:5035,576,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:6390,714,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:5945,644,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1352:. 1|1:1,96:97:99:.:.:2603,258,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1524:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1417:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,16:104:99:.:.:146,0,2394:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:0:.:.:0,0,4324:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1509:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1337:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1457:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:55:.:.:0,55,3667:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1743:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1395:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1482:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,29:68:99:.:.:609,0,998:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:63,8:71:8:.:.:8,0,1750:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1279:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2268,249,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1272:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1934,209,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1266:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1142:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1266:. 0|1:95,64:159:99:.:.:1281,0,2457:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1587:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|1:99,81:180:99:.:.:1645,0,2533:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,25:70:99:.:.:484,0,1204:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1698:. 0|1:221,50:271:99:.:.:590,0,6101:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1731:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:8:.:.:0,8,456:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1214:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1488,168,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,855:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:220,0:220:0:.:.:0,0,6557:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1623:. 0|1:161,17:178:41:.:.:41,0,5328:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1405:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:600,0:600:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1678:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1769:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1349:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:252,44:296:99:.:.:577,0,7723:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,116:147:99:.:.:3313,0,624:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,39:70:99:.:.:1063,0,893:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1746:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,244:250:99:.:.:7612,570,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:173,24:197:99:.:.:214,0,5521:. 1|0:241,310:551:99:.:.:8165,0,6632:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:38:.:.:0,38,7320:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1205:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,290:299:99:.:.:8917,570,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1559:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1344:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7127,663,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1297:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1429:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1261:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,879:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 468495 . C T 408725 PASS FS=0.602;MQ=60;QD=24.04;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A1257V;SNPEFF_CODON_CHANGE=gCa/gTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MRP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0112200.1;SOR=0.746;VQSLOD=4.54;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.14;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=161.92;GQ_STDDEV=157.21;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5808;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.074;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9684952;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=0.4231;MLEAC=68;MLEAF=0.013;AN=858;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1275:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1218:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1245:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1308:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,921:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,181:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:70:.:.:0,70,715:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1178:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1416:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1617:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:16:.:.:0,16,359:. 0|0:17,0:17:21:.:.:0,21,417:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1328:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1483:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1404:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1135:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1227:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1126:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1763:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1406:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,560:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1211:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,998:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1292:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1498:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1139:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1142:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1133:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1288:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1656:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1263:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1308:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1540:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1672:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1352:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1417:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,223:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1509:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1456:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1337:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1457:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1743:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1395:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1482:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1272:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1409:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1266:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1142:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1587:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|1:110,82:192:99:.:.:1799,0,2453:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1321:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1698:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1731:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1144:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1623:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1405:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1352:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1678:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1769:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1349:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:213,43:256:99:.:.:668,0,6075:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,98:122:99:.:.:2958,0,424:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,26:48:99:.:.:764,0,569:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1746:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,238:240:99:.:.:7966,676,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,23:173:99:.:.:278,0,4341:. 1|0:205,250:455:99:.:.:7251,0,5117:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:211,32:243:99:.:.:384,0,5951:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1205:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:17,186:203:43:.:.:6007,43,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1559:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1297:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1400:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,792:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,841:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 469122 . A G 1.9758e+06 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=25.12;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1466R;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=MRP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0112200.1;SOR=0.699;VQSLOD=6.59;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=114.05;GQ_STDDEV=44.73;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8281;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=2.02;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9725250;AF=0.022;AS_InbreedingCoeff=0.8281;MLEAC=117;MLEAF=0.022;AN=856;AC=30 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1318:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1093:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1109:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 1|1:0,21:21:63:.:.:600,63,0:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1274:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1240:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1171:. 0|1:30,59:89:99:.:.:1315,0,581:. 0|0:19,0:19:44:.:.:0,44,548:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,155:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1637:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1372:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,32:100:99:.:.:578,0,1826:. 0|1:22,21:43:99:.:.:471,0,566:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1321:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:34,15:49:99:0|1:469122_A_G:223,0,867:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1135:. 0|1:51,9:60:75:.:.:75,0,1346:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1126:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,702:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1763:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1406:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1211:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,998:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1292:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1498:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1133:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1112:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1133:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1288:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1170:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1263:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:92,48:140:99:.:.:892,0,2390:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1308:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,13:77:99:.:.:127,0,1709:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1540:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4209,445,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:55,64:119:99:.:.:1397,0,1286:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1672:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:48:.:.:0,48,4124:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:4861,533,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,16:105:99:.:.:132,0,2412:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1352:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1417:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:82,29:111:99:.:.:489,0,2147:. 0|1:66,33:99:99:.:.:614,0,1700:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,244:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1509:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1456:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1337:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1457:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1743:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1395:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1482:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,33:75:99:.:.:703,0,996:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,31:47:99:.:.:731,0,344:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1311:. 1|1:1,59:60:99:.:.:1600,150,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1272:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1191,129,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:105,0:105:89:.:.:0,89,2647:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1266:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1587:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,266:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,44:114:99:.:.:862,0,1709:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:16:.:.:0,16,1617:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1698:. 0|1:204,57:261:99:.:.:832,0,5375:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1731:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:30:.:.:0,30,503:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1769:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:32:.:.:0,32,725:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1591:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1623:. 0|1:89,106:195:99:.:.:3121,0,2587:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1405:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,92:93:99:.:.:3193,245,0:. 0|0:28,0:28:48:.:.:0,48,927:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:106 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1769:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:0:.:.:0,0,7075:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:.:.:.:.:120 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:.:.:120 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1349:. 0|0:202,0:202:.:.:.:.:120 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:162,0:162:.:.:.:.:120 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1314:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:100 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:99 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:.:.:120 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:185,0:185:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:.:.:120 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:.:.:.:.:120 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:.:.:.:.:120 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:.:.:.:.:120 0|0:212,0:212:.:.:.:.:120 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1559:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:.:.:.:.:120 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:.:.:.:.:120 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1297:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,158:162:99:.:.:5012,365,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 472583 . A G 1.68581e+07 PASS FS=0;MQ=60.17;QD=27.83;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.753;VQSLOD=7.62;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.16;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1578;FractionInformativeReads=0.99;GC=4.76;GQ_MEAN=150.14;GQ_STDDEV=133.53;HRun=0;InbreedingCoeff=0.297;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.101;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9189458;AF=0.626;AS_InbreedingCoeff=0.8151;MLEAC=3280;MLEAF=0.628;AN=856;AC=505 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630 1|1:0,27:27:81:1|1:472576_A_T:1160,81,0 1|0:21,6:27:99:1|0:472575_T_A:189,0,1075 1|1:1,26:27:17:1|1:472576_A_T:1064,17,0 0|0:18,0:18:19:.:.:0,19,490 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,152 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900 0|1:6,8:14:99:0|1:472576_A_T:318,0,280 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,362 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675 1|1:0,9:9:30:1|1:472576_A_T:404,30,0 1|1:0,9:9:27:1|1:472576_A_T:401,27,0 0|0:4,0:4:.:.:.:. 1|1:0,9:9:27:1|1:472576_A_T:360,27,0 1|1:0,10:10:30:1|1:472576_A_T:411,30,0 0|0:42,0:42:89:.:.:0,89,1213 1|0:55,12:67:99:0|1:472576_A_T:309,0,2677 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,52:52:99:1|1:472576_A_T:2225,159,0 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,843 0|1:32,72:104:99:0|1:472576_A_T:2847,0,1493 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,240 1|1:0,57:57:99:1|1:472576_A_T:2551,181,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1600 1|1:0,114:114:99:1|1:472576_A_T:4953,349,0 0|1:85,8:93:60:0|1:472576_A_T:60,0,4505 0|1:24,29:53:99:0|1:472576_A_T:1133,0,1037 0|0:89,0:89:99:.:.:0,116,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665 0|1:112,22:134:99:0|1:472576_A_T:551,0,5044 1|1:1,77:78:99:1|1:472576_A_T:3351,184,0 1|0:21,25:46:99:1|0:472575_T_TA:914,0,996 1|0:6,32:38:99:0|1:472576_A_T:1239,0,252 1|1:0,68:68:99:1|1:472576_A_T:2950,210,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,127:127:99:1|1:472576_A_T:5764,397,0 1|1:0,86:86:99:1|1:472576_A_T:3766,264,0 0|1:50,14:64:99:0|1:472576_A_T:422,0,2758 1|1:0,26:26:81:1|1:472576_A_T:1130,81,0 1|0:48,5:53:48:1|0:472575_T_TA:48,0,2497 1|0:31,17:48:99:0|1:472576_A_T:580,0,1591 1|1:2,92:94:99:1|1:472576_A_T:4007,193,0 0|1:8,14:22:99:0|1:472576_A_T:564,0,311 1|1:0,98:98:99:1|1:472576_A_T:4225,295,0 1|0:133,31:164:99:0|1:472576_A_T:832,0,6843 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,61:62:99:1|1:472576_A_T:2488,108,0 1|1:0,70:70:99:1|1:472576_A_T:2995,210,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485 1|0:14,58:72:99:0|1:472576_A_T:2306,0,599 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485 0|1:59,63:122:99:0|1:472576_A_T:2334,0,2764 1|0:35,23:58:99:0|1:472576_A_T:828,0,1807 1|1:0,91:91:99:1|1:472576_A_T:4003,280,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1575 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1199 1|0:57,19:76:99:0|1:472576_A_T:599,0,2690 0|1:68,15:83:99:0|1:472576_A_T:414,0,3619 0|1:18,67:85:99:0|1:472576_A_T:2647,0,772 1|1:0,35:35:99:1|1:472576_A_T:1515,108,0 0|1:25,36:61:99:0|1:472576_A_T:1375,0,1225 1|1:0,34:34:99:1|1:472576_A_T:1477,102,0 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,103:103:99:1|1:472576_A_T:4483,316,0 0|1:5,71:76:26:0|1:472576_A_T:3037,0,26 0|1:14,100:114:99:0|1:472576_A_T:4075,0,489 1|1:0,50:50:99:1|1:472576_A_T:2195,153,0 0|1:82,26:108:99:0|1:472576_A_T:780,0,3911 1|0:16,59:75:99:0|1:472576_A_T:2298,0,686 1|1:0,53:53:99:1|1:472576_A_T:2339,160,0 1|1:0,61:61:99:1|1:472570_G_T:2721,187,0 1|0:5,45:50:99:0|1:472576_A_T:1786,0,174 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1421 1|0:25,16:41:99:0|1:472576_A_T:586,0,1208 1|0:47,28:75:99:1|0:472575_TA_T:966,0,2269 1|1:0,48:48:99:1|1:472576_A_T:2034,144,0 1|1:0,55:55:99:1|1:472576_A_T:2458,172,0 1|1:0,77:77:99:1|1:472576_A_T:3432,238,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1479 1|1:4,126:130:99:1|1:472576_A_T:5319,235,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710 0|1:5,42:47:99:0|1:472576_A_T:1701,0,139 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,62:62:99:1|1:472576_A_T:2701,192,0 1|0:73,14:87:99:0|1:472576_A_T:294,0,3699 0|1:10,31:41:99:0|1:472576_A_T:1194,0,366 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530 1|0:94,15:109:99:0|1:472576_A_T:328,0,4648 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1318 0|1:22,162:184:99:0|1:472576_A_T:6483,0,716 1|1:0,92:92:99:1|1:472576_A_T:4072,286,0 0|1:17,88:105:99:0|1:472576_A_T:3462,0,713 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755 0|1:40,68:108:99:0|1:472576_A_T:2584,0,1960 1|1:9,175:184:99:1|1:472576_A_T:7077,109,0 0|1:53,55:108:99:0|1:472576_A_T:2107,0,2595 1|1:0,177:177:99:1|1:472576_A_T:7704,538,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,117:117:99:1|1:472576_A_T:5029,355,0 1|1:4,186:190:99:1|1:472576_A_T:7928,352,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1710 0|1:102,71:173:99:0|1:472576_A_T:2551,0,3938 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,76:77:99:1|1:472576_A_T:3330,193,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,102,1530 0|1:92,45:137:99:0|1:472576_A_T:1517,0,4466 1|1:0,201:201:99:1|1:472576_A_T:8845,617,0 0|1:33,79:112:99:0|1:472576_A_T:3200,0,1473 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|0:36,78:114:99:0|1:472576_A_T:3006,0,1725 0|1:15,168:183:99:0|1:472576_A_T:6837,0,270 1|0:38,101:139:99:0|1:472576_A_T:4071,0,1648 1|0:6,100:106:9:0|1:472576_A_T:4012,0,9 1|1:0,134:134:99:1|1:472576_A_T:5906,427,0 1|1:0,135:135:99:1|1:472576_A_T:5801,409,0 1|1:0,137:137:99:1|1:472576_A_T:6059,418,0 1|1:0,129:129:99:1|1:472576_A_T:5712,394,0 0|1:86,32:118:99:0|1:472576_A_T:1035,0,4546 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485 0|0:124,7:131:94:0|1:472576_A_T:0,94,5830 1|1:1,102:103:99:1|1:472570_G_T:4507,262,0 1|0:72,18:90:99:0|1:472576_A_T:477,0,3639 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1357 1|1:0,153:153:99:1|1:472576_A_T:6728,475,0 1|0:11,162:173:75:0|1:472576_A_T:6607,0,75 0|0:157,0:157:99:.:.:0,114,1710 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1359 1|1:2,125:127:99:1|1:472576_A_T:5342,292,0 1|1:0,161:161:99:1|1:472576_A_T:7182,506,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,152:152:99:1|1:472576_A_T:6537,466,0 1|1:0,159:159:99:1|1:472576_A_T:7110,502,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530 1|0:9,130:139:90:0|1:472576_A_T:5238,0,90 1|0:18,122:140:99:0|1:472576_A_T:4964,0,601 1|1:1,135:136:99:1|1:472576_A_T:5957,383,0 1|1:0,88:88:99:1|1:472576_A_T:3892,273,0 1|1:0,84:84:99:1|1:472576_A_T:3662,256,0 1|1:0,78:78:99:1|1:472576_A_T:3463,247,0 1|1:0,67:67:99:1|1:472576_A_T:2961,208,0 1|1:0,175:175:99:1|1:472576_A_T:7746,539,0 1|0:24,20:44:99:0|1:472576_A_T:437,0,938 0|1:62,51:113:99:0|1:472576_A_T:1860,0,2950 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,58:58:99:1|1:472576_A_T:2539,175,0 1|1:0,173:173:99:1|1:472576_A_T:7709,533,0 1|1:1,92:93:99:1|1:472576_A_T:4039,224,0 1|1:3,119:122:99:1|1:472576_A_T:5004,202,0 0|0:118,9:127:4:0|1:472576_A_T:0,4,6076 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530 1|0:8,92:100:99:0|1:472576_A_T:3801,0,129 0|1:42,37:79:99:0|1:472576_A_T:1406,0,2116 1|0:138,14:152:99:0|1:472576_A_T:103,0,7258 0|1:32,167:199:99:0|1:472576_A_T:6732,0,1089 1|1:0,147:147:99:1|1:472576_A_T:6517,463,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,114,1710 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,149 1|1:0,84:84:99:1|1:472576_A_T:3695,256,0 1|1:0,155:155:99:1|1:472576_A_T:6880,487,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,72:72:99:1|1:472576_A_T:3130,217,0 1|1:0,75:75:99:1|1:472576_A_T:3288,226,0 1|1:0,126:126:99:1|1:472576_A_T:5557,385,0 0|1:46,89:135:99:0|1:472576_A_T:3371,0,2208 1|1:0,80:80:99:1|1:472576_A_T:3584,250,0 0|1:32,91:123:99:0|1:472576_A_T:3654,0,1326 1|1:0,102:102:99:1|1:472576_A_T:4540,319,0 0|1:23,67:90:99:0|1:472576_A_T:2661,0,1111 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575 0|1:33,50:83:99:0|1:472576_A_T:1916,0,1485 1|0:21,91:112:99:0|1:472576_A_T:3695,0,826 1|0:9,116:125:99:0|1:472576_A_T:4690,0,149 0|1:61,10:71:99:0|1:472576_A_T:233,0,3187 1|1:1,123:124:99:1|1:472576_A_T:5437,324,0 1|1:0,67:67:99:1|1:472576_A_T:3055,214,0 0|0:157,0:157:99:.:.:0,99,1485 1|0:33,83:116:99:0|1:472576_A_T:3258,0,1526 0|0:106,0:106:99:.:.:0,108,1620 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1573 0|0:143,0:143:99:.:.:0,105,1575 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1312 0|1:7,81:88:99:0|1:472576_A_T:3304,0,169 1|1:0,176:176:99:1|1:472576_A_T:7653,539,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,55:55:99:1|1:472576_A_T:2453,172,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1457 1|1:0,57:57:99:1|1:472576_A_T:2509,178,0 1|0:22,157:179:99:0|1:472576_A_T:6671,0,621 1|1:0,75:75:99:1|1:472576_A_T:3245,229,0 1|1:5,99:104:94:1|1:472576_A_T:4173,94,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1258 1|0:84,63:147:99:0|1:472576_A_T:2248,0,4003 1|1:0,96:96:99:1|1:472576_A_T:4220,301,0 1|0:27,8:35:99:0|1:472576_A_T:255,0,1453 1|1:0,64:64:99:1|1:472576_A_T:2867,199,0 1|1:0,63:63:99:1|1:472576_A_T:2684,192,0 0|1:71,17:88:99:0|1:472576_A_T:463,0,3536 1|1:2,87:89:99:1|1:472576_A_T:3828,181,0 0|1:9,101:110:99:0|1:472576_A_T:4112,0,101 1|0:50,7:57:99:0|1:472576_A_T:158,0,2636 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1575 0|1:88,74:162:99:0|1:472576_A_T:2697,0,4201 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,47:47:99:1|1:472576_A_T:2109,150,0 0|1:33,88:121:99:0|1:472576_A_T:3386,0,1505 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485 1|0:53,7:60:99:0|1:472576_A_T:122,0,2613 1|1:0,44:44:99:1|1:472576_A_T:1943,138,0 1|0:40,11:51:99:1|0:472575_TA_T:314,0,2082 1|0:71,34:105:99:0|1:472576_A_T:1159,0,3436 1|1:1,55:56:99:1|1:472576_A_T:2360,142,0 1|1:0,62:62:99:1|1:472576_A_T:2674,187,0 1|0:48,20:68:99:0|1:472576_A_T:688,0,2435 1|1:0,53:53:99:1|1:472576_A_T:2335,160,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|0:68,44:112:99:0|1:472576_A_T:1552,0,2938 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|1:32,41:73:99:0|1:472576_A_T:1612,0,1580 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,181:181:99:1|1:472576_A_T:8090,560,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1354 1|0:9,119:128:93:0|1:472576_A_T:4917,0,93 1|1:0,51:51:99:1|1:472576_A_T:2260,154,0 1|1:0,58:58:99:1|1:472576_A_T:2577,180,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1250 1|0:43,152:195:99:0|1:472576_A_T:6027,0,1740 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1157 0|1:2,4:6:99:0|1:472576_A_T:162,0,105 1|0:28,132:160:99:0|1:472576_A_T:5115,0,927 1|0:41,72:113:99:0|1:472576_A_T:2803,0,1892 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530 0|1:60,27:87:99:0|1:472576_A_T:934,0,3091 0|0:124,0:124:99:.:.:0,117,1755 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620 1|1:3,191:194:99:1|1:472576_A_T:8086,419,0 1|0:6,49:55:99:0|1:472576_A_T:1866,0,141 1|1:0,34:34:99:1|1:472576_A_T:1535,108,0 1|1:0,90:90:99:1|1:472576_A_T:3940,277,0 1|1:4,265:269:99:1|1:472576_A_T:11583,573,0 1|1:1,109:110:99:1|1:472576_A_T:4687,276,0 1|1:3,164:167:99:1|1:472576_A_T:6943,361,0 1|0:1,18:19:0:0|1:472576_A_T:798,0,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 0|1:94,38:132:99:0|1:472576_A_T:1244,0,4728 1|0:28,51:79:99:0|1:472576_A_T:1945,0,1350 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1586 0|1:50,45:95:99:0|1:472576_A_T:1722,0,2479 1|1:0,106:106:99:1|1:472576_A_T:4522,321,0 0|1:5,11:16:99:0|1:472576_A_T:473,0,145 1|1:0,53:53:99:1|1:472576_A_T:2270,159,0 1|1:0,43:43:99:1|1:472576_A_T:1846,132,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,117,1755 0|0:13,0:13:10:.:.:0,10,338 1|1:0,129:129:99:1|1:472576_A_T:5713,391,0 1|1:0,82:82:99:1|1:472576_A_T:3648,253,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,109:109:99:1|1:472576_A_T:4865,343,0 0|1:54,57:111:99:0|1:472576_A_T:2235,0,3077 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1489 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,148:148:99:1|1:472576_A_T:6646,460,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,124:124:99:1|1:472576_A_T:5568,382,0 1|1:0,17:17:54:1|1:472576_A_T:784,54,0 1|1:0,120:120:99:1|1:472576_A_T:5387,373,0 1|1:0,145:145:99:1|1:472576_A_T:6535,448,0 1|1:0,122:122:99:1|1:472576_A_T:5533,385,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 1|1:2,136:138:99:1|1:472576_A_T:6032,327,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1165 1|1:1,95:96:99:1|1:472576_A_T:4129,228,0 1|1:0,110:110:99:1|1:472576_A_T:4980,346,0 1|1:0,144:144:99:1|1:472576_A_T:6542,445,0 1|1:0,81:81:99:1|1:472576_A_T:3636,250,0 0|1:6,107:113:78:0|1:472576_A_T:4497,0,78 1|1:1,141:142:99:1|1:472576_A_T:6268,403,0 0|1:53,42:95:99:0|1:472576_A_T:1576,0,3239 1|1:0,59:59:99:1|1:472576_A_T:2588,178,0 1|1:0,56:56:99:1|1:472576_A_T:2460,169,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,30:30:93:1|1:472576_A_T:1355,93,0 1|1:0,91:91:99:1|1:472576_A_T:4116,280,0 1|1:0,128:128:99:1|1:472576_A_T:5735,388,0 1|1:2,85:87:99:1|1:472576_A_T:3670,133,0 1|1:2,138:140:99:1|1:472576_A_T:6060,328,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,79:79:99:1|1:472576_A_T:3442,238,0 1|1:0,112:112:99:1|1:472576_A_T:5011,343,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1490 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1253 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,503:503:99:1|1:472576_A_T:22471,1535,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800 1|1:0,31:31:99:1|1:472576_A_T:1451,99,0 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810 1|0:3,56:59:21:0|1:472576_A_T:2387,0,21 0|1:52,8:60:99:1|0:472575_T_TA:181,0,3168 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485 0|0:133,0:133:99:.:.:0,99,1485 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1144 1|1:5,114:119:18:1|1:472576_A_T:4743,18,0 0|0:157,0:157:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,216:216:99:1|1:472576_A_T:9550,665,0 1|1:0,236:236:99:1|1:472576_A_T:10440,716,0 0|1:99,103:202:99:0|1:472576_A_T:3899,0,5665 1|1:1,247:248:99:1|1:472576_A_T:10855,687,0 1|1:0,134:134:99:1|1:472576_A_T:5964,406,0 1|1:0,91:91:99:1|1:472576_A_T:4043,280,0 1|1:0,191:191:99:1|1:472576_A_T:8644,596,0 1|1:0,64:64:99:1|1:472576_A_T:2885,202,0 1|1:1,201:202:99:1|1:472576_A_T:8735,552,0 1|0:128,39:167:99:0|1:472576_A_T:1211,0,7519 1|1:0,171:171:99:1|1:472576_A_T:7636,524,0 1|1:0,186:186:99:1|1:472576_A_T:8266,575,0 1|1:7,167:174:99:1|1:472576_A_T:7005,108,0 1|1:2,168:170:99:1|1:472576_A_T:7534,472,0 1|1:0,218:218:99:1|1:472576_A_T:9804,671,0 1|0:162,37:199:99:0|1:472576_A_T:1003,0,6748 1|0:8,160:168:49:0|1:472576_A_T:6640,0,49 1|1:0,177:177:99:1|1:472576_A_T:7986,544,0 1|1:0,117:117:99:1|1:472576_A_T:5392,373,0 1|1:0,181:181:99:1|1:472576_A_T:8103,559,0 1|1:0,41:41:99:1|1:472576_A_T:1891,132,0 1|1:0,217:217:99:1|1:472576_A_T:9792,677,0 1|1:2,209:211:99:1|1:472576_A_T:9228,513,0 1|1:0,187:187:99:1|1:472576_A_T:8406,578,0 1|1:0,211:211:99:1|1:472576_A_T:9498,659,0 1|1:0,197:197:99:1|1:472576_A_T:8876,617,0 1|1:0,213:213:99:1|1:472576_A_T:9522,662,0 0|1:55,145:200:99:0|1:472576_A_T:6000,0,2814 1|0:29,64:93:99:0|1:472576_A_T:2535,0,1707 0|0:172,11:183:83:0|1:472576_A_T:0,83,10303 1|1:0,206:206:99:1|1:472576_A_T:9160,629,0 1|1:0,168:168:99:1|1:472576_A_T:7325,513,0 1|1:0,41:41:99:1|1:472576_A_T:1888,129,0 0|1:163,42:205:99:0|1:472576_A_T:1178,0,9242 1|0:3,29:32:99:0|1:472576_A_T:1193,0,145 1|1:3,198:201:99:1|1:472576_A_T:8683,532,0 1|1:1,219:220:99:1|1:472576_A_T:9752,641,0 1|0:51,102:153:99:0|1:472576_A_T:4038,0,2601 1|1:1,197:198:99:.:.:8734,575,0 1|1:0,201:201:99:1|1:472576_A_T:8892,617,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1620 1|0:115,60:175:99:0|1:472576_A_T:2099,0,6605 1|1:1,192:193:99:1|1:472576_A_T:8434,522,0 1|1:0,72:72:99:1|1:472576_A_T:3179,217,0 1|1:0,196:196:99:1|1:472576_A_T:8678,599,0 1|1:1,109:110:99:1|1:472576_A_T:4802,262,0 0|1:14,152:166:99:0|1:472576_A_T:6311,0,273 1|0:3,23:26:99:0|1:472576_A_T:949,0,131 1|1:3,216:219:99:.:.:9708,569,0 1|1:0,199:199:99:1|1:472576_A_T:8911,605,0 1|1:0,213:213:99:1|1:472576_A_T:9518,662,0 1|1:0,170:170:99:1|1:472576_A_T:7660,527,0 1|1:4,194:198:99:1|1:472576_A_T:8592,387,0 1|0:4,73:77:26:0|1:472576_A_T:3083,0,26 1|1:4,197:201:99:1|1:472576_A_T:8540,376,0 1|1:4,162:166:99:1|1:472576_A_T:7057,212,0 1|1:1,180:181:99:1|1:472576_A_T:7942,484,0 1|0:16,115:131:99:0|1:472576_A_T:4745,0,461 0|1:71,93:164:99:0|1:472576_A_T:3684,0,3397 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,70:70:99:1|1:472576_A_T:3153,217,0 1|1:1,322:323:99:1|1:472576_A_T:14288,927,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,219:220:99:1|1:472576_A_T:9711,628,0 1|1:0,134:134:99:1|1:472576_A_T:6059,418,0 1|1:0,81:81:99:1|1:472576_A_T:3565,250,0 1|0:29,30:59:99:1|0:472575_T_TA:1167,0,1702 1|1:0,77:77:99:1|1:472576_A_T:3559,241,0 1|1:0,124:124:99:1|1:472576_A_T:5521,382,0 1|1:0,96:96:99:1|1:472576_A_T:4340,301,0 1|1:0,81:81:99:1|1:472576_A_T:3627,250,0 1|0:82,36:118:99:0|1:472576_A_T:1224,0,4668 1|1:0,118:118:99:1|1:472576_A_T:5258,358,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1095 1|1:0,45:45:99:1|1:472576_A_T:1955,138,0 1|1:0,16:16:54:1|1:472576_A_T:782,54,0 1|1:0,96:96:99:1|1:472576_A_T:4237,292,0 1|1:0,132:132:99:1|1:472576_A_T:5983,415,0 1|1:0,126:126:99:1|1:472576_A_T:5661,388,0 1|1:0,91:91:99:1|1:472576_A_T:4058,277,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1335 1|0:145,14:159:99:0|1:472576_A_T:111,0,8386 1|1:0,175:175:99:1|1:472576_A_T:7991,551,0 1|1:0,56:56:99:1|1:472576_A_T:2476,169,0 1|0:39,32:71:99:0|1:472576_A_T:1320,0,2029 1|1:0,58:58:99:1|1:472576_A_T:2619,184,0 1|0:4,25:29:99:0|1:472576_A_T:1017,0,186 1|1:0,21:21:63:1|1:472576_A_T:912,63,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1462 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,21:21:63:1|1:472576_A_T:945,63,0 1|1:0,110:110:99:1|1:472576_A_T:5026,346,0 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1131 1|1:0,123:123:99:1|1:472576_A_T:5576,385,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1315 1|1:0,119:119:99:1|1:472576_A_T:5328,367,0 1|1:0,117:117:99:1|1:472576_A_T:5243,358,0 1|1:0,165:165:99:1|1:472576_A_T:7512,521,0 1|1:0,90:90:99:1|1:472576_A_T:4119,280,0 1|1:0,366:366:99:1|1:472576_A_T:16321,1129,0 1|0:12,25:37:99:0|1:472576_A_T:1045,0,655 0|1:95,102:197:99:0|1:472576_A_T:3998,0,5314 1|1:0,479:479:99:1|1:472576_A_T:21440,1477,0 1|0:92,31:123:99:0|1:472576_A_T:977,0,5518 1|1:0,150:150:99:1|1:472576_A_T:6756,466,0 1|1:0,32:32:99:1|1:472576_A_T:1459,99,0 1|1:0,18:18:54:1|1:472576_A_T:784,54,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575 Pf3D7_01_v3 473705 . G A 663946 PASS FS=0;MQ=59.9;QD=21.79;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.649;VQSLOD=4.83;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=61.48;GQ_STDDEV=33.38;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5399;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-2.693;culprit=FS;set=snp;DP=4406363;AF=0.044;AS_InbreedingCoeff=0.5381;MLEAC=231;MLEAF=0.044;AN=852;AC=29 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:17,0:17:26:.:.:0,26,417:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|1:5,10:15:86:.:.:270,0,86:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,21:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,158:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,173:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1230:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1280:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1324:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:15,0:15:20:.:.:0,20,375:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1427:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1057:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1331:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1582:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,929:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1159:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1366:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1063:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1315:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1311:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1270:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1024:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1224:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1517:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1358:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,634:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1432:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1513:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1440:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1413:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1062:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1186:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:93:.:.:0,93,1064:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:41,0:41:51:.:.:0,51,980:. 0|0:39,0:39:97:.:.:0,97,1052:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1177:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1039:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,987:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1026:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1285:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1189:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1205:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1434:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1462:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1449:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1431:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1531:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1295:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1345:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1498:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1123:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1328:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1204:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1374:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1413:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1257:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1450:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1664:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1187:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1370:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1068:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1140:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1160:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:36,0:36:91:.:.:0,91,947:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,975:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1083:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1304:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1197:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1522:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1318:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1094:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1155:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,107:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1465:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:83:.:.:0,83,897:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,687:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1510:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1219:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,695:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1406:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:49,42:91:99:.:.:1141,0,1401:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1853,156,0:. 1|0:15,90:105:99:.:.:2929,0,192:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1471:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1428:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1452:. 1|0:43,35:78:99:.:.:1045,0,1161:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:59:.:.:0,59,1290:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:44:.:.:0,44,820:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1407:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,257:257:99:.:.:8884,771,0:. 0|0:34,0:34:35:.:.:0,35,939:. 1|1:0,13:13:39:.:.:457,39,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1407:. 1|1:4,59:63:68:.:.:1861,68,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,113,1362:. 1|0:86,86:172:99:.:.:2425,0,2155:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1507:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1463:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1481:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1225:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,787:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1217:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,747:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1468:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1420:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1344:. 1|1:4,160:164:99:.:.:5132,354,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,970:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:121,0:121:91:.:.:0,91,3058:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,404:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:9,103:112:32:.:.:3225,32,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:87:.:.:0,87,2133:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1488:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1419:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1269:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1408:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4794,421,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1209:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,906:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1313:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,253:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:64,62:126:99:.:.:1710,0,1696:. 0|1:85,65:150:99:.:.:1790,0,2190:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,376:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:102,15:117:99:.:.:196,0,2837:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1429:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3578,314,0:. 0|1:83,25:108:99:.:.:532,0,2414:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1390:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1126:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1345:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1302,122,0:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5433,471,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1566:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:31:.:.:0,31,926:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,331:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 481114 . A T 165350 PASS FS=0;MQ=63.54;QD=19.11;RegionType=Core;SOR=0.717;VQSLOD=4.13;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=-0.0084;NCC=1;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=130.19;GQ_STDDEV=101.33;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.679;culprit=FS;set=snp;DP=5901223;AF=0.023;AS_InbreedingCoeff=-0.0323;MLEAC=107;MLEAF=0.021;AN=848;AC=23 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:90:.:.:0,90,1263:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1125:. 1|0:32,8:40:99:.:.:128,0,864:. 0|0:40,0:40:81:.:.:0,81,1129:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:30:.:.:0,30,566:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1283:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:53,0:55:99:0|1:481088_AT_A:0,169,2462:. 0|0:25,0:25:61:.:.:0,61,761:. 0|0:43,0:43:77:.:.:0,77,1136:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,788:. 0|0:30,0:30:51:.:.:0,51,765:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:8,0:8:3:.:.:0,3,171:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,459:. 0|0:21,0:21:27:.:.:0,27,484:. 0|0:27,0:27:32:.:.:0,32,636:. 1|0:30,9:39:99:.:.:153,0,828:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1198:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,934:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,210:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1284:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1721:. 0|0:44,0:44:77:.:.:0,77,1101:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1012,112,0:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1205:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1617:. 0|0:29,0:29:61:.:.:0,61,770:. 0|0:18,0:18:36:.:.:0,36,540:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1607:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,439:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1477:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1350:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1173:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1436:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1463:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1265:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1347:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:56:.:.:0,56,737:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1113:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:72:.:.:0,72,886:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:79:.:.:0,79,945:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1171:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:45,0:45:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,623:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1467:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1405:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1646:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,107,1745:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1754:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,117:145:99:.:.:2984,0,369:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1373:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1771:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,14:41:99:.:.:299,0,669:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1593:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1560:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1773:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1270:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1373:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1388:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1453:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1391:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1460:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1388:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1041:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1220:. 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,543:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1582:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1497:. 0|0:63,4:67:76:.:.:0,76,1674:. 0|0:56,3:59:99:.:.:0,108,1590:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,29:105:99:.:.:518,0,1758:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1283:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1582:. 1|0:19,34:53:99:.:.:827,0,358:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,29:102:99:.:.:503,0,1717:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,7:60:9:.:.:9,0,1246:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1676:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1600:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1521:. 1|1:0,31:31:92:.:.:869,92,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,4:34:14:.:.:14,0,783:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1539:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1610:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1740:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1691:. 0|0:54,0:54:23:.:.:0,23,1199:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1357:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,11:38:99:.:.:175,0,594:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1146:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1412:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1011:. 1|0:58,14:72:99:.:.:170,0,1856:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:41,0:41:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1785:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1049:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1035:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,246:. 0|0:134,0:134:80:.:.:0,80,3131:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1192:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,5:13:94:.:.:94,0,206:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:80:.:.:0,80,792:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,378:. 0|0:33,0:33:63:.:.:0,63,942:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1282:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:23,0:23:25:.:.:0,25,666:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1443:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:46,0:46:86:.:.:0,86,1297:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1449:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1052:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1058:. 0|0:34,0:34:52:.:.:0,52,1013:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1252:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1442:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1081:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1402:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,854:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1077:. 0|0:14,0:14:21:.:.:0,21,315:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1349:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,118:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:31,0:31:61:.:.:0,61,924:. 0|0:40,0:40:88:.:.:0,88,1183:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:15,0:15:28:.:.:0,28,445:. 0|0:27,0:27:62:.:.:0,62,895:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:32,0:32:56:.:.:0,56,1001:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3714,335,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 0|0:.:17:.:.:.:.:36 1|1:2,42:44:63:.:.:1310,63,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:.:422:.:.:.:.:99 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:63:.:.:.:.:99 1|0:73,47:120:99:.:.:1226,0,2044:. 0|0:.:299:.:.:.:.:99 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:.:29:.:.:.:.:72 0|0:35,0:35:53:.:.:0,53,937:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:224:.:.:.:.:99 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1534:. 0|0:.:324:.:.:.:.:99 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:26:.:.:.:.:63 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:.:15:.:.:.:.:23 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:.:9:.:.:.:.:24 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:.:35:.:.:.:.:84 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1646:. 0|0:.:392:.:.:.:.:99 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:207:.:.:.:.:99 0|0:87,0:87:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:32:.:.:.:.:60 0|1:37,51:88:99:.:.:1289,0,979:. 1|0:11,30:41:99:.:.:866,0,238:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:8:.:.:.:.:21 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:42:.:.:.:.:99 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:202:.:.:.:.:99 0|0:.:29:.:.:.:.:14 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1383:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:.:28:.:.:.:.:75 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,858:. 0|0:.:25:.:.:.:.:63 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:.:39:.:.:.:.:51 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:.:20:.:.:.:.:51 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,865:. 0|0:29,0:29:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,805:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,994:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1273:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:16,0:16:28:.:.:0,28,478:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,109:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1056:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1140:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 0|0:25,0:25:8:.:.:0,8,581:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,917:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,885:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1516:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,686:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:45:.:.:0,45,675:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,703:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,101:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 481578 . T C 102127 PASS FS=0;MQ=60.83;QD=21.52;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.663;VQSLOD=5.1;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1897;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=101.72;GQ_STDDEV=90.52;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4217;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.627;culprit=FS;set=snp;DP=4695307;AF=0.008775;AS_InbreedingCoeff=0.4217;MLEAC=44;MLEAF=0.00858;AN=842;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1419:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|1:6,26:32:80:675,0,80:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:31,0:31:78:0,78,1170:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:69:0,69,887:. 0|0:31,0:31:75:0,75,1125:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:69:0,69,1035:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:4,0:4:6:0,6,90:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:. 0|0:46,0:46:99:0,109,1391:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1708:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:81:0,81,777:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:30:0,30,450:. 0|0:7,0:7:21:0,21,199:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1502:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1368:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:0,113,1418:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1446:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1726:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1224:. 0|0:40,0:40:99:0,110,1098:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,110,1171:. 0|0:27,0:27:72:0,72,817:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1300:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1263:. 0|0:59,0:59:99:0,115,1791:. 0|0:23,0:23:57:0,57,855:. 0|0:60,0:60:99:0,113,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1249:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,999:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,103,1461:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1114:. 0|0:35,0:35:93:0,93,1395:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1093:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,101,1074:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,895:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1395:. 0|0:31,0:31:81:0,81,950:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1079:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,962:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1159:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1410:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1088:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:0,60,545:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1322:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,100,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,119,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:2162,241,0:. 0|0:114,0:114:99:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1367:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1334:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 1|0:93,71:164:99:1480,0,2201:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1246:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1363:. 1|0:65,11:76:99:110,0,1683:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,114,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,110,1602:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1625:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,103,1665:. 0|0:54,0:54:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1198:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:. 0|0:66,0:66:99:0,113,1800:. 0|0:35,0:35:96:0,96,1440:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:96:0,96,1440:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1172:. 0|0:82,0:82:99:0,110,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,115,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,226:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1649:. 0|0:111,0:111:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1187:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1109:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1255:. 0|0:112,0:112:0:0,0,2735:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:0,81,1215:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1299:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,115,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1396:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1195:. 0|0:38,0:38:99:0,107,1245:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,108,1620:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1225:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1043:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:0,107,1659:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1179:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1174:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1165:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1126:. 0|0:105,0:105:99:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1161:. 0|1:20,69:89:99:1659,0,328:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:0,90,919:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1327:. 0|0:7,0:7:21:0,21,213:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|1:52,33:85:99:624,0,1298:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1620:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1206:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 1|1:1,81:82:99:2270,214,0:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:84,0:84:99:0,112,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:60:0,60,658:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1369:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:34,0:34:84:0,84,1260:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1378:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1394:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1388:. 0|0:1,0:1:3:0,3,34:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1214:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1431:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1258:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1460:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1164:. 0|0:12,0:12:36:0,36,433:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1248:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1204:. 0|0:29,0:29:78:0,78,1170:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:66:0,66,990:. 0|0:10,0:10:30:0,30,341:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1402:. 0|0:7,0:7:21:0,21,224:. 0|0:17,0:17:39:0,39,585:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1292:. 0|0:25,0:25:72:0,72,880:. 0|0:36,0:36:99:0,100,1300:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:30,0:30:87:0,87,965:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1390:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:3,0:3:9:0,9,98:. 0|0:5,0:5:15:0,15,175:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:41,0:41:99:0,99,1276:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:41 0|0:34,0:34:99:0,102,1146:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1485:. 0|0:20,0:20:.:.:54 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:.:.:75 0|0:77,0:77:99:0,117,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1293:. 0|0:7,0:7:.:.:0 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1183:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:0,99,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:42 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:.:.:54 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:117,0:117:99:0,110,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:.:.:18 0|0:38,0:38:99:0,105,1249:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:7,0:7:.:.:21 0|0:40,0:40:99:0,111,1426:. 0|0:5,0:5:.:.:15 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:.:.:9 0|0:43,0:43:99:0,102,1496:. 0|0:16,0:16:.:.:48 0|0:114,0:114:99:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:.:.:99 0|0:34,0:34:99:0,99,1181:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1138:. 0|0:9,0:9:.:.:21 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:52,2:54:92:0,92,1531:. 0|0:93,0:93:99:0,114,1710:. 0|0:0,0:0:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:.:.:45 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:.:.:120 0|0:5,0:5:.:.:15 1|0:36,10:46:99:169,0,1018:. 1|0:13,98:111:99:2684,0,111:. 0|0:98,0:98:33:0,33,2741:. 0|0:7,0:7:.:.:15 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:.:.:15 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1104:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:.:.:48 0|0:34,0:34:99:0,99,1128:. 0|0:5,0:5:.:.:15 0|0:39,0:39:99:0,102,1246:. 0|0:22,0:22:60:0,60,778:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:84:0,84,1009:. 0|0:22,0:22:60:0,60,781:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1072:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1103:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:20,0:20:60:0,60,646:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1175:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1085:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1278:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1123:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1470:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:14,0:14:42:0,42,474:. 0|0:2,0:2:6:0,6,69:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1382:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1665:. 0|0:4,0:4:12:0,12,127:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1358:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1131:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1099:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:0,60,800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:8,0:8:24:0,24,235:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:0,93,1395:. Pf3D7_01_v3 482080 . C T 2.37041e+06 PASS FS=0;MQ=60.07;QD=26.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R114K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGa/aAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0112800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0112800.1;SOR=0.717;VQSLOD=6.5;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=19.05;GQ_MEAN=100.46;GQ_STDDEV=24.69;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9713;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.428;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9414224;AF=0.087;AS_InbreedingCoeff=-0.0337;MLEAC=458;MLEAF=0.087;AN=858;AC=45 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1359:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1278:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1036:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1276:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1342:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:27,0:27:62:.:.:0,62,749:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,357:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1234:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1475:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1123:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1369,138,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,344:. 1|1:0,14:14:42:.:.:450,42,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1253:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1470:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1567:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1110:. 1|0:29,48:77:99:.:.:1166,0,566:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1060:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1450:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,82:97:99:.:.:2184,0,123:. 0|0:83,0:83:68:.:.:0,68,1988:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1244:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1425:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,64:146:99:.:.:1501,0,1866:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1128:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1188:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1503:. 1|1:1,72:73:99:.:.:2130,192,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,24:84:99:.:.:475,0,1357:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,942:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1379:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1098:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1098:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,142:152:99:.:.:3913,187,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:213,24:237:24:.:.:24,0,5351:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:178,21:199:33:.:.:33,0,4244:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2690,265,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:70,66:136:99:.:.:1621,0,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1254:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:7:.:.:0,7,2204:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,134:135:99:.:.:4008,376,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1303:. 1|0:65,38:103:99:.:.:803,0,1519:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,26:145:99:.:.:327,0,2922:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1133:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:8,133:141:99:.:.:3753,188,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,79:81:99:.:.:2323,193,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1357:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1345:. 1|0:120,16:136:92:.:.:92,0,2880:. 1|0:26,82:108:99:.:.:2077,0,388:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,971:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1392:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2865,294,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1413:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1382:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1342:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,450:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:30,120:150:99:.:.:3145,0,392:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:68:.:.:0,68,867:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,120:120:99:.:.:4154,361,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1354:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,139:147:99:.:.:4654,154,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1518:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:216,37:253:99:.:.:565,0,6405:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,108:129:99:.:.:3216,0,315:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,32:59:99:.:.:910,0,692:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,255:257:99:.:.:8491,701,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1161:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1262:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:152,24:176:99:.:.:294,0,4412:. 1|0:125,175:300:99:.:.:4671,0,3047:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1755:. 1|0:184,29:213:99:.:.:293,0,5432:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,886:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,234:243:99:.:.:7631,419,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,63:139:99:.:.:1745,0,2194:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1422:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1452:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1065:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1306:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. Pf3D7_01_v3 483512 . A T 512822 PASS FS=0;MQ=59.95;QD=22.11;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.729;VQSLOD=4.85;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0019;FractionInformativeReads=0.999;GC=0;GQ_MEAN=105.4;GQ_STDDEV=29.59;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6386;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.369;culprit=FS;set=snp;DP=3646250;AF=0.079;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=396;MLEAF=0.079;AN=816;AC=100 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:18,0:18:34:.:.:0,34,528:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,28:28:84:.:.:910,84,0:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 1|0:7,4:11:97:.:.:97,0,191:. 1|1:0,16:16:48:.:.:505,48,0:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,58:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,286:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1195:. 1|0:19,29:48:99:.:.:745,0,413:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,838:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1411:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,383:. 1|1:0,8:8:24:.:.:256,24,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,113,1405:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1136:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:21,50:71:99:.:.:1370,0,436:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1389:. 1|0:101,18:119:99:.:.:200,0,2695:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1070,105,0:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:1,37:38:81:.:.:1100,81,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1687:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:58:.:.:0,58,1020:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1079:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1790:. 1|0:9,5:14:99:.:.:117,0,226:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1196:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:14,30:44:99:.:.:794,0,295:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1274:. 0|1:44,32:76:99:.:.:740,0,1051:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2421,232,0:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1404:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1153:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|1:25,24:49:99:.:.:588,0,600:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1532:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:37,6:43:52:.:.:52,0,983:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1210:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|1:13,18:31:99:.:.:467,0,308:. 0|1:9,21:30:99:.:.:549,0,192:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,4:22:47:.:.:47,0,442:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:3,81:84:99:.:.:2416,162,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1387:. 0|1:48,8:56:75:.:.:75,0,1630:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,428:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1200:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1303:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1356:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1343:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1786:. 1|1:9,115:124:90:.:.:3263,90,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1161:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1573:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1271:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:35,13:48:99:.:.:257,0,889:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:15:.:.:0,15,1262:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,42:70:99:.:.:1092,0,616:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1207:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,33:58:99:.:.:828,0,510:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1295:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1398:. 1|0:8,51:59:68:.:.:1351,0,68:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1675:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1231:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1635:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1534:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1291:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1446:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1323:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,4:14:84:.:.:84,0,260:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1450:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1161:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1294:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,26:84:99:.:.:569,0,1527:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,209:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1463,144,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1307:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1276:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:10:.:.:0,10,729:. 0|0:58,0:58:13:.:.:0,13,1421:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1464:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,26:33:99:.:.:690,0,111:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1241:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1131:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1053:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1444:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1728:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:0,28:28:83:.:.:797,83,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1467:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1332:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1719:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,34:42:99:.:.:826,0,121:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,731:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:49,7:56:52:.:.:52,0,1210:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1703:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1356:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:29,11:40:99:.:.:213,0,752:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1635:. 0|1:5,39:44:25:.:.:1065,0,25:. 0|0:28,0:28:51:.:.:0,51,818:. 0|0:33,0:33:86:.:.:0,86,992:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1383:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1064,105,0:. 0|0:24,0:24:12:.:.:0,12,597:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1334:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:7,26:33:86:.:.:667,0,86:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1460:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:89:.:.:0,89,1069:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1436:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,249:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:32,25:57:99:.:.:627,0,806:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1073:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1532:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:19,0:19:26:.:.:0,26,523:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1642:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1541,158,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,158:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1486:. 0|1:35,19:54:99:.:.:385,0,855:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1090:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1274:. 1|0:5,3:8:73:.:.:73,0,133:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:1,8:9:5:.:.:192,0,5:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,966:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:30,0:30:71:.:.:0,71,1017:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:25,0:25:50:.:.:0,50,796:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,654:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,954:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1353:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,174:. 1|1:1,22:23:33:.:.:726,33,0:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:14,4:18:95:.:.:95,0,419:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:20,0:20:39:.:.:0,39,585:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,413:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,177:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,855:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,145:. 0|1:9,2:11:41:.:.:41,0,290:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,420:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,379:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,573:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:1,77:78:99:.:.:2688,198,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,658:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1861,156,0:. 1|1:1,86:87:99:.:.:2891,232,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,203:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1710:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2948,236,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,198:. 0|1:49,35:84:99:.:.:886,0,1454:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,272:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1438:. 1|1:0,27:27:81:.:.:942,81,0:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 1|1:0,28:28:84:.:.:921,84,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,48:66:99:.:.:1496,0,388:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,76:91:99:.:.:2222,0,225:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,57:. 1|0:34,4:38:34:.:.:34,0,1041:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,269:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2638,231,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,8:75:44:.:.:44,0,1926:. 1|0:45,12:57:99:.:.:223,0,1312:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,101:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2170,189,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1704:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2399,216,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:7,69:76:6:.:.:2085,6,0:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,24:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,29:. 0|1:29,28:57:99:.:.:735,0,798:. 0|1:3,0:3:0:.:.:0,0,34:. 1|0:17,49:66:99:.:.:1452,0,382:. 1|1:2,55:57:99:.:.:1780,104,0:. 0|1:30,44:74:99:.:.:1269,0,731:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,16:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:83:.:.:0,83,1199:. 0|0:56,0:56:33:.:.:0,33,1476:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1682:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:43,0:43:98:.:.:0,98,1417:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1491:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:32,4:36:15:.:.:15,0,978:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,90:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1741:. 1|0:4,17:21:82:.:.:489,0,82:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:10,0:10:12:.:.:0,12,180:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,550:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,769:. 1|1:0,25:25:75:.:.:838,75,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1400,132,0:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,953:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,11:11:33:.:.:372,33,0:. 0|1:13,9:22:99:.:.:210,0,341:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,9:9:27:.:.:287,27,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,154:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1321:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,101:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,765:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,798:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1467:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:6,18:24:99:.:.:578,0,146:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,98:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. Pf3D7_01_v3 484556 . C T 223125 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=22.35;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.707;VQSLOD=7.25;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=-0.0043;NCC=1;BaseQRankSum=3.67;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.4523;GQ_MEAN=343.56;GQ_STDDEV=657.45;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.693;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=5665963;AF=0.016;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=81;MLEAF=0.016;AN=854;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1493:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1455:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:85:.:.:0,85,1123:. 0|1:16,24:40:99:.:.:643,0,250:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,498:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1379:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,918:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,623:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,165:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1326:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1306:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1389:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1380:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1774:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1418:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1668:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1489:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1543:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,113,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1573:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:33,0:33:80:.:.:0,80,837:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1732:. 1|0:27,12:39:99:.:.:239,0,610:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1126:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1129:. 0|0:43,0:43:83:.:.:0,83,1007:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1335:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1755:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1383:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1560:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1561:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,107,1511:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1709:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1366:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1168:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1036:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1616:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1710:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,302:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1590:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1433:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1675:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1431:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1126:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1542:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1286:. 0|0:51,0:51:1:.:.:0,1,1061:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1131:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1337:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1011:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1341:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:91:.:.:0,91,935:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1318:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1515:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,247:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1777:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,1015:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,313:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1458:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1393:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1429:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,240:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1555:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2564,214,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1299:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1302:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,940:. 0|0:22,0:22:42:.:.:0,42,649:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1471:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1472:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,434:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,102:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,754:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1321:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,109:110:99:.:.:3698,296,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1241:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1195:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1553:. 0|0:52,0:52:86:.:.:0,86,1393:. 0|0:23,0:23:64:.:.:0,64,781:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,112,1253:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,489:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1378:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,996:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1180:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1453:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1462:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:32,0:32:64:.:.:0,64,999:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1431:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1613:. 0|1:13,63:76:99:.:.:1823,0,185:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1358:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1230:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1191:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1789:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1487:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1479:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1444:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,194:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1316:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1451:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1283:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:71:.:.:0,71,998:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1255:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,657:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1196:. Pf3D7_01_v3 486229 . T C 40560 PASS FS=0.533;MQ=55.22;QD=19.86;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.642;VQSLOD=3.28;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0;ExcessHet=4.0036;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=80.17;GQ_STDDEV=40.15;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0432;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.28;culprit=QD;set=snp;DP=3304354;AF=0.00595;AS_InbreedingCoeff=-0.0432;MLEAC=27;MLEAF=0.005737;AN=786;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:34,0:34:6:.:.:0,6,845:. 0|0:60,0:60:54:.:.:0,54,810:. 0|0:45,0:45:14:.:.:0,14,1155:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,616:. 0|0:47,0:47:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:31,0:31:66:.:.:0,66,900:. 0|0:23,0:23:4:.:.:0,4,595:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,886:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,895:. 0|0:39,0:39:53:.:.:0,53,1089:. 0|0:27,0:27:33:.:.:0,33,495:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,810:. 0|0:21,0:21:29:.:.:0,29,571:. 0|0:15,0:15:24:.:.:0,24,360:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,183:. 0|0:15,0:15:12:.:.:0,12,180:. 0|0:27,0:27:33:.:.:0,33,495:. 0|0:48,1:49:99:.:.:0,131,1519:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1372:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,1065:. 0|0:11,0:11:6:.:.:0,6,90:. 0|0:41,0:41:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:48:.:.:0,48,720:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,162:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,173:. 0|0:48,0:48:33:.:.:0,33,495:. 0|0:52,0:52:63:.:.:0,63,945:. 0|0:30,0:30:48:.:.:0,48,720:. 0|0:76,0:76:68:.:.:0,68,1869:. 0|0:39,0:39:55:.:.:0,55,1011:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1274:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,2190:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:24,0:24:27:.:.:0,27,405:. 0|0:42,0:42:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:39:.:.:0,39,585:. 0|0:42,0:42:42:.:.:0,42,630:. 0|0:55,0:55:63:.:.:0,63,945:. 0|0:53,0:53:15:.:.:0,15,1211:. 0|0:69,0:69:54:.:.:0,54,810:. 0|0:67,0:67:20:.:.:0,20,1593:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1325:. 0|0:35,0:35:24:.:.:0,24,360:. 0|0:24,0:24:18:.:.:0,18,270:. 0|0:31,0:31:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:51:.:.:0,51,765:. 0|0:43,0:43:36:.:.:0,36,540:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,488:. 0|0:74,0:74:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:54:.:.:0,54,810:. 0|0:44,0:44:51:.:.:0,51,765:. 0|0:33,0:33:33:.:.:0,33,495:. 0|0:38,0:38:42:.:.:0,42,630:. 0|0:52,0:52:33:.:.:0,33,495:. 0|0:71,0:71:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:33:.:.:0,33,495:. 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,900:. 0|0:76,0:76:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,249:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1140:. 0|0:41,0:41:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:50,0:50:24:.:.:0,24,360:. 0|0:17,0:17:18:.:.:0,18,270:. 0|0:49,0:49:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:31,0:31:24:.:.:0,24,360:. 0|0:28,0:28:23:.:.:0,23,684:. 0|0:65,0:65:24:.:.:0,24,360:. 0|0:26,0:26:18:.:.:0,18,270:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1380:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:50,0:50:56:.:.:0,56,1209:. 0|0:53,0:53:60:.:.:0,60,900:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,353:. 0|0:26,0:26:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:21:.:.:0,21,315:. 0|0:26,0:26:24:.:.:0,24,360:. 0|0:35,0:35:42:.:.:0,42,630:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,720:. 0|0:28,0:28:23:.:.:0,23,710:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:37,0:37:30:.:.:0,30,450:. 0|0:56,0:56:36:.:.:0,36,540:. 0|0:88,0:88:57:.:.:0,57,855:. 0|0:62,0:62:62:.:.:0,62,1587:. 0|0:29,0:29:24:.:.:0,24,360:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:83,0:83:66:.:.:0,66,990:. 0|0:47,0:47:51:.:.:0,51,765:. 0|0:63,0:63:10:.:.:0,10,1425:. 0|0:11,0:11:2:.:.:0,2,270:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:36:.:.:0,36,540:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1053:. 0|0:52,0:52:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,597:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1315:. 0|0:99,0:99:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:81,0:81:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:66:.:.:0,66,990:. 0|0:136,0:136:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,969:. 0|0:93,0:93:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:60,0:60:57:.:.:0,57,855:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:33:.:.:0,33,495:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:54:.:.:0,54,810:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1172:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:42:.:.:0,42,630:. 0|0:140,0:140:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:70,0:70:66:.:.:0,66,990:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:59,0:59:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1070:. 0|0:37,0:37:30:.:.:0,30,450:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,837:. 0|0:41,0:41:36:.:.:0,36,540:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,948:. 0|0:63,0:63:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:45:.:.:0,45,675:. 0|0:51,0:51:64:.:.:0,64,1276:. 0|0:50,0:50:55:.:.:0,55,1306:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1624:. 0|0:65,0:65:63:.:.:0,63,945:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1334:. 0|0:37,0:37:42:.:.:0,42,630:. 0|0:50,0:50:58:.:.:0,58,1210:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:39:.:.:0,39,1760:. 0|0:83,0:83:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:71,0:71:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:48:.:.:0,48,720:. 0|0:53,0:53:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:54,0:54:45:.:.:0,45,675:. 0|0:59,0:59:48:.:.:0,48,720:. 0|0:35,0:35:9:.:.:0,9,135:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:34,0:34:30:.:.:0,30,450:. 0|0:75,0:75:48:.:.:0,48,720:. 0|0:27,0:27:27:.:.:0,27,405:. 0|0:56,0:56:57:.:.:0,57,855:. 0|0:41,0:41:24:.:.:0,24,360:. 0|0:29,0:29:2:.:.:0,2,651:. 0|0:112,0:112:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,684:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1527:. 0|0:91,0:91:63:.:.:0,63,945:. 0|0:34,0:34:36:.:.:0,36,540:. 0|0:61,0:61:63:.:.:0,63,1571:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,501:. 0|0:109,0:109:37:.:.:0,37,2733:. 0|0:87,0:87:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1084:. 0|0:81,0:81:66:.:.:0,66,990:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:93,0:93:54:.:.:0,54,2214:. 0|0:48,0:48:36:.:.:0,36,540:. 0|0:63,0:63:48:.:.:0,48,720:. 0|0:48,1:49:99:.:.:0,129,1746:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:88,0:88:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:63:.:.:0,63,945:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1361:. 0|0:65,0:65:57:.:.:0,57,855:. 0|0:46,0:46:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:27:.:.:0,27,405:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:118,0:118:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:44,0:44:70:.:.:0,70,1081:. 0|0:63,0:63:57:.:.:0,57,855:. 0|0:51,0:51:54:.:.:0,54,810:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:21:.:.:0,21,1791:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:74,0:74:66:.:.:0,66,990:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:24:.:.:0,24,936:. 0|0:63,0:63:48:.:.:0,48,720:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:42:.:.:0,42,630:. 0|0:33,0:33:24:.:.:0,24,360:. 0|0:33,0:33:21:.:.:0,21,315:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:. 0|0:106,0:106:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:57:.:.:0,57,855:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,660:. 0|0:73,0:73:63:.:.:0,63,945:. 0|0:47,1:48:99:.:.:0,121,1374:. 0|0:27,0:27:30:.:.:0,30,450:. 0|0:44,0:44:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:45,0:45:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:57:.:.:0,57,855:. 0|0:48,0:48:50:.:.:0,50,1224:. 0|0:97,0:97:57:.:.:0,57,855:. 0|0:94,0:94:32:.:.:0,32,2227:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,1153:. 0|0:31,0:31:48:.:.:0,48,720:. 0|0:83,0:83:48:.:.:0,48,1998:. 0|0:41,0:41:42:.:.:0,42,630:. 0|0:27,0:27:21:.:.:0,21,315:. 0|0:44,0:44:30:.:.:0,30,450:. 0|0:25,0:25:45:.:.:0,45,694:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1125:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,786:. 0|0:48,0:48:48:.:.:0,48,720:. 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,675:. 0|0:43,0:43:33:.:.:0,33,495:. 0|0:32,0:32:30:.:.:0,30,450:. 0|0:53,0:53:54:.:.:0,54,810:. 0|0:75,0:75:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:27:.:.:0,27,405:. 0|0:54,0:54:33:.:.:0,33,495:. 0|0:18,0:18:9:.:.:0,9,135:. 0|0:76,0:76:54:.:.:0,54,1863:. 0|0:31,0:31:39:.:.:0,39,585:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:15:.:.:0,15,225:. 0|0:37,0:37:24:.:.:0,24,360:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:33:.:.:0,33,495:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1253:. 0|0:55,0:55:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1296:. 0|0:83,0:83:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:94:.:.:0,94,1379:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:33:.:.:0,33,495:. 0|0:18,0:18:30:.:.:0,30,450:. 0|0:54,0:54:39:.:.:0,39,585:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,318:. 0|0:57,0:57:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:58,0:58:48:.:.:0,48,720:. 0|0:25,0:25:21:.:.:0,21,650:. 0|0:57,0:57:47:.:.:0,47,1437:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1667:. 0|0:17,1:18:33:.:.:0,33,533:. 0|0:30,0:30:36:.:.:0,36,540:. 0|0:32,0:32:27:.:.:0,27,405:. 0|0:62,0:62:51:.:.:0,51,765:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,179:. 0|0:12,0:12:12:.:.:0,12,180:. 0|0:22,0:22:18:.:.:0,18,270:. 0|0:38,0:38:30:.:.:0,30,450:. 0|0:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 0|0:20,0:20:12:.:.:0,12,180:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,277:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:13,0:13:6:.:.:0,6,90:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:35,0:35:36:.:.:0,36,540:. 0|0:25,0:25:12:.:.:0,12,180:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:11,0:11:.:.:.:0,0,0:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,329:. 0|0:10,0:10:6:.:.:0,6,90:. 0|0:9,0:9:9:.:.:0,9,135:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,275:. 0|0:17,0:17:15:.:.:0,15,225:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,124:. 0|0:27,0:27:30:.:.:0,30,450:. 0|0:15,0:15:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,8:8:26:1|1:486229_T_C:323,26,0:. 0|0:19,0:19:15:.:.:0,15,225:. 0|0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 0|0:5,0:5:3:.:.:0,3,45:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:30,0:30:15:.:.:0,15,225:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:13,0:13:1:.:.:0,1,377:. 0|0:10,0:10:6:.:.:0,6,90:. 0|0:11,0:11:6:.:.:0,6,90:. 0|0:32,0:32:12:.:.:0,12,180:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,256:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,180:. 0|0:26,0:26:18:.:.:0,18,270:. 0|0:10,0:10:.:.:.:0,0,0:. 0|0:16,0:16:10:.:.:0,10,439:. 0|0:51,0:51:57:.:.:0,57,855:. 0|0:48,0:48:39:.:.:0,39,585:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:22,0:22:11:.:.:0,11,628:. 0|0:84,0:84:63:.:.:0,63,945:. 0|0:101,0:101:57:.:.:0,57,855:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 1|0:12,11:23:99:.:.:261,0,254:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:2,45:47:77:.:.:1380,77,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:70,0:70:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,104,1087:. 0|0:27,0:27:21:.:.:0,21,315:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:19,0:19:27:.:.:0,27,405:. 0|0:78,0:78:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:36,0:36:45:.:.:0,45,675:. 0|0:53,0:53:45:.:.:0,45,675:. 0|0:74,0:74:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:2,35:37:66:.:.:1181,66,0:. 0|0:69,0:69:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:78,0:78:60:.:.:0,60,900:. 0|0:70,0:70:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:45,0:45:30:.:.:0,30,450:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:17,0:17:15:.:.:0,15,225:. 0|0:103,0:103:57:.:.:0,57,855:. 0|0:83,0:83:39:.:.:0,39,585:. 0|0:37,0:37:42:.:.:0,42,630:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1420:. 0|0:34,0:34:21:.:.:0,21,315:. 0|0:30,0:30:18:.:.:0,18,270:. 0|0:47,0:47:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:54:.:.:0,54,810:. 0|0:53,0:53:45:.:.:0,45,675:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1206:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,630:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:12 0|0:48,0:48:54:.:.:0,54,810:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:30 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:6:.:.:0,6,827:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1097:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:52,0:52:48:.:.:0,48,1408:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:77,0:77:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:19 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:2:.:.:0,2,883:. 0|0:53,0:53:63:.:.:0,63,945:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:35,0:35:30:.:.:0,30,929:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1193:. 0|0:73,0:73:48:.:.:0,48,720:. 0|0:14,0:14:15:.:.:0,15,225:. 0|0:60,0:60:42:.:.:0,42,630:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,720:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,405:. 0|0:12,0:12:4:.:.:0,4,301:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,270:. 0|0:12,0:12:4:.:.:0,4,360:. 0|0:16,0:16:12:.:.:0,12,180:. 0|0:10,0:10:6:.:.:0,6,90:. 0|0:26,0:26:18:.:.:0,18,270:. 0|0:11,0:11:9:.:.:0,9,135:. 0|0:20,0:20:9:.:.:0,9,135:. 0|0:19,0:19:21:.:.:0,21,315:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:5,0:5:3:.:.:0,3,45:. 0|0:13,0:13:3:.:.:0,3,45:. 0|0:24,0:24:12:.:.:0,12,180:. 0|0:13,0:13:9:.:.:0,9,135:. 0|0:18,0:18:12:.:.:0,12,180:. 0|0:9,0:9:9:.:.:0,9,135:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,122:. 0|0:31,0:31:15:.:.:0,15,225:. 0|0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 0|0:10,0:10:15:.:.:0,15,225:. 0|0:14,0:14:3:.:.:0,3,45:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:22,0:22:31:.:.:0,31,652:. 0|0:24,0:24:18:.:.:0,18,270:. 0|0:30,0:30:24:.:.:0,24,360:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,331:. 0|0:20,0:20:12:.:.:0,12,180:. 0|0:17,0:17:3:.:.:0,3,469:. 0|0:11,0:11:15:.:.:0,15,225:. 0|0:9,0:9:12:.:.:0,12,180:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:17,0:17:30:.:.:0,30,450:. 0|0:11,0:11:12:.:.:0,12,180:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1114:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1146:. 0|0:35,0:35:21:.:.:0,21,315:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,73:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:31,0:31:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:17,0:17:15:.:.:0,15,225:. Pf3D7_01_v3 486358 . G A 841750 PASS FS=0;MQ=61.27;QD=26.07;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.659;VQSLOD=5.21;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=117.39;GQ_STDDEV=47.04;HRun=0;InbreedingCoeff=0.907;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.189;culprit=FS;set=snp;DP=4289085;AF=0.09;AS_InbreedingCoeff=0.907;MLEAC=456;MLEAF=0.09;AN=850;AC=50 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1678:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1109:. 0|1:21,25:46:99:.:.:612,0,451:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1246:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1137:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1052,96,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1041:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1086,99,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1017:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|1:1,22:23:39:.:.:685,39,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,206:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:30,0:30:46:.:.:0,46,756:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1453:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1276:. 0|1:38,12:50:99:.:.:184,0,866:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,373:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1185:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:23,22:45:99:.:.:536,0,499:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1661:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1525:. 0|1:52,114:166:99:.:.:2920,0,976:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1327:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1328:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3338,333,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,974:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1024:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1187:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|1:3,80:83:99:.:.:2420,160,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1022:. 0|0:48,0:48:95:.:.:0,95,1249:. 1|0:48,11:59:99:.:.:171,0,1165:. 0|1:46,24:70:99:.:.:535,0,1054:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1122:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1578:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,560:. 0|0:48,4:52:31:.:.:0,31,1236:. 0|1:36,15:51:99:.:.:308,0,836:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1218:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,949:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:64:.:.:0,64,644:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1010:. 1|0:13,22:35:99:.:.:588,0,253:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,936:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1331:. 0|0:39,3:42:34:.:.:0,34,983:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:4,43:47:26:.:.:1181,26,0:. 0|0:63,4:67:91:.:.:0,91,1618:. 0|0:24,2:26:14:.:.:0,14,576:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1279:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1296:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,107,945:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,104:128:99:.:.:2692,0,271:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,18:35:99:.:.:418,0,325:. 1|1:1,156:157:99:.:.:4824,442,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1023:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:103,25:128:99:.:.:372,0,2419:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1349:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,28:58:99:.:.:708,0,663:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1096:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1115:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1068:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1147:. 1|0:35,45:80:99:.:.:1129,0,712:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1135:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1299:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1168:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,981:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,3:34:19:.:.:0,19,761:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1354:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1301:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1006:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:9,90:99:39:.:.:2487,39,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1140:. 0|1:67,14:81:99:.:.:160,0,1594:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1755:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,198:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1429:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,113,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1250:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1375:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1067:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1231:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1098:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1149:. 0|0:67,3:70:99:.:.:0,111,1707:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1579:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1767,174,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1152:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1363,132,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1415,138,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1157:. 0|1:29,111:140:99:.:.:2961,0,353:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1368:. 1|1:8,87:95:60:.:.:2451,60,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1890,186,0:. 1|0:30,22:52:99:.:.:541,0,683:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1338:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1299:. 0|1:8,25:33:99:.:.:689,0,117:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1280:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1477:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1064:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1365:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1149:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1078:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,885:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1068:. 0|1:96,37:133:99:.:.:770,0,2247:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,240:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1335:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,7:71:1:.:.:0,1,1545:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:3,63:66:99:.:.:1857,114,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1247:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,287:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:44,42:86:99:.:.:1086,0,951:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1047:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,308:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1521:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,448:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1417:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,136:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,868:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1191:. 0|1:8,24:32:99:.:.:782,0,183:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1025:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,323:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:39:.:.:0,39,585:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,921:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,670:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1333:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,5:5:15:.:.:182,15,0:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:39 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:101 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:108 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:99 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:90 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1374:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1591:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:106 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1325:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:99 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1509:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1412:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:51 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:15 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:15 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:93 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1286:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:105 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1276:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:54 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1224:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:15 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1674:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:99 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:113 0|0:31,0:31:.:.:.:.:90 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1083:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:100 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,789:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:93 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1091:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:45 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,449:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1469:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,856:. 0|0:26,0:26:51:.:.:0,51,793:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,173:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,170:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,866:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,731:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1312:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1255:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,377:. 1|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. Pf3D7_01_v3 486920 . C T 311265 PASS FS=0.572;MQ=59.98;QD=22.07;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L101;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cta/Tta;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0112900;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0112900.1;SOR=0.632;VQSLOD=5.85;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=121.71;GQ_STDDEV=51.28;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8566;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.547;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=7848430;AF=0.032;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=168;MLEAF=0.032;AN=856;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1502:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1787:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1147:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,810:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,310:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1239:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1446:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:39:.:.:0,39,501:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,234:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1333:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1294:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1658:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,915:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1470:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1168:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1616:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1476:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1294:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1031:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1215:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1318:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1267:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1255:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1035:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1412:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1494:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1056:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1288:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1272:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1384:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1364:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1455:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1036:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1355:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,100:106:99:.:.:2832,160,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:32:.:.:0,32,3198:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,981:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1348:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1663:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1214:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1679:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1607:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1524:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1483:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1227:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1304:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1712:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1130:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1297:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1233:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,647:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,590:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1797:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1251:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,749:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1521:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4985,424,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1660:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1479:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1596:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1492:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1551:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1333:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1337:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,173:222:99:.:.:5073,0,924:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1347:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1753:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1386:. 0|0:262,0:262:54:.:.:0,54,7214:. 1|0:176,82:258:99:.:.:2017,0,5098:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,54:102:99:.:.:1494,0,1238:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1103:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,11:25:99:.:.:298,0,349:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1276:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1197:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,564:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1585:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1409:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1450:. 0|1:21,147:168:99:.:.:4512,0,183:. 1|0:96,66:162:99:.:.:1771,0,2498:. 1|1:18,504:524:99:.:.:16476,936,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,35:85:99:.:.:988,0,1446:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1358:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1273:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,119,1567:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1492:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1345:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1535:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1366:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1109:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1393:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1337:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1476:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1380:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,715:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1222:. Pf3D7_01_v3 487057 . C T 1.29181e+07 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=29.92;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H146;SNPEFF_CODON_CHANGE=caC/caT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0112900;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0112900.1;SOR=0.661;VQSLOD=8.32;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.6;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=28.57;GQ_MEAN=327.79;GQ_STDDEV=313.28;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6862;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.492;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10073846;AF=0.678;AS_InbreedingCoeff=0.2;MLEAC=3573;MLEAF=0.682;AN=858;AC=524 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:1,79:80:99:.:.:2506,210,0 1|1:2,87:89:99:.:.:2793,228,0 0|1:20,58:78:99:.:.:1649,0,340 0|1:42,40:82:99:.:.:1067,0,950 1|1:0,59:59:99:.:.:1900,177,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1804,165,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1565,144,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3326,310,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1550,144,0 1|1:1,81:82:99:.:.:2597,236,0 1|0:14,22:36:99:.:.:612,0,307 1|1:0,62:62:99:.:.:1996,186,0 1|0:54,22:76:99:.:.:505,0,1315 0|1:23,24:47:99:.:.:622,0,534 1|1:0,27:27:81:.:.:876,81,0 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395 1|0:7,2:9:40:.:.:40,0,180 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 0|0:29,0:29:42:.:.:0,42,721 0|1:57,11:68:99:.:.:145,0,1420 1|1:0,65:65:99:.:.:2066,195,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4456,433,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1534,150,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1252,123,0 1|0:81,27:108:99:.:.:509,0,1799 1|1:0,13:13:39:.:.:416,39,0 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270 1|1:0,59:59:99:.:.:1867,177,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1008,96,0 1|0:61,40:101:99:.:.:914,0,1358 1|1:0,100:100:99:.:.:3151,300,0 0|1:7,30:37:87:.:.:848,0,87 1|1:0,262:262:99:.:.:7908,785,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1527,149,0 1|1:9,107:116:91:.:.:3083,91,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2094,209,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1207,117,0 1|1:1,57:58:99:.:.:1664,148,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1168 1|1:0,69:69:99:.:.:2152,207,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2134,213,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1914,183,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4225,414,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4556,447,0 0|1:28,99:127:99:.:.:2564,0,381 1|0:18,40:58:99:.:.:1030,0,299 1|1:0,27:27:81:.:.:847,81,0 1|0:11,76:87:56:.:.:2033,0,56 0|1:31,18:49:99:.:.:405,0,688 1|1:0,85:85:99:.:.:2594,255,0 0|1:7,20:27:99:.:.:512,0,99 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|1:38,165:203:99:.:.:4553,0,499 1|1:0,98:98:99:.:.:2973,294,0 1|1:5,57:62:49:.:.:1537,49,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2045,198,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1318 1|1:2,60:62:99:.:.:1788,129,0 1|1:2,63:65:99:.:.:1796,138,0 1|0:73,56:129:99:.:.:1306,0,1644 0|1:50,16:66:99:.:.:298,0,1192 1|1:0,109:109:99:.:.:3419,328,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,38:38:99:.:.:1149,114,0 0|1:13,92:105:60:.:.:2437,0,60 0|1:58,41:99:99:.:.:937,0,1310 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1255 1|1:0,39:39:99:.:.:1173,117,0 1|1:3,62:65:99:.:.:1846,107,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1480,150,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1052,107,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530 1|1:4,61:65:84:.:.:1801,84,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2818,274,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1639,162,0 1|0:20,110:130:99:.:.:2936,0,156 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260 0|1:23,32:55:99:.:.:836,0,479 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1096 1|1:0,49:49:99:.:.:1493,147,0 1|0:14,24:38:99:.:.:632,0,281 0|1:21,69:90:99:.:.:1795,0,308 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,71:71:99:.:.:2224,213,0 1|1:1,82:83:99:.:.:2409,222,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1467,138,0 1|1:4,127:131:99:.:.:3619,291,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4070,400,0 1|1:2,71:73:99:.:.:2134,162,0 0|1:83,29:112:99:.:.:571,0,1979 1|1:1,131:132:99:.:.:3978,367,0 0|1:12,73:85:85:.:.:1942,0,85 1|1:1,74:75:99:.:.:2203,202,0 1|0:25,30:55:99:.:.:701,0,516 1|1:0,104:104:99:.:.:3183,313,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4213,415,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3560,355,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5066,501,0 1|0:161,47:208:99:.:.:806,0,3765 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,113:113:99:.:.:3519,340,0 1|1:10,116:126:99:.:.:3271,106,0 0|1:39,80:119:99:.:.:2125,0,713 0|1:159,35:194:99:.:.:522,0,3767 1|1:0,114:114:99:.:.:3452,342,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,108,1620 1|0:25,113:138:99:.:.:3103,0,279 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1355 1|1:1,140:141:99:.:.:4238,395,0 1|1:0,181:181:99:.:.:5476,543,0 1|0:55,92:147:99:.:.:2373,0,1058 1|1:2,210:212:99:.:.:6351,581,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2963,294,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|0:48,87:135:99:.:.:2251,0,919 1|1:0,177:177:99:.:.:5394,532,0 1|0:57,64:121:99:.:.:1553,0,1161 0|1:128,82:210:99:.:.:1832,0,2858 0|1:19,88:107:99:.:.:2391,0,213 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 0|1:56,102:158:99:.:.:2646,0,1029 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485 1|1:2,150:152:99:.:.:4461,407,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,133:133:99:.:.:3868,398,0 1|0:152,20:172:50:.:.:50,0,3669 0|1:22,99:121:99:0|1:487051_C_T:2745,0,249 1|1:0,166:166:99:.:.:4859,498,0 1|0:86,28:114:99:.:.:518,0,1995 1|1:5,106:111:99:.:.:3156,198,0 1|0:13,69:82:87:.:.:1768,0,87 1|1:1,126:127:99:.:.:3806,353,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4129,400,0 0|1:110,27:137:99:.:.:356,0,2456 1|1:0,234:234:99:.:.:6839,702,0 1|1:4,97:101:99:.:.:2856,192,0 0|1:87,29:116:99:.:.:539,0,1995 0|1:123,56:179:99:.:.:1102,0,2765 1|1:0,183:183:99:.:.:5430,549,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4734,469,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,111:111:99:.:.:3355,334,0 1|0:27,88:115:99:.:.:2392,0,401 1|1:10,122:132:99:.:.:3411,108,0 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:.:.:2316,231,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2201,219,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1348 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,154:154:99:.:.:4565,463,0 0|1:26,27:53:99:.:.:686,0,558 1|1:0,129:129:99:.:.:3902,388,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3383,337,0 1|1:1,65:66:99:.:.:1907,172,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1800 1|1:0,105:105:99:.:.:3203,316,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4233,408,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2444,240,0 0|1:37,74:111:99:.:.:1934,0,672 1|1:3,79:82:99:.:.:2319,160,0 1|1:13,156:169:99:.:.:4434,143,0 0|1:27,121:148:99:.:.:3190,0,298 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,5:5:15:.:.:156,15,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2917,286,0 1|1:1,151:152:99:.:.:4727,427,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2076,198,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2300,222,0 0|1:33,45:78:99:.:.:1144,0,671 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|0:25,97:122:99:.:.:2597,0,323 0|0:79,0:79:75:.:.:0,75,1871 1|0:90,46:136:99:.:.:1011,0,2077 1|1:1,98:99:99:.:.:2958,268,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2139,207,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1668,162,0 0|1:57,37:94:99:.:.:878,0,1314 1|0:96,32:128:99:.:.:612,0,2244 1|0:111,29:140:99:.:.:489,0,2715 1|1:0,96:96:99:.:.:2960,288,0 1|1:2,105:107:99:.:.:3126,264,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1197 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,139:139:99:.:.:4379,418,0 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1663 0|0:115,0:115:99:.:.:0,102,1530 1|1:1,65:66:99:.:.:2029,170,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1214 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,72:72:99:.:.:2233,216,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,65:65:99:.:.:1978,195,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|1:33,143:176:99:.:.:3781,0,316 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1679 0|0:127,0:127:44:.:.:0,44,2828 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1607 0|1:40,77:117:99:.:.:1995,0,711 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|1:11,51:62:99:.:.:1281,0,113 1|1:0,76:76:99:.:.:2272,228,0 0|1:25,32:57:99:.:.:792,0,517 1|1:0,71:71:99:.:.:2149,213,0 0|1:38,51:89:99:.:.:1279,0,789 1|1:0,120:120:99:.:.:3688,361,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2039,201,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4947,483,0 1|1:1,145:146:99:.:.:4441,429,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1483 1|1:1,49:50:99:.:.:1429,120,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4777,478,0 0|0:117,0:117:80:.:.:0,80,2671 0|1:6,42:48:8:.:.:1144,0,8 1|1:0,39:39:99:.:.:1214,117,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1394,132,0 1|0:35,45:80:99:.:.:1186,0,698 0|1:14,42:56:99:.:.:1130,0,219 1|1:0,62:62:99:.:.:1851,186,0 1|1:2,65:67:99:.:.:1939,147,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1626,156,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1304 0|1:23,75:98:99:.:.:2030,0,318 1|1:0,181:181:99:.:.:5637,544,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2780,282,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1130 1|1:0,52:52:99:.:.:1658,156,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4701,472,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1324,126,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,110,1800 1|1:0,68:68:99:.:.:2029,204,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1536,153,0 1|1:1,71:72:99:.:.:2162,189,0 1|1:1,159:160:99:.:.:4909,454,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2189,213,0 1|1:0,10:10:30:.:.:300,30,0 0|1:55,108:163:99:.:.:2788,0,1011 0|1:40,77:117:99:.:.:2042,0,752 1|1:1,118:119:99:.:.:3458,328,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2607,250,0 1|1:1,134:135:99:.:.:4128,376,0 0|1:70,40:110:99:.:.:889,0,1583 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|1:25,25:50:99:.:.:640,0,534 1|1:0,23:23:69:.:.:730,69,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2325,225,0 1|0:62,205:267:99:.:.:5652,0,951 1|0:28,57:85:99:.:.:1499,0,501 1|1:5,175:180:99:.:.:5211,398,0 1|1:0,24:24:72:.:.:727,72,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1300,129,0 1|0:97,26:123:99:.:.:382,0,2270 1|0:12,67:79:99:.:.:1797,0,104 1|1:0,73:73:99:.:.:2242,219,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2265,219,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1797 0|1:10,5:15:99:.:.:111,0,236 0|1:26,19:45:99:.:.:463,0,572 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,88:88:99:.:.:2704,264,0 1|1:0,23:23:69:.:.:691,69,0 1|1:0,92:92:99:.:.:3324,277,0 1|1:0,61:61:99:.:.:2225,184,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1521 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,134:134:99:.:.:4766,403,0 1|1:0,119:119:99:.:.:4276,358,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3959,343,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:4,129:133:99:.:.:4487,259,0 1|1:0,97:97:99:.:.:3477,292,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1479 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,336 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,134:134:99:.:.:4790,403,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1596 1|1:0,112:112:99:.:.:4085,337,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,75:76:99:.:.:2671,193,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1492 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,88:88:99:.:.:3044,265,0 0|1:79,40:119:99:.:.:1108,0,2328 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485 1|0:52,45:97:99:.:.:1302,0,1476 1|1:0,48:48:99:.:.:1710,144,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1332,111,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4523,388,0 1|1:0,17:17:51:.:.:613,51,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2123,178,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530 1|1:3,101:104:99:.:.:3539,207,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1665 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,73:74:99:.:.:2596,187,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,349:349:99:.:.:12474,1050,0 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1575 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1575 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260 1|1:0,14:14:42:.:.:521,42,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1196 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1256 1|1:0,152:152:99:.:.:5304,457,0 1|1:3,187:190:99:.:.:6231,484,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1337 1|0:9,82:91:12:.:.:2507,0,12 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,210:210:99:.:.:7122,634,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,201:201:99:.:.:7004,602,0 1|1:0,127:127:99:.:.:4198,382,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,210:210:99:.:.:7329,629,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1962,168,0 1|1:8,178:186:99:.:.:5908,319,0 0|1:33,122:155:99:.:.:3581,0,621 1|1:0,161:161:99:.:.:5440,484,0 1|1:1,180:181:99:.:.:6141,507,0 0|1:17,157:174:25:.:.:4760,0,25 1|1:0,172:172:99:.:.:5850,517,0 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|0:37,168:205:99:.:.:5263,0,575 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530 1|1:1,181:182:99:.:.:6078,515,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1753 1|0:80,87:167:99:.:.:2617,0,1988 0|1:27,17:44:99:.:.:440,0,703 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,145:145:99:.:.:4781,436,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6739,615,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530 1|0:26,160:186:99:.:.:4882,0,264 0|1:49,118:167:99:.:.:3503,0,1059 1|0:70,13:83:99:.:.:201,0,1816 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,30:30:90:.:.:1084,90,0 0|1:158,32:190:99:.:.:483,0,4660 1|0:28,3:31:17:.:.:17,0,770 1|1:12,216:228:99:.:.:6958,328,0 1|1:2,192:194:99:.:.:6425,515,0 1|0:75,43:118:99:.:.:1094,0,2012 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485 0|1:155,30:185:99:.:.:433,0,4432 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 1|0:117,51:168:99:.:.:1147,0,3283 1|1:5,187:192:99:.:.:6094,407,0 1|1:4,85:89:99:.:.:2803,140,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:7,126:133:99:.:.:3995,209,0 1|0:7,14:21:99:.:.:449,0,164 0|0:184,18:202:36:.:.:0,36,5266 1|1:8,220:228:99:.:.:7283,453,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|0:22,155:177:99:.:.:4757,0,208 0|0:188,0:188:57:.:.:0,57,4922 1|1:8,77:85:12:.:.:2342,12,0 0|1:21,166:187:99:.:.:5023,0,112 1|0:126,21:147:99:.:.:236,0,3650 1|1:5,159:164:99:.:.:5471,329,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3834,346,0 1|1:5,168:173:99:.:.:5656,346,0 1|1:4,477:481:99:.:.:16076,1328,0 1|1:2,312:314:99:.:.:10842,873,0 0|1:44,31:75:99:.:.:813,0,1144 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1016 1|1:0,58:58:99:.:.:1901,174,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3422,307,0 1|1:0,95:95:99:.:.:3284,286,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1245 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,145:145:99:.:.:4843,436,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4453,390,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3388,304,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4608,408,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1848,159,0 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215 1|1:0,110:110:99:.:.:3873,330,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4356,379,0 1|1:0,150:150:99:.:.:5134,451,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1345 1|1:0,155:155:99:.:.:5335,466,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 1|0:49,32:81:99:.:.:858,0,1361 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1366 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,19:19:57:.:.:667,57,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5530,496,0 0|1:91,93:184:99:.:.:2648,0,2370 1|0:98,101:199:99:.:.:2875,0,2638 1|1:0,14:14:42:.:.:484,42,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4979,439,0 1|0:131,23:154:99:.:.:329,0,3820 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,181:181:99:.:.:6086,544,0 0|1:86,16:102:99:.:.:277,0,2559 1|1:0,97:97:99:.:.:3365,292,0 1|1:0,87:87:99:.:.:3031,262,0 0|1:123,13:136:21:.:.:21,0,3661 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1337 1|1:0,354:354:99:.:.:12278,1064,0 1|0:36,11:47:99:.:.:239,0,984 1|0:103,134:237:99:.:.:3754,0,2631 1|1:0,457:457:99:.:.:15450,1373,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,199:199:99:.:.:6781,598,0 1|1:0,29:29:87:.:.:1067,87,0 1|1:0,15:15:45:.:.:466,45,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8420,739,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1222 Pf3D7_01_v3 487131 . T C 3.30054e+06 PASS FS=0;MQ=60;QD=26.46;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I171T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aTt/aCt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0112900;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0112900.1;SOR=0.63;VQSLOD=5.16;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.998;GC=19.05;GQ_MEAN=176.31;GQ_STDDEV=166.53;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6554;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.04;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6846617;AF=0.226;AS_InbreedingCoeff=0.5693;MLEAC=1189;MLEAF=0.227;AN=854;AC=159 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|1:25,36:61:99:895,0,594:. 0|0:73,0:73:99:0,116,1800:. 0|1:59,26:85:99:483,0,1643:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:0:0,0,1642:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1416:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1284:. 1|1:7,69:76:10:1735,10,0:. 1|0:14,24:38:99:590,0,342:. 1|1:0,47:47:99:1367,141,0:. 1|0:42,18:60:99:351,0,1167:. 0|1:35,6:41:54:54,0,981:. 1|0:16,4:20:60:60,0,446:. 0|0:29,0:29:60:0,60,947:. 0|0:10,0:10:24:0,24,360:. 0|0:23,0:23:60:0,60,724:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1469:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1318:. 1|1:0,100:100:99:2777,300,0:. 1|1:0,48:48:99:1318,144,0:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 1|0:2,11:13:26:250,0,26:. 0|0:5,0:5:12:0,12,180:. 1|1:0,55:55:99:1442,163,0:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1129:. 1|1:0,74:74:99:2021,220,0:. 0|0:48,0:48:61:0,61,1314:. 1|1:0,174:174:99:4647,518,0:. 1|1:0,47:47:99:1324,141,0:. 1|0:56,59:115:99:1321,0,1397:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1513:. 0|1:15,5:20:79:79,0,377:. 0|0:54,0:54:2:0,2,1320:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1168:. 1|1:0,63:63:99:1744,189,0:. 1|0:30,53:83:99:1191,0,676:. 1|1:0,58:58:99:1552,172,0:. 0|0:74,0:74:99:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,107,1750:. 1|0:36,9:45:99:113,0,928:. 0|0:23,0:23:60:0,60,699:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1263:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1167:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1367:. 0|0:16,0:16:39:0,39,585:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,102,1530:. 1|1:0,74:74:99:1971,220,0:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1267:. 1|0:47,17:64:99:276,0,1267:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1318:. 1|0:51,10:61:83:83,0,1328:. 0|1:32,19:51:99:384,0,825:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|1:32,17:49:99:315,0,836:. 1|1:1,97:98:99:2634,284,0:. 0|0:121,0:121:99:0,109,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|1:43,25:68:99:506,0,1090:. 1|0:56,15:71:99:202,0,1473:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1255:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|1:6,55:61:1:1334,0,1:. 1|1:0,38:38:99:1009,114,0:. 1|1:0,21:21:63:564,63,0:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:56:0,56,1526:. 1|0:71,12:83:62:62,0,1916:. 1|1:1,50:51:99:1296,119,0:. 1|0:16,69:85:99:1582,0,242:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:37:0,37,1006:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1239:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1239:. 0|0:45,0:45:99:0,119,1302:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,109,1455:. 0|0:74,0:74:8:0,8,1753:. 1|1:0,32:32:95:862,95,0:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|1:17,54:71:99:1246,0,310:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:3125,338,0:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1401:. 1|0:43,16:59:99:265,0,1133:. 1|0:30,14:44:99:261,0,746:. 1|1:0,81:81:99:2248,243,0:. 1|0:72,19:91:99:237,0,1827:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 1|1:4,114:118:99:3003,229,0:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 1|0:14,81:95:99:1847,0,134:. 0|0:88,0:88:99:0,117,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,117,1755:. 0|0:101,0:101:99:0,114,1800:. 1|1:0,75:75:99:2043,224,0:. 0|0:121,0:121:99:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:0,100,1465:. 0|0:56,0:56:99:0,113,1355:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,99,1485:. 1|0:95,26:121:99:326,0,2481:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:2172,241,0:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 1|0:32,71:103:99:1671,0,641:. 1|1:1,137:138:99:3666,380,0:. 1|0:70,24:94:99:354,0,1775:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|1:58,28:86:99:524,0,1511:. 0|0:155,0:155:31:0,31,3698:. 0|1:38,72:110:99:1621,0,826:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 1|1:1,105:106:99:2746,286,0:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1290:. 0|0:75,0:75:99:0,105,1575:. 1|0:77,25:102:99:344,0,1976:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 1|0:40,47:87:99:1001,0,992:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1383:. 0|0:80,0:80:99:0,117,1755:. 1|1:0,133:133:99:3648,399,0:. 0|0:69,0:69:99:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1283:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:0,109,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:0,117,1755:. 1|1:2,92:94:99:2382,232,0:. 1|0:25,71:96:99:1619,0,477:. 1|1:13,110:123:20:2533,20,0:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1038:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1348:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 1|1:3,124:127:99:3158,288,0:. 0|1:25,17:42:99:346,0,598:. 0|0:53,0:53:99:0,111,1485:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1301:. 0|0:50,0:50:99:0,112,1406:. 0|0:98,0:98:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,110,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:43:0,43,2808:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1273:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 1|0:22,143:165:99:3433,0,158:. 0|1:97,33:130:99:516,0,2510:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,105,1575:. 0|0:2,0:2:3:0,3,45:. 0|0:55,0:55:99:0,119,1393:. 0|0:97,0:97:99:0,113,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 1|1:0,55:55:99:1517,165,0:. 0|0:52,0:52:99:0,113,1413:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 1|0:95,15:110:68:68,0,2605:. 0|0:63,0:63:68:0,68,1651:. 0|0:84,0:84:99:0,102,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1522:. 1|0:45,13:58:99:173,0,1207:. 1|0:27,18:45:99:355,0,683:. 1|0:59,26:85:99:456,0,1511:. 1|0:83,17:100:99:172,0,2229:. 1|0:113,17:130:87:87,0,3080:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1440:. 1|1:0,89:89:99:2442,266,0:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1197:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 1|0:41,77:118:99:1727,0,882:. 0|0:96,0:96:99:0,118,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,113,1663:. 0|0:115,0:115:99:0,102,1530:. 1|1:0,59:59:99:1598,177,0:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1214:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,109,1384:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1679:. 0|0:77,0:77:99:0,117,1755:. 0|0:69,0:69:99:0,112,1607:. 0|1:70,40:110:99:713,0,1803:. 1|0:21,72:93:99:1629,0,351:. 0|1:8,29:37:99:681,0,129:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1302:. 0|1:27,19:46:99:349,0,661:. 1|0:16,56:72:99:1248,0,285:. 0|0:57,0:57:99:0,114,1462:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 1|1:2,58:60:99:1471,114,0:. 0|0:121,0:121:99:0,103,1800:. 0|1:39,55:94:99:1186,0,863:. 0|0:57,0:57:99:0,116,1483:. 0|1:15,33:48:99:744,0,307:. 1|0:111,33:144:99:413,0,2789:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1065:. 0|1:28,9:37:99:117,0,737:. 1|0:66,10:76:46:46,0,1747:. 0|1:15,33:48:99:699,0,325:. 1|1:0,55:55:99:1445,164,0:. 0|0:47,0:47:0:0,0,1091:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1310:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1304:. 0|1:16,65:81:99:1446,0,239:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1116:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1130:. 1|1:0,45:45:99:1155,133,0:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:51:0,51,765:. 0|0:79,0:79:99:0,110,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1264:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 1|1:1,59:60:99:1541,147,0:. 0|0:99,0:99:99:0,99,1485:. 1|1:0,68:68:99:1874,204,0:. 1|1:3,0:3:9:0,9,83:. 0|1:98,17:115:70:70,0,2488:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,110,1438:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:86:0,86,1096:. 1|1:0,22:22:66:619,66,0:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 1|0:23,50:73:99:1124,0,487:. 1|1:4,113:117:99:3026,223,0:. 1|1:0,17:17:51:465,51,0:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1418:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1266:. 0|0:83,0:83:99:0,114,1797:. 0|0:11,0:11:0:0,0,230:. 0|1:18,22:40:99:491,0,443:. 0|0:32,0:32:81:0,81,945:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1253:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1521:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1710:. 1|0:50,40:90:99:1130,0,1489:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1479:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1596:. 1|1:0,98:98:99:3361,294,0:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,113,1694:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1492:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 1|1:0,67:67:99:2288,202,0:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1518:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1525:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1263:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:0,60,691:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1505:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 1|1:3,76:79:99:2549,127,0:. 0|0:51,0:51:99:0,109,1665:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:0,102,1530:. 0|0:133,0:133:99:0,105,1575:. 0|0:98,0:98:99:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1233:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1196:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1256:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1337:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1536:. 0|0:66,0:66:99:0,105,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:0,102,1530:. 1|1:0,131:131:99:4268,393,0:. 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1483:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,106,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:89:0,89,3559:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,118,1753:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:60:0,60,900:. 0|0:64,0:64:99:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 1|1:0,98:98:99:3246,295,0:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1620:. 0|1:51,83:134:99:2291,0,1364:. 1|0:44,9:53:99:150,0,1350:. 0|0:78,0:78:99:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|1:123,23:146:99:307,0,3716:. 0|0:13,0:13:39:0,39,454:. 0|0:99,0:99:99:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1396:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:0,102,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 1|0:113,15:128:99:123,0,3473:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:75,0:75:99:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1419:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1383:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 1|0:74,12:86:99:122,0,2231:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1016:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1245:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|1:27,87:114:99:2402,0,547:. 1|1:0,99:99:99:3278,298,0:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:0,106,1345:. 1|1:0,99:99:99:3233,298,0:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1710:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:91:0,91,1212:. 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:8,0:8:24:0,24,257:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:. 1|1:0,8:8:24:287,24,0:. 1|1:0,113:113:99:3884,340,0:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1337:. 0|0:74,0:74:99:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:9,0:9:18:0,18,270:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1222:. Pf3D7_01_v3 487895 . A G 3.84223e+06 PASS FS=0;MQ=59.03;QD=28.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I673;SNPEFF_CODON_CHANGE=atT/atC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=GARP;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113000.1;SOR=0.691;VQSLOD=6.5;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1897;FractionInformativeReads=0.998;GC=14.29;GQ_MEAN=139.34;GQ_STDDEV=124.41;HRun=0;InbreedingCoeff=0.3496;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.291;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11707806;AF=0.193;AS_InbreedingCoeff=0.3496;MLEAC=1015;MLEAF=0.194;AN=854;AC=243 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:55,42:97:99:.:.:966,0,1464:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,63:85:99:0|1:487895_A_G:1695,0,400:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,1697:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1821,162,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1792,186,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2620,272,0:. 1|1:1,95:96:99:.:.:2705,260,0:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1346:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,41:83:99:0|1:487895_A_G:1154,0,1115:. 0|1:37,35:72:99:0|1:487895_A_G:936,0,965:. 1|0:24,8:32:99:.:.:139,0,665:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1496,150,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:402,39,0:. 0|0:40,0:40:91:.:.:0,91,1150:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1048:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1245,131,0:. 0|1:21,54:75:99:.:.:1330,0,371:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,205:206:99:.:.:5679,583,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1757,193,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1087,117,0:. 0|0:107,13:120:6:.:.:0,6,2755:. 0|0:22,0:22:61:.:.:0,61,623:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2159,233,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2197,238,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2986,321,0:. 0|0:143,0:143:.:.:.:.:. 0|1:25,44:69:99:.:.:1020,0,572:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1716,177,0:. 0|0:184,0:184:.:.:.:.:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1817,202,0:. 1|0:71,25:96:99:.:.:382,0,1754:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,118:123:99:.:.:3191,219,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,86:115:99:.:.:2025,0,551:. 1|0:51,36:87:99:0|1:487895_A_G:910,0,1585:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1353,146,0:. 0|1:14,100:114:97:.:.:2480,0,97:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,85:85:99:1|1:487895_A_G:2896,260,0:. 0|1:11,16:27:99:.:.:386,0,234:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2976,311,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,131:132:99:.:.:3731,385,0:. 0|0:91,0:91:22:.:.:0,22,2184:. 1|0:77,31:108:99:.:.:534,0,1943:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2662,287,0:. 0|1:55,15:70:99:.:.:222,0,1386:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:88,56:144:99:.:.:1113,0,2200:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,2626:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,366:366:99:.:.:10209,1097,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1032:. 0|1:71,40:111:99:.:.:785,0,1774:. 1|0:32,111:143:99:.:.:2697,0,524:. 1|0:64,23:87:99:.:.:410,0,1676:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1344,150,0:. 1|0:50,51:101:99:.:.:1175,0,1188:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1680:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,53:99:99:.:.:1194,0,1124:. 1|1:2,101:103:99:.:.:2819,246,0:. 1|1:2,77:79:99:.:.:2088,178,0:. 0|1:182,39:221:99:.:.:373,0,4665:. 0|1:20,86:106:99:.:.:2070,0,293:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1203:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:8,83:91:27:.:.:1987,27,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:37,36:73:99:.:.:808,0,891:. 0|1:23,92:115:99:.:.:2182,0,354:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4538,486,0:. 1|1:6,117:123:99:.:.:3082,195,0:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4326,460,0:. 1|1:1,164:165:99:.:.:4630,462,0:. 1|1:7,91:98:75:.:.:2346,75,0:. 1|0:45,64:109:99:.:.:1386,0,1005:. 1|0:47,26:73:99:.:.:483,0,1186:. 1|1:11,130:141:99:.:.:3209,106,0:. 1|0:33,92:125:99:.:.:2119,0,590:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,208:238:99:.:.:5053,0,128:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,32:154:99:.:.:422,0,3154:. 0|0:138,0:138:79:.:.:0,79,3399:. 1|0:251,33:284:99:.:.:105,0,6550:. 1|0:67,47:114:99:.:.:946,0,1623:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3763,410,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,168:169:99:.:.:4694,497,0:. 0|1:131,36:167:99:.:.:439,0,3394:. 1|1:0,273:273:99:.:.:7695,817,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,193:194:99:.:.:5337,570,0:. 1|0:56,102:158:99:.:.:2363,0,1175:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,10:115:53:.:.:0,53,2809:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6186,673,0:. 0|1:72,47:119:99:.:.:985,0,1855:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:103,43:146:99:.:.:744,0,2533:. 1|1:0,172:172:99:.:.:4583,514,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:9,119:128:99:.:.:3120,123,0:. 1|1:1,135:136:99:.:.:3565,378,0:. 1|0:27,180:207:99:.:.:4424,0,171:. 1|1:0,204:204:99:.:.:5676,610,0:. 1|1:9,117:126:99:.:.:2806,113,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,127:135:99:.:.:3315,167,0:. 1|0:102,46:148:99:.:.:857,0,2637:. 1|0:115,64:179:99:.:.:1218,0,2737:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,185:186:99:.:.:5043,526,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:.:.:2828,316,0:. 1|0:34,100:134:99:.:.:2394,0,660:. 0|1:44,91:135:99:.:.:2113,0,924:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,68:68:99:1|1:487895_A_G:2367,204,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,40:55:99:.:.:969,0,304:. 1|0:71,70:141:99:.:.:1510,0,1678:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,202:203:99:.:.:5483,578,0:. 1|1:2,113:115:99:.:.:3134,296,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2758,302,0:. 1|0:101,40:141:99:.:.:717,0,2560:. 1|0:97,19:116:99:.:.:172,0,2623:. 1|0:170,25:195:99:.:.:130,0,4412:. 1|0:143,78:221:99:.:.:1495,0,3836:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,213:223:99:.:.:5635,360,0:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,557:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3279,358,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4639,488,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2592,284,0:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3690,392,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,163:164:99:.:.:4546,481,0:. 1|0:84,107:191:99:.:.:2393,0,1923:. 1|1:4,124:128:99:.:.:3338,263,0:. 0|1:184,23:207:42:.:.:42,0,4757:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4355,456,0:. 1|0:76,22:98:99:.:.:326,0,1960:. 1|0:55,15:70:99:.:.:216,0,1465:. 1|0:69,45:114:99:.:.:931,0,1734:. 1|0:102,31:133:99:.:.:474,0,2659:. 0|0:201,0:201:37:.:.:0,37,4819:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2620,287,0:. 1|1:0,253:253:99:.:.:7127,758,0:. 1|1:0,204:204:99:.:.:5675,612,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:0,292:292:99:.:.:8320,876,0:. 1|1:1,111:112:99:.:.:3056,303,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,223:224:99:.:.:6061,642,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1678:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,80:114:99:.:.:1807,0,608:. 0|1:148,21:169:76:.:.:76,0,3896:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4193,465,0:. 0|1:128,35:163:99:.:.:463,0,3332:. 1|0:24,101:125:99:.:.:2484,0,318:. 0|1:64,8:72:2:.:.:2,0,1707:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:37,23:60:99:.:.:461,0,949:. 1|0:63,60:123:99:.:.:1226,0,1480:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2693,295,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,195:196:99:.:.:5340,576,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1755:. 1|0:44,156:200:99:.:.:3532,0,686:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3612,394,0:. 0|1:17,78:95:99:.:.:1905,0,233:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1609:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:83,63:146:99:.:.:1311,0,2084:. 1|1:1,70:71:99:.:.:1787,180,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,71:96:99:.:.:1605,0,413:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2009,213,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,89:119:99:.:.:2109,0,529:. 1|1:0,203:203:99:.:.:5723,607,0:. 1|0:74,25:99:99:.:.:374,0,1928:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4376,476,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1747,188,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:14,101:115:54:.:.:2551,0,54:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1841,201,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:141,72:213:99:.:.:1397,0,3512:. 1|1:0,106:106:99:1|1:487895_A_G:3614,324,0:. 1|0:2,3:5:28:.:.:52,0,28:. 0|1:22,158:180:79:.:.:3846,0,79:. 1|0:73,88:161:99:.:.:2068,0,1698:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:80,45:125:99:.:.:894,0,1944:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:80,56:136:99:.:.:1136,0,1929:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,343:351:99:.:.:9480,802,0:. 1|0:49,88:137:99:.:.:2020,0,998:. 1|1:6,220:226:99:.:.:6000,500,0:. 1|1:0,20:20:60:1|1:487895_A_G:734,60,0:. 1|1:1,48:49:99:.:.:1314,114,0:. 0|1:25,154:179:99:.:.:5395,0,190:. 0|1:54,55:109:99:.:.:1226,0,1285:. 1|1:3,94:97:99:.:.:2500,199,0:. 1|0:20,106:126:99:.:.:2590,0,232:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,4:16:66:.:.:66,0,300:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1282:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,121:122:99:.:.:3404,334,0:. 0|1:17,6:23:99:.:.:105,0,455:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,673:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1573:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1568:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1638:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:99 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:.:.:.:.:120 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:.:.:.:.:120 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:203,32:235:99:.:.:384,0,5964:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:.:.:.:.:120 0|1:14,94:108:99:.:.:2773,0,140:. 0|0:276,0:276:.:.:.:.:120 1|0:19,33:52:99:.:.:887,0,464:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:.:.:.:.:120 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:99 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:120 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:.:.:.:.:120 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:.:.:.:.:102 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:.:.:.:.:120 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:81 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:352,0:352:.:.:.:.:120 1|1:11,211:222:99:.:.:6422,296,0:. 0|0:135,0:135:.:.:.:.:102 0|0:289,0:289:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:.:.:.:.:120 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:.:.:.:.:120 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:.:.:.:.:120 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:110,0:110:.:.:.:.:120 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1593:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1643:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1364:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1455:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1356:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1467:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 488448 . G T 284209 PASS FS=0;MQ=59.88;QD=18.38;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=P489Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=cCa/cAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=GARP;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113000.1;SOR=0.68;VQSLOD=6.18;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=0.0567;NCC=0;BaseQRankSum=5.13;ClippingRankSum=0.289;MQRankSum=0.529;ReadPosRankSum=0.913;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13641260;AF=0.009312;MLEAC=48;MLEAF=0.009122;AN=858;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1334:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1397:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1595:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:95:.:.:0,95,1137:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1733:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1400:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1541:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1292:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1227:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1389:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1038:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:29,0:29:61:.:.:0,61,772:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,703:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1614:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1226:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1319:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1073:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:2,15:17:6:.:.:420,0,6:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,277:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1454:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1093:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1150:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1090:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1644:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1790:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1768:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,840:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1105:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1775:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1066:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1435:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1500:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1583:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1653:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1347:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1497:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,92:222:99:.:.:2083,0,2855:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1513:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1739:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,75:164:99:.:.:1734,0,2106:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1482:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1498:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1631:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1130:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1573:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1202:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1455:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1324:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1204:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1412:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,316:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1321:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,865:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1732:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,579:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1232:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1128:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,565:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,219:220:99:.:.:7697,626,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1226:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:619,0:619:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:601,0:601:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:585,0:585:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:.:.:.:.:117 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:544,0:544:.:.:.:.:120 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:482,0:482:.:.:.:.:120 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:.:.:.:.:120 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:.:.:.:.:120 0|0:91,0:91:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:392,0:392:.:.:.:.:120 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1213:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:.:.:120 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:118 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:436,0:436:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:.:.:.:.:120 0|0:189,0:189:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:120 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:101 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:.:.:.:.:120 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:.:.:.:.:120 0|0:469,0:469:.:.:.:.:118 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:405,0:405:.:.:.:.:120 0|0:160,0:160:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:518,0:518:.:.:.:.:120 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:.:.:.:.:120 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,234:234:99:.:.:8218,704,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,755:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:239,79:318:99:.:.:1831,0,6936:. 1|0:248,79:327:99:.:.:1740,0,7267:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,954:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:183,88:271:99:.:.:2282,0,5185:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:426,0:426:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,65:97:99:.:.:1860,0,767:. 1|0:195,157:352:99:.:.:4383,0,5431:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1318:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 489297 . C T 583708 PASS FS=0;MQ=60.53;QD=21.29;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G206D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gGt/gAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=GARP;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113000.1;SOR=0.686;VQSLOD=6.76;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=3;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=0.999;GC=47.62;GQ_MEAN=129.52;GQ_STDDEV=147.57;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0087;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.837;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13525964;AF=0.018;AS_InbreedingCoeff=0.3842;MLEAC=93;MLEAF=0.018;AN=858;AC=35 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1744:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2737,261,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1178:. 0|0:30,0:30:79:.:.:0,79,805:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1512:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,310:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1106:. 0|0:39,0:39:95:.:.:0,95,1063:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1003:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1281:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1719:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,947:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:21:.:.:0,21,416:. 0|0:11,0:11:15:.:.:0,15,268:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1329:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1343:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1099:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1400:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1128:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,74:113:99:.:.:1846,0,699:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:12,6:18:99:.:.:110,0,281:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1626:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:16:.:.:0,16,1507:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1222:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1276:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,84:99:99:.:.:2279,0,118:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1588:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1535:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,112,1547:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1221:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,10:42:99:.:.:172,0,789:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,12:119:3:.:.:3,0,3756:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,8:117:99:.:.:0,112,3167:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,39:187:99:.:.:599,0,5120:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1773:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1578:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:75:.:.:0,75,2454:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,49:178:99:.:.:932,0,2943:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1584:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:127,33:160:99:.:.:538,0,2921:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1676:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,67:68:99:.:.:1999,176,0:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,21:122:99:.:.:287,0,2280:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1577:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1751:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1446:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:159,46:205:99:.:.:751,0,3716:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1398:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1188:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1595:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1365:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1135:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1415:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1296:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,284:. 0|1:140,23:163:99:.:.:214,0,3830:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,44:94:99:.:.:1048,0,1082:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:64:.:.:0,64,808:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1189:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,49:194:99:.:.:1159,0,4376:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:567,0:567:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:661,0:661:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,237:238:99:.:.:8227,678,0:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:528,0:528:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1707:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1650:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,264:266:99:.:.:9019,750,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,59:205:99:.:.:1445,0,4238:. 0|1:130,50:180:99:.:.:1099,0,3570:. 1|1:7,231:238:99:.:.:7825,473,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:59,181:240:99:.:.:5539,0,1235:. 0|1:71,14:85:99:1|0:489274_A_C:240,0,2008:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,68:166:99:.:.:1724,0,2745:. 0|0:433,0:433:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,131:212:99:.:.:3982,0,2047:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:94:.:.:0,94,1749:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:497,0:497:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:415,0:415:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,510:511:99:.:.:17217,1517,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1700:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1496:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1488:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1692:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:63,9:72:99:.:.:117,0,1898:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,779:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1047:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1777:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:517,0:517:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,38:188:99:.:.:776,0,4289:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1218:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:.:.:6640,568,0:. Pf3D7_01_v3 490471 . T A 24190.1 PASS FS=0.565;MQ=54.02;QD=18.44;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.621;VQSLOD=3.33;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;InbreedingCoeff=-0.2608;NCC=0;BaseQRankSum=0;ClippingRankSum=0.488;MQRankSum=0.783;ReadPosRankSum=0.419;culprit=DP;set=snp;DP=3391133;AF=0.005071;MLEAC=49;MLEAF=0.009939;AN=800;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:46,0:46:63:0,63,1212:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1800:. 0|0:50,0:50:7:0,7,1191:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1796:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1793:. 0|0:42,0:42:42:0,42,1078:. 0|0:30,0:30:46:0,46,804:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1425:. 0|0:59,0:59:49:0,49,1456:. 0|0:56,0:56:92:0,92,1560:. 0|0:30,0:30:41:0,41,819:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1608:. 0|0:40,0:40:65:0,65,1061:. 0|0:38,0:38:0:0,0,888:. 0|0:28,0:28:0:0,0,658:. 0|0:37,0:37:56:0,56,1014:. 0|0:8,0:8:24:0,24,215:. 1|1:0,21:21:63:642,63,0:. 0|0:27,0:27:0:0,0,580:. 0|0:40,0:40:86:0,86,1091:. 0|0:51,0:51:0:0,0,1028:. 0|0:56,0:56:53:0,53,1328:. 0|0:80,0:80:0:0,0,1461:. 0|0:14,0:14:0:0,0,160:. 0|0:26,0:26:29:0,29,597:. 0|0:40,0:40:26:0,26,951:. 0|0:7,0:7:10:0,10,160:. 0|0:12,0:12:19:0,19,293:. 0|0:54,0:54:37:0,37,1257:. 0|0:43,0:43:96:0,96,1153:. 0|0:36,0:36:0:0,0,388:. 0|0:101,0:101:61:0,61,2277:. 0|0:41,0:41:0:0,0,904:. 0|0:126,0:126:0:0,0,2650:. 0|0:50,0:50:83:0,83,1258:. 0|0:114,0:114:51:0,51,2682:. 0|0:57,0:57:0:0,0,1207:. 0|0:25,0:25:0:0,0,396:. 0|0:33,0:33:24:0,24,794:. 0|0:33,0:33:42:0,42,823:. 0|0:41,0:41:47:0,47,967:. 0|0:57,0:57:0:0,0,828:. 0|0:65,0:65:0:0,0,1375:. 0|0:65,0:65:12:0,12,1424:. 0|0:86,0:86:27:0,27,1901:. 0|0:70,0:70:0:0,0,1401:. 0|0:30,0:30:0:0,0,655:. 0|0:20,0:20:0:0,0,304:. 0|0:35,0:35:0:0,0,677:. 0|0:35,0:35:0:0,0,651:. 0|0:49,0:49:1:0,1,1130:. 0|0:14,0:14:15:0,15,366:. 0|0:49,0:49:0:0,0,916:. 0|0:71,0:71:0:0,0,1390:. 0|0:50,0:50:8:0,8,1150:. 0|0:41,0:41:0:0,0,736:. 0|0:31,0:31:44:0,44,772:. 0|0:31,0:31:0:0,0,636:. 0|0:44,0:44:52:0,52,1071:. 0|0:46,0:46:0:0,0,936:. 0|0:76,0:76:0:0,0,1477:. 0|0:15,0:15:0:0,0,182:. 0|0:48,0:48:67:0,67,1211:. 0|0:70,0:70:0:0,0,1362:. 0|0:18,0:18:0:0,0,316:. 0|0:56,0:56:0:0,0,999:. 0|0:28,0:28:35:0,35,680:. 0|0:65,0:65:0:0,0,1336:. 0|0:20,0:20:29:0,29,499:. 0|0:50,0:50:0:0,0,1066:. 0|0:19,0:19:0:0,0,410:. 0|0:25,0:25:0:0,0,459:. 0|0:43,0:43:0:0,0,618:. 0|0:17,0:17:0:0,0,321:. 0|0:79,0:79:0:0,0,1481:. 0|0:24,0:24:61:0,61,664:. 0|0:42,0:42:0:0,0,621:. 0|0:50,0:50:0:0,0,831:. 0|0:32,0:32:0:0,0,639:. 0|0:30,0:30:0:0,0,639:. 0|0:27,0:27:0:0,0,301:. 0|0:30,0:30:0:0,0,572:. 0|0:31,0:31:0:0,0,703:. 0|0:17,0:17:4:0,4,368:. 0|0:27,0:27:0:0,0,569:. 0|0:21,0:21:0:0,0,402:. 0|0:32,0:32:17:0,17,703:. 0|0:38,0:38:0:0,0,722:. 0|0:46,0:46:0:0,0,906:. 0|0:55,0:55:36:0,36,1326:. 0|0:17,0:17:4:0,4,382:. 0|0:118,0:118:0:0,0,2479:. 0|0:69,0:69:8:0,8,1534:. 0|0:44,0:44:2:0,2,966:. 0|0:55,0:55:0:0,0,903:. 0|0:20,0:20:0:0,0,379:. 0|0:36,0:36:0:0,0,735:. 0|0:38,0:38:0:0,0,623:. 0|0:51,0:51:0:0,0,1110:. 1|1:1,33:34:71:952,71,0:. 0|0:128,0:128:89:0,89,3109:. 0|0:42,0:42:40:0,40,1044:. 0|0:56,0:56:25:0,25,1253:. 0|0:69,0:69:0:0,0,1463:. 0|0:96,0:96:0:0,0,1939:. 0|0:132,0:132:34:0,34,3089:. 0|0:30,0:30:22:0,22,732:. 0|0:100,0:100:58:0,58,2405:. 0|0:69,0:69:7:0,7,1568:. 0|0:46,0:46:0:0,0,989:. 0|0:90,0:90:99:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:0:0,0,720:. 0|0:100,0:100:0:0,0,2362:. 0|0:155,0:155:0:0,0,3091:. 0|0:18,0:18:0:0,0,368:. 0|0:113,0:113:0:0,0,2265:. 0|0:59,0:59:0:0,0,1203:. 0|0:78,0:78:0:0,0,1592:. 0|0:45,0:45:0:0,0,947:. 0|0:132,0:132:71:0,71,3114:. 0|0:47,0:47:0:0,0,946:. 0|0:123,0:123:0:0,0,2734:. 0|0:67,0:67:0:0,0,1432:. 0|0:52,0:52:0:0,0,970:. 0|0:64,0:64:0:0,0,1350:. 0|0:55,0:55:55:0,55,1295:. 0|0:46,0:46:12:0,12,987:. 0|0:42,0:42:0:0,0,425:. 0|0:35,0:35:43:0,43,799:. 0|0:30,0:30:0:0,0,686:. 0|0:60,0:60:0:0,0,1108:. 0|0:42,0:42:0:0,0,607:. 0|0:51,0:51:0:0,0,895:. 0|0:64,0:64:15:0,15,1413:. 0|0:66,0:66:0:0,0,1285:. 0|0:48,0:48:0:0,0,861:. 0|0:81,0:81:0:0,0,1544:. 0|0:45,0:45:0:0,0,887:. 0|0:34,0:34:0:0,0,441:. 0|0:44,0:44:12:0,12,945:. 0|0:42,0:42:0:0,0,729:. 0|0:83,0:83:99:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:41:0,41,1149:. 0|0:53,0:53:0:0,0,1034:. 0|0:65,0:65:7:0,7,1371:. 0|0:47,0:47:37:0,37,1094:. 0|0:30,0:30:20:0,20,710:. 0|0:36,0:36:0:0,0,730:. 0|0:39,0:39:0:0,0,733:. 0|0:21,0:21:0:0,0,430:. 0|0:30,0:30:0:0,0,549:. 0|0:26,0:26:37:0,37,700:. 0|0:42,0:42:0:0,0,710:. 0|0:30,0:30:0:0,0,418:. 0|0:46,0:46:0:0,0,1061:. 1|1:0,23:23:69:669,69,0:. 0|0:14,0:14:24:0,24,350:. 0|0:87,0:87:0:0,0,1372:. 0|0:44,0:44:0:0,0,710:. 0|0:73,0:73:0:0,0,1613:. 0|0:68,0:68:0:0,0,1230:. 0|0:38,0:38:0:0,0,735:. 0|0:49,0:49:0:0,0,1114:. 0|0:35,0:35:14:0,14,818:. 0|0:126,0:126:0:0,0,2585:. 0|0:78,0:78:0:0,0,1748:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:72:0,72,2032:. 0|0:6,0:6:18:0,18,184:. 0|0:60,0:60:97:0,97,1598:. 0|0:103,0:103:0:0,0,1548:. 0|0:49,0:49:86:0,86,1305:. 0|0:40,0:40:6:0,6,941:. 0|1:22,16:38:99:375,0,528:. 0|0:69,0:69:0:0,0,1403:. 0|0:71,0:71:0:0,0,1494:. 0|0:33,0:33:25:0,25,780:. 0|0:87,0:87:0:0,0,1625:. 0|0:72,0:72:0:0,0,1542:. 0|0:43,0:43:63:0,63,1138:. 0|0:29,0:29:58:0,58,787:. 0|0:60,0:60:42:0,42,1434:. 0|0:47,0:47:0:0,0,867:. 0|0:96,0:96:93:0,93,2391:. 0|0:35,0:35:84:0,84,986:. 0|0:62,0:62:0:0,0,1380:. 0|0:30,0:30:36:0,36,772:. 0|0:91,0:91:34:0,34,2047:. 0|0:65,0:65:1:0,1,1402:. 0|0:69,0:69:21:0,21,1598:. 0|0:49,0:49:0:0,0,1104:. 0|0:90,0:90:0:0,0,2009:. 0|0:43,0:43:0:0,0,948:. 0|0:53,0:53:50:0,50,1302:. 0|0:78,0:78:7:0,7,1623:. 0|0:44,0:44:56:0,56,1143:. 0|0:28,0:28:0:0,0,513:. 0|0:37,0:37:0:0,0,798:. 0|0:18,0:18:0:0,0,354:. 0|0:92,0:92:93:0,93,2280:. 0|0:44,0:44:0:0,0,929:. 0|0:50,0:50:7:0,7,1127:. 0|0:63,0:63:68:0,68,1594:. 0|0:56,0:56:0:0,0,1188:. 0|0:47,0:47:0:0,0,1018:. 0|0:43,0:43:0:0,0,922:. 0|0:38,0:38:23:0,23,978:. 1|0:11,4:15:79:79,0,304:. 0|0:47,0:47:26:0,26,1118:. 1|0:21,11:32:99:234,0,537:. 0|0:47,0:47:12:0,12,1062:. 0|0:30,0:30:0:0,0,532:. 0|0:67,0:67:0:0,0,1377:. 0|0:90,0:90:0:0,0,1981:. 0|0:50,0:50:22:0,22,1167:. 0|0:31,0:31:20:0,20,780:. 0|0:48,0:48:0:0,0,922:. 0|0:42,0:42:0:0,0,812:. 0|0:27,0:27:0:0,0,493:. 0|0:29,0:29:53:0,53,792:. 0|0:20,0:20:2:0,2,476:. 0|0:41,0:41:18:0,18,986:. 0|0:25,0:25:0:0,0,548:. 0|0:33,0:33:4:0,4,777:. 0|0:33,0:33:0:0,0,563:. 0|0:39,0:39:43:0,43,1006:. 0|0:25,0:25:0:0,0,497:. 0|0:43,0:43:0:0,0,800:. 0|0:78,0:78:0:0,0,1309:. 0|0:41,0:41:0:0,0,932:. 0|0:46,0:46:0:0,0,893:. 0|0:26,0:26:10:0,10,592:. 0|0:80,0:80:0:0,0,1371:. 0|0:29,0:29:33:0,33,730:. 0|0:58,0:58:0:0,0,961:. 0|0:46,0:46:0:0,0,754:. 0|0:33,0:33:31:0,31,728:. 0|0:36,0:36:0:0,0,634:. 0|0:120,0:120:0:0,0,2027:. 0|0:46,0:46:0:0,0,1020:. 0|0:7,0:7:0:0,0,156:. 0|0:74,0:74:0:0,0,1511:. 0|0:89,0:89:0:0,0,1550:. 0|0:55,0:55:0:0,0,910:. 0|0:52,0:52:0:0,0,968:. 0|0:63,0:63:36:0,36,1448:. 0|0:48,0:48:0:0,0,870:. 0|0:141,0:141:0:0,0,2885:. 0|0:40,0:40:0:0,0,785:. 0|0:20,0:20:0:0,0,344:. 0|0:48,0:48:0:0,0,987:. 0|0:151,0:151:0:0,0,2609:. 0|0:44,0:44:0:0,0,832:. 0|0:75,0:75:41:0,41,1772:. 0|0:12,0:12:17:0,17,294:. 0|0:22,0:22:0:0,0,500:. 0|0:60,0:60:0:0,0,1352:. 0|0:77,0:77:0:0,0,1248:. 0|0:38,0:38:0:0,0,676:. 0|0:44,0:44:67:0,67,1152:. 0|0:74,0:74:0:0,0,1401:. 0|0:8,0:8:11:0,11,189:. 0|0:26,0:26:0:0,0,534:. 0|0:29,0:29:17:0,17,627:. 0|0:48,0:48:0:0,0,815:. 0|0:11,0:11:14:0,14,293:. 0|0:19,0:19:41:0,41,560:. 0|0:14,0:14:11:0,11,363:. 0|0:19,0:19:2:0,2,397:. 0|0:4,0:4:12:0,12,139:. 0|0:17,0:17:22:0,22,491:. 0|0:19,0:19:31:0,31,561:. 0|0:15,0:15:13:0,13,430:. 0|0:15,0:15:0:0,0,313:. 0|0:23,0:23:28:0,28,582:. 0|0:24,0:24:38:0,38,680:. 0|0:24,0:24:61:0,61,671:. 0|0:1,0:1:3:0,3,22:. 0|0:16,0:16:0:0,0,361:. 0|0:14,0:14:9:0,9,349:. 0|0:6,0:6:18:0,18,209:. 0|0:25,0:25:45:0,45,742:. 0|0:12,0:12:36:0,36,418:. 0|0:14,0:14:18:0,18,394:. 0|0:9,0:9:27:0,27,309:. 0|0:22,0:22:66:0,66,737:. 0|0:20,0:20:31:0,31,579:. 0|0:10,0:10:0:0,0,176:. 0|0:10,0:10:7:0,7,301:. 0|0:8,0:8:24:0,24,278:. 0|0:28,0:28:37:0,37,836:. 0|0:7,0:7:0:0,0,170:. 0|0:3,0:3:9:0,9,87:. 0|0:28,0:28:29:0,29,764:. 0|0:2,0:2:6:0,6,74:. 0|0:13,0:13:23:0,23,426:. 0|0:15,0:15:0:0,0,293:. 0|0:10,0:10:0:0,0,176:. 0|0:15,0:15:45:0,45,548:. 1|1:0,12:12:36:394,36,0:. 0|0:7,0:7:8:0,8,182:. 0|0:7,0:7:21:0,21,226:. 0|0:17,0:17:36:0,36,544:. 0|0:19,0:19:57:0,57,621:. 0|0:23,0:23:21:0,21,667:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:82:0,82,1696:. 0|0:1,0:1:3:0,3,32:. 0|0:2,0:2:0:0,0,20:. 0|0:0,0:0:.:.:. 0|0:25,0:25:29:0,29,666:. 0|0:63,0:63:99:0,101,1755:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:.:.:1 0|0:27,0:27:66:0,66,872:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:17:0,17,1603:. 0|0:2,0:2:.:.:6 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:.:.:0 0|0:50,0:50:7:0,7,1148:. 0|0:24,0:24:48:0,48,716:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:19,0:19:0:0,0,409:. 0|0:60,0:60:99:0,112,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1578:. 0|0:52,0:52:88:0,88,1509:. 0|0:68,0:68:99:0,103,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1270:. 0|0:47,0:47:77:0,77,1324:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,101,1569:. 0|0:50,0:50:90:0,90,1443:. 0|0:5,0:5:.:.:0 0|0:27,0:27:81:0,81,928:. 0|0:4,0:4:.:.:0 0|0:9,0:9:0:0,0,141:. 0|0:61,0:61:75:0,75,1712:. 0|0:47,0:47:95:0,95,1398:. 0|0:46,0:46:91:0,91,1318:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,118,1453:. 0|0:68,0:68:99:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:66:0,66,1475:. 0|0:2,0:2:.:.:6 0|0:61,0:61:99:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:85:0,85,1840:. 0|0:59,0:59:99:0,119,1800:. 0|0:1,0:1:.:.:3 0|0:64,0:64:90:0,90,1855:. 0|0:1,0:1:.:.:. 0|0:47,0:47:94:0,94,1346:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:29,0:29:64:0,64,906:. 0|0:4,0:4:.:.:0 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:.:.:93 0|0:63,0:63:99:0,102,1800:. 0|0:30,0:30:90:0,90,1027:. 0|0:2,0:2:.:.:6 0|0:59,0:59:97:0,97,1767:. 0|0:31,0:31:93:0,93,1036:. 0|0:42,0:42:90:0,90,1309:. 0|0:0,0:0:.:.:. 0|0:60,0:60:28:0,28,1536:. 0|0:1,0:1:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,109,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:91 0|0:3,0:3:.:.:0 0|0:24,0:24:3:0,3,587:. 0|0:34,0:34:74:0,74,1101:. 0|0:29,0:29:36:0,36,785:. 0|0:2,0:2:.:.:6 0|0:26,0:26:65:0,65,791:. 0|0:3,0:3:.:.:0 0|0:59,0:59:84:0,84,1693:. 0|0:52,0:52:83:0,83,1552:. 0|0:13,0:13:39:0,39,406:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1496:. 0|0:6,0:6:.:.:0 0|0:28,0:28:71:0,71,910:. 1|0:0,0:0:.:.:. 0|0:19,0:19:8:0,8,475:. 0|0:6,0:6:18:0,18,200:. 0|0:13,0:13:24:0,24,369:. 0|0:8,0:8:10:0,10,217:. 0|0:10,0:10:30:0,30,362:. 0|0:11,0:11:19:0,19,268:. 0|0:23,0:23:26:0,26,556:. 0|0:12,0:12:36:0,36,390:. 0|0:15,0:15:8:0,8,352:. 0|0:13,0:13:0:0,0,192:. 0|0:8,0:8:24:0,24,251:. 0|0:1,0:1:3:0,3,38:. 0|0:9,0:9:1:0,1,206:. 0|0:16,0:16:32:0,32,439:. 0|0:26,0:26:44:0,44,697:. 0|0:15,0:15:30:0,30,396:. 0|0:22,0:22:0:0,0,597:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1077:. 0|0:23,0:23:69:0,69,725:. 0|0:3,0:3:9:0,9,108:. 0|0:4,0:4:0:0,0,68:. 0|0:5,0:5:1:0,1,133:. 0|0:4,0:4:12:0,12,108:. 0|0:2,0:2:6:0,6,70:. 0|0:22,0:22:48:0,48,651:. 0|0:15,0:15:23:0,23,371:. 0|0:35,0:35:42:0,42,878:. 0|0:1,0:1:3:0,3,33:. 0|0:17,0:17:37:0,37,528:. 0|0:13,0:13:39:0,39,459:. 1|1:0,17:17:51:524,51,0:. 0|0:15,0:15:45:0,45,522:. 0|0:9,0:9:15:0,15,275:. 0|0:9,0:9:27:0,27,269:. 0|0:10,0:10:30:0,30,317:. 0|0:18,0:18:41:0,41,565:. 0|0:6,0:6:1:0,1,160:. 0|0:60,0:60:48:0,48,1545:. 0|0:7,0:7:6:0,6,180:. 0|0:42,0:42:58:0,58,1162:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:26:0,26,383:. 0|0:14,0:14:23:0,23,387:. 0|0:8,0:8:0:0,0,186:. 0|0:2,0:2:0:0,0,1:. 0|0:21,0:21:0:0,0,438:. 0|0:12,0:12:19:0,19,320:. Pf3D7_01_v3 490600 . G A 64386.7 PASS FS=0;MQ=43.39;QD=22.38;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.634;VQSLOD=4.74;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=2.7238;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=26.6;GQ_STDDEV=30.45;HRun=2;InbreedingCoeff=0.0582;NCC=2;BaseQRankSum=2.85;ClippingRankSum=-0.182;MQRankSum=0.139;ReadPosRankSum=0.303;culprit=DP;set=snp;DP=3854780;AF=0.009278;AS_InbreedingCoeff=0.7847;MLEAC=46;MLEAF=0.009278;AN=800;AC=5 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:53:.:.:0,53,954:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:60:.:.:0,60,900:. 0|0:48,0:48:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1472:. 0|0:37,0:37:25:.:.:0,25,819:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:36,0:36:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,540:. 0|0:26,0:26:51:.:.:0,51,765:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,180:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:24,0:24:45:.:.:0,45,675:. 0|0:20,0:20:32:.:.:0,32,427:. 0|0:41,0:41:22:.:.:0,22,815:. 0|0:55,0:55:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:81,0:81:85:.:.:0,85,1840:. 0|0:18,0:18:29:.:.:0,29,373:. 0|0:28,0:28:8:.:.:0,8,595:. 0|0:36,0:36:66:.:.:0,66,990:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:37,0:37:66:.:.:0,66,990:. 0|0:37,0:37:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:46,0:46:71:.:.:0,71,1133:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:60:.:.:0,60,900:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:24,0:24:45:.:.:0,45,675:. 0|0:39,0:39:47:.:.:0,47,912:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:31:.:.:0,31,1064:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,450:. 0|0:26,0:26:9:.:.:0,9,514:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,317:. 0|0:30,0:30:44:.:.:0,44,692:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:57,0:57:73:.:.:0,73,1308:. 0|0:44,0:44:22:.:.:0,22,901:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:57:.:.:0,57,855:. 0|0:33,0:33:57:.:.:0,57,855:. 0|0:29,0:29:17:.:.:0,17,571:. 0|0:71,0:71:95:.:.:0,95,1574:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,540:. 0|0:51,0:51:59:.:.:0,59,1148:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:13:.:.:0,13,450:. 0|0:43,0:43:61:.:.:0,61,956:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:12:.:.:0,12,411:. 0|0:38,0:38:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,540:. 0|0:19,0:19:2:.:.:0,2,356:. 0|0:48,0:48:42:.:.:0,42,1057:. 0|0:15,0:15:24:.:.:0,24,360:. 0|0:76,0:76:89:.:.:0,89,1788:. 0|0:26,0:26:51:.:.:0,51,765:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,112,1740:. 0|0:53,0:53:69:.:.:0,69,1232:. 0|0:33,0:33:27:.:.:0,27,675:. 0|0:24,0:24:42:.:.:0,42,558:. 0|0:31,0:31:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:51:.:.:0,51,829:. 0|0:28,0:28:45:.:.:0,45,675:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:21,0:21:28:.:.:0,28,482:. 0|0:31,0:31:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:54:.:.:0,54,923:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1305:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1640:. 0|0:36,0:36:60:.:.:0,60,900:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1578:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,557:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:49,0:49:88:.:.:0,88,1167:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1755:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:16:.:.:0,16,1160:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1755:. 0|0:49,0:49:64:.:.:0,64,1109:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1437:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:63:.:.:0,63,945:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:77:.:.:0,77,1571:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:61,0:61:59:.:.:0,59,1322:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1600:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1426:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1231:. 0|0:53,0:53:54:.:.:0,54,1210:. 0|0:48,0:48:90:.:.:0,90,1343:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1754:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:31:.:.:0,31,907:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:85:.:.:0,85,1292:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1395:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:69:.:.:0,69,1722:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:48:.:.:0,48,986:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1461:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1395:. 0|0:33,0:33:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:69:.:.:0,69,917:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,566:. 0|0:42,0:42:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:33:.:.:0,33,496:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,510:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:54:.:.:0,54,810:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1478:. 0|0:64,0:64:38:.:.:0,38,1349:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:53:.:.:0,53,1758:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:48,0:48:81:.:.:0,81,1140:. 0|0:87,0:87:72:.:.:0,72,1893:. 0|0:39,0:39:71:.:.:0,71,909:. 0|0:37,0:37:32:.:.:0,32,782:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1509:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1611:. 0|0:36,0:36:61:.:.:0,61,899:. 0|0:35,0:35:68:.:.:0,68,857:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1649:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1504:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:82:.:.:0,82,1230:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:41,0:41:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:47,0:47:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:84:.:.:0,84,1119:. 0|0:31,0:31:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:64:.:.:0,64,936:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,440:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:49:.:.:0,49,908:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:39,0:39:91:.:.:0,91,1146:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,675:. 0|0:38,0:38:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:57,0:57:62:.:.:0,62,1236:. 0|0:42,0:42:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1452:. 0|0:45,0:45:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:71,0:71:93:.:.:0,93,1673:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:42,0:42:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:57,0:57:64:.:.:0,64,1272:. 0|0:52,0:52:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:25,0:25:36:.:.:0,36,558:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,585:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,810:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:28,0:28:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,787:. 0|0:45,0:45:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:58,0:58:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:54:.:.:0,54,810:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:32,0:32:63:.:.:0,63,945:. 0|0:56,0:56:27:.:.:0,27,1215:. 0|0:47,0:47:67:.:.:0,67,1126:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1050:. 0|0:35,0:35:57:.:.:0,57,855:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:34,0:34:66:.:.:0,66,990:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1645:. 0|0:51,0:51:76:.:.:0,76,1202:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1660:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1627:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:59,0:59:94:.:.:0,94,1404:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:19,0:19:30:.:.:0,30,450:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1309:. 0|0:60,0:60:90:.:.:0,90,1446:. 0|0:40,0:40:51:.:.:0,51,765:. 0|0:47,0:47:5:.:.:0,5,990:. 0|0:55,0:55:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,138:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,495:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:27,0:27:19:.:.:0,19,763:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,549:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,102:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,854:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:29,0:29:59:.:.:0,59,875:. 0|0:31,0:31:55:.:.:0,55,987:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,810:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,720:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:30,0:30:57:.:.:0,57,934:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:45,0:45:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:22,0:22:42:.:.:0,42,630:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:21,0:21:39:.:.:0,39,585:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:10,0:10:15:.:.:0,15,293:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,241:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1404:. 0|0:6,0:6:4:.:.:0,4,163:. 0|0:14,0:14:29:.:.:0,29,427:. 0|0:26,0:26:54:.:.:0,54,810:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:22,0:22:31:.:.:0,31,680:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,11:11:33:.:.:396,33,0:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:57:.:.:0,57,962:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1736:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,52:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,630:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:9 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:9 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:24 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:0 0|0:30,0:30:54:.:.:0,54,810:. 0|0:86,0:86:.:.:.:0,0,0:. 1|0:47,17:64:99:.:.:386,0,1404:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1599:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:3 0|0:40,0:40:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:49,0:49:73:.:.:0,73,1421:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:15 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:101 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1634:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 1|0:31,24:55:99:.:.:671,0,884:. 0|0:42,0:42:.:.:.:0,0,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1616:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:72,4:76:96:.:.:0,96,2027:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:114 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:29,0:29:61:.:.:0,61,760:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1486:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:3 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:8:.:.:0,8,376:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:24,0:24:37:.:.:0,37,640:. 0|0:19,0:19:3:.:.:0,3,45:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:17,0:17:22:.:.:0,22,449:. 0|0:35,0:35:66:.:.:0,66,990:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:17,0:17:29:.:.:0,29,468:. 0|0:35,0:35:63:.:.:0,63,945:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,675:. 0|0:17,0:17:30:.:.:0,30,450:. 0|0:33,0:33:80:.:.:0,80,1059:. 0|0:43,0:43:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:40,0:40:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,745:. 1|0:32,16:48:99:.:.:338,0,784:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:31,0:31:63:.:.:0,63,945:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,177:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,945:. 0|0:26,0:26:43:.:.:0,43,780:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:49,0:49:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:14,0:14:21:.:.:0,21,430:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:30,0:30:74:.:.:0,74,1061:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,481:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. Pf3D7_01_v3 490806 . G A 1.0285e+06 PASS FS=0;MQ=59.93;QD=22.58;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.663;VQSLOD=5.13;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=28.57;GQ_MEAN=110.81;GQ_STDDEV=56.92;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7701;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.416;culprit=FS;set=snp;DP=4324341;AF=0.074;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=375;MLEAF=0.073;AN=848;AC=88 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1256:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1683:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1221:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1324:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1563:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1074:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1229:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:31,0:31:65:.:.:0,65,824:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1196:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,355:. 1|1:0,28:28:84:.:.:890,84,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1252:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1068:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1399:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,939:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,993:. 0|1:13,5:18:99:.:.:104,0,306:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1193:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,971:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1122:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1191:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1045:. 0|1:15,30:45:99:.:.:761,0,253:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1161:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1449:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,853:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1225:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1037:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1336:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,115,1186:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1070:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:26,0:26:71:.:.:0,71,696:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:24,0:24:68:.:.:0,68,681:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1260:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1349:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1253:. 0|1:22,8:30:99:1|0:490785_T_A:151,0,551:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1201:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,910:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1164:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1030:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1286:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1472:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,901:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1389:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1374:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1522:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1454:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1304:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1292:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1392:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1197:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1684:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1165:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1446:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1433:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1507:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1180:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1348:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1460:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1177:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,977:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,933:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1155:. 0|1:17,17:34:99:.:.:389,0,343:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1162:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1300:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1507:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,273:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1282:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1357:. 0|1:43,29:72:99:.:.:585,0,922:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1063:. 1|0:94,25:119:99:.:.:386,0,2177:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1109:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1739:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1692:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1044:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1794:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1136:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1399:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1034:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1088:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1005:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1338:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:34:.:.:0,34,961:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1376:. 1|0:24,18:42:99:.:.:405,0,532:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1382:. 1|0:41,26:67:99:.:.:574,0,899:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1263:. 0|1:32,18:50:99:.:.:366,0,736:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1361:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1293:. 0|0:37,0:37:21:.:.:0,21,809:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,951:. 0|0:36,0:36:91:.:.:0,91,940:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1038:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1044:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,119,1004:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1727:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,987:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1312:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1146:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,931:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1249:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,328:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1122:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1385:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,873:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,989:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,413:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,473:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:54,0:54:87:.:.:0,87,1683:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1326:. 0|1:23,23:46:99:.:.:706,0,654:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1528:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1317:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1351:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1369:. 0|0:0,3:3:9:.:.:107,9,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1209:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1238:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1421,117,0:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1260:. 1|1:0,57:57:99:.:.:2093,172,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1244:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1549:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,277:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1525:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:23,0:23:61:.:.:0,61,783:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1290:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1446,126,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1997,171,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:718,66,0:. 0|0:25,0:25:62:.:.:0,62,849:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1376:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1296:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1304:. 1|1:0,180:180:99:.:.:6360,541,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,219:. 1|1:0,11:11:31:.:.:247,31,0:. 0|0:55,0:55:53:.:.:0,53,1539:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3772,336,0:. 1|1:2,160:162:99:.:.:5214,437,0:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,820:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,154:155:99:.:.:5048,430,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,20:20:59:.:.:633,59,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,846:. 1|1:2,80:82:99:.:.:2708,179,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1265:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,189:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1218:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:114,17:131:99:.:.:214,0,3288:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:20:.:.:0,20,4087:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,433:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,8:16:99:.:.:197,0,212:. 0|0:26,0:26:40:.:.:0,40,753:. 1|1:12,151:163:82:.:.:4750,82,0:. 0|1:42,81:123:99:.:.:2410,0,986:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3754,331,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,106:115:72:.:.:3354,72,0:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,141:. 1|1:2,134:136:99:.:.:4553,365,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,56:. 1|1:8,141:149:99:.:.:4488,168,0:. 0|1:4,0:4:0:.:.:0,0,45:. 1|0:27,105:132:99:.:.:3060,0,446:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,537:. 0|1:65,31:96:99:.:.:793,0,1688:. 0|0:32,0:32:95:.:.:0,95,932:. 0|1:124,20:144:99:.:.:261,0,3621:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,117:133:99:.:.:3578,0,125:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1710:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,272:. 0|1:91,51:142:99:.:.:1299,0,2320:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1388:. 1|0:55,31:86:99:.:.:755,0,1471:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:27,120:147:99:.:.:3681,0,393:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,337:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:12,84:96:99:.:.:2464,0,133:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,284:. 0|1:34,6:40:72:.:.:72,0,927:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1483:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,176:. 1|0:43,12:55:99:.:.:228,0,1152:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,280:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1423:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1294:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:24:.:.:0,24,377:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,106:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1020:. 0|1:21,9:30:99:.:.:210,0,574:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,595:. 0|1:67,15:82:99:.:.:230,0,1836:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,389:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1153:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1211,105,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,71:78:0:.:.:2206,0,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,17:17:51:.:.:567,51,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:853,78,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|1:11,2:13:35:.:.:35,0,300:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1112:. 0|1:65,22:87:99:.:.:468,0,1737:. 1|0:49,18:67:99:.:.:392,0,1436:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,262:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1126:. 1|0:40,7:47:91:1|0:490792_A_G:91,0,1137:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1641,121,0:. 0|1:24,27:51:99:.:.:733,0,579:. 1|0:41,10:51:99:.:.:213,0,1139:. 0|1:6,28:34:85:.:.:855,0,85:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1344,120,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,21:21:63:.:.:689,63,0:. 0|1:75,129:204:99:.:.:3710,0,1791:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,916:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8188,725,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1083:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2526,231,0:. 1|1:1,20:21:30:.:.:655,30,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,295:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1505:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1179:. Pf3D7_01_v3 490957 . A T 250823 PASS FS=0.549;MQ=57.86;QD=19.53;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.757;VQSLOD=3.31;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.109;FractionInformativeReads=0.999;GC=4.76;GQ_MEAN=96.19;GQ_STDDEV=31.57;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6203;NCC=0;BaseQRankSum=2.46;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.247;culprit=FS;set=snp;DP=3471781;AF=0.03;AS_InbreedingCoeff=0.6364;MLEAC=146;MLEAF=0.03;AN=828;AC=26 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:76:.:.:0,76,1116:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1256:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1683:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1507:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1324:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:40,0:40:24:.:.:0,24,360:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1229:. 1|0:21,11:32:99:.:.:262,0,571:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,98:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1252:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1068:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1399:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:29,0:29:61:.:.:0,61,847:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,993:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,305:. 0|0:12,0:12:22:.:.:0,22,326:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1193:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,971:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1122:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:24:.:.:0,24,360:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1191:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1161:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1449:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1230:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,996:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1336:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,115,1186:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1283:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:42,0:42:63:.:.:0,63,1118:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1070:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1260:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,732:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:35,0:35:79:.:.:0,79,1017:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,802:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:26,0:26:30:.:.:0,30,450:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1286:. 0|0:31,0:31:68:.:.:0,68,896:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1472:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1389:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1374:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,39:100:99:.:.:870,0,1481:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1522:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1454:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1304:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1292:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1392:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1197:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:6,54:60:13:.:.:1375,0,13:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1229:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1165:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1446:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1433:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1507:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1180:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1348:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1460:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,110,1177:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1162:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1300:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1507:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1282:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1357:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1283:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1109:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1739:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1692:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1044:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1794:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:34,0:34:6:.:.:0,6,90:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1399:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1034:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1005:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1338:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1376:. 0|0:28,0:28:42:.:.:0,42,630:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1382:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1434:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1238:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1361:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1293:. 0|0:38,0:38:88:.:.:0,88,1096:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,119,1004:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1727:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3066,306,0:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1312:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1249:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1122:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1385:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,669:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,540:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,18:18:54:.:.:626,54,0:. 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,675:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. 0|0:27,0:27:42:.:.:0,42,849:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|1:17,6:23:99:.:.:156,0,535:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,71:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:19,0:19:39:.:.:0,39,585:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,21:21:63:.:.:751,63,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1304:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 0|0:0,3:3:9:.:.:105,9,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,160:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1527:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,22:22:66:.:.:772,66,0:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,1095:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1459:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1265:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1249,120,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:22,59:81:99:.:.:1711,0,489:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1346:. 0|1:9,81:90:7:.:.:2419,0,7:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 1|0:51,8:59:94:.:.:94,0,1356:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|1:6,6:12:99:.:.:163,0,175:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,33:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,225:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,856:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,74:76:99:.:.:2363,158,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1710:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,204:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1388:. 0|0:54,0:54:17:.:.:0,17,1591:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,172:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1483:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,204:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,207:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1423:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,235:. 0|0:32,0:32:46:.:.:0,46,898:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,171:. 1|1:0,22:22:65:.:.:684,65,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,153:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,425:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,18:18:54:.:.:636,54,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:566,48,0:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,264:. 0|0:15,0:15:18:.:.:0,18,270:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,268:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,72:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1403:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1434:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:51,0:51:67:.:.:0,67,1476:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. Pf3D7_01_v3 491322 . A T 152805 PASS FS=0;MQ=58.88;QD=23.25;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.641;VQSLOD=5.22;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0017;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=103.8;GQ_STDDEV=40.49;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6533;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.14;culprit=FS;set=snp;DP=5466103;AF=0.006701;AS_InbreedingCoeff=-0.0356;MLEAC=32;MLEAF=0.006307;AN=850;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1414:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1765:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1536:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1316:. 0|0:29,0:29:27:.:.:0,27,405:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:47,0:47:89:.:.:0,89,1345:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1730:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:43,0:43:90:.:.:0,90,1198:. 0|0:69,0:69:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:12,0:12:6:.:.:0,6,299:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1223:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1581:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1335:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1140:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1201:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1264:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1681:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1457:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1448:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1271:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1610:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1565:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1264:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1043:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1662:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1407:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,19:29:99:.:.:452,0,202:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1766:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1593:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,715:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1254:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1601:. 0|0:35,0:35:83:.:.:0,83,1014:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1306:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1579:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1050:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1454:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1040:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1219:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1186:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1698:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1064:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1723:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1506:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1581:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1644:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1587:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1347:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1084:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1557:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1283:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1696:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:97,0:97:33:.:.:0,33,495:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1658:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:90,0:90:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1619:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:60:.:.:0,60,900:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1355:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1210:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1406:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1285:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1362:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,115,1554:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1183:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1001:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1470:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1563:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,747:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1622:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1322:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1290:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1782:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1497:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1328:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,104,1705:. 0|0:72,0:72:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1752:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1398:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1659:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1775:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1523:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1728:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1591:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1280:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1279:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1219:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1436:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1384:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:6:.:.:0,6,90:. 0|1:30,5:35:52:.:.:52,0,792:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1167:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,993:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1360:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1289:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1427:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:143,0:143:24:.:.:0,24,360:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1685:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1170:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,164:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,59:93:99:.:.:1562,0,768:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1224:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:54:.:.:0,54,810:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,293:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1553:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1013:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:12:.:.:0,12,180:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1408:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,402:. 0|0:55,0:55:18:.:.:0,18,270:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1105:. 0|0:63,0:63:15:.:.:0,15,225:. 0|0:57,0:57:30:.:.:0,30,450:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,109:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1212:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1338:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1424:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:9:.:.:0,9,135:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1104:. 0|0:20,0:20:6:.:.:0,6,90:. 0|0:46,0:46:12:.:.:0,12,180:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:18:.:.:0,18,270:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1225:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:3:.:.:0,3,45:. 0|0:15,0:15:6:.:.:0,6,90:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1655:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1374:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1446:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1508:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:27:.:.:0,27,405:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1664:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,132:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,186:. 0|0:19,0:19:.:.:.:.:57 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:12 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1389:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:108 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:101 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1680:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1380:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:9 0|0:56,0:56:15:.:.:0,15,225:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,23:174:99:0|1:491322_A_T:191,0,6229:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:82 0|1:11,63:74:99:0|1:491322_A_T:1906,0,259:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:90 1|0:3,15:18:81:.:.:403,0,81:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:27:.:.:0,27,405:. 0|0:189,0:189:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:181,0:181:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1755:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:24 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:3 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:9 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:54 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:93 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:.:.:.:.:51 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1267:. 0|0:108,0:108:24:.:.:0,24,360:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:9 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:30:.:.:0,30,450:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,976:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:111 1|1:2,162:164:99:.:.:5304,419,0:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:105 0|0:21,0:21:.:.:.:.:0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,119,1376:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1198:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:54 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1648:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:99 0|0:128,0:128:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:250,0:250:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:41,0:41:39:.:.:0,39,585:. 0|0:213,0:213:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:75 0|0:98,0:98:60:.:.:0,60,900:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:57 0|0:48,0:48:27:.:.:0,27,405:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1076:. 0|0:53,0:53:15:.:.:0,15,225:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:54,0:54:18:.:.:0,18,270:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1099:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1101:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1223:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:58,0:58:9:.:.:0,9,135:. 0|0:60,0:60:15:.:.:0,15,225:. 0|0:64,0:64:33:.:.:0,33,495:. 0|0:42,0:42:91:.:.:0,91,1347:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1414:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1349:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1388:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1513:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1315:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1378:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1470:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,962:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1510:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1052:. 0|0:42,0:42:9:.:.:0,9,135:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1510:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:6:.:.:0,6,90:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,242:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1306:. Pf3D7_01_v3 492448 . G T 178458 PASS FS=0.526;MQ=64.04;QD=17.32;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.75;VQSLOD=3.93;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=4.12;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=131.15;GQ_STDDEV=130.4;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0091;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.07;culprit=FS;set=snp;DP=8310428;AF=0.013;AS_InbreedingCoeff=-0.0567;MLEAC=66;MLEAF=0.013;AN=858;AC=28 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,11:58:99:.:.:159,0,963:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1442:. 0|0:57,0:57:19:.:.:0,19,1015:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:76,0:76:49:.:.:0,49,1404:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1452:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1714:. 0|0:32,0:32:68:.:.:0,68,671:. 0|0:53,0:53:79:.:.:0,79,1230:. 0|0:14,0:14:25:.:.:0,25,290:. 0|0:41,0:41:59:.:.:0,59,852:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1315:. 0|0:45,0:45:67:.:.:0,67,829:. 0|0:65,0:65:71:.:.:0,71,1272:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1404:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,925:. 0|0:40,0:40:95:.:.:0,95,855:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:16,0:16:19:.:.:0,19,303:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,71:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1423:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1211:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,103,1751:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:25,22:47:99:.:.:431,0,435:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1302:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1355:. 0|0:45,0:45:78:.:.:0,78,922:. 0|0:44,0:44:53:.:.:0,53,940:. 0|0:45,0:45:53:.:.:0,53,934:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1746:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:43:.:.:0,43,1065:. 1|1:0,26:26:77:.:.:754,77,0:. 0|0:54,0:54:78:.:.:0,78,1071:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1405:. 0|0:63,0:63:91:.:.:0,91,1302:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,296:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:89:.:.:0,89,1364:. 0|0:32,0:32:56:.:.:0,56,716:. 0|0:60,0:60:74:.:.:0,74,1262:. 0|0:79,0:79:90:.:.:0,90,1578:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:45,0:45:9:.:.:0,9,665:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,491:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1377:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,24:24:71:.:.:688,71,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1369:. 0|0:38,0:38:50:.:.:0,50,777:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,735:. 0|0:80,0:80:82:.:.:0,82,1577:. 0|0:44,0:44:81:.:.:0,81,831:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:36:.:.:0,36,1040:. 0|0:122,0:122:63:.:.:0,63,2108:. 0|0:81,0:81:92:.:.:0,92,1633:. 0|0:46,0:46:89:.:.:0,89,980:. 0|0:47,0:47:87:.:.:0,87,1011:. 0|0:53,0:53:37:.:.:0,37,997:. 0|0:42,0:42:35:.:.:0,35,835:. 0|0:48,0:48:83:.:.:0,83,1013:. 0|0:86,0:86:47:.:.:0,47,1559:. 0|0:53,0:53:83:.:.:0,83,1199:. 0|0:68,0:68:24:.:.:0,24,1193:. 0|0:77,0:77:82:.:.:0,82,1353:. 0|0:65,0:65:86:.:.:0,86,1245:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:56:.:.:0,56,915:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1670:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1483:. 0|0:29,3:32:19:.:.:0,19,659:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:67:.:.:0,67,1447:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:81:.:.:0,81,1942:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1373:. 0|0:64,0:64:97:.:.:0,97,1218:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1167:. 0|0:56,0:56:83:.:.:0,83,1088:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1528:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1598:. 0|0:93,0:93:80:.:.:0,80,1767:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:12,0:12:22:.:.:0,22,229:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:60:99:0|1:492435_G_A:0,167,1966:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1589:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1513:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1581:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:84,9:93:62:.:.:0,62,1689:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1746:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1498:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1734:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1314:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1291:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,946:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1732:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:54,0:54:16:.:.:0,16,889:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:60,0:60:68:.:.:0,68,1191:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1728:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1373:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:73,0:73:96:.:.:0,96,1374:. 0|0:52,0:52:76:.:.:0,76,1000:. 0|0:61,0:61:88:.:.:0,88,1261:. 0|0:53,0:53:93:.:.:0,93,1110:. 0|1:50,21:71:99:.:.:385,0,998:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:77:.:.:0,77,1199:. 0|0:75,0:75:71:.:.:0,71,1368:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1514:. 1|0:39,6:45:30:.:.:30,0,694:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1590:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1158:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:49,0:49:69:.:.:0,69,928:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:67:.:.:0,67,1477:. 0|0:53,0:53:83:.:.:0,83,1050:. 0|0:64,0:64:67:.:.:0,67,1184:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1768:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1042:. 0|0:16,0:16:13:.:.:0,13,318:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:91,9:100:12:.:.:0,12,1734:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1278:. 0|0:80,0:80:86:.:.:0,86,1569:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:3:.:.:0,3,248:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1234:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:31:.:.:0,31,465:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1647:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,716:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:72:.:.:0,72,1572:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,197:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:68,0:68:37:.:.:0,37,1465:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:60:.:.:0,60,1379:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1716:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1410:. 0|0:33,0:33:37:.:.:0,37,767:. 0|0:100,0:100:89:.:.:0,89,2169:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,366:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1542:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1284:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1428:. 0|0:85,0:85:86:.:.:0,86,1976:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:50:.:.:0,50,427:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:28,0:28:48:.:.:0,48,738:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,169:173:99:.:.:4912,454,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1491:. 1|1:2,49:51:99:.:.:1495,116,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,105:133:99:.:.:2707,0,319:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,7:29:99:.:.:111,0,524:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,33:100:99:.:.:788,0,1458:. 0|1:23,16:39:99:.:.:366,0,600:. 1|1:3,160:163:99:.:.:4876,386,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,575:. 1|0:38,141:179:99:.:.:3732,0,510:. 0|1:7,3:10:51:.:.:51,0,175:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:60,30:90:99:.:.:568,0,1202:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,70:125:99:.:.:1803,0,1061:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1068:. 0|1:95,61:156:99:.:.:1422,0,1936:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,145:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:97:.:.:0,97,2195:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:74:.:.:0,74,1144:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1593:. 0|0:55,0:55:71:.:.:0,71,1183:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,47:61:99:.:.:1188,0,216:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1300:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:27:.:.:0,27,739:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,448:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1730:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2888,298,0:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1169,105,0:. 0|0:22,2:24:36:.:.:0,36,610:. 0|0:10,0:10:29:.:.:0,29,255:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1516:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:95:.:.:0,95,1106:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:406,0:406:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:73:.:.:0,73,859:. 0|0:12,0:12:20:.:.:0,20,256:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 492563 . G A 6.25693e+06 PASS FS=0;MQ=61.06;QD=31.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.686;VQSLOD=7.92;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.52;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=19.05;GQ_MEAN=200.38;GQ_STDDEV=223.13;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6533;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.348;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8659191;AF=0.321;AS_InbreedingCoeff=0.55;MLEAC=1677;MLEAF=0.322;AN=854;AC=317 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|1:57,13:70:99:0|1:492563_G_A:298,0,2632 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|0:15,102:117:99:.:.:3847,0,223 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1442 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:93,0:93:99:.:.:0,104,1800 0|1:28,42:70:99:.:.:1478,0,966 1|1:0,98:98:99:1|1:492563_G_A:4013,304,0 1|0:17,36:53:99:0|1:492563_G_A:1320,0,708 1|0:32,28:60:99:0|1:492563_G_A:1050,0,1401 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,55:55:99:1|1:492563_G_A:2386,178,0 0|0:18,0:18:10:.:.:0,10,408 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1218 1|1:0,50:50:99:1|1:492563_G_A:2045,150,0 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620 1|1:1,65:66:99:1|1:492563_G_A:2445,143,0 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1468 1|1:0,33:33:99:1|1:492563_G_A:1337,102,0 0|1:54,8:62:14:.:.:14,0,1425 0|0:16,0:16:16:.:.:0,16,374 0|0:0,4:4:12:1|1:492563_G_A:147,12,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1209 1|1:0,88:88:99:.:.:3657,266,0 1|0:23,83:106:99:.:.:3029,0,666 0|1:14,41:55:99:.:.:939,0,259 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1302 1|0:95,49:144:99:.:.:958,0,3581 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1355 0|1:34,16:50:99:.:.:557,0,1221 0|1:10,38:48:99:.:.:1341,0,316 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1277 1|1:4,82:86:59:1|1:492563_G_A:3214,59,0 1|1:0,65:65:99:1|1:492563_G_A:2747,202,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,142:142:99:1|1:492563_G_A:5960,442,0 1|1:0,78:78:99:1|1:492563_G_A:3089,238,0 0|1:38,18:56:99:0|1:492563_G_A:461,0,892 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260 1|0:16,49:65:99:0|1:492563_G_A:1888,0,603 0|1:42,7:49:46:.:.:46,0,1813 1|1:1,69:70:99:1|1:492563_G_A:2831,194,0 1|1:1,19:20:8:1|1:492563_G_A:774,8,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 1|0:44,141:185:99:.:.:5162,0,1242 1|1:0,73:73:99:1|1:492563_G_A:2990,226,0 1|0:5,49:54:99:0|1:492563_G_A:1864,0,139 0|1:16,57:73:99:.:.:2248,0,444 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1185 1|0:56,9:65:99:.:.:170,0,2214 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1630 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1131 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,26:26:78:1|1:492563_G_A:1089,78,0 1|0:67,18:85:99:0|1:492563_G_A:442,0,3089 1|0:61,20:81:99:.:.:583,0,2974 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,31:31:96:1|1:492563_G_A:1317,96,0 0|0:70,4:74:46:.:.:0,46,3391 1|1:0,26:26:78:1|1:492563_G_A:1060,78,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1103 1|1:0,87:87:99:.:.:3681,280,0 1|0:7,52:59:99:.:.:2030,0,108 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1173 1|0:52,68:120:99:.:.:2423,0,1790 1|0:11,63:74:99:0|1:492563_G_A:2410,0,292 1|1:0,36:36:99:1|1:492563_G_A:1425,111,0 1|0:31,18:49:99:0|1:492563_G_A:608,0,1443 0|1:33,31:64:99:.:.:1162,0,1210 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1057 1|1:0,52:52:99:1|1:492563_G_A:1811,155,0 1|0:63,8:71:88:0|1:492563_G_A:88,0,3217 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1389 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1544 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|1:76,8:84:65:0|1:492563_G_A:65,0,3592 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 0|0:50,2:52:73:0|1:492563_G_A:0,73,2634 1|0:29,89:118:99:0|1:492563_G_A:3349,0,1090 0|0:100,0:100:99:.:.:0,115,1800 0|1:18,64:82:99:0|1:492563_G_A:2328,0,635 0|1:73,17:90:99:.:.:423,0,2969 1|0:6,29:35:65:0|1:492563_G_A:971,0,65 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,0:112:99:.:.:0,115,1800 1|1:1,131:132:99:1|1:492563_G_A:5392,342,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1620 0|0:169,10:179:97:.:.:0,97,6899 1|1:0,105:105:99:1|1:492563_G_A:4377,325,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800 0|1:103,12:115:99:.:.:152,0,4675 1|0:42,67:109:99:.:.:2427,0,1565 1|0:176,31:207:99:.:.:632,0,7215 0|1:43,54:97:99:.:.:1862,0,1709 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|0:138,19:157:99:0|1:492563_G_A:309,0,5924 1|1:0,125:125:99:.:.:5000,379,0 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,131:131:99:1|1:492563_G_A:5392,397,0 0|1:136,30:166:99:.:.:682,0,5510 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,104:104:99:.:.:4309,316,0 1|1:0,173:173:99:.:.:7112,530,0 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,189:189:99:.:.:8024,589,0 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 1|0:82,112:194:99:.:.:3991,0,2985 1|0:71,31:102:99:0|1:492563_G_A:912,0,2992 1|1:10,176:186:99:.:.:6693,147,0 1|1:1,140:141:99:1|1:492563_G_A:5738,397,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,127:128:99:.:.:5413,391,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,136:136:99:1|1:492563_G_A:5533,415,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|0:76,29:105:99:.:.:878,0,3077 1|1:0,111:111:99:1|1:492563_G_A:4394,337,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|0:70,41:111:99:.:.:1387,0,2646 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|0:16,98:114:99:.:.:3744,0,355 1|1:0,182:182:99:.:.:7595,557,0 0|1:95,22:117:99:0|1:492563_G_A:551,0,4056 1|1:0,201:201:99:.:.:5617,600,0 1|0:19,84:103:99:0|1:492563_G_A:3191,0,701 0|1:95,36:131:99:.:.:1119,0,2082 1|0:90,44:134:99:.:.:1259,0,1935 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,151:151:99:1|1:492563_G_A:6411,469,0 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:122,0:122:99:.:.:0,108,1620 0|0:105,0:105:99:.:.:0,113,1800 0|1:20,95:115:99:.:.:3537,0,532 0|1:23,96:119:99:.:.:3810,0,532 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1607 1|1:0,152:152:99:.:.:6373,467,0 1|0:21,33:54:99:.:.:1237,0,849 1|0:53,49:102:99:.:.:1719,0,2255 1|1:0,116:116:99:1|1:492563_G_A:4813,358,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1066 1|1:0,195:195:99:1|1:492563_G_A:8165,602,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1598 1|0:64,29:93:99:.:.:542,0,2555 1|0:82,17:99:99:0|1:492563_G_A:374,0,3946 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|1:39,124:163:99:.:.:4709,0,1246 0|1:122,40:162:99:.:.:1118,0,5336 1|1:7,126:133:99:1|1:492563_G_A:4834,120,0 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405 1|1:0,70:70:99:.:.:2874,217,0 1|1:0,134:134:99:1|1:492563_G_A:5666,415,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|0:94,32:126:99:.:.:493,0,3460 1|0:58,7:65:2:0|1:492563_G_A:2,0,2736 0|1:9,110:119:97:0|1:492563_G_A:4152,0,97 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1513 1|0:39,9:48:99:0|1:492563_G_A:258,0,1911 1|1:0,115:115:99:1|1:492563_G_A:4709,352,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 1|0:69,18:87:99:0|1:492563_G_A:476,0,3416 1|1:0,98:98:99:1|1:492563_G_A:4180,301,0 1|1:0,69:69:99:1|1:492563_G_A:2912,208,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,86:86:99:1|1:492563_G_A:3744,265,0 0|1:26,79:105:99:0|1:492563_G_A:3103,0,958 1|1:1,156:157:99:1|1:492563_G_A:6541,426,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,62:62:99:1|1:492563_G_A:2609,190,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1291 1|1:0,61:61:99:1|1:492563_G_A:2538,187,0 0|0:144,12:159:49:.:.:0,49,7060 0|1:23,43:66:99:.:.:1586,0,840 1|0:7,88:95:13:0|1:492563_G_A:3473,0,13 1|1:0,100:100:99:.:.:4179,310,0 1|0:84,25:109:99:.:.:743,0,3355 0|1:18,73:91:99:.:.:2685,0,566 0|1:13,32:45:99:0|1:492563_G_A:1233,0,549 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1634 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1761 1|0:89,11:100:99:.:.:188,0,3948 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800 0|0:110,6:116:99:.:.:0,127,5585 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,160:160:99:.:.:6729,487,0 1|1:0,163:163:99:1|1:492563_G_A:6885,506,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|1:38,18:56:99:.:.:536,0,859 0|0:121,11:132:74:.:.:0,74,3164 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,2:63:99:.:.:0,105,2438 1|1:0,36:36:99:.:.:1594,111,0 0|1:44,13:57:99:.:.:381,0,1985 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1247 1|1:0,74:74:99:.:.:3023,225,0 0|1:37,34:71:99:.:.:1206,0,1461 1|1:0,77:77:99:1|1:492563_G_A:3280,238,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|1:76,15:91:99:.:.:318,0,3167 1|1:0,190:190:99:.:.:7946,578,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1590 1|1:0,100:100:99:1|1:492563_G_A:4205,307,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1324 0|0:137,0:137:99:.:.:0,107,1800 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1386 0|1:75,12:87:99:0|1:492563_G_A:254,0,3359 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1404 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1480 1|0:99,59:158:99:.:.:1877,0,4097 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,80 0|1:73,84:157:99:.:.:2957,0,2697 0|1:65,51:116:99:.:.:1822,0,2725 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,73:77:54:1|1:492563_G_A:2855,54,0 1|1:0,119:119:99:.:.:4958,361,0 1|0:72,32:104:99:.:.:1004,0,3345 1|1:6,159:165:99:.:.:6427,204,0 0|1:39,8:47:99:0|1:492563_G_A:167,0,1779 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,791 1|1:0,39:39:99:1|1:492563_G_A:1625,120,0 0|1:19,87:106:99:.:.:3290,0,588 0|1:62,27:89:99:.:.:829,0,2823 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485 1|0:56,30:86:99:0|1:492563_G_A:984,0,2361 1|1:4,99:103:99:.:.:3950,130,0 0|1:11,6:17:99:0|1:492563_G_A:202,0,608 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1489 1|1:0,36:36:99:1|1:492563_G_A:1504,111,0 1|1:2,102:104:99:.:.:4365,254,0 1|1:1,18:19:12:1|1:492563_G_A:674,12,0 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1710 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800 0|0:42,0:42:99:.:.:0,119,1561 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1800 1|0:97,12:109:99:0|1:492563_G_A:166,0,5511 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|0:0,4:4:12:1|1:492563_G_A:172,12,0 1|1:0,70:70:99:.:.:3111,222,0 1|1:0,96:96:99:.:.:4116,295,0 1|1:0,92:92:99:1|1:492563_G_A:3885,280,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,80:80:99:1|1:492563_G_A:3516,247,0 1|1:1,121:122:99:1|1:492563_G_A:5333,318,0 1|1:1,54:55:99:1|1:492563_G_A:2321,131,0 0|1:9,65:74:99:.:.:2622,0,189 0|0:101,0:101:99:.:.:0,113,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,146:146:99:1|1:492563_G_A:6287,449,0 0|1:39,41:80:99:.:.:1591,0,2025 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1459 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1280 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,29:29:87:.:.:924,87,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,73:74:99:1|1:492563_G_A:3101,157,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,86:86:99:1|1:492563_G_A:3712,262,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,110,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1743 1|1:0,77:77:99:1|1:492563_G_A:3362,238,0 1|1:3,97:100:93:1|1:492563_G_A:3957,93,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,235:235:99:.:.:10316,729,0 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,15:15:45:1|1:492563_G_A:633,45,0 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540 1|1:1,32:33:75:.:.:1425,75,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1800 1|1:1,83:84:99:.:.:3571,188,0 0|1:84,13:97:99:0|1:492563_G_A:238,0,4212 1|1:3,179:182:99:.:.:7906,438,0 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:.:.:4144,286,0 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,135:136:99:.:.:5808,376,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1491 0|0:70,0:70:96:.:.:0,96,1440 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,143:143:99:1|1:492563_G_A:6195,449,0 1|1:1,187:188:99:.:.:8119,546,0 1|0:125,47:172:99:.:.:940,0,3324 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 0|1:41,163:204:99:.:.:6435,0,1296 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,83:85:99:1|1:492563_G_A:3559,215,0 1|0:69,6:75:6:.:.:6,0,3432 1|1:4,83:87:81:.:.:3426,81,0 0|0:38,0:38:63:.:.:0,63,1141 0|0:183,0:183:99:.:.:0,111,1800 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,127:127:99:1|1:492563_G_A:5709,401,0 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,202:205:99:1|1:492563_G_A:8459,445,0 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,127:133:5:1|1:492563_G_A:5074,5,0 0|1:22,19:41:99:0|1:492563_G_A:719,0,1180 1|1:7,169:176:99:.:.:6849,257,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,114,1710 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:19,0:19:33:.:.:0,33,494 1|0:16,194:210:99:.:.:7645,0,119 1|0:16,10:26:99:0|1:492563_G_A:342,0,1022 0|1:156,28:184:99:.:.:702,0,5812 1|1:1,81:82:99:.:.:3457,179,0 0|1:32,96:128:99:0|1:492563_G_A:3743,0,1452 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,217:219:99:.:.:7009,610,0 0|1:29,110:139:99:.:.:4307,0,1011 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 0|1:35,14:49:99:.:.:462,0,1617 0|1:118,69:187:99:.:.:2379,0,5220 0|1:110,15:125:99:.:.:108,0,2933 0|1:55,82:137:99:0|1:492563_G_A:3084,0,1278 0|0:10,0:10:1:.:.:0,1,224 1|0:27,165:192:99:.:.:6494,0,731 1|1:0,83:83:99:.:.:3556,253,0 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 0|1:132,19:151:99:.:.:168,0,3497 1|1:8,76:84:26:.:.:2311,26,0 1|0:68,19:87:99:.:.:494,0,1798 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 0|0:122,0:122:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,69:69:99:.:.:2860,211,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1431 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1442 1|1:0,57:57:99:1|1:492563_G_A:2419,172,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:1|1:492563_G_A:2511,181,0 1|1:0,105:105:99:1|1:492563_G_A:4510,330,0 1|1:0,93:93:99:1|1:492563_G_A:3909,282,0 1|1:0,89:89:99:1|1:492563_G_A:3925,280,0 1|1:0,78:78:99:1|1:492563_G_A:3460,241,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1394 1|1:0,26:26:83:1|1:492563_G_A:1105,83,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1730 1|1:0,111:111:99:1|1:492563_G_A:4719,340,0 0|0:125,8:133:72:.:.:0,72,6494 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1020 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1564 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1457 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,377 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,352 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,8:8:27:1|1:492563_G_A:397,27,0 1|1:0,117:117:99:1|1:492563_G_A:5087,358,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,106,1800 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,6:96:9:0|1:492563_G_A:0,9,4726 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800 1|0:10,117:127:99:0|1:492563_G_A:4638,0,141 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800 1|0:195,129:324:99:.:.:4448,0,9876 1|0:15,32:47:99:0|1:492563_G_A:1302,0,847 0|1:103,85:188:99:.:.:3033,0,4783 0|0:406,0:406:99:.:.:0,120,1800 1|0:83,28:111:99:.:.:866,0,4590 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215 1|1:0,5:5:15:1|1:492563_G_A:210,15,0 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 492892 . G A 4.286e+06 PASS FS=0;MQ=60.11;QD=24.95;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.74;VQSLOD=8.18;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=4.65;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=28.57;GQ_MEAN=193.37;GQ_STDDEV=251.99;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6337;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.454;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9921731;AF=0.215;AS_InbreedingCoeff=0.6786;MLEAC=1133;MLEAF=0.216;AN=858;AC=220 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2903,280,0:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1824:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:5,100:105:99:.:.:2993,177,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1606:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1411:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2829,273,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1678:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1551:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:27,54:81:99:.:.:1477,0,487:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,895:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1599,153,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1173:. 0|0:33,0:33:54:.:.:0,54,763:. 1|0:52,10:62:99:.:.:133,0,1160:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1295,132,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:29:.:.:0,29,552:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1109:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1409:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1323:. 1|0:117,18:135:99:.:.:153,0,2738:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1695:. 0|1:33,23:56:99:.:.:499,0,665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,118,1322:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1346:. 1|1:7,89:96:99:.:.:2465,103,0:. 0|1:76,31:107:99:.:.:606,0,1626:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,73:83:3:.:.:1858,0,3:. 0|0:67,0:67:20:.:.:0,20,1411:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1080:. 1|1:1,97:98:99:.:.:2821,284,0:. 0|1:13,10:23:99:.:.:224,0,283:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1576:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1377:. 1|0:45,10:55:99:.:.:138,0,1015:. 1|0:42,27:69:99:.:.:573,0,836:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,9:62:77:.:.:77,0,1151:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,2026:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1046:. 1|0:42,33:75:99:.:.:749,0,901:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1152:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2926,305,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:1,41:42:74:1|1:492892_G_A:1709,74,0:. 1|0:91,39:130:99:.:.:731,0,1922:. 0|1:11,74:85:48:.:.:1898,0,48:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1034:. 0|1:31,47:78:99:.:.:1143,0,516:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1066:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1253:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1506,153,0:. 1|0:63,12:75:99:.:.:133,0,1382:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1498:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1505:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1642:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,63:80:99:.:.:1603,0,211:. 0|1:19,88:107:99:.:.:2185,0,165:. 1|0:41,9:50:99:.:.:103,0,837:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,115:152:99:.:.:2916,0,478:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,167:172:99:.:.:4825,388,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,62:111:99:.:.:1511,0,934:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2828,285,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,16:107:99:.:.:162,0,1987:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,147:175:99:.:.:3850,0,166:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4365,444,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,56:133:99:.:.:1424,0,1491:. 1|1:0,170:170:99:.:.:4880,511,0:. 0|1:91,22:113:99:.:.:307,0,1960:. 1|0:94,31:125:99:.:.:566,0,2031:. 0|1:64,18:82:99:.:.:231,0,1353:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:.:.:6329,658,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,43:132:99:.:.:879,0,1897:. 1|0:135,54:189:99:.:.:1004,0,2765:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,173:174:99:.:.:5112,513,0:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4418,463,0:. 1|1:0,168:168:99:.:.:4881,503,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,108:151:99:.:.:2740,0,658:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5074,517,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2108,213,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1304:. 0|1:54,53:107:99:.:.:1256,0,1087:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1233:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3180,321,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2759,279,0:. 0|0:120,0:120:49:.:.:0,49,2535:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,53:155:99:.:.:1090,0,2155:. 1|1:14,117:131:22:.:.:3115,22,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2412,246,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2093,207,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,27:77:99:.:.:578,0,1049:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,16:126:98:.:.:98,0,2454:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:107,50:157:99:.:.:1046,0,2325:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,14:63:99:.:.:248,0,1069:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2110,210,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:94,22:116:99:.:.:322,0,2062:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,27:83:99:.:.:568,0,1214:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3320,339,0:. 1|1:2,74:76:99:.:.:2142,174,0:. 1|1:0,181:181:99:.:.:5209,542,0:. 1|0:100,55:155:99:.:.:1178,0,2102:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1246:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,69:70:99:.:.:2009,184,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,44:70:99:.:.:1038,0,400:. 1|1:7,94:101:99:.:.:2596,139,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1788:. 0|0:132,0:132:95:.:.:0,95,2800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:48,25:73:99:.:.:520,0,1004:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,37:93:99:.:.:853,0,1137:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,77:175:99:.:.:1759,0,1976:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,40:78:99:.:.:951,0,688:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1127:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1771:. 0|1:38,23:61:99:.:.:499,0,749:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1240:. 0|1:64,33:97:99:.:.:693,0,1306:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1192:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1847,189,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1427:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,105:. 1|0:108,46:154:99:.:.:926,0,2297:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,61:141:99:.:.:1361,0,1598:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1799:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:64:.:.:0,64,1221:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,616:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1772:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,26:80:99:.:.:546,0,1198:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1278:. 1|0:48,60:108:99:.:.:1469,0,902:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,8:15:99:.:.:192,0,140:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1368:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,23:28:48:.:.:607,0,48:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:3149,262,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,149:162:51:.:.:4892,51,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4776,406,0:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4280,363,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5492,465,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,214:215:99:.:.:7599,636,0:. 1|1:2,141:143:99:.:.:4964,365,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,76:112:99:.:.:2339,0,854:. 1|1:0,170:170:99:.:.:6070,510,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:69,13:82:99:.:.:227,0,2201:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4291,363,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3617,309,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:4,156:160:99:.:.:5499,351,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1462:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:1,83:84:99:.:.:2740,220,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:2,339:341:99:.:.:11642,964,0:. 0|0:148,0:148:18:.:.:0,18,3817:. 1|1:2,225:227:99:.:.:7640,614,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,424:425:99:.:.:14420,1264,0:. 0|1:119,107:226:99:.:.:3043,0,3148:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3064,273,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1739:. 1|1:5,262:267:99:.:.:9019,671,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:206,32:238:99:.:.:395,0,5853:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:54:.:.:0,54,1303:. 1|1:2,246:248:99:.:.:8464,705,0:. 1|1:13,226:239:99:.:.:7276,277,0:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6473,571,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:151,48:199:99:.:.:1034,0,4193:. 1|1:3,166:169:99:.:.:5612,433,0:. 1|1:13,130:143:91:.:.:4081,91,0:. 1|1:2,236:238:99:.:.:8246,648,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,205:211:99:.:.:6954,446,0:. 1|1:4,54:58:58:.:.:1735,58,0:. 1|1:5,236:241:99:.:.:7742,552,0:. 1|1:5,53:58:23:.:.:1629,23,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,86:157:99:.:.:2383,0,1806:. 0|1:208,111:319:99:.:.:2761,0,5254:. 1|0:24,170:194:99:.:.:5280,0,163:. 1|1:3,248:251:99:.:.:8315,702,0:. 0|1:23,187:210:99:.:.:5727,0,113:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,74:196:99:.:.:1973,0,3295:. 1|0:104,19:123:99:.:.:329,0,2786:. 0|0:150,0:150:44:.:.:0,44,3959:. 0|1:4,27:31:32:.:.:850,0,32:. 1|1:19,242:261:99:.:.:7749,166,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:0:.:.:0,0,4878:. 0|1:33,245:278:99:.:.:7535,0,104:. 1|0:77,20:97:99:.:.:337,0,2087:. 0|0:228,20:248:32:.:.:0,32,6308:. 0|1:16,151:167:4:.:.:4669,0,4:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,430:431:99:.:.:14946,1261,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1557:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:186,28:214:99:.:.:284,0,5244:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4483,382,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:102,44:146:99:.:.:1024,0,2628:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:492892_G_A:5474,367,0:. 1|1:0,149:149:99:1|1:492892_G_A:6691,449,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1496:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1013,90,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4585,411,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1730:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,162:173:99:.:.:5145,190,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1307:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1858,168,0:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,206:206:99:.:.:7091,619,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:51:.:.:570,51,0:. 1|1:0,158:158:99:.:.:5434,475,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:6272,547,0:. 1|1:0,119:119:99:.:.:4138,358,0:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,41:55:99:.:.:1243,0,309:. 0|1:144,117:261:99:.:.:3194,0,3835:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1044:. 1|1:0,26:26:78:.:.:954,78,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 492952 . T C 2.31601e+06 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=21.98;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.703;VQSLOD=6.46;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=156.12;GQ_STDDEV=132.62;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5945;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.262;culprit=FS;set=snp;DP=9805690;AF=0.125;AS_InbreedingCoeff=0.4375;MLEAC=653;MLEAF=0.124;AN=858;AC=130 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 1|1:1,86:87:99:2428,228,0:. 0|0:84,0:84:75:0,75,2307:. 0|0:65,0:65:99:0,104,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1606:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1411:. 1|1:0,86:86:99:2437,257,0:. 0|0:65,0:65:99:0,103,1678:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,100,1551:. 0|0:73,0:73:99:0,103,1800:. 1|0:21,52:73:99:1242,0,450:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:93:0,93,1174:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1510:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 1|1:0,49:49:99:1411,147,0:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1173:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1034:. 1|0:53,18:71:99:309,0,1419:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1130:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:17:0,17,404:. 0|0:6,0:6:18:0,18,171:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1232:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1109:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1293:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1323:. 1|0:88,13:101:57:57,0,2464:. 0|0:57,0:57:99:0,103,1695:. 0|1:28,22:50:99:392,0,704:. 0|0:45,0:45:99:0,118,1322:. 1|0:40,16:56:99:266,0,1024:. 1|0:11,78:89:79:1845,0,79:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 1|1:5,67:72:85:1698,85,0:. 0|0:67,0:67:6:0,6,1622:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,105,1073:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:66:0,66,678:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,114,1576:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,117,1377:. 0|0:51,0:51:99:0,116,1428:. 1|0:33,23:56:99:478,0,824:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|1:48,8:56:49:49,0,1291:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,888:. 0|0:83,0:83:82:0,82,2116:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:0,84,1260:. 1|0:37,29:66:99:585,0,967:. 0|0:29,0:29:71:0,71,698:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 1|1:0,91:91:99:2444,271,0:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1383:. 1|0:85,48:133:99:881,0,2167:. 0|1:10,71:81:46:1707,0,46:. 1|1:1,50:51:99:1287,122,0:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,107,1066:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1253:. 1|1:0,51:51:99:1421,153,0:. 1|0:66,15:81:99:172,0,1761:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1498:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1505:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,108,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 1|0:17,69:86:99:1599,0,245:. 0|1:58,29:87:99:511,0,1373:. 1|0:39,14:53:99:228,0,1065:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 1|1:8,184:192:99:4622,331,0:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|1:49,58:107:99:1257,0,1155:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:19:0,19,3598:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|1:117,41:158:99:583,0,3053:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|1:104,26:130:99:287,0,2784:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|1:70,90:160:99:1976,0,1684:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:3795,427,0:. 0|0:121,0:121:99:0,101,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|1:103,38:141:99:559,0,2660:. 1|1:0,164:164:99:4313,489,0:. 0|1:92,18:110:99:158,0,2442:. 1|0:82,32:114:99:534,0,2179:. 0|1:50,11:61:99:110,0,1254:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:5458,622,0:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 1|0:82,45:127:99:841,0,2138:. 1|0:125,61:186:99:1036,0,3138:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:5164,575,0:. 1|1:0,154:154:99:4006,459,0:. 1|1:0,169:169:99:4501,505,0:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|1:52,99:151:99:2184,0,1130:. 1|1:0,190:190:99:5134,566,0:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:1777,194,0:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1304:. 0|1:50,55:105:99:1177,0,1178:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1233:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 1|1:1,93:94:99:2522,251,0:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:2541,291,0:. 1|0:73,34:107:99:570,0,1939:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|1:124,34:158:99:358,0,3342:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,197:. 0|0:81,0:81:99:0,117,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|1:47,28:75:99:534,0,1214:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 1|0:112,14:126:2:2,0,3019:. 0|0:63,0:63:99:0,114,1800:. 0|1:103,45:148:99:791,0,2668:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|1:39,18:57:99:324,0,1051:. 1|0:45,9:54:88:88,0,1235:. 0|0:93,0:93:99:0,106,1800:. 1|0:91,21:112:99:248,0,2403:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:22:0,22,1792:. 1|1:1,111:112:99:3060,304,0:. 1|1:0,71:71:99:1941,213,0:. 1|1:0,173:173:99:4624,517,0:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,114,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,118,1246:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 1|0:27,51:78:99:1065,0,582:. 1|1:7,90:97:64:2061,64,0:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1788:. 1|0:108,24:132:99:225,0,2832:. 0|0:87,0:87:99:0,112,1800:. 0|0:50,0:50:0:0,0,1200:. 0|0:73,0:73:99:0,108,1800:. 1|0:51,22:73:99:380,0,1376:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|1:59,33:92:99:610,0,1526:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|1:88,75:163:99:1495,0,2190:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,114,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,107,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 1|0:28,41:69:99:850,0,623:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1135:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1127:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,119,1771:. 0|0:56,0:56:72:0,72,1465:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1240:. 0|1:72,30:102:99:481,0,1915:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,110,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1485:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1192:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1692,189,0:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1367:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1427:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,106,1800:. 0|1:4,2:6:40:40,0,109:. 1|0:127,21:148:99:127,0,3403:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|1:67,62:129:99:1337,0,1620:. 0|0:81,0:81:99:0,101,1799:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,117,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1329:. 0|0:21,0:21:60:0,60,591:. 0|0:67,0:67:99:0,111,1772:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1286:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 1|0:73,19:92:99:234,0,2038:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1278:. 1|0:36,40:76:99:837,0,870:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|1:6,9:15:99:200,0,115:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1368:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 1|0:4,28:32:10:648,0,10:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,116,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 1|1:13,151:164:16:4672,16,0:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,105,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:0:0,0,3737:. 0|0:101,0:101:99:0,113,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:0,75,1125:. 1|0:59,12:71:99:185,0,1928:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 1|1:8,105:113:76:3325,76,0:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:0,107,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:99:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1462:. 0|0:14,0:14:42:0,42,483:. 0|0:91,0:91:99:0,107,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,117,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,100,1800:. 0|0:335,0:335:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1491:. 0|0:56,0:56:99:0,109,1739:. 1|1:10,241:251:99:7488,389,0:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,111,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,105,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:37:0,37,1394:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 1|0:138,84:222:99:2069,0,4126:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:8064,756,0:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 1|0:87,64:151:99:1444,0,2488:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|1:10,56:66:99:1424,0,135:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 1|0:26,34:60:99:877,0,692:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,115,1800:. 0|0:304,0:304:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,101,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 1|0:92,16:108:99:164,0,2748:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1277:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|1:159,18:177:14:14,0,5020:. 0|1:29,239:268:99:6488,0,246:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:0,120,1800:. 1|1:1,456:457:99:15066,1340,0:. 0|0:50,0:50:99:0,114,1557:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,113,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:4309,396,0:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,107,1800:. 0|1:120,37:157:99:657,0,3514:. 0|0:97,0:97:99:0,100,1800:. 1|1:0,131:131:99:4229,394,0:. 1|1:0,140:142:99:4578,420,0:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1496:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1218:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:4516,414,0:. 0|0:57,0:57:99:0,101,1730:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 1|1:11,183:194:99:5551,189,0:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1204:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 1|1:0,198:198:99:6510,595,0:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:0,48,579:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,106,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,106,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,116,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:3716,336,0:. 0|0:289,0:289:99:0,120,1800:. 1|0:23,47:70:99:1254,0,555:. 0|1:134,110:244:99:2880,0,3973:. 0|0:412,0:412:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 493144 . A T 127763 PASS FS=0.585;MQ=60.38;QD=23.29;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.77;VQSLOD=4.34;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=-0.0096;NCC=0;BaseQRankSum=1.83;ClippingRankSum=0.697;MQRankSum=-0.003;ReadPosRankSum=-0.236;culprit=FS;set=snp;DP=8539433;AF=0.006667;MLEAC=35;MLEAF=0.006667;AN=854;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ:PGT:PID 0|0:80,0:80:99:0,109,1800:.:.:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:84,0:84:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 1|0:65,11:76:99:107,0,1860:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,110,1665:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1379:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,106,1762:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1302:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,109,1385:.:.:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1350:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,103,1050:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,101,1434:.:.:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,118,1744:.:.:. 0|0:18,0:18:54:0,54,497:.:.:. 0|0:12,0:12:27:0,27,405:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,116,1425:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1125:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1292:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,101,1620:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1486:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1199:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,106,1529:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1078:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:148,0:148:99:0,109,1800:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,106,1548:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:0,24:24:72:750,72,0:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,104,1630:.:.:. 0|0:27,0:27:63:0,63,715:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,115,1723:.:.:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,107,1507:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,103,1523:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1288:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:107,0:107:99:0,109,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,107,1365:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1331:.:.:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:33,0:33:96:0,96,1440:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1206:.:.:. 0|0:128,0:128:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1263:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1338:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,111,1788:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,116,1397:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,109,1339:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,119,1800:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:123,0:123:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:130,0:130:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:173,0:173:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:133,0:133:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:138,0:138:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:117,0:117:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:107,0:107:99:0,99,1800:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:123,0:123:99:0,101,1710:.:.:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1492:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,113,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,100,1612:.:.:. 0|0:142,0:142:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,113,1800:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,109,1268:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:.:.:. 1|0:25,33:58:99:809,0,533:.:.:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:111,0:111:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:159,0:159:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:4,0:4:6:0,6,90:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1372:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,106,1652:.:.:. 0|0:116,0:116:99:0,109,1800:.:.:. 0|0:81,0:81:99:0,108,1800:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,114,1789:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,114,1793:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,112,1533:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:106,0:106:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,103,1620:.:.:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,116,1365:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,115,1472:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:134,0:134:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,101,1424:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:117,0:117:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,100,1784:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,108,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1575:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:134,0:134:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,109,1337:.:.:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1575:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,111,1571:.:.:. 0|0:32,0:32:78:0,78,1170:.:.:. 0|0:42,0:42:96:0,96,1124:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,110,1152:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,112,1308:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1140:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:162,0:162:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1247:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,104,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1084:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,109,1451:.:.:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:4,0:4:12:0,12,99:.:.:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,119,1800:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:114,0:114:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:22,0:22:35:0,35,598:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:153,0:153:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,119,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,102,1794:.:.:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1119:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1104:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:28,0:28:70:0,70,800:.:.:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:153,0:153:99:0,104,1800:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:25,0:25:58:0,58,857:.:.:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:118,0:118:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1747:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1417:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:32,0:32:92:0,92,1182:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:159,0:159:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,104,1616:.:.:. 0|0:114,0:114:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:303,0:303:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1648:.:.:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:.:.:. 0|0:75,0:75:.:.:120:.:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:346,0:346:.:.:120:.:. 0|0:67,0:67:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:.:.:105:.:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:319,0:319:.:.:120:.:. 0|0:93,0:93:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:127,0:127:.:.:108:.:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:177,0:177:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:175,0:175:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,119,1800:.:.:. 0|0:112,0:112:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,104,1800:.:.:. 0|0:306,0:306:.:.:120:.:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:262,0:262:.:.:120:.:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1130:.:.:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:137,0:137:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:153,0:153:.:.:120:.:. 0|0:183,0:183:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:.:.:78:.:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:.:.:120:.:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:341,0:341:.:.:120:.:. 0|0:124,0:124:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:293,0:293:.:.:103:.:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:120,0:120:.:.:105:.:. 0|0:140,0:140:99:0,109,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:114,0:114:.:.:120:.:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:127,0:127:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:25,0:25:.:.:53:.:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:395,0:395:.:.:120:.:. 0|0:112,0:112:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:138,0:138:.:.:120:.:. 0|0:304,0:304:.:.:120:.:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:284,0:284:.:.:120:.:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:303,0:303:.:.:120:.:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:142,0:142:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:279,0:279:.:.:120:.:. 0|0:150,0:150:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:285,0:285:.:.:120:.:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1502:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1275:.:.:. 0|0:137,0:137:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1556:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:37,0:37:82:0,82,1208:.:.:. 0|0:17,0:17:51:0,51,538:.:.:. 0|0:164,0:164:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:0,16:16:48:577,48,0:.:.:. 1|1:0,154:154:99:5435,463,0:.:.:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1647:.:.:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,109,1800:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1620:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:30,0:30:73:0,73,962:.:.:. 0|0:18,0:18:54:0,54,595:.:.:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1800:.:.:. Pf3D7_01_v3 493159 . A T 5.34472e+06 PASS FS=0;MQ=60.23;QD=31.31;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.679;VQSLOD=8.45;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.1;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0003;FractionInformativeReads=0.997;GC=14.29;GQ_MEAN=201.25;GQ_STDDEV=266.38;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5017;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.064;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8785854;AF=0.212;AS_InbreedingCoeff=0.6786;MLEAC=1119;MLEAF=0.213;AN=854;AC=190 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:2,112:114:99:1|1:493159_A_T:3569,277,0:. 0|1:54,42:96:99:.:.:1414,0,1559:. 1|0:78,12:90:87:.:.:87,0,2491:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:1|1:493159_A_T:4761,355,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1665:. 0|1:38,24:62:99:0|1:493159_A_T:794,0,1431:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1762:. 0|1:45,35:80:99:0|1:493159_A_T:1268,0,1652:. 1|0:35,16:51:99:0|1:493159_A_T:514,0,1263:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1385:. 0|0:16,0:16:16:.:.:0,16,442:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:493159_A_T:2315,160,0:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,982:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1744:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,569:. 1|1:1,11:12:26:.:.:341,26,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1425:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1125:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1292:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1486:. 1|0:65,57:122:99:0|1:493159_A_T:2013,0,3191:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1127:. 1|0:44,19:63:99:0|1:493159_A_T:635,0,1695:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4254,426,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:39,24:63:99:0|1:493159_A_T:860,0,1537:. 0|1:21,37:58:99:0|1:493159_A_T:1512,0,645:. 0|0:31,0:31:83:.:.:0,83,904:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1380:. 1|1:0,64:64:99:1|1:493159_A_T:2788,196,0:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1723:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1600:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1523:. 1|1:4,51:55:48:.:.:1420,48,0:. 1|0:44,7:51:99:0|1:493159_A_T:155,0,1867:. 1|0:41,16:57:99:0|1:493159_A_T:518,0,3312:. 1|0:50,63:113:99:.:.:1583,0,1153:. 0|1:47,9:56:99:0|1:493159_A_T:230,0,3824:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:493159_A_T:2234,153,0:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1785:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,994:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1331:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:44,54:98:99:.:.:1341,0,1073:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1206:. 1|0:101,41:142:99:.:.:805,0,3800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:2,42:44:73:.:.:1201,73,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1127:. 1|1:0,46:46:99:1|1:493159_A_T:1991,141,0:. 1|0:67,14:81:99:0|1:493159_A_T:359,0,5198:. 1|1:0,56:56:99:1|1:493159_A_T:2432,169,0:. 1|1:1,56:57:99:1|1:493159_A_T:2583,151,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1339:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:493159_A_T:3912,268,0:. 0|0:69,0:69:47:.:.:0,47,1761:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,103:105:99:1|1:493159_A_T:4691,274,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,50:92:99:0|1:493159_A_T:1248,0,1716:. 1|0:40,12:52:99:0|1:493159_A_T:356,0,1045:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,148:149:99:1|1:493159_A_T:6467,406,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:30,173:203:99:0|1:493159_A_T:7006,0,695:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,69:90:99:.:.:1833,0,592:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,179:209:99:0|1:493159_A_T:7314,0,668:. 1|1:0,127:127:99:1|1:493159_A_T:5573,385,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:141,18:159:90:.:.:90,0,3904:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:27:.:.:0,27,3820:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:63,42:105:99:0|1:493159_A_T:973,0,3425:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,36:105:99:0|1:493159_A_T:1327,0,2702:. 1|1:6,142:148:99:1|1:493159_A_T:6059,171,0:. 0|1:44,77:121:99:0|1:493159_A_T:3043,0,3070:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,3015:. 1|1:0,142:142:99:1|1:493159_A_T:6374,442,0:. 1|1:0,116:116:99:1|1:493159_A_T:5065,352,0:. 1|1:0,140:140:99:1|1:493159_A_T:6244,430,0:. 1|0:126,15:141:99:0|1:493159_A_T:223,0,10054:. 0|1:125,22:147:99:0|1:493159_A_T:235,0,8247:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,25:133:99:0|1:493159_A_T:327,0,8087:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:15,76:91:99:0|1:493159_A_T:3105,0,393:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:86,56:142:99:0|1:493159_A_T:2058,0,6535:. 1|0:106,49:155:99:0|1:493159_A_T:1670,0,8220:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,101,1710:. 1|1:0,185:185:99:1|1:493159_A_T:8247,566,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1492:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1612:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1272:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:493159_A_T:3073,217,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,25:43:99:.:.:663,0,429:. 0|1:52,42:94:99:0|1:493159_A_T:1535,0,4082:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1487:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:493159_A_T:4490,310,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1311:. 0|1:91,17:108:99:0|1:493159_A_T:190,0,6653:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,75:158:99:0|1:493159_A_T:1796,0,5834:. 1|0:45,123:168:99:0|1:493159_A_T:4818,0,1569:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,83:. 1|1:0,74:74:99:1|1:493159_A_T:3249,226,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1372:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,60:119:99:0|1:493159_A_T:2260,0,2199:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1652:. 0|1:95,35:130:99:.:.:685,0,3555:. 1|1:0,93:93:99:1|1:493159_A_T:4260,295,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1789:. 0|1:17,39:56:99:0|1:493159_A_T:1511,0,1306:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,66:102:99:.:.:1561,0,1153:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1793:. 1|1:0,58:58:99:1|1:493159_A_T:2602,181,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:67,39:106:99:.:.:903,0,1674:. 1|1:5,108:113:99:1|1:493159_A_T:4508,118,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:67,13:80:99:.:.:170,0,2756:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:493159_A_T:2543,178,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:28,38:66:99:0|1:493159_A_T:1442,0,1061:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:69,57:126:99:.:.:1344,0,1667:. 1|0:16,81:97:99:0|1:493159_A_T:3251,0,411:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,15:83:99:.:.:201,0,2417:. 0|1:32,46:78:99:0|1:493159_A_T:1796,0,2237:. 0|1:15,92:107:99:0|1:493159_A_T:3878,0,328:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,58:147:99:0|1:493159_A_T:2048,0,6896:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1337:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,112,1700:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1050:. 1|0:5,31:36:88:0|1:493159_A_T:1245,0,88:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,10:48:99:.:.:165,0,1425:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1346:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1317:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1247:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1175:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:493159_A_T:2058,144,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1523:. 1|0:89,66:155:99:.:.:1599,0,2718:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,119:. 0|1:100,14:114:99:0|1:493159_A_T:264,0,7858:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:83,25:108:99:0|1:493159_A_T:759,0,3303:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1119:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:61,23:84:99:0|1:493159_A_T:458,0,4421:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1566:. 1|0:37,35:72:99:0|1:493159_A_T:1361,0,2663:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1794:. 0|1:9,4:13:89:.:.:89,0,280:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1259:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1144:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,149:149:99:1|1:493159_A_T:6536,451,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,69:150:99:0|1:493159_A_T:2630,0,3233:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,802:. 1|1:0,133:133:99:1|1:493159_A_T:5804,406,0:. 1|1:0,135:135:99:1|1:493159_A_T:6018,415,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1747:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1417:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:493159_A_T:4762,325,0:. 1|0:42,76:118:99:0|1:493159_A_T:3060,0,1486:. 1|1:0,193:193:99:1|1:493159_A_T:8439,587,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1283:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:38,0:38:77:.:.:0,77,1266:. 1|0:85,13:98:99:0|1:493159_A_T:256,0,3532:. 1|1:0,134:134:99:1|1:493159_A_T:5959,403,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,79:79:99:1|1:493159_A_T:3528,244,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1616:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1657:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,706:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:6,79:85:41:.:.:2527,41,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:7,231:238:99:.:.:7683,486,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,206:207:99:.:.:8277,599,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2531,217,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,134:134:99:1|1:493159_A_T:6058,415,0:. 1|1:1,196:197:99:1|1:493159_A_T:8688,566,0:. 1|0:167,30:197:99:.:.:629,0,5154:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:13,193:206:99:.:.:6299,145,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1275:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,35:170:99:.:.:681,0,4089:. 1|0:123,45:168:99:.:.:1082,0,3818:. 0|1:70,37:107:99:.:.:969,0,2571:. 1|1:9,187:196:99:.:.:6134,283,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:4,171:175:99:.:.:5940,390,0:. 0|1:6,41:47:53:.:.:1795,0,53:. 1|0:42,151:193:99:.:.:4767,0,879:. 0|1:43,12:55:99:0|1:493159_A_T:250,0,1648:. 1|0:32,185:217:99:.:.:5815,0,440:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:78,74:152:99:.:.:2153,0,2127:. 0|1:114,100:214:99:.:.:2968,0,3188:. 1|1:3,187:190:99:.:.:6691,461,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:42,115:157:99:.:.:3516,0,973:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,201:220:8:.:.:7493,0,8:. 1|1:5,93:98:99:1|1:493159_A_T:4044,126,0:. 1|0:84,47:131:99:0|1:493159_A_T:1635,0,3256:. 0|1:2,13:15:99:0|1:493159_A_T:563,0,116:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:155,21:176:99:0|1:493159_A_T:420,0,13956:. 1|0:17,225:242:99:0|1:493159_A_T:9173,0,478:. 0|1:65,27:92:99:.:.:872,0,1975:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1502:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:1|1:493159_A_T:4874,337,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,35:35:99:1|1:493159_A_T:1568,108,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:4,150:154:99:1|1:493159_A_T:5180,279,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,45:46:99:1|1:493159_A_T:2083,102,0:. 1|0:40,37:77:99:0|1:493159_A_T:1433,0,1535:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1455,123,0:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|1:1,210:211:99:1|1:493159_A_T:9234,600,0:. 1|0:142,79:221:99:.:.:2152,0,4762:. 0|1:108,100:208:99:.:.:2847,0,3724:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,545:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:36,128:164:99:.:.:3969,0,783:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1647:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,129:161:99:.:.:4127,0,704:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,733:. 1|1:12,268:280:99:.:.:9104,416,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1800:. Pf3D7_01_v3 493179 . A T 9.83154e+06 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=29.32;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.684;VQSLOD=8.57;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0022;FractionInformativeReads=0.996;GC=28.57;GQ_MEAN=279.02;GQ_STDDEV=383.59;HRun=3;InbreedingCoeff=0.4378;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.289;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9191028;AF=0.308;AS_InbreedingCoeff=0.6786;MLEAC=1629;MLEAF=0.31;AN=858;AC=266 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:1,114:115:99:1|1:493159_A_T:5228,300,0:. 0|1:15,80:95:99:0|1:493179_A_T:3341,0,367:. 1|0:29,66:95:99:0|1:493179_A_T:2565,0,919:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,70:82:99:0|1:493179_A_T:2891,0,255:. 1|1:0,73:73:99:1|1:493179_A_T:3202,223,0:. 1|1:0,101:101:99:1|1:493159_A_T:4825,331,0:. 1|1:1,104:105:99:1|1:493179_A_T:4452,315,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1665:. 0|1:34,16:50:99:0|1:493159_A_T:677,0,1422:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:53,43:96:99:0|1:493179_A_T:1546,0,2837:. 0|1:46,29:75:99:0|1:493159_A_T:1126,0,1864:. 1|0:34,15:49:99:0|1:493159_A_T:537,0,1489:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1385:. 0|0:18,0:18:24:.:.:0,24,490:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,855:. 0|1:28,40:68:99:0|1:493179_A_T:1572,0,1515:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:1|1:493159_A_T:2786,190,0:. 1|1:0,27:27:81:1|1:493179_A_T:1177,81,0:. 0|1:56,40:96:99:0|1:493179_A_T:1429,0,2764:. 1|0:1,12:13:20:0|1:493179_A_T:446,0,20:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1425:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1125:. 0|1:66,40:106:99:0|1:493179_A_T:1460,0,3528:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:41,16:57:99:0|1:493179_A_T:546,0,2169:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1486:. 1|0:61,49:110:99:0|1:493159_A_T:1725,0,3642:. 1|1:0,62:62:99:1|1:493179_A_T:2689,187,0:. 0|1:18,27:45:99:0|1:493179_A_T:1014,0,913:. 1|0:49,20:69:99:0|1:493159_A_T:681,0,2041:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1078:. 0|1:7,71:78:99:0|1:493179_A_T:2937,0,178:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:1,167:168:99:1|1:493179_A_T:7441,477,0:. 1|0:52,23:75:99:0|1:493159_A_T:803,0,2162:. 0|1:19,42:61:99:0|1:493159_A_T:1689,0,668:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1028:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:56,0:56:1:.:.:0,1,1339:. 1|1:0,72:72:99:1|1:493159_A_T:3296,223,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,796:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1723:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:51:.:.:0,51,1692:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1523:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1269:. 1|0:50,7:57:99:0|1:493159_A_T:137,0,2132:. 1|0:41,17:58:99:0|1:493159_A_T:614,0,3382:. 1|1:0,128:128:99:1|1:493179_A_T:5706,394,0:. 0|1:55,11:66:99:0|1:493159_A_T:290,0,4247:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:493159_A_T:2250,151,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:59,45:104:99:0|1:493179_A_T:1696,0,3045:. 0|1:71,17:88:99:0|1:493179_A_T:460,0,3815:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,994:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1331:. 1|1:0,41:41:99:1|1:493179_A_T:1818,126,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:493179_A_T:1756,123,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:92,11:103:99:0|1:493179_A_T:179,0,3754:. 1|1:0,112:112:99:1|1:493179_A_T:5029,349,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1206:. 1|0:93,61:154:99:0|1:493179_A_T:2290,0,3657:. 1|1:2,93:95:99:1|1:493179_A_T:3981,168,0:. 1|1:0,54:54:99:1|1:493179_A_T:2499,172,0:. 0|1:28,38:66:99:0|1:493179_A_T:1455,0,1396:. 0|0:64,0:64:87:.:.:0,87,1772:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1127:. 1|1:0,50:50:99:1|1:493159_A_T:2299,157,0:. 1|0:71,15:86:99:0|1:493159_A_T:435,0,5681:. 1|1:0,60:60:99:1|1:493159_A_T:2725,186,0:. 1|1:0,64:64:99:1|1:493159_A_T:2880,193,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1339:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:493159_A_T:4799,322,0:. 0|0:78,0:78:79:.:.:0,79,2089:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,116:117:99:1|1:493159_A_T:5256,333,0:. 1|0:28,56:84:99:.:.:2200,0,1104:. 1|0:17,76:93:99:0|1:493159_A_T:3165,0,627:. 1|0:47,11:58:99:0|1:493159_A_T:337,0,2910:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,161:162:99:1|1:493159_A_T:7401,464,0:. 0|1:13,139:152:99:0|1:493179_A_T:5649,0,275:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:33,184:217:99:0|1:493159_A_T:7801,0,811:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,87:98:99:0|1:493179_A_T:3626,0,170:. 1|0:84,19:103:99:0|1:493179_A_T:530,0,3474:. 0|1:59,85:144:99:0|1:493179_A_T:3212,0,2603:. 0|1:37,190:227:99:0|1:493159_A_T:8068,0,958:. 1|1:0,133:133:99:1|1:493159_A_T:6102,412,0:. 1|1:7,156:163:77:1|1:493179_A_T:6548,77,0:. 1|1:8,160:168:99:1|1:493179_A_T:6824,185,0:. 1|1:0,161:161:99:1|1:493179_A_T:7061,491,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:1|1:493179_A_T:7104,499,0:. 0|0:170,0:170:21:.:.:0,21,4191:. 1|1:2,215:217:99:1|1:493179_A_T:9289,544,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:39,72:111:99:0|1:493159_A_T:2890,0,1897:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,42:119:99:0|1:493159_A_T:1574,0,3106:. 1|1:7,158:165:99:1|1:493159_A_T:6858,188,0:. 0|1:49,84:133:99:0|1:493159_A_T:3481,0,3518:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:493159_A_T:6997,476,0:. 1|1:0,131:131:99:1|1:493159_A_T:6008,406,0:. 1|1:0,159:159:99:1|1:493159_A_T:7199,485,0:. 1|0:134,19:153:99:0|1:493159_A_T:376,0,10721:. 0|1:105,60:165:99:0|1:493159_A_T:2219,0,5247:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,30:151:99:0|1:493159_A_T:896,0,6139:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,154:177:99:0|1:493179_A_T:6195,0,672:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:19,85:104:99:0|1:493159_A_T:3562,0,552:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:105,63:168:99:0|1:493159_A_T:2320,0,7808:. 1|0:121,56:177:99:0|1:493159_A_T:2036,0,9201:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,101,1710:. 1|1:0,220:220:99:1|1:493159_A_T:10022,677,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1492:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:493179_A_T:3841,262,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1612:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1272:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:493159_A_T:3803,259,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,39:49:99:0|1:493179_A_T:1583,0,284:. 0|1:52,43:95:99:0|1:493159_A_T:1722,0,4141:. 1|1:0,113:113:99:1|1:493179_A_T:5031,349,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1487:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:1|1:493159_A_T:5019,343,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1311:. 0|1:86,29:115:99:0|1:493159_A_T:956,0,4559:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,105:187:99:0|1:493159_A_T:4163,0,4216:. 1|0:49,135:184:99:0|1:493159_A_T:5606,0,1693:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,249:. 1|1:0,76:76:99:1|1:493159_A_T:3569,244,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1372:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,59:127:99:0|1:493159_A_T:2275,0,2715:. 1|0:101,24:125:99:0|1:493179_A_T:625,0,5501:. 1|1:1,77:78:99:1|1:493179_A_T:3433,199,0:. 0|1:76,59:135:99:0|1:493179_A_T:2268,0,3015:. 1|1:0,105:105:99:1|1:493159_A_T:4742,319,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1789:. 1|0:18,42:60:99:0|1:493159_A_T:1760,0,1320:. 1|0:32,71:103:99:0|1:493179_A_T:2799,0,1108:. 1|0:31,85:116:99:0|1:493179_A_T:3488,0,985:. 0|0:155,0:155:53:.:.:0,53,3889:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1793:. 1|1:0,59:59:99:1|1:493159_A_T:2704,184,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,131:131:99:1|1:493179_A_T:5915,412,0:. 1|1:8,117:125:37:1|1:493159_A_T:5110,37,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:14,69:83:99:0|1:493179_A_T:2731,0,378:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,107:115:99:0|1:493179_A_T:4306,0,115:. 1|1:0,64:64:99:1|1:493159_A_T:2904,196,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:140,22:162:99:0|1:493179_A_T:462,0,7145:. 1|0:31,38:69:99:0|1:493159_A_T:1546,0,1178:. 0|0:92,0:92:43:.:.:0,43,2365:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:77,58:135:99:0|1:493179_A_T:2120,0,3735:. 1|0:20,87:107:99:0|1:493159_A_T:3639,0,594:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:51,17:68:99:0|1:493179_A_T:557,0,2691:. 1|0:54,46:100:99:0|1:493179_A_T:1708,0,2061:. 0|1:37,52:89:99:0|1:493159_A_T:2152,0,2643:. 0|1:16,108:124:99:0|1:493159_A_T:4625,0,332:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,65:162:99:0|1:493159_A_T:2537,0,7405:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:43,19:62:99:0|1:493179_A_T:662,0,2218:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1575:. 0|1:49,15:64:99:0|1:493179_A_T:506,0,2597:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1046:. 1|0:5,35:40:99:0|1:493159_A_T:1446,0,132:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,22:54:99:0|1:493179_A_T:808,0,1246:. 1|1:0,74:74:99:1|1:493179_A_T:3281,226,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1317:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1247:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,39:39:99:1|1:493179_A_T:1645,117,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:493179_A_T:2091,144,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:493159_A_T:2447,166,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1523:. 1|0:37,133:170:99:0|1:493179_A_T:5545,0,1094:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,151:. 0|1:110,17:127:99:0|1:493159_A_T:388,0,8644:. 1|0:53,67:120:99:0|1:493179_A_T:2602,0,1881:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:90,25:115:99:0|1:493159_A_T:791,0,3781:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1433:. 0|0:27,0:27:50:.:.:0,50,776:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:5,171:176:99:1|1:493179_A_T:7281,247,0:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,443:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:56,32:88:99:0|1:493159_A_T:1205,0,2946:. 1|1:1,60:61:99:1|1:493179_A_T:2535,125,0:. 1|0:40,41:81:99:0|1:493159_A_T:1678,0,2935:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1794:. 0|1:5,12:17:99:0|1:493179_A_T:511,0,171:. 1|0:31,22:53:99:0|1:493179_A_T:813,0,1262:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:5,23:28:99:0|1:493179_A_T:912,0,218:. 1|1:0,157:157:99:1|1:493159_A_T:7378,500,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:493179_A_T:4246,289,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,68:155:99:0|1:493159_A_T:2717,0,3494:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:158,0:158:84:.:.:0,84,4992:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,164:164:99:1|1:493179_A_T:7321,500,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,802:. 1|1:0,131:131:99:1|1:493159_A_T:6098,412,0:. 1|1:0,139:139:99:1|1:493159_A_T:6470,436,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,164:164:99:1|1:493179_A_T:7274,497,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1747:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1417:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:1|1:493159_A_T:5461,367,0:. 1|0:48,84:132:99:0|1:493159_A_T:3509,0,1803:. 1|1:0,197:197:99:1|1:493159_A_T:9040,611,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1283:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:40,0:40:83:.:.:0,83,1354:. 1|0:96,12:108:99:0|1:493159_A_T:272,0,4085:. 1|1:0,160:160:99:1|1:493159_A_T:7199,482,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,170:170:99:1|1:493179_A_T:7514,512,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,83:83:99:1|1:493159_A_T:3936,268,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1616:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1657:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,98:98:99:1|1:493179_A_T:4572,310,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:125,118:243:99:0|1:493179_A_T:4566,0,4835:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,150:150:99:1|1:493159_A_T:7067,479,0:. 1|1:0,209:209:99:1|1:493159_A_T:9882,674,0:. 1|0:191,25:216:99:0|1:493179_A_T:481,0,8094:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:227,23:250:99:.:.:241,0,6901:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:4,217:221:99:1|1:493179_A_T:9773,516,0:. 0|0:41,0:41:85:.:.:0,85,1313:. 1|1:1,230:231:99:1|1:493179_A_T:10293,676,0:. 1|1:7,250:257:99:1|1:493179_A_T:10048,548,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,50:116:99:.:.:1254,0,2327:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:8,47:55:99:0|1:493179_A_T:1843,0,192:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,32:51:99:1|0:493159_A_T:929,0,557:. 1|0:37,201:238:99:.:.:8231,0,458:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:188,19:207:99:0|1:493179_A_T:215,0,7773:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:154,25:179:99:.:.:477,0,4757:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1495:. 1|0:105,137:242:99:0|1:493179_A_T:5331,0,3944:. 0|1:6,104:110:37:0|1:493159_A_T:4368,0,37:. 1|0:76,46:122:99:0|1:493159_A_T:1760,0,3225:. 0|1:6,17:23:99:0|1:493159_A_T:684,0,225:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1454:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:165,21:186:99:0|1:493159_A_T:361,0,15262:. 0|1:20,238:258:99:0|1:493159_A_T:9872,0,664:. 0|1:74,22:96:99:0|1:493179_A_T:695,0,3193:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,221:223:99:1|1:493179_A_T:9760,563,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1502:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,133:133:99:1|1:493179_A_T:5946,406,0:. 1|0:34,103:137:99:0|1:493179_A_T:4220,0,1729:. 1|1:0,119:119:99:1|1:493159_A_T:5453,367,0:. 0|1:124,41:165:99:.:.:874,0,3595:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,37:37:99:1|1:493159_A_T:1689,114,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,171:172:99:1|1:493159_A_T:7658,487,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,251:251:99:1|1:493179_A_T:11219,768,0:. 1|1:1,48:49:99:1|1:493159_A_T:2147,106,0:. 1|0:43,44:87:99:0|1:493159_A_T:1731,0,1753:. 1|1:0,74:74:99:1|1:493179_A_T:3281,223,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1323:. 1|1:0,21:21:66:1|1:493179_A_T:970,66,0:. 1|1:0,232:232:99:1|1:493159_A_T:10615,713,0:. 1|0:56,190:246:99:0|1:493179_A_T:7932,0,1775:. 0|1:73,155:228:99:0|1:493179_A_T:6439,0,2575:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,190:190:99:1|1:493179_A_T:8601,581,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1647:. 1|0:74,125:199:99:0|1:493179_A_T:4961,0,4366:. 1|1:5,167:172:99:1|1:493179_A_T:7303,296,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,301:301:99:1|1:493179_A_T:13858,936,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1800:. Pf3D7_01_v3 493932 . C A 2.80914e+06 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=32.57;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.74;VQSLOD=5.8;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=147.19;GQ_STDDEV=128.55;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7401;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.23;culprit=FS;set=snp;DP=7090757;AF=0.137;AS_InbreedingCoeff=-0.0588;MLEAC=715;MLEAF=0.137;AN=858;AC=127 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:73,43:116:99:0|1:493932_C_A:1533,0,2818:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:10,137:147:2:0|1:493932_C_A:5653,0,2:. 1|1:0,92:92:99:1|1:493932_C_A:4135,280,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1489:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:38,51:89:99:0|1:493932_C_A:1963,0,1336:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:19,5:24:99:0|1:493932_C_A:195,0,712:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:31:.:.:0,31,364:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1000:. 0|1:18,53:71:99:0|1:493932_C_A:2238,0,567:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,25:25:78:1|1:493932_C_A:1155,78,0:. 0|0:42,0:42:82:.:.:0,82,989:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:29:.:.:0,29,360:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1324:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:47,16:63:99:0|1:493932_C_A:498,0,2126:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:33,10:43:99:0|1:493932_C_A:297,0,1370:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:96:.:.:0,96,1661:. 0|1:61,44:105:99:0|1:493932_C_A:1674,0,2288:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1665:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,147:147:99:1|1:493932_C_A:6580,445,0:. 0|1:29,88:117:99:0|1:493932_C_A:3615,0,930:. 0|0:56,0:56:6:.:.:0,6,1127:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:76,0:76:13:.:.:0,13,1593:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,88:88:99:1|1:493932_C_A:4037,277,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:76,116:192:99:0|1:493932_C_A:4604,0,2690:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1316:. 0|1:15,79:94:99:0|1:493932_C_A:3224,0,353:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:45,27:72:99:0|1:493932_C_A:927,0,1872:. 1|0:74,59:133:99:0|1:493932_C_A:2178,0,2886:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 1|0:85,11:96:99:0|1:493932_C_A:168,0,3389:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,34:34:99:1|1:493932_C_A:1516,102,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,88:88:99:1|1:493932_C_A:4049,274,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1196:. 0|1:74,10:84:99:0|1:493932_C_A:236,0,3036:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1122:. 0|1:101,20:121:99:0|1:493932_C_A:528,0,4160:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:78:.:.:0,78,1203:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1452:. 1|1:1,70:71:99:1|1:493932_C_A:3136,172,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1312:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,122:122:99:1|1:493932_C_A:5529,379,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:51,31:82:99:0|1:493932_C_A:1139,0,2076:. 1|0:38,11:49:99:0|1:493932_C_A:331,0,1468:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1260:. 1|0:24,86:110:99:0|1:493932_C_A:3498,0,778:. 0|1:8,107:115:11:0|1:493932_C_A:4401,0,11:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,101,1755:. 1|1:0,131:131:99:1|1:493932_C_A:5996,406,0:. 0|1:11,75:86:99:0|1:493932_C_A:3129,0,227:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:55,71:126:99:0|1:493932_C_A:2707,0,2038:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,172:175:99:1|1:493932_C_A:7498,395,0:. 0|0:109,0:109:51:.:.:0,51,2317:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:135,44:179:99:0|1:493932_C_A:1487,0,5547:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,102,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1432:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,110:110:99:1|1:493932_C_A:4950,339,0:. 0|1:147,19:166:99:0|1:493932_C_A:331,0,6256:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:22,101:123:99:0|1:493932_C_A:4116,0,585:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1168:. 1|1:0,52:52:99:1|1:493932_C_A:2398,163,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1003:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:24,28:52:99:0|1:493932_C_A:1071,0,884:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:69,28:97:99:0|1:493932_C_A:962,0,2822:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:22,154:176:99:0|1:493932_C_A:6341,0,458:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,290:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,134:134:99:1|1:493932_C_A:5980,406,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:123,19:142:99:0|1:493932_C_A:410,0,4927:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:48,78:126:99:0|1:493932_C_A:3064,0,1785:. 1|1:0,78:78:99:1|1:493932_C_A:3453,237,0:. 0|1:21,32:53:99:0|1:493932_C_A:1364,0,779:. 1|0:52,12:64:99:0|1:493932_C_A:338,0,2172:. 1|1:0,85:85:99:1|1:493932_C_A:3790,262,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1276:. 1|1:0,196:196:99:1|1:493932_C_A:8627,593,0:. 1|1:0,121:121:99:1|1:493932_C_A:5338,367,0:. 1|1:4,91:95:99:1|1:493932_C_A:3899,111,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:71,16:87:99:0|1:493932_C_A:453,0,2902:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,51:51:99:1|1:493932_C_A:2302,157,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:161,28:189:99:0|1:493932_C_A:690,0,6618:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:13,98:111:99:0|1:493932_C_A:4027,0,192:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:99,13:112:99:0|1:493932_C_A:230,0,4055:. 1|0:63,10:73:99:0|1:493932_C_A:269,0,2616:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1119:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1398:. 1|0:77,11:88:99:0|1:493932_C_A:266,0,3203:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,127:127:99:1|1:493932_C_A:5737,391,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:27,44:71:99:0|1:493932_C_A:1729,0,974:. 1|0:40,103:143:99:0|1:493932_C_A:4212,0,1369:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,51:51:99:1|1:493932_C_A:2219,153,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:56,16:72:99:0|1:493932_C_A:497,0,2331:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:44,15:59:99:0|1:493932_C_A:500,0,1821:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1458:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1038:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,46:46:99:1|1:493932_C_A:2137,147,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:95,50:145:99:0|1:493932_C_A:1755,0,3846:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,339:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:54,52:106:99:0|1:493932_C_A:1931,0,2114:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:17,25:42:99:0|1:493932_C_A:999,0,639:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,573:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:38:.:.:0,38,2161:. 1|1:0,38:38:99:1|1:493932_C_A:1691,117,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,282:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:37:.:.:0,37,538:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1411:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:1,86:87:99:1|1:493932_C_A:3869,223,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,211:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1464:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1615:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:63,32:95:99:0|1:493932_C_A:1221,0,2462:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,35:36:63:1|1:493932_C_A:1503,63,0:. 1|1:1,39:40:75:1|1:493932_C_A:1675,75,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1323:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,89:90:99:1|1:493932_C_A:3952,226,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,320:320:99:1|1:493932_C_A:14468,981,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:44,0:44:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:80,0:80:89:.:.:0,89,2123:. 1|1:0,128:128:99:1|1:493932_C_A:5741,388,0:. 1|1:0,171:171:99:1|1:493932_C_A:7655,518,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1441:. 1|1:0,42:42:99:1|1:493932_C_A:1878,129,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:31,109:140:99:0|1:493932_C_A:4398,0,963:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1386:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:29,4:33:68:0|1:493932_C_A:68,0,1185:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:82:.:.:0,82,1172:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1098:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:67,12:79:99:0|1:493932_C_A:288,0,2807:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:8,2:10:60:0|1:493932_C_A:60,0,313:. 0|1:185,26:211:99:0|1:493932_C_A:560,0,7597:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:7,133:140:99:1|1:493932_C_A:5697,112,0:. 1|1:3,64:67:67:1|1:493932_C_A:2712,67,0:. 0|0:66,3:69:75:0|1:493932_C_A:0,75,2810:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:20,134:154:99:0|1:493932_C_A:5474,0,439:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:70,11:81:99:0|1:493932_C_A:248,0,2932:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,248:250:99:1|1:493932_C_A:11426,696,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,38:38:99:1|1:493932_C_A:1792,120,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1517:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1258:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1354:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1333:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,772:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,369:. 1|1:0,131:131:99:1|1:493932_C_A:5960,403,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:22,15:37:99:0|1:493932_C_A:558,0,963:. 0|1:96,113:209:99:0|1:493932_C_A:4412,0,3684:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,446:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1373:. Pf3D7_01_v3 493938 . C G 2.87806e+06 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=33.22;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.729;VQSLOD=5.48;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=147.29;GQ_STDDEV=129.32;HRun=0;InbreedingCoeff=0.74;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.792;culprit=FS;set=snp;DP=7112996;AF=0.138;AS_InbreedingCoeff=-0.0588;MLEAC=724;MLEAF=0.138;AN=858;AC=128 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:72,43:115:99:0|1:493932_C_A:1637,0,2922:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:10,139:149:14:1|1:493932_C_A:5961,14,0:. 1|1:0,93:93:99:1|1:493932_C_A:4186,283,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:92:.:.:0,92,1546:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:35,50:85:99:0|1:493932_C_A:2125,0,1355:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:16,6:22:99:0|1:493932_C_A:198,0,702:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1000:. 0|1:18,50:68:99:0|1:493932_C_A:2092,0,624:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,28:28:90:1|1:493932_C_A:1315,90,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:30:.:.:0,30,421:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1324:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:54,18:72:99:0|1:493932_C_A:590,0,2226:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:36,9:45:99:0|1:493932_C_A:288,0,1476:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:56,43:99:99:0|1:493932_C_A:1637,0,2202:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1665:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,145:145:99:1|1:493932_C_A:6639,448,0:. 0|1:29,88:117:99:0|1:493932_C_A:3717,0,941:. 0|0:60,0:60:43:.:.:0,43,1322:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:80,0:80:18:.:.:0,18,1750:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,88:88:99:1|1:493932_C_A:3991,268,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:74,116:190:99:0|1:493932_C_A:4658,0,2862:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1316:. 0|1:14,75:89:99:0|1:493932_C_A:3189,0,353:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:47,27:74:99:0|1:493932_C_A:1047,0,1912:. 1|0:75,59:134:99:0|1:493932_C_A:2259,0,3006:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 1|0:80,12:92:99:0|1:493932_C_A:245,0,3462:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,33:33:99:1|1:493932_C_A:1525,105,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,89:89:99:1|1:493932_C_A:4163,283,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1196:. 0|1:74,11:85:99:0|1:493932_C_A:233,0,3120:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1122:. 0|1:106,21:127:99:0|1:493932_C_A:551,0,4447:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:62:.:.:0,62,1207:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1452:. 1|1:1,71:72:99:1|1:493932_C_A:3181,175,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1312:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,123:123:99:1|1:493932_C_A:5625,379,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:52,33:85:99:0|1:493932_C_A:1220,0,2153:. 1|0:37,10:47:99:0|1:493932_C_A:306,0,1502:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1260:. 1|0:26,87:113:99:0|1:493932_C_A:3620,0,846:. 0|1:8,107:115:2:0|1:493932_C_A:4559,0,2:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,101,1755:. 1|1:0,135:135:99:1|1:493932_C_A:6187,418,0:. 0|1:11,75:86:99:0|1:493932_C_A:3189,0,246:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:56,71:127:99:0|1:493932_C_A:2841,0,2215:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,174:177:99:1|1:493932_C_A:7841,416,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:137,44:181:99:0|1:493932_C_A:1454,0,5672:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,102,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1432:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,116:116:99:1|1:493932_C_A:5243,355,0:. 0|1:150,19:169:99:0|1:493932_C_A:334,0,6330:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:22,101:123:99:0|1:493932_C_A:4190,0,608:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1168:. 1|1:0,55:55:99:1|1:493932_C_A:2505,169,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:25,30:55:99:0|1:493932_C_A:1207,0,983:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:69,28:97:99:0|1:493932_C_A:990,0,2874:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:22,152:174:99:0|1:493932_C_A:6484,0,491:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,135:135:99:1|1:493932_C_A:6151,415,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:119,18:137:99:0|1:493932_C_A:410,0,5027:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:51,78:129:99:0|1:493932_C_A:3140,0,1928:. 1|1:0,79:79:99:1|1:493932_C_A:3580,241,0:. 0|1:21,34:55:99:0|1:493932_C_A:1392,0,776:. 1|0:52,12:64:99:0|1:493932_C_A:338,0,2193:. 1|1:0,88:88:99:1|1:493932_C_A:4157,286,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1276:. 1|1:0,194:194:99:1|1:493932_C_A:9028,614,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:493932_C_A:5412,367,0:. 1|1:4,95:99:99:1|1:493932_C_A:4180,127,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:72,17:89:99:0|1:493932_C_A:495,0,2972:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,54:54:99:1|1:493932_C_A:2513,172,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:159,29:188:99:0|1:493932_C_A:730,0,6642:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:11,98:109:99:0|1:493932_C_A:4186,0,180:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:96,13:109:99:0|1:493932_C_A:254,0,3999:. 1|0:68,11:79:99:0|1:493932_C_A:254,0,2850:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1220:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1398:. 1|0:78,12:90:99:0|1:493932_C_A:269,0,3239:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,129:129:99:1|1:493932_C_A:6008,409,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:26,43:69:99:0|1:493932_C_A:1749,0,952:. 1|0:42,110:152:99:0|1:493932_C_A:4563,0,1422:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,47:47:99:1|1:493932_C_A:2115,141,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:55,16:71:99:0|1:493932_C_A:506,0,2261:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:44,15:59:99:0|1:493932_C_A:523,0,1799:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1458:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:41,0:41:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,45:45:99:1|1:493932_C_A:2080,141,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:95,46:141:99:0|1:493932_C_A:1692,0,3892:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,359:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:54,50:104:99:0|1:493932_C_A:2040,0,2156:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:18,26:44:99:0|1:493932_C_A:1059,0,675:. 0|0:23,0:23:48:.:.:0,48,720:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,855:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:95,0:95:9:.:.:0,9,2125:. 1|1:0,37:37:99:1|1:493932_C_A:1706,117,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,267:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:23:.:.:0,23,548:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1411:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:1,84:85:99:1|1:493932_C_A:3863,223,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,211:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1464:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1735:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:60,36:96:99:0|1:493932_C_A:1304,0,2624:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,34:35:63:1|1:493932_C_A:1520,63,0:. 1|1:1,35:36:66:1|1:493932_C_A:1567,66,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1323:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,91:92:99:1|1:493932_C_A:4050,232,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,327:327:99:1|1:493932_C_A:14848,996,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:44,0:44:60:.:.:0,60,900:. 0|0:78,0:78:84:.:.:0,84,2189:. 1|1:0,130:130:99:1|1:493932_C_A:5941,400,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:493932_C_A:7841,530,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:53,0:53:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,41:41:99:1|1:493932_C_A:1883,126,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:35,109:144:99:0|1:493932_C_A:4642,0,1155:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1386:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:28,4:32:84:0|1:493932_C_A:84,0,1164:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,1145:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1098:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:63:.:.:0,63,945:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:68,11:79:99:0|1:493932_C_A:291,0,2819:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:7,2:9:63:0|1:493932_C_A:63,0,288:. 0|1:179,26:205:99:0|1:493932_C_A:532,0,7620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:7,134:141:99:1|1:493932_C_A:5817,121,0:. 1|1:3,63:66:64:1|1:493932_C_A:2700,64,0:. 0|0:68,3:71:81:0|1:493932_C_A:0,81,2935:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:19,135:154:99:0|1:493932_C_A:5610,0,392:. 0|0:61,0:61:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:74,13:87:99:0|1:493932_C_A:320,0,3090:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,263:265:99:1|1:493932_C_A:11773,711,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,40:40:99:1|1:493932_C_A:1800,120,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1517:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1258:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1354:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1333:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:97:.:.:0,97,1245:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,772:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,369:. 1|1:0,138:138:99:1|1:493932_C_A:6330,427,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:28,15:43:99:0|1:493932_C_A:546,0,1131:. 0|1:99,114:213:99:0|1:493932_C_A:4591,0,3832:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1373:. Pf3D7_01_v3 493939 . C G 2.86026e+06 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=32.98;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.728;VQSLOD=5.26;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=146.47;GQ_STDDEV=126.64;HRun=0;InbreedingCoeff=0.74;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.855;culprit=FS;set=snp;DP=7115764;AF=0.138;AS_InbreedingCoeff=-0.0588;MLEAC=718;MLEAF=0.137;AN=858;AC=128 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:72,43:115:99:0|1:493932_C_A:1640,0,2898:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:10,138:148:8:1|1:493932_C_A:5899,8,0:. 1|1:0,93:93:99:1|1:493932_C_A:4186,283,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:35,50:85:99:0|1:493932_C_A:2041,0,1338:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:17,6:23:99:0|1:493932_C_A:201,0,677:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1000:. 0|1:18,50:68:99:0|1:493932_C_A:2065,0,602:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,30:30:90:1|1:493932_C_A:1315,90,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1324:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:55,18:73:99:0|1:493932_C_A:590,0,2226:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:37,9:46:99:0|1:493932_C_A:288,0,1476:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:53,43:96:99:0|1:493932_C_A:1637,0,2202:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1665:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,145:145:99:1|1:493932_C_A:6581,442,0:. 0|1:29,88:117:99:0|1:493932_C_A:3636,0,950:. 0|0:60,0:60:52:.:.:0,52,1369:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:79,0:79:12:.:.:0,12,1763:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,86:86:99:1|1:493932_C_A:3991,268,0:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:75,116:191:99:0|1:493932_C_A:4661,0,2841:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1316:. 0|1:14,76:90:99:0|1:493932_C_A:3163,0,356:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:48,27:75:99:0|1:493932_C_A:1043,0,1893:. 1|0:75,59:134:99:0|1:493932_C_A:2268,0,2936:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 1|0:81,12:93:99:0|1:493932_C_A:257,0,3370:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,33:33:99:1|1:493932_C_A:1495,102,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,91:91:99:1|1:493932_C_A:4088,277,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1196:. 0|1:76,11:87:99:0|1:493932_C_A:233,0,3120:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1122:. 0|1:104,21:125:99:0|1:493932_C_A:554,0,4426:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:88:.:.:0,88,1321:. 0|0:40,0:40:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1452:. 1|1:1,71:72:99:1|1:493932_C_A:3181,175,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1312:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,123:123:99:1|1:493932_C_A:5535,370,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:52,33:85:99:0|1:493932_C_A:1220,0,2153:. 1|0:38,10:48:99:0|1:493932_C_A:306,0,1502:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1260:. 1|0:26,85:111:99:0|1:493932_C_A:3592,0,849:. 0|1:8,106:114:8:0|1:493932_C_A:4517,0,8:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,101,1755:. 1|1:0,137:137:99:1|1:493932_C_A:6131,412,0:. 0|1:12,75:87:99:0|1:493932_C_A:3133,0,252:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:56,71:127:99:0|1:493932_C_A:2796,0,2150:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,175:178:99:1|1:493932_C_A:7785,410,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:135,43:178:99:0|1:493932_C_A:1427,0,5675:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,102,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1432:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,117:117:99:1|1:493932_C_A:5243,355,0:. 0|1:150,19:169:99:0|1:493932_C_A:340,0,6282:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:21,99:120:99:0|1:493932_C_A:4190,0,608:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1168:. 1|1:0,55:55:99:1|1:493932_C_A:2505,169,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:26,30:56:99:0|1:493932_C_A:1181,0,986:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:69,28:97:99:0|1:493932_C_A:993,0,2832:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:22,154:176:99:0|1:493932_C_A:6444,0,473:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,136:136:99:1|1:493932_C_A:6126,412,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:121,18:139:99:0|1:493932_C_A:389,0,4999:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:51,77:128:99:0|1:493932_C_A:3140,0,1928:. 1|1:0,78:78:99:1|1:493932_C_A:3555,238,0:. 0|1:21,35:56:99:0|1:493932_C_A:1392,0,776:. 1|0:50,12:62:99:0|1:493932_C_A:341,0,2170:. 1|1:0,91:91:99:1|1:493932_C_A:4067,277,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1276:. 1|1:0,192:192:99:1|1:493932_C_A:8941,605,0:. 1|1:0,116:116:99:1|1:493932_C_A:5412,367,0:. 1|1:4,95:99:99:1|1:493932_C_A:4126,121,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:70,17:87:99:0|1:493932_C_A:495,0,2972:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,54:54:99:1|1:493932_C_A:2488,169,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:160,28:188:99:0|1:493932_C_A:733,0,6619:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:11,99:110:99:0|1:493932_C_A:4158,0,183:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:95,13:108:99:0|1:493932_C_A:254,0,3999:. 1|0:67,11:78:99:0|1:493932_C_A:254,0,2850:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1220:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1398:. 1|0:77,11:88:99:0|1:493932_C_A:269,0,3239:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,127:127:99:1|1:493932_C_A:5947,403,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:24,43:67:99:0|1:493932_C_A:1749,0,952:. 1|0:41,110:151:99:0|1:493932_C_A:4563,0,1422:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,47:47:99:1|1:493932_C_A:2115,141,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:55,15:70:99:0|1:493932_C_A:506,0,2261:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:44,15:59:99:0|1:493932_C_A:523,0,1799:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1458:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:41,0:41:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,44:44:99:1|1:493932_C_A:2050,138,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:94,44:138:99:0|1:493932_C_A:1695,0,3869:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,359:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:55,49:104:99:0|1:493932_C_A:1984,0,2162:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:17,27:44:99:0|1:493932_C_A:1059,0,675:. 0|0:23,0:23:48:.:.:0,48,720:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,855:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:94,0:94:23:.:.:0,23,2132:. 1|1:0,37:37:99:1|1:493932_C_A:1675,114,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,267:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:26:.:.:0,26,575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1411:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:1,86:87:99:1|1:493932_C_A:3863,223,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,211:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1464:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1735:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:62,35:97:99:0|1:493932_C_A:1310,0,2564:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,34:35:63:1|1:493932_C_A:1520,63,0:. 1|1:1,32:33:66:1|1:493932_C_A:1567,66,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1323:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1274:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,90:91:99:1|1:493932_C_A:4050,232,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,327:327:99:1|1:493932_C_A:14810,993,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:44,0:44:60:.:.:0,60,900:. 0|0:78,0:78:84:.:.:0,84,2189:. 1|1:0,131:131:99:1|1:493932_C_A:5867,394,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:493932_C_A:7841,530,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:53,0:53:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,41:41:99:1|1:493932_C_A:1883,126,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:35,110:145:99:0|1:493932_C_A:4623,0,1127:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1386:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:28,4:32:84:0|1:493932_C_A:84,0,1164:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1098:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:63:.:.:0,63,945:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:68,11:79:99:0|1:493932_C_A:257,0,2822:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:7,2:9:63:0|1:493932_C_A:63,0,288:. 0|1:181,26:207:99:0|1:493932_C_A:535,0,7595:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:7,134:141:99:1|1:493932_C_A:5781,118,0:. 1|1:3,63:66:64:1|1:493932_C_A:2700,64,0:. 0|0:67,3:70:81:0|1:493932_C_A:0,81,2935:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:19,134:153:99:0|1:493932_C_A:5610,0,392:. 0|0:61,0:61:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:72,13:85:99:0|1:493932_C_A:320,0,3090:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,262:264:99:1|1:493932_C_A:11773,711,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,40:40:99:1|1:493932_C_A:1800,120,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1517:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1258:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1354:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1333:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,772:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,369:. 1|1:0,140:140:99:1|1:493932_C_A:6293,424,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:28,15:43:99:0|1:493932_C_A:546,0,1131:. 0|1:99,117:216:99:0|1:493932_C_A:4594,0,3802:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1373:. Pf3D7_01_v3 493997 . T C 2.60282e+06 PASS FS=0;MQ=61.42;QD=28.78;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.689;VQSLOD=6.02;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=9.52;GQ_MEAN=148.95;GQ_STDDEV=104.83;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8436;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.107;culprit=FS;set=snp;DP=7612029;AF=0.145;AS_InbreedingCoeff=-0.0653;MLEAC=751;MLEAF=0.144;AN=858;AC=140 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,42:111:99:.:.:845,0,1888:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,121:128:99:.:.:3262,159,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:493982_A_AT:3440,247,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,3:57:84:.:.:0,84,1682:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,46:82:99:.:.:1111,0,929:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:31,8:39:99:.:.:123,0,880:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1641:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,515:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:16,47:63:99:.:.:1159,0,302:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1742:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:493982_A_AT:1957,141,0:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1003:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,295:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1149:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:56,18:74:99:.:.:247,0,1523:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,12:132:53:.:.:0,53,3373:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1733:. 0|1:31,8:39:99:.:.:106,0,820:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:67,4:71:99:.:.:0,106,1991:. 0|1:44,34:78:99:.:.:750,0,1073:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:1|1:493982_A_AT:5719,398,0:. 0|1:11,80:91:49:.:.:1971,0,49:. 0|1:40,11:51:99:.:.:165,0,1072:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:65,5:70:65:.:.:0,65,1810:. 0|1:35,9:44:99:.:.:122,0,926:. 1|1:0,85:85:99:1|1:493982_A_AT:3650,265,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:81,112:193:99:.:.:2606,0,2322:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:18,74:92:99:.:.:1796,0,262:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1402:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,22:67:99:.:.:420,0,1185:. 1|0:71,48:119:99:.:.:984,0,1786:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1284:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:63,11:74:98:.:.:98,0,1716:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:493982_A_AT:1700,117,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,76:76:99:1|1:493982_A_AT:3253,232,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,8:87:26:.:.:0,26,2190:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:96,23:119:99:.:.:272,0,2537:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1019:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1308:. 0|0:46,3:49:58:.:.:0,58,1294:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:15,24:39:99:.:.:571,0,342:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1264:. 1|1:0,73:73:99:1|1:493982_A_AT:3163,219,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,125:125:99:1|1:493982_A_AT:5359,376,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:52,27:79:99:.:.:508,0,1299:. 1|0:33,9:42:99:.:.:131,0,861:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,79:117:99:.:.:1846,0,802:. 1|1:1,135:136:99:1|1:493982_A_AT:5868,416,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:67,63:130:99:.:.:1354,0,1686:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,162:168:99:.:.:4528,332,0:. 1|0:105,13:118:26:.:.:26,0,2875:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,36:149:99:.:.:583,0,2967:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1376:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,133:133:99:1|1:493982_A_AT:5718,405,0:. 0|0:122,14:136:50:.:.:0,50,3345:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,30:113:99:.:.:506,0,2150:. 0|1:47,55:102:99:.:.:1254,0,1089:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,88:113:99:.:.:2038,0,418:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,37:123:99:.:.:649,0,2245:. 0|1:100,45:145:99:.:.:792,0,2568:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,8:97:57:.:.:0,57,2502:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,46:46:99:1|1:493982_A_AT:1953,138,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,27:54:99:.:.:568,0,668:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:75,11:86:58:0|1:493932_C_A:58,0,2056:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:16,150:166:12:.:.:3870,0,12:. 0|1:151,18:169:8:.:.:8,0,4071:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,13:121:7:.:.:0,7,2960:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,94:150:99:.:.:2217,0,1264:. 1|1:0,104:104:99:1|1:493982_A_AT:4566,319,0:. 0|1:15,42:57:99:.:.:1029,0,287:. 0|0:46,4:50:32:.:.:0,32,1305:. 1|1:0,107:107:99:1|1:493982_A_AT:4656,334,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:126,14:140:31:.:.:0,31,3424:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:493982_A_AT:2753,205,0:. 1|1:0,183:183:99:1|1:493982_A_AT:8106,572,0:. 1|1:0,122:122:99:1|1:493982_A_AT:5412,376,0:. 1|1:3,101:104:99:.:.:2752,216,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:73,16:89:99:.:.:181,0,2006:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,49:49:99:1|1:493982_A_AT:2241,160,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,26:147:99:.:.:262,0,3254:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,105:109:99:.:.:2821,203,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:91,16:107:99:.:.:105,0,2458:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,8:55:46:.:.:46,0,1309:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1480:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:58,41:99:99:.:.:799,0,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,93:100:84:.:.:2431,84,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,133:133:99:1|1:493982_A_AT:5559,400,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,36:57:99:.:.:831,0,455:. 1|0:36,94:130:99:.:.:2151,0,699:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,45:45:99:1|1:493982_A_AT:1972,135,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1381:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,8:53:66:.:.:66,0,1187:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1482:. 1|0:23,18:41:99:.:.:370,0,582:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1590:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1206:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,56:56:99:1|1:493982_A_AT:2343,168,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1260:. 1|0:83,61:144:99:.:.:1263,0,2114:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1772:. 0|1:7,2:9:32:.:.:32,0,192:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,67:102:99:.:.:1531,0,759:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,22:37:99:.:.:527,0,343:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:493982_A_AT:2126,150,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:9,2:11:24:.:.:24,0,239:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1598:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:46:.:.:0,46,706:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,81:81:99:1|1:493982_A_AT:3548,250,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1483:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1503:. 1|0:84,29:113:99:.:.:669,0,2579:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1460:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,23:23:69:1|1:493982_A_AT:1022,69,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1619:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1498:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:493982_A_AT:3605,251,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,324:324:99:1|1:493982_A_AT:14343,993,0:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,481:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1424:. 0|0:82,5:87:91:.:.:0,91,2603:. 1|1:0,139:139:99:1|1:493982_A_AT:6060,424,0:. 1|1:0,164:164:99:1|1:493982_A_AT:7233,509,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,92:105:99:.:.:2773,0,115:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,189:189:99:1|1:493982_A_AT:8273,574,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1596:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,56:56:99:1|1:493982_A_AT:2402,169,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,134:166:99:.:.:3806,0,588:. 1|1:0,175:175:99:1|1:493982_A_AT:7643,535,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1376:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:31,12:43:99:.:.:273,0,907:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:493982_A_AT:5908,409,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,78:135:99:.:.:2238,0,1583:. 0|0:44,2:46:77:.:.:0,77,1423:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|1:134,30:164:99:.:.:446,0,4152:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:122,17:139:99:.:.:146,0,3729:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1457:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,15:87:99:.:.:241,0,2175:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,258:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,121:127:99:.:.:3771,171,0:. 0|1:8,71:79:44:.:.:2022,0,44:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1083:. 1|0:72,11:83:99:.:.:119,0,2124:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1476:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,2:51:81:.:.:0,81,1605:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1599:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1373:. 1|1:0,49:49:99:1|1:493982_A_AT:2107,147,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1590:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,751:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,127:127:99:1|1:493982_A_AT:5714,400,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,365:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1737:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1019:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1310:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,108:108:99:1|1:493982_A_AT:4574,325,0:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,10:38:99:.:.:235,0,859:. 0|1:89,125:214:99:.:.:3472,0,2417:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 494794 . G A 2.73604e+06 PASS FS=0.731;MQ=59.93;QD=26.31;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.808;VQSLOD=3.08;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=3.87;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.986;GC=19.05;GQ_MEAN=182.64;GQ_STDDEV=171.46;HRun=0;InbreedingCoeff=0.589;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.014;culprit=FS;set=snp;DP=4278832;AF=0.293;AS_InbreedingCoeff=0.8691;MLEAC=1487;MLEAF=0.294;AN=836;AC=260 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1510:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2821,264,0:. 0|0:79,0:79:14:.:.:0,14,1818:. 0|0:63,0:63:58:.:.:0,58,1517:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1529:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1736,162,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2365,219,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:17,19:36:99:.:.:511,0,351:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:49,20:69:99:.:.:453,0,1181:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,615:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,192:. 1|1:0,23:23:69:.:.:758,69,0:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|1:18,9:27:99:.:.:180,0,390:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1543:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1188:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1346,137,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:720,72,0:. 0|1:24,43:67:99:.:.:1041,0,417:. 0|0:12,0:12:25:.:.:0,25,291:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1145:. 1|0:19,17:36:99:.:.:373,0,406:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1583:. 0|1:22,31:53:99:.:.:816,0,427:. 1|0:104,36:140:99:.:.:670,0,2263:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:68,20:88:99:.:.:355,0,1538:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1471:. 0|1:23,8:31:99:.:.:147,0,485:. 1|0:21,9:30:99:.:.:175,0,485:. 1|0:7,20:27:90:.:.:518,0,90:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1468:. 1|0:56,30:86:99:.:.:632,0,1224:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1152:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2171,213,0:. 0|1:55,25:80:99:.:.:505,0,1226:. 0|1:30,17:47:99:.:.:385,0,617:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,702:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1036:. 0|0:40,0:40:24:.:.:0,24,883:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2542,252,0:. 0|1:5,8:13:97:.:.:212,0,97:. 1|1:4,50:54:55:.:.:1408,55,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1323,132,0:. 0|1:12,40:52:99:.:.:1093,0,137:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1391,116,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1324:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1302:. 0|1:37,57:94:99:.:.:1411,0,688:. 0|0:27,0:27:5:.:.:0,5,550:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2833,285,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,103,1620:. 1|1:2,17:19:42:.:.:500,42,0:. 0|0:72,0:72:13:.:.:0,13,1504:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|0:32,17:49:99:.:.:377,0,719:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,838:. 1|1:0,22:22:66:.:.:667,66,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1108:. 1|1:1,41:42:99:.:.:1158,99,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1582:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1466:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1232:. 1|1:0,32:32:96:.:.:921,96,0:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,900:. 0|1:3,16:19:20:.:.:443,0,20:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|1:20,18:38:99:.:.:454,0,413:. 1|0:30,16:46:99:.:.:353,0,651:. 1|1:0,25:25:75:.:.:782,75,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,577:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1227,117,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,106,1614:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2166,219,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2598,255,0:. 0|1:27,18:45:99:.:.:391,0,573:. 1|0:23,37:60:99:.:.:915,0,423:. 0|0:17,0:17:19:.:.:0,19,387:. 1|1:1,28:29:60:.:.:835,60,0:. 1|0:12,65:77:93:.:.:1691,0,93:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1376:. 0|1:123,16:139:52:.:.:52,0,2767:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1319,132,0:. 1|0:52,12:64:99:.:.:175,0,1209:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:20,136:156:57:.:.:3803,0,57:. 1|0:48,23:71:99:.:.:445,0,1036:. 1|1:3,113:116:99:.:.:3459,266,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2510,246,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1500:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:41:.:.:0,41,2692:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,942:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,38:71:99:.:.:875,0,637:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3008,300,0:. 0|1:29,32:61:99:.:.:755,0,574:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:6,70:76:73:.:.:1901,73,0:. 1|1:1,69:70:99:.:.:2015,186,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1446:. 1|0:34,15:49:99:.:.:304,0,732:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,35:63:99:.:.:830,0,523:. 0|1:9,57:66:18:.:.:1477,0,18:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1185:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:51,35:86:99:.:.:795,0,1035:. 0|1:59,29:88:99:.:.:576,0,1249:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1187:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1710:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1757,186,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2392,249,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1654,162,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2880,288,0:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,946:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,24:24:72:.:.:718,72,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1708:. 1|0:7,22:29:99:.:.:554,0,100:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1790,183,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1896,192,0:. 1|0:21,12:33:99:.:.:255,0,435:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,53:54:99:.:.:1508,135,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:1,60:61:99:.:.:1798,159,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1184:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1088:. 1|1:2,118:120:99:.:.:3578,306,0:. 0|1:71,15:86:99:.:.:182,0,1612:. 1|0:35,61:96:99:.:.:1609,0,633:. 1|1:1,111:112:99:.:.:3372,310,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,186:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1199:. 1|1:1,96:97:99:.:.:2929,267,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1007:. 0|1:35,22:57:99:.:.:508,0,753:. 0|1:26,42:68:99:.:.:1020,0,493:. 0|1:63,13:76:99:.:.:178,0,1447:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1095:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1663:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1343:. 1|0:33,23:56:99:.:.:515,0,701:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1136:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1736:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1719:. 1|0:59,48:107:99:.:.:1154,0,1290:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1165:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1251:. 1|1:2,32:34:51:.:.:880,51,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2750,279,0:. 1|0:63,43:106:99:.:.:1002,0,1322:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2520,255,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1272:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,569:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,11:36:99:.:.:203,0,523:. 1|0:58,9:67:71:.:.:71,0,1292:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1768,182,0:. 1|0:52,26:78:99:.:.:540,0,1130:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:33,0:33:34:.:.:0,34,738:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1176:. 1|0:27,14:41:99:.:.:328,0,593:. 1|0:37,16:53:99:.:.:343,0,805:. 0|1:32,22:54:99:.:.:493,0,672:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1697:. 1|0:37,6:43:62:.:.:62,0,825:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1670:. 0|1:22,12:34:99:.:.:280,0,477:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1650:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1367:. 1|0:28,12:40:99:.:.:260,0,607:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1262,123,0:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:16,30:46:99:.:.:761,0,272:. 0|0:34,0:34:70:.:.:0,70,809:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1479:. 0|0:32,0:32:2:.:.:0,2,648:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1159:. 1|0:37,16:53:99:.:.:340,0,759:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,12:46:99:.:.:201,0,727:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1092:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1396:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,852:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:101,0:101:1:.:.:0,1,2100:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 1|0:57,25:82:99:.:.:474,0,1263:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2443,246,0:. 0|1:9,42:51:86:.:.:1094,0,86:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,17:51:99:.:.:322,0,739:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,828:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,628:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1337:. 0|1:165,41:206:99:.:.:611,0,3832:. 1|0:16,25:41:99:.:.:571,0,303:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1666:. 1|1:0,9:9:27:.:.:268,27,0:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:68,12:80:99:.:.:101,0,1567:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|1:28,22:50:99:.:.:518,0,597:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1428:. 0|1:9,7:16:99:.:.:156,0,182:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,678:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1700:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,362:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,675:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,447:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:4,30:34:17:.:.:975,0,17:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,826:. 1|1:0,22:22:66:.:.:759,66,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:0,3:3:9:.:.:109,9,0:. 1|1:0,21:21:63:.:.:708,63,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:956,81,0:. 0|0:30,0:30:82:.:.:0,82,1063:. 1|1:0,22:22:66:.:.:787,66,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:906,75,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,25:25:75:.:.:826,75,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1185:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,181:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,197:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,130:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,529:. 1|1:0,18:18:54:.:.:641,54,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,941:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,347:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2198,192,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1463:. 0|0:0,4:4:12:.:.:149,12,0:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,100:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,90:. 1|1:2,24:26:28:.:.:730,28,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1501:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,544:. 1|0:7,38:45:67:.:.:1129,0,67:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2815,270,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2780,244,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,138:. 1|0:56,50:106:99:.:.:1295,0,1390:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2030,189,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,768:. 1|1:0,10:10:30:.:.:370,30,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:6,117:123:99:.:.:3777,188,0:. 1|0:80,13:93:99:.:.:148,0,2118:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:59:.:.:0,59,1614:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2424,216,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,61:75:99:.:.:1853,0,216:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1440:. 0|0:13,0:13:1:.:.:0,1,346:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:11,0:11:22:.:.:0,22,307:. 0|1:16,3:19:30:.:.:30,0,451:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1519:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1745:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1921,171,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2252,216,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1594:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:2,54:56:99:.:.:1833,102,0:. 0|1:8,4:12:99:.:.:108,0,215:. 1|1:3,67:70:99:.:.:2200,110,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1382:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:0,4:4:12:.:.:149,12,0:. 1|1:5,72:77:68:.:.:2305,68,0:. 0|1:2,0:2:6:.:.:0,6,53:. 0|1:68,16:84:99:.:.:296,0,1765:. 1|1:0,25:25:75:.:.:884,75,0:. 0|1:10,49:59:99:.:.:1470,0,108:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,284:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1711:. 0|1:17,45:62:99:.:.:1332,0,330:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:3,4:7:77:.:.:117,0,77:. 1|1:7,63:70:14:.:.:1899,14,0:. 1|1:3,33:36:30:.:.:1032,30,0:. 0|1:15,45:60:99:.:.:1384,0,260:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,119:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,23:23:69:.:.:822,69,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:4,53:57:33:.:.:1665,33,0:. 0|1:1,10:11:1:.:.:338,0,1:. 1|0:31,21:52:99:.:.:540,0,753:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:72,0:72:96:.:.:0,96,2006:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,286:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,234:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:11,9:20:99:.:.:270,0,308:. 1|1:1,105:106:99:.:.:3248,287,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:281,24,0:. 1|1:3,62:65:99:.:.:1762,112,0:. 1|0:1,4:5:18:.:.:134,0,18:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|1:13,8:21:99:.:.:183,0,301:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,747:. 1|0:7,16:23:99:.:.:416,0,146:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1382:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1379,129,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1655,159,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,181:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,870:. 1|1:0,38:38:99:1|1:494782_C_T:1219,114,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1053:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:5,40:45:11:.:.:1080,0,11:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1739,168,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:470,45,0:. 0|1:10,19:29:99:.:.:539,0,198:. 1|1:0,18:18:54:.:.:538,54,0:. 0|1:10,2:12:39:.:.:39,0,250:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,184:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1430,147,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:763,72,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1201:. 0|0:40,0:40:84:.:.:0,84,1098:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1434:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,594:. 1|1:5,46:51:11:.:.:1238,11,0:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,25:25:75:.:.:869,75,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2060,192,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1142:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1445:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,497:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 1|1:4,90:94:99:.:.:2771,164,0:. 1|1:1,37:38:90:.:.:1221,90,0:. Pf3D7_01_v3 495305 . G A 872931 PASS FS=0;MQ=60.37;QD=21.36;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R21K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGa/aAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.692;VQSLOD=6.29;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=114.25;GQ_STDDEV=16.94;HRun=2;InbreedingCoeff=0.5899;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.703;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11764724;AF=0.033;AS_InbreedingCoeff=-0.0364;MLEAC=172;MLEAF=0.033;AN=858;AC=34 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1448:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:94:.:.:0,94,1185:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1415:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1264:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1442:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1323:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:39,0:39:86:.:.:0,86,1143:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,826:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1121:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1174:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:11,0:11:14:.:.:0,14,254:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1136:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1436:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1293:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1597:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1193:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,107,1771:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1738:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,14:40:99:.:.:299,0,625:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,820:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1649:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1261:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1618:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1205:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1140:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1368:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1445:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1359:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1374:. 0|0:50,0:50:89:.:.:0,89,1267:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1448:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1560:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1225:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,148:175:99:.:.:3861,0,235:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3357,336,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,29:97:99:.:.:566,0,1543:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,6:76:41:.:.:0,41,2107:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,115,1528:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:12:.:.:0,12,261:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1550:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1680:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3230,321,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,11:90:78:.:.:78,0,1893:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,90:146:99:.:.:2347,0,1177:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1571:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1531:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,19:100:99:.:.:281,0,1909:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,10:65:99:.:.:119,0,1237:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,110,1682:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1614:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1209:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:47,0:47:48:.:.:0,48,1105:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:89:.:.:0,89,938:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:54,2:56:99:.:.:0,106,1381:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1505:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1760:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1460:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1776:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:60:.:.:0,60,1097:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,720:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,668:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1395:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1780:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,3:20:32:.:.:32,0,421:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1687:. 0|0:37,0:37:76:.:.:0,76,909:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:61:.:.:0,61,757:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:6234,526,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,72:137:99:.:.:2115,0,1856:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,85:152:99:.:.:2548,0,1718:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,104:109:99:.:.:3510,171,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:6218,529,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1384:. 0|0:19,0:19:46:.:.:0,46,548:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1689:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1354:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:6313,549,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,123:177:99:.:.:3709,0,1221:. 1|0:114,13:127:68:.:.:68,0,3281:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1623:. 0|1:178,53:231:99:.:.:1069,0,5189:. 1|0:52,5:57:2:.:.:2,0,1492:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:160,35:195:99:.:.:589,0,4640:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,61:129:99:.:.:1660,0,1884:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,179:179:99:.:.:6241,538,0:. 1|1:0,179:179:99:.:.:6107,538,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1287:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:0:.:.:0,0,6795:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1476:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1610:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1433:. 1|1:0,18:18:54:.:.:618,54,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:23,0:23:58:.:.:0,58,711:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1781:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:31,0:31:91:.:.:0,91,1010:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495342 . A G 4.39918e+06 PASS FS=0;MQ=60.06;QD=24.3;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I33M;SNPEFF_CODON_CHANGE=atA/atG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.69;VQSLOD=6.38;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.988;GC=19.05;GQ_MEAN=206.93;GQ_STDDEV=242.55;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5592;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.875;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12595331;AF=0.162;AS_InbreedingCoeff=0.8178;MLEAC=854;MLEAF=0.162;AN=858;AC=150 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1448:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:88:.:.:0,88,1834:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1411:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1667,177,0:. 0|0:49,0:49:85:.:.:0,85,1444:. 1|1:1,84:85:99:.:.:2374,221,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1264:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1442:. 1|0:37,19:56:99:.:.:349,0,1012:. 0|1:26,28:54:99:.:.:636,0,671:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,834:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,32:32:96:.:.:920,96,0:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1315:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1174:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,374:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,198:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1136:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1302:. 1|0:62,51:113:99:.:.:1076,0,1515:. 1|0:80,17:97:99:.:.:204,0,2159:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1323:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1597:. 1|0:100,32:132:99:.:.:528,0,2677:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2247,212,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1312:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,107,1771:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1738:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:4927,539,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,14:69:99:.:.:170,0,1401:. 1|1:0,25:25:75:.:.:734,75,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:96:.:.:0,96,1293:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,703:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:158,46:204:99:.:.:682,0,4203:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1649:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1261:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,78:109:99:.:.:1828,0,598:. 1|1:0,138:138:99:.:.:3829,414,0:. 1|1:0,295:295:99:.:.:8295,885,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1618:. 0|1:81,16:97:99:.:.:137,0,2129:. 1|0:87,36:123:99:.:.:625,0,2219:. 0|1:15,63:78:99:.:.:1572,0,210:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,907:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1205:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,93:109:99:.:.:2321,0,157:. 0|0:61,0:61:98:.:.:0,98,1669:. 1|0:87,80:167:99:.:.:1680,0,2057:. 0|0:104,0:104:85:.:.:0,85,2701:. 1|1:5,58:63:61:.:.:1360,61,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1445:. 1|0:25,47:72:99:.:.:1084,0,523:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1374:. 1|0:22,30:52:99:.:.:684,0,513:. 1|0:38,82:120:99:.:.:1911,0,748:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1448:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,14:77:99:.:.:158,0,1683:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,1099:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,179:179:99:.:.:4852,537,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,25:114:99:.:.:337,0,2319:. 0|1:83,49:132:99:.:.:954,0,2104:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:7,199:206:99:.:.:5400,407,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:92,97:189:99:.:.:2064,0,2135:. 1|1:0,254:254:99:.:.:7075,761,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,111:176:99:.:.:2497,0,1441:. 1|1:0,201:201:99:.:.:5617,603,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,78:192:99:.:.:1599,0,2832:. 0|1:91,18:109:99:.:.:171,0,2458:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,48:183:99:.:.:748,0,3574:. 1|1:6,110:116:99:.:.:2759,168,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:3956,432,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,195:218:48:.:.:4699,0,48:. 1|0:147,22:169:97:.:.:97,0,3724:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:138,24:162:99:.:.:171,0,3589:. 1|1:20,215:235:89:.:.:5186,89,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,106:170:99:.:.:2411,0,1388:. 1|0:89,110:199:99:.:.:2401,0,1979:. 1|1:0,207:207:99:.:.:5585,620,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:115,43:158:99:.:.:743,0,3058:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4081,440,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,115,1528:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,109:110:99:.:.:3009,300,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,24:157:99:.:.:199,0,3537:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:172,0:172:73:.:.:0,73,4152:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1550:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,31:80:99:.:.:614,0,1228:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3465,369,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,34:174:99:.:.:409,0,3741:. 0|1:80,25:105:99:.:.:384,0,2071:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,137:138:99:.:.:3784,383,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:9,83:92:7:.:.:2021,7,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1571:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1531:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,42:121:99:.:.:761,0,1993:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,55:75:99:.:.:1293,0,371:. 1|1:1,73:74:99:.:.:1997,191,0:. 1|0:47,22:69:99:.:.:391,0,1209:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1614:. 0|1:45,38:83:99:.:.:831,0,1043:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:158,46:204:99:.:.:555,0,3989:. 0|1:15,73:88:99:.:.:1752,0,166:. 0|1:42,32:74:99:.:.:638,0,1040:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,37:119:99:.:.:699,0,2085:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1097:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:46,19:65:99:.:.:325,0,1196:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1505:. 0|1:80,29:109:99:.:.:447,0,2083:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,23:83:99:.:.:385,0,1533:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3006,333,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1656,186,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1776:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,153:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,42:102:99:.:.:873,0,1562:. 1|0:75,49:124:99:.:.:990,0,1842:. 0|1:74,36:110:99:.:.:682,0,1961:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,50:130:99:.:.:1017,0,1976:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:50:.:.:0,50,1403:. 1|1:0,21:21:63:.:.:576,63,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,15:20:94:.:.:356,0,94:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1395:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,50:86:99:.:.:1135,0,834:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1687:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5714,502,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:44:.:.:0,44,5679:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4620,403,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:.:.:6490,566,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,617:617:99:.:.:21029,1854,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1689:. 1|0:12,76:88:99:.:.:2226,0,170:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,138:148:99:.:.:4128,99,0:. 1|1:1,243:244:99:.:.:7939,697,0:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7644,688,0:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,129:283:99:.:.:3313,0,4465:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:.:.:6964,640,0:. 0|1:43,211:254:99:.:.:6054,0,787:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,16:129:99:.:.:145,0,3457:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,6:44:74:.:.:74,0,1066:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:179,94:273:99:.:.:2272,0,5394:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,69:219:99:.:.:1594,0,4574:. 0|1:29,129:158:99:.:.:3541,0,489:. 1|1:3,223:226:99:.:.:7320,569,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1623:. 1|0:54,220:274:99:.:.:6236,0,1088:. 0|1:7,51:58:75:.:.:1449,0,75:. 0|1:234,30:264:99:.:.:200,0,7292:. 1|1:1,337:338:99:.:.:10530,973,0:. 0|1:44,127:171:99:.:.:3605,0,1044:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,182:242:99:.:.:5236,0,1260:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,31:126:99:.:.:606,0,2871:. 0|1:157,95:252:99:.:.:2266,0,4682:. 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,3208:. 0|1:75,92:167:99:.:.:2496,0,1948:. 1|0:3,30:33:5:.:.:798,0,5:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,331:343:99:.:.:9995,619,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,15:179:41:.:.:0,41,5290:. 0|1:40,299:339:99:.:.:8467,0,346:. 1|0:75,24:99:99:.:.:483,0,2254:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4435,399,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5441,496,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1683,147,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1476:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:62:.:.:0,62,1699:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495385 . A G 2.79836e+07 PASS FS=0;MQ=59.95;QD=30.5;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N48D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aat/Gat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.692;VQSLOD=10.15;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0004;FractionInformativeReads=0.976;GC=14.29;GQ_MEAN=313.81;GQ_STDDEV=263.71;HRun=0;InbreedingCoeff=0.545;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.387;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15119067;AF=0.778;AS_InbreedingCoeff=0.2589;MLEAC=4096;MLEAF=0.78;AN=858;AC=654 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,48:48:99:1|1:495385_A_G:2185,147,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,73:76:11:1|1:495385_A_G:2964,11,0 1|0:20,38:58:99:0|1:495385_A_G:1457,0,739 1|1:0,65:65:99:1|1:495385_A_G:2855,204,0 1|0:41,7:48:99:0|1:495385_A_G:171,0,2459 1|1:0,49:49:99:1|1:495385_A_G:2205,150,0 1|1:0,54:54:99:1|1:495385_A_G:2428,166,0 1|1:0,53:53:99:1|1:495385_A_G:2290,159,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|0:17,20:37:99:0|1:495385_A_G:772,0,825 1|1:0,67:67:99:1|1:495385_A_G:2982,211,0 1|1:0,45:45:99:1|1:495385_A_G:1993,138,0 1|1:3,50:53:27:1|1:495385_A_G:2089,27,0 1|1:0,26:26:84:1|1:495385_A_G:1184,84,0 1|1:0,29:29:93:1|1:495385_A_G:1334,93,0 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,88 1|1:1,34:35:60:1|1:495385_A_G:1468,60,0 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260 1|1:0,39:39:99:1|1:495385_A_G:1714,120,0 1|1:0,79:79:99:1|1:495385_A_G:3474,243,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352 1|1:0,221:221:99:1|1:495385_A_G:9976,680,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800 1|1:1,35:36:99:1|1:495385_A_G:1457,103,0 1|1:1,103:104:99:1|1:495385_A_G:4656,286,0 1|1:0,17:17:51:1|1:495385_A_G:748,51,0 1|1:0,12:12:36:1|1:495385_A_G:533,36,0 1|1:0,71:71:99:1|1:495385_A_G:3129,217,0 1|1:0,72:72:99:1|1:495385_A_G:3150,220,0 1|1:0,100:100:99:1|1:495385_A_G:4394,307,0 0|1:22,78:100:99:0|1:495385_A_G:3080,0,699 1|1:0,53:53:99:1|1:495385_A_G:2348,160,0 1|1:0,291:291:99:1|1:495385_A_G:13070,891,0 1|1:0,53:53:99:1|1:495385_A_G:2462,172,0 0|1:40,105:145:99:0|1:495385_A_G:4105,0,1648 1|1:0,76:76:99:1|1:495385_A_G:3315,229,0 1|1:0,60:60:99:1|1:495385_A_G:2619,183,0 1|1:1,64:65:99:1|1:495385_A_G:2603,149,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:109,0:109:94:.:.:0,94,2853 1|1:0,120:120:99:1|1:495385_A_G:5439,376,0 1|1:0,82:82:99:1|1:495385_A_G:3662,250,0 1|1:0,211:211:99:1|1:495385_A_G:9368,644,0 1|1:0,190:190:99:1|1:495385_A_G:8505,581,0 1|0:8,108:116:90:0|1:495385_A_G:4478,0,90 0|1:7,63:70:96:0|1:495385_A_G:2625,0,96 1|1:0,35:35:99:1|1:495385_A_G:1596,108,0 1|1:0,117:117:99:1|1:495385_A_G:5251,358,0 1|0:19,25:44:99:0|1:495385_A_G:1014,0,717 1|1:1,75:76:99:1|1:495385_A_G:3338,189,0 1|1:0,28:28:84:1|1:495385_A_G:1252,84,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800 1|0:35,169:204:99:0|1:495385_A_G:6953,0,963 1|1:0,109:109:99:1|1:495385_A_G:4749,334,0 1|1:4,73:77:58:1|1:495385_A_G:3046,58,0 1|1:0,101:101:99:1|1:495385_A_G:4502,307,0 1|1:0,76:76:99:1|1:495385_A_G:3350,235,0 1|1:0,59:59:99:1|1:495385_A_G:2565,178,0 0|1:21,66:87:99:0|1:495385_A_G:2631,0,1030 1|1:0,125:125:99:1|1:495385_A_G:5647,391,0 1|1:0,115:115:99:1|1:495385_A_G:5125,352,0 1|1:0,129:129:99:1|1:495385_A_G:5738,394,0 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,58:58:99:1|1:495385_A_G:2489,177,0 1|0:13,83:96:99:0|1:495385_A_G:3443,0,282 1|0:46,77:123:99:0|1:495385_A_G:3090,0,1984 1|1:0,83:83:99:1|1:495385_A_G:3741,256,0 1|1:0,45:45:99:1|1:495385_A_G:1929,135,0 1|1:0,75:75:99:1|1:495385_A_G:3279,229,0 1|1:0,56:56:99:1|1:495385_A_G:2440,168,0 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440 1|1:0,112:112:99:1|1:495385_A_G:5023,346,0 1|0:39,65:104:99:0|1:495385_A_G:2547,0,2030 1|1:0,109:109:99:1|1:495385_A_G:4852,334,0 1|1:0,56:56:99:1|1:495385_A_G:2396,168,0 1|1:9,168:177:99:1|1:495385_A_G:7050,110,0 1|1:0,88:88:99:1|1:495385_A_G:3892,276,0 1|1:1,52:53:99:1|1:495385_A_G:2255,106,0 1|0:42,32:74:99:0|1:495385_A_G:1194,0,2401 1|1:5,74:79:12:1|1:495385_A_G:2933,12,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1374 1|0:26,36:62:99:0|1:495385_A_G:1426,0,979 1|0:92,21:113:99:0|1:495385_A_G:593,0,3805 1|1:0,69:69:99:1|1:495385_A_G:2984,210,0 1|1:0,115:115:99:1|1:495385_A_G:5084,349,0 1|1:0,102:102:99:1|1:495385_A_G:4511,307,0 0|1:10,54:64:99:0|1:495385_A_G:2260,0,411 0|0:164,0:164:81:.:.:0,81,4020 1|1:0,143:143:99:1|1:495385_A_G:6334,430,0 0|1:18,60:78:99:0|1:495385_A_G:2463,0,590 1|1:0,125:125:99:1|1:495385_A_G:5663,391,0 1|1:1,128:129:99:1|1:495385_A_G:5672,338,0 1|1:0,104:104:99:1|1:495385_A_G:4601,319,0 1|0:78,38:116:99:0|1:495385_A_G:1318,0,4200 1|0:31,22:53:99:0|1:495385_A_G:732,0,1769 1|1:0,127:127:99:1|1:495385_A_G:5674,397,0 0|1:136,31:167:99:0|1:495385_A_G:858,0,7829 1|1:1,131:132:99:1|1:495385_A_G:5808,338,0 1|1:0,243:243:99:1|1:495385_A_G:10650,737,0 1|1:2,201:203:99:1|1:495385_A_G:8887,536,0 1|1:1,177:178:99:1|1:495385_A_G:7966,528,0 1|1:0,82:82:99:1|1:495385_A_G:3619,250,0 1|1:1,124:125:99:1|1:495385_A_G:5638,349,0 1|1:2,131:133:99:1|1:495385_A_G:5830,304,0 1|0:197,29:226:99:0|1:495385_A_G:614,0,11474 1|1:4,150:154:99:1|1:495385_A_G:6415,219,0 1|1:0,212:212:99:1|1:495385_A_G:9343,653,0 1|1:5,134:139:99:1|1:495385_A_G:5716,117,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,177:180:99:1|1:495385_A_G:7768,427,0 1|1:0,216:216:99:1|1:495385_A_G:9583,659,0 1|1:9,182:191:99:1|1:495385_A_G:7647,192,0 1|1:0,277:277:99:1|1:495385_A_G:12307,852,0 1|1:0,130:130:99:1|1:495385_A_G:5703,391,0 1|1:0,194:194:99:1|1:495385_A_G:8608,590,0 1|1:0,165:165:99:1|1:495385_A_G:7438,506,0 1|1:0,222:222:99:1|1:495385_A_G:10045,689,0 0|1:8,123:131:46:0|1:495385_A_G:5093,0,46 1|1:0,192:192:99:1|1:495385_A_G:8587,590,0 1|0:14,100:114:99:0|1:495385_A_G:4124,0,278 1|1:0,164:164:99:1|1:495385_A_G:7306,505,0 1|1:0,173:173:99:1|1:495385_A_G:7739,533,0 1|1:0,118:118:99:1|1:495385_A_G:5342,364,0 1|1:0,141:141:99:1|1:495385_A_G:6377,439,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,114,1800 1|1:0,159:159:99:1|1:495385_A_G:6996,481,0 1|1:0,217:217:99:1|1:495385_A_G:9744,665,0 1|1:10,159:169:71:1|1:495385_A_G:6634,71,0 1|1:0,172:172:99:1|1:495385_A_G:7705,524,0 1|1:6,129:135:73:1|1:495385_A_G:5474,73,0 0|1:24,86:110:99:0|1:495385_A_G:3533,0,1073 0|1:20,75:95:99:0|1:495385_A_G:3034,0,901 1|1:0,178:178:99:1|1:495385_A_G:7904,536,0 1|1:0,214:214:99:1|1:495385_A_G:9679,671,0 1|0:7,116:123:31:0|1:495385_A_G:4980,0,31 1|1:0,222:222:99:1|1:495385_A_G:9759,680,0 0|1:97,41:138:99:0|1:495385_A_G:1412,0,5496 1|1:2,186:188:99:1|1:495385_A_G:8098,488,0 1|1:0,206:206:99:1|1:495385_A_G:9297,632,0 1|1:0,191:191:99:1|1:495385_A_G:8484,580,0 1|1:0,212:212:99:1|1:495385_A_G:9456,650,0 1|1:0,180:180:99:1|1:495385_A_G:7999,548,0 1|1:0,204:204:99:1|1:495385_A_G:9043,632,0 1|1:0,109:109:99:1|1:495385_A_G:4857,334,0 1|1:7,157:164:99:1|1:495385_A_G:6722,188,0 1|1:0,163:163:99:1|1:495385_A_G:7299,497,0 1|1:0,230:230:99:1|1:495385_A_G:10065,704,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|1:16,93:109:99:0|1:495385_A_G:3777,0,564 1|1:0,101:101:99:1|1:495385_A_G:4487,307,0 1|1:0,75:75:99:1|1:495385_A_G:3348,232,0 1|1:0,217:217:99:1|1:495385_A_G:9693,668,0 0|1:20,51:71:99:0|1:495385_A_G:2045,0,1031 1|1:0,156:156:99:1|1:495385_A_G:7071,491,0 1|1:0,141:141:99:1|1:495385_A_G:6375,436,0 1|1:1,78:79:99:1|1:495385_A_G:3463,199,0 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,112:112:99:1|1:495385_A_G:4998,340,0 1|1:0,117:117:99:1|1:495385_A_G:5263,358,0 0|0:136,0:136:80:.:.:0,80,3446 1|1:0,110:110:99:1|1:495385_A_G:4913,340,0 1|1:2,152:154:99:1|1:495385_A_G:6643,363,0 1|0:46,42:88:99:0|1:495385_A_G:1619,0,1821 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1800 1|1:0,181:181:99:1|1:495385_A_G:7912,545,0 1|1:0,177:177:99:1|1:495385_A_G:7936,542,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|0:1,9:10:33:0|1:495385_A_G:375,0,33 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1800 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1550 1|1:0,90:90:99:1|1:495385_A_G:4021,277,0 1|1:0,89:89:99:1|1:495385_A_G:3944,274,0 1|1:0,129:129:99:1|1:495385_A_G:5793,394,0 1|0:11,144:155:46:0|1:495385_A_G:5952,0,46 1|1:0,110:110:99:1|1:495385_A_G:4893,337,0 1|1:0,153:153:99:1|1:495385_A_G:6980,479,0 1|1:0,127:127:99:1|1:495385_A_G:5668,388,0 0|1:55,21:76:99:0|1:495385_A_G:687,0,2304 0|1:62,26:88:99:0|1:495385_A_G:895,0,3668 1|1:0,131:131:99:1|1:495385_A_G:5879,403,0 1|1:8,128:136:42:1|1:495385_A_G:5345,42,0 1|0:119,50:169:99:0|1:495385_A_G:1690,0,4817 1|1:3,93:96:99:1|1:495385_A_G:4088,163,0 1|1:0,129:129:99:1|1:495385_A_G:5761,397,0 1|1:0,79:79:99:1|1:495385_A_G:3553,244,0 1|1:0,213:213:99:1|1:495385_A_G:9486,653,0 0|1:53,98:151:99:0|1:495385_A_G:3868,0,1875 1|1:4,93:97:45:1|1:495385_A_G:3910,45,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,229:230:99:1|1:495385_A_G:10214,645,0 1|1:2,96:98:99:1|1:495385_A_G:4175,202,0 1|1:0,134:134:99:1|1:495385_A_G:6056,415,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800 1|0:11,81:92:99:0|1:495385_A_G:3379,0,218 1|1:0,70:70:99:1|1:495385_A_G:3177,217,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,86:86:99:1|1:495385_A_G:3956,274,0 1|0:14,195:209:99:0|1:495385_A_G:8149,0,176 1|1:0,109:109:99:1|1:495385_A_G:4857,334,0 0|1:99,15:114:99:0|1:495385_A_G:343,0,4137 1|1:1,113:114:99:1|1:495385_A_G:4970,288,0 1|0:13,124:137:99:0|1:495385_A_G:5182,0,145 1|1:0,93:93:99:1|1:495385_A_G:4268,292,0 1|0:9,67:76:99:0|1:495385_A_G:2679,0,173 1|1:0,84:84:99:1|1:495385_A_G:3744,253,0 1|1:0,62:62:99:1|1:495385_A_G:2802,190,0 0|1:18,75:93:99:0|1:495385_A_G:3014,0,807 1|1:0,75:75:99:1|1:495385_A_G:3351,226,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,76:76:99:1|1:495385_A_G:3373,232,0 1|1:0,162:162:99:1|1:495385_A_G:7278,497,0 1|1:0,212:212:99:1|1:495385_A_G:9458,656,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,61:63:99:1|1:495385_A_G:2617,100,0 1|0:12,192:204:35:0|1:495385_A_G:7921,0,35 1|0:72,13:85:99:0|1:495385_A_G:305,0,3008 0|1:27,45:72:99:0|1:495385_A_G:1765,0,1249 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|0:19,102:121:99:0|1:495385_A_G:4161,0,482 1|1:0,64:64:99:1|1:495385_A_G:2827,196,0 1|1:0,69:69:99:1|1:495385_A_G:3072,208,0 1|0:49,27:76:99:0|1:495385_A_G:996,0,1986 1|1:0,68:68:99:1|1:495385_A_G:3007,208,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1505 0|1:34,68:102:99:0|1:495385_A_G:2634,0,1550 1|1:0,205:205:99:1|1:495385_A_G:9145,629,0 1|0:56,24:80:99:0|1:495385_A_G:837,0,2396 1|1:0,129:129:99:1|1:495385_A_G:5745,397,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343 1|1:0,183:183:99:1|1:495385_A_G:8132,554,0 1|1:0,59:59:99:1|1:495385_A_G:2536,177,0 0|1:17,106:123:99:0|1:495385_A_G:4253,0,647 1|1:1,103:104:99:1|1:495385_A_G:4568,311,0 1|1:0,65:65:99:1|1:495385_A_G:2948,199,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1776 1|0:72,94:166:99:0|1:495385_A_G:3728,0,3742 1|1:1,94:95:99:1|1:495385_A_G:4139,229,0 1|0:2,5:7:97:0|1:495385_A_G:214,0,97 1|0:87,62:149:99:0|1:495385_A_G:2212,0,4698 1|1:0,100:100:99:1|1:495385_A_G:4508,310,0 1|1:0,128:128:99:1|1:495385_A_G:5746,388,0 0|1:36,71:107:99:0|1:495385_A_G:2855,0,1259 1|1:0,121:121:99:1|1:495385_A_G:5504,382,0 1|0:51,77:128:99:0|1:495385_A_G:3147,0,2359 1|1:0,180:180:99:1|1:495385_A_G:8061,550,0 1|0:37,17:54:99:0|1:495385_A_G:599,0,1538 1|1:0,25:25:75:1|1:495385_A_G:1125,75,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,267:268:99:1|1:495385_A_G:11911,809,0 1|1:0,112:112:99:1|1:495385_A_G:5051,346,0 1|1:0,218:218:99:1|1:495385_A_G:9808,665,0 1|0:2,20:22:41:0|1:495385_A_G:834,0,41 0|0:52,0:52:42:.:.:0,42,1352 1|1:0,160:160:99:1|1:495385_A_G:7125,488,0 0|1:24,56:80:99:0|1:495385_A_G:2307,0,814 0|0:59,0:59:37:.:.:0,37,1538 1|1:0,97:97:99:1|1:495385_A_G:4364,304,0 1|1:0,103:103:99:1|1:495385_A_G:4593,313,0 1|0:7,15:22:99:0|1:495385_A_G:566,0,249 1|1:0,72:72:99:1|1:495385_A_G:3207,217,0 1|1:0,44:44:99:1|1:495385_A_G:1981,135,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|1:3,25:28:85:0|1:495385_A_G:1036,0,85 1|1:0,149:149:99:1|1:495385_A_G:6689,452,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,200:200:99:1|1:495385_A_G:9045,611,0 1|1:0,166:166:99:1|1:495385_A_G:7481,506,0 1|1:0,204:204:99:1|1:495385_A_G:9241,629,0 1|1:0,178:178:99:1|1:495385_A_G:8009,545,0 1|1:0,181:181:99:1|1:495385_A_G:8201,557,0 1|1:0,139:139:99:1|1:495385_A_G:6319,430,0 0|1:11,205:216:69:0|1:495385_A_G:8551,0,69 1|1:0,188:188:99:1|1:495385_A_G:8461,575,0 1|1:0,201:201:99:1|1:495385_A_G:9117,617,0 1|1:0,26:26:81:1|1:495385_A_G:1200,81,0 1|1:0,184:184:99:1|1:495385_A_G:8260,557,0 1|1:0,180:180:99:1|1:495385_A_G:8066,545,0 1|1:0,215:215:99:1|1:495385_A_G:9749,659,0 1|1:0,179:179:99:1|1:495385_A_G:8203,557,0 1|1:0,191:191:99:1|1:495385_A_G:8824,602,0 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 1|0:13,159:172:99:0|1:495385_A_G:6652,0,289 1|1:2,224:226:99:1|1:495385_A_G:10006,553,0 1|1:0,151:151:99:1|1:495385_A_G:6754,457,0 1|0:120,59:179:99:0|1:495385_A_G:2240,0,4917 1|1:0,281:281:99:1|1:495385_A_G:12602,855,0 1|0:44,148:192:99:0|1:495385_A_G:6097,0,1458 1|1:0,95:95:99:1|1:495385_A_G:4331,295,0 1|1:1,91:92:99:1|1:495385_A_G:4074,238,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173 1|1:0,78:78:99:1|1:495385_A_G:3575,241,0 1|1:0,178:178:99:1|1:495385_A_G:8061,548,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,225:226:99:1|1:495385_A_G:10066,641,0 1|1:0,228:228:99:1|1:495385_A_G:10277,695,0 1|1:0,94:94:99:1|1:495385_A_G:4311,292,0 1|1:0,165:165:99:1|1:495385_A_G:7369,500,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|0:136,0:136:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,648:648:99:1|1:495385_A_G:29357,1989,0 1|1:0,796:796:99:1|1:495385_A_G:35656,2417,0 1|1:0,630:630:99:1|1:495385_A_G:28432,1941,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,27:27:84:1|1:495385_A_G:1248,84,0 1|1:0,92:92:99:1|1:495385_A_G:4074,277,0 1|1:5,84:89:43:1|1:495385_A_G:3490,43,0 1|1:0,200:200:99:1|1:495385_A_G:8915,611,0 1|1:1,222:223:99:1|1:495385_A_G:9954,612,0 1|1:3,430:433:99:1|1:495385_A_G:19080,1191,0 1|1:0,153:153:99:1|1:495385_A_G:6824,461,0 1|1:1,231:232:99:1|1:495385_A_G:10319,668,0 1|1:0,235:235:99:1|1:495385_A_G:10471,713,0 1|1:2,435:437:99:1|1:495385_A_G:19080,1178,0 1|1:0,303:303:99:1|1:495385_A_G:13716,927,0 1|1:0,460:460:99:1|1:495385_A_G:20317,1400,0 1|1:0,152:152:99:1|1:495385_A_G:6808,461,0 1|1:0,90:90:99:1|1:495385_A_G:3983,271,0 1|1:0,421:421:99:1|1:495385_A_G:18538,1271,0 1|1:0,85:85:99:1|1:495385_A_G:3830,262,0 1|1:0,286:286:99:1|1:495385_A_G:12836,873,0 1|1:0,233:233:99:1|1:495385_A_G:10442,710,0 1|1:1,201:202:99:1|1:495385_A_G:9014,548,0 1|1:5,253:258:99:1|1:495385_A_G:10916,407,0 1|1:8,239:247:99:1|1:495385_A_G:10148,175,0 1|1:0,213:213:99:1|1:495385_A_G:9585,653,0 1|1:0,260:260:99:1|1:495385_A_G:11624,786,0 1|0:223,36:259:99:0|1:495385_A_G:809,0,12233 1|0:18,223:241:99:0|1:495385_A_G:9376,0,523 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,115:118:99:1|1:495385_A_G:5100,229,0 1|0:196,195:391:99:0|1:495385_A_G:7436,0,9089 1|1:0,47:47:99:1|1:495385_A_G:2140,144,0 0|0:183,0:183:99:.:.:0,105,1800 1|0:170,95:265:99:0|1:495385_A_G:3505,0,6872 1|1:0,250:250:99:1|1:495385_A_G:11326,774,0 1|1:0,246:246:99:1|1:495385_A_G:11105,752,0 1|1:0,284:284:99:1|1:495385_A_G:12632,855,0 1|1:1,243:244:99:1|1:495385_A_G:10828,676,0 1|1:0,243:243:99:1|1:495385_A_G:10865,740,0 1|1:2,163:165:99:1|1:495385_A_G:7054,406,0 1|1:1,224:225:99:1|1:495385_A_G:10030,647,0 1|1:0,248:248:99:1|1:495385_A_G:11159,764,0 1|1:0,229:229:99:1|1:495385_A_G:10401,707,0 1|0:60,10:70:99:0|1:495385_A_G:203,0,3920 1|1:3,258:261:99:1|1:495385_A_G:11299,641,0 1|1:2,68:70:99:1|1:495385_A_G:2831,120,0 1|1:0,258:258:99:1|1:495385_A_G:11586,794,0 1|1:1,393:394:99:1|1:495385_A_G:17512,1169,0 1|1:1,172:173:99:1|1:495385_A_G:7579,480,0 1|1:0,417:417:99:1|1:495385_A_G:18447,1268,0 1|1:0,252:252:99:1|1:495385_A_G:11347,773,0 1|1:10,290:300:99:1|1:495385_A_G:12101,246,0 1|1:13,233:246:99:1|1:495385_A_G:9740,171,0 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|1:101,45:146:99:0|1:495385_A_G:1576,0,5454 0|1:133,129:262:99:0|1:495385_A_G:5129,0,6559 1|0:85,33:118:99:0|1:495385_A_G:1103,0,3614 1|1:1,184:185:99:1|1:495385_A_G:8218,549,0 1|0:2,31:33:44:0|1:495385_A_G:1244,0,44 1|1:1,251:253:99:.:.:11317,734,0 1|1:1,395:396:99:1|1:495385_A_G:17504,1138,0 1|1:3,293:296:99:1|1:495385_A_G:13086,691,0 0|1:177,20:197:99:0|1:495385_A_G:295,0,7441 1|1:21,355:376:99:1|1:495385_A_G:14846,189,0 1|1:1,113:114:99:1|1:495385_A_G:5109,307,0 1|1:0,258:258:99:1|1:495385_A_G:11620,792,0 1|1:0,225:225:99:1|1:495385_A_G:10090,691,0 1|1:0,390:390:99:1|1:495385_A_G:17299,1211,0 1|0:146,24:170:99:0|1:495385_A_G:591,0,9615 1|1:0,423:423:99:1|1:495385_A_G:18722,1279,0 1|1:0,604:604:99:1|1:495385_A_G:27390,1866,0 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,412:412:99:1|1:495385_A_G:18496,1261,0 1|1:1,309:310:99:1|1:495385_A_G:13579,898,0 1|1:1,241:242:99:1|1:495385_A_G:10931,701,0 0|0:309,0:309:99:.:.:0,101,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,135:135:99:1|1:495385_A_G:6087,412,0 1|1:0,131:131:99:1|1:495385_A_G:5810,403,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,183:183:99:1|1:495385_A_G:8309,563,0 1|1:0,184:184:99:1|1:495385_A_G:8334,560,0 1|1:0,198:198:99:1|1:495385_A_G:9004,611,0 1|1:0,190:190:99:1|1:495385_A_G:8613,586,0 1|1:0,219:219:99:1|1:495385_A_G:9830,665,0 1|1:0,212:212:99:1|1:495385_A_G:9530,644,0 1|1:0,68:68:99:1|1:495385_A_G:3069,211,0 1|1:0,50:50:99:1|1:495385_A_G:2222,153,0 1|1:0,161:161:99:1|1:495385_A_G:7178,485,0 1|1:0,171:171:99:1|1:495385_A_G:7754,527,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,121:121:99:1|1:495385_A_G:5482,373,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 1|0:28,231:259:99:0|1:495385_A_G:9572,0,1061 1|1:0,292:292:99:1|1:495385_A_G:13146,888,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1476 1|1:0,112:112:99:1|1:495385_A_G:5098,346,0 1|1:0,85:85:99:1|1:495385_A_G:3787,256,0 1|1:0,60:60:99:1|1:495385_A_G:2760,187,0 1|1:0,16:16:51:1|1:495385_A_G:752,51,0 1|1:0,282:282:99:1|1:495385_A_G:12882,876,0 0|1:104,172:276:99:0|1:495385_A_G:6863,0,4184 1|0:151,130:281:99:0|1:495385_A_G:4962,0,6301 1|1:0,33:33:99:1|1:495385_A_G:1461,99,0 1|1:0,212:212:99:1|1:495385_A_G:9473,647,0 0|1:212,44:256:99:0|1:495385_A_G:1174,0,9439 1|1:0,176:176:99:1|1:495385_A_G:8030,542,0 1|1:0,236:236:99:1|1:495385_A_G:10616,719,0 0|1:158,32:190:99:0|1:495385_A_G:865,0,7009 1|1:0,180:180:99:1|1:495385_A_G:8040,545,0 1|1:0,187:187:99:1|1:495385_A_G:8540,578,0 1|1:0,218:218:99:1|1:495385_A_G:9895,674,0 1|1:0,165:165:99:1|1:495385_A_G:7391,500,0 1|1:0,464:464:99:1|1:495385_A_G:21011,1430,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,672:672:99:1|1:495385_A_G:30221,2062,0 1|0:44,124:168:99:0|1:495385_A_G:5123,0,2605 1|1:0,239:239:99:1|1:495385_A_G:10814,734,0 1|1:1,64:65:99:1|1:495385_A_G:2756,121,0 1|1:0,25:25:75:1|1:495385_A_G:1105,75,0 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 495388 . A G 2.80179e+07 PASS FS=0;MQ=59.95;QD=28.37;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I49V;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ata/Gta;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.693;VQSLOD=10.01;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0004;FractionInformativeReads=0.976;GC=19.05;GQ_MEAN=314.47;GQ_STDDEV=266.31;HRun=0;InbreedingCoeff=0.545;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.278;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15148118;AF=0.778;AS_InbreedingCoeff=0.2589;MLEAC=4095;MLEAF=0.78;AN=858;AC=654 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,50:50:99:1|1:495385_A_G:2215,150,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,71:75:11:1|1:495385_A_G:2961,11,0 1|0:21,39:60:99:0|1:495385_A_G:1480,0,736 1|1:1,63:64:99:1|1:495385_A_G:2823,175,0 1|0:40,7:47:99:0|1:495385_A_G:171,0,2459 1|1:0,49:49:99:1|1:495385_A_G:2205,150,0 1|1:0,56:56:99:1|1:495385_A_G:2484,172,0 1|1:0,50:50:99:1|1:495385_A_G:2290,159,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|0:16,19:35:99:0|1:495385_A_G:772,0,825 1|1:0,68:68:99:1|1:495385_A_G:2927,205,0 1|1:0,45:45:99:1|1:495385_A_G:2018,141,0 1|1:3,50:53:27:1|1:495385_A_G:2089,27,0 1|1:0,26:26:81:1|1:495385_A_G:1159,81,0 1|1:0,31:31:96:1|1:495385_A_G:1360,96,0 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,100 1|1:1,35:36:63:1|1:495385_A_G:1493,63,0 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260 1|1:0,40:40:99:1|1:495385_A_G:1717,120,0 1|1:0,77:77:99:1|1:495385_A_G:3474,243,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352 1|1:0,224:224:99:1|1:495385_A_G:10004,683,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800 1|1:1,35:36:99:1|1:495385_A_G:1485,106,0 1|1:1,105:106:99:1|1:495385_A_G:4628,283,0 1|1:0,17:17:51:1|1:495385_A_G:748,51,0 1|1:0,12:12:36:1|1:495385_A_G:533,36,0 1|1:0,70:70:99:1|1:495385_A_G:3127,217,0 1|1:0,70:70:99:1|1:495385_A_G:3128,217,0 1|1:0,94:94:99:1|1:495385_A_G:4307,298,0 0|1:22,77:99:99:0|1:495385_A_G:3111,0,672 1|1:0,54:54:99:1|1:495385_A_G:2380,163,0 1|1:0,293:293:99:1|1:495385_A_G:13157,900,0 1|1:0,55:55:99:1|1:495385_A_G:2432,169,0 0|1:41,104:145:99:0|1:495385_A_G:4127,0,1681 1|1:0,73:73:99:1|1:495385_A_G:3287,226,0 1|1:0,59:59:99:1|1:495385_A_G:2591,180,0 1|1:1,59:60:99:1|1:495385_A_G:2593,147,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:111,0:111:88:.:.:0,88,2918 1|1:0,122:122:99:1|1:495385_A_G:5441,376,0 1|1:0,82:82:99:1|1:495385_A_G:3662,250,0 1|1:0,206:206:99:1|1:495385_A_G:9349,641,0 1|1:0,192:192:99:1|1:495385_A_G:8507,581,0 1|0:8,109:117:90:0|1:495385_A_G:4476,0,90 0|1:7,69:76:84:0|1:495385_A_G:2734,0,84 1|1:0,36:36:99:1|1:495385_A_G:1596,108,0 1|1:0,119:119:99:1|1:495385_A_G:5276,361,0 1|0:19,28:47:99:0|1:495385_A_G:1035,0,714 1|1:1,79:80:99:1|1:495385_A_G:3395,195,0 1|1:0,28:28:84:1|1:495385_A_G:1252,84,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800 1|0:37,168:205:99:0|1:495385_A_G:6929,0,966 1|1:0,107:107:99:1|1:495385_A_G:4681,327,0 1|1:2,70:72:99:1|1:495385_A_G:3097,103,0 1|1:0,100:100:99:1|1:495385_A_G:4499,307,0 1|1:0,75:75:99:1|1:495385_A_G:3350,235,0 1|1:0,56:56:99:1|1:495385_A_G:2567,178,0 0|1:21,64:85:99:0|1:495385_A_G:2627,0,1030 1|1:0,126:126:99:1|1:495385_A_G:5621,388,0 1|1:0,114:114:99:1|1:495385_A_G:5155,355,0 1|1:0,127:127:99:1|1:495385_A_G:5756,394,0 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:1|1:495385_A_G:2491,177,0 1|0:13,85:98:99:0|1:495385_A_G:3443,0,282 1|0:49,80:129:99:0|1:495385_A_G:3113,0,2034 1|1:0,84:84:99:1|1:495385_A_G:3716,253,0 1|1:0,44:44:99:1|1:495385_A_G:1933,135,0 1|1:0,73:73:99:1|1:495385_A_G:3201,220,0 1|1:0,56:56:99:1|1:495385_A_G:2442,168,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,112:112:99:1|1:495385_A_G:4995,343,0 1|0:37,65:102:99:0|1:495385_A_G:2574,0,2027 1|1:0,108:108:99:1|1:495385_A_G:4885,337,0 1|1:0,58:58:99:1|1:495385_A_G:2488,177,0 1|1:10,163:173:99:1|1:495385_A_G:6963,101,0 1|1:0,88:88:99:1|1:495385_A_G:3885,273,0 1|1:1,53:54:99:1|1:495385_A_G:2256,106,0 1|0:44,31:75:99:0|1:495385_A_G:1194,0,2401 1|1:5,74:79:15:1|1:495385_A_G:2936,15,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1374 1|0:26,36:62:99:0|1:495385_A_G:1426,0,979 1|0:92,21:113:99:0|1:495385_A_G:596,0,3782 1|1:0,69:69:99:1|1:495385_A_G:2984,210,0 1|1:0,111:111:99:1|1:495385_A_G:5030,343,0 1|1:0,101:101:99:1|1:495385_A_G:4514,307,0 0|1:10,55:65:99:0|1:495385_A_G:2260,0,411 0|0:163,0:163:56:.:.:0,56,3965 1|1:0,142:142:99:1|1:495385_A_G:6327,430,0 0|1:17,61:78:99:0|1:495385_A_G:2465,0,590 1|1:0,129:129:99:1|1:495385_A_G:5674,394,0 1|1:1,128:129:99:1|1:495385_A_G:5643,335,0 1|1:0,104:104:99:1|1:495385_A_G:4600,319,0 1|0:77,40:117:99:0|1:495385_A_G:1371,0,4175 1|0:33,20:53:99:0|1:495385_A_G:711,0,1772 1|1:0,131:131:99:1|1:495385_A_G:5764,406,0 0|1:140,31:171:99:0|1:495385_A_G:850,0,7904 1|1:1,131:132:99:1|1:495385_A_G:5867,344,0 1|1:0,235:235:99:1|1:495385_A_G:10583,728,0 1|1:2,201:203:99:1|1:495385_A_G:8941,542,0 1|1:1,178:179:99:1|1:495385_A_G:8027,534,0 1|1:0,82:82:99:1|1:495385_A_G:3668,256,0 1|1:1,127:128:99:1|1:495385_A_G:5557,340,0 1|1:2,135:137:99:1|1:495385_A_G:5827,304,0 1|0:204,29:233:99:0|1:495385_A_G:605,0,11553 1|1:4,146:150:99:1|1:495385_A_G:6303,207,0 1|1:0,212:212:99:1|1:495385_A_G:9368,653,0 1|1:5,135:140:99:1|1:495385_A_G:5715,117,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,179:182:99:1|1:495385_A_G:7831,433,0 1|1:0,215:215:99:1|1:495385_A_G:9530,653,0 1|1:9,178:187:99:1|1:495385_A_G:7588,161,0 1|1:0,276:276:99:1|1:495385_A_G:12253,846,0 1|1:0,125:125:99:1|1:495385_A_G:5656,388,0 1|1:0,192:192:99:1|1:495385_A_G:8638,593,0 1|1:0,166:166:99:1|1:495385_A_G:7410,503,0 1|1:0,226:226:99:1|1:495385_A_G:10084,692,0 0|1:7,123:130:46:0|1:495385_A_G:5097,0,46 1|1:0,192:192:99:1|1:495385_A_G:8559,587,0 1|0:15,103:118:99:0|1:495385_A_G:4149,0,302 1|1:0,162:162:99:1|1:495385_A_G:7298,503,0 1|1:0,172:172:99:1|1:495385_A_G:7767,536,0 1|1:0,120:120:99:1|1:495385_A_G:5318,361,0 1|1:0,142:142:99:1|1:495385_A_G:6323,433,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,114,1800 1|1:0,158:158:99:1|1:495385_A_G:7027,484,0 1|1:0,214:214:99:1|1:495385_A_G:9690,659,0 1|1:10,157:167:65:1|1:495385_A_G:6582,65,0 1|1:0,174:174:99:1|1:495385_A_G:7708,524,0 1|1:5,131:136:99:1|1:495385_A_G:5528,101,0 0|1:23,85:108:99:0|1:495385_A_G:3507,0,1076 0|1:21,73:94:99:0|1:495385_A_G:3034,0,900 1|1:0,178:178:99:1|1:495385_A_G:7963,542,0 1|1:0,217:217:99:1|1:495385_A_G:9627,665,0 1|0:7,123:130:29:0|1:495385_A_G:4986,0,29 1|1:0,217:217:99:1|1:495385_A_G:9688,671,0 0|1:96,41:137:99:0|1:495385_A_G:1405,0,5523 1|1:2,179:181:99:1|1:495385_A_G:7992,476,0 1|1:0,212:212:99:1|1:495385_A_G:9384,641,0 1|1:0,189:189:99:1|1:495385_A_G:8491,578,0 1|1:0,212:212:99:1|1:495385_A_G:9562,662,0 1|1:0,179:179:99:1|1:495385_A_G:8010,548,0 1|1:0,206:206:99:1|1:495385_A_G:9160,644,0 1|1:0,111:111:99:1|1:495385_A_G:4950,343,0 1|1:7,157:164:99:1|1:495385_A_G:6722,188,0 1|1:0,164:164:99:1|1:495385_A_G:7326,500,0 1|1:0,224:224:99:1|1:495385_A_G:10075,704,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|1:15,90:105:99:0|1:495385_A_G:3750,0,594 1|1:0,104:104:99:1|1:495385_A_G:4546,313,0 1|1:0,74:74:99:1|1:495385_A_G:3348,232,0 1|1:0,218:218:99:1|1:495385_A_G:9752,674,0 0|1:21,51:72:99:0|1:495385_A_G:2068,0,1032 1|1:0,158:158:99:1|1:495385_A_G:7066,491,0 1|1:0,144:144:99:1|1:495385_A_G:6377,436,0 1|1:1,78:79:99:1|1:495385_A_G:3490,202,0 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,112:112:99:1|1:495385_A_G:5032,343,0 1|1:0,117:117:99:1|1:495385_A_G:5263,358,0 0|0:135,0:135:86:.:.:0,86,3538 1|1:0,108:108:99:1|1:495385_A_G:4943,343,0 1|1:2,147:149:99:1|1:495385_A_G:6592,357,0 1|0:47,44:91:99:0|1:495385_A_G:1622,0,1821 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1800 1|1:0,175:175:99:1|1:495385_A_G:7858,539,0 1|1:0,179:179:99:1|1:495385_A_G:7995,548,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|0:1,9:10:33:0|1:495385_A_G:375,0,33 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1800 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1550 1|1:0,90:90:99:1|1:495385_A_G:3994,274,0 1|1:0,90:90:99:1|1:495385_A_G:3974,277,0 1|1:0,131:131:99:1|1:495385_A_G:5829,397,0 1|0:10,141:151:49:0|1:495385_A_G:5930,0,49 1|1:0,107:107:99:1|1:495385_A_G:4845,331,0 1|1:0,157:157:99:1|1:495385_A_G:7011,482,0 1|1:0,124:124:99:1|1:495385_A_G:5611,382,0 0|1:56,21:77:99:0|1:495385_A_G:718,0,2276 0|1:63,26:89:99:0|1:495385_A_G:895,0,3668 1|1:0,129:129:99:1|1:495385_A_G:5798,394,0 1|1:8,128:136:69:1|1:495385_A_G:5398,69,0 1|0:118,48:166:99:0|1:495385_A_G:1667,0,4825 1|1:3,96:99:99:1|1:495385_A_G:4118,166,0 1|1:0,128:128:99:1|1:495385_A_G:5788,400,0 1|1:0,78:78:99:1|1:495385_A_G:3553,244,0 1|1:0,210:210:99:1|1:495385_A_G:9566,662,0 0|1:50,93:143:99:0|1:495385_A_G:3819,0,1881 1|1:4,93:97:45:1|1:495385_A_G:3910,45,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,225:226:99:1|1:495385_A_G:10162,639,0 1|1:2,95:97:99:1|1:495385_A_G:4199,205,0 1|1:0,136:136:99:1|1:495385_A_G:6057,415,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800 1|0:11,83:94:99:0|1:495385_A_G:3355,0,221 1|1:0,73:73:99:1|1:495385_A_G:3208,220,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,90:90:99:1|1:495385_A_G:3986,277,0 1|0:14,197:211:99:0|1:495385_A_G:8133,0,179 1|1:0,107:107:99:1|1:495385_A_G:4833,331,0 0|1:99,16:115:99:0|1:495385_A_G:346,0,4112 1|1:1,112:113:99:1|1:495385_A_G:5029,294,0 1|0:12,125:137:99:0|1:495385_A_G:5182,0,145 1|1:0,97:97:99:1|1:495385_A_G:4297,295,0 1|0:9,62:71:99:0|1:495385_A_G:2654,0,176 1|1:0,85:85:99:1|1:495385_A_G:3797,259,0 1|1:0,63:63:99:1|1:495385_A_G:2802,190,0 0|1:18,74:92:99:0|1:495385_A_G:3018,0,807 1|1:0,76:76:99:1|1:495385_A_G:3385,231,0 0|0:129,0:129:84:.:.:0,84,3301 1|1:0,74:74:99:1|1:495385_A_G:3319,226,0 1|1:0,164:164:99:1|1:495385_A_G:7354,503,0 1|1:0,213:213:99:1|1:495385_A_G:9495,659,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,61:63:99:1|1:495385_A_G:2648,103,0 1|0:12,193:205:29:0|1:495385_A_G:7971,0,29 1|0:74,13:87:99:0|1:495385_A_G:330,0,3027 0|1:26,44:70:99:0|1:495385_A_G:1769,0,1249 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|0:20,102:122:99:0|1:495385_A_G:4180,0,506 1|1:0,63:63:99:1|1:495385_A_G:2827,196,0 1|1:0,70:70:99:1|1:495385_A_G:3134,214,0 1|0:50,29:79:99:0|1:495385_A_G:1019,0,2009 1|1:0,71:71:99:1|1:495385_A_G:3115,220,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1505 0|1:34,65:99:99:0|1:495385_A_G:2640,0,1553 1|1:0,207:207:99:1|1:495385_A_G:9231,638,0 1|0:56,25:81:99:0|1:495385_A_G:864,0,2369 1|1:0,132:132:99:1|1:495385_A_G:5840,406,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343 1|1:0,180:180:99:1|1:495385_A_G:8107,551,0 1|1:0,58:58:99:1|1:495385_A_G:2567,180,0 0|1:17,98:115:99:0|1:495385_A_G:4226,0,650 1|1:1,101:102:99:1|1:495385_A_G:4540,308,0 1|1:0,68:68:99:1|1:495385_A_G:2997,205,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1776 1|0:70,96:166:99:0|1:495385_A_G:3736,0,3695 1|1:1,93:94:99:1|1:495385_A_G:4081,223,0 1|0:2,5:7:99:0|1:495385_A_G:188,0,100 1|0:93,60:153:99:0|1:495385_A_G:2243,0,4722 1|1:0,101:101:99:1|1:495385_A_G:4517,310,0 1|1:0,128:128:99:1|1:495385_A_G:5772,391,0 0|1:35,70:105:99:0|1:495385_A_G:2828,0,1265 1|1:0,121:121:99:1|1:495385_A_G:5448,376,0 1|0:52,80:132:99:0|1:495385_A_G:3144,0,2386 1|1:0,181:181:99:1|1:495385_A_G:8085,553,0 1|0:38,17:55:99:0|1:495385_A_G:599,0,1538 1|1:0,25:25:75:1|1:495385_A_G:1125,75,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,266:267:99:1|1:495385_A_G:11942,812,0 1|1:0,111:111:99:1|1:495385_A_G:5022,343,0 1|1:0,221:221:99:1|1:495385_A_G:9870,671,0 1|0:2,20:22:41:0|1:495385_A_G:834,0,41 0|0:53,0:53:46:.:.:0,46,1427 1|1:0,158:158:99:1|1:495385_A_G:7018,476,0 0|1:23,59:82:99:0|1:495385_A_G:2355,0,785 0|0:58,0:58:61:.:.:0,61,1600 1|1:0,98:98:99:1|1:495385_A_G:4365,304,0 1|1:0,103:103:99:1|1:495385_A_G:4563,310,0 1|0:7,14:21:99:0|1:495385_A_G:563,0,249 1|1:0,71:71:99:1|1:495385_A_G:3207,217,0 1|1:0,45:45:99:1|1:495385_A_G:1981,135,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|1:3,25:28:85:0|1:495385_A_G:1036,0,85 1|1:0,147:147:99:1|1:495385_A_G:6656,449,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,204:204:99:1|1:495385_A_G:9101,617,0 1|1:0,166:166:99:1|1:495385_A_G:7547,512,0 1|1:0,204:204:99:1|1:495385_A_G:9241,629,0 1|1:0,182:182:99:1|1:495385_A_G:8139,557,0 1|1:0,181:181:99:1|1:495385_A_G:8133,551,0 1|1:0,141:141:99:1|1:495385_A_G:6283,427,0 0|1:10,202:212:78:0|1:495385_A_G:8464,0,78 1|1:0,189:189:99:1|1:495385_A_G:8561,584,0 1|1:0,203:203:99:1|1:495385_A_G:9151,620,0 1|1:0,27:27:81:1|1:495385_A_G:1200,81,0 1|1:0,185:185:99:1|1:495385_A_G:8286,560,0 1|1:0,181:181:99:1|1:495385_A_G:8101,548,0 1|1:0,215:215:99:1|1:495385_A_G:9682,653,0 1|1:0,182:182:99:1|1:495385_A_G:8202,557,0 1|1:0,199:199:99:1|1:495385_A_G:8894,608,0 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 1|0:13,161:174:99:0|1:495385_A_G:6683,0,286 1|1:2,224:226:99:1|1:495385_A_G:9950,547,0 1|1:0,150:150:99:1|1:495385_A_G:6780,458,0 1|0:122,63:185:99:0|1:495385_A_G:2206,0,4951 1|1:0,278:278:99:1|1:495385_A_G:12570,852,0 1|0:51,150:201:99:0|1:495385_A_G:6144,0,1610 1|1:0,96:96:99:1|1:495385_A_G:4331,295,0 1|1:1,90:91:99:1|1:495385_A_G:4048,235,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173 1|1:0,81:81:99:1|1:495385_A_G:3610,244,0 1|1:0,179:179:99:1|1:495385_A_G:8029,545,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,222:223:99:1|1:495385_A_G:10008,635,0 1|1:0,229:229:99:1|1:495385_A_G:10279,695,0 1|1:0,98:98:99:1|1:495385_A_G:4346,295,0 1|1:0,160:160:99:1|1:495385_A_G:7370,500,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|0:136,0:136:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,655:655:99:1|1:495385_A_G:29360,1989,0 1|1:0,792:792:99:1|1:495385_A_G:35685,2420,0 1|1:0,628:628:99:1|1:495385_A_G:28371,1935,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,28:28:84:1|1:495385_A_G:1248,84,0 1|1:0,92:92:99:1|1:495385_A_G:4100,280,0 1|1:5,84:89:49:1|1:495385_A_G:3550,49,0 1|1:0,194:194:99:1|1:495385_A_G:8911,611,0 1|1:1,227:228:99:1|1:495385_A_G:10024,618,0 1|1:3,435:438:99:1|1:495385_A_G:19092,1191,0 1|1:0,151:151:99:1|1:495385_A_G:6800,458,0 1|1:1,227:228:99:1|1:495385_A_G:10242,659,0 1|1:0,231:231:99:1|1:495385_A_G:10492,716,0 1|1:2,439:441:99:1|1:495385_A_G:19171,1187,0 1|1:0,307:307:99:1|1:495385_A_G:13784,933,0 1|1:0,466:466:99:1|1:495385_A_G:20358,1406,0 1|1:0,152:152:99:1|1:495385_A_G:6814,461,0 1|1:0,86:86:99:1|1:495385_A_G:3924,265,0 1|1:0,417:417:99:1|1:495385_A_G:18446,1262,0 1|1:0,87:87:99:1|1:495385_A_G:3894,268,0 1|1:0,282:282:99:1|1:495385_A_G:12794,870,0 1|1:0,232:232:99:1|1:495385_A_G:10466,713,0 1|1:1,203:204:99:1|1:495385_A_G:9021,548,0 1|1:5,251:256:99:1|1:495385_A_G:10939,410,0 1|1:9,237:246:99:1|1:495385_A_G:10116,172,0 1|1:0,214:214:99:1|1:495385_A_G:9586,653,0 1|1:0,258:258:99:1|1:495385_A_G:11659,789,0 1|0:228,35:263:99:0|1:495385_A_G:803,0,12303 1|0:18,227:245:99:0|1:495385_A_G:9398,0,520 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,117:120:99:1|1:495385_A_G:5157,235,0 1|0:196,196:392:99:0|1:495385_A_G:7474,0,9086 1|1:0,48:48:99:1|1:495385_A_G:2140,144,0 0|0:183,0:183:99:.:.:0,105,1800 1|0:171,97:268:99:0|1:495385_A_G:3552,0,6924 1|1:0,251:251:99:1|1:495385_A_G:11335,776,0 1|1:0,245:245:99:1|1:495385_A_G:10971,740,0 1|1:0,276:276:99:1|1:495385_A_G:12543,846,0 1|1:1,241:242:99:1|1:495385_A_G:10830,676,0 1|1:0,242:242:99:1|1:495385_A_G:10821,737,0 1|1:2,161:163:99:1|1:495385_A_G:7064,409,0 1|1:1,227:228:99:1|1:495385_A_G:10150,659,0 1|1:0,249:249:99:1|1:495385_A_G:11155,761,0 1|1:0,233:233:99:1|1:495385_A_G:10475,713,0 1|0:61,10:71:99:0|1:495385_A_G:200,0,3950 1|1:4,255:259:99:1|1:495385_A_G:11228,635,0 1|1:2,68:70:99:1|1:495385_A_G:2871,123,0 1|1:0,260:260:99:1|1:495385_A_G:11608,797,0 1|1:1,397:398:99:1|1:495385_A_G:17512,1169,0 1|1:1,168:169:99:1|1:495385_A_G:7545,477,0 1|1:0,419:419:99:1|1:495385_A_G:18455,1270,0 1|1:0,254:254:99:1|1:495385_A_G:11347,773,0 1|1:10,287:297:99:1|1:495385_A_G:12125,247,0 1|1:12,226:238:99:1|1:495385_A_G:9861,183,0 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|1:103,46:149:99:0|1:495385_A_G:1570,0,5518 0|1:132,134:266:99:0|1:495385_A_G:5164,0,6528 1|0:85,33:118:99:0|1:495385_A_G:1134,0,3611 1|1:0,185:185:99:1|1:495385_A_G:8202,546,0 1|0:2,31:33:44:0|1:495385_A_G:1244,0,44 1|1:1,255:256:99:.:.:11366,738,0 1|1:1,401:402:99:1|1:495385_A_G:17525,1145,0 1|1:3,298:301:99:1|1:495385_A_G:13071,691,0 0|1:182,21:203:99:0|1:495385_A_G:318,0,7531 1|1:22,356:378:99:1|1:495385_A_G:14898,195,0 1|1:1,115:116:99:1|1:495385_A_G:5109,307,0 1|1:0,261:261:99:1|1:495385_A_G:11687,798,0 1|1:0,224:224:99:1|1:495385_A_G:10057,686,0 1|1:0,401:401:99:1|1:495385_A_G:17397,1220,0 1|0:148,26:174:99:0|1:495385_A_G:616,0,9677 1|1:0,424:424:99:1|1:495385_A_G:18728,1279,0 1|1:0,604:604:99:1|1:495385_A_G:27230,1850,0 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,406:406:99:1|1:495385_A_G:18503,1261,0 1|1:1,308:309:99:1|1:495385_A_G:13610,901,0 1|1:1,245:246:99:1|1:495385_A_G:10928,701,0 0|0:309,0:309:99:.:.:0,101,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:1|1:495385_A_G:6120,415,0 1|1:0,123:123:99:1|1:495385_A_G:5743,397,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,186:186:99:1|1:495385_A_G:8366,569,0 1|1:0,185:185:99:1|1:495385_A_G:8299,557,0 1|1:0,203:203:99:1|1:495385_A_G:9093,620,0 1|1:0,192:192:99:1|1:495385_A_G:8649,590,0 1|1:0,217:217:99:1|1:495385_A_G:9808,662,0 1|1:0,212:212:99:1|1:495385_A_G:9530,644,0 1|1:0,67:67:99:1|1:495385_A_G:3037,208,0 1|1:0,49:49:99:1|1:495385_A_G:2193,150,0 1|1:0,159:159:99:1|1:495385_A_G:7212,488,0 1|1:0,173:173:99:1|1:495385_A_G:7729,524,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,121:121:99:1|1:495385_A_G:5482,373,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 1|0:26,226:252:99:0|1:495385_A_G:9439,0,1048 1|1:0,293:293:99:1|1:495385_A_G:13211,894,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1476 1|1:0,114:114:99:1|1:495385_A_G:5098,346,0 1|1:0,84:84:99:1|1:495385_A_G:3787,256,0 1|1:0,63:63:99:1|1:495385_A_G:2795,190,0 1|1:0,17:17:51:1|1:495385_A_G:752,51,0 1|1:0,290:290:99:1|1:495385_A_G:12942,882,0 0|1:104,171:275:99:0|1:495385_A_G:6902,0,4095 1|0:149,130:279:99:0|1:495385_A_G:4992,0,6281 1|1:0,33:33:99:1|1:495385_A_G:1469,99,0 1|1:0,207:207:99:1|1:495385_A_G:9508,650,0 0|1:217,43:260:99:0|1:495385_A_G:1134,0,9542 1|1:0,182:182:99:1|1:495385_A_G:8097,548,0 1|1:0,237:237:99:1|1:495385_A_G:10716,728,0 0|1:157,34:191:99:0|1:495385_A_G:924,0,7007 1|1:0,177:177:99:1|1:495385_A_G:8037,545,0 1|1:0,192:192:99:1|1:495385_A_G:8572,581,0 1|1:0,224:224:99:1|1:495385_A_G:9927,677,0 1|1:0,163:163:99:1|1:495385_A_G:7388,500,0 1|1:0,471:471:99:1|1:495385_A_G:21163,1445,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,669:669:99:1|1:495385_A_G:30222,2062,0 1|0:44,126:170:99:0|1:495385_A_G:5144,0,2602 1|1:0,243:243:99:1|1:495385_A_G:10857,737,0 1|1:1,64:65:99:1|1:495385_A_G:2822,127,0 1|1:0,24:24:72:1|1:495385_A_G:1080,72,0 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 495465 . A T 1.77185e+06 PASS FS=0;MQ=60.38;QD=26.76;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K74N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaA/aaT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.702;VQSLOD=9.49;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=-0.0001;NCC=0;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.217;MQRankSum=0.1;POSITIVE_TRAIN_SITE;ReadPosRankSum=0.7;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14183032;AF=0.083;MLEAC=435;MLEAF=0.083;AN=856;AC=14 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1537:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,113,1757:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1240:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1644:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1322:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,754:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,196:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1139:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1190:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1766:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:42,67:109:99:.:.:2692,0,1603:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1343:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1482:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1269:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1691:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,988:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1374:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1032:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,183:186:99:1|1:495465_A_T:7786,427,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:143,32:175:99:0|1:495465_A_T:873,0,5703:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,25:144:99:0|1:495465_A_T:615,0,7593:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,20:165:99:0|1:495465_A_T:327,0,5742:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,75:176:99:0|1:495465_A_T:2559,0,3783:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:48:.:.:0,48,3462:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 1|1:0,108:108:99:1|1:495465_A_T:4571,325,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1550:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:166,29:195:99:0|1:495465_A_T:671,0,6704:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,24:152:99:.:.:564,0,6206:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:495465_A_T:4006,277,0:. 1|0:75,9:84:3:.:.:3,0,2508:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1505:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1776:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,227:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1300:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,392:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1176:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:602,0:602:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:.:.:120 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:.:.:.:.:120 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:501,0:501:.:.:.:.:120 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:400,0:400:.:.:.:.:120 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1477:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:120 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:120 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:.:.:.:.:120 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:.:.:.:.:120 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:.:.:.:.:120 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:103 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:423,0:423:.:.:.:.:120 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:.:.:.:.:120 0|0:408,0:408:.:.:.:.:120 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:.:.:.:.:120 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:.:.:.:.:120 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:.:.:.:.:101 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1476:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,655:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:674,0:674:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495649 . C A 8.94012e+06 PASS FS=0;MQ=60.2;QD=26.25;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q136K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Caa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.67;VQSLOD=9.59;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.22;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=14.29;GQ_MEAN=249.72;GQ_STDDEV=253.98;HRun=3;InbreedingCoeff=0.7014;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.456;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14475595;AF=0.325;AS_InbreedingCoeff=0.9858;MLEAC=1714;MLEAF=0.326;AN=856;AC=357 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:31,34:65:99:.:.:856,0,727:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1833,174,0:. 0|1:19,46:65:99:.:.:1267,0,345:. 1|1:1,59:60:99:.:.:1864,150,0:. 1|1:3,65:68:99:.:.:1950,115,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1158,108,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1587:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2204,208,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1380:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1934,183,0:. 0|1:24,28:52:99:.:.:753,0,519:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1519,144,0:. 0|1:25,29:54:99:.:.:761,0,553:. 0|0:21,0:21:36:.:.:0,36,557:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:32,0:32:48:.:.:0,48,810:. 0|0:29,0:29:22:.:.:0,22,743:. 0|0:37,0:37:74:.:.:0,74,971:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1766:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,34:34:99:.:.:983,101,0:. 0|1:46,62:108:99:.:.:1444,0,906:. 0|1:2,11:13:17:.:.:274,0,17:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,346:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1688,162,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1391:. 0|1:68,41:109:99:.:.:951,0,1495:. 1|0:90,17:107:99:.:.:211,0,2149:. 1|0:48,16:64:99:.:.:268,0,1134:. 1|1:0,353:353:99:.:.:10465,1055,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 1|0:115,26:141:99:.:.:392,0,2763:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,9:52:99:.:.:105,0,991:. 1|0:58,19:77:99:.:.:313,0,1322:. 0|1:16,55:71:99:.:.:1435,0,223:. 1|1:11,104:115:51:.:.:2878,51,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3098,315,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:.:.:5685,565,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,28:119:99:.:.:477,0,2088:. 1|0:45,35:80:99:.:.:811,0,1007:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1161,116,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,33:58:99:.:.:786,0,517:. 1|1:1,88:89:99:.:.:2657,257,0:. 0|1:17,5:22:76:.:.:76,0,396:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:99,130:229:99:.:.:3246,0,2144:. 1|1:1,115:116:99:.:.:3292,318,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,75:76:99:.:.:2194,199,0:. 0|1:56,11:67:99:.:.:146,0,1348:. 0|1:53,12:65:99:.:.:178,0,1274:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3169,321,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,321:321:99:.:.:9901,964,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1670,165,0:. 0|1:62,37:99:99:.:.:815,0,1418:. 0|1:77,46:123:99:.:.:1005,0,1763:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,988:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1448,147,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,36:114:99:.:.:765,0,1822:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:89:.:.:0,89,1269:. 1|0:116,89:205:99:.:.:2065,0,2529:. 0|1:12,73:85:98:.:.:1895,0,98:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2346,245,0:. 1|0:44,33:77:99:.:.:732,0,988:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1653,165,0:. 1|0:22,37:59:99:.:.:888,0,423:. 1|0:17,80:97:99:.:.:2133,0,188:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1803,183,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2779,274,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,56:61:43:.:.:1551,43,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3178,315,0:. 0|1:85,12:97:74:.:.:74,0,2054:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,71:98:99:.:.:1814,0,458:. 0|1:45,48:93:99:.:.:1104,0,890:. 0|1:38,11:49:99:.:.:160,0,878:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5068,517,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,246:246:99:.:.:7319,738,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4100,405,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3099,315,0:. 1|1:14,123:137:24:.:.:3291,24,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,216:227:99:.:.:6147,363,0:. 1|1:2,147:149:99:.:.:4333,393,0:. 1|1:1,204:205:99:.:.:6168,589,0:. 0|1:34,138:172:99:.:.:3676,0,431:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5058,507,0:. 1|0:50,139:189:99:.:.:3542,0,782:. 1|1:1,242:243:99:.:.:7237,701,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,104:167:99:.:.:2612,0,1204:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,47:126:99:.:.:1029,0,1765:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5864,594,0:. 1|0:62,68:130:99:.:.:1664,0,1301:. 1|1:18,165:183:63:.:.:4352,63,0:. 0|1:99,74:173:99:.:.:1682,0,2211:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4615,469,0:. 1|1:0,171:171:99:.:.:5104,513,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,75:159:99:.:.:1742,0,1782:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,37:130:99:.:.:702,0,2164:. 0|1:29,68:97:99:.:.:1691,0,463:. 1|0:129,33:162:99:.:.:491,0,3019:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:.:.:6236,646,0:. 1|0:45,104:149:99:.:.:2693,0,834:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:.:.:4828,491,0:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5860,586,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,37:163:99:.:.:644,0,3005:. 0|1:30,165:195:99:.:.:4408,0,253:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3316,336,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,24:69:99:.:.:533,0,1025:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4759,474,0:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3869,390,0:. 0|1:39,42:81:99:.:.:1002,0,795:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,141:142:99:.:.:4117,397,0:. 1|1:1,134:135:99:.:.:3923,374,0:. 1|1:6,136:142:99:.:.:3991,276,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,49:110:99:.:.:1159,0,1373:. 1|0:52,72:124:99:.:.:1756,0,1010:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:106,69:175:99:.:.:1552,0,2337:. 1|0:51,126:177:99:.:.:3243,0,882:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2961,302,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2909,289,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,87:134:99:.:.:2209,0,896:. 1|0:104,44:148:99:.:.:838,0,2401:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2644,261,0:. 0|0:149,12:161:99:.:.:0,124,3673:. 1|1:1,144:145:99:.:.:4249,404,0:. 1|0:25,79:104:99:.:.:2041,0,384:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3987,402,0:. 0|1:123,30:153:99:.:.:429,0,2947:. 1|0:144,29:173:99:.:.:344,0,3474:. 1|1:8,93:101:74:.:.:2597,74,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:.:.:6501,657,0:. 0|1:57,101:158:99:.:.:2593,0,1099:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4041,403,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,86:111:99:.:.:2196,0,360:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2850,288,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,194:196:99:.:.:5652,533,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,135:143:99:.:.:3877,209,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,104:150:99:.:.:2668,0,807:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,65:70:76:.:.:1795,76,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|1:40,60:100:99:.:.:1482,0,767:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:73:.:.:0,73,3206:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,16:62:99:.:.:285,0,1080:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,98:113:53:.:.:2537,0,53:. 0|1:19,35:54:99:.:.:910,0,362:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 1|0:49,13:62:99:.:.:219,0,1135:. 1|0:81,38:119:99:.:.:831,0,1812:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2030,204,0:. 0|1:36,35:71:99:.:.:836,0,699:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2520,249,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1505:. 1|0:83,17:100:99:.:.:189,0,1959:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,29:95:99:.:.:606,0,1532:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3483,340,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2521,257,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2177,222,0:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1636:. 0|1:68,89:157:99:.:.:2136,0,1370:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2594,269,0:. 1|0:3,0:3:9:.:.:0,9,86:. 0|1:108,64:172:99:.:.:1386,0,2481:. 1|0:72,57:129:99:.:.:1299,0,1612:. 1|0:94,62:156:99:.:.:1363,0,2094:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3586,360,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,31:47:99:.:.:782,0,302:. 1|1:1,32:33:68:.:.:949,68,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2976,296,0:. 1|0:80,196:276:99:.:.:4993,0,1418:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:19,191:210:99:.:.:5068,113,0:. 1|1:1,16:17:23:.:.:456,23,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1239,123,0:. 0|1:27,150:177:99:.:.:3881,0,175:. 1|0:69,21:90:99:.:.:435,0,1879:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1300:. 1|0:33,62:95:99:.:.:1564,0,606:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,8:16:99:.:.:190,0,174:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1815,164,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1176:. 1|1:6,132:138:99:.:.:3746,242,0:. 1|0:5,22:27:52:.:.:570,0,52:. 1|1:1,162:163:99:.:.:5762,458,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:.:.:7096,602,0:. 1|0:189,18:207:21:.:.:21,0,5864:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:5332,445,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,178:179:99:.:.:6217,503,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1187,99,0:. 1|1:1,190:191:99:.:.:6771,542,0:. 1|1:2,198:200:99:.:.:6913,532,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:6497,547,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6712,560,0:. 1|1:16,208:224:99:.:.:6706,118,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:5271,445,0:. 0|0:195,16:211:83:.:.:0,83,6056:. 1|1:0,251:251:99:.:.:8700,755,0:. 0|1:73,106:179:99:.:.:3296,0,1969:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,179:180:99:.:.:6246,505,0:. 1|1:3,126:129:99:.:.:4436,281,0:. 1|1:1,191:192:99:.:.:6721,547,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8425,731,0:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,630:630:99:.:.:22097,1894,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,20:20:60:.:.:716,60,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6739,589,0:. 1|1:3,250:253:99:.:.:8402,657,0:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,575:580:99:.:.:19028,1622,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,535:535:99:.:.:18130,1599,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,253:266:99:.:.:8187,382,0:. 1|0:182,58:240:99:.:.:1188,0,5133:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:.:.:8987,796,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,99:102:99:.:.:3259,203,0:. 0|0:400,0:400:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,37:61:99:.:.:1088,0,609:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7323,632,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,263:264:99:.:.:8925,759,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,160:243:99:.:.:4846,0,1971:. 1|0:162,29:191:99:.:.:425,0,4450:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,105:116:2:.:.:3170,2,0:. 0|1:208,42:250:99:.:.:707,0,6111:. 1|0:86,10:96:48:.:.:48,0,2401:. 0|1:268,31:299:99:.:.:174,0,7957:. 1|1:3,520:523:99:.:.:17518,1473,0:. 1|0:111,68:179:99:.:.:1740,0,3116:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:180,61:241:99:.:.:1407,0,5235:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,51:168:99:.:.:1183,0,3065:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,24:125:99:.:.:477,0,2933:. 0|1:67,123:190:99:.:.:3439,0,1591:. 1|0:6,38:44:47:.:.:1144,0,47:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,554:563:99:.:.:18182,1419,0:. 1|1:7,255:262:99:.:.:8567,556,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,434:489:99:.:.:13166,0,219:. 1|0:81,37:118:99:.:.:913,0,2330:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:178,25:203:99:.:.:290,0,5284:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,5:91:91:.:.:0,91,2672:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,531:533:99:.:.:18181,1556,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2461,214,0:. 0|1:75,62:137:99:.:.:1772,0,2117:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4527,406,0:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5463,481,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:145,56:201:99:.:.:1263,0,4044:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:.:.:7103,623,0:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6711,580,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,198:198:99:.:.:6977,596,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:6109,526,0:. 1|1:1,184:185:99:.:.:6237,520,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,263:263:99:.:.:9031,790,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2483,217,0:. 0|1:62,58:120:99:.:.:1610,0,1656:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,238:320:99:.:.:7302,0,1692:. 0|1:77,214:291:99:.:.:6644,0,1649:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8757,763,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5228,466,0:. 1|0:69,150:219:99:.:.:4432,0,1565:. 1|1:13,218:231:99:.:.:7152,267,0:. 0|1:26,184:210:99:.:.:5683,0,230:. 1|1:0,199:199:99:.:.:6826,598,0:. 0|0:243,0:243:86:.:.:0,86,6727:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5617,478,0:. 0|1:194,324:518:99:.:.:9745,0,5055:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,641:641:99:.:.:21925,1927,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,253:255:99:.:.:8704,699,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4454,376,0:. Pf3D7_01_v3 495680 . G A 1.09569e+07 PASS FS=0.66;MQ=60.31;QD=30.45;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R146Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=cGa/cAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.635;VQSLOD=7.3;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.65;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=33.33;GQ_MEAN=324.22;GQ_STDDEV=446.26;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5823;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.355;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14612643;AF=0.354;AS_InbreedingCoeff=0.6554;MLEAC=1866;MLEAF=0.355;AN=858;AC=336 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:28,37:65:99:0|1:495680_G_A:1383,0,901:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1439,135,0:. 0|1:41,24:65:99:.:.:572,0,908:. 1|1:1,62:63:99:1|1:495680_G_A:2686,151,0:. 0|1:5,63:68:47:0|1:495680_G_A:2383,0,47:. 1|0:38,5:43:31:.:.:31,0,954:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1297:. 1|1:0,74:74:99:1|1:495680_G_A:3209,232,0:. 0|0:43,0:43:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1674,138,0:. 0|1:25,18:43:99:.:.:456,0,586:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1247:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1922,141,0:. 0|0:29,0:29:54:.:.:0,54,772:. 0|0:34,0:34:61:.:.:0,61,901:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,921:. 0|0:35,0:35:76:.:.:0,76,915:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1766:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1313,129,0:. 0|1:48,60:108:99:0|1:495680_G_A:2267,0,1810:. 0|1:2,11:13:17:.:.:284,0,17:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1914,189,0:. 0|1:69,47:116:99:.:.:1052,0,1550:. 1|0:84,20:104:99:0|1:495680_G_A:518,0,3255:. 1|0:49,16:65:99:0|1:495680_G_A:533,0,2011:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|1:90,43:133:99:0|1:495680_G_A:1417,0,3243:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,17:74:99:.:.:277,0,1261:. 0|1:15,59:74:99:0|1:495680_G_A:2204,0,418:. 1|1:11,95:106:20:.:.:2587,20,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3640,366,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:.:.:6262,628,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,92:113:99:0|1:495680_G_A:3499,0,557:. 1|0:34,38:72:99:0|1:495680_G_A:1394,0,1172:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,44:58:99:.:.:1127,0,208:. 1|1:1,87:88:99:1|1:495680_G_A:3820,235,0:. 0|1:16,4:20:50:.:.:50,0,388:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:46,182:228:99:.:.:4915,0,543:. 1|1:1,126:127:99:.:.:3734,352,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,18:67:99:.:.:329,0,1145:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,35:99:99:0|1:495680_G_A:1267,0,2405:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,324:324:99:1|1:495680_G_A:14152,999,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:40,61:101:99:.:.:1521,0,774:. 0|1:9,106:115:21:0|1:495680_G_A:4244,0,21:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,988:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1468,156,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,40:111:99:0|1:495680_G_A:1308,0,2526:. 1|1:5,98:103:99:.:.:2814,167,0:. 0|0:48,0:48:82:.:.:0,82,1195:. 1|0:102,89:191:99:.:.:2070,0,2120:. 0|1:16,69:85:99:.:.:1772,0,202:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2304,240,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2498,247,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2066,212,0:. 1|0:23,33:56:99:.:.:810,0,464:. 1|0:22,91:113:99:.:.:2410,0,269:. 1|1:0,60:60:99:1|1:495680_G_A:2591,181,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,61:65:78:.:.:1719,78,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3006,303,0:. 0|1:87,12:99:62:.:.:62,0,2055:. 1|1:4,117:121:99:.:.:3366,250,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,72:92:99:.:.:1859,0,278:. 0|0:90,4:94:99:.:.:0,125,3881:. 0|1:39,8:47:96:.:.:96,0,909:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5005,504,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:1|1:495680_G_A:10679,752,0:. 0|0:220,0:220:63:.:.:0,63,4833:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4042,408,0:. 1|0:19,88:107:99:.:.:2359,0,193:. 1|0:15,131:146:99:0|1:495680_G_A:5182,0,194:. 1|0:69,52:121:99:0|1:495680_G_A:1951,0,2654:. 1|1:15,201:216:99:.:.:5643,215,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4274,426,0:. 1|1:0,230:230:99:1|1:495680_G_A:9910,698,0:. 0|1:31,147:178:99:0|1:495680_G_A:5779,0,734:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,154:204:99:.:.:3907,0,741:. 1|1:1,257:258:99:1|1:495680_G_A:11070,743,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:1|1:495680_G_A:9363,662,0:. 1|0:75,108:183:99:0|1:495680_G_A:4079,0,2683:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,21:133:99:.:.:230,0,2576:. 0|1:131,93:224:99:0|1:495680_G_A:3279,0,4816:. 1|0:67,75:142:99:0|1:495680_G_A:2885,0,2486:. 0|1:19,181:200:99:0|1:495680_G_A:7086,0,297:. 0|1:103,84:187:99:0|1:495680_G_A:3272,0,3790:. 1|1:10,124:134:99:.:.:3375,158,0:. 1|1:1,166:167:99:.:.:4834,472,0:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4806,483,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,206:227:99:0|1:495680_G_A:8160,0,259:. 1|0:80,84:164:99:0|1:495680_G_A:3165,0,2826:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,33:132:99:0|1:495680_G_A:978,0,3895:. 0|1:62,22:84:99:.:.:350,0,1326:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,203:229:99:0|1:495680_G_A:8085,0,510:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:1|1:495680_G_A:9922,710,0:. 1|0:43,94:137:99:0|1:495680_G_A:3608,0,1451:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:135,42:177:99:.:.:701,0,5095:. 0|1:26,189:215:99:0|1:495680_G_A:7687,0,480:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3449,356,0:. 1|0:105,14:119:75:.:.:75,0,2516:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3364,333,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,20:71:99:.:.:383,0,1162:. 1|1:0,158:158:99:1|1:495680_G_A:6941,487,0:. 1|1:0,143:143:99:1|1:495680_G_A:6315,448,0:. 0|1:35,47:82:99:.:.:1136,0,674:. 1|1:0,229:229:99:.:.:6667,687,0:. 1|1:2,148:150:99:.:.:4353,398,0:. 1|1:1,146:147:99:.:.:4386,411,0:. 1|1:10,129:139:99:.:.:3668,142,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,39:123:99:0|1:495680_G_A:1226,0,3289:. 1|0:58,73:131:99:.:.:1762,0,1155:. 1|0:21,156:177:99:0|1:495680_G_A:6366,0,292:. 0|1:109,73:182:99:0|1:495680_G_A:2525,0,4085:. 1|0:47,135:182:99:.:.:3474,0,720:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:13:.:.:0,13,301:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:1|1:495680_G_A:4513,319,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2952,300,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,77:136:99:.:.:1922,0,1201:. 0|1:135,14:149:99:.:.:126,0,5858:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3184,321,0:. 1|0:139,21:160:99:.:.:157,0,3227:. 1|1:1,132:133:99:.:.:3896,369,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4642,394,0:. 0|1:137,31:168:99:.:.:449,0,3262:. 1|0:149,33:182:99:.:.:429,0,3496:. 0|1:39,76:115:99:0|1:495680_G_A:2789,0,1504:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:.:.:5831,589,0:. 0|1:50,98:148:99:.:.:2474,0,923:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,136:137:99:.:.:4037,386,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,79:107:99:.:.:1996,0,730:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3032,304,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3024,306,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,184:191:99:1|1:495680_G_A:7690,311,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4492,447,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,98:149:99:0|1:495680_G_A:3866,0,1788:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3339,337,0:. 1|1:4,65:69:99:.:.:1861,99,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|1:49,59:108:99:.:.:1441,0,986:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:94:.:.:0,94,2072:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,16:64:99:.:.:269,0,1098:. 1|0:114,44:158:99:0|1:495680_G_A:1340,0,4292:. 0|1:8,103:111:23:0|1:495680_G_A:4085,0,23:. 0|1:21,38:59:99:.:.:969,0,392:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 1|0:52,15:67:99:0|1:495680_G_A:390,0,1964:. 1|0:89,40:129:99:.:.:811,0,1973:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:495680_G_A:3437,238,0:. 0|1:41,37:78:99:0|1:495680_G_A:1490,0,1550:. 1|1:0,74:74:99:1|1:495680_G_A:3133,223,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2344,234,0:. 1|0:71,31:102:99:.:.:626,0,1545:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,30:101:99:.:.:562,0,1601:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,19:131:99:.:.:191,0,2680:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2590,258,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2194,225,0:. 0|0:74,0:74:66:.:.:0,66,1695:. 0|1:87,78:165:99:.:.:1806,0,1867:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2845,280,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,135:. 0|1:159,34:193:99:0|1:495680_G_A:890,0,6100:. 1|0:84,63:147:99:.:.:1453,0,1866:. 1|0:83,70:153:99:.:.:1538,0,1763:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3623,361,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,45:121:99:.:.:964,0,1626:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:4,93:97:99:.:.:2736,181,0:. 1|0:98,206:304:99:0|1:495680_G_A:7818,0,3385:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,202:221:99:0|1:495680_G_A:7809,0,295:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 1|1:1,40:41:97:.:.:1197,97,0:. 0|1:25,148:173:99:.:.:3802,0,147:. 1|0:80,12:92:99:0|1:495680_G_A:285,0,3147:. 0|1:4,52:56:27:0|1:495680_G_A:2104,0,27:. 1|0:90,15:105:99:.:.:158,0,2081:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,4:17:73:.:.:73,0,275:. 1|0:35,37:72:99:.:.:890,0,758:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1176:. 1|1:4,118:122:99:.:.:3503,247,0:. 1|0:5,20:25:56:.:.:489,0,56:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:.:.:4445,385,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:1|1:495680_G_A:8559,593,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:.:.:5688,484,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,195:195:99:1|1:495680_G_A:8648,602,0:. 1|1:2,198:200:99:1|1:495680_G_A:8846,533,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:1|1:495680_G_A:9793,674,0:. 1|1:0,192:192:99:1|1:495680_G_A:8626,596,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:495680_G_A:5920,418,0:. 0|1:183,21:204:99:.:.:149,0,5641:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8756,749,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,170:171:99:.:.:5879,476,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,209:211:99:1|1:495680_G_A:9168,560,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,640:641:99:1|1:495680_G_A:28269,1917,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,741:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,83:92:10:.:.:2657,0,10:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,133:141:99:1|1:495680_G_A:5564,125,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,268:269:99:.:.:9201,777,0:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:135,165:300:99:.:.:4694,0,3508:. 0|0:585,0:585:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,526:527:99:1|1:495680_G_A:23065,1565,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:175,52:227:99:.:.:1107,0,4899:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:58:.:.:0,58,7326:. 1|1:0,225:225:99:1|1:495680_G_A:9714,683,0:. 1|1:0,262:262:99:1|1:495680_G_A:11409,795,0:. 0|1:246,26:272:56:.:.:56,0,7141:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,105:110:99:.:.:3440,169,0:. 0|0:400,0:400:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,45:59:99:.:.:1349,0,298:. 1|1:1,261:262:99:1|1:495680_G_A:11168,746,0:. 1|1:7,273:280:99:1|1:495680_G_A:11696,561,0:. 1|1:0,230:230:99:1|1:495680_G_A:10031,704,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9219,821,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,196:270:99:0|1:495680_G_A:7894,0,2408:. 1|0:64,112:176:99:0|1:495680_G_A:4442,0,2221:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:214,47:261:99:0|1:495680_G_A:1303,0,8414:. 1|0:30,69:99:99:0|1:495680_G_A:2766,0,1120:. 0|1:265,26:291:55:.:.:55,0,7803:. 1|1:0,527:527:99:1|1:495680_G_A:23298,1616,0:. 1|0:115,60:175:99:.:.:1583,0,3182:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:171,69:240:99:0|1:495680_G_A:2324,0,6643:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,50:175:99:0|1:495680_G_A:1574,0,6094:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,21:127:99:.:.:357,0,2972:. 0|1:70,125:195:99:0|1:495680_G_A:4981,0,2414:. 1|0:7,43:50:99:0|1:495680_G_A:1783,0,146:. 0|1:236,51:287:99:.:.:845,0,6660:. 1|1:7,543:550:99:1|1:495680_G_A:23826,1314,0:. 1|1:8,252:260:99:1|1:495680_G_A:10884,458,0:. 0|1:228,28:256:99:0|1:495680_G_A:480,0,9183:. 0|1:49,441:490:99:0|1:495680_G_A:17877,0,812:. 1|0:84,44:128:99:.:.:1161,0,2360:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,191:227:99:.:.:6066,0,517:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,198:200:99:1|1:495680_G_A:8536,494,0:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,23:88:99:.:.:538,0,1871:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:205,27:232:99:.:.:253,0,5934:. 1|1:1,538:539:99:1|1:495680_G_A:23550,1595,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:495680_G_A:5623,397,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:6282,541,0:. 0|1:50,147:197:99:.:.:4334,0,983:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:.:.:7980,691,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:495680_G_A:9297,653,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2130,186,0:. 1|1:0,192:192:99:1|1:495680_G_A:8416,593,0:. 1|1:0,183:183:99:1|1:495680_G_A:7923,560,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2468,219,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,232:309:99:0|1:495680_G_A:9208,0,2394:. 0|1:67,221:288:99:.:.:6888,0,1372:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:1|1:495680_G_A:11171,783,0:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5562,495,0:. 1|0:67,148:215:99:.:.:4435,0,1531:. 1|1:9,214:223:99:.:.:7137,368,0:. 0|1:27,183:210:99:0|1:495680_G_A:7553,0,565:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7514,655,0:. 0|0:223,20:243:32:.:.:0,32,6600:. 1|1:0,174:174:99:1|1:495680_G_A:7676,527,0:. 0|1:191,321:512:99:.:.:9497,0,4781:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,673:673:99:.:.:23067,2023,0:. 0|1:46,167:213:99:.:.:5183,0,852:. 1|1:2,242:244:99:1|1:495680_G_A:10450,659,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,702:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495698 . A C 1.12851e+07 PASS FS=0;MQ=60.19;QD=31.41;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K152T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aCa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.643;VQSLOD=9.63;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=14.29;GQ_MEAN=340.39;GQ_STDDEV=482.38;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5823;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.106;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14680330;AF=0.345;AS_InbreedingCoeff=0.6546;MLEAC=1811;MLEAF=0.345;AN=858;AC=336 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:22,40:62:99:0|1:495680_G_A:1448,0,809:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1489,153,0:. 0|1:33,26:59:99:.:.:595,0,874:. 1|1:2,66:68:99:1|1:495680_G_A:2871,135,0:. 0|1:5,55:60:32:0|1:495680_G_A:2485,0,32:. 0|0:37,4:41:3:.:.:0,3,1061:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1297:. 1|1:0,74:74:99:1|1:495680_G_A:3515,238,0:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:1,63:64:99:.:.:1794,159,0:. 0|1:24,17:41:99:.:.:374,0,657:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1247:. 1|1:3,43:46:17:1|1:495698_A_C:1697,17,0:. 0|0:30,0:30:38:.:.:0,38,855:. 0|0:34,0:34:70:.:.:0,70,1017:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,329:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1766:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:1,39:40:99:.:.:1051,110,0:. 0|1:51,60:111:99:0|1:495680_G_A:2379,0,2157:. 0|1:1,9:10:0:.:.:223,0,0:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,61:63:99:.:.:1698,154,0:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3134,350,0:. 1|0:96,20:116:99:0|1:495680_G_A:543,0,4129:. 1|0:42,23:65:99:0|1:495680_G_A:705,0,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|1:87,46:133:99:0|1:495680_G_A:1729,0,3756:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,20:75:99:.:.:308,0,1377:. 0|1:16,54:70:99:0|1:495680_G_A:2298,0,536:. 1|1:9,102:111:59:.:.:2549,59,0:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3448,371,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:.:.:5603,615,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,91:110:99:0|1:495680_G_A:3917,0,581:. 1|0:37,38:75:99:0|1:495680_G_A:1505,0,1445:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,42:54:99:.:.:1027,0,153:. 1|1:1,93:94:99:1|1:495680_G_A:4380,256,0:. 0|1:12,2:14:15:.:.:15,0,322:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:43,190:233:99:.:.:4711,0,622:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3499,375,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,22:66:99:.:.:383,0,1148:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,35:99:99:0|1:495680_G_A:1574,0,2664:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,319:320:99:1|1:495680_G_A:14552,936,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:39,61:100:99:.:.:1371,0,827:. 1|1:8,111:119:7:1|1:495680_G_A:4748,7,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1610,180,0:. 0|0:48,0:48:89:.:.:0,89,1310:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,37:96:99:0|1:495680_G_A:1403,0,2503:. 1|1:9,96:105:51:.:.:2433,51,0:. 0|0:49,0:49:62:.:.:0,62,1304:. 1|0:103,98:201:99:.:.:2042,0,2499:. 0|1:19,75:94:99:.:.:1819,0,276:. 1|1:1,74:75:99:.:.:1859,213,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2258,242,0:. 1|0:26,35:61:99:.:.:783,0,600:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1954,210,0:. 1|0:23,34:57:99:.:.:789,0,514:. 1|0:21,84:105:99:.:.:2000,0,338:. 1|1:0,60:60:99:1|1:495680_G_A:2745,184,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,64:71:2:.:.:1614,0,2:. 1|1:4,169:173:99:.:.:4250,396,0:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3212,350,0:. 0|1:78,12:90:55:.:.:55,0,2117:. 1|1:5,134:139:99:.:.:3568,272,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,77:99:99:.:.:1854,0,374:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,9:56:82:.:.:82,0,1206:. 1|1:0,168:168:99:.:.:4633,503,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:1|1:495680_G_A:11547,777,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,148:149:99:.:.:4022,437,0:. 1|0:19,84:103:99:.:.:1961,0,270:. 1|0:14,134:148:99:0|1:495680_G_A:5786,0,166:. 1|0:73,54:127:99:0|1:495680_G_A:2087,0,2960:. 1|1:13,206:219:99:.:.:5241,279,0:. 0|1:67,68:135:99:.:.:1464,0,1553:. 1|1:1,230:231:99:1|1:495680_G_A:10738,686,0:. 0|1:33,147:180:99:0|1:495680_G_A:6150,0,934:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,160:204:99:.:.:3703,0,728:. 1|1:1,270:271:99:1|1:495680_G_A:12390,792,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:1|1:495680_G_A:10464,707,0:. 1|0:76,109:185:99:0|1:495680_G_A:4547,0,2998:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,18:147:60:.:.:60,0,3365:. 0|1:123,88:211:99:0|1:495680_G_A:3409,0,5007:. 1|0:65,77:142:99:0|1:495680_G_A:3203,0,2506:. 0|1:22,178:200:99:0|1:495680_G_A:7762,0,382:. 0|1:99,101:200:99:0|1:495680_G_A:3928,0,3973:. 1|1:12,128:140:77:.:.:3083,77,0:. 1|1:1,185:186:99:.:.:4957,528,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4713,526,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,208:228:99:0|1:495680_G_A:9180,0,323:. 1|0:86,85:171:99:0|1:495680_G_A:3458,0,3396:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,30:138:99:0|1:495680_G_A:990,0,4598:. 0|1:59,23:82:99:.:.:356,0,1467:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,207:238:99:0|1:495680_G_A:8808,0,974:. 0|1:21,118:139:99:0|1:495698_A_C:4688,0,681:. 1|1:0,224:224:99:1|1:495680_G_A:10440,704,0:. 1|0:39,98:137:99:0|1:495680_G_A:4037,0,1382:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,59:181:99:0|1:495698_A_C:2220,0,4758:. 0|1:31,194:225:99:0|1:495680_G_A:8111,0,712:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3218,354,0:. 1|0:102,13:115:19:.:.:19,0,2775:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3167,344,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,7:74:27:.:.:0,27,1897:. 1|1:0,155:155:99:1|1:495680_G_A:7216,485,0:. 1|1:0,145:145:99:1|1:495680_G_A:6833,461,0:. 0|1:42,51:93:99:.:.:1077,0,902:. 1|1:0,230:230:99:.:.:6051,689,0:. 1|1:3,153:156:99:.:.:4090,376,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,130:139:99:.:.:3373,137,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,36:128:99:0|1:495680_G_A:1337,0,3788:. 1|0:56,71:127:99:.:.:1560,0,1260:. 1|0:18,161:179:99:0|1:495680_G_A:6931,0,253:. 0|1:111,83:194:99:0|1:495680_G_A:3215,0,4162:. 1|0:55,137:192:99:.:.:3248,0,1045:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:8:.:.:0,8,287:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:495680_G_A:4750,319,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,79:132:99:.:.:1804,0,1177:. 0|0:155,0:155:79:.:.:0,79,3754:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3069,333,0:. 1|0:139,19:158:42:.:.:42,0,3750:. 1|1:1,131:132:99:.:.:3607,365,0:. 1|0:27,80:107:99:.:.:1914,0,508:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,56:134:99:0|1:495698_A_C:2069,0,2991:. 0|1:141,30:171:99:.:.:332,0,3669:. 1|0:141,31:172:99:.:.:356,0,3731:. 0|1:45,73:118:99:0|1:495680_G_A:3012,0,1814:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:.:.:5655,626,0:. 0|1:53,101:154:99:.:.:2309,0,1089:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,138:140:99:.:.:3724,361,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,77:96:99:0|1:495698_A_C:3393,0,507:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2839,309,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3197,348,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,184:190:99:1|1:495680_G_A:8292,325,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4003,441,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,96:148:99:0|1:495680_G_A:3947,0,1930:. 1|1:0,108:108:99:.:.:2893,323,0:. 1|1:3,68:71:99:.:.:1743,121,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|1:46,62:108:99:.:.:1317,0,1063:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:58:.:.:0,58,2352:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,13:68:99:.:.:140,0,1450:. 1|0:114,40:154:99:0|1:495680_G_A:1405,0,4982:. 0|1:10,100:110:99:0|1:495680_G_A:4502,0,134:. 0|1:19,37:56:99:.:.:844,0,421:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 1|0:53,11:64:99:0|1:495680_G_A:318,0,2337:. 1|0:94,36:130:99:.:.:610,0,2514:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:495680_G_A:4061,274,0:. 0|1:44,43:87:99:0|1:495680_G_A:1670,0,1739:. 1|1:0,83:83:99:1|1:495680_G_A:3798,256,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2088,225,0:. 1|0:68,33:101:99:.:.:595,0,1694:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,36:103:99:.:.:693,0,1701:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,22:131:99:.:.:224,0,2869:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2348,261,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1889,207,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:93,79:172:99:.:.:1642,0,2219:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2426,264,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,140:. 0|1:160,37:197:99:0|1:495680_G_A:1138,0,6766:. 1|0:90,59:149:99:.:.:1189,0,2209:. 1|0:83,62:145:99:.:.:1286,0,2053:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3425,369,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,45:124:99:.:.:855,0,1878:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,34:52:99:.:.:794,0,392:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2556,273,0:. 1|0:98,199:297:99:0|1:495680_G_A:8479,0,3598:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,198:219:99:0|1:495680_G_A:7695,0,328:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,418:. 1|1:1,43:44:99:.:.:1146,101,0:. 1|1:0,173:173:99:.:.:4698,519,0:. 1|0:80,15:95:99:0|1:495680_G_A:377,0,3449:. 0|1:6,62:68:58:0|1:495680_G_A:2304,0,58:. 1|0:93,15:108:95:.:.:95,0,2428:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,5:17:86:.:.:86,0,279:. 1|0:41,33:74:99:.:.:686,0,995:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1176:. 1|1:3,119:122:99:.:.:3263,273,0:. 1|0:4,22:26:50:.:.:527,0,50:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4346,382,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:495680_G_A:9582,644,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:5367,469,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,201:201:99:1|1:495680_G_A:9252,620,0:. 1|1:2,217:219:99:1|1:495680_G_A:9978,590,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:1|1:495680_G_A:10703,719,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:495680_G_A:9356,629,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:495680_G_A:5865,394,0:. 0|1:187,22:209:99:.:.:138,0,6047:. 1|1:0,257:257:99:.:.:8740,773,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,158:159:99:.:.:5253,440,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,219:221:99:1|1:495680_G_A:10168,605,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,661:662:99:1|1:495680_G_A:30814,2032,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,741:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,94:102:44:.:.:2875,44,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,141:145:99:1|1:495680_G_A:6182,167,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,275:275:99:.:.:8926,826,0:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,172:310:99:.:.:4772,0,3789:. 0|0:585,0:585:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,502:503:99:1|1:495680_G_A:22827,1496,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:173,54:227:99:.:.:1072,0,5063:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:495680_G_A:10259,689,0:. 1|1:0,274:274:99:1|1:495680_G_A:12673,852,0:. 0|1:245,32:277:99:.:.:157,0,7424:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,118:121:99:.:.:3742,254,0:. 0|0:400,0:400:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,44:58:99:.:.:1258,0,312:. 1|1:1,266:267:99:1|1:495680_G_A:12402,795,0:. 1|1:8,272:280:99:1|1:495680_G_A:12339,516,0:. 1|1:0,231:231:99:1|1:495680_G_A:10951,737,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,292:292:99:.:.:9368,875,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,198:278:99:0|1:495680_G_A:8299,0,2871:. 1|0:62,116:178:99:0|1:495680_G_A:4831,0,2270:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:205,49:254:99:0|1:495680_G_A:1446,0,8917:. 1|0:27,68:95:99:0|1:495680_G_A:2832,0,1074:. 0|1:273,28:301:38:.:.:38,0,8236:. 1|1:2,517:519:99:1|1:495680_G_A:23750,1520,0:. 1|0:116,69:185:99:.:.:1742,0,3290:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:174,70:244:99:0|1:495680_G_A:2616,0,7386:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,48:177:99:0|1:495680_G_A:1621,0,6475:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,19:129:99:.:.:237,0,3295:. 0|1:71,130:201:99:0|1:495680_G_A:5391,0,2738:. 1|0:4,49:53:48:0|1:495680_G_A:2045,0,48:. 0|1:242,48:290:99:.:.:678,0,7317:. 1|1:9,547:556:99:1|1:495680_G_A:24554,1228,0:. 1|1:9,259:268:99:1|1:495680_G_A:11752,438,0:. 0|1:238,28:266:99:0|1:495680_G_A:502,0,10220:. 0|1:48,424:472:99:0|1:495680_G_A:17954,0,895:. 1|0:83,46:129:99:.:.:1121,0,2477:. 0|0:229,21:250:67:.:.:0,67,7151:. 0|1:38,196:234:99:.:.:5780,0,623:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,202:203:99:1|1:495680_G_A:9277,551,0:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,29:85:99:.:.:691,0,1691:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:206,31:237:99:.:.:340,0,6257:. 1|1:1,520:521:99:1|1:495680_G_A:23949,1571,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:1|1:495680_G_A:5652,379,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,191:192:99:.:.:6406,567,0:. 0|1:44,145:189:99:.:.:4131,0,852:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,237:237:99:.:.:7863,712,0:. 1|1:0,206:206:99:1|1:495680_G_A:9527,641,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1843,162,0:. 1|1:1,190:191:99:1|1:495680_G_A:8804,551,0:. 1|1:0,180:180:99:1|1:495680_G_A:8385,563,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2310,210,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,229:312:99:0|1:495680_G_A:9687,0,2801:. 0|1:75,222:297:99:.:.:6447,0,1678:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:1|1:495680_G_A:11476,774,0:. 1|1:0,161:161:99:.:.:5290,484,0:. 1|0:67,162:229:99:.:.:4629,0,1585:. 1|1:10,214:224:99:.:.:6818,312,0:. 0|1:31,197:228:99:0|1:495680_G_A:8445,0,688:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7201,661,0:. 0|0:214,22:236:18:.:.:0,18,6644:. 1|1:0,187:187:99:1|1:495680_G_A:8745,587,0:. 0|1:192,355:547:99:.:.:10002,0,5057:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,703:704:99:.:.:23100,2105,0:. 0|1:42,170:212:99:.:.:5070,0,821:. 1|1:3,226:229:99:1|1:495680_G_A:10633,596,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,702:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495709 . G C 1.20258e+07 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=34.69;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E156Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Caa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.659;VQSLOD=9.75;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=28.57;GQ_MEAN=343.51;GQ_STDDEV=497.97;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5721;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.096;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14645330;AF=0.329;AS_InbreedingCoeff=0.6187;MLEAC=1730;MLEAF=0.329;AN=858;AC=311 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:495709_G_C:2382,177,0:. 0|1:33,26:59:99:0|1:495709_G_C:911,0,1282:. 1|0:25,45:70:99:0|1:495709_G_C:1701,0,851:. 0|1:8,51:59:99:0|1:495709_G_C:2100,0,172:. 1|0:37,4:41:51:0|1:495709_G_C:51,0,1528:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1297:. 1|1:0,79:79:99:1|1:495680_G_A:3770,256,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1327:. 1|1:1,63:64:99:1|1:495709_G_C:2706,159,0:. 0|1:25,14:39:99:0|1:495709_G_C:455,0,957:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1247:. 1|1:2,42:44:51:1|1:495698_A_C:1869,51,0:. 0|0:28,0:28:37:.:.:0,37,723:. 0|0:34,0:34:70:.:.:0,70,965:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,980:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1766:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:495709_G_C:1947,144,0:. 0|1:48,57:105:99:0|1:495680_G_A:2353,0,1967:. 0|1:2,13:15:45:0|1:495709_G_C:472,0,45:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:1|1:495709_G_C:2651,201,0:. 0|1:54,65:119:99:0|1:495709_G_C:2399,0,1964:. 1|0:90,21:111:99:0|1:495680_G_A:570,0,3877:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1271:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|1:89,48:137:99:0|1:495680_G_A:1822,0,3730:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,21:71:99:.:.:453,0,1160:. 0|1:15,55:70:99:0|1:495680_G_A:2230,0,585:. 1|0:10,105:115:99:0|1:495709_G_C:4103,0,129:. 1|0:47,80:127:99:0|1:495709_G_C:3050,0,1667:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:495709_G_C:9371,661,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,95:113:99:0|1:495680_G_A:4120,0,491:. 1|0:34,37:71:99:0|1:495680_G_A:1445,0,1388:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,41:52:99:0|1:495709_G_C:1614,0,384:. 1|1:2,97:99:99:1|1:495680_G_A:4439,220,0:. 0|1:13,2:15:45:0|1:495709_G_C:45,0,555:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:45,186:231:99:0|1:495709_G_C:7525,0,1389:. 1|1:0,122:122:99:1|1:495709_G_C:5179,370,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,22:71:99:0|1:495709_G_C:731,0,1943:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,39:107:99:0|1:495680_G_A:1474,0,2801:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,307:308:99:1|1:495680_G_A:14307,930,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:58,45:103:99:0|1:495709_G_C:1699,0,2204:. 1|1:7,113:120:52:1|1:495680_G_A:4852,52,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:495709_G_C:2532,178,0:. 0|0:48,0:48:82:.:.:0,82,1257:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,36:97:99:0|1:495680_G_A:1436,0,2475:. 0|1:10,100:110:97:0|1:495709_G_C:4033,0,97:. 0|0:47,0:47:83:.:.:0,83,1209:. 1|0:104,101:205:99:0|1:495709_G_C:3766,0,4536:. 0|1:18,71:89:99:0|1:495709_G_C:2852,0,518:. 1|1:1,75:76:99:1|1:495709_G_C:2929,199,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:495709_G_C:3567,255,0:. 1|0:26,32:58:99:0|1:495709_G_C:1192,0,1166:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,33:56:99:0|1:495709_G_C:1304,0,870:. 1|0:21,80:101:99:0|1:495709_G_C:3262,0,592:. 1|1:0,53:53:99:1|1:495680_G_A:2504,169,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,66:74:99:0|1:495709_G_C:2598,0,165:. 1|1:4,163:167:99:1|1:495709_G_C:6869,321,0:. 1|1:0,116:116:99:1|1:495709_G_C:5056,355,0:. 0|1:75,14:89:99:0|1:495709_G_C:308,0,3000:. 1|1:4,140:144:99:1|1:495709_G_C:5851,293,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,83:104:99:0|1:495709_G_C:3267,0,588:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,10:57:99:0|1:495709_G_C:273,0,1801:. 1|1:0,170:170:99:1|1:495709_G_C:7398,526,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:1|1:495680_G_A:11088,752,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,149:149:99:1|1:495709_G_C:6523,451,0:. 1|0:15,86:101:99:0|1:495709_G_C:3519,0,321:. 1|0:16,135:151:99:0|1:495680_G_A:5732,0,295:. 1|0:80,57:137:99:0|1:495680_G_A:2213,0,3252:. 1|1:12,210:222:99:1|1:495709_G_C:8716,167,0:. 0|1:67,73:140:99:0|1:495709_G_C:2711,0,2576:. 1|1:1,222:223:99:1|1:495680_G_A:10178,647,0:. 0|1:26,139:165:99:0|1:495680_G_A:5967,0,709:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,102:192:99:0|1:495709_G_C:3790,0,3356:. 1|1:1,267:268:99:1|1:495680_G_A:12355,797,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:1|1:495680_G_A:10637,719,0:. 1|0:76,117:193:99:0|1:495680_G_A:4693,0,2988:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:124,18:142:99:0|1:495709_G_C:367,0,4896:. 0|1:124,89:213:99:0|1:495680_G_A:3363,0,5114:. 1|0:65,79:144:99:0|1:495680_G_A:3230,0,2523:. 0|1:19,174:193:99:0|1:495680_G_A:7529,0,316:. 0|1:146,64:210:99:.:.:1106,0,5706:. 0|1:13,123:136:99:0|1:495709_G_C:4879,0,225:. 1|1:0,185:185:99:1|1:495709_G_C:7913,557,0:. 1|1:0,168:168:99:1|1:495709_G_C:7276,514,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,214:235:99:0|1:495680_G_A:9268,0,394:. 1|0:92,89:181:99:0|1:495680_G_A:3609,0,3583:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,32:137:99:0|1:495680_G_A:1069,0,4414:. 0|1:60,19:79:99:0|1:495709_G_C:584,0,2445:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,204:240:99:0|1:495680_G_A:8867,0,1271:. 0|1:22,115:137:99:0|1:495698_A_C:4843,0,755:. 1|1:0,225:225:99:1|1:495680_G_A:10518,707,0:. 1|0:38,103:141:99:0|1:495680_G_A:4277,0,1316:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,60:181:99:0|1:495698_A_C:2179,0,5046:. 0|1:30,178:208:99:0|1:495680_G_A:7713,0,781:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,15:120:99:0|1:495709_G_C:250,0,4254:. 1|1:0,116:116:99:1|1:495709_G_C:4996,352,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,8:78:99:.:.:110,0,3017:. 1|1:0,145:145:99:1|1:495680_G_A:6691,449,0:. 1|1:0,150:150:99:1|1:495680_G_A:6888,464,0:. 0|1:41,47:88:99:0|1:495709_G_C:1822,0,1526:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,148:150:99:1|1:495709_G_C:6249,367,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,39:129:99:0|1:495680_G_A:1385,0,3743:. 1|0:55,68:123:99:0|1:495709_G_C:2443,0,2122:. 1|0:16,160:176:99:0|1:495680_G_A:6895,0,211:. 0|1:146,64:210:99:0|1:495709_G_C:2171,0,6081:. 1|0:55,131:186:99:0|1:495709_G_C:5091,0,1828:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:1:.:.:0,1,229:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:495680_G_A:4958,334,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,87:142:99:0|1:495709_G_C:3342,0,2029:. 0|0:153,0:153:38:.:.:0,38,3448:. 1|1:0,105:105:99:1|1:495709_G_C:4641,319,0:. 1|0:144,22:166:99:0|1:495709_G_C:495,0,5729:. 1|1:0,131:131:99:1|1:495709_G_C:5657,397,0:. 1|0:31,85:116:99:0|1:495709_G_C:3228,0,1017:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,52:127:99:0|1:495698_A_C:2049,0,3037:. 0|1:136,27:163:99:0|1:495709_G_C:670,0,5406:. 1|0:144,30:174:99:0|1:495709_G_C:809,0,5742:. 0|1:44,69:113:99:0|1:495680_G_A:2777,0,1821:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,96:149:99:0|1:495709_G_C:3686,0,1802:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,133:135:99:1|1:495709_G_C:5712,322,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,81:101:99:0|1:495698_A_C:3452,0,584:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,103:103:99:1|1:495709_G_C:4479,319,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,198:204:99:1|1:495680_G_A:8794,335,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:1|1:495709_G_C:6371,451,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,98:149:99:0|1:495680_G_A:4141,0,2025:. 1|1:0,105:105:99:1|1:495709_G_C:4578,322,0:. 1|0:12,60:72:99:0|1:495709_G_C:2317,0,312:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|1:47,61:108:99:0|1:495709_G_C:2434,0,1759:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:37:.:.:0,37,1989:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,15:66:99:0|1:495709_G_C:423,0,2083:. 1|0:118,36:154:99:0|1:495680_G_A:1188,0,5010:. 0|1:9,107:116:89:0|1:495680_G_A:4561,0,89:. 0|1:23,37:60:99:0|1:495709_G_C:1396,0,839:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 1|0:57,12:69:99:0|1:495680_G_A:320,0,2416:. 1|0:97,42:139:99:0|1:495709_G_C:1413,0,3860:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:495680_G_A:4021,271,0:. 0|1:42,45:87:99:0|1:495680_G_A:1760,0,1656:. 1|1:0,81:81:99:1|1:495680_G_A:3780,253,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:495709_G_C:3290,232,0:. 1|0:66,36:102:99:0|1:495709_G_C:1297,0,2653:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,34:104:99:0|1:495709_G_C:1067,0,2687:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,21:129:99:0|1:495709_G_C:519,0,4379:. 1|1:0,91:91:99:1|1:495709_G_C:3998,280,0:. 1|1:0,65:65:99:1|1:495709_G_C:2777,199,0:. 0|0:74,0:74:80:.:.:0,80,1796:. 0|1:95,80:175:99:0|1:495709_G_C:3055,0,3659:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|1:157,41:198:99:0|1:495680_G_A:1315,0,6686:. 1|0:92,66:158:99:0|1:495709_G_C:2397,0,3749:. 1|0:79,61:140:99:0|1:495709_G_C:2205,0,2925:. 1|1:2,119:121:99:1|1:495709_G_C:5091,277,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,45:123:99:0|1:495709_G_C:1619,0,3010:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,32:51:99:0|1:495709_G_C:1220,0,734:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,201:302:99:0|1:495680_G_A:8515,0,3648:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 1|1:2,41:43:39:1|1:495709_G_C:1690,39,0:. 1|1:0,175:175:99:1|1:495709_G_C:7677,533,0:. 1|0:81,13:94:99:0|1:495680_G_A:302,0,3340:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,5:18:99:0|1:495709_G_C:171,0,531:. 1|0:41,37:78:99:0|1:495709_G_C:1402,0,1567:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1176:. 1|1:3,111:114:99:1|1:495709_G_C:4623,211,0:. 1|0:4,23:27:99:0|1:495709_G_C:832,0,130:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:495709_G_C:5593,382,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,203:203:99:1|1:495680_G_A:9530,641,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,157:157:99:1|1:495709_G_C:7039,482,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:0,202:202:99:1|1:495680_G_A:9422,635,0:. 1|1:2,218:220:99:1|1:495680_G_A:9953,590,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:1|1:495680_G_A:10707,719,0:. 1|1:0,188:188:99:1|1:495680_G_A:8775,590,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:1|1:495680_G_A:5597,379,0:. 0|1:186,23:209:99:.:.:224,0,5824:. 1|1:0,275:275:99:1|1:495709_G_C:12071,837,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,164:165:99:1|1:495709_G_C:7114,454,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,221:223:99:1|1:495680_G_A:10219,608,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,651:652:99:1|1:495680_G_A:30253,1996,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,741:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,102:109:19:1|1:495709_G_C:4226,19,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,132:138:87:1|1:495680_G_A:5906,87,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,271:271:99:1|1:495709_G_C:11954,831,0:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:143,174:317:99:0|1:495709_G_C:6806,0,5278:. 0|0:585,0:585:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,487:488:99:1|1:495680_G_A:22586,1484,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:174,48:222:99:0|1:495709_G_C:1462,0,7146:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:1|1:495680_G_A:10700,719,0:. 1|1:0,270:270:99:1|1:495680_G_A:12533,840,0:. 0|1:248,29:277:99:.:.:379,0,10189:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,122:127:99:1|1:495709_G_C:5072,157,0:. 0|0:400,0:400:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,43:57:99:0|1:495709_G_C:1698,0,402:. 1|1:1,273:274:99:1|1:495680_G_A:12513,801,0:. 1|1:6,270:276:99:1|1:495680_G_A:12190,515,0:. 1|1:0,238:238:99:1|1:495680_G_A:11043,743,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,300:300:99:1|1:495709_G_C:13220,918,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,186:267:99:0|1:495680_G_A:7861,0,2974:. 1|0:57,111:168:99:0|1:495680_G_A:4519,0,2126:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:204,50:254:99:0|1:495680_G_A:1612,0,8733:. 1|0:27,71:98:99:0|1:495680_G_A:2939,0,1089:. 0|1:274,28:302:99:0|1:495709_G_C:271,0,11180:. 1|1:2,499:502:99:.:.:22940,1463,0:. 1|0:116,68:184:99:0|1:495709_G_C:2441,0,4609:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:182,72:254:99:0|1:495680_G_A:2559,0,7754:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,50:178:99:0|1:495680_G_A:1746,0,6484:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,24:139:99:0|1:495709_G_C:664,0,4702:. 0|1:74,132:206:99:0|1:495680_G_A:5455,0,2728:. 1|0:4,50:54:42:0|1:495680_G_A:2098,0,42:. 0|1:251,44:295:99:0|1:495709_G_C:988,0,10434:. 1|1:9,540:549:99:1|1:495680_G_A:24158,1171,0:. 1|1:9,271:280:99:1|1:495680_G_A:12083,462,0:. 0|1:238,31:269:99:0|1:495680_G_A:576,0,10309:. 0|1:45,425:470:99:0|1:495680_G_A:17944,0,782:. 1|0:90,48:138:99:0|1:495709_G_C:1675,0,3596:. 1|0:226,23:249:99:0|1:495709_G_C:229,0,10861:. 0|1:43,204:247:99:0|1:495709_G_C:8330,0,1190:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,204:205:99:1|1:495680_G_A:9304,551,0:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,30:91:99:0|1:495709_G_C:1010,0,2879:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:200,31:231:99:0|1:495709_G_C:612,0,8271:. 1|1:1,529:530:99:1|1:495680_G_A:24322,1601,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:495680_G_A:5569,373,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:1|1:495709_G_C:8511,590,0:. 0|1:40,155:195:99:0|1:495709_G_C:6312,0,1075:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:1|1:495709_G_C:10081,692,0:. 1|1:0,206:206:99:1|1:495680_G_A:9622,647,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:495709_G_C:2210,151,0:. 1|1:1,190:191:99:1|1:495680_G_A:8659,542,0:. 1|1:0,181:181:99:1|1:495680_G_A:8339,560,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:495709_G_C:3221,223,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,228:307:99:0|1:495680_G_A:9446,0,2579:. 0|1:81,226:307:99:.:.:7331,0,1784:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:1|1:495680_G_A:11405,783,0:. 1|1:0,162:162:99:1|1:495709_G_C:7172,506,0:. 1|0:69,161:230:99:0|1:495709_G_C:6447,0,2350:. 1|1:9,216:225:99:.:.:7350,365,0:. 0|1:29,194:223:99:0|1:495680_G_A:8429,0,643:. 1|1:0,216:216:99:1|1:495709_G_C:9436,650,0:. 1|0:202,22:224:99:0|1:495709_G_C:283,0,8446:. 1|1:0,191:191:99:1|1:495680_G_A:8656,581,0:. 0|1:206,370:576:99:0|1:495709_G_C:14667,0,7323:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,679:679:99:1|1:495709_G_C:29857,2073,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,218:221:99:1|1:495680_G_A:10060,560,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495719 . A C 1.17426e+07 PASS FS=0;MQ=60.09;QD=33.79;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E159A;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAa/gCa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.67;VQSLOD=9.76;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=19.05;GQ_MEAN=324.59;GQ_STDDEV=460.89;HRun=0;InbreedingCoeff=0.572;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.641;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14623006;AF=0.33;AS_InbreedingCoeff=0.5823;MLEAC=1738;MLEAF=0.331;AN=856;AC=308 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:495709_G_C:2321,171,0:. 0|1:37,26:63:99:0|1:495709_G_C:925,0,1395:. 1|0:25,51:76:99:0|1:495709_G_C:1831,0,838:. 0|1:5,51:56:51:0|1:495709_G_C:2064,0,51:. 1|0:35,4:39:60:0|1:495709_G_C:60,0,1441:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1297:. 1|1:0,87:87:99:1|1:495680_G_A:3616,264,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1327:. 1|1:1,64:65:99:1|1:495709_G_C:2659,156,0:. 0|1:26,14:40:99:0|1:495709_G_C:445,0,1050:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1247:. 1|1:2,36:38:27:1|1:495698_A_C:1479,27,0:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:35,0:35:64:.:.:0,64,1016:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:37,0:37:98:.:.:0,98,1095:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1766:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:495709_G_C:1923,141,0:. 0|1:49,56:105:99:0|1:495680_G_A:2153,0,1867:. 0|1:2,15:17:39:0|1:495709_G_C:530,0,39:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:495709_G_C:2574,192,0:. 0|1:54,61:115:99:0|1:495709_G_C:2311,0,2022:. 1|0:93,19:112:99:0|1:495680_G_A:553,0,3777:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1271:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|1:93,44:137:99:0|1:495680_G_A:1572,0,3853:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,4:78:99:.:.:0,128,2984:. 0|1:14,61:75:99:0|1:495680_G_A:2328,0,405:. 1|0:12,96:108:99:0|1:495709_G_C:3966,0,172:. 1|0:48,74:122:99:0|1:495709_G_C:2844,0,1742:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:1|1:495709_G_C:9391,664,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,98:113:99:0|1:495680_G_A:3946,0,371:. 1|0:36,36:72:99:0|1:495680_G_A:1360,0,1371:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,42:55:99:0|1:495709_G_C:1661,0,378:. 1|1:2,96:98:99:1|1:495680_G_A:4112,210,0:. 0|1:15,2:17:39:0|1:495709_G_C:39,0,606:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:48,185:233:99:0|1:495709_G_C:7481,0,1389:. 1|1:0,119:119:99:1|1:495709_G_C:5102,363,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,22:76:99:0|1:495709_G_C:720,0,2040:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,39:109:99:0|1:495680_G_A:1420,0,2671:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,314:315:99:1|1:495680_G_A:13855,924,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:61,48:109:99:0|1:495709_G_C:1769,0,2278:. 1|1:7,114:121:66:1|1:495680_G_A:4712,66,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,991:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:495709_G_C:2457,171,0:. 0|0:46,0:46:92:.:.:0,92,1279:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,37:104:99:0|1:495680_G_A:1362,0,2646:. 0|1:10,94:104:99:0|1:495709_G_C:3910,0,115:. 0|0:52,0:52:73:.:.:0,73,1380:. 1|0:111,102:213:99:0|1:495709_G_C:3706,0,4716:. 0|1:17,75:92:99:0|1:495709_G_C:2910,0,486:. 1|1:1,64:65:99:1|1:495709_G_C:2745,175,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:495709_G_C:3566,257,0:. 1|0:29,31:60:99:0|1:495709_G_C:1140,0,1270:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,33:61:99:0|1:495709_G_C:1274,0,978:. 1|0:20,79:99:99:0|1:495709_G_C:3238,0,573:. 1|1:0,56:56:99:1|1:495680_G_A:2412,168,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,65:74:99:0|1:495709_G_C:2591,0,165:. 1|1:4,164:168:99:1|1:495709_G_C:6899,327,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:495709_G_C:5195,370,0:. 0|1:75,16:91:99:0|1:495709_G_C:376,0,3063:. 1|1:3,138:141:99:1|1:495709_G_C:5776,305,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,84:107:99:0|1:495709_G_C:3285,0,646:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,10:54:99:0|1:495709_G_C:283,0,1717:. 1|1:0,173:173:99:1|1:495709_G_C:7531,541,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:1|1:495680_G_A:10435,731,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,150:150:99:1|1:495709_G_C:6553,454,0:. 1|0:15,88:103:99:0|1:495709_G_C:3520,0,327:. 1|0:15,134:149:99:0|1:495680_G_A:5460,0,208:. 1|0:72,62:134:99:0|1:495680_G_A:2231,0,2778:. 1|1:11,220:231:99:1|1:495709_G_C:8870,211,0:. 0|1:67,70:137:99:0|1:495709_G_C:2673,0,2517:. 1|1:1,225:226:99:1|1:495680_G_A:9817,641,0:. 0|1:28,142:170:99:0|1:495680_G_A:5709,0,750:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,103:196:99:0|1:495709_G_C:3822,0,3410:. 1|1:3,271:274:99:1|1:495680_G_A:11833,741,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:1|1:495680_G_A:10168,712,0:. 1|0:83,122:205:99:0|1:495680_G_A:4693,0,2912:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,20:139:99:0|1:495709_G_C:420,0,4869:. 0|1:128,92:220:99:0|1:495680_G_A:3390,0,4922:. 1|0:65,86:151:99:0|1:495680_G_A:3259,0,2404:. 0|1:17,177:194:99:0|1:495680_G_A:7242,0,206:. 0|1:125,92:217:99:0|1:495680_G_A:3269,0,4375:. 0|1:16,118:134:99:0|1:495709_G_C:4744,0,267:. 1|1:0,173:173:99:1|1:495709_G_C:7643,529,0:. 1|1:0,163:163:99:1|1:495709_G_C:7147,499,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,212:231:99:0|1:495680_G_A:8704,0,300:. 1|0:90,94:184:99:0|1:495680_G_A:3521,0,3436:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,31:140:99:0|1:495680_G_A:920,0,4364:. 0|1:64,21:85:99:0|1:495709_G_C:624,0,2520:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,201:242:99:0|1:495680_G_A:8198,0,1316:. 0|1:23,108:131:99:0|1:495698_A_C:4325,0,829:. 1|1:0,220:220:99:1|1:495680_G_A:9682,671,0:. 1|0:37,104:141:99:0|1:495680_G_A:4076,0,1200:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,59:180:99:0|1:495698_A_C:2123,0,4818:. 0|1:31,182:213:99:0|1:495680_G_A:7396,0,721:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,12:115:99:0|1:495709_G_C:206,0,4241:. 1|1:0,123:123:99:1|1:495709_G_C:5234,379,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:29:.:.:0,29,1875:. 1|1:0,135:135:99:1|1:495680_G_A:5994,412,0:. 1|1:0,153:153:99:1|1:495680_G_A:6814,469,0:. 0|1:41,49:90:99:0|1:495709_G_C:1834,0,1564:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,140:143:99:1|1:495709_G_C:6014,323,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,40:119:99:0|1:495680_G_A:1368,0,3253:. 1|0:58,61:119:99:0|1:495709_G_C:2301,0,2168:. 1|0:17,169:186:99:0|1:495680_G_A:6829,0,184:. 0|1:145,70:215:99:0|1:495709_G_C:2326,0,5786:. 1|0:53,126:179:99:0|1:495709_G_C:4968,0,1776:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:2:.:.:0,2,242:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:1|1:495680_G_A:4797,337,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,87:143:99:0|1:495709_G_C:3376,0,2008:. 0|1:142,15:157:99:.:.:185,0,6014:. 1|1:0,111:111:99:1|1:495709_G_C:4798,337,0:. 1|0:141,25:166:99:0|1:495709_G_C:549,0,5741:. 1|1:0,129:129:99:1|1:495709_G_C:5619,394,0:. 1|0:27,75:102:99:0|1:495709_G_C:2972,0,945:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,51:126:99:0|1:495698_A_C:1889,0,2891:. 0|1:137,28:165:99:0|1:495709_G_C:679,0,5496:. 1|0:146,33:179:99:0|1:495709_G_C:849,0,5808:. 0|1:44,76:120:99:0|1:495680_G_A:2927,0,1622:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,98:150:99:0|1:495709_G_C:3743,0,1820:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,134:136:99:1|1:495709_G_C:5792,331,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,84:102:99:0|1:495698_A_C:3301,0,480:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,99:99:99:1|1:495709_G_C:4402,310,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,201:208:99:1|1:495680_G_A:8415,313,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:1|1:495709_G_C:6223,436,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,97:147:99:0|1:495680_G_A:3864,0,1804:. 1|1:0,102:102:99:1|1:495709_G_C:4496,313,0:. 1|0:13,55:68:99:0|1:495709_G_C:2228,0,351:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|1:52,63:115:99:0|1:495709_G_C:2399,0,1827:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,9:91:99:.:.:100,0,3719:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,15:67:99:0|1:495709_G_C:410,0,2141:. 1|0:126,37:163:99:0|1:495680_G_A:1137,0,4889:. 0|1:10,107:117:78:0|1:495680_G_A:4375,0,78:. 0|1:27,35:62:99:0|1:495709_G_C:1313,0,961:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 1|0:60,12:72:99:0|1:495680_G_A:314,0,2413:. 1|0:96,47:143:99:0|1:495709_G_C:1538,0,3805:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:495680_G_A:3991,280,0:. 0|1:44,46:90:99:0|1:495680_G_A:1740,0,1670:. 1|1:0,83:83:99:1|1:495680_G_A:3612,249,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:495709_G_C:3311,235,0:. 1|0:71,37:108:99:0|1:495709_G_C:1283,0,2744:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,27:95:99:0|1:495709_G_C:942,0,2695:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,19:130:99:0|1:495709_G_C:455,0,4491:. 1|1:0,96:96:99:1|1:495709_G_C:4059,288,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:495709_G_C:2833,205,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1519:. 0|1:96,85:181:99:0|1:495709_G_C:3158,0,3609:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,124:. 0|1:161,39:200:99:0|1:495680_G_A:1113,0,6494:. 1|0:82,66:148:99:0|1:495709_G_C:2470,0,3574:. 1|0:76,61:137:99:0|1:495709_G_C:2208,0,2876:. 1|1:2,115:117:99:1|1:495709_G_C:4991,265,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,51:130:99:0|1:495709_G_C:1716,0,3074:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,29:52:99:0|1:495709_G_C:1132,0,832:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,206:303:99:0|1:495680_G_A:8227,0,3417:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 1|1:2,44:46:48:1|1:495709_G_C:1764,48,0:. 1|1:0,179:179:99:1|1:495709_G_C:7811,548,0:. 1|0:79,12:91:99:0|1:495680_G_A:260,0,3206:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,5:19:99:0|1:495709_G_C:168,0,559:. 1|0:39,35:74:99:0|1:495709_G_C:1355,0,1528:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1176:. 1|1:3,105:108:99:1|1:495709_G_C:4469,196,0:. 1|0:6,20:26:99:0|1:495709_G_C:829,0,157:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:495709_G_C:5586,382,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,214:215:99:1|1:495680_G_A:9326,619,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:495709_G_C:7166,494,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,208:208:99:1|1:495680_G_A:9278,638,0:. 1|1:1,209:210:99:1|1:495680_G_A:9379,602,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:1|1:495680_G_A:10272,701,0:. 1|1:0,183:183:99:1|1:495680_G_A:8115,553,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:495680_G_A:5439,379,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,274:274:99:1|1:495709_G_C:12062,837,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,164:165:99:1|1:495709_G_C:7092,451,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,226:227:99:1|1:495680_G_A:9898,602,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,654:655:99:1|1:495680_G_A:29083,1956,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,101:108:22:1|1:495709_G_C:4254,22,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,138:144:96:1|1:495680_G_A:5859,96,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:1|1:495709_G_C:11987,834,0:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:141,186:327:99:0|1:495709_G_C:7047,0,5254:. 0|0:585,0:585:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,484:485:99:1|1:495680_G_A:21329,1432,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:174,51:225:99:0|1:495709_G_C:1495,0,7141:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,17:264:37:.:.:0,37,11875:. 1|1:0,239:239:99:1|1:495680_G_A:10671,740,0:. 1|1:0,272:272:99:1|1:495680_G_A:12152,831,0:. 0|1:249,25:274:99:.:.:333,0,10156:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,122:127:99:1|1:495709_G_C:5161,166,0:. 0|0:400,0:400:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,42:53:99:0|1:495709_G_C:1648,0,357:. 1|1:1,269:270:99:1|1:495680_G_A:12095,786,0:. 1|1:7,260:267:99:1|1:495680_G_A:11426,524,0:. 1|1:0,246:246:99:1|1:495680_G_A:10916,752,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,293:293:99:1|1:495709_G_C:13024,897,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,180:254:99:0|1:495680_G_A:7295,0,2784:. 1|0:61,108:169:99:0|1:495680_G_A:4317,0,2176:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:194,50:244:99:0|1:495680_G_A:1493,0,8017:. 1|0:26,71:97:99:0|1:495680_G_A:2806,0,1007:. 0|1:266,24:290:99:0|1:495709_G_C:176,0,11003:. 1|1:2,491:493:99:1|1:495680_G_A:21991,1426,0:. 1|0:115,67:182:99:0|1:495709_G_C:2467,0,4488:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:184,70:254:99:0|1:495680_G_A:2265,0,7402:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,53:182:99:0|1:495680_G_A:1696,0,6376:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:120,23:143:99:0|1:495709_G_C:615,0,4902:. 0|1:64,132:196:99:0|1:495680_G_A:5167,0,2342:. 1|0:4,49:53:48:0|1:495680_G_A:1983,0,48:. 0|1:257,39:296:99:0|1:495709_G_C:809,0,10546:. 1|1:10,540:550:99:1|1:495680_G_A:23400,1189,0:. 1|1:8,264:272:99:1|1:495680_G_A:11431,468,0:. 0|1:234,36:270:99:0|1:495680_G_A:691,0,9663:. 0|1:47,429:476:99:0|1:495680_G_A:17311,0,772:. 1|0:94,47:141:99:0|1:495709_G_C:1652,0,3667:. 1|0:222,22:244:99:0|1:495709_G_C:205,0,10746:. 0|1:46,205:251:99:0|1:495709_G_C:8303,0,1222:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:1|1:495680_G_A:8952,542,0:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,28:92:99:0|1:495709_G_C:1001,0,2988:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:198,31:229:99:0|1:495709_G_C:662,0,8105:. 1|1:1,529:530:99:1|1:495680_G_A:23166,1551,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:1|1:495680_G_A:5444,376,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:495709_G_C:8629,602,0:. 0|1:36,162:198:99:0|1:495709_G_C:6548,0,974:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:1|1:495709_G_C:10057,689,0:. 1|1:0,232:232:99:1|1:495680_G_A:10048,704,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:495709_G_C:2173,147,0:. 1|1:2,187:189:99:1|1:495680_G_A:8165,496,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:495680_G_A:7889,539,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:495709_G_C:3077,211,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:196,100:296:99:.:.:2361,0,6695:. 0|1:230,70:300:99:.:.:1393,0,7739:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,602:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:219,32:251:99:.:.:326,0,6843:. 1|1:0,159:159:99:1|1:495709_G_C:7043,494,0:. 1|0:70,157:227:99:0|1:495709_G_C:6257,0,2410:. 0|1:201,29:230:99:.:.:314,0,6412:. 0|1:24,196:220:99:0|1:495680_G_A:7996,0,395:. 1|1:0,211:211:99:1|1:495709_G_C:9311,638,0:. 1|0:203,22:225:99:0|1:495709_G_C:315,0,8447:. 1|1:0,197:197:99:1|1:495680_G_A:8658,599,0:. 0|1:198,368:566:99:0|1:495709_G_C:14498,0,7178:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,669:669:99:1|1:495709_G_C:29461,2043,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,216:218:99:1|1:495680_G_A:9622,545,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:23:.:.:0,23,647:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495747 . A T 8.92766e+06 PASS FS=0;MQ=60.24;QD=26.28;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K168N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaA/aaT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.7;VQSLOD=9.61;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=19.05;GQ_MEAN=258.1;GQ_STDDEV=290.07;HRun=2;InbreedingCoeff=0.585;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.307;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14546743;AF=0.333;AS_InbreedingCoeff=0.5477;MLEAC=1753;MLEAF=0.334;AN=858;AC=294 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:28,40:68:99:.:.:1076,0,701:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2026,192,0:. 0|1:57,8:65:45:.:.:45,0,1636:. 1|0:24,42:66:99:.:.:1150,0,585:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1338:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1404:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1297:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2847,263,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1327:. 1|1:2,56:58:99:.:.:1709,108,0:. 0|1:25,14:39:99:.:.:335,0,697:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1247:. 1|1:3,39:42:30:.:.:1133,30,0:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:33,0:33:65:.:.:0,65,1003:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1151:. 1|0:22,45:67:99:.:.:1195,0,490:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1345,132,0:. 0|1:49,58:107:99:.:.:1417,0,1064:. 0|1:2,18:20:2:.:.:489,0,2:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1517,144,0:. 0|1:59,60:119:99:.:.:1496,0,1400:. 1|0:91,19:110:99:.:.:266,0,2529:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1271:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|1:90,50:140:99:.:.:1170,0,2379:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,61:75:99:.:.:1595,0,208:. 1|1:10,97:107:10:.:.:2691,10,0:. 1|0:51,76:127:99:.:.:1836,0,1207:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,229:230:99:.:.:7066,681,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,104:117:48:.:.:2792,0,48:. 1|0:44,22:66:99:.:.:485,0,1117:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,955:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,43:54:99:.:.:1128,0,163:. 1|1:2,96:98:99:.:.:2867,231,0:. 0|1:16,3:19:34:.:.:34,0,442:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:45,193:238:99:.:.:5251,0,679:. 1|1:1,120:121:99:.:.:3576,338,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,23:71:99:.:.:464,0,1198:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,42:112:99:.:.:920,0,1805:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,294:295:99:.:.:9070,855,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:73,35:108:99:.:.:756,0,1846:. 1|1:4,98:102:99:.:.:2901,183,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,991:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1643,167,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1457:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,37:98:99:.:.:829,0,1606:. 0|1:14,95:109:99:.:.:2598,0,114:. 0|0:55,0:55:40:.:.:0,40,1430:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,77:92:99:.:.:2088,0,187:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1842,164,0:. 1|0:49,36:85:99:.:.:843,0,1244:. 1|0:29,30:59:99:.:.:750,0,708:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,32:64:99:.:.:769,0,759:. 1|0:18,87:105:99:.:.:2371,0,230:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1690,162,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,68:76:29:.:.:1863,0,29:. 1|1:4,152:156:99:.:.:4339,355,0:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3567,331,0:. 0|1:82,18:100:99:.:.:264,0,2232:. 1|1:3,142:145:99:.:.:4297,344,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,78:96:99:.:.:2076,0,263:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,6:45:55:.:.:55,0,1031:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5105,501,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,178:187:99:.:.:5121,292,0:. 1|1:1,234:235:99:.:.:7049,695,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,85:98:85:.:.:2307,0,85:. 1|0:16,124:140:78:.:.:3390,0,78:. 1|0:65,63:128:99:.:.:1496,0,1567:. 0|1:54,177:231:99:.:.:4855,0,920:. 0|1:72,73:145:99:.:.:1746,0,1828:. 1|1:1,207:208:99:.:.:6410,591,0:. 0|1:25,143:168:99:.:.:3735,0,251:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,96:197:99:.:.:2226,0,2476:. 1|1:2,271:273:99:.:.:8175,756,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,221:222:99:.:.:6668,636,0:. 1|0:73,107:180:99:.:.:2700,0,1646:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,21:143:99:.:.:204,0,3360:. 0|1:125,87:212:99:.:.:1992,0,3001:. 1|0:62,88:150:99:.:.:2211,0,1478:. 0|1:21,173:194:66:.:.:4782,0,66:. 0|1:119,100:219:99:.:.:2369,0,2956:. 0|1:15,129:144:18:.:.:3422,0,18:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,167:168:99:.:.:5012,493,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:20,212:232:85:.:.:6057,85,0:. 1|0:96,103:199:99:.:.:2490,0,2247:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,31:127:99:.:.:580,0,2555:. 0|1:54,17:71:99:.:.:281,0,1381:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,198:233:99:.:.:5320,0,386:. 0|1:23,112:135:99:.:.:2856,0,277:. 1|1:0,224:224:99:.:.:6597,671,0:. 1|0:32,103:135:99:.:.:2817,0,571:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,55:187:99:.:.:1088,0,3427:. 0|1:33,182:217:99:.:.:4928,0,376:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,11:120:56:.:.:0,56,3058:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3584,351,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:24:.:.:0,24,1994:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4496,444,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4193,425,0:. 0|1:41,44:85:99:.:.:1086,0,989:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4374,435,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,42:120:99:.:.:965,0,2035:. 1|0:64,44:108:99:.:.:1025,0,1609:. 1|1:13,164:177:99:.:.:4665,114,0:. 0|1:150,49:199:99:.:.:906,0,3962:. 1|0:45,123:168:99:.:.:3278,0,861:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,195:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2861,282,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,72:132:99:.:.:1828,0,1463:. 0|1:133,16:149:36:.:.:36,0,3651:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3514,345,0:. 1|0:142,19:161:92:.:.:92,0,3790:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3743,364,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,46:112:99:.:.:1094,0,1695:. 0|1:139,17:156:42:.:.:42,0,3801:. 1|0:131,28:159:99:.:.:389,0,3533:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,97:159:99:.:.:2537,0,1443:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,137:140:99:.:.:4022,327,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,88:107:99:.:.:2380,0,252:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3111,304,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,201:211:99:.:.:5616,305,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4222,415,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,111:157:99:.:.:2789,0,922:. 1|1:1,86:87:99:.:.:2548,230,0:. 1|0:17,53:70:99:.:.:1436,0,311:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|1:54,64:118:99:.:.:1609,0,1310:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,11:95:47:.:.:47,0,2280:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,12:74:99:.:.:156,0,1638:. 1|0:129,33:162:99:.:.:500,0,3407:. 1|1:9,97:106:35:.:.:2667,35,0:. 0|1:22,45:67:99:.:.:1130,0,474:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 1|0:53,10:63:99:.:.:117,0,1462:. 1|0:96,41:137:99:.:.:884,0,2515:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2493,252,0:. 0|1:43,43:86:99:.:.:1039,0,996:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2443,243,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2075,204,0:. 1|0:80,33:113:99:.:.:661,0,2151:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,27:91:99:.:.:576,0,1673:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,20:133:99:.:.:232,0,3086:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3059,303,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1632,162,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1519:. 0|1:96,79:175:99:.:.:1928,0,2392:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2566,255,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,169:. 0|1:165,35:200:99:.:.:449,0,4345:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,58:143:99:.:.:1272,0,2156:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2874,279,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,45:127:99:.:.:998,0,2132:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1478:. 0|0:39,0:39:98:.:.:0,98,1184:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,207:305:99:.:.:5400,0,2019:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|1:2,38:40:57:.:.:1097,57,0:. 0|0:156,15:171:45:.:.:0,45,4237:. 1|0:79,17:96:99:.:.:249,0,2092:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,5:18:99:.:.:109,0,345:. 1|0:39,29:68:99:.:.:698,0,1007:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1176:. 1|1:2,113:115:99:.:.:3445,281,0:. 1|0:6,19:25:99:.:.:442,0,114:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:.:.:8164,682,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5434,451,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1445:. 1|1:0,211:211:99:.:.:7517,634,0:. 1|1:0,199:199:99:.:.:7033,598,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:.:.:7306,599,0:. 1|1:0,207:207:99:.:.:7420,622,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3983,336,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,287:288:99:.:.:10241,832,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5736,487,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,244:245:99:.:.:8717,699,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,641:643:99:.:.:22818,1863,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,94:104:4:.:.:2985,0,4:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,154:163:99:.:.:4862,163,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,255:257:99:.:.:8832,706,0:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:135,167:302:99:.:.:4927,0,3717:. 0|0:585,0:585:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:178,45:223:99:.:.:876,0,5289:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:225,35:260:99:.:.:440,0,7056:. 1|1:0,234:234:99:.:.:8177,703,0:. 1|1:0,272:272:99:.:.:9368,817,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,114:121:99:.:.:3695,130,0:. 0|1:230,202:432:99:.:.:5693,0,6617:. 1|0:10,46:56:99:.:.:1381,0,201:. 0|0:224,20:244:6:.:.:0,6,7115:. 1|0:182,81:263:99:.:.:2086,0,5497:. 1|1:2,238:240:99:.:.:8225,700,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,283:283:99:.:.:9720,850,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,175:258:99:.:.:5318,0,2122:. 1|0:69,107:176:99:.:.:3044,0,1820:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:210,50:260:99:.:.:952,0,6409:. 1|0:26,66:92:99:.:.:1876,0,587:. 0|1:256,24:280:13:.:.:13,0,7916:. 1|1:4,473:477:99:.:.:15795,1289,0:. 1|0:114,68:182:99:.:.:1847,0,3496:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:215,67:282:99:.:.:1449,0,6580:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,54:180:99:.:.:1213,0,3808:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,24:138:99:.:.:392,0,3522:. 0|1:66,120:186:99:.:.:3502,0,1761:. 1|0:42,4:46:9:.:.:9,0,1302:. 0|1:242,38:280:99:.:.:489,0,7425:. 1|1:8,534:542:99:.:.:17646,1365,0:. 1|1:11,261:272:99:.:.:8672,443,0:. 0|1:217,32:249:99:.:.:314,0,6844:. 0|1:49,410:459:99:.:.:12503,0,310:. 1|0:86,43:129:99:.:.:1046,0,2666:. 1|0:218,22:240:34:.:.:34,0,6843:. 0|1:43,206:249:99:.:.:6457,0,720:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:199,31:230:99:.:.:315,0,6072:. 1|1:0,531:531:99:.:.:18025,1585,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4485,382,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6704,577,0:. 0|1:31,167:198:99:.:.:5051,0,499:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:7079,619,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7750,665,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1762,150,0:. 1|1:2,196:198:99:.:.:6840,519,0:. 1|1:0,177:177:99:.:.:6233,532,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2490,211,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:181,93:274:99:.:.:2381,0,5597:. 0|1:232,67:299:99:.:.:1417,0,7104:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:230,31:261:99:.:.:312,0,7316:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5389,481,0:. 1|0:66,155:221:99:.:.:4692,0,1587:. 0|1:189,27:216:99:.:.:314,0,6073:. 0|1:23,184:207:99:.:.:5861,0,360:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7461,641,0:. 1|0:189,27:216:99:.:.:287,0,6031:. 1|1:0,201:201:99:.:.:6973,604,0:. 0|1:183,368:551:99:.:.:11267,0,4846:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,689:689:99:.:.:23486,2070,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,232:235:99:.:.:7965,579,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5632,487,0:. Pf3D7_01_v3 495778 . A T 6.67694e+06 PASS FS=0;MQ=60.37;QD=25.5;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I179L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ata/Tta;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.656;VQSLOD=9.26;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=9.52;GQ_MEAN=205.37;GQ_STDDEV=216.56;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6677;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.071;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14364089;AF=0.263;AS_InbreedingCoeff=0.5414;MLEAC=1384;MLEAF=0.263;AN=856;AC=199 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:32,29:61:99:.:.:740,0,849:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,44:69:99:.:.:1206,0,581:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1338:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1404:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2718,258,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1327:. 1|1:1,56:57:99:.:.:1772,138,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1274:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:4,41:45:4:.:.:1148,4,0:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1210:. 1|0:21,39:60:99:.:.:1048,0,432:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1628,156,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,215:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1868,183,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1271:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|1:93,56:149:99:.:.:1275,0,2466:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,65:78:99:.:.:1705,0,155:. 1|0:10,96:106:2:.:.:2672,0,2:. 1|0:79,45:124:99:.:.:971,0,2037:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,97:107:20:.:.:2599,20,0:. 1|0:53,22:75:99:.:.:440,0,1396:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,29:53:99:.:.:747,0,582:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,643:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:46,185:231:99:.:.:4981,0,743:. 1|1:1,136:137:99:.:.:3976,379,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,7:78:49:.:.:0,49,1976:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,23:129:99:.:.:294,0,2826:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,315:316:99:.:.:9672,918,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:81,19:100:99:.:.:272,0,2162:. 0|1:37,79:116:99:.:.:2109,0,783:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1118:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1457:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,88:100:72:.:.:2367,0,72:. 0|0:62,0:62:90:.:.:0,90,1734:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,79:89:49:.:.:2111,0,49:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,38:68:99:.:.:948,0,700:. 1|0:30,74:104:99:.:.:1966,0,638:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1866,192,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1400:. 1|1:4,146:150:99:.:.:4154,332,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,14:107:95:.:.:95,0,2603:. 1|1:2,144:146:99:.:.:4296,375,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,87:108:99:.:.:2258,0,323:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,7:48:55:.:.:55,0,1136:. 1|1:0,174:174:99:.:.:5212,522,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,244:253:99:.:.:7022,487,0:. 1|0:208,24:232:13:.:.:13,0,5791:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,84:96:89:.:.:2180,0,89:. 1|0:109,20:129:99:.:.:197,0,2973:. 1|0:68,57:125:99:.:.:1262,0,1718:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,80:152:99:.:.:1960,0,1795:. 1|1:2,198:200:99:.:.:6006,539,0:. 0|1:32,143:175:99:.:.:3749,0,439:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,140:187:99:.:.:3556,0,879:. 1|1:2,266:268:99:.:.:7864,736,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,226:227:99:.:.:6585,647,0:. 1|0:64,101:165:99:.:.:2496,0,1483:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,31:148:99:.:.:485,0,3257:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,97:222:99:.:.:2214,0,3249:. 1|1:13,137:150:47:.:.:3603,47,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5475,549,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,212:230:99:.:.:5839,133,0:. 1|0:96,106:202:99:.:.:2525,0,2256:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,35:132:99:.:.:651,0,2653:. 0|1:63,14:77:99:.:.:186,0,1635:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,191:227:99:.:.:5023,0,432:. 0|1:22,117:139:99:.:.:3005,0,251:. 1|1:1,209:210:99:.:.:6180,621,0:. 1|0:40,118:158:99:.:.:3122,0,773:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,45:183:99:.:.:838,0,3780:. 0|1:167,31:198:99:.:.:344,0,4690:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,12:110:42:.:.:42,0,2741:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3553,348,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:12:.:.:0,12,1837:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4354,431,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,44:82:99:.:.:1006,0,887:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,130:134:99:.:.:3711,286,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,41:128:99:.:.:857,0,2336:. 1|0:60,48:108:99:.:.:1030,0,1524:. 1|1:15,147:162:29:.:.:3968,29,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,16:177:91:.:.:0,91,4605:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,0:3:9:.:.:0,9,92:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,13:154:61:.:.:0,61,3898:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,16:161:7:.:.:7,0,4024:. 1|1:1,119:120:99:.:.:3533,328,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,49:122:99:.:.:1123,0,1894:. 0|0:133,12:145:98:.:.:0,98,3798:. 1|0:115,29:144:99:.:.:463,0,3152:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,110:177:99:.:.:2733,0,1532:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,91:111:99:.:.:2404,0,292:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3019,291,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:194,30:224:99:.:.:218,0,5236:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,132:147:8:.:.:3544,0,8:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,108:157:99:.:.:2732,0,1020:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2338,218,0:. 1|0:60,16:76:99:.:.:253,0,1594:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|1:49,68:117:99:.:.:1674,0,1146:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,9:98:9:.:.:0,9,2485:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:141,40:181:99:.:.:600,0,3718:. 1|1:9,104:113:53:.:.:2838,53,0:. 0|1:27,37:64:99:.:.:946,0,675:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 1|0:64,12:76:99:.:.:145,0,1735:. 1|0:94,37:131:99:.:.:705,0,2578:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,39:78:99:.:.:915,0,951:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2537,250,0:. 1|0:84,36:120:99:.:.:745,0,2221:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,28:90:99:.:.:567,0,1599:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,23:115:99:.:.:324,0,2553:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3103,312,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1951,195,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1519:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2445,245,0:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,225:. 0|1:144,32:176:99:.:.:407,0,3844:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,63:154:99:.:.:1399,0,2309:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3086,311,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,45:131:99:.:.:984,0,2266:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1478:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,196:294:99:.:.:4960,0,2190:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 1|1:2,44:46:77:.:.:1253,77,0:. 1|0:158,19:177:37:.:.:37,0,4339:. 1|0:82,11:93:47:.:.:47,0,2295:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,8:12:90:.:.:209,0,90:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1176:. 1|1:2,115:117:99:.:.:3402,283,0:. 1|0:8,18:26:99:.:.:462,0,161:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7857,658,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:.:.:5299,448,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:.:.:7303,608,0:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6929,581,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8240,705,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,595:596:99:.:.:21091,1755,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,97:104:78:.:.:3093,78,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,162:174:99:.:.:5022,118,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,238:240:99:.:.:8190,649,0:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:127,176:303:99:.:.:5142,0,3550:. 0|0:526,0:526:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:173,48:221:99:.:.:915,0,5274:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8068,706,0:. 1|0:210,51:261:99:.:.:912,0,6645:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,91:117:99:.:.:2797,0,532:. 0|1:246,191:437:99:.:.:5109,0,7406:. 1|0:18,45:63:99:.:.:1295,0,463:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,95:262:99:.:.:2491,0,5019:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,280:280:99:.:.:9607,842,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,95:190:99:.:.:2545,0,2784:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,56:88:99:.:.:1494,0,864:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,24:135:99:.:.:440,0,3405:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:76:.:.:0,76,1612:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:580,0:580:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,269:277:99:.:.:8906,540,0:. 0|1:212,25:237:94:.:.:94,0,6655:. 0|1:51,395:446:99:.:.:11804,0,492:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,528:530:99:.:.:17698,1537,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:6793,587,0:. 0|1:35,178:213:99:.:.:5263,0,517:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:7237,620,0:. 1|1:0,217:217:99:.:.:7578,652,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,210:212:99:.:.:7221,563,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6112,535,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2358,210,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,245:314:99:.:.:7538,0,1495:. 0|1:78,231:309:99:.:.:6868,0,1756:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:.:.:8697,746,0:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4793,429,0:. 1|0:68,153:221:99:.:.:4564,0,1698:. 1|1:7,197:204:99:.:.:6774,360,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:213,23:236:64:.:.:64,0,6804:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:640,0:640:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,860:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495843 . A T 2.18265e+06 PASS FS=0;MQ=60.06;QD=28.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E200D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaA/gaT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.685;VQSLOD=9.68;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=135.39;GQ_STDDEV=146.96;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0102;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-2.787;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13958961;AF=0.075;AS_InbreedingCoeff=0.3334;MLEAC=395;MLEAF=0.075;AN=858;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1358:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:45:.:.:0,45,1586:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1471:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1383:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:25,0:25:34:.:.:0,34,680:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1385:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1241:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,295:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1426:. 1|1:0,51:51:99:1|1:495843_A_T:2278,163,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1271:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|1:110,29:139:99:0|1:495843_A_T:806,0,4486:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:78:.:.:0,78,2038:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1069:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1457:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1573:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1400:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:1|1:495843_A_T:8629,590,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,140:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1519:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1478:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,306:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1050:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1176:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1445:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:584,0:584:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:.:.:120 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:.:.:.:.:120 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:526,0:526:.:.:.:.:120 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:120 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:.:.:.:.:120 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:.:.:.:.:120 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:.:.:.:.:120 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:.:.:.:.:120 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:102 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:580,0:580:.:.:.:.:120 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:.:.:120 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:.:.:.:.:120 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:.:.:.:.:120 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:.:.:.:.:120 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:1|1:495843_A_T:8489,575,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,780:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:640,0:640:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,968:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495850 . G C 2.24045e+06 PASS FS=0;MQ=60.06;QD=25.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D203H;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Cat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.684;VQSLOD=8.98;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-3.595;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=135.39;GQ_STDDEV=146.53;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0095;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-2.488;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13959654;AF=0.076;AS_InbreedingCoeff=0.3305;MLEAC=397;MLEAF=0.076;AN=858;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1358:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:94:.:.:0,94,1602:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1471:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1383:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,275:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,965:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1385:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1206:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:9:.:.:0,9,354:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,251:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1702:. 1|1:0,45:45:99:1|1:495843_A_T:2164,150,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1271:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|1:73,64:137:99:.:.:1944,0,1668:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1069:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:2,50:52:99:.:.:1331,106,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1573:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1400:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:1|1:495843_A_T:8931,605,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,120:190:99:.:.:2726,0,1416:. 1|0:73,142:215:99:.:.:3163,0,1371:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,15:64:99:.:.:228,0,1208:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1519:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1478:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,306:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1050:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1176:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:584,0:584:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:.:.:120 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:.:.:.:.:120 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:526,0:526:.:.:.:.:120 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:120 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:.:.:.:.:120 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:.:.:.:.:120 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:.:.:.:.:120 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:.:.:.:.:120 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:90 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:580,0:580:.:.:.:.:120 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:.:.:120 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:.:.:.:.:120 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:.:.:.:.:120 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:.:.:.:.:120 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:1|1:495843_A_T:8994,608,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,780:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:640,0:640:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495851 . A T 2.19658e+06 PASS FS=0;MQ=60.06;QD=32.47;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D203V;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAt/gTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.698;VQSLOD=9.77;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.078;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=135.39;GQ_STDDEV=146.53;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0095;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-2.244;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13956703;AF=0.075;AS_InbreedingCoeff=0.3305;MLEAC=392;MLEAF=0.075;AN=858;AC=7 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1358:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:85:.:.:0,85,1717:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1471:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1383:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,275:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,965:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1385:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1352:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1206:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,281:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1702:. 1|1:0,47:47:99:1|1:495843_A_T:2102,144,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1271:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|1:109,29:138:99:0|1:495843_A_T:849,0,4439:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1069:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1573:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1400:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:1|1:495843_A_T:8774,590,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1519:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1478:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,306:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1050:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1176:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:584,0:584:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:.:.:120 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:.:.:.:.:120 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:526,0:526:.:.:.:.:120 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:120 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:.:.:.:.:120 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:.:.:.:.:120 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:.:.:.:.:120 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:.:.:.:.:120 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:90 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:580,0:580:.:.:.:.:120 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:.:.:120 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:.:.:.:.:120 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:.:.:.:.:120 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:.:.:.:.:120 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:1|1:495843_A_T:8961,605,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,780:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:640,0:640:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495927 . A C 4.40982e+06 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=24.75;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E228D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaA/gaC;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.68;VQSLOD=9.28;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=38.1;GQ_MEAN=174.02;GQ_STDDEV=158.32;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6994;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.027;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14187913;AF=0.154;AS_InbreedingCoeff=0.6768;MLEAC=806;MLEAF=0.153;AN=858;AC=118 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1559:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,22:71:99:.:.:390,0,1332:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1299:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1297:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,22:41:99:0|1:495927_A_C:800,0,619:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,695:. 0|0:21,0:21:34:.:.:0,34,604:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,233:. 0|0:26,0:26:44:.:.:0,44,784:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1385:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1333:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1745,194,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1271:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,111:117:99:1|1:495927_A_C:4489,114,0:. 1|0:68,36:104:99:.:.:632,0,1730:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,30:98:99:0|1:495927_A_C:916,0,2499:. 0|0:82,0:82:7:.:.:0,7,1978:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:18,91:109:99:.:.:2162,0,235:. 1|0:48,23:71:99:.:.:432,0,1487:. 1|1:1,105:106:99:.:.:2789,284,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:77,123:200:99:.:.:2795,0,2240:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,77:80:99:1|1:495927_A_C:3030,106,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,75:148:99:.:.:1635,0,1742:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1069:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,86:97:54:.:.:2067,0,54:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1172:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,77:98:99:.:.:1848,0,328:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1400:. 1|1:3,158:161:99:.:.:3962,388,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3663,398,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,75:89:99:.:.:1824,0,166:. 0|1:78,29:107:99:.:.:472,0,1996:. 1|0:37,30:67:99:.:.:597,0,896:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:141,20:161:43:.:.:43,0,3787:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,36:166:99:.:.:478,0,3388:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,79:191:99:0|1:495927_A_C:2692,0,4190:. 1|0:80,66:146:99:.:.:1369,0,1983:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,179:179:99:.:.:4788,535,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,76:146:99:0|1:495927_A_C:2869,0,2534:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,56:73:99:.:.:2032,0,291:. 1|0:158,23:181:78:.:.:78,0,4207:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:.:.:5673,648,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,101:112:18:.:.:2351,0,18:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:96:.:.:0,96,3725:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:164,36:200:99:.:.:352,0,4374:. 1|0:68,116:184:99:.:.:2584,0,1493:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,231:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2740,297,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,62:108:99:.:.:1355,0,1098:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,100:104:99:.:.:2606,184,0:. 0|1:132,54:186:99:.:.:904,0,3476:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4065,443,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,18:158:30:.:.:30,0,3817:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,12:123:71:.:.:0,71,3090:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,22:74:99:.:.:373,0,1298:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,53:102:99:0|1:495927_A_C:1868,0,1728:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1762,195,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1519:. 0|1:101,55:156:99:.:.:1064,0,2618:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,321:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:21:.:.:0,21,1327:. 1|1:1,19:20:28:.:.:500,28,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1050:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:37,48:85:99:.:.:1042,0,862:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,58:113:99:.:.:1273,0,1322:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,4:14:70:.:.:70,0,276:. 1|0:30,37:67:99:.:.:788,0,704:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,895:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,197:198:99:.:.:6735,558,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:1|1:495927_A_C:6211,445,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3861,353,0:. 0|1:64,116:180:99:.:.:3458,0,1696:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,600:601:99:.:.:20189,1768,0:. 0|0:691,0:691:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,650:651:99:1|1:495927_A_C:27651,1938,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:59:.:.:0,59,843:. 1|1:4,101:105:99:.:.:2833,173,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:.:.:6008,552,0:. 1|1:2,241:243:99:.:.:7777,660,0:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,480:482:99:.:.:13720,1349,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,170:213:99:.:.:4852,0,890:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,15:118:99:.:.:123,0,3134:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,257:258:99:.:.:8351,740,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,139:229:99:.:.:3804,0,2424:. 0|0:196,0:196:0:.:.:0,0,4848:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,252:255:99:.:.:8153,658,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:201,34:235:99:.:.:453,0,6114:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:234,28:262:73:.:.:73,0,7207:. 1|1:3,455:458:99:.:.:12846,1272,0:. 1|0:84,75:159:99:.:.:2027,0,2379:. 1|0:164,217:381:99:.:.:5154,0,4116:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:216,44:260:99:.:.:668,0,6705:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,45:152:99:.:.:866,0,2948:. 1|0:220,24:244:50:.:.:50,0,6765:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,114:171:99:.:.:3203,0,1476:. 0|0:33,0:33:64:.:.:0,64,1026:. 1|0:52,206:258:99:.:.:5925,0,898:. 1|1:6,438:444:99:.:.:12343,1102,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,32:136:99:.:.:639,0,3212:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,309:311:99:.:.:8675,842,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,68:136:99:.:.:1792,0,1947:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:1|1:495927_A_C:9491,671,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:228:99:.:.:7420,676,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,61:122:99:.:.:1606,0,1648:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,575:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,194:285:99:0|1:495927_A_C:7556,0,3257:. 0|1:53,220:273:99:0|1:495927_A_C:8699,0,1473:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,889:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,240:288:99:0|1:495927_A_C:9444,0,1229:. 1|1:4,141:145:99:.:.:4466,316,0:. 1|0:141,78:219:99:0|1:495927_A_C:2644,0,5389:. 1|0:41,191:232:99:0|1:495927_A_C:7427,0,1120:. 1|0:196,23:219:80:.:.:80,0,6183:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:316,202:518:99:.:.:5212,0,9609:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:640,0:640:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5757,531,0:. Pf3D7_01_v3 495946 . C T 2.29892e+06 PASS FS=0;MQ=60.64;QD=29.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=P235S;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cca/Tca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.683;VQSLOD=9.6;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.12;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=132;GQ_STDDEV=109.39;HRun=0;InbreedingCoeff=0.633;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.9;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14032541;AF=0.085;AS_InbreedingCoeff=0.633;MLEAC=447;MLEAF=0.085;AN=858;AC=37 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1559:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,22:65:99:.:.:513,0,1000:. 0|0:56,0:56:68:.:.:0,68,1387:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1338:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1297:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,24:37:99:0|1:495927_A_C:864,0,521:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1005:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,617:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,425:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:22,0:22:33:.:.:0,33,541:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,978:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1385:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1333:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1065:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:14,0:14:11:.:.:0,11,315:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1369:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1271:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,113:119:99:1|1:495927_A_C:4585,127,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,25:91:99:0|1:495927_A_C:854,0,2456:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:64:.:.:0,64,662:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:97:.:.:0,97,1594:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,80:84:99:1|1:495927_A_C:3247,103,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1069:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1172:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1400:. 1|1:14,138:152:84:.:.:3658,84,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,5:65:59:.:.:0,59,1418:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,23:168:99:.:.:133,0,3510:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,78:203:99:0|1:495927_A_C:2672,0,4428:. 0|0:129,11:140:69:.:.:0,69,3245:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5425,540,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,83:154:99:0|1:495927_A_C:3025,0,2536:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,52:80:99:.:.:1310,0,788:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,14:136:99:.:.:170,0,4797:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,250:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4393,437,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,11:138:99:.:.:0,124,3327:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1765:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,49:95:99:0|1:495927_A_C:1814,0,1601:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2041,201,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1519:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,293:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1212:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1050:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:76,12:88:99:.:.:104,0,1933:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:1|1:495927_A_C:5988,421,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:581,0:581:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:691,0:691:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,603:604:99:1|1:495927_A_C:26688,1824,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:92,0:92:.:.:.:.:120 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:.:.:120 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:.:.:.:.:120 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:.:.:.:.:120 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:120 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:.:.:.:.:120 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:120 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:.:.:.:.:120 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:382,0:382:.:.:.:.:120 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:.:.:.:.:120 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:102 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:454,0:454:.:.:.:.:120 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:.:.:120 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:.:.:.:.:120 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:.:.:.:.:120 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:.:.:.:.:120 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,62:132:99:.:.:1766,0,1937:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:495927_A_C:9675,677,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,66:128:99:.:.:1952,0,1601:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,196:298:99:0|1:495927_A_C:7541,0,3425:. 0|1:51,217:268:99:0|1:495927_A_C:8605,0,1404:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,889:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,237:289:99:0|1:495927_A_C:9447,0,1367:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:141,78:219:99:0|1:495927_A_C:2766,0,5319:. 1|0:45,185:230:99:0|1:495927_A_C:7225,0,1193:. 1|0:191,27:218:99:.:.:310,0,5589:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:294,200:494:99:.:.:5617,0,8375:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:640,0:640:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 495982 . G A 4.15483e+06 PASS FS=0;MQ=60.61;QD=24.58;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E247K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.686;VQSLOD=7.28;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.82;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=42.86;GQ_MEAN=203.61;GQ_STDDEV=235.9;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6863;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.044;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14156597;AF=0.128;AS_InbreedingCoeff=0.733;MLEAC=668;MLEAF=0.127;AN=858;AC=157 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,32:57:99:.:.:847,0,473:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1623:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1014:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1199:. 0|0:35,0:35:41:.:.:0,41,811:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1196:. 1|1:0,61:61:99:1|1:495982_G_A:2706,187,0:. 1|0:18,16:34:99:.:.:410,0,543:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,27:43:99:.:.:726,0,298:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:25,0:25:47:.:.:0,47,634:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,294:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:20,0:20:29:.:.:0,29,501:. 0|0:29,0:29:55:.:.:0,55,728:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1385:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1333:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1122:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,3:12:57:.:.:57,0,220:. 0|0:16,0:16:19:.:.:0,19,344:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1369:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,18:41:99:0|1:495982_G_A:603,0,829:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1706:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,16:60:99:.:.:295,0,994:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,38:101:99:.:.:831,0,1432:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2257,222,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,24:104:99:.:.:404,0,1843:. 1|0:75,9:84:27:.:.:27,0,1701:. 1|1:0,31:31:93:.:.:937,93,0:. 0|1:17,106:123:80:.:.:2803,0,80:. 1|0:50,23:73:99:.:.:456,0,1488:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3488,348,0:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:81,120:201:99:.:.:3051,0,1648:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,76:80:82:1|1:495982_G_A:3210,82,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,74:76:99:.:.:2170,171,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,70:143:99:.:.:1682,0,1572:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,6:97:99:.:.:0,117,3070:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1069:. 1|0:29,30:59:99:.:.:730,0,630:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,90:100:40:.:.:2463,40,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,76:81:42:1|1:495982_G_A:3185,42,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,17:51:99:.:.:359,0,710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5287,534,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1400:. 1|1:17,138:155:15:.:.:3480,15,0:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4077,413,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,78:93:99:0|1:495982_G_A:3061,0,397:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,26:59:99:.:.:616,0,684:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,63:118:99:.:.:1566,0,1117:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,19:165:49:.:.:49,0,3510:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4166,419,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,24:166:99:.:.:242,0,3383:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,32:150:99:.:.:482,0,2704:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,57:138:99:.:.:1286,0,1757:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4939,498,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,79:151:99:.:.:1886,0,1891:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,52:68:99:0|1:495982_G_A:2076,0,474:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,127:173:99:.:.:3347,0,693:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,93:105:15:.:.:2506,15,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,2:52:95:.:.:0,95,1298:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2551,255,0:. 0|1:106,28:134:99:.:.:435,0,3411:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,134:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2842,285,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,73:142:99:.:.:2734,0,2542:. 1|1:9,104:113:99:.:.:2889,124,0:. 0|1:109,53:162:99:.:.:1138,0,2451:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4303,429,0:. 1|0:59,26:85:99:.:.:535,0,1366:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,20:160:99:.:.:131,0,3272:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,30:60:99:0|1:495982_G_A:1174,0,1121:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:5583,558,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,17:68:99:.:.:297,0,1138:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,16:124:99:.:.:121,0,2481:. 0|1:53,50:103:99:.:.:1186,0,1467:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,24:71:99:.:.:503,0,996:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,30:134:99:.:.:459,0,3743:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1930,198,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1519:. 0|1:110,56:166:99:.:.:1130,0,2473:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,250:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,29:80:99:.:.:649,0,1177:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1212:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:234,61:295:99:.:.:936,0,5458:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,13:13:39:.:.:394,39,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1050:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:40,63:103:99:.:.:1576,0,802:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,4:16:74:.:.:74,0,269:. 1|0:25,35:60:99:.:.:863,0,517:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1168:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,6:30:81:.:.:81,0,578:. 1|1:2,159:161:99:.:.:5580,415,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:.:.:6779,583,0:. 1|1:0,131:131:99:1|1:495982_G_A:5752,397,0:. 1|1:1,187:188:99:.:.:6642,532,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:1|1:495982_G_A:5814,397,0:. 1|1:15,202:217:99:.:.:6695,154,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,228:229:99:.:.:8028,661,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3886,325,0:. 0|1:74,108:182:99:.:.:3264,0,1946:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,65:159:99:.:.:1837,0,2634:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1173:. 1|0:67,31:98:99:.:.:816,0,1990:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,232:234:99:.:.:8147,637,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,577:577:99:1|1:495982_G_A:26063,1785,0:. 0|0:691,0:691:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,576:577:99:1|1:495982_G_A:25908,1743,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 1|1:2,89:91:99:.:.:2779,199,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5704,504,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7044,630,0:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,431:431:99:1|1:495982_G_A:18795,1302,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,454:458:99:.:.:14876,1280,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,202:242:99:.:.:6193,0,607:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,17:110:99:.:.:243,0,2619:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,2:37:39:.:.:0,39,1019:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7356,655,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,128:205:99:.:.:3894,0,1991:. 1|0:144,19:163:99:0|1:495982_G_A:297,0,5866:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:192,34:226:99:.:.:545,0,5741:. 0|0:69,4:73:81:.:.:0,81,2041:. 0|1:223,26:249:99:.:.:161,0,6435:. 1|1:5,386:391:99:.:.:12593,991,0:. 1|0:118,54:172:99:.:.:1213,0,3463:. 0|0:382,0:382:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:179,59:238:99:.:.:1269,0,5136:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,41:140:99:.:.:867,0,2710:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,99:163:99:.:.:2902,0,1746:. 0|0:38,0:38:80:.:.:0,80,1099:. 1|0:37,204:241:99:.:.:6081,0,594:. 1|1:6,379:385:99:.:.:12311,939,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,31:125:99:.:.:606,0,2728:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,398:408:99:.:.:12863,910,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,416:418:99:.:.:13931,1206,0:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:495982_G_A:9140,638,0:. 1|0:175,47:222:99:.:.:877,0,4963:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7666,670,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,170:271:99:.:.:5115,0,2341:. 0|1:54,199:253:99:.:.:6235,0,1017:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,235:283:99:.:.:7175,0,713:. 1|1:4,150:154:99:.:.:4946,346,0:. 1|0:133,80:213:99:.:.:2008,0,3691:. 1|0:44,177:221:99:.:.:5365,0,707:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,199:222:86:.:.:6148,0,86:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:640,0:640:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:.:.:5825,514,0:. Pf3D7_01_v3 495994 . G C 2.60357e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=25.51;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E251Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Caa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.694;VQSLOD=9.53;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.984;GC=33.33;GQ_MEAN=249.37;GQ_STDDEV=222.95;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6689;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.058;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15182721;AF=0.719;AS_InbreedingCoeff=0.4678;MLEAC=3785;MLEAF=0.722;AN=858;AC=580 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,55:55:99:1|1:495994_G_C:2393,165,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|1:21,39:60:99:0|1:495994_G_C:1522,0,698 1|1:3,52:55:52:1|1:495994_G_C:2172,52,0 0|1:3,36:39:33:0|1:495994_G_C:1465,0,33 0|1:5,34:39:89:0|1:495994_G_C:1395,0,89 1|1:0,27:27:87:1|1:495994_G_C:1271,87,0 1|1:0,63:63:99:1|1:495994_G_C:2749,190,0 1|1:0,50:50:99:1|1:495994_G_C:2334,163,0 1|1:0,62:62:99:1|1:495982_G_A:2881,196,0 1|0:15,21:36:99:0|1:495994_G_C:866,0,546 1|1:0,68:68:99:1|1:495994_G_C:3009,210,0 1|1:0,44:44:99:1|1:495994_G_C:1933,132,0 1|1:0,32:32:96:1|1:495994_G_C:1352,96,0 0|0:18,0:18:25:.:.:0,25,482 1|1:0,23:23:69:1|1:495994_G_C:996,69,0 1|1:0,8:8:24:1|1:495994_G_C:352,24,0 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810 1|1:0,19:19:60:1|1:495994_G_C:834,60,0 1|1:0,26:26:84:1|1:495994_G_C:1172,84,0 1|1:0,57:57:99:1|1:495994_G_C:2465,177,0 1|1:0,53:53:99:1|1:495994_G_C:2335,163,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1122 1|0:25,80:105:99:0|1:495994_G_C:3203,0,943 1|1:0,13:13:42:1|1:495994_G_C:603,42,0 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,286 1|1:0,57:57:99:1|1:495994_G_C:2526,178,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1232 1|1:0,92:92:99:1|1:495994_G_C:4053,280,0 1|1:0,104:104:99:1|1:495994_G_C:4492,319,0 1|0:22,13:35:99:0|1:495982_G_A:471,0,970 1|0:226,97:323:99:0|1:495994_G_C:3315,0,9948 1|1:0,56:56:99:1|1:495994_G_C:2481,178,0 1|0:56,50:106:99:0|1:495994_G_C:1870,0,2160 1|1:0,89:89:99:1|1:495994_G_C:3915,271,0 1|1:0,62:62:99:1|1:495994_G_C:2672,190,0 1|0:20,45:65:99:0|1:495994_G_C:1659,0,672 1|1:0,67:67:99:1|1:495994_G_C:2854,212,0 1|1:5,99:104:99:1|1:495994_G_C:4199,103,0 1|0:40,63:103:99:0|1:495994_G_C:2344,0,1470 1|1:0,74:74:99:1|1:495994_G_C:3243,222,0 1|1:0,259:259:99:1|1:495994_G_C:11565,801,0 1|1:2,175:177:99:1|1:495994_G_C:7573,422,0 1|1:0,103:103:99:1|1:495994_G_C:4562,325,0 1|0:30,55:85:99:0|1:495994_G_C:2075,0,1056 1|1:0,30:30:90:1|1:495994_G_C:1304,90,0 0|1:16,109:125:99:0|1:495994_G_C:4401,0,341 1|0:20,54:74:99:0|1:495994_G_C:2185,0,624 1|1:0,122:122:99:1|1:495994_G_C:5443,382,0 0|1:9,16:25:99:0|1:495994_G_C:619,0,313 1|1:1,91:92:99:.:.:2495,245,0 1|0:31,185:216:99:0|1:495994_G_C:7632,0,704 1|1:0,128:128:99:1|1:495994_G_C:5707,397,0 1|1:3,80:83:97:1|1:495982_G_A:3508,97,0 1|1:0,126:126:99:1|1:495994_G_C:5703,388,0 1|1:0,75:75:99:1|1:495994_G_C:3320,232,0 0|1:7,85:92:28:0|1:495994_G_C:3374,0,28 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,149:149:99:1|1:495994_G_C:6641,460,0 0|1:38,93:131:99:0|1:495994_G_C:3833,0,1291 1|1:0,141:141:99:1|1:495994_G_C:6288,430,0 1|1:0,378:378:99:1|1:495994_G_C:16900,1162,0 1|1:0,48:48:99:1|1:495994_G_C:2091,147,0 0|1:43,61:104:99:0|1:495994_G_C:2362,0,1508 1|1:0,136:136:99:1|1:495994_G_C:6037,418,0 0|1:75,22:97:99:0|1:495994_G_C:676,0,3162 1|1:0,49:49:99:1|1:495994_G_C:2084,150,0 1|0:28,29:57:99:0|1:495994_G_C:1112,0,1091 1|1:0,54:54:99:1|1:495994_G_C:2269,165,0 1|1:0,62:62:99:1|1:495994_G_C:2667,187,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|1:64,43:107:99:0|1:495994_G_C:1564,0,2504 1|0:11,96:107:99:0|1:495994_G_C:3873,0,150 1|1:0,54:54:99:1|1:495994_G_C:2281,162,0 0|1:180,32:212:99:0|1:495994_G_C:830,0,7352 1|1:4,78:82:73:1|1:495982_G_A:3373,73,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|0:5,49:54:67:0|1:495994_G_C:2031,0,67 1|1:0,62:62:99:1|1:495994_G_C:2730,187,0 1|0:22,31:53:99:0|1:495994_G_C:1201,0,746 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,177:177:99:1|1:495994_G_C:7928,545,0 0|1:122,81:203:99:0|1:495994_G_C:3022,0,4780 0|1:16,61:77:99:0|1:495994_G_C:2397,0,485 1|1:0,150:150:99:1|1:495994_G_C:6522,463,0 1|1:0,138:138:99:1|1:495994_G_C:6032,418,0 0|1:19,90:109:99:0|1:495994_G_C:3633,0,511 1|0:33,114:147:99:0|1:495994_G_C:4632,0,987 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 1|0:14,73:87:99:0|1:495982_G_A:3141,0,375 0|1:51,69:120:99:0|1:495994_G_C:2615,0,1843 1|0:8,46:54:99:0|1:495994_G_C:1846,0,198 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,142:145:99:1|1:495994_G_C:6170,275,0 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,247:255:99:1|1:495994_G_C:10456,424,0 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:0:.:.:0,0,1981 1|1:5,98:103:91:1|1:495994_G_C:4099,91,0 1|1:0,118:118:99:1|1:495994_G_C:5195,367,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 1|0:69,62:131:99:0|1:495994_G_C:2274,0,2673 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,142:151:35:1|1:495994_G_C:6006,35,0 1|1:0,133:133:99:1|1:495994_G_C:5897,409,0 1|1:1,199:200:99:1|1:495994_G_C:8555,568,0 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 1|0:81,78:159:99:0|1:495994_G_C:3059,0,3192 1|1:0,238:238:99:1|1:495994_G_C:10560,737,0 1|1:0,182:182:99:1|1:495994_G_C:8069,554,0 1|1:0,214:214:99:1|1:495994_G_C:9421,656,0 1|0:88,135:226:99:.:.:5392,0,3213 1|1:0,199:199:99:1|1:495994_G_C:8839,608,0 1|0:78,57:135:99:0|1:495994_G_C:2128,0,3054 0|1:135,66:201:99:0|1:495994_G_C:2264,0,5302 1|0:54,76:130:99:0|1:495994_G_C:3000,0,1995 1|1:0,185:185:99:1|1:495994_G_C:7940,559,0 1|1:0,207:207:99:1|1:495994_G_C:9108,635,0 1|1:0,115:115:99:1|1:495994_G_C:4937,346,0 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,180:180:99:1|1:495994_G_C:8023,554,0 1|1:1,155:156:99:1|1:495994_G_C:6732,433,0 1|1:0,238:238:99:1|1:495994_G_C:10522,728,0 0|1:125,66:191:99:0|1:495994_G_C:2345,0,4891 1|1:0,168:168:99:1|1:495994_G_C:7451,524,0 0|1:26,129:155:99:0|1:495994_G_C:5384,0,691 1|0:83,36:119:99:.:.:618,0,3341 1|0:15,53:68:99:0|1:495982_G_A:2202,0,467 0|0:170,0:170:31:.:.:0,31,3791 1|1:0,180:180:99:1|1:495994_G_C:7873,542,0 1|0:14,147:161:99:0|1:495994_G_C:6177,0,135 1|1:0,219:219:99:1|1:495994_G_C:9811,671,0 0|1:40,90:130:99:0|1:495994_G_C:3672,0,1386 1|1:0,162:162:99:1|1:495994_G_C:7153,491,0 1|1:0,242:242:99:1|1:495994_G_C:10771,737,0 1|1:0,198:198:99:1|1:495994_G_C:8875,614,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,117:117:99:1|1:495994_G_C:5276,358,0 1|1:5,150:155:99:1|1:495994_G_C:6615,263,0 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,109:109:99:1|1:495994_G_C:4886,334,0 1|1:0,105:105:99:1|1:495994_G_C:4637,322,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 1|0:13,40:53:99:0|1:495994_G_C:1615,0,426 1|1:0,148:148:99:1|1:495994_G_C:6572,451,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:1|1:495994_G_C:3718,256,0 1|1:5,219:224:99:1|1:495994_G_C:9470,458,0 1|1:0,135:135:99:1|1:495994_G_C:5937,409,0 1|1:1,119:120:99:1|1:495994_G_C:5277,325,0 1|1:0,134:134:99:1|1:495994_G_C:5981,412,0 1|1:0,90:90:99:1|1:495994_G_C:3969,279,0 0|1:51,81:132:99:0|1:495994_G_C:3201,0,1890 1|0:70,45:115:99:0|1:495994_G_C:1577,0,2798 1|0:14,157:171:64:0|1:495994_G_C:6439,0,64 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 0|0:202,0:202:31:.:.:0,31,4505 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,5:5:15:1|1:495994_G_C:225,15,0 1|1:0,124:124:99:1|1:495994_G_C:5514,379,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:1|1:495994_G_C:4187,292,0 1|1:0,105:105:99:1|1:495994_G_C:4664,319,0 1|0:35,44:79:99:0|1:495994_G_C:1758,0,1388 1|1:0,144:144:99:1|1:495994_G_C:6374,442,0 0|1:61,76:137:99:0|1:495994_G_C:3107,0,2419 1|1:0,104:104:99:1|1:495994_G_C:4627,322,0 0|1:20,139:159:99:0|1:495994_G_C:5700,0,443 1|1:0,141:141:99:1|1:495994_G_C:6207,427,0 1|0:55,27:82:99:0|1:495994_G_C:931,0,2187 0|1:8,45:53:99:0|1:495994_G_C:1807,0,284 1|1:0,95:95:99:1|1:495994_G_C:4218,286,0 0|1:121,25:146:99:0|1:495994_G_C:669,0,5013 1|0:75,85:160:99:0|1:495994_G_C:3282,0,2730 0|1:57,28:85:99:0|1:495994_G_C:984,0,2201 1|1:3,114:117:99:1|1:495994_G_C:4996,223,0 1|1:0,109:109:99:1|1:495994_G_C:4815,334,0 1|1:0,268:268:99:1|1:495994_G_C:11976,828,0 1|0:71,75:146:99:0|1:495994_G_C:2961,0,2741 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,141:141:99:1|1:495994_G_C:6181,427,0 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,114:115:99:1|1:495994_G_C:4889,318,0 1|0:18,99:117:99:.:.:3942,0,419 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800 1|0:13,95:108:99:0|1:495994_G_C:4001,0,273 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,90:90:99:1|1:495994_G_C:3975,274,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|1:195,47:242:99:0|1:495994_G_C:1396,0,7942 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,143:143:99:1|1:495994_G_C:6358,436,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|0:51,88:139:99:.:.:2281,0,1783 1|1:0,92:92:99:1|1:495994_G_C:4158,286,0 0|1:18,58:76:99:0|1:495994_G_C:2433,0,554 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,34:64:99:0|1:495982_G_A:1409,0,1158 0|1:72,23:95:99:0|1:495994_G_C:705,0,2992 1|0:37,57:94:99:0|1:495994_G_C:2209,0,1421 1|1:0,150:150:99:1|1:495994_G_C:6583,463,0 1|1:0,103:103:99:1|1:495994_G_C:4472,316,0 1|1:0,176:176:99:1|1:495994_G_C:7621,532,0 1|1:0,169:169:99:1|1:495994_G_C:7438,518,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,66:68:99:1|1:495994_G_C:2839,115,0 1|0:14,178:192:99:0|1:495994_G_C:7299,0,141 1|1:0,130:130:99:1|1:495994_G_C:5849,406,0 0|1:18,77:95:99:0|1:495994_G_C:3331,0,500 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428 1|0:10,48:58:99:0|1:495994_G_C:1960,0,281 1|0:68,73:141:99:0|1:495994_G_C:2703,0,2608 1|0:43,28:71:99:0|1:495994_G_C:976,0,1636 1|1:0,85:85:99:1|1:495994_G_C:3946,274,0 1|0:19,47:66:99:0|1:495994_G_C:1866,0,649 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:1|1:495994_G_C:4141,286,0 1|0:85,49:134:99:0|1:495994_G_C:1882,0,3410 1|1:0,205:205:99:1|1:495994_G_C:9162,632,0 1|0:57,21:78:99:.:.:727,0,2303 1|1:0,128:128:99:1|1:495994_G_C:5651,394,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1343 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,69:69:99:1|1:495994_G_C:2980,208,0 1|0:21,102:123:99:0|1:495994_G_C:4166,0,577 1|1:0,115:115:99:1|1:495994_G_C:5140,352,0 1|1:0,67:67:99:1|1:495994_G_C:2913,202,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1519 0|1:89,68:157:99:0|1:495994_G_C:2520,0,3445 1|1:0,87:87:99:1|1:495994_G_C:3909,265,0 1|0:9,2:11:57:0|1:495994_G_C:57,0,357 0|1:127,30:157:99:0|1:495994_G_C:831,0,5099 0|1:52,65:117:99:0|1:495994_G_C:2516,0,2024 1|1:1,125:126:99:1|1:495994_G_C:5447,340,0 1|1:0,79:79:99:1|1:495994_G_C:3534,241,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,117:117:99:1|1:495994_G_C:5153,358,0 1|1:1,171:172:99:1|1:495994_G_C:7508,482,0 0|1:29,25:54:99:0|1:495994_G_C:942,0,1139 0|0:24,0:24:70:.:.:0,70,715 1|1:6,79:85:9:1|1:495994_G_C:3269,9,0 1|1:21,269:290:99:.:.:6860,151,0 1|1:0,112:112:99:1|1:495994_G_C:4960,340,0 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,11:11:36:1|1:495994_G_C:525,36,0 0|1:3,41:44:21:0|1:495994_G_C:1678,0,21 1|0:130,22:152:99:0|1:495994_G_C:517,0,5260 1|0:21,87:108:99:0|1:495994_G_C:3551,0,609 1|1:0,71:71:99:1|1:495994_G_C:3140,217,0 0|1:13,94:107:99:0|1:495994_G_C:3881,0,240 1|1:1,89:90:99:1|1:495994_G_C:3895,232,0 1|0:9,7:16:99:0|1:495994_G_C:267,0,337 1|1:0,63:63:99:1|1:495994_G_C:2792,190,0 1|1:0,40:40:99:1|1:495994_G_C:1741,123,0 1|1:2,112:114:99:1|1:495994_G_C:4911,257,0 0|1:22,6:28:99:0|1:495994_G_C:156,0,874 1|1:2,165:167:99:1|1:495994_G_C:7336,425,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,191:191:99:1|1:495994_G_C:8400,581,0 1|1:0,127:127:99:1|1:495982_G_A:5801,391,0 1|1:0,178:178:99:1|1:495994_G_C:7971,545,0 1|1:0,175:175:99:1|1:495994_G_C:7870,539,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,134:134:99:1|1:495982_G_A:6203,418,0 0|1:15,192:207:43:0|1:495994_G_C:7960,0,43 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,169:169:99:1|1:495994_G_C:7692,527,0 1|1:0,30:30:90:1|1:495994_G_C:1337,90,0 1|1:0,179:179:99:1|1:495994_G_C:8050,554,0 1|1:0,169:169:99:1|1:495994_G_C:7628,521,0 1|1:0,212:212:99:1|1:495994_G_C:9471,647,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,184:184:99:1|1:495994_G_C:8273,566,0 1|1:0,220:220:99:1|1:495994_G_C:9972,680,0 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|1:10,151:161:35:1|1:495994_G_C:6165,35,0 1|1:0,205:205:99:1|1:495994_G_C:9289,632,0 1|1:0,102:102:99:1|1:495994_G_C:4711,325,0 0|1:53,122:175:99:0|1:495994_G_C:4873,0,1925 1|1:2,268:270:99:1|1:495994_G_C:11757,704,0 1|1:0,161:161:99:1|1:495994_G_C:7263,497,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,42:42:99:1|1:495994_G_C:1888,129,0 1|0:56,26:82:99:0|1:495994_G_C:900,0,2239 1|1:0,143:143:99:1|1:495994_G_C:6669,458,0 1|1:0,106:106:99:1|1:495994_G_C:4707,322,0 1|1:0,195:195:99:1|1:495994_G_C:8672,590,0 1|1:0,199:199:99:1|1:495994_G_C:8856,605,0 1|1:0,99:99:99:1|1:495994_G_C:4479,304,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,226:229:99:1|1:495994_G_C:10061,566,0 1|1:0,208:208:99:1|1:495994_G_C:9374,638,0 1|1:0,602:602:99:1|1:495982_G_A:27703,1866,0 0|0:691,0:691:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,576:577:99:1|1:495982_G_A:26864,1779,0 1|1:0,56:56:99:1|1:495994_G_C:2506,175,0 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080 1|1:1,92:93:99:1|1:495994_G_C:3897,237,0 1|1:5,108:113:99:1|1:495994_G_C:4702,127,0 1|1:0,167:167:99:1|1:495994_G_C:7544,515,0 1|1:0,210:210:99:1|1:495994_G_C:9402,644,0 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,108:120:99:0|1:495994_G_C:4421,0,156 1|1:1,220:221:99:1|1:495994_G_C:9759,629,0 1|1:0,246:246:99:1|1:495994_G_C:10955,752,0 1|1:0,407:407:99:1|1:495982_G_A:18689,1261,0 1|1:0,259:259:99:1|1:495994_G_C:11672,798,0 1|1:0,452:452:99:1|1:495994_G_C:19753,1365,0 1|1:0,138:138:99:1|1:495994_G_C:6096,421,0 1|1:0,76:76:99:1|1:495994_G_C:3418,232,0 1|1:0,346:346:99:1|1:495994_G_C:15347,1062,0 1|1:1,61:62:99:1|1:495994_G_C:2839,160,0 1|1:2,260:262:99:1|1:495994_G_C:11661,725,0 1|0:174,37:211:99:0|1:495994_G_C:967,0,7202 1|1:0,160:160:99:1|1:495994_G_C:7232,499,0 1|1:1,214:215:99:1|1:495994_G_C:9449,611,0 0|1:19,221:240:99:0|1:495994_G_C:9031,0,146 1|1:0,229:229:99:1|1:495994_G_C:10274,710,0 0|1:44,202:246:99:0|1:495994_G_C:8261,0,1240 1|0:219,27:246:99:0|1:495994_G_C:421,0,9030 1|0:15,197:212:26:0|1:495994_G_C:8131,0,26 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 1|0:92,19:111:99:.:.:497,0,2690 1|1:19,330:349:99:1|1:495994_G_C:13766,208,0 0|1:28,13:41:99:0|1:495994_G_C:474,0,1155 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 1|0:165,75:240:99:0|1:495994_G_C:2634,0,6642 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,254:254:99:1|1:495994_G_C:11228,773,0 1|1:0,234:234:99:1|1:495994_G_C:10434,716,0 1|1:0,241:241:99:1|1:495994_G_C:10898,737,0 1|0:132,79:211:99:0|1:495994_G_C:2933,0,5309 0|1:20,143:163:99:1|0:495982_G_A:5837,0,374 1|1:1,220:221:99:.:.:9737,629,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,224:224:99:1|1:495994_G_C:10122,701,0 1|1:0,81:81:99:1|1:495994_G_C:3540,244,0 1|0:34,188:222:99:0|1:495994_G_C:7839,0,899 0|1:7,70:77:76:0|1:495994_G_C:2872,0,76 1|1:9,241:250:99:1|1:495994_G_C:10524,391,0 1|1:3,388:391:99:1|1:495994_G_C:17616,1072,0 0|1:26,147:173:99:0|1:495994_G_C:6054,0,652 0|1:202,148:350:99:0|1:495994_G_C:5482,0,7871 1|1:0,225:225:99:1|1:495994_G_C:10035,689,0 1|1:1,261:262:99:1|1:495994_G_C:11870,770,0 1|0:61,187:248:99:0|1:495994_G_C:7548,0,2033 1|1:1,203:204:99:1|1:495994_G_C:9017,581,0 1|1:2,134:136:99:1|1:495994_G_C:5727,323,0 0|1:156,92:248:99:0|1:495994_G_C:3447,0,6234 1|0:97,24:121:99:0|1:495994_G_C:673,0,3912 1|1:2,167:169:99:1|1:495994_G_C:7392,431,0 1|0:27,6:33:99:0|1:495994_G_C:168,0,1114 1|1:6,235:241:99:1|1:495994_G_C:10867,519,0 1|1:2,378:380:99:1|1:495994_G_C:17122,1077,0 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800 0|1:206,29:235:99:0|1:495994_G_C:604,0,8560 1|1:23,403:426:99:1|1:495994_G_C:16565,285,0 1|1:4,121:125:99:1|1:495994_G_C:5294,219,0 1|1:6,213:219:99:1|1:495994_G_C:9363,423,0 1|1:0,190:190:99:1|1:495994_G_C:8484,580,0 1|1:0,401:401:99:1|1:495994_G_C:18356,1243,0 1|0:145,23:168:99:0|1:495994_G_C:541,0,6047 0|1:168,209:377:99:.:.:5335,0,6315 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,502:502:99:1|1:495994_G_C:22594,1555,0 1|0:39,72:111:99:0|1:495994_G_C:2848,0,1393 1|1:2,408:410:99:1|1:495994_G_C:18129,1165,0 1|1:1,271:272:99:1|1:495994_G_C:12020,797,0 1|0:195,28:223:99:0|1:495994_G_C:597,0,8063 1|1:0,381:381:99:1|1:495994_G_C:16833,1161,0 1|1:0,72:72:99:1|1:495994_G_C:3255,226,0 1|0:67,68:135:99:0|1:495994_G_C:2651,0,2719 1|1:0,141:141:99:1|1:495994_G_C:6303,427,0 1|1:0,218:218:99:1|1:495994_G_C:9837,674,0 0|1:210,65:275:99:0|1:495994_G_C:2131,0,8558 1|1:0,194:194:99:1|1:495982_G_A:9076,617,0 1|1:0,228:228:99:1|1:495994_G_C:10372,704,0 1|1:0,213:213:99:1|1:495994_G_C:9522,650,0 1|1:0,222:222:99:1|1:495994_G_C:10031,689,0 1|1:0,241:241:99:1|1:495994_G_C:10998,752,0 1|1:0,65:65:99:1|1:495994_G_C:2916,199,0 1|1:0,64:64:99:1|1:495994_G_C:2934,202,0 1|1:0,212:212:99:1|1:495994_G_C:9634,662,0 1|1:0,209:209:99:1|1:495994_G_C:9323,635,0 1|1:0,232:232:99:1|1:495994_G_C:10502,722,0 1|1:0,124:124:99:1|1:495994_G_C:5544,376,0 1|1:0,310:310:99:1|1:495994_G_C:13899,951,0 1|1:0,230:230:99:1|1:495994_G_C:10284,698,0 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|0:74,63:137:99:0|1:495994_G_C:2419,0,2947 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,64:64:99:1|1:495994_G_C:2823,193,0 1|1:0,18:18:54:1|1:495994_G_C:798,54,0 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,264:264:99:1|1:495994_G_C:12051,813,0 1|1:0,254:254:99:1|1:495994_G_C:11494,777,0 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,287:287:99:1|1:495994_G_C:13126,888,0 1|1:0,158:158:99:1|1:495994_G_C:7073,481,0 1|1:0,229:229:99:1|1:495994_G_C:10387,704,0 1|1:0,225:225:99:1|1:495994_G_C:10329,698,0 1|1:0,207:207:99:1|1:495994_G_C:9229,629,0 1|1:0,228:228:99:1|1:495994_G_C:10242,704,0 1|1:0,217:217:99:1|1:495994_G_C:9664,662,0 1|1:1,208:209:99:1|1:495994_G_C:9278,614,0 1|1:0,487:487:99:1|1:495994_G_C:21650,1496,0 0|1:21,51:72:99:0|1:495994_G_C:2123,0,709 1|0:134,159:293:99:0|1:495994_G_C:6168,0,5114 1|1:0,654:654:99:1|1:495994_G_C:29231,2019,0 0|1:43,117:160:99:0|1:495994_G_C:4758,0,1396 1|1:0,251:251:99:1|1:495994_G_C:11304,771,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,35:35:99:1|1:495994_G_C:1607,108,0 1|1:0,363:363:99:1|1:495994_G_C:16098,1110,0 1|1:0,163:163:99:1|1:495994_G_C:7368,506,0 Pf3D7_01_v3 496006 . A G 979660 PASS FS=0;MQ=61.13;QD=26.85;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K255E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aaa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.689;VQSLOD=9.49;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0168;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=152.37;GQ_STDDEV=147.01;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5169;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.81;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13991635;AF=0.034;AS_InbreedingCoeff=-0.0289;MLEAC=176;MLEAF=0.033;AN=858;AC=31 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1697:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:60:.:.:0,60,1200:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1756:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,785:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:23,0:23:36:.:.:0,36,642:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1122:. 0|1:88,11:99:8:.:.:8,0,3168:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,583:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1481:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1220:. 1|0:70,39:109:99:.:.:801,0,2611:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,20:100:99:0|1:495994_G_C:593,0,3276:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,134:155:99:.:.:3073,0,413:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,101:161:99:.:.:2305,0,1367:. 0|1:89,150:239:99:.:.:3382,0,1887:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,21:58:99:.:.:422,0,1149:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,197:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:207,44:251:99:.:.:443,0,8390:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,451:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1114:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,771:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,87:180:99:.:.:2435,0,2734:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:495994_G_C:9002,614,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:598,0:598:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:691,0:691:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,215:216:99:1|1:495994_G_C:9791,632,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,243:261:99:.:.:7284,206,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:204,27:231:99:.:.:220,0,6440:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:177,164:341:99:.:.:4208,0,5170:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1447:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,190:245:99:.:.:5536,0,1153:. 1|0:142,66:208:99:.:.:1586,0,5546:. 0|1:109,47:156:99:.:.:1037,0,3377:. 1|1:5,211:216:99:.:.:6726,449,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,176:223:99:.:.:5174,0,1283:. 0|1:62,15:77:99:.:.:228,0,1872:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,75:179:99:.:.:1940,0,3212:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,141:236:99:.:.:3853,0,3143:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:151,93:244:99:0|1:495994_G_C:3365,0,6183:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,2:36:41:.:.:0,41,1401:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:383,0:383:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:454,0:454:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1536:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:204,65:269:99:0|1:495994_G_C:2130,0,8352:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:1|1:495994_G_C:5444,376,0:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,8:57:85:.:.:85,0,1497:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 496031 . A G 315377 PASS FS=0;MQ=62.32;QD=18.06;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H263R;SNPEFF_CODON_CHANGE=cAt/cGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.714;VQSLOD=6.11;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=-0.0016;NCC=0;BaseQRankSum=-4.895;ClippingRankSum=-0.05;MQRankSum=0.366;ReadPosRankSum=0.495;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13956362;AF=0.015;MLEAC=75;MLEAF=0.014;AN=856;AC=24 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1697:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1039:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1176:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1756:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,7:7:21:.:.:187,21,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1481:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1220:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,552:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,137:138:99:.:.:3600,380,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,92:107:99:.:.:2121,0,121:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,133:142:99:.:.:3084,159,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,11:90:6:.:.:6,0,3293:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,279:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3395,392,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:1|1:496031_A_G:4792,331,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,52:115:99:.:.:993,0,1527:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:135,20:155:33:.:.:33,0,3604:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:60,6:66:34:.:.:0,34,1789:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,117:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,719:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2974,277,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:598,0:598:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:691,0:691:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2051,186,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:.:.:120 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:.:.:.:.:120 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:.:.:.:.:120 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:.:.:.:.:120 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1447:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:.:.:.:.:120 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:120 1|0:41,208:249:99:.:.:5773,0,1017:. 0|0:399,0:399:.:.:.:.:120 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:.:.:.:.:120 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:.:.:.:.:120 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:.:.:.:.:120 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,49:155:99:.:.:1075,0,4043:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:105 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:.:.:.:.:120 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:.:.:.:.:120 0|0:398,0:398:.:.:.:.:120 0|1:114,19:133:99:.:.:218,0,3936:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:383,0:383:.:.:.:.:120 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:.:.:.:.:120 0|0:555,0:555:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:454,0:454:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1536:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2207,207,0:. 1|0:74,64:138:99:.:.:1616,0,2859:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 496069 . G C 7.91128e+06 PASS FS=0;MQ=60.69;QD=30.14;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E276Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Caa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.688;VQSLOD=9.23;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=33.33;GQ_MEAN=202.44;GQ_STDDEV=295.8;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6505;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.224;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12547546;AF=0.311;AS_InbreedingCoeff=0.4688;MLEAC=1630;MLEAF=0.31;AN=854;AC=223 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1296:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1493:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,3:70:79:0|1:496064_C_A:0,79,2925:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1125:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1076:. 1|0:29,5:34:45:.:.:45,0,762:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1293,142,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1275:. 0|1:9,16:25:99:0|1:496069_G_C:637,0,312:. 1|1:0,16:16:48:1|1:496069_G_C:673,48,0:. 0|0:21,0:21:36:.:.:0,36,532:. 1|0:0,2:2:6:.:.:61,6,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:24,0:24:45:.:.:0,45,614:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,51:52:73:1|1:496069_G_C:2160,73,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:496069_G_C:1803,129,0:. 0|0:90,6:96:99:.:.:0,126,2249:. 0|0:16,0:16:17:.:.:0,17,400:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,53:53:99:1|1:496069_G_C:2336,162,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,88:94:64:1|1:496069_G_C:3694,64,0:. 0|1:20,37:57:99:.:.:1027,0,410:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158:. 1|0:108,14:122:99:0|1:496069_G_C:219,0,4408:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,25:57:99:0|1:496069_G_C:868,0,1173:. 1|1:1,53:54:99:.:.:1430,132,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,88:95:23:0|1:496069_G_C:3636,0,23:. 1|0:72,21:93:99:0|1:496069_G_C:691,0,2870:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2406,257,0:. 1|1:0,254:254:99:.:.:6840,760,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,9:94:99:0|1:496069_G_C:118,0,3721:. 0|1:56,13:69:99:.:.:178,0,1341:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1059:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3322,373,0:. 0|1:58,29:87:99:.:.:874,0,1569:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,17:18:24:.:.:573,24,0:. 1|1:2,103:105:99:1|1:496069_G_C:4478,229,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,86:120:99:0|1:496069_G_C:3429,0,1171:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2070,225,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,18:77:99:0|1:496069_G_C:550,0,2372:. 1|0:91,66:157:99:0|1:496069_G_C:2343,0,3605:. 0|1:73,43:116:99:0|1:496069_G_C:1541,0,2807:. 1|1:1,145:146:99:1|1:496069_G_C:6265,435,0:. 1|1:0,338:338:99:1|1:496069_G_C:14871,1035,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1169,134,0:. 0|1:97,11:108:99:0|1:496069_G_C:164,0,4014:. 1|0:68,60:128:99:0|1:496069_G_C:2267,0,2629:. 1|0:73,18:91:99:.:.:228,0,1825:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1313:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1111:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:59,26:85:99:0|1:496069_G_C:870,0,2427:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:146,44:190:99:.:.:621,0,5529:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,36:60:99:.:.:821,0,478:. 0|1:37,18:55:99:0|1:496069_G_C:642,0,1453:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1662:. 1|1:0,38:38:99:1|1:496069_G_C:1714,117,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:496069_G_C:3256,229,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:8,201:209:99:1|1:496069_G_C:8732,333,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,53:89:99:.:.:1186,0,1019:. 0|1:32,12:44:99:0|1:496069_G_C:408,0,1308:. 1|1:8,142:150:99:.:.:3708,244,0:. 1|0:34,128:162:99:0|1:496069_G_C:5284,0,1047:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:209,38:247:99:.:.:470,0,5017:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,15:100:99:0|1:496069_G_C:368,0,3450:. 0|1:27,83:110:99:.:.:3213,0,390:. 0|1:100,15:115:99:0|1:496069_G_C:323,0,3966:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,80:146:99:0|1:496069_G_C:2961,0,2521:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,12:136:77:.:.:0,77,3137:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,70:162:99:0|1:496069_G_C:2665,0,3562:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,176:177:99:.:.:4812,503,0:. 0|0:101,6:107:86:.:.:0,86,2595:. 1|0:133,74:207:99:0|1:496069_G_C:2659,0,5307:. 0|1:106,24:130:99:.:.:639,0,4350:. 1|0:13,160:173:50:0|1:496069_G_C:6409,0,50:. 0|1:110,63:173:99:0|1:496069_G_C:2232,0,4242:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:1|1:496064_C_A:7591,512,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,18:188:67:.:.:0,67,4313:. 1|0:136,28:164:99:.:.:398,0,4826:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:102,32:134:99:.:.:499,0,3757:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,6:63:37:.:.:0,37,1360:. 1|0:139,25:164:99:0|1:496069_G_C:573,0,5646:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,125:128:99:.:.:5457,314,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,25:123:99:.:.:318,0,2413:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:1|1:496069_G_C:8350,575,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,38:147:99:0|1:496069_G_C:1208,0,4256:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:3261,240,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,211:212:99:.:.:5448,605,0:. 0|1:39,20:59:99:.:.:519,0,931:. 1|0:64,78:142:99:0|1:496069_G_C:3024,0,2475:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,180:182:99:1|1:496069_G_C:7876,467,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,106:109:99:.:.:2865,240,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,50:115:99:.:.:1884,0,1997:. 0|1:50,58:108:99:0|1:496069_G_C:2245,0,1870:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:149,52:201:99:.:.:784,0,3505:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2559,281,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,75:150:99:.:.:1927,0,2117:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,38:140:99:.:.:626,0,2436:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1528:. 1|0:18,38:56:99:.:.:887,0,332:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3887,334,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,52:162:99:.:.:954,0,2627:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,84:85:99:1|1:496069_G_C:3668,211,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,124:131:79:1|1:496069_G_C:5244,79,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,82:104:99:0|1:496069_G_C:3297,0,593:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,10:104:32:.:.:0,32,2390:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1644:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,76:77:99:.:.:1996,205,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,17:156:99:0|1:496069_G_C:336,0,5594:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,19:132:99:.:.:192,0,2936:. 1|1:1,89:90:99:.:.:2363,242,0:. 0|1:58,14:72:99:.:.:321,0,1367:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1434:. 0|1:60,15:75:99:.:.:188,0,1860:. 1|0:78,39:117:99:0|1:496069_G_C:1373,0,3169:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,160:160:99:1|1:496069_G_C:7027,499,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,34:46:99:.:.:1001,0,196:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:.:.:5501,400,0:. 1|0:55,17:72:99:0|1:496069_G_C:482,0,2225:. 1|1:0,61:61:99:1|1:496069_G_C:2785,190,0:. 1|1:5,63:68:60:.:.:1773,60,0:. 0|1:56,55:111:99:.:.:1391,0,1173:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,6:76:35:0|1:496069_G_C:35,0,2968:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:1|1:496069_G_C:7658,533,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2538,231,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3481,374,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:496069_G_C:2758,193,0:. 0|1:15,97:112:87:.:.:2583,0,87:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1505:. 1|0:129,25:154:99:.:.:573,0,3332:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,2:4:78:0|1:496069_G_C:78,0,78:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,60:107:99:0|1:496069_G_C:2334,0,1746:. 1|0:24,61:85:99:0|1:496069_G_C:2462,0,818:. 1|1:0,139:139:99:.:.:3880,417,0:. 0|1:99,18:117:99:0|1:496069_G_C:449,0,4013:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,9:49:87:.:.:87,0,963:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:204,75:279:99:.:.:1550,0,4934:. 0|1:78,37:115:99:.:.:670,0,1760:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,17:17:51:.:.:467,51,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:496069_G_C:2770,193,0:. 0|1:41,58:99:99:0|1:496069_G_C:2238,0,1540:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,38:39:89:.:.:990,89,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,2:25:15:0|1:496069_G_C:15,0,931:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2746,242,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:138,11:149:20:0|1:496069_G_C:20,0,5823:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:496069_G_C:6846,464,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1067:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,179:179:99:.:.:6068,538,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1584:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1747:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:50:.:.:0,50,923:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,95:100:99:.:.:2996,122,0:. 1|1:0,175:175:99:1|1:496069_G_C:7828,539,0:. 1|1:0,182:182:99:1|1:496069_G_C:8106,560,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1575:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:691,0:691:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1359:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1055,96,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1568:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2315,210,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5198,466,0:. 1|1:1,197:198:99:.:.:6456,566,0:. 0|1:40,163:203:99:.:.:4744,0,777:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:174,37:211:99:0|1:496069_G_C:1008,0,7121:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,81:98:99:0|1:496069_G_C:3353,0,498:. 1|0:143,144:287:99:.:.:3590,0,3733:. 1|0:6,33:39:95:.:.:1273,0,95:. 1|1:16,209:225:99:.:.:6410,112,0:. 0|1:77,154:231:99:.:.:4332,0,1917:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:4,55:59:2:0|1:496069_G_C:2262,0,2:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,2:58:85:0|1:496069_G_C:0,85,2344:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,250:251:99:1|1:496069_G_C:10970,712,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,208:212:99:1|1:496069_G_C:8971,470,0:. 1|0:44,87:131:99:0|1:496069_G_C:3441,0,1565:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,9:157:37:0|1:496069_G_C:0,37,6215:. 0|0:37,0:37:80:.:.:0,80,1109:. 0|1:214,23:237:99:0|1:496069_G_C:355,0,8949:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,222:231:99:1|1:496069_G_C:9426,263,0:. 1|0:27,150:177:99:0|1:496069_G_C:6234,0,643:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,9:114:50:0|1:496069_G_C:50,0,4391:. 0|0:204,13:217:71:0|1:496069_G_C:0,71,8610:. 0|1:19,167:186:99:0|1:496069_G_C:6914,0,273:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,26:159:99:0|1:496069_G_C:727,0,5490:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:454,0:454:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,55:87:99:0|1:496069_G_C:2212,0,1210:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,254:256:99:1|1:496069_G_C:11204,689,0:. 0|0:189,19:208:12:.:.:0,12,5705:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1536:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:179,56:235:99:.:.:1126,0,5403:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:174,31:205:99:.:.:349,0,5066:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,243:243:99:1|1:496069_G_C:10843,737,0:. 1|1:0,208:208:99:1|1:496069_G_C:9204,626,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:1|1:496069_G_C:2679,184,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:1|1:496069_G_C:8008,548,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4025,366,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1511:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1436:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 1|1:0,13:13:39:1|1:496069_G_C:565,39,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1405:. 1|1:0,38:38:99:1|1:496069_G_C:1666,114,0:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:1|1:496069_G_C:6537,442,0:. Pf3D7_01_v3 496074 . A G 6.26692e+06 PASS FS=0;MQ=60.79;QD=32.24;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L277;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttA/ttG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.696;VQSLOD=6.76;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0004;FractionInformativeReads=0.997;GC=33.33;GQ_MEAN=215.1;GQ_STDDEV=336.74;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5401;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.365;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11964622;AF=0.194;AS_InbreedingCoeff=0.9955;MLEAC=1010;MLEAF=0.192;AN=854;AC=183 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1296:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1493:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,2:64:99:0|1:496064_C_A:0,115,2880:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:36,0:36:78:.:.:0,78,1016:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1076:. 0|0:35,0:35:68:.:.:0,68,970:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1226:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1275:. 0|1:8,18:26:99:0|1:496069_G_C:661,0,309:. 1|1:0,14:14:42:1|1:496069_G_C:620,42,0:. 0|0:22,0:22:52:.:.:0,52,601:. 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,91:. 1|1:0,24:24:72:1|1:496074_A_G:1006,72,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,626:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1000:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,49:50:64:1|1:496069_G_C:2119,64,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:496069_G_C:1803,129,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:32:.:.:0,32,488:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,54:54:99:1|1:496069_G_C:2524,172,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,89:94:64:1|1:496069_G_C:3698,64,0:. 0|1:45,10:55:99:.:.:115,0,1445:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158:. 1|0:111,14:125:99:0|1:496069_G_C:216,0,4457:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,25:54:99:0|1:496069_G_C:910,0,1120:. 0|0:54,3:57:99:.:.:0,104,1490:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,88:95:5:0|1:496069_G_C:3961,0,5:. 1|0:69,22:91:99:0|1:496069_G_C:733,0,2938:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,249:249:99:.:.:11166,782,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,10:100:99:0|1:496069_G_C:100,0,3889:. 0|0:64,2:66:99:0|1:496074_A_G:0,124,2935:. 0|0:37,0:37:95:.:.:0,95,1029:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,20:90:99:0|1:496074_A_G:613,0,2944:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,12:20:99:.:.:239,0,158:. 1|1:2,99:101:99:1|1:496069_G_C:4623,235,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,83:117:99:0|1:496069_G_C:3535,0,1166:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,18:73:99:0|1:496069_G_C:643,0,2293:. 1|0:92,61:153:99:0|1:496069_G_C:2295,0,3611:. 0|1:68,42:110:99:0|1:496069_G_C:1616,0,2703:. 1|1:1,134:135:99:1|1:496069_G_C:6152,423,0:. 1|1:0,327:327:99:1|1:496069_G_C:14579,1005,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,997:. 0|1:98,11:109:99:0|1:496069_G_C:168,0,3952:. 1|0:70,58:128:99:0|1:496069_G_C:2254,0,2727:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1313:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1111:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:61,25:86:99:0|1:496069_G_C:870,0,2408:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:124,61:185:99:.:.:2118,0,2918:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,19:56:99:0|1:496069_G_C:686,0,1429:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1662:. 1|1:0,39:39:99:1|1:496069_G_C:1758,120,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:496069_G_C:3178,220,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:6,198:204:99:1|1:496069_G_C:9001,324,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,73:90:99:0|1:496074_A_G:3010,0,473:. 0|1:32,13:45:99:0|1:496069_G_C:486,0,1386:. 1|1:0,150:150:99:.:.:6503,463,0:. 1|0:34,128:162:99:0|1:496069_G_C:5529,0,1051:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:10,248:258:99:1|1:496074_A_G:10476,338,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,15:102:99:0|1:496069_G_C:365,0,3474:. 0|1:35,75:110:99:.:.:1652,0,1114:. 0|1:94,16:110:99:0|1:496069_G_C:364,0,3832:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,78:146:99:0|1:496069_G_C:2985,0,2542:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,72:163:99:0|1:496069_G_C:2706,0,3546:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,75:205:99:0|1:496069_G_C:2909,0,5400:. 0|1:102,26:128:99:.:.:799,0,3943:. 1|0:13,157:170:46:0|1:496069_G_C:6446,0,46:. 0|1:104,61:165:99:0|1:496069_G_C:2232,0,4219:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:496064_C_A:7605,509,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,52:147:99:.:.:1986,0,3458:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:78,54:132:99:0|1:496074_A_G:2085,0,3036:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,22:156:99:0|1:496069_G_C:527,0,5737:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,122:127:99:1|1:496074_A_G:5091,121,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:1|1:496069_G_C:8694,593,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:496074_A_G:6936,484,0:. 1|1:0,207:207:99:1|1:496074_A_G:8970,634,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,37:143:99:0|1:496069_G_C:1201,0,4308:. 1|0:153,28:181:99:0|1:496074_A_G:659,0,6115:. 1|1:0,205:205:99:1|1:496074_A_G:9280,644,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,67:76:52:.:.:1583,0,52:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:496074_A_G:3062,214,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,8:57:99:0|1:496074_A_G:164,0,2075:. 1|0:65,78:143:99:0|1:496069_G_C:3025,0,2475:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,177:179:99:1|1:496069_G_C:7798,458,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,50:119:99:.:.:1747,0,2562:. 0|1:50,54:104:99:0|1:496069_G_C:2208,0,1932:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:145,16:161:99:0|1:496074_A_G:148,0,6293:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,38:96:99:0|1:496074_A_G:1392,0,2243:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,53:145:99:.:.:1533,0,2702:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1528:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1366:. 1|0:58,48:106:99:.:.:988,0,1419:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,83:84:99:1|1:496069_G_C:3809,217,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,127:135:88:1|1:496069_G_C:5320,88,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,79:97:99:0|1:496069_G_C:3277,0,572:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1644:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:133,19:152:99:0|1:496069_G_C:382,0,5505:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,19:130:99:0|1:496074_A_G:374,0,4448:. 1|1:0,87:87:99:.:.:4036,277,0:. 0|1:59,9:68:99:0|1:496074_A_G:170,0,2515:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1434:. 1|0:53,22:75:99:0|1:496074_A_G:786,0,2102:. 1|0:79,39:118:99:0|1:496069_G_C:1332,0,3136:. 0|1:51,39:90:99:0|1:496074_A_G:1481,0,1966:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,154:154:99:1|1:496069_G_C:6889,484,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,11:48:99:.:.:200,0,1087:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,118:133:33:.:.:2718,0,33:. 1|0:57,17:74:99:0|1:496069_G_C:488,0,2451:. 1|1:0,62:62:99:1|1:496069_G_C:2846,193,0:. 0|1:58,11:69:99:0|1:496074_A_G:267,0,2418:. 0|1:98,16:114:99:.:.:180,0,3308:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,6:76:77:0|1:496069_G_C:77,0,2965:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,42:141:99:0|1:496074_A_G:1456,0,3874:. 1|1:0,173:173:99:1|1:496069_G_C:7612,527,0:. 1|0:49,29:78:99:.:.:540,0,1199:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,60:60:99:1|1:496069_G_C:2709,187,0:. 0|0:95,11:106:17:.:.:0,17,2736:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1505:. 1|0:134,17:151:99:0|1:496074_A_G:259,0,5873:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,2:4:78:0|1:496069_G_C:78,0,78:. 1|0:134,20:154:99:0|1:496074_A_G:399,0,5470:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,60:108:99:0|1:496069_G_C:2352,0,1824:. 1|0:25,60:85:99:0|1:496069_G_C:2439,0,848:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:99,18:117:99:0|1:496069_G_C:452,0,3991:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1244:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,7:85:67:0|1:496074_A_G:67,0,3140:. 1|1:0,61:61:99:1|1:496069_G_C:2770,193,0:. 0|1:40,55:95:99:0|1:496069_G_C:2207,0,1580:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,2:25:15:0|1:496069_G_C:15,0,931:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:138,11:149:99:0|1:496069_G_C:140,0,5952:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:496069_G_C:7289,491,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1067:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1584:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1747:. 1|1:0,182:182:99:1|1:496074_A_G:8212,566,0:. 0|0:29,0:29:53:.:.:0,53,973:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:1|1:496069_G_C:7699,527,0:. 1|1:0,175:175:99:1|1:496069_G_C:8002,551,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1575:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,673:673:99:1|1:496074_A_G:29874,2055,0:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1359:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1568:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:166,38:204:99:0|1:496069_G_C:1102,0,7231:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,82:99:99:0|1:496069_G_C:3419,0,495:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,24:37:99:0|1:496074_A_G:924,0,461:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:4,56:60:7:1|1:496069_G_C:2394,7,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,2:57:82:0|1:496069_G_C:0,82,2314:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,246:247:99:1|1:496069_G_C:11280,725,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,197:201:99:1|1:496069_G_C:8802,452,0:. 1|0:44,87:131:99:0|1:496069_G_C:3462,0,1562:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:143,11:154:2:0|1:496069_G_C:2,0,6250:. 0|0:38,0:38:63:.:.:0,63,1167:. 0|1:215,25:240:99:0|1:496069_G_C:382,0,9169:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,214:223:99:1|1:496069_G_C:9684,272,0:. 1|0:26,153:179:99:0|1:496069_G_C:6618,0,632:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,10:108:98:0|1:496069_G_C:98,0,4380:. 0|0:204,14:218:41:0|1:496069_G_C:0,41,8801:. 0|1:18,165:183:99:0|1:496069_G_C:7150,0,274:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:130,27:157:99:0|1:496069_G_C:721,0,5615:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,455:456:99:.:.:14859,1331,0:. 0|1:36,56:92:99:0|1:496069_G_C:2262,0,1375:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,252:254:99:1|1:496069_G_C:11051,676,0:. 1|1:8,196:204:99:1|1:496074_A_G:8325,300,0:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1536:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:1|1:496069_G_C:10698,725,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:496069_G_C:9349,641,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:496069_G_C:2734,184,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:1|1:496069_G_C:8051,545,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1511:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1436:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 1|1:0,12:12:36:1|1:496069_G_C:540,36,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,27:27:81:1|1:496074_A_G:1192,81,0:. 1|1:0,212:212:99:1|1:496074_A_G:9423,647,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1405:. 1|1:0,35:35:99:1|1:496069_G_C:1666,114,0:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:1|1:496069_G_C:6577,442,0:. Pf3D7_01_v3 496106 . C T 6.92039e+06 PASS FS=0;MQ=60.42;QD=26.86;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S288F;SNPEFF_CODON_CHANGE=tCt/tTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.723;VQSLOD=8.64;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=28.57;GQ_MEAN=212.34;GQ_STDDEV=230.33;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6648;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.18;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11156645;AF=0.338;AS_InbreedingCoeff=0.6936;MLEAC=1779;MLEAF=0.339;AN=854;AC=247 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,45:45:99:.:.:1439,135,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1251:. 1|0:41,13:54:99:.:.:266,0,980:. 1|0:26,31:57:99:.:.:844,0,608:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1208:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:1,33:34:92:.:.:1028,92,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2359,223,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1077,102,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1076:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1388:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1226:. 0|0:37,0:37:80:.:.:0,80,1026:. 1|0:11,11:22:99:.:.:287,0,264:. 0|1:8,3:11:61:.:.:61,0,357:. 1|1:0,20:20:60:.:.:637,60,0:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 1|1:1,22:23:37:.:.:672,37,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1174,114,0:. 1|0:14,53:67:99:.:.:1435,0,206:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1311:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1060:. 1|0:10,79:89:99:.:.:2031,0,150:. 1|1:0,17:17:51:.:.:513,51,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:250,24,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1232:. 0|1:62,40:102:99:.:.:901,0,1449:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1257:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1096,105,0:. 1|0:102,28:130:99:.:.:425,0,2463:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2592,264,0:. 0|1:44,12:56:99:.:.:204,0,1036:. 1|0:44,12:56:99:.:.:202,0,1045:. 0|1:10,48:58:96:.:.:1287,0,96:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,39:88:99:.:.:925,0,1090:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,157:157:99:.:.:4773,472,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,41:69:99:.:.:1011,0,547:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:16,97:113:90:.:.:2536,0,90:. 0|0:72,4:76:99:.:.:0,118,2815:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,622:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:152,51:203:99:.:.:921,0,3793:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,59:66:5:.:.:1524,0,5:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,997:. 1|0:62,40:102:99:.:.:1087,0,1416:. 0|1:89,13:102:90:.:.:90,0,2197:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1598,162,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1313:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1260,129,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1036:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:35,53:88:99:.:.:1396,0,716:. 1|0:96,12:108:48:.:.:48,0,2343:. 0|0:45,0:45:10:.:.:0,10,981:. 0|1:32,139:171:99:.:.:3711,0,350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1584,162,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1442:. 0|0:45,2:47:85:.:.:0,85,1144:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1662:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1241:. 0|1:32,65:97:99:.:.:1598,0,571:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:96,69:165:99:.:.:1610,0,2160:. 0|1:8,52:60:59:.:.:1423,0,59:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,13:87:99:.:.:142,0,1820:. 0|1:26,106:132:99:.:.:2760,0,354:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,14:98:99:.:.:112,0,2048:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,10:47:99:.:.:144,0,879:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,29:138:99:.:.:421,0,2584:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4372,440,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,26:108:99:.:.:418,0,1897:. 1|0:15,98:113:60:.:.:2598,0,60:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,60:121:99:.:.:1476,0,1355:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,109:128:99:.:.:2833,0,160:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:7,173:180:99:.:.:4903,349,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,13:143:39:.:.:0,39,3935:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5978,591,0:. 1|1:0,162:162:99:.:.:4812,485,0:. 1|1:0,181:181:99:.:.:5296,541,0:. 0|1:119,70:189:99:.:.:1510,0,2689:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,25:99:99:.:.:454,0,1768:. 0|1:76,122:198:99:.:.:3651,0,2937:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,97:149:99:.:.:2464,0,1010:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,154:174:25:.:.:4131,0,25:. 0|1:94,51:145:99:.:.:1071,0,2937:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,35:119:99:.:.:692,0,1973:. 0|1:61,8:69:31:.:.:31,0,2192:. 0|1:22,128:150:99:.:.:3368,0,567:. 1|1:0,191:191:99:.:.:5728,572,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,96:118:99:.:.:2539,0,251:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:74:.:.:0,74,3975:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:139,24:163:99:.:.:240,0,3256:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2245,230,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,21:57:99:.:.:438,0,860:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2936,299,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1543,156,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,9:108:47:.:.:0,47,3410:. 1|0:48,48:96:99:.:.:1116,0,1889:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,30:160:99:.:.:380,0,3375:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,11:11:33:.:.:319,33,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3305,330,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,56:90:99:.:.:1397,0,1301:. 1|0:57,85:142:99:.:.:2122,0,1114:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,2142:. 1|1:7,128:135:99:.:.:3688,199,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1528:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1366:. 0|1:51,47:98:99:.:.:1124,0,1125:. 0|0:103,12:115:1:.:.:0,1,2537:. 0|1:90,74:164:99:.:.:1718,0,2023:. 1|0:22,67:89:99:.:.:1718,0,330:. 1|1:3,95:98:99:.:.:2833,208,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,70:123:99:.:.:1753,0,1110:. 1|1:6,120:126:99:.:.:3436,203,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2814,282,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,95:101:99:.:.:2647,126,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1644:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,70:111:99:.:.:1729,0,761:. 0|1:18,130:148:59:.:.:3393,0,59:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,42:121:99:.:.:890,0,1961:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1449:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1434:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,23:87:99:.:.:414,0,1457:. 1|0:37,50:87:99:.:.:1140,0,1397:. 1|1:2,133:135:99:.:.:3919,365,0:. 1|1:2,71:73:99:1|1:496106_C_T:2864,109,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2738,271,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1302:. 1|1:17,167:184:99:.:.:4486,106,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,5:73:73:.:.:0,73,2468:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1275:. 1|0:13,49:62:99:.:.:1286,0,161:. 1|0:55,55:110:99:.:.:1333,0,1118:. 1|0:46,16:62:99:.:.:261,0,1023:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1924,194,0:. 1|0:44,14:58:99:.:.:233,0,1033:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1825,182,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,24:123:99:.:.:334,0,3124:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1806,180,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1371:. 1|0:86,11:97:25:.:.:25,0,2157:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3126,309,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1505:. 0|1:117,28:145:99:.:.:414,0,2951:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2178,221,0:. 0|0:0,2:2:6:.:.:60,6,0:. 0|1:116,24:140:99:.:.:307,0,3119:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3520,350,0:. 0|1:65,55:120:99:.:.:1228,0,1425:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:5,180:185:99:.:.:5273,412,0:. 1|0:44,10:54:99:.:.:151,0,1044:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:93,186:279:99:.:.:4808,0,2784:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:17,0:17:20:.:.:0,20,434:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1029,102,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4082,416,0:. 0|0:79,5:84:99:.:.:0,121,2323:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1292:. 1|0:57,34:91:99:.:.:688,0,2351:. 1|1:6,78:84:88:.:.:2206,88,0:. 0|1:5,12:17:94:.:.:294,0,94:. 0|1:24,28:52:99:.:.:695,0,520:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,969:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2735,275,0:. 1|0:4,17:21:42:.:.:460,0,42:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1765:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:68,68:136:99:.:.:2041,0,1953:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5447,451,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,27:27:81:.:.:981,81,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4947,418,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,111:114:99:.:.:3923,242,0:. 1|1:9,112:121:71:.:.:3629,71,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,67:116:99:.:.:2048,0,1354:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1584:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1747:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,774:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1575:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:583,0:583:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1359:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,67:75:54:.:.:2116,0,54:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,118:127:72:.:.:3624,72,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6820,613,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,97:194:99:.:.:2759,0,2662:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1568:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:.:.:6229,553,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6036,535,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:16,198:214:87:.:.:6156,87,0:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6391,574,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,4:35:34:.:.:34,0,954:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:142,64:206:99:.:.:1584,0,4169:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:6619,585,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,82:166:99:.:.:2154,0,2028:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,36:58:99:.:.:1024,0,460:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,20:96:99:.:.:414,0,2181:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:20:.:.:0,20,758:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,14:170:99:.:.:0,108,4572:. 1|1:25,312:337:99:.:.:9357,262,0:. 1|0:52,43:95:99:.:.:1171,0,1769:. 1|1:16,174:190:36:.:.:5450,36,0:. 0|0:143,13:156:34:.:.:0,34,6165:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:17,266:283:99:.:.:8334,187,0:. 1|1:15,442:457:99:.:.:14627,842,0:. 1|1:0,413:413:99:.:.:14295,1242,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,310:312:99:.:.:10215,890,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1536:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4327,376,0:. 1|1:0,179:179:99:.:.:6193,538,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1822,159,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5446,466,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5669,490,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7623,672,0:. 1|1:15,235:250:99:.:.:7464,249,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1511:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1436:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:155,64:219:99:.:.:1579,0,6080:. 1|0:183,54:237:99:.:.:1078,0,7260:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:193,32:225:99:.:.:421,0,7626:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,143:217:99:.:.:4163,0,2662:. 0|1:125,28:153:99:.:.:520,0,5009:. 0|1:21,121:142:99:.:.:3756,0,308:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5896,519,0:. 0|0:164,0:164:45:.:.:0,45,4600:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5536,481,0:. 0|1:139,237:376:99:.:.:7099,0,3564:. 0|1:17,41:58:99:.:.:1214,0,423:. 1|0:137,117:254:99:.:.:3192,0,3672:. 1|1:0,497:497:99:.:.:16799,1493,0:. 1|0:39,107:146:99:.:.:3242,0,919:. 1|1:0,181:181:99:.:.:6174,544,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1538,138,0:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,775:. 1|1:9,296:305:99:.:.:9845,598,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 496119 . G T 233442 PASS FS=0;MQ=61.18;QD=20.78;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L292F;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttG/ttT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.675;VQSLOD=5.62;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.72;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=122.25;GQ_STDDEV=72.18;HRun=2;InbreedingCoeff=0.4679;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.687;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=9770925;AF=0.008575;AS_InbreedingCoeff=0.4679;MLEAC=45;MLEAF=0.008575;AN=854;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1251:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1225:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1381:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1035:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1076:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1388:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1226:. 0|0:31,0:31:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,119:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1311:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1060:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:31:.:.:0,31,472:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1313:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:81:.:.:0,81,1175:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1370:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,24:54:99:.:.:547,0,641:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1305:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1691:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,29:76:99:.:.:658,0,1368:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,3:20:31:.:.:31,0,410:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1781:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,997:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1028:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1313:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1316:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1442:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1192:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1662:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1241:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1316:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:14,78:92:99:.:.:1965,0,119:. 0|0:92,6:98:99:.:.:0,106,2349:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,111:185:99:.:.:2705,0,1460:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3628,369,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,61:127:99:.:.:1483,0,1401:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1128:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,101:102:99:.:.:2996,277,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,40:162:99:.:.:721,0,2835:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,223:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1528:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1366:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1644:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,65:67:99:.:.:1844,152,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,9:106:42:.:.:0,42,2496:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,7:47:80:.:.:80,0,935:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1434:. 0|1:47,13:60:99:.:.:215,0,1462:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,8:53:99:.:.:99,0,1038:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1275:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1371:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1505:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,112:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,66:112:99:.:.:1695,0,930:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1292:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,528:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1765:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1584:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1747:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1575:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:583,0:583:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1359:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,690:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:.:.:.:.:120 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:.:.:.:.:120 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:259,0:259:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1568:. 0|0:235,0:235:.:.:.:.:120 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:.:.:.:.:120 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:.:.:120 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:120 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:.:.:.:.:120 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:350,0:350:.:.:.:.:120 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:.:.:.:.:120 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:.:.:.:.:120 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:120 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:80 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:350,0:350:.:.:.:.:120 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:264,0:264:.:.:.:.:120 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:222,0:222:.:.:.:.:120 0|0:178,0:178:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:.:.:.:.:120 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:.:.:.:.:120 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1536:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1511:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1436:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,500:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,116:120:99:.:.:3933,265,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,775:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 496458 . G A 379693 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=27.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K350;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.636;VQSLOD=5.83;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;InbreedingCoeff=-0.003;NCC=0;ExcessHet=0.0706;GQ_MEAN=107.75;GQ_STDDEV=33.59;HRun=3;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=4.87;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.424;culprit=FS;set=snp;DP=8648570;AF=0.015;AS_InbreedingCoeff=0.9917;MLEAC=77;MLEAF=0.015;AN=856;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1294:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1339:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1399:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:83:.:.:0,83,908:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1083:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,820:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,999:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1275:. 0|1:10,10:20:99:0|1:496458_G_A:374,0,476:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,418:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1394:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1381:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1270:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,951:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,290:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,113:. 1|1:0,47:47:99:1|1:496458_G_A:2026,141,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1488:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1667:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1222:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1118:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1090:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,979:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1770:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1711:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1396:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1124:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,932:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,22:68:99:0|1:496458_G_A:779,0,1849:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1112:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1387:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,9:70:99:0|1:496458_G_A:179,0,2401:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,964:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:94:.:.:0,94,936:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1420:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,975:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,988:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1675:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1021:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1068:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1108:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1302:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:1|1:496458_G_A:4740,328,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1219:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1413:. 0|1:80,14:94:99:0|1:496458_G_A:344,0,3181:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,21:150:99:0|1:496458_G_A:501,0,6500:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1758:. 0|0:133,0:133:10:.:.:0,10,2903:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:1|1:496458_G_A:7279,497,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1744:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1365:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,113,1055:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1231:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,134:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1328:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:84:.:.:0,84,1567:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1773:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1229:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,26:84:99:0|1:496458_G_A:909,0,2336:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:496458_G_A:3999,274,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1397:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1550:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1025:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,918:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,7:64:99:0|1:496458_G_A:141,0,2340:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1132:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,959:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1184:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1190:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1173:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1208:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1171:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:29,51:80:99:0|1:496458_G_A:2088,0,1049:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,957:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1204:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1541:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,197:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1133:. 0|0:22,0:22:61:.:.:0,61,575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,33:68:99:0|1:496458_G_A:1274,0,1715:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1171:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1405:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1681:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1092:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,966:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,658:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1558:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1090:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1319:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1099:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1130:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1648:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1193:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:35:.:.:0,35,530:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1507:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:14,235:249:53:1|1:496458_G_A:9854,53,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1492:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1493:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:120,31:151:99:0|1:496458_G_A:899,0,7036:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1384:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1278:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1303:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,577:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,762:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,32:47:99:0|1:496458_G_A:1351,0,778:. 0|1:122,119:241:99:0|1:496458_G_A:4645,0,5029:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1329:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,618:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. Pf3D7_01_v3 496460 . G C 379692 PASS FS=0.575;MQ=59.98;QD=27.16;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S351T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGc/aCc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.639;VQSLOD=4.24;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0.0011;NCC=0;ExcessHet=0.0706;GQ_MEAN=108.06;GQ_STDDEV=32.79;HRun=1;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=1.49;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.241;culprit=FS;set=snp;DP=8654323;AF=0.015;AS_InbreedingCoeff=0.9999;MLEAC=77;MLEAF=0.015;AN=856;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1294:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1339:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1399:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:83:.:.:0,83,908:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1083:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,820:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1285:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1275:. 0|1:9,9:18:99:0|1:496458_G_A:374,0,476:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,367:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,418:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,543:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1394:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1381:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1270:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,113:. 1|1:0,44:44:99:1|1:496458_G_A:2026,141,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1488:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1667:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1222:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1118:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1090:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,979:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1770:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1711:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1396:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1124:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,932:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,22:69:99:0|1:496458_G_A:779,0,1849:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1112:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1387:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,9:72:99:0|1:496458_G_A:179,0,2401:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,964:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,107,947:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1420:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,975:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,988:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1675:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1021:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1068:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1108:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1302:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:496458_G_A:4740,328,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1219:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1413:. 0|1:81,14:95:99:0|1:496458_G_A:344,0,3181:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,22:151:99:0|1:496458_G_A:501,0,6500:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1758:. 0|0:134,0:134:9:.:.:0,9,2837:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:1|1:496458_G_A:7279,497,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1744:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1365:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,113,1055:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1231:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,134:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1328:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1773:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1229:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,27:86:99:0|1:496458_G_A:909,0,2336:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:496458_G_A:3999,274,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1397:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1550:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1025:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,918:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,8:65:99:0|1:496458_G_A:141,0,2340:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1132:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,959:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1184:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1190:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1173:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1208:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1171:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:29,53:82:99:0|1:496458_G_A:2088,0,1049:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,957:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1204:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1541:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1133:. 0|0:22,0:22:61:.:.:0,61,575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,33:68:99:0|1:496458_G_A:1274,0,1715:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1171:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1405:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1681:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1092:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,917:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,658:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1558:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1278:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1090:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1319:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1099:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1130:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1648:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1193:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,531:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1507:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:14,238:252:53:1|1:496458_G_A:9854,53,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1492:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1493:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:122,29:151:99:0|1:496458_G_A:899,0,7036:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1121:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1384:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1278:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1303:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,577:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,762:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,34:49:99:0|1:496458_G_A:1351,0,778:. 0|1:123,120:243:99:0|1:496458_G_A:4645,0,5029:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1329:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,618:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. Pf3D7_01_v3 497090 . T G 2.9055e+06 PASS FS=1.268;MQ=55.13;QD=30.86;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I561S;SNPEFF_CODON_CHANGE=aTt/aGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.57;VQSLOD=4.43;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=123.36;GQ_STDDEV=47.02;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9443;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=-5.315;ClippingRankSum=0;MQRankSum=-12.56;ReadPosRankSum=0.145;culprit=FS;set=snp;DP=14445346;AF=0.102;AS_InbreedingCoeff=0.9443;MLEAC=536;MLEAF=0.102;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:52,10:62:99:0|1:497076_T_C:254,0,2250:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1340:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1568:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1270:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1322:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1368:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1645:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1208:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1237:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1016:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1327:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1453:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,945:. 0|1:20,7:27:99:0|1:497052_A_AGAAAATGTT:234,0,951:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1280:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440:. 0|1:106,18:124:99:0|1:497052_A_AGAAAATGTT:427,0,4948:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1406:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1550:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1177:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:88,14:102:99:0|1:497052_A_AGAAAATGTT:308,0,4619:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:67:.:.:0,67,2124:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1716:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:50:.:.:0,50,1621:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1074:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1438:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1365:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1240:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1236:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:209,60:269:99:0|1:497052_A_AGAAAATGTT:1872,0,8668:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:98:.:.:0,98,3597:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:168,28:196:99:0|1:497052_A_AGAAAATGTT:661,0,8343:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,42:106:99:0|1:497076_T_C:1550,0,2899:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1549:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1376:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,18:131:99:0|1:497052_A_AGAAAATGTT:410,0,6336:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:87,13:100:99:0|1:497052_A_AGAAAATGTT:269,0,4961:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,16:82:99:0|1:497052_A_AGAAAATGTT:470,0,3463:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1229:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,950:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1743:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,597:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1645:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1418:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1190:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1483:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:86,17:103:99:0|1:497076_T_C:443,0,4335:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:131,32:163:99:0|1:497076_T_C:938,0,6622:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,10:45:99:0|1:497076_T_C:315,0,1569:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1049:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1248:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1673:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1400:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:1|1:497083_G_A:11201,771,0:. 0|0:719,0:719:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1020,0:1020:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:636,0:636:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,719:. 0|0:114,0:114:.:.:.:.:120 0|0:91,0:91:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:526,0:526:.:.:.:.:120 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:.:.:.:.:120 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:215,211:426:99:0|1:497083_G_A:8046,0,8402:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1414:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:153,0:153:.:.:.:.:120 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:115 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:120 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:.:.:.:.:120 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:.:.:.:.:120 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:.:.:.:.:112 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:120 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:101 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:.:.:.:.:120 0|0:532,0:532:.:.:.:.:120 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:500,0:500:.:.:.:.:120 0|0:607,0:607:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:401,0:401:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,622:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1251:. Pf3D7_01_v3 497121 . G A 240167 PASS FS=1.756;MQ=58.59;QD=17.85;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L571;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttG/ttA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.636;VQSLOD=3.27;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=3.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=131.42;GQ_STDDEV=117.17;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6445;MQRankSum=2.02;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.281;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14345342;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=0.8183;MLEAC=58;MLEAF=0.011;AN=858;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:90:.:.:0,90,1581:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1568:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1270:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1561:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1645:. 0|0:37,0:37:79:.:.:0,79,1039:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1237:. 0|1:20,14:34:99:0|1:497121_G_A:352,0,493:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1327:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:98:.:.:0,98,1036:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,678:. 0|0:21,0:21:42:.:.:0,42,630:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1217:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,201:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1406:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1550:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1496:. 0|1:168,248:416:99:.:.:6409,0,4248:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1177:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1716:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1573:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1074:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,17:115:99:.:.:183,0,2430:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1438:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1365:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1240:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1236:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1549:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1376:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:44,23:67:99:.:.:540,0,1030:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1229:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,950:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1743:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1645:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1418:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1190:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1483:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1248:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,603:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1673:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,24:34:99:.:.:629,0,173:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3829,322,0:. 1|1:1,122:123:99:.:.:4383,337,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1400:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:719,0:719:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1020,0:1020:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:636,0:636:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:114,0:114:.:.:.:.:120 0|0:91,0:91:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:526,0:526:.:.:.:.:120 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:.:.:.:.:120 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1414:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:153,0:153:.:.:.:.:120 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:115 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:120 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:.:.:.:.:120 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:.:.:.:.:120 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:.:.:.:.:112 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:120 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:101 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:.:.:.:.:120 0|0:532,0:532:.:.:.:.:120 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:500,0:500:.:.:.:.:120 0|0:607,0:607:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:401,0:401:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,992:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1251:. Pf3D7_01_v3 497141 . A G 512429 PASS FS=1.172;MQ=59.27;QD=27.91;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y578C;SNPEFF_CODON_CHANGE=tAt/tGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.68;VQSLOD=3.74;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=120.19;GQ_STDDEV=37.97;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9186;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0.5;ReadPosRankSum=-0.35;culprit=FS;set=snp;DP=14179572;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=0.9186;MLEAC=72;MLEAF=0.014;AN=856;AC=10 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1244:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1561:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,833:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1645:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1277:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1036:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,333:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1358:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1173:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,186:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1406:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1550:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1177:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:75,0:75:94:.:.:0,94,1988:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,622:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1716:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1573:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,360:360:99:1|1:497136_T_C:16613,1126,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1074:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1438:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1240:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1585:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1787:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1236:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1549:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1376:. 1|1:4,219:223:99:1|1:497136_T_C:9742,461,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,335:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1229:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,950:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1743:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1645:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:14,105:119:99:0|1:497136_T_C:4390,0,853:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1418:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1190:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1483:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1248:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,2369:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,603:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1673:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1045:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:271,0:271:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1400:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:1|1:497136_T_C:9758,659,0:. 0|0:719,0:719:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:869,0:869:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:636,0:636:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:114,0:114:.:.:.:.:120 0|0:91,0:91:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:526,0:526:.:.:.:.:120 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:.:.:.:.:120 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,238:292:99:0|1:497136_T_C:9911,0,1864:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:442,0:442:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1414:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:153,0:153:.:.:.:.:120 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:115 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:120 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:.:.:.:.:120 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:.:.:.:.:120 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:.:.:.:.:112 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:120 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:101 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:.:.:.:.:120 0|0:532,0:532:.:.:.:.:120 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:.:.:.:.:120 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:500,0:500:.:.:.:.:120 0|0:607,0:607:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:422,0:422:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:401,0:401:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:.:.:.:.:120 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:1|1:497136_T_C:10977,737,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1251:. Pf3D7_01_v3 497221 . G A 1.25694e+06 PASS FS=0;MQ=60.66;QD=26.43;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D605N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.698;VQSLOD=7.13;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1897;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=135.42;GQ_STDDEV=102.58;HRun=4;InbreedingCoeff=0.3721;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.07;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16820960;AF=0.048;AS_InbreedingCoeff=0.3721;MLEAC=249;MLEAF=0.047;AN=858;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1596:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:70:.:.:0,70,1140:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1561:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1645:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:69:.:.:0,69,894:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1390:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,314:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1406:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1550:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,10:77:64:.:.:64,0,1584:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1038:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1074:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1071:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1240:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1787:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1236:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:6389,645,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1549:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:151,34:185:99:.:.:437,0,3672:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,950:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1418:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,441:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,16:104:99:.:.:157,0,2148:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,906:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1400:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,211:212:99:.:.:7280,601,0:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:719,0:719:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:947,0:947:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:636,0:636:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:114,0:114:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:771,0:771:.:.:.:.:120 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:.:.:.:.:120 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:641,0:641:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,217:226:99:.:.:7060,399,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:557,0:557:.:.:.:.:0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:.:.:.:.:120 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:377,0:377:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:.:.:.:.:120 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:115 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:.:.:.:.:120 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:622,0:622:.:.:.:.:120 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:.:.:.:.:112 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:120 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:103 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:.:.:.:.:120 0|0:583,0:583:.:.:.:.:120 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:630,0:630:.:.:.:.:120 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:500,0:500:.:.:.:.:120 0|0:607,0:607:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:487,0:487:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:.:.:.:.:120 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7260,645,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,654:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:667,0:667:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:803,0:803:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 497281 . C T 423272 PASS FS=0;MQ=60.64;QD=21.53;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L625;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cta/Tta;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.704;VQSLOD=7.38;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.01;FractionInformativeReads=0;GC=28.57;NCC=0;BaseQRankSum=0.741;GQ_MEAN=97.31;GQ_STDDEV=40.49;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0667;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-2.319;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15670827;AF=0.015;AS_InbreedingCoeff=-0.0667;MLEAC=96;MLEAF=0.018;AN=856;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:0,110,1596:. 0|0:61,0:61:99:0,107,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:61:0,61,2117:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1157:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1432:. 0|0:46,0:46:49:0,49,1110:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:5:0,5,1470:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1351:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1557:. 0|0:54,0:54:0:0,0,1070:. 0|0:45,0:45:42:0,42,1110:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1179:. 0|0:23,0:23:40:0,40,568:. 0|0:16,0:16:34:0,34,405:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:35,0:35:71:0,71,866:. 0|0:40,0:40:0:0,0,743:. 0|0:69,0:69:99:0,102,1800:. 0|0:101,0:101:0:0,0,1294:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:0:0,0,1289:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1110:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:0:0,0,419:. 0|0:6,0:6:18:0,18,187:. 0|0:67,0:67:99:0,111,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,112,1601:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:92:0,92,2787:. 0|0:52,0:52:77:0,77,1239:. 0|0:354,0:354:0:0,0,7036:. 0|0:70,0:70:60:0,60,1572:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:0:0,0,1010:. 0|0:65,0:65:74:0,74,1461:. 0|0:79,0:79:0:0,0,907:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,117,1800:. 0|0:154,0:154:.:.:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,109,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,100,1800:. 0|0:43,0:43:37:0,37,1010:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:61:0,61,1712:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:20:0,20,590:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,110,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,114,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:0:0,0,847:. 0|0:107,0:107:0:0,0,1572:. 0|0:154,0:154:0:0,0,3310:. 0|0:79,0:79:99:0,113,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,100,1800:. 0|0:162,0:162:49:0,49,3373:. 0|0:102,0:102:99:0,103,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,116,1339:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:96:0,96,1831:. 0|0:42,0:42:99:0,112,1215:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:50:0,50,3096:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,114,2369:. 0|0:78,0:78:90:0,90,1712:. 0|0:92,0:92:96:0,96,2125:. 0|0:76,0:76:0:0,0,1150:. 0|0:80,0:80:0:0,0,1623:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,105,1911:. 0|0:119,0:119:99:0,117,1800:. 0|0:149,0:149:0:0,0,3024:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:0:0,0,2503:. 0|0:171,0:171:0:0,0,2921:. 0|0:132,0:132:0:0,0,1969:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:0:0,0,1790:. 0|0:98,0:98:63:0,63,2154:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,111,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1236:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|1:97,25:122:99:365,0,2185:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:0:0,0,2110:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:196,0:196:49:0,49,4239:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:0:0,0,3418:. 1|0:141,87:228:99:1781,0,3012:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:0:0,0,5181:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,106,1800:. 0|0:103,0:103:0:0,0,1806:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:0:0,0,2843:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:0:0,0,2497:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 1|1:1,187:188:99:5256,536,0:. 1|1:0,213:213:99:6071,635,0:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,105,1800:. 1|1:0,218:218:99:6416,651,0:. 0|0:124,0:124:0:0,0,2285:. 0|0:106,0:106:99:0,106,1800:. 0|0:139,0:139:0:0,0,2168:. 1|1:0,100:100:99:2939,298,0:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,113,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1323:. 0|0:243,0:243:0:0,0,2219:. 0|0:135,0:135:99:0,99,3021:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:0:0,0,2815:. 0|0:98,0:98:22:0,22,2089:. 0|0:122,0:122:99:0,107,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:0:0,0,3548:. 0|0:196,0:196:55:0,55,4114:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,246:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:89:0,89,1684:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:0:0,0,2218:. 1|0:123,23:146:99:270,0,2770:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,111,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1625:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:0:0,0,3033:. 0|0:160,0:160:99:0,105,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:0:0,0,1724:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 1|1:10,116:126:99:3149,125,0:. 0|0:95,0:95:85:0,85,2166:. 0|0:115,0:115:0:0,0,1804:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:0:0,0,2434:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:84:0,84,2646:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:0:0,0,1479:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,107,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 1|0:48,36:84:99:857,0,983:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1106:. 0|0:84,0:84:94:0,94,1938:. 0|0:70,0:70:39:0,39,1431:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:0,101,1800:. 0|0:109,0:109:14:0,14,2262:. 0|0:192,0:192:99:0,102,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:0:0,0,3875:. 0|0:60,0:60:23:0,23,1254:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,109,1476:. 0|0:66,0:66:99:0,110,1800:. 1|0:122,51:173:99:974,0,2745:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:3:0,3,224:. 0|0:149,0:149:99:0,100,1800:. 0|0:141,0:141:49:0,49,3050:. 0|0:128,0:128:99:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:0:0,0,3273:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1398:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1202:. 0|0:101,0:101:0:0,0,1257:. 0|0:294,0:294:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:0,60,552:. 0|0:45,0:45:0:0,0,793:. 0|0:154,0:154:0:0,0,2869:. 0|1:56,46:102:99:1083,0,1199:. 0|0:82,0:82:0:0,0,1627:. 0|0:89,0:89:99:0,114,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:36:0,36,532:. 0|0:55,0:55:99:0,112,1779:. 0|0:46,0:46:19:0,19,989:. 0|0:150,0:150:0:0,0,2380:. 0|0:27,0:27:60:0,60,900:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:0:0,0,576:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:0:0,0,829:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,115,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:0,100,1800:. 0|0:224,0:224:0:0,0,5485:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 1|1:1,193:194:99:6590,549,0:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1400:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,102,1800:. 0|0:164,0:164:0:0,0,2312:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:0:0,0,6078:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:0:0,0,5050:. 0|0:719,0:719:99:0,120,1800:. 0|0:835,0:835:99:0,120,1800:. 0|0:636,0:636:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:42:0,42,2667:. 0|0:29,0:29:52:0,52,923:. 0|0:114,0:114:.:.:120 0|0:130,0:130:53:0,53,3500:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:678,0:678:.:.:0 0|0:174,0:174:82:0,82,4690:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:.:.:120 0|0:294,0:294:0:0,0,7291:. 0|0:625,0:625:.:.:0 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:0:0,0,2186:. 0|0:539,0:539:.:.:120 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:0,109,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:.:.:120 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:.:.:120 0|0:44,0:44:99:0,108,1443:. 0|0:318,0:318:0:0,0,6606:. 0|0:332,0:332:0:0,0,7946:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:.:.:120 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:0:0,0,5039:. 0|0:101,0:101:.:.:120 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:.:.:91 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:.:.:120 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:.:.:0 0|0:310,0:310:0:0,0,6500:. 0|0:283,0:283:.:.:112 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:120 0|0:266,0:266:0:0,0,6029:. 0|0:132,0:132:0:0,0,3078:. 0|0:159,0:159:99:0,106,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:120 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:.:.:120 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:.:.:120 0|0:545,0:545:.:.:0 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:.:.:120 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:500,0:500:.:.:120 0|0:607,0:607:99:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,116,1800:. 0|0:410,0:410:99:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:.:.:120 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:.:.:120 0|0:77,0:77:0:0,0,1795:. 0|0:153,0:153:99:0,105,1800:. 0|0:156,0:156:0:0,0,3043:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,118,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,101,1953:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,104,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:0:0,0,1410:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,107,1800:. 0|0:73,0:73:0:0,0,1730:. 0|0:26,0:26:75:0,75,870:. 0|0:286,0:286:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,118,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 1|1:0,21:21:63:723,63,0:. 1|1:0,228:228:99:7563,678,0:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:40:0,40,5585:. 0|0:188,0:188:99:0,99,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:0,120,1800:. 0|0:665,0:665:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:312,0:312:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:0:0,0,3097:. Pf3D7_01_v3 497317 . A T 2.94135e+06 PASS FS=0;MQ=60.24;QD=22.18;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T637S;SNPEFF_CODON_CHANGE=Act/Tct;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.669;VQSLOD=7.11;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0004;FractionInformativeReads=0.995;GC=19.05;GQ_MEAN=168.88;GQ_STDDEV=151.69;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5642;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.37;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15193509;AF=0.111;AS_InbreedingCoeff=0.4181;MLEAC=581;MLEAF=0.111;AN=858;AC=133 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1596:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:46,0:46:44:.:.:0,44,1233:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1432:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1226,114,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1856,177,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,18:37:99:.:.:437,0,446:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1557:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1318:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1074:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,450:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,453:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:72:.:.:0,72,948:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1783:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1005:. 0|1:79,17:96:99:.:.:185,0,2017:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1601:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,21:54:99:.:.:494,0,766:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:26:.:.:0,26,3826:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,1535:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:83,14:97:99:.:.:120,0,2134:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,739:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,36:125:99:.:.:693,0,2226:. 1|1:5,71:76:86:.:.:1921,86,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,47:78:99:.:.:1116,0,707:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2063,204,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,27:112:99:.:.:476,0,2180:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1339:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1337,135,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2178,227,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1726:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:90,46:136:99:.:.:939,0,2237:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,83:121:99:.:.:2119,0,749:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:13,138:151:96:.:.:3681,96,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1236:. 0|1:33,176:209:99:.:.:4501,0,340:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,17:107:99:.:.:212,0,2303:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,60:129:99:.:.:1311,0,1536:. 0|0:283,0:283:0:.:.:0,0,5152:. 0|1:24,175:199:99:.:.:4579,0,156:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,177:179:99:.:.:5222,472,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:133,23:156:99:.:.:156,0,3422:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:129,98:227:99:.:.:2088,0,3074:. 1|0:107,16:123:83:.:.:83,0,2706:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:145,35:180:99:.:.:392,0,3704:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,75:148:99:.:.:1759,0,1743:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:158,20:178:41:.:.:41,0,4129:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,188:189:99:.:.:5531,557,0:. 1|1:0,236:236:99:.:.:6959,706,0:. 1|1:1,167:168:99:.:.:4758,471,0:. 1|1:0,204:204:99:.:.:5963,610,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6585,661,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,93:102:32:.:.:2534,32,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2589,263,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,26:82:99:.:.:545,0,1426:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1323:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:1,153:154:99:.:.:4460,426,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,31:119:99:.:.:566,0,2322:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,9:9:27:.:.:256,27,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,64:142:99:.:.:1518,0,1964:. 1|0:130,28:158:99:.:.:314,0,3409:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1625:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,44:158:99:.:.:818,0,2996:. 1|0:37,66:103:99:.:.:1623,0,835:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,96:97:99:.:.:2797,259,0:. 0|1:86,16:102:99:.:.:132,0,2291:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,100:109:57:.:.:2700,57,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,67:88:99:.:.:1658,0,342:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,35:157:99:.:.:568,0,3178:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:57,8:65:40:.:.:40,0,1467:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,12:100:59:.:.:59,0,2356:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,103:171:99:.:.:2558,0,1564:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,49:71:99:.:.:1216,0,449:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,64:83:99:.:.:1673,0,325:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,13:76:99:.:.:183,0,1697:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1106:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1632:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5663,560,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,188:189:99:.:.:5435,536,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1476:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:58,109:167:99:.:.:2721,0,1221:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:11:.:.:0,11,347:. 0|0:155,0:155:49:.:.:0,49,3767:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,45:105:99:.:.:936,0,1477:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1398:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1307,129,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:41,0:41:80:.:.:0,80,1093:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,58:100:99:.:.:1476,0,965:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,4:24:39:.:.:39,0,529:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1779:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7551,648,0:. 0|0:154,0:154:0:.:.:0,0,4195:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6931,592,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,228:237:99:.:.:7598,418,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1272:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,212:213:99:.:.:7414,604,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,239:243:99:.:.:8228,608,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,201:202:99:.:.:6965,569,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1400:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7809,669,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:719,0:719:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:835,0:835:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:636,0:636:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,86:88:99:.:.:2999,191,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,11:115:28:.:.:28,0,3132:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:678,0:678:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:680,0:680:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:10,530:540:99:.:.:15528,1330,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:.:.:7855,708,0:. 1|1:2,189:191:99:.:.:6355,500,0:. 1|1:4,260:264:99:.:.:8560,646,0:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:241,222:463:99:.:.:5360,0,6799:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1443:. 1|1:15,264:279:99:.:.:8448,328,0:. 0|1:93,202:295:99:.:.:5963,0,2369:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:261,29:290:98:.:.:98,0,7970:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:234,27:261:99:.:.:159,0,7161:. 0|1:36,215:251:99:.:.:6389,0,455:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:276,257:533:99:.:.:6276,0,7716:. 1|1:15,669:684:99:.:.:22287,1520,0:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:243,41:284:99:.:.:529,0,7555:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,73:157:99:.:.:2060,0,2438:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:.:.:8090,715,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4959,436,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:202,105:307:99:.:.:2641,0,5981:. 0|1:252,48:300:99:.:.:750,0,7485:. 1|1:0,22:22:66:.:.:781,66,0:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7948,688,0:. 0|1:214,45:259:99:.:.:734,0,6560:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,184:272:99:.:.:5425,0,2192:. 0|1:181,38:219:99:.:.:615,0,5561:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:665,0:665:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,134:179:99:.:.:3968,0,1024:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 497462 . T G 5.28236e+06 PASS FS=0;MQ=60;QD=24.48;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=M685R;SNPEFF_CODON_CHANGE=aTg/aGg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.682;VQSLOD=7.82;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0077;FractionInformativeReads=0.997;GC=19.05;GQ_MEAN=282.68;GQ_STDDEV=486.88;HRun=1;InbreedingCoeff=0.4647;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.506;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15504413;AF=0.202;AS_InbreedingCoeff=0.5277;MLEAC=1061;MLEAF=0.202;AN=858;AC=155 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1596:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:53,20:73:99:.:.:339,0,1458:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:54,0:54:74:.:.:0,74,1517:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1493:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1157:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2198,231,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1244:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1590,170,0:. 0|1:22,12:34:99:.:.:225,0,616:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1557:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1200:. 0|1:23,6:29:91:.:.:91,0,638:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,296:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1134:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1233:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,33:33:99:.:.:930,99,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1870,198,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2213,237,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,13:67:99:.:.:161,0,1485:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,27:127:99:.:.:405,0,2694:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,9:56:70:.:.:70,0,1271:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:12,88:100:76:.:.:2161,0,76:. 0|1:74,57:131:99:.:.:1178,0,1853:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,223:225:99:.:.:6060,617,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:80,17:97:99:.:.:178,0,2087:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,11:73:93:.:.:93,0,1635:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,83:90:83:.:.:2124,83,0:. 0|1:77,43:120:99:.:.:801,0,1975:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:.:.:4536,492,0:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,20:125:99:.:.:179,0,2810:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,76:79:99:.:.:1975,205,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1161,123,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,77:81:99:.:.:1907,129,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,57:81:99:.:.:1374,0,503:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1726:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:96,53:149:99:.:.:1033,0,2422:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,159:171:99:.:.:3910,155,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,84:114:99:.:.:1977,0,562:. 1|0:114,27:141:99:.:.:357,0,3113:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,76:91:99:.:.:1893,0,179:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,12:86:70:.:.:70,0,1941:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1236:. 1|0:191,23:214:11:.:.:11,0,5281:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:34,232:266:99:.:.:5586,0,265:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:.:.:5599,611,0:. 1|0:144,49:193:99:.:.:733,0,3775:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:1,250:251:99:.:.:6745,718,0:. 1|0:122,29:151:99:.:.:344,0,3178:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:15:.:.:0,15,4136:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:124,62:186:99:.:.:1114,0,3192:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,73:167:99:.:.:1498,0,2355:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,13:64:99:.:.:161,0,1362:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,43:77:99:.:.:926,0,801:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:127,34:161:99:.:.:435,0,3450:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,107:188:99:.:.:2232,0,1885:. 1|0:138,57:195:99:.:.:965,0,3660:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3376,371,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4590,489,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,78:187:99:.:.:1542,0,2645:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,13:75:99:.:.:142,0,1659:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1625:. 1|0:78,56:134:99:.:.:1107,0,1987:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,20:111:99:.:.:236,0,2451:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:.:.:6596,704,0:. 1|1:1,106:107:99:.:.:2836,289,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,73:104:99:.:.:1601,0,605:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,52:170:99:.:.:906,0,3122:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,14:56:99:.:.:217,0,1120:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,46:47:99:.:.:1250,109,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1106:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,14:66:99:.:.:144,0,1359:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:103,24:127:99:.:.:262,0,2734:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,100:104:99:.:.:2616,192,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1768,194,0:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5433,593,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2844,315,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1476:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:121,83:204:99:.:.:1699,0,3047:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,76:145:99:.:.:1658,0,1647:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:.:.:4627,501,0:. 0|1:66,41:107:99:.:.:825,0,1679:. 1|1:4,191:195:99:.:.:5204,459,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1398:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:248,48:296:99:.:.:444,0,6810:. 0|1:76,39:115:99:.:.:724,0,1910:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:50:.:.:0,50,707:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1248:. 0|1:43,149:192:99:.:.:3431,0,704:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,88:102:99:.:.:2112,0,135:. 1|1:4,109:113:99:.:.:2936,212,0:. 1|0:14,4:18:39:1|0:497457_G_T:39,0,468:. 1|0:39,42:81:99:.:.:940,0,905:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:37:.:.:0,37,778:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,103:237:99:.:.:2856,0,4118:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,246:268:3:.:.:7801,0,3:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1502:. 1|1:0,257:257:99:.:.:8755,773,0:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8579,743,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,292:292:99:.:.:9928,878,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7576,665,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5138,450,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,298:298:99:.:.:10235,896,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1400:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6595,572,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,227:229:99:.:.:7771,639,0:. 1|1:0,246:246:99:.:.:8576,740,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:719,0:719:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:835,0:835:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:636,0:636:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:4,240:244:99:.:.:7950,590,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:561,0:561:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,86:87:99:.:.:2882,224,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,210:211:99:.:.:6951,598,0:. 1|1:5,239:244:99:.:.:7690,546,0:. 0|1:35,276:311:99:.:.:8278,0,290:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:15,244:259:99:.:.:7506,253,0:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:266,224:490:99:.:.:5608,0,7719:. 0|1:55,14:69:99:.:.:237,0,1659:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:211,101:312:99:.:.:2402,0,6476:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,89:241:99:.:.:2293,0,4635:. 0|1:44,154:198:99:.:.:4353,0,905:. 1|1:12,255:267:99:.:.:8060,363,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,195:248:99:.:.:5844,0,1080:. 0|1:14,74:88:99:.:.:2034,0,167:. 0|0:301,0:301:0:.:.:0,0,8547:. 0|0:546,0:546:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,65:189:99:.:.:1660,0,3808:. 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:63,173:236:99:.:.:5021,0,1500:. 1|1:3,240:243:99:.:.:7695,619,0:. 1|0:77,138:215:99:.:.:3774,0,1914:. 0|1:157,84:241:99:.:.:2040,0,4708:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:45,0:45:23:.:.:0,23,1322:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:635,0:635:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,575:577:99:.:.:18402,1683,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:155,45:200:99:.:.:976,0,4794:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:.:.:4234,378,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:73,0:73:77:.:.:0,77,2341:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:196,94:290:99:.:.:2202,0,6029:. 0|1:234,57:291:99:.:.:1111,0,7334:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,565:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:246,51:297:99:.:.:805,0,7858:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,152:235:99:.:.:4346,0,2246:. 1|0:168,39:207:99:.:.:716,0,5298:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:665,0:665:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:80:.:.:0,80,1005:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 497617 . G A 1.03032e+07 PASS FS=0;MQ=60.4;QD=26.83;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E737K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.687;VQSLOD=10.02;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.986;GC=28.57;GQ_MEAN=338.69;GQ_STDDEV=365.08;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6553;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.377;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15883984;AF=0.342;AS_InbreedingCoeff=0.7353;MLEAC=1794;MLEAF=0.342;AN=858;AC=481 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:30,22:52:99:.:.:545,0,687:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1406:. 0|1:40,23:63:99:0|1:497617_G_A:855,0,1568:. 1|1:6,56:62:13:.:.:1679,13,0:. 0|1:39,6:45:60:.:.:60,0,998:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1123:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2416,234,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1976,186,0:. 0|1:8,25:33:99:.:.:694,0,122:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1352:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1490,141,0:. 0|1:42,5:47:17:.:.:17,0,1032:. 1|1:0,23:23:69:.:.:716,69,0:. 1|1:0,29:29:93:1|1:497617_G_A:1345,93,0:. 1|1:0,16:16:51:1|1:497617_G_A:734,51,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:466,45,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:707,69,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1261:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2863,217,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2827,273,0:. 1|1:0,236:236:99:1|1:497617_G_A:10617,719,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2162,226,0:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1038:. 0|1:68,44:112:99:.:.:976,0,1535:. 0|0:13,0:13:8:.:.:0,8,328:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,371:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2066,204,0:. 1|0:41,68:109:99:.:.:1732,0,844:. 1|0:93,29:122:99:.:.:645,0,2274:. 1|0:48,24:72:99:.:.:501,0,1167:. 1|1:0,361:361:99:.:.:10873,1082,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1581:. 0|1:77,58:135:99:.:.:1312,0,2010:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,24:49:99:.:.:587,0,517:. 0|1:50,27:77:99:.:.:542,0,1086:. 1|0:20,64:84:99:.:.:1674,0,316:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2903,291,0:. 1|0:83,43:126:99:.:.:908,0,1967:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3606,365,0:. 1|0:63,27:90:99:.:.:552,0,1503:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1254,123,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3252,324,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1733,174,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2997,297,0:. 0|1:7,14:21:99:.:.:354,0,104:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3614,355,0:. 0|1:99,163:262:99:.:.:4181,0,2083:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3054,304,0:. 1|1:2,85:87:99:.:.:2425,191,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2182,213,0:. 1|0:66,9:75:54:.:.:54,0,1640:. 1|1:1,72:73:99:.:.:2062,190,0:. 0|1:79,62:141:99:.:.:1416,0,1780:. 0|1:54,28:82:99:.:.:605,0,1250:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4337,429,0:. 1|1:0,303:303:99:.:.:9298,910,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1387,138,0:. 0|1:76,22:98:99:.:.:352,0,1866:. 1|0:46,70:116:99:.:.:2184,0,938:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3218,316,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1167:. 1|1:1,76:77:99:.:.:2232,200,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,49:116:99:.:.:1170,0,2425:. 0|1:12,104:116:0:.:.:2785,0,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2671,259,0:. 0|0:170,14:184:99:.:.:0,131,4296:. 1|0:62,13:75:99:.:.:186,0,1498:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2916,297,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,73:79:73:.:.:2006,73,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2212,221,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1877,188,0:. 1|0:14,98:112:48:.:.:2624,0,48:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1797,180,0:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3435,337,0:. 0|1:76,49:125:99:.:.:1122,0,1685:. 0|1:10,57:67:87:.:.:1531,0,87:. 1|1:12,149:161:44:.:.:3901,44,0:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4544,458,0:. 0|1:93,25:118:99:.:.:379,0,2265:. 1|0:31,129:160:99:.:.:3382,0,360:. 1|1:3,127:130:99:.:.:3740,305,0:. 0|0:81,9:90:5:.:.:0,5,2059:. 1|0:94,35:129:99:.:.:644,0,2799:. 1|0:16,58:74:99:.:.:1522,0,192:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:.:.:5949,602,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,224:225:99:.:.:6698,647,0:. 1|1:2,228:230:99:.:.:6898,634,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,93:114:99:.:.:2458,0,250:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,96:146:99:.:.:2355,0,927:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,174:175:99:.:.:5215,515,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,147:189:99:.:.:3871,0,739:. 1|1:0,179:179:99:.:.:5378,537,0:. 1|1:7,186:193:99:.:.:5416,380,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,129:160:99:.:.:3409,0,344:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6597,660,0:. 1|0:128,64:192:99:.:.:1339,0,2874:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,86:137:99:.:.:2064,0,981:. 0|1:150,80:230:99:.:.:1773,0,3378:. 0|1:26,150:176:99:.:.:3987,0,205:. 1|1:1,216:217:99:.:.:6547,641,0:. 0|1:121,73:194:99:.:.:1599,0,2730:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5567,569,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:1|1:497604_A_G:7572,545,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,52:188:99:.:.:968,0,3106:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,45:154:99:.:.:845,0,2608:. 0|1:83,58:141:99:.:.:1275,0,1929:. 1|1:8,83:91:55:.:.:2143,55,0:. 1|0:155,24:179:99:.:.:178,0,3737:. 1|1:0,208:208:99:.:.:6665,629,0:. 0|0:137,15:152:33:.:.:0,33,3217:. 1|1:0,216:216:99:.:.:6316,648,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,163:178:99:.:.:5433,129,0:. 1|1:12,202:214:99:.:.:6647,313,0:. 1|1:0,216:216:99:.:.:6539,649,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3866,388,0:. 1|1:2,159:161:99:.:.:4900,427,0:. 0|1:28,197:225:99:.:.:5312,0,118:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4239,427,0:. 1|0:15,100:115:86:.:.:2667,0,86:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,212:217:99:.:.:6092,507,0:. 1|0:28,27:55:99:.:.:677,0,634:. 1|1:1,147:148:99:.:.:4431,416,0:. 1|1:0,184:186:99:.:.:8327,574,0:. 0|1:29,42:71:99:.:.:1022,0,609:. 1|1:2,205:207:99:.:.:5904,565,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3783,369,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2833,279,0:. 0|1:72,60:132:99:.:.:1651,0,1545:. 0|1:50,59:109:99:.:.:1500,0,1068:. 1|0:29,174:203:99:.:.:4696,0,224:. 1|0:169,31:200:99:.:.:340,0,3979:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:21:.:.:216,21,0:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3495,343,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,42:99:99:.:.:967,0,1299:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4806,474,0:. 0|1:69,88:157:99:.:.:2210,0,1433:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2931,291,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2431,246,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3321,328,0:. 1|0:63,24:87:99:.:.:475,0,1519:. 0|1:22,67:89:99:.:.:1772,0,327:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,130:159:99:.:.:3448,0,525:. 0|1:37,147:184:99:.:.:3943,0,515:. 1|1:3,89:92:99:.:.:2679,192,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3192,312,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,235:237:99:.:.:7012,653,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5162,510,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4442,449,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6814,675,0:. 1|1:1,104:105:99:.:.:3119,286,0:. 1|0:23,86:109:99:.:.:2294,0,306:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,6:100:99:.:.:0,113,2452:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2414,240,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2506,254,0:. 1|1:11,165:176:99:.:.:4565,236,0:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2574,261,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4064,388,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3660,366,0:. 1|0:76,62:138:99:.:.:1442,0,1799:. 0|1:29,109:138:99:.:.:2815,0,356:. 1|0:44,5:49:7:.:.:7,0,1647:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3275,284,0:. 1|0:54,41:95:99:.:.:1273,0,1211:. 0|1:61,38:99:99:.:.:861,0,1387:. 1|1:10,115:125:89:.:.:3191,89,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1723:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,118:193:99:0|1:497609_C_A:4628,0,2719:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3500,354,0:. 1|1:1,63:64:99:.:.:1845,161,0:. 1|0:32,130:162:99:.:.:3301,0,369:. 0|1:12,83:95:52:.:.:2157,0,52:. 0|1:10,84:94:99:.:.:2239,0,124:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1621:. 0|1:59,15:74:99:0|1:497617_G_A:452,0,2381:. 0|1:52,86:138:99:.:.:2958,0,1095:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1699,123,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,29:54:99:.:.:691,0,649:. 1|1:1,71:72:99:.:.:2194,207,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2384,234,0:. 1|0:24,91:115:99:.:.:2613,0,316:. 1|1:0,206:206:99:1|1:497609_C_A:9239,641,0:. 0|1:26,61:87:99:.:.:1592,0,455:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1957,196,0:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5313,532,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2867,286,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1929,192,0:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2293,207,0:. 0|0:159,16:175:70:.:.:0,70,3919:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,5:12:99:.:.:121,0,168:. 1|0:57,132:189:99:.:.:3383,0,1010:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4486,444,0:. 0|1:27,72:99:99:.:.:1796,0,445:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,54:114:99:.:.:1283,0,1324:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,10:64:99:.:.:173,0,1259:. 1|1:0,33:33:99:.:.:988,99,0:. 1|1:4,88:92:99:.:.:2560,167,0:. 1|0:227,64:291:99:.:.:1065,0,5600:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4125,417,0:. 1|1:11,216:227:99:.:.:6231,385,0:. 0|1:5,15:20:74:.:.:371,0,74:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1527,129,0:. 0|1:23,159:182:86:.:.:4161,0,86:. 1|0:31,100:131:99:.:.:2627,0,485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1748:. 0|1:67,51:118:99:.:.:1140,0,1523:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,11:19:99:.:.:282,0,269:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1259:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3508,343,0:. 1|1:2,33:35:48:.:.:938,48,0:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7732,647,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,252:267:99:.:.:8439,278,0:. 1|1:0,227:227:99:.:.:8150,683,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:186,17:203:14:.:.:14,0,5757:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,275:287:99:.:.:9476,445,0:. 1|1:1,205:206:99:.:.:7290,582,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1283,108,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,254:255:99:.:.:8933,732,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,161:176:15:.:.:5155,15,0:. 1|1:0,228:228:99:.:.:8167,686,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4844,416,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:168,51:219:99:.:.:1176,0,5166:. 1|1:0,119:119:99:.:.:4175,358,0:. 1|1:1,129:130:99:.:.:4516,356,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:2094,180,0:. 0|1:103,20:123:99:.:.:338,0,4372:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8446,707,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8836,749,0:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4310,364,0:. 1|1:0,195:195:99:.:.:7064,586,0:. 1|1:7,233:240:99:.:.:8114,485,0:. 1|1:0,251:251:99:.:.:8799,757,0:. 1|1:0,813:813:99:.:.:28969,2446,0:. 0|0:732,0:732:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:596,0:596:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:1,112:113:99:.:.:3843,308,0:. 1|0:10,104:114:6:.:.:3259,0,6:. 1|1:0,207:207:99:.:.:7124,622,0:. 1|1:1,244:245:99:.:.:8286,700,0:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,175:185:99:.:.:5724,245,0:. 1|1:0,258:258:99:.:.:8689,775,0:. 1|1:0,267:267:99:.:.:9183,802,0:. 1|1:0,548:548:99:.:.:18802,1644,0:. 1|1:0,275:275:99:.:.:9475,827,0:. 0|0:542,0:542:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2968,264,0:. 1|1:0,547:547:99:.:.:18922,1642,0:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2963,239,0:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9496,820,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,249:287:99:.:.:7773,0,443:. 1|1:0,242:242:99:.:.:8451,728,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,255:295:99:.:.:7887,0,443:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,452:456:99:.:.:15262,1237,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:204,204:408:99:.:.:5872,0,5573:. 0|1:35,29:64:99:.:.:793,0,993:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:187,100:287:99:.:.:2599,0,5315:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:204,58:262:99:.:.:1205,0,5951:. 1|0:165,93:258:99:.:.:2461,0,4506:. 0|1:28,199:227:99:.:.:6006,0,224:. 1|1:0,263:263:99:.:.:9170,790,0:. 1|1:3,266:269:99:.:.:9086,711,0:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8948,784,0:. 1|1:1,95:96:99:.:.:3201,264,0:. 1|0:49,186:235:99:.:.:5655,0,895:. 1|1:3,75:78:99:.:.:2427,133,0:. 1|1:14,294:308:99:.:.:9551,459,0:. 1|1:2,541:543:99:.:.:18250,1563,0:. 1|1:4,208:212:99:.:.:7053,515,0:. 1|1:2,498:500:99:.:.:16980,1436,0:. 1|1:10,226:236:99:.:.:7662,461,0:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,198:255:99:.:.:6054,0,1109:. 1|1:2,250:252:99:.:.:8339,687,0:. 1|1:4,183:187:99:.:.:5956,425,0:. 0|1:112,112:224:99:.:.:3192,0,2903:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,203:216:99:.:.:6387,218,0:. 1|0:34,8:42:99:.:.:155,0,985:. 1|0:32,262:294:99:.:.:8060,0,162:. 1|1:3,577:580:99:.:.:19518,1638,0:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,210:250:99:.:.:6510,0,588:. 0|0:487,0:487:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,55:110:99:.:.:1592,0,1511:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,489:501:99:.:.:16435,1131,0:. 1|0:150,25:175:99:.:.:360,0,4513:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:521,0:521:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,77:113:99:.:.:2233,0,918:. 0|0:406,0:406:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,392:394:99:.:.:13337,1137,0:. 1|1:19,231:250:99:.:.:7238,111,0:. 1|1:1,519:520:99:.:.:17573,1549,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,75:154:99:.:.:2143,0,2146:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4740,415,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6361,556,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:6214,526,0:. 1|0:151,46:197:99:.:.:980,0,4347:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7449,644,0:. 1|1:0,232:232:99:.:.:8070,698,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2897,249,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1698:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8039,707,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4444,388,0:. 1|1:0,278:278:99:.:.:9466,834,0:. 1|1:6,288:294:99:.:.:9776,684,0:. 1|1:0,281:281:99:.:.:9826,845,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:2087,177,0:. 1|0:65,60:125:99:.:.:1622,0,1709:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2874,247,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1810,156,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1175,105,0:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9559,821,0:. 0|1:139,156:295:99:.:.:4510,0,3734:. 1|0:173,162:335:99:.:.:4695,0,4763:. 1|1:0,29:29:87:.:.:1007,87,0:. 1|1:1,233:234:99:.:.:8128,668,0:. 1|0:244,46:290:99:.:.:671,0,7236:. 1|1:4,182:186:99:.:.:6051,424,0:. 1|1:0,256:256:99:.:.:8706,769,0:. 1|0:170,39:209:99:.:.:739,0,5041:. 0|1:25,187:212:99:.:.:5865,0,225:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7478,643,0:. 1|1:22,234:256:1:.:.:7435,1,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:222,314:536:99:.:.:9400,0,6123:. 1|0:27,48:75:99:.:.:1464,0,651:. 0|1:181,146:327:99:.:.:3904,0,5040:. 1|1:0,691:691:99:.:.:23626,2075,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,278:279:99:.:.:9339,802,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:82:.:.:0,82,1202:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 497788 . C A 778705 PASS FS=0;MQ=60.22;QD=21.58;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q794K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Caa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.701;VQSLOD=7.08;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=130.05;GQ_STDDEV=101.9;HRun=3;InbreedingCoeff=0.633;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.79;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14379035;AF=0.031;AS_InbreedingCoeff=-0.0237;MLEAC=161;MLEAF=0.031;AN=858;AC=43 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1406:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1284:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1378:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:12,0:12:22:.:.:0,22,316:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1303:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1684,162,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1139:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,552:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1297:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,16:101:99:.:.:186,0,2074:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1581:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1158:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:86:.:.:0,86,1045:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1259:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,10:37:99:.:.:193,0,643:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:188,43:231:99:.:.:638,0,4679:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,58:66:20:.:.:1528,0,20:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,895:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,54:120:99:.:.:1277,0,1467:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1167:. 0|1:38,39:77:99:.:.:957,0,851:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1696:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2444,237,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1248:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:86:.:.:0,86,1537:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:130,43:173:99:.:.:723,0,3033:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,17:129:99:.:.:111,0,2689:. 0|1:54,73:127:99:.:.:1826,0,1055:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,45:165:99:.:.:891,0,2654:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,54:134:99:.:.:1235,0,1716:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,162:186:84:.:.:4415,0,84:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,19:94:99:.:.:271,0,1666:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,136:191:99:.:.:3538,0,959:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,49:73:99:.:.:1207,0,434:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:150,52:204:99:.:.:943,0,3532:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,8:8:24:.:.:246,24,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,111:146:99:.:.:2865,0,550:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,109:174:99:.:.:2748,0,1228:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,237:237:99:.:.:7189,712,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:169,30:199:99:.:.:300,0,3821:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,85:115:99:.:.:2167,0,331:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1145:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1723:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,36:67:99:.:.:930,0,615:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,2:59:99:.:.:0,114,1487:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1621:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1298:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1558:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1720:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1381:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,94:113:99:.:.:2485,0,200:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:117,75:192:99:.:.:1666,0,2634:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,348:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,181:184:99:.:.:5234,467,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1468:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:267,62:329:99:.:.:866,0,6502:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1748:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,116:120:99:.:.:3435,245,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|1:44,33:77:99:.:.:759,0,974:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1410:. 0|1:14,89:103:99:.:.:2887,0,154:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:681,0:681:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:732,0:732:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:596,0:596:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,725:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:545,0:545:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:535,0:535:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:426,0:426:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1717:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:502,0:502:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,327:334:99:.:.:10605,793,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1409:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:584,0:584:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:487,0:487:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:521,0:521:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:406,0:406:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1698:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1461:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1583:. 0|0:26,0:26:43:.:.:0,43,830:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:517,0:517:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,56:92:99:.:.:1612,0,869:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:667,0:667:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2384,207,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,671:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 497825 . T A 1.54192e+06 PASS FS=0;MQ=60.16;QD=22.85;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F806Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=tTt/tAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.733;VQSLOD=5.86;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.27;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=19.05;GQ_MEAN=242.34;GQ_STDDEV=328.88;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6958;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.132;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14375609;AF=0.039;AS_InbreedingCoeff=0.6836;MLEAC=202;MLEAF=0.039;AN=858;AC=40 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:0,99,1242:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1406:. 1|1:6,86:92:84:2562,84,0:. 1|0:44,22:66:99:503,0,1207:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1310:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1265:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,104,1284:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1220:. 0|0:30,0:30:72:0,72,945:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1378:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1343:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:75:0,75,1079:. 0|0:28,0:28:75:0,75,905:. 0|0:14,0:14:36:0,36,540:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1073:. 1|1:0,26:26:78:849,78,0:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1303:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1139:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1297:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|1:46,16:62:99:319,0,1196:. 0|0:322,0:322:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,106,1581:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|1:45,8:53:70:70,0,1205:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:60:0,60,2267:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1207:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1259:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 1|1:5,77:82:99:2229,100,0:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1201:. 0|1:98,22:120:99:307,0,2552:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1167:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1163:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1696:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,109,1248:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|1:69,39:108:99:861,0,1744:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 1|0:28,121:149:99:3316,0,403:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|1:92,75:167:99:1772,0,2168:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:6780,664,0:. 1|0:101,59:160:99:1374,0,2574:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 1|0:108,32:140:99:572,0,2765:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 1|0:87,84:171:99:2050,0,2082:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 1|0:31,98:129:99:2708,0,546:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|1:87,71:158:99:1686,0,2077:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 1|0:38,24:62:99:564,0,908:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 1|0:126,23:149:99:260,0,3377:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,205:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 1|0:66,84:150:99:2177,0,1458:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1145:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,110,1723:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 1|0:56,8:64:61:61,0,1480:. 0|0:48,0:48:99:0,107,1621:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1298:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1558:. 1|1:0,74:74:99:2280,222,0:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|1:100,21:121:99:283,0,2649:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,113,1381:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,112,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:0,27,260:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 1|0:78,95:173:99:2388,0,1775:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,116,1468:. 0|0:33,0:33:96:0,96,1440:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:0,48,482:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1748:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:34:0,34,580:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1251:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:7968,670,0:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1410:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:681,0:681:99:0,120,1800:. 0|0:732,0:732:99:0,120,1800:. 0|0:596,0:596:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,763:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 1|1:9,101:110:24:3231,24,0:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:0,120,1800:. 0|0:545,0:545:99:0,120,1800:. 1|0:154,145:299:99:4183,0,4314:. 0|0:542,0:542:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:535,0:535:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:426,0:426:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1717:. 0|0:276,0:276:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:502,0:502:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 1|0:124,25:149:99:395,0,3806:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,110,1409:. 0|0:275,0:275:99:0,120,1800:. 0|0:584,0:584:99:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 1|0:54,400:454:99:12755,0,245:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:531,0:531:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:99:0,120,1800:. 0|0:521,0:521:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:406,0:406:99:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:0,120,1800:. 0|1:39,232:271:99:7054,0,508:. 0|0:447,0:447:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1698:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1461:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1583:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|1:213,53:266:99:1045,0,6526:. 1|0:239,72:311:99:1618,0,7343:. 0|0:21,0:21:60:0,60,761:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,117,1755:. 0|1:173,72:245:99:1820,0,5149:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 1|0:171,20:191:99:140,0,5380:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:517,0:517:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:0,120,1800:. 0|0:667,0:667:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,116,1687:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:337,0:337:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 497883 . A G 1.71325e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=29.47;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L825;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttA/ttG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.697;VQSLOD=10.04;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.99;GC=14.29;GQ_MEAN=411.78;GQ_STDDEV=376.81;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6524;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.223;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15221862;AF=0.666;AS_InbreedingCoeff=0.6709;MLEAC=3513;MLEAF=0.67;AN=858;AC=529 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,69:69:99:.:.:2042,207,0 1|1:3,63:66:99:.:.:1849,99,0 0|0:67,0:67:67:.:.:0,67,1860 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1565 1|0:4,37:41:2:.:.:908,0,2 0|0:48,0:48:6:.:.:0,6,1251 1|1:1,32:33:73:.:.:925,73,0 1|1:0,68:68:99:1|1:497866_GA_G:2000,203,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1122,116,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1366,141,0 1|0:11,21:32:99:.:.:516,0,253 1|1:0,48:48:99:.:.:1358,143,0 0|1:20,16:36:99:.:.:351,0,549 1|1:3,32:35:8:.:.:863,8,0 1|1:0,28:28:83:.:.:776,83,0 1|1:0,20:20:60:.:.:601,60,0 1|1:0,9:9:26:.:.:232,26,0 1|1:0,23:23:69:1|1:497866_G_GA:721,69,0 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1142 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1303 1|0:16,47:63:99:.:.:1166,0,307 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,237:238:99:.:.:6692,682,0 1|1:1,77:78:99:.:.:2190,202,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1258 0|1:35,78:113:99:.:.:1846,0,671 1|0:2,15:17:7:.:.:388,0,7 1|1:0,5:5:15:.:.:150,15,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,68:68:99:1|1:497866_G_GA:1992,204,0 0|1:46,74:120:99:.:.:1708,0,1063 1|1:0,116:116:99:.:.:3347,347,0 1|0:24,39:63:99:.:.:980,0,574 1|1:0,347:347:99:.:.:9807,1042,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1843,192,0 1|1:7,155:162:99:.:.:4240,268,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2516,260,0 1|0:11,40:51:99:.:.:954,0,184 0|1:12,72:84:99:.:.:1758,0,116 1|0:46,12:58:99:.:.:159,0,1240 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|0:90,24:114:99:.:.:328,0,2342 1|1:0,91:91:99:.:.:2619,273,0 1|1:0,200:200:99:.:.:5543,599,0 1|1:0,181:181:99:.:.:5059,543,0 0|1:24,95:121:99:.:.:2305,0,369 1|0:44,19:63:99:0|1:497883_A_G:345,0,1249 1|1:0,38:38:99:.:.:1107,114,0 0|1:93,22:115:99:.:.:285,0,2503 0|1:9,57:66:77:.:.:1487,0,77 1|1:0,95:95:99:.:.:2708,284,0 1|0:12,16:28:99:.:.:348,0,271 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|0:43,202:245:99:.:.:5136,0,524 1|1:0,119:119:99:.:.:3406,357,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,122:122:99:.:.:3447,366,0 1|1:1,83:84:99:.:.:2327,221,0 1|1:3,56:59:89:1|1:497866_G_GA:1568,89,0 1|0:25,64:89:99:.:.:1530,0,495 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,71:79:10:.:.:1708,0,10 1|1:0,160:160:99:.:.:4593,481,0 1|1:0,323:323:99:.:.:9316,969,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1346,149,0 1|0:80,48:128:99:.:.:986,0,2098 0|1:13,113:126:64:.:.:2792,0,64 1|0:73,27:100:99:.:.:496,0,1922 1|1:0,55:55:99:.:.:1495,164,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,60:60:99:.:.:1592,179,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1285,135,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|0:42,86:128:99:.:.:2069,0,917 1|1:0,99:99:99:.:.:2807,297,0 1|1:3,72:75:99:.:.:1854,130,0 1|0:50,115:165:99:.:.:2736,0,976 0|1:79,23:102:99:.:.:378,0,2050 1|1:0,74:74:99:.:.:2004,221,0 1|0:29,32:61:99:.:.:737,0,700 0|1:30,38:68:99:.:.:863,0,694 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,60:60:99:.:.:1734,180,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3462,369,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2398,258,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3247,345,0 1|0:42,84:126:99:.:.:1997,0,896 1|1:0,75:75:99:.:.:2133,224,0 0|0:146,0:146:80:.:.:0,80,3555 1|1:0,136:136:99:.:.:3897,408,0 1|1:0,107:107:99:.:.:2995,321,0 0|1:34,110:144:99:.:.:2746,0,591 1|1:0,134:134:99:.:.:3871,402,0 1|1:2,108:110:99:.:.:2985,288,0 0|1:27,63:90:99:.:.:1487,0,536 1|0:22,41:63:99:.:.:960,0,494 1|1:0,174:174:99:.:.:4896,521,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,254:254:99:.:.:7149,761,0 0|1:45,157:202:99:.:.:3861,0,757 1|1:0,138:138:99:.:.:3855,413,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|1:27,94:121:99:.:.:2291,0,416 1|0:75,68:143:99:.:.:1494,0,1849 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 1|0:62,102:164:99:.:.:2341,0,1416 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 0|1:130,23:153:99:.:.:184,0,3522 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,219:220:99:.:.:5980,627,0 1|1:0,181:181:99:.:.:5066,543,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,147:148:99:.:.:4088,412,0 1|1:0,226:226:99:.:.:6295,676,0 0|1:62,110:172:99:.:.:2581,0,1368 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 0|1:118,38:156:99:.:.:553,0,3079 1|1:2,222:224:99:.:.:6163,623,0 0|1:18,143:161:89:.:.:3552,0,89 1|1:0,184:184:99:.:.:5235,551,0 0|1:134,64:198:99:.:.:1207,0,3604 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,203:204:99:.:.:5705,580,0 1|1:0,172:172:99:.:.:4656,515,0 1|1:0,201:201:99:.:.:5639,603,0 1|1:0,211:211:99:.:.:5982,632,0 0|1:30,161:191:99:.:.:3891,0,334 1|1:0,199:199:99:.:.:5513,596,0 0|1:88,87:175:99:.:.:1891,0,2186 0|1:83,67:150:99:.:.:1442,0,2017 1|0:84,15:99:99:.:.:115,0,2154 1|0:29,164:193:99:.:.:4029,0,300 1|1:0,207:207:99:.:.:5855,619,0 0|1:24,119:143:99:.:.:2901,0,285 1|1:0,248:248:99:.:.:6766,742,0 0|1:93,34:127:99:.:.:599,0,2472 1|0:137,41:178:99:.:.:583,0,3827 1|0:139,51:190:99:0|1:497883_A_G:868,0,3834 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,178:178:99:.:.:4803,533,0 1|1:0,227:227:99:.:.:6303,681,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|1:27,122:149:99:.:.:3051,0,382 1|0:134,80:214:99:.:.:1627,0,3413 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,125:125:99:.:.:3430,374,0 1|0:10,85:95:10:.:.:2129,0,10 1|1:0,117:117:99:.:.:3286,351,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2494,261,0 1|1:5,200:205:99:.:.:5337,471,0 1|0:33,50:83:99:.:.:1195,0,721 1|0:80,73:153:99:.:.:1696,0,2047 1|1:0,161:161:99:.:.:4358,481,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,137:138:99:.:.:3815,382,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4646,489,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4141,429,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2747,291,0 0|1:79,76:155:99:.:.:1653,0,1894 0|1:23,82:105:99:.:.:2006,0,397 0|0:197,0:197:0:.:.:0,0,4733 0|1:46,139:185:99:.:.:3320,0,815 0|1:48,143:191:99:.:.:3454,0,937 1|1:0,192:192:99:.:.:5497,576,0 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225 1|1:0,120:120:99:.:.:3381,360,0 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|0:51,43:94:99:.:.:908,0,1304 0|1:80,68:148:99:.:.:1480,0,2032 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,110:110:99:.:.:3060,330,0 0|1:27,65:92:99:.:.:1509,0,554 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|0:73,16:89:99:.:.:190,0,1961 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|1:41,73:114:99:.:.:1763,0,905 1|0:109,18:127:99:.:.:135,0,2959 1|1:1,207:208:99:.:.:5910,593,0 0|1:59,24:83:99:.:.:430,0,1549 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,83:83:99:.:.:2333,249,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5498,585,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,145:147:99:.:.:4045,380,0 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,224:224:99:.:.:6469,671,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2981,315,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3177,336,0 1|1:1,220:221:99:.:.:5993,631,0 1|1:4,108:112:99:.:.:2975,213,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,79:81:99:.:.:2142,183,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|0:37,66:103:99:.:.:1457,0,770 1|0:112,14:126:15:.:.:15,0,3064 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|0:63,82:145:99:.:.:1813,0,1480 1|0:89,24:113:99:.:.:302,0,2371 0|1:11,46:57:99:.:.:1062,0,155 1|1:0,92:92:99:.:.:2550,275,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2420,257,0 1|0:23,89:112:99:.:.:2143,0,391 1|1:0,109:109:99:.:.:3129,327,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3537,377,0 1|1:3,87:90:99:.:.:2286,173,0 1|1:0,222:222:99:.:.:6242,664,0 1|0:79,104:183:99:.:.:2344,0,1842 1|1:0,122:122:99:.:.:3333,363,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,166:172:99:.:.:4265,328,0 0|1:20,103:123:99:.:.:2506,0,229 0|1:25,44:69:99:.:.:1022,0,563 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1621 1|1:5,57:62:27:.:.:1410,27,0 0|1:34,95:129:99:.:.:2323,0,672 1|1:0,62:62:99:.:.:1675,185,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1990,213,0 1|0:27,40:67:99:.:.:896,0,628 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|0:73,49:124:99:.:.:960,0,1842 1|1:0,253:253:99:.:.:7176,758,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2777,294,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3501,371,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1661,181,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5093,553,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:.:.:2686,282,0 1|1:1,92:93:99:.:.:2531,254,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,79:81:99:.:.:2186,196,0 0|1:25,139:164:99:.:.:3452,0,250 1|1:0,92:92:99:.:.:2673,276,0 1|0:7,2:9:30:.:.:30,0,189 1|0:15,138:153:5:.:.:3422,0,5 1|0:68,60:128:99:.:.:1364,0,1669 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,115:116:99:.:.:3193,315,0 1|1:1,147:148:99:.:.:4209,415,0 1|0:35,72:107:99:.:.:1691,0,736 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|0:35,18:53:99:.:.:360,0,917 1|1:0,32:32:96:.:.:929,96,0 1|1:6,106:112:99:.:.:2714,147,0 0|1:80,220:300:99:.:.:5405,0,1594 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,20:20:60:.:.:569,60,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1656,177,0 1|0:18,154:172:49:.:.:3778,0,49 1|0:15,99:114:99:.:.:2527,0,139 1|1:1,69:70:99:.:.:1953,182,0 0|1:48,62:110:99:.:.:1436,0,1142 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,412 1|1:0,76:76:99:.:.:2184,228,0 1|1:0,44:44:99:1|1:497866_G_GA:1233,131,0 1|1:2,150:152:99:.:.:4292,392,0 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,835 1|1:1,181:182:99:.:.:6235,513,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,215:216:99:.:.:7453,615,0 1|1:0,207:207:99:.:.:7134,622,0 1|1:0,237:237:99:.:.:8202,712,0 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,114:114:99:.:.:3914,343,0 1|1:18,225:243:89:.:.:7170,89,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6375,557,0 1|1:0,210:210:99:.:.:7264,632,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1133,99,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,222:222:99:.:.:7517,668,0 1|1:0,177:177:99:.:.:6153,533,0 1|1:7,151:158:99:.:.:4884,227,0 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,117:118:99:.:.:4043,318,0 0|1:124,63:187:99:.:.:1630,0,3880 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 1|0:149,41:190:99:.:.:841,0,4780 1|1:0,112:112:99:.:.:3795,337,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3716,321,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6418,563,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1253,108,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,120:120:99:.:.:4168,361,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6717,586,0 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,103:103:99:.:.:3594,310,0 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,196:202:99:.:.:6541,435,0 1|1:0,221:221:99:.:.:7635,665,0 1|1:0,663:663:99:.:.:22549,1991,0 1|1:0,748:748:99:.:.:25822,2248,0 1|1:0,625:625:99:.:.:21211,1877,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3404,300,0 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,95:95:99:.:.:3138,285,0 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,539:541:99:.:.:17610,1582,0 1|1:1,166:167:99:.:.:5312,465,0 1|1:0,278:278:99:.:.:9118,834,0 1|1:0,320:320:99:.:.:10554,960,0 0|0:545,0:545:99:.:.:0,120,1800 1|0:162,143:305:99:.:.:3828,0,4625 1|1:3,524:527:99:.:.:22766,1475,0 1|1:0,171:171:99:.:.:5678,514,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,548:549:99:.:.:17884,1607,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2478,220,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 1|0:200,64:264:99:.:.:1207,0,6022 1|1:0,225:225:99:.:.:7536,676,0 1|1:7,253:260:99:.:.:8123,557,0 0|1:30,230:260:99:.:.:7022,0,282 1|1:0,251:251:99:.:.:8357,754,0 1|0:181,52:233:99:.:.:1056,0,5609 1|0:201,25:226:99:.:.:159,0,6291 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800 0|1:22,91:113:99:.:.:2714,0,410 1|0:193,229:422:99:.:.:6192,0,5501 1|1:1,56:57:99:.:.:1871,135,0 1|1:1,267:268:99:.:.:9068,771,0 1|1:4,302:306:99:.:.:9910,781,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,293:293:99:.:.:9753,881,0 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800 1|0:165,101:266:99:.:.:2613,0,4902 1|1:14,173:187:62:.:.:5129,62,0 1|1:5,258:263:99:.:.:8611,606,0 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,94:97:99:.:.:2869,184,0 1|0:49,257:306:99:.:.:7609,0,744 1|1:3,65:68:99:.:.:1996,101,0 1|1:11,241:252:99:.:.:7645,359,0 1|1:0,543:543:99:.:.:17861,1627,0 0|1:60,141:201:99:.:.:3942,0,1463 0|0:502,0:502:99:.:.:0,120,1800 0|1:221,42:263:99:.:.:628,0,6870 1|1:1,312:313:99:.:.:9983,901,0 1|0:26,217:243:99:.:.:6291,0,174 1|1:3,247:250:99:.:.:7903,643,0 1|1:2,194:196:99:.:.:6164,517,0 0|1:148,101:249:99:.:.:2569,0,4324 1|0:100,42:142:99:.:.:858,0,2966 1|1:2,198:200:99:.:.:6404,527,0 1|0:5,46:51:24:0|1:497880_T_C:1348,0,24 0|1:228,63:291:99:.:.:1247,0,6873 1|1:9,566:575:99:.:.:18092,1398,0 1|1:3,296:299:99:.:.:9667,789,0 1|1:2,242:244:99:.:.:7937,660,0 1|1:23,432:455:99:.:.:13253,571,0 0|1:14,111:125:99:.:.:3309,0,108 1|1:8,270:278:99:.:.:8858,555,0 1|1:1,255:256:99:.:.:8357,733,0 1|1:13,516:529:99:.:.:16223,1128,0 0|1:21,166:187:99:.:.:4958,0,190 0|1:198,305:503:99:.:.:8445,0,5321 0|0:569,0:569:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,553:553:99:.:.:18778,1662,0 1|1:5,85:90:91:.:.:2658,91,0 1|1:2,485:487:99:.:.:15932,1394,0 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800 1|0:186,38:224:99:.:.:610,0,5699 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,97:98:99:.:.:3124,269,0 1|0:63,43:106:99:.:.:1163,0,1890 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,191:191:99:.:.:6384,574,0 1|0:52,143:195:99:.:.:4306,0,1174 1|1:0,144:144:99:.:.:4945,433,0 1|0:122,51:173:99:.:.:1173,0,3703 1|1:0,190:190:99:.:.:6464,571,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5987,529,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7199,652,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2424,216,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1698 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,221:221:99:.:.:7305,664,0 1|1:14,246:260:99:.:.:7891,273,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7862,688,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1461 1|0:39,58:97:99:.:.:1669,0,1085 1|1:0,71:71:99:.:.:2444,214,0 0|1:44,6:50:59:.:.:59,0,1346 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,855 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|0:65,208:273:99:.:.:6188,0,1496 0|1:71,190:261:99:.:.:5607,0,1732 1|1:0,23:23:69:.:.:762,69,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8399,757,0 1|1:0,248:248:99:.:.:8335,745,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755 1|0:64,167:231:99:.:.:4830,0,1512 1|1:5,146:151:99:.:.:4744,274,0 1|1:2,201:203:99:.:.:6707,576,0 1|1:0,208:208:99:.:.:6991,625,0 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,153:153:99:.:.:5249,460,0 1|1:0,531:531:99:.:.:18008,1596,0 0|1:34,57:91:99:.:.:1572,0,896 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,658:659:99:.:.:21866,1969,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5894,522,0 1|1:0,257:257:99:.:.:8667,773,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1834,162,0 1|1:0,20:20:60:.:.:707,60,0 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,119:120:99:.:.:3999,328,0 Pf3D7_01_v3 498090 . A C 1.99905e+07 PASS FS=0;MQ=59.74;QD=29.5;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S894;SNPEFF_CODON_CHANGE=tcA/tcC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.692;VQSLOD=10.07;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.991;GC=28.57;GQ_MEAN=441.58;GQ_STDDEV=410.11;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5448;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.257;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15452333;AF=0.776;AS_InbreedingCoeff=0.5548;MLEAC=4091;MLEAF=0.779;AN=856;AC=644 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:18,36:54:99:.:.:821,0,383 1|1:1,59:60:99:.:.:1623,153,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2353,251,0 1|0:45,24:69:99:.:.:497,0,1214 1|0:17,4:21:45:1|0:498079_T_C:45,0,731 1|1:1,51:52:99:.:.:1393,123,0 1|1:0,34:34:99:.:.:951,102,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,46:46:99:.:.:1305,137,0 1|1:1,69:70:99:.:.:1882,179,0 0|1:11,19:30:99:.:.:438,0,253 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1548 1|0:7,33:40:96:.:.:805,0,96 1|1:0,38:38:99:.:.:1056,113,0 1|0:7,20:27:99:.:.:467,0,115 1|1:0,21:21:63:.:.:613,63,0 1|1:0,8:8:24:.:.:233,24,0 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,903 1|1:0,36:36:99:.:.:1046,108,0 1|1:2,36:38:73:.:.:958,73,0 1|1:1,87:88:99:1|1:498087_G_A:2816,252,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1166 0|1:61,45:106:99:.:.:883,0,1451 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765 1|1:0,13:13:39:.:.:348,39,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1900,206,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1630 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|1:24,73:97:99:.:.:1731,0,449 1|1:0,47:47:99:.:.:1307,140,0 1|1:0,334:334:99:.:.:9095,996,0 1|1:1,68:69:99:.:.:1853,195,0 1|0:109,59:168:99:.:.:1105,0,2825 1|1:0,78:78:99:.:.:2181,234,0 0|1:20,29:49:99:.:.:586,0,413 0|1:16,63:79:99:.:.:1422,0,207 1|0:56,10:66:88:.:.:88,0,1450 0|0:112,0:112:58:.:.:0,58,2742 1|0:45,61:106:99:.:.:1375,0,994 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,193:194:99:.:.:5251,570,0 1|1:1,213:214:99:.:.:5788,617,0 0|1:16,100:116:99:.:.:2411,0,111 0|1:14,83:97:69:.:.:1965,0,69 1|1:0,31:31:92:.:.:856,92,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3021,330,0 0|1:34,35:69:99:.:.:762,0,779 1|1:0,79:79:99:.:.:2146,235,0 1|0:23,11:34:99:.:.:211,0,580 1|1:4,110:114:99:.:.:2984,245,0 0|1:171,36:207:99:.:.:367,0,4517 1|1:0,136:136:99:.:.:3840,406,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2294,248,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3329,365,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1917,209,0 1|0:52,23:75:99:.:.:398,0,1339 1|1:0,72:72:99:.:.:1973,214,0 0|1:77,48:125:99:.:.:978,0,1864 0|1:76,37:113:99:.:.:655,0,1834 1|1:0,139:139:99:.:.:3828,415,0 1|1:2,319:321:99:.:.:8811,921,0 1|1:2,45:47:99:.:.:1087,118,0 1|1:11,106:117:17:.:.:2615,17,0 0|1:30,113:143:99:.:.:2618,0,435 1|1:1,82:83:99:.:.:2293,224,0 1|1:2,49:51:99:.:.:1275,112,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2389,256,0 1|1:0,75:75:99:.:.:1925,222,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1251,140,0 1|1:1,111:112:99:.:.:2948,322,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800 1|1:2,103:105:99:.:.:2788,252,0 0|0:58,0:58:88:.:.:0,88,1576 0|1:37,143:180:99:1|0:498068_G_T:3170,0,961 1|0:9,65:74:45:.:.:1538,0,45 1|1:5,66:71:99:.:.:1572,159,0 1|1:1,65:66:99:.:.:1808,187,0 0|1:40,23:63:99:1|0:498068_G_T:416,0,1033 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,56:56:99:.:.:1525,166,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3195,358,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|1:58,100:158:99:.:.:2239,0,1184 1|1:0,87:87:99:.:.:2416,259,0 1|1:4,135:139:99:.:.:3387,318,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4288,469,0 1|1:1,115:116:99:.:.:3107,317,0 1|0:32,103:135:99:.:.:2547,0,510 1|1:0,152:152:99:.:.:4115,453,0 1|1:1,109:110:99:.:.:2936,299,0 1|0:24,86:110:99:.:.:1999,0,335 1|0:38,35:73:99:.:.:759,0,890 1|1:7,161:168:99:.:.:4084,288,0 1|1:2,146:148:99:.:.:3898,408,0 1|1:11,149:160:99:.:.:3771,137,0 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 1|1:14,170:184:99:.:.:4091,150,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4373,489,0 0|1:119,21:140:99:.:.:148,0,3065 1|1:1,116:117:99:.:.:3035,317,0 1|1:7,138:145:99:.:.:3382,249,0 1|1:2,217:219:99:.:.:5841,617,0 1|1:0,140:140:99:.:.:3818,418,0 1|1:4,200:204:99:.:.:5348,527,0 0|0:188,0:188:95:.:.:0,95,4684 1|1:0,155:155:99:.:.:4232,464,0 1|1:4,201:205:99:.:.:4989,402,0 1|1:1,207:208:99:.:.:5521,591,0 1|0:74,86:160:99:.:.:1835,0,1696 1|1:0,223:223:99:.:.:5963,663,0 1|1:0,148:148:99:.:.:3969,441,0 1|1:0,212:212:99:.:.:5628,631,0 1|0:57,114:171:99:.:.:2585,0,1158 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,125:133:99:.:.:3106,156,0 1|1:0,206:206:99:.:.:5332,609,0 1|1:14,145:159:45:.:.:3590,45,0 1|1:0,176:176:99:.:.:4781,522,0 0|1:25,166:191:99:.:.:3918,0,175 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575 1|1:1,172:173:99:.:.:4594,494,0 1|1:1,185:186:99:.:.:4952,544,0 1|1:1,240:241:99:.:.:6486,690,0 0|1:106,87:193:99:.:.:1676,0,2551 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,156:156:99:.:.:4161,465,0 0|1:88,56:144:99:.:.:1099,0,2145 1|1:0,83:83:99:.:.:2164,247,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,210:211:99:.:.:5605,620,0 1|0:140,19:159:10:.:.:10,0,3520 1|1:1,221:222:99:.:.:5738,651,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3434,371,0 1|0:44,137:181:99:.:.:3153,0,768 0|1:65,150:215:99:.:.:3258,0,1281 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,234:234:99:.:.:6347,700,0 1|1:0,175:175:99:.:.:4536,521,0 1|1:1,204:205:99:.:.:5351,582,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3081,346,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|1:177,26:203:99:.:.:123,0,4546 1|1:1,260:261:99:.:.:6974,746,0 1|1:0,108:108:99:.:.:2947,322,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3215,362,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3227,355,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 1|0:22,55:77:99:.:.:1288,0,413 0|1:79,69:148:99:.:.:1384,0,1913 1|1:3,152:155:99:.:.:3902,398,0 1|0:39,28:67:99:.:.:544,0,919 1|1:0,230:230:99:.:.:6070,686,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3736,404,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3500,380,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3327,354,0 1|1:0,103:103:99:.:.:2778,308,0 1|0:33,86:119:99:.:.:1932,0,740 0|1:15,101:116:98:.:.:2263,0,98 0|0:171,0:171:99:.:.:0,112,1800 1|1:7,162:169:99:.:.:4102,292,0 1|1:1,181:182:99:.:.:4831,533,0 1|1:0,179:179:99:.:.:4686,531,0 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,338 1|1:1,101:102:99:.:.:2695,278,0 1|1:1,162:163:99:.:.:4490,457,0 1|1:0,73:73:99:.:.:1953,217,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2046,226,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2166,242,0 1|1:0,136:136:99:.:.:3600,404,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4041,446,0 1|1:4,102:106:99:.:.:2665,205,0 0|1:13,92:105:78:.:.:2257,0,78 1|1:0,114:114:99:.:.:3137,341,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2661,282,0 0|1:66,13:79:99:.:.:119,0,1780 0|1:83,35:118:99:.:.:584,0,2128 1|1:3,110:113:99:.:.:2918,247,0 1|1:17,178:195:71:.:.:4481,71,0 0|1:12,74:86:99:.:.:1775,0,117 1|1:0,136:136:99:.:.:3795,408,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2570,281,0 1|1:0,274:274:99:.:.:7515,820,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3609,397,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,136:136:99:.:.:3677,407,0 1|1:0,203:203:99:.:.:5534,605,0 1|1:1,112:113:99:.:.:2915,306,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2864,314,0 1|1:0,219:219:99:.:.:5865,656,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2405,266,0 1|1:2,49:51:99:.:.:1307,104,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,79:80:99:.:.:2056,209,0 0|1:150,43:193:99:.:.:510,0,3789 1|1:0,105:105:99:.:.:2794,314,0 1|1:3,126:129:99:.:.:3271,307,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3066,345,0 1|0:50,79:129:99:.:.:1757,0,1083 0|1:66,23:89:99:.:.:346,0,1678 0|1:44,12:56:99:0|1:498090_A_C:197,0,1148 1|1:1,84:85:99:.:.:2224,243,0 0|1:37,33:70:99:.:.:716,0,883 1|0:56,61:117:99:.:.:1246,0,1299 0|1:32,50:82:99:.:.:1061,0,702 1|1:7,111:118:99:.:.:2741,148,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2482,282,0 1|1:0,200:200:99:.:.:5353,594,0 1|1:0,180:180:99:.:.:4742,535,0 1|1:1,93:94:99:.:.:2446,269,0 1|1:1,76:77:99:.:.:1994,199,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4149,484,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3235,366,0 1|0:34,36:70:99:.:.:765,0,836 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1621 1|0:48,11:59:99:.:.:132,0,1261 1|1:5,115:120:99:.:.:2893,214,0 1|0:50,15:65:99:.:.:179,0,1235 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|0:33,32:65:99:.:.:624,0,786 1|1:1,73:74:99:.:.:1896,209,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2006,225,0 0|1:43,77:120:99:.:.:1611,0,920 1|1:0,201:201:99:.:.:5360,596,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2275,254,0 1|1:1,94:95:99:.:.:2480,272,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1215,136,0 1|1:2,164:166:99:.:.:4355,459,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1677,190,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2906,313,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2139,239,0 1|1:2,63:65:99:.:.:1610,154,0 1|1:1,66:67:99:.:.:1771,190,0 1|0:64,104:168:99:.:.:2373,0,1379 1|1:0,97:97:99:.:.:2681,290,0 0|1:0,3:3:9:.:.:85,9,0 1|0:56,93:149:99:.:.:2053,0,1207 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:.:.:3721,409,0 1|0:25,70:95:99:.:.:1554,0,482 1|1:0,149:149:99:.:.:4051,445,0 1|0:47,45:92:99:.:.:930,0,1094 1|1:7,198:205:99:.:.:4899,410,0 0|1:12,45:57:99:.:.:1101,0,162 1|1:0,26:26:78:.:.:735,78,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2494,271,0 1|1:0,302:302:99:.:.:8412,903,0 0|1:35,88:123:99:.:.:1962,0,626 1|1:0,216:216:99:.:.:6007,647,0 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,606 1|1:1,54:55:99:.:.:1461,133,0 1|1:0,174:174:99:.:.:4606,518,0 0|1:17,73:90:99:1|0:498079_T_C:1688,0,368 1|1:0,54:54:99:.:.:1448,160,0 0|1:30,56:86:99:.:.:1269,0,643 1|1:3,112:115:99:.:.:3019,249,0 1|0:6,16:22:99:0|1:498090_A_C:336,0,120 1|0:30,38:68:99:.:.:845,0,706 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1126 1|1:2,109:111:99:.:.:2917,270,0 1|1:2,24:26:29:.:.:635,29,0 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,145:145:99:.:.:4902,435,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6535,579,0 1|1:1,207:208:99:.:.:6977,588,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7524,669,0 0|1:118,86:204:99:.:.:2260,0,3638 1|1:0,192:192:99:.:.:6470,577,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4806,426,0 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,195:195:99:1|1:498071_G_C:8463,598,0 1|1:1,204:205:99:.:.:6926,605,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1501,135,0 1|1:0,230:230:99:.:.:7749,691,0 1|1:0,214:214:99:.:.:7248,644,0 1|1:1,220:221:99:.:.:7325,653,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6958,613,0 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,238:239:99:.:.:7961,708,0 1|1:1,188:189:99:.:.:6251,531,0 1|1:0,157:157:99:.:.:5264,472,0 1|1:1,212:213:99:.:.:7215,628,0 1|1:0,160:160:99:.:.:5387,481,0 1|1:1,178:179:99:.:.:6035,501,0 1|1:1,278:279:99:.:.:9300,802,0 1|0:113,88:201:99:.:.:2340,0,3511 1|1:0,90:90:99:.:.:3040,271,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3558,315,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6339,579,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1538,135,0 1|0:10,73:83:99:.:.:2283,0,120 1|1:0,151:151:99:.:.:5178,454,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4239,367,0 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,196:196:99:.:.:6600,589,0 1|1:1,109:110:99:.:.:3605,319,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5396,478,0 1|1:6,209:215:99:.:.:6851,424,0 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,740:742:99:.:.:24514,2164,0 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,659:659:99:.:.:22143,1979,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2806,249,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1263,114,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4205,400,0 0|0:103,0:103:85:.:.:0,85,3056 1|1:0,173:173:99:.:.:5713,518,0 1|1:2,238:240:99:.:.:7822,676,0 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,153:162:99:.:.:4759,184,0 1|1:1,261:262:99:.:.:8346,748,0 1|1:0,294:294:99:.:.:9704,883,0 1|1:0,582:582:99:.:.:18036,1731,0 0|1:124,155:279:99:.:.:4395,0,3381 1|1:3,536:539:99:.:.:16765,1517,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4852,455,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2258,212,0 1|1:3,519:522:99:.:.:16134,1497,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2450,233,0 1|1:0,254:254:99:.:.:8247,761,0 1|1:0,247:247:99:.:.:7851,737,0 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 0|1:29,223:252:99:.:.:6614,0,210 1|1:0,223:223:99:.:.:7225,666,0 0|1:46,224:270:99:.:.:6605,0,755 1|1:3,216:219:99:.:.:6624,581,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7232,660,0 1|1:0,397:397:99:.:.:12580,1186,0 1|0:120,17:137:99:.:.:152,0,3771 0|1:200,230:430:99:.:.:5938,0,5675 0|1:36,18:54:99:.:.:404,0,1101 1|1:0,263:263:99:.:.:8723,789,0 1|1:1,271:272:99:.:.:8801,778,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,266:266:99:.:.:8698,798,0 1|1:0,273:273:99:.:.:8790,816,0 1|1:2,281:283:99:.:.:8954,774,0 1|0:192,104:296:99:.:.:2472,0,5789 0|1:21,173:194:99:.:.:4749,0,147 1|1:0,266:266:99:.:.:8710,796,0 1|1:1,259:260:99:.:.:8346,769,0 1|1:1,236:237:99:.:.:7695,677,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3579,335,0 1|0:37,197:234:99:.:.:5634,0,604 1|1:4,87:91:99:.:.:2636,130,0 1|1:16,256:272:99:.:.:7699,281,0 1|1:6,546:552:99:.:.:16909,1491,0 1|1:1,178:179:99:.:.:5822,502,0 1|1:2,548:550:99:.:.:17215,1601,0 1|1:0,270:270:99:.:.:8656,806,0 1|1:1,324:325:99:.:.:10068,959,0 1|0:45,215:260:99:.:.:6129,0,766 1|1:8,238:246:99:.:.:7434,468,0 1|1:3,202:205:99:.:.:6348,536,0 1|1:2,276:278:99:.:.:8807,760,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3620,344,0 1|1:0,183:183:99:.:.:5987,548,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1857,181,0 1|1:1,268:269:99:.:.:8630,772,0 1|1:5,575:580:99:.:.:17928,1580,0 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,241:244:99:.:.:7956,646,0 1|1:12,489:501:99:.:.:14981,1078,0 1|1:1,118:119:99:.:.:3863,321,0 1|1:2,258:260:99:.:.:8363,707,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7152,664,0 1|1:6,506:512:99:.:.:15327,1372,0 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,504:504:99:.:.:15868,1503,0 1|1:1,619:620:99:.:.:20348,1825,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 1|0:33,61:94:99:.:.:1710,0,901 1|1:0,455:455:99:.:.:14737,1364,0 1|1:0,335:335:99:.:.:10591,1000,0 1|1:0,253:253:99:.:.:8274,759,0 1|1:0,435:435:99:.:.:13625,1299,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2435,216,0 0|1:78,72:150:99:.:.:1876,0,2311 1|1:0,125:125:99:.:.:4159,376,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7189,652,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6659,598,0 1|1:0,154:154:99:.:.:5123,463,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6344,595,0 1|1:0,236:236:99:.:.:7742,708,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7267,661,0 1|1:0,248:248:99:.:.:8151,744,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2261,215,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1698 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,224:224:99:.:.:7309,673,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4447,400,0 1|1:1,240:241:99:.:.:7739,687,0 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,278:278:99:.:.:9355,836,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1461 1|1:0,122:122:99:.:.:3888,365,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2942,276,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2113,189,0 1|1:0,23:23:69:.:.:795,69,0 1|1:0,277:277:99:.:.:9197,833,0 0|1:245,66:311:99:.:.:1212,0,7676 1|0:193,67:262:99:.:.:1374,0,5998 1|1:0,19:19:57:.:.:608,57,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7357,673,0 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755 0|1:172,93:265:99:.:.:2292,0,5119 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|1:28,150:178:99:.:.:4498,0,438 1|1:1,248:249:99:.:.:8200,712,0 1|0:31,222:253:99:.:.:6420,0,341 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 0|1:228,299:527:99:.:.:8492,0,6487 1|1:0,86:86:99:.:.:2788,258,0 1|1:0,328:328:99:.:.:10783,984,0 1|1:0,642:642:99:.:.:21269,1927,0 1|0:125,53:178:99:.:.:1285,0,3889 1|1:1,269:270:99:.:.:8848,775,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1538,141,0 1|1:0,28:28:84:.:.:879,84,0 1|1:0,381:381:99:.:.:12449,1142,0 1|1:0,158:158:99:.:.:5197,473,0 Pf3D7_01_v3 498260 . G A 641648 PASS FS=0;MQ=60.06;QD=26.65;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G951E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gGa/gAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.665;VQSLOD=7.22;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.88;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1148;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=201.41;GQ_STDDEV=511.77;HRun=3;InbreedingCoeff=0.4821;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.016;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13029763;AF=0.016;AS_InbreedingCoeff=-0.0144;MLEAC=83;MLEAF=0.016;AN=858;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1356:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1671:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1325:. 0|0:29,0:29:54:.:.:0,54,786:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1284:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,837:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1548:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,376:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1253:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,875:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,529:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1630:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1438:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1643:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1435:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1194:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,15:26:99:0|1:498260_G_A:593,0,423:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1230:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,84:190:99:0|1:498260_G_A:3139,0,4077:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1311:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,46:104:99:0|1:498260_G_A:1717,0,2568:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,165:166:99:1|1:498260_G_A:7164,455,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,151:181:99:0|1:498260_G_A:6111,0,802:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:56:.:.:0,56,3658:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,102:113:99:0|1:498260_G_A:4271,0,227:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:44:.:.:0,44,1336:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,306:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,127:129:99:1|1:498260_G_A:5527,311,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1621:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,170:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1461:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,83:204:99:0|1:498260_G_A:3116,0,6294:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:617,0:617:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:146,0:146:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:.:.:.:.:120 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:604,0:604:.:.:.:.:120 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:.:.:.:.:120 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,201:241:99:0|1:498260_G_A:8292,0,1217:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:.:.:.:.:120 0|1:115,18:133:99:0|1:498260_G_A:400,0,5872:. 0|0:340,0:340:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1460:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:.:.:.:.:120 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:.:.:.:.:120 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:512,0:512:.:.:.:.:120 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:.:.:.:.:120 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:104 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:584,0:584:.:.:.:.:120 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:.:.:.:.:120 0|0:507,0:507:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:.:.:.:.:120 0|1:25,185:210:99:0|1:498260_G_A:7607,0,709:. 0|0:412,0:412:.:.:.:.:120 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,45:121:99:0|1:498260_G_A:1658,0,3708:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:.:.:.:.:120 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:461,0:461:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1698:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1461:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,777:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:165,97:262:99:0|1:498260_G_A:3568,0,8212:. 0|1:136,146:282:99:0|1:498260_G_A:5738,0,6426:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,268:327:99:0|1:498260_G_A:11052,0,1977:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,176:221:99:0|1:498260_G_A:7271,0,1799:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:206,28:234:99:0|1:498260_G_A:547,0,10769:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 498264 . G A 643069 PASS FS=0;MQ=60.06;QD=26.94;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K952;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.672;VQSLOD=7.02;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1148;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=199.47;GQ_STDDEV=504.45;HRun=3;InbreedingCoeff=0.4821;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.308;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13021640;AF=0.016;AS_InbreedingCoeff=-0.0144;MLEAC=83;MLEAF=0.016;AN=858;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1356:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1671:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1146:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1325:. 0|0:26,0:26:55:.:.:0,55,753:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1284:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,837:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1548:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,321:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1253:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,875:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1630:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1438:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1643:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1435:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1194:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,15:26:99:0|1:498260_G_A:593,0,423:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1230:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,79:180:99:0|1:498260_G_A:3118,0,4038:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1311:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,45:103:99:0|1:498260_G_A:1712,0,2554:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,158:159:99:1|1:498260_G_A:7133,452,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,147:175:99:0|1:498260_G_A:6131,0,756:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:39:.:.:0,39,3508:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,105:116:99:0|1:498260_G_A:4290,0,224:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:48:.:.:0,48,1257:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,306:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,124:125:99:1|1:498260_G_A:5500,329,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1621:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,163:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:68:.:.:0,68,835:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1461:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,839:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,83:201:99:0|1:498260_G_A:3112,0,6325:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:617,0:617:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:146,0:146:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:.:.:.:.:120 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:604,0:604:.:.:.:.:120 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:.:.:.:.:120 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,197:238:99:0|1:498260_G_A:8202,0,1244:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:.:.:.:.:120 0|1:114,19:133:99:0|1:498260_G_A:429,0,5857:. 0|0:340,0:340:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1460:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:.:.:.:.:120 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:.:.:.:.:120 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:512,0:512:.:.:.:.:120 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:.:.:.:.:120 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:104 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:584,0:584:.:.:.:.:120 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:.:.:.:.:120 0|0:507,0:507:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:.:.:.:.:120 0|1:22,182:204:99:0|1:498260_G_A:7520,0,693:. 0|0:412,0:412:.:.:.:.:120 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,46:116:99:0|1:498260_G_A:1691,0,3626:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:.:.:.:.:120 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:461,0:461:.:.:.:.:120 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1698:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1461:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,748:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,97:264:99:0|1:498260_G_A:3566,0,8185:. 0|1:132,146:278:99:0|1:498260_G_A:5689,0,6469:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,839:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,271:328:99:0|1:498260_G_A:11132,0,1968:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,176:223:99:0|1:498260_G_A:7183,0,1849:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:199,29:228:99:0|1:498260_G_A:600,0,10551:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 498570 . A C 235521 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=16.94;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1054N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaA/aaC;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.708;VQSLOD=5.64;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-4.568;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=133.61;GQ_STDDEV=138.93;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0102;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.291;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=QD;set=snp;DP=12730173;AF=0.008555;AS_InbreedingCoeff=-0.0102;MLEAC=45;MLEAF=0.008555;AN=858;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:0,99,1371:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1235:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1352:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1171:. 0|0:25,0:25:57:0,57,855:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1235:. 0|0:25,0:25:66:0,66,990:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1128:. 0|0:29,0:29:75:0,75,1125:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1376:. 0|0:31,0:31:75:0,75,1125:. 1|0:12,9:21:99:185,0,313:. 0|0:27,0:27:66:0,66,990:. 0|0:15,0:15:36:0,36,540:. 0|0:7,0:7:21:0,21,214:. 0|0:20,0:20:42:0,42,630:. 0|0:29,0:29:61:0,61,867:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:78:0,78,1170:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:59:0,59,823:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1426:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1203:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:0,110,1363:. 0|0:307,0:307:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1142:. 0|0:114,0:114:99:0,107,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:0,119,1597:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1140:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:75:0,75,1125:. 0|0:100,0:100:99:0,111,1665:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,109,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1125:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1115:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1291:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1384:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,116,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,116,1473:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1342:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,105,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 1|0:45,86:131:99:1897,0,948:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,117,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,112,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,108,1620:. 0|0:7,0:7:21:0,21,220:. 0|0:91,0:91:99:0,103,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,104,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,119,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,103,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,109,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,111,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1755:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,116,1630:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,116,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1665:. 0|0:153,0:153:99:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,100,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1528:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,112,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:24:0,24,236:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:72,0:72:99:0,102,1530:. 0|0:271,0:271:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1006:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 1|0:78,44:122:99:797,0,1916:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1445:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1575:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|1:158,35:193:99:544,0,5184:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,114,1710:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1348:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:617,0:617:99:0,120,1800:. 0|0:682,0:682:99:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:146,0:146:.:.:120 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:.:.:120 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:604,0:604:.:.:120 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:.:.:120 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:.:.:120 0|0:66,0:66:99:0,118,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:.:.:120 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:.:.:120 0|0:41,0:41:99:0,110,1449:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:120 0|0:249,0:249:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:.:.:120 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:.:.:120 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:.:.:120 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:512,0:512:.:.:120 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:.:.:120 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:.:.:120 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:104 0|0:265,0:265:99:0,120,1800:. 0|0:584,0:584:.:.:120 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:.:.:120 0|0:507,0:507:.:.:120 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:.:.:120 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:.:.:120 0|0:373,0:373:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:.:.:120 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:461,0:461:.:.:120 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1784,168,0:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1461:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:0,116,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,117,1755:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1302:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 499200 . A C 379958 PASS FS=0;MQ=60.41;QD=21.13;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1264D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaA/gaC;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.65;VQSLOD=6.3;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=0.0279;NCC=0;BaseQRankSum=-4.843;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=66;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.56;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13664665;AF=0.007599;MLEAC=40;MLEAF=0.007599;AN=858;AC=14 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1710:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1633:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:68,0:68:63:.:.:0,63,1889:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1120:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1320:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1296:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1226:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1514:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1057:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1542:. 0|1:72,17:89:99:.:.:172,0,1861:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1146:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1348:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1036:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,876:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1224:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,112,1221:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,91:92:99:.:.:2357,243,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1481:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,936:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:16,166:182:66:.:.:4078,66,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,162:194:99:.:.:3944,0,381:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3088,336,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,18:124:99:.:.:141,0,2793:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:130,84:214:99:.:.:1579,0,3745:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,134:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,38:188:99:.:.:497,0,3909:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:71:.:.:0,71,2018:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1630:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,48:73:99:.:.:1052,0,508:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,938:. 0|1:19,73:92:99:.:.:1818,0,299:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,311:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1257:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,967:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1504:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:208,22:230:49:.:.:49,0,6750:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1475:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:763,0:763:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:665,0:665:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:461,0:461:.:.:.:.:120 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:611,0:611:.:.:.:.:120 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:.:.:.:.:120 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:.:.:.:.:120 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:474,0:474:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:213,0:213:.:.:.:.:120 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:.:.:.:.:105 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:120 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:528,0:528:.:.:.:.:120 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:548,0:548:.:.:.:.:120 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:.:.:.:.:120 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:.:.:.:.:120 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:106 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:.:.:.:.:120 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:120 0|0:507,0:507:.:.:.:.:120 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:548,0:548:.:.:.:.:120 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:495,0:495:.:.:.:.:120 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:.:.:.:.:120 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:.:.:.:.:120 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1321:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,958:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:526,0:526:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665:. Pf3D7_01_v3 499466 . A T 1.52858e+07 PASS FS=0.685;MQ=52.37;QD=26.45;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1353I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.795;VQSLOD=4.87;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.93;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=19.05;GQ_MEAN=383.95;GQ_STDDEV=625.09;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7269;MQRankSum=-1.049;NCC=0;ReadPosRankSum=0.801;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=14702560;AF=0.478;AS_InbreedingCoeff=0.3462;MLEAC=2513;MLEAF=0.48;AN=856;AC=363 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:44,26:70:99:0|1:499451_ATT_A:992,0,1892 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1710 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:84:.:.:0,84,1414 0|1:8,32:40:99:0|1:499451_ATT_A:1357,0,198 1|1:0,35:35:99:1|1:499451_ATT_A:1499,105,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,45:45:99:1|1:499451_ATT_A:1947,135,0 1|1:0,58:58:99:1|1:499451_ATT_A:2439,175,0 0|1:26,11:37:99:0|1:499451_ATT_A:367,0,1126 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,45:45:99:1|1:499451_ATT_A:1898,138,0 1|0:22,21:43:99:.:.:544,0,551 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855 0|0:22,0:22:34:.:.:0,34,642 0|1:8,2:10:60:0|1:499451_ATT_A:60,0,1249 0|0:19,0:19:30:.:.:0,30,533 0|0:38,0:38:69:.:.:0,69,1035 1|1:1,37:38:99:.:.:1132,104,0 0|1:53,12:65:99:0|1:499451_ATT_A:338,0,2970 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,108,1620 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1663 1|1:0,37:37:99:1|1:499451_ATT_A:1800,120,0 1|1:4,77:81:67:1|1:499451_ATT_A:3330,67,0 0|0:21,0:21:31:.:.:0,31,597 1|1:2,0:2:.:.:.:. 1|1:0,42:42:99:1|1:499451_ATT_A:1935,129,0 1|1:1,59:60:99:1|1:499451_ATT_A:2789,148,0 1|0:52,38:90:99:.:.:910,0,1334 1|0:77,27:104:99:.:.:725,0,2017 1|0:33,21:54:99:.:.:498,0,1068 1|0:235,115:350:99:0|1:499451_ATT_A:4077,0,9408 1|1:0,50:50:99:1|1:499451_ATT_A:2423,163,0 0|1:52,71:123:99:0|1:499451_ATT_A:2900,0,2090 1|1:1,90:91:99:.:.:2700,241,0 1|0:25,40:65:99:0|1:499451_ATT_A:1545,0,926 0|1:61,9:70:99:0|1:499466_A_T:149,0,2576 0|1:55,18:73:99:0|1:499451_ATT_A:620,0,2878 1|1:0,109:109:99:1|1:499451_ATT_A:5073,340,0 0|1:89,48:137:99:0|1:499451_ATT_A:1812,0,4569 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800 1|1:1,232:233:99:1|1:499451_ATT_A:10620,671,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,108,1620 1|0:13,94:107:99:0|1:499451_ATT_A:4073,0,293 1|0:56,31:87:99:.:.:1048,0,1464 1|1:0,46:46:99:1|1:499451_ATT_A:2160,144,0 0|1:29,96:125:99:0|1:499451_ATT_A:4235,0,950 0|1:41,19:60:99:0|1:499466_A_T:557,0,1589 1|1:1,94:95:99:.:.:2888,253,0 1|0:15,23:38:99:.:.:596,0,337 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665 0|1:78,164:242:99:0|1:499451_ATT_A:6742,0,2796 1|1:0,124:124:99:1|1:499451_ATT_A:5580,373,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1602 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,79:79:99:1|1:499451_ATT_A:3600,202,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,42:72:99:0|1:499451_ATT_A:1071,0,670 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,351:352:99:1|1:499451_ATT_A:16560,1069,0 1|1:0,44:44:99:1|1:499451_ATT_A:2205,147,0 1|0:52,59:111:99:.:.:1999,0,1592 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:1|1:499451_ATT_A:4500,301,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1370 1|0:46,30:76:99:0|1:499451_ATT_A:1194,0,1919 1|1:0,41:41:99:1|1:499451_ATT_A:1935,129,0 1|0:33,29:62:99:.:.:725,0,805 1|1:0,121:121:99:.:.:3631,363,0 1|0:82,48:130:99:.:.:1118,0,3182 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,74:74:99:1|1:499451_ATT_A:3420,229,0 0|1:123,53:176:99:0|1:499451_ATT_A:1842,0,5056 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|0:43,29:72:99:.:.:668,0,1081 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:41,28:69:99:0|1:499451_ATT_A:1046,0,2230 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,84:84:99:.:.:2561,252,0 1|1:0,102:102:99:1|1:499451_ATT_A:4905,328,0 0|1:58,98:156:99:0|1:499451_ATT_A:3807,0,2324 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,139:139:99:1|1:499451_ATT_A:6390,427,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|1:131,21:152:99:0|1:499451_ATT_A:484,0,6977 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|1:17,100:117:99:.:.:3491,0,228 0|1:52,18:70:99:0|1:499451_ATT_A:684,0,2137 1|1:8,135:143:99:.:.:3906,181,0 0|1:145,44:189:99:0|1:499451_ATT_A:1513,0,7714 1|1:0,138:138:99:1|1:499451_ATT_A:6398,430,0 0|0:211,0:211:99:.:.:0,108,1620 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,129:129:99:1|1:499451_ATT_A:6070,406,0 0|0:102,0:102:99:.:.:0,103,1800 1|0:12,112:124:99:0|1:499451_ATT_A:4778,0,110 1|0:88,50:138:99:0|1:499451_ATT_A:1997,0,3568 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|0:76,67:143:99:0|1:499451_ATT_A:2417,0,2829 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|1:21,160:181:99:0|1:499466_A_T:6209,0,442 1|1:0,178:178:99:1|1:499451_ATT_A:7964,551,0 0|1:47,111:158:99:0|1:499451_ATT_A:4784,0,1699 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|0:133,41:174:99:0|1:499451_ATT_A:1306,0,5275 1|1:0,244:244:99:.:.:7360,733,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1530 0|0:179,0:179:99:.:.:0,108,1620 0|1:61,92:153:99:0|1:499451_ATT_A:3718,0,2323 1|1:0,176:176:99:1|1:499451_ATT_A:7932,548,0 1|0:96,60:156:99:.:.:1382,0,2454 0|1:20,152:172:99:0|1:499451_ATT_A:6523,0,493 1|1:0,210:210:99:1|1:499451_ATT_A:9642,656,0 1|1:1,106:107:99:1|1:499428_C_T:4770,321,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,67:67:99:1|1:499466_A_T:2709,202,0 1|1:0,171:171:99:1|1:499451_ATT_A:8051,539,0 1|0:21,222:243:99:0|1:499451_ATT_A:9885,0,2117 1|0:111,68:179:99:0|1:499451_ATT_A:2503,0,4375 1|1:1,160:161:99:1|1:499451_ATT_A:7518,439,0 0|1:96,47:143:99:0|1:499451_ATT_A:1792,0,4132 1|0:21,70:91:99:0|1:499451_ATT_A:3029,0,625 0|1:9,78:87:99:0|1:499451_ATT_A:3290,0,172 1|1:1,179:180:99:1|1:499451_ATT_A:8280,515,0 1|1:0,218:218:99:1|1:499451_ATT_A:10170,680,0 1|0:24,115:139:99:0|1:499451_ATT_A:4709,0,695 1|1:0,225:225:99:1|1:499451_ATT_A:10575,707,0 1|1:0,138:138:99:1|1:499451_ATT_A:6313,388,0 0|1:11,138:149:38:0|1:499451_ATT_A:5687,0,38 1|1:9,187:196:99:1|1:499451_ATT_A:8062,213,0 1|1:0,205:205:99:1|1:499451_ATT_A:9495,635,0 1|1:0,223:223:99:1|1:499451_ATT_A:10485,701,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485 0|0:200,0:200:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,135:135:99:1|1:499451_ATT_A:6409,430,0 0|1:126,45:171:99:0|1:499451_ATT_A:1445,0,5387 1|1:0,212:212:99:1|1:499451_ATT_A:9719,668,0 1|1:0,196:196:99:1|1:499428_C_T:8622,601,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485 1|0:9,97:106:49:0|1:499466_A_T:3675,0,49 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,80:80:99:.:.:2462,240,0 1|1:0,217:217:99:1|1:499451_ATT_A:10068,674,0 0|1:59,14:73:99:.:.:216,0,1984 1|0:71,81:152:99:0|1:499451_ATT_A:3179,0,2974 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485 0|1:36,27:63:99:0|1:499451_ATT_A:1013,0,1598 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485 1|0:13,136:149:99:0|1:499451_ATT_A:6085,0,1282 1|1:2,87:89:99:.:.:2572,205,0 0|1:102,23:125:99:0|1:499466_A_T:580,0,4149 1|0:13,87:100:99:0|1:499466_A_T:3356,0,252 1|0:26,145:171:99:0|1:499466_A_T:5706,0,749 0|1:115,64:179:99:.:.:2104,0,3138 1|0:49,139:188:99:0|1:499451_ATT_A:5855,0,1521 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,6:6:21:1|1:499451_ATT_A:315,21,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,124:127:99:.:.:3745,289,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:1|1:499451_ATT_A:4072,283,0 1|1:1,99:100:99:1|1:499451_ATT_A:4260,256,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|1:65,110:175:99:0|1:499451_ATT_A:4372,0,2419 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|0:71,98:169:99:.:.:3459,0,1720 1|1:0,120:120:99:.:.:3706,361,0 1|0:65,22:87:99:.:.:408,0,1708 1|0:55,10:65:99:.:.:113,0,1510 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|1:21,110:131:99:.:.:3014,0,493 0|1:161,17:178:73:.:.:73,0,4946 1|0:26,63:89:99:0|1:499466_A_T:2313,0,907 1|1:5,120:125:99:1|1:499451_ATT_A:4941,151,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,106:106:99:1|1:499451_ATT_A:4752,325,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,128:129:99:.:.:3923,357,0 0|0:196,0:196:99:.:.:0,102,1530 1|1:1,104:105:99:1|1:499451_ATT_A:4449,198,0 0|1:80,21:101:99:0|1:499451_ATT_A:658,0,3287 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,102:110:99:0|1:499451_ATT_A:4385,0,129 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530 0|1:182,50:232:99:0|1:499451_ATT_A:1580,0,7274 1|1:0,103:103:99:1|1:499451_ATT_A:4950,331,0 1|1:7,131:138:99:.:.:5367,211,0 1|1:0,120:120:99:1|1:499451_ATT_A:5535,370,0 0|1:64,69:133:99:.:.:2337,0,2270 0|1:72,15:87:99:0|1:499466_A_T:346,0,2779 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|1:57,21:78:99:.:.:406,0,1482 0|1:90,23:113:99:0|1:499451_ATT_A:722,0,4823 1|0:33,54:87:99:0|1:499451_ATT_A:2252,0,1414 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,96:96:99:1|1:499451_ATT_A:4635,310,0 1|1:1,173:174:99:1|1:499451_ATT_A:7608,418,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:.:.:2857,277,0 0|1:54,11:65:99:0|1:499451_ATT_A:252,0,2438 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1665 1|1:2,97:99:99:1|1:499451_ATT_A:4500,223,0 0|1:46,35:81:99:0|1:499451_ATT_A:1325,0,1850 1|1:0,49:49:99:1|1:499451_ATT_A:2295,154,0 1|0:44,18:62:99:.:.:387,0,1139 0|1:48,69:117:99:0|1:499451_ATT_A:2808,0,1798 1|0:42,13:55:99:0|1:499451_ATT_A:494,0,5958 1|1:0,86:86:99:1|1:499451_ATT_A:4095,274,0 0|1:52,20:72:99:.:.:547,0,1831 1|1:0,89:89:99:1|1:499451_ATT_A:3892,271,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|0:58,48:106:99:.:.:1745,0,1396 0|0:193,0:193:99:.:.:0,110,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,117,1755 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,938 0|0:94,6:100:99:.:.:0,106,2644 1|1:0,90:90:99:1|1:499451_ATT_A:4215,283,0 1|1:0,84:84:99:1|1:499451_ATT_A:3581,256,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|1:7,3:10:65:.:.:65,0,191 0|1:120,46:166:99:0|1:499451_ATT_A:1700,0,5826 0|1:55,30:85:99:0|1:499451_ATT_A:1217,0,2252 0|1:69,69:138:99:0|1:499451_ATT_A:2632,0,3192 0|1:52,72:124:99:0|1:499451_ATT_A:2879,0,1931 1|1:0,130:130:99:1|1:499451_ATT_A:6030,403,0 0|1:55,68:123:99:0|1:499451_ATT_A:2891,0,2129 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530 0|1:45,8:53:93:.:.:93,0,1199 1|1:0,42:42:99:.:.:1303,126,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800 1|0:33,86:119:99:0|1:499451_ATT_A:3590,0,1205 1|1:0,198:198:99:.:.:8832,617,0 0|1:17,5:22:99:0|1:499451_ATT_A:156,0,690 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1257 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 1|0:78,26:104:99:0|1:499466_A_T:722,0,3149 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|0:11,81:92:52:.:.:2839,0,52 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575 0|1:7,8:15:99:0|1:499451_ATT_A:354,0,336 1|0:49,33:82:99:0|1:499451_ATT_A:1116,0,1709 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,30:30:93:.:.:1246,93,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,153:153:99:1|1:499451_ATT_A:7155,479,0 1|1:0,224:224:99:1|1:499451_ATT_A:10575,707,0 1|1:1,247:248:99:1|1:499451_ATT_A:11555,735,0 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 1|0:16,215:231:99:0|1:499451_ATT_A:8824,0,100 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1710 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485 1|0:34,223:257:99:0|1:499451_ATT_A:9330,0,774 1|1:0,209:209:99:1|1:499451_ATT_A:9810,656,0 0|0:201,0:201:99:.:.:0,104,1800 1|1:0,53:53:99:1|1:499451_ATT_A:2344,160,0 1|1:0,272:272:99:1|1:499451_ATT_A:12690,849,0 1|1:0,238:238:99:1|1:499451_ATT_A:11160,747,0 1|1:0,224:224:99:1|1:499451_ATT_A:10440,698,0 1|1:0,265:265:99:1|1:499451_ATT_A:11794,809,0 1|1:0,254:254:99:1|1:499451_ATT_A:11291,771,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,228:228:99:1|1:499451_ATT_A:10755,719,0 1|1:10,167:177:99:.:.:5516,192,0 0|0:204,0:204:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,143:143:99:1|1:499451_ATT_A:6705,449,0 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,296:297:99:1|1:499451_ATT_A:13770,882,0 1|0:150,53:203:99:0|1:499466_A_T:1703,0,6195 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530 0|0:189,0:189:99:.:.:0,112,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1393 1|0:48,71:119:99:0|1:499451_ATT_A:2800,0,1786 1|1:0,191:191:99:1|1:499451_ATT_A:8910,596,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1755 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575 0|0:247,0:247:99:.:.:0,105,1800 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,192:192:99:1|1:499451_ATT_A:9090,608,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,111,1665 0|0:195,0:195:99:.:.:0,117,1755 0|0:656,0:656:99:.:.:0,120,1800 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,104:104:99:1|1:499428_C_T:4622,316,0 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|0:13,99:112:99:0|1:499451_ATT_A:4019,0,1105 1|1:0,198:198:99:.:.:6789,595,0 1|1:0,262:262:99:1|1:499451_ATT_A:11746,804,0 1|1:5,528:533:99:.:.:17889,1529,0 1|1:0,171:171:99:.:.:5878,514,0 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,252:252:99:.:.:8703,758,0 0|0:611,0:611:99:.:.:0,120,1800 1|0:133,143:276:99:0|1:499451_ATT_A:5560,0,5138 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,139:139:99:1|1:499451_ATT_A:6158,424,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,523:525:99:1|1:499451_ATT_A:23930,1514,0 1|0:16,101:117:99:0|1:499451_ATT_A:4277,0,362 0|0:221,0:221:99:.:.:0,99,1485 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 1|0:95,186:281:99:0|1:499451_ATT_A:7899,0,3361 1|1:2,221:223:99:.:.:7757,626,0 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 0|1:27,213:240:99:0|1:499451_ATT_A:8916,0,453 1|1:0,205:205:99:1|1:499451_ATT_A:9178,629,0 1|1:6,348:354:99:1|1:499466_A_T:15086,940,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530 0|0:474,0:474:99:.:.:0,120,1800 0|1:36,23:59:99:0|1:499451_ATT_A:899,0,1393 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800 1|0:254,94:348:99:0|1:499451_ATT_A:3129,0,10245 0|0:212,0:212:99:.:.:0,108,1620 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|1:111,273:384:99:0|1:499451_ATT_A:11618,0,4013 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800 0|0:239,0:239:99:.:.:0,105,1575 1|0:104,110:214:99:0|1:499451_ATT_A:4297,0,5214 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 1|1:11,239:250:99:.:.:7990,402,0 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|0:31,61:92:99:0|1:499451_ATT_A:1817,0,2743 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800 0|0:508,0:508:99:.:.:0,120,1800 1|0:190,22:212:99:.:.:186,0,5925 1|0:237,309:546:99:.:.:8900,0,6465 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:209,0:209:99:.:.:0,108,1620 0|0:186,0:186:99:.:.:0,99,1485 1|0:141,176:317:99:.:.:6288,0,3895 0|1:64,124:188:99:0|1:499451_ATT_A:4941,0,2146 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1484 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 0|0:581,0:581:99:.:.:0,120,1800 0|0:207,0:207:99:.:.:0,114,1710 1|0:121,115:236:99:0|1:499451_ATT_A:4537,0,4625 0|1:43,449:492:99:.:.:19142,0,386 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 0|0:495,0:495:99:.:.:0,120,1800 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,537:538:99:1|1:499451_ATT_A:25335,1656,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,422:429:99:1|1:499451_ATT_A:19585,1046,0 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,146:146:99:.:.:5943,448,0 0|1:59,145:204:99:0|1:499466_A_T:5587,0,2071 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530 1|0:57,167:224:99:0|1:499451_ATT_A:7216,0,2498 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|1:36,151:187:99:.:.:4614,0,657 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1321 1|1:0,223:223:99:1|1:499451_ATT_A:10485,701,0 1|1:0,166:166:99:1|1:499451_ATT_A:7875,527,0 1|1:0,211:211:99:1|1:499451_ATT_A:9900,662,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1710 1|1:11,247:258:99:1|1:499451_ATT_A:11025,309,0 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,306:306:99:1|1:499451_ATT_A:14445,966,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:61,68:129:99:.:.:2023,0,1765 1|1:0,107:107:99:1|1:499451_ATT_A:4995,334,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1340 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810 0|0:205,0:205:99:.:.:0,102,1530 1|0:96,225:321:99:0|1:499466_A_T:8899,0,3106 0|1:65,233:298:99:0|1:499466_A_T:9071,0,1882 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215 0|0:202,0:202:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,301:302:99:1|1:499451_ATT_A:13995,897,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755 1|0:98,202:300:99:0|1:499466_A_T:7953,0,3341 1|1:7,213:220:99:1|1:499466_A_T:8859,389,0 1|0:203,26:229:99:0|1:499451_ATT_A:502,0,8737 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 0|1:214,18:232:99:0|1:499451_ATT_A:123,0,8781 1|1:0,193:193:99:1|1:499451_ATT_A:9180,614,0 1|0:293,221:514:99:0|1:499451_ATT_A:8940,0,12225 1|0:41,24:65:99:0|1:499451_ATT_A:799,0,1669 0|1:205,153:358:99:0|1:499451_ATT_A:5779,0,7986 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800 1|0:96,161:257:99:0|1:499451_ATT_A:6264,0,3631 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1296 1|1:0,26:26:78:1|1:499451_ATT_A:1170,78,0 1|1:8,323:331:99:1|1:499451_ATT_A:14670,669,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665 Pf3D7_01_v3 499500 . G A 1.27655e+07 PASS FS=0;MQ=53.19;QD=33.9;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1364;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.747;VQSLOD=7.52;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.77;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=19.05;GQ_MEAN=283.39;GQ_STDDEV=431.48;HRun=4;InbreedingCoeff=0.7514;MQRankSum=-3.12;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.247;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14466187;AF=0.442;AS_InbreedingCoeff=0.3753;MLEAC=2321;MLEAF=0.444;AN=856;AC=268 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:46,25:71:99:0|1:499451_ATT_A:1006,0,1816 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1710 0|0:87,0:87:99:.:.:0,115,1800 1|0:28,38:66:99:0|1:499491_G_A:1494,0,985 0|0:52,0:52:42:.:.:0,42,1252 1|1:0,49:49:99:1|1:499491_G_A:2124,147,0 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395 1|1:0,60:60:99:1|1:499491_G_A:2619,190,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1424 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1850 0|1:22,13:35:99:0|1:499451_ATT_A:416,0,893 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575 0|1:14,31:45:99:0|1:499451_ATT_A:1226,0,458 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,969 0|0:26,0:26:46:.:.:0,46,677 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,531 0|1:11,1:12:9:0|1:499451_ATT_A:9,0,1174 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540 0|0:32,0:32:80:.:.:0,80,899 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1138 0|1:44,18:62:99:0|1:499451_ATT_A:552,0,1867 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,108,1620 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1663 1|1:0,33:33:99:1|1:499451_ATT_A:1426,102,0 1|1:0,84:84:99:1|1:499451_ATT_A:3576,256,0 0|0:23,0:23:7:.:.:0,7,527 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,48:48:99:1|1:499451_ATT_A:2022,144,0 1|1:0,51:51:99:1|1:499451_ATT_A:2147,159,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485 1|0:79,17:96:99:0|1:499491_G_A:399,0,3108 1|0:21,36:57:99:0|1:499491_G_A:1272,0,683 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,41:41:99:1|1:499451_ATT_A:1789,129,0 0|1:49,66:115:99:0|1:499451_ATT_A:2531,0,1702 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,47:47:99:1|1:499491_G_A:2065,144,0 0|1:45,26:71:99:.:.:852,0,1573 0|1:59,18:77:99:0|1:499451_ATT_A:549,0,2841 0|1:10,91:101:99:0|1:499491_G_A:3626,0,125 0|1:73,45:118:99:0|1:499451_ATT_A:1554,0,3838 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,229:229:99:1|1:499451_ATT_A:9983,707,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,108,1620 1|0:17,91:108:99:0|1:499451_ATT_A:3686,0,397 1|0:70,27:97:99:0|1:499491_G_A:883,0,3189 1|1:0,52:52:99:1|1:499451_ATT_A:2285,159,0 0|1:23,87:110:99:0|1:499451_ATT_A:3381,0,696 0|1:30,35:65:99:0|1:499491_G_A:1282,0,1063 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1120 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665 0|1:187,38:225:99:0|1:499491_G_A:898,0,7469 1|1:0,105:105:99:1|1:499451_ATT_A:4729,325,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1602 1|0:101,14:115:99:0|1:499482_G_C:222,0,4068 1|1:0,80:80:99:1|1:499451_ATT_A:3404,244,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,353:354:99:1|1:499451_ATT_A:15429,1044,0 1|1:0,57:57:99:1|1:499451_ATT_A:2430,175,0 1|0:59,41:100:99:0|1:499491_G_A:1471,0,2230 1|0:81,60:141:99:.:.:1365,0,1766 1|1:0,106:106:99:1|1:499451_ATT_A:4565,319,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1370 1|0:51,32:83:99:0|1:499451_ATT_A:1155,0,1837 1|1:0,46:46:99:1|1:499451_ATT_A:1955,138,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1143 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1755 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,80:80:99:1|1:499451_ATT_A:3459,244,0 0|1:147,12:159:72:0|1:499491_G_A:72,0,5810 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485 0|1:27,29:56:99:0|1:499491_G_A:1093,0,1021 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1510 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:50,28:78:99:0|1:499451_ATT_A:993,0,2438 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,118:118:99:1|1:499451_ATT_A:5135,364,0 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 1|0:74,11:85:99:0|1:499491_G_A:246,0,3134 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,139:139:99:1|1:499451_ATT_A:6027,430,0 0|1:32,45:77:99:0|1:499482_G_C:1563,0,1104 0|1:139,25:164:99:0|1:499451_ATT_A:618,0,6758 1|1:1,126:127:99:1|1:499491_G_A:5487,349,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|1:58,73:131:99:0|1:499491_G_A:2734,0,1960 0|1:64,15:79:99:0|1:499491_G_A:389,0,2807 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530 0|1:133,49:182:99:0|1:499451_ATT_A:1575,0,7217 1|1:5,148:153:99:1|1:499491_G_A:6187,265,0 0|0:211,0:211:99:.:.:0,108,1620 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,141:141:99:1|1:499451_ATT_A:5918,424,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485 1|0:37,90:127:99:0|1:499491_G_A:3599,0,1187 1|0:88,45:133:99:0|1:499491_G_A:1578,0,3304 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,147:150:99:1|1:499491_G_A:6187,322,0 0|0:184,0:184:99:.:.:0,99,1485 1|1:9,176:185:99:.:.:7389,201,0 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620 0|1:49,128:177:99:.:.:4913,0,803 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|0:207,0:207:99:.:.:0,105,1575 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1530 0|0:179,0:179:99:.:.:0,108,1620 0|1:59,88:147:99:.:.:3449,0,1737 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1710 0|1:21,154:175:99:0|1:499451_ATT_A:6104,0,336 1|0:164,50:214:99:0|1:499491_G_A:1509,0,6329 1|0:108,14:122:99:0|1:499428_C_T:230,0,4207 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,16:16:54:1|1:499466_A_T:808,54,0 1|1:0,170:170:99:1|1:499451_ATT_A:7341,515,0 1|0:21,217:238:99:0|1:499451_ATT_A:9000,0,1359 1|0:138,51:189:99:0|1:499491_G_A:1563,0,5252 1|1:1,190:191:99:1|1:499451_ATT_A:8222,517,0 0|1:104,58:162:99:0|1:499451_ATT_A:2029,0,3876 1|0:21,58:79:99:.:.:2002,0,491 0|1:79,10:89:10:.:.:10,0,2058 1|1:0,194:194:99:1|1:499451_ATT_A:8640,569,0 1|1:0,228:228:99:1|1:499451_ATT_A:10111,707,0 1|0:143,20:163:99:0|1:499491_G_A:375,0,5638 1|1:0,234:234:99:1|1:499451_ATT_A:10200,722,0 0|1:38,108:146:99:0|1:499491_G_A:4186,0,1235 0|1:112,41:153:99:0|1:499491_G_A:1348,0,4270 0|1:153,66:219:99:0|1:499491_G_A:2166,0,6116 1|1:0,209:209:99:1|1:499451_ATT_A:8984,635,0 1|1:0,222:222:99:1|1:499451_ATT_A:9592,674,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485 0|0:200,0:200:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,125:125:99:1|1:499451_ATT_A:5554,385,0 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 0|1:129,77:206:99:0|1:499491_G_A:2657,0,4945 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485 1|0:11,93:104:99:0|1:499466_A_T:3608,0,179 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,224:224:99:1|1:499451_ATT_A:10063,710,0 0|1:50,18:68:99:0|1:499491_G_A:566,0,1942 0|0:144,0:144:99:.:.:0,111,1665 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485 0|1:32,30:62:99:0|1:499451_ATT_A:1119,0,1224 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485 1|0:8,148:156:99:0|1:499451_ATT_A:5917,0,433 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620 0|1:102,25:127:99:0|1:499466_A_T:687,0,3963 1|0:49,48:97:99:.:.:1106,0,1200 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 0|1:126,64:190:99:.:.:2096,0,4603 1|0:64,138:202:99:0|1:499491_G_A:5407,0,2095 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,7:7:21:1|1:499451_ATT_A:315,21,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|1:103,78:181:99:0|1:499491_G_A:2804,0,3822 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|0:95,91:186:99:0|1:499491_G_A:3462,0,3503 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|0:38,26:64:99:0|1:499491_G_A:971,0,1436 0|1:31,106:137:99:.:.:2657,0,845 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 1|0:24,79:103:99:.:.:3074,0,715 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620 1|1:1,238:239:99:.:.:6881,707,0 0|1:62,26:88:99:.:.:513,0,1446 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575 0|0:196,0:196:99:.:.:0,102,1530 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|1:11,90:101:99:0|1:499451_ATT_A:3647,0,266 1|1:1,73:74:99:.:.:2135,193,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,100:100:99:1|1:499451_ATT_A:4358,310,0 1|1:7,125:132:99:1|1:499491_G_A:5179,115,0 1|1:0,107:107:99:1|1:499451_ATT_A:4579,328,0 0|1:99,41:140:99:.:.:767,0,3746 1|1:0,84:84:99:.:.:3441,256,0 0|0:71,2:73:99:.:.:0,129,2726 1|1:0,55:55:99:1|1:499482_G_C:2252,168,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1524 0|1:88,19:107:99:0|1:499451_ATT_A:617,0,4588 1|0:29,51:80:99:0|1:499451_ATT_A:1896,0,1269 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485 1|1:6,95:101:99:.:.:2614,142,0 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1530 0|1:111,86:197:99:0|1:499491_G_A:3035,0,4182 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575 0|1:46,28:74:99:0|1:499491_G_A:922,0,1871 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1665 1|1:2,93:95:99:1|1:499451_ATT_A:3855,218,0 0|1:27,57:84:99:.:.:1433,0,836 1|1:0,47:47:99:1|1:499451_ATT_A:2006,141,0 0|0:61,2:63:99:.:.:0,126,1606 0|1:70,47:117:99:0|1:499491_G_A:1579,0,2781 1|0:58,16:74:99:0|1:499451_ATT_A:466,0,5393 1|1:0,81:81:99:1|1:499451_ATT_A:3634,256,0 0|1:72,15:87:99:0|1:499491_G_A:392,0,2818 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|0:60,50:110:99:.:.:1736,0,2141 0|0:193,0:193:99:.:.:0,110,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,117,1755 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,938 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|1:117,72:189:99:.:.:2512,0,4243 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|0:13,0:13:7:.:.:0,7,290 0|1:113,54:167:99:.:.:1764,0,2940 0|1:60,32:92:99:0|1:499451_ATT_A:1189,0,2278 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,120:120:99:1|1:499451_ATT_A:5372,379,0 0|1:110,18:128:96:.:.:96,0,3413 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,110:110:99:1|1:499451_ATT_A:4901,334,0 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,339 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1257 1|0:37,126:163:99:0|1:499491_G_A:4959,0,1086 1|0:89,22:111:99:0|1:499466_A_T:600,0,3536 1|1:4,69:73:60:1|1:499491_G_A:2848,60,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575 0|1:13,4:17:99:0|1:499491_G_A:129,0,619 1|0:42,43:85:99:0|1:499451_ATT_A:1486,0,1596 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1135 0|0:118,7:125:94:.:.:0,94,4908 0|0:25,0:25:61:.:.:0,61,674 0|0:192,0:192:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,152:152:99:1|1:499451_ATT_A:6733,464,0 1|1:0,256:256:99:1|1:499451_ATT_A:11255,780,0 1|1:0,258:258:99:1|1:499451_ATT_A:11537,795,0 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 1|0:219,26:245:99:0|1:499491_G_A:362,0,8920 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1710 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,199:199:99:1|1:499451_ATT_A:8857,608,0 0|0:201,0:201:99:.:.:0,104,1800 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,270:270:99:1|1:499451_ATT_A:11905,825,0 1|1:0,209:209:99:1|1:499451_ATT_A:9297,647,0 1|1:0,220:220:99:1|1:499451_ATT_A:9874,680,0 1|1:0,268:268:99:.:.:9603,806,0 0|0:226,0:226:99:.:.:0,117,1755 0|0:165,0:165:99:.:.:0,111,1665 1|1:3,223:226:99:1|1:499491_G_A:9847,560,0 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,144:144:99:1|1:499451_ATT_A:6324,439,0 1|0:180,21:201:99:0|1:499491_G_A:322,0,7402 1|1:2,291:293:99:1|1:499491_G_A:13054,828,0 1|0:162,59:221:99:0|1:499466_A_T:1941,0,6548 1|1:0,18:18:60:1|1:499482_G_C:878,60,0 1|1:0,27:27:87:1|1:499482_G_C:1281,87,0 0|0:189,0:189:99:.:.:0,112,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1393 1|0:32,82:114:99:0|1:499491_G_A:3289,0,1058 1|1:0,197:197:99:1|1:499451_ATT_A:8632,596,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1755 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575 0|0:247,0:247:99:.:.:0,105,1800 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,204:204:99:1|1:499451_ATT_A:9047,632,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,111,1665 0|0:195,0:195:99:.:.:0,117,1755 0|0:656,0:656:99:.:.:0,120,1800 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,817 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|0:206,0:206:99:.:.:0,108,1620 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575 0|0:225,0:225:99:.:.:0,117,1755 0|0:611,0:611:99:.:.:0,120,1800 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,450:452:99:1|1:499451_ATT_A:20363,1294,0 1|1:0,143:143:99:.:.:6258,436,0 0|0:221,0:221:99:.:.:0,99,1485 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 0|1:69,285:354:99:.:.:10935,0,1895 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,308:311:99:1|1:499466_A_T:13842,865,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530 0|0:474,0:474:99:.:.:0,120,1800 0|1:53,25:78:99:.:.:798,0,1910 1|0:302,39:341:99:.:.:360,0,8958 0|1:288,32:320:99:.:.:115,0,8338 0|0:212,0:212:99:.:.:0,108,1620 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|1:207,289:496:99:0|1:499451_ATT_A:11392,0,7259 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800 0|0:239,0:239:99:.:.:0,105,1575 0|0:175,0:175:99:.:.:0,108,1620 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800 0|0:508,0:508:99:.:.:0,120,1800 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:209,0:209:99:.:.:0,108,1620 0|0:186,0:186:99:.:.:0,99,1485 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800 0|1:193,19:212:99:0|1:499491_G_A:172,0,7689 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1484 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 0|0:581,0:581:99:.:.:0,120,1800 0|0:207,0:207:99:.:.:0,114,1710 1|0:249,28:277:99:0|1:499491_G_A:337,0,10025 0|1:55,417:472:99:0|1:499491_G_A:17159,0,1112 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 0|0:495,0:495:99:.:.:0,120,1800 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,532:534:99:1|1:499451_ATT_A:23436,1559,0 1|0:50,61:111:99:.:.:2416,0,1814 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800 0|0:354,0:354:99:.:.:0,108,1800 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,160:160:99:.:.:6149,484,0 0|1:104,156:260:99:0|1:499466_A_T:6113,0,3715 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530 1|0:45,177:222:99:0|1:499451_ATT_A:7116,0,2203 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 0|0:186,0:186:99:.:.:0,117,1755 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1321 1|1:0,227:227:99:1|1:499451_ATT_A:10044,692,0 1|1:0,203:203:99:1|1:499451_ATT_A:8992,628,0 1|1:4,218:222:99:1|1:499491_G_A:9431,521,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,244:244:99:1|1:499451_ATT_A:10885,707,0 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,310:310:99:1|1:499451_ATT_A:13469,942,0 1|1:0,60:60:99:1|1:499491_G_A:2644,187,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:1|1:499451_ATT_A:4114,283,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1340 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900 0|0:205,0:205:99:.:.:0,102,1530 1|0:99,241:340:99:0|1:499466_A_T:9597,0,3297 0|1:66,236:302:99:0|1:499466_A_T:9420,0,1971 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170 0|0:202,0:202:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,298:298:99:1|1:499451_ATT_A:13348,921,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755 1|0:97,201:298:99:0|1:499466_A_T:8325,0,3382 1|1:4,214:218:99:1|1:499466_A_T:9340,494,0 1|0:204,36:240:99:0|1:499451_ATT_A:782,0,8856 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,198:198:99:1|1:499451_ATT_A:8634,601,0 1|0:318,244:562:99:0|1:499451_ATT_A:8881,0,13238 1|1:0,61:61:99:1|1:499491_G_A:2601,187,0 1|1:0,364:364:99:1|1:499491_G_A:16014,1117,0 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800 1|0:211,63:274:99:0|1:499482_G_C:1720,0,8245 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,29:29:90:1|1:499451_ATT_A:1292,90,0 1|1:10,358:368:99:1|1:499451_ATT_A:15396,706,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665 Pf3D7_01_v3 499530 . C T 9.17085e+06 PASS FS=0;MQ=56.22;QD=27.2;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1374;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaC/aaT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.676;VQSLOD=7.92;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.06;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=28.57;GQ_MEAN=236.73;GQ_STDDEV=269.34;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7784;MQRankSum=-0.498;NCC=0;ReadPosRankSum=0.161;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14163190;AF=0.398;AS_InbreedingCoeff=0.7356;MLEAC=2047;MLEAF=0.397;AN=854;AC=343 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:55,35:90:99:.:.:873,0,1366 1|1:0,87:87:99:.:.:2820,262,0 1|0:54,39:93:99:.:.:961,0,1289 1|1:2,71:73:99:.:.:2253,165,0 0|0:59,0:59:15:.:.:0,15,1385 0|1:9,53:62:76:.:.:1534,0,76 1|1:0,48:48:99:.:.:1573,144,0 1|1:1,73:74:99:.:.:2319,213,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1785,162,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620 0|1:6,36:42:49:.:.:1044,0,49 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1330 0|1:22,20:42:99:.:.:528,0,474 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1002 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215 0|0:13,0:13:9:.:.:0,9,328 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,888 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1240 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1138 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,108,1620 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1663 1|1:1,42:43:99:.:.:1271,119,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2312,233,0 1|1:0,18:18:54:.:.:555,54,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1735,165,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1891,180,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485 1|0:95,15:110:99:.:.:156,0,2302 1|1:0,56:56:99:.:.:1785,168,0 0|1:84,220:304:99:.:.:5747,0,1275 1|1:0,48:48:99:.:.:1441,143,0 0|1:41,95:136:99:.:.:2560,0,746 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,26:38:99:.:.:662,0,217 0|1:42,27:69:99:.:.:614,0,886 0|1:51,13:64:99:.:.:207,0,1202 1|1:8,107:115:99:.:.:3064,125,0 0|1:75,41:116:99:.:.:860,0,1650 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,211:211:99:.:.:6325,632,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,108,1620 1|0:75,36:111:99:.:.:781,0,1684 1|0:58,33:91:99:.:.:739,0,1253 1|1:0,43:43:99:.:.:1319,129,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2719,272,0 0|1:64,12:76:99:.:.:121,0,1497 1|1:0,84:84:99:.:.:2561,251,0 0|1:14,24:38:99:.:.:644,0,253 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665 0|1:182,39:221:99:.:.:480,0,4388 1|1:0,86:86:99:.:.:2514,255,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1602 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575 0|0:71,3:74:99:.:.:0,130,1891 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530 0|1:60,34:94:99:.:.:689,0,1274 1|1:2,89:91:99:.:.:2692,216,0 1|1:0,338:338:99:.:.:10366,1013,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1605,162,0 1|0:52,51:103:99:.:.:1169,0,1093 1|0:63,72:135:99:.:.:1768,0,1262 1|1:0,95:95:99:.:.:2965,286,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1370 1|1:1,82:83:99:.:.:2383,236,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1261,136,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1143 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1755 0|1:53,65:118:99:.:.:1590,0,1836 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,70:70:99:.:.:2144,210,0 0|1:100,69:169:99:.:.:1616,0,2105 1|0:13,59:72:99:.:.:1554,0,140 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485 0|1:23,28:51:99:.:.:705,0,457 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1510 0|0:80,0:80:61:.:.:0,61,1793 0|1:49,24:73:99:.:.:506,0,1113 0|1:105,27:132:99:.:.:423,0,2346 0|0:65,0:65:94:.:.:0,94,1539 1|1:0,127:127:99:.:.:3881,380,0 1|0:101,45:146:99:.:.:855,0,2148 1|0:73,11:84:95:.:.:95,0,1755 1|1:5,151:156:99:.:.:4129,331,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,99,1485 0|0:89,7:96:65:.:.:0,65,2141 0|1:130,17:147:91:.:.:91,0,2999 1|1:0,135:135:99:.:.:3977,403,0 1|0:28,82:110:99:.:.:2069,0,355 0|1:63,55:118:99:.:.:1269,0,1282 0|1:43,34:77:99:.:.:770,0,961 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530 0|1:151,41:192:99:.:.:659,0,3339 1|1:9,150:159:99:.:.:4328,237,0 0|0:211,0:211:99:.:.:0,108,1620 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,113:113:99:.:.:3379,338,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485 1|0:27,88:115:99:.:.:2206,0,417 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,212:212:99:.:.:6346,632,0 1|0:63,70:133:99:.:.:1776,0,1270 0|0:184,0:184:99:.:.:0,99,1485 1|1:8,180:188:99:.:.:5289,336,0 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620 0|1:49,120:169:99:.:.:3050,0,749 1|1:0,190:190:99:.:.:5767,570,0 1|0:124,48:172:99:.:.:847,0,3431 0|0:207,0:207:99:.:.:0,105,1575 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575 1|1:2,204:206:99:.:.:6112,576,0 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1530 0|0:179,0:179:99:.:.:0,108,1620 0|1:87,49:136:99:.:.:1176,0,1867 1|0:110,75:185:99:.:.:1667,0,2372 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1710 1|1:17,161:178:82:.:.:4500,82,0 1|0:38,162:200:99:.:.:4283,0,390 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575 0|0:7,0:7:.:.:.:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4859,481,0 0|0:211,0:211:99:.:.:0,99,1485 1|0:136,37:173:99:.:.:583,0,3151 1|1:1,202:203:99:.:.:5765,575,0 0|1:96,69:165:99:.:.:1559,0,1981 1|0:23,42:65:99:.:.:1087,0,427 0|1:20,78:98:99:.:.:1931,0,215 1|1:1,184:185:99:.:.:5512,526,0 1|1:0,231:231:99:.:.:7008,691,0 1|1:8,140:148:99:.:.:3763,226,0 0|0:218,0:218:99:.:.:0,114,1710 1|1:3,144:147:99:.:.:4331,356,0 0|1:117,47:164:99:.:.:873,0,2574 0|1:141,66:207:99:.:.:1372,0,3063 1|1:0,197:197:99:.:.:5831,590,0 1|1:0,216:216:99:.:.:6516,648,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485 0|0:200,0:200:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,119:119:99:.:.:3498,355,0 1|1:5,170:175:99:.:.:4970,386,0 0|1:157,24:181:99:.:.:202,0,3620 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485 1|1:9,93:102:75:.:.:2629,75,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2506,238,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|1:31,35:66:99:.:.:859,0,639 0|0:144,0:144:99:.:.:0,111,1665 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485 0|1:34,24:58:99:.:.:538,0,699 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485 0|0:136,0:136:99:.:.:0,114,1710 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620 0|1:90,29:119:99:.:.:542,0,2036 1|0:49,45:94:99:.:.:1139,0,1028 1|0:29,176:205:99:.:.:4645,0,216 0|1:83,97:180:99:.:.:2388,0,1618 1|1:9,177:186:99:.:.:5059,330,0 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,8:8:24:.:.:253,24,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4094,402,0 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755 0|1:48,58:106:99:.:.:1420,0,950 1|0:61,75:136:99:.:.:1836,0,1245 0|1:134,29:163:99:.:.:425,0,3072 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|0:122,62:184:99:.:.:1284,0,2677 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:41,2:43:65:.:.:0,65,995 0|1:89,45:134:99:.:.:962,0,1999 1|0:117,39:156:99:.:.:753,0,2682 1|0:20,85:105:99:.:.:2199,0,246 1|1:5,137:142:99:.:.:4002,305,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620 0|0:211,0:211:99:.:.:0,111,1665 0|1:56,6:62:54:0|1:499530_C_T:54,0,2319 1|1:0,137:137:99:.:.:4034,408,0 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575 0|0:196,0:196:99:.:.:0,102,1530 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530 0|1:21,88:109:99:.:.:2355,0,230 1|1:0,218:218:99:.:.:6348,650,0 0|1:13,95:108:39:.:.:2517,0,39 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530 0|1:37,181:218:99:.:.:4570,0,330 1|1:1,93:94:99:.:.:2720,255,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,106:106:99:.:.:3184,318,0 0|1:69,65:134:99:.:.:1565,0,1407 1|1:0,81:81:99:.:.:2312,241,0 1|0:9,54:63:48:.:.:1464,0,48 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1524 0|1:91,21:112:99:.:.:300,0,2059 1|0:30,44:74:99:.:.:1074,0,568 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,91:91:99:.:.:2701,272,0 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,176:176:99:.:.:5273,527,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575 0|1:52,21:73:99:.:.:425,0,1147 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,104:104:99:.:.:3066,310,0 0|1:18,68:86:99:.:.:1810,0,212 1|1:0,43:43:99:.:.:1339,129,0 0|0:69,0:69:44:.:.:0,44,1566 1|1:12,96:108:13:.:.:2682,13,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,64:64:99:.:.:1973,192,0 0|1:64,32:96:99:.:.:650,0,1322 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,88:88:99:.:.:2710,264,0 1|0:59,39:98:99:.:.:822,0,1273 1|1:0,235:235:99:.:.:6968,700,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,117,1755 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,938 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|1:110,57:167:99:.:.:1226,0,2414 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|1:9,4:13:88:.:.:88,0,205 0|1:108,55:163:99:.:.:1133,0,2344 1|1:0,92:92:99:.:.:3311,284,0 0|1:83,63:146:99:.:.:1544,0,1813 0|1:82,28:110:99:.:.:546,0,1903 1|1:0,122:122:99:.:.:3679,364,0 0|1:51,73:124:99:.:.:1826,0,953 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1243 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530 1|1:15,187:202:99:.:.:5299,254,0 1|1:0,7:7:21:1|1:499530_C_T:315,21,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1210,127,0 1|0:19,133:152:55:.:.:3474,0,55 1|0:15,88:103:99:.:.:2360,0,100 1|1:4,76:80:99:.:.:2215,124,0 1|0:77,14:91:99:.:.:154,0,1773 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575 0|1:14,2:16:15:.:.:15,0,339 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1202 1|1:4,135:139:99:.:.:3874,298,0 1|0:5,21:26:44:.:.:570,0,44 0|0:192,0:192:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,125:125:99:.:.:4423,375,0 1|1:3,225:228:99:.:.:7861,574,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8365,708,0 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1710 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485 1|1:14,203:217:99:.:.:6745,227,0 1|1:0,210:210:99:.:.:7377,630,0 1|1:0,227:227:99:.:.:8054,681,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,250:250:99:.:.:8717,747,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7322,624,0 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,250:250:99:.:.:8922,750,0 0|0:226,0:226:99:.:.:0,117,1755 0|0:165,0:165:99:.:.:0,111,1665 1|1:2,205:207:99:.:.:7201,551,0 0|0:179,0:179:76:.:.:0,76,4987 0|0:204,0:204:99:.:.:0,105,1575 1|1:1,158:159:99:.:.:5291,439,0 0|1:188,20:208:69:.:.:69,0,5468 1|1:1,282:283:99:.:.:9955,816,0 1|0:163,61:224:99:.:.:1485,0,4933 1|1:0,21:21:66:1|1:499530_C_T:990,66,0 1|1:0,27:27:81:1|1:499530_C_T:1202,81,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6952,599,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1393 1|0:39,70:109:99:.:.:2182,0,976 1|1:0,171:171:99:.:.:6045,513,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1755 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,260:260:99:.:.:9265,781,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,214:214:99:.:.:7718,643,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,111,1665 0|0:195,0:195:99:.:.:0,117,1755 0|0:656,0:656:99:.:.:0,120,1800 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,21:21:63:1|1:499530_C_T:934,63,0 1|1:5,101:106:99:.:.:3215,177,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|0:206,0:206:99:.:.:0,108,1620 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575 0|0:225,0:225:99:.:.:0,117,1755 1|1:1,483:484:99:.:.:17034,1415,0 0|1:135,127:262:99:.:.:3517,0,3670 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,86:86:99:.:.:2856,257,0 1|1:2,422:430:99:.:.:14950,1250,0 1|1:0,156:156:99:.:.:5188,468,0 0|0:221,0:221:99:.:.:0,99,1485 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,202:202:99:.:.:6745,603,0 1|1:3,226:229:99:.:.:7536,586,0 0|1:39,350:389:96:.:.:10869,0,96 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,284:289:99:.:.:9886,791,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530 1|0:225,180:405:99:.:.:5059,0,5811 0|1:49,28:77:99:.:.:653,0,1331 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 0|0:212,0:212:99:.:.:0,108,1620 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|1:237,281:518:99:.:.:7997,0,6093 0|1:230,39:269:99:.:.:523,0,6455 0|0:239,0:239:99:.:.:0,105,1575 0|0:175,0:175:99:.:.:0,108,1620 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,232:234:99:.:.:7975,634,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800 0|0:508,0:508:99:.:.:0,120,1800 0|1:153,26:179:99:.:.:350,0,4404 0|1:251,194:445:99:0|1:499530_C_T:5366,0,6316 1|0:40,209:249:99:.:.:6289,0,602 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:209,0:209:99:.:.:0,108,1620 0|0:186,0:186:99:.:.:0,99,1485 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800 0|1:190,26:216:99:.:.:292,0,5311 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:35:.:.:0,35,1549 1|0:58,234:292:99:.:.:7147,0,957 0|0:581,0:581:99:.:.:0,120,1800 0|0:207,0:207:99:.:.:0,114,1710 1|0:227,44:271:99:.:.:716,0,6355 0|1:49,357:412:99:.:.:11334,0,223 0|0:102,8:110:41:.:.:0,41,2948 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 0|0:495,0:495:99:.:.:0,120,1800 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,533:534:99:.:.:18534,1571,0 1|0:48,59:107:99:.:.:1728,0,1230 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800 0|0:354,0:354:99:.:.:0,108,1800 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,152:152:99:.:.:5207,456,0 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530 1|0:47,147:194:99:.:.:4571,0,964 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 0|0:186,0:186:99:.:.:0,117,1755 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,76:76:99:.:.:2612,229,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1321 1|1:0,217:217:99:.:.:7327,648,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7198,648,0 1|1:2,204:206:99:.:.:6944,548,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,234:234:99:.:.:7915,700,0 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,323:323:99:.:.:10923,966,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1909,168,0 0|1:52,76:128:99:.:.:2252,0,1334 1|1:0,80:80:99:.:.:2803,240,0 1|0:9,54:63:99:.:.:1687,0,117 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,717 0|0:205,0:205:99:.:.:0,102,1530 1|0:89,238:327:99:.:.:7160,0,1855 0|1:67,237:304:99:.:.:6960,0,1207 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945 0|0:202,0:202:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,277:277:99:.:.:9699,831,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755 1|0:92,182:274:99:.:.:5496,0,2172 1|1:3,192:195:99:.:.:6556,488,0 1|0:193,33:226:99:.:.:455,0,5536 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,254:254:99:.:.:8583,758,0 1|1:0,179:179:99:.:.:6241,536,0 1|0:262,214:476:99:.:.:6208,0,7281 1|0:52,15:67:99:.:.:267,0,1417 0|1:180,152:332:99:.:.:4138,0,4870 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800 1|0:236,57:293:99:.:.:1057,0,6458 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,40:40:99:.:.:1444,120,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1032,93,0 1|1:13,377:390:99:.:.:12630,755,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665 Pf3D7_01_v3 499534 . C A 1.6977e+06 PASS FS=1.298;MQ=47.06;QD=31.6;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H1376N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.611;VQSLOD=4.41;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0.0009;NCC=0;BaseQRankSum=7.53;ClippingRankSum=0.118;MQRankSum=-8.406;ReadPosRankSum=0.943;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13607905;AF=0.147;MLEAC=744;MLEAF=0.144;AN=854;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1255:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,332:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1240:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1663:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1175:. 0|0:72,3:75:91:0|1:499534_C_A:0,91,3039:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,585:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1248:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,3:58:19:0|1:499534_C_A:0,19,2271:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1220:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,946:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:76:.:.:0,76,2277:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1685:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:86:.:.:0,86,1024:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1602:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1362:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1448:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1510:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:49:.:.:0,49,1420:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,4:62:39:0|1:499534_C_A:0,39,2452:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,197:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1071:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:55,4:59:76:0|1:499530_C_T:76,0,2337:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1524:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1583:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:63,34:97:99:0|1:499534_C_A:1217,0,2385:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,196:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1070:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,410:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1202:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:61:.:.:0,61,644:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,24:24:78:1|1:499530_C_T:1170,78,0:. 1|1:0,28:28:96:1|1:499530_C_T:1440,96,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1393:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:656,0:656:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,21:21:66:1|1:499530_C_T:990,66,0:. 0|0:125,0:125:.:.:.:.:120 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:509,0:509:.:.:.:.:120 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:544,0:544:.:.:.:.:120 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:.:.:.:.:120 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:497,0:497:.:.:.:.:120 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:.:.:.:.:120 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:443,0:443:.:.:.:.:120 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:175,0:175:.:.:.:.:108 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:99 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:508,0:508:.:.:.:.:120 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:.:.:.:.:120 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:.:.:.:.:120 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:186,0:186:.:.:.:.:99 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:99 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:581,0:581:.:.:.:.:120 0|0:207,0:207:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:212,0:212:.:.:.:.:120 0|0:461,0:461:.:.:.:.:120 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:.:.:.:.:120 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:495,0:495:.:.:.:.:120 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:.:.:.:.:108 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:.:.:.:.:120 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1321:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,717:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665:. Pf3D7_01_v3 499556 . A G 1.25575e+06 PASS FS=0.569;MQ=54.65;QD=31.57;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y1383C;SNPEFF_CODON_CHANGE=tAc/tGc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.637;VQSLOD=4.97;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=-0.0005;NCC=0;BaseQRankSum=-13.52;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=385;GQ_STDDEV=1321.46;HRun=0;MQRankSum=-7.203;ReadPosRankSum=0.075;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=13616900;AF=0.039;AS_InbreedingCoeff=-0.0248;MLEAC=191;MLEAF=0.038;AN=854;AC=50 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1330:. 0|1:20,21:41:99:0|1:499556_A_G:822,0,701:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:32,0:32:83:.:.:0,83,872:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,313:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,109,1000:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1240:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1663:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1175:. 0|0:80,0:80:61:.:.:0,61,1929:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,691:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1248:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1220:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,946:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1685:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:80:.:.:0,80,936:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1602:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:25,47:72:99:0|1:499556_A_G:1862,0,978:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,64:66:99:1|1:499556_A_G:2950,124,0:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1362:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:28,33:61:99:0|1:499556_A_G:1297,0,1077:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1510:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:65,51:116:99:0|1:499556_A_G:1950,0,2542:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:131,14:145:99:0|1:499556_A_G:149,0,5340:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1449:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,50:50:99:1|1:499556_A_G:2181,150,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:24,34:58:99:0|1:499556_A_G:1339,0,905:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,192:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,89:91:99:1|1:499556_A_G:3935,151,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,886:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:16,102:118:99:0|1:499556_A_G:4277,0,349:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,7:132:81:0|1:499556_A_G:0,81,5001:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1524:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,2:70:99:0|1:499556_A_G:0,124,2994:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1583:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,28:28:84:1|1:499556_A_G:1260,84,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:499556_A_G:2898,196,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:6,6:12:99:0|1:499556_A_G:234,0,234:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:92:.:.:0,92,1704:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,6:6:18:1|1:499530_C_T:270,18,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1034:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:61,45:106:99:0|1:499556_A_G:1604,0,2248:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1228:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:12,221:233:99:1|1:499556_A_G:9479,151,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:132,60:192:99:0|1:499556_A_G:2155,0,5366:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,34:34:99:1|1:499530_C_T:1530,102,0:. 1|1:0,47:47:99:1|1:499530_C_T:2181,147,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:1|1:499556_A_G:5196,349,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:656,0:656:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,952:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:544,0:544:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:497,0:497:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:203,30:233:99:0|1:499556_A_G:669,0,8092:. 1|0:21,196:217:99:0|1:499556_A_G:8170,0,307:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:15,195:210:44:0|1:499556_A_G:8202,0,44:. 0|1:88,127:215:99:0|1:499556_A_G:5212,0,3288:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,228:229:99:1|1:499556_A_G:10269,653,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:44,211:255:99:0|1:499556_A_G:8796,0,1179:. 0|0:508,0:508:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:144,14:158:99:0|1:499556_A_G:132,0,6063:. 1|0:171,226:397:99:0|1:499556_A_G:8838,0,6446:. 0|1:203,28:231:99:0|1:499556_A_G:583,0,8430:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:270,33:303:99:0|1:499556_A_G:526,0,11257:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,56:203:99:0|1:499556_A_G:1935,0,5989:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:581,0:581:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:461,0:461:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,14:90:99:0|1:499556_A_G:348,0,3254:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,134:161:99:0|1:499556_A_G:5629,0,714:. 0|0:495,0:495:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,40:108:99:.:.:1465,0,2718:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:499556_A_G:10003,676,0:. 1|1:0,228:228:99:1|1:499556_A_G:10344,695,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1321:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,44:110:99:0|1:499556_A_G:1646,0,2635:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:43:.:.:0,43,764:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:65:.:.:0,65,871:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:29,0:29:18:.:.:0,18,781:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665:. Pf3D7_01_v3 499557 . C T 1.25975e+06 PASS FS=0.576;MQ=54.44;QD=31.87;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y1383;SNPEFF_CODON_CHANGE=taC/taT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.643;VQSLOD=5.02;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0.0005;NCC=0;BaseQRankSum=7.56;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=384.74;GQ_STDDEV=1320.21;HRun=1;MQRankSum=-7.252;ReadPosRankSum=-0.005;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13610739;AF=0.039;AS_InbreedingCoeff=-0.0248;MLEAC=191;MLEAF=0.038;AN=854;AC=50 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1330:. 0|1:20,21:41:99:0|1:499556_A_G:822,0,701:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:32,0:32:83:.:.:0,83,872:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,109,1000:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1240:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1663:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1175:. 0|0:82,0:82:36:.:.:0,36,1718:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,561:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1248:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1220:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,946:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1685:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:77:.:.:0,77,921:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,116,1602:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:26,46:72:99:0|1:499556_A_G:1862,0,978:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,65:67:99:1|1:499556_A_G:2950,124,0:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1362:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:28,33:61:99:0|1:499556_A_G:1297,0,1077:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1510:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:65,50:115:99:0|1:499556_A_G:1978,0,2539:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:130,14:144:99:0|1:499556_A_G:149,0,5340:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1449:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,46:46:99:1|1:499556_A_G:2181,150,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:24,33:57:99:0|1:499556_A_G:1339,0,905:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,179:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,88:91:99:1|1:499556_A_G:3935,151,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,886:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:16,102:118:99:0|1:499556_A_G:4277,0,349:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,7:130:81:0|1:499556_A_G:0,81,5001:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1524:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,2:69:99:0|1:499556_A_G:0,124,2994:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1583:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,28:28:84:1|1:499556_A_G:1260,84,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:499556_A_G:2929,199,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:6,6:12:99:0|1:499556_A_G:234,0,234:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:78:.:.:0,78,1504:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,6:6:18:1|1:499530_C_T:270,18,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1034:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:61,43:104:99:0|1:499556_A_G:1604,0,2248:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:58:.:.:0,58,1035:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:12,222:234:99:1|1:499556_A_G:9543,157,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:131,61:192:99:0|1:499556_A_G:2152,0,5399:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,34:34:99:1|1:499530_C_T:1530,102,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:499530_C_T:2181,147,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:1|1:499556_A_G:5196,349,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:656,0:656:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,952:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:90:.:.:0,90,2813:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:544,0:544:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:497,0:497:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:201,30:231:99:0|1:499556_A_G:669,0,8092:. 1|0:22,199:221:99:0|1:499556_A_G:8170,0,307:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:15,195:210:41:0|1:499556_A_G:8224,0,41:. 0|1:87,129:216:99:0|1:499556_A_G:5274,0,3311:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,226:227:99:1|1:499556_A_G:10302,656,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:44,209:253:99:0|1:499556_A_G:8859,0,1173:. 0|0:508,0:508:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,13:155:99:0|1:499556_A_G:132,0,6063:. 1|0:170,226:396:99:0|1:499556_A_G:8900,0,6440:. 0|1:202,28:230:99:0|1:499556_A_G:574,0,8513:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:269,30:299:99:0|1:499556_A_G:520,0,11319:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,56:202:99:0|1:499556_A_G:1935,0,5989:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:581,0:581:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:461,0:461:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,14:92:99:0|1:499556_A_G:348,0,3254:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,135:161:99:0|1:499556_A_G:5671,0,711:. 0|0:495,0:495:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,39:106:99:.:.:1465,0,2718:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:1|1:499556_A_G:10099,685,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:499556_A_G:10344,695,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1321:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,44:109:99:0|1:499556_A_G:1646,0,2635:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:40:.:.:0,40,713:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:65:.:.:0,65,871:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:30,0:30:42:.:.:0,42,815:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665:. Pf3D7_01_v3 499569 . G A 1.65475e+06 PASS FS=0;MQ=54.96;QD=30.75;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1387;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaG/gaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.716;VQSLOD=7.53;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.01;FractionInformativeReads=0;GC=33.33;NCC=0;BaseQRankSum=-0.934;GQ_MEAN=143.25;GQ_STDDEV=137.29;HRun=2;InbreedingCoeff=1;MQRankSum=-0.446;ReadPosRankSum=1.02;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13585134;AF=0.058;AS_InbreedingCoeff=-0.0337;MLEAC=277;MLEAF=0.054;AN=852;AC=41 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:44,0:44:85:.:.:0,85,1101:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:34,0:34:85:.:.:0,85,892:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1663:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:81,0:81:12:.:.:0,12,1684:. 0|0:31,0:31:68:.:.:0,68,755:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1248:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1220:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1685:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1430:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:22,48:70:99:0|1:499556_A_G:1940,0,902:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,55:56:99:1|1:499556_A_G:2382,130,0:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1362:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:53:.:.:0,53,1219:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:28,30:58:99:0|1:499556_A_G:1128,0,1057:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1510:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:64,46:110:99:0|1:499556_A_G:1637,0,2353:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1449:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,35:35:99:1|1:499556_A_G:1575,105,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:29,29:58:99:0|1:499556_A_G:1181,0,1120:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,82:85:99:1|1:499556_A_G:3551,130,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,481:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1518:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:17,93:110:99:0|1:499556_A_G:3829,0,316:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,9:120:99:.:.:0,117,2777:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1524:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,3:84:99:0|1:499569_G_A:0,121,3487:. 0|0:43,0:43:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1583:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,22:22:69:1|1:499556_A_G:1035,69,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:499556_A_G:2415,166,0:. 0|0:75,0:75:62:.:.:0,62,1656:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:7,6:13:99:0|1:499556_A_G:215,0,260:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,4:58:35:.:.:0,35,2223:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:0,2:2:6:1|1:499530_C_T:90,6,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1034:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:15,0:15:26:.:.:0,26,366:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:14,216:230:99:1|1:499556_A_G:9047,115,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:122,59:181:99:0|1:499556_A_G:2049,0,4941:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:1|1:499556_A_G:4659,319,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:656,0:656:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,26:26:78:1|1:499530_C_T:1073,78,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,5:82:38:.:.:0,38,3203:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:544,0:544:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:497,0:497:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:14,179:193:22:0|1:499556_A_G:7526,0,22:. 0|1:80,122:202:99:0|1:499556_A_G:4920,0,3043:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:1|1:499556_A_G:9974,689,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:37,202:239:99:0|1:499556_A_G:8312,0,1043:. 0|0:508,0:508:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,14:150:99:0|1:499556_A_G:157,0,5446:. 1|0:158,215:373:99:0|1:499556_A_G:8347,0,5991:. 0|1:192,29:221:99:0|1:499556_A_G:579,0,7811:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:247,30:277:99:0|1:499556_A_G:500,0,10159:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,52:190:99:0|1:499556_A_G:1735,0,5684:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:581,0:581:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:461,0:461:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,13:89:99:0|1:499556_A_G:305,0,2984:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,127:153:99:0|1:499556_A_G:5663,0,709:. 0|0:495,0:495:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,36:101:99:.:.:1352,0,2682:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:1|1:499556_A_G:9724,674,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:499556_A_G:9777,665,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1321:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,46:111:99:0|1:499556_A_G:1681,0,2497:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:19:.:.:0,19,745:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,111,1665:. Pf3D7_01_v3 499681 . A T 3.27827e+07 PASS FS=0;MQ=53.29;QD=35.32;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I1425L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ata/Tta;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.664;VQSLOD=10.3;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0139;FractionInformativeReads=0.985;GC=23.81;GQ_MEAN=477.9;GQ_STDDEV=392.89;HRun=1;InbreedingCoeff=0.4423;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.674;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16216666;AF=0.885;AS_InbreedingCoeff=0.571;MLEAC=4654;MLEAF=0.887;AN=858;AC=758 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:50,33:83:99:0|1:499681_A_T:1292,0,2061 1|1:0,66:66:99:1|1:499681_A_T:2916,204,0 1|1:0,95:95:99:1|1:499681_A_T:4247,289,0 1|1:0,86:86:99:1|1:499681_A_T:3816,264,0 1|1:0,50:50:99:1|1:499681_A_T:2206,153,0 1|1:0,48:48:99:1|1:499681_A_T:2200,150,0 1|1:0,36:36:99:1|1:499681_A_T:1597,108,0 1|1:0,75:75:99:1|1:499681_A_T:3288,228,0 1|1:0,66:66:99:1|1:499681_A_T:2945,201,0 1|1:0,71:71:99:1|1:499681_A_T:3225,226,0 1|1:0,35:35:99:1|1:499681_A_T:1535,105,0 1|1:0,66:66:99:1|1:499681_A_T:2874,199,0 1|1:0,52:52:99:1|1:499681_A_T:2307,159,0 1|1:0,33:33:99:1|1:499681_A_T:1576,114,0 1|1:0,31:31:96:1|1:499681_A_T:1407,96,0 1|1:0,22:22:69:1|1:499681_A_T:976,69,0 1|1:0,8:8:27:1|1:499681_A_T:386,27,0 1|1:0,32:32:96:1|1:499681_A_T:1400,96,0 1|1:0,33:33:99:1|1:499681_A_T:1450,102,0 1|1:0,29:29:93:1|1:499681_A_T:1335,93,0 1|0:34,17:51:99:0|1:499681_A_T:595,0,1445 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,231:231:99:1|1:499681_A_T:10207,701,0 1|1:0,85:85:99:1|1:499681_A_T:3842,264,0 1|1:0,31:31:96:1|1:499681_A_T:1359,96,0 0|1:19,69:88:99:0|1:499681_A_T:2818,0,583 1|1:1,20:21:18:1|1:499681_A_T:836,18,0 1|1:0,9:9:27:1|1:499681_A_T:371,27,0 1|1:0,57:57:99:1|1:499681_A_T:2510,172,0 1|1:0,54:54:99:1|1:499681_A_T:2478,172,0 1|1:0,114:114:99:1|1:499681_A_T:5008,343,0 1|0:81,22:103:99:0|1:499681_A_T:594,0,3310 1|1:3,65:68:87:1|1:499681_A_T:2687,87,0 1|1:0,350:350:99:1|1:499681_A_T:15685,1074,0 1|1:0,56:56:99:1|1:499681_A_T:2428,169,0 1|1:3,140:143:99:1|1:499681_A_T:6137,332,0 1|1:0,102:102:99:1|1:499681_A_T:4469,313,0 1|1:0,43:43:99:1|1:499681_A_T:1940,132,0 0|1:39,36:75:99:0|1:499681_A_T:1365,0,1534 0|1:15,53:68:99:0|1:499681_A_T:2141,0,467 1|1:0,102:102:99:1|1:499681_A_T:4635,313,0 1|1:0,109:109:99:1|1:499681_A_T:4848,337,0 1|1:0,87:87:99:1|1:499681_A_T:3881,265,0 1|1:0,209:209:99:1|1:499681_A_T:9279,638,0 1|1:0,217:217:99:1|1:499681_A_T:9819,674,0 1|1:0,103:103:99:1|1:499681_A_T:4620,319,0 1|0:8,73:81:99:0|1:499681_A_T:3029,0,113 1|1:0,32:32:99:1|1:499681_A_T:1456,102,0 1|1:0,114:114:99:1|1:499681_A_T:5007,346,0 1|0:39,30:69:99:0|1:499681_A_T:1150,0,1544 1|1:0,98:98:99:1|1:499681_A_T:4406,301,0 0|1:5,32:37:99:0|1:499681_A_T:1352,0,129 1|1:0,126:126:99:1|1:499681_A_T:5547,385,0 0|1:32,193:225:99:0|1:499681_A_T:7888,0,781 1|1:0,98:98:99:1|1:499681_A_T:4423,307,0 0|0:60,3:63:70:0|1:499681_A_T:0,70,2586 1|1:1,98:99:99:1|1:499681_A_T:4331,256,0 1|1:0,84:84:99:1|1:499681_A_T:3765,259,0 1|1:0,75:75:99:1|1:499681_A_T:3353,229,0 1|1:0,72:72:99:1|1:499681_A_T:3111,220,0 1|1:0,124:124:99:1|1:499681_A_T:5516,376,0 1|1:0,91:91:99:1|1:499681_A_T:4110,283,0 1|1:0,164:164:99:1|1:499681_A_T:7337,497,0 1|1:0,299:299:99:1|1:499681_A_T:13290,915,0 1|1:0,36:36:99:1|1:499681_A_T:1569,108,0 1|0:11,99:110:99:0|1:499681_A_T:4102,0,142 1|1:0,141:141:99:1|1:499681_A_T:6387,436,0 1|1:0,86:86:99:1|1:499681_A_T:3817,262,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1273 1|1:0,92:92:99:1|1:499681_A_T:4061,279,0 1|1:0,58:58:99:1|1:499681_A_T:2555,175,0 1|1:1,37:38:69:1|1:499681_A_T:1579,69,0 1|1:0,131:131:99:1|1:499681_A_T:5725,397,0 1|1:0,135:135:99:1|1:499681_A_T:5968,406,0 1|1:0,113:113:99:1|1:499681_A_T:5011,340,0 1|1:1,70:71:99:1|1:499681_A_T:3128,213,0 1|0:19,162:181:99:0|1:499681_A_T:6646,0,289 1|0:12,75:87:99:0|1:499681_A_T:3025,0,302 1|1:0,53:53:99:1|1:499681_A_T:2335,160,0 1|1:1,63:64:99:1|1:499681_A_T:2756,156,0 1|1:1,83:84:99:1|1:499681_A_T:3583,213,0 1|1:0,68:68:99:1|1:499681_A_T:3025,205,0 1|1:0,56:56:99:1|1:499681_A_T:2481,172,0 1|1:1,131:132:99:1|1:499681_A_T:5844,358,0 1|1:0,70:70:99:1|1:499681_A_T:3091,211,0 1|1:0,126:126:99:1|1:499681_A_T:5670,385,0 1|1:0,101:101:99:1|1:499681_A_T:4479,307,0 1|1:0,76:76:99:1|1:499681_A_T:3403,232,0 1|1:0,187:187:99:1|1:499681_A_T:8305,572,0 1|1:0,135:135:99:1|1:499681_A_T:5900,409,0 1|1:0,115:115:99:1|1:499681_A_T:5161,349,0 1|1:0,131:131:99:1|1:499681_A_T:5851,403,0 1|1:1,138:139:99:1|1:499681_A_T:6022,379,0 0|1:11,85:96:99:0|1:499681_A_T:3458,0,230 1|1:0,112:112:99:1|1:499681_A_T:4887,340,0 0|1:32,29:61:99:0|1:499681_A_T:1093,0,1248 1|1:0,165:165:99:1|1:499681_A_T:7336,506,0 0|1:34,157:191:99:0|1:499681_A_T:6381,0,1028 1|1:0,169:169:99:1|1:499681_A_T:7531,518,0 1|1:0,234:234:99:1|1:499681_A_T:10396,716,0 0|1:149,44:193:99:0|1:499681_A_T:1413,0,6022 1|1:0,146:146:99:1|1:499681_A_T:6407,439,0 1|1:1,117:118:99:1|1:499681_A_T:5194,316,0 1|1:0,119:119:99:1|1:499681_A_T:5284,358,0 1|1:0,121:121:99:1|1:499681_A_T:5381,367,0 1|1:1,233:234:99:1|1:499681_A_T:10376,680,0 1|1:0,114:114:99:1|1:499681_A_T:5093,346,0 1|1:6,182:188:99:1|1:499681_A_T:7813,302,0 0|1:154,43:197:99:0|1:499681_A_T:1315,0,6381 1|1:1,172:173:99:1|1:499681_A_T:7625,521,0 1|1:0,152:152:99:1|1:499681_A_T:6669,460,0 1|1:0,199:199:99:1|1:499681_A_T:8903,611,0 1|1:2,201:203:99:1|1:499681_A_T:8902,533,0 1|1:0,240:240:99:1|1:499681_A_T:10744,740,0 1|1:0,142:142:99:1|1:499681_A_T:6342,433,0 1|1:0,213:213:99:1|1:499681_A_T:9393,652,0 1|1:0,157:157:99:1|1:499681_A_T:7078,488,0 1|1:3,216:219:99:1|1:499681_A_T:9436,527,0 1|0:31,118:149:99:0|1:499681_A_T:4766,0,972 1|1:0,213:213:99:1|1:499681_A_T:9675,667,0 0|1:48,81:129:99:0|1:499681_A_T:3245,0,1770 1|1:2,196:198:99:1|1:499681_A_T:8557,514,0 0|1:44,149:193:99:0|1:499681_A_T:6015,0,1400 1|1:0,117:117:99:1|1:499681_A_T:5246,355,0 1|1:0,206:206:99:1|1:499681_A_T:9251,641,0 1|1:0,143:143:99:1|1:499681_A_T:6317,442,0 1|1:0,194:194:99:1|1:499681_A_T:8699,599,0 0|1:21,187:208:99:.:.:5025,0,240 1|1:0,173:173:99:1|1:499681_A_T:7780,535,0 1|1:0,219:219:99:1|1:499681_A_T:9773,665,0 1|1:0,177:177:99:1|1:499681_A_T:7928,539,0 1|1:0,127:127:99:1|1:499681_A_T:5710,388,0 1|1:0,93:93:99:1|1:499681_A_T:4262,295,0 1|1:0,175:175:99:1|1:499681_A_T:7785,536,0 1|1:0,207:207:99:1|1:499681_A_T:9296,635,0 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,264:265:99:1|1:499681_A_T:11653,758,0 1|1:0,133:133:99:1|1:499681_A_T:5900,403,0 1|1:0,177:177:99:1|1:499681_A_T:7854,536,0 1|1:0,213:213:99:1|1:499681_A_T:9565,662,0 1|1:0,239:239:99:1|1:499681_A_T:10560,727,0 1|1:0,234:234:99:1|1:499681_A_T:10427,710,0 1|1:0,204:204:99:1|1:499681_A_T:8986,620,0 1|1:0,197:197:99:1|1:499681_A_T:8688,596,0 1|1:0,120:120:99:1|1:499681_A_T:5344,364,0 1|1:0,151:151:99:1|1:499681_A_T:6732,457,0 1|1:5,200:205:99:1|1:499681_A_T:8761,404,0 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,116:116:99:1|1:499681_A_T:5081,347,0 1|1:0,114:114:99:1|1:499681_A_T:5132,346,0 1|1:0,84:84:99:1|1:499681_A_T:3762,256,0 1|1:0,226:226:99:1|1:499681_A_T:10087,692,0 1|1:0,58:58:99:1|1:499681_A_T:2611,178,0 1|1:3,138:141:99:1|1:499681_A_T:6056,312,0 1|1:0,152:152:99:1|1:499681_A_T:6694,457,0 1|1:0,78:78:99:1|1:499681_A_T:3440,235,0 1|1:0,233:233:99:1|1:499681_A_T:10388,707,0 1|1:0,104:104:99:1|1:499681_A_T:4615,316,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:1|1:499681_A_T:6074,415,0 1|1:1,106:107:99:1|1:499681_A_T:4731,283,0 1|1:0,127:127:99:1|1:499681_A_T:5702,394,0 0|1:6,81:87:24:0|1:499681_A_T:3366,0,24 1|1:4,191:195:99:1|1:499681_A_T:8297,415,0 0|1:38,168:206:99:0|1:499681_A_T:6816,0,1067 0|1:135,65:200:99:0|1:499681_A_T:2291,0,5434 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,9:9:27:1|1:499681_A_T:386,27,0 1|1:0,109:109:99:1|1:499681_A_T:4810,328,0 1|1:2,149:151:99:1|1:499681_A_T:6601,376,0 1|1:0,80:80:99:1|1:499681_A_T:3655,250,0 1|1:0,76:76:99:1|1:499681_A_T:3394,229,0 1|0:34,56:90:99:.:.:1378,0,819 0|1:65,88:153:99:0|1:499681_A_T:3501,0,2439 1|0:44,117:161:99:0|1:499681_A_T:4802,0,1422 1|1:0,96:96:99:1|1:499681_A_T:4344,295,0 1|1:2,159:161:99:1|1:499681_A_T:7116,417,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|0:77,22:99:99:0|1:499681_A_T:714,0,3156 1|1:0,66:66:99:1|1:499681_A_T:2895,202,0 1|1:0,115:115:99:1|1:499681_A_T:5204,355,0 1|0:23,103:126:99:0|1:499681_A_T:4185,0,639 1|0:32,142:174:99:0|1:499681_A_T:5782,0,903 1|0:64,45:109:99:0|1:499681_A_T:1655,0,2548 1|1:0,126:126:99:1|1:499681_A_T:5668,388,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1620 1|1:0,235:235:99:1|1:499681_A_T:10394,716,0 1|1:2,149:151:99:1|1:499681_A_T:6599,371,0 1|1:0,143:143:99:1|1:499681_A_T:6390,430,0 1|1:0,165:165:99:1|1:499681_A_T:7467,512,0 1|1:0,193:193:99:1|1:499681_A_T:8579,584,0 1|1:0,122:122:99:1|1:499681_A_T:5476,376,0 1|1:0,130:130:99:1|1:499681_A_T:5796,400,0 1|1:0,197:197:99:1|1:499681_A_T:8831,599,0 1|1:0,103:103:99:1|1:499681_A_T:4608,316,0 1|1:0,65:65:99:1|1:499681_A_T:2936,199,0 1|1:0,81:81:99:1|1:499681_A_T:3624,247,0 1|1:1,87:88:99:1|1:499681_A_T:3851,223,0 1|1:1,224:225:99:1|1:499681_A_T:9912,644,0 1|1:1,107:108:99:1|1:499681_A_T:4656,280,0 1|1:0,115:115:99:1|1:499681_A_T:5090,352,0 1|1:0,106:106:99:1|1:499681_A_T:4626,297,0 1|1:0,143:143:99:1|1:499681_A_T:6317,433,0 1|1:0,108:108:99:1|1:499681_A_T:4863,334,0 1|1:0,52:52:99:1|1:499681_A_T:2292,157,0 1|1:0,79:79:99:1|1:499681_A_T:3458,241,0 1|1:0,76:76:99:1|1:499681_A_T:3361,229,0 1|0:15,72:87:99:0|1:499681_A_T:2911,0,438 1|1:0,90:90:99:1|1:499681_A_T:4041,277,0 1|1:0,124:124:99:1|1:499681_A_T:5365,376,0 1|1:0,88:88:99:1|1:499681_A_T:3916,271,0 1|1:0,186:186:99:1|1:499681_A_T:8186,573,0 1|1:0,201:201:99:1|1:499681_A_T:8917,614,0 1|1:0,94:94:99:1|1:499681_A_T:4198,286,0 1|1:0,79:79:99:1|1:499681_A_T:3524,244,0 1|1:0,164:164:99:1|1:499681_A_T:7306,503,0 1|1:1,102:103:99:1|1:499681_A_T:4522,274,0 1|1:0,86:86:99:1|1:499681_A_T:3829,262,0 1|1:0,52:52:99:1|1:499681_A_T:2336,160,0 1|1:1,74:75:99:1|1:499681_A_T:3233,184,0 1|1:0,116:116:99:1|1:499681_A_T:5066,352,0 1|1:0,68:68:99:1|1:499681_A_T:3042,201,0 1|1:0,79:79:99:1|1:499681_A_T:3581,244,0 1|1:0,92:92:99:1|1:499681_A_T:4033,277,0 1|1:0,67:67:99:1|1:499681_A_T:2980,205,0 1|1:0,95:95:99:1|1:499681_A_T:4195,295,0 1|1:2,91:93:99:1|1:499681_A_T:4066,202,0 1|1:0,203:203:99:1|1:499681_A_T:9088,623,0 1|1:0,108:108:99:1|1:499681_A_T:4752,325,0 1|1:0,123:123:99:1|1:499681_A_T:5467,382,0 1|1:0,74:74:99:1|1:499681_A_T:3248,225,0 1|1:0,188:188:99:1|1:499681_A_T:8444,578,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1088 0|1:95,24:119:99:0|1:499681_A_T:701,0,3918 1|1:0,114:114:99:1|1:499681_A_T:5020,346,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1013 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:55,122:177:99:0|1:499681_A_T:4841,0,1939 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,8:8:24:1|1:499681_A_T:333,24,0 1|1:0,171:171:99:1|1:499681_A_T:7603,524,0 1|1:0,116:116:99:1|1:499681_A_T:5260,355,0 0|1:87,61:148:99:0|1:499681_A_T:2246,0,3475 1|1:2,94:96:99:1|1:499681_A_T:4182,208,0 1|1:0,136:136:99:1|1:499681_A_T:6006,409,0 1|1:0,141:141:99:1|1:499681_A_T:6307,430,0 1|1:0,201:201:99:1|1:499681_A_T:8967,611,0 1|0:48,30:78:99:0|1:499681_A_T:1106,0,1889 1|1:0,31:31:96:1|1:499681_A_T:1403,96,0 1|1:5,96:101:59:1|1:499681_A_T:3973,59,0 1|1:0,307:307:99:1|1:499681_A_T:13698,948,0 1|1:0,125:125:99:1|1:499681_A_T:5642,385,0 1|1:0,220:220:99:1|1:499681_A_T:9853,671,0 1|1:0,19:19:57:1|1:499681_A_T:824,57,0 1|1:0,54:54:99:1|1:499681_A_T:2403,166,0 1|0:123,35:158:99:0|1:499681_A_T:1101,0,4992 1|1:1,94:95:99:1|1:499681_A_T:4062,241,0 1|1:0,62:62:99:1|1:499681_A_T:2738,190,0 1|1:0,110:110:99:1|1:499681_A_T:4927,337,0 1|1:0,102:102:99:1|1:499681_A_T:4590,313,0 1|1:0,20:20:63:1|1:499681_A_T:925,63,0 1|1:1,64:65:99:1|1:499681_A_T:2823,154,0 1|1:0,41:41:99:1|1:499681_A_T:1830,126,0 1|1:0,131:131:99:1|1:499681_A_T:5793,397,0 1|1:2,25:27:15:1|1:499681_A_T:1073,15,0 1|1:1,184:185:99:1|1:499681_A_T:8145,518,0 1|1:0,146:146:99:1|1:499681_A_T:6545,445,0 1|1:0,204:204:99:1|1:499681_A_T:9352,638,0 1|1:0,221:221:99:1|1:499681_A_T:10046,689,0 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,216:216:99:1|1:499681_A_T:9726,659,0 1|1:0,239:239:99:1|1:499681_A_T:10795,731,0 1|1:0,160:160:99:1|1:499681_A_T:7282,494,0 0|1:17,218:235:24:0|1:499681_A_T:9146,0,24 1|1:0,189:189:99:1|1:499681_A_T:8590,584,0 1|1:0,215:215:99:1|1:499681_A_T:9703,659,0 1|1:0,43:43:99:1|1:499681_A_T:1953,132,0 1|1:2,236:238:99:1|1:499681_A_T:10501,639,0 1|1:0,217:217:99:1|1:499681_A_T:9724,656,0 1|1:0,221:221:99:1|1:499681_A_T:9956,674,0 1|1:0,266:266:99:1|1:499681_A_T:12034,813,0 0|0:245,0:245:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,245:245:99:1|1:499681_A_T:11102,753,0 1|1:0,208:208:99:1|1:499681_A_T:9342,629,0 1|1:0,175:175:99:1|1:499681_A_T:7994,545,0 1|1:0,252:252:99:1|1:499681_A_T:11195,765,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,200:200:99:1|1:499681_A_T:9149,626,0 1|1:0,288:288:99:1|1:499681_A_T:12958,879,0 1|1:1,224:225:99:1|1:499681_A_T:10152,653,0 1|1:0,96:96:99:1|1:499681_A_T:4276,292,0 1|1:0,123:123:99:1|1:499681_A_T:5563,380,0 1|1:0,226:226:99:1|1:499681_A_T:10191,692,0 1|1:0,42:42:99:1|1:499681_A_T:1924,129,0 0|1:65,39:104:99:0|1:499681_A_T:1459,0,2708 1|1:0,165:165:99:1|1:499681_A_T:7451,509,0 1|1:0,154:154:99:1|1:499681_A_T:6945,470,0 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,258:258:99:1|1:499681_A_T:11601,783,0 1|1:0,109:109:99:1|1:499681_A_T:4888,328,0 1|1:0,209:209:99:1|1:499681_A_T:9480,641,0 1|1:0,266:266:99:1|1:499681_A_T:11917,813,0 1|1:0,214:214:99:1|1:499681_A_T:9704,659,0 1|1:0,747:747:99:1|1:499681_A_T:33495,2266,0 1|1:0,837:837:99:1|1:499681_A_T:37791,2567,0 1|1:0,659:659:99:1|1:499681_A_T:29652,2022,0 1|1:1,94:95:99:1|1:499681_A_T:4247,250,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1118,96,0 1|1:0,106:106:99:1|1:499681_A_T:4695,325,0 1|1:0,104:104:99:1|1:499681_A_T:4762,328,0 1|1:0,214:214:99:1|1:499681_A_T:9511,647,0 1|1:1,210:211:99:1|1:499681_A_T:9442,599,0 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,156:165:98:1|1:499681_A_T:6578,98,0 1|1:0,237:237:99:1|1:499681_A_T:10578,722,0 1|1:0,274:274:99:1|1:499681_A_T:12361,843,0 1|1:5,513:518:99:.:.:16531,1415,0 1|1:0,266:266:99:1|1:499681_A_T:11852,807,0 1|1:4,488:492:99:.:.:15242,1359,0 1|1:0,133:133:99:1|1:499681_A_T:6093,415,0 1|1:0,82:82:99:1|1:499681_A_T:3644,247,0 1|1:1,457:459:99:.:.:19968,1358,0 1|1:4,80:84:73:1|1:499681_A_T:3409,73,0 1|1:0,272:272:99:1|1:499681_A_T:12242,837,0 1|1:0,255:255:99:1|1:499681_A_T:11493,780,0 1|1:2,203:205:99:1|1:499681_A_T:9021,533,0 1|1:3,240:243:99:1|1:499681_A_T:10711,614,0 0|1:40,238:278:99:0|1:499681_A_T:9927,0,891 1|1:0,250:250:99:1|1:499681_A_T:11255,767,0 1|1:0,272:272:99:1|1:499681_A_T:12291,837,0 0|1:28,264:292:99:0|1:499681_A_T:10989,0,357 1|0:200,21:221:99:0|1:499681_A_T:254,0,8403 1|1:0,325:325:99:1|1:499681_A_T:14118,986,0 1|1:0,135:135:99:1|1:499681_A_T:6217,421,0 1|0:186,206:392:99:0|1:499681_A_T:7874,0,7064 1|1:2,60:62:99:1|1:499681_A_T:2651,103,0 1|1:7,269:276:99:1|1:499681_A_T:11820,548,0 1|1:4,261:265:99:1|1:499681_A_T:11544,633,0 1|1:0,245:245:99:1|1:499681_A_T:10996,749,0 1|1:0,289:289:99:1|1:499681_A_T:12986,884,0 1|1:19,273:292:48:1|1:499681_A_T:11536,48,0 1|1:0,276:276:99:1|1:499681_A_T:12351,845,0 1|1:0,239:239:99:1|1:499681_A_T:10627,725,0 1|1:0,167:167:99:1|1:499681_A_T:7493,523,0 1|1:0,262:262:99:1|1:499681_A_T:11694,797,0 1|1:0,233:233:99:1|1:499681_A_T:10611,730,0 1|1:0,242:242:99:1|1:499681_A_T:10785,737,0 1|1:0,87:87:99:1|1:499681_A_T:3814,264,0 1|1:0,258:258:99:1|1:499681_A_T:11679,792,0 1|1:1,93:94:99:1|1:499681_A_T:4008,240,0 1|1:0,277:277:99:1|1:499681_A_T:12440,845,0 1|1:0,467:467:99:1|1:499681_A_T:20315,1415,0 0|1:65,134:199:99:0|1:499681_A_T:5362,0,2358 1|1:0,443:443:99:1|1:499530_C_T:20430,1367,0 1|1:1,272:273:99:1|1:499681_A_T:12236,789,0 1|1:1,288:289:99:1|1:499681_A_T:12450,830,0 1|1:0,291:291:99:1|1:499681_A_T:13169,894,0 1|1:0,260:260:99:1|1:499681_A_T:11906,816,0 1|1:0,171:171:99:1|1:499681_A_T:7480,520,0 0|1:136,125:261:99:0|1:499681_A_T:4754,0,5365 1|0:90,34:124:99:0|1:499681_A_T:1153,0,3590 1|1:0,182:182:99:1|1:499681_A_T:8085,548,0 1|1:0,39:39:99:1|1:499681_A_T:1747,120,0 1|1:0,290:290:99:1|1:499681_A_T:13039,894,0 1|1:1,458:459:99:1|1:499681_A_T:20053,1372,0 1|1:6,275:281:99:1|1:499681_A_T:12131,611,0 1|0:219,35:254:99:0|1:499681_A_T:814,0,9054 1|1:27,448:475:99:1|1:499681_A_T:18427,205,0 1|1:0,106:106:99:1|1:499681_A_T:4747,325,0 1|1:2,255:257:99:1|1:499681_A_T:11483,708,0 1|1:0,232:232:99:1|1:499681_A_T:10351,710,0 1|1:0,433:433:99:1|1:499681_A_T:18865,1327,0 1|0:132,23:155:99:0|1:499681_A_T:553,0,5361 1|1:10,444:454:99:.:.:13608,848,0 1|1:1,672:673:99:1|1:499681_A_T:30507,2035,0 1|1:0,526:526:99:1|1:499681_A_T:23555,1595,0 1|0:35,82:117:99:.:.:3383,0,1244 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,351:351:99:1|1:499681_A_T:15272,1069,0 1|1:1,283:284:99:1|1:499681_A_T:12688,828,0 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,86:86:99:1|1:499681_A_T:3819,259,0 1|1:0,137:137:99:1|1:499681_A_T:6204,418,0 1|1:10,140:150:7:1|1:499681_A_T:5821,7,0 1|1:0,195:195:99:1|1:499681_A_T:8875,608,0 1|1:0,207:207:99:1|1:499681_A_T:9346,629,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,222:223:99:1|1:499681_A_T:9937,638,0 1|1:0,223:223:99:1|1:499681_A_T:10120,683,0 1|1:0,210:210:99:1|1:499681_A_T:9658,662,0 1|1:0,227:227:99:1|1:499681_A_T:10143,701,0 1|1:0,86:86:99:1|1:499681_A_T:3890,262,0 1|1:0,63:63:99:1|1:499681_A_T:2886,196,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,199:199:99:1|1:499681_A_T:8987,611,0 1|1:0,135:135:99:1|1:499681_A_T:6193,421,0 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,274:274:99:1|1:499681_A_T:12363,843,0 1|1:0,284:284:99:1|1:499681_A_T:12658,861,0 1|1:0,78:78:99:1|1:499681_A_T:3508,238,0 1|1:0,107:107:99:1|1:499681_A_T:4820,325,0 1|1:0,94:94:99:1|1:499681_A_T:4172,283,0 1|1:0,66:66:99:1|1:499681_A_T:2982,205,0 1|1:0,28:28:84:1|1:499681_A_T:1246,84,0 1|1:0,279:279:99:1|1:499681_A_T:12665,863,0 1|1:0,277:277:99:1|1:499681_A_T:12489,846,0 1|1:0,281:281:99:1|1:499681_A_T:12676,867,0 1|1:0,34:34:99:1|1:499681_A_T:1504,102,0 1|1:0,248:248:99:1|1:499681_A_T:11203,762,0 1|1:0,272:272:99:1|1:499681_A_T:12425,846,0 1|1:0,157:157:99:1|1:499681_A_T:6982,479,0 1|1:0,236:236:99:1|1:499681_A_T:10700,728,0 1|1:0,206:206:99:1|1:499681_A_T:9161,620,0 1|1:0,250:250:99:1|1:499681_A_T:11358,770,0 1|1:0,211:211:99:1|1:499681_A_T:9462,644,0 1|1:1,227:228:99:1|1:499681_A_T:10104,659,0 1|1:0,200:200:99:1|1:499681_A_T:8925,608,0 1|1:0,519:519:99:1|1:499681_A_T:23358,1589,0 1|1:0,82:82:99:1|1:499681_A_T:3702,250,0 1|1:0,356:356:99:1|1:499681_A_T:16001,1092,0 1|1:0,678:678:99:1|1:499681_A_T:30491,2077,0 1|1:0,191:191:99:1|1:499681_A_T:8631,590,0 1|1:0,307:307:99:1|1:499681_A_T:13762,936,0 1|1:0,69:69:99:1|1:499681_A_T:3082,211,0 1|1:0,22:22:66:1|1:499681_A_T:983,66,0 1|1:0,382:382:99:1|1:499681_A_T:17301,1176,0 1|1:0,156:156:99:1|1:499681_A_T:6897,475,0 Pf3D7_01_v3 499684 . T G 3.25185e+07 PASS FS=0;MQ=53.7;QD=34.75;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S1426A;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tca/Gca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.659;VQSLOD=10.19;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0139;FractionInformativeReads=0.986;GC=23.81;GQ_MEAN=481.53;GQ_STDDEV=391.25;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4423;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.064;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16294638;AF=0.881;AS_InbreedingCoeff=0.571;MLEAC=4631;MLEAF=0.882;AN=858;AC=758 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:51,34:85:99:0|1:499681_A_T:1290,0,2138 1|1:0,66:66:99:1|1:499681_A_T:2916,204,0 1|1:0,95:95:99:1|1:499681_A_T:4221,286,0 1|1:0,86:86:99:1|1:499681_A_T:3869,270,0 1|1:0,48:48:99:1|1:499681_A_T:2179,150,0 1|1:0,50:50:99:1|1:499681_A_T:2229,153,0 1|1:0,35:35:99:1|1:499681_A_T:1597,108,0 1|1:0,73:73:99:1|1:499681_A_T:3288,228,0 1|1:0,65:65:99:1|1:499681_A_T:2945,201,0 1|1:0,74:74:99:1|1:499681_A_T:3225,226,0 1|1:0,34:34:99:1|1:499681_A_T:1565,108,0 1|1:0,63:63:99:1|1:499681_A_T:2823,193,0 1|1:0,50:50:99:1|1:499681_A_T:2250,153,0 1|1:0,40:40:99:1|1:499681_A_T:1629,120,0 1|1:0,33:33:99:1|1:499681_A_T:1433,99,0 1|1:0,21:21:66:1|1:499681_A_T:947,66,0 1|1:0,9:9:27:1|1:499681_A_T:386,27,0 1|1:0,31:31:96:1|1:499681_A_T:1400,96,0 1|1:0,32:32:99:1|1:499681_A_T:1425,99,0 1|1:0,31:31:96:1|1:499681_A_T:1364,96,0 1|0:36,18:54:99:0|1:499681_A_T:595,0,1445 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,228:228:99:1|1:499681_A_T:10210,701,0 1|1:0,88:88:99:1|1:499681_A_T:3842,264,0 1|1:0,31:31:96:1|1:499681_A_T:1363,96,0 0|1:19,69:88:99:0|1:499681_A_T:2818,0,583 1|1:1,19:20:15:1|1:499681_A_T:810,15,0 1|1:0,8:8:24:1|1:499681_A_T:343,24,0 1|1:0,55:55:99:1|1:499681_A_T:2481,169,0 1|1:0,56:56:99:1|1:499681_A_T:2506,175,0 1|1:0,112:112:99:1|1:499681_A_T:4999,340,0 1|0:80,21:101:99:0|1:499681_A_T:597,0,3284 1|1:2,62:64:87:1|1:499681_A_T:2687,87,0 1|1:0,355:355:99:1|1:499681_A_T:15741,1080,0 1|1:0,53:53:99:1|1:499681_A_T:2428,169,0 1|1:2,137:139:99:1|1:499681_A_T:5999,317,0 1|1:0,102:102:99:1|1:499681_A_T:4472,313,0 1|1:0,44:44:99:1|1:499681_A_T:1940,132,0 0|1:39,36:75:99:0|1:499681_A_T:1365,0,1534 0|1:15,52:67:99:0|1:499681_A_T:2141,0,467 1|1:0,105:105:99:1|1:499681_A_T:4666,316,0 1|1:0,112:112:99:1|1:499681_A_T:4872,340,0 1|1:0,87:87:99:1|1:499681_A_T:3881,265,0 1|1:0,205:205:99:1|1:499681_A_T:9222,632,0 1|1:0,221:221:99:1|1:499681_A_T:9794,671,0 1|1:0,103:103:99:1|1:499681_A_T:4593,316,0 1|0:8,73:81:99:0|1:499681_A_T:3036,0,111 1|1:0,32:32:99:1|1:499681_A_T:1456,102,0 1|1:0,112:112:99:1|1:499681_A_T:4980,343,0 1|0:39,32:71:99:0|1:499681_A_T:1172,0,1541 1|1:0,98:98:99:1|1:499681_A_T:4436,304,0 0|1:5,33:38:99:0|1:499681_A_T:1352,0,129 1|1:0,127:127:99:1|1:499681_A_T:5551,385,0 0|1:33,191:224:99:0|1:499681_A_T:7863,0,784 1|1:0,102:102:99:1|1:499681_A_T:4460,310,0 0|0:62,3:65:67:0|1:499681_A_T:0,67,2561 1|1:1,96:97:99:1|1:499681_A_T:4304,253,0 1|1:0,85:85:99:1|1:499681_A_T:3769,259,0 1|1:0,75:75:99:1|1:499681_A_T:3324,226,0 1|1:0,73:73:99:1|1:499681_A_T:3136,223,0 1|1:0,125:125:99:1|1:499681_A_T:5547,379,0 1|1:0,92:92:99:1|1:499681_A_T:4110,283,0 1|1:0,162:162:99:1|1:499681_A_T:7285,491,0 1|1:0,296:296:99:1|1:499681_A_T:13381,924,0 1|1:0,37:37:99:1|1:499681_A_T:1594,111,0 1|0:10,100:110:99:0|1:499681_A_T:4078,0,145 1|1:0,142:142:99:1|1:499681_A_T:6359,433,0 1|1:0,84:84:99:1|1:499681_A_T:3790,259,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1273 1|1:0,92:92:99:1|1:499681_A_T:4092,282,0 1|1:0,56:56:99:1|1:499681_A_T:2555,175,0 1|1:1,36:37:66:1|1:499681_A_T:1552,66,0 1|1:0,128:128:99:1|1:499681_A_T:5698,394,0 1|1:0,132:132:99:1|1:499681_A_T:5964,403,0 1|1:0,112:112:99:1|1:499681_A_T:5039,343,0 1|1:0,72:72:99:1|1:499681_A_T:3138,220,0 1|0:18,161:179:99:0|1:499681_A_T:6702,0,256 1|0:13,73:86:99:0|1:499681_A_T:3047,0,299 1|1:0,53:53:99:1|1:499681_A_T:2331,160,0 1|1:1,66:67:99:1|1:499681_A_T:2756,156,0 1|1:1,81:82:99:1|1:499681_A_T:3578,213,0 1|1:0,68:68:99:1|1:499681_A_T:3025,205,0 1|1:0,55:55:99:1|1:499681_A_T:2481,172,0 1|1:1,131:132:99:1|1:499681_A_T:5847,358,0 1|1:0,69:69:99:1|1:499681_A_T:3091,211,0 1|1:0,126:126:99:1|1:499681_A_T:5670,385,0 1|1:0,98:98:99:1|1:499681_A_T:4451,304,0 1|1:0,76:76:99:1|1:499681_A_T:3433,235,0 1|1:0,187:187:99:1|1:499681_A_T:8279,569,0 1|1:0,134:134:99:1|1:499681_A_T:5929,412,0 1|1:0,114:114:99:1|1:499681_A_T:5103,343,0 1|1:0,131:131:99:1|1:499681_A_T:5834,403,0 1|1:1,134:135:99:1|1:499681_A_T:5978,376,0 0|1:12,87:99:99:0|1:499681_A_T:3463,0,227 1|1:0,109:109:99:1|1:499681_A_T:4860,337,0 0|1:32,28:60:99:0|1:499681_A_T:1091,0,1255 1|1:0,166:166:99:1|1:499681_A_T:7336,506,0 0|1:37,155:192:99:0|1:499681_A_T:6357,0,1031 1|1:0,167:167:99:1|1:499681_A_T:7503,515,0 1|1:0,234:234:99:1|1:499681_A_T:10341,710,0 0|1:144,46:190:99:0|1:499681_A_T:1419,0,5975 1|1:0,147:147:99:1|1:499681_A_T:6470,445,0 1|1:1,118:119:99:1|1:499681_A_T:5249,322,0 1|1:0,118:118:99:1|1:499681_A_T:5284,358,0 1|1:0,121:121:99:1|1:499681_A_T:5354,364,0 1|1:1,234:235:99:1|1:499681_A_T:10319,674,0 1|1:0,116:116:99:1|1:499681_A_T:5124,349,0 1|1:6,186:192:99:1|1:499681_A_T:7873,308,0 0|1:157,42:199:99:0|1:499681_A_T:1318,0,6357 1|1:1,171:172:99:1|1:499681_A_T:7570,515,0 1|1:0,149:149:99:1|1:499681_A_T:6669,460,0 1|1:0,200:200:99:1|1:499681_A_T:8876,608,0 1|1:2,206:208:99:1|1:499681_A_T:8981,542,0 1|1:0,244:244:99:1|1:499681_A_T:10745,740,0 1|1:0,142:142:99:1|1:499681_A_T:6315,430,0 1|1:0,209:209:99:1|1:499681_A_T:9366,649,0 1|1:0,164:164:99:1|1:499681_A_T:7160,497,0 1|1:3,219:222:99:1|1:499681_A_T:9522,536,0 1|0:32,117:149:99:0|1:499681_A_T:4699,0,955 1|1:0,221:221:99:1|1:499681_A_T:9706,670,0 0|1:48,80:128:99:0|1:499681_A_T:3245,0,1770 1|1:2,196:198:99:1|1:499681_A_T:8561,514,0 0|1:45,149:194:99:0|1:499681_A_T:6015,0,1401 1|1:0,117:117:99:1|1:499681_A_T:5246,355,0 1|1:0,209:209:99:1|1:499681_A_T:9275,644,0 1|1:0,148:148:99:1|1:499681_A_T:6377,448,0 1|1:0,196:196:99:1|1:499681_A_T:8699,599,0 1|1:19,189:208:88:.:.:7896,88,0 1|1:0,179:179:99:1|1:499681_A_T:7837,541,0 1|1:0,222:222:99:1|1:499681_A_T:9827,671,0 1|1:0,179:179:99:1|1:499681_A_T:7956,542,0 1|1:0,130:130:99:1|1:499681_A_T:5732,391,0 1|1:0,98:98:99:1|1:499681_A_T:4317,301,0 1|1:0,174:174:99:1|1:499681_A_T:7768,535,0 1|1:0,209:209:99:1|1:499681_A_T:9330,638,0 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,267:268:99:1|1:499681_A_T:11765,770,0 1|1:0,130:130:99:1|1:499681_A_T:5931,406,0 1|1:0,174:174:99:1|1:499681_A_T:7854,536,0 1|1:0,215:215:99:1|1:499681_A_T:9538,659,0 1|1:0,235:235:99:1|1:499681_A_T:10477,718,0 1|1:0,235:235:99:1|1:499681_A_T:10511,719,0 1|1:0,202:202:99:1|1:499681_A_T:8983,620,0 1|1:0,198:198:99:1|1:499681_A_T:8796,608,0 1|1:0,118:118:99:1|1:499681_A_T:5344,364,0 1|1:0,152:152:99:1|1:499681_A_T:6755,460,0 1|1:5,200:205:99:1|1:499681_A_T:8761,404,0 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,115:115:99:1|1:499681_A_T:5081,347,0 1|1:0,115:115:99:1|1:499681_A_T:5132,346,0 1|1:0,84:84:99:1|1:499681_A_T:3762,256,0 1|1:0,221:221:99:1|1:499681_A_T:10034,686,0 1|1:0,59:59:99:1|1:499681_A_T:2637,181,0 1|1:2,139:141:99:1|1:499681_A_T:6054,312,0 1|1:0,148:148:99:1|1:499681_A_T:6694,457,0 1|1:0,78:78:99:1|1:499681_A_T:3440,235,0 1|1:0,237:237:99:1|1:499681_A_T:10451,716,0 1|1:0,102:102:99:1|1:499681_A_T:4536,307,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,134:134:99:1|1:499681_A_T:6047,412,0 1|1:1,107:108:99:1|1:499681_A_T:4703,280,0 1|1:0,132:132:99:1|1:499681_A_T:5732,397,0 0|1:7,82:89:24:0|1:499681_A_T:3366,0,24 1|1:4,190:194:99:1|1:499681_A_T:8297,415,0 0|1:38,164:202:99:0|1:499681_A_T:6717,0,1079 0|1:133,66:199:99:0|1:499681_A_T:2322,0,5405 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,9:9:27:1|1:499681_A_T:386,27,0 1|1:0,108:108:99:1|1:499681_A_T:4810,328,0 1|1:2,156:158:99:1|1:499681_A_T:6685,385,0 1|1:0,83:83:99:1|1:499681_A_T:3655,250,0 1|1:0,75:75:99:1|1:499681_A_T:3394,229,0 1|1:0,93:93:99:.:.:3457,279,0 0|1:63,90:153:99:0|1:499681_A_T:3554,0,2411 1|0:42,120:162:99:0|1:499681_A_T:4802,0,1422 1|1:0,99:99:99:1|1:499681_A_T:4424,304,0 1|1:2,162:164:99:1|1:499681_A_T:7141,420,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|0:77,24:101:99:0|1:499681_A_T:739,0,3127 1|1:0,65:65:99:1|1:499681_A_T:2868,199,0 1|1:0,118:118:99:1|1:499681_A_T:5204,355,0 1|0:23,104:127:99:0|1:499681_A_T:4220,0,633 1|0:32,145:177:99:0|1:499681_A_T:5807,0,900 1|0:64,45:109:99:0|1:499681_A_T:1655,0,2548 1|1:0,126:126:99:1|1:499681_A_T:5640,385,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1620 1|1:0,230:230:99:1|1:499681_A_T:10345,710,0 1|1:2,148:150:99:1|1:499681_A_T:6574,368,0 1|1:0,143:143:99:1|1:499681_A_T:6421,433,0 1|1:0,170:170:99:1|1:499681_A_T:7495,515,0 1|1:0,191:191:99:1|1:499681_A_T:8579,584,0 1|1:0,123:123:99:1|1:499681_A_T:5475,376,0 1|1:0,129:129:99:1|1:499681_A_T:5772,397,0 1|1:0,196:196:99:1|1:499681_A_T:8828,599,0 1|1:0,102:102:99:1|1:499681_A_T:4556,310,0 1|1:0,68:68:99:1|1:499681_A_T:2994,205,0 1|1:0,83:83:99:1|1:499681_A_T:3655,250,0 1|1:1,88:89:99:1|1:499681_A_T:3878,226,0 1|1:1,225:226:99:1|1:499681_A_T:9884,641,0 1|1:1,102:103:99:1|1:499681_A_T:4630,277,0 1|1:0,113:113:99:1|1:499681_A_T:5090,352,0 1|1:1,105:106:99:1|1:499681_A_T:4602,294,0 1|1:0,142:142:99:1|1:499681_A_T:6293,430,0 1|1:0,113:113:99:1|1:499681_A_T:4951,343,0 1|1:0,50:50:99:1|1:499681_A_T:2265,154,0 1|1:0,76:76:99:1|1:499681_A_T:3458,241,0 1|1:0,76:76:99:1|1:499681_A_T:3361,229,0 1|0:16,70:86:99:0|1:499681_A_T:2887,0,441 1|1:0,92:92:99:1|1:499681_A_T:4041,277,0 1|1:0,120:120:99:1|1:499681_A_T:5365,376,0 1|1:0,88:88:99:1|1:499681_A_T:3950,274,0 1|1:0,189:189:99:1|1:499681_A_T:8196,573,0 1|1:0,200:200:99:1|1:499681_A_T:8866,608,0 1|1:0,93:93:99:1|1:499681_A_T:4171,283,0 1|1:0,80:80:99:1|1:499681_A_T:3524,244,0 1|1:0,165:165:99:1|1:499681_A_T:7283,500,0 1|1:1,103:104:99:1|1:499681_A_T:4522,274,0 1|1:0,85:85:99:1|1:499681_A_T:3800,259,0 1|1:0,53:53:99:1|1:499681_A_T:2336,160,0 1|1:1,74:75:99:1|1:499681_A_T:3233,184,0 1|1:0,113:113:99:1|1:499681_A_T:5012,346,0 1|1:1,68:69:99:1|1:499681_A_T:3042,201,0 1|1:0,81:81:99:1|1:499681_A_T:3581,244,0 1|1:0,92:92:99:1|1:499681_A_T:4031,277,0 1|1:0,65:65:99:1|1:499681_A_T:2926,199,0 1|1:0,97:97:99:1|1:499681_A_T:4224,298,0 1|1:2,94:96:99:1|1:499681_A_T:4066,202,0 1|1:0,203:203:99:1|1:499681_A_T:9113,625,0 1|1:0,108:108:99:1|1:499681_A_T:4834,334,0 1|1:0,125:125:99:1|1:499681_A_T:5470,382,0 1|1:0,71:71:99:1|1:499681_A_T:3193,219,0 1|1:0,190:190:99:1|1:499681_A_T:8413,575,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1088 0|1:97,24:121:99:0|1:499681_A_T:698,0,3946 1|1:0,111:111:99:1|1:499681_A_T:4994,343,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1013 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:55,118:173:99:0|1:499681_A_T:4796,0,1920 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,7:7:21:1|1:499681_A_T:306,21,0 1|1:0,172:172:99:1|1:499681_A_T:7609,526,0 1|1:0,119:119:99:1|1:499681_A_T:5291,358,0 0|1:88,60:148:99:0|1:499681_A_T:2246,0,3476 1|1:2,98:100:99:1|1:499681_A_T:4207,211,0 1|1:0,134:134:99:1|1:499681_A_T:6013,409,0 1|1:0,142:142:99:1|1:499681_A_T:6332,433,0 1|1:0,204:204:99:1|1:499681_A_T:9079,623,0 1|0:47,30:77:99:0|1:499681_A_T:1084,0,1892 1|1:0,32:32:96:1|1:499681_A_T:1403,96,0 1|1:6,94:100:53:1|1:499681_A_T:3920,53,0 1|1:0,306:306:99:1|1:499681_A_T:13753,954,0 1|1:0,127:127:99:1|1:499681_A_T:5615,382,0 1|1:0,222:222:99:1|1:499681_A_T:9887,674,0 1|1:0,18:18:54:1|1:499681_A_T:800,54,0 1|1:0,52:52:99:1|1:499681_A_T:2378,163,0 1|0:120,37:157:99:0|1:499681_A_T:1134,0,4931 1|1:1,91:92:99:1|1:499681_A_T:4034,238,0 1|1:0,62:62:99:1|1:499681_A_T:2741,190,0 1|1:0,111:111:99:1|1:499681_A_T:4927,337,0 1|1:0,105:105:99:1|1:499681_A_T:4646,319,0 1|1:0,21:21:63:1|1:499681_A_T:925,63,0 1|1:1,66:67:99:1|1:499681_A_T:2850,157,0 1|1:0,41:41:99:1|1:499681_A_T:1804,123,0 1|1:0,130:130:99:1|1:499681_A_T:5793,397,0 1|1:1,26:27:15:1|1:499681_A_T:1073,15,0 1|1:1,182:183:99:1|1:499681_A_T:8084,512,0 1|1:0,144:144:99:1|1:499681_A_T:6482,439,0 1|1:0,208:208:99:1|1:499681_A_T:9355,638,0 1|1:0,224:224:99:1|1:499681_A_T:9993,686,0 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,216:216:99:1|1:499681_A_T:9831,668,0 1|1:0,243:243:99:1|1:499681_A_T:10860,737,0 1|1:0,162:162:99:1|1:499681_A_T:7257,491,0 0|1:16,217:233:27:0|1:499681_A_T:9115,0,27 1|1:0,190:190:99:1|1:499681_A_T:8591,584,0 1|1:0,214:214:99:1|1:499681_A_T:9681,659,0 1|1:0,45:45:99:1|1:499681_A_T:2022,138,0 1|1:2,235:237:99:1|1:499681_A_T:10508,639,0 1|1:0,215:215:99:1|1:499681_A_T:9792,662,0 1|1:0,223:223:99:1|1:499681_A_T:10022,680,0 1|1:0,269:269:99:1|1:499681_A_T:12133,822,0 0|0:245,0:245:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,245:245:99:1|1:499681_A_T:10997,743,0 1|1:0,209:209:99:1|1:499681_A_T:9377,632,0 1|1:0,180:180:99:1|1:499681_A_T:7998,545,0 1|1:0,245:245:99:1|1:499681_A_T:11228,768,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,201:201:99:1|1:499681_A_T:9126,623,0 1|1:0,293:293:99:1|1:499681_A_T:13051,888,0 1|1:1,232:233:99:1|1:499681_A_T:10214,659,0 1|1:0,94:94:99:1|1:499681_A_T:4276,292,0 1|1:0,126:126:99:1|1:499681_A_T:5596,383,0 1|1:0,228:228:99:1|1:499681_A_T:10259,698,0 1|1:0,43:43:99:1|1:499681_A_T:1924,129,0 0|1:68,41:109:99:0|1:499681_A_T:1489,0,2705 1|1:0,163:163:99:1|1:499681_A_T:7423,506,0 1|1:0,155:155:99:1|1:499681_A_T:6978,473,0 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,256:256:99:1|1:499681_A_T:11537,777,0 1|1:0,108:108:99:1|1:499681_A_T:4888,328,0 1|1:0,211:211:99:1|1:499681_A_T:9480,641,0 1|1:0,268:268:99:1|1:499681_A_T:11921,813,0 1|1:0,215:215:99:1|1:499681_A_T:9736,662,0 1|1:0,740:740:99:1|1:499681_A_T:33465,2263,0 1|1:0,858:858:99:1|1:499681_A_T:38140,2600,0 1|1:0,654:654:99:1|1:499681_A_T:29634,2019,0 1|1:1,96:97:99:1|1:499681_A_T:4245,250,0 0|0:34,0:34:80:.:.:0,80,1169 1|1:0,110:110:99:1|1:499681_A_T:4792,334,0 1|1:0,107:107:99:1|1:499681_A_T:4729,325,0 1|1:0,210:210:99:1|1:499681_A_T:9513,647,0 1|1:1,213:214:99:1|1:499681_A_T:9446,599,0 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,154:163:92:1|1:499681_A_T:6515,92,0 1|1:0,233:233:99:1|1:499681_A_T:10589,722,0 1|1:0,276:276:99:1|1:499681_A_T:12417,849,0 1|1:2,522:524:99:.:.:22915,1517,0 1|1:0,268:268:99:1|1:499681_A_T:12038,825,0 1|1:1,496:497:99:.:.:21636,1474,0 1|1:0,135:135:99:1|1:499681_A_T:6061,412,0 1|1:0,82:82:99:1|1:499681_A_T:3645,247,0 1|1:1,461:462:99:.:.:20004,1361,0 1|1:4,81:85:76:1|1:499681_A_T:3441,76,0 1|1:0,273:273:99:1|1:499681_A_T:12273,840,0 1|1:0,258:258:99:1|1:499681_A_T:11550,786,0 1|1:2,208:210:99:1|1:499681_A_T:9113,542,0 1|1:3,239:242:99:1|1:499681_A_T:10617,605,0 0|1:38,241:279:99:0|1:499681_A_T:9879,0,866 1|1:0,252:252:99:1|1:499681_A_T:11346,776,0 1|1:0,273:273:99:1|1:499681_A_T:12258,834,0 0|1:28,266:294:99:0|1:499681_A_T:10910,0,366 1|0:205,22:227:99:0|1:499681_A_T:277,0,8487 1|1:0,326:326:99:1|1:499681_A_T:14131,989,0 1|1:0,139:139:99:1|1:499681_A_T:6217,421,0 1|0:187,208:395:99:0|1:499681_A_T:7889,0,7120 1|1:2,61:63:99:1|1:499681_A_T:2651,103,0 1|1:6,271:277:99:1|1:499681_A_T:11830,545,0 1|1:4,260:264:99:1|1:499681_A_T:11511,630,0 1|1:0,247:247:99:1|1:499681_A_T:11021,752,0 1|1:0,290:290:99:1|1:499681_A_T:13130,899,0 1|1:19,278:297:51:1|1:499681_A_T:11571,51,0 1|1:0,272:272:99:1|1:499681_A_T:12454,854,0 1|1:0,237:237:99:1|1:499681_A_T:10591,722,0 1|1:0,173:173:99:1|1:499681_A_T:7493,523,0 1|1:0,262:262:99:1|1:499681_A_T:11765,803,0 1|1:0,239:239:99:1|1:499681_A_T:10637,733,0 1|1:0,241:241:99:1|1:499681_A_T:10823,740,0 1|1:0,88:88:99:1|1:499681_A_T:3842,267,0 1|1:0,260:260:99:1|1:499681_A_T:11652,789,0 1|1:1,93:94:99:1|1:499681_A_T:4008,240,0 1|1:0,277:277:99:1|1:499681_A_T:12466,848,0 1|1:0,457:457:99:1|1:499681_A_T:20253,1409,0 0|1:67,135:202:99:0|1:499681_A_T:5411,0,2384 1|1:0,450:450:99:1|1:499530_C_T:20616,1382,0 1|1:1,272:273:99:1|1:499681_A_T:12236,789,0 1|1:1,279:280:99:1|1:499681_A_T:12454,830,0 1|1:0,298:298:99:1|1:499681_A_T:13264,903,0 1|1:0,268:268:99:1|1:499681_A_T:11955,822,0 1|1:0,173:173:99:1|1:499681_A_T:7513,526,0 0|1:136,123:259:99:0|1:499681_A_T:4733,0,5338 1|0:87,35:122:99:0|1:499681_A_T:1178,0,3559 1|1:0,178:178:99:1|1:499681_A_T:8055,545,0 1|1:0,40:40:99:1|1:499681_A_T:1747,120,0 1|1:0,296:296:99:1|1:499681_A_T:13144,906,0 1|1:1,471:472:99:1|1:499681_A_T:20117,1378,0 1|1:6,277:283:99:1|1:499681_A_T:12100,608,0 1|0:217,37:254:99:0|1:499681_A_T:838,0,9027 1|1:28,449:477:99:1|1:499681_A_T:18409,175,0 1|1:0,107:107:99:1|1:499681_A_T:4778,328,0 1|1:2,258:260:99:1|1:499681_A_T:11419,702,0 1|1:0,230:230:99:1|1:499681_A_T:10278,704,0 1|1:0,441:441:99:1|1:499681_A_T:18985,1342,0 1|0:127,23:150:99:0|1:499681_A_T:587,0,5328 1|1:7,447:454:99:.:.:19092,985,0 1|1:1,687:688:99:1|1:499681_A_T:30650,2050,0 1|1:0,528:528:99:1|1:499681_A_T:23702,1610,0 1|0:35,84:119:99:.:.:3383,0,1244 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,355:355:99:1|1:499681_A_T:15273,1069,0 1|1:1,284:285:99:1|1:499681_A_T:12671,825,0 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,83:83:99:1|1:499681_A_T:3820,259,0 1|1:0,141:141:99:1|1:499681_A_T:6271,424,0 1|1:10,138:148:5:1|1:499681_A_T:5798,5,0 1|1:0,198:198:99:1|1:499681_A_T:8867,608,0 1|1:0,209:209:99:1|1:499681_A_T:9379,632,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,223:224:99:1|1:499681_A_T:9947,638,0 1|1:0,228:228:99:1|1:499681_A_T:10202,692,0 1|1:0,220:220:99:1|1:499681_A_T:9720,668,0 1|1:0,229:229:99:1|1:499681_A_T:10220,707,0 1|1:0,87:87:99:1|1:499681_A_T:3890,262,0 1|1:0,64:64:99:1|1:499681_A_T:2852,193,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,197:197:99:1|1:499681_A_T:8956,608,0 1|1:0,139:139:99:1|1:499681_A_T:6158,418,0 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,277:277:99:1|1:499681_A_T:12437,849,0 1|1:0,280:280:99:1|1:499681_A_T:12660,861,0 1|1:0,79:79:99:1|1:499681_A_T:3548,241,0 1|1:0,109:109:99:1|1:499681_A_T:4854,328,0 1|1:0,92:92:99:1|1:499681_A_T:4148,280,0 1|1:0,67:67:99:1|1:499681_A_T:2982,205,0 1|1:0,27:27:84:1|1:499681_A_T:1246,84,0 1|1:0,285:285:99:1|1:499681_A_T:12695,866,0 1|1:0,277:277:99:1|1:499681_A_T:12520,849,0 1|1:0,281:281:99:1|1:499681_A_T:12671,867,0 1|1:0,32:32:96:1|1:499681_A_T:1440,96,0 1|1:0,248:248:99:1|1:499681_A_T:11169,759,0 1|1:0,276:276:99:1|1:499681_A_T:12460,849,0 1|1:0,154:154:99:1|1:499681_A_T:6977,479,0 1|1:0,237:237:99:1|1:499681_A_T:10669,725,0 1|1:0,203:203:99:1|1:499681_A_T:9187,623,0 1|1:0,255:255:99:1|1:499681_A_T:11418,776,0 1|1:0,215:215:99:1|1:499681_A_T:9618,659,0 1|1:0,225:225:99:1|1:499681_A_T:10231,698,0 1|1:0,196:196:99:1|1:499681_A_T:8861,602,0 1|1:0,516:516:99:1|1:499681_A_T:23403,1592,0 1|1:0,84:84:99:1|1:499681_A_T:3729,253,0 1|1:0,357:357:99:1|1:499681_A_T:16016,1092,0 1|1:0,686:686:99:1|1:499681_A_T:30632,2092,0 1|1:0,195:195:99:1|1:499681_A_T:8725,599,0 1|1:0,304:304:99:1|1:499681_A_T:13699,930,0 1|1:0,68:68:99:1|1:499681_A_T:3082,211,0 1|1:0,22:22:66:1|1:499681_A_T:983,66,0 1|1:0,385:385:99:1|1:499681_A_T:17277,1173,0 1|1:0,155:155:99:1|1:499681_A_T:6869,472,0 Pf3D7_01_v3 499710 . G A 2.84817e+07 PASS FS=0;MQ=58.2;QD=34.28;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A1434;SNPEFF_CODON_CHANGE=gcG/gcA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.679;VQSLOD=10.46;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=0.984;GC=28.57;GQ_MEAN=512.53;GQ_STDDEV=183.37;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0017;MQRankSum=-0.14;NCC=0;ReadPosRankSum=1.45;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16912794;AF=0.942;AS_InbreedingCoeff=-0.0002;MLEAC=4948;MLEAF=0.943;AN=858;AC=827 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:54,35:89:99:0|1:499681_A_T:1253,0,1766 1|1:0,72:72:99:.:.:2302,216,0 1|1:0,99:99:99:.:.:3186,298,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2885,271,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1970,186,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1875,174,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1220,111,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2498,235,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1774,165,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2206,213,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1259,120,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2087,198,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1488,138,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1650,153,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1223,114,0 1|1:0,31:31:93:.:.:993,93,0 1|1:0,8:8:24:.:.:261,24,0 1|1:0,29:29:87:.:.:955,87,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1218,111,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1156,111,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2325,222,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2565,246,0 1|1:1,235:236:99:.:.:7218,699,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2240,222,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1240,122,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2748,276,0 1|1:0,14:14:42:.:.:444,42,0 1|1:0,9:9:27:.:.:284,27,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1916,183,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1571,150,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3545,351,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2983,287,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1849,177,0 1|1:0,359:359:99:.:.:10857,1076,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1748,168,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4422,426,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3048,306,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1577,153,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2442,246,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1886,186,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3533,343,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3434,342,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2814,271,0 1|1:0,217:217:99:.:.:6621,652,0 1|1:0,216:216:99:.:.:6546,649,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3045,306,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2447,243,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1117,111,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3435,340,0 1|1:2,64:66:99:.:.:1875,163,0 1|1:1,83:84:99:.:.:2544,243,0 0|1:4,32:36:3:.:.:852,0,3 1|1:0,122:122:99:.:.:3690,366,0 0|1:37,191:228:99:.:.:5290,0,325 1|1:0,103:103:99:.:.:3131,309,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2079,207,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2925,289,0 1|1:1,79:80:99:.:.:2414,231,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2574,252,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2108,216,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3829,387,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2979,298,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4828,474,0 1|1:0,301:301:99:.:.:9294,904,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1233,126,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3218,318,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4136,409,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2940,286,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1872,189,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2873,280,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1573,162,0 1|1:1,37:38:88:.:.:1094,88,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3941,396,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3751,372,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3236,318,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2319,225,0 1|0:27,168:195:99:.:.:4418,0,118 1|1:0,93:93:99:.:.:2851,279,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1711,174,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2124,213,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2202,222,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2458,240,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1647,159,0 1|1:14,111:125:24:.:.:3039,24,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2039,203,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4025,391,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3073,307,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2301,222,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5465,559,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4018,400,0 1|1:4,109:113:99:.:.:3188,232,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4348,424,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4399,439,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2817,280,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3268,333,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1927,192,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5329,526,0 0|1:38,147:185:99:.:.:3937,0,408 1|1:0,173:173:99:.:.:5123,520,0 1|1:0,241:241:99:.:.:7279,724,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5895,582,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4225,424,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3267,322,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3721,370,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3818,376,0 1|1:0,240:240:99:.:.:7383,720,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4131,403,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5874,571,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5978,586,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5595,552,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5005,492,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5861,583,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6157,616,0 1|1:0,258:258:99:.:.:7769,775,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3955,394,0 1|1:0,212:212:99:.:.:6421,637,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4940,489,0 1|1:0,238:238:99:.:.:7263,715,0 1|1:1,154:155:99:.:.:4610,439,0 1|1:0,225:225:99:.:.:6824,676,0 0|1:50,78:128:99:.:.:1971,0,939 1|1:0,195:195:99:.:.:5954,586,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5396,532,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3420,342,0 1|1:0,207:207:99:.:.:6195,622,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5594,565,0 1|1:0,208:208:99:.:.:6232,624,0 1|1:0,212:212:99:.:.:6485,637,0 1|1:0,183:183:99:.:.:5426,550,0 1|1:0,218:218:99:.:.:6546,655,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5498,552,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4157,406,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3276,339,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5227,522,0 1|1:0,236:236:99:.:.:7194,709,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5350,547,0 1|1:1,284:285:99:.:.:8383,846,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4120,402,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5151,508,0 1|1:0,227:227:99:.:.:6752,684,0 1|1:1,235:236:99:.:.:7081,699,0 1|1:1,242:243:99:.:.:7269,705,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6098,627,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5535,553,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4143,411,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4741,457,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6129,595,0 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:.:.:4171,412,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3201,318,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4227,412,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2923,289,0 1|1:7,225:232:99:.:.:6537,519,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2174,195,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4724,472,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4436,449,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2484,252,0 1|1:0,258:258:99:.:.:7618,775,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3213,316,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4734,463,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4435,435,0 1|1:1,103:104:99:.:.:3142,285,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4056,399,0 0|1:37,62:99:99:.:.:1590,0,691 1|1:0,209:209:99:.:.:6471,628,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6057,595,0 1|1:0,197:197:99:.:.:5984,592,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,9:9:27:.:.:282,27,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3384,331,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4661,457,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2519,241,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2331,225,0 1|1:1,102:103:99:.:.:3048,299,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4629,457,0 1|0:25,139:164:99:.:.:3701,0,158 1|1:0,97:97:99:.:.:3005,292,0 1|1:4,163:167:99:.:.:4919,399,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3573,354,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3036,295,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2278,219,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3535,352,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3658,364,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5762,568,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3183,310,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4203,411,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2801,271,0 1|1:0,225:225:99:.:.:6882,676,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4817,471,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4347,434,0 1|1:1,156:157:99:.:.:4706,462,0 1|1:0,187:187:99:.:.:5823,562,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3601,357,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3976,391,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6185,613,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3361,333,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2067,207,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2412,234,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2506,252,0 1|1:0,218:218:99:.:.:6523,655,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3135,321,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3818,379,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3422,337,0 1|1:13,125:138:73:.:.:3473,73,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3750,373,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1505,147,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2634,267,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2504,249,0 1|0:26,65:91:99:.:.:1707,0,388 1|1:0,95:95:99:.:.:2887,286,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3872,378,0 1|1:1,86:87:99:.:.:2704,252,0 1|1:0,199:199:99:.:.:6117,598,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6043,595,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2804,276,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2232,219,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4590,462,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3231,319,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2432,243,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1870,183,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2163,213,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3800,369,0 1|1:1,68:69:99:.:.:1992,181,0 1|1:1,87:88:99:.:.:2621,254,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2628,261,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2076,201,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2993,291,0 1|1:1,104:105:99:.:.:3173,290,0 1|1:0,214:214:99:.:.:6527,643,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3541,360,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3827,364,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2288,222,0 1|1:1,209:210:99:.:.:6240,621,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2290,222,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4083,397,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3170,313,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2514,246,0 0|0:80,0:80:49:.:.:0,49,1777 1|1:0,178:178:99:.:.:5453,535,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,6:6:18:.:.:185,18,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5395,529,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3879,376,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4221,412,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2940,291,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4395,424,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4598,466,0 1|1:0,216:216:99:.:.:6623,649,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2720,270,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1225,117,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2998,291,0 1|1:2,304:306:99:.:.:9356,865,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3819,391,0 1|1:0,214:214:99:.:.:6529,643,0 1|1:0,18:18:54:.:.:548,54,0 0|0:48,4:52:41:.:.:0,41,1128 1|1:0,160:160:99:.:.:4855,481,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2900,285,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,116:116:99:.:.:3555,349,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3541,345,0 1|1:0,26:26:78:.:.:762,78,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2143,213,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1253,123,0 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,30:30:90:.:.:916,90,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7530,638,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4793,394,0 1|1:0,225:225:99:.:.:8043,677,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7950,659,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7882,653,0 1|1:0,213:213:99:.:.:7668,640,0 1|1:0,230:230:99:.:.:8224,692,0 1|1:0,155:155:99:.:.:5509,466,0 1|1:0,261:261:99:.:.:9457,785,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7304,617,0 1|1:0,213:213:99:.:.:7547,640,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1715,144,0 1|1:0,230:230:99:.:.:8158,692,0 1|1:0,227:227:99:.:.:8171,683,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8843,755,0 1|1:0,264:264:99:.:.:9498,794,0 1|1:1,254:255:99:.:.:9214,757,0 1|1:1,246:247:99:.:.:8870,733,0 1|1:0,201:201:99:.:.:7279,605,0 1|1:0,182:182:99:.:.:6540,548,0 1|1:1,271:272:99:.:.:9702,786,0 1|1:0,149:149:99:.:.:5342,448,0 1|1:0,199:199:99:.:.:7195,598,0 1|1:0,304:304:99:.:.:10986,915,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8973,755,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3824,325,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4626,393,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7870,671,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1565,132,0 1|1:0,115:115:99:.:.:4129,346,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5949,511,0 1|1:0,157:157:99:.:.:5622,472,0 1|1:0,255:255:99:.:.:9240,767,0 1|1:0,261:261:99:.:.:9420,785,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3685,307,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8590,722,0 1|1:0,262:262:99:.:.:9537,788,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7323,616,0 1|1:0,783:783:99:.:.:27798,2354,0 1|1:0,850:850:99:.:.:30048,2557,0 1|1:0,681:681:99:.:.:24091,2048,0 1|1:0,115:115:99:.:.:4138,346,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1362,114,0 1|1:0,119:119:99:.:.:4113,357,0 1|1:0,119:119:99:.:.:4095,357,0 1|1:1,196:197:99:.:.:6949,563,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8124,701,0 1|1:0,457:457:99:.:.:16376,1373,0 1|1:0,157:157:99:.:.:5435,472,0 1|1:0,234:234:99:.:.:7919,703,0 1|1:0,287:287:99:.:.:9864,862,0 1|1:1,559:560:99:.:.:20051,1676,0 1|1:1,280:281:99:.:.:9620,819,0 1|1:0,529:529:99:.:.:18765,1589,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4918,427,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3090,274,0 1|1:0,505:505:99:.:.:18264,1519,0 1|1:1,83:84:99:.:.:2823,217,0 1|1:0,288:288:99:.:.:9988,866,0 1|1:1,260:261:99:.:.:8754,774,0 1|1:0,231:231:99:.:.:7899,694,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9423,823,0 1|1:8,262:270:99:.:.:8842,503,0 1|1:0,239:239:99:.:.:8260,718,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9363,823,0 1|1:0,298:298:99:.:.:10097,895,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7902,689,0 1|1:0,370:370:99:.:.:12883,1110,0 1|1:0,146:146:99:.:.:5099,439,0 1|1:0,437:437:99:.:.:15788,1311,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2172,189,0 1|1:0,294:294:99:.:.:10334,884,0 1|1:0,276:276:99:.:.:9521,830,0 1|1:0,238:238:99:.:.:8350,715,0 1|1:0,291:291:99:.:.:10015,875,0 1|1:8,275:283:99:.:.:9310,501,0 1|1:0,272:272:99:.:.:9463,818,0 1|1:0,256:256:99:.:.:8899,769,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6372,556,0 1|1:0,270:270:99:.:.:9329,810,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8011,702,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8519,734,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3975,274,0 1|1:0,265:265:99:.:.:9315,797,0 1|1:0,99:99:99:.:.:3439,298,0 1|1:0,276:276:99:.:.:9452,829,0 1|1:0,485:485:99:.:.:16940,1455,0 1|1:0,213:213:99:.:.:7383,640,0 1|1:0,469:469:99:1|1:499530_C_T:21025,1426,0 1|1:1,289:290:99:.:.:10076,839,0 1|1:0,318:318:99:.:.:11013,957,0 1|1:1,282:283:99:.:.:9687,841,0 1|1:2,291:293:99:.:.:10027,832,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5976,519,0 1|1:0,263:263:99:.:.:9225,796,0 1|1:4,139:143:99:.:.:4599,250,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6556,590,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1640,141,0 1|1:0,304:304:99:.:.:10542,914,0 1|1:0,514:514:99:.:.:17797,1544,0 1|1:0,292:292:99:.:.:10154,877,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8717,757,0 1|1:2,511:513:99:.:.:18063,1503,0 1|1:0,120:120:99:.:.:4104,360,0 1|1:2,276:278:99:.:.:9507,769,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8147,710,0 1|1:0,472:472:99:.:.:16878,1418,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5827,504,0 1|1:8,480:488:99:.:.:16602,1234,0 1|1:0,708:708:99:.:.:24384,2128,0 1|1:0,555:555:99:.:.:19566,1668,0 1|1:1,135:136:99:.:.:5515,389,0 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,366:366:99:.:.:13060,1099,0 1|1:4,274:278:99:.:.:9180,705,0 1|1:0,507:507:99:.:.:17848,1523,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2950,259,0 1|1:0,149:149:99:.:.:5101,448,0 1|1:1,144:145:99:.:.:4998,391,0 1|1:1,199:200:99:.:.:6924,557,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6953,592,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,214:214:99:.:.:6960,643,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8409,737,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7518,659,0 1|1:0,242:242:99:.:.:8530,728,0 1|1:0,89:89:99:.:.:3098,268,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2142,189,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,218:218:99:.:.:7516,656,0 1|1:0,146:146:99:.:.:5114,439,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7929,686,0 1|1:0,294:294:99:.:.:10298,884,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9470,823,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2868,250,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4316,376,0 1|1:0,88:88:99:.:.:3043,265,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2376,199,0 1|1:0,27:27:81:.:.:945,81,0 1|1:0,286:286:99:.:.:9929,859,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9606,821,0 1|1:0,293:293:99:.:.:10185,881,0 1|1:0,28:28:84:.:.:983,84,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8811,757,0 1|1:0,280:280:99:.:.:9906,842,0 1|1:2,162:164:99:.:.:5408,443,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8724,755,0 1|1:0,194:194:99:.:.:6713,583,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8511,733,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7575,655,0 1|1:0,235:235:99:.:.:8184,706,0 1|1:0,182:182:99:.:.:6583,548,0 1|1:0,517:517:99:.:.:18386,1555,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2882,258,0 1|1:0,336:336:99:.:.:11637,1010,0 1|1:0,696:696:99:.:.:23661,2090,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6422,556,0 1|1:0,324:324:99:.:.:11230,974,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2447,205,0 1|1:0,21:21:63:.:.:752,63,0 1|1:0,390:390:99:.:.:14043,1173,0 1|1:0,147:147:99:.:.:5136,442,0 Pf3D7_01_v3 499969 . C G 1.75541e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=28.69;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q1521E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Caa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.702;VQSLOD=10.14;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.29;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.985;GC=14.29;GQ_MEAN=511.58;GQ_STDDEV=551.26;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6298;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.149;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16289741;AF=0.633;AS_InbreedingCoeff=0.6109;MLEAC=3341;MLEAF=0.635;AN=858;AC=488 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,80:80:99:.:.:2422,240,0 1|1:1,95:96:99:.:.:2677,257,0 1|0:61,36:97:99:.:.:727,0,1441 1|1:1,99:100:99:.:.:2834,273,0 0|0:62,0:62:15:.:.:0,15,1435 0|0:70,0:70:84:.:.:0,84,1783 1|1:0,49:49:99:.:.:1469,147,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2467,263,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2146,221,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1788 0|1:18,35:53:99:0|1:499969_C_G:839,0,367 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1412 0|1:14,23:37:99:.:.:575,0,297 1|0:18,6:24:99:.:.:103,0,447 1|1:0,32:32:96:.:.:945,96,0 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315 1|1:0,38:38:99:.:.:1118,114,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1161 1|1:0,42:42:99:.:.:1202,126,0 1|0:26,37:63:99:.:.:886,0,545 1|1:0,77:77:99:.:.:2174,230,0 1|1:0,242:242:99:.:.:6885,726,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1815,204,0 0|0:41,0:41:84:.:.:0,84,1029 1|1:0,105:105:99:.:.:2857,315,0 1|1:0,20:20:60:.:.:565,60,0 1|1:0,9:9:27:.:.:260,27,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1897,203,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1749,186,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3371,360,0 0|1:27,99:126:99:.:.:2457,0,384 1|1:0,58:58:99:.:.:1662,174,0 0|1:92,223:315:99:.:.:5366,0,1567 1|1:0,67:67:99:.:.:1854,199,0 0|1:38,94:132:99:.:.:2284,0,627 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|1:28,36:64:99:.:.:793,0,565 1|0:24,56:80:99:.:.:1305,0,407 1|1:0,67:67:99:.:.:1763,199,0 1|1:9,119:128:99:.:.:3110,133,0 1|0:78,37:115:99:.:.:657,0,1821 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,252:252:99:.:.:6977,756,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5340,578,0 0|1:29,83:112:99:.:.:2028,0,446 0|1:32,55:87:99:.:.:1260,0,623 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215 0|1:103,15:118:87:.:.:87,0,2495 1|0:37,25:62:99:.:.:510,0,833 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|0:15,14:29:99:.:.:309,0,318 1|1:9,109:118:99:.:.:2819,105,0 1|0:48,204:252:99:.:.:5117,0,564 1|1:0,125:125:99:.:.:3517,374,0 0|0:60,0:60:61:.:.:0,61,1442 1|1:0,120:120:99:.:.:3338,360,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2666,282,0 1|1:2,71:73:99:.:.:1959,160,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|1:64,83:147:99:.:.:1909,0,1362 1|0:37,88:125:99:.:.:2034,0,617 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,57:57:99:.:.:1516,170,0 0|1:44,62:106:99:.:.:1445,0,896 1|0:85,40:125:99:.:.:755,0,1943 1|1:0,96:96:99:.:.:2774,288,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1307,148,0 0|1:35,33:68:99:.:.:707,0,795 1|1:0,64:64:99:.:.:1738,191,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1590,170,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4031,430,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3160,344,0 0|0:95,0:95:28:.:.:0,28,2150 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|1:169,29:198:99:.:.:192,0,3950 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:.:.:1536,175,0 0|1:44,30:74:99:.:.:615,0,1020 1|1:8,68:76:15:.:.:1620,15,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1283,144,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1152 1|1:0,148:148:99:.:.:4086,444,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:119,0:119:99:.:.:0,105,1575 1|0:53,71:124:99:.:.:1600,0,1062 0|1:62,17:79:99:.:.:259,0,1486 1|1:10,140:150:99:.:.:3496,203,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4063,441,0 1|1:3,104:107:99:.:.:2852,244,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|0:27,82:109:99:.:.:1972,0,382 0|1:19,89:108:99:.:.:2161,0,205 1|0:31,13:44:99:.:.:242,0,713 1|1:10,162:172:99:.:.:4238,242,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,155:160:99:.:.:4100,345,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|1:201,48:249:99:.:.:581,0,4641 1|1:0,153:153:99:.:.:4219,459,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3098,332,0 1|0:25,104:129:99:.:.:2507,0,298 0|1:71,65:136:99:.:.:1366,0,1535 1|1:8,236:244:99:.:.:6200,498,0 1|0:72,95:167:99:.:.:2116,0,1444 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|1:147,23:170:99:.:.:129,0,3552 1|1:1,182:183:99:.:.:5012,520,0 1|1:10,191:201:99:.:.:5039,344,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|1:14,186:200:99:.:.:4773,239,0 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,173:173:99:.:.:4819,519,0 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 0|1:71,109:180:99:.:.:2504,0,1364 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 0|1:44,98:142:99:.:.:2280,0,776 1|1:0,249:249:99:.:.:6862,746,0 1|0:50,116:166:99:.:.:2728,0,886 0|0:194,0:194:30:.:.:0,30,4269 1|0:117,85:202:99:.:.:1759,0,2637 1|1:12,123:135:73:.:.:3005,73,0 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,178:178:99:.:.:4982,535,0 1|1:0,256:256:99:.:.:7229,769,0 0|1:63,114:177:99:.:.:2548,0,1109 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|1:69,79:148:99:.:.:1746,0,1414 1|1:12,136:148:99:.:.:3479,118,0 1|1:3,76:79:99:.:.:1972,155,0 0|1:29,185:214:99:.:.:4502,0,147 1|1:0,227:227:99:.:.:6383,681,0 0|1:25,142:167:99:.:.:3311,0,151 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,139:140:99:.:.:3917,391,0 1|1:1,210:211:99:.:.:5788,603,0 1|1:0,244:244:99:.:.:6576,731,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,136:136:99:.:.:3742,408,0 1|0:122,46:168:99:.:.:815,0,2871 1|0:155,62:217:99:.:.:1091,0,3658 1|1:0,247:247:99:.:.:6933,741,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,108:108:99:.:.:3022,324,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3413,363,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2082,219,0 1|1:5,230:235:99:.:.:6045,575,0 1|0:9,66:75:27:.:.:1664,0,27 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|1:33,43:76:99:.:.:923,0,645 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,137:138:99:.:.:3845,385,0 1|1:10,152:162:99:.:.:4048,198,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2700,297,0 0|1:31,88:119:99:.:.:2056,0,472 1|0:40,70:110:99:.:.:1562,0,757 1|1:11,194:205:99:.:.:5156,319,0 0|1:107,86:193:99:.:.:1803,0,2328 1|1:15,193:208:99:.:.:4975,196,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,7:7:21:.:.:201,21,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,142:142:99:.:.:4024,425,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|1:38,53:91:99:.:.:1142,0,750 0|1:69,85:154:99:.:.:1930,0,1443 1|1:0,167:167:99:.:.:4541,500,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3006,318,0 1|1:15,155:170:90:.:.:3975,90,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|1:33,65:98:99:.:.:1506,0,628 0|1:50,18:68:99:.:.:309,0,1197 1|1:0,111:111:99:.:.:3151,333,0 1|0:33,129:162:99:.:.:3115,0,422 0|1:74,84:158:99:.:.:1872,0,1585 1|0:87,24:111:99:.:.:339,0,2096 1|1:3,112:115:99:.:.:3092,257,0 1|1:1,93:94:99:.:.:2556,255,0 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 1|0:55,104:159:99:.:.:2484,0,1068 1|1:6,141:147:99:.:.:3804,271,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,211:211:99:.:.:5965,633,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,2197 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,122:129:99:.:.:3229,192,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1824,198,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,89:89:99:.:.:2490,267,0 1|1:8,205:213:99:.:.:5361,428,0 1|0:42,81:123:99:.:.:1793,0,729 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|0:50,89:139:99:.:.:2035,0,918 0|1:24,85:109:99:.:.:2009,0,313 1|1:0,69:69:99:.:.:1914,206,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2191,237,0 1|0:17,67:84:99:.:.:1620,0,211 0|1:63,58:121:99:.:.:1208,0,1323 1|1:0,110:110:99:.:.:3078,330,0 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,100:100:99:.:.:2694,298,0 1|1:0,204:204:99:.:.:5739,611,0 1|1:0,171:171:99:.:.:4692,511,0 1|1:1,94:95:99:.:.:2520,274,0 0|1:17,38:55:99:.:.:916,0,318 0|1:151,62:213:99:.:.:1014,0,3363 0|0:88,9:97:43:.:.:0,43,2116 1|0:44,58:102:99:.:.:1313,0,901 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1231 0|1:23,52:75:99:.:.:1225,0,407 0|1:41,79:120:99:.:.:1868,0,737 0|1:49,18:67:99:.:.:289,0,1096 1|1:0,97:97:99:.:.:2670,290,0 1|0:56,14:70:99:.:.:177,0,1234 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|1:27,85:112:99:.:.:1970,0,381 1|1:0,213:213:99:.:.:5871,637,0 1|0:37,65:102:99:.:.:1492,0,693 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1404 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,84:84:99:.:.:2330,251,0 1|0:30,111:141:99:.:.:2739,0,417 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 0|0:87,0:87:96:.:.:0,96,2003 1|0:123,65:188:99:.:.:1224,0,2736 1|1:0,98:98:99:.:.:2690,293,0 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,180 0|1:92,96:188:99:.:.:2090,0,1937 1|1:0,131:131:99:.:.:3764,393,0 1|1:0,142:142:99:.:.:3990,426,0 1|1:2,95:97:99:.:.:2608,233,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800 1|0:64,77:141:99:.:.:1767,0,1307 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,53:58:41:.:.:1365,41,0 1|1:0,23:23:69:.:.:673,69,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2366,255,0 1|1:32,284:316:62:.:.:7063,62,0 1|0:52,82:134:99:.:.:1833,0,1005 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,31:32:69:.:.:837,69,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1260 1|0:146,39:185:99:.:.:527,0,3357 0|1:69,17:86:99:.:.:228,0,1697 1|1:0,59:59:99:.:.:1699,177,0 1|1:1,102:103:99:.:.:2807,283,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800 0|1:7,13:20:99:.:.:309,0,142 1|1:0,61:61:99:.:.:1708,183,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1060,117,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|1:3,17:20:25:.:.:429,0,25 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,122:122:99:.:.:4182,366,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,154:154:99:.:.:5318,463,0 1|1:0,206:206:99:.:.:7139,619,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8523,757,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,262:262:99:.:.:9017,787,0 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,234:234:99:.:.:8008,704,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1431,123,0 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,246:246:99:.:.:8428,740,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8046,700,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,246:246:99:.:.:8336,740,0 1|1:1,220:221:99:.:.:7493,629,0 0|0:157,0:157:99:.:.:0,103,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,148:148:99:.:.:5068,445,0 0|1:70,121:191:99:.:.:3542,0,1682 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,182:182:99:.:.:6319,547,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1508 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,193:193:99:.:.:6638,581,0 0|0:35,0:35:70:.:.:0,70,1121 0|1:64,56:120:99:.:.:1607,0,1841 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,161:161:99:.:.:5525,483,0 1|1:0,242:242:99:.:.:8400,728,0 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:.:.:3181,276,0 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,254:256:99:.:.:8657,704,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,854:854:99:.:.:28974,2564,0 0|0:592,0:592:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,99:99:99:.:.:3406,298,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1081,93,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|1:101,11:112:43:.:.:43,0,2951 1|1:0,245:245:99:.:.:8056,735,0 1|1:1,246:247:99:.:.:7990,708,0 1|1:4,497:501:99:.:.:15962,1414,0 1|1:2,158:160:99:.:.:5104,420,0 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,293:294:99:.:.:9592,848,0 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,523:527:99:.:.:16700,1438,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5477,508,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 0|1:65,184:249:99:.:.:5266,0,1360 1|1:0,206:206:99:.:.:6803,619,0 1|1:0,253:253:99:.:.:8328,759,0 1|0:217,51:268:99:.:.:881,0,6357 1|1:0,256:256:99:.:.:8386,768,0 1|1:0,244:244:99:.:.:7992,732,0 1|1:0,258:258:99:.:.:8431,774,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7404,672,0 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,105:106:99:.:.:3470,283,0 1|1:2,406:408:99:.:.:13133,1153,0 1|0:14,38:52:99:.:.:1166,0,264 1|1:0,273:273:99:.:.:8926,819,0 1|1:1,263:264:99:.:.:8731,764,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6895,619,0 1|1:2,266:268:99:.:.:8542,755,0 1|1:1,292:293:99:.:.:9622,869,0 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 0|1:62,191:253:99:.:.:5509,0,1327 1|0:63,130:193:99:.:.:3566,0,1368 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,251:253:99:.:.:8278,690,0 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,95:100:99:.:.:2855,142,0 0|1:233,54:287:99:.:.:936,0,6699 1|0:22,70:92:99:.:.:1902,0,374 1|0:30,225:255:99:.:.:6622,0,256 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800 1|0:92,89:181:99:.:.:2404,0,2393 1|0:193,266:459:99:.:.:7098,0,4510 0|1:223,51:274:99:.:.:850,0,6397 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800 0|1:160,68:228:99:.:.:1438,0,4497 1|1:2,245:247:99:.:.:8019,676,0 1|0:48,106:154:99:.:.:2916,0,1002 1|0:93,170:263:99:.:.:4713,0,2085 1|1:7,141:148:99:.:.:4342,213,0 1|0:135,57:192:99:.:.:1290,0,3604 1|0:5,26:31:71:.:.:730,0,71 0|1:253,39:292:99:.:.:380,0,7381 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,257:264:99:.:.:8188,575,0 1|1:16,248:264:99:.:.:7653,249,0 1|1:12,465:477:99:.:.:14767,1059,0 0|1:56,64:120:99:.:.:1744,0,1321 1|1:1,244:245:99:.:.:7876,698,0 1|1:4,273:277:99:.:.:8572,699,0 1|1:10,475:485:99:.:.:15015,1140,0 1|0:164,37:201:99:.:.:560,0,4590 1|1:2,478:482:99:.:.:15782,1375,0 1|1:1,684:685:99:.:.:22715,2023,0 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800 1|0:42,85:127:99:.:.:2423,0,973 1|1:0,456:456:99:.:.:14804,1370,0 1|1:1,336:337:99:.:.:10848,975,0 1|0:216,35:251:99:.:.:479,0,6226 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,75:75:99:.:.:2518,225,0 0|1:71,74:145:99:.:.:2104,0,1926 1|1:0,153:153:99:.:.:5116,460,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7715,688,0 1|0:54,178:232:99:.:.:5282,0,1063 1|1:0,165:165:99:.:.:5564,496,0 1|0:50,179:229:99:.:.:5062,0,855 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1634 1|1:0,63:63:99:1|1:499956_GA_G:2141,190,0 1|1:1,236:237:99:.:.:7874,677,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7174,646,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7580,679,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,284:284:99:.:.:9491,854,0 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,318:318:99:.:.:10644,954,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2181,195,0 1|0:75,54:129:99:.:.:1450,0,2008 1|1:0,115:115:99:.:.:3777,345,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,22:22:66:.:.:716,66,0 1|1:1,321:322:99:.:.:10818,934,0 1|0:120,210:330:99:.:.:5952,0,2879 0|1:66,248:314:99:.:.:7358,0,1236 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1047 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|1:43,265:308:99:.:.:7799,0,489 1|1:0,145:145:99:.:.:4862,436,0 0|1:143,81:224:99:.:.:2024,0,3942 0|1:49,181:230:99:.:.:5399,0,927 0|1:30,185:215:99:.:.:5612,0,352 1|1:0,232:232:99:.:.:7786,697,0 1|0:25,209:234:99:.:.:6331,0,113 1|1:0,229:229:99:.:.:7792,689,0 0|1:234,343:577:99:.:.:9764,0,6088 0|1:31,48:79:99:.:.:1443,0,710 1|0:127,186:313:99:.:.:5251,0,3278 1|1:0,729:729:99:.:.:24078,2190,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6226,558,0 1|1:1,271:272:99:.:.:9017,783,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1466 0|0:31,0:31:66:.:.:0,66,964 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 500067 . T A 297888 PASS FS=0.54;MQ=59.98;QD=19.91;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1553K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=SURF1.1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113100.1;SOR=0.725;VQSLOD=5.06;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;InbreedingCoeff=-0.0003;NCC=0;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=216.13;GQ_STDDEV=404.99;HRun=3;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.679;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13992031;AF=0.009692;AS_InbreedingCoeff=-0.0315;MLEAC=51;MLEAF=0.009692;AN=858;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1250:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1244:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1788:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1314:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1412:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1326:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1271:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1145:. 0|1:58,13:71:99:.:.:187,0,1589:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1597:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1082:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1629:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,27:96:99:.:.:488,0,1751:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,979:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1067:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1071:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1152:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1040:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,41:160:99:.:.:757,0,3198:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,34:104:99:.:.:724,0,1783:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,20:117:99:.:.:210,0,2564:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1404:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1301:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,570:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,183:186:99:.:.:6336,449,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,149:159:99:.:.:4918,138,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1508:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:752,0:752:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:592,0:592:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1421:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,961:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,162:222:99:.:.:4817,0,1331:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1667:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,250:252:99:.:.:8379,687,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:162,35:197:99:.:.:601,0,4847:. 1|0:195,259:454:99:.:.:7637,0,5116:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:205,34:239:99:.:.:443,0,6237:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:62:.:.:0,62,1236:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:263,192:455:99:.:.:5093,0,7216:. 1|1:14,643:657:99:.:.:21354,1476,0:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1634:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1043:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:599,0:599:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1466:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 500144 . A G 3.15074e+06 PASS FS=0;MQ=60.8;QD=22.59;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.672;VQSLOD=7.13;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.85;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.995;GC=28.57;GQ_MEAN=279.64;GQ_STDDEV=391.7;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5595;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.296;culprit=FS;set=snp;DP=12691537;AF=0.114;AS_InbreedingCoeff=0.5605;MLEAC=595;MLEAF=0.113;AN=858;AC=100 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,2:41:68:.:.:0,68,1179:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1244:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1788:. 0|1:19,11:30:99:.:.:229,0,600:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1412:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1240:. 0|1:28,7:35:99:.:.:101,0,779:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,9:9:27:.:.:277,27,0:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1917,203,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1597:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,14:15:14:.:.:380,14,0:. 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1629:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2054,215,0:. 0|0:116,11:127:62:.:.:0,62,3703:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1248:. 1|0:66,11:77:75:.:.:75,0,1741:. 1|0:47,14:61:99:.:.:211,0,1224:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,56:129:99:.:.:1160,0,1766:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,20:79:99:.:.:325,0,1566:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,21:27:75:.:.:487,0,75:. 1|1:6,115:121:99:.:.:3112,202,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,55:90:99:.:.:1263,0,737:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,57:91:99:.:.:1299,0,749:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1103,125,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1067:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1071:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,5:78:86:.:.:0,86,2045:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,23:62:99:.:.:462,0,969:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:51:.:.:0,51,1562:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,195:204:99:.:.:5272,330,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:.:.:5090,543,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,41:188:99:.:.:603,0,3952:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,20:204:51:.:.:0,51,4915:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,187:218:99:.:.:4568,0,309:. 0|1:121,23:144:99:.:.:170,0,3042:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,121:155:99:.:.:2941,0,525:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,112:124:7:.:.:2745,7,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,175:180:99:.:.:4608,385,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,148:151:99:.:.:4095,362,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,366:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,73:139:99:.:.:1637,0,1577:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,92:141:99:.:.:2192,0,1069:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,14:115:45:.:.:45,0,2653:. 1|1:0,223:223:99:.:.:6053,669,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2407,258,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,17:142:62:.:.:62,0,3275:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,5:81:99:.:.:0,100,2673:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2532,275,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,29:73:99:.:.:559,0,1106:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1490:. 0|1:87,28:115:99:.:.:435,0,2296:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,27:99:99:.:.:452,0,1915:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1404:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:163,21:184:55:.:.:55,0,4327:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,224:. 1|0:98,67:165:99:.:.:1360,0,2403:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,16:94:99:.:.:191,0,2036:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:83,65:148:99:.:.:1344,0,1965:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1301:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,21:29:99:.:.:484,0,148:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1152:. 1|0:33,117:150:99:.:.:2788,0,508:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,877:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3709,319,0:. 1|1:7,220:227:99:.:.:7465,437,0:. 1|1:0,204:204:99:.:.:7181,614,0:. 1|1:0,120:120:99:.:.:4166,361,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4736,418,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:.:.:7596,653,0:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1508:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,750:751:99:.:.:25757,2222,0:. 1|1:1,585:586:99:.:.:19853,1723,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1421:. 1|1:0,24:24:72:.:.:802,72,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:.:.:6325,567,0:. 1|1:1,228:229:99:.:.:7561,651,0:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4553,420,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1667:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,237:237:99:.:.:7791,710,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,171:254:99:.:.:4915,0,2095:. 1|0:138,17:155:67:.:.:67,0,4173:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:256,42:298:99:.:.:439,0,7579:. 0|0:56,4:60:81:.:.:0,81,2074:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,245:259:99:.:.:7402,335,0:. 0|1:193,32:225:99:.:.:381,0,5908:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:79:.:.:0,79,1197:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,8:117:99:.:.:0,120,3370:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,399:402:99:.:.:13184,1123,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,212:257:99:.:.:6171,0,752:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,53:181:99:.:.:1224,0,3685:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1634:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,250:263:99:.:.:7986,393,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,792:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:207,84:291:99:.:.:1992,0,6295:. 0|1:205,57:262:99:.:.:1073,0,6184:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:208,39:247:99:.:.:531,0,6294:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,133:206:99:.:.:3797,0,1845:. 1|0:163,26:189:99:.:.:320,0,5076:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,17:222:69:.:.:0,69,6464:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:599,0:599:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1466:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|1:6,393:399:99:.:.:12968,989,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 500179 . T C 1.11166e+07 PASS FS=0;MQ=60.2;QD=26.51;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.698;VQSLOD=7.83;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.986;GC=19.05;GQ_MEAN=356.27;GQ_STDDEV=378.3;HRun=0;InbreedingCoeff=0.694;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.142;culprit=FS;set=snp;DP=12612659;AF=0.503;AS_InbreedingCoeff=0.4665;MLEAC=2654;MLEAF=0.505;AN=858;AC=463 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,95:95:99:.:.:2716,284,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,49:52:55:.:.:1153,55,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|0:32,0:32:82:.:.:0,82,1124 1|1:0,82:82:99:.:.:2318,245,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1788 0|1:18,17:35:99:.:.:378,0,568 1|1:0,80:80:99:.:.:2043,235,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1412 0|1:13,31:44:99:.:.:778,0,282 0|1:8,34:42:99:.:.:864,0,136 1|1:0,29:29:85:.:.:780,85,0 1|1:0,10:10:30:.:.:296,30,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1095,111,0 1|1:0,36:36:99:.:.:992,107,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1064 1|1:0,53:53:99:.:.:1462,159,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1944,207,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5021,544,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1597 1|1:0,36:36:99:.:.:982,108,0 1|0:40,68:108:99:.:.:1542,0,823 1|1:1,18:19:26:.:.:484,26,0 1|1:0,10:10:30:.:.:276,30,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1629 1|1:0,97:97:99:.:.:2618,289,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|1:37,12:49:99:.:.:178,0,1019 1|0:81,216:297:99:.:.:5005,0,1441 1|1:0,82:82:99:.:.:2234,244,0 1|0:70,73:143:99:.:.:1718,0,1673 1|1:0,76:76:99:.:.:1973,225,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1248 0|1:20,45:65:99:.:.:1023,0,352 1|0:17,44:61:99:.:.:981,0,331 1|1:0,105:105:99:.:.:2728,311,0 0|1:80,45:125:99:.:.:894,0,1911 1|1:0,80:80:99:.:.:2228,239,0 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,168:168:99:.:.:4588,504,0 1|0:102,27:129:99:.:.:364,0,2421 0|1:29,41:70:99:.:.:899,0,657 0|0:34,0:34:60:.:.:0,60,936 0|1:93,14:107:70:.:.:70,0,2319 1|0:8,47:55:33:.:.:1150,0,33 1|1:0,114:114:99:.:.:2952,336,0 1|0:8,11:19:99:.:.:251,0,181 1|1:0,113:113:99:.:.:3177,339,0 1|0:156,52:208:99:.:.:838,0,4062 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|0:73,12:85:88:.:.:88,0,1913 0|1:26,47:73:99:.:.:1012,0,547 0|1:48,83:131:99:.:.:1817,0,960 0|1:26,49:75:99:.:.:1075,0,567 1|1:1,137:138:99:.:.:3715,381,0 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1131 1|0:64,18:82:99:.:.:266,0,1734 1|0:28,98:126:99:.:.:2203,0,445 1|0:20,69:89:99:.:.:1624,0,362 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1067 1|1:3,69:72:99:.:.:1834,125,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1369,167,0 0|1:16,27:43:99:.:.:596,0,362 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,64:68:76:.:.:1646,76,0 1|1:10,177:187:99:.:.:4969,281,0 1|0:13,63:76:99:.:.:1476,0,144 1|1:0,58:58:99:.:.:1514,173,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1776,193,0 1|1:3,71:74:99:.:.:1868,139,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1188,131,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1359 0|1:18,90:108:99:.:.:2178,0,187 1|1:0,64:64:99:.:.:1759,192,0 0|0:119,0:119:99:.:.:0,105,1575 1|1:7,138:145:99:.:.:3372,219,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|0:90,24:114:99:.:.:278,0,2304 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,87:88:99:.:.:2299,231,0 0|1:73,22:95:99:.:.:300,0,1845 0|1:35,11:46:99:.:.:147,0,936 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|0:115,38:153:99:.:.:585,0,2946 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,150:159:99:.:.:3693,223,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|0:14,100:114:46:.:.:2295,0,46 0|1:91,13:104:44:.:.:44,0,2385 0|0:115,0:115:18:.:.:0,18,2763 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,141:141:99:.:.:3900,421,0 1|1:0,183:183:99:.:.:4906,544,0 0|1:29,143:172:99:.:.:3316,0,361 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|1:46,120:166:99:.:.:2796,0,899 1|1:0,188:188:99:.:.:4922,560,0 1|1:10,155:165:99:.:.:4041,176,0 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,144:144:99:.:.:3876,431,0 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:.:.:3702,411,0 1|1:0,205:205:99:.:.:5542,613,0 0|1:73,45:118:99:.:.:882,0,1750 0|1:71,127:198:99:.:.:2775,0,1478 1|0:85,59:144:99:.:.:1172,0,2204 1|1:2,185:187:99:.:.:4822,489,0 1|0:105,63:168:99:.:.:1230,0,2719 1|1:1,124:125:99:.:.:3136,340,0 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,163:163:99:.:.:4272,485,0 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 0|1:42,127:169:99:.:.:2864,0,740 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|1:58,53:111:99:.:.:1135,0,1354 0|1:44,79:123:99:.:.:1779,0,935 0|1:19,69:88:99:.:.:1488,0,246 1|1:0,148:148:99:.:.:4058,444,0 1|0:22,195:217:35:.:.:4679,0,35 1|0:29,106:135:99:.:.:2300,0,438 1|1:0,225:225:99:.:.:5686,665,0 0|1:26,103:129:99:.:.:2439,0,418 0|1:52,127:179:99:.:.:2845,0,975 1|0:51,125:176:99:.:.:2751,0,1010 1|1:0,182:182:99:.:.:4763,542,0 1|1:0,200:200:99:.:.:5258,596,0 1|1:0,170:170:99:.:.:4467,509,0 1|1:0,214:214:99:.:.:5778,641,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|1:95,22:117:99:.:.:262,0,2455 1|0:139,29:168:99:.:.:302,0,3744 1|1:0,201:201:99:.:.:5418,599,0 1|1:0,107:107:99:.:.:2892,321,0 0|0:113,12:125:48:.:.:0,48,2876 1|1:0,103:103:99:.:.:2780,308,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1694,186,0 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 0|1:6,46:52:12:.:.:1189,0,12 0|1:62,66:128:99:.:.:1428,0,1480 1|1:0,140:140:99:.:.:3695,418,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,206:206:99:.:.:5395,615,0 1|1:2,106:108:99:.:.:2840,289,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|1:56,76:132:99:.:.:1642,0,1317 1|0:59,36:95:99:0|1:500179_T_C:690,0,1602 0|0:155,17:172:61:.:.:0,61,4128 0|1:22,157:179:86:.:.:3812,0,86 1|1:2,168:170:99:.:.:4567,467,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4240,478,0 1|1:0,12:12:36:.:.:343,36,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,83:83:99:.:.:2302,248,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2605,292,0 0|1:77,61:138:99:.:.:1184,0,1908 0|1:66,75:141:99:.:.:1500,0,1521 1|1:1,85:86:99:.:.:2301,228,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,126:127:99:.:.:3440,348,0 0|1:20,76:96:99:.:.:1849,0,319 1|0:15,49:64:99:.:.:1182,0,275 1|1:0,122:122:99:1|1:500179_T_C:4064,368,0 1|1:5,113:118:99:.:.:3022,194,0 1|0:118,29:147:99:.:.:348,0,3304 1|1:3,70:73:99:.:.:1835,122,0 1|1:1,101:102:99:.:.:2737,272,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2634,288,0 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:.:.:3625,407,0 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,132:132:99:.:.:3424,393,0 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,100:100:99:.:.:2644,299,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,232:232:99:.:.:6219,695,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,76:76:99:.:.:2056,227,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2615,291,0 1|1:0,171:171:99:.:.:4424,509,0 0|1:54,26:80:99:.:.:365,0,1336 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,110:110:99:.:.:2972,327,0 0|1:39,83:122:99:.:.:1815,0,767 1|0:62,18:80:99:.:.:229,0,1552 0|1:46,29:75:99:.:.:587,0,1173 1|1:0,85:85:99:.:.:2192,252,0 1|0:45,20:65:99:.:.:369,0,1188 0|1:41,29:70:99:.:.:514,0,999 1|1:0,102:102:99:.:.:3596,305,0 1|1:1,108:109:99:.:.:2873,294,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,169:169:99:.:.:4399,500,0 1|0:66,95:161:99:.:.:2146,0,1529 1|1:0,95:95:99:.:.:2465,283,0 1|1:1,73:74:99:.:.:1873,188,0 1|1:15,167:182:99:.:.:3777,104,0 0|0:119,0:119:68:.:.:0,68,2886 1|0:55,20:75:99:.:.:299,0,1399 1|1:0,57:57:99:.:.:1500,170,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1490 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|1:21,43:64:99:.:.:828,0,419 1|1:0,89:89:99:.:.:2367,266,0 1|0:43,17:60:99:.:.:259,0,1143 1|1:0,69:69:99:.:.:1809,205,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|1:38,57:95:99:.:.:1219,0,852 1|1:0,200:200:99:.:.:5517,600,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1781,202,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1404 1|1:0,195:195:99:.:.:5285,584,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1498,174,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,57:57:99:.:.:1383,167,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2151,258,0 1|1:14,166:180:99:.:.:4101,143,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1719,198,0 1|1:0,7:7:21:.:.:202,21,0 1|0:67,89:156:99:.:.:1882,0,1529 1|1:0,113:113:99:.:.:3122,339,0 0|1:84,71:155:99:.:.:1482,0,2083 0|1:63,24:87:99:.:.:405,0,1595 1|1:0,136:136:99:.:.:3794,408,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3671,405,0 1|1:4,190:194:99:.:.:5026,455,0 1|0:8,34:42:99:.:.:831,0,110 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125 1|1:0,76:76:99:.:.:2095,227,0 1|0:210,87:297:99:.:.:1553,0,5281 1|1:1,132:133:99:1|1:500179_T_C:4524,369,0 1|1:7,156:163:99:.:.:4052,267,0 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170 1|1:0,51:51:99:.:.:1402,153,0 1|0:122,21:143:99:.:.:119,0,3227 0|1:36,48:84:99:.:.:1063,0,843 1|1:0,51:51:99:.:.:1397,153,0 0|1:39,42:81:99:.:.:867,0,942 1|1:0,98:98:99:.:.:2681,292,0 0|1:14,7:21:99:.:.:115,0,372 1|0:35,36:71:99:.:.:790,0,717 1|1:0,31:31:93:.:.:841,93,0 1|1:5,108:113:99:.:.:2838,177,0 0|0:18,0:18:2:.:.:0,2,458 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,102:102:99:.:.:3435,306,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7047,653,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5671,508,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3302,299,0 1|1:11,172:183:99:.:.:5428,200,0 0|0:160,0:160:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,109:109:99:.:.:3518,325,0 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,161:161:99:.:.:5198,481,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6561,604,0 1|1:0,20:20:60:.:.:677,60,0 1|1:0,160:160:99:.:.:5209,479,0 1|1:1,188:189:99:.:.:5919,531,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6203,567,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5667,495,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,206:206:99:.:.:6726,619,0 1|1:0,147:147:99:.:.:5090,442,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|1:40,116:156:99:.:.:3333,0,823 1|1:0,252:252:99:.:.:8251,756,0 0|1:32,112:144:99:.:.:4236,0,711 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1508 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,190:190:99:.:.:6464,571,0 0|0:33,0:33:66:.:.:0,66,1018 1|1:0,86:86:99:.:.:2879,258,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4863,441,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,210:210:99:.:.:7146,631,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,210:210:99:.:.:6865,628,0 1|1:0,206:206:99:.:.:7050,620,0 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800 0|0:577,0:577:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,507:507:99:.:.:16384,1513,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1421 0|0:24,0:24:47:.:.:0,47,768 1|1:1,99:100:99:.:.:2683,260,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,171:172:99:.:.:5484,506,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6128,574,0 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,398:401:99:.:.:11772,1088,0 0|1:114,101:215:99:.:.:2713,0,4440 1|1:1,343:344:99:.:.:10117,981,0 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,82:82:99:.:.:2626,246,0 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,83:84:99:.:.:2703,217,0 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,160:161:99:.:.:5118,444,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7042,654,0 0|1:40,188:228:99:.:.:5604,0,860 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 0|1:206,39:245:99:.:.:486,0,6103 0|0:222,0:222:0:.:.:0,0,5934 1|1:14,160:174:64:.:.:4670,64,0 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800 1|0:14,81:95:99:.:.:2264,0,212 1|1:24,272:296:99:.:.:7395,126,0 0|1:6,43:49:71:.:.:1189,0,71 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 1|0:179,69:248:99:.:.:1531,0,5250 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,199:199:99:.:.:6230,594,0 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 1|0:55,64:119:99:.:.:1493,0,1435 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,215:217:99:.:.:6878,580,0 1|1:5,205:210:99:.:.:6296,442,0 1|1:1,74:75:99:.:.:2146,186,0 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800 1|0:23,30:53:99:.:.:728,0,638 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800 0|1:129,44:173:99:.:.:839,0,3717 1|1:2,287:289:99:.:.:8642,788,0 1|0:41,194:235:99:.:.:5345,0,727 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:230,0:230:0:.:.:0,0,6430 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:64:.:.:0,64,1053 1|1:18,268:286:99:.:.:7587,257,0 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,233:241:99:.:.:7043,426,0 0|0:206,0:206:86:.:.:0,86,5673 0|0:416,0:416:0:.:.:0,0,9906 1|0:55,41:96:99:.:.:1068,0,1577 1|1:12,180:192:99:.:.:5147,159,0 1|1:8,197:205:99:.:.:6000,372,0 1|1:1,365:366:99:.:.:11442,1055,0 0|1:20,145:165:99:.:.:4247,0,238 0|1:137,167:304:99:.:.:3942,0,3671 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,493:495:99:.:.:16521,1416,0 0|1:82,42:124:99:.:.:1000,0,2382 1|1:1,357:358:99:.:.:11187,1035,0 0|0:263,0:263:31:.:.:0,31,6292 1|1:1,226:227:99:.:.:7147,644,0 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,112:112:99:.:.:3507,334,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3613,329,0 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 1|0:30,144:174:99:.:.:4018,0,444 1|1:1,121:122:99:.:.:3686,332,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5513,525,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7196,647,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6207,584,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6430,628,0 0|0:50,0:50:87:.:.:0,87,1522 1|1:0,51:51:99:.:.:1682,153,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4867,462,0 1|1:0,172:172:99:.:.:5491,515,0 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,252:252:99:.:.:8209,758,0 1|1:13,210:223:99:.:.:6235,261,0 1|1:0,243:243:99:.:.:7806,727,0 1|1:0,29:29:87:.:.:929,87,0 0|1:51,66:117:99:.:.:1753,0,1455 1|1:0,96:96:99:.:.:3031,286,0 1|1:5,50:55:7:.:.:1496,7,0 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900 1|1:0,225:225:99:.:.:7196,673,0 0|1:204,67:271:99:.:.:1443,0,6106 1|0:161,61:222:99:.:.:1275,0,4869 0|0:26,0:26:70:.:.:0,70,877 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,146:146:99:.:.:4710,438,0 0|1:130,83:213:99:.:.:1927,0,3690 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,144:144:99:.:.:4566,431,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5095,497,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6142,588,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,425:425:99:1|1:500179_T_C:14439,1292,0 1|0:29,57:86:99:.:.:1558,0,720 0|1:133,154:287:99:.:.:4292,0,3670 1|1:0,576:576:99:.:.:18053,1718,0 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:.:.:6017,560,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1466 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 500232 . A T 3.36099e+06 PASS FS=0;MQ=60.5;QD=23.98;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.699;VQSLOD=6.6;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.07;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0139;FractionInformativeReads=0.99;GC=4.76;GQ_MEAN=231.44;GQ_STDDEV=360.55;HRun=0;InbreedingCoeff=0.443;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=2.18;culprit=FS;set=snp;DP=10388832;AF=0.14;AS_InbreedingCoeff=0.7655;MLEAC=733;MLEAF=0.14;AN=854;AC=179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|0:111,0:111:99:.:.:0,113,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1561 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,79:80:99:.:.:2496,213,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1792 0|1:11,44:55:99:.:.:1214,0,140 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,34:34:99:.:.:1083,102,0 0|0:16,0:16:24:.:.:0,24,464 1|1:0,39:39:99:.:.:1234,117,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1424 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1166 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,66:66:99:.:.:2021,197,0 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1610 1|1:0,44:44:99:.:.:1315,131,0 1|0:15,83:98:99:.:.:2169,0,151 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,41:80:99:.:.:1032,0,949 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1348 1|0:78,214:292:99:.:.:5708,0,1439 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1696 1|0:94,26:120:99:.:.:463,0,2590 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1243 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,20:59:99:.:.:441,0,962 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|1:74,47:121:99:.:.:1062,0,2245 1|1:0,88:88:99:.:.:2740,264,0 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,143:143:99:.:.:4354,429,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1419 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485 0|1:9,7:16:99:.:.:167,0,191 1|1:0,101:101:99:.:.:3112,303,0 0|1:141,44:185:99:.:.:811,0,4177 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:55,2:57:99:.:.:0,108,1576 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665 0|1:72,18:90:99:.:.:269,0,1888 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|0:60,13:73:99:.:.:178,0,1656 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1309 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1201 0|1:6,17:23:94:.:.:448,0,94 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|0:30,49:79:99:.:.:1265,0,637 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,58:58:99:.:.:1817,174,0 1|0:112,51:163:99:.:.:1059,0,2973 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1515 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1642 1|0:23,37:60:99:.:.:939,0,476 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|0:23,16:39:99:.:.:383,0,568 0|1:17,82:99:99:.:.:2196,0,224 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|1:84,44:128:99:.:.:963,0,2154 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1524 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|0:55,19:74:99:.:.:371,0,1412 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,107,1800 0|1:25,12:37:99:.:.:228,0,638 0|0:110,0:110:99:.:.:0,117,1755 0|1:91,36:127:99:.:.:739,0,2358 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,185:193:99:.:.:5415,354,0 0|0:125,12:137:26:.:.:0,26,3660 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,5:97:99:.:.:0,131,2668 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|1:48,118:166:99:.:.:3178,0,803 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|0:114,29:143:99:.:.:474,0,3223 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,133:133:99:.:.:4085,399,0 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620 0|0:155,0:155:99:.:.:0,105,1575 0|1:81,10:91:27:.:.:27,0,2193 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 1|0:109,44:153:99:.:.:918,0,2873 0|1:95,14:109:99:.:.:99,0,2599 0|0:138,0:138:99:.:.:0,117,1755 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|1:69,78:147:99:.:.:1889,0,1544 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530 0|1:71,44:115:99:.:.:1023,0,1718 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|1:15,100:115:99:.:.:2734,0,106 1|1:15,183:198:99:.:.:5201,126,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485 0|0:188,0:188:99:.:.:0,114,1710 0|0:96,7:103:99:.:.:0,118,2802 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|0:193,0:193:99:.:.:0,108,1620 1|1:1,163:164:99:.:.:4828,483,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5584,552,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1755 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,140:143:99:.:.:4326,363,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,103:103:99:.:.:3094,309,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,104,1800 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1710 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|1:28,11:39:99:.:.:238,0,764 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485 0|1:94,19:113:99:.:.:222,0,2571 1|1:1,83:84:99:1|1:500179_T_C:3008,228,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 0|1:34,126:160:99:.:.:3403,0,557 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,346 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,83:83:99:.:.:2612,249,0 1|0:33,48:81:99:.:.:1243,0,755 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,6:75:37:.:.:0,37,1901 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|1:25,76:101:99:.:.:2066,0,442 1|0:12,46:58:99:.:.:1272,0,196 0|1:40,82:122:99:0|1:500179_T_C:2099,0,874 0|1:81,25:106:99:.:.:452,0,2114 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,88:88:99:.:.:2684,264,0 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,209:209:99:.:.:6261,628,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,72:72:99:.:.:2250,216,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2571,255,0 0|0:148,12:160:99:.:.:0,126,4066 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|1:85,19:104:99:.:.:261,0,2616 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|1:48,8:56:88:.:.:88,0,1319 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 1|0:45,20:65:99:.:.:445,0,1130 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:87,0:87:43:.:.:0,43,2218 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|0:56,102:158:99:.:.:2609,0,1180 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575 0|1:35,25:60:99:.:.:618,0,785 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,101,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1318 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1620 1|0:69,36:105:99:.:.:797,0,1765 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1568 1|1:0,84:84:99:.:.:2546,252,0 1|0:49,13:62:99:.:.:205,0,1280 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 0|1:59,25:84:99:.:.:530,0,1627 1|1:0,192:192:99:.:.:5822,576,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,113,1800 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1663 1|1:0,177:177:99:.:.:5381,532,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|1:67,8:75:24:.:.:24,0,1922 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1360 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1658 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,6:6:18:.:.:188,18,0 1|0:98,46:144:99:.:.:951,0,2554 0|1:38,70:108:99:.:.:1862,0,785 1|0:50,67:117:99:.:.:1708,0,1092 0|1:54,23:77:99:.:.:459,0,1501 1|1:0,141:141:99:.:.:4431,424,0 0|1:62,52:114:99:.:.:1226,0,1508 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|1:10,29:39:99:.:.:785,0,154 1|1:0,27:27:81:.:.:846,81,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485 1|0:190,83:273:99:.:.:1769,0,5150 1|0:34,102:136:99:0|1:500179_T_C:2660,0,557 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 1|0:3,17:20:5:.:.:432,0,5 1|1:0,51:51:99:.:.:1559,153,0 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,3:61:87:.:.:0,87,1741 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1710 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575 0|1:14,3:17:44:.:.:44,0,400 1|0:29,38:67:99:.:.:986,0,681 1|1:0,45:45:99:.:.:1337,135,0 1|1:4,111:115:99:.:.:3332,222,0 1|0:3,20:23:20:.:.:565,0,20 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:110,0:110:99:.:.:0,105,1575 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665 1|0:87,74:161:99:.:.:2163,0,2509 1|1:145,0:145:.:.:.:0,0,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1665 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,548 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,131:131:99:.:.:4752,394,0 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,139:139:99:.:.:5048,418,0 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 1|0:114,16:130:99:.:.:193,0,3555 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1800 1|0:77,26:103:99:.:.:647,0,2450 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,156:156:99:.:.:5470,469,0 0|0:27,2:29:38:.:.:0,38,968 1|0:55,22:77:99:.:.:540,0,1726 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,188:188:99:.:.:6715,566,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,194:194:99:.:.:6799,583,0 0|0:446,0:446:99:.:.:0,120,1800 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1248 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,114:122:99:.:.:3718,152,0 1|1:2,279:281:99:.:.:9542,780,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7789,680,0 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,77:78:99:.:.:2514,198,0 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1710 0|1:125,42:167:99:1|0:500231_A_AT:738,0,3285 0|0:151,0:151:99:.:.:0,111,1665 0|0:186,0:186:99:.:.:0,105,1575 0|1:27,190:217:99:.:.:6065,0,256 1|1:0,193:193:99:.:.:6661,580,0 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|1:122,122:244:99:.:.:3279,0,3545 0|1:23,10:33:99:.:.:264,0,733 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 1|0:143,64:207:99:.:.:1523,0,4366 0|1:74,44:118:99:.:.:1083,0,2224 1|1:5,229:234:99:.:.:7880,534,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|0:47,209:256:99:.:.:6365,0,811 0|1:30,10:40:99:.:.:186,0,950 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800 0|1:94,62:156:99:.:.:1679,0,2726 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800 1|0:73,138:211:99:.:.:4124,0,1883 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530 0|1:102,82:184:99:.:.:2306,0,2846 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 0|0:33,0:33:24:.:.:0,24,973 0|1:196,20:216:8:.:.:8,0,6008 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 0|0:262,0:262:99:.:.:0,112,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|1:12,317:329:99:.:.:10653,619,0 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 0|0:392,0:392:0:.:.:0,0,2936 1|1:550,0:550:.:.:.:0,0,0 1|1:0,440:440:99:.:.:15147,1322,0 1|0:25,59:84:99:.:.:1736,0,626 0|0:220,0:220:99:.:.:0,102,1530 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530 1|0:89,55:144:99:.:.:1457,0,2495 1|1:0,184:184:99:.:.:6365,553,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1379 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1420 1|1:0,247:247:99:.:.:8438,742,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1620 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1043 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620 0|1:42,6:48:55:.:.:55,0,1324 1|1:0,13:13:39:.:.:408,39,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,23:23:69:.:.:795,69,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5817,486,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,84:84:99:.:.:2828,252,0 1|1:0,260:260:99:.:.:8860,781,0 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 0|0:34,0:34:66:.:.:0,66,1113 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 500276 . G T 1.45595e+06 PASS FS=0.602;MQ=60.76;QD=23.51;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.744;VQSLOD=4.78;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.996;GC=23.81;GQ_MEAN=165.47;GQ_STDDEV=216.08;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7749;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.157;culprit=FS;set=snp;DP=10008785;AF=0.069;AS_InbreedingCoeff=0.6344;MLEAC=356;MLEAF=0.068;AN=858;AC=83 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1148:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2767,244,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:29,12:41:99:.:.:257,0,619:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,17:48:99:.:.:392,0,709:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1126:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1444:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:56,0:56:98:.:.:0,98,1364:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1187,117,0:. 0|1:53,16:69:99:.:.:290,0,1179:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2034,201,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5154,510,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1181:. 0|0:36,0:36:83:.:.:0,83,895:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,481:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,116:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1317:. 1|0:39,53:92:99:.:.:1249,0,731:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1314:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1465:. 1|0:107,23:130:99:.:.:307,0,2536:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1373:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,16:59:99:.:.:288,0,927:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,82:122:99:.:.:2021,0,702:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1206:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,615:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:13,7:20:99:.:.:153,0,291:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3042,311,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1488:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1128:. 0|1:70,15:85:99:.:.:174,0,1679:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1027:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1201:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1341:. 0|1:144,36:180:99:.:.:460,0,3714:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,30:48:99:.:.:780,0,302:. 1|0:24,42:66:99:.:.:1018,0,354:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1315:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1137:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1524:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,117:122:99:.:.:3291,234,0:. 1|1:11,202:213:99:.:.:5577,383,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,133:187:99:.:.:3310,0,819:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,57:111:99:.:.:1372,0,1110:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,15:113:81:.:.:81,0,2198:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,37:146:99:.:.:634,0,2342:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1541:. 0|1:16,102:118:49:.:.:2582,0,49:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,100:139:99:.:.:2539,0,615:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1128:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,108:112:99:.:.:3063,243,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,27:101:99:0|1:500179_T_C:490,0,1752:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,292:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:43,43:86:99:.:.:1001,0,837:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2451,249,0:. 1|1:1,72:73:99:.:.:2085,194,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,123:180:99:.:.:3048,0,883:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:29,44:73:99:.:.:1021,0,497:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1318:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1534:. 1|0:75,40:115:99:.:.:833,0,1551:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1213:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1562:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,206:207:99:.:.:6051,595,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1663:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1334,135,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1658:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,5:7:32:.:.:122,0,32:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,71:127:99:.:.:1672,0,1078:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:.:.:4810,492,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,4:40:2:.:.:2,0,971:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:38,81:119:99:0|1:500179_T_C:2042,0,608:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,14:15:16:.:.:334,16,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,42:78:99:.:.:1050,0,692:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|0:26,42:68:99:.:.:1032,0,485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,526:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,167:169:99:.:.:5896,437,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1189:. 0|1:76,11:87:99:.:.:131,0,2236:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1513:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1248:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,354:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,170:207:99:.:.:5068,0,573:. 0|0:223,0:223:0:.:.:0,0,5387:. 1|1:7,155:162:99:.:.:4961,274,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,10:97:58:.:.:58,0,2461:. 0|1:140,92:232:99:.:.:2127,0,3320:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1325:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1717:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,831:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,257:270:99:.:.:8352,532,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1247:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4971,420,0:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4612,415,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:51:.:.:554,51,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:5208,448,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,104:116:15:.:.:3249,0,15:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4108,363,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:147,204:351:99:0|1:500179_T_C:5986,0,3696:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,441:441:99:.:.:15066,1325,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:5,154:159:99:.:.:5073,328,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1351:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 500312 . G T 5.87278e+06 PASS FS=0;MQ=60.23;QD=27.57;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.661;VQSLOD=6.63;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.984;GC=19.05;GQ_MEAN=233.42;GQ_STDDEV=299.66;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7337;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.385;culprit=FS;set=snp;DP=9946676;AF=0.253;AS_InbreedingCoeff=0.4603;MLEAC=1332;MLEAF=0.254;AN=856;AC=306 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:74,29:103:99:.:.:598,0,1736:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,44:48:32:.:.:1413,32,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1200:. 1|1:0,22:22:66:1|1:500312_G_T:874,66,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1010,96,0:. 0|1:57,15:72:99:.:.:261,0,1312:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1649,159,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5151,523,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1181:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,926:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,659:. 1|1:0,9:9:27:1|1:500312_G_T:363,27,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1876,183,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1317:. 1|0:50,48:98:99:.:.:1060,0,999:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,41:55:99:.:.:1370,0,199:. 1|1:0,342:342:99:.:.:14555,1068,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1465:. 1|0:123,27:150:99:.:.:346,0,2893:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:27,23:50:99:.:.:472,0,474:. 1|1:1,67:68:99:.:.:2747,181,0:. 0|1:13,47:60:99:0|1:500312_G_T:1659,0,329:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,47:124:99:.:.:1024,0,1688:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,183:183:99:1|1:500312_G_T:7533,554,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,77:112:99:.:.:1923,0,592:. 1|0:46,16:62:99:.:.:292,0,1045:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|1:79,18:97:99:0|1:500312_G_T:439,0,2889:. 1|0:44,11:55:99:.:.:168,0,998:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:17,11:28:99:.:.:237,0,339:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2896,295,0:. 0|1:145,32:177:99:0|1:500312_G_T:809,0,5486:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1488:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1847,189,0:. 0|0:55,4:59:19:0|1:500312_G_T:0,19,2138:. 1|0:51,52:103:99:0|1:500312_G_T:1799,0,1677:. 0|1:73,64:137:99:.:.:1398,0,1541:. 1|0:51,17:68:99:0|1:500312_G_T:468,0,1798:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3859,385,0:. 1|1:1,260:261:99:.:.:8027,757,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1228:. 0|1:50,25:75:99:0|1:500312_G_T:781,0,1809:. 0|1:50,54:104:99:.:.:1283,0,1199:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1027:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1651,177,0:. 0|1:26,12:38:99:.:.:249,0,579:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,57:63:45:.:.:1562,45,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1341:. 1|0:104,70:174:99:.:.:1542,0,2196:. 1|0:16,68:84:99:0|1:500312_G_T:2491,0,380:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1682,170,0:. 1|0:24,33:57:99:.:.:804,0,473:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1451,144,0:. 1|0:16,28:44:99:.:.:716,0,542:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1524:. 1|1:9,136:145:99:.:.:3606,214,0:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3397,353,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,14:122:36:.:.:36,0,2489:. 1|1:0,152:152:99:1|1:500312_G_T:6504,466,0:. 0|1:8,75:83:89:0|1:500312_G_T:2779,0,89:. 1|0:47,36:83:99:.:.:778,0,980:. 0|1:43,9:52:95:.:.:95,0,1088:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:37,85:122:99:.:.:2098,0,551:. 1|1:7,129:136:99:.:.:3503,227,0:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5538,582,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,82:98:99:.:.:2129,0,117:. 0|1:16,103:119:10:.:.:3785,0,10:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,65:112:99:0|1:500312_G_T:2283,0,1577:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,88:175:99:.:.:2052,0,1762:. 1|1:2,237:239:99:.:.:7009,662,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2875,294,0:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5856,597,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:74,36:110:99:.:.:633,0,1627:. 0|1:97,64:161:99:.:.:1344,0,2034:. 0|1:38,71:109:99:.:.:1982,0,684:. 1|0:136,21:157:99:0|1:500312_G_T:452,0,5131:. 0|1:126,41:167:99:.:.:1229,0,2776:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3823,389,0:. 0|0:122,12:134:62:.:.:0,62,2883:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:64,58:122:99:0|1:500312_G_T:2044,0,2216:. 1|0:39,79:118:99:0|1:500312_G_T:2936,0,1224:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1541:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1636:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:72,26:98:99:.:.:431,0,1657:. 0|1:119,45:164:99:0|1:500312_G_T:1451,0,4435:. 1|0:142,46:188:99:0|1:500312_G_T:1273,0,5094:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,187:187:99:1|1:500312_G_T:7733,575,0:. 1|1:0,175:175:99:1|1:500312_G_T:7037,529,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:31,64:95:99:.:.:1725,0,529:. 0|1:31,101:132:99:.:.:2511,0,407:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:500312_G_T:3745,283,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1710:. 1|1:6,129:135:99:.:.:3555,248,0:. 0|1:37,21:58:99:.:.:423,0,908:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:1|1:500312_G_T:5565,409,0:. 0|1:46,32:78:99:0|1:500312_G_T:1073,0,1643:. 1|1:3,197:200:99:.:.:5645,525,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3710,375,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:76,45:121:99:.:.:1168,0,1633:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1713:. 0|1:30,157:187:99:.:.:4077,0,218:. 0|1:103,67:170:99:.:.:1408,0,2214:. 0|1:62,110:172:99:0|1:500312_G_T:4133,0,2078:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:1,6:7:7:.:.:150,0,7:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3078,314,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,67:136:99:.:.:1806,0,1365:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:82,47:129:99:0|1:500179_T_C:1035,0,1790:. 0|0:110,11:121:88:.:.:0,88,2781:. 1|0:148,30:178:99:.:.:349,0,3613:. 1|0:16,85:101:99:.:.:2176,0,100:. 1|1:2,108:110:99:.:.:3066,279,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:500312_G_T:6013,442,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,181:182:99:1|1:500312_G_T:7252,505,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2528,255,0:. 1|1:2,70:72:99:.:.:1989,167,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,28:84:99:.:.:540,0,1063:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:1,100:101:99:1|1:500312_G_T:4172,262,0:. 0|0:107,10:117:89:.:.:0,89,3851:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,51:68:99:.:.:1299,0,251:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:41,26:67:99:.:.:513,0,904:. 1|0:52,18:70:99:.:.:329,0,1158:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:39:.:.:0,39,2860:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,103:160:99:0|1:500312_G_T:3790,0,2238:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:58,14:72:99:0|1:500312_G_T:401,0,2095:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3211,327,0:. 0|1:21,38:59:99:.:.:964,0,353:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1318:. 1|0:8,58:66:11:.:.:1472,0,11:. 1|0:42,60:102:99:.:.:1502,0,794:. 1|1:0,55:55:99:.:.:2091,168,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:47,11:58:99:.:.:124,0,998:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1562:. 1|1:0,53:53:99:1|1:500312_G_T:2105,159,0:. 1|0:59,15:74:99:.:.:226,0,1387:. 1|1:1,179:180:99:1|1:500312_G_T:7197,500,0:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2891,267,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1749,182,0:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4397,457,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1324,134,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:500312_G_T:3771,276,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1658:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 1|0:47,106:153:99:0|1:500312_G_T:3909,0,1469:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4741,396,0:. 0|1:68,22:90:99:0|1:500312_G_T:575,0,2570:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,10:42:99:.:.:172,0,735:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:77,41:118:99:0|1:500179_T_C:1374,0,2653:. 1|1:17,164:181:99:.:.:4353,99,0:. 1|1:1,12:13:12:.:.:323,12,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:2010,147,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,46:87:99:.:.:1098,0,804:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,397:. 1|0:39,26:65:99:.:.:588,0,842:. 1|1:0,48:48:99:1|1:500312_G_T:2061,147,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:5061,382,0:. 1|1:1,28:29:57:.:.:742,57,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2862,212,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:78,70:148:99:.:.:2541,0,2177:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,352:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5870,501,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,145:145:99:.:.:5246,436,0:. 1|1:1,182:183:99:1|1:500312_G_T:7749,511,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2615,223,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,30:111:99:0|1:500312_G_T:976,0,2961:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:87,40:127:99:.:.:1044,0,2991:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1145:. 0|1:58,17:75:99:.:.:375,0,1713:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4687,394,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1513:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:5,169:174:99:1|1:500312_G_T:7087,308,0:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5231,457,0:. 1|1:1,433:434:99:.:.:15496,1276,0:. 1|1:0,514:514:99:.:.:18700,1558,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1599,132,0:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:1,77:78:99:1|1:500312_G_T:3179,190,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,88:97:93:0|1:500312_G_T:3313,0,93:. 1|1:0,226:226:99:1|1:500312_G_T:9675,689,0:. 1|1:0,198:198:99:1|1:500312_G_T:8483,614,0:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:1|1:500312_G_T:9734,692,0:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4258,375,0:. 1|1:0,72:72:99:1|1:500312_G_T:3081,223,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:500312_G_T:2498,178,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:20,163:183:90:.:.:6216,0,90:. 1|1:0,165:165:99:1|1:500312_G_T:7136,506,0:. 0|1:132,47:179:99:.:.:998,0,3666:. 0|1:185,32:217:99:.:.:472,0,5280:. 1|1:8,168:176:99:.:.:5494,330,0:. 1|1:2,183:185:99:.:.:5947,493,0:. 1|0:9,77:86:26:.:.:2494,0,26:. 0|1:186,17:203:99:.:.:119,0,7254:. 1|1:3,44:47:57:.:.:1445,57,0:. 1|0:16,195:211:23:0|1:500312_G_T:7783,0,23:. 0|1:86,159:245:99:0|1:500312_G_T:6026,0,2767:. 1|1:1,222:223:99:.:.:7700,637,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:1|1:500312_G_T:9815,707,0:. 0|1:133,47:180:99:0|1:500312_G_T:1436,0,4908:. 1|1:6,222:228:99:.:.:8268,520,0:. 0|1:58,55:113:99:.:.:1840,0,1363:. 1|1:0,234:234:99:.:.:10004,713,0:. 1|1:1,196:197:99:1|1:500312_G_T:8165,563,0:. 1|1:0,184:184:99:1|1:500312_G_T:7879,563,0:. 0|0:56,0:56:63:.:.:0,63,1407:. 1|1:13,253:266:99:.:.:9909,394,0:. 0|1:27,10:37:99:.:.:258,0,692:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,89:139:99:.:.:2682,0,1140:. 1|1:1,186:187:99:1|1:500312_G_T:7857,522,0:. 1|0:27,193:220:99:.:.:6088,0,225:. 1|1:6,242:248:99:1|1:500312_G_T:9970,482,0:. 1|0:49,151:200:99:.:.:5511,0,901:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:96,123:219:99:0|1:500312_G_T:4642,0,3353:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:154,14:168:21:.:.:0,21,5418:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,225:231:99:.:.:7477,495,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:88,6:94:75:.:.:0,75,3212:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,211:216:99:.:.:6991,533,0:. 1|0:125,18:143:99:.:.:232,0,3504:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,7:85:20:.:.:0,20,2264:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,155:179:99:.:.:4717,0,204:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:37,31:68:99:0|1:500312_G_T:1124,0,1302:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,140:140:99:1|1:500312_G_T:5920,427,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:67,38:105:99:.:.:907,0,1797:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5417,466,0:. 1|1:0,173:173:99:1|1:500312_G_T:7345,527,0:. 1|1:0,138:138:99:1|1:500312_G_T:6002,427,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:1012,84,0:. 0|0:38,0:38:86:.:.:0,86,1118:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1420:. 1|1:0,201:201:99:1|1:500312_G_T:8441,608,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:62:.:.:0,62,811:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,50:50:99:1|1:500312_G_T:2116,150,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,362:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,10:10:30:.:.:360,30,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4938,427,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,118:122:99:.:.:4024,250,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,81:97:99:.:.:2598,0,180:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3615,324,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:116,163:279:99:0|1:500179_T_C:4814,0,3028:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,377:377:99:.:.:12936,1134,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:2,132:134:99:.:.:4568,340,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1517,129,0:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 500339 . G C 3.62772e+06 PASS FS=0;MQ=60.98;QD=29.96;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.643;VQSLOD=6.61;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.08;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=28.57;GQ_MEAN=272.58;GQ_STDDEV=509.2;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7145;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.205;culprit=FS;set=snp;DP=9412121;AF=0.147;AS_InbreedingCoeff=0.5145;MLEAC=771;MLEAF=0.147;AN=856;AC=188 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:1,88:89:99:1|1:500339_G_C:3831,232,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,23:81:99:0|1:500339_G_C:730,0,2305:. 0|0:47,0:47:57:.:.:0,57,1158:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:33,19:52:99:0|1:500339_G_C:622,0,1264:. 0|1:28,21:49:99:0|1:500339_G_C:724,0,1076:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1018:. 1|1:0,16:16:48:1|1:500312_G_T:720,48,0:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:39:.:.:0,39,697:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1300:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1181:. 0|0:39,0:39:69:.:.:0,69,978:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,1:22:21:0|1:500339_G_C:0,21,834:. 1|1:0,10:10:30:1|1:500312_G_T:450,30,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1423:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1317:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,24:51:99:0|1:500339_G_C:881,0,1037:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:92:.:.:0,92,1418:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:83:.:.:0,83,902:. 1|1:4,63:67:93:.:.:2347,93,0:. 0|1:13,41:54:99:0|1:500312_G_T:1702,0,423:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,166:166:99:1|1:500312_G_T:7597,515,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,6:56:20:.:.:0,20,1354:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,726:. 0|1:69,15:84:99:0|1:500312_G_T:466,0,2915:. 0|0:54,0:54:94:.:.:0,94,1329:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,36:188:99:0|1:500312_G_T:1050,0,6321:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1488:. 1|0:14,73:87:99:.:.:1731,0,125:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,3:63:55:0|1:500312_G_T:0,55,2324:. 1|0:41,51:92:99:0|1:500312_G_T:2040,0,1607:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,15:57:99:0|1:500312_G_T:430,0,1603:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1228:. 0|1:48,23:71:99:0|1:500312_G_T:714,0,1857:. 0|1:80,9:89:89:0|1:500339_G_C:89,0,3451:. 0|1:18,67:85:99:0|1:500339_G_C:2521,0,540:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1167:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3220,355,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,59:74:99:0|1:500312_G_T:2556,0,429:. 1|1:0,54:54:99:1|1:500339_G_C:2361,166,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:29,18:47:99:.:.:349,0,1157:. 1|0:56,18:74:99:0|1:500339_G_C:530,0,2233:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1710:. 0|1:61,23:84:99:.:.:376,0,1374:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1524:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,2:64:99:0|1:500339_G_C:0,109,2550:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:1|1:500312_G_T:6665,454,0:. 0|1:13,73:86:99:0|1:500312_G_T:3178,0,308:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,5:39:25:.:.:25,0,908:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:500339_G_C:4725,325,0:. 0|1:34,92:126:99:0|1:500339_G_C:3530,0,1133:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,54:92:99:0|1:500312_G_T:2220,0,1432:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:1|1:500339_G_C:4155,301,0:. 1|0:50,119:169:99:0|1:500339_G_C:4492,0,1627:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4372,482,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:75,28:103:99:.:.:610,0,2581:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,17:106:99:0|1:500339_G_C:433,0,3605:. 1|0:124,21:145:99:0|1:500312_G_T:494,0,5182:. 0|1:117,39:156:99:0|1:500339_G_C:1157,0,4960:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:55,60:115:99:0|1:500312_G_T:2200,0,2246:. 1|0:37,72:109:99:0|1:500312_G_T:2932,0,1331:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1541:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1636:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:110,45:155:99:0|1:500312_G_T:1574,0,4467:. 0|1:125,40:165:99:0|1:500312_G_T:1290,0,5306:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,177:177:99:1|1:500312_G_T:8081,551,0:. 1|1:0,151:151:99:1|1:500312_G_T:6981,476,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:84,5:89:99:0|1:500339_G_C:0,102,3456:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,84:84:99:1|1:500312_G_T:3886,262,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,7:60:5:.:.:5,0,2057:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:500312_G_T:6267,424,0:. 0|1:36,26:62:99:0|1:500312_G_T:1034,0,1449:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:500339_G_C:5271,373,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:99,18:117:99:.:.:142,0,4018:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,117:174:99:0|1:500312_G_T:4742,0,2086:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,20:131:99:.:.:137,0,3756:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:116,54:170:99:.:.:947,0,4011:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:500312_G_T:6515,442,0:. 1|1:0,192:192:99:1|1:500339_G_C:8270,590,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,166:167:99:1|1:500312_G_T:7610,479,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:2,74:76:99:1|1:500339_G_C:3072,141,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2555,236,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:1,94:95:99:1|1:500312_G_T:4345,253,0:. 1|0:89,26:115:99:.:.:456,0,2025:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,22:68:99:0|1:500339_G_C:714,0,1731:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,100:168:99:0|1:500312_G_T:3573,0,2476:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:53,16:69:99:0|1:500312_G_T:509,0,2219:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1318:. 1|0:9,54:63:62:.:.:1247,0,62:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,34:51:99:.:.:700,0,297:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1562:. 1|1:0,47:47:99:1|1:500312_G_T:2205,150,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,164:165:99:1|1:500312_G_T:6633,458,0:. 0|1:57,22:79:99:.:.:362,0,1314:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:500312_G_T:4022,277,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1658:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:500339_G_C:3272,229,0:. 0|1:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 1|0:42,101:143:99:0|1:500312_G_T:4137,0,1510:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,73:125:99:0|1:500339_G_C:2780,0,1813:. 0|1:63,16:79:99:0|1:500312_G_T:495,0,2685:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,9:40:99:.:.:174,0,826:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:73,40:113:99:0|1:500179_T_C:1504,0,3013:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:3,45:48:65:.:.:1164,65,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:18,0:18:23:.:.:0,23,440:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:500312_G_T:2025,135,0:. 1|1:2,115:117:99:.:.:3152,291,0:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:70,59:129:99:.:.:1608,0,2715:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:14,144:158:99:.:.:4401,0,121:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,457:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:1,176:177:99:1|1:500312_G_T:8056,505,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,89:89:99:1|1:500339_G_C:3928,274,0:. 1|0:63,30:93:99:0|1:500312_G_T:1098,0,2571:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:58,47:105:99:.:.:1352,0,2007:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1518,135,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:5,154:159:99:1|1:500312_G_T:6959,275,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:448,0:448:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,377:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:2,68:70:99:1|1:500312_G_T:2976,108,0:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5945,548,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7673,723,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,65:76:99:0|1:500312_G_T:2830,0,254:. 1|1:0,230:230:99:1|1:500312_G_T:10789,734,0:. 1|1:0,186:186:99:1|1:500312_G_T:8804,593,0:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:1|1:500312_G_T:10815,728,0:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,63:63:99:1|1:500312_G_T:3008,202,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:500312_G_T:2513,169,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:33,136:169:99:0|1:500339_G_C:5331,0,986:. 1|1:0,158:158:99:1|1:500312_G_T:7310,491,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:207,19:226:99:0|1:500339_G_C:158,0,8703:. 0|1:34,10:44:99:0|1:500339_G_C:318,0,1300:. 0|1:19,186:205:99:0|1:500312_G_T:7945,0,204:. 0|1:81,155:236:99:0|1:500312_G_T:5898,0,3036:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:500312_G_T:9744,659,0:. 0|1:114,41:155:99:0|1:500312_G_T:1408,0,4784:. 1|0:151,60:211:99:0|1:500339_G_C:1932,0,6047:. 0|1:71,39:110:99:0|1:500339_G_C:1352,0,2782:. 1|1:4,227:231:99:1|1:500339_G_C:9933,581,0:. 1|1:0,181:181:99:1|1:500312_G_T:7646,555,0:. 1|1:0,173:173:99:1|1:500312_G_T:8202,551,0:. 0|0:43,3:46:8:.:.:0,8,1607:. 1|0:47,186:233:99:0|1:500339_G_C:7327,0,1395:. 0|1:32,7:39:99:0|1:500339_G_C:175,0,1310:. 1|0:29,156:185:99:.:.:4658,0,337:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,130:132:99:.:.:5335,368,0:. 1|1:1,175:176:99:1|1:500312_G_T:7563,494,0:. 1|1:2,209:211:99:.:.:9399,587,0:. 1|1:7,229:236:99:1|1:500312_G_T:10129,420,0:. 1|0:81,116:197:99:0|1:500339_G_C:4469,0,3084:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:96,121:217:99:0|1:500312_G_T:4721,0,3410:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:96,50:146:99:.:.:1339,0,2627:. 0|0:16,0:16:7:.:.:0,7,376:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,82:158:99:.:.:2307,0,2011:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:70,17:87:99:.:.:371,0,1920:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3040,296,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3762,357,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:30,25:55:99:0|1:500312_G_T:956,0,1180:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,121:121:99:1|1:500312_G_T:5687,385,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:500312_G_T:6820,464,0:. 1|1:0,135:135:99:1|1:500312_G_T:6185,415,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,176:176:99:1|1:500312_G_T:8319,566,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 1|0:50,31:81:99:.:.:768,0,1344:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,45:45:99:1|1:500312_G_T:2062,138,0:. 0|0:12,0:12:6:.:.:0,6,334:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:127,47:174:99:.:.:955,0,3515:. 1|0:91,56:147:99:.:.:1397,0,2445:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:122,73:195:99:.:.:1738,0,3297:. 0|0:77,6:83:41:.:.:0,41,2218:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1399:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1481:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 500349 . T A 5.26834e+06 PASS FS=0.631;MQ=60.76;QD=29.9;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.631;VQSLOD=4.62;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.05;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.98;GC=19.05;GQ_MEAN=361.86;GQ_STDDEV=588.55;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6937;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.879;culprit=FS;set=snp;DP=9217293;AF=0.229;AS_InbreedingCoeff=0.9536;MLEAC=1205;MLEAF=0.23;AN=856;AC=257 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:1,85:86:99:1|1:500339_G_C:3831,223,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:56,12:68:99:.:.:171,0,1762:. 0|1:62,23:85:99:0|1:500339_G_C:710,0,2636:. 0|1:36,5:41:27:.:.:27,0,1295:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:10,26:36:99:.:.:800,0,189:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:31,17:48:99:0|1:500339_G_C:612,0,1238:. 0|1:31,20:51:99:0|1:500339_G_C:720,0,1300:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,15:15:45:1|1:500312_G_T:662,45,0:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:64:.:.:0,64,856:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1300:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4810,476,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1181:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,1:23:24:0|1:500339_G_C:0,24,864:. 1|1:0,9:9:30:1|1:500312_G_T:422,30,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1423:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1449,141,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,22:54:99:0|1:500339_G_C:863,0,1252:. 1|1:0,293:293:99:.:.:13696,930,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:104,30:134:99:.:.:475,0,3404:. 0|0:54,0:54:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:21,17:38:99:.:.:395,0,666:. 0|1:14,49:63:99:.:.:1233,0,405:. 0|1:10,44:54:99:0|1:500312_G_T:1770,0,292:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,152:152:99:1|1:500312_G_T:6852,473,0:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3718,372,0:. 0|0:95,0:95:69:.:.:0,69,2331:. 1|0:41,10:51:99:.:.:123,0,1173:. 1|1:0,27:27:81:.:.:1076,81,0:. 0|1:63,15:78:99:0|1:500312_G_T:432,0,2574:. 0|1:35,14:49:99:.:.:276,0,1090:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,720:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,34:180:99:0|1:500312_G_T:1000,0,6179:. 0|0:66,0:66:91:.:.:0,91,1676:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1488:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,55:55:99:.:.:2107,165,0:. 1|0:12,46:58:99:.:.:1256,0,185:. 1|0:38,50:88:99:0|1:500312_G_T:1938,0,1452:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1716,138,0:. 0|1:29,37:66:99:.:.:1246,0,708:. 0|1:84,7:91:67:0|1:500339_G_C:67,0,3403:. 0|1:19,55:74:99:0|1:500339_G_C:2274,0,645:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:36,46:82:99:.:.:1164,0,842:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1358:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,28:64:99:.:.:635,0,1194:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1341:. 1|0:113,35:148:99:.:.:581,0,3107:. 1|0:14,63:77:99:0|1:500312_G_T:2483,0,390:. 1|1:0,55:55:99:1|1:500339_G_C:2502,169,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:29,15:44:99:.:.:333,0,755:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1612,126,0:. 1|0:15,26:41:99:.:.:660,0,537:. 1|0:54,18:72:99:0|1:500339_G_C:536,0,2220:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1524:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,2:56:91:0|1:500339_G_C:0,91,2397:. 0|1:115,16:131:77:.:.:77,0,4322:. 1|1:0,128:128:99:1|1:500312_G_T:5615,388,0:. 0|1:11,80:91:99:0|1:500312_G_T:3156,0,260:. 0|1:49,30:79:99:.:.:659,0,1361:. 0|1:24,8:32:99:.:.:150,0,744:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:21,144:165:99:.:.:3868,0,136:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:500339_G_C:4050,274,0:. 0|1:34,91:125:99:0|1:500339_G_C:3578,0,1110:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,53:78:99:0|1:500312_G_T:2351,0,959:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,24:109:99:.:.:393,0,2301:. 1|1:0,92:92:99:1|1:500339_G_C:4282,289,0:. 1|0:51,112:163:99:0|1:500339_G_C:4357,0,1895:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:122,35:157:99:.:.:577,0,4391:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:3296,262,0:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5519,555,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:67,31:98:99:.:.:742,0,2239:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,17:103:99:0|1:500339_G_C:409,0,3674:. 1|0:120,20:140:99:0|1:500312_G_T:471,0,5162:. 0|1:115,33:148:99:0|1:500339_G_C:1151,0,4835:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:107,14:121:99:.:.:119,0,3723:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:49,67:116:99:.:.:2757,0,1615:. 1|0:34,70:104:99:0|1:500312_G_T:2778,0,1235:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1541:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1636:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:91,44:135:99:0|1:500312_G_T:1556,0,3827:. 0|1:116,40:156:99:0|1:500312_G_T:1350,0,4706:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,164:164:99:1|1:500312_G_T:7163,497,0:. 1|1:0,145:145:99:1|1:500312_G_T:6467,442,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:71,5:76:60:0|1:500339_G_C:0,60,3029:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:17,83:100:99:.:.:2195,0,180:. 1|1:0,83:83:99:1|1:500312_G_T:3870,259,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,43:55:99:.:.:1149,0,284:. 1|0:42,59:101:99:.:.:1458,0,1311:. 1|1:0,132:132:99:1|1:500312_G_T:5934,406,0:. 0|1:33,24:57:99:0|1:500312_G_T:959,0,1307:. 1|1:0,195:195:99:.:.:8050,602,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:500339_G_C:4975,340,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:84,23:107:99:.:.:614,0,2316:. 0|0:68,5:73:69:0|1:500179_T_C:0,69,2469:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:120,34:154:99:.:.:504,0,3262:. 0|1:56,109:165:99:0|1:500312_G_T:4400,0,2138:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3186,324,0:. 1|1:2,115:117:99:.:.:3368,287,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4513,411,0:. 1|0:55,74:129:99:.:.:2099,0,1487:. 1|1:1,62:63:99:1|1:500349_T_A:2455,166,0:. 1|0:87,43:130:99:.:.:924,0,3049:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:79,48:127:99:0|1:500179_T_C:1161,0,2836:. 1|0:72,16:88:99:.:.:198,0,2099:. 1|0:88,72:160:99:.:.:2409,0,2351:. 0|0:71,8:79:1:.:.:0,1,2445:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,203:203:99:.:.:6041,610,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:1|1:500312_G_T:6435,430,0:. 1|1:0,183:183:99:1|1:500339_G_C:8048,563,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,166:167:99:1|1:500312_G_T:7258,469,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:2,72:74:99:1|1:500339_G_C:2996,132,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,24:76:99:0|1:500349_T_A:778,0,1884:. 0|1:14,97:111:79:.:.:2615,0,79:. 1|1:1,93:94:99:1|1:500312_G_T:4365,253,0:. 1|0:84,36:120:99:.:.:730,0,2363:. 0|1:71,14:85:99:.:.:168,0,2681:. 0|1:12,50:62:99:.:.:1343,0,193:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:33,40:73:99:.:.:977,0,795:. 0|1:44,20:64:99:0|1:500339_G_C:697,0,1711:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:8,68:76:2:.:.:1811,0,2:. 1|1:0,154:154:99:.:.:6118,469,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:53,16:69:99:0|1:500312_G_T:512,0,2177:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,4:62:66:.:.:0,66,2224:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1318:. 1|1:0,59:59:99:.:.:2540,187,0:. 0|1:70,23:93:99:.:.:382,0,1961:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1511:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,5:57:43:.:.:0,43,1763:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1562:. 1|1:0,48:48:99:1|1:500312_G_T:2274,154,0:. 1|0:68,13:81:99:.:.:150,0,1982:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2704,232,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,157:157:99:.:.:4675,470,0:. 0|0:50,0:50:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:76,9:85:28:.:.:28,0,2020:. 1|1:0,83:83:99:1|1:500312_G_T:3707,259,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1360:. 0|0:66,0:66:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:500339_G_C:3613,244,0:. 0|1:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 1|0:47,97:144:99:0|1:500312_G_T:3847,0,1754:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,71:116:99:0|1:500339_G_C:2731,0,1758:. 0|1:60,16:76:99:0|1:500312_G_T:446,0,2560:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:90,14:104:99:.:.:102,0,3167:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,5:40:22:.:.:0,22,1386:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:77,37:114:99:0|1:500179_T_C:1307,0,2970:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,44:44:99:.:.:2022,144,0:. 0|1:15,121:136:26:.:.:3193,0,26:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 1|0:35,23:58:99:.:.:524,0,900:. 1|1:0,38:38:99:1|1:500312_G_T:1741,117,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:5002,352,0:. 1|1:1,29:30:56:.:.:800,56,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2341,199,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:5,117:122:99:.:.:4617,244,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,128:128:99:.:.:4510,385,0:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4951,421,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:1,160:161:99:1|1:500312_G_T:7258,455,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,7:60:66:.:.:66,0,1666:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,86:86:99:1|1:500339_G_C:3773,259,0:. 1|0:52,27:79:99:0|1:500312_G_T:963,0,2072:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:62,34:96:99:.:.:948,0,2426:. 0|0:34,0:34:57:.:.:0,57,855:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1145:. 0|1:60,7:67:44:.:.:44,0,1901:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,147:147:99:1|1:500349_T_A:6072,446,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3320,286,0:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:3,139:142:99:1|1:500312_G_T:6199,268,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,440:440:99:.:.:15482,1322,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:66:.:.:0,66,990:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:2,54:56:81:1|1:500312_G_T:2383,81,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,55:65:99:0|1:500312_G_T:2176,0,234:. 1|1:0,228:228:99:1|1:500312_G_T:10075,695,0:. 1|1:0,183:183:99:1|1:500312_G_T:8730,584,0:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:1|1:500312_G_T:10589,725,0:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,66:66:99:1|1:500312_G_T:3240,217,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:500312_G_T:2160,144,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:32,125:157:99:0|1:500339_G_C:5050,0,982:. 1|1:0,144:144:99:1|1:500312_G_T:6705,449,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,168:184:4:.:.:5367,0,4:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:188,14:202:0:0|1:500339_G_C:0,0,8065:. 0|1:29,11:40:99:0|1:500339_G_C:354,0,1154:. 1|0:18,177:195:99:0|1:500312_G_T:7459,0,175:. 0|1:74,147:221:99:.:.:6000,0,1849:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:1|1:500312_G_T:9275,639,0:. 0|1:112,40:152:99:0|1:500312_G_T:1369,0,4778:. 1|0:147,53:200:99:0|1:500339_G_C:1784,0,5880:. 0|1:67,36:103:99:0|1:500339_G_C:1305,0,2664:. 1|1:4,230:234:99:1|1:500339_G_C:9980,576,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:1|1:500312_G_T:7785,521,0:. 0|0:54,0:54:93:.:.:0,93,1606:. 1|0:50,179:229:99:0|1:500339_G_C:7218,0,1485:. 0|1:32,6:38:99:0|1:500339_G_C:154,0,1229:. 0|0:147,12:159:89:.:.:0,89,4990:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,56:124:99:.:.:1530,0,1978:. 0|1:95,79:174:99:.:.:2138,0,2669:. 1|0:22,175:197:99:.:.:6733,0,172:. 1|1:6,225:231:99:1|1:500312_G_T:9753,436,0:. 1|0:74,105:179:99:0|1:500339_G_C:4146,0,2883:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:122,83:205:99:.:.:2118,0,4811:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:19:.:.:0,19,520:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:79,4:83:99:.:.:0,122,3395:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,123:124:99:.:.:4247,336,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,29:66:99:.:.:756,0,1376:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:19,132:151:99:.:.:4021,0,147:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:28,19:47:99:0|1:500312_G_T:840,0,1084:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,119:119:99:1|1:500312_G_T:5293,361,0:. 1|0:16,60:76:99:.:.:2100,0,394:. 0|0:50,0:50:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4298,375,0:. 1|1:0,125:125:99:1|1:500312_G_T:5904,400,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:500312_G_T:5777,394,0:. 0|0:32,0:32:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:54:.:.:0,54,810:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,168:168:99:1|1:500312_G_T:7512,517,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,144:144:99:1|1:500349_T_A:5995,446,0:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,53:53:99:1|1:500349_T_A:2138,163,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:500312_G_T:1710,114,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,10:10:30:.:.:342,30,0:. 1|1:0,117:117:99:.:.:4017,352,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1481:. 0|0:11,0:11:20:.:.:0,20,320:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,86:88:99:.:.:3444,216,0:. Pf3D7_01_v3 501008 . G A 2.26651e+06 PASS FS=0.582;MQ=60.98;QD=24.3;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A577V;SNPEFF_CODON_CHANGE=gCa/gTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113200;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113200.1;SOR=0.749;VQSLOD=5.33;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.25;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.996;GC=28.57;GQ_MEAN=203.12;GQ_STDDEV=291.06;HRun=0;InbreedingCoeff=0.646;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.474;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13974082;AF=0.07;AS_InbreedingCoeff=-0.0921;MLEAC=365;MLEAF=0.069;AN=858;AC=69 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1800:. 0|1:66,27:93:99:.:.:572,0,1533:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:7,86:93:99:.:.:2363,0,163:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:41,18:59:99:.:.:358,0,1392:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1481:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1293:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1224:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1415:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,386:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,192:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1789,182,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1365:. 0|1:50,41:91:99:.:.:955,0,1077:. 0|1:26,92:118:99:.:.:2398,0,790:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1506:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1137:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1486:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1502:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,39:119:99:.:.:751,0,2363:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,12:124:30:.:.:0,30,4907:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,30:30:90:.:.:882,90,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2830,282,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,934:. 0|1:60,27:87:99:.:.:522,0,2178:. 1|0:109,35:144:99:.:.:619,0,4346:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1113:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:82:.:.:0,82,974:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1274:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1367:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1759:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,22:42:99:.:.:506,0,718:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1362:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,15:92:99:.:.:157,0,2867:. 1|0:35,16:51:99:.:.:310,0,1327:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,48:179:99:.:.:913,0,5036:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,12:120:5:.:.:5,0,4078:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1693:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1606:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:66,25:91:99:.:.:441,0,2899:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,111:179:99:.:.:2774,0,1560:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,54:158:99:.:.:1134,0,2688:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,2:57:99:.:.:0,114,2265:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,8:141:85:0|1:501008_G_A:0,85,5856:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,44:72:99:.:.:1110,0,1078:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4305,443,0:. 1|1:0,205:205:99:.:.:6136,613,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:120,22:142:99:.:.:219,0,4858:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1708:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2961,307,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,112,1537:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1195:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1493:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:2,7:9:34:.:.:192,0,34:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,76:141:99:.:.:1804,0,2227:. 0|1:30,68:98:99:.:.:1767,0,1056:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,113:135:99:.:.:2963,0,589:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1386:. 0|1:64,45:109:99:.:.:1047,0,2161:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,3:19:28:.:.:28,0,543:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:15:.:.:0,15,559:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3462,292,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:53:.:.:0,53,5378:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,2378:. 0|0:83,0:83:57:.:.:0,57,2417:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:85:.:.:0,85,1017:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,622:622:99:.:.:21926,1867,0:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:500964_G_T:2055,147,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,3:66:84:.:.:0,84,2787:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:52:.:.:0,52,3562:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2331,210,0:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,171:212:99:.:.:5261,0,953:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6358,558,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:6263,545,0:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:103,159:262:99:0|1:500964_G_T:4937,0,2449:. 0|1:28,14:42:99:.:.:354,0,1123:. 1|1:13,206:219:11:.:.:6055,11,0:. 0|1:96,147:243:99:.:.:5382,0,3674:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,8:108:79:.:.:0,79,4099:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,55:59:36:.:.:1758,36,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:39:.:.:0,39,1763:. 0|0:218,0:218:18:.:.:0,18,5653:. 1|1:1,290:291:99:.:.:10080,864,0:. 0|1:88,40:128:99:.:.:977,0,3306:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,32:124:99:.:.:738,0,3772:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:77,104:181:99:.:.:2916,0,2024:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,760:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,264:267:99:.:.:9126,745,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,22:98:99:.:.:472,0,2822:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:123,15:138:70:.:.:70,0,4876:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,6:95:67:.:.:0,67,3403:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:500955_G_A:2745,184,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:63:.:.:0,63,6298:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:439,0:439:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1300,111,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 501129 . T C 546664 PASS FS=1.184;MQ=60.28;QD=20.67;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R537G;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aga/Gga;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113200;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113200.1;SOR=0.791;VQSLOD=3.68;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;GQ_MEAN=120.64;GQ_STDDEV=29.27;HRun=1;InbreedingCoeff=0.9707;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.173;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=14209599;AF=0.019;AS_InbreedingCoeff=-0.0224;MLEAC=99;MLEAF=0.019;AN=856;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1214:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,116,1471:. 0|0:70,0:70:99:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1287:. 0|0:28,0:28:50:0,50,815:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:33:0,33,314:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1292:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1215:. 0|0:38,0:38:99:0,101,978:. 0|0:55,0:55:99:0,113,1519:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1415:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1180:. 0|0:84,0:84:99:0,103,1800:. 0|0:16,0:16:36:0,36,540:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1494:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1417:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1532:. 0|0:305,0:305:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,114,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1270:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1358:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,103,1613:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1251:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,108,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:82,0:82:99:0,108,1620:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,103,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1004:. 0|0:91,0:91:99:0,119,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1018:. 0|0:66,0:66:99:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1107:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1344:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 1|1:12,104:116:9:2545,9,0:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1575:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,110,1402:. 1|0:33,32:65:99:693,0,795:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,112,1399:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1117:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,100,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,119,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 1|1:3,166:169:99:4531,416,0:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,106,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,119,1800:. 0|0:132,0:132:85:0,85,3249:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,112,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:2896,326,0:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,115,1693:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,114,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,103,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:2216,247,0:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|1:4,0:4:12:0,12,112:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,111,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:44:0,44,1954:. 0|0:103,0:103:99:0,106,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 1|0:43,104:147:99:2404,0,859:. 0|0:125,0:125:99:0,108,1620:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 1|1:7,92:99:79:2375,79,0:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1710:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,117,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,117,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,114,1632:. 0|0:99,0:99:99:0,105,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,112,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,102,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,104,1367:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,101,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1800:. 0|0:7,0:7:0:0,0,132:. 0|1:84,74:158:99:1598,0,1994:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1515:. 0|0:23,0:23:63:0,63,606:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:0,120,1800:. 1|0:43,66:109:99:1461,0,907:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:70:0,70,947:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1661:. 0|0:145,0:145:99:0,115,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1386:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:30:0,30,450:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:0,66,990:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,109,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:197,0:197:99:0,114,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:0,120,1800:. 0|0:642,0:642:99:0,120,1800:. 0|0:558,0:558:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:99:0,109,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:396,0:396:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,101,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,101,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,104,1146:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:351,0:351:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|1:98,80:178:99:2104,0,2838:. 0|0:375,0:375:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,109,1800:. 0|0:318,0:318:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:0,120,1800:. 0|0:514,0:514:99:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,115,1800:. 0|0:337,0:337:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,107,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:3115,280,0:. 0|0:52,0:52:99:0,116,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,100,1447:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,117,1800:. 0|0:36,0:36:96:0,96,1440:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,101,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 1|0:25,223:248:19:6673,0,19:. 0|0:192,0:192:99:0,100,1800:. 0|0:439,0:439:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1575:. 0|0:295,0:295:99:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:0,120,1800:. 1|0:51,137:188:99:4151,0,1258:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1526:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:279,0:279:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 501176 . G T 6.10982e+06 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=26.66;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A521E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gCa/gAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113200;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113200.1;SOR=0.679;VQSLOD=9.79;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.68;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=229;GQ_STDDEV=325.14;HRun=2;InbreedingCoeff=0.8098;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.185;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15015231;AF=0.2;AS_InbreedingCoeff=0.5361;MLEAC=1055;MLEAF=0.201;AN=858;AC=162 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:40,47:87:99:.:.:1241,0,889:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1214:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1471:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,35:72:99:.:.:891,0,811:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:21,42:63:99:.:.:1195,0,403:. 1|0:12,17:29:99:0|1:501176_G_T:465,0,256:. 0|1:21,6:27:99:0|1:501176_G_T:131,0,486:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,347:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1119:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1274:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1022:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1519:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1415:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:70,19:89:99:.:.:282,0,1612:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,445:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1494:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1417:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,36:61:99:.:.:908,0,518:. 0|1:212,93:305:99:.:.:1919,0,4740:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:154,0:154:83:.:.:0,83,3466:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:33,20:53:99:.:.:455,0,721:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1270:. 0|1:12,35:47:99:.:.:895,0,188:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,42:82:99:.:.:1037,0,868:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,47:93:99:.:.:1105,0,971:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:10,9:19:99:.:.:221,0,219:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:83,26:109:99:.:.:459,0,1885:. 1|1:4,80:84:99:.:.:2255,137,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:75,10:85:54:.:.:54,0,1790:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:70:.:.:0,70,2932:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1118,114,0:. 0|1:76,22:98:99:.:.:333,0,1711:. 0|1:76,56:132:99:.:.:1325,0,1649:. 1|0:23,61:84:99:.:.:1531,0,397:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1107:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1799,177,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,32:111:99:.:.:621,0,1797:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:54,179:233:99:.:.:4649,0,759:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1402:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1399:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1117:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1986,195,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1959,189,0:. 1|1:2,181:183:99:.:.:5129,496,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,101:130:99:.:.:2688,0,404:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,158:161:99:.:.:4721,400,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,55:109:99:.:.:1267,0,1091:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,157:171:99:.:.:4290,139,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:77:.:.:0,77,5397:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:18:.:.:0,18,1972:. 1|0:97,26:123:99:.:.:344,0,2226:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,35:152:99:.:.:568,0,2598:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6547,659,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6841,675,0:. 1|0:75,75:150:99:.:.:1741,0,1580:. 0|1:83,144:227:99:.:.:3643,0,1523:. 1|0:119,32:151:99:.:.:446,0,2883:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,161:234:99:.:.:4147,0,1269:. 1|1:8,114:122:99:.:.:3132,152,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:.:.:4833,493,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,62:183:99:.:.:1292,0,2643:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:95,52:147:99:.:.:1086,0,2155:. 1|0:53,76:129:99:.:.:1900,0,1033:. 0|1:19,72:91:99:.:.:1786,0,222:. 1|1:1,184:185:99:.:.:5452,544,0:. 1|1:0,209:209:99:.:.:6388,628,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,240:240:99:.:.:6945,720,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:52:.:.:0,52,5204:. 1|1:1,187:188:99:.:.:5444,535,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,168:197:99:.:.:4484,0,195:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,107:124:99:.:.:2856,0,102:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2374,236,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:82,65:147:99:.:.:1566,0,1769:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,66:126:99:.:.:1658,0,1291:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,46:165:99:.:.:947,0,2752:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3621,354,0:. 1|1:1,159:160:99:.:.:4790,450,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4361,424,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3097,304,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2309,231,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5678,561,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:.:.:6932,699,0:. 1|1:5,94:99:99:.:.:2636,152,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2576,255,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:235,30:265:99:.:.:115,0,5363:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:95,53:148:99:.:.:1166,0,2083:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3382,342,0:. 0|0:83,0:83:89:.:.:0,89,1932:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,24:76:99:.:.:479,0,1215:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2829,282,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:102,78:180:99:.:.:1872,0,2214:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:157,50:207:99:.:.:849,0,3504:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,23:93:99:.:.:419,0,1549:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2244,227,0:. 0|0:76,0:76:10:.:.:0,10,1653:. 0|1:97,26:123:99:.:.:437,0,2242:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,10:76:80:.:.:80,0,1471:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2043,201,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,17:126:99:.:.:131,0,2494:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:54,33:87:99:.:.:763,0,1226:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1794,174,0:. 0|1:29,94:123:99:.:.:2547,0,446:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2005,204,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,59:172:99:.:.:1187,0,2601:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2794,279,0:. 1|0:5,3:8:68:.:.:68,0,117:. 0|1:136,26:162:99:.:.:303,0,3234:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,62:127:99:.:.:1450,0,1423:. 1|0:65,19:84:99:.:.:324,0,1521:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,24:127:99:.:.:313,0,2407:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1515:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,218:295:99:.:.:5839,0,1233:. 1|0:73,42:115:99:.:.:875,0,1629:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:1,44:45:99:.:.:1324,106,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1386:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,5:13:99:.:.:116,0,189:. 0|1:38,34:72:99:.:.:804,0,845:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 1|1:2,122:124:99:.:.:3664,312,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,221:237:99:.:.:7171,154,0:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7909,661,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5998,505,0:. 1|1:22,253:275:82:.:.:8407,82,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:.:.:8423,704,0:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6894,578,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3839,325,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3637,307,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1396:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:642,0:642:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,675:675:99:.:.:23842,2030,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:169,46:215:99:.:.:990,0,4860:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,94:122:99:.:.:2815,0,543:. 0|0:396,0:396:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,37:61:99:.:.:1073,0,627:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,261:271:99:.:.:8258,529,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,37:43:72:.:.:1126,0,72:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,278:290:99:.:.:9097,491,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:79:.:.:0,79,3379:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:514,0:514:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,92:157:99:.:.:2691,0,1669:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,54:111:99:.:.:1583,0,1545:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1447:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,975:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:236,74:310:99:.:.:1601,0,6878:. 1|0:214,85:299:99:.:.:2016,0,5978:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:5,175:180:99:.:.:5827,406,0:. 1|0:191,80:271:99:.:.:1947,0,5477:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:439,0:439:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:141,54:195:99:.:.:1264,0,4042:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1526:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 501421 . T C 7.61902e+06 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=23.64;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G439;SNPEFF_CODON_CHANGE=ggA/ggG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113200;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113200.1;SOR=0.691;VQSLOD=9.5;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=33.33;GQ_MEAN=542.98;GQ_STDDEV=816.59;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6805;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.342;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16166706;AF=0.275;AS_InbreedingCoeff=0.4333;MLEAC=1447;MLEAF=0.275;AN=858;AC=242 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,36:108:99:.:.:700,0,1941:. 1|1:5,87:92:99:.:.:2222,111,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1471:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,10:73:39:.:.:39,0,1758:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1307:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1207:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1229,134,0:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,33:33:98:.:.:932,98,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1231:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1519:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,203:206:99:.:.:5366,564,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1415:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1090:. 0|1:52,80:132:99:.:.:1703,0,1091:. 1|1:0,17:17:51:.:.:457,51,0:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1417:. 0|1:59,57:116:99:.:.:1240,0,1474:. 0|1:96,16:112:99:.:.:109,0,2628:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1631:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:48,23:71:99:.:.:408,0,1274:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1270:. 1|0:42,11:53:99:.:.:132,0,1110:. 1|1:10,144:154:99:.:.:3600,158,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2308,248,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:0:.:.:0,0,3705:. 1|0:46,53:99:99:.:.:1125,0,1106:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1251:. 1|0:23,104:127:99:.:.:2389,0,300:. 0|1:23,61:84:99:.:.:1409,0,436:. 1|1:3,104:107:99:.:.:2808,226,0:. 0|1:11,12:23:99:.:.:251,0,275:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:37,97:134:99:.:.:2185,0,735:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,64:93:99:.:.:1410,0,616:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,99:166:99:.:.:2208,0,1503:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,980:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,44:169:99:.:.:668,0,3291:. 0|1:21,67:88:99:.:.:1621,0,390:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1107:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1295:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,33:124:99:.:.:488,0,2366:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:209,42:251:99:.:.:348,0,5339:. 0|1:76,18:94:99:.:.:226,0,2005:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1402:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1399:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1223:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:2,228:230:99:.:.:6129,629,0:. 1|0:83,123:206:99:.:.:2628,0,1824:. 1|0:8,57:65:50:.:.:1371,0,50:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,48:101:99:.:.:1005,0,1265:. 1|0:53,27:80:99:.:.:504,0,1375:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,150:156:99:.:.:3836,300,0:. 1|1:13,285:298:99:.:.:7365,510,0:. 0|1:45,199:244:99:.:.:4684,0,654:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5149,569,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:115,35:150:99:.:.:496,0,2938:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4097,459,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,165:196:99:.:.:3942,0,359:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5266,581,0:. 0|1:145,72:217:99:.:.:1240,0,3688:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,252:256:99:.:.:6663,638,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,66:210:99:.:.:1196,0,3710:. 1|1:2,269:271:99:.:.:7247,744,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,104:187:99:.:.:2250,0,1933:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:3863,437,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,199:200:99:.:.:5192,563,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:.:.:6038,670,0:. 1|0:116,72:188:99:.:.:1329,0,2921:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:10:.:.:0,10,5304:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,136:174:99:.:.:3253,0,651:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,260:261:99:.:.:6949,752,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:.:.:5207,594,0:. 1|1:1,266:267:99:.:.:6958,787,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,120:173:99:.:.:2767,0,1064:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2785,318,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3174,342,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2939,321,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:78:.:.:0,78,2237:. 1|0:82,81:163:99:.:.:1762,0,2005:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,18:146:42:.:.:42,0,3435:. 1|0:47,76:123:99:.:.:1714,0,1066:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,187:200:99:.:.:4587,203,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,6:6:18:.:.:169,18,0:. 1|1:1,144:145:99:.:.:3867,403,0:. 1|1:0,172:172:99:.:.:4737,514,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2561,279,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2707,297,0:. 0|1:100,62:162:99:.:.:1185,0,2574:. 0|1:135,45:180:99:.:.:686,0,3522:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3017,333,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2671,287,0:. 0|1:82,16:98:99:.:.:125,0,2269:. 0|1:56,74:130:99:.:.:1650,0,1323:. 0|1:71,96:167:99:.:.:2094,0,1664:. 0|1:160,28:188:99:.:.:181,0,4311:. 1|0:88,12:100:14:.:.:14,0,2444:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:124,0:124:65:.:.:0,65,3165:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,76:78:99:.:.:2008,184,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,85:143:99:.:.:1789,0,1276:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:132,24:156:99:.:.:183,0,3552:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:79:.:.:0,79,2161:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,19:64:99:.:.:320,0,1202:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,64:106:99:.:.:1431,0,970:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,213:215:99:.:.:5722,594,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,164:228:99:.:.:3529,0,1207:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,25:100:99:.:.:346,0,2031:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,14:76:99:.:.:161,0,1703:. 1|0:88,20:108:99:.:.:212,0,2391:. 0|1:17,36:53:99:.:.:749,0,325:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2194,245,0:. 0|1:44,31:75:99:.:.:576,0,1089:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2068,234,0:. 1|0:38,80:118:99:.:.:1783,0,783:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:23,95:118:99:.:.:2356,0,361:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3280,371,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,113:. 0|0:176,0:176:32:.:.:0,32,4259:. 1|0:57,71:128:99:.:.:1536,0,1368:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,85:130:99:.:.:1932,0,964:. 1|1:10,217:227:99:.:.:5577,364,0:. 1|0:24,36:60:99:.:.:804,0,528:. 1|1:0,24:24:72:.:.:655,72,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2271,243,0:. 1|0:260,72:332:99:.:.:1016,0,6918:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,228:242:99:.:.:5818,296,0:. 0|0:31,0:31:64:.:.:0,64,888:. 1|1:2,51:53:99:.:.:1339,109,0:. 1|0:45,141:186:99:.:.:3213,0,805:. 1|0:98,22:120:99:.:.:237,0,2673:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1386:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,111:113:99:.:.:3001,273,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1184:. 1|1:3,126:129:99:.:.:3415,312,0:. 1|1:1,18:19:27:.:.:464,27,0:. 1|1:0,236:236:99:.:.:7878,708,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,95:213:99:.:.:2574,0,3558:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,228:233:99:.:.:7689,542,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1359:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,222:223:99:.:.:7422,634,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,301:301:99:.:.:9794,902,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,115:197:99:.:.:3281,0,2347:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,166:216:99:.:.:4951,0,1163:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1396:. 1|0:100,25:125:99:.:.:476,0,3125:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,241:242:99:.:.:7882,693,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4233,381,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,238:248:99:.:.:7608,426,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,821:821:99:.:.:27023,2459,0:. 0|0:642,0:642:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:677,0:677:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:10,92:102:54:.:.:2670,0,54:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,582:586:99:.:.:18387,1609,0:. 1|1:3,146:149:99:.:.:4667,342,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8417,782,0:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,111:243:99:.:.:2931,0,3807:. 1|1:2,634:636:99:.:.:19539,1820,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,613:614:99:.:.:19429,1800,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,187:193:99:.:.:5782,406,0:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7370,681,0:. 1|0:206,39:245:99:.:.:568,0,6395:. 1|1:2,216:218:99:.:.:6826,580,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:21,225:246:52:.:.:6642,52,0:. 1|1:0,272:272:99:.:.:8760,817,0:. 1|1:6,446:452:99:.:.:13607,1132,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:35,451:486:99:.:.:12989,267,0:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1432:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,271:271:99:.:.:8714,813,0:. 1|1:0,277:277:99:.:.:8880,831,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,168:263:99:.:.:4569,0,2445:. 1|0:200,29:229:99:.:.:226,0,6141:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:208,36:244:99:.:.:427,0,6325:. 0|0:104,0:104:57:.:.:0,57,2999:. 1|0:41,234:275:99:.:.:6597,0,659:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:219,36:255:99:.:.:385,0,6608:. 1|1:9,266:275:99:.:.:7958,535,0:. 0|1:201,41:242:99:.:.:591,0,6173:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,76:190:99:.:.:1914,0,3199:. 0|0:55,0:55:85:.:.:0,85,1694:. 0|1:246,37:283:99:.:.:306,0,7457:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,20:123:99:.:.:199,0,3157:. 0|0:263,0:263:27:.:.:0,27,7375:. 1|0:29,226:255:99:.:.:6488,0,279:. 1|1:31,596:627:99:.:.:17392,852,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:514,0:514:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,570:572:99:.:.:18875,1668,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:179,37:216:99:.:.:555,0,5558:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2539,234,0:. 0|1:71,92:163:99:.:.:2463,0,2003:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7588,688,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2032,186,0:. 1|1:0,259:259:99:.:.:8547,778,0:. 1|1:0,240:240:99:.:.:7746,721,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,361:361:99:.:.:11799,1085,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2399,225,0:. 1|0:83,63:146:99:.:.:1703,0,2361:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1447:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1158,108,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:21,263:284:99:.:.:7773,112,0:. 1|1:0,260:260:99:.:.:8570,782,0:. 0|0:439,0:439:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1526:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 501515 . T A 1.23529e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=27.59;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K408I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113200;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113200.1;SOR=0.657;VQSLOD=10.05;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.36;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=14.29;GQ_MEAN=609.2;GQ_STDDEV=874.08;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5554;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.505;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16885885;AF=0.369;AS_InbreedingCoeff=0.7047;MLEAC=1945;MLEAF=0.37;AN=858;AC=353 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:57,63:120:99:.:.:1670,0,1436:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,71:119:99:.:.:1924,0,1207:. 1|0:45,63:108:99:.:.:1691,0,1124:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,85:99:99:.:.:2453,0,158:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1471:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3270,309,0:. 0|1:59,13:72:99:.:.:197,0,1685:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:31,46:77:99:.:.:1271,0,765:. 0|1:35,14:49:99:.:.:301,0,980:. 0|1:31,15:46:99:.:.:348,0,823:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1422,132,0:. 0|0:26,0:26:54:.:.:0,54,810:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1462:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1837,168,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1231:. 1|0:59,16:75:99:.:.:287,0,1567:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7031,675,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1415:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1485,144,0:. 0|1:22,77:99:99:.:.:2053,0,276:. 1|1:0,11:11:33:.:.:342,33,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:281,27,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1417:. 0|1:63,65:128:99:.:.:1616,0,1506:. 1|1:7,113:120:99:.:.:3304,135,0:. 0|1:57,17:74:99:.:.:283,0,1539:. 1|0:118,254:372:99:.:.:6617,0,2448:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1686,162,0:. 0|0:189,0:189:33:.:.:0,33,4764:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2696,270,0:. 1|0:16,38:54:99:.:.:1020,0,336:. 0|1:41,28:69:99:.:.:651,0,1048:. 0|0:52,0:52:4:.:.:0,4,1269:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,268:268:99:.:.:8297,806,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,40:124:99:.:.:836,0,2109:. 1|0:56,29:85:99:.:.:645,0,1451:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1251:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4088,402,0:. 0|1:11,60:71:99:.:.:1574,0,130:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:1,20:21:32:.:.:587,32,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:45,97:142:99:.:.:2566,0,951:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,37:90:99:.:.:800,0,1324:. 0|1:63,93:156:99:.:.:2408,0,1380:. 0|1:85,39:124:99:.:.:809,0,2181:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4577,444,0:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,980:. 1|0:28,88:116:99:.:.:2361,0,529:. 1|0:110,61:171:99:.:.:1341,0,2822:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:1,61:62:99:.:.:1819,159,0:. 1|0:30,22:52:99:.:.:528,0,741:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4251,420,0:. 1|0:48,69:117:99:.:.:1776,0,1133:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:73,150:223:99:.:.:3810,0,1514:. 0|1:60,17:77:99:.:.:301,0,1584:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1930,192,0:. 1|0:28,37:65:99:.:.:925,0,659:. 0|0:84,0:84:3:.:.:0,3,2046:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1399:. 0|1:28,19:47:99:1|0:501510_A_AT:457,0,731:. 0|1:31,114:145:99:.:.:3117,0,464:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,188:188:99:.:.:5799,565,0:. 0|1:134,74:208:99:.:.:1590,0,3417:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,19:115:99:.:.:247,0,2574:. 1|0:16,140:156:19:.:.:3856,0,19:. 1|1:1,155:156:99:.:.:4695,439,0:. 0|1:68,31:99:99:.:.:609,0,1718:. 0|1:19,79:98:99:.:.:2102,0,271:. 0|1:46,17:63:99:.:.:331,0,1185:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,183:189:99:.:.:5460,391,0:. 1|1:5,260:265:99:.:.:7747,658,0:. 0|1:41,190:231:99:.:.:5049,0,542:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:17,116:133:99:.:.:3117,0,132:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,185:213:99:.:.:5099,0,132:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,223:226:99:.:.:6759,599,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6757,660,0:. 0|1:141,70:211:99:.:.:1514,0,3619:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,61:135:99:.:.:1443,0,1788:. 1|1:0,238:238:99:.:.:7201,714,0:. 0|1:115,56:171:99:.:.:1156,0,2919:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,115:182:99:.:.:2983,0,1428:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4983,489,0:. 1|1:1,188:189:99:.:.:5604,557,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,250:250:99:.:.:7762,751,0:. 1|0:96,98:194:99:.:.:2395,0,2249:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:66,95:161:99:.:.:2415,0,1488:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:99,0:99:89:.:.:0,89,2474:. 0|0:207,0:207:46:.:.:0,46,5100:. 1|1:0,267:267:99:.:.:8177,802,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,135:136:99:.:.:4126,398,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:.:.:7311,718,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5960,600,0:. 1|1:0,237:237:99:.:.:7062,711,0:. 1|1:1,121:122:99:.:.:3618,335,0:. 0|1:36,122:158:99:.:.:3360,0,638:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3560,351,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:15,283:298:99:.:.:8008,442,0:. 1|0:47,42:89:99:.:.:1062,0,1182:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4192,417,0:. 1|1:7,98:105:99:.:.:2745,101,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:1,133:134:99:.:.:4052,378,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4160,400,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2763,273,0:. 0|1:89,39:128:99:.:.:825,0,2255:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,50:184:99:.:.:969,0,3468:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,211:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,159:161:99:.:.:4912,435,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2884,277,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3155,310,0:. 0|1:85,54:139:99:.:.:1201,0,2116:. 0|1:124,39:163:99:.:.:741,0,3177:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3529,354,0:. 0|1:146,30:176:99:.:.:384,0,3864:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3743,366,0:. 1|1:1,105:106:99:.:.:3232,289,0:. 1|1:1,74:75:99:.:.:2276,195,0:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3570,342,0:. 0|1:26,117:143:99:.:.:3160,0,344:. 1|0:151,46:197:99:.:.:834,0,3946:. 1|0:97,25:122:99:.:.:397,0,2520:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:96,28:124:99:.:.:484,0,2519:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,116:126:95:.:.:3371,95,0:. 1|1:1,68:69:99:.:.:2069,175,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3190,318,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,130:140:99:.:.:3718,108,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:81,83:164:99:.:.:2021,0,1886:. 0|1:14,76:90:99:.:.:2029,0,152:. 0|1:20,54:74:99:.:.:1426,0,378:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2438,237,0:. 0|1:39,31:70:99:.:.:775,0,969:. 1|0:64,44:108:99:.:.:1042,0,1608:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,100:111:14:.:.:2790,14,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6226,607,0:. 0|1:102,100:202:99:.:.:2422,0,2461:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,83:86:99:.:.:2438,162,0:. 1|0:166,58:224:99:.:.:1025,0,4196:. 0|0:123,0:123:67:.:.:0,67,3158:. 0|1:24,84:108:99:.:.:2290,0,420:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2083,198,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,19:117:99:.:.:220,0,2646:. 0|1:13,34:47:99:.:.:897,0,231:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1961,192,0:. 0|1:72,15:87:99:.:.:184,0,1900:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2951,288,0:. 1|0:61,63:124:99:.:.:1565,0,1475:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:61,33:94:99:.:.:711,0,1540:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6413,633,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:14,90:104:99:.:.:2449,0,107:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4242,422,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2490,243,0:. 1|1:2,84:86:99:.:.:2510,200,0:. 1|0:130,88:218:99:.:.:2006,0,3271:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2799,273,0:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,190:. 0|1:117,43:160:99:.:.:855,0,2952:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,48:120:99:.:.:1090,0,1758:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:21,41:62:99:.:.:1063,0,439:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1127,114,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2686,264,0:. 1|0:273,83:356:99:.:.:1536,0,7039:. 1|1:1,129:130:99:.:.:3887,361,0:. 1|1:7,185:192:99:.:.:5382,362,0:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1316:. 1|1:18,169:187:26:.:.:4542,26,0:. 1|0:60,72:132:99:.:.:1845,0,1369:. 0|0:80,0:80:45:.:.:0,45,2013:. 0|1:60,48:108:99:.:.:1142,0,1494:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:28,0:28:22:.:.:0,22,701:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2044,201,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,19:24:71:.:.:504,0,71:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,234:248:99:.:.:7854,239,0:. 1|1:0,265:265:99:.:.:9519,796,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:120,99:219:99:.:.:2919,0,3557:. 1|1:1,262:263:99:.:.:9423,780,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:0:.:.:0,0,7373:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,241:242:99:.:.:8673,690,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1359:. 1|1:0,276:276:99:.:.:9669,828,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7896,669,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,259:259:99:.:.:9365,779,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:.:.:6588,562,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:.:.:5182,430,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,309:310:99:.:.:11007,921,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3418,291,0:. 1|1:1,139:140:99:.:.:4946,411,0:. 1|1:0,230:230:99:.:.:8103,691,0:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:2,181:183:99:.:.:6357,530,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,226:227:99:.:.:8076,672,0:. 1|1:1,250:251:99:.:.:9005,745,0:. 1|1:1,130:131:99:.:.:4582,384,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,236:236:99:.:.:8287,708,0:. 0|0:793,0:793:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,922:923:99:.:.:32979,2765,0:. 0|0:639,0:639:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,86:87:99:.:.:3083,225,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1345,114,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:66:.:.:0,66,3379:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:574,0:574:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:9,169:178:99:.:.:5401,264,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,271:272:99:.:.:9336,807,0:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,135:272:99:.:.:3854,0,3970:. 1|1:3,616:619:99:.:.:21271,1780,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2998,259,0:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:17,264:281:99:.:.:8637,263,0:. 1|1:0,217:217:99:.:.:7416,651,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7529,661,0:. 1|0:48,200:248:99:.:.:6082,0,806:. 0|1:210,48:258:99:.:.:911,0,6460:. 1|1:16,242:258:99:.:.:7970,229,0:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:121,20:141:99:.:.:265,0,3724:. 0|1:222,240:462:99:.:.:6939,0,6128:. 0|0:73,0:73:1:.:.:0,1,2103:. 1|1:13,261:274:99:.:.:8636,345,0:. 0|1:103,194:297:99:.:.:5738,0,2546:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,275:275:99:.:.:9341,825,0:. 1|1:1,288:289:99:.:.:9828,830,0:. 0|1:202,51:253:99:.:.:994,0,6086:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,284:285:99:.:.:9725,846,0:. 1|1:0,244:244:99:.:.:8433,732,0:. 1|1:6,102:108:99:.:.:3314,122,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:90:.:.:0,90,3313:. 1|0:49,240:289:99:.:.:7279,0,847:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:149,44:193:99:.:.:946,0,4335:. 1|1:12,543:555:99:.:.:18410,1240,0:. 1|1:4,217:221:99:.:.:7301,541,0:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:96:.:.:0,96,7341:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,150:247:99:.:.:4366,0,2487:. 0|1:29,112:141:99:.:.:3269,0,536:. 1|0:129,62:191:99:.:.:1498,0,3682:. 1|0:8,46:54:99:.:.:1425,0,117:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:154,110:264:99:.:.:3009,0,4475:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,36:126:99:.:.:834,0,2649:. 1|0:229,26:255:99:.:.:121,0,7191:. 1|0:23,219:242:52:.:.:6850,0,52:. 0|0:598,0:598:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:293,267:560:99:.:.:7582,0,8446:. 1|1:31,654:685:99:.:.:21411,1038,0:. 1|1:0,573:573:99:1|1:501515_T_A:24552,1745,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,436:436:99:.:.:15009,1311,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:225,28:253:99:.:.:186,0,6928:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2971,256,0:. 0|1:99,94:193:99:.:.:2711,0,2832:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:.:.:8299,703,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,292:292:99:.:.:10201,878,0:. 1|1:1,225:226:99:.:.:7832,670,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1799:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8267,706,0:. 1|1:0,211:211:99:.:.:7349,634,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2605,223,0:. 1|0:62,57:119:99:.:.:1574,0,1833:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:6,52:58:21:.:.:1692,0,21:. 0|0:33,0:33:27:.:.:0,27,954:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,343:343:99:.:.:12058,1031,0:. 1|1:0,334:334:99:.:.:11696,1004,0:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,344:344:99:.:.:11956,1033,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,261:261:99:.:.:9083,784,0:. 1|1:0,236:236:99:.:.:8335,709,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:.:.:9010,776,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:439,0:439:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,45:190:99:.:.:983,0,4427:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,43:44:99:.:.:1436,122,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5896,501,0:. Pf3D7_01_v3 503805 . A G 488558 PASS FS=0;MQ=60.07;QD=23.52;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.632;VQSLOD=4.72;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=117.51;GQ_STDDEV=38.91;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9212;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.338;culprit=FS;set=snp;DP=3776204;AF=0.04;AS_InbreedingCoeff=-0.0303;MLEAC=201;MLEAF=0.039;AN=836;AC=56 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1229:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1375:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1379:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1510:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1071:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1279:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1324:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,661:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,153:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1139:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1046:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1131:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,580:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,991:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1432:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1272:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1491:. 0|0:43,0:43:98:.:.:0,98,1205:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1442:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,921:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1098:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,988:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:47,34:81:99:.:.:708,0,1167:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1391:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1565:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1050:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1168:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1433:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,557:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1500:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1283:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1200:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1300:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1544:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,842:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1192:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1417:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:71,0:71:94:.:.:0,94,1841:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1226:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,931:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,109,1055:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1503:. 0|1:13,19:32:99:.:.:404,0,289:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1224:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,959:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1511:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,787:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,585:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,694:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1337:. 0|0:87,0:87:76:.:.:0,76,2124:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1416:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1488:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1033:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,584:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1103:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1320:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1276:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1360:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1379:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1408:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1204:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1302:. 0|0:124,0:124:59:.:.:0,59,3136:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1408:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,39:63:99:.:.:884,0,507:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,940:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,116,1759:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1345:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1268:. 1|0:86,16:102:99:.:.:162,0,2205:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1057:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1038:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1589:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1434:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1340:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1067:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,911:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1078:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1124:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,907:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1258:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1072:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1278:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,794:. 1|1:2,49:51:89:.:.:1325,89,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1294:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1376:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,998:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1401:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1644:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1070:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1466:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1654:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3233,339,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,167:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1179:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1009:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1320:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1014:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1222:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1684:. 1|0:30,36:66:99:.:.:827,0,715:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1426:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1607:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1348:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1338:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,971:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1178:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1082:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1123:. 1|0:11,92:103:10:.:.:2208,0,10:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,19:86:99:.:.:283,0,1723:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,890:. 1|0:16,24:40:99:.:.:559,0,328:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1091:. 1|0:59,12:71:99:.:.:131,0,1507:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1052:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1470:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1092:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2731,290,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:47,0:47:83:.:.:0,83,1328:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1152:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1119:. 0|0:26,0:26:49:.:.:0,49,754:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1211:. 1|1:1,45:46:99:.:.:1209,108,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1228:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,980:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1043:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1026:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1339:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1156:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1135:. 1|0:13,67:80:99:.:.:1682,0,163:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:82,41:123:99:.:.:782,0,2076:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1235:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,153:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1102:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1440:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:55:.:.:0,55,799:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,647:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1049:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1067:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,628:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,913:. 1|0:59,11:70:99:.:.:103,0,1574:. 1|1:1,34:35:73:.:.:959,73,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1418:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1311:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1219:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,575:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,763:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,284:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,923:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1130:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,28:28:84:.:.:931,84,0:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:0,4:4:12:.:.:143,12,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1447:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,671:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1099,102,0:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,334:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|1:24,7:31:99:.:.:145,0,750:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,471:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,407:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1267:. 0|0:0,4:4:12:.:.:138,12,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1072:. 0|0:23,0:23:35:.:.:0,35,673:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,960:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,439:. 1|1:1,33:34:66:.:.:1033,66,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1340:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,91:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,220:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1360:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1146:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,150:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1226:. 1|1:4,117:121:99:.:.:3556,242,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1512:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,223:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1643:. 0|0:21,0:21:39:.:.:0,39,689:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1223:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,308:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1213,120,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1486:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1436:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1355:. 0|1:27,79:106:99:.:.:2207,0,556:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,629:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1191:. 0|1:7,7:14:99:.:.:170,0,213:. 0|1:11,12:23:99:.:.:295,0,262:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1075:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1796:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1291:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,111:. 1|1:3,118:121:99:.:.:3540,253,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1205:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1214:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,96:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1588:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,22:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,421:. 0|1:54,40:94:99:.:.:993,0,1423:. 0|0:12,0:12:15:.:.:0,15,375:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,116,1288:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1343:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1113:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,96:. 0|1:65,44:109:99:.:.:981,0,1763:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,53:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1184:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,241:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1217:. 0|1:46,52:98:99:.:.:1289,0,1160:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1191:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1345:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,284:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,340:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,827:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1408:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,125:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1173:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,919:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1232:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1315:. 1|1:0,16:16:48:.:.:489,48,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:276,24,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1201,114,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1239,126,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1508:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,765:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1167:. 0|1:43,14:57:99:.:.:270,0,1151:. 1|0:55,24:79:99:.:.:489,0,1555:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,186:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1350:. 0|1:39,21:60:99:.:.:451,0,1068:. 0|0:37,0:37:74:.:.:0,74,1125:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1359:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1062:. 1|1:0,22:22:66:.:.:686,66,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2667,252,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1355:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:31:.:.:0,31,426:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,301:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1316:. Pf3D7_01_v3 503830 . A T 129411 PASS FS=0;MQ=60.65;QD=22.28;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.686;VQSLOD=5.17;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=114.27;GQ_STDDEV=27.29;HRun=2;InbreedingCoeff=0.8566;NCC=0;BaseQRankSum=1.94;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.453;culprit=FS;set=snp;DP=3787187;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=0.0301;MLEAC=53;MLEAF=0.01;AN=838;AC=5 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1229:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1375:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:35,0:35:92:.:.:0,92,1115:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1379:. 0|0:41,0:41:94:.:.:0,94,1271:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1510:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1071:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1324:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:23,0:23:41:.:.:0,41,690:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,772:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,175:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,850:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1228:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1297:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1046:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1131:. 0|0:32,0:32:73:.:.:0,73,905:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1200:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,991:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1439:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1407:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1491:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1215:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1442:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,727:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1098:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1391:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1565:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1050:. 0|0:23,0:23:46:.:.:0,46,652:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1168:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1433:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,582:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1500:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1200:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1300:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1544:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1192:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1417:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,533:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1661:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1226:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,109,1055:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1503:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,834:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1224:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,959:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1511:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,988:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,836:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,799:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1083:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1337:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1416:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1488:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1033:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,555:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1103:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1320:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1276:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1360:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1379:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1408:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1204:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1302:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1408:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,940:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,116,1759:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1345:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1057:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1038:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1589:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1434:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1340:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1067:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,911:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1078:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1124:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,907:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1258:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1072:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1278:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1294:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1376:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,998:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1401:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1070:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1466:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1654:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,255:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1179:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1009:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1320:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1014:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1222:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1684:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1426:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1607:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1348:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1338:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,971:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1178:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1082:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,890:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1068:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1243:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1052:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1470:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1092:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1152:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1119:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1211:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1228:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1014:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,980:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1043:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1026:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1339:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1156:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1304:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1235:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,201:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1102:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1440:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,1040:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1049:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1067:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,628:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,913:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1418:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1311:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,375:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1219:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,763:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1391:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1024:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1168:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1228,102,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,138:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1447:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1181:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,282:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1119:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1341:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1151,105,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,797:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,455:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,377:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1267:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,388:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1125:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,843:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1053:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1340:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,86:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:21 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1360:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1146:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1512:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:27 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1643:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:63 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1223:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:33 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1486:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1436:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1191:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:60 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1075:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1796:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1291:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1205:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1214:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1588:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:116 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1343:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1113:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1184:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:4 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1217:. 0|0:75,0:75:.:.:.:.:120 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1191:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1345:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1408:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:39 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1168:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1232:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1315:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,388:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1508:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,189:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,154:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1082:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:47,6:53:13:.:.:13,0,1375:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,452:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,635:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1355:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,508:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,355:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1316:. Pf3D7_01_v3 504610 . G A 199484 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=20.78;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.683;VQSLOD=5.33;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=-0.0005;NCC=0;BaseQRankSum=4.58;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0185;GQ_MEAN=107.18;GQ_STDDEV=54.68;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.216;culprit=FS;set=snp;DP=5075767;AF=0.013;AS_InbreedingCoeff=0.0838;MLEAC=65;MLEAF=0.012;AN=852;AC=35 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1569:. 0|1:6,36:42:3:.:.:1013,0,3:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1392:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1335:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1432:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1354:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1156:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,770:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1093:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1435:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1460:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1004:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1022:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,438:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1325:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1276:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1362:. 1|0:21,81:102:99:.:.:2262,0,254:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1440:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1202:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1003:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1239:. 0|1:58,25:83:99:.:.:506,0,1287:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1226:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,958:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1753:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,493:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1722:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1385:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1204:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1392:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1140:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1360:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1338:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:75,10:85:55:.:.:55,0,1701:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1108:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1466:. 0|0:31,0:31:65:.:.:0,65,696:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1526:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,865:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1337:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,26:49:99:.:.:642,0,437:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1096:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,886:. 1|0:25,15:40:99:.:.:339,0,539:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,996:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1195:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1372:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1173:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1617:. 0|1:49,12:61:99:.:.:188,0,1083:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,907:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,73:81:32:.:.:2007,32,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1620:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1196:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1635:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1464:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1784:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,15:121:78:.:.:78,0,2382:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1273:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1138:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1629:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1540:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1688:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1018:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1030:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1543:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,89:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1517:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1330:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1294:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1380:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1663:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1574:. 1|0:93,58:151:99:.:.:1327,0,2011:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1528:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1349:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1638:. 1|1:1,134:135:99:.:.:3932,378,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1561:. 0|0:89,0:89:77:.:.:0,77,1939:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1541:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,782:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1666:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,909:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1700:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1525:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1157:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1053:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1124:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1370:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1285:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1224:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4405,444,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1019:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1452:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,53:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,41:87:99:.:.:1030,0,969:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1574:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1286:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,685:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1591:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,71:92:99:.:.:1827,0,274:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:2,45:47:89:.:.:1284,89,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:1,94:95:99:.:.:2872,259,0:. 0|1:6,20:26:83:.:.:495,0,83:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1227:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1332:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1279:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2472,211,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1357:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1401:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1382:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1307:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1567:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1115:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1388:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1450:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1346:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,116,1650:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1565:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1676:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,327:327:99:.:.:11306,983,0:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,348:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,874:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1470:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1515:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1000:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1266:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1330:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1033:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1357:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,139:170:99:.:.:4263,0,449:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:66:.:.:0,66,932:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:18,0:18:19:.:.:0,19,450:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,428:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1629,147,0:. 1|0:80,47:127:99:.:.:1207,0,2111:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1461:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:19,11:30:99:.:.:295,0,450:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1469:. 0|1:45,71:116:99:.:.:2073,0,942:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,171:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1899,165,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1292:. 1|0:62,19:81:99:.:.:385,0,1605:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1282:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,994:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1489:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1030:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1417:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1169:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1458:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1264:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1420:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1373:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,550:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1406:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1288:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1474:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,758:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,395:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,197:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1515:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1507:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1405:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1501:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1565:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 505120 . C T 208366 PASS FS=0;MQ=59.96;QD=21.04;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E525K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113300;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113300.1;SOR=0.712;VQSLOD=5.7;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;InbreedingCoeff=0.0883;NCC=0;BaseQRankSum=5.6;ClippingRankSum=0.075;MQRankSum=0.219;ReadPosRankSum=1.18;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=8972240;AF=0.006474;MLEAC=32;MLEAF=0.006093;AN=858;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:0,105,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1234:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1218:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1380:. 0|0:57,0:57:99:0,101,1543:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1304:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1290:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1287:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1321:. 1|0:49,10:59:99:151,0,1213:. 0|0:26,0:26:60:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1123:. 0|0:8,0:8:24:0,24,234:. 0|0:28,0:28:69:0,69,1035:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1234:. 0|0:42,0:42:72:0,72,1028:. 0|0:52,0:52:99:0,107,1391:. 0|0:70,0:70:99:0,103,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,107,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1165:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1243:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:7,0:7:0:0,0,133:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1536:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1298:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,106,1503:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1284:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|1:34,20:54:99:439,0,708:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,117,1447:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:123,0:123:94:0,94,2905:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1408:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,116,1383:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:37:0,37,1865:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1009:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1018:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1115:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1273:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,101,1173:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,113,1306:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1607:. 0|0:54,0:54:99:0,101,1642:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1103:. 0|0:42,0:42:99:0,112,1319:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1247:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1702:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,113,1467:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,110,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,109,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,114,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,103,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,113,1524:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,101,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1153:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1399:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 1|0:57,64:121:99:1535,0,1210:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,118,1487:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:0,33,314:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1620:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,99,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,114,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1509:. 0|0:48,0:48:99:0,107,1507:. 0|0:61,0:61:99:0,103,1746:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1759:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,108,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,101,1700:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,114,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1709:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1178:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1310:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,111,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1277:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,113,1446:. 0|0:110,0:110:99:0,106,1800:. 1|1:0,93:93:99:2722,279,0:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1215:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:10:0,10,156:. 0|0:133,0:133:99:0,119,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 1|0:58,76:134:99:1885,0,1177:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1473:. 0|0:25,0:25:66:0,66,990:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,104,1800:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1163:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|1:84,14:98:99:139,0,2014:. 0|0:50,0:50:99:0,110,1702:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1348:. 0|0:32,0:32:84:0,84,1260:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1000:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1392:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,112,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,100,1575:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:0,112,1657:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,117,1755:. 0|0:57,0:57:99:0,112,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1612:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 1|0:91,10:101:63:63,0,2822:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1755:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 1|1:0,182:182:99:6540,547,0:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,106,1665:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:.:.:99 0|0:44,0:44:99:0,103,1470:. 0|0:130,0:130:99:0,107,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:.:.:120 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:.:.:120 0|0:278,0:278:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:.:.:100 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:.:.:120 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,100,1800:. 0|1:50,206:256:99:6392,0,823:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:120 1|0:79,15:94:99:219,0,2198:. 0|0:112,0:112:.:.:120 0|0:43,0:43:99:0,117,1755:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,100,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,108,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:120 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:108 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:107 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:.:.:120 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:459,0:459:.:.:120 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:.:.:120 0|0:148,0:148:99:0,104,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:.:.:120 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,117,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:102 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:.:.:120 0|0:165,0:165:99:0,108,1800:. 0|0:114,0:114:.:.:120 0|0:130,0:130:.:.:120 0|0:80,0:80:99:0,112,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:120 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:.:.:120 0|0:48,0:48:99:0,119,1489:. 0|0:443,0:443:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1264:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:.:.:120 0|0:91,0:91:99:0,109,1800:. 0|0:81,0:81:.:.:120 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1534:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1320:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:0,113,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1283:. 0|0:81,0:81:99:0,102,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,114,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1192:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:0,63,945:. 0|0:60,0:60:99:0,100,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1710:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1557:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1507:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1739:. 0|0:81,0:81:99:0,108,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1396:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,107,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1341:. 0|0:29,0:29:81:0,81,892:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,107,1800:. Pf3D7_01_v3 505259 . A T 1.14589e+07 PASS FS=0;MQ=60.06;QD=28.87;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N478K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113300;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113300.1;SOR=0.678;VQSLOD=6.62;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=14.29;GQ_MEAN=338.81;GQ_STDDEV=287.2;HRun=3;InbreedingCoeff=0.7104;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.2;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13656826;AF=0.331;AS_InbreedingCoeff=0.5239;MLEAC=1734;MLEAF=0.33;AN=858;AC=419 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:37,32:69:99:.:.:791,0,957:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:40,0:40:29:.:.:0,29,1071:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1855,174,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1539:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1543:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,1087:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1492:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2028,192,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1346:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,684:. 1|1:0,10:10:30:.:.:308,30,0:. 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1206:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:67,6:73:35:.:.:0,35,1902:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2626,258,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1165:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1227:. 1|1:1,111:112:99:.:.:3173,310,0:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,11:11:33:.:.:305,33,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1298:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:56:.:.:0,56,3475:. 0|1:44,21:65:99:.:.:415,0,1135:. 1|1:0,353:353:99:.:.:10516,1059,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1284:. 1|0:120,43:163:99:.:.:833,0,3215:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,19:49:99:.:.:380,0,753:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2116,227,0:. 0|1:22,47:69:99:.:.:1146,0,470:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1447:. 1|1:0,236:236:99:.:.:6934,709,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,34:128:99:.:.:596,0,2386:. 0|1:28,64:92:99:.:.:1571,0,616:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1156:. 1|0:25,84:109:99:.:.:2135,0,428:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,3:21:31:.:.:31,0,470:. 1|1:4,95:99:99:.:.:2713,184,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4113,420,0:. 0|1:9,65:74:29:.:.:1688,0,29:. 1|0:90,21:111:99:.:.:325,0,2388:. 1|1:2,73:75:99:.:.:2131,185,0:. 0|1:19,49:68:99:.:.:1178,0,362:. 0|1:55,31:86:99:.:.:629,0,1353:. 0|1:82,73:155:99:.:.:1684,0,1992:. 0|1:48,76:124:99:.:.:1884,0,1092:. 1|1:1,163:164:99:.:.:4763,460,0:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1009:. 0|1:55,35:90:99:.:.:750,0,1386:. 0|1:40,98:138:99:.:.:2530,0,763:. 1|0:80,20:100:99:.:.:264,0,2165:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1466,150,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,29:45:99:.:.:732,0,341:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4231,440,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1173:. 1|0:99,114:213:99:.:.:2661,0,2297:. 0|1:17,66:83:99:.:.:1658,0,258:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1306:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2633,264,0:. 0|0:62,0:62:66:.:.:0,66,1634:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1194:. 0|1:56,49:105:99:.:.:1129,0,1373:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1887,192,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1315:. 1|0:150,20:170:77:.:.:77,0,3854:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,101:121:99:.:.:2657,0,233:. 1|1:11,146:157:99:.:.:3966,124,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,40:108:99:.:.:789,0,1684:. 1|0:19,45:64:99:0|1:505259_A_T:1131,0,446:. 1|1:7,151:158:99:.:.:4221,256,0:. 1|0:137,36:173:99:.:.:563,0,3630:. 1|1:8,166:174:99:.:.:4732,285,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:144:99:.:.:4140,425,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,129:132:99:.:.:3721,301,0:. 0|1:55,76:131:99:.:.:1856,0,1291:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,217:218:99:.:.:6513,621,0:. 0|1:27,165:192:99:.:.:4258,0,235:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4759,482,0:. 1|0:55,136:191:99:.:.:3443,0,1131:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5751,590,0:. 1|0:88,81:169:99:.:.:1871,0,2148:. 1|1:0,259:259:99:.:.:7638,778,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,208:208:99:.:.:6191,624,0:. 0|1:131,75:206:99:.:.:1582,0,3223:. 1|1:5,239:244:99:.:.:6959,575,0:. 0|1:44,90:134:99:.:.:2215,0,879:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,119:160:99:.:.:3103,0,755:. 1|1:15,154:169:40:.:.:4115,40,0:. 1|0:57,116:173:99:.:.:2909,0,1198:. 1|1:5,130:135:99:.:.:3608,252,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:.:.:4808,494,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:196,33:229:99:.:.:267,0,5285:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,69:160:99:.:.:1471,0,2279:. 1|0:119,46:165:99:.:.:901,0,3112:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,244:244:99:.:.:6927,731,0:. 1|0:107,39:146:99:.:.:772,0,2902:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,96:144:99:.:.:2422,0,1001:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,104:122:99:.:.:2702,0,167:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1399:. 1|1:0,218:218:99:.:.:6317,654,0:. 1|0:22,31:53:99:.:.:729,0,562:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,35:94:99:.:.:668,0,1451:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2781,290,0:. 0|1:103,37:140:99:.:.:635,0,2754:. 1|1:11,109:120:53:.:.:2965,53,0:. 1|1:14,172:186:99:.:.:4735,116,0:. 1|0:151,38:189:99:.:.:562,0,4012:. 0|0:183,17:200:99:.:.:0,113,5082:. 1|1:0,181:181:99:.:.:5386,543,0:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2258,222,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3138,321,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,73:162:99:.:.:1636,0,2231:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:38,121:159:99:.:.:3165,0,842:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:19,80:99:99:.:.:2058,0,253:. 0|1:74,16:90:99:.:.:221,0,2006:. 1|0:50,77:127:99:.:.:1936,0,1180:. 0|1:32,111:143:99:.:.:2895,0,572:. 0|1:133,67:200:99:.:.:1382,0,3508:. 1|1:10,100:110:13:.:.:2661,13,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2552,264,0:. 1|1:0,284:284:99:.:.:8304,853,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3579,372,0:. 1|1:0,274:274:99:.:.:8212,822,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4052,408,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,233:234:99:.:.:6685,671,0:. 1|0:76,27:103:99:.:.:487,0,2026:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2029,204,0:. 1|1:1,89:90:99:.:.:2594,238,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1746:. 1|1:5,205:212:99:.:.:5750,483,0:. 1|0:43,82:125:99:.:.:1970,0,839:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,53:127:99:.:.:1160,0,1829:. 1|0:20,70:90:99:.:.:1825,0,324:. 0|1:58,12:70:99:.:.:151,0,1555:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2496,252,0:. 0|1:27,29:56:99:.:.:724,0,645:. 0|1:25,91:116:99:.:.:2359,0,400:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1700:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,125:208:99:.:.:3060,0,1862:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4039,412,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,46:194:99:.:.:729,0,3703:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,81:93:91:.:.:2131,0,91:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1709:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,49:112:99:.:.:1154,0,1617:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1178:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2623,264,0:. 0|1:30,51:81:99:.:.:1243,0,664:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1890,194,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:.:.:6400,642,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3227,322,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1446:. 1|1:9,109:118:70:.:.:2996,70,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1215:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:140,43:183:99:.:.:704,0,3732:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,151:. 0|1:99,66:165:99:.:.:1434,0,2558:. 1|0:74,51:125:99:.:.:1136,0,1911:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,65:103:99:.:.:1666,0,859:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1186:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,941:. 1|1:3,83:86:99:.:.:2369,167,0:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,98:150:99:.:.:2376,0,1095:. 1|1:0,233:233:99:.:.:6892,700,0:. 1|1:1,25:26:45:.:.:667,45,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1591,159,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,54:113:99:.:.:1276,0,1484:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1702:. 1|0:96,12:108:10:.:.:10,0,2577:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,6:14:99:.:.:133,0,215:. 0|1:45,25:70:99:.:.:496,0,1136:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,942:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3631,371,0:. 1|0:25,5:30:51:.:.:51,0,653:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6834,575,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1392:. 1|1:0,263:263:99:.:.:9399,791,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:7329,605,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7557,631,0:. 1|1:0,205:205:99:.:.:7427,617,0:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7644,641,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,253:257:99:.:.:8979,624,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:.:.:9170,764,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1317:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7789,664,0:. 1|1:1,205:206:99:.:.:7274,582,0:. 1|1:0,230:230:99:.:.:8212,691,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:8092,671,0:. 1|1:0,220:220:99:.:.:8002,662,0:. 1|1:2,247:249:99:.:.:8809,700,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,149:163:13:.:.:4691,0,13:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,142:143:99:.:.:5037,392,0:. 0|1:76,111:187:99:.:.:3470,0,2167:. 1|1:0,271:271:99:.:.:9770,815,0:. 1|1:0,174:174:99:.:.:6274,523,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3257,274,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3806,319,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:72,40:112:99:.:.:1123,0,2242:. 1|1:1,158:159:99:.:.:5668,441,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:5290,448,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7760,655,0:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8641,731,0:. 1|1:0,120:120:99:.:.:4324,361,0:. 1|1:0,205:205:99:.:.:7358,617,0:. 1|1:0,257:257:99:.:.:9174,773,0:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7729,650,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,828:829:99:.:.:29176,2457,0:. 0|0:643,0:643:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,28:29:50:.:.:947,50,0:. 1|1:2,140:142:99:.:.:4526,381,0:. 0|1:95,12:107:82:.:.:82,0,2965:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5879,507,0:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7327,643,0:. 1|1:1,587:588:99:.:.:19799,1728,0:. 1|1:0,148:148:99:.:.:5070,445,0:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8510,742,0:. 1|1:0,270:270:99:.:.:9214,811,0:. 1|1:0,567:567:99:.:.:19415,1698,0:. 0|1:171,143:314:99:.:.:3888,0,4977:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3278,280,0:. 1|1:0,514:514:99:.:.:17383,1536,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,185:228:99:.:.:5487,0,782:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:211,45:256:99:.:.:800,0,6597:. 1|1:0,250:250:99:.:.:8548,751,0:. 0|1:212,42:254:99:.:.:670,0,6532:. 1|1:22,215:237:20:.:.:6752,20,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,391:394:99:.:.:12862,1085,0:. 1|0:12,93:105:99:.:.:2892,0,122:. 0|1:186,245:431:99:.:.:6896,0,4837:. 1|0:9,36:45:99:.:.:1160,0,194:. 1|1:17,237:254:99:.:.:7646,151,0:. 0|1:76,200:276:99:.:.:6175,0,1876:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8330,730,0:. 1|1:0,266:266:99:.:.:9249,800,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8229,706,0:. 1|1:3,238:241:99:.:.:8256,617,0:. 1|1:8,241:249:99:.:.:8061,459,0:. 0|1:95,87:182:99:.:.:2399,0,2555:. 1|1:0,271:271:99:.:.:9502,815,0:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8896,764,0:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8977,785,0:. 0|0:122,0:122:57:.:.:0,57,3438:. 1|1:11,247:258:99:.:.:8115,399,0:. 0|1:49,31:80:99:.:.:775,0,1374:. 1|1:16,258:274:99:.:.:8437,306,0:. 1|1:0,499:499:99:.:.:16404,1489,0:. 1|1:1,187:188:99:.:.:6373,527,0:. 1|1:3,482:485:99:.:.:15669,1365,0:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9461,820,0:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,205:234:99:.:.:6448,0,322:. 1|1:3,239:242:99:.:.:8144,614,0:. 1|1:1,186:187:99:.:.:6092,523,0:. 1|1:0,250:250:99:.:.:8553,752,0:. 1|1:8,123:131:99:.:.:4022,129,0:. 1|1:5,171:176:99:.:.:5658,385,0:. 0|1:33,17:50:99:.:.:392,0,965:. 1|1:14,242:256:99:.:.:7890,267,0:. 1|1:1,534:535:99:.:.:17551,1563,0:. 1|1:0,272:272:99:.:.:9336,817,0:. 1|0:102,142:244:99:.:.:4118,0,2831:. 1|1:20,427:447:99:.:.:13400,696,0:. 0|1:67,67:134:99:.:.:1814,0,1829:. 1|0:221,27:248:99:.:.:212,0,6963:. 1|0:28,212:240:99:.:.:6523,0,283:. 0|0:423,0:423:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:46:.:.:0,46,5257:. 1|0:232,243:475:99:.:.:6762,0,6271:. 1|1:25,640:665:99:.:.:21142,1151,0:. 1|1:1,626:627:99:.:.:22131,1849,0:. 1|0:33,71:104:99:.:.:2033,0,791:. 1|1:0,439:439:99:.:.:14975,1320,0:. 0|0:371,0:371:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,257:263:99:.:.:8512,572,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2995,264,0:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5346,457,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5553,490,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:.:.:6651,568,0:. 1|0:176,56:232:99:.:.:1158,0,5201:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7941,688,0:. 1|1:0,255:255:99:.:.:8863,767,0:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7452,646,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2518,217,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1887,159,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,222:223:99:.:.:7555,632,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,306:317:99:.:.:10262,555,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1192:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4644,415,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,59:60:99:.:.:2030,142,0:. 0|0:29,0:29:52:.:.:0,52,917:. 1|1:0,290:290:99:.:.:10155,872,0:. 1|0:106,208:314:99:.:.:6215,0,2798:. 0|1:64,267:331:99:.:.:8217,0,1186:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,233:283:99:.:.:7250,0,945:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5211,451,0:. 1|0:152,81:233:99:.:.:2113,0,4644:. 1|0:34,156:190:99:.:.:4919,0,595:. 1|1:0,206:206:99:.:.:7296,619,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7571,655,0:. 1|1:19,233:252:61:.:.:7427,61,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:7188,608,0:. 1|1:0,541:541:99:.:.:18969,1625,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2527,228,0:. 1|1:0,351:351:99:.:.:12255,1056,0:. 1|1:0,716:716:99:.:.:24833,2152,0:. 0|1:56,116:172:99:.:.:3488,0,1404:. 1|1:0,275:275:99:.:.:9533,826,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1251:. 1|1:0,29:29:87:.:.:937,87,0:. 1|1:0,365:365:99:.:.:12793,1097,0:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5673,481,0:. Pf3D7_01_v3 505532 . A G 192873 PASS FS=0;MQ=61.96;QD=23.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y387;SNPEFF_CODON_CHANGE=taT/taC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113300;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113300.1;SOR=0.719;VQSLOD=7.37;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=0.1093;NCC=0;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=288.44;GQ_STDDEV=687.64;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.4;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14504731;AF=0.007994;AS_InbreedingCoeff=-0.0323;MLEAC=41;MLEAF=0.007804;AN=854;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1458:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1417:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1678:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1119:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1735:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1351:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1437:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,918:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1326:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1311:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1165:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1331:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1298:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1367:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1242:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1401:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1447:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,131:221:99:0|1:505527_T_C:2946,0,3727:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,73:102:99:0|1:505527_T_C:1679,0,623:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1022:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1307:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,87:197:99:0|1:505527_T_C:1713,0,4329:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1306:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1296:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1337:. 0|1:13,143:156:26:0|1:505527_T_C:3283,0,26:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,30:108:99:.:.:459,0,2444:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,50:101:99:0|1:505527_T_C:1078,0,1613:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,23:179:93:0|1:505527_T_C:93,0,4417:. 1|1:0,144:144:99:1|1:505527_T_C:6491,457,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:505527_T_C:8229,578,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,17:189:99:0|1:505527_T_C:0,107,5673:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,147:200:99:0|1:505527_T_C:3387,0,1015:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:59,8:67:4:.:.:4,0,2172:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,49:73:99:0|1:505527_T_C:1945,0,1204:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,112:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,35:92:99:0|1:505527_T_C:645,0,1470:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1746:. 0|1:188,39:227:99:0|1:505527_T_C:306,0,10224:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,4:56:69:0|1:505527_T_C:0,69,2958:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,32:106:99:0|1:505527_T_C:512,0,2396:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1344:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,3:63:99:0|1:505527_T_C:0,110,2140:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1163:. 1|1:0,51:51:99:1|1:505527_T_C:2344,165,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,31:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,31:51:99:0|1:505527_T_C:714,0,463:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,878:. 0|0:73,0:73:78:.:.:0,78,1983:. 0|1:215,64:279:99:.:.:896,0,6110:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1313:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,57:85:99:0|1:505527_T_C:2277,0,1352:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,423:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:760,0:760:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:604,0:604:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:160,0:160:.:.:.:.:120 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:585,0:585:.:.:.:.:120 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:621,0:621:.:.:.:.:120 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:558,0:558:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:568,0:568:.:.:.:.:120 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:.:.:.:.:120 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1377:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:.:.:120 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:.:.:.:.:120 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:109 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:557,0:557:.:.:.:.:120 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:.:.:.:.:120 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:.:.:.:.:120 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:104 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:654,0:654:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:120 0|0:518,0:518:.:.:.:.:120 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:540,0:540:.:.:.:.:120 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:517,0:517:.:.:.:.:120 0|0:569,0:569:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:474,0:474:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:391,0:391:.:.:.:.:120 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:584,0:584:.:.:.:.:120 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1131:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:467,0:467:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1587:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 506015 . T G 672326 PASS FS=0.542;MQ=60.13;QD=18.98;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S226;SNPEFF_CODON_CHANGE=tcA/tcC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113300;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113300.1;SOR=0.645;VQSLOD=3.92;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=119.55;GQ_STDDEV=42.09;HRun=2;InbreedingCoeff=1;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=2.64;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7515447;AF=0.027;AS_InbreedingCoeff=0.4959;MLEAC=143;MLEAF=0.027;AN=858;AC=50 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:0,111,1200:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1036:. 0|0:41,0:41:99:0,110,1383:. 0|0:40,0:40:99:0,117,1281:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1247:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1098:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:0,99,904:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1418:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1535:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1046:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1066:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1290:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1182:. 0|0:31,0:31:72:0,72,1080:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1189:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1184:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1100:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1245:. 0|0:34,0:34:99:0,102,941:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,909:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1710:. 0|0:17,0:17:42:0,42,630:. 0|0:9,0:9:0:0,0,164:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1198:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1515:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1028:. 0|0:36,0:36:99:0,101,1110:. 0|1:47,12:59:99:150,0,1223:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1237:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,970:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1085:. 0|1:27,37:64:99:705,0,579:. 0|0:33,0:33:99:0,99,928:. 0|0:34,0:34:99:0,102,954:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1043:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1631:. 0|0:56,0:56:99:0,119,1667:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,111,1064:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1017:. 0|0:33,0:33:99:0,99,980:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1111:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 1|0:201,66:267:99:1102,0,5215:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1177:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,927:. 0|0:41,0:41:99:0,119,1323:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1087:. 0|0:318,0:318:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1070:. 0|0:57,0:57:99:0,102,1493:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,988:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1016:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1009:. 0|0:33,0:33:99:0,99,920:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 1|0:71,44:115:99:830,0,1673:. 0|0:71,0:71:99:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:0,102,926:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,119,1306:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1017:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1022:. 0|0:33,0:33:99:0,99,930:. 0|0:33,0:33:99:0,99,921:. 0|0:41,0:41:99:0,109,1234:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1006:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1053:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1311:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1187:. 0|0:34,0:34:99:0,102,960:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,974:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1136:. 1|0:150,36:186:99:448,0,3796:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1234:. 0|0:33,0:33:99:0,99,955:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,106,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1060:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1112:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1138:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1106:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1278:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1176:. 0|0:53,0:53:99:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1045:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1298:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1133:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,110,1651:. 0|0:33,0:33:99:0,99,948:. 0|0:35,0:35:99:0,99,951:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1039:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1045:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1149:. 0|0:33,0:33:99:0,99,924:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1015:. 0|0:46,0:46:99:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1031:. 0|0:34,0:34:99:0,102,917:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1274:. 0|0:33,0:33:99:0,99,980:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1421:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,117,1755:. 0|0:6,0:6:18:0,18,168:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1241:. 0|0:68,0:68:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,102,927:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1048:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1031:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1051:. 0|1:80,92:172:99:1975,0,1891:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 1|0:60,27:87:99:481,0,1528:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1053:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1168:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,917:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,883:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1232:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1405:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,937:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:0,99,945:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1054:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1104:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,108,970:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1096:. 0|0:33,0:33:99:0,99,944:. 0|0:41,0:41:99:0,114,1313:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:0,106,1219:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1099:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,107,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,911:. 0|0:34,0:34:99:0,102,972:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1005:. 0|0:36,0:36:99:0,108,989:. 0|0:36,0:36:99:0,100,1071:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1045:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1159:. 0|0:128,0:128:27:0,27,2952:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,104,1060:. 0|0:45,0:45:99:0,112,1225:. 1|1:0,63:63:99:1679,187,0:. 1|1:0,194:194:99:5205,578,0:. 0|0:34,0:34:99:0,102,974:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,105,928:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,945:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1057:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|1:83,29:112:99:440,0,2135:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1078:. 0|0:33,0:33:99:0,99,997:. 0|0:59,0:59:99:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1339:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,626:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1291:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1063:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 1|1:4,79:83:99:2081,127,0:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1120:. 0|0:10,0:10:30:0,30,286:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1191:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1086:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1002:. 0|1:5,25:30:60:597,0,60:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1116:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1250:. 1|1:0,245:245:99:8294,736,0:. 1|1:0,221:221:99:7311,663,0:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1530:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1368:. 0|0:40,0:40:99:0,120,1356:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1620:. 1|1:0,252:252:99:8425,755,0:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1147:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1269:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1179:. 0|1:96,24:120:99:459,0,3013:. 1|1:0,190:190:99:6454,571,0:. 1|1:5,181:186:99:6040,382,0:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,114,1285:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,103,1541:. 0|0:32,0:32:87:0,87,1305:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1709:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1151:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1265:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1153:. 1|1:1,243:244:99:7918,696,0:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|1:146,132:278:99:3427,0,4168:. 0|0:80,0:80:99:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:0,117,1277:. 1|1:1,75:76:99:2542,219,0:. 0|0:264,0:264:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1163:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1223:. 0|0:262,0:262:76:0,76,7531:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1111:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,105,1564:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1359:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|1:207,53:260:99:915,0,6123:. 1|0:164,77:241:99:1778,0,4981:. 0|1:144,58:202:99:1214,0,4137:. 1|1:2,265:267:99:8719,726,0:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 1|1:1,273:274:99:8741,784,0:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 1|0:56,174:230:99:5000,0,1181:. 0|1:74,15:89:99:234,0,2202:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|1:98,92:190:99:2464,0,2738:. 0|1:295,237:532:99:5982,0,8126:. 1|0:42,205:247:99:5911,0,697:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 1|0:82,168:250:99:4797,0,1969:. 0|0:55,0:55:99:0,117,1755:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|1:167,71:238:99:1633,0,4892:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:0:0,0,1237:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:0,104,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 1|0:181,20:201:69:69,0,5475:. 0|0:276,0:276:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:74:0,74,3515:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,116,1493:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1376:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:0,108,1236:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1103:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,119,1670:. 1|1:0,237:237:99:7981,712,0:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1665:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:0,111,1245:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1087:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1117:. 1|1:0,54:54:99:1779,162,0:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:309,0:309:99:0,120,1800:. 0|0:301,0:301:99:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:0,63,725:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,110,1532:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1472:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1201:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1310:. 0|0:18,0:18:54:0,54,593:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1395:. Pf3D7_01_v3 506069 . A G 1.19127e+07 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=25.97;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y208;SNPEFF_CODON_CHANGE=taT/taC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113300;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113300.1;SOR=0.713;VQSLOD=7.11;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=23.81;GQ_MEAN=257.98;GQ_STDDEV=304.33;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6268;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.476;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12036004;AF=0.403;AS_InbreedingCoeff=0.7287;MLEAC=2127;MLEAF=0.405;AN=858;AC=328 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:41,62:103:99:.:.:1497,0,1032:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1036:. 1|0:27,40:67:99:.:.:960,0,639:. 0|1:31,52:83:99:.:.:1217,0,766:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1247:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1098:. 1|1:1,59:60:99:.:.:1703,170,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,904:. 1|1:1,85:86:99:.:.:2415,227,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2261,231,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1535:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1046:. 1|0:45,25:70:99:.:.:537,0,1256:. 1|0:31,26:57:99:.:.:602,0,808:. 1|1:0,27:27:81:.:.:778,81,0:. 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,918:. 1|1:0,9:9:27:.:.:264,27,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1431,147,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1245:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2214,209,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1787,195,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,325:. 1|1:0,10:10:30:.:.:291,30,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1198:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1515:. 1|0:57,76:133:99:.:.:1695,0,1356:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1110:. 1|0:12,51:63:99:.:.:1220,0,185:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1199,126,0:. 1|0:93,61:154:99:.:.:1277,0,2497:. 1|1:1,114:115:99:.:.:3150,335,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,18:67:99:.:.:246,0,1285:. 1|1:7,106:113:99:.:.:2749,116,0:. 0|1:87,47:134:99:.:.:908,0,2244:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1043:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1631:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1667:. 1|0:95,44:139:99:.:.:772,0,2431:. 0|1:79,39:118:99:.:.:681,0,2074:. 1|1:1,31:32:63:.:.:838,63,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,980:. 1|0:61,27:88:99:.:.:503,0,1618:. 1|1:3,115:118:99:.:.:3094,273,0:. 0|1:3,20:23:25:.:.:495,0,25:. 1|1:1,125:126:99:.:.:3435,346,0:. 0|1:115,139:254:99:.:.:3220,0,2755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,927:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,119,1323:. 0|1:47,59:106:99:.:.:1243,0,1060:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,86:142:99:.:.:1931,0,1252:. 1|1:0,172:172:99:.:.:4808,516,0:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1386,153,0:. 0|1:76,58:134:99:.:.:1223,0,1907:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,66:90:99:.:.:1589,0,477:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1016:. 1|0:46,57:103:99:.:.:1326,0,1111:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2054,228,0:. 0|1:22,23:45:99:0|1:506069_A_G:514,0,815:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4014,437,0:. 0|1:67,53:120:99:.:.:1113,0,1726:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1790,198,0:. 1|0:165,49:214:99:.:.:691,0,4346:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,119,1306:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1017:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2113,225,0:. 1|0:34,39:73:99:.:.:823,0,832:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,921:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1234:. 1|1:1,135:136:99:.:.:3639,378,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1053:. 1|1:2,197:199:99:.:.:5363,548,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1311:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1187:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4642,498,0:. 1|0:108,37:145:99:.:.:578,0,2899:. 1|0:26,149:175:99:.:.:3651,0,278:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,23:123:99:0|1:506069_A_G:278,0,4019:. 0|1:19,82:101:99:.:.:1910,0,285:. 0|1:52,32:84:99:.:.:576,0,1345:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1136:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,290:291:99:.:.:7980,840,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1234:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,955:. 1|0:120,31:151:99:.:.:385,0,3170:. 0|1:20,117:137:99:.:.:2727,0,185:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:1,166:167:99:.:.:4519,468,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:151,31:182:99:.:.:322,0,4183:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1060:. 1|0:145,79:224:99:.:.:1436,0,3799:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,66:199:99:.:.:1182,0,3525:. 1|1:1,224:225:99:.:.:6224,644,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6088,671,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:77,98:175:99:.:.:2137,0,1765:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,69:179:99:.:.:1384,0,2954:. 1|1:0,199:199:99:.:.:5520,596,0:. 0|1:30,188:218:99:.:.:4583,0,280:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1138:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1106:. 1|1:0,209:209:99:.:.:5674,627,0:. 0|0:273,0:273:41:.:.:0,41,6750:. 1|0:168,25:193:99:.:.:99,0,4485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1278:. 1|1:13,156:169:99:.:.:3991,149,0:. 0|1:14,125:139:18:.:.:2999,0,18:. 1|1:6,89:95:99:.:.:2178,100,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:24,208:232:63:.:.:4972,0,63:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,46:169:99:.:.:894,0,3291:. 1|1:0,209:209:99:.:.:5641,625,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:6333,703,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,248:248:99:.:.:6715,743,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1045:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1298:. 0|1:140,53:193:99:.:.:885,0,3773:. 0|1:199,32:231:99:.:.:197,0,5450:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1651:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,948:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,951:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1039:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:40,46:86:99:.:.:1018,0,1027:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1149:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,924:. 0|1:59,33:92:99:.:.:601,0,1519:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:2,139:141:99:.:.:3749,358,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4238,464,0:. 1|1:9,131:140:99:.:.:3384,135,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,980:. 0|1:68,85:153:99:.:.:1882,0,1698:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1421:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,117:198:99:.:.:2571,0,1915:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,134:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3465,380,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2817,308,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1048:. 1|1:1,100:101:99:.:.:2702,271,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,70:137:99:.:.:1480,0,1698:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,88:90:99:.:.:2400,206,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1053:. 1|0:39,72:111:99:.:.:1638,0,888:. 0|1:142,31:173:99:0|1:506069_A_G:334,0,4046:. 0|1:90,93:183:99:.:.:2073,0,2272:. 0|1:37,54:91:99:.:.:1251,0,822:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,917:. 1|1:1,329:330:99:.:.:8975,961,0:. 0|1:60,115:175:99:.:.:2659,0,1363:. 1|1:7,143:150:99:.:.:3707,223,0:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4285,479,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1405:. 0|1:91,29:120:99:.:.:454,0,3754:. 1|1:1,256:257:99:.:.:6876,742,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3241,348,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,945:. 1|1:1,75:76:99:.:.:2004,195,0:. 1|1:4,219:223:99:.:.:5714,544,0:. 1|0:49,83:132:99:.:.:1752,0,1094:. 1|1:7,135:142:99:.:.:3468,198,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:130,47:177:99:.:.:725,0,3463:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,970:. 1|0:64,15:79:99:.:.:158,0,1740:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2450,272,0:. 1|0:56,29:85:99:.:.:550,0,1512:. 1|0:80,42:122:99:.:.:771,0,2097:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1219:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,109:189:99:.:.:2379,0,1913:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,207:217:99:.:.:5104,336,0:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,3565:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2446,248,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,911:. 1|0:13,51:64:99:.:.:1216,0,205:. 0|1:58,64:122:99:.:.:1366,0,1457:. 1|1:1,66:67:99:.:.:1693,168,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2209,243,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1071:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1159:. 0|1:40,91:131:99:.:.:2073,0,847:. 1|1:0,265:265:99:.:.:7322,795,0:. 1|1:5,109:114:99:.:.:2844,196,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4144,446,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1276,145,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1554:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1791,192,0:. 1|0:112,24:136:99:.:.:249,0,3068:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3355,375,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,928:. 1|0:103,110:213:99:.:.:2362,0,2587:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,945:. 0|1:2,7:9:38:.:.:164,0,38:. 0|1:166,31:197:99:.:.:245,0,4546:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1057:. 1|0:72,68:140:99:.:.:1482,0,1790:. 0|1:31,73:104:99:.:.:1731,0,661:. 1|1:2,171:173:99:.:.:4720,455,0:. 1|1:0,145:145:99:.:.:3923,434,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:49,9:58:80:.:.:80,0,1327:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1435,156,0:. 1|1:1,178:179:99:.:.:4798,510,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:86:.:.:0,86,2118:. 1|0:49,42:91:99:.:.:896,0,1270:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1120:. 1|0:8,4:12:75:.:.:75,0,214:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1191:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1086:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4581,489,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7312,649,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 1|1:12,260:272:99:.:.:8500,405,0:. 1|1:0,262:262:99:.:.:8970,787,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,108:244:99:.:.:2988,0,4099:. 1|1:0,184:184:99:.:.:6293,554,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,256:256:99:.:.:8743,770,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,265:266:99:.:.:8901,790,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:175,0:175:2:.:.:0,2,5220:. 1|1:2,237:239:99:.:.:8011,670,0:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5330,472,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1147:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1269:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1179:. 1|0:34,81:115:99:.:.:2440,0,897:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8284,731,0:. 1|1:0,252:252:99:.:.:8514,757,0:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3833,346,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6967,608,0:. 1|1:13,241:254:99:.:.:7795,289,0:. 1|1:0,238:238:99:.:.:8021,716,0:. 1|1:0,833:833:99:.:.:28197,2505,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,105:106:99:.:.:3562,285,0:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,83:91:33:.:.:2514,33,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1151:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,152:290:99:.:.:4074,0,3892:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4292,408,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1448:. 1|1:2,570:572:99:.:.:17262,1654,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7287,675,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1223:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:221,27:248:89:.:.:89,0,7093:. 1|1:16,207:223:99:.:.:6280,123,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1564:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:53,0:53:90:.:.:0,90,1625:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:198,106:304:99:.:.:2572,0,6023:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,306:307:99:1|1:506069_A_G:13869,882,0:. 1|1:1,257:258:99:.:.:8497,739,0:. 1|0:55,212:267:99:.:.:6188,0,1115:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,107:205:99:.:.:2705,0,2664:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,260:262:99:.:.:8508,713,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:123,0:123:35:.:.:0,35,3509:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,55:82:99:.:.:1440,0,692:. 0|1:213,48:261:99:.:.:793,0,6604:. 1|1:2,529:531:99:.:.:16359,1539,0:. 1|0:87,91:178:99:.:.:2482,0,2569:. 1|0:226,278:504:99:.:.:7098,0,6292:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,287:294:99:.:.:8515,628,0:. 0|1:222,30:252:99:.:.:199,0,6995:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:152,58:210:99:.:.:1166,0,4628:. 1|0:64,174:238:99:.:.:4919,0,1508:. 0|1:32,112:144:99:.:.:3233,0,682:. 0|1:67,121:188:99:.:.:3420,0,1789:. 0|1:34,5:39:42:.:.:42,0,1067:. 0|1:258,30:288:99:.:.:146,0,7993:. 1|1:11,599:610:99:.:.:18115,1433,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:147,100:247:99:.:.:2500,0,4431:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:28,107:135:99:.:.:3078,0,609:. 1|1:12,283:295:99:.:.:8720,472,0:. 1|1:5,227:232:99:.:.:7091,513,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:6,571:577:99:.:.:17555,1571,0:. 1|1:17,650:667:99:.:.:20858,1416,0:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,391:391:99:.:.:12779,1175,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:165,96:261:99:.:.:2441,0,4927:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5505,490,0:. 1|1:0,164:164:99:.:.:5475,493,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1376:. 1|0:158,54:212:99:.:.:1192,0,4655:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1236:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1103:. 1|1:1,257:258:99:.:.:8392,738,0:. 1|1:1,232:233:99:.:.:7772,691,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,308:308:99:.:.:10164,926,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1245:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,27:27:81:.:.:893,81,0:. 1|1:0,340:340:99:.:.:11183,1022,0:. 0|1:201,154:355:99:.:.:4120,0,5965:. 1|0:125,211:336:99:.:.:6017,0,3379:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1020,93,0:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8675,784,0:. 1|0:58,225:283:99:.:.:6687,0,1158:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,164:206:99:.:.:4900,0,880:. 1|1:0,257:257:99:.:.:8398,772,0:. 1|1:0,257:257:99:.:.:8533,772,0:. 0|1:28,232:260:99:.:.:6938,0,169:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1472:. 1|1:1,575:576:99:.:.:19264,1695,0:. 1|0:17,70:87:99:.:.:2030,0,358:. 1|0:151,217:368:99:.:.:6048,0,4089:. 1|1:1,680:681:99:.:.:22378,2036,0:. 1|0:58,140:198:99:.:.:4067,0,1364:. 1|1:0,290:290:99:.:.:9497,871,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1310:. 1|1:0,25:25:74:.:.:765,74,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1395:. Pf3D7_01_v3 508252 . T A 138046 PASS FS=1.207;MQ=59.98;QD=20.55;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=*432Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=taA/taT;SNPEFF_EFFECT=STOP_LOST;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113400;SNPEFF_IMPACT=HIGH;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113400.1;SOR=0.582;VQSLOD=3.11;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;InbreedingCoeff=0.0883;NCC=0;BaseQRankSum=4.48;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.442;GQ_MEAN=205.87;GQ_STDDEV=244.35;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.945;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10122318;AF=0.008362;AS_InbreedingCoeff=-0.0306;MLEAC=44;MLEAF=0.008362;AN=858;AC=5 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ:PGT:PID 0|0:50,0:50:99:0,119,1441:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1510:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,107,1458:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1216:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1208:.:.:. 0|0:39,0:39:93:0,93,1395:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1280:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1252:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1565:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1515:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1617:.:.:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1154:.:.:. 0|0:15,0:15:45:0,45,477:.:.:. 0|0:41,0:41:91:0,91,1223:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,100,1351:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1172:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,102,1354:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1220:.:.:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1224:.:.:. 0|0:45,0:45:91:0,91,1197:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:16,0:16:48:0,48,458:.:.:. 0|0:5,0:5:15:0,15,151:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1267:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,117,1570:.:.:. 0|0:265,0:265:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1203:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,102,976:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,107,1405:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,108,1800:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,119,1774:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,116,1438:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:24,0:24:72:0,72,739:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,114,1633:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1279:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,116,1755:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:110,0:110:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,110,1639:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,110,1081:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1062:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1096:.:.:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1641:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1103:.:.:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,115,1715:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,112,1064:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1334:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1299:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1746:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1148:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,104,1558:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1038:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:112,0:112:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:170,0:170:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:142,0:142:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,108,1800:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:117,0:117:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1283:.:.:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1332:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:112,0:112:99:0,104,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:133,0:133:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:.:.:. 0|0:84,0:84:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,109,1800:.:.:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,113,1800:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,106,1229:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,113,1800:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:84,0:84:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,112,1210:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:96,0:96:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:81,0:81:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,104,1552:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1669:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,104,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,104,1076:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1791:.:.:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1030:.:.:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,116,1183:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,108,1800:.:.:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:.:.:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1155:.:.:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:238,0:238:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:20,0:20:51:0,51,765:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1316:.:.:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1347:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,109,1800:.:.:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:30,0:30:75:0,75,1125:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:96,0:96:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,109,1800:.:.:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:16,0:16:48:0,48,558:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,119,1800:.:.:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:107,0:107:99:0,115,1800:.:.:. 0|1:73,74:147:99:2136,0,2126:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1370:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:31,0:31:84:0,84,1260:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:107,0:107:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:292,0:292:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:366,0:366:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:300,0:300:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,117,1485:.:.:. 0|0:21,0:21:48:0,48,704:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1800:.:.:. 1|1:0,334:334:99:11964,1001,0:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:159,0:159:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1355:.:.:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:163,0:163:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,114,1679:.:.:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1389:.:.:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:156,0:156:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1800:.:.:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:56:0,56,1106:.:.:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:134,0:134:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:318,0:318:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:270,0:270:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,113,1649:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,115,1755:.:.:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1592:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1475:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1221:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,113,1691:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1381:.:.:. 0|0:15,0:15:45:0,45,511:.:.:. 1|1:0,223:223:99:7593,670,0:.:.:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:15,0:15:31:0,31,475:.:.:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:338,0:338:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:433,0:433:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1294:.:.:. 0|0:18,0:18:54:0,54,639:.:.:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:.:.:. Pf3D7_01_v3 509112 . A G 3.32809e+06 PASS FS=0.778;MQ=60.15;QD=27.43;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y146H;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tat/Cat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113400;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113400.1;SOR=0.778;VQSLOD=5.6;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0482;FractionInformativeReads=0.995;GC=19.05;GQ_MEAN=113.34;GQ_STDDEV=75.48;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0349;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.942;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10712374;AF=0.174;AS_InbreedingCoeff=-0.0222;MLEAC=919;MLEAF=0.175;AN=856;AC=54 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1306:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1132:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1044:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:23,0:23:39:.:.:0,39,663:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1102,117,0:. 0|0:36,0:36:23:.:.:0,23,999:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,602:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,91:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1396:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1278:. 1|1:0,181:181:99:.:.:4954,542,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1128:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1383:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1279:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1406:. 1|0:80,28:108:99:.:.:447,0,2179:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1577:. 0|1:27,17:44:99:.:.:315,0,705:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1221:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1261:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:73,33:106:99:.:.:592,0,1884:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1900,201,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1239:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1227:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1696:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,768:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,50:57:47:.:.:1192,0,47:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1682:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1451:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1404:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1583:. 1|0:37,76:113:99:.:.:1809,0,737:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,770:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1786:. 0|1:75,31:106:99:.:.:544,0,1966:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1612:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1182,132,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1292:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1301:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1581:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1171:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1404:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1319:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1642:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,7:43:64:.:.:64,0,971:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,57:108:99:.:.:1208,0,1250:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,24:138:99:.:.:250,0,2969:. 0|1:109,57:166:99:.:.:1070,0,2793:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:105,0:105:75:.:.:0,75,2616:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1637:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:.:.:3594,407,0:. 1|1:0,168:168:99:.:.:4495,503,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,105:157:99:.:.:2458,0,1134:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1398:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,202:208:99:.:.:5188,449,0:. 0|1:32,21:53:99:.:.:427,0,848:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1412:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3600,392,0:. 0|0:118,0:118:9:.:.:0,9,2958:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,110,1749:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1736:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1604:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1300:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1785:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:.:.:2931,318,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1283:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1760:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1574:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,12:61:99:.:.:161,0,1358:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,34:78:99:.:.:716,0,1107:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,89:159:99:.:.:1973,0,1720:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1627:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1524:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1127:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1689:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1793:. 0|1:46,53:99:99:.:.:1133,0,1132:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5030,549,0:. 0|1:9,83:92:10:.:.:2004,0,10:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1119:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1525,167,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1621,180,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1189,135,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1282:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,258:. 1|0:84,63:147:99:.:.:1309,0,2109:. 1|0:51,76:127:99:.:.:1720,0,1220:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:40,11:51:99:.:.:153,0,1121:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,611:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,640:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,345:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1271,141,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:77,89:166:99:.:.:2530,0,2269:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,989:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,98:196:99:.:.:2683,0,2958:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1602:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1589:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1447:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1225:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1680:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1313:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:77:.:.:0,77,1314:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:49,36:85:99:.:.:934,0,1428:. 0|1:32,202:234:99:.:.:5848,0,396:. 0|1:139,19:158:99:.:.:173,0,4330:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:197,208:405:99:.:.:5288,0,5232:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1475:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1466:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1275:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1481:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,737:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,706:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. Pf3D7_01_v3 510316 . T G 1.3916e+06 PASS FS=0;MQ=60.96;QD=25.34;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.664;VQSLOD=5.23;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0015;FractionInformativeReads=0.997;GC=9.52;GQ_MEAN=82.59;GQ_STDDEV=85.83;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5378;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.436;culprit=FS;set=snp;DP=3882530;AF=0.151;AS_InbreedingCoeff=0.5795;MLEAC=741;MLEAF=0.15;AN=798;AC=76 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1439:. 0|0:43,0:43:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:28,9:37:99:.:.:161,0,770:. 1|1:0,33:33:99:.:.:962,99,0:. 1|1:4,45:49:17:.:.:1198,17,0:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:19,4:23:45:.:.:45,0,554:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1175,122,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1029,104,0:. 0|1:20,6:26:99:.:.:101,0,561:. 0|1:3,8:11:34:.:.:211,0,34:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,222:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,22:22:66:.:.:677,66,0:. 1|1:2,29:31:51:.:.:791,51,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1146:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:27,0:27:42:.:.:0,42,630:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,270:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1329:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1276:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1074:. 1|0:29,90:119:99:.:.:2230,0,492:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1374:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:44,8:52:55:.:.:55,0,1130:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:46,0:46:63:.:.:0,63,945:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1186:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1344:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:13,62:75:99:.:.:1529,0,176:. 0|1:21,28:49:99:.:.:623,0,483:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,270:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:41,0:41:60:.:.:0,60,900:. 0|0:48,0:48:45:.:.:0,45,675:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,425:. 0|0:68,0:68:60:.:.:0,60,900:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1755:. 0|0:57,0:57:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1216:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1020,105,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:46,0:46:60:.:.:0,60,900:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:17,1:18:25:.:.:0,25,491:. 0|0:68,0:68:66:.:.:0,66,990:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:33:.:.:0,33,495:. 1|0:50,12:62:99:.:.:152,0,1271:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:23,0:23:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1133:. 0|0:12,0:12:6:.:.:0,6,308:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1019:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,720:. 0|0:31,0:31:38:.:.:0,38,821:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1117:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:57:.:.:0,57,855:. 0|0:35,0:35:45:.:.:0,45,675:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,4:34:8:.:.:8,0,790:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1193:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1109:. 0|0:74,0:74:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:85,27:112:99:.:.:407,0,2206:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1730:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:60:.:.:0,60,900:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:7,60:67:16:.:.:1476,0,16:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1068:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1302:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1605:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5327,570,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,934:. 1|1:0,143:143:99:.:.:3918,428,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:98,0:98:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1125:. 1|0:72,128:200:99:.:.:2986,0,1502:. 0|1:37,36:73:99:.:.:788,0,911:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:3,50:53:65:.:.:1273,65,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:72,0:72:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|1:47,6:53:11:.:.:11,0,1203:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1369:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1633:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1399:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:68,0:68:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1178:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:36:.:.:0,36,540:. 0|0:63,0:63:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1207:. 1|0:50,17:67:99:.:.:272,0,1324:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1323:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1241:. 0|0:40,0:40:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:8,96:104:57:.:.:2442,57,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1648,177,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1527:. 0|0:64,4:68:89:.:.:0,89,1828:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:122,0:122:96:.:.:0,96,3141:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,196:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,945:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1061:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1035:. 0|0:49,0:49:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1207:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1161:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1514:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,898:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1374:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,10:100:33:.:.:0,33,2445:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:66:.:.:0,66,990:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:48:.:.:0,48,720:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1031:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1160:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1267:. 0|0:32,2:34:45:.:.:0,45,840:. 0|0:50,0:50:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,991:. 1|0:35,37:72:99:.:.:837,0,828:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:5,38:43:16:.:.:913,0,16:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:63:.:.:0,63,945:. 0|1:15,10:25:99:.:.:213,0,394:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1087:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1243:. 0|1:23,9:32:99:.:.:160,0,575:. 0|0:43,0:43:63:.:.:0,63,945:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:51,15:66:99:.:.:232,0,1344:. 0|0:35,0:35:42:.:.:0,42,630:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1022:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1412,152,0:. 0|0:34,0:34:45:.:.:0,45,675:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1047:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:4,58:62:63:.:.:1507,63,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1513:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1140:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1418,156,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1167:. 1|0:8,2:10:19:.:.:19,0,218:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1450:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,905:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1040:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1555:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:14,0:14:18:.:.:0,18,270:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1194:. 1|0:176,40:216:99:.:.:471,0,4704:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1150:. 1|1:9,127:136:99:.:.:3255,123,0:. 0|0:17,0:17:22:.:.:0,22,451:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:50,0:50:60:.:.:0,60,900:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:37,0:37:60:.:.:0,60,900:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1332:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:24,0:24:35:.:.:0,35,770:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,329:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:26,0:26:70:.:.:0,70,928:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,69:. 0|0:32,0:32:39:.:.:0,39,585:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:32,0:32:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:22,0:22:15:.:.:0,15,225:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:24,0:24:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,6:6:18:.:.:210,18,0:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,69:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|0:2,3:5:54:.:.:88,0,54:. 0|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:26,0:26:27:.:.:0,27,405:. 0|0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 1|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,12:12:36:.:.:423,36,0:. 0|0:16,0:16:15:.:.:0,15,225:. 0|0:13,0:13:15:.:.:0,15,225:. 0|0:10,0:10:15:.:.:0,15,225:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,15:15:45:.:.:498,45,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,210:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,689:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1515:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1240:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,36:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:21,0:21:27:.:.:0,27,639:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1103:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1085:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:37,0:37:42:.:.:0,42,630:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1180:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1301:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1139:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1259:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:15 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1183:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1268:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1382:. 0|0:90,0:90:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1083:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:6 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1578:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:3 1|0:4,9:13:85:.:.:269,0,85:. 1|1:7,116:123:99:.:.:3476,112,0:. 0|1:36,83:119:99:.:.:2333,0,871:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1300:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1223:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:99 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1156:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1312:. 0|1:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1020:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1149:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:6,114:120:99:.:.:3484,179,0:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:101 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1271:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1460:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:3 0|0:39,0:39:60:.:.:0,60,900:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:21,0:21:39:.:.:0,39,585:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 1|1:1,13:14:5:.:.:368,5,0:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:34,0:34:57:.:.:0,57,855:. 0|0:27,0:27:36:.:.:0,36,540:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,405:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1128,105,0:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,12:12:36:.:.:378,36,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:28,0:28:36:.:.:0,36,540:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:24,0:24:27:.:.:0,27,405:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1208:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:43,0:43:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,15:15:45:.:.:476,45,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,525:. Pf3D7_01_v3 510583 . C T 105762 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=23.09;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.671;VQSLOD=5.28;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0;ExcessHet=31.5741;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=11.2;GQ_STDDEV=37.12;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.2974;MQRankSum=0;NCC=3;ReadPosRankSum=1.33;culprit=MQ;set=snp;DP=4074142;AF=0.017;AS_InbreedingCoeff=-0.0631;MLEAC=89;MLEAF=0.018;AN=826;AC=30 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1159:. 0|0:33,0:33:93:0,93,1395:. 0|0:39,0:39:88:0,88,1055:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1037:. 1|1:0,24:24:72:752,72,0:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1153:. 0|0:25,0:25:69:0,69,1035:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1230:. 0|0:18,0:18:5:0,5,424:. 0|0:8,0:8:24:0,24,249:. 0|0:16,0:16:18:0,18,399:. 0|0:4,0:4:0:0,0,75:. 0|0:8,0:8:24:0,24,228:. 0|0:9,0:9:3:0,3,203:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,111,1348:. 0|0:60,0:60:99:0,119,1544:. 0|0:107,0:107:59:0,59,2298:. 0|0:24,0:24:0:0,0,462:. 0|0:24,0:24:72:0,72,645:. 0|0:49,0:49:99:0,110,1203:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:9,0:9:21:0,21,315:. 1|1:0,33:33:99:1022,99,0:. 0|0:40,0:40:90:0,90,1002:. 0|0:54,0:54:97:0,97,1369:. 0|0:79,0:79:99:0,114,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1106:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,102,1491:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,103,1599:. 0|0:14,0:14:42:0,42,432:. 0|0:36,0:36:75:0,75,879:. 0|0:36,0:36:88:0,88,932:. 0|0:43,0:43:74:0,74,1041:. 0|0:54,0:54:73:0,73,1260:. 0|0:48,0:48:79:0,79,1175:. 0|0:69,0:69:99:0,101,1697:. 0|0:80,0:80:99:0,103,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,116,1800:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:. 0|0:16,0:16:37:0,37,392:. 1|0:15,6:21:99:121,0,377:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:84:0,84,1260:. 0|0:19,0:19:46:0,46,462:. 0|0:60,0:60:99:0,117,1520:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:90:0,90,1242:. 0|0:43,0:43:54:0,54,973:. 0|0:32,0:32:3:0,3,639:. 0|0:37,0:37:15:0,15,850:. 0|0:48,0:48:7:0,7,970:. 0|0:40,0:40:38:0,38,893:. 0|0:67,0:67:99:0,101,1746:. 0|0:22,0:22:63:0,63,945:. 0|0:51,0:51:62:0,62,1232:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:0,72,655:. 0|0:46,0:46:66:0,66,1143:. 0|0:38,0:38:46:0,46,844:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1324:. 0|0:21,0:21:52:0,52,522:. 0|0:38,0:38:34:0,34,854:. 0|0:35,0:35:31:0,31,765:. 0|0:18,0:18:37:0,37,464:. 0|0:68,0:68:33:0,33,1414:. 0|0:27,0:27:17:0,17,561:. 0|0:57,0:57:99:0,115,1585:. 0|0:32,0:32:93:0,93,900:. 0|0:84,0:84:64:0,64,1719:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1419:. 0|0:21,0:21:24:0,24,432:. 0|0:28,0:28:0:0,0,634:. 0|0:23,0:23:57:0,57,584:. 0|0:31,0:31:48:0,48,734:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1072:. 0|0:30,0:30:90:0,90,804:. 0|0:28,0:28:72:0,72,715:. 1|1:0,24:24:72:725,72,0:. 0|0:29,0:29:1:0,1,572:. 0|0:43,0:43:61:0,61,1068:. 0|0:48,0:48:50:0,50,1015:. 0|0:61,0:61:41:0,41,1347:. 0|0:28,0:28:0:0,0,478:. 0|0:87,0:87:99:0,118,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:24:0,24,1242:. 0|0:20,0:20:60:0,60,576:. 0|0:49,0:49:99:0,104,1239:. 0|0:63,0:63:99:0,102,1504:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:93:0,93,1465:. 1|0:14,84:98:99:2162,0,107:. 0|0:47,0:47:62:0,62,1196:. 0|0:53,0:53:99:0,103,1750:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 1|0:48,35:83:99:823,0,1039:. 0|0:129,0:129:99:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:95:0,95,1279:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,101,1586:. 0|0:45,0:45:42:0,42,986:. 0|0:103,0:103:99:0,112,1800:. 1|1:0,45:45:99:1385,135,0:. 0|0:102,0:102:99:0,104,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,110,1800:. 0|0:31,0:31:93:0,93,889:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|1:44,30:74:99:645,0,1031:. 0|0:86,0:86:99:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:126,0:126:99:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:0,105,1342:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,119,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,110,1406:. 0|0:47,0:47:92:0,92,1163:. 0|0:39,0:39:61:0,61,938:. 1|1:0,46:46:99:1319,138,0:. 0|0:45,0:45:37:0,37,965:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1389:. 0|0:51,0:51:0:0,0,1000:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:0:0,0,1278:. 0|0:117,0:117:99:0,118,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1133:. 0|0:43,0:43:41:0,41,922:. 0|0:59,0:59:67:0,67,1384:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1503:. 0|0:82,0:82:99:0,113,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1286:. 0|0:51,0:51:96:0,96,1243:. 0|0:42,0:42:18:0,18,892:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:60:0,60,1048:. 0|0:48,0:48:59:0,59,1050:. 0|0:49,0:49:99:0,115,1347:. 1|1:3,30:33:12:781,12,0:. 0|0:35,0:35:62:0,62,849:. 0|0:36,0:36:85:0,85,879:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1238:. 0|0:27,0:27:70:0,70,686:. 0|0:63,0:63:99:0,101,1756:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1073:. 0|0:20,0:20:60:0,60,517:. 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:39:0,39,1246:. 0|0:81,0:81:99:0,112,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1232:. 0|0:52,0:52:99:0,104,1333:. 0|1:36,11:47:99:185,0,936:. 0|0:113,0:113:99:0,109,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,119,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,100,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,101,1800:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:55,0:55:48:0,48,1260:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,107,1208:. 1|1:0,36:36:99:1135,108,0:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1125:. 1|0:35,29:64:99:676,0,714:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:86:0,86,1220:. 0|0:88,0:88:99:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:45:0,45,1193:. 0|0:27,0:27:73:0,73,840:. 0|0:71,0:71:99:0,106,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:20:0,20,974:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1389:. 0|0:25,0:25:33:0,33,611:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,118,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,112,1672:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,119,1800:. 0|0:49,0:49:96:0,96,1248:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,107,1588:. 0|0:23,0:23:52:0,52,585:. 0|0:38,0:38:61:0,61,882:. 0|0:35,0:35:99:0,105,952:. 0|0:90,0:90:99:0,116,1800:. 0|0:36,0:36:62:0,62,867:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1465:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1406:. 0|0:70,0:70:99:0,108,1669:. 0|0:52,0:52:99:0,111,1528:. 0|0:32,0:32:58:0,58,761:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1077:. 0|0:33,0:33:58:0,58,771:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1800:. 0|0:41,0:41:64:0,64,990:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:0,102,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:57:0,57,1007:. 0|0:32,0:32:77:0,77,811:. 0|0:51,0:51:96:0,96,1247:. 0|0:50,0:50:87:0,87,1213:. 0|0:38,0:38:78:0,78,921:. 0|0:30,0:30:14:0,14,646:. 1|1:0,15:15:45:464,45,0:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:45:0,45,690:. 0|0:37,0:37:84:0,84,931:. 0|0:35,0:35:56:0,56,815:. 0|0:36,0:36:91:0,91,912:. 0|0:39,0:39:71:0,71,974:. 0|0:49,0:49:93:0,93,1204:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1066:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:51:507,51,0:. 0|0:92,0:92:99:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:80:0,80,940:. 0|0:58,0:58:40:0,40,1279:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1558:. 0|0:35,0:35:71:0,71,855:. 0|0:30,0:30:15:0,15,673:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:85:0,85,836:. 0|0:3,0:3:9:0,9,84:. 0|0:91,0:91:99:0,100,1994:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|1:26,19:45:99:409,0,566:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1682:. 0|0:101,0:101:99:0,111,1665:. 0|0:31,0:31:33:0,33,722:. 0|0:11,0:11:14:0,14,254:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1220:. 0|0:169,0:169:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:91:0,91,1314:. 0|0:92,0:92:99:0,105,1575:. 0|0:10,0:10:8:0,8,209:. 0|0:23,0:23:33:0,33,556:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:57:0,57,894:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1423:. 0|0:65,0:65:19:0,19,1331:. 0|0:7,0:7:7:0,7,155:. 0|0:28,0:28:36:0,36,648:. 0|0:25,0:25:11:0,11,525:. 0|0:48,0:48:31:0,31,1002:. 0|0:7,0:7:0:0,0,141:. 0|0:31,0:31:16:0,16,819:. 0|0:21,0:21:51:0,51,644:. 0|0:42,0:42:62:0,62,1217:. 0|0:3,0:3:9:0,9,108:. 0|0:24,0:24:38:0,38,672:. 1|0:15,9:24:99:245,0,470:. 0|0:31,0:31:84:0,84,1260:. 0|0:14,0:14:42:0,42,446:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1327:. 0|0:38,0:38:56:0,56,1159:. 0|0:31,0:31:77:0,77,1019:. 0|0:1,0:1:3:0,3,33:. 0|0:30,0:30:72:0,72,963:. 0|0:33,0:33:47:0,47,1030:. 0|0:30,0:30:90:0,90,1035:. 0|0:28,0:28:0:0,0,632:. 0|0:35,0:35:32:0,32,954:. 0|0:55,0:55:44:0,44,1519:. 0|0:11,0:11:5:0,5,288:. 0|0:19,0:19:24:0,24,562:. 0|0:29,0:29:36:0,36,878:. 0|0:24,0:24:33:0,33,684:. 0|0:34,0:34:4:0,4,875:. 0|0:24,0:24:38:0,38,711:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1412:. 0|0:15,0:15:33:0,33,386:. 0|0:6,0:6:6:0,6,160:. 0|0:39,0:39:99:0,106,1269:. 0|0:8,0:8:24:0,24,277:. 0|0:17,0:17:0:0,0,345:. 0|0:26,0:26:78:0,78,890:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:57:0,57,976:. 0|0:36,0:36:80:0,80,1097:. 0|0:14,0:14:42:0,42,461:. 0|0:23,0:23:36:0,36,692:. 0|0:33,0:33:49:0,49,998:. 0|0:29,0:29:84:0,84,1260:. 0|0:74,0:74:99:0,99,2123:. 0|0:104,0:104:99:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:0,9,99:. 0|0:5,0:5:15:0,15,167:. 0|0:6,0:6:0:0,0,75:. 0|0:28,0:28:56:0,56,866:. 0|0:67,0:67:99:0,100,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,108,1620:. 0|0:8,0:8:0:0,0,16:. 0|0:45,0:45:36:0,36,1279:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:0:0,0,59:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:0:0,0,299:. 1|1:0,57:57:99:1937,171,0:. 0|0:32,0:32:26:0,26,878:. 0|0:0,4:4:12:131,12,0:. 0|0:25,0:25:26:0,26,743:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,104,1710:. 0|0:58,0:58:99:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,103,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:0,0,170:. 0|0:54,0:54:72:0,72,1536:. 0|0:17,0:17:14:0,14,453:. 0|0:16,0:16:48:0,48,532:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,115,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:87:0,87,2079:. 0|0:6,0:6:0:0,0,129:. 0|0:74,0:74:99:0,111,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,99,1485:. 0|0:4,0:4:0:0,0,31:. 0|0:80,0:80:99:0,104,1800:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:59,0:59:99:0,110,1800:. 0|0:3,0:3:0:0,0,24:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:0:0,0,149:. 0|0:73,0:73:99:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:0:0,0,2137:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:6:0,6,52:. 0|0:86,0:86:99:0,115,1800:. 0|0:52,0:52:92:0,92,1449:. 0|0:55,0:55:99:0,101,1800:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:0:0,0,267:. 0|0:71,0:71:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:0:0,0,124:. 0|0:40,0:40:99:0,107,1326:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1456:. 0|0:47,0:47:99:0,115,1623:. 0|0:7,0:7:0:0,0,51:. 0|0:55,0:55:99:0,112,1657:. 0|0:3,0:3:0:0,0,21:. 0|0:86,0:86:99:0,111,1665:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:0,48,525:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:0:0,0,81:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1790:. 0|0:4,0:4:12:0,12,126:. 0|0:25,0:25:64:0,64,841:. 0|0:23,0:23:69:0,69,736:. 1|1:0,22:22:66:692,66,0:. 0|0:33,0:33:82:0,82,1084:. 0|0:22,0:22:66:0,66,705:. 0|0:23,0:23:62:0,62,768:. 0|0:32,0:32:96:0,96,997:. 0|0:38,0:38:99:0,111,1665:. 0|0:26,0:26:24:0,24,647:. 0|0:52,0:52:99:0,118,1629:. 0|0:8,0:8:12:0,12,210:. 0|0:6,0:6:18:0,18,195:. 0|0:20,0:20:60:0,60,691:. 0|0:31,0:31:93:0,93,1067:. 0|0:29,0:29:61:0,61,904:. 0|0:32,0:32:55:0,55,956:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1309:. 0|0:49,0:49:84:0,84,1446:. 0|0:38,0:38:99:0,101,1292:. 0|0:12,0:12:36:0,36,404:. 0|0:17,0:17:33:0,33,494:. 0|0:11,0:11:2:0,2,267:. 0|0:7,0:7:21:0,21,224:. 0|0:4,0:4:12:0,12,124:. 0|0:50,0:50:99:0,107,1614:. 0|0:39,0:39:99:0,101,1281:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1635:. 0|0:2,0:2:6:0,6,71:. 0|0:35,0:35:91:0,91,1195:. 0|0:37,0:37:80:0,80,1140:. 0|0:44,0:44:79:0,79,1248:. 0|0:28,0:28:84:0,84,982:. 0|0:30,0:30:73:0,73,893:. 0|0:32,0:32:13:0,13,793:. 0|0:32,0:32:55:0,55,964:. 0|0:33,0:33:56:0,56,1034:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:91,0:91:99:0,109,1800:. 0|0:22,0:22:50:0,50,690:. 0|0:58,0:58:82:0,82,1685:. 0|0:131,0:131:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:93:0,93,1320:. 0|0:48,0:48:99:0,107,1615:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:3,0:3:9:0,9,104:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:46:0,46,720:. Pf3D7_01_v3 510717 . C A 4.15464e+06 PASS FS=0;MQ=60.11;QD=26.47;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.646;VQSLOD=5.3;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.31;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.982;GC=23.81;GQ_MEAN=138.75;GQ_STDDEV=101.67;HRun=3;InbreedingCoeff=0.6315;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.191;culprit=FS;set=snp;DP=4897416;AF=0.447;AS_InbreedingCoeff=0.3218;MLEAC=2328;MLEAF=0.456;AN=844;AC=339 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1325:. 1|0:33,10:43:99:.:.:177,0,791:. 0|1:4,28:32:15:.:.:796,0,15:. 0|0:35,2:37:46:.:.:0,46,882:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,460:. 1|1:0,27:27:81:.:.:849,81,0:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1995,189,0:. 1|0:30,10:40:99:.:.:189,0,679:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,24:24:72:1|1:510700_A_AT:736,72,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,496:. 1|1:0,13:13:39:.:.:411,39,0:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,234:. 1|1:0,10:10:30:.:.:301,30,0:. 0|0:34,0:34:38:.:.:0,38,787:. 0|1:45,12:57:99:.:.:195,0,1076:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1918,186,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3059,305,0:. 1|1:0,21:21:63:.:.:662,63,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:816,81,0:. 1|0:25,44:69:99:.:.:1037,0,425:. 0|0:15,0:15:13:.:.:0,13,372:. 1|1:0,9:9:27:.:.:273,27,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1283,123,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1405,142,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:1:.:.:0,1,1946:. 1|0:34,11:45:99:1|0:510700_A_AT:193,0,825:. 0|1:45,121:166:99:.:.:3204,0,710:. 0|0:47,0:47:79:.:.:0,79,1174:. 0|1:23,67:90:99:.:.:1763,0,338:. 1|1:1,61:62:99:.:.:1784,158,0:. 1|0:9,20:29:99:.:.:520,0,140:. 1|1:2,41:43:79:.:.:1107,79,0:. 0|1:13,26:39:99:.:.:659,0,236:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:53,27:80:99:.:.:557,0,1183:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1249:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1640:. 1|1:1,88:89:99:.:.:2611,242,0:. 1|0:67,10:77:88:.:.:88,0,2179:. 1|0:13,21:34:99:.:.:527,0,234:. 1|1:0,14:14:42:.:.:433,42,0:. 1|0:14,34:48:99:.:.:889,0,218:. 1|0:11,21:32:99:.:.:524,0,206:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:19,4:23:59:.:.:59,0,435:. 1|1:3,61:64:99:.:.:1762,107,0:. 1|0:97,28:125:99:.:.:532,0,2249:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1594,159,0:. 0|1:7,49:56:8:.:.:1209,0,8:. 0|1:9,30:39:99:.:.:806,0,119:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1120:. 1|0:32,6:38:71:.:.:71,0,736:. 1|0:21,42:63:99:.:.:1026,0,369:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2459,245,0:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2189,216,0:. 1|1:1,97:98:99:.:.:2956,265,0:. 1|1:0,21:21:63:.:.:643,63,0:. 1|0:17,40:57:99:.:.:1052,0,420:. 0|1:26,30:56:99:.:.:752,0,541:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1694,165,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:395,39,0:. 0|1:22,27:49:99:.:.:654,0,446:. 1|1:0,35:35:99:.:.:993,105,0:. 0|1:13,16:29:99:.:.:377,0,276:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,11:36:99:.:.:200,0,558:. 1|1:7,60:67:10:.:.:1637,10,0:. 0|0:38,0:38:98:.:.:0,98,994:. 0|1:59,27:86:99:.:.:507,0,1321:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:23,11:34:99:.:.:240,0,507:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,751:. 0|1:13,23:36:99:.:.:609,0,255:. 0|1:30,10:40:99:.:.:187,0,697:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1036:. 0|1:24,17:41:99:.:.:374,0,511:. 0|1:11,36:47:99:.:.:950,0,173:. 1|1:2,83:85:99:.:.:2349,201,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:25,0:25:11:.:.:0,11,564:. 1|0:12,81:93:58:.:.:2152,0,58:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:84:.:.:0,84,1488:. 1|0:43,17:60:99:.:.:304,0,949:. 0|0:32,0:32:18:.:.:0,18,687:. 1|1:2,62:64:99:.:.:1769,134,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1945,195,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,115,1771:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:87,12:99:56:.:.:56,0,2040:. 0|1:38,54:92:99:.:.:1278,0,762:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:94,27:121:99:.:.:417,0,2160:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2168,219,0:. 1|0:46,60:106:99:.:.:1440,0,904:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1014,105,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,45:115:99:.:.:908,0,1517:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3367,342,0:. 0|1:26,34:60:99:.:.:823,0,514:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:19:.:.:0,19,1128:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,42:108:99:.:.:1046,0,1426:. 1|1:6,56:62:31:.:.:1550,31,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3350,347,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2889,291,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1572:. 0|0:76,0:76:94:.:.:0,94,1748:. 0|1:42,17:59:99:.:.:277,0,907:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:34,29:63:99:1|0:510700_A_T:644,0,700:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1866,189,0:. 1|0:14,41:55:99:.:.:1008,0,195:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2356,248,0:. 0|1:11,79:90:12:.:.:2054,0,12:. 0|0:84,0:84:5:.:.:0,5,1723:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3384,347,0:. 1|0:35,17:52:99:.:.:374,0,728:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1755:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2452,251,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2098,216,0:. 1|1:2,71:73:99:.:.:1983,167,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1657,167,0:. 1|0:52,19:71:99:.:.:386,0,1191:. 1|0:52,26:78:99:.:.:510,0,1135:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2333,228,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1582,159,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1099,105,0:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1255,123,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1238:. 0|1:3,17:20:2:.:.:475,0,2:. 0|1:45,45:90:99:.:.:1099,0,897:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1814,180,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,856:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1571,153,0:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2357,219,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2542,257,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:28,40:68:99:.:.:1004,0,512:. 0|1:9,50:59:68:.:.:1302,0,68:. 0|0:143,0:143:47:.:.:0,47,3209:. 1|0:88,27:115:99:.:.:477,0,2012:. 0|0:108,0:108:44:.:.:0,44,2411:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3360,339,0:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,283:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1223:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2867,280,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1861,182,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1185:. 1|0:34,13:47:99:1|0:510697_T_C:254,0,794:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:51,53:104:99:.:.:1231,0,1030:. 0|1:37,6:43:34:.:.:34,0,883:. 0|0:118,0:118:82:.:.:0,82,2650:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:20,56:76:99:.:.:1454,0,302:. 1|0:14,21:35:99:.:.:552,0,277:. 0|1:35,50:85:99:.:.:1235,0,644:. 1|0:62,25:87:99:.:.:503,0,1364:. 0|1:48,75:123:99:.:.:1902,0,920:. 1|1:5,52:57:33:.:.:1463,33,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1755:. 1|1:0,47:47:99:1|1:510712_T_C:1448,141,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,43:90:99:.:.:1008,0,976:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1386:. 1|0:14,52:66:99:.:.:1358,0,201:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3310,339,0:. 0|1:47,13:60:99:.:.:217,0,1131:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1028,102,0:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,984:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1255:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3370,342,0:. 1|0:11,38:49:99:.:.:971,0,187:. 1|1:5,92:97:99:.:.:2548,133,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:27,50:77:99:.:.:1233,0,506:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1416:. 0|0:39,0:39:51:.:.:0,51,918:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1182:. 1|0:6,24:30:78:.:.:652,0,78:. 1|0:41,26:67:99:.:.:556,0,863:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1717,173,0:. 1|1:1,97:98:99:.:.:2861,265,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1629,165,0:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2810,281,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3264,327,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1420,141,0:. 1|0:7,29:36:89:.:.:731,0,89:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1495,147,0:. 1|0:17,11:28:99:.:.:257,0,388:. 0|0:37,0:37:80:.:.:0,80,939:. 0|0:33,0:33:32:.:.:0,32,759:. 0|1:34,18:52:99:.:.:402,0,776:. 1|1:0,30:30:90:.:.:927,90,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1318,135,0:. 1|0:12,22:34:99:.:.:543,0,218:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1277,126,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1607,164,0:. 0|1:28,17:45:99:.:.:380,0,611:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3440,351,0:. 0|0:52,6:58:7:.:.:0,7,1182:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1585,153,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:740,72,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 1|0:52,8:60:55:.:.:55,0,1280:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1094:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:51,0:51:49:.:.:0,49,1140:. 1|0:49,65:114:99:.:.:1615,0,995:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1281:. 1|1:0,5:5:15:.:.:161,15,0:. 0|1:23,75:98:99:.:.:1913,0,325:. 1|0:33,43:76:99:.:.:1103,0,661:. 1|1:1,95:96:99:.:.:2787,259,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:36,38:74:99:.:.:952,0,682:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:27,37:64:99:.:.:866,0,520:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,11:11:33:.:.:304,33,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:968,99,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2829,287,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1014,99,0:. 0|1:29,38:67:99:.:.:916,0,587:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:2,6:8:32:.:.:167,0,32:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:2,62:64:99:.:.:1823,152,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:269,27,0:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1161:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,932:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1161,99,0:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,1186:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1430:. 0|0:22,0:22:50:.:.:0,50,660:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1333:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1566,132,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1441,123,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1458:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1633:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,12:12:36:.:.:393,36,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:855,75,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1163,108,0:. 1|0:40,7:47:99:.:.:107,0,1148:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1487:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1313:. 1|1:0,5:5:15:.:.:180,15,0:. 1|0:4,15:19:84:.:.:495,0,84:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1297:. 1|1:2,22:24:6:.:.:664,6,0:. 0|0:35,0:35:68:.:.:0,68,1017:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1311:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,694:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1290:. 1|1:1,42:43:99:.:.:1421,119,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3284,297,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,4:4:12:.:.:120,12,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,204:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,295:. 0|0:43,0:43:26:.:.:0,26,1095:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:28,0:28:64:.:.:0,64,817:. 1|1:5,69:74:72:.:.:2102,72,0:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3575,341,0:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3701,342,0:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,683:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,895:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1238:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 1|1:1,31:32:59:.:.:969,59,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1710:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:13,85:98:99:.:.:2588,0,129:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3400,321,0:. 1|0:125,22:147:99:.:.:226,0,3374:. 0|1:108,21:129:99:.:.:275,0,2980:. 1|1:8,90:98:64:.:.:2847,64,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|1:13,36:49:99:.:.:965,0,301:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,720:. 0|1:14,6:20:99:.:.:154,0,346:. 1|0:12,95:107:60:.:.:2849,0,60:. 0|1:28,89:117:99:.:.:2527,0,567:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3207,295,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,112:113:99:.:.:3660,304,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:33,65:100:99:.:.:1886,0,752:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,87:. 1|1:1,97:98:99:.:.:3106,261,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,8:8:24:.:.:283,24,0:. 0|1:84,21:105:99:.:.:333,0,2354:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:26,0:26:36:.:.:0,36,581:. 0|1:45,27:72:99:.:.:649,0,1166:. 0|0:22,0:22:32:.:.:0,32,549:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:99,17:116:99:.:.:209,0,2746:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,193:. 0|1:54,46:100:99:.:.:1308,0,1404:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:2,0:2:6:.:.:0,6,52:. 0|0:114,0:114:35:.:.:0,35,2731:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,849:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,291:. 0|0:44,0:44:94:.:.:0,94,1298:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1456:. 1|1:5,75:80:69:.:.:2251,69,0:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,380:. 1|0:53,12:65:99:.:.:194,0,1490:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,185:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4956,462,0:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:2,153:155:99:.:.:4720,415,0:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,372:. 1|1:3,79:82:99:.:.:2472,147,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:599,54,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1261:. 0|1:16,13:29:99:.:.:312,0,437:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1144,108,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1997,183,0:. 1|0:13,28:41:99:.:.:803,0,241:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|1:17,52:69:99:.:.:1493,0,281:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1251,111,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2385,219,0:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,576:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,183:. 0|0:40,0:40:82:.:.:0,82,1148:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1348:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1415:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1309:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1573:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2934,276,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:582,54,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1098,105,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:578,51,0:. 0|1:4,4:8:97:.:.:98,0,97:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,181:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1377:. 0|1:37,33:70:99:.:.:856,0,942:. 1|0:37,29:66:99:.:.:771,0,1019:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1354:. 0|1:12,59:71:93:.:.:1574,0,93:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1577,141,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1257:. 1|0:5,43:48:22:.:.:1225,0,22:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1251:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2074,183,0:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:13,11:24:99:.:.:310,0,301:. 0|1:68,54:122:99:.:.:1443,0,1672:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,50:64:99:.:.:1458,0,251:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,216:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. Pf3D7_01_v3 511737 . C T 1.18165e+06 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=21.25;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.72;VQSLOD=6.8;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.981;GC=19.05;GQ_MEAN=77.55;GQ_STDDEV=39.39;HRun=2;InbreedingCoeff=0.735;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.315;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=3740443;AF=0.153;AS_InbreedingCoeff=0.4235;MLEAC=780;MLEAF=0.154;AN=834;AC=168 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:23,10:33:99:.:.:227,0,606:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1079:. 0|1:17,18:35:99:.:.:474,0,396:. 0|1:9,20:29:99:.:.:565,0,182:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,26:26:78:.:.:806,78,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1215,114,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1276:. 0|1:11,6:17:99:.:.:142,0,266:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,217:. 0|1:5,8:13:99:.:.:212,0,114:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,8:8:24:.:.:260,24,0:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1141:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1474:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1050:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1125:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,353:. 1|1:0,2:2:6:.:.:63,6,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1659,159,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:511737_C_T:1655,120,0:. 0|1:27,23:50:99:.:.:517,0,597:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1718:. 0|1:42,9:51:99:.:.:122,0,1060:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1719:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:77,39:116:99:0|1:511737_C_T:1235,0,1894:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,944:. 0|0:31,0:31:76:.:.:0,76,886:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,925:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1102:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1456:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1370:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1291:. 0|1:27,11:38:99:.:.:220,0,618:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1308:. 1|0:27,8:35:99:.:.:139,0,675:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1228:. 1|0:10,11:21:99:.:.:276,0,227:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1238:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,988:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1206:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:3,41:44:46:.:.:1104,46,0:. 1|0:12,47:59:99:.:.:1223,0,144:. 0|1:27,19:46:99:.:.:442,0,646:. 0|1:38,56:94:99:.:.:1374,0,804:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1129:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1070:. 0|1:35,24:59:99:.:.:564,0,825:. 1|0:22,28:50:99:.:.:672,0,465:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1349:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1444:. 1|1:0,30:30:90:.:.:853,90,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1420:. 1|0:10,14:24:99:.:.:357,0,213:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1064:. 0|0:30,0:30:58:.:.:0,58,803:. 1|0:44,23:67:99:.:.:482,0,975:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,976:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1174:. 1|0:14,14:28:99:.:.:329,0,330:. 0|1:38,9:47:99:.:.:125,0,925:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,700:. 1|0:25,13:38:99:.:.:292,0,622:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,917:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:5,42:47:11:.:.:1137,0,11:. 1|0:9,73:82:5:.:.:1848,0,5:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1038:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1452:. 0|0:42,0:42:94:.:.:0,94,1142:. 0|1:62,10:72:40:.:.:40,0,1514:. 0|1:17,14:31:99:.:.:323,0,374:. 1|1:6,64:70:49:.:.:1691,49,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1281:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1200:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1223:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1842,192,0:. 1|0:74,12:86:77:.:.:77,0,1725:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1425:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1543:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,961:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,91:96:99:.:.:2537,144,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1013:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1461:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1180:. 1|0:88,50:138:99:1|0:511714_G_A:1075,0,2581:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1755:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,937:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4136,426,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1150:. 1|1:2,123:125:99:.:.:3479,317,0:. 1|0:61,15:76:99:.:.:214,0,1461:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:47,22:69:99:.:.:443,0,1074:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1146:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,884:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:61,9:70:60:.:.:60,0,1420:. 0|0:73,0:73:82:.:.:0,82,1696:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,956:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1415:. 0|0:80,0:80:93:.:.:0,93,1873:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,876:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,109,1034:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1539:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1271:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1315:. 1|0:22,55:77:99:.:.:1424,0,388:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1168:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2768,293,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2099,222,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1656,173,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1266:. 1|0:21,36:57:99:.:.:908,0,430:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1955,204,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1399,147,0:. 1|1:0,32:32:95:.:.:890,95,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,998:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1331,135,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,925:. 1|0:25,13:38:99:.:.:234,0,568:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,969:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1026:. 0|1:6,17:23:96:.:.:426,0,96:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3175,329,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1212:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1312:. 1|0:40,30:70:99:.:.:693,0,903:. 0|1:31,36:67:99:.:.:857,0,635:. 1|1:8,128:136:99:.:.:3423,166,0:. 1|0:70,45:115:99:.:.:1003,0,1582:. 0|1:90,26:116:99:.:.:414,0,2167:. 1|1:7,152:159:99:.:.:4267,285,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,200:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1404:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1374,135,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:77,51:128:99:.:.:1119,0,1651:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1221:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1505:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1434:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1340:. 1|0:78,14:92:99:.:.:145,0,1910:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1179:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1109:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1170,117,0:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3439,353,0:. 0|1:38,52:90:99:.:.:1256,0,770:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2543,252,0:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3954,403,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1273:. 0|1:71,12:83:99:.:.:124,0,1766:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,17:56:99:.:.:321,0,947:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1396:. 0|0:24,0:24:41:.:.:0,41,615:. 1|0:15,116:131:7:.:.:2978,0,7:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1078:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1304:. 1|0:39,32:71:99:.:.:728,0,889:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1149:. 0|1:4,26:30:55:1|0:511714_G_A:645,0,55:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1204:. 0|1:21,23:44:99:.:.:517,0,446:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1151:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1537:. 0|0:76,0:76:57:.:.:0,57,1805:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1611:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1588:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1695,173,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:22,40:62:99:.:.:940,0,406:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,103,968:. 0|0:42,0:42:50:.:.:0,50,1024:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,868:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1409:. 1|0:34,8:42:99:.:.:118,0,791:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1068:. 0|1:39,7:46:72:.:.:72,0,925:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1122:. 0|1:37,19:56:99:.:.:412,0,845:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1600:. 1|1:5,51:56:21:.:.:1340,21,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1449:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1288:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:3,37:40:42:.:.:1013,42,0:. 0|0:133,0:133:10:.:.:0,10,3015:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1268:. 0|1:2,5:7:36:.:.:116,0,36:. 1|0:58,62:120:99:.:.:1453,0,1203:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,107,1037:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1863,170,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1285:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:23,8:31:99:.:.:144,0,557:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1228:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,961:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,115,1312:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1116:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1169,114,0:. 1|0:58,8:66:37:.:.:37,0,1441:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1035:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|1:19,19:38:99:.:.:442,0,414:. 1|1:0,22:22:66:.:.:619,66,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1347:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,17:17:51:.:.:589,51,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:36,0:36:22:.:.:0,22,970:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,251:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,798:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1546:. 1|1:0,4:4:12:.:.:138,12,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,26:26:78:.:.:825,78,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,295:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1418:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:18,0:18:41:.:.:0,41,550:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,222:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,387:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1326,123,0:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1357:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4834,424,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1345:. 1|0:2,0:2:6:.:.:0,6,65:. 0|1:4,0:4:12:.:.:0,12,141:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,59:. 0|0:35,0:35:38:.:.:0,38,1028:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1335:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1225:. 1|1:1,16:17:15:.:.:507,15,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1662:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1313:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,297:. 0|1:75,59:134:99:.:.:1532,0,1985:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,515:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1303:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,231:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1404:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1443:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1689:. 0|0:89,0:89:91:.:.:0,91,2482:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1421:. 0|1:26,97:123:99:.:.:2706,0,419:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1177:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,278:. 0|0:51,0:51:56:.:.:0,56,1449:. 0|1:19,7:26:99:.:.:166,0,536:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1281:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1291:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1117:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1345:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1180:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,70:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1120:. 1|1:1,111:112:99:.:.:3592,306,0:. 0|0:9,0:9:5:.:.:0,5,240:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1790:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,49:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,853:. 0|1:65,9:74:58:.:.:58,0,1774:. 0|1:14,5:19:99:.:.:105,0,397:. 1|0:13,107:120:31:.:.:3119,0,31:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1190:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,208:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1340:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1139:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1326:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,128:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1180:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,820:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1105:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,460:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1186:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1212:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,161:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,116:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1431:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4184,396,0:. 1|0:15,16:31:99:.:.:412,0,375:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1091:. 1|1:0,13:13:39:.:.:407,39,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1264:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,237:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:3,8:11:74:.:.:235,0,74:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:7,16:23:99:.:.:437,0,156:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 1|0:59,13:72:99:.:.:204,0,1496:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1085:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1520,138,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1586,153,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:682,69,0:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1089:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1822,177,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1879,189,0:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,16:16:48:.:.:465,48,0:. 1|0:2,11:13:30:.:.:266,0,30:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,96:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1551:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1132:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1208:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1322:. 0|1:7,13:20:99:.:.:410,0,165:. 0|1:50,50:100:99:.:.:1194,0,1308:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:18,33:51:99:.:.:826,0,406:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1242:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,8:8:24:.:.:255,24,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1253:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1705,153,0:. Pf3D7_01_v3 512069 . A G 170424 PASS FS=0;MQ=61.7;QD=16.65;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.718;VQSLOD=5.2;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=-0.0109;NCC=0;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0663;GQ_MEAN=62.22;GQ_STDDEV=41.92;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.55;culprit=MQ;set=snp;DP=9818132;AF=0.007607;AS_InbreedingCoeff=0.7049;MLEAC=39;MLEAF=0.007417;AN=858;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:28,0:28:75:0,75,1125:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1197:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1344:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1053:. 0|0:27,0:27:70:0,70,781:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1107:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1031:. 0|0:47,0:47:99:0,109,1146:. 0|0:38,0:38:86:0,86,1056:. 0|0:18,0:18:54:0,54,566:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1274:. 0|0:31,0:31:75:0,75,942:. 0|0:34,0:34:88:0,88,937:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:6,0:6:18:0,18,183:. 0|0:25,0:25:57:0,57,855:. 0|0:20,0:20:26:0,26,513:. 0|0:40,0:40:91:0,91,1008:. 0|0:74,0:74:99:0,104,1603:. 0|0:51,0:51:99:0,101,1284:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:96:0,96,1440:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:8,0:8:18:0,18,270:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1258:. 0|0:40,0:40:99:0,100,984:. 0|0:69,0:69:99:0,108,1596:. 0|0:72,5:77:99:0,123,2059:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1333:. 0|0:229,0:229:99:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1585:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,100,1757:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1114:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1218:. 0|0:41,0:41:99:0,112,1184:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,116,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,116,1276:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1223:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:84:0,84,815:. 0|0:83,0:83:99:0,116,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1452:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,114,1777:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1121:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,106,1713:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1055:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1140:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,992:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1267:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,103,955:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,119,1254:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1049:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1331:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,114,1475:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1000:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,100,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,119,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,114,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,113,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,105,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,119,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,102,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,116,1671:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1394:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1116:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,115,1394:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1387:. 0|0:99,0:99:99:0,104,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|1:36,65:101:99:1301,0,771:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,200:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,102,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,108,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,115,1655:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,119,1291:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,101,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,119,1400:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,114,1478:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1338:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1555:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,112,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1305:. 0|0:63,0:63:99:0,105,1424:. 0|0:86,0:86:99:0,114,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,109,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,107,1502:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,108,1800:. 0|0:37,2:39:61:0,61,1059:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,106,1658:. 0|0:53,0:53:99:0,113,1359:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,104,1094:. 0|0:77,0:77:99:0,111,1758:. 0|0:37,0:37:99:0,102,919:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,116,1429:. 0|0:60,0:60:99:0,107,1549:. 0|0:55,0:55:99:0,109,1371:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,103,1288:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,112,1131:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1633,188,0:. 0|0:46,0:46:99:0,110,1243:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,197:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,105,1793:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,100,1524:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,106,1369:. 0|0:22,0:22:42:0,42,612:. 0|0:74,0:74:99:0,109,1800:. 0|0:274,0:274:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,103,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:30,0:30:73:0,73,858:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,118,1800:. 0|0:17,0:17:39:0,39,585:. 0|0:45,0:45:99:0,112,1296:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:3104,297,0:. 0|0:134,0:134:99:0,103,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,110,1800:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1302:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1353:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,963:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:0,120,1800:. 1|1:1,373:374:99:11048,1096,0:. 0|0:44,0:44:99:0,113,1800:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:61,0:61:.:.:120 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:.:.:120 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:.:.:120 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:120 0|0:96,0:96:99:0,106,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1800:. 0|0:289,0:289:.:.:120 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:120 0|0:87,0:87:99:0,105,1800:. 0|0:223,0:223:.:.:120 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,104,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:120 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:106 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:.:.:106 0|0:158,0:158:99:0,101,1800:. 0|0:293,0:293:.:.:120 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:120 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:.:.:120 0|0:156,0:156:99:0,112,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:.:.:103 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,109,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:0 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:.:.:120 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:.:.:120 0|0:220,0:220:.:.:120 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:.:.:120 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:.:.:120 0|0:392,0:392:99:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:.:.:120 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:.:.:120 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 1|0:141,48:189:99:816,0,3724:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1205:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1237:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1218:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:54:0,54,776:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,116,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1553:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:467,0:467:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,102,1165:. 0|0:24,0:24:57:0,57,752:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512119 . A G 6.22114e+06 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=29.94;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.681;VQSLOD=9.07;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0046;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=103.41;GQ_STDDEV=82.22;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5619;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.895;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10445406;AF=0.33;AS_InbreedingCoeff=0.7506;MLEAC=1742;MLEAF=0.331;AN=858;AC=50 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1197:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1344:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1247:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1270:. 0|1:30,5:35:95:0|1:512095_G_A:95,0,1590:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1336:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1177:. 0|1:16,13:29:99:.:.:274,0,429:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1274:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1448:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,14:14:42:.:.:414,42,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:934,102,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1284:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1286:. 0|0:35,0:35:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,228:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1318:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1596:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1333:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1757:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,984:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1449:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1295:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,932:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,628:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1219:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1452:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1777:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1075:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1713:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1449:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1140:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1365:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1044:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1073:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1188:. 1|0:32,25:57:99:0|1:512119_A_G:890,0,1235:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1060:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1049:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:1962,226,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,49:59:99:0|1:512119_A_G:1904,0,251:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:15:.:.:0,15,1101:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:32:.:.:0,32,4308:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:115,16:131:37:.:.:37,0,3108:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,52:149:99:0|1:512095_G_A:1687,0,3454:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:1|1:512119_A_G:5839,418,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:0:.:.:0,0,3412:. 0|1:153,19:172:99:0|1:512095_G_A:310,0,6050:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:4284,499,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:1|1:512119_A_G:6148,432,0:. 1|1:1,186:187:99:1|1:512119_A_G:8256,548,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:163,23:186:7:.:.:7,0,4204:. 1|1:1,185:186:99:.:.:4866,524,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1671:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:512119_A_G:2223,159,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1454:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,124:125:99:.:.:3126,361,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1394:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,86:89:99:1|1:512095_G_A:3390,142,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,166:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1655:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,15:54:99:.:.:223,0,1024:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1400:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1214:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1338:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1555:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1502:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1426:. 1|0:60,110:170:99:0|1:512119_A_G:4051,0,2093:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1658:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1359:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|1:10,33:43:99:0|1:512119_A_G:1308,0,278:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1758:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1023:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1429:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1549:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1371:. 0|1:71,32:103:99:0|1:512119_A_G:1045,0,2892:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1288:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1131:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1243:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,163:. 1|0:121,23:144:99:.:.:164,0,3190:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1793:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1524:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,6:53:99:0|1:512119_A_G:111,0,1828:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,356:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|1:21,28:49:99:0|1:512095_G_A:924,0,744:. 1|1:0,38:38:99:1|1:512119_A_G:1637,117,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,994:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,87:147:99:0|1:512119_A_G:3465,0,2323:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,145:171:99:0|1:512119_A_G:6007,0,623:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1302:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1353:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,148:149:99:.:.:4805,411,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,176:177:99:1|1:512119_A_G:7667,499,0:. 1|1:5,171:176:99:1|1:512119_A_G:7219,321,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:115,79:194:99:0|1:512119_A_G:2877,0,4585:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1767:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1567:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:39,0:39:88:.:.:0,88,1148:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1205:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,267:267:99:.:.:8201,798,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1237:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,742:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1553:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:467,0:467:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512126 . C G 388028 PASS FS=0;MQ=60.3;QD=30.18;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.721;VQSLOD=7.12;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1931;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=94.41;GQ_STDDEV=68.22;HRun=0;InbreedingCoeff=0.372;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-1.127;culprit=MQ;set=snp;DP=10323002;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=-0.0295;MLEAC=57;MLEAF=0.011;AN=858;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:35,0:35:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1197:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1344:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1247:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1336:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1274:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1448:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:23,0:23:25:.:.:0,25,558:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1284:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1286:. 0|0:32,0:32:80:.:.:0,80,897:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,253:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1318:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1596:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1333:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1757:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,984:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1449:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1295:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,628:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1219:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1452:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1777:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1075:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1713:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1449:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1140:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1365:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1073:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1188:. 1|0:32,27:59:99:0|1:512119_A_G:939,0,1254:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1060:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1049:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:16:.:.:0,16,1011:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:512119_A_G:6002,438,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1671:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1454:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1394:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,165:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1655:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1400:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1214:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1338:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1555:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1502:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1426:. 1|0:58,109:167:99:0|1:512119_A_G:4098,0,2063:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1658:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1359:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|1:8,33:41:99:0|1:512119_A_G:1363,0,221:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1758:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1023:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1429:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1549:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1371:. 0|1:77,31:108:99:0|1:512119_A_G:1033,0,2954:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1288:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1131:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1243:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,163:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1793:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1524:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,356:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,302:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1106:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,91:154:99:0|1:512119_A_G:3572,0,2329:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,156:183:99:0|1:512119_A_G:6293,0,654:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1302:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1353:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:25,0:25:48:.:.:0,48,763:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,182:183:99:1|1:512119_A_G:7908,520,0:. 1|1:4,174:178:99:1|1:512119_A_G:7439,368,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:117,83:200:99:0|1:512119_A_G:2945,0,4630:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1767:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1567:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1205:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1237:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,742:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1553:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:467,0:467:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:31,0:31:59:.:.:0,59,845:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512185 . A C 468219 PASS FS=0.54;MQ=61.83;QD=20.16;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.756;VQSLOD=4.54;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=0.0878;NCC=0;BaseQRankSum=1.9;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.7918;GQ_MEAN=104.5;GQ_STDDEV=10.61;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.423;culprit=MQ;set=snp;DP=10455286;AF=0.014;MLEAC=72;MLEAF=0.014;AS_InbreedingCoeff=-0.0481;AN=856;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1197:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1344:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1485:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1406:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:36,0:36:76:.:.:0,76,1102:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1284:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1286:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:19:.:.:0,19,332:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1318:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1596:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1380:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1757:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,984:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1449:. 1|0:38,15:53:99:.:.:242,0,987:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1295:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1219:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1452:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1777:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1075:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1713:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1449:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1140:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1365:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1073:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1188:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1060:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1049:. 0|0:32,0:32:66:.:.:0,66,894:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1671:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1454:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1394:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,278:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1655:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1400:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1214:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1338:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1555:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1502:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1426:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1658:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1359:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1153:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1758:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1023:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1429:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1549:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1371:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1288:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1131:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1243:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,144:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1793:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,100,1524:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1226:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,338:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1148:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,63:161:99:.:.:1684,0,3022:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1302:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1353:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,28:28:84:.:.:905,84,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,25:44:99:.:.:698,0,520:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:183,81:264:99:.:.:1881,0,5540:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,20:224:13:.:.:0,13,6340:. 1|0:65,62:127:99:.:.:1474,0,1743:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1767:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,36:64:99:0|1:512185_A_C:921,0,771:. 1|0:36,204:240:99:.:.:6013,0,491:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:194,30:224:99:.:.:322,0,5955:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,61:180:99:0|1:512185_A_C:1391,0,3632:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1177:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,233:239:99:.:.:7311,501,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,21:141:99:.:.:222,0,3548:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,56:112:99:.:.:1516,0,1587:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1205:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1237:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,699:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,16:186:44:.:.:0,44,5438:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:293,188:481:99:.:.:4848,0,8802:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1553:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:467,0:467:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,674:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512235 . T C 165940 PASS FS=0;MQ=63.08;QD=19.57;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.705;VQSLOD=6.42;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=0.0311;NCC=0;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1472;GQ_MEAN=114.52;GQ_STDDEV=40.46;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.07;culprit=MQ;set=snp;DP=12348440;AF=0.003614;AS_InbreedingCoeff=0.5858;MLEAC=19;MLEAF=0.003614;AN=856;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1197:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1506:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1323:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1465:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:25,0:25:59:.:.:0,59,730:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,873:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,132:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1038:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:11,0:11:13:.:.:0,13,294:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1481:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1597:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1380:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:36,23:59:99:.:.:433,0,950:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,600:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1219:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1095:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1163:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1347:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1166:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,83:98:99:.:.:1965,0,127:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,54:78:99:.:.:1183,0,458:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1400:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1555:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1529:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,690:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,408:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1310:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,706:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1305:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:666,0:666:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,858:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,271:271:99:.:.:8942,814,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,96:215:99:.:.:2434,0,3402:. 1|1:12,136:148:42:.:.:4050,42,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1105:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:188,25:213:99:.:.:232,0,5805:. 1|1:30,306:336:10:.:.:8486,10,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:371,0:371:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1205:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,708:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,856:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4133,375,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:650,0:650:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1467:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,859:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512311 . G T 454964 PASS FS=0;MQ=60.42;QD=24.6;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.689;VQSLOD=6.82;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=94.03;GQ_STDDEV=44.35;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7827;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.014;culprit=FS;set=snp;DP=12539901;AF=0.02;AS_InbreedingCoeff=0.5507;MLEAC=104;MLEAF=0.02;AN=858;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1197:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1506:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1208:. 0|0:35,0:35:99:0,99,994:. 0|1:40,7:47:84:84,0,1000:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1365:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1031:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1099:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1465:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1365:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1166:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:29,0:29:69:0,69,887:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:23,0:23:63:0,63,759:. 0|0:17,0:17:45:0,45,675:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:84:0,84,1260:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:31:0,31,387:. 0|0:9,0:9:5:0,5,202:. 0|0:54,0:54:99:0,100,1481:. 0|0:58,0:58:99:0,109,1597:. 1|0:45,78:123:99:1946,0,883:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1380:. 0|0:287,0:287:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,106,1585:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1013:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,116,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,843:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1219:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,108,1095:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,103,1163:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,999:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1064:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 1|0:17,45:62:99:1159,0,250:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1347:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|1:15,67:82:99:1794,0,179:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1166:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,119,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|1:110,63:173:99:1362,0,2449:. 0|0:178,0:178:99:0,114,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:5767,602,0:. 1|1:0,234:234:99:6921,701,0:. 0|0:79,0:79:99:0,119,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:7697,756,0:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:2409,240,0:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,114,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:0,15,225:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,119,1400:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,100,1555:. 0|1:202,30:232:99:205,0,4675:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1149:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,115,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 1|0:51,9:60:76:76,0,1217:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:0,39,356:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:66:0,66,688:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:1282,129,0:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,110,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1370:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1305:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:0,120,1800:. 0|0:666,0:666:99:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:89,0:89:.:.:120 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:.:.:120 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:.:.:120 0|0:253,0:253:99:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:120 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1800:. 0|0:376,0:376:.:.:120 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:.:.:120 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:.:.:120 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:.:.:120 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:120 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:.:.:120 0|0:246,0:246:99:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:.:.:120 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:.:.:120 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:.:.:120 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:.:.:120 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:108 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:.:.:120 0|0:254,0:254:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:.:.:120 0|0:368,0:368:.:.:120 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:.:.:120 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:.:.:120 0|0:552,0:552:99:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:.:.:120 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:371,0:371:.:.:120 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1205:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:8693,761,0:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:264,0:264:99:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:0,60,794:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:0,120,1800:. 0|0:650,0:650:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:90:0,90,986:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512375 . A C 923470 PASS FS=0;MQ=60.45;QD=26.47;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.701;VQSLOD=7.71;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.26;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=91.17;GQ_STDDEV=29.63;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7894;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.264;culprit=FS;set=snp;DP=12588828;AF=0.039;AS_InbreedingCoeff=0.2177;MLEAC=202;MLEAF=0.038;AN=858;AC=21 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1197:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1506:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1300:. 0|1:33,8:41:99:.:.:104,0,950:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,959:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1097:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,919:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:92:.:.:0,92,1136:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,982:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1481:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1597:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1380:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1219:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1095:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1163:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,999:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1347:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,70:73:99:.:.:1815,187,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,58:73:99:.:.:1422,0,237:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1166:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:77:.:.:0,77,4489:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,62:171:99:.:.:1196,0,2717:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5141,589,0:. 1|1:0,226:226:99:.:.:5974,676,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:.:.:6473,701,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2319,252,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,63:173:99:.:.:1134,0,2799:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1400:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,89:90:99:.:.:2403,238,0:. 0|1:201,31:232:99:.:.:113,0,5179:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,141:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,5:64:55:.:.:0,55,1815:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,609:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,630:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:979,113,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,737:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:666,0:666:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:.:.:.:.:120 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:.:.:.:.:120 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:.:.:.:.:120 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:376,0:376:.:.:.:.:120 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:.:.:.:.:120 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:.:.:.:.:120 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:.:.:.:.:120 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:.:.:.:.:120 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:.:.:.:.:120 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:.:.:.:.:120 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:.:.:.:.:120 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:.:.:.:.:120 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:108 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:.:.:.:.:120 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:.:.:.:.:120 0|0:368,0:368:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:.:.:.:.:120 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:.:.:.:.:120 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:371,0:371:.:.:.:.:120 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1205:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,295:295:99:.:.:9573,886,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:650,0:650:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512490 . T G 4.74943e+06 PASS FS=0;MQ=60.54;QD=26.53;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.704;VQSLOD=9.43;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=28.57;GQ_MEAN=76.19;GQ_STDDEV=29.54;HRun=2;InbreedingCoeff=0.968;NCC=0;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.724;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13122898;AF=0.212;AS_InbreedingCoeff=0.5672;MLEAC=1116;MLEAF=0.212;AN=858;AC=78 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1197:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1462:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1307:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1335:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1262:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:39,0:39:83:.:.:0,83,1090:. 1|0:7,13:20:99:.:.:286,0,161:. 0|0:27,0:27:50:.:.:0,50,787:. 1|1:0,14:14:42:.:.:373,42,0:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,697:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1784,199,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:5690,650,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1128:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,388:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,280:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1481:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1705,194,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1380:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|1:99,29:128:99:.:.:401,0,2541:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1123:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,63:134:99:.:.:1241,0,1642:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,19:66:99:.:.:253,0,1826:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3411,379,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1219:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,99:118:99:.:.:2211,0,189:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1095:. 0|1:95,15:110:94:.:.:94,0,2476:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1163:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1682,197,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,999:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,69:70:99:.:.:1533,175,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1347:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,122:196:99:.:.:2510,0,1572:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:35:.:.:0,35,3621:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1166:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,261:275:99:.:.:6428,430,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,53:147:99:.:.:950,0,2876:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:158,28:186:99:.:.:184,0,4615:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:62,12:74:79:.:.:79,0,1486:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:3689,431,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:185,32:217:99:.:.:212,0,5398:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,92:173:99:.:.:1943,0,1893:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,93:177:99:.:.:1919,0,1939:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,64:95:99:.:.:1427,0,645:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,36:174:99:0|1:512490_T_G:913,0,5772:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,33:86:99:.:.:641,0,1301:. 1|0:17,41:58:99:.:.:905,0,336:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,39:154:99:.:.:529,0,3570:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1400:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5024,578,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,16:121:25:.:.:25,0,2696:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1249,149,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,167:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,50:74:99:.:.:1123,0,463:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,7:64:3:.:.:0,3,1970:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,196:210:99:.:.:4764,256,0:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,3:22:20:.:.:20,0,583:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,20:24:72:.:.:469,0,72:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1478:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,258:260:99:.:.:8250,715,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,206:207:99:.:.:6809,584,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6583,589,0:. 1|1:12,225:237:99:.:.:7041,285,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:666,0:666:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,215:279:99:.:.:6138,0,1326:. 0|1:43,228:271:99:.:.:6477,0,912:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,441:447:99:.:.:13519,1131,0:. 1|0:115,15:130:99:.:.:113,0,3601:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,191:237:99:.:.:5430,0,912:. 1|0:171,72:243:99:.:.:1626,0,5323:. 0|1:135,50:185:99:.:.:1035,0,5114:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,174:222:99:.:.:4981,0,1038:. 0|1:68,31:99:99:.:.:677,0,2686:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,170:251:99:.:.:4599,0,2450:. 1|1:8,224:232:99:.:.:6923,402,0:. 1|0:53,118:171:99:.:.:3156,0,1208:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,6:54:35:.:.:35,0,1368:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:368,0:368:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,539:540:99:.:.:16661,1583,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:189,65:254:99:.:.:1375,0,5735:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6185,574,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2418,225,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4931,457,0:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:650,0:650:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512508 . G A 1.13403e+07 PASS FS=0;MQ=60.09;QD=29.73;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.698;VQSLOD=8.53;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=38.1;GQ_MEAN=112;GQ_STDDEV=117.98;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6399;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.364;culprit=FS;set=snp;DP=13901536;AF=0.312;AS_InbreedingCoeff=0.3147;MLEAC=1644;MLEAF=0.313;AN=858;AC=273 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:11,19:30:99:0|1:512508_G_A:765,0,388:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1197:. 0|1:35,17:52:99:0|1:512508_G_A:605,0,1421:. 0|1:45,19:64:99:0|1:512508_G_A:615,0,1874:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1307:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,928:. 1|1:0,41:41:99:1|1:512508_G_A:1904,129,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 1|1:0,59:59:99:1|1:512508_G_A:2891,196,0:. 0|1:40,15:55:99:0|1:512508_G_A:506,0,2453:. 0|1:23,15:38:99:0|1:512508_G_A:561,0,1349:. 1|1:0,54:54:99:1|1:512508_G_A:2539,172,0:. 1|1:2,50:52:18:1|1:512508_G_A:2093,18,0:. 0|1:10,22:32:99:0|1:512508_G_A:871,0,380:. 1|1:0,17:17:51:1|1:512508_G_A:765,51,0:. 1|1:0,29:29:90:1|1:512508_G_A:1350,90,0:. 0|0:17,0:17:37:.:.:0,37,460:. 1|1:0,29:29:87:1|1:512508_G_A:1272,87,0:. 1|1:0,22:22:66:1|1:512508_G_A:990,66,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,76:77:99:1|1:512508_G_A:3441,196,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1213:. 1|0:96,16:112:99:0|1:512508_G_A:385,0,4279:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1481:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,65:109:99:0|1:512508_G_A:2704,0,1708:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,36:50:99:0|1:512508_G_A:1533,0,1002:. 1|1:0,365:365:99:1|1:512508_G_A:16480,1114,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 1|0:94,36:130:99:0|1:512508_G_A:1202,0,3709:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,43:56:99:0|1:512508_G_A:1814,0,455:. 0|1:31,41:72:99:0|1:512508_G_A:1628,0,1137:. 1|0:22,49:71:99:0|1:512508_G_A:1929,0,1514:. 1|1:7,110:117:70:1|1:512508_G_A:4799,70,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:512508_G_A:4183,283,0:. 1|1:0,250:250:99:1|1:512508_G_A:11425,771,0:. 1|1:0,181:181:99:1|1:512508_G_A:8193,563,0:. 0|1:44,51:95:99:0|1:512508_G_A:1992,0,3237:. 1|0:37,57:94:99:0|1:512508_G_A:2305,0,1434:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:111,20:131:99:0|1:512508_G_A:494,0,7479:. 0|1:27,44:71:99:0|1:512508_G_A:1814,0,1037:. 1|1:1,79:80:99:1|1:512508_G_A:3580,159,0:. 1|0:3,23:26:57:0|1:512508_G_A:936,0,57:. 0|0:104,0:104:44:.:.:0,44,2431:. 0|1:168,50:218:99:0|1:512508_G_A:1579,0,7006:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,28:127:99:0|1:512508_G_A:872,0,7962:. 1|1:0,71:71:99:1|1:512508_G_A:3296,223,0:. 0|1:24,56:80:99:0|1:512508_G_A:2310,0,817:. 1|0:62,22:84:99:0|1:512508_G_A:779,0,2534:. 0|1:57,64:121:99:0|1:512508_G_A:2622,0,2178:. 0|1:34,89:123:99:0|1:512508_G_A:3781,0,1216:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:512508_G_A:2322,157,0:. 0|1:70,37:107:99:0|1:512508_G_A:1350,0,2914:. 0|1:119,23:142:99:0|1:512508_G_A:644,0,6789:. 1|0:59,21:80:99:0|1:512508_G_A:698,0,2482:. 1|1:0,56:56:99:1|1:512508_G_A:2519,172,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:512508_G_A:2493,172,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,42:131:99:0|1:512508_G_A:1493,0,4924:. 0|1:111,19:130:99:0|1:512508_G_A:461,0,8998:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1064:. 1|0:133,76:209:99:0|1:512508_G_A:2845,0,5483:. 1|0:13,83:96:99:0|1:512508_G_A:3519,0,287:. 1|1:1,72:73:99:1|1:512508_G_A:3179,178,0:. 1|1:1,71:72:99:1|1:512508_G_A:3054,172,0:. 1|0:30,46:76:99:0|1:512508_G_A:1829,0,1356:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,20:46:99:0|1:512508_G_A:785,0,2199:. 1|0:90,41:131:99:0|1:512508_G_A:1459,0,3637:. 1|1:0,97:97:99:1|1:512508_G_A:4298,292,0:. 1|1:0,164:164:99:1|1:512508_G_A:7489,506,0:. 1|0:132,83:215:99:0|1:512508_G_A:3057,0,5415:. 0|1:6,56:62:99:0|1:512508_G_A:2295,0,319:. 0|0:178,0:178:67:.:.:0,67,3917:. 1|1:0,126:126:99:1|1:512508_G_A:5706,385,0:. 0|1:17,109:126:99:0|1:512508_G_A:4534,0,380:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,138:141:99:1|1:512508_G_A:6096,214,0:. 0|1:22,101:123:99:0|1:512508_G_A:4194,0,1482:. 1|0:67,28:95:99:0|1:512508_G_A:979,0,3654:. 1|0:31,27:58:99:0|1:512508_G_A:1027,0,1199:. 1|1:0,155:155:99:1|1:512508_G_A:7257,488,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,276:276:99:1|1:512508_G_A:12817,867,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,14:114:99:0|1:512508_G_A:275,0,6586:. 0|1:29,91:120:99:0|1:512508_G_A:3816,0,1002:. 1|1:8,122:130:58:1|1:512508_G_A:5145,58,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:1|1:512508_G_A:7968,544,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:1|1:512508_G_A:8543,575,0:. 0|1:135,53:188:99:0|1:512508_G_A:1852,0,5485:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:132,63:195:99:0|1:512508_G_A:2242,0,5476:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,83:199:99:0|1:512508_G_A:3237,0,4690:. 1|1:0,257:257:99:1|1:512508_G_A:11561,780,0:. 1|0:90,73:163:99:0|1:512508_G_A:2791,0,3666:. 0|1:134,89:223:99:0|1:512508_G_A:3349,0,5534:. 1|0:48,101:149:99:0|1:512508_G_A:4194,0,1729:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:166,30:196:99:0|1:512508_G_A:727,0,7001:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:1|1:512508_G_A:8317,560,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,45:184:99:0|1:512508_G_A:1438,0,5836:. 1|1:0,213:213:99:1|1:512508_G_A:9697,653,0:. 0|1:90,60:150:99:0|1:512508_G_A:2314,0,3802:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:19,63:82:99:0|1:512508_G_A:2565,0,632:. 1|1:0,189:189:99:1|1:512508_G_A:8610,581,0:. 1|1:0,239:239:99:1|1:512508_G_A:10783,728,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,195:209:14:0|1:512508_G_A:8195,0,14:. 1|1:11,211:222:99:1|1:512508_G_A:9240,194,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:512508_G_A:8962,602,0:. 1|1:0,196:196:99:1|1:512508_G_A:9072,608,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:107,42:149:99:0|1:512508_G_A:1423,0,7674:. 0|1:171,49:220:99:0|1:512508_G_A:1589,0,7124:. 1|1:0,206:206:99:1|1:512508_G_A:9589,650,0:. 1|1:0,124:124:99:1|1:512508_G_A:5679,385,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:512508_G_A:4735,319,0:. 1|1:0,106:106:99:1|1:512508_G_A:4720,322,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,227:235:99:1|1:512508_G_A:9953,272,0:. 1|0:19,54:73:99:0|1:512508_G_A:2189,0,701:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,31:81:99:0|1:512508_G_A:1173,0,2071:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,93:145:99:0|1:512508_G_A:3763,0,4004:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,58:129:99:0|1:512508_G_A:2258,0,3221:. 0|1:61,40:101:99:0|1:512508_G_A:1503,0,2426:. 0|1:162,23:185:99:0|1:512508_G_A:466,0,6819:. 1|1:11,170:181:62:1|1:512508_G_A:7302,62,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:42:1|1:512508_G_A:630,42,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:1|1:512508_G_A:6982,470,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,60:178:99:0|1:512508_G_A:2185,0,5369:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,76:180:99:0|1:512508_G_A:2836,0,4194:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,61:95:99:0|1:512508_G_A:2468,0,1224:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,46:164:99:0|1:512508_G_A:1649,0,4890:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,110:112:99:1|1:512508_G_A:5003,259,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:512508_G_A:3804,259,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,67:180:99:0|1:512508_G_A:2470,0,4547:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:1|1:512508_G_A:4712,319,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:1|1:512508_G_A:11215,758,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:512508_G_A:4001,271,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,55:61:99:0|1:512508_G_A:2330,0,125:. 1|1:0,84:84:99:1|1:512508_G_A:3818,258,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,33:109:99:0|1:512508_G_A:1154,0,5940:. 1|1:0,102:102:99:1|1:512508_G_A:4597,310,0:. 1|1:7,130:137:99:1|1:512508_G_A:5790,115,0:. 1|0:10,95:105:99:0|1:512508_G_A:3885,0,556:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,99:199:99:0|1:512508_G_A:3839,0,5499:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,62:69:99:0|1:512508_G_A:2620,0,217:. 1|0:182,48:230:99:0|1:512508_G_A:1501,0,10306:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|1:48,9:57:99:0|1:512508_G_A:263,0,2034:. 1|0:94,30:124:99:0|1:512508_G_A:1004,0,4043:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:90:.:.:0,90,1854:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:512508_G_A:3833,259,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:512508_G_A:5933,400,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,123:141:99:0|1:512508_G_A:5288,0,774:. 1|1:0,124:124:99:1|1:512508_G_A:5637,379,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:1|1:512508_G_A:4678,319,0:. 0|1:2,5:7:69:0|1:512508_G_A:204,0,69:. 1|0:112,79:191:99:0|1:512508_G_A:2954,0,4555:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,51:139:99:0|1:512508_G_A:1844,0,7167:. 0|1:61,24:85:99:0|1:512508_G_A:863,0,2510:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,175:183:99:1|1:512508_G_A:7733,229,0:. 0|1:31,31:62:99:0|1:512508_G_A:1229,0,1247:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,728:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:1|1:512508_G_A:6171,418,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,603:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,28:94:99:0|1:512508_G_A:940,0,2713:. 1|1:4,73:77:58:1|1:512508_G_A:3181,58,0:. 1|0:18,78:96:99:0|1:512508_G_A:3232,0,497:. 1|1:3,104:107:99:1|1:512508_G_A:4606,214,0:. 0|1:16,7:23:99:0|1:512508_G_A:246,0,651:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,2:25:15:0|1:512508_G_A:15,0,960:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:0:.:.:0,0,6486:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:512508_G_A:6971,470,0:. 0|0:234,0:234:15:.:.:0,15,6839:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1478:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,22:169:99:0|1:512508_G_A:505,0,6253:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:58:.:.:0,58,6272:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:512508_G_A:3947,265,0:. 1|1:0,123:123:99:1|1:512508_G_A:5735,385,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,247:247:99:1|1:512508_G_A:11269,759,0:. 1|1:0,131:131:99:1|1:512508_G_A:6083,409,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,849:849:99:1|1:512508_G_A:38542,2592,0:. 1|1:0,722:722:99:1|1:512508_G_A:32754,2200,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:512508_G_A:3679,247,0:. 1|1:0,29:29:93:1|1:512508_G_A:1372,93,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,225:234:99:1|1:512508_G_A:9769,308,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,77:78:99:1|1:512508_G_A:3486,212,0:. 1|1:8,297:305:87:1|1:512508_G_A:12758,87,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,197:246:99:0|1:512508_G_A:8086,0,1584:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,216:278:99:0|1:512508_G_A:9074,0,2724:. 1|0:263,24:287:99:0|1:512508_G_A:234,0,11261:. 1|1:7,222:229:99:1|1:512508_G_A:9691,377,0:. 0|0:466,0:466:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,13:128:99:0|1:512508_G_A:233,0,7881:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,46:61:99:0|1:512508_G_A:1970,0,485:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:207,95:302:99:0|1:512508_G_A:3435,0,9539:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,187:229:99:0|1:512508_G_A:7782,0,1793:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,111:193:99:0|1:512508_G_A:4463,0,3134:. 1|0:16,226:242:99:0|1:512508_G_A:9588,0,111:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,60:100:99:0|1:512508_G_A:2377,0,1496:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,67:176:99:0|1:512508_G_A:2579,0,4434:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:214,41:255:99:0|1:512508_G_A:1104,0,9209:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:139,97:236:99:0|1:512508_G_A:3635,0,6629:. 0|1:124,27:151:99:0|1:512508_G_A:727,0,5170:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,45:59:99:0|1:512508_G_A:1824,0,535:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,260:266:99:1|1:512508_G_A:11704,552,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,436:504:99:0|1:512508_G_A:18136,0,1576:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,65:138:99:0|1:512508_G_A:2463,0,2950:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:170,61:231:99:0|1:512508_G_A:2051,0,7088:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,264:264:99:1|1:512508_G_A:12076,813,0:. 1|1:0,240:240:99:1|1:512508_G_A:10743,725,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,284:284:99:1|1:512508_G_A:12935,870,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:512508_G_A:3174,214,0:. 1|1:0,133:133:99:1|1:512508_G_A:5985,406,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,12:74:99:0|1:512508_G_A:314,0,4633:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:170,120:290:99:0|1:512508_G_A:4621,0,7031:. 0|1:269,76:345:99:0|1:512508_G_A:2513,0,11288:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:214,39:253:99:0|1:512508_G_A:994,0,9029:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,156:245:99:0|1:512508_G_A:6393,0,3345:. 1|0:214,34:248:99:0|1:512508_G_A:798,0,9027:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:650,0:650:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:1|1:512508_G_A:8618,578,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512511 . G C 1.15843e+07 PASS FS=0;MQ=60.28;QD=31.57;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.691;VQSLOD=8.23;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=38.1;GQ_MEAN=111.1;GQ_STDDEV=118.12;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6403;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.272;culprit=FS;set=snp;DP=13952269;AF=0.317;AS_InbreedingCoeff=0.3463;MLEAC=1666;MLEAF=0.317;AN=858;AC=275 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:10,19:29:99:0|1:512508_G_A:812,0,378:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1197:. 0|1:34,17:51:99:0|1:512508_G_A:608,0,1396:. 0|1:47,16:63:99:0|1:512508_G_A:585,0,1919:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1307:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,1025:. 1|1:0,44:44:99:1|1:512508_G_A:2023,138,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 1|1:0,63:63:99:1|1:512508_G_A:2946,202,0:. 0|1:42,15:57:99:0|1:512508_G_A:497,0,2570:. 0|1:23,15:38:99:0|1:512508_G_A:609,0,1343:. 1|1:0,56:56:99:1|1:512508_G_A:2637,181,0:. 1|1:2,49:51:18:1|1:512508_G_A:2093,18,0:. 0|1:11,22:33:99:0|1:512508_G_A:872,0,380:. 1|1:0,17:17:51:1|1:512508_G_A:765,51,0:. 1|1:0,30:30:96:1|1:512508_G_A:1402,96,0:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,27:27:84:1|1:512508_G_A:1246,84,0:. 1|1:0,23:23:72:1|1:512508_G_A:1065,72,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,77:78:99:1|1:512508_G_A:3512,202,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1213:. 1|0:105,16:121:99:0|1:512508_G_A:347,0,4423:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1481:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,67:112:99:0|1:512508_G_A:2722,0,1729:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,37:50:99:0|1:512508_G_A:1536,0,974:. 1|1:0,364:364:99:1|1:512508_G_A:16610,1123,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 1|0:89,35:124:99:0|1:512508_G_A:1225,0,3663:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,45:60:99:0|1:512508_G_A:1881,0,446:. 0|1:30,40:70:99:0|1:512508_G_A:1628,0,1158:. 1|0:22,46:68:99:0|1:512508_G_A:1971,0,1511:. 1|1:6,114:120:82:1|1:512508_G_A:4925,82,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:512508_G_A:4204,283,0:. 1|1:0,257:257:99:1|1:512508_G_A:11955,816,0:. 1|1:0,187:187:99:1|1:512508_G_A:8278,572,0:. 0|1:43,51:94:99:0|1:512508_G_A:2006,0,3280:. 1|0:39,57:96:99:0|1:512508_G_A:2380,0,1517:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1089:. 1|0:118,20:138:99:0|1:512508_G_A:500,0,7718:. 0|1:28,45:73:99:0|1:512508_G_A:1824,0,1037:. 1|1:1,83:84:99:1|1:512508_G_A:3697,168,0:. 1|0:3,22:25:57:0|1:512508_G_A:936,0,57:. 0|0:106,0:106:75:.:.:0,75,2531:. 0|1:170,50:220:99:0|1:512508_G_A:1567,0,7158:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,30:130:99:0|1:512508_G_A:980,0,7983:. 1|1:0,73:73:99:1|1:512508_G_A:3312,223,0:. 0|1:23,57:80:99:0|1:512508_G_A:2381,0,786:. 1|0:65,23:88:99:0|1:512508_G_A:788,0,2711:. 0|1:55,67:122:99:0|1:512508_G_A:2619,0,2206:. 0|1:35,94:129:99:0|1:512508_G_A:3958,0,1199:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:512508_G_A:2423,166,0:. 0|1:73,39:112:99:0|1:512508_G_A:1420,0,2963:. 0|1:119,24:143:99:0|1:512508_G_A:638,0,6842:. 1|0:60,22:82:99:0|1:512508_G_A:743,0,2453:. 1|1:0,56:56:99:1|1:512508_G_A:2521,172,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:1|1:512508_G_A:2609,181,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,42:131:99:0|1:512508_G_A:1510,0,4944:. 0|1:109,20:129:99:0|1:512508_G_A:500,0,9043:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1064:. 1|0:134,79:213:99:0|1:512508_G_A:2936,0,5606:. 1|0:13,84:97:99:0|1:512508_G_A:3518,0,311:. 1|1:1,73:74:99:1|1:512508_G_A:3224,181,0:. 1|1:1,66:67:99:1|1:512508_G_A:2976,163,0:. 1|0:31,49:80:99:0|1:512508_G_A:1952,0,1403:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,20:47:99:0|1:512508_G_A:785,0,2199:. 1|0:89,40:129:99:0|1:512508_G_A:1451,0,3707:. 1|1:0,97:97:99:1|1:512508_G_A:4361,295,0:. 1|1:0,168:168:99:1|1:512508_G_A:7657,515,0:. 1|0:133,82:215:99:0|1:512508_G_A:3045,0,5549:. 0|1:7,55:62:99:0|1:512508_G_A:2313,0,319:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,127:127:99:1|1:512508_G_A:5853,400,0:. 0|1:17,106:123:99:0|1:512508_G_A:4553,0,377:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,138:141:99:1|1:512508_G_A:6151,220,0:. 0|1:22,102:124:99:0|1:512508_G_A:4237,0,1479:. 1|0:70,28:98:99:0|1:512508_G_A:994,0,3743:. 1|0:30,28:58:99:0|1:512508_G_A:1092,0,1193:. 1|1:0,163:163:99:1|1:512508_G_A:7445,505,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,276:276:99:1|1:512508_G_A:12721,857,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,15:121:99:0|1:512508_G_A:296,0,6824:. 0|1:30,93:123:99:0|1:512508_G_A:3952,0,1009:. 1|1:7,121:128:61:1|1:512508_G_A:5190,61,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,177:177:99:1|1:512508_G_A:8205,562,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:1|1:512508_G_A:8514,572,0:. 0|1:132,55:187:99:0|1:512508_G_A:1916,0,5501:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:135,63:198:99:0|1:512508_G_A:2351,0,5506:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,86:204:99:0|1:512508_G_A:3250,0,4743:. 1|1:0,258:258:99:1|1:512508_G_A:11849,804,0:. 1|0:92,72:164:99:0|1:512508_G_A:2782,0,3743:. 0|1:139,89:228:99:0|1:512508_G_A:3453,0,5606:. 1|0:50,106:156:99:0|1:512508_G_A:4341,0,1767:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:169,29:198:99:0|1:512508_G_A:712,0,7182:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:512508_G_A:8458,572,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,46:188:99:0|1:512508_G_A:1474,0,6072:. 1|1:0,218:218:99:1|1:512508_G_A:9927,671,0:. 0|1:95,63:158:99:0|1:512508_G_A:2445,0,3787:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:20,62:82:99:0|1:512508_G_A:2733,0,638:. 1|1:0,193:193:99:1|1:512508_G_A:8866,602,0:. 1|1:0,240:240:99:1|1:512508_G_A:11044,749,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,196:210:2:0|1:512508_G_A:8318,0,2:. 1|1:11,222:233:99:1|1:512508_G_A:9595,221,0:. 1|1:0,200:200:99:1|1:512508_G_A:9106,614,0:. 1|1:0,203:203:99:1|1:512508_G_A:9271,626,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,43:153:99:0|1:512508_G_A:1515,0,7665:. 0|1:163,52:215:99:0|1:512508_G_A:1708,0,7056:. 1|1:0,210:210:99:1|1:512508_G_A:9790,671,0:. 1|1:0,123:123:99:1|1:512508_G_A:5676,385,0:. 1|1:0,107:107:99:1|1:512508_G_A:4917,334,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:512508_G_A:4689,319,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,227:235:99:1|1:512508_G_A:10091,284,0:. 1|0:21,53:74:99:0|1:512508_G_A:2183,0,776:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,32:83:99:0|1:512508_G_A:1218,0,2042:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,94:147:99:0|1:512508_G_A:3833,0,3998:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,60:134:99:0|1:512508_G_A:2296,0,3327:. 0|1:60,41:101:99:0|1:512508_G_A:1609,0,2432:. 0|1:164,23:187:99:0|1:512508_G_A:466,0,6860:. 1|1:11,175:186:83:1|1:512508_G_A:7518,83,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:42:1|1:512508_G_A:630,42,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:1|1:512508_G_A:7076,476,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,60:180:99:0|1:512508_G_A:2176,0,5471:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,75:180:99:0|1:512508_G_A:2946,0,4266:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,60:93:99:0|1:512508_G_A:2510,0,1221:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,49:168:99:0|1:512508_G_A:1704,0,5076:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,114:117:99:1|1:512508_G_A:5100,229,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:512508_G_A:3850,262,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,68:181:99:0|1:512508_G_A:2579,0,4577:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:1|1:512508_G_A:4737,322,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:1|1:512508_G_A:11417,779,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:512508_G_A:4073,277,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,57:66:99:0|1:512508_G_A:2391,0,203:. 1|1:0,84:84:99:1|1:512508_G_A:3805,256,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,33:110:99:0|1:512508_G_A:1148,0,6026:. 1|1:0,104:104:99:1|1:512508_G_A:4815,328,0:. 1|1:7,136:143:99:1|1:512508_G_A:5916,127,0:. 1|0:10,90:100:99:0|1:512508_G_A:3928,0,550:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,100:201:99:0|1:512508_G_A:3941,0,5700:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,63:70:99:0|1:512508_G_A:2662,0,214:. 1|0:183,50:233:99:0|1:512508_G_A:1519,0,10542:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|1:49,10:59:99:0|1:512508_G_A:287,0,2048:. 1|0:100,31:131:99:0|1:512508_G_A:1030,0,4260:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,5:80:22:0|1:512511_G_C:0,22,3175:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:512508_G_A:4021,274,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:512508_G_A:6097,412,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,125:143:99:0|1:512508_G_A:5336,0,768:. 1|1:0,124:124:99:1|1:512508_G_A:5637,379,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:512508_G_A:4759,328,0:. 0|1:2,5:7:69:0|1:512508_G_A:204,0,69:. 1|0:116,78:194:99:0|1:512508_G_A:2905,0,4821:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,49:136:99:0|1:512508_G_A:1883,0,7210:. 0|1:63,25:88:99:0|1:512508_G_A:857,0,2594:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,180:187:99:1|1:512508_G_A:7867,239,0:. 0|1:34,31:65:99:0|1:512508_G_A:1199,0,1334:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,728:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:1|1:512508_G_A:6354,433,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,603:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,26:93:99:0|1:512508_G_A:934,0,2779:. 1|1:4,75:79:67:1|1:512508_G_A:3279,67,0:. 1|0:17,78:95:99:0|1:512508_G_A:3232,0,497:. 1|1:2,109:111:99:1|1:512508_G_A:4870,232,0:. 0|1:16,7:23:99:0|1:512508_G_A:246,0,651:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,2:26:12:0|1:512508_G_A:12,0,1002:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:207,20:227:99:0|1:512511_G_C:202,0,8781:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:512508_G_A:6973,470,0:. 1|0:219,19:238:99:0|1:512511_G_C:149,0,13057:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1478:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,23:174:99:0|1:512508_G_A:493,0,6415:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:19:.:.:0,19,6385:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:512508_G_A:4068,274,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:512508_G_A:5923,400,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:1|1:512508_G_A:11579,786,0:. 1|1:0,133:133:99:1|1:512508_G_A:6016,403,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,859:859:99:1|1:512508_G_A:39545,2670,0:. 1|1:0,730:730:99:1|1:512508_G_A:33441,2254,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:512508_G_A:3840,262,0:. 1|1:0,29:29:90:1|1:512508_G_A:1339,90,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,231:241:99:1|1:512508_G_A:10058,290,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:512508_G_A:3555,218,0:. 1|1:10,300:310:37:1|1:512508_G_A:12883,37,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,194:247:99:0|1:512508_G_A:8148,0,1623:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,220:283:99:0|1:512508_G_A:9230,0,2785:. 1|0:260,26:286:99:0|1:512508_G_A:276,0,11222:. 1|1:7,222:229:99:1|1:512508_G_A:9845,338,0:. 0|0:466,0:466:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,14:133:99:0|1:512508_G_A:224,0,8007:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,49:64:99:0|1:512508_G_A:2118,0,470:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:204,95:299:99:0|1:512508_G_A:3499,0,9506:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,189:233:99:0|1:512508_G_A:8084,0,1882:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,113:195:99:0|1:512508_G_A:4551,0,3094:. 1|0:16,233:249:90:0|1:512508_G_A:9835,0,90:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,58:98:99:0|1:512508_G_A:2367,0,1541:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,71:180:99:0|1:512508_G_A:2689,0,4531:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:215,41:256:99:0|1:512508_G_A:1075,0,9217:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:139,98:237:99:0|1:512508_G_A:3692,0,6695:. 0|1:125,27:152:99:0|1:512508_G_A:775,0,5244:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,45:61:99:0|1:512508_G_A:1849,0,532:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,267:273:99:1|1:512508_G_A:11991,576,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,440:509:99:0|1:512508_G_A:18341,0,1589:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,63:136:99:0|1:512508_G_A:2582,0,3036:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:172,60:232:99:0|1:512508_G_A:2060,0,7290:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:1|1:512508_G_A:12175,822,0:. 1|1:0,236:236:99:1|1:512508_G_A:10934,740,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,289:289:99:1|1:512508_G_A:13172,888,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:512508_G_A:3215,217,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:512508_G_A:6151,421,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,12:75:99:0|1:512508_G_A:314,0,4633:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:179,122:301:99:0|1:512508_G_A:4665,0,7249:. 0|1:272,81:353:99:0|1:512508_G_A:2616,0,11381:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,849:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:218,38:256:99:0|1:512508_G_A:946,0,9234:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,158:247:99:0|1:512508_G_A:6596,0,3285:. 1|0:222,35:257:99:0|1:512508_G_A:804,0,9477:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:650,0:650:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:1|1:512508_G_A:8857,599,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,663:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512514 . T C 1.13337e+07 PASS FS=0;MQ=60.32;QD=34.69;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.698;VQSLOD=8.42;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=33.33;GQ_MEAN=102.17;GQ_STDDEV=120.8;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6146;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.549;culprit=FS;set=snp;DP=13970568;AF=0.315;AS_InbreedingCoeff=0.335;MLEAC=1658;MLEAF=0.315;AN=858;AC=272 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:8,23:31:99:0|1:512508_G_A:818,0,310:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1197:. 0|1:35,17:52:99:0|1:512508_G_A:608,0,1400:. 0|1:45,16:61:99:0|1:512508_G_A:533,0,1883:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,1182:. 1|1:0,45:45:99:1|1:512508_G_A:1996,135,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 1|1:0,63:63:99:1|1:512508_G_A:2784,190,0:. 0|1:37,15:54:99:.:.:503,0,2486:. 0|1:22,17:39:99:0|1:512508_G_A:612,0,1301:. 1|1:0,57:57:99:1|1:512508_G_A:2511,172,0:. 1|1:2,46:48:9:1|1:512508_G_A:1977,9,0:. 0|1:27,6:33:71:.:.:71,0,928:. 1|1:0,17:17:51:1|1:512508_G_A:765,51,0:. 1|1:0,33:33:99:1|1:512508_G_A:1433,99,0:. 0|0:17,0:17:40:.:.:0,40,474:. 1|1:0,29:29:87:1|1:512508_G_A:1270,87,0:. 1|1:0,24:24:72:1|1:512508_G_A:1065,72,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,77:78:99:1|1:512508_G_A:3414,193,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1213:. 1|0:107,16:123:99:0|1:512508_G_A:347,0,4423:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1481:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,69:112:99:0|1:512508_G_A:2710,0,1623:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,40:53:99:0|1:512508_G_A:1593,0,948:. 1|1:0,365:365:99:1|1:512508_G_A:16492,1116,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 1|0:95,32:127:99:.:.:437,0,3823:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,45:62:99:.:.:950,0,576:. 0|1:30,37:67:99:0|1:512508_G_A:1505,0,1145:. 1|0:21,48:69:99:0|1:512508_G_A:1938,0,1475:. 1|1:6,115:121:99:1|1:512508_G_A:4934,103,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:512508_G_A:4231,286,0:. 1|1:0,267:267:99:1|1:512508_G_A:11851,810,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,51:95:99:0|1:512508_G_A:2006,0,3280:. 1|0:42,57:99:99:0|1:512508_G_A:2285,0,1547:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1089:. 1|0:121,23:144:99:0|1:512508_G_A:493,0,7715:. 0|1:26,44:70:99:0|1:512508_G_A:1798,0,1040:. 1|1:1,83:84:99:1|1:512508_G_A:3670,165,0:. 1|0:3,22:25:57:0|1:512508_G_A:936,0,57:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:170,51:221:99:0|1:512508_G_A:1611,0,6990:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,32:129:99:0|1:512508_G_A:996,0,7957:. 1|1:0,74:74:99:1|1:512508_G_A:3316,223,0:. 0|1:20,59:79:99:0|1:512508_G_A:2401,0,785:. 1|0:67,23:90:99:0|1:512508_G_A:788,0,2711:. 0|1:58,68:126:99:0|1:512508_G_A:2650,0,2165:. 0|1:35,95:130:99:0|1:512508_G_A:3943,0,1199:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:512508_G_A:2394,163,0:. 0|1:71,39:110:99:0|1:512508_G_A:1423,0,2943:. 0|1:119,24:143:99:0|1:512508_G_A:625,0,6817:. 1|0:61,20:81:99:0|1:512508_G_A:740,0,2480:. 1|1:0,57:57:99:1|1:512508_G_A:2521,172,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:512508_G_A:2527,172,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,43:131:99:0|1:512508_G_A:1513,0,4920:. 0|1:109,19:128:99:0|1:512508_G_A:464,0,8968:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1064:. 1|0:140,80:220:99:0|1:512508_G_A:2944,0,5536:. 1|0:14,83:97:99:0|1:512508_G_A:3450,0,317:. 1|1:1,69:70:99:1|1:512508_G_A:3223,181,0:. 1|1:1,67:68:99:1|1:512508_G_A:2952,160,0:. 1|0:30,48:78:99:0|1:512508_G_A:1931,0,1406:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,19:47:99:0|1:512508_G_A:756,0,2226:. 1|0:89,42:131:99:0|1:512508_G_A:1488,0,3618:. 1|1:0,95:95:99:1|1:512508_G_A:4358,295,0:. 1|1:0,169:169:99:1|1:512508_G_A:7630,512,0:. 1|0:138,82:220:99:0|1:512508_G_A:3049,0,5511:. 0|1:7,54:61:99:0|1:512508_G_A:2246,0,325:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:512508_G_A:5855,400,0:. 0|1:17,110:127:99:0|1:512508_G_A:4496,0,383:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,139:142:99:1|1:512508_G_A:6103,217,0:. 0|1:21,100:121:99:0|1:512508_G_A:4153,0,1485:. 1|0:73,30:103:99:0|1:512508_G_A:989,0,3752:. 1|0:27,27:54:99:0|1:512508_G_A:1053,0,1175:. 1|1:0,166:166:99:1|1:512508_G_A:7415,502,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,278:278:99:1|1:512508_G_A:12396,839,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,15:124:99:0|1:512508_G_A:293,0,6850:. 0|1:30,95:125:99:0|1:512508_G_A:3909,0,989:. 1|1:7,122:129:79:1|1:512508_G_A:5163,79,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:1|1:512508_G_A:8032,545,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:512508_G_A:8471,569,0:. 0|1:131,55:186:99:0|1:512508_G_A:1906,0,5387:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:127,66:193:99:0|1:512508_G_A:2314,0,5365:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,86:204:99:0|1:512508_G_A:3256,0,4682:. 1|1:0,262:262:99:1|1:512508_G_A:11755,795,0:. 1|0:95,72:167:99:0|1:512508_G_A:2734,0,3749:. 0|1:138,89:227:99:0|1:512508_G_A:3345,0,5548:. 1|0:49,103:152:99:0|1:512508_G_A:4232,0,1776:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:171,28:199:99:0|1:512508_G_A:697,0,7078:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:512508_G_A:8387,566,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,45:192:99:0|1:512508_G_A:1441,0,5970:. 1|1:0,212:212:99:1|1:512508_G_A:9784,659,0:. 0|1:96,66:162:99:0|1:512508_G_A:2400,0,3817:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:20,66:86:99:0|1:512508_G_A:2711,0,641:. 1|1:0,197:197:99:1|1:512508_G_A:8781,596,0:. 1|1:0,238:238:99:1|1:512508_G_A:10846,731,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,198:212:11:0|1:512508_G_A:8213,0,11:. 1|1:11,221:232:99:1|1:512508_G_A:9511,215,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:512508_G_A:9109,614,0:. 1|1:0,206:206:99:1|1:512508_G_A:9301,629,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,45:158:99:0|1:512508_G_A:1509,0,7709:. 0|1:164,54:218:99:0|1:512508_G_A:1759,0,6806:. 1|1:0,213:213:99:1|1:512508_G_A:9656,659,0:. 1|1:0,121:121:99:1|1:512508_G_A:5471,367,0:. 1|1:0,113:113:99:1|1:512508_G_A:4957,340,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:512508_G_A:4663,316,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,226:234:99:1|1:512508_G_A:9837,257,0:. 1|0:23,51:74:99:0|1:512508_G_A:2156,0,779:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,33:81:99:0|1:512508_G_A:1220,0,2000:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,92:144:99:0|1:512508_G_A:3774,0,4001:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,62:136:99:0|1:512508_G_A:2299,0,3303:. 0|1:59,42:101:99:0|1:512508_G_A:1566,0,2351:. 0|1:163,23:186:99:0|1:512508_G_A:466,0,6858:. 1|0:29,158:187:99:.:.:3658,0,458:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,13:13:42:1|1:512508_G_A:630,42,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:1|1:512508_G_A:7056,476,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,58:178:99:0|1:512508_G_A:2107,0,5477:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,76:181:99:0|1:512508_G_A:2890,0,4174:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,61:92:99:0|1:512508_G_A:2465,0,1160:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:120,51:171:99:0|1:512508_G_A:1744,0,4927:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,115:118:99:1|1:512508_G_A:5059,226,0:. 1|1:0,86:86:99:1|1:512508_G_A:3819,259,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,72:185:99:0|1:512508_G_A:2604,0,4529:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:1|1:512508_G_A:4656,316,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,255:255:99:1|1:512508_G_A:11370,773,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:512508_G_A:4017,271,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,6:133:99:.:.:0,130,5378:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,57:66:99:0|1:512508_G_A:2391,0,203:. 1|1:0,86:86:99:1|1:512508_G_A:3842,261,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,32:108:99:0|1:512508_G_A:1131,0,6002:. 1|1:0,104:104:99:1|1:512508_G_A:4763,322,0:. 1|1:7,135:142:99:1|1:512508_G_A:5841,121,0:. 1|0:10,93:103:99:0|1:512508_G_A:3841,0,559:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,97:200:99:0|1:512508_G_A:3905,0,5636:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,63:70:99:0|1:512508_G_A:2637,0,217:. 1|0:190,50:240:99:0|1:512508_G_A:1516,0,10564:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1149:. 0|1:47,11:58:99:0|1:512508_G_A:321,0,1979:. 1|0:105,34:139:99:0|1:512508_G_A:1055,0,4257:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,4:77:16:0|1:512511_G_C:0,16,3122:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:512508_G_A:4021,274,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:512508_G_A:5979,403,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,126:145:99:0|1:512508_G_A:5216,0,802:. 1|1:0,121:121:99:1|1:512508_G_A:5565,373,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:512508_G_A:4707,322,0:. 0|1:2,5:7:69:0|1:512508_G_A:204,0,69:. 1|0:118,77:195:99:0|1:512508_G_A:2888,0,4647:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,53:143:99:0|1:512508_G_A:1884,0,7212:. 0|1:63,24:87:99:0|1:512508_G_A:857,0,2590:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,181:188:99:1|1:512508_G_A:7879,260,0:. 0|1:34,31:65:99:0|1:512508_G_A:1199,0,1314:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:512508_G_A:6240,421,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,603:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,28:94:99:0|1:512508_G_A:933,0,2737:. 1|1:4,76:80:64:1|1:512508_G_A:3248,64,0:. 1|0:16,78:94:99:0|1:512508_G_A:3208,0,479:. 1|1:2,109:111:99:1|1:512508_G_A:4821,247,0:. 0|1:17,7:24:99:0|1:512508_G_A:243,0,672:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,2:26:12:0|1:512508_G_A:12,0,1002:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:210,19:229:99:0|1:512511_G_C:235,0,8772:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:1|1:512508_G_A:6907,464,0:. 1|0:221,20:241:99:0|1:512511_G_C:155,0,12966:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1478:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,23:174:99:0|1:512508_G_A:502,0,6329:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:24:.:.:0,24,6692:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:512508_G_A:4036,271,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:512508_G_A:5846,394,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,251:251:99:1|1:512508_G_A:11467,777,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:512508_G_A:6005,403,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,870:870:99:1|1:512508_G_A:39389,2661,0:. 1|1:0,727:727:99:1|1:512508_G_A:33108,2230,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:512508_G_A:3807,259,0:. 1|1:0,29:29:87:1|1:512508_G_A:1305,87,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,231:241:99:1|1:512508_G_A:9929,278,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:512508_G_A:3552,241,0:. 1|1:10,295:305:7:1|1:512508_G_A:12516,7,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,192:244:99:0|1:512508_G_A:8029,0,1593:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,220:279:99:0|1:512508_G_A:9097,0,2789:. 1|0:266,25:291:99:0|1:512508_G_A:282,0,11086:. 1|1:9,223:232:99:1|1:512508_G_A:9739,329,0:. 0|0:466,0:466:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,12:129:99:0|1:512508_G_A:227,0,7924:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,52:67:99:0|1:512508_G_A:2125,0,468:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:202,96:298:99:0|1:512508_G_A:3401,0,9457:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,190:235:99:0|1:512508_G_A:7873,0,1859:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,115:196:99:0|1:512508_G_A:4541,0,3052:. 1|0:16,225:241:99:0|1:512508_G_A:9719,0,99:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,57:97:99:0|1:512508_G_A:2315,0,1485:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,71:179:99:0|1:512508_G_A:2644,0,4360:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:221,41:262:99:0|1:512508_G_A:1045,0,9158:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,97:232:99:0|1:512508_G_A:3649,0,6560:. 0|1:126,27:153:99:0|1:512508_G_A:751,0,5226:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,46:62:99:0|1:512508_G_A:1829,0,533:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,268:274:99:1|1:512508_G_A:11951,573,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,437:506:99:0|1:512508_G_A:18283,0,1553:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,62:137:99:0|1:512508_G_A:2461,0,2968:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:172,61:233:99:0|1:512508_G_A:2036,0,7237:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:1|1:512508_G_A:11808,795,0:. 1|1:0,238:238:99:1|1:512508_G_A:10720,722,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,293:293:99:1|1:512508_G_A:13282,897,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:512508_G_A:3282,223,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:512508_G_A:5881,397,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,13:73:99:0|1:512508_G_A:343,0,4660:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:180,122:302:99:0|1:512508_G_A:4610,0,7236:. 0|1:273,80:353:99:0|1:512508_G_A:2550,0,11265:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,849:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:219,34:253:99:0|1:512508_G_A:885,0,9137:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,158:242:99:0|1:512508_G_A:6477,0,3117:. 1|0:223,35:258:99:0|1:512508_G_A:808,0,9325:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:650,0:650:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:1|1:512508_G_A:8719,590,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,663:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512550 . A G 1.5749e+07 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=34.69;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.703;VQSLOD=8.74;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=28.57;GQ_MEAN=98.55;GQ_STDDEV=72.6;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6293;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.107;culprit=FS;set=snp;DP=14543859;AF=0.413;AS_InbreedingCoeff=0.5652;MLEAC=2176;MLEAF=0.414;AN=858;AC=324 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:16,24:40:99:0|1:512550_A_G:945,0,597:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1197:. 0|1:47,12:59:99:0|1:512550_A_G:356,0,1962:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:26:.:.:0,26,1041:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,1240:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1359:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,12:53:99:0|1:512550_A_G:366,0,2015:. 0|1:33,5:38:95:0|1:512550_A_G:95,0,1492:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1334:. 1|0:3,39:42:27:0|1:512550_A_G:1582,0,27:. 0|1:28,7:35:99:.:.:100,0,992:. 0|1:13,6:19:99:0|1:512550_A_G:210,0,521:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,402:. 1|1:0,27:27:87:1|1:512550_A_G:1215,87,0:. 1|1:0,14:14:47:1|1:512550_A_G:655,47,0:. 1|1:0,38:38:99:1|1:512550_A_G:1579,117,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:512550_A_G:2826,198,0:. 1|1:0,238:238:99:1|1:512550_A_G:10499,728,0:. 1|1:1,76:77:99:1|1:512550_A_G:3291,193,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1041:. 1|0:111,17:128:99:0|1:512550_A_G:394,0,4641:. 0|0:12,0:12:11:.:.:0,11,298:. 0|0:12,0:12:7:.:.:0,7,315:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1481:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,54:120:99:0|1:512550_A_G:2054,0,2559:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|0:126,10:136:4:0|1:512550_A_G:0,4,5170:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,35:67:99:0|1:512550_A_G:1325,0,1209:. 1|0:21,51:72:99:0|1:512550_A_G:2037,0,801:. 1|1:5,108:113:99:1|1:512550_A_G:4562,124,0:. 0|1:91,30:121:99:0|1:512550_A_G:926,0,3962:. 1|1:0,83:83:99:1|1:512550_A_G:3733,259,0:. 1|1:0,277:277:99:1|1:512550_A_G:12370,855,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,37:93:99:.:.:710,0,2040:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,23:74:99:0|1:512550_A_G:788,0,2033:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,7:23:99:0|1:512550_A_G:246,0,651:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:45,181:226:99:0|1:512550_A_G:7398,0,1301:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,50:72:99:.:.:1163,0,610:. 1|0:32,60:92:99:0|1:512550_A_G:2408,0,1117:. 0|1:73,68:141:99:0|1:512550_A_G:2508,0,2744:. 0|1:119,20:139:99:0|1:512550_A_G:482,0,4802:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,397:398:99:1|1:512550_A_G:17526,1157,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1278:. 0|1:29,86:115:99:.:.:3331,0,505:. 0|1:142,16:158:99:0|1:512550_A_G:238,0,6581:. 1|1:0,85:85:99:1|1:512550_A_G:3801,262,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,30:52:99:0|1:512550_A_G:1179,0,795:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1064:. 1|0:26,214:240:99:0|1:512550_A_G:8682,0,409:. 1|0:73,13:86:99:.:.:104,0,1944:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,48:75:99:0|1:512550_A_G:1864,0,967:. 1|0:64,30:94:99:0|1:512550_A_G:995,0,2628:. 1|1:0,58:58:99:1|1:512550_A_G:2573,175,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1362:. 1|1:0,127:127:99:1|1:512550_A_G:5723,400,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:1|1:512550_A_G:8377,577,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,58:67:99:0|1:512550_A_G:2307,0,268:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:512550_A_G:6238,433,0:. 1|0:101,25:126:99:0|1:512550_A_G:779,0,4144:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,140:142:99:1|1:512550_A_G:6087,317,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,76:111:99:0|1:512550_A_G:2973,0,1508:. 1|0:45,20:65:99:0|1:512550_A_G:657,0,1821:. 1|1:7,159:166:99:1|1:512550_A_G:6747,207,0:. 1|0:43,127:170:99:0|1:512550_A_G:5015,0,1839:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,13:114:99:0|1:512550_A_G:229,0,4717:. 1|1:1,133:134:99:.:.:5371,375,0:. 1|1:3,116:119:99:.:.:3206,262,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,160:193:99:0|1:512550_A_G:6449,0,839:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,54:189:99:0|1:512550_A_G:1828,0,5317:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:148,56:204:99:0|1:512550_A_G:1816,0,5874:. 1|1:0,239:239:99:.:.:6566,714,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,84:205:99:0|1:512550_A_G:3115,0,4882:. 1|1:0,275:275:99:1|1:512550_A_G:12185,834,0:. 1|0:137,32:169:99:0|1:512550_A_G:883,0,5487:. 0|1:139,89:228:99:0|1:512550_A_G:3160,0,5382:. 1|1:11,131:142:88:.:.:3213,88,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:157,28:185:99:0|1:512550_A_G:682,0,6256:. 1|1:0,135:135:99:.:.:5862,412,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:215,28:243:99:0|1:512550_A_G:482,0,8818:. 0|0:168,22:190:12:.:.:0,12,6309:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,77:156:99:0|1:512550_A_G:2926,0,3093:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:2,85:87:99:1|1:512550_A_G:3708,178,0:. 1|1:0,185:185:99:1|1:512550_A_G:8175,563,0:. 1|1:0,240:240:99:1|1:512550_A_G:10687,736,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:1|1:512550_A_G:11354,791,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,191:202:99:.:.:4739,238,0:. 1|1:11,229:240:99:.:.:5677,421,0:. 1|1:0,184:184:99:1|1:512550_A_G:8170,539,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:512550_A_G:9330,650,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,45:174:99:0|1:512550_A_G:1359,0,6229:. 0|1:187,30:217:99:.:.:173,0,4869:. 1|1:0,235:235:99:1|1:512550_A_G:10529,728,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,107:112:99:1|1:512550_A_G:4601,130,0:. 1|1:0,108:108:99:1|1:512550_A_G:4831,334,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,235:239:99:1|1:512550_A_G:10121,541,0:. 1|0:23,48:71:99:.:.:1100,0,498:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:3093,252,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,122:123:99:1|1:512550_A_G:5362,318,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,82:143:99:0|1:512550_A_G:3203,0,2497:. 0|1:37,79:116:99:0|1:512550_A_G:3107,0,1314:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,127:178:99:.:.:2946,0,1525:. 0|1:86,84:170:99:.:.:2639,0,2044:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:1,13:14:0:0|1:512550_A_G:546,0,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,74:102:99:0|1:512550_A_G:2961,0,1118:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,49:164:99:.:.:872,0,3754:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,95:169:99:.:.:2121,0,1767:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:512550_A_G:4063,277,0:. 1|0:58,18:76:99:0|1:512550_A_G:556,0,2330:. 0|1:49,95:144:99:0|1:512550_A_G:3784,0,1737:. 0|1:124,17:141:99:0|1:512550_A_G:294,0,5151:. 0|1:136,19:155:62:.:.:62,0,4699:. 1|0:67,33:100:99:0|1:512550_A_G:1123,0,3082:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:512550_A_G:3288,226,0:. 1|1:0,296:296:99:1|1:512550_A_G:13108,900,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,157:158:99:1|1:512550_A_G:6944,425,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,88:89:99:1|1:512550_A_G:3887,226,0:. 0|1:101,19:120:99:0|1:512550_A_G:465,0,5396:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,22:96:99:0|1:512550_A_G:773,0,3013:. 1|1:0,91:91:99:1|1:512550_A_G:4027,280,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:512547_C_T:3774,258,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,222:259:99:0|1:512550_A_G:9000,0,896:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,29:144:99:.:.:292,0,4395:. 1|0:23,88:111:99:0|1:512550_A_G:3535,0,980:. 0|1:10,66:76:99:0|1:512550_A_G:2695,0,218:. 1|1:0,69:69:99:1|1:512550_A_G:3040,211,0:. 1|0:39,28:67:99:.:.:576,0,1286:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,47:93:99:0|1:512550_A_G:1847,0,1708:. 1|1:1,152:153:99:.:.:4221,426,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3119,345,0:. 0|1:10,56:66:82:.:.:2313,0,82:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,107:122:99:0|1:512550_A_G:4444,0,424:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,54:55:99:1|1:512550_A_G:2322,109,0:. 0|1:5,51:56:78:0|1:512550_A_G:2093,0,78:. 0|1:108,25:133:99:0|1:512550_A_G:645,0,4217:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,76:77:99:1|1:512550_A_G:3396,196,0:. 1|0:39,41:80:99:.:.:840,0,891:. 1|1:0,88:88:99:1|1:512550_A_G:3810,268,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:512550_A_G:4088,280,0:. 0|1:91,34:125:99:0|1:512550_A_G:1128,0,3736:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,122:132:99:0|1:512550_A_G:5060,0,188:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:103,79:182:99:.:.:2862,0,2480:. 1|1:0,101:101:99:1|1:512550_A_G:4482,304,0:. 0|1:2,3:5:75:0|1:512550_A_G:101,0,75:. 1|0:156,36:192:99:0|1:512550_A_G:1008,0,6245:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:1|1:512550_A_G:6000,412,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,45:60:99:0|1:512550_A_G:1813,0,475:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:256,88:344:99:0|1:512550_A_G:2879,0,11980:. 1|0:92,57:149:99:0|1:512550_A_G:2032,0,3632:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,591:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:165,18:183:99:0|1:512550_A_G:277,0,6683:. 1|0:27,65:92:99:.:.:1842,0,535:. 1|1:0,65:65:99:1|1:512550_A_G:2878,202,0:. 0|1:49,45:94:99:.:.:918,0,1153:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,12:25:99:0|1:512550_A_G:443,0,478:. 0|1:37,34:71:99:0|1:512550_A_G:1305,0,1410:. 1|1:0,58:58:99:1|1:512550_A_G:2633,181,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,24:32:99:.:.:575,0,211:. 1|1:0,211:211:99:1|1:512550_A_G:9388,644,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,112:232:99:0|1:512550_A_G:4319,0,4683:. 1|1:0,190:190:99:1|1:512550_A_G:8705,590,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:213,35:248:99:.:.:416,0,12012:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:512550_A_G:2159,147,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,244:244:99:1|1:512550_A_G:11081,755,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,196:203:99:1|1:512550_A_G:6306,204,0:. 1|0:160,21:181:99:0|1:512550_A_G:363,0,6637:. 1|1:0,218:218:99:1|1:512550_A_G:9762,662,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:76:.:.:0,76,6393:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,82:184:99:.:.:2824,0,3125:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:44,52:96:99:0|1:512550_A_G:2057,0,1693:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:1|1:512550_A_G:8769,596,0:. 1|1:0,262:262:99:1|1:512550_A_G:11672,797,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:512550_A_G:5854,397,0:. 1|1:0,205:205:99:1|1:512550_A_G:9186,626,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:1|1:512550_A_G:9918,680,0:. 1|1:0,743:743:99:1|1:512550_A_G:33198,2275,0:. 0|0:849,0:849:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:711,0:711:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,89:95:57:0|1:512550_A_G:3672,0,57:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,231:241:99:.:.:7204,355,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:127,128:255:99:0|1:512550_A_G:5018,0,7622:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,504:504:99:1|1:512550_A_G:21934,1531,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,175:222:99:0|1:512550_A_G:7173,0,2428:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:223,30:253:99:.:.:232,0,7179:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,249:276:99:.:.:7354,0,329:. 1|1:3,210:213:99:1|1:512550_A_G:9008,509,0:. 1|1:4,437:441:99:1|1:512550_A_G:18935,1114,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,2:63:99:.:.:0,122,2074:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,270:271:99:1|1:512550_A_G:12003,789,0:. 1|1:0,301:301:99:1|1:512550_A_G:13456,918,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,239:250:99:.:.:7449,377,0:. 0|1:115,68:183:99:.:.:1613,0,3386:. 1|1:13,216:229:64:1|1:512550_A_G:9164,64,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,86:91:52:1|1:512550_A_G:3529,52,0:. 1|1:13,180:193:40:.:.:5296,40,0:. 0|1:54,30:84:99:.:.:724,0,1618:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,76:196:99:0|1:512550_A_G:2834,0,4898:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,196:263:99:.:.:5618,0,1856:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,218:246:99:0|1:512550_A_G:8939,0,995:. 1|1:8,133:141:88:.:.:4037,88,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,9:49:99:0|1:512550_A_G:240,0,1633:. 0|1:223,52:275:99:0|1:512550_A_G:1495,0,9192:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,496:509:99:.:.:15467,1027,0:. 0|1:85,55:140:99:.:.:1366,0,3131:. 1|1:1,228:229:99:1|1:512550_A_G:10233,639,0:. 1|1:3,208:211:99:1|1:512550_A_G:9028,506,0:. 1|1:13,447:461:99:.:.:13806,839,0:. 0|1:27,155:182:99:0|1:512550_A_G:6397,0,655:. 1|1:19,446:465:99:1|1:512550_A_G:18817,559,0:. 1|1:1,636:637:99:1|1:512550_A_G:28243,1876,0:. 1|1:0,516:516:99:1|1:512550_A_G:23209,1589,0:. 0|1:63,41:104:99:0|1:512550_A_G:1505,0,2548:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:159,119:278:99:.:.:3070,0,6270:. 1|1:3,522:525:99:1|1:512550_A_G:22889,1458,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:1|1:512550_A_G:6327,436,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:227,78:305:99:0|1:512550_A_G:2573,0,10649:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,167:224:99:0|1:512550_A_G:6825,0,1877:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,263:263:99:.:.:8813,791,0:. 1|1:0,232:232:99:.:.:7739,696,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:1|1:512550_A_G:10179,692,0:. 1|1:0,206:206:99:1|1:512550_A_G:9211,626,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:1|1:512550_A_G:8469,578,0:. 1|1:0,311:311:99:1|1:512550_A_G:13838,945,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:512550_A_G:3339,229,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,11:68:99:0|1:512550_A_G:257,0,3117:. 1|1:0,24:24:75:1|1:512550_A_G:1078,75,0:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,188:306:99:0|1:512550_A_G:7496,0,4443:. 0|1:190,157:347:99:0|1:512550_A_G:5921,0,7432:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,887:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:216,40:256:99:0|1:512550_A_G:970,0,8889:. 1|1:0,135:135:99:1|1:512550_A_G:6093,415,0:. 1|1:0,244:244:99:1|1:512550_A_G:10964,752,0:. 1|0:207,36:243:99:0|1:512550_A_G:890,0,8662:. 1|1:0,250:250:99:1|1:512550_A_G:11110,758,0:. 1|1:0,253:253:99:1|1:512550_A_G:11294,774,0:. 0|1:254,23:277:99:0|1:512550_A_G:186,0,10514:. 1|1:0,254:254:99:1|1:512550_A_G:11402,774,0:. 1|1:0,520:520:99:1|1:512550_A_G:23320,1598,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,717:717:99:1|1:512550_A_G:31819,2194,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,267:267:99:1|1:512550_A_G:11950,816,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:512550_A_G:2608,178,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,801:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:1|1:512550_A_G:7845,545,0:. Pf3D7_01_v3 512556 . C T 1.66513e+07 PASS FS=0;MQ=60.1;QD=34.82;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.694;VQSLOD=10.47;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=42.86;GQ_MEAN=90.64;GQ_STDDEV=69.72;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6982;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.313;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14655933;AF=0.423;AS_InbreedingCoeff=0.3151;MLEAC=2224;MLEAF=0.423;AN=858;AC=371 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:18,23:41:99:0|1:512550_A_G:884,0,654:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1197:. 0|1:48,12:60:99:0|1:512550_A_G:356,0,1961:. 0|1:36,16:52:99:.:.:352,0,832:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,706:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1126:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1359:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,10:52:99:0|1:512550_A_G:309,0,2046:. 0|1:35,5:40:93:0|1:512550_A_G:93,0,1500:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1334:. 1|0:3,38:41:27:0|1:512550_A_G:1591,0,27:. 0|1:15,22:37:99:.:.:672,0,326:. 0|1:15,7:22:99:0|1:512550_A_G:224,0,565:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,30:30:93:1|1:512550_A_G:1294,93,0:. 1|1:0,16:16:47:1|1:512550_A_G:655,47,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:512550_A_G:1537,111,0:. 1|0:52,16:68:99:.:.:279,0,1174:. 1|1:0,65:65:99:1|1:512550_A_G:2853,199,0:. 1|1:0,238:238:99:1|1:512550_A_G:10472,725,0:. 1|1:1,78:79:99:1|1:512550_A_G:3386,202,0:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:116,18:134:99:0|1:512550_A_G:391,0,4667:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,235:. 0|0:13,0:13:9:.:.:0,9,325:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1481:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,55:120:99:0|1:512550_A_G:2081,0,2553:. 0|1:82,21:103:99:.:.:336,0,1983:. 0|0:62,0:62:90:.:.:0,90,1502:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|0:129,8:137:32:0|1:512550_A_G:0,32,5225:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,20:63:99:.:.:390,0,930:. 1|0:34,38:72:99:0|1:512550_A_G:1372,0,1204:. 1|0:18,55:73:99:0|1:512550_A_G:2137,0,747:. 1|1:5,109:114:99:1|1:512550_A_G:4629,130,0:. 0|1:91,30:121:99:0|1:512550_A_G:1019,0,4106:. 1|1:0,84:84:99:1|1:512550_A_G:3739,259,0:. 1|1:0,281:281:99:1|1:512550_A_G:12415,858,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:5903,606,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,46:91:99:.:.:1593,0,942:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,24:77:99:0|1:512550_A_G:801,0,2080:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,8:26:99:0|1:512550_A_G:267,0,693:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:45,183:228:99:0|1:512550_A_G:7419,0,1304:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4481,450,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,63:74:72:.:.:2400,0,72:. 1|0:31,63:94:99:0|1:512550_A_G:2467,0,1110:. 0|1:78,64:142:99:0|1:512550_A_G:2446,0,2892:. 0|1:119,20:139:99:0|1:512550_A_G:473,0,4875:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,391:392:99:1|1:512550_A_G:17435,1145,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1278:. 0|1:36,81:117:99:.:.:2036,0,1124:. 0|1:138,16:154:99:0|1:512550_A_G:244,0,6523:. 1|1:0,84:84:99:1|1:512550_A_G:3723,253,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,31:52:99:0|1:512550_A_G:1185,0,794:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1064:. 1|0:26,208:234:99:0|1:512550_A_G:8599,0,445:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,77:78:99:.:.:2199,206,0:. 0|1:27,50:77:99:0|1:512550_A_G:1957,0,958:. 1|0:65,26:91:99:0|1:512550_A_G:877,0,2617:. 1|1:0,61:61:99:1|1:512550_A_G:2640,183,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1362:. 1|1:0,130:130:99:1|1:512550_A_G:5716,397,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2720,276,0:. 1|1:0,188:188:99:1|1:512550_A_G:8368,574,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,56:66:99:0|1:512550_A_G:2259,0,300:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,147:147:99:1|1:512550_A_G:6397,448,0:. 1|0:103,30:133:99:0|1:512550_A_G:855,0,4156:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,139:141:99:1|1:512550_A_G:6061,314,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,74:110:99:0|1:512550_A_G:2910,0,1520:. 1|0:46,23:69:99:0|1:512550_A_G:735,0,1813:. 1|1:7,163:170:99:1|1:512550_A_G:6925,225,0:. 1|0:41,130:171:99:0|1:512550_A_G:5126,0,1804:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,181:221:99:.:.:4770,0,408:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,13:112:99:0|1:512550_A_G:226,0,4758:. 0|1:26,109:135:99:.:.:2781,0,284:. 0|0:109,12:121:9:.:.:0,9,2542:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,86:167:99:.:.:2043,0,1654:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,161:192:99:0|1:512550_A_G:6523,0,826:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,55:189:99:0|1:512550_A_G:1835,0,5311:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:146,54:200:99:0|1:512550_A_G:1781,0,5864:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,84:218:99:0|1:512550_A_G:3076,0,5059:. 1|1:0,275:275:99:1|1:512550_A_G:12205,837,0:. 1|0:133,31:164:99:0|1:512550_A_G:892,0,5460:. 0|1:135,82:217:99:0|1:512550_A_G:3050,0,5280:. 1|1:0,141:141:99:.:.:6044,427,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,29:179:99:0|1:512550_A_G:712,0,6227:. 1|1:10,128:138:99:.:.:3556,165,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:222,26:248:99:0|1:512550_A_G:403,0,9051:. 1|0:130,55:185:99:.:.:1345,0,2924:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,77:159:99:0|1:512550_A_G:2943,0,3165:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:2,87:89:99:1|1:512550_A_G:3750,181,0:. 1|1:0,187:187:99:1|1:512550_A_G:8248,569,0:. 1|1:0,245:245:99:1|1:512550_A_G:10791,745,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,260:260:99:1|1:512550_A_G:11425,795,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,205:206:99:.:.:8774,593,0:. 1|1:0,245:245:99:.:.:10538,746,0:. 1|1:1,187:188:99:1|1:512550_A_G:8205,542,0:. 1|1:0,215:215:99:1|1:512550_A_G:9438,659,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,41:169:99:0|1:512550_A_G:1345,0,6200:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:1|1:512550_A_G:10559,731,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,111:116:99:1|1:512550_A_G:4562,127,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:512550_A_G:4985,349,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,233:237:99:1|1:512550_A_G:10195,529,0:. 1|0:20,54:74:99:.:.:1410,0,338:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,51:87:99:.:.:1210,0,653:. 1|1:3,226:229:99:.:.:6593,609,0:. 1|1:1,123:124:99:1|1:512550_A_G:5399,321,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,84:150:99:0|1:512550_A_G:3206,0,2544:. 0|1:40,78:118:99:0|1:512550_A_G:3142,0,1334:. 1|1:19,183:202:67:.:.:5165,67,0:. 1|0:37,152:189:99:.:.:5794,0,400:. 0|1:125,50:175:99:.:.:982,0,4398:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5667,550,0:. 0|1:1,14:15:0:0|1:512550_A_G:546,0,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,77:104:99:0|1:512550_A_G:3062,0,1079:. 0|1:79,51:130:99:.:.:1148,0,1764:. 0|1:39,128:167:99:.:.:4156,0,489:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,167:171:99:.:.:6307,405,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:512550_A_G:4127,283,0:. 1|0:56,19:75:99:0|1:512550_A_G:617,0,2273:. 0|1:48,95:143:99:0|1:512550_A_G:3783,0,1692:. 0|1:136,17:153:99:0|1:512550_A_G:261,0,5406:. 0|1:76,77:153:99:.:.:2180,0,1631:. 1|0:65,31:96:99:0|1:512550_A_G:1080,0,3031:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:512550_A_G:3325,229,0:. 1|1:0,298:298:99:1|1:512550_A_G:13179,906,0:. 0|1:77,105:182:99:.:.:2606,0,1592:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,164:166:99:1|1:512550_A_G:7051,418,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,89:90:99:1|1:512550_A_G:3920,229,0:. 0|1:103,20:123:99:0|1:512550_A_G:523,0,5366:. 1|1:1,269:270:99:.:.:7831,799,0:. 1|0:75,28:103:99:0|1:512550_A_G:845,0,3030:. 1|1:0,95:95:99:1|1:512550_A_G:4148,292,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:512547_C_T:3564,243,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,216:255:99:0|1:512550_A_G:8912,0,931:. 0|1:93,55:148:99:.:.:1132,0,2008:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3827,387,0:. 0|1:95,50:145:99:.:.:1408,0,2091:. 1|0:24,89:113:99:0|1:512550_A_G:3593,0,974:. 0|1:10,66:76:99:0|1:512550_A_G:2728,0,215:. 1|1:0,71:71:99:1|1:512550_A_G:3114,217,0:. 1|0:22,50:72:99:.:.:1728,0,388:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,47:93:99:0|1:512550_A_G:1824,0,1709:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,57:69:99:.:.:1428,0,343:. 1|0:190,49:239:99:.:.:857,0,4229:. 0|1:13,110:123:99:0|1:512550_A_G:4482,0,376:. 0|1:85,15:100:99:.:.:238,0,2022:. 1|1:1,54:55:99:1|1:512550_A_G:2325,109,0:. 0|1:6,50:56:81:0|1:512550_A_G:2084,0,81:. 0|1:102,22:124:99:0|1:512550_A_G:613,0,4117:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,79:80:99:1|1:512550_A_G:3433,199,0:. 1|0:48,34:82:99:.:.:754,0,975:. 1|1:0,87:87:99:1|1:512550_A_G:3761,262,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:512550_A_G:4207,292,0:. 0|1:93,36:129:99:0|1:512550_A_G:1132,0,3732:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,127:138:99:0|1:512550_A_G:5199,0,197:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:109,76:185:99:.:.:1676,0,4171:. 1|1:0,101:101:99:1|1:512550_A_G:4491,304,0:. 0|1:2,3:5:75:0|1:512550_A_G:101,0,75:. 1|0:152,34:186:99:0|1:512550_A_G:943,0,6242:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:512550_A_G:6082,421,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,45:60:99:0|1:512550_A_G:1806,0,505:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:259,90:349:99:0|1:512550_A_G:2859,0,12050:. 1|0:92,55:147:99:0|1:512550_A_G:2011,0,3613:. 1|1:9,188:197:99:.:.:5509,343,0:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:160,19:179:99:0|1:512550_A_G:274,0,6693:. 1|0:76,22:98:99:.:.:392,0,2271:. 1|1:0,67:67:99:1|1:512550_A_G:2975,211,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3423,285,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,12:23:99:0|1:512550_A_G:446,0,451:. 0|1:36,34:70:99:0|1:512550_A_G:1312,0,1353:. 1|1:0,60:60:99:1|1:512550_A_G:2631,181,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,29:33:2:.:.:1145,0,2:. 1|1:0,209:209:99:1|1:512550_A_G:9475,650,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,111:234:99:0|1:512550_A_G:4285,0,4781:. 1|1:0,197:197:99:1|1:512550_A_G:8777,596,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:215,37:252:99:.:.:925,0,6494:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:512550_A_G:2149,144,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,249:249:99:1|1:512550_A_G:11059,752,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,207:212:99:1|1:512550_A_G:9020,474,0:. 1|0:159,19:178:99:0|1:512550_A_G:344,0,6573:. 1|1:0,217:217:99:1|1:512550_A_G:9771,662,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:35:.:.:0,35,5799:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,53:189:99:.:.:1349,0,5163:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:46,55:101:99:0|1:512550_A_G:2118,0,1774:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:1|1:512550_A_G:8924,608,0:. 1|1:0,260:260:99:1|1:512550_A_G:11777,804,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:512550_A_G:5824,394,0:. 1|1:0,202:202:99:1|1:512550_A_G:9158,623,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:1|1:512550_A_G:9877,674,0:. 1|1:0,740:740:99:1|1:512550_A_G:33567,2300,0:. 0|0:849,0:849:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:711,0:711:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1109,93,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,88:94:60:0|1:512550_A_G:3638,0,60:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,144:158:36:.:.:4348,36,0:. 1|1:5,226:231:99:.:.:9877,537,0:. 1|1:0,285:285:99:.:.:9784,855,0:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,132:258:99:0|1:512550_A_G:5148,0,7692:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,486:486:99:1|1:512550_A_G:21671,1497,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2500,225,0:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,179:230:99:0|1:512550_A_G:7272,0,2462:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,228:252:8:.:.:7379,0,8:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7964,721,0:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:24,255:279:34:.:.:10527,34,0:. 1|1:3,203:206:99:1|1:512550_A_G:8894,497,0:. 1|1:4,426:430:99:1|1:512550_A_G:18872,1105,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2230,198,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:209,88:297:99:.:.:2196,0,5868:. 1|1:0,272:272:99:1|1:512550_A_G:12098,798,0:. 1|1:0,307:307:99:1|1:512550_A_G:13668,933,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:.:.:11138,773,0:. 1|1:4,184:188:99:.:.:6787,441,0:. 1|1:11,224:235:99:1|1:512550_A_G:9302,101,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,80:85:34:1|1:512550_A_G:3359,34,0:. 1|1:5,188:193:99:.:.:8135,423,0:. 1|1:1,83:84:99:.:.:3141,223,0:. 1|0:40,246:286:99:.:.:7553,0,430:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,76:204:99:0|1:512550_A_G:2820,0,5049:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:238,34:272:99:.:.:330,0,6852:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,224:258:99:.:.:8897,0,317:. 1|1:1,234:235:99:.:.:7943,694,0:. 1|0:58,123:181:99:.:.:3723,0,1258:. 0|1:28,226:254:99:0|1:512550_A_G:9132,0,975:. 1|1:5,139:144:99:.:.:6027,293,0:. 1|0:111,57:168:99:.:.:1491,0,2981:. 1|0:38,9:47:99:0|1:512550_A_G:276,0,1605:. 0|1:231,55:286:99:0|1:512550_A_G:1508,0,9446:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,258:261:99:.:.:8778,679,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,491:502:99:.:.:21380,1231,0:. 0|1:58,89:147:99:.:.:3105,0,1506:. 1|1:2,248:250:99:1|1:512550_A_G:10680,678,0:. 1|1:3,201:204:99:1|1:512550_A_G:8996,497,0:. 1|1:13,447:460:99:.:.:19339,986,0:. 0|1:27,154:181:99:0|1:512550_A_G:6329,0,661:. 1|1:19,446:465:99:1|1:512550_A_G:18966,566,0:. 1|1:1,623:624:99:1|1:512550_A_G:27974,1846,0:. 1|1:0,527:527:99:1|1:512550_A_G:23663,1627,0:. 0|1:66,41:107:99:0|1:512550_A_G:1566,0,2576:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,412:412:99:.:.:13674,1229,0:. 0|1:157,126:283:99:.:.:4694,0,4440:. 1|1:3,526:529:99:1|1:512550_A_G:23163,1472,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:1|1:512550_A_G:6145,418,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:225,78:303:99:0|1:512550_A_G:2513,0,10636:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,171:231:99:0|1:512550_A_G:6946,0,1935:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:1|1:512550_A_G:10240,695,0:. 1|1:0,208:208:99:1|1:512550_A_G:9252,632,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:1|1:512550_A_G:8405,572,0:. 1|1:0,304:304:99:1|1:512550_A_G:13714,933,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:1|1:512550_A_G:3469,241,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4841,432,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,9:62:99:0|1:512550_A_G:209,0,3089:. 1|1:0,23:23:69:1|1:512550_A_G:1017,69,0:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,190:312:99:0|1:512550_A_G:7543,0,4485:. 0|1:191,154:345:99:0|1:512550_A_G:5876,0,7491:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,887:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:215,37:252:99:0|1:512550_A_G:944,0,8898:. 1|1:0,139:139:99:1|1:512550_A_G:6186,424,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:512550_A_G:11069,759,0:. 1|0:217,37:254:99:0|1:512550_A_G:893,0,8932:. 1|1:0,250:250:99:1|1:512550_A_G:11153,761,0:. 1|1:0,249:249:99:1|1:512550_A_G:11174,761,0:. 0|1:253,25:278:99:0|1:512550_A_G:248,0,10550:. 1|1:0,257:257:99:1|1:512550_A_G:11449,780,0:. 1|1:0,526:526:99:1|1:512550_A_G:23587,1613,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,703:703:99:1|1:512550_A_G:31675,2176,0:. 0|1:58,136:194:99:.:.:4131,0,1312:. 1|1:0,279:279:99:1|1:512550_A_G:12487,861,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:512550_A_G:2643,181,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,801:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:1|1:512550_A_G:7870,542,0:. Pf3D7_01_v3 512627 . C A 1.10972e+07 PASS FS=0;MQ=60.07;QD=27.21;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.678;VQSLOD=9.97;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=28.57;GQ_MEAN=79.33;GQ_STDDEV=47.56;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7492;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14862469;AF=0.344;AS_InbreedingCoeff=0.6523;MLEAC=1813;MLEAF=0.345;AN=858;AC=393 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:24,32:56:99:.:.:853,0,531:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1975,189,0:. 0|1:16,40:56:99:.:.:1120,0,268:. 0|1:47,7:54:63:.:.:63,0,1140:. 0|0:48,0:48:26:.:.:0,26,1107:. 0|1:5,33:38:25:.:.:956,0,25:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1256,120,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2141,199,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1578:. 0|1:19,15:34:99:.:.:381,0,445:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2113,204,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1212:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1274,122,0:. 1|0:6,18:24:75:.:.:494,0,75:. 1|1:0,31:31:93:.:.:974,93,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1131,113,0:. 0|1:46,16:62:99:.:.:302,0,1134:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,73:74:99:.:.:2219,212,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1133:. 0|1:15,95:110:66:.:.:2419,0,66:. 0|1:2,11:13:15:.:.:307,0,15:. 1|1:0,9:9:27:.:.:288,27,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1592,153,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2048,198,0:. 1|0:56,63:119:99:.:.:1507,0,1121:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:1,56:57:99:.:.:1660,142,0:. 1|0:78,222:300:99:.:.:5791,0,1196:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|1:49,114:163:99:.:.:3017,0,800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2412,243,0:. 1|0:18,38:56:99:.:.:969,0,628:. 1|0:19,50:69:99:.:.:1299,0,303:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,128:134:99:.:.:3747,233,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,275:276:99:.:.:8310,801,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5439,546,0:. 0|1:42,73:115:99:.:.:1819,0,796:. 1|0:68,11:79:99:.:.:104,0,1632:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1201,117,0:. 1|0:21,120:141:99:.:.:3146,0,117:. 0|1:33,36:69:99:.:.:856,0,689:. 1|1:2,86:88:99:.:.:2507,225,0:. 0|1:10,13:23:99:.:.:316,0,214:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:86,154:240:99:.:.:4051,0,1660:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,103:125:99:.:.:2759,0,235:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1642,162,0:. 1|0:76,11:87:56:.:.:56,0,1811:. 1|0:35,59:94:99:.:.:1478,0,715:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,88:126:99:.:.:2285,0,669:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1453,147,0:. 1|0:106,25:131:99:.:.:312,0,2551:. 1|0:109,31:140:99:.:.:514,0,2576:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,38:89:99:.:.:882,0,1132:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1135,114,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,110:115:99:.:.:3250,209,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2014,198,0:. 0|1:134,83:217:99:.:.:1853,0,2921:. 1|0:21,73:94:99:.:.:1856,0,329:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1362:. 0|1:24,108:132:99:.:.:2854,0,248:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,130:217:99:.:.:3251,0,1657:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,164:175:99:.:.:4494,235,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,18:120:99:.:.:200,0,2462:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:58:.:.:0,58,2655:. 1|0:56,21:77:99:.:.:412,0,1316:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,192:218:54:.:.:5088,0,54:. 1|1:0,188:188:99:.:.:5601,564,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,123:138:56:.:.:3330,56,0:. 1|1:10,115:125:99:.:.:3119,103,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,85:152:99:.:.:2043,0,1370:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,154:167:99:.:.:4337,135,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,62:189:99:.:.:1275,0,2856:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:118,56:174:99:.:.:1170,0,2679:. 1|1:0,228:228:99:.:.:6782,683,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,131:207:99:.:.:3281,0,1410:. 1|1:1,249:250:99:.:.:7458,723,0:. 0|0:148,16:164:17:.:.:0,17,3543:. 1|1:1,234:235:99:.:.:6964,695,0:. 0|1:89,53:142:99:.:.:1153,0,2025:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5923,585,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4031,411,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,245:246:99:.:.:7338,710,0:. 0|1:44,127:171:99:.:.:3258,0,659:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,52:136:99:.:.:1158,0,1874:. 1|1:9,135:144:99:.:.:3816,187,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,160:193:99:.:.:4125,0,320:. 1|0:31,176:207:99:.:.:4758,0,232:. 0|1:144,22:166:99:.:.:146,0,3200:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6562,664,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:.:.:5813,597,0:. 1|1:0,257:257:99:.:.:7618,771,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:174,75:249:99:.:.:1511,0,3889:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3326,327,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3550,348,0:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2452,219,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,46:69:99:.:.:1180,0,415:. 1|0:76,56:132:99:.:.:1334,0,1688:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,36:76:99:.:.:788,0,821:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4210,424,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4893,489,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,75:154:99:.:.:1820,0,1718:. 0|1:47,74:121:99:.:.:1927,0,915:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,43:199:99:.:.:682,0,3561:. 1|0:102,96:198:99:.:.:2304,0,2160:. 1|1:6,163:169:99:.:.:4814,337,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:383,39,0:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3569,359,0:. 1|1:2,159:161:99:.:.:4751,423,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,49:126:99:.:.:1112,0,1726:. 1|0:137,47:184:99:.:.:871,0,3244:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,19:154:99:.:.:99,0,3222:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,28:82:99:.:.:608,0,1246:. 1|0:87,46:133:99:.:.:984,0,1986:. 1|0:104,28:132:99:.:.:447,0,2432:. 1|0:84,64:148:99:.:.:1497,0,1877:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,131:136:99:.:.:3815,273,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2941,299,0:. 1|1:0,257:257:99:.:.:7793,772,0:. 1|0:121,69:190:99:.:.:1469,0,2722:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:.:.:6765,665,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,286:286:99:.:.:8585,859,0:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3516,354,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2554,257,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,100:104:99:.:.:2826,197,0:. 1|1:6,240:246:99:.:.:6875,577,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,143:150:99:.:.:4064,256,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,62:140:99:.:.:1483,0,1820:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,12:72:99:.:.:145,0,1387:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2257,222,0:. 0|1:31,50:81:99:.:.:1272,0,624:. 1|0:64,50:114:99:.:.:1152,0,1371:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,13:102:61:.:.:61,0,2091:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,83:191:99:.:.:1906,0,2386:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:67:.:.:0,67,1482:. 1|1:18,217:235:99:.:.:5930,228,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,11:98:34:.:.:34,0,2224:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,41:58:99:.:.:1083,0,300:. 1|0:34,64:98:99:.:.:1679,0,596:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2313,231,0:. 0|1:35,37:72:99:.:.:906,0,725:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2610,258,0:. 0|1:67,77:144:99:.:.:1863,0,1387:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:0:.:.:0,0,2428:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4157,405,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5503,555,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:99,101:200:99:.:.:2404,0,2069:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2566,255,0:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,113:. 0|1:89,123:212:99:.:.:3003,0,1786:. 0|1:54,79:133:99:.:.:1980,0,1099:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,20:87:99:.:.:347,0,1560:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5831,584,0:. 0|1:15,48:63:99:.:.:1293,0,226:. 1|1:0,33:33:98:.:.:944,98,0:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2659,242,0:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,142:145:99:.:.:4101,357,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:28:.:.:0,28,462:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,154:170:91:.:.:4126,91,0:. 0|1:88,15:103:99:.:.:165,0,2163:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2081,204,0:. 0|1:37,57:94:99:.:.:1484,0,741:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3074,301,0:. 1|0:14,3:17:29:.:.:29,0,319:. 1|0:32,31:63:99:.:.:734,0,700:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1661,168,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,5:39:40:.:.:40,0,814:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:.:.:5440,462,0:. 1|1:7,232:239:99:.:.:7965,494,0:. 1|1:0,248:248:99:.:.:8979,746,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:8283,695,0:. 0|1:112,105:219:99:.:.:3116,0,3176:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5795,487,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1739,147,0:. 1|1:1,257:258:99:.:.:9129,744,0:. 1|1:1,193:194:99:.:.:6810,549,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,266:266:99:.:.:9502,799,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,274:274:99:.:.:9732,824,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6569,556,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,167:168:99:.:.:5981,472,0:. 1|1:2,202:204:99:.:.:7137,547,0:. 1|1:0,284:284:99:.:.:10083,854,0:. 1|0:45,143:188:99:.:.:4598,0,920:. 1|1:0,92:92:99:.:.:3218,277,0:. 1|1:1,139:140:99:.:.:4968,387,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7411,631,0:. 1|1:2,52:54:94:.:.:1796,94,0:. 1|0:19,94:113:99:.:.:3051,0,302:. 1|1:0,196:196:99:.:.:7038,589,0:. 1|1:0,172:172:99:.:.:6133,517,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7544,631,0:. 1|1:18,226:244:99:.:.:7485,111,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:747,0:747:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:849,0:849:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,723:724:99:.:.:25792,2167,0:. 1|1:1,94:95:99:.:.:3359,250,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1432,120,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:83:.:.:0,83,2846:. 1|1:0,158:158:99:.:.:5451,474,0:. 1|1:0,257:257:99:.:.:8722,772,0:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2975,259,0:. 1|1:5,501:506:99:.:.:16621,1422,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2354,210,0:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,229:247:99:.:.:7266,128,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:234,46:280:99:.:.:782,0,6814:. 1|1:23,225:248:3:.:.:7057,3,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,100:114:99:.:.:3155,0,124:. 0|1:229,224:453:99:.:.:6161,0,5796:. 0|1:9,59:68:67:.:.:1830,0,67:. 1|1:2,258:260:99:.:.:8787,713,0:. 1|1:7,270:277:99:.:.:9159,589,0:. 1|1:1,272:273:99:.:.:9432,786,0:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:.:.:8251,718,0:. 0|1:210,61:271:99:.:.:1259,0,5997:. 0|1:83,186:269:99:.:.:5568,0,1984:. 1|0:59,137:196:99:.:.:3987,0,1235:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,79:83:99:.:.:2483,120,0:. 0|1:167,48:215:99:.:.:1003,0,4879:. 1|0:20,59:79:99:.:.:1654,0,404:. 1|1:23,257:280:99:.:.:8133,135,0:. 1|1:1,484:485:99:.:.:15921,1421,0:. 0|1:131,70:201:99:.:.:1793,0,3666:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:238,44:282:99:.:.:663,0,6840:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:187,77:264:99:.:.:1868,0,5385:. 1|1:6,233:239:99:.:.:7768,510,0:. 1|1:4,174:178:99:.:.:5506,404,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,35:145:99:.:.:680,0,3071:. 1|1:10,188:198:99:.:.:6018,269,0:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1331:. 0|1:270,26:296:48:.:.:48,0,7557:. 1|1:7,529:536:99:.:.:17102,1395,0:. 1|1:12,247:259:99:.:.:8324,386,0:. 1|1:3,234:237:99:.:.:7872,605,0:. 1|1:32,448:480:99:.:.:13797,403,0:. 1|0:15,124:139:80:.:.:3942,0,80:. 0|1:42,212:254:99:.:.:6590,0,578:. 1|0:201,25:226:99:.:.:137,0,5803:. 1|1:24,440:464:99:.:.:13952,714,0:. 1|0:19,175:194:69:.:.:5487,0,69:. 1|0:224,232:456:99:.:.:6274,0,5611:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,514:516:99:.:.:18089,1483,0:. 1|0:71,48:119:99:.:.:1343,0,2048:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,409:410:99:.:.:13488,1215,0:. 0|1:167,80:247:99:.:.:1964,0,4745:. 1|1:5,511:516:99:.:.:16832,1425,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,70:159:99:.:.:1933,0,2446:. 1|1:1,150:151:99:.:.:5161,420,0:. 1|1:0,275:275:99:.:.:9653,827,0:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:.:.:7125,602,0:. 0|1:60,197:257:99:.:.:5781,0,1199:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,279:279:99:.:.:9784,838,0:. 1|1:0,262:262:99:.:.:9103,788,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2696,240,0:. 1|1:1,206:207:99:.:.:7177,587,0:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7385,644,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,289:302:99:.:.:9667,476,0:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1023,90,0:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,295:295:99:.:.:10208,885,0:. 1|1:0,303:303:99:.:.:10314,911,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8806,760,0:. 1|1:3,142:145:99:.:.:4781,353,0:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6832,592,0:. 1|1:0,233:233:99:.:.:8297,701,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,250:250:99:.:.:8761,752,0:. 1|1:0,237:237:99:.:.:8444,713,0:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:669,0:669:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1853,162,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1111,96,0:. 1|1:0,356:356:99:.:.:12444,1069,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512662 . C A 1.28352e+06 PASS FS=0;MQ=61.78;QD=21.39;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.695;VQSLOD=7.43;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1578;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=108.57;GQ_STDDEV=91.37;HRun=3;InbreedingCoeff=0.2961;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.297;culprit=FS;set=snp;DP=14446158;AF=0.042;AS_InbreedingCoeff=0.4772;MLEAC=220;MLEAF=0.042;AN=858;AC=62 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1600:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1144:. 0|1:5,35:40:99:.:.:970,0,106:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1212:. 1|0:15,19:34:99:.:.:506,0,334:. 0|0:28,0:28:49:.:.:0,49,751:. 0|0:30,0:30:71:.:.:0,71,971:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:47,18:65:99:.:.:372,0,1205:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1133:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1353,129,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1996,195,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:20,39:59:99:.:.:1032,0,349:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|1:119,43:162:99:.:.:836,0,3078:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:.:.:5559,552,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1050,105,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,84:89:99:.:.:2455,166,0:. 0|1:22,3:25:18:.:.:18,0,560:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,14:126:37:.:.:37,0,2854:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1493,152,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:107,33:140:99:.:.:595,0,2636:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1500,147,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1362:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,154:167:99:.:.:4152,164,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,6:58:31:.:.:0,31,1313:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,27:165:99:.:.:275,0,5286:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,131:231:99:.:.:3263,0,2114:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,123:185:99:.:.:3244,0,1302:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6131,619,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:7256,746,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:179,50:229:99:.:.:864,0,4863:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,86:87:99:.:.:2592,251,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,97:150:99:.:.:2485,0,1083:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,9:118:66:.:.:0,66,2742:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:11:.:.:0,11,325:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,33:158:99:.:.:533,0,3069:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:107,61:168:99:.:.:1314,0,4212:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6519,634,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,93:100:47:.:.:2559,47,0:. 0|1:209,26:235:62:.:.:62,0,5055:. 1|0:43,90:133:99:.:.:2206,0,1394:. 0|0:149,15:164:41:.:.:0,41,3693:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2490,249,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,68:171:99:.:.:1561,0,2347:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,6:91:90:.:.:0,90,2367:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,7:51:69:.:.:69,0,1053:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,143:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,70:117:99:.:.:1769,0,1008:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,11:53:99:.:.:171,0,1036:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1398,141,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:5233,439,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:6249,527,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,46:180:99:.:.:1115,0,4138:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:747,0:747:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:849,0:849:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,704:704:99:.:.:25116,2117,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:586,0:586:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:523,0:523:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:123,27:150:99:.:.:428,0,3565:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,17:208:13:.:.:0,13,5816:. 0|1:64,429:493:99:.:.:13087,0,567:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:519,0:519:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,524:527:99:.:.:17630,1497,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:669,0:669:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512670 . T A 5.48019e+06 PASS FS=0;MQ=60.57;QD=29.38;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.708;VQSLOD=10.28;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=83.79;GQ_STDDEV=31.47;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7691;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.472;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14706355;AF=0.221;AS_InbreedingCoeff=0.5324;MLEAC=1162;MLEAF=0.221;AN=858;AC=70 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1600:. 0|0:33,3:36:10:.:.:0,10,939:. 1|0:34,6:40:54:.:.:54,0,1422:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:20,7:27:99:.:.:143,0,620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1212:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1133:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,74:104:99:.:.:2020,0,617:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,72:105:99:.:.:1864,0,665:. 0|0:76,8:84:7:.:.:0,7,2253:. 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,699:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,19:91:99:.:.:262,0,1867:. 0|1:60,27:87:99:.:.:549,0,1557:. 0|1:52,84:136:99:.:.:2103,0,1135:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,10:116:36:.:.:0,36,2883:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,75:99:99:.:.:1968,0,446:. 1|1:1,60:61:99:.:.:1755,152,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1362:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2154,207,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4870,488,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,172:215:99:.:.:4587,0,661:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,20:129:99:.:.:214,0,2913:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6573,658,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,63:184:99:.:.:1348,0,3174:. 1|1:0,215:215:99:.:.:6645,646,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,63:150:99:.:.:1490,0,2184:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,19:172:44:.:.:44,0,4094:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,133:136:99:.:.:4047,313,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:189,32:221:99:.:.:317,0,5794:. 1|1:0,201:201:99:.:.:6262,604,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,48:76:99:.:.:1181,0,604:. 1|1:2,217:219:99:.:.:6423,595,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,35:131:99:.:.:694,0,3074:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,40:176:99:.:.:706,0,3627:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5433,529,0:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,165:168:99:.:.:4893,408,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,50:133:99:.:.:1082,0,2184:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,50:142:99:.:.:1144,0,2365:. 1|0:35,46:81:99:.:.:1186,0,844:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,106:170:99:.:.:2815,0,2292:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,38:129:99:.:.:724,0,3595:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3567,354,0:. 1|0:119,20:139:99:.:.:229,0,3229:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,33:74:99:.:.:787,0,1079:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,5:83:99:.:.:0,99,2248:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,78:140:99:.:.:1913,0,1466:. 0|1:62,25:87:99:.:.:520,0,1623:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,186:193:99:.:.:5518,363,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,327:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,88:92:99:.:.:2609,146,0:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,2:27:14:.:.:0,14,718:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7549,638,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:747,0:747:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:849,0:849:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:705,0:705:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,256:259:99:.:.:8416,669,0:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4957,436,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:586,0:586:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,237:249:99:.:.:7797,263,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:523,0:523:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,77:188:99:.:.:2128,0,3629:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,230:241:99:.:.:7466,346,0:. 1|0:67,117:184:99:.:.:3427,0,1721:. 0|1:162,87:249:99:.:.:2261,0,5076:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:557,0:557:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:519,0:519:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:608,0:608:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2462,216,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,316:316:99:.:.:11208,950,0:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,8:70:87:.:.:87,0,1958:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:669,0:669:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1296:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512682 . A T 696467 PASS FS=0.607;MQ=60.54;QD=30.01;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.613;VQSLOD=5.91;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.53;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=80.95;GQ_STDDEV=31.47;HRun=0;InbreedingCoeff=0.807;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.06;culprit=MQ;set=snp;DP=14578010;AF=0.023;AS_InbreedingCoeff=-0.0226;MLEAC=122;MLEAF=0.023;AN=858;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1600:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1031:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:23,4:27:50:.:.:50,0,715:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1212:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,276:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1585:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,12:84:99:.:.:123,0,2025:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,716:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1362:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,137:176:99:.:.:3746,0,976:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:1|1:512682_A_T:6784,487,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,32:125:99:.:.:607,0,3013:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,172:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,206:206:99:1|1:512682_A_T:9047,626,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:747,0:747:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:849,0:849:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:705,0:705:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:586,0:586:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,200:201:99:1|1:512682_A_T:8736,582,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:523,0:523:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,35:191:99:.:.:654,0,5435:. 1|0:243,305:548:99:0|1:512682_A_T:8889,0,6184:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:214,28:242:99:.:.:240,0,7320:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:557,0:557:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:519,0:519:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:608,0:608:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:669,0:669:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1296:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512733 . T C 360989 PASS FS=0;MQ=60.87;QD=19.2;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.692;VQSLOD=6.69;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1231;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=87.75;GQ_STDDEV=38.35;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0205;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.159;culprit=FS;set=snp;DP=13936387;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=-0.0396;MLEAC=56;MLEAF=0.011;AN=858;AC=5 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:0,99,1286:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1658:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1571:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:89:0,89,1177:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1444:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1314:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1147:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1466:. 0|0:42,0:42:99:0,110,1431:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:27,0:27:60:0,60,900:. 0|0:7,0:7:0:0,0,153:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:35,0:35:99:0,102,982:. 0|0:63,0:63:99:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1635:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1130:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:13,0:13:36:0,36,540:. 0|0:51,0:51:99:0,118,1463:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1509:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,119,1614:. 0|0:312,0:312:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:0,93,1395:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,740:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1094:. 1|0:82,14:96:99:115,0,2080:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1164:. 1|1:0,131:131:99:3574,389,0:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 1|0:19,92:111:99:2250,0,238:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1271:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,119,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,118,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:0,36,361:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,113,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,107,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:0,45,472:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|1:162,22:184:55:55,0,4141:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,113,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:19:0,19,431:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:96:0,96,1440:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,707:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1409:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:759,0:759:99:0,120,1800:. 0|0:666,0:666:99:0,120,1800:. 0|0:706,0:706:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:0,72,922:. 0|0:118,0:118:.:.:120 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:.:.:120 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:.:.:120 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:.:.:120 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:.:.:120 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:.:.:120 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:.:.:120 0|0:44,0:44:99:0,117,1755:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:.:.:120 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:120 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:120 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:.:.:120 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:.:.:120 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:.:.:120 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:.:.:120 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:117 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:.:.:120 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:.:.:120 0|0:414,0:414:.:.:120 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:.:.:120 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:.:.:120 0|0:531,0:531:99:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:0,120,1800:. 0|0:448,0:448:.:.:120 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:120 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:99:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,976:. 0|0:302,0:302:99:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:319,0:319:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512741 . G A 2.5587e+06 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=26.67;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.675;VQSLOD=8.27;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=0.999;GC=38.1;GQ_MEAN=87.85;GQ_STDDEV=41.38;HRun=1;InbreedingCoeff=0.4757;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.4;culprit=FS;set=snp;DP=14014439;AF=0.08;AS_InbreedingCoeff=0.4478;MLEAC=419;MLEAF=0.08;AN=858;AC=37 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:0,99,1286:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1658:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1571:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:91:0,91,1091:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1444:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1314:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:90:0,90,1107:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1142:. 0|0:51,0:51:99:0,114,1534:. 0|0:42,0:42:99:0,110,1431:. 0|0:33,0:33:90:0,90,921:. 0|0:21,0:21:45:0,45,675:. 0|0:23,0:23:47:0,47,620:. 0|0:7,0:7:0:0,0,144:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1635:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1130:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:47:0,47,539:. 0|0:16,0:16:35:0,35,431:. 0|0:51,0:51:99:0,118,1463:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1509:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,119,1614:. 0|0:312,0:312:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:90:0,90,1350:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:0,93,1395:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,740:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 1|0:30,47:77:99:1193,0,629:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1094:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1651,173,0:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1164:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 1|0:64,23:87:99:418,0,1473:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1271:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 1|0:47,10:57:99:124,0,1120:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,119,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,118,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 1|0:49,15:64:99:268,0,1184:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 1|0:122,16:138:87:87,0,3002:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:0,39,365:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|1:91,51:142:99:1145,0,2034:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,113,1800:. 0|1:82,13:95:99:106,0,1985:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 1|1:10,86:96:3:2304,3,0:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:2377,242,0:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 1|0:92,17:109:99:200,0,2159:. 0|0:77,0:77:99:0,107,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|1:71,37:108:99:802,0,1538:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 1|0:52,137:189:99:3401,0,786:. 0|0:115,0:115:0:0,0,2495:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 1|0:108,40:148:99:753,0,2499:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|1:107,66:173:99:1430,0,2452:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 1|0:5,4:9:87:87,0,112:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:72:0,72,1080:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 1|0:81,18:99:99:250,0,2063:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,113,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1071:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,707:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1665:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1409:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:759,0:759:99:0,120,1800:. 0|0:666,0:666:99:0,120,1800:. 0|0:706,0:706:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 1|1:0,28:28:84:943,84,0:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:99:0,120,1800:. 1|0:18,145:163:99:4392,0,152:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 1|1:2,273:275:99:9313,755,0:. 0|0:445,0:445:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 1|1:1,240:241:99:8097,690,0:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:0,120,1800:. 1|0:13,34:47:99:1053,0,299:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 1|0:222,84:306:99:1855,0,6552:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:0,120,1800:. 1|0:86,111:197:99:3122,0,2070:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 1|0:32,52:84:99:1476,0,703:. 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1496:. 0|0:258,0:258:99:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:99:0,120,1800:. 1|1:9,247:256:99:8069,457,0:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:0,120,1800:. 0|0:531,0:531:99:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:0,120,1800:. 1|1:4,415:419:99:13652,1118,0:. 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:2518,216,0:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:99:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,976:. 0|0:302,0:302:99:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:78:0,78,1170:. 0|0:319,0:319:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512820 . A G 3.94901e+06 PASS FS=0;MQ=58.54;QD=35.85;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.677;VQSLOD=10.03;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=81.25;GQ_STDDEV=29.89;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6778;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.056;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13826443;AF=0.136;AS_InbreedingCoeff=0.6778;MLEAC=711;MLEAF=0.137;AN=852;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1336:. 0|1:1,37:38:13:0|1:512817_T_A:1578,0,13:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1571:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1663:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1444:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1431:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1129:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,766:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1210:. 1|0:24,30:54:99:0|1:512817_T_A:1181,0,3916:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1635:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1463:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1509:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1583:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1344:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,10:94:99:0|1:512817_T_A:175,0,4058:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,734:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,28:136:99:0|1:512817_T_A:866,0,4506:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1094:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1275:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,28:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1203:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,38:169:99:0|1:512817_T_A:1292,0,5654:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:1|1:512817_T_A:7497,503,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,126:128:99:1|1:512817_T_A:5630,139,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,41:125:99:0|1:512817_T_A:1463,0,3456:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:130,26:156:99:.:.:766,0,5589:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,49:162:99:0|1:512817_T_A:1775,0,4759:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,522:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:.:.:.:.:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,55:84:99:0|1:512817_T_A:2219,0,1080:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,47:117:99:0|1:512817_T_A:1779,0,12506:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,206:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,1764:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1048:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,19:72:99:0|1:512817_T_A:629,0,9774:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:16:.:.:0,16,557:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,21:23:99:0|1:512817_T_A:967,0,244:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1409:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:759,0:759:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:666,0:666:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:706,0:706:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:118,0:118:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:.:.:.:.:120 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:.:.:120 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:.:.:.:.:120 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:.:.:.:.:120 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:.:.:.:.:120 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:.:.:.:.:120 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:117 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:.:.:.:.:120 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:.:.:.:.:120 0|0:414,0:414:.:.:.:.:120 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:.:.:.:.:120 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:.:.:.:.:120 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:.:.:120 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,865:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,735:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512859 . A T 6.63887e+06 PASS FS=0;MQ=60.09;QD=28.06;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.657;VQSLOD=8.24;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0153;FractionInformativeReads=0.998;GC=19.05;GQ_MEAN=111;GQ_STDDEV=105.84;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4143;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.082;culprit=FS;set=snp;DP=14074595;AF=0.175;AS_InbreedingCoeff=-0.0082;MLEAC=925;MLEAF=0.176;AN=858;AC=55 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:24,27:51:99:0|1:512843_C_CTAG:1061,0,910:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1546:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1556:. 0|0:48,0:48:47:.:.:0,47,1281:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1276:. 1|1:0,38:38:99:1|1:512843_C_CTAG:1755,117,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:1|1:512843_C_CTAG:2745,184,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:30,0:30:67:.:.:0,67,902:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1431:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,1032:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,802:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:31,0:31:76:.:.:0,76,915:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,858:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1210:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1635:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:23:.:.:0,23,416:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,413:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1463:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1509:. 1|0:49,70:119:99:0|1:512843_C_CTAG:2782,0,8218:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1583:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1344:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,104:107:99:1|1:512843_C_CTAG:4507,187,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,90:131:99:0|1:512843_C_CTAG:3642,0,1430:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1094:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,2053:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1275:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,97:114:99:0|1:512843_C_CTAG:4068,0,500:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,44:71:99:0|1:512843_C_CTAG:1732,0,1203:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:39,86:125:99:0|1:512843_C_CTAG:3494,0,1350:. 1|1:0,88:88:99:1|1:512843_C_CTAG:3943,265,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,60:67:99:0|1:512843_C_CTAG:2582,0,1011:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,19:125:99:0|1:512843_C_CTAG:467,0,4492:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1203:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,2147:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:0:.:.:0,0,4074:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,51:185:99:0|1:512843_C_CTAG:1688,0,5648:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:145,88:233:99:0|1:512843_C_CTAG:3343,0,25273:. 0|0:154,0:154:44:.:.:0,44,3720:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,159:187:99:0|1:512843_C_CTAG:6701,0,4658:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,213:214:99:1|1:512843_C_CTAG:9650,611,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:512843_C_CTAG:8312,566,0:. 1|1:0,231:231:99:1|1:512843_C_CTAG:10639,716,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,10:176:86:0|1:512848_GATAT_G:0,86,7874:. 0|0:230,0:230:0:.:.:0,0,4229:. 1|1:0,212:212:99:1|1:512843_C_CTAG:9678,650,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,104:116:99:0|1:512843_C_CTAG:4526,0,176:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:512843_C_CTAG:3540,238,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,132:132:99:1|1:512843_C_CTAG:6008,403,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,48:81:99:0|1:512843_C_CTAG:1935,0,5423:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,19:100:99:0|1:512843_C_CTAG:551,0,13981:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:1|1:512843_C_CTAG:4478,301,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:1|1:512843_C_CTAG:9775,656,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,86:88:99:1|1:512843_C_CTAG:3791,178,0:. 0|0:254,0:254:0:.:.:0,0,5318:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:54:.:.:0,54,3738:. 0|1:19,97:116:99:0|1:512843_C_CTAG:4019,0,545:. 0|0:64,3:67:31:0|1:512843_C_CTAG:0,31,2790:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,115:201:99:0|1:512843_C_CTAG:4620,0,3181:. 1|1:0,123:123:99:1|1:512843_C_CTAG:5490,370,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:0:.:.:0,0,3290:. 1|1:0,219:219:99:1|1:512843_C_CTAG:9897,668,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:512843_C_CTAG:4665,313,0:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,280:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,655:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,17:19:33:0|1:512843_C_CTAG:708,0,33:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:0:.:.:0,0,4386:. 0|0:89,0:89:14:.:.:0,14,2188:. 1|1:3,67:70:76:1|1:512843_C_CTAG:2880,76,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,662:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,826:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:1|1:512843_C_CTAG:8846,593,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1409:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:704,0:704:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:666,0:666:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:706,0:706:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:118,0:118:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:.:.:.:.:120 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,302:317:99:1|1:512843_C_CTAG:13039,249,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:.:.:120 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:.:.:.:.:120 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:.:.:.:.:120 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:.:.:.:.:120 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:.:.:.:.:120 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:117 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:.:.:.:.:120 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:.:.:.:.:120 0|0:414,0:414:.:.:.:.:120 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:.:.:.:.:120 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:.:.:.:.:120 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:.:.:120 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512919 . T A 3.42451e+06 PASS FS=0.577;MQ=60.14;QD=25.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.69;VQSLOD=7.48;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0083;FractionInformativeReads=0.997;GC=38.1;GQ_MEAN=100.05;GQ_STDDEV=76.26;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4644;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.35;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=13553274;AF=0.183;AS_InbreedingCoeff=0.8609;MLEAC=937;MLEAF=0.184;AN=850;AC=138 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1741:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1451:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,970:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1276:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1260:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1431:. 0|0:32,0:32:58:.:.:0,58,889:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,617:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,712:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,630:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1635:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:87,13:100:50:.:.:50,0,3236:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:18,0:18:38:.:.:0,38,474:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1463:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1691,168,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,15:53:99:.:.:304,0,1366:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1344:. 0|1:43,55:98:99:.:.:1384,0,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,12:58:99:.:.:174,0,1882:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,24:29:99:.:.:613,0,124:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,37:121:99:.:.:731,0,3116:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,3:67:99:.:.:0,130,1806:. 0|1:59,52:111:99:.:.:1183,0,2073:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3608,373,0:. 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,2414:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,355:355:99:.:.:10504,1065,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1094:. 0|1:69,24:93:99:.:.:402,0,2507:. 0|1:94,51:145:99:.:.:1028,0,3579:. 1|0:78,16:94:99:.:.:209,0,2924:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1275:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,61:69:99:.:.:1604,0,106:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,4:72:99:.:.:0,101,2701:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,809:. 1|0:104,9:113:56:0|1:512912_C_CA:56,0,4466:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,81:195:99:.:.:1738,0,4113:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:512912_C_CA:2205,147,0:. 1|0:16,105:121:99:.:.:2747,0,398:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,184:187:99:.:.:5239,425,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1203:. 1|1:6,146:152:99:.:.:4078,211,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,73:76:11:1|1:512867_A_T:3077,11,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,10:140:99:.:.:0,130,5141:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,21:103:99:0|1:512878_C_CGTAAA:671,0,3461:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:142,32:174:99:.:.:438,0,4951:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,17:120:99:.:.:105,0,4103:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,54:137:99:.:.:1160,0,3150:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,21:173:94:.:.:94,0,5732:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,11:126:56:.:.:0,56,4507:. 0|0:90,10:100:36:.:.:0,36,3680:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:138,19:157:99:0|1:512867_A_T:364,0,5989:. 0|1:171,16:187:99:0|1:512867_A_T:169,0,7549:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,130:174:99:.:.:3438,0,1312:. 1|0:156,31:187:99:.:.:379,0,6049:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,11:68:99:.:.:133,0,2176:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3592,366,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3880,388,0:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2327:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2610,256,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2510,249,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,84:135:99:.:.:2131,0,1711:. 1|0:130,26:156:99:.:.:308,0,4815:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,59:159:99:.:.:1285,0,3680:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,20:126:99:.:.:213,0,3780:. 0|0:155,0:155:0:.:.:0,0,2981:. 1|0:38,67:105:99:.:.:1700,0,1271:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,55:159:99:.:.:1179,0,2608:. 1|1:7,143:150:99:.:.:4023,150,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3076,312,0:. 1|1:5,82:87:99:.:.:2281,108,0:. 1|1:0,254:254:99:.:.:7299,762,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,1874:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:131,10:141:99:.:.:0,126,4952:. 1|0:113,19:132:99:.:.:172,0,4410:. 1|0:21,32:53:99:0|1:512867_A_T:1364,0,779:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,14:173:99:.:.:0,99,6316:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:171,30:201:99:.:.:245,0,6759:. 1|1:8,118:126:99:.:.:3245,137,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,126:127:99:.:.:3670,370,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,68:71:99:.:.:1944,121,0:. 0|0:148,17:165:6:.:.:0,6,5016:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,2:14:17:.:.:17,0,470:. 1|0:91,101:192:99:.:.:2415,0,3237:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,21:113:99:.:.:265,0,3635:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,869:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,17:83:99:0|1:512903_C_CCT:515,0,2720:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,3:17:81:0|1:512898_TG_T:81,0,621:. 0|1:40,38:78:99:.:.:908,0,1413:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,29:30:45:.:.:806,45,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:187,31:218:99:.:.:429,0,7306:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:.:.:8814,746,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,289:289:99:.:.:10057,869,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7360,632,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7950,671,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:139,68:207:99:.:.:1790,0,5493:. 1|1:1,299:300:99:.:.:10636,891,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:4123,352,0:. 1|1:0,140:140:99:.:.:5001,421,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1409:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:.:.:7209,604,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7731,650,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,694:695:99:.:.:24405,2061,0:. 0|0:666,0:666:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:706,0:706:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2780,198,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,6:104:99:.:.:0,107,4111:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:.:.:8655,775,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,17:214:70:.:.:0,70,6356:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:197,35:232:99:.:.:465,0,7997:. 1|0:15,177:192:16:.:.:5373,0,16:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,2:43:60:.:.:0,60,1641:. 1|1:13,231:244:99:.:.:7347,180,0:. 0|1:100,195:295:99:.:.:5846,0,3317:. 1|1:0,240:240:99:.:.:8288,721,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,165:252:99:.:.:4774,0,2867:. 1|0:179,20:199:76:.:.:76,0,7007:. 1|1:3,233:236:99:.:.:8001,574,0:. 1|1:4,234:238:99:.:.:7749,585,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:179,46:225:99:.:.:852,0,7035:. 0|0:76,7:83:23:.:.:0,23,3043:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,112:180:99:.:.:3180,0,2401:. 1|0:156,307:463:99:.:.:8987,0,5223:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:196,41:237:99:.:.:675,0,7699:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,129:242:99:.:.:3549,0,3023:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1496:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,47:124:99:.:.:1179,0,2859:. 0|1:36,217:253:99:.:.:6605,0,791:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:204,196:400:99:.:.:5376,0,7584:. 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,73:106:99:.:.:2205,0,907:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,141:251:99:.:.:4192,0,3969:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,84:150:99:.:.:2344,0,2418:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,259:259:99:.:.:9001,779,0:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8485,742,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:.:.:3125,276,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,4:50:16:.:.:0,16,1955:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:270,81:351:99:.:.:1708,0,9686:. 1|0:242,100:342:99:.:.:2358,0,9008:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,94:222:99:.:.:2660,0,3609:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:180,34:214:99:.:.:573,0,5566:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:292,211:503:99:.:.:5972,0,8422:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,539:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512936 . G A 2.40242e+07 PASS FS=0.984;MQ=58.45;QD=32.18;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.799;VQSLOD=6.64;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.44;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.995;GC=42.86;GQ_MEAN=103.51;GQ_STDDEV=124.28;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5613;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=0.186;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=14127586;AF=0.715;AS_InbreedingCoeff=0.3078;MLEAC=3357;MLEAF=0.717;AN=844;AC=577 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,43:43:99:1|1:512936_G_A:1889,129,0 1|1:14,0:14:.:.:.:. 1|0:13,49:62:99:.:.:1691,0,148 1|1:1,51:52:99:.:.:2113,117,0 1|1:0,31:31:96:1|1:512936_G_A:1418,96,0 0|1:45,4:49:21:0|1:512936_G_A:21,0,1830 1|1:0,39:39:99:1|1:512936_G_A:1802,126,0 1|1:0,64:64:99:1|1:512936_G_A:2871,199,0 1|1:0,72:72:99:1|1:512936_G_A:3244,223,0 1|1:0,37:37:99:1|1:512936_G_A:1666,114,0 1|0:28,7:35:99:.:.:116,0,760 0|0:49,0:49:83:.:.:0,83,1172 1|1:0,46:46:99:1|1:512936_G_A:2086,141,0 1|1:0,30:30:90:1|1:512936_G_A:1272,90,0 1|0:9,13:22:99:0|1:512936_G_A:511,0,247 1|1:0,20:20:60:1|1:512936_G_A:822,60,0 1|1:0,6:6:18:1|1:512936_G_A:254,18,0 1|1:0,21:21:69:1|1:512936_G_A:993,69,0 1|1:0,17:17:51:1|1:512936_G_A:744,51,0 1|1:0,30:30:99:1|1:512936_G_A:1473,99,0 1|1:0,26:26:81:1|1:512936_G_A:1159,81,0 1|1:0,52:52:99:1|1:512936_G_A:2458,172,0 1|1:0,165:165:99:1|1:512936_G_A:7237,509,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:94:.:.:0,94,915 0|1:10,80:90:99:.:.:2491,0,145 1|1:0,8:8:24:1|1:512936_G_A:339,24,0 1|1:0,17:17:54:1|1:512936_G_A:772,54,0 1|1:0,54:54:99:1|1:512936_G_A:2315,164,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|0:40,70:110:99:0|1:512936_G_A:2585,0,1320 1|1:0,77:77:99:1|1:512936_G_A:3363,238,0 1|0:12,33:45:99:.:.:1220,0,405 1|1:0,317:317:99:1|1:512936_G_A:14150,975,0 1|1:0,50:50:99:1|1:512936_G_A:2181,150,0 1|0:70,43:113:99:0|1:512936_G_A:1468,0,2913 1|1:0,85:85:99:1|1:512936_G_A:3852,264,0 0|1:17,46:63:99:0|1:512936_G_A:1764,0,571 1|1:1,71:72:99:1|1:512936_G_A:3094,160,0 1|1:0,62:62:99:1|1:512936_G_A:2869,202,0 1|1:0,130:130:99:1|1:512936_G_A:5691,394,0 1|1:0,122:122:99:1|1:512936_G_A:5403,373,0 1|1:0,85:85:99:1|1:512936_G_A:3724,259,0 1|1:0,267:267:99:1|1:512936_G_A:11827,816,0 1|1:1,176:177:99:1|1:512936_G_A:7920,527,0 1|0:85,49:134:99:0|1:512936_G_A:1143,0,1857 1|1:2,71:73:99:.:.:2950,151,0 1|1:0,40:40:99:1|1:512936_G_A:1764,120,0 1|1:0,107:107:99:1|1:512936_G_A:4916,337,0 1|1:0,71:71:99:1|1:512936_G_A:3145,223,0 1|1:0,82:82:99:1|1:512936_G_A:3714,258,0 0|1:26,4:30:90:0|1:512936_G_A:90,0,1080 1|1:1,94:95:99:1|1:512936_G_A:4047,260,0 1|0:150,52:202:99:.:.:964,0,4094 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,100:100:99:1|1:512936_G_A:4404,304,0 0|1:40,79:119:99:0|1:512936_G_A:3076,0,1473 0|0:62,2:64:99:.:.:0,105,2454 1|0:8,52:60:99:0|1:512936_G_A:2055,0,104 1|0:49,53:102:99:.:.:1996,0,1928 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,91:103:7:.:.:2502,0,7 1|1:0,128:128:99:1|1:512936_G_A:5645,394,0 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,62:62:99:1|1:512936_G_A:2749,190,0 1|0:31,56:87:99:.:.:1877,0,906 1|0:46,90:136:99:0|1:512936_G_A:3352,0,1649 0|1:18,69:87:99:.:.:1805,0,495 1|1:0,57:57:99:1|1:512936_G_A:2551,175,0 1|1:0,84:84:99:1|1:512936_G_A:3704,256,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1313 1|1:0,53:53:99:1|1:512936_G_A:2224,159,0 1|1:0,119:119:99:1|1:512936_G_A:5029,360,0 1|1:3,121:124:99:1|1:512936_G_A:5061,241,0 1|1:0,111:111:99:1|1:512936_G_A:4957,343,0 1|1:0,61:61:99:1|1:512936_G_A:2702,187,0 1|1:16,231:247:79:.:.:8937,79,0 0|1:63,6:69:53:0|1:512936_G_A:53,0,2715 1|1:0,2:2:6:1|1:512936_G_A:90,6,0 1|1:0,65:65:99:1|1:512936_G_A:2990,205,0 1|1:4,68:72:40:1|1:512936_G_A:2652,40,0 1|1:0,64:64:99:1|1:512936_G_A:2707,196,0 1|1:0,28:28:87:1|1:512936_G_A:1273,87,0 0|1:8,102:110:68:.:.:4154,0,68 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,182:182:99:1|1:512936_G_A:7930,554,0 0|1:83,101:184:99:.:.:2411,0,2963 1|1:0,60:60:99:1|1:512936_G_A:2621,184,0 1|1:7,137:144:99:1|1:512936_G_A:5590,151,0 0|0:56,0:56:.:.:.:. 0|1:98,19:117:99:.:.:445,0,4151 1|1:0,114:114:99:1|1:512936_G_A:5011,352,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:1|1:512936_G_A:4034,286,0 1|0:18,75:93:99:.:.:2259,0,176 1|1:0,52:52:99:1|1:512936_G_A:2214,156,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|1:138,51:189:99:0|1:512936_G_A:1594,0,5106 1|1:87,0:87:.:.:.:. 1|1:0,262:262:99:1|1:512936_G_A:11545,807,0 0|1:28,200:228:99:.:.:5502,0,403 1|1:0,174:174:99:1|1:512936_G_A:7610,527,0 1|0:80,9:89:67:0|1:512936_G_A:67,0,2999 1|1:0,122:122:99:1|1:512936_G_A:5380,370,0 1|1:9,117:126:4:.:.:4677,4,0 1|1:0,180:180:99:1|1:512936_G_A:7866,548,0 1|0:19,80:99:99:0|1:512936_G_A:3227,0,764 1|1:0,161:161:99:1|1:512936_G_A:7174,497,0 0|1:27,155:182:99:.:.:5979,0,518 1|1:0,178:178:99:1|1:512936_G_A:7708,541,0 1|1:0,171:171:99:1|1:512936_G_A:7535,526,0 1|1:0,178:178:99:1|1:512936_G_A:7738,545,0 1|0:72,96:168:99:.:.:3370,0,2465 1|1:0,208:208:99:1|1:512936_G_A:9242,641,0 1|1:0,159:159:99:1|1:512936_G_A:7029,488,0 1|1:0,171:171:99:1|1:512936_G_A:7506,524,0 1|1:0,203:203:99:1|1:512936_G_A:8934,620,0 1|1:0,200:200:99:1|1:512936_G_A:8720,611,0 0|1:20,98:118:99:.:.:3709,0,457 1|1:0,209:209:99:1|1:512936_G_A:9357,647,0 0|1:59,80:139:99:.:.:2507,0,1975 1|1:2,162:164:99:.:.:5228,443,0 1|1:0,167:167:99:1|1:512936_G_A:7505,515,0 1|1:0,117:117:99:1|1:512936_G_A:5338,373,0 1|1:0,145:145:99:1|1:512936_G_A:6422,448,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,172:172:99:1|1:512936_G_A:7603,530,0 0|1:14,178:192:65:0|1:512936_G_A:6816,0,65 1|0:22,138:160:99:.:.:4861,0,444 1|1:0,192:192:99:1|1:512936_G_A:8300,586,0 0|1:18,126:144:84:.:.:4288,0,84 0|1:13,108:121:99:0|1:512936_G_A:4179,0,215 1|0:14,98:112:99:.:.:3730,0,274 1|1:0,196:196:99:1|1:512936_G_A:8892,617,0 1|1:0,212:212:99:1|1:512936_G_A:9405,653,0 1|1:0,142:142:99:1|1:512936_G_A:6378,439,0 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,133:133:99:1|1:512936_G_A:5907,409,0 0|1:140,12:152:21:0|1:512936_G_A:21,0,5561 0|0:163,17:180:56:.:.:0,56,6410 1|1:0,208:208:99:1|1:512936_G_A:9178,640,0 1|1:0,187:187:99:1|1:512936_G_A:7933,563,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,126:126:99:1|1:512936_G_A:5589,388,0 1|0:125,39:164:99:.:.:1147,0,4809 0|1:29,152:181:99:0|1:512936_G_A:5781,0,782 1|1:0,213:213:99:1|1:512936_G_A:9449,656,0 1|1:0,103:103:99:1|1:512936_G_A:4528,313,0 1|1:0,110:110:99:1|1:512936_G_A:4824,334,0 1|1:0,100:100:99:1|1:512936_G_A:4421,304,0 1|1:0,89:89:99:1|1:512936_G_A:4054,277,0 1|1:0,243:243:99:1|1:512936_G_A:10781,752,0 1|0:16,50:66:99:.:.:1330,0,442 1|1:0,129:129:99:1|1:512936_G_A:5726,397,0 1|1:0,120:120:99:1|1:512936_G_A:5350,369,0 1|1:0,73:73:99:1|1:512936_G_A:3078,220,0 1|1:0,218:218:99:1|1:512936_G_A:9771,668,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:1|1:512936_G_A:3664,256,0 1|1:0,96:96:99:1|1:512936_G_A:4272,301,0 1|0:15,109:124:26:.:.:4061,0,26 1|0:55,35:90:99:.:.:843,0,1197 1|1:0,140:140:99:1|1:512936_G_A:6317,436,0 0|1:67,107:174:99:0|1:512936_G_A:3948,0,2245 0|1:137,39:176:99:0|1:512936_G_A:1172,0,5088 1|1:0,153:153:99:1|1:512936_G_A:6723,464,0 1|1:0,6:6:18:1|1:512936_G_A:270,18,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,146:146:99:1|1:512936_G_A:6498,454,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800 1|1:0,87:87:99:1|1:512936_G_A:3788,265,0 0|1:86,44:130:99:.:.:983,0,3182 0|1:57,102:159:99:.:.:3753,0,1957 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|1:58,88:146:99:.:.:2340,0,1924 1|1:2,116:118:99:1|1:512936_G_A:4880,274,0 1|1:0,90:90:99:1|1:512936_G_A:4074,286,0 1|1:0,84:84:99:1|1:512936_G_A:3648,255,0 1|1:0,106:106:99:1|1:512936_G_A:4668,325,0 1|0:38,74:112:99:.:.:2733,0,1345 0|1:76,45:121:99:.:.:1046,0,1837 0|1:67,32:99:99:.:.:1038,0,2771 1|1:0,113:113:99:1|1:512936_G_A:4908,343,0 1|1:0,91:91:99:1|1:512936_G_A:4010,280,0 1|1:0,234:234:99:1|1:512936_G_A:10387,713,0 1|1:0,147:147:99:1|1:512936_G_A:6654,457,0 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,161:161:99:1|1:512936_G_A:6993,491,0 1|1:0,192:192:99:1|1:512936_G_A:8378,584,0 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|1:7,76:83:3:0|1:512936_G_A:3101,0,3 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,125:125:99:1|1:512936_G_A:5451,382,0 1|1:0,72:72:99:1|1:512936_G_A:3198,220,0 1|1:0,95:95:99:1|1:512936_G_A:4260,292,0 1|1:0,89:89:99:1|1:512936_G_A:4014,277,0 0|1:188,45:233:99:.:.:1194,0,6823 1|1:0,76:76:99:1|1:512936_G_A:3486,238,0 1|1:0,159:159:99:1|1:512936_G_A:7124,491,0 1|1:49,0:49:.:.:.:. 0|1:32,100:132:99:.:.:2640,0,596 0|1:20,107:127:99:0|1:512936_G_A:4131,0,545 0|1:30,21:51:99:.:.:507,0,1228 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|0:24,35:59:99:0|1:512936_G_A:1464,0,865 1|1:0,101:101:99:1|1:512936_G_A:4480,313,0 1|1:0,104:104:99:1|1:512936_G_A:4557,319,0 0|1:14,147:161:99:.:.:5564,0,189 1|1:0,71:71:99:1|1:512936_G_A:3067,214,0 1|1:0,171:171:99:1|1:512936_G_A:7621,524,0 1|1:0,165:165:99:1|1:512936_G_A:7322,509,0 1|1:0,103:103:99:1|1:512936_G_A:4485,313,0 1|1:0,73:73:99:1|1:512936_G_A:3235,223,0 1|0:31,168:199:99:.:.:6133,0,623 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:1|1:512936_G_A:4028,280,0 1|1:0,46:46:99:1|1:512936_G_A:2026,138,0 1|1:5,61:66:64:.:.:1770,64,0 1|1:7,101:108:16:.:.:4019,16,0 1|1:0,60:60:99:1|1:512936_G_A:2643,184,0 1|1:0,83:83:99:1|1:512936_G_A:3637,256,0 1|1:3,69:72:80:.:.:2668,80,0 1|1:0,75:75:99:1|1:512936_G_A:3373,229,0 1|1:0,86:86:99:1|1:512936_G_A:3866,268,0 0|1:59,66:125:99:.:.:1655,0,1165 1|1:0,221:221:99:1|1:512936_G_A:9876,677,0 1|1:3,80:83:99:.:.:3221,118,0 1|1:0,123:123:99:1|1:512936_G_A:5443,379,0 1|1:0,50:50:99:1|1:512936_G_A:2153,150,0 1|1:0,196:196:99:1|1:512936_G_A:8796,602,0 1|1:0,78:78:99:1|1:512936_G_A:3371,238,0 1|1:1,119:120:99:1|1:512936_G_A:5226,338,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,67:67:99:1|1:512936_G_A:2934,202,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|0:90,85:175:99:.:.:2124,0,2119 1|1:0,105:105:99:1|1:512936_G_A:4636,319,0 0|1:2,10:12:54:.:.:321,0,54 0|1:97,85:182:99:0|1:512936_G_A:3105,0,4021 1|1:0,120:120:99:1|1:512936_G_A:5378,364,0 1|1:0,142:142:99:1|1:512936_G_A:6162,430,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,132:132:99:1|1:512936_G_A:5757,400,0 1|0:23,90:113:99:.:.:2871,0,594 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,35:35:99:1|1:512936_G_A:1567,108,0 1|1:0,26:26:78:1|1:512936_G_A:1140,78,0 1|1:0,102:102:99:1|1:512936_G_A:4428,307,0 1|0:19,250:269:5:.:.:8834,0,5 1|0:63,34:97:99:0|1:512936_G_A:1201,0,2357 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 1|0:5,13:18:59:.:.:341,0,59 1|1:0,51:51:99:1|1:512936_G_A:2330,160,0 1|1:0,151:151:99:1|1:512936_G_A:6743,469,0 0|1:13,80:93:99:0|1:512936_G_A:3129,0,260 1|1:4,61:65:57:1|1:512936_G_A:2424,57,0 1|0:28,46:74:99:.:.:1666,0,1070 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|0:3,17:20:72:.:.:731,0,72 1|0:37,34:71:99:.:.:809,0,1403 0|0:15,0:15:.:.:.:. 1|1:0,113:113:99:1|1:512936_G_A:4937,343,0 0|0:30,1:31:48:.:.:0,48,1294 1|1:0,180:180:99:1|1:512936_G_A:8112,560,0 1|1:0,143:143:99:1|1:512936_G_A:6450,442,0 1|1:0,172:172:99:1|1:512936_G_A:7777,527,0 1|1:0,174:174:99:1|1:512936_G_A:7928,542,0 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,206:206:99:1|1:512936_G_A:9266,632,0 1|1:0,191:191:99:1|1:512936_G_A:8578,587,0 1|1:0,155:155:99:1|1:512936_G_A:7035,479,0 0|1:32,181:213:99:.:.:5818,0,822 1|1:0,170:170:99:1|1:512936_G_A:7604,518,0 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,270:270:99:1|1:512936_G_A:12148,834,0 1|1:0,245:245:99:1|1:512936_G_A:10850,740,0 1|1:0,246:246:99:1|1:512936_G_A:11055,759,0 1|1:0,223:223:99:1|1:512936_G_A:10071,689,0 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,134:139:99:1|1:512936_G_A:5754,237,0 1|1:0,255:255:99:1|1:512936_G_A:11412,780,0 1|1:0,121:121:99:1|1:512936_G_A:5445,370,0 1|0:60,141:201:99:0|1:512936_G_A:5554,0,2182 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800 1|0:125,31:156:99:0|1:512936_G_A:949,0,4885 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,192:192:99:1|1:512936_G_A:8602,590,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1409 1|0:90,17:107:99:0|1:512936_G_A:416,0,3508 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,162:162:99:1|1:512936_G_A:7266,497,0 1|1:182,0:182:.:.:.:0,0,0 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,210:210:99:1|1:512936_G_A:9451,641,0 1|1:0,232:232:99:1|1:512936_G_A:10440,716,0 0|0:599,0:599:99:.:.:0,120,1800 0|0:666,0:666:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,773:773:99:1|1:512936_G_A:34750,2390,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,36:36:99:1|1:512936_G_A:1688,114,0 1|1:0,109:109:99:1|1:512936_G_A:4832,328,0 1|1:2,103:105:99:1|1:512936_G_A:4374,199,0 1|1:0,151:151:99:1|1:512936_G_A:6684,463,0 1|1:0,204:204:99:1|1:512936_G_A:9241,635,0 0|0:566,0:566:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,130:142:63:0|1:512936_G_A:5313,0,63 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,244:244:99:1|1:512936_G_A:10833,746,0 1|1:0,380:380:99:1|1:512936_G_A:16905,1152,0 1|1:1,276:277:99:1|1:512936_G_A:12048,822,0 1|1:0,536:536:99:1|1:512936_G_A:23889,1628,0 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,311:311:99:1|1:512936_G_A:13744,936,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,286:286:99:1|1:512936_G_A:12665,879,0 1|1:0,187:187:99:1|1:512936_G_A:8426,575,0 1|1:0,219:219:99:1|1:512936_G_A:10055,686,0 1|1:0,249:249:99:1|1:512936_G_A:11287,777,0 0|1:178,33:211:99:.:.:767,0,6812 1|1:0,218:218:99:1|1:512936_G_A:9685,668,0 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,202:241:99:.:.:7866,0,935 0|0:184,13:197:99:0|1:512936_G_A:0,117,8188 1|1:2,277:279:99:1|1:512936_G_A:12063,756,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|0:32,412:444:32:0|1:512936_G_A:16554,0,32 1|0:17,29:46:99:.:.:1020,0,522 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800 1|0:183,96:279:99:.:.:3153,0,7590 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,186:186:99:1|1:512936_G_A:8483,581,0 1|0:44,200:244:99:0|1:512936_G_A:7858,0,1135 1|0:159,73:232:99:.:.:2382,0,6999 0|1:33,155:188:99:.:.:6036,0,951 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,193:193:99:1|1:512936_G_A:8641,593,0 1|1:2,103:105:99:1|1:512936_G_A:4277,253,0 1|0:45,164:209:99:.:.:6381,0,1470 1|0:8,69:77:99:.:.:2726,0,128 1|1:13,219:232:99:.:.:7325,300,0 1|1:4,327:331:99:1|1:512936_G_A:13784,827,0 1|0:102,72:174:99:.:.:2550,0,4162 0|1:304,131:435:99:0|1:512936_G_A:4281,0,12668 1|1:0,184:184:99:1|1:512936_G_A:8211,565,0 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800 1|0:60,183:243:99:.:.:7094,0,1975 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 0|1:122,37:159:99:0|1:512936_G_A:1104,0,4723 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|0:96,30:126:99:.:.:830,0,3678 1|1:7,140:147:99:.:.:5521,223,0 1|1:0,44:44:99:1|1:512936_G_A:2029,138,0 1|1:2,265:267:99:.:.:11385,748,0 1|1:3,318:321:99:.:.:13458,834,0 1|1:10,239:249:99:.:.:9675,285,0 1|1:11,214:225:99:.:.:8522,184,0 1|0:30,269:299:99:.:.:10519,0,172 1|0:66,62:128:99:.:.:1934,0,2156 1|0:217,37:254:99:.:.:710,0,8592 1|1:14,234:248:99:.:.:9404,157,0 1|1:0,405:405:99:1|1:512936_G_A:18008,1234,0 1|0:161,22:183:99:0|1:512936_G_A:408,0,6680 1|0:192,196:388:99:.:.:5894,0,7062 1|1:0,525:525:99:1|1:512936_G_A:23375,1610,0 1|1:0,414:414:99:1|1:512936_G_A:18648,1282,0 0|0:91,7:98:30:0|1:512936_G_A:0,30,3970 1|1:0,366:366:99:1|1:512936_G_A:16375,1120,0 1|1:0,327:327:99:1|1:512936_G_A:14670,1001,0 0|1:143,102:245:99:0|1:512936_G_A:3487,0,5957 1|1:0,294:294:99:1|1:512936_G_A:12842,885,0 1|1:1,67:68:99:1|1:512936_G_A:2885,197,0 0|1:76,64:140:99:.:.:2284,0,3241 1|1:0,136:136:99:1|1:512936_G_A:6022,418,0 1|1:1,232:233:99:1|1:512936_G_A:10270,700,0 1|1:0,269:269:99:1|1:512936_G_A:11972,825,0 1|1:0,201:201:99:1|1:512936_G_A:8997,623,0 1|0:183,37:220:99:0|1:512936_G_A:905,0,7173 1|1:0,290:290:99:1|1:512936_G_A:12865,881,0 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,82:82:99:1|1:512936_G_A:3658,250,0 1|1:0,73:73:99:1|1:512936_G_A:3152,223,0 1|1:0,218:218:99:1|1:512936_G_A:9821,677,0 1|1:0,196:196:99:1|1:512936_G_A:8934,611,0 1|1:1,253:254:99:1|1:512936_G_A:11059,743,0 1|1:0,154:154:99:1|1:512936_G_A:6907,473,0 1|1:0,351:351:99:1|1:512936_G_A:15843,1080,0 1|1:0,277:277:99:1|1:512936_G_A:12328,846,0 1|1:0,282:282:99:1|1:512936_G_A:12691,869,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:1|1:512936_G_A:4263,289,0 1|0:6,48:54:99:0|1:512936_G_A:1806,0,149 1|1:0,18:18:54:1|1:512936_G_A:785,54,0 1|1:0,317:317:99:1|1:512936_G_A:14247,978,0 1|0:176,156:332:99:0|1:512936_G_A:5891,0,6916 0|1:152,185:337:99:0|1:512936_G_A:6788,0,5677 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800 0|1:40,243:283:99:0|1:512936_G_A:9625,0,807 1|1:5,122:127:99:.:.:4939,163,0 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 1|0:29,220:249:99:0|1:512936_G_A:8645,0,529 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|1:204,24:228:99:0|1:512936_G_A:267,0,8012 1|1:0,245:245:99:1|1:512936_G_A:10755,740,0 0|0:469,0:469:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,71:71:99:1|1:512936_G_A:3171,217,0 1|1:0,284:284:99:1|1:512936_G_A:12548,873,0 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,179:179:99:1|1:512936_G_A:7944,542,0 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,68:68:99:1|1:512936_G_A:2955,208,0 1|1:0,20:20:60:1|1:512936_G_A:880,60,0 1|1:0,316:316:99:1|1:512936_G_A:13958,963,0 1|1:0,203:203:99:1|1:512936_G_A:8893,617,0 Pf3D7_01_v3 512960 . T C 8.17654e+06 PASS FS=0.599;MQ=60.62;QD=30.69;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.635;VQSLOD=7.52;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=33.33;GQ_MEAN=108.43;GQ_STDDEV=100.38;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6158;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.229;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13996451;AF=0.238;AS_InbreedingCoeff=0.6354;MLEAC=1247;MLEAF=0.237;AN=858;AC=328 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1395:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,619:. 0|1:33,26:59:99:.:.:1005,0,1251:. 0|0:57,2:59:99:.:.:0,109,2526:. 0|0:39,0:39:92:.:.:0,92,1131:. 1|0:6,47:53:99:1|0:512936_G_A:1832,0,105:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1303:. 1|1:0,60:60:99:1|1:512936_G_A:2622,190,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1344:. 0|1:22,10:32:99:.:.:196,0,659:. 1|1:0,47:47:99:1|1:512945_T_C:1967,153,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,724:. 0|1:12,10:22:99:1|0:512936_G_A:350,0,474:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:22,0:22:34:.:.:0,34,638:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1096:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:512945_T_C:3061,220,0:. 1|1:0,32:32:99:1|1:512945_T_C:1412,102,0:. 1|0:28,65:93:99:.:.:2624,0,980:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:512945_T_C:2222,164,0:. 0|1:64,37:101:99:.:.:1228,0,2539:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,14:54:99:.:.:373,0,1662:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:41,73:114:99:.:.:2725,0,1615:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,15:72:99:.:.:412,0,2340:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,118:120:99:.:.:4739,271,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,251:251:99:1|1:512936_G_A:11012,773,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,114:121:49:1|1:512936_G_A:4632,49,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:1|1:512936_G_A:1800,120,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,3:66:99:.:.:0,117,2529:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,22:27:99:.:.:910,0,138:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,167:212:99:0|1:512945_T_C:6550,0,1251:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3439,379,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,46:128:99:.:.:1482,0,3429:. 1|1:3,69:72:81:.:.:2574,81,0:. 0|1:48,6:54:99:.:.:99,0,1994:. 0|1:53,51:104:99:.:.:1783,0,2206:. 1|1:0,128:128:99:1|1:512945_T_C:5448,391,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,365:365:99:1|1:512945_T_C:15459,1112,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,42:84:99:.:.:1476,0,1265:. 0|1:92,35:127:99:.:.:1135,0,3849:. 1|1:0,73:73:99:1|1:512945_T_C:3244,226,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,24:78:99:0|1:512960_T_C:719,0,1915:. 1|1:0,56:56:99:1|1:512945_T_C:2469,177,0:. 1|0:30,15:45:99:0|1:512960_T_C:540,0,1168:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,39:116:99:.:.:1355,0,3060:. 1|0:98,14:112:99:0|1:512960_T_C:290,0,4060:. 1|1:0,51:51:99:1|1:512936_G_A:2385,160,0:. 0|0:220,18:238:26:.:.:0,26,9373:. 1|0:7,64:71:92:.:.:2626,0,92:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1108:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,3:67:92:.:.:0,92,2890:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:512945_T_C:3084,222,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:1|1:512945_T_C:7719,536,0:. 0|0:50,3:53:73:.:.:0,73,1428:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,82:101:99:.:.:3310,0,571:. 0|1:110,10:120:85:0|1:512936_G_A:85,0,4679:. 1|1:2,169:171:99:.:.:6907,436,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,64:88:99:.:.:2174,0,726:. 0|0:54,1:55:99:.:.:0,124,2359:. 1|1:6,128:134:99:.:.:5056,139,0:. 1|0:53,127:180:99:1|0:512936_G_A:4978,0,1848:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,198:217:99:.:.:4946,0,205:. 1|1:0,155:155:99:1|1:512936_G_A:7245,485,0:. 0|1:7,77:84:63:1|0:512936_G_A:2994,0,63:. 0|1:43,76:119:99:.:.:2764,0,1540:. 0|0:125,10:135:9:.:.:0,9,5231:. 1|1:5,170:175:99:1|1:512960_T_C:6670,318,0:. 0|1:26,76:102:99:0|1:512936_G_A:3011,0,860:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,29:179:99:.:.:589,0,6348:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,54:171:99:.:.:930,0,4661:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,62:140:99:.:.:2170,0,3128:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:1|1:512936_G_A:6885,461,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,182:184:99:.:.:7345,463,0:. 1|0:90,23:113:99:.:.:603,0,2927:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,86:129:99:.:.:3124,0,1028:. 0|1:24,127:151:99:.:.:3077,0,644:. 1|0:135,22:157:99:.:.:412,0,5475:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:165,16:181:99:.:.:134,0,7079:. 0|1:102,52:154:99:.:.:1142,0,2976:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,72:146:99:.:.:2598,0,2851:. 1|0:108,12:120:99:.:.:187,0,4666:. 0|1:93,16:109:99:.:.:286,0,3990:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,251:251:99:1|1:512945_T_C:10548,764,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,10:155:6:0|1:512936_G_A:0,6,6171:. 1|0:167,21:188:99:.:.:376,0,6808:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:1|1:512945_T_C:7659,556,0:. 1|1:0,204:204:99:1|1:512945_T_C:8570,622,0:. 1|1:0,118:118:99:1|1:512936_G_A:5534,370,0:. 0|1:38,134:172:99:.:.:5105,0,1074:. 1|0:145,31:176:99:.:.:688,0,6081:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,5:57:36:.:.:0,36,2246:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,110:110:99:1|1:512945_T_C:4711,334,0:. 1|1:0,114:114:99:1|1:512945_T_C:4794,352,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,34:126:99:.:.:1110,0,3705:. 0|1:41,50:91:99:.:.:1069,0,1324:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,61:161:99:.:.:2132,0,4034:. 1|0:46,127:173:99:.:.:4919,0,1598:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,8:8:24:1|1:512936_G_A:327,24,0:. 1|1:0,106:106:99:1|1:512945_T_C:4484,324,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:512945_T_C:3348,238,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:512945_T_C:3131,229,0:. 1|0:35,43:78:99:.:.:945,0,819:. 1|1:0,133:133:99:1|1:512945_T_C:5664,409,0:. 1|0:98,56:154:99:.:.:1869,0,3962:. 1|1:3,87:90:99:.:.:3460,152,0:. 1|0:14,124:138:99:.:.:3635,0,168:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,24:89:99:0|1:512960_T_C:789,0,2727:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,33:106:99:.:.:897,0,3004:. 1|0:117,11:128:83:.:.:83,0,4822:. 1|0:31,60:91:99:.:.:2204,0,1144:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,137:143:99:.:.:5670,181,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3918,277,0:. 1|0:79,7:86:44:.:.:44,0,3318:. 1|1:2,259:261:99:.:.:6748,720,0:. 1|0:87,33:120:99:.:.:952,0,3499:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:512936_G_A:3826,270,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,173:218:99:.:.:6538,0,1382:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,29:115:99:.:.:416,0,2763:. 1|0:103,20:123:99:0|1:512960_T_C:498,0,4312:. 1|0:49,7:56:2:.:.:2,0,1799:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:19,38:57:99:.:.:1083,0,712:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:141,13:154:74:.:.:74,0,5945:. 1|0:39,11:50:99:0|1:512936_G_A:306,0,1520:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,33:62:99:.:.:1277,0,1087:. 0|1:145,35:180:99:.:.:972,0,6004:. 1|1:0,114:114:99:1|1:512945_T_C:4816,351,0:. 0|1:61,18:79:99:.:.:218,0,2468:. 1|1:0,49:49:99:1|1:512936_G_A:2250,151,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,9:116:21:.:.:21,0,4440:. 1|0:38,10:48:99:0|1:512960_T_C:261,0,1618:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,4:68:50:.:.:0,50,2642:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,77:126:99:.:.:1643,0,1665:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,6:92:77:.:.:0,77,3832:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:1|1:512936_G_A:8685,581,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:512945_T_C:5379,388,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,72:73:99:1|1:512945_T_C:2925,178,0:. 0|1:149,20:169:99:.:.:152,0,5993:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:8:.:.:0,8,310:. 1|0:84,96:180:99:.:.:3648,0,3294:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,56:120:99:0|1:512936_G_A:2138,0,2506:. 1|1:0,102:102:99:1|1:512945_T_C:4290,310,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:512936_G_A:5300,373,0:. 0|1:39,77:116:99:.:.:2931,0,1249:. 1|1:0,165:165:99:1|1:512945_T_C:6928,505,0:. 0|0:41,0:41:94:.:.:0,94,1069:. 1|1:0,26:26:81:1|1:512936_G_A:1215,81,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:164,90:254:99:.:.:3067,0,6406:. 0|1:68,43:111:99:0|1:512936_G_A:1401,0,2712:. 1|1:2,211:213:99:1|1:512945_T_C:8845,536,0:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,20:89:99:.:.:527,0,2834:. 0|0:54,3:57:56:.:.:0,56,2333:. 0|1:62,10:72:99:.:.:253,0,2623:. 1|1:3,111:114:99:1|1:512945_T_C:4673,223,0:. 0|0:26,0:26:50:.:.:0,50,727:. 1|1:1,63:64:99:.:.:2707,148,0:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,487:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,27:29:12:.:.:1051,12,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,164:169:99:.:.:5410,324,0:. 1|1:0,169:169:99:1|1:512936_G_A:7830,524,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7479,663,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:512936_G_A:8025,562,0:. 1|1:0,148:148:99:1|1:512936_G_A:6539,457,0:. 1|0:184,19:203:99:.:.:106,0,7755:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:1|1:512945_T_C:10513,737,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:512945_T_C:1551,111,0:. 1|1:0,246:246:99:1|1:512945_T_C:10649,743,0:. 1|1:0,202:202:99:1|1:512945_T_C:8863,617,0:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:1|1:512945_T_C:9412,662,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,51:199:99:.:.:1713,0,6200:. 1|1:0,284:284:99:1|1:512945_T_C:12525,878,0:. 0|1:35,122:157:99:.:.:4897,0,1128:. 1|1:0,114:114:99:1|1:512945_T_C:5048,349,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:512945_T_C:6163,433,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:512945_T_C:2463,172,0:. 0|1:15,83:98:99:.:.:3283,0,379:. 1|1:0,193:193:99:1|1:512945_T_C:8341,586,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,249:249:99:1|1:512945_T_C:10919,761,0:. 1|1:0,122:122:99:1|1:512945_T_C:5284,382,0:. 1|1:0,231:231:99:1|1:512945_T_C:10005,701,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,571:571:99:1|1:512945_T_C:25257,1767,0:. 1|1:0,636:636:99:1|1:512945_T_C:27842,1944,0:. 1|1:2,742:744:99:.:.:24910,2186,0:. 1|1:2,85:87:99:.:.:3662,175,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,552:553:99:.:.:23593,1632,0:. 0|1:131,11:142:48:.:.:48,0,5567:. 1|1:1,256:257:99:1|1:512945_T_C:11204,746,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,149:150:99:1|1:512945_T_C:6545,447,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:512945_T_C:3482,244,0:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,68:69:99:1|1:512945_T_C:2865,166,0:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,140:186:99:.:.:5381,0,1465:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,165:201:99:.:.:6429,0,1075:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:1|1:512945_T_C:11066,767,0:. 0|1:188,33:221:99:.:.:753,0,5892:. 1|1:8,184:192:99:.:.:7468,189,0:. 0|0:365,0:365:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,127:131:99:1|1:512945_T_C:5383,226,0:. 0|1:405,34:439:97:.:.:97,0,17137:. 0|1:26,13:39:99:.:.:420,0,1091:. 1|1:10,233:243:99:.:.:9373,264,0:. 0|1:90,179:269:99:.:.:6866,0,2928:. 1|1:0,271:271:99:1|1:512945_T_C:11662,830,0:. 1|1:0,280:280:99:1|1:512945_T_C:11999,852,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:199,44:243:99:.:.:1182,0,8599:. 0|1:72,166:238:99:.:.:6194,0,2523:. 1|0:153,37:190:99:.:.:1017,0,5984:. 1|1:4,244:248:99:.:.:10437,587,0:. 1|1:1,243:244:99:1|1:512945_T_C:10502,716,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,38:201:99:.:.:1073,0,6965:. 0|1:66,7:73:89:.:.:89,0,2653:. 0|1:22,196:218:99:.:.:7479,0,293:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,85:152:99:.:.:3165,0,2640:. 1|0:107,299:406:99:.:.:11536,0,3646:. 1|0:159,19:178:99:0|1:512960_T_C:332,0,6543:. 1|1:4,161:165:99:.:.:7278,379,0:. 0|1:173,58:231:99:.:.:1748,0,7248:. 1|1:3,176:179:99:.:.:7190,415,0:. 1|0:30,114:144:99:.:.:4599,0,947:. 1|1:0,249:249:99:1|1:512945_T_C:10709,776,0:. 0|1:24,87:111:99:.:.:3585,0,641:. 0|1:106,49:155:99:.:.:1675,0,4180:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,13:214:99:.:.:0,102,8532:. 0|1:206,35:241:99:.:.:649,0,6187:. 0|1:30,93:123:99:.:.:3613,0,915:. 0|1:22,214:236:99:.:.:8253,0,295:. 0|0:220,16:236:21:.:.:0,21,9020:. 0|0:408,0:408:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,166:189:99:.:.:4902,0,552:. 0|1:26,346:372:22:.:.:13574,0,22:. 1|1:24,467:491:99:.:.:18714,477,0:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,81:85:79:.:.:3094,79,0:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,316:319:99:.:.:13085,826,0:. 1|0:97,148:245:99:.:.:5650,0,3870:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,70:136:99:.:.:2608,0,2346:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,184:223:99:.:.:7415,0,1075:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,267:267:99:1|1:512945_T_C:11606,819,0:. 1|1:0,244:244:99:1|1:512945_T_C:10781,755,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:512945_T_C:3818,265,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:512945_T_C:5839,409,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,7:44:99:.:.:160,0,1566:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,180:336:99:.:.:6846,0,6200:. 1|0:158,142:300:99:.:.:5237,0,6515:. 1|1:0,34:34:99:1|1:512945_T_C:1473,105,0:. 1|1:0,243:243:99:1|1:512945_T_C:10505,742,0:. 1|0:233,32:265:99:.:.:629,0,9956:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:1|1:512945_T_C:8481,589,0:. 0|1:209,31:240:99:.:.:581,0,8777:. 1|1:0,197:197:99:1|1:512945_T_C:8570,604,0:. 1|1:0,204:204:99:1|1:512945_T_C:8960,635,0:. 1|0:21,194:215:99:.:.:7902,0,375:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,459:459:99:1|1:512945_T_C:20204,1418,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,539:539:99:.:.:23482,1649,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:512945_T_C:9348,659,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512966 . A G 1.84518e+07 PASS FS=0;MQ=59.34;QD=30.89;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.775;VQSLOD=8.32;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=38.1;GQ_MEAN=97.72;GQ_STDDEV=112.18;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6325;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=-0.286;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13586708;AF=0.551;AS_InbreedingCoeff=0.5511;MLEAC=2801;MLEAF=0.553;AN=848;AC=439 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,42:42:99:1|1:512936_G_A:1729,132,0 1|1:23,0:23:.:.:.:. 1|0:28,31:59:99:0|1:512966_A_G:1328,0,1099 1|0:42,15:57:99:.:.:251,0,1630 1|1:0,37:37:72:1|1:512936_G_A:1473,72,0 0|1:51,6:57:89:0|1:512936_G_A:89,0,2249 1|1:0,48:48:99:1|1:512936_G_A:1906,144,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,83:83:99:1|1:512936_G_A:3392,258,0 0|1:35,11:46:99:.:.:170,0,1306 0|0:32,0:32:65:.:.:0,65,935 0|0:48,0:48:83:.:.:0,83,1414 1|1:0,42:42:99:1|1:512936_G_A:1890,126,0 1|1:0,29:29:87:1|1:512936_G_A:1104,87,0 1|0:12,8:20:99:0|1:512936_G_A:381,0,516 1|1:0,27:27:93:1|1:512936_G_A:1395,93,0 1|1:0,5:5:15:1|1:512936_G_A:225,15,0 1|1:0,21:21:66:1|1:512936_G_A:990,66,0 1|1:0,18:18:54:1|1:512936_G_A:810,54,0 1|1:0,39:39:99:1|1:512936_G_A:1598,120,0 1|1:0,40:40:99:1|1:512936_G_A:1796,123,0 1|1:0,68:68:99:1|1:512936_G_A:2691,210,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350 0|1:64,29:93:99:0|1:512966_A_G:1025,0,2600 1|1:0,14:14:45:1|1:512936_G_A:523,45,0 1|1:0,14:14:45:1|1:512936_G_A:622,45,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|0:33,56:89:99:0|1:512936_G_A:2143,0,1253 1|0:68,14:82:99:.:.:285,0,2508 1|0:24,32:56:99:.:.:727,0,831 1|1:0,302:302:99:1|1:512936_G_A:13905,930,0 1|1:0,41:41:99:1|1:512936_G_A:1758,131,0 1|0:72,47:119:99:0|1:512936_G_A:1705,0,2806 1|1:0,87:87:99:1|1:512936_G_A:4095,274,0 0|1:14,55:69:99:0|1:512936_G_A:2058,0,462 1|0:52,21:73:99:.:.:311,0,1952 1|1:0,65:65:99:1|1:512936_G_A:2760,201,0 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,110:110:99:1|1:512936_G_A:4872,340,0 1|1:0,79:79:99:1|1:512936_G_A:3285,237,0 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,164:167:99:1|1:512936_G_A:6841,429,0 0|0:112,7:119:49:0|1:512936_G_A:0,49,4808 1|0:20,52:72:99:.:.:1242,0,601 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,103:103:99:1|1:512936_G_A:4461,318,0 1|0:53,13:66:99:.:.:154,0,2011 1|1:0,72:72:99:1|1:512936_G_A:3420,229,0 0|1:22,2:24:60:0|1:512936_G_A:60,0,915 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,91:91:99:1|1:512936_G_A:4105,292,0 0|1:46,86:132:99:0|1:512936_G_A:3255,0,1682 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|0:6,46:52:99:0|1:512936_G_A:1897,0,113 1|0:60,50:110:99:.:.:1031,0,2351 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|0:17,83:100:99:.:.:1977,0,252 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:1|1:512936_G_A:2441,177,0 1|0:62,21:83:99:.:.:386,0,2521 1|0:36,87:123:99:0|1:512936_G_A:3473,0,1226 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,57:57:99:1|1:512936_G_A:2610,175,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351 0|1:15,29:44:99:.:.:1101,0,540 1|1:0,103:103:99:.:.:4362,318,0 1|0:39,76:115:99:.:.:3057,0,1406 0|1:14,97:111:99:.:.:3773,0,293 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|1:132,110:242:99:.:.:2097,0,4900 0|1:61,7:68:99:0|1:512936_G_A:101,0,2594 0|1:49,0:49:.:.:.:. 1|1:0,62:62:99:1|1:512936_G_A:2710,190,0 1|1:3,63:66:72:1|1:512936_G_A:2620,72,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,30:30:90:1|1:512936_G_A:1274,90,0 1|1:0,109:109:99:1|1:512945_T_C:4796,337,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,169:169:99:1|1:512936_G_A:7852,527,0 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,140:145:99:1|1:512936_G_A:5637,217,0 1|1:0,52:52:99:1|1:512912_C_CA:2340,157,0 0|1:90,19:109:99:.:.:516,0,3620 1|0:10,115:125:71:0|1:512936_G_A:4255,0,71 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|0:69,19:88:99:.:.:577,0,2885 1|1:2,53:55:96:.:.:2111,96,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|1:121,51:172:99:0|1:512936_G_A:1614,0,4965 1|1:0,69:69:99:1|1:512867_A_T:3105,208,0 1|1:0,244:244:99:1|1:512936_G_A:11385,762,0 0|0:202,13:215:48:0|1:512966_A_G:0,48,8530 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 1|0:80,8:88:18:0|1:512936_G_A:18,0,3290 1|0:77,42:119:99:.:.:1425,0,3031 1|1:8,126:134:13:.:.:5194,13,0 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 1|0:75,26:101:99:0|1:512878_C_CGTAAA:854,0,3239 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 0|1:38,138:176:99:.:.:3233,0,1239 1|1:0,165:165:99:1|1:512936_G_A:7560,506,0 1|0:57,113:170:99:.:.:2530,0,2086 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800 1|0:102,37:139:99:0|1:512966_A_G:1112,0,4069 1|1:0,203:203:99:1|1:512936_G_A:8509,622,0 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,157:157:99:1|1:512936_G_A:6732,490,0 1|1:0,208:208:99:1|1:512936_G_A:9720,650,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 0|1:73,39:112:99:.:.:1155,0,2222 1|1:0,206:206:99:1|1:512936_G_A:9285,643,0 0|0:114,11:125:94:.:.:0,94,4850 1|0:125,23:148:99:0|1:512966_A_G:527,0,5207 0|1:22,128:150:99:.:.:5303,0,504 1|1:3,108:111:99:1|1:512966_A_G:4372,230,0 1|1:0,140:140:99:1|1:512936_G_A:6544,439,0 1|1:0,176:176:99:1|1:512945_T_C:7236,535,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 0|1:14,162:176:99:0|1:512936_G_A:6235,0,178 1|0:120,33:153:99:.:.:408,0,4663 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|1:68,74:142:99:.:.:2715,0,2611 0|1:12,108:120:99:0|1:512936_G_A:4625,0,170 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:1|1:512936_G_A:8055,566,0 0|1:181,28:209:99:.:.:132,0,7365 0|0:120,10:130:55:.:.:0,55,4550 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,138:138:99:1|1:512936_G_A:6420,430,0 1|1:9,147:156:64:.:.:5839,64,0 0|1:18,163:181:99:.:.:6309,0,252 1|1:0,198:198:99:1|1:512936_G_A:8457,611,0 1|1:0,157:157:99:1|1:512936_G_A:6485,475,0 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|0:132,33:165:99:.:.:1043,0,5461 0|1:31,142:173:99:0|1:512936_G_A:5697,0,895 1|1:0,210:210:99:1|1:512936_G_A:8792,640,0 1|1:0,97:97:99:1|1:512936_G_A:4410,295,0 1|1:0,111:111:99:1|1:512936_G_A:4811,349,0 1|1:0,96:96:99:1|1:512936_G_A:4454,298,0 1|1:0,85:85:99:1|1:512936_G_A:3721,265,0 1|1:0,202:202:99:1|1:512936_G_A:9405,629,0 1|0:9,47:56:99:.:.:1294,0,213 1|1:0,114:114:99:1|1:512936_G_A:5011,346,0 1|1:0,121:121:99:1|1:512936_G_A:5265,376,0 1|0:36,25:61:99:0|1:512966_A_G:860,0,1333 1|1:0,209:209:99:1|1:512936_G_A:8717,638,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:1|1:512936_G_A:3261,234,0 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|0:34,95:129:99:.:.:3653,0,1083 1|0:64,27:91:99:.:.:484,0,2361 0|1:10,132:142:23:0|1:512966_A_G:4825,0,23 0|1:65,96:161:99:0|1:512936_G_A:3815,0,2379 0|1:129,46:175:99:0|1:512936_G_A:1340,0,5250 1|1:0,141:141:99:1|1:512936_G_A:5910,429,0 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|1:108,39:147:99:.:.:626,0,4283 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|1:119,12:131:99:0|1:512966_A_G:121,0,5056 1|1:2,120:122:99:1|1:512936_G_A:4902,280,0 0|1:24,66:90:99:.:.:2467,0,809 1|1:0,73:73:99:1|1:512936_G_A:3359,226,0 1|0:51,30:81:99:0|1:512966_A_G:937,0,1912 1|0:44,53:97:99:.:.:1166,0,1674 0|1:11,116:127:99:.:.:4507,0,110 0|1:78,15:93:99:.:.:135,0,3278 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:1|1:512936_G_A:3902,279,0 1|1:0,217:217:99:1|1:512936_G_A:9945,665,0 1|1:0,137:137:99:1|1:512936_G_A:6345,424,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,182:182:99:1|1:512936_G_A:7707,560,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 0|1:7,77:84:46:0|1:512936_G_A:3238,0,46 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,88:118:99:0|1:512966_A_G:3735,0,1005 1|1:0,70:70:99:1|1:512936_G_A:2973,217,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,88:88:99:1|1:512936_G_A:3675,265,0 0|1:163,37:200:99:.:.:861,0,7059 1|0:1,77:78:0:0|1:512936_G_A:3272,0,0 1|1:0,139:139:99:1|1:512936_G_A:6345,424,0 1|1:80,0:80:.:.:.:. 0|1:73,37:110:99:.:.:638,0,2722 0|1:18,100:118:99:0|1:512936_G_A:4061,0,446 0|1:20,34:54:99:0|1:512867_A_T:1218,0,726 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800 1|0:37,19:56:99:0|1:512966_A_G:712,0,1535 1|0:49,43:92:99:.:.:1104,0,1717 1|1:0,83:83:99:1|1:512936_G_A:3870,259,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|1:10,34:44:99:0|1:512936_G_A:1312,0,318 1|1:0,153:153:99:1|1:512936_G_A:7018,470,0 1|1:0,149:149:99:1|1:512936_G_A:6569,454,0 1|1:0,90:90:99:1|1:512936_G_A:4185,280,0 0|1:32,27:59:99:.:.:1043,0,1257 1|0:35,145:180:99:.:.:6137,0,969 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 1|0:24,53:77:99:.:.:1181,0,752 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,62:62:99:1|1:512945_T_C:2630,193,0 1|0:39,77:116:99:.:.:1679,0,1299 0|1:9,39:48:99:.:.:1479,0,261 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|1:32,35:67:99:.:.:820,0,1021 1|1:0,69:69:99:1|1:512936_G_A:2925,208,0 1|1:0,81:81:99:1|1:512936_G_A:3683,247,0 0|1:84,39:123:99:.:.:1209,0,3283 1|1:0,201:201:99:1|1:512936_G_A:8667,622,0 0|1:14,74:88:99:0|1:512966_A_G:2888,0,344 1|1:0,98:98:99:1|1:512936_G_A:4500,301,0 1|1:0,46:46:99:1|1:512936_G_A:2070,138,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|0:14,93:107:99:.:.:3438,0,256 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,66:66:99:1|1:512936_G_A:2700,199,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|0:24,140:164:99:.:.:3689,0,565 1|1:0,98:98:99:1|1:512936_G_A:4285,304,0 0|1:7,3:10:53:.:.:53,0,314 0|1:96,81:177:99:0|1:512936_G_A:3358,0,3853 1|1:0,113:113:99:1|1:512936_G_A:5125,355,0 1|0:56,60:116:99:0|1:512936_G_A:2373,0,2227 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 1|0:63,53:116:99:.:.:1059,0,2181 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|1:4,25:29:79:0|1:512966_A_G:826,0,79 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,632 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|0:93,163:256:99:.:.:3750,0,3510 1|0:43,73:116:99:.:.:2580,0,1571 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,19:19:57:1|1:512945_T_C:804,57,0 1|1:0,50:50:99:1|1:512936_G_A:2409,166,0 1|1:0,129:129:99:1|1:512936_G_A:5697,403,0 0|1:20,65:85:99:0|1:512936_G_A:2744,0,588 1|1:3,50:53:34:1|1:512936_G_A:2033,34,0 1|0:46,21:67:99:0|1:512903_C_CCT:782,0,1907 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800 1|1:0,23:23:72:1|1:512945_T_C:1063,72,0 0|0:60,2:62:99:.:.:0,115,2601 0|0:21,0:21:.:.:.:. 1|1:5,97:102:85:1|1:512966_A_G:3996,85,0 0|0:29,0:29:61:.:.:0,61,820 1|1:0,168:168:99:1|1:512936_G_A:7262,508,0 1|1:0,135:135:99:1|1:512936_G_A:5798,409,0 1|1:1,161:162:99:1|1:512966_A_G:7009,452,0 1|1:0,170:170:99:1|1:512936_G_A:7965,533,0 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,204:204:99:1|1:512936_G_A:8949,632,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|1:18,182:200:99:.:.:7669,0,221 1|1:0,161:161:99:1|1:512936_G_A:7470,500,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,266:266:99:1|1:512936_G_A:11516,812,0 1|1:0,231:231:99:1|1:512936_G_A:11070,741,0 1|1:0,236:236:99:1|1:512936_G_A:10935,731,0 1|1:0,228:228:99:1|1:512936_G_A:10710,716,0 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,131:137:99:1|1:512936_G_A:5850,157,0 1|1:0,250:250:99:1|1:512936_G_A:11655,780,0 1|1:0,106:106:99:1|1:512936_G_A:4905,328,0 1|0:50,145:195:99:0|1:512936_G_A:6030,0,1727 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800 1|0:118,34:152:99:0|1:512936_G_A:1066,0,4936 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,200:200:99:1|1:512936_G_A:8626,614,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534 1|0:79,14:93:99:0|1:512936_G_A:334,0,3292 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,163:163:99:1|1:512936_G_A:7044,499,0 0|0:161,0:161:.:.:.:0,0,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,179:179:99:1|1:512936_G_A:8370,560,0 1|1:0,219:219:99:1|1:512936_G_A:9628,680,0 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,113:113:99:1|1:512936_G_A:4720,339,0 1|1:2,113:115:99:1|1:512936_G_A:4836,265,0 1|1:0,137:137:99:1|1:512936_G_A:6049,424,0 1|1:0,196:196:99:1|1:512936_G_A:8427,595,0 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800 1|0:11,118:129:99:0|1:512936_G_A:5006,0,101 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,226:226:99:1|1:512936_G_A:10432,698,0 1|1:0,318:318:99:1|1:512936_G_A:14228,966,0 1|1:2,251:253:99:1|1:512936_G_A:10783,689,0 1|1:3,531:534:99:1|1:512966_A_G:22759,1504,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,242:242:99:1|1:512936_G_A:11205,750,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,272:272:99:1|1:512936_G_A:11880,840,0 1|0:133,50:183:99:.:.:1495,0,5480 1|1:0,206:206:99:1|1:512936_G_A:9675,647,0 1|1:1,229:230:99:1|1:512936_G_A:10665,674,0 0|1:163,31:194:99:.:.:491,0,6742 1|1:0,206:206:99:1|1:512936_G_A:9360,626,0 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 1|0:32,192:224:99:0|1:512966_A_G:8329,0,646 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,250:252:99:1|1:512936_G_A:11226,686,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|0:32,398:430:99:0|1:512936_G_A:16272,0,106 1|0:35,5:40:99:0|1:512966_A_G:105,0,1435 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,170:170:99:1|1:512936_G_A:7830,524,0 1|0:43,201:244:99:0|1:512936_G_A:8092,0,1198 1|0:179,56:235:99:.:.:1115,0,7172 0|1:150,41:191:99:.:.:701,0,4710 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,195:197:99:1|1:512936_G_A:8386,526,0 1|1:0,102:102:99:1|1:512936_G_A:4241,309,0 1|0:45,155:200:99:.:.:4481,0,1338 1|0:56,14:70:99:.:.:228,0,1694 1|0:188,18:206:56:.:.:56,0,7993 1|1:4,250:254:99:1|1:512936_G_A:11385,606,0 1|0:83,60:143:99:.:.:1517,0,3288 0|1:289,105:394:99:0|1:512936_G_A:3556,0,11846 0|1:19,158:177:99:.:.:6249,0,310 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800 1|0:71,160:231:99:.:.:4374,0,2312 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1800 0|1:109,26:135:99:0|1:512936_G_A:752,0,4630 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|0:46,97:143:99:.:.:4037,0,1689 1|1:0,41:41:99:1|1:512936_G_A:1852,126,0 1|1:8,244:252:99:.:.:10406,440,0 1|1:3,240:243:99:.:.:10877,612,0 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 0|1:33,169:202:99:0|1:512966_A_G:6553,0,839 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800 1|0:91,29:120:99:.:.:800,0,3801 0|0:211,20:231:58:.:.:0,58,9057 1|1:14,209:223:62:.:.:8416,62,0 1|1:1,391:392:99:1|1:512936_G_A:16771,1190,0 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 1|0:338,27:365:53:.:.:53,0,13980 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,373:373:99:1|1:512936_G_A:16370,1153,0 0|0:83,4:87:91:0|1:512936_G_A:0,91,3690 1|1:0,364:364:99:1|1:512936_G_A:15644,1116,0 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800 0|1:150,96:246:99:0|1:512936_G_A:3357,0,5961 1|1:0,216:216:99:1|1:512936_G_A:9900,662,0 1|1:0,69:69:99:1|1:512936_G_A:2945,211,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,127:127:99:1|1:512936_G_A:5933,397,0 1|1:0,199:199:99:1|1:512936_G_A:9045,605,0 1|1:0,259:259:99:1|1:512936_G_A:11567,801,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 1|0:175,36:211:99:0|1:512936_G_A:970,0,7449 1|1:0,277:277:99:1|1:512936_G_A:12055,846,0 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,81:81:99:1|1:512936_G_A:3464,247,0 1|1:0,65:65:99:1|1:512936_G_A:2857,202,0 1|1:0,217:217:99:1|1:512936_G_A:9278,656,0 1|1:0,191:191:99:1|1:512936_G_A:8260,581,0 1|1:2,209:211:99:1|1:512936_G_A:9471,575,0 1|1:0,141:141:99:1|1:512936_G_A:6615,442,0 1|1:0,343:343:99:1|1:512936_G_A:14887,1050,0 1|1:0,261:261:99:1|1:512936_G_A:11931,804,0 1|1:0,277:277:99:1|1:512936_G_A:12233,858,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,104:104:99:1|1:512936_G_A:4522,325,0 1|0:7,37:44:99:0|1:512936_G_A:1489,0,180 1|1:0,17:17:51:1|1:512936_G_A:693,51,0 1|1:0,319:319:99:1|1:512936_G_A:13728,981,0 1|0:175,148:323:99:0|1:512936_G_A:5469,0,6926 0|1:130,158:288:99:0|1:512936_G_A:5868,0,5204 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 0|1:33,227:260:99:0|1:512936_G_A:9211,0,668 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|0:31,206:237:99:0|1:512936_G_A:8253,0,652 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 0|1:198,23:221:99:0|1:512936_G_A:276,0,8165 1|1:0,224:224:99:1|1:512936_G_A:9908,704,0 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,68:68:99:1|1:512936_G_A:3195,214,0 1|1:0,240:240:99:1|1:512936_G_A:10980,734,0 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,176:176:99:1|1:512936_G_A:7773,548,0 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,51:51:99:1|1:512936_G_A:2430,163,0 1|1:0,16:16:51:1|1:512936_G_A:765,51,0 1|1:0,311:311:99:1|1:512936_G_A:13329,947,0 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 512982 . T G 8.97765e+06 PASS FS=0.632;MQ=59.44;QD=34.76;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.737;VQSLOD=7.13;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=80.14;GQ_STDDEV=52.52;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8528;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=1.53;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=13276987;AF=0.307;AS_InbreedingCoeff=0.6556;MLEAC=1572;MLEAF=0.308;AN=848;AC=246 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:29,0:29:.:.:.:.:. 1|0:11,52:63:99:0|1:512982_T_G:2252,0,305:. 1|0:18,41:59:99:0|1:512982_T_G:1593,0,626:. 0|1:39,3:42:6:0|1:512982_T_G:6,0,1590:. 0|1:48,6:54:98:0|1:512936_G_A:98,0,2123:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1343:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1361:. 1|0:26,4:30:99:0|1:512982_T_G:113,0,1085:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 1|1:0,39:39:99:1|1:512936_G_A:1890,126,0:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:11,11:22:99:0|1:512936_G_A:429,0,429:. 1|1:0,31:31:93:1|1:512936_G_A:1395,93,0:. 1|1:0,7:7:21:1|1:512936_G_A:315,21,0:. 0|0:21,0:21:37:.:.:0,37,621:. 1|1:0,16:16:48:1|1:512936_G_A:720,48,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1209:. 1|0:16,33:49:99:0|1:512982_T_G:1299,0,552:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:1|1:512982_T_G:7026,494,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:32,46:78:99:.:.:1722,0,1232:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,61:61:99:1|1:512982_T_G:2617,192,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,12:79:99:.:.:228,0,2643:. 1|0:45,9:54:99:0|1:512982_T_G:215,0,1980:. 1|1:0,270:270:99:1|1:512936_G_A:12690,849,0:. 0|0:35,0:35:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:95,12:107:0:.:.:0,0,3690:. 1|1:0,78:78:99:1|1:512936_G_A:3825,256,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,48:69:99:.:.:1106,0,748:. 0|1:47,19:66:99:0|1:512982_T_G:678,0,1809:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,36:98:99:0|1:512982_T_G:1284,0,2454:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:107,8:115:29:0|1:512936_G_A:29,0,4844:. 1|0:48,20:68:99:.:.:449,0,1789:. 1|1:0,40:40:99:1|1:512936_G_A:1875,126,0:. 1|0:75,16:91:99:0|1:512982_T_G:444,0,3031:. 1|0:18,46:64:99:.:.:1103,0,603:. 1|1:0,63:63:99:1|1:512936_G_A:2880,193,0:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:67,2:69:99:.:.:0,118,2817:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,3:70:82:0|1:512982_T_G:0,82,2950:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1641:. 1|0:52,52:104:99:0|1:512982_T_G:2035,0,2245:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,9:95:90:0|1:512982_T_G:90,0,3590:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,13:73:99:.:.:193,0,2393:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:512936_G_A:2295,154,0:. 1|0:45,19:64:99:0|1:512960_T_C:625,0,1690:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|1:30,12:42:99:0|1:512960_T_C:414,0,1224:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,87:91:97:1|1:512982_T_G:3653,97,0:. 1|0:106,13:119:99:0|1:512960_T_C:227,0,4065:. 1|1:0,48:48:99:1|1:512936_G_A:2243,151,0:. 0|1:124,114:238:99:.:.:2317,0,4781:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:0,3:3:9:1|1:512982_T_G:135,9,0:. 0|1:28,32:60:99:0|1:512936_G_A:1208,0,1080:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,2:27:6:0|1:512982_T_G:6,0,1055:. 1|0:90,12:102:13:.:.:13,0,3450:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:1|1:512936_G_A:7973,539,0:. 0|1:62,73:135:99:0|1:512982_T_G:2625,0,2315:. 1|1:0,52:52:99:1|1:512982_T_G:2356,166,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:512912_C_CA:2250,151,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,7:112:5:0|1:512936_G_A:5,0,4559:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:512982_T_G:3681,259,0:. 1|0:35,52:87:99:.:.:1997,0,1289:. 0|1:41,8:49:95:.:.:95,0,1644:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:512867_A_T:3150,211,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:512936_G_A:11295,756,0:. 0|0:219,0:219:0:.:.:0,0,5221:. 1|1:0,154:154:99:1|1:512936_G_A:7345,497,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,70:123:99:0|1:512982_T_G:2777,0,1917:. 1|1:5,128:133:99:1|1:512960_T_C:5601,184,0:. 1|0:74,24:98:99:0|1:512878_C_CGTAAA:806,0,3326:. 1|1:1,144:145:99:1|1:512982_T_G:6013,390,0:. 0|0:158,9:167:99:0|1:512982_T_G:0,113,6904:. 1|1:0,157:157:99:1|1:512936_G_A:7380,494,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,35:135:99:.:.:1043,0,4238:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:1|1:512936_G_A:5310,355,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,203:203:99:1|1:512936_G_A:9495,635,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,28:107:99:.:.:780,0,3163:. 1|0:83,94:177:99:0|1:512982_T_G:3542,0,3186:. 0|1:91,22:113:99:.:.:556,0,3689:. 1|0:104,27:131:99:0|1:512966_A_G:641,0,4493:. 0|1:53,79:132:99:0|1:512982_T_G:2982,0,1988:. 1|1:1,90:91:99:1|1:512966_A_G:4106,246,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,87:151:99:.:.:1849,0,2393:. 1|1:0,174:174:99:1|1:512982_T_G:7625,542,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,92:107:99:0|1:512982_T_G:3776,0,338:. 1|0:22,84:106:99:0|1:512982_T_G:3378,0,668:. 0|1:151,18:169:99:0|1:512982_T_G:275,0,6191:. 0|1:26,179:205:99:0|1:512982_T_G:7122,0,588:. 1|1:4,100:104:99:.:.:4067,136,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,35:144:99:0|1:512982_T_G:1096,0,4405:. 0|1:152,37:189:99:0|1:512982_T_G:1074,0,6151:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:512936_G_A:5629,379,0:. 1|0:133,23:156:99:0|1:512982_T_G:488,0,5837:. 0|1:84,73:157:99:0|1:512982_T_G:2686,0,3206:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:512936_G_A:3780,253,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,3:51:34:.:.:0,34,2156:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:512982_T_G:2314,159,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,2:58:85:0|1:512982_T_G:0,85,2383:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,19:109:99:.:.:175,0,3975:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:1|1:512982_T_G:5695,385,0:. 0|1:103,52:155:99:0|1:512982_T_G:1726,0,4343:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,227:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:512982_T_G:4580,319,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,77:78:99:1|1:512982_T_G:3388,199,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,44:123:99:0|1:512982_T_G:1519,0,3296:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,71:117:99:0|1:512982_T_G:2719,0,1637:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,19:83:99:0|1:512960_T_C:638,0,2753:. 0|1:13,43:56:99:0|1:512936_G_A:997,0,226:. 1|0:24,41:65:99:.:.:1543,0,934:. 0|0:94,7:101:1:.:.:0,1,4011:. 0|1:104,8:112:8:0|1:512982_T_G:8,0,4411:. 0|1:76,22:98:99:.:.:301,0,3251:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,110:110:99:1|1:512936_G_A:5130,343,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,152:154:99:1|1:512982_T_G:6821,435,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,51:65:99:0|1:512982_T_G:1993,0,434:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,86:112:99:0|1:512966_A_G:3953,0,803:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:157,15:172:99:.:.:108,0,6629:. 1|0:1,64:65:30:0|1:512936_G_A:2852,0,30:. 1|1:7,115:122:99:.:.:2903,140,0:. 0|0:90,0:90:.:.:.:.:. 0|1:63,36:99:99:.:.:646,0,2428:. 1|0:92,12:104:99:0|1:512960_T_C:329,0,4154:. 0|1:52,12:64:99:0|1:512982_T_G:285,0,2259:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:28,19:47:99:0|1:512966_A_G:734,0,1241:. 1|0:44,37:81:99:.:.:1303,0,1619:. 1|1:0,74:74:99:1|1:512936_G_A:3420,229,0:. 0|1:12,132:144:99:0|1:512982_T_G:5282,0,176:. 0|1:22,8:30:99:0|1:512936_G_A:267,0,942:. 1|1:0,125:125:99:1|1:512936_G_A:5850,391,0:. 0|1:97,38:135:99:0|1:512982_T_G:1283,0,3827:. 1|1:0,67:67:99:1|1:512936_G_A:3195,214,0:. 1|0:17,29:46:99:0|1:512982_T_G:1191,0,584:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,47:67:99:0|1:512982_T_G:1892,0,687:. 1|1:0,44:44:99:1|1:512936_G_A:2070,138,0:. 0|0:53,2:55:79:0|1:512982_T_G:0,79,2281:. 1|0:84,24:108:99:.:.:734,0,3550:. 0|1:37,10:47:99:0|1:512960_T_C:358,0,1559:. 1|1:0,77:77:99:1|1:512982_T_G:3387,241,0:. 0|1:38,32:70:99:.:.:1140,0,1398:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:512936_G_A:3659,247,0:. 0|1:82,26:108:99:.:.:767,0,3400:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,81:88:29:0|1:512982_T_G:3516,0,29:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:512936_G_A:1710,114,0:. 1|1:0,136:136:99:1|1:512936_G_A:6345,424,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:512982_T_G:2832,199,0:. 1|0:24,76:100:99:0|1:512982_T_G:3039,0,753:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:123,27:150:99:.:.:381,0,4859:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,7:9:63:0|1:512982_T_G:288,0,63:. 0|1:84,67:151:99:0|1:512936_G_A:2719,0,3424:. 1|0:38,71:109:99:.:.:1584,0,853:. 1|1:1,86:87:99:1|1:512936_G_A:4080,220,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,34:104:99:.:.:615,0,2831:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,16:21:90:.:.:418,0,90:. 1|1:0,22:22:69:1|1:512936_G_A:1035,69,0:. 1|1:0,108:108:99:1|1:512982_T_G:4761,331,0:. 1|0:174,65:239:99:.:.:1993,0,7257:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,48:48:99:1|1:512936_G_A:2039,150,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,14:82:99:0|1:512982_T_G:384,0,2676:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:7,54:61:99:0|1:512982_T_G:2151,0,128:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:10,10:20:99:.:.:215,0,319:. 1|0:29,27:56:99:0|1:512982_T_G:791,0,1129:. 0|0:32,0:32:.:.:.:.:. 1|1:5,102:107:99:1|1:512966_A_G:4107,100,0:. 0|0:35,0:35:77:.:.:0,77,931:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,157:158:99:1|1:512966_A_G:7055,434,0:. 1|1:0,155:155:99:1|1:512936_G_A:7200,482,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,140:176:99:0|1:512982_T_G:5557,0,1044:. 1|1:0,132:132:99:1|1:512936_G_A:6210,415,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:1|1:512936_G_A:10370,695,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:512936_G_A:10755,719,0:. 1|1:0,229:229:99:1|1:512936_G_A:10617,713,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:1|1:512936_G_A:10956,734,0:. 1|1:0,87:87:99:1|1:512936_G_A:4095,274,0:. 1|0:67,127:194:99:.:.:3739,0,2441:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,0:152:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:1|1:512936_G_A:7065,473,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1457:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,101:111:92:.:.:2983,0,92:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:1|1:512936_G_A:8910,596,0:. 0|0:415,0:415:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,512:514:99:1|1:512966_A_G:22309,1476,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:1|1:512936_G_A:9121,617,0:. 1|1:1,232:233:99:1|1:512936_G_A:10956,701,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:1|1:512936_G_A:8055,539,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:223,201:424:99:.:.:5049,0,6556:. 1|0:40,5:45:84:0|1:512966_A_G:84,0,1716:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,141:169:99:.:.:5606,0,726:. 0|0:454,0:454:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:152,15:167:99:0|1:512960_T_C:156,0,6462:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,34:121:99:.:.:1119,0,3598:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:431,0:431:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,144:173:99:0|1:512966_A_G:6084,0,767:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,18:103:99:.:.:253,0,3607:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,26:180:99:0|1:512982_T_G:550,0,6613:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:423,0:423:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:512936_G_A:5670,379,0:. 1|1:0,164:164:99:1|1:512936_G_A:7560,506,0:. 0|1:181,68:249:99:.:.:1535,0,5528:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,31:178:99:0|1:512936_G_A:889,0,6244:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:512936_G_A:6697,449,0:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:18,0:18:18:.:.:0,18,541:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,42:60:99:0|1:512936_G_A:1215,0,429:. 1|0:76,118:194:99:0|1:512936_G_A:3275,0,2089:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:130,38:168:99:.:.:754,0,3970:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:512936_G_A:2025,135,0:. 1|1:0,15:15:45:1|1:512936_G_A:675,45,0:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:1|1:512982_T_G:7815,545,0:. Pf3D7_01_v3 512989 . A G 6.30251e+06 PASS FS=1.99;MQ=58.81;QD=32.27;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.846;VQSLOD=5.58;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=78.19;GQ_STDDEV=57.17;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6841;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=-0.439;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=13047176;AF=0.255;AS_InbreedingCoeff=0.6945;MLEAC=1295;MLEAF=0.254;AN=850;AC=203 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:32,0:32:.:.:.:.:. 1|0:27,36:63:99:0|1:512966_A_G:1430,0,1025:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,2:39:33:.:.:0,33,1622:. 0|1:48,5:53:95:0|1:512936_G_A:95,0,2165:. 0|0:49,0:49:90:.:.:0,90,1441:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:12,34:46:99:0|1:512989_A_G:1220,0,402:. 0|0:28,0:28:30:.:.:0,30,768:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 1|1:0,35:35:99:1|1:512936_G_A:1665,111,0:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 1|0:10,8:18:99:0|1:512936_G_A:345,0,435:. 1|1:0,30:30:93:1|1:512936_G_A:1395,93,0:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,23:23:69:1|1:512936_G_A:1035,69,0:. 1|1:0,13:13:42:1|1:512936_G_A:630,42,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1209:. 1|0:15,32:47:99:0|1:512982_T_G:1287,0,615:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:48,24:72:99:0|1:512966_A_G:899,0,2024:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,444:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,70:73:85:1|1:512989_A_G:2724,85,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,256:256:99:1|1:512936_G_A:12330,825,0:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 1|0:75,31:106:99:0|1:512989_A_G:1050,0,3244:. 1|1:0,81:81:99:1|1:512936_G_A:3780,253,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,20:63:99:0|1:512982_T_G:742,0,1767:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,34:92:99:0|1:512982_T_G:1250,0,2361:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,9:112:53:0|1:512936_G_A:53,0,4508:. 1|0:59,5:64:14:.:.:14,0,2533:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:73,16:89:99:0|1:512982_T_G:446,0,3059:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:512936_G_A:2745,184,0:. 0|1:20,3:23:63:0|1:512936_G_A:63,0,873:. 1|1:3,61:64:61:1|1:512989_A_G:2595,61,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1641:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,5:92:76:0|1:512989_A_G:0,76,3978:. 1|1:0,100:100:99:1|1:512989_A_G:4438,301,0:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,23:73:99:.:.:689,0,2019:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:512936_G_A:2160,144,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1275:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,50:80:99:.:.:2051,0,1187:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,15:59:99:0|1:512989_A_G:494,0,1820:. 1|1:0,43:43:99:1|1:512989_A_G:1916,129,0:. 0|0:26,2:28:0:0|1:512982_T_G:0,0,1155:. 1|0:76,24:100:99:0|1:512989_A_G:757,0,3114:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:512912_C_CA:2070,138,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,20:85:99:.:.:602,0,2728:. 0|1:39,8:47:99:.:.:241,0,1569:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:512867_A_T:2970,199,0:. 1|1:0,227:227:99:1|1:512936_G_A:10755,719,0:. 0|1:171,16:187:99:0|1:512966_A_G:139,0,7384:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,6:108:73:.:.:0,73,4437:. 1|0:51,68:119:99:0|1:512982_T_G:2893,0,2042:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,22:100:99:0|1:512878_C_CGTAAA:683,0,3293:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,157:157:99:1|1:512936_G_A:7290,488,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:512989_A_G:5389,364,0:. 1|0:95,34:129:99:0|1:512966_A_G:1181,0,3926:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:1|1:512936_G_A:9270,620,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,20:103:99:.:.:472,0,3569:. 1|0:87,86:173:99:0|1:512982_T_G:3439,0,3462:. 0|1:82,24:106:99:.:.:728,0,3501:. 1|0:91,27:118:99:.:.:773,0,2473:. 0|1:52,69:121:99:0|1:512982_T_G:2838,0,1964:. 1|1:0,81:81:99:1|1:512989_A_G:3780,253,0:. 1|1:0,123:123:99:1|1:512936_G_A:5760,385,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:1|1:512989_A_G:5058,343,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,21:139:99:0|1:512989_A_G:442,0,4939:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,58:108:99:0|1:512989_A_G:2076,0,1952:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:149,17:166:99:0|1:512982_T_G:241,0,6468:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,12:97:99:0|1:512989_A_G:226,0,3555:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:1|1:512936_G_A:5535,370,0:. 1|0:115,27:142:99:.:.:766,0,5000:. 0|1:163,20:183:99:.:.:332,0,7065:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,20:156:99:0|1:512982_T_G:437,0,5857:. 0|1:77,67:144:99:0|1:512982_T_G:2605,0,3136:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:512936_G_A:3375,226,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:512936_G_A:3375,226,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,147:147:99:1|1:512936_G_A:6885,461,0:. 1|0:33,15:48:99:0|1:512989_A_G:531,0,1309:. 1|0:53,39:92:99:0|1:512989_A_G:1227,0,2015:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,22:51:99:0|1:512966_A_G:825,0,1180:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,2:55:82:0|1:512982_T_G:0,82,2357:. 1|1:0,60:60:99:1|1:512989_A_G:2614,181,0:. 1|0:84,18:102:99:.:.:445,0,3502:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,97:108:99:0|1:512966_A_G:4091,0,158:. 0|1:103,45:148:99:0|1:512982_T_G:1664,0,4303:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,245:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,11:112:99:0|1:512966_A_G:149,0,4334:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:512936_G_A:2340,157,0:. 1|0:37,21:58:99:0|1:512966_A_G:764,0,1574:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,8:114:5:0|1:512982_T_G:5,0,4548:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,81:82:99:1|1:512989_A_G:3523,202,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:512936_G_A:7605,509,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:512936_G_A:4680,313,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,45:58:99:0|1:512982_T_G:1847,0,452:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,89:112:99:0|1:512966_A_G:3788,0,773:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,34:153:99:.:.:1131,0,5008:. 1|0:1,54:55:60:0|1:512936_G_A:2432,0,60:. 1|1:1,107:108:99:1|1:512989_A_G:4876,295,0:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:. 0|0:86,10:96:40:.:.:0,40,3679:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,33:73:99:.:.:1258,0,1565:. 1|1:0,71:71:99:1|1:512936_G_A:3285,220,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:512936_G_A:5130,343,0:. 0|1:99,37:136:99:0|1:512982_T_G:1262,0,4224:. 1|1:0,64:64:99:1|1:512936_G_A:2925,196,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,110:158:99:.:.:4419,0,1723:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,48:67:99:0|1:512982_T_G:1835,0,653:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,2:53:76:0|1:512982_T_G:0,76,2270:. 1|0:32,63:95:99:0|1:512989_A_G:2620,0,1187:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,25:64:99:.:.:697,0,1569:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,29:108:99:0|1:512989_A_G:928,0,3356:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,74:86:99:0|1:512966_A_G:3251,0,308:. 1|1:0,70:70:99:1|1:512936_G_A:3375,226,0:. 1|1:0,32:32:96:1|1:512936_G_A:1440,96,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,87:97:99:0|1:512989_A_G:3691,0,152:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,25:151:99:.:.:639,0,5289:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:10:.:.:0,10,270:. 0|1:104,37:141:99:0|1:512989_A_G:1070,0,4337:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,38:76:99:0|1:512936_G_A:1520,0,1580:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,16:19:78:0|1:512966_A_G:663,0,78:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,43:43:99:1|1:512936_G_A:2070,138,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,15:74:99:0|1:512982_T_G:434,0,2627:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:38,21:59:99:0|1:512903_C_CCT:761,0,1616:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:5,15:20:99:0|1:512989_A_G:596,0,159:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:. 1|1:1,112:113:99:1|1:512989_A_G:5175,307,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,143:144:99:1|1:512966_A_G:6705,410,0:. 1|1:0,136:136:99:1|1:512936_G_A:6570,439,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,121:160:99:.:.:4571,0,1288:. 1|1:0,118:118:99:1|1:512936_G_A:5490,367,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:1|1:512936_G_A:10620,710,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,109:115:40:1|1:512936_G_A:4680,40,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:512936_G_A:3690,247,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,25:111:99:0|1:512936_G_A:815,0,3785:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1457:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,87:94:11:0|1:512936_G_A:3926,0,11:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:1|1:512936_G_A:8100,542,0:. 0|0:415,0:415:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:1|1:512936_G_A:8820,590,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:1|1:512936_G_A:7290,488,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,189:221:99:0|1:512966_A_G:8293,0,825:. 0|0:137,10:147:2:0|1:512936_G_A:0,2,5850:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,4:48:33:0|1:512966_A_G:33,0,1788:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:512936_G_A:5940,397,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,133:153:99:.:.:5694,0,463:. 1|1:3,202:205:99:1|1:512936_G_A:9225,500,0:. 1|0:100,32:132:99:0|1:512989_A_G:994,0,4046:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,16:153:99:0|1:512989_A_G:263,0,5526:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:85,19:104:99:0|1:512989_A_G:413,0,3596:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,14:103:99:0|1:512989_A_G:267,0,3669:. 1|1:3,108:111:99:1|1:512989_A_G:4855,179,0:. 0|0:33,1:34:60:.:.:0,60,1442:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,179:186:99:1|1:512989_A_G:7029,255,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:146,13:159:67:0|1:512989_A_G:67,0,6375:. 1|0:27,141:168:99:0|1:512989_A_G:5272,0,707:. 1|0:63,41:104:99:.:.:1456,0,2480:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:1|1:512989_A_G:7110,470,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,51:125:99:0|1:512989_A_G:1904,0,2905:. 1|1:0,116:116:99:1|1:512936_G_A:5355,358,0:. 1|1:0,153:153:99:1|1:512936_G_A:7020,470,0:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:1|1:512989_A_G:9428,635,0:. 1|0:137,29:166:99:0|1:512936_G_A:796,0,5791:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,169:172:99:1|1:512936_G_A:7669,424,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,174:193:99:0|1:512989_A_G:7134,0,304:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:16,0:16:13:.:.:0,13,480:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,88:91:99:1|1:512989_A_G:3807,149,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:512936_G_A:2430,163,0:. 1|1:0,176:176:99:1|1:512936_G_A:8100,542,0:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:1|1:512936_G_A:1935,129,0:. 1|1:0,14:14:42:1|1:512936_G_A:630,42,0:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 512992 . G A 1.76406e+07 PASS FS=0;MQ=59.35;QD=30.08;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.78;VQSLOD=7.67;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=38.1;GQ_MEAN=81.11;GQ_STDDEV=73.68;HRun=2;InbreedingCoeff=0.5707;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=0.402;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12854757;AF=0.606;AS_InbreedingCoeff=0.5757;MLEAC=3103;MLEAF=0.607;AN=848;AC=448 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,984 1|1:35,0:35:.:.:.:. 1|0:10,50:60:99:0|1:512982_T_G:2111,0,266 1|0:18,36:54:99:0|1:512982_T_G:1448,0,686 0|1:35,4:39:49:0|1:512982_T_G:49,0,1426 0|1:46,5:51:99:0|1:512936_G_A:103,0,1997 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1195 1|1:0,63:63:99:1|1:512992_G_A:2621,190,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,44:44:99:.:.:1851,138,0 1|0:22,6:28:99:0|1:512982_T_G:160,0,854 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348 1|1:0,35:35:99:1|1:512936_G_A:1710,114,0 0|1:19,12:31:99:.:.:257,0,777 1|0:10,8:18:99:0|1:512936_G_A:345,0,435 1|1:0,30:30:96:1|1:512936_G_A:1440,96,0 1|1:0,7:7:21:1|1:512936_G_A:302,21,0 1|1:0,23:23:78:1|1:512936_G_A:1170,78,0 1|1:0,14:14:42:1|1:512936_G_A:630,42,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1209 1|0:18,32:50:99:0|1:512982_T_G:1290,0,585 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,162:162:99:1|1:512982_T_G:7066,494,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 0|1:5,65:70:11:.:.:2722,0,11 1|1:0,16:16:48:.:.:484,48,0 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315 1|1:0,61:61:99:1|1:512982_T_G:2561,186,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,73:73:99:.:.:3248,223,0 1|0:44,8:52:99:0|1:512982_T_G:227,0,1775 1|1:0,251:251:99:1|1:512936_G_A:11745,786,0 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350 1|0:78,31:109:99:0|1:512989_A_G:1047,0,3268 1|1:0,83:83:99:1|1:512936_G_A:3915,262,0 0|1:14,42:56:99:.:.:1081,0,266 0|1:13,56:69:99:.:.:2136,0,261 0|1:43,23:66:99:0|1:512982_T_G:769,0,1737 1|1:2,102:104:99:.:.:3156,258,0 1|0:54,34:88:99:0|1:512982_T_G:1259,0,2249 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,236:236:99:.:.:7128,708,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|0:103,10:113:95:0|1:512936_G_A:95,0,4505 1|0:40,23:63:99:.:.:763,0,1451 1|1:0,34:34:99:1|1:512936_G_A:1575,108,0 1|0:72,15:87:99:0|1:512982_T_G:452,0,3001 1|1:5,50:55:65:.:.:2013,65,0 1|1:0,57:57:99:1|1:512936_G_A:2655,178,0 0|1:18,2:20:69:0|1:512936_G_A:69,0,789 1|1:0,63:63:99:.:.:2868,196,0 1|0:120,46:166:99:.:.:930,0,2945 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|1:40,82:122:99:.:.:2130,0,785 0|0:72,3:75:94:0|1:512982_T_G:0,94,3009 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1641 1|0:51,48:99:99:0|1:512982_T_G:1876,0,1923 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|1:84,9:93:73:0|1:512982_T_G:73,0,3622 1|1:0,97:97:99:1|1:512989_A_G:4438,301,0 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,51:51:99:.:.:1508,153,0 1|0:27,47:74:99:.:.:1867,0,624 1|0:86,23:109:99:.:.:379,0,2927 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,44:44:99:1|1:512936_G_A:1980,132,0 1|1:1,61:62:99:1|1:512992_G_A:2715,148,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351 0|1:27,9:36:99:0|1:512960_T_C:291,0,1191 1|1:0,79:79:99:1|1:512992_G_A:3310,237,0 1|1:4,68:72:46:1|1:512982_T_G:3015,46,0 1|1:0,115:115:99:.:.:5143,358,0 1|1:0,47:47:99:1|1:512936_G_A:2063,141,0 1|1:25,214:239:42:.:.:7399,42,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,3:3:9:1|1:512982_T_G:135,9,0 0|1:29,29:58:99:0|1:512936_G_A:1117,0,1065 1|0:45,15:60:99:0|1:512989_A_G:533,0,1859 1|1:0,42:42:99:1|1:512989_A_G:1890,126,0 0|1:26,2:28:6:0|1:512982_T_G:6,0,1086 1|0:74,23:97:99:0|1:512989_A_G:757,0,3144 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,161:161:99:1|1:512936_G_A:7256,500,0 0|1:55,61:116:99:0|1:512982_T_G:2490,0,2167 1|1:0,54:54:99:1|1:512982_T_G:2606,178,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,45:45:99:1|1:512912_C_CA:2115,141,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|0:107,7:114:52:0|1:512936_G_A:0,52,4428 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,82:82:99:1|1:512982_T_G:3606,250,0 1|0:31,58:89:99:.:.:2233,0,1096 0|1:36,12:48:99:.:.:345,0,1384 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,62:62:99:1|1:512867_A_T:2790,187,0 1|1:0,229:229:99:1|1:512936_G_A:10755,719,0 0|1:20,165:185:8:.:.:4825,0,8 1|1:0,145:145:99:1|1:512936_G_A:6456,448,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|1:31,75:106:99:.:.:2035,0,1010 1|1:7,112:119:99:.:.:4785,105,0 1|1:0,114:114:99:1|1:512992_G_A:5348,358,0 1|0:75,22:97:99:0|1:512878_C_CGTAAA:674,0,3419 1|1:1,139:140:99:1|1:512982_T_G:6041,388,0 0|0:142,10:152:43:0|1:512982_T_G:0,43,6227 1|1:0,151:151:99:1|1:512936_G_A:7200,482,0 0|1:107,43:150:99:.:.:941,0,4140 1|1:0,118:118:99:1|1:512989_A_G:5389,364,0 1|0:64,65:129:99:.:.:2506,0,2484 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,98:98:99:1|1:512936_G_A:4500,301,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,197:197:99:1|1:512936_G_A:9000,602,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 0|1:18,82:100:99:.:.:3423,0,204 1|0:89,85:174:99:0|1:512982_T_G:3332,0,3520 0|1:66,41:107:99:.:.:1550,0,2512 1|1:2,111:113:99:1|1:512992_G_A:4732,256,0 1|1:1,111:112:99:.:.:4390,298,0 1|1:0,77:77:99:1|1:512989_A_G:3600,241,0 1|1:0,119:119:99:1|1:512936_G_A:5625,376,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,110:110:99:1|1:512989_A_G:4999,337,0 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|0:27,108:135:99:.:.:4319,0,335 1|1:1,180:181:99:1|1:512982_T_G:7778,534,0 0|1:64,36:100:99:.:.:767,0,2240 0|1:13,92:105:99:0|1:512982_T_G:3847,0,286 1|0:22,88:110:99:0|1:512982_T_G:3443,0,659 0|1:150,17:167:99:0|1:512982_T_G:253,0,6358 0|1:23,166:189:99:0|1:512982_T_G:6844,0,499 1|1:0,93:93:99:.:.:4216,289,0 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,113:113:99:1|1:512936_G_A:5265,352,0 1|0:110,32:142:99:0|1:512982_T_G:1046,0,4646 0|1:147,35:182:99:0|1:512982_T_G:1006,0,6361 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,159:159:99:.:.:4708,476,0 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,120:120:99:1|1:512936_G_A:5492,382,0 1|0:132,21:153:99:.:.:461,0,3347 0|1:76,65:141:99:0|1:512982_T_G:2480,0,3036 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,71:71:99:1|1:512936_G_A:3285,220,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,72:72:99:1|1:512936_G_A:3285,220,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,143:143:99:1|1:512936_G_A:6480,433,0 1|0:29,18:47:99:.:.:666,0,1159 1|1:0,90:90:99:.:.:3298,270,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,49:49:99:1|1:512982_T_G:2245,153,0 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,54:54:99:.:.:1573,160,0 1|1:0,55:55:99:1|1:512989_A_G:2504,169,0 1|0:50,52:102:99:.:.:1753,0,1749 1|0:68,8:76:11:.:.:11,0,2017 1|1:0,102:102:99:1|1:512982_T_G:4860,325,0 0|1:100,43:143:99:0|1:512982_T_G:1528,0,4318 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,143:143:99:.:.:4258,428,0 1|1:0,8:8:24:.:.:242,24,0 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800 1|1:0,94:94:99:1|1:512982_T_G:4343,295,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,66:67:99:1|1:512982_T_G:2946,163,0 0|1:83,38:121:99:.:.:743,0,1971 0|1:78,40:118:99:0|1:512982_T_G:1454,0,3190 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|1:46,63:109:99:0|1:512982_T_G:2561,0,1805 1|1:3,113:116:99:.:.:3300,261,0 1|0:62,18:80:99:0|1:512960_T_C:560,0,2675 1|1:0,49:49:99:1|1:512936_G_A:2250,151,0 1|1:0,55:55:99:.:.:2575,175,0 1|0:90,10:100:99:.:.:134,0,3808 0|1:103,8:111:14:0|1:512982_T_G:14,0,4440 0|1:64,28:92:99:.:.:853,0,1535 1|1:0,78:78:99:.:.:3535,238,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,159:159:99:1|1:512936_G_A:7290,488,0 1|1:0,98:98:99:1|1:512936_G_A:4500,301,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,161:162:99:1|1:512982_T_G:6934,444,0 1|1:0,183:183:99:.:.:5569,550,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 0|1:13,43:56:99:0|1:512982_T_G:1808,0,413 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|1:21,90:111:99:0|1:512966_A_G:3878,0,683 1|1:0,68:68:99:.:.:2035,204,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|1:105,41:146:99:.:.:1393,0,4453 1|0:1,53:54:72:0|1:512936_G_A:2264,0,72 1|1:0,103:103:99:.:.:4734,319,0 0|0:83,0:83:.:.:.:. 0|1:30,65:95:99:.:.:2408,0,551 1|0:96,10:106:99:0|1:512960_T_C:119,0,4169 0|1:53,12:65:99:0|1:512982_T_G:288,0,2140 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800 1|0:14,28:42:99:.:.:1060,0,488 1|0:19,50:69:99:.:.:2111,0,660 1|1:0,72:72:99:1|1:512936_G_A:3240,217,0 0|1:12,133:145:84:0|1:512982_T_G:5344,0,84 0|1:13,7:20:99:0|1:512936_G_A:249,0,609 1|1:0,103:103:99:1|1:512936_G_A:4770,319,0 0|1:96,34:130:99:0|1:512982_T_G:1154,0,4304 1|1:0,63:63:99:1|1:512936_G_A:2880,193,0 1|0:15,24:39:99:0|1:512982_T_G:1005,0,555 1|0:49,110:159:99:.:.:4461,0,1598 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,59:65:36:.:.:2586,36,0 1|1:0,42:42:99:1|1:512936_G_A:1935,129,0 1|0:6,45:51:19:.:.:1248,0,19 1|0:8,89:97:65:.:.:3708,0,65 0|1:36,13:49:99:0|1:512960_T_C:386,0,1556 1|1:0,81:81:99:1|1:512982_T_G:3434,244,0 0|1:18,47:65:99:.:.:1886,0,614 1|1:0,65:65:99:.:.:1964,194,0 1|1:0,84:84:99:1|1:512936_G_A:3564,253,0 0|1:57,51:108:99:.:.:1959,0,2040 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,86:91:73:1|1:512982_T_G:3979,73,0 1|1:0,64:64:99:1|1:512936_G_A:3060,205,0 1|1:0,31:31:93:1|1:512936_G_A:1395,93,0 1|1:0,119:119:99:1|1:512936_G_A:5580,373,0 1|1:0,61:61:99:1|1:512982_T_G:2784,193,0 1|0:10,86:96:99:0|1:512989_A_G:3707,0,152 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,66:66:99:.:.:1946,198,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|0:114,30:144:99:.:.:941,0,4682 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|1:0,8:8:18:0|1:512982_T_G:313,0,18 0|1:83,58:141:99:0|1:512936_G_A:2337,0,3222 1|1:0,105:105:99:.:.:4162,328,0 1|1:1,72:73:99:1|1:512936_G_A:3315,169,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 1|0:23,78:101:99:.:.:2473,0,336 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,19:19:57:.:.:855,57,0 1|1:0,21:21:63:1|1:512936_G_A:945,63,0 1|1:0,110:110:99:1|1:512982_T_G:5113,346,0 1|0:154,65:219:99:.:.:2247,0,6411 1|0:67,41:108:99:.:.:839,0,1531 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675 1|1:0,45:45:99:1|1:512936_G_A:2115,141,0 1|0:102,16:118:99:0|1:512992_G_A:338,0,3986 0|1:60,14:74:99:0|1:512982_T_G:443,0,2542 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755 1|0:4,49:53:5:0|1:512982_T_G:2126,0,5 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800 1|0:5,14:19:99:0|1:512989_A_G:596,0,159 1|0:33,25:58:99:.:.:917,0,779 0|0:32,0:32:.:.:.:. 1|1:1,112:113:99:1|1:512989_A_G:5220,310,0 0|0:32,0:32:65:.:.:0,65,809 1|1:0,158:158:99:.:.:5565,475,0 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,141:142:99:1|1:512966_A_G:6975,428,0 1|1:0,136:136:99:1|1:512936_G_A:6390,427,0 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|1:34,120:154:99:0|1:512982_T_G:5059,0,1070 1|1:0,113:113:99:1|1:512936_G_A:5220,349,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1320 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,243:243:99:1|1:512992_G_A:10775,746,0 1|1:0,229:229:99:1|1:512936_G_A:10236,704,0 1|1:0,225:225:99:1|1:512936_G_A:10620,710,0 1|1:0,218:218:99:1|1:512936_G_A:9767,668,0 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,106:112:31:1|1:512936_G_A:4545,31,0 1|1:0,244:244:99:1|1:512936_G_A:10905,746,0 1|1:0,77:77:99:1|1:512936_G_A:3555,238,0 1|0:55,136:191:99:.:.:5387,0,1327 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800 1|0:82,24:106:99:0|1:512936_G_A:755,0,3455 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,199:199:99:1|1:512992_G_A:8665,599,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534 1|0:86,15:101:99:.:.:238,0,2707 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,174:174:99:.:.:6275,523,0 1|1:147,0:147:.:.:.:0,0,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:1|1:512936_G_A:6345,424,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7485,638,0 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,45:45:99:1|1:512992_G_A:2063,141,0 1|1:3,98:101:99:.:.:3191,203,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,127:127:99:.:.:4311,381,0 1|1:0,191:191:99:.:.:6511,574,0 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800 1|0:7,86:93:32:0|1:512936_G_A:3632,0,32 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,171:171:99:1|1:512936_G_A:7875,527,0 1|1:0,267:267:99:.:.:9290,802,0 0|1:136,93:229:99:.:.:2414,0,5299 1|1:1,498:499:99:.:.:22221,1487,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,181:181:99:1|1:512936_G_A:8415,563,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,246:246:99:.:.:10770,761,0 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,188:188:99:1|1:512936_G_A:8381,578,0 1|1:1,233:234:99:1|1:512936_G_A:10225,671,0 0|1:127,33:160:99:.:.:797,0,3745 1|1:0,148:148:99:1|1:512936_G_A:6840,458,0 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 1|0:30,186:216:99:0|1:512966_A_G:8095,0,715 0|1:132,10:142:17:0|1:512936_G_A:17,0,5597 1|1:2,205:207:99:.:.:6925,543,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|1:31,380:411:99:.:.:13986,251,0 1|0:12,36:48:99:0|1:512992_G_A:1581,0,367 0|0:225,12:237:99:.:.:0,107,9155 1|0:171,91:262:99:0|1:512992_G_A:3210,0,6692 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,122:122:99:1|1:512936_G_A:5670,379,0 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800 1|0:164,65:229:99:.:.:1727,0,4823 0|1:34,133:167:99:.:.:4930,0,599 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,173:175:99:.:.:5846,457,0 1|1:2,88:90:99:.:.:2948,226,0 1|0:39,132:171:99:.:.:3992,0,860 1|1:4,58:62:54:.:.:2356,54,0 1|0:17,129:146:99:.:.:5521,0,245 1|1:3,194:197:99:1|1:512936_G_A:8820,473,0 1|0:78,54:132:99:.:.:1724,0,2184 0|1:273,83:356:99:.:.:1736,0,7899 1|1:0,152:152:99:.:.:5421,457,0 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800 1|0:74,133:207:99:.:.:3883,0,1810 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1800 0|1:81,20:101:99:.:.:579,0,2322 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 1|0:85,16:101:99:.:.:440,0,2360 1|1:3,107:110:99:1|1:512989_A_G:4725,199,0 0|1:30,4:34:52:.:.:52,0,1159 1|1:5,215:220:99:.:.:7245,487,0 1|1:4,178:182:99:.:.:7909,434,0 1|1:9,243:252:99:1|1:512992_G_A:10298,339,0 0|1:14,142:156:99:.:.:6057,0,137 1|0:25,135:160:99:.:.:5779,0,329 1|0:58,43:101:99:.:.:1616,0,1694 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 1|1:10,204:214:99:.:.:6688,321,0 1|1:3,368:371:99:.:.:12263,1055,0 1|0:150,23:173:99:0|1:512982_T_G:521,0,6194 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,346:346:99:.:.:11358,1039,0 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800 0|1:142,85:227:99:.:.:2227,0,4071 1|1:1,163:164:99:.:.:7418,483,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:71,50:121:99:0|1:512989_A_G:1907,0,2898 1|1:0,114:114:99:1|1:512936_G_A:5310,355,0 1|1:0,148:148:99:1|1:512936_G_A:6750,452,0 1|1:0,242:242:99:.:.:9003,730,0 1|1:0,207:207:99:1|1:512989_A_G:9645,647,0 1|0:132,28:160:99:0|1:512936_G_A:805,0,5665 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,204:204:99:.:.:7050,613,0 1|1:0,199:199:99:.:.:6767,598,0 1|1:0,161:161:99:1|1:512936_G_A:7551,506,0 1|1:0,146:146:99:1|1:512936_G_A:6518,448,0 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800 0|1:20,166:186:99:0|1:512989_A_G:7046,0,313 1|1:0,255:255:99:.:.:8825,766,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,110:110:99:.:.:3772,330,0 1|0:11,38:49:99:.:.:1207,0,178 1|1:0,14:14:42:.:.:466,42,0 1|1:0,348:348:99:.:.:12016,1047,0 1|0:143,148:291:99:0|1:512992_G_A:5635,0,5306 0|1:95,161:256:99:0|1:512992_G_A:6270,0,3386 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 0|1:20,239:259:43:0|1:512992_G_A:9662,0,43 1|1:2,86:88:99:1|1:512989_A_G:3807,149,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|0:27,211:238:99:0|1:512992_G_A:8516,0,412 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 0|1:193,20:213:57:.:.:57,0,5826 1|1:0,249:249:99:1|1:512992_G_A:10995,767,0 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,49:49:99:1|1:512936_G_A:2250,151,0 1|1:0,166:166:99:1|1:512936_G_A:7695,515,0 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,162:162:99:.:.:5968,487,0 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,39:39:99:1|1:512936_G_A:1845,123,0 1|1:0,13:13:42:1|1:512936_G_A:630,42,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9448,823,0 1|1:0,177:177:99:1|1:512982_T_G:7858,545,0 Pf3D7_01_v3 513009 . A T 4.70384e+06 PASS FS=0.775;MQ=56.87;QD=29.51;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.537;VQSLOD=4.37;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.28;ClippingRankSum=0;ExcessHet=1.3782;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=57.93;GQ_STDDEV=53.57;HRun=3;InbreedingCoeff=0.1884;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=0.123;culprit=MQ;set=snp;DP=13149019;AF=0.148;AS_InbreedingCoeff=0.1884;MLEAC=975;MLEAF=0.193;AN=844;AC=69 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:22,15:37:99:0|1:513009_A_T:531,0,879:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:. 0|0:62,0:62:66:.:.:0,66,1763:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:9:.:.:0,9,135:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,42:42:99:1|1:513009_A_T:1829,126,0:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1393:. 1|1:0,62:62:99:1|1:513009_A_T:2823,193,0:. 0|0:51,0:51:19:.:.:0,19,1389:. 0|0:26,0:26:49:.:.:0,49,775:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,538:. 1|0:26,4:30:87:0|1:513009_A_T:87,0,1108:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,585:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,440:. 0|0:8,0:8:10:.:.:0,10,217:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,573:. 0|0:12,0:12:3:.:.:0,3,45:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,1008:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1775:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:19:.:.:0,19,470:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,102:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,55:74:99:0|1:513009_A_T:2277,0,598:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1498:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1040:. 0|1:44,196:240:99:0|1:512990_C_A:8556,0,1266:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,757:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,2253:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1547:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1706:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:16:.:.:0,16,2843:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1601:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:36:.:.:0,36,540:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1371:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:93,0:93:8:.:.:0,8,2250:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1476:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1606:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,99:101:99:1|1:513009_A_T:4394,220,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1203:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,68:93:99:0|1:513009_A_T:2780,0,842:. 0|0:123,0:123:12:.:.:0,12,180:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:45,18:63:99:0|1:513009_A_T:614,0,1883:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1767:. 0|0:54,0:54:15:.:.:0,15,225:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1452:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:44,0:44:38:.:.:0,38,1130:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,2562:. 0|0:106,0:106:68:.:.:0,68,2767:. 0|1:10,109:119:89:0|1:513009_A_T:4495,0,89:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,41:62:99:0|1:513009_A_T:1700,0,704:. 0|0:67,0:67:15:.:.:0,15,1681:. 1|0:2,24:26:12:0|1:513009_A_T:968,0,12:. 0|1:18,68:86:99:0|1:513009_A_T:2838,0,545:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:49:.:.:0,49,4420:. 1|1:2,57:59:88:1|1:513009_A_T:2475,88,0:. 0|0:144,0:144:0:.:.:0,0,3178:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,1540:. 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,2255:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,6:47:99:0|1:513009_A_T:126,0,1739:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,1817:. 0|0:251,0:251:0:.:.:0,0,5083:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,11:95:99:0|1:513009_A_T:229,0,3459:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:80,41:121:99:0|1:513009_A_T:1621,0,3221:. 0|0:166,0:166:19:.:.:0,19,4083:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,3279:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,29:132:99:0|1:513000_A_C:896,0,4406:. 0|0:170,0:170:0:.:.:0,0,3514:. 0|0:172,0:172:9:.:.:0,9,4232:. 0|0:157,0:157:0:.:.:0,0,3558:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:42:.:.:0,42,630:. 0|0:149,0:149:39:.:.:0,39,585:. 0|0:151,0:151:0:.:.:0,0,3367:. 0|0:204,0:204:0:.:.:0,0,4095:. 0|0:179,0:179:42:.:.:0,42,630:. 1|0:76,11:87:99:0|1:513009_A_T:218,0,3235:. 0|1:53,87:140:99:0|1:513009_A_T:3551,0,2123:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:0:.:.:0,0,3253:. 0|0:152,0:152:0:.:.:0,0,3648:. 0|0:105,0:105:28:.:.:0,28,2558:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2833:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:24:.:.:0,24,360:. 0|0:170,0:170:0:.:.:0,0,3897:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,132:156:99:0|1:513009_A_T:5453,0,642:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:36:.:.:0,36,540:. 0|1:29,109:138:99:0|1:513009_A_T:4460,0,878:. 1|0:34,158:192:99:0|1:513009_A_T:6321,0,948:. 0|0:171,0:171:13:.:.:0,13,4081:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:1|1:513009_A_T:7646,527,0:. 1|1:0,205:205:99:1|1:513009_A_T:9144,632,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:0:.:.:0,0,4008:. 1|1:0,225:225:99:1|1:513009_A_T:10031,686,0:. 0|0:88,0:88:21:.:.:0,21,315:. 0|1:13,94:107:99:0|1:513009_A_T:3905,0,251:. 0|0:86,0:86:16:.:.:0,16,2155:. 1|1:0,78:78:99:1|1:513009_A_T:3565,241,0:. 0|0:199,0:199:6:.:.:0,6,4694:. 0|0:49,0:49:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2265:. 0|0:64,0:64:27:.:.:0,27,405:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1688:. 0|1:85,9:94:99:0|1:513000_A_C:113,0,3668:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,11:81:99:0|1:513009_A_T:239,0,3074:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2742:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:47:.:.:0,47,1983:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1359:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,2476:. 0|0:157,0:157:51:.:.:0,51,3902:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,2402:. 1|1:0,90:90:99:1|1:513009_A_T:4076,277,0:. 0|0:218,0:218:45:.:.:0,45,675:. 0|0:129,0:129:0:.:.:0,0,2958:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:18:.:.:0,18,270:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,2795:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:513009_A_T:3576,247,0:. 1|0:88,27:115:99:0|1:512990_C_A:1013,0,3938:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2188:. 0|0:138,0:138:21:.:.:0,21,3401:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,86:95:99:0|1:513009_A_T:3570,0,152:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:55,0:55:72:.:.:0,72,1549:. 0|0:89,0:89:66:.:.:0,66,990:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,1989:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:. 0|0:147,0:147:0:.:.:0,0,3440:. 1|0:27,105:132:99:0|1:513009_A_T:4416,0,800:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1967:. 0|0:63,0:63:94:.:.:0,94,1715:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1643:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1073:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:24:.:.:0,24,1269:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:513009_A_T:9269,635,0:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,2067:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,2433:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,801:. 0|0:154,0:154:38:.:.:0,38,3745:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:19,71:90:99:0|1:512982_T_G:3008,0,578:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:21:.:.:0,21,3835:. 1|1:0,86:86:99:1|1:513009_A_T:3767,259,0:. 0|0:11,0:11:15:.:.:0,15,225:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:0:.:.:0,0,2302:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,798:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,542:. 1|1:0,100:100:99:1|1:513009_A_T:4680,313,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,19:22:32:0|1:513009_A_T:944,0,32:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,996:. 1|0:91,16:107:99:0|1:512992_G_A:428,0,3796:. 0|0:79,0:79:20:.:.:0,20,2018:. 1|1:3,50:53:34:1|1:513009_A_T:2188,34,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,310:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1710:. 1|1:32,0:32:.:.:.:.:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2268:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:0:.:.:0,0,3605:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,3580:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:0:.:.:0,0,4253:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:169,0:169:33:.:.:0,33,495:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,246:246:99:1|1:512992_G_A:11642,783,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:0:.:.:0,0,5303:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:11:.:.:0,11,4327:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:15:.:.:0,15,225:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:1|1:512992_G_A:9434,632,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,1171:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:120 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2652:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:.:.:120 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,3479:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:0:.:.:0,0,5718:. 0|0:420,0:420:.:.:.:.:120 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:.:.:.:.:0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,243:254:99:1|1:513009_A_T:10589,297,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:24:.:.:0,24,360:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:0:.:.:0,0,5554:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1363:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:0:.:.:0,0,4441:. 0|0:236,0:236:0:.:.:0,0,5874:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:.:.:.:.:24 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:114 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:0 0|0:221,0:221:0:.:.:0,0,5550:. 0|0:450,0:450:.:.:.:.:0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:.:.:.:.:81 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:180,0:180:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:0:.:.:0,0,3972:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:21 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:415,0:415:.:.:.:.:0 0|0:254,0:254:0:.:.:0,0,5937:. 0|0:220,0:220:.:.:.:.:120 0|0:376,0:376:.:.:.:.:0 0|0:133,0:133:0:.:.:0,0,3608:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:.:.:.:.:120 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:397,0:397:.:.:.:.:120 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:0:.:.:0,0,8241:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:120 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:0 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,2061:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:0:.:.:0,0,3479:. 0|0:204,0:204:0:.:.:0,0,5489:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:0:.:.:0,0,4979:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:15:.:.:0,15,225:. 0|0:55,0:55:12:.:.:0,12,180:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:0:.:.:0,0,5434:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:334,0:334:0:.:.:0,0,8601:. 0|0:256,0:256:0:.:.:0,0,6625:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,149:281:99:0|1:512992_G_A:6133,0,5450:. 0|1:94,163:257:99:0|1:512992_G_A:6833,0,3641:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,242:256:99:1|1:512992_G_A:10667,142,0:. 0|0:106,0:106:18:.:.:0,18,270:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,209:229:99:0|1:512992_G_A:9279,0,166:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,256:256:99:1|1:512992_G_A:12058,810,0:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1630:. 0|0:239,0:239:0:.:.:0,0,6313:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:6:.:.:0,6,90:. 0|0:15,0:15:.:.:.:0,0,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513014 . A C 6.02773e+06 PASS FS=0;MQ=59.25;QD=29.34;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.563;VQSLOD=5.73;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.63;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=81.22;GQ_STDDEV=39.73;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7723;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.619;culprit=FS;set=snp;DP=13047464;AF=0.183;AS_InbreedingCoeff=0.7723;MLEAC=963;MLEAF=0.183;AN=854;AC=69 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:22,14:36:99:0|1:513009_A_T:588,0,918:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,39:39:99:1|1:513009_A_T:1787,120,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:513009_A_T:3123,211,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,816:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,1151:. 1|0:28,4:32:81:0|1:513009_A_T:81,0,1206:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:77:.:.:0,77,842:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,303:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:14,0:14:17:.:.:0,17,392:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,55:72:99:0|1:513009_A_T:2421,0,589:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,198:240:99:0|1:512990_C_A:8688,0,1173:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:83:.:.:0,83,1944:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,98:100:99:1|1:513009_A_T:4410,217,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,67:91:99:0|1:513009_A_T:2796,0,842:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:47,18:65:99:0|1:513009_A_T:656,0,1916:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1273:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,109:117:83:0|1:513009_A_T:4673,0,83:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,42:64:99:0|1:513009_A_T:1694,0,824:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,22:24:15:0|1:513009_A_T:945,0,15:. 0|1:17,70:87:99:0|1:513009_A_T:2982,0,536:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,57:59:91:1|1:513009_A_T:2520,91,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,2140:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,6:47:99:0|1:513009_A_T:171,0,1701:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,11:96:99:0|1:513009_A_T:182,0,3817:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:81,41:122:99:0|1:513009_A_T:1514,0,3359:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,28:134:99:0|1:513000_A_C:851,0,4451:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,12:88:99:0|1:513009_A_T:254,0,3323:. 0|1:51,88:139:99:0|1:513009_A_T:3563,0,1916:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,128:151:99:0|1:513009_A_T:5415,0,613:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,104:132:99:0|1:513009_A_T:4406,0,896:. 1|0:33,148:181:99:0|1:513009_A_T:6328,0,919:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:1|1:513009_A_T:7654,515,0:. 1|1:0,200:200:99:1|1:513009_A_T:9182,617,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:1|1:513009_A_T:10182,686,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,91:102:99:0|1:513009_A_T:3853,0,266:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:1|1:513009_A_T:3690,247,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1318:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,9:92:99:0|1:513000_A_C:119,0,3584:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,10:75:99:0|1:513009_A_T:215,0,2825:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,224:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:513009_A_T:4201,283,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:79:99:.:.:3638,250,0:. 1|0:79,29:108:99:0|1:512990_C_A:1046,0,3476:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,84:92:99:0|1:513009_A_T:3749,0,104:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,104:128:99:0|1:513009_A_T:4412,0,809:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1168:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,191:192:99:1|1:513014_A_C:5515,575,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:17,67:84:99:0|1:512982_T_G:2882,0,587:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:513009_A_T:3753,253,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1262:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,101:101:99:1|1:513009_A_T:4635,310,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,23:25:9:0|1:513009_A_T:1044,0,9:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:93,14:107:99:0|1:512992_G_A:335,0,4070:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,49:52:31:1|1:513009_A_T:2177,31,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,689:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:1|1:512992_G_A:11610,777,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:1|1:512992_G_A:9675,647,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1287:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,246:257:99:1|1:513009_A_T:10843,300,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:.:.:120 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:114 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:179,0:179:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:111 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:419,0:419:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:.:.:120 0|0:374,0:374:.:.:.:.:120 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:.:.:.:.:120 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:397,0:397:.:.:.:.:120 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:120 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,447:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:124,151:275:99:0|1:512992_G_A:6150,0,5115:. 0|1:95,153:248:99:0|1:512992_G_A:6504,0,3669:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,251:262:99:1|1:512992_G_A:10935,264,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,207:227:99:0|1:512992_G_A:9052,0,187:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,259:259:99:1|1:512992_G_A:12105,810,0:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,480:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513017 . G A 6.0325e+06 PASS FS=0.835;MQ=59.29;QD=28.07;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.569;VQSLOD=4.32;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.45;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=83.22;GQ_STDDEV=39.68;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7708;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.563;culprit=FS;set=snp;DP=13034771;AF=0.182;AS_InbreedingCoeff=0.7708;MLEAC=959;MLEAF=0.183;AN=854;AC=69 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:24,13:37:99:0|1:513009_A_T:555,0,1005:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,42:42:99:1|1:513009_A_T:2025,135,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:513009_A_T:3105,208,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:28,0:28:52:.:.:0,52,757:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1220:. 1|0:28,4:32:81:0|1:513009_A_T:81,0,1206:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,453:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,303:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,55:70:99:0|1:513009_A_T:2387,0,497:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,197:235:99:0|1:512990_C_A:8694,0,1089:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:31:.:.:0,31,1683:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,99:101:99:1|1:513009_A_T:4545,226,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,65:87:99:0|1:513009_A_T:2747,0,722:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:45,19:64:99:0|1:513009_A_T:647,0,2042:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1273:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,105:113:5:0|1:513009_A_T:4595,0,5:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,42:65:99:0|1:513009_A_T:1736,0,821:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,21:23:15:0|1:513009_A_T:960,0,15:. 0|1:15,71:86:99:0|1:513009_A_T:3056,0,491:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,56:58:99:1|1:513009_A_T:2655,100,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,1760:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,8:47:99:0|1:513009_A_T:216,0,1656:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,11:103:99:0|1:513009_A_T:218,0,3953:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:81,42:123:99:0|1:513009_A_T:1514,0,3359:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,28:131:99:0|1:513000_A_C:896,0,4406:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,11:87:99:0|1:513009_A_T:218,0,3368:. 0|1:46,84:130:99:0|1:513009_A_T:3496,0,1880:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,128:151:99:0|1:513009_A_T:5557,0,562:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,99:127:99:0|1:513009_A_T:4493,0,848:. 1|0:33,147:180:99:0|1:513009_A_T:6341,0,922:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:1|1:513009_A_T:7830,524,0:. 1|1:0,198:198:99:1|1:513009_A_T:9315,623,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:1|1:513009_A_T:10215,683,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,88:100:99:0|1:513009_A_T:3869,0,224:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:1|1:513009_A_T:3735,250,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1318:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,9:90:99:0|1:513000_A_C:128,0,3458:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,10:72:99:0|1:513009_A_T:227,0,2657:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,224:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:513009_A_T:4140,277,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:1|1:513009_A_T:3870,259,0:. 1|0:76,29:105:99:0|1:512990_C_A:1061,0,3266:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,85:92:68:0|1:513009_A_T:3713,0,68:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,103:127:99:0|1:513009_A_T:4337,0,692:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1168:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:195:99:.:.:9215,617,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:16,65:81:99:0|1:512982_T_G:2930,0,500:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:513009_A_T:3645,244,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:53:.:.:0,53,2416:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1262:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,98:98:99:1|1:513009_A_T:4590,307,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,26:28:3:0|1:513009_A_T:1128,0,3:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:93,15:108:99:0|1:512992_G_A:335,0,4070:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,50:53:31:1|1:513009_A_T:2205,31,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,689:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:1|1:512992_G_A:11385,762,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:512992_G_A:9675,647,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1287:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,243:254:99:1|1:513009_A_T:10890,300,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:.:.:120 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:114 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:179,0:179:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:111 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:419,0:419:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:.:.:120 0|0:374,0:374:.:.:.:.:120 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:.:.:.:.:120 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:397,0:397:.:.:.:.:120 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:120 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,447:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,151:273:99:0|1:512992_G_A:6261,0,4731:. 0|1:93,155:248:99:0|1:512992_G_A:6291,0,3726:. 0|0:34,0:34:28:.:.:0,28,976:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,243:254:99:1|1:512992_G_A:11025,309,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,208:228:99:0|1:512992_G_A:9052,0,187:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,259:259:99:1|1:512992_G_A:12150,813,0:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,462:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513020 . G A 6.05637e+06 PASS FS=0.843;MQ=59.29;QD=27.86;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.571;VQSLOD=4.27;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.86;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=82.66;GQ_STDDEV=39.79;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7783;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.449;culprit=FS;set=snp;DP=13027338;AF=0.182;AS_InbreedingCoeff=0.7783;MLEAC=960;MLEAF=0.183;AN=854;AC=71 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:24,15:39:99:0|1:513009_A_T:591,0,1086:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,40:40:99:1|1:513009_A_T:1980,132,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:513009_A_T:2925,196,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:29,0:29:56:.:.:0,56,781:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:42,0:42:94:.:.:0,94,1115:. 1|0:28,4:32:99:0|1:513009_A_T:126,0,1161:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:30,0:30:70:.:.:0,70,881:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,437:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:11,0:11:22:.:.:0,22,268:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,58:72:99:0|1:513009_A_T:2432,0,452:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,201:237:99:0|1:512990_C_A:8664,0,924:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:59:.:.:0,59,1683:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,103:105:99:1|1:513009_A_T:4635,232,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,63:85:99:0|1:513009_A_T:2789,0,719:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:44,19:63:99:0|1:513009_A_T:656,0,1916:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:41,0:41:91:.:.:0,91,1096:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,100:108:17:0|1:513009_A_T:4427,0,17:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,41:63:99:0|1:513009_A_T:1733,0,863:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,21:23:12:0|1:513009_A_T:1002,0,12:. 0|1:15,73:88:99:0|1:513009_A_T:3104,0,404:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,59:61:94:1|1:513009_A_T:2565,94,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,17:74:99:0|1:513020_G_A:539,0,2384:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,8:47:99:0|1:513009_A_T:261,0,1611:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,11:104:99:0|1:513009_A_T:215,0,3995:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:82,42:124:99:0|1:513009_A_T:1517,0,3317:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,29:131:99:0|1:513000_A_C:944,0,4319:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,10:89:99:0|1:513009_A_T:212,0,3452:. 0|1:43,86:129:99:0|1:513009_A_T:3476,0,1631:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,128:151:99:0|1:513009_A_T:5683,0,553:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,99:124:99:0|1:513009_A_T:4370,0,815:. 1|0:31,148:179:99:0|1:513009_A_T:6367,0,922:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:1|1:513009_A_T:7605,509,0:. 1|1:0,201:201:99:1|1:513009_A_T:9630,644,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:1|1:513009_A_T:10350,692,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,89:101:99:0|1:513009_A_T:3827,0,227:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:513009_A_T:3645,244,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1318:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,9:87:99:0|1:513000_A_C:173,0,3413:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,11:71:99:0|1:513009_A_T:275,0,2570:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,224:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:513009_A_T:4185,280,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:513009_A_T:3915,262,0:. 1|0:74,31:105:99:0|1:512990_C_A:1070,0,3140:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,85:90:7:1|1:513009_A_T:3600,7,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,103:126:99:0|1:513009_A_T:4505,0,680:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1168:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:191:99:.:.:9575,641,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:16,64:80:99:0|1:512982_T_G:2843,0,548:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:513009_A_T:3645,244,0:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,268:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:48:.:.:0,48,2314:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1262:. 0|0:33,0:33:83:.:.:0,83,874:. 1|1:0,96:96:99:1|1:513009_A_T:4500,301,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,26:28:3:0|1:513009_A_T:1128,0,3:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:95,15:110:99:0|1:512992_G_A:341,0,3986:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,53:56:43:1|1:513009_A_T:2385,43,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,689:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:1|1:512992_G_A:11340,759,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:1|1:512992_G_A:10035,671,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1287:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,238:249:99:1|1:513009_A_T:10665,246,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:.:.:120 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:114 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:179,0:179:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:111 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:419,0:419:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:.:.:120 0|0:374,0:374:.:.:.:.:120 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:.:.:.:.:120 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:397,0:397:.:.:.:.:120 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:120 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,447:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,152:267:99:0|1:512992_G_A:6102,0,4617:. 0|1:89,156:245:99:0|1:512992_G_A:6354,0,3429:. 0|0:35,0:35:32:.:.:0,32,996:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,244:254:99:1|1:512992_G_A:10980,345,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,211:230:99:0|1:512992_G_A:9091,0,226:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,260:260:99:1|1:512992_G_A:12105,810,0:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:28:.:.:0,28,432:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513023 . G A 6.0513e+06 PASS FS=0;MQ=59.31;QD=32.57;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.577;VQSLOD=8.6;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.58;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;GQ_MEAN=82.93;GQ_STDDEV=39.66;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7816;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.337;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13026792;AF=0.182;AS_InbreedingCoeff=0.7816;MLEAC=961;MLEAF=0.183;AN=854;AC=71 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:25,17:42:99:0|1:513009_A_T:720,0,1035:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,42:42:99:1|1:513009_A_T:2115,141,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:513009_A_T:3015,202,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:31,0:31:61:.:.:0,61,828:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1124:. 1|0:27,6:33:99:0|1:513009_A_T:168,0,1158:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:30,0:30:70:.:.:0,70,881:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,282:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,60:73:99:0|1:513009_A_T:2477,0,407:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,209:243:99:0|1:512990_C_A:9045,0,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:68:.:.:0,68,1710:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,100:102:99:1|1:513009_A_T:4635,232,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,62:84:99:0|1:513009_A_T:2660,0,770:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:46,19:65:99:0|1:513009_A_T:650,0,2000:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1134:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,103:110:17:0|1:513009_A_T:4427,0,17:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,42:65:99:0|1:513009_A_T:1817,0,872:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,23:25:12:0|1:513009_A_T:1002,0,12:. 0|1:15,74:89:99:0|1:513009_A_T:3146,0,401:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,59:61:97:1|1:513009_A_T:2610,97,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,16:72:99:0|1:513020_G_A:539,0,2384:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,9:47:99:0|1:513009_A_T:258,0,1653:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,11:104:99:0|1:513009_A_T:179,0,3914:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:80,41:121:99:0|1:513009_A_T:1643,0,3308:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,30:131:99:0|1:513000_A_C:947,0,4277:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,10:86:99:0|1:513009_A_T:224,0,3284:. 0|1:40,84:124:99:0|1:513009_A_T:3608,0,1538:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,129:152:99:0|1:513009_A_T:5596,0,601:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,101:126:99:0|1:513009_A_T:4460,0,725:. 1|0:29,151:180:99:0|1:513009_A_T:6499,0,829:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:513009_A_T:7560,506,0:. 1|1:0,203:203:99:1|1:513009_A_T:9675,647,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:1|1:513009_A_T:10260,686,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,88:100:99:0|1:513009_A_T:3785,0,230:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:513009_A_T:3510,235,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1318:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:98:.:.:0,98,1794:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,9:86:99:0|1:513000_A_C:179,0,3329:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,11:67:99:0|1:513009_A_T:284,0,2444:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,224:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:7:.:.:0,7,2008:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:513009_A_T:4050,271,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:513009_A_T:3870,259,0:. 1|0:64,31:95:99:0|1:512990_C_A:1085,0,2930:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,82:86:43:1|1:513009_A_T:3555,43,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,103:125:99:0|1:513009_A_T:4427,0,602:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1168:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,187:188:99:1|1:513014_A_C:5372,560,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:17,64:81:99:0|1:512982_T_G:2801,0,551:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:513009_A_T:3960,265,0:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,266:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:54:.:.:0,54,2304:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1262:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,98:98:99:1|1:513009_A_T:4500,301,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,25:27:6:0|1:513009_A_T:1086,0,6:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:93,15:108:99:0|1:512992_G_A:338,0,4028:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,56:58:43:1|1:513009_A_T:2385,43,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,689:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:1|1:512992_G_A:11070,741,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:512992_G_A:10080,674,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1287:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,238:250:99:1|1:513009_A_T:10620,243,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:.:.:120 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:114 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:179,0:179:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:111 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:419,0:419:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:.:.:120 0|0:374,0:374:.:.:.:.:120 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:.:.:.:.:120 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:397,0:397:.:.:.:.:120 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:120 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,489:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,147:262:99:0|1:512992_G_A:6231,0,4566:. 0|1:88,154:242:99:0|1:512992_G_A:6615,0,3285:. 0|0:35,0:35:32:.:.:0,32,988:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,243:253:99:1|1:512992_G_A:10935,342,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,215:233:99:0|1:512992_G_A:9265,0,130:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,259:259:99:1|1:512992_G_A:12195,816,0:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513024 . T G 6.04658e+06 PASS FS=0;MQ=59.27;QD=30.06;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.579;VQSLOD=7.77;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0072;FractionInformativeReads=1;GC=42.86;GQ_MEAN=82.83;GQ_STDDEV=39.98;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7038;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.282;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13025547;AF=0.183;AS_InbreedingCoeff=0.7038;MLEAC=960;MLEAF=0.183;AN=854;AC=71 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:24,17:41:99:0|1:513009_A_T:720,0,1035:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,43:43:99:1|1:513009_A_T:2115,141,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:513009_A_T:3015,202,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:33,0:33:46:.:.:0,46,915:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1285:. 1|0:26,6:32:99:0|1:513009_A_T:213,0,1113:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:10:.:.:0,10,292:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:38:.:.:0,38,517:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,282:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,60:73:99:0|1:513009_A_T:2519,0,404:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,214:247:99:0|1:512990_C_A:9048,0,813:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:98:.:.:0,98,1847:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,99:101:99:1|1:513009_A_T:4500,223,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,60:82:99:0|1:513009_A_T:2576,0,776:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:46,19:65:99:0|1:513009_A_T:650,0,2000:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:0|1:512936_G_A:0,81,756:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1134:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,104:110:14:0|1:513009_A_T:4469,0,14:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,43:65:99:0|1:513009_A_T:1859,0,869:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,23:25:12:0|1:513009_A_T:1002,0,12:. 0|1:15,75:90:99:0|1:513009_A_T:3146,0,401:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,59:61:99:1|1:513009_A_T:2655,100,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,16:71:99:0|1:513020_G_A:494,0,2429:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,9:47:99:0|1:513009_A_T:258,0,1653:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,11:104:99:0|1:513009_A_T:176,0,3956:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:80,42:122:99:0|1:513009_A_T:1643,0,3308:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,30:130:99:0|1:513000_A_C:950,0,4235:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,11:86:99:0|1:513009_A_T:227,0,3242:. 0|1:40,84:124:99:0|1:513009_A_T:3533,0,1418:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,130:153:99:0|1:513009_A_T:5473,0,568:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,101:125:99:0|1:513009_A_T:4418,0,728:. 1|0:26,149:175:99:0|1:513009_A_T:6457,0,832:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,157:157:99:1|1:513009_A_T:7560,506,0:. 1|1:0,204:204:99:1|1:513009_A_T:9540,638,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:513009_A_T:10215,683,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,89:101:99:0|1:513009_A_T:3782,0,272:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:513009_A_T:3420,229,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1318:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:81:.:.:0,81,1913:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,9:86:99:0|1:513000_A_C:134,0,3374:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,11:67:99:0|1:513009_A_T:290,0,2360:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,224:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,2113:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:513009_A_T:4005,268,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:513009_A_T:3960,265,0:. 1|0:64,31:95:99:0|1:512990_C_A:1103,0,2678:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,81:85:49:1|1:513009_A_T:3645,49,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,101:122:99:0|1:513009_A_T:4427,0,602:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1168:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,186:187:99:1|1:513014_A_C:5344,557,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:17,65:82:99:0|1:512982_T_G:2762,0,512:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:513009_A_T:3915,262,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,275:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:49:.:.:0,49,2417:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1262:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,98:98:99:1|1:513009_A_T:4545,304,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,25:27:9:0|1:513009_A_T:1044,0,9:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:92,15:107:99:0|1:512992_G_A:344,0,3944:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,56:58:46:1|1:513009_A_T:2430,46,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,689:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:1|1:512992_G_A:11070,741,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:512992_G_A:9900,662,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1287:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:.:.:120 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:.:.:.:.:120 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,241:253:99:1|1:513009_A_T:10620,243,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:.:.:120 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:114 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:.:.:.:.:120 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:179,0:179:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:111 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:419,0:419:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:.:.:120 0|0:374,0:374:.:.:.:.:120 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:.:.:.:.:120 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:397,0:397:.:.:.:.:120 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:120 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,489:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:116,150:266:99:0|1:512992_G_A:6144,0,4614:. 0|1:86,153:239:99:0|1:512992_G_A:6576,0,3246:. 0|0:35,0:35:32:.:.:0,32,988:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,246:256:99:1|1:512992_G_A:10890,339,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,216:234:99:0|1:512992_G_A:9265,0,130:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,260:260:99:1|1:512992_G_A:12105,810,0:. 0|0:432,0:432:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513030 . C T 6.10193e+06 PASS FS=0;MQ=59.25;QD=24.16;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.605;VQSLOD=7.88;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.31;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=47.62;GQ_MEAN=80.86;GQ_STDDEV=42.56;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7815;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.393;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=QD;set=snp;DP=12561529;AF=0.183;AS_InbreedingCoeff=0.7815;MLEAC=965;MLEAF=0.184;AN=854;AC=72 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:20,19:39:99:0|1:513009_A_T:777,0,822:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,43:43:99:1|1:513009_A_T:2025,135,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:513009_A_T:3060,205,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:80:.:.:0,80,968:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:42,0:42:92:.:.:0,92,1084:. 1|0:24,6:30:99:0|1:513009_A_T:174,0,1074:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,282:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:43,0:43:89:.:.:0,89,1061:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1404:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:11,0:11:8:.:.:0,8,243:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,62:75:99:0|1:513009_A_T:2564,0,359:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,216:246:99:0|1:512990_C_A:9189,0,594:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:82:.:.:0,82,1526:. 0|0:25,0:25:70:.:.:0,70,833:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,99:101:99:1|1:513009_A_T:4500,223,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,65:87:99:0|1:513009_A_T:2744,0,764:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:45,18:63:99:0|1:513009_A_T:662,0,1832:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1069:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,103:108:79:1|1:513009_A_T:4680,79,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,46:63:99:0|1:513009_A_T:1916,0,656:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,25:27:9:0|1:513009_A_T:1044,0,9:. 0|1:13,73:86:99:0|1:513009_A_T:3320,0,305:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,59:60:99:1|1:513009_A_T:2700,142,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,20:76:99:0|1:513020_G_A:668,0,2333:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,8:42:99:0|1:513009_A_T:312,0,1482:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,11:103:99:0|1:513009_A_T:167,0,4082:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:80,45:125:99:0|1:513009_A_T:1727,0,3302:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,30:127:99:0|1:513000_A_C:1049,0,4019:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,11:85:99:0|1:513009_A_T:272,0,3197:. 0|1:34,85:119:99:0|1:513009_A_T:3542,0,1292:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,135:154:99:0|1:513009_A_T:5776,0,421:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,106:126:99:0|1:513009_A_T:4553,0,593:. 1|0:24,148:172:99:0|1:513009_A_T:6478,0,538:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:1|1:513009_A_T:7650,512,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:513009_A_T:9405,629,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:1|1:513009_A_T:10935,731,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,86:99:99:0|1:513009_A_T:3653,0,323:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:513009_A_T:3645,244,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1318:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:83:.:.:0,83,1719:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,8:83:99:0|1:513000_A_C:104,0,3209:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,11:60:99:0|1:513009_A_T:347,0,2147:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:5:.:.:0,5,1930:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:513009_A_T:4140,277,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:513009_A_T:4005,268,0:. 1|0:54,32:86:99:0|1:512990_C_A:1172,0,2297:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,80:83:99:1|1:513009_A_T:3510,118,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,107:126:99:0|1:513009_A_T:4517,0,512:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1168:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:1|1:513009_A_T:9225,617,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:15,64:79:99:0|1:512982_T_G:2768,0,428:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:1|1:513009_A_T:3870,259,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,276:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:71:.:.:0,71,2041:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,96:96:99:1|1:513009_A_T:4365,292,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,24:27:96:0|1:513009_A_T:996,0,96:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:85,12:97:99:0|1:512992_G_A:407,0,3647:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,59:60:99:1|1:513009_A_T:2610,136,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,244:244:99:1|1:512992_G_A:11610,777,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:1|1:512992_G_A:10350,692,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1305:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:.:.:120 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:401,0:401:.:.:.:.:120 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,243:254:99:1|1:513009_A_T:10890,300,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:.:.:120 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:114 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:120 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:378,0:378:.:.:.:.:120 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:.:.:120 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:89:.:.:0,89,5223:. 0|0:170,0:170:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:111 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:378,0:378:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:.:.:.:.:120 0|0:379,0:379:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:.:.:.:.:120 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:397,0:397:.:.:.:.:120 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:120 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,531:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,148:257:99:0|1:512992_G_A:6288,0,4353:. 0|1:84,152:236:99:0|1:512992_G_A:6292,0,3142:. 0|0:38,0:38:41:.:.:0,41,1071:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,252:257:99:1|1:512992_G_A:11250,441,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,215:233:88:0|1:512992_G_A:9268,0,88:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,257:257:99:1|1:512992_G_A:12060,807,0:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513032 . A T 6.0874e+06 PASS FS=0;MQ=59.28;QD=28.76;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.633;VQSLOD=8.82;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=42.86;GQ_MEAN=81.24;GQ_STDDEV=38.61;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7779;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.338;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12532947;AF=0.183;AS_InbreedingCoeff=0.7779;MLEAC=961;MLEAF=0.183;AN=854;AC=72 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:20,20:40:99:0|1:513009_A_T:822,0,777:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:0,43:43:99:1|1:513009_A_T:1980,132,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:513009_A_T:3015,202,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:42,0:42:95:.:.:0,95,1264:. 1|0:24,6:30:99:0|1:513009_A_T:177,0,1032:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,282:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,787:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1404:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,252:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,61:73:99:0|1:513009_A_T:2732,0,347:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,211:239:99:0|1:512990_C_A:9399,0,579:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1614:. 0|0:25,0:25:70:.:.:0,70,833:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,93:94:99:1|1:513009_A_T:4500,223,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,65:87:99:0|1:513009_A_T:2702,0,767:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:44,19:63:99:0|1:513009_A_T:659,0,1874:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1252:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,101:106:99:1|1:513009_A_T:4635,115,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,46:63:99:0|1:513009_A_T:1922,0,572:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,24:26:6:0|1:513009_A_T:1086,0,6:. 0|1:13,77:90:99:0|1:513009_A_T:3404,0,299:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,59:60:99:1|1:513009_A_T:2745,145,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,20:75:99:0|1:513020_G_A:662,0,2417:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,9:42:99:0|1:513009_A_T:315,0,1440:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,11:106:99:0|1:513009_A_T:164,0,4124:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:80,47:127:99:0|1:513009_A_T:1718,0,3428:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,31:122:99:0|1:513000_A_C:1010,0,3980:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,12:83:99:0|1:513009_A_T:275,0,3155:. 0|1:31,84:115:99:0|1:513009_A_T:3551,0,1166:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,131:149:99:0|1:513009_A_T:5737,0,382:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,106:124:99:0|1:513009_A_T:4517,0,512:. 1|0:23,149:172:99:0|1:513009_A_T:6436,0,541:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:1|1:513009_A_T:7650,512,0:. 1|1:0,198:198:99:1|1:513009_A_T:9315,623,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:1|1:513009_A_T:10890,728,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,84:98:99:0|1:513009_A_T:3611,0,326:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:513009_A_T:3600,241,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1318:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,8:81:99:0|1:513000_A_C:104,0,3209:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,10:57:99:0|1:513009_A_T:314,0,2024:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:513009_A_T:4095,274,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:513009_A_T:3870,259,0:. 1|0:47,32:79:99:0|1:512990_C_A:1223,0,2168:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,79:82:79:1|1:513009_A_T:3510,79,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,105:122:99:0|1:513009_A_T:4562,0,467:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1168:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:1|1:513009_A_T:9270,620,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,64:78:99:0|1:512982_T_G:2768,0,428:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:1|1:513009_A_T:3960,265,0:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,94:94:99:1|1:513009_A_T:4365,292,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,24:27:96:0|1:513009_A_T:996,0,96:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:82,13:95:99:0|1:512992_G_A:287,0,3572:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,58:59:99:1|1:513009_A_T:2610,136,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,247:247:99:1|1:512992_G_A:11610,777,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:1|1:512992_G_A:10440,698,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1305:. 0|0:.:121:.:.:.:.:99 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:632:.:.:.:.:99 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:439:.:.:.:.:99 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:554:.:.:.:.:99 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:442:.:.:.:.:99 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,244:255:99:1|1:513009_A_T:10890,300,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:366:.:.:.:.:99 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:475:.:.:.:.:99 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:200:.:.:.:.:99 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:103:.:.:.:.:99 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:76:.:.:.:.:99 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:418:.:.:.:.:99 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:475:.:.:.:.:99 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:252:.:.:.:.:99 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:.:183:.:.:.:.:99 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:51:.:.:.:.:99 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:.:409:.:.:.:.:99 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:201:.:.:.:.:99 0|0:.:81:.:.:.:.:99 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:413:.:.:.:.:99 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:.:430:.:.:.:.:99 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:319:.:.:.:.:99 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:446:.:.:.:.:99 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,531:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,151:256:99:0|1:512992_G_A:6339,0,4224:. 0|1:81,150:231:99:0|1:512992_G_A:6286,0,3226:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,249:253:99:1|1:512992_G_A:11565,579,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,213:230:85:0|1:512992_G_A:9310,0,85:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,264:264:99:1|1:512992_G_A:12195,816,0:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513033 . A T 6.08089e+06 PASS FS=0;MQ=59.28;QD=27.4;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.637;VQSLOD=9.04;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=42.86;GQ_MEAN=81.5;GQ_STDDEV=38.71;HRun=0;InbreedingCoeff=0.778;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.225;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12536401;AF=0.183;AS_InbreedingCoeff=0.778;MLEAC=961;MLEAF=0.183;AN=854;AC=72 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:20,21:41:99:0|1:513009_A_T:822,0,777:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:0,43:43:99:1|1:513009_A_T:2025,135,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:513009_A_T:3060,205,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:42,0:42:95:.:.:0,95,1264:. 1|0:24,6:30:99:0|1:513009_A_T:174,0,1074:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,282:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,787:. 0|0:17,0:17:28:.:.:0,28,462:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1404:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,252:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,61:73:99:0|1:513009_A_T:2777,0,302:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,215:242:99:0|1:512990_C_A:9273,0,588:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1614:. 0|0:25,0:25:70:.:.:0,70,833:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,93:94:99:1|1:513009_A_T:4275,247,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,63:85:99:0|1:513009_A_T:2744,0,764:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:45,19:64:99:0|1:513009_A_T:659,0,1874:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1252:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,101:106:99:1|1:513009_A_T:4410,100,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,46:63:99:0|1:513009_A_T:1880,0,575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,24:26:9:0|1:513009_A_T:1044,0,9:. 0|1:13,78:91:99:0|1:513009_A_T:3404,0,299:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,60:61:99:1|1:513009_A_T:2745,145,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,20:76:99:0|1:513020_G_A:668,0,2333:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,9:42:99:0|1:513009_A_T:318,0,1398:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,11:108:99:0|1:513009_A_T:158,0,4208:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:82,47:129:99:0|1:513009_A_T:1763,0,3383:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,30:121:99:0|1:513000_A_C:1016,0,3896:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,12:83:99:0|1:513009_A_T:281,0,3071:. 0|1:31,82:113:99:0|1:513009_A_T:3470,0,1130:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,131:149:99:0|1:513009_A_T:5698,0,343:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,106:124:99:0|1:513009_A_T:4523,0,428:. 1|0:22,148:170:99:0|1:513009_A_T:6436,0,541:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:1|1:513009_A_T:7560,506,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:513009_A_T:9270,620,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:1|1:513009_A_T:10845,725,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,85:99:99:0|1:513009_A_T:3569,0,329:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:513009_A_T:3555,238,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1318:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,8:80:99:0|1:513000_A_C:104,0,3209:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,10:56:99:0|1:513009_A_T:317,0,1982:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:513009_A_T:4005,268,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:513009_A_T:3645,244,0:. 1|0:47,33:80:99:0|1:512990_C_A:1238,0,1958:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,78:82:82:1|1:513009_A_T:3555,82,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,105:122:99:0|1:513009_A_T:4523,0,428:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1168:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:1|1:513009_A_T:9315,623,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,64:78:99:0|1:512982_T_G:2729,0,389:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:513009_A_T:3915,262,0:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,95:95:99:1|1:513009_A_T:4365,292,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,23:26:54:0|1:513009_A_T:999,0,54:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:82,13:95:99:0|1:512992_G_A:296,0,3446:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,58:59:99:1|1:513009_A_T:2610,136,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,246:246:99:1|1:512992_G_A:11610,777,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:1|1:512992_G_A:10395,656,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1305:. 0|0:.:121:.:.:.:.:99 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:632:.:.:.:.:99 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:439:.:.:.:.:99 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:554:.:.:.:.:99 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:442:.:.:.:.:99 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,243:254:99:1|1:513009_A_T:10800,294,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:366:.:.:.:.:99 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:475:.:.:.:.:99 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:200:.:.:.:.:99 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:103:.:.:.:.:99 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:76:.:.:.:.:99 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:418:.:.:.:.:99 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:475:.:.:.:.:99 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:252:.:.:.:.:99 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:.:183:.:.:.:.:99 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:51:.:.:.:.:99 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:.:409:.:.:.:.:99 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:201:.:.:.:.:99 0|0:.:78:.:.:.:.:99 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:413:.:.:.:.:99 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:.:430:.:.:.:.:99 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:319:.:.:.:.:99 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:446:.:.:.:.:99 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,563:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,154:258:99:0|1:512992_G_A:6342,0,4182:. 0|1:83,150:233:99:0|1:512992_G_A:6295,0,3100:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,247:251:99:1|1:512992_G_A:11610,582,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,216:232:91:0|1:512992_G_A:9226,0,91:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,265:265:99:1|1:512992_G_A:12150,813,0:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513037 . G T 6.07307e+06 PASS FS=0;MQ=59.24;QD=28.9;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.694;VQSLOD=6.82;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;GQ_MEAN=80.6;GQ_STDDEV=39.26;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7707;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0;culprit=FS;set=snp;DP=12516524;AF=0.183;AS_InbreedingCoeff=0.7707;MLEAC=967;MLEAF=0.184;AN=854;AC=72 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:20,19:39:99:0|1:513009_A_T:780,0,780:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,42:42:99:1|1:513009_A_T:1935,129,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:513009_A_T:2790,187,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1104:. 1|0:24,6:30:99:0|1:513009_A_T:177,0,1032:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,765:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,787:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,370:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1404:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,62:70:99:0|1:513009_A_T:2573,0,233:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,212:236:99:0|1:512990_C_A:9327,0,417:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1614:. 0|0:25,0:25:70:.:.:0,70,833:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,92:93:99:1|1:513009_A_T:4230,244,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,62:83:99:0|1:513009_A_T:2789,0,719:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:42,18:60:99:0|1:513009_A_T:623,0,1793:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:42,0:42:94:.:.:0,94,1087:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,101:105:99:1|1:513009_A_T:4725,160,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,44:62:99:0|1:513009_A_T:1835,0,620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,23:25:9:0|1:513009_A_T:1044,0,9:. 0|1:10,81:91:99:0|1:513009_A_T:3368,0,218:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,60:61:99:1|1:513009_A_T:2790,148,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,20:75:99:0|1:513020_G_A:710,0,2330:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,9:41:99:0|1:513009_A_T:318,0,1398:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,12:109:99:0|1:513009_A_T:287,0,4157:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:83,48:131:99:0|1:513009_A_T:1760,0,3425:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,29:114:99:0|1:513000_A_C:1034,0,3644:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,12:82:99:0|1:513009_A_T:290,0,2945:. 0|1:27,82:109:99:0|1:513009_A_T:3443,0,923:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,123:140:99:0|1:513009_A_T:5491,0,316:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,102:119:99:0|1:513009_A_T:4397,0,437:. 1|0:21,147:168:99:0|1:513009_A_T:6610,0,445:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:1|1:513009_A_T:7245,485,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:513009_A_T:9180,614,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:1|1:513009_A_T:10485,701,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,81:94:99:0|1:513009_A_T:3401,0,341:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:513009_A_T:3420,229,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1318:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:80:.:.:0,80,1745:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,6:78:74:0|1:513000_A_C:74,0,3044:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,10:53:99:0|1:513009_A_T:284,0,1859:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:17:.:.:0,17,1973:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:513009_A_T:4095,274,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:513009_A_T:3690,247,0:. 1|0:42,33:75:99:0|1:512990_C_A:1247,0,1832:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,82:86:91:1|1:513009_A_T:3690,91,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,106:121:99:0|1:513009_A_T:4445,0,350:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1168:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:1|1:513009_A_T:9000,602,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:12,66:78:99:0|1:512982_T_G:2729,0,389:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:513009_A_T:4005,268,0:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:64:.:.:0,64,2182:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,94:94:99:1|1:513009_A_T:4455,298,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,21:24:60:0|1:513009_A_T:915,0,60:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:77,14:91:99:0|1:512992_G_A:344,0,3359:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,53:54:99:1|1:513009_A_T:2430,124,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:1|1:512992_G_A:11295,756,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,219:220:99:1|1:512992_G_A:10170,641,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1305:. 0|0:.:121:.:.:.:.:99 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:632:.:.:.:.:99 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:439:.:.:.:.:99 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:554:.:.:.:.:99 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:442:.:.:.:.:99 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,239:246:99:1|1:513009_A_T:10665,363,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:366:.:.:.:.:99 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:475:.:.:.:.:99 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:200:.:.:.:.:99 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:103:.:.:.:.:99 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:76:.:.:.:.:99 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:418:.:.:.:.:99 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:475:.:.:.:.:99 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:252:.:.:.:.:99 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:.:183:.:.:.:.:99 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:51:.:.:.:.:99 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:.:409:.:.:.:.:99 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:201:.:.:.:.:99 0|0:.:73:.:.:.:.:91 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:413:.:.:.:.:99 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:.:430:.:.:.:.:99 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:319:.:.:.:.:99 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:446:.:.:.:.:99 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,563:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,155:247:99:0|1:512992_G_A:6456,0,3756:. 0|1:84,151:235:99:0|1:512992_G_A:6183,0,3483:. 0|0:37,0:37:37:.:.:0,37,1058:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,246:249:99:1|1:512992_G_A:11430,609,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,215:230:13:0|1:512992_G_A:9148,0,13:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,259:259:99:1|1:512992_G_A:12015,804,0:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513043 . A G 6.0618e+06 PASS FS=0;MQ=59.13;QD=28.7;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.698;VQSLOD=6.92;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;GQ_MEAN=77.97;GQ_STDDEV=37.42;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7612;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.344;culprit=FS;set=snp;DP=12503205;AF=0.183;AS_InbreedingCoeff=0.7612;MLEAC=964;MLEAF=0.184;AN=854;AC=73 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:17,20:37:99:0|1:513009_A_T:780,0,780:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,39:39:99:1|1:513009_A_T:1755,117,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:513009_A_T:2520,169,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1031:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1263:. 1|0:24,5:29:99:0|1:513009_A_T:138,0,993:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,436:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,61:68:98:0|1:513009_A_T:2708,0,98:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,209:222:61:0|1:512990_C_A:9061,0,61:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1197:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1614:. 0|0:25,0:25:70:.:.:0,70,833:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,92:93:99:1|1:513009_A_T:4140,238,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,68:87:99:0|1:513009_A_T:2795,0,635:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:37,18:55:99:0|1:513009_A_T:641,0,1541:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1308:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,110:113:99:1|1:513009_A_T:4995,217,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,41:59:99:0|1:513009_A_T:1874,0,659:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,27:29:3:0|1:513009_A_T:1128,0,3:. 0|1:9,82:91:99:0|1:513009_A_T:3542,0,122:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,61:62:99:1|1:513009_A_T:2700,142,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,21:70:99:0|1:513020_G_A:731,0,2036:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,11:41:99:0|1:513009_A_T:369,0,1269:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,14:114:99:0|1:513009_A_T:284,0,4199:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:83,47:130:99:0|1:513009_A_T:1721,0,3386:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,29:112:99:0|1:513000_A_C:1052,0,3392:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,11:77:99:0|1:513009_A_T:251,0,2906:. 0|1:21,78:99:99:0|1:513009_A_T:3209,0,689:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,121:136:99:0|1:513009_A_T:5243,0,293:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,105:119:99:0|1:513009_A_T:4451,0,266:. 1|0:14,160:174:99:0|1:513009_A_T:6961,0,211:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:1|1:513009_A_T:7020,470,0:. 1|1:0,204:204:99:1|1:513009_A_T:9270,620,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:1|1:513009_A_T:10305,689,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,82:96:99:0|1:513009_A_T:3521,0,416:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:513009_A_T:3375,226,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1318:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,6:73:86:0|1:513000_A_C:86,0,2876:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,8:36:99:0|1:513009_A_T:285,0,1275:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:513009_A_T:4095,274,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:513009_A_T:3735,250,0:. 1|0:32,34:66:99:0|1:512990_C_A:1406,0,1361:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,84:88:94:1|1:513009_A_T:3735,94,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,102:112:99:0|1:513009_A_T:4376,0,146:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1168:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:1|1:513009_A_T:8865,593,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:15,66:81:99:0|1:512982_T_G:2807,0,467:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,5:116:99:0|1:513043_A_G:0,103,5040:. 1|1:0,83:83:99:1|1:513009_A_T:3915,262,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:69:.:.:0,69,907:. 1|1:0,92:92:99:1|1:513009_A_T:4365,292,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,22:25:57:0|1:513009_A_T:957,0,57:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:67,14:81:99:0|1:512992_G_A:377,0,2897:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,52:53:99:1|1:513009_A_T:2430,124,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:1|1:512992_G_A:10980,734,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,215:216:99:1|1:512992_G_A:9945,626,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1305:. 0|0:.:121:.:.:.:.:99 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:632:.:.:.:.:99 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:439:.:.:.:.:99 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:554:.:.:.:.:99 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:442:.:.:.:.:99 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,233:239:99:1|1:513009_A_T:10620,438,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:366:.:.:.:.:99 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:475:.:.:.:.:99 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:200:.:.:.:.:99 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:103:.:.:.:.:99 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:76:.:.:.:.:99 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:418:.:.:.:.:99 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:475:.:.:.:.:99 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:252:.:.:.:.:99 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:.:183:.:.:.:.:99 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:51:.:.:.:.:99 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:.:409:.:.:.:.:99 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:201:.:.:.:.:99 0|0:.:66:.:.:.:.:85 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:413:.:.:.:.:99 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:.:430:.:.:.:.:99 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:319:.:.:.:.:99 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:446:.:.:.:.:99 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,608:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,153:241:99:0|1:512992_G_A:6351,0,3471:. 0|1:88,158:246:99:0|1:512992_G_A:6477,0,3462:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,251:253:99:1|1:512992_G_A:11430,648,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,206:219:99:1|1:512992_G_A:9225,110,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,270:270:99:1|1:512992_G_A:12645,846,0:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513048 . G C 6.14526e+06 PASS FS=0;MQ=59.16;QD=28.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.678;VQSLOD=7.89;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;GQ_MEAN=75;GQ_STDDEV=38.11;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7591;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.344;culprit=FS;set=snp;DP=12312460;AF=0.184;AS_InbreedingCoeff=0.7591;MLEAC=968;MLEAF=0.184;AN=854;AC=76 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:17,21:38:99:0|1:513009_A_T:828,0,693:. 0|0:43,0:43:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,35:35:99:1|1:513009_A_T:1845,123,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:513009_A_T:2430,163,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1031:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1263:. 1|0:24,5:29:99:0|1:513009_A_T:138,0,993:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:18,0:18:43:.:.:0,43,480:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1092:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,60:64:62:0|1:513009_A_T:2627,0,62:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,202:209:99:1|1:512990_C_A:9225,227,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1207:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1348:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:95:.:.:0,95,1538:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,633:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,94:95:99:1|1:513009_A_T:4365,253,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,65:85:99:0|1:513009_A_T:2921,0,626:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:31,17:48:99:0|1:513009_A_T:653,0,1373:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1216:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,112:114:99:1|1:513009_A_T:5310,277,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,44:61:99:0|1:513009_A_T:1877,0,617:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:2,26:28:6:0|1:513009_A_T:1086,0,6:. 0|1:7,82:89:20:0|1:513009_A_T:3800,0,20:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,59:60:99:1|1:513009_A_T:2700,142,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,21:68:99:0|1:513020_G_A:737,0,1952:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,10:43:99:0|1:513009_A_T:363,0,1353:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,11:110:99:0|1:513009_A_T:265,0,4367:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:78,47:125:99:0|1:513009_A_T:1856,0,3251:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,29:99:99:0|1:513000_A_C:1190,0,3215:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,10:76:99:0|1:513009_A_T:257,0,2822:. 0|1:11,76:87:99:0|1:513009_A_T:3314,0,389:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,127:141:99:0|1:513009_A_T:5575,0,226:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,108:121:99:0|1:513009_A_T:4658,0,293:. 1|1:10,166:176:65:1|1:513009_A_T:7380,65,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:1|1:513009_A_T:7335,491,0:. 1|1:0,203:203:99:1|1:513009_A_T:9630,644,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,5:136:99:0|1:513048_G_C:0,121,5895:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:513009_A_T:10845,725,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,75:91:99:0|1:513009_A_T:3395,0,425:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:513009_A_T:3555,238,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1318:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,6:70:53:0|1:513000_A_C:53,0,2753:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,8:28:99:0|1:513009_A_T:312,0,897:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:513009_A_T:4005,268,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:513009_A_T:4050,271,0:. 1|0:29,33:62:99:0|1:512990_C_A:1337,0,1157:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,86:90:99:1|1:513009_A_T:3825,100,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,102:109:37:1|1:513009_A_T:4635,37,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1146:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:1|1:513009_A_T:8955,599,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,65:79:99:0|1:512982_T_G:2855,0,380:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,8:122:22:0|1:513043_A_G:0,22,4995:. 1|1:0,85:85:99:1|1:513009_A_T:4095,274,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:55:.:.:0,55,2108:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,85:85:99:1|1:513009_A_T:4222,283,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,23:26:57:0|1:513009_A_T:957,0,57:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:64,14:78:99:0|1:512992_G_A:389,0,2729:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,54:55:99:1|1:513009_A_T:2565,133,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:1|1:512992_G_A:11115,744,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,218:219:99:1|1:512992_G_A:10170,641,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1305:. 0|0:.:121:.:.:.:.:99 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:632:.:.:.:.:99 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:439:.:.:.:.:99 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:554:.:.:.:.:99 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:442:.:.:.:.:99 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,227:233:99:1|1:513009_A_T:10575,474,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:366:.:.:.:.:99 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:510:.:.:.:.:99 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:200:.:.:.:.:99 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:103:.:.:.:.:99 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:76:.:.:.:.:99 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:418:.:.:.:.:99 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:475:.:.:.:.:99 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:252:.:.:.:.:99 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:.:183:.:.:.:.:99 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:51:.:.:.:.:99 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:.:409:.:.:.:.:99 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:201:.:.:.:.:99 0|0:.:57:.:.:.:.:49 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:413:.:.:.:.:99 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:.:430:.:.:.:.:99 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:319:.:.:.:.:99 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:446:.:.:.:.:99 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,154:238:99:0|1:512992_G_A:6699,0,3279:. 0|1:86,159:245:99:0|1:512992_G_A:6747,0,3192:. 0|0:38,0:38:41:.:.:0,41,1095:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,256:258:99:1|1:512992_G_A:11925,720,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,204:215:99:1|1:512992_G_A:9086,179,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,284:284:99:1|1:512992_G_A:13275,888,0:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513056 . C A 5.85421e+06 PASS FS=0;MQ=58.77;QD=34.07;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.669;VQSLOD=7.66;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.08;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0025;FractionInformativeReads=1;GC=42.86;GQ_MEAN=69.4;GQ_STDDEV=39.93;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7289;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-1.266;culprit=FS;set=snp;DP=12072198;AF=0.187;AS_InbreedingCoeff=0.7289;MLEAC=982;MLEAF=0.188;AN=854;AC=80 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:22,22:44:99:0|1:513009_A_T:844,0,783:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:1|1:513009_A_T:1628,111,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,50:50:99:1|1:513009_A_T:2276,154,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1312:. 1|0:21,6:27:99:0|1:513009_A_T:189,0,864:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,444:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,154:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,222:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,61:62:99:1|1:513009_A_T:2685,142,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,206:207:99:1|1:512990_C_A:9140,532,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1207:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1348:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:69:.:.:0,69,1391:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,98:99:99:1|1:513009_A_T:4286,253,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,72:88:99:0|1:513009_A_T:2904,0,539:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:26,15:41:99:0|1:513009_A_T:552,0,1047:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:43,0:43:98:.:.:0,98,1161:. 0|0:96,0:96:75:.:.:0,75,2301:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,112:113:99:1|1:513009_A_T:5182,310,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,43:61:99:0|1:513009_A_T:1724,0,624:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:1,25:26:9:0|1:513009_A_T:1044,0,9:. 1|1:1,90:91:99:1|1:513009_A_T:3828,145,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:513009_A_T:2714,148,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,20:64:99:0|1:513020_G_A:707,0,1787:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,11:39:99:0|1:513009_A_T:354,0,1208:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,11:111:99:0|1:513009_A_T:154,0,4131:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:73,48:121:99:0|1:513009_A_T:1835,0,2960:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,29:90:99:0|1:513000_A_C:1034,0,2474:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,8:67:99:0|1:513009_A_T:143,0,2645:. 1|1:5,73:78:13:1|1:513009_A_T:3088,13,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,127:139:99:0|1:513009_A_T:5357,0,116:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,108:112:99:1|1:513009_A_T:4672,121,0:. 1|1:4,171:175:99:1|1:513009_A_T:7324,265,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:1|1:513009_A_T:6950,467,0:. 1|1:0,206:206:99:1|1:513009_A_T:9138,626,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,7:137:99:0|1:513048_G_C:0,115,5784:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:1|1:513009_A_T:10469,707,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,73:90:99:0|1:513009_A_T:3061,0,471:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:513009_A_T:3228,220,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:38:.:.:0,38,1419:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:55,6:61:74:0|1:513000_A_C:74,0,2459:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,7:13:99:0|1:513009_A_T:267,0,357:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,153:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:36:.:.:0,36,2334:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1114:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:513009_A_T:3866,262,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:513009_A_T:3690,247,0:. 1|0:13,32:45:99:0|1:512990_C_A:1320,0,573:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,84:86:99:1|1:513009_A_T:3728,174,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,107:108:99:1|1:513009_A_T:4647,196,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1146:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1604:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:1|1:513009_A_T:8816,599,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:13,67:80:99:0|1:512982_T_G:2722,0,386:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,8:118:7:0|1:513043_A_G:0,7,4713:. 1|1:0,87:87:99:1|1:513009_A_T:3987,268,0:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:90:.:.:0,90,1955:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,85:85:99:1|1:513009_A_T:3877,262,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,21:24:63:0|1:513009_A_T:855,0,63:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:61,14:75:99:0|1:512992_G_A:395,0,2645:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,58:58:99:1|1:513009_A_T:2533,133,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:1|1:512992_G_A:10531,710,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,204:205:99:1|1:512992_G_A:9351,590,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1534:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:.:.:.:0,0,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1305:. 0|0:.:121:.:.:.:.:99 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:632:.:.:.:.:99 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:439:.:.:.:.:99 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:554:.:.:.:.:99 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:384:.:.:.:.:99 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,230:236:99:1|1:513009_A_T:10074,449,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:366:.:.:.:.:99 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:510:.:.:.:.:99 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:200:.:.:.:.:99 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:103:.:.:.:.:99 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:76:.:.:.:.:99 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:364:.:.:.:.:99 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:475:.:.:.:.:99 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:209:.:.:.:.:99 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:.:172:.:.:.:.:99 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:48:.:.:.:.:96 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:.:363:.:.:.:.:99 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:148:.:.:.:.:99 0|0:.:34:.:.:.:.:39 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:413:.:.:.:.:99 0|0:138,0:138:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:.:405:.:.:.:.:99 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:258:.:.:.:.:99 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:390:.:.:.:.:99 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1513:. 0|0:18,0:18:36:.:.:0,36,540:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,154:233:99:0|1:512992_G_A:6339,0,2874:. 0|1:82,149:231:99:0|1:512992_G_A:6169,0,3094:. 0|0:35,0:35:33:.:.:0,33,977:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,267:267:99:1|1:512992_G_A:12040,813,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,207:213:99:1|1:512992_G_A:9008,335,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,274:274:99:1|1:512992_G_A:12393,831,0:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,225:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513058 . A C 346768 PASS FS=0.65;MQ=57.72;QD=24.24;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.763;VQSLOD=4.94;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=42.86;InbreedingCoeff=-0.0046;NCC=1;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1527;GQ_MEAN=160.31;GQ_STDDEV=182.85;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.37;culprit=FS;set=snp;DP=12083915;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=-0.0667;MLEAC=73;MLEAF=0.014;AN=858;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:69:0,69,1035:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:74:0,74,1040:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:88:0,88,1157:. 0|0:47,0:47:99:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:78:0,78,1170:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1348:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1312:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:5,0:5:12:0,12,180:. 0|0:22,0:22:51:0,51,765:. 0|0:9,0:9:24:0,24,360:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:87:0,87,1305:. 0|0:69,0:69:99:0,111,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1095:. 0|0:60,0:60:99:0,117,1755:. 0|0:15,0:15:36:0,36,540:. 0|0:8,0:8:24:0,24,222:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1207:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1864,219,0:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,109,1348:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,104,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:45:0,45,675:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:42:0,42,630:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1530:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:72:0,72,1080:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 1|0:31,31:62:99:600,0,1197:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1351:. 0|0:40,0:40:96:0,96,1440:. 0|0:93,0:93:65:0,65,2332:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:96:0,96,1440:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:72:0,72,1080:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:93:0,93,1395:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,101,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,114,1710:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,105,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,99,1485:. 0|0:167,0:167:99:0,110,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,111,1665:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 1|0:15,119:134:99:2619,0,158:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:48:0,48,1456:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,117,1755:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:0,12,180:. 0|0:96,0:96:99:0,110,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:37:0,37,2529:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|1:15,73:88:99:1664,0,167:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,114,1710:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,117,1755:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,105,1575:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,106,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:6:0,6,1135:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1710:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1146:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,101,1604:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:69:0,69,1035:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:78:0,78,1170:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:15:0,15,225:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:94:0,94,2110:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:75:0,75,1125:. 0|0:25,0:25:51:0,51,765:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:0,75,714:. 0|0:54,0:54:99:0,117,1755:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,113,1800:. 0|0:13,0:13:30:0,30,450:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:57:0,57,855:. 0|0:93,0:93:99:0,116,1800:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:71,7:78:20:0,20,3111:. 0|0:169,0:169:99:0,102,1530:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:6897,645,0:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 1|0:70,114:184:99:3096,0,2011:. 0|0:280,0:280:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1534:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,111,1665:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:0,120,1800:. 0|0:713,0:713:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1305:. 0|0:111,0:111:.:.:120 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:.:.:120 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:120 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:.:.:120 0|0:89,0:89:99:0,112,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:382,0:382:.:.:120 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:.:.:120 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:465,0:465:.:.:120 0|0:48,0:48:99:0,114,1710:. 0|0:234,0:234:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:120 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:114 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:120 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:.:.:120 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:.:.:120 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:.:.:120 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,109,1800:. 0|0:170,0:170:.:.:120 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:.:.:87 0|0:166,0:166:99:0,108,1620:. 0|0:361,0:361:.:.:120 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:.:.:120 0|0:321,0:321:.:.:120 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:.:.:120 0|0:138,0:138:99:0,114,1710:. 0|0:402,0:402:.:.:120 0|0:321,0:321:99:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:.:.:120 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:.:.:120 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:0,117,1755:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1513:. 0|0:18,0:18:33:0,33,495:. 0|0:299,0:299:99:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:40:0,40,1018:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,102,1530:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:87:0,87,1305:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:78:0,78,1170:. 0|0:8,0:8:6:0,6,90:. 0|0:221,0:221:99:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513662 . A C 1.43652e+07 PASS FS=0.66;MQ=59.76;QD=34.39;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.639;VQSLOD=7.57;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=110.28;GQ_STDDEV=77.45;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6899;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.677;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14385327;AF=0.355;AS_InbreedingCoeff=0.7384;MLEAC=1857;MLEAF=0.355;AN=840;AC=294 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1294:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,28:53:99:0|1:513662_A_C:1058,0,1091:. 0|1:12,11:23:99:0|1:513662_A_C:386,0,513:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1264:. 0|1:41,64:105:99:0|1:513662_A_C:2552,0,1543:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,88:173:99:0|1:513662_A_C:3403,0,2710:. 0|0:44,0:44:79:.:.:0,79,1293:. 1|0:28,10:38:99:.:.:242,0,1129:. 1|0:50,51:101:99:0|1:513662_A_C:1209,0,1287:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,995:. 1|0:5,18:23:91:.:.:632,0,91:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:1,6:7:51:0|1:513662_A_C:291,0,51:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,976:. 1|1:0,32:32:96:1|1:513662_A_C:1422,96,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1278:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 1|1:0,59:59:99:1|1:513662_A_C:2636,180,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,18:48:99:0|1:513662_A_C:730,0,1147:. 0|1:34,220:254:99:.:.:5322,0,246:. 1|1:0,48:48:99:1|1:513662_A_C:2160,144,0:. 0|1:74,52:126:99:.:.:1059,0,2375:. 1|1:0,90:90:99:1|1:513662_A_C:4058,274,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1521:. 0|1:6,65:71:8:0|1:513662_A_C:2423,0,8:. 0|1:68,44:112:99:.:.:1520,0,2612:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,42:76:99:.:.:1202,0,1001:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,98:99:99:1|1:513662_A_C:4399,259,0:. 1|0:211,0:211:.:.:.:.:. 0|1:53,54:107:99:.:.:2098,0,2044:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,941:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,16:78:99:0|1:513662_A_C:466,0,2524:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,69:69:99:1|1:513662_A_C:3158,214,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,102:158:99:.:.:2382,0,1827:. 0|0:68,2:70:99:0|1:513662_A_C:0,124,2860:. 0|1:25,17:42:99:.:.:586,0,1008:. 0|1:73,46:119:99:0|1:513662_A_C:1667,0,2905:. 1|1:0,269:269:99:1|1:513662_A_C:12223,825,0:. 0|1:136,11:147:37:0|1:513662_A_C:37,0,5836:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,442:442:99:1|1:513662_A_C:20086,1357,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1373:. 0|1:37,46:83:99:.:.:1054,0,1128:. 0|1:57,30:87:99:.:.:558,0,2316:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1114:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:513662_A_C:3068,208,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1307:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,194:199:99:.:.:5344,447,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:513652_G_A:2070,138,0:. 0|1:201,52:253:99:0|1:513662_A_C:1569,0,8321:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,43:54:99:0|1:513662_A_C:1739,0,314:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1332:. 1|0:93,17:110:99:0|1:513662_A_C:473,0,3820:. 1|1:0,79:79:99:1|1:513662_A_C:3562,241,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,55:62:99:0|1:513662_A_C:2330,0,125:. 1|1:0,87:87:99:1|1:513652_G_A:3985,268,0:. 0|0:57,4:61:7:0|1:513662_A_C:0,7,2430:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,354:359:99:.:.:12596,928,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,15:85:99:.:.:146,0,2849:. 0|0:50,4:54:16:0|1:513662_A_C:0,16,2269:. 1|1:326,0:326:.:.:.:.:. 1|0:34,135:169:99:0|1:513662_A_C:5551,0,1598:. 1|1:2,62:64:99:1|1:513662_A_C:2773,109,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,16:110:83:.:.:83,0,2645:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,4:70:94:.:.:0,94,1998:. 0|1:89,97:186:99:.:.:2022,0,3516:. 0|1:10,102:112:50:.:.:2411,0,50:. 1|1:2,104:106:99:.:.:3026,255,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,15:103:99:0|1:513662_A_C:332,0,3843:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,148:207:99:.:.:3325,0,1789:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,87:177:99:.:.:1844,0,3264:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,15:83:99:0|1:513662_A_C:415,0,2922:. 1|0:49,93:142:99:.:.:2105,0,1023:. 1|0:104,43:147:99:.:.:779,0,3892:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,91:96:99:.:.:2265,140,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:1|1:513662_A_C:8564,583,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,69:140:99:.:.:1414,0,2196:. 1|1:0,176:176:99:1|1:513662_A_C:8041,545,0:. 1|0:66,64:130:99:0|1:513662_A_C:2449,0,2603:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,95:97:99:1|1:513662_A_C:4175,205,0:. 1|0:206,28:234:59:.:.:59,0,8079:. 1|0:36,87:123:99:0|1:513662_A_C:3671,0,1226:. 0|1:65,23:88:99:0|1:513662_A_C:789,0,2741:. 1|0:503,0:503:.:.:.:.:. 0|0:81,8:89:56:.:.:0,56,2267:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,213:267:99:0|1:513662_A_C:8871,0,1686:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:186:99:.:.:8449,572,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:513662_A_C:10796,728,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:0:.:.:0,0,915:. 1|0:89,39:128:99:0|1:513662_A_C:1400,0,3725:. 1|1:0,226:226:99:1|1:513662_A_C:10160,689,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:513662_A_C:3382,229,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:513662_A_C:3893,267,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,5:46:17:.:.:17,0,1597:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,24:78:99:.:.:707,0,2109:. 0|1:29,40:69:99:0|1:513662_A_C:1634,0,1066:. 0|1:14,59:73:99:.:.:2430,0,381:. 1|0:120,8:128:14:.:.:14,0,5036:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,227:. 1|1:0,243:243:99:1|1:513662_A_C:11002,749,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:513662_A_C:4158,280,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:513662_A_C:4975,334,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:0:.:.:0,0,2392:. 0|1:85,65:150:99:.:.:1400,0,2929:. 1|1:5,91:96:70:1|1:513662_A_C:3801,70,0:. 0|0:183,0:183:94:.:.:0,94,4535:. 1|1:0,61:61:99:1|1:513662_A_C:2880,193,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,82:169:99:.:.:1768,0,3377:. 1|0:13,86:99:99:.:.:2164,0,255:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,160:161:99:1|1:513662_A_C:7146,449,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,550:550:99:1|1:513662_A_C:25253,1707,0:. 1|0:22,79:101:99:0|1:513662_A_C:3316,0,719:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:1|1:513662_A_C:4472,303,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:513662_A_C:3675,250,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,67:129:99:.:.:1715,0,2343:. 1|0:107,8:115:2:0|1:513652_G_A:2,0,4588:. 0|1:56,36:92:99:0|1:513662_A_C:1323,0,2256:. 1|1:0,103:103:99:1|1:513662_A_C:4585,313,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,23:97:99:.:.:362,0,2315:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,150:157:99:.:.:3826,253,0:. 1|0:10,83:93:99:0|1:513662_A_C:3358,0,140:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,76:149:99:.:.:2392,0,2918:. 1|1:0,117:117:99:1|1:513662_A_C:5311,361,0:. 0|1:60,11:71:99:0|1:513662_A_C:261,0,2508:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,19:58:99:.:.:560,0,1576:. 1|0:36,38:74:99:.:.:1067,0,1325:. 1|0:21,28:49:99:0|1:513662_A_C:1115,0,829:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,36:74:99:.:.:971,0,973:. 0|1:68,58:126:99:0|1:513662_A_C:2393,0,2731:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,963:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,107:134:99:.:.:2595,0,741:. 1|1:0,132:132:99:1|1:513662_A_C:6046,409,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:513662_A_C:2728,184,0:. 0|1:75,67:142:99:0|1:513662_A_C:2509,0,2897:. 0|1:119,24:143:99:.:.:455,0,4923:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,175:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,38:77:99:.:.:823,0,962:. 0|1:53,80:133:99:.:.:1859,0,1182:. 0|1:59,32:91:99:.:.:621,0,1495:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,972:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,17:124:99:0|1:513662_A_C:373,0,4565:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,4:32:12:.:.:12,0,1159:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:513662_A_C:4672,316,0:. 1|0:53,34:87:99:.:.:765,0,1895:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:.:.:.:.:. 0|0:12,1:13:11:.:.:0,11,391:. 0|1:16,63:79:99:0|1:513662_A_C:2658,0,486:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 1|1:1,141:142:99:1|1:513662_A_C:6466,407,0:. 1|1:0,265:265:99:1|1:513662_A_C:11893,804,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:1|1:513662_A_C:10491,704,0:. 0|1:175,120:295:99:.:.:4474,0,7004:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:513662_A_C:8461,572,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,244:244:99:1|1:513662_A_C:11035,743,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:513662_A_C:4050,271,0:. 1|1:0,239:239:99:1|1:513662_A_C:10955,734,0:. 1|1:0,215:215:99:1|1:513662_A_C:9856,665,0:. 1|1:0,252:252:99:1|1:513662_A_C:11404,774,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:229,226:455:99:0|1:513662_A_C:8984,0,8762:. 1|0:75,19:94:99:.:.:358,0,2293:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:145,116:261:99:.:.:4472,0,5765:. 1|1:0,310:310:99:1|1:513662_A_C:13910,942,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:1|1:513662_A_C:10780,728,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:513662_A_C:10195,686,0:. 1|1:0,433:433:99:1|1:513662_A_C:19863,1336,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:513662_A_C:2215,150,0:. 0|0:60,4:64:54:.:.:0,54,2462:. 1|1:0,183:183:99:1|1:513662_A_C:8184,554,0:. 1|1:1,141:142:99:.:.:4808,391,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:285,245:530:99:0|1:513662_A_C:9390,0,11072:. 1|1:0,119:119:99:1|1:513662_A_C:5435,367,0:. 1|1:0,222:222:99:1|1:513662_A_C:10300,692,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,507:507:99:1|1:513662_A_C:23206,1568,0:. 1|1:0,767:767:99:1|1:513662_A_C:35116,2363,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,6:106:55:0|1:513662_A_C:0,55,4249:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:.:.:.:0,0,0:. 1|1:3,242:245:99:1|1:513662_A_C:10685,614,0:. 0|0:209,0:209:.:.:.:0,0,0:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,52:189:99:0|1:513662_A_C:1765,0,5635:. 0|0:528,0:528:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:1|1:513662_A_C:6643,451,0:. 1|1:0,166:166:99:1|1:513662_A_C:7490,506,0:. 0|0:377,0:377:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,586:589:99:.:.:18903,1684,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:513662_A_C:10022,680,0:. 1|1:1,258:259:99:1|1:513662_A_C:11684,750,0:. 1|0:92,47:139:99:.:.:1363,0,2757:. 0|0:169,0:169:.:.:.:0,0,0:. 1|0:199,69:268:99:0|1:513662_A_C:2296,0,8272:. 1|1:5,238:243:99:.:.:7875,563,0:. 1|0:93,11:104:74:.:.:74,0,2885:. 1|1:3,130:133:99:.:.:4149,284,0:. 1|1:11,199:210:99:1|1:513662_A_C:8691,158,0:. 1|1:0,443:443:99:1|1:513662_A_C:19944,1345,0:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1641:. 1|1:12,285:297:99:1|1:513662_A_C:12301,387,0:. 0|1:88,185:273:99:0|1:513662_A_C:7544,0,3143:. 1|1:0,287:287:99:1|1:513662_A_C:12989,879,0:. 0|1:296,298:594:99:0|1:513544_C_T:11742,0,11541:. 1|1:0,122:122:99:1|1:513662_A_C:5535,370,0:. 0|1:210,313:523:99:.:.:12878,0,7967:. 0|1:20,209:229:99:0|1:513662_A_C:8864,0,193:. 0|1:117,61:178:99:.:.:1419,0,4687:. 1|1:0,261:261:99:1|1:513662_A_C:11962,807,0:. 1|1:0,459:459:99:1|1:513662_A_C:20925,1411,0:. 1|1:2,215:217:99:.:.:7093,579,0:. 1|1:5,67:72:8:.:.:2850,8,0:. 1|1:7,164:171:99:.:.:5091,216,0:. 1|0:58,22:80:99:.:.:454,0,2393:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,126:148:99:0|1:513662_A_C:5260,0,538:. 1|1:0,552:552:99:1|1:513662_A_C:24529,1684,0:. 1|0:29,167:196:99:.:.:4904,0,479:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,111:146:99:.:.:3275,0,1088:. 0|1:8,103:111:50:.:.:4537,0,50:. 1|0:58,118:176:99:.:.:4741,0,2056:. 0|1:119,237:356:99:.:.:9549,0,4255:. 0|1:94,85:179:99:0|1:513544_C_T:2266,0,3689:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,7:47:53:.:.:53,0,1227:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,12:148:18:.:.:18,0,5812:. 1|0:54,15:69:99:.:.:379,0,1989:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,151:165:99:.:.:4491,0,124:. 0|1:80,29:109:99:.:.:582,0,2408:. 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,170:218:99:.:.:4932,0,1250:. 0|0:339,0:339:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,83:150:99:0|1:513662_A_C:3358,0,2547:. 1|0:121,93:214:99:0|1:513662_A_C:3614,0,4891:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,480:480:99:1|1:513662_A_C:21879,1480,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,305:305:99:1|1:513662_A_C:13815,933,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:513662_A_C:10100,683,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,250:250:99:1|1:513662_A_C:11415,771,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:513662_A_C:7413,500,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:513662_A_C:1575,105,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,751:. 1|1:0,343:343:99:1|1:513662_A_C:15802,1066,0:. 1|0:66,178:244:99:0|1:513544_C_T:7272,0,2221:. 0|1:102,198:300:99:0|1:513544_C_T:7941,0,3729:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:1|1:513662_A_C:10027,674,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,66:128:99:0|1:513662_A_C:2708,0,2434:. 1|1:15,255:270:99:.:.:10845,135,0:. 1|0:106,25:131:99:.:.:461,0,3684:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:192,15:207:43:.:.:43,0,8054:. 1|1:0,519:519:99:1|1:513662_A_C:23551,1589,0:. 1|0:309,224:533:99:.:.:6056,0,11548:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,109:155:99:0|1:513662_A_C:4494,0,1607:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1011:. 1|1:8,265:273:99:1|1:513662_A_C:11631,474,0:. 1|1:0,165:165:99:1|1:513662_A_C:7502,503,0:. Pf3D7_01_v3 513671 . A T 3.42556e+06 PASS FS=0;MQ=60.45;QD=26.89;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.663;VQSLOD=8.42;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.4575;FractionInformativeReads=0.999;GC=38.1;GQ_MEAN=135.76;GQ_STDDEV=120.79;HRun=0;InbreedingCoeff=0.1875;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.492;culprit=FS;set=snp;DP=15581095;AF=0.081;AS_InbreedingCoeff=0.6012;MLEAC=421;MLEAF=0.08;AN=858;AC=92 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,27:61:99:0|1:513662_A_C:1056,0,1343:. 0|1:17,10:27:99:0|1:513662_A_C:471,0,672:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1501:. 1|0:33,5:38:89:0|1:513671_A_T:89,0,1497:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,995:. 0|0:31,0:31:82:.:.:0,82,941:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,892:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:1,8:9:45:0|1:513662_A_C:360,0,45:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,33:33:99:1|1:513662_A_C:1620,108,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1293:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,598:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,279:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1439:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:18:.:.:0,18,1807:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:513662_A_C:2346,165,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:513662_A_C:4102,280,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1485:. 0|1:27,48:75:99:0|1:513671_A_T:1932,0,991:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,15:85:99:0|1:513671_A_T:461,0,2858:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,10:111:99:.:.:104,0,4549:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,17:82:99:0|1:513662_A_C:567,0,2714:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,755:. 1|1:0,67:67:99:1|1:513662_A_C:3248,226,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,2:67:99:0|1:513662_A_C:0,121,2914:. 0|1:32,13:45:99:0|1:513671_A_T:400,0,1452:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:142,13:155:99:0|1:513662_A_C:159,0,6023:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:513662_A_C:3165,217,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,22:105:99:0|1:513662_A_C:681,0,3668:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,64:73:99:0|1:513662_A_C:2852,0,161:. 1|1:0,92:92:99:1|1:513652_G_A:4396,304,0:. 0|0:64,4:68:31:0|1:513662_A_C:0,31,2778:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:184,184:368:99:0|1:513671_A_T:7029,0,7025:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,2:60:94:.:.:0,94,2549:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,74:76:99:1|1:513662_A_C:3352,154,0:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,17:106:99:0|1:513671_A_T:554,0,3580:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:513662_A_C:8433,569,0:. 1|0:63,65:128:99:0|1:513662_A_C:2602,0,2544:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,104:138:99:0|1:513662_A_C:4508,0,1223:. 0|1:72,24:96:99:0|1:513662_A_C:801,0,3092:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,45:138:99:0|1:513662_A_C:1677,0,3855:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:513662_A_C:3452,238,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,2:48:67:0|1:513671_A_T:0,67,2148:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,14:92:99:.:.:204,0,3209:. 0|1:29,44:73:99:0|1:513662_A_C:1786,0,1082:. 0|1:16,63:79:99:0|1:513652_G_A:2450,0,553:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,112:158:99:0|1:513671_A_T:4652,0,1582:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,223:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:151,11:162:40:0|1:513671_A_T:40,0,6363:. 1|1:5,91:96:67:1|1:513662_A_C:3891,67,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:281,288:569:99:0|1:513671_A_T:11102,0,10790:. 1|0:25,80:105:99:0|1:513662_A_C:3509,0,788:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,8:131:41:.:.:41,0,5230:. 1|0:99,9:108:74:0|1:513652_G_A:74,0,4181:. 0|1:82,10:92:99:0|1:513671_A_T:176,0,3482:. 1|1:0,101:101:99:1|1:513662_A_C:4617,310,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,37:162:99:0|1:513671_A_T:1220,0,5051:. 0|0:112,5:117:99:0|1:513671_A_T:0,104,4716:. 0|1:63,10:73:99:0|1:513662_A_C:227,0,2645:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,12:60:99:0|1:513671_A_T:327,0,2036:. 1|0:67,15:82:99:0|1:513671_A_T:454,0,2808:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,14:75:99:0|1:513671_A_T:421,0,2600:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,5:96:67:0|1:513665_G_A:0,67,3915:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|0:190,19:209:99:0|1:513671_A_T:184,0,8195:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,17:140:99:0|1:513662_A_C:331,0,5199:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,5:89:53:.:.:0,53,3668:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,591:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:127,133:260:99:0|1:513671_A_T:5317,0,5042:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:1|1:513662_A_C:10803,725,0:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:465,0:465:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:513662_A_C:2195,147,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:1|1:513662_A_C:11065,747,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:817,0:817:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,109:111:99:1|1:513671_A_T:4731,244,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,242:245:99:1|1:513662_A_C:11001,627,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,137:192:99:0|1:513671_A_T:5644,0,1942:. 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,78:155:99:0|1:513671_A_T:2911,0,2982:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:586,0:586:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:1|1:513662_A_C:10475,704,0:. 1|1:4,248:252:99:1|1:513671_A_T:10765,582,0:. 1|0:136,17:153:99:0|1:513671_A_T:235,0,5808:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:243,35:278:99:0|1:513671_A_T:670,0,10572:. 1|0:220,23:243:99:0|1:513671_A_T:267,0,9087:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,97:215:99:0|1:513671_A_T:3635,0,4655:. 1|0:221,222:443:99:0|1:513671_A_T:8556,0,8519:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,288:300:99:1|1:513662_A_C:12825,399,0:. 0|1:96,175:271:99:0|1:513671_A_T:7086,0,3526:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:607,0:607:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:491,59:550:99:.:.:887,0,20572:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,255:261:99:1|1:513671_A_T:11054,525,0:. 0|0:482,0:482:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,71:159:99:0|1:513671_A_T:2718,0,3599:. 0|0:826,0:826:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:289,68:357:99:.:.:1974,0,12045:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,8:72:99:0|1:513671_A_T:119,0,2705:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:234,249:483:99:0|1:513671_A_T:9621,0,8862:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,15:160:99:0|1:513671_A_T:169,0,6193:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,76:170:99:0|1:513671_A_T:2997,0,3592:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,9:35:99:0|1:513671_A_T:300,0,1065:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,770:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:523,0:523:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1124:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513679 . A G 6.10708e+06 PASS FS=0;MQ=60.28;QD=29.58;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.68;VQSLOD=9.09;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=141.98;GQ_STDDEV=128;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5006;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.197;culprit=FS;set=snp;DP=15628756;AF=0.171;AS_InbreedingCoeff=0.5567;MLEAC=900;MLEAF=0.171;AN=858;AC=114 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,25:61:99:0|1:513662_A_C:966,0,1390:. 0|1:19,15:34:99:0|1:513662_A_C:487,0,755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1501:. 1|0:41,4:45:74:0|1:513671_A_T:74,0,1694:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,995:. 1|0:18,16:34:99:.:.:364,0,435:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,892:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:1,9:10:45:0|1:513662_A_C:360,0,45:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,41:41:99:1|1:513662_A_C:1824,126,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1293:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1439:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1905:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:513662_A_C:2380,171,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:513662_A_C:4150,289,0:. 0|0:58,0:58:95:.:.:0,95,1615:. 0|1:28,53:81:99:0|1:513671_A_T:1996,0,1004:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,24:97:99:0|1:513671_A_T:623,0,2938:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,121:123:99:1|1:513662_A_C:5070,311,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,18:118:99:.:.:443,0,4496:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,969:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,18:79:99:0|1:513662_A_C:534,0,2577:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,755:. 1|1:0,75:75:99:1|1:513662_A_C:3177,226,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,2:68:99:0|1:513662_A_C:0,118,2846:. 0|1:37,14:51:99:0|1:513671_A_T:413,0,1557:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:141,16:157:99:0|1:513662_A_C:193,0,5962:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:513662_A_C:3157,220,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,22:108:99:0|1:513662_A_C:669,0,3796:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,62:64:99:.:.:1707,127,0:. 0|1:9,82:91:99:0|1:513662_A_C:3074,0,116:. 1|1:0,111:111:99:1|1:513652_G_A:4668,334,0:. 0|0:70,5:75:23:0|1:513662_A_C:0,23,2892:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:186,196:382:99:0|1:513671_A_T:7298,0,7102:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,5:61:8:0|1:513662_A_C:0,8,2479:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,88:91:99:1|1:513662_A_C:3554,139,0:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,23:113:99:0|1:513671_A_T:570,0,3660:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,13:118:99:.:.:176,0,4302:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,16:97:99:0|1:513662_A_C:461,0,3476:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:513662_A_C:8191,565,0:. 1|0:63,64:127:99:0|1:513662_A_C:2465,0,2394:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,117:150:99:0|1:513662_A_C:4863,0,1027:. 0|1:86,21:107:99:0|1:513662_A_C:690,0,3354:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:1|1:513665_G_A:8462,587,0:. 1|1:0,241:241:99:1|1:513662_A_C:11115,744,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,54:153:99:0|1:513662_A_C:1804,0,3969:. 1|1:0,221:221:99:1|1:513662_A_C:9894,677,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:513662_A_C:3499,247,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:513662_A_C:4194,292,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,2:49:57:0|1:513671_A_T:0,57,1999:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,21:99:99:.:.:623,0,3093:. 0|1:32,48:80:99:0|1:513662_A_C:1805,0,1257:. 0|1:9,80:89:96:.:.:3061,0,96:. 1|0:134,14:148:99:.:.:157,0,5584:. 0|1:50,107:157:99:0|1:513671_A_T:4381,0,1698:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,169:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:1|1:513662_A_C:4326,301,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:158,13:171:55:0|1:513671_A_T:55,0,6686:. 1|1:6,89:95:45:1|1:513662_A_C:3778,45,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:283,296:579:99:0|1:513671_A_T:11187,0,10800:. 1|0:27,83:110:99:0|1:513662_A_C:3371,0,837:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,18:139:99:.:.:387,0,5223:. 1|0:96,9:105:83:0|1:513652_G_A:83,0,3992:. 0|1:82,10:92:99:0|1:513671_A_T:138,0,3525:. 1|1:0,98:98:99:1|1:513662_A_C:4497,307,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,40:168:99:0|1:513671_A_T:1227,0,5236:. 0|0:113,8:121:64:0|1:513671_A_T:0,64,4753:. 0|1:66,8:74:99:0|1:513662_A_C:137,0,2707:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,10:58:99:0|1:513671_A_T:305,0,1955:. 1|0:72,19:91:99:0|1:513671_A_T:495,0,2902:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,15:81:99:0|1:513671_A_T:406,0,2796:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,6:91:25:0|1:513665_G_A:0,25,3600:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,170:. 1|0:188,18:206:99:0|1:513671_A_T:178,0,8008:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:141,16:157:99:0|1:513662_A_C:237,0,5674:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,5:88:47:.:.:0,47,3627:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,591:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,142:284:99:0|1:513671_A_T:5384,0,5843:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:1|1:513662_A_C:10331,704,0:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:465,0:465:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:513662_A_C:1993,135,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:1|1:513662_A_C:10644,728,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:817,0:817:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,107:110:99:1|1:513671_A_T:4633,217,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,257:260:99:1|1:513662_A_C:11220,660,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,136:202:99:0|1:513671_A_T:5572,0,2209:. 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,74:153:99:0|1:513671_A_T:2930,0,3004:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:586,0:586:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,240:240:99:1|1:513662_A_C:10681,740,0:. 1|1:4,246:250:99:1|1:513671_A_T:10775,584,0:. 1|0:151,13:164:60:0|1:513671_A_T:60,0,6408:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:241,33:274:99:0|1:513671_A_T:656,0,10350:. 1|0:223,23:246:99:0|1:513671_A_T:293,0,9140:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,97:218:99:0|1:513671_A_T:3726,0,4650:. 1|0:218,217:435:99:0|1:513671_A_T:8462,0,8420:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,289:301:99:1|1:513662_A_C:12285,394,0:. 0|1:91,188:279:99:0|1:513671_A_T:7383,0,3286:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:607,0:607:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:497,55:552:99:.:.:780,0,21462:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,245:251:99:1|1:513671_A_T:10759,501,0:. 0|0:482,0:482:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,78:90:99:0|1:513679_A_G:3281,0,266:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,76:175:99:0|1:513671_A_T:2794,0,4009:. 0|0:826,0:826:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,127:140:99:.:.:3752,0,109:. 1|0:59,118:177:99:0|1:513679_A_G:4884,0,2197:. 0|1:277,67:344:99:.:.:1917,0,11993:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,6:76:35:0|1:513671_A_T:35,0,2987:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:224,251:475:99:0|1:513671_A_T:9734,0,8953:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:159,15:174:99:0|1:513671_A_T:124,0,6831:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,85:175:99:0|1:513671_A_T:3143,0,3490:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,10:41:99:0|1:513671_A_T:306,0,1224:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,928:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,17:213:52:.:.:0,52,6136:. 0|0:523,0:523:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,119:166:99:.:.:3459,0,1106:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:86:.:.:0,86,1131:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513690 . A C 2.01024e+06 PASS FS=1.162;MQ=60.65;QD=26.65;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.77;VQSLOD=4.46;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0075;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;GQ_MEAN=98.95;GQ_STDDEV=50.21;HRun=1;InbreedingCoeff=0.648;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.5;culprit=MQ;set=snp;DP=15689619;AF=0.056;AS_InbreedingCoeff=0.5961;MLEAC=291;MLEAF=0.055;AN=858;AC=73 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1239:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:5,46:51:62:0|1:513690_A_C:2042,0,62:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:32,5:37:89:0|1:513690_A_C:89,0,1375:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,37:37:99:1|1:513670_C_G:1753,120,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1293:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1439:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,235:286:99:0|1:513690_A_C:9904,0,1519:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,25:120:99:.:.:271,0,3485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,20:97:99:.:.:220,0,2828:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:179,42:221:99:.:.:518,0,4518:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,969:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,18:80:99:0|1:513690_A_C:555,0,2542:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1373:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:181,70:251:99:0|1:513690_A_C:2415,0,7503:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,43:53:99:0|1:513690_A_C:1775,0,290:. 0|0:67,4:71:43:0|1:513690_A_C:0,43,2882:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,14:98:99:0|1:513690_A_C:326,0,3563:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,88:119:99:0|1:513690_A_C:3558,0,1094:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,12:123:99:0|1:513690_A_C:121,0,4971:. 1|1:0,154:154:99:1|1:513690_A_C:7044,473,0:. 1|0:194,55:249:99:.:.:1513,0,7654:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,162:205:99:0|1:513690_A_C:6875,0,1300:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,23:101:99:0|1:513690_A_C:670,0,3323:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,69:161:99:.:.:2646,0,3727:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:60:.:.:0,60,3741:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:131,28:159:99:0|1:513690_A_C:785,0,5618:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:214,78:292:99:.:.:1144,0,5354:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,11:53:99:0|1:513690_A_C:329,0,1783:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,10:85:99:0|1:513690_A_C:212,0,3122:. 1|0:86,8:94:33:0|1:513690_A_C:33,0,3841:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,169:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:513690_A_C:5137,346,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,56:177:99:.:.:1072,0,4100:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,61:152:99:.:.:2026,0,3648:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:575,0:575:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,90:91:99:1|1:513690_A_C:4027,238,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,42:147:99:.:.:596,0,3667:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:1|1:513690_A_C:4597,316,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,28:94:99:0|1:513690_A_C:985,0,2779:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,17:84:99:.:.:147,0,2670:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,39:108:99:0|1:513690_A_C:1393,0,2886:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,89:98:81:0|1:513690_A_C:3775,0,81:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,101:132:99:0|1:513690_A_C:4107,0,1011:. 1|1:0,132:132:99:1|1:513690_A_C:6065,412,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,62:146:99:0|1:513690_A_C:2354,0,3376:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,171:. 0|1:53,144:197:99:0|1:513690_A_C:5855,0,1768:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:3,83:86:99:1|1:513690_A_C:3668,133,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,64:67:70:1|1:513690_A_C:2770,70,0:. 0|1:110,16:126:40:.:.:40,0,2810:. 1|0:79,16:95:99:.:.:165,0,2898:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:1|1:513690_A_C:5262,358,0:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:1|1:513690_A_C:8648,584,0:. 0|1:131,19:150:99:.:.:236,0,5642:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:41,52:93:99:.:.:1465,0,1182:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:474,0:474:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,17:116:99:0|1:513690_A_C:407,0,4218:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,813:813:99:1|1:513662_A_C:38520,2577,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:513690_A_C:2160,144,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:1|1:513690_A_C:6576,442,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:586,0:586:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,42:59:99:0|1:513690_A_C:1645,0,671:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:190,83:273:99:.:.:2925,0,8097:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:607,0:607:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:581,0:581:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,117:184:99:.:.:3090,0,1987:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:482,0:482:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,57:84:99:.:.:1576,0,828:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:826,0:826:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,16:160:99:.:.:132,0,5831:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,247:267:57:.:.:9572,0,57:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,25:131:99:0|1:513690_A_C:716,0,4561:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:467,0:467:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,313:313:99:1|1:513690_A_C:14427,972,0:. 1|1:0,227:227:99:1|1:513690_A_C:10627,713,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:523,0:523:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:675,0:675:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513692 . A G 8.60921e+06 PASS FS=0.556;MQ=60.44;QD=28.62;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.731;VQSLOD=7.84;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0871;FractionInformativeReads=0.999;GC=38.1;GQ_MEAN=120.14;GQ_STDDEV=116.55;HRun=0;InbreedingCoeff=0.3501;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.317;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=15584954;AF=0.194;AS_InbreedingCoeff=0.5679;MLEAC=1016;MLEAF=0.193;AN=858;AC=211 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1239:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:5,46:51:53:0|1:513690_A_C:2123,0,53:. 0|1:41,70:111:99:.:.:1680,0,991:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,96:178:99:.:.:2232,0,1699:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:44,4:48:33:.:.:33,0,1823:. 1|1:0,99:99:99:1|1:513670_C_G:4742,322,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:34,5:39:89:0|1:513690_A_C:89,0,1375:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,36:36:99:1|1:513670_C_G:1651,104,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:48:.:.:0,48,720:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1293:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1439:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,45:78:99:.:.:1086,0,1180:. 0|1:54,238:292:99:0|1:513690_A_C:9974,0,1536:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,16:133:99:.:.:264,0,4777:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,19:83:99:.:.:250,0,1945:. 0|1:50,71:121:99:.:.:2815,0,1840:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,44:97:99:.:.:1243,0,1662:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:1|1:513692_A_G:10423,707,0:. 1|0:80,41:121:99:.:.:1046,0,3146:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,923:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,18:79:99:0|1:513690_A_C:555,0,2542:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,98:182:99:.:.:2058,0,2209:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,28:121:99:.:.:789,0,3820:. 0|1:72,205:277:99:0|1:513692_A_G:8134,0,2244:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1373:. 0|1:57,46:103:99:.:.:920,0,2190:. 0|1:63,42:105:99:.:.:1536,0,2566:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,182:189:99:.:.:7967,233,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:181,71:252:99:0|1:513690_A_C:2406,0,7519:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,43:53:99:0|1:513690_A_C:1775,0,290:. 0|0:68,4:72:46:0|1:513690_A_C:0,46,2908:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,7:109:99:.:.:0,106,2738:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,121:131:45:.:.:4862,0,45:. 0|1:204,168:372:99:.:.:6304,0,7895:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,14:100:99:0|1:513690_A_C:317,0,3649:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,330:333:99:.:.:8800,903,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,9:139:37:.:.:0,37,5590:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,9:100:98:.:.:98,0,3803:. 0|1:79,109:188:99:.:.:4327,0,3054:. 0|1:13,143:156:99:.:.:5765,0,128:. 1|0:33,89:122:99:0|1:513690_A_C:3558,0,1094:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,12:131:99:0|1:513690_A_C:121,0,4971:. 1|1:0,156:156:99:1|1:513690_A_C:7165,485,0:. 1|0:36,208:244:99:.:.:8724,0,937:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:162,46:208:99:.:.:1386,0,6823:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,164:207:99:0|1:513690_A_C:6847,0,1387:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,22:103:99:0|1:513690_A_C:709,0,3362:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,44:159:99:.:.:1309,0,4663:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,105:112:1:.:.:4302,1,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:1|1:513692_A_G:8433,586,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,69:162:99:.:.:2616,0,3814:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:75:.:.:0,75,3833:. 0|1:74,19:93:99:0|1:513692_A_G:549,0,3060:. 1|0:200,38:238:99:.:.:972,0,8560:. 1|0:136,28:164:99:0|1:513690_A_C:788,0,5576:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,509:509:99:1|1:513661_C_CCA:23802,1604,0:. 1|0:112,9:121:17:.:.:17,0,4626:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,306:306:99:1|1:513692_A_G:13839,957,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,150:284:99:.:.:5638,0,5106:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,11:53:99:0|1:513690_A_C:329,0,1783:. 1|0:67,70:137:99:.:.:2628,0,2570:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,32:102:99:.:.:661,0,2611:. 1|0:74,11:85:99:0|1:513690_A_C:212,0,3122:. 1|0:93,8:101:36:0|1:513690_A_C:36,0,3799:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|0:104,131:235:99:0|1:513692_A_G:5110,0,3905:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:513690_A_C:5166,349,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,72:209:99:.:.:2489,0,5551:. 0|1:68,109:177:99:.:.:3388,0,2298:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,65:151:99:.:.:2406,0,3058:. 1|1:0,85:85:99:1|1:513692_A_G:3812,259,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:157,28:185:99:.:.:650,0,6635:. 1|0:98,11:109:36:.:.:36,0,3824:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:513661_C_CCA:5681,382,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:294,279:573:99:0|1:513692_A_G:10539,0,11356:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,91:92:99:1|1:513690_A_C:4027,238,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,94:149:99:.:.:3246,0,1853:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,19:95:99:.:.:241,0,2201:. 1|1:0,99:99:99:1|1:513690_A_C:4684,325,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,35:119:99:.:.:1181,0,3428:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,160:175:99:0|1:513692_A_G:6699,0,121:. 1|1:0,101:101:99:1|1:513692_A_G:4503,307,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,3:69:76:.:.:0,76,2823:. 1|0:144,45:189:99:.:.:1443,0,5839:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,7:70:13:.:.:0,13,1926:. 1|0:68,29:97:99:0|1:513690_A_C:982,0,2801:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,28:87:99:.:.:880,0,2353:. 0|1:74,63:137:99:0|1:513692_A_G:2413,0,2905:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,39:111:99:0|1:513690_A_C:1390,0,2905:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,93:102:81:0|1:513690_A_C:3775,0,81:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,99:130:99:0|1:513690_A_C:4110,0,984:. 1|1:0,134:134:99:1|1:513690_A_C:6143,421,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:513692_A_G:2988,208,0:. 0|1:87,73:160:99:.:.:2636,0,3319:. 0|1:84,61:145:99:0|1:513690_A_C:2401,0,3459:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,171:. 0|1:52,142:194:99:0|1:513690_A_C:5855,0,1768:. 0|1:59,42:101:99:0|1:513692_A_G:1606,0,2352:. 0|1:89,66:155:99:.:.:2517,0,3499:. 0|1:46,67:113:99:0|1:513692_A_G:2685,0,1749:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,381:383:99:1|1:513692_A_G:16822,1080,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:3,83:86:99:1|1:513690_A_C:3697,136,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:3,64:67:70:1|1:513690_A_C:2770,70,0:. 1|1:0,132:132:99:1|1:513692_A_G:5813,397,0:. 1|0:48,48:96:99:.:.:1867,0,1818:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:1|1:513692_A_G:9930,680,0:. 0|1:16,2:18:18:.:.:18,0,688:. 1|1:0,92:92:99:1|1:513692_A_G:4194,283,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:1|1:513690_A_C:5286,361,0:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,145:145:99:1|1:513692_A_G:6506,442,0:. 0|1:143,148:291:99:0|1:513692_A_G:6180,0,5779:. 1|0:14,139:153:99:.:.:5649,0,146:. 1|1:0,147:147:99:1|1:513692_A_G:6601,448,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:170,147:317:99:.:.:3995,0,6472:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:1|1:513690_A_C:8752,593,0:. 0|1:135,18:153:99:.:.:365,0,5738:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,91:91:99:1|1:513692_A_G:4172,283,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,237:238:99:1|1:513692_A_G:10471,674,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:227,227:454:99:.:.:8976,0,8797:. 1|0:101,17:118:99:0|1:513690_A_C:463,0,4274:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:513692_A_G:5057,343,0:. 0|1:221,55:276:99:.:.:1598,0,9259:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,122:226:99:0|1:513692_A_G:4887,0,3965:. 0|1:119,123:242:99:0|1:513692_A_G:4865,0,4557:. 1|1:0,458:458:99:1|1:513692_A_G:20613,1406,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:267,259:526:99:.:.:7106,0,7770:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,518:518:99:1|1:513692_A_G:23375,1595,0:. 1|1:0,824:824:99:1|1:513662_A_C:38334,2576,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:513690_A_C:2227,151,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:1|1:513690_A_C:6739,458,0:. 1|0:72,85:157:99:0|1:513692_A_G:3347,0,2796:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,561:568:99:1|1:513692_A_G:24979,1431,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:160,23:183:99:.:.:431,0,6655:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:237,38:275:99:.:.:753,0,9503:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:107,113:220:99:.:.:3984,0,4154:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,37:56:99:0|1:513690_A_C:1645,0,671:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:181,86:267:99:.:.:3121,0,7390:. 1|1:0,285:285:99:1|1:513692_A_G:12804,873,0:. 0|1:301,296:597:99:0|1:513544_C_T:7699,0,8517:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:296,271:567:99:.:.:10811,0,11751:. 0|1:52,179:231:99:0|1:513692_A_G:7471,0,1642:. 1|0:31,152:183:99:0|1:513692_A_G:6325,0,814:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,477:477:99:1|1:513692_A_G:21474,1466,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,5:92:43:.:.:0,43,3720:. 0|1:140,38:178:99:.:.:781,0,5726:. 0|1:18,65:83:99:.:.:2659,0,532:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,59:175:99:.:.:2093,0,4757:. 1|0:46,569:615:99:.:.:23138,0,224:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,53:164:99:.:.:1703,0,4541:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:188,169:357:99:.:.:4184,0,6106:. 0|1:113,98:211:99:0|1:513544_C_T:2491,0,3325:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,2:52:88:.:.:0,88,2092:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,253:263:99:.:.:11037,445,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:176,16:192:39:.:.:39,0,7068:. 0|1:46,36:82:99:.:.:1367,0,1859:. 1|0:22,134:156:99:.:.:5657,0,511:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,25:134:99:0|1:513690_A_C:716,0,4561:. 0|1:111,77:188:99:.:.:2543,0,4431:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:1|1:513692_A_G:6746,458,0:. 1|0:134,92:226:99:.:.:3359,0,5371:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:252,227:479:99:0|1:513692_A_G:9158,0,10172:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,315:315:99:1|1:513690_A_C:14591,987,0:. 1|1:0,234:234:99:1|1:513690_A_C:10798,728,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,260:260:99:1|1:513692_A_G:11879,807,0:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,86:171:99:0|1:513692_A_G:3265,0,3291:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,355:355:99:1|1:513662_A_C:16438,1105,0:. 1|0:117,149:266:99:0|1:513544_C_T:4096,0,3873:. 0|1:121,186:307:99:0|1:513544_C_T:5088,0,3507:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,208:241:99:.:.:8840,0,724:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,234:268:99:.:.:6723,0,529:. 1|0:138,26:164:99:.:.:667,0,5761:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,539:539:99:1|1:513662_A_C:25033,1683,0:. 1|0:368,239:607:99:.:.:8662,0,14765:. 1|0:12,62:74:99:.:.:2597,0,311:. 1|0:114,130:244:99:.:.:5024,0,4307:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:513692_A_G:3038,208,0:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,281:281:99:1|1:513662_A_C:13109,882,0:. 1|1:0,179:179:99:1|1:513692_A_G:8006,545,0:. Pf3D7_01_v3 513695 . G A 2.70034e+07 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=37.37;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.637;VQSLOD=10.26;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=42.86;GQ_MEAN=134.69;GQ_STDDEV=131.74;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5827;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.676;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15584154;AF=0.736;AS_InbreedingCoeff=0.6108;MLEAC=3871;MLEAF=0.738;AN=858;AC=581 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,53:53:99:.:.:2050,159,0 1|1:0,54:54:99:1|1:513694_G_A:2372,163,0 0|1:39,24:63:99:.:.:659,0,905 1|0:21,25:46:99:.:.:684,0,442 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,974 1|1:0,53:53:99:1|1:513670_C_G:2295,118,0 1|1:0,118:118:99:.:.:4728,361,0 1|1:0,81:81:99:1|1:513694_G_T:3631,247,0 1|1:13,164:177:99:.:.:7132,484,0 0|1:38,10:48:99:0|1:513689_G_T:323,0,1788 0|1:17,32:49:99:.:.:1326,0,612 1|1:0,101:101:99:1|1:513670_C_G:4534,313,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,40:41:99:.:.:1598,113,0 0|1:18,8:26:99:.:.:176,0,447 1|1:1,36:37:99:1|1:513670_C_G:1610,101,0 0|1:1,9:10:0:.:.:266,0,0 1|1:0,29:29:93:1|1:513689_G_T:1285,93,0 1|1:0,23:23:72:1|1:513694_G_A:1058,72,0 1|1:0,38:38:99:1|1:513694_G_A:1621,114,0 0|1:20,25:45:99:.:.:672,0,399 1|1:0,75:75:99:.:.:2354,225,0 1|1:0,179:179:99:1|1:513694_G_A:8051,545,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306 1|1:0,49:49:99:.:.:1530,147,0 0|1:15,99:114:99:.:.:4112,0,268 1|1:0,20:20:60:1|1:513694_G_A:891,60,0 1|1:0,6:6:18:.:.:189,18,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1439 1|1:0,106:106:99:.:.:3798,318,0 1|1:0,85:85:99:.:.:3793,259,0 1|1:0,81:81:99:1|1:513670_C_G:3577,244,0 1|1:0,299:299:99:.:.:13603,921,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2028,195,0 0|1:80,47:127:99:.:.:1609,0,3141 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|0:19,41:60:99:.:.:1103,0,322 1|0:21,60:81:99:.:.:1848,0,320 1|1:0,124:124:99:.:.:5892,400,0 0|1:12,108:120:99:0|1:513694_G_A:4457,0,201 1|1:0,104:104:99:.:.:4518,316,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2407,234,0 1|1:0,261:261:99:1|1:513694_G_A:11783,798,0 1|1:1,138:139:99:.:.:6004,376,0 1|1:0,216:216:99:1|1:513692_A_G:9946,674,0 1|0:12,110:122:99:.:.:4666,0,217 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,923 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|0:10,69:79:27:.:.:2524,0,27 1|1:0,97:97:99:1|1:513694_G_A:4370,298,0 0|1:17,9:26:99:0|1:513694_G_A:303,0,698 1|1:0,82:82:99:.:.:2515,246,0 0|1:183,42:225:99:0|1:513694_G_A:1204,0,7819 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,184:184:99:1|1:513670_C_G:8348,563,0 0|0:68,3:71:99:.:.:0,131,1735 1|0:24,31:55:99:0|1:513689_G_T:1185,0,883 0|1:60,61:121:99:.:.:2391,0,2226 0|1:70,201:271:99:0|1:513692_A_G:8059,0,2256 1|1:15,135:150:38:.:.:5572,38,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1373 0|1:26,74:100:99:.:.:2924,0,411 0|1:26,82:108:99:.:.:3353,0,794 0|1:19,71:90:99:.:.:1910,0,268 1|1:0,49:49:99:1|1:513694_G_A:2220,150,0 0|1:36,23:59:99:0|1:513665_G_A:1022,0,1472 1|1:0,71:71:99:.:.:2128,213,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1995,174,0 1|1:0,116:116:99:.:.:5192,352,0 0|1:90,35:125:99:0|1:513694_G_A:1217,0,3587 1|1:0,195:195:99:1|1:513665_G_A:8781,599,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2905,198,0 0|1:146,102:248:99:.:.:3313,0,4489 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800 1|1:0,69:69:99:1|1:513689_G_T:3098,222,0 1|1:0,51:51:99:.:.:2340,157,0 0|1:16,57:73:99:.:.:1606,0,212 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,48:48:99:.:.:1715,144,0 1|1:0,113:113:99:.:.:4778,358,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,159:159:99:1|1:513689_G_A:7029,482,0 0|1:65,98:163:99:.:.:3950,0,2350 1|1:0,72:72:99:.:.:2244,216,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3432,339,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3492,350,0 1|1:0,92:92:99:.:.:4034,280,0 1|1:0,134:134:99:.:.:5836,409,0 0|1:198,177:375:99:.:.:6578,0,7600 1|1:0,117:117:99:.:.:5142,355,0 0|1:47,54:101:99:.:.:1730,0,946 0|1:16,53:69:99:.:.:1634,0,238 1|1:0,337:337:99:1|1:513670_C_G:15130,1032,0 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,110:110:99:.:.:3421,331,0 1|1:0,284:284:99:.:.:8587,851,0 0|1:13,134:147:99:.:.:5499,0,108 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,110:110:99:.:.:3380,331,0 1|0:11,89:100:99:.:.:3701,0,176 0|1:73,115:188:99:.:.:4606,0,2760 1|1:1,159:160:99:.:.:7000,448,0 1|1:0,120:120:99:.:.:5020,367,0 1|1:1,165:166:99:1|1:513694_G_A:7785,482,0 0|1:103,28:131:99:.:.:672,0,2442 1|1:0,156:156:99:1|1:513690_A_C:7051,476,0 1|1:1,248:249:99:.:.:11218,720,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|0:94,118:212:99:.:.:4729,0,3538 1|1:0,227:227:99:1|1:513694_G_A:10089,686,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4286,434,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,210:210:99:1|1:513670_C_G:9533,644,0 1|1:1,213:214:99:.:.:9388,619,0 0|1:12,90:102:99:0|1:513670_C_G:3791,0,158 0|1:94,77:171:99:0|1:513694_G_A:2902,0,3661 1|1:18,143:161:3:.:.:5863,3,0 1|1:0,109:109:99:.:.:4757,331,0 0|1:42,131:173:99:.:.:5253,0,566 1|1:0,112:112:99:.:.:4985,340,0 1|1:0,157:157:99:1|1:513694_G_A:7128,485,0 1|1:0,189:189:99:1|1:513692_A_G:8396,581,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,161:162:99:.:.:6975,410,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|1:10,124:134:99:.:.:4327,136,0 0|0:164,0:164:13:.:.:0,13,3522 0|1:76,18:94:99:0|1:513692_A_G:546,0,3081 1|1:1,237:238:99:.:.:10803,695,0 1|1:0,173:173:99:1|1:513670_C_G:7335,524,0 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,516:516:99:1|1:513661_C_CCA:23118,1568,0 1|1:0,121:121:99:.:.:5407,367,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5700,508,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7033,631,0 1|1:0,314:314:99:1|1:513692_A_G:13961,969,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5007,498,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5735,582,0 1|1:0,244:244:99:1|1:513662_A_C:11448,771,0 1|1:0,122:122:99:.:.:5433,370,0 0|1:23,260:283:99:.:.:10765,0,173 0|1:20,151:171:40:.:.:4453,0,40 1|1:0,218:218:99:.:.:6719,654,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2493,238,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3990,381,0 1|1:1,93:94:99:1|1:513694_G_A:4081,238,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2875,282,0 1|1:0,221:221:99:.:.:9724,677,0 0|1:35,17:52:99:.:.:579,0,1442 1|1:0,132:132:99:.:.:5937,403,0 1|1:0,149:149:99:1|1:513694_G_T:6720,455,0 1|1:0,92:92:99:1|1:513694_G_A:4154,280,0 1|1:3,197:200:99:.:.:5670,522,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,135:136:99:.:.:4078,382,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|1:33,71:104:99:.:.:2508,0,699 1|1:0,86:86:99:.:.:3251,259,0 1|1:0,108:108:99:1|1:513670_C_G:4632,325,0 1|1:0,155:155:99:.:.:6812,476,0 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,6:6:18:1|1:513694_G_A:265,18,0 1|0:104,135:239:99:0|1:513692_A_G:5199,0,3896 1|1:0,129:129:99:1|1:513694_G_A:5859,400,0 1|1:0,102:102:99:1|1:513691_C_A:4555,313,0 1|1:0,111:111:99:1|1:513690_A_C:5068,340,0 1|1:0,75:75:99:.:.:3298,226,0 1|1:0,211:211:99:1|1:513670_C_G:9534,644,0 1|1:8,176:184:99:.:.:7525,250,0 0|0:98,5:103:85:0|1:513694_G_A:0,85,4150 1|1:8,140:148:99:.:.:5984,230,0 1|1:0,85:85:99:1|1:513692_A_G:3812,259,0 1|1:1,95:96:99:1|1:513689_G_T:4160,250,0 0|1:57,15:72:99:0|1:513670_C_G:458,0,2778 1|0:42,80:122:99:.:.:2022,0,829 1|1:7,139:146:99:.:.:4364,239,0 0|1:75,114:189:99:.:.:4494,0,2657 1|0:76,34:110:99:.:.:962,0,1728 1|1:0,117:117:99:1|1:513694_G_A:5258,355,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2865,279,0 1|1:0,235:235:99:1|1:513689_G_A:10334,722,0 1|1:0,141:141:99:.:.:6338,436,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,196:197:99:1|1:513694_G_A:8807,554,0 1|1:0,123:123:99:1|1:513661_C_CCA:5531,373,0 1|1:0,103:103:99:.:.:4601,313,0 0|1:295,272:567:99:0|1:513692_A_G:10475,0,11434 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,81:81:99:1|1:513689_G_T:3574,250,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:.:.:4136,283,0 1|0:148,55:203:99:.:.:1130,0,3465 1|1:0,142:142:99:.:.:5448,427,0 0|0:142,0:142:28:.:.:0,28,3039 1|1:0,125:125:99:.:.:3804,376,0 0|1:18,134:152:99:.:.:5339,0,212 1|1:0,119:119:99:.:.:3624,357,0 1|0:16,79:95:99:.:.:2352,0,177 1|1:0,97:97:99:1|1:513690_A_C:4472,304,0 1|0:49,23:72:99:0|1:513694_G_A:801,0,1953 0|1:22,93:115:99:.:.:3880,0,613 0|1:55,53:108:99:0|1:513694_G_A:2045,0,2196 1|0:15,166:181:99:0|1:513692_A_G:6780,0,138 1|1:0,100:100:99:1|1:513692_A_G:4503,307,0 1|1:0,163:163:99:1|1:513694_G_A:7343,503,0 0|1:109,57:166:99:0|1:513694_G_A:2060,0,4402 1|1:0,105:105:99:1|1:513694_G_A:4740,319,0 1|1:0,69:69:99:1|1:513670_C_G:3274,223,0 1|0:137,59:196:99:.:.:1949,0,4274 0|0:105,10:115:41:.:.:0,41,2491 0|1:56,28:84:99:.:.:901,0,1182 1|1:0,61:61:99:1|1:513694_G_A:2764,190,0 0|1:13,56:69:99:.:.:1724,0,148 1|0:40,57:97:99:.:.:2030,0,814 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|1:17,69:86:99:.:.:2805,0,486 0|1:73,65:138:99:0|1:513692_A_G:2440,0,2902 1|1:0,72:72:99:1|1:513694_G_A:3317,226,0 0|1:52,62:114:99:.:.:2433,0,1825 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,102:102:99:.:.:4587,313,0 1|1:0,141:141:99:1|1:513689_G_T:6293,433,0 1|1:0,43:43:99:1|1:513694_G_A:1918,129,0 1|1:0,175:175:99:1|1:513694_G_A:7875,533,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,122:122:99:.:.:5705,385,0 1|1:0,133:133:99:1|1:513690_A_C:5972,406,0 1|1:0,68:68:99:1|1:513692_A_G:3043,214,0 1|1:0,165:165:99:.:.:7170,501,0 0|1:75,69:144:99:.:.:2766,0,2920 1|1:0,117:117:99:.:.:3603,351,0 0|1:2,4:6:37:.:.:137,0,37 0|1:33,157:190:99:.:.:6595,0,900 0|1:59,44:103:99:0|1:513692_A_G:1606,0,2352 1|1:3,152:155:99:.:.:6709,348,0 0|1:48,69:117:99:0|1:513692_A_G:2705,0,1771 1|1:0,126:126:99:.:.:3928,378,0 1|0:31,77:108:99:0|1:513689_G_T:3061,0,1168 1|1:2,376:378:99:1|1:513692_A_G:16828,1080,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1903,129,0 1|1:0,31:31:96:1|1:513694_G_T:1408,96,0 1|1:0,83:83:99:.:.:3838,259,0 1|0:145,32:177:99:.:.:928,0,5308 1|1:0,120:120:99:.:.:4208,360,0 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,33:37:1:.:.:887,1,0 1|1:3,63:66:67:1|1:513690_A_C:2742,67,0 1|1:0,129:129:99:1|1:513692_A_G:5828,400,0 1|1:6,89:95:43:.:.:3819,43,0 1|1:2,66:68:99:.:.:2009,130,0 1|1:5,90:95:64:.:.:3754,64,0 1|1:0,218:218:99:1|1:513692_A_G:9811,668,0 1|1:0,18:18:54:.:.:800,54,0 1|1:0,94:94:99:1|1:513692_A_G:4194,283,0 1|1:0,54:54:99:1|1:513689_G_A:2355,163,0 1|1:0,116:116:99:1|1:513690_A_C:5288,358,0 0|0:22,0:22:1:.:.:0,1,483 1|1:0,141:141:99:1|1:513692_A_G:6445,436,0 0|1:150,153:303:99:0|1:513692_A_G:5942,0,5827 1|1:0,156:156:99:.:.:6985,476,0 1|1:0,145:145:99:1|1:513692_A_G:6515,439,0 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,324:324:99:1|1:513670_C_G:14540,993,0 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,185:185:99:1|1:513690_A_C:8534,575,0 0|1:122,36:158:99:.:.:1129,0,4891 1|1:0,146:146:99:.:.:6561,448,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755 1|1:0,90:90:99:1|1:513692_A_G:4183,283,0 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,228:229:99:1|1:513692_A_G:10481,674,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8532,710,0 1|1:0,260:260:99:1|1:513689_G_T:11759,807,0 1|1:0,191:191:99:1|1:513694_G_A:8645,587,0 1|1:0,454:454:99:1|1:513670_C_G:21360,1442,0 1|0:102,18:120:99:0|1:513690_A_C:469,0,4204 1|1:0,245:245:99:.:.:8820,737,0 1|1:0,111:111:99:1|1:513692_A_G:5057,343,0 0|1:63,213:276:99:.:.:8697,0,2004 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800 1|0:75,77:152:99:.:.:2305,0,2101 1|0:103,124:227:99:0|1:513692_A_G:4875,0,3967 1|0:115,124:239:99:0|1:513692_A_G:4904,0,4462 1|1:0,455:455:99:1|1:513692_A_G:20627,1406,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|0:24,59:83:99:.:.:2235,0,706 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,163:163:99:1|1:513694_G_A:7354,497,0 1|1:0,510:510:99:.:.:21765,1558,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,212:212:99:.:.:9454,641,0 1|1:0,179:179:99:1|1:513689_G_T:8090,551,0 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,517:517:99:1|1:513692_A_G:23332,1589,0 1|1:0,815:815:99:1|1:513662_A_C:37555,2528,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,48:48:99:1|1:513690_A_C:2182,147,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,479:480:99:.:.:20719,1414,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3978,345,0 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,178:178:99:.:.:6225,535,0 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800 0|1:137,81:218:99:0|1:513694_G_A:2967,0,5451 1|1:2,442:444:99:1|1:513670_C_G:19122,1316,0 1|1:0,150:150:99:1|1:513690_A_C:6772,461,0 1|0:74,84:158:99:0|1:513692_A_G:3347,0,2796 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,557:564:99:1|1:513692_A_G:24786,1374,0 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,247:247:99:.:.:8449,742,0 1|1:4,248:252:99:.:.:8390,623,0 1|0:146,37:183:99:.:.:1071,0,6337 1|1:1,160:161:99:.:.:5539,473,0 0|1:31,244:275:99:.:.:9790,0,581 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800 1|0:96,126:222:99:.:.:4955,0,3529 1|0:238,200:438:99:.:.:5436,0,8822 1|0:14,42:56:99:.:.:1686,0,272 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 1|0:179,88:267:99:.:.:3126,0,7136 1|1:0,285:285:99:1|1:513692_A_G:12847,876,0 1|1:0,594:594:99:1|1:513544_C_T:26337,1823,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4772,417,0 1|0:56,508:564:99:.:.:21456,0,780 0|1:52,183:235:99:0|1:513692_A_G:7474,0,1672 1|0:32,152:184:99:0|1:513692_A_G:6303,0,817 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,476:476:99:1|1:513692_A_G:21449,1463,0 1|1:1,240:241:99:.:.:10765,701,0 1|1:2,87:89:99:.:.:3978,190,0 0|1:138,38:176:99:.:.:1249,0,3842 0|1:15,65:80:99:.:.:2768,0,388 1|1:2,180:182:99:.:.:7877,461,0 1|1:1,226:227:99:1|1:513670_C_G:10058,644,0 0|1:76,103:179:99:.:.:4008,0,2880 1|1:0,619:619:99:1|1:513670_C_G:28027,1901,0 1|1:4,202:206:99:.:.:8939,507,0 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800 0|1:87,81:168:99:.:.:3068,0,2347 1|1:2,168:170:99:.:.:7397,424,0 1|1:5,188:193:99:.:.:8291,362,0 1|0:70,278:348:99:.:.:11433,0,1948 1|1:10,205:215:99:1|1:513544_C_T:8492,255,0 1|1:9,135:144:53:.:.:5678,53,0 0|1:8,46:54:84:.:.:1770,0,84 0|1:154,47:201:99:.:.:1020,0,4342 1|1:4,333:337:99:1|1:513689_G_T:14724,852,0 1|1:4,262:266:99:.:.:11714,659,0 0|1:22,152:174:99:.:.:6273,0,459 0|1:160,37:197:99:.:.:838,0,5934 0|1:13,73:86:99:.:.:3108,0,305 1|1:8,150:158:99:.:.:6549,134,0 1|1:4,231:235:99:.:.:8110,556,0 0|0:199,14:213:60:.:.:0,60,8542 1|1:1,133:134:99:.:.:5952,361,0 0|1:92,95:187:99:.:.:3772,0,3530 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,367:367:99:1|1:513689_G_T:16453,1123,0 1|1:0,75:75:99:.:.:3324,226,0 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800 0|1:173,56:229:99:.:.:1628,0,5068 1|1:3,353:356:99:.:.:11920,1015,0 1|1:0,154:154:99:1|1:513692_A_G:6926,475,0 1|0:54,173:227:99:.:.:7062,0,1666 1|1:0,150:150:99:1|1:513689_G_T:6592,454,0 1|1:0,226:226:99:1|1:513694_G_A:10199,686,0 0|1:137,71:208:99:.:.:1888,0,3930 0|1:252,231:483:99:0|1:513692_A_G:8998,0,9932 0|1:180,52:232:99:0|1:513689_G_T:1647,0,7180 1|1:0,244:244:99:1|1:513670_C_G:11431,774,0 1|1:0,306:306:99:1|1:513690_A_C:14222,957,0 1|1:0,232:232:99:1|1:513690_A_C:10602,713,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2434,208,0 1|1:0,72:72:99:1|1:513689_G_T:3167,217,0 1|1:0,183:183:99:1|1:513689_G_T:8230,560,0 1|1:0,186:186:99:1|1:513689_G_T:8422,575,0 1|1:0,208:208:99:.:.:9419,647,0 1|1:0,180:180:99:.:.:6384,541,0 1|1:0,264:264:99:1|1:513692_A_G:11890,807,0 0|1:17,188:205:99:0|1:513689_G_T:7734,0,131 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800 0|1:82,81:163:99:0|1:513692_A_G:3196,0,3239 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,41:53:99:0|1:513694_G_A:1675,0,380 1|1:0,32:32:96:.:.:1106,96,0 1|1:0,352:352:99:1|1:513662_A_C:15911,1072,0 1|1:0,266:266:99:1|1:513544_C_T:12114,822,0 1|1:0,311:311:99:1|1:513544_C_T:14063,963,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1462,123,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8835,754,0 1|1:0,248:248:99:.:.:11147,764,0 1|1:0,83:83:99:1|1:513694_G_A:3699,250,0 1|1:0,169:169:99:.:.:7395,512,0 1|1:0,265:265:99:1|1:513670_C_G:12074,810,0 1|0:102,65:167:99:.:.:2347,0,4046 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,203:203:99:.:.:9205,620,0 1|1:0,544:544:99:1|1:513662_A_C:24555,1656,0 1|0:131,477:608:99:.:.:19767,0,3861 1|1:0,75:75:99:.:.:3368,229,0 1|1:0,240:240:99:.:.:10774,734,0 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,167:167:99:.:.:7155,512,0 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,67:67:99:1|1:513692_A_G:3013,205,0 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080 1|1:0,280:280:99:1|1:513662_A_C:12774,861,0 1|1:0,178:178:99:1|1:513692_A_G:8002,545,0 Pf3D7_01_v3 513707 . A T 1.37335e+07 PASS FS=2.179;MQ=60.48;QD=32.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.828;VQSLOD=6.05;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.13;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=23.81;GQ_MEAN=107.66;GQ_STDDEV=72.47;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7889;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.845;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=15160771;AF=0.403;AS_InbreedingCoeff=0.66;MLEAC=2120;MLEAF=0.404;AN=858;AC=311 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1226:. 1|1:0,59:59:99:1|1:513707_A_T:2622,178,0:. 1|0:26,35:61:99:.:.:1191,0,636:. 0|0:48,1:49:99:.:.:0,127,2197:. 0|0:37,0:37:12:.:.:0,12,981:. 0|1:46,4:50:56:0|1:513665_G_A:56,0,2126:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:513707_A_T:3678,253,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:37,14:51:99:0|1:513707_A_T:471,0,1535:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:17,19:36:99:.:.:503,0,364:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,292:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,837:. 1|1:0,19:19:60:1|1:513707_A_T:864,60,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:513707_A_T:1498,108,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1473:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1429:. 1|1:0,176:176:99:1|1:513707_A_T:7939,545,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1219:. 0|1:69,42:111:99:0|1:513707_A_T:1510,0,2743:. 1|1:0,17:17:54:1|1:513707_A_T:757,54,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,161:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1439:. 0|1:72,41:113:99:0|1:513707_A_T:1475,0,2836:. 1|1:0,77:77:99:1|1:513707_A_T:3439,241,0:. 1|0:66,15:81:99:.:.:236,0,1916:. 1|0:230,72:302:99:0|1:513707_A_T:2360,0,9378:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1069:. 0|1:85,41:126:99:.:.:1614,0,3277:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:87:.:.:0,87,1898:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,111:121:99:0|1:513707_A_T:4607,0,130:. 1|0:88,31:119:99:0|1:513707_A_T:1031,0,3667:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,263:263:99:1|1:513707_A_T:11855,813,0:. 1|1:4,147:151:99:.:.:4353,353,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,16:122:99:.:.:298,0,4536:. 1|1:0,31:31:96:1|1:513707_A_T:1412,96,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,38:73:99:0|1:513707_A_T:1477,0,1374:. 1|1:0,92:92:99:1|1:513707_A_T:4110,280,0:. 0|1:20,13:33:99:0|1:513707_A_T:468,0,782:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,181:224:99:0|1:513707_A_T:7392,0,1602:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,97:188:99:.:.:2655,0,2214:. 1|1:4,69:73:46:1|1:513707_A_T:2885,46,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1373:. 1|0:74,38:112:99:0|1:513707_A_T:1364,0,3035:. 0|0:108,6:114:82:0|1:513707_A_T:0,82,4621:. 1|0:75,18:93:99:0|1:513707_A_T:527,0,3046:. 1|1:0,55:55:99:1|1:513707_A_T:2475,172,0:. 0|1:40,28:68:99:0|1:513665_G_A:1088,0,1718:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,17:59:99:0|1:513707_A_T:537,0,1724:. 1|1:2,124:126:99:1|1:513707_A_T:5522,301,0:. 0|1:13,111:124:99:0|1:513707_A_T:4582,0,247:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:513707_A_T:3092,217,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,25:60:99:0|1:513707_A_T:995,0,1361:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,157:157:99:1|1:513707_A_T:7172,491,0:. 0|1:70,100:170:99:0|1:513707_A_T:3998,0,2650:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2541,238,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3816,379,0:. 1|0:33,71:104:99:0|1:513707_A_T:2840,0,1156:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4441,428,0:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,116:117:99:.:.:5048,332,0:. 1|0:95,10:105:99:0|1:513707_A_T:125,0,3877:. 0|1:58,15:73:99:0|1:513707_A_T:443,0,2421:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,151:173:99:0|1:513707_A_T:6336,0,441:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,103:115:99:0|1:513707_A_T:4286,0,188:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,11:185:68:0|1:513707_A_T:0,68,7323:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:1|1:513694_G_A:8505,569,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:226,41:267:99:0|1:513694_G_A:1090,0,9548:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:135,83:218:99:0|1:513694_G_A:3168,0,5658:. 1|1:0,221:221:99:1|1:513707_A_T:9914,686,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:161,50:211:99:0|1:513665_G_A:1714,0,6979:. 1|1:5,209:214:99:1|1:513707_A_T:9261,442,0:. 1|0:38,68:106:99:.:.:2741,0,1307:. 0|1:92,88:180:99:0|1:513707_A_T:3396,0,3604:. 0|1:120,39:159:99:0|1:513707_A_T:1255,0,4899:. 1|0:16,109:125:99:0|1:513707_A_T:4600,0,295:. 1|1:0,181:181:99:1|1:513707_A_T:8184,557,0:. 0|1:110,9:119:6:0|1:513707_A_T:6,0,4529:. 1|1:0,162:162:99:1|1:513707_A_T:7321,494,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:184,21:205:99:0|1:513707_A_T:306,0,8627:. 1|0:97,77:174:99:.:.:3103,0,3995:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,69:140:99:.:.:2649,0,1656:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:209,31:240:99:0|1:513694_G_A:676,0,8957:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,119:136:99:0|1:513707_A_T:5003,0,369:. 1|0:134,44:178:99:0|1:513707_A_T:1477,0,5499:. 0|1:162,55:217:99:0|1:513707_A_T:1828,0,6656:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,163:164:99:.:.:4925,483,0:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5970,595,0:. 1|1:0,242:242:99:1|1:513662_A_C:10530,739,0:. 1|1:2,129:131:99:1|1:513707_A_T:5765,316,0:. 0|1:265,25:290:99:.:.:236,0,11505:. 0|1:151,29:180:99:0|1:513707_A_T:751,0,6287:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:112,12:124:99:0|1:513707_A_T:149,0,4678:. 1|1:0,94:94:99:1|1:513707_A_T:4238,289,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,6:52:99:0|1:513707_A_T:110,0,1932:. 1|1:0,147:147:99:.:.:5905,448,0:. 1|1:1,156:157:99:1|1:513707_A_T:7023,446,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:513707_A_T:4289,295,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,115:116:99:1|1:513707_A_T:5064,310,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,57:109:99:.:.:1759,0,1417:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,95:159:99:.:.:3789,0,2235:. 1|0:133,43:176:99:0|1:513707_A_T:1436,0,5457:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,6:6:18:1|1:513707_A_T:251,18,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:513707_A_T:5781,400,0:. 1|1:1,102:103:99:.:.:3123,278,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,33:83:99:0|1:513707_A_T:1241,0,2062:. 1|0:171,37:208:99:0|1:513707_A_T:1048,0,7162:. 1|0:163,42:205:99:0|1:513707_A_T:1330,0,6873:. 1|0:101,8:109:23:0|1:513707_A_T:23,0,4218:. 1|0:83,71:154:99:0|1:513707_A_T:2698,0,3288:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,13:67:99:0|1:513670_C_G:500,0,2775:. 1|0:47,80:127:99:.:.:2057,0,972:. 0|1:122,34:156:99:0|1:513707_A_T:1076,0,5145:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,24:118:99:.:.:473,0,2614:. 1|1:0,119:119:99:1|1:513707_A_T:5441,373,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,232:233:99:1|1:513707_A_T:10459,674,0:. 0|1:87,62:149:99:0|1:513707_A_T:2372,0,3406:. 1|1:6,175:181:99:1|1:513707_A_T:7585,281,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:1|1:513707_A_T:9045,611,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,92:99:11:0|1:513707_A_T:3843,0,11:. 0|0:562,0:562:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,156:216:99:0|1:513707_A_T:6467,0,2046:. 1|0:60,92:152:99:0|1:513707_A_T:3670,0,2147:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,19:158:99:.:.:302,0,5696:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,23:69:99:0|1:513707_A_T:847,0,1857:. 0|1:57,62:119:99:0|1:513707_A_T:2408,0,2228:. 0|1:55,55:110:99:0|1:513707_A_T:2142,0,2286:. 0|1:161,14:175:74:0|1:513707_A_T:74,0,6705:. 0|0:92,9:101:12:.:.:0,12,2513:. 1|1:0,181:181:99:1|1:513707_A_T:8213,557,0:. 0|1:103,58:161:99:0|1:513707_A_T:2082,0,4084:. 1|1:0,107:107:99:1|1:513707_A_T:4835,334,0:. 1|0:27,43:70:99:.:.:1692,0,876:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,23:84:99:0|1:513707_A_T:760,0,2494:. 1|1:0,55:55:99:1|1:513707_A_T:2397,166,0:. 0|0:68,5:73:7:0|1:513707_A_T:0,7,2936:. 0|1:101,9:110:65:0|1:513707_A_T:65,0,4257:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,44:90:99:.:.:1699,0,1651:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:513707_A_T:3468,238,0:. 1|0:96,25:121:99:0|1:513707_A_T:760,0,4007:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:513707_A_T:2025,135,0:. 1|1:0,173:173:99:1|1:513707_A_T:7837,536,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,11:115:99:0|1:513707_A_T:136,0,4385:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,12:159:49:0|1:513694_G_A:49,0,6304:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,6:8:66:0|1:513707_A_T:246,0,66:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,60:109:99:0|1:513707_A_T:2366,0,1871:. 1|0:111,53:164:99:0|1:513707_A_T:1912,0,4533:. 1|0:66,54:120:99:0|1:513707_A_T:2057,0,2581:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:513707_A_T:1958,107,0:. 1|1:0,31:31:93:1|1:513707_A_T:1395,93,0:. 0|0:80,3:83:99:0|1:513707_A_T:0,121,3474:. 1|0:167,36:203:99:0|1:513694_G_T:1065,0,7047:. 0|1:88,41:129:99:0|1:513707_A_T:1458,0,3547:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,5:31:99:0|1:513707_A_T:132,0,1070:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,25:95:99:.:.:855,0,2935:. 0|0:65,2:67:99:0|1:513707_A_T:0,118,2861:. 1|0:54,48:102:99:0|1:513707_A_T:1871,0,2146:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,12:17:99:0|1:513707_A_T:499,0,197:. 1|0:75,27:102:99:.:.:551,0,1895:. 1|1:0,53:53:99:1|1:513707_A_T:2409,163,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:1|1:513707_A_T:7560,509,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,135:177:99:.:.:5566,0,1387:. 1|1:1,150:151:99:1|1:513707_A_T:6758,422,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:1|1:513707_A_T:8819,605,0:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,116:134:99:0|1:513707_A_T:4890,0,395:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,114:115:99:.:.:4052,336,0:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,140:141:99:.:.:5701,395,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:77,16:93:99:0|1:513707_A_T:442,0,3290:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:1|1:513707_A_T:7596,515,0:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,212:217:99:1|1:513707_A_T:9232,431,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,407:407:99:1|1:513707_A_T:18578,1258,0:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:770,0:770:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:513707_A_T:4040,277,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1531:. 1|1:0,100:100:99:.:.:4351,306,0:. 0|0:113,0:113:74:.:.:0,74,3242:. 1|1:0,123:123:99:1|1:513707_A_T:5682,385,0:. 1|1:1,196:197:99:1|1:513707_A_T:8878,566,0:. 1|1:0,469:469:99:.:.:20607,1423,0:. 0|1:107,11:118:3:.:.:3,0,3189:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,358:359:99:1|1:513707_A_T:15960,1082,0:. 0|1:135,91:226:99:0|1:513707_A_T:3453,0,5373:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,404:405:99:1|1:513707_A_T:18086,1186,0:. 1|1:1,78:79:99:1|1:513707_A_T:3559,205,0:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:.:.:8019,575,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,151:196:99:0|1:513707_A_T:6240,0,1536:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,135:152:99:0|1:513707_A_T:5701,0,266:. 1|1:1,199:200:99:.:.:9022,566,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:500,0:500:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,16:55:99:0|1:513707_A_T:554,0,1564:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:592,0:592:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:564,0:564:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:191,56:247:99:0|1:513707_A_T:1833,0,7922:. 0|1:144,36:180:99:0|1:513707_A_T:1041,0,5771:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,236:240:99:1|1:513707_A_T:10397,554,0:. 1|0:8,88:96:36:.:.:3568,0,36:. 1|0:40,139:179:99:0|1:513707_A_T:5698,0,1312:. 1|0:61,20:81:99:.:.:627,0,1762:. 1|0:39,161:200:99:0|1:513707_A_T:6889,0,1219:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,10:188:99:0|1:513707_A_T:0,110,7826:. 0|1:589,62:651:99:0|1:513707_A_T:815,0,25008:. 1|1:8,193:201:99:1|1:513707_A_T:8425,233,0:. 1|1:2,254:256:99:.:.:11329,689,0:. 1|0:66,110:176:99:.:.:4502,0,2396:. 1|1:9,182:191:99:.:.:5872,248,0:. 1|0:50,137:187:99:.:.:5614,0,1738:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,67:153:99:.:.:2488,0,2464:. 0|1:6,49:55:99:0|1:513707_A_T:1880,0,105:. 1|0:46,180:226:99:.:.:7425,0,1239:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,168:192:99:0|1:513707_A_T:7042,0,532:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,55:100:99:.:.:1843,0,1512:. 1|1:11,164:175:16:1|1:513707_A_T:7076,16,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,200:217:99:0|1:513707_A_T:8413,0,103:. 1|0:26,121:147:99:0|1:513707_A_T:5005,0,734:. 1|1:14,191:205:12:.:.:7912,12,0:. 1|1:5,402:407:99:1|1:513707_A_T:18324,1033,0:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,32:86:99:0|1:513707_A_T:1195,0,2223:. 1|1:0,314:314:99:.:.:14320,969,0:. 1|1:0,279:279:99:1|1:513707_A_T:12229,851,0:. 0|1:189,49:238:99:.:.:1436,0,7257:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:1|1:513707_A_T:10767,734,0:. 1|0:76,147:223:99:0|1:513707_A_T:6045,0,2795:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,177:228:99:0|1:513707_A_T:7252,0,1599:. 1|1:0,242:242:99:1|1:513670_C_G:10839,746,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2282,193,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,260:260:99:1|1:513707_A_T:11892,813,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:1|1:513707_A_T:5267,355,0:. 1|1:0,92:92:99:1|1:513707_A_T:4061,276,0:. 1|0:8,47:55:99:0|1:513707_A_T:1969,0,191:. 1|1:0,25:25:75:.:.:891,75,0:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:205,61:266:99:0|1:513544_C_T:1995,0,8851:. 1|0:273,33:306:99:0|1:513544_C_T:516,0,12006:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:214,29:243:99:0|1:513707_A_T:559,0,8925:. 1|1:0,97:97:99:1|1:513707_A_T:4384,295,0:. 1|0:72,116:188:99:0|1:513707_A_T:4699,0,2728:. 1|0:238,22:260:99:0|1:513694_G_A:162,0,10557:. 0|1:61,120:181:99:0|1:513707_A_T:4894,0,2161:. 1|1:0,225:225:99:1|1:513707_A_T:10129,689,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:9621,656,0:. 0|0:554,0:554:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:470,151:621:99:0|1:513707_A_T:4970,0,19499:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2877,238,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:9878,763,0:. 1|1:0,444:444:99:1|1:513707_A_T:20246,1370,0:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5858,496,0:. 1|1:0,217:217:99:1|1:513707_A_T:9855,671,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2227,198,0:. 1|1:0,27:27:81:1|1:513707_A_T:1201,81,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513710 . A G 9.42823e+06 PASS FS=4.653;MQ=60.61;QD=31.39;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=1.005;VQSLOD=4.86;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=19.05;GQ_MEAN=116.28;GQ_STDDEV=94.02;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6957;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.123;NEGATIVE_TRAIN_SITE;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=15013930;AF=0.263;AS_InbreedingCoeff=0.6814;MLEAC=1379;MLEAF=0.262;AN=858;AC=260 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1226:. 1|1:0,60:60:99:1|1:513707_A_T:2653,181,0:. 1|0:41,20:61:99:.:.:389,0,1463:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1574:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:49,4:53:20:0|1:513665_G_A:20,0,2045:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:513707_A_T:3699,256,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:35,14:49:99:0|1:513707_A_T:477,0,1451:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1037:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,914:. 1|1:0,20:20:60:1|1:513707_A_T:865,60,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:513707_A_T:1505,111,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1473:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1429:. 1|1:0,175:175:99:1|1:513707_A_T:7857,536,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1219:. 0|1:69,41:110:99:0|1:513707_A_T:1506,0,2746:. 1|1:1,17:18:30:1|1:513707_A_T:730,30,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,161:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1439:. 0|1:76,44:120:99:0|1:513707_A_T:1540,0,2924:. 1|1:0,79:79:99:1|1:513707_A_T:3471,244,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:233,76:309:99:0|1:513707_A_T:2406,0,9451:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1069:. 0|1:94,38:132:99:.:.:1227,0,3876:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,113:123:99:0|1:513707_A_T:4689,0,121:. 1|0:93,31:124:99:0|1:513707_A_T:1025,0,3717:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:1|1:513707_A_T:11801,807,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,6:121:99:.:.:0,115,5329:. 1|1:0,32:32:96:1|1:513707_A_T:1412,96,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,38:76:99:0|1:513707_A_T:1446,0,1426:. 1|1:0,91:91:99:1|1:513707_A_T:4110,280,0:. 0|1:19,12:31:99:0|1:513707_A_T:468,0,783:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,179:222:99:0|1:513707_A_T:7343,0,1582:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:175,20:195:99:.:.:153,0,6792:. 1|1:4,68:72:43:1|1:513707_A_T:2856,43,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1373:. 1|0:78,38:116:99:0|1:513707_A_T:1361,0,3060:. 0|0:111,6:117:88:0|1:513707_A_T:0,88,4678:. 1|0:74,18:92:99:0|1:513707_A_T:527,0,3043:. 1|1:0,55:55:99:1|1:513707_A_T:2475,172,0:. 0|1:41,28:69:99:0|1:513665_G_A:1178,0,1628:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,17:61:99:0|1:513707_A_T:538,0,1747:. 1|1:2,127:129:99:1|1:513707_A_T:5521,301,0:. 0|1:13,109:122:99:0|1:513707_A_T:4526,0,253:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:513707_A_T:3098,217,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,28:62:99:0|1:513707_A_T:1027,0,1312:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:1|1:513707_A_T:7148,488,0:. 0|1:72,101:173:99:0|1:513707_A_T:3995,0,2674:. 0|0:74,6:80:77:.:.:0,77,2149:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,72:104:99:0|1:513707_A_T:2899,0,1124:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,93:111:99:.:.:2227,0,226:. 1|0:95,10:105:99:0|1:513707_A_T:122,0,3900:. 0|1:59,15:74:99:0|1:513707_A_T:449,0,2372:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,156:178:99:0|1:513707_A_T:6333,0,441:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,107:118:99:0|1:513707_A_T:4364,0,137:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,12:190:47:0|1:513707_A_T:0,47,7346:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:1|1:513694_G_A:8370,560,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:226,43:269:99:0|1:513694_G_A:1066,0,9573:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,89:227:99:0|1:513694_G_A:3204,0,5630:. 1|1:0,220:220:99:1|1:513707_A_T:9893,683,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:167,54:221:99:0|1:513665_G_A:1759,0,6934:. 1|1:5,213:218:99:1|1:513707_A_T:9257,442,0:. 1|0:48,56:104:99:.:.:2243,0,1889:. 0|1:95,89:184:99:0|1:513707_A_T:3413,0,3604:. 0|1:123,39:162:99:0|1:513707_A_T:1252,0,4927:. 1|0:16,112:128:99:0|1:513707_A_T:4600,0,295:. 1|1:0,183:183:99:1|1:513707_A_T:8216,560,0:. 0|1:112,7:119:3:0|1:513707_A_T:3,0,4555:. 1|1:0,164:164:99:1|1:513707_A_T:7351,497,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:179,21:200:99:0|1:513707_A_T:308,0,8629:. 1|0:98,79:177:99:.:.:3145,0,3992:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,65:145:99:.:.:1484,0,3035:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:213,30:243:99:0|1:513694_G_A:679,0,8915:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,124:143:99:0|1:513707_A_T:5051,0,383:. 1|0:135,47:182:99:0|1:513707_A_T:1505,0,5451:. 0|1:168,58:226:99:0|1:513707_A_T:1869,0,6726:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,133:135:99:1|1:513707_A_T:5793,319,0:. 0|1:263,26:289:99:.:.:257,0,11164:. 0|1:153,29:182:99:0|1:513707_A_T:751,0,6284:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:111,12:123:99:0|1:513707_A_T:155,0,4628:. 1|1:0,97:97:99:1|1:513707_A_T:4297,295,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,6:53:99:0|1:513707_A_T:110,0,1932:. 0|1:67,76:143:99:.:.:1671,0,1595:. 1|1:1,158:159:99:1|1:513707_A_T:7021,446,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:513707_A_T:4298,295,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,110:111:99:1|1:513707_A_T:5006,304,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,24:111:99:.:.:643,0,3402:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,82:163:99:.:.:3138,0,3048:. 1|0:137,46:183:99:0|1:513707_A_T:1448,0,5525:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,5:5:15:1|1:513707_A_T:225,15,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:1|1:513707_A_T:5754,397,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,33:88:99:0|1:513707_A_T:1238,0,2086:. 1|0:175,38:213:99:0|1:513707_A_T:1068,0,7176:. 1|0:167,45:212:99:0|1:513707_A_T:1330,0,6884:. 1|0:103,8:111:23:0|1:513707_A_T:23,0,4220:. 1|0:85,69:154:99:0|1:513707_A_T:2695,0,3314:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,13:67:99:0|1:513670_C_G:419,0,2739:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,36:160:99:0|1:513707_A_T:1079,0,5105:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,7:119:69:.:.:0,69,4510:. 1|1:0,123:123:99:1|1:513707_A_T:5437,373,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,236:237:99:1|1:513707_A_T:10515,680,0:. 0|1:84,66:150:99:0|1:513707_A_T:2431,0,3334:. 1|1:6,179:185:99:1|1:513707_A_T:7674,290,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:1|1:513707_A_T:9188,626,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,91:98:14:0|1:513707_A_T:3817,0,14:. 0|0:562,0:562:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,163:223:99:0|1:513707_A_T:6515,0,2082:. 1|0:58,91:149:99:0|1:513707_A_T:3623,0,2132:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,9:161:98:0|1:513694_G_T:0,98,6689:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,24:71:99:0|1:513707_A_T:848,0,1857:. 0|1:57,61:118:99:0|1:513707_A_T:2383,0,2231:. 0|1:59,56:115:99:0|1:513707_A_T:2161,0,2309:. 0|1:163,13:176:74:0|1:513707_A_T:74,0,6705:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:1|1:513707_A_T:8216,557,0:. 0|1:101,58:159:99:0|1:513707_A_T:2085,0,4084:. 1|1:0,108:108:99:1|1:513707_A_T:4834,334,0:. 1|0:29,39:68:99:.:.:1516,0,1126:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,23:84:99:0|1:513707_A_T:761,0,2469:. 1|1:0,51:51:99:1|1:513707_A_T:2344,160,0:. 0|0:72,5:77:7:0|1:513707_A_T:0,7,2935:. 0|1:104,10:114:99:0|1:513707_A_T:104,0,4279:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,33:92:99:0|1:513694_G_A:1208,0,2316:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:513707_A_T:3464,238,0:. 1|0:101,26:127:99:0|1:513707_A_T:757,0,4031:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:513707_A_T:2050,138,0:. 1|1:0,178:178:99:1|1:513707_A_T:7867,539,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,11:120:99:0|1:513707_A_T:127,0,4459:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,12:160:37:0|1:513694_G_A:37,0,6472:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,6:8:66:0|1:513707_A_T:246,0,66:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,60:109:99:0|1:513707_A_T:2366,0,1873:. 1|0:114,57:171:99:0|1:513707_A_T:1949,0,4571:. 1|0:66,54:120:99:0|1:513707_A_T:2057,0,2607:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,44:45:99:1|1:513707_A_T:1958,107,0:. 1|1:0,31:31:93:1|1:513707_A_T:1395,93,0:. 0|0:80,3:83:99:0|1:513707_A_T:0,118,3447:. 1|0:172,40:212:99:0|1:513694_G_T:1112,0,7113:. 0|1:88,42:130:99:0|1:513707_A_T:1455,0,3547:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,5:31:99:0|1:513707_A_T:132,0,1070:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,28:97:99:.:.:898,0,2948:. 0|0:68,2:70:99:0|1:513707_A_T:0,121,2892:. 1|0:55,49:104:99:0|1:513707_A_T:1874,0,2121:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,13:18:99:0|1:513707_A_T:502,0,171:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:513707_A_T:2409,163,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:1|1:513707_A_T:7627,515,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,137:177:99:.:.:5535,0,1390:. 1|1:1,149:150:99:1|1:513707_A_T:6715,419,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:1|1:513707_A_T:8703,593,0:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,117:135:99:0|1:513707_A_T:4859,0,398:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,70:141:99:.:.:1955,0,2118:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:81,16:97:99:0|1:513707_A_T:437,0,3331:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:1|1:513707_A_T:7561,512,0:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,205:210:99:1|1:513707_A_T:9159,425,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,419:419:99:1|1:513707_A_T:18668,1267,0:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:770,0:770:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:513707_A_T:4075,280,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1531:. 1|1:6,95:101:86:.:.:2609,86,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:1|1:513707_A_T:5731,391,0:. 1|1:1,197:198:99:1|1:513707_A_T:8749,554,0:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,353:354:99:1|1:513707_A_T:16130,1091,0:. 0|1:132,92:224:99:0|1:513707_A_T:3459,0,5309:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,402:403:99:1|1:513707_A_T:18378,1204,0:. 1|1:1,83:84:99:1|1:513707_A_T:3623,211,0:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,142:192:99:.:.:4039,0,1111:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,151:197:99:0|1:513707_A_T:6215,0,1455:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,140:155:99:0|1:513707_A_T:5733,0,206:. 1|1:2,201:203:99:1|1:513710_A_G:8865,530,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:500,0:500:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,16:53:99:0|1:513707_A_T:554,0,1564:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:592,0:592:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:564,0:564:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:194,59:253:99:0|1:513707_A_T:1853,0,7992:. 0|1:145,36:181:99:0|1:513707_A_T:1044,0,5743:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,232:236:99:1|1:513707_A_T:10338,548,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,137:179:99:0|1:513707_A_T:5639,0,1321:. 1|0:62,18:80:99:.:.:261,0,2545:. 1|0:40,163:203:99:0|1:513707_A_T:6850,0,1180:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,11:191:99:0|1:513707_A_T:0,107,7756:. 0|1:595,65:660:99:0|1:513707_A_T:867,0,24752:. 1|1:9,198:207:99:1|1:513707_A_T:8492,239,0:. 1|1:4,250:254:99:1|1:513710_A_G:11308,608,0:. 1|0:67,113:180:99:.:.:3312,0,2514:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,64:156:99:.:.:2268,0,3595:. 0|1:6,48:54:99:0|1:513707_A_T:1850,0,108:. 1|0:48,182:230:99:.:.:5162,0,1365:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,171:196:99:0|1:513707_A_T:7063,0,529:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,22:101:99:.:.:576,0,3285:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,201:218:85:0|1:513707_A_T:8677,0,85:. 1|0:26,121:147:99:0|1:513707_A_T:5005,0,734:. 1|0:109,103:212:99:.:.:3759,0,3976:. 1|1:5,414:419:99:1|1:513707_A_T:18966,1075,0:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,34:91:99:0|1:513707_A_T:1192,0,2252:. 1|1:1,325:326:99:.:.:13747,950,0:. 1|1:0,280:280:99:1|1:513707_A_T:12227,851,0:. 0|1:191,47:238:99:.:.:1410,0,7886:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:1|1:513707_A_T:10730,731,0:. 1|0:78,152:230:99:0|1:513707_A_T:6073,0,2792:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,176:226:99:0|1:513707_A_T:7285,0,1566:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,268:268:99:1|1:513707_A_T:11873,813,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:1|1:513707_A_T:5265,355,0:. 1|1:0,89:89:99:1|1:513707_A_T:4051,274,0:. 1|0:8,50:58:99:0|1:513707_A_T:2020,0,185:. 0|0:27,0:27:50:.:.:0,50,884:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:206,63:269:99:0|1:513544_C_T:2127,0,8787:. 1|0:277,36:313:99:0|1:513544_C_T:654,0,11859:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:215,30:245:99:0|1:513707_A_T:586,0,8960:. 1|1:0,97:97:99:1|1:513707_A_T:4350,292,0:. 1|0:73,118:191:99:0|1:513707_A_T:4702,0,2701:. 1|0:232,24:256:99:0|1:513694_G_A:327,0,9998:. 0|1:60,123:183:99:0|1:513707_A_T:4925,0,2128:. 1|1:0,225:225:99:1|1:513707_A_T:10171,692,0:. 1|1:17,196:213:66:.:.:5928,66,0:. 0|0:554,0:554:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:475,156:631:99:0|1:513707_A_T:5025,0,19522:. 0|1:61,15:76:99:.:.:297,0,1845:. 0|1:137,113:250:99:.:.:2994,0,3877:. 1|1:0,459:459:99:1|1:513707_A_T:20447,1388,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:1|1:513707_A_T:9883,674,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1478:. 1|1:0,26:26:81:1|1:513707_A_T:1201,81,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513730 . T A 1.49702e+07 PASS FS=1.98;MQ=60.35;QD=31.49;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.863;VQSLOD=4.43;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=33.33;GQ_MEAN=142.21;GQ_STDDEV=153.78;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5843;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.055;culprit=MQ;set=snp;DP=15213971;AF=0.347;AS_InbreedingCoeff=0.537;MLEAC=1826;MLEAF=0.348;AN=858;AC=365 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1226:. 1|1:1,59:60:99:1|1:513730_T_A:2667,145,0:. 1|0:42,10:52:99:0|1:513730_T_A:268,0,1729:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1574:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:45,5:50:68:0|1:513665_G_A:68,0,1952:. 0|1:31,72:103:99:0|1:513730_T_A:2966,0,1080:. 1|1:0,67:67:99:1|1:513730_T_A:2998,205,0:. 0|1:78,105:183:99:0|1:513730_T_A:4312,0,2404:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:26,17:43:99:0|1:513730_T_A:675,0,1026:. 1|1:0,121:121:99:1|1:513730_T_A:5576,385,0:. 1|0:4,46:50:45:0|1:513730_T_A:1885,0,45:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1037:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,840:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,18:18:54:1|1:513730_T_A:786,54,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:513730_T_A:1515,105,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1473:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1429:. 1|1:0,163:163:99:1|1:513730_T_A:7315,502,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1219:. 0|1:73,46:119:99:0|1:513730_T_A:1711,0,2898:. 1|0:2,14:16:42:0|1:513730_T_A:582,0,42:. 1|1:0,10:10:30:1|1:513730_T_A:429,30,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1439:. 0|1:83,47:130:99:0|1:513730_T_A:1673,0,3333:. 1|1:0,76:76:99:1|1:513730_T_A:3472,241,0:. 0|1:55,29:84:99:0|1:513730_T_A:1079,0,2198:. 1|0:231,90:321:99:0|1:513730_T_A:3003,0,9264:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1069:. 0|1:67,68:135:99:0|1:513730_T_A:2692,0,2564:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,19:91:99:0|1:513730_T_A:568,0,2861:. 1|0:91,51:142:99:.:.:1839,0,3681:. 1|0:8,113:121:32:0|1:513730_T_A:4723,0,32:. 1|0:74,72:146:99:0|1:513730_T_A:2827,0,2970:. 1|1:0,91:91:99:1|1:513730_T_A:4161,283,0:. 1|1:0,257:257:99:1|1:513730_T_A:11533,791,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,190:227:99:0|1:513730_T_A:7817,0,935:. 0|1:80,42:122:99:.:.:1514,0,3307:. 1|1:0,28:28:84:1|1:513730_T_A:1242,84,0:. 0|1:90,17:107:99:0|1:513730_T_A:436,0,4737:. 0|1:34,35:69:99:0|1:513730_T_A:1324,0,1314:. 1|1:0,81:81:99:1|1:513730_T_A:3616,247,0:. 0|1:20,14:34:99:0|1:513730_T_A:525,0,827:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,171:224:99:0|1:513730_T_A:6889,0,1915:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,114:119:99:1|1:513730_T_A:4889,135,0:. 0|1:89,125:214:99:0|1:513730_T_A:5030,0,3281:. 1|1:4,63:67:31:1|1:513730_T_A:2717,31,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,25:124:99:0|1:513730_T_A:784,0,4041:. 0|1:76,221:297:99:0|1:513730_T_A:8939,0,2453:. 0|1:70,97:167:99:0|1:513730_T_A:3835,0,2636:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1373:. 0|1:33,103:136:99:0|1:513730_T_A:4222,0,1062:. 0|0:131,8:139:27:0|1:513730_T_A:0,27,5434:. 1|0:65,23:88:99:0|1:513730_T_A:761,0,2729:. 1|1:0,47:47:99:1|1:513730_T_A:2141,144,0:. 0|1:46,31:77:99:0|1:513665_G_A:1258,0,1850:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,17:58:99:0|1:513730_T_A:579,0,1680:. 1|1:2,118:120:99:1|1:513730_T_A:5198,283,0:. 0|1:10,109:119:99:0|1:513730_T_A:4505,0,121:. 1|1:0,181:181:99:1|1:513730_T_A:8135,560,0:. 1|1:0,72:72:99:1|1:513730_T_A:3208,217,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,30:62:99:0|1:513730_T_A:1149,0,1271:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:513730_T_A:7375,499,0:. 1|1:0,166:166:99:1|1:513730_T_A:7508,509,0:. 1|0:76,6:82:69:0|1:513730_T_A:69,0,3135:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,90:121:99:0|1:513730_T_A:3602,0,1025:. 0|0:139,9:148:23:0|1:513730_T_A:0,23,5792:. 0|1:186,177:363:99:0|1:513730_T_A:6765,0,7236:. 0|1:20,88:108:99:0|1:513730_T_A:3597,0,580:. 1|0:100,12:112:99:0|1:513730_T_A:221,0,4144:. 0|1:32,47:79:99:0|1:513730_T_A:1902,0,1129:. 1|1:12,352:364:99:1|1:513730_T_A:15291,664,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,181:192:87:1|1:513730_T_A:7725,87,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,116:121:99:1|1:513730_T_A:5024,148,0:. 0|1:86,97:183:99:0|1:513730_T_A:3856,0,3284:. 0|1:208,15:223:21:0|1:513730_T_A:21,0,8670:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,173:174:99:1|1:513694_G_A:8097,506,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,193:293:99:0|1:513730_T_A:7730,0,3708:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,146:239:99:0|1:513730_T_A:5934,0,3464:. 1|1:0,220:220:99:1|1:513730_T_A:9917,680,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:168,61:229:99:0|1:513665_G_A:2245,0,7066:. 1|1:4,203:207:99:1|1:513730_T_A:9026,461,0:. 1|0:49,72:121:99:0|1:513730_T_A:2968,0,1853:. 0|1:99,117:216:99:0|1:513730_T_A:4566,0,3758:. 0|1:91,94:185:99:0|1:513730_T_A:3638,0,3471:. 1|0:14,134:148:99:0|1:513730_T_A:5486,0,200:. 1|1:0,182:182:99:1|1:513730_T_A:8127,559,0:. 0|1:103,9:112:34:0|1:513730_T_A:34,0,4279:. 1|1:0,162:162:99:1|1:513730_T_A:7218,497,0:. 1|1:0,198:198:99:1|1:513730_T_A:8807,602,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:172,22:194:99:0|1:513730_T_A:431,0,7887:. 1|0:97,88:185:99:.:.:3548,0,3962:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,68:143:99:0|1:513730_T_A:2606,0,2975:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,22:93:99:0|1:513730_T_A:702,0,2914:. 0|1:186,63:249:99:0|1:513730_T_A:2088,0,7635:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,518:518:99:1|1:513730_T_A:23300,1607,0:. 1|1:7,159:166:99:1|1:513730_T_A:6782,193,0:. 1|0:134,58:192:99:0|1:513730_T_A:2006,0,5490:. 0|1:161,58:219:99:0|1:513730_T_A:1902,0,6533:. 0|1:145,221:366:99:0|1:513730_T_A:8814,0,5427:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,120:121:99:1|1:513730_T_A:5378,328,0:. 0|1:139,171:310:99:.:.:6819,0,5356:. 0|1:189,30:219:99:0|1:513730_T_A:735,0,7834:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:120,13:133:99:0|1:513730_T_A:213,0,4863:. 1|1:0,85:85:99:1|1:513730_T_A:3864,262,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,10:61:99:0|1:513730_T_A:263,0,2102:. 0|1:68,78:146:99:0|1:513730_T_A:3069,0,2608:. 1|1:0,157:157:99:1|1:513730_T_A:6975,476,0:. 1|1:0,89:89:99:1|1:513730_T_A:3996,274,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,106:107:99:1|1:513730_T_A:4722,286,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,27:115:99:0|1:513730_T_A:841,0,3800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,95:173:99:.:.:3727,0,3144:. 1|0:135,53:188:99:0|1:513730_T_A:1719,0,5450:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,6:6:18:1|1:513730_T_A:257,18,0:. 1|0:119,126:245:99:0|1:513730_T_A:4921,0,4568:. 1|1:0,132:132:99:1|1:513730_T_A:5873,406,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,40:98:99:0|1:513730_T_A:1460,0,2290:. 1|0:96,127:223:99:0|1:513730_T_A:5030,0,3605:. 1|0:111,112:223:99:0|1:513730_T_A:4472,0,4352:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:81,78:159:99:0|1:513730_T_A:3062,0,3180:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,13:72:99:0|1:513670_C_G:388,0,2973:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,146:167:99:0|1:513730_T_A:6118,0,457:. 0|1:181,42:223:99:0|1:513730_T_A:1216,0,7469:. 1|0:106,11:117:99:0|1:513730_T_A:134,0,4455:. 1|1:0,126:126:99:1|1:513730_T_A:5757,400,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,230:231:99:1|1:513730_T_A:10383,671,0:. 0|1:87,73:160:99:0|1:513730_T_A:2794,0,3390:. 1|1:6,177:183:99:1|1:513730_T_A:7619,302,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:513730_T_A:9503,647,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:513730_T_A:5291,367,0:. 1|1:7,96:103:1:1|1:513730_T_A:3983,1,0:. 0|1:289,260:549:99:0|1:513730_T_A:9841,0,11278:. 1|0:91,41:132:99:0|1:513730_T_A:1401,0,3731:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,193:243:99:0|1:513730_T_A:7919,0,1582:. 1|0:53,79:132:99:0|1:513730_T_A:3141,0,2030:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,72:177:99:0|1:513730_T_A:2729,0,4180:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,18:112:99:0|1:513730_T_A:470,0,3855:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,24:73:99:0|1:513730_T_A:866,0,1975:. 0|1:28,79:107:99:0|1:513730_T_A:3222,0,914:. 0|1:58,58:116:99:0|1:513730_T_A:2329,0,2210:. 1|1:0,167:167:99:1|1:513730_T_A:7552,512,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:1|1:513730_T_A:8246,568,0:. 1|1:0,164:164:99:1|1:513730_T_A:7273,496,0:. 1|1:0,111:111:99:1|1:513730_T_A:5012,340,0:. 1|0:29,41:70:99:0|1:513730_T_A:1624,0,1094:. 1|0:202,41:243:99:0|1:513730_T_A:1091,0,8420:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,26:88:99:0|1:513730_T_A:900,0,2494:. 1|1:0,54:54:99:1|1:513730_T_A:2411,166,0:. 0|1:71,12:83:99:0|1:513730_T_A:290,0,2925:. 0|1:108,9:117:99:0|1:513730_T_A:112,0,4551:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,29:88:99:0|1:513694_G_A:1232,0,2550:. 0|1:63,63:126:99:0|1:513730_T_A:2464,0,2413:. 1|1:0,84:84:99:1|1:513730_T_A:3758,253,0:. 1|0:108,27:135:99:0|1:513730_T_A:822,0,4385:. 1|1:0,228:228:99:1|1:513730_T_A:10218,701,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:1|1:513730_T_A:2006,138,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:513730_T_A:7710,521,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,11:122:99:0|1:513730_T_A:171,0,4582:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,73:166:99:0|1:513730_T_A:2786,0,3659:. 1|0:165,13:178:37:0|1:513694_G_A:37,0,6978:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,7:9:63:0|1:513730_T_A:288,0,63:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:1|1:513730_T_A:6017,409,0:. 1|1:1,190:191:99:1|1:513730_T_A:8438,517,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:513730_T_A:5053,346,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,373:376:99:1|1:513730_T_A:16646,1018,0:. 1|1:1,50:51:86:1|1:513730_T_A:2180,86,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:513730_T_A:1596,108,0:. 0|0:82,3:85:99:0|1:513730_T_A:0,130,3518:. 1|0:32,210:242:99:0|1:513730_T_A:8735,0,592:. 0|1:93,44:137:99:0|1:513730_T_A:1546,0,3761:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,5:35:99:0|1:513730_T_A:120,0,1197:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,137:155:99:0|1:513730_T_A:5721,0,314:. 0|1:36,69:105:99:.:.:2786,0,1244:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,57:121:99:0|1:513730_T_A:2261,0,2438:. 1|1:0,214:214:99:1|1:513730_T_A:9610,662,0:. 1|0:8,18:26:99:0|1:513730_T_A:703,0,306:. 0|1:37,80:117:99:0|1:513730_T_A:3169,0,1338:. 1|1:0,61:61:99:1|1:513730_T_A:2745,193,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:41:.:.:0,41,664:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:154,167:321:99:0|1:513730_T_A:6650,0,5932:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:204,141:345:99:0|1:513730_T_A:5416,0,8181:. 1|1:0,162:162:99:1|1:513730_T_A:7415,506,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,164:202:99:.:.:6933,0,1066:. 1|1:1,157:158:99:1|1:513730_T_A:7064,446,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:55,37:92:99:0|1:513730_T_A:1359,0,2155:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:1|1:513730_T_A:10672,725,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:513730_T_A:9441,638,0:. 0|1:225,209:434:99:0|1:513730_T_A:8158,0,8781:. 0|1:16,140:156:99:0|1:513730_T_A:5831,0,278:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:219,53:272:99:0|1:513730_T_A:1537,0,9023:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,72:140:99:0|1:513730_T_A:2827,0,2682:. 1|0:116,130:246:99:0|1:513730_T_A:5093,0,4510:. 0|1:119,132:251:99:0|1:513730_T_A:5198,0,4733:. 1|1:0,440:440:99:1|1:513730_T_A:19845,1342,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:89,17:106:99:0|1:513730_T_A:539,0,3642:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:1|1:513730_T_A:7866,536,0:. 0|1:232,247:479:99:0|1:513730_T_A:9603,0,8901:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:513730_T_A:9441,641,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,499:499:99:1|1:513730_T_A:22881,1553,0:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:770,0:770:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,106:107:99:1|1:513730_T_A:4743,280,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1531:. 1|1:6,93:99:28:1|1:513730_T_A:3806,28,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:1|1:513730_T_A:5837,400,0:. 1|1:1,201:202:99:1|1:513730_T_A:9117,578,0:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,348:348:99:1|1:513707_A_T:16061,1083,0:. 0|1:124,108:232:99:0|1:513730_T_A:4125,0,4902:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,90:175:99:0|1:513730_T_A:3530,0,3241:. 1|1:1,409:410:99:1|1:513707_A_T:18923,1234,0:. 1|1:1,78:79:99:1|1:513730_T_A:3560,202,0:. 1|1:0,570:570:99:1|1:513730_T_A:26025,1781,0:. 0|1:50,145:195:99:0|1:513730_T_A:5909,0,1643:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,202:227:99:0|1:513730_T_A:8751,0,397:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:236,39:275:99:0|1:513730_T_A:969,0,9776:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,161:177:99:0|1:513730_T_A:6717,0,192:. 1|1:2,216:218:99:1|1:513710_A_G:9703,578,0:. 1|0:119,126:245:99:0|1:513730_T_A:4925,0,4652:. 0|0:500,0:500:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,20:53:99:0|1:513730_T_A:732,0,1267:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,269:269:99:1|1:513730_T_A:12206,836,0:. 0|1:303,298:601:99:0|1:513544_C_T:11560,0,11626:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:273,282:555:99:.:.:11047,0,10479:. 0|1:19,239:258:56:0|1:513730_T_A:9918,0,56:. 0|1:125,64:189:99:0|1:513730_T_A:2210,0,5039:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,510:510:99:1|1:513730_T_A:23218,1573,0:. 1|1:3,230:233:99:1|1:513730_T_A:10221,576,0:. 0|0:98,7:105:4:0|1:513730_T_A:0,4,4110:. 1|1:2,188:190:99:1|1:513730_T_A:8490,502,0:. 1|0:56,23:79:99:0|1:513730_T_A:782,0,2278:. 1|0:36,191:227:99:0|1:513707_A_T:8521,0,930:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,77:206:99:0|1:513730_T_A:2772,0,5175:. 1|1:1,678:679:99:1|1:513730_T_A:30343,2024,0:. 1|1:4,208:212:99:1|1:513730_T_A:9143,469,0:. 1|1:4,262:266:99:1|1:513710_A_G:11768,639,0:. 1|0:30,179:209:99:0|1:513730_T_A:7410,0,687:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:197,167:364:99:.:.:6388,0,7706:. 0|1:111,111:222:99:0|1:513544_C_T:4320,0,4330:. 1|0:100,80:180:99:0|1:513730_T_A:3111,0,3970:. 0|1:6,47:53:99:0|1:513730_T_A:1872,0,106:. 1|0:40,229:269:99:0|1:513730_T_A:9509,0,1040:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,201:219:92:0|1:513730_T_A:8384,0,92:. 0|1:208,23:231:99:0|1:513730_T_A:258,0,8720:. 0|1:46,65:111:99:0|1:513730_T_A:2673,0,1720:. 1|1:14,199:213:43:1|1:513707_A_T:8589,43,0:. 0|1:216,20:236:99:0|1:513730_T_A:223,0,9007:. 1|0:18,222:240:63:0|1:513707_A_T:9554,0,63:. 1|0:23,143:166:99:0|1:513730_T_A:5909,0,533:. 1|0:18,225:243:99:0|1:513730_T_A:9340,0,124:. 1|1:4,489:493:99:1|1:513707_A_T:22686,1375,0:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,37:99:99:0|1:513730_T_A:1394,0,2489:. 1|1:0,376:376:99:1|1:513730_T_A:16975,1153,0:. 1|1:0,273:275:99:.:.:12137,821,0:. 0|1:168,60:228:99:0|1:513730_T_A:2023,0,6794:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:1|1:513730_T_A:7627,518,0:. 1|0:67,175:242:99:0|1:513730_T_A:7090,0,2301:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,246:246:99:1|1:513730_T_A:11117,752,0:. 1|0:74,181:255:99:0|1:513730_T_A:7444,0,2554:. 0|1:222,244:466:99:0|1:513730_T_A:9695,0,8634:. 1|0:46,180:226:99:0|1:513730_T_A:7514,0,1393:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,262:262:99:1|1:513730_T_A:11858,800,0:. 0|1:89,71:160:99:0|1:513730_T_A:2702,0,3512:. 1|1:0,122:122:99:1|1:513730_T_A:5518,379,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:513730_T_A:4417,301,0:. 1|0:8,56:64:99:0|1:513730_T_A:2495,0,149:. 0|0:28,0:28:47:.:.:0,47,921:. 1|1:0,315:315:99:1|1:513730_T_A:14193,963,0:. 0|1:200,81:281:99:0|1:513544_C_T:2970,0,8344:. 1|0:284,45:329:99:0|1:513544_C_T:999,0,12163:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:224,37:261:99:0|1:513730_T_A:828,0,9390:. 1|1:0,104:104:99:1|1:513730_T_A:4741,322,0:. 1|0:79,131:210:99:0|1:513730_T_A:5273,0,2926:. 1|0:217,28:245:99:0|1:513694_G_A:695,0,9224:. 1|1:0,213:213:99:1|1:513730_T_A:9862,665,0:. 1|1:0,231:231:99:1|1:513730_T_A:10479,710,0:. 0|1:18,201:219:99:0|1:513730_T_A:8458,0,139:. 1|1:0,548:548:99:1|1:513730_T_A:24688,1671,0:. 1|1:0,675:675:99:1|1:513730_T_A:31123,2101,0:. 0|1:58,10:68:99:0|1:513730_T_A:241,0,2372:. 0|1:139,100:239:99:0|1:513730_T_A:3788,0,5542:. 1|1:0,560:560:99:1|1:513730_T_A:25293,1719,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:513730_T_A:10192,692,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1478:. 1|1:0,32:32:99:1|1:513730_T_A:1436,99,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513732 . C A 1.49193e+07 PASS FS=1.969;MQ=60.34;QD=31.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.858;VQSLOD=4.43;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=28.57;GQ_MEAN=139.62;GQ_STDDEV=152.37;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5843;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0;culprit=MQ;set=snp;DP=15226739;AF=0.347;AS_InbreedingCoeff=0.5378;MLEAC=1828;MLEAF=0.348;AN=858;AC=364 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1226:. 1|1:1,61:62:99:1|1:513730_T_A:2667,145,0:. 1|0:42,9:51:99:0|1:513730_T_A:268,0,1729:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1574:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:43,5:48:74:0|1:513665_G_A:74,0,1868:. 0|1:31,73:104:99:0|1:513730_T_A:2966,0,1080:. 1|1:0,66:66:99:1|1:513730_T_A:2998,205,0:. 0|1:77,109:186:99:0|1:513730_T_A:4312,0,2404:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:25,17:42:99:0|1:513730_T_A:633,0,1029:. 1|1:0,124:124:99:1|1:513730_T_A:5576,385,0:. 1|0:4,44:48:45:0|1:513730_T_A:1885,0,45:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1037:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,840:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,17:17:54:1|1:513730_T_A:786,54,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:513730_T_A:1515,105,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1473:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1429:. 1|1:0,164:164:99:1|1:513730_T_A:7315,502,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1219:. 0|1:72,46:118:99:0|1:513730_T_A:1711,0,2898:. 1|0:2,14:16:42:0|1:513730_T_A:582,0,42:. 1|1:0,10:10:30:1|1:513730_T_A:429,30,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1439:. 0|1:84,45:129:99:0|1:513730_T_A:1673,0,3333:. 1|1:0,78:78:99:1|1:513730_T_A:3472,241,0:. 0|1:56,31:87:99:0|1:513730_T_A:1079,0,2198:. 1|0:228,88:316:99:0|1:513730_T_A:3003,0,9264:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1069:. 0|1:65,71:136:99:0|1:513730_T_A:2698,0,2508:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,19:90:99:0|1:513730_T_A:568,0,2861:. 1|0:93,50:143:99:.:.:1839,0,3681:. 1|0:8,113:121:32:0|1:513730_T_A:4723,0,32:. 1|0:79,76:155:99:0|1:513730_T_A:2827,0,2970:. 1|1:0,93:93:99:1|1:513730_T_A:4161,283,0:. 1|1:0,259:259:99:1|1:513730_T_A:11533,791,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,191:227:99:0|1:513730_T_A:7817,0,935:. 0|1:80,42:122:99:.:.:1517,0,3224:. 1|1:0,27:27:84:1|1:513730_T_A:1242,84,0:. 0|1:91,17:108:99:0|1:513730_T_A:436,0,4737:. 0|1:34,34:68:99:0|1:513730_T_A:1324,0,1314:. 1|1:0,80:80:99:1|1:513730_T_A:3616,247,0:. 0|1:21,14:35:99:0|1:513730_T_A:525,0,827:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,168:219:99:0|1:513730_T_A:6889,0,1915:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,113:119:99:1|1:513730_T_A:4889,135,0:. 0|1:87,125:212:99:0|1:513730_T_A:4988,0,3284:. 1|1:4,65:69:31:1|1:513730_T_A:2717,31,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,26:125:99:0|1:513730_T_A:784,0,4041:. 0|1:75,218:293:99:0|1:513730_T_A:8939,0,2453:. 0|1:70,96:166:99:0|1:513730_T_A:3835,0,2636:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1373:. 0|1:33,103:136:99:0|1:513730_T_A:4222,0,1062:. 0|0:130,9:139:27:0|1:513730_T_A:0,27,5434:. 1|0:68,23:91:99:0|1:513730_T_A:761,0,2729:. 1|1:0,48:48:99:1|1:513730_T_A:2141,144,0:. 0|1:46,33:79:99:0|1:513665_G_A:1216,0,1853:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,17:60:99:0|1:513730_T_A:579,0,1680:. 1|1:2,119:121:99:1|1:513730_T_A:5198,283,0:. 0|1:10,108:118:99:0|1:513730_T_A:4505,0,121:. 1|1:0,180:180:99:1|1:513730_T_A:8090,557,0:. 1|1:0,71:71:99:1|1:513730_T_A:3208,217,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,30:63:99:0|1:513730_T_A:1149,0,1271:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:1|1:513730_T_A:7375,499,0:. 1|1:0,168:168:99:1|1:513730_T_A:7508,509,0:. 1|0:76,6:82:18:0|1:513730_T_A:18,0,3141:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,87:118:99:0|1:513730_T_A:3602,0,1025:. 0|0:140,10:150:23:0|1:513730_T_A:0,23,5792:. 0|1:185,175:360:99:0|1:513730_T_A:6765,0,7236:. 0|1:20,86:106:99:0|1:513730_T_A:3597,0,580:. 1|0:102,12:114:99:0|1:513730_T_A:194,0,4147:. 0|1:30,48:78:99:0|1:513730_T_A:1902,0,1129:. 1|1:12,354:366:99:1|1:513730_T_A:15291,664,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,181:193:84:1|1:513730_T_A:7692,84,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,117:122:99:1|1:513730_T_A:5024,148,0:. 0|1:87,95:182:99:0|1:513730_T_A:3772,0,3290:. 0|0:208,15:223:8:0|1:513730_T_A:0,8,8682:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,169:170:99:1|1:513694_G_A:7827,488,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,190:295:99:0|1:513730_T_A:7730,0,3708:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,144:238:99:0|1:513730_T_A:5850,0,3470:. 1|1:0,220:220:99:1|1:513730_T_A:9917,680,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:168,60:228:99:0|1:513665_G_A:2047,0,6914:. 1|1:4,206:210:99:1|1:513730_T_A:9026,461,0:. 1|0:48,72:120:99:0|1:513730_T_A:2845,0,1820:. 0|1:99,117:216:99:0|1:513730_T_A:4566,0,3758:. 0|1:89,94:183:99:0|1:513730_T_A:3638,0,3471:. 1|0:15,135:150:99:0|1:513730_T_A:5486,0,200:. 1|1:0,181:181:99:1|1:513730_T_A:8127,559,0:. 0|1:103,9:112:34:0|1:513730_T_A:34,0,4279:. 1|1:0,159:159:99:1|1:513730_T_A:7218,497,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:513730_T_A:8807,602,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,23:190:99:0|1:513730_T_A:431,0,7887:. 1|0:95,88:183:99:.:.:3428,0,3887:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,67:143:99:0|1:513730_T_A:2606,0,2975:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,22:94:99:0|1:513730_T_A:702,0,2914:. 0|1:186,64:250:99:0|1:513730_T_A:2088,0,7635:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,521:521:99:1|1:513730_T_A:23300,1607,0:. 1|1:7,157:164:99:1|1:513730_T_A:6782,193,0:. 1|0:137,58:195:99:0|1:513730_T_A:2006,0,5490:. 0|1:161,58:219:99:0|1:513730_T_A:1902,0,6533:. 0|1:146,223:369:99:0|1:513730_T_A:8814,0,5427:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,122:123:99:1|1:513730_T_A:5378,328,0:. 0|1:141,172:313:99:.:.:6777,0,5359:. 0|1:188,30:218:99:0|1:513730_T_A:706,0,7837:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:113,13:126:99:0|1:513730_T_A:185,0,4866:. 1|1:0,86:86:99:1|1:513730_T_A:3864,262,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,10:61:99:0|1:513730_T_A:263,0,2102:. 0|1:68,78:146:99:0|1:513730_T_A:3069,0,2608:. 1|1:0,153:153:99:1|1:513730_T_A:6975,476,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:513730_T_A:3996,274,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,107:108:99:1|1:513730_T_A:4722,286,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,26:116:99:0|1:513730_T_A:820,0,3677:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,93:170:99:.:.:3709,0,3010:. 1|0:133,48:181:99:0|1:513730_T_A:1719,0,5450:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,6:6:18:1|1:513730_T_A:257,18,0:. 1|0:118,126:244:99:0|1:513730_T_A:4921,0,4568:. 1|1:0,129:129:99:1|1:513730_T_A:5873,406,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,40:98:99:0|1:513730_T_A:1460,0,2290:. 1|0:94,127:221:99:0|1:513730_T_A:5030,0,3605:. 1|0:112,114:226:99:0|1:513730_T_A:4430,0,4356:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:82,79:161:99:0|1:513730_T_A:3062,0,3180:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,14:73:99:0|1:513670_C_G:394,0,2889:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,148:170:99:0|1:513730_T_A:6118,0,457:. 0|1:181,41:222:99:0|1:513730_T_A:1188,0,7472:. 1|0:107,11:118:99:0|1:513730_T_A:134,0,4455:. 1|1:0,130:130:99:1|1:513730_T_A:5757,400,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,233:234:99:1|1:513730_T_A:10383,671,0:. 0|1:86,72:158:99:0|1:513730_T_A:2794,0,3390:. 1|1:5,172:177:99:1|1:513730_T_A:7619,302,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:513730_T_A:9503,647,0:. 1|1:0,116:116:99:1|1:513730_T_A:5291,367,0:. 1|1:7,93:100:1:1|1:513730_T_A:3983,1,0:. 0|1:289,255:544:99:0|1:513730_T_A:9841,0,11278:. 1|0:93,40:133:99:0|1:513730_T_A:1401,0,3731:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,191:242:99:0|1:513730_T_A:7922,0,1540:. 1|0:55,78:133:99:0|1:513730_T_A:3141,0,2030:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:107,75:182:99:0|1:513730_T_A:2729,0,4180:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,18:110:99:0|1:513730_T_A:470,0,3855:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,24:73:99:0|1:513730_T_A:866,0,1975:. 0|1:27,79:106:99:0|1:513730_T_A:3222,0,914:. 0|1:54,61:115:99:0|1:513730_T_A:2329,0,2210:. 1|1:0,168:168:99:1|1:513730_T_A:7552,512,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:1|1:513730_T_A:8246,568,0:. 1|1:0,161:161:99:1|1:513730_T_A:7273,496,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:513730_T_A:5012,340,0:. 1|0:29,41:70:99:0|1:513730_T_A:1624,0,1094:. 1|0:206,41:247:99:0|1:513730_T_A:1091,0,8420:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,26:88:99:0|1:513730_T_A:900,0,2494:. 1|1:0,54:54:99:1|1:513730_T_A:2411,166,0:. 0|1:70,12:82:99:0|1:513730_T_A:290,0,2925:. 0|1:111,10:121:73:0|1:513730_T_A:73,0,4512:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,29:86:99:0|1:513694_G_A:1035,0,2411:. 0|1:64,63:127:99:0|1:513730_T_A:2464,0,2413:. 1|1:0,83:83:99:1|1:513730_T_A:3758,253,0:. 1|0:107,28:135:99:0|1:513730_T_A:822,0,4385:. 1|1:0,226:226:99:1|1:513730_T_A:10218,701,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:513730_T_A:2006,138,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:513730_T_A:7710,521,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,11:120:99:0|1:513730_T_A:122,0,4588:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,75:168:99:0|1:513730_T_A:2786,0,3659:. 1|0:162,11:173:40:0|1:513694_G_A:40,0,6936:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,7:9:63:0|1:513730_T_A:288,0,63:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:1|1:513730_T_A:6017,409,0:. 1|1:2,188:190:99:1|1:513730_T_A:8438,517,0:. 1|1:0,113:113:99:1|1:513730_T_A:5053,346,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,373:376:99:1|1:513730_T_A:16646,1018,0:. 1|1:2,50:52:86:1|1:513730_T_A:2180,86,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:513730_T_A:1596,108,0:. 0|0:82,3:85:99:0|1:513730_T_A:0,130,3518:. 1|0:30,209:239:99:0|1:513730_T_A:8735,0,592:. 0|1:93,43:136:99:0|1:513730_T_A:1546,0,3761:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,5:33:99:0|1:513730_T_A:120,0,1197:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,138:156:99:0|1:513730_T_A:5721,0,314:. 0|1:34,69:103:99:.:.:2786,0,1244:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,60:123:99:0|1:513730_T_A:2261,0,2438:. 1|1:0,213:213:99:1|1:513730_T_A:9610,662,0:. 1|0:9,18:27:99:0|1:513730_T_A:703,0,306:. 0|1:38,78:116:99:0|1:513730_T_A:3169,0,1338:. 1|1:0,61:61:99:1|1:513730_T_A:2745,193,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:37:.:.:0,37,582:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:152,170:322:99:0|1:513730_T_A:6650,0,5932:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:204,145:349:99:0|1:513730_T_A:5416,0,8181:. 1|1:0,163:163:99:1|1:513730_T_A:7415,506,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,168:205:99:.:.:6933,0,1066:. 1|1:1,156:157:99:1|1:513730_T_A:7064,446,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:53,37:90:99:0|1:513730_T_A:1359,0,2155:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:1|1:513730_T_A:10672,725,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:1|1:513730_T_A:9441,638,0:. 0|1:225,213:438:99:0|1:513730_T_A:8158,0,8781:. 0|1:17,139:156:99:0|1:513730_T_A:5831,0,278:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:216,51:267:99:0|1:513730_T_A:1537,0,9023:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,73:141:99:0|1:513730_T_A:2827,0,2682:. 0|1:118,130:248:99:0|1:513730_T_A:5093,0,4510:. 1|0:122,133:255:99:0|1:513730_T_A:5198,0,4733:. 1|1:0,441:441:99:1|1:513730_T_A:19845,1342,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:87,17:104:99:0|1:513730_T_A:477,0,3648:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:1|1:513730_T_A:7866,536,0:. 0|1:232,248:480:99:0|1:513730_T_A:9603,0,8901:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:513730_T_A:9441,641,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,505:505:99:1|1:513730_T_A:22881,1553,0:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:770,0:770:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,106:107:99:1|1:513730_T_A:4743,280,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1531:. 1|1:6,92:98:28:1|1:513730_T_A:3806,28,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:513730_T_A:5837,400,0:. 1|1:1,203:204:99:1|1:513730_T_A:9117,578,0:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,347:347:99:1|1:513707_A_T:15701,1059,0:. 0|1:124,109:233:99:0|1:513730_T_A:4125,0,4902:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,92:177:99:0|1:513730_T_A:3530,0,3241:. 1|1:1,411:412:99:1|1:513707_A_T:18618,1213,0:. 1|1:1,81:82:99:1|1:513730_T_A:3560,202,0:. 1|1:0,581:581:99:1|1:513730_T_A:26025,1781,0:. 0|1:49,145:194:99:0|1:513730_T_A:5909,0,1643:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,205:230:99:0|1:513730_T_A:8541,0,412:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:237,41:278:99:0|1:513730_T_A:969,0,9776:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,160:177:99:0|1:513730_T_A:6717,0,192:. 1|1:2,215:217:99:1|1:513710_A_G:9605,569,0:. 1|0:120,125:245:99:0|1:513730_T_A:4925,0,4652:. 0|0:500,0:500:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,19:51:99:0|1:513730_T_A:732,0,1267:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,271:271:99:1|1:513730_T_A:12206,836,0:. 0|1:295,297:592:99:0|1:513544_C_T:11560,0,11626:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:271,282:553:99:.:.:11047,0,10479:. 0|1:19,237:256:56:0|1:513730_T_A:9918,0,56:. 0|1:125,63:188:99:0|1:513730_T_A:2210,0,5039:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,520:520:99:1|1:513730_T_A:23218,1573,0:. 1|1:3,227:230:99:1|1:513730_T_A:10221,576,0:. 0|0:98,7:105:4:0|1:513730_T_A:0,4,4110:. 1|1:2,192:194:99:1|1:513730_T_A:8490,502,0:. 1|0:56,22:78:99:0|1:513730_T_A:782,0,2278:. 1|0:37,197:234:99:0|1:513707_A_T:8101,0,960:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,75:202:99:0|1:513730_T_A:2772,0,5175:. 1|1:1,679:680:99:1|1:513730_T_A:30298,2021,0:. 1|1:4,205:209:99:1|1:513730_T_A:9143,469,0:. 1|1:4,264:268:99:1|1:513710_A_G:11588,627,0:. 1|0:29,177:206:99:0|1:513730_T_A:7368,0,690:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:196,168:364:99:.:.:6388,0,7706:. 0|1:111,111:222:99:0|1:513544_C_T:4320,0,4330:. 1|0:102,82:184:99:0|1:513730_T_A:3111,0,3970:. 0|1:6,46:52:99:0|1:513730_T_A:1872,0,106:. 1|0:42,229:271:99:0|1:513730_T_A:9509,0,1040:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,200:217:92:0|1:513730_T_A:8384,0,92:. 0|1:211,23:234:99:0|1:513730_T_A:261,0,8678:. 0|1:46,67:113:99:0|1:513730_T_A:2641,0,1723:. 1|1:14,195:209:28:1|1:513707_A_T:8364,28,0:. 0|1:218,22:240:99:0|1:513730_T_A:223,0,9007:. 1|0:18,222:240:82:0|1:513707_A_T:9314,0,82:. 1|0:23,140:163:99:0|1:513730_T_A:5909,0,533:. 1|0:19,228:247:93:0|1:513730_T_A:9323,0,93:. 1|1:4,495:499:99:1|1:513707_A_T:22146,1339,0:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,38:100:99:0|1:513730_T_A:1394,0,2489:. 1|1:0,373:373:99:1|1:513730_T_A:16975,1153,0:. 1|1:0,272:272:99:.:.:12165,828,0:. 0|1:162,60:222:99:0|1:513730_T_A:2023,0,6794:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:1|1:513730_T_A:7627,518,0:. 1|0:67,173:240:99:0|1:513730_T_A:7090,0,2301:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,246:246:99:1|1:513730_T_A:11117,752,0:. 1|0:74,182:256:99:0|1:513730_T_A:7443,0,2554:. 0|1:222,247:469:99:0|1:513730_T_A:9695,0,8634:. 1|0:46,183:229:99:0|1:513730_T_A:7514,0,1393:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,262:262:99:1|1:513730_T_A:11858,800,0:. 0|1:88,70:158:99:0|1:513730_T_A:2702,0,3512:. 1|1:0,121:121:99:1|1:513730_T_A:5518,379,0:. 1|1:0,98:98:99:1|1:513730_T_A:4417,301,0:. 1|0:8,62:70:99:0|1:513730_T_A:2495,0,149:. 0|0:28,0:28:47:.:.:0,47,883:. 1|1:0,311:311:99:1|1:513730_T_A:14193,963,0:. 0|1:199,80:279:99:0|1:513544_C_T:2853,0,8227:. 1|0:288,45:333:99:0|1:513544_C_T:1014,0,11953:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:226,35:261:99:0|1:513730_T_A:828,0,9390:. 1|1:0,105:105:99:1|1:513730_T_A:4741,322,0:. 1|0:78,131:209:99:0|1:513730_T_A:5273,0,2926:. 1|0:220,29:249:99:0|1:513694_G_A:536,0,9110:. 1|1:0,212:212:99:1|1:513730_T_A:9637,650,0:. 1|1:0,231:231:99:1|1:513730_T_A:10479,710,0:. 0|1:18,203:221:99:0|1:513730_T_A:8458,0,139:. 1|1:0,544:544:99:1|1:513730_T_A:24688,1671,0:. 1|1:0,676:676:99:1|1:513730_T_A:30628,2067,0:. 0|1:56,10:66:99:0|1:513730_T_A:241,0,2372:. 0|1:140,101:241:99:0|1:513730_T_A:3788,0,5542:. 1|1:0,560:560:99:1|1:513730_T_A:25293,1719,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:1|1:513730_T_A:10192,692,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1478:. 1|1:0,33:33:99:1|1:513730_T_A:1436,99,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513760 . A G 1.32696e+07 PASS FS=0;MQ=60.16;QD=24.88;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.68;VQSLOD=9.55;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=19.05;GQ_MEAN=107.81;GQ_STDDEV=99.1;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6875;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.209;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15218441;AF=0.421;AS_InbreedingCoeff=0.3424;MLEAC=2222;MLEAF=0.422;AN=858;AC=346 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1226:. 1|1:1,69:70:99:.:.:1976,176,0:. 0|0:58,0:58:81:.:.:0,81,1662:. 0|0:57,0:57:81:.:.:0,81,1675:. 1|1:4,38:42:2:.:.:982,2,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1408,141,0:. 0|1:35,76:111:99:.:.:1909,0,800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1971,201,0:. 0|1:80,93:173:99:.:.:2183,0,1674:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:31,10:41:99:.:.:181,0,866:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3730,384,0:. 1|1:2,54:56:99:.:.:1554,104,0:. 0|0:41,0:41:65:.:.:0,65,1200:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:2,31:33:37:.:.:857,37,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,158:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,25:25:75:.:.:745,75,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1157,120,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1473:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1429:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4514,483,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1219:. 0|1:87,34:121:99:.:.:559,0,2185:. 1|0:2,12:14:21:.:.:307,0,21:. 1|1:0,14:14:42:.:.:417,42,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1965,209,0:. 0|1:80,46:126:99:.:.:907,0,2102:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2608,272,0:. 0|1:53,20:73:99:.:.:361,0,1414:. 1|1:1,309:310:99:.:.:8720,898,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1069:. 0|1:37,99:136:99:.:.:2580,0,688:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,23:96:99:.:.:345,0,1940:. 1|0:62,68:130:99:.:.:1450,0,1431:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,76:159:99:.:.:1610,0,1968:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2448,255,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,177:198:28:.:.:4422,0,28:. 0|1:71,35:106:99:.:.:649,0,2016:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:99,19:118:99:.:.:169,0,2646:. 1|0:48,24:72:99:.:.:455,0,1207:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2266,236,0:. 0|1:21,13:34:99:.:.:282,0,518:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4115,436,0:. 1|1:4,109:113:99:.:.:2904,212,0:. 0|1:81,116:197:99:.:.:2694,0,1914:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,7:82:66:.:.:0,66,2072:. 0|1:88,25:113:99:.:.:295,0,2356:. 1|1:0,262:264:99:.:.:7529,786,0:. 0|1:73,91:164:99:.:.:2054,0,1687:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,413:414:99:.:.:11770,1212,0:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|1:53,75:128:99:.:.:1759,0,1234:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1447,161,0:. 0|1:39,31:70:99:.:.:688,0,980:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,14:54:99:.:.:247,0,1036:. 1|1:2,123:125:99:.:.:3323,312,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5246,549,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1942,207,0:. 0|1:172,100:272:99:.:.:1971,0,4338:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,30:52:99:.:.:725,0,507:. 0|0:67,0:67:71:.:.:0,71,1738:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,30:60:99:.:.:696,0,752:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2236,240,0:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4286,459,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4834,527,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2435,257,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,87:117:99:.:.:2127,0,562:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:191,173:364:99:.:.:3779,0,4674:. 0|1:21,88:109:99:.:.:2195,0,310:. 0|1:90,15:105:99:.:.:112,0,2353:. 0|1:29,52:81:99:.:.:1188,0,643:. 1|1:12,342:354:99:.:.:9276,750,0:. 1|0:35,159:194:99:.:.:3814,0,448:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:165,33:198:99:.:.:333,0,4429:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,26:117:99:.:.:366,0,2413:. 0|1:79,87:166:99:.:.:1963,0,1834:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,163:167:99:.:.:4606,382,0:. 0|1:121,33:154:99:.:.:453,0,3173:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4287,459,0:. 1|0:155,146:301:99:.:.:3198,0,3701:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,196:235:99:.:.:4680,0,490:. 1|1:0,214:214:99:.:.:6001,640,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,211:212:99:.:.:5892,604,0:. 1|1:3,209:212:99:.:.:5796,544,0:. 1|0:30,99:129:99:.:.:2397,0,525:. 0|1:117,85:202:99:.:.:1736,0,2865:. 0|1:88,95:183:99:.:.:2189,0,2129:. 1|1:14,141:155:35:.:.:3574,35,0:. 0|1:68,108:176:99:.:.:2509,0,1533:. 0|0:108,0:108:72:.:.:0,72,2723:. 1|1:0,167:167:99:.:.:4681,501,0:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5042,548,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,87:165:99:.:.:1855,0,1870:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,75:80:88:.:.:1897,88,0:. 0|1:165,70:235:99:.:.:1250,0,4259:. 0|0:191,22:213:16:.:.:0,16,5233:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,487:487:99:.:.:13284,1460,0:. 1|1:8,156:164:99:.:.:4111,240,0:. 1|0:135,61:196:99:.:.:1134,0,3521:. 0|1:156,61:217:99:.:.:982,0,3981:. 0|1:158,220:378:99:.:.:4896,0,3525:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:.:.:5410,596,0:. 1|1:0,226:226:99:.:.:6191,676,0:. 1|1:1,130:131:99:.:.:3541,362,0:. 0|1:135,176:311:99:.:.:4073,0,3212:. 0|1:168,64:232:99:.:.:1122,0,4388:. 1|1:0,199:199:99:.:.:5569,595,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:125,0:125:56:.:.:0,56,3045:. 1|1:1,96:97:99:.:.:2672,262,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2707,285,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,2:56:99:.:.:0,117,1695:. 0|1:67,85:152:99:.:.:1980,0,1549:. 1|1:0,164:164:99:.:.:4546,492,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2530,279,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,20:120:99:.:.:174,0,2659:. 1|0:82,12:94:42:.:.:42,0,2212:. 1|0:130,21:151:99:.:.:140,0,3537:. 0|1:71,96:167:99:.:.:2169,0,1626:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,231:231:99:.:.:6408,691,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3942,411,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2806,299,0:. 0|1:61,32:93:99:.:.:634,0,1572:. 1|0:114,85:199:99:.:.:1789,0,2885:. 1|0:77,134:211:99:.:.:3055,0,1704:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:86,62:148:99:.:.:1318,0,2151:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,15:66:99:.:.:239,0,1358:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,152:160:99:.:.:4125,240,0:. 0|1:164,49:213:99:.:.:765,0,4368:. 1|0:23,85:108:99:.:.:2092,0,403:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3730,393,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,235:236:99:.:.:6572,676,0:. 0|1:83,73:156:99:.:.:1609,0,2093:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4604,490,0:. 1|1:0,215:215:99:.:.:6185,645,0:. 1|1:1,106:107:99:.:.:2966,289,0:. 0|1:20,76:96:99:.:.:1837,0,310:. 0|1:263,245:508:99:.:.:5210,0,6341:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2794,294,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,84:131:99:.:.:1877,0,980:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,115:183:99:.:.:2722,0,1511:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,100:115:86:.:.:2479,0,86:. 1|1:1,100:101:99:.:.:2786,293,0:. 1|0:48,20:68:99:.:.:370,0,1291:. 0|1:27,79:106:99:.:.:1904,0,520:. 0|1:54,55:109:99:.:.:1225,0,1274:. 1|0:16,133:149:37:.:.:3298,0,37:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5112,545,0:. 1|0:57,98:155:99:.:.:2273,0,1287:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2905,320,0:. 1|0:28,37:65:99:.:.:853,0,645:. 1|0:208,37:245:99:.:.:267,0,5380:. 0|1:14,109:123:9:.:.:2605,0,9:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1341,143,0:. 0|1:62,15:77:99:.:.:191,0,1676:. 1|0:78,38:116:99:.:.:706,0,2034:. 1|0:42,23:65:99:.:.:435,0,1045:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,32:70:99:.:.:656,0,943:. 0|1:72,64:136:99:.:.:1366,0,1834:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2440,263,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6221,660,0:. 1|1:10,99:109:58:.:.:2570,58,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1312,138,0:. 1|1:0,177:177:99:.:.:4885,531,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,98:112:93:.:.:2443,0,93:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3408,374,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,76:161:99:.:.:1599,0,2090:. 0|1:79,95:174:99:.:.:2157,0,1875:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,5:10:99:.:.:119,0,126:. 0|1:116,55:171:99:.:.:1032,0,2966:. 0|1:70,50:120:99:.:.:1087,0,1779:. 1|1:2,186:188:99:.:.:5229,499,0:. 0|1:56,58:114:99:.:.:1308,0,1335:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,385:387:99:.:.:10834,1099,0:. 0|1:34,17:51:99:.:.:326,0,890:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:24,224:248:44:.:.:5713,44,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,804:. 1|1:2,68:70:99:.:.:1863,149,0:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4391,474,0:. 0|1:16,88:104:99:.:.:2549,0,130:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,46:114:99:.:.:946,0,1720:. 1|1:2,203:205:99:.:.:5764,549,0:. 1|0:8,16:24:99:.:.:390,0,182:. 0|1:34,74:108:99:.:.:1762,0,686:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1402,155,0:. 1|1:1,109:110:99:.:.:3102,300,0:. 0|0:30,0:30:36:.:.:0,36,730:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:141,172:313:99:.:.:5134,0,4098:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:154,197:351:99:.:.:5810,0,4498:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:190,26:216:99:.:.:271,0,6227:. 1|1:0,172:172:99:.:.:5965,517,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:56,43:99:99:.:.:1167,0,1626:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7945,686,0:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7355,643,0:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7730,673,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7802,686,0:. 0|1:230,220:450:99:.:.:6155,0,6843:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:149,118:267:99:.:.:3296,0,4471:. 1|1:1,275:276:99:.:.:9383,793,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:.:.:7624,667,0:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8757,761,0:. 1|1:0,424:424:99:.:.:14400,1274,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:102,13:115:99:.:.:120,0,3316:. 1|1:0,183:183:99:.:.:6337,550,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:5060,442,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:224,231:455:99:.:.:6474,0,6469:. 1|1:0,124:124:99:.:.:4257,372,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,221:222:99:.:.:7503,632,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:770,0:770:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1531:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:132,112:244:99:.:.:2953,0,3780:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,170:171:99:.:.:5442,478,0:. 1|0:73,91:164:99:.:.:2486,0,2055:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,537:553:99:.:.:17240,1171,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:199,32:231:99:.:.:360,0,6277:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:227,38:265:99:.:.:523,0,7026:. 0|1:38,210:248:99:.:.:6130,0,497:. 0|0:155,15:170:11:.:.:0,11,4925:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:127,120:247:99:.:.:3228,0,3658:. 0|1:232,231:463:99:.:.:6064,0,6413:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1466:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:.:.:8173,735,0:. 0|1:283,276:559:99:0|1:513544_C_T:7461,0,7946:. 1|1:0,120:120:99:.:.:4154,361,0:. 1|0:258,279:537:99:.:.:7590,0,7338:. 0|1:74,179:253:99:.:.:5108,0,1803:. 0|1:160,20:180:99:.:.:108,0,4742:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,511:511:99:.:.:16781,1533,0:. 1|1:1,227:228:99:.:.:7636,648,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:149,53:202:99:.:.:1142,0,4656:. 0|0:77,6:83:49:.:.:0,49,2324:. 1|0:42,201:243:99:.:.:6007,0,716:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,71:194:99:.:.:1801,0,3713:. 1|1:5,724:729:99:.:.:23018,2002,0:. 1|1:2,217:219:99:.:.:6944,583,0:. 1|1:5,258:263:99:.:.:7725,610,0:. 0|1:157,47:204:99:.:.:960,0,4840:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:188,158:346:99:.:.:4191,0,5439:. 0|1:117,122:239:99:0|1:513544_C_T:3368,0,3205:. 1|0:106,87:193:99:.:.:2320,0,2975:. 0|1:12,39:51:99:.:.:1141,0,230:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,204:238:99:.:.:5967,0,453:. 0|1:223,23:246:11:.:.:11,0,7036:. 0|1:53,65:118:99:.:.:1746,0,1490:. 0|1:25,197:222:99:.:.:5804,0,165:. 0|0:234,0:234:91:.:.:0,91,6647:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,162:163:99:.:.:5506,456,0:. 0|1:167,117:284:99:.:.:2933,0,4864:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,38:97:99:.:.:994,0,1700:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:176,52:228:99:.:.:1069,0,5201:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5423,496,0:. 1|0:63,155:218:99:.:.:4592,0,1510:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:.:.:7855,699,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:202,254:456:99:.:.:7201,0,5684:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,61:141:99:.:.:1633,0,2219:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,63:69:7:.:.:1871,0,7:. 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,875:. 1|1:0,299:299:99:.:.:10035,896,0:. 0|1:198,91:289:99:0|1:513544_C_T:2108,0,5946:. 1|0:270,53:323:99:0|1:513544_C_T:812,0,8226:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1395:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:230,43:273:99:.:.:589,0,7131:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3350,309,0:. 1|0:70,137:207:99:.:.:3917,0,1875:. 1|0:198,36:234:99:.:.:513,0,6205:. 1|0:175,58:233:99:.:.:1251,0,5359:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,19:214:8:.:.:0,8,6226:. 1|1:0,515:515:99:.:.:17446,1548,0:. 1|0:231,481:712:99:.:.:14178,0,6027:. 0|1:45,13:58:99:.:.:253,0,1370:. 0|1:143,100:243:99:.:.:2600,0,4120:. 0|0:567,0:567:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513873 . G A 3.05165e+06 PASS FS=0.601;MQ=60.14;QD=23.57;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.824;VQSLOD=5.05;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.21;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.994;GC=52.38;GQ_MEAN=112.72;GQ_STDDEV=94.58;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5921;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.111;culprit=MQ;set=snp;DP=14239550;AF=0.122;AS_InbreedingCoeff=0.2337;MLEAC=639;MLEAF=0.122;AN=858;AC=69 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1262:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1377:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1455:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1173:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,745:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,775:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:8,21:29:99:.:.:526,0,122:. 1|0:16,3:19:35:.:.:35,0,382:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,508:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,222:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,390:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1473:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1725,173,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:88,22:110:99:.:.:298,0,1956:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1235:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1069:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,162:167:99:.:.:4480,368,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1115,117,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,24:120:99:.:.:354,0,2125:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1398:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1187:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:41,0:41:94:.:.:0,94,1095:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,129:133:99:.:.:3715,284,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,63:180:99:.:.:1289,0,2556:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,15:109:84:.:.:84,0,2182:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,103:108:99:.:.:2783,196,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,66:117:99:.:.:1619,0,994:. 1|0:24,62:86:99:.:.:1494,0,373:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:427,0:427:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:231,34:265:99:.:.:232,0,5484:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,87:88:99:.:.:2558,236,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1387:. 0|1:62,77:139:99:.:.:1874,0,1278:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4255,426,0:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4010,400,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:4:.:.:0,4,2467:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,30:143:99:.:.:473,0,2530:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,175:181:99:.:.:5072,412,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,159:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2497,255,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2498,251,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,54:67:99:.:.:1415,0,144:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,23:90:99:.:.:447,0,1597:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:0:.:.:0,0,3308:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:98:.:.:0,98,3251:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1316:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2775,273,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1451,146,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1866,192,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,317:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,5:35:48:.:.:48,0,737:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,761:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,9:28:99:.:.:167,0,444:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4876,418,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5909,511,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,20:170:99:.:.:107,0,4447:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5777,495,0:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,630:630:99:.:.:21788,1893,0:. 1|1:0,753:753:99:.:.:26296,2261,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1531:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:415,0:415:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1466:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:482,0:482:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:70:.:.:0,70,2371:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:821,0:821:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:4,206:210:99:.:.:6365,495,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,192:206:99:.:.:6071,192,0:. 1|0:62,127:189:99:.:.:3376,0,1293:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:61:.:.:0,61,5039:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1642:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,123:144:99:.:.:3793,0,241:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,26:86:99:.:.:628,0,1670:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:194,106:300:99:.:.:2682,0,5375:. 1|0:167,125:292:99:.:.:3354,0,4533:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1419:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:41,178:219:99:.:.:5398,0,640:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,168:217:99:.:.:5060,0,931:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:703,0:703:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:567,0:567:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 1|1:6,265:271:99:.:.:8985,615,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5995,528,0:. Pf3D7_01_v3 513928 . G A 1.90018e+06 PASS FS=0;MQ=60.99;QD=22.86;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.73;VQSLOD=7.17;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.39;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=1;GC=42.86;GQ_MEAN=92.21;GQ_STDDEV=33.2;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6952;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.608;culprit=MQ;set=snp;DP=14075199;AF=0.088;AS_InbreedingCoeff=0.6952;MLEAC=458;MLEAF=0.087;AN=858;AC=96 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1519,144,0:. 1|0:25,36:61:99:.:.:963,0,524:. 0|0:43,2:45:68:.:.:0,68,1157:. 0|0:38,0:38:82:.:.:0,82,1028:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1176:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,2:43:64:.:.:0,64,1069:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,37:38:82:.:.:1147,82,0:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,20:20:60:.:.:647,60,0:. 1|1:0,29:29:87:.:.:886,87,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1473:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:.:.:6135,595,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:55:.:.:0,55,557:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,194:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1235:. 0|1:57,28:85:99:.:.:619,0,1344:. 0|0:65,6:71:53:.:.:0,53,1651:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:203,77:280:99:.:.:1469,0,4797:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1069:. 0|1:82,27:109:99:.:.:526,0,1857:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,33:118:99:.:.:638,0,2002:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,2:61:99:.:.:0,120,2013:. 1|1:1,89:90:99:.:.:2671,242,0:. 0|1:24,4:28:41:.:.:41,0,596:. 0|0:67,3:70:99:.:.:0,115,1811:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:169,19:188:6:.:.:6,0,3995:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1080:. 0|0:77,8:85:8:.:.:0,8,1906:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1103:. 1|1:3,62:65:99:.:.:1791,103,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,13:37:99:.:.:279,0,563:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2850,282,0:. 1|0:69,21:90:99:.:.:385,0,1582:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1435,141,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1083:. 0|1:21,23:44:99:.:.:549,0,473:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,105:106:99:.:.:3048,291,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,90:114:99:.:.:2410,0,314:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,47:65:99:.:.:1213,0,389:. 0|0:75,5:80:84:.:.:0,84,2140:. 0|0:71,0:71:92:.:.:0,92,1740:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:186,26:212:99:.:.:163,0,4682:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,26:116:99:.:.:452,0,2220:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:132,38:170:99:.:.:631,0,3136:. 1|1:0,214:214:99:.:.:6430,641,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,50:84:99:.:.:1220,0,691:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,45:193:99:.:.:757,0,3637:. 1|1:9,90:99:31:.:.:2434,31,0:. 0|1:61,69:130:99:.:.:1714,0,1634:. 0|0:72,4:76:99:.:.:0,103,1852:. 1|1:1,76:77:99:.:.:2264,202,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,54:163:99:.:.:1084,0,3084:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,28:191:99:.:.:276,0,3915:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,25:163:99:.:.:255,0,3234:. 0|0:427,0:427:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,97:105:84:.:.:2727,84,0:. 1|0:110,34:144:99:.:.:591,0,2647:. 0|1:147,26:173:99:.:.:253,0,3533:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3190,321,0:. 0|1:233,33:266:99:.:.:205,0,5763:. 0|1:171,27:198:99:.:.:227,0,4165:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:15:.:.:0,15,2207:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,989:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,55:56:99:.:.:1654,142,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,11:107:25:.:.:25,0,2586:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,39:109:99:.:.:856,0,1645:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,141:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,28:149:99:.:.:350,0,2914:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:67,57:124:99:.:.:1373,0,2463:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,106:118:10:.:.:2844,10,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,4:70:88:.:.:0,88,1819:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2669,264,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,51:148:99:.:.:1127,0,2290:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,72:88:99:.:.:1927,0,175:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,77:98:99:.:.:2066,0,303:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,65:95:99:.:.:1579,0,496:. 1|0:97,16:113:99:.:.:159,0,2289:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,10:40:99:.:.:184,0,737:. 0|1:44,40:84:99:.:.:967,0,941:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4775,468,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,33:54:99:.:.:816,0,415:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1084,105,0:. 0|0:59,5:64:37:.:.:0,37,1496:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,29:52:99:.:.:697,0,477:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2645,267,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,232:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,40:179:99:.:.:639,0,3364:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:23,210:233:63:.:.:5794,63,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,582:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:83,21:104:99:.:.:295,0,1981:. 0|1:60,29:89:99:.:.:601,0,1769:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,28:94:99:.:.:588,0,1547:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,7:21:99:.:.:154,0,343:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,4:26:36:.:.:36,0,565:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,260:261:99:.:.:9049,751,0:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,226:232:99:.:.:7718,501,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1531:. 0|0:99,0:99:.:.:.:.:120 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:.:.:.:.:120 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:.:.:.:.:120 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:.:.:.:.:120 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:415,0:415:.:.:.:.:120 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1466:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:482,0:482:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:109,0:109:.:.:.:.:120 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:120 0|0:186,0:186:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:298,0:298:.:.:.:.:120 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:821,0:821:.:.:.:.:120 0|0:199,0:199:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:268,0:268:.:.:.:.:120 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:.:.:.:.:120 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:.:.:.:.:120 0|0:304,0:304:.:.:.:.:120 0|0:112,0:112:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:.:.:.:.:120 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:.:.:.:.:120 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:.:.:.:.:120 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:.:.:.:.:120 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1419:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,94:97:99:.:.:3150,184,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:703,0:703:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,16:48:99:.:.:407,0,944:. 0|1:88,80:168:99:.:.:2145,0,2401:. 0|0:567,0:567:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513930 . G T 3.71457e+06 PASS FS=0;MQ=60.63;QD=30.69;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.734;VQSLOD=7.42;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.74;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=1;GC=42.86;GQ_MEAN=89.1;GQ_STDDEV=31.78;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9856;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.514;culprit=FS;set=snp;DP=14112168;AF=0.144;AS_InbreedingCoeff=0.9856;MLEAC=757;MLEAF=0.144;AN=858;AC=29 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1176:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,700:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:50:.:.:0,50,530:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1473:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,194:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1235:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1069:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:73:.:.:0,73,702:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1080:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1088:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,42:63:99:.:.:1019,0,381:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1652,162,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:9,54:63:62:.:.:1454,0,62:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,4:65:74:.:.:0,74,2375:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,23:103:99:.:.:366,0,1859:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:139,23:162:99:.:.:185,0,4625:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:427,0:427:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:1|1:513930_G_T:7563,560,0:. 1|1:0,212:212:99:1|1:513930_G_T:9075,659,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5586,545,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2864,284,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,7:105:99:.:.:0,109,2791:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1943,189,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:83,41:124:99:.:.:895,0,3201:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,4:69:85:.:.:0,85,1762:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,50:82:99:.:.:1298,0,946:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1331:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,22:75:99:.:.:473,0,1260:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,1:52:99:.:.:0,111,2036:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,32:111:99:.:.:670,0,1765:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2279,228,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|1:90,67:157:99:0|1:513930_G_T:2228,0,3097:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2227,219,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,582:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,17:89:99:.:.:270,0,2429:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1531:. 0|0:99,0:99:.:.:.:.:120 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:.:.:.:.:120 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:.:.:.:.:120 1|1:0,135:135:99:1|1:513930_G_T:5864,417,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:.:.:.:.:120 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:.:.:.:.:120 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:415,0:415:.:.:.:.:120 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1466:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:482,0:482:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:109,0:109:.:.:.:.:120 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:120 0|0:186,0:186:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:298,0:298:.:.:.:.:120 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:821,0:821:.:.:.:.:120 0|0:199,0:199:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:268,0:268:.:.:.:.:120 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:.:.:.:.:120 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:.:.:.:.:120 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:.:.:.:.:120 0|0:304,0:304:.:.:.:.:120 0|0:112,0:112:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:.:.:.:.:120 0|1:88,17:105:99:.:.:287,0,2668:. 0|0:333,0:333:.:.:.:.:120 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:42:.:.:0,42,2535:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:.:.:.:.:120 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:.:.:.:.:120 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1419:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:703,0:703:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:567,0:567:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,600:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513939 . T C 2.81737e+06 PASS FS=0;MQ=60.7;QD=17.4;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.687;VQSLOD=7.64;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0482;FractionInformativeReads=0.999;GC=38.1;GQ_MEAN=97.36;GQ_STDDEV=100.88;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0243;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.248;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14188963;AF=0.074;AS_InbreedingCoeff=-0.1166;MLEAC=387;MLEAF=0.074;AN=856;AC=91 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1176:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2703,282,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:.:.:3869,406,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:31,13:44:99:.:.:189,0,1017:. 1|1:1,115:116:99:.:.:3130,336,0:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,506:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,428:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:30,0:30:63:.:.:0,63,945:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1473:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,213:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1235:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,33:65:99:.:.:737,0,961:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1069:. 0|0:91,9:100:69:.:.:0,69,2600:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,34:84:99:.:.:640,0,1254:. 0|1:18,84:102:99:.:.:1923,0,236:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,31:115:99:.:.:458,0,2218:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,173:187:99:.:.:4310,121,0:. 0|1:33,61:94:99:.:.:1371,0,835:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,918:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,83:177:99:.:.:1707,0,2325:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,28:99:99:.:.:417,0,2010:. 0|1:72,172:244:99:.:.:3836,0,1381:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1080:. 0|1:48,37:85:99:.:.:776,0,1403:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1088:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,140:145:99:.:.:3699,277,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:167,176:343:99:.:.:3624,0,4077:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,2:60:99:.:.:0,125,1761:. 1|1:6,296:302:99:.:.:7965,719,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,92:172:99:.:.:1848,0,2982:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:171,129:300:99:.:.:2584,0,4962:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,33:163:99:.:.:379,0,3478:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,53:191:99:.:.:902,0,3787:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,19:74:99:.:.:277,0,1412:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,463:464:99:.:.:12056,1353,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:124,55:179:99:.:.:969,0,3469:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,93:. 1|0:95,111:206:99:.:.:2265,0,2263:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,31:142:99:.:.:433,0,3695:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:100,16:116:77:.:.:77,0,4083:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:20,70:90:99:.:.:1654,0,346:. 0|1:39,9:48:92:.:.:92,0,1515:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,48:155:99:.:.:871,0,2977:. 0|0:65,3:68:99:.:.:0,123,1962:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:.:.:6365,706,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,85:89:99:.:.:2185,139,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,43:147:99:.:.:747,0,3671:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,19:81:99:.:.:257,0,2389:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,124:143:99:.:.:2955,0,179:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,5:58:30:.:.:0,30,1514:. 1|0:110,41:151:99:.:.:653,0,3692:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1331:. 0|0:55,7:62:5:.:.:0,5,1627:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:66,68:134:99:.:.:1381,0,1597:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,13:87:94:.:.:94,0,2065:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,61:131:99:.:.:1240,0,1784:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,142:176:99:.:.:3362,0,532:. 0|1:60,50:110:99:.:.:1033,0,1577:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,371:373:99:.:.:10068,1056,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,577:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:71,26:97:99:.:.:395,0,2472:. 0|1:72,10:82:29:.:.:29,0,2195:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,185:190:99:.:.:5056,405,0:. 0|0:18,2:20:6:.:.:0,6,586:. 0|1:47,25:72:99:.:.:476,0,1263:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,288:288:99:.:.:9716,864,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:146,138:284:99:.:.:3743,0,4515:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:48,27:75:99:.:.:691,0,1496:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,411:411:99:.:.:13706,1234,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,62:175:99:.:.:1518,0,3485:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,78:191:99:.:.:2030,0,3405:. 0|1:126,137:263:99:.:.:3769,0,3700:. 1|0:175,210:385:99:.:.:5751,0,5075:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:236,225:461:99:.:.:6067,0,7163:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1531:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:250,241:491:99:.:.:6291,0,7104:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:415,0:415:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1466:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,521:521:99:.:.:16589,1559,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,375:477:99:.:.:10692,0,2482:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,442:444:99:.:.:14286,1260,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:48,7:55:38:.:.:38,0,1808:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,46:156:99:.:.:1040,0,3291:. 1|0:157,550:707:99:.:.:13920,0,3038:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,270:365:99:.:.:7453,0,2164:. 0|1:34,173:207:99:0|1:513939_T_C:4756,0,738:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,38:173:99:.:.:624,0,4177:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5154,480,0:. 1|0:110,82:192:99:.:.:2089,0,3260:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,465:465:99:.:.:15261,1395,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:5081,469,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:210,23:233:75:.:.:75,0,6654:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,518:518:99:.:.:16942,1555,0:. 1|0:505,222:727:99:.:.:5157,0,15905:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:567,0:567:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,600:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 513949 . G A 6.04273e+06 PASS FS=2.931;MQ=59.44;QD=25.72;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.925;VQSLOD=5.57;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=33.33;GQ_MEAN=82.19;GQ_STDDEV=52.08;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7341;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.619;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=13852150;AF=0.255;AS_InbreedingCoeff=0.4242;MLEAC=1338;MLEAF=0.256;AN=842;AC=195 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:38,0:38:48:.:.:0,48,720:. 0|1:44,12:56:99:.:.:209,0,1047:. 1|0:4,34:38:34:.:.:982,0,34:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:15:.:.:0,15,1305:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,2:56:99:.:.:0,106,1462:. 1|0:34,10:44:99:.:.:188,0,969:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:42:.:.:0,42,630:. 0|1:13,12:25:99:0|1:513949_G_A:341,0,443:. 1|0:6,20:26:98:.:.:532,0,98:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,506:. 1|0:1,8:9:4:.:.:228,0,4:. 0|0:15,0:15:19:.:.:0,19,372:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 1|0:45,9:54:99:.:.:121,0,1234:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1097:. 1|0:83,27:110:99:.:.:433,0,1899:. 1|1:1,12:13:8:.:.:349,8,0:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1235:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,14:65:99:.:.:199,0,1665:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1547,155,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,12:51:99:.:.:211,0,911:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:53:.:.:0,53,3047:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,262:263:99:.:.:7823,766,0:. 1|1:4,156:160:99:.:.:4598,334,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,7:101:99:.:.:0,117,3361:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,918:. 0|1:79,19:98:99:.:.:282,0,1954:. 0|1:18,35:53:99:.:.:1045,0,325:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,16:30:99:.:.:359,0,312:. 1|1:2,69:71:99:.:.:2008,153,0:. 0|1:190,53:243:99:0|1:513949_G_A:1542,0,7277:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,78:81:99:.:.:2197,175,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,11:97:15:.:.:15,0,2598:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3930,396,0:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1638,168,0:. 1|0:72,12:84:99:.:.:117,0,2372:. 1|0:100,35:135:99:.:.:626,0,2254:. 0|1:25,57:82:99:.:.:1471,0,447:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1503,156,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:22,65:87:99:.:.:1747,0,462:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:51:.:.:0,51,765:. 0|1:160,47:207:99:.:.:763,0,3739:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,9:63:68:.:.:68,0,1330:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1398,135,0:. 0|0:49,0:49:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:84,20:104:99:.:.:283,0,2009:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3771,387,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3037,304,0:. 0|0:100,8:108:73:.:.:0,73,2551:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:64,13:77:99:.:.:128,0,1896:. 0|0:49,2:51:95:.:.:0,95,1612:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:143,39:182:99:.:.:588,0,3376:. 1|1:8,116:124:99:.:.:3203,117,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,164:195:99:.:.:4390,0,308:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,36:47:99:.:.:930,0,173:. 0|1:40,80:120:99:.:.:2054,0,824:. 1|0:100,68:168:99:.:.:1460,0,3837:. 1|1:10,125:135:99:.:.:3437,102,0:. 0|1:53,45:98:99:.:.:1057,0,1186:. 1|1:3,67:70:99:.:.:1970,148,0:. 1|0:24,60:84:99:.:.:1572,0,812:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:252,47:299:99:0|1:513949_G_A:1002,0,9944:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3659,372,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,25:163:99:.:.:247,0,3330:. 1|1:2,164:166:99:.:.:4838,449,0:. 0|1:42,34:76:99:.:.:762,0,1016:. 1|0:86,48:134:99:.:.:1038,0,1955:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,31:124:99:.:.:537,0,3012:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,23:154:99:.:.:212,0,3738:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,111:131:99:.:.:2959,0,200:. 0|1:55,75:130:99:.:.:1882,0,1297:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,118:185:99:.:.:2974,0,1334:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,128:163:99:.:.:3254,0,473:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:156,17:173:1:.:.:1,0,3843:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3760,373,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:0:.:.:0,0,4183:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2742,271,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,3:50:59:.:.:0,59,1326:. 0|1:66,28:94:99:.:.:589,0,1561:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4007,405,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:513949_G_A:5306,390,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2281,231,0:. 1|0:63,35:98:99:.:.:776,0,1639:. 0|1:67,19:86:99:.:.:314,0,1620:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,16:102:99:.:.:178,0,2228:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4763,474,0:. 1|1:0,3:3:9:.:.:95,9,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2385,237,0:. 0|0:64,0:64:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:48,13:61:99:.:.:176,0,1164:. 0|0:139,12:151:97:.:.:0,97,3469:. 0|1:77,54:131:99:.:.:1226,0,2168:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,32:43:99:.:.:851,0,322:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2908,291,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,6:85:73:.:.:0,73,2005:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,17:100:99:.:.:218,0,1975:. 1|1:2,50:52:98:.:.:1480,98,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2777,282,0:. 0|1:15,64:79:99:.:.:1670,0,309:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3396,348,0:. 0|1:68,71:139:99:.:.:1665,0,2176:. 0|0:87,9:96:20:.:.:0,20,2202:. 0|0:77,4:81:99:.:.:0,130,3124:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,8:30:99:.:.:165,0,624:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,35:67:99:.:.:862,0,670:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,26:33:99:0|1:513949_G_A:711,0,103:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,35:135:99:.:.:625,0,2295:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1615:. 0|1:82,58:140:99:.:.:1227,0,2440:. 0|0:109,0:109:60:.:.:0,60,2484:. 0|1:54,18:72:99:.:.:313,0,1296:. 0|0:42,0:42:42:.:.:0,42,630:. 0|0:59,6:65:9:.:.:0,9,1511:. 0|1:57,13:70:99:.:.:194,0,1720:. 0|1:23,38:61:99:.:.:923,0,424:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,6:50:4:.:.:4,0,1074:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,25:98:99:.:.:459,0,2127:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1494,149,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:46,0:46:42:.:.:0,42,630:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,84:113:99:.:.:2211,0,410:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,7:10:49:.:.:176,0,49:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,25:109:99:.:.:397,0,2018:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,33:37:3:.:.:904,0,3:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,35:109:99:0|1:513949_G_A:1172,0,2582:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,577:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:50,42:92:99:.:.:971,0,1468:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,6:16:99:.:.:137,0,270:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,21:24:14:.:.:580,0,14:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,177:177:99:.:.:6210,532,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:5378,448,0:. 1|1:0,181:181:99:.:.:6427,544,0:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,151:170:99:0|1:513949_G_A:6001,0,274:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,80:157:99:0|1:513949_G_A:2935,0,2814:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6386,535,0:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,568:568:99:.:.:19880,1707,0:. 0|0:578,0:578:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,93:94:99:.:.:3171,248,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1531:. 1|1:1,66:67:99:.:.:2214,173,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,47:58:99:.:.:1475,0,273:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:.:.:7640,680,0:. 1|1:383,0:383:.:.:.:0,0,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,84:139:99:.:.:2390,0,1349:. 1|1:0,450:450:99:1|1:513949_G_A:19357,1365,0:. 1|1:2,66:68:99:.:.:2173,143,0:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:161,20:181:99:.:.:143,0,4635:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,188:222:99:0|1:513949_G_A:7384,0,779:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6449,574,0:. 1|0:236,45:281:99:.:.:696,0,7101:. 1|0:90,16:106:99:.:.:213,0,2767:. 1|1:7,173:180:99:.:.:5525,328,0:. 1|1:1,143:144:99:.:.:4695,396,0:. 0|1:115,92:207:99:.:.:2431,0,3242:. 0|0:415,0:415:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,13:47:99:0|1:513949_G_A:369,0,1396:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4817,433,0:. 0|1:424,47:471:99:.:.:179,0,16852:. 0|0:242,0:242:0:.:.:0,0,4505:. 0|1:97,23:120:99:.:.:404,0,3545:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:10,39:49:99:.:.:1055,0,223:. 1|0:50,111:161:99:.:.:3317,0,1258:. 0|0:89,0:89:0:.:.:0,0,748:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:616,0:616:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:5,202:207:99:.:.:6204,500,0:. 1|0:189,0:189:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,98:99:99:.:.:3285,262,0:. 1|0:208,0:208:.:.:.:0,0,0:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,18:206:54:1|0:513939_T_C:0,54,7543:. 0|1:120,15:135:99:.:.:100,0,3427:. 1|1:2,30:32:30:.:.:868,30,0:. 1|0:33,73:106:99:.:.:2113,0,717:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:0:.:.:0,0,5613:. 0|0:370,0:370:.:.:.:0,0,0:. 1|0:66,54:120:99:.:.:1522,0,1758:. 1|0:24,87:111:99:.:.:2635,0,557:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,128:138:91:.:.:4042,91,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:202,65:267:99:.:.:1312,0,7464:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:.:.:5253,458,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:0:.:.:0,0,3491:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:8040,688,0:. 1|0:69,236:305:99:.:.:7166,0,1377:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2366,205,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,343:343:99:1|1:513949_G_A:14848,1056,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:4028,352,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:697,0:697:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:567,0:567:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1462,132,0:. 0|0:18,0:18:27:.:.:0,27,405:. 0|0:289,0:289:.:.:.:0,0,0:. 1|1:170,0:170:.:.:.:0,0,0:. Pf3D7_01_v3 513955 . G T 315176 PASS FS=1.216;MQ=60.48;QD=23.88;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.607;VQSLOD=3.71;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0.0036;NCC=3;BaseQRankSum=2.94;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.7918;GQ_MEAN=115;GQ_STDDEV=7.07;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.55;culprit=MQ;set=snp;DP=13395746;AF=0.00916;MLEAC=48;MLEAF=0.00916;AS_InbreedingCoeff=-0.0495;AN=854;AC=17 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1249:. 0|0:23,0:23:9:.:.:0,9,135:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1149:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:15:.:.:0,15,225:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,775:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,680:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,256:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1306:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:8,0:8:13:.:.:0,13,186:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1235:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,918:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,8:98:77:.:.:0,77,2285:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,32:116:99:.:.:622,0,1991:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:44,0:44:24:.:.:0,24,360:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:12:.:.:0,12,180:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:27:.:.:0,27,405:. 0|0:78,0:78:51:.:.:0,51,765:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:27:.:.:0,27,405:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:.:.:4853,482,0:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:39:.:.:0,39,585:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:30:.:.:0,30,450:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:48:.:.:0,48,720:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,112:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:21:.:.:0,21,315:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:12:.:.:0,12,180:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:12:.:.:0,12,180:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4575,452,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1615:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:9:.:.:0,9,135:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2558,249,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:36:.:.:0,36,540:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:24:.:.:0,24,360:. 0|0:20,0:20:9:.:.:0,9,135:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:7:.:.:0,7,197:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:72,0:72:9:.:.:0,9,135:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:24:.:.:0,24,360:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:104,0:104:27:.:.:0,27,405:. 0|0:86,0:86:33:.:.:0,33,495:. 0|0:106,0:106:36:.:.:0,36,540:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:63:.:.:0,63,945:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:30:.:.:0,30,450:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:512,0:512:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1635,141,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,7:97:83:.:.:0,83,2898:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:415,0:415:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,30:47:99:.:.:928,0,616:. 1|0:84,20:104:99:.:.:408,0,2463:. 1|0:63,69:132:99:.:.:1993,0,1665:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:469,0:469:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,76:121:99:.:.:2101,0,1254:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:8,34:42:82:.:.:982,0,82:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:616,0:616:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,17:100:99:.:.:266,0,2366:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:359,0:359:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,251:262:99:.:.:8129,318,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:36:.:.:0,36,540:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:.:.:.:0,0,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:21:.:.:0,21,315:. 0|0:123,0:123:54:.:.:0,54,810:. 0|0:102,0:102:36:.:.:0,36,540:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:697,0:697:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:567,0:567:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:14,0:14:9:.:.:0,9,135:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 514204 . A G 1.37398e+07 PASS FS=0;MQ=59.96;QD=34.14;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.81;VQSLOD=5.28;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.44;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.988;GC=33.33;GQ_MEAN=88.58;GQ_STDDEV=53.9;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7673;MQRankSum=0;NCC=19;ReadPosRankSum=-0.235;culprit=MQ;set=snp;DP=8868646;AF=0.621;AS_InbreedingCoeff=0.8202;MLEAC=2544;MLEAF=0.622;AN=664;AC=338 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:28,21:49:99:.:.:471,0,700:. 1|1:1,0:1:.:.:.:.:. 1|1:0,42:42:99:1|1:514204_A_G:1857,126,0:. 1|0:0,3:3:9:1|1:514204_A_G:126,9,0:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:1,38:39:72:1|1:514179_G_T:1772,72,0:. 1|1:0,30:30:93:1|1:514204_A_G:1372,93,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:1|1:514204_A_G:1879,129,0:. 0|1:38,13:51:99:0|1:514204_A_G:209,0,1061:. 1|1:0,29:29:90:1|1:514179_G_T:1329,90,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:514204_A_G:2184,147,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|1:5,17:22:99:0|1:514204_A_G:699,0,245:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 1|1:0,19:19:57:1|1:514204_A_G:855,57,0:. 1|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,23:23:69:1|1:514204_A_G:1009,69,0:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1121:. 1|0:39,9:48:99:0|1:514204_A_G:115,0,1078:. 1|1:0,55:55:99:1|1:514204_A_G:2486,172,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,32:32:99:1|1:514204_A_G:1436,99,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,10:41:99:.:.:168,0,828:. 0|1:40,172:212:99:.:.:4190,0,522:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1274:. 0|1:44,8:52:80:.:.:80,0,1350:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,11:48:99:0|1:514204_A_G:162,0,950:. 0|1:44,7:51:99:0|1:514179_G_T:176,0,1845:. 1|1:0,124:124:99:1|1:514204_A_G:5570,376,0:. 0|1:24,27:51:99:.:.:608,0,556:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1511:. 1|1:0,194:194:99:1|1:514204_A_G:8588,587,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:.:. 1|1:0,94:94:99:1|1:514179_G_T:4247,292,0:. 0|1:39,18:57:99:.:.:314,0,1065:. 1|1:0,35:35:99:1|1:514204_A_G:1547,105,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|0:21,26:47:99:.:.:550,0,499:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,7:15:99:0|1:514204_A_G:266,0,316:. 0|1:0,2:2:6:1|1:514204_A_G:90,6,0:. 0|1:41,180:221:99:0|1:514179_G_T:7351,0,1697:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,90:90:99:1|1:514204_A_G:4039,274,0:. 1|0:18,85:103:99:.:.:2056,0,230:. 1|1:2,54:56:99:.:.:1455,106,0:. 1|1:1,21:22:42:1|1:514204_A_G:904,42,0:. 0|1:42,25:67:99:0|1:514204_A_G:473,0,1934:. 0|1:52,83:135:99:0|1:514204_A_G:1971,0,1077:. 0|1:85,37:122:99:0|1:514204_A_G:1300,0,4037:. 1|0:1,0:1:3:.:.:0,3,28:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:514204_A_G:1983,135,0:. 0|1:26,13:39:99:.:.:259,0,686:. 1|1:10,92:102:8:.:.:2999,8,0:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:93:1|1:514204_A_G:1336,93,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,46:46:99:1|1:514204_A_G:2049,141,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|0:98,32:130:99:0|1:514179_G_T:1044,0,4207:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,55:55:99:1|1:514204_A_G:2425,168,0:. 1|0:17,47:64:99:.:.:1117,0,316:. 0|0:38,2:40:64:0|1:514204_A_G:0,64,1092:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,715:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:514204_A_G:3164,219,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|1:4,0:4:0:.:.:0,0,53:. 1|1:0,40:40:99:1|1:514204_A_G:1770,120,0:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:1|1:514204_A_G:7209,497,0:. 0|0:0,4:4:12:1|1:514204_A_G:180,12,0:. 1|0:14,39:53:99:.:.:921,0,247:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1316:. 1|1:0,129:129:99:1|1:514204_A_G:5756,391,0:. 0|1:39,132:171:99:0|1:514204_A_G:3155,0,676:. 1|1:0,6:6:18:1|1:514204_A_G:270,18,0:. 1|1:0,229:229:99:1|1:514204_A_G:10106,689,0:. 1|0:19,21:40:99:.:.:740,0,423:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|1:28,88:116:99:.:.:3766,0,473:. 1|0:49,72:121:99:.:.:1562,0,1101:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 1|1:1,61:62:99:1|1:514204_A_G:2727,183,0:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 1|1:0,31:31:96:1|1:514204_A_G:1413,96,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,149:152:99:.:.:4815,374,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,87:102:99:.:.:2114,0,155:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,115:115:99:1|1:514204_A_G:5114,346,0:. 1|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|1:12,16:28:99:.:.:438,0,290:. 1|1:0,86:86:99:1|1:514204_A_G:3752,259,0:. 0|1:57,48:105:99:.:.:1021,0,1400:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,57:. 1|0:42,40:82:99:0|1:514179_G_T:1599,0,1691:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,144:144:99:1|1:514204_A_G:6435,433,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,19:19:57:1|1:514204_A_G:855,57,0:. 0|1:72,38:110:99:.:.:997,0,2243:. 1|1:0,166:166:99:1|1:514204_A_G:7318,500,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:514179_G_T:2824,193,0:. 1|1:5,140:145:99:1|1:514204_A_G:5949,211,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,152:164:99:.:.:3827,127,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,110:117:99:.:.:2751,152,0:. 1|1:0,215:215:99:1|1:514204_A_G:9658,659,0:. 1|1:0,9:9:27:1|1:514204_A_G:405,27,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,9:119:99:.:.:0,128,3002:. 1|1:0,198:198:99:1|1:514204_A_G:8780,602,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,136:136:99:1|1:514204_A_G:6020,409,0:. 1|1:0,179:179:99:1|1:514204_A_G:7941,539,0:. 1|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|1:116,21:137:99:.:.:179,0,3131:. 0|1:33,118:151:99:0|1:514204_A_G:2858,0,499:. 1|1:0,165:165:99:1|1:514204_A_G:7342,506,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,84:84:99:1|1:514204_A_G:3707,253,0:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 1|0:9,37:46:99:0|1:514204_A_G:888,0,244:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1095:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:514204_A_G:5845,400,0:. 1|1:1,134:135:99:1|1:514204_A_G:5891,380,0:. 1|1:0,138:138:99:1|1:514204_A_G:6232,433,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|0:37,33:70:99:.:.:718,0,927:. 1|0:42,11:53:99:0|1:514179_G_T:326,0,1820:. 0|0:79,8:87:34:.:.:0,34,2146:. 1|0:62,43:105:99:0|1:514204_A_G:887,0,1563:. 1|0:102,51:153:99:0|1:514204_A_G:981,0,2539:. 1|1:0,183:183:99:1|1:514204_A_G:8234,563,0:. 1|1:0,7:7:21:1|1:514204_A_G:315,21,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:514204_A_G:4409,301,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:514204_A_G:5251,361,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:514204_A_G:3288,223,0:. 1|1:0,86:86:99:1|1:514204_A_G:3893,265,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:514204_A_G:3534,241,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,17:19:47:0|1:514204_A_G:701,0,47:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,124:153:99:0|1:514204_A_G:3111,0,408:. 0|1:40,13:53:99:.:.:202,0,1035:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,289:289:99:1|1:514204_A_G:12982,882,0:. 1|0:20,87:107:99:.:.:2181,0,304:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:1|1:514204_A_G:4312,292,0:. 0|0:80,6:86:96:0|1:514204_A_G:0,96,2242:. 1|1:0,222:222:99:1|1:514204_A_G:9899,677,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:514204_A_G:3830,262,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,78:78:99:1|1:514204_A_G:3406,235,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,217:264:99:.:.:5101,0,638:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,9:9:27:1|1:514204_A_G:405,27,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:.:. 1|0:39,55:94:99:.:.:1202,0,864:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:1|1:514204_A_G:2733,187,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:514179_G_T:3231,220,0:. 1|1:0,21:21:63:1|1:514204_A_G:889,63,0:. 1|0:22,48:70:99:0|1:514179_G_T:2032,0,812:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,136:136:99:1|1:514204_A_G:6119,412,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:514204_A_G:4056,274,0:. 1|1:0,114:114:99:1|1:514204_A_G:5042,346,0:. 0|1:40,15:55:99:0|1:514204_A_G:229,0,1074:. 1|1:0,52:52:99:1|1:514204_A_G:2278,157,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,10:51:99:.:.:118,0,1642:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|0:34,8:42:89:.:.:89,0,893:. 0|1:38,20:58:99:0|1:514204_A_G:708,0,1994:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,76:76:99:1|1:514204_A_G:3377,229,0:. 0|1:15,29:44:99:.:.:928,0,333:. 1|1:0,65:65:99:1|1:514204_A_G:2902,196,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:514204_A_G:3499,238,0:. 1|1:5,71:76:74:.:.:1901,74,0:. 1|1:0,204:204:99:1|1:514204_A_G:9143,626,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:514204_A_G:4184,283,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,120:120:99:1|1:514204_A_G:5363,361,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,68:68:99:1|1:514204_A_G:3041,205,0:. 0|0:62,5:67:54:.:.:0,54,1792:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,6:9:79:.:.:139,0,79:. 1|0:38,103:141:99:.:.:2456,0,1161:. 1|1:0,109:109:99:1|1:514204_A_G:4866,328,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:514204_A_G:3338,226,0:. 1|0:25,65:90:99:0|1:514204_A_G:1549,0,533:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:1|1:514204_A_G:5284,361,0:. 1|1:3,180:183:99:.:.:4924,448,0:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,90:90:99:1|1:514204_A_G:4017,277,0:. 0|0:94,7:101:99:.:.:0,101,2597:. 0|1:33,26:59:99:.:.:537,0,803:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,3:28:4:0|1:514204_A_G:4,0,673:. 1|1:0,64:64:99:1|1:514204_A_G:2804,193,0:. 0|1:16,11:27:99:.:.:218,0,371:. 1|1:2,52:54:99:.:.:1755,102,0:. 0|0:49,5:54:18:0|1:514204_A_G:0,18,1346:. 1|1:0,60:60:99:1|1:514204_A_G:2669,181,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:514204_A_G:3749,256,0:. 1|0:2,7:9:35:0|1:514204_A_G:180,0,35:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,118:118:99:1|1:514204_A_G:5186,358,0:. 1|1:0,17:17:51:1|1:514204_A_G:750,51,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,125:125:99:1|1:514204_A_G:5593,379,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:514204_A_G:4949,334,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,26:124:99:.:.:545,0,3052:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,32:32:99:1|1:514204_A_G:1465,99,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:1|1:514204_A_G:9617,647,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:.:.:.:0,0,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:1|1:514204_A_G:5436,370,0:. 0|1:24,55:79:99:0|1:514204_A_G:1665,0,619:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|1:76,53:129:99:0|1:514179_G_T:2018,0,3156:. 1|1:0,107:107:99:1|1:514204_A_G:4900,331,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:514204_A_G:5437,370,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:65,19:84:99:0|1:514204_A_G:426,0,2049:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,216:216:99:1|1:514204_A_G:9737,659,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,629:629:99:1|1:514204_A_G:28351,1914,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:578,0:578:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:514179_G_T:3384,229,0:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 1|1:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|0:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:514204_A_G:10521,707,0:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1|0:62,106:168:99:.:.:3054,0,1524:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,148:148:99:1|1:514204_A_G:6668,454,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:514204_A_G:2582,175,0:. 1|1:0,400:400:99:1|1:514179_G_T:18544,1249,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:514179_G_T:3797,256,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:1|1:514204_A_G:8213,554,0:. 1|1:0,194:194:99:1|1:514204_A_G:8788,593,0:. 0|1:14,130:144:57:.:.:4058,0,57:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,230:230:99:1|1:514204_A_G:10471,707,0:. 1|0:4,22:26:87:0|1:514179_G_T:934,0,87:. 1|1:0,159:159:99:1|1:514179_G_T:7291,491,0:. 0|0:0,4:4:15:1|1:514179_G_T:225,15,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:514204_A_G:3377,229,0:. 1|0:145,172:317:99:0|1:514204_A_G:4724,0,3923:. 0|1:33,15:48:99:.:.:500,0,983:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,668:. 0|1:82,11:93:99:0|1:514204_A_G:103,0,2527:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:1|1:514204_A_G:10377,701,0:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,212:212:99:1|1:514204_A_G:9511,641,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,11:120:99:0|1:514179_G_T:106,0,4692:. 1|1:0,200:200:99:1|1:514204_A_G:9040,614,0:. 1|1:0,196:196:99:1|1:514204_A_G:8768,590,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:0,2:2:6:1|1:514204_A_G:90,6,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,13:116:99:.:.:104,0,3142:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|1:8,69:77:54:.:.:2061,0,54:. 1|0:41,171:212:99:.:.:4906,0,757:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:87:.:.:0,87,1362:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 1|1:3,0:3:0:.:.:0,0,39:. 1|1:2,186:188:99:.:.:6335,515,0:. 1|1:2,75:77:99:.:.:2378,157,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,0:3:0:.:.:0,0,47:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,90:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,9:159:99:.:.:0,117,4670:. 1|0:11,22:33:99:.:.:638,0,270:. 1|0:31,9:40:99:0|1:514179_G_T:279,0,1332:. 0|0:28,0:28:51:.:.:0,51,890:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:499,0:499:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,355:355:99:1|1:514204_A_G:15984,1075,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:2,390:392:99:1|1:514204_A_G:12975,1106,0:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,22:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:514204_A_G:5833,394,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:77,166:243:99:0|1:514179_G_T:7070,0,2803:. 1|1:0,193:193:99:1|1:514204_A_G:8650,581,0:. 1|0:48,198:246:99:0|1:514204_A_G:5801,0,841:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,208:211:99:1|1:514204_A_G:6769,523,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,249:249:99:1|1:514179_G_T:11562,780,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:514204_A_G:4345,295,0:. 1|1:0,152:152:99:1|1:514204_A_G:6854,467,0:. 1|1:0,105:105:99:1|1:514179_G_T:5123,349,0:. 0|1:39,17:56:99:.:.:403,0,1181:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,88:180:99:.:.:2371,0,2601:. 1|0:12,94:106:99:.:.:2898,0,107:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,85:135:99:.:.:2462,0,1266:. 0|1:30,8:38:99:.:.:161,0,895:. 0|1:27,181:208:99:.:.:5439,0,245:. 1|1:0,212:212:99:1|1:514204_A_G:9427,638,0:. 1|1:0,203:203:99:1|1:514204_A_G:9148,617,0:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:209,249:458:99:.:.:7154,0,5778:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,611:611:99:1|1:514204_A_G:27411,1848,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,222:222:99:1|1:514204_A_G:9926,671,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. Pf3D7_01_v3 514205 . C A 1.9664e+07 PASS FS=0;MQ=59.44;QD=34.17;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.978;VQSLOD=6.88;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.002;FractionInformativeReads=0.985;GC=33.33;GQ_MEAN=76.28;GQ_STDDEV=44.32;HRun=3;InbreedingCoeff=0.7088;MQRankSum=0;NCC=19;ReadPosRankSum=-0.331;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8861631;AF=0.947;AS_InbreedingCoeff=0.7275;MLEAC=3836;MLEAF=0.948;AN=666;AC=637 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,50:50:99:.:.:1826,150,0 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,42:42:99:1|1:514204_A_G:1857,126,0 1|1:0,3:3:9:1|1:514204_A_G:126,9,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1041,99,0 1|1:1,37:38:69:1|1:514179_G_T:1740,69,0 1|1:0,31:31:93:1|1:514204_A_G:1372,93,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2190,210,0 1|1:0,42:42:99:1|1:514204_A_G:1879,129,0 1|1:0,51:51:99:1|1:514204_A_G:1797,153,0 1|1:0,29:29:90:1|1:514179_G_T:1329,90,0 1|1:0,49:49:99:1|1:514204_A_G:2184,147,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 0|1:5,17:22:99:0|1:514204_A_G:699,0,245 0|0:2,0:2:.:.:.:. 1|1:0,19:19:57:1|1:514204_A_G:855,57,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,23:23:69:1|1:514204_A_G:1009,69,0 1|1:0,18:18:54:.:.:575,54,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1277,125,0 1|1:0,49:49:99:1|1:514204_A_G:1652,147,0 1|1:0,56:56:99:1|1:514204_A_G:2486,172,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4850,485,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1911,196,0 1|1:0,32:32:99:1|1:514204_A_G:1436,99,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2284,240,0 1|0:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,8:8:24:.:.:247,24,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1342,132,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1681,168,0 1|0:81,15:96:99:.:.:190,0,1953 1|1:0,41:41:99:.:.:1420,123,0 1|1:0,212:212:99:.:.:8820,640,0 1|1:1,50:51:99:.:.:1549,143,0 0|1:11,41:52:99:.:.:1216,0,135 1|1:0,89:89:99:.:.:2617,267,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1315,132,0 1|1:0,49:49:99:1|1:514204_A_G:1616,147,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1626,153,0 1|1:0,124:124:99:1|1:514204_A_G:5570,376,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1937,156,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1244,123,0 1|1:0,192:192:99:1|1:514204_A_G:8588,587,0 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,94:94:99:1|1:514179_G_T:4217,289,0 1|1:3,54:57:87:.:.:1814,87,0 1|1:0,35:35:99:1|1:514204_A_G:1547,105,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1693,140,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1738,176,0 0|1:7,7:14:99:0|1:514204_A_G:266,0,316 0|1:0,2:2:6:1|1:514204_A_G:90,6,0 0|1:42,175:217:99:0|1:514179_G_T:7378,0,1694 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,91:91:99:1|1:514204_A_G:4039,274,0 1|1:0,101:101:99:.:.:4298,307,0 1|1:0,56:56:99:.:.:2468,172,0 1|1:0,21:21:42:1|1:514204_A_G:904,42,0 0|1:34,33:67:99:0|1:514204_A_G:1140,0,738 1|1:0,136:136:99:1|1:514204_A_G:5270,409,0 0|1:86,38:124:99:0|1:514204_A_G:1300,0,4037 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:1,253:254:99:.:.:7869,754,0 1|1:0,45:45:99:1|1:514204_A_G:1983,135,0 1|1:2,37:39:60:.:.:1254,60,0 1|1:0,103:103:99:.:.:4490,313,0 1|1:0,27:27:81:.:.:798,81,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1245,123,0 1|1:0,30:30:93:1|1:514204_A_G:1336,93,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,31:31:93:.:.:903,93,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,47:47:99:1|1:514204_A_G:2049,141,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2142,216,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:4,125:129:99:.:.:4190,289,0 1|1:0,11:11:33:.:.:348,33,0 1|1:0,54:54:99:1|1:514204_A_G:2425,168,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2602,193,0 1|1:1,40:41:93:1|1:514204_A_G:1148,93,0 0|0:0,0:0:.:.:.:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,715 1|1:0,80:80:99:.:.:2422,240,0 1|1:0,71:71:99:1|1:514204_A_G:3164,219,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,2:2:6:.:.:64,6,0 1|1:0,39:39:99:1|1:514204_A_G:1770,120,0 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3130,306,0 1|1:0,97:97:99:.:.:3021,291,0 1|1:0,164:164:99:1|1:514204_A_G:7209,497,0 1|1:0,4:4:12:1|1:514204_A_G:180,12,0 1|1:0,52:52:99:.:.:2129,159,0 1|0:10,20:30:99:.:.:495,0,166 1|1:0,128:128:99:1|1:514204_A_G:5756,391,0 1|1:0,170:170:99:1|1:514204_A_G:7023,521,0 1|1:0,6:6:18:1|1:514204_A_G:270,18,0 1|1:0,225:225:99:1|1:514204_A_G:10106,689,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1575,126,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,16:16:48:.:.:474,48,0 1|1:0,118:118:99:.:.:5045,370,0 1|1:0,121:121:99:.:.:4654,370,0 0|1:6,4:10:91:.:.:91,0,120 1|1:1,61:62:99:1|1:514204_A_G:2727,183,0 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,30:30:96:1|1:514204_A_G:1413,96,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3704,372,0 1|1:0,150:150:99:.:.:6831,470,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4885,494,0 1|1:0,103:103:99:.:.:4360,313,0 1|1:0,181:181:99:.:.:5181,541,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,115:115:99:1|1:514204_A_G:5114,346,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,28:28:84:.:.:1092,84,0 1|1:0,85:85:99:1|1:514204_A_G:3752,259,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3820,312,0 1|1:0,2:2:6:.:.:59,6,0 1|1:0,80:80:99:1|1:514179_G_T:3096,247,0 1|1:0,9:9:27:.:.:270,27,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,143:143:99:1|1:514204_A_G:6435,433,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5274,539,0 1|1:0,19:19:57:1|1:514204_A_G:855,57,0 1|0:30,79:109:99:.:.:2603,0,483 1|1:0,164:164:99:1|1:514204_A_G:7318,500,0 1|1:0,60:60:99:1|1:514179_G_T:2826,193,0 1|1:5,138:143:99:1|1:514204_A_G:5949,211,0 1|0:84,18:102:99:.:.:226,0,1865 1|1:0,163:163:99:.:.:7127,500,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5566,566,0 1|1:0,112:112:99:.:.:5011,352,0 1|1:0,218:218:99:1|1:514204_A_G:9658,659,0 1|1:0,9:9:27:1|1:514204_A_G:405,27,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4311,416,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3654,360,0 1|1:0,196:196:99:1|1:514204_A_G:8780,602,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,134:134:99:1|1:514204_A_G:6020,409,0 1|1:0,177:177:99:1|1:514204_A_G:7941,539,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:4,131:135:99:.:.:4180,315,0 1|1:0,151:151:99:1|1:514204_A_G:6272,457,0 1|1:0,165:165:99:1|1:514204_A_G:7342,506,0 0|0:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3322,325,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,81:81:99:1|1:514204_A_G:3707,253,0 1|1:0,12:12:36:.:.:360,36,0 1|1:4,41:45:30:1|1:514204_A_G:1622,30,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2184,222,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2418,248,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5353,546,0 1|1:0,130:130:99:1|1:514204_A_G:5845,400,0 1|1:0,132:132:99:1|1:514204_A_G:5891,380,0 1|1:0,143:143:99:1|1:514204_A_G:6232,433,0 0|0:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2659,211,0 1|1:0,51:51:99:.:.:2261,159,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2635,254,0 1|1:0,105:105:99:1|1:514204_A_G:3786,319,0 1|1:0,154:154:99:1|1:514204_A_G:5292,462,0 1|1:0,185:185:99:1|1:514204_A_G:8234,563,0 1|1:0,7:7:21:1|1:514204_A_G:315,21,0 1|1:0,99:99:99:1|1:514204_A_G:4409,301,0 1|1:0,117:117:99:1|1:514204_A_G:5251,361,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1744,180,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1901,191,0 1|1:0,74:74:99:1|1:514204_A_G:3288,223,0 1|1:0,87:87:99:1|1:514204_A_G:3893,265,0 1|1:0,79:79:99:1|1:514204_A_G:3534,241,0 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2721,273,0 0|1:2,17:19:47:0|1:514204_A_G:701,0,47 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3269,324,0 1|1:1,153:154:99:1|1:514204_A_G:6396,438,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1799,162,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,292:292:99:1|1:514204_A_G:12982,882,0 1|1:0,108:108:99:.:.:4514,325,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3830,384,0 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6101,613,0 1|1:0,95:95:99:1|1:514204_A_G:4312,292,0 1|1:0,85:85:99:1|1:514204_A_G:2664,255,0 1|1:0,222:222:99:1|1:514204_A_G:9899,677,0 1|1:0,86:86:99:1|1:514204_A_G:3830,262,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,76:76:99:1|1:514204_A_G:3406,235,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2383,253,0 1|1:0,260:260:99:.:.:11003,794,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2504,258,0 1|1:0,9:9:27:1|1:514204_A_G:405,27,0 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3571,282,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2862,288,0 1|1:0,62:62:99:1|1:514204_A_G:2733,187,0 1|1:0,69:69:99:1|1:514179_G_T:3256,223,0 1|1:0,21:21:63:1|1:514204_A_G:889,63,0 1|1:0,68:68:99:1|1:514179_G_T:2946,223,0 1|1:0,27:27:80:.:.:774,80,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4728,476,0 1|1:0,8:8:24:.:.:254,24,0 1|1:0,137:137:99:1|1:514204_A_G:6119,412,0 1|1:0,91:91:99:1|1:514204_A_G:4056,274,0 1|1:0,114:114:99:1|1:514204_A_G:5042,346,0 1|1:2,52:54:99:1|1:514204_A_G:1731,109,0 1|1:0,50:50:99:1|1:514204_A_G:2278,157,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2113,210,0 1|0:38,13:51:99:.:.:400,0,879 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1422,129,0 0|1:38,20:58:99:0|1:514204_A_G:708,0,1994 1|1:0,21:21:63:.:.:634,63,0 1|1:0,75:75:99:1|1:514204_A_G:3377,229,0 1|1:2,40:42:81:.:.:1648,81,0 1|1:0,65:65:99:1|1:514204_A_G:2902,196,0 1|1:0,77:77:99:1|1:514204_A_G:3499,238,0 1|1:0,78:78:99:.:.:3374,235,0 1|1:0,205:205:99:1|1:514204_A_G:9143,626,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1526,153,0 1|1:0,94:94:99:1|1:514204_A_G:4184,283,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,119:119:99:1|1:514204_A_G:5363,361,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,68:68:99:1|1:514204_A_G:3041,205,0 0|1:8,57:65:30:.:.:1598,0,30 1|1:0,118:118:99:.:.:3532,354,0 0|1:1,8:9:1:.:.:295,0,1 1|0:21,116:137:99:.:.:4627,0,158 1|1:0,108:108:99:1|1:514204_A_G:4866,328,0 1|1:0,75:75:99:1|1:514204_A_G:3338,226,0 1|1:2,88:90:99:1|1:514204_A_G:3525,215,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3855,382,0 1|1:0,120:120:99:1|1:514204_A_G:5284,361,0 1|1:1,182:183:99:.:.:8023,525,0 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,31:31:92:.:.:914,92,0 1|1:0,90:90:99:1|1:514204_A_G:4017,277,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3028,298,0 1|1:0,58:58:99:.:.:2122,174,0 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,28:28:84:1|1:514204_A_G:881,84,0 1|1:0,63:63:99:1|1:514204_A_G:2804,193,0 1|1:0,27:27:81:.:.:970,81,0 1|1:0,54:54:99:.:.:2386,163,0 1|1:0,55:55:99:1|1:514204_A_G:1738,165,0 1|1:0,60:60:99:1|1:514204_A_G:2669,181,0 1|1:0,84:84:99:1|1:514204_A_G:3749,256,0 1|1:0,9:9:27:1|1:514204_A_G:377,27,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1266,126,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 1|1:0,116:116:99:1|1:514204_A_G:5186,358,0 1|1:0,16:16:51:1|1:514204_A_G:750,51,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,124:124:99:1|1:514204_A_G:5593,379,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,110:110:99:1|1:514204_A_G:4949,334,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6556,559,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,123:123:99:.:.:4545,370,0 1|1:0,170:170:99:.:.:6047,511,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,33:33:99:1|1:514204_A_G:1465,99,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7775,656,0 1|1:0,214:214:99:1|1:514204_A_G:9617,647,0 1|1:0,99:99:99:.:.:3456,298,0 1|1:0,184:184:99:.:.:6519,553,0 1|1:154,0:154:.:.:.:0,0,0 1|1:0,201:201:99:.:.:7139,605,0 1|1:0,122:122:99:1|1:514204_A_G:5436,370,0 1|1:0,78:78:99:1|1:514204_A_G:3292,238,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,127:127:99:1|1:514179_G_T:5163,391,0 1|1:0,110:110:99:1|1:514204_A_G:4900,331,0 1|1:0,122:122:99:1|1:514204_A_G:5437,370,0 1|1:0,181:181:99:.:.:6462,545,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,84:84:99:1|1:514204_A_G:3173,253,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2471,208,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,218:218:99:1|1:514204_A_G:9737,659,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3666,310,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,195:195:99:.:.:7043,586,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5809,505,0 1|1:0,631:631:99:1|1:514204_A_G:28351,1914,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|0:578,0:578:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,82:82:99:.:.:2970,246,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1405,117,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,75:75:99:1|1:514179_G_T:3384,229,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,1:1:3:.:.:24,3,0 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:4,0:4:.:.:.:0,0,0 1|1:0,234:234:99:1|1:514204_A_G:10521,707,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,166:166:99:.:.:6772,502,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,148:148:99:1|1:514204_A_G:6668,454,0 1|1:0,58:58:99:1|1:514204_A_G:2582,175,0 1|1:0,399:399:99:1|1:514179_G_T:18472,1243,0 1|1:0,80:80:99:1|1:514179_G_T:3761,253,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8025,732,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5486,484,0 1|1:0,181:181:99:1|1:514204_A_G:8213,554,0 1|1:0,195:195:99:1|1:514204_A_G:8788,593,0 1|1:0,145:145:99:.:.:6328,439,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,233:233:99:1|1:514204_A_G:10471,707,0 1|1:0,26:26:81:1|1:514179_G_T:1166,81,0 1|1:0,153:153:99:1|1:514179_G_T:7264,488,0 1|1:0,5:5:15:1|1:514179_G_T:225,15,0 1|1:0,74:74:99:1|1:514204_A_G:3377,229,0 1|1:0,318:318:99:1|1:514204_A_G:12561,961,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1851,147,0 1|1:0,20:20:60:.:.:681,60,0 1|1:0,92:92:99:1|1:514204_A_G:3298,276,0 1|1:0,184:184:99:.:.:6258,553,0 1|1:0,230:230:99:1|1:514204_A_G:10377,701,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,210:210:99:1|1:514204_A_G:9511,641,0 1|1:0,90:90:99:.:.:3122,271,0 1|1:0,120:120:99:1|1:514179_G_T:4101,359,0 1|1:0,201:201:99:1|1:514204_A_G:9040,614,0 1|1:0,194:194:99:1|1:514204_A_G:8768,590,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3731,334,0 1|0:0,2:2:6:1|1:514204_A_G:90,6,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1189,111,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1539,143,0 1|1:0,115:115:99:.:.:4030,345,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,77:77:99:.:.:3377,232,0 1|1:0,209:209:99:.:.:8917,638,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3452,305,0 1|1:1,216:217:99:.:.:6844,638,0 1|1:0,26:26:78:.:.:925,78,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 0|1:0,2:2:6:.:.:72,6,0 1|1:0,194:194:99:.:.:8548,587,0 1|1:0,78:78:99:.:.:3441,235,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1933,168,0 1|1:0,1:1:3:.:.:10,3,0 1|1:0,19:19:57:.:.:638,57,0 1|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0 1|1:0,156:156:99:.:.:5382,469,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5472,477,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1345,102,0 1|1:0,42:42:99:1|1:514179_G_T:1495,126,0 1|1:0,28:28:84:.:.:948,84,0 1|1:0,158:158:99:.:.:5393,475,0 1|1:0,7:7:21:.:.:208,21,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,249:249:99:.:.:8072,739,0 1|1:0,497:497:99:.:.:17134,1495,0 1|1:0,356:356:99:1|1:514204_A_G:15984,1075,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2217,201,0 1|1:0,393:393:99:1|1:514204_A_G:17686,1201,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1115,105,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2829,264,0 1|1:0,95:95:99:.:.:3337,286,0 1|1:0,131:131:99:1|1:514204_A_G:5833,394,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,244:244:99:1|1:514179_G_T:10339,758,0 1|1:0,191:191:99:1|1:514204_A_G:8650,581,0 1|1:0,248:248:99:1|1:514204_A_G:10577,749,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2235,204,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6602,576,0 1|1:0,178:178:99:.:.:6217,535,0 1|1:0,209:209:99:1|1:514204_A_G:9430,638,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4971,427,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,248:248:99:1|1:514179_G_T:11609,783,0 1|1:0,97:97:99:1|1:514204_A_G:4345,295,0 1|1:0,152:152:99:1|1:514204_A_G:6854,467,0 1|1:0,107:107:99:1|1:514179_G_T:5159,352,0 1|1:0,56:56:99:.:.:2103,168,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1079,93,0 1|1:0,299:299:99:.:.:10298,898,0 1|1:0,179:179:99:.:.:7103,542,0 1|1:0,106:106:99:.:.:4638,319,0 1|1:0,20:20:60:.:.:704,60,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5871,508,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1705,153,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3792,346,0 1|1:0,132:132:99:.:.:5399,400,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1351,111,0 1|1:0,209:209:99:.:.:9023,629,0 1|1:0,208:208:99:1|1:514204_A_G:9427,638,0 1|1:0,205:205:99:1|1:514204_A_G:9148,617,0 1|1:0,213:213:99:.:.:7377,639,0 1|1:1,461:462:99:.:.:18492,1386,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,609:609:99:1|1:514204_A_G:27411,1848,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1781,153,0 1|1:0,221:221:99:1|1:514204_A_G:9926,671,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0 Pf3D7_01_v3 514612 . A C 1.0618e+06 PASS FS=1.594;MQ=33.52;QD=34.55;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.904;VQSLOD=4.24;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0152;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=87.35;GQ_STDDEV=35.4;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6972;MQRankSum=0;NCC=19;ReadPosRankSum=-1.726;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=6929975;AF=0.086;AS_InbreedingCoeff=0.3251;MLEAC=358;MLEAF=0.089;AN=692;AC=40 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:50,0:50:96:.:.:0,96,1485:. 1|0:5,23:28:99:0|1:514538_A_AGAAGT:870,0,125:. 1|0:25,0:25:.:.:.:.:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,862:. 0|0:26,0:26:47:.:.:0,47,736:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1300:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1503:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,763:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1041:. 0|0:14,0:14:13:.:.:0,13,375:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|0:2,3:5:50:.:.:71,0,50:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1218:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1632:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,714:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:0,3:3:9:.:.:82,9,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,118:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1430:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,981:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:79:.:.:0,79,1309:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1167:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:514513_A_G:3645,244,0:. 0|0:40,4:44:29:.:.:0,29,1056:. 0|0:39,0:39:32:.:.:0,32,993:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1121:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1301:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,863:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1439:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,0:17:.:.:.:.:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1599:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1042:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1161:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1442:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1439:. 0|1:3,32:35:27:0|1:514538_A_AGAAGT:1218,0,27:. 1|1:0,25:25:75:.:.:698,75,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1187:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,873:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,35:37:22:1|1:514584_T_TGGTGG:994,22,0:. 0|0:45,0:45:82:.:.:0,82,1177:. 1|0:8,20:28:99:0|1:514538_A_AGAAGT:900,0,270:. 1|0:37,6:43:32:.:.:32,0,1414:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1104:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,671:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:. 0|0:54,4:58:66:.:.:0,66,2209:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,515:. 0|0:30,2:32:40:.:.:0,40,930:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1247:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,0:97:.:.:.:.:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:. 0|0:78,0:78:.:.:.:.:. 0|1:44,8:52:99:0|1:514612_A_C:210,0,1808:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,1515:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:. 0|0:76,0:76:.:.:.:.:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,1704:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,530:. 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,508:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,309:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:.:.:.:.:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:.:.:.:.:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1337:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1478:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:2:.:.:0,2,945:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1161:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1389:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,362:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,2304:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,1913:. 0|0:32,1:33:70:.:.:0,70,904:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1329:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1300:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1097:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,1375:. 1|0:15,3:18:31:.:.:31,0,398:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:39:.:.:0,39,2164:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,35:50:99:0|1:514581_T_A:1421,0,456:. 1|1:35,0:35:.:.:.:.:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1359:. 1|0:48,10:58:96:0|1:514612_A_C:96,0,1786:. 0|0:75,0:75:.:.:.:.:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1767:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1393:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1134:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,542:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,15:49:99:.:.:274,0,1388:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,0:42:.:.:.:.:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,1817:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1332:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,228:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,1028:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1186:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1611:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1155:. 1|1:0,41:41:99:1|1:514538_A_AGAAGT:1845,123,0:. 1|0:37,8:45:86:.:.:86,0,1059:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:92:.:.:0,92,1328:. 1|1:0,72:72:99:1|1:514538_A_AGAAGT:3510,235,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:26,0:26:.:.:.:.:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1426:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,1663:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1658:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,669:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1699:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:8:.:.:0,8,297:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:.:0,0,0:. 1|1:58,0:58:.:.:.:0,0,0:. 0|0:66,0:66:.:.:.:0,0,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1725:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,443:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1471:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:0,0,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:0,0,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1729:. 0|0:54,0:54:.:.:.:0,0,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:.:0,0,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1283:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|1:43,0:43:.:.:.:0,0,0:. 0|0:15,1:16:23:.:.:0,23,435:. 0|0:55,0:55:.:.:.:0,0,0:. 0|0:81,0:81:.:.:.:0,0,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,0:66:.:.:.:0,0,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:107,0:107:.:.:.:0,0,0:. 0|0:88,0:88:.:.:.:0,0,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:.:.:.:0,0,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:514538_A_AGAAGT:2925,196,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:0:.:.:0,0,2591:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:77,0:77:.:.:.:0,0,0:. 1|0:162,31:193:99:0|1:514538_A_AGAAGT:844,0,6874:. 1|0:93,0:93:.:.:.:0,0,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:0,0,0:. 0|1:14,69:83:99:0|1:514538_A_AGAAGT:2897,0,377:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,495:. 0|1:78,0:78:.:.:.:0,0,0:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,111:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:0,0,0:. 0|1:66,29:95:99:0|1:514538_A_AGAAGT:1016,0,2726:. 0|0:145,0:145:0:.:.:0,0,3773:. 0|1:48,8:56:91:.:.:91,0,1969:. 0|0:12,1:13:6:.:.:0,6,312:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:.:0,0,0:. 0|0:93,0:93:.:.:.:0,0,0:. 0|1:37,5:42:38:.:.:38,0,1442:. 1|1:6,138:144:99:1|1:514463_G_GTGC:6055,227,0:. 0|0:119,0:119:.:.:.:0,0,0:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1390:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,13:146:99:0|1:514584_T_TGGTGG:128,0,5772:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,0:79:.:.:.:0,0,0:. 0|0:85,0:85:.:.:.:0,0,0:. 0|0:62,0:62:.:.:.:0,0,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:39:.:.:0,39,2345:. 1|0:10,46:56:99:0|1:514463_G_GTGC:1914,0,161:. 1|1:0,12:12:36:.:.:389,36,0:. 1|0:40,9:49:99:.:.:104,0,1099:. 0|0:106,0:106:.:.:.:0,0,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:.:.:.:0,0,0:. 1|0:8,31:39:99:0|1:514561_A_G:1275,0,154:. 1|0:70,0:70:.:.:.:0,0,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,0:99:.:.:.:0,0,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:0:.:.:0,0,3580:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1626:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:100,0:100:.:.:.:0,0,0:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,2398:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2861,259,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,931:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:0,0,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:.:.:.:0,0,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:87,0:87:.:.:.:0,0,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:.:.:.:0,0,0:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,1470:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:0,0,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:30,0:30:.:.:.:0,0,0:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2129,189,0:. 0|1:62,0:62:.:.:.:0,0,0:. Pf3D7_01_v3 514664 . T C 5.52124e+06 PASS FS=3.122;MQ=58.41;QD=30.16;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=1.13;VQSLOD=3.34;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.982;GC=4.76;GQ_MEAN=81.61;GQ_STDDEV=99.52;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5738;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=-0.983;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=6553329;AF=0.544;AS_InbreedingCoeff=0.6736;MLEAC=2826;MLEAF=0.549;AN=850;AC=367 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1266:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:9,25:34:99:0|1:514664_T_C:883,0,248:. 1|0:4,30:34:99:0|1:514664_T_C:1114,0,149:. 1|1:0,31:31:95:1|1:514664_T_C:1181,95,0:. 1|1:0,30:30:90:1|1:514664_T_C:1197,90,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,39:39:99:1|1:514664_T_C:1571,117,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1294:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,32:32:95:.:.:895,95,0:. 0|0:11,0:11:3:.:.:0,3,299:. 1|1:0,14:14:42:1|1:514664_T_C:572,42,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:514664_T_C:399,30,0:. 1|0:1,7:8:10:0|1:514664_T_C:256,0,10:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:36,0:36:79:.:.:0,79,1054:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1372:. 1|1:0,69:69:99:1|1:514664_T_C:2798,214,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:514664_T_C:2151,156,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,573:. 1|1:0,28:28:87:1|1:514664_T_C:1126,87,0:. 1|0:45,24:69:99:.:.:445,0,1131:. 1|1:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,23:23:69:1|1:514664_T_C:861,69,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1181:. 0|1:34,13:47:99:0|1:514664_T_C:360,0,1255:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,10:45:99:.:.:133,0,967:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:514513_A_G:2365,160,0:. 0|1:32,3:35:30:0|1:514664_T_C:30,0,1205:. 0|0:42,0:42:41:.:.:0,41,1084:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1262:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1301:. 1|1:0,61:61:99:1|1:514664_T_C:2454,186,0:. 1|1:1,55:56:99:1|1:514664_T_C:2110,123,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,9:39:99:.:.:169,0,761:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,42:42:99:1|1:514664_T_C:1704,125,0:. 0|1:23,25:48:99:.:.:837,0,564:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,5:12:99:.:.:99,0,180:. 1|1:0,28:28:84:1|1:514664_T_C:1158,84,0:. 0|1:83,16:99:99:0|1:514664_T_C:289,0,2967:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1585,175,0:. 0|0:60,0:60:62:.:.:0,62,1553:. 0|1:40,14:54:99:.:.:228,0,1077:. 1|1:2,30:32:21:1|1:514664_T_C:1052,21,0:. 1|0:30,4:34:37:0|1:514664_T_C:37,0,1054:. 1|0:41,6:47:91:0|1:514664_T_C:91,0,1551:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:85:.:.:0,85,1836:. 1|1:0,43:43:99:1|1:514664_T_C:1767,129,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1160:. 1|0:52,10:62:99:.:.:157,0,1380:. 0|1:25,32:57:99:0|1:514664_T_C:1088,0,881:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1507,117,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:3,31:34:1:1|1:514664_T_C:1150,1,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:603,66,0:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:25,29:54:99:0|1:514664_T_C:940,0,844:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1084,114,0:. 0|1:24,42:66:99:0|1:514664_T_C:1454,0,804:. 1|1:3,34:37:3:1|1:514664_T_C:1234,3,0:. 0|0:42,0:42:55:.:.:0,55,1093:. 1|0:29,6:35:99:0|1:514664_T_C:165,0,1109:. 0|0:40,0:40:38:.:.:0,38,1017:. 1|1:0,19:19:57:1|1:514664_T_C:805,57,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1262:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1290,105,0:. 1|1:0,28:28:84:1|1:514664_T_C:1083,84,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:38:.:.:0,38,2524:. 0|1:9,27:36:99:0|1:514664_T_C:974,0,281:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2476,192,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:514664_T_C:1918,147,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1463,153,0:. 1|0:9,40:49:99:0|1:514664_T_C:1428,0,210:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:23,28:51:99:0|1:514664_T_C:1024,0,764:. 1|0:19,6:25:99:0|1:514664_T_C:180,0,717:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1247:. 1|1:4,45:49:18:.:.:1058,18,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,56:80:99:0|1:514664_T_C:1968,0,673:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1277,138,0:. 0|1:15,47:62:99:.:.:1156,0,270:. 1|1:1,36:37:78:.:.:1304,78,0:. 1|0:31,44:75:99:.:.:1409,0,706:. 1|0:7,64:71:75:0|1:514664_T_C:2379,0,75:. 0|1:60,22:82:99:.:.:345,0,1588:. 1|1:1,100:101:99:.:.:2724,269,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:514664_T_C:1891,138,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,12:100:99:0|1:514664_T_C:139,0,3262:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:87,13:100:99:.:.:224,0,3387:. 1|1:3,94:97:99:.:.:2445,193,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:514664_T_C:1628,120,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:514664_T_C:2324,171,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:514664_T_C:3056,238,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1364,147,0:. 1|0:34,25:59:99:.:.:819,0,867:. 1|0:58,35:93:99:0|1:514664_T_C:1153,0,2126:. 1|0:63,8:71:81:0|1:514664_T_C:81,0,2530:. 1|1:4,67:71:85:.:.:1696,85,0:. 1|0:67,25:92:99:0|1:514632_C_T:763,0,1760:. 0|1:6,36:42:54:.:.:847,0,54:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,45:55:99:0|1:514664_T_C:1617,0,230:. 0|1:73,18:91:99:.:.:353,0,1921:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:8,29:37:99:0|1:514664_T_C:1048,0,234:. 0|0:106,0:106:72:.:.:0,72,2665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,70:77:16:0|1:514664_T_C:2395,0,16:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:514664_T_C:3304,238,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:514664_T_C:2082,171,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:514664_T_C:2936,220,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:514664_T_C:1412,105,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,10:110:66:0|1:514664_T_C:66,0,3728:. 1|1:0,27:27:81:1|1:514664_T_C:1215,81,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1279,138,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1337:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1050,114,0:. 1|1:0,29:29:87:1|1:514664_T_C:1144,87,0:. 1|1:7,113:120:99:.:.:2784,159,0:. 0|1:21,5:26:99:0|1:514664_T_C:129,0,727:. 0|1:29,29:58:99:.:.:657,0,725:. 1|1:0,48:48:99:1|1:514664_T_C:1942,144,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1161:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,40:99:99:.:.:812,0,1487:. 1|1:0,26:26:78:1|1:514664_T_C:1071,78,0:. 1|0:27,33:60:99:.:.:904,0,674:. 1|0:18,28:46:99:.:.:786,0,398:. 0|1:13,57:70:99:0|1:514664_T_C:2048,0,328:. 1|0:57,35:92:99:0|1:514664_T_C:1069,0,2055:. 0|1:53,28:81:99:.:.:507,0,1379:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,3:3:9:1|1:514664_T_C:127,9,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:514664_T_C:2812,208,0:. 1|1:0,30:30:90:1|1:514664_T_C:1244,90,0:. 1|1:0,30:30:90:.:.:841,90,0:. 0|1:41,12:53:99:0|1:514664_T_C:299,0,1508:. 0|1:44,20:64:99:0|1:514664_T_C:593,0,1620:. 0|1:54,25:79:99:0|1:514664_T_C:773,0,2024:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:7,20:27:99:.:.:458,0,136:. 1|1:0,30:30:90:1|1:514664_T_C:1215,90,0:. 1|0:94,13:107:98:0|1:514664_T_C:98,0,3528:. 0|0:103,0:103:97:.:.:0,97,2654:. 0|0:68,0:68:93:.:.:0,93,1854:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1368,146,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,45:50:72:0|1:514632_C_T:1811,0,72:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1788,197,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:59:.:.:0,59,1773:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,21:34:99:0|1:514664_T_C:721,0,401:. 1|1:1,25:26:45:1|1:514664_T_C:962,45,0:. 0|0:72,0:72:67:.:.:0,67,1863:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1359:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1233,126,0:. 0|1:7,52:59:34:.:.:1838,0,34:. 1|1:0,36:36:99:1|1:514664_T_C:1359,108,0:. 0|1:73,12:85:99:0|1:514664_T_C:194,0,2707:. 0|0:60,0:60:22:.:.:0,22,1415:. 0|0:47,0:47:27:.:.:0,27,1155:. 1|1:0,31:31:93:1|1:514664_T_C:1193,93,0:. 0|1:12,24:36:99:.:.:720,0,265:. 0|1:26,17:43:99:0|1:514664_T_C:583,0,958:. 0|1:26,23:49:99:0|1:514664_T_C:792,0,989:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,32:33:66:.:.:898,66,0:. 1|1:0,72:72:99:1|1:514664_T_C:2810,216,0:. 0|1:70,16:86:99:0|1:514664_T_C:389,0,2557:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,20:35:99:.:.:643,0,307:. 0|1:30,29:59:99:.:.:882,0,738:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:28,12:40:99:.:.:264,0,743:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:29,4:33:64:0|1:514664_T_C:64,0,1040:. 1|0:40,14:54:99:0|1:514664_T_C:326,0,1469:. 0|1:4,20:24:99:0|1:514664_T_C:718,0,108:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1611:. 1|0:25,21:46:99:.:.:617,0,610:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1376:. 1|1:0,25:25:78:1|1:514538_A_AGAAGT:1170,78,0:. 1|0:32,8:40:99:0|1:514664_T_C:157,0,1132:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:1:.:.:0,1,1093:. 1|1:0,53:53:99:1|1:514538_A_AGAAGT:2430,163,0:. 1|1:0,29:29:86:.:.:758,86,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,12:12:36:1|1:514664_T_C:480,36,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:1,61:62:99:.:.:1600,154,0:. 0|0:53,0:53:98:.:.:0,98,1454:. 1|1:0,34:34:99:1|1:514664_T_C:1371,102,0:. 0|1:46,22:68:99:0|1:514664_T_C:627,0,1683:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,2:4:63:0|1:514664_T_C:63,0,78:. 0|1:51,9:60:99:0|1:514664_T_C:212,0,1860:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1658:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,25:30:50:0|1:514664_T_C:904,0,50:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:171,53:224:99:.:.:883,0,4572:. 0|1:37,16:53:99:0|1:514664_T_C:508,0,1330:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:55:.:.:0,55,1042:. 0|1:9,44:53:99:.:.:1133,0,108:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1914:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1699:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,4:10:96:0|1:514664_T_C:96,0,199:. 1|1:0,23:23:69:.:.:825,69,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:514664_T_C:426,30,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,16:17:6:1|1:514664_T_C:675,6,0:. 1|1:1,50:51:99:.:.:1683,143,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1932,141,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:514664_T_C:2385,172,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1789,153,0:. 1|0:55,24:79:99:.:.:570,0,1764:. 1|1:0,61:61:99:1|1:514664_T_C:2518,184,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,47:58:99:0|1:514632_C_T:1935,0,217:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1725:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2593,234,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:36,28:64:99:.:.:776,0,1101:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,36:56:99:0|1:514664_T_C:1327,0,666:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1471:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,17:17:51:.:.:594,51,0:. 1|0:12,27:39:99:.:.:988,0,312:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:514664_T_C:2058,150,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:1|1:514664_T_C:1599,114,0:. 1|1:0,44:44:99:1|1:514664_T_C:1802,132,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,58:59:99:1|1:514632_C_T:2647,118,0:. 1|1:0,171:171:99:1|1:514664_T_C:6889,515,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:514664_T_C:3028,220,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:514664_T_C:1363,102,0:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|1:2,30:32:36:0|1:514664_T_C:1162,0,36:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,48:49:99:.:.:1553,112,0:. 1|1:1,70:71:99:.:.:2229,178,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2419,224,0:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1913,109,0:. 1|1:0,93:93:99:1|1:514664_T_C:3803,280,0:. 1|1:0,82:82:99:1|1:514664_T_C:3462,247,0:. 0|0:66,0:66:.:.:.:0,0,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:514664_T_C:2777,205,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:514538_A_AGAAGT:1800,120,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1435:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:1|1:514664_T_C:3076,235,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:514664_T_C:2168,156,0:. 1|0:131,10:141:26:0|1:514664_T_C:26,0,4971:. 1|0:19,44:63:99:.:.:1258,0,452:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:2,49:51:63:1|1:514664_T_C:1888,63,0:. 0|1:6,56:62:99:0|1:514538_A_AGAAGT:2456,0,107:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:18,4:22:99:0|1:514664_T_C:114,0,697:. 1|1:3,53:56:57:.:.:1688,57,0:. 0|1:35,31:66:99:.:.:781,0,964:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1557,144,0:. 0|1:121,20:141:99:0|1:514664_T_C:379,0,4593:. 1|0:102,16:118:99:0|1:514664_T_C:355,0,3820:. 0|1:30,5:35:82:0|1:514664_T_C:82,0,1209:. 1|1:2,77:79:99:1|1:514664_T_C:3093,156,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,23:26:27:.:.:692,0,27:. 1|0:21,51:72:99:0|1:514664_T_C:1873,0,687:. 0|1:19,4:23:46:.:.:46,0,569:. 1|0:6,60:66:9:.:.:2308,0,9:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2257,204,0:. 1|0:17,39:56:99:.:.:1325,0,437:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,14:106:99:.:.:291,0,2828:. 1|1:0,145:145:99:.:.:6013,436,0:. 1|0:22,44:66:99:0|1:514664_T_C:1592,0,711:. 0|1:3,63:66:12:0|1:514664_T_C:2366,0,12:. 1|1:1,39:40:84:.:.:1458,84,0:. 0|1:60,34:94:99:0|1:514664_T_C:1087,0,2217:. 0|0:57,5:62:37:.:.:0,37,1704:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2344,198,0:. 1|1:0,9:9:27:1|1:514664_T_C:346,27,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:514664_T_C:3398,239,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2185,198,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:104,8:112:25:.:.:0,25,3267:. 1|1:2,43:45:65:.:.:1342,65,0:. 1|1:1,29:30:53:.:.:1067,53,0:. 1|1:0,51:51:99:1|1:514664_T_C:2301,157,0:. 1|1:1,99:100:99:1|1:514664_T_C:4146,256,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:514664_T_C:2555,187,0:. 0|1:65,12:77:99:.:.:166,0,2017:. 0|1:3,31:34:33:0|1:514664_T_C:1281,0,33:. 1|1:0,165:165:99:1|1:514664_T_C:6711,496,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:58:.:.:0,58,1436:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,58:58:99:1|1:514664_T_C:2366,175,0:. 0|1:64,25:89:99:.:.:625,0,1939:. 1|1:0,57:57:99:1|1:514664_T_C:2310,171,0:. 1|1:0,33:33:99:1|1:514664_T_C:1381,99,0:. 0|1:30,17:47:99:0|1:514664_T_C:558,0,1006:. 0|0:88,0:88:23:.:.:0,23,2532:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2104,186,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:3011,270,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3074,287,0:. 1|1:0,24:24:72:1|1:514664_T_C:994,72,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,64:64:99:1|1:514632_C_T:3015,205,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:514632_C_T:3260,223,0:. 1|1:3,65:68:99:1|1:514664_T_C:2555,107,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2260,213,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:63:.:.:0,63,970:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,37:100:99:.:.:919,0,1914:. 1|0:74,69:143:99:.:.:1806,0,2129:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1800:. 0|1:26,79:105:99:.:.:2264,0,518:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,57:80:99:.:.:1663,0,603:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,60:60:99:.:.:2692,184,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,28:33:48:.:.:800,0,48:. 1|0:72,32:104:99:.:.:693,0,2130:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:514632_C_T:2713,193,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,20:20:60:.:.:697,60,0:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1936,171,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:514664_T_C:2375,175,0:. Pf3D7_01_v3 514709 . C T 383474 PASS FS=0;MQ=61.67;QD=22.72;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.735;VQSLOD=4.68;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0;ExcessHet=2.6296;FractionInformativeReads=0.998;GC=19.05;GQ_MEAN=35.91;GQ_STDDEV=41.68;HRun=6;InbreedingCoeff=0.0883;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.771;culprit=MQ;set=snp;DP=3929352;AF=0.077;AS_InbreedingCoeff=0.4615;MLEAC=578;MLEAF=0.112;AN=838;AC=76 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:33,0:33:39:.:.:0,39,789:. 0|0:54,0:54:75:.:.:0,75,1294:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:18,1:19:47:.:.:0,47,843:. 0|0:13,0:13:15:.:.:0,15,225:. 0|0:24,0:24:56:.:.:0,56,660:. 0|0:24,0:24:23:.:.:0,23,569:. 0|0:25,0:25:27:.:.:0,27,612:. 0|0:36,0:36:38:.:.:0,38,842:. 0|0:16,0:16:31:.:.:0,31,378:. 0|0:36,0:36:13:.:.:0,13,804:. 1|1:1,16:17:19:.:.:479,19,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:8,0:8:2:.:.:0,2,188:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,117:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,96:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,313:. 0|0:30,0:30:2:.:.:0,2,590:. 0|0:44,0:44:83:.:.:0,83,1054:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:44:.:.:0,44,652:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,375:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:23,3:26:0:.:.:0,0,502:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,208:. 0|0:9,0:9:16:.:.:0,16,212:. 0|0:39,0:39:49:.:.:0,49,913:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,504:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,1448:. 0|0:37,0:37:39:.:.:0,39,861:. 0|0:137,0:137:0:.:.:0,0,1908:. 0|0:40,0:40:84:.:.:0,84,975:. 0|0:94,0:94:38:.:.:0,38,1938:. 0|0:31,0:31:41:.:.:0,41,748:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,446:. 0|0:41,0:41:51:.:.:0,51,957:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,348:. 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1030:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1149:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,748:. 0|0:32,0:32:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:67:.:.:0,67,732:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,830:. 0|0:28,0:28:9:.:.:0,9,549:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,280:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1331:. 0|1:16,3:19:7:.:.:7,0,582:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1106:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,141:. 0|0:17,0:17:30:.:.:0,30,450:. 0|0:52,0:52:56:.:.:0,56,1190:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1168,117,0:. 0|0:43,0:43:41:.:.:0,41,985:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,585:. 0|0:19,0:19:4:.:.:0,4,437:. 0|0:20,0:20:25:.:.:0,25,419:. 0|0:33,0:33:19:.:.:0,19,672:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1390:. 0|0:40,0:40:20:.:.:0,20,788:. 0|0:19,0:19:30:.:.:0,30,450:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,598:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,756:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,660:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,535:. 0|0:27,0:27:37:.:.:0,37,651:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,180:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,548:. 0|0:51,0:51:22:.:.:0,22,1067:. 0|0:25,0:25:31:.:.:0,31,557:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1204:. 1|1:0,18:18:54:.:.:553,54,0:. 0|0:40,0:40:16:.:.:0,16,755:. 0|0:18,0:18:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:58:.:.:0,58,611:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,781:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,409:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,836:. 0|0:18,0:18:30:.:.:0,30,450:. 0|0:10,0:10:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,30:30:90:.:.:911,90,0:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,725:. 0|0:30,0:30:64:.:.:0,64,865:. 0|0:39,0:39:60:.:.:0,60,887:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:24,0:24:37:.:.:0,37,614:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1560:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,863:. 0|0:37,0:37:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,205:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,953:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,720:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,1538:. 0|0:47,0:47:55:.:.:0,55,1059:. 0|0:23,0:23:45:.:.:0,45,675:. 0|1:10,28:38:99:.:.:712,0,156:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,371:. 0|0:44,0:44:24:.:.:0,24,931:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1508:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,726:. 1|1:1,49:50:99:.:.:1445,121,0:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,661:. 0|0:74,0:74:3:.:.:0,3,1463:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,1376:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1191:. 0|0:53,0:53:47:.:.:0,47,1140:. 0|0:21,0:21:40:.:.:0,40,512:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:59:.:.:0,59,717:. 1|0:24,4:28:36:.:.:36,0,743:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1100:. 0|0:44,0:44:3:.:.:0,3,895:. 1|1:2,53:55:99:.:.:1534,126,0:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1204:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1057:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1119:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1306:. 0|0:25,0:25:23:.:.:0,23,593:. 0|0:47,3:50:57:.:.:0,57,1222:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,968:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,887:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,773:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,1442:. 0|0:76,0:76:53:.:.:0,53,1577:. 0|0:38,0:38:23:.:.:0,23,754:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,1490:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,751:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,884:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,1053:. 0|0:85,0:85:4:.:.:0,4,1425:. 1|1:0,45:45:99:1|1:514664_T_C:2199,147,0:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,386:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,753:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,765:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1076:. 0|0:74,0:74:38:.:.:0,38,1584:. 0|0:43,0:43:67:.:.:0,67,1076:. 0|0:37,0:37:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,431:. 1|1:0,19:19:56:.:.:555,56,0:. 0|0:10,0:10:7:.:.:0,7,234:. 1|1:3,48:51:70:.:.:1277,70,0:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,258:. 0|1:12,17:29:99:.:.:441,0,232:. 0|0:25,0:25:42:.:.:0,42,630:. 0|0:33,0:33:33:.:.:0,33,744:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1469:. 0|0:28,0:28:35:.:.:0,35,664:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,857:. 0|1:30,19:49:99:.:.:392,0,633:. 0|0:12,0:12:15:.:.:0,15,225:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,606:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 0|0:40,0:40:44:.:.:0,44,898:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1184:. 0|1:23,15:38:99:.:.:337,0,462:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1475:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:52,0:52:40:.:.:0,40,1025:. 0|0:43,0:43:80:.:.:0,80,1032:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,17:17:51:.:.:492,51,0:. 0|0:41,0:41:12:.:.:0,12,793:. 0|0:42,0:42:35:.:.:0,35,895:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1407:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,849:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,1495:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1073:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1063:. 0|0:21,0:21:41:.:.:0,41,490:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,360:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1197:. 0|0:65,0:65:52:.:.:0,52,1459:. 0|1:24,5:29:63:.:.:63,0,573:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1041,99,0:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,821:. 0|0:160,0:160:0:.:.:0,0,2684:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1285:. 0|0:31,0:31:47:.:.:0,47,778:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1024,105,0:. 0|0:91,0:91:53:.:.:0,53,1800:. 0|0:38,0:38:35:.:.:0,35,852:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,742:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,1815:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,380:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,194:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,547:. 0|0:25,0:25:34:.:.:0,34,521:. 0|0:51,0:51:46:.:.:0,46,1077:. 0|0:19,0:19:28:.:.:0,28,436:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,776:. 0|0:15,0:15:24:.:.:0,24,360:. 0|0:52,0:52:20:.:.:0,20,1008:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,325:. 0|0:28,0:28:6:.:.:0,6,491:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,333:. 0|1:13,6:19:99:.:.:128,0,393:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,682:. 0|0:43,0:43:62:.:.:0,62,1041:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1259:. 0|0:18,0:18:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,845:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,957:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,846:. 0|0:13,2:15:39:.:.:0,39,541:. 0|0:38,0:38:32:.:.:0,32,781:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1046:. 0|1:17,4:21:44:.:.:44,0,430:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,234:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,415:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,697:. 0|1:10,3:13:52:.:.:52,0,395:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,514:. 1|0:18,3:21:24:.:.:24,0,544:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,674:. 0|0:15,0:15:15:.:.:0,15,346:. 0|0:23,0:23:4:.:.:0,4,446:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,1564:. 0|0:28,0:28:21:.:.:0,21,626:. 0|0:30,0:30:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,12:12:36:.:.:346,36,0:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,839:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1070:. 1|1:0,27:27:81:.:.:807,81,0:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,426:. 0|0:18,0:18:11:.:.:0,11,373:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,856:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,658:. 0|0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,698:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1232:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1164:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,541:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,1773:. 0|0:43,0:43:57:.:.:0,57,992:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,1934:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,368:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,551:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,780:. 0|1:90,23:113:99:.:.:371,0,2146:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,578:. 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,1190:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,178:. 0|0:24,0:24:21:.:.:0,21,503:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,549:. 0|0:45,0:45:7:.:.:0,7,908:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,482:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,913:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,632:. 0|1:3,1:4:19:.:.:19,0,90:. 0|0:14,0:14:20:.:.:0,20,343:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,281:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1171:. 0|0:9,0:9:4:.:.:0,4,197:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1098,93,0:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,943:. 0|0:18,0:18:33:.:.:0,33,495:. 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,630:. 0|0:25,0:25:20:.:.:0,20,697:. 1|0:21,12:33:99:.:.:297,0,628:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,675:. 0|0:46,0:46:37:.:.:0,37,1155:. 0|0:29,0:29:7:.:.:0,7,770:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,974:. 0|0:51,0:51:88:.:.:0,88,1473:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,245:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1462:. 0|0:58,0:58:6:.:.:0,6,1430:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1273,108,0:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,1183:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1664:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1692:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1243:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1468:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1373:. 0|0:29,0:29:52:.:.:0,52,939:. 0|0:30,0:30:43:.:.:0,43,900:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1345:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,810:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,761:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,723:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,995:. 1|1:0,7:7:21:.:.:251,21,0:. 1|0:11,3:14:41:.:.:41,0,431:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,839:. 0|0:29,0:29:30:.:.:0,30,820:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,495:. 0|0:52,0:52:42:.:.:0,42,1515:. 0|0:18,0:18:33:.:.:0,33,495:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,495:. 0|0:73,0:73:36:.:.:0,36,1931:. 0|0:24,0:24:42:.:.:0,42,630:. 0|0:57,0:57:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:63:.:.:0,63,945:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:21:.:.:0,21,315:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:16,0:16:27:.:.:0,27,405:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,956:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,765:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1115,99,0:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,739:. 0|0:39,0:39:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:57,0:57:84:.:.:0,84,1685:. 0|0:26,0:26:34:.:.:0,34,703:. 0|0:106,0:106:93:.:.:0,93,2847:. 0|0:32,0:32:48:.:.:0,48,720:. 0|0:54,0:54:40:.:.:0,40,1295:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,495:. 0|0:47,0:47:58:.:.:0,58,1180:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,615:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,810:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1510:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2238:. 0|0:77,0:77:46:.:.:0,46,1947:. 0|0:40,0:40:47:.:.:0,47,1180:. 0|0:91,0:91:53:.:.:0,53,2369:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:76,0:76:16:.:.:0,16,1877:. 0|0:22,0:22:31:.:.:0,31,618:. 0|0:35,0:35:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2328:. 0|0:11,0:11:19:.:.:0,19,327:. 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,630:. 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,675:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:30:.:.:0,30,450:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,2066:. 0|0:74,0:74:24:.:.:0,24,1904:. 0|0:28,0:28:29:.:.:0,29,745:. 0|0:37,0:37:57:.:.:0,57,855:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,2142:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1363:. 0|0:22,0:22:15:.:.:0,15,529:. 0|0:38,0:38:47:.:.:0,47,1136:. 0|1:12,2:14:25:.:.:25,0,353:. 0|0:46,4:50:17:.:.:0,17,1890:. 1|1:0,29:29:87:.:.:984,87,0:. 1|0:19,13:32:99:.:.:341,0,710:. 0|0:161,0:161:0:.:.:0,0,3062:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1237:. 0|0:194,0:194:0:.:.:0,0,4068:. 0|0:32,0:32:39:.:.:0,39,883:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|1:11,7:18:99:.:.:185,0,452:. 0|0:62,0:62:1:.:.:0,1,1481:. 0|0:36,0:36:9:.:.:0,9,927:. 0|1:18,22:40:99:.:.:610,0,682:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:43,0:43:8:.:.:0,8,1142:. 1|1:0,25:25:75:.:.:859,75,0:. 0|0:63,0:63:6:.:.:0,6,1636:. 0|0:68,0:68:16:.:.:0,16,1710:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,684:. 0|1:12,6:18:99:.:.:140,0,490:. 0|0:24,0:24:45:.:.:0,45,675:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1560:. 0|0:29,0:29:7:.:.:0,7,722:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1053,90,0:. 0|0:33,0:33:63:.:.:0,63,945:. 0|0:65,0:65:86:.:.:0,86,1991:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2840,244,0:. 0|1:13,8:21:99:.:.:213,0,339:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:26:.:.:0,26,919:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1540:. 0|0:18,0:18:24:.:.:0,24,360:. 0|0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0|0:19,0:19:29:.:.:0,29,522:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,824:. 0|0:35,0:35:66:.:.:0,66,990:. 0|0:49,0:49:21:.:.:0,21,1183:. 0|0:51,0:51:88:.:.:0,88,1340:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1445,126,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1333,117,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1174,104,0:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:14,0:14:22:.:.:0,22,383:. 0|0:26,0:26:30:.:.:0,30,715:. 0|0:29,0:29:48:.:.:0,48,720:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,495:. 0|0:51,0:51:92:.:.:0,92,1376:. 0|0:27,0:27:51:.:.:0,51,765:. 0|0:78,0:78:84:.:.:0,84,1769:. 0|0:58,0:58:27:.:.:0,27,1283:. 0|0:18,0:18:38:.:.:0,38,551:. 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,630:. 0|0:30,0:30:8:.:.:0,8,625:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1765:. 0|1:33,29:62:99:.:.:797,0,857:. 1|0:32,28:60:99:.:.:806,0,834:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,64:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1370:. 1|0:5,29:34:72:.:.:914,0,72:. 0|0:47,0:47:58:.:.:0,58,1209:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,909:. 1|0:15,24:39:99:.:.:717,0,380:. 0|0:45,0:45:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:39:.:.:0,39,585:. 0|0:52,0:52:31:.:.:0,31,1207:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,415:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1610:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:47,0:47:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:0,10:10:30:.:.:345,30,0:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,51:. 0|0:24,0:24:33:.:.:0,33,495:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. Pf3D7_01_v3 514809 . A C 4.93286e+06 PASS FS=0;MQ=59.53;QD=32.85;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.814;VQSLOD=6.37;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.977;GC=38.1;GQ_MEAN=78.59;GQ_STDDEV=66.38;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7405;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.295;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=5341422;AF=0.407;AS_InbreedingCoeff=0.5167;MLEAC=2118;MLEAF=0.412;AN=846;AC=230 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:94:.:.:0,94,1168:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1481:. 1|0:9,11:20:99:.:.:235,0,354:. 0|0:22,0:22:43:.:.:0,43,632:. 0|1:2,14:16:42:0|1:514805_A_T:582,0,42:. 1|1:0,12:12:36:1|1:514782_ATATT_A:540,36,0:. 1|1:0,16:16:48:1|1:514805_A_T:702,48,0:. 1|1:0,28:28:84:1|1:514805_A_T:1194,84,0:. 1|1:0,29:29:87:1|1:514805_A_T:1304,87,0:. 0|1:32,3:35:6:0|1:514805_A_T:6,0,1380:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,467:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,558:. 0|1:3,17:20:75:0|1:514805_A_T:684,0,75:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,136:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,75:. 1|1:0,7:7:21:1|1:514763_C_CAT:301,21,0:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,479:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:40,4:44:48:0|1:514805_A_T:48,0,1606:. 1|1:0,45:45:99:1|1:514805_A_T:1989,136,0:. 1|1:0,38:38:99:1|1:514782_ATATT_A:1671,114,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,750:. 1|1:0,19:19:57:1|1:514782_ATATT_A:822,57,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1426:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,136:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,22:22:66:1|1:514782_ATATT_A:947,66,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1339:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1389:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1374:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,43:44:87:1|1:514805_A_T:1876,87,0:. 0|0:25,0:25:47:.:.:0,47,712:. 0|0:49,0:49:73:.:.:0,73,1325:. 1|0:29,6:35:99:0|1:514782_ATATT_A:165,0,1143:. 1|0:4,38:42:31:.:.:1197,0,31:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,110,1608:. 1|1:0,53:53:99:1|1:514805_A_T:2346,160,0:. 1|1:0,64:64:99:1|1:514805_A_T:2816,193,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1431:. 1|0:26,7:33:95:.:.:95,0,959:. 1|1:0,11:11:33:1|1:514782_ATATT_A:459,33,0:. 1|0:6,40:46:43:.:.:963,0,43:. 0|1:25,9:34:99:0|1:514805_A_T:303,0,1023:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,278:. 0|0:35,0:35:77:.:.:0,77,1026:. 0|1:30,58:88:99:0|1:514805_A_T:2251,0,1067:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1183:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1025:. 1|1:1,26:27:51:1|1:514805_A_T:1121,51,0:. 1|0:12,12:24:99:0|1:514805_A_T:430,0,449:. 0|1:21,12:33:99:.:.:257,0,691:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,10:42:99:.:.:136,0,1268:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,950:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1305:. 0|1:36,25:61:99:0|1:514805_A_T:922,0,1392:. 0|1:32,6:38:35:.:.:35,0,854:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:22,9:31:99:.:.:164,0,620:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,443:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:19,11:30:99:0|1:514805_A_T:387,0,724:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,744:. 1|0:22,36:58:99:0|1:514805_A_T:1298,0,765:. 1|1:0,20:20:60:1|1:514782_ATATT_A:894,60,0:. 1|1:0,26:26:78:1|1:514805_A_T:1142,78,0:. 1|0:24,5:29:99:0|1:514805_A_T:138,0,926:. 0|0:23,0:23:50:.:.:0,50,656:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,500:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1325:. 0|1:5,25:30:60:0|1:514782_ATATT_A:754,0,60:. 1|1:0,13:13:39:1|1:514782_ATATT_A:408,39,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1482:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,34:42:99:.:.:1194,0,201:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1406:. 0|0:31,0:31:25:.:.:0,25,779:. 1|0:14,28:42:99:0|1:514805_A_T:1080,0,504:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:77:.:.:0,77,1460:. 1|0:29,8:37:99:.:.:104,0,929:. 0|0:23,0:23:3:.:.:0,3,535:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1223:. 0|1:10,36:46:99:1|0:514763_C_CAT:1426,0,352:. 0|0:33,3:36:28:.:.:0,28,933:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,13:73:99:.:.:106,0,1805:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,29:38:99:.:.:631,0,197:. 1|0:48,23:71:99:0|1:514805_A_T:753,0,1898:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1153:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,7:44:57:.:.:57,0,1478:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1483:. 0|1:68,20:88:99:0|1:514805_A_T:569,0,2751:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,9:80:99:0|1:514805_A_T:155,0,2915:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:514805_A_T:2709,190,0:. 0|1:18,28:46:99:.:.:597,0,375:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1304:. 0|0:37,0:37:82:.:.:0,82,1031:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,17:43:99:0|1:514805_A_T:584,0,1048:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,17:66:99:0|1:514805_A_T:519,0,1989:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1334:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1482:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1532:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,39:39:99:1|1:514782_ATATT_A:1710,117,0:. 0|1:58,9:67:99:0|1:514805_A_T:203,0,2286:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1455:. 1|0:20,18:38:99:.:.:382,0,530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:72:.:.:0,72,987:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,43:44:87:1|1:514805_A_T:1773,87,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1458:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,33:34:71:.:.:1034,71,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2304,203,0:. 0|0:48,0:48:92:.:.:0,92,1302:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,112:113:99:1|1:514807_A_G:4880,295,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:514805_A_T:2018,135,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,931:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:51:1|1:514782_ATATT_A:543,51,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:21,3:24:63:.:.:63,0,853:. 1|0:26,43:69:99:0|1:514805_A_T:1690,0,928:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1190:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,887:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,38:38:99:1|1:514805_A_T:1639,114,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,399:. 1|0:21,23:44:99:.:.:617,0,730:. 1|0:24,15:39:99:.:.:278,0,631:. 0|1:6,29:35:99:0|1:514782_ATATT_A:1173,0,124:. 1|0:55,23:78:99:.:.:382,0,2087:. 1|0:87,7:94:8:0|1:514805_A_T:8,0,3623:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,2:2:6:1|1:514782_ATATT_A:90,6,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,51:53:70:1|1:514805_A_T:2150,70,0:. 1|1:0,32:32:96:1|1:514805_A_T:1407,96,0:. 0|0:36,0:36:78:.:.:0,78,1022:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,8:84:99:0|1:514805_A_T:104,0,3111:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1542:. 0|1:11,18:29:99:0|1:514805_A_T:648,0,408:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,618:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:17,79:96:99:0|1:514805_A_T:3205,0,476:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1306:. 0|0:39,0:39:98:.:.:0,98,1124:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:21,52:73:99:0|1:514805_A_T:2021,0,750:. 1|1:1,40:41:93:1|1:514805_A_T:1735,93,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1148:. 0|0:53,4:57:66:.:.:0,66,2173:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,16:27:99:0|1:514805_A_T:606,0,414:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,623:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,957:. 0|0:39,0:39:60:.:.:0,60,1066:. 0|1:23,29:52:99:0|1:514805_A_T:1115,0,848:. 1|1:0,25:25:75:1|1:514805_A_T:1071,75,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:75:1|1:514782_ATATT_A:1125,75,0:. 1|0:52,8:60:99:0|1:514805_A_T:179,0,2115:. 1|0:26,8:34:99:0|1:514805_A_T:258,0,1068:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,104,888:. 1|1:0,16:16:48:1|1:514805_A_T:638,48,0:. 0|0:30,0:30:71:.:.:0,71,873:. 1|0:26,15:41:99:0|1:514805_A_T:474,0,994:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1234:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:44,0:44:77:.:.:0,77,1240:. 1|1:0,47:47:99:1|1:514782_ATATT_A:1990,141,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,10:23:99:0|1:514805_A_T:381,0,516:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1387:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1065:. 0|0:34,2:36:55:.:.:0,55,1436:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,662:. 0|0:30,0:30:38:.:.:0,38,838:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1057:. 0|1:9,6:15:99:.:.:113,0,235:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1190:. 0|1:21,10:31:99:0|1:514805_A_T:327,0,838:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1031:. 1|1:0,20:20:60:1|1:514805_A_T:882,60,0:. 1|0:19,8:27:99:.:.:132,0,633:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:35:.:.:0,35,1038:. 1|1:0,31:31:93:1|1:514805_A_T:1378,93,0:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,931:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1489:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,783:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1158:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,829:. 1|1:0,18:18:54:1|1:514805_A_T:810,54,0:. 0|0:61,3:64:99:.:.:0,107,2409:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1360:. 0|0:1,2:3:21:0|1:514805_A_T:81,0,21:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1290:. 1|0:33,40:73:99:0|1:514805_A_T:1483,0,1308:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,16:37:99:0|1:514805_A_T:572,0,782:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:24,30:54:99:0|1:514805_A_T:1132,0,900:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,6:34:99:0|1:514805_A_T:168,0,1112:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,245:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,765:. 0|0:44,0:44:24:.:.:0,24,1096:. 0|0:52,0:52:98:.:.:0,98,1428:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1629:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,2:12:54:0|1:514805_A_T:54,0,401:. 1|1:0,12:12:36:1|1:514782_ATATT_A:511,36,0:. 0|0:25,0:25:44:.:.:0,44,683:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:3,6:9:99:.:.:133,0,108:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1259:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1293:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1438:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1308:. 1|1:0,57:57:99:1|1:514782_ATATT_A:2507,172,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1650:. 0|1:12,55:67:99:0|1:514805_A_T:2221,0,338:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,553:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1714:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1213:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1570:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1570:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1580:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1459:. 1|1:0,24:24:72:1|1:514805_A_T:1062,72,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:1|1:514805_A_T:1506,105,0:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,885:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1194:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,247:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,53:53:99:1|1:514805_A_T:2348,160,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,23:23:69:1|1:514782_ATATT_A:1011,69,0:. 1|1:0,32:32:96:1|1:514782_ATATT_A:1426,96,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:1|1:514805_A_T:1889,130,0:. 1|1:0,142:142:99:1|1:514782_ATATT_A:6245,428,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,22:22:66:1|1:514782_ATATT_A:965,66,0:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 1|0:3,21:24:51:0|1:514805_A_T:862,0,51:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1376:. 1|1:0,35:35:99:1|1:514782_ATATT_A:1526,105,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:514763_C_CATATATATATATATATAT:2310,160,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1552:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:3,35:38:30:.:.:1075,30,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,91:92:99:1|1:514805_A_T:3984,262,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1728:. 1|1:0,24:24:72:1|1:514805_A_T:1015,72,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:88:.:.:0,88,1301:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,36:60:99:.:.:1017,0,666:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1543:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,9:99:94:0|1:514805_A_T:94,0,3679:. 1|0:5,47:52:17:.:.:1471,0,17:. 1|1:0,98:98:99:1|1:514805_A_T:4372,298,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,32:38:99:0|1:514805_A_T:1293,0,156:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:16,0:16:20:.:.:0,20,496:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1685:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,16:85:99:0|1:514805_A_T:454,0,2763:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:60:.:.:0,60,1046:. 1|1:2,45:47:51:1|1:514782_ATATT_A:1843,51,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:48:.:.:0,48,932:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:35:.:.:0,35,552:. 1|0:21,72:93:99:0|1:514805_A_T:2828,0,653:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:27,6:33:99:0|1:514805_A_T:171,0,1065:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:94,12:106:24:.:.:24,0,3769:. 1|1:2,129:131:99:.:.:4762,300,0:. 0|0:60,3:63:99:.:.:0,112,2082:. 1|1:3,62:65:78:1|1:514805_A_T:2646,78,0:. 1|0:11,17:28:99:0|1:514782_ATATT_A:653,0,395:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1267:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1442:. 1|0:50,28:78:99:0|1:514805_A_T:980,0,1916:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,287:. 0|1:6,64:70:10:.:.:2327,0,10:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:49:.:.:0,49,2535:. 0|1:75,9:84:25:.:.:25,0,2322:. 1|0:15,26:41:99:0|1:514805_A_T:980,0,495:. 1|1:3,73:76:99:1|1:514805_A_T:3073,134,0:. 1|1:0,98:98:99:1|1:514805_A_T:4335,295,0:. 0|1:75,10:85:18:.:.:18,0,2267:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1217:. 1|1:0,97:97:99:1|1:514805_A_T:4167,292,0:. 1|1:7,125:132:99:.:.:3871,140,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,677:. 1|1:0,65:65:99:1|1:514782_ATATT_A:2868,196,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,25:70:99:.:.:613,0,1775:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:42:1|1:514782_ATATT_A:630,42,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1564:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1322:. 1|0:13,33:46:99:0|1:514782_ATATT_A:1267,0,930:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,702:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,52:52:99:1|1:514805_A_T:2275,157,0:. 1|1:0,26:26:78:1|1:514805_A_T:1141,78,0:. 1|1:0,55:55:99:1|1:514805_A_T:2371,166,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1227:. 1|1:0,72:72:99:1|1:514782_ATATT_A:3183,217,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,8:8:24:1|1:514805_A_T:360,24,0:. 1|1:27,0:27:.:.:.:0,0,0:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,720:. 0|0:10,1:11:0:.:.:0,0,327:. 1|1:0,7:7:21:1|1:514805_A_T:315,21,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,126:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:96:.:.:0,96,2021:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1422:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,39:41:33:1|1:514805_A_T:1629,33,0:. 1|1:0,47:47:99:1|1:514805_A_T:2091,142,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:514782_ATATT_A:2306,160,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1350:. 0|1:63,82:145:99:0|1:514805_A_T:3158,0,2367:. 1|0:10,20:30:99:1|0:514763_C_CAT:785,0,351:. 1|0:43,31:74:99:0|1:514805_A_T:1079,0,1672:. 1|1:0,195:195:99:1|1:514805_A_T:8514,587,0:. 1|0:43,12:55:99:.:.:188,0,1309:. 1|1:0,57:57:99:1|1:514805_A_T:2482,172,0:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,216:. 1|1:0,80:80:99:1|1:514805_A_T:3517,241,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1800:. Pf3D7_01_v3 514966 . G A 770100 PASS FS=0.597;MQ=54.36;QD=28.85;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.627;VQSLOD=5.4;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=10.6869;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=43.75;GQ_STDDEV=55.22;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0647;NCC=2;ClippingRankSum=0;BaseQRankSum=7.27;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=11.91;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=12439259;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=0.2059;MLEAC=233;MLEAF=0.046;AN=824;AC=32 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1422:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,366:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,129:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,415:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,632:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,873:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1413:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1295:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,808:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,475:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,161:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,192:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1200:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1595:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,651:. 0|0:234,0:234:0:.:.:0,0,1160:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1054:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,246:. 1|0:75,28:103:99:.:.:884,0,3056:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,118:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,285:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,270:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1520:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,1983:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1588:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1374:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,330:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,1521:. 0|0:77,0:77:96:.:.:0,96,1864:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1606:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1581:. 0|0:303,0:303:.:.:.:.:. 0|0:239,0:239:0:.:.:0,0,1011:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1431:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1410:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,83:. 0|0:134,0:134:0:.:.:0,0,593:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1213:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,548:. 0|0:139,0:139:0:.:.:0,0,505:. 0|0:298,0:298:0:.:.:0,0,3392:. 0|0:190,0:190:0:.:.:0,0,480:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1291:. 1|0:22,67:89:99:.:.:2684,0,685:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,196:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1087:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1089:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1401:. 0|0:173,0:173:0:.:.:0,0,770:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,950:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,1621:. 0|0:150,0:150:0:.:.:0,0,2765:. 0|0:114,0:114:0:.:.:0,0,480:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,1229:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,134:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,655:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,1206:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,107,1553:. 0|0:246,0:246:0:.:.:0,0,2209:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,137:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,925:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1388:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1509:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,392:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1243:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2313:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,341:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1482:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,611:. 0|0:232,0:232:0:.:.:0,0,1915:. 0|0:164,0:164:0:.:.:0,0,868:. 0|0:159,0:159:0:.:.:0,0,846:. 0|0:150,0:150:0:.:.:0,0,1119:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:0:.:.:0,0,1376:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,861:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:0:.:.:0,0,1874:. 0|0:163,0:163:0:.:.:0,0,579:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:0:.:.:0,0,2780:. 0|0:218,0:218:0:.:.:0,0,1511:. 0|1:15,91:106:99:0|1:514966_G_A:3737,0,345:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,362:. 0|0:138,0:138:0:.:.:0,0,2033:. 0|0:250,0:250:0:.:.:0,0,2174:. 0|0:164,0:164:0:.:.:0,0,2097:. 1|1:3,145:148:99:.:.:6316,322,0:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,490:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1483:. 0|0:190,0:190:0:.:.:0,0,3604:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:0:.:.:0,0,1470:. 0|0:210,0:210:0:.:.:0,0,901:. 0|0:254,0:254:0:.:.:0,0,1074:. 0|0:253,0:253:0:.:.:0,0,1059:. 0|0:289,0:289:0:.:.:0,0,1596:. 0|0:124,0:124:0:.:.:0,0,2091:. 0|0:220,0:220:0:.:.:0,0,2007:. 0|0:137,0:137:0:.:.:0,0,2680:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:0:.:.:0,0,2911:. 0|0:169,0:169:0:.:.:0,0,704:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1482:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1358:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:250,0:250:0:.:.:0,0,1108:. 0|0:192,0:192:0:.:.:0,0,2899:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1455:. 0|0:152,0:152:0:.:.:0,0,285:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1724:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:0:.:.:0,0,2149:. 0|0:201,0:201:0:.:.:0,0,1114:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1458:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:1|1:514966_G_A:9085,608,0:. 0|0:179,0:179:0:.:.:0,0,471:. 0|0:262,0:262:0:.:.:0,0,248:. 0|0:140,0:140:0:.:.:0,0,405:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:0:.:.:0,0,1462:. 0|0:339,0:339:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,642:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,931:. 1|1:0,88:88:99:1|1:514966_G_A:4049,271,0:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,169:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,874:. 0|1:59,57:116:99:.:.:2174,0,2292:. 0|0:163,0:163:0:.:.:0,0,774:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1029:. 0|0:294,0:294:0:.:.:0,0,1474:. 0|0:143,0:143:0:.:.:0,0,682:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,396:. 0|0:161,0:161:0:.:.:0,0,1181:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,884:. 0|0:193,0:193:0:.:.:0,0,1911:. 0|0:213,0:213:0:.:.:0,0,3300:. 0|0:188,0:188:0:.:.:0,0,437:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:0:.:.:0,0,1676:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,1157:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,1110:. 0|0:137,0:137:0:.:.:0,0,2403:. 0|0:185,0:185:0:.:.:0,0,3022:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,449:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1542:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,844:. 0|0:112,0:112:.:.:.:.:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,2683:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1306:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1158:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:0:.:.:0,0,1551:. 0|0:177,0:177:0:.:.:0,0,1229:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1148:. 0|0:100,0:100:14:.:.:0,14,2270:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,1335:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,418:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1091:. 0|0:232,0:232:0:.:.:0,0,1976:. 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,584:. 0|0:190,0:190:0:.:.:0,0,1657:. 0|0:160,0:160:0:.:.:0,0,413:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,1886:. 0|0:72,0:72:58:.:.:0,58,1682:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,761:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1299:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,1439:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,1545:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,846:. 0|0:236,0:236:0:.:.:0,0,1222:. 0|0:185,0:185:0:.:.:0,0,2799:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,728:. 0|0:223,0:223:0:.:.:0,0,1789:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1065:. 0|0:65,2:67:99:0|1:514966_G_A:0,126,2761:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,405:. 0|0:114,0:114:0:.:.:0,0,1849:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,486:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1197:. 1|1:0,62:62:99:1|1:514966_G_A:2776,187,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,985:. 0|0:109,0:109:0:.:.:0,0,680:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:32:.:.:0,32,2028:. 0|0:149,0:149:0:.:.:0,0,518:. 1|1:0,54:54:99:1|1:514966_G_A:2520,169,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1489:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,384:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1158:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1509:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,971:. 0|0:172,0:172:0:.:.:0,0,3034:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1360:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,221:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:0:.:.:0,0,1949:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,1429:. 0|0:177,0:177:0:.:.:0,0,924:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:34,9:43:99:.:.:279,0,1373:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,148:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:0:.:.:0,0,4655:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,1950:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:163,0:163:0:.:.:0,0,2306:. 0|0:89,0:89:0:.:.:0,0,1812:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1629:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,3:16:47:0|1:514966_G_A:47,0,558:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,273:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,268:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1259:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1293:. 0|0:136,7:143:99:.:.:0,112,5755:. 0|0:251,0:251:0:.:.:0,0,1361:. 0|0:233,0:233:0:.:.:0,0,168:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1308:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1650:. 0|0:280,0:280:0:.:.:0,0,2320:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1714:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1213:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1570:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1570:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1189:. 0|0:202,0:202:0:.:.:0,0,2530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:0:.:.:0,0,854:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1215:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:93:1|1:514966_G_A:1395,93,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:252,0:252:0:.:.:0,0,2668:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:0:.:.:0,0,1516:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:0:.:.:0,0,1952:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:958,0:958:0:.:.:0,0,6338:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:81,0:81:.:.:.:0,0,0:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,104:. 0|0:107,0:107:.:.:.:0,0,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:178,0:178:0:.:.:0,0,1052:. 0|0:273,0:273:0:.:.:0,0,1560:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,115,1552:. 0|0:175,0:175:0:.:.:0,0,1407:. 0|0:308,0:308:0:.:.:0,0,2516:. 0|0:277,0:277:0:.:.:0,0,2042:. 0|0:508,0:508:.:.:.:0,0,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:467,0:467:.:.:.:0,0,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1728:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,538:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1429:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:4:.:.:0,4,5387:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1543:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:0:.:.:0,0,2300:. 0|1:33,152:185:99:.:.:6194,0,851:. 0|0:284,0:284:0:.:.:0,0,1328:. 0|0:259,0:259:0:.:.:0,0,1748:. 0|0:346,0:346:.:.:.:0,0,0:. 1|0:76,9:85:99:.:.:145,0,3234:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,767:. 0|0:325,0:325:0:.:.:0,0,2162:. 0|0:306,0:306:0:.:.:0,0,1082:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:0:.:.:0,0,836:. 0|0:253,0:253:0:.:.:0,0,6448:. 0|0:255,0:255:0:.:.:0,0,5323:. 0|0:157,0:157:.:.:.:0,0,0:. 0|0:281,0:281:0:.:.:0,0,1259:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:.:0,0,0:. 0|0:209,0:209:0:.:.:0,0,2311:. 0|1:62,0:62:.:.:.:0,0,0:. 0|0:235,15:250:89:.:.:0,89,12335:. 1|1:5,245:250:99:.:.:10522,540,0:. 1|0:95,41:136:99:.:.:1416,0,3682:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,198:201:99:.:.:8673,471,0:. 0|0:267,0:267:0:.:.:0,0,1113:. 0|0:240,0:240:0:.:.:0,0,1797:. 0|1:64,16:80:99:.:.:423,0,2636:. 0|0:247,0:247:0:.:.:0,0,4456:. 0|0:122,0:122:71:.:.:0,71,3150:. 0|1:40,88:128:99:0|1:514966_G_A:3532,0,2014:. 0|0:42,0:42:.:.:.:0,0,0:. 0|0:321,0:321:0:.:.:0,0,2206:. 1|1:0,265:265:99:1|1:514966_G_A:11809,822,0:. 0|0:299,0:299:0:.:.:0,0,1737:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:.:.:.:0,0,0:. 0|1:71,23:94:99:.:.:743,0,3007:. 0|0:304,0:304:0:.:.:0,0,2235:. 0|0:274,0:274:0:.:.:0,0,1361:. 0|0:398,0:398:.:.:.:0,0,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1217:. 0|0:385,0:385:0:.:.:0,0,3842:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,112,1231:. 0|0:438,0:438:0:.:.:0,0,2019:. 0|0:333,0:333:.:.:.:0,0,0:. 0|0:229,0:229:0:.:.:0,0,4371:. 0|0:461,0:461:.:.:.:0,0,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,2156:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:267,0:267:0:.:.:0,0,555:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1322:. 0|0:241,0:241:0:.:.:0,0,2438:. 1|1:0,185:185:99:1|1:514966_G_A:8460,572,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,783:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1619:. 0|0:267,0:267:0:.:.:0,0,1165:. 0|0:210,0:210:0:.:.:0,0,1504:. 0|0:251,0:251:0:.:.:0,0,2025:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:336,0:336:0:.:.:0,0,756:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,848:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1453:. 0|0:69,0:69:60:.:.:0,60,1965:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,847:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,999:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:0:.:.:0,0,902:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:0:.:.:0,0,1297:. 0|0:259,0:259:0:.:.:0,0,1066:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,1521:. 0|0:325,0:325:0:.:.:0,0,5629:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:0:.:.:0,0,764:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1366:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:420,0:420:0:.:.:0,0,1593:. 0|0:211,0:211:0:.:.:0,0,2326:. Pf3D7_01_v3 515036 . G T 5.79452e+06 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=30.26;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.634;VQSLOD=9.53;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.77;ClippingRankSum=0;ExcessHet=7.118;FractionInformativeReads=0.996;GC=47.62;GQ_MEAN=43.26;GQ_STDDEV=51.08;HRun=3;InbreedingCoeff=0.0442;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.37;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13799446;AF=0.236;AS_InbreedingCoeff=0.0442;MLEAC=1422;MLEAF=0.271;AN=854;AC=15 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1315:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,898:. 0|0:50,0:50:60:.:.:0,60,1262:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,953:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1807:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1295:. 0|0:31,0:31:65:.:.:0,65,840:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1476:. 0|0:31,0:31:3:.:.:0,3,745:. 0|0:46,0:46:5:.:.:0,5,1075:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,486:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1422:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1325:. 0|0:219,0:219:0:.:.:0,0,3517:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1054:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1146:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2277:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,405:. 0|0:16,0:16:24:.:.:0,24,373:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,527:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1254:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,2129:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1574:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1374:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,910:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,1297:. 0|0:67,0:67:76:.:.:0,76,1627:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1606:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:0:.:.:0,0,6171:. 0|0:237,0:237:0:.:.:0,0,4384:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1237:. 0|0:34,0:34:7:.:.:0,7,793:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,1879:. 0|0:71,0:71:58:.:.:0,58,1705:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,589:. 0|0:140,0:140:0:.:.:0,0,2811:. 0|0:263,0:263:0:.:.:0,0,5135:. 0|0:189,0:189:0:.:.:0,0,3665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1291:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,1745:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,1776:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1574:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:0:.:.:0,0,2550:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1177:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,2198:. 0|0:152,0:152:0:.:.:0,0,3349:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,1780:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1673:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1236:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1069:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,2269:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:0:.:.:0,0,5046:. 0|0:89,0:89:0:.:.:0,0,1749:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,925:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1248:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,1222:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1544:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1979,205,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,39:51:99:.:.:1052,0,181:. 0|0:230,0:230:0:.:.:0,0,3257:. 0|0:133,0:133:0:.:.:0,0,2402:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,2386:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,2034:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2535:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1207:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:0:.:.:0,0,3008:. 0|0:166,0:166:0:.:.:0,0,3282:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:0:.:.:0,0,4724:. 0|0:192,0:192:0:.:.:0,0,3734:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,2725:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2613:. 0|0:220,0:220:0:.:.:0,0,4654:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:162,22:184:74:.:.:74,0,3659:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:0:.:.:0,0,4628:. 0|0:190,0:190:0:.:.:0,0,3107:. 0|0:216,0:216:0:.:.:0,0,3975:. 0|0:235,0:235:0:.:.:0,0,3950:. 0|0:258,0:258:0:.:.:0,0,4136:. 0|0:129,0:129:0:.:.:0,0,2552:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:0:.:.:0,0,3374:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,2270:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1482:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:271,0:271:0:.:.:0,0,4936:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:8:.:.:0,8,3360:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:0:.:.:0,0,3530:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,3174:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,174:175:99:.:.:4679,488,0:. 1|1:1,237:238:99:.:.:6699,679,0:. 0|0:142,0:142:0:.:.:0,0,2156:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,211:212:99:.:.:6083,619,0:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2230:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2596,267,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:0:.:.:0,0,2599:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:0:.:.:0,0,3517:. 0|0:128,0:128:0:.:.:0,0,2232:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,1362:. 0|0:188,0:188:0:.:.:0,0,3379:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,1689:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,3105:. 0|0:193,0:193:0:.:.:0,0,4233:. 0|0:174,0:174:52:.:.:0,52,3939:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,57:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:0:.:.:0,0,3000:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1173:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,1385:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:171,0:171:0:.:.:0,0,3749:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,1978:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:94:.:.:0,94,2127:. 0|0:81,0:81:18:.:.:0,18,1882:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2293:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1158:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:0:.:.:0,0,2123:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,2729:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,1863:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1308:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1091:. 0|0:260,0:260:0:.:.:0,0,4488:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,2686:. 0|0:167,0:167:0:.:.:0,0,2161:. 0|0:163,0:163:0:.:.:0,0,2682:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,1212:. 0|0:69,0:69:78:.:.:0,78,1657:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,2229:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,1946:. 0|0:195,0:195:0:.:.:0,0,3017:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1486:. 0|0:241,0:241:0:.:.:0,0,4961:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:1:.:.:0,1,1850:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1006:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1262:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,2864:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1349:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,985:. 0|0:144,0:144:0:.:.:0,0,3069:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,2497:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1489:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,837:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1509:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,971:. 0|0:166,0:166:19:.:.:0,19,3786:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1360:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,285:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:0:.:.:0,0,2775:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2282:. 0|0:141,0:141:0:.:.:0,0,2508:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:50,19:69:99:.:.:360,0,1166:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,621:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:333,0:333:0:.:.:0,0,6506:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,543:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:162,0:162:0:.:.:0,0,2711:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:22:.:.:0,22,452:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,916:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1116,114,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,462:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:0:.:.:0,0,5426:. 0|0:251,0:251:0:.:.:0,0,5576:. 0|0:224,0:224:0:.:.:0,0,5982:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1650:. 0|0:284,0:284:0:.:.:0,0,6676:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1714:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1213:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1570:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1189:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:0:.:.:0,0,5070:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:0:.:.:0,0,4808:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:0:.:.:0,0,5085:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:0:.:.:0,0,5587:. 0|0:559,0:559:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:925,0:925:0:.:.:0,0,19921:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,2285:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,1041:. 0|0:112,0:112:.:.:.:.:0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:162,0:162:0:.:.:0,0,3286:. 0|0:268,0:268:0:.:.:0,0,6155:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:115 0|0:177,0:177:0:.:.:0,0,3794:. 0|0:296,0:296:0:.:.:0,0,6135:. 0|0:265,0:265:0:.:.:0,0,5031:. 0|0:584,0:584:.:.:.:.:0 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:527,0:527:.:.:.:.:0 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1858:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1429:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1543:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:0:.:.:0,0,4802:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:271,0:271:0:.:.:0,0,6663:. 0|0:251,0:251:0:.:.:0,0,4953:. 0|0:399,0:399:.:.:.:.:0 0|0:126,0:126:0:.:.:0,0,3244:. 0|0:284,0:284:.:.:.:.:120 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,912:. 0|0:309,0:309:0:.:.:0,0,6537:. 0|0:284,0:284:0:.:.:0,0,5849:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:0:.:.:0,0,5453:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:73:.:.:0,73,7059:. 0|0:182,0:182:.:.:.:.:0 0|0:277,0:277:0:.:.:0,0,6289:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:.:.:.:.:0 0|0:212,0:212:0:.:.:0,0,4859:. 0|0:79,0:79:.:.:.:.:0 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:.:.:.:.:120 0|0:204,0:204:88:.:.:0,88,5463:. 0|0:315,0:315:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:.:.:.:.:120 0|0:261,0:261:0:.:.:0,0,6295:. 0|0:245,0:245:0:.:.:0,0,5342:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:0 0|0:253,0:253:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:9 0|0:281,0:281:0:.:.:0,0,5748:. 0|0:319,0:319:.:.:.:.:120 0|0:277,0:277:0:.:.:0,0,5888:. 0|0:211,0:211:.:.:.:.:120 0|0:419,0:419:.:.:.:.:0 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,2915:. 0|0:265,0:265:0:.:.:0,0,5608:. 0|0:263,0:263:0:.:.:0,0,5830:. 0|0:480,0:480:.:.:.:.:0 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:.:.:.:.:0 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:435,0:435:0:.:.:0,0,9779:. 0|0:402,0:402:.:.:.:.:0 0|0:224,0:224:85:.:.:0,85,6323:. 0|0:507,0:507:.:.:.:.:0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:0:.:.:0,0,5743:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:0:.:.:0,0,5936:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1784:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:0:.:.:0,0,4305:. 0|0:214,0:214:0:.:.:0,0,5205:. 0|0:242,0:242:0:.:.:0,0,4078:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:0:.:.:0,0,7589:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:0:.:.:0,0,3330:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1453:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:0:.:.:0,0,3690:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:0:.:.:0,0,5730:. 0|0:235,0:235:0:.:.:0,0,5413:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1809:. 0|0:360,0:360:12:.:.:0,12,9743:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:0:.:.:0,0,5150:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,882:. 0|0:415,0:415:0:.:.:0,0,9161:. 0|0:207,0:207:0:.:.:0,0,4626:. Pf3D7_01_v3 515215 . T A 1.20449e+07 PASS FS=0;MQ=59.97;QD=26.93;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.702;VQSLOD=7.4;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.81;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.982;GC=23.81;GQ_MEAN=169.92;GQ_STDDEV=175.89;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6811;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.302;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14156168;AF=0.417;AS_InbreedingCoeff=0.5967;MLEAC=2198;MLEAF=0.418;AN=858;AC=334 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:34,23:57:99:.:.:563,0,1248 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|0:43,29:72:99:.:.:729,0,1170 1|0:44,23:67:99:.:.:546,0,1214 0|0:47,0:47:79:.:.:0,79,1388 0|1:5,48:53:28:.:.:1362,0,28 1|1:1,47:48:99:.:.:1491,113,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,72:72:99:.:.:2323,217,0 1|0:12,54:66:99:.:.:1460,0,191 0|1:18,13:31:99:.:.:299,0,491 1|1:0,80:80:99:.:.:2497,240,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1182 0|1:19,25:44:99:.:.:669,0,460 1|1:0,39:39:99:.:.:1251,117,0 1|1:1,30:31:83:.:.:944,83,0 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,251 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900 0|0:29,0:29:54:.:.:0,54,871 1|1:0,32:32:96:.:.:1009,96,0 0|1:53,13:66:99:.:.:223,0,1408 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1779 1|1:0,194:194:99:.:.:5784,582,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1054 1|1:0,46:46:99:.:.:1425,138,0 1|0:93,39:132:99:.:.:729,0,2359 1|1:1,14:15:13:.:.:391,13,0 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,310 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1374 1|1:0,59:59:99:.:.:1771,176,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3326,335,0 0|1:67,16:83:99:.:.:250,0,1882 1|0:24,36:60:99:.:.:974,0,582 1|0:112,233:345:99:.:.:5964,0,2431 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1374 0|1:90,72:162:99:.:.:1782,0,2337 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|1:44,15:59:99:.:.:282,0,1175 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|0:56,14:70:99:.:.:195,0,1483 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1606 1|0:56,80:136:99:.:.:1974,0,1250 1|1:0,72:72:99:.:.:2190,216,0 0|0:235,0:235:99:.:.:0,102,1800 1|1:0,223:223:99:.:.:6788,670,0 0|1:29,97:126:99:.:.:2499,0,503 0|1:80,16:96:99:.:.:199,0,2137 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|1:109,25:134:99:.:.:345,0,2851 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|0:21,12:33:99:.:.:264,0,505 1|1:5,104:109:99:.:.:2982,170,0 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1291 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800 1|1:6,97:103:99:.:.:2680,119,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|1:62,22:84:99:.:.:407,0,1578 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|1:113,16:129:99:.:.:104,0,3118 1|1:0,152:152:99:.:.:4577,456,0 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1177 1|0:46,70:116:99:.:.:1717,0,1066 1|0:142,18:160:83:.:.:83,0,3922 1|0:21,73:94:99:.:.:1954,0,379 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,91:95:99:.:.:2632,245,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1690,174,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,152:152:99:.:.:4506,455,0 1|0:102,13:115:58:.:.:58,0,2863 1|1:3,117:120:99:.:.:3439,265,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|1:108,116:224:99:.:.:2831,0,2598 0|1:94,13:107:79:.:.:79,0,2595 1|1:0,85:85:99:.:.:2417,254,0 1|0:23,42:65:99:.:.:1039,0,517 0|1:10,70:80:70:.:.:1846,0,70 1|1:0,61:61:99:.:.:1831,183,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1402 0|1:99,46:145:99:.:.:968,0,2617 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1749 1|1:0,196:196:99:.:.:6039,589,0 1|1:12,188:200:99:.:.:5373,235,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1522 1|1:1,196:197:99:.:.:5653,580,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5022,498,0 0|0:122,0:122:11:.:.:0,11,3066 1|1:10,123:133:82:.:.:3312,82,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,119:126:99:.:.:3320,161,0 0|1:31,68:99:99:.:.:1747,0,645 0|1:66,11:77:87:.:.:87,0,1731 1|1:10,152:162:99:.:.:4244,176,0 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:12,195:207:99:.:.:5361,251,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|0:116,0:116:99:.:.:0,111,1800 0|1:64,88:152:99:.:.:2145,0,1534 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 0|1:79,65:144:99:0|1:515215_T_A:1453,0,2102 1|1:12,194:206:99:.:.:5561,229,0 1|0:29,164:193:99:.:.:4408,0,293 1|1:0,185:185:99:.:.:5380,554,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 1|0:65,116:181:99:.:.:2854,0,1463 1|1:0,279:279:99:.:.:8246,835,0 0|1:61,83:144:99:.:.:2038,0,1407 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 1|1:20,192:212:76:.:.:5202,76,0 1|0:156,50:206:99:.:.:896,0,4278 1|1:10,141:151:99:.:.:3896,173,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1482 1|1:0,158:158:99:.:.:4585,474,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|1:88,142:230:99:.:.:3459,0,1927 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|0:81,86:167:99:.:.:2015,0,1965 0|1:137,26:163:99:.:.:278,0,3789 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800 0|0:218,0:218:17:.:.:0,17,5332 0|0:231,0:231:99:.:.:0,101,1800 1|1:6,160:166:99:.:.:4456,311,0 1|1:1,255:256:99:.:.:7331,733,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:156,51:207:99:.:.:978,0,4058 1|0:175,77:252:99:.:.:1531,0,4512 1|1:0,231:231:99:.:.:6824,693,0 1|1:0,225:225:99:.:.:6656,674,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,105,1800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,132:132:99:.:.:3956,396,0 0|1:147,46:193:99:.:.:789,0,3993 0|1:180,30:210:99:.:.:276,0,4952 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575 1|1:8,108:116:92:.:.:2926,92,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3526,342,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,259:264:99:.:.:7343,638,0 0|1:58,25:83:99:0|1:515215_T_A:731,0,1321 0|1:83,89:172:99:.:.:2100,0,2104 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,142:142:99:.:.:4171,424,0 0|1:87,51:138:99:.:.:1131,0,2345 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800 1|0:80,52:132:99:.:.:1144,0,2101 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 1|0:132,82:214:99:.:.:1806,0,3374 0|1:142,45:187:99:.:.:819,0,3792 1|1:0,211:211:99:.:.:6352,633,0 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,276 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,175:176:99:.:.:5206,495,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2801,279,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2940,294,0 0|1:62,37:99:99:.:.:832,0,1643 0|0:115,0:115:99:.:.:0,106,1800 0|1:148,34:182:99:.:.:472,0,3993 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800 1|0:62,118:180:99:.:.:2936,0,1356 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:27,52:79:99:.:.:1343,0,605 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1800 1|0:80,46:126:99:.:.:1018,0,2146 1|0:109,54:163:99:0|1:515215_T_A:1376,0,4032 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|1:33,68:101:99:.:.:1741,0,717 1|1:2,113:115:99:.:.:3381,281,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1158 0|0:126,0:126:99:.:.:0,108,1800 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:142,0:142:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,256:256:99:.:.:7666,767,0 1|1:1,110:111:99:.:.:3291,302,0 1|0:85,10:95:28:.:.:28,0,2287 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|0:29,60:89:99:.:.:1488,0,658 1|1:0,90:90:99:.:.:2617,269,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1091 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 1|0:86,54:140:99:.:.:1160,0,2146 1|1:7,151:158:99:.:.:4317,250,0 1|1:1,124:125:99:.:.:3673,344,0 0|1:85,53:138:99:.:.:1130,0,2237 0|1:82,18:100:99:.:.:233,0,2200 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800 0|1:24,50:74:99:.:.:1323,0,556 0|1:54,61:115:99:.:.:1437,0,1297 0|1:42,64:106:99:.:.:1646,0,988 1|1:2,148:150:99:.:.:4372,386,0 1|1:7,102:109:99:.:.:2846,99,0 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|1:100,87:187:99:.:.:2060,0,2557 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,65:69:94:.:.:1811,94,0 0|1:59,151:210:99:.:.:3828,0,1143 1|0:97,12:109:41:.:.:41,0,2654 0|1:25,67:92:99:.:.:1742,0,509 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1006 0|1:58,9:67:63:.:.:63,0,1614 1|0:60,74:134:99:.:.:1837,0,1465 1|0:18,32:50:99:.:.:832,0,413 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|0:32,50:82:99:.:.:1267,0,720 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,87:87:99:.:.:2615,261,0 1|0:99,45:144:99:.:.:901,0,2573 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:99,0:99:48:.:.:0,48,2571 1|1:0,123:123:99:.:.:3678,369,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2169,210,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1489 1|1:0,74:74:99:.:.:2297,223,0 1|0:23,99:122:99:.:.:2633,0,348 1|1:0,115:115:99:.:.:3384,344,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1509 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,971 0|1:159,26:185:99:.:.:167,0,4419 1|1:0,129:129:99:.:.:3913,387,0 1|0:8,2:10:31:.:.:31,0,222 1|0:49,126:175:99:.:.:3169,0,925 0|1:63,55:118:99:.:.:1311,0,1625 1|0:71,74:145:99:.:.:1716,0,1742 0|1:75,31:106:99:.:.:615,0,2015 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:106,0:106:99:.:.:0,106,1800 0|1:20,55:75:99:.:.:1407,0,403 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,109:109:99:.:.:3331,328,0 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800 0|0:118,0:118:99:.:.:0,118,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1076 1|1:0,150:150:99:.:.:4378,448,0 1|0:80,28:108:99:.:.:531,0,2226 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 1|0:60,51:111:99:.:.:1149,0,1522 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:19,15:34:99:.:.:329,0,491 0|1:36,36:72:99:.:.:846,0,879 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,991 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800 0|0:23,0:23:38:.:.:0,38,623 1|1:0,215:215:99:.:.:7725,646,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,239:243:99:.:.:8374,582,0 1|1:1,257:258:99:.:.:9253,741,0 0|0:173,0:173:99:.:.:0,103,1800 1|0:205,28:233:99:.:.:300,0,6850 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,181:181:99:.:.:6415,544,0 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,210:211:99:.:.:7474,597,0 1|1:0,214:214:99:.:.:7674,643,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1199 1|1:0,273:273:99:.:.:9657,820,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7808,658,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8497,722,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1570 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,242:242:99:.:.:8745,727,0 1|1:14,170:184:44:.:.:5490,44,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1189 0|1:150,84:234:99:.:.:2343,0,4739 1|1:0,319:319:99:.:.:11310,962,0 0|1:147,60:207:99:.:.:1529,0,4752 1|1:0,131:131:99:.:.:4511,394,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4463,379,0 1|1:1,213:214:99:.:.:7518,608,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1460 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:.:.:6694,563,0 1|1:4,141:145:99:.:.:4795,289,0 1|1:0,260:260:99:.:.:9313,781,0 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,254:254:99:.:.:9053,764,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 0|0:559,0:559:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,911:912:99:.:.:32429,2710,0 1|1:0,723:723:99:.:.:25573,2174,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,93:100:76:.:.:2916,76,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,507:508:99:.:.:17259,1496,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4755,414,0 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,270:270:99:.:.:9249,811,0 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 1|0:152,133:285:99:.:.:3657,0,4363 1|1:1,561:562:99:.:.:18771,1646,0 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1429 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1543 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 0|0:251,23:276:57:.:.:0,57,8056 1|1:0,278:278:99:.:.:9322,835,0 0|0:221,0:221:99:.:.:0,113,1800 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,434:440:99:.:.:14052,1097,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,100,1800 0|1:231,234:465:99:.:.:6338,0,6694 1|0:44,5:49:19:.:.:19,0,1405 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 1|0:55,236:291:99:.:.:6953,0,1032 1|0:207,69:276:99:.:.:1511,0,6225 0|1:132,75:207:99:.:.:1816,0,3829 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|0:52,184:236:99:.:.:5590,0,1037 1|0:58,30:88:99:.:.:772,0,1714 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,309:315:99:.:.:9656,724,0 0|1:89,166:255:99:.:.:4868,0,2307 1|1:2,275:277:99:.:.:9154,761,0 1|0:35,158:193:99:.:.:4763,0,643 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800 0|0:117,0:117:99:.:.:0,118,1800 0|0:180,18:198:32:.:.:0,32,5590 0|0:44,0:44:11:.:.:0,11,1220 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,0:125:57:.:.:0,57,3607 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 1|1:22,500:522:99:.:.:16066,829,0 1|1:1,213:214:99:.:.:7319,607,0 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,576:576:99:.:.:20034,1732,0 0|1:55,38:93:99:.:.:1015,0,1663 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,382:383:99:.:.:12962,1115,0 0|1:109,140:249:99:0|1:515215_T_A:4060,0,5130 1|1:0,587:587:99:.:.:19682,1752,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|0:81,69:150:99:.:.:1938,0,2350 1|1:0,172:172:99:.:.:6000,517,0 1|1:0,254:254:99:.:.:8877,763,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,206:206:99:.:.:7185,619,0 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,296:297:99:.:.:10307,883,0 1|1:0,248:248:99:.:.:8467,746,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,68:68:99:.:.:2393,205,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1453 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665 0|0:25,0:25:40:.:.:0,40,816 1|1:0,311:311:99:1|1:515215_T_A:13905,957,0 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,33:33:99:.:.:1148,99,0 1|1:0,266:266:99:.:.:9119,799,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|0:217,44:261:99:.:.:732,0,7061 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,240:240:99:.:.:8502,722,0 1|0:303,247:550:99:.:.:7015,0,9131 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:.:.:6461,562,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,73:75:99:.:.:2430,175,0 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,196:196:99:.:.:6875,590,0 Pf3D7_01_v3 515274 . A C 2.1764e+07 PASS FS=0;MQ=60.13;QD=26.97;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.685;VQSLOD=9.98;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.985;GC=23.81;GQ_MEAN=229.38;GQ_STDDEV=285.31;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6465;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.607;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14512425;AF=0.653;AS_InbreedingCoeff=0.5996;MLEAC=3446;MLEAF=0.656;AN=856;AC=475 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:24,29:53:99:0|1:515274_A_C:948,0,857 1|1:2,76:78:87:1|1:515274_A_C:2806,87,0 0|0:68,7:75:39:.:.:0,39,1976 1|0:43,17:60:99:0|1:515274_A_C:482,0,1587 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1392 1|1:0,47:47:99:1|1:515274_A_C:1925,147,0 1|1:0,43:43:99:1|1:515274_A_C:1758,132,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,64:64:99:1|1:515274_A_C:2669,202,0 1|1:1,88:89:99:1|1:515274_A_C:3461,264,0 0|1:9,19:28:99:0|1:515274_A_C:588,0,250 1|1:0,89:89:99:1|1:515274_A_C:3535,271,0 0|0:62,0:62:77:.:.:0,77,1697 0|1:16,20:36:99:0|1:515274_A_C:768,0,541 0|1:29,0:29:.:.:.:. 1|1:0,24:24:75:1|1:515274_A_C:903,75,0 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,197 1|1:0,27:27:81:1|1:515274_A_C:1027,81,0 1|1:0,22:22:69:1|1:515274_A_C:945,69,0 1|1:0,31:31:99:1|1:515274_A_C:1332,99,0 0|1:58,10:68:99:0|1:515274_A_C:201,0,2262 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1779 1|1:0,197:197:99:1|1:515274_A_C:8334,610,0 1|1:0,74:74:99:1|1:515274_A_C:3211,234,0 1|1:0,35:35:99:1|1:515274_A_C:1396,111,0 1|0:85,33:118:99:.:.:491,0,2908 1|1:0,16:16:51:1|1:515274_A_C:694,51,0 1|1:0,13:13:39:1|1:515274_A_C:551,39,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1374 1|1:0,51:51:99:1|1:515274_A_C:1966,152,0 1|1:1,117:118:99:1|1:515274_A_C:4700,315,0 1|1:0,108:108:99:1|1:515274_A_C:4226,327,0 1|1:1,67:68:99:1|1:515274_A_C:2749,203,0 1|1:0,357:357:99:1|1:515274_A_C:14578,1088,0 1|1:0,53:53:99:1|1:515274_A_C:2229,162,0 0|1:62,108:170:99:0|1:515274_A_C:3693,0,2010 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|1:58,13:71:99:0|1:515274_A_C:448,0,2089 1|0:52,18:70:99:0|1:515274_A_C:452,0,1765 1|1:1,65:66:99:1|1:515274_A_C:2700,195,0 1|1:0,115:115:99:1|1:515274_A_C:4859,355,0 1|0:57,79:136:99:0|1:515274_A_C:3001,0,1875 1|1:0,64:64:99:1|1:515274_A_C:2651,198,0 1|1:0,232:232:99:1|1:515274_A_C:9416,712,0 1|1:1,215:216:99:1|1:515274_A_C:8755,654,0 1|1:0,115:115:99:1|1:515274_A_C:4455,348,0 0|1:20,82:102:99:0|1:515274_A_C:2975,0,547 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350 0|1:97,16:113:99:0|1:515274_A_C:312,0,3790 1|0:34,36:70:99:0|1:515274_A_C:1304,0,1928 1|1:0,135:135:99:1|1:515274_A_C:5681,415,0 1|1:0,29:29:93:1|1:515274_A_C:1206,93,0 0|1:9,95:104:75:0|1:515274_A_C:3593,0,75 0|1:185,58:243:99:0|1:515274_A_C:1629,0,8863 1|1:1,132:133:99:1|1:515274_A_C:5364,350,0 1|1:4,72:76:64:1|1:515274_A_C:2723,64,0 0|1:75,28:103:99:0|1:515274_A_C:896,0,4637 1|1:6,93:99:45:1|1:515274_A_C:3545,45,0 1|0:56,11:67:99:0|1:515274_A_C:223,0,3440 0|1:31,54:85:99:.:.:1234,0,947 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|1:86,37:123:99:0|1:515274_A_C:1203,0,3181 1|1:0,142:142:99:1|1:515274_A_C:5999,445,0 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1177 1|0:28,74:102:99:0|1:515274_A_C:2567,0,837 0|0:161,0:161:0:.:.:0,0,3841 1|0:27,68:95:99:.:.:1599,0,550 1|1:1,56:57:99:1|1:515274_A_C:2346,167,0 1|1:0,86:86:99:1|1:515274_A_C:3475,261,0 1|1:0,57:57:99:1|1:515274_A_C:2290,174,0 0|1:21,33:54:99:0|1:515274_A_C:1305,0,1011 1|1:1,124:125:99:1|1:515274_A_C:5274,356,0 1|1:1,123:124:99:1|1:515274_A_C:4972,345,0 1|1:2,115:117:99:1|1:515274_A_C:4566,265,0 1|1:1,57:58:99:1|1:515274_A_C:2242,167,0 0|1:93,137:230:99:0|1:515274_A_C:4718,0,3315 0|1:71,14:85:99:0|1:515274_A_C:278,0,2896 1|1:2,72:74:99:1|1:515274_A_C:2666,131,0 1|0:16,35:51:99:0|1:515274_A_C:1375,0,616 1|1:4,66:70:81:1|1:515274_A_C:2665,81,0 1|1:0,71:71:99:1|1:515274_A_C:2961,219,0 1|0:28,22:50:99:0|1:515274_A_C:732,0,1479 1|1:0,110:110:99:1|1:515274_A_C:4475,334,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1749 1|1:0,168:168:99:1|1:515274_A_C:6999,514,0 1|1:0,190:190:99:1|1:515274_A_C:8019,587,0 1|0:47,6:53:13:.:.:13,0,1185 1|1:1,182:183:99:1|1:515274_A_C:7462,517,0 1|1:0,162:162:99:1|1:515274_A_C:6888,505,0 1|1:0,122:122:99:1|1:515274_A_C:5126,379,0 1|0:14,118:132:99:0|1:515274_A_C:4335,0,203 1|1:1,159:160:99:1|1:515274_A_C:6749,481,0 1|1:4,113:117:99:1|1:515274_A_C:4535,215,0 0|1:30,66:96:99:0|1:515274_A_C:2468,0,854 0|1:34,27:61:99:0|1:515274_A_C:920,0,1358 1|1:9,140:149:84:1|1:515274_A_C:5420,84,0 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,184:189:99:1|1:515274_A_C:7211,406,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,188:218:99:0|1:515274_A_C:7118,0,613 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800 1|0:24,111:135:99:0|1:515274_A_C:4037,0,977 1|0:9,115:124:99:0|1:515274_A_C:4068,0,104 1|1:3,156:159:99:.:.:4130,391,0 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,150:155:99:1|1:515215_T_A:6275,141,0 1|1:10,194:204:99:1|1:515274_A_C:7732,228,0 1|0:23,150:173:99:0|1:515274_A_C:5639,0,519 1|1:0,167:167:99:1|1:515274_A_C:6888,510,0 0|1:158,75:233:99:0|1:515274_A_C:2360,0,7537 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 1|0:50,136:186:99:0|1:515274_A_C:4843,0,1609 1|1:0,215:215:99:1|1:515274_A_C:8924,659,0 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,152:153:99:1|1:515274_A_C:6231,441,0 1|1:0,238:238:99:1|1:515274_A_C:9617,733,0 0|1:20,117:137:99:0|1:515274_A_C:4412,0,470 0|1:134,94:228:99:0|1:515274_A_C:3082,0,8093 1|0:85,64:149:99:0|1:515274_A_C:2246,0,3187 1|1:17,206:223:12:1|1:515274_A_C:7912,12,0 1|0:122,66:188:99:0|1:515274_A_C:2096,0,4711 1|1:0,136:136:99:1|1:515274_A_C:5517,421,0 1|1:1,180:181:99:1|1:515274_A_C:7170,467,0 1|1:0,171:171:99:1|1:515274_A_C:7172,532,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|1:89,104:193:99:0|1:515274_A_C:3723,0,3017 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|0:13,134:147:99:0|1:515274_A_C:4916,0,137 0|1:128,21:149:99:0|1:515274_A_C:428,0,5021 0|1:58,20:78:99:0|1:515274_A_C:583,0,3574 1|0:150,54:204:99:0|1:515274_A_C:1629,0,9135 0|0:231,23:254:99:.:.:0,124,6389 0|1:32,124:156:99:0|1:515274_A_C:4798,0,906 1|1:1,237:238:99:1|1:515274_A_C:9829,690,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:140,50:190:99:0|1:515274_A_C:1458,0,5119 1|0:169,69:238:99:0|1:515274_A_C:2027,0,6297 1|1:0,198:198:99:1|1:515274_A_C:8316,623,0 1|1:0,208:208:99:1|1:515274_A_C:8725,635,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,105,1800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|1:135,43:178:99:0|1:515274_A_C:1244,0,5037 0|1:176,67:243:99:0|1:515274_A_C:2007,0,6588 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575 1|1:8,116:124:54:1|1:515274_A_C:4422,54,0 1|1:0,117:117:99:1|1:515274_A_C:4669,354,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,264:264:99:1|1:515274_A_C:11000,806,0 0|1:36,34:70:99:0|1:515215_T_A:1364,0,1516 0|1:68,85:153:99:0|1:515274_A_C:2990,0,2382 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,83:83:99:1|1:515274_A_C:3317,253,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,130:130:99:1|1:515274_A_C:5256,403,0 0|1:80,47:127:99:0|1:515274_A_C:1468,0,2846 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800 1|0:77,52:129:99:0|1:515274_A_C:1750,0,2847 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800 1|0:17,168:185:99:0|1:515274_A_C:6721,0,419 1|0:96,108:204:99:0|1:515274_A_C:3837,0,3476 0|1:55,155:210:99:0|1:515274_A_C:5686,0,1742 1|1:0,199:199:99:1|1:515274_A_C:8068,607,0 1|1:0,12:12:36:1|1:515274_A_C:449,36,0 1|1:0,115:115:99:1|1:515274_A_C:4604,352,0 1|1:0,170:170:99:1|1:515274_A_C:7041,523,0 1|1:0,92:92:99:1|1:515274_A_C:3925,286,0 1|1:0,103:103:99:1|1:515274_A_C:4219,312,0 0|1:52,39:91:99:0|1:515274_A_C:1361,0,1950 1|0:72,59:131:99:0|1:515274_A_C:2041,0,4369 0|1:41,122:163:99:0|1:515274_A_C:4676,0,1236 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800 1|0:61,109:170:99:0|1:515274_A_C:3942,0,1956 1|1:0,133:133:99:1|1:515274_A_C:5682,403,0 0|1:15,68:83:99:0|1:515274_A_C:2583,0,426 0|1:63,23:86:99:0|1:515274_A_C:649,0,3679 1|0:83,48:131:99:0|1:515274_A_C:1511,0,3162 1|0:93,44:137:99:0|1:515215_T_A:1597,0,4437 0|1:8,157:165:20:0|1:515274_A_C:6121,0,20 0|1:15,82:97:99:0|1:515274_A_C:2958,0,380 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,96:96:99:1|1:515274_A_C:3972,292,0 1|1:0,251:251:99:1|1:515274_A_C:10521,773,0 1|0:95,57:152:99:0|1:515274_A_C:1774,0,5205 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,154:156:99:1|1:515274_A_C:6299,332,0 1|1:0,217:217:99:1|1:515274_A_C:9096,670,0 1|1:0,118:118:99:1|1:515274_A_C:4768,358,0 1|0:92,17:109:99:0|1:515274_A_C:360,0,3659 1|1:0,251:251:99:1|1:515274_A_C:10458,770,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1155 1|1:0,80:80:99:1|1:515274_A_C:3306,247,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1091 1|0:210,43:253:99:0|1:515274_A_C:950,0,9590 1|0:81,60:141:99:.:.:1143,0,1951 1|1:7,148:155:99:1|1:515274_A_C:5767,198,0 1|1:1,123:124:99:1|1:515274_A_C:4992,353,0 0|1:51,91:142:99:0|1:515274_A_C:3166,0,1792 0|1:86,17:103:99:0|1:515274_A_C:514,0,3354 0|1:14,71:85:99:0|1:515274_A_C:2672,0,580 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800 0|1:25,53:78:99:0|1:515274_A_C:1797,0,936 1|1:0,90:90:99:1|1:515274_A_C:3781,277,0 0|1:47,52:99:99:0|1:515274_A_C:1752,0,1733 1|1:0,134:134:99:1|1:515274_A_C:5560,411,0 1|1:3,89:92:99:1|1:515274_A_C:3459,142,0 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,179:179:99:1|1:515274_A_C:7385,551,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|1:5,59:64:6:0|1:515274_A_C:2318,0,6 1|1:14,195:209:12:1|1:515274_A_C:7464,12,0 1|0:94,16:110:99:0|1:515274_A_C:327,0,3782 0|1:23,66:89:99:.:.:1517,0,638 1|1:0,71:71:99:1|1:515274_A_C:2793,219,0 0|1:38,12:50:99:0|1:515274_A_C:348,0,1523 1|0:15,111:126:99:0|1:515274_A_C:4249,0,207 1|0:22,45:67:99:0|1:515274_A_C:1776,0,759 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|0:13,43:56:99:0|1:515274_A_C:1620,0,377 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:1|1:515274_A_C:3349,247,0 1|0:36,90:126:99:0|1:515274_A_C:3363,0,1137 1|1:0,223:223:99:1|1:515274_A_C:9509,692,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,122:122:99:1|1:515274_A_C:5107,373,0 1|1:1,77:78:99:1|1:515274_A_C:3099,228,0 1|1:0,149:149:99:1|1:515274_A_C:6170,457,0 1|1:0,58:58:99:1|1:515274_A_C:2495,180,0 1|1:1,113:114:99:1|1:515274_A_C:4681,301,0 1|1:0,125:125:99:1|1:515274_A_C:5214,388,0 1|1:0,79:79:99:1|1:515274_A_C:3260,238,0 0|0:110,0:110:61:.:.:0,61,2722 0|1:161,36:197:99:0|1:515274_A_C:880,0,6430 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710 1|0:5,3:8:99:0|1:515274_A_C:111,0,188 1|0:32,145:177:99:0|1:515274_A_C:5368,0,896 0|1:65,53:118:99:0|1:515274_A_C:1818,0,2498 1|1:0,122:122:99:1|1:515274_A_C:5110,378,0 0|1:72,17:89:99:0|1:515274_A_C:452,0,2708 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,89:128:99:0|1:515274_A_C:3236,0,1880 0|0:106,0:106:99:.:.:0,106,1800 0|1:13,43:56:99:0|1:515274_A_C:1577,0,340 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1101 1|1:0,96:96:99:1|1:515274_A_C:3845,291,0 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800 0|1:91,42:133:99:0|1:515274_A_C:1334,0,4222 0|1:23,198:221:99:0|1:515274_A_C:7539,0,548 1|0:2,19:21:42:0|1:515274_A_C:821,0,42 1|1:0,59:59:99:1|1:515274_A_C:2480,183,0 1|1:0,165:165:99:1|1:515274_A_C:6758,502,0 1|0:30,67:97:99:0|1:515274_A_C:2583,0,975 1|1:2,70:72:40:1|1:515274_A_C:2665,40,0 1|1:7,103:110:78:1|1:515274_A_C:3932,78,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,15:23:99:0|1:515274_A_C:605,0,260 0|1:40,32:72:99:0|1:515274_A_C:1150,0,1518 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1154 1|1:3,136:139:99:1|1:515274_A_C:5373,289,0 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,671 1|1:0,212:212:99:1|1:515274_A_C:9268,662,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,225:230:99:1|1:515274_A_C:9648,507,0 1|1:1,263:264:99:1|1:515274_A_C:11329,778,0 0|0:173,0:173:99:.:.:0,103,1800 1|1:1,237:238:99:.:.:9902,696,0 1|1:0,206:206:99:1|1:515274_A_C:8726,625,0 1|1:0,179:179:99:1|1:515274_A_C:7683,554,0 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,193:193:99:1|1:515274_A_C:8385,599,0 1|1:0,224:224:99:1|1:515274_A_C:9821,692,0 1|1:0,42:42:99:1|1:515274_A_C:1733,126,0 1|1:0,239:239:99:1|1:515274_A_C:10255,737,0 1|1:0,203:203:99:1|1:515274_A_C:8820,635,0 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1570 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,217:217:99:1|1:515274_A_C:9124,662,0 1|1:7,185:192:99:1|1:515274_A_C:7608,257,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,140:140:99:1|1:515274_A_C:5797,424,0 0|1:148,77:225:99:0|1:515274_A_C:2566,0,5584 1|1:0,294:294:99:1|1:515274_A_C:12498,909,0 0|1:37,159:196:99:0|1:515274_A_C:6147,0,1124 1|1:0,118:118:99:1|1:515274_A_C:4872,361,0 1|1:0,117:117:99:1|1:515274_A_C:5010,355,0 1|1:0,206:206:99:1|1:515274_A_C:8725,632,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1460 1|0:49,68:117:99:.:.:1959,0,1653 1|1:0,172:172:99:1|1:515274_A_C:7387,527,0 1|1:7,140:147:99:1|1:515274_A_C:5879,114,0 1|1:0,262:262:99:1|1:515274_A_C:11451,813,0 1|1:0,240:240:99:1|1:515274_A_C:10281,734,0 1|1:0,109:109:99:1|1:515274_A_C:4939,352,0 1|1:0,231:231:99:1|1:515274_A_C:9898,716,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,851:851:99:1|1:515274_A_C:36278,2606,0 1|1:0,846:846:99:1|1:515274_A_C:36260,2603,0 1|1:0,670:670:99:1|1:515274_A_C:28749,2067,0 1|1:1,101:102:99:1|1:515274_A_C:4053,200,0 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1208 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,108:111:99:1|1:515274_A_C:4355,208,0 1|1:0,165:165:99:1|1:515274_A_C:7062,511,0 1|1:2,268:270:99:1|1:515274_A_C:11388,727,0 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 1|0:141,140:281:99:0|1:515274_A_C:5053,0,5039 1|1:1,501:502:99:1|1:515274_A_C:21139,1412,0 1|1:0,131:131:99:1|1:515274_A_C:5462,403,0 1|1:0,80:80:99:1|1:515274_A_C:3347,252,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1429 1|1:11,260:271:86:1|1:515274_A_C:10440,86,0 1|1:0,255:255:99:1|1:515274_A_C:10852,788,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1543 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 0|0:250,22:272:71:.:.:0,71,7831 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 1|0:220,36:256:99:0|1:515274_A_C:737,0,11779 1|0:34,188:222:99:0|1:515274_A_C:7166,0,945 0|0:223,22:245:55:.:.:0,55,7014 1|1:6,423:429:99:1|1:515274_A_C:17473,1065,0 0|1:19,95:114:99:0|1:515274_A_C:3649,0,666 0|1:218,228:446:99:0|1:515274_A_C:8462,0,7995 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,277:277:99:1|1:515274_A_C:11787,848,0 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,284:289:99:1|1:515274_A_C:11703,669,0 1|0:176,70:246:99:.:.:1549,0,7404 0|1:132,62:194:99:.:.:1269,0,4383 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:111,0:111:50:.:.:0,50,2997 1|0:53,169:222:99:.:.:4891,0,1689 1|0:75,29:104:99:.:.:544,0,2282 1|0:32,245:277:99:.:.:7145,0,557 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800 0|1:213,33:246:99:0|1:515274_A_C:570,0,8192 1|1:11,297:308:99:1|1:515274_A_C:12149,469,0 0|1:76,164:240:99:.:.:4643,0,2741 1|1:3,251:254:99:.:.:8037,656,0 1|0:34,147:181:99:0|1:515274_A_C:5753,0,980 1|0:127,118:245:99:0|1:515274_A_C:4423,0,8617 1|0:12,148:160:99:0|1:515274_A_C:5720,0,177 1|0:105,92:197:99:0|1:515274_A_C:3224,0,3762 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,1241 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|1:189,33:222:99:0|1:515274_A_C:669,0,10038 0|1:27,452:479:99:0|1:515274_A_C:17309,0,198 1|0:81,33:114:99:0|1:515274_A_C:1003,0,3096 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 1|1:26,496:522:99:1|1:515274_A_C:19594,450,0 1|1:0,197:197:99:1|1:515274_A_C:8376,611,0 0|1:295,256:551:99:.:.:6015,0,17121 1|1:3,614:617:99:1|1:515274_A_C:25662,1680,0 1|1:0,528:528:99:1|1:515274_A_C:22876,1643,0 1|1:2,92:94:99:1|1:515274_A_C:3783,205,0 1|1:3,441:444:99:1|1:515274_A_C:18509,1214,0 1|1:1,379:380:99:1|1:515274_A_C:15664,1122,0 0|1:109,128:237:99:0|1:515215_T_A:5257,0,7264 1|1:0,595:595:99:1|1:515274_A_C:25244,1815,0 1|1:0,68:68:99:1|1:515274_A_C:2843,205,0 1|1:0,153:153:99:.:.:6026,472,0 1|1:0,174:174:99:1|1:515274_A_C:7234,532,0 1|1:0,253:253:99:1|1:515274_A_C:10690,770,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,303:303:99:1|1:515274_A_C:12975,929,0 1|1:0,255:255:99:1|1:515274_A_C:11008,791,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,62:62:99:1|1:515274_A_C:2620,187,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1453 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,27:27:81:1|1:515274_A_C:1119,81,0 1|1:0,327:327:99:1|1:515274_A_C:14076,1017,0 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,20:20:63:1|1:515274_A_C:896,63,0 1|1:0,230:230:99:1|1:515274_A_C:9818,713,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|0:186,32:218:99:0|1:515274_A_C:621,0,7646 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,223:223:99:1|1:515274_A_C:9485,686,0 1|0:299,238:537:99:0|1:515274_A_C:8605,0,12306 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,172:172:99:1|1:515274_A_C:7363,524,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,61:61:99:1|1:515274_A_C:2528,187,0 1|1:0,23:23:75:1|1:515274_A_C:1069,75,0 1|1:0,385:385:99:1|1:515274_A_C:12689,1157,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5491,506,0 Pf3D7_01_v3 515301 . G A 2.28527e+07 PASS FS=0;MQ=59.96;QD=30.73;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.697;VQSLOD=10.35;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.985;GC=28.57;GQ_MEAN=225.6;GQ_STDDEV=284.71;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6338;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.628;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14892558;AF=0.589;AS_InbreedingCoeff=0.5823;MLEAC=3098;MLEAF=0.591;AN=854;AC=496 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:31,21:52:99:0|1:515274_A_C:811,0,1257 1|1:2,80:82:99:1|1:515274_A_C:3514,106,0 0|1:65,11:76:99:.:.:109,0,1542 1|0:43,23:66:99:0|1:515274_A_C:857,0,1779 0|0:48,0:48:80:.:.:0,80,1250 1|1:0,58:58:99:1|1:515274_A_C:2670,181,0 1|1:0,45:45:99:1|1:515274_A_C:2059,141,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,66:66:99:1|1:515274_A_C:3034,205,0 1|1:0,79:79:99:1|1:515274_A_C:3757,259,0 0|1:8,13:21:99:0|1:515274_A_C:514,0,294 1|1:0,85:85:99:1|1:515274_A_C:3957,271,0 0|0:64,0:64:31:.:.:0,31,1532 0|1:16,26:42:99:0|1:515274_A_C:1065,0,641 0|1:34,0:34:.:.:.:. 1|1:0,27:27:81:1|1:515274_A_C:1212,81,0 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,59 1|1:0,26:26:84:1|1:515274_A_C:1219,84,0 1|1:0,32:32:96:1|1:515274_A_C:1419,96,0 1|1:0,36:36:99:1|1:515274_A_C:1677,114,0 0|1:72,12:84:99:0|1:515274_A_C:281,0,2915 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1779 1|1:0,224:224:99:1|1:515274_A_C:10207,694,0 1|1:0,78:78:99:1|1:515274_A_C:3642,250,0 1|1:0,32:32:99:1|1:515274_A_C:1492,102,0 1|0:69,49:118:99:0|1:515301_G_A:1814,0,2438 1|1:0,24:24:70:1|1:515274_A_C:1029,70,0 1|1:0,14:14:42:1|1:515274_A_C:622,42,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1374 1|1:0,54:54:99:1|1:515274_A_C:2395,163,0 1|1:1,132:133:99:1|1:515274_A_C:6077,376,0 1|1:0,108:108:99:1|1:515274_A_C:4833,331,0 1|1:0,69:69:99:1|1:515274_A_C:3139,217,0 1|1:1,379:380:99:1|1:515274_A_C:17236,1131,0 1|1:0,62:62:99:1|1:515274_A_C:2796,190,0 0|1:60,107:167:99:0|1:515274_A_C:4399,0,2187 1|1:2,90:92:99:.:.:2660,226,0 0|1:50,20:70:99:0|1:515274_A_C:713,0,2050 1|0:48,14:62:99:0|1:515274_A_C:385,0,1978 1|1:0,84:84:99:1|1:515274_A_C:3809,256,0 1|1:0,139:139:99:1|1:515274_A_C:6308,424,0 1|0:53,94:147:99:0|1:515274_A_C:3749,0,1917 1|1:0,65:65:99:1|1:515274_A_C:2957,202,0 1|1:0,260:260:99:1|1:515274_A_C:10466,791,0 1|1:0,229:229:99:1|1:515274_A_C:10495,710,0 1|1:0,116:116:99:1|1:515274_A_C:5312,361,0 0|1:18,80:98:99:0|1:515274_A_C:3361,0,548 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1122 0|1:113,17:130:99:0|1:515274_A_C:327,0,4110 1|0:37,44:81:99:0|1:515274_A_C:1775,0,2221 1|1:0,145:145:99:1|1:515274_A_C:6636,451,0 1|1:0,30:30:93:1|1:515274_A_C:1380,93,0 0|1:9,105:114:73:0|1:515274_A_C:4336,0,73 0|1:203,58:261:99:0|1:515274_A_C:1602,0,9114 1|1:1,145:146:99:1|1:515274_A_C:6607,396,0 1|1:3,74:77:99:1|1:515274_A_C:3200,100,0 0|1:87,38:125:99:0|1:515274_A_C:1398,0,5607 1|1:4,95:99:79:1|1:515274_A_C:4068,79,0 1|0:66,12:78:99:0|1:515274_A_C:302,0,4206 0|1:21,62:83:99:0|1:515301_G_A:2489,0,540 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|1:89,43:132:99:0|1:515274_A_C:1581,0,3613 1|1:0,154:154:99:1|1:515274_A_C:7136,485,0 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1177 1|0:27,76:103:99:0|1:515274_A_C:2661,0,864 0|0:149,15:164:21:.:.:0,21,3599 1|1:0,97:97:99:1|1:515301_G_A:4366,301,0 1|1:0,65:65:99:1|1:515274_A_C:2963,202,0 1|1:0,87:87:99:1|1:515274_A_C:3912,265,0 1|1:0,59:59:99:1|1:515274_A_C:2655,178,0 0|1:18,39:57:99:0|1:515274_A_C:1580,0,1061 1|1:0,149:149:99:1|1:515274_A_C:6749,457,0 1|1:1,130:131:99:1|1:515274_A_C:5848,355,0 1|1:2,120:122:99:1|1:515274_A_C:5358,283,0 1|1:0,60:60:99:1|1:515274_A_C:2783,190,0 0|1:98,127:225:99:0|1:515274_A_C:4987,0,3356 0|1:75,12:87:99:0|1:515274_A_C:266,0,3386 1|1:2,76:78:99:1|1:515274_A_C:3343,148,0 1|0:24,39:63:99:0|1:515274_A_C:1565,0,884 1|1:1,71:72:99:1|1:515274_A_C:3336,193,0 1|1:0,81:81:99:1|1:515274_A_C:3622,244,0 1|0:27,22:49:99:0|1:515274_A_C:854,0,1697 1|1:0,124:124:99:1|1:515274_A_C:5639,357,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1749 1|1:0,193:193:99:1|1:515274_A_C:8803,596,0 1|1:0,220:220:99:1|1:515274_A_C:9935,671,0 1|0:45,10:55:99:.:.:149,0,1087 1|1:1,209:210:99:1|1:515274_A_C:9448,602,0 1|1:0,183:183:99:1|1:515274_A_C:8403,569,0 1|1:0,121:121:99:1|1:515274_A_C:5534,373,0 1|0:16,137:153:99:0|1:515274_A_C:5787,0,244 1|1:0,174:174:99:1|1:515274_A_C:7957,542,0 1|1:2,107:109:99:1|1:515274_A_C:4875,237,0 0|1:21,74:95:99:0|1:515274_A_C:3062,0,733 0|1:43,32:75:99:0|1:515274_A_C:1208,0,1807 0|1:15,161:176:99:0|1:515274_A_C:6710,0,125 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,179:181:99:1|1:515274_A_C:7964,458,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|1:31,198:229:99:0|1:515274_A_C:8322,0,684 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800 1|0:23,114:137:99:0|1:515274_A_C:4727,0,1047 1|0:10,112:122:99:0|1:515274_A_C:4362,0,121 1|1:2,137:139:99:.:.:6209,378,0 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,153:157:99:1|1:515215_T_A:6819,178,0 1|1:9,220:229:99:1|1:515274_A_C:9618,279,0 1|0:23,159:182:99:0|1:515274_A_C:6052,0,450 1|1:0,179:179:99:1|1:515274_A_C:8258,563,0 0|1:170,75:245:99:0|1:515274_A_C:2367,0,7798 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 1|0:58,137:195:99:0|1:515274_A_C:5648,0,1970 1|1:0,246:246:99:1|1:515274_A_C:11100,753,0 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,162:162:99:1|1:515274_A_C:7540,515,0 1|1:0,236:236:99:1|1:515274_A_C:10829,734,0 0|1:30,143:173:99:0|1:515274_A_C:5138,0,769 0|1:150,101:251:99:0|1:515274_A_C:3815,0,9346 1|0:79,73:152:99:0|1:515274_A_C:2846,0,3355 1|1:14,214:228:74:1|1:515274_A_C:9127,74,0 1|0:127,81:208:99:0|1:515274_A_C:2905,0,4659 1|1:0,145:145:99:1|1:515274_A_C:6736,466,0 1|1:1,189:190:99:1|1:515274_A_C:8535,507,0 1|1:0,183:183:99:1|1:515274_A_C:8318,563,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|1:91,106:197:99:0|1:515274_A_C:4347,0,3502 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|0:19,133:152:99:0|1:515274_A_C:5292,0,288 0|1:128,29:157:99:0|1:515274_A_C:648,0,5298 0|1:62,21:83:99:0|1:515274_A_C:689,0,3981 1|0:165,64:229:99:0|1:515274_A_C:2263,0,10524 1|0:232,28:260:73:.:.:73,0,5534 0|1:31,136:167:99:0|1:515274_A_C:5792,0,924 1|1:1,255:256:99:1|1:515274_A_C:11449,732,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:131,54:185:99:0|1:515274_A_C:1904,0,5458 1|0:188,71:259:99:0|1:515274_A_C:2390,0,7816 1|1:0,219:219:99:1|1:515274_A_C:10070,690,0 1|1:0,228:228:99:1|1:515274_A_C:10505,713,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,105,1800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|1:146,50:196:99:0|1:515274_A_C:1676,0,5975 0|1:181,71:252:99:0|1:515274_A_C:2455,0,7610 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575 1|1:9,124:133:10:1|1:515274_A_C:5288,10,0 1|1:0,120:120:99:1|1:515274_A_C:5396,373,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,282:282:99:1|1:515274_A_C:12836,873,0 0|1:46,39:85:99:0|1:515215_T_A:1353,0,1656 0|1:73,80:153:99:0|1:515274_A_C:3184,0,2868 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,88:88:99:1|1:515274_A_C:4075,277,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,142:143:99:1|1:515274_A_C:6387,397,0 0|1:81,44:125:99:0|1:515274_A_C:1752,0,3319 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800 1|0:85,58:143:99:0|1:515274_A_C:1892,0,3354 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1800 1|0:17,192:209:99:0|1:515274_A_C:8101,0,508 1|0:100,119:219:99:0|1:515274_A_C:4724,0,3897 0|1:58,169:227:99:0|1:515274_A_C:7142,0,1880 1|1:0,192:192:99:1|1:515274_A_C:8838,602,0 1|1:0,9:9:27:1|1:515274_A_C:379,27,0 1|1:0,106:106:99:1|1:515274_A_C:4761,322,0 1|1:1,181:182:99:1|1:515274_A_C:8301,524,0 1|1:0,112:112:99:1|1:515274_A_C:5109,346,0 1|1:0,101:101:99:1|1:515274_A_C:4614,313,0 0|1:63,39:102:99:0|1:515274_A_C:1489,0,2496 1|0:94,60:154:99:0|1:515274_A_C:2242,0,5764 0|1:45,133:178:99:0|1:515274_A_C:5610,0,1551 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800 1|0:64,115:179:99:0|1:515274_A_C:4158,0,2075 1|1:0,161:161:99:1|1:515274_A_C:7449,506,0 0|1:22,70:92:99:0|1:515274_A_C:2863,0,767 0|1:66,20:86:99:0|1:515274_A_C:691,0,4200 1|0:91,47:138:99:0|1:515274_A_C:1699,0,3732 1|0:97,46:143:99:0|1:515215_T_A:1661,0,4341 0|1:9,186:195:5:0|1:515274_A_C:7892,0,5 0|1:16,84:100:99:0|1:515274_A_C:3549,0,410 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,107:107:99:1|1:515274_A_C:4797,323,0 1|1:0,281:281:99:1|1:515274_A_C:12784,864,0 1|0:101,52:153:99:0|1:515274_A_C:1974,0,6258 1|1:4,152:156:99:.:.:4542,360,0 1|1:2,153:155:99:1|1:515274_A_C:6876,336,0 1|1:0,239:239:99:1|1:515274_A_C:10949,743,0 1|1:0,127:127:99:1|1:515274_A_C:5865,400,0 1|0:97,18:115:99:0|1:515274_A_C:503,0,4078 1|1:0,273:273:99:1|1:515274_A_C:12357,837,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1155 1|1:0,87:87:99:1|1:515274_A_C:4026,274,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1091 1|0:223,41:264:99:0|1:515274_A_C:865,0,10828 1|1:0,155:155:99:1|1:515301_G_A:6740,481,0 1|1:6,161:167:99:1|1:515274_A_C:7148,277,0 1|1:0,128:128:99:1|1:515274_A_C:5927,407,0 0|1:57,92:149:99:0|1:515274_A_C:3768,0,2125 0|1:93,25:118:99:0|1:515274_A_C:778,0,3969 0|1:17,73:90:99:0|1:515274_A_C:3092,0,750 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800 0|1:28,49:77:99:0|1:515274_A_C:1694,0,852 1|1:0,106:106:99:1|1:515274_A_C:4811,325,0 0|1:43,50:93:99:0|1:515274_A_C:1970,0,1778 1|1:0,136:136:99:1|1:515274_A_C:6201,421,0 1|1:3,104:107:99:1|1:515274_A_C:4536,190,0 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,189:189:99:1|1:515274_A_C:8661,589,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|1:5,63:68:14:0|1:515274_A_C:2658,0,14 1|1:13,205:218:59:1|1:515274_A_C:8812,59,0 1|0:101,20:121:99:0|1:515274_A_C:547,0,4389 0|1:16,77:93:99:.:.:3100,0,148 1|1:0,74:74:99:1|1:515274_A_C:3345,226,0 0|1:46,15:61:99:0|1:515274_A_C:519,0,1876 1|0:11,116:127:98:0|1:515274_A_C:4952,0,98 1|0:30,60:90:99:0|1:515274_A_C:2149,0,1005 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,53:65:99:0|1:515274_A_C:2231,0,338 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,88:88:99:1|1:515274_A_C:3960,268,0 1|0:40,90:130:99:0|1:515274_A_C:3677,0,1428 1|1:0,255:255:99:1|1:515274_A_C:11729,795,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,128:128:99:1|1:515274_A_C:5932,403,0 1|1:0,75:75:99:1|1:515274_A_C:3393,229,0 1|1:0,176:176:99:1|1:515274_A_C:8158,557,0 1|1:0,70:70:99:1|1:515274_A_C:3233,220,0 1|1:1,131:132:99:1|1:515274_A_C:5824,352,0 1|1:0,129:129:99:1|1:515274_A_C:5858,394,0 1|1:0,88:88:99:1|1:515274_A_C:4078,277,0 0|0:97,10:107:23:.:.:0,23,2357 0|1:166,36:202:99:0|1:515274_A_C:1012,0,7031 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710 1|0:4,4:8:99:0|1:515274_A_C:156,0,156 1|0:28,144:172:99:0|1:515274_A_C:5400,0,609 0|1:83,53:136:99:0|1:515274_A_C:2020,0,3385 1|1:0,133:133:99:1|1:515274_A_C:6110,418,0 0|1:76,23:99:99:0|1:515274_A_C:734,0,3133 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|0:45,89:134:99:0|1:515274_A_C:3617,0,2478 0|0:106,0:106:99:.:.:0,106,1800 0|1:13,41:54:99:0|1:515274_A_C:1759,0,461 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1101 1|1:0,97:97:99:1|1:515274_A_C:4443,301,0 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800 0|1:98,42:140:99:0|1:515274_A_C:1301,0,4263 0|1:17,221:238:99:0|1:515274_A_C:9331,0,432 1|0:4,24:28:99:0|1:515274_A_C:992,0,137 1|1:0,62:62:99:1|1:515274_A_C:2786,187,0 1|1:0,187:187:99:1|1:515274_A_C:8533,584,0 1|0:38,71:109:99:0|1:515274_A_C:2622,0,1333 1|1:3,73:76:8:1|1:515274_A_C:3138,8,0 1|1:6,100:106:31:1|1:515274_A_C:4233,31,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:7,17:24:99:0|1:515274_A_C:716,0,240 0|1:43,35:78:99:0|1:515274_A_C:1334,0,1785 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1154 1|1:3,145:148:99:1|1:515274_A_C:6436,317,0 0|0:28,0:28:22:.:.:0,22,666 1|1:0,224:224:99:1|1:515274_A_C:10493,710,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,247:251:99:1|1:515274_A_C:11223,600,0 1|1:0,257:257:99:1|1:515274_A_C:11967,810,0 0|0:173,0:173:99:.:.:0,103,1800 1|0:28,219:247:99:0|1:515301_G_A:8748,0,421 1|1:0,226:226:99:1|1:515274_A_C:10469,710,0 1|1:0,173:173:99:1|1:515274_A_C:7991,539,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8859,742,0 1|1:0,197:197:99:1|1:515274_A_C:9076,611,0 1|1:0,247:247:99:1|1:515274_A_C:11421,771,0 1|1:0,38:38:99:1|1:515274_A_C:1780,120,0 1|1:0,261:261:99:1|1:515274_A_C:12016,810,0 1|1:0,221:221:99:1|1:515274_A_C:10290,695,0 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1570 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,214:214:99:1|1:515274_A_C:9912,668,0 1|1:6,179:185:99:1|1:515274_A_C:7920,254,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,133:133:99:1|1:515274_A_C:6169,415,0 0|1:148,65:213:99:0|1:515274_A_C:2127,0,5683 1|1:0,290:290:99:1|1:515274_A_C:13458,909,0 0|1:34,166:200:99:0|1:515274_A_C:6997,0,1100 1|1:0,114:114:99:1|1:515274_A_C:5209,352,0 1|1:0,120:120:99:1|1:515274_A_C:5470,367,0 1|1:0,203:203:99:1|1:515274_A_C:9273,623,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 1|0:42,97:139:99:0|1:515301_G_A:4099,0,1376 1|1:0,195:195:99:1|1:515274_A_C:8937,602,0 1|1:8,144:152:81:1|1:515274_A_C:6289,81,0 1|1:0,282:282:99:1|1:515274_A_C:13007,876,0 1|1:0,245:245:99:1|1:515274_A_C:11342,765,0 1|1:0,122:122:99:1|1:515274_A_C:5630,382,0 1|1:0,226:226:99:1|1:515274_A_C:10703,725,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,273:273:99:.:.:9719,821,0 1|1:0,856:856:99:1|1:515274_A_C:40068,2712,0 1|1:0,886:886:99:1|1:515274_A_C:41033,2772,0 1|1:0,684:684:99:1|1:515274_A_C:31867,2158,0 1|1:1,93:94:99:1|1:515274_A_C:4162,185,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1396,117,0 0|0:122,0:122:88:.:.:0,88,3111 1|1:4,104:108:96:1|1:515274_A_C:4516,96,0 1|1:0,169:169:99:1|1:515274_A_C:7759,524,0 1|1:1,273:274:99:1|1:515274_A_C:12517,780,0 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 1|0:136,137:273:99:0|1:515274_A_C:5476,0,6110 1|1:2,510:512:99:1|1:515274_A_C:22876,1441,0 1|1:0,123:123:99:1|1:515274_A_C:5780,394,0 1|1:0,73:73:99:1|1:515274_A_C:3166,232,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1429 1|1:8,281:289:99:1|1:515274_A_C:12121,201,0 1|1:0,265:265:99:1|1:515274_A_C:12348,837,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1543 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|0:229,26:255:99:.:.:158,0,6734 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 1|0:217,39:256:99:0|1:515274_A_C:863,0,11643 1|0:39,187:226:99:0|1:515274_A_C:7988,0,1273 0|0:237,24:261:30:.:.:0,30,6922 1|1:6,396:402:99:1|1:515274_A_C:17872,1016,0 0|1:15,93:108:99:0|1:515274_A_C:3672,0,583 0|1:218,221:439:99:0|1:515274_A_C:8568,0,8661 0|1:16,41:57:99:.:.:1206,0,368 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 1|0:187,96:283:99:.:.:2449,0,5262 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,294:294:99:1|1:515274_A_C:13568,918,0 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,282:288:99:1|1:515274_A_C:12797,660,0 1|0:169,89:258:99:0|1:515301_G_A:3307,0,6359 0|1:27,176:203:99:0|1:515301_G_A:7088,0,593 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2457 1|0:57,178:235:99:0|1:515301_G_A:7388,0,1616 1|0:8,88:96:50:0|1:515301_G_A:3504,0,50 1|0:32,247:279:99:0|1:515301_G_A:10629,0,436 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800 0|1:214,29:243:99:0|1:515274_A_C:497,0,9045 1|1:11,298:309:99:1|1:515274_A_C:13144,459,0 0|1:76,185:261:99:0|1:515301_G_A:7654,0,2345 1|1:0,246:246:99:1|1:515301_G_A:11266,759,0 1|0:42,148:190:99:0|1:515274_A_C:6142,0,1511 1|0:124,120:244:99:0|1:515274_A_C:4777,0,9493 1|0:13,144:157:99:0|1:515274_A_C:6015,0,188 1|0:97,93:190:99:0|1:515274_A_C:3655,0,3844 0|1:39,4:43:11:.:.:11,0,993 0|0:288,0:288:47:.:.:0,47,7486 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,283:291:99:.:.:9522,624,0 0|1:196,28:224:99:0|1:515274_A_C:523,0,10239 0|1:31,435:466:99:0|1:515274_A_C:17180,0,253 1|0:84,35:119:99:0|1:515274_A_C:1139,0,3152 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 1|1:28,477:505:99:1|1:515274_A_C:20458,318,0 1|1:0,195:195:99:1|1:515274_A_C:9094,617,0 0|1:277,259:536:99:0|1:515301_G_A:10126,0,12634 1|1:3,610:613:99:1|1:515274_A_C:27801,1661,0 1|1:0,562:562:99:1|1:515274_A_C:25903,1748,0 1|1:1,103:104:99:1|1:515274_A_C:4415,274,0 1|1:2,446:448:99:1|1:515274_A_C:20239,1245,0 1|1:0,374:374:99:1|1:515274_A_C:16940,1149,0 0|1:120,134:254:99:0|1:515215_T_A:5463,0,8859 1|1:0,600:600:99:1|1:515274_A_C:27363,1853,0 1|1:0,70:70:99:1|1:515274_A_C:3145,211,0 1|0:71,86:157:99:0|1:515301_G_A:3279,0,2474 1|1:0,157:157:99:1|1:515274_A_C:7315,497,0 1|1:0,264:264:99:1|1:515274_A_C:12364,837,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,320:320:99:1|1:515274_A_C:14814,1002,0 1|1:0,248:248:99:1|1:515274_A_C:11538,780,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,252:252:99:.:.:8989,758,0 1|1:1,217:218:99:.:.:7513,629,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8312,735,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,70:70:99:1|1:515274_A_C:3150,211,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1453 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,28:28:90:1|1:515274_A_C:1331,90,0 1|1:0,327:327:99:1|1:515274_A_C:15155,1023,0 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,29:29:90:1|1:515274_A_C:1327,90,0 1|1:1,253:254:99:1|1:515274_A_C:11628,744,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|0:194,27:221:99:0|1:515274_A_C:661,0,8693 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,238:238:99:1|1:515274_A_C:11198,762,0 1|0:303,263:566:99:0|1:515274_A_C:10308,0,13304 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,190:190:99:1|1:515274_A_C:8689,584,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,57:57:99:1|1:515274_A_C:2603,175,0 1|1:0,26:26:81:1|1:515274_A_C:1207,81,0 1|1:0,407:407:99:1|1:515274_A_C:18771,1267,0 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 515330 . C T 2.45046e+07 PASS FS=0;MQ=59.95;QD=32.82;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.671;VQSLOD=10.24;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.985;GC=33.33;GQ_MEAN=207.72;GQ_STDDEV=275.6;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6674;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.517;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15056611;AF=0.703;AS_InbreedingCoeff=0.5727;MLEAC=3693;MLEAF=0.705;AN=856;AC=499 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:37,25:62:99:0|1:515274_A_C:713,0,1178 1|1:1,77:78:99:1|1:515274_A_C:3214,165,0 0|1:64,8:72:31:.:.:31,0,1568 1|0:42,27:69:99:0|1:515274_A_C:953,0,1492 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1314 1|1:0,65:65:99:1|1:515274_A_C:2696,202,0 1|1:0,38:38:99:1|1:515274_A_C:1590,123,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,72:75:91:.:.:2632,91,0 1|1:0,78:78:99:1|1:515274_A_C:3197,244,0 0|1:8,12:20:99:0|1:515274_A_C:432,0,246 1|1:0,78:78:99:1|1:515274_A_C:3232,244,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1382 0|1:19,36:55:99:0|1:515274_A_C:1184,0,572 0|1:35,0:35:.:.:.:. 1|1:0,29:29:90:1|1:515274_A_C:1188,90,0 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,139 1|1:0,24:24:71:1|1:515274_A_C:901,71,0 1|1:0,32:32:99:1|1:515274_A_C:1348,102,0 1|1:0,35:35:99:1|1:515274_A_C:1395,105,0 0|1:61,11:72:99:0|1:515274_A_C:231,0,2256 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1779 1|1:0,222:222:99:1|1:515274_A_C:9242,680,0 1|1:0,69:69:99:1|1:515274_A_C:2846,208,0 1|1:0,29:29:86:1|1:515274_A_C:1104,86,0 1|0:71,44:115:99:0|1:515301_G_A:1579,0,2464 1|1:1,23:24:48:1|1:515274_A_C:935,48,0 1|1:0,15:15:45:1|1:515274_A_C:611,45,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1665,167,0 1|1:0,54:54:99:1|1:515274_A_C:2113,162,0 1|1:1,133:134:99:1|1:515274_A_C:5674,376,0 1|1:0,112:112:99:1|1:515274_A_C:4394,339,0 1|1:0,50:50:99:1|1:515274_A_C:2047,153,0 1|1:1,377:378:99:1|1:515274_A_C:16050,1134,0 1|1:0,56:56:99:1|1:515274_A_C:2264,173,0 0|1:52,104:156:99:0|1:515274_A_C:3655,0,1519 1|1:1,90:91:99:.:.:2579,244,0 0|1:48,19:67:99:0|1:515274_A_C:615,0,1773 1|0:42,22:64:99:.:.:581,0,879 1|1:0,73:73:99:1|1:515274_A_C:3176,226,0 1|1:0,140:140:99:1|1:515274_A_C:5782,427,0 1|0:52,109:161:99:0|1:515274_A_C:4098,0,1555 1|1:0,66:66:99:1|1:515274_A_C:2896,214,0 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,250:250:99:1|1:515274_A_C:10195,754,0 1|1:0,109:109:99:1|1:515274_A_C:4544,334,0 0|1:15,86:101:99:0|1:515274_A_C:3068,0,285 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1122 1|1:0,133:133:99:.:.:4044,398,0 1|0:33,36:69:99:0|1:515274_A_C:1304,0,1784 1|1:0,125:125:99:1|1:515274_A_C:5273,382,0 1|1:0,27:27:87:1|1:515274_A_C:1201,87,0 0|1:10,107:117:56:0|1:515274_A_C:4097,0,56 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,159:159:99:1|1:515274_A_C:6503,487,0 1|1:4,81:85:99:1|1:515274_A_C:3159,137,0 0|1:84,35:119:99:0|1:515274_A_C:1086,0,5101 1|1:5,87:92:88:1|1:515274_A_C:3501,88,0 1|0:60,16:76:99:0|1:515274_A_C:367,0,3562 0|1:21,54:75:99:0|1:515301_G_A:2118,0,585 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|1:88,38:126:99:0|1:515274_A_C:1244,0,3382 1|1:0,167:167:99:1|1:515274_A_C:6938,511,0 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1177 1|0:20,95:115:99:.:.:3509,0,204 1|0:144,19:163:88:.:.:88,0,3399 1|1:0,105:105:99:1|1:515301_G_A:4305,321,0 1|1:0,60:60:99:1|1:515274_A_C:2451,181,0 1|1:0,88:88:99:1|1:515274_A_C:3594,267,0 1|1:0,61:61:99:1|1:515274_A_C:2590,193,0 0|1:17,37:54:99:0|1:515274_A_C:1366,0,855 1|1:0,134:134:99:1|1:515274_A_C:5581,409,0 1|1:1,132:133:99:1|1:515274_A_C:5434,361,0 1|1:2,124:126:99:1|1:515274_A_C:5091,313,0 1|1:0,61:61:99:1|1:515274_A_C:2501,183,0 0|1:122,107:229:99:.:.:2367,0,3944 0|1:80,13:93:99:0|1:515274_A_C:303,0,2831 1|1:3,79:82:99:1|1:515274_A_C:3088,130,0 1|0:21,42:63:99:0|1:515274_A_C:1605,0,671 1|1:1,71:72:99:1|1:515274_A_C:2912,190,0 1|1:0,64:64:99:1|1:515274_A_C:2729,193,0 1|0:29,26:55:99:0|1:515274_A_C:809,0,1607 1|1:1,135:136:99:1|1:515274_A_C:5461,386,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1749 1|1:0,187:187:99:1|1:515274_A_C:7941,580,0 1|1:0,221:221:99:1|1:515274_A_C:9228,677,0 1|0:50,11:61:99:.:.:158,0,1179 1|1:1,199:200:99:1|1:515274_A_C:8194,565,0 1|1:0,189:189:99:1|1:515274_A_C:7960,584,0 1|1:0,112:112:99:1|1:515274_A_C:4697,346,0 1|0:16,141:157:99:0|1:515274_A_C:5306,0,180 1|1:0,177:177:99:1|1:515274_A_C:7380,544,0 1|1:2,105:107:99:1|1:515274_A_C:4262,255,0 0|1:19,67:86:99:0|1:515274_A_C:2557,0,533 0|1:41,36:77:99:0|1:515274_A_C:1206,0,1387 0|1:16,150:166:99:0|1:515274_A_C:5704,0,173 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,169:170:99:1|1:515274_A_C:7119,485,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|1:26,198:224:99:0|1:515274_A_C:7504,0,489 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800 1|0:24,115:139:99:0|1:515274_A_C:4347,0,873 1|0:83,33:116:99:0|1:515274_A_C:670,0,2172 1|1:6,122:128:99:.:.:3332,179,0 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,136:140:99:1|1:515215_T_A:5777,154,0 1|1:8,215:223:99:1|1:515274_A_C:8657,338,0 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,176:176:99:1|1:515274_A_C:7330,545,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 1|0:53,135:188:99:0|1:515274_A_C:5057,0,1541 1|1:0,247:247:99:1|1:515274_A_C:10063,752,0 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,165:165:99:1|1:515274_A_C:6783,499,0 1|1:0,227:227:99:1|1:515274_A_C:9460,692,0 0|1:25,145:170:99:.:.:5498,0,146 0|1:136,103:239:99:0|1:515274_A_C:3411,0,7435 1|0:83,71:154:99:0|1:515274_A_C:2340,0,3118 1|1:14,199:213:99:1|1:515274_A_C:7866,118,0 1|0:169,58:227:99:.:.:1031,0,5522 1|1:0,140:140:99:1|1:515274_A_C:5703,426,0 1|1:1,177:178:99:1|1:515274_A_C:7243,461,0 1|1:1,183:184:99:1|1:515274_A_C:7554,549,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:23,245:268:99:.:.:6685,206,0 0|1:81,108:189:99:0|1:515274_A_C:3752,0,2822 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|0:68,83:151:99:.:.:1975,0,1556 0|1:98,60:158:99:.:.:1706,0,2139 0|1:72,20:92:99:0|1:515274_A_C:526,0,3710 1|0:170,69:239:99:0|1:515274_A_C:2082,0,9616 1|0:217,31:248:99:.:.:164,0,5196 0|1:38,134:172:99:0|1:515274_A_C:4946,0,989 1|1:1,242:243:99:1|1:515274_A_C:10010,733,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:136,59:195:99:0|1:515274_A_C:1760,0,4856 1|0:200,77:277:99:0|1:515274_A_C:2313,0,7065 1|1:0,236:236:99:1|1:515274_A_C:9463,710,0 1|1:0,242:242:99:1|1:515274_A_C:10019,746,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,105,1800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|1:156,45:201:99:0|1:515274_A_C:1342,0,5695 0|1:177,78:255:99:0|1:515274_A_C:2476,0,6469 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575 0|1:13,134:147:33:0|1:515274_A_C:4933,0,33 1|1:0,129:129:99:1|1:515274_A_C:5236,400,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,277:277:99:1|1:515274_A_C:11187,839,0 0|1:16,68:84:99:.:.:2272,0,177 0|1:74,75:149:99:0|1:515274_A_C:2728,0,2529 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,90:90:99:1|1:515274_A_C:3638,280,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,149:150:99:1|1:515274_A_C:6109,414,0 0|1:84,52:136:99:0|1:515274_A_C:1731,0,2914 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800 1|0:83,65:148:99:.:.:2218,0,1792 0|0:101,0:101:66:.:.:0,66,2225 1|0:15,180:195:99:0|1:515274_A_C:6923,0,316 1|0:88,119:207:99:0|1:515274_A_C:4465,0,3003 0|1:61,163:224:99:0|1:515274_A_C:6223,0,1832 1|1:0,191:191:99:1|1:515274_A_C:7942,590,0 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,254 1|1:0,120:120:99:1|1:515274_A_C:4679,361,0 1|1:1,172:173:99:1|1:515274_A_C:7027,478,0 1|1:0,115:115:99:1|1:515274_A_C:4780,352,0 1|1:0,103:103:99:1|1:515274_A_C:4239,313,0 0|1:65,44:109:99:0|1:515274_A_C:1386,0,2308 1|0:86,65:151:99:0|1:515274_A_C:2175,0,4825 0|1:42,121:163:99:0|1:515274_A_C:4555,0,1253 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800 1|1:13,163:176:99:.:.:5781,172,0 1|1:0,152:152:99:1|1:515274_A_C:6412,466,0 0|1:22,62:84:99:0|1:515274_A_C:2316,0,651 0|1:55,20:75:99:0|1:515274_A_C:611,0,3340 1|0:88,41:129:99:0|1:515274_A_C:1409,0,3186 1|0:95,43:138:99:0|1:515215_T_A:1375,0,3511 1|1:7,193:200:99:1|1:515274_A_C:7664,191,0 0|1:14,84:98:99:0|1:515274_A_C:3337,0,291 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,109:109:99:1|1:515274_A_C:4517,332,0 1|1:0,275:275:99:1|1:515274_A_C:11426,845,0 1|0:110,55:165:99:0|1:515274_A_C:1780,0,5699 1|1:4,145:149:99:.:.:4236,357,0 1|1:1,150:151:99:1|1:515274_A_C:6046,373,0 1|1:0,231:231:99:1|1:515274_A_C:9477,697,0 1|1:0,134:134:99:1|1:515274_A_C:5498,405,0 1|0:105,25:130:99:0|1:515274_A_C:572,0,3848 1|1:0,271:271:99:1|1:515274_A_C:11261,833,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1155 1|1:0,89:89:99:1|1:515274_A_C:3718,271,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1091 1|0:204,43:247:99:.:.:1000,0,4550 1|1:0,159:159:99:1|1:515301_G_A:6688,499,0 1|1:9,165:174:99:1|1:515274_A_C:6538,228,0 1|1:0,144:144:99:1|1:515274_A_C:5736,440,0 0|1:50,102:152:99:0|1:515274_A_C:3674,0,1701 0|1:98,22:120:99:0|1:515274_A_C:571,0,3654 0|1:12,73:85:99:0|1:515274_A_C:2831,0,384 1|1:0,66:66:99:.:.:1980,198,0 1|1:0,82:82:99:.:.:3112,247,0 1|1:0,98:98:99:1|1:515274_A_C:4269,315,0 0|1:45,46:91:99:0|1:515274_A_C:1627,0,1533 1|1:0,126:126:99:1|1:515274_A_C:5261,382,0 1|1:4,99:103:99:1|1:515274_A_C:4050,187,0 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,190:190:99:1|1:515274_A_C:7856,580,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4081,418,0 0|1:6,55:61:49:0|1:515274_A_C:2118,0,49 1|1:12,186:198:99:1|1:515274_A_C:7335,129,0 1|0:101,16:117:99:0|1:515274_A_C:374,0,3835 0|1:23,68:91:99:.:.:1784,0,571 1|1:0,75:75:99:1|1:515274_A_C:3078,228,0 0|1:44,13:57:99:0|1:515274_A_C:343,0,1621 1|1:8,120:128:49:1|1:515274_A_C:4630,49,0 1|0:60,23:83:99:.:.:423,0,2277 1|1:0,80:80:99:.:.:2268,238,0 1|0:16,59:75:99:0|1:515274_A_C:2024,0,400 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,82:82:99:1|1:515274_A_C:3385,250,0 1|0:41,85:126:99:0|1:515274_A_C:3176,0,1170 1|1:0,259:259:99:1|1:515274_A_C:10587,785,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,125:125:99:1|1:515274_A_C:5150,382,0 1|1:0,69:69:99:1|1:515274_A_C:2890,208,0 1|1:0,174:174:99:1|1:515274_A_C:7299,538,0 1|1:0,65:65:99:1|1:515274_A_C:2786,202,0 1|1:1,128:129:99:1|1:515274_A_C:5283,352,0 1|1:0,129:129:99:1|1:515274_A_C:5378,391,0 1|1:0,86:86:99:1|1:515274_A_C:3599,265,0 0|1:78,10:88:39:.:.:39,0,1867 0|1:166,38:204:99:0|1:515274_A_C:874,0,6366 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710 1|0:5,5:10:99:0|1:515274_A_C:164,0,161 1|1:0,162:162:99:.:.:6454,489,0 0|1:81,58:139:99:0|1:515274_A_C:1826,0,3007 1|1:0,126:126:99:1|1:515274_A_C:5379,397,0 0|1:70,21:91:99:0|1:515274_A_C:601,0,2724 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|0:52,86:138:99:0|1:515274_A_C:3212,0,2389 0|0:106,0:106:99:.:.:0,106,1800 0|1:15,51:66:99:0|1:515274_A_C:1839,0,355 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1292 1|1:0,88:88:99:1|1:515274_A_C:3731,268,0 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|1:17,220:237:99:0|1:515274_A_C:8301,0,254 1|0:5,21:26:99:0|1:515274_A_C:808,0,172 1|1:0,70:70:99:1|1:515274_A_C:2922,217,0 1|1:0,189:189:99:1|1:515274_A_C:7691,575,0 1|0:27,91:118:99:.:.:3215,0,396 0|1:4,70:74:32:0|1:515274_A_C:2674,0,32 0|1:8,88:96:15:0|1:515274_A_C:3241,0,15 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:9,16:25:99:0|1:515274_A_C:568,0,261 0|1:40,28:68:99:0|1:515274_A_C:1091,0,1460 0|0:48,0:48:74:.:.:0,74,1142 1|1:2,146:148:99:1|1:515274_A_C:6049,366,0 0|0:31,0:31:32:.:.:0,32,735 1|1:0,229:229:99:1|1:515274_A_C:9822,698,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,240:246:99:1|1:515274_A_C:10184,518,0 1|1:0,251:251:99:1|1:515274_A_C:10787,773,0 0|0:173,0:173:99:.:.:0,103,1800 1|0:27,230:257:99:0|1:515301_G_A:9013,0,363 1|1:0,242:242:99:1|1:515274_A_C:10442,740,0 1|1:0,164:164:99:1|1:515274_A_C:7088,506,0 1|1:0,252:252:99:.:.:9107,758,0 1|1:1,189:190:99:1|1:515274_A_C:8094,545,0 1|1:0,244:244:99:1|1:515274_A_C:10506,746,0 1|1:0,39:39:99:1|1:515274_A_C:1746,123,0 1|1:0,278:278:99:1|1:515274_A_C:11805,845,0 1|1:1,222:223:99:1|1:515274_A_C:9752,662,0 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1570 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,223:223:99:1|1:515274_A_C:9588,680,0 1|1:7,175:182:99:1|1:515274_A_C:7232,270,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,131:131:99:1|1:515274_A_C:5586,403,0 0|1:23,171:194:99:.:.:5932,0,182 1|1:0,302:302:99:1|1:515274_A_C:12923,921,0 0|1:29,182:211:99:0|1:515274_A_C:7116,0,649 1|1:0,118:118:99:1|1:515274_A_C:5052,364,0 1|1:0,114:114:99:1|1:515274_A_C:5051,361,0 1|1:0,206:206:99:1|1:515274_A_C:8870,632,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 1|0:43,102:145:99:0|1:515301_G_A:3891,0,1429 1|1:1,198:199:99:1|1:515274_A_C:8403,571,0 1|1:6,148:154:99:1|1:515274_A_C:6010,212,0 1|1:0,288:288:99:1|1:515274_A_C:12379,882,0 1|1:0,249:249:99:1|1:515274_A_C:10718,764,0 1|1:1,114:115:99:1|1:515274_A_C:5014,327,0 1|1:0,233:233:99:1|1:515274_A_C:10129,716,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,279:279:99:.:.:9791,837,0 1|1:0,832:832:99:1|1:515274_A_C:35752,2540,0 1|1:0,875:875:99:1|1:515274_A_C:37722,2678,0 1|1:0,719:719:99:1|1:515274_A_C:30738,2211,0 1|1:2,100:102:99:1|1:515274_A_C:4127,168,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1593,141,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,95:101:65:1|1:515274_A_C:3809,65,0 1|1:0,171:171:99:1|1:515274_A_C:7304,518,0 1|1:0,272:272:99:1|1:515274_A_C:11540,825,0 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 1|0:147,139:286:99:0|1:515274_A_C:5050,0,5745 1|1:2,505:507:99:1|1:515274_A_C:21752,1427,0 1|1:0,127:127:99:1|1:515274_A_C:5314,385,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1429 1|1:9,293:305:99:.:.:11893,262,0 1|1:0,262:262:99:1|1:515274_A_C:11300,812,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1543 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|0:238,28:266:99:.:.:145,0,6894 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|0:40,205:245:99:0|1:515274_A_C:7941,0,951 0|0:243,23:266:62:.:.:0,62,7030 1|1:6,370:376:99:1|1:515274_A_C:15798,909,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|1:210,206:416:99:0|1:515274_A_C:7575,0,7755 0|1:19,41:60:99:.:.:1159,0,482 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 1|0:202,98:300:99:.:.:2467,0,5695 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,295:295:99:1|1:515274_A_C:12540,896,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8453,738,0 1|0:54,238:292:99:.:.:7209,0,943 1|0:163,98:261:99:0|1:515301_G_A:3365,0,5918 0|1:28,178:206:99:0|1:515301_G_A:6832,0,647 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:2:.:.:0,2,2397 1|0:54,180:234:99:0|1:515301_G_A:7018,0,1570 1|0:9,82:91:99:0|1:515301_G_A:3265,0,106 1|0:34,249:283:99:0|1:515301_G_A:9794,0,517 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800 0|1:221,27:248:99:0|1:515274_A_C:298,0,8516 1|1:11,293:304:99:1|1:515274_A_C:12141,459,0 0|1:71,189:260:99:0|1:515301_G_A:7302,0,2221 1|1:0,232:232:99:1|1:515301_G_A:9812,698,0 1|0:37,135:172:99:0|1:515274_A_C:5465,0,1254 1|0:114,123:237:99:0|1:515274_A_C:4461,0,7854 1|0:36,114:150:99:0|1:515274_A_C:3280,0,1120 1|0:108,79:187:99:0|1:515274_A_C:3009,0,3962 0|1:37,6:43:48:.:.:48,0,995 0|0:263,0:263:57:.:.:0,57,6960 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,296:304:99:.:.:9574,660,0 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800 1|0:88,25:113:99:.:.:479,0,3476 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 1|1:23,469:492:99:1|1:515274_A_C:18844,473,0 1|1:0,198:198:99:1|1:515274_A_C:8333,602,0 0|1:268,261:529:99:0|1:515301_G_A:9675,0,12352 1|1:3,608:611:99:1|1:515274_A_C:25812,1667,0 1|1:0,551:551:99:1|1:515274_A_C:23525,1681,0 0|1:75,34:109:99:.:.:848,0,2292 1|1:2,427:429:99:1|1:515274_A_C:18085,1181,0 1|1:1,368:369:99:1|1:515274_A_C:15991,1116,0 0|1:105,147:252:99:0|1:515215_T_A:5576,0,7202 1|1:1,592:593:99:1|1:515274_A_C:25767,1799,0 1|1:0,71:71:99:1|1:515274_A_C:2890,213,0 1|0:72,91:163:99:0|1:515301_G_A:3334,0,2497 1|1:0,147:147:99:1|1:515274_A_C:6320,448,0 1|1:0,258:258:99:1|1:515274_A_C:11209,794,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,328:328:99:1|1:515274_A_C:14028,999,0 1|1:0,235:235:99:1|1:515274_A_C:10037,713,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,229:229:99:.:.:8156,689,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8346,739,0 1|1:0,242:242:99:.:.:8362,727,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,70:70:99:1|1:515274_A_C:3035,216,0 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1453 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665 1|1:1,27:28:57:1|1:515274_A_C:1177,57,0 1|1:0,330:330:99:1|1:515274_A_C:14318,1029,0 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,29:29:90:1|1:515274_A_C:1254,90,0 1|1:1,249:250:99:1|1:515274_A_C:10888,728,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|0:205,29:234:99:0|1:515274_A_C:529,0,7918 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,244:244:99:1|1:515274_A_C:10426,743,0 1|0:307,266:573:99:0|1:515274_A_C:9661,0,11144 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,184:184:99:1|1:515274_A_C:8024,572,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:1|1:515274_A_C:2460,178,0 1|1:0,30:30:90:1|1:515274_A_C:1259,90,0 1|1:0,401:401:99:1|1:515274_A_C:17170,1230,0 1|1:0,180:180:99:.:.:6189,540,0 Pf3D7_01_v3 515369 . A C 840013 PASS FS=0;MQ=60.27;QD=26.06;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.699;VQSLOD=8;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.999;GC=42.86;GQ_MEAN=110.05;GQ_STDDEV=13.1;HRun=1;InbreedingCoeff=1;MQRankSum=-0.333;NCC=1;ReadPosRankSum=-1.667;culprit=FS;set=snp;DP=13427279;AF=0.02;AS_InbreedingCoeff=0.6132;MLEAC=104;MLEAF=0.02;AN=858;AC=31 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1314:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1382:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1295:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:66:.:.:0,66,990:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1000:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1277:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1779:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:104,10:114:74:.:.:0,74,3874:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:11,0:11:19:.:.:0,19,272:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1229:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1526:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,23:66:99:0|1:515369_A_C:754,0,1635:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1112:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,35:139:99:0|1:515362_G_A:1148,0,4353:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,847:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,87:94:20:0|1:515369_A_C:3476,0,20:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:515369_A_C:7764,555,0:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1177:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,25:98:99:.:.:385,0,1843:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1149:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1313:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1749:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:127,28:155:99:.:.:291,0,4835:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:179,25:204:43:.:.:43,0,6424:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,315:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,141:144:99:1|1:515369_A_C:5992,307,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,213:213:99:1|1:515369_A_C:9276,650,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1091:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,99:159:99:0|1:515369_A_C:4007,0,2114:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,110:195:99:.:.:2329,0,1953:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,255:255:99:1|1:515369_A_C:11076,797,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:515369_A_C:3149,223,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1245:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,260:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1394:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,651:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1061:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,208:254:99:.:.:6348,0,1130:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1428:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1570:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:0:.:.:0,0,5894:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,271:271:99:1|1:515369_A_C:11956,837,0:. 0|0:601,0:601:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:120 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:.:.:.:.:120 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:.:.:.:.:120 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:560,0:560:.:.:.:.:120 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1429:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1543:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:423,0:423:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:457,0:457:.:.:.:.:120 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:1|1:515369_A_C:10304,719,0:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:.:.:.:.:105 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:109 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:.:.:.:.:120 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:.:.:.:.:120 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:.:.:.:.:120 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:99 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:.:.:.:.:120 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:.:.:.:.:120 0|0:475,0:475:.:.:.:.:120 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:.:.:.:.:120 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:.:.:.:.:120 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:400,0:400:.:.:.:.:120 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:510,0:510:.:.:.:.:120 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:1|1:515369_A_C:9889,686,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:515369_A_C:9561,665,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1453:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:515369_A_C:1486,102,0:. 1|1:1,240:241:99:1|1:515369_A_C:10510,689,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:0:.:.:0,0,7751:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1454:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 515440 . A G 1.30017e+07 PASS FS=0.669;MQ=57.24;QD=25.7;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.78;VQSLOD=6.81;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=28.57;GQ_MEAN=163.95;GQ_STDDEV=193.34;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6868;MQRankSum=-0.834;NCC=1;ReadPosRankSum=0.691;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13413948;AF=0.353;AS_InbreedingCoeff=0.4712;MLEAC=1863;MLEAF=0.355;AN=856;AC=179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:36,29:65:99:.:.:653,0,953:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1198:. 0|1:52,5:57:82:0|1:515415_C_T:82,0,2388:. 1|1:0,53:53:99:1|1:515415_C_T:2373,163,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:515415_C_T:3288,226,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:515415_C_T:3271,226,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1374:. 1|1:0,93:93:99:1|1:515415_C_T:4339,298,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:13,29:42:99:0|1:515415_C_T:1231,0,506:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,687:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,145:. 1|1:0,23:23:72:1|1:515440_A_G:1022,72,0:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:94:.:.:0,94,957:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1277:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1268:. 1|1:0,209:209:99:1|1:515415_C_T:9643,656,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1106:. 1|0:86,28:114:99:0|1:515440_A_G:883,0,3574:. 0|1:2,16:18:30:0|1:515415_C_T:717,0,30:. 1|1:0,8:8:24:1|1:515440_A_G:340,24,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,0:14:.:.:.:.:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,7:134:99:.:.:0,118,5550:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1219:. 0|1:232,104:336:99:0|1:515440_A_G:3519,0,9175:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1526:. 0|1:92,16:108:99:0|1:515415_C_T:347,0,3821:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,22:64:99:0|1:515415_C_T:784,0,1715:. 1|0:69,17:86:99:0|1:515415_C_T:557,0,2904:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1112:. 1|1:5,140:145:99:1|1:515440_A_G:6007,282,0:. 1|0:48,28:76:99:0|1:515379_C_T:861,0,1716:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:1|1:515415_C_T:10462,715,0:. 0|1:44,63:107:99:0|1:515415_C_T:2535,0,1745:. 0|1:76,10:86:99:0|1:515440_A_G:138,0,3338:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,78:85:50:0|1:515415_C_T:3320,0,50:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,30:82:99:0|1:515440_A_G:1102,0,2100:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,42:149:99:0|1:515415_C_T:1482,0,5584:. 1|1:0,149:149:99:1|1:515415_C_T:7171,500,0:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1177:. 1|0:33,66:99:99:.:.:2825,0,847:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,74:99:99:0|1:515440_A_G:2998,0,817:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:47,53:100:99:0|1:515415_C_T:2156,0,1794:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1149:. 1|1:0,140:140:99:1|1:515415_C_T:6371,430,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,108:127:99:0|1:515415_C_T:4591,0,477:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:27,42:69:99:0|1:515415_C_T:1751,0,1025:. 0|0:87,0:87:37:.:.:0,37,2072:. 1|1:0,84:84:99:1|1:515415_C_T:3823,259,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1313:. 0|1:100,50:150:99:0|1:515440_A_G:1903,0,4153:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1749:. 1|1:1,182:183:99:1|1:515415_C_T:8317,527,0:. 0|1:95,71:166:99:0|1:515415_C_T:2718,0,3875:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:515415_C_T:8269,563,0:. 0|0:100,0:100:77:.:.:0,77,2533:. 1|0:26,109:135:99:0|1:515415_C_T:4554,0,752:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,35:94:99:0|1:515415_C_T:1328,0,2448:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,180:192:77:1|1:515415_C_T:7930,77,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:187,22:209:99:0|1:515415_C_T:316,0,8121:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,61:116:99:0|1:515415_C_T:2465,0,2208:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,181:191:99:1|1:515415_C_T:7878,120,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,82:178:99:0|1:515415_C_T:3227,0,3905:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:149,75:224:99:0|1:515440_A_G:2594,0,5849:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,20:135:99:0|1:515415_C_T:508,0,4809:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,47:143:99:0|1:515440_A_G:1599,0,3767:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,12:141:99:0|1:515415_C_T:178,0,5412:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:1|1:515415_C_T:7651,530,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,50:198:99:0|1:515415_C_T:1677,0,6271:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,64:132:99:0|1:515415_C_T:2552,0,2737:. 0|1:146,35:181:99:0|1:515440_A_G:988,0,6238:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:185,27:212:99:0|1:515415_C_T:550,0,7888:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:1|1:515415_C_T:11634,792,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:146,45:191:99:0|1:515415_C_T:1429,0,6100:. 1|0:192,78:270:99:0|1:515415_C_T:2724,0,8009:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,249:249:99:1|1:515415_C_T:11548,789,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,47:181:99:0|1:515415_C_T:1607,0,5595:. 0|1:218,19:237:99:0|1:515440_A_G:151,0,8957:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:14,99:113:99:0|1:515415_C_T:4200,0,275:. 0|1:92,128:220:99:0|1:515415_C_T:5156,0,3544:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,246:248:99:1|1:515415_C_T:11082,677,0:. 0|1:43,19:62:99:0|1:515440_A_G:667,0,1835:. 0|1:84,67:151:99:0|1:515415_C_T:2657,0,3355:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:125,19:144:99:.:.:409,0,3660:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:180,19:199:99:0|1:515379_C_T:244,0,7794:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:41:.:.:0,41,481:. 1|1:0,110:110:99:1|1:515415_C_T:5092,346,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,110:110:99:1|1:515415_C_T:5088,346,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:72,101:173:99:0|1:515415_C_T:4154,0,2730:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,69:88:99:0|1:515415_C_T:2930,0,602:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,49:128:99:0|1:515415_C_T:1865,0,3240:. 0|0:122,0:122:89:.:.:0,89,3126:. 0|1:48,135:183:99:0|1:515440_A_G:5440,0,1560:. 0|1:34,21:55:99:0|1:515379_C_T:647,0,1353:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,185:185:99:1|1:515415_C_T:8620,589,0:. 1|1:2,122:124:99:1|1:515415_C_T:5506,298,0:. 1|0:100,15:115:99:0|1:515415_C_T:311,0,4308:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1091:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,146:156:29:1|1:515415_C_T:6150,29,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,34:146:99:0|1:515415_C_T:1095,0,4715:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,52:69:99:0|1:515415_C_T:2156,0,546:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,27:84:99:0|1:515440_A_G:945,0,2442:. 1|0:99,26:125:99:.:.:711,0,2500:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,117:135:99:0|1:515415_C_T:5034,0,404:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:1|1:515415_C_T:9160,623,0:. 1|1:1,113:114:99:.:.:2882,308,0:. 1|1:4,63:67:25:1|1:515415_C_T:2687,25,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,4:77:74:0|1:515440_A_G:0,74,3228:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:74,48:122:99:0|1:515415_C_T:1834,0,2978:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1297:. 1|1:0,81:81:99:1|1:515415_C_T:3838,265,0:. 1|0:46,25:71:99:0|1:515440_A_G:872,0,1826:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:65,52:117:99:0|1:515415_C_T:2045,0,2544:. 1|1:0,189:189:99:1|1:515415_C_T:8966,620,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:515415_C_T:3350,229,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:515415_C_T:3068,208,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1245:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:178,25:203:99:0|1:515440_A_G:479,0,7248:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:4,5:9:99:0|1:515415_C_T:220,0,150:. 1|0:140,24:164:99:0|1:515440_A_G:556,0,5727:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,55:132:99:0|1:515415_C_T:2159,0,3174:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,76:124:99:0|1:515440_A_G:2955,0,1752:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:54,15:69:99:0|1:515415_C_T:461,0,2272:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,814:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:1,45:46:75:1|1:515415_C_T:1703,75,0:. 0|1:143,23:166:99:0|1:515415_C_T:523,0,7357:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1394:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,15:24:99:0|1:515415_C_T:603,0,333:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1061:. 1|1:1,128:129:99:1|1:515415_C_T:5197,361,0:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,255:255:99:1|1:515415_C_T:11973,813,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,16:268:99:.:.:0,113,10057:. 1|1:0,197:197:99:1|1:515415_C_T:9152,620,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1428:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1570:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,150:151:99:1|1:515440_A_G:6591,413,0:. 0|1:193,62:255:99:0|1:515415_C_T:2067,0,8313:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:1|1:515415_C_T:5329,361,0:. 1|1:0,113:113:99:1|1:515415_C_T:5373,367,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,120:128:21:0|1:515415_C_T:5156,0,21:. 1|1:0,257:257:99:1|1:515415_C_T:12035,816,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:1|1:515415_C_T:11354,771,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:601,0:601:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,102:115:99:0|1:515415_C_T:4487,0,215:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,129:281:99:0|1:515379_C_T:5175,0,6202:. 0|0:560,0:560:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:1|1:515415_C_T:7012,473,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1429:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1543:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:423,0:423:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:222,130:352:99:0|1:515379_C_T:4491,0,8635:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:515415_C_T:9625,650,0:. 1|0:60,229:289:99:0|1:515415_C_T:9713,0,1924:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:0:.:.:0,0,7119:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:62,256:318:99:0|1:515415_C_T:10727,0,1966:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:241,36:277:99:0|1:515415_C_T:756,0,10281:. 1|1:9,281:290:99:1|1:515415_C_T:12400,459,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,223:236:99:1|1:515415_C_T:9672,123,0:. 1|0:66,138:204:99:0|1:515415_C_T:5746,0,2631:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,62:158:99:0|1:515415_C_T:2420,0,4048:. 0|0:55,0:55:68:.:.:0,68,1598:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,23:138:99:0|1:515415_C_T:608,0,4871:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,529:531:99:1|1:515415_C_T:24498,1554,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:400,0:400:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:510,0:510:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,80:80:99:1|1:515415_C_T:3721,253,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1453:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,30:30:90:1|1:515415_C_T:1350,90,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,18:18:54:1|1:515415_C_T:810,54,0:. 1|1:3,220:223:99:1|1:515415_C_T:9949,554,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,60:210:99:0|1:515379_C_T:1996,0,6554:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1454:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 515445 . G C 1.23703e+07 PASS FS=0.685;MQ=56.95;QD=34.13;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.794;VQSLOD=6.91;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=38.1;GQ_MEAN=164.02;GQ_STDDEV=183.33;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7451;MQRankSum=-0.628;NCC=1;ReadPosRankSum=0.82;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13417271;AF=0.339;AS_InbreedingCoeff=0.4754;MLEAC=1783;MLEAF=0.339;AN=858;AC=168 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1384:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1198:. 0|1:52,4:56:47:0|1:515415_C_T:47,0,2096:. 1|1:0,51:51:99:1|1:515415_C_T:2355,166,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:515415_C_T:3217,222,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:515415_C_T:3210,223,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1374:. 1|1:0,93:93:99:1|1:515415_C_T:4217,292,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:15,28:43:99:0|1:515415_C_T:1152,0,512:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,687:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,145:. 1|1:0,22:22:66:1|1:515440_A_G:968,66,0:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1277:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1268:. 1|1:0,212:212:99:1|1:515415_C_T:9450,647,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1106:. 1|0:89,28:117:99:0|1:515440_A_G:887,0,3558:. 0|1:2,17:19:33:0|1:515415_C_T:690,0,33:. 1|1:0,7:7:21:1|1:515440_A_G:315,21,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:32:.:.:0,32,389:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1219:. 0|1:229,101:330:99:0|1:515440_A_G:3480,0,9124:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1526:. 0|1:98,15:113:99:0|1:515415_C_T:290,0,3876:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,22:63:99:0|1:515415_C_T:790,0,1649:. 1|0:69,16:85:99:0|1:515415_C_T:506,0,2804:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1112:. 1|1:3,135:138:99:1|1:515440_A_G:5920,273,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:515415_C_T:10151,694,0:. 0|1:43,65:108:99:0|1:515415_C_T:2513,0,1565:. 0|1:74,11:85:99:0|1:515440_A_G:164,0,3290:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,75:81:17:0|1:515415_C_T:3223,0,17:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,32:86:99:0|1:515440_A_G:1102,0,2100:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,43:153:99:0|1:515415_C_T:1472,0,5528:. 1|1:0,152:152:99:1|1:515415_C_T:6708,460,0:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1177:. 1|0:36,63:99:99:0|1:515415_C_T:2261,0,1264:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,75:101:99:0|1:515440_A_G:2999,0,842:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:45,54:99:99:0|1:515415_C_T:2135,0,1706:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1149:. 1|1:0,134:134:99:1|1:515415_C_T:6212,418,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,110:127:99:0|1:515415_C_T:4593,0,345:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:26,46:72:99:0|1:515415_C_T:1777,0,935:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,81:81:99:1|1:515415_C_T:3742,253,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1313:. 0|1:100,54:154:99:0|1:515440_A_G:1903,0,3999:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1749:. 1|1:1,178:179:99:1|1:515415_C_T:8033,506,0:. 0|1:93,67:160:99:0|1:515415_C_T:2550,0,3673:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:1|1:515415_C_T:7948,541,0:. 0|0:99,0:99:43:.:.:0,43,2201:. 1|0:26,112:138:99:0|1:515415_C_T:4471,0,755:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,37:95:99:0|1:515415_C_T:1321,0,2296:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,177:188:77:1|1:515415_C_T:7471,77,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:193,21:214:99:0|1:515415_C_T:331,0,7882:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,61:116:99:0|1:515415_C_T:2305,0,2076:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,182:193:99:1|1:515415_C_T:7689,111,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,85:184:99:0|1:515415_C_T:3128,0,3817:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:141,74:215:99:0|1:515440_A_G:2588,0,5731:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,20:132:99:0|1:515415_C_T:514,0,4758:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,48:142:99:0|1:515440_A_G:1594,0,3755:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,13:142:99:0|1:515415_C_T:123,0,5394:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:1|1:515415_C_T:7404,518,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:145,49:194:99:0|1:515415_C_T:1635,0,5928:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,68:138:99:0|1:515415_C_T:2566,0,2691:. 0|1:149,33:182:99:0|1:515440_A_G:961,0,6280:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:188,27:215:99:0|1:515415_C_T:556,0,7802:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,251:251:99:1|1:515415_C_T:11275,770,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,47:191:99:0|1:515415_C_T:1472,0,5891:. 1|0:190,73:263:99:0|1:515415_C_T:2523,0,7774:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,251:251:99:1|1:515415_C_T:11168,761,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,47:180:99:0|1:515415_C_T:1558,0,5519:. 0|1:222,20:242:96:0|1:515440_A_G:96,0,9019:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:14,99:113:99:0|1:515415_C_T:4099,0,263:. 0|1:96,122:218:99:0|1:515415_C_T:4869,0,3572:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,248:250:99:1|1:515415_C_T:10930,671,0:. 0|1:40,23:63:99:0|1:515440_A_G:745,0,1772:. 0|1:80,63:143:99:0|1:515415_C_T:2499,0,3200:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:130,18:148:40:.:.:40,0,5238:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:181,19:200:99:0|1:515379_C_T:262,0,7396:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,109:109:99:1|1:515415_C_T:4891,337,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:1|1:515415_C_T:4948,340,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:71,99:170:99:0|1:515415_C_T:3963,0,2712:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,69:89:99:0|1:515415_C_T:2820,0,590:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,48:133:99:0|1:515415_C_T:1786,0,3295:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,139:190:99:0|1:515440_A_G:5489,0,1581:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,188:188:99:1|1:515415_C_T:8370,571,0:. 1|1:2,119:121:99:1|1:515415_C_T:5424,292,0:. 1|0:102,14:116:99:0|1:515415_C_T:275,0,4219:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1091:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,144:156:30:0|1:515415_C_T:5959,0,30:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,35:149:99:0|1:515415_C_T:1127,0,4623:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,51:67:99:0|1:515415_C_T:2074,0,515:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,27:80:99:0|1:515440_A_G:951,0,2391:. 1|0:100,23:123:99:.:.:524,0,4060:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,116:134:99:0|1:515415_C_T:4877,0,398:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:1|1:515415_C_T:8993,614,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,62:67:2:0|1:515415_C_T:2594,0,2:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,4:76:55:0|1:515440_A_G:0,55,3007:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:73,47:120:99:0|1:515415_C_T:1723,0,2949:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1297:. 1|1:0,82:82:99:1|1:515415_C_T:3616,247,0:. 1|0:47,25:72:99:0|1:515440_A_G:894,0,1845:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:60,55:115:99:0|1:515415_C_T:2052,0,2405:. 1|1:0,198:198:99:1|1:515415_C_T:8754,610,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:515415_C_T:3354,232,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:1|1:515415_C_T:3066,208,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1245:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:176,25:201:99:0|1:515440_A_G:469,0,7254:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:4,5:9:99:0|1:515415_C_T:198,0,153:. 1|0:143,23:166:99:0|1:515440_A_G:524,0,5777:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,56:137:99:0|1:515415_C_T:2096,0,3127:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,79:126:99:0|1:515440_A_G:3008,0,1717:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:56,15:71:99:0|1:515415_C_T:461,0,2257:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,820:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1307:. 0|1:143,22:165:99:0|1:515415_C_T:526,0,7247:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1394:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,16:23:99:0|1:515415_C_T:656,0,243:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1061:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,713:. 1|1:0,261:261:99:1|1:515415_C_T:11743,798,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:515415_C_T:8862,599,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1428:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1570:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,143:144:99:1|1:515440_A_G:6430,397,0:. 0|1:206,60:266:99:0|1:515415_C_T:1945,0,8422:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:1|1:515415_C_T:4936,334,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:515415_C_T:5116,349,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,119:127:34:1|1:515415_C_T:5103,34,0:. 1|1:0,266:266:99:1|1:515415_C_T:11905,813,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,246:246:99:1|1:515415_C_T:11000,749,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:601,0:601:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,100:115:99:0|1:515415_C_T:4227,0,293:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,130:280:99:0|1:515379_C_T:4999,0,5927:. 0|0:560,0:560:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:515415_C_T:6875,470,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1429:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1543:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:423,0:423:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:515415_C_T:9404,638,0:. 1|0:64,226:290:99:0|1:515415_C_T:9270,0,1961:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:64,254:318:99:0|1:515415_C_T:10497,0,1932:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:240,35:275:99:0|1:515415_C_T:729,0,10102:. 1|1:9,278:287:99:1|1:515415_C_T:12119,446,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,217:229:99:1|1:515415_C_T:9273,164,0:. 1|0:64,141:205:99:0|1:515415_C_T:5704,0,2500:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,58:156:99:0|1:515415_C_T:2270,0,3911:. 0|0:56,0:56:79:.:.:0,79,1637:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,24:141:99:0|1:515415_C_T:638,0,4797:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:566,0:566:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,538:540:99:1|1:515415_C_T:24113,1562,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:400,0:400:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:510,0:510:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,80:80:99:1|1:515415_C_T:3565,244,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1453:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,29:29:93:1|1:515415_C_T:1385,93,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:54:1|1:515415_C_T:810,54,0:. 1|1:3,218:221:99:1|1:515415_C_T:9681,536,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:157,60:217:99:0|1:515379_C_T:2039,0,6292:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1454:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 515824 . G A 227610 PASS FS=0;MQ=52.23;QD=20.24;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.701;VQSLOD=6.15;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=-0.0013;NCC=0;BaseQRankSum=8.08;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1079;GQ_MEAN=137.22;GQ_STDDEV=83.48;HRun=0;MQRankSum=-7.491;ReadPosRankSum=2.71;culprit=FS;set=snp;DP=10059400;AF=0.00987;AS_InbreedingCoeff=-0.0458;MLEAC=51;MLEAF=0.01;AN=854;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1528:. 0|1:58,35:93:99:.:.:845,0,1371:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1326:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1317:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3125,289,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1291:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1517:. 1|1:1,23:24:43:.:.:704,43,0:. 0|0:18,0:18:6:.:.:0,6,90:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,302:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1156:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:96:.:.:0,96,1257:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,426:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,207:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1265:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1230:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:27:.:.:0,27,405:. 0|0:47,0:47:93:.:.:0,93,1194:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1374:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1177:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1222:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:66:.:.:0,66,990:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,174:. 0|0:23,0:23:3:.:.:0,3,45:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:42:.:.:0,42,630:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,967:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1253:. 0|0:225,0:225:3:.:.:0,3,4842:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:6:.:.:0,6,90:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:9:.:.:0,9,135:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1228:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1489:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:.:.:.:.:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:9:.:.:0,9,135:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:3:.:.:0,3,45:. 0|0:105,0:105:9:.:.:0,9,135:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:9:.:.:0,9,135:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:175,30:205:99:.:.:329,0,4215:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:6:.:.:0,6,90:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,304:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:6:.:.:0,6,90:. 0|0:36,0:36:3:.:.:0,3,45:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,62:111:99:.:.:1606,0,1007:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1269:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:3:.:.:0,3,45:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:3:.:.:0,3,45:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,170:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:3:.:.:0,3,45:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:9:.:.:0,9,135:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1116:. 0|0:11,0:11:12:.:.:0,12,180:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:15:.:.:0,15,225:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:3:.:.:0,3,45:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:70:.:.:0,70,897:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1328:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:12:.:.:0,12,180:. 1|1:2,205:207:99:.:.:7352,555,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:6:.:.:0,6,90:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1392:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:30:.:.:0,30,450:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:21:.:.:0,21,315:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1429:. 0|0:45,0:45:39:.:.:0,39,585:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1326:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:305,69:374:99:.:.:1252,0,8786:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:210,30:240:99:.:.:347,0,5690:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:30:.:.:0,30,450:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,23:120:99:.:.:432,0,2564:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:439,0:439:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1539:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:6:.:.:0,6,90:. 0|0:14,0:14:6:.:.:0,6,90:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,113,1540:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:24:.:.:0,24,360:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,748:. 0|0:41,0:41:12:.:.:0,12,180:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,782:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 515905 . T C 6.8251e+06 PASS FS=0;MQ=59.13;QD=29.52;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.708;VQSLOD=8.77;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.998;GC=28.57;GQ_MEAN=125.36;GQ_STDDEV=81.25;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6932;MQRankSum=0.797;NCC=1;ReadPosRankSum=0.74;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11393348;AF=0.273;AS_InbreedingCoeff=0.1982;MLEAC=1440;MLEAF=0.274;AN=858;AC=35 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:52,0:52:20:.:.:0,20,1345:. 0|0:59,0:59:89:.:.:0,89,1712:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:66:.:.:0,66,1713:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:35,0:35:99:1|0:515889_G_C:0,105,1306:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1218:. 0|0:52,0:52:67:.:.:0,67,1349:. 0|0:35,0:35:47:.:.:0,47,934:. 0|0:29,0:29:39:.:.:0,39,761:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,276:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,641:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,806:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1022:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:17,0:17:40:.:.:0,40,478:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,277:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1640,181,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1230:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1067:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1644:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1374:. 0|0:162,0:162:8:.:.:0,8,3783:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1177:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1616:. 1|0:50,19:69:99:.:.:305,0,1275:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1156:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,609:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1060:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1672,191,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1022:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,967:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,63:107:99:.:.:1347,0,1010:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1253:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,953:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1100:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1228:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2130,246,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,53:70:99:.:.:1232,0,344:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,7:53:19:.:.:19,0,1217:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,23:170:99:.:.:118,0,3928:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,249:278:99:.:.:5905,0,466:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1025:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1028:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,226:228:99:.:.:6140,618,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2622,285,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,142:154:99:.:.:3614,115,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,200:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3164,351,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1072:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1472:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1269:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,937:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,140:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,22:116:99:.:.:235,0,2433:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1262:. 1|0:35,9:44:99:.:.:116,0,948:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,57:65:37:.:.:1384,0,37:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1029:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1229,138,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1328:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1387:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1392:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1331:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:513,0:513:.:.:.:.:120 1|1:10,161:171:99:.:.:4800,150,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,267:267:99:.:.:8733,801,0:. 0|0:250,0:250:.:.:.:.:120 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:.:.:.:.:120 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1429:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,249:250:99:.:.:8044,712,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:.:.:.:.:120 0|0:38,0:38:67:.:.:0,67,1199:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1326:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:120 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:.:.:.:.:120 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:.:.:.:.:120 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:.:.:.:.:120 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:.:.:.:.:120 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:.:.:.:.:120 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:99 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:.:.:.:.:120 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:.:.:.:.:120 0|0:280,0:280:.:.:.:.:120 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1464:. 0|0:326,0:326:.:.:.:.:120 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1139:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4624,411,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1899,177,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,995:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1579:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 516030 . T C 2.71208e+06 PASS FS=0;MQ=60.74;QD=28.79;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.672;VQSLOD=9.31;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=136.24;GQ_STDDEV=184.7;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8585;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.75;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11512285;AF=0.097;AS_InbreedingCoeff=0.4889;MLEAC=510;MLEAF=0.097;AN=858;AC=87 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,31:83:99:.:.:632,0,1753:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1339:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1395:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:92:.:.:0,92,1539:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,30:30:96:1|1:516030_T_C:1380,96,0:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1240:. 0|0:9,0:9:14:.:.:0,14,256:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,758:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1132:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1230:. 0|1:48,63:111:99:0|1:516030_T_C:2356,0,1782:. 0|1:70,23:93:99:.:.:322,0,2810:. 1|0:42,18:60:99:0|1:516030_T_C:627,0,1592:. 1|0:90,225:315:99:0|1:516030_T_C:8948,0,2968:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:147,15:162:80:0|1:516030_T_C:0,80,7453:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1177:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1616:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,11:70:84:.:.:84,0,2386:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,13:46:99:.:.:201,0,1026:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,379:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1060:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,944:. 0|0:111,13:124:4:.:.:0,4,4473:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1022:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,967:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1100:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1253:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,62:63:99:1|1:516030_T_C:2629,145,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,70:72:99:1|1:516030_T_C:2994,140,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1228:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:516030_T_C:5787,406,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:1|1:516030_T_C:6056,427,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,7:105:99:0|1:516030_T_C:0,118,3960:. 0|1:37,24:61:99:.:.:452,0,1096:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,81:91:99:0|1:516030_T_C:3262,0,218:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,16:144:10:.:.:0,10,5656:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1028:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:74:.:.:0,74,3848:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,100:205:99:0|1:516030_T_C:3823,0,4246:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:115,0:115:6:.:.:0,6,2843:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,16:62:99:.:.:219,0,1759:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,11:112:24:0|1:516030_T_C:0,24,2919:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,31:194:99:0|1:516030_T_C:789,0,6548:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,45:166:99:0|1:516030_T_C:1557,0,4961:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,13:149:78:0|1:516030_T_C:0,78,4917:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:516030_T_C:4176,295,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1472:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,71:74:99:.:.:1862,141,0:. 0|1:180,32:212:99:.:.:214,0,4985:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,24:112:99:0|1:516030_T_C:303,0,2280:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,28:49:99:0|1:516030_T_C:1093,0,918:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,86:94:92:0|1:516030_T_C:3578,0,92:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,4:75:99:0|1:516030_T_C:0,120,3675:. 0|1:51,167:218:99:.:.:3706,0,1512:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,45:75:99:.:.:999,0,1113:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,19:69:99:0|1:516030_T_C:644,0,2093:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:130,12:142:99:0|1:516030_T_C:0,112,6372:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1269:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,27:114:99:.:.:398,0,2384:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,185:190:99:.:.:4870,373,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,28:32:86:0|1:516030_T_C:1146,0,86:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1647:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,122:123:99:1|1:516030_T_C:5388,343,0:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|0:26,40:66:99:0|1:516030_T_C:1643,0,1214:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5543,490,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:516030_T_C:9527,650,0:. 1|1:1,182:183:99:1|1:516030_T_C:8140,502,0:. 1|1:0,222:222:99:1|1:516030_T_C:9847,680,0:. 0|1:185,22:207:99:0|1:516030_T_C:329,0,7713:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1387:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,137:143:40:1|1:516030_T_C:5814,40,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:131,37:168:99:.:.:770,0,5429:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1392:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,26:26:78:1|1:516030_T_C:1136,78,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:2,433:435:99:1|1:516030_T_C:18776,1234,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:487,0:487:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,214:255:99:0|1:516030_T_C:8832,0,1063:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,14:115:99:0|1:516030_T_C:277,0,4435:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,32:56:99:.:.:833,0,759:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:162,92:254:99:0|1:516030_T_C:3350,0,6426:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,98:173:99:.:.:2510,0,3355:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1326:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,37:62:99:.:.:988,0,973:. 0|1:226,29:255:99:0|1:516030_T_C:168,0,13580:. 1|1:6,476:482:99:1|1:516030_T_C:20614,1187,0:. 1|0:102,61:163:99:0|1:516030_T_C:2212,0,6106:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,21:237:49:0|1:516030_T_C:0,49,12207:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,55:157:99:0|1:516030_T_C:1956,0,5101:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,112:173:99:0|1:516030_T_C:4391,0,3512:. 0|0:38,2:40:51:.:.:0,51,1341:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,529:541:99:1|1:516030_T_C:22033,1021,0:. 1|1:7,289:296:99:1|1:516030_T_C:12487,541,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,24:115:99:0|1:516030_T_C:642,0,5163:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1464:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|1:81,61:142:99:0|1:516030_T_C:2363,0,4852:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:516030_T_C:3104,214,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,939:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1579:. 0|1:184,81:265:99:0|1:516030_T_C:2916,0,7362:. 1|0:204,51:255:99:0|1:516030_T_C:1407,0,8373:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,649:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:199,53:252:99:0|1:516030_T_C:1560,0,12178:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,128:211:99:0|1:516030_T_C:5054,0,2986:. 1|0:164,33:197:99:0|1:516030_T_C:862,0,10314:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,206:232:99:.:.:6160,0,206:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,29:90:99:0|1:516030_T_C:1088,0,2632:. 1|0:191,148:339:99:0|1:516030_T_C:5585,0,7908:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,684:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:516030_T_C:6410,436,0:. Pf3D7_01_v3 516118 . G T 535671 PASS FS=0;MQ=60.1;QD=23.95;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.722;VQSLOD=6.82;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=123.44;GQ_STDDEV=73.03;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0113;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.408;culprit=FS;set=snp;DP=10696197;AF=0.029;AS_InbreedingCoeff=-0.0223;MLEAC=151;MLEAF=0.029;AN=858;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1339:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1395:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1411:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1466:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,874:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,222:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1073:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1488:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1230:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1200:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1177:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1290:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,42:106:99:.:.:935,0,1503:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1403:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1060:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,944:. 0|1:89,19:108:99:.:.:225,0,2173:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1022:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1075:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1253:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1228:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,121:173:99:.:.:3250,0,921:. 0|1:70,132:202:99:.:.:3274,0,1286:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:60:.:.:0,60,2051:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6076,592,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1269:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,63:67:90:.:.:1844,90,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,247:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,871:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1647:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1611:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1611:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1326:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,37:44:99:.:.:1071,0,100:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1464:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:1,165:166:99:.:.:5769,466,0:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5797,508,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1579:. 1|0:190,54:244:99:.:.:1191,0,5592:. 0|1:183,57:240:99:.:.:1284,0,5379:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,59:180:99:.:.:1471,0,3533:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,136:182:99:.:.:4166,0,996:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,23:23:69:.:.:814,69,0:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 516177 . A G 3.87567e+06 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=25.91;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.694;VQSLOD=6.65;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=4.76;GQ_MEAN=175.48;GQ_STDDEV=157.3;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6637;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.413;culprit=FS;set=snp;DP=10620649;AF=0.166;AS_InbreedingCoeff=-0.0557;MLEAC=877;MLEAF=0.167;AN=856;AC=74 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1339:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1395:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1411:. 1|0:20,49:69:99:.:.:1224,0,416:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1145:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,381:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1242:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1089:. 1|0:34,73:107:99:.:.:1692,0,667:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1186,125,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1230:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,13:53:99:.:.:218,0,1060:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1447,152,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,72:74:99:.:.:1994,162,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1177:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1290:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1197:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,13:63:99:.:.:177,0,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1060:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,944:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,78:99:99:.:.:1927,0,346:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1075:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,51:100:99:.:.:1156,0,1194:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1253:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,91:112:99:.:.:2259,0,316:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1228:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2048,224,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,61:80:99:.:.:1537,0,349:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,60:108:99:.:.:1341,0,1128:. 1|0:34,10:44:99:.:.:155,0,909:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,31:143:99:.:.:432,0,3027:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,112:190:99:.:.:2511,0,1823:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:.:.:5329,576,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,29:131:99:.:.:447,0,2689:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,213:231:99:.:.:5475,146,0:. 1|0:134,20:154:80:.:.:80,0,3522:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:3931,436,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:5497,604,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6258,661,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1801,167,0:. 1|1:5,209:214:99:.:.:5494,487,0:. 0|0:61,0:61:97:.:.:0,97,1683:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:101,24:125:99:.:.:296,0,2698:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:155,21:176:67:.:.:67,0,4235:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,37:171:99:.:.:511,0,3494:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,111:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,56:131:99:.:.:1149,0,1847:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3430,363,0:. 1|0:70,29:99:99:.:.:525,0,1838:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,138:139:99:.:.:3739,384,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:76,38:114:99:.:.:671,0,2008:. 1|0:18,72:90:99:.:.:1722,0,258:. 0|0:72,6:78:68:.:.:0,68,2029:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,15:63:99:.:.:248,0,1249:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:55,0:55:64:.:.:0,64,1497:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,10:55:99:.:.:106,0,1185:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,4:57:59:.:.:0,59,1502:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:92,24:116:99:.:.:336,0,2414:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1269:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1948,213,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:111,69:180:99:.:.:1394,0,2848:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|1:125,26:151:99:.:.:283,0,3303:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,11:42:99:.:.:184,0,786:. 1|1:0,31:31:93:.:.:909,93,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,200:208:99:.:.:5397,372,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1647:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:15:.:.:0,15,373:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1611:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1335,144,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:356,0:356:.:.:.:.:120 1|1:9,132:141:99:.:.:4138,132,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,256:256:99:.:.:8568,769,0:. 0|0:250,0:250:.:.:.:.:120 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:.:.:.:.:120 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:.:.:.:.:120 1|1:1,62:63:99:.:.:1993,152,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,200:254:99:.:.:5766,0,1136:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7170,649,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:.:.:.:.:120 1|0:33,18:51:99:.:.:458,0,979:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:.:.:.:.:120 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1326:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:113 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:120 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:.:.:.:.:120 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:.:.:.:.:120 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:.:.:.:.:120 0|0:193,0:193:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:.:.:.:.:120 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:94 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:.:.:.:.:120 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:.:.:120 0|0:280,0:280:.:.:.:.:120 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1464:. 0|0:326,0:326:.:.:.:.:120 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3996,355,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,47:178:99:.:.:984,0,3846:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,771:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1579:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 516208 . A G 319635 PASS FS=0;MQ=60.19;QD=21.45;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.654;VQSLOD=6.28;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=115.73;GQ_STDDEV=33.06;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9071;NCC=0;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=-0.29;MQRankSum=0.563;ReadPosRankSum=0.778;culprit=FS;set=snp;DP=10365722;AF=0.021;AS_InbreedingCoeff=0.9071;MLEAC=105;MLEAF=0.02;AN=858;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:27:0,27,1218:. 0|0:53,0:53:16:0,16,1401:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1395:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,103,1411:. 0|1:37,13:50:99:207,0,1024:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1192:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:0,93,1395:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1145:. 0|0:23,0:23:57:0,57,855:. 0|0:28,0:28:72:0,72,898:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:. 1|1:0,36:36:99:994,108,0:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1109:. 0|0:40,0:40:90:0,90,1048:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,106,1625:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1089:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 1|1:0,14:14:42:384,42,0:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1046:. 0|0:47,0:47:99:0,100,1230:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1460:. 0|1:230,103:333:99:1770,0,5856:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1177:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1290:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 1|1:9,97:106:41:2325,41,0:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:82:0,82,2015:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1176:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:99:0,105,1060:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,944:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1075:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,104,1253:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,104,1228:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1312:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1166:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|1:102,56:158:99:982,0,2605:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,106,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,113,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 1|0:149,31:180:99:312,0,3932:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1259:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,112,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,196:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:0,107,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|1:42,115:157:99:2588,0,807:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,99,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,108,1620:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|1:23,51:74:99:1096,0,488:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1214:. 1|0:81,15:96:92:92,0,2123:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|1:50,16:66:99:218,0,1285:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1221:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|1:50,16:66:99:186,0,1306:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,112,1800:. 1|0:75,32:107:99:522,0,1928:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,115,1269:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,99,1485:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:0,21,200:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 1|0:62,45:107:99:838,0,1490:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1254:. 0|0:30,0:30:81:0,81,1215:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1269:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,111,1647:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 1|0:9,4:13:65:65,0,233:. 0|0:56,0:56:99:0,108,1611:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:66:0,66,990:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:0,57,855:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 1|1:1,82:83:99:2695,217,0:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1066:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:48:0,48,538:. 0|0:67,0:67:.:.:120 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:0,117,1755:. 0|0:356,0:356:.:.:120 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:.:.:120 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:.:.:120 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:.:.:120 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:120 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:.:.:120 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:.:.:120 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1326:. 0|0:62,0:62:.:.:113 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:120 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:.:.:120 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:.:.:120 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:.:.:120 0|0:193,0:193:99:0,102,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:.:.:120 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:75 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:.:.:120 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:120 0|0:280,0:280:.:.:120 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:.:.:120 0|0:41,0:41:99:0,110,1464:. 0|0:326,0:326:.:.:120 0|0:372,0:372:99:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:120 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:.:.:120 0|0:33,0:33:99:0,99,1156:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,114,1710:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,111,1665:. 0|0:26,0:26:63:0,63,945:. 0|0:95,0:95:99:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:0,106,1579:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:0,60,753:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1665:. 0|0:21,0:21:57:0,57,855:. 0|0:266,0:266:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 516289 . C G 8.84575e+06 PASS FS=0;MQ=60.27;QD=28.26;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.743;VQSLOD=8.53;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.52;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=28.57;GQ_MEAN=199.75;GQ_STDDEV=257.77;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6296;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.486;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10675896;AF=0.333;AS_InbreedingCoeff=0.4887;MLEAC=1753;MLEAF=0.333;AN=858;AC=84 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,85:86:99:1|1:516289_C_G:3308,233,0:. 0|0:81,0:81:91:.:.:0,91,2064:. 0|0:71,3:74:99:.:.:0,131,1976:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1335:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1527:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1375:. 1|0:20,57:77:99:.:.:1457,0,352:. 0|0:37,0:37:86:.:.:0,86,1044:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1320:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1145:. 0|0:32,0:32:65:.:.:0,65,855:. 0|0:28,0:28:74:.:.:0,74,794:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1052:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:91:.:.:0,91,1095:. 0|1:73,21:94:99:0|1:516289_C_G:330,0,2957:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1324:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:12,0:12:22:.:.:0,22,292:. 1|1:0,51:51:99:1|1:516289_C_G:1975,156,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:516289_C_G:2377,177,0:. 1|0:55,43:98:99:0|1:516289_C_G:903,0,1204:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:91:.:.:0,91,1590:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:516289_C_G:2461,192,0:. 1|0:81,69:150:99:.:.:1544,0,2775:. 1|1:0,74:74:99:1|1:516289_C_G:3026,231,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1177:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1290:. 1|0:49,17:66:99:0|1:516289_C_G:460,0,2323:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,48:98:99:0|1:516289_C_G:1066,0,1536:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1060:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,978:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,67:88:99:0|1:516289_C_G:2497,0,864:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1041:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,46:81:99:0|1:516289_C_G:1054,0,848:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:516289_C_G:2013,153,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,71:96:99:.:.:1766,0,409:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1228:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:516289_C_G:2211,171,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,82:149:99:.:.:1862,0,1454:. 0|1:7,59:66:99:0|1:516289_C_G:2169,0,152:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,57:104:99:0|1:516289_C_G:1246,0,1821:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,11:121:67:0|1:516289_C_G:0,67,4818:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:160,26:186:99:0|1:516289_C_G:545,0,7963:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,84:184:99:0|1:516289_C_G:1835,0,3966:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,206:230:99:0|1:516289_C_G:7856,0,586:. 1|0:135,24:159:99:0|1:516289_C_G:126,0,5286:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:1|1:516289_C_G:6627,487,0:. 1|1:0,215:215:99:1|1:516289_C_G:8831,634,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:516289_C_G:8644,626,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:516289_C_G:2186,165,0:. 1|1:7,209:216:99:1|1:516289_C_G:5358,368,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:178,17:195:99:0|1:516289_C_G:143,0,8343:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,39:164:99:0|1:516289_C_G:605,0,4116:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,221:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,13:155:99:0|1:516289_C_G:0,110,4021:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,17:135:69:0|1:516289_C_G:69,0,5447:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,68:95:99:0|1:516289_C_G:2492,0,1093:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,144:145:99:1|1:516289_C_G:5971,389,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:103,44:147:99:.:.:772,0,2318:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,9:61:73:.:.:73,0,1947:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:1|1:516289_C_G:2559,187,0:. 0|0:54,6:60:17:0|1:516289_C_G:0,17,2441:. 0|1:61,41:102:99:0|1:516289_C_G:872,0,2561:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1269:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:115,51:166:99:0|1:516289_C_G:952,0,3654:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,376:. 0|1:126,20:146:99:.:.:139,0,3941:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,10:54:99:0|1:516289_C_G:107,0,1361:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:78:.:.:0,78,941:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1647:. 0|1:56,45:101:99:0|1:516289_C_G:968,0,2403:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:3:.:.:0,3,245:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1611:. 1|1:1,45:46:99:1|1:516289_C_G:1753,113,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,4:28:97:1|0:516273_T_A:97,0,1024:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,787:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:516289_C_G:5572,400,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:516289_C_G:6134,433,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:4,333:337:99:.:.:13686,890,0:. 1|1:2,152:154:99:1|1:516289_C_G:6245,361,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,236:237:99:1|1:516289_C_G:9896,646,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:516289_C_G:2861,214,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,172:229:99:0|1:516289_C_G:5069,0,2418:. 1|1:0,217:217:99:1|1:516289_C_G:9326,674,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,192:243:99:0|1:516289_C_G:5695,0,2035:. 0|0:166,0:166:98:.:.:0,98,4669:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,144:300:99:.:.:3898,0,7324:. 1|0:29,19:48:99:0|1:516289_C_G:480,0,799:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1326:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,2:35:38:.:.:0,38,1143:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,41:98:99:0|1:516289_C_G:1377,0,2722:. 1|0:28,203:231:99:0|1:516289_C_G:8092,0,477:. 0|0:218,0:218:52:.:.:0,52,5765:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1464:. 1|0:147,168:315:99:.:.:6041,0,5120:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,342:344:99:.:.:11244,944,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:1|1:516289_C_G:4224,304,0:. 0|1:100,31:131:99:0|1:516289_C_G:831,0,5059:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1579:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:12,0:12:23:.:.:0,23,348:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 516414 . T G 1.32519e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=28.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.713;VQSLOD=8.94;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.98;GC=14.29;GQ_MEAN=234.71;GQ_STDDEV=197.72;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7454;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.477;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11789951;AF=0.57;AS_InbreedingCoeff=0.545;MLEAC=3019;MLEAF=0.575;AN=858;AC=408 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2240,234,0:. 0|0:59,0:59:76:.:.:0,76,1666:. 1|0:42,28:70:99:.:.:592,0,1132:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1647,174,0:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1430:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1288:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2428,257,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,66:67:99:.:.:1874,167,0:. 0|1:30,16:46:99:.:.:333,0,805:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:7:.:.:0,7,1199:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1485,150,0:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,24:24:72:.:.:709,72,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:209,21,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:930,96,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1020,108,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1373:. 0|1:16,75:91:99:.:.:1875,0,180:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1815,185,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2091,227,0:. 1|1:0,30:30:89:.:.:796,89,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,23:23:69:.:.:642,69,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:214,24,0:. 1|1:2,50:52:99:.:.:1358,135,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1531,162,0:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3075,336,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2330,251,0:. 1|0:47,15:62:99:.:.:207,0,1240:. 1|1:1,323:324:99:.:.:8898,942,0:. 1|1:1,56:57:99:.:.:1567,144,0:. 1|0:35,113:148:99:.:.:2777,0,632:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:10,44:54:99:.:.:1034,0,145:. 1|0:47,24:71:99:.:.:421,0,1189:. 1|1:1,57:58:99:1|1:516414_T_G:2133,170,0:. 1|1:1,102:103:99:.:.:2834,278,0:. 1|0:71,44:115:99:.:.:872,0,1743:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5311,582,0:. 1|0:18,107:125:99:0|1:516414_T_G:2994,0,163:. 1|0:42,28:70:99:.:.:547,0,1036:. 0|0:36,0:36:77:.:.:0,77,1008:. 1|1:2,124:126:99:.:.:3368,335,0:. 1|0:59,17:76:99:.:.:241,0,1470:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,7:17:99:.:.:147,0,246:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3274,350,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,110:111:99:.:.:2987,322,0:. 1|1:2,75:77:99:.:.:2023,168,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3049,332,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,21:68:99:.:.:405,0,1186:. 1|0:39,43:82:99:.:.:943,0,881:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,53:67:99:.:.:1251,0,220:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3692,396,0:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1165:. 1|0:75,12:87:81:.:.:81,0,1923:. 0|1:69,50:119:99:.:.:1028,0,1720:. 1|0:22,73:95:99:.:.:1746,0,383:. 1|1:0,35:35:99:1|1:516414_T_G:1502,105,0:. 1|0:29,54:83:99:.:.:1290,0,610:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1656,188,0:. 1|1:2,39:41:88:.:.:1043,88,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2931,320,0:. 0|1:38,73:111:99:.:.:1689,0,836:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1404,153,0:. 1|0:111,74:185:99:.:.:1470,0,2789:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,54:56:99:.:.:1378,126,0:. 1|0:46,19:65:99:.:.:350,0,1161:. 0|1:7,54:61:33:.:.:1238,0,33:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1563,168,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,108:109:99:.:.:2943,295,0:. 1|1:2,58:60:99:.:.:1561,160,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,77:78:99:.:.:2149,201,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2718,294,0:. 0|0:134,0:134:43:.:.:0,43,3274:. 1|1:1,119:120:99:.:.:3293,330,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:50,47:97:99:.:.:1011,0,1163:. 0|1:29,30:59:99:.:.:779,0,707:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4623,498,0:. 0|1:98,27:125:99:.:.:361,0,2532:. 1|1:4,131:135:99:.:.:3450,276,0:. 1|1:10,183:193:99:.:.:4756,292,0:. 0|1:176,35:211:99:.:.:341,0,4643:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4364,477,0:. 1|0:17,96:113:99:.:.:2314,0,181:. 1|0:94,31:125:99:.:.:484,0,2382:. 1|0:68,78:146:99:.:.:1679,0,1567:. 1|1:7,220:227:99:.:.:5914,486,0:. 1|0:65,68:133:99:.:.:1484,0,1510:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5013,540,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,146:196:99:.:.:3405,0,895:. 1|1:0,282:282:99:.:.:7829,845,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:.:.:5816,627,0:. 1|1:1,184:185:99:.:.:5060,522,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:80:.:.:0,80,3128:. 1|0:120,86:206:99:.:.:1776,0,2906:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:36:.:.:0,36,4348:. 0|1:61,124:185:99:.:.:2891,0,1218:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,174:174:99:.:.:4694,521,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:23,214:237:33:.:.:5308,33,0:. 0|1:62,108:170:99:.:.:2417,0,1264:. 1|1:0,172:172:99:.:.:4590,515,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,81:124:99:.:.:1845,0,956:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:102,55:157:99:.:.:1005,0,2511:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:.:.:6216,693,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,203:203:99:.:.:5514,608,0:. 1|1:1,255:256:99:.:.:6977,743,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:5344,602,0:. 1|1:0,196:196:99:.:.:5260,587,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,160:200:99:.:.:3845,0,598:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5456,589,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 1|1:7,66:73:31:.:.:1632,31,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2319,255,0:. 1|1:2,244:246:99:.:.:6422,676,0:. 0|1:27,26:53:99:.:.:554,0,680:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,35:73:99:.:.:704,0,897:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3610,395,0:. 0|0:141,0:141:75:.:.:0,75,3520:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2225,243,0:. 0|1:43,110:153:99:.:.:2461,0,894:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,22:168:99:.:.:126,0,3841:. 1|0:42,136:178:99:.:.:3129,0,732:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5260,570,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3016,337,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2539,279,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,92:96:99:.:.:2439,176,0:. 0|1:20,118:138:99:.:.:2872,0,189:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,68:94:99:.:.:1590,0,458:. 1|0:52,13:65:99:.:.:170,0,1397:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,34:139:99:.:.:536,0,2655:. 0|1:46,134:180:99:.:.:3189,0,846:. 0|1:25,58:83:99:.:.:1385,0,498:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2608,285,0:. 1|1:0,233:233:99:.:.:6375,699,0:. 1|1:0,141:141:99:.:.:3886,423,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3457,380,0:. 1|1:2,147:149:99:.:.:3925,385,0:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5163,561,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3382,369,0:. 1|1:4,103:107:99:.:.:2772,199,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,75:76:99:.:.:2047,196,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2170,236,0:. 1|1:1,72:73:99:.:.:1899,188,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:92,49:141:99:.:.:899,0,2352:. 0|1:21,82:103:99:.:.:1883,0,327:. 1|1:3,66:69:99:.:.:1751,136,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,30:76:99:.:.:594,0,1123:. 1|0:63,47:110:99:.:.:918,0,1476:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,95:102:99:.:.:2360,103,0:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4601,497,0:. 1|0:77,116:193:99:.:.:2663,0,1691:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,19:65:99:.:.:341,0,1193:. 0|1:55,149:204:99:.:.:3464,0,980:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,2380:. 0|1:43,24:67:99:.:.:471,0,1160:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1575,171,0:. 1|0:56,19:75:99:.:.:297,0,1419:. 0|1:42,88:130:99:.:.:2005,0,879:. 1|0:18,42:60:99:.:.:959,0,323:. 1|1:1,100:101:99:.:.:2657,274,0:. 0|1:40,35:75:99:.:.:708,0,977:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2261,246,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1986,215,0:. 1|0:53,43:96:99:.:.:887,0,1280:. 1|1:0,207:207:99:.:.:5629,619,0:. 1|1:9,84:93:2:.:.:2029,2,0:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3169,341,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:4986,546,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1556,173,0:. 1|1:0,129:129:99:1|1:516414_T_G:3894,388,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:100,56:156:99:.:.:1090,0,2501:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,2:7:36:.:.:36,0,128:. 0|1:55,124:179:99:.:.:2862,0,1109:. 0|1:70,62:132:99:.:.:1302,0,1676:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,59:108:99:.:.:1285,0,1131:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,41:53:99:.:.:962,0,214:. 1|1:0,27:27:81:.:.:760,81,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:234,101:335:99:.:.:1837,0,5960:. 1|0:46,73:119:99:.:.:1589,0,993:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,35:35:99:.:.:979,105,0:. 0|1:25,136:161:99:.:.:3230,0,235:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1647:. 0|1:16,97:113:99:.:.:2355,0,139:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,10:22:99:.:.:217,0,296:. 1|0:30,38:68:99:.:.:853,0,641:. 1|1:0,31:31:92:.:.:804,92,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3714,396,0:. 0|1:15,6:21:99:.:.:103,0,388:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4729,415,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,148:153:99:.:.:4895,303,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4491,399,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3870,343,0:. 1|1:6,165:171:99:.:.:5416,299,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5262,466,0:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5542,487,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:792,69,0:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4788,430,0:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4908,430,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4734,415,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4666,409,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,135:137:99:.:.:4549,340,0:. 1|1:11,116:127:10:.:.:3564,10,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3434,301,0:. 0|1:83,37:120:99:.:.:924,0,2586:. 1|1:0,179:179:99:.:.:6082,538,0:. 1|0:38,107:145:99:.:.:3159,0,927:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:52:.:.:0,52,944:. 1|0:49,23:72:99:.:.:580,0,1481:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3231,283,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3991,354,0:. 1|1:0,171:171:99:.:.:5794,514,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2841,252,0:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4511,391,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:.:.:5508,484,0:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,533:534:99:.:.:17918,1569,0:. 1|1:0,460:460:99:.:.:15517,1382,0:. 1|1:1,44:45:99:.:.:1406,99,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:937,81,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:53:.:.:0,53,3143:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:4,351:355:99:.:.:10655,920,0:. 1|1:1,142:143:99:.:.:4576,392,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:.:.:8148,757,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,122:239:99:.:.:3245,0,3256:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4544,432,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,270:270:99:.:.:8351,805,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2419,222,0:. 1|1:14,236:250:99:.:.:7348,329,0:. 1|0:153,44:197:99:.:.:813,0,4657:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6491,580,0:. 1|1:1,248:249:99:.:.:7936,710,0:. 0|1:31,185:216:99:.:.:5576,0,392:. 1|1:0,242:242:99:.:.:7759,726,0:. 0|1:37,175:212:99:.:.:5182,0,634:. 1|0:37,177:214:99:.:.:5122,0,607:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,12:106:88:.:.:88,0,2860:. 1|1:20,259:279:99:.:.:7512,200,0:. 1|1:1,61:62:99:.:.:2029,150,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,72:236:99:.:.:1699,0,4955:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,303:303:99:.:.:10043,910,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,58:112:99:.:.:1497,0,1351:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,228:234:99:.:.:7184,494,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,34:62:99:.:.:844,0,734:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:0:.:.:0,0,4283:. 0|1:200,148:348:99:.:.:3534,0,5356:. 1|0:21,205:226:23:.:.:5997,0,23:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,207:212:99:.:.:6444,456,0:. 1|0:23,70:93:99:.:.:1787,0,510:. 0|1:115,112:227:99:.:.:2936,0,3190:. 1|0:21,99:120:99:.:.:2808,0,359:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:49:.:.:0,49,917:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,212:218:99:.:.:6762,437,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:267,34:301:99:.:.:146,0,7542:. 1|0:66,40:106:99:.:.:955,0,1901:. 1|0:29,216:245:99:.:.:6308,0,307:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:158,185:343:99:.:.:4580,0,3980:. 0|0:427,0:427:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,189:216:99:.:.:5505,0,245:. 1|1:0,251:251:99:.:.:7648,746,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:40,101:141:99:.:.:2874,0,875:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3726,339,0:. 0|1:128,37:165:99:.:.:645,0,3789:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1190,108,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6614,618,0:. 1|1:12,180:192:99:.:.:5485,172,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5910,529,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2067,189,0:. 1|0:10,35:45:99:.:.:1026,0,206:. 1|1:1,24:25:39:.:.:673,39,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:.:.:4067,379,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,137:153:50:.:.:4019,0,50:. 1|1:0,154:154:99:.:.:5010,463,0:. 0|1:177,23:200:99:.:.:129,0,5415:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:183,253:436:99:.:.:7078,0,5017:. 1|0:51,24:75:99:.:.:541,0,1529:. 1|0:148,129:277:99:.:.:3479,0,4167:. 1|1:0,624:624:99:.:.:20317,1874,0:. 1|0:40,116:156:99:.:.:3401,0,935:. 1|1:0,239:239:99:.:.:7989,719,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,473:. 1|1:4,304:308:99:.:.:9837,779,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 516471 . A G 4.38836e+06 PASS FS=0;MQ=60.37;QD=23.14;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.716;VQSLOD=6.4;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=14.29;GQ_MEAN=153.39;GQ_STDDEV=133.74;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7115;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.389;culprit=FS;set=snp;DP=11285534;AF=0.224;AS_InbreedingCoeff=0.7051;MLEAC=1175;MLEAF=0.223;AN=856;AC=202 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,61:61:99:.:.:1758,182,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:34,41:75:99:.:.:934,0,1111:. 0|1:38,46:84:99:.:.:1094,0,923:. 0|0:58,0:58:59:.:.:0,59,1591:. 0|1:39,11:50:99:.:.:171,0,1620:. 0|0:38,0:38:88:.:.:0,88,1130:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,10:70:74:.:.:74,0,1682:. 1|0:16,18:34:99:.:.:417,0,406:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1205:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,271:. 1|1:0,27:27:81:.:.:774,81,0:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1132,122,0:. 1|0:51,14:65:99:.:.:210,0,1371:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,217:217:99:.:.:5994,651,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,961:. 0|1:68,30:98:99:.:.:492,0,2490:. 0|0:23,0:23:39:.:.:0,39,610:. 1|1:0,6:6:18:.:.:177,18,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1315:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1471:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1509:. 0|1:215,92:307:99:.:.:1560,0,5546:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1141:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1355:. 1|1:2,93:95:99:.:.:2525,219,0:. 0|1:73,36:109:99:.:.:670,0,2355:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,205:206:99:.:.:5541,587,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,7:71:43:.:.:0,43,2275:. 1|1:1,36:37:83:.:.:987,83,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,7:79:58:.:.:0,58,1965:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,8:19:99:.:.:159,0,284:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,164:196:99:.:.:4044,0,372:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,7:76:33:.:.:0,33,2146:. 1|0:80,58:138:99:.:.:1183,0,3103:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,328:329:99:.:.:9114,954,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1165:. 0|1:54,33:87:99:.:.:678,0,1697:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,954:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:63,37:100:99:.:.:699,0,1595:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1093:. 0|1:138,62:200:99:.:.:1064,0,4154:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1241:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:56:.:.:0,56,1413:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3516,384,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:7,132:139:99:.:.:3349,235,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3635,386,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:15,125:140:49:.:.:3076,0,49:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:17,83:100:99:.:.:2021,0,450:. 0|1:42,49:91:99:.:.:1076,0,1281:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,112:142:99:.:.:2580,0,461:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,103:131:99:.:.:2440,0,477:. 1|0:124,21:145:99:.:.:123,0,3936:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,54:134:99:.:.:1105,0,2003:. 1|1:3,170:173:99:.:.:4627,394,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,71:186:99:.:.:1421,0,4478:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:140,46:186:99:.:.:632,0,3637:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,139:139:99:.:.:3820,417,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,52:163:99:.:.:963,0,2833:. 1|1:0,207:207:99:.:.:5716,621,0:. 0|1:54,63:117:99:.:.:1310,0,1668:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,38:119:99:.:.:730,0,3202:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:153,20:173:35:.:.:35,0,4566:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:194,25:219:31:.:.:31,0,5190:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,128:129:99:.:.:3433,355,0:. 1|0:79,55:134:99:.:.:1101,0,1996:. 1|0:33,67:100:99:.:.:1481,0,1044:. 0|1:107,44:151:99:.:.:711,0,4308:. 1|0:162,23:185:71:.:.:71,0,6626:. 0|0:130,15:145:75:.:.:0,75,5293:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,98:153:99:.:.:2229,0,1748:. 0|1:73,110:183:99:.:.:2418,0,2497:. 1|1:0,183:183:99:.:.:4936,548,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,160:165:99:.:.:4272,340,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1259:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2607,282,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:44,27:71:99:.:.:539,0,1165:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3539,388,0:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3508,391,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,219:220:99:.:.:5906,631,0:. 1|1:1,108:109:99:.:.:2935,294,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,37:148:99:.:.:575,0,2991:. 1|0:63,64:127:99:.:.:1381,0,2189:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,69:149:99:.:.:1420,0,2381:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,163:172:99:.:.:4291,265,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:233,24,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:7,143:150:99:.:.:3791,240,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:62,42:106:99:.:.:846,0,2558:. 0|1:45,68:113:99:.:.:1558,0,1036:. 0|1:101,28:129:99:.:.:387,0,4025:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:138,0:138:79:.:.:0,79,3425:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,49:62:99:.:.:1150,0,219:. 0|1:77,58:135:99:.:.:1196,0,3040:. 1|0:59,67:126:99:.:.:1455,0,1890:. 0|1:44,132:176:99:.:.:3194,0,800:. 0|0:76,8:84:30:.:.:0,30,2303:. 1|1:4,108:112:99:.:.:2850,211,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,24:92:99:.:.:388,0,2734:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1751:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:16,191:207:11:.:.:4457,0,11:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,124:143:99:0|1:516471_A_G:2966,0,310:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:108,28:136:99:.:.:384,0,3465:. 0|1:76,20:96:99:.:.:252,0,3003:. 0|1:20,45:65:99:.:.:1004,0,425:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,19:64:99:.:.:346,0,1416:. 1|0:66,33:99:99:.:.:595,0,1692:. 1|0:53,42:95:99:.:.:820,0,2054:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:24:.:.:0,24,2387:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,71:174:99:.:.:1331,0,2557:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,19:61:99:.:.:341,0,1078:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,74:88:99:.:.:1744,0,133:. 1|0:53,15:68:99:.:.:213,0,1405:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,16:66:99:.:.:231,0,1280:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,21:73:99:.:.:315,0,1528:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,72:108:99:.:.:1574,0,956:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,12:94:28:.:.:28,0,2116:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1391,152,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2560,279,0:. 0|1:1,2:3:21:.:.:40,0,21:. 0|1:41,122:163:99:.:.:2895,0,1076:. 1|0:66,66:132:99:.:.:1425,0,1605:. 0|1:75,68:143:99:.:.:1412,0,2887:. 1|0:18,53:71:99:.:.:1232,0,562:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,40:101:99:.:.:770,0,1524:. 1|1:6,204:210:99:.:.:5398,402,0:. 0|1:34,9:43:99:.:.:119,0,973:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,45:112:99:.:.:893,0,1630:. 1|1:2,213:215:99:.:.:5820,555,0:. 0|1:3,15:18:81:0|1:516471_A_G:376,0,81:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,73:107:99:.:.:1726,0,1100:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1647:. 0|0:110,0:110:19:.:.:0,19,2663:. 1|1:3,97:100:99:.:.:2627,165,0:. 1|0:3,16:19:34:.:.:371,0,34:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:8,18:26:99:.:.:437,0,161:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4407,391,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4855,429,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,145:146:99:.:.:4891,429,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,188:188:99:.:.:6196,565,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,109:110:99:.:.:3627,294,0:. 1|0:125,16:141:99:.:.:113,0,4830:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:35,42:77:99:.:.:1191,0,975:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3428,303,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4666,406,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:496,0:496:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 1|1:3,85:88:99:.:.:2642,136,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,373:375:99:.:.:11975,1064,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,409:410:99:.:.:13016,1192,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,291:291:99:.:.:9366,871,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:50,148:198:99:.:.:4245,0,1052:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:195,21:216:53:.:.:53,0,6278:. 1|1:14,184:198:99:.:.:5466,122,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,265:266:99:.:.:8626,732,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,3:68:99:.:.:0,104,2755:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,3:57:73:.:.:0,73,1873:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:7,257:264:99:.:.:7844,509,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:70:.:.:0,70,1134:. 0|1:18,213:231:76:.:.:6131,0,76:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,8:105:60:.:.:0,60,3785:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:16,183:199:7:.:.:5289,7,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,125:142:99:.:.:3641,0,339:. 0|1:189,171:360:99:.:.:4378,0,5661:. 1|1:14,520:534:99:.:.:16254,961,0:. 1|1:0,394:394:99:.:.:13242,1184,0:. 0|1:39,46:85:99:.:.:1276,0,1479:. 1|1:1,332:333:99:.:.:10857,962,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1156:. 0|1:59,63:122:99:.:.:1675,0,2238:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:38,134:172:99:.:.:3687,0,698:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2298,207,0:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2971,277,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,746:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,128:200:99:.:.:3590,0,2589:. 1|0:38,194:232:99:.:.:5698,0,981:. 1|1:0,16:16:48:.:.:531,48,0:. 1|1:1,189:190:99:.:.:6277,533,0:. 1|0:32,152:184:99:.:.:4429,0,867:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,79:205:99:.:.:1955,0,5025:. 1|0:24,133:157:99:.:.:3918,0,634:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:16,185:201:45:.:.:5480,45,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:436,0:436:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:602,0:602:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,46:156:99:.:.:1079,0,3386:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,137:138:99:.:.:4453,388,0:. Pf3D7_01_v3 516475 . A G 4.96409e+06 PASS FS=0;MQ=60.35;QD=23.15;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.734;VQSLOD=8.22;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=23.81;GQ_MEAN=154.93;GQ_STDDEV=150.37;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7618;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.392;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11425392;AF=0.221;AS_InbreedingCoeff=0.5032;MLEAC=1166;MLEAF=0.222;AN=856;AC=223 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:50,25:75:99:.:.:387,0,1889:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1561:. 1|0:10,41:51:99:.:.:995,0,297:. 1|1:0,36:36:99:.:.:972,108,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1679,185,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:35,0:35:82:.:.:0,82,1097:. 1|1:1,85:86:99:.:.:2185,224,0:. 1|1:4,50:54:35:.:.:1208,35,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1291,148,0:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,271:. 0|0:29,0:29:71:.:.:0,71,841:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1291:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:50,53:103:99:.:.:1049,0,1618:. 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,636:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1315:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1471:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,24:54:99:.:.:447,0,767:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1141:. 0|1:115,34:149:99:.:.:484,0,3222:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:38,8:46:52:.:.:52,0,997:. 0|1:26,55:81:99:.:.:1174,0,561:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1355:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:73,36:109:99:.:.:637,0,2385:. 1|1:1,72:73:99:.:.:1867,191,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:45:.:.:0,45,2847:. 0|1:33,36:69:99:.:.:676,0,882:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:21,54:75:99:.:.:1172,0,424:. 1|1:3,101:104:99:.:.:2656,218,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,572:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1769,200,0:. 0|1:22,54:76:99:.:.:1152,0,461:. 0|1:55,20:75:99:.:.:295,0,1515:. 0|1:57,81:138:99:.:.:1705,0,2145:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:1,50:51:99:.:.:1218,122,0:. 0|1:62,23:85:99:.:.:358,0,2078:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,954:. 0|1:51,28:79:99:.:.:537,0,1312:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,92:94:99:.:.:2321,220,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1093:. 1|0:157,42:199:99:.:.:432,0,5086:. 1|1:2,95:97:99:.:.:2391,224,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1241:. 0|1:17,44:61:99:.:.:928,0,336:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1476:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1226,138,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:6,128:134:99:.:.:3066,218,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:83,16:99:99:.:.:125,0,3396:. 1|0:74,19:93:99:.:.:209,0,2668:. 1|0:30,16:46:99:.:.:235,0,760:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,15:116:53:.:.:53,0,2766:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:99,47:146:99:.:.:776,0,2844:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:3590,417,0:. 1|0:67,110:177:99:.:.:2337,0,2556:. 1|1:0,201:201:99:.:.:5163,601,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:83,30:113:99:.:.:448,0,3012:. 0|1:88,112:200:99:.:.:2291,0,2072:. 0|1:41,80:121:99:.:.:1754,0,1430:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:138,34:172:99:0|1:516474_C_T:960,0,5688:. 1|1:6,103:109:56:.:.:2329,56,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:.:.:4286,504,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,57:166:99:.:.:949,0,2856:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,25:95:99:.:.:342,0,2793:. 1|0:43,107:150:99:.:.:2266,0,1466:. 0|1:23,159:182:99:.:.:3586,0,491:. 1|0:17,125:142:99:.:.:2625,0,278:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,39:150:99:.:.:559,0,4324:. 0|1:125,59:184:99:.:.:953,0,4756:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:142,39:181:99:.:.:474,0,3863:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,100:101:99:.:.:2543,271,0:. 0|0:76,0:76:96:.:.:0,96,2091:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:31,39:70:99:.:.:779,0,725:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:13,107:120:32:.:.:2450,0,32:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,48:121:99:.:.:889,0,2748:. 0|1:25,146:171:99:.:.:3415,0,321:. 0|1:125,31:156:99:.:.:340,0,4313:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1825,212,0:. 1|0:42,68:110:99:.:.:1477,0,1524:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:38,95:133:99:.:.:2143,0,1156:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2776,312,0:. 0|1:51,22:73:99:.:.:359,0,1384:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:54,83:137:99:.:.:1760,0,2066:. 1|0:91,32:123:99:.:.:461,0,3399:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:62,15:77:99:.:.:176,0,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,204:204:99:.:.:5218,609,0:. 1|0:24,67:91:99:.:.:1523,0,792:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,115,1751:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,13:139:77:1|0:516471_A_G:0,77,5249:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:103,30:133:99:.:.:368,0,3341:. 1|0:20,72:92:99:.:.:1520,0,626:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1744:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1667,191,0:. 1|0:45,17:62:99:.:.:260,0,1477:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:37,50:87:99:.:.:1047,0,1423:. 1|1:9,114:123:82:.:.:2700,82,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:2751,325,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:141,37:178:99:.:.:418,0,3628:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:12,55:67:99:.:.:1216,0,151:. 1|0:47,77:124:99:.:.:1626,0,1100:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,14:70:99:.:.:146,0,1761:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,75:75:99:.:.:1940,224,0:. 0|1:94,14:108:35:.:.:35,0,3552:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2216,263,0:. 1|1:1,83:84:99:.:.:2105,221,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:159,0:159:62:.:.:0,62,4019:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,21:. 1|0:147,22:169:63:.:.:63,0,5793:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,73:139:99:.:.:1506,0,2531:. 0|1:50,16:66:99:.:.:213,0,2064:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3195,360,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,3:43:52:.:.:0,52,1307:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|1:7,65:72:2:.:.:1534,0,2:. 0|1:105,211:316:99:.:.:4688,0,2281:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:15,3:18:23:1|0:516471_A_G:23,0,621:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:120,30:150:99:.:.:319,0,3163:. 1|0:71,27:98:99:.:.:436,0,2847:. 1|1:5,70:75:26:.:.:1673,26,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:18,0:18:27:.:.:0,27,514:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,722:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2740,247,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:64,91:155:99:.:.:2523,0,1820:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4905,454,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6328,591,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,200:203:99:.:.:6326,502,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:54,85:139:99:.:.:2294,0,1727:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4694,431,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2292,216,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2217,205,0:. 1|1:1,157:158:99:.:.:5034,437,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,490:490:99:.:.:15819,1472,0:. 0|0:496,0:496:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:8,116:124:99:.:.:3386,104,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,230:233:99:.:.:7082,614,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,109:234:99:.:.:2788,0,3590:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,83:85:99:.:.:2525,208,0:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:174,30:204:99:.:.:290,0,5376:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,95:116:99:.:.:2631,0,414:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:21,219:240:56:.:.:6209,0,56:. 0|1:73,171:244:99:.:.:4771,0,1783:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7183,676,0:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,217:217:99:.:.:6812,650,0:. 0|1:87,137:224:99:.:.:3636,0,2381:. 1|0:106,14:120:88:.:.:88,0,3305:. 1|1:6,224:230:99:.:.:6850,400,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,62:66:27:.:.:1660,27,0:. 0|1:185,51:236:99:.:.:894,0,5574:. 0|1:49,7:56:52:.:.:52,0,1549:. 1|1:7,247:254:99:.:.:7630,504,0:. 1|1:1,343:344:99:.:.:10478,994,0:. 1|0:46,98:144:99:.:.:2662,0,1055:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:170,50:220:99:.:.:959,0,5329:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:75,24:99:99:.:.:419,0,2320:. 1|0:133,83:216:99:.:.:1983,0,4020:. 0|1:106,19:125:99:.:.:222,0,3140:. 0|1:15,147:162:99:.:.:4103,0,123:. 0|1:3,27:30:19:.:.:730,0,19:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,341:343:99:.:.:10437,954,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:11,202:213:99:.:.:5925,241,0:. 0|1:41,231:272:99:.:.:6178,0,705:. 0|1:48,61:109:99:.:.:1557,0,1509:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:20,257:277:61:.:.:6972,0,61:. 0|1:129,17:146:80:.:.:80,0,5268:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:46,39:85:99:.:.:1040,0,1844:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,210:210:99:.:.:6283,628,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2610,209,0:. 1|0:58,55:113:99:.:.:1392,0,2299:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3445,327,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:110,39:149:99:.:.:811,0,3396:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5905,556,0:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5550,540,0:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5285,501,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,149:150:99:.:.:4669,414,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2780,265,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1274,120,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:38,11:49:99:.:.:194,0,1240:. 0|0:23,0:23:38:.:.:0,38,726:. 1|1:0,234:234:99:.:.:7312,702,0:. 1|0:126,71:197:99:.:.:1642,0,5041:. 0|1:195,36:231:99:.:.:437,0,8072:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:150,33:183:99:.:.:462,0,6178:. 1|1:4,113:117:99:.:.:3376,210,0:. 0|1:84,122:206:99:.:.:3183,0,3075:. 1|0:135,26:161:99:.:.:333,0,5561:. 1|0:145,17:162:66:.:.:66,0,4591:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5337,505,0:. 1|0:254,209:463:99:.:.:5348,0,7776:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:602,0:602:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1661,156,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:313,30,0:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 516809 . A C 371117 PASS FS=0.52;MQ=53.56;QD=16.88;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.649;VQSLOD=4.65;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=127.31;GQ_STDDEV=71.17;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6144;MQRankSum=-0.99;NCC=0;ReadPosRankSum=0.381;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12470395;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=70;MLEAF=0.013;AN=858;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1469:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1304:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1400:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1424:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1108:. 0|0:42,0:42:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1544:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1611:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1130:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1533:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1683:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1669:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1198:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1516:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,70:73:97:1|1:516809_A_C:2637,97,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1129:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1141:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1324:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1182:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1592:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1547:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1651:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,15:88:99:0|1:516809_A_C:309,0,3339:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1740:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,279:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1510:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1765:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1626:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1449:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1347:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1780:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1706:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1674:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1666:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1608:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1198:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,574:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1509:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,10:41:99:.:.:200,0,985:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:676,0:676:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,456:462:99:1|1:516809_A_C:18848,1047,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1289:. 1|0:15,112:127:99:0|1:516809_A_C:3944,0,509:. 0|1:89,96:185:99:0|1:516809_A_C:3118,0,4046:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1186:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:433,0:433:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1749:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1473:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 516833 . T C 357019 PASS FS=1.726;MQ=53.53;QD=19.77;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.585;VQSLOD=3.49;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.5;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=124.81;GQ_STDDEV=52.22;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6144;MQRankSum=-1.06;NCC=0;ReadPosRankSum=0.163;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=12467699;AF=0.012;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=64;MLEAF=0.012;AN=858;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1469:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1304:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1400:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1424:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1211:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,835:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1309:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1544:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1611:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1130:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:14:.:.:0,14,327:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1533:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1683:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1669:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1198:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1516:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,69:71:99:1|1:516809_A_C:2674,125,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1129:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1141:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1324:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1182:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1592:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1547:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1230:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1651:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,13:83:99:0|1:516809_A_C:275,0,3217:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1740:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1510:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,103,1765:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1626:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1449:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1347:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1780:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1706:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1674:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1666:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1608:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1198:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,783:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1509:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1554:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:676,0:676:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,470:475:99:1|1:516809_A_C:19188,1107,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1289:. 1|0:16,59:75:99:0|1:516809_A_C:2556,0,686:. 0|1:94,44:138:99:0|1:516809_A_C:1611,0,4425:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1520:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:433,0:433:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1749:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1473:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4335,388,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,713:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 516940 . T C 2.85964e+06 PASS FS=1.345;MQ=53.73;QD=23.94;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.832;VQSLOD=3.72;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0018;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=140.03;GQ_STDDEV=88.32;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6172;MQRankSum=0.036;NCC=0;ReadPosRankSum=0.254;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=12799606;AF=0.126;AS_InbreedingCoeff=0.5539;MLEAC=665;MLEAF=0.126;AN=858;AC=79 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1469:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,11:49:99:.:.:178,0,1082:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1263:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1400:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:27,5:32:54:.:.:54,0,776:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:7,45:52:74:.:.:1164,0,74:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:74:.:.:0,74,1022:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:34,0:34:91:.:.:0,91,918:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1562:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1695:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1611:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,251:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1968,214,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1594,175,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1683:. 1|0:109,35:144:99:.:.:551,0,2937:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1669:. 1|0:42,21:63:99:.:.:379,0,1070:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,49:136:99:.:.:920,0,2245:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1198:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,591:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1516:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,65:175:99:.:.:1240,0,2752:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,406:406:99:.:.:11314,1216,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1129:. 0|0:120,0:120:81:.:.:0,81,3104:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1141:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1324:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1182:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1592:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1547:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1239:. 0|1:58,93:151:99:.:.:2094,0,1305:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2195,237,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1651:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,119:149:99:.:.:2785,0,474:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,81:214:99:.:.:1570,0,3415:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:102,33:135:99:0|1:516940_T_C:482,0,3104:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5190,592,0:. 1|1:2,220:222:99:.:.:5809,614,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,119:159:99:.:.:2871,0,817:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,28:66:99:.:.:556,0,1022:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:135,0:135:14:.:.:0,14,3391:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,23:187:65:.:.:65,0,4520:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2413,264,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,72:138:99:.:.:1577,0,1636:. 0|1:138,23:161:99:.:.:114,0,3798:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,20:125:99:.:.:174,0,2934:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,64:107:99:.:.:1474,0,1038:. 1|1:3,115:118:99:.:.:3169,265,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,127:135:99:.:.:3149,147,0:. 1|1:4,142:146:99:.:.:3700,308,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1510:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,16:71:99:.:.:234,0,1526:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1626:. 1|0:129,23:152:99:.:.:122,0,3454:. 1|1:8,83:91:21:.:.:1976,21,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1449:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,19:65:99:.:.:284,0,1212:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1780:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1706:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1674:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1666:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1608:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,253:. 0|1:137,24:161:99:.:.:180,0,3793:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,30:126:99:.:.:426,0,2605:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1198:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,62:68:16:.:.:1533,16,0:. 1|0:67,50:117:99:.:.:1044,0,1669:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:19,4:23:24:.:.:24,0,494:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1209:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7498,665,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7681,676,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1554:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7612,673,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:676,0:676:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6289,574,0:. 1|1:1,247:248:99:.:.:8117,735,0:. 0|0:473,0:473:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:214,215:429:99:.:.:5361,0,6265:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,233:235:99:.:.:7590,632,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,24:180:99:.:.:272,0,4826:. 1|0:195,281:476:99:.:.:7197,0,5385:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,217:227:99:.:.:6548,339,0:. 1|0:52,127:179:99:.:.:3364,0,1144:. 1|0:172,27:199:99:.:.:291,0,5313:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1520:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:433,0:433:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1749:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,208:208:99:.:.:6971,626,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1473:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:210,83:293:99:.:.:1918,0,6542:. 1|0:225,101:326:99:.:.:2280,0,6881:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1143,99,0:. 1|1:3,250:253:99:.:.:8160,700,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:141,82:223:99:.:.:2014,0,4249:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,752:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5666,519,0:. Pf3D7_01_v3 517002 . A G 266832 PASS FS=0;MQ=57.37;QD=21.09;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.7;VQSLOD=6.97;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=116.69;GQ_STDDEV=7.61;HRun=0;InbreedingCoeff=1;MQRankSum=8.66;NCC=1;ReadPosRankSum=-1.636;culprit=FS;set=snp;DP=13187896;AF=0.01;AS_InbreedingCoeff=0.9803;MLEAC=52;MLEAF=0.009875;AN=858;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1263:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1400:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1399:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1461:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1316:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1562:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1695:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1611:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1160:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1513:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1669:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1164:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,571:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1516:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,73:74:99:.:.:1962,193,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1129:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1141:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1324:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1182:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1592:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1547:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1239:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1651:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,20:95:99:.:.:243,0,1859:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1653:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1510:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1626:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1449:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1780:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,101,1706:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1674:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1608:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,299:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1198:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:676,0:676:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,449:456:99:.:.:13226,1115,0:. 0|0:152,0:152:98:.:.:0,98,4573:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1289:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:474,0:474:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1520:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:433,0:433:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1749:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1473:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,60:131:99:.:.:1550,0,2177:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 517089 . G A 1.71076e+06 PASS FS=0.53;MQ=56.42;QD=16.38;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.719;VQSLOD=4.68;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=3.62;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=176.53;GQ_STDDEV=322.17;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7531;MQRankSum=-5.989;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.654;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14465596;AF=0.077;AS_InbreedingCoeff=0.9999;MLEAC=407;MLEAF=0.078;AN=854;AC=39 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1691:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1389:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1478:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1461:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1440:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1170:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1119:. 0|0:26,0:26:46:.:.:0,46,670:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1298:. 0|1:72,8:80:99:0|1:517089_G_A:116,0,3020:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:83:.:.:0,83,1211:. 0|1:94,13:107:99:0|1:517089_G_A:260,0,3911:. 1|1:0,9:9:27:1|1:517089_G_A:391,27,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,172:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,17:46:99:0|1:517089_G_A:687,0,1229:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1502:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1516:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,26:105:99:0|1:517089_G_A:835,0,3256:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1144:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1141:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1251:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1182:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1592:. 1|0:33,19:52:99:0|1:517089_G_A:641,0,1313:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1286:. 0|1:97,18:115:99:0|1:517089_G_A:458,0,4084:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,27:110:99:0|1:517089_G_A:872,0,3531:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,103:124:99:0|1:517089_G_A:4234,0,590:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,154:158:99:1|1:517089_G_A:6643,301,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,9:136:7:0|1:517089_G_A:0,7,5338:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,6:69:56:0|1:517089_G_A:56,0,2709:. 0|1:59,49:108:99:0|1:517089_G_A:1964,0,2492:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,16:146:99:0|1:517089_G_A:274,0,5479:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,13:160:83:0|1:517089_G_A:83,0,6233:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,73:220:99:0|1:517089_G_A:2641,0,5971:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:517089_G_A:3157,214,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,21:130:99:0|1:517089_G_A:527,0,4501:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,7:69:99:0|1:517089_G_A:101,0,2633:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,3:77:99:0|1:517089_G_A:0,107,3219:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,6:84:17:0|1:517089_G_A:17,0,3237:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:517089_G_A:2340,157,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,7:51:99:0|1:517089_G_A:161,0,1826:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,930:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,6:23:99:0|1:517089_G_A:197,0,689:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,150:150:99:1|1:517089_G_A:6756,455,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:1|1:517089_G_A:7376,497,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,24:95:99:0|1:517089_G_A:788,0,3331:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:667,0:667:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:676,0:676:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,8:44:99:0|1:517089_G_A:221,0,1483:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:477,0:477:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:622,0:622:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,22:25:57:0|1:517067_A_C:957,0,57:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,37:111:99:0|1:517067_A_C:1485,0,3134:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,2:40:42:0|1:517067_A_C:0,42,1759:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:0,0,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:517,0:517:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,268:276:99:1|1:517089_G_A:11723,490,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:0:.:.:0,0,4136:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,368:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,8:105:32:0|1:517089_G_A:32,0,4261:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:588,0:588:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,54:101:99:0|1:517089_G_A:2117,0,1905:. 0|0:448,0:448:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1749:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:0,0,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:143,29:172:99:0|1:517089_G_A:718,0,6192:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1548:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1665:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:655,0:655:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:90:.:.:0,90,1708:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1138:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 517090 . T C 1.72259e+06 PASS FS=0;MQ=56.41;QD=16.61;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.717;VQSLOD=5.62;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=176.98;GQ_STDDEV=324.65;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7531;MQRankSum=-6.049;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.633;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14453218;AF=0.078;AS_InbreedingCoeff=0.9999;MLEAC=406;MLEAF=0.077;AN=854;AC=40 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1691:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1389:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1478:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1461:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1440:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1170:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1119:. 0|0:26,0:26:47:.:.:0,47,759:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1298:. 0|1:73,8:81:99:0|1:517089_G_A:116,0,3020:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1234:. 0|1:92,13:105:99:0|1:517089_G_A:288,0,3883:. 1|1:0,8:8:27:1|1:517089_G_A:391,27,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,215:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,18:46:99:0|1:517089_G_A:684,0,1254:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1502:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1516:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,25:104:99:0|1:517089_G_A:832,0,3284:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1144:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1141:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1251:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1182:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1592:. 1|0:33,18:51:99:0|1:517089_G_A:641,0,1313:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1286:. 0|1:97,18:115:99:0|1:517089_G_A:455,0,4114:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,27:110:99:0|1:517089_G_A:872,0,3531:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,100:121:99:0|1:517089_G_A:4287,0,563:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,151:155:99:1|1:517089_G_A:6643,301,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,9:135:16:0|1:517089_G_A:16,0,5327:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,6:71:50:0|1:517089_G_A:50,0,2793:. 0|1:58,51:109:99:0|1:517089_G_A:2006,0,2489:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:131,16:147:99:0|1:517089_G_A:274,0,5479:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,13:159:86:0|1:517089_G_A:86,0,6206:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,73:220:99:0|1:517089_G_A:2664,0,6026:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:1|1:517089_G_A:3157,214,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,21:130:99:0|1:517089_G_A:524,0,4527:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,7:69:99:0|1:517089_G_A:104,0,2606:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,3:77:99:0|1:517089_G_A:0,107,3225:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,6:82:14:0|1:517089_G_A:14,0,3264:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:517089_G_A:2340,157,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,7:50:99:0|1:517089_G_A:158,0,1855:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,6:21:99:0|1:517089_G_A:197,0,689:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,149:149:99:1|1:517089_G_A:6801,458,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:517089_G_A:7466,503,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,24:94:99:0|1:517089_G_A:785,0,3393:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:667,0:667:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:676,0:676:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,8:44:99:0|1:517089_G_A:221,0,1483:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:477,0:477:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:622,0:622:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,22:25:54:0|1:517067_A_C:983,0,54:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,35:109:99:0|1:517067_A_C:1449,0,3053:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,2:39:48:0|1:517067_A_C:0,48,1833:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:0,0,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:517,0:517:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,266:274:99:1|1:517089_G_A:11721,490,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:18:.:.:0,18,4501:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,368:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,8:105:29:0|1:517089_G_A:29,0,4303:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:588,0:588:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,54:101:99:0|1:517089_G_A:2117,0,1904:. 0|0:448,0:448:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,119,1749:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:0,0,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:143,26:169:99:0|1:517089_G_A:722,0,6148:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1548:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1665:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:655,0:655:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1640:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1138:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 517111 . T A 2.2075e+07 PASS FS=0;MQ=58.05;QD=31.48;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.704;VQSLOD=10.5;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.34;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.984;GC=23.81;GQ_MEAN=273.15;GQ_STDDEV=129.99;HRun=0;InbreedingCoeff=0.755;MQRankSum=-0.448;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.189;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14570449;AF=0.749;AS_InbreedingCoeff=0.5999;MLEAC=3927;MLEAF=0.75;AN=856;AC=688 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,67:67:99:.:.:2144,201,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2528,241,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1935,189,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2274,216,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2842,202,0 1|0:42,6:48:25:.:.:25,0,1181 1|1:1,51:52:99:.:.:1638,146,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2696,261,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2344,222,0 1|1:0,71:71:99:1|1:517078_A_G:2912,220,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1356,132,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2051,198,0 0|0:52,0:52:63:.:.:0,63,1465 1|1:0,46:46:99:.:.:1439,138,0 0|1:14,28:42:99:.:.:729,0,319 1|1:0,41:41:99:.:.:1300,123,0 1|1:0,8:8:24:.:.:261,24,0 1|1:1,38:39:99:.:.:1196,107,0 1|1:0,25:25:75:.:.:757,75,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1338,137,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2699,216,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2200,213,0 1|1:0,237:237:99:.:.:7270,712,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2390,234,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1482,149,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3293,301,0 1|1:0,3:3:9:1|1:517089_G_A:135,9,0 1|0:2,4:6:38:.:.:103,0,38 1|1:0,87:87:99:.:.:2668,261,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1601,158,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3262,321,0 0|1:18,87:105:99:.:.:2340,0,212 1|1:0,44:44:99:.:.:1552,135,0 1|1:1,328:329:99:.:.:9782,974,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1502 1|1:5,124:129:99:.:.:3633,236,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2294,228,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1182,117,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1875,191,0 1|0:60,11:71:99:0|1:517102_A_G:333,0,3262 1|1:7,91:98:99:.:.:2562,104,0 0|1:38,98:136:99:.:.:2489,0,672 1|1:0,81:81:99:.:.:2489,243,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6021,601,0 1|1:0,183:183:99:.:.:5378,548,0 0|1:27,68:95:99:.:.:1739,0,488 1|0:11,69:80:67:.:.:1767,0,67 1|1:0,24:24:72:.:.:717,72,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3395,340,0 0|1:18,48:66:99:.:.:1243,0,310 1|1:0,115:115:99:.:.:3405,345,0 0|1:18,7:25:99:.:.:164,0,470 1|1:4,108:112:99:.:.:3127,255,0 0|1:46,189:235:99:.:.:4917,0,626 1|1:0,109:109:99:.:.:3176,327,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1516 1|1:0,88:88:99:.:.:2602,264,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1902,189,0 1|1:5,57:62:63:.:.:1510,63,0 1|0:25,47:72:99:.:.:1202,0,525 1|0:71,54:125:99:.:.:1193,0,1642 1|1:8,84:92:43:.:.:2595,43,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6070,611,0 1|1:1,322:323:99:.:.:9697,941,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1284,129,0 1|1:6,95:101:99:.:.:2845,123,0 1|0:35,102:137:99:.:.:2640,0,623 1|1:0,100:100:99:.:.:3063,301,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1141 1|1:0,85:85:99:.:.:2555,255,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,39:39:99:.:.:1155,117,0 1|1:1,122:123:99:.:.:3512,359,0 1|0:33,74:107:99:.:.:1870,0,635 1|1:0,100:100:99:.:.:3058,301,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1365,138,0 1|1:7,154:161:99:.:.:4289,281,0 0|1:66,28:94:99:.:.:563,0,1656 1|1:0,71:71:99:.:.:2028,213,0 1|0:34,14:48:99:.:.:456,0,827 0|1:20,40:60:99:.:.:1007,0,389 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,38:38:99:.:.:1182,114,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3380,320,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,128:128:99:.:.:3814,384,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3367,348,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1699,165,0 1|1:1,153:154:99:.:.:4226,430,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4249,431,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2997,300,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4469,429,0 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,104:106:99:.:.:2989,261,0 1|1:3,108:111:99:.:.:3528,245,0 0|1:11,54:65:99:.:.:1403,0,128 1|1:0,136:136:99:.:.:4131,408,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4811,471,0 1|1:2,166:168:99:.:.:4907,454,0 1|1:0,245:245:99:.:.:7342,734,0 1|1:3,179:182:99:.:.:5316,452,0 1|1:0,138:138:99:1|1:517110_C_T:6212,418,0 1|1:0,115:115:99:.:.:5026,364,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3255,332,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3479,350,0 1|1:6,229:235:99:.:.:6852,518,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5722,580,0 1|1:0,134:134:99:.:.:6108,421,0 1|0:139,36:175:99:.:.:800,0,3553 1|1:1,162:163:99:.:.:4789,478,0 1|1:0,166:166:99:.:.:4845,497,0 1|1:0,191:191:99:.:.:5806,574,0 1|0:37,102:139:99:.:.:2860,0,667 1|1:0,249:249:99:.:.:7368,745,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4649,471,0 1|1:1,243:244:99:.:.:7085,720,0 1|0:106,58:164:99:.:.:1228,0,2543 1|1:0,261:261:99:.:.:7742,781,0 0|1:84,59:143:99:.:.:1353,0,1962 1|1:0,186:186:99:.:.:5852,558,0 1|1:4,124:128:99:.:.:3830,274,0 1|1:2,191:193:99:.:.:5827,558,0 1|0:117,73:190:99:.:.:1650,0,2962 1|1:1,123:124:99:.:.:3516,344,0 1|1:1,150:151:99:.:.:4410,443,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8372,764,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5692,569,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5138,502,0 1|1:17,176:193:84:.:.:4639,84,0 0|0:168,0:168:99:.:.:0,103,1800 1|1:0,154:154:99:.:.:4464,460,0 0|1:61,154:215:99:.:.:3975,0,1168 1|1:0,94:94:99:.:.:2690,281,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5750,581,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6037,610,0 1|1:1,160:161:99:.:.:4572,451,0 1|1:0,212:212:99:.:.:6186,636,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4239,420,0 1|1:2,176:178:99:.:.:5247,494,0 1|1:1,204:205:99:.:.:6002,585,0 1|1:0,201:201:99:.:.:5990,604,0 1|1:0,219:219:99:.:.:6596,658,0 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,121:121:99:.:.:3661,364,0 1|0:119,42:161:99:.:.:775,0,2990 1|1:0,166:166:99:.:.:5449,504,0 1|1:1,203:204:99:.:.:6104,601,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3082,312,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2448,240,0 1|0:94,144:238:99:.:.:3683,0,2064 1|1:0,99:99:99:.:.:3040,297,0 1|1:1,216:217:99:.:.:6402,645,0 0|1:45,24:69:99:.:.:629,0,1114 0|1:62,54:116:99:0|1:517089_G_A:2054,0,2605 1|1:0,184:184:99:.:.:5368,551,0 0|1:6,63:69:31:.:.:1647,0,31 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,143:143:99:.:.:4198,428,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4746,466,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4502,446,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2589,260,0 1|0:61,70:131:99:.:.:1994,0,1366 1|0:58,31:89:99:.:.:666,0,1432 1|1:0,187:187:99:.:.:5671,560,0 1|0:61,104:165:99:.:.:2544,0,1298 1|1:0,178:178:99:.:.:5256,532,0 1|1:1,184:185:99:.:.:5507,545,0 1|1:0,19:19:57:.:.:591,57,0 1|1:1,125:126:99:.:.:3780,368,0 1|1:1,169:170:99:.:.:5116,501,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2720,278,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2376,242,0 0|1:41,49:90:99:.:.:1232,0,912 0|1:74,50:124:99:.:.:1147,0,1764 1|1:5,156:161:99:.:.:4673,330,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,151:151:99:.:.:4748,459,0 1|0:132,30:162:99:.:.:375,0,3357 1|1:0,66:66:99:.:.:2027,198,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2039,201,0 0|1:47,112:159:99:.:.:3378,0,893 0|1:18,96:114:99:.:.:2594,0,176 1|1:0,176:176:99:.:.:5350,529,0 1|0:20,87:107:99:.:.:2325,0,230 0|0:104,6:110:99:.:.:0,114,4247 1|1:0,93:93:99:.:.:2754,279,0 1|1:0,235:235:99:.:.:7024,706,0 1|1:1,199:200:99:.:.:7957,597,0 0|0:137,0:137:80:.:.:0,80,3495 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,214:214:99:.:.:6490,643,0 1|1:1,92:93:99:.:.:2685,247,0 1|1:4,102:106:99:.:.:2910,199,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5666,584,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3398,342,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2463,251,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2290,230,0 1|1:0,65:65:99:1|1:517089_G_A:2979,208,0 1|1:3,186:189:99:.:.:5432,497,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3004,303,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4394,451,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3292,327,0 0|1:25,93:118:99:.:.:2763,0,368 1|1:0,67:67:99:.:.:1938,201,0 1|0:9,64:73:40:.:.:1865,0,40 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:38,78:116:99:.:.:1957,0,749 1|0:31,61:92:99:.:.:1576,0,580 1|1:0,144:144:99:.:.:4232,431,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2050,195,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5029,497,0 0|1:95,73:168:99:.:.:1632,0,2213 1|1:0,104:104:99:.:.:3149,313,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2524,255,0 0|1:18,119:137:99:.:.:3006,0,122 1|1:8,80:88:44:.:.:2144,44,0 1|1:1,75:76:99:.:.:2249,218,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1702,165,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1640,159,0 0|1:11,90:101:39:.:.:2460,0,39 0|1:10,52:62:82:.:.:1355,0,82 1|1:0,59:59:99:.:.:1785,177,0 0|1:17,60:77:99:.:.:1556,0,254 1|1:0,72:72:99:.:.:2188,216,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2842,285,0 1|0:36,74:110:99:.:.:1954,0,712 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,102:102:99:.:.:4241,307,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3873,386,0 1|1:0,53:53:99:1|1:517089_G_A:2324,162,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5601,564,0 1|0:32,65:97:99:.:.:1655,0,642 0|1:24,93:117:99:.:.:2497,0,347 1|1:0,82:82:99:.:.:2433,246,0 1|0:76,33:109:99:.:.:592,0,1820 1|1:0,79:79:99:.:.:2382,237,0 0|1:62,103:165:99:.:.:2547,0,1330 1|1:0,87:87:99:.:.:2630,261,0 0|1:3,6:9:64:.:.:158,0,64 0|1:132,32:164:99:.:.:490,0,3280 1|1:0,133:133:99:.:.:4072,400,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4645,465,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2296,228,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4255,420,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3466,348,0 1|1:0,208:208:99:.:.:6238,623,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1705,164,0 1|1:0,32:32:96:.:.:973,96,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,317:319:99:.:.:9439,866,0 1|1:0,119:119:99:.:.:4196,358,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6164,617,0 1|1:0,33:33:99:.:.:973,99,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1685,174,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4164,425,0 0|1:19,90:109:99:.:.:2387,0,235 0|0:72,3:75:99:.:.:0,131,1991 1|1:0,111:111:99:.:.:3342,332,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3123,305,0 1|0:4,14:18:40:.:.:450,0,40 1|1:0,59:59:99:.:.:1781,176,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1544,153,0 1|1:2,109:111:99:.:.:3262,271,0 1|1:0,30:30:90:.:.:934,90,0 1|1:0,135:135:99:1|1:517089_G_A:6043,409,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4746,403,0 1|1:1,194:195:99:.:.:6851,550,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7663,652,0 1|1:0,156:156:99:1|1:517089_G_A:6968,478,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7572,646,0 1|1:0,210:210:99:.:.:7501,632,0 1|1:0,157:157:99:.:.:5475,471,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7928,676,0 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,207:207:99:.:.:7248,623,0 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1800 1|1:1,246:247:99:.:.:8612,710,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,259:259:99:.:.:8912,777,0 1|1:1,210:211:99:.:.:7374,624,0 1|1:0,162:162:99:.:.:5683,487,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,200:200:99:.:.:7080,600,0 0|0:232,0:232:99:.:.:0,119,1800 1|1:0,192:192:99:.:.:6791,577,0 1|1:0,125:125:99:.:.:5033,394,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5722,457,0 1|1:1,191:192:99:.:.:6669,566,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1790,156,0 0|1:66,29:95:99:0|1:517089_G_A:978,0,3114 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,150:151:99:.:.:5231,419,0 1|1:0,209:209:99:.:.:7387,627,0 1|1:0,241:241:99:.:.:8478,725,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3627,306,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7718,652,0 1|1:0,230:230:99:.:.:8143,692,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8685,756,0 1|1:0,663:663:99:.:.:23077,1995,0 1|1:1,713:714:99:.:.:24985,2137,0 1|1:0,645:645:99:.:.:22509,1939,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2944,243,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1576,129,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3993,342,0 0|1:96,14:110:99:.:.:187,0,2889 1|1:0,188:188:99:.:.:6366,564,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7436,660,0 1|1:2,465:467:99:.:.:16272,1341,0 1|1:1,142:143:99:.:.:4795,395,0 1|1:0,257:257:99:.:.:8664,772,0 1|1:1,238:239:99:.:.:8202,708,0 1|1:0,538:538:99:.:.:19263,1619,0 0|1:129,131:260:99:.:.:3825,0,3495 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,157:157:99:.:.:5336,472,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,23:23:78:.:.:1066,78,0 1|1:0,235:235:99:.:.:7847,705,0 0|1:42,145:187:99:.:.:4306,0,876 1|1:0,196:196:99:.:.:6718,587,0 1|1:1,259:260:99:.:.:8732,762,0 1|1:3,102:105:99:.:.:3798,240,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8361,721,0 0|1:50,200:250:99:.:.:6199,0,926 1|1:2,261:263:99:.:.:8764,739,0 1|1:0,210:210:99:.:.:7246,631,0 1|1:2,379:381:99:.:.:12935,1072,0 1|0:96,24:120:99:.:.:477,0,2854 1|1:1,422:423:99:.:.:14550,1235,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1522,129,0 1|1:2,346:348:99:.:.:11633,972,0 1|1:1,332:333:99:.:.:11732,964,0 1|1:1,234:235:99:.:.:8069,687,0 1|1:1,268:269:99:.:.:9065,797,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,199:199:99:.:.:6853,597,0 1|1:1,162:163:99:.:.:5558,457,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8399,735,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7421,652,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6671,594,0 1|1:6,102:108:99:.:.:3420,139,0 1|1:5,220:225:99:.:.:7316,520,0 1|1:3,71:74:99:.:.:2354,143,0 1|0:25,251:276:53:.:.:7873,0,53 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800 0|1:48,121:169:99:.:.:3582,0,1138 1|1:2,477:479:99:.:.:16807,1371,0 1|1:1,233:234:99:.:.:7937,671,0 1|1:4,251:255:99:.:.:10989,656,0 1|1:14,212:226:99:.:.:6791,203,0 1|1:0,182:182:99:.:.:6083,546,0 1|0:47,118:165:99:.:.:3547,0,994 0|1:16,134:150:99:.:.:3936,0,108 1|0:12,28:40:99:.:.:845,0,289 1|0:120,70:190:99:.:.:1785,0,3376 1|1:0,33:33:99:.:.:1122,99,0 1|1:5,215:220:99:.:.:7052,505,0 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,274:274:99:.:.:9356,823,0 1|1:0,237:237:99:.:.:8060,712,0 1|1:5,409:414:99:.:.:14033,1058,0 1|0:41,68:109:99:.:.:2038,0,1014 1|1:0,271:271:99:.:.:9236,813,0 1|1:0,235:235:99:.:.:8005,705,0 1|1:1,501:502:99:.:.:21356,1477,0 0|1:14,188:202:3:.:.:5807,0,3 1|1:0,462:462:99:.:.:17042,1398,0 1|1:0,562:562:99:.:.:19518,1688,0 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,99:101:99:.:.:3775,214,0 1|1:0,446:446:99:.:.:15015,1339,0 1|1:1,354:355:99:.:.:12385,1036,0 1|1:0,268:268:99:.:.:9121,804,0 1|1:1,449:450:99:.:.:15572,1314,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2787,246,0 1|1:0,120:120:99:.:.:4095,360,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1430 1|1:0,184:184:99:1|1:517102_A_G:8475,569,0 1|0:41,121:162:99:.:.:3727,0,881 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,155:155:99:.:.:5573,472,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7558,657,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7447,667,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6404,556,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2844,252,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1690,147,0 0|0:158,0:158:99:.:.:0,111,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,194:194:99:.:.:6621,583,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,243:243:99:.:.:8228,731,0 1|1:0,232:232:99:.:.:8090,697,0 1|1:0,277:277:99:.:.:9626,831,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1665 1|1:0,115:115:99:.:.:4002,346,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2710,243,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2299,207,0 1|1:0,13:13:39:.:.:434,39,0 1|1:0,297:297:99:.:.:10067,891,0 0|1:170,98:268:99:.:.:2582,0,4950 1|0:128,153:281:99:.:.:4288,0,3366 1|1:0,24:24:72:1|1:517111_T_A:1042,72,0 1|1:0,198:198:99:1|1:517111_T_A:8297,599,0 1|0:40,167:207:99:.:.:5109,0,734 1|1:0,148:148:99:.:.:5015,444,0 0|0:187,0:187:99:.:.:0,118,1800 0|1:32,149:181:99:.:.:4523,0,518 1|1:0,184:184:99:.:.:6332,552,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6444,562,0 1|1:0,184:184:99:.:.:6372,553,0 1|1:2,200:202:99:.:.:6796,587,0 1|1:0,526:526:99:.:.:18432,1582,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2129,194,0 1|1:0,324:324:99:.:.:11261,974,0 1|1:0,642:642:99:.:.:22021,1930,0 1|1:0,52:52:99:1|1:517110_C_T:2321,157,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8428,729,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1346,125,0 1|1:1,38:39:99:.:.:1179,107,0 1|1:0,306:306:99:.:.:10560,918,0 1|1:1,124:125:99:.:.:4314,351,0 Pf3D7_01_v3 517129 . A G 471950 PASS FS=0;MQ=56.09;QD=20.82;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.669;VQSLOD=7.1;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=116.08;GQ_STDDEV=44.08;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0103;MQRankSum=-3.495;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.406;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13931241;AF=0.016;AS_InbreedingCoeff=0.9959;MLEAC=82;MLEAF=0.016;AN=856;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1467:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:54:.:.:0,54,810:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:34,0:34:66:.:.:0,66,990:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:87,12:99:99:0|1:517129_A_G:212,0,3701:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,140:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1386:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1353:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1502:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,10:63:99:0|1:517102_A_G:290,0,3099:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,3:24:23:.:.:23,0,922:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1516:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1774:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1141:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:82:.:.:0,82,1078:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:54:.:.:0,54,810:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,17:143:99:0|1:517129_A_G:294,0,5174:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:133,15:148:99:0|1:517129_A_G:329,0,5833:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,23:133:99:0|1:517129_A_G:588,0,4579:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:146,56:202:99:0|1:517129_A_G:1551,0,5876:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,6:68:33:0|1:517129_A_G:33,0,2724:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,14:148:99:0|1:517129_A_G:165,0,5547:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,30:154:99:0|1:517129_A_G:783,0,5296:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,10:74:99:0|1:517129_A_G:226,0,2774:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1546:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:27:.:.:0,27,405:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:54:.:.:0,54,810:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,813:. 0|0:140,0:140:60:.:.:0,60,900:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:60:.:.:0,60,900:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:63:.:.:0,63,945:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,19:102:99:0|1:517129_A_G:530,0,3556:. 0|0:117,10:127:8:.:.:0,8,4873:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1628:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:659,0:659:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:699,0:699:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1306:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:528,0:528:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:585,0:585:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:30,468:498:99:.:.:14242,565,0:. 0|0:175,13:188:8:0|1:517129_A_G:0,8,7566:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:431,0:431:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:559,0:559:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1430:. 1|1:0,148:148:99:1|1:517102_A_G:7155,479,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1396:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1665:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,334:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,24:24:78:1|1:517111_T_A:1170,78,0:. 1|1:0,167:167:99:1|1:517111_T_A:8218,557,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:528,0:528:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1206:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,1205:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 517158 . T C 480157 PASS FS=1.756;MQ=51.87;QD=19.24;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.657;VQSLOD=3.3;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=116.58;GQ_STDDEV=42.41;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0188;MQRankSum=-2.283;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.494;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13390487;AF=0.017;AS_InbreedingCoeff=-0.0188;MLEAC=91;MLEAF=0.017;AN=854;AC=20 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1458:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1428:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1064:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1525:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,202:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,776:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1056:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:95,8:103:41:0|1:517129_A_G:41,0,4061:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,78:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1386:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,10:38:99:0|1:517131_AAAT_A:333,0,1188:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,14:62:99:0|1:517102_A_G:440,0,2671:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:80:.:.:0,80,1011:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1503:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,540:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1082:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1371:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1030:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:60,0:60:91:.:.:0,91,1636:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1515:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:127,15:142:99:0|1:517129_A_G:281,0,5389:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,24:178:99:0|1:517129_A_G:541,0,6425:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,28:149:99:0|1:517129_A_G:806,0,5054:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,24:168:99:0|1:517129_A_G:688,0,6101:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:123,20:143:99:0|1:517148_T_TA:565,0,5277:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,6:71:53:0|1:517129_A_G:53,0,2738:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,330:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,15:153:99:0|1:517129_A_G:269,0,5925:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,17:150:99:0|1:517129_A_G:346,0,5656:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1792:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,11:82:99:0|1:517129_A_G:242,0,3070:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1481:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1643:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,646:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,592:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1204:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,16:103:99:0|1:517129_A_G:446,0,3664:. 0|0:118,0:118:46:.:.:0,46,3602:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:75:.:.:0,75,1513:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:636,0:636:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:695,0:695:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:137,0:137:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:560,0:560:.:.:.:.:120 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:609,0:609:.:.:.:.:120 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:.:.:.:.:120 0|0:146,0:146:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:591,0:591:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1489:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1775:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:204,0:204:.:.:.:.:120 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:120 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:.:.:.:.:120 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:.:.:.:.:120 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:.:.:.:.:120 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:.:.:.:.:120 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:112 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:.:.:.:.:120 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:.:.:.:.:112 0|0:493,0:493:.:.:.:.:120 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:557,0:557:.:.:.:.:120 1|0:170,12:182:22:0|1:517129_A_G:22,0,7247:. 0|0:554,0:554:.:.:.:.:120 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:.:.:.:.:120 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:597,0:597:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,145:145:99:1|1:517102_A_G:6721,452,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1396:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,21:21:66:1|1:517111_T_A:974,66,0:. 1|1:0,194:194:99:1|1:517111_T_A:9059,608,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:.:.:.:0,0,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1490:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 517159 . T A 492463 PASS FS=1.756;MQ=51.85;QD=19.67;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.642;VQSLOD=3.38;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=116.58;GQ_STDDEV=42.41;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0188;MQRankSum=-2.283;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.629;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13393039;AF=0.018;AS_InbreedingCoeff=-0.0188;MLEAC=91;MLEAF=0.017;AN=854;AC=19 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1458:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1428:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1281:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1064:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1525:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,202:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,776:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1056:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:97,8:105:38:0|1:517129_A_G:38,0,4068:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,78:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1386:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,10:37:99:0|1:517131_AAAT_A:336,0,1146:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,14:60:99:0|1:517102_A_G:440,0,2671:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:80:.:.:0,80,1011:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1503:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,540:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1082:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1371:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1030:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:59,0:59:86:.:.:0,86,1550:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1515:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:95:.:.:0,95,2470:. 1|0:127,15:142:99:0|1:517129_A_G:284,0,5347:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,24:178:99:0|1:517129_A_G:544,0,6383:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,27:146:99:0|1:517129_A_G:809,0,4998:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:146,24:170:99:0|1:517129_A_G:646,0,6104:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:123,21:144:99:0|1:517148_T_TA:488,0,5199:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,6:72:53:0|1:517129_A_G:53,0,2738:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,330:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:139,16:155:99:0|1:517129_A_G:272,0,5883:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,17:146:99:0|1:517129_A_G:311,0,5575:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1792:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,11:80:99:0|1:517129_A_G:248,0,2985:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1481:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1643:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:9:.:.:0,9,201:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,592:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1204:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:62:.:.:0,62,777:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1154:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,16:105:99:0|1:517129_A_G:404,0,3667:. 0|0:121,0:121:26:.:.:0,26,3526:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:75:.:.:0,75,1513:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:636,0:636:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:695,0:695:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:137,0:137:.:.:.:.:120 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:560,0:560:.:.:.:.:120 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:609,0:609:.:.:.:.:120 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:.:.:.:.:120 0|0:146,0:146:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:591,0:591:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1489:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1775:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:204,0:204:.:.:.:.:120 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:120 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:.:.:.:.:120 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:.:.:.:.:120 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:.:.:.:.:120 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:.:.:.:.:120 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:.:.:.:.:120 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:112 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:.:.:.:.:120 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:.:.:.:.:112 0|0:493,0:493:.:.:.:.:120 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:557,0:557:.:.:.:.:120 0|0:169,12:181:14:0|1:517129_A_G:0,14,7180:. 0|0:554,0:554:.:.:.:.:120 0|0:568,0:568:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:.:.:.:.:120 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:597,0:597:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,148:148:99:1|1:517102_A_G:6676,449,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1396:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,22:22:66:1|1:517111_T_A:974,66,0:. 1|1:0,194:194:99:1|1:517111_T_A:8969,602,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:.:.:.:0,0,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1490:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 517214 . A T 6.00935e+06 PASS FS=0;MQ=55.2;QD=27.64;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.692;VQSLOD=9.45;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=204.08;GQ_STDDEV=437.37;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7527;MQRankSum=-0.201;NCC=0;ReadPosRankSum=0.688;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13685035;AF=0.214;AS_InbreedingCoeff=0.6415;MLEAC=1148;MLEAF=0.218;AN=858;AC=55 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1458:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1428:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1283:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1620:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1441,132,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1249:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,660:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:20:.:.:0,20,476:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,202:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1386:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,29:51:99:0|1:517214_A_T:1109,0,828:. 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2079,198,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1111:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1613:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1117:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1503:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:68:.:.:0,68,2112:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1468:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1326:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:142,17:159:99:0|1:517214_A_T:266,0,19413:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1263:. 1|0:78,24:102:99:.:.:514,0,2118:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1242:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1371:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1095:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:152,31:183:99:.:.:476,0,4016:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,23:42:99:0|1:517214_A_T:906,0,728:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1515:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,147:150:99:.:.:4368,357,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:94:.:.:0,94,1635:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,46:174:99:.:.:845,0,3316:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,118:207:99:.:.:2934,0,2084:. 0|0:144,0:144:0:.:.:0,0,3600:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:60:.:.:0,60,4749:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,201:227:99:.:.:5243,0,104:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4780,487,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,56:103:99:.:.:1396,0,1137:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,307:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,38:111:99:.:.:809,0,1888:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:139,26:165:99:.:.:281,0,3800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,112:118:99:.:.:3182,157,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:31:.:.:0,31,4691:. 1|0:8,130:138:51:0|1:517214_A_T:5465,0,51:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1792:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,25:76:99:.:.:524,0,1314:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3525,357,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,32:116:99:.:.:617,0,2231:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1481:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,64:68:80:.:.:2074,80,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1643:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1613:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:83:.:.:0,83,1823:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,104:117:67:.:.:2784,0,67:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1544:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,7:21:99:.:.:157,0,373:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1643:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1204:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1179:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:1|1:517214_A_T:8766,596,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,225:265:99:0|1:517214_A_T:9448,0,1013:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,11:114:99:0|1:517214_A_T:136,0,4307:. 0|0:107,0:107:81:.:.:0,81,3336:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1449:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:636,0:636:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:712,0:712:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,1202:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:609,0:609:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,528:534:99:.:.:16951,1454,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:591,0:591:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1489:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:49,162:211:99:0|1:517214_A_T:6686,0,2597:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1775:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1485:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:493,0:493:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:557,0:557:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:287,199:486:99:0|1:517214_A_T:7270,0,11354:. 1|1:26,597:623:99:1|1:517214_A_T:25888,728,0:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:52,76:128:99:0|1:517214_A_T:2998,0,1903:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:597,0:597:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,208:208:99:1|1:517214_A_T:9500,644,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:5131,439,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1396:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:194,102:296:99:.:.:2561,0,5777:. 0|1:238,52:290:99:.:.:892,0,7392:. 1|1:0,22:22:66:.:.:761,66,0:. 1|1:2,236:238:99:.:.:8066,669,0:. 0|1:201,39:240:99:.:.:647,0,6158:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,152:239:99:.:.:4526,0,2354:. 1|0:206,28:234:99:.:.:244,0,6337:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,68:129:99:0|1:517214_A_T:2743,0,2384:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1490:. 0|0:30,0:30:62:.:.:0,62,918:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 517345 . G T 1.67824e+07 PASS FS=0;MQ=60.2;QD=29.15;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.701;VQSLOD=10.15;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.77;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=38.1;GQ_MEAN=317.37;GQ_STDDEV=266.4;HRun=2;InbreedingCoeff=0.5446;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.356;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13773201;AF=0.668;AS_InbreedingCoeff=0.8162;MLEAC=3520;MLEAF=0.67;AN=856;AC=429 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:43,31:74:99:.:.:765,0,1005 1|1:1,81:82:99:.:.:2566,237,0 0|1:27,37:64:99:.:.:953,0,521 1|0:13,37:50:99:.:.:1025,0,232 0|1:42,9:51:99:.:.:102,0,994 0|1:41,9:50:99:.:.:138,0,1021 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1226 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|1:46,12:58:99:.:.:202,0,1091 1|0:13,33:46:99:.:.:922,0,225 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1620 1|1:0,49:49:99:.:.:1552,147,0 0|1:20,13:33:99:.:.:304,0,471 1|0:29,10:39:99:.:.:192,0,697 1|1:0,32:32:95:.:.:979,95,0 0|0:0,3:3:9:.:.:98,9,0 1|1:1,40:41:99:.:.:1229,112,0 0|0:28,0:28:71:.:.:0,71,880 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1243 1|0:18,52:70:99:.:.:1382,0,309 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,32:32:96:.:.:964,96,0 0|1:80,14:94:99:.:.:149,0,1755 0|1:12,2:14:23:.:.:23,0,291 1|1:0,12:12:36:.:.:357,36,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1386 1|1:0,52:52:99:.:.:1593,156,0 0|1:47,60:107:99:.:.:1429,0,950 1|0:24,74:98:99:.:.:1918,0,331 1|1:0,65:65:99:.:.:2065,195,0 1|1:0,311:311:99:.:.:9375,931,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1955,186,0 1|0:27,122:149:99:.:.:3311,0,295 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,17:47:99:.:.:368,0,651 1|1:5,70:75:91:.:.:1917,91,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1755,181,0 1|1:1,102:103:99:.:.:2938,282,0 1|0:76,33:109:99:.:.:662,0,1702 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,208:208:99:.:.:6326,624,0 1|1:12,99:111:19:.:.:2682,19,0 0|1:47,28:75:99:.:.:613,0,981 1|1:0,39:39:99:1|1:517345_G_T:1109,116,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|0:18,53:71:99:.:.:1317,0,294 1|1:3,97:100:99:.:.:2869,213,0 1|1:0,27:27:80:.:.:738,80,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|0:75,131:206:99:.:.:3414,0,1450 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,62:62:99:.:.:1822,185,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:.:.:1794,177,0 0|1:17,66:83:99:.:.:1791,0,202 0|1:56,16:72:99:.:.:269,0,1268 1|0:69,65:134:99:.:.:1506,0,1474 0|0:89,8:97:49:.:.:0,49,2166 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,309:310:99:.:.:9310,897,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1243,125,0 0|1:63,31:94:99:.:.:665,0,1423 0|1:84,61:145:99:.:.:1448,0,1864 0|1:73,27:100:99:.:.:518,0,1723 1|1:0,46:46:99:.:.:1365,137,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800 1|1:0,72:72:99:.:.:2078,215,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1024 1|1:1,108:109:99:.:.:3188,298,0 0|1:65,36:101:99:.:.:747,0,1438 0|1:103,16:119:99:.:.:142,0,2472 1|1:0,69:69:99:.:.:2104,207,0 1|0:66,84:150:99:.:.:2029,0,1254 1|0:87,13:100:91:.:.:91,0,2117 1|1:0,62:62:99:.:.:1837,185,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1837,179,0 1|1:6,57:63:22:.:.:1542,22,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1734,174,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1337,129,0 0|1:89,42:131:99:.:.:857,0,1956 1|1:0,63:63:99:.:.:1870,188,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|1:13,54:67:99:.:.:1425,0,171 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:0:.:.:0,0,1915 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,129:131:99:.:.:3746,337,0 0|0:92,0:92:96:.:.:0,96,2163 1|0:38,52:90:99:.:.:1255,0,767 1|0:34,27:61:99:.:.:628,0,730 1|1:0,150:150:99:.:.:4467,448,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4448,451,0 1|1:4,153:157:99:.:.:4523,381,0 1|1:7,206:213:99:.:.:5951,467,0 1|1:18,176:194:99:.:.:4930,124,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|1:19,98:117:99:.:.:2594,0,159 0|0:124,11:135:98:.:.:0,98,3024 0|1:87,56:143:99:.:.:1144,0,1878 1|1:3,207:210:99:.:.:6211,543,0 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,178:186:99:.:.:5019,329,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|0:50,124:174:99:.:.:3137,0,769 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 1|0:54,146:200:99:.:.:3763,0,863 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|1:109,42:151:99:.:.:826,0,2388 1|1:0,229:229:99:.:.:6894,685,0 1|0:56,62:118:99:.:.:1418,0,1156 0|1:121,88:209:99:.:.:1947,0,2587 0|1:72,77:149:99:.:.:1820,0,1453 1|1:6,170:176:99:.:.:5144,358,0 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 0|0:96,11:107:10:.:.:0,10,2173 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,161:162:99:.:.:4903,476,0 1|0:84,84:168:99:.:.:2033,0,1685 1|1:0,172:172:99:.:.:5071,513,0 0|0:109,11:120:32:.:.:0,32,2598 1|0:105,42:147:99:.:.:819,0,2290 1|0:62,16:78:99:.:.:228,0,1370 0|1:44,113:157:99:.:.:2943,0,675 0|1:23,158:181:71:.:.:4220,0,71 0|1:22,121:143:99:.:.:3132,0,112 1|1:0,257:257:99:.:.:7423,768,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 1|0:101,72:173:99:.:.:1618,0,2166 1|0:121,67:188:99:.:.:1389,0,2647 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,155:155:99:.:.:4505,462,0 1|1:0,192:192:99:.:.:5723,576,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|1:37,112:149:99:.:.:2955,0,563 1|0:35,152:187:99:.:.:3970,0,408 1|1:0,199:199:99:.:.:6029,596,0 1|1:1,111:112:99:.:.:3248,306,0 0|1:9,72:81:5:.:.:2003,0,5 1|1:0,142:142:99:.:.:4297,425,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2713,275,0 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|1:18,57:75:99:.:.:1514,0,268 1|0:89,55:144:99:.:.:1225,0,1897 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,84:84:99:.:.:2404,250,0 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,116:116:99:.:.:3297,344,0 1|1:5,134:139:99:.:.:3917,280,0 1|1:8,107:115:99:.:.:3050,116,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2861,282,0 0|1:63,84:147:99:.:.:2064,0,1199 1|1:2,89:91:99:.:.:2574,214,0 1|1:18,149:167:9:.:.:3960,9,0 0|1:100,77:177:99:.:.:1758,0,2163 0|1:146,42:188:99:.:.:691,0,3359 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225 1|1:0,108:108:99:.:.:3226,323,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5085,493,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,90:90:99:.:.:2678,269,0 1|0:74,33:107:99:.:.:665,0,1679 1|1:0,133:133:99:.:.:3976,397,0 0|1:98,51:149:99:.:.:1016,0,2206 1|1:4,100:104:99:.:.:2901,199,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,127:127:99:.:.:3780,379,0 1|0:57,24:81:99:.:.:478,0,1297 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|0:45,57:102:99:.:.:1411,0,912 1|1:7,127:134:99:.:.:3590,211,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5030,505,0 1|1:7,100:107:99:.:.:2801,124,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2884,283,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800 1|1:0,223:223:99:.:.:6703,668,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4040,414,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,120:120:99:.:.:3553,359,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5661,558,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3176,320,0 1|0:69,24:93:99:.:.:429,0,1591 1|1:0,190:190:99:.:.:5592,569,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,66:66:99:.:.:1950,197,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,81:81:99:.:.:2438,243,0 0|1:38,155:193:99:.:.:4020,0,406 1|1:0,109:109:99:.:.:3221,327,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3574,354,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3150,320,0 1|0:73,59:132:99:.:.:1454,0,1539 1|1:0,102:102:99:.:.:3022,305,0 0|1:9,57:66:38:.:.:1536,0,38 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,55:55:99:.:.:1629,165,0 0|1:53,60:113:99:.:.:1483,0,1071 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,103,1800 1|1:0,181:181:99:.:.:5496,543,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3530,350,0 0|1:53,18:71:99:.:.:287,0,1189 1|1:14,132:146:66:.:.:3465,66,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3247,326,0 0|1:70,15:85:99:.:.:214,0,1650 1|1:1,60:61:99:.:.:1800,155,0 0|1:13,56:69:99:.:.:1449,0,153 1|1:0,93:93:99:.:.:2811,278,0 1|1:1,74:75:99:.:.:2148,196,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1643 1|0:23,44:67:99:.:.:1141,0,356 1|1:0,70:70:99:.:.:2107,209,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|1:32,53:85:99:.:.:1365,0,581 1|1:0,168:168:99:.:.:5167,504,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2891,287,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,120:120:99:.:.:3620,359,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2128,215,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1980,203,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1950,202,0 1|0:78,101:179:99:.:.:2528,0,1575 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|0:3,7:10:58:.:.:174,0,58 1|0:158,22:180:99:.:.:107,0,3596 1|1:0,129:129:99:.:.:3726,383,0 0|1:49,73:122:99:.:.:1654,0,954 1|1:0,91:91:99:.:.:2698,272,0 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 1|0:88,25:113:99:.:.:422,0,2011 1|1:2,174:176:99:.:.:5191,471,0 0|1:46,9:55:99:.:.:103,0,1105 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080 1|1:2,78:80:99:.:.:2203,185,0 1|0:89,215:304:99:.:.:5515,0,1447 1|0:46,77:123:99:.:.:1887,0,853 1|1:9,189:198:99:.:.:5380,337,0 0|1:14,4:18:73:.:.:73,0,276 1|1:0,53:53:99:.:.:1602,159,0 1|0:33,117:150:99:.:.:2885,0,426 1|0:53,42:95:99:.:.:996,0,1189 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|1:46,40:86:99:.:.:924,0,990 1|1:3,104:107:99:.:.:3020,232,0 0|1:8,13:21:99:.:.:335,0,147 1|1:0,76:76:99:.:.:2216,227,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1205,127,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3073,302,0 0|0:31,0:31:59:.:.:0,59,759 1|1:0,181:181:99:.:.:6311,542,0 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,216:216:99:.:.:7417,648,0 0|0:198,17:215:43:.:.:0,43,6135 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 0|1:25,176:201:99:.:.:5599,0,228 1|1:0,193:193:99:.:.:6791,580,0 1|1:0,184:184:99:.:.:6369,552,0 0|0:40,0:40:89:.:.:0,89,1221 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,239:239:99:.:.:8402,718,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7214,616,0 1|1:1,208:209:99:.:.:7320,597,0 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,223:223:99:.:.:7697,668,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4487,391,0 0|1:118,67:185:99:.:.:1771,0,3465 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800 1|0:52,138:190:99:.:.:4211,0,1163 0|0:87,0:87:99:.:.:0,119,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1558 1|0:33,82:115:99:.:.:2531,0,755 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,220:221:99:.:.:7552,627,0 1|1:0,90:90:99:.:.:3114,270,0 1|1:0,228:228:99:.:.:8012,685,0 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,206:206:99:.:.:7111,620,0 1|1:0,678:678:99:.:.:23614,2036,0 0|0:712,0:712:99:.:.:0,120,1800 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:70:.:.:0,70,1071 1|1:0,122:122:99:.:.:4003,362,0 1|1:6,84:90:91:.:.:2680,91,0 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:213,0:213:99:.:.:0,112,1800 1|1:3,467:470:99:.:.:16330,1367,0 1|1:2,133:135:99:.:.:4442,336,0 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,256:256:99:.:.:8621,769,0 1|1:2,524:526:99:.:.:18018,1549,0 1|0:123,121:244:99:.:.:3407,0,3095 1|1:3,467:470:99:.:.:16222,1359,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4386,396,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2495,222,0 1|1:1,522:523:99:.:.:18452,1545,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1489 0|0:243,0:243:99:.:.:0,101,1800 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,230:230:99:.:.:7639,690,0 1|0:209,45:254:99:.:.:705,0,5866 1|1:18,215:233:94:.:.:6444,94,0 1|1:2,221:223:99:.:.:7372,601,0 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800 0|1:16,106:122:99:.:.:3152,0,167 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800 1|0:46,8:54:99:.:.:121,0,1307 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,229:232:99:.:.:7655,591,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,111,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 1|0:77,9:86:62:.:.:62,0,2124 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,6:89:58:.:.:0,58,2342 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,460:462:99:.:.:15578,1339,0 1|0:95,63:158:99:.:.:1625,0,2660 0|0:539,0:539:99:.:.:0,120,1800 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,250:254:99:.:.:8150,647,0 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 0|1:121,53:174:99:.:.:1300,0,3203 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|0:86,0:86:99:.:.:0,100,1800 0|1:55,108:163:99:.:.:3071,0,1142 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,1152 0|1:34,211:245:99:.:.:6293,0,334 1|1:1,489:490:99:.:.:17057,1456,0 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800 0|1:34,183:217:99:.:.:5526,0,414 0|0:493,0:493:99:.:.:0,120,1800 0|1:73,48:121:99:.:.:1280,0,1940 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:12,458:470:99:.:.:15538,1107,0 0|1:139,16:155:62:.:.:62,0,4097 0|0:533,0:533:99:.:.:0,120,1800 0|0:569,0:569:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,521:522:99:.:.:18072,1534,0 1|0:27,67:94:99:.:.:2007,0,638 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,376:377:99:.:.:12986,1115,0 0|1:101,146:247:99:.:.:4196,0,2435 1|1:1,506:507:99:.:.:17883,1505,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2285,203,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,110,1800 1|1:0,162:162:99:.:.:5534,486,0 0|1:128,36:164:99:.:.:733,0,3659 1|1:0,139:139:99:.:.:4813,417,0 1|1:1,178:179:99:.:.:5756,525,0 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,184:185:99:.:.:6345,546,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7593,669,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2445,219,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1396 1|1:1,158:159:99:.:.:5368,446,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6203,558,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5264,481,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4432,390,0 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 1|1:19,237:256:99:.:.:7433,176,0 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,61:61:99:.:.:2104,183,0 1|1:0,119:119:99:.:.:4002,357,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,19:20:32:.:.:568,32,0 0|0:252,0:252:99:.:.:0,113,1800 1|0:116,164:280:99:.:.:4696,0,2644 0|1:136,115:251:99:.:.:3024,0,3569 1|1:0,13:13:39:.:.:444,39,0 1|1:4,232:236:99:.:.:7747,589,0 0|1:226,43:269:99:.:.:681,0,6439 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,246:246:99:.:.:8073,736,0 1|0:161,39:200:99:.:.:711,0,4618 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 0|1:179,24:203:99:.:.:187,0,5173 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,144:144:99:.:.:4889,432,0 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1490 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,706 1|1:0,312:312:99:.:.:10578,934,0 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 517534 . T C 1.64918e+07 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=27.32;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.683;VQSLOD=10.23;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=14.29;GQ_MEAN=399.43;GQ_STDDEV=306.52;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6544;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.499;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14680988;AF=0.593;AS_InbreedingCoeff=0.4236;MLEAC=3128;MLEAF=0.595;AN=858;AC=514 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:37,34:71:99:.:.:748,0,996 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|0:25,25:50:99:.:.:500,0,646 0|1:51,25:76:99:.:.:438,0,1403 1|0:6,45:51:41:.:.:1019,0,41 1|1:0,55:55:99:.:.:1447,163,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1220,132,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,71:71:99:.:.:1814,209,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1522,170,0 1|0:17,10:27:99:.:.:178,0,452 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1627 1|1:0,69:69:99:.:.:1863,205,0 0|1:23,25:48:99:.:.:521,0,588 1|1:0,32:32:94:.:.:811,94,0 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720 1|1:0,6:6:18:.:.:172,18,0 1|1:0,36:36:99:.:.:968,107,0 1|1:0,21:21:63:.:.:604,63,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1194,135,0 1|0:51,15:66:99:.:.:151,0,1402 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,223:223:99:.:.:5876,668,0 1|1:0,76:76:99:.:.:1961,227,0 1|1:0,37:37:99:.:.:978,111,0 1|0:70,38:108:99:.:.:644,0,1736 1|1:1,11:12:3:.:.:263,3,0 1|1:0,15:15:45:.:.:407,45,0 1|1:1,64:65:99:.:.:1661,163,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800 1|0:66,46:112:99:.:.:854,0,1716 0|0:104,0:104:99:.:.:0,111,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1577 1|1:0,335:335:99:.:.:8860,1003,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,113,1569 0|1:70,46:116:99:.:.:877,0,1832 1|1:0,89:89:99:.:.:2388,267,0 1|0:14,48:62:99:.:.:1046,0,236 0|1:13,62:75:99:.:.:1372,0,155 1|1:0,65:65:99:.:.:1660,194,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3171,360,0 0|1:77,59:136:99:.:.:1086,0,1934 1|1:0,92:92:99:.:.:2433,275,0 1|1:0,210:210:99:.:.:5431,628,0 1|1:0,213:213:99:.:.:5496,637,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3170,359,0 1|0:26,66:92:99:.:.:1330,0,506 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990 1|1:1,115:116:99:.:.:2990,315,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1791,206,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2470,287,0 0|1:18,9:27:99:.:.:147,0,471 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|1:190,46:236:99:.:.:517,0,5109 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:.:.:1533,176,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3196,363,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1489 1|0:20,63:83:99:.:.:1429,0,354 1|0:26,55:81:99:.:.:1187,0,536 1|1:0,163:163:99:.:.:4288,486,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3149,372,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4252,483,0 1|1:0,337:337:99:.:.:8919,1008,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1135,136,0 1|0:30,69:99:99:.:.:1480,0,598 0|1:68,76:144:99:.:.:1584,0,1660 1|1:0,88:88:99:.:.:2337,263,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1504,181,0 1|1:2,80:82:99:.:.:2104,204,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1536 1|1:0,50:50:99:.:.:1281,149,0 1|1:1,117:118:99:.:.:2983,340,0 1|0:37,69:106:99:.:.:1414,0,818 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,52:52:99:.:.:1306,154,0 0|1:73,104:177:99:.:.:2132,0,1659 0|1:86,15:101:99:.:.:107,0,2354 1|1:2,59:61:99:.:.:1332,119,0 1|1:0,74:74:99:.:.:1961,221,0 0|1:51,25:76:99:.:.:425,0,1314 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,61:61:99:.:.:1637,183,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3350,394,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,182:182:99:.:.:4687,545,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2202,243,0 1|1:6,151:157:99:.:.:3561,290,0 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,98:101:99:.:.:2469,226,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4016,449,0 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|1:77,33:110:99:.:.:550,0,1991 0|1:55,52:107:99:.:.:1051,0,1366 1|0:16,64:80:99:.:.:1360,0,242 1|1:0,151:151:99:.:.:4010,451,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4134,473,0 1|1:1,177:178:99:.:.:4603,499,0 1|1:10,295:305:99:.:.:7411,614,0 1|0:23,181:204:99:.:.:4075,0,108 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|1:104,15:119:46:.:.:46,0,2844 1|1:0,144:144:99:.:.:3795,431,0 1|1:9,132:141:99:.:.:3200,187,0 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,141:143:99:.:.:3538,365,0 1|1:1,184:185:99:.:.:4747,516,0 0|0:151,0:151:99:.:.:0,110,1800 1|1:0,162:162:99:.:.:4130,482,0 0|1:134,69:203:99:.:.:1201,0,3487 1|1:0,215:215:99:.:.:5603,644,0 0|1:135,59:194:99:.:.:936,0,3526 1|1:0,243:243:99:.:.:6409,727,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4309,494,0 1|1:0,225:225:99:.:.:5906,673,0 1|1:0,191:191:99:.:.:4886,571,0 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|1:48,85:133:99:.:.:1749,0,1082 0|0:197,0:197:99:.:.:0,119,1800 0|1:102,44:146:99:.:.:694,0,2681 1|1:7,184:191:99:.:.:4524,371,0 1|0:42,152:194:99:.:.:3460,0,718 1|1:0,153:153:99:.:.:3899,457,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,166:166:99:.:.:4261,497,0 1|1:0,154:154:99:.:.:3940,460,0 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800 0|1:48,154:202:99:.:.:3227,0,841 1|1:0,197:197:99:.:.:5012,588,0 1|0:99,48:147:99:.:.:830,0,2591 0|1:94,50:144:99:.:.:848,0,2378 0|0:82,0:82:74:.:.:0,74,2023 1|0:171,29:200:99:.:.:139,0,4611 1|1:0,221:221:99:.:.:5735,661,0 1|1:0,153:153:99:.:.:3712,455,0 0|0:229,0:229:99:.:.:0,105,1800 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,184:185:99:.:.:4757,522,0 1|1:0,218:218:99:.:.:5604,652,0 1|1:0,208:208:99:.:.:5353,622,0 1|1:0,246:246:99:.:.:6316,735,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4183,490,0 1|1:0,249:249:99:.:.:6323,743,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3251,377,0 1|0:117,65:182:99:.:.:1145,0,3089 1|1:0,210:210:99:.:.:5463,628,0 1|1:0,267:267:99:.:.:6928,796,0 1|1:0,106:106:99:.:.:2765,317,0 0|1:16,103:119:99:.:.:2320,0,160 1|1:0,106:106:99:.:.:2750,317,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2238,259,0 1|1:0,214:214:99:.:.:5297,637,0 0|1:10,55:65:99:.:.:1271,0,118 0|1:80,79:159:99:.:.:1620,0,1923 0|0:135,0:135:99:.:.:0,107,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,187:189:99:.:.:4600,502,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,141:144:99:.:.:3594,364,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4333,487,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|0:69,64:133:99:.:.:1304,0,1725 1|0:53,54:107:99:.:.:1051,0,1269 1|1:0,184:184:99:.:.:4918,551,0 1|0:95,98:193:99:.:.:1942,0,2379 0|1:121,119:240:99:.:.:2339,0,2978 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,7:7:21:.:.:186,21,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2367,275,0 1|1:0,147:147:99:.:.:3890,440,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2577,291,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2100,237,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|1:91,70:161:99:.:.:1372,0,2278 1|0:21,121:142:99:.:.:2701,0,211 1|1:6,108:114:99:.:.:2644,151,0 1|1:11,161:172:99:.:.:3917,183,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,80:81:99:.:.:2115,233,0 1|0:18,63:81:99:.:.:1396,0,314 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800 0|1:110,16:126:44:.:.:44,0,3045 0|1:56,135:191:99:.:.:2996,0,1189 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,87:87:99:.:.:2264,261,0 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 1|0:56,94:150:99:.:.:2058,0,1298 1|1:0,153:153:99:.:.:3936,457,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,108:108:99:.:.:2750,322,0 1|1:9,101:110:41:.:.:2339,41,0 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:.:.:2499,281,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1800 1|1:0,91:91:99:.:.:2374,272,0 1|1:1,92:93:99:.:.:2357,248,0 1|0:158,30:188:99:.:.:201,0,4201 0|1:60,73:133:99:.:.:1387,0,1340 1|1:4,146:150:99:.:.:3569,322,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|1:13,142:155:51:.:.:3271,51,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|0:14,61:75:99:.:.:1341,0,201 1|1:0,92:92:99:.:.:2345,274,0 0|1:26,63:89:99:.:.:1415,0,538 1|1:0,105:105:99:.:.:2694,314,0 1|0:60,45:105:99:.:.:870,0,1538 1|1:0,141:141:99:.:.:3685,421,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,200:200:99:.:.:5267,598,0 1|1:1,178:179:99:.:.:4553,502,0 1|1:0,136:136:99:.:.:3432,405,0 1|0:24,55:79:99:.:.:1184,0,510 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 0|1:13,116:129:27:.:.:2600,0,27 1|1:2,80:82:99:.:.:2010,183,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1410 1|1:5,53:58:18:.:.:1201,18,0 0|1:83,39:122:99:.:.:646,0,2223 0|1:42,18:60:99:.:.:283,0,1067 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1643 0|1:9,72:81:27:.:.:1503,0,27 1|1:0,78:78:99:.:.:2085,233,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2114,242,0 1|0:56,68:124:99:.:.:1344,0,1327 1|1:0,208:208:99:.:.:5385,621,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,136:136:99:.:.:3555,406,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1325,155,0 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,72:72:99:.:.:1873,215,0 0|1:100,26:126:99:.:.:302,0,2680 1|1:0,122:122:99:.:.:3072,364,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,90:90:99:.:.:2341,270,0 1|1:13,161:174:99:.:.:3811,118,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|1:3,10:13:56:.:.:214,0,56 0|1:113,72:185:99:.:.:1264,0,2887 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 1|0:48,79:127:99:.:.:1712,0,1070 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,2647 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 1|0:43,79:122:99:.:.:1599,0,899 1|1:1,212:213:99:.:.:5538,605,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1401,159,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|1:217,99:316:99:.:.:1710,0,5834 0|1:93,52:145:99:.:.:909,0,2372 1|1:8,190:198:99:.:.:4810,356,0 1|1:0,17:17:51:.:.:451,51,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1202 0|1:17,142:159:37:.:.:3163,0,37 1|1:0,105:105:99:.:.:2729,314,0 1|1:3,86:89:99:.:.:2197,171,0 1|0:60,46:106:99:.:.:903,0,1529 1|1:0,98:98:99:.:.:2644,294,0 1|0:9,18:27:99:.:.:385,0,193 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,43:43:99:.:.:1100,129,0 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|0:3,25:28:10:.:.:551,0,10 1|1:0,226:226:99:.:.:7425,680,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4236,390,0 1|1:4,206:210:99:.:.:6594,485,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8131,741,0 1|1:0,237:237:99:.:.:7799,712,0 1|1:0,211:211:99:.:.:7017,634,0 1|1:0,210:210:99:.:.:6832,631,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6094,556,0 1|0:26,234:260:99:.:.:6919,0,175 1|1:0,215:215:99:.:.:7021,646,0 1|1:0,227:227:99:.:.:7605,682,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1476,135,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,215:215:99:.:.:7189,646,0 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,274:274:99:.:.:8851,824,0 1|1:0,221:221:99:.:.:7124,663,0 1|1:9,155:164:99:.:.:4655,163,0 1|1:1,248:249:99:.:.:7994,720,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4634,421,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6415,580,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,89:89:99:.:.:2915,268,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4402,402,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7177,661,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1296,117,0 0|1:101,17:118:99:.:.:194,0,3365 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,140:140:99:.:.:4550,421,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7509,685,0 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,226:226:99:.:.:7495,680,0 1|1:6,218:224:99:.:.:6984,454,0 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,784:785:99:.:.:25763,2320,0 0|0:654,0:654:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,743:743:99:.:.:24298,2231,0 1|1:0,96:96:99:.:.:3172,289,0 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080 1|1:1,148:149:99:.:.:4318,410,0 1|0:9,91:100:33:.:.:2608,0,33 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 0|0:549,0:549:99:.:.:0,120,1800 1|0:14,129:143:76:.:.:3663,0,76 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,246:248:99:.:.:7858,699,0 1|1:1,577:581:99:.:.:17017,1685,0 1|1:1,284:285:99:.:.:8951,819,0 0|0:566,0:566:99:.:.:0,120,1800 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,82:82:99:.:.:2617,246,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,306:306:99:.:.:9702,919,0 1|1:0,237:237:99:.:.:7373,711,0 1|1:0,185:185:99:1|1:517534_T_C:7992,575,0 1|1:0,267:267:99:1|1:517534_T_C:11396,829,0 1|0:230,73:303:99:.:.:1586,0,7219 1|1:0,255:255:99:.:.:8038,766,0 1|1:0,256:256:99:.:.:8142,768,0 0|1:21,216:237:37:.:.:6176,0,37 1|1:1,200:201:99:.:.:6336,568,0 1|1:4,422:426:99:.:.:12328,1124,0 1|1:3,136:139:99:.:.:4202,330,0 1|1:26,439:465:99:.:.:14714,515,0 0|0:48,0:48:19:.:.:0,19,1360 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,246:246:99:.:.:7777,738,0 1|1:1,273:274:99:.:.:8640,812,0 1|1:0,267:267:99:.:.:8565,801,0 0|1:201,53:254:99:.:.:926,0,6083 1|1:15,237:252:99:.:.:7253,271,0 0|1:131,90:221:99:.:.:2051,0,3866 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,251:251:99:.:.:7933,754,0 1|1:4,241:245:99:.:.:7610,586,0 0|1:12,93:105:99:.:.:2488,0,116 1|1:6,209:215:99:.:.:6523,424,0 1|0:53,40:93:99:.:.:930,0,1476 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800 0|1:152,51:203:99:.:.:1027,0,4737 1|1:6,525:531:99:.:.:15551,1409,0 1|0:41,196:237:99:.:.:5497,0,768 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 0|1:31,225:256:99:.:.:6421,0,375 1|1:6,237:243:99:.:.:7233,531,0 1|0:66,143:209:99:.:.:3638,0,1654 0|1:225,31:256:99:.:.:227,0,7086 0|1:137,25:162:99:.:.:325,0,4238 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,51:56:17:.:.:1350,17,0 0|1:23,238:261:35:.:.:6600,0,35 0|0:551,0:551:99:.:.:0,120,1800 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 1|0:183,26:209:99:.:.:194,0,5575 0|1:47,443:490:99:.:.:11844,0,188 0|1:87,14:101:99:.:.:174,0,2770 1|0:224,40:264:99:.:.:436,0,7113 1|1:11,190:201:99:.:.:5573,197,0 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|0:18,153:171:99:.:.:4460,0,283 0|1:261,274:535:99:.:.:6606,0,7404 1|1:15,632:647:99:.:.:19500,1441,0 0|0:454,0:454:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,106:114:18:0|1:517534_T_C:3034,0,18 1|1:1,462:463:99:.:.:14358,1355,0 0|0:453,0:453:99:.:.:0,120,1800 1|1:12,253:265:99:.:.:8693,395,0 1|1:1,580:581:99:.:.:17288,1700,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,149:149:99:.:.:4799,448,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,255:255:99:.:.:8246,766,0 0|1:137,37:174:99:.:.:664,0,4270 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 0|1:167,49:216:99:.:.:906,0,5138 1|1:0,243:243:99:.:.:7835,731,0 1|1:0,276:276:99:.:.:8795,828,0 1|1:0,260:260:99:.:.:8336,781,0 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,51:51:99:.:.:1707,153,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,203:208:99:.:.:6255,442,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4213,391,0 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1701 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,64:76:99:.:.:1885,0,190 1|1:0,17:17:51:.:.:549,51,0 1|1:0,294:294:99:.:.:9471,882,0 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,161:162:99:.:.:4982,449,0 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 1|0:198,35:233:99:.:.:390,0,6390 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,232:232:99:.:.:7390,697,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 1|0:327,264:591:99:.:.:6802,0,10044 1|1:0,90:90:99:.:.:2820,270,0 1|1:1,353:354:99:.:.:11187,1052,0 0|0:557,0:557:99:.:.:0,120,1800 1|0:147,51:198:99:.:.:1082,0,4618 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1560 1|1:0,28:28:84:.:.:911,84,0 1|1:0,398:398:99:.:.:12719,1195,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4321,405,0 Pf3D7_01_v3 517573 . G A 1.41638e+07 PASS FS=0;MQ=60.14;QD=27.95;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.684;VQSLOD=9.72;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.74;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=28.57;GQ_MEAN=262.02;GQ_STDDEV=264.61;HRun=4;InbreedingCoeff=0.6317;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.195;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14102245;AF=0.48;AS_InbreedingCoeff=0.4863;MLEAC=2535;MLEAF=0.482;AN=858;AC=348 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:39,46:85:99:.:.:1157,0,867:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2564,224,0:. 0|1:22,26:48:99:.:.:604,0,493:. 1|0:32,46:78:99:.:.:1222,0,694:. 0|1:51,7:58:43:.:.:43,0,1271:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1616:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1254:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2612,253,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1323:. 0|1:17,19:36:99:.:.:493,0,341:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1941,192,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1681:. 1|0:21,22:43:99:.:.:548,0,489:. 0|0:31,0:31:65:.:.:0,65,824:. 1|1:0,21:21:63:.:.:673,63,0:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1079:. 0|1:17,61:78:99:.:.:1585,0,237:. 1|1:1,72:73:99:.:.:2156,209,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1759:. 1|1:0,31:31:92:.:.:892,92,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,12:12:36:.:.:355,36,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1579:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1479,154,0:. 0|1:45,70:115:99:.:.:1613,0,904:. 1|1:10,109:119:73:.:.:3069,73,0:. 0|1:15,42:57:99:.:.:1052,0,241:. 0|1:91,238:329:99:.:.:6046,0,1485:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2436,243,0:. 1|0:37,95:132:99:.:.:2457,0,607:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,12:60:99:.:.:181,0,1122:. 1|0:68,17:85:99:.:.:240,0,1634:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,71:126:99:.:.:1670,0,1127:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,21:88:99:.:.:357,0,1541:. 1|1:0,30:30:90:.:.:915,90,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,3:59:90:.:.:0,90,1455:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,13:19:99:.:.:338,0,115:. 1|1:3,109:112:99:.:.:3076,247,0:. 1|0:86,148:234:99:.:.:3693,0,1767:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3888,393,0:. 1|1:4,48:52:65:.:.:1315,65,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2312,236,0:. 0|1:56,18:74:99:.:.:302,0,1308:. 0|1:60,26:86:99:.:.:455,0,1390:. 1|0:85,59:144:99:.:.:1332,0,1905:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,337:338:99:.:.:10087,988,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1067:. 0|1:68,35:103:99:.:.:634,0,1577:. 1|0:85,73:158:99:.:.:1738,0,1858:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1601,165,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:61,34:95:99:.:.:752,0,1385:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3011,309,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,81:184:99:.:.:1810,0,2188:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2866,291,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:23,45:68:99:.:.:1132,0,418:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2103,213,0:. 1|0:18,31:49:99:.:.:725,0,327:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2435,249,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4239,433,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4479,462,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,126:128:99:.:.:3622,328,0:. 1|0:31,77:108:99:.:.:1959,0,549:. 1|0:51,67:118:99:.:.:1541,0,1037:. 0|1:68,14:82:99:.:.:176,0,1567:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:32,134:166:99:.:.:3320,0,399:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:176,24:200:97:.:.:97,0,4185:. 1|1:1,196:197:99:.:.:5672,559,0:. 1|0:22,109:131:99:.:.:2803,0,180:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,208:211:99:.:.:6176,545,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,200:205:99:.:.:5716,466,0:. 1|1:10,172:182:99:.:.:4744,259,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,141:202:99:.:.:3471,0,1059:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:57,124:181:99:.:.:3080,0,924:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,48:145:99:.:.:972,0,2161:. 1|1:0,222:222:99:.:.:6437,666,0:. 1|0:83,68:151:99:.:.:1557,0,1847:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:159,45:204:99:.:.:733,0,3799:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5292,540,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:73:.:.:0,73,5987:. 1|0:150,53:203:99:.:.:947,0,3337:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,96:147:99:.:.:2280,0,957:. 1|0:47,100:147:99:.:.:2507,0,856:. 1|1:6,83:89:99:.:.:2107,110,0:. 0|1:30,172:202:99:.:.:4445,0,169:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,267:267:99:.:.:7594,799,0:. 1|1:3,165:168:99:.:.:4803,418,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,135:136:99:.:.:3942,379,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,12:51:99:.:.:193,0,923:. 1|0:85,76:161:99:.:.:1741,0,1872:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3814,398,0:. 1|0:38,30:68:99:.:.:650,0,786:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,107:110:99:.:.:3053,250,0:. 1|1:3,135:138:99:.:.:3972,337,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3036,315,0:. 0|1:62,64:126:99:.:.:1508,0,1305:. 0|1:57,52:109:99:.:.:1211,0,1201:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,94:200:99:.:.:2149,0,2264:. 1|0:106,118:224:99:.:.:2772,0,2203:. 1|1:5,192:197:99:.:.:5454,447,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,194:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2478,249,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,104:107:99:.:.:3011,245,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,28:156:99:.:.:317,0,2959:. 1|1:2,112:114:99:.:.:3335,293,0:. 0|0:172,0:172:72:.:.:0,72,3906:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3709,372,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,14:67:99:.:.:198,0,1266:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3721,373,0:. 1|1:7,103:110:99:.:.:2816,147,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,98:104:99:.:.:2751,142,0:. 1|1:6,109:115:99:.:.:3116,183,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:.:.:7167,735,0:. 0|1:94,66:160:99:.:.:1487,0,2142:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,142:143:99:.:.:4097,401,0:. 1|1:0,240:240:99:.:.:6995,720,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:.:.:6394,668,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1746,177,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:33,176:209:99:.:.:4426,0,265:. 1|0:75,47:122:99:.:.:936,0,1648:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,132:133:99:.:.:3839,369,0:. 1|0:122,24:146:99:.:.:252,0,2883:. 1|1:1,111:112:99:.:.:3241,309,0:. 0|1:55,18:73:99:.:.:321,0,1269:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:66,21:87:99:.:.:336,0,1471:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,54:101:99:.:.:1291,0,1001:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,108:117:99:.:.:2915,134,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,110:201:99:.:.:2596,0,1767:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:73:.:.:0,73,1827:. 1|1:9,199:208:99:.:.:5390,421,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3655,380,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1762,179,0:. 0|0:61,0:61:59:.:.:0,59,1457:. 1|0:46,78:124:99:.:.:1907,0,826:. 1|0:18,52:70:99:.:.:1308,0,269:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2271,234,0:. 1|0:65,14:79:99:.:.:185,0,1481:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:74,55:129:99:.:.:1201,0,1609:. 1|1:0,222:222:99:.:.:6485,665,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3023,312,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:.:.:4971,512,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2198,222,0:. 1|0:24,92:116:99:.:.:2370,0,297:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2089,213,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:41:.:.:0,41,3753:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2801,288,0:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,182:. 1|0:67,107:174:99:.:.:2619,0,1312:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4631,465,0:. 0|1:74,59:133:99:.:.:1329,0,1656:. 0|1:19,89:108:99:.:.:2363,0,213:. 1|1:1,148:149:99:.:.:4354,419,0:. 0|1:72,42:114:99:.:.:892,0,1631:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,31:31:93:.:.:904,93,0:. 1|1:4,98:102:99:.:.:2817,191,0:. 1|0:97,225:322:99:.:.:5730,0,1716:. 1|0:45,83:128:99:.:.:2012,0,830:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1447,150,0:. 1|0:134,17:151:44:.:.:44,0,3111:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,96:98:99:.:.:2799,236,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,10:24:99:.:.:208,0,315:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2428,252,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1169:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4320,447,0:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,574:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,266:281:99:.:.:8997,336,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1380:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,248:249:99:.:.:8796,714,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,215:216:99:.:.:7694,614,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:.:.:7124,601,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,97:111:99:.:.:3156,0,152:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:.:.:8632,727,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4376,376,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:.:.:9330,797,0:. 0|0:694,0:694:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,837:838:99:.:.:29735,2484,0:. 0|0:473,0:473:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1058,90,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5115,462,0:. 0|1:96,11:107:50:.:.:50,0,2881:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,503:503:99:.:.:17187,1504,0:. 0|0:151,0:151:22:.:.:0,22,4224:. 1|1:2,256:258:99:.:.:8669,711,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,571:571:99:.:.:19466,1710,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,541:543:99:.:.:18291,1567,0:. 1|1:0,156:156:99:.:.:5129,468,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2641,231,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,229:301:99:.:.:6897,0,1527:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:233,25:258:35:.:.:35,0,6685:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,37:42:47:.:.:1192,0,47:. 1|1:4,258:262:99:.:.:8842,666,0:. 1|1:10,240:250:99:.:.:7970,459,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,197:254:99:.:.:6068,0,1113:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,127:222:99:.:.:3591,0,2284:. 1|1:3,258:261:99:.:.:8769,678,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,12:109:64:.:.:64,0,2629:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,48:76:99:.:.:1402,0,665:. 1|1:20,278:298:99:.:.:9108,246,0:. 1|1:3,513:516:99:.:.:17211,1477,0:. 1|0:41,160:201:99:.:.:4781,0,770:. 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:219,30:249:99:.:.:324,0,6277:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:4:.:.:0,4,6940:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,65:209:99:.:.:1543,0,3888:. 1|0:29,243:272:99:.:.:7381,0,128:. 1|0:24,118:142:99:.:.:3721,0,364:. 1|1:4,174:178:99:.:.:5812,395,0:. 0|0:54,0:54:25:.:.:0,25,1393:. 0|1:49,220:269:99:.:.:6675,0,806:. 1|1:2,536:538:99:.:.:17613,1567,0:. 1|1:1,274:275:99:.:.:9411,816,0:. 0|1:24,176:200:99:.:.:5486,0,179:. 1|0:443,45:488:29:.:.:29,0,12373:. 1|0:17,90:107:99:.:.:2734,0,259:. 0|1:38,229:267:99:.:.:7151,0,365:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,13:172:21:0|1:517548_A_G:0,21,6432:. 1|0:277,253:530:99:.:.:6826,0,7074:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,536:541:99:.:.:18700,1500,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,421:422:99:.:.:14047,1227,0:. 0|1:177,86:263:99:.:.:2091,0,4988:. 1|1:0,549:549:99:.:.:18329,1641,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2251,201,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,240:240:99:.:.:8258,721,0:. 1|0:36,130:166:99:.:.:4021,0,713:. 1|1:0,181:181:99:.:.:6311,544,0:. 1|0:56,167:223:99:.:.:4772,0,1102:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2777,244,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1540:. 1|1:2,193:195:99:.:.:6761,522,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7496,655,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7543,656,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7923,685,0:. 1|1:0,289:289:99:.:.:10072,869,0:. 1|1:0,301:301:99:.:.:10376,905,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2271,201,0:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5493,478,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3531,307,0:. 0|1:71,12:83:99:.:.:151,0,2138:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,305:305:99:.:.:10486,917,0:. 1|1:0,321:321:99:.:.:11185,965,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:841,75,0:. 1|1:1,253:254:99:.:.:8851,728,0:. 1|1:0,238:238:99:.:.:8289,715,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,244:244:99:.:.:8412,734,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:8279,718,0:. 0|1:28,182:210:99:.:.:5684,0,306:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6897,602,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7586,659,0:. 0|1:273,308:581:99:.:.:9150,0,7357:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,681:682:99:.:.:23362,2040,0:. 0|1:46,129:175:99:.:.:3990,0,1003:. 1|1:2,268:270:99:.:.:9231,769,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2336,201,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 517617 . G A 1.38641e+07 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=28.4;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.682;VQSLOD=10.07;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=19.05;GQ_MEAN=270.48;GQ_STDDEV=319.35;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6188;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.473;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13891052;AF=0.477;AS_InbreedingCoeff=0.5325;MLEAC=2518;MLEAF=0.479;AN=858;AC=345 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:45,47:92:99:.:.:1251,0,1037:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3025,283,0:. 0|1:30,39:69:99:.:.:1047,0,591:. 1|0:25,51:76:99:.:.:1407,0,514:. 0|1:52,7:59:47:.:.:47,0,1298:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1616:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1254:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2734,256,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1323:. 0|1:25,22:47:99:.:.:556,0,592:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2128,201,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1681:. 1|0:29,22:51:99:.:.:558,0,703:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1046:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1240,117,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,263:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1154:. 0|1:10,67:77:50:.:.:1876,0,50:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2414,229,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1759:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1114:. 0|1:41,63:104:99:.:.:1580,0,780:. 1|1:0,17:17:51:.:.:544,51,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1579:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1914,186,0:. 0|1:49,60:109:99:.:.:1486,0,1029:. 0|1:30,87:117:99:.:.:2361,0,501:. 0|1:13,30:43:99:.:.:830,0,216:. 0|1:94,251:345:99:.:.:6801,0,1492:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2276,221,0:. 1|0:44,109:153:99:.:.:2972,0,737:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1319:. 1|0:64,18:82:99:.:.:321,0,1521:. 0|1:12,45:57:99:.:.:1179,0,159:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,67:111:99:.:.:1689,0,854:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,27:128:99:.:.:393,0,2380:. 0|1:54,19:73:99:.:.:373,0,1251:. 1|1:0,32:32:96:.:.:997,96,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,13:68:99:.:.:206,0,1273:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,18:25:99:.:.:461,0,114:. 1|1:3,106:109:99:.:.:3183,242,0:. 1|0:90,166:256:99:.:.:4376,0,1803:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4052,399,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1888,183,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,70:74:99:.:.:2002,110,0:. 0|1:59,16:75:99:.:.:240,0,1422:. 0|1:42,32:74:99:.:.:759,0,922:. 1|0:78,60:138:99:.:.:1423,0,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,348:349:99:.:.:10861,1021,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1067:. 0|1:53,45:98:99:.:.:1086,0,1175:. 1|0:80,91:171:99:.:.:2290,0,1698:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1707,165,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1544,156,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:65,36:101:99:.:.:831,0,1477:. 1|0:13,97:110:31:.:.:2635,0,31:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:107,89:196:99:.:.:2134,0,2279:. 1|0:20,75:95:99:.:.:2004,0,254:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:20,48:68:99:.:.:1270,0,343:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2179,216,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2701,267,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3903,375,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4758,466,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,132:134:99:.:.:3993,365,0:. 1|0:32,85:117:99:.:.:2280,0,547:. 1|0:47,72:119:99:.:.:1827,0,938:. 0|1:54,26:80:99:.:.:564,0,1232:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:21,145:166:86:.:.:3972,0,86:. 1|1:9,159:168:99:.:.:4704,258,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:175,21:196:78:.:.:78,0,4133:. 1|1:1,186:187:99:.:.:5552,533,0:. 1|0:27,96:123:99:.:.:2598,0,347:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,214:221:99:.:.:6481,461,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,182:188:99:.:.:5587,400,0:. 0|1:33,154:187:99:.:.:4117,0,373:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,147:207:99:.:.:3862,0,1010:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:67,119:186:99:.:.:3103,0,1233:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,53:142:99:.:.:1147,0,1998:. 1|1:0,207:207:99:.:.:6294,621,0:. 1|0:70,69:139:99:.:.:1728,0,1504:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:160,48:208:99:.:.:851,0,3803:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5193,508,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:.:.:7685,762,0:. 1|0:123,61:184:99:.:.:1301,0,2721:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,87:135:99:.:.:2230,0,888:. 1|0:57,95:152:99:.:.:2420,0,1064:. 1|1:5,87:92:99:.:.:2430,145,0:. 0|1:33,174:207:99:.:.:4690,0,259:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,264:264:99:.:.:7894,792,0:. 1|1:5,141:146:99:.:.:4266,298,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,126:127:99:.:.:3794,353,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,19:55:99:.:.:436,0,822:. 1|0:83,65:148:99:.:.:1582,0,1847:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4232,415,0:. 1|0:44,34:78:99:.:.:793,0,942:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3606,352,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3004,291,0:. 0|1:59,68:127:99:.:.:1662,0,1270:. 0|1:57,57:114:99:.:.:1388,0,1237:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,86:181:99:.:.:2122,0,2024:. 1|0:99,111:210:99:.:.:2830,0,2021:. 1|1:5,184:189:99:.:.:5580,428,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,198:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3074,311,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,116:118:99:.:.:3463,297,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,34:156:99:.:.:609,0,2840:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:157,0:157:65:.:.:0,65,3543:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3911,388,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,12:65:99:.:.:188,0,1276:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3848,376,0:. 1|1:12,93:105:4:.:.:2595,4,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,94:101:99:.:.:2691,102,0:. 1|1:6,118:124:99:.:.:3416,207,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,250:250:99:.:.:7575,750,0:. 0|1:100,76:176:99:.:.:1853,0,2266:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,144:145:99:.:.:4243,406,0:. 1|1:0,250:250:99:.:.:7740,750,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:6945,688,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1920,189,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:39,182:221:99:.:.:4744,0,371:. 1|0:69,42:111:99:.:.:891,0,1499:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,131:132:99:.:.:3994,369,0:. 1|0:125,15:140:58:.:.:58,0,2980:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3707,366,0:. 0|1:59,18:77:99:.:.:293,0,1357:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:65,16:81:99:.:.:256,0,1552:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,56:94:99:.:.:1458,0,753:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,85:93:60:.:.:2411,60,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,118:210:99:.:.:3007,0,1836:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:81:.:.:0,81,1743:. 1|1:1,192:193:99:.:.:5715,552,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2940,286,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1806,174,0:. 0|0:63,0:63:63:.:.:0,63,1498:. 1|0:52,82:134:99:.:.:2162,0,1009:. 1|1:1,75:76:99:.:.:2271,204,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2355,231,0:. 1|0:55,20:75:99:.:.:353,0,1197:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:66,56:122:99:.:.:1335,0,1421:. 1|1:0,222:222:99:.:.:6881,667,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3120,312,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5736,556,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1688:. 1|1:6,103:109:99:.:.:3078,166,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1979,195,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2671,259,0:. 1|0:6,4:10:90:.:.:90,0,142:. 1|0:70,108:178:99:.:.:2770,0,1399:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4879,474,0:. 0|1:83,63:146:99:.:.:1512,0,1840:. 0|1:23,82:105:99:.:.:2237,0,310:. 1|1:1,155:156:99:.:.:4682,439,0:. 0|1:74,40:114:99:.:.:869,0,1627:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,25:25:75:.:.:791,75,0:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2844,252,0:. 1|0:95,234:329:99:.:.:6211,0,1691:. 1|0:38,79:117:99:.:.:2071,0,678:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,409:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1686,165,0:. 1|0:120,17:137:99:.:.:114,0,2811:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3193,315,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,11:20:99:.:.:253,0,172:. 1|1:1,84:85:99:.:.:2541,229,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1169:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3985,384,0:. 0|0:33,0:33:19:.:.:0,19,749:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:19,248:267:99:.:.:8413,160,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1380:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,231:232:99:.:.:8251,666,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,232:233:99:.:.:8458,670,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,79:194:99:.:.:2316,0,3413:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7645,637,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:16,88:104:99:.:.:2890,0,232:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7854,647,0:. 1|1:0,128:128:99:.:.:4628,385,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:.:.:8507,710,0:. 0|0:694,0:694:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,790:792:99:.:.:28561,2311,0:. 0|0:473,0:473:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1092,93,0:. 1|1:2,129:131:99:.:.:4369,326,0:. 0|1:89,10:99:19:.:.:19,0,2662:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,496:498:99:.:.:17273,1450,0:. 0|0:145,0:145:83:.:.:0,83,4046:. 1|1:2,237:239:99:.:.:8167,651,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,551:553:99:.:.:19119,1598,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,520:522:99:.:.:17456,1494,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4932,433,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2860,250,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,201:260:99:.:.:6237,0,1159:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,40:46:76:.:.:1226,0,76:. 1|1:3,250:253:99:.:.:8719,656,0:. 1|1:8,219:227:99:.:.:7505,428,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,217:268:99:.:.:6787,0,939:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,126:210:99:.:.:3723,0,2001:. 1|1:1,281:282:99:.:.:9831,811,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:34:.:.:0,34,2857:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,58:81:99:.:.:1714,0,441:. 1|1:20,263:283:99:.:.:8562,235,0:. 1|1:4,515:519:99:.:.:17282,1442,0:. 1|0:35,154:189:99:.:.:4710,0,503:. 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:204,27:231:99:.:.:299,0,6000:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:140,60:200:99:.:.:1457,0,3695:. 1|0:31,224:255:99:.:.:6782,0,213:. 1|0:24,107:131:99:.:.:3281,0,366:. 1|1:6,158:164:99:.:.:5351,290,0:. 0|0:56,0:56:71:.:.:0,71,1522:. 0|1:54,216:270:99:.:.:6621,0,981:. 1|1:3,521:524:99:.:.:17658,1499,0:. 1|1:1,281:282:99:.:.:9689,812,0:. 0|1:27,194:221:99:.:.:6146,0,250:. 0|0:518,0:518:62:.:.:0,62,12890:. 1|0:24,103:127:99:.:.:3256,0,422:. 0|1:34,227:261:99:.:.:7178,0,269:. 0|0:226,0:226:57:.:.:0,57,6235:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:151,17:168:65:.:.:65,0,4526:. 1|0:255,243:498:99:.:.:6821,0,6381:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,6:105:99:.:.:0,121,3179:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,418:418:99:.:.:14375,1249,0:. 0|1:181,80:261:99:.:.:1981,0,5176:. 1|1:0,484:484:99:.:.:16923,1453,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2414,213,0:. 1|0:81,70:151:99:.:.:2041,0,2211:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,238:238:99:.:.:8303,715,0:. 1|0:44,125:169:99:.:.:4012,0,979:. 1|1:0,174:174:99:.:.:6256,524,0:. 1|0:52,182:234:99:.:.:5443,0,999:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2689,232,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1540:. 1|1:1,195:196:99:.:.:6840,554,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:6975,604,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7537,640,0:. 1|1:0,285:285:99:.:.:10042,857,0:. 1|1:0,282:282:99:.:.:9930,849,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1954,168,0:. 1|1:0,151:151:99:.:.:5257,454,0:. 1|1:0,89:89:99:.:.:3120,268,0:. 0|1:68,12:80:99:.:.:171,0,2002:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,689:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,302:302:99:.:.:10707,908,0:. 1|1:0,319:319:99:.:.:11240,959,0:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1061,90,0:. 1|1:1,237:238:99:.:.:8360,681,0:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8546,731,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,233:233:99:.:.:8253,701,0:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7909,677,0:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6745,560,0:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7989,676,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:.:.:7085,604,0:. 1|1:0,574:574:99:.:.:20554,1726,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,717:717:99:.:.:24712,2154,0:. 0|1:46,111:157:99:.:.:3474,0,1066:. 1|1:0,277:277:99:.:.:9573,831,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:2077,177,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 517690 . A G 8.19066e+06 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=25.44;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.69;VQSLOD=9.6;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.49;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=19.05;GQ_MEAN=287.15;GQ_STDDEV=317.34;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6984;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.215;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13160152;AF=0.295;AS_InbreedingCoeff=0.6;MLEAC=1552;MLEAF=0.295;AN=856;AC=301 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:36,27:63:99:.:.:621,0,955:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:37,50:87:99:.:.:1179,0,916:. 1|0:30,47:77:99:.:.:1174,0,749:. 0|1:43,7:50:60:.:.:60,0,1199:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1616:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1515,146,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3014,309,0:. 1|1:1,70:71:99:.:.:2005,182,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1323:. 1|1:1,34:35:72:.:.:952,72,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1783,183,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1681:. 1|0:22,23:45:99:.:.:567,0,565:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,118:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1172:. 0|1:62,17:79:99:.:.:269,0,1652:. 1|1:1,83:84:99:.:.:2352,220,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1759:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1114:. 0|1:37,63:100:99:.:.:1423,0,787:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,246:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1579:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1597,167,0:. 0|1:48,65:113:99:.:.:1501,0,1139:. 0|1:30,82:112:99:.:.:2031,0,592:. 0|1:14,44:58:99:.:.:1070,0,243:. 0|1:95,236:331:99:.:.:5621,0,1876:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1954,201,0:. 1|0:85,45:130:99:.:.:907,0,2192:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1319:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,50:60:99:.:.:1144,0,131:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,81:141:99:.:.:1851,0,1394:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,27:127:99:.:.:394,0,2597:. 0|1:61,27:88:99:.:.:486,0,1587:. 1|1:1,33:34:69:.:.:878,69,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,29:61:99:.:.:664,0,777:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,18:25:99:.:.:405,0,147:. 1|1:4,97:101:99:.:.:2658,177,0:. 1|0:100,131:231:99:.:.:3047,0,2288:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3611,383,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2115,230,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,73:77:99:.:.:1927,108,0:. 0|1:63,21:84:99:.:.:361,0,1662:. 0|1:48,36:84:99:.:.:729,0,1181:. 1|0:82,60:142:99:.:.:1276,0,2043:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,350:350:99:.:.:10027,1050,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1067:. 0|1:44,41:85:99:.:.:868,0,1027:. 1|0:79,70:149:99:.:.:1539,0,1977:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1918,215,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1181,129,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:54,71:125:99:.:.:1616,0,1300:. 1|1:5,97:102:99:.:.:2642,163,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,94:188:99:.:.:2041,0,2330:. 1|0:22,69:91:99:.:.:1695,0,390:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:19,57:76:99:.:.:1366,0,352:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1863,195,0:. 1|0:22,26:48:99:.:.:615,0,528:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2412,257,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4540,474,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,127:153:99:.:.:3099,0,320:. 1|1:1,149:150:99:.:.:4142,418,0:. 1|0:28,78:106:99:.:.:1896,0,533:. 1|0:80,40:120:99:.:.:765,0,1980:. 0|1:66,14:80:99:.:.:160,0,1693:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:29,154:183:99:.:.:3759,0,331:. 1|1:4,158:162:99:.:.:4297,358,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,94:107:88:.:.:2334,0,88:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,19:140:98:.:.:98,0,3254:. 1|1:14,247:261:99:.:.:6568,330,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,143:179:99:.:.:3515,0,577:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,133:194:99:.:.:3178,0,1294:. 1|1:0,204:204:99:.:.:5741,612,0:. 1|0:67,109:176:99:.:.:2460,0,1455:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,91:157:99:.:.:2060,0,1469:. 0|1:146,85:231:99:.:.:1715,0,3777:. 1|0:45,98:143:99:.:.:2316,0,952:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:160,37:197:99:.:.:433,0,4356:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4358,464,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5245,561,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:168,24:192:78:.:.:78,0,4473:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,85:144:99:.:.:1930,0,1346:. 1|0:59,93:152:99:.:.:2180,0,1351:. 1|0:52,18:70:99:.:.:283,0,1317:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:17,149:166:6:.:.:3534,6,0:. 1|1:0,247:247:99:.:.:6744,740,0:. 1|1:5,126:131:99:.:.:3404,243,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:162,47:209:99:.:.:723,0,4346:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,106:106:99:.:.:2999,318,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,14:65:99:.:.:200,0,1368:. 1|0:62,55:117:99:.:.:1249,0,1498:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3809,411,0:. 1|0:35,26:61:99:.:.:527,0,857:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,68:149:99:.:.:1450,0,1996:. 0|1:57,65:122:99:.:.:1511,0,1355:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,18:191:72:.:.:0,72,4793:. 1|0:127,66:193:99:.:.:1250,0,3306:. 1|1:6,188:194:99:.:.:5086,396,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,211:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3481,377,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,44:104:99:.:.:949,0,1569:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,30:149:99:.:.:394,0,3189:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:132,29:161:99:.:.:334,0,3582:. 1|1:2,124:126:99:.:.:3471,315,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,85:88:99:.:.:2312,169,0:. 0|1:39,86:125:99:.:.:2097,0,847:. 0|1:21,110:131:99:.:.:2702,0,238:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,97:110:81:.:.:2459,0,81:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,63:170:99:.:.:1282,0,2771:. 1|1:6,130:136:99:.:.:3479,220,0:. 1|1:0,165:165:99:.:.:4622,495,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,240:240:99:.:.:6563,720,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1798,194,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:36,186:222:99:.:.:4453,0,421:. 1|0:77,43:120:99:.:.:794,0,1846:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3365,362,0:. 1|0:128,30:158:99:.:.:386,0,3464:. 1|0:16,90:106:99:.:.:2124,0,170:. 0|1:56,9:65:64:.:.:64,0,1460:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:53,27:80:99:.:.:535,0,1388:. 1|0:86,24:110:99:.:.:312,0,2314:. 0|1:38,56:94:99:.:.:1306,0,873:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,96:102:99:.:.:2498,127,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,116:210:99:.:.:2668,0,2228:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:51:.:.:0,51,2002:. 0|1:158,52:210:99:.:.:746,0,4026:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2464,266,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1272:. 1|0:45,81:126:99:.:.:1905,0,955:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2067,222,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2213,242,0:. 1|0:61,23:84:99:.:.:371,0,1626:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:85,17:102:99:.:.:164,0,2285:. 1|1:0,230:230:99:.:.:6518,690,0:. 0|0:82,9:91:28:.:.:0,28,2193:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4613,498,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1688:. 1|1:3,103:106:99:.:.:2862,227,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2116,231,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2380,249,0:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,137:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3616,383,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:3937,417,0:. 0|1:23,69:92:99:.:.:1711,0,435:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,37:109:99:.:.:714,0,1835:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,31:31:93:.:.:887,93,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,210:311:99:.:.:5089,0,2145:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:28:.:.:0,28,507:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1427,153,0:. 1|0:19,119:138:99:.:.:2836,0,164:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,69:70:99:.:.:1949,179,0:. 1|0:54,54:108:99:.:.:1237,0,1295:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,10:18:99:.:.:224,0,189:. 1|0:47,40:87:99:.:.:889,0,1161:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1169:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3456,362,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,188:189:99:.:.:6531,559,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,198:232:99:.:.:6279,0,524:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6967,608,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1367:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,234:236:99:.:.:8006,636,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,233:233:99:.:.:8199,701,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,74:184:99:.:.:2021,0,3412:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3616,319,0:. 1|1:0,119:119:99:.:.:4159,358,0:. 1|1:0,194:194:99:.:.:6661,583,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:88,35:123:99:.:.:840,0,2796:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,236:237:99:.:.:8103,701,0:. 1|1:0,714:714:99:.:.:24589,2147,0:. 1|1:1,767:768:99:.:.:26749,2283,0:. 0|0:473,0:473:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:3,109:112:99:.:.:3443,230,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,484:485:99:.:.:15978,1431,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,228:230:99:.:.:7706,621,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,578:580:99:.:.:19021,1680,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,477:480:99:.:.:15712,1333,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4631,417,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2926,273,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,169:219:99:.:.:4944,0,999:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,208:258:99:.:.:6216,0,966:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,210:243:99:.:.:6233,0,431:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,9:50:99:.:.:160,0,1267:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:1,244:245:99:.:.:8090,696,0:. 1|0:42,222:264:99:.:.:6543,0,661:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:2,283:285:99:.:.:9354,783,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1553:. 1|0:44,251:295:99:.:.:7348,0,634:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,77:176:99:.:.:2106,0,2836:. 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:221,39:260:99:.:.:573,0,6928:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,210:242:99:.:.:6284,0,353:. 1|0:28,105:133:99:.:.:3062,0,545:. 1|0:107,67:174:99:.:.:1647,0,3161:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1397:. 0|1:47,213:260:99:.:.:6140,0,800:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,82:151:99:.:.:2202,0,1893:. 0|1:37,225:262:99:.:.:6627,0,457:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,14:177:79:.:.:0,79,5145:. 1|1:32,500:532:99:.:.:15368,519,0:. 1|1:26,606:632:99:.:.:19126,986,0:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,6:103:99:.:.:0,108,3131:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,399:399:99:.:.:13191,1198,0:. 0|1:176,70:246:99:.:.:1565,0,5314:. 1|1:2,491:493:99:.:.:16282,1432,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,62:151:99:.:.:1608,0,2653:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4926,439,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7221,638,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,177:177:99:.:.:6038,532,0:. 1|0:39,159:198:99:.:.:4597,0,768:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2400,205,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1540:. 1|1:1,184:185:99:.:.:6172,518,0:. 1|1:0,194:194:99:.:.:6414,583,0:. 1|1:3,196:199:99:.:.:6498,489,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:.:.:7863,701,0:. 1|1:10,241:251:99:.:.:7904,404,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5277,472,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:66,11:77:99:.:.:150,0,2062:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,212:283:99:.:.:6277,0,1648:. 1|0:75,216:291:99:.:.:6478,0,1789:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1035,93,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:7868,707,0:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8199,731,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:89,164:253:99:.:.:4715,0,2358:. 1|1:9,194:203:99:.:.:6300,304,0:. 1|1:0,194:194:99:.:.:6612,583,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:7872,706,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:6203,547,0:. 1|1:0,548:548:99:.:.:18661,1648,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,721:721:99:.:.:23947,2163,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,286:288:99:.:.:9635,815,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,928:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 517759 . A T 1.415e+07 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=28.99;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.701;VQSLOD=9.8;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.53;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=28.57;GQ_MEAN=386.37;GQ_STDDEV=498.62;HRun=0;InbreedingCoeff=0.72;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.485;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12830717;AF=0.537;AS_InbreedingCoeff=0.5556;MLEAC=2834;MLEAF=0.54;AN=858;AC=301 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1800 0|1:30,28:58:99:.:.:708,0,769 1|0:26,43:69:99:.:.:1154,0,616 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1563 0|1:6,46:52:37:.:.:1307,0,37 1|1:0,51:51:99:.:.:1594,153,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2841,274,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2365,223,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1323 0|1:16,15:31:99:.:.:384,0,423 1|1:0,57:57:99:.:.:1778,171,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1681 1|0:23,17:40:99:.:.:423,0,599 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,855 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,266 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,1170 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 0|1:34,46:80:99:.:.:1158,0,829 1|1:0,74:74:99:.:.:2291,222,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1759 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405 0|0:13,0:13:20:.:.:0,20,349 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1579 1|1:0,63:63:99:.:.:1891,189,0 0|1:51,67:118:99:.:.:1649,0,1151 0|1:21,98:119:99:.:.:2594,0,283 0|1:11,46:57:99:.:.:1205,0,171 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1232 1|0:95,45:140:99:.:.:943,0,2571 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1319 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|1:14,58:72:99:.:.:1484,0,177 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|0:69,74:143:99:.:.:1764,0,1621 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|0:86,34:120:99:.:.:614,0,2210 0|1:22,66:88:99:.:.:1649,0,400 1|1:0,38:38:99:.:.:1153,114,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|0:33,38:71:99:.:.:914,0,765 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,13:25:99:0|1:517759_A_T:322,0,367 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 1|0:96,132:228:99:.:.:3339,0,2197 1|1:1,121:122:99:.:.:3638,336,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620 1|0:67,25:92:99:.:.:484,0,1763 0|1:39,58:97:99:.:.:1426,0,860 1|0:72,67:139:99:.:.:1539,0,1758 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,300:300:99:.:.:9106,901,0 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,831 0|1:35,52:87:99:.:.:1257,0,811 1|0:76,55:131:99:.:.:1282,0,1893 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,71:71:99:.:.:2083,213,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,52:52:99:.:.:1513,156,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1665 0|1:62,46:108:99:.:.:1080,0,1562 1|0:10,85:95:20:.:.:2247,0,20 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 0|1:74,99:173:99:.:.:2462,0,1711 1|0:24,53:77:99:.:.:1333,0,489 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710 1|0:17,45:62:99:.:.:1150,0,318 1|1:0,57:57:99:.:.:1717,171,0 1|0:22,19:41:99:.:.:454,0,549 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710 0|1:9,68:77:19:.:.:1868,0,19 1|1:10,161:171:99:.:.:4241,215,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4425,453,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|1:25,129:154:99:.:.:3455,0,276 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1378 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620 1|0:51,66:117:99:.:.:1609,0,1120 0|1:48,22:70:99:.:.:465,0,1187 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,159:159:99:.:.:4775,477,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5342,540,0 1|1:1,227:228:99:.:.:6705,652,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,139:140:99:.:.:4129,389,0 1|0:15,107:122:93:.:.:2789,0,93 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|0:159,0:159:12:.:.:0,12,3803 1|1:5,237:242:99:.:.:7062,569,0 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,211:212:99:.:.:6439,604,0 0|1:40,143:183:99:.:.:3842,0,626 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|0:59,128:187:99:.:.:3291,0,1171 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|0:79,82:161:99:.:.:1984,0,1903 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,213:213:99:.:.:6413,640,0 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 1|0:65,72:137:99:.:.:1737,0,1533 1|0:140,86:226:99:.:.:1885,0,3437 1|0:126,15:141:35:.:.:35,0,3368 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|1:157,39:196:99:.:.:621,0,4022 1|1:10,118:128:91:.:.:3195,91,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4886,487,0 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:149,0:149:99:.:.:0,111,1800 0|0:144,0:144:99:.:.:0,117,1800 1|0:115,47:162:99:.:.:925,0,2923 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 0|1:61,79:140:99:.:.:1938,0,1424 1|0:94,42:136:99:.:.:885,0,2410 1|0:66,11:77:91:.:.:91,0,1684 0|1:152,24:176:99:.:.:199,0,4001 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 0|1:25,121:146:99:.:.:3138,0,274 1|1:0,244:244:99:.:.:7121,732,0 1|1:10,135:145:99:.:.:3874,130,0 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,188:188:99:.:.:5503,565,0 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|0:130,42:172:99:.:.:797,0,3292 1|0:170,45:215:99:.:.:690,0,4483 1|1:1,220:221:99:.:.:6615,632,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,100:100:99:.:.:3083,301,0 1|1:2,227:229:99:.:.:6598,628,0 1|0:33,30:63:99:.:.:723,0,822 1|0:65,56:121:99:.:.:1265,0,1627 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,107,1800 1|1:0,97:97:99:.:.:2901,291,0 0|1:70,65:135:99:.:.:1581,0,1666 0|1:63,53:116:99:.:.:1264,0,1525 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|1:71,86:157:99:.:.:2037,0,1633 1|1:5,186:191:99:.:.:5447,429,0 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,298 1|1:0,112:112:99:.:.:3367,337,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|1:50,32:82:99:.:.:728,0,1242 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|1:119,36:155:99:.:.:598,0,3039 1|1:0,86:86:99:.:.:2601,258,0 1|0:115,24:139:99:.:.:304,0,3915 1|1:1,113:114:99:.:.:3443,311,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,71:72:99:.:.:2128,184,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3745,372,0 0|1:27,108:135:99:.:.:2875,0,422 0|0:196,0:196:57:.:.:0,57,4869 0|1:35,73:108:99:.:.:1927,0,709 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|1:106,57:163:99:.:.:1261,0,2708 1|1:7,137:144:99:.:.:3835,213,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,195:196:99:.:.:5925,558,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,229:229:99:.:.:6687,688,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,68:69:99:.:.:2001,178,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665 0|1:41,189:230:99:.:.:4911,0,512 1|0:80,39:119:99:.:.:779,0,1930 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,132:132:99:.:.:3917,396,0 1|0:115,35:150:99:.:.:565,0,2993 1|1:0,109:109:99:.:.:3293,328,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485 1|0:32,49:81:99:.:.:1234,0,698 1|0:71,20:91:99:.:.:321,0,1852 0|1:46,55:101:99:.:.:1375,0,1077 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,87:95:48:.:.:2393,48,0 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:27:.:.:0,27,1939 0|1:160,47:207:99:.:.:780,0,4026 1|1:1,105:106:99:.:.:3102,288,0 0|1:51,30:81:99:.:.:670,0,1329 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1272 1|0:79,33:112:99:.:.:682,0,2049 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|0:58,11:69:99:.:.:99,0,1544 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1800 0|1:62,50:112:99:.:.:1106,0,1486 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,78:80:99:.:.:2258,178,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,159:159:99:.:.:4775,478,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1688 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:.:.:2676,276,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|0:140,27:167:99:.:.:295,0,3665 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|1:9,3:12:55:.:.:55,0,242 0|1:85,85:170:99:.:.:2040,0,2039 1|1:0,136:136:99:.:.:4126,409,0 0|1:78,75:153:99:.:.:1743,0,1856 0|1:22,72:94:99:.:.:1873,0,410 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 1|0:36,12:48:99:.:.:222,0,949 1|1:0,28:28:84:.:.:881,84,0 1|1:2,93:95:99:.:.:2780,228,0 1|0:103,232:335:99:.:.:5992,0,2052 1|0:51,96:147:99:.:.:2322,0,1061 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,306 1|1:2,41:43:66:.:.:1180,66,0 1|0:128,15:143:20:.:.:20,0,3290 0|1:29,78:107:99:.:.:2015,0,568 1|1:0,75:75:99:.:.:2288,225,0 1|0:58,68:126:99:.:.:1674,0,1356 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|1:10,13:23:99:.:.:316,0,219 1|0:33,38:71:99:.:.:901,0,754 1|1:1,46:47:99:.:.:1340,110,0 1|1:5,127:132:99:.:.:3731,257,0 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,170:170:99:.:.:6078,511,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|1:29,191:220:99:.:.:6349,0,335 1|1:0,178:178:99:.:.:6303,535,0 1|1:1,186:187:99:.:.:6712,527,0 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,103,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|0:103,65:168:99:.:.:1864,0,3138 1|1:0,93:93:99:.:.:3344,279,0 1|1:1,97:98:99:.:.:3496,263,0 1|1:0,172:172:99:.:.:6157,517,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 1|0:75,23:98:99:.:.:538,0,2392 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,107,1800 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|0:140,0:140:99:.:.:0,118,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,644:644:99:.:.:23032,1938,0 1|1:0,662:662:99:.:.:23775,1991,0 0|0:473,0:473:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,60:60:99:.:.:2166,181,0 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720 1|1:4,115:119:99:.:.:3843,234,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,550:550:99:.:.:18841,1646,0 1|1:1,130:131:99:.:.:4545,357,0 1|1:0,259:259:99:.:.:8867,778,0 1|1:0,279:279:99:.:.:9601,839,0 1|1:3,586:589:99:.:.:19675,1669,0 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 0|1:70,180:250:99:.:.:5405,0,1591 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,255:255:99:.:.:8851,766,0 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 0|0:193,0:193:99:.:.:0,105,1800 0|0:189,0:189:99:.:.:0,103,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800 1|0:40,5:45:22:.:.:22,0,1279 0|0:153,0:153:99:.:.:0,108,1620 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1620 0|0:194,0:194:99:.:.:0,114,1710 1|1:1,244:245:99:.:.:8591,700,0 1|0:43,214:257:99:.:.:6580,0,700 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530 1|1:8,281:289:99:.:.:9642,578,0 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,102:107:99:.:.:3285,158,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1553 1|0:53,239:292:99:.:.:7341,0,961 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800 1|0:110,78:188:99:.:.:2124,0,3101 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800 0|1:205,43:248:99:.:.:763,0,6442 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 1|0:149,86:235:99:.:.:2324,0,4342 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|0:124,59:183:99:.:.:1468,0,3611 0|0:49,0:49:20:.:.:0,20,1386 0|1:53,249:302:99:.:.:7727,0,887 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800 1|0:69,75:144:99:.:.:2183,0,1924 0|1:31,245:276:99:.:.:7563,0,215 1|0:203,21:224:77:.:.:77,0,6446 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 0|1:146,19:165:99:.:.:171,0,4507 1|1:39,501:540:99:.:.:15752,294,0 1|1:20,535:555:99:.:.:17793,971,0 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,424:427:99:.:.:14381,1198,0 0|1:116,126:242:99:.:.:3671,0,3072 1|1:1,575:576:99:.:.:19500,1686,0 1|1:1,64:65:99:.:.:2209,160,0 1|0:75,62:137:99:.:.:1717,0,2251 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 1|0:51,135:186:99:.:.:4057,0,1161 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,48:48:99:.:.:1581,144,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5827,490,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6481,556,0 1|1:2,185:187:99:.:.:6334,493,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 1|1:13,234:247:99:.:.:7621,284,0 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,57:57:99:.:.:1968,171,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4674,406,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1800 0|1:66,10:76:99:.:.:100,0,2073 1|1:0,21:21:63:.:.:729,63,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 0|1:169,113:282:99:.:.:3075,0,5013 1|0:137,142:279:99:.:.:4022,0,3815 1|1:0,30:30:90:.:.:1057,90,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7122,616,0 0|1:36,183:219:99:.:.:5668,0,566 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 0|1:35,163:198:99:.:.:5146,0,648 1|1:0,212:212:99:.:.:7465,637,0 1|1:0,210:210:99:.:.:7375,632,0 1|1:17,179:196:1:.:.:5706,1,0 1|1:0,191:191:99:.:.:6728,574,0 1|1:0,500:500:99:.:.:17739,1504,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,635:636:99:.:.:22057,1881,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,280:281:99:.:.:9787,809,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2255,195,0 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215 1|1:6,343:349:99:.:.:11774,827,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 517776 . T A 346923 PASS FS=0.566;MQ=61.21;QD=22.76;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.626;VQSLOD=4.92;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0334;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=197.15;GQ_STDDEV=294.85;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4495;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.357;culprit=FS;set=snp;DP=11079890;AF=0.011;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=55;MLEAF=0.01;AN=858;AC=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1533:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1207:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1360:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1681:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,339:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1517:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1759:. 0|0:32,0:32:83:.:.:0,83,917:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,431:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1579:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1421:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:120,9:129:99:.:.:0,128,3873:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1319:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,5:24:81:1|0:517759_A_T:81,0,681:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1378:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1511:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1732:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:127,14:141:6:.:.:6,0,3360:. 0|0:100,6:106:99:.:.:0,127,2740:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,317:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2092,207,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:62,71:133:99:.:.:1746,0,1823:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,91:92:99:.:.:2717,244,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3600,351,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1688:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3059,312,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,785:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1130,96,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:473,0:473:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:120 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:120 0|0:127,0:127:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:.:.:.:.:120 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:145,0:145:.:.:.:.:120 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:.:.:.:.:120 0|0:48,2:50:75:.:.:0,75,1661:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:102 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:.:.:120 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:114 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:.:.:.:.:120 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:.:.:.:.:120 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:.:.:.:.:120 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:.:.:.:.:120 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:112 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:.:.:.:.:120 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:.:.:.:.:120 0|0:384,0:384:.:.:.:.:120 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:.:.:.:.:120 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:426,0:426:.:.:.:.:120 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:.:.:.:.:120 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:396,0:396:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 517843 . G A 5.79438e+06 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=30.58;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0113600;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.678;VQSLOD=9.04;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=6.57;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.057;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=149.34;GQ_STDDEV=189.86;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5587;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.742;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11212216;AF=0.242;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=1279;MLEAF=0.243;AN=858;AC=35 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1533:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1293:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1360:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1681:. 1|0:27,25:52:99:.:.:647,0,573:. 0|0:27,0:27:61:.:.:0,61,761:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1342:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1517:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1953,172,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1759:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,512:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1579:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,23:142:99:.:.:291,0,2797:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1421:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1319:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:84:.:.:0,84,1858:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,961:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,682:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,110:111:99:.:.:3218,306,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1378:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1511:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:137,21:158:99:.:.:164,0,3055:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,214:220:99:.:.:6163,508,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3912,405,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,227:237:99:.:.:6642,455,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,141:223:99:.:.:3524,0,1491:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1732:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4549,457,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1688:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,251:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:6381,550,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1149:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,985:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:473,0:473:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,791:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3217,282,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:224,42:266:99:.:.:672,0,6382:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,127:138:81:.:.:4146,81,0:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1549:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:200,50:250:99:.:.:939,0,5762:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,82:96:99:.:.:2508,0,121:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1553:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1188:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,14:132:93:.:.:93,0,3454:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:426,0:426:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,119:222:99:.:.:3377,0,2706:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2633,234,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,23:24:39:.:.:773,39,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,894:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:396,0:396:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1931,165,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,712:. 1|1:6,305:311:99:.:.:10435,754,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 521471 . A G 289949 PASS FS=0;MQ=61.03;QD=18.91;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=M107V;SNPEFF_CODON_CHANGE=Atg/Gtg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=HSP40;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113700.1;SOR=0.704;VQSLOD=5.15;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0016;FractionInformativeReads=0.996;GC=42.86;GQ_MEAN=217.83;GQ_STDDEV=301.84;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5564;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.054;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=6791676;AF=0.009129;AS_InbreedingCoeff=0.5564;MLEAC=48;MLEAF=0.009129;AN=858;AC=8 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:50,0:50:86:.:.:0,86,1359:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1325:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1408:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1179:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1464:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1005:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1180:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1289:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1140:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1289:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1276:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1497:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,882:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,885:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1347:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1110:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:9:.:.:0,9,327:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1199:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1190:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1419:. 0|0:39,0:39:94:.:.:0,94,1047:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1241:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1161:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1319:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1606:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1220:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,760:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1734:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1209:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1573:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1223:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1369:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1652:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1600:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1005:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1346:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,990:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1308:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1447:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1061:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,52:73:99:.:.:1174,0,437:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1327:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1393:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1030:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1205:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1065:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1536:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1540:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1335:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,118,1616:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1154:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1267:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1798:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1553:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1631:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1467:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1625:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1137:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1771:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1039:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1549:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1292:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1476:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1250:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1590:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1194:. 0|1:88,26:114:99:.:.:356,0,2386:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1729:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,191:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1020:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1570:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1501:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1373:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:125,32:157:99:.:.:357,0,3362:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1264:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,103,1797:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1316:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1298:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1678:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1344:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1560:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1753:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,13:54:99:.:.:197,0,1121:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1129:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1257:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1187:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1295:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1121:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1356:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1480:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,954:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1251:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1518:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1375:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1293:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1306:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1663:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,247:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1480:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1672:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1197:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1326:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1767:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,482:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1450:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1367:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1501:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:68,14:82:99:.:.:227,0,2186:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1311:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1346:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,792:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1494:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:102 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:111 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:105 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1433:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:117 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,200:242:99:.:.:5591,0,755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:102 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:102 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1665:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:102 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:99 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:102 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:99 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1530:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:102 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:.:.:.:.:120 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:99 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:90 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:.:.:.:.:99 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:117 0|0:72,0:72:.:.:.:.:110 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:120 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:105 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1311:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:111 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:108 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1425:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1407:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1257:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1411:. 1|1:1,24:25:38:.:.:718,38,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1755:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1544:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,569:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 522573 . T A 6.18226e+06 PASS FS=2.884;MQ=59.13;QD=30.99;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S401R;SNPEFF_CODON_CHANGE=agT/agA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=HSP40;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113700.1;SOR=0.22;VQSLOD=3.18;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.51;ClippingRankSum=0;ExcessHet=1.4056;FractionInformativeReads=0.995;GC=14.29;GQ_MEAN=67.75;GQ_STDDEV=116.83;HRun=0;InbreedingCoeff=0.2214;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.267;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=SOR;set=snp;DP=6462075;AF=0.468;AS_InbreedingCoeff=0.0737;MLEAC=2452;MLEAF=0.472;AN=850;AC=175 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1488:. 0|0:45,3:48:48:.:.:0,48,1249:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1617:. 0|1:51,7:58:33:.:.:33,0,1406:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,919:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:17,19:36:99:.:.:594,0,536:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1332:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,822:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,249:. 0|0:30,0:30:28:.:.:0,28,699:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0|0:15,0:15:24:.:.:0,24,414:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 1|1:1,29:30:60:1|1:522573_T_A:1055,60,0:. 0|0:50,0:50:91:.:.:0,91,1258:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1245:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:65:.:.:0,65,882:. 1|1:0,23:23:69:1|1:522573_T_A:842,69,0:. 1|0:7,35:42:41:.:.:974,0,41:. 0|1:2,9:11:28:0|1:522573_T_A:318,0,28:. 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,120:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1468:. 0|0:41,0:41:97:.:.:0,97,1085:. 0|0:41,0:41:30:.:.:0,30,1065:. 1|1:4,98:102:99:.:.:3317,190,0:. 1|0:9,20:29:99:0|1:522573_T_A:651,0,138:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:69,35:104:99:.:.:806,0,1763:. 1|1:0,64:64:99:1|1:522573_T_A:2531,196,0:. 1|0:19,13:32:99:0|1:522573_T_A:362,0,518:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,893:. 1|1:3,69:72:99:1|1:522573_T_A:2640,139,0:. 1|0:21,32:53:99:.:.:883,0,461:. 0|0:37,0:37:52:.:.:0,52,962:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:32:.:.:0,32,1561:. 1|0:21,31:52:99:.:.:826,0,466:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,17:42:99:.:.:579,0,724:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1393:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:98:.:.:0,98,1408:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1416:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:76:.:.:0,76,1129:. 0|1:10,27:37:99:0|1:522573_T_A:886,0,240:. 0|1:19,32:51:99:.:.:1174,0,503:. 0|1:40,43:83:99:.:.:1341,0,1286:. 0|1:37,5:42:21:.:.:21,0,949:. 0|0:46,0:46:73:.:.:0,73,1206:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:75:1|1:522573_T_A:935,75,0:. 0|1:46,12:58:99:.:.:261,0,1462:. 1|0:18,27:45:99:.:.:887,0,391:. 1|0:39,10:49:99:.:.:209,0,1241:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,382:. 1|0:22,23:45:99:.:.:585,0,512:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,982:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1412:. 1|1:1,41:42:97:.:.:1554,97,0:. 0|1:12,38:50:99:.:.:1040,0,159:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1046:. 1|0:48,22:70:99:.:.:488,0,1186:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:1,40:41:99:.:.:1621,100,0:. 0|0:50,0:50:75:.:.:0,75,1278:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 1|0:21,32:53:99:.:.:845,0,439:. 0|0:32,0:32:55:.:.:0,55,826:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:7,52:59:99:.:.:1891,0,107:. 0|0:71,2:73:99:.:.:0,127,2473:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3572,274,0:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1029:. 1|0:9,69:78:99:.:.:2534,0,129:. 0|0:84,0:84:78:.:.:0,78,2059:. 0|1:35,4:39:24:.:.:24,0,1006:. 1|0:18,40:58:99:.:.:1026,0,312:. 0|1:20,3:23:22:.:.:22,0,545:. 0|0:49,0:49:87:.:.:0,87,1300:. 1|0:52,34:86:99:0|1:522573_T_A:1091,0,1616:. 1|1:0,73:73:99:1|1:522573_T_A:2948,226,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:11,125:136:21:.:.:4658,21,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,33:39:60:.:.:919,0,60:. 0|0:54,0:54:91:.:.:0,91,1425:. 0|0:57,5:62:34:.:.:0,34,1852:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,21:40:99:.:.:513,0,452:. 1|1:3,156:159:99:.:.:4774,383,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1434:. 0|0:69,0:69:93:.:.:0,93,1793:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:56,24:80:99:.:.:681,0,1785:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,126:126:99:.:.:5096,381,0:. 1|0:46,26:72:99:.:.:572,0,1072:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,23:54:99:0|1:522573_T_A:558,0,926:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,28:62:99:.:.:758,0,1047:. 0|1:58,8:66:54:.:.:54,0,1458:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,4:77:99:.:.:0,123,1833:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3793,290,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2618,211,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:56,13:69:99:.:.:192,0,1409:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:30,40:70:99:.:.:990,0,697:. 0|1:50,6:56:18:0|1:522573_T_A:18,0,1186:. 0|0:49,0:49:6:.:.:0,6,1078:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,3:46:32:.:.:0,32,1328:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,12:47:99:.:.:218,0,898:. 0|0:55,0:55:89:.:.:0,89,1473:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3809,292,0:. 1|1:0,171:171:99:.:.:7136,527,0:. 1|1:0,146:146:99:.:.:5939,444,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1703:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:33,49:82:99:.:.:1290,0,742:. 1|1:0,174:174:99:.:.:7339,538,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:43,7:50:74:0|1:522573_T_A:74,0,1119:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1435:. 1|1:1,86:87:99:1|1:522573_T_A:3499,234,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1561:. 0|0:27,0:27:47:.:.:0,47,737:. 0|1:30,64:94:99:.:.:1662,0,598:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1692,145,0:. 1|0:29,19:48:99:.:.:451,0,713:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3815,289,0:. 0|0:58,0:58:40:.:.:0,40,1455:. 1|1:0,47:47:99:1|1:522573_T_A:1752,141,0:. 0|0:55,5:60:45:.:.:0,45,1543:. 0|1:17,33:50:99:.:.:874,0,338:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,13:90:99:.:.:118,0,2341:. 0|1:105,21:126:99:.:.:273,0,3514:. 1|1:0,87:87:99:.:.:3423,263,0:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:75:.:.:0,75,1433:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:522573_T_A:2268,172,0:. 0|1:23,17:40:99:.:.:585,0,780:. 1|1:1,101:102:99:.:.:4201,280,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,720:. 0|1:52,32:84:99:.:.:879,0,1175:. 0|0:58,2:60:99:.:.:0,115,1548:. 0|1:9,35:44:99:.:.:969,0,123:. 0|1:7,35:42:73:.:.:940,0,73:. 0|0:76,0:76:60:.:.:0,60,1825:. 0|0:50,4:54:38:.:.:0,38,1287:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,453:. 0|1:44,10:54:99:.:.:116,0,1276:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,35:35:99:1|1:522573_T_A:1331,105,0:. 1|1:0,180:180:99:.:.:7222,552,0:. 0|1:52,51:103:99:.:.:1256,0,1533:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,32:33:68:1|1:522573_T_A:1156,68,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:32,10:42:99:.:.:180,0,777:. 1|1:0,115:115:99:.:.:4381,346,0:. 0|1:36,8:44:99:0|1:522573_T_A:111,0,1151:. 0|0:30,0:30:62:.:.:0,62,780:. 1|1:0,79:79:99:.:.:3226,239,0:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:101,37:138:99:.:.:688,0,2310:. 0|0:65,0:65:88:.:.:0,88,1564:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1671:. 1|0:40,29:69:99:.:.:882,0,845:. 0|0:42,0:42:39:.:.:0,39,1037:. 0|0:41,4:45:3:.:.:0,3,915:. 0|0:41,0:41:34:.:.:0,34,985:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,656:. 0|1:30,52:82:99:.:.:1570,0,525:. 0|1:37,32:69:99:.:.:773,0,807:. 0|1:6,64:70:10:0|1:522573_T_A:2156,0,10:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1432:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:37,0:37:80:.:.:0,80,980:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1125:. 0|1:22,20:42:99:.:.:460,0,523:. 1|1:1,19:20:29:1|1:522573_T_A:725,29,0:. 0|1:14,3:17:45:.:.:45,0,371:. 1|0:52,23:75:99:.:.:535,0,1200:. 1|1:2,41:43:69:1|1:522573_T_A:1453,69,0:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 1|0:27,3:30:3:.:.:3,0,667:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1288:. 0|0:41,0:41:22:.:.:0,22,1018:. 0|0:33,2:35:67:.:.:0,67,1182:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1635,153,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:71:.:.:0,71,983:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,18:18:54:1|1:522573_T_A:653,54,0:. 1|0:92,11:103:21:.:.:21,0,2387:. 1|1:0,80:80:99:1|1:522573_T_A:3192,244,0:. 0|0:28,0:28:11:.:.:0,11,597:. 0|0:42,0:42:51:.:.:0,51,1006:. 0|1:112,14:126:99:.:.:164,0,3815:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:96,7:103:99:.:.:0,121,3306:. 1|1:0,101:101:99:.:.:4075,305,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1575:. 0|1:39,0:39:.:.:.:.:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,156:156:99:1|1:522573_T_A:6428,485,0:. 0|0:30,2:32:31:.:.:0,31,775:. 0|0:14,0:14:23:.:.:0,23,332:. 1|1:0,66:66:99:1|1:522573_T_A:2779,202,0:. 0|1:97,35:132:99:.:.:1029,0,3611:. 1|0:21,66:87:99:.:.:2407,0,479:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,21:21:66:1|1:522573_T_A:837,66,0:. 0|0:29,0:29:51:.:.:0,51,765:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1773:. 0|0:55,2:57:99:.:.:0,105,1497:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,822:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,91:93:99:.:.:3566,223,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,325:. 1|0:12,21:33:99:.:.:696,0,344:. 1|1:0,15:15:45:1|1:522573_T_A:543,45,0:. 0|0:69,6:75:94:.:.:0,94,1720:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,52:52:99:1|1:522573_T_A:2123,160,0:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:13,0:13:24:.:.:0,24,360:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1300:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1529:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,818:. 0|0:29,0:29:70:.:.:0,70,996:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:31:.:.:0,31,722:. 0|0:40,0:40:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1710:. 0|0:31,0:31:63:.:.:0,63,945:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:50:.:.:0,50,741:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,216:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,765:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:4,114:118:99:1|1:522573_T_A:4713,155,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,251:251:99:.:.:10599,755,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,544:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:.:.:7619,557,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1482:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,5:21:99:0|1:522573_T_A:136,0,537:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1620:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:39:.:.:0,39,585:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,512:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,8:76:99:0|1:522573_T_A:102,0,2455:. 1|1:5,179:184:99:.:.:7134,374,0:. 1|0:16,63:79:99:.:.:2241,0,335:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:11:.:.:0,11,307:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:64:.:.:0,64,1311:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1204:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1477:. 1|0:11,48:59:99:0|1:522571_A_G:2006,0,373:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,428:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:51:.:.:0,51,765:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:39:.:.:0,39,585:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,169:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:62,17:79:99:0|1:522573_T_A:368,0,1882:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,979:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,345:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:42,20:62:99:0|1:522573_T_A:528,0,1269:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:9,80:89:89:0|1:522573_T_A:2926,0,89:. 1|1:0,84:84:99:.:.:3522,260,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:70,198:268:99:.:.:7340,0,1888:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,410:410:99:.:.:16975,1253,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,160:160:99:.:.:6778,491,0:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,706:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 523281 . G C 1.56428e+06 PASS FS=2.183;MQ=60.3;QD=29.15;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.931;VQSLOD=3.87;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.974;GC=19.05;GQ_MEAN=168.71;GQ_STDDEV=263.85;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7633;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.195;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=3599338;AF=0.215;AS_InbreedingCoeff=0.6;MLEAC=1108;MLEAF=0.226;AN=792;AC=183 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1311:. 0|0:67,0:67:4:.:.:0,4,1589:. 0|1:35,10:45:99:.:.:155,0,1087:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1355:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1280:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1212:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1409:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1773:. 0|1:12,24:36:99:.:.:552,0,247:. 0|0:51,0:51:55:.:.:0,55,1329:. 1|1:0,42:42:99:1|1:523281_G_C:1827,129,0:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,816:. 1|0:19,10:29:99:.:.:215,0,408:. 0|1:5,4:9:99:0|1:523281_G_C:118,0,198:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,495:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1249:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1689:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,22:22:65:.:.:554,65,0:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:13,0:13:7:.:.:0,7,303:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,54:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:87:.:.:0,87,1417:. 1|0:25,17:42:99:0|1:523281_G_C:546,0,874:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,2571:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1392,144,0:. 0|1:96,20:116:99:.:.:236,0,2381:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1528:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,702:. 0|1:13,19:32:99:0|1:523281_G_C:745,0,486:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1166:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1320:. 1|0:43,21:64:99:0|1:523281_G_C:707,0,1685:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1634,168,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1383:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:54:.:.:0,54,880:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|1:1,23:24:44:.:.:737,44,0:. 0|1:29,14:43:99:.:.:341,0,667:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,362:. 1|1:0,59:59:99:.:.:2502,178,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:1,50:51:99:.:.:1370,125,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1283,137,0:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,889:. 0|0:35,0:35:51:.:.:0,51,883:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1385:. 1|0:46,18:64:99:0|1:523281_G_C:550,0,1735:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,297:. 0|1:26,38:64:99:.:.:1204,0,548:. 0|1:29,9:38:99:0|1:523281_G_C:270,0,1128:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1463:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|0:26,27:53:99:0|1:523281_G_C:922,0,929:. 0|0:43,0:43:10:.:.:0,10,911:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,943:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,631:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,716:. 0|1:33,24:57:99:.:.:482,0,733:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:13,22:35:99:.:.:546,0,258:. 1|0:30,5:35:99:0|1:523281_G_C:120,0,1211:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,27:27:81:1|1:523281_G_C:1149,81,0:. 0|1:16,15:31:99:0|1:523281_G_C:586,0,588:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2130,227,0:. 0|0:39,0:39:88:.:.:0,88,1018:. 1|1:1,95:96:99:1|1:523281_G_C:4000,247,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:54:.:.:0,54,810:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,681:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,925:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1105:. 1|1:0,52:52:99:1|1:523281_G_C:2205,156,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:22,114:136:99:.:.:2763,0,364:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:8,176:184:99:.:.:4591,253,0:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,39:39:99:1|1:523281_G_C:1581,117,0:. 0|1:79,47:126:99:.:.:1211,0,1729:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,19:54:99:.:.:353,0,745:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:32,8:40:85:.:.:85,0,800:. 0|1:18,110:128:99:.:.:2716,0,105:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1175:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1409:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1375:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:34,53:87:99:.:.:1220,0,648:. 0|1:37,7:44:55:.:.:55,0,835:. 0|1:28,34:62:99:.:.:741,0,575:. 0|1:10,55:65:99:.:.:2125,0,249:. 1|0:10,35:45:99:.:.:793,0,221:. 1|1:0,86:86:99:1|1:523281_G_C:3635,262,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:11,23:34:99:0|1:523281_G_C:827,0,376:. 0|1:17,29:46:99:0|1:523281_G_C:1126,0,563:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2401,266,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1491:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1415:. 0|0:34,0:34:9:.:.:0,9,725:. 1|1:0,15:15:45:1|1:523281_G_C:621,45,0:. 0|0:44,0:44:2:.:.:0,2,940:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:1,48:49:99:1|1:523281_G_C:1947,121,0:. 0|0:27,0:27:23:.:.:0,23,628:. 1|0:31,19:50:99:0|1:523281_G_C:719,0,1184:. 0|0:26,0:26:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,11:11:36:1|1:523281_G_C:498,36,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1391:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,2094:. 0|0:93,0:93:33:.:.:0,33,2096:. 0|0:47,0:47:96:.:.:0,96,1192:. 1|0:42,21:63:99:0|1:523281_G_C:717,0,1683:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,76:96:99:0|1:523281_G_C:2829,0,583:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2134,212,0:. 0|0:43,0:43:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1284,140,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1842,210,0:. 1|0:60,20:80:99:.:.:303,0,1581:. 0|0:44,0:44:26:.:.:0,26,997:. 0|0:111,0:111:54:.:.:0,54,2490:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:21,55:76:99:.:.:1308,0,362:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1288:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1387:. 1|0:18,77:95:99:.:.:1811,0,214:. 0|1:41,7:48:60:.:.:60,0,1015:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1577:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:132,0:132:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2436,267,0:. 1|1:0,94:94:99:.:.:4052,288,0:. 0|0:68,0:68:33:.:.:0,33,495:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1234:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:68:.:.:0,68,1188:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1618:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,25:105:99:.:.:375,0,1973:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1755:. 0|0:37,0:37:55:.:.:0,55,897:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,904:. 0|0:72,0:72:91:.:.:0,91,1678:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1434:. 1|0:57,71:128:99:.:.:1545,0,1174:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1082:. 0|1:15,25:40:99:0|1:523281_G_C:894,0,522:. 1|0:13,40:53:99:.:.:1398,0,191:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1241:. 0|1:36,7:43:99:0|1:523281_G_C:169,0,1435:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:3,22:25:27:.:.:739,0,27:. 0|1:41,7:48:56:.:.:56,0,1065:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1092:. 0|1:23,7:30:99:0|1:523281_G_C:249,0,816:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:39,17:56:99:0|1:523281_G_C:562,0,1508:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2789,294,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1371:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1044:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,728:. 1|1:0,104:104:99:.:.:4468,319,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:523281_G_C:2016,141,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:49,84:133:99:.:.:2720,0,957:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,108:. 1|0:82,18:100:99:.:.:308,0,1920:. 0|1:46,38:84:99:.:.:826,0,1012:. 1|0:46,39:85:99:0|1:523281_G_C:1392,0,1740:. 1|0:15,41:56:99:0|1:523281_G_C:1533,0,452:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2169,209,0:. 1|0:47,16:63:99:.:.:259,0,1058:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:16,0:16:12:.:.:0,12,180:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1368:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,588:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:33:.:.:0,33,750:. 1|0:9,61:70:29:.:.:1520,0,29:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,139:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,732:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1499:. 0|1:2,12:14:9:.:.:297,0,9:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:22,0:22:28:.:.:0,28,664:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,69:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,15:15:45:.:.:539,45,0:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 1|1:0,6:6:18:1|1:523274_C_T:270,18,0:. 0|0:8,0:8:3:.:.:0,3,45:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,19:19:57:1|1:523281_G_C:813,57,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:523281_G_C:429,30,0:. 0|0:0,3:3:9:1|1:523281_G_C:114,9,0:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,244:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,249:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:0,4:4:12:.:.:133,12,0:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,22:22:66:.:.:752,66,0:. 0|0:23,0:23:32:.:.:0,32,684:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,314:. 1|0:1,12:13:6:0|1:523281_G_C:480,0,6:. 1|1:0,14:14:42:1|1:523281_G_C:598,42,0:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,14:14:42:1|1:523281_G_C:621,42,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,281:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,8:8:24:1|1:523281_G_C:351,24,0:. 1|1:0,8:8:24:1|1:523281_G_C:351,24,0:. 0|0:8,0:8:.:.:.:0,0,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,316:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,789:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,418:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,46:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,24:25:30:1|1:523281_G_C:894,30,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1333,129,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2268,222,0:. 0|0:0,3:3:9:1|1:523281_G_C:135,9,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1363,120,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1386:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1628,147,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:54,54:108:99:0|1:523281_G_C:2045,0,2025:. 1|1:0,5:5:15:1|1:523281_G_C:194,15,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1211:. 1|1:0,80:80:99:.:.:3281,240,0:. 0|1:18,51:69:99:.:.:1419,0,369:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1731:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1695,161,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1299:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,178:. 1|0:11,4:15:74:.:.:74,0,274:. 0|0:72,0:72:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:67,0:67:73:.:.:0,73,1794:. 1|1:0,51:51:99:1|1:523281_G_C:2206,159,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1591:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:18,33:51:99:0|1:523281_G_C:1260,0,641:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|1:60,5:65:48:.:.:48,0,2339:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,64:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,35:35:99:1|1:523281_G_C:1462,105,0:. 1|0:63,6:69:38:0|1:523281_G_C:38,0,2477:. 0|0:62,0:62:57:.:.:0,57,1646:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,85:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1620:. 1|0:41,9:50:99:0|1:523281_G_C:203,0,1652:. 0|0:51,0:51:54:.:.:0,54,1342:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:21,66:87:99:.:.:1795,0,364:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:4,62:66:79:.:.:1814,79,0:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:53,0:53:55:.:.:0,55,1428:. 0|0:64,3:67:99:.:.:0,115,1874:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1419:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:2,24:26:32:.:.:701,32,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:4,67:71:96:.:.:2055,96,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:523281_G_C:1513,108,0:. 1|0:6,3:9:57:.:.:57,0,160:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1755:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:8,34:42:99:0|1:523281_G_C:1295,0,225:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,292:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,495:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,7:7:21:.:.:223,21,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:523281_G_C:440,30,0:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,512:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:0,2:2:6:1|1:523281_G_C:81,6,0:. 1|1:0,9:9:27:1|1:523281_G_C:394,27,0:. 1|1:0,19:19:57:1|1:523281_G_C:793,57,0:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,475:. 1|1:0,14:14:42:.:.:442,42,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,24:24:72:.:.:727,72,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,209:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,293:. 1|1:0,8:8:24:.:.:244,24,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,65:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,752:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,805:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,590:. 0|0:24,0:24:45:.:.:0,45,675:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:8,0:8:6:.:.:0,6,90:. 0|0:10,0:10:3:.:.:0,3,45:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,419:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,12:17:99:.:.:352,0,105:. 1|0:25,22:47:99:.:.:566,0,660:. 0|0:85,0:85:57:.:.:0,57,855:. 0|1:25,6:31:76:.:.:76,0,701:. 0|0:21,0:21:12:.:.:0,12,180:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,118:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:12:.:.:0,12,180:. Pf3D7_01_v3 523335 . T A 1.78486e+06 PASS FS=0.619;MQ=60.86;QD=26.37;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.759;VQSLOD=5.16;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.955;GC=4.76;GQ_MEAN=141.19;GQ_STDDEV=118.45;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7302;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.13;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=3236610;AF=0.352;AS_InbreedingCoeff=0.4286;MLEAC=1712;MLEAF=0.358;AN=776;AC=279 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:17,20:37:99:.:.:540,0,430:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,13:39:99:0|1:523335_T_A:341,0,957:. 0|0:32,0:32:57:.:.:0,57,855:. 1|0:50,7:57:40:.:.:40,0,1439:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1445:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1198:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:12,26:38:99:.:.:711,0,273:. 0|1:8,30:38:99:.:.:837,0,142:. 1|1:0,27:27:84:1|1:523335_T_A:1023,84,0:. 0|0:37,3:40:20:.:.:0,20,1104:. 0|1:25,10:35:99:0|1:523335_T_A:305,0,865:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,197:. 0|0:22,0:22:33:.:.:0,33,495:. 1|0:1,0:1:.:.:.:.:. 1|1:0,16:16:48:.:.:512,48,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:573,54,0:. 0|0:31,0:31:64:.:.:0,64,907:. 0|1:25,29:54:99:.:.:753,0,608:. 0|0:69,0:69:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,16:16:48:.:.:447,48,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:27,39:66:99:.:.:973,0,556:. 1|1:0,9:9:27:.:.:286,27,0:. 0|0:0,3:3:9:.:.:97,9,0:. 0|0:31,0:31:45:.:.:0,45,675:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:24,7:31:99:.:.:108,0,599:. 1|0:84,13:97:99:.:.:99,0,2344:. 0|1:26,25:51:99:.:.:629,0,624:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:93,7:100:73:.:.:0,73,2765:. 1|1:1,40:41:99:.:.:1186,113,0:. 0|0:22,0:22:30:.:.:0,30,450:. 0|1:10,18:28:99:.:.:441,0,265:. 0|0:49,0:49:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:33,0:33:70:.:.:0,70,1007:. 1|0:38,14:52:99:.:.:282,0,1222:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1662,159,0:. 0|0:64,0:64:63:.:.:0,63,945:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:23,42:65:99:0|1:523335_T_A:1511,0,709:. 0|1:25,7:32:84:.:.:84,0,663:. 1|1:0,20:20:59:.:.:578,59,0:. 0|1:16,6:22:99:.:.:122,0,421:. 0|1:15,10:25:99:.:.:282,0,377:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1090:. 0|1:6,13:19:99:.:.:334,0,127:. 1|1:2,46:48:69:1|1:523335_T_A:1692,69,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:9,51:60:66:.:.:1348,0,66:. 1|0:11,35:46:99:.:.:916,0,214:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1218:. 0|1:21,25:46:99:.:.:616,0,549:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:26,0:26:47:.:.:0,47,730:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|1:24,35:59:99:.:.:873,0,522:. 0|1:23,4:27:70:.:.:70,0,913:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1463:. 0|0:21,0:21:39:.:.:0,39,585:. 1|0:26,19:45:99:.:.:421,0,600:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,1125:. 0|1:11,13:24:99:.:.:300,0,254:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:27:.:.:0,27,405:. 0|1:9,67:76:46:.:.:1849,0,46:. 0|0:29,0:29:48:.:.:0,48,720:. 1|0:40,5:45:99:0|1:523335_T_A:115,0,1563:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1710:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,720:. 0|0:30,0:30:63:.:.:0,63,945:. 0|0:32,2:34:42:.:.:0,42,893:. 0|0:29,0:29:39:.:.:0,39,585:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,855:. 1|0:12,10:22:99:.:.:220,0,276:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1194,120,0:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,540:. 0|1:18,13:31:99:0|1:523335_T_A:401,0,607:. 0|0:41,0:41:57:.:.:0,57,855:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,2:36:47:.:.:0,47,966:. 1|1:0,90:90:99:.:.:3641,280,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:35,29:64:99:.:.:688,0,805:. 0|1:13,10:23:99:.:.:239,0,307:. 1|1:2,40:42:63:.:.:1135,63,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1105:. 1|1:0,66:66:99:1|1:523335_T_A:2813,205,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,153:154:99:.:.:6284,444,0:. 0|0:34,0:34:42:.:.:0,42,630:. 0|1:11,40:51:99:.:.:992,0,150:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,45:59:99:.:.:1073,0,213:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:9,12:21:99:.:.:306,0,197:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:16,54:70:99:.:.:1434,0,250:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:33,0:33:67:.:.:0,67,953:. 1|0:44,57:101:99:.:.:1897,0,986:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:26,0:26:15:.:.:0,15,225:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:34,28:62:99:.:.:614,0,779:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2167,210,0:. 0|1:16,23:39:99:.:.:718,0,375:. 0|0:99,0:99:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:6,20:26:99:.:.:658,0,112:. 1|1:8,104:112:37:1|1:523335_T_A:3985,37,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1175:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:3,48:51:99:.:.:1306,113,0:. 0|0:32,0:32:48:.:.:0,48,720:. 1|0:30,7:37:99:.:.:99,0,766:. 0|0:42,0:42:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:47,0:47:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:20,56:76:99:.:.:1445,0,390:. 0|1:20,9:29:99:.:.:174,0,591:. 0|1:18,15:33:99:.:.:402,0,729:. 0|1:6,36:42:94:0|1:523335_T_A:1244,0,94:. 0|0:48,3:51:53:.:.:0,53,1889:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1895,194,0:. 0|0:42,0:42:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1187,96,0:. 0|1:3,29:32:1:.:.:855,0,1:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,56:56:99:1|1:523335_T_A:2150,171,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,3:38:19:.:.:0,19,972:. 0|0:57,0:57:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,25:25:81:1|1:523335_T_A:1108,81,0:. 0|1:4,13:17:99:0|1:523335_T_A:462,0,158:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:32,0:32:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,31:31:96:1|1:523335_T_A:1127,96,0:. 1|0:17,6:23:99:.:.:120,0,448:. 1|0:26,20:46:99:0|1:523335_T_A:754,0,964:. 1|1:0,9:9:27:1|1:523335_T_A:390,27,0:. 1|1:0,12:12:39:.:.:464,39,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:1,33:34:70:.:.:968,70,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,10:96:3:.:.:0,3,2267:. 0|0:36,0:36:60:.:.:0,60,900:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:25,25:50:99:.:.:619,0,607:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:77,48:125:99:.:.:1064,0,1878:. 1|0:61,24:85:99:.:.:382,0,1895:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2005,198,0:. 1|1:2,47:49:75:1|1:523335_T_A:1692,75,0:. 0|0:40,0:40:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,42:42:99:1|1:523335_T_A:1708,132,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1860,144,0:. 0|1:62,13:75:99:.:.:163,0,1685:. 0|0:41,0:41:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:47,40:87:99:.:.:951,0,1153:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,72:72:99:1|1:523335_T_A:2776,217,0:. 0|0:37,0:37:63:.:.:0,63,945:. 0|0:73,0:73:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:31,37:68:99:.:.:966,0,684:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2929,285,0:. 0|1:42,7:49:73:.:.:73,0,1488:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2254,216,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1411,138,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:50,27:77:99:.:.:597,0,1238:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2476,249,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1707,167,0:. 1|1:2,48:50:99:.:.:1379,101,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1234:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,37:50:99:.:.:881,0,199:. 1|1:2,31:33:49:.:.:853,49,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1210,120,0:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|1:15,89:104:99:.:.:2288,0,129:. 1|0:12,38:50:99:.:.:942,0,217:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1618:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,24:90:99:.:.:465,0,1711:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1755:. 0|1:38,6:44:41:.:.:41,0,969:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,18:18:54:.:.:558,54,0:. 0|1:52,8:60:59:.:.:59,0,1288:. 0|0:37,3:40:27:.:.:0,27,980:. 1|1:4,43:47:38:.:.:1178,38,0:. 0|0:54,0:54:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1434:. 1|0:62,61:123:99:.:.:1504,0,1421:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1082:. 0|1:13,25:38:99:0|1:523335_T_A:867,0,409:. 1|0:20,33:53:99:0|1:523335_T_A:1118,0,646:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1241:. 1|0:33,8:41:99:0|1:523335_T_A:161,0,1249:. 0|0:36,0:36:57:.:.:0,57,855:. 0|1:3,11:14:99:0|1:523335_T_A:358,0,135:. 0|1:38,15:53:99:.:.:313,0,1242:. 0|0:29,0:29:27:.:.:0,27,405:. 0|0:38,0:38:60:.:.:0,60,900:. 0|1:16,9:25:99:.:.:194,0,507:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:30:.:.:0,30,450:. 1|0:18,33:51:99:.:.:1117,0,391:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3196,321,0:. 0|0:45,4:49:18:.:.:0,18,1161:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1044:. 0|0:28,0:28:57:.:.:0,57,855:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:51:.:.:0,51,765:. 0|1:17,49:66:99:.:.:1302,0,276:. 1|1:0,48:48:99:1|1:523335_T_A:1937,144,0:. 0|0:40,0:40:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:22,82:104:99:.:.:2238,0,503:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1712,165,0:. 1|0:6,1:7:4:.:.:4,0,162:. 1|0:49,32:81:99:.:.:742,0,1199:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:41,43:84:99:.:.:1010,0,978:. 1|0:15,35:50:99:0|1:523335_T_A:1264,0,414:. 1|1:3,88:91:99:.:.:2634,178,0:. 1|0:50,17:67:99:0|1:523335_T_A:484,0,1761:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,108,1665:. 1|0:35,7:42:99:0|1:523335_T_A:175,0,1193:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:138,42:180:99:.:.:777,0,3642:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,7:9:35:.:.:148,0,35:. 0|0:25,0:25:42:.:.:0,42,630:. 0|1:8,56:64:46:.:.:1485,0,46:. 1|0:34,25:59:99:.:.:557,0,831:. 1|1:0,14:14:42:.:.:433,42,0:. 0|0:52,0:52:51:.:.:0,51,765:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,96:. 1|0:26,21:47:99:.:.:498,0,613:. 0|0:30,0:30:57:.:.:0,57,855:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1499:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,189:. 1|1:0,15:15:45:.:.:529,45,0:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:18,0:18:27:.:.:0,27,405:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:541,45,0:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:15,0:15:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,4:4:12:.:.:108,12,0:. 0|1:1,4:5:21:.:.:103,0,21:. 0|0:0,3:3:9:.:.:110,9,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:189,18,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,20:20:63:1|1:523335_T_A:900,63,0:. 1|1:0,10:10:33:1|1:523335_T_A:423,33,0:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:12,0:12:1:.:.:0,1,344:. 0|0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 1|1:0,15:15:45:.:.:514,45,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,502:. 0|0:14,0:14:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,22:22:66:.:.:738,66,0:. 1|0:2,8:10:42:.:.:217,0,42:. 1|1:0,8:8:24:1|1:523335_T_A:310,24,0:. 0|1:3,4:7:96:0|1:523335_T_A:140,0,96:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,2:2:6:.:.:72,6,0:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,14:14:42:1|1:523335_T_A:606,42,0:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,8:8:27:1|1:523335_T_A:395,27,0:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,7:7:21:.:.:258,21,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:181,15,0:. 0|0:22,0:22:29:.:.:0,29,646:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1578,138,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:0,2:2:6:.:.:75,6,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,16:17:20:.:.:441,20,0:. 1|1:2,27:29:67:.:.:895,67,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1408,132,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:20,3:23:40:.:.:40,0,629:. 1|1:1,14:15:9:.:.:466,9,0:. 0|0:42,0:42:54:.:.:0,54,810:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|0:50,36:86:99:0|1:523335_T_A:1194,0,1860:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:3,30:33:13:.:.:915,13,0:. 1|0:7,54:61:99:0|1:523335_T_A:1926,0,112:. 1|0:53,15:68:99:0|1:523335_T_A:395,0,2054:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1929,174,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2479,225,0:. 0|1:6,42:48:18:.:.:1194,0,18:. 0|0:42,0:42:45:.:.:0,45,675:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1299:. 1|1:0,6:6:18:.:.:194,18,0:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,50:50:99:1|1:523335_T_A:2090,153,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1591:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:24,33:57:99:0|1:523335_T_A:1156,0,830:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 1|0:7,14:21:99:.:.:434,0,165:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|1:60,9:69:99:.:.:122,0,1761:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|0:26,8:34:99:.:.:162,0,723:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,22:22:66:1|1:523335_T_A:960,66,0:. 1|0:48,9:57:99:0|1:523335_T_A:252,0,1793:. 0|0:57,0:57:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 1|0:8,39:47:99:.:.:1122,0,141:. 1|0:4,21:25:71:.:.:583,0,71:. 0|0:50,2:52:84:.:.:0,84,1557:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:24,19:43:99:.:.:534,0,696:. 1|1:3,49:52:44:.:.:1565,44,0:. 0|0:36,0:36:39:.:.:0,39,1070:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:555,51,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,11:11:33:1|1:523335_T_A:426,33,0:. 1|0:5,4:9:99:0|1:523335_T_A:134,0,186:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2118,209,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:8,24:32:99:.:.:676,0,120:. 0|0:0,2:2:6:.:.:70,6,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:746,69,0:. 0|1:2,3:5:57:.:.:93,0,57:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,250:. 1|1:0,8:8:24:.:.:291,24,0:. 1|0:0,2:2:6:.:.:72,6,0:. 1|1:0,5:5:15:1|1:523335_T_A:208,15,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,739:. 1|1:0,13:13:39:.:.:427,39,0:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:278,24,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:254,21,0:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,360:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:23,0:23:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,30:30:90:.:.:994,90,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:801,69,0:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,6:6:18:.:.:212,18,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,71:. 0|0:19,0:19:33:.:.:0,33,495:. 0|0:14,0:14:12:.:.:0,12,389:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:598,54,0:. 0|0:23,0:23:33:.:.:0,33,687:. 0|0:19,0:19:30:.:.:0,30,450:. 1|0:8,4:12:86:.:.:86,0,224:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,328:. 0|1:2,3:5:57:.:.:94,0,57:. 1|1:0,6:6:18:1|1:523335_T_A:243,18,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,405:. 0|1:45,12:57:99:0|1:523335_T_A:297,0,1728:. 0|0:18,0:18:33:.:.:0,33,495:. 0|0:49,0:49:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,54:54:99:1|1:523335_T_A:2097,162,0:. 0|0:18,1:19:22:.:.:0,22,578:. 1|1:0,5:5:15:1|1:523335_T_A:192,15,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:414,36,0:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:24,0:24:24:.:.:0,24,360:. 1|1:1,10:11:23:.:.:329,23,0:. Pf3D7_01_v3 524190 . T G 3.95401e+06 PASS FS=0;MQ=59.87;QD=27.01;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.743;VQSLOD=6.26;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-3.442;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.99;GC=19.05;GQ_MEAN=206.36;GQ_STDDEV=265.47;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7156;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.215;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=4386366;AF=0.327;AS_InbreedingCoeff=0.3571;MLEAC=1676;MLEAF=0.334;AN=836;AC=300 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:16,13:29:99:0|1:524189_C_G:493,0,675 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530 1|0:15,26:41:99:0|1:524189_C_G:1024,0,616 1|0:49,15:64:99:0|1:524189_C_G:525,0,1996 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1326 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350 0|0:43,0:43:63:.:.:0,63,1225 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1286 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1500 0|1:3,46:49:29:0|1:524189_C_G:1919,0,29 0|1:11,13:24:99:0|1:524190_T_G:499,0,423 1|1:0,38:38:99:1|1:524190_T_G:1633,114,0 1|1:0,43:43:99:1|1:524190_T_G:1815,129,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1464 0|1:3,8:11:99:0|1:524189_C_G:324,0,346 1|1:0,43:43:99:1|1:524189_C_G:2039,138,0 1|0:1,8:9:12:0|1:524190_T_G:381,0,12 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,480 1|1:0,34:34:99:1|1:524190_T_G:1459,102,0 0|1:24,17:41:99:0|1:524189_C_G:681,0,994 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1187 1|1:0,94:94:99:1|1:524190_T_G:4345,301,0 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,653 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1091 0|0:66,0:66:38:.:.:0,38,1569 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270 0|0:5,0:5:4:.:.:0,4,108 1|1:0,51:51:99:1|1:524190_T_G:2273,156,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1128 1|0:21,12:33:99:0|1:524189_C_G:438,0,888 1|0:18,48:66:99:0|1:524189_C_G:2060,0,690 0|1:37,11:48:99:0|1:524189_C_G:348,0,1548 0|1:89,38:127:99:0|1:524189_C_G:1364,0,3704 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1206 1|0:91,13:104:99:0|1:524189_C_G:260,0,3896 1|1:0,43:43:99:1|1:524189_C_G:1999,135,0 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215 0|1:4,33:37:43:0|1:524190_T_G:1428,0,43 1|0:23,8:31:99:0|1:524190_T_G:206,0,924 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1131 1|0:41,19:60:99:0|1:524189_C_G:696,0,1661 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1219 1|1:0,57:57:99:1|1:524190_T_G:2584,175,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800 0|1:49,28:77:99:0|1:524190_T_G:977,0,1946 0|1:19,6:25:99:0|1:524190_T_G:195,0,769 1|1:0,30:30:90:1|1:524189_C_G:1350,90,0 1|1:1,52:53:99:1|1:524190_T_G:2246,117,0 0|1:14,25:39:99:0|1:524189_C_G:1008,0,499 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1387 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,534 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1464 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1772 1|1:0,70:70:99:1|1:524190_T_G:3013,213,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1061 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,839 0|0:37,0:37:83:.:.:0,83,993 1|1:3,45:48:9:1|1:524190_T_G:1889,9,0 0|1:35,16:51:99:0|1:524190_T_G:581,0,1398 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,987 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1059 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,559 1|0:42,18:60:99:0|1:524190_T_G:629,0,1671 1|0:21,38:59:99:0|1:524190_T_G:1489,0,750 0|1:33,11:44:99:0|1:524189_C_G:363,0,1353 1|1:0,23:23:62:1|1:524190_T_G:970,62,0 1|1:1,53:54:99:1|1:524189_C_G:2329,106,0 0|0:26,0:26:70:.:.:0,70,699 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810 1|1:0,81:81:99:1|1:524190_T_G:3529,250,0 1|0:3,25:28:51:0|1:524190_T_G:1041,0,51 0|1:5,66:71:8:0|1:524189_C_G:2796,0,8 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,745 1|0:46,18:64:99:0|1:524189_C_G:701,0,1863 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1670 0|0:30,0:30:86:.:.:0,86,803 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1106 0|0:33,0:33:16:.:.:0,16,783 1|1:0,33:33:99:1|1:524189_C_G:1485,99,0 0|1:18,12:30:99:0|1:524189_C_G:450,0,720 1|0:15,27:42:99:0|1:524189_C_G:1089,0,548 1|1:0,25:25:78:1|1:524189_C_G:1165,78,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1190 1|1:1,42:43:87:1|1:524190_T_G:1889,87,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,103:103:99:1|1:524189_C_G:4743,322,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1677 0|1:33,7:40:99:0|1:524189_C_G:195,0,1365 0|1:9,69:78:99:0|1:524190_T_G:2862,0,159 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,54:54:99:1|1:524190_T_G:2335,162,0 1|0:37,40:77:99:0|1:524190_T_G:1530,0,1380 0|1:10,11:21:99:0|1:524190_T_G:432,0,369 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1227 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|0:71,0:71:69:.:.:0,69,1734 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|0:16,146:162:99:0|1:524190_T_G:6144,0,221 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1045 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1454 0|1:21,58:79:99:0|1:524190_T_G:2349,0,650 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|0:16,39:55:99:0|1:524189_C_G:1663,0,548 1|1:0,130:130:99:1|1:524189_C_G:5862,394,0 0|0:86,0:86:18:.:.:0,18,1951 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1800 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,120:120:99:1|1:524189_C_G:5445,364,0 1|0:36,78:114:99:0|1:524190_T_G:3214,0,1260 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,929 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1053 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,8:47:99:0|1:524190_T_G:219,0,1588 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|1:5,55:60:42:0|1:524190_T_G:2232,0,42 0|0:101,0:101:35:.:.:0,35,2359 1|1:5,71:76:16:1|1:524190_T_G:3001,16,0 0|0:50,0:50:6:.:.:0,6,1062 1|1:0,91:91:99:1|1:524190_T_G:4003,274,0 1|1:0,86:86:99:1|1:524190_T_G:3854,265,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1050 0|0:78,0:78:50:.:.:0,50,1871 1|0:25,40:65:99:0|1:524190_T_G:1646,0,888 1|1:0,71:71:99:1|1:524190_T_G:3105,216,0 1|0:37,41:78:99:0|1:524189_C_G:1607,0,1472 0|0:57,0:57:15:.:.:0,15,1323 0|0:53,0:53:5:.:.:0,5,1093 1|0:56,12:68:99:0|1:524189_C_G:355,0,2353 1|1:0,111:111:99:1|1:524189_C_G:5024,337,0 1|0:16,48:64:99:0|1:524189_C_G:2090,0,560 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:5,45:50:74:0|1:524189_C_G:1874,0,74 1|0:46,23:69:99:0|1:524189_C_G:908,0,1898 1|0:45,15:60:99:0|1:524189_C_G:536,0,1841 1|1:0,124:124:99:1|1:524189_C_G:5670,379,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,63:63:99:1|1:524190_T_G:2768,190,0 1|1:1,76:77:99:1|1:524190_T_G:3410,222,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1735 1|0:5,71:76:22:0|1:524190_T_G:2984,0,22 1|0:32,26:58:99:0|1:524189_C_G:982,0,1308 1|1:0,95:95:99:1|1:524190_T_G:4346,301,0 1|1:0,43:43:99:1|1:524190_T_G:1915,129,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1077 0|0:34,0:34:70:.:.:0,70,910 1|1:0,43:43:99:1|1:524190_T_G:1915,129,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,596 1|0:35,28:63:99:0|1:524190_T_G:1084,0,1390 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1043 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,91:92:99:1|1:524189_C_G:4060,235,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,51:51:99:1|1:524189_C_G:2475,166,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800 1|1:1,31:32:54:1|1:524190_T_G:1357,54,0 1|0:33,33:66:99:0|1:524190_T_G:1319,0,1365 0|0:60,0:60:91:.:.:0,91,1562 1|1:3,79:82:99:1|1:524190_T_G:3412,115,0 0|1:33,70:103:99:0|1:524190_T_G:2852,0,1135 1|0:50,45:95:99:0|1:524189_C_G:1804,0,1981 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1286 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,89 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1195 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,39:39:99:1|1:524190_T_G:1723,123,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1333 0|0:56,0:56:66:.:.:0,66,1369 1|1:0,101:101:99:1|1:524190_T_G:4641,316,0 0|1:51,33:84:99:0|1:524190_T_G:1242,0,1991 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1181 1|0:37,38:75:99:0|1:524189_C_G:1504,0,1486 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|1:17,46:63:99:0|1:524190_T_G:1889,0,562 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1088 0|1:50,16:66:99:0|1:524190_T_G:522,0,2006 1|1:5,72:77:10:1|1:524190_T_G:3060,10,0 1|1:7,100:107:38:1|1:524190_T_G:4222,38,0 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1160 1|1:0,62:62:99:1|1:524190_T_G:2803,190,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1237 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800 0|1:29,45:74:99:0|1:524189_C_G:1844,0,1078 0|0:97,0:97:67:.:.:0,67,2250 1|1:0,86:86:99:1|1:524189_C_G:3998,271,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1483 1|0:5,36:41:99:0|1:524189_C_G:1497,0,102 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1422 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,915 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,764 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,46:46:99:1|1:524190_T_G:2033,141,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,87:87:99:1|1:524190_T_G:3905,265,0 0|1:26,40:66:99:0|1:524190_T_G:1624,0,964 1|1:0,61:61:99:1|1:524189_C_G:2745,184,0 0|1:20,3:23:66:0|1:524189_C_G:66,0,831 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 0|1:29,9:38:99:0|1:524190_T_G:288,0,1204 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1350 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1271 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800 0|0:45,0:45:60:.:.:0,60,1146 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|1:46,57:103:99:0|1:524189_C_G:2309,0,1785 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1638 0|1:26,14:40:99:0|1:524190_T_G:526,0,1003 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1313 1|0:3,23:26:84:0|1:524190_T_G:937,0,84 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,720 0|1:3,27:30:99:0|1:524189_C_G:1124,0,102 0|1:45,34:79:99:0|1:524190_T_G:1283,0,1720 1|0:21,12:33:99:0|1:524190_T_G:426,0,836 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,954 0|1:12,12:24:99:0|1:524189_C_G:468,0,468 1|1:0,35:35:99:1|1:524190_T_G:1584,108,0 1|1:0,50:50:99:1|1:524189_C_G:2250,151,0 1|0:27,18:45:99:0|1:524190_T_G:695,0,1093 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1200 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1561 1|1:0,23:23:69:1|1:524189_C_G:1035,69,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,512 1|0:15,57:72:99:0|1:524190_T_G:2324,0,465 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1399 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,882 1|0:22,4:26:99:0|1:524189_C_G:99,0,954 0|1:98,17:115:99:0|1:524190_T_G:391,0,4021 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1122 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,52 0|1:53,42:95:99:0|1:524189_C_G:1681,0,2166 0|1:22,73:95:99:0|1:524190_T_G:2981,0,704 0|1:28,45:73:99:0|1:524190_T_G:1799,0,1040 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1428 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|0:8,49:57:99:0|1:524190_T_G:1998,0,242 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800 1|0:15,8:23:99:0|1:524190_T_G:269,0,634 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1243 1|0:39,142:181:99:0|1:524189_C_G:5955,0,1201 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1107 0|1:9,64:73:99:0|1:524189_C_G:2745,0,120 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,342 1|1:0,15:15:45:1|1:524190_T_G:663,45,0 0|1:12,49:61:99:0|1:524190_T_G:1973,0,342 1|0:35,24:59:99:0|1:524190_T_G:899,0,1363 1|1:0,24:24:81:1|1:524189_C_G:1183,81,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1435 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,125 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1246 1|1:0,23:23:69:1|1:524190_T_G:1011,69,0 1|1:0,69:69:99:1|1:524190_T_G:3111,211,0 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,369 1|1:0,25:25:75:1|1:524189_C_G:1125,75,0 0|0:14,0:14:6:.:.:0,6,411 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1386 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,207 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1436 1|0:12,22:34:99:0|1:524189_C_G:885,0,556 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,857 0|1:34,4:38:60:0|1:524189_C_G:60,0,1479 1|1:1,33:34:57:1|1:524189_C_G:1440,57,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,110,1398 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,813 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,21:21:63:1|1:524190_T_G:945,63,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1255 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1251 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,637 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1225 1|1:0,43:43:99:1|1:524190_T_G:1956,132,0 1|1:0,33:33:99:1|1:524189_C_G:1485,99,0 1|0:7,40:47:99:0|1:524190_T_G:1659,0,205 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900 0|1:10,33:43:99:0|1:524189_C_G:1356,0,321 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,604 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,297 1|1:0,40:40:99:1|1:524189_C_G:1793,120,0 1|1:0,6:6:18:1|1:524189_C_G:270,18,0 0|1:4,11:15:99:0|1:524189_C_G:448,0,106 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,882 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1279 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,760 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,854 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1290 1|1:0,33:33:99:1|1:524189_C_G:1575,105,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,100,1800 1|1:0,116:116:99:1|1:524190_T_G:5224,352,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1528 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,142 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,176 1|0:1,4:5:53:0|1:524190_T_G:165,0,53 1|0:3,37:40:6:0|1:524189_C_G:1671,0,6 1|1:0,77:77:99:1|1:524189_C_G:3544,238,0 1|1:0,76:76:99:1|1:524189_C_G:3510,235,0 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,604 0|0:42,0:42:89:.:.:0,89,1292 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1301 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1800 1|1:0,11:11:33:1|1:524190_T_G:495,33,0 1|0:79,45:124:99:0|1:524189_C_G:1691,0,3200 1|1:0,10:10:30:1|1:524190_T_G:424,30,0 1|1:0,74:74:99:1|1:524189_C_G:3465,232,0 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1188 1|1:0,8:8:24:1|1:524189_C_G:360,24,0 1|1:1,24:25:30:1|1:524189_C_G:1035,30,0 1|1:0,153:153:99:1|1:524190_T_G:7092,476,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1770 1|1:0,78:78:99:1|1:524189_C_G:3510,235,0 1|1:0,113:113:99:1|1:524189_C_G:5154,349,0 0|1:14,79:93:99:0|1:524189_C_G:3291,0,347 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1646 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1206 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,536 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1288 1|0:6,7:13:99:0|1:524189_C_G:261,0,231 0|1:4,11:15:99:0|1:524189_C_G:450,0,135 1|1:2,101:103:99:1|1:524190_T_G:4439,220,0 0|1:8,68:76:99:0|1:524190_T_G:2849,0,128 1|1:0,70:70:99:1|1:524189_C_G:3195,214,0 1|1:0,140:140:99:1|1:524189_C_G:6660,446,0 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1128 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800 0|1:23,55:78:99:0|1:524189_C_G:2240,0,800 1|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,32 0|1:71,22:93:99:0|1:524189_C_G:707,0,2944 0|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0 1|0:7,87:94:30:0|1:524189_C_G:3635,0,30 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,258 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1369 0|0:23,0:23:34:.:.:0,34,625 0|1:98,12:110:99:0|1:524189_C_G:200,0,4192 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1679 1|0:69,11:80:99:0|1:524189_C_G:245,0,2990 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,423 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575 0|0:49,0:49:83:.:.:0,83,1520 1|0:41,19:60:99:0|1:524189_C_G:674,0,1664 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,27 1|1:5,76:81:36:1|1:524190_T_G:3253,36,0 0|0:17,0:17:19:.:.:0,19,499 1|1:3,78:81:99:1|1:524189_C_G:3402,112,0 1|0:7,73:80:58:0|1:524190_T_G:3023,0,58 0|0:39,0:39:63:.:.:0,63,1045 1|0:41,7:48:99:0|1:524189_C_G:171,0,1844 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,45:53:99:0|1:524189_C_G:1907,0,197 0|0:17,0:17:7:.:.:0,7,469 1|0:3,29:32:30:0|1:524190_T_G:1290,0,30 0|0:25,0:25:38:.:.:0,38,735 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|0:15,6:21:99:0|1:524190_T_G:200,0,642 1|1:1,99:100:99:1|1:524189_C_G:4545,265,0 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,117 0|1:45,7:52:99:0|1:524189_C_G:152,0,1952 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,26:26:81:1|1:524189_C_G:1215,81,0 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,952 1|1:0,39:39:99:1|1:524189_C_G:1755,117,0 0|1:22,9:31:99:0|1:524190_T_G:301,0,897 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1251 1|1:0,46:46:99:1|1:524190_T_G:2039,138,0 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,956 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,911 0|0:40,0:40:98:.:.:0,98,1223 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,359 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,99 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,497 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,907 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1198 1|1:0,23:23:69:1|1:524190_T_G:1035,69,0 1|1:0,61:61:99:1|1:524189_C_G:2781,187,0 1|1:4,56:60:11:1|1:524190_T_G:2307,11,0 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1077 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,273 1|1:0,32:32:96:1|1:524189_C_G:1440,96,0 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,415 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,186 1|1:0,58:58:99:1|1:524189_C_G:2749,187,0 0|1:11,40:51:99:0|1:524189_C_G:1688,0,338 1|0:14,47:61:99:0|1:524189_C_G:1912,0,488 1|1:0,7:7:21:1|1:524189_C_G:315,21,0 1|1:0,47:47:99:1|1:524189_C_G:2160,144,0 1|1:0,59:59:99:1|1:524189_C_G:2655,178,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1267 1|0:7,27:34:99:0|1:524189_C_G:1113,0,213 1|1:1,40:41:84:1|1:524189_C_G:1845,84,0 1|1:1,31:32:51:1|1:524190_T_G:1310,51,0 1|1:0,37:37:99:1|1:524190_T_G:1641,111,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1251 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,777 0|1:61,120:181:99:0|1:524190_T_G:4866,0,2247 0|1:15,7:22:99:0|1:524189_C_G:249,0,704 0|1:44,40:84:99:0|1:524189_C_G:1550,0,1724 1|1:0,301:301:99:1|1:524190_T_G:13436,912,0 0|1:38,11:49:99:0|1:524189_C_G:386,0,1589 1|1:0,84:84:99:1|1:524190_T_G:3781,256,0 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,684 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,103 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1166 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1185 Pf3D7_01_v3 524193 . T G 3.98114e+06 PASS FS=0;MQ=59.85;QD=25.13;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.726;VQSLOD=7.03;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.02;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.991;GC=19.05;GQ_MEAN=186.12;GQ_STDDEV=276.32;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5839;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.425;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=4416971;AF=0.327;AS_InbreedingCoeff=0.2135;MLEAC=1660;MLEAF=0.331;AN=836;AC=300 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:16,12:28:99:0|1:524189_C_G:450,0,720 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530 1|0:16,26:42:99:0|1:524189_C_G:1075,0,588 1|0:47,14:61:99:0|1:524189_C_G:505,0,2035 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1326 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1311 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1286 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1500 0|1:3,46:49:20:0|1:524189_C_G:1999,0,20 0|1:11,13:24:99:0|1:524190_T_G:499,0,423 1|1:0,39:39:99:1|1:524190_T_G:1687,120,0 1|1:0,39:39:99:1|1:524190_T_G:1787,126,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1464 0|1:3,8:11:99:0|1:524189_C_G:327,0,319 1|1:0,42:42:99:1|1:524189_C_G:2068,141,0 1|0:1,10:11:12:0|1:524190_T_G:381,0,12 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,641 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765 1|1:0,32:32:96:1|1:524190_T_G:1407,96,0 0|1:24,17:41:99:0|1:524189_C_G:662,0,1024 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1187 1|1:0,101:101:99:1|1:524190_T_G:4355,303,0 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,653 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1185 0|0:67,0:67:53:.:.:0,53,1668 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,212 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180 1|1:0,51:51:99:1|1:524190_T_G:2273,156,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1128 1|0:21,12:33:99:0|1:524189_C_G:429,0,969 1|0:20,46:66:99:0|1:524189_C_G:2032,0,749 0|1:37,11:48:99:0|1:524189_C_G:348,0,1548 0|1:90,39:129:99:0|1:524189_C_G:1364,0,3704 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1206 1|0:87,12:99:99:0|1:524189_C_G:266,0,3821 1|1:0,45:45:99:1|1:524189_C_G:2085,141,0 0|0:30,0:30:79:.:.:0,79,880 0|1:4,35:39:40:0|1:524190_T_G:1452,0,40 1|0:23,8:31:99:0|1:524190_T_G:206,0,924 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1131 1|0:41,19:60:99:0|1:524189_C_G:674,0,1664 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1219 1|1:0,58:58:99:1|1:524190_T_G:2584,175,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800 0|1:49,26:75:99:0|1:524190_T_G:1004,0,1998 0|1:19,6:25:99:0|1:524190_T_G:195,0,769 1|1:0,30:30:90:1|1:524189_C_G:1350,90,0 1|1:1,52:53:99:1|1:524190_T_G:2218,114,0 0|1:12,23:35:99:0|1:524189_C_G:1011,0,458 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1387 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,592 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1464 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1772 1|1:0,71:71:99:1|1:524190_T_G:3037,216,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1061 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,889 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,1108 1|1:3,44:47:6:1|1:524190_T_G:1845,6,0 0|1:34,17:51:99:0|1:524190_T_G:584,0,1373 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,987 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1059 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:23,0:23:53:.:.:0,53,658 1|0:41,18:59:99:0|1:524190_T_G:629,0,1671 1|0:21,36:57:99:0|1:524190_T_G:1462,0,753 0|1:33,11:44:99:0|1:524189_C_G:360,0,1381 1|1:1,22:23:59:1|1:524190_T_G:942,59,0 1|1:1,54:55:99:1|1:524189_C_G:2431,115,0 0|0:29,0:29:71:.:.:0,71,788 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810 1|1:0,83:83:99:1|1:524190_T_G:3560,253,0 1|0:3,27:30:45:0|1:524190_T_G:1088,0,45 0|1:5,66:71:11:0|1:524189_C_G:2756,0,11 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,752 1|0:44,20:64:99:0|1:524189_C_G:726,0,1860 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1670 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,960 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1106 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,768 1|1:0,33:33:99:1|1:524189_C_G:1485,99,0 0|1:18,12:30:99:0|1:524189_C_G:474,0,717 1|0:12,28:40:99:0|1:524189_C_G:1148,0,501 1|1:0,26:26:78:1|1:524189_C_G:1165,78,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1190 1|1:1,42:43:90:1|1:524190_T_G:1918,90,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,104:104:99:1|1:524189_C_G:4680,293,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1677 0|1:32,7:39:99:0|1:524189_C_G:195,0,1365 0|1:9,72:81:99:0|1:524190_T_G:2862,0,159 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,54:54:99:1|1:524190_T_G:2335,162,0 1|0:37,40:77:99:0|1:524190_T_G:1530,0,1380 0|1:9,11:20:99:0|1:524190_T_G:432,0,369 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1227 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|0:70,0:70:57:.:.:0,57,1781 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|0:16,144:160:99:0|1:524190_T_G:6080,0,226 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1045 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1454 0|1:21,59:80:99:0|1:524190_T_G:2349,0,650 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|0:17,40:57:99:0|1:524189_C_G:1698,0,606 1|1:0,128:128:99:1|1:524189_C_G:5958,406,0 0|0:87,0:87:14:.:.:0,14,2100 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1800 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,121:121:99:1|1:524189_C_G:5445,364,0 1|0:36,80:116:99:0|1:524190_T_G:3278,0,1254 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1031 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1053 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|0:40,8:48:99:0|1:524190_T_G:216,0,1615 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|1:5,56:61:39:0|1:524190_T_G:2269,0,39 0|0:100,0:100:45:.:.:0,45,2525 1|1:5,74:79:13:1|1:524190_T_G:2972,13,0 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,1118 1|1:0,92:92:99:1|1:524190_T_G:4013,276,0 1|1:0,88:88:99:1|1:524190_T_G:3882,268,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1050 0|0:77,0:77:40:.:.:0,40,1962 1|0:24,41:65:99:0|1:524190_T_G:1692,0,882 1|1:0,71:71:99:1|1:524190_T_G:3105,216,0 1|0:38,40:78:99:0|1:524189_C_G:1607,0,1472 0|0:56,0:56:12:.:.:0,12,1368 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,1036 1|0:60,12:72:99:0|1:524189_C_G:317,0,2539 1|1:0,111:111:99:1|1:524189_C_G:5107,346,0 1|0:17,51:68:99:0|1:524189_C_G:2090,0,560 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:5,45:50:71:0|1:524189_C_G:1900,0,71 1|0:46,24:70:99:0|1:524189_C_G:902,0,1935 1|0:44,16:60:99:0|1:524189_C_G:559,0,1866 1|1:0,125:125:99:1|1:524189_C_G:5670,379,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,63:63:99:1|1:524190_T_G:2768,190,0 1|1:1,79:80:99:1|1:524190_T_G:3435,225,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1735 1|0:5,71:76:22:0|1:524190_T_G:2984,0,22 1|0:33,25:58:99:0|1:524189_C_G:1003,0,1305 1|1:0,103:103:99:1|1:524190_T_G:4435,310,0 1|1:0,44:44:99:1|1:524190_T_G:1946,132,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1080 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,44:44:99:1|1:524190_T_G:1946,132,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,583 1|0:38,29:67:99:0|1:524190_T_G:1081,0,1418 0|0:53,0:53:98:.:.:0,98,1395 0|0:34,0:34:73:.:.:0,73,903 1|1:1,92:93:99:1|1:524189_C_G:4060,235,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,55:55:99:1|1:524189_C_G:2475,166,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800 1|1:1,33:34:57:1|1:524190_T_G:1382,57,0 1|0:37,35:72:99:0|1:524190_T_G:1344,0,1369 0|0:59,0:59:94:.:.:0,94,1668 1|1:3,80:83:99:1|1:524190_T_G:3412,115,0 0|1:33,72:105:99:0|1:524190_T_G:2916,0,1129 1|0:51,46:97:99:0|1:524189_C_G:1778,0,1984 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1286 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1195 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,42:42:99:1|1:524190_T_G:1748,126,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1333 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,104:104:99:1|1:524190_T_G:4710,322,0 0|1:51,35:86:99:0|1:524190_T_G:1245,0,1991 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1181 1|0:39,38:77:99:0|1:524189_C_G:1478,0,1508 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|1:17,47:64:99:0|1:524190_T_G:1889,0,562 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1088 0|1:48,16:64:99:0|1:524190_T_G:499,0,1983 1|1:5,73:78:10:1|1:524190_T_G:3060,10,0 1|1:7,102:109:41:1|1:524190_T_G:4250,41,0 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1243 1|1:0,66:66:99:1|1:524190_T_G:2891,199,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1237 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800 0|1:27,45:72:99:0|1:524189_C_G:1899,0,1031 0|0:92,0:92:21:.:.:0,21,2212 1|1:0,87:87:99:1|1:524189_C_G:3985,268,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1483 1|0:5,36:41:99:0|1:524189_C_G:1516,0,99 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1422 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,896 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,46:46:99:1|1:524190_T_G:2033,141,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800 1|1:0,87:87:99:1|1:524190_T_G:3921,265,0 0|1:26,41:67:99:0|1:524190_T_G:1624,0,964 1|1:0,61:61:99:1|1:524189_C_G:2770,187,0 0|1:19,3:22:66:0|1:524189_C_G:66,0,831 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1041 0|1:29,9:38:99:0|1:524190_T_G:291,0,1178 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1350 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1271 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800 0|0:46,0:46:55:.:.:0,55,1249 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|1:47,57:104:99:0|1:524189_C_G:2334,0,1782 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1638 0|1:24,16:40:99:0|1:524190_T_G:539,0,949 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1313 1|0:4,22:26:81:0|1:524190_T_G:962,0,81 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,720 0|1:3,25:28:99:0|1:524189_C_G:1083,0,105 0|1:43,36:79:99:0|1:524190_T_G:1336,0,1714 1|0:21,12:33:99:0|1:524190_T_G:429,0,811 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,954 0|1:12,12:24:99:0|1:524189_C_G:468,0,468 1|1:0,36:36:99:1|1:524190_T_G:1584,108,0 1|1:0,49:49:99:1|1:524189_C_G:2279,154,0 1|0:29,18:47:99:0|1:524190_T_G:669,0,1102 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1200 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1561 1|1:0,23:23:69:1|1:524189_C_G:1035,69,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:19,0:19:40:.:.:0,40,543 1|0:16,57:73:99:0|1:524190_T_G:2322,0,465 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1399 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,953 1|0:23,4:27:99:0|1:524189_C_G:99,0,954 0|1:101,17:118:99:0|1:524190_T_G:388,0,4030 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1122 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,27 0|1:56,43:99:99:0|1:524189_C_G:1637,0,2206 0|1:22,73:95:99:0|1:524190_T_G:3070,0,695 0|1:28,45:73:99:0|1:524190_T_G:1823,0,1059 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1428 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|0:10,48:58:99:0|1:524190_T_G:2026,0,239 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800 1|0:16,8:24:99:0|1:524190_T_G:293,0,631 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1243 1|0:40,142:182:99:0|1:524189_C_G:6055,0,1249 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1107 0|1:9,66:75:99:0|1:524189_C_G:2794,0,114 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,368 1|1:0,15:15:45:1|1:524190_T_G:663,45,0 0|1:12,49:61:99:0|1:524190_T_G:1976,0,316 1|0:34,24:58:99:0|1:524190_T_G:899,0,1363 1|1:0,24:24:75:1|1:524189_C_G:1125,75,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1435 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,132 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1246 1|1:0,23:23:69:1|1:524190_T_G:1011,69,0 1|1:0,69:69:99:1|1:524190_T_G:3111,211,0 0|0:16,0:16:7:.:.:0,7,383 1|1:0,25:25:81:1|1:524189_C_G:1202,81,0 0|0:17,0:17:16:.:.:0,16,502 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1386 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,207 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1436 1|0:13,22:35:99:0|1:524189_C_G:885,0,556 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,857 0|1:35,3:38:63:0|1:524189_C_G:63,0,1458 1|1:1,33:34:57:1|1:524189_C_G:1440,57,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1359 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,813 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,21:21:63:1|1:524190_T_G:945,63,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1255 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1251 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,637 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1225 1|1:0,44:44:99:1|1:524190_T_G:1956,132,0 1|1:0,33:33:99:1|1:524189_C_G:1485,99,0 1|0:8,40:48:99:0|1:524190_T_G:1628,0,208 0|0:22,0:22:41:.:.:0,41,689 0|1:10,32:42:99:0|1:524189_C_G:1356,0,321 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,610 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,297 1|1:0,40:40:99:1|1:524189_C_G:1861,126,0 1|1:0,5:5:21:1|1:524189_C_G:304,21,0 0|1:5,11:16:99:0|1:524189_C_G:487,0,136 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,833 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,882 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1279 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,760 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,854 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1290 1|1:0,35:35:99:1|1:524189_C_G:1612,108,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,100,1800 1|1:0,117:117:99:1|1:524190_T_G:5224,352,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1528 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,142 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,176 1|0:1,4:5:53:0|1:524190_T_G:165,0,53 1|0:3,42:45:0:0|1:524189_C_G:1755,0,0 1|1:0,78:78:99:1|1:524189_C_G:3545,238,0 1|1:0,80:80:99:1|1:524189_C_G:3625,244,0 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,651 0|0:40,0:40:62:.:.:0,62,1230 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1301 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1800 1|1:0,11:11:33:1|1:524190_T_G:495,33,0 1|0:78,46:124:99:0|1:524189_C_G:1753,0,3223 1|1:0,10:10:30:1|1:524190_T_G:424,30,0 1|1:0,78:78:99:1|1:524189_C_G:3641,219,0 0|0:40,0:40:84:.:.:0,84,1248 1|1:0,8:8:24:1|1:524189_C_G:360,24,0 1|1:1,25:26:33:1|1:524189_C_G:1080,33,0 1|1:0,158:158:99:1|1:524190_T_G:7137,479,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1770 1|1:0,78:78:99:1|1:524189_C_G:3510,235,0 1|1:0,116:116:99:1|1:524189_C_G:5154,349,0 0|1:14,79:93:99:0|1:524189_C_G:3330,0,344 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1646 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1206 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,615 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1288 1|0:6,7:13:99:0|1:524189_C_G:261,0,231 0|1:4,11:15:99:0|1:524189_C_G:450,0,135 1|1:2,101:103:99:1|1:524190_T_G:4439,220,0 0|1:8,70:78:99:0|1:524190_T_G:2891,0,125 1|1:0,72:72:99:1|1:524189_C_G:3311,223,0 1|1:0,148:148:99:1|1:524189_C_G:6774,455,0 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1128 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800 0|1:23,54:77:99:0|1:524189_C_G:2220,0,800 1|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,32 0|1:71,22:93:99:0|1:524189_C_G:710,0,2915 0|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0 1|0:7,88:95:49:0|1:524189_C_G:3663,0,49 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,321 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1369 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,543 0|1:97,11:108:99:0|1:524189_C_G:161,0,4158 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1679 1|0:72,11:83:99:0|1:524189_C_G:239,0,3067 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575 0|0:49,0:49:74:.:.:0,74,1560 1|0:41,19:60:99:0|1:524189_C_G:674,0,1664 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,27 1|1:5,78:83:39:1|1:524190_T_G:3286,39,0 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,468 1|1:3,78:81:99:1|1:524189_C_G:3409,112,0 1|0:7,74:81:58:0|1:524190_T_G:3023,0,58 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,914 1|0:42,7:49:99:0|1:524189_C_G:164,0,1916 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,46:54:99:0|1:524189_C_G:1929,0,194 0|0:18,0:18:17:.:.:0,17,520 1|0:3,35:38:21:0|1:524190_T_G:1364,0,21 0|0:28,0:28:33:.:.:0,33,802 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|0:16,6:22:99:0|1:524190_T_G:200,0,642 1|1:1,104:105:99:1|1:524189_C_G:4798,286,0 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,125 0|1:47,7:54:99:0|1:524189_C_G:152,0,1952 1|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0 1|1:0,27:27:81:1|1:524189_C_G:1215,81,0 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,395 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,952 1|1:0,38:38:99:1|1:524189_C_G:1780,120,0 0|1:22,9:31:99:0|1:524190_T_G:301,0,897 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1251 1|1:0,45:45:99:1|1:524190_T_G:2039,138,0 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,956 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,911 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1213 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,334 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,99 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,539 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,979 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1198 1|1:0,23:23:69:1|1:524190_T_G:1035,69,0 1|1:0,62:62:99:1|1:524189_C_G:2781,187,0 1|1:4,55:59:11:1|1:524190_T_G:2307,11,0 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1077 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,310 1|1:0,32:32:96:1|1:524189_C_G:1440,96,0 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,415 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,204 1|1:0,60:60:99:1|1:524189_C_G:2790,187,0 0|1:11,41:52:99:0|1:524189_C_G:1720,0,335 1|0:15,47:62:99:0|1:524189_C_G:1963,0,515 1|1:0,7:7:21:1|1:524189_C_G:315,21,0 1|1:0,48:48:99:1|1:524189_C_G:2197,147,0 1|1:0,61:61:99:1|1:524189_C_G:2815,190,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1267 1|0:7,27:34:99:0|1:524189_C_G:1144,0,210 1|1:1,42:43:84:1|1:524189_C_G:1845,84,0 1|1:1,29:30:51:1|1:524190_T_G:1310,51,0 1|1:0,37:37:99:1|1:524190_T_G:1635,111,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1251 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,777 0|1:63,120:183:99:0|1:524190_T_G:4866,0,2247 0|1:14,7:21:99:0|1:524189_C_G:246,0,729 0|1:44,40:84:99:0|1:524189_C_G:1589,0,1776 1|1:0,297:297:99:1|1:524190_T_G:13416,909,0 0|1:39,12:51:99:0|1:524189_C_G:438,0,1629 1|1:0,84:84:99:1|1:524190_T_G:3781,256,0 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,684 0|1:4,0:4:12:.:.:0,12,144 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1166 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1185 Pf3D7_01_v3 524209 . A G 1.71089e+06 PASS FS=0;MQ=60.7;QD=29.06;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.647;VQSLOD=5.24;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=33.33;GQ_MEAN=183.53;GQ_STDDEV=187.77;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6815;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.516;culprit=FS;set=snp;DP=4484064;AF=0.125;AS_InbreedingCoeff=-0.0588;MLEAC=646;MLEAF=0.127;AN=840;AC=185 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:17,13:30:99:0|1:524189_C_G:474,0,606:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:18,23:41:99:0|1:524189_C_G:887,0,632:. 1|0:39,16:55:99:0|1:524189_C_G:463,0,1647:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:84:.:.:0,84,1119:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1500:. 1|1:3,50:53:27:1|1:524189_C_G:1986,27,0:. 0|0:29,0:29:58:.:.:0,58,839:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,973:. 0|1:26,3:29:74:0|1:524189_C_G:74,0,1043:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:5,7:12:99:0|1:524189_C_G:279,0,301:. 1|1:0,44:44:99:1|1:524189_C_G:1917,138,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:23,19:42:99:0|1:524189_C_G:722,0,865:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:41,0:41:69:.:.:0,69,1107:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1328:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1262:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1173:. 1|0:24,12:36:99:0|1:524189_C_G:443,0,875:. 1|0:15,45:60:99:0|1:524189_C_G:1786,0,593:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:103,46:149:99:0|1:524189_C_G:1493,0,3880:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:81,12:93:99:0|1:524189_C_G:224,0,3209:. 1|1:0,48:48:99:1|1:524189_C_G:2140,153,0:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,819:. 0|1:9,34:43:99:0|1:524189_C_G:1208,0,230:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1131:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1219:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:60,22:82:99:0|1:524189_C_G:682,0,2343:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,748:. 1|1:0,30:30:90:1|1:524189_C_G:1289,90,0:. 0|1:44,11:55:99:0|1:524189_C_G:310,0,1735:. 0|1:7,23:30:99:0|1:524189_C_G:926,0,261:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1387:. 0|1:21,2:23:63:.:.:63,0,846:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1464:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1772:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1061:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:41,0:41:64:.:.:0,64,1105:. 0|1:13,40:53:99:.:.:1436,0,425:. 0|1:32,33:65:99:.:.:879,0,857:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1059:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 1|0:56,9:65:99:0|1:524189_C_G:156,0,2193:. 0|0:58,3:61:99:.:.:0,113,2045:. 0|1:35,14:49:99:0|1:524189_C_G:432,0,1341:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:1,58:59:99:1|1:524189_C_G:2398,124,0:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:71:.:.:0,71,890:. 1|1:4,63:67:25:1|1:524189_C_G:2607,25,0:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 1|0:43,21:64:99:0|1:524189_C_G:746,0,1671:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1670:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,1074:. 1|1:0,34:34:99:1|1:524189_C_G:1477,105,0:. 0|1:19,10:29:99:0|1:524189_C_G:387,0,749:. 1|0:13,30:43:99:0|1:524189_C_G:1180,0,425:. 1|1:0,26:26:84:1|1:524189_C_G:1199,84,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1190:. 0|1:16,32:48:99:0|1:524189_C_G:1134,0,559:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:3,109:112:99:1|1:524189_C_G:4669,264,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1677:. 0|1:36,7:43:99:0|1:524189_C_G:180,0,1465:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,6:61:80:0|1:524189_C_G:80,0,2096:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,639:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,6:68:27:.:.:27,0,2486:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,137:157:99:0|1:524189_C_G:5355,0,442:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1454:. 0|1:69,6:75:17:0|1:524189_C_G:17,0,2842:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,47:67:99:0|1:524189_C_G:1774,0,604:. 1|1:0,144:144:99:1|1:524189_C_G:6131,442,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:1|1:524189_C_G:5437,379,0:. 1|0:58,54:112:99:0|1:524189_C_G:1893,0,2270:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1053:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1369:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,38:68:99:0|1:524189_C_G:1377,0,1052:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1344:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1050:. 1|0:65,8:73:90:.:.:90,0,2776:. 1|0:25,39:64:99:0|1:524189_C_G:1435,0,1034:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,38:78:99:0|1:524189_C_G:1461,0,1502:. 0|0:68,0:68:48:.:.:0,48,1644:. 0|0:59,0:59:68:.:.:0,68,1413:. 1|0:70,13:83:99:0|1:524189_C_G:275,0,2595:. 1|1:0,122:122:99:1|1:524189_C_G:5213,367,0:. 1|0:18,59:77:99:0|1:524189_C_G:2264,0,532:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,48:53:43:0|1:524189_C_G:1980,0,43:. 1|0:52,23:75:99:0|1:524189_C_G:786,0,1981:. 1|0:49,21:70:99:0|1:524189_C_G:673,0,1839:. 1|1:0,136:136:99:1|1:524189_C_G:5790,409,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1735:. 1|0:68,14:82:99:0|1:524189_C_G:308,0,2700:. 1|0:39,31:70:99:0|1:524189_C_G:1100,0,1393:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1207:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1080:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:29,0:29:31:.:.:0,31,776:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1202:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,63:63:99:1|1:524189_C_G:2746,199,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1112:. 1|0:58,14:72:99:0|1:524189_C_G:354,0,2306:. 0|0:53,3:56:34:.:.:0,34,2316:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,45:106:99:0|1:524189_C_G:1604,0,2406:. 1|0:50,48:98:99:0|1:524189_C_G:1943,0,1902:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1286:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1195:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2186,210,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1167:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1333:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:60,46:106:99:0|1:524189_C_G:1590,0,2183:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1181:. 1|0:39,40:79:99:0|1:524189_C_G:1541,0,1462:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,16:82:99:0|1:524189_C_G:378,0,2606:. 1|0:97,21:118:99:0|1:524189_C_G:569,0,3727:. 0|0:51,3:54:45:.:.:0,45,2140:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:24,49:73:99:0|1:524189_C_G:1865,0,935:. 0|1:86,9:95:99:.:.:102,0,3511:. 1|1:0,87:87:99:1|1:524189_C_G:3785,268,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1483:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1422:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,882:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,13:53:99:.:.:171,0,985:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:524190_T_G:3844,274,0:. 0|1:43,26:69:99:.:.:490,0,1507:. 1|1:0,66:66:99:1|1:524189_C_G:2970,214,0:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,444:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1041:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1146:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1271:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,58:102:99:0|1:524189_C_G:2280,0,1619:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1638:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1055:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1313:. 1|0:9,21:30:99:0|1:524189_C_G:776,0,286:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:9,23:32:99:.:.:517,0,285:. 0|1:63,16:79:99:0|1:524189_C_G:420,0,2471:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,982:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,954:. 0|1:15,11:26:99:0|1:524189_C_G:361,0,547:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,921:. 1|1:0,50:50:99:1|1:524189_C_G:2154,156,0:. 1|0:33,20:53:99:0|1:524189_C_G:672,0,1286:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1200:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1561:. 1|1:0,25:25:75:1|1:524189_C_G:1049,75,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1399:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:22,5:27:99:0|1:524189_C_G:124,0,851:. 0|1:106,9:115:33:0|1:524189_C_G:33,0,4229:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1122:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,75:. 0|1:52,49:101:99:0|1:524189_C_G:1788,0,2020:. 0|1:57,44:101:99:0|1:524189_C_G:1544,0,2269:. 0|1:32,51:83:99:0|1:524190_T_G:1924,0,1067:. 0|0:57,2:59:99:.:.:0,110,2411:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,26:60:99:0|1:524189_C_G:946,0,1262:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:29,0:29:1:.:.:0,1,716:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1243:. 1|0:44,152:196:99:0|1:524189_C_G:5924,0,1268:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1107:. 0|1:10,75:85:99:0|1:524189_C_G:2846,0,115:. 1|1:0,10:10:30:.:.:287,30,0:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,532:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,18:57:99:0|1:524189_C_G:615,0,1522:. 1|1:0,23:23:75:1|1:524189_C_G:1095,75,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1435:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:29,0:29:58:.:.:0,58,815:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,23:23:69:1|1:524189_C_G:1010,69,0:. 0|0:19,0:19:23:.:.:0,23,559:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1386:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1295:. 1|0:13,23:36:99:0|1:524189_C_G:896,0,560:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:35,2:37:18:0|1:524189_C_G:18,0,1433:. 1|1:0,32:32:99:1|1:524189_C_G:1451,99,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1359:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:21,0:21:41:.:.:0,41,670:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,751:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1225:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:42:.:.:0,42,722:. 0|1:10,33:43:99:0|1:524189_C_G:1324,0,311:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,53:53:99:1|1:524189_C_G:2181,159,0:. 1|1:0,7:7:21:1|1:524189_C_G:294,21,0:. 0|1:6,10:16:99:0|1:524189_C_G:391,0,171:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:30,0:30:73:.:.:0,73,994:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1279:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,760:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1290:. 1|1:0,38:38:99:1|1:524189_C_G:1615,114,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1528:. 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,133:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,198:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,155:. 1|1:2,42:44:45:1|1:524189_C_G:1824,45,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:524189_C_G:3703,259,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:524189_C_G:3440,238,0:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:40,1:41:98:.:.:0,98,1282:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1301:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,362:. 1|0:86,58:144:99:0|1:524189_C_G:1991,0,3323:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,422:. 1|1:1,95:96:99:1|1:524189_C_G:4024,264,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,8:8:24:1|1:524189_C_G:360,24,0:. 1|1:1,27:28:39:1|1:524189_C_G:1106,39,0:. 1|1:4,163:167:99:1|1:524189_C_G:6808,328,0:. 1|0:77,22:99:99:.:.:356,0,2264:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,88:109:99:.:.:2371,0,537:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1646:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,506:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,402:. 0|1:4,12:16:99:0|1:524189_C_G:451,0,132:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,28:90:99:0|1:524189_C_G:905,0,2306:. 1|1:0,85:85:99:1|1:524189_C_G:3594,256,0:. 1|1:0,148:148:99:1|1:524189_C_G:6620,454,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:22,58:80:99:0|1:524189_C_G:2312,0,715:. 1|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1093:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|1:79,25:104:99:0|1:524189_C_G:745,0,3176:. 0|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 1|0:10,94:104:94:0|1:524189_C_G:3637,0,94:. 0|0:13,0:13:28:.:.:0,28,390:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1369:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,744:. 0|1:104,12:116:99:0|1:524189_C_G:144,0,4205:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1679:. 1|0:74,10:84:99:0|1:524189_C_G:219,0,2975:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:87:.:.:0,87,1657:. 1|0:48,20:68:99:0|1:524189_C_G:652,0,1894:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 0|0:87,7:94:5:0|1:524189_C_G:0,5,3401:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|1:1,79:80:99:1|1:524189_C_G:3358,120,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,8:49:99:0|1:524189_C_G:198,0,1759:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,52:61:99:0|1:524189_C_G:2032,0,201:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1286:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 1|1:1,129:130:99:1|1:524189_C_G:5280,346,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,119:. 0|1:45,8:53:99:0|1:524189_C_G:202,0,1834:. 1|1:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 1|1:0,28:28:84:1|1:524189_C_G:1204,84,0:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,44:44:99:1|1:524189_C_G:1854,132,0:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1251:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1464:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,952:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1368:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,193:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,625:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,976:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1198:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,65:65:99:1|1:524189_C_G:2859,202,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,34:34:99:1|1:524189_C_G:1469,102,0:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,60:60:99:1|1:524189_C_G:2658,184,0:. 0|1:14,45:59:99:0|1:524189_C_G:1760,0,410:. 1|0:16,55:71:99:0|1:524189_C_G:2082,0,477:. 1|1:0,8:8:24:1|1:524189_C_G:329,24,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:524189_C_G:2268,159,0:. 1|1:0,65:65:99:1|1:524189_C_G:2803,199,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1267:. 1|0:8,32:40:99:0|1:524189_C_G:1255,0,226:. 1|1:1,46:47:96:1|1:524189_C_G:1912,96,0:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1061:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1251:. 0|0:27,0:27:62:.:.:0,62,831:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,7:27:99:0|1:524189_C_G:223,0,845:. 0|1:53,53:106:99:0|1:524189_C_G:1898,0,1983:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,15:53:99:0|1:524189_C_G:460,0,1569:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1185:. Pf3D7_01_v3 524415 . C T 2.87552e+06 PASS FS=3.138;MQ=60.74;QD=32.3;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.493;VQSLOD=3.92;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.53;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0047;FractionInformativeReads=0.991;GC=47.62;GQ_MEAN=149.71;GQ_STDDEV=184.66;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4424;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.703;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=3939811;AF=0.275;AS_InbreedingCoeff=0.4333;MLEAC=1431;MLEAF=0.285;AN=832;AC=246 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,816:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1421:. 1|0:36,7:43:99:0|1:524415_C_T:143,0,1318:. 1|0:29,14:43:99:0|1:524415_C_T:530,0,1075:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1022:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,45:45:99:1|1:524415_C_T:1857,139,0:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,912:. 0|1:4,48:52:2:0|1:524415_C_T:1858,0,2:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1048:. 1|1:0,32:32:96:1|1:524415_C_T:1179,96,0:. 1|0:27,5:32:99:0|1:524415_C_T:129,0,909:. 0|1:12,5:17:99:.:.:106,0,283:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,223:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,634:. 0|1:32,5:37:99:0|1:524415_C_T:99,0,1064:. 0|0:34,0:34:62:.:.:0,62,826:. 1|1:0,113:113:99:1|1:524415_C_T:4758,342,0:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:21,0:21:49:.:.:0,49,527:. 1|0:52,9:61:99:0|1:524415_C_T:222,0,1905:. 1|0:7,2:9:63:0|1:524415_C_T:63,0,203:. 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,66:. 0|0:37,0:37:91:.:.:0,91,974:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1065:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1474:. 0|1:28,22:50:99:.:.:717,0,1047:. 0|1:60,52:112:99:0|1:524415_C_T:1951,0,2226:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1188:. 1|0:96,24:120:99:0|1:524415_C_T:535,0,3607:. 1|1:0,60:60:99:1|1:524415_C_T:2625,184,0:. 0|1:4,23:27:99:0|1:524415_C_T:897,0,99:. 0|0:29,2:31:18:0|1:524415_C_T:0,18,1152:. 1|0:13,7:20:99:0|1:524415_C_T:240,0,412:. 1|0:24,4:28:99:0|1:524415_C_T:135,0,970:. 1|0:35,23:58:99:0|1:524415_C_T:807,0,1275:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1509,152,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,18:84:99:0|1:524415_C_T:508,0,2574:. 0|1:9,7:16:99:.:.:139,0,188:. 1|1:0,30:30:96:1|1:524415_C_T:1395,96,0:. 0|1:55,8:63:52:.:.:52,0,1232:. 0|1:31,15:46:99:0|1:524415_C_T:485,0,1157:. 0|0:44,0:44:32:.:.:0,32,974:. 0|1:6,12:18:99:0|1:524415_C_T:443,0,225:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:524415_C_T:3630,261,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1535:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:1,49:50:99:1|1:524415_C_T:1986,106,0:. 0|1:40,6:46:99:0|1:524415_C_T:110,0,1517:. 0|1:34,18:52:99:.:.:356,0,734:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1188:. 0|0:25,0:25:44:.:.:0,44,607:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:19,0:19:39:.:.:0,39,427:. 1|0:35,19:54:99:.:.:454,0,1189:. 0|1:18,16:34:99:0|1:524415_C_T:558,0,664:. 0|1:18,18:36:99:0|1:524415_C_T:632,0,568:. 1|1:0,11:11:33:.:.:326,33,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1284:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,843:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,257:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:3,67:70:99:.:.:1887,128,0:. 0|0:27,0:27:56:.:.:0,56,665:. 1|0:41,17:58:99:0|1:524415_C_T:528,0,1436:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|1:14,20:34:99:0|1:524415_C_T:755,0,511:. 0|0:35,0:35:77:.:.:0,77,850:. 1|1:0,28:28:84:1|1:524415_C_T:1141,84,0:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,680:. 1|0:17,22:39:99:0|1:524415_C_T:825,0,559:. 0|0:20,0:20:14:.:.:0,14,414:. 1|1:0,64:64:99:1|1:524415_C_T:2717,196,0:. 0|1:14,40:54:99:0|1:524415_C_T:1636,0,334:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1145:. 1|1:1,80:81:99:1|1:524415_C_T:3507,214,0:. 0|0:67,0:67:60:.:.:0,60,1477:. 0|1:17,4:21:99:0|1:524415_C_T:101,0,765:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,54:60:87:0|1:524415_C_T:2148,0,87:. 1|0:48,20:68:99:0|1:524415_C_T:635,0,1881:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,267:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,501:. 0|0:25,0:25:20:.:.:0,20,560:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1552:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,117:146:99:.:.:2954,0,762:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:4,52:56:7:1|1:524415_C_T:2062,7,0:. 0|0:89,5:94:95:0|1:524415_C_T:0,95,3399:. 0|0:80,4:84:99:0|1:524415_C_T:0,101,3218:. 0|0:57,0:57:35:.:.:0,35,1258:. 1|1:0,59:59:99:1|1:524415_C_T:2469,177,0:. 1|1:0,156:156:99:1|1:524415_C_T:6753,475,0:. 1|0:49,4:53:17:0|1:524415_C_T:17,0,1881:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:74,11:85:99:0|1:524415_C_T:207,0,2824:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,138:138:99:1|1:524415_C_T:5871,417,0:. 1|0:35,4:39:60:0|1:524415_C_T:60,0,1319:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:28,20:48:99:0|1:524415_C_T:717,0,949:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,4:40:45:0|1:524415_C_T:45,0,1315:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1399:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1620:. 0|0:38,0:38:27:.:.:0,27,816:. 0|0:109,6:115:99:0|1:524415_C_T:0,114,4327:. 1|0:31,11:42:99:0|1:524415_C_T:312,0,1063:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1478:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:15:.:.:0,15,878:. 0|1:18,76:94:99:0|1:524415_C_T:2977,0,451:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,61:68:88:0|1:524415_C_T:2427,0,88:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,48:58:99:0|1:524415_C_T:1792,0,242:. 1|0:32,26:58:99:0|1:524415_C_T:969,0,964:. 1|0:18,34:52:99:0|1:524415_C_T:1417,0,555:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:82:.:.:0,82,1360:. 1|1:0,49:49:99:1|1:524415_C_T:1963,153,0:. 1|1:0,56:56:99:1|1:524415_C_T:2186,168,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:9,51:60:99:0|1:524415_C_T:2074,0,198:. 1|0:27,31:58:99:0|1:524415_C_T:1082,0,971:. 1|1:0,63:63:99:1|1:524415_C_T:2511,189,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:524415_C_T:2243,163,0:. 0|1:13,7:20:99:0|1:524415_C_T:220,0,445:. 0|0:35,0:35:68:.:.:0,68,814:. 1|1:0,27:27:81:1|1:524415_C_T:1165,81,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:6,12:18:99:0|1:524415_C_T:458,0,146:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1196:. 0|0:33,0:33:91:.:.:0,91,920:. 0|0:24,0:24:47:.:.:0,47,543:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,90:90:99:1|1:524415_C_T:3877,274,0:. 0|0:40,0:40:27:.:.:0,27,884:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1125:. 1|0:45,14:59:99:0|1:524415_C_T:372,0,1609:. 1|0:19,9:28:99:.:.:162,0,353:. 0|1:16,131:147:99:0|1:524415_C_T:5068,0,241:. 0|1:30,36:66:99:0|1:524415_C_T:1369,0,1026:. 1|0:61,62:123:99:.:.:2210,0,2096:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1368:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,114:. 0|0:43,0:43:68:.:.:0,68,1036:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:42:.:.:0,42,771:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,936:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,876:. 0|1:42,29:71:99:0|1:524415_C_T:1101,0,1518:. 1|1:7,97:104:99:.:.:3673,131,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:23,51:74:99:0|1:524415_C_T:2051,0,714:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,39:40:93:.:.:1232,93,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1290:. 1|0:38,17:55:99:.:.:475,0,822:. 1|1:9,110:119:13:1|1:524415_C_T:4400,13,0:. 0|0:36,0:36:15:.:.:0,15,737:. 1|1:0,82:82:99:1|1:524415_C_T:3583,255,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:524415_C_T:1696,120,0:. 1|1:0,177:177:99:1|1:524415_C_T:7692,545,0:. 0|1:18,41:59:99:.:.:1040,0,252:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,87:88:99:1|1:524415_C_T:3732,226,0:. 1|1:1,135:136:99:1|1:524415_C_T:5938,375,0:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 1|0:5,49:54:19:0|1:524415_C_T:2068,0,19:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,115,1531:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1640:. 1|1:1,55:56:99:1|1:524415_C_T:2349,124,0:. 0|0:23,0:23:21:.:.:0,21,484:. 1|1:0,21:21:63:1|1:524415_C_T:793,63,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,24:51:99:.:.:526,0,512:. 1|1:3,97:100:99:1|1:524415_C_T:4061,209,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2126,216,0:. 0|1:48,34:82:99:.:.:1073,0,1241:. 1|0:6,42:48:19:.:.:1054,0,19:. 0|0:29,0:29:71:.:.:0,71,823:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,306:. 0|1:25,12:37:99:0|1:524415_C_T:410,0,979:. 0|0:41,0:41:82:.:.:0,82,987:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,665:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,42:42:99:1|1:524415_C_T:1896,132,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:52,51:103:99:0|1:524415_C_T:1914,0,1886:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,5:105:99:.:.:0,120,3665:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:16,29:45:99:0|1:524415_C_T:1059,0,548:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,406:. 0|1:28,4:32:84:0|1:524415_C_T:84,0,1053:. 0|1:60,15:75:99:0|1:524415_C_T:398,0,2304:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,533:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,586:. 0|1:21,6:27:99:0|1:524415_C_T:172,0,866:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,993:. 0|0:48,0:48:91:.:.:0,91,1141:. 1|0:29,30:59:99:0|1:524415_C_T:1206,0,1001:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:61:.:.:0,61,872:. 0|0:27,0:27:63:.:.:0,63,671:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,702:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1791:. 0|0:15,0:15:12:.:.:0,12,348:. 0|0:83,5:88:99:.:.:0,120,2861:. 1|1:0,55:55:99:1|1:524415_C_T:2446,169,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1202:. 0|0:29,2:31:23:0|1:524415_C_T:0,23,1136:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,845:. 1|0:4,3:7:99:0|1:524415_C_T:114,0,159:. 0|1:60,15:75:99:0|1:524415_C_T:417,0,2301:. 0|1:17,68:85:99:0|1:524415_C_T:2731,0,453:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:2,34:36:22:1|1:524415_C_T:1347,22,0:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1046:. 0|0:31,0:31:61:.:.:0,61,785:. 0|0:74,0:74:77:.:.:0,77,1693:. 1|0:22,8:30:99:0|1:524415_C_T:249,0,828:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1267:. 1|0:54,157:211:99:0|1:524415_C_T:5975,0,1529:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1256:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,150:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,245:. 0|1:9,24:33:99:.:.:631,0,134:. 1|0:40,6:46:99:0|1:524415_C_T:107,0,1547:. 1|1:0,30:30:90:1|1:524415_C_T:1239,90,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1036:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,135:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,19:19:57:1|1:524415_C_T:815,57,0:. 0|0:42,2:44:66:.:.:0,66,1022:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,188:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,765:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:45,0:45:78:.:.:0,78,1170:. 1|0:4,27:31:22:.:.:964,0,22:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,425:. 0|1:21,5:26:99:0|1:524415_C_T:147,0,750:. 1|1:0,18:18:54:.:.:633,54,0:. 0|0:28,0:28:67:.:.:0,67,853:. 0|0:0,2:2:6:1|1:524415_C_T:90,6,0:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,895:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1364:. 1|1:0,21:21:63:1|1:524415_C_T:871,63,0:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 1|0:62,5:67:15:0|1:524415_C_T:15,0,2485:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|1:4,25:29:64:0|1:524415_C_T:1034,0,64:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,190:. 1|1:0,49:49:99:1|1:524415_C_T:2258,160,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:524415_C_T:410,30,0:. 0|1:3,9:12:86:0|1:524415_C_T:339,0,86:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1326:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,236:. 1|1:0,64:64:99:1|1:524415_C_T:2872,198,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,96:. 1|1:1,40:41:87:1|1:524415_C_T:1817,87,0:. 1|1:0,93:93:99:1|1:524415_C_T:4034,279,0:. 1|1:0,108:108:99:1|1:524415_C_T:4884,337,0:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,389:. 0|0:33,0:33:65:.:.:0,65,985:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|0:61,52:113:99:0|1:524415_C_T:1958,0,2252:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,201:. 1|1:0,36:36:99:1|1:524410_C_A:1690,114,0:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,7:7:21:1|1:524415_C_T:295,21,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:524415_C_T:1512,105,0:. 1|1:7,138:145:99:1|1:524415_C_T:5727,173,0:. 1|0:65,34:99:99:0|1:524415_C_T:1208,0,2604:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1459,132,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2271,201,0:. 1|1:5,95:100:99:.:.:3948,140,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:20,0:20:46:.:.:0,46,608:. 1|0:6,4:10:99:.:.:108,0,148:. 0|1:2,13:15:45:0|1:524415_C_T:507,0,45:. 0|1:62,8:70:99:0|1:524415_C_T:169,0,2418:. 0|1:46,39:85:99:0|1:524415_C_T:1529,0,1572:. 1|1:0,90:90:99:1|1:524415_C_T:3994,277,0:. 1|1:0,47:47:99:1|1:524410_C_A:2096,141,0:. 0|0:33,0:33:63:.:.:0,63,1022:. 1|0:7,56:63:99:0|1:524415_C_T:2099,0,105:. 0|1:24,66:90:99:0|1:524415_C_T:2563,0,786:. 1|0:0,3:3:9:1|1:524415_C_T:124,9,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:72,17:89:99:0|1:524415_C_T:529,0,2814:. 0|1:0,2:2:6:1|1:524415_C_T:90,6,0:. 1|0:7,30:37:99:0|1:524410_C_A:1239,0,431:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,149:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:5:.:.:0,5,498:. 0|0:91,5:96:82:0|1:524410_C_A:0,82,4064:. 1|1:1,60:61:99:1|1:524415_C_T:2628,139,0:. 1|0:52,13:65:99:0|1:524415_C_T:341,0,2107:. 0|0:44,3:47:7:0|1:524415_C_T:0,7,1591:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:40:.:.:0,40,1009:. 1|0:31,11:42:99:0|1:524410_C_A:366,0,2428:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,52:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,261:. 1|1:3,105:108:99:1|1:524415_C_T:4549,199,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:15,0:15:30:.:.:0,30,450:. 1|0:14,3:17:99:0|1:524410_C_A:155,0,615:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,3:45:11:0|1:524415_C_T:0,11,1555:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,332:. 1|1:2,55:57:98:1|1:524415_C_T:2408,98,0:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,117:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:12,10:22:99:0|1:524415_C_T:363,0,413:. 1|1:0,112:112:99:1|1:524415_C_T:4870,343,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:524415_C_T:450,30,0:. 0|0:43,0:43:78:.:.:0,78,1267:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,227:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:1,31:32:86:1|1:524415_C_T:1338,86,0:. 1|0:7,28:35:99:0|1:524415_C_T:1162,0,173:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 1|0:11,40:51:99:.:.:1054,0,164:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1350:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,2:2:6:.:.:70,6,0:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,654:. 0|0:18,0:18:30:.:.:0,30,535:. 0|0:9,0:9:10:.:.:0,10,239:. 1|1:0,58:58:99:1|1:524415_C_T:2509,177,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,60:60:99:1|1:524415_C_T:2594,181,0:. 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,25:25:75:1|1:524415_C_T:1086,75,0:. 1|1:0,24:24:72:1|1:524415_C_T:1052,72,0:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,58:. 1|1:0,57:57:99:1|1:524415_C_T:2524,175,0:. 0|1:19,34:53:99:.:.:924,0,589:. 1|0:21,25:46:99:.:.:764,0,688:. 1|1:0,3:3:9:.:.:103,9,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:1014,84,0:. 1|1:4,50:54:5:.:.:1437,5,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1317:. 0|0:45,0:45:75:.:.:0,75,1125:. 1|0:7,47:54:99:.:.:1467,0,133:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:47,0:47:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,27:27:81:1|1:524415_C_T:1167,81,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:6,5:11:99:.:.:152,0,169:. 0|1:19,43:62:99:.:.:1267,0,451:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:21,21:42:99:.:.:615,0,542:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,20:20:63:1|1:524415_C_T:849,63,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,160:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. Pf3D7_01_v3 524434 . A T 2.97404e+06 PASS FS=2.315;MQ=60.28;QD=33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.517;VQSLOD=4.1;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.47;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=19.05;GQ_MEAN=175.72;GQ_STDDEV=168.6;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6547;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.47;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=3693244;AF=0.271;AS_InbreedingCoeff=0.4333;MLEAC=1376;MLEAF=0.285;AN=822;AC=230 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:30,0:30:54:.:.:0,54,810:. 0|0:61,0:61:48:.:.:0,48,720:. 1|0:35,7:42:99:0|1:524415_C_T:183,0,1458:. 1|0:25,19:44:99:0|1:524415_C_T:689,0,982:. 0|0:54,0:54:48:.:.:0,48,720:. 0|0:30,0:30:21:.:.:0,21,315:. 0|0:11,0:11:15:.:.:0,15,225:. 1|1:1,40:41:87:1|1:524415_C_T:1863,87,0:. 0|0:26,0:26:39:.:.:0,39,585:. 0|1:6,42:48:85:0|1:524415_C_T:1805,0,85:. 0|0:39,0:39:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:24:.:.:0,24,360:. 1|1:2,15:17:34:1|1:524415_C_T:659,34,0:. 1|0:22,5:27:99:0|1:524415_C_T:135,0,964:. 0|0:15,0:15:15:.:.:0,15,225:. 0|0:18,0:18:12:.:.:0,12,180:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:27,0:27:36:.:.:0,36,540:. 0|1:25,11:36:99:0|1:524415_C_T:418,0,1096:. 0|0:29,0:29:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,106:106:99:1|1:524415_C_T:4899,331,0:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,495:. 1|0:50,10:60:99:0|1:524415_C_T:269,0,2054:. 1|0:4,2:6:72:0|1:524415_C_T:72,0,138:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:39,0:39:57:.:.:0,57,855:. 0|0:47,0:47:39:.:.:0,39,585:. 0|0:44,0:44:30:.:.:0,30,450:. 0|0:76,0:76:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:11,34:45:99:.:.:1389,0,240:. 0|1:57,55:112:99:0|1:524415_C_T:2187,0,2326:. 0|0:51,0:51:63:.:.:0,63,945:. 1|0:85,21:106:99:0|1:524415_C_T:519,0,3595:. 1|1:0,64:64:99:1|1:524415_C_T:2912,196,0:. 0|1:4,22:26:99:0|1:524415_C_T:912,0,102:. 0|0:30,1:31:24:0|1:524415_C_T:0,24,1302:. 1|0:7,6:13:99:0|1:524415_C_T:228,0,292:. 1|0:25,5:30:99:0|1:524415_C_T:135,0,1023:. 1|0:31,25:56:99:0|1:524415_C_T:969,0,1217:. 0|0:56,0:56:42:.:.:0,42,630:. 0|0:95,0:95:54:.:.:0,54,810:. 0|0:97,0:97:63:.:.:0,63,945:. 0|1:70,18:88:99:0|1:524415_C_T:475,0,2897:. 0|0:17,0:17:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,33:33:99:1|1:524415_C_T:1520,105,0:. 0|0:67,0:67:48:.:.:0,48,720:. 0|1:26,18:44:99:0|1:524415_C_T:623,0,1059:. 0|0:50,0:50:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:6,11:17:99:0|1:524415_C_T:414,0,248:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:524415_C_T:4089,274,0:. 0|0:57,0:57:66:.:.:0,66,990:. 0|0:36,0:36:24:.:.:0,24,360:. 1|1:2,48:50:63:1|1:524415_C_T:2058,63,0:. 0|1:36,7:43:99:0|1:524415_C_T:140,0,1492:. 0|0:53,0:53:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:45:.:.:0,45,675:. 0|0:17,0:17:21:.:.:0,21,315:. 0|0:90,0:90:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:21,0:21:18:.:.:0,18,270:. 1|0:25,24:49:99:.:.:813,0,739:. 0|1:17,12:29:99:0|1:524415_C_T:480,0,661:. 0|1:11,14:25:99:0|1:524415_C_T:611,0,414:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:66,5:71:11:0|1:524434_A_T:0,11,2694:. 0|0:37,0:37:39:.:.:0,39,585:. 0|0:21,0:21:30:.:.:0,30,450:. 0|0:62,0:62:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:24,0:24:24:.:.:0,24,360:. 0|0:79,0:79:42:.:.:0,42,630:. 0|0:25,0:25:45:.:.:0,45,675:. 1|0:36,15:51:99:0|1:524415_C_T:516,0,1432:. 0|0:71,0:71:54:.:.:0,54,810:. 0|0:18,0:18:24:.:.:0,24,360:. 0|1:14,17:31:99:0|1:524415_C_T:711,0,605:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,1036:. 1|1:0,22:22:69:1|1:524415_C_T:1022,69,0:. 0|0:25,0:25:21:.:.:0,21,315:. 1|0:12,24:36:99:0|1:524415_C_T:997,0,429:. 0|0:20,0:20:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,61:61:99:1|1:524415_C_T:2859,193,0:. 0|1:10,40:50:99:0|1:524415_C_T:1669,0,304:. 0|0:52,0:52:48:.:.:0,48,720:. 1|1:1,86:87:99:1|1:524415_C_T:3927,229,0:. 0|0:55,0:55:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:12,4:16:99:0|1:524415_C_T:114,0,669:. 0|0:99,0:99:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,51:58:99:0|1:524415_C_T:2204,0,135:. 1|0:52,19:71:99:0|1:524415_C_T:617,0,2028:. 0|0:24,0:24:27:.:.:0,27,405:. 0|0:19,0:19:30:.:.:0,30,450:. 0|0:26,0:26:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,120:144:99:.:.:4912,0,297:. 0|0:81,0:81:42:.:.:0,42,630:. 1|1:3,56:59:45:1|1:524415_C_T:2416,45,0:. 0|0:91,4:95:99:0|1:524415_C_T:0,111,3805:. 0|0:82,4:86:99:0|1:524415_C_T:0,104,3459:. 0|0:51,0:51:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:0,58:58:99:1|1:524415_C_T:2696,183,0:. 1|1:0,161:161:99:1|1:524415_C_T:7235,485,0:. 1|0:51,5:56:38:0|1:524415_C_T:38,0,1973:. 0|0:67,0:67:45:.:.:0,45,675:. 1|0:70,9:79:99:0|1:524415_C_T:157,0,2805:. 0|0:87,0:87:63:.:.:0,63,945:. 1|0:89,31:120:99:.:.:789,0,3043:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:60:.:.:0,60,900:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,136:136:99:1|1:524415_C_T:6254,423,0:. 1|0:32,5:37:97:0|1:524415_C_T:97,0,1295:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:20,25:45:99:0|1:524415_C_T:872,0,750:. 0|0:124,0:124:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:31,3:34:30:0|1:524415_C_T:30,0,1224:. 0|0:57,0:57:36:.:.:0,36,540:. 0|0:64,0:64:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:68,0:68:39:.:.:0,39,585:. 0|0:36,0:36:27:.:.:0,27,405:. 0|0:105,6:111:76:0|1:524415_C_T:0,76,4458:. 1|0:23,11:34:99:0|1:524415_C_T:389,0,1021:. 0|0:74,0:74:36:.:.:0,36,540:. 0|0:52,0:52:36:.:.:0,36,540:. 0|0:70,0:70:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:48,0:48:9:.:.:0,9,1121:. 0|1:15,73:88:99:0|1:524415_C_T:2862,0,450:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,61:68:99:0|1:524415_C_T:2567,0,104:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,45:54:99:0|1:524415_C_T:1891,0,239:. 1|0:19,30:49:99:0|1:524415_C_T:1164,0,733:. 1|0:13,37:50:99:0|1:524415_C_T:1553,0,429:. 0|0:97,0:97:39:.:.:0,39,585:. 0|0:53,0:53:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:1,42:43:99:1|1:524415_C_T:1674,121,0:. 1|1:2,39:41:99:1|1:524415_C_T:1733,109,0:. 0|0:59,0:59:15:.:.:0,15,225:. 1|0:11,50:61:99:0|1:524415_C_T:2053,0,368:. 1|0:23,26:49:99:0|1:524415_C_T:1033,0,879:. 1|1:0,49:49:99:1|1:524415_C_T:2130,147,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:524415_C_T:2295,154,0:. 0|1:11,9:20:99:0|1:524415_C_T:339,0,455:. 0|0:39,0:39:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,29:29:87:1|1:524415_C_T:1201,87,0:. 0|0:102,0:102:60:.:.:0,60,900:. 0|1:4,10:14:99:0|1:524415_C_T:475,0,139:. 0|0:35,0:35:33:.:.:0,33,495:. 0|0:34,0:34:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:18:.:.:0,18,270:. 0|0:130,0:130:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2584,196,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:524415_C_T:4485,301,0:. 0|0:45,0:45:63:.:.:0,63,945:. 0|0:45,0:45:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:39,12:51:99:0|1:524415_C_T:345,0,1644:. 0|0:24,1:25:50:.:.:0,50,1060:. 0|1:19,136:155:99:0|1:524415_C_T:5233,0,352:. 0|1:26,39:65:99:0|1:524415_C_T:1468,0,980:. 1|0:25,100:125:99:.:.:4307,0,698:. 0|0:65,0:65:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:11,0:11:5:.:.:0,5,284:. 0|0:54,0:54:60:.:.:0,60,900:. 0|0:90,0:90:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:50,0:50:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:39:.:.:0,39,585:. 0|1:43,37:80:99:0|1:524415_C_T:1423,0,1646:. 1|0:26,80:106:99:.:.:2085,0,721:. 0|0:61,0:61:60:.:.:0,60,900:. 1|0:17,57:74:99:0|1:524415_C_T:2431,0,629:. 1|1:1,81:82:99:.:.:3227,216,0:. 0|0:53,0:53:24:.:.:0,24,360:. 1|0:28,7:35:99:.:.:192,0,1142:. 0|0:67,0:67:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:45,11:56:99:.:.:232,0,1834:. 1|1:7,110:117:46:1|1:524415_C_T:4681,46,0:. 0|0:40,0:40:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,80:80:99:1|1:524415_C_T:3796,256,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:524415_C_T:1832,123,0:. 1|1:0,177:177:99:1|1:524415_C_T:8189,557,0:. 0|0:58,0:58:63:.:.:0,63,945:. 0|0:89,0:89:42:.:.:0,42,630:. 1|1:1,88:89:99:1|1:524415_C_T:3981,232,0:. 1|1:1,154:155:99:1|1:524415_C_T:6954,431,0:. 0|0:9,0:9:9:.:.:0,9,135:. 1|0:4,53:57:6:0|1:524415_C_T:2238,0,6:. 0|0:77,0:77:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1640:. 1|1:1,61:62:99:1|1:524415_C_T:2700,142,0:. 0|0:31,0:31:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,13:13:42:1|1:524415_C_T:582,42,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:2,97:99:99:1|1:524415_C_T:4369,217,0:. 0|0:74,0:74:60:.:.:0,60,900:. 0|1:56,25:81:99:.:.:709,0,2212:. 0|0:47,0:47:30:.:.:0,30,450:. 0|1:26,3:29:45:.:.:45,0,983:. 0|0:18,0:18:24:.:.:0,24,360:. 0|1:26,14:40:99:0|1:524415_C_T:460,0,1025:. 0|0:43,0:43:66:.:.:0,66,990:. 0|0:37,0:37:51:.:.:0,51,765:. 0|0:73,0:73:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:0,42:42:99:1|1:524415_C_T:1967,132,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:51,54:105:99:0|1:524415_C_T:2142,0,1972:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2593,202,0:. 0|0:44,0:44:48:.:.:0,48,720:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:36:.:.:0,36,540:. 1|0:16,27:43:99:0|1:524415_C_T:1175,0,582:. 0|0:21,0:21:27:.:.:0,27,405:. 0|1:27,4:31:87:0|1:524415_C_T:87,0,1122:. 0|1:58,14:72:99:0|1:524415_C_T:407,0,2390:. 0|0:24,0:24:15:.:.:0,15,225:. 0|0:22,0:22:27:.:.:0,27,405:. 0|1:23,7:30:99:0|1:524415_C_T:225,0,941:. 0|0:46,0:46:54:.:.:0,54,810:. 0|0:48,0:48:60:.:.:0,60,900:. 1|0:27,31:58:99:0|1:524415_C_T:1177,0,1081:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:42:.:.:0,42,630:. 0|0:28,0:28:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:9:.:.:0,9,135:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1791:. 0|0:13,0:13:24:.:.:0,24,360:. 1|1:3,68:71:93:.:.:2617,93,0:. 1|1:0,54:54:99:1|1:524415_C_T:2595,175,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1905,141,0:. 0|0:26,1:27:39:0|1:524415_C_T:0,39,1067:. 0|0:101,5:106:99:.:.:0,100,4343:. 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,1170:. 1|0:4,5:9:99:0|1:524415_C_T:198,0,153:. 0|1:60,17:77:99:0|1:524415_C_T:575,0,2465:. 0|1:18,79:97:99:0|1:524415_C_T:3367,0,509:. 0|0:80,0:80:45:.:.:0,45,675:. 1|1:2,38:40:37:1|1:524415_C_T:1655,37,0:. 0|0:51,0:51:66:.:.:0,66,990:. 0|0:37,0:37:39:.:.:0,39,585:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:23,8:31:99:0|1:524415_C_T:223,0,915:. 0|0:7,0:7:3:.:.:0,3,45:. 0|0:50,0:50:21:.:.:0,21,315:. 1|0:53,158:211:99:0|1:524415_C_T:5957,0,1721:. 0|0:50,0:50:42:.:.:0,42,630:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,194:. 0|0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0|0:28,0:28:42:.:.:0,42,630:. 1|0:44,6:50:87:0|1:524415_C_T:87,0,1900:. 1|1:0,31:31:99:1|1:524415_C_T:1445,99,0:. 0|0:63,0:63:54:.:.:0,54,810:. 0|0:65,0:65:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,72:. 0|0:30,0:30:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,22:22:65:1|1:524415_C_T:859,65,0:. 0|0:46,0:46:51:.:.:0,51,765:. 0|0:10,0:10:15:.:.:0,15,225:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:13,0:13:12:.:.:0,12,180:. 0|0:28,0:28:21:.:.:0,21,315:. 0|0:5,0:5:6:.:.:0,6,90:. 0|0:40,0:40:24:.:.:0,24,360:. 1|0:18,11:29:99:.:.:389,0,664:. 0|0:22,0:22:24:.:.:0,24,360:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0|1:11,5:16:99:0|1:524415_C_T:174,0,477:. 0|0:13,0:13:21:.:.:0,21,315:. 0|0:25,0:25:36:.:.:0,36,540:. 0|0:0,2:2:6:1|1:524415_C_T:90,6,0:. 0|0:23,0:23:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:36:.:.:0,36,540:. 0|0:30,0:30:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,15:15:48:1|1:524415_C_T:710,48,0:. 0|0:9,0:9:12:.:.:0,12,180:. 0|0:11,0:11:6:.:.:0,6,90:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:63,4:67:22:0|1:524415_C_T:0,22,2568:. 0|0:18,0:18:15:.:.:0,15,225:. 0|0:39,0:39:15:.:.:0,15,225:. 0|0:21,0:21:18:.:.:0,18,270:. 0|0:12,0:12:21:.:.:0,21,315:. 0|1:3,23:26:54:0|1:524415_C_T:998,0,54:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 1|1:0,51:51:99:1|1:524415_C_T:2385,163,0:. 1|1:0,7:7:21:1|1:524415_C_T:315,21,0:. 0|1:2,7:9:60:0|1:524415_C_T:319,0,60:. 0|0:15,0:15:21:.:.:0,21,315:. 0|0:5,0:5:3:.:.:0,3,45:. 0|0:39,0:39:33:.:.:0,33,495:. 0|0:19,0:19:21:.:.:0,21,315:. 0|0:7,0:7:2:.:.:0,2,171:. 1|1:0,24:24:72:.:.:1007,72,0:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 1|1:0,69:69:99:1|1:524415_C_T:3091,211,0:. 0|0:15,0:15:18:.:.:0,18,270:. 0|0:127,0:127:48:.:.:0,48,720:. 0|0:49,0:49:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0|0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 1|1:1,42:43:84:1|1:524415_C_T:1845,84,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:524415_C_T:3872,262,0:. 1|1:0,114:114:99:1|1:524415_C_T:5194,349,0:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:23,0:23:30:.:.:0,30,450:. 0|0:100,0:100:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:29,0:29:27:.:.:0,27,405:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|0:58,56:114:99:0|1:524415_C_T:2046,0,2383:. 0|0:5,0:5:6:.:.:0,6,90:. 1|1:0,20:20:66:1|1:524410_C_A:990,66,0:. 0|0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 1|1:0,5:5:15:1|1:524415_C_T:225,15,0:. 1|1:0,33:33:99:1|1:524415_C_T:1554,105,0:. 1|1:5,131:136:99:1|1:524415_C_T:5916,208,0:. 1|0:63,30:93:99:0|1:524415_C_T:1067,0,2597:. 0|0:30,0:30:27:.:.:0,27,405:. 0|0:77,0:77:60:.:.:0,60,900:. 0|1:9,82:91:87:.:.:3260,0,87:. 0|0:44,0:44:45:.:.:0,45,675:. 0|0:40,0:40:54:.:.:0,54,810:. 0|0:42,0:42:51:.:.:0,51,765:. 0|0:56,0:56:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:9:.:.:0,9,135:. 0|0:18,0:18:21:.:.:0,21,315:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|1:2,11:13:51:0|1:524415_C_T:456,0,51:. 0|1:53,8:61:99:0|1:524415_C_T:161,0,2358:. 0|1:33,39:72:99:0|1:524415_C_T:1525,0,1352:. 1|1:0,90:90:99:1|1:524415_C_T:4133,280,0:. 1|1:0,26:26:81:1|1:524410_C_A:1215,81,0:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,270:. 1|0:5,42:47:76:0|1:524415_C_T:1807,0,76:. 0|1:24,59:83:99:0|1:524415_C_T:2601,0,812:. 1|0:0,2:2:9:1|1:524415_C_T:135,9,0:. 0|0:97,0:97:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:33:.:.:0,33,495:. 0|0:77,0:77:30:.:.:0,30,450:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:67,20:87:99:0|1:524415_C_T:623,0,2922:. 0|1:0,2:2:6:1|1:524415_C_T:90,6,0:. 1|0:3,17:20:99:0|1:524410_C_A:786,0,281:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:49,0:49:48:.:.:0,48,720:. 0|0:15,0:15:3:.:.:0,3,45:. 0|0:83,2:85:99:0|1:524410_C_A:0,129,3495:. 1|1:1,64:65:99:1|1:524415_C_T:2973,163,0:. 1|0:55,11:66:99:0|1:524415_C_T:355,0,2353:. 1|0:25,3:28:44:0|1:524415_C_T:44,0,1085:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:72,0:72:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:21:.:.:0,21,315:. 1|0:22,8:30:99:0|1:524410_C_A:261,0,1959:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 1|1:3,106:109:99:1|1:524415_C_T:4718,199,0:. 0|0:40,0:40:70:.:.:0,70,1060:. 0|0:10,0:10:9:.:.:0,9,135:. 1|0:8,3:11:96:0|1:524410_C_A:96,0,411:. 0|0:26,0:26:33:.:.:0,33,495:. 0|0:32,2:34:18:0|1:524415_C_T:0,18,1396:. 0|0:9,0:9:9:.:.:0,9,135:. 1|1:1,56:57:99:1|1:524415_C_T:2464,126,0:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:100,0:100:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:79,0:79:60:.:.:0,60,900:. 1|0:7,10:17:99:0|1:524415_C_T:392,0,326:. 1|1:0,103:103:99:1|1:524415_C_T:4761,322,0:. 1|1:0,12:12:36:1|1:524415_C_T:540,36,0:. 0|0:32,0:32:33:.:.:0,33,495:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,81:. 0|0:16,0:16:12:.:.:0,12,180:. 0|0:35,0:35:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,30:30:93:1|1:524415_C_T:1386,93,0:. 1|0:4,25:29:90:0|1:524415_C_T:1072,0,90:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 1|1:0,38:38:99:1|1:524434_A_T:1688,120,0:. 1|1:0,15:15:44:.:.:466,44,0:. 0|0:36,0:36:30:.:.:0,30,450:. 0|0:34,0:34:21:.:.:0,21,315:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:8,0:8:9:.:.:0,9,135:. 0|0:16,0:16:14:.:.:0,14,489:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,225:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 1|1:0,61:61:99:1|1:524415_C_T:2738,184,0:. 0|0:32,0:32:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,58:58:99:1|1:524415_C_T:2681,181,0:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 1|1:0,22:22:75:1|1:524415_C_T:1062,75,0:. 1|1:0,22:22:66:1|1:524415_C_T:990,66,0:. 0|0:11,0:11:9:.:.:0,9,135:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 1|1:0,53:53:99:1|1:524415_C_T:2404,162,0:. 0|1:36,14:50:99:.:.:339,0,1378:. 1|0:31,13:44:99:.:.:282,0,1206:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:14,0:14:6:.:.:0,6,90:. 0|0:46,2:48:72:.:.:0,72,1933:. 0|0:33,0:33:39:.:.:0,39,585:. 1|0:4,27:31:42:.:.:1029,0,42:. 0|1:44,6:50:37:.:.:37,0,1738:. 0|0:8,0:8:9:.:.:0,9,135:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 0|0:39,0:39:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,25:25:75:1|1:524415_C_T:1118,75,0:. 0|0:87,0:87:48:.:.:0,48,720:. 0|0:9,0:9:9:.:.:0,9,135:. 0|0:45,0:45:21:.:.:0,21,315:. 0|0:50,0:50:63:.:.:0,63,945:. 0|0:26,0:26:24:.:.:0,24,360:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,16:16:48:1|1:524415_C_T:701,48,0:. 0|0:7,0:7:3:.:.:0,3,45:. 0|0:10,0:10:12:.:.:0,12,180:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. Pf3D7_01_v3 524893 . G A 217379 PASS FS=0;MQ=59.77;QD=31.2;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.67;VQSLOD=5.3;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=-0.0811;NCC=0;BaseQRankSum=3.22;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=45.95;GQ_STDDEV=30.65;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-1.03;culprit=MQ;set=snp;DP=3947527;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=-0.034;MLEAC=73;MLEAF=0.014;AN=838;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1261:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1012:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:98:.:.:0,98,1157:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1221:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1543:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1317:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1559:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1232:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,988:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:21,0:21:30:.:.:0,30,532:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,403:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,358:. 0|0:15,0:15:21:.:.:0,21,364:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1379:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1190:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:29,0:29:64:.:.:0,64,732:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1321:. 0|0:13,0:13:28:.:.:0,28,301:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,229:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1493:. 0|0:51,0:51:92:.:.:0,92,1278:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1143:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1289:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,961:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,519:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:68:.:.:0,68,751:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1533:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1051:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,682:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,487:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1475:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1591:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1361:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1057:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,680:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1469:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1465:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1755:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,416:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1541:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,265:. 0|0:54,0:54:70:.:.:0,70,1262:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1267:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1162:. 0|0:19,0:19:39:.:.:0,39,585:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,984:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,518:. 0|0:16,0:16:34:.:.:0,34,412:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1424:. 0|1:18,15:33:99:0|1:524893_G_A:546,0,735:. 0|0:62,0:62:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1012,99,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1460:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,460:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1058:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1294:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:59:.:.:0,59,693:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:37,0:37:51:.:.:0,51,866:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1121:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:94:.:.:0,94,1119:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:38:.:.:0,38,784:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1619:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,652:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1071:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,107,1018:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1257:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1625:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1062:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1150:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1306:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1680:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1620:. 0|1:43,6:49:99:0|1:524893_G_A:120,0,1786:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:55,0:55:92:.:.:0,92,1297:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1363:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1585:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1476:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,830:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,952:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1391:. 0|0:46,0:46:82:.:.:0,82,1140:. 0|0:38,0:38:53:.:.:0,53,867:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1316:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1560:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1359:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1483:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1464:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1010:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,632:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1107:. 0|0:67,0:67:97:.:.:0,97,1604:. 0|1:15,12:27:99:0|1:524893_G_A:459,0,573:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1563:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1297:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1119:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1084:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1245:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1200:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,75:78:99:.:.:2203,150,0:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1432:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1683:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,997:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:29,14:43:99:.:.:292,0,644:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1123:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1790:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1669:. 0|0:52,0:52:94:.:.:0,94,1313:. 0|0:41,0:41:80:.:.:0,80,977:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1533:. 0|0:53,0:53:31:.:.:0,31,1134:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1491:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1019:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1582:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1518:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1318:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1378:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,928:. 0|0:40,0:40:50:.:.:0,50,893:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,807:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1615:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,16:72:99:0|1:524893_G_A:486,0,2245:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:27,0:27:52:.:.:0,52,647:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1149:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1114:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1078:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,876:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1217:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,909:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1624:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1005:. 0|0:41,0:41:64:.:.:0,64,958:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,667:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:69:.:.:0,69,954:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,842:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1244:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,118,1121:. 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,1004:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:62:.:.:0,62,731:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1110:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,937:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1150:. 0|0:107,0:107:83:.:.:0,83,2430:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1450:. 0|1:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,107,1657:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1375:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1307:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1488:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,111:116:99:.:.:3300,208,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1066:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:36,0:36:97:.:.:0,97,938:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1449:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,206:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,756:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1150:. 0|1:45,12:57:99:.:.:209,0,1055:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,921:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1318:. 1|1:3,48:51:66:.:.:1425,66,0:. 0|0:9,0:9:15:.:.:0,15,201:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:27,0:27:56:.:.:0,56,632:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1139:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:51:.:.:0,51,1113:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,1221:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,799:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:25,11:36:99:.:.:295,0,747:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,843:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1354:. 1|1:0,25:25:75:1|1:524893_G_A:1105,75,0:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,957:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1764:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1064:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,933:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1356:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,986:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,941:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,587:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1301:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,869:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,831:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1014:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,1225:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,222:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,209:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1243:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1463:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1633:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,448:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1216:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:53:.:.:0,53,704:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:22:.:.:0,22,698:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,818:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1541:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1031:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1048:. 0|1:5,7:12:99:.:.:224,0,115:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1436:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,204:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:3,0:3:9:.:.:0,9,90:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,47:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,317:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,419:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,791:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1450:. 0|0:71,0:71:88:.:.:0,88,1968:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1557:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,86:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:33:.:.:0,33,466:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,612:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1382:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,251:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,346:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,374:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1361:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,797:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,811:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1107:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,999:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1292:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 0|0:28,0:28:70:.:.:0,70,958:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1074:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,667:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1515:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,187:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,642:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,136:. 0|0:0,3:3:9:1|1:524893_G_A:135,9,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1324:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1250:. 0|0:40,0:40:91:.:.:0,91,1283:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,64:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,829:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1315:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,769:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,585:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1377:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1530:. 1|1:0,11:11:33:1|1:524893_G_A:495,33,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,168:. 1|1:1,54:55:99:1|1:524893_G_A:2430,124,0:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,960:. Pf3D7_01_v3 525303 . G T 2.66505e+06 PASS FS=0;MQ=59.84;QD=27.24;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.599;VQSLOD=5.79;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.77;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=14.29;GQ_MEAN=158.64;GQ_STDDEV=149.76;HRun=0;InbreedingCoeff=0.765;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.176;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=4197041;AF=0.358;AS_InbreedingCoeff=0.7139;MLEAC=1876;MLEAF=0.373;AN=806;AC=283 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:16,22:38:99:.:.:608,0,369:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1359:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1283:. 1|0:29,14:43:99:.:.:324,0,723:. 1|1:1,56:57:99:.:.:1794,161,0:. 0|1:22,4:26:55:.:.:55,0,595:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1191,108,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1779,165,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2225,205,0:. 1|0:44,16:60:99:.:.:345,0,1097:. 0|1:13,16:29:99:.:.:435,0,304:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1617,150,0:. 0|0:35,0:35:78:.:.:0,78,1010:. 0|1:19,17:36:99:.:.:433,0,437:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,19:19:57:.:.:624,57,0:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,63:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,492:. 1|1:0,18:18:54:.:.:594,54,0:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,771:. 0|1:24,34:58:99:.:.:852,0,533:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2181,207,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,13:13:39:.:.:407,39,0:. 0|0:34,0:34:63:.:.:0,63,857:. 0|1:37,15:52:99:.:.:270,0,871:. 0|0:14,0:14:11:.:.:0,11,341:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,115:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1299:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1398:. 0|1:26,16:42:99:.:.:356,0,621:. 0|1:75,17:92:99:.:.:269,0,1897:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:2118,165,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:37:.:.:0,37,1323:. 0|0:30,0:30:65:.:.:0,65,784:. 1|0:25,10:35:99:.:.:185,0,564:. 0|0:37,0:37:64:.:.:0,64,935:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1104:. 0|1:42,32:74:99:.:.:754,0,983:. 0|0:56,0:56:42:.:.:0,42,1332:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,49:78:99:.:.:1296,0,612:. 1|0:37,8:45:99:.:.:104,0,866:. 1|1:0,17:17:51:.:.:525,51,0:. 0|0:31,0:31:41:.:.:0,41,772:. 1|0:18,16:34:99:.:.:387,0,410:. 1|1:1,52:53:99:.:.:1545,130,0:. 0|1:5,9:14:99:.:.:229,0,105:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2176,216,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1463:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1357,135,0:. 1|0:6,28:34:65:.:.:790,0,65:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:47,0:47:35:.:.:0,35,1073:. 1|0:34,21:55:99:.:.:476,0,791:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,14:39:99:.:.:316,0,567:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1656,159,0:. 0|0:93,0:93:86:.:.:0,86,2188:. 1|1:0,17:17:51:.:.:522,51,0:. 1|0:47,23:70:99:.:.:480,0,1190:. 0|1:20,8:28:99:.:.:165,0,477:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1532:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,471:. 1|0:28,19:47:99:.:.:459,0,675:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,678:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1563:. 0|0:33,0:33:80:.:.:0,80,885:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2190,210,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:805,78,0:. 1|0:30,23:53:99:.:.:538,0,605:. 1|0:41,14:55:99:.:.:260,0,1015:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,506:. 0|0:37,0:37:45:.:.:0,45,870:. 1|1:0,31:31:93:.:.:913,93,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,584:. 1|0:17,19:36:99:.:.:484,0,391:. 0|1:25,4:29:39:.:.:39,0,618:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1097,108,0:. 1|1:0,21:21:63:.:.:653,63,0:. 1|1:2,23:25:22:.:.:642,22,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1420:. 1|1:3,80:83:99:.:.:2347,169,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2059,198,0:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,585:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,76:77:99:.:.:2325,202,0:. 1|0:9,46:55:71:.:.:1229,0,71:. 1|0:15,52:67:99:.:.:1385,0,217:. 0|1:21,5:26:76:.:.:76,0,497:. 0|1:35,5:40:27:.:.:27,0,840:. 0|1:11,39:50:99:.:.:973,0,160:. 1|1:2,57:59:99:.:.:1710,123,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2305,228,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1286:. 1|1:8,70:78:9:.:.:1885,9,0:. 0|0:80,0:80:4:.:.:0,4,1780:. 1|0:56,40:96:99:.:.:941,0,1271:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4899,467,0:. 0|0:38,0:38:19:.:.:0,19,774:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1547:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1536,150,0:. 0|0:122,0:122:87:.:.:0,87,2757:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:92,24:116:99:.:.:369,0,2082:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1499:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2969,288,0:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1203:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:11,33:44:99:.:.:922,0,180:. 1|1:10,117:127:99:.:.:3388,108,0:. 0|1:51,27:78:99:.:.:586,0,1137:. 0|0:57,0:57:84:.:.:0,84,1316:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2228,222,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1787,176,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1630,156,0:. 0|1:52,11:63:99:.:.:153,0,1196:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1004:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,16:48:99:.:.:366,0,775:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1514,158,0:. 1|0:26,51:77:99:.:.:1339,0,435:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:35:.:.:0,35,1001:. 1|0:18,37:55:99:.:.:989,0,326:. 1|0:17,36:53:99:.:.:909,0,297:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:93,0:93:61:.:.:0,61,2124:. 0|0:55,0:55:57:.:.:0,57,1243:. 0|0:79,0:79:50:.:.:0,50,1736:. 0|0:45,0:45:95:.:.:0,95,1090:. 1|0:11,45:56:99:.:.:1210,0,122:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1319:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,28:28:84:.:.:887,84,0:. 1|0:2,16:18:1:.:.:451,0,1:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1178:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1113:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1688:. 1|0:17,4:21:65:.:.:65,0,402:. 1|0:30,17:47:99:.:.:384,0,690:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1344:. 0|1:8,16:24:99:.:.:397,0,152:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:89:.:.:0,89,1374:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1740:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:33,32:65:99:.:.:809,0,707:. 0|0:55,0:55:75:.:.:0,75,1304:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:66,27:93:99:.:.:564,0,1538:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:3,98:101:99:.:.:2959,218,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,197:. 0|0:56,0:56:22:.:.:0,22,1252:. 1|1:2,111:113:99:.:.:3419,281,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1206:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1650,161,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1224:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1330,129,0:. 1|0:69,8:77:23:.:.:23,0,1656:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:24:.:.:0,24,902:. 0|1:19,59:78:99:.:.:1610,0,304:. 0|1:63,21:84:99:.:.:398,0,1522:. 1|1:5,98:103:99:.:.:2936,164,0:. 0|0:48,0:48:60:.:.:0,60,1175:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:34:.:.:0,34,1000:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:55,12:67:99:.:.:174,0,1329:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1677:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:94:.:.:0,94,1382:. 1|1:1,107:108:99:.:.:3225,297,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1546:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1571,147,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:80:.:.:0,80,876:. 1|0:21,88:109:99:.:.:2275,0,249:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1368:. 1|1:7,64:71:13:.:.:1752,13,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:19,59:78:99:.:.:1528,0,286:. 0|1:51,12:63:99:.:.:173,0,1163:. 0|0:26,0:26:52:.:.:0,52,662:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1444:. 0|0:37,0:37:85:.:.:0,85,988:. 1|0:43,12:55:99:.:.:200,0,1013:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1601:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:48,0:48:91:.:.:0,91,1215:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2647,258,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3212,308,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,881:. 0|1:25,48:73:99:.:.:1245,0,400:. 0|0:40,0:40:42:.:.:0,42,935:. 1|0:19,11:30:99:.:.:253,0,447:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,414:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,604:. 0|1:50,8:58:69:.:.:69,0,1138:. 1|0:4,16:20:49:.:.:425,0,49:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1044:. 0|1:20,11:31:99:.:.:247,0,429:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1332,126,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1210,117,0:. 0|1:37,15:52:99:.:.:318,0,862:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2546,253,0:. 0|0:47,0:47:33:.:.:0,33,1034:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:73:.:.:0,73,863:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:82:.:.:0,82,856:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,987:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1224:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,596:. 0|1:48,81:129:99:.:.:2687,0,998:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1470,141,0:. 1|0:6,4:10:95:.:.:95,0,137:. 0|1:51,28:79:99:.:.:633,0,1099:. 0|1:45,26:71:99:.:.:602,0,1055:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2469,240,0:. 1|0:43,11:54:99:.:.:195,0,1005:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1504:. 1|1:3,140:143:99:.:.:4283,344,0:. 0|0:38,0:38:48:.:.:0,48,927:. 0|0:22,0:22:35:.:.:0,35,552:. 1|1:1,46:47:99:.:.:1420,113,0:. 1|0:53,157:210:99:.:.:4294,0,826:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2914,282,0:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,203:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,764:. 0|1:52,23:75:99:.:.:466,0,1179:. 1|0:55,13:68:99:.:.:194,0,1373:. 0|0:42,0:42:62:.:.:0,62,1023:. 1|0:9,49:58:85:.:.:1373,0,85:. 1|1:3,70:73:99:.:.:2135,132,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,192:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1053,104,0:. 0|0:29,0:29:15:.:.:0,15,654:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,335:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,14:14:42:.:.:518,42,0:. 0|0:35,0:35:37:.:.:0,37,1076:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:11,6:17:99:.:.:168,0,334:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1123:. 1|1:0,14:14:42:.:.:507,42,0:. 0|0:28,0:28:9:.:.:0,9,847:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1050,90,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1301:. 0|1:4,0:4:12:.:.:0,12,138:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1470,126,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1446,120,0:. 0|0:21,0:21:47:.:.:0,47,662:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,738:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,608:. 0|0:31,0:31:20:.:.:0,20,862:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,410:. 1|1:1,30:31:59:.:.:1021,59,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,26:26:78:.:.:933,78,0:. 1|0:9,8:17:99:.:.:239,0,269:. 1|1:0,25:25:75:.:.:884,75,0:. 1|0:2,19:21:5:.:.:633,0,5:. 0|0:21,0:21:47:.:.:0,47,701:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,346:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1422:. 1|1:0,3:3:9:.:.:111,9,0:. 1|0:3,17:20:49:.:.:541,0,49:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1546,129,0:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,555:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,762:. 1|1:0,26:26:78:.:.:950,78,0:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,485:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,376:. 0|0:22,0:22:43:.:.:0,43,728:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1165:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,85:85:99:.:.:3027,255,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:2043,171,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 1|1:0,4:4:12:.:.:147,12,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|0:3,19:22:55:.:.:687,0,55:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2712,237,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2735,242,0:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 1|1:1,42:43:92:.:.:1288,92,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2461,219,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2677,232,0:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 1|1:0,106:106:99:.:.:4018,319,0:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:24 1|1:0,60:60:99:.:.:2059,180,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:21,0:21:52:.:.:0,52,680:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1570:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2245,189,0:. 1|1:1,87:88:99:.:.:2894,227,0:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1774:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2247,194,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:21 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:3,0:3:.:.:.:.:0 1|1:1,10:11:1:.:.:309,1,0:. 0|0:62,0:62:68:.:.:0,68,1791:. 1|0:26,19:45:99:.:.:504,0,744:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2638,210,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:1,0:1:.:.:.:.:3 1|1:0,90:90:99:.:.:3250,271,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2772,210,0:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:59,0:59:49:.:.:0,49,1685:. 0|1:1,0:1:.:.:.:.:. 1|0:8,64:72:59:.:.:1882,0,59:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 1|0:21,21:42:99:.:.:593,0,593:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:0 0|1:5,60:65:4:.:.:1861,0,4:. 0|0:75,0:75:.:.:.:.:105 1|0:41,7:48:77:.:.:77,0,1131:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:21 1|0:49,40:89:99:.:.:1056,0,1326:. 0|0:46,0:46:67:.:.:0,67,1357:. 1|0:32,18:50:99:.:.:415,0,962:. 1|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:70,0:70:26:.:.:0,26,1966:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:24 1|1:3,74:77:99:.:.:2479,123,0:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:114 0|0:2,0:2:.:.:.:.:6 1|0:38,9:47:99:.:.:140,0,1162:. 0|0:60,0:60:96:.:.:0,96,1749:. 0|0:32,0:32:61:.:.:0,61,942:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1090,93,0:. 1|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:18,3:21:44:.:.:44,0,527:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1961,171,0:. 1|1:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:47,0:47:92:.:.:0,92,1459:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,329:. 1|1:0,20:20:60:.:.:723,60,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:720,60,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,684:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,525:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,560:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,954:. 0|0:29,0:29:61:.:.:0,61,912:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,141:. 0|0:8,0:8:1:.:.:0,1,230:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,20:20:60:.:.:712,60,0:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,668:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:35,0:35:68:.:.:0,68,1086:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1257:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,578:. 1|1:0,10:10:30:.:.:370,30,0:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:659,60,0:. 0|1:19,18:37:99:.:.:499,0,551:. 1|0:23,29:52:99:.:.:824,0,574:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,846:. 1|1:1,20:21:28:.:.:702,28,0:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,783:. 0|0:38,0:38:67:.:.:0,67,1079:. 1|0:5,17:22:99:.:.:505,0,110:. 0|1:2,15:17:20:.:.:475,0,20:. 1|1:0,19:19:57:.:.:699,57,0:. 0|1:3,26:29:20:.:.:814,0,20:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|1:34,58:92:99:.:.:1808,0,901:. 1|0:3,15:18:29:.:.:493,0,29:. 1|0:19,23:42:99:.:.:680,0,521:. 1|1:0,184:184:99:.:.:6379,551,0:. 0|1:16,22:38:99:.:.:664,0,408:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1183,105,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,228:. 0|0:0,2:2:6:.:.:73,6,0:. 0|0:42,0:42:84:.:.:0,84,1326:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,732:. Pf3D7_01_v3 525598 . C A 3.93652e+06 PASS FS=0.631;MQ=60.16;QD=34.13;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.631;VQSLOD=4.87;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=28.57;GQ_MEAN=269.81;GQ_STDDEV=315.96;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6723;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.252;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=5593229;AF=0.223;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=1156;MLEAF=0.226;AN=850;AC=201 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:17,35:52:99:0|1:525544_T_A:1567,0,627:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:26,21:47:99:0|1:525544_T_A:707,0,1059:. 1|0:40,17:57:99:0|1:525544_T_A:590,0,1653:. 0|1:56,7:63:84:0|1:525598_C_A:84,0,2252:. 0|1:32,5:37:99:0|1:525598_C_A:111,0,1811:. 1|1:0,43:43:99:1|1:525564_TGAAAA_T:2014,135,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:525544_T_A:3267,220,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:525564_TGAAAA_T:3586,241,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:52:.:.:0,52,989:. 1|1:0,62:62:99:1|1:525598_C_A:2694,190,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:37,0:37:14:.:.:0,14,914:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:23,0:23:61:.:.:0,61,719:. 1|1:0,9:9:27:1|1:525544_T_A:405,27,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1761:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,668:. 0|1:58,25:83:99:0|1:525564_TGAAAA_T:709,0,2106:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,311:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1202:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1312:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1507:. 1|0:27,69:96:99:0|1:525544_T_TAA:3102,0,902:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:525544_T_A:2598,175,0:. 0|0:124,10:134:99:0|1:525598_C_A:0,124,6123:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1493:. 1|0:8,26:34:99:.:.:645,0,171:. 0|0:34,0:34:85:.:.:0,85,877:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1052:. 0|1:49,7:56:99:0|1:525598_C_A:162,0,1976:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,63:80:99:0|1:525564_TGAAAA_T:2649,0,518:. 0|1:34,6:40:99:0|1:525544_T_A:147,0,1437:. 1|1:0,25:25:78:1|1:525544_T_A:1155,78,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1470:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1304:. 1|1:1,81:82:99:1|1:525564_TGAAAA_T:3778,190,0:. 1|0:9,16:25:99:0|1:525544_T_A:600,0,283:. 1|1:0,71:71:99:1|1:525544_T_A:3358,226,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:75:.:.:0,75,1360:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1250:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1430:. 0|0:60,2:62:99:.:.:0,128,2603:. 1|0:51,21:72:99:0|1:525598_C_A:688,0,2193:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1114:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,702:. 1|0:64,20:84:99:.:.:351,0,2468:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,45:57:99:0|1:525598_C_A:1761,0,510:. 1|1:0,42:42:99:1|1:525544_T_A:1921,129,0:. 1|0:35,31:66:99:0|1:525544_T_A:1100,0,1258:. 1|1:0,41:41:99:1|1:525544_T_A:1890,126,0:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,842:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1449:. 0|0:42,0:42:68:.:.:0,68,1047:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,970:. 1|0:49,24:73:99:0|1:525544_T_A:899,0,2010:. 1|1:4,88:92:99:1|1:525564_TGAAAA_T:3388,116,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1212:. 0|0:37,2:39:56:0|1:525598_C_A:0,56,1247:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:26,14:40:99:0|1:525598_C_A:503,0,1042:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1061:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,993:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1046:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1790:. 1|1:0,88:88:99:1|1:525541_AT_A:4178,283,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1212:. 1|1:9,109:118:20:1|1:525544_T_A:4185,20,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:525544_T_A:4434,298,0:. 1|0:64,13:77:99:0|1:525544_T_A:315,0,2388:. 1|0:41,22:63:99:0|1:525564_TGAAAA_T:851,0,1710:. 1|0:17,13:30:99:0|1:525544_T_A:469,0,682:. 0|0:78,8:86:32:.:.:0,32,1891:. 0|1:25,67:92:99:0|1:525564_TGAAAA_T:2952,0,862:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1487:. 1|1:0,102:102:99:1|1:525544_T_A:4699,316,0:. 0|1:156,21:177:99:0|1:525564_TGAAAA_T:286,0,6643:. 1|1:0,66:66:99:1|1:525544_T_A:3051,205,0:. 1|0:68,15:83:99:0|1:525544_T_A:416,0,2932:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,49:80:99:0|1:525544_T_A:2126,0,1223:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,80:167:99:0|1:525564_TGAAAA_T:2880,0,3207:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:525598_C_A:2461,180,0:. 1|1:0,152:152:99:1|1:525564_TGAAAA_T:7227,487,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,143:144:99:1|1:525564_TGAAAA_T:6632,410,0:. 0|1:34,38:72:99:0|1:525544_T_A:1377,0,1346:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,34:71:99:0|1:525544_T_A:1418,0,1442:. 0|0:155,11:166:3:0|1:525598_C_A:0,3,6256:. 0|1:100,26:126:99:0|1:525598_C_A:779,0,4071:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:1|1:525544_T_A:4477,301,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1784:. 0|1:33,32:65:99:.:.:804,0,816:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,78:85:51:0|1:525598_C_A:3239,0,51:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1347:. 0|1:32,102:134:99:0|1:525544_T_A:4336,0,1088:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1535:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:21,59:80:99:.:.:1550,0,634:. 1|1:6,86:92:25:1|1:525544_T_A:3846,25,0:. 1|1:6,128:134:99:1|1:525564_TGAAAA_T:5712,154,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1764:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:525544_T_A:3752,253,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,63:92:99:.:.:1839,0,819:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:525598_C_A:2718,190,0:. 1|0:6,37:43:99:0|1:525544_T_A:1626,0,132:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:60:.:.:0,60,865:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,681:. 1|0:36,52:88:99:0|1:525544_T_A:2161,0,1417:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1230:. 0|1:29,18:47:99:0|1:525564_TGAAAA_T:666,0,1206:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1575:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,7:60:73:0|1:525544_T_A:73,0,2239:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,181:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:2,148:150:99:1|1:525564_TGAAAA_T:6737,377,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1177:. 1|1:0,69:69:99:1|1:525544_T_A:3212,217,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1221:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,29:107:99:0|1:525598_C_A:931,0,3029:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1309:. 1|0:75,41:116:99:0|1:525544_T_A:1353,0,2810:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,72:76:55:1|1:525564_TGAAAA_T:3150,55,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,15:129:99:0|1:525598_C_A:261,0,4801:. 1|0:50,12:62:99:0|1:525544_T_A:282,0,1957:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:42,63:105:99:0|1:525598_C_A:2472,0,1514:. 0|1:9,98:107:74:0|1:525544_T_A:4156,0,74:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:1|1:525544_T_A:8762,590,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1473:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:525564_TGAAAA_T:5880,397,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1281:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1745:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1003:. 0|1:22,104:126:99:.:.:2690,0,477:. 0|1:25,44:69:99:0|1:525598_C_A:1673,0,875:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,24:99:99:0|1:525598_C_A:795,0,3169:. 0|1:52,10:62:99:0|1:525544_T_A:286,0,2219:. 1|0:33,11:44:99:0|1:525598_C_A:348,0,1353:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1551:. 1|0:22,16:38:99:0|1:525544_T_A:633,0,873:. 1|0:31,61:92:99:0|1:525544_T_A:2624,0,1186:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1620:. 1|1:1,116:117:99:1|1:525564_TGAAAA_T:5446,328,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1558:. 1|0:41,6:47:34:.:.:34,0,1132:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:64,4:68:80:0|1:525598_C_A:0,80,1620:. 1|0:7,44:51:99:0|1:525564_TGAAAA_T:1923,0,182:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:55,48:103:99:0|1:525564_TGAAAA_T:1913,0,2188:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1159:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1196:. 1|0:31,11:42:99:0|1:525544_T_A:396,0,1247:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1217:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,992:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1345:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:7,54:61:99:0|1:525564_TGAAAA_T:2288,0,128:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:98:.:.:0,98,2501:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1232:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1108:. 0|1:131,13:144:38:.:.:38,0,5563:. 1|1:0,70:70:99:1|1:525544_T_A:3182,214,0:. 1|1:0,6:6:18:1|1:525598_C_A:256,18,0:. 1|0:106,26:132:99:0|1:525564_TGAAAA_T:810,0,4707:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,56:105:99:0|1:525491_CATTTAT_C:2206,0,1785:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1369:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,36:79:99:0|1:525598_C_A:1298,0,1686:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,8:45:99:.:.:103,0,1798:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1538:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,8:11:99:0|1:525598_C_A:313,0,102:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 1|0:77,12:89:99:0|1:525598_C_A:235,0,3119:. 0|1:80,17:97:99:0|1:525564_TGAAAA_T:465,0,3433:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:2,69:71:99:1|1:525544_T_A:3071,130,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:1,8:9:35:0|1:525598_C_A:292,0,35:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,53:53:99:1|1:525564_TGAAAA_T:2458,166,0:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:23,44:67:99:0|1:525544_T_A:1809,0,863:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1344:. 0|0:60,2:62:99:0|1:525598_C_A:0,112,2142:. 1|1:0,37:37:99:1|1:525544_T_A:1710,114,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 1|1:0,54:54:99:1|1:525544_T_A:2512,169,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:525544_T_A:3617,244,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,57:57:99:1|1:525544_T_A:2647,178,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1572:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1302:. 0|1:36,13:49:99:.:.:301,0,1301:. 1|1:0,54:54:99:1|1:525544_T_A:2635,178,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1428:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,516:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,300:. 1|1:0,81:81:99:1|1:525598_C_A:3572,244,0:. 1|1:0,12:12:36:1|1:525598_C_A:540,36,0:. 1|0:33,6:39:99:.:.:99,0,1296:. 1|1:0,57:57:99:1|1:525544_T_A:2736,184,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,51:51:99:1|1:525544_T_A:2332,157,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:525544_T_A:2684,181,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,65:65:99:1|1:525544_T_A:2980,202,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,175:. 1|1:0,5:5:15:1|1:525544_T_A:225,15,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,151:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1633:. 1|1:0,95:95:99:1|1:525564_TGAAAA_T:4415,298,0:. 1|1:0,136:136:99:1|1:525544_T_A:6487,439,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1169:. 1|0:8,54:62:99:0|1:525544_T_A:2369,0,164:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,160:160:99:1|1:525544_T_A:7500,506,0:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,448:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,296:. 0|0:30,0:30:52:.:.:0,52,943:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:92,6:98:6:0|1:525544_T_A:0,6,3431:. 1|1:0,108:108:99:1|1:525544_T_A:4932,331,0:. 0|1:30,115:145:99:.:.:3209,0,550:. 1|0:76,14:90:99:0|1:525544_T_A:296,0,3045:. 1|1:3,91:94:99:.:.:3000,176,0:. 1|1:0,26:26:84:1|1:525544_T_A:1220,84,0:. 1|0:76,10:86:73:0|1:525598_C_A:73,0,2209:. 0|1:2,11:13:68:0|1:525544_T_A:449,0,68:. 1|0:5,21:26:99:0|1:525544_T_A:735,0,136:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1607:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:1|1:525544_T_A:6538,439,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,34:83:99:0|1:525544_T_A:1157,0,1738:. 0|1:2,3:5:75:0|1:525544_T_A:109,0,75:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,35:. 1|0:20,108:128:99:0|1:525544_T_A:4205,0,402:. 0|1:0,3:3:9:1|1:525544_T_A:135,9,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,412:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:17,94:111:99:0|1:525544_T_A:3586,0,364:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:15,0:15:22:.:.:0,22,390:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1402:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,163:. 1|1:3,123:126:99:1|1:525564_TGAAAA_T:5013,263,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,355:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,285:. 0|1:8,63:71:99:0|1:525598_C_A:2581,0,136:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,11:29:99:0|1:525544_T_A:408,0,723:. 1|1:0,169:169:99:1|1:525544_T_A:7840,530,0:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,86:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1359:. 0|1:24,20:44:99:0|1:525544_T_A:701,0,848:. 0|0:41,0:41:97:.:.:0,97,1274:. 1|1:0,45:45:99:1|1:525544_T_A:2115,141,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1402:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,898:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,605:. 1|1:0,16:16:48:1|1:525544_T_A:720,48,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1245:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1343:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1098:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1308:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,113,1249:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1600:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,543:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,202:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1421:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1409:. 0|0:41,0:41:86:.:.:0,86,1263:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1292:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1537:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,8:8:24:1|1:525544_T_A:360,24,0:. 1|1:4,101:105:99:1|1:525544_T_A:4509,148,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1163:. Pf3D7_01_v3 525612 . T A 5.66696e+06 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=31.7;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.687;VQSLOD=5.36;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=4.76;GQ_MEAN=288.19;GQ_STDDEV=288.41;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7083;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.838;culprit=FS;set=snp;DP=5892457;AF=0.376;AS_InbreedingCoeff=0.7662;MLEAC=1932;MLEAF=0.379;AN=850;AC=368 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:17,38:55:99:0|1:525544_T_A:1563,0,565:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:23,30:53:99:.:.:1062,0,587:. 1|0:44,20:64:99:0|1:525544_T_A:620,0,1677:. 0|1:59,5:64:32:0|1:525598_C_A:32,0,2313:. 0|1:42,5:47:84:0|1:525598_C_A:84,0,2085:. 1|1:0,49:49:99:1|1:525564_TGAAAA_T:2060,147,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:525544_T_A:2916,202,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:525564_TGAAAA_T:3241,223,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,29:34:64:.:.:814,0,64:. 1|1:1,63:64:99:1|1:525598_C_A:2714,170,0:. 1|1:1,41:42:94:.:.:1296,94,0:. 0|0:35,0:35:8:.:.:0,8,936:. 0|0:26,0:26:44:.:.:0,44,797:. 1|1:0,24:24:72:.:.:776,72,0:. 1|1:0,8:8:24:1|1:525544_T_A:360,24,0:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1761:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2355,223,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:73:.:.:0,73,828:. 1|1:8,81:89:30:.:.:2510,30,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:256,24,0:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1202:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1312:. 1|0:38,23:61:99:.:.:494,0,976:. 1|0:26,76:102:99:0|1:525544_T_TAA:2961,0,816:. 0|1:14,27:41:99:.:.:717,0,325:. 1|1:0,238:238:99:.:.:7082,713,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:525544_T_A:2284,160,0:. 1|0:101,33:134:99:0|1:525598_C_A:742,0,2792:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1493:. 1|1:2,34:36:56:.:.:1366,56,0:. 0|0:43,0:43:56:.:.:0,56,1154:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1052:. 0|1:52,9:61:99:0|1:525598_C_A:182,0,2067:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3212,318,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,69:84:99:0|1:525564_TGAAAA_T:2837,0,438:. 0|1:35,9:44:99:0|1:525544_T_A:209,0,1356:. 1|1:0,20:20:60:1|1:525544_T_A:860,60,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1470:. 1|0:48,6:54:21:.:.:21,0,1298:. 1|1:1,75:76:99:1|1:525564_TGAAAA_T:3297,163,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:1018,81,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:525544_T_A:3275,229,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:78:.:.:0,78,1548:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1250:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1430:. 1|0:53,7:60:67:.:.:67,0,1441:. 1|0:57,21:78:99:0|1:525598_C_A:686,0,2188:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3166,312,0:. 0|0:41,2:43:67:.:.:0,67,1188:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,135:136:99:.:.:4175,376,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,702:. 1|0:42,42:84:99:.:.:1328,0,1013:. 1|0:20,25:45:99:.:.:635,0,494:. 1|0:14,44:58:99:0|1:525598_C_A:1693,0,571:. 1|1:0,40:40:99:1|1:525544_T_A:1759,120,0:. 1|1:5,61:66:46:.:.:2130,46,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:525544_T_A:1828,126,0:. 1|0:13,22:35:99:.:.:525,0,290:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1449:. 0|0:44,0:44:69:.:.:0,69,1223:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,970:. 1|0:47,24:71:99:0|1:525544_T_A:866,0,1880:. 1|0:67,22:89:99:.:.:428,0,1832:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1078:. 0|1:21,27:48:99:.:.:674,0,513:. 1|0:11,33:44:99:0|1:525598_C_A:899,0,218:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1087,105,0:. 1|0:30,16:46:99:0|1:525598_C_A:547,0,1121:. 0|1:37,8:45:88:.:.:88,0,1019:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,993:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1046:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:113,0:113:98:.:.:0,98,2902:. 1|1:0,91:91:99:1|1:525541_AT_A:4020,283,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1212:. 1|1:0,120:120:99:.:.:5105,367,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:525544_T_A:4072,286,0:. 1|1:3,71:74:99:.:.:2197,131,0:. 1|0:41,24:65:99:0|1:525564_TGAAAA_T:822,0,1638:. 1|0:18,18:36:99:.:.:583,0,441:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2662,258,0:. 0|1:23,75:98:99:0|1:525564_TGAAAA_T:2884,0,681:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1487:. 1|1:0,102:102:99:1|1:525544_T_A:4481,316,0:. 0|1:164,25:189:99:.:.:437,0,4412:. 1|1:0,66:66:99:1|1:525544_T_A:3055,214,0:. 1|0:69,10:79:99:0|1:525544_T_A:206,0,2731:. 0|1:33,90:123:99:.:.:2392,0,618:. 0|1:67,30:97:99:.:.:585,0,1724:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,55:84:99:0|1:525544_T_A:2099,0,984:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,17:109:99:.:.:209,0,2389:. 1|1:1,88:89:99:.:.:2686,258,0:. 1|0:102,48:150:99:.:.:1050,0,2635:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,111:166:99:.:.:4033,0,1169:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:525598_C_A:2455,180,0:. 1|1:0,152:152:99:1|1:525564_TGAAAA_T:6656,463,0:. 0|1:41,77:118:99:.:.:1951,0,846:. 1|1:1,152:153:99:1|1:525564_TGAAAA_T:6532,431,0:. 0|1:23,48:71:99:.:.:1729,0,526:. 1|0:64,96:160:99:.:.:2347,0,1421:. 1|0:37,42:79:99:0|1:525544_T_A:1528,0,1361:. 1|0:154,15:169:93:0|1:525598_C_A:93,0,6173:. 0|1:98,29:127:99:0|1:525598_C_A:842,0,3937:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2881,291,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:525544_T_A:4211,298,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,104,1784:. 0|1:12,55:67:99:.:.:1885,0,150:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3074,310,0:. 0|1:14,90:104:99:.:.:2307,0,108:. 0|1:8,82:90:70:0|1:525598_C_A:3209,0,70:. 1|0:59,11:70:99:.:.:109,0,1509:. 0|1:33,104:137:99:0|1:525544_T_A:4141,0,1000:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1535:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:17,67:84:99:.:.:2500,0,286:. 1|0:7,88:95:12:0|1:525544_T_A:3553,0,12:. 1|1:4,147:151:99:1|1:525564_TGAAAA_T:6047,277,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1764:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:525544_T_A:3544,250,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,69:87:99:.:.:2587,0,277:. 1|1:1,107:108:99:.:.:3259,290,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:525598_C_A:2835,202,0:. 1|0:3,39:42:3:0|1:525544_T_A:1620,0,3:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:1,42:43:99:.:.:1281,119,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:22,5:27:72:.:.:72,0,576:. 1|0:41,57:98:99:0|1:525544_T_A:2151,0,1454:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1230:. 0|1:27,19:46:99:0|1:525564_TGAAAA_T:683,0,1084:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:74:.:.:0,74,2640:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1575:. 1|0:67,45:112:99:.:.:1016,0,1816:. 0|1:39,26:65:99:.:.:720,0,1018:. 1|1:2,132:134:99:.:.:3944,359,0:. 0|1:30,95:125:99:.:.:2558,0,549:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,12:122:39:.:.:0,39,3024:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:2,150:152:99:1|1:525564_TGAAAA_T:6370,370,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1177:. 1|1:0,65:65:99:1|1:525544_T_A:2929,202,0:. 0|1:25,22:47:99:.:.:526,0,629:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,29:108:99:0|1:525598_C_A:954,0,3054:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1309:. 1|1:4,111:115:99:.:.:3774,217,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,68:71:82:1|1:525564_TGAAAA_T:2891,82,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:101,18:119:99:.:.:172,0,2733:. 1|0:120,18:138:99:0|1:525598_C_A:330,0,4733:. 1|0:10,58:68:99:.:.:1696,0,105:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:42,69:111:99:0|1:525598_C_A:2571,0,1535:. 0|1:11,98:109:99:0|1:525544_T_A:3984,0,137:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:1|1:525544_T_A:7977,550,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1884,196,0:. 1|0:8,65:73:39:.:.:1769,0,39:. 1|1:0,137:137:99:1|1:525564_TGAAAA_T:5819,418,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1281:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1745:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1101,111,0:. 0|1:17,107:124:99:.:.:4169,0,126:. 0|1:24,42:66:99:0|1:525598_C_A:1630,0,875:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,22:96:99:0|1:525598_C_A:693,0,2953:. 0|1:49,15:64:99:0|1:525544_T_A:430,0,1974:. 1|0:37,10:47:99:0|1:525598_C_A:309,0,1425:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1551:. 1|0:22,18:40:99:0|1:525544_T_A:664,0,838:. 1|0:26,63:89:99:0|1:525544_T_A:2383,0,880:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2184,218,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1620:. 1|1:1,121:122:99:1|1:525564_TGAAAA_T:5218,331,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2358,236,0:. 1|0:10,41:51:99:.:.:1167,0,162:. 1|0:75,25:100:99:.:.:434,0,1924:. 1|1:0,73:73:99:1|1:525598_C_A:2271,219,0:. 1|0:7,45:52:99:0|1:525564_TGAAAA_T:1785,0,143:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1076,105,0:. 1|0:26,7:33:99:.:.:100,0,723:. 1|0:58,50:108:99:0|1:525564_TGAAAA_T:1923,0,2145:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1382,141,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1196:. 1|0:28,15:43:99:.:.:479,0,1041:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1476,150,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,992:. 1|0:28,41:69:99:.:.:1038,0,658:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:6,55:61:80:0|1:525564_TGAAAA_T:2274,0,80:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3503,345,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1226,120,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1232:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1108:. 0|1:127,28:155:99:.:.:518,0,3464:. 1|1:0,72:72:99:1|1:525544_T_A:3119,220,0:. 1|1:0,5:5:15:1|1:525598_C_A:211,15,0:. 1|0:100,29:129:99:0|1:525564_TGAAAA_T:832,0,3956:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,57:111:99:0|1:525491_CATTTAT_C:2210,0,1906:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1369:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,35:75:99:0|1:525598_C_A:1307,0,1496:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,16:49:99:.:.:462,0,847:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1538:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,25:84:99:.:.:490,0,1533:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,8:12:99:0|1:525598_C_A:309,0,130:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|0:81,10:91:99:0|1:525598_C_A:201,0,3209:. 0|1:74,16:90:99:0|1:525564_TGAAAA_T:417,0,2962:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1191:. 1|1:3,72:75:99:1|1:525544_T_A:2986,108,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:3,11:14:81:0|1:525598_C_A:355,0,81:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1109:. 1|1:0,25:25:75:.:.:727,75,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,15:15:45:.:.:451,45,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:525564_TGAAAA_T:2207,154,0:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:1,60:61:99:.:.:2111,152,0:. 1|1:0,14:14:42:.:.:486,42,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:26,49:75:99:0|1:525544_T_A:1955,0,887:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1704,147,0:. 1|1:5,60:65:11:1|1:525598_C_A:1934,11,0:. 1|1:0,42:42:99:1|1:525544_T_A:1849,129,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 1|1:0,51:51:99:1|1:525544_T_A:2353,163,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:525544_T_A:3740,264,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,24:24:72:.:.:821,72,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,60:60:99:1|1:525544_T_A:2675,187,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1572:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1392:. 0|1:28,25:53:99:.:.:823,0,849:. 1|1:0,61:61:99:1|1:525544_T_A:2648,184,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1428:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,528:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,88:88:99:1|1:525598_C_A:3841,268,0:. 1|1:0,13:13:39:1|1:525598_C_A:565,39,0:. 1|0:27,17:44:99:.:.:511,0,855:. 1|1:0,51:51:99:1|1:525544_T_A:2292,157,0:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,56:56:99:1|1:525544_T_A:2442,169,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:525544_T_A:2725,190,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1206,108,0:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,633:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,70:70:99:1|1:525544_T_A:3083,214,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5902,519,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:217,18,0:. 1|1:0,5:5:15:1|1:525544_T_A:217,15,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:212,21,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1633:. 1|1:0,102:102:99:1|1:525564_TGAAAA_T:4412,307,0:. 1|1:0,145:145:99:1|1:525544_T_A:6282,439,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1169:. 1|0:5,59:64:74:0|1:525544_T_A:2351,0,74:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:2,168:170:99:.:.:5583,461,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:408,36,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,973:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2861,270,0:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1791,155,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,361:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1041,90,0:. 1|1:0,158:158:99:.:.:5362,475,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2623,229,0:. 1|1:1,122:123:99:.:.:4188,333,0:. 1|1:1,105:106:99:.:.:3607,282,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:525544_T_A:4829,337,0:. 1|1:1,150:151:99:.:.:6087,422,0:. 1|1:9,100:109:2:.:.:3248,2,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:4456,325,0:. 1|1:0,27:27:84:1|1:525544_T_A:1141,84,0:. 1|1:0,87:87:99:1|1:525598_C_A:3024,261,0:. 0|1:2,13:15:21:.:.:488,0,21:. 1|1:0,27:27:81:.:.:1121,81,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1607:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,87:88:99:.:.:2897,227,0:. 1|1:0,151:151:99:.:.:5027,453,0:. 1|1:0,146:146:99:1|1:525544_T_A:6412,449,0:. 0|1:110,26:136:99:.:.:434,0,3347:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3450,283,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:197,15,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,0:3:9:.:.:0,9,74:. 1|1:1,132:133:99:.:.:5604,369,0:. 0|1:0,3:3:9:1|1:525544_T_A:135,9,0:. 1|0:27,124:151:99:.:.:3750,0,418:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,465:. 0|1:114,16:130:99:.:.:199,0,3442:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:5,107:112:99:.:.:4418,158,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,581:. 0|1:76,70:146:99:.:.:1811,0,2196:. 1|0:5,55:60:1:.:.:1689,0,1:. 1|0:74,26:100:99:.:.:506,0,2179:. 0|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|1:25,96:121:99:.:.:2972,0,504:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|1:1,123:124:99:.:.:5428,339,0:. 1|1:3,84:87:99:.:.:2740,174,0:. 1|1:1,12:13:2:.:.:366,2,0:. 1|0:55,14:69:99:.:.:238,0,1601:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,425:. 0|1:8,60:68:99:0|1:525598_C_A:2487,0,145:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,434:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5680,499,0:. 1|0:23,13:36:99:0|1:525544_T_A:436,0,851:. 1|1:0,193:193:99:1|1:525544_T_A:8265,587,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,189:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,218:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1544,135,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1743,138,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1307:. 1|1:0,53:53:99:1|1:525544_T_A:2216,159,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1402:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,898:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1729,153,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,16:16:48:1|1:525544_T_A:712,48,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1245:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1343:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1098:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1308:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2196,192,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,113,1600:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,622:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1026:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,725:. 0|0:12,0:12:14:.:.:0,14,364:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,157:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:18,48:66:99:.:.:1478,0,470:. 1|0:21,44:65:99:.:.:1314,0,494:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,165:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1421:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1655,144,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:21,28:49:99:.:.:776,0,552:. 1|1:1,43:44:95:.:.:1423,95,0:. 1|0:36,7:43:99:.:.:126,0,1126:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:45,6:51:58:.:.:58,0,1361:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:112,82:194:99:.:.:2280,0,3346:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1537:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,8:8:24:1|1:525544_T_A:360,24,0:. 1|1:4,100:104:99:1|1:525544_T_A:4354,142,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1163:. Pf3D7_01_v3 525846 . G C 4.91927e+06 PASS FS=0;MQ=60.44;QD=26.34;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.73;VQSLOD=6.29;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.3;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.986;GC=14.29;GQ_MEAN=229.71;GQ_STDDEV=213.11;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7269;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.366;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=6193827;AF=0.386;AS_InbreedingCoeff=0.5;MLEAC=1987;MLEAF=0.391;AN=844;AC=382 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,77:77:99:.:.:2186,230,0 1|0:14,38:52:99:.:.:965,0,248 1|0:53,10:63:94:.:.:94,0,1311 1|1:0,62:62:99:.:.:1763,185,0 0|1:39,10:49:99:.:.:157,0,967 1|1:1,42:43:99:.:.:1195,100,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1804,190,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2249,225,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1861,194,0 0|0:35,0:35:74:.:.:0,74,946 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1304 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1228 1|0:17,26:43:99:.:.:587,0,356 1|0:16,7:23:99:.:.:125,0,364 1|1:0,37:37:99:.:.:1052,110,0 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405 0|0:30,0:30:76:.:.:0,76,804 1|1:0,30:30:90:.:.:868,90,0 1|1:0,31:31:92:.:.:887,92,0 0|1:26,31:57:99:.:.:718,0,568 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1800 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170 1|1:0,39:39:99:.:.:1087,116,0 1|0:47,40:87:99:.:.:832,0,974 1|1:0,13:13:39:.:.:370,39,0 1|1:0,7:7:21:.:.:207,21,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1255 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1421 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|1:25,83:108:99:.:.:2123,0,324 1|0:19,38:57:99:.:.:924,0,335 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|1:103,58:161:99:.:.:1185,0,2418 1|1:1,79:80:99:.:.:2214,212,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1075,117,0 0|0:51,0:51:77:.:.:0,77,1234 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1333 1|1:5,52:57:33:.:.:1316,33,0 1|0:27,51:78:99:.:.:1176,0,500 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|1:46,55:101:99:.:.:1254,0,1342 0|0:37,0:37:31:.:.:0,31,859 1|1:0,34:34:99:.:.:975,102,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1115 0|1:13,24:37:99:.:.:572,0,241 1|1:1,68:69:99:.:.:1875,177,0 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,336 1|1:2,84:86:99:.:.:2303,199,0 0|1:115,32:147:99:.:.:480,0,2771 1|1:0,83:83:99:.:.:2287,247,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710 1|0:34,16:50:99:.:.:271,0,782 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1608 0|1:12,44:56:99:.:.:1083,0,155 1|0:29,34:63:99:.:.:754,0,606 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1800 0|1:18,17:35:99:.:.:375,0,394 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,40:40:99:.:.:1072,119,0 0|1:57,27:84:99:.:.:520,0,1313 1|0:24,12:36:99:.:.:246,0,672 0|1:67,23:90:99:.:.:392,0,1557 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215 0|1:25,32:57:99:.:.:743,0,529 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395 0|1:26,7:33:99:.:.:107,0,615 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1726 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1009 0|0:123,0:123:80:.:.:0,80,2795 1|1:0,36:36:99:.:.:966,106,0 1|0:61,21:82:99:.:.:336,0,1392 0|1:76,12:88:45:.:.:45,0,1857 0|0:41,0:41:98:.:.:0,98,1011 0|1:29,16:45:99:.:.:309,0,651 0|1:48,16:64:99:.:.:244,0,1076 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1105 1|1:0,46:46:99:.:.:1327,138,0 1|0:27,7:34:75:.:.:75,0,606 0|0:40,0:40:95:.:.:0,95,1031 1|1:0,39:39:99:.:.:1126,117,0 1|0:20,29:49:99:.:.:656,0,381 1|1:0,57:57:99:.:.:1612,170,0 1|1:4,84:88:99:.:.:2178,158,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2785,296,0 0|1:7,36:43:61:.:.:884,0,61 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,102:103:99:.:.:2810,281,0 1|0:9,57:66:51:.:.:1415,0,51 1|1:3,90:93:99:.:.:2455,212,0 1|0:20,11:31:99:.:.:230,0,442 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1453 1|0:13,74:87:92:.:.:1781,0,92 1|1:2,86:88:99:.:.:2331,209,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|0:25,163:188:86:.:.:3930,0,86 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|0:17,68:85:99:.:.:1583,0,208 0|1:97,12:109:5:.:.:5,0,2306 1|0:16,110:126:76:.:.:2714,0,76 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 1|0:38,23:61:99:.:.:478,0,786 1|1:4,183:187:99:.:.:5093,446,0 1|1:5,75:80:15:.:.:1894,15,0 1|1:1,75:76:99:.:.:2036,198,0 0|1:103,48:151:99:.:.:785,0,2301 0|0:77,0:77:99:.:.:0,114,1800 1|0:76,93:169:99:.:.:2027,0,1530 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,211:211:99:.:.:5731,629,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 0|1:20,81:101:99:.:.:1964,0,300 0|1:140,83:223:99:.:.:1661,0,3035 1|1:5,83:88:70:.:.:2077,70,0 1|1:4,181:185:99:.:.:4900,444,0 1|1:0,102:102:99:.:.:2853,306,0 1|1:3,73:76:99:.:.:1850,143,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2722,299,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,93:93:99:.:.:2606,279,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800 0|1:54,22:76:99:.:.:373,0,1210 1|1:0,88:88:99:.:.:2335,263,0 1|0:71,35:106:99:.:.:645,0,1576 0|1:13,69:82:99:.:.:1702,0,212 0|1:12,69:81:74:.:.:1605,0,74 1|0:22,76:98:99:.:.:1808,0,294 1|0:101,20:121:99:.:.:183,0,2378 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,6:81:68:.:.:0,68,2172 1|0:62,40:102:99:.:.:821,0,1334 0|1:70,22:92:99:.:.:316,0,1544 1|1:0,98:98:99:.:.:2559,291,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3652,392,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,97:102:99:.:.:2544,174,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,119,1800 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1800 1|1:2,35:37:57:.:.:938,57,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1049 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|0:26,7:33:99:.:.:102,0,806 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,33:33:99:.:.:920,99,0 1|1:1,122:123:99:.:.:3292,341,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,116:116:99:.:.:3327,348,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2260,245,0 1|0:18,67:85:99:.:.:1603,0,252 0|1:40,39:79:99:.:.:837,0,866 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|1:115,27:142:99:.:.:300,0,2747 1|1:0,136:136:99:.:.:3740,407,0 1|1:1,167:168:99:.:.:4512,490,0 1|1:0,7:7:21:.:.:197,21,0 1|1:0,109:109:99:.:.:2974,325,0 1|1:1,131:132:99:.:.:3706,385,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1792,192,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 0|1:40,32:72:99:.:.:684,0,856 1|1:0,83:83:99:.:.:2269,247,0 1|0:29,82:111:99:.:.:1895,0,781 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1363 1|0:21,106:127:99:.:.:2617,0,183 0|0:76,0:76:99:.:.:0,104,1800 0|1:18,45:63:99:.:.:1076,0,317 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,92:97:99:.:.:2438,152,0 1|1:5,156:161:99:.:.:4176,340,0 1|0:5,57:62:1:.:.:1438,0,1 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1800 1|1:1,51:52:99:.:.:1420,129,0 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,101:101:99:.:.:2842,303,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3532,375,0 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:46:.:.:0,46,1625 1|1:0,145:145:99:.:.:3983,434,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1965,209,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1052 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1598 1|1:1,43:44:99:.:.:1152,103,0 1|0:19,129:148:82:.:.:3011,0,82 1|0:26,40:66:99:.:.:901,0,475 0|1:19,87:106:99:.:.:2048,0,192 0|0:92,0:92:99:.:.:0,112,1800 0|1:21,72:93:99:.:.:1717,0,248 0|1:14,52:66:99:.:.:1183,0,188 0|1:6,32:38:35:.:.:767,0,35 1|1:0,70:70:99:.:.:1894,209,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1185 0|1:24,57:81:99:.:.:1246,0,394 1|0:44,28:72:99:.:.:575,0,1663 0|0:93,6:99:99:.:.:0,124,2313 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1117 1|1:0,117:117:99:.:.:3224,350,0 0|1:57,63:120:99:.:.:1396,0,1207 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|1:46,15:61:99:.:.:238,0,1076 1|1:12,83:95:15:.:.:1979,15,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|1:37,23:60:99:.:.:460,0,780 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1122 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|0:17,52:69:99:.:.:1229,0,262 1|0:11,32:43:99:.:.:733,0,144 1|1:0,54:54:99:.:.:1463,161,0 1|0:16,29:45:99:.:.:675,0,296 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1221 1|1:0,47:47:99:.:.:1296,141,0 1|0:34,47:81:99:.:.:996,0,679 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,74:74:99:.:.:2001,220,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1091,121,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,57:57:99:.:.:1527,169,0 1|0:69,20:89:99:.:.:311,0,1652 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1366 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1139 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1389 1|0:118,21:139:99:.:.:158,0,2827 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800 0|1:4,2:6:39:.:.:39,0,93 0|1:83,43:126:99:.:.:800,0,2114 1|0:39,69:108:99:.:.:1651,0,744 0|1:62,55:117:99:.:.:1180,0,1323 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,6:91:99:.:.:0,117,2055 1|1:9,158:167:99:.:.:4193,269,0 0|1:21,30:51:99:.:.:680,0,416 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1797 0|0:251,0:251:99:.:.:0,116,1800 0|1:64,23:87:99:.:.:387,0,1447 1|1:11,137:148:99:.:.:3536,144,0 0|1:14,3:17:35:.:.:35,0,329 1|1:0,39:39:99:.:.:1081,117,0 0|1:14,104:118:99:.:.:2496,0,237 0|1:19,75:94:99:.:.:1834,0,244 1|1:0,88:88:99:.:.:2445,263,0 1|1:3,69:72:99:.:.:1820,132,0 1|1:5,87:92:99:.:.:2287,132,0 0|1:11,8:19:99:.:.:169,0,234 1|1:0,35:35:99:.:.:1010,105,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1345 1|1:0,94:94:99:.:.:2640,281,0 1|1:0,13:13:39:.:.:366,39,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1392 1|1:0,27:27:81:.:.:874,81,0 1|1:3,47:50:68:.:.:1522,68,0 1|1:0,6:6:18:.:.:211,18,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2244,195,0 0|1:50,5:55:9:.:.:9,0,1580 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1444 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,47:47:99:.:.:1653,141,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1665 0|0:0,2:2:6:.:.:69,6,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1404 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,58:58:99:.:.:2032,174,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1182,102,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1142 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,466 1|1:0,46:46:99:.:.:1587,138,0 1|1:0,60:60:99:.:.:2100,180,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1371 1|1:4,45:49:12:.:.:1413,12,0 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1082 0|1:58,15:73:99:.:.:313,0,1699 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1800 1|1:0,4:4:12:.:.:142,12,0 0|1:34,8:42:99:.:.:160,0,1000 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1332 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1331 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800 1|1:1,104:105:99:.:.:3510,279,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,267 1|1:0,5:5:15:.:.:174,15,0 1|1:0,5:5:15:.:.:170,15,0 0|0:54,3:57:87:.:.:0,87,1573 1|1:0,88:88:99:.:.:2918,263,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4175,378,0 1|1:1,53:54:99:.:.:1588,126,0 0|0:68,4:72:70:.:.:0,70,2095 1|1:2,107:109:99:.:.:3360,255,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,13:13:39:.:.:410,39,0 0|1:53,85:138:99:.:.:2479,0,1281 1|1:0,30:30:89:.:.:932,89,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1454 1|1:0,28:28:83:.:.:825,83,0 1|1:1,58:59:99:.:.:1830,148,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4435,402,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,130:132:99:.:.:4248,324,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,110:140:99:.:.:3090,0,495 1|1:1,146:147:99:.:.:4730,404,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3706,347,0 1|1:0,17:17:50:.:.:477,50,0 1|0:73,10:83:75:.:.:75,0,2089 1|0:8,13:21:99:.:.:360,0,197 0|1:19,11:30:99:.:.:266,0,543 1|1:6,100:106:99:.:.:3072,116,0 0|1:53,90:143:99:.:.:2556,0,1357 1|1:0,133:133:99:.:.:4205,396,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,129:133:99:.:.:4106,259,0 0|0:2,2:4:45:.:.:56,0,45 1|1:0,93:93:99:.:.:3113,279,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3725,347,0 1|1:4,105:109:99:.:.:3396,239,0 1|0:0,4:4:12:.:.:138,12,0 1|1:6,121:127:99:.:.:3673,190,0 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,94 0|1:97,14:111:99:.:.:142,0,2745 1|1:0,12:12:36:.:.:373,36,0 1|1:2,75:77:99:.:.:2277,160,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1018,101,0 1|0:18,81:99:99:.:.:2367,0,241 0|0:114,7:121:99:.:.:0,131,3193 1|1:8,79:87:29:.:.:2351,29,0 1|1:1,108:109:99:.:.:3416,292,0 1|1:1,12:13:6:.:.:288,6,0 1|0:62,47:109:99:.:.:1189,0,1735 0|1:67,21:88:99:.:.:385,0,1796 0|1:28,52:80:99:.:.:1457,0,577 0|1:0,1:1:3:.:.:31,3,0 0|1:15,115:130:99:.:.:3409,0,116 1|1:0,9:9:26:.:.:235,26,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|0:82,6:88:67:.:.:0,67,2376 0|1:1,10:11:0:.:.:219,0,0 0|1:32,15:47:99:.:.:370,0,872 0|0:90,6:96:99:.:.:0,101,2695 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,16:16:47:.:.:477,47,0 0|1:42,11:53:99:.:.:189,0,1164 1|0:18,2:20:11:.:.:11,0,455 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,144:144:99:.:.:4783,431,0 0|1:19,5:24:86:.:.:86,0,577 1|1:1,221:222:99:.:.:7008,655,0 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,593 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,13:13:38:.:.:392,38,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1486 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1126 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1318 0|1:11,5:16:99:.:.:126,0,301 1|1:0,29:29:87:.:.:971,87,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1434 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1180 1|1:0,58:58:99:.:.:1934,174,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1842,165,0 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,611 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1519 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1191 1|1:0,28:28:84:.:.:906,84,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1388,129,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1756,156,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1770 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585 1|1:0,27:27:81:.:.:947,81,0 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,649 1|1:0,14:14:42:.:.:473,42,0 0|0:0,4:4:12:.:.:117,12,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1491,137,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1390 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1260 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1520 1|1:2,52:54:93:.:.:1592,93,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1385 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1015 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800 1|0:25,41:66:99:.:.:1112,0,606 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,14:14:42:.:.:484,42,0 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405 1|1:5,83:88:95:.:.:2528,95,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2567,237,0 Pf3D7_01_v3 526055 . G A 1.20396e+07 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=33.65;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.717;VQSLOD=7.51;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0044;FractionInformativeReads=0.983;GC=4.76;GQ_MEAN=364.46;GQ_STDDEV=249.29;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5492;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.748;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=6644912;AF=0.938;AS_InbreedingCoeff=-0;MLEAC=4729;MLEAF=0.943;AN=848;AC=776 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,39:39:99:.:.:1266,117,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1890,174,0 1|1:1,50:51:99:.:.:1604,124,0 1|0:16,30:46:99:.:.:862,0,330 1|1:0,76:76:99:.:.:2478,229,0 1|1:2,36:38:54:.:.:1104,54,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1587,147,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1591,147,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2538,234,0 1|1:2,73:75:99:.:.:2309,162,0 1|1:0,30:30:90:.:.:980,90,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1474,138,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1178,108,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1250,117,0 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765 1|1:0,32:32:96:.:.:1052,96,0 1|1:0,6:6:18:.:.:201,18,0 1|1:0,29:29:87:.:.:950,87,0 1|1:0,26:26:78:.:.:849,78,0 1|1:0,32:32:95:.:.:973,95,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1874,174,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2446,232,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3599,351,0 1|1:0,22:22:66:.:.:694,66,0 1|1:0,36:36:99:1|1:526035_T_C:1549,114,0 1|1:5,68:73:89:.:.:1846,89,0 1|1:0,13:13:39:.:.:419,39,0 1|1:0,10:10:30:.:.:293,30,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1308 1|1:0,54:54:99:.:.:1713,162,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1664,165,0 1|1:1,95:96:99:.:.:2990,265,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2118,201,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5252,504,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1677,161,0 1|1:14,131:145:26:.:.:3786,26,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2039,201,0 1|1:0,30:30:90:.:.:913,90,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1598,162,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1761,138,0 1|1:5,48:53:17:.:.:1327,17,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2478,246,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2523,244,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2933,283,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3835,378,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3025,295,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1676,150,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1084,102,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1526,150,0 1|1:0,30:30:90:.:.:934,90,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2386,232,0 1|1:0,21:21:63:.:.:647,63,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2866,280,0 0|1:36,129:165:99:.:.:4538,0,531 1|1:0,60:60:99:.:.:1894,180,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1586,156,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1528,147,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1619,162,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1828,183,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1271,126,0 1|1:1,95:96:99:.:.:2927,279,0 1|1:2,27:29:37:.:.:971,37,0 1|1:0,88:88:99:1|1:526022_TTATACATATA_T:3706,274,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3553,345,0 1|1:0,26:26:78:.:.:800,78,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2488,243,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1597,150,0 1|0:17,77:94:99:.:.:2099,0,179 1|1:0,30:30:90:.:.:929,90,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2111,204,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1387,141,0 1|1:0,25:25:75:.:.:759,75,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2114,210,0 1|1:0,30:30:96:1|1:526035_T_C:1194,96,0 1|0:88,13:101:99:.:.:103,0,2138 1|1:0,30:30:90:.:.:935,90,0 1|1:9,75:84:11:.:.:2059,11,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2485,240,0 1|1:0,27:27:81:.:.:813,81,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1471,144,0 1|0:19,29:48:99:.:.:747,0,320 1|1:0,27:27:81:.:.:858,81,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1466,141,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1476,117,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1158,114,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1137,111,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1276,126,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2038,195,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3115,318,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3499,347,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1270,123,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4161,397,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3439,338,0 1|1:4,57:61:89:.:.:1659,89,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2242,227,0 1|1:2,25:27:33:.:.:727,33,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1586,153,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2674,270,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2971,297,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3179,318,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5480,538,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2547,252,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2827,277,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3487,342,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4071,402,0 1|1:1,182:183:99:.:.:5651,540,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1860,180,0 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,118:118:99:.:.:3623,354,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2622,258,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4758,474,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3060,301,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4019,390,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6279,616,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2002,198,0 1|1:0,162:162:99:.:.:5001,487,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4095,405,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3832,382,0 0|1:19,59:78:99:.:.:1585,0,277 1|0:68,114:182:99:0|1:526055_G_A:4366,0,2333 1|1:4,67:71:99:.:.:1941,102,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5268,510,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3214,321,0 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1452 1|1:0,110:110:99:.:.:3275,330,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,95:95:99:.:.:2824,285,0 1|1:0,90:90:99:.:.:3727,280,0 0|1:12,60:72:99:.:.:1636,0,112 1|1:0,81:81:99:.:.:2426,243,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3102,309,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2004,201,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1760,180,0 1|0:16,87:103:99:.:.:3127,0,120 1|1:1,104:105:99:.:.:3184,288,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2692,270,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4213,432,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1912,186,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2378,234,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2829,282,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,69:69:99:.:.:2107,207,0 1|1:1,79:80:99:.:.:2406,214,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2370,231,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3580,345,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2244,222,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1784,177,0 1|1:1,59:60:99:.:.:1821,170,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1486,147,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3270,330,0 1|1:0,30:30:89:.:.:876,89,0 1|1:0,99:99:99:.:.:3616,304,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2314,231,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1091,108,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3775,379,0 1|1:1,75:76:99:.:.:2296,202,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3851,372,0 1|1:1,112:113:99:.:.:3392,311,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2040,201,0 1|1:8,102:110:99:.:.:2967,109,0 1|1:8,72:80:30:.:.:1950,30,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5058,495,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3755,373,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3708,364,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225 1|1:0,99:99:99:.:.:2996,297,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:.:.:1846,177,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1774,180,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1708,168,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3406,333,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3661,366,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1991,195,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3268,324,0 1|1:1,92:93:99:1|1:526035_T_C:3806,282,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1867,182,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1551,150,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3529,303,0 1|0:25,65:90:99:.:.:1750,0,460 1|1:0,154:154:99:.:.:4709,462,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2459,237,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2966,297,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2102,210,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4791,474,0 1|0:76,34:110:99:0|1:526022_TTATACATATA_T:1134,0,2918 1|1:0,87:87:99:.:.:2670,261,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3262,324,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4628,447,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2492,246,0 1|1:7,82:89:70:1|1:526035_T_C:2425,70,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3559,362,0 1|1:2,90:92:99:.:.:2676,187,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1326,129,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1812,180,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1626,159,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4484,451,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2505,222,0 1|1:2,95:97:99:.:.:2903,235,0 1|1:0,107:107:99:1|1:526035_T_C:4681,335,0 1|1:3,97:100:99:.:.:3083,214,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2206,222,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1329,129,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1823,183,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1431,132,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2341,222,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2628,261,0 1|1:8,90:98:69:.:.:2511,69,0 1|1:1,55:56:99:.:.:1707,143,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3724,369,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4848,487,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2700,265,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1765,168,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2602,258,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2137,204,0 1|1:4,43:47:28:.:.:1197,28,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1694,164,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1412,138,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2168,207,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1439,144,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1742,176,0 1|1:0,46:46:99:1|1:526035_T_C:1630,144,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1773,171,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1851,183,0 1|1:4,71:75:99:.:.:2073,121,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4157,404,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2189,219,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2524,243,0 1|1:0,31:31:93:.:.:952,93,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3507,345,0 1|1:0,40:40:99:1|1:526035_T_C:1763,129,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2933,282,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2261,225,0 1|1:0,53:53:99:1|1:526035_T_C:2168,162,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2105,213,0 1|1:0,147:147:99:.:.:5260,451,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2430,240,0 0|1:1,8:9:0:.:.:198,0,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4156,414,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3615,357,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3583,362,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2593,238,0 1|1:2,120:122:99:.:.:3612,309,0 1|0:43,58:101:99:.:.:1437,0,845 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|0:42,12:54:99:.:.:188,0,994 1|1:0,16:16:48:.:.:513,48,0 1|0:5,59:64:5:0|1:526035_T_C:2376,0,5 1|1:0,271:271:99:.:.:8350,813,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3169,321,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4146,413,0 1|1:0,11:11:33:.:.:335,33,0 1|1:1,41:42:84:1|1:526035_T_C:1590,84,0 1|1:2,98:100:99:.:.:2932,244,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2874,280,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1586,153,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2368,234,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,113,1718 1|1:0,17:17:51:1|1:526035_T_C:586,51,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1066,108,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1090 1|1:1,99:100:99:1|1:526035_T_C:4116,264,0 1|1:0,23:23:69:.:.:738,69,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1582,135,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1138,93,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1516,129,0 1|1:0,10:10:30:.:.:366,30,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1886,159,0 0|1:39,24:63:99:.:.:638,0,1168 1|1:0,58:58:99:.:.:2026,174,0 1|1:0,23:23:69:.:.:845,69,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1674,144,0 1|1:0,62:62:99:.:.:2242,187,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1940,162,0 1|1:0,3:3:9:.:.:107,9,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1807,153,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1364,114,0 0|0:66,0:66:15:.:.:0,15,225 1|1:0,50:50:99:.:.:1834,150,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1110,93,0 1|1:0,61:61:99:.:.:2103,183,0 1|1:0,20:20:60:.:.:722,60,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1669,141,0 1|1:0,61:61:99:.:.:2163,183,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1186,102,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1274,105,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1166,96,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1625,135,0 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,962 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,709 1|1:0,65:65:99:.:.:2278,195,0 1|1:0,9:9:27:.:.:319,27,0 1|1:0,24:24:72:.:.:841,72,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1347,111,0 0|0:35,0:35:69:.:.:0,69,1047 1|1:0,38:38:99:.:.:1364,114,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1652,141,0 1|1:0,16:16:48:.:.:552,48,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1222,105,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1729,144,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1631,141,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3884,325,0 1|1:0,182:182:99:.:.:6513,548,0 1|1:0,171:171:99:.:.:5979,514,0 1|1:0,4:4:12:.:.:150,12,0 1|1:0,2:2:6:.:.:73,6,0 1|1:0,11:11:33:.:.:379,33,0 1|1:1,39:40:99:.:.:1364,110,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3777,328,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4444,399,0 1|1:1,43:44:97:.:.:1442,97,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2469,216,0 1|1:0,162:162:99:.:.:5318,487,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4584,400,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1223,113,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4989,436,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1569,146,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2506,225,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1600,141,0 1|1:0,14:14:42:.:.:493,42,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1390,134,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4598,418,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4721,427,0 1|1:0,95:95:99:.:.:3179,286,0 1|1:0,123:123:99:.:.:4205,370,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4633,411,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4270,373,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3769,331,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4466,393,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4253,387,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1104,104,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2156,192,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1343,119,0 1|1:0,26:26:78:.:.:908,78,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4782,415,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4160,366,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4223,373,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3877,352,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4204,372,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4729,418,0 1|1:0,96:96:99:.:.:3290,288,0 1|1:0,9:9:27:.:.:286,27,0 1|1:1,119:120:99:.:.:4085,325,0 1|1:0,99:99:99:.:.:3406,298,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4856,424,0 1|1:0,8:8:24:.:.:281,24,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4429,396,0 1|1:0,4:4:12:.:.:113,12,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4365,394,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1149,102,0 1|1:2,87:89:99:.:.:2929,222,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1316,119,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4349,376,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3668,332,0 1|1:0,121:121:99:.:.:4146,364,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3565,330,0 1|1:1,24:25:65:.:.:804,65,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3841,336,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2495,219,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2985,265,0 1|1:0,7:7:20:.:.:173,20,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4663,420,0 1|1:0,20:20:60:.:.:673,60,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4305,385,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3798,340,0 1|1:1,18:19:28:.:.:568,28,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1745,153,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3496,307,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2414,230,0 1|1:0,17:17:51:.:.:598,51,0 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1453 1|1:0,22:22:66:.:.:757,66,0 1|1:0,150:150:99:.:.:5175,451,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5594,483,0 0|1:18,28:46:99:.:.:839,0,456 1|1:0,150:150:99:.:.:4967,451,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1098 1|1:0,71:71:99:.:.:2487,213,0 1|1:0,13:13:39:.:.:448,39,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1877,162,0 0|1:14,12:26:99:.:.:355,0,388 1|1:0,49:49:99:.:.:1673,147,0 1|1:0,25:25:75:.:.:893,75,0 1|1:0,23:23:69:.:.:811,69,0 1|1:0,19:19:57:.:.:613,57,0 0|1:19,42:61:99:.:.:1150,0,427 1|1:0,37:37:99:.:.:1299,111,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1255,117,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1317,117,0 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630 1|1:0,12:12:36:.:.:417,36,0 1|1:0,28:28:84:.:.:959,84,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1721,153,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1780,156,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1258,108,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1283,117,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1903,165,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2139,195,0 1|1:0,14:14:42:.:.:450,42,0 1|1:0,22:22:66:.:.:768,66,0 1|1:0,24:24:72:.:.:819,72,0 1|1:0,12:12:36:.:.:410,36,0 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,214 1|1:0,63:63:99:.:.:2160,189,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2056,177,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2180,192,0 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,139 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,45:45:99:.:.:1608,135,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1451,132,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1939,177,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1066,93,0 1|1:2,36:38:43:.:.:1143,43,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1759,156,0 0|0:57,3:60:93:.:.:0,93,1748 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1472 0|1:73,104:177:99:.:.:3091,0,1860 1|1:0,36:36:99:.:.:1281,108,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3519,304,0 1|1:0,269:269:99:.:.:9141,809,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2144,189,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1744,150,0 1|1:0,20:20:60:.:.:694,60,0 1|1:0,9:9:27:.:.:280,27,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2923,250,0 1|1:0,44:44:99:1|1:526022_TTATACATATA_T:1965,136,0 Pf3D7_01_v3 527113 . T A 2.9336e+06 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=27.89;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y3N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.677;VQSLOD=6.05;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=23.81;GQ_MEAN=132.36;GQ_STDDEV=91.2;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7899;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.058;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=7314866;AF=0.128;AS_InbreedingCoeff=0.7345;MLEAC=671;MLEAF=0.128;AN=858;AC=130 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1351:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1604:. 0|0:54,0:54:78:.:.:0,78,1543:. 0|1:15,30:45:99:.:.:810,0,356:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1386:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1190:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:32,0:32:34:.:.:0,34,906:. 1|1:0,32:32:96:.:.:997,96,0:. 1|1:2,22:24:6:1|1:527113_T_A:815,6,0:. 1|0:13,14:27:99:0|1:527113_T_A:488,0,652:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,938:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:28,0:28:55:.:.:0,55,863:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1619:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:1,8:9:5:0|1:527113_T_A:320,0,5:. 0|0:5,0:5:1:.:.:0,1,102:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1264:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1345:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1201:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1098:. 0|1:20,26:46:99:0|1:527113_T_A:846,0,787:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1391:. 0|1:63,37:100:99:.:.:824,0,1630:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,130:131:99:1|1:527113_T_A:5487,340,0:. 0|0:75,0:75:42:.:.:0,42,1915:. 0|1:34,9:43:99:0|1:527113_T_A:223,0,1744:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,805:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,11:39:99:0|1:527113_T_A:343,0,1330:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,798:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:57,0:57:51:.:.:0,51,1478:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1161,114,0:. 0|1:56,8:64:99:0|1:527113_T_A:137,0,2846:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1319:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1030:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1776,177,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,813:. 0|1:34,26:60:99:.:.:821,0,871:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1529:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,779:. 1|0:33,15:48:99:0|1:527113_T_A:475,0,1610:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,922:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1418:. 0|1:10,69:79:99:0|1:527113_T_A:2549,0,328:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,992:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,899:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1086:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1082:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1058:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1323:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:59:.:.:0,59,1671:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,13:63:99:.:.:204,0,1716:. 0|0:48,0:48:86:.:.:0,86,1336:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1757:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1770:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1763:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,100:151:99:.:.:2508,0,1029:. 1|1:0,151:151:99:1|1:527113_T_A:6398,469,0:. 0|1:106,43:149:99:.:.:795,0,2800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:76:.:.:0,76,2569:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:75,27:102:99:.:.:788,0,1987:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1315:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,3581:. 1|0:96,19:115:99:0|1:527113_T_A:474,0,3698:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1411:. 0|1:40,47:87:99:.:.:1173,0,942:. 1|0:48,29:77:99:0|1:527113_T_A:956,0,1848:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1165:. 0|1:38,86:124:99:0|1:527113_T_A:3192,0,1282:. 0|1:21,126:147:99:0|1:527113_T_A:4759,0,691:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1150:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1390:. 0|1:43,84:127:99:0|1:527113_T_A:3155,0,1761:. 1|0:48,107:155:99:0|1:527113_T_A:3978,0,2169:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:1|1:527113_T_A:4150,295,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:527113_T_A:5489,406,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1374:. 0|1:95,29:124:99:.:.:482,0,2564:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,134:134:99:1|1:527113_T_A:5618,409,0:. 1|1:1,85:86:99:1|1:527113_T_A:3456,197,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1009:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1391:. 1|1:0,65:65:99:1|1:527113_T_A:2680,198,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,10:33:99:0|1:527113_T_A:338,0,1118:. 1|0:53,59:112:99:0|1:527113_T_A:2142,0,2392:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:527113_T_A:2946,219,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1642:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,15:83:99:0|1:527113_T_A:327,0,3566:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,34:137:99:.:.:626,0,2769:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,6:6:17:.:.:144,17,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,996:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1345:. 1|0:39,31:70:99:0|1:527113_T_A:1131,0,1983:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,20:101:99:0|1:527113_T_A:559,0,4064:. 1|1:1,65:66:99:1|1:527113_T_A:2654,138,0:. 0|1:56,60:116:99:0|1:527113_T_A:2105,0,2502:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1029:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1400:. 0|1:44,10:54:99:0|1:527113_T_A:220,0,2139:. 0|1:76,30:106:99:.:.:611,0,1999:. 1|0:48,70:118:99:0|1:527113_T_A:2556,0,2259:. 0|1:110,35:145:99:.:.:625,0,2959:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:65,26:91:99:0|1:527113_T_A:800,0,3346:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1667:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1103:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1476:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1245:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1634:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1132:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1230:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,109,1181:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,41:60:99:.:.:1047,0,380:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1716:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,974:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1796:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,13:43:99:.:.:255,0,809:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1169:. 1|0:9,23:32:99:0|1:527113_T_A:860,0,300:. 0|1:51,28:79:99:0|1:527113_T_A:930,0,2472:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1095:. 1|1:0,60:60:99:1|1:527113_T_A:2463,183,0:. 0|0:37,0:37:51:.:.:0,51,1003:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1333:. 0|1:60,27:87:99:.:.:565,0,1554:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1449,144,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,844:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1292:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1253:. 0|1:70,40:110:99:.:.:873,0,1803:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,205:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,57:99:99:.:.:1378,0,1010:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1157:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1003:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1002:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1159:. 1|0:51,12:63:99:0|1:527113_T_A:271,0,1384:. 1|0:4,40:44:48:0|1:527113_T_A:1519,0,48:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1328:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,4:11:99:0|1:527113_T_A:146,0,249:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,765:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:1|1:527113_T_A:3318,234,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1640:. 1|0:92,11:103:79:.:.:79,0,2980:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1749:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1574:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,144:144:99:1|1:527113_T_A:6463,448,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5371,456,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,113:118:99:.:.:3924,183,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,27:130:99:0|1:527113_T_A:791,0,4055:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1584:. 1|1:1,72:73:99:.:.:2513,182,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1647:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 1|1:0,70:70:99:1|1:527113_T_A:3064,211,0:. 1|1:1,112:113:99:.:.:4030,301,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:89:.:.:0,89,1440:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1441:. 1|0:8,70:78:14:.:.:2118,0,14:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1494:. 1|0:12,92:104:99:.:.:2859,0,100:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,179:180:99:.:.:6077,509,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,105:195:99:.:.:3024,0,2554:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1152:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1035:. 1|1:0,32:32:96:.:.:985,96,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1762:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,102:148:99:.:.:3045,0,1167:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5172,471,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,113,1451:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,9:32:99:.:.:206,0,747:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:1|1:527113_T_A:7645,536,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,147:153:99:.:.:4833,244,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1129:. 0|1:79,18:97:99:.:.:315,0,2398:. 1|0:93,105:198:99:.:.:2937,0,2652:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1310:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1361:. 0|1:66,105:171:99:0|1:527113_T_A:3710,0,1696:. 1|0:22,57:79:99:0|1:527113_T_A:2309,0,733:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1422:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,671:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1514:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:11,242:253:46:1|1:527113_T_A:9967,46,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1376:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1389:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2266,210,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1515:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1248:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1704:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1288:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1260:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1662:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1312:. 1|1:5,167:172:99:.:.:5561,332,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:527113_T_A:1592,111,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1007:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1539:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1483:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1333:. 0|1:15,118:133:99:.:.:3805,0,126:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3893,340,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1406:. 0|1:127,170:297:99:.:.:5142,0,3529:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,414:414:99:.:.:13948,1244,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1474:. 1|1:1,159:160:99:.:.:5364,445,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,688:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:527113_T_A:5203,376,0:. Pf3D7_01_v3 527132 . A G 1.71248e+06 PASS FS=0.677;MQ=60.34;QD=28.43;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E9G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAg/gGg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.593;VQSLOD=3.86;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=123.84;GQ_STDDEV=76.6;HRun=3;InbreedingCoeff=0.7703;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.476;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7372959;AF=0.056;AS_InbreedingCoeff=0.8052;MLEAC=289;MLEAF=0.055;AN=858;AC=75 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1604:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1688:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1606:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1386:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1190:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:35,0:35:49:.:.:0,49,973:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1143:. 1|1:0,26:26:78:1|1:527113_T_A:968,78,0:. 1|0:13,12:25:99:0|1:527113_T_A:430,0,666:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,236:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,756:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:28,0:28:71:.:.:0,71,747:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1619:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:25,0:25:56:.:.:0,56,682:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,10:12:21:0|1:527113_T_A:361,0,21:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1306:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1416:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1201:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1098:. 0|1:24,27:51:99:0|1:527113_T_A:885,0,860:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1391:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,130:131:99:1|1:527113_T_A:5347,336,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,6:38:99:0|1:527113_T_A:143,0,1757:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,13:41:99:0|1:527113_T_A:390,0,1357:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:55,0:55:64:.:.:0,64,1397:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:59,8:67:99:0|1:527113_T_A:147,0,2923:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1319:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:39,24:63:99:.:.:466,0,1384:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1529:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:28,16:44:99:0|1:527113_T_A:541,0,1478:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:40,0:40:92:.:.:0,92,1146:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1418:. 0|1:12,61:73:99:0|1:527113_T_A:2316,0,371:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,899:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1086:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,584:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1048:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1082:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1058:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1323:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:30:.:.:0,30,1583:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,32:65:99:.:.:826,0,736:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1757:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1770:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1763:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:1|1:527113_T_A:6373,478,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:88,24:112:99:.:.:296,0,3205:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1315:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:39:.:.:0,39,3761:. 1|0:92,20:112:99:0|1:527113_T_A:491,0,3488:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1411:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,25:71:99:0|1:527113_T_A:859,0,1814:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1165:. 0|1:42,84:126:99:0|1:527113_T_A:3136,0,1439:. 0|1:21,128:149:99:0|1:527113_T_A:4793,0,734:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1150:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1390:. 0|1:35,82:117:99:0|1:527113_T_A:3091,0,1564:. 1|0:50,111:161:99:0|1:527113_T_A:4010,0,2237:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:527113_T_A:4362,325,0:. 1|1:0,138:138:99:1|1:527113_T_A:5560,424,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1374:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:527113_T_A:5660,418,0:. 1|1:1,86:87:99:1|1:527113_T_A:3425,197,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1009:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1391:. 1|1:0,58:58:99:1|1:527113_T_A:2516,183,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,10:34:99:0|1:527113_T_A:322,0,1215:. 1|0:46,63:109:99:0|1:527113_T_A:2272,0,2235:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:527113_T_A:2807,208,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1642:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,13:94:99:0|1:527113_T_A:253,0,3905:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,159:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,996:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1345:. 1|0:39,37:76:99:0|1:527113_T_A:1246,0,2027:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,21:104:99:0|1:527113_T_A:527,0,4177:. 1|1:1,66:67:99:1|1:527113_T_A:2756,153,0:. 0|1:49,58:107:99:0|1:527113_T_A:1972,0,2296:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1029:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1400:. 0|1:48,8:56:99:0|1:527113_T_A:171,0,2275:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,71:118:99:0|1:527113_T_A:2563,0,2209:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1977,210,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:69,26:95:99:0|1:527113_T_A:783,0,3438:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1667:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1103:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1476:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1245:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1634:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1132:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1230:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,109,1181:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1716:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,974:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1796:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1169:. 1|0:10,28:38:99:0|1:527113_T_A:933,0,278:. 0|1:47,26:73:99:0|1:527113_T_A:891,0,2422:. 0|0:40,0:40:89:.:.:0,89,1102:. 1|1:0,61:61:99:1|1:527113_T_A:2420,183,0:. 0|0:41,0:41:71:.:.:0,71,1079:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1047:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1333:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1121:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,844:. 0|1:13,81:94:99:.:.:1960,0,130:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1292:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1019:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1253:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1157:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1003:. 1|1:0,24:24:72:.:.:671,72,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1002:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,308:. 0|0:31,0:31:79:.:.:0,79,885:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1159:. 1|0:61,11:72:99:0|1:527113_T_A:104,0,2914:. 1|0:5,42:47:57:0|1:527113_T_A:1604,0,57:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1328:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,4:10:99:0|1:527113_T_A:149,0,221:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:527113_T_A:3443,244,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1640:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1749:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1574:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,157:157:99:1|1:527113_T_A:6719,475,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,27:130:99:0|1:527113_T_A:839,0,4078:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1584:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1647:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 1|1:0,72:72:99:1|1:527113_T_A:3149,220,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:63:.:.:0,63,1268:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,763:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1441:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1494:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1152:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1035:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1111:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1762:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,113,1451:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:527113_T_A:7831,559,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1129:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1310:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1361:. 0|1:94,85:179:99:0|1:527113_T_A:1987,0,4300:. 1|0:25,60:85:99:0|1:527113_T_A:2351,0,860:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1422:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,687:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1514:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:14,275:289:99:1|1:527113_T_A:10851,105,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1376:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1389:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1515:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1248:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1704:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,597:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1288:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1260:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1662:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1312:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:527113_T_A:1646,117,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1487:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1539:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1483:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1333:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1406:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1474:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,298:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:1|1:527113_T_A:4916,358,0:. Pf3D7_01_v3 527210 . A G 1.37055e+06 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=21.33;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N35S;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAc/aGc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.67;VQSLOD=5.63;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=28.57;GQ_MEAN=112.75;GQ_STDDEV=35.02;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9093;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.078;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7963003;AF=0.055;AS_InbreedingCoeff=0.7667;MLEAC=288;MLEAF=0.055;AN=858;AC=78 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1604:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1688:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1606:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1386:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,884:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1190:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1378:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,553:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:31,0:31:67:.:.:0,67,925:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,276:. 1|1:0,29:29:87:.:.:828,87,0:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,992:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1104:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1619:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1016:. 1|1:0,36:36:99:.:.:931,106,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,365:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1306:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1348:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1201:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1076:. 1|0:47,19:66:99:.:.:260,0,1166:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1391:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1280:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1289:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1609:. 1|0:34,21:55:99:1|0:527204_G_T:399,0,982:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1000:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1529:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,971:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1073:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1418:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1472,166,0:. 0|0:152,0:152:24:.:.:0,24,3550:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,952:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1086:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1082:. 1|1:1,55:56:99:.:.:1460,137,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1323:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,28:75:99:.:.:503,0,1099:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1757:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1770:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1763:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,48:146:99:.:.:876,0,2484:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1315:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:17,181:198:69:.:.:4361,69,0:. 1|0:129,19:148:40:.:.:40,0,3410:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1411:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,44:99:99:.:.:904,0,1378:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,100:141:99:.:.:2254,0,809:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1150:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1390:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3208,368,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:4605,523,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1374:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4764,526,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1009:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1391:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1626,180,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3376,372,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1642:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:0:.:.:0,0,3350:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,463:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,996:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1345:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:133,0:133:86:.:.:0,86,3357:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1029:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1400:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,11:71:81:.:.:81,0,1614:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1667:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1103:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1476:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1027:. 1|1:0,76:76:99:1|1:527174_A_T:2067,227,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,106,1634:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1132:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1230:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,109,1181:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,104:118:65:.:.:2398,0,65:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1716:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1796:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1169:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1170:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1960,216,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1368:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1047:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1333:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1121:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1031:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1292:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1019:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1253:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1157:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1188:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,6:41:44:.:.:44,0,955:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1002:. 0|1:235,71:306:99:.:.:1032,0,6202:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,341:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1159:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,61:64:99:.:.:1563,99,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1328:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,3:8:56:.:.:56,0,126:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1104:. 1|1:0,29:29:87:.:.:783,87,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1640:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1749:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1574:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4832,427,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5714,505,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,109:131:99:.:.:3324,0,367:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,170:171:99:.:.:5622,477,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1277:. 0|1:72,12:84:99:.:.:169,0,2336:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1584:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1647:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2996,265,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1441:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1494:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2323,213,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1035:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1762:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,27:161:99:.:.:442,0,4139:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,113,1451:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:17,70:87:99:.:.:2049,0,332:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1622:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:190,42:232:99:.:.:623,0,5842:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1014:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1129:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,166:173:99:.:.:4931,310,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,18:99:99:.:.:311,0,2390:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1422:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,777:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:38:.:.:0,38,5234:. 1|0:38,254:292:99:.:.:7230,0,366:. 1|0:76,18:94:99:.:.:294,0,2340:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1376:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1389:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:113,32:145:99:.:.:643,0,3433:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,143:189:99:.:.:4087,0,888:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1248:. 1|1:0,181:181:99:.:.:6081,544,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:6151,567,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,981:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1288:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1260:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3546,318,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1312:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1343:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2880,256,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1487:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:158,73:231:99:.:.:1700,0,4821:. 0|1:164,45:209:99:.:.:900,0,5110:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1539:. 0|1:167,37:204:99:.:.:626,0,5168:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1143:. 0|1:75,112:187:99:.:.:3142,0,1931:. 0|1:123,23:146:99:.:.:364,0,3933:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1406:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,109:145:99:.:.:3178,0,827:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4740,432,0:. Pf3D7_01_v3 527341 . G A 3.17353e+06 PASS FS=0;MQ=60.11;QD=23.33;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E79K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.697;VQSLOD=7.96;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.8;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=19.05;GQ_MEAN=122.02;GQ_STDDEV=47.61;HRun=4;InbreedingCoeff=0.8141;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.526;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9273420;AF=0.124;AS_InbreedingCoeff=0.7287;MLEAC=651;MLEAF=0.124;AN=856;AC=138 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1282:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1604:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1721:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1606:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1386:. 0|1:6,49:55:17:.:.:1433,0,17:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1190:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1109:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1607,150,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1374:. 0|0:42,0:42:66:.:.:0,66,1129:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,204:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1130:. 1|0:49,11:60:99:.:.:172,0,1254:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:82:.:.:0,82,2322:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,6:6:17:.:.:160,17,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1306:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1348:. 0|1:37,53:90:99:.:.:1404,0,796:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1201:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,15:121:99:.:.:107,0,2672:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,33:46:99:.:.:868,0,213:. 1|0:62,15:77:99:.:.:189,0,1481:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1391:. 0|1:40,70:110:99:.:.:1849,0,817:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:1,197:198:99:.:.:5933,569,0:. 1|1:1,185:186:99:.:.:5551,535,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2743,273,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1259:. 0|1:14,81:95:99:.:.:2098,0,121:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1289:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,7:29:99:.:.:129,0,527:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,53:55:99:.:.:1558,110,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,11:94:55:.:.:55,0,2026:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3737,367,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1529:. 1|0:65,28:93:99:.:.:587,0,1608:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,840:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1418:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,952:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1104:. 1|0:21,53:74:99:.:.:1371,0,374:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1659,164,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:94,15:109:99:.:.:120,0,2321:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1323:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4363,436,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,18:123:99:.:.:187,0,2676:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,17:99:99:.:.:221,0,2061:. 1|0:56,24:80:99:.:.:487,0,1337:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:35,77:112:99:.:.:1962,0,639:. 0|1:73,54:127:99:.:.:1245,0,1638:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,116,1770:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1763:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5476,546,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,140:220:99:.:.:3549,0,1597:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1315:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:170,25:195:99:.:.:142,0,4245:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1411:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,11:72:99:.:.:101,0,1425:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1150:. 1|0:98,36:134:99:.:.:718,0,2335:. 1|0:130,46:176:99:.:.:871,0,3135:. 0|1:156,46:202:99:.:.:771,0,3629:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3378,336,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1009:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1391:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,23:54:99:.:.:563,0,711:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,119:124:99:.:.:3474,235,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1642:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:72:.:.:0,72,2720:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:8,158:166:99:.:.:4708,282,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,11:11:33:.:.:345,33,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,996:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2772,271,0:. 1|0:35,49:84:99:.:.:1258,0,740:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,32:146:99:.:.:515,0,2815:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:152,0:152:82:.:.:0,82,3610:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1029:. 1|0:22,60:82:99:.:.:1616,0,382:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,44:124:99:.:.:921,0,3274:. 0|0:133,0:133:6:.:.:0,6,3030:. 1|0:119,39:158:99:.:.:721,0,2878:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1812:. 1|1:1,105:106:99:.:.:3203,289,0:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2860,283,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:42,88:130:99:.:.:2300,0,769:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1667:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1103:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1476:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,30:97:99:.:.:596,0,1514:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3519,351,0:. 0|1:100,31:131:99:0|1:527341_G_A:547,0,2619:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:6:.:.:0,6,1359:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1230:. 1|0:52,17:69:99:.:.:326,0,1289:. 1|0:31,59:90:99:.:.:1521,0,581:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1716:. 0|1:22,48:70:99:.:.:1228,0,395:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1796:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1169:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1170:. 0|0:107,0:107:36:.:.:0,36,2489:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1368:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1047:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1333:. 0|1:73,19:92:99:.:.:289,0,1714:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1121:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1031:. 1|0:81,13:94:99:.:.:109,0,2065:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1292:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1019:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1253:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,107:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,88:150:99:.:.:2156,0,1305:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1157:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:90,23:113:99:.:.:317,0,2190:. 1|1:4,178:182:99:.:.:5307,432,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1002:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1394,144,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1159:. 0|0:90,0:90:17:.:.:0,17,2103:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1328:. 1|1:2,125:127:99:.:.:3743,321,0:. 1|0:5,6:11:99:.:.:151,0,111:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1233:. 1|1:4,137:141:99:.:.:4121,306,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,205:210:99:.:.:7209,455,0:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5714,478,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1640:. 0|1:96,88:184:99:.:.:2573,0,2748:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1749:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1574:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:6478,542,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1304:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7712,643,0:. 1|1:0,229:229:99:.:.:8006,689,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1277:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1584:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,213:214:99:.:.:7593,610,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,206:216:99:.:.:7057,292,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1441:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,183:184:99:.:.:6225,522,0:. 1|1:2,264:266:99:.:.:8904,780,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1494:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,427:431:99:.:.:14782,1224,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1762:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,220:262:99:.:.:6635,0,605:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,113,1451:. 1|1:3,378:381:99:.:.:12976,1041,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1622:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,181:242:99:.:.:5465,0,1296:. 1|0:154,58:212:99:.:.:1364,0,4569:. 0|1:107,63:170:99:.:.:1664,0,2794:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,2448:. 1|0:49,163:212:99:.:.:4791,0,1063:. 1|0:65,17:82:99:.:.:340,0,1788:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1129:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,159:240:99:.:.:4821,0,2032:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1422:. 0|0:54,0:54:25:.:.:0,25,1478:. 1|0:212,32:244:99:.:.:393,0,6185:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:237,30:267:99:.:.:175,0,6918:. 1|1:16,195:211:99:.:.:6238,107,0:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1376:. 1|1:4,399:403:99:.:.:13362,1071,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:268,0:268:53:.:.:0,53,7648:. 1|1:2,396:398:99:.:.:13714,1149,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,212:213:99:.:.:7371,607,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1288:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1260:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:.:.:8707,758,0:. 1|1:13,258:271:99:.:.:8531,357,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1343:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1487:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:211,62:273:99:.:.:1267,0,6366:. 1|0:207,80:287:99:.:.:1858,0,6126:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1012,90,0:. 1|1:0,203:203:99:.:.:7119,611,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1143:. 1|0:177,76:253:99:.:.:1824,0,5129:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,19:235:14:.:.:0,14,6510:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1406:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2399,210,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,728:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 527758 . G T 449033 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=22.36;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D218Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Tat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.74;VQSLOD=5.93;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=9.52;GQ_MEAN=106.42;GQ_STDDEV=20.24;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8389;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.13;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10136570;AF=0.025;AS_InbreedingCoeff=-0.0455;MLEAC=129;MLEAF=0.025;AN=858;AC=27 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1604:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1305:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1384:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1724:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1356:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1363:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:33,0:33:36:.:.:0,36,856:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,993:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1091,102,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1614:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1016:. 0|0:32,0:32:59:.:.:0,59,801:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:33:.:.:0,33,547:. 0|0:12,0:12:17:.:.:0,17,277:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1656:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1604:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1523:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1266:. 0|0:161,0:161:95:.:.:0,95,3833:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1088:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1391:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1204:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1261:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1131:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1529:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1342:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,952:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1309:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1323:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2209:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,48:175:99:.:.:984,0,3007:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,124:209:99:.:.:3088,0,1712:. 1|0:88,35:123:99:.:.:715,0,2114:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1315:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3695,364,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1411:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1150:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1391:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1642:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2941,286,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1029:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2178,210,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1103:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,35:100:99:.:.:738,0,1466:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3360,328,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,13:52:99:.:.:261,0,926:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1230:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,16:92:99:.:.:230,0,1796:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1716:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1796:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1363:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1722:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1047:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1121:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1497:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1019:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1253:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,262:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1002:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,567:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1328:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,487:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1640:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1749:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3360,280,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1145:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1584:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,423:424:99:.:.:15247,1240,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1336:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,526:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1494:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1762:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,113,1451:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,29:41:99:.:.:873,0,279:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,52:138:99:.:.:1333,0,2396:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,33:64:99:.:.:936,0,795:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1129:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:80:.:.:0,80,1004:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1051:. 1|1:8,204:212:99:.:.:6852,359,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:415,0:415:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1376:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1288:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1260:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,32:32:96:1|1:527758_G_T:1117,96,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,521:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1143:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1406:. 0|0:428,0:428:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:418,0:418:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1400:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 527830 . C T 6.06876e+06 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=25.23;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L242F;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ctt/Ttt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.708;VQSLOD=8.23;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.19;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=23.81;GQ_MEAN=168.61;GQ_STDDEV=129.41;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6109;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.461;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11340742;AF=0.298;AS_InbreedingCoeff=0.7708;MLEAC=1571;MLEAF=0.299;AN=858;AC=245 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1604:. 0|1:39,31:70:99:.:.:800,0,866:. 0|0:87,0:87:96:.:.:0,96,2246:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:49,0:49:97:.:.:0,97,1384:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1384:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2928,277,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1724:. 1|0:35,11:46:99:.:.:216,0,874:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1363:. 0|0:44,0:44:48:.:.:0,48,1138:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,1239:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1054:. 1|1:0,5:5:15:.:.:165,15,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1054:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1130,114,0:. 0|1:29,39:68:99:.:.:1043,0,626:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5857,584,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1690,170,0:. 0|0:46,0:46:85:.:.:0,85,1179:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,693:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1656:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1604:. 1|0:71,45:116:99:.:.:981,0,1549:. 1|0:26,92:118:99:.:.:2469,0,395:. 0|1:42,19:61:99:.:.:420,0,1047:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1511:. 1|0:101,37:138:99:.:.:726,0,2419:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,42:44:93:.:.:1239,93,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,84:91:68:.:.:2375,68,0:. 1|0:83,27:110:99:.:.:505,0,1953:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,31:60:99:.:.:754,0,599:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,816:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,15:59:99:.:.:277,0,996:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,30:31:62:.:.:850,62,0:. 0|0:117,0:117:73:.:.:0,73,2822:. 0|1:197,39:236:99:.:.:457,0,4994:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2897,291,0:. 1|1:1,73:74:99:.:.:2146,212,0:. 1|0:30,88:118:99:.:.:2322,0,505:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1261:. 0|1:31,53:84:99:.:.:1298,0,628:. 1|0:48,27:75:99:.:.:610,0,1089:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4009,401,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,296:296:99:.:.:9113,889,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1131:. 1|0:68,48:116:99:.:.:1078,0,1562:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1529:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1105:. 1|0:41,36:77:99:.:.:844,0,950:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1149:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3359,336,0:. 1|1:6,90:96:99:.:.:2605,114,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1182:. 0|1:110,53:163:99:.:.:1114,0,2543:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,952:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1309:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1323:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:68:.:.:0,68,1837:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:53:.:.:0,53,4130:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,79:97:99:.:.:2056,0,228:. 1|0:58,43:101:99:.:.:958,0,1293:. 0|0:52,0:52:62:.:.:0,62,1253:. 0|0:121,0:121:45:.:.:0,45,2693:. 0|1:28,106:134:99:.:.:2765,0,365:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,192:197:99:.:.:5590,446,0:. 1|0:49,165:214:99:.:.:4292,0,735:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,86:97:14:.:.:2288,0,14:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,69:130:99:.:.:1639,0,1307:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,158:191:99:.:.:4108,0,338:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:155,43:198:99:.:.:697,0,3635:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,45:130:99:.:.:1000,0,1941:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:67:.:.:0,67,2500:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,39:145:99:.:.:714,0,2396:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1411:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,46:141:99:.:.:945,0,2235:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1150:. 0|1:38,96:134:99:.:.:2453,0,669:. 1|0:56,118:174:99:.:.:2958,0,1056:. 0|1:74,135:209:99:.:.:3286,0,1332:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,29:193:99:.:.:305,0,4020:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3071,320,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1391:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,18:72:99:.:.:334,0,1283:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,160:161:99:.:.:4648,454,0:. 1|0:37,46:83:99:.:.:1058,0,759:. 1|1:3,236:239:99:.:.:6817,639,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,135:137:99:.:.:4033,353,0:. 1|1:8,126:134:99:.:.:3542,171,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,31:107:99:.:.:620,0,1791:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,114:173:99:.:.:2870,0,1136:. 1|0:100,90:190:99:.:.:2083,0,2185:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:19:.:.:0,19,434:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3049,304,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,157:158:99:.:.:4609,446,0:. 1|0:132,26:158:99:.:.:304,0,3163:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:128,41:169:99:.:.:707,0,3098:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1029:. 0|1:23,64:87:99:.:.:1649,0,372:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,25:144:99:.:.:304,0,2958:. 0|1:166,38:204:99:.:.:522,0,3979:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:4,143:147:99:.:.:4186,326,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1103:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,2385:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5383,546,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,59:103:99:.:.:1436,0,872:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:64,57:121:99:.:.:1357,0,1398:. 1|0:27,94:121:99:.:.:2415,0,393:. 1|0:15,35:50:99:.:.:888,0,273:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2509,257,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:26:.:.:0,26,3321:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,113:177:99:.:.:2795,0,1212:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1716:. 0|0:73,0:73:81:.:.:0,81,1757:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,112,1796:. 0|1:14,94:108:42:.:.:2477,0,42:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1363:. 0|1:55,18:73:99:.:.:318,0,1321:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,46:68:99:.:.:1154,0,385:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,10:64:99:.:.:116,0,1210:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1047:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,23:118:99:.:.:343,0,2234:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5579,561,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1121:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1497:. 1|0:25,89:114:99:.:.:2347,0,368:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1019:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1253:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:1:.:.:0,1,210:. 1|0:107,54:161:99:.:.:1128,0,2437:. 0|1:77,56:133:99:.:.:1301,0,1783:. 1|0:74,62:136:99:.:.:1413,0,1643:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4476,452,0:. 0|1:39,58:97:99:.:.:1481,0,797:. 1|1:3,200:203:99:.:.:5858,522,0:. 0|1:50,12:62:99:.:.:170,0,1224:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1002:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,30:126:99:.:.:510,0,2273:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:194,0:194:10:.:.:0,10,4195:. 0|0:110,0:110:49:.:.:0,49,2620:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2271,222,0:. 0|1:87,16:103:99:.:.:142,0,2124:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3234,320,0:. 0|1:14,6:20:99:.:.:126,0,320:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,900:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,14:20:99:.:.:367,0,114:. 1|1:0,148:148:99:.:.:5247,445,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:.:.:6108,520,0:. 0|0:148,0:148:58:.:.:0,58,4406:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4594,396,0:. 1|1:1,94:95:99:.:.:3130,274,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:.:.:5072,430,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:5204,435,0:. 1|0:14,115:129:95:.:.:3620,0,95:. 1|1:1,171:172:99:.:.:5988,484,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,111:160:99:.:.:3452,0,1228:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,95:146:99:.:.:3000,0,1343:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5232,457,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|0:87,10:97:66:.:.:66,0,2744:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1584:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5516,466,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,538:539:99:.:.:18963,1585,0:. 1|1:0,410:410:99:.:.:14354,1233,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1336:. 1|1:0,22:22:66:.:.:768,66,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,87:99:99:.:.:2620,0,115:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,403:404:99:.:.:13327,1169,0:. 1|1:1,170:171:99:.:.:5741,477,0:. 1|1:1,235:236:99:.:.:7724,670,0:. 1|1:0,226:226:99:.:.:7780,679,0:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,143:279:99:.:.:4106,0,3688:. 1|1:5,396:401:99:.:.:12809,1074,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:12,224:236:99:.:.:7109,283,0:. 0|1:57,189:246:99:.:.:5474,0,1043:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:.:.:6570,597,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,113,1451:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:180,144:324:99:.:.:3796,0,4692:. 1|0:9,37:46:99:.:.:1077,0,183:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:.:.:7389,651,0:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,75:155:99:.:.:1977,0,2488:. 1|1:1,295:296:99:.:.:10095,855,0:. 1|1:3,235:238:99:.:.:7768,618,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,38:59:99:.:.:1079,0,591:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1129:. 1|0:75,91:166:99:.:.:2597,0,1934:. 1|0:189,243:432:99:.:.:6697,0,4380:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,270:273:99:.:.:8398,714,0:. 0|1:227,36:263:99:1|0:527805_A_T:361,0,8398:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,107:216:99:.:.:3023,0,2872:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,29:35:63:.:.:876,0,63:. 1|0:233,27:260:99:.:.:151,0,6773:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1051:. 1|1:8,256:264:99:.:.:8397,539,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,10:101:7:.:.:7,0,2670:. 0|1:200,29:229:99:.:.:322,0,6125:. 0|1:27,199:226:99:.:.:6027,0,187:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,132:156:99:.:.:4024,0,324:. 0|1:178,213:391:99:.:.:5810,0,4341:. 1|1:20,525:545:99:.:.:16985,977,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,29:87:99:.:.:779,0,1668:. 1|1:0,358:358:99:.:.:11882,1076,0:. 1|1:5,248:253:99:.:.:7879,659,0:. 1|1:1,200:201:99:.:.:6577,566,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2619,226,0:. 0|1:51,53:104:99:.:.:1549,0,1332:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,33:117:99:.:.:773,0,2442:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:5364,469,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4890,427,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2201,192,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1100:. 1|1:0,128:128:99:.:.:4436,385,0:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4510,394,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3203,291,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,179:179:99:.:.:6051,538,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:38,9:47:99:.:.:160,0,1131:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,493:. 1|1:0,235:235:99:.:.:7842,706,0:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6661,577,0:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7247,649,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:436,36,0:. 1|1:0,179:179:99:.:.:6163,538,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6133,535,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1143:. 1|1:0,195:195:99:.:.:6546,586,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6054,535,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,164:175:99:.:.:5215,140,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1406:. 0|0:428,0:428:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2854,247,0:. 1|1:0,284:284:99:.:.:9791,854,0:. 0|0:418,0:418:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,120:160:99:.:.:3655,0,832:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1763,156,0:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 528041 . C A 2.02019e+07 PASS FS=0;MQ=60.15;QD=28.21;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=P312H;SNPEFF_CODON_CHANGE=cCt/cAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.7;VQSLOD=9.74;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.42;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.991;GC=28.57;GQ_MEAN=253.08;GQ_STDDEV=275.48;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5096;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.289;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14187049;AF=0.636;AS_InbreedingCoeff=0.5194;MLEAC=3350;MLEAF=0.638;AN=858;AC=482 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:30,22:52:99:0|1:528041_C_A:566,0,742 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1492 0|1:46,35:81:99:0|1:528041_C_A:1247,0,1791 1|1:3,57:60:96:.:.:2163,96,0 1|1:4,61:65:16:1|1:528041_C_A:2459,16,0 1|0:5,41:46:99:0|1:528041_C_A:1657,0,126 1|1:0,52:52:99:1|1:528041_C_A:2265,159,0 1|1:0,68:68:99:1|1:528041_C_A:3062,214,0 1|1:0,94:94:99:1|1:528041_C_A:4187,292,0 0|1:15,47:62:99:0|1:528041_C_A:1959,0,492 0|1:26,15:41:99:0|1:528041_C_A:539,0,1024 1|1:0,64:64:99:.:.:2029,192,0 0|0:37,0:37:11:.:.:0,11,878 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1220 1|0:4,19:23:99:0|1:528041_C_A:767,0,340 1|1:0,31:31:93:1|1:528041_C_A:1309,93,0 1|1:0,9:9:27:1|1:528041_C_A:393,27,0 1|1:0,33:33:99:1|1:528041_C_A:1465,102,0 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,39:39:99:1|1:528041_C_A:1742,120,0 1|0:25,33:58:99:.:.:873,0,740 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,55:55:99:1|1:528041_C_A:2403,166,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1005,101,0 1|0:45,57:102:99:.:.:1424,0,1107 1|1:0,25:25:75:1|1:528041_C_A:1118,75,0 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360 1|1:1,62:63:99:1|1:528041_C_A:2740,160,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800 1|0:34,63:97:99:.:.:1628,0,653 1|0:86,30:116:99:0|1:528041_C_A:964,0,4234 1|0:42,16:58:99:.:.:323,0,1397 1|1:0,359:359:99:1|1:528041_C_A:15718,1095,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1536 0|1:92,66:158:99:0|1:528041_C_A:2395,0,3422 1|1:0,97:97:99:1|1:528041_C_A:4324,298,0 0|1:7,35:42:99:0|1:528041_C_A:1426,0,163 0|1:47,12:59:99:0|1:528041_C_A:340,0,1835 1|1:0,71:71:99:1|1:528041_C_A:3063,213,0 1|1:0,86:86:99:1|1:528041_C_A:3769,262,0 0|1:87,41:128:99:.:.:876,0,2680 1|1:0,83:83:99:1|1:528041_C_A:3638,252,0 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,195:196:99:1|1:528041_C_A:8366,502,0 1|0:95,19:114:99:0|1:528041_C_A:489,0,4097 1|0:54,32:86:99:0|1:528041_C_A:1051,0,2223 1|1:1,39:40:92:1|1:528041_C_A:1651,92,0 1|0:84,20:104:99:0|1:528041_C_A:581,0,3447 0|1:34,26:60:99:0|1:528041_C_A:923,0,1290 1|1:1,103:104:99:1|1:528041_C_A:4459,309,0 1|0:16,14:30:99:.:.:334,0,369 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,67:73:49:1|1:528041_C_A:1844,49,0 1|1:1,102:103:99:1|1:528041_C_A:4521,280,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,80:83:99:1|1:528041_C_A:3505,143,0 0|1:43,34:77:99:0|1:528041_C_A:1240,0,1632 0|0:115,0:115:99:.:.:0,113,1800 1|0:15,87:102:99:.:.:2336,0,309 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,56:56:99:1|1:528041_C_A:2406,175,0 1|0:32,79:111:99:.:.:2101,0,1013 0|1:47,113:160:99:.:.:4371,0,790 0|1:24,82:106:99:0|1:528041_C_A:3299,0,821 0|0:37,0:37:79:.:.:0,79,952 0|1:47,35:82:99:0|1:528041_C_A:1253,0,1894 1|1:0,61:61:99:1|1:528041_C_A:2600,184,0 1|0:25,17:42:99:0|1:528041_C_A:404,0,597 1|1:1,113:114:99:1|1:528041_C_A:5093,329,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,116:116:99:1|1:528041_C_A:5054,355,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1419 0|1:60,112:172:99:0|1:528041_C_A:4384,0,2202 0|1:15,79:94:99:0|1:528041_C_A:3242,0,432 1|1:1,66:67:99:1|1:528041_C_A:2826,183,0 1|1:0,68:68:99:1|1:528041_C_A:3076,217,0 0|1:6,62:68:72:0|1:528041_C_A:2539,0,72 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1150 0|1:29,31:60:99:0|1:528041_C_A:1209,0,1388 1|0:62,45:107:99:0|1:528041_C_A:1691,0,2611 1|1:0,71:71:99:1|1:528041_C_A:3239,223,0 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,75:75:99:1|1:528041_C_A:3310,232,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,139:139:99:1|1:528041_C_A:6221,424,0 1|0:22,80:102:99:0|1:528041_C_A:3161,0,675 0|0:169,0:169:29:.:.:0,29,3734 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|1:76,34:110:99:0|1:528041_C_A:1177,0,3525 0|1:63,53:116:99:0|1:528041_C_A:1264,0,2126 0|1:20,24:44:99:0|1:528041_C_A:1061,0,810 0|0:144,0:144:96:.:.:0,96,3232 0|1:26,119:145:99:0|1:528041_C_A:4809,0,1445 1|1:6,144:150:99:.:.:4070,217,0 1|1:0,248:248:99:1|1:528041_C_A:11050,761,0 0|0:213,0:213:99:.:.:0,109,1800 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|1:104,18:122:99:0|1:528041_C_A:392,0,4324 1|0:81,37:118:99:0|1:528041_C_A:773,0,1812 1|0:57,67:124:99:.:.:1667,0,2152 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,126:132:99:1|1:528041_C_A:5250,134,0 1|1:3,217:220:99:.:.:6724,582,0 1|0:27,142:169:99:0|1:528041_C_A:5747,0,693 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,212:213:99:1|1:528041_C_A:9229,634,0 1|0:97,81:178:99:.:.:2636,0,2106 1|1:1,262:263:99:1|1:528041_C_A:11734,778,0 1|1:0,135:135:99:1|1:528041_C_A:5880,409,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 0|1:76,62:138:99:0|1:528041_C_A:2357,0,3102 1|1:0,223:223:99:1|1:528041_C_A:9773,674,0 0|1:91,66:157:99:0|1:528041_C_A:2432,0,3792 1|1:0,179:179:99:.:.:7874,551,0 0|1:76,115:191:99:0|1:528041_C_A:4444,0,3332 1|1:1,123:124:99:1|1:528041_C_A:5486,354,0 1|1:0,161:161:99:1|1:528041_C_A:7217,497,0 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 1|0:59,100:159:99:.:.:2486,0,1873 1|1:0,160:160:99:1|1:528041_C_A:7302,500,0 0|1:94,69:163:99:0|1:528041_C_A:2654,0,3911 1|0:81,54:135:99:0|1:528041_C_A:1948,0,3108 0|1:25,69:94:99:0|1:528041_C_A:2860,0,857 1|1:0,203:203:99:1|1:528041_C_A:9067,629,0 0|0:210,0:210:52:.:.:0,52,4615 1|0:30,121:151:99:0|1:528041_C_A:4927,0,1085 1|1:0,228:228:99:1|1:528041_C_A:9995,701,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|0:196,0:196:99:.:.:0,114,1800 1|1:0,234:234:99:1|1:528041_C_A:10641,722,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,148:148:99:1|1:528041_C_A:6557,454,0 1|1:0,198:198:99:1|1:528041_C_A:8657,611,0 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|1:144,12:156:65:0|1:528041_C_A:65,0,7931 0|1:97,98:195:99:0|1:528041_C_A:3748,0,3650 1|1:0,228:228:99:1|1:528041_C_A:10162,710,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,100:100:99:1|1:528041_C_A:4286,304,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,96:96:99:1|1:528041_C_A:4254,292,0 1|1:4,228:232:99:.:.:6686,609,0 1|0:30,41:71:99:.:.:1063,0,805 1|1:0,146:146:99:1|1:528041_C_A:6484,445,0 1|1:0,145:145:99:1|1:528041_C_A:6385,442,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,217:217:99:1|1:528041_C_A:9595,662,0 1|1:2,121:123:99:1|1:528041_C_A:5366,257,0 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,10:135:80:.:.:0,80,3159 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|0:31,84:115:99:.:.:2196,0,1215 1|0:43,58:101:99:.:.:1442,0,1659 1|0:17,195:212:99:0|1:528041_C_A:7813,0,213 1|0:66,115:181:99:0|1:528041_C_A:4638,0,2400 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,263 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,188:188:99:.:.:5752,565,0 1|1:0,91:91:99:1|1:528041_C_A:4063,280,0 1|1:0,75:75:99:1|1:528041_C_A:3376,232,0 1|0:31,68:99:99:0|1:528041_C_A:2686,0,987 1|0:52,84:136:99:0|1:528041_C_A:3328,0,1829 1|0:101,51:152:99:0|1:528041_C_A:1742,0,4040 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|1:163,36:199:99:0|1:528041_C_A:958,0,6831 1|1:2,146:148:99:1|1:528041_C_A:6482,345,0 0|1:22,73:95:99:0|1:528041_C_A:2946,0,1368 1|0:61,19:80:99:0|1:528041_C_A:611,0,2474 0|1:67,38:105:99:0|1:528041_C_A:1388,0,3046 1|0:40,104:144:99:.:.:2686,0,643 1|1:0,211:211:99:1|1:528041_C_A:9347,650,0 1|0:65,17:82:99:.:.:269,0,1632 1|1:0,139:139:99:1|1:528041_C_A:6164,427,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,247:247:99:1|1:528041_C_A:10938,767,0 0|0:119,0:119:99:.:.:0,103,1800 1|1:7,131:138:99:1|1:528041_C_A:3873,226,0 1|1:0,150:150:99:1|1:528041_C_A:6646,466,0 1|1:0,221:221:99:1|1:528041_C_A:9750,686,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|1:89,15:104:99:0|1:528041_C_A:320,0,3576 1|1:0,243:243:99:1|1:528041_C_A:10966,752,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,72:75:99:.:.:2135,147,0 1|1:0,103:103:99:1|1:528041_C_A:4688,322,0 1|1:0,78:78:99:1|1:528041_C_A:3453,244,0 0|1:174,26:200:99:0|1:528041_C_A:540,0,8274 0|1:35,51:86:99:0|1:528041_C_A:1972,0,1259 1|1:4,135:139:99:1|1:528041_C_A:5851,244,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|1:128,23:151:99:.:.:259,0,4938 1|1:0,118:118:99:1|1:528041_C_A:5161,361,0 1|0:9,39:48:99:0|1:528041_C_A:1580,0,356 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|1:41,46:87:99:0|1:528041_C_A:1732,0,1538 1|0:44,74:118:99:.:.:1852,0,1299 1|1:0,80:80:99:1|1:528041_C_A:3553,247,0 1|1:0,138:138:99:1|1:528041_C_A:6047,421,0 1|1:0,99:99:99:1|1:528041_C_A:4410,301,0 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 1|0:75,105:180:99:0|1:528041_C_A:4196,0,2640 1|1:0,106:106:99:1|1:528041_C_A:4566,319,0 1|1:2,71:73:74:1|1:528041_C_A:2960,74,0 1|0:15,187:202:99:0|1:528041_C_A:7628,0,358 1|0:96,10:106:99:0|1:528041_C_A:102,0,3885 1|0:48,26:74:99:.:.:593,0,1333 1|1:0,62:62:99:1|1:528041_C_A:2756,199,0 1|0:49,15:64:99:0|1:528041_C_A:470,0,1972 0|1:85,39:124:99:.:.:828,0,3101 1|0:14,38:52:99:0|1:528041_C_A:1528,0,439 1|1:0,75:75:99:1|1:528041_C_A:3159,226,0 0|1:17,44:61:99:0|1:528041_C_A:1813,0,581 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,94:94:99:1|1:528041_C_A:4200,292,0 1|0:91,20:111:99:0|1:528041_C_A:558,0,3616 1|1:0,200:200:99:1|1:528041_C_A:9036,620,0 1|1:0,82:82:99:1|1:528041_C_A:3619,256,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,49:49:99:1|1:528041_C_A:2257,157,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|0:121,0:121:50:.:.:0,50,2812 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,84:84:99:1|1:528041_C_A:3792,259,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1770 0|1:135,29:164:99:0|1:528041_C_A:811,0,5658 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|0:8,2:10:40:0|1:528041_C_A:40,0,314 1|0:50,113:163:99:.:.:2978,0,1361 1|0:53,65:118:99:0|1:528041_C_A:2503,0,1893 1|0:99,52:151:99:0|1:528041_C_A:1883,0,3966 1|0:75,33:108:99:.:.:672,0,1793 1|1:0,146:146:99:1|1:528041_C_A:6448,442,0 0|1:102,34:136:99:0|1:528041_C_A:1080,0,3965 1|1:1,238:239:99:1|1:528041_C_A:10416,666,0 0|1:9,46:55:91:.:.:1742,0,91 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810 1|1:0,82:82:99:1|1:528041_C_A:3693,256,0 1|0:209,105:314:99:0|1:528041_C_A:3737,0,14431 1|0:43,82:125:99:0|1:528041_C_A:3251,0,1561 0|1:18,193:211:99:0|1:528041_C_A:7849,0,185 1|1:0,19:19:57:1|1:528041_C_A:824,57,0 1|1:0,48:48:99:1|1:528041_C_A:2107,147,0 1|1:0,171:171:99:1|1:528041_C_A:7618,527,0 1|0:94,22:116:99:0|1:528041_C_A:622,0,3875 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800 1|1:6,101:107:29:1|1:528041_C_A:4108,29,0 1|1:0,113:113:99:1|1:528041_C_A:5078,361,0 1|0:8,11:19:99:0|1:528041_C_A:438,0,263 1|1:0,55:55:99:1|1:528041_C_A:2517,175,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1552,156,0 1|1:1,108:109:99:1|1:528041_C_A:4711,274,0 1|1:1,17:18:34:1|1:528041_C_A:845,34,0 1|1:0,187:187:99:1|1:528041_C_A:8493,575,0 1|1:0,116:116:99:1|1:528041_C_A:5197,352,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:1|1:528041_C_A:8399,569,0 1|1:0,175:175:99:1|1:528041_C_A:7761,530,0 1|1:0,140:140:99:1|1:528041_C_A:6309,430,0 0|1:205,28:233:99:0|1:528041_C_A:529,0,8550 1|1:0,155:155:99:1|1:528041_C_A:6943,476,0 1|1:0,176:176:99:1|1:528041_C_A:7825,545,0 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,911 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1800 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,175:175:99:1|1:528041_C_A:7749,532,0 1|1:0,204:204:99:1|1:528041_C_A:9254,629,0 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:136,0:136:8:.:.:0,8,3891 1|1:3,195:198:99:1|1:528041_C_A:8733,488,0 1|1:0,123:123:99:1|1:528041_C_A:5570,379,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|0:194,0:194:99:.:.:0,101,1800 0|1:108,59:167:99:0|1:528041_C_A:2117,0,4282 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,174:174:99:1|1:528041_C_A:7759,533,0 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440 0|1:41,58:99:99:0|1:528041_C_A:2236,0,2183 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|0:6,120:126:99:0|1:528041_C_A:4951,0,138 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,173:173:99:1|1:528041_C_A:7781,536,0 1|1:0,74:74:99:1|1:528041_C_A:3314,226,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,554:554:99:1|1:528041_C_A:24811,1692,0 1|1:0,70:70:99:1|1:528041_C_A:3170,217,0 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,694 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,100,1800 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,145:150:99:1|1:528041_C_A:6270,222,0 1|1:0,276:276:99:1|1:528041_C_A:12440,855,0 1|1:0,261:261:99:1|1:528041_C_A:11639,804,0 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,91:91:99:1|1:528041_C_A:4035,274,0 1|1:2,442:444:99:.:.:19755,1265,0 1|1:2,83:85:99:1|1:528041_C_A:3565,125,0 1|1:17,268:285:99:1|1:528041_C_A:11302,175,0 1|1:0,219:219:99:1|1:528041_C_A:9645,665,0 1|1:0,196:196:99:1|1:528041_C_A:8779,599,0 1|1:0,272:272:99:1|1:528041_C_A:12122,831,0 0|1:21,235:256:99:0|1:528041_C_A:9775,0,132 1|1:0,244:244:99:1|1:528041_C_A:10748,740,0 1|1:0,269:269:99:1|1:528041_C_A:11993,831,0 0|1:24,242:266:99:0|1:528041_C_A:9867,0,195 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,409:418:99:1|1:528041_C_A:17783,897,0 1|1:1,131:132:99:1|1:528041_C_A:5737,330,0 1|1:2,393:395:99:1|1:528041_C_A:17597,1112,0 1|1:4,56:60:4:1|1:528041_C_A:2314,4,0 1|1:0,303:303:99:1|1:528041_C_A:13642,939,0 1|1:0,302:302:99:1|1:528041_C_A:13318,921,0 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|1:200,58:258:99:.:.:1167,0,5813 1|0:148,90:238:99:0|1:528041_C_A:3292,0,5895 1|0:24,144:168:99:0|1:528041_C_A:5949,0,539 1|1:0,257:257:99:1|1:528041_C_A:11410,782,0 1|1:4,235:239:99:1|1:528041_C_A:10172,483,0 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|0:44,176:220:99:0|1:528041_C_A:7232,0,1227 1|1:5,69:74:12:1|1:528041_C_A:2839,12,0 0|1:202,45:247:99:0|1:528041_C_A:1338,0,8154 1|1:1,485:486:99:1|1:528041_C_A:21909,1442,0 1|0:16,141:157:99:0|1:528041_C_A:5965,0,361 1|0:218,266:484:99:0|1:528041_C_A:10478,0,10074 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800 1|0:32,226:258:99:0|1:528041_C_A:9106,0,635 1|1:2,245:247:99:1|1:528041_C_A:10600,662,0 1|1:3,157:160:99:1|1:528041_C_A:6949,368,0 1|1:0,221:221:99:1|1:528041_C_A:9851,683,0 0|1:8,122:130:99:0|1:528041_C_A:4921,0,104 0|1:75,97:172:99:0|1:528041_C_A:3840,0,2785 1|1:1,51:52:99:1|1:528041_C_A:2250,123,0 1|0:247,42:289:99:0|1:528041_C_A:1005,0,10102 1|1:9,501:510:99:1|1:528041_C_A:21855,1151,0 1|1:0,267:267:99:1|1:528041_C_A:12025,825,0 1|1:3,237:240:99:1|1:528041_C_A:10267,599,0 1|1:10,429:439:99:1|1:528041_C_A:18635,891,0 0|1:22,78:100:99:0|1:528041_C_A:3242,0,655 1|1:0,264:264:99:1|1:528041_C_A:11656,807,0 1|1:4,241:245:99:1|1:528041_C_A:10467,571,0 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800 0|1:156,18:174:99:0|1:528041_C_A:291,0,6450 1|1:9,470:479:99:.:.:15937,1141,0 1|1:16,534:550:99:1|1:528041_C_A:23246,978,0 1|1:1,459:460:99:1|1:528041_C_A:20630,1316,0 0|1:31,54:85:99:0|1:528041_C_A:2191,0,1147 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800 0|0:224,0:224:99:.:.:0,113,1800 1|1:5,238:243:99:1|1:528041_C_A:10467,521,0 0|0:254,0:254:99:.:.:0,104,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|1:78,65:143:99:.:.:1817,0,2117 1|1:0,108:108:99:.:.:3768,325,0 1|1:0,181:181:99:1|1:528041_C_A:8303,566,0 1|1:0,149:149:99:1|1:528041_C_A:6654,457,0 1|1:0,145:145:99:1|1:528041_C_A:6552,451,0 0|1:31,133:164:99:0|1:528041_C_A:5424,0,840 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,208:208:99:.:.:7205,625,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6312,549,0 1|1:0,63:63:99:1|1:528041_C_A:2893,196,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1310 1|1:1,152:153:99:1|1:528041_C_A:6730,370,0 1|1:0,160:160:99:1|1:528041_C_A:7147,491,0 1|1:0,193:193:99:1|1:528041_C_A:8527,587,0 1|1:0,129:129:99:1|1:528041_C_A:5720,391,0 1|1:0,219:219:99:1|1:528041_C_A:9799,671,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,253:253:99:1|1:528041_C_A:11291,779,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,111:111:99:1|1:528041_C_A:5074,346,0 1|1:0,71:71:99:1|1:528041_C_A:3125,217,0 0|1:46,7:53:99:0|1:528041_C_A:197,0,3566 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,671 1|1:0,272:272:99:1|1:528041_C_A:12305,834,0 1|0:94,175:269:99:.:.:6027,0,2239 0|1:47,223:270:99:.:.:7708,0,763 1|1:0,27:27:87:1|1:528041_C_A:1277,87,0 1|1:0,208:208:99:1|1:528041_C_A:9258,641,0 0|1:41,202:243:99:.:.:6255,0,632 1|1:4,128:132:99:1|1:528041_C_A:5581,229,0 0|1:150,67:217:99:0|1:528041_C_A:2299,0,5916 0|1:27,148:175:99:.:.:4793,0,382 0|1:29,157:186:99:.:.:4926,0,416 1|1:0,176:176:99:1|1:528041_C_A:7867,541,0 1|0:18,176:194:99:0|1:528041_C_A:7221,0,199 0|0:116,0:116:99:.:.:0,106,1800 0|1:204,299:503:99:.:.:9002,0,5237 1|0:14,36:50:99:0|1:528041_C_A:1534,0,1170 1|0:134,165:299:99:0|1:528041_C_A:6466,0,10966 1|1:0,637:637:99:1|1:528041_C_A:28246,1953,0 1|1:0,172:172:99:1|1:528041_C_A:7751,527,0 1|1:0,248:248:99:1|1:528041_C_A:11151,767,0 1|1:0,42:42:99:1|1:528041_C_A:1858,126,0 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900 1|1:0,336:336:99:1|1:528041_C_A:14904,1023,0 1|1:0,123:123:99:1|1:528041_C_A:5655,385,0 Pf3D7_01_v3 528069 . A T 1.37859e+07 PASS FS=0;MQ=60.36;QD=32.97;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K321N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaA/aaT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.709;VQSLOD=9.66;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.28;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.99;GC=14.29;GQ_MEAN=209.59;GQ_STDDEV=230.34;HRun=1;InbreedingCoeff=0.587;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.039;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14261720;AF=0.47;AS_InbreedingCoeff=0.5206;MLEAC=2474;MLEAF=0.471;AN=858;AC=342 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:24,15:39:99:0|1:528041_C_A:370,0,611 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1365 1|1:5,69:74:69:.:.:2359,69,0 0|0:59,2:61:99:.:.:0,119,2124 0|0:59,4:63:65:.:.:0,65,2349 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1397 1|1:0,59:59:99:1|1:528041_C_A:2422,178,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|1:17,55:72:99:0|1:528041_C_A:2048,0,493 0|1:26,20:46:99:0|1:528041_C_A:665,0,989 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530 1|0:33,5:38:48:.:.:48,0,933 0|1:5,15:20:99:0|1:528041_C_A:618,0,264 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,181 1|1:0,30:30:90:1|1:528041_C_A:1271,90,0 0|0:35,0:35:46:.:.:0,46,1029 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530 1|0:7,51:58:47:.:.:1363,0,47 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,62:62:99:1|1:528041_C_A:2647,193,0 1|1:0,23:23:69:.:.:703,69,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315 1|1:1,73:74:99:1|1:528041_C_A:2989,193,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2041,198,0 1|0:36,57:93:99:.:.:1461,0,824 0|0:106,0:106:99:.:.:0,115,1800 0|1:41,18:59:99:.:.:377,0,1478 0|1:225,100:325:99:.:.:2050,0,5848 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1536 0|1:51,99:150:99:.:.:2619,0,1128 1|1:0,102:102:99:1|1:528041_C_A:4366,310,0 0|1:9,34:43:99:0|1:528041_C_A:1371,0,208 0|1:43,9:52:99:.:.:125,0,1322 1|1:0,72:72:99:1|1:528041_C_A:3078,220,0 0|0:85,8:93:31:.:.:0,31,2369 0|1:76,43:119:99:.:.:965,0,2453 1|1:0,84:84:99:1|1:528041_C_A:3539,259,0 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,198:200:99:1|1:528041_C_A:8401,494,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|1:34,50:84:99:.:.:1271,0,810 1|1:0,39:39:99:1|1:528041_C_A:1628,120,0 1|0:20,91:111:99:1|0:528041_C_A:2394,0,534 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,92:93:99:1|1:528041_C_A:3907,278,0 1|0:16,17:33:99:.:.:377,0,385 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 1|0:91,135:226:99:.:.:3437,0,2084 1|1:0,105:105:99:.:.:3191,316,0 1|1:3,63:66:99:1|1:528041_C_A:1729,102,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:20,54:74:99:.:.:1402,0,424 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|0:79,54:133:99:.:.:1214,0,2840 1|1:3,101:104:99:.:.:4172,222,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,315:315:99:.:.:9738,945,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|1:45,50:95:99:.:.:1261,0,1488 0|1:69,77:146:99:.:.:1962,0,1652 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215 0|1:46,29:75:99:0|1:528041_C_A:976,0,1795 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:118,0:118:73:.:.:0,73,3099 1|0:109,13:122:31:.:.:31,0,2978 1|1:0,63:63:99:.:.:1940,189,0 0|1:143,22:165:99:.:.:159,0,3827 0|0:88,6:94:91:.:.:0,91,2696 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:7,63:70:99:0|1:528041_C_A:2427,0,108 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1150 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,71:71:99:1|1:528041_C_A:2998,213,0 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,73:73:99:1|1:528041_C_A:3204,226,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,135:135:99:1|1:528041_C_A:5816,415,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|0:143,0:143:26:.:.:0,26,3626 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|0:71,28:99:99:0|1:528041_C_A:584,0,4883 1|0:32,77:109:99:0|1:528041_C_A:1983,0,1242 1|0:24,30:54:99:0|1:528041_C_A:1064,0,931 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|0:24,122:146:99:0|1:528041_C_A:4666,0,1266 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|0:213,0:213:99:.:.:0,109,1800 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|0:87,35:122:99:0|1:528041_C_A:660,0,2257 1|0:54,73:127:99:.:.:1804,0,1890 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,147:147:99:1|1:528050_G_C:6263,450,0 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|0:124,47:171:99:0|1:528050_G_C:1411,0,5089 1|1:1,259:260:99:1|1:528041_C_A:10964,756,0 1|1:1,114:115:99:1|1:528041_C_A:4815,318,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 0|1:112,27:139:99:.:.:385,0,4058 1|1:0,216:216:99:1|1:528041_C_A:9074,656,0 0|1:24,126:150:99:.:.:4180,0,294 1|0:16,167:183:99:0|1:528050_G_C:6447,0,145 0|1:77,109:186:99:0|1:528041_C_A:4044,0,3143 1|1:0,131:131:99:1|1:528041_C_A:5571,400,0 1|1:0,164:164:99:1|1:528041_C_A:6942,496,0 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 1|0:93,67:160:99:.:.:1463,0,2326 1|1:0,172:172:99:1|1:528041_C_A:7279,520,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|0:47,66:113:99:.:.:1659,0,1541 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,181:181:99:1|1:528041_C_A:7873,556,0 0|0:209,0:209:68:.:.:0,68,5292 1|1:9,145:154:99:1|1:528041_C_A:5556,186,0 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,205:205:99:1|1:528041_C_A:9066,629,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|1:105,42:147:99:0|1:528041_C_A:1004,0,2692 1|0:159,37:196:99:.:.:533,0,5362 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 1|0:47,19:66:99:.:.:397,0,1337 1|1:1,142:143:99:1|1:528041_C_A:6096,403,0 1|1:0,137:137:99:1|1:528041_C_A:5752,412,0 0|1:38,26:64:99:.:.:571,0,1410 1|1:0,214:214:99:1|1:528041_C_A:9252,659,0 1|1:2,136:138:99:1|1:528041_C_A:5648,302,0 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,90:90:99:.:.:2753,271,0 1|0:22,84:106:99:.:.:3216,0,370 1|0:101,12:113:19:.:.:19,0,3508 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 0|1:73,116:189:99:.:.:2873,0,2834 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,71:71:99:1|1:528041_C_A:3036,217,0 1|1:0,90:90:99:.:.:3527,274,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|0:117,31:148:99:.:.:521,0,3700 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|0:137,35:172:99:.:.:523,0,3670 1|1:1,137:138:99:1|1:528041_C_A:5837,333,0 0|1:21,65:86:99:0|1:528041_C_A:2519,0,1264 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|0:57,39:96:99:0|1:528041_C_A:1400,0,2671 1|0:103,35:138:99:.:.:646,0,2637 1|0:69,125:194:99:.:.:3285,0,1461 1|0:68,28:96:99:.:.:536,0,1801 0|0:112,0:112:99:.:.:0,104,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 0|1:93,63:156:99:0|1:528050_G_C:2242,0,3457 1|1:5,132:137:99:1|1:528041_C_A:3859,252,0 1|1:0,134:134:99:1|1:528041_C_A:5759,403,0 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|1:19,81:100:99:.:.:2167,0,377 1|1:0,234:234:99:1|1:528041_C_A:9966,710,0 0|1:20,78:98:99:.:.:2112,0,569 1|1:2,61:63:99:.:.:1782,124,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|1:153,31:184:99:0|1:528041_C_A:724,0,7273 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|1:126,14:140:13:.:.:13,0,5047 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|1:21,56:77:99:.:.:1497,0,361 1|1:0,110:110:99:.:.:4398,331,0 1|0:43,27:70:99:.:.:635,0,1126 1|1:1,129:130:99:1|1:528041_C_A:5465,360,0 0|0:100,9:109:42:.:.:0,42,2664 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 1|0:68,104:172:99:0|1:528041_C_A:4027,0,2353 1|1:0,106:106:99:1|1:528041_C_A:4440,322,0 1|1:4,66:70:16:1|1:528041_C_A:2727,16,0 1|0:10,188:198:99:0|1:528041_C_A:7365,0,142 0|1:11,80:91:99:1|0:528041_C_A:2098,0,190 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 0|1:50,7:57:44:.:.:44,0,1929 0|1:46,64:110:99:0|1:528050_G_C:2453,0,1906 0|0:51,2:53:99:.:.:0,100,1669 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|1:38,28:66:99:.:.:639,0,1293 1|1:0,74:74:99:.:.:2286,222,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|0:77,27:104:99:.:.:501,0,1968 1|1:0,197:197:99:1|1:528041_C_A:8337,598,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,47:47:99:1|1:528041_C_A:2044,147,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:91:.:.:0,91,2804 1|1:0,106:106:99:1|1:528050_G_C:4422,322,0 1|1:0,88:88:99:1|1:528041_C_A:3677,264,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1770 1|0:137,23:160:99:.:.:195,0,5948 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|0:6,4:10:99:.:.:112,0,157 1|0:143,21:164:99:.:.:109,0,4208 1|0:75,44:119:99:.:.:953,0,2563 1|0:99,49:148:99:0|1:528041_C_A:1647,0,3771 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,154:154:99:1|1:528041_C_A:6736,475,0 0|1:92,46:138:99:.:.:984,0,2800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|1:52,7:59:35:.:.:35,0,1811 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900 1|1:2,69:71:99:1|1:528041_C_A:1932,149,0 1|0:193,99:292:99:0|1:528041_C_A:3356,0,13310 1|0:45,80:125:99:0|1:528041_C_A:2959,0,1528 1|1:1,201:202:99:1|1:528041_C_A:8475,583,0 1|1:0,15:15:45:1|1:528041_C_A:632,45,0 1|1:0,48:48:99:1|1:528041_C_A:1983,147,0 1|0:131,32:163:99:.:.:449,0,3418 1|0:76,32:108:99:.:.:905,0,1944 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|0:9,6:15:97:.:.:97,0,270 1|1:0,60:60:99:1|1:528041_C_A:2561,181,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1103 1|1:0,113:113:99:1|1:528041_C_A:4713,340,0 1|1:0,20:20:60:1|1:528041_C_A:865,60,0 1|1:0,190:190:99:1|1:528041_C_A:8286,578,0 1|1:0,125:125:99:1|1:528041_C_A:5390,382,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|1:15,167:182:2:.:.:5484,2,0 1|1:0,190:190:99:1|1:528041_C_A:8404,587,0 1|1:0,150:150:99:1|1:528041_C_A:6540,457,0 0|1:207,32:239:99:0|1:528041_C_A:671,0,8325 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125 1|1:0,215:215:99:.:.:7614,647,0 1|1:0,210:210:99:.:.:7526,631,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,190:190:99:1|1:528041_C_A:8399,590,0 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:135,0:135:99:.:.:0,102,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|1:57,113:170:99:.:.:3558,0,1595 1|1:0,241:241:99:.:.:8621,724,0 0|1:149,27:176:99:.:.:434,0,5640 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,178:178:99:1|1:528041_C_A:7607,538,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|1:25,73:98:99:0|1:528041_C_A:2734,0,605 1|1:0,128:128:99:.:.:4461,384,0 1|1:4,118:122:18:1|1:528041_C_A:4744,18,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,168:168:99:1|1:528041_C_A:7312,511,0 1|1:0,74:74:99:1|1:528041_C_A:3357,235,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,197:197:99:.:.:6977,593,0 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,589:589:99:1|1:528041_C_A:25645,1800,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765 1|1:2,140:142:99:.:.:4659,355,0 0|0:98,0:98:3:.:.:0,3,2827 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,274:278:99:1|1:528041_C_A:9246,742,0 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,491:492:99:.:.:16865,1457,0 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 0|0:466,0:466:99:.:.:0,120,1800 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,89:89:99:1|1:528041_C_A:3849,271,0 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,85:86:99:1|1:528041_C_A:3563,131,0 1|1:2,289:291:99:.:.:9799,806,0 1|1:1,216:217:99:1|1:528041_C_A:9409,649,0 1|1:0,194:194:99:1|1:528041_C_A:8372,589,0 1|1:0,265:265:99:1|1:528041_C_A:11414,806,0 0|1:34,210:244:99:.:.:6632,0,650 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800 1|0:220,51:271:99:0|1:528041_C_A:882,0,6703 1|1:5,230:235:99:.:.:7769,550,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8107,701,0 0|0:408,0:408:99:.:.:0,120,1800 0|1:16,104:120:99:0|1:528041_C_A:3086,0,252 1|1:7,370:377:99:1|1:528041_C_A:12212,907,0 0|1:10,54:64:99:.:.:1586,0,162 1|1:20,285:305:99:1|1:528041_C_A:9257,275,0 0|1:97,173:270:99:.:.:5208,0,2592 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 0|1:214,59:273:99:.:.:1085,0,6411 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 1|0:71,100:171:99:.:.:2743,0,2076 1|1:2,252:254:99:1|1:528041_C_A:10837,709,0 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,55:85:99:.:.:1578,0,772 0|1:206,46:252:99:.:.:821,0,8225 1|1:3,475:478:99:.:.:15802,1371,0 1|0:37,124:161:99:.:.:3768,0,1132 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800 1|0:219,31:250:99:.:.:332,0,7144 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 0|1:111,56:167:99:.:.:1332,0,3255 1|0:145,72:217:99:0|1:528041_C_A:1817,0,4207 1|0:109,15:124:99:0|1:528041_C_A:123,0,3703 0|1:75,104:179:99:0|1:528041_C_A:3938,0,2657 1|0:8,46:54:99:0|1:528041_C_A:1347,0,122 1|1:6,283:289:99:.:.:9516,650,0 1|1:3,500:503:99:.:.:21958,1454,0 1|1:4,260:264:99:.:.:8823,651,0 1|0:203,34:237:99:.:.:406,0,6279 1|1:34,407:441:99:.:.:12469,173,0 0|1:64,44:108:99:.:.:1181,0,2071 0|0:237,19:256:99:.:.:0,127,7610 0|1:27,211:238:99:.:.:6525,0,200 1|1:1,509:510:99:.:.:17444,1484,0 1|1:1,177:178:99:1|1:528041_C_A:6307,501,0 0|1:249,230:479:99:.:.:6409,0,7148 1|1:0,551:551:99:.:.:23791,1676,0 1|1:1,467:468:99:1|1:528041_C_A:20281,1325,0 1|1:0,99:99:99:1|1:528041_C_A:3922,301,0 1|1:0,387:387:99:1|1:528050_G_C:16735,1186,0 0|0:224,0:224:99:.:.:0,113,1800 1|1:1,239:240:99:1|1:528041_C_A:10400,706,0 1|1:0,484:484:99:.:.:16374,1442,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|0:66,73:139:99:.:.:2115,0,1794 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,184:184:99:1|1:528041_C_A:8055,569,0 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 0|1:27,130:157:99:0|1:528041_C_A:5181,0,748 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,70:70:99:1|1:528041_C_A:3093,217,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1310 1|1:1,154:155:99:1|1:528041_C_A:6498,364,0 1|1:0,161:161:99:1|1:528041_C_A:6870,484,0 1|1:0,204:204:99:1|1:528041_C_A:8722,623,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,225:225:99:1|1:528041_C_A:9529,680,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,133:133:99:1|1:528041_C_A:5626,403,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|1:39,7:46:99:0|1:528041_C_A:168,0,3122 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765 1|1:0,270:270:99:1|1:528041_C_A:11862,831,0 1|0:186,68:254:99:0|1:528050_G_C:2186,0,7344 0|1:203,70:273:99:0|1:528050_G_C:2248,0,7993 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|1:154,72:226:99:0|1:528041_C_A:2369,0,6043 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|0:158,28:186:99:.:.:441,0,4826 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800 0|0:170,16:186:22:1|0:528041_C_A:0,22,6862 0|0:116,0:116:99:.:.:0,106,1800 1|0:289,200:489:99:.:.:5596,0,8758 1|0:16,29:45:99:0|1:528041_C_A:1286,0,1218 1|0:123,179:302:99:0|1:528041_C_A:6744,0,10059 0|0:642,0:642:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,168:168:99:1|1:528041_C_A:7343,509,0 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,45:45:99:1|1:528041_C_A:2029,141,0 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,740 1|1:0,321:321:99:1|1:528041_C_A:13854,977,0 1|1:0,131:131:99:1|1:528041_C_A:5726,400,0 Pf3D7_01_v3 528108 . G A 9.79519e+06 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=26.81;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K334;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.697;VQSLOD=7.83;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=23.81;GQ_MEAN=187.91;GQ_STDDEV=174.02;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6596;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.189;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14619144;AF=0.358;AS_InbreedingCoeff=0.3956;MLEAC=1879;MLEAF=0.358;AN=858;AC=351 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1334:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1582,150,0:. 1|0:27,30:57:99:.:.:766,0,604:. 1|1:3,57:60:98:.:.:1710,98,0:. 1|1:7,67:74:16:.:.:1870,16,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1588,153,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2624,250,0:. 1|0:53,17:70:99:.:.:297,0,1319:. 1|0:23,18:41:99:.:.:433,0,525:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1814,177,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1281,120,0:. 0|1:18,13:31:99:.:.:316,0,451:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 1|1:1,20:21:31:.:.:582,31,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:158,15,0:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:38,0:38:82:.:.:0,82,1043:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1136,111,0:. 0|1:56,11:67:99:.:.:118,0,1413:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,975:. 1|0:10,66:76:42:.:.:1676,0,42:. 0|1:11,5:16:99:.:.:108,0,246:. 1|1:0,11:11:33:.:.:345,33,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1628:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2855,290,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:42,16:58:99:.:.:311,0,1019:. 1|0:99,245:344:99:.:.:6074,0,1685:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1894,188,0:. 1|0:97,42:139:99:.:.:852,0,2318:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,13:54:99:.:.:231,0,938:. 1|0:12,48:60:99:.:.:1222,0,136:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,97:105:85:.:.:2652,85,0:. 1|0:72,53:125:99:.:.:1151,0,1555:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,43:111:99:.:.:920,0,1552:. 0|1:74,16:90:99:.:.:202,0,1748:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,54:60:5:.:.:1383,5,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,20:34:99:.:.:494,0,296:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3637,369,0:. 0|1:182,57:239:99:.:.:953,0,4519:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3220,325,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2165,222,0:. 1|0:10,72:82:35:.:.:1866,0,35:. 0|1:25,57:82:99:.:.:1437,0,447:. 0|1:56,76:132:99:.:.:1890,0,1127:. 0|1:78,24:102:99:.:.:403,0,1818:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3881,388,0:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1969,204,0:. 1|0:73,35:108:99:.:.:690,0,1703:. 1|0:65,61:126:99:.:.:1457,0,1415:. 1|0:18,59:77:99:.:.:1540,0,262:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1381,146,0:. 1|0:42,33:75:99:.:.:748,0,938:. 1|1:1,56:57:99:.:.:1577,144,0:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,937:. 1|1:1,110:111:99:.:.:3192,309,0:. 1|0:80,27:107:99:.:.:494,0,1897:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3659,371,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,69:181:99:.:.:1471,0,2483:. 0|1:30,63:93:99:.:.:1625,0,543:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1827,168,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1721,174,0:. 1|0:24,46:70:99:.:.:1154,0,449:. 1|1:1,62:63:99:.:.:1797,165,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,47:117:99:.:.:1011,0,1558:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2186,225,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3931,397,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,169:171:99:.:.:4721,457,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,82:103:99:.:.:2111,0,272:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,16:59:99:.:.:305,0,1010:. 1|1:15,142:157:58:.:.:3775,58,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:.:.:4976,501,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,200:241:99:.:.:5244,0,412:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,19:105:99:.:.:260,0,2019:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,55:142:99:.:.:1150,0,2020:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,137:168:99:.:.:3560,0,350:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,90:182:99:.:.:2071,0,1909:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:.:.:6049,623,0:. 0|1:70,109:179:99:.:.:2591,0,1358:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,29:151:99:.:.:374,0,2898:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,26:154:99:.:.:276,0,3075:. 0|0:160,17:177:7:.:.:0,7,3985:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:19,209:228:99:.:.:5718,156,0:. 0|1:120,56:176:99:.:.:1067,0,2674:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,90:171:99:.:.:2123,0,1707:. 0|1:34,92:126:99:.:.:2323,0,562:. 1|1:7,91:98:99:.:.:2389,112,0:. 0|1:59,143:202:99:.:.:3551,0,986:. 1|1:21,196:217:73:.:.:5260,73,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:.:.:6670,693,0:. 1|0:87,31:118:99:.:.:540,0,2039:. 1|0:46,116:162:99:.:.:2886,0,769:. 0|1:70,142:212:99:.:.:3434,0,1265:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,159:198:99:.:.:4150,0,449:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3410,342,0:. 1|1:4,91:95:99:.:.:2566,174,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,14:58:99:.:.:239,0,1036:. 0|1:81,71:152:99:.:.:1639,0,1787:. 1|1:1,155:156:99:.:.:4478,440,0:. 1|0:30,42:72:99:.:.:986,0,577:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,143:155:99:.:.:3904,137,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,14:112:56:.:.:56,0,2385:. 0|1:54,59:113:99:.:.:1412,0,1134:. 1|1:19,167:186:10:.:.:4507,10,0:. 1|0:80,115:195:99:.:.:2808,0,1581:. 1|0:106,61:167:99:.:.:1249,0,2364:. 1|1:1,159:160:99:.:.:4651,451,0:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,400:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,183:184:99:.:.:5391,529,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2899,296,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,68:100:99:.:.:1715,0,597:. 1|0:77,51:128:99:.:.:1139,0,1741:. 0|1:42,128:170:99:.:.:3213,0,614:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,54:155:99:.:.:1139,0,2313:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,54:78:99:.:.:1388,0,414:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,36:143:99:.:.:659,0,2511:. 1|1:7,183:190:99:.:.:5175,374,0:. 0|1:27,67:94:99:.:.:1682,0,480:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2917,294,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,93:150:99:.:.:2319,0,1057:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3718,376,0:. 1|0:87,27:114:99:.:.:446,0,2056:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,23:109:99:.:.:382,0,2082:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2949,303,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2616,273,0:. 0|1:26,117:143:99:.:.:3011,0,246:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3559,369,0:. 0|1:104,61:165:99:.:.:1208,0,2359:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2754,282,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,38:72:99:.:.:902,0,726:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,134:149:65:.:.:3593,65,0:. 1|1:9,103:112:99:.:.:2841,133,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5585,566,0:. 0|1:98,87:185:99:.:.:2003,0,2139:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,2068:. 1|0:13,62:75:99:.:.:1633,0,140:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2146,219,0:. 1|1:5,56:61:41:.:.:1515,41,0:. 1|0:83,33:116:99:.:.:632,0,1917:. 0|1:16,29:45:99:.:.:737,0,281:. 1|1:1,71:72:99:.:.:2078,188,0:. 1|0:48,32:80:99:.:.:709,0,1407:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2647,267,0:. 0|1:67,29:96:99:.:.:589,0,1566:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1770:. 0|1:91,83:174:99:.:.:1919,0,2019:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,257:. 1|0:44,121:165:99:.:.:2976,0,737:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3787,382,0:. 0|1:59,82:141:99:.:.:1960,0,1202:. 1|1:2,104:106:99:.:.:3026,259,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,92:139:99:.:.:2262,0,881:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,40:53:99:.:.:1034,0,203:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,40:120:99:.:.:794,0,1803:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:22,138:160:99:.:.:3467,0,118:. 0|1:33,76:109:99:.:.:1926,0,583:. 1|1:1,66:67:99:.:.:1937,174,0:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2672,245,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,5:16:99:.:.:105,0,259:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1463,150,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,226:239:99:.:.:7611,255,0:. 1|1:0,195:195:99:.:.:7145,587,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,106:184:99:.:.:3273,0,2172:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:19,240:259:99:.:.:7975,134,0:. 1|1:0,198:198:99:.:.:7082,596,0:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7845,658,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1132,93,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7761,643,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:2,222:224:99:.:.:7932,603,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,58:177:99:.:.:1507,0,3627:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:151,39:190:99:.:.:854,0,6092:. 1|1:1,117:118:99:.:.:4057,325,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3675,309,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1786,153,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,198:199:99:.:.:7162,564,0:. 1|1:0,197:197:99:.:.:7173,593,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2670,225,0:. 1|1:0,21:21:63:.:.:752,63,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,83:91:2:.:.:2597,0,2:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,464:465:99:.:.:15704,1367,0:. 1|1:1,156:157:99:.:.:5236,434,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8427,725,0:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,135:299:99:.:.:3851,0,4458:. 0|0:466,0:466:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:.:.:5116,460,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,428:430:99:.:.:14670,1255,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:173,50:223:99:.:.:1074,0,5032:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:199,37:236:99:.:.:551,0,5997:. 1|1:0,230:230:99:.:.:7751,691,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,364:372:99:.:.:12207,906,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,49:59:99:.:.:1473,0,172:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:203,95:298:99:.:.:2470,0,5792:. 1|1:0,281:281:99:.:.:9573,844,0:. 1|1:1,298:299:99:.:.:10384,866,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,239:294:99:.:.:7246,0,892:. 1|1:5,263:268:99:.:.:8991,655,0:. 1|1:10,147:157:99:.:.:4513,139,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,108:112:99:.:.:3530,217,0:. 1|1:4,209:213:99:.:.:7085,496,0:. 1|1:4,77:81:99:.:.:2461,114,0:. 1|1:11,252:263:99:.:.:8398,425,0:. 1|1:3,443:446:99:.:.:14867,1288,0:. 1|0:123,44:167:99:.:.:990,0,3466:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:205,35:240:99:.:.:493,0,6044:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:24,238:264:11:.:.:7290,11,0:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7779,682,0:. 1|1:1,157:158:99:.:.:5123,438,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,160:170:99:.:.:5016,179,0:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1337:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,447:456:99:.:.:14701,1108,0:. 1|1:9,255:264:99:.:.:8338,497,0:. 0|1:34,223:257:99:.:.:6964,0,373:. 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,93:124:99:.:.:2876,0,624:. 1|1:24,244:268:35:.:.:7793,35,0:. 1|0:186,27:213:99:.:.:265,0,5407:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:215,217:432:99:.:.:6273,0,5546:. 0|0:553,0:553:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2290,198,0:. 0|1:70,53:123:99:.:.:1472,0,2017:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6200,535,0:. 1|1:0,146:146:99:.:.:5107,439,0:. 1|0:140,31:171:99:.:.:598,0,4075:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:.:.:8126,704,0:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6847,589,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2824,253,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4657,409,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,266:276:99:.:.:8943,478,0:. 1|1:0,278:278:99:.:.:9660,835,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2629,229,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:176,85:261:99:.:.:2154,0,5113:. 1|0:226,47:273:99:.:.:840,0,6616:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1323,114,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7748,665,0:. 1|0:236,40:276:99:.:.:513,0,6972:. 1|1:9,181:190:99:.:.:5795,301,0:. 0|1:73,154:227:99:.:.:4741,0,1725:. 1|0:139,29:168:99:.:.:500,0,4247:. 0|1:26,149:175:99:.:.:4608,0,348:. 1|1:1,217:218:99:.:.:7600,621,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:.:.:6358,544,0:. 0|1:202,319:521:99:.:.:9551,0,5285:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1351:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,668:668:99:.:.:22962,2007,0:. 0|1:140,44:184:99:.:.:990,0,4115:. 1|1:0,245:245:99:.:.:8451,736,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1366:. 1|1:0,21:21:63:.:.:744,63,0:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:5294,445,0:. Pf3D7_01_v3 528238 . G A 9.59661e+06 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=26.18;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E378K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.683;VQSLOD=9.81;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.11;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.002;FractionInformativeReads=0.994;GC=28.57;GQ_MEAN=189.02;GQ_STDDEV=200.95;HRun=3;InbreedingCoeff=0.4693;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.037;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15222139;AF=0.355;AS_InbreedingCoeff=0.3817;MLEAC=1871;MLEAF=0.356;AN=858;AC=319 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1291:. 1|0:40,15:55:99:.:.:314,0,984:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1782:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2791,265,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1244,117,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1498:. 0|0:39,0:39:83:.:.:0,83,1110:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1509,144,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:41:.:.:0,41,660:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,190:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1195:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2215,219,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2096,212,0:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:72,26:98:99:.:.:472,0,1655:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,15:15:45:.:.:463,45,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:528220_G_A:2457,177,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2107,201,0:. 1|0:60,54:114:99:.:.:1268,0,1354:. 1|1:7,101:108:99:.:.:2916,121,0:. 1|0:28,19:47:99:.:.:439,0,624:. 1|1:0,345:345:99:.:.:10498,1035,0:. 1|1:1,62:63:99:.:.:1839,160,0:. 1|0:53,83:136:99:.:.:2167,0,1127:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,10:48:99:.:.:134,0,896:. 1|0:53,18:71:99:.:.:333,0,1152:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2061,204,0:. 0|0:98,0:98:17:.:.:0,17,2226:. 1|0:48,70:118:99:.:.:1757,0,1014:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,198:199:99:.:.:5920,570,0:. 1|0:89,14:103:99:.:.:129,0,2125:. 1|0:48,35:83:99:.:.:808,0,1055:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1199:. 0|1:95,22:117:99:.:.:304,0,2350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1294:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3055,306,0:. 0|1:7,23:30:99:.:.:579,0,107:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:63:.:.:0,63,1746:. 1|0:68,31:99:99:.:.:655,0,1614:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,60:71:99:.:.:1624,0,107:. 0|1:43,52:95:99:.:.:1283,0,873:. 0|1:53,74:127:99:.:.:1842,0,1138:. 0|1:15,94:109:99:.:.:2518,0,100:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1557,158,0:. 0|1:69,52:121:99:.:.:1164,0,1576:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1702,171,0:. 1|0:33,34:67:99:.:.:806,0,684:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1873,197,0:. 1|0:12,23:35:99:.:.:554,0,243:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,73:106:99:.:.:1910,0,624:. 1|0:96,14:110:99:.:.:108,0,2439:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,18:96:99:.:.:239,0,1836:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2162,226,0:. 1|0:56,29:85:99:.:.:627,0,1205:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2410,232,0:. 0|1:24,33:57:99:.:.:801,0,510:. 0|1:75,44:119:99:.:.:954,0,1781:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,157:158:99:.:.:4781,445,0:. 1|0:56,93:149:99:.:.:2307,0,1116:. 0|1:17,57:74:99:.:.:1488,0,276:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4065,403,0:. 0|1:19,78:97:99:.:.:2082,0,251:. 0|0:149,0:149:0:.:.:0,0,3320:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,64:112:99:.:.:1535,0,940:. 1|0:9,46:55:76:.:.:1212,0,76:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,39:178:99:.:.:603,0,3350:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:191,47:238:99:.:.:669,0,4435:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,47:123:99:.:.:1044,0,1730:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,81:169:99:.:.:1857,0,1919:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:150,51:201:99:.:.:929,0,3581:. 1|1:0,164:164:99:.:.:4825,492,0:. 0|1:63,144:207:99:.:.:3676,0,1088:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,148:186:99:.:.:3885,0,437:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3450,348,0:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5858,584,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,89:224:99:.:.:1998,0,2929:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,193:207:99:.:.:5376,247,0:. 1|0:127,72:199:99:.:.:1520,0,2901:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5832,591,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:23,238:261:99:.:.:6471,124,0:. 0|1:134,58:192:99:.:.:1101,0,3015:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5548,568,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,79:141:99:.:.:1954,0,1336:. 1|1:7,93:100:99:.:.:2502,123,0:. 0|1:58,156:214:99:.:.:3981,0,943:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,21:157:99:.:.:148,0,3152:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,28:128:99:.:.:475,0,2418:. 1|0:123,51:174:99:.:.:997,0,2878:. 0|1:176,74:250:99:.:.:1425,0,3894:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6258,633,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3056,305,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3310,334,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,109:110:99:.:.:3292,301,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,35:68:99:.:.:875,0,741:. 0|1:93,74:167:99:.:.:1725,0,2086:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2551,269,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3898,390,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,146:160:99:.:.:4077,124,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2568,255,0:. 0|1:117,42:159:99:.:.:788,0,2693:. 0|1:76,40:116:99:.:.:883,0,1767:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,46:194:99:.:.:827,0,3548:. 0|1:139,47:186:99:.:.:875,0,3261:. 1|1:5,182:187:99:.:.:5412,433,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:345,33,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3307,322,0:. 1|1:1,171:172:99:.:.:5271,507,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,46:122:99:.:.:1005,0,1727:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,62:184:99:.:.:1342,0,2780:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,17:88:99:.:.:274,0,1743:. 1|0:25,59:84:99:.:.:1518,0,460:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,31:141:99:0|1:528238_G_A:489,0,2808:. 1|0:160,28:188:99:.:.:237,0,3984:. 0|1:69,13:82:99:.:.:137,0,1706:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3291,333,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4254,427,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:6471,635,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,27:120:99:.:.:441,0,2301:. 1|1:0,226:226:99:.:.:6770,678,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,223:224:99:.:.:6528,644,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3688,382,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,63:147:99:.:.:1455,0,1817:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,78:85:93:.:.:2174,93,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,23:73:99:.:.:450,0,1179:. 0|1:75,15:90:99:.:.:194,0,1729:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4575,456,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,95:164:99:.:.:2288,0,1410:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3360,334,0:. 1|1:2,60:62:99:.:.:1791,138,0:. 1|1:11,194:205:99:.:.:5429,347,0:. 1|0:89,11:100:36:.:.:36,0,2120:. 1|1:6,62:68:32:.:.:1725,32,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1621,159,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,66:134:99:.:.:1604,0,1407:. 1|1:2,56:58:99:.:.:1619,125,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,27:63:99:.:.:626,0,764:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3109,309,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:.:.:6776,683,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,142:143:99:.:.:4334,419,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1933,189,0:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,2868:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3137,318,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1770:. 1|1:18,163:181:25:.:.:4436,25,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,234:. 1|0:149,20:169:99:.:.:103,0,3634:. 0|1:27,110:137:99:.:.:2893,0,373:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,69:103:99:.:.:1753,0,615:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,107:137:99:.:.:2777,0,412:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1249:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:270,32:302:85:.:.:85,0,6763:. 1|0:52,90:142:99:.:.:2181,0,985:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 1|1:2,44:46:99:.:.:1279,102,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:88,23:111:99:.:.:384,0,2193:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,4:21:47:.:.:47,0,403:. 0|1:34,34:68:99:.:.:817,0,751:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1448,144,0:. 1|1:1,98:99:99:.:.:2913,269,0:. 1|1:2,31:33:40:.:.:841,40,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:24,253:277:20:.:.:8252,20,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1379,117,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8868,749,0:. 1|1:0,248:248:99:.:.:8755,745,0:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8696,731,0:. 1|1:0,224:224:99:.:.:8074,673,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:.:.:9089,775,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:.:.:5982,514,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,158:184:99:.:.:5134,0,340:. 1|1:0,316:316:99:.:.:11179,950,0:. 0|1:188,33:221:99:.:.:521,0,5801:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1586:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:6375,529,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:8066,677,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,227:242:99:.:.:7627,222,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,877:878:99:.:.:31349,2604,0:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,87:88:99:.:.:3067,229,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,92:100:46:.:.:2865,46,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,471:475:99:.:.:15755,1308,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,288:288:99:.:.:9924,865,0:. 1|1:3,478:481:99:.:.:16086,1367,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:436,0:436:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,84:85:99:.:.:2723,221,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:178,43:221:99:.:.:806,0,6622:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,192:237:99:.:.:5897,0,807:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,213:218:99:.:.:7266,479,0:. 1|1:5,415:420:99:.:.:13828,1118,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,13:56:99:.:.:286,0,1232:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,233:234:99:.:.:7929,672,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:169,91:260:99:.:.:2452,0,4881:. 0|1:106,66:172:99:.:.:1698,0,2933:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,230:234:99:.:.:7747,586,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,186:240:99:.:.:5579,0,1068:. 1|0:62,32:94:99:.:.:822,0,1717:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:477,0:477:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:149,24:173:99:.:.:314,0,4211:. 0|1:265,204:469:99:.:.:5414,0,7084:. 1|0:36,184:220:99:.:.:5678,0,544:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,169:251:99:.:.:4915,0,1901:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,115:229:99:.:.:3245,0,3185:. 1|1:5,118:123:99:.:.:3841,235,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,9:39:99:.:.:183,0,845:. 0|0:297,0:297:33:.:.:0,33,8196:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:.:.:8125,715,0:. 1|1:13,417:430:99:.:.:13419,863,0:. 1|0:65,55:120:99:.:.:1502,0,1786:. 1|0:31,247:278:99:.:.:7522,0,256:. 1|0:200,25:225:99:.:.:147,0,5925:. 1|1:29,483:512:99:.:.:15470,654,0:. 1|0:28,167:195:99:.:.:5081,0,232:. 1|0:247,267:514:99:.:.:7528,0,8645:. 0|0:553,0:553:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,33:99:99:.:.:835,0,1868:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,377:379:99:.:.:12616,1116,0:. 0|1:39,197:236:99:.:.:6167,0,632:. 1|1:1,503:504:99:.:.:16934,1474,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4642,397,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,182:236:99:.:.:5625,0,1141:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,186:242:99:.:.:5588,0,1066:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,246:246:99:.:.:8656,740,0:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7776,673,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,278:278:99:.:.:9432,835,0:. 1|1:11,277:288:99:.:.:9285,482,0:. 1|1:0,301:301:99:.:.:10641,905,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3648,316,0:. 1|0:5,40:45:43:.:.:1260,0,43:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:140,183:323:99:.:.:5400,0,3655:. 1|0:160,120:280:99:.:.:3397,0,4592:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1055,90,0:. 1|1:0,237:237:99:.:.:8335,712,0:. 1|0:233,47:280:99:.:.:825,0,7028:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:.:.:8319,735,0:. 1|0:182,39:221:99:.:.:641,0,5464:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:.:.:7296,614,0:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1351:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:624,0:624:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,151:191:99:.:.:4835,0,777:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1366:. 1|1:0,26:26:78:.:.:912,78,0:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 528331 . C A 595178 PASS FS=0;MQ=61.18;QD=24.64;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L409I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ctt/Att;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.681;VQSLOD=7.25;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;InbreedingCoeff=0.0883;NCC=0;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.01;BaseQRankSum=6.06;GQ_MEAN=770;HRun=3;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.1;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;GQ_STDDEV=83.15;culprit=FS;set=snp;DP=14835208;AF=0.015;MLEAC=79;MLEAF=0.015;AS_InbreedingCoeff=1;AN=858;AC=16 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1291:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1782:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1600:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1331:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1498:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:32,17:49:99:0|1:528331_C_A:402,0,836:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,755:. 0|0:31,0:31:69:.:.:0,69,904:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:34,0:34:69:.:.:0,69,939:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,851:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1069:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:17:.:.:0,17,483:. 0|0:9,0:9:6:.:.:0,6,208:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1296:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,13:59:99:.:.:232,0,1126:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1692:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,24:77:99:0|1:528331_C_A:478,0,1441:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,42:65:99:.:.:1102,0,435:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,82:105:99:.:.:2187,0,309:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,25:69:99:.:.:583,0,1034:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,140:156:29:.:.:3918,29,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,4:59:53:.:.:0,53,1784:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3986,390,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:201,24:225:66:.:.:66,0,4902:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,361:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,16:122:99:0|1:528331_C_A:124,0,2766:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,12:111:27:.:.:27,0,2315:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1770:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:4:.:.:0,4,233:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,46:117:99:.:.:1086,0,1608:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1050:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1332:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1586:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:882,0:882:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:494,0:494:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:436,0:436:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:477,0:477:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,353:368:99:.:.:11145,510,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1386:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:535,0:535:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:646,0:646:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1556:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,657:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1351:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:624,0:624:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1366:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1084:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 528354 . G A 1.61349e+07 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=29.02;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K416;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.692;VQSLOD=8.23;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=19.05;GQ_MEAN=202.44;GQ_STDDEV=174.9;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6497;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.456;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16140031;AF=0.542;AS_InbreedingCoeff=0.6967;MLEAC=2863;MLEAF=0.545;AN=858;AC=455 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:30,19:49:99:.:.:441,0,733 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1291 1|0:12,44:56:99:.:.:1235,0,185 0|1:28,42:70:99:.:.:1109,0,549 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1800 0|1:8,45:53:76:.:.:1274,0,76 1|1:0,57:57:99:.:.:1795,171,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,64:64:99:.:.:1977,192,0 0|1:19,52:71:99:.:.:1427,0,340 1|1:0,27:27:81:.:.:854,81,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1498 0|0:45,0:45:70:.:.:0,70,1196 0|1:8,47:55:53:0|1:528331_C_A:1464,0,53 1|0:8,18:26:99:.:.:435,0,159 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,312 1|1:0,31:31:93:.:.:951,93,0 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,32:32:96:.:.:977,96,0 0|1:43,22:65:99:.:.:477,0,1006 1|1:0,76:76:99:.:.:2303,228,0 1|1:0,218:218:99:.:.:6489,653,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,30:30:90:.:.:882,90,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3053,323,0 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,225 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1296 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|1:19,81:100:99:.:.:2093,0,193 0|1:13,39:52:99:.:.:1056,0,216 1|0:119,245:364:99:.:.:6181,0,2212 0|0:52,0:52:83:.:.:0,83,1288 1|0:53,70:123:99:.:.:1802,0,1087 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1692 0|1:40,21:61:99:.:.:451,0,917 0|1:14,51:65:99:.:.:1333,0,201 1|1:8,111:119:99:.:.:3144,137,0 1|1:1,137:138:99:.:.:3960,388,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,222:222:99:.:.:6506,666,0 1|0:68,33:101:99:.:.:642,0,1547 0|1:13,78:91:86:.:.:2029,0,86 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1140 1|0:89,16:105:99:.:.:172,0,2114 1|0:26,39:65:99:.:.:922,0,536 1|1:0,84:84:99:.:.:2523,252,0 1|1:0,27:27:80:.:.:770,80,0 1|1:4,111:115:99:.:.:3099,234,0 1|0:114,154:268:99:.:.:3841,0,2460 1|1:1,129:130:99:.:.:3718,365,0 1|1:8,75:83:34:.:.:1949,34,0 0|1:31,90:121:99:.:.:2308,0,489 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:17,60:77:99:.:.:1525,0,201 0|1:53,20:73:99:1|0:528331_C_A:352,0,1570 0|1:70,82:152:99:.:.:1962,0,1515 0|0:112,0:112:99:.:.:0,116,1800 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:.:.:1734,177,0 0|1:86,28:114:99:.:.:461,0,1994 0|1:67,64:131:99:.:.:1510,0,1466 1|1:0,105:105:99:.:.:3160,316,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1900,192,0 0|1:38,30:68:99:.:.:703,0,889 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1040 1|1:0,124:124:99:.:.:3604,372,0 1|1:11,106:117:52:.:.:2877,52,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3372,345,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 1|0:184,25:209:99:.:.:122,0,4350 0|1:83,22:105:99:.:.:343,0,1960 1|1:0,61:61:99:.:.:1753,183,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2321,237,0 0|1:51,18:69:99:.:.:327,0,1212 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|1:23,39:62:99:.:.:983,0,469 0|1:28,124:152:99:.:.:3178,0,319 1|1:0,77:77:99:.:.:2254,231,0 1|1:1,164:165:99:.:.:4802,468,0 1|1:6,183:189:99:.:.:5190,407,0 1|0:11,62:73:98:.:.:1635,0,98 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,150:150:99:.:.:4405,449,0 1|0:89,13:102:91:.:.:91,0,2166 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|0:29,84:113:99:.:.:2103,0,412 0|1:15,72:87:99:.:.:1763,0,160 1|0:30,39:69:99:.:.:912,0,656 1|1:10,159:169:99:.:.:4404,232,0 1|0:143,36:179:99:.:.:562,0,3361 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|0:106,19:125:99:.:.:186,0,2457 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|0:48,82:130:99:.:.:1989,0,899 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|1:82,64:146:99:.:.:1435,0,1795 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,189:189:99:.:.:5604,567,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4372,444,0 1|0:51,132:183:99:.:.:3292,0,826 1|1:0,221:221:99:.:.:6325,661,0 1|0:141,36:177:99:.:.:561,0,3301 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,141:141:99:.:.:4103,422,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,252:255:99:.:.:7399,681,0 1|1:15,133:148:36:.:.:3483,36,0 1|1:0,197:197:99:.:.:5791,591,0 0|1:132,28:160:99:.:.:340,0,3157 1|1:0,194:194:99:.:.:5815,581,0 1|1:2,179:181:99:.:.:5226,504,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,191:191:99:.:.:5482,572,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|0:27,215:242:6:.:.:5694,0,6 1|1:16,197:213:99:.:.:5607,224,0 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 0|1:149,20:169:99:.:.:153,0,3486 1|0:55,87:142:99:.:.:2127,0,1119 1|1:0,107:107:99:.:.:2976,320,0 1|0:121,46:167:99:.:.:862,0,2787 0|1:200,32:232:99:.:.:209,0,4814 0|1:150,24:174:99:.:.:168,0,3538 1|1:0,212:212:99:.:.:6238,637,0 0|1:111,41:152:99:.:.:784,0,2570 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,226:226:99:.:.:6441,676,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5529,577,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|0:55,144:199:99:.:.:3608,0,908 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,120:121:99:.:.:3506,334,0 1|1:8,110:118:99:.:.:3051,131,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,184:184:99:.:.:5372,552,0 1|1:5,67:72:75:.:.:1900,75,0 1|0:93,70:163:99:.:.:1570,0,2100 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 0|1:44,52:96:99:.:.:1203,0,873 1|1:0,254:254:99:.:.:7398,762,0 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,140:141:99:.:.:4095,393,0 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:.:.:2720,276,0 0|1:79,66:145:99:.:.:1503,0,1741 0|1:69,30:99:99:.:.:607,0,1566 1|0:25,176:201:89:.:.:4597,0,89 1|1:0,173:173:99:.:.:5093,519,0 1|0:66,125:191:99:.:.:3026,0,1240 1|1:6,155:161:99:.:.:4403,313,0 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585 1|1:0,105:105:99:.:.:3149,315,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4487,450,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2894,288,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2174,221,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|0:48,80:128:99:.:.:1947,0,931 0|1:32,124:156:99:.:.:3224,0,419 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|0:82,65:147:99:.:.:1441,0,1796 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|1:26,77:103:99:.:.:1924,0,415 1|1:2,66:68:99:.:.:1951,147,0 0|1:33,85:118:99:.:.:2112,0,559 1|0:114,14:128:43:1|0:528331_C_A:43,0,3034 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 1|0:75,24:99:99:.:.:397,0,1795 1|1:0,125:125:99:.:.:3694,375,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,168:168:99:.:.:5001,504,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,166:167:99:.:.:4766,473,0 1|1:0,228:228:99:.:.:6808,684,0 1|1:1,126:127:99:.:.:3634,352,0 0|0:111,0:111:88:.:.:0,88,2632 1|1:0,274:274:99:.:.:7885,822,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3379,348,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2242,228,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:.:.:2251,231,0 1|0:31,173:204:99:.:.:4400,0,196 0|1:77,44:121:99:.:.:886,0,1650 1|1:9,107:116:99:.:.:2880,99,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|0:128,20:148:99:.:.:147,0,3046 1|1:0,100:100:99:.:.:2940,300,0 0|1:18,45:63:99:.:.:1129,0,298 1|1:0,69:69:99:.:.:1925,205,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,115:115:99:.:.:3382,345,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2944,300,0 0|0:139,0:139:0:.:.:0,0,2929 1|1:10,84:94:21:.:.:2241,21,0 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|0:27,48:75:99:.:.:1196,0,458 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|0:38,39:77:99:.:.:928,0,775 1|1:0,56:56:99:.:.:1681,168,0 0|0:57,0:57:20:.:.:0,20,1270 0|1:71,32:103:99:.:.:632,0,1657 1|1:1,53:54:99:.:.:1493,136,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|1:38,19:57:99:.:.:390,0,833 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,7:111:99:.:.:0,124,2563 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,114:114:99:.:.:3411,341,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1863,191,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5412,558,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1709,168,0 1|0:13,107:120:12:.:.:2844,0,12 1|1:0,107:107:99:.:.:3084,320,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:71,0:71:62:.:.:0,62,1663 1|0:126,46:172:99:.:.:841,0,2948 1|1:0,94:94:99:.:.:2772,282,0 0|1:3,6:9:58:.:.:151,0,58 1|0:53,120:173:99:.:.:3028,0,936 1|1:0,128:128:99:.:.:3762,383,0 1|0:69,70:139:99:.:.:1661,0,1479 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,162:162:99:.:.:4868,486,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3354,344,0 1|1:1,221:222:99:.:.:6533,656,0 1|0:47,10:57:99:.:.:117,0,1128 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,929 1|1:5,85:90:99:.:.:2369,128,0 1|0:107,218:325:99:.:.:5584,0,2016 1|0:51,68:119:99:.:.:1642,0,1007 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,24:24:72:.:.:697,72,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1050 1|1:16,139:155:36:.:.:3582,36,0 1|0:25,71:96:99:.:.:1807,0,425 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:11,99:110:26:.:.:2606,26,0 1|1:1,105:106:99:.:.:3166,291,0 1|0:3,23:26:7:.:.:590,0,7 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,42:42:99:.:.:1235,126,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,41:45:40:.:.:1140,40,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8390,704,0 1|1:0,144:144:99:.:.:5151,433,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8421,704,0 1|1:1,257:258:99:.:.:9311,740,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,237:237:99:.:.:8502,712,0 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 1|1:22,253:275:68:.:.:8435,68,0 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1347 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,248:248:99:.:.:8863,746,0 1|1:0,261:261:99:.:.:9463,784,0 1|1:1,241:242:99:.:.:8700,693,0 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,134:134:99:.:.:4669,403,0 1|1:1,198:199:99:.:.:7166,563,0 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800 0|1:65,150:215:99:.:.:4760,0,1604 1|1:0,129:129:99:.:.:4572,388,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4690,393,0 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1586 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,152:156:99:.:.:5256,329,0 1|1:0,260:260:99:.:.:9316,782,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8888,751,0 1|1:0,112:112:99:.:.:4065,337,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7901,670,0 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,220:221:99:.:.:7728,630,0 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800 0|0:882,0:882:99:.:.:0,120,1800 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,46:46:99:.:.:1631,138,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,176:176:99:.:.:6069,528,0 1|1:2,268:270:99:.:.:9163,748,0 0|0:494,0:494:99:.:.:0,120,1800 0|0:144,0:144:99:.:.:0,103,1800 1|1:2,260:262:99:.:.:8785,716,0 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800 0|1:139,150:289:99:.:.:4148,0,3741 1|1:4,547:551:99:.:.:18649,1537,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4527,405,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,606:608:99:.:.:20772,1753,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2431,214,0 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 1|0:171,48:219:99:.:.:927,0,4908 1|1:1,194:195:99:.:.:6772,553,0 1|1:4,240:244:99:.:.:8148,594,0 1|1:18,219:237:99:.:.:6992,99,0 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 0|1:59,218:277:99:.:.:6712,0,1087 0|1:211,29:240:99:.:.:303,0,6132 1|1:5,239:244:99:.:.:8090,554,0 1|1:4,498:502:99:.:.:16691,1372,0 1|0:110,19:129:99:.:.:236,0,3299 0|1:237,225:462:99:.:.:6231,0,6171 0|1:35,15:50:99:.:.:363,0,1038 0|0:246,0:246:99:.:.:0,119,1800 1|0:201,100:301:99:.:.:2606,0,5716 1|1:0,288:288:99:.:.:9702,865,0 1|1:0,297:297:99:.:.:10206,893,0 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800 1|1:13,226:239:99:.:.:7361,348,0 0|1:91,88:179:99:.:.:2429,0,2369 1|1:5,271:276:99:.:.:9166,655,0 1|1:1,243:244:99:.:.:8547,699,0 1|1:5,246:251:99:.:.:8365,650,0 1|1:7,119:126:99:.:.:3889,170,0 1|1:4,222:226:99:.:.:7434,539,0 1|0:75,42:117:99:.:.:1051,0,2065 1|1:0,265:265:99:.:.:9033,796,0 1|1:3,551:554:99:.:.:18483,1557,0 1|1:1,167:168:99:.:.:5656,470,0 1|1:2,520:522:99:.:.:17554,1501,0 1|1:1,248:249:99:.:.:8498,711,0 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,241:248:99:.:.:8095,501,0 1|1:3,243:246:99:.:.:8157,653,0 1|1:3,233:236:99:.:.:7798,611,0 1|1:0,263:263:99:.:.:8949,790,0 1|1:1,119:120:99:.:.:4035,323,0 1|1:6,189:195:99:.:.:6122,372,0 1|1:1,57:58:99:.:.:1879,143,0 1|0:218,48:266:99:.:.:859,0,6238 1|1:7,631:638:99:.:.:20861,1703,0 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,257:264:99:.:.:8754,553,0 1|1:4,567:571:99:.:.:19059,1605,0 1|0:15,77:92:99:.:.:2382,0,302 1|1:12,288:300:99:.:.:9635,519,0 1|1:1,251:252:99:.:.:8641,722,0 1|1:20,613:633:99:.:.:20273,1283,0 1|0:23,163:186:99:.:.:5115,0,207 1|0:248,312:560:99:.:.:9041,0,6177 0|0:646,0:646:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,545:546:99:.:.:19179,1608,0 1|1:8,92:100:46:.:.:2910,46,0 1|1:2,450:452:99:.:.:15013,1287,0 1|1:0,452:452:99:.:.:15345,1353,0 1|1:1,255:256:99:.:.:8700,734,0 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,88:88:99:.:.:2963,265,0 0|1:81,79:160:99:.:.:2248,0,2161 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,181:181:99:.:.:6275,544,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7479,661,0 1|1:0,261:261:99:.:.:9058,785,0 1|1:0,265:265:99:.:.:9264,797,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8531,731,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,81:81:99:.:.:2846,243,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,273:273:99:.:.:9431,821,0 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:.:.:2015,177,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,62:62:99:.:.:2055,185,0 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215 1|1:0,328:328:99:.:.:11464,987,0 0|1:264,75:339:99:.:.:1567,0,7705 1|0:214,83:297:99:.:.:2016,0,6272 1|1:0,25:25:75:.:.:873,75,0 1|1:0,239:239:99:.:.:8537,719,0 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,147:151:99:.:.:4894,335,0 0|1:196,93:289:99:.:.:2348,0,5440 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,248:248:99:.:.:8591,746,0 1|1:0,221:221:99:.:.:7829,664,0 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,66:66:99:.:.:2378,199,0 1|1:0,313:313:99:.:.:10990,941,0 0|0:624,0:624:99:.:.:0,120,1800 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,55:55:99:.:.:1855,165,0 0|0:32,0:32:79:.:.:0,79,1020 1|1:0,408:408:99:.:.:14124,1226,0 1|1:0,171:171:99:.:.:6060,514,0 Pf3D7_01_v3 528425 . T C 2.21603e+06 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=22.65;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=M440T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aTg/aCg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.704;VQSLOD=7.23;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1931;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=112.17;GQ_STDDEV=46.2;HRun=0;InbreedingCoeff=0.3746;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.25;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15084484;AF=0.09;AS_InbreedingCoeff=0.8873;MLEAC=471;MLEAF=0.09;AN=858;AC=74 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1291:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1483:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1550:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,50:65:99:.:.:1102,0,282:. 0|1:31,15:46:99:.:.:257,0,867:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1498:. 0|0:32,0:32:79:.:.:0,79,991:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1416:. 0|0:36,0:36:82:.:.:0,82,945:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,835:. 0|0:12,0:12:2:.:.:0,2,313:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1141:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1085:. 0|1:40,22:62:99:.:.:397,0,1044:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,964:. 0|1:82,28:110:99:.:.:392,0,2115:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1296:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1612:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1253:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1692:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,2447:. 0|1:71,15:86:99:.:.:116,0,1900:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,914:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,11:70:77:.:.:77,0,1577:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:8,114:122:99:.:.:2806,115,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,79:87:25:.:.:1842,25,0:. 1|0:27,88:115:99:.:.:1965,0,473:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1169:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:1965,232,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,13:74:99:.:.:100,0,1611:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,120:147:99:.:.:2654,0,357:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1419:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,21:112:99:.:.:195,0,2417:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,17:133:34:.:.:34,0,3123:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:28:.:.:0,28,4708:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:133,37:170:99:.:.:453,0,3868:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,228:230:99:.:.:5959,627,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,61:214:99:.:.:900,0,3820:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,28:175:99:.:.:205,0,3886:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:.:.:5156,601,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,104:206:99:.:.:2093,0,2489:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,69:169:99:.:.:1310,0,2550:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,395:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,72:96:99:.:.:1585,0,460:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,71:109:99:.:.:1560,0,823:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,285:285:99:.:.:7377,854,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,143:148:99:.:.:3519,288,0:. 1|1:2,163:165:99:.:.:4185,439,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1400:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,20:108:99:.:.:189,0,2347:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,42:89:99:.:.:798,0,1200:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1399:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,18:98:99:.:.:154,0,2179:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:11:.:.:0,11,1245:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,65:121:99:.:.:1277,0,1348:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1141:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,53:193:99:.:.:785,0,3683:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,160:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,25:119:99:.:.:317,0,2522:. 1|0:72,81:153:99:.:.:1691,0,1634:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,48:58:99:.:.:1084,0,143:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,207:319:99:.:.:4564,0,2388:. 1|0:78,41:119:99:.:.:700,0,1969:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,22:26:25:.:.:498,0,25:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,13:89:79:.:.:79,0,2062:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1182,138,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4815,433,0:. 1|1:11,239:250:99:.:.:7534,346,0:. 1|1:0,251:251:99:.:.:8274,755,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,108:246:99:.:.:2820,0,4215:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,263:266:99:.:.:8397,694,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:156,55:211:99:.:.:1181,0,4987:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1586:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,268:279:99:.:.:8338,434,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:882,0:882:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1335:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:494,0:494:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,549:557:99:.:.:15634,1372,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:553,0:553:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2088,203,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,178:252:99:.:.:4981,0,1769:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,13:52:99:.:.:287,0,1200:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:585,0:585:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:675,0:675:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:561,0:561:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:646,0:646:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:544,0:544:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,84:85:99:.:.:2628,219,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,307:322:99:.:.:9252,447,0:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,330:330:99:.:.:10547,990,0:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:32:.:.:0,32,7435:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,44:65:99:.:.:1257,0,530:. 1|0:165,184:349:99:.:.:4870,0,4691:. 0|0:624,0:624:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1379:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 528580 . A G 6.70979e+06 PASS FS=0;MQ=60.16;QD=26.58;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N492D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aat/Gat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.694;VQSLOD=9.86;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.36;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0174;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=128.93;GQ_STDDEV=81.39;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5439;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.931;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15611241;AF=0.27;AS_InbreedingCoeff=0.4512;MLEAC=1419;MLEAF=0.27;AN=858;AC=190 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1291:. 1|0:22,39:61:99:.:.:930,0,517:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:6,58:64:3:.:.:1528,3,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:528580_A_G:2880,213,0:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2353,222,0:. 1|1:2,93:95:99:1|1:528580_A_G:3844,250,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1677:. 0|1:19,17:36:99:.:.:380,0,503:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1498:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1295:. 1|1:2,23:25:21:.:.:630,21,0:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:14,0:14:28:.:.:0,28,400:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1140,114,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1303:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1984,211,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1237:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,16:16:48:.:.:462,48,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1296:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1612:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1253:. 1|0:137,25:162:99:.:.:190,0,6921:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2936,309,0:. 1|0:26,45:71:99:.:.:992,0,579:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,134:141:99:.:.:3595,210,0:. 0|1:73,43:116:99:.:.:866,0,1836:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,90:131:99:.:.:2111,0,841:. 1|0:71,12:83:60:.:.:60,0,1900:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,795:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,12:80:99:.:.:103,0,1778:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,12:86:69:.:.:69,0,1938:. 0|0:91,9:100:49:.:.:0,49,2417:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,85:106:99:.:.:2068,0,308:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,34:71:99:.:.:743,0,830:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,171:172:99:.:.:4712,484,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1419:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:.:.:3904,416,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,98:121:99:0|1:528580_A_G:3798,0,1192:. 0|1:39,63:102:99:.:.:1391,0,867:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:204,28:232:81:.:.:81,0,5400:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,232:244:99:.:.:6205,402,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,152:195:99:.:.:3688,0,718:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5017,545,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,91:175:99:.:.:1938,0,1995:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5306,567,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:151,78:229:99:.:.:1480,0,3787:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:135,18:153:55:.:.:55,0,3541:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,165:196:99:0|1:528580_A_G:6406,0,1627:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5385,599,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:131,29:160:99:.:.:315,0,3316:. 1|1:0,252:252:99:.:.:6747,754,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:528580_A_G:5419,388,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,293:294:99:.:.:7949,850,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2767,302,0:. 0|1:142,28:170:99:.:.:264,0,3671:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:177,39:216:99:.:.:413,0,4674:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,202:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2870,306,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,59:161:99:.:.:1121,0,2599:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,87:155:99:.:.:2013,0,1596:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,57:88:99:.:.:1337,0,657:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,50:125:99:.:.:1064,0,1840:. 0|0:129,13:142:53:.:.:0,53,3444:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4326,457,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,42:167:99:.:.:705,0,3341:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,281:281:99:.:.:7637,842,0:. 1|0:26,81:107:99:.:.:1984,0,498:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,94:95:99:.:.:2589,253,0:. 0|1:218,45:263:99:.:.:421,0,5612:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,123:125:99:.:.:3293,314,0:. 1|0:6,51:57:13:.:.:1207,0,13:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,20:78:99:0|1:528580_A_G:576,0,3001:. 0|1:105,23:128:99:.:.:257,0,2763:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:72:.:.:0,72,3768:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,7:62:17:.:.:17,0,1487:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1399:. 1|0:57,11:68:99:.:.:102,0,1522:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,24:139:99:.:.:259,0,3066:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:61:.:.:0,61,2422:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1141:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,60:189:99:.:.:1125,0,3330:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,5:14:99:.:.:100,0,224:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,71:136:99:.:.:1561,0,1480:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:267,79:346:99:.:.:1235,0,6982:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1691,180,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:79:.:.:0,79,2900:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,11:27:99:.:.:220,0,385:. 1|1:2,70:72:99:.:.:1905,157,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1102:. 1|1:5,131:136:99:.:.:3596,271,0:. 0|0:38,0:38:57:.:.:0,57,966:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:.:.:8586,746,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:162,72:234:99:.:.:1730,0,5010:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1586:. 0|1:99,18:117:99:.:.:264,0,3114:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8339,730,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,882:882:99:.:.:30211,2649,0:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1335:. 1|1:3,119:122:99:.:.:3711,266,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,196:197:99:.:.:6508,558,0:. 1|1:3,237:240:99:.:.:7670,615,0:. 0|0:494,0:494:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,649:653:99:1|1:528580_A_G:27865,1736,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,552:554:99:1|1:528580_A_G:23945,1563,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3109,291,0:. 0|0:553,0:553:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:226,30:256:99:.:.:191,0,7001:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:205,55:260:99:.:.:958,0,6150:. 1|0:27,255:282:65:.:.:7637,0,65:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8261,741,0:. 1|1:11,488:499:99:1|1:528580_A_G:20163,641,0:. 0|1:21,120:141:99:.:.:3506,0,308:. 1|0:255,289:544:99:0|1:528580_A_G:11065,0,13981:. 0|0:62,0:62:79:.:.:0,79,1937:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7421,673,0:. 0|1:216,56:272:99:.:.:998,0,6526:. 1|0:200,94:294:99:.:.:2287,0,6142:. 0|1:165,64:229:99:0|1:528580_A_G:2129,0,9848:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,186:227:99:.:.:5424,0,729:. 1|0:81,30:111:99:.:.:615,0,2300:. 0|1:268,33:301:99:.:.:142,0,8315:. 1|1:2,607:609:99:1|1:528580_A_G:26017,1738,0:. 1|0:112,82:194:99:.:.:2074,0,3283:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,174:219:99:.:.:5033,0,895:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,72:235:99:.:.:1557,0,4711:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,22:131:99:0|1:528580_A_G:629,0,6575:. 0|1:94,122:216:99:.:.:3199,0,2397:. 1|1:4,54:58:32:.:.:1612,32,0:. 1|1:24,281:305:99:.:.:8193,100,0:. 1|1:6,665:671:99:1|1:528580_A_G:28690,1501,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:240,36:276:99:.:.:314,0,7296:. 1|0:65,435:500:99:0|1:528580_A_G:17706,0,2855:. 1|0:76,43:119:99:.:.:1085,0,2145:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,207:232:99:0|1:528580_A_G:8012,0,1362:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:561,0:561:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:646,0:646:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:544,0:544:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,448:455:99:.:.:14664,1141,0:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:245,30:275:99:0|1:528580_A_G:427,0,11888:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,96:177:99:.:.:2683,0,2279:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5047,450,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,201:258:99:.:.:6050,0,1230:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6746,600,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,285:285:99:.:.:9665,856,0:. 1|1:0,237:237:99:.:.:8096,712,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,298:298:99:.:.:10110,896,0:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,317:317:99:.:.:10711,952,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,159:160:99:1|1:528580_A_G:6851,383,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3451,307,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,28:28:84:.:.:960,84,0:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:216,101:317:99:.:.:2532,0,6542:. 0|1:257,65:322:99:.:.:1199,0,7900:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:232,59:291:99:0|1:528580_A_G:1648,0,9286:. 1|1:3,162:165:99:.:.:5262,387,0:. 0|1:90,174:264:99:.:.:5030,0,2333:. 0|1:192,46:238:99:0|1:528580_A_G:1284,0,7749:. 0|1:37,220:257:99:.:.:6738,0,529:. 1|1:0,245:245:99:.:.:8248,736,0:. 0|0:248,0:248:0:.:.:0,0,7173:. 1|1:0,262:262:99:1|1:528580_A_G:11580,813,0:. 0|1:225,329:554:99:.:.:9832,0,6254:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,752:752:99:.:.:24586,2255,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,284:284:99:.:.:9603,853,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1379:. 0|0:25,0:25:47:.:.:0,47,820:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 528599 . A T 7.47259e+06 PASS FS=0;MQ=60.25;QD=27.78;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K498M;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAg/aTg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.716;VQSLOD=8.67;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.06;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.998;GC=19.05;GQ_MEAN=150.88;GQ_STDDEV=152.57;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6751;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.602;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15683860;AF=0.268;AS_InbreedingCoeff=0.6277;MLEAC=1408;MLEAF=0.268;AN=858;AC=192 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1291:. 1|0:27,42:69:99:.:.:1129,0,652:. 0|0:63,2:65:99:.:.:0,131,1944:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:528580_A_G:2988,204,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,85:86:99:1|1:528580_A_G:3963,272,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1677:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1498:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1365:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1295:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,493:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1133:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1303:. 1|0:58,10:68:83:.:.:83,0,1503:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2119,201,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1237:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,14:14:42:.:.:441,42,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1296:. 1|0:40,57:97:99:.:.:1419,0,909:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1612:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1253:. 1|0:147,24:171:99:.:.:543,0,6718:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3027,306,0:. 1|0:27,42:69:99:.:.:1033,0,565:. 0|1:70,10:80:31:.:.:31,0,1836:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,42:116:99:.:.:879,0,1823:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,87:138:99:.:.:2159,0,1075:. 1|0:78,13:91:99:.:.:119,0,2013:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:19,101:120:99:.:.:2703,0,167:. 0|1:49,28:77:99:.:.:613,0,1198:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,109:144:99:0|1:528599_A_T:4174,0,1070:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,11:83:93:.:.:93,0,1873:. 0|1:69,42:111:99:.:.:928,0,1641:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,15:132:64:.:.:64,0,3073:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,89:104:99:.:.:2437,0,148:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,47:92:99:.:.:1160,0,1021:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,21:53:99:.:.:473,0,806:. 1|1:0,147:147:99:1|1:528599_A_T:6128,447,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:47:.:.:0,47,2510:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2494,246,0:. 1|0:192,23:215:35:.:.:35,0,5005:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2317,228,0:. 1|0:20,43:63:99:.:.:1126,0,406:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,36:61:99:0|1:528599_A_T:1335,0,1106:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,173:174:99:.:.:5244,493,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1419:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,96:118:99:0|1:528580_A_G:3956,0,1312:. 0|1:88,17:105:99:.:.:178,0,2249:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,240:253:99:.:.:6917,355,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,153:194:99:.:.:4095,0,648:. 1|1:0,180:180:99:.:.:5447,540,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,49:169:99:.:.:966,0,3018:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,195:196:99:.:.:5888,579,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,44:158:99:.:.:850,0,2857:. 0|1:142,89:231:99:.:.:2009,0,3472:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,175:206:99:0|1:528580_A_G:7310,0,1808:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:169,21:190:67:.:.:67,0,4244:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6032,613,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,130:192:99:.:.:3326,0,1235:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,25:167:99:.:.:271,0,3502:. 1|1:0,242:242:99:.:.:7136,727,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3635,361,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:1|1:528580_A_G:5508,376,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,26:67:99:.:.:601,0,1055:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,295:296:99:.:.:8686,857,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2905,283,0:. 0|1:92,75:167:99:.:.:1772,0,2197:. 0|0:98,0:98:41:.:.:0,41,2422:. 1|0:21,155:176:99:.:.:4305,0,103:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,125:211:99:.:.:3159,0,1907:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3115,301,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,33:88:99:.:.:740,0,1378:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,59:173:99:.:.:1239,0,2819:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,94:158:99:.:.:2413,0,1450:. 1|1:4,129:133:99:.:.:3854,276,0:. 0|1:26,61:87:99:.:.:1607,0,511:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,72:140:99:.:.:1802,0,1563:. 0|0:202,0:202:83:.:.:0,83,4929:. 0|1:35,66:101:99:.:.:1685,0,721:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,43:169:99:.:.:867,0,3272:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3967,385,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:88:.:.:0,88,3084:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:226,39:265:99:.:.:360,0,5740:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,22:160:99:.:.:171,0,3604:. 0|1:95,24:119:99:.:.:362,0,2423:. 0|0:56,4:60:56:.:.:0,56,1508:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,20:80:99:0|1:528580_A_G:615,0,2994:. 0|1:79,49:128:99:.:.:1128,0,1973:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,12:147:62:.:.:0,62,3527:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,10:67:99:.:.:114,0,1484:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1399:. 1|0:44,21:65:99:.:.:453,0,1125:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,19:67:99:.:.:383,0,1191:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,62:136:99:.:.:1500,0,1783:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1141:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2306,231,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,61:197:99:.:.:1250,0,3445:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,3:13:57:.:.:57,0,262:. 0|1:178,23:201:99:.:.:103,0,4646:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,109:129:99:.:.:2886,0,202:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,8:68:34:.:.:34,0,1539:. 1|1:0,26:26:78:.:.:795,78,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1706,168,0:. 0|1:164,21:185:54:.:.:54,0,4226:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,2546:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,102:117:90:.:.:2807,0,90:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,623:. 1|1:1,77:78:99:.:.:2327,204,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1102:. 1|1:4,130:134:99:.:.:3885,283,0:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,939:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,76:239:99:.:.:2037,0,5199:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1586:. 0|1:94,20:114:99:.:.:365,0,2954:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,257:257:99:.:.:9263,773,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,888:888:99:.:.:31691,2670,0:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1798,150,0:. 1|1:5,125:130:99:.:.:4082,216,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:494,0:494:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,642:647:99:1|1:528580_A_G:29126,1754,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,534:536:99:1|1:528580_A_G:24306,1539,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3191,274,0:. 0|0:553,0:553:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:232,28:260:99:.:.:201,0,7294:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:211,55:266:99:.:.:1045,0,6430:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,467:476:99:1|1:528580_A_G:20423,657,0:. 0|1:20,114:134:99:.:.:3496,0,304:. 1|0:266,290:556:99:0|1:528580_A_G:11547,0,14998:. 0|0:57,0:57:97:.:.:0,97,1844:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:201,91:292:99:0|1:528599_A_T:3083,0,10618:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:213,58:271:99:.:.:1204,0,6435:. 1|0:193,99:292:99:.:.:2638,0,5889:. 0|1:167,68:235:99:0|1:528580_A_G:2343,0,10666:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:80:.:.:0,80,3533:. 1|0:54,181:235:99:.:.:5554,0,1083:. 1|0:83,29:112:99:.:.:647,0,2496:. 0|1:274,37:311:99:.:.:283,0,8561:. 1|1:1,584:585:99:1|1:528580_A_G:26653,1705,0:. 1|0:118,76:194:99:.:.:2005,0,3567:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,172:235:99:.:.:5248,0,1461:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:168,70:238:99:.:.:1604,0,4951:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,24:134:99:0|1:528580_A_G:696,0,6804:. 0|1:89,123:212:99:.:.:3503,0,2362:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,281:309:7:.:.:8681,0,7:. 1|1:6,677:683:99:1|1:528580_A_G:30238,1558,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:239,36:275:99:.:.:405,0,7495:. 1|0:67,451:518:99:0|1:528580_A_G:19054,0,3097:. 1|0:76,39:115:99:.:.:1068,0,2134:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,205:234:99:0|1:528580_A_G:8833,0,1778:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:561,0:561:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:646,0:646:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,590:592:99:.:.:21078,1707,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,457:463:99:.:.:15601,1174,0:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:249,26:275:99:0|1:528580_A_G:364,0,13737:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,96:176:99:.:.:2859,0,2245:. 1|1:0,146:146:99:.:.:5041,439,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,194:252:99:.:.:6163,0,1240:. 1|1:0,209:209:99:.:.:7386,628,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,323:323:99:.:.:11475,971,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,151:152:99:1|1:528580_A_G:6899,371,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3578,313,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,360:360:99:.:.:12429,1082,0:. 1|0:229,108:337:99:.:.:2874,0,6983:. 0|1:251,65:316:99:.:.:1379,0,7839:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:223,62:285:99:0|1:528580_A_G:1812,0,8856:. 1|1:5,157:162:99:.:.:5253,306,0:. 0|1:88,184:272:99:.:.:5718,0,2255:. 0|1:188,46:234:99:0|1:528580_A_G:1261,0,7676:. 0|1:35,219:254:99:.:.:7057,0,463:. 1|1:0,250:250:99:.:.:8901,752,0:. 0|0:241,0:241:20:.:.:0,20,7153:. 1|1:0,264:264:99:1|1:528580_A_G:12308,834,0:. 0|1:231,353:584:99:.:.:10747,0,6464:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,733:733:99:.:.:25664,2204,0:. 1|0:164,53:217:99:.:.:1231,0,5164:. 1|1:0,289:289:99:.:.:10066,867,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1379:. 0|0:29,0:29:53:.:.:0,53,928:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:6402,541,0:. Pf3D7_01_v3 528747 . A G 5.05415e+06 PASS FS=0;MQ=60.09;QD=23.86;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R547;SNPEFF_CODON_CHANGE=agA/agG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.691;VQSLOD=9.43;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.01;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=142.58;GQ_STDDEV=119.36;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6258;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.561;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15095250;AF=0.194;AS_InbreedingCoeff=0.5292;MLEAC=1019;MLEAF=0.194;AN=858;AC=192 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:23,15:38:99:.:.:334,0,607:. 1|1:2,50:52:91:.:.:1399,91,0:. 1|0:30,51:81:99:.:.:1188,0,716:. 0|0:62,0:62:59:.:.:0,59,1740:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1370:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1677:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1254:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1147:. 1|0:21,18:39:99:.:.:431,0,565:. 0|0:26,0:26:61:.:.:0,61,661:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:15,0:15:14:.:.:0,14,391:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1093:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1122:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1294,135,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1532:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1836,192,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1296:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1438:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1749,183,0:. 0|0:141,0:141:34:.:.:0,34,3504:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,30:51:99:.:.:621,0,478:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1612:. 1|0:41,11:52:99:.:.:141,0,1041:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,35:115:99:.:.:638,0,1982:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,72:117:99:.:.:1662,0,1007:. 0|1:26,44:70:99:.:.:982,0,593:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,16:73:99:.:.:241,0,1460:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,7:20:99:.:.:141,0,305:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:200,40:240:99:.:.:422,0,5336:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3809,398,0:. 0|0:76,0:76:7:.:.:0,7,1791:. 0|1:103,23:126:99:.:.:280,0,2746:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1763:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1618:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1756,193,0:. 1|0:65,21:86:99:.:.:302,0,1699:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1152:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4217,452,0:. 1|0:45,57:102:99:.:.:1299,0,1040:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1444:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1374:. 1|0:39,73:112:99:.:.:1729,0,801:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1419:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,108:114:99:.:.:2794,157,0:. 0|0:130,0:130:94:.:.:0,94,3305:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,91:112:99:.:.:2255,0,283:. 0|1:96,17:113:99:.:.:118,0,2504:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5456,582,0:. 1|0:17,111:128:92:.:.:2610,0,92:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,73:141:99:.:.:1621,0,1575:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,26:166:99:.:.:248,0,3669:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,17:115:99:.:.:148,0,2557:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,196:197:99:.:.:5476,559,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:137,39:176:99:.:.:568,0,3544:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:6476,721,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3287,359,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,120:231:99:.:.:2671,0,2643:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:43:.:.:0,43,2628:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:28:.:.:0,28,1670:. 0|1:83,67:150:99:.:.:1394,0,2032:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:.:.:6459,708,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,35:159:99:.:.:527,0,3261:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,151:162:99:.:.:3890,155,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,208:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,77:146:99:.:.:1713,0,1646:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,105:158:99:.:.:2492,0,1126:. 1|1:1,136:137:99:.:.:3856,381,0:. 0|1:76,19:95:99:.:.:259,0,1991:. 0|1:16,51:67:99:.:.:1240,0,288:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:47:.:.:0,47,3719:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2584,252,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:4934,524,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,19:122:99:.:.:163,0,2751:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2486,266,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,42:124:99:.:.:754,0,2037:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,38:139:99:.:.:602,0,2592:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,17:67:99:.:.:273,0,1337:. 0|1:101,19:120:99:.:.:174,0,2640:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:49:.:.:0,49,1779:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1144:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1403:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1827,198,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,61:148:99:.:.:1250,0,2131:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:87:.:.:0,87,2558:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1141:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1893,211,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,36:149:99:.:.:536,0,2949:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,252:. 0|1:155,25:180:99:.:.:151,0,4100:. 0|1:61,53:114:99:.:.:1144,0,1517:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,76:111:99:.:.:1776,0,719:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,2643:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,33:33:99:.:.:915,99,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,596:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,137:172:99:.:.:3235,0,490:. 0|0:94,0:94:16:.:.:0,16,2306:. 1|1:4,58:62:64:.:.:1538,64,0:. 1|1:6,91:97:99:.:.:2403,117,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,4:20:55:.:.:55,0,419:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2223,214,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,81:197:99:.:.:2137,0,3541:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,211:227:99:.:.:6713,114,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1347:. 1|1:1,237:238:99:.:.:7866,706,0:. 1|1:1,223:224:99:.:.:7566,636,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5640,504,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4689,415,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,292:292:99:.:.:9817,877,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1459:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:6060,529,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:816,0:816:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1425:. 1|1:2,117:119:99:.:.:3708,313,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,498:498:99:.:.:16052,1492,0:. 1|1:1,147:148:99:.:.:4784,408,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,278:280:99:.:.:9210,792,0:. 1|1:1,604:605:99:.:.:19147,1770,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,506:507:99:.:.:16031,1479,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2633,241,0:. 0|0:553,0:553:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:.:.:6413,583,0:. 1|1:2,232:234:99:.:.:7666,628,0:. 1|0:200,26:226:99:.:.:182,0,6228:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7203,669,0:. 1|1:1,251:252:99:.:.:8258,745,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,409:412:99:.:.:13028,1152,0:. 1|1:2,114:116:99:.:.:3661,278,0:. 0|1:227,222:449:99:.:.:5707,0,5862:. 1|0:50,8:58:92:.:.:92,0,1489:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:185,89:274:99:.:.:2153,0,5614:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,238:239:99:.:.:7708,682,0:. 1|0:182,72:254:99:.:.:1675,0,5489:. 0|1:130,58:188:99:.:.:1214,0,3544:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,3003:. 1|0:49,174:223:99:.:.:5009,0,989:. 1|0:55,21:76:99:.:.:464,0,1623:. 0|1:264,33:297:99:.:.:230,0,7918:. 1|1:4,608:612:99:.:.:19067,1695,0:. 1|0:137,63:200:99:.:.:1425,0,4079:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,171:236:99:.:.:5002,0,1541:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,61:184:99:.:.:1307,0,3200:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,29:130:99:.:.:561,0,3088:. 0|1:57,118:175:99:.:.:3289,0,1387:. 0|0:51,0:51:18:.:.:0,18,1408:. 1|1:19,247:266:99:.:.:7380,144,0:. 1|1:1,581:582:99:.:.:18427,1706,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,204:222:43:.:.:6146,43,0:. 1|1:46,457:503:99:.:.:13217,153,0:. 1|0:31,83:114:99:.:.:2371,0,724:. 1|1:7,268:275:99:.:.:8532,584,0:. 1|1:16,209:225:99:.:.:6310,106,0:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:204,272:478:99:.:.:7361,0,5066:. 0|0:619,0:619:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,480:481:99:.:.:15643,1408,0:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:232,28:260:99:.:.:158,0,7266:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,83:157:99:.:.:2266,0,2107:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,165:232:99:.:.:4635,0,1457:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,287:287:99:.:.:9647,862,0:. 1|1:0,246:246:99:.:.:8017,739,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,338:339:99:.:.:11258,980,0:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,360:360:99:.:.:11956,1081,0:. 1|0:96,186:282:99:.:.:5429,0,2513:. 0|1:57,237:294:99:.:.:7044,0,1036:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,224:268:99:.:.:6577,0,666:. 1|1:3,156:159:99:.:.:5114,392,0:. 1|0:178,79:257:99:.:.:1840,0,5296:. 0|1:39,208:247:99:.:.:6184,0,593:. 0|1:24,203:227:99:.:.:6154,0,187:. 1|1:0,260:260:99:.:.:8513,779,0:. 1|0:224,25:249:99:.:.:113,0,6964:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:226,289:515:99:.:.:8424,0,6356:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,728:728:99:.:.:24091,2186,0:. 1|0:51,145:196:99:.:.:4185,0,1137:. 1|1:1,252:253:99:.:.:8247,722,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1379:. 0|0:21,0:21:47:.:.:0,47,671:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 528842 . A G 277570 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=20.95;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H579R;SNPEFF_CODON_CHANGE=cAt/cGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.722;VQSLOD=6.43;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=0;NCC=1;BaseQRankSum=-3.633;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=117.44;GQ_STDDEV=6.08;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-1.105;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14679497;AF=0.008378;AS_InbreedingCoeff=-0.0323;MLEAC=41;MLEAF=0.007807;AN=858;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1398:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,112,1556:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1370:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1677:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1254:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1486:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:30,0:30:59:.:.:0,59,900:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1072:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1141:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1532:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,370:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1287:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1438:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1499:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1612:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1125:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1444:. 0|1:127,78:205:99:.:.:1380,0,3204:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1374:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1419:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,84:179:99:.:.:1647,0,2375:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,119:161:99:.:.:2636,0,815:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,22:153:99:1|0:528840_A_C:118,0,3964:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,139:143:99:.:.:3562,317,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,46:110:99:.:.:862,0,1696:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1144:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1141:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:1:.:.:0,1,226:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:6:.:.:0,6,610:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1459:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:816,0:816:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1425:. 0|0:122,0:122:.:.:.:.:120 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:.:.:.:.:120 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:627,0:627:.:.:.:.:120 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:528,0:528:.:.:.:.:120 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:553,0:553:.:.:.:.:120 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:.:.:.:.:120 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:449,0:449:.:.:.:.:120 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:.:.:.:.:120 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:120 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:593,0:593:.:.:.:.:120 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:.:.:.:.:120 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:.:.:.:.:120 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:.:.:.:.:120 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:615,0:615:.:.:.:.:120 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:.:.:.:.:120 0|0:502,0:502:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:.:.:.:.:120 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:530,0:530:.:.:.:.:120 0|0:619,0:619:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:.:.:.:.:120 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,855:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,243:243:99:.:.:7931,730,0:. 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:684,0:684:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1379:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 528907 . G A 2.25107e+06 PASS FS=0;MQ=60.55;QD=25.88;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E601K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.734;VQSLOD=7.63;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=125.22;GQ_STDDEV=85.9;HRun=5;InbreedingCoeff=0.4439;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.16;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14895331;AF=0.07;AS_InbreedingCoeff=0.6902;MLEAC=368;MLEAF=0.07;AN=856;AC=36 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:0,99,1275:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1398:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1556:. 0|0:58,0:58:99:0,99,1800:. 0|0:57,0:57:76:0,76,1532:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1677:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1254:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1486:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1155:. 0|0:22,0:22:60:0,60,673:. 0|0:21,0:21:51:0,51,765:. 0|0:11,0:11:27:0,27,405:. 0|0:32,0:32:72:0,72,1080:. 0|0:29,0:29:53:0,53,810:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1104:. 0|0:59,0:59:99:0,108,1532:. 0|0:61,0:61:99:0,117,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:90:0,90,1027:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:9,0:9:2:0,2,213:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,103,1287:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,109,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,112,1438:. 0|0:309,0:309:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,114,1499:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,115,1612:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 1|1:1,100:101:99:3008,272,0:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1125:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|1:35,20:55:99:441,0,841:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,119,1444:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,103,1374:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,107,1419:. 1|1:8,175:183:99:4857,326,0:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 1|0:135,36:171:99:598,0,3240:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|1:129,22:151:99:201,0,3252:. 1|0:92,129:221:99:3191,0,1901:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,110,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 1|0:24,61:85:99:1503,0,395:. 1|0:66,131:197:99:3327,0,1210:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:75,6:81:54:0,54,1908:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:9:0,9,135:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:2412,234,0:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|1:48,59:107:99:1489,0,1047:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 1|0:144,32:176:99:454,0,3581:. 1|0:78,13:91:99:119,0,1980:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|1:103,80:183:99:1775,0,2297:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1144:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1141:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,243:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1047:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 1|0:77,212:289:99:5580,0,1361:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:79:0,79,1757:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1232:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:75:0,75,988:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 1|1:9,235:244:99:8007,416,0:. 1|1:1,239:240:99:8559,712,0:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1347:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1495:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:0,120,1800:. 0|0:816,0:816:99:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1425:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:0,120,1800:. 0|0:627,0:627:99:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:0,120,1800:. 0|0:528,0:528:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:553,0:553:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:449,0:449:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:246,0:246:99:0,119,1800:. 0|0:270,0:270:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|1:242,28:270:99:116,0,7138:. 1|1:7,603:610:99:20212,1593,0:. 1|0:136,83:219:99:1999,0,3767:. 0|0:511,0:511:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:. 0|1:147,54:201:99:1242,0,4160:. 0|1:121,104:225:99:2834,0,3339:. 0|1:31,97:128:99:2835,0,639:. 0|1:88,133:221:99:3760,0,2223:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1249:. 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 1|1:13,583:596:99:19815,1365,0:. 0|0:253,0:253:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 0|0:502,0:502:99:0,120,1800:. 1|0:87,33:120:99:802,0,2519:. 0|0:249,0:249:99:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:530,0:530:99:0,120,1800:. 0|0:619,0:619:99:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:6788,606,0:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:311,0:311:99:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:. 0|0:507,0:507:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:324,0:324:99:0,120,1800:. 0|0:684,0:684:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1379:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 1|1:5,357:362:99:12082,916,0:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 528983 . A T 5.41786e+06 PASS FS=0;MQ=60.11;QD=25.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N626I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAt/aTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.681;VQSLOD=9.47;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=9.52;GQ_MEAN=130.75;GQ_STDDEV=84.4;HRun=2;InbreedingCoeff=0.8043;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.398;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15303020;AF=0.179;AS_InbreedingCoeff=0.671;MLEAC=949;MLEAF=0.181;AN=858;AC=138 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:30,14:44:99:.:.:321,0,826:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1277:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1642:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1400:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1705:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1514:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1455:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:11,26:37:99:.:.:717,0,243:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,917:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1100:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1156:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2502,243,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2117,204,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:49:.:.:0,49,2494:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,322:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1287:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:20,45:65:99:.:.:1212,0,446:. 0|1:260,92:352:99:.:.:1778,0,6836:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1499:. 0|0:166,0:166:63:.:.:0,63,4236:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2072,201,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,41:62:99:.:.:1080,0,465:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,958:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,65:72:0:.:.:1750,0,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4294,426,0:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1125:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,32:111:99:.:.:669,0,2088:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1444:. 1|0:174,43:217:99:.:.:652,0,4602:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1374:. 1|0:101,23:124:99:.:.:319,0,2776:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2165,216,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,64:179:99:.:.:1405,0,2958:. 0|1:9,51:60:99:.:.:1409,0,101:. 1|1:9,165:174:99:.:.:4607,272,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,21:48:99:.:.:481,0,679:. 1|1:1,147:148:99:.:.:4413,410,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:22,242:264:99:.:.:6695,124,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,104:116:28:.:.:2843,0,28:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6799,660,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,45:189:99:.:.:823,0,3802:. 1|1:0,179:179:99:.:.:5541,538,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:.:.:5583,544,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,35:131:99:.:.:702,0,2539:. 1|0:81,125:206:99:.:.:3262,0,1830:. 1|0:87,37:124:99:.:.:733,0,2304:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:165,30:195:99:.:.:341,0,4326:. 1|1:11,121:132:57:.:.:3297,57,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,54:79:99:.:.:1306,0,486:. 1|0:50,125:175:99:.:.:3261,0,1035:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,35:180:99:.:.:483,0,3798:. 1|1:0,247:247:99:.:.:7329,740,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:.:.:6673,658,0:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5204,519,0:. 1|1:0,226:226:99:.:.:6836,678,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,38:201:99:.:.:572,0,4347:. 1|1:0,244:244:99:.:.:7523,733,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:46:.:.:0,46,2608:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2700,267,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,39:76:99:.:.:990,0,878:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,183:184:99:.:.:5472,522,0:. 1|0:48,30:78:99:.:.:663,0,1165:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4409,434,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3070,304,0:. 0|1:42,66:108:99:.:.:1683,0,970:. 1|0:62,46:108:99:.:.:1069,0,1588:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,78:178:99:.:.:1903,0,2533:. 0|1:24,159:183:99:.:.:4261,0,166:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,219:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,89:91:99:.:.:2723,215,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,67:137:99:.:.:1595,0,1707:. 1|0:108,33:141:99:.:.:600,0,2848:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,62:126:99:.:.:1532,0,1609:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,17:65:99:.:.:351,0,1250:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:156,32:188:99:.:.:430,0,4182:. 1|0:75,14:89:99:.:.:160,0,2105:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,251:251:99:.:.:7599,753,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,76:106:99:.:.:1997,0,562:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2229,222,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3829,380,0:. 0|1:106,15:121:99:.:.:99,0,2832:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:92:.:.:0,92,1801:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,17:65:99:.:.:319,0,1294:. 1|0:58,29:87:99:.:.:652,0,1540:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,87:187:99:.:.:2120,0,2487:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3723,364,0:. 1|0:48,32:80:99:.:.:762,0,1214:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,35:81:99:.:.:823,0,1171:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1144:. 1|0:51,12:63:99:.:.:186,0,1356:. 0|0:133,0:133:53:.:.:0,53,3459:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2470,240,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,34:112:99:.:.:692,0,2001:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2571,252,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1141:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:18,75:93:99:.:.:2039,0,274:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,63:66:99:.:.:1850,104,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,2:8:39:.:.:39,0,166:. 1|0:129,16:145:66:.:.:66,0,3528:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,28:57:99:.:.:687,0,738:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:84,0:84:96:.:.:0,96,2297:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1316:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:31:.:.:0,31,570:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,617:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1312,108,0:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,259:260:99:.:.:9338,772,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:799,0:799:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:595,0:595:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:3243,268,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1425:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,504:507:99:.:.:16767,1396,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:632,0:632:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:528,0:528:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,194:220:99:.:.:5943,0,279:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1558:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:571,0:571:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:209,28:237:99:.:.:278,0,6609:. 1|1:15,245:260:99:.:.:7918,242,0:. 1|0:60,129:189:99:.:.:3611,0,1525:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,39:49:99:.:.:1143,0,213:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:610,0:610:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,219:255:99:.:.:6735,0,441:. 0|0:502,0:502:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:619,0:619:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:503,0:503:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:552,0:552:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,52:158:99:.:.:1321,0,3256:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4642,403,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,194:241:99:.:.:6121,0,938:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6978,619,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7853,673,0:. 1|1:0,209:209:99:.:.:7229,628,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,320:320:99:.:.:11390,962,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2500,211,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2930,252,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,338:338:99:.:.:11737,1016,0:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,900:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:684,0:684:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1379:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529055 . C A 2.36338e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=33.51;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=P650H;SNPEFF_CODON_CHANGE=cCt/cAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.696;VQSLOD=9.88;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=33.33;GQ_MEAN=145.62;GQ_STDDEV=47.86;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8949;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.496;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16722847;AF=0.706;AS_InbreedingCoeff=0.426;MLEAC=3714;MLEAF=0.707;AN=858;AC=674 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,57:57:99:.:.:2184,175,0 1|1:1,57:58:99:.:.:1814,164,0 1|0:41,32:73:99:.:.:815,0,926 1|1:2,73:75:99:1|1:529055_C_A:2487,174,0 0|1:4,49:53:99:0|1:529055_C_A:1966,0,138 1|0:7,56:63:2:.:.:1626,0,2 1|1:0,44:44:99:.:.:1421,132,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2496,235,0 1|1:1,69:70:99:.:.:2225,179,0 1|1:0,73:73:99:1|1:529055_C_A:3036,223,0 1|1:1,45:46:99:.:.:1345,108,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1867,177,0 0|0:49,0:49:86:.:.:0,86,1327 1|1:0,56:56:99:.:.:1791,168,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1093,105,0 1|1:0,22:22:66:.:.:698,66,0 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405 1|1:0,27:27:81:.:.:878,81,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1186,111,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1123 1|1:0,83:83:99:.:.:2621,250,0 1|1:0,75:75:99:1|1:529055_C_A:3143,229,0 1|1:0,216:216:99:.:.:6675,649,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,35:35:99:.:.:1079,105,0 0|1:37,65:102:99:.:.:1599,0,707 1|1:0,9:9:27:.:.:274,27,0 0|0:15,0:15:30:.:.:0,30,450 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,63:63:99:.:.:1951,189,0 1|0:61,42:103:99:.:.:992,0,1385 0|1:84,24:108:99:.:.:515,0,1977 1|1:0,71:71:99:.:.:2232,213,0 0|1:282,102:384:99:0|1:529055_C_A:3336,0,12514 1|1:0,52:52:99:.:.:1606,156,0 1|0:39,112:151:99:.:.:3205,0,326 1|1:0,88:88:99:1|1:529055_C_A:3894,265,0 1|1:0,53:53:99:1|1:529055_C_A:1791,159,0 1|1:3,76:79:99:1|1:529055_C_A:2847,164,0 1|0:15,57:72:99:.:.:1471,0,192 1|1:1,116:117:99:.:.:3597,342,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4186,417,0 1|1:0,83:83:99:1|1:529055_C_A:3714,256,0 1|1:0,276:276:99:.:.:8372,829,0 1|1:0,211:211:99:1|1:529055_C_A:9201,638,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3923,391,0 1|1:4,74:78:99:.:.:2896,124,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1469,144,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4063,405,0 1|0:37,36:73:99:0|1:529055_C_A:1225,0,795 1|1:0,102:102:99:.:.:3094,306,0 1|1:0,37:37:99:1|1:529055_C_A:1467,111,0 1|1:5,100:105:99:.:.:2974,172,0 0|1:36,203:239:99:0|1:529055_C_A:7479,0,311 1|1:0,155:155:99:.:.:4770,466,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:85,27:112:99:.:.:481,0,2039 1|1:0,82:82:99:.:.:2458,246,0 1|1:2,83:85:99:.:.:3348,199,0 1|0:46,43:89:99:0|1:529055_C_A:1116,0,1023 0|1:71,74:145:99:.:.:1868,0,1475 1|0:41,104:145:99:.:.:2684,0,706 1|1:0,158:158:99:1|1:529055_C_A:6963,482,0 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:.:.:1753,177,0 1|0:22,89:111:99:0|1:529055_C_A:2685,0,283 1|1:12,126:138:95:.:.:3969,95,0 1|0:25,67:92:99:.:.:1811,0,445 1|1:0,44:44:99:.:.:1336,132,0 0|1:28,36:64:99:.:.:912,0,600 1|1:0,67:67:99:1|1:529055_C_A:2957,205,0 1|0:29,19:48:99:.:.:430,0,651 1|1:0,133:133:99:.:.:3988,400,0 1|0:71,47:118:99:.:.:1056,0,1603 1|1:0,109:109:99:.:.:3373,328,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1444 1|0:52,163:215:99:.:.:4678,0,775 1|0:19,74:93:99:0|1:529055_C_A:2830,0,238 1|1:0,75:75:99:.:.:2143,225,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2572,252,0 0|1:43,40:83:99:0|1:529055_C_A:1364,0,898 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,51:51:99:1|1:529055_C_A:1937,153,0 1|0:29,117:146:99:.:.:4369,0,306 1|1:0,78:78:99:1|1:529055_C_A:3354,238,0 1|1:0,203:203:99:.:.:6163,610,0 1|1:0,201:201:99:.:.:7749,605,0 1|1:0,78:78:99:.:.:3207,241,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5516,567,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4650,460,0 1|1:5,108:113:99:1|1:529055_C_A:3307,202,0 1|1:11,138:149:99:.:.:3953,128,0 1|1:0,167:167:99:1|1:529055_C_A:7461,518,0 1|1:0,116:116:99:1|1:529055_C_A:4617,349,0 1|1:10,111:121:99:.:.:3038,103,0 1|0:8,49:57:61:.:.:1420,0,61 1|1:1,148:149:99:1|1:529055_C_A:6471,444,0 1|0:155,49:204:99:.:.:929,0,3626 0|1:73,103:176:99:.:.:2595,0,1501 1|1:0,288:288:99:.:.:12512,876,0 1|1:2,208:210:99:.:.:6368,573,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6221,616,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3721,364,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3926,376,0 1|1:0,119:119:99:1|1:529055_C_A:4450,363,0 1|1:4,226:230:99:.:.:9789,587,0 1|1:6,173:179:99:.:.:5190,368,0 1|1:3,193:196:99:.:.:5959,499,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5110,505,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,175:176:99:.:.:5290,518,0 1|1:0,210:210:99:.:.:6389,631,0 1|0:53,146:199:99:0|1:529055_C_A:4525,0,841 1|1:2,218:220:99:.:.:6675,611,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5859,580,0 1|1:0,226:226:99:.:.:6810,679,0 1|1:0,190:190:99:1|1:529055_C_A:6667,571,0 1|1:0,259:259:99:.:.:7869,778,0 1|1:9,145:154:99:.:.:4783,209,0 1|0:99,130:229:99:.:.:3302,0,1967 1|1:1,150:151:99:.:.:4883,425,0 1|1:17,174:191:99:.:.:5012,121,0 1|0:37,156:193:99:.:.:4235,0,437 1|1:0,145:145:99:.:.:4287,436,0 1|1:0,191:191:99:1|1:529055_C_A:8405,580,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5723,571,0 1|1:0,203:203:99:.:.:6057,609,0 1|1:0,244:244:99:.:.:7466,733,0 0|1:46,156:202:99:.:.:4722,0,614 1|1:0,194:194:99:.:.:5707,582,0 0|1:56,101:157:99:0|1:529055_C_A:4041,0,2508 1|0:79,73:152:99:.:.:1748,0,1679 1|0:62,31:93:99:.:.:932,0,1359 1|1:0,205:205:99:.:.:6147,616,0 0|0:245,0:245:45:.:.:0,45,5391 1|1:0,193:193:99:.:.:8138,589,0 1|1:1,223:224:99:.:.:6677,663,0 1|1:8,149:157:99:.:.:4340,250,0 1|0:129,69:198:99:.:.:1591,0,2964 0|1:184,106:290:99:0|1:529055_C_A:2607,0,3950 1|1:0,241:241:99:.:.:7131,724,0 1|1:0,243:243:99:.:.:7392,730,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5545,568,0 1|1:0,239:239:99:.:.:7135,718,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3783,370,0 1|0:153,42:195:99:.:.:706,0,3684 1|1:0,201:201:99:.:.:6724,604,0 1|1:0,260:260:99:.:.:7929,781,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|0:11,89:100:2:.:.:2452,0,2 1|1:0,130:130:99:.:.:4048,391,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2396,237,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 0|1:24,45:69:99:.:.:1483,0,448 1|0:61,88:149:99:.:.:2239,0,1244 1|1:0,195:195:99:1|1:529055_C_A:8404,593,0 1|0:45,27:72:99:.:.:606,0,985 1|1:0,234:234:99:.:.:6944,703,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4196,421,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4276,420,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4988,487,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|1:23,124:147:99:.:.:4282,0,162 1|1:0,109:109:99:.:.:3353,328,0 0|1:173,33:206:99:.:.:392,0,4266 0|1:35,142:177:99:.:.:4326,0,374 1|1:0,198:198:99:.:.:6909,601,0 1|1:3,169:172:99:.:.:5193,440,0 1|1:0,11:11:33:.:.:344,33,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3577,348,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5042,490,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2568,246,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2680,259,0 1|1:0,103:103:99:1|1:529055_C_A:3671,310,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4410,427,0 1|1:4,150:154:99:.:.:4448,351,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,150:150:99:.:.:5173,451,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,108:108:99:.:.:3327,325,0 1|0:59,20:79:99:.:.:366,0,1423 1|1:0,124:124:99:.:.:3791,372,0 0|1:22,109:131:99:.:.:2918,0,172 1|0:141,56:197:99:.:.:1533,0,3286 1|0:66,32:98:99:.:.:915,0,1531 1|1:5,108:113:99:.:.:3079,194,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,247:247:99:.:.:7443,741,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4912,480,0 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,155:155:99:1|1:529055_C_A:6738,467,0 1|1:0,253:253:99:.:.:7767,760,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3363,334,0 1|1:6,122:128:99:.:.:3568,218,0 1|1:0,226:226:99:.:.:6723,679,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3688,277,0 1|1:2,79:81:99:.:.:2328,188,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,71:71:99:.:.:2159,213,0 1|0:184,47:231:99:.:.:682,0,4234 0|1:93,50:143:99:0|1:529055_C_A:1033,0,3493 1|1:0,150:150:99:.:.:4602,449,0 1|1:0,144:144:99:1|1:529055_C_A:6212,436,0 0|1:51,87:138:99:.:.:2567,0,932 1|1:0,116:116:99:1|1:529055_C_A:3883,349,0 1|0:61,10:71:88:.:.:88,0,1430 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|0:18,50:68:99:.:.:1597,0,281 1|0:16,81:97:99:.:.:2604,0,129 0|1:43,49:92:99:0|1:529055_C_A:1931,0,2052 0|1:147,18:165:38:.:.:38,0,3479 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,196:196:99:.:.:6010,589,0 0|1:116,83:199:99:.:.:1951,0,2498 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 1|0:44,34:78:99:.:.:1164,0,890 1|1:13,209:222:99:.:.:5985,344,0 1|0:92,14:106:99:0|1:529055_C_A:285,0,4860 0|1:19,62:81:99:.:.:1690,0,252 1|1:0,64:64:99:.:.:1988,192,0 1|0:12,50:62:99:.:.:1391,0,119 1|0:51,73:124:99:0|1:529055_C_A:2250,0,1032 1|1:0,59:59:99:.:.:1763,177,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2813,279,0 1|1:2,93:95:99:1|1:529055_C_A:3007,236,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2378,231,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2775,271,0 0|1:57,62:119:99:.:.:2000,0,1068 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,92:94:99:.:.:2860,226,0 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,60:60:99:.:.:1847,180,0 1|1:2,185:187:99:.:.:5577,513,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2125,207,0 1|0:12,93:105:25:.:.:3670,0,25 1|1:0,111:111:99:.:.:3298,333,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,76:78:99:.:.:2269,176,0 0|1:23,142:165:99:.:.:3934,0,121 1|1:0,87:87:99:.:.:2677,262,0 1|1:0,10:10:30:.:.:312,30,0 1|1:14,144:158:47:.:.:4052,47,0 1|0:57,59:116:99:.:.:1495,0,1288 1|1:0,129:129:99:.:.:3940,388,0 0|1:73,28:101:99:.:.:546,0,1756 1|1:0,131:131:99:.:.:4042,393,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4351,433,0 1|1:2,216:218:99:.:.:6660,599,0 1|0:16,47:63:99:.:.:1291,0,260 1|1:0,39:39:99:.:.:1220,117,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2820,276,0 1|1:2,333:335:99:.:.:11554,953,0 1|1:1,119:120:99:1|1:529055_C_A:4022,337,0 1|1:10,211:221:99:1|1:529055_C_A:8944,412,0 1|1:0,24:24:72:.:.:731,72,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1316 0|1:134,45:179:99:.:.:835,0,3069 0|1:19,93:112:99:0|1:529055_C_A:2895,0,201 0|0:76,0:76:67:.:.:0,67,1800 1|0:9,86:95:31:0|1:529055_C_A:2341,0,31 1|1:0,115:115:99:.:.:3590,346,0 1|1:0,24:24:72:.:.:732,72,0 1|0:49,31:80:99:.:.:729,0,1059 1|1:0,53:53:99:.:.:1624,159,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,22:22:66:1|1:529055_C_A:881,66,0 1|1:0,199:199:99:.:.:7171,599,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4565,376,0 1|1:0,265:265:99:.:.:9601,797,0 1|1:1,240:241:99:.:.:8642,690,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8997,743,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7906,656,0 1|1:0,232:232:99:1|1:529055_C_A:10291,710,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5931,496,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8540,701,0 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,44:44:99:1|1:529055_C_A:1953,135,0 1|1:0,276:276:99:.:.:9718,830,0 1|1:0,201:201:99:.:.:7254,604,0 1|1:0,218:218:99:1|1:529055_C_A:9830,674,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8873,737,0 1|1:0,253:253:99:.:.:9220,761,0 1|1:0,240:240:99:1|1:529055_C_A:10601,725,0 1|1:0,229:229:99:1|1:529055_C_A:10200,695,0 1|1:0,171:171:99:.:.:6267,514,0 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,164:164:99:.:.:5896,493,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6790,559,0 1|1:0,271:271:99:.:.:9768,815,0 1|0:44,142:186:99:.:.:4641,0,982 1|1:0,125:125:99:.:.:4485,376,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4438,373,0 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,47:47:99:.:.:1693,141,0 1|1:0,113:113:99:1|1:529055_C_A:4419,343,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6877,580,0 1|1:0,176:176:99:.:.:6288,529,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8951,752,0 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,230:230:99:.:.:8430,692,0 0|1:12,234:246:35:0|1:529055_C_A:9767,0,35 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,853:854:99:.:.:30633,2532,0 1|1:1,688:689:99:.:.:24634,2037,0 1|1:0,99:99:99:1|1:529055_C_A:4377,301,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1269,105,0 1|1:1,124:125:99:1|1:529055_C_A:5443,354,0 1|0:11,102:113:99:0|1:529055_C_A:4217,0,188 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,506:506:99:.:.:17359,1515,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5599,493,0 1|1:2,258:260:99:1|1:529055_C_A:11360,742,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9634,821,0 1|1:1,639:640:99:.:.:28068,1934,0 1|1:0,274:274:99:1|1:529055_C_A:10697,824,0 0|0:528,0:528:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,151:152:99:.:.:5061,446,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3720,321,0 1|1:0,577:577:99:.:.:19964,1726,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2481,217,0 1|1:1,265:266:99:1|1:529055_C_A:11594,798,0 1|1:0,241:241:99:1|1:529055_C_A:10344,740,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7890,673,0 1|1:0,256:256:99:.:.:9018,770,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8593,739,0 1|1:0,253:253:99:.:.:8767,760,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8411,733,0 1|1:17,236:253:99:.:.:9853,201,0 1|1:0,227:227:99:.:.:8107,685,0 1|1:4,460:464:99:.:.:15462,1270,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4693,411,0 1|1:35,429:464:99:.:.:13667,343,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1895,162,0 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,265:265:99:.:.:9127,797,0 1|1:0,318:318:99:.:.:11070,956,0 1|1:1,187:188:99:.:.:6628,555,0 1|1:0,261:261:99:.:.:9049,784,0 1|1:0,269:269:99:.:.:9499,808,0 1|1:1,219:220:99:.:.:7205,648,0 1|1:0,263:263:99:1|1:529055_C_A:11676,810,0 1|1:0,260:260:99:.:.:9029,781,0 1|1:0,256:256:99:.:.:8961,769,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3642,321,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7326,626,0 1|1:1,72:73:99:.:.:2390,208,0 1|1:0,280:280:99:.:.:9899,842,0 1|1:5,553:558:99:.:.:18470,1524,0 1|1:0,216:216:99:1|1:529055_C_A:8235,653,0 1|1:2,560:562:99:.:.:19087,1637,0 1|1:0,269:269:99:.:.:9310,809,0 1|1:1,306:307:99:.:.:10080,883,0 1|1:1,252:253:99:.:.:8713,726,0 1|1:1,260:261:99:.:.:8973,752,0 1|1:1,199:200:99:.:.:6919,591,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8810,706,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4497,390,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7167,636,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1737,150,0 0|1:35,257:292:99:0|1:529055_C_A:10126,0,265 1|1:0,591:591:99:.:.:20207,1769,0 1|1:0,276:276:99:.:.:9511,827,0 1|1:0,237:237:99:.:.:10456,731,0 1|1:2,475:477:99:.:.:16292,1365,0 1|1:2,109:111:99:.:.:3728,274,0 1|1:15,231:246:99:.:.:7537,233,0 1|0:207,27:234:99:.:.:306,0,6068 1|1:13,534:547:99:.:.:17743,1259,0 1|1:0,209:209:99:1|1:529055_C_A:7665,634,0 1|1:38,494:532:99:.:.:17858,391,0 1|1:0,643:643:99:1|1:529055_C_A:28678,1974,0 1|1:0,574:574:99:.:.:20384,1726,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3982,345,0 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,439:439:99:1|1:529055_C_A:19051,1325,0 0|1:29,255:284:99:.:.:8056,0,108 1|1:3,572:575:99:.:.:19191,1674,0 1|1:0,96:96:99:.:.:3377,289,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5730,484,0 1|1:0,171:171:99:.:.:5876,514,0 1|1:0,266:266:99:.:.:9438,800,0 1|0:59,200:259:99:0|1:529055_C_A:8147,0,2077 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,224:224:99:.:.:7730,673,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8809,752,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9700,824,0 1|1:1,195:196:99:.:.:6788,580,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2708,231,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2428,208,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7614,656,0 1|1:0,199:199:99:.:.:6918,598,0 1|1:0,259:259:99:.:.:8991,779,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,325:325:99:.:.:11211,977,0 0|1:23,298:321:99:0|1:529055_C_A:12183,0,610 1|1:1,333:334:99:1|1:529055_C_A:14821,992,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2850,247,0 1|1:0,149:149:99:.:.:5133,448,0 1|1:0,82:82:99:1|1:529055_C_A:3615,250,0 1|1:0,65:65:99:1|1:529055_C_A:2341,195,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1104,93,0 1|1:0,354:354:99:1|1:529055_C_A:15706,1077,0 1|0:191,132:323:99:0|1:529055_C_A:4829,0,11618 0|1:149,186:335:99:0|1:529055_C_A:7188,0,8428 1|1:0,27:27:81:1|1:529055_C_A:1197,81,0 1|1:0,249:249:99:1|1:529055_C_A:11116,767,0 1|0:51,228:279:99:0|1:529055_C_A:9170,0,2693 1|1:0,197:197:99:.:.:6716,592,0 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 0|1:47,191:238:99:0|1:529055_C_A:7713,0,2372 1|1:0,231:231:99:.:.:8264,695,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9504,821,0 1|0:25,197:222:99:.:.:6363,0,135 1|1:0,229:229:99:.:.:8105,688,0 1|1:0,547:547:99:.:.:19425,1645,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2989,255,0 1|1:0,352:352:99:.:.:12333,1058,0 1|1:0,710:710:99:.:.:24572,2133,0 0|1:49,152:201:99:0|1:529055_C_A:6257,0,2706 1|1:0,260:260:99:.:.:9272,781,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1424 1|1:0,20:20:60:.:.:683,60,0 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 529065 . T C 5.77098e+06 PASS FS=0;MQ=60.88;QD=29.71;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H653;SNPEFF_CODON_CHANGE=caT/caC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.715;VQSLOD=8.86;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=135.34;GQ_STDDEV=98.1;HRun=1;InbreedingCoeff=0.656;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.177;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15711460;AF=0.166;AS_InbreedingCoeff=0.5631;MLEAC=871;MLEAF=0.166;AN=858;AC=144 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:32,24:56:99:0|1:529064_A_G:892,0,1264:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1262:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,21:75:99:0|1:529055_C_A:362,0,1577:. 0|1:10,44:54:99:0|1:529055_C_A:1781,0,267:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,58:74:99:0|1:529055_C_A:1398,0,303:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1274:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1287:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1297:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:27,0:27:50:.:.:0,50,816:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,303:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:529055_C_A:2789,196,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1057:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,289:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,387:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:276,100:376:99:0|1:529055_C_A:3379,0,12708:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:137,15:152:17:.:.:0,17,3752:. 1|1:0,88:88:99:1|1:529055_C_A:3884,265,0:. 0|1:42,12:54:99:0|1:529055_C_A:169,0,1141:. 0|1:24,50:74:99:0|1:529055_C_A:1075,0,528:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:529055_C_A:3723,259,0:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:1|1:529055_C_A:9088,629,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,50:79:99:.:.:1237,0,708:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,29:76:99:0|1:529055_C_A:518,0,2139:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,26:41:99:0|1:529055_C_A:592,0,338:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,145:238:99:0|1:529055_C_A:3243,0,3159:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,67:79:99:.:.:1578,0,163:. 0|0:76,6:82:75:0|1:529055_C_A:0,75,3152:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:1|1:529055_C_A:6897,478,0:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,22:113:99:0|1:529055_C_A:254,0,2949:. 1|0:109,30:139:99:.:.:403,0,3067:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:1|1:529055_C_A:2920,204,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1444:. 1|0:182,31:213:99:.:.:198,0,5517:. 0|1:25,66:91:99:0|1:529055_C_A:1508,0,985:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,30:82:99:0|1:529055_C_A:531,0,2495:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,27:52:99:0|1:529055_C_A:600,0,633:. 1|0:58,89:147:99:.:.:1990,0,1739:. 1|1:0,77:77:99:1|1:529055_C_A:3367,241,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,122:198:99:.:.:2656,0,1684:. 0|1:12,57:69:99:.:.:1365,0,165:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,11:112:28:0|1:529055_C_A:0,28,2893:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:1|1:529055_C_A:7415,515,0:. 0|1:34,86:120:99:0|1:529055_C_A:1990,0,657:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,9:55:85:.:.:85,0,1377:. 1|1:2,142:144:99:1|1:529055_C_A:6312,404,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,264:283:3:0|1:529064_A_G:10781,0,3:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,62:123:99:0|1:529055_C_A:1264,0,1483:. 1|1:12,212:224:99:1|1:529064_A_G:8712,143,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,47:199:99:0|1:529055_C_A:668,0,5434:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,73:186:99:0|1:529055_C_A:1378,0,2788:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,50:155:99:.:.:859,0,2789:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:120,24:144:99:.:.:234,0,3269:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:1|1:529055_C_A:8522,595,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:160,48:208:99:.:.:622,0,5302:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,109:165:99:0|1:529055_C_A:4165,0,2474:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,20:94:99:.:.:241,0,2799:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,171:195:99:.:.:3796,0,139:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,29:278:63:0|1:529055_C_A:0,63,10895:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:161,40:201:99:.:.:456,0,4301:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,22:73:99:.:.:394,0,1676:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:529055_C_A:8225,576,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,71:150:99:.:.:1491,0,2277:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,38:176:99:.:.:471,0,4152:. 0|1:130,68:198:99:.:.:1216,0,3358:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,356:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,41:101:99:0|1:529055_C_A:750,0,1530:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,44:155:99:.:.:751,0,2965:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:157,33:190:99:.:.:336,0,6074:. 0|1:79,16:95:99:.:.:346,0,3061:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:529055_C_A:6560,455,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,64:88:99:0|1:529064_A_G:2615,0,812:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,87:139:99:1|0:529055_C_A:1852,0,1848:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:529055_C_A:5883,406,0:. 0|1:116,22:138:99:.:.:131,0,3876:. 1|0:89,29:118:99:0|1:529055_C_A:424,0,2337:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,20:72:99:.:.:307,0,1607:. 1|0:68,28:96:99:.:.:915,0,2002:. 0|1:43,51:94:99:0|1:529055_C_A:1972,0,2089:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,28:80:99:.:.:534,0,1899:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,14:106:99:0|1:529055_C_A:285,0,4887:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,27:130:99:0|1:529055_C_A:440,0,4164:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,18:96:99:0|1:529055_C_A:151,0,2150:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,35:111:99:.:.:596,0,2685:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,7:99:99:.:.:0,101,2675:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,87:105:99:.:.:2111,0,373:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:8:.:.:0,8,324:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,5:60:36:.:.:0,36,1734:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:236,90:326:99:.:.:1527,0,6356:. 0|1:80,33:113:99:0|1:529055_C_A:552,0,2008:. 0|1:25,208:233:99:0|1:529055_C_A:5009,0,334:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,703:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1316:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,26:114:99:0|1:529055_C_A:393,0,2902:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,8:96:86:1|0:529055_C_A:0,86,3668:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,631:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,17:22:80:0|1:529055_C_A:410,0,80:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:1|1:529055_C_A:9998,689,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:1|1:529055_C_A:1807,123,0:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:1|1:529055_C_A:9560,653,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:1|1:529055_C_A:10606,731,0:. 1|1:4,232:236:99:1|1:529055_C_A:7630,563,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:74,37:111:99:0|1:529055_C_A:878,0,2336:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,240:252:38:0|1:529055_C_A:9727,0,38:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:833,0:833:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:529055_C_A:4092,277,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:3,123:126:99:1|1:529055_C_A:3612,237,0:. 1|0:10,104:114:99:0|1:529055_C_A:4178,0,165:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:557,0:557:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,248:253:99:1|1:529055_C_A:7734,548,0:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,644:648:99:.:.:19633,1814,0:. 1|0:149,127:276:99:0|1:529055_C_A:3429,0,4275:. 0|0:528,0:528:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,259:260:99:1|1:529055_C_A:11498,794,0:. 0|1:52,197:249:99:0|1:529055_C_A:5615,0,1087:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,221:262:99:.:.:6284,0,782:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:453,0:453:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,255:259:99:1|1:529055_C_A:8151,632,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:564,0:564:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:123,89:212:99:0|1:529055_C_A:2199,0,3560:. 0|0:535,0:535:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,84:232:99:.:.:2036,0,4292:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,4:44:23:.:.:0,23,1260:. 0|1:65,220:285:99:0|1:529055_C_A:6275,0,2368:. 0|0:574,0:574:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,223:244:0:.:.:6458,0,0:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:544,0:544:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:188,28:216:99:0|1:529055_C_A:263,0,5998:. 0|1:315,219:534:99:.:.:5000,0,9789:. 1|1:14,641:655:99:1|1:529055_C_A:20498,1475,0:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,440:442:99:1|1:529055_C_A:13052,1249,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:591,0:591:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,205:266:99:0|1:529055_C_A:8142,0,2079:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,283:308:99:0|1:529055_C_A:11832,0,699:. 1|1:1,339:340:99:1|1:529055_C_A:14947,1007,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:1|1:529055_C_A:3620,253,0:. 0|1:51,10:61:99:0|1:529055_C_A:140,0,1585:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,354:354:99:1|1:529055_C_A:15806,1090,0:. 1|0:190,127:317:99:0|1:529055_C_A:4768,0,11664:. 0|1:142,183:325:99:0|1:529055_C_A:7183,0,8379:. 1|1:0,28:28:87:1|1:529055_C_A:1248,87,0:. 1|1:0,248:248:99:1|1:529055_C_A:10990,761,0:. 1|0:52,223:275:99:0|1:529055_C_A:9091,0,2710:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,185:232:99:0|1:529055_C_A:7597,0,2327:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:676,0:676:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,156:203:99:0|1:529055_C_A:6326,0,2658:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1424:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529194 . A C 1.54951e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=27.22;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I696;SNPEFF_CODON_CHANGE=atA/atC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.719;VQSLOD=9.94;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=14.29;GQ_MEAN=180.02;GQ_STDDEV=126.37;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5505;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.078;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16454865;AF=0.624;AS_InbreedingCoeff=0.5446;MLEAC=3287;MLEAF=0.625;AN=858;AC=466 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1262:. 0|1:39,38:77:99:.:.:757,0,1002:. 0|1:19,41:60:99:.:.:961,0,403:. 0|0:45,0:45:21:.:.:0,21,1143:. 1|0:8,68:76:14:.:.:1583,0,14:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1558,164,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2154,209,0:. 1|0:56,17:73:99:.:.:253,0,1518:. 1|0:23,18:41:99:.:.:396,0,574:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1502:. 1|1:1,42:43:98:.:.:1079,98,0:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:24:.:.:0,24,777:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|1:1,30:31:60:.:.:791,60,0:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1007,110,0:. 0|0:34,0:34:66:.:.:0,66,1005:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2001,224,0:. 1|1:0,207:207:99:.:.:5528,618,0:. 1|1:1,73:74:99:.:.:1875,209,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:927,105,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3310,380,0:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,70:139:99:.:.:1458,0,1661:. 1|1:2,85:87:99:.:.:2251,225,0:. 0|1:44,16:60:99:.:.:233,0,1168:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1351:. 1|0:100,48:148:99:.:.:839,0,2521:. 1|1:2,101:103:99:.:.:2615,247,0:. 1|0:10,34:44:99:.:.:754,0,171:. 1|0:56,14:70:99:.:.:145,0,1412:. 0|1:57,19:76:99:.:.:266,0,1480:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3496,387,0:. 1|0:51,69:120:99:.:.:1480,0,1123:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2108,234,0:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,98:124:99:.:.:2302,0,387:. 0|1:20,71:91:99:.:.:1551,0,336:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1127:. 0|1:100,27:127:99:.:.:316,0,2581:. 0|1:43,28:71:99:.:.:523,0,1045:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2639,291,0:. 1|1:3,28:31:2:.:.:657,2,0:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3172,355,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,157:157:99:.:.:4274,470,0:. 0|0:82,0:82:27:.:.:0,27,2006:. 0|1:24,84:108:99:.:.:1899,0,411:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,19:73:99:.:.:302,0,1396:. 0|1:57,29:86:99:.:.:531,0,1445:. 0|1:77,98:175:99:.:.:2142,0,1778:. 1|1:7,115:122:99:.:.:2846,161,0:. 1|1:0,174:174:99:.:.:4559,519,0:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,21:110:99:.:.:254,0,2279:. 1|0:73,61:134:99:.:.:1192,0,1782:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2710,299,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,32:60:99:.:.:676,0,695:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1503,175,0:. 1|0:35,25:60:99:.:.:491,0,853:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3247,357,0:. 1|0:73,50:123:99:.:.:973,0,1758:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1444:. 0|1:51,174:225:99:.:.:3739,0,825:. 0|1:79,16:95:99:.:.:153,0,2085:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2051,227,0:. 0|1:27,47:74:99:.:.:1035,0,586:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1758,175,0:. 1|0:24,23:47:99:.:.:498,0,582:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,88:213:99:.:.:1601,0,3049:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,141:145:99:.:.:3670,343,0:. 1|1:2,164:166:99:.:.:4245,435,0:. 0|1:73,25:98:99:.:.:348,0,1876:. 1|0:19,88:107:99:.:.:1948,0,243:. 0|1:44,27:71:99:.:.:513,0,1053:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:164,36:200:99:.:.:357,0,4332:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:21,201:222:18:.:.:4672,18,0:. 1|1:0,187:187:99:.:.:4883,557,0:. 1|1:10,106:116:34:.:.:2455,34,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,58:135:99:.:.:1130,0,1878:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,82:166:99:.:.:1634,0,1946:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:143,32:175:99:.:.:338,0,3837:. 1|1:1,185:186:99:.:.:4888,524,0:. 1|0:65,153:218:99:.:.:3363,0,1284:. 1|1:0,237:237:99:.:.:6131,706,0:. 0|1:94,94:188:99:.:.:1915,0,2266:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,206:209:99:.:.:5420,554,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,96:149:99:.:.:2177,0,1118:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,138:156:66:.:.:3173,0,66:. 1|1:1,245:246:99:.:.:6387,725,0:. 0|1:109,27:136:99:.:.:334,0,2938:. 1|1:11,155:166:99:.:.:3820,180,0:. 0|1:137,63:200:99:.:.:1107,0,3608:. 1|1:0,138:138:99:.:.:3540,411,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,190:192:99:.:.:4904,524,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,92:167:99:.:.:1833,0,1677:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,21:155:99:.:.:102,0,3554:. 0|1:77,63:140:99:.:.:1258,0,1898:. 1|1:5,73:78:90:.:.:1751,90,0:. 0|0:189,24:213:7:.:.:0,7,4981:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,250:251:99:.:.:6473,741,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:150,62:212:99:.:.:966,0,3813:. 1|0:184,67:251:99:.:.:935,0,4624:. 1|1:1,205:206:99:.:.:5282,606,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:4826,555,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:5727,652,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,48:186:99:.:.:755,0,3570:. 0|1:135,55:190:99:.:.:935,0,3484:. 1|1:0,251:251:99:.:.:6758,751,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,113:123:63:.:.:2717,63,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:2896,329,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:2897,318,0:. 1|1:11,206:217:99:.:.:4985,343,0:. 1|0:36,42:78:99:.:.:889,0,841:. 0|1:86,67:153:99:.:.:1321,0,2147:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,29:72:99:.:.:531,0,1067:. 1|1:0,236:236:99:.:.:6056,705,0:. 1|1:1,125:126:99:.:.:3318,345,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:55:.:.:0,55,3961:. 1|1:1,109:110:99:.:.:2870,319,0:. 1|0:75,44:119:99:.:.:801,0,1933:. 1|0:98,19:117:99:.:.:158,0,2546:. 0|1:18,154:172:29:.:.:3644,0,29:. 1|0:153,43:196:99:.:.:565,0,3988:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:21:.:.:185,21,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3293,373,0:. 1|1:1,164:165:99:.:.:4354,461,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2198,242,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2676,297,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,150:152:99:.:.:3970,392,0:. 0|1:113,45:158:99:.:.:727,0,2935:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2699,297,0:. 0|1:113,52:165:99:.:.:948,0,2916:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3364,368,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,15:57:99:.:.:224,0,1103:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3062,337,0:. 1|0:123,18:141:74:.:.:74,0,3359:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:3,111:114:99:.:.:2955,262,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2256,255,0:. 1|1:0,258:258:99:.:.:6701,770,0:. 0|1:122,55:177:99:.:.:953,0,3159:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:.:.:5991,654,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3239,368,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2223,249,0:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2315,265,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:529178_G_T:3251,235,0:. 1|0:40,193:233:99:.:.:4357,0,494:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,130:143:60:.:.:3056,60,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,85:153:99:.:.:1806,0,1611:. 0|1:26,91:117:99:.:.:2059,0,426:. 0|1:13,50:63:99:.:.:1156,0,212:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1844,207,0:. 1|0:51,22:73:99:.:.:399,0,1301:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,133:225:99:.:.:2780,0,2129:. 1|1:2,138:140:99:.:.:3504,376,0:. 0|1:26,48:74:99:.:.:1036,0,554:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,2678:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,1996:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2215,254,0:. 1|1:7,69:76:10:.:.:1645,10,0:. 0|1:83,49:132:99:.:.:852,0,2046:. 0|1:64,27:91:99:.:.:414,0,1628:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,20:96:99:.:.:180,0,1958:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2502,279,0:. 0|1:103,26:129:99:.:.:289,0,2672:. 1|1:0,216:216:99:.:.:5827,646,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:4820,538,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1815,204,0:. 1|1:9,101:110:72:.:.:2506,72,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:1919,221,0:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2103,212,0:. 1|0:85,77:162:99:.:.:1569,0,2065:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,4:10:76:.:.:76,0,157:. 0|1:18,157:175:13:.:.:4867,0,13:. 0|1:114,31:145:99:.:.:394,0,3040:. 1|0:59,82:141:99:.:.:1782,0,1353:. 1|0:30,75:105:99:.:.:1729,0,614:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,56:72:99:.:.:1287,0,258:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2856,315,0:. 1|0:77,261:338:99:.:.:5917,0,1357:. 1|0:38,93:131:99:.:.:2006,0,731:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1316:. 0|1:26,134:160:99:.:.:2994,0,302:. 1|0:18,83:101:99:.:.:1921,0,241:. 1|1:1,59:60:99:.:.:1563,149,0:. 1|1:1,92:93:99:.:.:2406,247,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,15:18:26:.:.:355,0,26:. 1|0:26,34:60:99:.:.:732,0,605:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1341,155,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,28:32:34:.:.:656,0,34:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,238:252:99:.:.:7230,233,0:. 1|1:1,259:260:99:.:.:8517,771,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,215:227:99:.:.:6758,239,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:7619,693,0:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5622,502,0:. 1|1:14,246:260:99:.:.:7794,306,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6500,604,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,288:288:99:.:.:9472,865,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7116,655,0:. 1|1:0,251:251:99:.:.:8206,754,0:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8069,730,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6506,589,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,256:256:99:.:.:8477,769,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:154,33:187:99:.:.:489,0,4946:. 1|1:0,288:288:99:.:.:9506,865,0:. 0|1:30,161:191:99:.:.:4862,0,527:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3323,301,0:. 1|1:2,126:128:99:.:.:4131,312,0:. 1|1:0,236:236:99:.:.:7803,709,0:. 1|1:1,55:56:99:.:.:1827,134,0:. 1|0:16,109:125:99:.:.:3196,0,198:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6327,576,0:. 1|1:5,162:167:99:.:.:5177,348,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:7835,706,0:. 1|1:0,236:236:99:.:.:7912,709,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3419,311,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:833,0:833:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,658:659:99:.:.:21849,1945,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,126:132:99:.:.:3794,186,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,558:560:99:.:.:16991,1624,0:. 1|1:2,167:169:99:.:.:5183,436,0:. 1|1:0,279:279:99:.:.:8952,838,0:. 1|1:1,304:305:99:.:.:9709,880,0:. 0|0:644,0:644:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,275:277:99:.:.:8947,757,0:. 1|1:1,555:556:99:.:.:16599,1623,0:. 1|1:1,157:158:99:.:.:4912,464,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3160,289,0:. 1|1:0,570:570:99:.:.:17488,1701,0:. 1|1:2,67:69:99:.:.:2032,135,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,177:226:99:.:.:4865,0,1013:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6581,618,0:. 1|1:0,258:258:99:.:.:8336,775,0:. 0|1:26,220:246:99:.:.:6405,0,169:. 1|1:0,208:208:99:.:.:6629,624,0:. 1|1:0,258:258:99:.:.:8814,774,0:. 0|1:203,36:239:99:.:.:460,0,6244:. 1|1:11,237:248:99:.:.:7107,376,0:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,137:138:99:.:.:5585,377,0:. 1|1:3,484:487:99:.:.:14711,1377,0:. 1|1:1,38:39:82:.:.:1207,82,0:. 1|1:13,282:295:99:.:.:8549,465,0:. 0|1:100,212:312:99:.:.:5849,0,2574:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,297:299:99:.:.:9314,847,0:. 1|1:1,192:193:99:.:.:6237,543,0:. 0|1:191,53:244:99:.:.:960,0,5901:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,121:212:99:.:.:2960,0,2434:. 1|1:0,268:268:99:.:.:8741,806,0:. 1|1:0,252:252:99:.:.:7875,756,0:. 1|1:0,256:256:99:.:.:8413,769,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,40:62:99:.:.:1005,0,589:. 1|1:15,256:271:99:.:.:7707,315,0:. 1|1:3,555:558:99:.:.:16807,1588,0:. 1|1:2,181:183:99:.:.:5665,478,0:. 1|1:1,537:538:99:.:.:16333,1563,0:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8002,760,0:. 1|1:8,301:309:99:.:.:8685,653,0:. 0|1:198,28:226:99:.:.:186,0,6027:. 1|1:4,245:251:99:.:.:7613,602,0:. 1|1:2,241:243:99:.:.:7181,679,0:. 1|0:110,148:258:99:.:.:3794,0,2924:. 0|0:138,0:138:45:.:.:0,45,3967:. 1|1:1,202:203:99:.:.:6307,572,0:. 0|0:55,0:55:6:.:.:0,6,1518:. 1|0:220,66:286:99:.:.:1215,0,6598:. 1|1:7,581:588:99:.:.:17595,1531,0:. 1|1:5,281:286:99:.:.:8747,707,0:. 1|1:22,228:250:22:.:.:6648,22,0:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,100:103:99:.:.:3197,199,0:. 1|1:8,252:260:99:.:.:7782,491,0:. 1|1:9,232:241:99:.:.:7086,399,0:. 1|1:15,496:511:99:.:.:15088,1032,0:. 1|0:190,42:232:99:.:.:676,0,6039:. 1|1:12,564:576:99:.:.:16698,1291,0:. 1|1:2,678:680:99:.:.:21586,1969,0:. 1|1:4,556:560:99:.:.:17952,1560,0:. 0|1:34,64:98:99:.:.:1784,0,895:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:237,36:273:99:.:.:349,0,7249:. 1|1:0,562:562:99:.:.:17186,1676,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,56:150:99:.:.:1305,0,2839:. 1|1:0,164:164:99:.:.:5350,493,0:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8320,764,0:. 1|1:0,164:164:99:.:.:5168,491,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:.:.:7397,691,0:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2446,226,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:.:.:6844,643,0:. 1|1:0,246:246:99:.:.:7568,737,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7685,723,0:. 1|1:0,172:172:99:.:.:5536,517,0:. 1|1:0,316:316:99:.:.:10123,949,0:. 1|1:0,292:292:99:.:.:9281,877,0:. 1|1:0,325:325:99:.:.:10522,976,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2312,216,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2906,270,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2039,195,0:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1073:. 1|1:0,310:310:99:.:.:9948,931,0:. 0|1:188,153:341:99:.:.:3911,0,5393:. 1|0:170,151:321:99:.:.:3871,0,4845:. 1|1:0,27:27:81:.:.:881,81,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7709,724,0:. 1|0:55,229:284:99:.:.:6611,0,1049:. 1|1:3,177:180:99:.:.:5508,454,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,188:253:99:.:.:5338,0,1504:. 0|1:26,217:243:99:.:.:6092,0,179:. 1|1:0,266:266:99:.:.:8361,797,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:.:.:7582,714,0:. 0|1:230,310:540:99:.:.:8466,0,6517:. 1|0:61,24:85:99:.:.:476,0,1926:. 1|0:178,178:356:99:.:.:4750,0,5078:. 1|1:1,677:678:99:.:.:21475,1999,0:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6316,591,0:. 1|1:1,263:264:99:.:.:8323,753,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1424:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,385:385:99:.:.:12234,1147,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529234 . A G 1.04925e+07 PASS FS=0;MQ=60.14;QD=26.16;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K710E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aaa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.669;VQSLOD=10.03;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.32;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=9.52;GQ_MEAN=126.53;GQ_STDDEV=76.77;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6785;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.356;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16210679;AF=0.336;AS_InbreedingCoeff=0.5313;MLEAC=1774;MLEAF=0.337;AN=858;AC=305 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:22,17:39:99:.:.:400,0,590:. 1|1:1,48:49:99:.:.:1336,120,0:. 1|0:12,51:63:99:.:.:1286,0,181:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1562:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1418:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,5:45:13:.:.:13,0,1155:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1502:. 0|0:46,0:46:47:.:.:0,47,1310:. 0|1:21,24:45:99:.:.:535,0,531:. 1|0:9,19:28:99:.:.:442,0,202:. 1|1:1,21:22:32:.:.:575,32,0:. 0|0:11,0:11:1:.:.:0,1,298:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1236:. 1|1:0,33:33:99:.:.:925,99,0:. 0|1:57,17:74:99:.:.:258,0,1529:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:.:.:996,105,0:. 0|1:106,15:121:41:.:.:41,0,2705:. 0|0:13,0:13:10:.:.:0,10,345:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1641,173,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,77:92:99:.:.:1933,0,193:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,253:350:99:.:.:6024,0,1860:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1351:. 0|1:80,60:140:99:.:.:1338,0,2017:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,10:46:99:.:.:136,0,935:. 0|1:50,16:66:99:.:.:256,0,1315:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2269,242,0:. 1|1:0,270:270:99:.:.:7490,810,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,28:98:99:.:.:529,0,1733:. 0|0:89,0:89:81:.:.:0,81,2299:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1141:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,109:111:99:.:.:3038,275,0:. 0|1:16,17:33:99:.:.:369,0,372:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,56:69:99:.:.:1391,0,191:. 1|0:64,27:91:99:.:.:483,0,1663:. 1|0:88,74:162:99:.:.:1620,0,2170:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,371:371:99:.:.:10533,1113,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,22:106:99:.:.:259,0,2176:. 0|1:94,32:126:99:.:.:548,0,2537:. 1|0:65,27:92:99:.:.:470,0,1713:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1442,158,0:. 1|1:2,63:65:99:.:.:1719,131,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,139:139:99:.:.:3914,416,0:. 0|1:58,63:121:99:.:.:1407,0,1383:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1444:. 1|0:159,58:217:99:.:.:961,0,4149:. 1|0:20,64:84:99:.:.:1602,0,335:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:5:.:.:0,5,1750:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1325:. 1|0:28,118:146:99:.:.:2871,0,406:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4478,477,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,9:58:78:.:.:78,0,1341:. 1|1:10,166:176:99:.:.:4102,225,0:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3389,362,0:. 0|1:85,16:101:99:.:.:128,0,2300:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,83:106:99:.:.:2066,0,381:. 0|1:75,32:107:99:.:.:566,0,1933:. 1|0:37,30:67:99:.:.:596,0,949:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,204:205:99:.:.:5694,584,0:. 1|1:11,168:179:99:.:.:4320,209,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:36:.:.:0,36,2717:. 0|1:40,86:126:99:.:.:1980,0,806:. 0|0:140,0:140:38:.:.:0,38,3355:. 1|1:13,190:203:99:.:.:4981,229,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,147:177:99:.:.:3603,0,351:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,209:214:99:.:.:5591,489,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,92:174:99:.:.:2042,0,1936:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5348,582,0:. 1|1:0,222:222:99:.:.:6073,663,0:. 0|1:101,63:164:99:.:.:1242,0,2599:. 1|1:3,239:242:99:.:.:6530,631,0:. 1|0:101,49:150:99:.:.:909,0,2450:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,24:141:99:.:.:275,0,3202:. 1|1:2,170:172:99:.:.:4736,452,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:.:.:5960,637,0:. 0|1:90,102:192:99:.:.:2182,0,2067:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:87:.:.:0,87,3906:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,19:81:99:.:.:278,0,1567:. 1|0:151,68:219:99:.:.:1253,0,3835:. 1|1:0,241:241:99:.:.:6726,722,0:. 0|1:138,26:164:99:.:.:208,0,3528:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,122:165:99:.:.:2995,0,807:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,211:214:99:.:.:5638,560,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5229,589,0:. 1|1:0,219:219:99:.:.:5960,655,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,45:190:99:.:.:686,0,3761:. 1|0:55,141:196:99:.:.:3331,0,1070:. 1|1:0,224:224:99:.:.:6293,671,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:3977,431,0:. 0|0:117,0:117:39:.:.:0,39,2929:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2772,296,0:. 1|1:5,198:203:99:.:.:5215,454,0:. 0|1:46,26:72:99:.:.:521,0,1177:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4116,446,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,143:144:99:.:.:3992,400,0:. 0|1:121,16:137:36:.:.:36,0,3249:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2858,308,0:. 0|1:88,22:110:99:.:.:277,0,2333:. 0|1:69,57:126:99:.:.:1127,0,1659:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,151:192:99:.:.:3578,0,632:. 0|1:70,119:189:99:.:.:2753,0,1545:. 1|1:11,189:200:99:.:.:4944,269,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:298,30,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,87:170:99:.:.:1904,0,1948:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,95:168:99:.:.:2164,0,1687:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,14:148:57:.:.:0,57,3604:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,20:123:99:.:.:197,0,2730:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6034,673,0:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3341,351,0:. 1|1:1,79:80:99:.:.:2202,208,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2694,288,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2056,222,0:. 0|1:194,45:239:99:.:.:491,0,5042:. 0|1:92,47:139:99:.:.:851,0,2257:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,83:159:99:.:.:1758,0,1777:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,49:61:99:.:.:1145,0,186:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1947,210,0:. 0|1:48,20:68:99:.:.:373,0,1225:. 1|0:47,63:110:99:.:.:1380,0,1116:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,97:106:49:.:.:2407,49,0:. 1|1:2,197:199:99:.:.:5495,555,0:. 0|1:114,97:211:99:.:.:2028,0,2742:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3362,370,0:. 0|1:38,25:63:99:.:.:509,0,920:. 1|1:12,219:231:99:.:.:5578,354,0:. 1|1:10,112:122:62:.:.:2794,62,0:. 0|1:13,73:86:99:.:.:1749,0,144:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,54:129:99:.:.:1122,0,1931:. 1|0:21,52:73:99:.:.:1168,0,407:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,44:82:99:.:.:881,0,896:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2415,265,0:. 1|0:76,52:128:99:.:.:1061,0,1883:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,103:110:99:.:.:2633,124,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3716,402,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,72:77:92:.:.:1876,92,0:. 0|1:88,69:157:99:.:.:1495,0,2169:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,2:9:30:.:.:30,0,192:. 0|1:103,80:183:99:.:.:1713,0,2512:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,81:126:99:.:.:1880,0,985:. 1|1:2,201:203:99:.:.:5649,548,0:. 1|0:20,47:67:99:.:.:1124,0,412:. 1|1:0,30:30:90:.:.:862,90,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:229,86:315:99:.:.:1509,0,5903:. 1|0:95,44:139:99:.:.:783,0,2358:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,20:22:3:.:.:500,3,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1590,171,0:. 1|0:146,25:171:99:.:.:182,0,3740:. 0|1:88,16:104:99:.:.:161,0,2340:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,100:103:99:.:.:2769,237,0:. 0|1:10,4:14:71:.:.:71,0,267:. 1|0:23,35:58:99:.:.:820,0,477:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,149:155:99:.:.:4022,280,0:. 1|0:6,36:42:61:.:.:870,0,61:. 1|1:1,197:198:99:.:.:6811,559,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,263:263:99:.:.:9074,791,0:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9543,821,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7575,656,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8303,724,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1440,129,0:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:.:.:7972,694,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,259:261:99:.:.:8697,713,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:0:.:.:0,0,5070:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:.:.:5152,460,0:. 1|0:38,154:192:99:.:.:4740,0,761:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,34:184:99:.:.:594,0,4759:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:83,47:130:99:.:.:1156,0,2561:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5312,466,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3883,334,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:8000,694,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7339,637,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,746:747:99:.:.:25486,2235,0:. 1|1:2,853:855:99:.:.:29420,2548,0:. 0|0:656,0:656:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2604,225,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,162:165:99:.:.:5176,392,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:580,0:580:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,627:627:99:.:.:20328,1876,0:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:602,0:602:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,83:86:99:.:.:2697,150,0:. 1|1:1,229:230:99:.:.:7686,655,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,211:250:99:.:.:6343,0,566:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,187:247:99:.:.:5490,0,1310:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,14:129:99:.:.:111,0,3477:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,10:44:99:.:.:195,0,1047:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9012,819,0:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,193:194:99:.:.:6495,573,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,172:256:99:.:.:4882,0,2177:. 0|1:176,31:207:99:.:.:315,0,5339:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,93:101:27:.:.:2706,27,0:. 0|1:170,27:197:99:.:.:262,0,5166:. 1|0:63,9:72:79:.:.:79,0,1908:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:565,0:565:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,298:300:99:.:.:9194,827,0:. 0|1:182,50:232:99:.:.:950,0,5538:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,24:130:99:.:.:439,0,3195:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,42:51:99:.:.:1206,0,158:. 0|1:42,228:270:99:.:.:6676,0,677:. 0|0:615,0:615:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:231,32:263:99:.:.:284,0,7210:. 1|1:40,439:479:39:.:.:12642,39,0:. 0|1:99,11:110:40:.:.:40,0,3074:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,521:533:99:.:.:16523,1177,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:590,0:590:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:603,0:603:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,542:542:99:.:.:18551,1630,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,432:434:99:.:.:14128,1231,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,555:558:99:.:.:17775,1596,0:. 1|1:1,73:74:99:.:.:2488,187,0:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4994,445,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:.:.:7988,708,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6684,593,0:. 0|1:55,181:236:99:.:.:5329,0,1099:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7298,649,0:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2524,223,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:.:.:8024,717,0:. 1|1:0,222:222:99:.:.:7448,668,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,267:279:99:.:.:8761,438,0:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4578,409,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:238,75:313:99:.:.:1634,0,7125:. 0|1:219,93:312:99:.:.:2194,0,6545:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:162,80:242:99:.:.:1888,0,4877:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:.:.:7974,706,0:. 1|1:0,256:256:99:.:.:8646,769,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,573:573:99:.:.:19682,1722,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,670:670:99:.:.:22193,2011,0:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6380,570,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:7990,718,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1424:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5829,526,0:. Pf3D7_01_v3 529279 . C G 5.98703e+06 PASS FS=0;MQ=60.58;QD=33.85;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q725E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cag/Gag;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.682;VQSLOD=9.77;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0044;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=118.46;GQ_STDDEV=55.45;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5494;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.604;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16162379;AF=0.23;AS_InbreedingCoeff=0.7581;MLEAC=1213;MLEAF=0.231;AN=858;AC=67 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1247:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1562:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1418:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1340:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1502:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1391:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1327:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,720:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:53:.:.:0,53,1042:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,665:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,9:47:99:.:.:125,0,1154:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,8:54:3:.:.:0,3,1100:. 0|1:60,11:71:99:.:.:105,0,1361:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,275:275:99:1|1:529279_C_G:11432,839,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,6:71:57:.:.:0,57,1702:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,107,1141:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,10:28:99:.:.:202,0,413:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,10:75:58:.:.:58,0,1584:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:529279_C_G:2675,190,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1444:. 0|1:130,98:228:99:.:.:3005,0,3187:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1325:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,48:57:84:.:.:1238,0,84:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,21:111:99:.:.:246,0,2429:. 0|0:64,4:68:93:.:.:0,93,1831:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,280:290:99:.:.:7463,591,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,82:124:99:.:.:1905,0,790:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,26:178:99:.:.:173,0,3688:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:529279_C_G:8634,617,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:529279_C_G:9784,706,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:529279_C_G:8556,620,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:1|1:529279_C_G:4173,291,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,21:72:99:.:.:378,0,1468:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,15:134:12:.:.:12,0,2981:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,323:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,53:174:99:.:.:951,0,4433:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,84:137:99:.:.:1956,0,1234:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:208,28:236:62:.:.:62,0,7774:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,177:178:99:1|1:529279_C_G:7303,479,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,9:79:16:.:.:16,0,1918:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,21:73:99:.:.:340,0,1178:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,72:77:97:.:.:1860,97,0:. 0|1:131,21:152:99:.:.:136,0,3144:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,267:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,27:55:99:.:.:591,0,707:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2728,282,0:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,223:236:99:1|1:529279_C_G:5894,345,0:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,71:74:99:.:.:1952,138,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,3:18:32:.:.:32,0,389:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1359:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,199:202:99:1|1:529279_C_G:8548,493,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:157,26:183:99:.:.:337,0,6012:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:66,71:137:99:.:.:1949,0,1817:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:755,0:755:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:787,0:787:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:656,0:656:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:580,0:580:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:633,0:633:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:602,0:602:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,472:479:99:.:.:14835,1165,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:92:.:.:0,92,1635:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,76:243:99:.:.:1786,0,6530:. 0|1:149,58:207:99:.:.:1205,0,5828:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,164:200:99:.:.:4861,0,931:. 1|0:59,17:76:99:.:.:268,0,2318:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:565,0:565:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,151:229:99:.:.:4121,0,2685:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,23:133:99:.:.:357,0,3103:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,5:49:14:.:.:14,0,1754:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:615,0:615:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:234,26:260:86:.:.:86,0,6739:. 1|0:43,417:460:6:.:.:11723,0,6:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:607,0:607:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:590,0:590:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:603,0:603:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,164:220:99:0|1:529279_C_G:6340,0,2180:. 1|1:0,216:216:99:1|1:529279_C_G:9376,659,0:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:1|1:529279_C_G:2894,202,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,817:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:1|1:529279_C_G:10211,719,0:. 0|0:572,0:572:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:677,0:677:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1424:. 1|1:0,26:26:78:1|1:529279_C_G:1138,78,0:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529314 . C T 1.09155e+06 PASS FS=0;MQ=61.47;QD=26.74;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I736;SNPEFF_CODON_CHANGE=atC/atT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.669;VQSLOD=8.08;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=110.83;GQ_STDDEV=36.17;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0036;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.455;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15384820;AF=0.039;AS_InbreedingCoeff=0.4996;MLEAC=204;MLEAF=0.039;AN=858;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1333:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1364:. 0|0:27,0:27:71:.:.:0,71,866:. 0|0:18,0:18:36:.:.:0,36,540:. 0|0:15,0:15:18:.:.:0,18,357:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,38:38:99:1|1:529297_A_G:1623,114,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:113,24:137:99:.:.:326,0,2833:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,39:115:99:1|0:529297_A_G:799,0,2853:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1472:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1181:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,119,1375:. 1|0:31,43:74:99:.:.:1103,0,699:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1325:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,76:97:99:.:.:2032,0,579:. 1|0:86,19:105:99:.:.:251,0,2043:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:173,40:213:99:.:.:588,0,4314:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,311:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:529297_A_G:6761,484,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,792:. 1|1:3,89:92:99:.:.:2563,140,0:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,72:75:99:.:.:2126,136,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:1|1:529297_A_G:7524,521,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1355:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:759,0:759:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:787,0:787:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,683:683:99:1|1:529297_A_G:29906,2117,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:136,0:136:.:.:.:.:120 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:493,0:493:.:.:.:.:120 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:530,0:530:.:.:.:.:120 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:572,0:572:.:.:.:.:120 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:.:.:.:.:120 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:405,0:405:.:.:.:.:120 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:391,0:391:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:.:.:.:.:120 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:120 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:.:.:.:.:120 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:.:.:.:.:120 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:571,0:571:.:.:.:.:120 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:.:.:.:.:120 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:.:.:.:.:120 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:112 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:640,0:640:.:.:.:.:120 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:.:.:.:.:120 0|0:453,0:453:.:.:.:.:120 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:559,0:559:.:.:.:.:120 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:553,0:553:.:.:.:.:120 0|0:603,0:603:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:.:.:.:.:120 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:587,0:587:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:71:.:.:0,71,953:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:542,0:542:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:630,0:630:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1585:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529446 . A G 1.37877e+07 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=27.6;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E780;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaA/gaG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.691;VQSLOD=8.67;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=42.86;GQ_MEAN=132.17;GQ_STDDEV=103.68;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6696;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.21;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15602822;AF=0.486;AS_InbreedingCoeff=0.8434;MLEAC=2563;MLEAF=0.488;AN=858;AC=517 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:19,13:32:99:.:.:281,0,513 1|1:0,55:55:99:.:.:1540,165,0 0|1:30,50:80:99:.:.:1143,0,690 1|1:0,79:79:99:.:.:2217,236,0 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1393 1|0:54,8:62:44:.:.:44,0,1530 1|1:0,66:66:99:.:.:1855,196,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,100:100:99:.:.:2828,299,0 1|1:0,69:69:99:.:.:1984,206,0 0|1:17,17:34:99:.:.:358,0,436 1|1:0,71:71:99:.:.:1882,210,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1297,134,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1165 1|1:0,29:29:86:.:.:814,86,0 1|1:0,22:22:66:.:.:653,66,0 0|1:2,14:16:19:.:.:354,0,19 1|1:0,34:34:99:.:.:981,102,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1264 1|1:0,21:21:63:.:.:612,63,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1334,143,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2113,227,0 1|1:0,213:213:99:.:.:5979,639,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1878,200,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1178 1|1:0,104:104:99:.:.:2852,312,0 0|1:2,17:19:7:.:.:416,0,7 1|1:0,6:6:18:.:.:176,18,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,57:57:99:.:.:1500,168,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2708,290,0 0|1:78,22:100:99:.:.:334,0,2137 0|1:26,23:49:99:.:.:483,0,653 1|1:0,315:315:99:.:.:8754,943,0 1|1:0,33:33:99:.:.:954,99,0 1|0:39,100:139:99:.:.:2395,0,767 1|1:0,71:71:99:.:.:2019,213,0 0|1:17,38:55:99:.:.:848,0,322 1|1:6,63:69:19:.:.:1492,19,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1576,170,0 1|1:6,110:116:99:.:.:2841,159,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2617,286,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,200:200:99:.:.:5550,599,0 1|0:53,39:92:99:.:.:834,0,1254 1|0:55,23:78:99:.:.:390,0,1317 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,889 0|1:16,74:90:99:.:.:1825,0,186 1|1:6,59:65:10:.:.:1511,10,0 1|1:2,92:94:99:.:.:2565,218,0 1|1:2,24:26:18:.:.:618,18,0 1|1:2,92:94:99:.:.:2606,218,0 1|0:89,132:221:99:.:.:3141,0,1954 1|1:0,142:142:99:.:.:4074,426,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,112:112:99:.:.:3009,334,0 1|1:5,58:63:44:.:.:1521,44,0 1|1:2,75:77:99:.:.:2009,169,0 0|1:61,26:87:99:.:.:491,0,1571 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|1:62,38:100:99:.:.:746,0,1537 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1181 0|1:48,35:83:99:.:.:765,0,1188 1|1:0,129:129:99:.:.:3586,387,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2424,252,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1181,134,0 1|1:2,61:63:99:.:.:1737,133,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1172 1|1:0,119:119:99:.:.:3319,355,0 1|1:1,102:103:99:.:.:2806,276,0 0|1:77,13:90:94:.:.:94,0,2086 1|1:0,60:60:99:.:.:1651,179,0 0|1:111,98:209:99:.:.:2022,0,2691 1|1:1,87:88:99:.:.:2455,232,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1778,203,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2025,215,0 1|0:27,45:72:99:.:.:1023,0,570 1|1:0,53:53:99:.:.:1452,158,0 1|0:30,30:60:99:.:.:683,0,721 0|1:17,119:136:99:.:.:2902,0,100 1|1:0,74:74:99:.:.:2125,222,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4217,458,0 1|0:79,131:210:99:.:.:2920,0,1721 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,149:149:99:.:.:4016,446,0 1|1:0,140:140:99:.:.:3976,419,0 1|1:9,90:99:17:.:.:2172,17,0 1|1:10,128:138:99:.:.:3262,105,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|1:18,74:92:99:.:.:1780,0,258 1|1:3,95:98:99:.:.:3324,227,0 0|1:34,25:59:99:.:.:540,0,860 1|1:0,170:170:99:.:.:4773,510,0 1|0:35,141:176:99:.:.:3464,0,521 0|1:74,81:155:99:.:.:1828,0,1797 1|1:0,267:267:99:.:.:7393,799,0 0|1:163,24:187:99:.:.:99,0,4290 1|1:1,179:180:99:.:.:4975,508,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3022,323,0 0|0:109,0:109:72:.:.:0,72,2682 1|0:67,52:119:99:.:.:1097,0,1551 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,187:192:99:.:.:5221,424,0 1|0:161,32:193:99:.:.:305,0,4282 1|1:1,167:168:99:.:.:4671,481,0 1|0:131,50:181:99:.:.:804,0,3308 1|1:0,230:230:99:.:.:6431,690,0 1|0:65,102:167:99:.:.:2331,0,1395 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,171:172:99:.:.:4684,482,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 1|0:93,66:159:99:.:.:1355,0,2259 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,113:143:99:.:.:2702,0,473 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|0:63,76:139:99:.:.:1742,0,1480 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,170:170:99:.:.:4781,510,0 1|1:0,166:166:99:.:.:4441,497,0 1|1:0,136:136:99:.:.:3736,408,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4448,488,0 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 1|0:28,124:152:99:.:.:2930,0,339 1|1:0,171:171:99:.:.:4602,512,0 1|0:24,120:144:99:.:.:2913,0,541 0|1:106,17:123:99:.:.:124,0,2777 1|1:2,84:86:99:.:.:2235,200,0 0|1:152,22:174:97:.:.:97,0,4007 0|1:172,30:202:99:.:.:235,0,4490 1|1:12,131:143:67:.:.:3190,67,0 1|1:0,209:209:99:.:.:5610,626,0 0|1:117,35:152:99:.:.:550,0,3148 0|1:52,133:185:99:.:.:3178,0,923 0|1:60,167:227:99:.:.:3808,0,1095 1|1:0,207:207:99:.:.:5682,624,0 1|1:0,200:200:99:.:.:5548,600,0 1|1:0,175:175:99:.:.:4740,524,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5120,555,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3359,374,0 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 0|1:35,176:211:99:.:.:4317,0,447 1|1:0,199:199:99:.:.:5662,597,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|1:13,95:108:39:.:.:2322,0,39 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,81:81:99:.:.:2272,243,0 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 1|0:40,38:78:99:.:.:837,0,1045 1|0:61,90:151:99:.:.:2053,0,1311 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|1:55,29:84:99:.:.:579,0,1318 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,135:136:99:.:.:3803,379,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3433,360,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2586,279,0 1|0:74,48:122:99:.:.:986,0,1897 1|0:68,61:129:99:.:.:1318,0,1616 1|1:1,169:170:99:.:.:4844,479,0 0|1:111,39:150:99:.:.:634,0,2900 0|1:48,158:206:99:.:.:3715,0,824 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,13:13:39:.:.:361,39,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2444,263,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|1:54,38:92:99:.:.:793,0,1322 1|0:49,62:111:99:.:.:1406,0,1142 0|1:25,141:166:99:.:.:3357,0,252 1|1:10,98:108:31:.:.:2525,31,0 0|1:82,68:150:99:.:.:1501,0,2013 1|1:0,108:108:99:.:.:3082,324,0 1|0:69,18:87:99:.:.:235,0,1800 1|1:1,53:54:99:.:.:1488,132,0 1|1:0,103:103:99:.:.:2915,309,0 1|0:101,43:144:99:.:.:816,0,2535 1|0:37,127:164:99:.:.:3115,0,615 0|1:17,71:88:99:.:.:1741,0,263 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,267:268:99:.:.:7389,777,0 1|0:49,89:138:99:.:.:2112,0,1067 1|1:0,114:114:99:.:.:3185,342,0 1|1:1,132:133:99:.:.:3679,367,0 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,99:101:99:.:.:2694,242,0 1|0:82,14:96:99:.:.:105,0,2136 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,217:224:99:.:.:5700,458,0 1|0:73,57:130:99:.:.:1133,0,1727 1|1:11,132:143:91:.:.:3294,91,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3029,333,0 0|1:71,51:122:99:.:.:985,0,1706 0|1:23,88:111:99:.:.:2083,0,367 0|0:59,0:59:2:.:.:0,2,1410 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1533 1|0:45,25:70:99:.:.:496,0,1119 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,141:141:99:.:.:3914,423,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|0:22,26:48:99:.:.:593,0,512 1|1:9,209:218:99:.:.:5353,417,0 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|0:49,22:71:99:.:.:397,0,1282 1|1:0,57:57:99:.:.:1604,171,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|1:49,61:110:99:.:.:1387,0,1175 1|1:0,69:69:99:.:.:1834,206,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2028,222,0 0|1:47,18:65:99:.:.:281,0,1188 1|1:0,65:65:99:.:.:1779,194,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 1|0:24,99:123:99:.:.:2313,0,369 1|1:0,199:199:99:.:.:5556,596,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,123:124:99:.:.:3442,361,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,170:170:99:.:.:4691,509,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1536 1|0:89,23:112:99:.:.:295,0,2328 1|1:0,118:118:99:.:.:3268,354,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1783,195,0 1|1:4,68:72:93:.:.:1757,93,0 1|0:37,136:173:99:.:.:3235,0,574 1|1:0,84:84:99:.:.:2384,252,0 0|1:6,2:8:32:.:.:32,0,140 1|0:43,124:167:99:.:.:2966,0,750 1|0:75,47:122:99:.:.:997,0,1868 1|1:1,112:113:99:.:.:3157,315,0 0|1:57,32:89:99:.:.:593,0,1419 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|0:38,63:101:99:.:.:1489,0,821 1|1:1,172:173:99:.:.:4850,489,0 0|1:12,44:56:99:.:.:1087,0,213 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800 1|1:18,284:302:99:.:.:7541,358,0 1|0:93,42:135:99:.:.:759,0,2294 1|1:8,176:184:99:.:.:4713,308,0 1|0:20,6:26:92:.:.:92,0,507 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710 0|0:161,0:161:33:.:.:0,33,3858 1|0:22,60:82:99:.:.:1487,0,436 1|1:1,57:58:99:.:.:1589,147,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2550,272,0 1|1:1,88:89:99:.:.:2451,236,0 0|1:5,10:15:99:.:.:247,0,109 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,41:41:99:.:.:1144,123,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|1:5,25:30:53:.:.:631,0,53 1|1:0,185:185:99:.:.:6342,557,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4315,384,0 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,212:213:99:.:.:7136,603,0 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 1|1:18,239:257:99:.:.:7556,128,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6977,614,0 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,42:42:99:.:.:1427,126,0 1|1:0,272:272:99:.:.:9232,818,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6364,568,0 1|1:0,231:231:99:.:.:7824,695,0 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,246:246:99:.:.:8447,739,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7456,667,0 1|1:0,184:184:99:.:.:6250,552,0 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,136:136:99:.:.:4620,409,0 1|0:144,77:221:99:.:.:1935,0,4346 1|1:0,266:266:99:.:.:8975,799,0 1|0:98,68:166:99:.:.:1868,0,2914 1|1:0,99:99:99:.:.:3383,297,0 1|1:0,119:119:99:.:.:4109,358,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1436 0|1:78,33:111:99:.:.:822,0,2352 1|1:0,173:173:99:.:.:5907,520,0 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,234:234:99:.:.:7956,703,0 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,196:196:99:.:.:6692,588,0 1|1:0,238:238:99:.:.:8141,716,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8147,710,0 1|1:1,786:787:99:.:.:26826,2329,0 0|0:787,0:787:99:.:.:0,120,1800 0|0:633,0:633:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,83:83:99:.:.:2830,249,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 1|1:2,119:121:99:.:.:3785,293,0 1|1:6,105:111:99:.:.:3253,133,0 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800 0|0:493,0:493:99:.:.:0,120,1800 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,223:226:99:.:.:7120,591,0 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,481:481:99:.:.:15623,1441,0 1|1:1,277:278:99:.:.:9098,797,0 1|1:2,394:396:99:.:.:12650,1114,0 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,93:93:99:.:.:3057,280,0 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,89:89:99:.:.:2849,267,0 1|1:1,251:252:99:.:.:8266,723,0 0|1:41,193:234:99:.:.:5612,0,652 1|1:0,208:208:99:.:.:6864,624,0 1|1:1,224:225:99:.:.:7290,638,0 1|1:1,250:251:99:.:.:8199,720,0 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 1|0:173,47:220:99:.:.:855,0,5076 0|1:22,213:235:15:.:.:6249,0,15 0|0:235,0:235:92:.:.:0,92,6417 1|1:2,373:375:99:.:.:11944,1052,0 0|1:16,103:119:99:.:.:3003,0,141 1|1:1,314:315:99:.:.:10239,933,0 0|1:7,33:40:54:.:.:984,0,54 1|1:2,256:258:99:.:.:8300,701,0 1|1:3,295:298:99:.:.:9498,792,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8046,742,0 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,162:162:99:.:.:5275,485,0 0|1:199,57:256:99:.:.:1148,0,5937 1|1:2,263:265:99:.:.:8778,747,0 1|1:6,161:167:99:.:.:4821,294,0 1|1:7,245:252:99:.:.:7806,554,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7176,657,0 1|1:1,256:257:99:.:.:8264,745,0 1|1:1,70:71:99:.:.:2219,179,0 1|1:7,194:201:99:.:.:6163,354,0 1|1:6,71:77:26:.:.:2040,26,0 0|1:220,56:276:99:.:.:966,0,6482 1|1:0,417:417:99:.:.:13404,1248,0 1|1:2,160:162:99:.:.:5127,413,0 1|1:6,388:394:99:.:.:12476,1002,0 1|0:28,188:216:99:.:.:5365,0,304 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800 0|1:19,178:197:99:.:.:5055,0,167 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 0|1:120,50:170:99:.:.:1077,0,3236 1|0:110,132:242:99:.:.:3430,0,2915 1|0:86,38:124:99:.:.:831,0,2526 0|1:80,118:198:99:.:.:3112,0,2077 0|1:35,10:45:99:0|1:529446_A_G:190,0,1384 0|1:32,226:258:99:.:.:6319,0,283 1|1:2,457:459:99:.:.:14609,1355,0 1|1:4,259:263:99:.:.:8187,659,0 1|1:10,238:248:99:.:.:7487,383,0 1|1:25,398:423:99:.:.:11660,469,0 1|0:28,73:101:99:.:.:2091,0,602 1|1:13,263:276:99:.:.:8092,399,0 1|0:186,21:207:62:.:.:62,0,5647 1|1:14,464:478:99:.:.:14057,956,0 1|0:158,25:183:99:.:.:245,0,4761 1|1:21,367:388:99:.:.:11059,521,0 1|1:4,615:619:99:.:.:20478,1744,0 1|1:0,545:545:99:1|1:529428_A_C:23488,1679,0 0|1:30,71:101:99:.:.:2071,0,748 1|1:1,395:396:99:.:.:12807,1179,0 1|1:1,334:335:99:.:.:10689,979,0 1|1:22,216:238:11:.:.:6621,11,0 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,84:85:99:.:.:2703,220,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5845,529,0 1|1:0,154:154:99:.:.:5115,463,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7396,667,0 1|0:54,164:218:99:.:.:4801,0,1254 1|1:0,160:160:99:.:.:5317,480,0 0|1:52,156:208:99:.:.:4431,0,1094 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,250:250:99:.:.:8248,751,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,286:286:99:.:.:9398,859,0 1|1:10,301:311:99:.:.:9789,609,0 1|1:0,302:302:99:.:.:10038,908,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2329,210,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4019,366,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2620,241,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2309,216,0 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080 1|1:1,345:346:99:.:.:11541,1030,0 1|1:0,357:357:99:.:.:11618,1072,0 1|1:0,326:326:99:.:.:10718,979,0 1|1:0,26:26:78:.:.:858,78,0 1|1:1,231:232:99:.:.:7639,660,0 1|1:1,263:264:99:.:.:8769,770,0 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,275:275:99:.:.:9111,826,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7033,644,0 1|0:204,28:232:99:.:.:222,0,6427 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:17,214:231:81:.:.:6428,81,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7369,660,0 1|0:335,210:545:99:.:.:5592,0,9900 1|0:24,50:74:99:.:.:1493,0,573 1|0:179,176:355:99:.:.:4737,0,4977 0|0:630,0:630:99:.:.:0,120,1800 0|1:125,48:173:99:.:.:1071,0,3674 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,45:45:99:.:.:1468,134,0 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 529448 . G A 325117 PASS FS=0.547;MQ=61.88;QD=21.78;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R781K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGg/aAg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.653;VQSLOD=5.38;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=42.86;InbreedingCoeff=0.0883;NCC=0;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=125.96;GQ_STDDEV=52.54;HRun=3;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=1.57;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14689764;AF=0.006086;AS_InbreedingCoeff=0.5218;MLEAC=32;MLEAF=0.006086;AN=858;AC=3 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1770:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1632:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1678:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1381:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,861:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,703:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,523:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1264:. 0|0:25,0:25:52:.:.:0,52,620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1531:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1178:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,207:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1316:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1265:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1265:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1275:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,709:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1181:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1086:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1172:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1389:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1648:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,17:144:50:.:.:50,0,5175:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,6:78:64:.:.:0,64,2478:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1533:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1536:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,270:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1577:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,491:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,98:224:99:.:.:2730,0,3664:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1422:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1436:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:590,0:590:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:787,0:787:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:633,0:633:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:493,0:493:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:561,0:561:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1248:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,34:45:99:1|0:529446_A_G:963,0,350:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:574,0:574:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:473,0:473:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:510,0:510:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:614,0:614:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:382,0:382:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:517,0:517:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:630,0:630:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1484:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529521 . A G 1.3836e+06 PASS FS=0;MQ=60.15;QD=20.91;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E805;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaA/gaG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.699;VQSLOD=7.04;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0072;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=106.97;GQ_STDDEV=21.63;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7137;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.961;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14721352;AF=0.055;AS_InbreedingCoeff=0.7601;MLEAC=289;MLEAF=0.055;AN=856;AC=70 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 1|1:0,51:51:99:1470,152,0:. 1|1:0,65:65:99:1747,192,0:. 0|0:66,0:66:99:0,108,1770:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,102,1676:. 0|0:42,0:42:99:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:0,112,1632:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,100,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1287:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1232:. 0|0:50,0:50:99:0,116,1678:. 0|0:41,0:41:99:0,106,1334:. 0|0:41,0:41:99:0,101,1165:. 0|0:31,0:31:71:0,71,854:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1264:. 0|0:36,0:36:96:0,96,1440:. 1|0:29,33:62:99:735,0,703:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1117:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:. 0|0:3,0:3:9:0,9,80:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,111,1316:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1568:. 0|0:309,0:309:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1367:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1275:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|1:52,15:67:99:236,0,1328:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 1|0:85,32:117:99:537,0,2138:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:0,99,964:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|1:45,25:70:99:486,0,1094:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:88,0:88:99:0,100,1800:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 1|0:98,33:131:99:520,0,2581:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 1|0:68,25:93:99:424,0,1717:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,110,1181:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,111,1086:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1172:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1389:. 0|1:149,44:193:99:592,0,3848:. 0|1:23,70:93:99:1747,0,439:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:2155,230,0:. 0|0:52,0:52:99:0,118,1648:. 0|1:35,75:110:99:1666,0,673:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 1|0:14,87:101:99:2113,0,100:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|1:72,34:106:99:633,0,1821:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 1|1:14,157:171:99:3964,112,0:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:. 1|0:21,96:117:99:2314,0,245:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 1|0:87,38:125:99:627,0,2209:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:. 1|0:143,37:180:99:484,0,3586:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:. 0|1:60,108:168:99:2492,0,1285:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|1:119,16:135:40:40,0,3171:. 0|1:147,86:233:99:1621,0,3663:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:. 0|1:71,134:205:99:3155,0,1546:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:126,15:141:11:0,11,3344:. 1|0:66,89:155:99:1985,0,1516:. 0|1:79,21:100:99:259,0,1914:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|1:197,31:228:99:148,0,5166:. 0|0:141,0:141:99:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|1:69,109:178:99:2528,0,1544:. 0|1:77,165:242:99:3741,0,1519:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 1|0:28,27:55:99:592,0,714:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 1|0:49,28:77:99:533,0,1170:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:0,30,450:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|1:82,86:168:99:1915,0,1957:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 1|0:41,130:171:99:3105,0,739:. 0|0:79,8:87:40:0,40,2134:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:6562,725,0:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:55:0,55,3400:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1533:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 1|0:51,15:66:99:224,0,1315:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 1|0:46,15:61:99:226,0,1225:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 1|0:20,50:70:99:1176,0,389:. 0|1:64,48:112:99:1037,0,1595:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|1:53,11:64:99:111,0,1400:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 1|0:101,34:135:99:554,0,2606:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1710:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,118,1536:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 1|0:131,35:166:99:485,0,3310:. 1|1:0,77:77:99:2123,230,0:. 0|0:12,0:12:8:0,8,307:. 1|0:142,22:164:99:103,0,3675:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:72,0:72:99:0,110,1800:. 0|0:265,0:265:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:70:0,70,808:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,110,1577:. 0|0:104,0:104:57:0,57,2552:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:29:0,29,468:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1402:. 0|0:254,0:254:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:8077,714,0:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 1|1:0,177:177:99:5998,531,0:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1436:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:590,0:590:99:0,120,1800:. 0|0:787,0:787:99:0,120,1800:. 0|0:633,0:633:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1283:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:. 0|0:493,0:493:99:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:561,0:561:99:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:. 1|1:15,212:227:99:6425,210,0:. 0|0:409,0:409:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:0,120,1800:. 1|0:16,28:44:99:809,0,347:. 0|0:261,0:261:99:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 1|0:70,97:167:99:2533,0,1764:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 1|1:2,268:270:99:8645,737,0:. 0|0:235,0:235:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|1:31,52:83:99:1387,0,756:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:0,120,1800:. 0|1:162,27:189:99:343,0,4835:. 1|0:199,229:428:99:5965,0,5311:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|1:207,31:238:99:294,0,6262:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1335:. 0|0:250,0:250:99:0,120,1800:. 0|0:574,0:574:99:0,120,1800:. 1|1:13,263:276:99:8048,434,0:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:473,0:473:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:. 0|0:510,0:510:99:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:0,120,1800:. 0|0:614,0:614:99:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:0,120,1800:. 0|0:382,0:382:99:0,120,1800:. 1|0:31,231:262:99:6960,0,266:. 0|0:550,0:550:99:0,120,1800:. 1|1:1,95:96:99:3144,253,0:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:295,0:295:99:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:93:1048,93,0:. 1|1:1,228:229:99:7532,678,0:. 0|0:252,0:252:99:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:. 0|0:517,0:517:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:0,120,1800:. 0|0:630,0:630:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,101,1484:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:331,0:331:99:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529666 . A C 5.45827e+06 PASS FS=0;MQ=60.13;QD=23.73;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K854Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aaa/Caa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.713;VQSLOD=7.6;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0003;FractionInformativeReads=0.987;GC=14.29;GQ_MEAN=121.95;GQ_STDDEV=89.27;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5732;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.061;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14908096;AF=0.197;AS_InbreedingCoeff=0.6239;MLEAC=1041;MLEAF=0.198;AN=858;AC=244 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:20,33:53:99:.:.:828,0,487:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1591,165,0:. 0|1:28,44:72:99:.:.:1012,0,696:. 0|0:75,0:75:74:.:.:0,74,2123:. 1|1:4,52:56:40:.:.:1413,40,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:58,0:58:77:.:.:0,77,1702:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:16,30:46:99:0|1:529666_A_C:1091,0,488:. 0|0:42,0:42:97:.:.:0,97,1283:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1722,177,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1241:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1240:. 0|0:38,0:38:64:.:.:0,64,1045:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,72:73:99:.:.:1985,195,0:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6411,674,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1328:. 0|1:94,17:111:99:.:.:111,0,2394:. 1|1:0,25:25:75:.:.:714,75,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1651:. 1|1:1,66:67:99:.:.:1885,191,0:. 1|0:53,63:116:99:.:.:1411,0,1249:. 1|0:12,86:98:44:.:.:2150,0,44:. 0|1:40,13:53:99:.:.:201,0,1077:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1871,194,0:. 0|1:72,54:126:99:.:.:1163,0,1868:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2785,294,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1275:. 1|0:46,18:64:99:.:.:292,0,1172:. 1|1:1,62:63:99:.:.:1699,178,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,41:107:99:.:.:783,0,1625:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,237:238:99:.:.:6613,683,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,13:100:73:.:.:73,0,2267:. 0|1:59,26:85:99:.:.:483,0,1469:. 1|1:0,36:36:99:.:.:989,107,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3096,329,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1391:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,8:23:99:.:.:152,0,388:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:98,135:233:99:.:.:3195,0,2309:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:10:.:.:0,10,1673:. 1|0:71,17:88:99:.:.:217,0,1949:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1860,192,0:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,1941:. 1|0:51,25:76:99:.:.:483,0,1301:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1181:. 1|0:46,43:89:99:.:.:872,0,1250:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,15:94:99:.:.:151,0,2916:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1086:. 1|0:38,35:73:99:.:.:771,0,942:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1272:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,39:88:99:.:.:830,0,1256:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1389:. 0|1:141,58:199:99:.:.:967,0,3719:. 0|1:12,62:74:99:.:.:1483,0,161:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,47:53:5:.:.:1143,0,5:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1718,185,0:. 1|0:31,25:56:99:.:.:556,0,774:. 0|1:92,22:114:99:.:.:279,0,2464:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,87:98:54:.:.:2164,0,54:. 1|1:1,150:151:99:.:.:4240,421,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,125:127:99:.:.:3531,320,0:. 0|1:63,30:93:99:.:.:560,0,1600:. 0|1:30,15:45:99:.:.:287,0,752:. 1|1:13,134:147:45:.:.:3381,45,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3727,399,0:. 1|0:82,70:152:99:.:.:1502,0,2050:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:172,23:195:59:.:.:59,0,4649:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,86:99:99:.:.:2065,0,111:. 0|1:28,99:127:99:.:.:2292,0,483:. 1|0:80,37:117:99:0|1:529666_A_C:677,0,2029:. 1|1:10,197:207:99:.:.:5221,305,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:0:.:.:0,0,4806:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,89:179:99:.:.:1877,0,2230:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,145:146:99:.:.:4031,407,0:. 1|1:2,214:216:99:.:.:5914,606,0:. 0|1:67,110:177:99:.:.:2535,0,1522:. 1|1:1,215:216:99:.:.:6066,616,0:. 0|1:87,36:123:99:.:.:619,0,2572:. 1|1:1,193:194:99:.:.:5288,569,0:. 0|1:88,60:148:99:.:.:1217,0,2252:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,133:217:99:.:.:3055,0,1871:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:142,30:172:99:.:.:317,0,3960:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,19:143:99:.:.:106,0,3340:. 0|0:112,11:123:96:.:.:0,96,3532:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5049,547,0:. 0|0:228,0:228:0:.:.:0,0,5471:. 0|1:178,31:209:99:.:.:207,0,4607:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,141:201:99:.:.:3285,0,1196:. 0|1:71,163:234:99:.:.:3757,0,1405:. 1|1:0,215:215:99:.:.:5862,644,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,50:190:99:.:.:846,0,3747:. 0|1:185,36:221:99:.:.:319,0,4992:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2541,264,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,40:55:99:.:.:984,0,308:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,24:63:99:.:.:469,0,969:. 1|1:1,222:223:99:.:.:6065,638,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,134:144:99:.:.:3416,107,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,31:133:99:.:.:463,0,3267:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,147:166:99:.:.:3696,0,109:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:13:.:.:0,13,289:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3825,402,0:. 1|1:4,92:96:99:.:.:2472,189,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2785,297,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,60:112:99:.:.:1372,0,1253:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,96:101:99:.:.:2565,158,0:. 1|0:28,129:157:99:.:.:3146,0,367:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,62:87:99:.:.:1491,0,519:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,91:134:99:.:.:2177,0,992:. 1|0:37,160:197:99:.:.:3985,0,561:. 1|0:97,15:112:99:.:.:153,0,2670:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,136:138:99:1|1:529666_A_C:5563,351,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3168,345,0:. 1|1:4,100:104:99:.:.:2656,185,0:. 1|1:1,203:204:99:.:.:5520,583,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,40:108:99:.:.:740,0,1659:. 1|0:19,140:159:94:.:.:3288,0,94:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,50:128:99:.:.:1010,0,2317:. 1|0:102,16:118:82:.:.:82,0,2769:. 0|1:11,48:59:99:.:.:1143,0,152:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1832,202,0:. 0|1:58,29:87:99:.:.:554,0,1465:. 1|0:80,28:108:99:.:.:454,0,2124:. 0|1:50,51:101:99:.:.:1141,0,1220:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5146,544,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,26:73:99:.:.:489,0,1202:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,28:75:99:.:.:553,0,1236:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,44:56:99:.:.:1073,0,208:. 0|1:38,61:99:99:.:.:1469,0,906:. 1|0:31,17:48:99:.:.:326,0,788:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1577,168,0:. 1|0:49,16:65:99:.:.:251,0,1300:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1923,204,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2060,224,0:. 1|0:62,70:132:99:.:.:1476,0,1503:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,192:192:99:.:.:5310,576,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1536:. 1|0:82,24:106:99:.:.:365,0,2212:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2486,273,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:149,21:170:91:.:.:91,0,4014:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2826,294,0:. 0|1:4,4:8:91:.:.:91,0,100:. 1|0:130,40:170:99:.:.:630,0,3793:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,50:112:99:.:.:1053,0,1562:. 0|1:26,59:85:99:.:.:1398,0,565:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,210:214:99:.:.:5885,522,0:. 0|1:44,20:64:99:.:.:361,0,1144:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,40:134:99:.:.:725,0,2454:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,405:. 1|1:1,51:52:99:1|1:529666_A_C:1967,114,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1577:. 1|1:3,94:97:99:.:.:2532,201,0:. 1|1:3,106:109:99:.:.:2909,240,0:. 0|1:11,5:16:98:.:.:98,0,284:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1182,126,0:. 1|1:6,100:106:99:1|1:529666_A_C:3980,132,0:. 1|1:4,36:40:6:.:.:908,6,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,208:209:99:.:.:7195,595,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8096,705,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,119:235:99:.:.:3394,0,4269:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,192:212:75:.:.:5955,0,75:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7616,662,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,256:256:99:.:.:8849,770,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:8279,719,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,132:190:99:.:.:3969,0,1487:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,114:194:99:.:.:3291,0,2326:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1436:. 0|1:97,27:124:99:.:.:573,0,3107:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,227:228:99:.:.:7823,649,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6151,535,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,210:211:99:.:.:7190,624,0:. 0|0:590,0:590:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:744,0:744:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:663,0:663:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,102:115:99:.:.:2914,0,116:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:493,0:493:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:567,0:567:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:107,132:239:99:.:.:3653,0,2963:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4640,429,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:226,218:444:99:.:.:5609,0,6435:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,278:278:99:.:.:9110,833,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,90:96:70:.:.:2661,70,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,211:256:99:.:.:6297,0,760:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:194,26:220:99:.:.:199,0,5990:. 1|1:7,307:314:99:.:.:9260,719,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,21:122:99:.:.:320,0,3070:. 1|0:122,70:192:99:.:.:1686,0,3622:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1438:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:574,0:574:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,17:229:98:.:.:0,98,8345:. 0|1:49,401:450:99:.:.:11262,0,319:. 0|1:77,25:102:99:.:.:436,0,2360:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:510,0:510:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:614,0:614:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,71:107:99:.:.:2040,0,957:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:382,0:382:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,223:263:99:.:.:6740,0,615:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,69:71:99:.:.:2201,139,0:. 1|0:58,104:162:99:.:.:3021,0,1471:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4522,408,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4913,439,0:. 1|0:157,38:195:99:.:.:632,0,4722:. 1|1:1,249:250:99:.:.:8172,720,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2285,204,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,223:229:99:1|1:529666_A_C:9220,452,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3792,337,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,290:290:99:.:.:9880,872,0:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,17:227:97:.:.:0,97,8398:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,255:255:99:.:.:8519,766,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:306,209:515:99:.:.:5565,0,11635:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:630,0:630:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529690 . T C 1.32097e+06 PASS FS=0;MQ=61.15;QD=21.79;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y862H;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tat/Cat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.711;VQSLOD=7.19;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=19.05;GQ_MEAN=117.37;GQ_STDDEV=83.55;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8165;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.504;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14681992;AF=0.043;AS_InbreedingCoeff=0.6291;MLEAC=223;MLEAF=0.042;AN=858;AC=49 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1498:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1270:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1598:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:20,33:53:99:0|1:529666_A_C:1166,0,585:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,945:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1240:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1160:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,640:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1651:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1321:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1643:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1275:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1099:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1391:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,50:124:99:.:.:1002,0,1857:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,356:356:99:.:.:9886,1068,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1181:. 0|1:74,16:90:99:.:.:165,0,2405:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,74:93:99:.:.:1822,0,475:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1086:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1639,186,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1272:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,101:124:99:.:.:2483,0,387:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1389:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,31:91:99:.:.:622,0,1593:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1368:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,28:128:99:.:.:370,0,3096:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,19:182:46:.:.:0,46,4651:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,35:116:99:.:.:633,0,2273:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,97:164:99:.:.:2206,0,1628:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,17:130:93:.:.:93,0,3701:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,119:201:99:.:.:2697,0,1885:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,274:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,31:133:99:0|1:529690_T_C:467,0,2737:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,13:71:99:.:.:146,0,1573:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,10:122:91:.:.:0,91,4104:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,136:137:99:1|1:529666_A_C:5465,367,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,21:132:99:.:.:169,0,3545:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,103:122:99:.:.:2455,0,218:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3204,356,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1435:. 1|0:59,45:104:99:.:.:940,0,1541:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1548,171,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1536:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,218:. 0|1:138,32:170:99:.:.:368,0,4165:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,53:138:99:.:.:1009,0,2232:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:49:.:.:0,49,3918:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,307:. 1|1:1,46:47:99:1|1:529666_A_C:1831,99,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1577:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1235:. 1|1:4,99:103:99:1|1:529666_A_C:3977,177,0:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,99:231:99:.:.:2759,0,4863:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1387:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,118:129:4:.:.:3682,0,4:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:590,0:590:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:744,0:744:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:663,0:663:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:493,0:493:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:567,0:567:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,491:495:99:.:.:14812,1426,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:476,0:476:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1438:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:574,0:574:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,186:222:99:.:.:5532,0,759:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:510,0:510:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:491,0:491:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:614,0:614:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,555:557:99:.:.:18548,1599,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:382,0:382:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,218:224:99:1|1:529666_A_C:8875,433,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:48:.:.:0,48,906:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,201:219:99:.:.:5934,0,119:. 1|1:0,233:233:99:.:.:7646,700,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:218,302:520:99:.:.:8691,0,7657:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,704:704:99:.:.:23090,2115,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,298:298:99:.:.:9737,895,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529726 . G A 2.47192e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=32.89;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A874T;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gca/Aca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.719;VQSLOD=9.87;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.967;GC=33.33;GQ_MEAN=115.97;GQ_STDDEV=43.82;HRun=0;InbreedingCoeff=0.869;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.64;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16232235;AF=0.852;AS_InbreedingCoeff=0.3662;MLEAC=4474;MLEAF=0.853;AN=858;AC=712 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:24,26:50:99:.:.:682,0,546 1|1:0,59:59:99:.:.:1787,176,0 1|0:11,52:63:72:.:.:1670,0,72 1|1:0,68:68:99:.:.:2087,204,0 1|1:3,44:47:34:.:.:1831,34,0 1|1:1,52:53:99:.:.:1619,133,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1673,159,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2684,263,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2474,237,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2161,207,0 0|1:18,22:40:99:.:.:563,0,385 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,42:42:99:.:.:1354,126,0 0|1:4,32:36:7:.:.:887,0,7 1|1:0,24:24:72:.:.:771,72,0 1|1:0,20:20:60:.:.:607,60,0 1|1:0,8:8:24:.:.:238,24,0 1|1:0,25:25:75:.:.:789,75,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1169,111,0 1|1:0,29:29:86:.:.:815,86,0 1|1:1,78:79:99:.:.:2560,226,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1913,196,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,91:93:99:.:.:2671,259,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1085,105,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3827,396,0 1|1:0,19:19:57:.:.:580,57,0 1|1:0,11:11:33:.:.:348,33,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2012,205,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,107:107:99:.:.:3218,321,0 0|1:84,27:111:99:.:.:761,0,1977 1|0:7,31:38:87:.:.:799,0,87 1|0:92,245:337:99:.:.:6340,0,1502 1|1:0,46:46:99:.:.:1400,138,0 1|0:71,81:152:99:.:.:1902,0,1508 1|1:0,108:108:99:.:.:3136,323,0 1|0:16,41:57:99:.:.:1046,0,237 0|1:9,55:64:47:.:.:1370,0,47 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,122:122:99:.:.:3849,367,0 1|0:50,67:117:99:.:.:1953,0,1055 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,256:256:99:.:.:7573,769,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5568,570,0 0|1:98,26:124:99:.:.:405,0,2291 1|0:11,66:77:69:.:.:1744,0,69 1|1:0,37:37:99:.:.:1114,111,0 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,55:55:99:.:.:1562,164,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2984,300,0 1|1:0,21:21:63:.:.:623,63,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800 0|1:39,211:250:99:.:.:5560,0,333 1|1:0,128:128:99:.:.:3784,384,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2797,211,0 0|1:18,84:102:99:.:.:2198,0,176 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|0:11,69:80:45:.:.:1774,0,45 0|1:24,53:77:99:.:.:1290,0,440 1|1:0,142:142:99:.:.:4084,424,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3202,328,0 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,390:390:99:.:.:11743,1171,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1181 1|1:0,83:83:99:.:.:2493,249,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4089,420,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3068,308,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1654,162,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,66:66:99:.:.:1879,198,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1449,144,0 1|1:1,118:119:99:.:.:3445,347,0 1|0:39,67:106:99:.:.:1665,0,721 1|1:0,113:113:99:.:.:3413,340,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1805,185,0 1|0:71,127:198:99:.:.:3097,0,1257 1|1:0,73:75:99:.:.:2213,219,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2175,225,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2749,284,0 1|1:1,51:52:99:.:.:1479,128,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 0|1:20,45:65:99:.:.:1172,0,374 1|0:18,106:124:99:.:.:2796,0,100 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,149:149:99:.:.:4397,447,0 1|1:6,195:201:99:.:.:5473,439,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2170,218,0 1|1:1,173:174:99:.:.:4903,495,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4004,411,0 0|1:94,14:108:99:.:.:104,0,2248 1|1:0,174:174:99:.:.:7063,526,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4853,491,0 1|0:16,118:134:50:.:.:3016,0,50 1|0:37,51:88:99:.:.:1244,0,1063 1|0:10,52:62:88:.:.:1296,0,88 1|1:0,171:171:99:.:.:5137,513,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4101,411,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4485,451,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6179,626,0 1|1:6,214:220:99:.:.:6317,491,0 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,112:114:99:.:.:3368,336,0 1|1:1,119:120:99:.:.:3558,350,0 1|1:0,151:151:99:1|1:529666_A_C:6051,454,0 1|1:1,217:218:99:.:.:6624,627,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4679,465,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6419,627,0 1|1:1,195:196:99:.:.:5845,564,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5434,554,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5392,537,0 1|1:0,216:216:99:.:.:6485,649,0 0|1:50,142:192:99:.:.:3679,0,785 1|1:1,249:250:99:.:.:7394,739,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4732,474,0 1|1:0,238:238:99:.:.:7015,712,0 0|1:63,122:185:99:.:.:3114,0,1151 1|1:0,215:215:99:.:.:9359,653,0 1|0:31,102:133:99:.:.:2672,0,461 1|0:77,131:208:99:.:.:3332,0,1470 1|1:6,150:156:99:.:.:4425,300,0 1|1:1,165:166:99:.:.:4929,488,0 1|1:1,216:217:99:.:.:6411,628,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4022,414,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5481,555,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5527,569,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5212,528,0 1|1:1,240:241:99:.:.:7132,713,0 1|0:68,107:175:99:.:.:2579,0,1279 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,145:145:99:.:.:4347,435,0 1|1:6,120:126:99:.:.:3466,219,0 0|1:17,80:97:99:.:.:1963,0,168 0|1:158,32:190:99:.:.:386,0,3725 1|1:0,231:231:99:.:.:6948,693,0 1|1:1,179:180:99:.:.:5214,513,0 1|1:0,262:262:99:.:.:7700,787,0 1|0:104,27:131:99:.:.:410,0,2429 1|1:14,165:179:99:.:.:4521,186,0 1|1:17,234:251:99:.:.:6435,313,0 1|1:0,236:236:99:.:.:6919,708,0 1|1:0,251:251:99:.:.:7279,751,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4799,494,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6146,633,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3984,402,0 1|1:1,177:178:99:.:.:5391,527,0 1|0:47,184:231:99:.:.:4695,0,600 1|1:0,231:231:99:.:.:7024,692,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3290,327,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4071,407,0 1|1:1,111:112:99:.:.:3295,325,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,239:239:99:.:.:6954,718,0 0|1:49,16:65:99:.:.:298,0,1150 0|1:60,105:165:99:.:.:2563,0,1152 1|1:0,150:150:99:.:.:4427,449,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,122:122:99:.:.:3649,366,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4250,422,0 0|0:121,10:131:92:.:.:0,92,3099 1|1:0,97:97:99:.:.:2860,291,0 1|0:16,121:137:23:.:.:3305,0,23 0|1:52,56:108:99:.:.:1397,0,1081 0|1:139,21:160:99:.:.:127,0,3428 1|1:0,164:164:99:.:.:4906,493,0 1|1:0,211:211:99:.:.:7058,640,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5152,508,0 1|1:0,6:6:18:.:.:179,18,0 1|1:0,127:127:99:1|1:529726_G_A:5499,394,0 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:.:.:2778,276,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2956,292,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3586,352,0 1|1:0,147:147:99:1|1:529690_T_C:6010,445,0 0|0:97,0:97:72:.:.:0,72,2229 1|1:11,114:125:76:.:.:3123,76,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4140,411,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2859,276,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2169,210,0 1|0:72,53:125:99:.:.:1265,0,1627 1|1:13,123:136:63:.:.:3344,63,0 0|1:132,35:167:99:.:.:569,0,3138 1|1:0,123:123:99:.:.:3747,370,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3923,393,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2926,291,0 1|1:0,260:260:99:.:.:7647,779,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4662,471,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4602,465,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4483,453,0 1|1:0,201:201:99:.:.:6114,603,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3580,360,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3986,400,0 1|1:0,210:210:99:.:.:6164,630,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2835,282,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1806,180,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2257,230,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2869,294,0 1|1:2,221:223:99:.:.:6387,599,0 1|0:44,82:126:99:.:.:1972,0,779 0|0:141,0:141:0:.:.:0,0,3030 1|1:0,106:106:99:.:.:3252,319,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4371,408,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2932,297,0 1|0:58,19:77:99:.:.:328,0,1345 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,79:79:99:.:.:2340,237,0 1|1:1,109:110:99:.:.:3234,306,0 1|0:52,42:94:99:.:.:946,0,1142 1|1:1,144:145:99:.:.:4255,406,0 0|0:109,0:109:43:.:.:0,43,2434 1|1:0,196:196:99:.:.:5904,588,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5279,531,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2701,276,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2441,243,0 1|1:1,223:224:99:.:.:6584,647,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3812,384,0 0|1:14,62:76:99:.:.:1674,0,157 1|1:0,62:62:99:.:.:1867,186,0 0|1:7,49:56:19:.:.:1268,0,19 1|1:0,123:123:99:.:.:3789,369,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2070,210,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1831,183,0 0|1:20,56:76:99:.:.:1569,0,298 1|1:0,80:80:99:.:.:2493,240,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2275,228,0 1|0:38,83:121:99:.:.:2081,0,722 1|1:0,236:236:99:.:.:7139,709,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3056,306,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3754,370,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1828,177,0 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,55:55:99:.:.:1669,164,0 1|1:8,102:110:99:.:.:2906,106,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3065,311,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2237,228,0 1|1:2,79:81:99:.:.:2323,189,0 1|1:7,149:156:99:.:.:4380,276,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,8:8:24:.:.:273,24,0 0|1:45,125:170:99:.:.:3266,0,738 0|1:22,123:145:99:.:.:3345,0,177 1|0:55,71:126:99:.:.:1735,0,1120 1|1:0,97:97:99:.:.:2862,291,0 1|1:1,139:140:99:.:.:4149,392,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4298,443,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,103,1800 1|0:10,43:53:99:.:.:1139,0,119 1|1:0,28:28:84:.:.:858,84,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2685,267,0 0|0:294,0:294:0:.:.:0,0,6473 1|1:0,169:169:99:.:.:4981,507,0 1|1:2,220:222:99:.:.:6529,616,0 1|1:0,18:18:54:.:.:531,54,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1408,141,0 1|1:1,177:178:99:.:.:5154,506,0 1|1:7,89:96:91:.:.:2506,91,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2087,209,0 0|0:83,6:89:82:.:.:0,82,2070 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665 1|0:6,12:18:99:.:.:319,0,107 0|1:34,30:64:99:0|1:529726_G_A:1027,0,1243 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1235 1|1:0,113:113:99:.:.:3437,340,0 0|0:25,2:27:18:.:.:0,18,573 1|1:0,177:177:99:.:.:6231,531,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3267,274,0 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,224:224:99:.:.:7959,672,0 1|0:118,119:237:99:.:.:3738,0,3299 1|1:0,237:237:99:.:.:8554,712,0 1|1:1,158:159:99:.:.:5526,467,0 1|1:19,195:214:6:.:.:6284,6,0 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,205:207:99:.:.:7258,555,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1650,141,0 1|1:0,270:270:99:.:.:9430,811,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6695,559,0 1|1:1,238:239:99:.:.:8386,708,0 1|1:1,273:274:99:.:.:9812,813,0 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,247:247:99:.:.:8766,743,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6549,564,0 1|1:0,151:151:99:.:.:5305,454,0 1|1:1,260:261:99:.:.:9202,773,0 1|1:0,146:146:99:.:.:5130,439,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6973,586,0 1|1:0,297:297:99:.:.:10506,892,0 1|0:153,75:228:99:.:.:2019,0,4468 1|1:0,100:100:99:.:.:3500,300,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3400,293,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6970,595,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1674,147,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3937,339,0 1|1:0,174:174:99:.:.:6144,523,0 1|1:0,127:127:99:.:.:4470,382,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8351,699,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,119:119:99:.:.:4201,357,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7665,657,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8212,700,0 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,608:609:99:.:.:21730,1820,0 1|1:1,784:785:99:.:.:27271,2326,0 1|1:0,679:679:99:.:.:24193,2041,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2313,198,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1191,108,0 1|1:1,119:120:99:.:.:4117,326,0 0|1:93,13:106:99:.:.:124,0,2730 1|1:0,180:180:99:1|1:529726_G_A:7582,550,0 1|1:0,268:268:99:1|1:529726_G_A:11662,833,0 1|1:0,448:448:99:.:.:15518,1340,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4693,414,0 1|1:0,260:260:99:.:.:8561,780,0 1|1:1,291:292:99:.:.:10116,867,0 1|1:1,497:498:99:.:.:17321,1460,0 0|1:135,134:269:99:0|1:529726_G_A:5041,0,4915 1|1:0,442:442:99:.:.:15559,1327,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4453,396,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2896,261,0 1|1:0,476:476:99:.:.:16457,1424,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2738,249,0 1|1:1,280:281:99:.:.:9521,809,0 1|1:0,259:259:99:.:.:8572,776,0 1|1:1,255:256:99:.:.:8567,758,0 1|1:1,260:261:99:.:.:8751,748,0 1|1:11,222:233:99:.:.:7232,342,0 1|1:0,267:267:99:.:.:8809,801,0 1|1:0,259:259:99:.:.:8755,778,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8698,765,0 1|1:1,216:217:99:.:.:7377,619,0 1|1:1,373:374:99:.:.:12766,1090,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4640,413,0 0|1:193,212:405:99:.:.:6005,0,4817 1|1:0,42:42:99:.:.:1451,126,0 1|1:0,306:306:99:.:.:10334,916,0 1|1:0,320:320:99:.:.:10774,959,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7448,660,0 1|1:0,292:292:99:.:.:9859,876,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6181,555,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8517,755,0 1|1:0,281:281:99:.:.:9372,840,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5931,525,0 1|1:0,268:268:99:.:.:9347,805,0 1|1:0,280:280:99:.:.:9445,841,0 1|1:0,233:233:99:.:.:9873,704,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2811,240,0 1|1:2,188:190:99:.:.:6461,550,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2675,237,0 1|1:15,265:280:99:.:.:8672,331,0 1|1:1,466:467:99:.:.:15861,1391,0 1|1:0,207:207:99:1|1:529726_G_A:8229,628,0 1|1:0,475:475:99:.:.:18185,1433,0 1|1:0,221:221:99:.:.:9279,676,0 1|1:0,278:278:99:.:.:9616,835,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7765,675,0 1|1:0,242:242:99:.:.:8204,727,0 1|1:1,195:196:99:.:.:6588,564,0 1|1:0,232:232:99:.:.:7591,696,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3540,316,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6298,564,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1537,132,0 1|1:1,270:271:99:.:.:8988,780,0 1|1:0,509:509:99:.:.:17398,1526,0 1|1:0,268:268:99:.:.:9241,804,0 1|1:1,245:246:99:.:.:8360,729,0 1|1:1,375:376:99:.:.:13238,1098,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3997,343,0 1|1:0,275:275:99:.:.:9305,826,0 1|1:0,237:237:99:.:.:8004,710,0 1|1:0,440:440:99:.:.:15338,1319,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6509,576,0 1|1:0,413:413:99:.:.:14372,1235,0 1|1:0,641:641:99:.:.:22297,1924,0 1|1:1,543:544:99:.:.:18866,1600,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3540,312,0 1|1:0,446:446:99:.:.:14975,1339,0 1|1:0,385:385:99:1|1:529726_G_A:16602,1166,0 1|1:3,254:257:99:.:.:8623,665,0 1|1:0,500:500:99:.:.:17048,1496,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2601,222,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5429,491,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3809,333,0 1|1:0,260:260:99:.:.:9034,781,0 1|1:0,230:230:99:1|1:529726_G_A:9514,698,0 1|1:0,157:157:99:.:.:5426,472,0 0|1:51,147:198:99:.:.:4180,0,1047 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,254:254:99:.:.:8768,763,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8014,700,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2529,222,0 1|1:0,62:62:99:.:.:2079,186,0 1|1:0,256:256:99:.:.:9009,770,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6815,600,0 1|1:0,258:258:99:.:.:8851,775,0 1|1:2,141:143:99:.:.:4888,395,0 1|1:0,314:314:99:.:.:10743,942,0 1|1:0,257:257:99:.:.:8869,772,0 1|1:0,323:323:99:1|1:529726_G_A:14140,1002,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1876,162,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,82:82:99:1|1:529726_G_A:3646,256,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2987,217,0 1|1:0,22:22:66:.:.:763,66,0 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,293:293:99:.:.:10047,880,0 1|1:0,296:296:99:.:.:10215,890,0 1|1:0,27:27:81:.:.:919,81,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7672,687,0 1|1:0,278:278:99:.:.:9667,836,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5293,477,0 1|1:1,262:263:99:.:.:8908,755,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7721,676,0 1|1:0,209:209:99:.:.:7190,626,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8138,709,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,220:220:99:.:.:7664,662,0 1|1:0,557:557:99:.:.:19811,1676,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2818,205,0 1|1:0,335:335:99:.:.:13133,1016,0 1|1:0,739:739:99:.:.:25593,2220,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7159,616,0 1|1:0,295:295:99:.:.:10206,886,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1553,141,0 1|1:0,30:30:90:.:.:1049,90,0 1|1:0,370:370:99:.:.:16012,1137,0 1|1:0,174:174:99:.:.:6125,523,0 Pf3D7_01_v3 529754 . A G 1.20479e+07 PASS FS=0;MQ=60.46;QD=26.83;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K883R;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAg/aGg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.722;VQSLOD=9.25;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.974;GC=19.05;GQ_MEAN=120.46;GQ_STDDEV=70.3;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6515;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.333;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15361979;AF=0.485;AS_InbreedingCoeff=0.7507;MLEAC=2548;MLEAF=0.485;AN=858;AC=386 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1292:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1589,170,0:. 1|0:35,26:61:99:.:.:558,0,1253:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1968,203,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1539:. 1|1:1,40:41:99:.:.:1169,113,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,80:82:99:.:.:2223,185,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:26,25:51:99:.:.:540,0,666:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1500,163,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1187,120,0:. 0|0:43,0:43:85:.:.:0,85,1241:. 1|0:18,5:23:77:.:.:77,0,466:. 1|1:1,23:24:48:.:.:618,48,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:257,27,0:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1793,191,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:.:.:952,105,0:. 0|1:27,97:124:99:.:.:2150,0,389:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,515:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,300:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2868,312,0:. 0|0:90,7:97:88:.:.:0,88,2511:. 0|1:18,25:43:99:.:.:586,0,425:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1622:. 1|0:101,42:143:99:.:.:746,0,2601:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,41:57:99:.:.:946,0,289:. 0|1:9,51:60:81:.:.:1153,0,81:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,47:121:99:.:.:977,0,2256:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,250:250:99:.:.:6808,749,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,25:80:99:.:.:436,0,1397:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1146,123,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,52:59:28:.:.:1289,0,28:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3045,331,0:. 1|0:8,12:20:99:.:.:251,0,170:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:38,204:242:99:.:.:5079,0,399:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,7:62:21:.:.:0,21,2338:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,59:79:99:.:.:1388,0,334:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,111:119:99:.:.:2819,130,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1181:. 1|0:21,72:93:99:.:.:1744,0,327:. 1|1:0,138:138:99:.:.:3791,413,0:. 1|0:73,25:98:99:.:.:423,0,1856:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,63:113:99:.:.:1404,0,1133:. 1|0:102,19:121:99:.:.:169,0,2617:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,134:212:99:.:.:2986,0,1646:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2205,213,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2556,270,0:. 1|1:5,52:57:21:.:.:1251,21,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,26:68:99:.:.:547,0,1005:. 1|0:45,76:121:99:.:.:1726,0,935:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4244,465,0:. 0|1:102,88:190:99:.:.:1846,0,2408:. 1|0:60,9:69:33:.:.:33,0,1563:. 1|1:1,168:169:99:.:.:4465,477,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,12:116:9:.:.:0,9,2717:. 0|0:142,16:158:48:.:.:0,48,5845:. 1|1:0,169:169:99:.:.:4664,505,0:. 1|0:24,114:138:99:.:.:2759,0,266:. 1|0:59,35:94:99:.:.:644,0,1814:. 1|0:34,27:61:99:.:.:527,0,794:. 1|1:1,166:167:99:.:.:4498,471,0:. 1|1:1,143:144:99:.:.:3848,399,0:. 1|1:6,145:151:99:.:.:3747,291,0:. 1|1:11,199:210:99:.:.:5106,316,0:. 0|1:27,202:229:99:.:.:4828,0,100:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3437,380,0:. 0|1:25,100:125:99:.:.:2351,0,437:. 1|0:92,57:149:99:0|1:529666_A_C:1057,0,3243:. 1|1:5,218:223:99:.:.:5849,537,0:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4523,497,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,158:196:99:.:.:3745,0,512:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,138:189:99:.:.:3091,0,926:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,84:182:99:.:.:1774,0,2380:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:.:.:4500,499,0:. 1|1:0,219:219:99:.:.:5864,653,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,22:139:99:.:.:184,0,2989:. 1|0:76,148:224:99:.:.:3295,0,1541:. 1|0:26,131:157:99:.:.:3177,0,281:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:171,43:214:99:.:.:518,0,4276:. 1|1:1,135:136:99:.:.:3524,376,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:.:.:6486,708,0:. 0|1:92,80:172:99:.:.:1599,0,2150:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:3977,435,0:. 1|0:110,14:124:10:.:.:10,0,2853:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,27:183:99:.:.:189,0,4061:. 0|0:209,22:231:87:.:.:0,87,5443:. 1|1:1,176:177:99:.:.:4597,498,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:6418,743,0:. 1|0:109,32:141:99:.:.:472,0,2765:. 0|1:119,50:169:99:.:.:862,0,2952:. 0|1:193,67:260:99:.:.:933,0,4665:. 1|1:0,227:227:99:.:.:5982,679,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:6783,747,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3584,393,0:. 1|0:119,55:174:99:.:.:1019,0,2894:. 1|0:159,50:209:99:.:.:727,0,4019:. 1|1:0,218:218:99:.:.:6072,654,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2879,309,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,25:70:99:.:.:478,0,1158:. 0|1:59,102:161:99:.:.:2403,0,1180:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,120:130:81:.:.:3044,81,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,50:148:99:.:.:923,0,2428:. 0|1:58,49:107:99:.:.:1005,0,1390:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,66:159:99:.:.:1329,0,2308:. 1|0:149,61:210:99:.:.:1004,0,3775:. 1|1:7,170:177:99:.:.:4532,332,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:194,21,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,95:96:99:.:.:2571,256,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2277,248,0:. 1|0:42,59:101:99:.:.:1280,0,921:. 1|0:81,51:132:99:.:.:992,0,1967:. 0|1:67,99:166:99:0|1:529690_T_C:2200,0,1435:. 0|0:86,6:92:99:.:.:0,115,2377:. 1|0:98,39:137:99:.:.:672,0,2420:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3573,386,0:. 0|1:24,59:83:99:.:.:1396,0,481:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,28:137:99:.:.:333,0,2802:. 0|1:150,32:182:99:.:.:330,0,3801:. 0|0:113,13:126:9:.:.:0,9,2953:. 1|1:2,131:133:99:.:.:3563,335,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2395,258,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,51:165:99:.:.:923,0,2853:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:.:.:6001,640,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,107:118:16:.:.:2613,16,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2721,296,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1494,167,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2252,251,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2573,285,0:. 1|1:8,220:228:99:.:.:5595,460,0:. 0|1:39,81:120:99:.:.:1793,0,728:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3187,355,0:. 1|0:49,87:136:99:.:.:1901,0,1029:. 1|0:87,12:99:27:.:.:27,0,2266:. 1|0:69,12:81:90:.:.:90,0,1753:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:37,36:73:99:.:.:769,0,866:. 1|0:68,49:117:99:.:.:982,0,1639:. 1|0:55,43:98:99:.:.:904,0,1348:. 1|0:130,17:147:10:.:.:10,0,3364:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,83:174:99:.:.:1700,0,2151:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,73:79:53:.:.:1833,53,0:. 0|1:53,167:220:99:.:.:3657,0,818:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,56:81:99:.:.:1240,0,513:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:59,65:124:99:.:.:1371,0,1320:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1796,208,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,39:75:99:.:.:794,0,826:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2141,234,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2221,250,0:. 1|0:67,47:114:99:.:.:943,0,1676:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,99:100:99:.:.:2758,271,0:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3462,382,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1387:. 1|1:0,192:192:99:.:.:5138,574,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1464,161,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2331,258,0:. 0|0:75,7:82:64:.:.:0,64,2028:. 0|1:84,66:150:99:.:.:1341,0,2139:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,4:7:90:.:.:90,0,91:. 0|1:76,102:178:99:.:.:2251,0,1676:. 0|1:85,62:147:99:.:.:1252,0,2093:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,64:89:99:.:.:1478,0,433:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,87:153:99:.:.:1926,0,1396:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1281:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:8,78:86:36:.:.:1938,36,0:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,110:159:99:.:.:2498,0,974:. 1|1:10,222:232:99:.:.:5829,439,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:628,69,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:16,152:168:57:.:.:3614,57,0:. 0|1:90,13:103:47:.:.:47,0,2374:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,84:92:35:.:.:2095,35,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:9,9:18:99:.:.:184,0,213:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1235:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,21:23:12:.:.:521,12,0:. 1|1:0,184:184:99:.:.:6277,553,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:3188,277,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:.:.:8332,719,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4991,439,0:. 0|1:32,175:207:99:.:.:5388,0,509:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1560,135,0:. 1|1:0,291:291:99:.:.:9838,875,0:. 1|1:1,207:208:99:.:.:7040,589,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4830,436,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:.:.:4382,385,0:. 0|1:41,150:191:99:.:.:4555,0,890:. 1|1:1,298:299:99:.:.:10124,868,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1578,135,0:. 0|0:95,7:102:55:.:.:0,55,3137:. 1|1:1,162:163:99:.:.:5549,454,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3541,315,0:. 1|1:0,203:205:99:.:.:6977,610,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,615:615:99:.:.:21048,1850,0:. 1|1:0,809:809:99:.:.:27490,2429,0:. 1|1:0,652:652:99:.:.:22234,1960,0:. 1|1:2,66:68:99:.:.:2202,130,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1099,96,0:. 1|1:2,110:112:99:.:.:3363,268,0:. 1|0:13,96:109:99:.:.:2923,0,114:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,427:428:99:.:.:13349,1244,0:. 1|1:1,142:143:99:.:.:4629,393,0:. 1|1:1,262:263:99:.:.:8341,754,0:. 1|1:0,299:299:99:.:.:9866,898,0:. 1|1:3,486:489:99:.:.:15287,1377,0:. 1|0:131,136:267:99:.:.:3680,0,4976:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:4077,370,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2578,234,0:. 1|1:1,453:454:99:.:.:14327,1322,0:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2678,212,0:. 1|1:1,276:277:99:.:.:9094,797,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8122,742,0:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8486,784,0:. 1|1:21,229:250:38:.:.:6902,38,0:. 1|1:0,268:268:99:.:.:8587,805,0:. 1|0:224,38:262:99:.:.:514,0,6818:. 1|0:41,210:251:99:.:.:6211,0,686:. 0|0:198,19:217:8:.:.:0,8,6115:. 1|1:6,359:365:99:.:.:10924,933,0:. 0|1:20,120:140:99:.:.:3465,0,232:. 1|1:20,386:406:99:.:.:11724,570,0:. 0|1:26,17:43:99:.:.:459,0,708:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7280,658,0:. 1|1:0,300:300:99:.:.:9841,901,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:6183,570,0:. 0|1:216,39:255:99:.:.:550,0,6650:. 0|1:88,188:276:99:.:.:5450,0,2259:. 0|1:140,28:168:99:.:.:422,0,3986:. 1|1:6,260:266:99:.:.:8471,581,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,71:75:89:.:.:2120,89,0:. 0|1:149,36:185:99:.:.:678,0,4566:. 1|0:64,13:77:99:.:.:145,0,1772:. 1|0:44,245:289:99:.:.:7340,0,647:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,85:204:99:0|1:529726_G_A:2127,0,3627:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:201,31:232:99:.:.:329,0,8213:. 1|1:4,280:284:99:.:.:8800,715,0:. 0|1:169,71:240:99:.:.:1598,0,5064:. 1|1:18,236:254:99:.:.:7238,213,0:. 1|0:68,132:200:99:.:.:3672,0,1637:. 1|1:18,213:231:63:.:.:6089,63,0:. 1|1:3,105:108:99:.:.:3335,217,0:. 1|0:111,73:184:99:.:.:1806,0,3231:. 1|0:4,39:43:13:.:.:1058,0,13:. 0|1:35,235:270:99:.:.:6835,0,326:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,21:234:0:.:.:0,0,6486:. 1|1:9,345:354:99:.:.:10539,752,0:. 1|0:32,83:115:99:.:.:2429,0,744:. 0|1:31,239:270:99:.:.:6891,0,274:. 0|0:231,21:252:92:.:.:0,92,7033:. 1|1:5,403:408:99:.:.:12624,1080,0:. 1|1:1,183:184:99:.:.:6069,515,0:. 1|0:189,235:424:99:.:.:6138,0,5061:. 0|0:606,0:606:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,521:521:99:.:.:17732,1565,0:. 1|0:60,42:102:99:.:.:1104,0,1723:. 1|1:1,441:442:99:.:.:14413,1289,0:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,212:245:99:.:.:6247,0,358:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,68:69:99:.:.:2287,177,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5789,526,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3557,327,0:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8702,784,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:529754_A_G:9607,686,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2520,228,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2260,207,0:. 1|1:0,242:242:99:.:.:8244,727,0:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6416,577,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:.:.:8553,776,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1865,171,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,7:69:36:.:.:36,0,2569:. 1|1:0,27:27:81:.:.:881,81,0:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,171:270:99:.:.:4934,0,2553:. 0|1:62,241:303:99:.:.:7087,0,1229:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,230:274:99:.:.:6928,0,711:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:182,72:254:99:.:.:1641,0,5534:. 0|1:28,198:226:99:.:.:6006,0,308:. 1|0:188,28:216:99:.:.:232,0,5983:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:325,217:542:99:.:.:5753,0,9788:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,137:197:99:.:.:3934,0,1500:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1615,144,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529785 . A T 556177 PASS FS=0;MQ=62.49;QD=24.72;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K893N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaA/aaT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.693;VQSLOD=7.51;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=102.8;GQ_STDDEV=23.28;HRun=3;InbreedingCoeff=-0.0103;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.99;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14719269;AF=0.022;AS_InbreedingCoeff=0.6032;MLEAC=115;MLEAF=0.022;AN=858;AC=26 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1539:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1341:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1090:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1089:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,627:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1282:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1285:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1622:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:16,37:53:99:.:.:953,0,343:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,32:65:99:.:.:771,0,1008:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,51:77:99:.:.:1308,0,645:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,118:134:99:.:.:3133,0,140:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1181:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,15:84:99:.:.:186,0,1918:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1354:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:1|1:529785_A_T:7003,485,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,149:163:99:0|1:529785_A_T:6140,0,172:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,47:152:99:.:.:976,0,3250:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:175,49:224:99:.:.:733,0,4593:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:29,151:180:99:0|1:529785_A_T:6207,0,755:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,193:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,11:144:99:.:.:0,106,3997:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:529785_A_T:3633,250,0:. 0|1:48,190:238:99:.:.:4917,0,1287:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:1|1:529785_A_T:5091,349,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,71:80:99:.:.:1867,0,139:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1387:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1281:. 0|0:33,0:33:42:.:.:0,42,630:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1269:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1235:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:779,0:779:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:609,0:609:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:45:.:.:0,45,675:. 1|1:3,107:110:99:.:.:4158,195,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,486:488:99:1|1:529785_A_T:21727,1399,0:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,75:77:99:1|1:529785_A_T:3401,151,0:. 0|0:262,19:281:27:0|1:529785_A_T:0,27,10821:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,186:250:99:.:.:5593,0,1831:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:377,0:377:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,7:36:99:.:.:142,0,1184:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1295:. 0|1:55,207:262:99:.:.:6353,0,1520:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:606,0:606:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1469:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529792 . A C 1.60227e+07 PASS FS=0;MQ=60.25;QD=31;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N896H;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aac/Cac;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.647;VQSLOD=9.49;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.988;GC=19.05;GQ_MEAN=155.64;GQ_STDDEV=184.24;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6916;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.448;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14968903;AF=0.462;AS_InbreedingCoeff=0.3927;MLEAC=2437;MLEAF=0.464;AN=858;AC=391 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,40:40:99:1|1:529792_A_C:1865,132,0:. 1|1:1,61:62:99:1|1:529792_A_C:2737,148,0:. 1|1:1,63:64:99:1|1:529792_A_C:2754,154,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,42:53:99:0|1:529792_A_C:1705,0,333:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,55:55:99:1|1:529792_A_C:2451,168,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,70:70:99:1|1:529792_A_C:3086,213,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:40,6:46:99:0|1:529792_A_C:132,0,1609:. 1|1:0,49:49:99:1|1:529792_A_C:2173,156,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1090:. 0|1:21,20:41:99:0|1:529792_A_C:719,0,870:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,19:19:60:1|1:529792_A_C:881,60,0:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,19:19:60:1|1:529792_A_C:876,60,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,34:34:99:1|1:529792_A_C:1587,108,0:. 0|1:63,6:69:47:0|1:529792_A_C:47,0,2629:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,186:186:99:1|1:529792_A_C:8449,578,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:1|1:529792_A_C:1833,126,0:. 0|1:95,24:119:99:0|1:529792_A_C:722,0,3886:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:529792_A_C:3301,226,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,93:100:34:0|1:529792_A_C:3788,0,34:. 0|1:47,5:52:56:0|1:529792_A_C:56,0,2095:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:529792_A_C:2692,187,0:. 0|1:31,112:143:99:0|1:529792_A_C:4670,0,975:. 1|1:2,98:100:99:1|1:529792_A_C:4373,252,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,53:54:99:1|1:529792_A_C:2347,124,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,105:121:99:0|1:529792_A_C:4319,0,336:. 1|0:33,90:123:99:0|1:529792_A_C:3633,0,1076:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,3017:. 0|1:68,14:82:99:0|1:529792_A_C:367,0,2789:. 1|1:1,41:42:90:1|1:529792_A_C:1826,90,0:. 0|1:106,19:125:99:0|1:529792_A_C:516,0,5556:. 1|0:16,45:61:99:0|1:529792_A_C:1838,0,561:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,7:20:99:0|1:529792_A_C:245,0,525:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:215,55:270:99:0|1:529792_A_C:1632,0,8878:. 1|1:0,137:137:99:1|1:529792_A_C:6044,412,0:. 0|1:57,8:65:99:0|1:529792_A_C:159,0,2359:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:529792_A_C:3384,232,0:. 1|0:7,68:75:99:0|1:529792_A_C:2909,0,104:. 1|0:48,36:84:99:0|1:529792_A_C:1338,0,1855:. 0|1:70,81:151:99:0|1:529792_A_C:3175,0,2666:. 1|1:3,123:126:99:1|1:529792_A_C:5592,265,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:529792_A_C:5975,406,0:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:1|1:529792_A_C:1895,134,0:. 1|0:35,71:106:99:0|1:529792_A_C:2957,0,1234:. 1|0:120,25:145:99:0|1:529792_A_C:767,0,4948:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:1|1:529792_A_C:2508,172,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,30:54:99:0|1:529792_A_C:1184,0,914:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,58:92:99:0|1:529792_A_C:2371,0,1236:. 1|1:2,107:109:99:1|1:529792_A_C:4834,253,0:. 1|1:0,68:68:99:1|1:529792_A_C:3001,210,0:. 0|1:136,66:202:99:0|1:529792_A_C:2386,0,5562:. 1|1:4,78:82:81:1|1:529792_A_C:3406,81,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:529792_A_C:4370,295,0:. 1|0:41,14:55:99:0|1:529792_A_C:456,0,1628:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,25:53:99:0|1:529792_A_C:927,0,1085:. 0|1:99,18:117:99:0|1:529792_A_C:438,0,4129:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:1|1:529785_A_T:7110,488,0:. 0|1:80,98:178:99:0|1:529792_A_C:3816,0,3110:. 0|1:13,53:66:99:0|1:529792_A_C:2197,0,362:. 1|1:8,150:158:99:1|1:529792_A_C:6424,149,0:. 1|1:0,129:129:99:1|1:529792_A_C:5727,391,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,15:147:99:0|1:529792_A_C:274,0,5303:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:18,128:146:99:0|1:529792_A_C:5220,0,361:. 0|1:70,15:85:99:0|1:529792_A_C:378,0,2857:. 0|1:23,37:60:99:0|1:529792_A_C:1377,0,819:. 0|1:15,149:164:99:0|1:529785_A_T:6378,0,160:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:202,16:218:55:0|1:529792_A_C:55,0,8461:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:1|1:529792_A_C:7703,530,0:. 0|1:111,12:123:99:0|1:529792_A_C:153,0,4556:. 1|0:103,21:124:99:0|1:529792_A_C:560,0,4369:. 1|0:120,16:136:99:0|1:529666_A_C:316,0,5021:. 1|1:12,215:227:99:1|1:529792_A_C:8996,155,0:. 0|1:79,79:158:99:0|1:529792_A_C:3031,0,3115:. 1|1:4,182:186:99:1|1:529792_A_C:7757,360,0:. 0|1:35,154:189:99:0|1:529792_A_C:6296,0,1000:. 1|1:0,188:188:99:1|1:529792_A_C:8366,569,0:. 1|0:51,134:185:99:0|1:529792_A_C:5317,0,1752:. 1|1:0,210:210:99:1|1:529792_A_C:9417,644,0:. 1|0:133,55:188:99:0|1:529792_A_C:1898,0,5365:. 1|1:0,231:231:99:1|1:529792_A_C:10099,704,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,255:255:99:1|1:529792_A_C:11560,788,0:. 1|0:79,61:140:99:0|1:529792_A_C:2263,0,3140:. 0|1:147,101:248:99:0|1:529792_A_C:3789,0,5757:. 1|0:33,117:150:99:0|1:529792_A_C:4911,0,1010:. 1|1:2,184:186:99:1|1:529792_A_C:8225,519,0:. 1|1:0,219:219:99:1|1:529792_A_C:9892,677,0:. 0|0:130,8:138:34:0|1:529792_A_C:0,34,5454:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,51:163:99:0|1:529792_A_C:1792,0,4626:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,60:127:99:0|1:529792_A_C:2296,0,2617:. 1|0:49,89:138:99:0|1:529792_A_C:3503,0,1730:. 0|1:26,84:110:99:0|1:529792_A_C:3480,0,813:. 1|1:0,179:179:99:1|1:529792_A_C:7969,551,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:28,150:178:99:0|1:529785_A_T:6370,0,706:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,36:135:99:0|1:529792_A_C:1201,0,4272:. 0|1:52,118:170:99:0|1:529792_A_C:4830,0,1794:. 0|1:60,169:229:99:0|1:529792_A_C:6794,0,2030:. 1|1:0,206:206:99:1|1:529792_A_C:9225,638,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:1|1:529792_A_C:7740,527,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:529792_A_C:8968,617,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,67:202:99:0|1:529792_A_C:2358,0,5378:. 1|1:0,209:209:99:1|1:529792_A_C:9280,641,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:529792_A_C:5303,358,0:. 1|1:7,106:113:43:1|1:529792_A_C:4389,43,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,83:83:99:1|1:529792_A_C:3720,253,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,23:73:99:0|1:529792_A_C:809,0,2037:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:1|1:529792_A_C:7525,511,0:. 1|0:34,48:82:99:0|1:529792_A_C:1893,0,1465:. 1|1:0,224:224:99:1|1:529792_A_C:9983,677,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:529792_A_C:6210,430,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:529792_A_C:5977,406,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,89:144:99:0|1:529792_A_C:3478,0,1971:. 0|0:95,6:101:77:0|1:529792_A_C:0,77,4081:. 1|1:5,159:164:99:1|1:529792_A_C:6870,282,0:. 0|1:107,73:180:99:0|1:529792_A_C:2716,0,4227:. 1|0:126,64:190:99:0|1:529792_A_C:2300,0,5079:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,193:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,164:166:99:1|1:529792_A_C:7159,404,0:. 1|1:1,99:100:99:1|1:529792_A_C:4494,256,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,74:134:99:0|1:529792_A_C:2910,0,2258:. 0|1:74,89:163:99:0|1:529690_T_C:3463,0,2843:. 1|1:6,92:98:34:1|1:529792_A_C:3842,34,0:. 1|0:37,108:145:99:0|1:529792_A_C:4466,0,1173:. 1|1:1,132:133:99:1|1:529792_A_C:5889,364,0:. 1|0:63,29:92:99:0|1:529792_A_C:1024,0,2549:. 1|0:17,43:60:99:0|1:529792_A_C:1753,0,606:. 1|0:78,50:128:99:0|1:529792_A_C:1819,0,3123:. 0|1:21,112:133:99:0|1:529792_A_C:4744,0,551:. 0|1:145,27:172:99:0|1:529792_A_C:699,0,5991:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,256:256:99:1|1:529792_A_C:11538,789,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,141:155:99:0|1:529792_A_C:5848,0,155:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:1|1:529792_A_C:9744,665,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,115:116:99:1|1:529792_A_C:5004,309,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:529792_A_C:2468,172,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:529785_A_T:3762,259,0:. 0|1:42,186:228:99:0|1:529792_A_C:8022,0,1159:. 0|1:95,43:138:99:0|1:529792_A_C:1467,0,3923:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:1|1:529785_A_T:5272,358,0:. 1|0:87,45:132:99:0|1:529792_A_C:1645,0,3463:. 0|1:7,87:94:29:0|1:529792_A_C:3530,0,29:. 0|1:63,19:82:99:0|1:529792_A_C:601,0,2530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:18,58:76:99:0|1:529792_A_C:2400,0,551:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,60:102:99:0|1:529792_A_C:2390,0,1586:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:529792_A_C:9486,644,0:. 0|1:109,90:199:99:0|1:529792_A_C:3469,0,4296:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,74:81:65:0|1:529792_A_C:3118,0,65:. 0|0:225,14:239:98:0|1:529792_A_C:0,98,9585:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,76:86:99:0|1:529792_A_C:3114,0,179:. 1|1:0,63:63:99:1|1:529792_A_C:2878,199,0:. 1|0:51,6:57:99:0|1:529792_A_C:124,0,2075:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,75:75:99:1|1:529792_A_C:3302,226,0:. 0|1:36,34:70:99:0|1:529792_A_C:1282,0,1377:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,87:87:99:1|1:529792_A_C:3906,268,0:. 1|0:45,84:129:99:0|1:529792_A_C:3322,0,1604:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:42:.:.:0,42,2394:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1387:. 1|1:0,191:191:99:1|1:529792_A_C:8570,590,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,92:111:99:0|1:529792_A_C:3783,0,515:. 1|1:0,102:102:99:1|1:529792_A_C:4518,310,0:. 1|1:0,91:91:99:1|1:529792_A_C:4037,277,0:. 1|0:9,69:78:99:0|1:529792_A_C:2863,0,167:. 1|0:93,68:161:99:0|1:529792_A_C:2588,0,3767:. 1|1:0,90:90:99:1|1:529792_A_C:4045,280,0:. 1|0:4,2:6:72:0|1:529792_A_C:72,0,162:. 0|1:159,32:191:99:0|1:529792_A_C:851,0,6512:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,62:149:99:0|1:529792_A_C:2307,0,3508:. 0|1:31,64:95:99:0|1:529792_A_C:2606,0,1106:. 1|1:1,137:138:99:1|1:529792_A_C:6144,369,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:7,45:52:99:0|1:529792_A_C:1817,0,183:. 0|0:27,0:27:36:.:.:0,36,540:. 1|0:72,7:79:68:0|1:529792_A_C:68,0,3005:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,220:227:99:1|1:529792_A_C:9561,388,0:. 0|0:24,0:24:43:.:.:0,43,671:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1269:. 0|1:37,141:178:99:0|1:529792_A_C:5835,0,1138:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,83:96:99:0|1:529792_A_C:3376,0,296:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:12,4:16:99:0|1:529792_A_C:132,0,468:. 1|1:0,63:63:99:1|1:529792_A_C:2826,198,0:. 1|1:0,56:56:99:1|1:529792_A_C:2415,168,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,21:22:21:1|1:529792_A_C:864,21,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:5,178:183:99:1|1:529792_A_C:7807,335,0:. 1|1:0,185:185:99:1|1:529792_A_C:8363,569,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:529792_A_C:9632,653,0:. 0|1:116,108:224:99:0|1:529792_A_C:4264,0,4496:. 1|1:0,249:249:99:1|1:529792_A_C:11305,771,0:. 1|1:0,140:140:99:1|1:529792_A_C:6347,430,0:. 1|0:180,15:195:76:0|1:529792_A_C:76,0,7511:. 1|1:0,192:192:99:1|1:529792_A_C:8626,584,0:. 1|1:0,191:191:99:1|1:529792_A_C:8584,587,0:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,276:276:99:1|1:529792_A_C:12473,846,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:529792_A_C:9023,617,0:. 1|1:0,208:208:99:1|1:529792_A_C:9452,644,0:. 1|1:1,246:247:99:1|1:529792_A_C:11010,708,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:1|1:529792_A_C:10490,710,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,13:129:99:0|1:529792_A_C:191,0,4811:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:529792_A_C:5454,367,0:. 1|0:133,43:176:99:0|1:529792_A_C:1461,0,5359:. 1|1:0,282:282:99:1|1:529792_A_C:12745,864,0:. 1|0:50,151:201:99:0|1:529792_A_C:6179,0,1662:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:1|1:529792_A_C:2003,138,0:. 0|1:105,15:120:99:0|1:529792_A_C:394,0,4370:. 1|1:1,143:144:99:1|1:529792_A_C:6466,397,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:529792_A_C:4168,283,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,207:207:99:1|1:529792_A_C:9464,647,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:529792_A_C:8970,611,0:. 0|0:518,0:518:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:779,0:779:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,619:619:99:1|1:529792_A_C:28057,1908,0:. 0|0:47,0:47:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:33:.:.:0,33,495:. 1|1:2,105:107:99:1|1:529792_A_C:4695,246,0:. 1|0:11,106:117:99:0|1:529792_A_C:4366,0,165:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,144:160:99:0|1:529792_A_C:6078,0,226:. 1|1:0,233:233:99:1|1:529792_A_C:10606,716,0:. 1|1:0,264:264:99:1|1:529792_A_C:11928,818,0:. 1|1:2,482:484:99:1|1:529785_A_T:21861,1399,0:. 1|0:131,132:263:99:0|1:529792_A_C:5284,0,5086:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,415:416:99:1|1:529792_A_C:18452,1221,0:. 1|1:2,77:79:99:1|1:529785_A_T:3446,154,0:. 1|0:256,20:276:9:0|1:529785_A_T:9,0,11076:. 0|1:57,167:224:99:0|1:529792_A_C:6861,0,1867:. 1|1:0,234:234:99:1|1:529792_A_C:10602,716,0:. 1|1:0,258:258:99:1|1:529792_A_C:11726,792,0:. 1|1:17,233:250:21:1|1:529792_A_C:10095,21,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:529792_A_C:11185,768,0:. 0|1:40,211:251:99:0|1:529792_A_C:8663,0,1165:. 0|1:231,20:251:99:0|1:529792_A_C:117,0,9706:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:377,0:377:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,16:141:99:0|1:529792_A_C:293,0,5202:. 1|1:2,412:414:99:1|1:529792_A_C:18422,1188,0:. 0|1:26,12:38:99:0|1:529792_A_C:415,0,1036:. 1|1:5,286:291:99:1|1:529792_A_C:12575,660,0:. 1|1:8,312:320:99:1|1:529792_A_C:13714,618,0:. 1|1:0,224:224:99:1|1:529792_A_C:10156,689,0:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,165:251:99:0|1:529792_A_C:6614,0,3130:. 0|1:137,28:165:99:0|1:529792_A_C:755,0,5607:. 1|1:10,263:273:99:1|1:529792_A_C:11270,388,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:129,25:154:99:0|1:529792_A_C:726,0,5342:. 1|0:56,9:65:99:0|1:529792_A_C:209,0,2283:. 0|1:232,36:268:99:0|1:529792_A_C:831,0,9648:. 1|1:0,432:432:99:1|1:529792_A_C:19232,1324,0:. 1|0:52,141:193:99:0|1:529726_G_A:4702,0,1756:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:154,66:220:99:0|1:529792_A_C:2251,0,6276:. 1|1:11,221:232:99:1|1:529792_A_C:9415,236,0:. 1|1:2,175:177:99:1|1:529792_A_C:7700,455,0:. 1|0:125,83:208:99:0|1:529792_A_C:3099,0,4930:. 1|0:89,22:111:99:0|1:529792_A_C:635,0,3683:. 0|1:71,121:192:99:0|1:529792_A_C:4982,0,2641:. 0|1:4,35:39:63:0|1:529792_A_C:1438,0,63:. 0|1:43,219:262:99:0|1:529792_A_C:9299,0,1114:. 1|1:5,449:454:99:1|1:529792_A_C:19521,1144,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:221,21:242:99:0|1:529792_A_C:256,0,9243:. 1|1:20,306:326:99:1|1:529792_A_C:12763,113,0:. 0|1:37,72:109:99:0|1:529792_A_C:2871,0,1305:. 1|0:19,240:259:89:0|1:529792_A_C:10053,0,89:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,414:432:99:1|1:529792_A_C:17619,524,0:. 1|1:23,587:610:99:1|1:529792_A_C:25365,750,0:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,57:97:99:0|1:529792_A_C:2232,0,1512:. 1|1:0,433:433:99:1|1:529792_A_C:19512,1327,0:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,474:476:99:1|1:529792_A_C:20980,1360,0:. 0|0:61,0:61:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:529792_A_C:8863,605,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:529754_A_G:9861,665,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:529792_A_C:9348,632,0:. 1|1:0,173:173:99:1|1:529792_A_C:7824,530,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,228:239:99:1|1:529792_A_C:9849,248,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:529792_A_C:6239,421,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,6:61:81:.:.:81,0,2269:. 1|1:0,29:29:87:1|1:529792_A_C:1289,87,0:. 1|1:0,309:309:99:1|1:529792_A_C:14014,951,0:. 0|1:136,123:259:99:0|1:529792_A_C:4779,0,5311:. 1|0:112,169:281:99:0|1:529792_A_C:6834,0,4171:. 1|1:0,24:24:72:1|1:529792_A_C:1080,72,0:. 1|1:0,200:200:99:1|1:529792_A_C:9142,620,0:. 1|0:50,223:273:99:0|1:529792_A_C:9324,0,1376:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:32,178:210:99:0|1:529792_A_C:7440,0,780:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,268:268:99:1|1:529792_A_C:12155,827,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,19:64:99:0|1:529792_A_C:651,0,1832:. 1|0:172,143:315:99:0|1:529792_A_C:5474,0,6887:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:1|1:529792_A_C:7450,509,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1469:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529794 . C A 1.60489e+07 PASS FS=0;MQ=60.26;QD=30.4;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N896K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaC/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.644;VQSLOD=9.68;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.988;GC=23.81;GQ_MEAN=154.69;GQ_STDDEV=184.46;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6947;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.714;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14962207;AF=0.462;AS_InbreedingCoeff=0.3927;MLEAC=2429;MLEAF=0.463;AN=858;AC=389 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,42:42:99:1|1:529792_A_C:1865,132,0:. 1|1:1,63:64:99:1|1:529792_A_C:2737,148,0:. 1|1:1,62:63:99:1|1:529792_A_C:2754,154,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,42:53:99:0|1:529792_A_C:1705,0,333:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,56:56:99:1|1:529792_A_C:2451,168,0:. 0|0:86,0:86:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,70:70:99:1|1:529792_A_C:3086,213,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:37,6:43:99:0|1:529792_A_C:129,0,1630:. 1|1:0,48:48:99:1|1:529792_A_C:2173,156,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1090:. 0|1:23,18:41:99:0|1:529792_A_C:719,0,870:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,698:. 1|1:0,20:20:60:1|1:529792_A_C:881,60,0:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,20:20:60:1|1:529792_A_C:876,60,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,36:36:99:1|1:529792_A_C:1587,108,0:. 0|1:64,6:70:50:0|1:529792_A_C:50,0,2599:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,189:189:99:1|1:529792_A_C:8449,578,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:1|1:529792_A_C:1833,126,0:. 0|1:93,24:117:99:0|1:529792_A_C:719,0,3913:. 0|0:21,0:21:25:.:.:0,25,468:. 0|0:9,0:9:6:.:.:0,6,199:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:529792_A_C:3301,226,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,93:101:61:0|1:529792_A_C:3785,0,61:. 0|1:51,5:56:56:0|1:529792_A_C:56,0,2095:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:1|1:529792_A_C:2692,187,0:. 0|1:32,116:148:99:0|1:529792_A_C:4670,0,975:. 1|1:1,99:100:99:1|1:529792_A_C:4373,252,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,53:54:99:1|1:529792_A_C:2318,121,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,103:118:99:0|1:529792_A_C:4319,0,336:. 1|0:33,91:124:99:0|1:529792_A_C:3633,0,1076:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:63:.:.:0,63,2631:. 0|1:67,13:80:99:0|1:529792_A_C:367,0,2789:. 1|1:1,43:44:90:1|1:529792_A_C:1826,90,0:. 0|1:104,21:125:99:0|1:529792_A_C:516,0,5556:. 1|0:16,45:61:99:0|1:529792_A_C:1838,0,561:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,7:20:99:0|1:529792_A_C:245,0,525:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:217,55:272:99:0|1:529792_A_C:1632,0,8878:. 1|1:0,135:135:99:1|1:529792_A_C:6044,412,0:. 0|1:57,8:65:99:0|1:529792_A_C:159,0,2359:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:529792_A_C:3384,232,0:. 1|0:8,69:77:99:0|1:529792_A_C:2881,0,107:. 1|0:49,36:85:99:0|1:529792_A_C:1338,0,1855:. 0|1:70,81:151:99:0|1:529792_A_C:3175,0,2666:. 1|1:3,127:130:99:1|1:529792_A_C:5528,259,0:. 1|1:0,132:132:99:1|1:529792_A_C:5975,406,0:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:529792_A_C:1895,134,0:. 1|0:35,75:110:99:0|1:529792_A_C:2957,0,1234:. 1|0:118,29:147:99:0|1:529792_A_C:761,0,4996:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:529792_A_C:2508,172,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,31:55:99:0|1:529792_A_C:1184,0,914:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,59:93:99:0|1:529792_A_C:2371,0,1236:. 1|1:2,111:113:99:1|1:529792_A_C:4834,253,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:529792_A_C:3001,210,0:. 0|1:137,67:204:99:0|1:529792_A_C:2374,0,5672:. 1|1:4,82:86:54:1|1:529792_A_C:3375,54,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:1|1:529792_A_C:4370,295,0:. 1|0:40,14:54:99:0|1:529792_A_C:456,0,1628:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,25:53:99:0|1:529792_A_C:927,0,1085:. 0|1:99,17:116:99:0|1:529792_A_C:435,0,4159:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:1|1:529785_A_T:6968,473,0:. 0|1:79,97:176:99:0|1:529792_A_C:3810,0,3167:. 0|1:13,53:66:99:0|1:529792_A_C:2197,0,362:. 1|1:7,152:159:99:1|1:529792_A_C:6424,149,0:. 1|1:0,129:129:99:1|1:529792_A_C:5727,391,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,17:145:99:0|1:529792_A_C:274,0,5303:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:18,127:145:99:0|1:529792_A_C:5220,0,361:. 0|1:70,13:83:99:0|1:529792_A_C:378,0,2857:. 0|1:23,36:59:99:0|1:529792_A_C:1377,0,819:. 0|1:15,149:164:99:0|1:529785_A_T:6299,0,169:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:200,16:216:43:0|1:529792_A_C:43,0,8629:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:1|1:529792_A_C:7703,530,0:. 0|1:107,11:118:99:0|1:529792_A_C:150,0,4586:. 1|0:107,21:128:99:0|1:529792_A_C:560,0,4369:. 1|0:117,16:133:99:0|1:529666_A_C:297,0,4995:. 1|1:12,213:225:99:1|1:529792_A_C:8964,125,0:. 0|1:80,80:160:99:0|1:529792_A_C:3031,0,3115:. 1|1:5,180:185:99:1|1:529792_A_C:7757,360,0:. 0|1:35,151:186:99:0|1:529792_A_C:6296,0,1000:. 1|1:0,186:186:99:1|1:529792_A_C:8366,569,0:. 1|0:52,132:184:99:0|1:529792_A_C:5317,0,1752:. 1|1:0,212:212:99:1|1:529792_A_C:9417,644,0:. 1|0:131,57:188:99:0|1:529792_A_C:1898,0,5365:. 1|1:0,224:224:99:1|1:529792_A_C:10099,704,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,261:261:99:1|1:529792_A_C:11560,788,0:. 1|0:80,61:141:99:0|1:529792_A_C:2263,0,3140:. 0|1:146,104:250:99:0|1:529792_A_C:3789,0,5757:. 1|0:32,122:154:99:0|1:529792_A_C:4911,0,1010:. 1|1:1,187:188:99:1|1:529792_A_C:8225,519,0:. 1|1:0,224:224:99:1|1:529792_A_C:9892,677,0:. 0|0:128,9:137:37:0|1:529792_A_C:0,37,5486:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,52:167:99:0|1:529792_A_C:1783,0,4707:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,61:127:99:0|1:529792_A_C:2293,0,2638:. 1|0:46,87:133:99:0|1:529792_A_C:3503,0,1730:. 0|1:26,87:113:99:0|1:529792_A_C:3480,0,813:. 1|1:0,179:179:99:1|1:529792_A_C:7969,551,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:27,149:176:99:0|1:529785_A_T:6260,0,718:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,36:135:99:0|1:529792_A_C:1201,0,4272:. 0|1:51,121:172:99:0|1:529792_A_C:4830,0,1794:. 0|1:59,168:227:99:0|1:529792_A_C:6791,0,2056:. 1|1:0,206:206:99:1|1:529792_A_C:9225,638,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:1|1:529792_A_C:7740,527,0:. 1|1:0,201:201:99:1|1:529792_A_C:8968,617,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:132,67:199:99:0|1:529792_A_C:2358,0,5378:. 1|1:0,206:206:99:1|1:529792_A_C:9280,641,0:. 1|1:0,118:118:99:1|1:529792_A_C:5303,358,0:. 1|1:6,105:111:43:1|1:529792_A_C:4389,43,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,83:83:99:1|1:529792_A_C:3720,253,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,23:74:99:0|1:529792_A_C:809,0,2037:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:1|1:529792_A_C:7555,514,0:. 1|0:31,47:78:99:0|1:529792_A_C:1893,0,1465:. 1|1:0,220:220:99:1|1:529792_A_C:9983,677,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:1|1:529792_A_C:6210,430,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:529792_A_C:5977,406,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,87:141:99:0|1:529792_A_C:3478,0,1971:. 0|0:96,6:102:80:0|1:529792_A_C:0,80,4112:. 1|1:5,159:164:99:1|1:529792_A_C:6870,282,0:. 0|1:106,72:178:99:0|1:529792_A_C:2716,0,4227:. 1|0:126,64:190:99:0|1:529792_A_C:2300,0,5079:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,193:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,160:162:99:1|1:529792_A_C:7159,404,0:. 1|1:1,104:105:99:1|1:529792_A_C:4494,256,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,74:132:99:0|1:529792_A_C:2907,0,2286:. 0|1:75,88:163:99:0|1:529690_T_C:3463,0,2843:. 1|1:6,92:98:34:1|1:529792_A_C:3842,34,0:. 1|0:36,111:147:99:0|1:529792_A_C:4466,0,1173:. 1|1:1,131:132:99:1|1:529792_A_C:5889,364,0:. 1|0:64,29:93:99:0|1:529792_A_C:1024,0,2549:. 1|0:18,44:62:99:0|1:529792_A_C:1753,0,606:. 1|0:79,49:128:99:0|1:529792_A_C:1819,0,3123:. 0|1:22,116:138:99:0|1:529792_A_C:4741,0,576:. 0|1:144,28:172:99:0|1:529792_A_C:699,0,5991:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,257:257:99:1|1:529792_A_C:11538,789,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,144:158:99:0|1:529792_A_C:5848,0,155:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:1|1:529792_A_C:9744,665,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,110:111:99:1|1:529792_A_C:5004,309,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:529792_A_C:2468,172,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:529785_A_T:3762,259,0:. 0|1:42,186:228:99:0|1:529792_A_C:7746,0,1216:. 0|1:96,41:137:99:0|1:529792_A_C:1464,0,3950:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:1|1:529785_A_T:5212,352,0:. 1|0:85,46:131:99:0|1:529792_A_C:1639,0,3520:. 0|1:7,84:91:29:0|1:529792_A_C:3530,0,29:. 0|1:61,19:80:99:0|1:529792_A_C:601,0,2530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:17,59:76:99:0|1:529792_A_C:2400,0,551:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,60:101:99:0|1:529792_A_C:2390,0,1586:. 0|0:147,0:147:91:.:.:0,91,3391:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:529792_A_C:9486,644,0:. 0|1:112,92:204:99:0|1:529792_A_C:3469,0,4296:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,72:79:71:0|1:529792_A_C:3062,0,71:. 0|0:226,14:240:99:0|1:529792_A_C:0,101,9615:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,78:88:99:0|1:529792_A_C:3114,0,179:. 1|1:0,64:64:99:1|1:529792_A_C:2878,199,0:. 1|0:50,7:57:99:0|1:529792_A_C:124,0,2075:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,72:72:99:1|1:529792_A_C:3302,226,0:. 0|1:35,34:69:99:0|1:529792_A_C:1282,0,1377:. 0|0:84,0:84:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,87:87:99:1|1:529792_A_C:3906,268,0:. 1|0:44,82:126:99:0|1:529792_A_C:3322,0,1604:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:18:.:.:0,18,2112:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1387:. 1|1:0,192:192:99:1|1:529792_A_C:8570,590,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,92:111:99:0|1:529792_A_C:3783,0,515:. 1|1:0,101:101:99:1|1:529792_A_C:4518,310,0:. 1|1:0,89:89:99:1|1:529792_A_C:4037,277,0:. 1|0:9,69:78:99:0|1:529792_A_C:2863,0,167:. 1|0:95,69:164:99:0|1:529792_A_C:2585,0,3795:. 1|1:0,90:90:99:1|1:529792_A_C:4045,280,0:. 1|0:4,2:6:72:0|1:529792_A_C:72,0,162:. 0|1:157,31:188:99:0|1:529792_A_C:851,0,6512:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,61:149:99:0|1:529792_A_C:2307,0,3508:. 0|1:31,65:96:99:0|1:529792_A_C:2606,0,1106:. 1|1:1,140:141:99:1|1:529792_A_C:6144,369,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:8,44:52:99:0|1:529792_A_C:1817,0,183:. 0|0:27,0:27:36:.:.:0,36,540:. 1|0:73,7:80:68:0|1:529792_A_C:68,0,3005:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,223:230:99:1|1:529792_A_C:9561,388,0:. 0|0:25,0:25:45:.:.:0,45,637:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1269:. 0|1:37,145:182:99:0|1:529792_A_C:5835,0,1138:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,80:93:99:0|1:529792_A_C:3376,0,296:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:11,4:15:99:0|1:529792_A_C:132,0,468:. 1|1:0,63:63:99:1|1:529792_A_C:2826,198,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:529792_A_C:2415,168,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,20:21:21:1|1:529792_A_C:864,21,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:5,177:182:99:1|1:529792_A_C:7807,335,0:. 1|1:0,187:187:99:1|1:529792_A_C:8363,569,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:529792_A_C:9632,653,0:. 0|1:113,108:221:99:0|1:529792_A_C:4264,0,4496:. 1|1:0,249:249:99:1|1:529792_A_C:11305,771,0:. 1|1:0,140:140:99:1|1:529792_A_C:6347,430,0:. 1|0:180,15:195:76:0|1:529792_A_C:76,0,7511:. 1|1:0,189:189:99:1|1:529792_A_C:8626,584,0:. 1|1:0,184:184:99:1|1:529792_A_C:8584,587,0:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,274:274:99:1|1:529792_A_C:12473,846,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:529792_A_C:9023,617,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:529792_A_C:9452,644,0:. 1|1:1,241:242:99:1|1:529792_A_C:11010,708,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:1|1:529792_A_C:10490,710,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,13:125:99:0|1:529792_A_C:191,0,4811:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:529792_A_C:5454,367,0:. 1|0:128,45:173:99:0|1:529792_A_C:1461,0,5359:. 1|1:0,282:282:99:1|1:529792_A_C:12745,864,0:. 1|0:49,149:198:99:0|1:529792_A_C:6179,0,1662:. 0|0:86,0:86:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:529792_A_C:2003,138,0:. 0|1:104,18:122:99:0|1:529792_A_C:394,0,4370:. 1|1:1,145:146:99:1|1:529792_A_C:6466,397,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:529792_A_C:4168,283,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,209:209:99:1|1:529792_A_C:9464,647,0:. 1|1:0,196:196:99:1|1:529792_A_C:8970,611,0:. 0|0:518,0:518:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:779,0:779:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,615:615:99:1|1:529792_A_C:28024,1905,0:. 0|0:47,0:47:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:33:.:.:0,33,495:. 1|1:2,105:107:99:1|1:529792_A_C:4642,238,0:. 1|0:12,103:115:99:0|1:529792_A_C:4366,0,165:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,147:163:99:0|1:529792_A_C:6078,0,226:. 1|1:0,236:236:99:1|1:529792_A_C:10606,716,0:. 1|1:0,264:264:99:1|1:529792_A_C:11928,818,0:. 1|1:2,482:484:99:1|1:529785_A_T:21746,1388,0:. 1|0:131,136:267:99:0|1:529792_A_C:5284,0,5086:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,414:415:99:1|1:529792_A_C:18452,1221,0:. 1|1:2,75:77:99:1|1:529785_A_T:3375,148,0:. 0|0:254,20:274:0:0|1:529785_A_T:0,0,11182:. 0|1:56,168:224:99:0|1:529792_A_C:6861,0,1867:. 1|1:0,233:233:99:1|1:529792_A_C:10747,728,0:. 1|1:0,257:257:99:1|1:529792_A_C:11896,807,0:. 1|1:17,237:254:3:1|1:529792_A_C:9895,3,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:529792_A_C:11185,768,0:. 0|1:43,208:251:99:0|1:529792_A_C:8705,0,1161:. 0|1:228,19:247:99:0|1:529792_A_C:105,0,9839:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:377,0:377:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:124,16:140:99:0|1:529792_A_C:284,0,5300:. 1|1:2,416:418:99:1|1:529792_A_C:18432,1190,0:. 0|1:25,11:36:99:0|1:529792_A_C:415,0,1036:. 1|1:5,281:286:99:1|1:529792_A_C:12575,660,0:. 1|1:8,313:321:99:1|1:529792_A_C:13714,618,0:. 1|1:0,225:225:99:1|1:529792_A_C:10156,689,0:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,162:248:99:0|1:529792_A_C:6614,0,3130:. 0|1:137,28:165:99:0|1:529792_A_C:755,0,5607:. 1|1:10,255:265:99:1|1:529792_A_C:11270,388,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:130,28:158:99:0|1:529792_A_C:726,0,5342:. 1|0:54,9:63:99:0|1:529792_A_C:209,0,2283:. 0|1:232,37:269:99:0|1:529792_A_C:831,0,9648:. 1|1:0,437:437:99:1|1:529792_A_C:19232,1324,0:. 1|0:51,140:192:99:.:.:5760,0,1728:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,65:221:99:0|1:529792_A_C:2251,0,6276:. 1|1:10,217:227:99:1|1:529792_A_C:9415,236,0:. 1|1:2,174:176:99:1|1:529792_A_C:7700,455,0:. 1|0:122,82:204:99:0|1:529792_A_C:3099,0,4930:. 1|0:89,21:110:99:0|1:529792_A_C:635,0,3683:. 0|1:71,125:196:99:0|1:529792_A_C:4982,0,2641:. 0|1:4,35:39:63:0|1:529792_A_C:1438,0,63:. 0|1:43,220:263:99:0|1:529792_A_C:9206,0,1145:. 1|1:5,444:449:99:1|1:529792_A_C:19521,1144,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:219,23:242:99:0|1:529792_A_C:244,0,9365:. 1|1:19,305:324:99:1|1:529792_A_C:12763,113,0:. 0|1:36,69:105:99:0|1:529792_A_C:2868,0,1339:. 1|0:20,242:262:89:0|1:529792_A_C:10053,0,89:. 0|0:214,0:214:82:.:.:0,82,5806:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:17,417:434:99:1|1:529792_A_C:17619,524,0:. 1|1:25,581:606:99:1|1:529792_A_C:25365,750,0:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,55:95:99:0|1:529792_A_C:2232,0,1512:. 1|1:0,429:429:99:1|1:529792_A_C:19512,1327,0:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,473:475:99:1|1:529792_A_C:20980,1360,0:. 0|0:61,0:61:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:1|1:529792_A_C:8863,605,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:529754_A_G:9681,653,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:529792_A_C:9348,632,0:. 1|1:0,175:175:99:1|1:529792_A_C:7824,530,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,228:238:99:1|1:529792_A_C:9812,214,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:529792_A_C:6239,421,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1522:. 1|1:0,28:28:87:1|1:529792_A_C:1289,87,0:. 1|1:0,310:310:99:1|1:529792_A_C:14014,951,0:. 0|1:134,124:258:99:0|1:529792_A_C:4779,0,5311:. 1|0:111,171:282:99:0|1:529792_A_C:6834,0,4171:. 1|1:0,24:24:72:1|1:529792_A_C:1080,72,0:. 1|1:0,204:204:99:1|1:529792_A_C:9142,620,0:. 1|0:48,224:272:99:0|1:529792_A_C:9324,0,1376:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:31,178:209:99:0|1:529792_A_C:7440,0,780:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,269:269:99:1|1:529792_A_C:12155,827,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,18:63:99:0|1:529792_A_C:651,0,1832:. 1|0:174,141:315:99:0|1:529792_A_C:5474,0,6887:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:1|1:529792_A_C:7450,509,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1469:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 529875 . A T 3.55859e+06 PASS FS=0;MQ=60.84;QD=24.7;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E923D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaA/gaT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.724;VQSLOD=8.45;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=33.33;GQ_MEAN=100.54;GQ_STDDEV=40.68;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7893;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.398;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12605703;AF=0.157;AS_InbreedingCoeff=0.3456;MLEAC=828;MLEAF=0.157;AN=856;AC=102 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1354:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1356:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1645:. 0|0:50,3:53:61:.:.:0,61,1446:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1300:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1250:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2753,256,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1330:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1222:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:7,18:25:99:.:.:507,0,149:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,167:. 0|0:23,0:23:45:.:.:0,45,675:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1281:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5038,487,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2456,239,0:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1395:. 1|0:72,32:104:99:.:.:638,0,1795:. 0|1:2,14:16:39:.:.:519,0,39:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,283:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:206,90:296:99:.:.:1865,0,5448:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,10:39:99:.:.:180,0,774:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1082:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2343,228,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,85:122:99:.:.:2214,0,738:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 1|1:6,91:97:99:.:.:2602,103,0:. 0|1:192,50:242:99:.:.:756,0,5140:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1346:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1756:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1211:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,22:92:99:.:.:396,0,1908:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,1056:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1847,177,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2660,261,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,199:208:99:.:.:5762,363,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,65:115:99:0|1:529666_A_C:1600,0,1101:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6015,601,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:135,55:190:99:.:.:1088,0,3497:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,26:118:99:.:.:442,0,2458:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:133,22:155:99:.:.:172,0,3520:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,15:106:99:.:.:136,0,3191:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4691,480,0:. 1|1:0,171:171:99:.:.:5155,514,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,98:155:99:.:.:2561,0,1336:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,51:132:99:.:.:1184,0,2077:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,46:97:99:.:.:1148,0,1299:. 1|0:18,170:188:99:.:.:4735,0,145:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:166,29:195:99:.:.:301,0,4511:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,16:166:16:.:.:0,16,4179:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,73:122:99:.:.:1920,0,1126:. 1|0:112,19:131:99:.:.:180,0,3032:. 1|0:27,136:163:99:.:.:3626,0,264:. 0|1:74,13:87:99:.:.:139,0,2086:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:182,46:228:99:.:.:673,0,4785:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,20:122:99:.:.:221,0,2743:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,67:87:99:.:.:1800,0,466:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,37:99:99:.:.:802,0,1565:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,79:89:25:.:.:2110,0,25:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,100:176:99:.:.:2596,0,2541:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,5:93:99:.:.:0,122,2547:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,12:118:30:.:.:30,0,2935:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1343:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,5:61:31:.:.:0,31,1775:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,14:112:98:.:.:98,0,2953:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6663,659,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1387:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,14:105:99:.:.:133,0,2456:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1661:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,69:80:57:.:.:1857,0,57:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,160:. 1|0:136,19:155:99:.:.:122,0,3683:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,175:178:99:.:.:5274,441,0:. 0|1:22,26:48:99:.:.:638,0,630:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2329,231,0:. 1|1:26,256:282:68:.:.:7133,68,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,557:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1269:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,66:109:99:.:.:1700,0,1009:. 1|1:2,67:69:99:.:.:2030,142,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2470,214,0:. 0|0:13,0:13:7:.:.:0,7,349:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,578:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:153,22:175:99:.:.:282,0,5022:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,219:220:99:.:.:7832,624,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1461:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1356:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,474:474:99:.:.:16790,1423,0:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1318:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5138,457,0:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7439,649,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,142:267:99:.:.:4091,0,3509:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1439:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:217,23:240:99:.:.:112,0,6799:. 1|1:11,170:181:99:.:.:5489,158,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:403,0:403:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1720:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,247:252:99:.:.:8308,572,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1592:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:151,19:170:99:0|1:529726_G_A:108,0,5346:. 0|1:158,151:309:99:.:.:4001,0,4353:. 1|0:35,177:212:99:.:.:5551,0,526:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:97:.:.:0,97,1358:. 0|0:215,19:234:17:.:.:0,17,6768:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,186:213:99:.:.:5892,0,295:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:580,0:580:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,284:285:99:.:.:9048,808,0:. 0|1:195,32:227:99:.:.:386,0,5836:. 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1331:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:4075,358,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,65:197:99:.:.:1527,0,3769:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:2052,172,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,42:49:99:.:.:1365,0,168:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,59:79:99:.:.:1750,0,626:. 0|1:154,176:330:99:.:.:4937,0,5652:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,40:173:99:.:.:868,0,4085:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5743,486,0:. Pf3D7_01_v3 529897 . T C 1.75522e+06 PASS FS=0;MQ=61.1;QD=26.68;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L931;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tta/Cta;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.69;VQSLOD=6.42;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.997;GC=33.33;GQ_MEAN=101.83;GQ_STDDEV=26.97;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7313;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.271;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12449151;AF=0.052;AS_InbreedingCoeff=0.4538;MLEAC=274;MLEAF=0.052;AN=856;AC=96 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1354:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1356:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1645:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1301:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1250:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1330:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:17,9:26:99:0|1:529897_T_C:305,0,811:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:11,0:11:1:.:.:0,1,270:. 1|1:0,19:19:63:1|1:529897_T_C:879,63,0:. 0|0:34,0:34:82:.:.:0,82,1128:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1281:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:95:.:.:0,95,1261:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,3:15:74:.:.:74,0,445:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1093:. 0|1:18,40:58:99:0|1:529897_T_C:1628,0,755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,112:121:75:1|1:529897_T_C:2788,75,0:. 1|0:101,34:135:99:.:.:557,0,3854:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:1|1:529897_T_C:1532,108,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,30:89:99:0|1:529897_T_C:544,0,2564:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,592:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:529897_T_C:6640,469,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1346:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,76:136:99:0|1:529897_T_C:2902,0,2642:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:66,53:119:99:.:.:1082,0,1650:. 1|0:120,16:136:99:0|1:529897_T_C:239,0,6121:. 0|1:24,75:99:99:0|1:529897_T_C:2948,0,1143:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1756:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1211:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,9:43:99:.:.:111,0,1369:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,169:176:99:1|1:529897_T_C:6838,215,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,11:100:14:.:.:0,14,2904:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,147:153:99:.:.:3766,202,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:1|1:529897_T_C:6662,466,0:. 0|1:91,17:108:99:0|1:529897_T_C:352,0,4576:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,74:130:99:0|1:529897_T_C:1634,0,1294:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,143:177:99:.:.:3407,0,952:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,33:120:99:.:.:552,0,2692:. 1|0:21,169:190:99:0|1:529897_T_C:6817,0,438:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,74:134:99:0|1:529897_T_C:2818,0,2895:. 0|1:29,68:97:99:.:.:1447,0,897:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:28,131:159:99:0|1:529897_T_C:2920,0,805:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:170,24:194:99:0|1:529897_T_C:445,0,8521:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,7:81:57:0|1:529897_T_C:0,57,3390:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,25:105:99:0|1:529897_T_C:345,0,3199:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,32:154:99:0|1:529897_T_C:390,0,4879:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,78:156:99:0|1:529690_T_C:1692,0,2711:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,39:161:99:.:.:593,0,4742:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,80:135:99:.:.:1791,0,1802:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:529897_T_C:8956,635,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,89:101:99:0|1:529897_T_C:3570,0,342:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:529897_T_C:3205,226,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:529897_T_C:4527,325,0:. 1|0:86,36:122:99:.:.:592,0,3323:. 0|1:14,80:94:99:0|1:529897_T_C:3070,0,494:. 0|0:79,9:88:29:.:.:0,29,3088:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:38,34:72:99:0|1:529897_T_C:1260,0,1903:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,145:146:99:1|1:529897_T_C:6313,424,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,61:153:99:.:.:1148,0,3472:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,39:69:99:0|1:529897_T_C:882,0,1365:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1343:. 1|1:0,81:81:99:1|1:529897_T_C:3535,247,0:. 0|1:37,18:55:99:.:.:300,0,1386:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:529897_T_C:3362,235,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1387:. 1|1:0,171:171:99:1|1:529897_T_C:7411,527,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1661:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,254:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,52:128:99:0|1:529897_T_C:1920,0,2933:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,10:48:99:.:.:127,0,1577:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1269:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,3:13:45:0|1:529897_T_C:45,0,431:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:529897_T_C:8157,563,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,916:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,177:178:99:1|1:529897_T_C:7682,472,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,93:106:99:0|1:529897_T_C:3687,0,246:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,34:145:99:0|1:529897_T_C:730,0,4283:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1461:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,36:36:99:1|1:529897_T_C:1563,108,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1318:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:4,81:85:18:1|1:529897_T_C:3258,18,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,213:217:99:1|1:529897_T_C:6848,510,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,332:333:99:1|1:529897_T_C:14177,948,0:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1439:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,167:208:99:0|1:529897_T_C:4777,0,766:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,230:266:99:0|1:529897_T_C:6623,0,1423:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,12:117:38:0|1:529897_T_C:38,0,6148:. 0|0:403,0:403:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1720:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,224:234:99:.:.:7036,311,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:72:.:.:0,72,1410:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,69:168:99:0|1:529726_G_A:1683,0,3073:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,78:189:99:.:.:1989,0,4099:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:95:.:.:0,95,1325:. 0|1:47,186:233:99:.:.:5223,0,1280:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:214,191:405:99:.:.:4539,0,10536:. 1|1:26,610:636:99:.:.:18453,450,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,353:358:99:1|1:529897_T_C:15279,793,0:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1331:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,214:214:99:1|1:529897_T_C:9504,659,0:. 1|1:0,217:217:99:1|1:529897_T_C:9528,662,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,9:55:99:.:.:147,0,1807:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,405:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,21:80:99:.:.:460,0,2294:. 1|0:156,152:308:99:.:.:4027,0,5928:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530002 . G A 9.71527e+06 PASS FS=0;MQ=60.25;QD=31.7;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G966S;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ggt/Agt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=1;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.628;VQSLOD=8.04;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=52.38;GQ_MEAN=103.4;GQ_STDDEV=79.42;HRun=0;InbreedingCoeff=0.609;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.275;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10484277;AF=0.438;AS_InbreedingCoeff=0.3788;MLEAC=2306;MLEAF=0.44;AN=858;AC=429 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:11,20:31:99:.:.:534,0,202 1|1:0,46:46:99:.:.:1359,138,0 1|0:9,34:43:99:.:.:1030,0,100 0|1:32,13:45:99:0|1:529990_A_G:418,0,1492 1|0:31,4:35:47:0|1:529990_A_G:47,0,749 1|0:22,7:29:99:0|1:529990_A_G:203,0,976 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1443 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1530 0|1:9,26:35:99:.:.:671,0,122 0|1:15,18:33:99:0|1:529990_A_G:706,0,720 1|1:0,69:69:99:1|1:529990_A_G:2850,208,0 1|1:0,23:23:69:.:.:705,69,0 0|0:30,0:30:58:.:.:0,58,798 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675 1|1:0,11:11:33:.:.:351,33,0 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495 1|1:0,26:26:78:.:.:791,78,0 1|1:0,22:22:66:.:.:641,66,0 0|1:23,45:68:99:0|1:529990_A_G:1740,0,1029 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1281 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1000 1|1:0,26:26:78:1|1:529990_A_G:1043,78,0 0|1:26,34:60:99:.:.:727,0,511 1|1:0,14:14:45:1|1:529990_A_G:631,45,0 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,244 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1250 1|1:0,46:46:99:1|1:529990_A_G:1893,141,0 0|1:38,19:57:99:0|1:529990_A_G:675,0,1367 1|0:58,6:64:46:.:.:46,0,2254 1|0:10,38:48:99:0|1:529990_A_G:1535,0,358 1|0:75,164:239:99:0|1:529990_A_G:6141,0,2398 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1239 0|1:14,60:74:99:.:.:1823,0,178 1|1:0,81:81:99:.:.:2318,243,0 1|1:0,50:50:99:1|1:529990_A_G:2169,153,0 0|1:11,31:42:99:.:.:827,0,146 1|1:0,74:74:99:1|1:529990_A_G:3103,229,0 0|1:41,11:52:99:.:.:154,0,878 0|1:10,46:56:99:.:.:1339,0,111 1|1:1,73:74:99:1|1:529990_A_G:3131,219,0 1|1:0,244:244:99:.:.:6717,728,0 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,79:91:99:0|1:529990_A_G:3253,0,402 1|0:10,45:55:99:0|1:529990_A_G:1659,0,112 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350 0|1:71,19:90:99:.:.:296,0,1686 1|0:28,49:77:99:.:.:1364,0,549 1|1:3,85:88:99:.:.:2321,231,0 0|1:6,14:20:99:0|1:529990_A_G:390,0,107 1|1:5,81:86:52:1|1:529990_A_G:3280,52,0 1|0:52,55:107:99:0|1:529990_A_G:2212,0,2343 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,72:72:99:.:.:2873,217,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1346 1|1:2,59:61:99:.:.:1631,143,0 1|0:13,61:74:99:.:.:1933,0,142 1|0:67,50:117:99:.:.:1023,0,1564 0|1:31,49:80:99:.:.:1682,0,555 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,304:305:99:.:.:8628,903,0 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350 1|0:31,47:78:99:.:.:1071,0,613 1|0:78,48:126:99:0|1:529990_A_G:1413,0,1719 0|1:17,69:86:99:.:.:1781,0,241 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1067 1|1:0,76:76:99:1|1:529990_A_G:2792,227,0 1|1:1,63:64:99:.:.:1725,181,0 1|1:0,39:39:99:1|1:529990_A_G:1601,120,0 1|1:0,54:54:99:1|1:529990_A_G:2434,169,0 0|1:19,3:22:44:.:.:44,0,435 1|0:13,81:94:54:.:.:1993,0,54 1|1:2,43:45:96:1|1:529992_T_G:1226,96,0 0|1:47,113:160:99:0|1:529990_A_G:3362,0,747 1|0:79,13:92:99:0|1:529990_A_G:293,0,3694 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1253 1|1:0,70:70:99:1|1:529990_A_G:3011,217,0 0|1:15,39:54:99:0|1:529990_A_G:1443,0,701 1|1:0,68:68:99:1|1:529990_A_G:2893,208,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1149 0|1:23,38:61:99:0|1:529990_A_G:1413,0,845 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,49:49:99:1|1:529990_A_G:1525,146,0 0|0:117,0:117:99:.:.:0,111,1665 1|1:0,141:141:99:1|1:529990_A_G:5968,430,0 1|1:11,93:104:7:.:.:2391,7,0 1|1:7,99:106:3:1|1:529990_A_G:3839,3,0 1|1:3,166:169:99:1|1:529990_A_G:6949,357,0 1|1:2,87:89:99:1|1:529990_A_G:3541,154,0 0|1:29,58:87:99:.:.:1743,0,563 0|1:25,24:49:99:0|1:529990_A_G:683,0,528 1|1:6,103:109:29:1|1:529990_A_G:4113,29,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:148,0:148:99:.:.:0,114,1710 1|0:27,185:212:99:0|1:529990_A_G:7122,0,110 1|1:0,118:118:99:.:.:3442,354,0 1|1:0,87:87:99:1|1:529990_A_G:3513,267,0 1|1:9,103:112:99:1|1:529990_A_G:2898,101,0 1|0:22,44:66:99:.:.:1016,0,372 1|1:8,148:156:99:.:.:4000,255,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,168:171:99:.:.:4648,441,0 1|1:6,112:118:99:.:.:3110,203,0 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,142:142:99:.:.:5534,437,0 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|0:96,58:154:99:0|1:529990_A_G:1968,0,4519 1|1:0,143:143:99:1|1:529990_A_G:6035,433,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,119,1800 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800 0|1:61,120:181:99:0|1:529990_A_G:4412,0,2482 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 1|0:20,84:104:99:0|1:529990_A_G:2685,0,203 0|1:44,27:71:99:0|1:529990_A_G:947,0,2138 1|0:45,59:104:99:0|1:529990_A_G:1988,0,894 0|0:177,0:177:36:.:.:0,36,3979 1|1:0,111:111:99:.:.:3963,336,0 1|1:0,56:56:99:1|1:529990_A_G:2483,172,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,116:117:99:.:.:3208,338,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|1:100,26:126:99:.:.:539,0,2221 1|1:0,52:52:99:1|1:529990_A_G:2334,160,0 0|1:38,42:80:99:.:.:970,0,807 1|0:24,21:45:99:.:.:750,0,505 1|0:75,15:90:99:0|1:529990_A_G:321,0,2890 1|1:6,75:81:99:.:.:2655,105,0 1|0:10,75:85:99:0|1:529990_A_G:3136,0,282 1|1:10,140:150:99:.:.:3760,184,0 1|1:0,86:86:99:1|1:529990_A_G:3854,274,0 1|1:0,99:99:99:1|1:529990_A_G:3323,300,0 0|1:38,86:124:99:.:.:2108,0,632 1|0:60,101:161:99:.:.:2259,0,1073 1|1:3,151:154:99:.:.:4196,409,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:107,6:113:99:.:.:0,115,2711 0|1:24,59:83:99:0|1:529990_A_G:1988,0,400 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,93:93:99:.:.:2566,278,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,92:92:99:1|1:529990_A_G:3883,280,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,190:190:99:1|1:529990_A_G:7981,578,0 1|0:28,14:42:99:0|1:529990_A_G:355,0,629 1|1:0,100:100:99:.:.:3581,301,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|0:28,19:47:99:0|1:529990_A_G:697,0,1109 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,103:103:99:1|1:529990_A_G:4369,319,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,117:122:99:.:.:3274,229,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2474,249,0 0|1:50,68:118:99:0|1:529990_A_G:1950,0,934 1|0:29,50:79:99:0|1:529990_A_G:1881,0,1231 1|1:8,121:129:99:.:.:3246,161,0 0|1:27,73:100:99:.:.:2145,0,416 1|0:50,92:142:99:0|1:530002_G_A:3636,0,1800 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,165 1|1:0,83:83:99:1|1:529990_A_G:3548,252,0 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,76:76:99:.:.:2140,227,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,52:52:99:1|1:529990_A_G:2350,160,0 1|1:4,121:125:99:.:.:4673,276,0 0|0:94,0:94:77:.:.:0,77,2207 1|0:83,54:137:99:.:.:1487,0,1897 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|1:20,57:77:99:.:.:1357,0,332 1|0:57,12:69:99:0|1:529990_A_G:317,0,2204 0|1:15,18:33:99:0|1:529990_A_G:712,0,771 0|1:94,23:117:99:.:.:464,0,2254 0|1:15,120:135:99:0|1:529990_A_G:4751,0,227 0|1:69,22:91:99:.:.:604,0,1582 1|1:4,121:125:99:1|1:529990_A_G:5001,154,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,223:223:99:1|1:529990_A_G:9673,674,0 0|1:49,103:152:99:.:.:2593,0,889 1|1:0,122:122:99:.:.:3533,365,0 1|1:1,125:126:99:.:.:3581,367,0 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,84:86:99:1|1:529990_A_G:3531,168,0 1|0:33,13:46:99:.:.:315,0,771 1|1:0,130:130:99:.:.:3594,389,0 0|1:51,21:72:99:0|1:529990_A_G:732,0,2068 1|1:0,63:63:99:1|1:529990_A_G:2699,190,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1770,190,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2301,240,0 0|1:43,208:251:99:0|1:529990_A_G:8179,0,1317 1|1:0,45:45:99:1|1:529990_A_G:2103,144,0 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,109:109:99:.:.:3046,325,0 1|0:81,52:133:99:0|1:529990_A_G:1411,0,1742 1|0:72,12:84:87:.:.:87,0,1710 0|1:8,23:31:99:.:.:888,0,120 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,62:62:99:1|1:529990_A_G:2465,192,0 0|1:50,12:62:99:0|1:529990_A_G:351,0,1981 0|1:35,52:87:99:0|1:529990_A_G:2016,0,1188 1|1:3,111:114:99:.:.:3114,262,0 0|1:2,33:35:33:0|1:529990_A_G:1377,0,33 1|1:0,181:181:99:1|1:529990_A_G:7853,563,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,80:80:99:.:.:2341,240,0 1|0:19,38:57:99:.:.:936,0,336 1|1:16,174:190:99:.:.:6809,157,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2827,294,0 1|0:7,37:44:99:0|1:529990_A_G:1449,0,171 1|1:0,55:55:99:1|1:529990_A_G:2370,169,0 1|1:0,65:65:99:1|1:529990_A_G:2711,195,0 1|0:49,36:85:99:0|1:529990_A_G:880,0,1051 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1343 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1800 0|1:6,25:31:67:.:.:766,0,67 1|1:0,51:51:99:.:.:1499,153,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1659,168,0 1|0:50,63:113:99:0|1:529990_A_G:1914,0,978 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,114:116:99:.:.:3396,328,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1274 1|1:0,126:126:99:.:.:3587,377,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1543,164,0 1|0:52,25:77:99:0|1:529990_A_G:640,0,1234 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1661 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1590 1|1:13,128:141:86:1|1:529990_A_G:3693,86,0 1|1:1,87:88:99:.:.:2458,253,0 1|0:5,3:8:47:.:.:47,0,115 1|1:7,86:93:80:.:.:2357,80,0 1|0:62,43:105:99:0|1:529990_A_G:1514,0,2982 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,114:114:99:1|1:529990_A_G:4925,358,0 0|1:19,100:119:99:.:.:2555,0,167 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|0:16,7:23:99:.:.:141,0,370 1|1:0,23:23:69:1|1:529990_A_G:936,69,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485 0|1:66,68:134:99:0|1:529990_A_G:2700,0,3049 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|0:123,14:137:99:.:.:179,0,4341 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,683 1|1:0,47:47:99:.:.:1326,140,0 0|1:63,16:79:99:.:.:216,0,1438 1|0:20,48:68:99:.:.:1797,0,350 1|1:1,57:58:99:1|1:529990_A_G:2379,116,0 0|0:74,4:78:85:.:.:0,85,2898 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,169 1|1:0,54:54:99:.:.:1464,160,0 0|0:19,0:19:40:.:.:0,40,459 1|1:0,94:94:99:.:.:2775,281,0 1|0:15,8:23:99:.:.:190,0,332 1|1:1,105:106:99:1|1:529990_A_G:4649,256,0 1|1:0,66:66:99:1|1:529990_A_G:2852,202,0 1|1:0,151:151:99:.:.:5144,452,0 1|1:0,145:145:99:.:.:5107,435,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1665 1|0:10,131:141:99:0|1:529990_A_G:5400,0,188 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|0:15,101:116:99:0|1:529990_A_G:4019,0,261 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,136:136:99:.:.:4674,407,0 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,149:150:99:.:.:5223,441,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,120:120:99:.:.:4198,360,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,46:46:99:1|1:529990_A_G:2094,141,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1800 1|1:0,125:125:99:1|1:529990_A_G:5443,379,0 1|1:0,88:88:99:1|1:529990_A_G:3763,265,0 1|0:24,30:54:99:0|1:529990_A_G:1177,0,978 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,74:82:22:.:.:2389,0,22 0|0:40,0:40:86:.:.:0,86,1250 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1461 1|1:0,124:124:99:.:.:4369,373,0 1|1:0,26:26:78:.:.:938,78,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2542,217,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1800 1|1:0,127:127:99:.:.:4453,382,0 1|1:0,134:134:99:1|1:529990_A_G:5815,406,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575 0|0:90,0:90:99:.:.:0,110,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,141:141:99:1|1:529990_A_G:6189,436,0 1|1:0,329:329:99:.:.:11364,988,0 1|1:0,202:202:99:1|1:529990_A_G:9392,635,0 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800 0|0:24,2:26:7:.:.:0,7,755 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,672 1|1:3,75:78:99:.:.:2408,134,0 0|1:35,4:39:4:.:.:4,0,1016 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,60:60:99:1|1:529990_A_G:2754,187,0 0|0:37,3:40:3:0|1:529990_A_G:0,3,2160 1|1:3,171:174:99:.:.:5378,419,0 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,297:300:99:.:.:9929,841,0 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,47:47:99:1|1:529990_A_G:2205,150,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1439 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,57:58:99:1|1:529990_A_G:2416,102,0 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800 1|0:143,36:179:99:.:.:684,0,4049 1|1:0,150:150:99:1|1:529990_A_G:6497,460,0 1|1:0,220:220:99:1|1:529990_A_G:9648,674,0 0|1:18,89:107:99:0|1:529990_A_G:3647,0,485 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:14,183:197:99:.:.:5519,104,0 0|1:65,12:77:99:.:.:197,0,1827 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,230:232:99:.:.:10143,651,0 0|1:27,10:37:99:0|1:529990_A_G:339,0,1612 1|1:4,210:214:99:.:.:6817,554,0 1|1:4,226:230:99:.:.:8084,624,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,98:98:99:1|1:529990_A_G:4443,304,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 1|0:13,50:63:99:0|1:529990_A_G:2136,0,721 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,7:92:25:.:.:0,25,2463 1|1:3,160:163:99:.:.:5312,389,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1779 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,2:39:46:.:.:0,46,1067 1|1:12,192:204:99:1|1:529990_A_G:7880,236,0 1|1:1,324:325:99:.:.:10508,960,0 1|0:21,69:90:99:.:.:1988,0,422 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800 0|1:125,17:142:99:.:.:339,0,3555 1|1:2,247:249:99:.:.:7849,675,0 1|0:87,15:102:99:.:.:321,0,2484 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 0|1:38,23:61:99:.:.:579,0,1078 1|1:13,130:143:35:.:.:3858,35,0 0|1:17,47:64:99:.:.:1192,0,348 1|1:2,73:75:99:.:.:2706,196,0 0|1:4,33:37:99:0|1:529990_A_G:1360,0,163 1|1:3,156:159:99:.:.:5182,386,0 1|1:4,345:349:99:.:.:11055,912,0 0|0:68,4:72:99:.:.:0,104,2030 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 0|1:40,37:77:99:0|1:529990_A_G:1196,0,1002 1|0:76,18:94:99:0|1:529990_A_G:519,0,3249 1|1:10,175:185:99:1|1:529990_A_G:7107,272,0 1|1:3,388:391:99:.:.:12467,1068,0 0|1:111,17:128:99:.:.:212,0,3238 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485 1|1:4,295:299:99:.:.:9391,757,0 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,142:144:99:.:.:4964,363,0 1|1:0,365:365:99:.:.:11851,1087,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1331 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 0|1:143,32:175:99:0|1:529990_A_G:855,0,5770 1|1:1,136:137:99:.:.:4409,400,0 1|1:1,166:167:99:.:.:5892,475,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,170:170:99:1|1:529990_A_G:7510,521,0 1|1:0,130:130:99:1|1:529990_A_G:5673,394,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 0|0:28,0:28:70:.:.:0,70,857 1|1:0,157:157:99:1|1:529990_A_G:6816,475,0 1|1:0,161:161:99:1|1:529990_A_G:7015,502,0 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,93:93:99:1|1:529990_A_G:3975,282,0 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,156:156:99:1|1:529990_A_G:6847,481,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,51:51:99:1|1:529990_A_G:2277,159,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 0|1:46,7:53:69:.:.:69,0,1322 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|1:61,60:121:99:0|1:529990_A_G:2251,0,2486 1|0:64,41:105:99:0|1:529990_A_G:1374,0,2758 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,823 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|1:69,30:99:99:0|1:529990_A_G:1039,0,3010 1|1:0,122:122:99:.:.:3993,366,0 1|0:52,96:148:99:0|1:529990_A_G:3804,0,1797 1|0:55,26:81:99:0|1:529990_A_G:880,0,2383 0|1:15,114:129:70:.:.:3536,0,70 1|1:0,143:143:99:.:.:4848,429,0 1|1:13,174:187:99:.:.:5322,140,0 1|1:0,131:131:99:1|1:529990_A_G:5767,400,0 0|1:134,193:327:99:.:.:5742,0,3488 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,351:352:99:.:.:11682,1029,0 0|1:13,112:125:26:.:.:3284,0,26 1|1:0,124:124:99:.:.:4301,372,0 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,753 1|1:0,26:26:78:.:.:774,78,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 530288 . A G 552536 PASS FS=0;MQ=35.18;QD=32.83;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I1025V;SNPEFF_CODON_CHANGE=Att/Gtt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.74;VQSLOD=7.12;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.41;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0345;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=88.83;GQ_STDDEV=76.66;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4431;MQRankSum=0.286;NCC=13;ReadPosRankSum=0.044;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=SOR;set=snp;DP=7969463;AF=0.049;AS_InbreedingCoeff=0.7572;MLEAC=220;MLEAF=0.051;AN=696;AC=27 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1311:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:32,0:32:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:58:.:.:0,58,868:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,17:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,720:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,145:. 1|1:0,7:7:24:1|1:530227_C_G:360,24,0:. 0|0:32,0:32:.:.:.:.:. 0|0:30,0:30:34:.:.:0,34,845:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,18:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,290:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,180:. 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:63:.:.:0,63,945:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530227_C_G:4230,283,0:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:29,0:29:.:.:.:.:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1305:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|1:40,7:47:99:0|1:530288_A_G:174,0,1629:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,355:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,166:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,1115:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:36:.:.:0,36,1245:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:69,0:69:.:.:.:.:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1114:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,649:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,1008:. 0|1:36,53:89:99:0|1:530288_A_G:2101,0,1352:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1578:. 0|0:90,0:90:81:.:.:0,81,2348:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530227_C_G:2880,193,0:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,1104:. 0|0:45,2:47:54:.:.:0,54,1980:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,75:128:99:0|1:530288_A_G:2916,0,2000:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:.:.:.:.:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1138:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,428:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,224:. 0|0:0,4:4:24:1|1:530239_A_T:360,24,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:.:.:.:.:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:60:.:.:0,60,1576:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,63:. 1|0:46,0:46:.:.:.:.:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:98,0:98:.:.:.:.:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,582:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:.:.:.:.:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,3:33:36:0|1:530288_A_G:36,0,1251:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,390:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1556:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,456:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1350:. 0|0:121,0:121:85:.:.:0,85,3137:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:29,0:29:.:.:.:.:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1776:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,30:71:99:0|1:530064_A_G:1220,0,1625:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,522:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,416:. 0|1:71,0:71:.:.:.:.:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:0:.:.:0,0,3385:. 0|0:81,0:81:70:.:.:0,70,2119:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:1|1:530227_C_G:5940,397,0:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1500:. 1|0:39,0:39:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1796:. 0|0:26,0:26:.:.:.:.:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:0:.:.:0,0,901:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1115:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,2914:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,375:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:54,0:54:81:.:.:0,81,1497:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:11:.:.:0,11,1109:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,5:16:99:0|1:530288_A_G:177,0,697:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:19:.:.:0,19,1988:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:97:.:.:0,97,1725:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:75:.:.:0,75,2148:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:82:.:.:0,82,1528:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,351:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:20,0:20:36:.:.:0,36,540:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1233:. 0|1:62,140:202:99:.:.:5283,0,2251:. 1|0:39,65:104:99:0|1:530288_A_G:2554,0,1470:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,10:12:54:0|1:530288_A_G:414,0,54:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1085:. 0|0:55,0:55:.:.:.:.:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1109:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,88:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:59,0:59:.:.:.:0,0,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530064_A_G:2250,151,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:.:.:.:0,0,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,134:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:.:0,0,0:. 0|0:44,0:44:.:.:.:0,0,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1242:. 0|1:48,6:54:99:0|1:530227_C_G:101,0,2081:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:.:.:.:0,0,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:.:.:.:0,0,0:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,86:. 1|1:48,0:48:.:.:.:0,0,0:. 0|0:48,0:48:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,231:231:99:1|1:530275_T_C:10755,719,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:487,0:487:.:.:.:0,0,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:.:.:.:0,0,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:.:0,0,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:.:.:.:0,0,0:. 0|0:233,0:233:.:.:.:0,0,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1780:. 0|0:369,0:369:0:.:.:0,0,4062:. 0|0:13,0:13:6:.:.:0,6,405:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:69:.:.:0,69,3017:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:23:.:.:0,23,929:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:497,0:497:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:371,0:371:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:.:.:.:0,0,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:.:.:.:0,0,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,27:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:401,0:401:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:487,0:487:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,312:312:99:1|1:530288_A_G:14110,945,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,4:4:15:1|1:530283_C_T:225,15,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:0,0,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:0,0,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:22,0:22:.:.:.:0,0,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1384:. 0|0:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,1564:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,344:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:32,4:36:69:0|1:530283_C_T:69,0,1361:. 1|1:0,6:6:21:1|1:530288_A_G:315,21,0:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,2473:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,857:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,506:. 0|0:185,0:185:0:.:.:0,0,3218:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:114,0:114:0:.:.:0,0,2683:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:8,0:8:.:.:.:0,0,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:0,0,0:. Pf3D7_01_v3 530297 . A G 197429 PASS FS=0.575;MQ=33.2;QD=32.62;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T1028A;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aca/Gca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.604;VQSLOD=5;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.58;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1338;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=92.67;GQ_STDDEV=49.63;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.02;MQRankSum=-0.332;NCC=7;ReadPosRankSum=2.64;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=8056938;AF=0.026;AS_InbreedingCoeff=-0.02;MLEAC=125;MLEAF=0.026;AN=804;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1311:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:27,0:27:53:.:.:0,53,793:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:18,0:18:21:.:.:0,21,315:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:27:.:.:0,27,405:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,7:7:21:1|1:530227_C_G:315,21,0:. 0|0:30,0:30:.:.:.:.:. 0|0:29,0:29:24:.:.:0,24,792:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,76:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|0:10,0:10:12:.:.:0,12,180:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:32,0:32:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,89:89:99:1|1:530227_C_G:4185,280,0:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,435:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,169:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,610:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,118:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1381:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,464:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:72:.:.:0,72,1361:. 0|0:44,0:44:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,178:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,373:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:17,0:17:33:.:.:0,33,495:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1578:. 0|0:95,0:95:95:.:.:0,95,2471:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,907:. 0|0:36,0:36:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,571:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:63:.:.:0,63,945:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:530227_C_G:2745,184,0:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:. 0|0:49,2:51:67:.:.:0,67,2160:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,303:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:.:.:.:.:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,3:35:27:0|1:530288_A_G:27,0,1377:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:8:.:.:0,8,1624:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,9:68:99:0|1:530297_A_G:185,0,2660:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,934:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1776:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,241:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1755:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,685:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:530227_C_G:5850,391,0:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,42:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,222:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,360:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,243:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,838:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,222:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1094:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:. 0|0:30,0:30:54:.:.:0,54,810:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,186:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,212:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,540:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1085:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,286:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,46:53:99:0|1:530064_A_G:2033,0,188:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,648:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,421:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,420:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,135:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,1084:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:106 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,279:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:.:.:.:.:120 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:.:.:.:.:108 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,675:. 0|0:293,0:293:.:.:.:.:120 0|0:21,0:21:.:.:.:0,0,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:.:0,0,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:.:.:.:.:120 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:.:.:.:.:0 0|0:14,0:14:8:.:.:0,8,442:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:.:.:.:.:120 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:.:.:.:.:120 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:87 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:.:.:.:.:120 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:369,0:369:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:.:.:.:.:120 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:.:.:.:.:120 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:57 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:.:.:.:.:120 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:45 0|0:329,0:329:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:.:.:.:.:120 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:403,0:403:.:.:.:.:120 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:.:.:.:.:120 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:.:.:.:.:120 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,260:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,101:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,698:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,272:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,796:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,341:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,593:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,365:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,398:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,890:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,321:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:.:.:.:0,0,0:. 0|0:189,0:189:.:.:.:0,0,0:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,951:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,664:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530318 . A C 1.77146e+06 PASS FS=1.588;MQ=58.95;QD=30.4;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1035Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aaa/Caa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.493;VQSLOD=3.11;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=0.999;GC=14.29;GQ_MEAN=91.28;GQ_STDDEV=28.61;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9806;NCC=1;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0;MQRankSum=-0.032;ReadPosRankSum=0.638;culprit=FS;set=snp;DP=8751380;AF=0.024;AS_InbreedingCoeff=0.3778;MLEAC=121;MLEAF=0.024;AN=842;AC=52 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:57:.:.:0,57,855:. 0|0:22,0:22:12:.:.:0,12,180:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:. 0|0:49,0:49:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:. 0|0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,360:. 0|0:17,0:17:9:.:.:0,9,135:. 0|0:23,0:23:39:.:.:0,39,585:. 0|0:19,0:19:39:.:.:0,39,585:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,350:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,90:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:63:.:.:0,63,945:. 0|0:14,0:14:3:.:.:0,3,45:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,180:. 0|0:36,0:36:66:.:.:0,66,990:. 0|0:23,0:23:45:.:.:0,45,675:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:63:.:.:0,63,945:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,552:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,940:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,48:88:99:0|1:530310_C_CGGG:1937,0,1532:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:45:.:.:0,45,675:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:63:.:.:0,63,915:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:21:1|1:530273_T_A:315,21,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 1|0:10,25:35:99:0|1:530233_A_G:1059,0,384:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,51:52:45:1|1:530227_C_G:2219,45,0:. 0|0:28,0:28:33:.:.:0,33,495:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,644:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:18,0:18:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,115:115:99:1|1:530227_C_G:5400,361,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,85:90:49:1|1:530274_A_G:3645,49,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 1|0:83,12:95:99:0|1:530318_A_C:239,0,3659:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:38,0:38:27:.:.:0,27,405:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:42:.:.:0,42,630:. 1|0:53,21:74:99:0|1:530207_A_C:764,0,2159:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 1|1:0,158:158:99:1|1:530227_C_G:7290,488,0:. 1|1:0,136:136:99:1|1:530227_C_G:6300,421,0:. 0|0:94,5:99:88:0|1:530318_A_C:0,88,4230:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:169,30:199:99:0|1:530318_A_C:739,0,7174:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:54:.:.:0,54,810:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,12:184:23:0|1:530318_A_C:0,23,7335:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,46:111:99:0|1:530310_C_CGGG:1850,0,2750:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,31:124:99:0|1:530274_A_G:986,0,3618:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:36:.:.:0,36,540:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:36:.:.:0,36,540:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,10:33:99:0|1:530310_C_CGGG:345,0,1020:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,945:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,14:33:99:0|1:530293_C_T:531,0,1013:. 0|0:37,0:37:66:.:.:0,66,990:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:3:.:.:0,3,45:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1776:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,51:105:99:0|1:530310_C_CGGG:1998,0,2139:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530227_C_G:1575,105,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,60:82:99:0|1:530274_A_G:2492,0,782:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1092:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1733:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,513:. 1|0:35,49:84:99:0|1:530133_TA_T:1946,0,1406:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,536:. 0|1:46,15:61:99:0|1:530274_A_G:527,0,1967:. 1|0:59,14:73:99:0|1:530310_C_CGGG:140,0,1786:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,762:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530227_C_G:2700,181,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:66:.:.:0,66,990:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:29,0:29:24:.:.:0,24,360:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,48:56:99:0|1:530260_T_A:1341,0,218:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1423:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,732:. 1|1:0,56:56:99:1|1:530227_C_G:2610,175,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,537:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:48:.:.:0,48,720:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:45:.:.:0,45,675:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,270:. 0|0:48,0:48:60:.:.:0,60,900:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1085:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,342:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:17,0:17:21:.:.:0,21,315:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:15:.:.:0,15,225:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:1|1:530273_T_A:5220,349,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530310_C_CGGG:3661,328,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,826:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,998:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:39:.:.:0,39,585:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:39:.:.:0,39,585:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:21:.:.:0,21,315:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,132:180:99:0|1:530273_T_A:5431,0,1741:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:39:.:.:0,39,585:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530273_T_A:1755,117,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,8:8:30:1|1:530293_C_T:450,30,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:73:.:.:0,73,1121:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:454,0:454:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1412:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,6:27:99:0|1:530274_A_G:186,0,906:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,16:16:48:1|1:530274_A_G:720,48,0:. 0|1:9,106:115:59:0|1:530274_A_G:4424,0,59:. 1|1:8,420:428:99:1|1:530310_C_CGGG:13583,927,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1211:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1249:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530310_C_CGGG:8931,599,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1307:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530273_T_A:3105,208,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1574:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,468:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,317:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,1006:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1412:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530333 . G A 6.26427e+06 PASS FS=0.785;MQ=52.16;QD=35.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D1040N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.768;VQSLOD=5.04;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.99;GC=23.81;GQ_MEAN=98.08;GQ_STDDEV=75.05;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7895;MQRankSum=0;NCC=9;ReadPosRankSum=1.26;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9615048;AF=0.283;AS_InbreedingCoeff=0.6225;MLEAC=1317;MLEAF=0.288;AN=752;AC=217 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,677:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530326_A_T:1800,120,0:. 1|0:18,13:31:99:0|1:530326_A_T:534,0,714:. 1|0:21,0:21:.:.:.:.:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,119:. 1|1:0,38:38:99:1|1:530326_A_T:1755,117,0:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,159:. 1|1:0,11:11:42:1|1:530326_A_T:630,42,0:. 1|1:0,20:20:60:1|1:530326_A_T:900,60,0:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,32:. 1|1:0,11:11:36:1|1:530326_A_T:540,36,0:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|1:3,0:3:.:.:.:.:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,740:. 0|0:19,0:19:.:.:.:.:. 1|1:0,126:126:99:1|1:530326_A_T:5895,394,0:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,13:13:54:1|1:530326_A_T:810,54,0:. 1|1:0,24:24:84:.:.:1260,84,0:. 0|0:30,0:30:58:.:.:0,58,786:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,153:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,8:21:99:0|1:530326_A_T:336,0,561:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,968:. 1|0:8,45:53:99:0|1:530331_T_C:1949,0,194:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,498:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1671:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530227_C_G:5670,379,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530326_A_T:9270,620,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1255:. 1|0:26,2:28:3:0|1:530326_A_T:3,0,1128:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530331_T_C:3780,253,0:. 1|0:21,19:40:99:0|1:530326_A_T:732,0,867:. 1|1:0,56:56:99:1|1:530234_T_G:2610,175,0:. 0|1:12,11:23:99:0|1:530326_A_T:426,0,471:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:.:.:.:.:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:79:.:.:0,79,981:. 1|1:0,21:21:81:1|1:530326_A_T:1215,81,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:. 0|0:45,2:47:61:0|1:530326_A_T:0,61,2070:. 0|0:90,0:90:.:.:.:.:. 0|1:19,13:32:99:0|1:530185_T_A:525,0,840:. 1|1:0,100:100:99:1|1:530326_A_T:4725,316,0:. 1|1:0,184:184:99:1|1:530227_C_G:8685,581,0:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,8:96:53:0|1:530331_T_C:53,0,3923:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:. 1|0:13,16:29:99:0|1:530331_T_C:630,0,540:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:21,0:21:.:.:.:.:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530331_T_C:3014,202,0:. 0|0:95,5:100:76:0|1:530326_A_T:0,76,4050:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|1:53,54:107:99:0|1:530326_A_T:2096,0,2193:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1024:. 1|1:0,42:42:99:1|1:530227_C_G:2070,138,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1275:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:. 0|1:35,53:88:99:0|1:530326_A_T:2159,0,1349:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:0,3:3:9:1|1:530326_A_T:135,9,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,89:97:53:0|1:530326_A_T:3923,0,53:. 1|1:0,56:56:99:1|1:530227_C_G:2610,175,0:. 1|1:82,0:82:.:.:.:.:. 1|1:65,0:65:.:.:.:.:. 1|0:33,16:49:99:.:.:569,0,1379:. 0|1:6,8:14:99:1|0:530227_C_G:315,0,270:. 0|0:104,7:111:34:1|0:530227_C_G:0,34,4590:. 1|1:5,118:123:99:1|1:530326_A_T:5310,160,0:. 1|0:90,62:152:99:0|1:530331_T_C:2356,0,3841:. 1|1:6,192:198:99:1|1:530326_A_T:8675,347,0:. 1|0:25,166:191:99:0|1:530331_T_C:7228,0,565:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,68:82:99:0|1:530326_A_T:3054,0,365:. 0|1:10,48:58:99:0|1:530248_A_T:2153,0,263:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530331_T_C:2115,141,0:. 1|1:11,174:185:89:1|1:530326_A_T:7738,89,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,41:147:99:1|0:530227_C_G:1435,0,4450:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,78:126:99:1|0:530310_C_CGGG:3293,0,1853:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:1|1:530326_A_T:9483,635,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,4:19:99:0|1:530326_A_T:123,0,618:. 1|1:0,179:179:99:1|1:530331_T_C:8460,566,0:. 1|1:0,31:31:96:1|1:530326_A_T:1440,96,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,12:47:99:0|1:530326_A_T:483,0,1428:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:1|1:530326_A_T:8235,551,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:530227_C_G:4950,331,0:. 0|0:127,0:127:90:.:.:0,90,3051:. 0|1:93,27:120:99:0|1:530333_G_A:971,0,3941:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:1|1:530331_T_C:4815,322,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530326_A_T:2745,184,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:.:.:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,0:112:.:.:.:.:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,79:108:99:0|1:530326_A_T:3388,0,1026:. 1|0:11,76:87:99:0|1:530331_T_C:3452,0,212:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:118,0:118:.:.:.:.:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,0:52:.:.:.:.:. 0|0:88,4:92:99:0|1:530331_T_C:0,106,3915:. 1|0:16,32:48:99:0|1:530326_A_T:1418,0,608:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530227_C_G:2520,169,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,28:40:99:0|1:530326_A_T:1179,0,459:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:530326_A_T:5839,391,0:. 1|1:0,89:89:99:1|1:530326_A_T:4140,277,0:. 1|0:16,21:37:99:1|0:530293_C_T:828,0,985:. 1|1:0,23:23:78:1|1:530163_TAA_T:1170,78,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,61:113:99:0|1:530331_T_C:2517,0,2033:. 1|1:0,101:101:99:1|1:530326_A_T:4815,322,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,0:7:.:.:.:.:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:.:.:.:.:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530326_A_T:3330,223,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530326_A_T:3600,241,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530331_T_C:3195,214,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530326_A_T:2835,190,0:. 1|0:92,12:104:99:0|1:530291_G_A:263,0,3904:. 0|0:82,0:82:67:.:.:0,67,1966:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,15:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,17:90:99:0|1:530326_A_T:602,0,3257:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,68:77:99:0|1:530326_A_T:2944,0,164:. 1|1:0,118:118:99:1|1:530326_A_T:5354,358,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:1|1:530326_A_T:7425,497,0:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,8:8:27:1|1:530326_A_T:405,27,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530331_T_C:4455,298,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1232:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530326_A_T:3240,217,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530326_A_T:3690,247,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1009:. 0|1:71,20:91:99:0|1:530133_TA_T:647,0,3212:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,12:46:99:1|0:530247_A_ATGATG:399,0,1434:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,841:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,19:89:99:0|1:530305_T_A:578,0,3008:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,110:110:99:1|1:530326_A_T:5175,346,0:. 1|1:0,17:17:51:1|1:530326_A_T:759,51,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:70,0:70:.:.:.:.:. 1|0:16,15:31:99:0|1:530326_A_T:579,0,669:. 1|1:31,0:31:.:.:.:.:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,15:66:99:0|1:530260_T_A:512,0,2177:. 0|0:50,0:50:58:.:.:0,58,1183:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530326_A_T:3330,223,0:. 0|1:20,13:33:99:1|0:530293_C_T:486,0,1006:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,999:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,23:55:99:0|1:530326_A_T:869,0,1274:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1007:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1581:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:63:1|1:530326_A_T:945,63,0:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530326_A_T:3285,220,0:. 0|1:20,44:64:99:1|0:530293_C_T:1865,0,785:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:21:1|1:530326_A_T:315,21,0:. 0|1:9,58:67:99:0|1:530326_A_T:2447,0,242:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,993:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1178:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,350:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530202_A_G:5940,397,0:. 0|0:23,0:23:.:.:.:.:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,35:98:99:0|1:530331_T_C:1316,0,2621:. 0|0:114,0:114:.:.:.:.:. 1|0:12,3:15:90:0|1:530331_T_C:90,0,495:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530326_A_T:1575,105,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,8:96:62:0|1:530326_A_T:62,0,3797:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530207_A_C:2295,154,0:. 0|0:0,3:3:9:1|1:530326_A_T:135,9,0:. 1|0:23,24:47:99:0|1:530326_A_T:933,0,978:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:. 1|1:0,95:95:99:1|1:530326_A_T:4455,298,0:. 1|0:17,0:17:.:.:.:.:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530326_A_T:3150,211,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,112:120:7:1|1:530064_A_G:4770,7,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:71,0:71:.:.:.:0,0,0:. 1|0:126,0:126:.:.:.:0,0,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:530227_C_G:5580,373,0:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530207_A_C:6750,452,0:. 1|1:101,0:101:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,183:183:99:1|1:530326_A_T:8505,569,0:. 0|1:91,0:91:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530326_A_T:4950,331,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:1|1:530313_A_T:7470,500,0:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530207_A_C:6255,418,0:. 1|1:0,93:93:99:1|1:530326_A_T:4410,295,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530326_A_T:6435,430,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:63,9:72:99:0|1:530227_C_G:224,0,2699:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530207_A_C:4005,268,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:1|1:530227_C_G:6075,406,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:1|1:530326_A_T:6975,467,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:.:.:.:0,0,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,333:333:99:1|1:530207_A_C:15930,1066,0:. 1|1:45,0:45:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530326_A_T:2610,175,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:0,2:2:6:1|1:530326_A_T:90,6,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,52:53:99:1|1:530163_TAA_T:2520,130,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:530207_A_C:6165,412,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:433,0:433:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:.:.:.:0,0,0:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:48,0:48:.:.:.:0,0,0:. 1|1:8,221:229:99:1|1:530326_A_T:10035,320,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,0:126:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,121:121:99:1|1:530207_A_C:5715,382,0:. 0|0:246,0:246:0:.:.:0,0,6051:. 1|1:5,197:202:99:1|1:530326_A_T:9045,410,0:. 1|1:0,19:19:57:1|1:530326_A_T:855,57,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:.:.:.:0,0,0:. 0|0:383,0:383:0:.:.:0,0,444:. 0|1:17,3:20:69:0|1:530326_A_T:69,0,777:. 1|1:16,224:240:27:1|1:530326_A_T:9720,27,0:. 0|1:76,169:245:99:0|1:530326_A_T:7050,0,2793:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:1|1:530142_A_G:6705,449,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:0,0,0:. 0|0:129,0:129:.:.:.:0,0,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,6:10:99:0|1:530326_A_T:234,0,234:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:93:.:.:0,93,2082:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:18,126:144:99:0|1:530326_A_T:5404,0,364:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:535,0:535:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1603:. 1|1:0,271:271:99:1|1:530326_A_T:12600,843,0:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,5:30:99:0|1:530326_A_T:135,0,1035:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530326_A_T:3735,250,0:. 1|0:26,81:107:99:0|1:530331_T_C:3362,0,887:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:1|1:530326_A_T:8009,536,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,2767:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1659:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,457:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1737:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,20:20:63:1|1:530326_A_T:945,63,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,0:112:.:.:.:0,0,0:. 0|0:105,0:105:.:.:.:0,0,0:. 1|0:78,169:247:99:0|1:530331_T_C:7143,0,2913:. 0|0:57,0:57:.:.:.:0,0,0:. 0|0:239,0:239:0:.:.:0,0,1265:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530326_A_T:5355,358,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530354 . G C 9.84764e+06 PASS FS=0.907;MQ=48.39;QD=27.84;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1047Q;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Caa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.832;VQSLOD=5.53;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.982;GC=14.29;GQ_MEAN=107.44;GQ_STDDEV=116.77;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6342;MQRankSum=0;NCC=11;ReadPosRankSum=-0.143;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10535630;AF=0.507;AS_InbreedingCoeff=0.6184;MLEAC=2038;MLEAF=0.518;AN=670;AC=314 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530326_A_T:2148,144,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530331_T_C:1710,114,0:. 1|0:25,0:25:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:.:.:.:.:. 1|1:17,0:17:.:.:.:.:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530326_A_T:2160,144,0:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,546:. 1|1:24,0:24:.:.:.:.:. 1|1:0,17:17:51:1|1:530326_A_T:765,51,0:. 1|1:0,21:21:81:1|1:530326_A_T:1215,81,0:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,289:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:. 1|1:0,13:13:48:1|1:530326_A_T:720,48,0:. 0|1:2,0:2:.:.:.:.:. 1|1:0,5:5:15:1|1:530331_T_C:225,15,0:. 1|1:12,0:12:.:.:.:.:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:. 1|1:0,29:29:99:1|1:530227_C_G:1530,102,0:. 1|1:35,0:35:.:.:.:.:. 1|1:0,118:118:99:1|1:530326_A_T:5490,367,0:. 0|1:41,0:41:.:.:.:.:. 1|1:0,20:20:66:1|1:530227_C_G:990,66,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,0:8:.:.:.:.:. 1|1:2,0:2:.:.:.:.:. 0|1:23,0:23:.:.:.:.:. 1|1:0,24:24:78:1|1:530326_A_T:1170,78,0:. 1|0:4,28:32:99:.:.:1180,0,127:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:. 1|0:35,0:35:.:.:.:.:. 1|0:45,163:208:99:0|1:530227_C_G:6994,0,1647:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,26:36:99:0|1:530326_A_T:1272,0,327:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,43:50:99:0|1:530331_T_C:1865,0,200:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,527:. 1|1:0,9:9:33:1|1:530227_C_G:495,33,0:. 1|0:74,0:74:.:.:.:.:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:530227_C_G:5760,385,0:. 1|1:0,194:194:99:1|1:530326_A_T:8867,599,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,27:31:99:0|1:530331_T_C:1161,0,175:. 1|1:23,0:23:.:.:.:.:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530331_T_C:4230,283,0:. 1|0:19,22:41:99:0|1:530326_A_T:909,0,729:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530234_T_G:2925,196,0:. 1|1:0,19:19:60:1|1:530331_T_C:900,60,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:159,0:159:.:.:.:.:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530327_ATT_A:2115,141,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530326_A_T:2025,135,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:. 0|0:47,3:50:31:0|1:530326_A_T:0,31,2205:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530227_C_G:1845,123,0:. 1|1:0,111:111:99:1|1:530326_A_T:5215,352,0:. 1|1:0,175:175:99:1|1:530227_C_G:8325,557,0:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:. 0|1:25,12:37:99:0|1:530142_A_G:426,0,1056:. 0|1:105,9:114:50:0|1:530331_T_C:50,0,4515:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:.:.:.:.:. 1|0:23,22:45:99:0|1:530331_T_C:841,0,865:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530227_C_G:2250,151,0:. 1|1:27,0:27:.:.:.:.:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,77:78:99:1|1:530331_T_C:3363,190,0:. 0|0:106,6:112:79:0|1:530326_A_T:0,79,4680:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|1:11,115:126:99:0|1:530338_A_T:5171,0,131:. 1|0:27,9:36:99:0|1:530227_C_G:339,0,1104:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1024:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530227_C_G:2160,144,0:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,587:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:31,0:31:.:.:.:.:. 0|1:22,70:92:99:0|1:530331_T_C:3038,0,743:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,6:6:18:1|1:530326_A_T:270,18,0:. 1|1:0,9:9:27:1|1:530227_C_G:405,27,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,97:102:99:1|1:530331_T_C:4500,106,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:530227_C_G:3690,247,0:. 1|1:96,0:96:.:.:.:.:. 1|1:71,0:71:.:.:.:.:. 1|0:11,38:49:99:.:.:1640,0,425:. 1|1:0,18:18:54:1|1:530227_C_G:810,54,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:530227_C_G:5355,358,0:. 1|1:0,129:129:99:1|1:530331_T_C:6120,409,0:. 1|0:98,63:161:99:0|1:530331_T_C:2344,0,3944:. 1|1:8,211:219:99:1|1:530326_A_T:9585,329,0:. 1|0:31,168:199:99:0|1:530326_A_T:7294,0,814:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:. 1|0:17,75:92:99:0|1:530326_A_T:3366,0,509:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530244_A_T:3555,238,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530331_T_C:2070,138,0:. 1|1:7,178:185:99:1|1:530326_A_T:8004,185,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,157:157:99:1|1:530227_C_G:7335,491,0:. 1|1:128,0:128:.:.:.:.:. 1|0:51,100:151:99:1|0:530310_C_CGGG:4240,0,2035:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:. 0|0:99,0:99:.:.:.:.:. 1|1:0,207:207:99:1|1:530326_A_T:9945,665,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,17:22:99:0|1:530338_A_T:738,0,198:. 1|1:0,195:195:99:1|1:530331_T_C:9270,620,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530326_A_T:1755,117,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,48:51:25:1|1:530331_T_C:2115,25,0:. 0|0:74,0:74:52:.:.:0,52,1714:. 1|1:0,185:185:99:1|1:530326_A_T:8835,599,0:. 1|1:0,132:132:99:1|1:530227_C_G:6255,418,0:. 1|1:0,114:114:99:1|1:530227_C_G:5445,364,0:. 1|1:141,0:141:.:.:.:.:. 0|1:82,42:124:99:0|1:530331_T_C:1550,0,3440:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:530331_T_C:5400,361,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530326_A_T:3452,232,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:23:.:.:0,23,4324:. 0|1:116,0:116:.:.:.:.:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1493:. 0|1:132,0:132:.:.:.:.:. 0|0:87,0:87:90:.:.:0,90,2130:. 1|1:7,133:140:99:1|1:530338_A_T:6120,137,0:. 1|0:11,116:127:99:0|1:530331_T_C:5087,0,137:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:122,0:122:.:.:.:.:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530320_A_T:5085,340,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530320_A_T:5445,364,0:. 1|1:60,0:60:.:.:.:.:. 0|1:95,7:102:74:0|1:530331_T_C:74,0,4214:. 1|0:21,54:75:99:0|1:530326_A_T:2498,0,698:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530327_ATT_A:6660,446,0:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530227_C_G:2565,172,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530320_A_T:2790,187,0:. 1|1:63,0:63:.:.:.:.:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,35:46:99:0|1:530326_A_T:1479,0,354:. 1|0:53,66:119:99:0|1:530253_C_A:2729,0,2144:. 1|1:109,0:109:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,12:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:1|1:530326_A_T:5878,394,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530326_A_T:4140,277,0:. 1|0:17,18:35:99:1|0:530293_C_T:741,0,1033:. 1|1:0,30:30:90:1|1:530163_TAA_T:1350,90,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,63:132:99:.:.:2462,0,2677:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530326_A_T:4590,307,0:. 1|1:0,105:105:99:1|1:530227_C_G:5265,352,0:. 1|1:10,0:10:.:.:.:.:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530326_A_T:3195,214,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530326_A_T:3613,244,0:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530331_T_C:3735,250,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530326_A_T:3465,232,0:. 1|0:48,53:101:99:0|1:530331_T_C:2240,0,1970:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530227_C_G:3420,229,0:. 0|0:108,0:108:.:.:.:.:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,15:15:45:1|1:530227_C_G:675,45,0:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,958:. 1|0:83,22:105:99:0|1:530326_A_T:746,0,3581:. 0|0:175,0:175:0:.:.:0,0,2842:. 1|0:10,71:81:99:0|1:530326_A_T:3074,0,239:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530326_A_T:5580,373,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:530326_A_T:7155,479,0:. 1|1:108,0:108:.:.:.:.:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:530227_C_G:4275,286,0:. 1|1:0,15:15:45:1|1:530326_A_T:675,45,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530331_T_C:3974,271,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530227_C_G:2295,154,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530326_A_T:3240,217,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530326_A_T:3946,268,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530227_C_G:6705,449,0:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,1631:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,41:99:99:0|1:530133_TA_T:1711,0,2371:. 0|1:67,0:67:.:.:.:.:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530163_TAA_T:2430,163,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1394:. 1|0:40,19:59:99:0|1:530253_C_A:710,0,1745:. 0|1:70,23:93:99:0|1:530305_T_A:743,0,3038:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:0:.:.:0,0,12:. 1|1:0,110:110:99:1|1:530326_A_T:5085,340,0:. 1|1:0,22:22:69:1|1:530326_A_T:1035,69,0:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530331_T_C:6120,409,0:. 1|1:0,26:26:84:1|1:530227_C_G:1260,84,0:. 1|0:15,23:38:99:0|1:530338_A_T:921,0,561:. 1|1:36,0:36:.:.:.:.:. 1|1:0,5:5:14:1|1:530227_C_G:224,14,0:. 1|0:52,24:76:99:0|1:530260_T_A:890,0,2140:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1078:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530326_A_T:3235,220,0:. 0|1:20,23:43:99:1|0:530288_A_G:948,0,958:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,29:55:99:0|1:530326_A_T:1130,0,1130:. 0|1:157,0:157:.:.:.:.:. 0|0:49,0:49:27:.:.:0,27,1135:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530326_A_T:1845,123,0:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530326_A_T:3011,205,0:. 0|1:22,68:90:99:1|0:530312_A_G:2809,0,769:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:21:1|1:530326_A_T:315,21,0:. 0|1:16,67:83:99:0|1:530326_A_T:2975,0,455:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:0:.:.:0,0,956:. 1|1:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,289:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530202_A_G:5625,376,0:. 1|0:28,0:28:.:.:.:.:. 0|0:19,0:19:.:.:.:.:. 1|1:51,0:51:.:.:.:.:. 0|0:253,15:268:99:.:.:0,114,10797:. 0|1:63,35:98:99:0|1:530331_T_C:1248,0,2525:. 1|1:123,0:123:.:.:.:.:. 1|0:13,3:16:87:0|1:530331_T_C:87,0,537:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530326_A_T:1890,126,0:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,886:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,15:104:99:0|1:530326_A_T:356,0,3776:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530207_A_C:2880,193,0:. 0|0:0,3:3:9:1|1:530326_A_T:135,9,0:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530331_T_C:2610,175,0:. 1|1:23,0:23:.:.:.:.:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530326_A_T:4815,322,0:. 1|0:16,0:16:.:.:.:.:. 0|0:98,0:98:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530326_A_T:4230,283,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,116:124:25:.:.:5010,25,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:73,0:73:.:.:.:0,0,0:. 1|1:4,138:142:99:1|1:530354_G_C:6201,259,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:530227_C_G:5895,394,0:. 0|1:28,0:28:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,163:163:99:1|1:530207_A_C:7785,521,0:. 1|1:104,0:104:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,196:196:99:1|1:530326_A_T:9164,617,0:. 0|0:101,0:101:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,152:152:99:1|1:530326_A_T:7245,485,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:98:.:.:0,98,2439:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530207_A_C:4860,325,0:. 1|1:0,170:170:99:1|1:530313_A_T:8010,536,0:. 1|1:0,144:144:99:1|1:530207_A_C:6705,449,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:530326_A_T:5175,346,0:. 1|1:65,0:65:.:.:.:0,0,0:. 0|0:66,0:66:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,166:166:99:1|1:530326_A_T:7740,518,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:67,17:84:99:0|1:530227_C_G:512,0,2762:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530207_A_C:4005,268,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530227_C_G:6525,436,0:. 1|1:0,162:162:99:1|1:530203_T_C:7560,506,0:. 1|1:85,0:85:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,153:153:99:1|1:530326_A_T:7364,497,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530207_A_C:5490,367,0:. 0|0:454,0:454:.:.:.:0,0,0:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,360:360:99:1|1:530207_A_C:17685,1183,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530347_A_C:1845,123,0:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530326_A_T:2555,172,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|1:51,6:57:99:0|1:530350_TA_T:99,0,2037:. 0|0:95,0:95:.:.:.:0,0,0:. 0|0:134,0:134:.:.:.:0,0,0:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,64:65:99:1|1:530354_G_C:2942,160,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:530207_A_C:6930,464,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:436,0:436:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:64,0:64:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,280:280:99:1|1:530207_A_C:13140,879,0:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530346_A_AT:2385,160,0:. 1|1:10,225:235:99:1|1:530326_A_T:10097,290,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,0:156:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530207_A_C:6210,415,0:. 0|0:255,0:255:0:.:.:0,0,6325:. 1|1:4,203:207:99:1|1:530326_A_T:9315,467,0:. 1|1:0,17:17:54:1|1:530326_A_T:810,54,0:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,0:91:.:.:.:0,0,0:. 0|0:168,11:179:23:0|1:530345_A_AC:0,23,7335:. 1|1:0,22:22:72:1|1:530338_A_T:1080,72,0:. 1|1:15,233:248:42:1|1:530326_A_T:9945,42,0:. 0|1:90,164:254:99:0|1:530326_A_T:7149,0,3414:. 1|1:0,130:130:99:1|1:530327_ATT_A:6705,449,0:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,0:163:.:.:.:0,0,0:. 1|1:162,0:162:.:.:.:0,0,0:. 1|0:131,0:131:.:.:.:0,0,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:124,0:124:.:.:.:0,0,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:74:.:.:0,74,2288:. 0|1:100,0:100:.:.:.:0,0,0:. 0|1:41,0:41:.:.:.:0,0,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:0:.:.:0,0,4230:. 0|0:429,0:429:0:.:.:0,0,400:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:.:.:.:0,0,0:. 0|1:111,0:111:.:.:.:0,0,0:. 0|1:140,0:140:.:.:.:0,0,0:. 0|0:151,0:151:0:.:.:0,0,3786:. 1|0:18,13:31:99:0|1:530319_AAT_A:515,0,762:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,713:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,122:129:79:1|1:530327_ATT_A:5192,79,0:. 1|1:0,16:16:48:1|1:530331_T_C:720,48,0:. 1|1:13,220:233:99:1|1:530319_AAT_A:9397,128,0:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,339:. 0|0:160,0:160:.:.:.:0,0,0:. 0|0:212,0:212:74:.:.:0,74,5843:. 0|1:17,176:193:99:0|1:530326_A_T:7633,0,163:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,27:180:99:0|1:530338_A_T:838,0,6373:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:280,0:280:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,33:33:99:1|1:530194_A_G:1755,117,0:. 1|1:0,344:344:99:1|1:530326_A_T:16110,1078,0:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,5:29:99:0|1:530326_A_T:138,0,993:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530326_A_T:3932,268,0:. 1|1:0,111:111:99:1|1:530338_A_T:5490,367,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:1|1:530326_A_T:8785,593,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,88:128:99:0|1:530236_G_A:4231,0,1576:. 0|0:163,0:163:.:.:.:0,0,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:28,0:28:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,159:159:99:1|1:530233_A_G:7560,506,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:530227_C_G:8055,539,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:62:.:.:0,62,4400:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|1:55,0:55:.:.:.:0,0,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1659:. 0|0:15,0:15:.:.:.:0,0,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:0:.:.:0,0,3826:. 0|0:159,0:159:0:.:.:0,0,2668:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,621:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:0:.:.:0,0,2033:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,21:21:63:1|1:530326_A_T:945,63,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:125,0:125:.:.:.:0,0,0:. 0|0:127,0:127:.:.:.:0,0,0:. 1|0:131,186:317:99:0|1:530331_T_C:7450,0,4853:. 1|0:69,0:69:.:.:.:0,0,0:. 0|0:243,0:243:0:.:.:0,0,868:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530326_A_T:5805,388,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,0:22:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,22:22:69:1|1:530227_C_G:1035,69,0:. 1|1:2,290:292:99:1|1:530354_G_C:9833,824,0:. 0|0:103,0:103:.:.:.:0,0,0:. Pf3D7_01_v3 530363 . A G 1.55851e+07 PASS FS=0;MQ=51.56;QD=25.84;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S1050G;SNPEFF_CODON_CHANGE=Agt/Ggt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.73;VQSLOD=7.14;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.975;GC=19.05;GQ_MEAN=81.26;GQ_STDDEV=34.25;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8869;MQRankSum=0;NCC=13;ReadPosRankSum=-1.136;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11046777;AF=0.728;AS_InbreedingCoeff=0.7418;MLEAC=3038;MLEAF=0.735;AN=692;AC=493 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,26:26:78:1|1:530363_A_G:1153,78,0:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530326_A_T:2148,144,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530331_T_C:1665,111,0:. 1|1:34,0:34:.:.:.:.:. 0|0:40,0:40:46:.:.:0,46,1081:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,262:. 1|1:25,0:25:.:.:.:.:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530326_A_T:2430,163,0:. 1|1:35,0:35:.:.:.:.:. 1|1:0,20:20:66:1|1:530363_A_G:990,66,0:. 1|0:28,0:28:.:.:.:.:. 1|1:0,20:20:63:1|1:530326_A_T:945,63,0:. 1|1:0,22:22:75:1|1:530326_A_T:1125,75,0:. 1|1:0,16:16:48:1|1:530363_A_G:720,48,0:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,75:. 1|1:0,15:15:45:1|1:530326_A_T:675,45,0:. 0|1:2,0:2:0:.:.:0,0,2:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,181:. 1|1:14,0:14:.:.:.:.:. 1|1:20,0:20:.:.:.:.:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530227_C_G:1575,105,0:. 1|1:43,0:43:.:.:.:.:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530326_A_T:5355,358,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,22:22:78:1|1:530227_C_G:1170,78,0:. 1|0:64,15:79:99:0|1:530363_A_G:434,0,2599:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,29:29:87:1|1:530326_A_T:1305,87,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:2070,138,0:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,623:. 0|1:37,0:37:.:.:.:.:. 1|1:1,220:221:99:1|1:530227_C_G:10162,549,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,38:47:99:0|1:530326_A_T:1608,0,303:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530363_A_G:2340,157,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:2341,163,0:. 1|0:47,0:47:.:.:.:.:. 1|1:0,9:9:27:1|1:530227_C_G:405,27,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,46:114:99:.:.:1600,0,2608:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530363_A_G:3349,229,0:. 1|1:0,132:132:99:1|1:530227_C_G:6165,412,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530326_A_T:8690,601,0:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:. 1|0:5,31:36:99:0|1:530331_T_C:1326,0,230:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,666:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530331_T_C:4011,274,0:. 1|0:10,30:40:99:.:.:1227,0,372:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530234_T_G:3105,208,0:. 0|1:11,9:20:99:.:.:325,0,462:. 1|1:70,0:70:.:.:.:.:. 1|1:159,0:159:.:.:.:.:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:530327_ATT_A:2070,138,0:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530326_A_T:2475,166,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530363_A_G:2862,193,0:. 1|0:49,0:49:.:.:.:.:. 0|1:29,25:54:99:.:.:956,0,1164:. 0|0:93,0:93:.:.:.:.:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530227_C_G:2295,154,0:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530326_A_T:4819,331,0:. 1|1:0,191:191:99:1|1:530227_C_G:8775,587,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,992:. 0|1:25,12:37:99:0|1:530142_A_G:423,0,1098:. 0|1:34,77:111:99:0|1:530363_A_G:3114,0,1196:. 1|0:67,11:78:99:.:.:171,0,2631:. 1|1:27,0:27:.:.:.:.:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530363_A_G:2250,151,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530227_C_G:2475,166,0:. 1|1:27,0:27:.:.:.:.:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:.:.:3439,238,0:. 0|0:107,7:114:40:0|1:530326_A_T:0,40,4680:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|1:11,132:143:62:0|1:530338_A_T:5576,0,62:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530363_A_G:1935,129,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1024:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530227_C_G:2160,144,0:. 1|1:0,6:6:18:1|1:530363_A_G:270,18,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530363_A_G:3157,217,0:. 1|1:31,0:31:.:.:.:.:. 0|1:21,70:91:99:0|1:530331_T_C:2918,0,668:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530363_A_G:3129,211,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:21:1|1:530326_A_T:315,21,0:. 1|1:0,9:9:27:1|1:530227_C_G:405,27,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,101:105:99:1|1:530331_T_C:4500,145,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530227_C_G:3555,238,0:. 1|1:106,0:106:.:.:.:.:. 1|1:74,0:74:.:.:.:.:. 1|0:12,45:57:99:.:.:1979,0,359:. 1|1:0,20:20:60:1|1:530227_C_G:900,60,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530227_C_G:5580,373,0:. 1|0:10,124:134:91:.:.:3030,0,91:. 1|1:0,171:171:99:1|1:530338_A_T:7929,533,0:. 1|1:8,227:235:99:1|1:530326_A_T:9990,356,0:. 1|0:30,171:201:99:0|1:530326_A_T:7176,0,778:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,81:96:99:0|1:530326_A_T:3483,0,374:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530244_A_T:3510,235,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530331_T_C:2230,150,0:. 1|1:6,191:197:99:1|1:530326_A_T:8480,338,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530363_A_G:3592,246,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,0:113:.:.:.:.:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:1|1:530227_C_G:7695,515,0:. 1|1:136,0:136:.:.:.:.:. 1|0:48,105:153:99:1|0:530310_C_CGGG:4387,0,1732:. 1|0:138,0:138:.:.:.:.:. 1|1:110,0:110:.:.:.:.:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530326_A_T:9914,668,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:530363_A_G:5979,403,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,24:30:99:0|1:530338_A_T:990,0,180:. 1|1:0,200:200:99:1|1:530331_T_C:9291,623,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530326_A_T:1915,129,0:. 1|1:0,178:178:99:1|1:530363_A_G:8023,551,0:. 1|1:3,49:52:22:1|1:530331_T_C:2070,22,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530239_A_T:3375,226,0:. 1|1:0,178:178:99:1|1:530326_A_T:7944,548,0:. 1|1:0,135:135:99:1|1:530227_C_G:6120,409,0:. 1|1:0,113:113:99:1|1:530227_C_G:5400,361,0:. 1|1:163,0:163:.:.:.:.:. 0|1:26,94:120:99:.:.:3804,0,743:. 1|1:162,0:162:.:.:.:.:. 1|1:0,126:126:99:1|1:530331_T_C:5850,391,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530326_A_T:3572,244,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530363_A_G:3780,259,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:120,0:120:.:.:.:.:. 1|0:100,0:100:.:.:.:.:. 1|1:135,0:135:.:.:.:.:. 1|1:96,0:96:.:.:.:.:. 1|1:0,150:150:99:1|1:530363_A_G:6975,467,0:. 1|1:0,151:151:99:1|1:530363_A_G:6913,464,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:127,0:127:.:.:.:.:. 1|1:0,121:121:99:1|1:530320_A_T:5535,370,0:. 1|1:0,127:127:99:1|1:530320_A_T:5940,397,0:. 1|1:63,0:63:.:.:.:.:. 1|1:0,105:105:99:1|1:530338_A_T:4926,331,0:. 1|0:21,67:88:99:0|1:530326_A_T:2889,0,668:. 1|1:0,144:144:99:1|1:530327_ATT_A:6705,449,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530227_C_G:2655,178,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530320_A_T:3015,202,0:. 1|1:64,0:64:.:.:.:.:. 1|1:59,0:59:.:.:.:.:. 1|1:0,208:208:99:1|1:530363_A_G:9277,632,0:. 1|0:11,33:44:99:0|1:530326_A_T:1420,0,357:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530363_A_G:5316,361,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,0:40:.:.:.:.:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:530363_A_G:5564,379,0:. 1|1:0,123:123:99:1|1:530326_A_T:5506,375,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530326_A_T:3825,256,0:. 1|0:18,13:31:99:1|0:530293_C_T:492,0,1009:. 1|1:0,32:32:99:1|1:530163_TAA_T:1620,108,0:. 1|1:10,156:166:73:.:.:6161,73,0:. 1|0:28,109:137:99:.:.:3563,0,448:. 1|1:0,95:95:99:1|1:530326_A_T:4455,298,0:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530227_C_G:5355,358,0:. 1|1:10,0:10:.:.:.:.:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:.:.:.:.:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530326_A_T:3195,223,0:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530326_A_T:3713,265,0:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530331_T_C:3825,256,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530326_A_T:3632,244,0:. 1|0:53,55:108:99:0|1:530331_T_C:2209,0,2054:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530227_C_G:3465,232,0:. 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,115:. 1|1:9,127:136:99:1|1:530363_A_G:5626,367,0:. 1|1:0,27:27:81:1|1:530363_A_G:1195,81,0:. 1|1:0,15:15:48:1|1:530227_C_G:720,48,0:. 0|1:88,0:88:.:.:.:.:. 1|0:71,40:111:99:.:.:1457,0,2718:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530363_A_G:6529,442,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:3899,262,0:. 1|1:0,123:123:99:1|1:530326_A_T:5670,379,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530363_A_G:4294,292,0:. 1|1:0,149:149:99:1|1:530326_A_T:6930,464,0:. 0|1:108,0:108:.:.:.:.:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:106,0:106:.:.:.:.:. 1|1:0,184:184:99:1|1:530363_A_G:8239,560,0:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530227_C_G:4365,292,0:. 1|1:0,16:16:48:1|1:530326_A_T:720,48,0:. 1|1:0,135:135:99:1|1:530363_A_G:6210,415,0:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530331_T_C:3780,265,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530227_C_G:2430,163,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530326_A_T:3150,211,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530326_A_T:3854,271,0:. 1|1:0,150:150:99:1|1:530227_C_G:7065,473,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530363_A_G:3518,238,0:. 1|1:103,0:103:.:.:.:.:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530363_A_G:2835,190,0:. 0|1:64,49:113:99:0|1:530133_TA_T:1855,0,2524:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1368:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530163_TAA_T:2700,181,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530363_A_G:2250,151,0:. 1|0:12,46:58:99:.:.:1846,0,302:. 0|1:20,74:94:99:1|0:530347_A_C:2848,0,584:. 1|0:58,0:58:.:.:.:.:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530363_A_G:3492,241,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:530363_A_G:7719,527,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:530326_A_T:5220,349,0:. 1|1:0,24:24:75:1|1:530326_A_T:1105,75,0:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530331_T_C:6525,436,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530227_C_G:1575,105,0:. 1|0:15,26:41:99:0|1:530338_A_T:1044,0,594:. 1|1:41,0:41:.:.:.:.:. 1|1:0,5:5:14:1|1:530227_C_G:224,14,0:. 1|0:52,27:79:99:0|1:530260_T_A:935,0,2133:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:530326_A_T:3017,213,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530283_C_T:1935,129,0:. 1|1:53,0:53:.:.:.:.:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,27:55:99:0|1:530326_A_T:1046,0,1136:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530363_A_G:2154,147,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530326_A_T:2295,154,0:. 1|1:70,0:70:.:.:.:.:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530363_A_G:3087,208,0:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530326_A_T:2907,205,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530363_A_G:4635,310,0:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530363_A_G:4306,295,0:. 1|1:0,7:7:24:1|1:530326_A_T:360,24,0:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530363_A_G:4320,289,0:. 0|1:40,44:84:99:0|1:530363_A_G:1721,0,1595:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530363_A_G:4097,280,0:. 0|1:64,0:64:.:.:.:.:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530363_A_G:2188,147,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530202_A_G:5670,379,0:. 1|0:33,0:33:.:.:.:.:. 1|1:23,0:23:.:.:.:.:. 1|1:54,0:54:.:.:.:.:. 1|1:2,268:270:99:.:.:12277,765,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:4610,313,0:. 1|1:130,0:130:.:.:.:.:. 1|1:0,15:15:45:1|1:530363_A_G:660,45,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530326_A_T:2205,147,0:. 1|1:0,22:22:69:1|1:530363_A_G:1017,69,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530363_A_G:2385,160,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,110:110:99:.:.:5095,343,0:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530207_A_C:3015,202,0:. 1|1:0,2:2:9:1|1:530363_A_G:135,9,0:. 1|1:0,56:56:99:1|1:530331_T_C:2700,181,0:. 1|1:23,0:23:.:.:.:.:. 1|1:0,95:95:99:1|1:530326_A_T:4410,295,0:. 1|1:21,0:21:.:.:.:.:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530326_A_T:4545,304,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:530363_A_G:8988,608,0:. 1|1:0,177:177:99:1|1:530363_A_G:7988,539,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:1|1:530363_A_G:5805,388,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:79,0:79:.:.:.:0,0,0:. 1|1:6,146:152:99:1|1:530354_G_C:6456,222,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530227_C_G:6390,427,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,170:170:99:1|1:530207_A_C:8055,539,0:. 1|1:111,0:111:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,195:195:99:1|1:530326_A_T:8603,587,0:. 1|1:108,0:108:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,170:170:99:1|1:530326_A_T:7965,533,0:. 1|1:0,167:167:99:1|1:530363_A_G:7650,512,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530363_A_G:6212,418,0:. 1|1:94,0:94:.:.:.:0,0,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530207_A_C:4950,331,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:530313_A_T:7770,521,0:. 1|1:0,147:147:99:1|1:530207_A_C:6885,461,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:530326_A_T:5040,337,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:1|1:530326_A_T:8280,554,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530227_C_G:4050,271,0:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530207_A_C:4095,274,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530363_A_G:3735,250,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:530227_C_G:6660,446,0:. 1|1:0,170:170:99:1|1:530203_T_C:7875,527,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:1|1:530326_A_T:7443,518,0:. 1|1:116,0:116:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:530207_A_C:5985,400,0:. 1|0:453,0:453:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,446:446:99:1|1:530363_A_G:20430,1367,0:. 1|1:0,381:381:99:1|1:530207_A_C:18000,1204,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530347_A_C:1665,111,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530326_A_T:2351,160,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 1|1:0,64:64:99:.:.:3015,202,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,281:281:99:1|1:530275_T_C:12915,864,0:. 1|1:1,74:75:99:1|1:530363_A_G:3375,187,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:1|1:530207_A_C:7245,485,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,155:155:99:1|1:530363_A_G:7123,479,0:. 1|1:451,0:451:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,123:123:99:1|1:530363_A_G:5501,373,0:. 1|1:69,0:69:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,288:288:99:1|1:530207_A_C:13230,885,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530346_A_AT:2295,154,0:. 1|1:10,232:242:99:1|1:530326_A_T:9907,296,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:530363_A_G:9721,656,0:. 1|1:0,219:219:99:1|1:530363_A_G:10076,680,0:. 1|1:0,29:29:90:1|1:530363_A_G:1350,90,0:. 1|1:0,143:143:99:1|1:530207_A_C:6570,439,0:. 1|1:0,224:224:99:.:.:10135,686,0:. 1|1:2,206:208:99:.:.:9353,522,0:. 1|1:0,15:15:48:1|1:530326_A_T:708,48,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530363_A_G:2160,144,0:. 1|1:0,22:22:66:1|1:530363_A_G:990,66,0:. 1|1:1,182:183:99:.:.:8111,512,0:. 1|1:0,24:24:72:1|1:530338_A_T:1080,72,0:. 1|0:17,225:242:6:0|1:530326_A_T:9760,0,6:. 0|1:92,177:269:99:.:.:7249,0,3319:. 1|1:0,147:147:99:1|1:530327_ATT_A:6795,455,0:. 1|1:0,281:281:99:1|1:530363_A_G:12750,869,0:. 1|1:0,153:153:99:1|1:530363_A_G:6847,463,0:. 1|1:0,2:2:6:1|1:530363_A_G:90,6,0:. 1|1:174,0:174:.:.:.:0,0,0:. 1|1:143,0:143:.:.:.:0,0,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,2:2:6:1|1:530363_A_G:90,6,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:530363_A_G:9878,671,0:. 0|0:89,0:89:0:.:.:0,0,2438:. 0|1:0,1:1:3:1|1:530363_A_G:45,3,0:. 1|1:46,0:46:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,239:239:99:1|1:530363_A_G:10784,728,0:. 1|1:0,395:395:99:1|1:530363_A_G:17981,1216,0:. 0|1:61,89:150:99:0|1:530363_A_G:3510,0,2368:. 1|1:1,214:215:99:1|1:530363_A_G:9562,505,0:. 1|1:0,253:253:99:1|1:530363_A_G:11617,789,0:. 1|1:240,0:240:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,21:21:69:1|1:530363_A_G:998,69,0:. 1|0:0,4:4:12:1|1:530363_A_G:180,12,0:. 0|1:1,46:47:69:0|1:530363_A_G:1929,0,69:. 0|0:170,0:170:0:.:.:0,0,725:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530363_A_G:1620,108,0:. 1|1:0,179:179:99:1|1:530363_A_G:8040,545,0:. 1|1:29,0:29:.:.:.:0,0,0:. 1|0:192,41:233:99:0|1:530363_A_G:1105,0,7931:. 1|1:5,302:307:99:1|1:530363_A_G:13680,720,0:. 1|1:4,126:130:99:1|1:530363_A_G:5928,241,0:. 1|1:0,19:19:57:1|1:530331_T_C:855,57,0:. 1|1:0,234:234:99:1|1:530363_A_G:10845,725,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530363_A_G:1616,111,0:. 1|0:7,20:27:99:.:.:729,0,224:. 1|1:4,184:188:99:1|1:530363_A_G:8197,397,0:. 1|1:10,207:217:99:1|1:530363_A_G:9000,212,0:. 0|0:120,0:120:.:.:.:0,0,0:. 1|0:148,50:198:99:.:.:1630,0,5914:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:310,0:310:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530194_A_G:1575,105,0:. 1|1:0,374:374:99:1|1:530326_A_T:17460,1168,0:. 1|1:1,323:324:99:1|1:530363_A_G:14219,797,0:. 1|1:0,29:29:90:1|1:530363_A_G:1350,90,0:. 1|1:0,310:310:99:1|1:530363_A_G:14220,951,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530326_A_T:3667,256,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530338_A_T:5580,373,0:. 1|1:93,0:93:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,190:190:99:1|1:530326_A_T:8396,581,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:530363_A_G:5175,346,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530363_A_G:6345,424,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:1|1:530309_C_CTG:10215,683,0:. 1|1:0,193:193:99:1|1:530309_C_CTG:9045,605,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530363_A_G:3334,226,0:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,167:167:99:1|1:530233_A_G:7650,512,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:530227_C_G:8235,551,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 1|1:0,249:249:99:1|1:530363_A_G:11565,783,0:. 0|0:166,0:166:.:.:.:0,0,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 1|0:4,47:51:99:0|1:530363_A_G:1924,0,130:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,183:183:99:1|1:530363_A_G:8550,572,0:. 0|0:204,0:204:0:.:.:0,0,1945:. 0|0:173,0:173:0:.:.:0,0,192:. 1|1:0,19:19:60:1|1:530363_A_G:900,60,0:. 1|1:138,0:138:.:.:.:0,0,0:. 1|0:35,130:165:99:0|1:530363_A_G:5521,0,1066:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530363_A_G:4590,307,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,20:20:63:1|1:530326_A_T:933,63,0:. 1|1:0,138:138:99:1|1:530363_A_G:6345,424,0:. 1|1:136,0:136:.:.:.:0,0,0:. 1|1:128,0:128:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,345:345:99:1|1:530338_A_T:16067,1078,0:. 1|1:75,0:75:.:.:.:0,0,0:. 0|0:256,0:256:0:.:.:0,0,1422:. 1|1:326,0:326:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530326_A_T:5535,370,0:. 1|1:155,0:155:.:.:.:0,0,0:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,899:. 1|1:0,22:22:72:1|1:530227_C_G:1080,72,0:. 1|1:0,317:317:99:1|1:530227_C_G:14670,981,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530368 . T A 1.1751e+07 PASS FS=0;MQ=49.77;QD=29.38;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1051K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.638;VQSLOD=8.46;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.09;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.986;GC=19.05;GQ_MEAN=105.44;GQ_STDDEV=103.62;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7452;MQRankSum=0;NCC=14;ReadPosRankSum=-0.095;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11479184;AF=0.5;AS_InbreedingCoeff=0.4935;MLEAC=1882;MLEAF=0.508;AN=622;AC=377 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,25:25:75:1|1:530363_A_G:1125,75,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1347:. 0|1:19,17:36:99:0|1:530227_C_G:699,0,744:. 1|1:36,0:36:.:.:.:.:. 1|0:38,0:38:.:.:.:.:. 0|1:17,0:17:.:.:.:.:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,834:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530326_A_T:2507,169,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,22:25:57:0|1:530363_A_G:936,0,57:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:. 1|1:0,23:23:72:1|1:530326_A_T:1080,72,0:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,16:16:51:1|1:530363_A_G:765,51,0:. 1|1:8,0:8:.:.:.:.:. 0|0:15,0:15:13:.:.:0,13,396:. 1|1:2,0:2:.:.:.:.:. 1|1:0,8:8:24:1|1:530367_A_C:360,24,0:. 1|1:15,0:15:.:.:.:.:. 0|0:23,0:23:14:.:.:0,14,572:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530227_C_G:1665,111,0:. 1|1:45,0:45:.:.:.:.:. 1|1:0,123:123:99:1|1:530326_A_T:5760,385,0:. 1|0:50,0:50:.:.:.:.:. 1|1:0,28:28:90:1|1:530227_C_G:1350,90,0:. 1|0:63,16:79:99:0|1:530363_A_G:515,0,2700:. 0|1:9,0:9:.:.:.:.:. 1|1:0,0:.:3:1|1:530368_T_A:45,3,0:. 0|1:24,0:24:.:.:.:.:. 1|1:0,32:32:99:1|1:530326_A_T:1620,108,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:2025,135,0:. 0|1:45,0:45:.:.:.:.:. 0|1:42,0:42:.:.:.:.:. 1|1:1,224:225:99:1|1:530227_C_G:10252,555,0:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:. 1|0:24,29:53:99:.:.:1155,0,946:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530363_A_G:2520,169,0:. 0|1:46,9:55:99:0|1:530367_A_G:239,0,1904:. 1|0:49,0:49:.:.:.:.:. 1|1:0,8:8:27:1|1:530227_C_G:405,27,0:. 1|1:80,0:80:.:.:.:.:. 1|1:0,112:112:99:1|1:530367_A_G:5275,355,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530363_A_G:3492,235,0:. 1|1:0,138:138:99:1|1:530227_C_G:6525,436,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:.:.:.:.:. 0|1:8,28:36:99:0|1:530227_C_G:1320,0,325:. 1|1:23,0:23:.:.:.:.:. 1|0:74,14:88:99:0|1:530368_T_A:443,0,3071:. 0|1:32,9:41:99:0|1:530367_A_G:324,0,1314:. 1|1:0,71:71:99:1|1:530234_T_G:3420,229,0:. 1|0:6,13:19:99:.:.:552,0,217:. 1|1:75,0:75:.:.:.:.:. 0|1:158,0:158:.:.:.:.:. 0|0:118,0:118:.:.:.:.:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530363_A_G:3015,202,0:. 0|1:1,7:8:12:0|1:530273_T_A:382,0,12:. 0|1:35,22:57:99:0|1:530367_A_G:812,0,1487:. 1|1:95,0:95:.:.:.:.:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530227_C_G:2520,169,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:1|1:530227_C_G:9090,608,0:. 1|1:38,0:38:.:.:.:.:. 1|0:12,26:38:99:0|1:530233_A_G:1140,0,420:. 0|1:45,67:112:99:.:.:2732,0,1684:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530367_A_G:3600,241,0:. 1|1:29,0:29:.:.:.:.:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530363_A_G:2385,160,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530227_C_G:2430,163,0:. 0|1:29,0:29:.:.:.:.:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530227_C_G:5204,349,0:. 0|1:56,25:81:99:0|1:530368_T_A:920,0,2315:. 0|1:6,108:114:2:0|1:530274_A_G:4637,0,2:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|1:116,36:152:99:.:.:1141,0,5005:. 1|1:0,42:42:99:1|1:530363_A_G:2070,138,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1024:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530227_C_G:2205,147,0:. 1|1:0,6:6:18:1|1:530363_A_G:270,18,0:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530363_A_G:3133,211,0:. 1|0:34,0:34:.:.:.:.:. 0|1:60,34:94:99:0|1:530227_C_G:1328,0,2453:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530363_A_G:3195,214,0:. 0|0:173,0:173:.:.:.:.:. 1|1:118,0:118:.:.:.:.:. 1|1:0,12:12:36:1|1:530227_C_G:540,36,0:. 1|1:0,171:171:99:1|1:530227_C_G:7920,530,0:. 1|1:0,143:143:99:1|1:530227_C_G:6705,449,0:. 0|1:98,7:105:16:0|1:530298_C_A:16,0,4202:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530227_C_G:3780,253,0:. 0|0:112,0:112:.:.:.:.:. 1|1:76,0:76:.:.:.:.:. 1|0:16,45:61:99:.:.:1858,0,572:. 1|0:8,11:19:99:0|1:530227_C_G:480,0,300:. 1|1:0,122:122:99:1|1:530227_C_G:5760,385,0:. 0|1:126,12:138:99:0|1:530367_A_C:203,0,5322:. 0|1:67,107:174:99:0|1:530367_A_G:4424,0,2587:. 1|1:0,235:235:99:1|1:530368_T_A:11115,744,0:. 0|1:164,31:195:99:0|1:530318_A_C:778,0,7213:. 1|1:106,0:106:.:.:.:.:. 0|1:81,15:96:99:0|1:530367_A_G:380,0,3440:. 0|1:19,60:79:99:0|1:530248_A_T:2529,0,611:. 0|1:37,13:50:99:0|1:530291_G_A:425,0,1640:. 1|1:4,198:202:99:.:.:8633,434,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530363_A_G:3818,256,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:.:.:.:.:. 1|0:60,103:163:99:0|1:530227_C_G:4311,0,2320:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,69:149:99:0|1:530293_C_T:2776,0,3226:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:1|1:530363_A_G:6643,445,0:. 1|1:179,0:179:.:.:.:.:. 0|1:76,0:76:.:.:.:.:. 0|1:142,62:204:99:0|1:530368_T_A:2206,0,5825:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:. 1|1:0,172:172:99:1|1:530363_A_G:8014,539,0:. 1|0:21,30:51:99:0|1:530227_C_G:1187,0,883:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530239_A_T:3645,244,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530227_C_G:6345,424,0:. 1|1:0,118:118:99:1|1:530227_C_G:5535,370,0:. 0|0:165,0:165:82:.:.:0,82,4165:. 1|1:0,126:126:99:1|1:530368_T_A:5766,388,0:. 0|0:162,0:162:.:.:.:.:. 1|0:88,41:129:99:.:.:1451,0,3569:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,1102:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530363_A_G:3997,271,0:. 0|0:193,0:193:.:.:.:.:. 1|0:123,0:123:.:.:.:.:. 1|1:101,0:101:.:.:.:.:. 1|0:136,0:136:.:.:.:.:. 1|1:99,0:99:.:.:.:.:. 0|0:143,9:152:68:0|1:530368_T_A:0,68,6255:. 0|0:148,9:157:49:0|1:530368_T_A:0,49,6317:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:133,0:133:.:.:.:.:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:.:.:.:.:. 1|0:16,97:113:99:0|1:530317_A_AGCCTGT:4075,0,374:. 1|0:29,62:91:99:.:.:2531,0,1065:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530227_C_G:2655,178,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:68,0:68:.:.:.:.:. 1|1:58,0:58:.:.:.:.:. 1|1:0,205:205:99:1|1:530363_A_G:9630,650,0:. 0|1:27,15:42:99:.:.:591,0,1086:. 1|1:0,117:117:99:1|1:530363_A_G:5429,364,0:. 0|1:118,0:118:.:.:.:.:. 1|1:40,0:40:.:.:.:.:. 1|1:219,0:219:.:.:.:.:. 1|1:0,125:125:99:1|1:530227_C_G:5985,400,0:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530363_A_G:5724,385,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,17:27:99:0|1:530293_C_T:765,0,662:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530163_TAA_T:1665,111,0:. 1|1:4,160:164:99:1|1:530368_T_A:7253,332,0:. 0|1:27,114:141:99:0|1:530368_T_A:4813,0,824:. 0|0:140,0:140:0:.:.:0,0,1446:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,0:10:.:.:.:.:. 1|1:63,0:63:.:.:.:.:. 1|1:94,0:94:.:.:.:.:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,39:81:99:0|1:530291_G_A:1592,0,1682:. 1|0:43,37:80:99:0|1:530367_A_G:1412,0,1841:. 1|1:0,104:104:99:1|1:530293_C_T:4770,319,0:. 0|0:77,0:77:44:.:.:0,44,2011:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530227_C_G:2295,154,0:. 1|1:9,127:136:99:1|1:530363_A_G:5708,364,0:. 1|1:0,27:27:90:1|1:530363_A_G:1313,90,0:. 1|1:0,18:18:54:1|1:530227_C_G:810,54,0:. 1|1:89,0:89:.:.:.:.:. 0|1:29,84:113:99:0|1:530368_T_A:3524,0,959:. 1|1:0,140:140:99:1|1:530363_A_G:6525,436,0:. 0|1:69,12:81:99:0|1:530367_A_G:377,0,2897:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:530363_A_G:4508,304,0:. 1|1:0,159:159:99:1|1:530326_A_T:7290,488,0:. 1|1:113,0:113:.:.:.:.:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:109,0:109:.:.:.:.:. 1|1:0,184:184:99:1|1:530363_A_G:8720,587,0:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530227_C_G:4320,289,0:. 1|1:85,0:85:.:.:.:.:. 1|1:0,144:144:99:1|1:530363_A_G:6615,442,0:. 0|1:69,14:83:99:0|1:530368_T_A:378,0,2847:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530227_C_G:2565,172,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:1|1:530227_C_G:7155,479,0:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530363_A_G:3851,259,0:. 1|1:105,0:105:.:.:.:.:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530363_A_G:3150,211,0:. 1|0:30,87:117:99:0|1:530133_TA_T:3655,0,1031:. 0|1:73,0:73:.:.:.:.:. 0|1:56,5:61:38:0|1:530248_A_T:38,0,2378:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530363_A_G:2475,166,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530367_A_G:2818,190,0:. 1|0:22,70:92:99:1|0:530305_T_A:2873,0,713:. 1|0:60,0:60:.:.:.:.:. 0|0:122,0:122:80:.:.:0,80,3180:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530363_A_G:3690,247,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:530363_A_G:8014,542,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530227_C_G:3330,223,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:. 1|1:10,130:140:19:.:.:3438,19,0:. 1|1:0,32:32:99:1|1:530227_C_G:1620,108,0:. 1|0:25,16:41:99:0|1:530367_A_G:681,0,996:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:. 0|1:0,4:4:14:1|1:530227_C_G:224,14,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530260_T_A:3915,262,0:. 1|1:58,0:58:.:.:.:.:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,22:43:99:0|1:530293_C_T:858,0,858:. 0|0:56,0:56:.:.:.:.:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530227_C_G:2610,175,0:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,368:. 0|1:166,0:166:.:.:.:.:. 1|1:55,0:55:.:.:.:.:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,0:59:.:.:.:.:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530363_A_G:2205,147,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:71,0:71:.:.:.:.:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530363_A_G:3285,220,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:1|1:530363_A_G:4770,319,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530363_A_G:4421,298,0:. 1|0:2,2:4:72:.:.:128,0,72:. 1|0:77,22:99:99:0|1:530368_T_A:727,0,3371:. 0|1:40,44:84:99:0|1:530363_A_G:1757,0,1692:. 1|1:0,89:89:99:1|1:530363_A_G:4147,280,0:. 1|0:65,0:65:.:.:.:.:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530363_A_G:2323,157,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530202_A_G:5760,385,0:. 1|1:32,0:32:.:.:.:.:. 1|1:23,0:23:.:.:.:.:. 0|1:54,0:54:.:.:.:.:. 1|1:5,263:268:99:1|1:530368_T_A:11787,555,0:. 1|0:36,67:103:99:0|1:530367_A_G:2949,0,1275:. 1|1:130,0:130:.:.:.:.:. 1|1:0,14:14:42:1|1:530363_A_G:630,42,0:. 0|0:47,0:47:92:.:.:0,92,1315:. 1|1:0,23:23:72:1|1:530363_A_G:1062,72,0:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530363_A_G:2475,166,0:. 1|1:59,0:59:.:.:.:.:. 1|0:16,96:112:99:0|1:530367_A_G:4135,0,371:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530207_A_C:3195,214,0:. 1|0:2,1:3:36:0|1:530367_A_G:36,0,81:. 0|1:30,24:54:99:0|1:530227_C_G:956,0,1226:. 0|0:23,0:23:.:.:.:.:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:21,0:21:.:.:.:.:. 1|1:106,0:106:.:.:.:0,0,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:1|1:530363_A_G:9202,617,0:. 1|1:0,179:179:99:1|1:530363_A_G:8380,563,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:1|1:530363_A_G:6165,412,0:. 1|1:0,162:162:99:1|1:530273_T_A:7515,503,0:. 1|1:81,0:81:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,159:159:99:1|1:530368_T_A:7560,506,0:. 1|1:0,159:159:99:1|1:530347_A_C:7495,503,0:. 1|1:0,136:136:99:1|1:530227_C_G:6525,436,0:. 1|1:29,0:29:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:530207_A_C:8055,539,0:. 1|1:111,0:111:.:.:.:0,0,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:106,0:106:.:.:.:0,0,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:1|1:530363_A_G:7965,533,0:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530363_A_G:6300,421,0:. 1|0:95,0:95:.:.:.:0,0,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,11:168:23:0|1:530367_A_G:0,23,6740:. 1|1:0,152:152:99:1|1:530207_A_C:7065,473,0:. 0|0:164,0:164:0:.:.:0,0,2249:. 0|0:68,0:68:.:.:.:0,0,0:. 1|1:64,0:64:.:.:.:0,0,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:19,68:87:99:0|1:530227_C_G:2866,0,618:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530207_A_C:4050,271,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530363_A_G:3870,259,0:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530227_C_G:6570,439,0:. 1|1:0,170:170:99:1|1:530203_T_C:7875,527,0:. 0|0:84,0:84:.:.:.:0,0,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:124,0:124:.:.:.:0,0,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,469:469:99:1|1:530363_A_G:21630,1448,0:. 1|1:0,393:393:99:1|1:530207_A_C:18090,1210,0:. 1|1:0,38:38:99:1|1:530347_A_C:1710,114,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 1|1:3,65:68:70:1|1:530367_A_G:2790,70,0:. 1|1:100,0:100:.:.:.:0,0,0:. 1|1:154,0:154:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,297:297:99:1|1:530275_T_C:13582,909,0:. 1|1:1,76:77:99:1|1:530363_A_G:3420,190,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:530207_A_C:7605,509,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,161:161:99:1|1:530363_A_G:7425,497,0:. 1|1:448,0:448:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,123:123:99:1|1:530363_A_G:5625,376,0:. 1|1:71,0:71:.:.:.:0,0,0:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530346_A_AT:2340,157,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,159:218:99:0|1:530273_T_A:6703,0,2447:. 1|1:0,214:214:99:1|1:530363_A_G:9959,668,0:. 1|1:0,230:230:99:1|1:530363_A_G:10557,707,0:. 1|1:0,37:37:75:1|1:530363_A_G:1681,75,0:. 1|1:0,146:146:99:1|1:530207_A_C:6795,455,0:. 1|1:0,223:223:99:1|1:530367_A_G:10357,694,0:. 0|0:230,0:230:0:.:.:0,0,6303:. 0|1:141,0:141:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530363_A_G:2790,187,0:. 1|1:0,24:24:84:1|1:530363_A_G:1214,84,0:. 0|1:13,168:181:22:0|1:530367_A_G:7233,0,22:. 0|1:20,5:25:99:.:.:150,0,819:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,276:276:99:1|1:530363_A_G:12843,864,0:. 1|1:0,150:150:99:1|1:530363_A_G:7047,476,0:. 1|1:0,6:6:36:1|1:530363_A_G:443,36,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:.:.:.:0,0,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,2:2:6:1|1:530363_A_G:90,6,0:. 1|1:0,219:219:99:1|1:530363_A_G:10112,680,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530273_T_A:2790,187,0:. 1|0:0,1:1:3:1|1:530363_A_G:45,3,0:. 1|0:45,0:45:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,239:239:99:1|1:530363_A_G:11025,737,0:. 1|1:0,402:402:99:1|1:530363_A_G:18688,1255,0:. 0|1:63,85:148:99:0|1:530363_A_G:3526,0,2494:. 1|1:1,213:214:99:1|1:530363_A_G:9654,505,0:. 1|1:0,260:260:99:1|1:530363_A_G:11888,798,0:. 1|1:0,18:18:63:1|1:530293_C_T:869,63,0:. 1|1:0,22:22:69:1|1:530363_A_G:975,69,0:. 1|0:0,4:4:12:1|1:530363_A_G:180,12,0:. 1|0:1,47:48:66:0|1:530363_A_G:1971,0,66:. 0|0:183,0:183:0:.:.:0,0,804:. 1|1:2,34:36:30:.:.:1584,30,0:. 1|1:0,173:173:99:1|1:530363_A_G:8242,554,0:. 1|1:30,0:30:.:.:.:0,0,0:. 1|0:204,28:232:99:0|1:530368_T_A:556,0,8838:. 1|1:5,317:322:99:1|1:530363_A_G:14339,765,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,8:18:99:0|1:530227_C_G:390,0,390:. 1|1:0,238:238:99:.:.:10735,722,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530363_A_G:1747,120,0:. 1|1:0,27:27:93:1|1:530367_A_G:1354,93,0:. 1|1:4,190:194:99:1|1:530363_A_G:8674,425,0:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:99:1|1:530274_A_G:1506,102,0:. 0|1:45,159:204:99:0|1:530368_T_A:6787,0,1477:. 1|1:15,529:544:99:1|1:530368_T_A:24480,1014,0:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,507:. 0|0:383,0:383:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,318:319:99:1|1:530363_A_G:14361,795,0:. 0|1:6,24:30:99:.:.:1032,0,177:. 1|1:0,322:322:99:1|1:530363_A_G:14579,978,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:93,0:93:.:.:.:0,0,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530363_A_G:5617,376,0:. 1|0:95,45:140:99:0|1:530368_T_A:1685,0,3890:. 1|1:163,0:163:.:.:.:0,0,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:530363_A_G:3375,226,0:. 0|0:31,0:31:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,170:170:99:1|1:530233_A_G:7965,533,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:530227_C_G:7965,533,0:. 1|1:0,222:222:99:1|1:530367_A_G:10252,665,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 1|1:0,263:263:99:1|1:530363_A_G:12123,813,0:. 1|0:175,0:175:.:.:.:0,0,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 1|1:62,0:62:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530273_T_A:4905,328,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 1|0:4,45:49:99:0|1:530363_A_G:1989,0,169:. 0|0:17,0:17:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530363_A_G:9225,617,0:. 0|0:208,0:208:.:.:.:0,0,0:. 0|0:175,0:175:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,21:21:63:1|1:530363_A_G:945,63,0:. 1|1:144,0:144:.:.:.:0,0,0:. 1|0:34,140:174:99:0|1:530363_A_G:6145,0,1105:. 1|1:0,105:105:99:.:.:4724,316,0:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,1834:. 0|1:157,0:157:.:.:.:0,0,0:. 0|1:152,0:152:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,148:148:99:1|1:530363_A_G:6975,467,0:. 0|1:136,0:136:.:.:.:0,0,0:. 1|1:137,0:137:.:.:.:0,0,0:. 0|1:190,165:355:99:0|1:530367_A_G:6677,0,7620:. 1|1:0,33:33:99:1|1:530347_A_C:1554,105,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530347_A_C:3978,268,0:. 1|1:346,0:346:.:.:.:0,0,0:. 0|0:160,0:160:0:.:.:0,0,2858:. 1|1:164,0:164:.:.:.:0,0,0:. 0|0:29,0:29:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,22:22:72:1|1:530227_C_G:1080,72,0:. 1|1:0,321:321:99:1|1:530227_C_G:14940,999,0:. 1|1:112,0:112:.:.:.:0,0,0:. Pf3D7_01_v3 530378 . G A 6.00983e+06 PASS FS=0;MQ=59.44;QD=29.62;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1055K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.667;VQSLOD=7.16;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.997;GC=23.81;GQ_MEAN=102.25;GQ_STDDEV=27.66;HRun=5;InbreedingCoeff=0.7994;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.822;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=12579149;AF=0.167;AS_InbreedingCoeff=0.6387;MLEAC=841;MLEAF=0.169;AN=822;AC=180 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:2,20:22:21:0|1:530363_A_G:860,0,21:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1347:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1579:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:. 0|0:28,0:28:52:.:.:0,52,760:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,945:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1140:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,777:. 0|1:4,16:20:58:0|1:530363_A_G:641,0,58:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,373:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,424:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,546:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,682:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1063:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:58,19:77:99:0|1:530363_A_G:597,0,2463:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,330:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:33,0:33:65:.:.:0,65,812:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:170,67:237:99:1|0:530227_C_G:2242,0,7397:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:59:.:.:0,59,1324:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,11:13:20:0|1:530227_C_G:402,0,20:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:530367_A_G:5186,349,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530363_A_G:3477,235,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1604:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,780:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,8:43:99:0|1:530367_A_G:225,0,1455:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:.:.:.:.:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530363_A_G:2790,187,0:. 0|1:3,8:11:66:0|1:530273_T_A:292,0,66:. 1|0:35,22:57:99:0|1:530367_A_G:842,0,1425:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,29:48:99:0|1:530233_A_G:1122,0,635:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:530367_A_G:3708,253,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,956:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1009:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530227_C_G:5004,340,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,95:102:1:1|1:530274_A_G:4095,1,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:153,14:167:36:.:.:0,36,6152:. 0|1:10,47:57:99:.:.:1844,0,336:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,5:8:65:0|1:530363_A_G:201,0,65:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530363_A_G:3111,211,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1134:. 1|0:72,20:92:99:0|1:530207_A_C:617,0,3040:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530363_A_G:3400,232,0:. 0|0:171,0:171:.:.:.:.:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1130:. 1|1:0,164:164:99:1|1:530227_C_G:7562,513,0:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530227_C_G:6662,449,0:. 0|0:100,5:105:99:0|1:530318_A_C:0,120,4241:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,14:72:99:.:.:384,0,2561:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:166,30:196:99:0|1:530318_A_C:774,0,7207:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,14:96:99:0|1:530367_A_G:332,0,3512:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,70:85:99:.:.:1860,0,149:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:.:.:.:.:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,45:147:99:0|1:530310_C_CGGG:1566,0,4094:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,152:153:99:1|1:530363_A_G:6810,434,0:. 0|1:188,0:188:.:.:.:.:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,161:177:63:.:.:4441,63,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,89:138:99:.:.:3481,0,1547:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:530363_A_G:4014,271,0:. 0|0:195,0:195:.:.:.:.:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,9:158:92:0|1:530368_T_A:0,92,6615:. 0|0:150,9:159:99:0|1:530368_T_A:0,101,6750:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,19:114:99:.:.:554,0,3524:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,207:208:99:1|1:530363_A_G:9242,610,0:. 0|1:32,11:43:99:0|1:530310_C_CGGG:350,0,1284:. 0|1:71,39:110:99:.:.:1412,0,3020:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,320:. 1|1:239,0:239:.:.:.:.:. 1|1:0,126:126:99:1|1:530227_C_G:5824,391,0:. 1|1:0,127:127:99:1|1:530363_A_G:5874,397,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,19:31:99:0|1:530293_C_T:806,0,650:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,165:169:99:1|1:530368_T_A:7027,347,0:. 0|1:131,27:158:99:.:.:360,0,4856:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,292:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,47:104:99:0|1:530310_C_CGGG:1762,0,2068:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,56:57:99:1|1:530227_C_G:2363,104,0:. 1|1:9,127:136:99:1|1:530363_A_G:5811,373,0:. 0|1:6,32:38:57:0|1:530363_A_G:1288,0,57:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,86:112:99:0|1:530368_T_A:3518,0,841:. 1|1:5,138:143:99:.:.:6117,263,0:. 0|1:71,13:84:99:.:.:138,0,2898:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530363_A_G:4233,286,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:530363_A_G:8119,551,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:0:.:.:0,0,3753:. 1|1:1,81:82:99:1|1:530363_A_G:3541,219,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,64:127:99:0|1:530133_TA_T:2482,0,2277:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,44:63:99:.:.:1720,0,610:. 1|0:22,73:95:99:1|0:530305_T_A:2992,0,704:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530363_A_G:3735,250,0:. 1|1:0,165:165:99:1|1:530363_A_G:7437,500,0:. 0|1:12,72:84:99:0|1:530227_C_G:3089,0,404:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:86:.:.:0,86,1152:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:. 0|1:32,50:82:99:0|1:530260_T_A:2064,0,1064:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530227_C_G:2733,184,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530363_A_G:2385,163,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530363_A_G:3205,217,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,19:108:99:.:.:222,0,3196:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530363_A_G:4306,289,0:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,113:. 1|0:84,24:108:99:0|1:530368_T_A:712,0,3581:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530363_A_G:4099,277,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:.:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530363_A_G:3015,202,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,632:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,871:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:222,67:289:99:.:.:1144,0,5830:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,414:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1397:. 0|1:10,21:31:99:0|1:530363_A_G:852,0,186:. 1|0:8,54:62:5:0|1:530363_A_G:2269,0,5:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:. 1|0:15,87:102:99:0|1:530367_A_G:3692,0,346:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,1:4:33:0|1:530367_A_G:33,0,123:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,811:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,718:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,187:189:99:.:.:6622,499,0:. 1|1:0,179:179:99:1|1:530363_A_G:8140,548,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,179:179:99:1|1:530273_T_A:7985,542,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:32:.:.:0,32,5259:. 1|1:0,163:163:99:1|1:530347_A_C:7361,503,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:530363_A_G:6396,430,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:34,59:93:99:0|1:530227_C_G:1793,0,1086:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:35,137:172:99:.:.:4132,0,641:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:1|1:530363_A_G:5405,364,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,167:220:99:0|1:530273_T_A:6849,0,2229:. 1|1:0,216:216:99:1|1:530363_A_G:9839,662,0:. 1|1:0,236:236:99:1|1:530363_A_G:10554,713,0:. 1|0:25,42:67:99:0|1:530363_A_G:1629,0,468:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,230:231:99:1|1:530367_A_G:10298,701,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,28:34:65:0|1:530363_A_G:1127,0,65:. 0|1:25,163:188:99:0|1:530367_A_G:6849,0,464:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,1071:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,269:269:99:1|1:530363_A_G:12164,822,0:. 1|1:0,152:152:99:1|1:530363_A_G:6787,464,0:. 1|0:14,19:33:99:0|1:530363_A_G:565,0,306:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:0,2:2:6:1|1:530363_A_G:90,6,0:. 1|1:0,217:217:99:1|1:530363_A_G:9842,662,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530273_T_A:2823,190,0:. 0|0:1,1:2:29:0|1:530363_A_G:39,0,29:. 0|0:44,0:44:98:.:.:0,98,1346:. 1|1:1,236:237:99:1|1:530363_A_G:10706,690,0:. 1|1:0,409:409:99:1|1:530363_A_G:18442,1243,0:. 0|1:63,86:149:99:0|1:530363_A_G:3361,0,2376:. 1|1:6,211:217:99:1|1:530363_A_G:9355,384,0:. 1|1:2,261:263:99:.:.:8662,727,0:. 0|1:8,25:33:65:0|1:530293_C_T:870,0,65:. 0|1:31,9:40:99:.:.:197,0,802:. 1|0:10,4:14:99:0|1:530363_A_G:138,0,267:. 1|0:3,48:51:99:0|1:530363_A_G:2006,0,111:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,18:44:99:.:.:577,0,730:. 1|1:9,176:185:99:.:.:5558,263,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1119:. 1|0:204,27:231:99:0|1:530368_T_A:487,0,8668:. 1|1:5,352:357:99:1|1:530363_A_G:15447,850,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,11:33:99:0|1:530227_C_G:358,0,925:. 1|1:14,236:250:99:.:.:9611,281,0:. 0|1:10,33:43:99:.:.:1011,0,177:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530367_A_G:1890,126,0:. 1|1:4,200:204:99:1|1:530363_A_G:8758,407,0:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,38:48:99:0|1:530274_A_G:1479,0,154:. 0|1:52,169:221:99:0|1:530368_T_A:6835,0,1580:. 1|1:16,529:545:99:1|1:530368_T_A:23085,957,0:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,324:325:99:1|1:530363_A_G:14334,800,0:. 0|1:24,25:49:99:.:.:654,0,693:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,51:162:99:0|1:530368_T_A:1740,0,4358:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530363_A_G:3276,223,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:1|1:530367_A_G:10314,692,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 1|1:0,253:253:99:1|1:530363_A_G:11678,786,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530273_T_A:4684,316,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 1|0:5,46:51:99:0|1:530363_A_G:1905,0,175:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,892:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,31:39:99:0|1:530347_A_C:1237,0,128:. 1|1:11,103:114:40:1|1:530347_A_C:4193,40,0:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530379 . A C 2.66426e+06 PASS FS=0;MQ=60;QD=29.77;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1055A;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAa/gCa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.727;VQSLOD=8.73;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.993;GC=23.81;GQ_MEAN=110.33;GQ_STDDEV=81.1;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8352;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.381;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12760082;AF=0.101;AS_InbreedingCoeff=-0.0224;MLEAC=529;MLEAF=0.101;AN=852;AC=91 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530326_A_T:1943,144,0:. 1|0:22,18:40:99:0|1:530326_A_T:711,0,861:. 0|0:45,0:45:82:.:.:0,82,1330:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,945:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1140:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,777:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,886:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,281:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,410:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,424:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,546:. 0|0:28,0:28:53:.:.:0,53,795:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,361:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,45:54:99:.:.:1109,0,243:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1174:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1155:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:.:.:5044,575,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,2:44:45:0|1:530326_A_T:0,45,1873:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,780:. 0|1:18,75:93:99:.:.:1810,0,501:. 1|0:22,19:41:99:0|1:530326_A_T:825,0,864:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,6:20:99:.:.:210,0,556:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,5:57:16:0|1:530326_A_T:16,0,2100:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3131,345,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,956:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1009:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,61:91:99:.:.:1415,0,1042:. 0|0:95,7:102:28:0|1:530326_A_T:0,28,4038:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|1:117,52:169:99:.:.:1665,0,4695:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1134:. 0|1:33,59:92:99:0|1:530326_A_T:2359,0,1179:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1130:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,14:104:99:0|1:530345_A_AC:297,0,3750:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,8:24:99:1|0:530227_C_G:288,0,593:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,123:143:99:.:.:2949,0,414:. 1|0:114,66:180:99:.:.:2250,0,4504:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,166:196:99:0|1:530326_A_T:6731,0,808:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,81:95:99:0|1:530326_A_T:3290,0,332:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,39:60:99:0|1:530326_A_T:1490,0,711:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,58:169:99:0|1:530227_C_G:2004,0,4410:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,72:145:99:1|0:530293_C_T:2918,0,2816:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:1|1:530326_A_T:9208,655,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,8:37:99:0|1:530326_A_T:233,0,1149:. 1|0:68,136:204:99:.:.:5356,0,2404:. 0|1:38,16:54:99:0|1:530345_A_AC:635,0,1581:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4777,528,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,15:134:99:0|1:530345_A_AC:248,0,4963:. 0|1:10,71:81:99:0|1:530345_A_AC:2789,0,171:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,14:122:99:.:.:186,0,4455:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,24:44:99:0|1:530345_A_AC:943,0,684:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,124:125:99:.:.:3430,349,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:40:.:.:0,40,2105:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,29:159:99:1|0:530368_T_A:809,0,5241:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,292:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:1958,218,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2422,268,0:. 0|1:46,37:83:99:0|1:530326_A_T:1417,0,1756:. 0|1:46,40:86:99:0|1:530345_A_AC:1625,0,1666:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2579:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530227_C_G:3574,241,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,6:110:28:0|1:530345_A_AC:0,28,4500:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,66:83:99:0|1:530326_A_T:2664,0,531:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530326_A_T:5182,370,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,67:81:99:.:.:1601,0,388:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2351,264,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,8:64:99:1|0:530163_TAA_T:167,0,2302:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,22:95:99:0|1:530305_T_A:704,0,2992:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,29:31:27:1|1:530326_A_T:1108,27,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,8:56:99:0|1:530345_A_AC:190,0,1802:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1825,201,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,23:61:99:0|1:530326_A_T:890,0,1547:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1898,210,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,0:4:12:.:.:0,12,113:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,871:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,38:106:99:.:.:1110,0,2707:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,414:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1397:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,14:102:99:0|1:530326_A_T:305,0,3886:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,2:3:33:0|1:530326_A_T:123,0,33:. 1|0:30,32:62:99:0|1:530326_A_T:1226,0,1170:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,811:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,718:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6507,575,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,156:168:25:0|1:530345_A_AC:6412,0,25:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,122:127:99:1|1:530326_A_T:5288,141,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:6202,548,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1675,150,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:75,3:78:99:.:.:0,100,3171:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,231:243:99:.:.:7214,337,0:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,198:204:99:1|1:530326_A_T:8521,350,0:. 1|0:19,13:32:99:0|1:530326_A_T:456,0,536:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,18:185:99:0|1:530345_A_AC:219,0,7014:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1162:. 1|0:18,224:242:30:0|1:530326_A_T:9104,0,30:. 0|1:93,177:270:99:0|1:530326_A_T:6940,0,3368:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:440,0:440:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:381,0:381:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2879,262,0:. 1|0:41,91:132:99:0|1:530331_T_C:3718,0,1388:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6294,574,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,960:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,19:27:99:0|1:530326_A_T:752,0,168:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:190,190:380:99:.:.:7040,0,7324:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,114:122:99:1|1:530326_A_T:4676,105,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530405 . C A 1.2506e+07 PASS FS=0;MQ=53.09;QD=33.28;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R1064;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cga/Aga;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.693;VQSLOD=9.41;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.52;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.972;GC=38.1;GQ_MEAN=106.7;GQ_STDDEV=85.82;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6155;MQRankSum=0;NCC=6;ReadPosRankSum=0.763;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13625337;AF=0.556;AS_InbreedingCoeff=0.3703;MLEAC=2556;MLEAF=0.56;AN=762;AC=389 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:11,24:35:99:0|1:530363_A_G:854,0,238:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1691,159,0:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530331_T_C:2101,168,0:. 1|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,440:. 1|1:47,0:47:.:.:.:.:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530405_C_A:2939,220,0:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1083:. 1|0:50,0:50:.:.:.:.:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1553,150,0:. 1|1:0,31:31:96:1|1:530405_C_A:1224,96,0:. 1|0:13,26:39:99:.:.:724,0,241:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,160:. 1|1:0,14:14:42:1|1:530326_A_T:630,42,0:. 0|1:0,2:2:6:.:.:66,6,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:21,0:21:.:.:.:.:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530405_C_A:1402,105,0:. 1|1:2,55:57:99:1|1:530227_C_G:2183,145,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530405_C_A:2376,181,0:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5625,561,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530227_C_G:1498,114,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:35:.:.:0,35,397:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:41,0:41:95:.:.:0,95,1049:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1918,186,0:. 1|0:25,45:70:99:.:.:1118,0,424:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,8:24:99:.:.:170,0,546:. 1|0:89,182:271:99:0|1:530227_C_G:6634,0,2922:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:. 1|0:16,69:85:99:.:.:2175,0,170:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,49:61:99:.:.:1239,0,137:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,807:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1155:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,75:121:99:.:.:1864,0,1487:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:530405_C_A:7942,572,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:5811,601,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,33:48:99:.:.:854,0,247:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3108,292,0:. 1|0:20,27:47:99:0|1:530326_A_T:932,0,691:. 1|1:0,89:89:99:1|1:530405_C_A:3717,274,0:. 0|1:10,10:20:99:.:.:232,0,239:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,53:99:99:.:.:1302,0,1133:. 0|0:125,0:125:.:.:.:.:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1942,201,0:. 0|1:54,26:80:99:.:.:515,0,1182:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,17:29:99:0|1:530405_C_A:703,0,412:. 0|1:39,26:65:99:.:.:559,0,940:. 0|0:126,0:126:0:.:.:0,0,107:. 0|1:31,50:81:99:.:.:1425,0,559:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3650,366,0:. 1|1:0,236:236:99:1|1:530405_C_A:9849,724,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,28:57:99:.:.:824,0,600:. 0|1:123,15:138:99:.:.:278,0,4861:. 0|1:20,68:88:99:.:.:1739,0,261:. 0|1:41,0:41:.:.:.:.:. 1|0:38,36:74:99:.:.:841,0,786:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530227_C_G:2478,187,0:. 1|1:0,16:16:51:.:.:707,51,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:530227_C_G:4357,336,0:. 1|1:3,107:110:99:.:.:3392,248,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3226,330,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|1:93,101:194:99:.:.:2405,0,1882:. 1|0:55,17:72:99:0|1:530227_C_G:401,0,2141:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1024:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530405_C_A:2674,198,0:. 0|0:67,4:71:99:.:.:0,122,1685:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:49,0:49:.:.:.:.:. 0|1:23,69:92:99:0|1:530331_T_C:2685,0,677:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530326_A_T:2790,187,0:. 0|1:15,17:32:99:0|1:530227_C_G:576,0,663:. 1|1:0,165:165:99:1|1:530227_C_G:6582,498,0:. 1|1:0,144:144:99:1|1:530227_C_G:5974,442,0:. 1|1:6,90:96:99:.:.:3736,149,0:. 1|1:0,105:105:99:1|1:530227_C_G:4395,322,0:. 1|1:0,146:146:99:.:.:4258,438,0:. 1|1:0,31:31:99:.:.:1423,102,0:. 1|0:11,70:81:99:.:.:2883,0,225:. 1|1:3,45:48:67:.:.:1672,67,0:. 1|1:0,143:143:99:1|1:530227_C_G:6230,451,0:. 1|0:19,131:150:48:.:.:3329,0,48:. 1|0:106,56:162:99:.:.:1139,0,2350:. 1|1:0,237:237:99:.:.:9921,730,0:. 1|0:29,169:198:99:.:.:4409,0,156:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,78:95:99:.:.:2010,0,152:. 0|1:24,78:102:99:.:.:1988,0,335:. 1|0:30,44:74:99:.:.:1024,0,570:. 1|1:3,189:192:99:.:.:5603,460,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,0:150:.:.:.:.:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,183:184:99:1|1:530227_C_G:7409,534,0:. 1|1:192,0:192:.:.:.:.:. 1|0:42,113:155:99:.:.:3311,0,604:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,0:156:.:.:.:.:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6258,633,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:201,0:201:.:.:.:.:. 1|1:3,47:50:38:1|1:530338_A_T:1999,38,0:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6360,572,0:. 0|1:29,37:66:99:.:.:1104,0,565:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,63:114:99:0|1:530331_T_C:2206,0,984:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3317,336,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5145,526,0:. 1|1:0,171:171:99:1|1:530227_C_G:6824,519,0:. 1|1:0,165:165:99:1|1:530405_C_A:7237,502,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:3359,232,0:. 0|1:56,81:137:99:.:.:2763,0,1010:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:1|1:530331_T_C:7061,482,0:. 1|1:7,93:100:99:.:.:2507,123,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,166:188:31:.:.:4334,0,31:. 0|0:119,0:119:97:.:.:0,97,2478:. 1|1:1,197:198:99:.:.:5563,564,0:. 0|0:33,1:34:87:.:.:0,87,1584:. 1|1:11,153:164:23:1|1:530338_A_T:6750,23,0:. 1|0:12,169:181:46:0|1:530331_T_C:7516,0,46:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:186,0:186:.:.:.:.:. 1|1:0,165:165:99:.:.:4727,493,0:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5275,548,0:. 1|1:92,0:92:.:.:.:.:. 0|1:124,29:153:99:0|1:530405_C_A:939,0,4662:. 1|0:23,122:145:99:.:.:3793,0,156:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530405_C_A:3607,256,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2957,300,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3195,317,0:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:2098,171,0:. 1|0:28,69:97:99:0|1:530253_C_A:2568,0,990:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:75:.:.:950,75,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:530227_C_G:5819,433,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3473,354,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530405_C_A:3698,265,0:. 1|1:1,57:58:99:1|1:530293_C_T:2130,179,0:. 0|1:19,14:33:99:.:.:511,0,402:. 0|1:147,18:165:99:.:.:103,0,5823:. 1|0:98,70:168:99:.:.:1549,0,2677:. 1|1:10,109:119:91:.:.:3032,91,0:. 1|1:0,158:158:99:1|1:530405_C_A:6673,493,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:338,33,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:144,0:144:.:.:.:.:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2511,249,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2514,255,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3401,282,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3016,313,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:5375,403,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530227_C_G:3234,238,0:. 1|1:4,71:75:98:1|1:530227_C_G:2516,98,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:93:1|1:530227_C_G:1125,93,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,105:115:98:.:.:3196,98,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,62:88:99:.:.:1552,0,724:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3363,344,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:.:.:6844,708,0:. 0|1:49,89:138:99:.:.:2245,0,900:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,106:107:99:1|1:530227_C_G:3119,293,0:. 1|0:25,20:45:99:0|1:530326_A_T:652,0,1074:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2845,267,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530227_C_G:2545,190,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530405_C_A:3128,228,0:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2751,282,0:. 1|1:1,199:200:99:1|1:530227_C_G:7846,587,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,56:62:26:.:.:1489,26,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,96:136:99:0|1:530133_TA_T:3040,0,629:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,71:72:99:1|1:530163_TAA_T:2887,194,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,40:70:99:.:.:1208,0,599:. 0|1:53,61:114:99:0|1:530405_C_A:2163,0,1802:. 0|1:83,0:83:.:.:.:.:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:61:.:.:0,61,2102:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,72:108:99:0|1:530227_C_G:2698,0,1583:. 1|1:0,101:101:99:1|1:530405_C_A:4283,318,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1700,147,0:. 1|0:20,118:138:99:.:.:2976,0,99:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530227_C_G:2553,204,0:. 1|0:21,53:74:99:.:.:1392,0,373:. 1|1:49,0:49:.:.:.:.:. 0|1:8,8:16:99:0|1:530227_C_G:284,0,166:. 1|0:19,76:95:99:0|1:530260_T_A:2332,0,368:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1975,201,0:. 0|1:30,35:65:99:0|1:530283_C_T:799,0,549:. 1|1:0,15:15:45:.:.:435,45,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530227_C_G:2457,181,0:. 1|0:39,23:62:99:0|1:530326_A_T:758,0,1366:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530363_A_G:2130,159,0:. 1|1:3,91:94:99:1|1:530326_A_T:4095,157,0:. 0|0:88,0:88:.:.:.:.:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2257,225,0:. 0|1:65,96:161:99:.:.:2391,0,1186:. 1|1:0,100:100:99:1|1:530363_A_G:4154,307,0:. 1|1:1,12:13:13:.:.:373,13,0:. 0|1:49,64:113:99:0|1:530405_C_A:2588,0,1576:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:.:.:.:.:. 0|1:98,0:98:.:.:.:.:. 1|1:129,0:129:.:.:.:.:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530363_A_G:3597,247,0:. 1|1:0,155:155:99:1|1:530202_A_G:7364,455,0:. 1|1:43,0:43:.:.:.:.:. 1|1:33,0:33:.:.:.:.:. 1|1:72,0:72:.:.:.:.:. 0|0:294,26:320:85:.:.:0,85,7053:. 0|1:79,34:113:99:.:.:621,0,1695:. 1|1:170,0:170:.:.:.:.:. 1|0:16,3:19:23:.:.:23,0,366:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530326_A_T:2236,151,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,2055:. 1|1:73,0:73:.:.:.:.:. 0|1:86,18:104:99:0|1:530326_A_T:399,0,3584:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530207_A_C:4470,301,0:. 0|1:3,6:9:99:0|1:530363_A_G:197,0,108:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530331_T_C:2643,201,0:. 1|1:38,0:38:.:.:.:.:. 1|1:0,109:109:99:.:.:4402,330,0:. 1|1:32,0:32:.:.:.:.:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3720,310,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,182:195:99:.:.:6103,170,0:. 1|1:0,183:183:99:.:.:6509,550,0:. 1|1:117,0:117:.:.:.:0,0,0:. 1|1:8,195:203:99:.:.:6747,369,0:. 1|1:0,181:181:99:.:.:6535,545,0:. 1|1:0,183:183:99:1|1:530405_C_A:8061,565,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,244:244:99:1|1:530207_A_C:11412,765,0:. 1|1:176,0:176:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:7237,605,0:. 0|0:162,0:162:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,196:196:99:.:.:7039,589,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,6:55:98:0|1:530405_C_A:98,0,2123:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:.:.:6467,542,0:. 1|1:0,214:214:99:1|1:530207_A_C:10085,677,0:. 1|0:18,111:129:99:0|1:530326_A_T:4569,0,240:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7406,637,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:74,27:101:99:0|1:530227_C_G:901,0,2942:. 1|1:0,135:137:99:.:.:6503,439,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:530405_C_A:7834,560,0:. 1|1:0,217:217:99:1|1:530203_T_C:10035,671,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:.:.:7545,629,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:530207_A_C:8775,587,0:. 1|1:645,0:645:.:.:.:0,0,0:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,525:525:99:1|1:530207_A_C:24689,1653,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2254,187,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1676,141,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|1:86,9:95:46:.:.:46,0,2429:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,112:113:99:.:.:3917,305,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:1|1:530207_A_C:10710,716,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:80,0:80:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,356:356:99:1|1:530207_A_C:16470,1102,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2597,223,0:. 1|1:11,253:264:99:.:.:8458,447,0:. 0|1:46,176:222:99:.:.:5323,0,751:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,115:137:99:.:.:4852,0,458:. 1|1:0,182:182:99:1|1:530207_A_C:8450,566,0:. 0|0:238,15:253:98:0|1:530405_C_A:0,98,9335:. 1|1:12,195:207:99:.:.:6304,164,0:. 1|0:59,12:71:99:.:.:154,0,2655:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,28:56:99:0|1:530405_C_A:1111,0,1036:. 1|0:173,53:226:99:0|1:530345_A_AC:1095,0,7497:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1637,138,0:. 1|1:20,234:254:99:.:.:7510,156,0:. 0|1:95,183:278:99:.:.:5418,0,2164:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:.:.:4365,292,0:. 1|0:168,89:257:99:0|1:530405_C_A:3048,0,6424:. 1|0:165,0:165:.:.:.:0,0,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:213,0:213:.:.:.:0,0,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2487,222,0:. 0|0:161,0:161:.:.:.:0,0,0:. 0|1:50,0:50:.:.:.:0,0,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,13:163:71:0|1:530405_C_A:71,0,5963:. 1|0:202,52:254:99:0|1:530405_C_A:1628,0,7765:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,7:67:41:.:.:41,0,1594:. 1|0:28,58:86:99:.:.:1627,0,641:. 1|1:159,0:159:.:.:.:0,0,0:. 1|1:148,0:148:.:.:.:0,0,0:. 0|0:207,0:207:0:.:.:0,0,4936:. 1|0:56,21:77:99:.:.:565,0,1554:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:44:.:.:0,44,1022:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,198:205:99:.:.:6584,406,0:. 1|0:55,28:83:99:0|1:530331_T_C:951,0,1500:. 1|1:10,283:293:99:.:.:9333,653,0:. 1|0:41,19:60:99:.:.:687,0,1371:. 0|1:20,85:105:99:.:.:3553,0,505:. 0|0:250,0:250:0:.:.:0,0,6178:. 1|1:20,307:327:99:1|1:530405_C_A:13013,157,0:. 1|0:65,27:92:99:.:.:604,0,2942:. 1|1:16,241:257:99:.:.:8612,143,0:. 1|1:3,576:579:99:.:.:19752,1617,0:. 1|1:423,0:423:.:.:.:0,0,0:. 1|0:11,53:64:99:0|1:530194_A_G:1977,0,158:. 1|1:0,118:118:99:.:.:4067,355,0:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,9:108:53:.:.:0,53,3151:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2975,261,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:5485,445,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7721,664,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,133:190:99:0|1:530405_C_A:5269,0,1859:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8824,761,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:8083,694,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7725,649,0:. 1|1:1,201:202:99:1|1:530227_C_G:8426,583,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:0:.:.:0,0,6393:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3820,328,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:3216,229,0:. 1|1:0,211:211:99:.:.:7137,633,0:. 1|1:180,0:180:.:.:.:0,0,0:. 0|0:181,0:181:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,436:436:99:.:.:18231,1348,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1713,147,0:. 1|1:0,205:205:99:.:.:7148,617,0:. 1|1:0,488:488:99:1|1:530405_C_A:20916,1490,0:. 0|1:25,113:138:99:.:.:3501,0,794:. 1|1:216,0:216:.:.:.:0,0,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1111:. 1|1:0,28:28:84:1|1:530227_C_G:1156,84,0:. 1|1:1,364:365:99:.:.:12723,1086,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530428 . T A 2.25319e+06 PASS FS=0;MQ=61.08;QD=30.19;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D1071E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaT/gaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.652;VQSLOD=7.78;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;NCC=0;InbreedingCoeff=-0;BaseQRankSum=-3.95;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=260.52;GQ_STDDEV=706.73;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=2.97;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14070957;AF=0.086;AS_InbreedingCoeff=0.5424;MLEAC=448;MLEAF=0.085;AN=854;AC=61 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1301:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1237:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,693:. 0|0:16,0:16:33:.:.:0,33,495:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,122:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:91:.:.:0,91,1670:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,15:47:99:.:.:308,0,766:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,41:116:99:.:.:870,0,2750:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2166,219,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,14:74:99:.:.:171,0,1758:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,70:75:66:.:.:1843,66,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,76:99:99:0|1:530428_T_A:2922,0,734:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1024:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1929,192,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:143,25:168:99:.:.:200,0,5060:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,27:96:99:.:.:469,0,1733:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,15:179:99:.:.:0,122,7131:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,65:146:99:0|1:530428_T_A:2362,0,3304:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,170:190:99:.:.:4352,0,399:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,23:89:99:.:.:426,0,2658:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,140:187:99:.:.:3479,0,1609:. 0|1:80,18:98:99:.:.:341,0,3381:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2391,243,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,88:114:99:.:.:2161,0,827:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,54:117:99:1|0:530405_C_A:1732,0,2243:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:7,96:103:5:0|1:530428_T_A:3754,0,5:. 1|1:0,193:193:99:.:.:5712,578,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,4:79:72:.:.:0,72,3150:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,9:104:33:0|1:530260_T_A:33,0,4115:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|0:110,19:129:99:.:.:128,0,4344:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530428_T_A:3389,235,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,39:85:99:0|1:530428_T_A:1499,0,1878:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,85:105:99:.:.:2210,0,572:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,410:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1214:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:1|1:530428_T_A:7582,527,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:42,65:107:99:0|1:530227_C_G:1932,0,1419:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:643,0:643:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:527,0:527:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1476:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4662,419,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,189:191:99:.:.:6453,500,0:. 1|1:4,226:230:99:1|1:530428_T_A:9691,533,0:. 0|0:173,16:189:33:.:.:0,33,7349:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,181:276:99:.:.:5106,0,3501:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,264:264:99:.:.:8825,791,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4940,432,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,202:244:99:.:.:6025,0,1199:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:222,39:261:99:.:.:521,0,9050:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:141,72:213:99:.:.:1751,0,5602:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1164:. 0|0:219,20:239:13:.:.:0,13,7073:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,18:89:99:.:.:252,0,2951:. 1|0:128,16:144:99:.:.:117,0,5495:. 1|1:15,229:244:82:.:.:6926,82,0:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:577,0:577:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:422,0:422:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,29:156:99:.:.:528,0,5305:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,59:212:99:.:.:1208,0,6458:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530428_T_A:3147,220,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 1|1:0,311:311:99:.:.:10585,934,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,68:201:99:0|1:530428_T_A:2515,0,5393:. 1|0:94,67:161:99:0|1:530428_T_A:2608,0,3736:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,186:234:99:.:.:5775,0,1037:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,111:166:99:0|1:530428_T_A:4738,0,2022:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:429,0:429:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530429 . G A 8.83419e+06 PASS FS=0.616;MQ=52.88;QD=34.24;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V1072I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gtt/Att;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.757;VQSLOD=6.82;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.98;GC=28.57;GQ_MEAN=113.02;GQ_STDDEV=95.2;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6384;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=0.245;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=14165201;AF=0.356;AS_InbreedingCoeff=0.624;MLEAC=1758;MLEAF=0.357;AN=810;AC=290 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,37:37:99:1|1:530429_G_A:1648,111,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1301:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530429_G_A:2080,141,0:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1044:. 1|1:0,29:29:93:1|1:530429_G_A:1395,93,0:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530405_C_A:3016,205,0:. 1|1:44,0:44:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1083:. 0|1:18,7:25:99:0|1:530429_G_A:240,0,719:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,32:33:54:1|1:530405_C_A:1395,54,0:. 1|0:14,18:32:99:0|1:530429_G_A:756,0,531:. 0|1:7,12:19:99:0|1:530429_G_A:463,0,258:. 1|1:0,15:15:45:1|1:530326_A_T:675,45,0:. 0|1:0,2:2:36:0|1:530429_G_A:81,0,36:. 1|1:0,23:23:72:1|1:530429_G_A:1065,72,0:. 1|1:14,0:14:.:.:.:.:. 1|1:0,28:28:84:1|1:530405_C_A:1260,84,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530405_C_A:2717,184,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530429_G_A:2866,193,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,13:15:99:0|1:530429_G_A:552,0,159:. 1|1:0,4:4:12:1|1:530429_G_A:180,12,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530429_G_A:1649,111,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:3944,265,0:. 1|0:20,54:74:99:0|1:530429_G_A:2199,0,701:. 1|0:25,14:39:99:0|1:530429_G_A:513,0,1008:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,34:91:99:0|1:530429_G_A:1202,0,2400:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530429_G_A:4414,298,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,201:202:99:1|1:530405_C_A:9412,596,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,21:70:99:0|1:530429_G_A:773,0,2013:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530429_G_A:1630,111,0:. 1|0:84,20:104:99:0|1:530429_G_A:584,0,3419:. 0|0:60,3:63:58:0|1:530429_G_A:0,58,2580:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530405_C_A:4337,295,0:. 1|0:21,10:31:99:0|1:530429_G_A:351,0,918:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:127,29:156:99:0|1:530429_G_A:823,0,5396:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530429_G_A:3070,211,0:. 1|1:0,95:95:99:1|1:530429_G_A:4320,289,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,27:41:99:0|1:530405_C_A:1159,0,501:. 1|0:69,7:76:80:0|1:530429_G_A:80,0,2953:. 0|0:133,0:133:.:.:.:.:. 0|1:117,12:129:99:0|1:530429_G_A:140,0,4986:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,246:246:99:1|1:530405_C_A:11402,768,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530429_G_A:2583,175,0:. 0|1:62,33:95:99:0|1:530429_G_A:1199,0,2504:. 1|0:102,11:113:99:0|1:530429_G_A:143,0,4418:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:49,0:49:.:.:.:.:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,16:22:99:0|1:530429_G_A:696,0,201:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:92:.:.:0,92,1453:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530405_C_A:2970,202,0:. 1|1:3,60:63:78:1|1:530429_G_A:2517,78,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:52,0:52:.:.:.:.:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530326_A_T:4995,334,0:. 1|0:15,31:46:99:0|1:530429_G_A:1226,0,537:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,88:110:99:0|1:530429_G_A:3682,0,664:. 0|1:100,13:113:99:0|1:530429_G_A:245,0,4127:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,42:52:99:0|1:530429_G_A:1775,0,290:. 0|1:51,51:102:99:0|1:530429_G_A:2034,0,1947:. 1|0:12,38:50:99:0|1:530429_G_A:1620,0,425:. 0|0:132,7:139:99:0|1:530429_G_A:0,106,5612:. 0|1:119,26:145:99:0|1:530429_G_A:758,0,5079:. 0|1:148,12:160:49:0|1:530429_G_A:49,0,6232:. 1|1:7,242:249:99:1|1:530429_G_A:10760,469,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:1|1:530429_G_A:6168,418,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:530429_G_A:4619,310,0:. 0|1:83,16:99:99:0|1:530429_G_A:400,0,3521:. 1|1:2,209:211:99:1|1:530429_G_A:9362,557,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,76:98:99:0|1:530429_G_A:3209,0,672:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,40:166:99:0|1:530429_G_A:1331,0,5262:. 1|1:0,211:211:99:1|1:530429_G_A:9508,641,0:. 1|1:152,0:152:.:.:.:.:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,51:68:99:0|1:530429_G_A:2090,0,560:. 0|1:121,71:192:99:0|1:530429_G_A:2637,0,4777:. 1|0:27,77:104:99:.:.:3269,0,871:. 0|1:154,18:172:99:0|1:530429_G_A:272,0,6259:. 0|1:45,101:146:99:0|1:530429_G_A:4144,0,1636:. 1|0:103,8:111:23:0|1:530429_G_A:23,0,4198:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:1|1:530405_C_A:8100,542,0:. 1|0:11,116:127:92:0|1:530429_G_A:5132,0,92:. 0|1:131,39:170:99:0|1:530429_G_A:1301,0,5441:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,130:154:99:0|1:530429_G_A:5340,0,597:. 1|0:97,9:106:99:0|1:530429_G_A:125,0,4047:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:157,17:174:99:0|1:530429_G_A:238,0,8534:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,15:128:99:0|1:530429_G_A:264,0,4760:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,44:53:99:0|1:530429_G_A:1946,0,236:. 1|0:15,163:178:99:0|1:530338_A_T:7051,0,121:. 1|0:16,196:212:76:0|1:530331_T_C:8266,0,76:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:187,0:187:.:.:.:.:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,0:101:.:.:.:.:. 0|1:117,44:161:99:0|1:530405_C_A:1501,0,4960:. 0|1:115,57:172:99:0|1:530429_G_A:2070,0,4699:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530405_C_A:4465,301,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530429_G_A:4626,319,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,9:59:99:0|1:530429_G_A:224,0,2114:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:1|1:530429_G_A:7070,479,0:. 0|1:21,29:50:99:0|1:530429_G_A:1196,0,791:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530405_C_A:3947,265,0:. 1|0:68,17:85:99:0|1:530293_C_T:503,0,3011:. 0|1:36,19:55:99:0|1:530429_G_A:728,0,1493:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,41:175:99:0|1:530429_G_A:1342,0,5468:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530429_G_A:6521,439,0:. 1|1:0,157:157:99:1|1:530405_C_A:7335,497,0:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530429_G_A:4037,271,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,56:95:99:0|1:530429_G_A:2262,0,1450:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,21:142:99:0|1:530429_G_A:495,0,5011:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,17:107:99:0|1:530429_G_A:437,0,3795:. 1|1:0,132:132:99:1|1:530429_G_A:5847,403,0:. 1|0:24,64:88:99:0|1:530429_G_A:2635,0,809:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,36:105:99:0|1:530429_G_A:1237,0,2716:. 1|0:100,37:137:99:0|1:530429_G_A:1224,0,4150:. 1|0:143,44:187:99:0|1:530429_G_A:1394,0,5944:. 1|0:85,12:97:99:0|1:530429_G_A:222,0,3578:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,56:139:99:0|1:530429_G_A:2082,0,3296:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,46:69:99:0|1:530429_G_A:1862,0,827:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530405_C_A:3482,235,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,26:114:99:0|1:530429_G_A:809,0,3659:. 0|1:152,15:167:99:0|1:530429_G_A:160,0,6492:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530429_G_A:4033,271,0:. 0|1:81,63:144:99:0|1:530429_G_A:2409,0,3180:. 0|1:28,83:111:99:0|1:530429_G_A:3469,0,917:. 0|1:66,10:76:99:0|1:530429_G_A:204,0,2767:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:95,7:102:5:0|1:530429_G_A:5,0,4010:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,64:148:99:0|1:530429_G_A:2506,0,3496:. 1|1:0,104:104:99:1|1:530405_C_A:4884,331,0:. 1|0:26,27:53:99:0|1:530429_G_A:1055,0,995:. 0|1:141,35:176:99:0|1:530429_G_A:1030,0,5834:. 1|1:4,87:91:99:1|1:530429_G_A:3886,119,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,6:46:99:0|1:530429_G_A:160,0,1627:. 1|0:69,33:102:99:0|1:530260_T_A:1283,0,2853:. 0|1:59,11:70:99:0|1:530429_G_A:281,0,2468:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,48:64:99:0|1:530283_C_T:1950,0,527:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,16:72:99:0|1:530429_G_A:500,0,2291:. 1|1:0,191:191:99:1|1:530429_G_A:8601,581,0:. 0|0:82,0:82:88:.:.:0,88,1982:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,107:112:99:1|1:530326_A_T:4860,130,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530429_G_A:2970,202,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,65:163:99:0|1:530429_G_A:2432,0,3867:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530429_G_A:4622,313,0:. 1|0:8,3:11:99:0|1:530429_G_A:99,0,350:. 0|1:44,86:130:99:0|1:530405_C_A:3673,0,1574:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:.:.:.:.:. 1|1:3,94:97:99:.:.:4109,160,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,94:113:99:0|1:530429_G_A:3853,0,515:. 1|1:1,163:164:99:1|1:530202_A_G:7499,464,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:35,0:35:.:.:.:.:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,21:334:39:0|1:530429_G_A:0,39,13299:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:21:.:.:0,21,441:. 1|1:2,46:48:54:1|1:530429_G_A:1936,54,0:. 1|0:23,126:149:99:0|1:530429_G_A:5262,0,544:. 0|1:38,46:84:99:0|1:530429_G_A:1837,0,1544:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530207_A_C:4529,304,0:. 1|0:7,8:15:99:0|1:530429_G_A:315,0,270:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1214:. 1|1:1,102:103:99:1|1:530429_G_A:4526,268,0:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,145:145:99:1|1:530429_G_A:6500,439,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:530429_G_A:5141,346,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:121,0:121:.:.:.:0,0,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:1|1:530405_C_A:8920,599,0:. 1|1:0,44:44:99:1|1:530429_G_A:1995,135,0:. 1|1:0,251:251:99:1|1:530207_A_C:11691,783,0:. 1|1:177,0:177:.:.:.:0,0,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:172,0:172:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530429_G_A:9749,656,0:. 1|1:0,216:216:99:1|1:530429_G_A:9680,650,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,6:87:5:0|1:530405_C_A:5,0,3425:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:1|1:530207_A_C:9879,662,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:530429_G_A:4326,292,0:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530429_G_A:3984,268,0:. 1|1:0,193:193:99:1|1:530429_G_A:8902,599,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:78,30:108:99:0|1:530227_C_G:1050,0,3296:. 1|1:0,143:143:99:1|1:530207_A_C:6726,452,0:. 0|0:113,6:119:99:0|1:530429_G_A:0,103,5027:. 1|1:0,176:176:99:1|1:530405_C_A:8338,563,0:. 1|1:0,230:230:99:1|1:530203_T_C:10710,716,0:. 1|1:0,118:118:99:1|1:530429_G_A:5297,358,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:1|1:530429_G_A:7157,482,0:. 1|1:0,193:193:99:1|1:530207_A_C:9270,620,0:. 0|0:643,0:643:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,566:566:99:1|1:530207_A_C:26407,1767,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530429_G_A:3183,214,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1476:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:1|1:530429_G_A:5855,394,0:. 1|1:1,193:194:99:1|1:530429_G_A:8661,461,0:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,119:123:99:1|1:530429_G_A:5157,126,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,236:237:99:1|1:530207_A_C:11026,574,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:71,0:71:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,374:375:99:1|1:530207_A_C:17115,952,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530429_G_A:3263,223,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,152:191:99:0|1:530429_G_A:6361,0,1213:. 1|1:0,184:184:99:1|1:530207_A_C:8765,587,0:. 1|0:232,22:254:99:0|1:530405_C_A:216,0,9771:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:9,109:118:38:0|1:530429_G_A:4718,0,38:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,53:79:99:0|1:530405_C_A:2296,0,920:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530429_G_A:1935,129,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,137:138:99:1|1:530429_G_A:6345,385,0:. 1|0:168,88:256:99:0|1:530405_C_A:3387,0,6976:. 1|0:183,0:183:.:.:.:0,0,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:229,0:229:.:.:.:0,0,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:74:.:.:0,74,2785:. 0|0:166,0:166:.:.:.:0,0,0:. 1|1:60,0:60:.:.:.:0,0,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:149,19:168:99:0|1:530405_C_A:334,0,6349:. 1|0:198,87:285:99:0|1:530405_C_A:3231,0,8204:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,154:209:99:0|1:530429_G_A:6287,0,1900:. 0|0:157,9:166:99:0|1:530429_G_A:0,104,6665:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,16:162:99:0|1:530429_G_A:217,0,6254:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:38:.:.:0,38,1035:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,212:217:99:1|1:530429_G_A:9391,437,0:. 1|0:188,14:202:7:0|1:530429_G_A:7,0,7996:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,32:89:99:0|1:530429_G_A:1163,0,2423:. 0|1:20,127:147:99:0|1:530429_G_A:5311,0,485:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:19,350:369:99:1|1:530405_C_A:15382,292,0:. 1|0:24,105:129:99:0|1:530429_G_A:4415,0,741:. 1|0:185,116:301:99:0|1:530429_G_A:4389,0,7490:. 0|0:577,0:577:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:425,0:425:.:.:.:0,0,0:. 1|0:7,69:76:77:0|1:530429_G_A:2991,0,77:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,118:154:99:0|1:530429_G_A:5036,0,1141:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,51:132:99:0|1:530429_G_A:1883,0,3163:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,152:210:99:0|1:530405_C_A:6459,0,2196:. 1|1:0,194:194:99:1|1:530429_G_A:8867,599,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530429_G_A:2622,178,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,212:235:99:0|1:530429_G_A:8948,0,300:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530429_G_A:3604,244,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:93:1|1:530429_G_A:1395,93,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:172,30:202:99:0|1:530429_G_A:709,0,7388:. 0|1:131,31:162:99:0|1:530429_G_A:970,0,5667:. 1|1:0,30:30:93:1|1:530429_G_A:1395,93,0:. 1|1:0,205:205:99:1|1:530429_G_A:9305,629,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:146,69:215:99:0|1:530429_G_A:2428,0,30531:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,101:120:99:0|1:530429_G_A:4310,0,485:. 1|1:0,231:231:99:1|1:530429_G_A:10549,707,0:. 1|1:190,0:190:.:.:.:0,0,0:. 1|1:186,0:186:.:.:.:0,0,0:. 0|1:205,238:443:99:0|1:530429_G_A:9536,0,8069:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,506:506:99:1|1:530405_C_A:23911,1607,0:. 1|0:119,39:158:99:0|1:530429_G_A:1332,0,5145:. 1|1:0,220:220:99:1|1:530429_G_A:10209,689,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530429_G_A:2115,141,0:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:1|1:530429_G_A:7467,503,0:. Pf3D7_01_v3 530440 . T C 9.14528e+06 PASS FS=0.616;MQ=52.88;QD=34.48;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1075;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.783;VQSLOD=6.65;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.983;GC=23.81;GQ_MEAN=111.4;GQ_STDDEV=89.17;HRun=0;InbreedingCoeff=0.688;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=0.307;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=14286908;AF=0.356;AS_InbreedingCoeff=0.6431;MLEAC=1758;MLEAF=0.357;AN=816;AC=293 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,36:36:99:1|1:530429_G_A:1645,111,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1301:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530429_G_A:2414,163,0:. 0|0:38,0:38:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530429_G_A:1800,120,0:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530405_C_A:3177,217,0:. 1|1:46,0:46:.:.:.:.:. 0|0:44,0:44:96:.:.:0,96,1440:. 0|1:20,9:29:99:0|1:530429_G_A:402,0,807:. 0|0:50,0:50:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:2,29:31:15:1|1:530405_C_A:1395,15,0:. 1|0:15,17:32:99:0|1:530429_G_A:711,0,576:. 0|1:7,12:19:99:0|1:530429_G_A:483,0,258:. 1|1:0,13:13:42:1|1:530326_A_T:630,42,0:. 0|1:1,2:3:36:0|1:530429_G_A:81,0,36:. 1|1:0,24:24:72:1|1:530429_G_A:1058,72,0:. 1|1:12,0:12:.:.:.:.:. 1|1:0,29:29:96:1|1:530405_C_A:1440,96,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530405_C_A:2870,196,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530429_G_A:3039,211,0:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:1,15:16:91:0|1:530429_G_A:711,0,91:. 1|1:0,5:5:15:1|1:530429_G_A:225,15,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530429_G_A:1890,126,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:4410,295,0:. 1|0:21,57:78:99:0|1:530429_G_A:2618,0,773:. 1|0:30,15:45:99:0|1:530429_G_A:582,0,1212:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,37:100:99:0|1:530429_G_A:1442,0,2726:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:1|1:530429_G_A:4635,310,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,198:199:99:1|1:530405_C_A:9029,569,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,25:74:99:0|1:530429_G_A:938,0,2086:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530429_G_A:1890,126,0:. 1|0:86,18:104:99:0|1:530429_G_A:501,0,3638:. 0|0:63,3:66:70:0|1:530429_G_A:0,70,2790:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530405_C_A:4214,283,0:. 1|0:21,10:31:99:0|1:530429_G_A:441,0,846:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,34:182:99:0|1:530429_G_A:970,0,6280:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530429_G_A:2862,193,0:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530429_G_A:4275,286,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,31:45:99:0|1:530405_C_A:1359,0,483:. 1|0:68,10:78:99:0|1:530429_G_A:251,0,2906:. 0|0:131,0:131:0:.:.:0,0,304:. 0|1:119,10:129:56:0|1:530429_G_A:56,0,5051:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:1|1:530405_C_A:11137,749,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530429_G_A:2745,184,0:. 0|1:64,31:95:99:0|1:530429_G_A:1232,0,2627:. 1|0:104,12:116:99:0|1:530429_G_A:227,0,4412:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:47,0:47:.:.:.:.:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,20:26:99:0|1:530429_G_A:819,0,234:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530405_C_A:2835,190,0:. 1|1:3,54:57:88:1|1:530429_G_A:2370,88,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:57,0:57:.:.:.:.:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:530326_A_T:5594,379,0:. 1|0:13,33:46:99:0|1:530429_G_A:1431,0,441:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,89:112:99:0|1:530429_G_A:3878,0,737:. 0|1:99,13:112:99:0|1:530429_G_A:278,0,4283:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,49:59:99:0|1:530429_G_A:2051,0,269:. 0|1:52,50:102:99:0|1:530429_G_A:1982,0,2072:. 1|0:12,37:49:99:0|1:530429_G_A:1643,0,383:. 0|0:131,9:140:34:0|1:530429_G_A:0,34,5760:. 0|1:121,29:150:99:0|1:530429_G_A:958,0,5278:. 0|1:135,12:147:85:0|1:530429_G_A:85,0,5800:. 1|1:5,259:264:99:1|1:530429_G_A:11591,588,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:530429_G_A:6185,424,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530429_G_A:4979,334,0:. 0|1:89,15:104:99:0|1:530429_G_A:356,0,3776:. 1|1:2,207:209:99:1|1:530429_G_A:9246,554,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,93:113:99:0|1:530429_G_A:4010,0,590:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,39:166:99:0|1:530429_G_A:1294,0,5573:. 1|1:0,215:215:99:1|1:530429_G_A:10215,683,0:. 1|1:152,0:152:.:.:.:.:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,59:78:99:0|1:530429_G_A:2567,0,605:. 0|1:114,67:181:99:0|1:530429_G_A:2540,0,4828:. 1|0:25,77:102:99:.:.:3410,0,800:. 0|1:144,18:162:99:0|1:530429_G_A:352,0,6157:. 0|1:45,115:160:99:0|1:530429_G_A:4810,0,1660:. 1|0:100,8:108:26:0|1:530429_G_A:26,0,4301:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:1|1:530405_C_A:8145,545,0:. 1|0:12,137:149:99:0|1:530429_G_A:5713,0,133:. 0|1:133,42:175:99:0|1:530429_G_A:1432,0,5662:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,133:160:99:0|1:530429_G_A:5652,0,721:. 1|0:94,10:104:99:0|1:530429_G_A:161,0,4166:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:158,22:180:99:0|1:530429_G_A:436,0,10164:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,12:119:99:0|1:530429_G_A:209,0,4664:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,52:64:99:0|1:530429_G_A:2144,0,389:. 1|0:15,152:167:99:0|1:530338_A_T:6715,0,145:. 1|1:13,189:202:59:1|1:530331_T_C:8460,59,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:184,0:184:.:.:.:.:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,0:106:.:.:.:.:. 0|1:116,45:161:99:0|1:530405_C_A:1609,0,4939:. 0|1:112,56:168:99:0|1:530429_G_A:2044,0,4699:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530405_C_A:4074,274,0:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530429_G_A:4726,328,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,14:65:99:0|1:530429_G_A:515,0,2135:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:1|1:530429_G_A:7155,479,0:. 0|1:23,35:58:99:0|1:530429_G_A:1442,0,857:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530405_C_A:3960,265,0:. 1|0:70,19:89:99:0|1:530293_C_T:671,0,3015:. 0|1:41,21:62:99:0|1:530429_G_A:799,0,1736:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,40:169:99:0|1:530429_G_A:1300,0,5490:. 1|1:0,143:143:99:1|1:530429_G_A:6570,439,0:. 1|1:0,153:153:99:1|1:530405_C_A:7245,485,0:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530429_G_A:3960,265,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,54:88:99:0|1:530429_G_A:2201,0,1346:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,22:148:99:0|1:530429_G_A:586,0,5221:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,22:111:99:0|1:530429_G_A:650,0,3755:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530429_G_A:5677,385,0:. 1|0:21,64:85:99:0|1:530429_G_A:2649,0,686:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,38:99:99:0|1:530429_G_A:1386,0,2696:. 1|0:96,35:131:99:0|1:530429_G_A:1262,0,3962:. 1|0:137,42:179:99:0|1:530429_G_A:1384,0,5749:. 1|0:88,11:99:99:0|1:530429_G_A:191,0,3746:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,55:137:99:0|1:530429_G_A:2138,0,3398:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,52:75:99:0|1:530429_G_A:2156,0,806:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530405_C_A:3825,256,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,33:127:99:0|1:530429_G_A:1091,0,4016:. 0|1:150,15:165:99:0|1:530429_G_A:163,0,6463:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530429_G_A:4411,301,0:. 0|1:81,59:140:99:0|1:530429_G_A:2293,0,3260:. 0|1:26,88:114:99:0|1:530429_G_A:3538,0,911:. 0|1:69,10:79:99:0|1:530429_G_A:254,0,2864:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:94,7:101:5:0|1:530429_G_A:5,0,4010:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,74:157:99:0|1:530429_G_A:2893,0,3343:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530405_C_A:4500,301,0:. 1|0:27,33:60:99:0|1:530429_G_A:1317,0,1031:. 0|1:140,33:173:99:0|1:530429_G_A:1084,0,5854:. 1|1:3,100:103:99:1|1:530429_G_A:4419,181,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,7:50:99:0|1:530429_G_A:206,0,1781:. 1|0:71,34:105:99:0|1:530260_T_A:1202,0,3047:. 0|1:53,11:64:99:0|1:530429_G_A:335,0,2301:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,45:63:99:0|1:530283_C_T:2087,0,602:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,19:81:99:0|1:530429_G_A:608,0,2588:. 1|1:0,189:189:99:1|1:530429_G_A:8659,590,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,112:117:99:1|1:530326_A_T:4995,139,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530429_G_A:2976,205,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,63:164:99:0|1:530429_G_A:2383,0,4048:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530429_G_A:4441,304,0:. 1|0:10,3:13:96:0|1:530429_G_A:96,0,411:. 0|1:39,96:135:99:0|1:530405_C_A:3911,0,1391:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:0:.:.:0,0,182:. 1|1:2,92:94:99:.:.:4230,205,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,97:118:99:0|1:530429_G_A:4059,0,584:. 1|1:1,158:159:99:1|1:530202_A_G:7430,467,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:34,0:34:.:.:.:.:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,22:332:27:0|1:530429_G_A:0,27,13303:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:21:.:.:0,21,469:. 1|1:2,47:49:64:1|1:530429_G_A:2115,64,0:. 1|0:17,125:142:99:0|1:530429_G_A:5465,0,400:. 0|1:44,51:95:99:0|1:530429_G_A:2006,0,1736:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,4:102:99:0|1:530440_T_C:0,123,4475:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530207_A_C:4436,298,0:. 1|0:7,9:16:99:0|1:530429_G_A:357,0,267:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1214:. 1|1:1,93:94:99:1|1:530429_G_A:4320,211,0:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,145:145:99:1|1:530429_G_A:6885,461,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530429_G_A:5326,364,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:126,0:126:.:.:.:0,0,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:1|1:530405_C_A:8685,581,0:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530429_G_A:2205,147,0:. 1|1:0,251:251:99:1|1:530207_A_C:11806,798,0:. 1|1:178,0:178:.:.:.:0,0,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:168,0:168:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,229:229:99:1|1:530429_G_A:10177,698,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530429_G_A:9587,647,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,6:105:52:0|1:530405_C_A:0,52,4275:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:530207_A_C:9517,641,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530429_G_A:4590,307,0:. 1|1:0,89:89:99:1|1:530429_G_A:4410,295,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530429_G_A:8934,605,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:75,31:106:99:0|1:530227_C_G:1154,0,3134:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530207_A_C:6433,436,0:. 0|0:115,6:121:99:0|1:530429_G_A:0,106,5085:. 1|1:0,175:175:99:1|1:530405_C_A:8023,539,0:. 1|1:0,217:217:99:1|1:530203_T_C:10260,686,0:. 1|1:0,117:117:99:1|1:530429_G_A:5625,376,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:1|1:530429_G_A:7103,479,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530207_A_C:9180,614,0:. 0|0:643,0:643:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:524,0:524:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,561:561:99:1|1:530207_A_C:26155,1758,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530429_G_A:3506,241,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1476:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:530429_G_A:6120,409,0:. 1|1:1,190:191:99:1|1:530429_G_A:8769,458,0:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,128:133:99:1|1:530429_G_A:5579,159,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,240:241:99:1|1:530207_A_C:10968,576,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:72,0:72:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,401:402:99:1|1:530207_A_C:18330,1034,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530429_G_A:2983,205,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,166:208:99:0|1:530429_G_A:7048,0,1333:. 1|1:0,184:184:99:1|1:530207_A_C:8688,584,0:. 1|0:221,26:247:99:0|1:530405_C_A:432,0,9702:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:7,127:134:49:1|1:530429_G_A:5400,49,0:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,61:87:99:0|1:530405_C_A:2519,0,989:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530429_G_A:2124,147,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,166:167:99:1|1:530429_G_A:7739,488,0:. 1|0:165,86:251:99:0|1:530405_C_A:3126,0,7086:. 1|0:186,0:186:.:.:.:0,0,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:232,0:232:.:.:.:0,0,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:180,0:180:.:.:.:0,0,0:. 1|1:64,0:64:.:.:.:0,0,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:464,0:464:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,25:171:99:0|1:530405_C_A:613,0,6470:. 1|0:211,106:317:99:0|1:530405_C_A:3879,0,8863:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,154:206:99:0|1:530429_G_A:6307,0,1762:. 0|0:156,8:164:99:0|1:530429_G_A:0,110,6885:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,21:174:99:0|1:530429_G_A:415,0,6445:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:47:.:.:0,47,1143:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,213:219:99:1|1:530429_G_A:9364,404,0:. 1|0:185,13:198:1:0|1:530429_G_A:1,0,8146:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,36:97:99:0|1:530429_G_A:1408,0,2528:. 0|1:20,151:171:99:0|1:530429_G_A:6406,0,376:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:21,372:393:99:1|1:530405_C_A:16200,265,0:. 1|0:24,123:147:99:0|1:530429_G_A:5341,0,661:. 1|0:196,131:327:99:0|1:530429_G_A:4944,0,7959:. 0|0:577,0:577:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:420,0:420:.:.:.:0,0,0:. 1|0:8,79:87:89:0|1:530429_G_A:3419,0,89:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,145:182:99:0|1:530429_G_A:6058,0,1153:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,52:125:99:0|1:530429_G_A:1946,0,3161:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,161:220:99:0|1:530405_C_A:6871,0,2056:. 1|1:0,194:194:99:1|1:530429_G_A:9090,608,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530429_G_A:2745,184,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,209:230:99:0|1:530429_G_A:8696,0,286:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 1|1:0,78:78:99:1|1:530429_G_A:3645,244,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:93:1|1:530429_G_A:1395,93,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:184,35:219:99:0|1:530429_G_A:907,0,7747:. 0|1:145,39:184:99:0|1:530429_G_A:1225,0,6220:. 1|1:0,33:33:99:1|1:530429_G_A:1532,105,0:. 1|1:0,208:208:99:1|1:530429_G_A:9675,647,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,61:209:99:0|1:530429_G_A:2353,0,31917:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,119:137:99:0|1:530429_G_A:5108,0,428:. 1|1:0,246:246:99:1|1:530429_G_A:10992,746,0:. 1|1:197,0:197:.:.:.:0,0,0:. 1|1:182,0:182:.:.:.:0,0,0:. 0|1:198,247:445:99:0|1:530429_G_A:10219,0,7789:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,536:536:99:1|1:530405_C_A:24974,1671,0:. 1|0:122,44:166:99:0|1:530429_G_A:1507,0,5197:. 1|1:0,226:226:99:1|1:530429_G_A:9996,683,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530429_G_A:2430,163,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,853:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:1|1:530429_G_A:7875,527,0:. Pf3D7_01_v3 530441 . A C 1.68333e+07 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=33.42;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=M1076L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Atg/Ctg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.633;VQSLOD=9.23;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.972;GC=23.81;GQ_MEAN=114.22;GQ_STDDEV=85.91;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7733;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14422644;AF=0.503;AS_InbreedingCoeff=0.3443;MLEAC=2641;MLEAF=0.504;AN=850;AC=421 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1221:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530441_A_C:2478,169,0:. 1|1:0,56:56:99:1|1:530441_A_C:2443,133,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1604:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530441_A_C:1690,117,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530441_A_C:1738,126,0:. 1|0:11,20:31:99:0|1:530441_A_C:834,0,399:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530441_A_C:1926,138,0:. 0|0:29,2:31:9:0|1:530441_A_C:0,9,1305:. 0|1:17,15:32:99:0|1:530441_A_C:558,0,753:. 1|0:13,7:20:99:0|1:530441_A_C:252,0,567:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:11,56:67:99:0|1:530441_A_C:2249,0,1758:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:1|1:530441_A_C:8775,608,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530441_A_C:1715,120,0:. 1|0:70,29:99:99:0|1:530441_A_C:1074,0,2807:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1214:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530441_A_C:2240,162,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,21:83:99:0|1:530441_A_C:607,0,2666:. 0|1:16,30:46:99:.:.:1207,0,579:. 1|1:1,312:313:99:1|1:530441_A_C:13838,912,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530441_A_C:2214,153,0:. 0|1:46,52:98:99:0|1:530441_A_C:2139,0,2007:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530441_A_C:3689,256,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530441_A_C:2415,163,0:. 1|0:11,45:56:99:0|1:530441_A_C:1820,0,300:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530441_A_C:1980,141,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:1|1:530441_A_C:4704,328,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530441_A_C:2953,208,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:1|1:530441_A_C:9394,638,0:. 0|1:10,70:80:99:0|1:530441_A_C:2936,0,206:. 0|1:36,40:76:99:.:.:1583,0,1377:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:18,88:106:99:0|1:530441_A_C:3560,0,482:. 1|0:10,55:65:99:0|1:530441_A_C:2117,0,252:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,21:32:99:.:.:846,0,441:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530441_A_C:4699,322,0:. 0|1:72,112:184:99:0|1:530441_A_C:4513,0,2738:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530441_A_C:5847,403,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,71:77:32:0|1:530441_A_C:2993,0,32:. 0|0:46,3:49:16:0|1:530441_A_C:0,16,1966:. 0|1:53,26:79:99:.:.:898,0,2105:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530441_A_C:2430,163,0:. 1|0:10,119:129:59:0|1:530441_A_C:4814,0,59:. 1|1:0,127:127:99:1|1:530441_A_C:5503,384,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,46:95:99:0|1:530441_A_C:1677,0,1989:. 0|1:42,73:115:99:0|1:530441_A_C:2946,0,1558:. 1|1:0,78:78:99:1|1:530441_A_C:3439,238,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,76:77:99:1|1:530441_A_C:3308,190,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530441_A_C:3198,223,0:. 0|1:20,6:26:99:0|1:530441_A_C:213,0,861:. 1|1:0,123:123:99:1|1:530441_A_C:5431,373,0:. 1|1:1,110:111:99:1|1:530441_A_C:4773,295,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530441_A_C:4603,319,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 1|1:4,197:201:99:1|1:530441_A_C:8599,437,0:. 1|1:2,95:97:99:.:.:4320,214,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,85:102:99:0|1:530441_A_C:3526,0,442:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530441_A_C:3535,243,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,13:48:99:0|1:530441_A_C:417,0,1514:. 1|1:0,181:181:99:1|1:530441_A_C:7912,548,0:. 1|1:0,148:148:99:1|1:530441_A_C:6426,448,0:. 1|0:96,16:112:99:0|1:530441_A_C:374,0,4149:. 1|0:14,99:113:99:0|1:530441_A_C:3837,0,290:. 1|1:0,150:150:99:1|1:530441_A_C:6616,457,0:. 0|1:50,10:60:99:0|1:530441_A_C:266,0,2111:. 1|0:65,36:101:99:0|1:530441_A_C:1324,0,2618:. 0|1:39,12:51:99:1|0:530429_G_A:358,0,1644:. 1|1:9,130:139:34:1|1:530429_G_A:5653,34,0:. 1|0:30,122:152:99:0|1:530441_A_C:5025,0,967:. 1|0:12,137:149:86:0|1:530441_A_C:5641,0,86:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,190:220:99:0|1:530441_A_C:8177,0,600:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,78:89:99:0|1:530441_A_C:3181,0,224:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,89:104:99:0|1:530441_A_C:3686,0,356:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:1|1:530441_A_C:5809,400,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,171:172:99:1|1:530441_A_C:7544,482,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530441_A_C:9262,647,0:. 1|0:85,75:160:99:0|1:530441_A_C:2824,0,3406:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:530441_A_C:9251,641,0:. 0|1:141,64:205:99:0|1:530441_A_C:2245,0,5619:. 1|1:0,206:206:99:1|1:530441_A_C:9148,623,0:. 1|0:65,15:80:99:0|1:530441_A_C:378,0,2768:. 1|0:69,114:183:99:0|1:530441_A_C:4471,0,2561:. 0|1:77,25:102:99:.:.:797,0,3452:. 1|0:19,142:161:99:0|1:530441_A_C:5837,0,431:. 1|0:120,41:161:99:0|1:530441_A_C:1343,0,5025:. 0|1:8,99:107:29:0|1:530441_A_C:4098,0,29:. 1|1:0,174:174:99:1|1:530441_A_C:7555,533,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530441_A_C:4950,331,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,12:149:85:0|1:530441_A_C:85,0,5800:. 1|0:42,133:175:99:1|0:530429_G_A:5442,0,1528:. 1|1:0,200:200:99:1|1:530441_A_C:8906,611,0:. 0|1:135,27:162:99:0|1:530441_A_C:727,0,5587:. 0|1:11,93:104:99:0|1:530441_A_C:3765,0,215:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530441_A_C:4219,292,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:1|1:530441_A_C:9348,644,0:. 1|0:12,107:119:99:.:.:4187,0,260:. 1|1:0,218:218:99:1|1:530441_A_C:9856,674,0:. 0|1:52,12:64:99:0|1:530441_A_C:386,0,2186:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:1|1:530441_A_C:7568,523,0:. 1|1:0,202:202:99:1|1:530441_A_C:8989,626,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,114:163:99:0|1:530441_A_C:4572,0,1744:. 1|0:79,89:168:99:0|1:530441_A_C:3561,0,3024:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530441_A_C:8769,605,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530441_A_C:3950,277,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530441_A_C:3719,259,0:. 1|1:0,222:222:99:1|1:530441_A_C:10042,689,0:. 1|0:16,50:66:99:1|0:530429_G_A:2177,0,512:. 1|1:0,147:147:99:1|1:530441_A_C:6579,448,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,23:59:99:0|1:530441_A_C:846,0,1439:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:1|1:530441_A_C:5699,397,0:. 1|1:2,132:134:99:1|1:530441_A_C:5804,322,0:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530441_A_C:5046,352,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,68:88:99:0|1:530293_C_T:2912,0,891:. 1|0:21,41:62:99:0|1:530441_A_C:1761,0,833:. 0|1:164,15:179:99:0|1:530441_A_C:99,0,7098:. 1|0:72,98:170:99:0|1:530441_A_C:3719,0,2863:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:21:1|1:530441_A_C:315,21,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530441_A_C:6219,433,0:. 1|1:0,93:93:99:1|1:530441_A_C:4131,283,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530441_A_C:3295,226,0:. 0|1:53,34:87:99:0|1:530441_A_C:1227,0,2165:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530441_A_C:5024,352,0:. 0|1:22,126:148:99:0|1:530441_A_C:5212,0,583:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530441_A_C:3404,238,0:. 1|0:22,88:110:99:0|1:530441_A_C:3601,0,656:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530441_A_C:2176,153,0:. 0|1:39,64:103:99:0|1:530441_A_C:2478,0,1523:. 0|1:45,86:131:99:0|1:530441_A_C:3409,0,1688:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,69:101:99:.:.:2756,0,1133:. 1|1:3,130:133:99:1|1:530441_A_C:5613,271,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1891,204,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:530441_A_C:10405,710,0:. 0|1:56,84:140:99:0|1:530441_A_C:3303,0,2135:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:530441_A_C:4422,298,0:. 1|1:0,200:200:99:1|1:530441_A_C:8938,611,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530441_A_C:3855,259,0:. 1|0:52,22:74:99:0|1:530441_A_C:731,0,2159:. 1|1:0,200:200:99:1|1:530441_A_C:8690,608,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530441_A_C:4278,295,0:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530441_A_C:3014,211,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530441_A_C:3667,253,0:. 1|1:9,217:226:99:.:.:9384,290,0:. 1|0:33,94:127:99:0|1:530441_A_C:3837,0,1097:. 1|0:15,149:164:99:.:.:5858,0,182:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,61:139:99:0|1:530441_A_C:2272,0,3096:. 1|0:87,26:113:99:0|1:530441_A_C:796,0,3698:. 1|0:11,68:79:99:0|1:530441_A_C:2671,0,258:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530441_A_C:3173,220,0:. 1|1:1,72:73:99:1|1:530441_A_C:3230,181,0:. 0|1:31,85:116:99:0|1:530441_A_C:3494,0,996:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530441_A_C:2988,208,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:7,94:101:5:0|1:530428_T_A:3972,0,5:. 1|1:0,196:196:99:1|1:530441_A_C:8821,604,0:. 0|1:74,83:157:99:0|1:530441_A_C:3131,0,2941:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,27:61:99:0|1:530441_A_C:1107,0,1337:. 1|0:35,139:174:99:.:.:5529,0,1048:. 0|0:118,0:118:3:.:.:0,3,2848:. 1|0:20,57:77:99:0|1:530441_A_C:2272,0,645:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530441_A_C:2525,175,0:. 0|1:45,5:50:75:0|1:530441_A_C:75,0,1816:. 0|1:42,64:106:99:0|1:530260_T_A:2661,0,1688:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530441_A_C:2951,208,0:. 1|0:46,17:63:99:0|1:530283_C_T:692,0,1997:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530441_A_C:1656,114,0:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530441_A_C:2765,193,0:. 1|0:48,33:81:99:0|1:530441_A_C:1171,0,1885:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530441_A_C:2889,199,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:530441_A_C:4444,304,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,77:79:99:1|1:530441_A_C:3338,148,0:. 1|0:63,99:162:99:1|0:530429_G_A:4077,0,2338:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,10:13:96:0|1:530441_A_C:411,0,96:. 1|0:96,38:134:99:0|1:530441_A_C:1368,0,3992:. 0|1:51,57:108:99:0|1:530441_A_C:2139,0,3688:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530428_T_A:3494,235,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:530441_A_C:5653,388,0:. 1|0:96,21:117:99:0|1:530441_A_C:584,0,4094:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530441_A_C:2089,147,0:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530441_A_C:3345,232,0:. 0|1:25,306:331:99:0|1:530441_A_C:12256,0,286:. 1|1:0,123:123:99:1|1:530441_A_C:5580,373,0:. 1|1:1,176:177:99:1|1:530441_A_C:7533,464,0:. 1|1:0,16:16:51:1|1:530441_A_C:697,51,0:. 0|0:48,2:50:64:0|1:530441_A_C:0,64,2115:. 0|1:130,17:147:99:0|1:530441_A_C:362,0,5527:. 1|0:51,45:96:99:0|1:530428_T_A:1736,0,2006:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530441_A_C:2682,190,0:. 1|1:5,100:105:99:1|1:530441_A_C:4378,103,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,6:16:99:0|1:530441_A_C:222,0,402:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530441_A_C:2106,147,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530441_A_C:1809,123,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,27:27:81:1|1:530441_A_C:1215,81,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,230:230:99:1|1:530441_A_C:10194,698,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:530441_A_C:9484,647,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:1|1:530441_A_C:8568,584,0:. 1|1:0,204:204:99:1|1:530441_A_C:9050,620,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,197:213:61:0|1:530441_A_C:8304,0,61:. 1|1:0,209:209:99:1|1:530441_A_C:9452,644,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:1|1:530441_A_C:8852,608,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:1|1:530428_T_A:7734,521,0:. 1|1:6,101:107:61:1|1:530441_A_C:4391,61,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 1|1:0,149:149:99:1|1:530441_A_C:6766,466,0:. 1|1:0,163:163:99:1|1:530441_A_C:7232,500,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:530441_A_C:6749,464,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:32,74:106:99:0|1:530227_C_G:3091,0,1115:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,113:119:94:1|1:530441_A_C:4771,94,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:530441_A_C:9311,635,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,486:486:99:1|1:530441_A_C:22365,1496,0:. 1|1:0,673:673:99:1|1:530441_A_C:30121,2056,0:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530441_A_C:2055,141,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 1|1:1,99:100:99:1|1:530441_A_C:4323,259,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,419:419:99:1|1:530441_A_C:18715,1269,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,254:254:99:1|1:530441_A_C:11544,792,0:. 1|1:0,381:381:99:1|1:530441_A_C:17104,1161,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,257:264:99:1|1:530441_A_C:11245,417,0:. 0|1:41,145:186:99:0|1:530441_A_C:5890,0,1666:. 1|1:0,185:185:99:1|1:530441_A_C:8561,575,0:. 1|1:0,232:232:99:1|1:530441_A_C:10703,719,0:. 1|0:168,42:210:99:0|1:530441_A_C:1320,0,7090:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,223:249:99:0|1:530441_A_C:9199,0,498:. 0|1:15,218:233:25:0|1:530441_A_C:9039,0,25:. 0|0:128,7:135:99:.:.:0,105,5458:. 1|1:0,317:317:99:1|1:530441_A_C:14085,954,0:. 1|0:62,27:89:99:0|1:530441_A_C:980,0,2519:. 1|1:2,296:298:99:1|1:530441_A_C:13457,825,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1526:. 1|0:21,248:269:99:0|1:530441_A_C:10356,0,106:. 0|1:88,180:268:99:0|1:530441_A_C:7139,0,3037:. 1|1:0,213:213:99:1|1:530441_A_C:9415,647,0:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,164:251:99:0|1:530441_A_C:6558,0,3231:. 0|0:1,1:2:39:0|1:530441_A_C:39,0,39:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:0,3:3:9:1|1:530441_A_C:135,9,0:. 1|1:6,231:237:99:1|1:530441_A_C:10062,457,0:. 1|1:2,85:87:99:1|1:530441_A_C:3683,174,0:. 1|1:0,20:20:60:1|1:530441_A_C:891,60,0:. 0|0:0,2:2:6:1|1:530441_A_C:90,6,0:. 0|1:205,39:244:99:0|1:530441_A_C:954,0,9033:. 1|1:1,458:459:99:1|1:530441_A_C:20645,1358,0:. 0|1:104,68:172:99:0|1:530441_A_C:2522,0,4306:. 0|1:108,212:320:99:0|1:530441_A_C:8468,0,4055:. 1|0:41,217:258:99:0|1:530441_A_C:8860,0,1059:. 1|1:0,134:134:99:1|1:530441_A_C:6120,409,0:. 1|0:154,51:205:99:0|1:530441_A_C:1644,0,6481:. 1|1:9,155:164:99:1|1:530441_A_C:6576,101,0:. 1|1:1,147:148:99:1|1:530441_A_C:6521,372,0:. 0|1:116,57:173:99:0|1:530441_A_C:2035,0,4589:. 1|1:5,104:109:99:1|1:530441_A_C:4354,109,0:. 0|1:75,141:216:99:0|1:530441_A_C:5635,0,2840:. 1|1:0,1:1:3:1|1:530441_A_C:45,3,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,466:471:99:1|1:530441_A_C:20490,1205,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,185:198:25:0|1:530441_A_C:7498,0,25:. 1|1:17,344:361:99:1|1:530441_A_C:15034,346,0:. 0|1:53,46:99:99:0|1:530441_A_C:1809,0,2165:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,25:152:99:0|1:530441_A_C:626,0,5383:. 0|1:148,181:329:99:0|1:530441_A_C:7200,0,5740:. 1|1:19,586:605:99:1|1:530441_A_C:25493,990,0:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,8:89:89:0|1:530441_A_C:89,0,3419:. 1|1:0,252:252:99:1|1:530441_A_C:11835,792,0:. 1|1:0,325:325:99:1|1:530441_A_C:14573,991,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,382:382:99:1|1:530441_A_C:17061,1160,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530441_A_C:3932,274,0:. 1|0:52,73:125:99:0|1:530441_A_C:2990,0,1997:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530441_A_C:5409,367,0:. 1|1:0,222:222:99:1|1:530441_A_C:10051,686,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:1|1:530441_A_C:8687,599,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,284:284:99:1|1:530441_A_C:13031,888,0:. 1|1:0,241:241:99:1|1:530441_A_C:10799,740,0:. 1|1:0,71:71:99:1|1:530428_T_A:3233,217,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:1|1:530441_A_C:11044,749,0:. 1|1:1,194:195:99:1|1:530441_A_C:8883,566,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:214,21:235:99:0|1:530441_A_C:189,0,9301:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:1|1:530441_A_C:5087,349,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 1|0:6,47:53:99:0|1:530441_A_C:1967,0,107:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,980:. 1|1:0,283:283:99:1|1:530441_A_C:12474,863,0:. 0|1:139,79:218:99:0|1:530428_T_A:2974,0,5702:. 1|0:101,85:186:99:0|1:530428_T_A:3598,0,4003:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,199:247:99:0|1:530441_A_C:8107,0,1492:. 1|1:1,150:151:99:1|1:530441_A_C:6610,377,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,136:197:99:0|1:530428_T_A:5521,0,2236:. 1|0:121,17:138:99:0|1:530441_A_C:371,0,5153:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:247,195:442:99:0|1:530441_A_C:7388,0,10399:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530441_A_C:2847,193,0:. 1|1:0,297:297:99:1|1:530441_A_C:13430,909,0:. 0|0:539,0:539:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,122:167:99:0|1:530441_A_C:4931,0,1513:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,27:27:81:1|1:530441_A_C:1204,81,0:. 1|1:0,367:367:99:1|1:530441_A_C:16527,1135,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530455 . T C 2.00643e+07 PASS FS=0;MQ=59.88;QD=29.23;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D1080;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaT/gaC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.651;VQSLOD=9.56;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.04;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.971;GC=33.33;GQ_MEAN=117.47;GQ_STDDEV=85.6;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7631;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.15;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=14566715;AF=0.584;AS_InbreedingCoeff=0.6039;MLEAC=3068;MLEAF=0.585;AN=850;AC=500 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530441_A_C:2475,166,0:. 1|1:2,54:56:99:1|1:530441_A_C:2655,100,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1604:. 1|1:1,33:34:63:1|1:530441_A_C:1525,63,0:. 0|1:8,35:43:99:0|1:530429_G_A:822,0,133:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530441_A_C:1755,117,0:. 1|1:0,29:29:93:1|1:530455_T_C:1392,93,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530441_A_C:1931,132,0:. 1|0:37,3:40:12:0|1:530441_A_C:12,0,1570:. 0|1:19,13:32:99:0|1:530441_A_C:612,0,738:. 1|1:0,17:17:51:1|1:530455_T_C:765,51,0:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,207:. 1|1:0,21:21:63:1|1:530455_T_C:924,63,0:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:13,51:64:99:0|1:530441_A_C:2183,0,1997:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:1|1:530441_A_C:9610,650,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530455_T_C:3111,214,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530441_A_C:1980,132,0:. 1|0:71,34:105:99:0|1:530441_A_C:1329,0,2951:. 0|1:1,18:19:85:0|1:530429_G_A:767,0,85:. 1|1:0,2:2:6:1|1:530455_T_C:90,6,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530429_G_A:2070,138,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530441_A_C:2269,154,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:530455_T_C:3780,253,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:2340,157,0:. 1|1:1,319:320:99:1|1:530441_A_C:14670,942,0:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530441_A_C:2250,151,0:. 0|1:48,50:98:99:0|1:530441_A_C:2026,0,2096:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530441_A_C:3977,271,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530441_A_C:2565,172,0:. 1|0:11,41:52:99:0|1:530441_A_C:1727,0,377:. 1|1:0,44:44:99:1|1:530441_A_C:2053,138,0:. 1|1:3,94:97:99:1|1:530429_G_A:3942,166,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530441_A_C:4725,316,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530441_A_C:3081,208,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:1|1:530441_A_C:10125,680,0:. 0|1:12,78:90:99:0|1:530441_A_C:3349,0,249:. 0|1:27,56:83:99:.:.:2270,0,985:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530429_G_A:1755,117,0:. 0|1:18,84:102:99:0|1:530441_A_C:3529,0,497:. 1|0:12,50:62:99:0|1:530441_A_C:2130,0,389:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530455_T_C:1665,111,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530441_A_C:4564,310,0:. 0|1:43,163:206:99:0|1:530455_T_C:6745,0,1426:. 1|1:0,127:127:99:1|1:530441_A_C:5985,400,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,74:78:19:1|1:530441_A_C:3183,19,0:. 1|0:52,4:56:11:0|1:530441_A_C:11,0,2171:. 0|1:44,40:84:99:0|1:530455_T_C:1658,0,1718:. 1|0:8,64:72:99:0|1:530441_A_C:2783,0,218:. 1|1:8,112:120:13:1|1:530441_A_C:4809,13,0:. 1|1:0,122:122:99:1|1:530441_A_C:5736,388,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530429_G_A:2745,184,0:. 1|0:33,56:89:99:.:.:2108,0,1013:. 0|1:45,77:122:99:0|1:530441_A_C:3111,0,1765:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530441_A_C:3510,235,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,74:75:99:1|1:530441_A_C:3420,190,0:. 1|1:0,72:72:99:1|1:530441_A_C:3375,226,0:. 0|1:24,7:31:99:0|1:530441_A_C:222,0,987:. 1|1:0,128:128:99:1|1:530441_A_C:5985,400,0:. 1|1:1,104:105:99:1|1:530441_A_C:4815,283,0:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530441_A_C:4545,304,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 1|1:5,204:209:99:1|1:530441_A_C:9057,421,0:. 1|1:0,100:100:99:1|1:530455_T_C:4590,307,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,11:64:99:.:.:105,0,1477:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,91:107:99:0|1:530441_A_C:3899,0,389:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530441_A_C:3645,244,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530455_T_C:2430,163,0:. 1|1:0,176:176:99:1|1:530441_A_C:8325,557,0:. 1|1:0,144:144:99:1|1:530441_A_C:6795,455,0:. 1|0:91,16:107:99:0|1:530441_A_C:494,0,4055:. 1|0:13,94:107:99:0|1:530441_A_C:4035,0,293:. 1|1:0,149:149:99:1|1:530441_A_C:6974,470,0:. 0|1:57,12:69:99:0|1:530441_A_C:332,0,2357:. 1|0:65,38:103:99:0|1:530441_A_C:1469,0,2609:. 0|1:36,11:47:99:1|0:530429_G_A:354,0,1479:. 1|1:8,141:149:62:1|1:530429_G_A:6165,62,0:. 1|1:0,158:158:99:1|1:530455_T_C:7438,503,0:. 1|1:6,145:151:99:.:.:6484,278,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,205:236:99:0|1:530441_A_C:8860,0,673:. 1|1:0,157:157:99:1|1:530455_T_C:7071,482,0:. 1|0:16,85:101:99:0|1:530441_A_C:3689,0,404:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,95:109:99:0|1:530441_A_C:4013,0,337:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:530441_A_C:6417,430,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,161:162:99:1|1:530441_A_C:7604,470,0:. 1|1:0,205:205:99:1|1:530441_A_C:9675,647,0:. 1|0:81,80:161:99:0|1:530441_A_C:3187,0,3322:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530441_A_C:9900,662,0:. 0|1:140,67:207:99:0|1:530441_A_C:2443,0,5852:. 1|1:0,213:213:99:1|1:530441_A_C:9990,668,0:. 1|0:81,12:93:99:0|1:530441_A_C:344,0,3359:. 1|0:68,117:185:99:0|1:530441_A_C:4957,0,2527:. 0|1:44,60:104:99:.:.:1842,0,1091:. 1|0:18,151:169:99:0|1:530441_A_C:6372,0,334:. 1|0:32,152:184:99:.:.:4397,0,502:. 0|1:9,91:100:74:0|1:530441_A_C:4025,0,74:. 1|1:0,167:167:99:1|1:530441_A_C:7875,533,0:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530441_A_C:5760,385,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:160,13:173:58:0|1:530441_A_C:58,0,6723:. 1|0:47,129:176:99:1|0:530429_G_A:5380,0,1641:. 1|1:0,198:198:99:1|1:530441_A_C:9138,614,0:. 0|1:133,26:159:99:0|1:530441_A_C:760,0,5710:. 0|1:13,88:101:76:.:.:3877,0,76:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530441_A_C:4185,280,0:. 1|0:163,24:187:99:0|1:530429_G_A:538,0,11410:. 1|1:0,217:217:99:1|1:530441_A_C:10039,674,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:4866,328,0:. 1|1:0,228:228:99:1|1:530441_A_C:10530,704,0:. 0|1:69,13:82:99:0|1:530441_A_C:359,0,2877:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:1|1:530441_A_C:7707,521,0:. 1|1:0,194:194:99:1|1:530441_A_C:8809,590,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,106:159:99:0|1:530441_A_C:4546,0,1969:. 1|0:78,92:170:99:0|1:530441_A_C:3710,0,3058:. 1|1:0,193:193:99:1|1:530441_A_C:9121,617,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530441_A_C:3993,268,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530441_A_C:3544,238,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:530441_A_C:11025,737,0:. 1|0:18,45:63:99:1|0:530429_G_A:1942,0,633:. 1|1:0,150:150:99:1|1:530441_A_C:6750,452,0:. 1|1:2,150:152:99:1|1:530429_G_A:4013,392,0:. 1|0:43,24:67:99:0|1:530441_A_C:905,0,1754:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:1|1:530441_A_C:5985,400,0:. 1|1:2,137:139:99:1|1:530441_A_C:6165,334,0:. 1|1:0,113:113:99:1|1:530441_A_C:5178,349,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,71:95:99:0|1:530293_C_T:2953,0,864:. 1|0:25,50:75:99:0|1:530441_A_C:2046,0,938:. 0|1:167,12:179:31:0|1:530441_A_C:31,0,7090:. 1|0:72,94:166:99:0|1:530441_A_C:3865,0,2924:. 0|1:132,25:157:99:.:.:230,0,4105:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,6:6:21:1|1:530441_A_C:299,21,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530429_G_A:4230,283,0:. 1|1:0,145:145:99:1|1:530441_A_C:6709,455,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530441_A_C:4505,304,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530441_A_C:3572,241,0:. 0|1:54,31:85:99:0|1:530441_A_C:1214,0,2294:. 1|1:0,110:110:99:1|1:530441_A_C:5006,337,0:. 0|1:23,122:145:99:0|1:530441_A_C:5179,0,589:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530441_A_C:3645,244,0:. 1|1:8,114:122:10:1|1:530455_T_C:4815,10,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530441_A_C:2517,169,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:4958,334,0:. 0|1:35,93:128:99:.:.:3841,0,782:. 1|0:130,45:175:99:0|1:530455_T_C:1492,0,5391:. 0|1:23,73:96:99:.:.:3151,0,679:. 1|1:0,134:134:99:1|1:530455_T_C:6255,418,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:1|1:530441_A_C:10997,740,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:530455_T_C:6570,439,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530441_A_C:5300,358,0:. 1|1:0,212:212:99:1|1:530441_A_C:9810,656,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530441_A_C:4455,298,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530455_T_C:3825,256,0:. 1|1:0,198:198:99:1|1:530441_A_C:9125,614,0:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530441_A_C:4295,289,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530441_A_C:3015,202,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:530441_A_C:3662,247,0:. 1|1:6,245:251:99:.:.:11044,589,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530455_T_C:6299,421,0:. 1|1:0,148:148:99:.:.:6930,464,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,81:143:99:.:.:2893,0,1897:. 1|1:0,111:111:99:.:.:5164,349,0:. 1|0:12,66:78:99:0|1:530441_A_C:2892,0,293:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530441_A_C:3158,214,0:. 1|1:1,81:82:99:1|1:530441_A_C:3645,205,0:. 0|1:32,74:106:99:0|1:530441_A_C:3050,0,1160:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530441_A_C:3150,211,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:8,97:105:44:0|1:530428_T_A:4049,0,44:. 1|1:0,183:183:99:1|1:530441_A_C:8444,568,0:. 1|1:0,165:165:99:1|1:530455_T_C:7785,521,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,28:70:99:0|1:530441_A_C:1091,0,1676:. 1|1:17,161:178:47:.:.:6699,47,0:. 0|0:123,0:123:31:.:.:0,31,3015:. 1|0:20,56:76:99:0|1:530441_A_C:2372,0,707:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530441_A_C:2800,190,0:. 0|1:30,16:46:99:0|1:530455_T_C:563,0,1410:. 0|1:48,61:109:99:0|1:530260_T_A:2561,0,1904:. 0|1:52,13:65:99:0|1:530455_T_C:389,0,2144:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530441_A_C:3025,205,0:. 1|0:47,20:67:99:0|1:530283_C_T:740,0,1910:. 1|1:0,42:42:99:1|1:530441_A_C:1935,129,0:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530441_A_C:3015,202,0:. 1|0:31,53:84:99:.:.:1904,0,1201:. 1|1:0,184:184:99:1|1:530455_T_C:8412,572,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530441_A_C:3195,214,0:. 0|0:108,6:114:91:0|1:530447_A_AC:0,91,4860:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530441_A_C:4531,307,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,81:83:99:1|1:530441_A_C:3645,166,0:. 1|0:49,97:146:99:.:.:4066,0,1723:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,11:14:93:0|1:530441_A_C:453,0,93:. 1|0:109,39:148:99:0|1:530441_A_C:1325,0,4533:. 0|1:55,55:110:99:0|1:530441_A_C:2138,0,4172:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530428_T_A:3510,235,0:. 1|0:57,33:90:99:.:.:686,0,1499:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530441_A_C:6300,421,0:. 1|0:97,23:120:99:0|1:530441_A_C:710,0,4085:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530441_A_C:2115,141,0:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530441_A_C:3400,229,0:. 0|1:24,282:306:99:0|1:530441_A_C:12110,0,271:. 1|1:0,126:126:99:1|1:530441_A_C:5872,397,0:. 1|1:1,173:174:99:1|1:530441_A_C:8094,482,0:. 1|1:0,14:14:42:1|1:530441_A_C:630,42,0:. 0|0:50,2:52:70:0|1:530441_A_C:0,70,2205:. 0|1:18,126:144:99:0|1:530455_T_C:5225,0,374:. 1|0:19,81:100:99:.:.:2892,0,346:. 1|1:1,54:55:99:1|1:530441_A_C:2520,130,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530455_T_C:4563,307,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:1,14:15:0:0|1:530455_T_C:585,0,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530441_A_C:2295,154,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530441_A_C:2070,138,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:96:1|1:530441_A_C:1440,96,0:. 1|1:0,143:143:99:1|1:530429_G_A:6750,452,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:1|1:530441_A_C:10080,674,0:. 1|1:0,206:206:99:1|1:530441_A_C:9541,641,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:1|1:530441_A_C:9338,626,0:. 1|1:0,198:198:99:1|1:530441_A_C:9379,629,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,207:223:25:0|1:530441_A_C:8980,0,25:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530441_A_C:9315,623,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530429_G_A:2070,138,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:1|1:530441_A_C:9410,635,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:1|1:530428_T_A:8325,557,0:. 1|0:9,112:121:38:0|1:530441_A_C:4698,0,38:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 1|1:0,148:148:99:1|1:530441_A_C:6992,470,0:. 1|1:0,167:167:99:1|1:530441_A_C:7875,527,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:1|1:530441_A_C:7155,479,0:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530429_G_A:4455,298,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530429_G_A:4545,304,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:33,78:111:99:0|1:530227_C_G:3173,0,1178:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,107:113:43:1|1:530441_A_C:4683,43,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:1|1:530429_G_A:5265,352,0:. 1|1:0,201:201:99:1|1:530441_A_C:9490,638,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,587:587:99:1|1:530441_A_C:27180,1818,0:. 1|1:0,664:664:99:1|1:530441_A_C:30555,2056,0:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530441_A_C:2070,138,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 1|1:1,91:92:99:1|1:530441_A_C:4185,241,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530429_G_A:6345,424,0:. 1|1:0,198:198:99:1|1:530429_G_A:9495,635,0:. 1|1:0,427:427:99:1|1:530441_A_C:19529,1315,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,271:271:99:1|1:530441_A_C:12495,837,0:. 1|1:0,395:395:99:1|1:530441_A_C:17906,1204,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,268:273:99:1|1:530441_A_C:12261,535,0:. 0|1:43,153:196:99:0|1:530441_A_C:6334,0,1727:. 1|1:0,180:180:99:1|1:530441_A_C:8370,560,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:530441_A_C:11025,737,0:. 1|0:198,41:239:99:0|1:530441_A_C:1111,0,8429:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,225:255:99:0|1:530441_A_C:9615,0,611:. 1|1:5,230:235:99:.:.:10185,429,0:. 1|1:0,165:165:99:1|1:530455_T_C:7740,518,0:. 1|1:0,320:320:99:1|1:530441_A_C:14634,981,0:. 1|0:79,28:107:99:0|1:530441_A_C:954,0,3280:. 1|1:2,314:316:99:1|1:530441_A_C:14216,879,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1525:. 1|0:20,238:258:99:0|1:530441_A_C:10269,0,99:. 0|1:79,180:259:99:0|1:530441_A_C:7641,0,2961:. 1|1:0,211:211:99:1|1:530441_A_C:9849,665,0:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,159:237:99:0|1:530441_A_C:6765,0,2853:. 0|0:1,1:2:39:0|1:530441_A_C:39,0,39:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:9,3:12:96:0|1:530441_A_C:96,0,411:. 1|1:6,236:242:99:1|1:530441_A_C:10406,470,0:. 1|1:2,86:88:99:1|1:530441_A_C:3848,181,0:. 0|1:3,25:28:99:0|1:530441_A_C:1032,0,177:. 0|0:0,3:3:9:1|1:530441_A_C:135,9,0:. 0|1:222,39:261:99:0|1:530441_A_C:950,0,9139:. 1|1:1,469:470:99:1|1:530441_A_C:21503,1400,0:. 0|1:108,74:182:99:0|1:530441_A_C:2801,0,4435:. 0|1:127,208:335:99:0|1:530441_A_C:8492,0,4751:. 1|0:38,209:247:99:0|1:530441_A_C:8892,0,984:. 1|1:0,155:155:99:1|1:530441_A_C:7051,476,0:. 1|0:161,55:216:99:0|1:530441_A_C:1840,0,6795:. 1|1:9,157:166:77:1|1:530441_A_C:6893,77,0:. 1|1:1,160:161:99:1|1:530441_A_C:7481,430,0:. 0|1:114,63:177:99:0|1:530441_A_C:2374,0,4732:. 1|1:5,97:102:94:1|1:530441_A_C:4262,94,0:. 0|1:74,148:222:99:0|1:530441_A_C:5981,0,2696:. 1|0:0,1:1:3:1|1:530441_A_C:45,3,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,473:478:99:1|1:530441_A_C:21465,1241,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,178:189:86:1|1:530441_A_C:7662,86,0:. 1|1:17,374:391:99:1|1:530441_A_C:15880,419,0:. 0|1:58,50:108:99:0|1:530441_A_C:1899,0,2380:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,24:180:99:0|1:530441_A_C:529,0,6562:. 0|1:175,190:365:99:0|1:530441_A_C:7643,0,7002:. 1|1:20,572:592:99:1|1:530441_A_C:25581,936,0:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,10:87:99:0|1:530441_A_C:176,0,3371:. 1|1:0,321:321:99:1|1:530441_A_C:14805,990,0:. 1|1:0,331:331:99:1|1:530441_A_C:15210,1017,0:. 1|0:37,173:210:99:.:.:5059,0,993:. 1|1:0,383:383:99:1|1:530441_A_C:17576,1182,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530441_A_C:4077,274,0:. 1|0:54,78:132:99:0|1:530441_A_C:3146,0,2108:. 1|1:0,126:126:99:1|1:530441_A_C:5925,403,0:. 1|1:0,224:224:99:1|1:530441_A_C:10710,716,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:530441_A_C:8505,569,0:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:1|1:530429_G_A:9180,614,0:. 1|1:0,277:277:99:1|1:530441_A_C:13200,888,0:. 1|1:0,227:227:99:1|1:530441_A_C:10704,719,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530428_T_A:3510,235,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530429_G_A:2700,181,0:. 1|1:0,243:243:99:1|1:530441_A_C:11475,768,0:. 1|1:1,202:203:99:1|1:530441_A_C:9315,584,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:218,20:238:99:0|1:530441_A_C:208,0,9312:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530429_G_A:3825,256,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:530441_A_C:5580,373,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 1|0:9,49:58:99:0|1:530441_A_C:2111,0,246:. 1|1:0,32:32:96:1|1:530429_G_A:1440,96,0:. 1|1:0,279:279:99:1|1:530441_A_C:12762,860,0:. 0|1:99,134:233:99:0|1:530455_T_C:5613,0,3838:. 1|0:56,155:211:99:0|1:530455_T_C:6706,0,1985:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,200:250:99:0|1:530441_A_C:8363,0,1550:. 1|1:2,147:149:99:1|1:530441_A_C:6812,383,0:. 0|1:143,67:210:99:0|1:530429_G_A:2479,0,31070:. 1|0:63,156:219:99:0|1:530428_T_A:6526,0,2194:. 1|0:151,20:171:99:0|1:530441_A_C:373,0,6382:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:262,194:456:99:0|1:530441_A_C:7557,0,10654:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530441_A_C:3465,232,0:. 1|1:0,325:325:99:1|1:530441_A_C:15165,1014,0:. 0|0:539,0:539:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:1|1:530455_T_C:7560,506,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530429_G_A:2565,172,0:. 1|1:0,28:28:84:1|1:530441_A_C:1260,84,0:. 1|1:0,355:355:99:1|1:530441_A_C:16470,1102,0:. 1|1:0,184:184:99:1|1:530429_G_A:8505,569,0:. Pf3D7_01_v3 530458 . A G 9.02968e+06 PASS FS=0.613;MQ=52.87;QD=33.38;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T1081;SNPEFF_CODON_CHANGE=acA/acG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.775;VQSLOD=7;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.68;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.979;GC=38.1;GQ_MEAN=112.86;GQ_STDDEV=79.1;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6809;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=-0.123;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=14951947;AF=0.351;AS_InbreedingCoeff=0.5695;MLEAC=1727;MLEAF=0.351;AN=816;AC=291 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:18,23:41:99:0|1:530458_A_G:899,0,669:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1795:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530429_G_A:2323,165,0:. 0|0:36,0:36:28:.:.:0,28,944:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530429_G_A:1967,132,0:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:. 1|1:0,71:71:99:1|1:530405_C_A:2928,219,0:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:18,12:30:99:0|1:530429_G_A:443,0,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:3,37:40:9:0|1:530405_C_A:1597,0,9:. 1|0:16,19:35:99:0|1:530429_G_A:741,0,570:. 0|1:7,11:18:99:.:.:441,0,249:. 1|1:0,12:12:39:1|1:530326_A_T:585,39,0:. 0|1:1,5:6:16:.:.:103,0,16:. 1|1:0,21:21:72:1|1:530455_T_C:1035,72,0:. 1|1:15,0:15:.:.:.:.:. 1|1:0,28:28:93:1|1:530405_C_A:1391,93,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530405_C_A:2763,204,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530455_T_C:3199,220,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1213:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:1,20:21:82:0|1:530429_G_A:809,0,82:. 1|1:0,2:2:6:1|1:530455_T_C:90,6,0:. 1|1:0,44:44:99:1|1:530429_G_A:2057,138,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:4342,303,0:. 1|0:18,58:76:99:0|1:530429_G_A:2448,0,550:. 1|0:35,16:51:99:0|1:530429_G_A:548,0,1459:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,41:102:99:0|1:530429_G_A:1501,0,2541:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:530429_G_A:4474,301,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,201:202:99:1|1:530405_C_A:8427,568,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,28:83:99:0|1:530429_G_A:931,0,2244:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530429_G_A:1665,111,0:. 1|0:89,18:107:99:.:.:160,0,3725:. 0|0:61,3:64:85:0|1:530429_G_A:0,85,2697:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530405_C_A:4231,307,0:. 1|0:22,14:36:99:0|1:530429_G_A:522,0,848:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:172,39:211:99:0|1:530429_G_A:1054,0,7015:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530458_A_G:2816,193,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530429_G_A:4642,316,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,42:57:99:0|1:530405_C_A:1533,0,483:. 1|0:65,18:83:99:0|1:530429_G_A:504,0,2688:. 0|0:139,0:139:0:.:.:0,0,518:. 0|0:113,7:120:13:0|1:530429_G_A:0,13,4827:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:1|1:530405_C_A:10482,755,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530429_G_A:2685,181,0:. 0|1:61,28:89:99:0|1:530429_G_A:1031,0,2481:. 1|0:112,14:126:99:0|1:530429_G_A:242,0,4729:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,0:51:.:.:.:.:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,24:31:99:0|1:530429_G_A:987,0,222:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530405_C_A:2812,196,0:. 1|1:4,56:60:13:1|1:530458_A_G:2419,13,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:62,0:62:.:.:.:.:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,147:148:99:1|1:530326_A_T:6039,435,0:. 1|0:11,40:51:99:0|1:530429_G_A:1672,0,338:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,79:104:99:0|1:530429_G_A:3368,0,844:. 0|1:95,13:108:99:0|1:530429_G_A:257,0,3954:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,61:73:99:0|1:530429_G_A:2259,0,363:. 0|1:54,45:99:99:0|1:530429_G_A:1838,0,2108:. 1|0:11,36:47:99:0|1:530429_G_A:1572,0,345:. 0|0:144,11:155:59:.:.:0,59,3943:. 0|1:127,31:158:99:.:.:942,0,5198:. 0|1:134,11:145:20:0|1:530429_G_A:20,0,5865:. 1|1:6,242:248:99:1|1:530429_G_A:10159,458,0:. 0|1:219,22:241:99:.:.:202,0,9085:. 1|1:0,156:156:99:1|1:530455_T_C:7237,494,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,92:100:55:.:.:2428,55,0:. 0|1:99,14:113:99:0|1:530429_G_A:331,0,4081:. 1|1:3,199:202:99:.:.:5131,480,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,120:144:99:0|1:530429_G_A:4970,0,710:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,41:160:99:0|1:530429_G_A:1204,0,4900:. 1|1:0,225:225:99:1|1:530429_G_A:10406,701,0:. 0|1:156,0:156:.:.:.:.:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,75:92:99:0|1:530429_G_A:2927,0,464:. 0|1:116,66:182:99:0|1:530429_G_A:2262,0,4686:. 1|0:24,80:104:99:.:.:3329,0,735:. 0|1:149,18:167:99:0|1:530429_G_A:298,0,6270:. 0|1:47,137:184:99:0|1:530429_G_A:5576,0,1674:. 1|0:99,9:108:64:.:.:64,0,4036:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:1|1:530405_C_A:8013,539,0:. 1|0:13,164:177:52:0|1:530429_G_A:6772,0,52:. 0|1:129,50:179:99:0|1:530429_G_A:1660,0,5293:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,131:157:99:0|1:530429_G_A:5348,0,688:. 1|0:92,15:107:99:0|1:530429_G_A:332,0,3770:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:166,23:189:99:0|1:530429_G_A:496,0,11417:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,12:103:99:0|1:530429_G_A:254,0,3920:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,70:87:99:0|1:530429_G_A:2865,0,529:. 1|0:12,155:167:61:0|1:530338_A_T:6692,0,61:. 1|1:12,204:216:99:1|1:530331_T_C:9058,143,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:194,0:194:.:.:.:.:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,0:107:.:.:.:.:. 0|1:111,51:162:99:0|1:530405_C_A:1849,0,4525:. 0|1:113,56:169:99:0|1:530429_G_A:2051,0,4603:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:530405_C_A:4209,310,0:. 1|1:2,115:117:99:.:.:3036,331,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,21:67:99:0|1:530429_G_A:688,0,1852:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:1|1:530429_G_A:7020,470,0:. 0|1:25,44:69:99:0|1:530429_G_A:1754,0,905:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530405_C_A:4249,286,0:. 1|0:73,24:97:99:0|1:530293_C_T:770,0,3117:. 0|1:53,27:80:99:0|1:530429_G_A:862,0,2208:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,32:167:99:.:.:272,0,5446:. 1|1:0,159:159:99:1|1:530429_G_A:7265,497,0:. 1|1:0,160:160:99:1|1:530405_C_A:7438,500,0:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,89:89:99:1|1:530429_G_A:4157,280,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,56:88:99:0|1:530429_G_A:2101,0,1212:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:120,23:143:99:0|1:530429_G_A:500,0,4949:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,26:121:99:0|1:530429_G_A:761,0,3995:. 1|1:0,130:130:99:1|1:530458_A_G:5708,397,0:. 1|0:21,67:88:99:.:.:2611,0,656:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,45:105:99:0|1:530458_A_G:1726,0,2533:. 1|0:94,36:130:99:0|1:530429_G_A:1239,0,3699:. 1|0:131,40:171:99:0|1:530429_G_A:1268,0,5617:. 1|0:83,12:95:99:0|1:530429_G_A:268,0,3482:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,60:141:99:0|1:530429_G_A:2241,0,3141:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,61:83:99:0|1:530429_G_A:2537,0,737:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530405_C_A:3811,256,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,35:139:99:.:.:1131,0,4196:. 0|1:135,12:147:99:0|1:530429_G_A:131,0,5636:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530458_A_G:4745,325,0:. 0|1:74,67:141:99:0|1:530429_G_A:2514,0,2952:. 0|1:23,90:113:99:0|1:530458_A_G:3755,0,689:. 0|1:65,12:77:99:0|1:530429_G_A:299,0,2794:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:96,8:104:15:0|1:530429_G_A:15,0,4175:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,94:171:99:0|1:530429_G_A:3734,0,3059:. 1|1:0,93:93:99:1|1:530405_C_A:4365,295,0:. 1|0:27,43:70:99:0|1:530429_G_A:1532,0,1046:. 0|1:151,36:187:99:0|1:530429_G_A:1022,0,6023:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530429_G_A:4484,328,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,9:49:99:0|1:530429_G_A:258,0,1653:. 1|0:70,37:107:99:0|1:530260_T_A:1159,0,2880:. 0|1:53,13:66:99:.:.:386,0,2170:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,46:65:99:0|1:530283_C_T:1916,0,656:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,28:92:99:0|1:530429_G_A:983,0,2603:. 1|1:0,186:186:99:1|1:530455_T_C:8502,575,0:. 0|0:83,0:83:92:.:.:0,92,2189:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,111:117:49:1|1:530326_A_T:4803,49,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:530458_A_G:3148,217,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,58:151:99:0|1:530429_G_A:2049,0,3685:. 1|1:0,104:104:99:1|1:530458_A_G:4476,313,0:. 1|0:11,3:14:55:.:.:55,0,453:. 0|1:39,111:150:99:0|1:530405_C_A:4482,0,1378:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:0:.:.:0,0,51:. 1|1:2,87:89:99:.:.:3742,181,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,100:123:99:0|1:530429_G_A:4028,0,704:. 1|1:1,172:173:99:1|1:530202_A_G:7035,478,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1346:. 1|1:31,0:31:.:.:.:.:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,21:307:58:0|1:530429_G_A:0,58,12263:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:14:.:.:0,14,368:. 1|1:2,50:52:78:1|1:530429_G_A:2259,78,0:. 1|0:34,108:142:99:.:.:4400,0,1118:. 0|1:49,51:100:99:.:.:1982,0,1901:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1711:. 0|0:93,5:98:99:0|1:530440_T_C:0,99,4110:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530207_A_C:3761,265,0:. 1|0:7,8:15:99:0|1:530429_G_A:297,0,270:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:3,89:92:99:1|1:530429_G_A:3973,151,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530429_G_A:6614,445,0:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530458_A_G:5177,349,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:138,0:138:.:.:.:0,0,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:1|1:530405_C_A:8603,578,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530429_G_A:2025,135,0:. 1|1:0,245:245:99:1|1:530207_A_C:10643,755,0:. 1|1:185,0:185:.:.:.:0,0,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:172,0:172:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:530458_A_G:10211,695,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:530458_A_G:9773,665,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,9:123:14:0|1:530405_C_A:14,0,4991:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530207_A_C:9338,653,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530429_G_A:4370,295,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530429_G_A:4434,298,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530458_A_G:9473,644,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:78,34:112:99:0|1:530227_C_G:1206,0,3212:. 1|1:0,147:147:99:1|1:530207_A_C:6332,448,0:. 0|0:109,7:116:60:0|1:530458_A_G:0,60,4776:. 1|1:0,191:191:99:1|1:530405_C_A:8225,590,0:. 1|1:0,216:216:99:1|1:530203_T_C:10117,680,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530429_G_A:5050,340,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:.:.:7514,518,0:. 1|1:0,187:187:99:1|1:530207_A_C:9047,611,0:. 0|0:696,0:696:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:669,0:669:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,547:547:99:1|1:530207_A_C:23901,1673,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2772,253,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:1|1:530429_G_A:6245,418,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530429_G_A:9275,623,0:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,131:139:99:.:.:3783,112,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,244:245:99:1|1:530207_A_C:10519,585,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:70,0:70:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,419:420:99:1|1:530207_A_C:18996,1082,0:. 1|1:1,63:64:99:1|1:530458_A_G:2854,160,0:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,197:239:99:0|1:530429_G_A:8124,0,1133:. 1|1:0,189:189:99:1|1:530207_A_C:8178,581,0:. 1|0:228,34:262:99:0|1:530405_C_A:673,0,9450:. 0|0:224,15:239:77:.:.:0,77,9328:. 1|1:8,167:175:99:1|1:530429_G_A:6841,196,0:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,82:112:99:0|1:530405_C_A:3307,0,993:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:2044,147,0:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,210:211:99:1|1:530429_G_A:8869,590,0:. 1|0:164,76:240:99:0|1:530405_C_A:2734,0,6667:. 1|0:197,0:197:.:.:.:0,0,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:243,0:243:.:.:.:0,0,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:.:.:.:0,0,0:. 1|1:70,0:70:.:.:.:0,0,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,33:184:99:.:.:875,0,5516:. 1|0:208,133:341:99:0|1:530405_C_A:4851,0,8428:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,159:214:99:0|1:530429_G_A:6565,0,1844:. 0|0:162,9:171:99:0|1:530429_G_A:0,116,6882:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:156,24:180:99:0|1:530429_G_A:520,0,6707:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:51:.:.:0,51,1138:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,222:231:99:1|1:530458_A_G:9458,229,0:. 0|0:175,11:186:95:0|1:530429_G_A:0,95,7806:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,45:111:99:0|1:530429_G_A:1554,0,2630:. 0|1:16,191:207:91:0|1:530429_G_A:8033,0,91:. 0|1:237,22:259:99:.:.:150,0,10189:. 1|1:16,379:395:99:1|1:530405_C_A:16645,460,0:. 1|0:23,162:185:99:0|1:530429_G_A:6690,0,475:. 1|0:209,161:370:99:0|1:530429_G_A:6050,0,8575:. 0|0:588,0:588:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:460,0:460:.:.:.:0,0,0:. 1|0:10,80:90:99:0|1:530429_G_A:3475,0,167:. 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,182:221:99:0|1:530429_G_A:7250,0,1090:. 0|0:448,0:448:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,59:137:99:0|1:530429_G_A:2200,0,3126:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,169:228:99:0|1:530405_C_A:7173,0,2016:. 1|1:0,199:199:99:1|1:530429_G_A:9115,611,0:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530429_G_A:2828,193,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,218:237:99:.:.:8837,0,142:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530429_G_A:3825,256,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:99:1|1:530429_G_A:1510,102,0:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:196,45:241:99:0|1:530429_G_A:1242,0,8147:. 0|1:175,47:222:99:0|1:530429_G_A:1365,0,7160:. 1|1:0,33:33:99:1|1:530458_A_G:1500,102,0:. 1|1:0,212:212:99:1|1:530429_G_A:10054,677,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,71:215:99:0|1:530429_G_A:2554,0,30259:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,156:176:99:0|1:530429_G_A:6413,0,370:. 1|1:0,245:245:99:1|1:530458_A_G:10828,740,0:. 1|1:207,0:207:.:.:.:0,0,0:. 0|0:205,0:205:.:.:.:0,0,0:. 0|1:195,265:460:99:0|1:530429_G_A:10664,0,7366:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,574:574:99:1|1:530405_C_A:26594,1791,0:. 1|0:116,47:163:99:0|1:530429_G_A:1610,0,4704:. 1|1:0,230:230:99:1|1:530458_A_G:10238,701,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530429_G_A:2452,166,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:1|1:530429_G_A:8517,572,0:. Pf3D7_01_v3 530459 . T G 2.20613e+06 PASS FS=1.184;MQ=61.14;QD=29.3;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S1082A;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tcc/Gcc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.788;VQSLOD=4.38;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=0.991;GC=33.33;GQ_MEAN=113.78;GQ_STDDEV=80.97;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6155;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.213;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=14906345;AF=0.068;AS_InbreedingCoeff=0.3875;MLEAC=352;MLEAF=0.067;AN=850;AC=78 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,115,1795:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:82:.:.:0,82,1089:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,27:38:99:.:.:1057,0,438:. 0|0:28,0:28:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1028:. 0|0:20,0:20:36:.:.:0,36,540:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,330:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:23,0:23:55:.:.:0,55,631:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,419:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1213:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,20:51:99:0|1:530447_A_AC:744,0,1216:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,10:103:94:0|1:530447_A_AC:94,0,4093:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530441_A_C:4005,277,0:. 0|1:48,11:59:99:.:.:315,0,1928:. 1|0:27,27:54:99:.:.:1052,0,1036:. 0|1:15,32:47:99:.:.:1240,0,534:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,65:94:99:.:.:2623,0,1027:. 1|0:75,9:84:99:.:.:129,0,3193:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,13:62:99:0|1:530447_A_AC:423,0,2041:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530441_A_C:4297,295,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,71:120:99:0|1:530447_A_AC:2775,0,1967:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,25:88:99:.:.:830,0,2612:. 0|1:48,78:126:99:0|1:530441_A_C:3111,0,1752:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:45,30:75:99:0|1:530447_A_AC:1098,0,1848:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,79:143:99:.:.:2949,0,2471:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,66:113:99:.:.:2539,0,1862:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,61:138:99:.:.:2274,0,3041:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:1|1:530441_A_C:8884,602,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,25:109:99:.:.:752,0,3467:. 0|0:86,4:90:99:.:.:0,103,3812:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,86:102:99:0|1:530447_A_AC:3510,0,539:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,16:88:99:0|1:530447_A_AC:377,0,3020:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,108:161:99:0|1:530441_A_C:4357,0,1953:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,50:82:99:.:.:1929,0,1184:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,59:168:99:0|1:530447_A_AC:2129,0,4546:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,191:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,60:106:99:0|1:530441_A_C:2471,0,1769:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,6:94:56:.:.:0,56,3928:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:530441_A_C:5355,364,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:1|1:530441_A_C:9006,611,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,9:147:50:0|1:530447_A_AC:0,50,5967:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,17:145:99:.:.:281,0,5373:. 1|0:89,23:112:99:0|1:530441_A_C:672,0,3794:. 0|0:73,4:77:70:.:.:0,70,3175:. 1|1:0,72:72:99:1|1:530441_A_C:3147,217,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,23:70:99:0|1:530447_A_AC:801,0,1928:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,21:106:99:0|1:530260_T_A:595,0,3552:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,15:65:99:0|1:530283_C_T:476,0,2096:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,6:116:91:0|1:530447_A_AC:0,91,4815:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,58:152:99:.:.:2084,0,3787:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,418:. 0|1:127,22:149:99:.:.:489,0,5499:. 0|1:58,55:113:99:0|1:530441_A_C:2132,0,4209:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1346:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,201:305:99:.:.:7801,0,3914:. 1|0:39,92:131:99:.:.:3497,0,1347:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,9:13:99:0|1:530447_A_AC:366,0,141:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1711:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,3:31:36:0|1:530447_A_AC:36,0,1242:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:184,16:200:99:0|1:530447_A_AC:128,0,7941:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,115:124:32:0|1:530441_A_C:4757,0,32:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,18:149:99:.:.:342,0,5436:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:99,13:112:99:0|1:530227_C_G:207,0,4184:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,109:115:37:1|1:530441_A_C:4563,37,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:696,0:696:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,665:665:99:1|1:530441_A_C:30337,2056,0:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 1|0:10,83:93:99:.:.:3321,0,202:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,423:425:99:1|1:530447_A_AC:18894,1209,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:164,111:275:99:.:.:4064,0,6596:. 1|1:0,397:397:99:1|1:530441_A_C:17846,1204,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,309:310:99:.:.:13610,888,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:9:.:.:0,9,135:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,3:3:9:.:.:135,9,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:493,0:493:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,155:163:99:.:.:6504,145,0:. 0|0:200,14:214:42:.:.:0,42,8574:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,66:180:99:0|1:530441_A_C:2377,0,4659:. 0|1:32,75:107:99:.:.:2886,0,1138:. 0|1:202,17:219:54:.:.:54,0,8551:. 1|0:0,1:1:3:1|1:530441_A_C:45,3,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,165:187:99:.:.:6668,0,404:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,8:111:23:.:.:23,0,4307:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:473,0:473:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:588,0:588:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,382:382:99:1|1:530441_A_C:17249,1167,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530441_A_C:5842,400,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:530441_A_C:8164,548,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,283:283:99:1|1:530441_A_C:12762,866,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:577,0:577:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530463 . G A 2.32046e+07 PASS FS=0;MQ=57.09;QD=32.33;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S1083N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGt/aAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.667;VQSLOD=9.97;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.965;GC=28.57;GQ_MEAN=115.93;GQ_STDDEV=87.97;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6895;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=0.184;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14847079;AF=0.737;AS_InbreedingCoeff=0.5715;MLEAC=3738;MLEAF=0.74;AN=842;AC=571 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:17,22:39:99:0|1:530458_A_G:882,0,645:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530441_A_C:2284,154,0:. 1|1:2,55:57:88:1|1:530441_A_C:2464,88,0:. 0|1:33,21:54:99:0|1:530429_G_A:486,0,810:. 1|1:1,33:34:63:1|1:530441_A_C:1512,63,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530429_G_A:1904,132,0:. 1|1:35,0:35:.:.:.:.:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:. 0|1:32,13:45:99:.:.:423,0,1204:. 1|1:0,28:28:90:1|1:530455_T_C:1318,90,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530441_A_C:1740,120,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1786,120,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1543,105,0:. 1|1:0,17:17:54:1|1:530455_T_C:810,54,0:. 1|1:0,12:12:39:1|1:530326_A_T:572,39,0:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,175:. 1|1:0,23:23:72:1|1:530455_T_C:1039,72,0:. 1|1:16,0:16:.:.:.:.:. 1|1:0,25:25:75:1|1:530405_C_A:1121,75,0:. 0|1:14,48:62:99:0|1:530441_A_C:2177,0,1999:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:1|1:530441_A_C:9497,656,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530455_T_C:3013,202,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530441_A_C:2025,135,0:. 1|0:66,36:102:99:0|1:530441_A_C:1291,0,2634:. 0|1:0,19:19:85:0|1:530429_G_A:767,0,85:. 1|1:0,2:2:6:1|1:530455_T_C:90,6,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530429_G_A:2012,135,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530441_A_C:2275,157,0:. 0|1:50,49:99:99:.:.:1177,0,1065:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530455_T_C:3505,238,0:. 1|0:22,29:51:99:.:.:1165,0,824:. 1|1:1,307:308:99:1|1:530441_A_C:14310,918,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530441_A_C:2538,172,0:. 1|0:37,68:105:99:.:.:2418,0,1137:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,45:57:99:0|1:530463_G_A:1915,0,401:. 0|1:39,15:54:99:0|1:530463_G_A:509,0,1634:. 1|0:35,15:50:99:0|1:530463_G_A:524,0,1405:. 1|1:4,89:93:99:1|1:530429_G_A:3781,125,0:. 1|1:0,111:111:99:1|1:530441_A_C:5109,343,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530441_A_C:3113,214,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:1|1:530441_A_C:9820,668,0:. 0|1:81,17:98:99:0|1:530463_G_A:462,0,3350:. 0|1:37,49:86:99:.:.:1905,0,1436:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530429_G_A:1620,108,0:. 0|1:19,87:106:99:0|1:530441_A_C:3477,0,516:. 1|0:26,42:68:99:.:.:1685,0,914:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530455_T_C:1515,102,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,172:213:99:0|1:530455_T_C:7153,0,1207:. 1|1:0,127:127:99:1|1:530441_A_C:5805,388,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530458_A_G:2846,196,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530429_G_A:4457,307,0:. 1|1:3,70:73:88:1|1:530441_A_C:3020,88,0:. 0|0:56,4:60:1:0|1:530441_A_C:0,1,2340:. 0|1:40,41:81:99:0|1:530455_T_C:1570,0,1556:. 1|0:11,69:80:99:0|1:530441_A_C:2864,0,254:. 0|1:77,47:124:99:.:.:1784,0,2953:. 1|1:0,127:127:99:1|1:530441_A_C:5614,385,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530429_G_A:2677,184,0:. 0|1:40,48:88:99:.:.:1918,0,1547:. 1|0:118,14:132:99:0|1:530429_G_A:227,0,4849:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530441_A_C:3510,235,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:32,44:76:99:0|1:530449_A_C:1822,0,1205:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530441_A_C:3240,217,0:. 1|1:0,32:32:99:.:.:1453,99,0:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530441_A_C:6114,412,0:. 1|1:1,100:101:99:1|1:530441_A_C:4673,274,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530441_A_C:4514,304,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 1|1:1,194:195:99:.:.:8816,554,0:. 1|1:0,104:104:99:1|1:530455_T_C:4788,322,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 1|0:38,23:61:99:.:.:512,0,858:. 1|1:4,58:62:7:1|1:530458_A_G:2366,7,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:63,0:63:.:.:.:.:. 0|1:16,95:111:99:0|1:530441_A_C:4009,0,380:. 1|1:0,78:78:99:1|1:530441_A_C:3529,244,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530455_T_C:2309,157,0:. 1|1:0,171:171:99:1|1:530441_A_C:7975,536,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530441_A_C:6514,439,0:. 1|0:7,97:104:69:.:.:4081,0,69:. 1|1:0,110:110:99:.:.:4992,334,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:530441_A_C:6295,427,0:. 0|1:62,13:75:99:0|1:530441_A_C:353,0,2628:. 1|0:13,82:95:99:.:.:3352,0,341:. 0|1:29,21:50:99:.:.:656,0,664:. 1|1:9,141:150:65:1|1:530429_G_A:6192,65,0:. 1|1:0,164:164:99:1|1:530455_T_C:7172,497,0:. 0|1:75,65:140:99:.:.:2520,0,2902:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,228:241:99:.:.:9757,155,0:. 1|1:0,155:155:99:1|1:530455_T_C:6988,473,0:. 1|0:15,81:96:99:0|1:530441_A_C:3566,0,368:. 1|0:82,15:97:99:.:.:146,0,2105:. 1|0:81,36:117:99:0|1:530463_G_A:1214,0,3305:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,77:142:99:0|1:530463_G_A:3133,0,2524:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,123:148:99:0|1:530429_G_A:5050,0,681:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,167:168:99:1|1:530441_A_C:7650,473,0:. 1|1:0,208:208:99:1|1:530441_A_C:9587,644,0:. 1|0:81,76:157:99:0|1:530441_A_C:2980,0,3279:. 1|1:0,225:225:99:1|1:530429_G_A:10152,692,0:. 0|1:159,0:159:.:.:.:.:. 1|1:0,206:206:99:1|1:530441_A_C:9588,644,0:. 0|1:143,68:211:99:0|1:530441_A_C:2329,0,5663:. 1|1:0,214:214:99:1|1:530441_A_C:9938,671,0:. 1|0:63,30:93:99:.:.:812,0,1516:. 1|0:69,114:183:99:0|1:530441_A_C:4531,0,2528:. 1|1:0,106:106:99:.:.:4876,328,0:. 1|1:0,165:165:99:.:.:7585,509,0:. 1|1:5,184:189:99:.:.:8061,361,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:4786,337,0:. 1|1:0,170:170:99:1|1:530441_A_C:7474,515,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:530441_A_C:6165,412,0:. 1|1:0,173:173:99:1|1:530405_C_A:7690,524,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:8308,569,0:. 1|1:7,177:184:99:.:.:7445,361,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,100:151:99:.:.:2977,0,919:. 0|1:27,86:113:99:.:.:3645,0,817:. 1|1:4,90:94:99:1|1:530463_G_A:3901,106,0:. 1|0:166,22:188:99:0|1:530429_G_A:463,0,11200:. 1|1:0,217:217:99:1|1:530441_A_C:9717,665,0:. 0|1:89,16:105:99:.:.:423,0,3599:. 1|1:0,229:229:99:1|1:530441_A_C:10539,707,0:. 1|0:20,76:96:99:.:.:3053,0,545:. 1|0:12,156:168:32:0|1:530338_A_T:6463,0,32:. 1|1:13,199:212:68:1|1:530331_T_C:8429,68,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:1|1:530441_A_C:7353,506,0:. 1|1:0,188:188:99:1|1:530441_A_C:8415,574,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,54:163:99:0|1:530405_C_A:1892,0,4435:. 1|0:21,151:172:99:.:.:6432,0,397:. 1|1:0,195:195:99:1|1:530441_A_C:8783,602,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:5132,355,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530441_A_C:3930,271,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530441_A_C:3337,229,0:. 1|1:0,240:240:99:1|1:530441_A_C:11018,740,0:. 1|1:3,65:68:99:.:.:2722,127,0:. 1|1:0,149:149:99:1|1:530441_A_C:6910,464,0:. 1|1:0,145:145:99:1|1:530429_G_A:6583,442,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:3239,223,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:1|1:530441_A_C:6086,409,0:. 1|1:2,137:139:99:1|1:530441_A_C:6187,340,0:. 1|1:0,118:118:99:1|1:530441_A_C:5242,358,0:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530405_C_A:4108,280,0:. 0|1:8,92:100:87:0|1:530293_C_T:3593,0,87:. 0|0:78,5:83:31:0|1:530463_G_A:0,31,3360:. 0|1:159,19:178:99:.:.:306,0,6501:. 1|0:127,36:163:99:0|1:530449_A_C:1228,0,5341:. 0|1:37,131:168:99:.:.:3785,0,490:. 1|1:0,158:158:99:1|1:530405_C_A:7093,479,0:. 1|1:0,7:7:21:1|1:530441_A_C:299,21,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530429_G_A:3857,265,0:. 1|1:3,148:151:99:1|1:530449_A_C:6413,325,0:. 1|1:0,100:100:99:1|1:530441_A_C:4393,304,0:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530441_A_C:3156,217,0:. 0|1:54,35:89:99:0|1:530441_A_C:1298,0,2271:. 1|1:0,117:117:99:1|1:530441_A_C:5071,355,0:. 1|1:15,122:137:6:.:.:5170,6,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530441_A_C:3495,238,0:. 1|1:8,115:123:28:1|1:530455_T_C:5024,28,0:. 1|1:0,126:126:99:1|1:530458_A_G:5626,388,0:. 1|0:18,69:87:99:.:.:2827,0,585:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530441_A_C:2505,169,0:. 1|0:61,47:108:99:0|1:530458_A_G:1747,0,2385:. 0|1:10,117:127:59:.:.:4955,0,59:. 1|0:127,45:172:99:0|1:530455_T_C:1485,0,5170:. 0|1:26,69:95:99:.:.:2939,0,844:. 1|1:0,129:129:99:1|1:530455_T_C:5850,391,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:1|1:530441_A_C:10836,740,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:530455_T_C:6427,436,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:1|1:530441_A_C:9765,653,0:. 1|1:1,105:106:99:1|1:530449_A_C:4734,280,0:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530455_T_C:3915,262,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530441_A_C:4032,277,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530441_A_C:2835,190,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530405_C_A:3827,259,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530441_A_C:3482,241,0:. 1|1:0,242:242:99:.:.:11147,747,0:. 1|1:0,135:135:99:1|1:530455_T_C:6299,421,0:. 1|1:9,138:147:50:.:.:5973,50,0:. 1|1:0,106:106:99:1|1:530458_A_G:4726,322,0:. 0|1:40,98:138:99:.:.:3512,0,1214:. 0|1:24,88:112:99:0|1:530458_A_G:3571,0,724:. 1|1:5,72:77:48:.:.:3229,48,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,87:88:99:1|1:530441_A_C:3870,220,0:. 0|1:33,75:108:99:0|1:530441_A_C:3079,0,1157:. 0|1:24,44:68:99:0|1:530449_A_C:1887,0,866:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:9,98:107:74:0|1:530428_T_A:4186,0,74:. 1|1:0,175:175:99:1|1:530441_A_C:7878,535,0:. 1|1:0,173:173:99:1|1:530455_T_C:7856,533,0:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530405_C_A:4109,280,0:. 0|1:42,29:71:99:0|1:530463_G_A:1042,0,1545:. 1|1:6,181:187:99:.:.:7786,337,0:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,2503:. 1|0:22,57:79:99:0|1:530441_A_C:2366,0,775:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530441_A_C:2530,172,0:. 0|1:34,16:50:99:0|1:530455_T_C:567,0,1333:. 0|1:68,40:108:99:0|1:530260_T_A:1469,0,2792:. 0|1:47,13:60:99:0|1:530455_T_C:395,0,2060:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530441_A_C:2726,187,0:. 0|1:15,50:65:99:0|1:530283_C_T:2060,0,476:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530441_A_C:2070,138,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530441_A_C:2970,199,0:. 1|0:30,63:93:99:.:.:2710,0,1038:. 1|1:0,185:185:99:1|1:530455_T_C:8227,560,0:. 0|0:89,0:89:51:.:.:0,51,2036:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530441_A_C:3105,208,0:. 1|1:7,110:117:43:1|1:530326_A_T:4666,43,0:. 1|1:2,98:100:99:.:.:2845,261,0:. 1|1:0,72:72:99:1|1:530458_A_G:3178,220,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:3598,247,0:. 1|0:109,41:150:99:.:.:1437,0,4361:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530458_A_G:4318,295,0:. 0|1:2,11:13:93:0|1:530441_A_C:453,0,93:. 1|0:23,131:154:99:.:.:5322,0,524:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,76:77:99:1|1:530428_T_A:3422,206,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:3934,265,0:. 1|1:0,131:131:99:1|1:530441_A_C:6130,412,0:. 1|0:41,84:125:99:.:.:2462,0,759:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530441_A_C:2115,141,0:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530441_A_C:3199,217,0:. 1|0:208,98:306:99:.:.:3587,0,8285:. 0|1:86,38:124:99:.:.:1286,0,3490:. 1|1:1,178:179:99:1|1:530441_A_C:7735,467,0:. 1|0:10,4:14:99:0|1:530449_A_C:138,0,390:. 1|1:0,51:51:99:.:.:2357,165,0:. 0|1:18,120:138:99:0|1:530455_T_C:5068,0,365:. 1|1:4,93:97:99:.:.:4023,118,0:. 1|1:1,55:56:99:1|1:530441_A_C:2520,130,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530455_T_C:4349,295,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,16:17:6:1|1:530455_T_C:646,6,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530441_A_C:2430,163,0:. 1|1:0,44:44:99:1|1:530441_A_C:1939,132,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:4135,280,0:. 1|0:4,28:32:81:0|1:530449_A_C:1197,0,81:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530429_G_A:6310,427,0:. 1|1:0,114:114:99:1|1:530458_A_G:5119,343,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:530441_A_C:10096,677,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530441_A_C:9503,647,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,182:198:99:0|1:530449_A_C:7643,0,145:. 1|1:0,203:203:99:1|1:530441_A_C:9301,623,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,205:220:40:0|1:530441_A_C:8754,0,40:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530441_A_C:9074,608,0:. 1|1:0,182:182:99:1|1:530405_C_A:8209,557,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530429_G_A:1980,132,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:1|1:530441_A_C:9420,650,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:1|1:530458_A_G:10209,692,0:. 1|1:0,216:216:99:1|1:530458_A_G:9794,665,0:. 1|1:0,180:180:99:1|1:530428_T_A:8317,557,0:. 0|1:123,9:132:8:0|1:530405_C_A:8,0,5049:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 1|1:0,150:150:99:1|1:530441_A_C:6660,455,0:. 1|1:0,177:177:99:1|1:530441_A_C:8048,539,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,131:151:99:.:.:5369,0,474:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530429_G_A:4232,289,0:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530429_G_A:4477,304,0:. 1|1:0,212:212:99:1|1:530458_A_G:9484,644,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:13,98:111:99:0|1:530227_C_G:4176,0,207:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,7:118:55:0|1:530458_A_G:0,55,4662:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:1|1:530203_T_C:9845,665,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530429_G_A:4989,337,0:. 1|1:0,200:200:99:1|1:530441_A_C:9035,617,0:. 1|1:5,161:166:99:.:.:5581,323,0:. 1|1:0,191:191:99:1|1:530207_A_C:8578,584,0:. 1|1:0,642:642:99:1|1:530441_A_C:29430,1969,0:. 0|0:668,0:668:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530441_A_C:2174,150,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|1:90,9:99:98:.:.:98,0,3695:. 1|1:0,132:132:99:1|1:530429_G_A:5940,400,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:530429_G_A:8953,605,0:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:112,165:277:99:0|1:530463_G_A:6724,0,4220:. 0|0:481,0:481:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:.:.:4391,384,0:. 1|1:66,0:66:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,422:423:99:1|1:530207_A_C:18795,1078,0:. 1|1:1,66:67:99:1|1:530458_A_G:2850,160,0:. 1|1:5,260:265:99:1|1:530441_A_C:11262,474,0:. 0|1:42,151:193:99:0|1:530441_A_C:6479,0,1509:. 1|1:0,181:181:99:1|1:530441_A_C:8347,560,0:. 1|1:0,236:236:99:1|1:530441_A_C:10835,725,0:. 1|1:2,235:237:99:.:.:8599,646,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,262:262:99:.:.:11978,804,0:. 1|1:3,230:233:99:.:.:10360,489,0:. 1|1:0,179:179:99:1|1:530455_T_C:7981,539,0:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,108:111:99:.:.:4694,202,0:. 1|1:2,322:324:99:.:.:14344,899,0:. 0|1:9,42:51:99:.:.:1260,0,136:. 1|0:18,241:259:12:0|1:530441_A_C:10299,0,12:. 0|1:80,178:258:99:0|1:530441_A_C:7587,0,2869:. 1|1:0,212:212:99:1|1:530441_A_C:9399,644,0:. 1|1:0,256:256:99:1|1:530463_G_A:11090,785,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:189,32:221:99:.:.:461,0,5561:. 1|1:1,257:258:99:.:.:11645,747,0:. 0|1:6,1:7:21:.:.:21,0,291:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:21,3:24:51:0|1:530441_A_C:51,0,1041:. 1|1:2,235:237:99:1|1:530463_G_A:10747,644,0:. 1|1:1,87:88:99:.:.:3933,243,0:. 0|1:13,25:38:99:0|1:530441_A_C:1030,0,678:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,272:272:99:.:.:12114,846,0:. 1|1:3,476:479:99:1|1:530463_G_A:21381,1331,0:. 0|1:81,106:187:99:.:.:4247,0,2988:. 1|1:4,347:351:99:.:.:15303,851,0:. 1|1:2,240:242:99:1|1:530463_G_A:11120,700,0:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,199:212:33:.:.:8381,33,0:. 1|1:0,168:168:99:.:.:8001,536,0:. 1|1:1,163:164:99:1|1:530441_A_C:7391,424,0:. 1|0:154,24:178:99:0|1:530429_G_A:535,0,6437:. 1|0:77,30:107:99:.:.:1099,0,3052:. 1|0:16,201:217:67:.:.:8247,0,67:. 0|0:39,0:39:11:.:.:0,11,982:. 0|0:228,17:245:5:.:.:0,5,9415:. 1|1:5,476:481:99:1|1:530441_A_C:21746,1271,0:. 1|1:11,230:241:99:1|1:530458_A_G:9656,247,0:. 1|0:168,20:188:99:.:.:392,0,6897:. 1|1:15,373:388:99:.:.:16225,578,0:. 1|0:12,97:109:99:.:.:4075,0,152:. 0|1:16,203:219:61:0|1:530429_G_A:8309,0,61:. 0|1:233,24:257:99:.:.:297,0,9544:. 1|1:16,384:400:99:1|1:530405_C_A:16521,496,0:. 1|1:0,192:192:99:.:.:8576,578,0:. 1|1:20,352:372:99:.:.:15109,286,0:. 1|1:3,577:580:99:.:.:27063,1718,0:. 1|1:457,0:457:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:4233,289,0:. 1|1:0,356:356:99:1|1:530441_A_C:16156,1084,0:. 1|1:0,326:326:99:1|1:530441_A_C:15167,1017,0:. 1|0:32,197:229:99:.:.:8053,0,751:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530441_A_C:3765,256,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:6221,418,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:1|1:530441_A_C:10407,698,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,176:236:99:0|1:530405_C_A:7144,0,1945:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530429_G_A:8977,608,0:. 1|1:0,284:284:99:1|1:530441_A_C:12654,867,0:. 1|1:0,231:231:99:1|1:530441_A_C:10360,707,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530428_T_A:3232,190,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530429_G_A:2802,193,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:530441_A_C:11385,762,0:. 1|1:1,205:206:99:1|1:530441_A_C:9450,593,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 1|1:0,332:332:99:1|1:530463_G_A:14312,1011,0:. 1|1:0,243:243:99:.:.:10826,743,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530429_G_A:3761,256,0:. 1|1:0,122:122:99:1|1:530441_A_C:5526,370,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 1|0:10,48:58:99:0|1:530441_A_C:1957,0,255:. 1|1:0,30:30:96:1|1:530429_G_A:1420,96,0:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,148:253:99:0|1:530455_T_C:5910,0,3800:. 1|0:58,176:234:99:0|1:530455_T_C:7191,0,1884:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530458_A_G:1525,105,0:. 1|1:0,217:217:99:1|1:530429_G_A:9632,653,0:. 1|0:55,203:258:99:0|1:530441_A_C:8188,0,1663:. 1|1:0,146:146:99:.:.:6535,445,0:. 0|1:149,67:216:99:0|1:530429_G_A:2420,0,29603:. 1|0:62,176:238:99:0|1:530428_T_A:7198,0,2078:. 1|1:0,180:180:99:.:.:8082,545,0:. 1|1:0,243:243:99:1|1:530458_A_G:10946,749,0:. 0|0:205,0:205:78:.:.:0,78,5780:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,451:451:99:.:.:20707,1397,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530441_A_C:3608,244,0:. 1|1:0,333:333:99:1|1:530441_A_C:15288,1026,0:. 1|1:0,586:586:99:1|1:530405_C_A:26253,1785,0:. 1|1:0,163:163:99:1|1:530455_T_C:7524,506,0:. 1|1:0,228:228:99:1|1:530458_A_G:10238,698,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530429_G_A:2167,147,0:. 1|1:0,27:27:84:1|1:530441_A_C:1260,84,0:. 1|1:0,346:346:99:1|1:530441_A_C:16290,1090,0:. 1|1:0,180:180:99:1|1:530429_G_A:8203,554,0:. Pf3D7_01_v3 530484 . C T 1.34067e+07 PASS FS=0.714;MQ=60.05;QD=33.11;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A1090V;SNPEFF_CODON_CHANGE=gCt/gTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.602;VQSLOD=6.81;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.47;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.982;GC=52.38;GQ_MEAN=122.74;GQ_STDDEV=104.66;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7117;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.548;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=14757705;AF=0.436;AS_InbreedingCoeff=0.336;MLEAC=2292;MLEAF=0.437;AN=858;AC=363 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530441_A_C:2233,162,0:. 1|1:2,53:55:78:1|1:530441_A_C:2147,78,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1704:. 1|0:3,30:33:0:0|1:530441_A_C:1204,0,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,10:42:99:.:.:179,0,731:. 1|0:12,21:33:99:0|1:530441_A_C:729,0,373:. 0|0:32,0:32:80:.:.:0,80,891:. 0|0:32,3:35:6:.:.:0,6,774:. 0|1:14,11:25:99:.:.:279,0,337:. 1|0:9,3:12:28:.:.:28,0,201:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,181:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,858:. 0|1:12,45:57:99:0|1:530441_A_C:1996,0,1724:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6082,612,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530441_A_C:2205,147,0:. 1|0:64,33:97:99:.:.:675,0,1360:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,173:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:1,36:37:99:.:.:1102,101,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,22:79:99:.:.:471,0,1341:. 1|0:33,12:45:99:.:.:235,0,1401:. 1|1:1,291:292:99:1|1:530441_A_C:13182,864,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530441_A_C:2027,147,0:. 0|1:70,39:109:99:.:.:891,0,2312:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,40:54:99:0|1:530463_G_A:1541,0,509:. 0|1:41,19:60:99:0|1:530463_G_A:592,0,1483:. 1|0:45,13:58:99:0|1:530463_G_A:445,0,1928:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:1|1:530441_A_C:4981,358,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2197,219,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:.:.:6081,624,0:. 0|1:79,18:97:99:0|1:530463_G_A:478,0,3392:. 0|1:43,36:79:99:.:.:803,0,1514:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,839:. 0|1:16,85:101:99:.:.:2202,0,123:. 1|0:28,33:61:99:.:.:761,0,1012:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,22:35:99:.:.:595,0,260:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,144:228:99:.:.:3530,0,2937:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530441_A_C:5095,367,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,68:71:99:.:.:1958,130,0:. 1|0:50,7:57:80:.:.:80,0,1224:. 0|1:56,27:83:99:.:.:634,0,2160:. 1|0:24,68:92:99:0|1:530441_A_C:2655,0,571:. 0|1:78,39:117:99:.:.:806,0,2971:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3812,383,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,21:86:99:.:.:377,0,2592:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:530441_A_C:2984,219,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:29,45:74:99:0|1:530449_A_C:1725,0,1166:. 1|1:0,71:71:99:1|1:530441_A_C:3229,217,0:. 0|1:25,13:38:99:.:.:268,0,582:. 1|1:0,135:135:99:1|1:530441_A_C:5620,411,0:. 1|1:1,93:94:99:1|1:530441_A_C:4163,265,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530441_A_C:4086,295,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 1|1:8,198:206:99:.:.:5537,387,0:. 1|1:4,91:95:99:.:.:2568,175,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,101:117:99:0|1:530441_A_C:4071,0,305:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1791,186,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,6:56:99:0|1:530441_A_C:134,0,2204:. 1|1:0,175:175:99:1|1:530441_A_C:7435,538,0:. 1|1:0,125:125:99:1|1:530441_A_C:5468,391,0:. 1|0:91,16:107:99:.:.:200,0,2331:. 1|0:14,96:110:99:.:.:2493,0,200:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3904,401,0:. 0|1:62,12:74:99:0|1:530441_A_C:268,0,2425:. 1|0:55,30:85:99:.:.:978,0,1884:. 0|1:36,13:49:99:.:.:235,0,1430:. 1|1:8,139:147:99:1|1:530429_G_A:5536,104,0:. 1|0:27,140:167:99:.:.:3630,0,220:. 1|0:84,48:132:99:.:.:1006,0,3263:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,212:246:99:.:.:5418,0,368:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,76:92:99:0|1:530441_A_C:3069,0,401:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,38:121:99:0|1:530463_G_A:1131,0,3356:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,76:146:99:0|1:530463_G_A:2922,0,2453:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,150:152:99:1|1:530441_A_C:6734,403,0:. 1|1:0,214:214:99:1|1:530441_A_C:9184,647,0:. 1|0:82,68:150:99:0|1:530441_A_C:2594,0,3051:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:1|1:530441_A_C:8527,608,0:. 0|1:135,63:198:99:.:.:1260,0,3071:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5887,598,0:. 1|0:82,13:95:99:.:.:253,0,3222:. 1|0:64,105:169:99:.:.:2595,0,1120:. 0|1:76,20:96:99:.:.:291,0,2333:. 1|1:18,142:160:2:.:.:3733,2,0:. 1|0:152,45:197:99:0|1:530441_A_C:1356,0,5896:. 1|1:10,96:106:9:.:.:2490,9,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5067,526,0:. 1|1:0,148:148:99:1|1:530441_A_C:7200,482,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,122:176:99:.:.:3268,0,999:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,23:142:99:0|1:530441_A_C:558,0,4680:. 0|1:53,70:123:99:.:.:1673,0,1641:. 1|1:5,92:97:73:1|1:530463_G_A:3675,73,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6621,663,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:1|1:530441_A_C:9334,659,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:.:.:4677,494,0:. 1|1:0,191:191:99:.:.:5504,572,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,99:178:99:.:.:3776,0,2835:. 1|1:0,204:204:99:.:.:5985,610,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2441,246,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2427,243,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:530441_A_C:10120,719,0:. 1|0:23,46:69:99:.:.:1315,0,671:. 1|1:0,146:146:99:1|1:530441_A_C:6474,448,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,29:77:99:.:.:597,0,1818:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:1|1:530441_A_C:5194,370,0:. 1|1:2,139:141:99:1|1:530441_A_C:5911,349,0:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3990,402,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,77:104:99:0|1:530293_C_T:3031,0,1029:. 0|0:92,6:98:41:0|1:530463_G_A:0,41,3619:. 0|0:165,0:165:90:.:.:0,90,3844:. 1|0:123,34:157:99:0|1:530449_A_C:948,0,5019:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,8:8:24:.:.:233,24,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,144:147:99:.:.:4153,360,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2837,288,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2094,207,0:. 0|1:54,35:89:99:0|1:530441_A_C:1274,0,1978:. 1|1:0,114:114:99:.:.:4983,349,0:. 0|1:23,119:142:99:.:.:3394,0,405:. 1|1:0,78:78:99:1|1:530441_A_C:3244,235,0:. 1|0:27,102:129:99:0|1:530441_A_C:3835,0,794:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530441_A_C:2302,160,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,75:120:99:.:.:1873,0,1252:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,62:93:99:.:.:1563,0,1064:. 1|1:3,120:123:99:.:.:3452,234,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6432,659,0:. 0|1:60,84:144:99:.:.:2010,0,1264:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:530441_A_C:9765,653,0:. 1|1:1,108:109:99:1|1:530449_A_C:4723,295,0:. 1|0:80,21:101:99:0|1:530441_A_C:594,0,3464:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2964,261,0:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530441_A_C:2880,193,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2075,209,0:. 1|1:8,244:252:99:.:.:10076,457,0:. 1|0:39,94:133:99:.:.:2280,0,578:. 1|0:19,133:152:99:.:.:3404,0,353:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,44:142:99:.:.:837,0,3635:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,71:89:99:.:.:1829,0,305:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,70:71:99:1|1:530441_A_C:3149,181,0:. 0|1:36,79:115:99:0|1:530441_A_C:3036,0,1182:. 0|1:27,47:74:99:.:.:1184,0,795:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:8,103:111:24:0|1:530428_T_A:4076,0,24:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5016,509,0:. 0|1:94,72:166:99:0|1:530441_A_C:2600,0,3813:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,22:68:99:0|1:530463_G_A:754,0,1687:. 1|0:38,134:172:99:.:.:3423,0,759:. 0|0:120,0:120:14:.:.:0,14,2497:. 1|0:25,51:76:99:0|1:530441_A_C:2099,0,805:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1741,171,0:. 0|1:52,7:59:22:.:.:22,0,2028:. 0|1:67,41:108:99:0|1:530260_T_A:1437,0,2684:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1882,195,0:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1213:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530441_A_C:2270,163,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530441_A_C:2735,196,0:. 1|0:53,42:95:99:0|1:530441_A_C:1458,0,1941:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530441_A_C:2846,199,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3019,314,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,70:72:99:.:.:2012,160,0:. 1|0:111,24:135:99:.:.:352,0,4129:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,11:12:7:.:.:327,7,0:. 1|0:134,18:152:90:.:.:90,0,3727:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,72:87:99:0|1:530428_T_A:2763,0,119:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530441_A_C:5377,385,0:. 1|0:94,27:121:99:0|1:530441_A_C:798,0,3808:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530441_A_C:1928,138,0:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2105,210,0:. 1|0:208,87:295:99:.:.:1722,0,8686:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,181:182:99:.:.:5393,520,0:. 1|0:10,5:15:99:.:.:121,0,231:. 0|0:51,1:52:99:0|1:530441_A_C:0,111,1987:. 0|1:129,14:143:35:.:.:35,0,5153:. 1|0:50,42:92:99:0|1:530428_T_A:1416,0,2112:. 1|1:1,48:49:99:1|1:530441_A_C:2134,108,0:. 1|1:5,95:100:82:1|1:530441_A_C:3775,82,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,6:17:99:.:.:129,0,373:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530441_A_C:2038,144,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1226,125,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,26:30:52:0|1:530449_A_C:1043,0,52:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:1|1:530441_A_C:9861,689,0:. 1|1:1,208:209:99:.:.:7412,595,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,99:188:99:.:.:2989,0,2618:. 1|1:0,195:195:99:1|1:530441_A_C:8765,614,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,206:218:99:1|1:530441_A_C:8510,125,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530441_A_C:8662,605,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7642,638,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,173:174:99:1|1:530428_T_A:7971,512,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5346,451,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:530441_A_C:7696,533,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,136:157:99:.:.:4449,0,474:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:50,64:114:99:0|1:530227_C_G:1977,0,1656:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6910,572,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,696:696:99:1|1:530441_A_C:32310,2161,0:. 0|0:668,0:668:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1557,132,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|1:102,10:112:63:.:.:63,0,3069:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:109,158:267:99:0|1:530463_G_A:6046,0,4267:. 0|0:481,0:481:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:.:.:4266,378,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,271:277:99:.:.:9084,629,0:. 0|1:44,142:186:99:0|1:530441_A_C:5745,0,1312:. 1|1:0,175:175:99:1|1:530441_A_C:7757,542,0:. 1|1:3,226:229:99:.:.:7733,605,0:. 1|0:199,31:230:99:.:.:381,0,5976:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,212:252:99:.:.:6570,0,930:. 0|1:22,203:225:99:.:.:6348,0,196:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,21:116:99:.:.:336,0,2850:. 0|1:131,208:339:99:0|1:530447_A_AC:7923,0,4261:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1608:. 1|0:18,230:248:18:0|1:530441_A_C:9331,0,18:. 0|1:89,179:268:99:0|1:530441_A_C:7015,0,3001:. 1|1:0,226:226:99:.:.:7753,679,0:. 1|1:0,259:259:99:1|1:530463_G_A:11401,807,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,175:256:99:.:.:5347,0,2783:. 0|0:29,1:30:51:0|1:530441_A_C:0,51,1330:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,232:234:99:1|1:530463_G_A:10099,626,0:. 1|1:4,79:83:99:.:.:2434,112,0:. 0|1:118,33:151:99:.:.:709,0,4845:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:6,271:277:99:.:.:9056,582,0:. 1|1:3,484:487:99:1|1:530463_G_A:20919,1352,0:. 0|1:112,77:189:99:.:.:2035,0,4324:. 0|1:178,204:382:99:.:.:5540,0,7095:. 1|1:2,237:239:99:1|1:530463_G_A:10274,669,0:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:179,45:224:99:.:.:900,0,5166:. 1|1:8,169:177:99:1|1:530484_C_T:7302,176,0:. 1|1:0,156:156:99:.:.:7209,452,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,26:108:99:.:.:534,0,3644:. 1|0:16,201:217:99:.:.:7463,0,138:. 0|0:42,0:42:89:.:.:0,89,1214:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,494:496:99:1|1:530441_A_C:21465,1425,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,361:388:99:.:.:10669,0,165:. 0|1:57,52:109:99:.:.:1462,0,1653:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:469,0:469:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:178,20:198:99:.:.:141,0,5367:. 0|1:203,190:393:99:0|1:530441_A_C:7013,0,8009:. 1|1:21,597:618:99:.:.:19874,1191,0:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,10:101:17:.:.:17,0,2685:. 1|1:0,396:396:99:1|1:530441_A_C:17172,1213,0:. 1|1:1,303:304:99:1|1:530441_A_C:13460,913,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2968,259,0:. 1|0:60,75:135:99:.:.:2214,0,2188:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:1|1:530441_A_C:9583,668,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,288:288:99:.:.:10051,866,0:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7917,689,0:. 1|1:1,71:72:99:1|1:530428_T_A:3090,190,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,244:244:99:1|1:530441_A_C:11324,759,0:. 1|1:1,214:215:99:1|1:530441_A_C:10035,632,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 1|1:0,324:324:99:1|1:530463_G_A:14059,987,0:. 1|0:215,22:237:41:.:.:41,0,6353:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:1|1:530441_A_C:5557,394,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 1|0:14,48:62:99:.:.:1487,0,270:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:161,109:270:99:.:.:2941,0,6150:. 1|0:120,141:261:99:.:.:3991,0,4437:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,208:265:99:.:.:6476,0,1076:. 1|1:1,140:141:99:.:.:4810,390,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,189:244:99:.:.:5895,0,1761:. 1|0:179,21:200:99:.:.:142,0,5146:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:255,187:442:99:.:.:5291,0,7147:. 1|1:0,72:72:99:1|1:530441_A_C:3058,217,0:. 1|1:0,331:331:99:1|1:530441_A_C:14456,1014,0:. 0|0:591,0:591:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,128:172:99:.:.:3970,0,1444:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,26:26:87:1|1:530441_A_C:1305,87,0:. 1|1:0,339:339:99:1|1:530441_A_C:15769,1057,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530497 . G A 5.64929e+06 PASS FS=0;MQ=60.41;QD=29.04;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1094;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.701;VQSLOD=7.81;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.988;GC=47.62;GQ_MEAN=132.93;GQ_STDDEV=104.18;HRun=3;InbreedingCoeff=0.6612;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.125;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14602481;AF=0.208;AS_InbreedingCoeff=0.5224;MLEAC=1090;MLEAF=0.208;AN=858;AC=199 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1341:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1621:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1704:. 0|0:41,0:41:24:.:.:0,24,1004:. 0|1:8,36:44:99:.:.:1019,0,222:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1382:. 1|0:11,27:38:99:.:.:704,0,212:. 0|1:19,12:31:99:.:.:301,0,480:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|1:2,9:11:1:.:.:260,0,1:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,209:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,20:20:60:.:.:668,60,0:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,856:. 0|1:11,47:58:99:.:.:1298,0,263:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530441_A_C:2250,151,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,18:19:32:.:.:527,32,0:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1141:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:14,32:46:99:.:.:897,0,437:. 1|0:94,186:280:99:.:.:4786,0,1797:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1319:. 0|1:95,11:106:99:0|1:530497_G_A:115,0,3911:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530497_G_A:4193,306,0:. 0|1:42,14:56:99:0|1:530497_G_A:370,0,1848:. 1|0:24,38:62:99:.:.:1422,0,508:. 0|1:14,48:62:99:0|1:530497_G_A:1829,0,440:. 1|1:4,100:104:99:.:.:2922,194,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,59:92:99:0|1:530497_G_A:2245,0,1234:. 1|0:28,48:76:99:.:.:1251,0,671:. 1|1:0,31:31:93:.:.:913,93,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,18:65:99:0|1:530497_G_A:582,0,1928:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530497_G_A:4109,300,0:. 0|1:186,42:228:99:.:.:577,0,4894:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1486:. 0|1:61,23:84:99:.:.:459,0,1893:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,115:123:99:.:.:4837,159,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530497_G_A:2431,178,0:. 1|0:57,33:90:99:.:.:1055,0,2298:. 0|1:48,81:129:99:0|1:530497_G_A:2983,0,1656:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:47,29:76:99:0|1:530497_G_A:932,0,1872:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530497_G_A:3180,214,0:. 0|1:22,12:34:99:.:.:490,0,861:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,24:84:99:.:.:468,0,2211:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,15:95:99:.:.:152,0,1918:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,18:66:99:.:.:323,0,1174:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,19:111:99:.:.:244,0,2558:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,2:52:73:.:.:0,73,2215:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,30:89:99:.:.:880,0,2364:. 0|0:43,3:46:18:0|1:530497_G_A:0,18,1627:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,29:167:99:.:.:340,0,3280:. 1|0:60,80:140:99:0|1:530497_G_A:3021,0,2351:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,70:123:99:0|1:530497_G_A:2582,0,1931:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:530497_G_A:6340,436,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,106:150:99:.:.:2646,0,828:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,35:100:99:.:.:780,0,2327:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,168:200:99:.:.:4911,0,447:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:1|1:530441_A_C:7785,521,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:1|1:530497_G_A:7325,547,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,35:119:99:.:.:1015,0,3114:. 0|0:84,6:90:22:0|1:530497_G_A:0,22,3615:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:1|1:530497_G_A:5042,367,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,22:100:99:0|1:530497_G_A:703,0,2889:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,106:167:99:0|1:530497_G_A:3992,0,1938:. 1|0:61,100:161:99:.:.:2492,0,1553:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530497_G_A:3398,232,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,80:144:99:.:.:2004,0,1386:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,22:103:99:0|1:530293_C_T:309,0,3206:. 1|0:49,51:100:99:0|1:530497_G_A:1716,0,1807:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,58:163:99:.:.:1241,0,3137:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:1,7:8:5:.:.:177,0,5:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530497_G_A:3801,279,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,26:141:99:.:.:341,0,4297:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,16:125:96:.:.:96,0,4363:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,8:52:99:0|1:530497_G_A:218,0,1582:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3512,365,0:. 0|0:71,5:76:7:0|1:530497_G_A:0,7,2878:. 1|0:130,49:179:99:0|1:530497_G_A:1511,0,4762:. 0|1:77,14:91:99:.:.:209,0,2187:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,128:129:99:1|1:530497_G_A:5256,352,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:530497_G_A:9222,620,0:. 1|1:0,114:114:99:1|1:530497_G_A:5206,349,0:. 0|1:19,73:92:99:.:.:1934,0,480:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6441,660,0:. 0|1:63,25:88:99:.:.:484,0,1592:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530441_A_C:2700,181,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,220:255:99:.:.:8387,0,685:. 0|1:91,42:133:99:.:.:788,0,2059:. 0|1:125,18:143:99:.:.:175,0,5028:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:120,24:144:99:.:.:243,0,4484:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2930,294,0:. 0|0:89,6:95:41:0|1:530497_G_A:0,41,3810:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2236,222,0:. 1|0:51,17:68:99:.:.:313,0,1522:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,28:74:99:.:.:871,0,1071:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,162:167:99:1|1:530497_G_A:6406,370,0:. 1|0:111,12:123:99:.:.:137,0,4362:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530497_G_A:2416,163,0:. 0|1:39,18:57:99:0|1:530497_G_A:584,0,1615:. 1|0:82,23:105:99:.:.:377,0,2489:. 0|1:45,13:58:99:.:.:209,0,987:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,13:50:99:0|1:530283_C_T:315,0,1101:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,46:106:99:.:.:1181,0,1525:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,6:102:89:.:.:0,89,3924:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530497_G_A:5054,340,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,82:143:99:.:.:2027,0,1340:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,198:. 0|1:128,25:153:99:0|1:530497_G_A:537,0,4926:. 0|1:55,55:110:99:0|1:530497_G_A:2036,0,3827:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,11:51:99:.:.:188,0,1081:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:6,67:73:46:.:.:1807,46,0:. 0|1:102,188:290:99:0|1:530497_G_A:6852,0,3849:. 1|0:30,86:116:99:.:.:2180,0,497:. 1|0:14,176:190:41:0|1:530497_G_A:6584,0,41:. 0|1:4,13:17:78:.:.:350,0,78:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,114:144:99:.:.:2914,0,761:. 1|0:41,30:71:99:.:.:679,0,1038:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1322:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,7:13:99:.:.:169,0,231:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530497_G_A:2011,135,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,27:27:81:.:.:1135,81,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,14:191:15:0|1:530497_G_A:0,15,7402:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,204:215:99:1|1:530497_G_A:9016,232,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1542,129,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,121:129:31:1|1:530497_G_A:4734,31,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:140,21:161:99:.:.:338,0,4401:. 1|1:1,108:109:99:1|1:530497_G_A:4573,260,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3514,297,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:102,12:114:99:.:.:200,0,3610:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,121:127:99:.:.:4089,164,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530497_G_A:4393,316,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,701:701:99:1|1:530441_A_C:32445,2170,0:. 1|1:0,714:714:99:1|1:530497_G_A:31312,2212,0:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 1|0:18,98:116:99:.:.:2983,0,504:. 1|1:0,145:145:99:1|1:530497_G_A:6238,445,0:. 1|1:1,231:232:99:1|1:530497_G_A:9721,464,0:. 1|1:0,442:442:99:1|1:530497_G_A:19228,1338,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:158,107:265:99:0|1:530497_G_A:3629,0,6606:. 1|1:0,440:440:99:1|1:530497_G_A:19188,1328,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,188:197:99:.:.:5996,235,0:. 1|1:1,328:329:99:1|1:530497_G_A:14236,958,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1608:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,4:63:28:.:.:0,28,2467:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:525,0:525:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:488,0:488:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,288:296:99:1|1:530497_G_A:11954,501,0:. 1|0:207,18:225:50:.:.:50,0,8183:. 1|1:9,186:195:99:1|1:530484_C_T:8202,203,0:. 1|0:46,116:162:99:.:.:3219,0,928:. 0|1:112,81:193:99:0|1:530497_G_A:3009,0,4234:. 0|1:29,88:117:99:0|1:530497_G_A:3372,0,992:. 0|0:196,11:207:99:0|1:530497_G_A:0,125,8500:. 1|0:3,36:39:18:0|1:530497_G_A:1457,0,18:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,191:211:99:0|1:530497_G_A:7640,0,257:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,9:112:30:0|1:530497_G_A:30,0,4332:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:469,0:469:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:396,0:396:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,368:368:99:1|1:530497_G_A:15861,1116,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4850,432,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,179:179:99:1|1:530497_G_A:7849,563,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:530497_G_A:9138,653,0:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1826,162,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:530497_G_A:11144,752,0:. 1|1:0,214:214:99:1|1:530441_A_C:10215,683,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2787,237,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 1|1:2,288:290:99:.:.:9020,808,0:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:591,0:591:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,27:27:84:1|1:530441_A_C:1260,84,0:. 1|1:0,327:327:99:1|1:530497_G_A:15750,1054,0:. 1|1:0,196:196:99:1|1:530497_G_A:8443,604,0:. Pf3D7_01_v3 530499 . A T 2.97955e+06 PASS FS=0;MQ=60.57;QD=27.88;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1095I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.735;VQSLOD=7.38;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0095;FractionInformativeReads=0.997;GC=42.86;GQ_MEAN=117.81;GQ_STDDEV=91.26;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4834;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.045;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14461629;AF=0.131;AS_InbreedingCoeff=0.2638;MLEAC=686;MLEAF=0.131;AN=858;AC=100 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:10,22:32:99:0|1:530499_A_T:774,0,331:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1341:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1621:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1704:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:36,8:44:99:.:.:176,0,1489:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1177,108,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1571,144,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,1:32:63:.:.:0,63,1109:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:10,16:26:99:.:.:405,0,237:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:12,0:12:11:.:.:0,11,312:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2023,197,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1312:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,8:8:24:.:.:249,24,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1506,144,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1141:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,58:81:99:.:.:1549,0,501:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1319:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1678:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,18:41:99:.:.:418,0,623:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1745,171,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1486:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,16:90:99:0|1:530499_A_T:399,0,3071:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,21:35:99:.:.:743,0,493:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,25:56:99:.:.:609,0,793:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,52:54:72:.:.:1540,72,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:62:.:.:0,62,2806:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,23:92:99:0|1:530499_A_T:590,0,2674:. 1|0:38,9:47:99:0|1:530499_A_T:214,0,1407:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4681,473,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,17:101:99:.:.:214,0,2458:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,9:105:19:.:.:19,0,2527:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,195:212:99:0|1:530499_A_T:7486,0,112:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:161,19:180:99:0|1:530499_A_T:235,0,11097:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,30:98:99:0|1:530499_A_T:1054,0,2869:. 1|0:184,51:235:99:.:.:792,0,4691:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3568,348,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,15:67:99:0|1:530499_A_T:436,0,2154:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530499_A_T:5889,436,0:. 0|1:28,47:75:99:0|1:530499_A_T:1706,0,1066:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,29:111:99:0|1:530293_C_T:947,0,3566:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,27:160:99:.:.:361,0,3540:. 1|1:5,158:163:99:.:.:4718,347,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,168:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,10:77:99:0|1:530499_A_T:172,0,2773:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,54:143:99:.:.:1312,0,2125:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,49:147:99:0|1:530499_A_T:1626,0,3980:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,99:176:99:0|1:530499_A_T:3517,0,2982:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,2:49:63:0|1:530283_C_T:0,63,2008:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,7:108:19:0|1:530499_A_T:0,19,4305:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5356,520,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,85:104:99:.:.:2358,0,361:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2780,270,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,198:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2929,214,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,19:78:99:0|1:530499_A_T:605,0,2537:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,416:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1322:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,716:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4871,406,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6404,535,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,8:128:43:0|1:530499_A_T:0,43,5284:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:100,18:118:99:.:.:287,0,3526:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,232:233:99:.:.:8352,667,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:691,0:691:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:709,0:709:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:500,0:500:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2666,212,0:. 1|1:2,372:374:99:.:.:12508,1033,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:196,39:235:99:0|1:530499_A_T:1022,0,8369:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:389,0:389:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,96:122:99:.:.:2976,0,608:. 0|0:430,0:430:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,24:46:99:.:.:706,0,554:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:184,42:226:99:0|1:530499_A_T:1216,0,7260:. 1|0:171,72:243:99:0|1:530499_A_T:2379,0,7340:. 1|0:30,145:175:99:0|1:530499_A_T:5753,0,770:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:3,251:254:99:1|1:530499_A_T:10466,599,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,138:170:99:0|1:530499_A_T:5448,0,1001:. 0|1:5,59:64:17:.:.:1699,0,17:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:525,0:525:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:161,27:188:99:.:.:178,0,4814:. 1|0:214,197:411:99:0|1:530499_A_T:7710,0,8440:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,167:226:99:.:.:4842,0,1748:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:169,27:196:99:0|1:530499_A_T:548,0,6915:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,3:39:18:1|0:530497_G_A:18,0,1503:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,233:245:99:.:.:7565,215,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,48:112:99:.:.:1305,0,2215:. 1|1:17,221:238:99:.:.:7143,133,0:. 0|1:195,22:217:99:0|1:530499_A_T:317,0,7667:. 0|0:469,0:469:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:215,176:391:99:0|1:530499_A_T:6361,0,8647:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,458:459:99:1|1:530499_A_T:19957,1363,0:. 1|0:36,64:100:99:.:.:1873,0,966:. 0|0:396,0:396:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,195:233:99:0|1:530499_A_T:7757,0,845:. 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,60:137:99:0|1:530499_A_T:2184,0,3244:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,26:26:78:.:.:907,78,0:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:219,59:278:99:0|1:530499_A_T:1792,0,10532:. 1|0:205,57:262:99:0|1:530499_A_T:1647,0,8323:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,78:225:99:0|1:530499_A_T:2796,0,10203:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:67:.:.:0,67,6021:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:591,0:591:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,47:175:99:.:.:1429,0,5429:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1589,138,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530519 . G A 2.24038e+06 PASS FS=1.158;MQ=60.7;QD=29.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D1102N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gac/Aac;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.801;VQSLOD=4.42;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0044;FractionInformativeReads=0.994;GC=23.81;GQ_MEAN=129.37;GQ_STDDEV=112.25;HRun=1;InbreedingCoeff=0.541;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.51;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=14426936;AF=0.068;AS_InbreedingCoeff=0.4231;MLEAC=353;MLEAF=0.067;AN=858;AC=77 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1341:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1621:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,118,1704:. 0|0:38,0:38:89:.:.:0,89,1032:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:13,20:33:99:0|1:530519_G_A:837,0,480:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:36,0:36:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:23,0:23:48:.:.:0,48,720:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:13,0:13:7:.:.:0,7,298:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,77:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:18,0:18:19:.:.:0,19,426:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1141:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1319:. 0|1:83,14:97:99:0|1:530497_G_A:317,0,3760:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530497_G_A:4207,286,0:. 0|1:44,15:59:99:0|1:530497_G_A:497,0,1802:. 1|0:26,37:63:99:.:.:1458,0,922:. 0|1:15,45:60:99:0|1:530497_G_A:2001,0,560:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,64:96:99:0|1:530497_G_A:2723,0,1265:. 1|0:69,6:75:44:.:.:44,0,2888:. 0|0:31,0:31:66:.:.:0,66,990:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,20:61:99:0|1:530497_G_A:739,0,1727:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530497_G_A:4216,283,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1486:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,80:111:99:.:.:3301,0,1008:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,15:79:99:.:.:385,0,2731:. 0|1:50,82:132:99:0|1:530497_G_A:3417,0,1867:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:41,29:70:99:0|1:530497_G_A:1140,0,1712:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,2:43:27:0|1:530497_G_A:0,27,1935:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,83:140:99:0|1:530497_G_A:3403,0,2203:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,67:110:99:0|1:530497_G_A:2703,0,1643:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,71:132:99:.:.:2686,0,2232:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:1|1:530497_G_A:7537,508,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,31:123:99:0|1:530519_G_A:990,0,3810:. 0|1:79,7:86:50:0|1:530497_G_A:50,0,3380:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,99:115:99:.:.:4110,0,388:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,26:99:99:0|1:530497_G_A:965,0,3046:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,107:158:99:0|1:530497_G_A:4441,0,1952:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,44:93:99:0|1:530497_G_A:1810,0,1913:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,60:156:99:.:.:2167,0,3792:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,163:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,72:123:99:0|1:530519_G_A:2761,0,1911:. 0|0:91,6:97:34:0|1:530497_G_A:0,34,3990:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,4:72:37:.:.:0,37,2787:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:2,125:127:99:.:.:5543,304,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:1|1:530519_G_A:9252,620,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,11:140:38:0|1:530519_G_A:38,0,5661:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,13:96:99:0|1:530519_G_A:280,0,3399:. 0|0:87,6:93:16:0|1:530497_G_A:0,16,3735:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530519_G_A:2970,199,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,29:76:99:0|1:530519_G_A:1101,0,1848:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,18:104:99:.:.:445,0,3445:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,9:46:99:0|1:530283_C_T:287,0,1574:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,5:99:40:.:.:0,40,3939:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,64:146:99:.:.:2373,0,3295:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|1:121,25:146:99:0|1:530497_G_A:743,0,5281:. 0|1:50,53:103:99:0|1:530497_G_A:2314,0,3815:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,182:284:99:0|1:530497_G_A:7725,0,3944:. 1|0:24,85:109:99:0|1:530519_G_A:3562,0,751:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,13:16:67:0|1:530519_G_A:537,0,67:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1322:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,435:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:172,17:189:99:0|1:530497_G_A:197,0,7504:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,123:135:99:0|1:530497_G_A:5418,0,110:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,17:146:99:0|1:530519_G_A:357,0,5264:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:94,18:112:99:.:.:464,0,3894:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,117:124:70:1|1:530519_G_A:5092,70,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:691,0:691:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,714:714:99:1|1:530497_G_A:33544,2258,0:. 0|0:522,0:522:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 1|0:18,100:118:99:0|1:530519_G_A:4036,0,455:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,444:446:99:.:.:20023,1285,0:. 0|0:136,7:143:99:.:.:0,131,5792:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:151,97:248:99:0|1:530497_G_A:3719,0,6330:. 1|1:0,466:466:99:1|1:530497_G_A:21188,1421,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,334:335:99:1|1:530497_G_A:15415,997,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:430,0:430:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,3:64:58:.:.:0,58,2566:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:525,0:525:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:493,0:493:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,283:293:99:1|1:530497_G_A:12626,459,0:. 0|0:200,14:214:29:.:.:0,29,8425:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,90:193:99:0|1:530497_G_A:3557,0,4183:. 0|1:26,85:111:99:0|1:530497_G_A:3675,0,821:. 0|0:192,13:205:32:0|1:530497_G_A:0,32,8461:. 1|0:4,36:40:57:0|1:530497_G_A:1531,0,57:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,178:202:99:0|1:530497_G_A:8031,0,420:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,9:101:80:0|1:530497_G_A:80,0,4130:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:469,0:469:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:460,0:460:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:396,0:396:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:386,0:386:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,377:377:99:1|1:530497_G_A:17082,1146,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530519_G_A:6157,412,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:1|1:530497_G_A:8120,551,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,297:297:99:1|1:530519_G_A:13850,930,0:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:591,0:591:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530521 . C G 2.50843e+07 PASS FS=0;MQ=59.92;QD=30.47;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D1102E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaC/gaG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.716;VQSLOD=9.66;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.001;FractionInformativeReads=0.969;GC=33.33;GQ_MEAN=135.9;GQ_STDDEV=110.43;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5186;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.841;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14572392;AF=0.741;AS_InbreedingCoeff=0.6461;MLEAC=3896;MLEAF=0.743;AN=856;AC=624 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:9,20:29:99:0|1:530499_A_T:838,0,343:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530521_C_G:1969,135,0:. 0|1:32,19:51:99:.:.:645,0,1013:. 1|0:13,32:45:99:.:.:1219,0,525:. 0|0:39,0:39:3:.:.:0,3,872:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1990,138,0:. 1|1:0,29:29:90:1|1:530521_C_G:1296,90,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530521_C_G:2532,183,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530521_C_G:1927,133,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530521_C_G:1605,108,0:. 1|1:0,27:27:81:1|1:530521_C_G:1184,81,0:. 1|1:0,38:38:99:1|1:530521_C_G:1624,117,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530521_C_G:1487,111,0:. 1|1:0,19:19:72:1|1:530521_C_G:1007,72,0:. 1|1:0,8:8:24:1|1:530521_C_G:341,24,0:. 1|1:0,11:11:33:1|1:530521_C_G:490,33,0:. 1|1:0,4:4:12:1|1:530521_C_G:163,12,0:. 1|1:0,18:18:54:1|1:530521_C_G:779,54,0:. 1|1:0,19:19:57:1|1:530521_C_G:758,57,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530521_C_G:1451,105,0:. 0|1:11,43:54:99:0|1:530521_C_G:1613,0,333:. 1|1:1,50:51:99:1|1:530521_C_G:2119,146,0:. 1|1:0,195:195:99:1|1:530521_C_G:8731,605,0:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530521_C_G:2963,202,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530441_A_C:1800,120,0:. 1|0:58,32:90:99:0|1:530521_C_G:1099,0,2243:. 1|1:0,13:13:39:1|1:530521_C_G:571,39,0:. 1|1:0,6:6:18:1|1:530521_C_G:270,18,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530521_C_G:1879,126,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530521_C_G:2041,147,0:. 1|0:53,57:110:99:0|1:530521_C_G:2127,0,2406:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530521_C_G:3212,225,0:. 0|0:44,4:48:31:.:.:0,31,1344:. 1|1:1,275:276:99:1|1:530521_C_G:12691,827,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1319:. 0|1:16,82:98:99:0|1:530521_C_G:3360,0,388:. 1|1:0,89:89:99:1|1:530497_G_A:4320,289,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:2524,177,0:. 1|1:5,57:62:15:.:.:2504,15,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530521_C_G:2823,192,0:. 1|1:2,108:110:99:.:.:4619,244,0:. 0|1:76,47:123:99:0|1:530521_C_G:1810,0,2959:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530521_C_G:3743,256,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:530521_C_G:5980,403,0:. 1|1:0,214:214:99:1|1:530521_C_G:9426,650,0:. 0|1:16,83:99:99:0|1:530521_C_G:3454,0,344:. 1|1:5,69:74:9:.:.:2878,9,0:. 1|1:0,31:31:93:1|1:530521_C_G:1334,93,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:4769,334,0:. 0|1:12,49:61:99:0|1:530521_C_G:1986,0,356:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530521_C_G:3666,264,0:. 1|1:0,30:30:93:.:.:1303,93,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530497_G_A:4320,289,0:. 0|1:197,39:236:99:0|1:530521_C_G:989,0,7867:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530521_C_G:2385,160,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530521_C_G:4289,298,0:. 1|1:2,55:57:82:1|1:530521_C_G:2300,82,0:. 1|0:4,46:50:29:0|1:530521_C_G:1904,0,29:. 0|1:41,43:84:99:0|1:530521_C_G:1640,0,1716:. 1|1:0,113:113:99:1|1:530521_C_G:5112,352,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:5206,349,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:1|1:530521_C_G:7573,509,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530497_G_A:2732,184,0:. 0|1:38,41:79:99:.:.:1685,0,1505:. 0|1:34,94:128:99:0|1:530521_C_G:4099,0,1074:. 1|0:53,15:68:99:0|1:530521_C_G:449,0,2197:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530521_C_G:1851,129,0:. 1|1:3,67:70:76:.:.:2782,76,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530497_G_A:3375,226,0:. 1|1:0,28:28:93:1|1:530521_C_G:1369,93,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,22:72:99:0|1:530521_C_G:770,0,1991:. 0|0:85,5:90:99:.:.:0,130,2222:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|1:23,194:217:99:.:.:7443,0,158:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530521_C_G:3643,258,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 1|1:0,70:70:99:.:.:3136,214,0:. 1|0:46,20:66:99:0|1:530521_C_G:639,0,1827:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530521_C_G:2189,153,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:2388,166,0:. 0|1:19,96:115:99:0|1:530521_C_G:3996,0,483:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530521_C_G:3160,214,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:.:.:6510,466,0:. 1|1:0,42:42:99:1|1:530521_C_G:1828,126,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,98:102:99:.:.:4088,135,0:. 1|1:1,108:109:99:.:.:4792,289,0:. 1|1:0,149:149:99:1|1:530521_C_G:6677,460,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530521_C_G:3274,225,0:. 1|0:12,62:74:99:.:.:2514,0,321:. 1|1:0,45:45:99:.:.:2080,141,0:. 1|1:0,156:156:99:1|1:530521_C_G:7015,487,0:. 1|1:1,158:159:99:1|1:530521_C_G:6965,439,0:. 1|1:6,132:138:99:1|1:530521_C_G:5841,200,0:. 1|1:8,156:164:99:1|1:530521_C_G:6668,137,0:. 1|1:15,217:232:66:.:.:8686,66,0:. 1|1:0,154:154:99:1|1:530521_C_G:7030,473,0:. 1|0:15,71:86:99:0|1:530521_C_G:2956,0,360:. 1|1:6,86:92:10:.:.:3516,10,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:4989,337,0:. 1|1:3,179:182:99:1|1:530521_C_G:7813,400,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:530497_G_A:6030,403,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,139:162:99:.:.:5540,0,624:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,149:150:99:.:.:6753,416,0:. 1|1:0,196:196:99:1|1:530521_C_G:8717,602,0:. 1|0:46,103:149:99:.:.:3957,0,1484:. 1|1:0,222:222:99:1|1:530521_C_G:9766,688,0:. 1|1:0,175:175:99:1|1:530521_C_G:7676,533,0:. 1|1:0,207:207:99:1|1:530521_C_G:9027,632,0:. 0|1:145,56:201:99:0|1:530521_C_G:1974,0,5883:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,98:101:99:.:.:4368,173,0:. 0|1:104,54:158:99:0|1:530521_C_G:1893,0,4070:. 1|0:47,57:104:99:.:.:2180,0,1725:. 1|0:18,148:166:99:0|1:530521_C_G:6123,0,246:. 1|1:5,175:180:99:.:.:7655,285,0:. 0|0:101,7:108:22:0|1:530521_C_G:0,22,4317:. 1|1:0,183:183:99:1|1:530521_C_G:8160,566,0:. 1|1:0,147:147:99:1|1:530441_A_C:6885,461,0:. 1|1:0,149:149:99:1|1:530521_C_G:6345,451,0:. 1|1:0,184:184:99:1|1:530521_C_G:8515,578,0:. 0|1:33,122:155:99:.:.:4733,0,1026:. 1|1:0,163:163:99:1|1:530497_G_A:7695,515,0:. 1|1:5,141:146:99:.:.:4886,218,0:. 1|1:0,122:122:99:1|1:530521_C_G:5597,388,0:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530521_C_G:3916,268,0:. 1|0:162,21:183:99:0|1:530499_A_T:382,0,11805:. 1|1:0,211:211:99:1|1:530521_C_G:9360,644,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:530497_G_A:5425,364,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:530521_C_G:9243,647,0:. 0|1:74,26:100:99:0|1:530497_G_A:902,0,3152:. 1|0:9,102:111:73:.:.:4279,0,73:. 1|1:12,223:235:99:.:.:9172,212,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:530521_C_G:8130,560,0:. 1|1:0,161:161:99:1|1:530521_C_G:7181,499,0:. 1|1:0,186:186:99:1|1:530521_C_G:8491,580,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530521_C_G:4000,280,0:. 1|1:3,157:160:99:.:.:6962,355,0:. 1|0:23,139:162:99:.:.:5646,0,608:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530521_C_G:8568,598,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530521_C_G:3703,259,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530521_C_G:4716,322,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530521_C_G:4250,289,0:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530497_G_A:3195,214,0:. 1|1:6,228:234:99:1|1:530521_C_G:9871,464,0:. 0|1:10,47:57:99:.:.:1966,0,229:. 1|1:0,129:129:99:1|1:530521_C_G:5731,391,0:. 1|1:0,117:117:99:1|1:530499_A_T:5528,376,0:. 0|1:27,41:68:99:0|1:530499_A_T:1701,0,1046:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,139:140:99:1|1:530521_C_G:6106,379,0:. 1|1:0,126:126:99:.:.:5585,388,0:. 1|1:0,95:95:99:1|1:530521_C_G:4184,289,0:. 0|1:23,71:94:99:0|1:530293_C_T:2875,0,626:. 1|1:6,87:93:16:.:.:3667,16,0:. 0|1:143,15:158:77:.:.:77,0,5826:. 0|1:37,114:151:99:0|1:530521_C_G:4759,0,1280:. 1|1:0,157:157:99:.:.:6901,493,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:6775,458,0:. 1|1:0,6:6:24:1|1:530521_C_G:360,24,0:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530497_G_A:4208,283,0:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530521_C_G:5871,409,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530521_C_G:3534,244,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530521_C_G:3570,250,0:. 1|1:0,111:111:99:1|1:530521_C_G:4888,340,0:. 1|0:87,43:130:99:.:.:1518,0,3247:. 0|1:65,7:72:98:0|1:530521_C_G:98,0,2583:. 0|1:38,79:117:99:.:.:3158,0,1344:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,10:47:99:0|1:530497_G_A:303,0,1591:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530521_C_G:5508,376,0:. 1|0:62,37:99:99:.:.:1362,0,2515:. 1|0:116,46:162:99:0|1:530497_G_A:1598,0,4777:. 0|1:12,58:70:99:.:.:2406,0,335:. 1|1:0,105:105:99:1|1:530521_C_G:4733,331,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:1|1:530521_C_G:6191,424,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,130:131:99:1|1:530497_G_A:5940,358,0:. 1|1:0,202:202:99:1|1:530497_G_A:9585,641,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530497_G_A:4711,316,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530521_C_G:4770,322,0:. 1|1:0,205:205:99:1|1:530519_G_A:9387,629,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:4081,283,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530441_A_C:2745,184,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530521_C_G:3481,241,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530521_C_G:3130,211,0:. 0|1:23,207:230:99:.:.:8897,0,318:. 1|1:0,119:119:99:.:.:5454,367,0:. 1|1:0,138:138:99:1|1:530521_C_G:6244,427,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,110:142:99:.:.:4515,0,983:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530521_C_G:4275,295,0:. 1|1:5,88:93:61:.:.:3623,61,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530519_G_A:3060,205,0:. 1|0:22,48:70:99:.:.:2030,0,776:. 0|1:68,37:105:99:.:.:1095,0,2165:. 1|0:45,29:74:99:0|1:530519_G_A:1070,0,1935:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530521_C_G:4553,313,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:530521_C_G:6463,445,0:. 1|0:66,75:141:99:0|1:530499_A_T:3119,0,2570:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530521_C_G:3498,249,0:. 1|1:2,68:70:99:.:.:2951,127,0:. 1|1:0,163:163:99:1|1:530497_G_A:7591,513,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:530521_C_G:5009,346,0:. 1|0:26,47:73:99:.:.:1806,0,869:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530497_G_A:2520,169,0:. 0|1:46,18:64:99:0|1:530497_G_A:617,0,1877:. 1|0:10,91:101:99:0|1:530521_C_G:3854,0,131:. 0|1:45,15:60:99:0|1:530521_C_G:456,0,1756:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,40:47:99:0|1:530283_C_T:1615,0,234:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,52:110:99:.:.:1882,0,2258:. 1|1:0,145:145:99:1|1:530521_C_G:6544,442,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:4416,301,0:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530497_G_A:4950,331,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,6:63:77:0|1:530521_C_G:77,0,2327:. 1|1:3,145:148:99:.:.:6345,238,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530521_C_G:3123,214,0:. 1|1:0,5:5:15:1|1:530521_C_G:225,15,0:. 1|1:0,150:150:99:1|1:530521_C_G:6693,460,0:. 0|1:49,56:105:99:0|1:530497_G_A:2240,0,3866:. 1|1:0,174:174:99:1|1:530521_C_G:7714,527,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530521_C_G:2745,184,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,66:95:99:0|1:530521_C_G:2719,0,957:. 1|1:0,161:161:99:1|1:530521_C_G:7146,497,0:. 1|0:11,40:51:99:0|1:530521_C_G:1612,0,383:. 1|1:0,30:30:93:1|1:530521_C_G:1361,93,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530521_C_G:3621,244,0:. 1|1:3,281:284:99:.:.:12812,652,0:. 1|0:23,86:109:99:0|1:530519_G_A:3643,0,787:. 1|0:15,167:182:99:0|1:530497_G_A:7131,0,112:. 1|1:0,15:15:48:1|1:530521_C_G:720,48,0:. 1|1:1,49:50:99:.:.:1352,123,0:. 0|1:14,121:135:99:0|1:530521_C_G:5217,0,190:. 1|1:2,76:78:99:.:.:3551,127,0:. 0|0:48,3:51:25:0|1:530521_C_G:0,25,2016:. 1|1:0,94:94:99:.:.:4278,289,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530521_C_G:3278,229,0:. 0|1:1,13:14:3:0|1:530521_C_G:543,0,3:. 1|0:21,28:49:99:.:.:654,0,427:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530497_G_A:1575,105,0:. 1|1:4,94:98:99:.:.:2534,164,0:. 1|0:2,27:29:3:0|1:530521_C_G:1095,0,3:. 1|1:0,132:132:99:1|1:530521_C_G:6185,415,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:530521_C_G:5571,388,0:. 1|1:7,191:198:99:1|1:530521_C_G:8415,305,0:. 1|1:1,180:181:99:1|1:530521_C_G:7795,500,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:1|1:530521_C_G:8635,587,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530521_C_G:6350,436,0:. 1|1:7,197:204:99:1|1:530497_G_A:9045,332,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:1|1:530521_C_G:7805,527,0:. 1|1:0,42:42:99:1|1:530521_C_G:1953,135,0:. 1|1:0,234:234:99:1|1:530521_C_G:10653,734,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:530521_C_G:7773,530,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:530521_C_G:8048,556,0:. 1|1:0,221:221:99:1|1:530521_C_G:9738,671,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:1|1:530521_C_G:7770,527,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530521_C_G:6345,424,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 1|1:0,140:140:99:1|1:530521_C_G:6440,436,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:1|1:530521_C_G:10114,689,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:6454,442,0:. 1|1:1,106:107:99:1|1:530497_G_A:4779,257,0:. 1|1:0,106:106:99:1|1:530521_C_G:4729,325,0:. 1|1:0,204:204:99:1|1:530521_C_G:9043,623,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,113:113:99:.:.:5152,355,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:530521_C_G:5789,397,0:. 1|1:7,118:125:76:1|1:530519_G_A:5182,76,0:. 1|1:0,192:192:99:1|1:530521_C_G:8624,593,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:530521_C_G:10351,707,0:. 1|1:0,100:100:99:1|1:530497_G_A:4524,304,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:1|1:530521_C_G:8534,593,0:. 1|1:0,559:559:99:1|1:530441_A_C:25695,1719,0:. 1|1:0,715:715:99:1|1:530497_G_A:33570,2246,0:. 1|1:0,522:522:99:1|1:530521_C_G:23267,1598,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3912,268,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 1|1:2,113:115:99:1|1:530521_C_G:5253,277,0:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530497_G_A:6327,424,0:. 1|1:1,228:229:99:1|1:530497_G_A:10250,458,0:. 1|1:0,452:452:99:1|1:530497_G_A:20745,1388,0:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530521_C_G:6499,439,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:1|1:530521_C_G:10979,761,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,243:244:99:1|1:530521_C_G:11058,719,0:. 1|1:0,464:464:99:1|1:530497_G_A:21465,1436,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:530521_C_G:5938,409,0:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530521_C_G:2855,193,0:. 1|1:1,318:319:99:1|1:530521_C_G:14374,927,0:. 1|1:1,56:57:99:1|1:530521_C_G:2365,127,0:. 1|1:10,257:267:99:1|1:530521_C_G:11237,390,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:1|1:530521_C_G:7412,467,0:. 1|1:0,242:242:99:1|1:530521_C_G:10926,746,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:530521_C_G:9608,659,0:. 1|1:0,187:187:99:1|1:530521_C_G:8339,578,0:. 1|1:0,223:223:99:1|1:530521_C_G:10188,695,0:. 1|1:4,194:198:99:.:.:8472,373,0:. 1|1:0,195:195:99:1|1:530521_C_G:9028,608,0:. 1|1:1,339:340:99:.:.:15759,1027,0:. 1|1:0,118:120:99:.:.:5290,364,0:. 1|1:1,336:337:99:.:.:14921,1012,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1935,129,0:. 1|0:18,203:221:99:.:.:8378,0,290:. 0|1:87,162:249:99:0|1:530521_C_G:6512,0,4602:. 1|1:0,217:217:99:1|1:530521_C_G:9678,662,0:. 1|1:0,262:262:99:1|1:530521_C_G:11642,807,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:181,42:223:99:0|1:530499_A_T:1297,0,7542:. 1|1:0,243:243:99:.:.:11146,756,0:. 1|1:0,186:186:99:.:.:8530,575,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,233:233:99:1|1:530521_C_G:11090,749,0:. 1|1:4,206:210:99:1|1:530521_C_G:9185,467,0:. 1|1:4,85:89:46:1|1:530521_C_G:3586,46,0:. 1|1:1,180:181:99:1|1:530521_C_G:8437,530,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530521_C_G:2833,192,0:. 1|1:0,261:261:99:.:.:11545,806,0:. 1|1:2,520:522:99:1|1:530521_C_G:23652,1555,0:. 1|0:80,120:200:99:.:.:4804,0,3266:. 1|1:0,468:468:99:1|1:530521_C_G:21417,1444,0:. 1|1:4,228:232:99:.:.:9999,536,0:. 1|1:0,295:295:99:1|1:530521_C_G:13455,900,0:. 1|1:0,216:216:99:1|1:530521_C_G:10051,674,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530521_C_G:9315,623,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:530521_C_G:7735,526,0:. 0|1:77,112:189:99:0|1:530521_C_G:4665,0,3000:. 0|1:19,93:112:99:.:.:3890,0,464:. 1|1:2,197:201:99:.:.:8665,513,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530497_G_A:1845,123,0:. 0|0:288,0:288:89:.:.:0,89,7702:. 1|1:8,551:559:99:1|1:530521_C_G:23833,1154,0:. 1|1:2,248:250:99:1|1:530521_C_G:11048,638,0:. 1|1:10,196:206:99:.:.:8649,198,0:. 0|1:412,43:455:99:0|1:530521_C_G:534,0,16844:. 1|0:8,88:96:29:.:.:3870,0,29:. 0|1:15,214:229:84:0|1:530521_C_G:8968,0,84:. 0|1:181,25:206:99:.:.:488,0,5136:. 1|1:22,414:436:99:.:.:17603,632,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:216,188:404:99:.:.:7447,0,8260:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,440:441:99:1|1:530499_A_T:20741,1358,0:. 1|0:30,58:88:99:0|1:530521_C_G:2332,0,1050:. 1|1:1,402:403:99:1|1:530521_C_G:17960,1147,0:. 1|1:1,396:397:99:1|1:530521_C_G:17550,1149,0:. 1|0:23,178:201:99:.:.:7565,0,366:. 1|1:0,375:375:99:1|1:530497_G_A:17272,1156,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,61:142:99:0|1:530499_A_T:2375,0,3379:. 1|1:0,136:136:99:1|1:530519_G_A:6292,421,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:1|1:530497_G_A:7785,521,0:. 0|1:44,177:221:99:0|1:530521_C_G:7225,0,1978:. 1|1:0,211:211:99:1|1:530497_G_A:9685,650,0:. 1|1:0,282:282:99:1|1:530521_C_G:12677,870,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:530521_C_G:10472,716,0:. 1|1:1,75:76:99:1|1:530521_C_G:3254,187,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530521_C_G:2290,160,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:530497_G_A:11025,737,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:530441_A_C:9900,662,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 1|1:0,321:321:99:1|1:530521_C_G:14101,984,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530521_C_G:3616,247,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 1|0:20,57:77:99:0|1:530521_C_G:2287,0,641:. 1|1:0,21:21:66:1|1:530521_C_G:963,66,0:. 1|1:0,294:294:99:1|1:530519_G_A:13770,921,0:. 0|1:104,172:276:99:0|1:530521_C_G:7069,0,4718:. 1|0:47,200:247:99:0|1:530521_C_G:8393,0,1329:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,217:270:99:0|1:530521_C_G:8994,0,1520:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:143,73:216:99:0|1:530499_A_T:2742,0,10641:. 1|0:49,204:253:99:0|1:530521_C_G:8415,0,1348:. 0|1:18,186:204:99:.:.:7507,0,181:. 1|1:0,230:230:99:1|1:530521_C_G:10157,709,0:. 1|1:0,207:207:99:1|1:530521_C_G:9174,632,0:. 1|1:1,201:202:99:1|1:530521_C_G:8765,566,0:. 0|1:170,291:461:99:.:.:11276,0,5901:. 0|1:22,68:90:99:0|1:530521_C_G:2750,0,691:. 1|0:154,171:325:99:0|1:530521_C_G:6816,0,5753:. 1|1:0,593:593:99:1|1:530521_C_G:26037,1805,0:. 1|1:0,161:161:99:.:.:7186,494,0:. 1|1:0,227:227:99:1|1:530521_C_G:9964,695,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530521_C_G:1968,132,0:. 1|1:0,26:26:81:1|1:530441_A_C:1215,81,0:. 1|1:0,291:291:99:1|1:530497_G_A:13455,900,0:. 1|1:0,190:190:99:1|1:530497_G_A:8785,590,0:. Pf3D7_01_v3 530524 . A G 3.42431e+06 PASS FS=0;MQ=60.5;QD=33.27;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1103;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaA/aaG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.681;VQSLOD=8.24;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0044;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=123.22;GQ_STDDEV=106.76;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5404;MQRankSum=0.387;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.284;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14561494;AF=0.129;AS_InbreedingCoeff=0.2601;MLEAC=677;MLEAF=0.129;AN=856;AC=100 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:9,19:28:99:0|1:530499_A_T:813,0,318:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1293:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:92:.:.:0,92,1142:. 1|0:39,7:46:99:0|1:530524_A_G:177,0,1559:. 1|1:0,27:27:87:1|1:530521_C_G:1271,87,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530521_C_G:1987,135,0:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,1044:. 0|0:27,0:27:50:.:.:0,50,784:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1125:. 1|0:9,10:19:99:.:.:232,0,218:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,426:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,47:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:19,0:19:22:.:.:0,22,494:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530521_C_G:3068,208,0:. 0|0:42,0:42:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,6:6:18:1|1:530521_C_G:270,18,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530521_C_G:1969,132,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1253:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,43:67:99:.:.:994,0,594:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1319:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,16:29:99:0|1:530524_A_G:633,0,463:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530521_C_G:2565,172,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,11:81:99:0|1:530499_A_T:290,0,2945:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,15:28:99:.:.:343,0,358:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,19:53:99:0|1:530524_A_G:695,0,1370:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,38:39:72:.:.:1015,72,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,5:110:99:0|1:530524_A_G:0,112,4538:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,17:72:99:0|1:530499_A_T:558,0,2339:. 1|0:35,9:44:99:0|1:530499_A_T:179,0,1312:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:1|1:530521_C_G:7165,482,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,19:105:99:.:.:398,0,2913:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,7:107:13:0|1:530521_C_G:0,13,4238:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,162:179:99:0|1:530499_A_T:6869,0,214:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:166,21:187:99:0|1:530499_A_T:412,0,11970:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,38:115:99:0|1:530499_A_T:1358,0,3340:. 1|0:177,57:234:99:0|1:530524_A_G:1771,0,7325:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530521_C_G:4722,319,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,13:54:99:0|1:530499_A_T:410,0,1879:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:530499_A_T:5130,343,0:. 0|1:26,41:67:99:0|1:530499_A_T:1640,0,1010:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,27:95:99:0|1:530293_C_T:815,0,2847:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,20:156:53:.:.:53,0,5220:. 1|1:4,144:148:99:1|1:530524_A_G:6217,226,0:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,10:100:99:0|1:530499_A_T:137,0,3905:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,50:140:99:0|1:530524_A_G:1862,0,3558:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,49:141:99:0|1:530499_A_T:1578,0,3737:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,73:136:99:0|1:530499_A_T:2954,0,2504:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,2:49:61:0|1:530283_C_T:0,61,2070:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,7:112:34:0|1:530499_A_T:0,34,4590:. 1|1:0,146:146:99:1|1:530521_C_G:6806,458,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,81:96:99:.:.:3397,0,377:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530521_C_G:3184,217,0:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530521_C_G:2790,187,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,37:97:99:0|1:530499_A_T:1036,0,2337:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,476:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,486:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,136:136:99:1|1:530521_C_G:6165,412,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:1|1:530521_C_G:7932,533,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,12:140:88:0|1:530499_A_T:88,0,5758:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:96,19:115:99:.:.:509,0,3882:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:1|1:530521_C_G:10495,710,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:728,0:728:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:712,0:712:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:554,0:554:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530521_C_G:2945,199,0:. 1|1:1,309:310:99:1|1:530521_C_G:14159,909,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:185,40:225:99:0|1:530499_A_T:1125,0,8065:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:407,0:407:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,94:118:99:.:.:2744,0,494:. 0|0:434,0:434:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,23:42:99:.:.:624,0,667:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:181,43:224:99:0|1:530499_A_T:1285,0,7720:. 1|0:167,72:239:99:0|1:530499_A_T:2688,0,7116:. 1|0:30,156:186:99:0|1:530499_A_T:6536,0,824:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:5,228:233:99:1|1:530499_A_T:10396,503,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,151:179:99:0|1:530499_A_T:6437,0,748:. 1|1:3,59:62:15:.:.:2530,15,0:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:163,38:201:99:.:.:815,0,6698:. 1|0:225,250:475:99:0|1:530499_A_T:10048,0,8922:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,153:214:99:.:.:4339,0,1883:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:166,25:191:99:0|1:530499_A_T:652,0,7222:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,4:40:54:1|0:530497_G_A:54,0,1584:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:605,0:605:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,236:248:99:.:.:10431,202,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,43:95:99:.:.:1131,0,1730:. 0|1:16,211:227:92:0|1:530521_C_G:9088,0,92:. 0|1:185,23:208:99:0|1:530499_A_T:400,0,7825:. 0|0:511,0:511:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:220,182:402:99:0|1:530499_A_T:6962,0,8938:. 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,434:436:99:1|1:530499_A_T:20250,1277,0:. 1|0:28,57:85:99:0|1:530521_C_G:2377,0,1020:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,166:194:99:0|1:530499_A_T:7079,0,722:. 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,59:142:99:0|1:530499_A_T:2267,0,3347:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,20:20:69:1|1:530521_C_G:1008,69,0:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:211,67:278:99:0|1:530499_A_T:2208,0,10376:. 1|0:191,54:245:99:0|1:530499_A_T:1744,0,8187:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,72:219:99:0|1:530499_A_T:2695,0,10654:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:588,0:588:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,37:162:99:0|1:530524_A_G:1270,0,5132:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530521_C_G:2058,138,0:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530525 . T C 360869 PASS FS=1.932;MQ=59.74;QD=30.97;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y1104H;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tat/Cat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.847;VQSLOD=3.91;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;InbreedingCoeff=0.0071;NCC=0;BaseQRankSum=-6.575;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=339.33;GQ_STDDEV=379.9;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.261;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=14630486;AF=0.007804;MLEAC=39;MLEAF=0.007423;AN=856;AC=6 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1293:. 0|1:33,16:49:99:0|1:530525_T_C:518,0,1380:. 0|0:49,0:49:92:.:.:0,92,1451:. 0|0:38,0:38:92:.:.:0,92,1142:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:78:.:.:0,78,1044:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,47:. 0|0:18,0:18:40:.:.:0,40,512:. 0|0:19,0:19:22:.:.:0,22,494:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,164:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1253:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1319:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1310:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:179,31:210:99:0|1:530525_T_C:724,0,7455:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,12:103:16:.:.:16,0,3677:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,470:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,486:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 1|1:0,140:140:99:1|1:530521_C_G:6690,452,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,29:142:99:0|1:530525_T_C:897,0,4760:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:728,0:728:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:712,0:712:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:100 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:.:.:.:.:120 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:.:.:.:.:108 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:554,0:554:.:.:.:.:120 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:564,0:564:.:.:.:.:120 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:407,0:407:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:434,0:434:.:.:.:.:120 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:.:.:.:.:120 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:.:.:.:.:120 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:120 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:578,0:578:.:.:.:.:120 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:544,0:544:.:.:.:.:120 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:.:.:.:.:120 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:.:.:.:.:120 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:120 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:605,0:605:.:.:.:.:120 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:.:.:120 0|0:492,0:492:.:.:.:.:120 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:511,0:511:.:.:.:.:120 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:469,0:469:.:.:.:.:120 0|0:579,0:579:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:.:.:.:.:120 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:507,0:507:.:.:.:.:120 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,653:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:588,0:588:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530605 . G A 2.36183e+07 PASS FS=0;MQ=57.8;QD=28.01;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L1130;SNPEFF_CODON_CHANGE=ctG/ctA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.723;VQSLOD=7.82;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.985;GC=47.62;GQ_MEAN=118.79;GQ_STDDEV=87.32;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6164;MQRankSum=0;NCC=3;ReadPosRankSum=-0.407;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14462299;AF=0.759;AS_InbreedingCoeff=0.7064;MLEAC=3838;MLEAF=0.763;AN=820;AC=587 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:23,19:42:99:0|1:530605_G_A:647,0,893:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530605_G_A:2475,171,0:. 1|1:2,50:52:70:1|1:530605_G_A:2043,70,0:. 1|0:14,34:48:99:0|1:530605_G_A:1333,0,451:. 1|0:25,0:25:.:.:.:.:. 1|1:0,23:23:69:1|1:530605_G_A:964,69,0:. 1|1:0,32:32:96:1|1:530605_G_A:1362,96,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530605_G_A:1913,138,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530605_G_A:1797,129,0:. 0|1:44,11:55:99:0|1:530605_G_A:312,0,1806:. 1|1:0,27:27:81:1|1:530605_G_A:1191,81,0:. 1|1:0,42:42:99:1|1:530605_G_A:1741,126,0:. 1|1:0,31:31:93:1|1:530605_G_A:1347,93,0:. 1|1:0,29:29:87:1|1:530605_G_A:1228,87,0:. 0|1:6,9:15:99:0|1:530605_G_A:323,0,225:. 1|1:0,24:24:72:1|1:530605_G_A:1018,72,0:. 1|1:0,2:2:6:.:.:62,6,0:. 1|1:0,21:21:63:1|1:530605_G_A:945,63,0:. 1|1:0,25:25:75:1|1:530605_G_A:1073,75,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530605_G_A:1806,129,0:. 0|1:16,15:31:99:0|1:530598_C_A:618,0,617:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530605_G_A:2099,153,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:530598_C_A:9754,653,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530605_G_A:2453,172,0:. 1|1:0,31:31:93:1|1:530605_G_A:1336,93,0:. 1|0:72,36:108:99:0|1:530605_G_A:1286,0,2919:. 0|1:14,0:14:.:.:.:.:. 1|1:0,6:6:18:1|1:530605_G_A:245,18,0:. 1|1:0,27:27:81:1|1:530605_G_A:1145,81,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530598_C_A:2377,160,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530605_G_A:4259,289,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530605_G_A:3085,214,0:. 1|1:0,38:38:99:1|1:530605_G_A:1691,117,0:. 1|1:0,262:262:99:1|1:530605_G_A:11690,798,0:. 1|1:0,44:44:99:1|1:530605_G_A:1833,132,0:. 1|0:29,55:84:99:.:.:2197,0,1172:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,43:56:99:0|1:530605_G_A:1805,0,413:. 0|1:30,14:44:99:0|1:530605_G_A:474,0,1242:. 1|0:51,26:77:99:0|1:530605_G_A:924,0,2046:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530605_G_A:4281,295,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530605_G_A:5173,358,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:530605_G_A:3405,235,0:. 1|1:192,0:192:.:.:.:.:. 1|1:0,257:257:99:1|1:530598_C_A:11790,789,0:. 0|1:90,15:105:99:0|1:530605_G_A:340,0,3775:. 0|1:19,30:49:99:.:.:1276,0,657:. 1|1:0,23:23:69:1|1:530605_G_A:980,69,0:. 1|0:14,85:99:99:0|1:530605_G_A:3454,0,332:. 1|0:42,29:71:99:0|1:530598_C_A:1129,0,1715:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530605_G_A:3390,238,0:. 1|1:0,25:25:75:1|1:530605_G_A:1094,75,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,126,1890:. 0|1:44,183:227:99:0|1:530605_G_A:7418,0,1209:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530605_G_A:4151,288,0:. 1|1:66,0:66:.:.:.:.:. 1|1:0,115:115:99:1|1:530605_G_A:5241,355,0:. 1|0:5,60:65:29:0|1:530605_G_A:2468,0,29:. 1|0:8,44:52:99:0|1:530605_G_A:1755,0,203:. 0|1:38,48:86:99:0|1:530605_G_A:1911,0,1437:. 1|1:0,121:121:99:1|1:530605_G_A:5395,370,0:. 0|1:46,48:94:99:0|1:530605_G_A:2026,0,1859:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530605_G_A:4748,325,0:. 1|1:228,0:228:.:.:.:.:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530605_G_A:2441,166,0:. 0|1:32,43:75:99:.:.:1767,0,1175:. 1|0:133,20:153:99:0|1:530605_G_A:433,0,5490:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530605_G_A:2954,205,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530605_G_A:1570,111,0:. 1|0:25,33:58:99:0|1:530605_G_A:1277,0,942:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530598_C_A:2854,193,0:. 1|1:0,25:25:75:1|1:530605_G_A:1125,75,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530605_G_A:4023,283,0:. 1|1:1,113:114:99:1|1:530605_G_A:4948,301,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530605_G_A:3498,244,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|1:41,197:238:99:.:.:8110,0,1130:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530605_G_A:3884,262,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530605_G_A:2477,180,0:. 1|1:3,47:50:16:1|1:530605_G_A:1965,16,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530605_G_A:2057,141,0:. 0|1:30,110:140:99:0|1:530605_G_A:4715,0,865:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530605_G_A:3380,234,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:530605_G_A:6221,439,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530605_G_A:2027,138,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:530605_G_A:5567,385,0:. 1|1:0,106:106:99:1|1:530605_G_A:4598,319,0:. 1|1:2,99:101:99:1|1:530605_G_A:4506,226,0:. 1|1:1,118:119:99:1|1:530598_C_A:5418,340,0:. 1|1:0,153:153:99:.:.:7097,476,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530605_G_A:3120,220,0:. 1|0:19,67:86:99:.:.:2656,0,596:. 1|0:5,26:31:99:0|1:530605_G_A:1001,0,185:. 1|1:0,154:154:99:1|1:530605_G_A:7110,476,0:. 1|1:0,147:147:99:1|1:530605_G_A:6782,455,0:. 0|1:67,76:143:99:0|1:530605_G_A:2908,0,2564:. 1|1:207,0:207:.:.:.:.:. 0|0:273,0:273:31:.:.:0,31,6024:. 1|1:0,155:155:99:1|1:530605_G_A:6734,467,0:. 1|0:12,92:104:99:0|1:530605_G_A:3813,0,292:. 0|1:10,82:92:99:0|1:530605_G_A:3224,0,173:. 1|0:61,44:105:99:0|1:530605_G_A:1575,0,2437:. 1|1:7,141:148:99:1|1:530605_G_A:5819,130,0:. 0|1:39,42:81:99:0|1:530598_C_A:1688,0,1508:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,155:183:99:0|1:530605_G_A:6360,0,706:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:1|1:530605_G_A:6529,454,0:. 1|1:0,206:206:99:1|1:530605_G_A:9185,629,0:. 1|0:45,110:155:99:0|1:530605_G_A:4408,0,1661:. 1|1:0,205:205:99:1|1:530605_G_A:9362,638,0:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530605_G_A:5369,373,0:. 1|1:0,221:221:99:1|1:530605_G_A:9745,668,0:. 0|1:164,74:238:99:0|1:530605_G_A:2556,0,6510:. 1|1:0,176:176:99:1|1:530605_G_A:7663,530,0:. 0|1:13,72:85:99:.:.:2914,0,311:. 1|1:0,160:160:99:1|1:530605_G_A:6905,482,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:4687,316,0:. 1|1:0,168:168:99:1|1:530605_G_A:7679,524,0:. 1|0:36,157:193:99:0|1:530605_G_A:6517,0,1030:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530605_G_A:3980,283,0:. 1|1:0,187:187:99:1|1:530598_C_A:8685,581,0:. 1|1:136,0:136:.:.:.:.:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530605_G_A:6159,427,0:. 1|1:0,190:190:99:1|1:530605_G_A:8241,572,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:530605_G_A:6082,412,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,115:127:99:0|1:530605_G_A:4556,0,165:. 0|1:40,76:116:99:0|1:530605_G_A:3066,0,1393:. 1|1:3,74:77:99:1|1:530605_G_A:3272,103,0:. 1|0:165,26:191:99:0|1:530605_G_A:538,0,21363:. 1|1:0,211:211:99:1|1:530605_G_A:9505,644,0:. 0|1:62,13:75:99:0|1:530605_G_A:353,0,2648:. 1|1:0,221:221:99:1|1:530598_C_A:10258,686,0:. 1|0:34,87:121:99:0|1:530605_G_A:3435,0,1258:. 1|1:7,147:154:99:1|1:530605_G_A:6416,161,0:. 1|1:9,208:217:99:1|1:530605_G_A:8885,270,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:530605_G_A:6658,475,0:. 1|1:0,177:177:99:1|1:530605_G_A:7956,545,0:. 1|1:0,208:208:99:1|1:530605_G_A:9269,635,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530605_G_A:3380,241,0:. 0|1:116,50:166:99:0|1:530605_G_A:1675,0,4815:. 1|0:30,97:127:99:0|1:530598_C_A:4058,0,989:. 1|1:0,199:199:99:1|1:530605_G_A:8988,608,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530605_G_A:3806,265,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530605_G_A:3716,256,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530598_C_A:4680,313,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530598_C_A:3908,262,0:. 1|1:4,221:225:99:1|1:530605_G_A:9754,509,0:. 0|1:34,8:42:99:.:.:234,0,1372:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530605_G_A:6337,427,0:. 1|1:109,0:109:.:.:.:.:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530605_G_A:3146,223,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530598_C_A:5805,388,0:. 1|1:2,127:129:99:1|1:530605_G_A:5607,307,0:. 0|0:137,0:137:38:.:.:0,38,3122:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530605_G_A:3598,244,0:. 0|1:22,70:92:99:.:.:2843,0,710:. 0|1:30,37:67:99:0|1:530605_G_A:1400,0,1232:. 0|1:170,19:189:99:0|1:530605_G_A:251,0,7049:. 1|0:72,59:131:99:.:.:2274,0,2826:. 0|1:110,46:156:99:0|1:530605_G_A:1532,0,4350:. 1|1:0,135:135:99:1|1:530605_G_A:5759,406,0:. 1|1:0,8:8:24:1|1:530598_C_A:360,24,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530605_G_A:3537,244,0:. 1|1:2,125:127:99:1|1:530598_C_A:5940,319,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530605_G_A:3530,238,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530605_G_A:2713,187,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530605_G_A:3797,259,0:. 1|0:53,79:132:99:0|1:530598_C_A:3275,0,2105:. 1|1:0,114:114:99:1|1:530605_G_A:4912,343,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530605_G_A:2864,199,0:. 1|1:0,104:104:99:1|1:530605_G_A:4564,316,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,60:86:99:0|1:530605_G_A:2357,0,861:. 1|1:1,52:53:99:1|1:530605_G_A:2188,132,0:. 1|0:70,44:114:99:0|1:530605_G_A:1540,0,2877:. 1|0:16,100:116:99:.:.:3986,0,413:. 1|0:111,24:135:99:0|1:530605_G_A:655,0,4590:. 0|1:13,62:75:99:0|1:530605_G_A:2567,0,340:. 1|1:0,125:125:99:1|1:530605_G_A:5632,379,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,291:291:99:1|1:530605_G_A:13168,897,0:. 1|1:0,149:149:99:1|1:530605_G_A:6698,455,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:1|1:530598_C_A:9090,608,0:. 1|0:93,0:93:.:.:.:.:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530605_G_A:3549,244,0:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,32:104:99:0|1:530598_C_A:1244,0,3044:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530605_G_A:2050,144,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530605_G_A:3653,250,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530605_G_A:2803,193,0:. 1|1:0,220:220:99:1|1:530605_G_A:10216,686,0:. 1|1:0,117:117:99:1|1:530605_G_A:5440,367,0:. 1|0:11,133:144:64:0|1:530598_C_A:5842,0,64:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,90:107:99:.:.:3656,0,420:. 0|1:20,68:88:99:0|1:530605_G_A:2723,0,635:. 1|0:5,65:70:11:0|1:530605_G_A:2708,0,11:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,67:68:99:1|1:530605_G_A:3108,172,0:. 0|1:37,64:101:99:0|1:530605_G_A:2651,0,1281:. 0|1:44,55:99:99:0|1:530605_G_A:2261,0,1661:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530605_G_A:4299,292,0:. 1|1:0,182:182:99:1|1:530605_G_A:8176,557,0:. 1|1:156,0:156:.:.:.:.:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530605_G_A:4779,325,0:. 1|0:28,40:68:99:0|1:530605_G_A:1501,0,1065:. 1|1:1,172:173:99:1|1:530497_G_A:7920,491,0:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530605_G_A:3556,247,0:. 1|0:14,53:67:99:.:.:2123,0,481:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530598_C_A:2745,184,0:. 0|1:48,7:55:99:0|1:530605_G_A:191,0,1915:. 0|1:32,79:111:99:0|1:530605_G_A:3193,0,1170:. 0|1:49,10:59:99:0|1:530605_G_A:253,0,2060:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530605_G_A:3453,235,0:. 0|1:14,42:56:99:0|1:530605_G_A:1732,0,458:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530605_G_A:2869,196,0:. 1|1:1,65:66:99:1|1:530605_G_A:2784,154,0:. 1|0:49,44:93:99:0|1:530605_G_A:1722,0,1885:. 1|1:0,156:156:99:1|1:530605_G_A:6796,470,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530605_G_A:2602,178,0:. 1|1:6,98:104:55:1|1:530605_G_A:4252,55,0:. 1|1:0,100:100:99:1|1:530598_C_A:4725,316,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530605_G_A:2817,196,0:. 1|0:48,81:129:99:0|1:530605_G_A:3160,0,1751:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530605_G_A:3601,250,0:. 0|1:0,2:2:6:1|1:530605_G_A:90,6,0:. 1|0:75,113:188:99:0|1:530605_G_A:4471,0,2858:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:1|1:530605_G_A:5902,412,0:. 1|1:0,21:21:63:1|1:530605_G_A:868,63,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530605_G_A:4460,310,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530605_G_A:1999,147,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:530605_G_A:5931,424,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530605_G_A:2388,163,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530605_G_A:1558,108,0:. 1|1:0,100:100:99:1|1:530605_G_A:4635,310,0:. 1|0:127,102:229:99:.:.:3962,0,4996:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,172:181:99:1|1:530605_G_A:7740,167,0:. 1|0:17,2:19:33:0|1:530598_C_A:33,0,708:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530605_G_A:1623,111,0:. 0|1:14,121:135:99:0|1:530605_G_A:4859,0,203:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530605_G_A:3778,256,0:. 1|0:3,41:44:3:0|1:530605_G_A:1619,0,3:. 1|1:1,99:100:99:1|1:530605_G_A:4414,262,0:. 1|1:83,0:83:.:.:.:.:. 1|1:0,17:17:51:1|1:530605_G_A:737,51,0:. 1|1:1,39:40:75:1|1:530605_G_A:1657,75,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530598_C_A:1665,111,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530605_G_A:3585,250,0:. 1|1:0,28:28:90:1|1:530605_G_A:1350,90,0:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530605_G_A:6103,418,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530605_G_A:6235,418,0:. 1|1:0,216:216:99:1|1:530605_G_A:10088,680,0:. 1|1:0,188:188:99:1|1:530605_G_A:8470,575,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,152:169:99:0|1:530605_G_A:6232,0,244:. 1|1:0,251:251:99:1|1:530605_G_A:11484,780,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:530605_G_A:5674,385,0:. 1|1:13,235:248:99:1|1:530605_G_A:10170,174,0:. 1|1:0,150:150:99:1|1:530605_G_A:6649,452,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530605_G_A:3368,237,0:. 1|1:0,44:44:99:1|1:530605_G_A:1940,132,0:. 1|1:0,205:205:99:1|1:530605_G_A:9059,617,0:. 1|1:0,171:171:99:1|1:530605_G_A:7476,515,0:. 1|1:0,192:192:99:1|1:530605_G_A:8428,578,0:. 1|1:0,179:179:99:1|1:530605_G_A:7914,539,0:. 1|1:0,230:230:99:1|1:530605_G_A:10366,701,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 1|1:0,151:151:99:1|1:530605_G_A:6904,467,0:. 1|1:0,147:147:99:1|1:530605_G_A:6515,442,0:. 1|1:0,203:203:99:1|1:530605_G_A:8998,611,0:. 1|0:139,43:182:99:0|1:530605_G_A:1364,0,5864:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530605_G_A:3344,226,0:. 1|1:0,117:117:99:1|1:530605_G_A:5153,352,0:. 1|1:0,214:214:99:1|1:530605_G_A:9624,647,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:8,81:89:86:0|1:530605_G_A:3453,0,86:. 1|1:0,136:136:99:1|1:530605_G_A:5943,409,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:530605_G_A:8193,557,0:. 1|1:0,203:203:99:1|1:530605_G_A:9025,611,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530605_G_A:4215,289,0:. 1|1:0,170:170:99:1|1:530605_G_A:7488,512,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:1|1:530605_G_A:9804,665,0:. 1|1:841,0:841:.:.:.:0,0,0:. 0|0:850,0:850:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,489:489:99:1|1:530605_G_A:21697,1472,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530605_G_A:3409,241,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530605_G_A:2015,135,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:95,6:101:47:0|1:530605_G_A:0,47,3972:. 1|1:1,112:113:99:1|1:530605_G_A:4838,217,0:. 1|1:1,174:175:99:1|1:530605_G_A:7612,482,0:. 0|0:448,0:448:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,113:116:99:1|1:530605_G_A:4728,214,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:1|1:530605_G_A:8095,571,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:127,139:266:99:0|1:530605_G_A:5483,0,4896:. 0|0:467,0:467:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:1|1:530605_G_A:6644,457,0:. 1|1:1,58:59:99:1|1:530605_G_A:2486,133,0:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530605_G_A:2290,163,0:. 0|0:63,0:63:64:.:.:0,64,1867:. 1|1:12,275:287:99:1|1:530605_G_A:12240,351,0:. 0|1:55,160:215:99:0|1:530605_G_A:6479,0,1807:. 1|1:0,189:189:99:1|1:530605_G_A:8575,578,0:. 1|1:0,249:249:99:1|1:530605_G_A:11172,759,0:. 1|0:205,41:246:99:0|1:530521_C_G:1142,0,8337:. 1|1:0,168:168:99:1|1:530605_G_A:7340,506,0:. 1|1:0,220:220:99:1|1:530605_G_A:9970,677,0:. 1|1:3,170:173:99:1|1:530605_G_A:7344,386,0:. 1|1:0,167:167:99:1|1:530605_G_A:7387,503,0:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,96:98:99:1|1:530605_G_A:4161,208,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:530605_G_A:9614,659,0:. 1|0:18,31:49:99:0|1:530605_G_A:1230,0,653:. 1|0:18,64:82:99:0|1:530605_G_A:2365,0,519:. 0|1:84,158:242:99:0|1:530605_G_A:6236,0,3175:. 1|1:0,259:259:99:1|1:530605_G_A:11777,798,0:. 1|1:0,329:329:99:1|1:530605_G_A:14887,1005,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:0:.:.:0,0,4885:. 1|1:2,278:280:99:1|1:530605_G_A:12430,765,0:. 1|1:8,150:158:99:1|1:530605_G_A:6370,121,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,240:240:99:1|1:530605_G_A:10893,740,0:. 1|1:1,230:231:99:1|1:530605_G_A:10377,676,0:. 1|0:10,98:108:99:0|1:530605_G_A:4026,0,110:. 1|1:1,194:195:99:1|1:530605_G_A:8631,548,0:. 1|1:3,54:57:37:1|1:530605_G_A:2261,37,0:. 1|1:2,251:253:99:1|1:530605_G_A:11443,693,0:. 1|1:1,530:531:99:1|1:530605_G_A:23873,1344,0:. 1|0:75,112:187:99:0|1:530605_G_A:4423,0,2806:. 1|1:2,484:486:99:1|1:530605_G_A:21653,1432,0:. 1|1:5,236:241:99:1|1:530605_G_A:10266,467,0:. 0|0:255,17:272:60:0|1:530605_G_A:0,60,10669:. 0|1:16,218:234:79:0|1:530605_G_A:9061,0,79:. 1|1:0,140:140:99:1|1:530605_G_A:6361,427,0:. 1|0:1,31:32:99:0|1:530605_G_A:1266,0,198:. 1|0:167,30:197:99:0|1:530605_G_A:740,0,6934:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,2676:. 1|1:14,206:220:35:1|1:530605_G_A:8592,35,0:. 0|1:34,5:39:91:0|1:530605_G_A:91,0,1390:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:12,532:544:99:1|1:530605_G_A:23243,1023,0:. 1|1:5,262:267:99:1|1:530605_G_A:11643,597,0:. 1|0:216,28:244:99:0|1:530605_G_A:489,0,8877:. 0|1:17,102:119:99:0|1:530605_G_A:3929,0,433:. 1|0:7,87:94:71:0|1:530605_G_A:3599,0,71:. 1|1:14,203:217:26:1|1:530605_G_A:8341,26,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:21,413:434:99:.:.:17665,398,0:. 0|0:213,0:213:24:.:.:0,24,5743:. 1|1:12,384:396:99:1|1:530605_G_A:16786,667,0:. 1|1:2,619:621:99:1|1:530605_G_A:28284,1842,0:. 1|1:0,405:405:99:1|1:530605_G_A:18016,1219,0:. 1|0:29,54:83:99:0|1:530605_G_A:2153,0,1063:. 1|1:0,414:414:99:1|1:530605_G_A:18602,1258,0:. 1|1:2,182:184:99:1|1:530605_G_A:7745,266,0:. 1|0:171,0:171:.:.:.:0,0,0:. 0|0:440,0:440:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530605_G_A:2931,202,0:. 1|1:0,127:127:99:1|1:530605_G_A:5491,382,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530605_G_A:8661,593,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,196:267:99:0|1:530605_G_A:7938,0,2412:. 1|1:0,193:193:99:1|1:530605_G_A:8532,581,0:. 1|1:0,273:273:99:1|1:530605_G_A:12233,831,0:. 1|1:0,258:258:99:1|1:530605_G_A:11542,783,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530598_C_A:3555,238,0:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530605_G_A:2275,154,0:. 1|1:0,245:245:99:1|1:530598_C_A:11205,750,0:. 1|1:0,186:186:99:1|1:530598_C_A:8685,581,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 1|1:0,363:363:99:1|1:530605_G_A:16361,1111,0:. 1|1:0,249:249:99:1|1:530605_G_A:11038,749,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530605_G_A:3305,223,0:. 1|1:0,113:113:99:1|1:530605_G_A:4879,340,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 1|0:9,72:81:99:0|1:530605_G_A:2980,0,200:. 1|1:0,19:19:57:1|1:530605_G_A:841,57,0:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,200:326:99:0|1:530605_G_A:7943,0,4718:. 1|0:59,220:279:99:0|1:530605_G_A:9050,0,1839:. 1|1:0,27:27:81:1|1:530605_G_A:1187,81,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:530605_G_A:9596,656,0:. 1|0:50,255:305:99:0|1:530605_G_A:10518,0,1318:. 0|0:116,0:116:.:.:.:0,0,0:. 0|1:201,52:253:99:0|1:530605_G_A:1508,0,8295:. 1|0:51,225:276:99:0|1:530605_G_A:9352,0,1450:. 1|0:218,22:240:99:0|1:530605_G_A:213,0,9097:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:1|1:530605_G_A:8447,578,0:. 1|1:0,171:171:99:1|1:530605_G_A:7492,515,0:. 1|0:300,142:442:99:0|1:530605_G_A:4910,0,12348:. 1|1:88,0:88:.:.:.:0,0,0:. 1|1:317,0:317:.:.:.:0,0,0:. 0|0:604,0:604:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,161:162:99:1|1:530605_G_A:6947,443,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,23:23:69:1|1:530605_G_A:1003,69,0:. 1|1:0,22:22:69:1|1:530598_C_A:1035,69,0:. 1|1:305,0:305:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,155:155:99:1|1:530605_G_A:6845,467,0:. Pf3D7_01_v3 530612 . A G 1.26812e+07 PASS FS=0.696;MQ=57.44;QD=34.62;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1133D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aac/Gac;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.826;VQSLOD=4.52;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=52.38;GQ_MEAN=138.33;GQ_STDDEV=141.42;HRun=0;InbreedingCoeff=0.61;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=0.281;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13705776;AF=0.436;AS_InbreedingCoeff=0.5771;MLEAC=2204;MLEAF=0.438;AN=818;AC=319 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:23,13:36:99:0|1:530605_G_A:594,0,915:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530605_G_A:2485,168,0:. 1|0:23,15:38:99:.:.:536,0,981:. 1|0:13,28:41:99:0|1:530605_G_A:1297,0,489:. 1|0:22,0:22:.:.:.:.:. 0|0:15,1:16:3:0|1:530612_A_G:0,3,592:. 1|1:0,26:26:90:1|1:530605_G_A:1297,90,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530605_G_A:1767,123,0:. 1|1:0,31:31:99:1|1:530605_G_A:1712,120,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:27,0:27:51:.:.:0,51,778:. 1|1:0,29:29:99:1|1:530605_G_A:1677,120,0:. 1|1:0,27:27:96:1|1:530605_G_A:1392,96,0:. 1|0:14,9:23:99:0|1:530612_A_G:296,0,496:. 0|0:16,0:16:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,19:19:66:1|1:530605_G_A:968,66,0:. 1|1:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530605_G_A:1759,120,0:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,168:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530605_G_A:1916,135,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530605_G_A:2328,160,0:. 1|1:0,27:27:84:1|1:530605_G_A:1247,84,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:7:.:.:0,7,324:. 1|1:0,4:4:18:1|1:530605_G_A:245,18,0:. 1|1:0,22:22:78:1|1:530605_G_A:1114,78,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,37:90:99:0|1:530612_A_G:1378,0,2044:. 1|0:22,37:59:99:0|1:530612_A_G:1228,0,734:. 0|1:24,14:38:99:0|1:530612_A_G:513,0,991:. 1|0:91,155:246:99:0|1:530612_A_G:6217,0,3383:. 1|1:0,33:33:99:1|1:530605_G_A:1745,123,0:. 1|0:70,11:81:99:.:.:298,0,2942:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,40:59:99:.:.:1516,0,677:. 0|1:37,8:45:99:0|1:530612_A_G:225,0,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,4:89:88:0|1:530612_A_G:0,88,3576:. 1|0:94,16:110:99:0|1:530612_A_G:377,0,3933:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:166,0:166:.:.:.:.:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1239:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|0:15,82:97:99:0|1:530605_G_A:3468,0,377:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530605_G_A:3328,232,0:. 1|0:7,17:24:99:0|1:530612_A_G:693,0,243:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530605_G_A:3964,268,0:. 1|1:57,0:57:.:.:.:.:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530605_G_A:5591,376,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,35:48:99:.:.:1413,0,441:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,45:113:99:0|1:530612_A_G:1589,0,2720:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530605_G_A:4651,316,0:. 1|1:210,0:210:.:.:.:.:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:41,30:71:99:.:.:1115,0,1739:. 1|0:129,19:148:99:0|1:530605_G_A:433,0,5561:. 0|1:16,45:61:99:0|1:530612_A_G:1755,0,505:. 1|1:0,31:31:99:1|1:530605_G_A:1520,105,0:. 1|0:26,32:58:99:.:.:1227,0,1104:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,8:25:99:0|1:530612_A_G:285,0,690:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530605_G_A:3906,271,0:. 1|0:47,52:99:99:0|1:530612_A_G:2461,0,1862:. 1|1:0,72:72:99:1|1:530605_G_A:3365,229,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|1:186,34:220:99:.:.:847,0,8002:. 0|1:17,71:88:99:0|1:530612_A_G:2834,0,500:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1368:. 0|1:25,23:48:99:0|1:530612_A_G:891,0,981:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,20:44:99:0|1:530605_G_A:752,0,808:. 0|1:112,21:133:99:0|1:530612_A_G:550,0,4897:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:530605_G_A:6170,433,0:. 1|1:0,42:42:99:1|1:530605_G_A:1998,135,0:. 1|1:3,110:113:99:1|1:530612_A_G:4587,205,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530605_G_A:4443,304,0:. 0|1:17,83:100:99:0|1:530612_A_G:3554,0,539:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,45:60:99:0|1:530612_A_G:2056,0,473:. 1|0:47,31:78:99:.:.:1370,0,1859:. 1|0:7,16:23:99:0|1:530612_A_G:941,0,275:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,65:137:99:0|1:530612_A_G:2423,0,2912:. 1|1:177,0:177:.:.:.:.:. 0|1:243,20:263:81:0|1:530611_C_A:81,0,10497:. 1|1:0,134:134:99:1|1:530605_G_A:6489,442,0:. 1|0:13,90:103:99:0|1:530605_G_A:3927,0,260:. 0|1:11,70:81:99:0|1:530605_G_A:3196,0,221:. 1|0:62,39:101:99:0|1:530605_G_A:1575,0,2541:. 1|1:7,126:133:99:1|1:530605_G_A:5574,103,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,151:180:99:0|1:530605_G_A:6661,0,733:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,122:126:99:1|1:530612_A_G:5181,215,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,108:157:99:0|1:530605_G_A:4639,0,1730:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530605_G_A:9657,647,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530605_G_A:5185,355,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:530605_G_A:10010,671,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:1|1:530605_G_A:7377,500,0:. 0|1:11,67:78:99:.:.:2888,0,314:. 1|1:0,134:134:99:1|1:530605_G_A:6628,454,0:. 0|1:78,14:92:99:.:.:337,0,3178:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530605_G_A:3826,268,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:1|1:530605_G_A:7877,536,0:. 1|0:89,32:121:99:0|1:530605_G_A:1019,0,3585:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,97:111:99:.:.:3812,0,296:. 0|1:40,78:118:99:0|1:530605_G_A:3370,0,1453:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:159,22:181:99:0|1:530605_G_A:486,0,22071:. 0|1:26,183:209:99:0|1:530612_A_G:7209,0,592:. 0|0:80,3:83:99:.:.:0,114,3464:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,158:166:99:1|1:530612_A_G:7020,158,0:. 1|1:10,205:215:99:1|1:530605_G_A:9063,218,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:530605_G_A:6388,448,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530605_G_A:3353,238,0:. 0|1:116,50:166:99:0|1:530605_G_A:1851,0,4874:. 0|0:150,0:150:73:.:.:0,73,3756:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530605_G_A:3751,259,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530605_G_A:3688,253,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,799:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:90,0:90:.:.:.:.:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530605_G_A:3028,211,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,62:91:99:.:.:2516,0,1031:. 0|1:33,32:65:99:0|1:530605_G_A:1376,0,1277:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,16:127:99:.:.:429,0,4688:. 0|1:103,41:144:99:0|1:530605_G_A:1510,0,4353:. 1|1:1,109:110:99:1|1:530612_A_G:4653,286,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:530605_G_A:3735,250,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530605_G_A:2618,178,0:. 1|0:25,55:80:99:0|1:530612_A_G:2212,0,926:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,89:96:26:.:.:3629,0,26:. 1|0:9,45:54:99:0|1:530612_A_G:2203,0,212:. 1|0:19,68:87:99:.:.:2782,0,593:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530605_G_A:2131,147,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,72:104:99:.:.:2819,0,1153:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:530605_G_A:5916,397,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,47:141:99:0|1:530612_A_G:1815,0,3878:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,0:79:.:.:.:.:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:1|1:530605_G_A:1963,135,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530605_G_A:3784,256,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530605_G_A:2866,193,0:. 1|0:194,25:219:99:0|1:530612_A_G:527,0,8356:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,80:98:99:.:.:3589,0,491:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,8:72:99:.:.:112,0,2573:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,13:64:99:0|1:530612_A_G:386,0,2186:. 0|1:78,19:97:99:.:.:520,0,3328:. 0|1:43,57:100:99:0|1:530605_G_A:2288,0,1699:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:89,4:93:99:0|1:530612_A_G:0,100,3788:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:132,0:132:.:.:.:.:. 1|1:0,104:104:99:1|1:530605_G_A:4954,334,0:. 1|0:29,32:61:99:0|1:530605_G_A:1466,0,1169:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,60:70:99:0|1:530612_A_G:2801,0,212:. 1|0:21,44:65:99:.:.:1730,0,763:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,29:108:99:0|1:530612_A_G:977,0,3272:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530605_G_A:3484,235,0:. 0|1:34,21:55:99:0|1:530612_A_G:817,0,1309:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530605_G_A:2908,196,0:. 1|1:1,58:59:99:1|1:530605_G_A:2690,145,0:. 1|0:66,30:96:99:0|1:530612_A_G:981,0,2807:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530605_G_A:6648,454,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530605_G_A:2811,190,0:. 1|0:15,98:113:99:0|1:530612_A_G:3999,0,332:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,49:54:38:0|1:530612_A_G:2314,0,38:. 1|0:72,46:118:99:0|1:530612_A_G:1903,0,2867:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530605_G_A:3479,238,0:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,37:. 1|0:76,112:188:99:0|1:530605_G_A:4612,0,2868:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,56:120:99:0|1:530612_A_G:2124,0,2561:. 1|1:0,16:16:57:1|1:530605_G_A:811,57,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530605_G_A:4275,292,0:. 0|1:88,0:88:.:.:.:.:. 1|1:0,111:111:99:1|1:530605_G_A:5591,388,0:. 0|1:40,11:51:99:0|1:530612_A_G:294,0,1618:. 1|1:0,30:30:99:1|1:530605_G_A:1494,102,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:211,21:232:99:.:.:302,0,8832:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,993:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,17:78:99:0|1:530605_G_A:477,0,2441:. 1|0:3,34:37:12:0|1:530605_G_A:1536,0,12:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,2240:. 1|1:66,0:66:.:.:.:.:. 1|0:11,6:17:99:0|1:530605_G_A:201,0,397:. 1|1:1,33:34:75:1|1:530605_G_A:1657,75,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:67,4:71:34:0|1:530612_A_G:0,34,2835:. 0|1:25,4:29:93:0|1:530612_A_G:93,0,1038:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530605_G_A:5787,391,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,140:156:99:0|1:530605_G_A:6068,0,229:. 1|1:0,252:252:99:1|1:530605_G_A:11713,786,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:530605_G_A:5640,382,0:. 0|0:225,15:240:24:0|1:530612_A_G:0,24,9675:. 1|1:0,140:140:99:1|1:530605_G_A:6411,430,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530605_G_A:3048,208,0:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,186:186:99:1|1:530605_G_A:8789,593,0:. 1|1:0,149:149:99:1|1:530605_G_A:7091,479,0:. 1|1:0,167:167:99:1|1:530605_G_A:8044,545,0:. 1|1:0,163:163:99:1|1:530605_G_A:7600,512,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:530605_G_A:10755,719,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1617:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,117:134:99:0|1:530612_A_G:4741,0,339:. 1|1:0,187:187:99:1|1:530605_G_A:8804,593,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:1|1:530605_G_A:10035,671,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:66,22:88:99:0|1:530612_A_G:755,0,2870:. 1|1:0,115:115:99:1|1:530605_G_A:5637,382,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:1|1:530605_G_A:7983,539,0:. 1|1:0,189:189:99:1|1:530605_G_A:8920,602,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:1|1:530605_G_A:7109,479,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:530605_G_A:10077,677,0:. 0|0:783,0:783:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:850,0:850:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,452:452:99:1|1:530605_G_A:20798,1394,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530605_G_A:3236,226,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530605_G_A:2205,147,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:93,5:98:73:0|1:530605_G_A:0,73,3993:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:448,0:448:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,91:95:99:1|1:530605_G_A:4394,145,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:530605_G_A:7486,514,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:467,0:467:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530605_G_A:6752,455,0:. 1|1:1,49:50:99:1|1:530605_G_A:2348,121,0:. 1|1:503,0:503:.:.:.:0,0,0:. 0|0:63,0:63:81:.:.:0,81,1946:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,151:205:99:0|1:530605_G_A:6446,0,1864:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,14:238:99:0|1:530521_C_G:0,116,9802:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530605_G_A:7147,488,0:. 1|0:185,30:215:99:.:.:434,0,5702:. 1|0:21,132:153:99:0|1:530612_A_G:5151,0,453:. 1|0:143,11:154:32:0|1:530605_G_A:32,0,5773:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,66:79:99:.:.:2124,0,239:. 0|0:394,0:394:0:.:.:0,0,2244:. 1|0:17,29:46:99:.:.:1170,0,698:. 1|0:191,0:191:.:.:.:0,0,0:. 0|1:84,140:224:99:0|1:530605_G_A:6028,0,3314:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,327:327:99:1|1:530605_G_A:15012,1005,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:0:.:.:0,0,4983:. 1|0:183,93:276:99:0|1:530612_A_G:3234,0,7191:. 1|0:29,127:156:99:.:.:4937,0,819:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:5,232:237:99:1|1:530612_A_G:9946,505,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,167:185:99:0|1:530612_A_G:6814,0,173:. 0|1:9,47:56:99:0|1:530612_A_G:1917,0,233:. 1|0:36,225:261:99:.:.:9330,0,823:. 0|0:630,0:630:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:159,22:181:99:0|1:530612_A_G:359,0,6572:. 1|0:202,278:480:99:0|1:530612_A_G:10617,0,7356:. 0|1:202,31:233:99:0|1:530612_A_G:637,0,8239:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,169:233:99:.:.:5259,0,2160:. 1|0:119,10:129:83:0|1:530612_A_G:83,0,5130:. 0|0:29,2:31:3:0|1:530605_G_A:0,3,1463:. 1|0:166,29:195:99:0|1:530605_G_A:854,0,7190:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,2827:. 1|0:146,71:217:99:.:.:2393,0,5716:. 0|1:33,3:36:9:0|1:530612_A_G:9,0,1438:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:659,0:659:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,262:267:99:1|1:530605_G_A:11970,606,0:. 1|0:217,23:240:99:0|1:530605_G_A:450,0,9228:. 0|1:18,76:94:99:0|1:530605_G_A:3605,0,485:. 1|0:39,48:87:99:.:.:1887,0,1399:. 0|1:19,179:198:99:0|1:530612_A_G:7105,0,259:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:21,412:433:99:1|1:530611_C_A:17794,310,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,380:394:99:.:.:16493,582,0:. 1|1:2,621:623:99:1|1:530605_G_A:29024,1867,0:. 1|1:1,375:376:99:1|1:530612_A_G:17294,1131,0:. 1|0:30,49:79:99:0|1:530605_G_A:2118,0,1122:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,0:155:.:.:.:0,0,0:. 0|0:440,0:440:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530605_G_A:2873,196,0:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530605_G_A:5282,361,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:1|1:530605_G_A:8214,554,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,184:257:99:0|1:530605_G_A:8048,0,2469:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 1|1:0,353:353:99:1|1:530605_G_A:16596,1114,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1579:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530605_G_A:4552,310,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,16:16:57:1|1:530605_G_A:841,57,0:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:272,51:323:99:0|1:530612_A_G:1197,0,11353:. 1|0:207,63:270:99:0|1:530612_A_G:1891,0,8438:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,585:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:.:0,0,0:. 0|1:198,44:242:99:0|1:530605_G_A:1382,0,8417:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:219,16:235:99:0|1:530605_G_A:148,0,9220:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:1|1:530605_G_A:8167,554,0:. 1|1:0,149:149:99:1|1:530605_G_A:7224,491,0:. 1|0:305,127:432:99:0|1:530605_G_A:4601,0,12796:. 1|0:79,0:79:.:.:.:0,0,0:. 0|1:296,0:296:.:.:.:0,0,0:. 0|0:604,0:604:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,134:135:99:1|1:530605_G_A:6645,416,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,18:18:69:1|1:530605_G_A:1003,69,0:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 1|1:270,0:270:.:.:.:0,0,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530656 . A G 2.55529e+06 PASS FS=1.963;MQ=57.05;QD=32.74;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V1147;SNPEFF_CODON_CHANGE=gtA/gtG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.85;VQSLOD=3.11;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.995;GC=19.05;GQ_MEAN=98.97;GQ_STDDEV=63.21;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5886;MQRankSum=-0.8;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.401;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=SOR;set=snp;DP=10998447;AF=0.095;AS_InbreedingCoeff=0.4699;MLEAC=455;MLEAF=0.095;AN=826;AC=88 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|0:12,20:32:99:0|1:530651_G_A:888,0,438:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:57:.:.:0,57,855:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|1:14,13:27:99:0|1:530612_A_G:543,0,588:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|1:54,14:68:99:.:.:259,0,2138:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530628_C_A:3960,265,0:. 0|1:50,10:60:99:0|1:530651_G_A:308,0,2108:. 1|0:18,39:57:99:.:.:895,0,483:. 0|1:18,44:62:99:0|1:530651_G_A:1826,0,746:. 0|0:44,0:44:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,68:100:99:0|1:530651_G_A:2960,0,1248:. 1|0:38,7:45:50:.:.:50,0,1494:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|1:83,15:98:99:1|0:530605_G_A:359,0,3734:. 0|1:37,22:59:99:.:.:726,0,1459:. 0|0:29,0:29:51:.:.:0,51,765:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530628_C_A:2835,190,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:63:.:.:0,63,945:. 0|0:31,0:31:45:.:.:0,45,675:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,1:25:39:0|1:530621_CACA_C:0,39,1170:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,75:112:99:0|1:530656_A_G:3158,0,1403:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:43,6:49:8:.:.:8,0,1756:. 0|1:58,65:123:99:0|1:530628_C_A:2636,0,2276:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,270:. 0|1:41,25:66:99:0|1:530651_G_A:923,0,1688:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1354:. 0|0:20,0:20:36:.:.:0,36,540:. 0|0:45,0:45:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:33:.:.:0,33,495:. 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,675:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:11:.:.:0,11,502:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:30:.:.:0,30,450:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,4:22:99:1|0:530605_G_A:114,0,744:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,54:105:99:0|1:530656_A_G:2144,0,2144:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,5:67:17:0|1:530651_G_A:17,0,3103:. 0|1:48,47:95:99:0|1:530651_G_A:1946,0,1991:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:72,62:134:99:0|1:530651_G_A:2504,0,2954:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:60:.:.:0,60,900:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:63:.:.:0,63,945:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:45:.:.:0,45,675:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,141:141:99:1|1:530628_C_A:6570,439,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,24:101:99:.:.:325,0,3275:. 0|1:79,7:86:50:0|1:530628_C_A:50,0,3380:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,103:113:99:0|1:530651_G_A:4544,0,134:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,21:57:99:0|1:530656_A_G:764,0,1574:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,675:. 1|0:56,94:150:99:.:.:2132,0,2114:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:48:.:.:0,48,720:. 0|0:48,0:48:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:36,0:36:45:.:.:0,45,675:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:51:.:.:0,51,765:. 1|0:62,13:75:99:.:.:262,0,2607:. 1|0:15,50:65:99:0|1:530656_A_G:2093,0,518:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,64:117:99:.:.:1447,0,2078:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,177:. 0|0:36,0:36:57:.:.:0,57,855:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,810:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:32,0:32:66:.:.:0,66,990:. 0|0:55,0:55:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:30:.:.:0,30,450:. 0|1:19,69:88:99:0|1:530656_A_G:2873,0,713:. 0|1:56,9:65:24:.:.:24,0,2354:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,131:131:99:1|1:530628_C_A:6030,403,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:57:.:.:0,57,855:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530651_G_A:9713,650,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,16:126:99:0|1:530651_G_A:332,0,4697:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,4:90:99:.:.:0,100,3913:. 1|0:34,22:56:99:0|1:530656_A_G:818,0,1403:. 0|0:61,4:65:25:0|1:530656_A_G:0,25,2700:. 1|1:0,71:71:99:1|1:530651_G_A:3330,223,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,35:93:99:0|1:530651_G_A:1415,0,2405:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,31:88:99:.:.:953,0,2346:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530605_G_A:2745,184,0:. 1|0:35,12:47:99:1|0:530605_G_A:386,0,1601:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1628:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,7:100:1:0|1:530656_A_G:0,1,4095:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,675:. 0|1:44,64:108:99:1|0:530605_G_A:2588,0,1778:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|1:141,43:184:99:.:.:642,0,5542:. 0|1:53,59:112:99:0|1:530628_C_A:2438,0,2123:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:54:.:.:0,54,810:. 0|0:54,0:54:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1538:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:6:.:.:0,6,90:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,165:274:99:0|1:530651_G_A:7134,0,4209:. 1|0:45,69:114:99:.:.:1524,0,1053:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:51:1|1:530651_G_A:765,51,0:. 0|0:21,0:21:33:.:.:0,33,495:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,3:24:63:0|1:530656_A_G:63,0,873:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,540:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,465:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:60:.:.:0,60,900:. 0|1:13,3:16:81:0|1:530612_A_G:81,0,621:. 0|0:62,0:62:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,8:120:22:0|1:530656_A_G:0,22,4995:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:9:.:.:0,9,135:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:1|1:530651_G_A:6165,373,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:170,19:189:46:.:.:46,0,6077:. 0|0:38,0:38:60:.:.:0,60,900:. 0|0:49,0:49:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:85,8:93:99:0|1:530651_G_A:107,0,3752:. 0|0:56,0:56:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:6,120:126:99:.:.:3795,188,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:57:.:.:0,57,855:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:629,0:629:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,763:763:99:1|1:530628_C_A:36045,2411,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:39:.:.:0,39,585:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:2,351:353:99:1|1:530651_G_A:16101,1024,0:. 0|1:43,6:49:99:0|1:530651_G_A:152,0,1952:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,331:332:99:1|1:530628_C_A:15265,950,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:66:.:.:0,66,990:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:6,257:263:99:1|1:530651_G_A:11610,543,0:. 0|0:59,0:59:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,3:66:64:0|1:530651_G_A:0,64,2700:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:626,0:626:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,189:202:41:1|1:530628_C_A:8190,41,0:. 1|0:194,18:212:99:0|1:530651_G_A:208,0,8758:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,71:185:99:.:.:1692,0,4777:. 1|1:1,80:81:99:1|1:530628_C_A:3690,208,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,21:27:99:0|1:530651_G_A:906,0,186:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:621,0:621:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,170:186:99:0|1:530628_C_A:7372,0,307:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,5:74:62:.:.:0,62,2983:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:546,0:546:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,279:279:99:1|1:530628_C_A:12960,867,0:. 0|0:24,0:24:33:.:.:0,33,495:. 0|0:48,0:48:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,136:136:99:1|1:530651_G_A:6345,424,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:1|1:530628_C_A:10125,677,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:67:.:.:0,67,1035:. 0|0:48,0:48:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,286:286:99:1|1:530628_C_A:13770,921,0:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:692,0:692:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:33:.:.:0,33,495:. 0|0:23,0:23:34:.:.:0,34,756:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. Pf3D7_01_v3 530660 . C T 1.17066e+07 PASS FS=0;MQ=57.42;QD=30.95;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H1149Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cat/Tat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.709;VQSLOD=8.78;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=33.33;GQ_MEAN=92.12;GQ_STDDEV=97.65;HRun=3;InbreedingCoeff=0.7722;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=10857954;AF=0.472;AS_InbreedingCoeff=0.8763;MLEAC=2191;MLEAF=0.475;AN=802;AC=366 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:23,0:23:39:.:.:0,39,619:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,2:33:24:1|0:530605_G_A:0,24,1530:. 0|1:21,15:36:99:0|1:530651_G_A:561,0,921:. 1|0:7,0:7:.:.:.:.:. 1|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|0:11,19:30:99:0|1:530651_G_A:804,0,444:. 1|0:0,8:8:12:0|1:530598_C_A:417,0,12:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 1|0:4,0:4:.:.:.:.:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:9,11:20:99:0|1:530598_C_A:519,0,339:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,179:179:99:1|1:530598_C_A:8775,587,0:. 1|1:0,31:31:99:1|1:530653_A_T:1530,102,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|1:37,66:103:99:0|1:530651_G_A:2774,0,1514:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530598_C_A:2610,175,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,4:19:99:0|1:530598_C_A:120,0,660:. 0|1:15,14:29:99:0|1:530612_A_G:540,0,630:. 1|0:89,82:171:99:0|1:530612_A_G:3460,0,3595:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|1:8,59:67:99:.:.:2604,0,188:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530628_C_A:3915,262,0:. 0|1:52,11:63:99:0|1:530651_G_A:344,0,2189:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530653_A_T:2790,187,0:. 0|1:19,42:61:99:0|1:530651_G_A:1748,0,668:. 0|0:47,0:47:48:.:.:0,48,1167:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530598_C_A:9900,662,0:. 0|1:34,67:101:99:0|1:530651_G_A:2790,0,1220:. 1|1:1,45:46:57:.:.:2025,57,0:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|1:87,16:103:99:0|1:530660_C_T:395,0,3815:. 0|1:14,45:59:99:0|1:530653_A_T:2041,0,466:. 0|0:29,0:29:48:.:.:0,48,720:. 1|0:11,11:22:99:0|1:530653_A_T:471,0,426:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530628_C_A:3060,205,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530605_G_A:2205,147,0:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,699:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,4:68:37:0|1:530642_A_C:0,37,2880:. 0|1:17,7:24:99:0|1:530651_G_A:237,0,777:. 1|0:50,22:72:99:0|1:530598_C_A:851,0,2111:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,106:108:99:1|1:530660_C_T:5130,265,0:. 0|0:52,0:52:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:12,40:52:99:.:.:1679,0,464:. 0|1:51,63:114:99:0|1:530628_C_A:2732,0,2102:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:27:.:.:0,27,405:. 0|1:41,23:64:99:0|1:530651_G_A:881,0,1691:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530598_C_A:2475,166,0:. 1|1:0,16:16:60:1|1:530605_G_A:900,60,0:. 0|0:39,0:39:45:.:.:0,45,975:. 0|1:23,34:57:99:0|1:530660_C_T:1433,0,983:. 0|1:52,0:52:.:.:.:.:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 1|0:111,101:212:99:.:.:4225,0,4585:. 1|0:59,16:75:99:0|1:530598_C_A:611,0,2546:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530651_G_A:2880,193,0:. 0|0:21,0:21:32:.:.:0,32,527:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,445:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530651_G_A:2565,172,0:. 0|1:7,12:19:99:0|1:530605_G_A:483,0,258:. 0|1:20,86:106:99:0|1:530605_G_A:3926,0,596:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:3,21:24:8:.:.:557,8,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530653_A_T:2565,172,0:. 1|0:69,14:83:99:0|1:530628_C_A:446,0,3101:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530598_C_A:4320,289,0:. 1|1:0,135:135:99:1|1:530660_C_T:6321,427,0:. 0|1:22,17:39:99:0|1:530598_C_A:681,0,996:. 0|1:22,58:80:99:.:.:2408,0,788:. 0|1:10,12:22:99:0|1:530598_C_A:474,0,384:. 1|1:0,141:141:99:1|1:530598_C_A:6885,461,0:. 1|1:5,123:128:99:1|1:530598_C_A:5670,184,0:. 1|0:48,51:99:99:0|1:530656_A_G:2153,0,2018:. 0|0:76,0:76:75:.:.:0,75,1170:. 1|0:21,211:232:99:0|1:530651_G_A:9298,0,253:. 1|1:0,72:72:99:1|1:530653_A_T:3645,244,0:. 0|1:87,15:102:99:0|1:530651_G_A:356,0,3776:. 1|0:57,5:62:23:0|1:530651_G_A:23,0,3019:. 0|1:50,48:98:99:0|1:530651_G_A:1949,0,1949:. 1|0:6,68:74:14:0|1:530653_A_T:3299,0,14:. 1|1:0,131:131:99:1|1:530628_C_A:6255,418,0:. 1|1:0,177:177:99:1|1:530651_G_A:8550,572,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:1|1:530651_G_A:7605,509,0:. 1|0:5,54:59:23:0|1:530612_A_G:2588,0,23:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:132,11:143:82:0|1:530651_G_A:82,0,5842:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530653_A_T:2385,160,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,138:207:99:0|1:530642_A_C:5866,0,2671:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530605_G_A:4860,325,0:. 1|0:29,21:50:99:.:.:577,0,1110:. 0|0:53,0:53:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,74:194:99:0|1:530660_C_T:2857,0,5195:. 1|1:0,32:32:99:1|1:530643_A_T:1710,114,0:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530653_A_T:6747,458,0:. 1|1:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:69,0:69:90:.:.:0,90,1749:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530653_A_T:4365,292,0:. 0|1:71,14:85:99:0|1:530605_G_A:365,0,3065:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530628_C_A:6435,430,0:. 0|1:68,10:78:99:0|1:530651_G_A:212,0,2867:. 1|0:65,29:94:99:0|1:530651_G_A:1214,0,2879:. 0|1:79,8:87:99:0|1:530628_C_A:134,0,3374:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,109:113:99:1|1:530660_C_T:4860,169,0:. 1|1:0,198:198:99:1|1:530598_C_A:9495,635,0:. 0|1:33,19:52:99:0|1:530656_A_G:767,0,1532:. 0|0:159,9:168:83:0|1:530651_G_A:0,83,7065:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:39:.:.:0,39,585:. 1|0:58,95:153:99:0|1:530651_G_A:4189,0,2164:. 1|1:0,105:105:99:1|1:530653_A_T:4995,334,0:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530653_A_T:2295,154,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530598_C_A:3420,229,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530598_C_A:3060,205,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,35:40:99:.:.:1455,0,105:. 1|0:50,76:126:99:0|1:530598_C_A:3194,0,2069:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530653_A_T:2610,175,0:. 1|1:34,0:34:.:.:.:.:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530598_C_A:4545,304,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,121:132:86:0|1:530651_G_A:5216,0,86:. 0|0:34,0:34:51:.:.:0,51,765:. 1|0:50,21:71:99:.:.:854,0,2069:. 1|0:13,50:63:99:0|1:530651_G_A:2090,0,556:. 1|1:5,153:158:99:1|1:530660_C_T:6705,176,0:. 0|1:8,104:112:99:.:.:4634,0,276:. 1|1:12,115:127:57:.:.:4990,57,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530660_C_T:3105,208,0:. 1|1:0,6:6:18:1|1:530598_C_A:270,18,0:. 0|0:35,0:35:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530628_C_A:5265,352,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:63:.:.:0,63,945:. 0|1:42,29:71:99:0|1:530653_A_T:1198,0,1724:. 1|1:0,101:101:99:1|1:530653_A_T:4680,313,0:. 0|1:29,21:50:99:.:.:475,0,1046:. 0|1:26,8:34:99:0|1:530598_C_A:249,0,1194:. 1|0:27,22:49:99:.:.:521,0,836:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530651_G_A:6570,439,0:. 0|1:27,22:49:99:0|1:530660_C_T:802,0,986:. 0|1:5,14:19:99:0|1:530614_C_T:548,0,217:. 0|1:17,68:85:99:0|1:530656_A_G:2840,0,590:. 0|1:12,48:60:99:.:.:1959,0,344:. 0|1:11,109:120:99:0|1:530660_C_T:4832,0,197:. 1|0:5,56:61:23:0|1:530660_C_T:2588,0,23:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,91:92:99:1|1:530651_G_A:4275,247,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530605_G_A:4635,310,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530628_C_A:5985,400,0:. 1|1:0,197:197:99:1|1:530598_C_A:9450,632,0:. 1|0:29,0:29:.:.:.:.:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,212:212:99:1|1:530651_G_A:10035,671,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530653_A_T:4680,313,0:. 1|1:0,15:15:45:1|1:530605_G_A:675,45,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:530653_A_T:9858,662,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:530628_C_A:5940,397,0:. 1|1:0,126:126:99:1|1:530651_G_A:6075,406,0:. 0|1:18,67:85:99:.:.:2746,0,992:. 1|0:31,20:51:99:0|1:530656_A_G:818,0,1403:. 0|0:61,4:65:25:0|1:530656_A_G:0,25,2700:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530651_G_A:3285,220,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530605_G_A:2520,169,0:. 1|0:47,60:107:99:1|0:530614_C_T:2450,0,2420:. 1|0:52,37:89:99:0|1:530651_G_A:1469,0,2234:. 0|1:98,13:111:99:0|1:530651_G_A:314,0,6725:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,0:76:.:.:.:.:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,27:43:99:0|1:530651_G_A:1170,0,641:. 1|1:7,136:143:53:1|1:530497_G_A:6030,53,0:. 1|0:17,12:29:99:0|1:530598_C_A:444,0,804:. 0|1:12,29:41:99:.:.:1347,0,447:. 1|1:0,44:44:99:1|1:530598_C_A:2025,135,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530653_A_T:2925,196,0:. 1|0:47,41:88:99:1|0:530617_C_A:1619,0,1889:. 1|0:4,42:46:78:0|1:530660_C_T:1833,0,78:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530605_G_A:2835,190,0:. 1|0:32,14:46:99:0|1:530660_C_T:566,0,1421:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1628:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|1:89,8:97:47:0|1:530660_C_T:47,0,4007:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530653_A_T:4275,286,0:. 1|1:2,83:85:99:1|1:530651_G_A:3825,178,0:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530651_G_A:6120,409,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530651_G_A:2250,151,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,93:99:1:1|1:530660_C_T:4095,1,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530598_C_A:4905,328,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530651_G_A:3510,235,0:. 0|0:24,0:24:12:.:.:0,12,558:. 0|1:23,83:106:99:1|0:530612_A_G:3626,0,701:. 1|1:48,0:48:.:.:.:.:. 1|1:0,5:5:18:1|1:530653_A_T:257,18,0:. 0|1:109,70:179:99:0|1:530651_G_A:2752,0,4732:. 0|1:49,58:107:99:0|1:530628_C_A:2360,0,2045:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530653_A_T:1755,117,0:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530653_A_T:2610,175,0:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,706:. 0|0:66,0:66:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:39,10:49:99:0|1:530653_A_T:296,0,1691:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 1|0:10,77:87:99:0|1:530598_C_A:3539,0,164:. 0|1:112,164:276:99:0|1:530651_G_A:6924,0,4224:. 1|1:0,114:114:99:1|1:530651_G_A:5310,355,0:. 1|0:15,146:161:99:0|1:530598_C_A:6628,0,193:. 1|1:0,17:17:51:1|1:530651_G_A:765,51,0:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,405:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,24:24:75:1|1:530653_A_T:1125,75,0:. 0|0:89,4:93:99:0|1:530651_G_A:0,118,4095:. 0|0:24,0:24:40:.:.:0,40,646:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,139:. 1|0:6,10:16:99:.:.:264,0,127:. 1|1:1,37:38:69:1|1:530598_C_A:1620,69,0:. 0|0:35,2:37:51:.:.:0,51,1368:. 1|1:0,16:16:48:1|1:530605_G_A:720,48,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:530640_A_G:2475,166,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,8:121:28:0|1:530656_A_G:0,28,5085:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,191:191:99:1|1:530653_A_T:8910,596,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530643_A_T:3780,253,0:. 1|1:87,0:87:.:.:.:0,0,0:. 0|0:13,0:13:12:.:.:0,12,180:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,251:252:99:1|1:530651_G_A:11790,750,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:1|1:530651_G_A:6075,406,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:530651_G_A:11700,783,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:52,137:189:99:0|1:530651_G_A:5845,0,1795:. 0|0:33,0:33:57:.:.:0,57,855:. 0|0:51,0:51:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:30,64:94:99:0|1:530653_A_T:2717,0,1142:. 0|0:58,0:58:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:0,129:129:99:1|1:530651_G_A:6030,403,0:. 0|0:72,0:72:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530640_A_G:4320,289,0:. 0|0:29,0:29:51:.:.:0,51,765:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,192:192:99:1|1:530651_G_A:9000,602,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,626:626:99:1|1:530640_A_C:29205,1954,0:. 1|1:0,786:786:99:1|1:530628_C_A:36855,2465,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:36:.:.:0,36,540:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,349:349:99:1|1:530628_C_A:16380,1096,0:. 0|1:47,6:53:99:0|1:530651_G_A:107,0,1997:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,325:326:99:1|1:530628_C_A:15175,944,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530640_A_G:1620,108,0:. 1|0:553,0:553:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,65:66:99:1|1:530651_G_A:2970,160,0:. 0|1:19,203:222:99:0|1:530598_C_A:8971,0,151:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,201:240:99:0|1:530521_C_G:8646,0,1176:. 0|0:55,0:55:66:.:.:0,66,990:. 1|0:163,25:188:99:0|1:530643_A_T:535,0,7105:. 1|0:7,70:77:99:.:.:3452,0,212:. 1|0:62,8:70:99:0|1:530605_G_A:203,0,2993:. 1|1:6,257:263:99:1|1:530651_G_A:11520,537,0:. 0|1:11,43:54:99:0|1:530643_A_T:2021,0,356:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,15:50:99:0|1:530651_G_A:521,0,1466:. 1|1:0,15:15:48:1|1:530651_G_A:717,48,0:. 1|1:0,154:154:99:1|1:530653_A_T:7515,503,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:1|1:530653_A_T:8415,563,0:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,9:179:99:0|1:530651_G_A:0,131,7785:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,10:104:99:0|1:530653_A_T:110,0,4295:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,3:64:58:0|1:530651_G_A:0,58,2610:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:626,0:626:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,188:199:41:1|1:530628_C_A:8190,41,0:. 1|0:193,21:214:99:0|1:530653_A_T:310,0,8444:. 0|1:12,161:173:16:0|1:530653_A_T:7162,0,16:. 1|0:66,107:173:99:.:.:4411,0,2566:. 0|1:114,70:184:99:0|1:530651_G_A:2833,0,4768:. 1|1:1,77:78:99:1|1:530628_C_A:3510,196,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,21:27:99:0|1:530651_G_A:906,0,186:. 1|0:232,30:262:99:0|1:530651_G_A:612,0,10107:. 0|0:621,0:621:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,176:188:44:1|1:530651_G_A:7650,44,0:. 1|1:0,279:279:99:.:.:12960,867,0:. 1|0:34,38:72:99:0|1:530653_A_T:1655,0,1385:. 0|1:9,100:109:99:0|1:530653_A_T:4379,0,104:. 1|1:1,206:207:99:1|1:530651_G_A:9495,596,0:. 0|0:546,0:546:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:1|1:530651_G_A:9585,641,0:. 1|0:214,216:430:99:0|1:530653_A_T:8669,0,8444:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,174:175:99:1|1:530612_A_G:8460,527,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530653_A_T:3195,214,0:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,74:79:31:1|1:530653_A_T:3375,31,0:. 1|1:0,272:272:99:1|1:530628_C_A:12375,828,0:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,572:. 0|1:23,23:46:99:0|1:530628_C_A:1016,0,971:. 1|1:0,131:131:99:1|1:530651_G_A:6210,415,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,285:285:99:1|1:530651_G_A:13410,897,0:. 1|1:0,220:220:99:1|1:530628_C_A:10260,686,0:. 1|0:168,71:239:99:0|1:530651_G_A:2493,0,7173:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530653_A_T:3582,241,0:. 0|0:25,0:25:38:.:.:0,38,797:. 1|1:0,192:192:99:1|1:530598_C_A:9180,614,0:. 1|1:0,160:160:99:1|1:530653_A_T:7695,515,0:. 1|1:0,270:270:99:1|1:530651_G_A:12870,861,0:. 1|1:0,185:185:99:1|1:530651_G_A:8820,590,0:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,384:384:99:1|1:530651_G_A:17865,1195,0:. 0|0:32,0:32:61:.:.:0,61,945:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530643_A_T:2160,144,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530651_G_A:5220,349,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,7:7:24:1|1:530640_A_G:360,24,0:. 1|1:0,292:292:99:1|1:530628_C_A:13590,909,0:. 1|0:140,156:296:99:1|0:530625_CCG_C:6570,0,5670:. 0|1:170,98:268:99:1|0:530625_CCG_C:3747,0,7167:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:241,59:300:99:0|1:530651_G_A:1773,0,10233:. 0|0:45,0:45:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530653_A_T:9945,665,0:. 0|1:244,48:292:99:0|1:530653_A_T:1458,0,10548:. 1|1:9,202:211:99:1|1:530660_C_T:9089,140,0:. 1|1:0,294:294:99:1|1:530651_G_A:14040,939,0:. 0|1:79,12:91:99:.:.:140,0,2347:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:68,333:401:99:0|1:530660_C_T:14132,0,2162:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530653_A_T:2430,163,0:. 1|1:0,221:221:99:1|1:530660_C_T:10710,716,0:. 1|1:0,675:675:99:1|1:530651_G_A:31860,2131,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530640_A_G:4275,286,0:. 1|1:0,254:254:99:1|1:530651_G_A:11970,801,0:. 0|0:24,0:24:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,19:19:63:1|1:530653_A_T:920,63,0:. 1|1:0,146:146:99:1|1:530660_C_T:7200,482,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. Pf3D7_01_v3 530692 . G T 2.65112e+06 PASS FS=0.575;MQ=57.49;QD=32.24;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=M1159I;SNPEFF_CODON_CHANGE=atG/atT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.791;VQSLOD=3.95;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=42.86;GQ_MEAN=93.46;GQ_STDDEV=62.6;HRun=1;InbreedingCoeff=0.679;MQRankSum=2.01;NCC=0;ReadPosRankSum=1.52;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11299308;AF=0.141;AS_InbreedingCoeff=0.4236;MLEAC=719;MLEAF=0.144;AN=828;AC=131 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,500:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1027:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1335:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,198:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,200:. 0|0:16,0:16:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:66:.:.:0,66,856:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,118:. 0|0:30,0:30:64:.:.:0,64,792:. 0|1:2,4:6:72:0|1:530673_A_G:162,0,72:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,258:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,113:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,101:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530653_A_T:1755,117,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,132:. 1|0:69,34:103:99:0|1:530673_A_G:1301,0,2831:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,110:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,80:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:. 0|0:45,0:45:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,0:36:.:.:.:.:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:84,86:170:99:0|1:530692_G_T:3478,0,3343:. 1|1:16,0:16:.:.:.:.:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,9:61:99:0|1:530612_A_G:218,0,2198:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1201:. 0|1:64,51:115:99:0|1:530692_G_T:2066,0,2651:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:90:.:.:0,90,1508:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,237:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,565:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:1,51:52:99:0|1:530666_G_T:2306,0,196:. 0|1:26,4:30:84:0|1:530692_G_T:84,0,1164:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,11:53:99:.:.:371,0,1811:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,18:37:99:0|1:530692_G_T:732,0,867:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,436:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,30:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1533:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,694:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,822:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530673_A_G:3735,250,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:3,24:27:51:0|1:530692_G_T:1041,0,51:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530653_A_T:2520,169,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:97:.:.:0,97,1156:. 1|0:73,10:83:99:.:.:194,0,3119:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,694:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,3:71:88:0|1:530673_A_G:0,88,3060:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530653_A_T:3465,232,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:12,80:92:99:0|1:530622_A_G:3614,0,284:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,20:55:99:0|1:530676_A_G:776,0,1406:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530653_A_T:2565,172,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,59:192:99:0|1:530673_A_G:2320,0,5515:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530605_G_A:4590,268,0:. 1|0:33,16:49:99:.:.:650,0,1705:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,151:153:99:1|1:530679_G_GCA:6930,386,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,787:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:86:.:.:0,86,1511:. 0|0:61,0:61:91:.:.:0,91,1554:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530653_A_T:3960,265,0:. 1|0:40,44:84:99:0|1:530605_G_A:1763,0,1628:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,66:88:99:0|1:530673_A_G:2786,0,761:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,755:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,754:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530653_A_T:1620,108,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,918:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530653_A_T:2790,187,0:. 1|1:0,29:29:90:1|1:530667_G_A:1350,90,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:1|1:530673_A_G:7155,479,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1202:. 1|0:65,5:70:14:.:.:14,0,2714:. 0|0:60,2:62:99:0|1:530692_G_T:0,109,2790:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:146,13:159:99:0|1:530692_G_T:148,0,6088:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530660_C_T:3870,259,0:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,850:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,682:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,28:57:99:0|1:530692_G_T:1130,0,1130:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1209:. 0|0:41,0:41:65:.:.:0,65,1120:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1290:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,32:52:99:.:.:1322,0,782:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,25:97:99:0|1:530612_A_G:902,0,3152:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,762:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:31:.:.:0,31,534:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,13:214:77:0|1:530643_A_T:0,77,8730:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,10:82:99:.:.:188,0,3488:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1059:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,47:65:99:0|1:530676_A_G:1958,0,653:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1123:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,35:74:99:0|1:530673_A_G:1346,0,1616:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,992:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1476:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,640:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:1|1:530653_A_T:4680,313,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1400:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,682:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530667_G_A:1845,123,0:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,288:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530653_A_T:1800,120,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530653_A_T:2790,187,0:. 0|1:27,21:48:99:0|1:530692_G_T:798,0,1113:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1125:. 0|0:41,2:43:45:0|1:530612_A_G:0,45,1845:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,286:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,84:248:99:0|1:530673_A_G:3060,0,7425:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,20:21:18:1|1:530666_G_T:855,18,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:36,0:36:44:.:.:0,44,908:. 0|1:14,2:16:39:0|1:530692_G_T:39,0,624:. 1|0:7,10:17:99:0|1:530692_G_T:399,0,264:. 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530663_T_A:3870,259,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,198:201:99:1|1:530673_A_G:9045,488,0:. 1|1:0,194:194:99:1|1:530673_A_G:9180,614,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:530666_G_T:4275,286,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530663_T_A:4725,316,0:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,423:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:0:.:.:0,0,3988:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1343:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:1|1:530663_T_A:6120,409,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:822,0:822:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,858:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1424:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:465,0:465:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:86:.:.:0,86,1264:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:119,130:249:99:0|1:530673_A_G:5121,0,4896:. 0|0:442,0:442:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,32:32:96:1|1:530663_T_A:1440,96,0:. 1|1:1,442:443:99:1|1:530663_T_A:20295,1319,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:1|1:530692_G_T:8010,536,0:. 1|0:14,92:106:99:0|1:530676_A_G:4073,0,293:. 1|0:56,9:65:99:0|1:530676_A_G:236,0,2531:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,41:44:6:1|1:530692_G_T:1845,6,0:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,115:128:99:0|1:530692_G_T:4913,0,233:. 0|1:77,79:156:99:0|1:530605_G_A:3160,0,3115:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,23:177:99:0|1:530654_G_T:523,0,6688:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:4,216:220:99:1|1:530673_A_G:10035,515,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,2:64:99:0|1:530673_A_G:0,109,2790:. 0|1:247,30:277:99:0|1:530673_A_G:573,0,10653:. 1|1:2,495:497:99:1|1:530673_A_G:22503,1052,0:. 1|0:74,75:149:99:0|1:530673_A_G:3082,0,3019:. 0|1:254,170:424:99:0|1:530692_G_T:6392,0,10487:. 1|0:39,185:224:99:0|1:530673_A_G:7894,0,1189:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,63:152:99:0|1:530673_A_G:2416,0,3654:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,2005:. 0|1:78,110:188:99:0|1:530673_A_G:4624,0,3094:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,473:483:99:1|1:530673_A_G:21780,1067,0:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,232:237:99:.:.:10530,471,0:. 1|0:21,51:72:99:0|1:530692_G_T:2159,0,764:. 0|1:18,103:121:99:0|1:530643_A_T:4520,0,470:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:636,0:636:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,12:196:77:0|1:530666_G_T:0,77,8145:. 1|0:239,210:449:99:0|1:530663_T_A:8302,0,9472:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:1|1:530663_T_A:10350,692,0:. 1|0:38,39:77:99:0|1:530605_G_A:1553,0,1643:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,312:313:99:1|1:530673_A_G:14130,906,0:. 1|0:32,69:101:99:0|1:530654_G_T:2840,0,1175:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:27,30:57:99:0|1:530676_A_G:1175,0,1085:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,651:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:44:.:.:0,44,842:. 1|1:0,38:38:99:1|1:530666_G_T:1755,117,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,61:68:99:0|1:530673_A_G:2540,0,110:. 1|1:0,13:13:39:1|1:530663_T_A:585,39,0:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:271,30:301:99:0|1:530612_A_G:489,0,11829:. 1|0:239,50:289:99:0|1:530612_A_G:1419,0,9924:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,364:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,36:38:36:1|1:530666_G_T:1710,36,0:. 0|1:195,24:219:99:0|1:530605_G_A:493,0,8278:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,12:72:99:0|1:530692_G_T:314,0,2609:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:401,0:401:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1269:. 0|1:163,66:229:99:0|1:530666_G_T:2308,0,6853:. 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530663_T_A:3915,262,0:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,21:21:66:1|1:530663_T_A:990,66,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530695 . A G 3.95098e+06 PASS FS=0;MQ=58.05;QD=33.31;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T1160;SNPEFF_CODON_CHANGE=acA/acG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.679;VQSLOD=6.85;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=38.1;GQ_MEAN=108.38;GQ_STDDEV=82.75;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6394;MQRankSum=0.91;NCC=4;ReadPosRankSum=1.01;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11452233;AF=0.146;AS_InbreedingCoeff=0.7359;MLEAC=718;MLEAF=0.146;AN=832;AC=162 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530681_G_A:2025,135,0:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,559:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1335:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|1:15,0:15:.:.:.:.:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,287:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,231:. 0|0:17,0:17:18:.:.:0,18,463:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,265:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,134:. 1|1:0,28:28:87:1|1:530681_G_A:1305,87,0:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,220:. 1|1:0,19:19:60:1|1:530681_G_A:900,60,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 1|1:4,0:4:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,364:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,149:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:6,0:6:.:.:.:.:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,0:5:.:.:.:.:. 1|1:0,2:2:9:1|1:530695_A_G:135,9,0:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,455:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:48,28:76:99:0|1:530635_G_A:1109,0,2009:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,720:. 1|0:87,87:174:99:0|1:530612_A_G:3430,0,3430:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,506:. 0|0:76,0:76:98:.:.:0,98,2032:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,42:55:99:0|1:530684_G_A:1724,0,419:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,40:47:99:0|1:530635_G_A:1823,0,203:. 1|0:103,11:114:99:0|1:530612_A_G:140,0,4460:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,0:8:.:.:.:.:. 1|0:20,92:112:99:0|1:530684_G_A:4010,0,590:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:40:.:.:0,40,598:. 1|0:4,19:23:99:.:.:783,0,153:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,913:. 0|1:84,25:109:99:0|1:530684_G_A:818,0,3743:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:63,12:75:99:0|1:530614_C_T:225,0,2676:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530680_AGG_A:2385,160,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,11:54:99:.:.:362,0,1937:. 1|0:105,15:120:99:0|1:530684_G_A:302,0,4532:. 0|1:18,22:40:99:0|1:530612_A_G:954,0,684:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,529:. 1|0:31,34:65:99:0|1:530684_G_A:1454,0,1274:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,29:29:99:1|1:530680_AGG_A:1530,102,0:. 1|0:27,30:57:99:0|1:530612_A_G:1006,0,926:. 1|1:0,8:8:24:1|1:530681_G_A:360,24,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|1:171,47:218:99:.:.:1582,0,6643:. 0|1:18,58:76:99:0|1:530684_G_A:2465,0,575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,10:23:99:.:.:311,0,459:. 1|1:0,20:20:21:1|1:530605_G_A:900,21,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,189:. 0|0:107,8:115:25:0|1:530612_A_G:0,25,4280:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,2:43:3:0|1:530681_G_A:0,3,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,830:. 0|1:70,0:70:.:.:.:.:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,79:99:99:.:.:3324,0,546:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1159:. 0|1:58,25:83:99:.:.:953,0,2438:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:221,19:240:99:0|1:530684_G_A:144,0,9639:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,87:102:99:0|1:530684_G_A:3944,0,344:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,33:56:99:0|1:530673_A_G:1316,0,866:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,93:143:99:0|1:530684_G_A:3913,0,1933:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,4:55:14:.:.:14,0,2390:. 1|0:20,34:54:99:.:.:1319,0,660:. 1|0:70,0:70:.:.:.:.:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530673_A_G:1710,114,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530680_AGG_A:2790,187,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530680_AGG_A:2655,178,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,17:86:99:0|1:530605_G_A:370,0,2846:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,80:94:99:0|1:530681_G_A:3401,0,511:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,189:215:99:0|1:530681_G_A:8188,0,583:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,37:65:99:0|1:530695_A_G:1595,0,1037:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,755:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:70:.:.:0,70,3318:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,754:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,983:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,25:36:99:.:.:943,0,371:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530695_A_G:2340,157,0:. 0|1:56,13:69:99:.:.:323,0,2359:. 0|0:67,0:67:58:.:.:0,58,1670:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,33:33:99:1|1:530695_A_G:1620,108,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530681_G_A:4545,304,0:. 1|1:0,28:28:93:1|1:530680_AGG_A:1395,93,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,11:59:99:.:.:295,0,1919:. 1|0:6,35:41:99:0|1:530612_A_G:1298,0,159:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530695_A_G:2160,144,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,29:46:99:0|1:530695_A_G:1206,0,666:. 1|0:5,23:28:47:.:.:531,0,47:. 1|0:73,20:93:99:0|1:530605_G_A:599,0,3299:. 0|1:48,6:54:99:.:.:149,0,1994:. 1|0:122,12:134:99:0|1:530605_G_A:170,0,5210:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530681_G_A:5715,382,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:1,28:29:99:0|1:530680_AGG_A:1257,0,489:. 0|1:35,21:56:99:0|1:530673_A_G:815,0,1445:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,19:19:60:1|1:530667_G_A:900,60,0:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530681_G_A:4050,271,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530681_G_A:3510,235,0:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,13:98:99:0|1:530673_A_G:198,0,3629:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,15:84:99:.:.:464,0,3097:. 0|1:22,29:51:99:0|1:530605_G_A:1193,0,833:. 1|0:43,6:49:99:0|1:530681_G_A:152,0,1952:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,8:55:99:0|1:530612_A_G:177,0,1888:. 0|1:93,19:112:99:0|1:530684_G_A:509,0,4773:. 0|1:43,52:95:99:0|1:530684_G_A:2048,0,1733:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,21:71:99:0|1:530673_A_G:722,0,2162:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530681_G_A:5625,376,0:. 1|0:33,3:36:15:0|1:530684_G_A:15,0,1601:. 0|0:166,0:166:52:.:.:0,52,3829:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1123:. 1|0:20,28:48:99:.:.:1086,0,753:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:72,0:72:91:.:.:0,91,1858:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,897:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,7:50:99:0|1:530635_G_A:154,0,1799:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530681_G_A:3285,220,0:. 1|1:0,25:25:78:1|1:530680_AGG_A:1170,78,0:. 1|0:84,8:92:80:0|1:530635_G_A:80,0,3545:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1400:. 1|0:100,8:108:71:0|1:530635_G_A:71,0,4256:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,23:23:75:1|1:530612_A_G:1125,75,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,296:. 1|0:58,127:185:99:0|1:530684_G_A:5401,0,2161:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1125:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,321:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 1|1:24,0:24:.:.:.:.:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,58:. 0|1:62,12:74:99:0|1:530605_G_A:314,0,2609:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1076:. 1|0:2,14:16:42:.:.:582,0,42:. 0|1:10,7:17:99:0|1:530695_A_G:264,0,399:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,56:56:99:1|1:530680_AGG_A:2610,175,0:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:530681_G_A:6885,461,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,119:130:99:0|1:530684_G_A:5171,0,131:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:42:1|1:530680_AGG_A:630,42,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530653_A_T:4050,271,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:1|1:530681_G_A:11790,789,0:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,0:75:.:.:.:0,0,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:530695_A_G:2025,135,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530695_A_G:2430,163,0:. 1|1:0,205:205:99:1|1:530681_G_A:9360,626,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:73,17:90:99:0|1:530684_G_A:527,0,3137:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530680_AGG_A:1800,120,0:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530680_AGG_A:3285,220,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:822,0:822:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:37:.:.:0,37,862:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1424:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530673_A_G:3240,217,0:. 1|1:71,0:71:.:.:.:0,0,0:. 0|0:465,0:465:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:442,0:442:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530681_G_A:6435,430,0:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,7:111:43:0|1:530673_A_G:0,43,4725:. 0|1:10,63:73:99:0|1:530673_A_G:2783,0,218:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:380,0:380:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,291:292:99:1|1:530681_G_A:13545,867,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,245:280:99:0|1:530684_G_A:10503,0,918:. 0|0:612,0:612:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:193,32:225:99:0|1:530681_G_A:871,0,8251:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,71:190:99:0|1:530684_G_A:2854,0,5059:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:611,0:611:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,13:195:14:0|1:530684_G_A:0,14,7785:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,8:74:99:0|1:530684_G_A:176,0,2786:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,445:461:99:1|1:530684_G_A:19785,524,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:534,0:534:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:392,0:392:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,5:104:97:0|1:530684_G_A:0,97,4365:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,29:29:96:1|1:530680_AGG_A:1440,96,0:. 1|0:32,27:59:99:0|1:530673_A_G:1037,0,1262:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530680_AGG_A:4095,274,0:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530680_AGG_A:4050,271,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,22:22:66:1|1:530667_G_A:990,66,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,336:336:99:1|1:530681_G_A:15570,1042,0:. 1|1:7,108:115:46:1|1:530695_A_G:4770,46,0:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,29:29:90:1|1:530680_AGG_A:1350,90,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:10:.:.:0,10,469:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,12:12:39:1|1:530695_A_G:585,39,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530695_A_G:4950,331,0:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:349,76:425:99:0|1:530666_G_T:2459,0,14654:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:682,0:682:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:6,131:137:99:1|1:530666_G_T:5095,150,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530680_AGG_A:3510,235,0:. Pf3D7_01_v3 530723 . A T 2.76212e+06 PASS FS=1.206;MQ=55.27;QD=30.92;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1170*;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aag/Tag;SNPEFF_EFFECT=STOP_GAINED;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=HIGH;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.822;VQSLOD=4.38;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=99.33;GQ_STDDEV=65.3;HRun=0;InbreedingCoeff=0.649;MQRankSum=1.11;NCC=4;ReadPosRankSum=0.127;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13009867;AF=0.095;AS_InbreedingCoeff=0.4033;MLEAC=465;MLEAF=0.095;AN=828;AC=126 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,998:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,881:. 0|1:28,0:28:.:.:.:.:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,714:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1034:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,968:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:11,5:16:99:0|1:530723_A_T:165,0,447:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,380:. 1|1:0,25:25:78:1|1:530681_G_A:1170,78,0:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,305:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,66:. 1|1:0,21:21:72:1|1:530681_G_A:1080,72,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 1|1:7,0:7:.:.:.:.:. 1|1:11,0:11:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:24,13:37:99:0|1:530723_A_T:448,0,943:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,524:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,0:13:.:.:.:.:. 1|1:0,4:4:12:1|1:530695_A_G:180,12,0:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,916:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,42:97:99:0|1:530635_G_A:1666,0,2177:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,743:. 1|0:89,125:214:99:0|1:530612_A_G:4949,0,3536:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,948:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,57:65:99:0|1:530635_G_A:2396,0,161:. 1|0:104,11:115:99:0|1:530612_A_G:137,0,4488:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:10,0:10:.:.:.:.:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1094:. 1|0:12,10:22:99:.:.:368,0,516:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1220:. 0|1:96,30:126:99:0|1:530684_G_A:959,0,4094:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:67,18:85:99:0|1:530723_A_T:540,0,2843:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530680_AGG_A:3735,250,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,13:60:99:.:.:404,0,1934:. 1|0:118,17:135:99:0|1:530684_G_A:372,0,5069:. 0|1:14,34:48:99:0|1:530612_A_G:1379,0,525:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,868:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,56:56:99:1|1:530680_AGG_A:2700,181,0:. 1|0:38,40:78:99:.:.:1549,0,1487:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 1|0:201,25:226:99:.:.:299,0,8345:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1701:. 1|0:19,14:33:99:.:.:525,0,756:. 1|1:2,37:39:30:1|1:530605_G_A:1620,30,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:. 0|1:124,12:136:99:0|1:530723_A_T:125,0,5202:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,3:72:88:0|1:530681_G_A:0,88,3060:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1147:. 0|1:105,0:105:.:.:.:.:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,86:104:99:0|1:530723_A_T:3554,0,523:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,19:100:99:.:.:594,0,3453:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1182:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,8:133:87:0|1:530723_A_T:0,87,5338:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,51:86:99:0|1:530673_A_G:1969,0,1244:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:58:.:.:0,58,2255:. 1|0:27,55:82:99:.:.:2270,0,957:. 1|0:83,0:83:.:.:.:.:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530673_A_G:2610,175,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530680_AGG_A:3690,247,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530680_AGG_A:3645,244,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,31:118:99:0|1:530605_G_A:1031,0,3621:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,82:118:99:0|1:530684_G_A:3402,0,1663:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,60:91:99:0|1:530695_A_G:2443,0,1160:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,7:141:99:.:.:0,112,5717:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:530695_A_G:3195,214,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530695_A_G:2700,181,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530680_AGG_A:1980,132,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,15:87:99:.:.:165,0,2623:. 1|0:4,52:56:8:0|1:530723_A_T:2192,0,8:. 0|1:8,54:62:99:.:.:2259,0,170:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,41:62:99:0|1:530695_A_G:1739,0,794:. 1|0:5,36:41:12:.:.:972,0,12:. 1|0:72,27:99:99:0|1:530605_G_A:932,0,3008:. 0|1:60,8:68:99:.:.:152,0,2537:. 1|0:133,19:152:99:.:.:103,0,5723:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:1,46:47:99:0|1:530680_AGG_A:1971,0,438:. 0|1:41,37:78:99:0|1:530673_A_G:1537,0,1643:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530667_G_A:1530,102,0:. 1|1:0,105:105:99:1|1:530681_G_A:4860,325,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,21:101:99:0|1:530723_A_T:635,0,3313:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,2706:. 0|1:22,39:61:99:0|1:530605_G_A:1610,0,845:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,14:71:99:0|1:530723_A_T:416,0,2334:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,40:116:99:0|1:530673_A_G:1349,0,2917:. 1|1:0,120:122:99:.:.:5606,376,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:157,23:180:99:0|1:530497_G_A:315,0,6558:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,23:49:99:.:.:876,0,1009:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,770:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,13:62:99:.:.:389,0,2075:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530680_AGG_A:1755,117,0:. 1|0:83,16:99:99:.:.:401,0,3437:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1400:. 1|0:105,12:117:99:0|1:530635_G_A:171,0,4583:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530612_A_G:1665,111,0:. 0|0:116,0:116:79:.:.:0,79,2925:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 1|0:93,103:196:99:0|1:530711_G_A:4209,0,3625:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1774:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,516:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 1|1:39,0:39:.:.:.:.:. 0|0:104,0:104:.:.:.:.:. 0|1:58,21:79:99:0|1:530605_G_A:701,0,2456:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1204:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,6:17:99:0|1:530698_T_TG:219,0,444:. 0|1:21,14:35:99:0|1:530695_A_G:525,0,840:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530680_AGG_A:3645,244,0:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:1|1:530681_G_A:7065,473,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,29:29:90:1|1:530680_AGG_A:1350,90,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:1|1:530653_A_T:5175,346,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:1|1:530681_G_A:11790,789,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,0:103:.:.:.:0,0,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530695_A_G:3150,211,0:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530695_A_G:3780,253,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:530681_G_A:9900,662,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:79,22:101:99:0|1:530684_G_A:686,0,3251:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530680_AGG_A:2880,193,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530680_AGG_A:4950,331,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:576,0:576:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:848,0:848:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:93:.:.:0,93,1471:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1424:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:530673_A_G:4320,289,0:. 1|1:98,0:98:.:.:.:0,0,0:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:439,0:439:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:532,0:532:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,9:159:84:0|1:530673_A_G:0,84,6167:. 0|1:11,95:106:99:0|1:530673_A_G:3799,0,164:. 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:621,0:621:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:626,0:626:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:361,0:361:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:19,444:463:99:1|1:530684_G_A:19843,452,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:540,0:540:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530680_AGG_A:2250,151,0:. 1|0:43,41:84:99:0|1:530673_A_G:1441,0,1564:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:530680_AGG_A:5715,382,0:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530680_AGG_A:5490,367,0:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530667_G_A:1620,108,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,174:182:99:1|1:530695_A_G:7560,155,0:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:1|1:530680_AGG_A:1710,114,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,691:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,15:15:45:1|1:530695_A_G:675,45,0:. 1|1:0,164:164:99:1|1:530695_A_G:7380,494,0:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:350,114:464:99:0|1:530666_G_T:3961,0,14671:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:724,0:724:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1203:. 0|0:24,0:24:62:.:.:0,62,810:. 1|1:6,184:190:99:1|1:530723_A_T:7905,274,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530680_AGG_A:4950,331,0:. Pf3D7_01_v3 530728 . A G 1.50159e+07 PASS FS=1.719;MQ=55.75;QD=27.49;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V1171;SNPEFF_CODON_CHANGE=gtA/gtG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.963;VQSLOD=4.65;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.995;GC=33.33;GQ_MEAN=94.49;GQ_STDDEV=80.28;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5853;MQRankSum=0;NCC=6;ReadPosRankSum=-0.425;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=SOR;set=snp;DP=13365958;AF=0.543;AS_InbreedingCoeff=0.4543;MLEAC=2538;MLEAF=0.553;AN=810;AC=506 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:15,7:22:99:0|1:530724_A_G:273,0,633:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,957:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,0:33:.:.:.:.:. 0|1:28,0:28:.:.:.:.:. 1|1:0,10:10:30:1|1:530724_A_G:450,30,0:. 1|1:34,0:34:.:.:.:.:. 1|1:41,0:41:.:.:.:.:. 1|0:11,25:36:99:0|1:530725_G_T:1066,0,395:. 1|1:0,17:17:51:1|1:530598_C_A:765,51,0:. 1|1:15,0:15:.:.:.:.:. 1|1:0,25:25:81:1|1:530681_G_A:1181,81,0:. 1|1:0,5:5:15:1|1:530673_A_G:225,15,0:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,94:. 1|1:0,23:23:69:1|1:530681_G_A:1035,69,0:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 1|1:7,0:7:.:.:.:.:. 1|1:13,0:13:.:.:.:.:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:8,28:36:99:0|1:530598_C_A:1142,0,249:. 1|1:18,0:18:.:.:.:.:. 1|1:0,186:186:99:1|1:530598_C_A:8490,569,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530724_A_G:2875,199,0:. 0|0:22,0:22:.:.:.:.:. 1|0:72,33:105:99:0|1:530673_A_G:1238,0,3128:. 0|1:13,0:13:.:.:.:.:. 1|1:0,4:4:12:1|1:530695_A_G:180,12,0:. 1|1:37,0:37:.:.:.:.:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530598_C_A:2580,178,0:. 0|1:52,45:97:99:0|1:530635_G_A:1697,0,2055:. 0|1:14,17:31:99:0|1:530598_C_A:918,0,589:. 0|1:13,17:30:99:0|1:530612_A_G:744,0,489:. 1|1:0,219:219:99:1|1:530673_A_G:10125,677,0:. 1|1:34,0:34:.:.:.:.:. 1|0:13,60:73:99:.:.:2648,0,592:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530628_C_A:4440,298,0:. 0|1:49,11:60:99:0|1:530651_G_A:308,0,2108:. 1|1:4,62:66:19:1|1:530728_A_G:2602,19,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530702_AGG_A:2775,187,0:. 1|0:7,60:67:99:0|1:530635_G_A:2452,0,113:. 1|0:56,61:117:99:0|1:530673_A_G:2519,0,2146:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530676_A_G:4860,325,0:. 1|1:0,223:223:99:1|1:530598_C_A:10599,719,0:. 0|1:43,87:130:99:0|1:530725_G_T:3554,0,1564:. 1|0:5,54:59:41:.:.:2260,0,41:. 1|1:14,0:14:.:.:.:.:. 0|1:107,21:128:99:0|1:530660_C_T:557,0,4472:. 0|1:17,57:74:99:0|1:530702_AGG_A:2326,0,569:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530676_A_G:1935,129,0:. 1|0:9,12:21:99:0|1:530653_A_T:477,0,342:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530628_C_A:3991,268,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:1,92:93:76:0|1:530666_G_T:3986,0,76:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530676_A_G:2115,141,0:. 0|1:96,30:126:99:0|1:530684_G_A:971,0,3911:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,31:43:99:0|1:530702_AGG_A:1266,0,411:. 0|1:45,41:86:99:0|1:530605_G_A:1605,0,1845:. 0|1:77,31:108:99:0|1:530680_AGGG_A:1052,0,3392:. 1|1:1,122:123:99:1|1:530660_C_T:5514,304,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530680_AGG_A:3855,259,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:530676_A_G:7920,530,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530605_G_A:2931,199,0:. 0|1:19,41:60:99:.:.:1728,0,710:. 1|0:30,102:132:99:0|1:530681_G_A:4274,0,989:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530673_A_G:2265,154,0:. 1|1:0,30:30:90:1|1:530676_A_G:1350,90,0:. 0|1:44,28:72:99:0|1:530651_G_A:1037,0,1817:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530598_C_A:3107,211,0:. 1|1:0,17:17:54:1|1:530598_C_A:810,54,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530680_AGG_A:2789,190,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530653_A_T:3758,253,0:. 1|1:85,0:85:.:.:.:.:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 1|0:41,188:229:99:.:.:7727,0,1113:. 1|0:55,22:77:99:0|1:530598_C_A:721,0,2172:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1701:. 1|1:0,34:34:99:1|1:530698_T_TG:1589,108,0:. 1|0:3,39:42:9:0|1:530605_G_A:1629,0,9:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,0:28:.:.:.:.:. 0|1:30,111:141:99:0|1:530605_G_A:4660,0,945:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530673_A_G:3690,247,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530711_G_A:3645,244,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530663_T_A:2025,135,0:. 0|1:108,0:108:.:.:.:.:. 1|1:0,101:101:99:1|1:530653_A_T:4586,307,0:. 1|1:5,101:106:99:1|1:530711_G_A:4407,103,0:. 1|1:0,128:128:99:1|1:530598_C_A:5905,397,0:. 1|1:0,155:155:99:1|1:530728_A_G:6988,481,0:. 1|1:3,49:52:31:1|1:530605_G_A:2205,31,0:. 1|0:26,72:98:99:.:.:2973,0,868:. 1|0:8,25:33:99:0|1:530598_C_A:1046,0,343:. 1|1:0,165:165:99:1|1:530598_C_A:7688,518,0:. 1|1:0,138:138:99:1|1:530598_C_A:6402,433,0:. 1|0:67,67:134:99:0|1:530656_A_G:2670,0,2645:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530673_A_G:5265,352,0:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530724_A_G:6048,406,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,33:72:99:0|1:530653_A_T:1307,0,1986:. 0|1:46,43:89:99:0|1:530651_G_A:1654,0,1866:. 1|1:9,156:165:92:1|1:530622_A_G:6504,92,0:. 1|1:0,143:143:99:1|1:530628_C_A:6742,455,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530712_G_A:4275,286,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,19:158:99:0|1:530622_A_G:364,0,5989:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:530653_A_T:4275,286,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:145,60:205:99:0|1:530673_A_G:2161,0,5986:. 1|1:1,168:169:99:1|1:530605_G_A:7650,473,0:. 1|0:28,46:74:99:.:.:1834,0,1408:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530698_T_TG:3960,265,0:. 1|1:89,0:89:.:.:.:.:. 1|1:1,170:171:99:1|1:530679_G_GCA:7740,479,0:. 1|0:17,190:207:99:0|1:530702_AGG_A:8086,0,402:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530673_A_G:2790,187,0:. 1|1:0,162:162:99:1|1:530728_A_G:7238,491,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530680_AGG_A:3780,253,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530680_AGG_A:3729,250,0:. 1|1:0,162:162:99:1|1:530653_A_T:7380,494,0:. 1|0:24,92:116:99:0|1:530605_G_A:3877,0,789:. 1|1:2,147:149:99:1|1:530725_G_T:4204,416,0:. 1|0:22,101:123:99:0|1:530711_G_A:4296,0,1004:. 1|0:71,38:109:99:0|1:530728_A_G:1488,0,2941:. 0|1:16,77:93:99:0|1:530712_G_A:3470,0,465:. 0|0:219,0:219:0:.:.:0,0,5105:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,135:137:99:1|1:530660_C_T:6076,334,0:. 1|1:0,231:231:99:1|1:530598_C_A:10540,707,0:. 1|1:0,93:93:99:1|1:530728_A_G:4261,286,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530676_A_G:3870,259,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:530676_A_G:1980,132,0:. 1|0:49,111:160:99:.:.:4685,0,1694:. 1|0:30,111:141:99:0|1:530682_G_A:4759,0,908:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530676_A_G:2205,147,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530724_A_G:3134,211,0:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530598_C_A:4262,286,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530598_C_A:3704,253,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,1:36:82:.:.:0,82,1590:. 1|0:52,79:131:99:0|1:530598_C_A:3294,0,2040:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530724_A_G:4019,271,0:. 1|1:0,56:56:99:1|1:530667_G_A:2550,172,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530598_C_A:4607,313,0:. 1|1:0,162:162:99:1|1:530673_A_G:7560,506,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530695_A_G:3420,232,0:. 1|0:49,25:74:99:.:.:922,0,2015:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530653_A_T:3714,250,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,122:158:99:.:.:5213,0,1804:. 0|1:130,47:177:99:0|1:530605_G_A:1561,0,5611:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530660_C_T:6165,412,0:. 1|1:0,7:7:21:1|1:530598_C_A:315,21,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:530695_A_G:2867,193,0:. 1|1:0,146:146:99:1|1:530628_C_A:6921,467,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530680_AGG_A:2058,138,0:. 0|1:46,48:94:99:0|1:530698_T_TG:1850,0,1761:. 1|0:53,92:145:99:0|1:530682_G_A:3788,0,1967:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530711_G_A:4200,283,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530605_G_A:2685,181,0:. 1|1:4,61:65:19:1|1:530666_G_T:2560,19,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,44:66:99:0|1:530695_A_G:1836,0,785:. 1|1:0,44:44:99:1|1:530676_A_G:1980,132,0:. 1|1:0,100:100:99:1|1:530628_C_A:4652,313,0:. 0|1:6,63:69:59:.:.:2605,0,59:. 1|0:132,21:153:99:0|1:530605_G_A:475,0,5605:. 1|0:15,60:75:99:0|1:530682_G_A:2516,0,446:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530605_G_A:6084,409,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,141:142:99:1|1:530628_C_A:6462,281,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:530598_C_A:9406,638,0:. 1|0:1,47:48:99:0|1:530680_AGG_A:2013,0,435:. 0|1:23,60:83:99:0|1:530702_AGG_A:2507,0,779:. 1|1:0,235:235:99:1|1:530728_A_G:10960,752,0:. 0|1:69,35:104:99:0|1:530682_G_A:1350,0,2874:. 1|1:0,35:35:99:1|1:530667_G_A:1620,108,0:. 1|1:0,105:105:99:1|1:530681_G_A:5086,343,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:1|1:530653_A_T:10708,719,0:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530698_T_TG:4914,331,0:. 1|1:0,148:148:99:1|1:530628_C_A:6861,464,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,29:99:99:.:.:969,0,3559:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530628_C_A:2925,199,0:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1744:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530725_G_T:2876,199,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530605_G_A:3195,214,0:. 0|1:98,33:131:99:0|1:530682_G_A:1152,0,5147:. 1|0:53,44:97:99:0|1:530651_G_A:1713,0,2053:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530667_G_A:5521,370,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530681_G_A:5484,370,0:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,139:. 1|1:1,183:184:99:1|1:530497_G_A:8360,510,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530598_C_A:2282,154,0:. 1|0:20,31:51:99:.:.:1207,0,746:. 1|1:0,56:56:99:1|1:530598_C_A:2515,169,0:. 0|1:55,13:68:99:0|1:530682_G_A:368,0,2409:. 0|1:13,72:85:99:0|1:530728_A_G:3068,0,323:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,783:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530605_G_A:3840,259,0:. 0|1:25,36:61:99:0|1:530653_A_T:1517,0,996:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530680_AGG_A:1800,120,0:. 1|0:75,28:103:99:0|1:530653_A_T:887,0,3135:. 1|1:0,148:148:99:1|1:530653_A_T:6840,458,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1400:. 1|0:99,17:116:99:0|1:530702_AGG_A:413,0,4133:. 1|1:0,105:105:99:1|1:530598_C_A:5065,340,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530612_A_G:1695,114,0:. 1|1:5,105:110:47:1|1:530614_C_T:4635,47,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530724_A_G:3046,205,0:. 0|1:1,8:9:18:.:.:317,0,18:. 1|0:58,142:200:99:.:.:5825,0,1965:. 0|1:41,63:104:99:0|1:530628_C_A:2598,0,3532:. 1|0:78,39:117:99:0|1:530680_AGGG_A:1403,0,3158:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530653_A_T:2959,199,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:530653_A_T:5265,352,0:. 0|1:20,54:74:99:0|1:530679_G_GCAA:2291,0,671:. 1|1:3,82:85:99:1|1:530676_A_G:3645,127,0:. 0|1:25,18:43:99:0|1:530712_G_A:723,0,993:. 1|1:19,0:19:.:.:.:.:. 1|1:5,80:85:19:1|1:530598_C_A:3452,19,0:. 0|1:24,233:257:99:.:.:9934,0,306:. 1|0:51,79:130:99:0|1:530700_A_AAC:3236,0,1998:. 1|0:15,185:200:99:0|1:530598_C_A:8071,0,147:. 1|1:0,25:25:78:1|1:530725_G_T:1154,78,0:. 1|1:41,0:41:.:.:.:.:. 0|1:108,0:108:.:.:.:.:. 0|1:60,21:81:99:0|1:530605_G_A:701,0,2445:. 1|1:0,50:50:99:1|1:530653_A_T:2250,151,0:. 0|0:104,0:104:85:.:.:0,85,2626:. 1|0:5,43:48:81:0|1:530676_A_G:1791,0,81:. 1|0:8,10:18:99:0|1:530666_G_T:378,0,306:. 1|1:0,37:37:99:1|1:530653_A_T:1694,114,0:. 1|1:1,30:31:57:1|1:530598_C_A:1440,57,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530680_AGG_A:3885,262,0:. 1|1:0,21:21:63:1|1:530605_G_A:945,63,0:. 1|1:0,139:139:99:1|1:530663_T_A:6480,433,0:. 1|1:0,150:150:99:1|1:530681_G_A:6954,467,0:. 1|1:7,188:195:99:1|1:530673_A_G:8460,293,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:530673_A_G:9855,659,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:125,14:139:99:0|1:530656_A_G:203,0,5300:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530666_G_A:3690,247,0:. 1|1:12,182:194:68:1|1:530702_AGG_A:7977,68,0:. 1|1:0,152:152:99:1|1:530666_G_T:6975,467,0:. 1|1:0,158:158:99:1|1:530724_A_G:7278,491,0:. 1|1:0,30:30:93:1|1:530680_AGG_A:1384,93,0:. 1|1:0,142:142:99:1|1:530666_G_A:6570,439,0:. 1|1:0,100:100:99:1|1:530666_G_A:4500,301,0:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530653_A_T:5320,358,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530666_G_A:4500,301,0:. 1|1:0,254:254:99:1|1:530681_G_A:11769,789,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:1|1:530651_G_A:7125,482,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,0:105:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530666_G_A:5490,367,0:. 0|1:178,21:199:99:0|1:530700_A_AAC:328,0,7637:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530695_A_G:3432,232,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530695_A_G:4128,280,0:. 1|1:0,214:214:99:1|1:530681_G_A:9868,662,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:13,86:99:99:.:.:3572,0,287:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530666_G_A:3825,256,0:. 1|1:7,123:130:91:1|1:530725_G_T:5389,91,0:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530666_G_A:5715,382,0:. 1|1:0,206:206:99:1|1:530724_A_G:9374,629,0:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530680_AGG_A:2880,193,0:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530680_AGG_A:5316,358,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,569:569:99:1|1:530640_A_C:26692,1797,0:. 1|1:0,862:862:99:1|1:530628_C_A:40074,2691,0:. 1|1:0,301:301:99:1|1:530666_G_A:13950,933,0:. 1|1:0,42:42:99:1|1:530663_T_A:1890,126,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1424:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 1|1:1,96:97:99:1|1:530725_G_T:4458,223,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530673_A_G:4397,295,0:. 1|1:104,0:104:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,372:372:99:1|1:530628_C_A:16770,1132,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:530667_G_A:2880,193,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530666_G_A:4095,274,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,261:262:99:1|1:530712_G_A:11879,759,0:. 1|1:0,252:252:99:1|1:530628_C_A:11475,768,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530724_A_G:2745,184,0:. 1|1:0,432:432:99:1|1:530663_T_A:20160,1349,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:17,225:242:3:1|1:530598_C_A:9861,3,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530666_G_A:3960,265,0:. 1|1:0,178:178:99:1|1:530692_G_T:8370,560,0:. 1|1:7,160:167:99:1|1:530711_G_A:7008,197,0:. 1|1:0,114:114:99:1|1:530711_G_A:5165,349,0:. 1|1:0,223:223:99:1|1:530712_G_A:10215,683,0:. 1|1:2,77:79:99:1|1:530692_G_T:3510,157,0:. 1|0:213,74:287:99:0|1:530666_G_A:2529,0,9009:. 0|0:44,0:44:13:.:.:0,13,1247:. 1|0:12,173:185:49:0|1:530692_G_T:7474,0,49:. 0|1:82,138:220:99:0|1:530605_G_A:5623,0,3148:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:530653_A_T:9925,668,0:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,208:214:99:1|1:530673_A_G:9136,383,0:. 1|0:96,9:105:80:0|1:530712_G_A:80,0,4043:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,6:66:71:.:.:71,0,2490:. 0|1:243,36:279:99:0|1:530711_G_A:786,0,10232:. 1|1:2,483:485:99:1|1:530673_A_G:21828,1007,0:. 1|0:77,79:156:99:0|1:530673_A_G:3056,0,3076:. 0|1:238,130:368:99:0|1:530692_G_T:4914,0,9557:. 1|0:48,186:234:99:0|1:530673_A_G:7701,0,1443:. 1|0:15,159:174:99:0|1:530712_G_A:6715,0,145:. 1|0:196,25:221:99:.:.:431,0,8226:. 1|1:8,196:204:99:1|1:530653_A_T:8534,224,0:. 1|1:2,126:128:99:1|1:530711_G_A:5649,215,0:. 0|1:129,89:218:99:0|1:530651_G_A:3325,0,5369:. 1|1:1,73:76:99:.:.:3568,204,0:. 0|1:76,138:214:99:.:.:5592,0,2741:. 1|0:5,12:17:99:0|1:530651_G_A:489,0,174:. 1|0:279,22:301:66:0|1:530711_G_A:66,0,11870:. 1|1:12,466:478:99:1|1:530673_A_G:21195,950,0:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,205:206:99:1|1:530712_G_A:9655,611,0:. 1|1:1,221:222:99:.:.:9968,527,0:. 1|0:23,69:92:99:.:.:2775,0,745:. 0|1:20,177:197:99:0|1:530643_A_T:7271,0,349:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:17,452:469:99:1|1:530684_G_A:19786,494,0:. 1|0:185,18:203:99:0|1:530666_G_T:178,0,8008:. 1|0:224,210:434:99:0|1:530728_A_G:8153,0,9041:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,363:363:99:1|1:530663_T_A:16695,1117,0:. 1|0:41,58:99:99:0|1:530605_G_A:2387,0,1667:. 1|1:2,380:382:99:1|1:530700_A_AAC:17454,1093,0:. 1|1:1,248:249:99:1|1:530673_A_G:11385,723,0:. 1|0:26,137:163:99:0|1:530728_A_G:5790,0,670:. 1|1:0,89:89:99:1|1:530628_C_A:4095,274,0:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530680_AGG_A:2508,169,0:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530667_G_A:3972,268,0:. 1|1:0,140:140:99:1|1:530725_G_T:6506,439,0:. 1|1:0,131:131:99:1|1:530680_AGG_A:6033,406,0:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:1|1:530628_C_A:9035,605,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:1|1:530680_AGG_A:5805,391,0:. 1|1:0,263:263:99:1|1:530725_G_T:12109,819,0:. 1|1:0,237:237:99:1|1:530725_G_T:10870,734,0:. 1|1:0,85:85:99:1|1:530728_A_G:3727,256,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:530667_G_A:1655,111,0:. 1|1:0,238:238:99:1|1:530598_C_A:10960,737,0:. 1|1:0,194:194:99:1|1:530653_A_T:8854,593,0:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,184:193:99:1|1:530695_A_G:8151,200,0:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530680_AGG_A:1820,123,0:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530666_G_T:4230,283,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,65:73:99:0|1:530673_A_G:2789,0,134:. 1|1:0,20:20:60:1|1:530663_T_A:900,60,0:. 1|1:0,277:277:99:1|1:530628_C_A:13022,876,0:. 1|0:271,49:320:99:0|1:530612_A_G:1305,0,11520:. 1|0:210,68:278:99:0|1:530612_A_G:2280,0,8985:. 1|1:0,15:15:45:1|1:530695_A_G:675,45,0:. 1|1:0,171:171:99:1|1:530695_A_G:7903,533,0:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,73:75:99:1|1:530666_G_T:3154,136,0:. 0|1:206,40:246:99:0|1:530605_G_A:1068,0,8988:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530663_T_A:5310,355,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530666_G_A:4455,298,0:. 1|0:346,123:469:99:0|1:530666_G_T:4106,0,14716:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530653_A_T:2676,181,0:. 1|1:0,277:277:99:1|1:530660_C_T:12721,855,0:. 0|0:724,0:724:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:1|1:530724_A_G:6635,448,0:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530724_A_G:1755,117,0:. 1|1:0,25:25:75:1|1:530728_A_G:1114,75,0:. 1|1:0,201:201:99:1|1:530660_C_T:9170,614,0:. 1|1:0,114:114:99:1|1:530680_AGG_A:5186,349,0:. Pf3D7_01_v3 530756 . C A 6.49414e+06 PASS FS=0;MQ=55.57;QD=34.92;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q1181K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Caa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.711;VQSLOD=7.74;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=102.49;GQ_STDDEV=71.47;HRun=4;InbreedingCoeff=0.7311;MQRankSum=2.83;NCC=4;ReadPosRankSum=0.882;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14067725;AF=0.229;AS_InbreedingCoeff=0.4542;MLEAC=1123;MLEAF=0.23;AN=836;AC=228 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:19,18:37:99:0|1:530756_C_A:696,0,786:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,749:. 1|1:0,17:17:57:1|1:530756_C_A:855,57,0:. 1|1:38,0:38:.:.:.:.:. 1|1:45,0:45:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1023:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 1|1:22,0:22:.:.:.:.:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,6:6:30:1|1:530673_A_G:450,30,0:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,437:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:25,17:42:99:0|1:530756_C_A:636,0,1005:. 1|1:26,0:26:.:.:.:.:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:530756_C_A:3327,226,0:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:. 1|0:76,25:101:99:0|1:530673_A_G:893,0,3278:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 1|1:44,0:44:.:.:.:.:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,38:62:99:0|1:530756_C_A:1604,0,909:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1179:. 1|1:0,221:221:99:1|1:530673_A_G:10305,689,0:. 1|1:20,0:20:.:.:.:.:. 1|0:65,15:80:99:.:.:461,0,3146:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,9:61:99:0|1:530756_C_A:222,0,2075:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,36:103:99:0|1:530756_C_A:1291,0,2856:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:1|1:530676_A_G:6120,409,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,11:64:99:.:.:299,0,2234:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,899:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530676_A_G:2205,147,0:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:1,98:99:28:0|1:530666_G_T:4658,0,28:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530676_A_G:2610,175,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,32:48:99:0|1:530622_A_G:1334,0,614:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,37:114:99:0|1:530680_AGGG_A:1337,0,3497:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:1|1:530676_A_G:9135,611,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,20:87:99:.:.:659,0,2759:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,6:63:47:0|1:530756_C_A:47,0,2349:. 1|1:0,33:33:99:1|1:530676_A_G:1575,105,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,15:32:99:0|1:530756_C_A:576,0,692:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,14:25:99:0|1:530756_C_A:555,0,402:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 1|0:201,21:222:99:.:.:262,0,8508:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1701:. 0|1:28,19:47:99:0|1:530744_T_C:756,0,1116:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,80:. 0|1:136,16:152:99:0|1:530756_C_A:232,0,5872:. 1|1:0,70:70:99:1|1:530673_A_G:3510,235,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,87:91:99:1|1:530663_T_A:3870,103,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530663_T_A:2340,157,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530653_A_T:5576,373,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:3:.:.:0,3,3580:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,38:58:99:0|1:530724_A_G:1661,0,716:. 1|0:68,22:90:99:.:.:706,0,2781:. 1|0:20,15:35:99:0|1:530598_C_A:648,0,994:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:1|1:530673_A_G:6300,421,0:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,157:157:99:1|1:530756_C_A:7226,488,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,40:75:99:0|1:530622_A_G:1598,0,2027:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2215:. 1|1:8,211:219:99:1|1:530756_C_A:9134,275,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,118:119:99:1|1:530756_C_A:5181,316,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,19:144:99:0|1:530622_A_G:418,0,5818:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530653_A_T:4995,334,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,52:186:99:0|1:530673_A_G:1978,0,5623:. 1|1:3,163:166:99:1|1:530605_G_A:7875,410,0:. 1|0:24,59:83:99:.:.:2444,0,2969:. 0|1:82,40:122:99:0|1:530744_T_C:1497,0,3485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,132:139:61:1|1:530756_C_A:5414,61,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:530673_A_G:3330,223,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530680_AGG_A:4365,292,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,196:196:99:1|1:530653_A_T:9360,626,0:. 1|0:87,36:123:99:0|1:530605_G_A:1227,0,3671:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,20:130:99:0|1:530643_A_T:674,0,5026:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,49:73:99:0|1:530756_C_A:1929,0,850:. 0|0:202,0:202:0:.:.:0,0,3575:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:530676_A_G:4860,325,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530676_A_G:2565,172,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,16:168:99:0|1:530744_T_C:205,0,6460:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:530676_A_G:2655,178,0:. 1|1:0,89:89:99:1|1:530756_C_A:4107,277,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,5:39:99:.:.:105,0,1483:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530756_C_A:4928,334,0:. 0|1:24,44:68:99:0|1:530756_C_A:1763,0,887:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:530673_A_G:6435,430,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,13:78:99:.:.:344,0,2754:. 0|1:55,28:83:99:0|1:530756_C_A:1004,0,2300:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,9:173:83:.:.:0,83,7574:. 0|1:127,50:177:99:0|1:530605_G_A:1750,0,5305:. 1|1:1,162:163:99:1|1:530660_C_T:7470,461,0:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,74:100:99:0|1:530756_C_A:3029,0,829:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,46:91:99:0|1:530756_C_A:1761,0,1748:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,6:55:99:0|1:530756_C_A:101,0,2054:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,70:95:99:.:.:2900,0,834:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,52:143:99:0|1:530756_C_A:1943,0,3737:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:1,55:56:99:0|1:530680_AGG_A:2306,0,414:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:1|1:530667_G_A:1935,129,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:202,20:222:99:0|1:530756_C_A:268,0,8418:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,21:105:99:.:.:623,0,3763:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1682:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,17:80:99:0|1:530756_C_A:495,0,2726:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:49:.:.:0,49,2323:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,96:152:99:0|1:530756_C_A:3812,0,2045:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,0:48:.:.:.:.:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,47:61:99:0|1:530724_A_G:1922,0,572:. 1|0:33,26:59:99:.:.:999,0,1371:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,43:76:99:0|1:530756_C_A:1773,0,1250:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,2:63:99:0|1:530756_C_A:0,106,2774:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:1|1:530653_A_T:8190,548,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1400:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:79,28:107:99:0|1:530744_T_C:1031,0,3679:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530756_C_A:3494,235,0:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,44:120:99:0|1:530680_AGGG_A:1655,0,3140:. 1|1:1,84:85:99:1|1:530756_C_A:3860,226,0:. 1|1:0,105:105:99:1|1:530653_A_T:5535,370,0:. 0|1:21,73:94:99:0|1:530679_G_GCAA:3125,0,844:. 1|1:2,92:94:99:1|1:530676_A_G:4410,217,0:. 0|1:38,7:45:99:0|1:530756_C_A:168,0,1743:. 1|1:19,0:19:.:.:.:.:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:179,67:246:99:0|1:530756_C_A:2191,0,7259:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1483:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,45:49:33:0|1:530756_C_A:1861,0,33:. 0|0:97,0:97:18:.:.:0,18,2217:. 1|0:4,54:58:83:0|1:530676_A_G:2333,0,83:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,711:. 1|0:32,16:48:99:0|1:530756_C_A:559,0,1296:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,621:. 1|1:0,166:166:99:1|1:530663_T_A:7695,515,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,148:154:99:1|1:530673_A_G:6930,230,0:. 1|1:0,162:162:99:1|1:530673_A_G:8685,581,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:0:.:.:0,0,2492:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530666_G_A:4320,289,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:1|1:530666_G_T:6660,446,0:. 1|1:0,203:203:99:1|1:530756_C_A:9209,623,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,161:161:99:1|1:530666_G_A:7515,503,0:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530666_G_A:5130,343,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530666_G_A:5085,340,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:0:.:.:0,0,4824:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:1|1:530666_G_A:6300,421,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530666_G_A:4230,283,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:530666_G_A:6660,446,0:. 1|1:0,248:248:99:1|1:530756_C_A:11214,759,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530680_AGG_A:3780,253,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:543,0:543:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:848,0:848:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,355:355:99:1|1:530666_G_A:16245,1087,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530663_T_A:2295,154,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1424:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2823:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:467,0:467:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,67:77:99:0|1:530756_C_A:2871,0,209:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:1|1:530666_G_A:5310,355,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:115,107:222:99:0|1:530756_C_A:4020,0,4594:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,67:68:99:1|1:530756_C_A:2945,162,0:. 1|1:0,486:486:99:1|1:530663_T_A:22455,1502,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530666_G_A:5040,337,0:. 1|1:0,167:167:99:1|1:530692_G_T:7875,527,0:. 1|0:20,193:213:99:0|1:530756_C_A:8112,0,226:. 1|0:158,13:171:52:0|1:530756_C_A:52,0,6604:. 0|0:27,0:27:81:0|1:530756_C_A:0,81,1215:. 1|1:1,96:97:99:1|1:530692_G_T:4320,250,0:. 1|0:203,66:269:99:0|1:530731_T_A:2187,0,8532:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,1049:. 1|1:14,203:217:56:1|1:530692_G_T:9000,56,0:. 0|1:83,168:251:99:0|1:530605_G_A:7128,0,3123:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:181,49:230:99:0|1:530756_C_A:1656,0,7462:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:315,0:315:0:.:.:0,0,8194:. 1|1:6,178:184:99:1|1:530756_C_A:7660,289,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:240,26:266:99:0|1:530756_C_A:335,0,9800:. 1|1:1,478:479:99:1|1:530756_C_A:21742,1327,0:. 1|0:80,89:169:99:0|1:530712_G_A:3619,0,3124:. 0|1:242,95:337:99:0|1:530756_C_A:3201,0,9791:. 1|0:47,149:196:99:0|1:530756_C_A:6011,0,1550:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,48:119:99:0|1:530756_C_A:1766,0,2876:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,4:83:76:0|1:530756_C_A:0,76,3465:. 0|1:82,118:200:99:0|1:530756_C_A:4599,0,3038:. 1|0:9,2:11:57:0|1:530756_C_A:57,0,372:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,468:481:99:1|1:530673_A_G:21060,902,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,3:60:46:0|1:530756_C_A:0,46,2430:. 1|1:3,168:171:99:.:.:7178,261,0:. 1|0:25,69:94:99:0|1:530756_C_A:2848,0,853:. 0|1:21,199:220:99:0|1:530756_C_A:8229,0,315:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:633,0:633:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:187,14:201:70:0|1:530666_G_T:70,0,8350:. 1|0:207,221:428:99:0|1:530756_C_A:8623,0,8480:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,452:452:99:1|1:530663_T_A:21375,1430,0:. 1|0:36,69:105:99:0|1:530605_G_A:2999,0,1289:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,168:169:99:1|1:530673_A_G:8820,551,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,41:110:99:0|1:530756_C_A:1529,0,2771:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:8:.:.:0,8,1802:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:92:.:.:0,92,1718:. 1|1:0,81:81:99:1|1:530666_G_T:4455,298,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,47:57:99:0|1:530673_A_G:2279,0,254:. 1|1:0,23:23:75:1|1:530663_T_A:1125,75,0:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:251,60:311:99:0|1:530612_A_G:1782,0,10692:. 1|0:216,82:298:99:0|1:530612_A_G:2898,0,9108:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,89:90:99:1|1:530712_G_A:4140,238,0:. 0|1:198,51:249:99:0|1:530605_G_A:1698,0,8358:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530663_T_A:6255,418,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:530666_G_A:5130,343,0:. 0|0:483,0:483:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,13:73:99:0|1:530756_C_A:359,0,2529:. 0|1:184,101:285:99:0|1:530756_C_A:3654,0,7392:. 0|0:724,0:724:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:1|1:530756_C_A:7503,509,0:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530756_C_A:2048,138,0:. 0|0:28,0:28:47:.:.:0,47,871:. 1|1:8,224:232:99:1|1:530756_C_A:9637,365,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 530801 . A T 1.80192e+07 PASS FS=0;MQ=57.79;QD=25.36;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I1196F;SNPEFF_CODON_CHANGE=Att/Ttt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.691;VQSLOD=9.25;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.002;FractionInformativeReads=0.993;GC=19.05;GQ_MEAN=102.2;GQ_STDDEV=86.14;HRun=4;InbreedingCoeff=0.5064;MQRankSum=0;NCC=5;ReadPosRankSum=-0.245;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13426385;AF=0.679;AS_InbreedingCoeff=0.6248;MLEAC=3356;MLEAF=0.686;AN=838;AC=579 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:21,24:45:99:.:.:618,0,544:. 1|1:1,50:51:99:.:.:1564,143,0:. 1|0:22,24:46:99:0|1:530762_A_G:1099,0,837:. 1|0:21,33:54:99:0|1:530759_A_G:1406,0,746:. 1|0:2,11:13:51:.:.:306,0,51:. 0|1:2,23:25:1:0|1:530762_A_G:960,0,1:. 1|1:0,29:29:87:.:.:939,87,0:. 1|1:45,0:45:.:.:.:.:. 1|1:52,0:52:.:.:.:.:. 1|0:9,28:37:99:0|1:530801_A_T:1171,0,291:. 1|1:0,23:23:72:.:.:901,72,0:. 1|1:28,0:28:.:.:.:.:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1507,102,0:. 1|1:0,17:17:61:1|1:530673_A_G:889,61,0:. 0|1:10,11:21:99:0|1:530762_A_G:432,0,387:. 1|1:0,21:21:63:1|1:530762_A_G:945,63,0:. 1|1:10,0:10:.:.:.:.:. 1|1:0,21:21:66:1|1:530762_A_G:990,66,0:. 1|1:21,0:21:.:.:.:.:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530759_A_G:2165,153,0:. 1|0:11,24:35:99:0|1:530801_A_T:965,0,388:. 1|1:46,0:46:.:.:.:.:. 1|1:0,210:210:99:.:.:6389,631,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2253,222,0:. 1|1:31,0:31:.:.:.:.:. 1|0:78,16:94:99:0|1:530673_A_G:532,0,3249:. 0|1:2,10:12:99:0|1:530762_A_G:414,0,209:. 1|1:0,7:7:21:1|1:530801_A_T:315,21,0:. 1|1:53,0:53:.:.:.:.:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1998,172,0:. 1|0:54,38:92:99:0|1:530759_A_G:1505,0,2309:. 0|1:13,70:83:99:.:.:2724,0,329:. 0|1:18,24:42:99:0|1:530762_A_G:993,0,723:. 1|1:0,141:141:99:1|1:530673_A_G:6702,449,0:. 1|1:34,0:34:.:.:.:.:. 1|0:13,77:90:99:.:.:3149,0,180:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530762_A_G:2790,187,0:. 1|1:2,46:48:60:1|1:530762_A_G:2037,60,0:. 0|1:9,50:59:99:0|1:530790_G_A:2074,0,227:. 1|1:0,53:53:99:.:.:2108,162,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530762_A_G:3645,244,0:. 1|0:54,33:87:99:0|1:530785_A_T:1253,0,2286:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530676_A_G:4671,316,0:. 1|1:0,205:205:99:.:.:6116,614,0:. 0|1:41,66:107:99:0|1:530801_A_T:2588,0,1590:. 1|1:2,64:66:99:.:.:2569,130,0:. 1|1:0,18:18:54:1|1:530762_A_G:810,54,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530762_A_G:4584,321,0:. 0|1:18,50:68:99:.:.:1626,0,401:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530676_A_G:2295,154,0:. 1|1:0,19:19:57:1|1:530762_A_G:833,57,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530762_A_G:3105,208,0:. 0|0:256,0:256:0:.:.:0,0,5975:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530666_G_T:3690,247,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530676_A_G:2371,174,0:. 1|1:0,114:114:99:1|1:530762_A_G:5120,352,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,25:40:99:0|1:530622_A_G:1086,0,574:. 0|1:40,49:89:99:.:.:1645,0,974:. 0|1:85,22:107:99:0|1:530680_AGGG_A:695,0,3608:. 1|1:7,123:130:99:.:.:5263,103,0:. 1|1:0,72:72:99:1|1:530762_A_G:3420,229,0:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530676_A_G:6107,409,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:530762_A_G:1755,117,0:. 0|1:20,61:81:99:.:.:2696,0,641:. 1|0:31,74:105:99:0|1:530762_A_G:3092,0,1157:. 1|1:0,38:38:99:1|1:530785_A_T:1890,126,0:. 1|1:0,33:33:99:1|1:530676_A_G:1561,105,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:530762_A_G:2664,186,0:. 1|1:0,71:71:99:1|1:530801_A_T:3139,217,0:. 1|1:0,16:16:51:1|1:530801_A_T:718,51,0:. 1|1:0,68:68:99:1|1:530762_A_G:3105,208,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:3084,217,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:530759_A_G:2012,138,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 1|1:1,200:201:99:.:.:8577,617,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:3748,274,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,29:29:90:1|1:530785_A_T:1350,90,0:. 1|0:48,14:62:99:0|1:530772_AC_A:428,0,2171:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,28:31:7:0|1:530762_A_G:1199,0,7:. 0|1:22,113:135:99:.:.:3183,0,283:. 1|1:0,47:47:99:1|1:530673_A_G:2187,147,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530785_A_T:4384,295,0:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530663_T_A:2389,169,0:. 0|1:5,58:63:32:0|1:530762_A_G:2462,0,32:. 1|1:0,115:115:99:1|1:530653_A_T:5387,364,0:. 1|1:6,107:113:99:.:.:4593,157,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4510,445,0:. 1|1:1,149:150:99:.:.:4356,417,0:. 1|1:1,59:60:99:.:.:2362,148,0:. 1|0:16,59:75:99:.:.:2497,0,485:. 1|0:3,51:54:2:0|1:530598_C_A:2197,0,2:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5113,507,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5406,489,0:. 1|1:5,119:124:99:1|1:530772_AC_A:5299,166,0:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530673_A_G:4102,277,0:. 0|0:260,0:260:46:.:.:0,46,6516:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5704,571,0:. 1|0:7,91:98:40:0|1:530759_A_G:3663,0,40:. 1|1:3,64:67:17:1|1:530785_A_T:2735,17,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:530762_A_G:3702,253,0:. 1|1:8,217:225:99:1|1:530759_A_G:8948,354,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:5142,437,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,121:136:57:.:.:3222,0,57:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530759_A_G:4994,340,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,105:165:99:0|1:530759_A_G:4093,0,2121:. 1|1:1,235:236:99:.:.:6914,697,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530653_A_T:3956,265,0:. 1|1:0,200:200:99:1|1:530759_A_G:8961,617,0:. 0|1:121,31:152:99:0|1:530673_A_G:1054,0,5088:. 1|1:2,121:123:99:1|1:530605_G_A:5644,301,0:. 1|0:6,65:71:99:.:.:2907,0,1775:. 1|1:0,89:89:99:1|1:530770_AG_A:4185,280,0:. 1|0:36,57:93:99:0|1:530774_G_A:2411,0,1331:. 1|0:13,93:106:99:0|1:530756_C_A:3992,0,257:. 1|0:20,140:160:99:.:.:5769,0,481:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530673_A_G:3414,229,0:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4940,498,0:. 1|1:0,65:65:99:1|1:530680_AGG_A:3060,205,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530762_A_G:4257,286,0:. 1|1:0,223:223:99:1|1:530653_A_T:9597,680,0:. 1|0:23,97:120:99:0|1:530605_G_A:4004,0,576:. 1|1:0,120:120:99:1|1:530762_A_G:5715,382,0:. 1|0:7,103:110:99:0|1:530785_A_T:4548,0,230:. 1|0:81,34:115:99:0|1:530785_A_T:1178,0,3258:. 0|1:18,48:66:99:0|1:530785_A_T:1956,0,611:. 0|0:184,0:184:0:.:.:0,0,3572:. 0|1:22,182:204:99:0|1:530759_A_G:7664,0,437:. 1|1:0,145:145:99:.:.:6680,460,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:7348,748,0:. 0|1:96,13:109:99:.:.:227,0,4011:. 1|0:14,154:168:99:0|1:530759_A_G:6492,0,145:. 1|1:15,248:263:99:1|1:530759_A_G:10260,134,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:530676_A_G:3801,256,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:530676_A_G:2649,178,0:. 1|1:1,134:135:99:1|1:530762_A_G:6201,382,0:. 1|0:27,136:163:99:.:.:5282,0,741:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:530676_A_G:2430,163,0:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3465,345,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3256,323,0:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530801_A_T:3742,259,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,49:55:99:.:.:2064,0,111:. 1|0:49,84:133:99:0|1:530801_A_T:3365,0,2576:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3819,386,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530785_A_T:2951,212,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3386,337,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530673_A_G:4295,289,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530801_A_T:4503,313,0:. 1|0:13,79:92:99:.:.:3326,0,302:. 1|1:0,60:60:99:1|1:530789_G_C:2749,185,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,128:172:99:.:.:5207,0,1643:. 0|1:110,37:147:99:0|1:530605_G_A:1191,0,4701:. 1|1:0,171:171:99:1|1:530785_A_T:7423,523,0:. 1|1:0,8:8:24:1|1:530801_A_T:360,24,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530801_A_T:4057,280,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4529,449,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530759_A_G:3907,271,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530762_A_G:1980,132,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3670,304,0:. 1|0:62,98:160:99:.:.:2400,0,2442:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530785_A_T:3510,235,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:2491,169,0:. 1|1:0,71:71:99:1|1:530785_A_T:3324,225,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:1|1:530785_A_T:2655,178,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530762_A_G:3645,244,0:. 1|1:2,89:91:99:.:.:4095,196,0:. 1|0:131,26:157:99:0|1:530762_A_G:712,0,5797:. 1|0:20,54:74:99:.:.:2068,0,674:. 1|1:0,124:124:99:1|1:530762_A_G:5482,379,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:5530,474,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530762_A_G:4500,301,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:6246,629,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530680_AGG_A:2313,157,0:. 0|1:22,72:94:99:0|1:530762_A_G:3158,0,818:. 1|1:0,223:223:99:1|1:530801_A_T:9980,683,0:. 0|1:73,18:91:99:.:.:529,0,3152:. 1|1:0,41:41:99:1|1:530667_G_A:2058,138,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530762_A_G:4365,292,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:530759_A_G:4383,303,0:. 1|1:1,166:167:99:.:.:4846,468,0:. 1|1:0,128:128:99:.:.:4185,384,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4936,465,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,58:104:99:.:.:2230,0,2029:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530762_A_G:2970,199,0:. 1|0:58,9:67:99:0|1:530762_A_G:203,0,2281:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530801_A_T:2116,144,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2576,231,0:. 0|1:70,48:118:99:.:.:1765,0,2370:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530762_A_G:4135,283,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:1|1:530773_C_A:5745,397,0:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530762_A_G:5085,340,0:. 1|0:18,7:25:99:0|1:530762_A_G:213,0,835:. 1|1:1,152:153:99:.:.:4893,428,0:. 1|1:0,64:64:99:1|1:530801_A_T:3003,202,0:. 1|0:19,41:60:99:.:.:1703,0,713:. 1|1:0,54:54:99:1|1:530801_A_T:2290,165,0:. 0|1:58,24:82:99:.:.:791,0,2398:. 0|1:14,65:79:99:.:.:2749,0,425:. 0|1:51,9:60:99:0|1:530762_A_G:266,0,2111:. 1|1:0,43:43:99:1|1:530762_A_G:1935,129,0:. 0|1:11,32:43:99:.:.:1319,0,366:. 1|1:0,84:84:99:1|1:530759_A_G:3646,259,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530762_A_G:2295,154,0:. 1|0:45,59:104:99:.:.:2302,0,1730:. 1|1:0,180:180:99:1|1:530653_A_T:7777,548,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,119,1604:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1400:. 1|0:91,24:115:99:0|1:530762_A_G:719,0,3959:. 1|1:0,107:107:99:1|1:530801_A_T:4655,322,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:.:.:2071,141,0:. 1|1:4,99:103:99:.:.:4270,141,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2425,240,0:. 0|1:2,6:8:25:.:.:163,0,25:. 1|0:23,134:157:99:0|1:530762_A_G:5683,0,553:. 0|1:47,33:80:99:0|1:530762_A_G:1235,0,3164:. 1|0:73,33:106:99:0|1:530680_AGGG_A:1144,0,3126:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530756_C_A:3809,235,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:530653_A_T:3632,244,0:. 0|1:22,71:93:99:0|1:530679_G_GCAA:2870,0,1053:. 1|1:1,67:68:99:1|1:530676_A_G:3195,175,0:. 0|1:36,18:54:99:0|1:530801_A_T:632,0,1396:. 0|0:21,0:21:.:.:.:.:. 1|0:8,74:82:99:0|1:530801_A_T:3040,0,176:. 1|1:0,205:205:99:1|1:530785_A_T:9865,662,0:. 1|0:45,67:112:99:0|1:530762_A_G:2792,0,1847:. 1|0:19,123:142:99:0|1:530801_A_T:4811,0,407:. 1|1:0,11:11:33:1|1:530801_A_T:480,33,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:530762_A_G:1845,123,0:. 0|1:48,53:101:99:0|1:530762_A_G:2117,0,1956:. 0|1:60,32:92:99:0|1:530605_G_A:1238,0,2378:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530785_A_T:2200,147,0:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1811:. 1|1:3,56:59:52:1|1:530676_A_G:2503,52,0:. 1|1:0,14:14:42:1|1:530762_A_G:630,42,0:. 1|1:0,42:42:99:1|1:530785_A_T:2025,135,0:. 1|1:0,51:51:99:1|1:530801_A_T:2259,156,0:. 1|1:0,98:98:99:1|1:530762_A_G:4630,310,0:. 1|1:0,11:11:33:1|1:530801_A_T:495,33,0:. 1|1:0,178:178:99:1|1:530663_T_A:7831,544,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:530762_A_G:6705,449,0:. 1|0:8,95:103:80:0|1:530673_A_G:4120,0,80:. 1|1:0,116:116:99:1|1:530673_A_G:5473,367,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:530762_A_G:5601,382,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:530666_G_A:3420,229,0:. 1|0:11,109:120:99:.:.:4479,0,164:. 1|1:0,88:88:99:1|1:530666_G_T:4130,277,0:. 1|1:0,204:204:99:.:.:7216,613,0:. 1|1:0,31:31:99:1|1:530762_A_G:1530,102,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530666_G_A:4930,331,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:530666_G_A:3889,262,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:530762_A_G:4275,286,0:. 1|1:0,91:91:99:1|1:530666_G_A:4210,283,0:. 1|1:0,230:230:99:1|1:530762_A_G:10575,707,0:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,68:69:99:1|1:530762_A_G:3020,167,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,66:83:99:0|1:530762_A_G:2804,0,509:. 1|1:0,101:101:99:1|1:530666_G_A:4795,322,0:. 0|0:166,11:177:56:0|1:530762_A_G:0,56,7241:. 1|1:0,99:99:99:1|1:530801_A_T:4429,301,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:530801_A_T:5301,364,0:. 1|1:0,222:222:99:1|1:530762_A_G:10350,692,0:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3909,298,0:. 1|1:0,101:101:99:1|1:530666_G_A:4545,304,0:. 1|1:5,89:94:61:1|1:530801_A_T:3734,61,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530666_G_A:4793,322,0:. 1|1:0,244:244:99:.:.:8556,734,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:530680_AGG_A:4657,313,0:. 1|1:0,108:108:99:1|1:530762_A_G:4995,334,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,300:300:99:1|1:530801_A_T:12976,906,0:. 0|0:871,0:871:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:1|1:530666_G_A:9000,602,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:530663_T_A:2195,147,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1424:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 1|1:2,85:87:99:1|1:530785_A_T:3861,181,0:. 1|1:0,93:93:99:1|1:530762_A_G:4320,289,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530762_A_G:4365,292,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:530762_A_G:2655,178,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:530785_A_T:3231,217,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,86:87:99:1|1:530666_G_A:4040,232,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:4,145:149:99:1|1:530785_A_T:6525,281,0:. 1|1:1,37:38:35:1|1:530762_A_G:1585,35,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:530759_A_G:5643,394,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2738,250,0:. 1|1:0,505:505:99:1|1:530663_T_A:22479,1543,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,235:247:99:.:.:7516,305,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:0:.:.:0,0,8203:. 1|1:0,93:93:99:1|1:530666_G_A:4275,286,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:530692_G_T:5132,346,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:530785_A_T:9228,644,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:530785_A_T:7987,536,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530762_A_G:2250,151,0:. 1|1:3,107:110:99:1|1:530692_G_T:4605,216,0:. 1|0:146,54:200:99:0|1:530731_T_A:1819,0,6094:. 1|0:13,28:41:99:0|1:530759_A_G:1086,0,462:. 1|1:9,223:232:99:1|1:530692_G_T:9114,268,0:. 0|1:83,182:265:99:0|1:530605_G_A:7322,0,3073:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,309:309:99:1|1:530759_A_G:13667,951,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:1|1:530785_A_T:7574,515,0:. 1|0:163,90:253:99:0|1:530759_A_G:3245,0,6907:. 1|0:25,133:158:99:.:.:5460,0,668:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,279:279:99:1|1:530762_A_G:12436,867,0:. 1|1:4,117:121:99:1|1:530759_A_G:5300,199,0:. 1|0:97,8:105:21:.:.:21,0,4196:. 1|0:37,171:208:99:.:.:6826,0,1092:. 1|1:3,60:63:58:1|1:530762_A_G:2536,58,0:. 1|1:2,254:256:99:.:.:11150,705,0:. 1|1:1,480:481:99:.:.:15772,1408,0:. 1|0:74,106:180:99:0|1:530759_A_G:4117,0,2705:. 1|1:0,237:237:99:1|1:530785_A_T:10788,722,0:. 1|1:7,137:144:99:1|1:530759_A_G:5988,156,0:. 1|0:9,41:50:99:0|1:530762_A_G:1736,0,251:. 0|1:38,179:217:99:.:.:7366,0,1071:. 1|1:0,90:90:99:.:.:3966,271,0:. 1|1:3,75:78:56:.:.:3220,56,0:. 0|1:97,99:196:99:0|1:530762_A_G:3844,0,3674:. 1|1:1,81:82:99:1|1:530785_A_T:3780,214,0:. 1|1:1,175:176:99:1|1:530785_A_T:7854,453,0:. 1|1:0,13:13:39:1|1:530785_A_T:585,39,0:. 0|0:257,17:274:20:.:.:0,20,10223:. 1|1:11,467:478:99:1|1:530673_A_G:20368,963,0:. 1|1:3,275:278:99:1|1:530759_A_G:11860,707,0:. 1|1:1,149:150:99:1|1:530785_A_T:6782,416,0:. 1|1:1,124:125:99:.:.:5562,190,0:. 1|0:6,81:87:75:0|1:530785_A_T:3315,0,75:. 0|1:14,213:227:25:0|1:530759_A_G:8608,0,25:. 0|0:242,0:242:0:.:.:0,0,6949:. 1|1:29,437:466:99:1|1:530762_A_G:19013,123,0:. 0|0:177,11:188:13:0|1:530666_G_T:0,13,7742:. 1|0:207,220:427:99:0|1:530785_A_T:8463,0,8063:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,488:488:99:1|1:530663_T_A:21348,1490,0:. 1|0:33,78:111:99:0|1:530605_G_A:2999,0,1151:. 1|1:2,297:299:99:1|1:530785_A_T:14040,861,0:. 1|1:1,118:119:99:1|1:530673_A_G:5355,319,0:. 1|0:27,130:157:99:.:.:5445,0,783:. 1|1:0,22:22:66:1|1:530762_A_G:990,66,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:530762_A_G:3195,214,0:. 1|1:0,82:82:99:1|1:530785_A_T:3942,265,0:. 1|1:0,133:133:99:1|1:530801_A_T:5947,406,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:530762_A_G:5130,343,0:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,173:239:99:0|1:530759_A_G:6825,0,2184:. 1|1:0,159:159:99:1|1:530762_A_G:7515,503,0:. 1|1:0,161:161:99:1|1:530801_A_T:7083,491,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:530801_A_T:9310,635,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2243,196,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:530762_A_G:3150,211,0:. 1|1:0,230:230:99:.:.:8139,692,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:6969,604,0:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,322:322:99:1|1:530759_A_G:14550,999,0:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:352,0:352:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:530762_A_G:2385,160,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:530666_G_T:3683,247,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,34:43:99:0|1:530673_A_G:1516,0,267:. 1|1:0,26:26:78:1|1:530663_T_A:1105,78,0:. 1|1:0,180:180:99:1|1:530762_A_G:8280,554,0:. 1|0:240,64:304:99:0|1:530612_A_G:1900,0,10142:. 1|0:241,78:319:99:0|1:530612_A_G:2320,0,9869:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:530759_A_G:4005,268,0:. 0|1:189,70:259:99:0|1:530605_G_A:2231,0,8093:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:0:.:.:0,0,6426:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,84:104:99:0|1:530744_T_C:3584,0,693:. 1|1:0,92:92:99:1|1:530666_G_A:4378,295,0:. 1|0:323,93:416:99:0|1:530762_A_G:2927,0,13952:. 1|1:0,84:84:99:.:.:3104,252,0:. 1|1:0,233:233:99:.:.:8763,710,0:. 0|0:716,0:716:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6064,535,0:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1671,147,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:805,69,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:530801_A_T:6075,406,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:530762_A_G:5175,346,0:. Pf3D7_01_v3 530839 . A G 1.10017e+07 PASS FS=0;MQ=60.43;QD=31.06;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R1208;SNPEFF_CODON_CHANGE=agA/agG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.663;VQSLOD=9.61;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.998;GC=28.57;GQ_MEAN=104.83;GQ_STDDEV=57.46;HRun=1;InbreedingCoeff=0.5331;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=2.17;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13842551;AF=0.376;AS_InbreedingCoeff=0.7808;MLEAC=1980;MLEAF=0.377;AN=858;AC=323 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:14,23:37:99:.:.:563,0,317:. 1|1:0,46:46:99:1|1:530839_A_G:1861,150,0:. 0|1:12,33:45:99:.:.:1221,0,287:. 0|0:60,2:62:99:.:.:0,127,1860:. 0|0:28,2:30:31:.:.:0,31,864:. 1|0:29,7:36:88:.:.:88,0,962:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1279,135,0:. 0|0:51,0:51:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,27:27:81:.:.:764,81,0:. 0|1:38,10:48:99:.:.:132,0,1056:. 1|0:14,12:26:99:0|1:530839_A_G:420,0,354:. 0|0:28,0:28:27:.:.:0,27,405:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:14,4:18:58:.:.:58,0,396:. 1|0:14,10:24:99:0|1:530839_A_G:318,0,378:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:8,0:8:6:.:.:0,6,90:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:15,0:15:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1344,147,0:. 0|1:44,9:53:97:.:.:97,0,1450:. 0|0:44,0:44:33:.:.:0,33,495:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1804,203,0:. 0|0:27,0:27:24:.:.:0,24,360:. 0|1:17,63:80:99:.:.:1433,0,393:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1013,113,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,61:100:99:.:.:1299,0,865:. 1|1:4,87:91:99:.:.:2305,144,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1302:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:54:.:.:0,54,810:. 0|1:60,17:77:99:.:.:475,0,2219:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:6,35:41:68:0|1:530839_A_G:1308,0,68:. 1|0:45,14:59:99:.:.:146,0,1539:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:46,6:52:4:.:.:4,0,1254:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,21:65:99:.:.:586,0,1659:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,673:. 1|1:6,92:98:99:1|1:530839_A_G:3616,112,0:. 1|0:50,7:57:91:0|1:530839_A_G:91,0,1796:. 0|0:61,0:61:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:12,8:20:99:.:.:269,0,392:. 0|0:40,2:42:68:.:.:0,68,1137:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2010,215,0:. 1|0:25,77:102:99:.:.:1764,0,731:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,7:31:99:0|1:530839_A_G:171,0,659:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,80:93:97:0|1:530839_A_G:2939,0,97:. 0|1:63,8:71:99:0|1:530839_A_G:128,0,2143:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:12,43:55:99:.:.:1220,0,276:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:51:.:.:0,51,765:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,13:51:99:0|1:530839_A_G:379,0,1005:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1313:. 0|1:133,38:171:99:0|1:530839_A_G:1090,0,5166:. 0|1:11,82:93:99:0|1:530839_A_G:3042,0,201:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1830,214,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:12,47:59:99:.:.:1769,0,231:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1589,178,0:. 1|0:35,9:44:99:.:.:105,0,1087:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,211:211:99:.:.:5742,632,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,55:57:99:.:.:1467,108,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,20:142:99:.:.:130,0,3310:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:23,42:65:99:.:.:1111,0,782:. 1|0:21,20:41:99:.:.:423,0,687:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,78:96:99:0|1:530839_A_G:2827,0,240:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,210:214:99:1|1:530839_A_G:8124,468,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5332,598,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:530839_A_G:4029,297,0:. 1|0:27,33:60:99:.:.:718,0,670:. 1|0:28,20:48:99:0|1:530839_A_G:663,0,709:. 1|1:0,228:228:99:.:.:6412,682,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:1|1:530839_A_G:8367,626,0:. 1|0:16,137:153:21:.:.:3316,0,21:. 1|1:0,166:166:99:1|1:530839_A_G:6904,514,0:. 0|1:21,46:67:99:.:.:1003,0,449:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,106:163:99:.:.:3873,0,1839:. 1|1:0,232:232:99:.:.:6271,692,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:1|1:530839_A_G:7800,577,0:. 1|1:8,132:140:99:1|1:530839_A_G:5279,181,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,21:44:99:.:.:434,0,1545:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,31:98:99:.:.:989,0,2250:. 0|1:72,15:87:99:.:.:102,0,2561:. 0|1:86,20:106:99:0|1:530839_A_G:430,0,2955:. 1|0:41,6:47:19:.:.:19,0,1101:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:1|1:530839_A_G:7987,577,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,18:98:99:0|1:530839_A_G:444,0,3211:. 0|1:83,13:96:39:.:.:39,0,2248:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,31:179:99:.:.:298,0,3923:. 1|1:0,196:196:99:1|1:530839_A_G:8349,602,0:. 0|0:58,3:61:66:0|1:530839_A_G:0,66,1735:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,119:131:39:1|1:530839_A_G:4471,39,0:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5764,497,0:. 1|1:0,238:238:99:.:.:7806,716,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,54:95:99:.:.:1295,0,937:. 0|1:143,34:177:99:.:.:635,0,3846:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3086,326,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,38:54:99:.:.:1118,0,389:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:3792,431,0:. 1|1:3,55:58:84:.:.:1364,84,0:. 1|1:0,238:238:99:.:.:6317,713,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,125:131:99:1|1:530839_A_G:5030,177,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,68:88:99:.:.:2089,0,372:. 0|0:33,2:35:73:.:.:0,73,1014:. 1|1:3,151:154:99:1|1:530839_A_G:6022,338,0:. 1|0:77,58:135:99:.:.:1832,0,2601:. 1|1:7,159:166:99:.:.:4146,277,0:. 1|1:1,166:167:99:1|1:530839_A_G:6814,477,0:. 0|0:11,0:11:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2364,263,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:530839_A_G:3682,271,0:. 0|0:61,0:61:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,60:141:99:0|1:530839_A_G:1881,0,3135:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,17:58:99:0|1:530839_A_G:500,0,1111:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3223,351,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2915,319,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,15:51:99:.:.:292,0,1064:. 0|1:21,149:170:99:.:.:5616,0,292:. 0|1:53,20:73:99:0|1:530839_A_G:583,0,2185:. 1|1:0,112:112:99:1|1:530839_A_G:4744,346,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:530839_A_G:4270,316,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,54:147:99:.:.:1031,0,3492:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:69,23:92:99:.:.:692,0,2288:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,76:81:87:.:.:1970,87,0:. 0|0:56,0:56:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:1|1:530839_A_G:3644,265,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3645,403,0:. 1|0:17,62:79:99:.:.:2090,0,431:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1781:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,60:106:99:.:.:2144,0,1641:. 0|1:15,69:84:99:0|1:530839_A_G:2611,0,195:. 0|0:139,0:139:73:.:.:0,73,3491:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,183:183:99:1|1:530839_A_G:7591,563,0:. 1|0:14,93:107:99:.:.:2139,0,117:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,24:42:99:0|1:530839_A_G:902,0,468:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,18:39:99:.:.:600,0,558:. 0|0:42,0:42:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:10,68:78:86:.:.:1591,0,86:. 1|0:33,15:48:99:0|1:530839_A_G:457,0,905:. 1|0:13,44:57:99:.:.:1601,0,330:. 0|0:50,0:50:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:24,7:31:99:0|1:530839_A_G:142,0,709:. 1|1:0,75:75:99:1|1:530839_A_G:3053,225,0:. 0|0:62,0:62:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:73,29:102:99:.:.:815,0,2062:. 1|1:0,205:205:99:.:.:5466,613,0:. 1|1:1,87:88:99:.:.:2314,232,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3650,409,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1382,155,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1400:. 0|1:23,93:116:99:.:.:2195,0,611:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1795,203,0:. 0|0:61,0:61:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2279,251,0:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,214:. 0|1:98,37:135:99:0|1:530839_A_G:1145,0,3593:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2361,265,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,56:93:99:.:.:1213,0,845:. 0|0:44,1:45:88:0|1:530839_A_G:0,88,1287:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,495:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,38:102:99:.:.:713,0,1693:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:5:.:.:0,5,541:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,21:100:99:0|1:530605_G_A:463,0,2289:. 0|0:57,0:57:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:88,6:94:62:.:.:0,62,2507:. 0|1:44,7:51:64:.:.:64,0,1169:. 0|1:9,3:12:47:.:.:47,0,316:. 0|0:52,0:52:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6201,556,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7771,686,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,14:65:99:0|1:530839_A_G:391,0,1602:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7794,688,0:. 0|0:34,0:34:57:.:.:0,57,855:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,306:306:99:1|1:530839_A_G:13058,930,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,11:65:99:.:.:179,0,1752:. 1|1:0,271:271:99:.:.:9148,814,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5031,451,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,171:175:99:.:.:5674,408,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3251,292,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3661,322,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:87,17:104:99:.:.:242,0,3448:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,6:64:11:.:.:11,0,1877:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:.:.:8891,796,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,244:244:99:.:.:10347,737,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,936:936:99:1|1:530839_A_G:40295,2862,0:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1424:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:82,6:88:79:.:.:0,79,3125:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:371,0:371:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:449,0:449:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:5753,409,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2824,256,0:. 1|1:0,490:490:99:.:.:15863,1469,0:. 1|1:1,89:90:99:1|1:530839_A_G:3749,243,0:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:179,61:240:99:.:.:1273,0,5306:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,240:254:99:1|1:530839_A_G:9465,160,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,37:65:99:.:.:1018,0,798:. 1|1:9,217:226:99:.:.:6640,343,0:. 0|0:152,14:166:83:.:.:0,83,5733:. 0|0:339,0:339:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,95:103:46:.:.:2796,46,0:. 0|0:121,11:132:27:.:.:0,27,3837:. 1|1:1,40:41:84:.:.:1723,84,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8234,747,0:. 1|1:0,274:274:99:.:.:9808,823,0:. 1|1:0,253:253:99:1|1:530839_A_G:10751,770,0:. 1|1:0,310:310:99:.:.:13319,947,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,59:125:99:.:.:1505,0,1834:. 1|1:0,253:253:99:.:.:10802,770,0:. 1|1:4,153:157:99:.:.:6381,323,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,288:288:99:.:.:12147,875,0:. 0|0:51,4:55:2:0|1:530839_A_G:0,2,1700:. 0|1:8,91:99:32:.:.:3647,0,32:. 1|1:2,216:218:99:.:.:9243,593,0:. 1|1:1,73:74:99:.:.:3079,189,0:. 1|1:11,245:256:99:.:.:10210,364,0:. 1|1:0,466:466:99:.:.:19921,1407,0:. 1|0:80,90:170:99:.:.:3248,0,2872:. 1|0:20,103:123:99:0|1:530839_A_G:3843,0,258:. 0|1:38,39:77:99:0|1:530839_A_G:1456,0,1172:. 0|1:52,6:58:78:0|1:530839_A_G:78,0,1537:. 1|1:9,238:247:99:.:.:9778,390,0:. 0|0:54,3:57:57:0|1:530839_A_G:0,57,1629:. 0|1:31,17:48:99:0|1:530839_A_G:608,0,943:. 1|0:174,33:207:99:0|1:530839_A_G:792,0,6834:. 0|0:99,6:105:99:.:.:0,111,3734:. 1|1:5,171:176:99:.:.:7105,354,0:. 0|1:14,4:18:99:0|1:530839_A_G:127,0,365:. 1|0:246,37:283:99:0|1:530839_A_G:689,0,9531:. 1|1:9,519:528:99:.:.:21649,1202,0:. 1|1:1,294:295:99:.:.:12510,851,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,3:67:78:.:.:0,78,2169:. 1|1:2,100:102:99:.:.:3864,246,0:. 1|1:1,248:249:99:.:.:8420,717,0:. 1|1:2,220:222:99:.:.:8863,593,0:. 0|0:558,0:558:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,187:197:99:1|1:530839_A_G:7602,222,0:. 1|0:194,218:412:99:.:.:5802,0,5251:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,520:520:99:.:.:17198,1560,0:. 1|1:3,119:122:99:.:.:4143,250,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,27:112:99:0|1:530839_A_G:859,0,2590:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,295:295:99:.:.:9815,887,0:. 1|1:0,185:185:99:1|1:530839_A_G:7979,569,0:. 1|0:66,182:248:99:.:.:5121,0,1420:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,264:264:99:.:.:8630,792,0:. 1|1:0,176:176:99:1|1:530839_A_G:7491,533,0:. 1|1:1,208:209:99:.:.:8569,625,0:. 0|1:23,266:289:23:.:.:7996,0,23:. 1|1:1,392:393:99:1|1:530839_A_G:16654,1152,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3074,280,0:. 0|0:43,0:43:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,28:28:84:.:.:869,84,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,180:253:99:.:.:6234,0,1753:. 1|0:188,151:339:99:.:.:4581,0,5568:. 1|1:0,20:20:60:.:.:666,60,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7939,724,0:. 0|1:246,52:298:99:0|1:530839_A_G:1263,0,9705:. 0|0:37,2:39:49:.:.:0,49,1226:. 1|1:0,263:263:99:.:.:10220,793,0:. 0|1:241,62:303:99:.:.:1310,0,7667:. 1|1:7,209:216:99:1|1:530839_A_G:8675,420,0:. 1|1:0,278:278:99:1|1:530839_A_G:11922,858,0:. 0|1:50,19:69:99:0|1:530839_A_G:623,0,1572:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:27,315:342:99:1|1:530839_A_G:12545,141,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,723:723:99:1|1:530839_A_G:31066,2229,0:. 1|1:0,217:217:99:.:.:7038,650,0:. 1|1:0,295:295:99:.:.:9578,884,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1644,147,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 531416 . G A 4.18553e+06 PASS FS=2.596;MQ=52.08;QD=29.44;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D1401N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gac/Aac;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.46;VQSLOD=4.89;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=106.17;GQ_STDDEV=85.78;HRun=1;InbreedingCoeff=0.73;MQRankSum=0;NCC=5;ReadPosRankSum=0.484;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=8203736;AF=0.27;AS_InbreedingCoeff=0.5271;MLEAC=1306;MLEAF=0.278;AN=760;AC=184 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,34:34:99:1|1:531416_G_A:1604,111,0:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,799:. 0|0:49,0:49:83:.:.:0,83,1291:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,625:. 0|0:46,0:46:91:.:.:0,91,1209:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,929:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1154:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1044:. 1|0:8,4:12:99:0|1:531416_G_A:169,0,321:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,918:. 1|1:11,0:11:.:.:.:.:. 0|0:30,0:30:28:.:.:0,28,751:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,214:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,444:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,394:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,412:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,908:. 1|1:0,64:64:99:1|1:531368_A_G:2909,196,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,798:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,191:. 0|0:7,0:7:10:.:.:0,10,160:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1253:. 1|1:19,0:19:.:.:.:.:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,225:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,889:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,743:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,0:44:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,629:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,13:. 1|1:0,20:20:63:1|1:531368_A_G:929,63,0:. 1|1:0,132:132:99:1|1:531416_G_A:6009,406,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:38,21:59:99:0|1:531382_TA_T:767,0,1513:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,207:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,605:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,5:10:99:0|1:531416_G_A:195,0,189:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:.:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:531416_G_A:2037,138,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:531416_G_A:1665,111,0:. 0|0:41,4:45:36:.:.:0,36,1140:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,8:. 1|0:37,64:101:99:0|1:531357_C_T:1553,0,651:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,685:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1169:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1118:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:. 1|1:0,24:24:75:1|1:531368_A_G:1099,75,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,22:22:66:1|1:531368_A_G:990,66,0:. 0|1:27,57:84:99:0|1:531416_G_A:2339,0,952:. 1|1:1,31:32:54:1|1:531416_G_A:1351,54,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1330:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:17:.:.:0,17,1280:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,862:. 0|1:9,32:41:99:0|1:531405_T_A:1243,0,267:. 1|0:27,26:53:99:0|1:531416_G_A:1004,0,1399:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1267:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1332:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,45:49:99:0|1:531368_A_G:1873,0,154:. 0|1:11,45:56:99:0|1:531368_A_G:1881,0,345:. 1|1:0,91:91:99:1|1:531368_A_G:4129,279,0:. 1|1:1,57:58:99:.:.:1637,129,0:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,1675:. 0|1:24,9:33:99:.:.:163,0,689:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,59:69:99:0|1:531382_TA_T:2517,0,233:. 0|1:24,42:66:99:0|1:531416_G_A:1707,0,935:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:99,0:99:.:.:.:.:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,231:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:78,0:78:.:.:.:.:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,74:79:2:0|1:531416_G_A:3178,0,2:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,26:57:99:0|1:531416_G_A:1035,0,1214:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,55:89:99:.:.:1356,0,1129:. 1|1:0,135:135:99:1|1:531416_G_A:6098,412,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,116:117:99:1|1:531416_G_A:5178,321,0:. 0|1:131,0:131:.:.:.:.:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:11:.:.:0,11,1913:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,789:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:531368_A_G:2821,190,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,109:114:99:1|1:531416_G_A:4769,130,0:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,1598:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,48:83:99:.:.:1580,0,711:. 0|0:100,0:100:.:.:.:.:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1030:. 0|1:155,17:172:99:0|1:531389_A_AG:229,0,7548:. 0|1:23,70:93:99:0|1:531416_G_A:2920,0,801:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:531368_A_G:4164,280,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:1|1:531416_G_A:4269,289,0:. 1|1:2,93:95:99:1|1:531416_G_A:4120,212,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,18:45:99:0|1:531416_G_A:664,0,1121:. 1|1:112,0:112:.:.:.:.:. 1|1:0,83:83:99:1|1:531368_A_G:3766,253,0:. 1|1:0,68:68:99:1|1:531416_G_A:3075,211,0:. 0|0:52,1:53:95:0|1:531416_G_A:0,95,2271:. 1|1:0,52:52:99:1|1:531368_A_G:2393,163,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:. 1|1:0,73:73:99:1|1:531368_A_G:3285,220,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:59:1|1:531368_A_G:5304,59,0:. 1|1:1,43:44:87:1|1:531368_A_G:1886,87,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:531368_A_G:2189,147,0:. 0|0:91,0:91:.:.:.:.:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:0:.:.:0,0,2595:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,72:73:99:.:.:2182,190,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,262:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1423:. 1|1:0,57:57:99:1|1:531368_A_G:2538,172,0:. 1|1:0,55:55:99:1|1:531416_G_A:2470,166,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1488:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,11:78:99:0|1:531405_T_A:244,0,4311:. 1|0:11,22:33:99:0|1:531382_TA_T:891,0,396:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,63:79:99:0|1:531368_A_G:2183,0,599:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,983:. 1|1:3,56:59:52:1|1:531416_G_A:2423,52,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:531368_A_G:2258,154,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:531368_A_G:5993,403,0:. 0|1:54,45:99:99:0|1:531368_A_G:1760,0,2243:. 1|1:0,58:58:99:1|1:531368_A_G:2640,178,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:1|1:531368_A_G:3644,247,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1423:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,29:29:90:1|1:531368_A_G:1338,90,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:531416_G_A:1729,117,0:. 0|1:21,73:94:99:0|1:531416_G_A:3104,0,650:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:. 1|0:60,0:60:.:.:.:.:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1281:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,717:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1089:. 1|0:18,28:46:99:0|1:531382_TA_T:1145,0,669:. 0|1:16,51:67:99:0|1:531416_G_A:2093,0,502:. 0|1:50,0:50:.:.:.:.:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:2,50:52:70:1|1:531368_A_G:2191,70,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,0:99:.:.:.:.:. 0|0:72,5:77:55:0|1:531368_A_G:0,55,2979:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1176:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:3,33:36:35:0|1:531416_G_A:1401,0,35:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1500:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,957:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,957:. 1|1:0,27:27:84:1|1:531416_G_A:1246,84,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1164:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,34:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1395:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:531416_G_A:1757,120,0:. 0|0:79,0:79:50:.:.:0,50,1903:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1043:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1315:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,2525:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,0:4:12:.:.:0,12,112:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,42:97:99:0|1:531368_A_G:1349,0,2055:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1626:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,913:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,531:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,8:130:31:0|1:531368_A_G:0,31,4839:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,767:. 1|1:25,0:25:.:.:.:.:. 1|0:51,11:62:99:0|1:531416_G_A:298,0,2136:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,282:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,887:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1090:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,216:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:2,44:46:51:1|1:531382_TA_T:1889,51,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:1|1:531368_A_G:2008,135,0:. 0|0:90,0:90:86:.:.:0,86,2725:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,156:. 1|1:0,75:75:99:1|1:531368_A_G:3472,235,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,936:. 1|1:2,121:123:99:1|1:531416_G_A:5449,289,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:531416_G_A:3538,238,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:531368_A_G:2790,190,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,71:72:99:1|1:531368_A_G:3395,193,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:36:.:.:0,36,2486:. 1|1:0,90:90:99:1|1:531416_G_A:4146,280,0:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,2511:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,67:67:99:1|1:531368_A_G:3110,211,0:. 1|1:0,18:18:54:1|1:531368_A_G:810,54,0:. 1|0:48,0:48:.:.:.:0,0,0:. 1|1:99,0:99:.:.:.:0,0,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1392:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,81:81:99:1|1:531368_A_G:3670,247,0:. 0|0:306,0:306:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,153:153:99:1|1:531368_A_G:6998,470,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1416:. 1|1:0,21:21:63:1|1:531416_G_A:945,63,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:.:.:.:0,0,0:. 0|0:68,6:74:66:.:.:0,66,2024:. 1|1:3,98:101:99:1|1:531368_A_G:4380,178,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:531368_A_G:1645,111,0:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,28:28:90:1|1:531416_G_A:1280,90,0:. 0|0:118,0:118:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,101:101:99:1|1:531368_A_G:4582,307,0:. 1|1:0,68:68:99:1|1:531368_A_G:3090,208,0:. 1|1:87,0:87:.:.:.:0,0,0:. 0|1:120,0:120:.:.:.:0,0,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,2234:. 0|0:138,0:138:.:.:.:0,0,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,0:78:.:.:.:0,0,0:. 0|0:190,0:190:0:.:.:0,0,1625:. 0|1:3,23:26:29:.:.:705,0,29:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:1|1:531416_G_A:5737,385,0:. 1|1:0,61:61:99:1|1:531368_A_G:2779,187,0:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,2163:. 1|0:63,41:104:99:0|1:531416_G_A:1522,0,2544:. 0|1:6,78:84:11:0|1:531416_G_A:3183,0,11:. 1|1:124,0:124:.:.:.:0,0,0:. 1|1:128,0:128:.:.:.:0,0,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1728:. 1|0:14,70:84:99:0|1:531416_G_A:2949,0,371:. 1|0:59,0:59:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:531416_G_A:4611,310,0:. 1|1:297,0:297:.:.:.:0,0,0:. 0|1:117,0:117:.:.:.:0,0,0:. 1|0:246,0:246:.:.:.:0,0,0:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,2587:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,0:136:.:.:.:0,0,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,5:51:58:0|1:531357_C_T:0,58,1405:. 0|0:112,0:112:.:.:.:0,0,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1642:. 0|1:92,0:92:.:.:.:0,0,0:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,389:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:317,0:317:.:.:.:0,0,0:. 0|0:121,0:121:.:.:.:0,0,0:. 1|0:111,0:111:.:.:.:0,0,0:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,3190:. 0|1:50,0:50:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,89:90:99:1|1:531368_A_G:4022,232,0:. 1|1:1,88:89:99:1|1:531368_A_G:3922,215,0:. 0|1:9,85:94:99:0|1:531368_A_G:3532,0,268:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:319,0:319:.:.:.:0,0,0:. 1|1:252,0:252:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,162:163:99:1|1:531416_G_A:7417,464,0:. 1|0:58,0:58:.:.:.:0,0,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,3082:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:61:.:.:0,61,977:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,57:57:99:1|1:531368_A_G:2633,178,0:. 0|1:74,18:92:99:0|1:531416_G_A:549,0,3093:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:1|1:531366_GA_G:4424,298,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:531366_GA_G:3866,262,0:. 1|1:0,29:29:90:1|1:531368_A_G:1340,90,0:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1040:. 1|1:0,71:71:99:1|1:531368_A_G:3258,220,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:531368_A_G:3375,226,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:531416_G_A:4949,334,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,128:128:99:1|1:531416_G_A:5814,394,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1238:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,685:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,37:161:99:0|1:531386_G_A:1162,0,54274:. 0|1:109,47:156:99:0|1:531368_A_G:1621,0,4708:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:24,57:81:99:0|1:531368_A_G:2298,0,11416:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:37,42:79:99:0|1:531368_A_G:1743,0,13357:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,44:94:99:0|1:531368_A_G:1761,0,1961:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:75:1|1:531416_G_A:1099,75,0:. 1|1:0,8:8:24:1|1:531368_A_G:360,24,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 531418 . C T 5.24325e+06 PASS FS=5.807;MQ=49.89;QD=28.25;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D1401;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaC/gaT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.334;VQSLOD=3.48;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=23.81;GQ_MEAN=106.54;GQ_STDDEV=93.99;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6982;MQRankSum=0;NCC=9;ReadPosRankSum=0.492;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=8264362;AF=0.376;AS_InbreedingCoeff=0.7664;MLEAC=1714;MLEAF=0.388;AN=730;AC=269 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,37:37:99:1|1:531416_G_A:1604,111,0:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,845:. 0|0:50,0:50:84:.:.:0,84,1269:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,686:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1290:. 0|0:35,0:35:74:.:.:0,74,938:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1981,189,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1154:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1044:. 1|0:8,5:13:99:0|1:531416_G_A:169,0,321:. 1|1:32,0:32:.:.:.:.:. 1|1:12,0:12:.:.:.:.:. 0|0:29,0:29:.:.:.:.:. 0|1:7,2:9:40:.:.:40,0,142:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:. 1|1:0,7:7:21:.:.:231,21,0:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,490:. 1|1:0,14:14:42:.:.:449,42,0:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|0:19,8:27:99:.:.:154,0,409:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1023,99,0:. 1|1:0,65:65:99:1|1:531368_A_G:2909,196,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,900:. 0|0:89,0:89:0:.:.:0,0,1690:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,196:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,183:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1253:. 1|1:20,0:20:.:.:.:.:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,145:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,889:. 1|0:15,19:34:99:.:.:493,0,324:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,0:43:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,456:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,594:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,8:. 1|1:0,21:21:63:1|1:531368_A_G:929,63,0:. 1|1:0,135:135:99:1|1:531416_G_A:6009,406,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:38,21:59:99:0|1:531382_TA_T:767,0,1513:. 0|0:51,0:51:.:.:.:.:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2372,229,0:. 0|1:5,5:10:99:0|1:531416_G_A:195,0,189:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:531416_G_A:2037,138,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:531416_G_A:1665,111,0:. 1|1:4,42:46:25:.:.:1217,25,0:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:. 1|1:0,119:119:99:1|1:531357_C_T:5191,358,0:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,454:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4032,397,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1169:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1742:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1155:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,33:33:99:.:.:986,99,0:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:. 1|1:0,25:25:75:1|1:531368_A_G:1099,75,0:. 0|1:26,16:42:99:.:.:360,0,561:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,371:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,22:22:66:1|1:531368_A_G:990,66,0:. 0|1:27,58:85:99:0|1:531416_G_A:2339,0,952:. 1|1:1,32:33:54:1|1:531416_G_A:1351,54,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1330:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1306,129,0:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,678:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,731:. 0|1:9,31:40:99:0|1:531405_T_A:1201,0,270:. 1|0:27,26:53:99:0|1:531416_G_A:1004,0,1399:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1267:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2739,281,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1332:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:100,0:100:.:.:.:.:. 0|1:4,45:49:99:0|1:531368_A_G:1873,0,154:. 0|1:11,46:57:99:0|1:531368_A_G:1881,0,345:. 1|1:0,93:93:99:1|1:531368_A_G:4129,279,0:. 1|1:1,56:57:99:.:.:2507,145,0:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,203:. 1|1:0,35:35:99:1|1:531418_C_T:1729,120,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,62:72:99:0|1:531382_TA_T:2517,0,233:. 0|1:25,44:69:99:0|1:531416_G_A:1707,0,935:. 1|0:162,0:162:.:.:.:.:. 0|0:206,0:206:77:.:.:0,77,4487:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:97,0:97:.:.:.:.:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,219:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:79,0:79:.:.:.:.:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,78:84:2:0|1:531416_G_A:3178,0,2:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,28:60:99:0|1:531416_G_A:1035,0,1214:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,77:91:99:.:.:2946,0,549:. 1|1:0,137:137:99:1|1:531416_G_A:6098,412,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3188,312,0:. 1|1:1,118:119:99:1|1:531416_G_A:5178,321,0:. 0|1:131,0:131:.:.:.:.:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,283:. 0|0:129,0:129:0:.:.:0,0,315:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,806:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:1|1:531368_A_G:2821,190,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2665,266,0:. 1|1:5,113:118:99:1|1:531416_G_A:4769,130,0:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,763:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:3206,250,0:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,970:. 0|1:155,17:172:99:0|1:531389_A_AG:238,0,7422:. 0|1:23,73:96:99:0|1:531416_G_A:2915,0,830:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:531368_A_G:4164,280,0:. 0|0:140,0:140:0:.:.:0,0,2743:. 1|1:0,96:96:99:1|1:531416_G_A:4269,289,0:. 1|1:2,96:98:99:1|1:531416_G_A:4120,212,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3321,330,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1939,189,0:. 0|1:29,18:47:99:0|1:531416_G_A:664,0,1121:. 1|1:114,0:114:.:.:.:.:. 1|1:0,84:84:99:1|1:531368_A_G:3766,253,0:. 1|1:0,70:70:99:1|1:531416_G_A:3075,211,0:. 0|0:53,2:55:96:0|1:531416_G_A:0,96,2272:. 1|1:0,54:54:99:1|1:531368_A_G:2393,163,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1465,141,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:. 1|1:0,73:73:99:1|1:531368_A_G:3285,220,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:531368_A_G:5654,379,0:. 1|1:1,43:44:87:1|1:531368_A_G:1886,87,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:531368_A_G:2189,147,0:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:. 0|1:20,26:46:99:.:.:668,0,424:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,1384:. 0|0:140,0:140:0:.:.:0,0,2688:. 1|1:0,76:76:99:.:.:3324,228,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:157,15,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1423:. 1|1:0,57:57:99:1|1:531368_A_G:2538,172,0:. 1|1:0,55:55:99:1|1:531416_G_A:2470,166,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,1850:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1488:. 0|0:50,3:53:64:.:.:0,64,1273:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,11:76:99:0|1:531405_T_A:253,0,4185:. 1|0:11,22:33:99:0|1:531382_TA_T:891,0,396:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1893:. 0|1:12,70:82:84:.:.:2773,0,84:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,773:. 1|1:3,57:60:52:1|1:531416_G_A:2423,52,0:. 1|1:0,51:51:99:1|1:531368_A_G:2258,154,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:531368_A_G:5993,403,0:. 0|1:54,47:101:99:0|1:531368_A_G:1766,0,2159:. 1|1:0,59:59:99:1|1:531368_A_G:2640,178,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:531368_A_G:3644,247,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,12:92:85:.:.:85,0,1946:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:90:1|1:531368_A_G:1338,90,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:531416_G_A:1729,117,0:. 0|1:21,77:98:99:0|1:531416_G_A:3104,0,650:. 1|0:73,0:73:.:.:.:.:. 1|1:61,0:61:.:.:.:.:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1281:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,244:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,0:45:.:.:.:.:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:. 1|0:18,29:47:99:0|1:531382_TA_T:1145,0,669:. 0|1:16,51:67:99:0|1:531416_G_A:2093,0,502:. 0|1:51,0:51:.:.:.:.:. 0|0:139,0:139:90:.:.:0,90,3102:. 1|1:0,53:53:99:.:.:2417,166,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,23:45:99:.:.:586,0,451:. 1|0:103,0:103:.:.:.:.:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2391,234,0:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1129:. 1|1:0,29:29:87:.:.:901,87,0:. 0|1:3,34:37:35:0|1:531416_G_A:1401,0,35:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,74:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,957:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,921:. 1|1:0,28:28:84:1|1:531416_G_A:1246,84,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1164:. 0|0:77,0:77:.:.:.:.:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1395:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:1|1:531416_G_A:1757,120,0:. 0|0:80,0:80:48:.:.:0,48,1877:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1789,174,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1043:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1286,126,0:. 0|0:115,0:115:.:.:.:.:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:0,1:1:3:.:.:31,3,0:. 0|0:82,0:82:.:.:.:.:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3602,292,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,10:52:99:.:.:138,0,978:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3585,327,0:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,695:. 1|1:0,18:18:54:.:.:549,54,0:. 1|1:1,40:41:95:.:.:1223,95,0:. 0|0:168,0:168:0:.:.:0,0,2468:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4373,414,0:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,767:. 1|1:26,0:26:.:.:.:.:. 1|0:52,11:63:99:0|1:531416_G_A:298,0,2136:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,148:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,887:. 0|1:57,0:57:.:.:.:.:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2241,219,0:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,205:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,93:. 1|1:0,28:28:84:.:.:837,84,0:. 1|1:2,45:47:51:1|1:531382_TA_T:1889,51,0:. 1|0:3,23:26:4:.:.:613,0,4:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:531368_A_G:2007,135,0:. 0|0:90,0:90:90:.:.:0,90,2724:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,149:. 1|1:0,78:78:99:1|1:531368_A_G:3472,235,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,85:108:99:.:.:2700,0,476:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,936:. 1|1:2,124:126:99:1|1:531416_G_A:5449,289,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:531416_G_A:3537,238,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3553,295,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:531368_A_G:2790,190,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,78:79:99:1|1:531368_A_G:3395,193,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:4:.:.:0,4,2472:. 1|1:0,93:93:99:1|1:531416_G_A:4146,280,0:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,2592:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,70:70:99:1|1:531368_A_G:3110,211,0:. 1|1:0,18:18:54:1|1:531368_A_G:810,54,0:. 0|0:50,0:50:.:.:.:0,0,0:. 1|1:97,0:97:.:.:.:0,0,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1392:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,82:82:99:1|1:531368_A_G:3670,247,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8889,749,0:. 1|1:0,156:156:99:1|1:531368_A_G:6998,470,0:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1443,120,0:. 1|1:0,21:21:63:1|1:531416_G_A:945,63,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2665,231,0:. 1|1:3,101:104:99:1|1:531368_A_G:4380,178,0:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4784,429,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:531368_A_G:1645,111,0:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:90:1|1:531416_G_A:1280,90,0:. 0|1:122,0:122:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:531368_A_G:4582,307,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:531368_A_G:3090,208,0:. 1|1:90,0:90:.:.:.:0,0,0:. 0|1:120,0:120:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4335,390,0:. 0|0:128,0:128:0:.:.:0,0,2394:. 0|0:141,0:141:.:.:.:0,0,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,0:79:.:.:.:0,0,0:. 0|0:198,0:198:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:1146,78,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:531416_G_A:5737,385,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:531368_A_G:2779,187,0:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,2083:. 1|0:65,42:107:99:0|1:531416_G_A:1522,0,2544:. 0|1:6,76:82:11:0|1:531416_G_A:3183,0,11:. 1|1:125,0:125:.:.:.:0,0,0:. 0|0:131,0:131:.:.:.:0,0,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1728:. 1|0:14,72:86:99:0|1:531416_G_A:2948,0,371:. 1|0:59,0:59:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:531416_G_A:4611,310,0:. 0|0:294,0:294:.:.:.:0,0,0:. 0|1:118,0:118:.:.:.:0,0,0:. 0|0:252,0:252:.:.:.:0,0,0:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,2618:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3566,323,0:. 1|1:0,54:54:99:1|1:531357_C_T:2522,172,0:. 0|0:115,0:115:.:.:.:0,0,0:. 0|0:59,0:59:77:.:.:0,77,1629:. 0|0:91,0:91:.:.:.:0,0,0:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,396:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:317,0:317:.:.:.:0,0,0:. 0|0:120,0:120:.:.:.:0,0,0:. 1|1:111,0:111:.:.:.:0,0,0:. 0|0:137,0:137:0:.:.:0,0,3364:. 0|1:51,0:51:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,91:92:99:1|1:531368_A_G:4022,232,0:. 1|1:1,89:90:99:1|1:531368_A_G:3922,215,0:. 0|1:9,86:95:99:0|1:531368_A_G:3535,0,226:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:326,0:326:.:.:.:0,0,0:. 1|1:260,0:260:.:.:.:0,0,0:. 1|1:1,168:169:99:1|1:531416_G_A:7417,464,0:. 1|0:59,0:59:.:.:.:0,0,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,3135:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:61:.:.:0,61,1005:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,182:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,59:59:99:1|1:531368_A_G:2633,178,0:. 0|1:76,19:95:99:0|1:531416_G_A:549,0,3093:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:1|1:531366_GA_G:4424,298,0:. 1|1:0,87:87:99:1|1:531366_GA_G:3866,262,0:. 1|1:0,30:30:90:1|1:531368_A_G:1340,90,0:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1040:. 1|1:0,73:73:99:1|1:531368_A_G:3258,220,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:531368_A_G:3375,226,0:. 1|1:0,111:111:99:1|1:531416_G_A:4949,334,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,131:131:99:1|1:531416_G_A:5814,394,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1238:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,728:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,37:159:99:0|1:531386_G_A:1174,0,52463:. 0|1:113,47:160:99:0|1:531368_A_G:1630,0,4582:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:26,57:83:99:0|1:531368_A_G:2304,0,10524:. 0|0:72,0:72:.:.:.:0,0,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:37,45:82:99:0|1:531368_A_G:1743,0,13357:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,87:87:99:.:.:3076,262,0:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,46:94:99:0|1:531368_A_G:1761,0,1961:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:75:1|1:531416_G_A:1099,75,0:. 1|1:0,8:8:24:1|1:531368_A_G:360,24,0:. 0|0:53,2:55:99:.:.:0,103,1598:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 531516 . A C 5.34675e+06 PASS FS=0;MQ=60.49;QD=30.84;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.644;VQSLOD=7.27;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=127.98;GQ_STDDEV=105.88;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6696;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.515;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=7164289;AF=0.317;AS_InbreedingCoeff=0.4239;MLEAC=1678;MLEAF=0.32;AN=856;AC=220 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:12,16:28:99:0|1:531516_A_C:642,0,419 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1305 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1460 1|0:5,15:20:99:.:.:340,0,106 0|1:33,8:41:99:0|1:531516_A_C:202,0,1263 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350 1|0:6,29:35:96:.:.:748,0,96 0|1:2,18:20:0:.:.:475,0,0 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,115 1|1:0,16:16:48:.:.:475,48,0 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855 1|1:0,29:29:90:1|1:531516_A_C:1249,90,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1206 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,696 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|1:3,8:11:67:.:.:162,0,67 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315 1|1:0,50:50:99:1|1:531516_A_C:2053,153,0 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|1:31,23:54:99:.:.:518,0,788 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,31:31:93:.:.:889,93,0 0|1:85,11:96:37:.:.:37,0,2629 1|1:0,65:65:99:.:.:1750,193,0 0|1:26,9:35:99:.:.:143,0,1075 0|1:16,31:47:99:.:.:672,0,458 0|1:18,11:29:99:.:.:223,0,465 1|1:5,62:67:40:.:.:1549,40,0 1|0:31,38:69:99:0|1:531516_A_C:800,0,726 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,2:48:91:.:.:0,91,1609 1|1:0,21:21:63:.:.:595,63,0 0|0:52,3:55:90:.:.:0,90,2295 0|1:40,18:58:99:.:.:294,0,1065 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495 1|1:0,73:73:99:.:.:2090,217,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:78:.:.:0,78,1771 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1004 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:39,8:47:57:.:.:57,0,1060 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|0:20,35:55:99:.:.:801,0,461 1|1:0,46:46:99:.:.:1214,137,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575 1|1:1,32:33:89:.:.:877,89,0 0|1:32,25:57:99:.:.:634,0,915 0|0:71,7:78:36:.:.:0,36,2006 1|0:39,16:55:99:.:.:300,0,1072 0|0:33,0:33:85:.:.:0,85,1043 0|1:41,32:73:99:.:.:669,0,1046 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350 1|1:1,90:91:99:.:.:2251,257,0 1|0:30,31:61:99:.:.:664,0,1068 1|0:8,86:94:99:0|1:531516_A_C:3291,0,99 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1330 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|0:38,10:48:99:.:.:139,0,992 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,116,1267 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|0:7,44:51:99:0|1:531516_A_C:1698,0,146 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1531 1|0:82,14:96:99:0|1:531516_A_C:264,0,3103 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,3:51:15:0|1:531516_A_C:0,15,2047 1|0:49,48:97:99:0|1:531516_A_C:1606,0,1836 0|0:45,3:48:65:.:.:0,65,1774 1|1:5,54:59:33:.:.:1356,33,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|0:40,69:109:99:.:.:1591,0,1515 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,137:138:99:1|1:531516_A_C:5656,334,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|1:35,34:69:99:.:.:698,0,1245 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|0:73,10:83:99:0|1:531516_A_C:116,0,3166 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,157:157:99:1|1:531516_A_C:6767,485,0 1|0:67,17:84:99:.:.:211,0,2751 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,146:148:99:.:.:3825,392,0 1|0:49,35:84:99:.:.:1264,0,1705 1|0:81,55:136:99:.:.:1098,0,3077 1|0:35,40:75:99:.:.:856,0,1017 1|1:7,122:129:99:.:.:3247,165,0 1|0:48,65:113:99:.:.:1393,0,1433 0|1:80,7:87:26:0|1:531516_A_C:26,0,3096 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|1:43,28:71:99:.:.:597,0,1308 1|1:0,70:70:99:.:.:1851,210,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|0:65,29:94:99:.:.:598,0,2728 0|1:7,41:48:99:.:.:959,0,171 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 1|0:17,87:104:99:.:.:1933,0,203 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,143:143:99:1|1:531516_A_C:6013,437,0 1|1:0,156:156:99:1|1:531516_A_C:6525,478,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,176:178:99:1|1:531516_A_C:7441,503,0 0|0:39,2:41:54:0|1:531516_A_C:0,54,1613 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,126:126:99:1|1:531516_A_C:5485,389,0 1|0:26,30:56:99:0|1:531516_A_C:1072,0,902 1|1:0,163:163:99:1|1:531516_A_C:7446,503,0 0|0:43,1:44:99:.:.:0,103,1308 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,5:125:99:0|1:531516_A_C:0,115,4790 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1523 1|0:70,16:86:99:.:.:165,0,2492 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,136:138:99:.:.:5590,359,0 0|1:40,75:115:99:.:.:1648,0,1192 0|1:23,106:129:99:0|1:531516_A_C:4182,0,645 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,164 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1423 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530 0|0:45,0:45:99:.:.:0,119,1674 1|1:0,47:47:99:.:.:1260,140,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|0:45,66:111:99:0|1:531516_A_C:2438,0,1531 1|0:61,49:110:99:.:.:964,0,1915 1|0:4,30:34:13:.:.:747,0,13 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|1:49,12:61:99:.:.:149,0,1317 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530 1|1:2,77:79:99:.:.:2064,195,0 0|1:25,56:81:99:.:.:1428,0,636 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,5:70:70:.:.:0,70,1932 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1484 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1167 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 1|0:83,60:143:99:0|1:531516_A_C:2135,0,3195 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,83:83:99:.:.:2294,248,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,47:50:55:.:.:1214,55,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4148,469,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1274 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,5:66:75:.:.:0,75,1788 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1281 1|0:88,13:101:29:.:.:29,0,2923 1|1:1,59:60:99:.:.:1520,168,0 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1100 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|0:19,26:45:99:.:.:587,0,804 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,117,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|1:45,29:74:99:.:.:559,0,1102 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1701 0|0:55,3:58:93:.:.:0,93,2222 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900 1|0:40,28:68:99:.:.:565,0,1388 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1230 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900 0|1:42,19:61:99:.:.:321,0,1133 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080 1|1:1,44:45:99:.:.:1148,123,0 1|0:60,10:70:60:.:.:60,0,1854 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1395 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 0|1:13,74:87:99:0|1:531516_A_C:2926,0,263 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665 0|1:80,34:114:99:.:.:1035,0,2879 1|1:0,79:79:99:1|1:531516_A_C:3263,238,0 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195 0|1:65,22:87:99:.:.:315,0,2255 0|1:79,36:115:99:.:.:640,0,3034 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|1:23,79:102:99:0|1:531516_A_C:3189,0,674 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|1:35,39:74:99:0|1:531516_A_C:1408,0,1339 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800 1|0:18,35:53:99:.:.:1240,0,494 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|1:56,102:158:99:.:.:2386,0,1822 1|0:30,72:102:99:.:.:1658,0,598 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,24:24:72:.:.:657,72,0 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,567 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|1:51,9:60:69:.:.:69,0,1394 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|1:9,9:18:99:.:.:199,0,296 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530 0|1:20,3:23:18:.:.:18,0,831 1|1:0,118:118:99:1|1:531516_A_C:5173,358,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,73:73:99:1|1:531516_A_C:3159,223,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,112:112:99:1|1:531516_A_C:4939,346,0 1|1:0,20:20:60:.:.:686,60,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,72:72:99:.:.:2458,216,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530 1|0:22,41:63:99:.:.:1213,0,616 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|1:74,9:83:77:.:.:77,0,2420 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,419 0|1:37,8:45:99:.:.:146,0,1204 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,48:52:9:.:.:1448,9,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,163:163:99:1|1:531516_A_C:6966,497,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1619,141,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,227:228:99:1|1:531516_A_C:9730,677,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1368 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1530 1|1:1,54:55:99:.:.:1748,127,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3289,308,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4538,411,0 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620 1|1:1,106:107:99:.:.:3448,309,0 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,52:54:76:1|1:531516_A_C:2164,76,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,249:249:99:1|1:531516_A_C:10709,750,0 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1500 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 0|1:25,83:108:99:.:.:2349,0,486 1|0:84,19:103:99:.:.:342,0,3419 1|1:2,108:110:99:.:.:3543,241,0 1|1:2,94:96:99:.:.:2925,227,0 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,2069 0|0:142,8:150:99:0|1:531516_A_C:0,108,5885 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,835 1|1:7,186:193:99:.:.:7599,331,0 0|1:47,99:146:99:0|1:531516_A_C:3772,0,1578 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,128:128:99:1|1:531516_A_C:5336,385,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620 0|1:40,61:101:99:.:.:1699,0,995 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1726 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:.:.:2510,231,0 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1419 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,1027 1|0:20,96:116:99:0|1:531516_A_C:3686,0,551 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,6:107:99:.:.:0,124,3899 0|1:65,44:109:99:.:.:1083,0,2640 1|1:4,98:102:99:.:.:3177,160,0 1|1:1,73:74:99:.:.:2265,186,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1800 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 0|1:68,32:100:99:0|1:531516_A_C:947,0,2575 1|1:2,44:46:63:.:.:1622,63,0 1|0:55,26:81:99:.:.:810,0,2246 1|0:1,6:7:14:.:.:185,0,14 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:113,8:121:91:.:.:0,91,4944 1|0:6,42:48:62:.:.:1180,0,62 0|1:46,6:52:22:.:.:22,0,1501 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|0:86,10:96:70:.:.:70,0,2714 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:55,0:55:27:.:.:0,27,1666 1|1:2,164:166:99:.:.:5131,426,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2828,261,0 1|0:20,105:125:99:.:.:3074,0,279 1|1:0,96:96:99:.:.:3120,287,0 1|1:0,27:27:81:.:.:878,81,0 1|0:25,32:57:99:.:.:962,0,924 1|1:0,82:82:99:.:.:2629,245,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2765,249,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 1|0:16,90:106:99:0|1:531516_A_C:3585,0,1062 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215 1|1:0,24:24:72:.:.:810,72,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575 0|0:31,0:31:79:.:.:0,79,1070 1|1:0,47:47:99:.:.:1568,141,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 1|0:7,25:32:99:.:.:721,0,139 1|1:0,13:13:39:1|1:531516_A_C:552,39,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3595,327,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,268 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530 0|0:89,8:97:38:.:.:0,38,2913 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|0:149,97:246:99:.:.:2448,0,4366 0|1:22,13:35:99:.:.:313,0,669 1|0:79,52:131:99:.:.:1315,0,2358 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 1|0:45,33:78:99:0|1:531516_A_C:1196,0,1653 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,74:74:99:.:.:2340,221,0 Pf3D7_01_v3 531555 . A T 1.13701e+07 PASS FS=0;MQ=58.79;QD=25.68;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.611;VQSLOD=6.37;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.969;GC=28.57;GQ_MEAN=96.09;GQ_STDDEV=58.04;HRun=1;InbreedingCoeff=0.558;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.756;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=DP;set=snp;DP=6186832;AF=0.751;AS_InbreedingCoeff=0.3984;MLEAC=3880;MLEAF=0.756;AN=854;AC=612 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:8,19:27:99:0|1:531516_A_C:816,0,276 1|1:0,28:28:90:1|1:531555_A_T:1228,90,0 1|0:20,16:36:99:.:.:405,0,659 1|0:4,18:22:99:0|1:531555_A_T:743,0,111 1|0:1,14:15:0:0|1:531555_A_T:523,0,0 1|1:0,30:30:90:1|1:531555_A_T:1314,90,0 1|1:0,29:29:91:1|1:531555_A_T:1269,91,0 1|1:0,59:59:99:1|1:531555_A_T:2734,190,0 1|1:0,36:36:99:1|1:531555_A_T:1690,118,0 1|1:0,30:30:96:1|1:531555_A_T:1350,96,0 1|1:0,20:20:63:1|1:531555_A_T:932,63,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,9:9:27:1|1:531555_A_T:405,27,0 1|1:0,31:31:93:1|1:531555_A_T:1334,93,0 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180 1|1:0,14:14:48:1|1:531555_A_T:720,48,0 1|1:0,8:8:24:1|1:531555_A_T:346,24,0 1|1:0,15:15:45:1|1:531555_A_T:634,45,0 1|1:0,21:21:66:1|1:531555_A_T:946,66,0 1|1:0,32:32:99:1|1:531516_A_C:1485,99,0 1|0:47,17:64:99:.:.:351,0,1244 1|1:0,48:48:99:1|1:531555_A_T:2034,145,0 1|1:0,42:42:99:1|1:531555_A_T:1889,127,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1206 1|1:0,25:25:78:1|1:531555_A_T:1122,78,0 0|0:96,0:96:77:.:.:0,77,2343 1|1:0,9:9:27:1|1:531555_A_T:385,27,0 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,264 1|1:0,52:52:99:1|1:531516_A_C:2415,165,0 1|1:0,11:11:33:1|1:531555_A_T:495,33,0 1|0:26,19:45:99:0|1:531555_A_T:658,0,1001 1|0:14,70:84:99:0|1:531555_A_T:2855,0,374 0|1:13,35:48:99:.:.:1072,0,262 1|1:0,180:180:99:1|1:531555_A_T:7896,545,0 1|1:0,23:23:69:1|1:531555_A_T:994,69,0 0|1:19,64:83:99:0|1:531555_A_T:2611,0,508 1|1:0,73:73:99:1|1:531555_A_T:3139,223,0 1|1:1,23:24:27:1|1:531555_A_T:942,27,0 0|1:5,34:39:64:0|1:531555_A_T:1300,0,64 1|1:0,27:27:81:1|1:531555_A_T:1120,81,0 1|1:0,47:47:99:1|1:531555_A_T:1967,141,0 1|1:0,58:58:99:1|1:531516_A_C:2642,180,0 1|1:0,15:15:45:1|1:531555_A_T:675,45,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485 0|1:13,74:87:99:0|1:531555_A_T:2899,0,260 1|1:1,36:37:69:1|1:531555_A_T:1585,69,0 1|1:0,15:15:45:1|1:531555_A_T:608,45,0 1|1:0,28:28:84:1|1:531555_A_T:1181,84,0 0|1:19,28:47:99:.:.:1049,0,689 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|1:8,3:11:57:.:.:57,0,183 1|1:0,61:61:99:1|1:531555_A_T:2586,184,0 1|0:25,69:94:99:0|1:531555_A_T:2846,0,839 1|1:0,116:116:99:1|1:531555_A_T:5077,352,0 1|1:0,37:37:99:1|1:531555_A_T:1648,111,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1973,139,0 0|0:35,1:36:63:0|1:531555_A_T:0,63,1435 1|1:3,51:54:27:1|1:531555_A_T:2047,27,0 0|1:17,23:40:99:.:.:780,0,432 0|1:49,60:109:99:0|1:531555_A_T:2203,0,1832 1|1:0,41:41:99:1|1:531555_A_T:1694,123,0 1|1:0,28:28:84:1|1:531555_A_T:1155,84,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,32:32:96:1|1:531555_A_T:1310,96,0 0|1:14,31:45:99:0|1:531555_A_T:1257,0,432 1|0:47,11:58:99:.:.:162,0,1264 1|1:0,47:47:99:1|1:531555_A_T:2028,142,0 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035 1|1:0,69:69:99:.:.:2953,208,0 1|1:0,18:18:54:1|1:531555_A_T:802,54,0 0|1:15,14:29:99:0|1:531555_A_T:510,0,586 1|1:0,71:71:99:1|1:531555_A_T:2986,214,0 1|1:1,44:45:96:1|1:531555_A_T:1898,96,0 1|1:0,87:87:99:1|1:531555_A_T:4224,283,0 1|1:0,21:21:63:1|1:531555_A_T:945,63,0 0|1:29,14:43:99:.:.:260,0,939 1|1:2,21:23:6:.:.:674,6,0 1|1:0,43:43:99:1|1:531555_A_T:1796,130,0 1|1:0,72:72:99:1|1:531555_A_T:3126,217,0 1|0:22,3:25:60:0|1:531555_A_T:60,0,868 1|1:0,12:12:36:1|1:531555_A_T:483,36,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|1:40,10:50:99:0|1:531555_A_T:269,0,1593 1|1:0,30:30:96:1|1:531518_A_G:1440,96,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485 0|1:51,37:88:99:.:.:1367,0,1969 1|1:0,49:49:99:1|1:531555_A_T:2295,154,0 1|1:0,112:112:99:1|1:531555_A_T:4787,337,0 1|1:0,102:102:99:1|1:531543_G_A:4629,313,0 0|1:5,45:50:61:.:.:1845,0,61 1|1:1,76:77:99:1|1:531555_A_T:3412,192,0 1|1:0,113:113:99:1|1:531555_A_T:4917,346,0 1|1:0,29:29:87:1|1:531555_A_T:1203,87,0 1|1:5,75:80:33:1|1:531555_A_T:3194,33,0 1|0:7,30:37:99:.:.:771,0,161 1|1:0,36:36:99:1|1:531555_A_T:1541,108,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,100:100:99:1|1:531555_A_T:4486,313,0 1|1:0,126:126:99:1|1:531555_A_T:5373,379,0 0|1:128,16:144:99:0|1:531555_A_T:181,0,4995 1|1:1,113:114:99:1|1:531516_A_C:5311,275,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|0:80,14:94:99:.:.:131,0,2081 0|1:9,58:67:99:.:.:1515,0,120 1|1:3,141:144:99:1|1:531555_A_T:6108,328,0 0|1:24,13:37:99:0|1:531555_A_T:441,0,971 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,38:50:99:0|1:531555_A_T:1473,0,355 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,135:135:99:1|1:531555_A_T:5938,416,0 1|1:0,132:132:99:1|1:531516_A_C:6337,424,0 1|0:9,66:75:99:0|1:531555_A_T:2638,0,166 1|1:2,134:136:99:1|1:531555_A_T:5560,322,0 1|1:0,119:119:99:1|1:531555_A_T:5134,358,0 1|1:0,110:110:99:1|1:531555_A_T:4787,343,0 1|1:0,75:75:99:1|1:531555_A_T:3364,235,0 1|1:2,142:144:99:1|1:531555_A_T:6097,349,0 1|0:13,60:73:99:.:.:2047,0,156 1|1:0,132:132:99:1|1:531555_A_T:5719,400,0 1|0:16,31:47:99:0|1:531555_A_T:1164,0,543 1|1:5,119:124:99:1|1:531555_A_T:5014,165,0 1|1:0,87:87:99:1|1:531555_A_T:3865,268,0 1|1:0,77:77:99:1|1:531555_A_T:3468,238,0 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080 1|1:0,104:104:99:1|1:531555_A_T:4644,323,0 1|1:0,99:99:99:1|1:531555_A_T:4436,307,0 1|1:0,102:102:99:1|1:531555_A_T:4305,307,0 1|1:0,49:49:99:.:.:2203,150,0 1|1:0,38:38:99:1|1:531555_A_T:1532,117,0 1|1:0,89:89:99:1|1:531555_A_T:3924,268,0 1|1:0,70:70:99:1|1:531555_A_T:2999,211,0 1|1:0,38:38:99:1|1:531555_A_T:1598,114,0 1|1:6,121:127:99:1|1:531555_A_T:5222,125,0 0|1:17,47:64:99:0|1:531555_A_T:1835,0,530 1|0:16,70:86:99:.:.:1723,0,188 1|1:0,49:49:99:1|1:531555_A_T:2167,147,0 0|0:64,4:68:37:0|1:531543_G_A:0,37,2854 1|1:0,96:96:99:1|1:531555_A_T:3973,289,0 1|1:0,89:89:99:1|1:531555_A_T:3786,271,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,141:141:99:1|1:531555_A_T:6015,424,0 1|1:0,111:111:99:1|1:531516_A_C:5130,343,0 1|1:0,121:121:99:1|1:531516_A_C:5574,373,0 1|1:0,89:89:99:1|1:531555_A_T:3882,268,0 0|1:51,11:62:99:0|1:531555_A_T:279,0,1942 1|0:18,44:62:99:0|1:531555_A_T:1715,0,541 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,58:58:99:1|1:531555_A_T:2567,178,0 1|1:0,83:83:99:1|1:531555_A_T:3626,253,0 1|1:0,57:57:99:1|1:531555_A_T:2564,175,0 1|1:1,181:182:99:1|1:531516_A_C:8360,553,0 0|1:12,18:30:99:.:.:527,0,390 1|1:0,70:70:99:1|1:531555_A_T:3099,214,0 1|1:0,99:99:99:1|1:531516_A_C:4635,310,0 1|0:21,23:44:99:0|1:531516_A_C:987,0,800 1|1:0,137:137:99:1|1:531516_A_C:6345,424,0 1|1:0,20:20:60:1|1:531555_A_T:886,60,0 1|1:0,124:124:99:1|1:531555_A_T:5457,386,0 1|1:0,84:84:99:.:.:3928,265,0 1|1:0,45:45:99:1|1:531555_A_T:2026,136,0 1|0:22,58:80:99:.:.:1524,0,374 1|1:2,85:87:99:1|1:531555_A_T:3719,194,0 1|1:0,123:123:99:1|1:531555_A_T:5598,376,0 0|1:9,87:96:46:0|1:531555_A_T:3558,0,46 1|1:0,131:131:99:1|1:531555_A_T:5901,397,0 1|1:0,88:88:99:1|1:531555_A_T:3798,265,0 1|1:0,6:6:18:1|1:531555_A_T:270,18,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1423 1|1:0,29:29:87:1|1:531555_A_T:1305,87,0 1|1:0,49:49:99:1|1:531555_A_T:2146,153,0 1|1:0,31:31:93:1|1:531555_A_T:1308,93,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|0:37,55:92:99:0|1:531516_A_C:2321,0,1371 1|1:0,91:91:99:.:.:4165,283,0 1|1:0,18:18:54:1|1:531555_A_T:753,54,0 0|1:11,82:93:99:0|1:531555_A_T:3261,0,138 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1732 0|1:45,7:52:99:0|1:531555_A_T:155,0,1650 1|1:1,23:24:27:1|1:531555_A_T:953,27,0 1|1:0,59:59:99:1|1:531555_A_T:2532,178,0 1|0:9,53:62:99:0|1:531555_A_T:2107,0,218 1|0:10,121:131:23:0|1:531555_A_T:4900,0,23 1|0:30,14:44:99:.:.:463,0,1097 1|1:1,41:42:81:1|1:531555_A_T:1599,81,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,211:211:99:1|1:531555_A_T:9537,660,0 1|0:73,51:124:99:0|1:531516_A_C:2003,0,2948 1|1:0,64:64:99:.:.:2802,193,0 1|1:0,76:76:99:1|1:531555_A_T:3287,232,0 1|1:0,44:44:99:1|1:531555_A_T:1978,132,0 1|1:0,84:84:99:1|1:531555_A_T:3756,259,0 0|1:3,27:30:72:0|1:531555_A_T:1069,0,72 1|1:0,141:141:99:1|1:531555_A_T:6169,433,0 0|1:37,19:56:99:0|1:531555_A_T:686,0,1362 1|1:0,69:69:99:1|1:531555_A_T:3072,214,0 1|1:0,17:17:51:1|1:531555_A_T:747,51,0 1|1:0,48:48:99:1|1:531555_A_T:2050,144,0 1|1:0,90:90:99:1|1:531555_A_T:4067,278,0 1|1:0,79:79:99:1|1:531555_A_T:3489,241,0 1|1:0,39:39:99:1|1:531555_A_T:1707,117,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1281 1|0:25,65:90:99:.:.:1736,0,629 1|1:0,55:55:99:1|1:531555_A_T:2245,165,0 1|0:17,9:26:99:0|1:531555_A_T:328,0,668 1|1:0,28:28:84:1|1:531555_A_T:1207,84,0 1|1:0,58:58:99:1|1:531555_A_T:2582,175,0 0|1:49,15:64:99:.:.:372,0,1876 1|1:0,39:39:99:1|1:531555_A_T:1785,123,0 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1800 1|0:58,6:64:77:0|1:531555_A_T:77,0,2269 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800 0|1:106,72:178:99:.:.:1664,0,2685 1|1:0,88:88:99:.:.:4062,274,0 1|0:10,44:54:99:0|1:531555_A_T:1760,0,259 1|1:1,45:46:93:1|1:531555_A_T:1872,93,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1701 1|0:14,44:58:99:0|1:531555_A_T:1721,0,413 1|1:0,52:52:99:1|1:531555_A_T:2240,160,0 0|1:5,23:28:99:0|1:531555_A_T:962,0,117 1|0:8,53:61:99:.:.:1891,0,160 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1230 0|1:1,13:14:3:0|1:531555_A_T:543,0,3 0|1:34,18:52:99:.:.:357,0,948 1|1:0,17:17:51:1|1:531555_A_T:719,51,0 1|1:0,38:38:99:1|1:531555_A_T:1663,117,0 1|0:21,41:62:99:.:.:1363,0,405 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1395 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1377 1|1:0,34:34:99:1|1:531555_A_T:1484,102,0 1|1:0,73:73:99:1|1:531555_A_T:3437,235,0 1|1:0,79:79:99:1|1:531555_A_T:3420,241,0 0|0:27,0:27:62:.:.:0,62,710 1|1:1,48:49:99:1|1:531555_A_T:2059,126,0 1|1:7,92:99:55:.:.:3550,55,0 1|1:0,67:67:99:1|1:531516_A_C:3015,202,0 1|0:3,3:6:99:0|1:531543_G_A:109,0,164 1|1:0,70:70:99:.:.:3133,211,0 1|1:0,96:96:99:.:.:4423,298,0 1|0:41,71:112:99:0|1:531555_A_T:2676,0,1436 0|1:13,68:81:99:0|1:531516_A_C:2894,0,419 1|1:0,106:106:99:1|1:531555_A_T:4618,325,0 1|1:4,58:62:29:1|1:531555_A_T:2428,29,0 1|1:0,173:173:99:1|1:531555_A_T:7503,527,0 1|1:0,44:44:99:1|1:531555_A_T:2025,135,0 1|1:0,20:20:63:1|1:531555_A_T:930,63,0 1|1:0,69:69:99:1|1:531555_A_T:3044,208,0 1|1:8,134:142:99:.:.:4489,140,0 1|0:24,76:100:99:0|1:531555_A_T:2986,0,718 1|1:3,169:172:99:1|1:531555_A_T:7307,408,0 1|1:0,25:25:75:1|1:531555_A_T:1047,75,0 1|1:0,13:13:39:1|1:531555_A_T:568,39,0 0|0:115,12:127:23:.:.:0,23,3302 0|1:31,18:49:99:0|1:531555_A_T:612,0,1170 1|1:0,12:12:37:1|1:531555_A_T:541,37,0 0|1:25,12:37:99:0|1:531555_A_T:367,0,922 1|1:0,88:88:99:1|1:531555_A_T:3800,265,0 1|1:1,10:11:1:.:.:276,1,0 1|1:0,41:41:99:1|1:531555_A_T:1808,126,0 1|1:0,30:30:90:1|1:531555_A_T:1280,90,0 1|1:0,21:21:64:1|1:531555_A_T:929,64,0 1|1:0,14:14:42:1|1:531555_A_T:594,42,0 1|1:0,104:104:99:1|1:531516_A_C:4770,319,0 1|1:0,34:34:99:1|1:531555_A_T:1530,102,0 1|1:0,61:61:99:1|1:531555_A_T:2708,190,0 1|1:0,41:41:99:1|1:531555_A_T:1773,123,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,46:46:99:1|1:531555_A_T:1970,138,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,62:62:99:1|1:531516_A_C:2835,190,0 1|1:3,82:85:99:1|1:531555_A_T:3476,124,0 1|1:1,63:64:99:1|1:531555_A_T:2769,192,0 1|1:0,91:91:99:1|1:531516_A_C:4320,289,0 1|1:0,16:16:48:1|1:531555_A_T:706,48,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,102:102:99:1|1:531555_A_T:4732,323,0 1|1:0,99:99:99:1|1:531555_A_T:4453,304,0 1|1:0,38:38:99:1|1:531555_A_T:1710,114,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,78:78:99:1|1:531555_A_T:3490,238,0 1|1:0,40:40:99:1|1:531555_A_T:1734,124,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080 1|0:5,29:34:99:0|1:531555_A_T:1083,0,123 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|1:47,5:52:58:0|1:531555_A_T:58,0,1833 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125 1|1:0,29:29:87:1|1:531555_A_T:1294,87,0 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405 1|1:0,34:34:99:1|1:531555_A_T:1507,102,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|0:3,28:31:42:0|1:531555_A_T:1126,0,42 1|1:0,95:95:99:1|1:531555_A_T:4313,295,0 1|1:0,116:116:99:1|1:531516_A_C:5400,361,0 1|1:0,26:26:81:1|1:531555_A_T:1142,81,0 1|1:0,75:75:99:1|1:531555_A_T:3275,226,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,84:84:99:1|1:531555_A_T:3666,257,0 1|1:0,238:238:99:1|1:531555_A_T:10476,720,0 1|1:0,76:76:99:1|1:531555_A_T:3407,229,0 1|1:0,184:184:99:1|1:531516_A_C:8460,566,0 1|1:0,37:37:99:1|1:531555_A_T:1620,111,0 1|1:0,13:13:39:1|1:531555_A_T:575,39,0 0|0:28,0:28:41:.:.:0,41,820 1|1:0,41:41:99:1|1:531555_A_T:1797,126,0 1|1:0,100:100:99:1|1:531555_A_T:4382,304,0 1|1:0,120:120:99:1|1:531555_A_T:5349,373,0 1|1:1,104:105:99:1|1:531555_A_T:4430,271,0 1|1:0,101:101:99:1|1:531555_A_T:4494,304,0 1|1:0,159:159:99:1|1:531555_A_T:6949,482,0 1|1:0,139:139:99:1|1:531555_A_T:6424,431,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,63:63:99:1|1:531555_A_T:2715,193,0 1|1:0,214:214:99:1|1:531555_A_T:9369,653,0 1|1:0,35:35:99:1|1:531555_A_T:1699,114,0 0|0:53,1:54:99:0|1:531555_A_T:0,118,2190 1|1:0,179:179:99:1|1:531516_A_C:8129,545,0 1|1:0,21:21:63:1|1:531555_A_T:858,63,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1500 0|0:84,0:84:98:.:.:0,98,2368 1|1:50,0:50:.:.:.:0,0,0 1|1:0,135:135:99:1|1:531555_A_T:6131,412,0 0|1:24,64:88:99:0|1:531555_A_T:2512,0,753 1|1:2,56:58:85:1|1:531555_A_T:2258,85,0 1|1:0,86:86:99:1|1:531555_A_T:3762,262,0 1|1:0,45:45:99:1|1:531555_A_T:1869,135,0 0|0:54,3:57:52:0|1:531555_A_T:0,52,2248 1|0:19,96:115:99:0|1:531555_A_T:3849,0,464 1|1:0,16:16:48:1|1:531555_A_T:640,48,0 1|1:3,143:146:99:1|1:531555_A_T:6614,354,0 0|1:33,72:105:99:0|1:531516_A_C:2966,0,1154 1|1:0,87:87:99:1|1:531555_A_T:3707,262,0 1|1:0,70:70:99:1|1:531516_A_C:3195,214,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620 0|1:30,39:69:99:0|1:531555_A_T:1420,0,1090 1|1:0,81:81:99:1|1:531555_A_T:3497,244,0 1|1:0,23:23:69:1|1:531555_A_T:1013,69,0 1|1:0,137:137:99:1|1:531555_A_T:6183,428,0 1|1:0,70:70:99:1|1:531555_A_T:2963,214,0 1|1:0,39:39:99:1|1:531555_A_T:1630,117,0 1|0:2,23:25:15:0|1:531555_A_T:902,0,15 1|1:0,57:57:99:1|1:531555_A_T:2432,172,0 1|1:0,17:17:51:1|1:531555_A_T:712,51,0 1|1:1,70:71:99:1|1:531555_A_T:3216,189,0 1|1:0,39:39:99:1|1:531555_A_T:1738,117,0 1|1:1,77:78:99:1|1:531555_A_T:3281,190,0 1|1:0,57:57:99:1|1:531555_A_T:2438,172,0 1|1:2,58:60:99:1|1:531555_A_T:2401,104,0 1|1:0,43:43:99:1|1:531555_A_T:1858,129,0 1|1:4,61:65:16:1|1:531555_A_T:2373,16,0 1|1:2,167:169:99:1|1:531555_A_T:7264,434,0 1|1:0,72:72:99:1|1:531555_A_T:3111,217,0 1|1:0,68:68:99:1|1:531555_A_T:3076,211,0 1|1:1,23:24:42:1|1:531555_A_T:1006,42,0 1|1:2,54:56:78:1|1:531555_A_T:2169,78,0 1|1:0,3:3:9:1|1:531555_A_T:135,9,0 0|0:52,5:57:5:.:.:0,5,2004 1|1:2,58:60:99:1|1:531555_A_T:2374,102,0 1|1:0,50:50:99:1|1:531555_A_T:2164,150,0 1|1:0,87:87:99:1|1:531555_A_T:3811,265,0 1|0:4,37:41:57:0|1:531555_A_T:1512,0,57 0|1:33,9:42:99:.:.:186,0,1188 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|1:7,49:56:99:0|1:531555_A_T:2020,0,147 1|0:45,13:58:99:0|1:531555_A_T:411,0,1722 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,74:74:99:1|1:531555_A_T:3149,223,0 0|0:39,3:42:4:0|1:531555_A_T:0,4,1588 1|1:2,108:110:99:1|1:531555_A_T:4588,241,0 1|1:0,39:39:99:1|1:531555_A_T:1658,117,0 1|0:13,71:84:99:.:.:2256,0,213 1|1:0,56:56:99:1|1:531555_A_T:2367,169,0 1|1:0,14:14:42:1|1:531555_A_T:585,42,0 1|1:0,43:43:99:1|1:531555_A_T:1885,130,0 1|1:0,58:58:99:1|1:531555_A_T:2510,175,0 1|1:0,45:45:99:1|1:531555_A_T:1869,135,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,32:32:96:1|1:531555_A_T:1408,96,0 1|0:8,70:78:99:0|1:531516_A_C:3083,0,713 1|1:0,44:44:99:1|1:531555_A_T:1931,135,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,15:15:45:1|1:531555_A_T:675,45,0 1|1:0,14:14:42:1|1:531555_A_T:586,42,0 1|1:0,31:31:93:1|1:531555_A_T:1341,93,0 1|1:0,35:35:99:1|1:531555_A_T:1433,105,0 1|1:0,65:65:99:1|1:531555_A_T:2797,198,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,53:53:99:1|1:531555_A_T:2271,160,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,19:19:57:1|1:531555_A_T:792,57,0 1|1:0,25:25:75:1|1:531555_A_T:1072,75,0 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215 1|1:0,12:12:36:1|1:531555_A_T:517,36,0 1|1:0,8:8:24:1|1:531516_A_C:360,24,0 1|1:0,62:62:99:1|1:531555_A_T:2599,187,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,155 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1305 1|1:0,39:39:99:1|1:531518_A_G:1845,123,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1395 1|1:0,58:58:99:1|1:531555_A_T:2425,175,0 1|1:0,53:53:99:1|1:531555_A_T:2243,163,0 1|1:3,98:101:99:1|1:531555_A_T:4239,175,0 1|1:0,90:90:99:1|1:531555_A_T:3937,274,0 1|1:0,183:183:99:1|1:531555_A_T:7902,554,0 1|1:0,17:17:51:1|1:531555_A_T:744,51,0 1|1:0,73:73:99:1|1:531555_A_T:3152,220,0 1|1:0,198:198:99:1|1:531555_A_T:8410,596,0 1|1:0,50:50:99:1|1:531555_A_T:2226,151,0 1|1:0,65:65:99:1|1:531555_A_T:2851,196,0 1|1:0,15:15:45:1|1:531555_A_T:633,45,0 1|1:0,14:14:42:1|1:531555_A_T:619,42,0 1|1:0,165:165:99:1|1:531555_A_T:7450,509,0 1|1:0,37:37:99:1|1:531555_A_T:1563,111,0 Pf3D7_01_v3 531556 . A G 616087 PASS FS=3.831;MQ=60.24;QD=28.69;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=1.006;VQSLOD=3.74;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=85.25;GQ_STDDEV=38.44;HRun=0;InbreedingCoeff=0.791;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.627;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=5880165;AF=0.09;AS_InbreedingCoeff=-0.0251;MLEAC=470;MLEAF=0.09;AN=858;AC=87 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:28,0:28:39:.:.:0,39,787:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:9,13:22:99:0|1:531556_A_G:459,0,313:. 0|0:14,0:14:14:.:.:0,14,371:. 0|0:33,0:33:69:.:.:0,69,1000:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:26:.:.:0,26,667:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,9:9:27:1|1:531555_A_T:405,27,0:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,15:15:51:1|1:531555_A_T:765,51,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,205:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,42:42:99:1|1:531555_A_T:1889,127,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1206:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,274:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1339:. 1|1:0,11:11:33:1|1:531555_A_T:495,33,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1246:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,10:47:99:0|1:531556_A_G:271,0,1491:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|1:71,12:83:99:.:.:256,0,2541:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,1079:. 0|0:55,0:55:88:.:.:0,88,1478:. 0|1:25,32:57:99:0|1:531516_A_C:1253,0,949:. 1|1:0,15:15:45:1|1:531555_A_T:675,45,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1150:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|1:39,7:46:99:.:.:157,0,1547:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,337:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,46:94:99:0|1:531556_A_G:1781,0,1955:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,36:36:99:1|1:531555_A_T:1648,111,0:. 0|1:38,7:45:99:0|1:531556_A_G:160,0,1507:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,15:38:99:0|1:531556_A_G:490,0,887:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:41:.:.:0,41,1221:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1483:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:30,0:30:58:.:.:0,58,836:. 0|0:63,4:67:25:0|1:531556_A_G:0,25,2625:. 1|1:0,18:18:54:1|1:531555_A_T:802,54,0:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:92:.:.:0,92,1328:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,21:21:63:1|1:531555_A_T:945,63,0:. 0|0:49,0:49:94:.:.:0,94,1315:. 1|0:18,5:23:99:0|1:531556_A_G:140,0,722:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1114:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:62:.:.:0,62,842:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:59:.:.:0,59,918:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1223:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:8,41:49:99:0|1:531556_A_G:1646,0,211:. 0|1:12,66:78:99:.:.:2725,0,303:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,3:28:48:0|1:531556_A_G:48,0,1006:. 0|0:72,6:78:91:.:.:0,91,2730:. 0|0:37,0:37:60:.:.:0,60,1003:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,11:35:99:0|1:531555_A_T:441,0,971:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1510:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,15:87:99:0|1:531556_A_G:346,0,3003:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1720:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1328:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:39,48:87:99:.:.:1047,0,903:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:72:.:.:0,72,1116:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:1|1:531555_A_T:2167,147,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,24:60:99:0|1:531556_A_G:828,0,1422:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:46,23:69:99:0|1:531556_A_G:740,0,1817:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1294:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,19:20:27:.:.:460,27,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,80:86:5:0|1:531556_A_G:3393,0,5:. 1|1:0,45:45:99:1|1:531555_A_T:2026,136,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,172:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1423:. 1|1:0,29:29:87:1|1:531555_A_T:1305,87,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,6:90:17:.:.:0,17,3457:. 0|0:16,1:17:23:.:.:0,23,483:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1732:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:7,17:24:99:0|1:531556_A_G:604,0,207:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1374:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,7:44:99:0|1:531556_A_G:183,0,1519:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,62:64:99:.:.:2414,102,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:531555_A_T:1978,132,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1390:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,16:16:51:1|1:531555_A_T:747,51,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:26,61:87:99:0|1:531556_A_G:2330,0,993:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,29:39:99:0|1:531556_A_G:1131,0,301:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1281:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,621:. 1|1:0,25:25:84:1|1:531555_A_T:1207,84,0:. 0|0:57,1:58:99:.:.:0,130,2437:. 0|0:62,2:64:99:.:.:0,123,2687:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:68,0:68:84:.:.:0,84,1823:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:4061,274,0:. 0|0:53,1:54:99:0|1:531556_A_G:0,121,2287:. 1|0:23,23:46:99:0|1:531556_A_G:843,0,806:. 0|0:66,0:66:43:.:.:0,43,1637:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1363:. 0|0:29,0:29:74:.:.:0,74,840:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:67:.:.:0,67,1597:. 0|1:1,13:14:3:0|1:531555_A_T:543,0,3:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1195:. 1|0:57,7:64:88:.:.:88,0,2259:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1395:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1377:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,1043:. 0|0:69,4:73:49:0|1:531556_A_G:0,49,3060:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:62:.:.:0,62,710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1549:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,159:. 1|0:45,23:68:99:.:.:518,0,1117:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1761:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1562:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1435:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,535:. 1|1:0,12:12:39:1|1:531555_A_T:568,39,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1428:. 0|1:2,10:12:54:0|1:531556_A_G:397,0,54:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:2,18:20:31:0|1:531556_A_G:681,0,31:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:531555_A_T:1530,102,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,13:45:99:0|1:531556_A_G:450,0,1254:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:1|1:531555_A_T:1710,114,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,28:28:87:1|1:531555_A_T:1294,87,0:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|1:26,7:33:99:.:.:138,0,817:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:531555_A_T:3407,229,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,409:. 0|0:29,0:29:48:.:.:0,48,875:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,91:99:38:.:.:2676,38,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:531555_A_T:6468,433,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1634:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:39:.:.:0,39,585:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1500:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,135:135:99:1|1:531555_A_T:6176,415,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,4:14:71:.:.:71,0,299:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,945:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1420:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:24,0:24:38:.:.:0,38,773:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,202:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,48:55:99:0|1:531555_A_T:2021,0,147:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1755:. 0|0:42,0:42:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,30:30:96:1|1:531555_A_T:1408,96,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,15:15:45:1|1:531555_A_T:675,45,0:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:18,0:18:33:.:.:0,33,495:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:38,0:38:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:38,0:38:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,21:47:99:0|1:531556_A_G:857,0,1106:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:15,0:15:30:.:.:0,30,450:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:78:.:.:0,78,1170:. Pf3D7_01_v3 531563 . G A 440101 PASS FS=4.809;MQ=59.83;QD=29.01;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=1.112;VQSLOD=3.26;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1805;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=65.12;GQ_STDDEV=39.34;HRun=1;InbreedingCoeff=0.386;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.656;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=5707472;AF=0.081;AS_InbreedingCoeff=-0.0275;MLEAC=415;MLEAF=0.08;AN=856;AC=58 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,703:. 0|0:29,0:29:57:.:.:0,57,855:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:7,9:16:99:0|1:531556_A_G:462,0,285:. 0|0:13,0:13:6:.:.:0,6,266:. 0|0:31,0:31:3:.:.:0,3,659:. 0|0:24,0:24:42:.:.:0,42,630:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,900:. 0|0:26,0:26:17:.:.:0,17,568:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,187:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,104:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:26,0:26:44:.:.:0,44,638:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,39:39:99:1|1:531555_A_T:1845,123,0:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:48:.:.:0,48,720:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,232:. 0|0:52,0:52:92:.:.:0,92,1202:. 1|1:0,10:10:30:1|1:531555_A_T:450,30,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1246:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,9:43:99:0|1:531556_A_G:273,0,1431:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|1:75,8:83:85:0|1:531563_G_A:85,0,3108:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:54,0:54:55:.:.:0,55,1192:. 0|1:25,31:56:99:0|1:531516_A_C:1226,0,953:. 1|1:0,12:12:39:1|1:531555_A_T:585,39,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:60:.:.:0,60,900:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:28,0:28:36:.:.:0,36,662:. 0|0:47,0:47:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,46:89:99:0|1:531556_A_G:1832,0,1832:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,30:30:96:1|1:531555_A_T:1440,96,0:. 0|1:34,6:40:99:0|1:531556_A_G:141,0,1496:. 0|0:43,0:43:63:.:.:0,63,945:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,11:31:99:0|1:531556_A_G:422,0,826:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,831:. 0|0:26,0:26:51:.:.:0,51,765:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:30,0:30:54:.:.:0,54,810:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1365:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:60,4:64:16:0|1:531556_A_G:0,16,2552:. 1|1:0,14:14:45:1|1:531555_A_T:675,45,0:. 0|0:31,0:31:66:.:.:0,66,990:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1059:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:42:.:.:0,42,542:. 0|0:48,0:48:75:.:.:0,75,1070:. 1|0:16,4:20:99:0|1:531556_A_G:120,0,656:. 0|0:42,0:42:43:.:.:0,43,943:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:47:.:.:0,47,714:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1223:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:7,38:45:99:0|1:531556_A_G:1575,0,180:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,3:23:60:0|1:531556_A_G:60,0,886:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:46:.:.:0,46,818:. 0|0:35,0:35:54:.:.:0,54,810:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,10:30:99:0|1:531555_A_T:360,0,812:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,12:82:99:0|1:531556_A_G:306,0,2997:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1720:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1328:. 0|0:31,0:31:62:.:.:0,62,742:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:64:.:.:0,64,937:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:1|1:531555_A_T:1980,132,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,20:55:99:0|1:531556_A_G:755,0,1446:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:46,18:64:99:0|1:531556_A_G:644,0,1874:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,978:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,16:16:54:1|1:531555_A_T:798,54,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:1|1:531555_A_T:1935,129,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1464:. 1|1:0,24:24:78:1|1:531555_A_T:1170,78,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,5:89:23:.:.:0,23,3586:. 0|0:18,0:18:2:.:.:0,2,376:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,113,1732:. 0|0:49,0:49:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:5,12:17:99:0|1:531556_A_G:561,0,165:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1374:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,7:38:99:0|1:531556_A_G:195,0,1365:. 0|0:37,0:37:89:.:.:0,89,908:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,970:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,101,1404:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:1|1:531555_A_T:1845,123,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:65:.:.:0,65,801:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1390:. 0|0:68,0:68:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:44,0:44:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:29,53:82:99:0|1:531556_A_G:2176,0,1094:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,26:34:99:0|1:531556_A_G:1109,0,303:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,610:. 1|1:0,25:25:78:1|1:531555_A_T:1170,78,0:. 0|0:59,0:59:39:.:.:0,39,1329:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,112,1456:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,107,1538:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,1:50:99:0|1:531556_A_G:0,108,2127:. 1|0:19,20:39:99:0|1:531556_A_G:802,0,732:. 0|0:66,0:66:49:.:.:0,49,1442:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:51,0:51:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:31,0:31:57:.:.:0,57,855:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:67:.:.:0,67,1262:. 0|1:1,12:13:6:0|1:531555_A_T:501,0,6:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:47,0:47:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1043:. 0|0:23,0:23:37:.:.:0,37,558:. 0|0:50,0:50:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:79:.:.:0,79,929:. 0|0:66,4:70:31:0|1:531556_A_G:0,31,2790:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:51:.:.:0,51,765:. 0|0:49,0:49:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1549:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,153:. 1|0:57,5:62:21:.:.:21,0,2404:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,115,1761:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,117,1562:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1286:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,535:. 1|1:0,10:10:30:1|1:531555_A_T:450,30,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1428:. 0|1:2,9:11:57:0|1:531556_A_G:372,0,57:. 0|0:32,0:32:57:.:.:0,57,855:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:2,14:16:39:0|1:531556_A_G:606,0,39:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:51:.:.:0,51,765:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,13:42:99:0|1:531556_A_G:450,0,1285:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:63:.:.:0,63,945:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:32,0:32:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:45:.:.:0,45,675:. 0|0:26,0:26:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,24:24:72:1|1:531555_A_T:1080,72,0:. 0|0:9,0:9:12:.:.:0,12,180:. 0|0:29,0:29:51:.:.:0,51,765:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,810:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:36:.:.:0,36,540:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:1|1:531555_A_T:3015,202,0:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:21,0:21:31:.:.:0,31,568:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:39:.:.:0,39,585:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1634:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:24:.:.:0,24,360:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1500:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1755:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1635:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:15:.:.:0,15,225:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:54:.:.:0,54,810:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:63:.:.:0,63,945:. 0|0:27,0:27:45:.:.:0,45,675:. 0|0:50,0:50:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:43,0:43:93:.:.:0,93,1296:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,466:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,38:43:99:0|1:531555_A_T:1701,0,171:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:42,0:42:54:.:.:0,54,810:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1755:. 0|0:34,0:34:60:.:.:0,60,900:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,28:28:87:1|1:531555_A_T:1305,87,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:40,0:40:63:.:.:0,63,945:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,10:10:30:1|1:531555_A_T:450,30,0:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:26,0:26:51:.:.:0,51,765:. 0|0:26,0:26:51:.:.:0,51,765:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:14,0:14:18:.:.:0,18,270:. 0|0:22,0:22:42:.:.:0,42,630:. 0|0:31,0:31:54:.:.:0,54,810:. 0|0:11,0:11:12:.:.:0,12,180:. 0|0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 0|0:51,0:51:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:5,0:5:6:.:.:0,6,90:. 0|0:39,0:39:63:.:.:0,63,945:. 0|0:29,0:29:51:.:.:0,51,765:. 0|0:33,0:33:60:.:.:0,60,900:. 0|0:51,0:51:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:46,0:46:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,450:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,17:42:99:0|1:531556_A_G:762,0,1032:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:12,0:12:21:.:.:0,21,315:. 0|0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:51:.:.:0,51,765:. Pf3D7_01_v3 531735 . T A 1.7703e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=33.81;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I1454;SNPEFF_CODON_CHANGE=atT/atA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.617;VQSLOD=7.8;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=23.81;GQ_MEAN=145.5;GQ_STDDEV=81.46;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7092;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.042;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11586393;AF=0.75;AS_InbreedingCoeff=0.8568;MLEAC=3930;MLEAF=0.751;AN=858;AC=635 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,36:36:99:.:.:1101,108,0 1|0:12,37:49:99:.:.:1253,0,210 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1502 1|0:2,14:16:15:.:.:368,0,15 1|1:0,39:39:99:1|1:531735_T_A:1238,117,0 1|1:0,29:29:90:1|1:531735_T_A:1238,90,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2297,225,0 1|1:0,32:32:99:1|1:531735_T_A:1411,102,0 1|1:0,38:38:99:1|1:531735_T_A:1641,117,0 0|1:5,19:24:85:.:.:671,0,85 1|1:0,43:43:99:.:.:1345,129,0 0|1:3,22:25:24:.:.:637,0,24 1|0:4,24:28:42:0|1:531735_T_A:705,0,42 0|1:6,6:12:99:.:.:152,0,153 1|1:0,12:12:35:.:.:316,35,0 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405 1|1:0,19:19:57:.:.:606,57,0 1|1:0,22:22:66:.:.:663,66,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1114,111,0 1|1:1,66:67:99:1|1:531735_T_A:2074,168,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2150,215,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4480,438,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1061 1|1:0,34:34:99:.:.:1008,102,0 1|0:60,42:102:99:.:.:884,0,1437 1|1:0,8:8:24:.:.:249,24,0 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450 1|1:1,51:52:99:.:.:1526,145,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1195,117,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,122:122:99:.:.:4916,374,0 1|1:0,53:53:99:1|1:531735_T_A:2022,168,0 1|1:0,258:258:99:1|1:531735_T_A:8815,783,0 1|1:0,30:30:90:.:.:933,90,0 1|1:7,107:114:99:1|1:531735_T_A:2969,163,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2603,269,0 1|1:4,40:44:10:.:.:1510,10,0 1|1:3,53:56:74:.:.:1458,74,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1518,153,0 1|1:0,58:58:99:1|1:531735_T_A:1789,174,0 1|0:65,30:95:99:0|1:531735_T_A:996,0,2526 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1243 1|1:1,187:188:99:.:.:5501,554,0 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|1:19,73:92:99:.:.:1884,0,278 1|1:1,63:64:99:1|1:531735_T_A:2107,162,0 1|1:0,24:24:72:.:.:750,72,0 1|1:0,70:70:99:1|1:531735_T_A:2145,210,0 0|1:29,28:57:99:.:.:678,0,685 1|1:3,96:99:99:.:.:2746,225,0 0|1:11,9:20:99:.:.:272,0,242 1|1:0,79:79:99:1|1:531735_T_A:2410,237,0 0|1:23,116:139:99:.:.:3111,0,272 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1232 1|1:0,64:64:99:.:.:1886,192,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1912,195,0 1|1:0,51:51:99:1|1:531735_T_A:1625,152,0 0|1:42,25:67:99:.:.:528,0,1078 1|1:0,122:122:99:.:.:4512,375,0 1|0:45,53:98:99:.:.:1310,0,995 1|1:0,94:94:99:.:.:2880,283,0 1|1:1,262:263:99:.:.:7726,777,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1204,123,0 1|1:0,77:77:99:1|1:531735_T_A:2329,230,0 1|1:0,99:99:99:1|1:531735_T_A:3145,300,0 1|1:0,78:78:99:.:.:3180,235,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1105 1|0:40,25:65:99:0|1:531735_T_A:569,0,948 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1060 1|1:0,26:26:78:.:.:779,78,0 1|1:0,97:97:99:1|1:531735_T_A:4191,301,0 1|1:4,63:67:78:.:.:1712,78,0 1|1:3,98:101:99:1|1:531735_T_A:3998,224,0 1|1:0,30:30:90:.:.:876,90,0 0|1:50,78:128:99:.:.:1941,0,1044 0|1:9,54:63:58:.:.:1475,0,58 1|1:0,56:56:99:.:.:1578,167,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1887,186,0 1|0:25,15:40:99:0|1:531735_T_A:376,0,621 1|1:0,36:36:99:1|1:531735_T_A:1511,108,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1284,129,0 0|1:60,31:91:99:.:.:638,0,1470 1|1:0,49:49:99:1|1:531735_T_A:2104,150,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|1:75,59:134:99:.:.:1301,0,1776 1|1:0,67:67:99:.:.:2173,201,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4158,447,0 1|1:1,120:121:99:.:.:3536,353,0 0|1:11,64:75:99:.:.:1701,0,112 1|1:1,101:102:99:1|1:531735_T_A:3046,294,0 1|1:1,123:124:99:1|1:531735_T_A:5228,348,0 1|1:0,63:63:99:1|1:531735_T_A:2486,192,0 1|0:24,55:79:99:.:.:1533,0,465 0|1:12,44:56:99:.:.:1113,0,195 1|1:1,89:90:99:.:.:2667,260,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1800 0|1:64,62:126:99:.:.:1446,0,1577 1|1:0,184:184:99:.:.:5601,553,0 0|1:150,37:187:99:.:.:642,0,3869 1|1:0,147:147:99:.:.:4344,441,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,94:99:99:.:.:2618,144,0 1|1:8,88:96:36:.:.:2351,36,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|0:41,55:96:99:.:.:1336,0,887 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|0:101,25:126:99:.:.:377,0,2542 1|1:0,128:128:99:.:.:3850,384,0 1|1:0,166:166:99:.:.:4936,497,0 1|1:1,180:181:99:.:.:5234,532,0 1|1:13,112:125:28:.:.:2945,28,0 1|1:0,219:219:99:.:.:6514,656,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4639,468,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5084,503,0 1|1:0,143:143:99:1|1:531735_T_A:5038,437,0 1|1:0,178:178:99:.:.:5339,534,0 1|1:10,112:122:61:.:.:3048,61,0 1|1:0,172:172:99:.:.:5193,517,0 1|0:34,58:92:99:0|1:531735_T_A:1592,0,723 1|1:8,138:146:99:.:.:3891,198,0 1|0:41,114:155:99:0|1:531735_T_A:4439,0,716 1|1:1,94:95:99:1|1:531735_T_A:4042,288,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,128:129:99:.:.:3835,380,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4101,411,0 1|1:0,194:194:99:.:.:6239,583,0 1|1:13,104:117:11:1|1:531735_T_A:3113,11,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3295,335,0 0|1:65,82:147:99:0|1:531735_T_A:2113,0,1442 1|1:0,106:106:99:.:.:3205,319,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1913,201,0 1|1:13,129:142:47:1|1:531735_T_A:3665,47,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4986,489,0 1|0:17,100:117:99:.:.:2542,0,128 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|1:78,32:110:99:0|1:531735_T_A:978,0,3742 1|1:0,142:142:99:.:.:4280,427,0 1|1:1,190:191:99:.:.:5505,561,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,140:140:99:.:.:4052,419,0 1|1:2,173:175:99:.:.:5010,483,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800 0|1:27,108:135:99:.:.:2934,0,378 0|1:137,22:159:99:.:.:208,0,3623 1|1:0,153:153:99:.:.:4685,460,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2808,290,0 1|1:0,81:81:99:1|1:531735_T_A:3364,246,0 1|1:0,94:94:99:1|1:531735_T_A:4116,286,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2631,263,0 1|1:5,215:220:99:1|1:531735_T_A:8985,412,0 1|1:5,44:49:1:.:.:1418,1,0 0|1:52,56:108:99:0|1:531735_T_A:2088,0,2240 1|1:0,125:125:99:.:.:3669,374,0 1|0:33,40:73:99:.:.:929,0,742 1|1:0,190:190:99:.:.:5629,570,0 1|1:2,81:83:99:.:.:2347,207,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3752,379,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1264 1|0:23,91:114:99:0|1:531735_T_A:2618,0,354 1|0:36,58:94:99:.:.:1700,0,794 0|1:168,26:194:99:.:.:322,0,4382 0|1:41,116:157:99:.:.:2968,0,760 0|1:91,60:151:99:.:.:1362,0,2257 1|1:0,135:135:99:.:.:4076,405,0 1|1:0,6:6:18:.:.:188,18,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2565,255,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1628 1|1:0,59:59:99:.:.:1810,177,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1703,168,0 1|0:18,64:82:99:.:.:1610,0,290 1|0:55,76:131:99:.:.:1906,0,1318 0|1:16,98:114:99:.:.:2636,0,121 1|1:0,65:65:99:.:.:1919,195,0 1|1:7,125:132:99:.:.:5054,197,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1204 1|0:40,12:52:99:0|1:531735_T_A:356,0,1449 0|1:35,9:44:99:.:.:131,0,1315 1|1:0,75:75:99:.:.:2613,225,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3978,333,0 1|1:9,156:165:99:.:.:4437,237,0 0|1:59,13:72:99:0|1:531735_T_A:226,0,1508 1|1:4,88:92:99:.:.:2451,150,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1757,180,0 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,143:143:99:.:.:4427,430,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3306,330,0 1|1:0,117:117:99:1|1:531735_T_A:4996,355,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,104:104:99:.:.:3108,312,0 0|1:17,68:85:99:.:.:1843,0,256 1|1:0,193:193:99:.:.:5588,580,0 0|1:50,28:78:99:.:.:608,0,1258 1|1:0,61:61:99:.:.:1860,183,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1672,165,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1266,129,0 1|0:146,23:169:99:.:.:201,0,3664 1|1:0,101:101:99:1|1:531735_T_A:4286,313,0 0|1:89,13:102:99:0|1:531735_T_A:233,0,4239 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|0:18,89:107:99:.:.:2691,0,223 1|1:0,73:73:99:.:.:2367,219,0 1|0:48,15:63:99:.:.:241,0,1232 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,979 0|1:43,29:72:99:.:.:639,0,1055 0|1:90,21:111:99:.:.:291,0,2405 1|1:0,65:65:99:.:.:1977,195,0 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:91:.:.:0,91,2160 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|1:95,79:174:99:.:.:1852,0,2266 1|1:3,110:113:99:.:.:3233,259,0 1|0:18,37:55:99:.:.:914,0,339 0|1:117,42:159:99:.:.:768,0,2875 0|1:10,69:79:20:.:.:1793,0,20 1|0:14,51:65:99:.:.:1537,0,176 1|1:0,56:56:99:1|1:531735_T_A:2394,169,0 0|1:6,30:36:57:.:.:828,0,57 1|1:9,89:98:13:.:.:2666,13,0 0|1:11,25:36:99:.:.:634,0,213 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1095 0|1:23,17:40:99:0|1:531735_T_A:429,0,566 1|1:0,40:40:99:.:.:1227,120,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1901,186,0 1|1:0,102:102:99:1|1:531735_T_A:3420,310,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,87:88:99:.:.:2601,254,0 1|1:1,90:91:99:.:.:2606,263,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1145 1|1:2,63:65:99:.:.:1751,133,0 1|1:9,108:117:74:.:.:3526,74,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|0:3,2:5:99:0|1:531735_T_A:159,0,180 1|1:9,131:140:99:.:.:3620,154,0 0|1:46,51:97:99:.:.:1557,0,1092 1|1:0,105:105:99:.:.:3062,314,0 1|1:0,80:80:99:1|1:531735_T_A:3285,250,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3717,363,0 1|0:38,56:94:99:.:.:1371,0,848 1|1:0,184:184:99:.:.:5532,552,0 1|0:7,39:46:77:.:.:1037,0,77 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855 1|1:0,86:86:99:.:.:2633,258,0 1|1:2,224:226:99:1|1:531735_T_A:7481,617,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,106,1800 1|1:0,185:185:99:.:.:5440,552,0 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495 0|0:51,0:51:89:.:.:0,89,1363 0|1:20,108:128:99:.:.:2790,0,212 0|1:13,62:75:99:.:.:1791,0,180 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1174 1|1:1,77:78:99:.:.:2251,202,0 1|1:1,86:87:99:.:.:2673,252,0 1|1:0,18:18:57:.:.:647,57,0 1|1:0,47:47:99:1|1:531735_T_A:1679,144,0 1|1:1,40:41:99:.:.:1165,113,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,22:22:66:.:.:657,66,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3835,325,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1278 1|1:1,136:137:99:.:.:4827,402,0 1|1:1,147:148:99:.:.:5303,409,0 1|1:0,130:130:99:1|1:531735_T_A:5796,406,0 1|0:70,80:150:99:.:.:2404,0,1843 1|1:0,155:155:99:.:.:5420,466,0 1|1:0,99:99:99:1|1:531735_T_A:4332,301,0 1|1:13,186:199:99:.:.:6335,157,0 1|1:1,143:144:99:.:.:4978,400,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4775,406,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1325,111,0 1|1:1,208:209:99:.:.:7112,592,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5633,484,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,165:165:99:.:.:5903,496,0 1|1:0,155:155:99:.:.:5544,466,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5923,525,0 1|1:1,127:128:99:1|1:531735_T_A:5599,355,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3860,333,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,119,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,117:118:99:1|1:531735_T_A:4903,351,0 1|1:0,196:196:99:.:.:7024,590,0 0|1:77,41:118:99:0|1:531735_T_A:1235,0,2276 1|1:0,65:65:99:1|1:531735_T_A:2874,202,0 1|1:1,77:78:99:1|1:531735_T_A:3358,212,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,25:25:75:.:.:857,75,0 1|0:52,25:77:99:0|1:531735_T_A:827,0,2005 1|1:0,130:130:99:.:.:4563,391,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3751,316,0 1|1:0,162:162:99:1|1:531735_T_A:7038,494,0 1|1:0,158:158:99:.:.:5607,475,0 1|1:0,84:84:99:.:.:3003,253,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5815,501,0 1|1:6,158:164:99:.:.:5282,288,0 1|1:0,166:166:99:1|1:531735_T_A:7323,506,0 1|1:1,529:530:99:.:.:18735,1584,0 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,422:422:99:1|1:531735_T_A:18615,1306,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2795,240,0 1|1:0,30:30:90:.:.:1076,90,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800 1|1:0,72:72:99:1|1:531735_T_A:2435,216,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4357,385,0 1|1:0,199:199:99:.:.:6605,597,0 1|1:0,347:347:99:.:.:12345,1040,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4689,420,0 1|1:1,199:200:99:1|1:531735_T_A:8418,545,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6671,600,0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,168:168:99:.:.:6419,508,0 1|1:0,420:420:99:.:.:14725,1260,0 1|1:0,92:92:99:.:.:3083,277,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2499,225,0 1|1:0,336:336:99:.:.:11787,1005,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1805,165,0 1|1:10,179:189:99:.:.:5596,260,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5358,484,0 1|1:1,121:122:99:.:.:4142,356,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5923,546,0 1|1:3,152:155:99:1|1:531735_T_A:5235,356,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6772,606,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6325,562,0 1|1:1,193:194:99:.:.:6431,549,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6118,548,0 1|1:3,189:192:99:.:.:6566,477,0 1|1:1,106:107:99:.:.:3466,311,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8739,762,0 1|1:2,34:36:41:1|1:531735_T_A:1286,41,0 1|1:13,191:204:99:.:.:5961,180,0 0|1:67,123:190:99:.:.:3585,0,1601 1|1:0,224:224:99:1|1:531735_T_A:9824,686,0 1|1:0,190:190:99:.:.:6274,570,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4468,387,0 1|1:0,196:196:99:.:.:7792,592,0 1|1:0,199:199:99:1|1:531735_T_A:8553,611,0 1|1:3,84:87:99:1|1:531735_T_A:3594,161,0 1|1:3,228:231:99:1|1:531735_T_A:9649,536,0 1|1:0,179:179:99:1|1:531735_T_A:7735,550,0 1|1:0,151:151:99:1|1:531735_T_A:6511,460,0 1|1:1,68:69:99:1|1:531735_T_A:2939,149,0 1|1:0,169:169:99:.:.:7178,517,0 1|1:0,54:54:99:1|1:531735_T_A:2358,165,0 1|1:1,191:192:99:.:.:6325,567,0 1|1:1,318:319:99:.:.:10858,918,0 1|1:2,126:128:99:1|1:531735_T_A:5065,317,0 1|1:1,251:252:99:.:.:11336,735,0 1|1:0,167:167:99:.:.:7082,515,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5647,493,0 1|1:0,165:165:99:1|1:531735_T_A:6862,505,0 1|1:1,219:220:99:.:.:7214,649,0 1|1:1,120:121:99:.:.:4059,327,0 1|1:0,168:168:99:1|1:531735_T_A:7274,515,0 1|1:0,98:98:99:1|1:531735_T_A:4126,304,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4467,413,0 1|1:0,24:24:72:.:.:893,72,0 1|0:178,32:210:99:.:.:451,0,4923 1|1:4,288:292:99:.:.:9906,736,0 1|1:1,175:176:99:1|1:531735_T_A:7606,532,0 0|1:170,31:201:99:.:.:652,0,4980 1|1:3,199:202:99:.:.:8841,517,0 1|1:1,91:92:99:.:.:3422,241,0 1|1:2,209:211:99:.:.:8904,603,0 1|1:0,179:179:99:1|1:531735_T_A:6281,538,0 0|0:179,0:179:99:.:.:0,99,1800 1|1:0,116:116:99:.:.:4045,348,0 1|1:0,333:333:99:.:.:13186,1002,0 1|1:15,504:519:99:.:.:16561,1079,0 1|1:0,339:339:99:.:.:11574,1018,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2422,219,0 1|1:0,325:325:99:1|1:531735_T_A:13742,986,0 1|1:0,221:221:99:.:.:7888,663,0 1|1:3,176:179:99:.:.:5694,434,0 1|1:0,260:260:99:1|1:531735_T_A:11745,795,0 1|1:0,52:52:99:1|1:531735_T_A:2304,163,0 1|1:0,108:108:99:1|1:531735_T_A:4174,324,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2972,259,0 1|1:0,152:152:99:1|1:531735_T_A:6593,466,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800 0|1:34,122:156:99:0|1:531735_T_A:4802,0,958 1|1:0,182:182:99:.:.:6103,546,0 1|1:0,172:172:99:.:.:5922,517,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5417,477,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1302 1|1:0,45:45:99:1|1:531735_T_A:2033,144,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1800 1|1:0,153:153:99:.:.:5239,460,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,200:200:99:.:.:6777,601,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,55:55:99:.:.:1893,165,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3149,274,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1128 1|1:0,33:33:99:1|1:531735_T_A:1456,99,0 1|1:0,17:17:51:.:.:569,51,0 1|1:0,209:209:99:.:.:7031,628,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1290 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,12:12:36:1|1:531735_T_A:517,36,0 1|1:0,155:155:99:.:.:6611,472,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,115:115:99:1|1:531735_T_A:5117,364,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1183 1|1:0,138:138:99:.:.:4818,414,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5897,523,0 1|0:9,148:157:17:0|1:531735_T_A:5900,0,17 1|1:0,155:155:99:.:.:5329,466,0 1|1:0,337:337:99:.:.:13055,1029,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2049,177,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7662,685,0 1|1:0,476:476:99:.:.:16073,1428,0 1|1:0,135:135:99:.:.:5456,406,0 1|1:1,169:170:99:.:.:5832,500,0 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,25:25:75:1|1:531735_T_A:1066,75,0 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,117:117:99:.:.:4080,351,0 Pf3D7_01_v3 531752 . G A 6.16521e+06 PASS FS=0;MQ=60.77;QD=32.72;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S1460N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGc/aAc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.695;VQSLOD=7.19;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=139.22;GQ_STDDEV=124.31;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7556;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.45;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11306013;AF=0.237;AS_InbreedingCoeff=0.5186;MLEAC=1244;MLEAF=0.237;AN=858;AC=159 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:27,0:27:52:.:.:0,52,712:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:28,27:55:99:.:.:667,0,801:. 0|0:49,0:49:90:.:.:0,90,1289:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,30:30:93:1|1:531735_T_A:1276,93,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,38:38:99:1|1:531735_T_A:1552,117,0:. 1|1:0,38:38:99:1|1:531735_T_A:1741,117,0:. 0|1:13,9:22:99:0|1:531752_G_A:323,0,489:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1228:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:17,8:25:99:0|1:531735_T_A:187,0,480:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,358:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,579:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1086:. 1|0:58,13:71:99:0|1:531735_T_A:197,0,1424:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1061:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1080:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,310:. 0|0:12,0:12:3:.:.:0,3,248:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1329:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,97:130:99:0|1:531752_G_A:3958,0,1055:. 1|0:24,34:58:99:0|1:531735_T_A:888,0,485:. 0|1:185,85:270:99:0|1:531735_T_A:1658,0,4207:. 0|0:40,0:40:86:.:.:0,86,1026:. 0|0:110,6:116:99:0|1:531735_T_A:0,99,4734:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,29:43:99:0|1:531752_G_A:1157,0,512:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1221:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1152:. 0|0:56,4:60:3:0|1:531735_T_A:0,3,2295:. 1|0:66,29:95:99:0|1:531735_T_A:935,0,2488:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1243:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,18:66:99:0|1:531735_T_A:342,0,1072:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:63,6:69:19:0|1:531735_T_A:0,19,1537:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,5:24:99:0|1:531752_G_A:175,0,774:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1232:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,10:46:99:0|1:531735_T_A:238,0,815:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,22:103:99:0|1:531735_T_A:356,0,1868:. 0|1:11,65:76:99:0|1:531752_G_A:2658,0,255:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1105:. 0|0:58,2:60:99:0|1:531735_T_A:0,129,2629:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1060:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,99:99:99:1|1:531735_T_A:4150,298,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,83:98:99:0|1:531735_T_A:2260,0,167:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,747:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,3:42:39:0|1:531735_T_A:0,39,1571:. 1|1:0,37:37:99:1|1:531735_T_A:1715,117,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1062:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,58:58:99:1|1:531735_T_A:2372,177,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,11:59:99:0|1:531752_G_A:309,0,1999:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,124:125:99:1|1:531735_T_A:5692,369,0:. 1|0:14,50:64:99:0|1:531735_T_A:1275,0,207:. 1|0:71,18:89:99:.:.:269,0,2054:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,66:166:99:0|1:531735_T_A:1413,0,2189:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,7:98:76:0|1:531735_T_A:0,76,3176:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,119:159:99:0|1:531735_T_A:3069,0,1492:. 1|0:8,91:99:44:0|1:531735_T_A:3889,0,44:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:169,27:196:99:.:.:225,0,3979:. 1|0:94,27:121:99:0|1:531735_T_A:442,0,2437:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,16:157:24:0|1:531735_T_A:0,24,4796:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,19:149:99:0|1:531735_T_A:379,0,5616:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,29:109:99:0|1:531735_T_A:944,0,3851:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,78:87:25:1|1:531735_T_A:2053,25,0:. 1|1:0,93:93:99:1|1:531735_T_A:4266,289,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,226:231:99:1|1:531735_T_A:9200,436,0:. 1|0:25,15:40:99:.:.:336,0,644:. 0|1:46,56:102:99:0|1:531735_T_A:2089,0,2097:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1264:. 1|0:87,18:105:99:0|1:531735_T_A:270,0,2616:. 1|0:78,14:92:99:.:.:263,0,2412:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,170:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1628:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,114:132:99:.:.:3964,0,186:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1204:. 1|0:37,13:50:99:0|1:531735_T_A:416,0,1360:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:55,33:88:99:.:.:723,0,1249:. 1|0:55,62:117:99:.:.:1635,0,1154:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,4:82:81:0|1:531735_T_A:0,81,4853:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:1|1:531735_T_A:5344,361,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:531735_T_A:4530,325,0:. 0|1:86,10:96:99:0|1:531735_T_A:191,0,4151:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,21:120:99:.:.:253,0,2552:. 1|0:52,16:68:99:0|1:531752_G_A:543,0,2077:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,979:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,10:76:99:0|1:531752_G_A:215,0,2739:. 1|1:0,58:58:99:1|1:531735_T_A:2706,184,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1300:. 0|1:78,18:96:99:0|1:531752_G_A:515,0,3180:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1095:. 0|0:41,3:44:0:0|1:531735_T_A:0,0,2209:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1074:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,23:94:99:0|1:531735_T_A:726,0,2802:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,929:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1145:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:78,46:124:99:.:.:1584,0,1921:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,4:7:99:0|1:531735_T_A:159,0,180:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,21:102:99:0|1:531752_G_A:657,0,3383:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,607:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:175,56:231:99:0|1:531735_T_A:979,0,4182:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,14:77:99:.:.:157,0,1719:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,5:18:99:.:.:141,0,302:. 0|1:28,22:50:99:0|1:531735_T_A:501,0,580:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1278:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:1|1:531735_T_A:5845,394,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:1|1:531735_T_A:4349,304,0:. 0|1:169,17:186:99:0|1:531752_G_A:187,0,7188:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,118:119:99:1|1:531735_T_A:5091,316,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,92:105:99:0|1:531735_T_A:2922,0,109:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,19:122:99:0|1:531735_T_A:496,0,6483:. 1|1:0,69:69:99:1|1:531735_T_A:3245,220,0:. 1|1:1,77:78:99:1|1:531735_T_A:3461,209,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|0:53,23:76:99:0|1:531735_T_A:801,0,2087:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:1|1:531735_T_A:6987,491,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:1|1:531735_T_A:7956,536,0:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,426:427:99:1|1:531735_T_A:18503,1281,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:65,4:69:12:0|1:531735_T_A:0,12,2715:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:377,0:377:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,192:194:99:1|1:531735_T_A:8037,479,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,87:178:99:0|1:531752_G_A:3430,0,3532:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,19:149:99:0|1:531735_T_A:170,0,3844:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,20:31:99:0|1:531735_T_A:618,0,354:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:1|1:531735_T_A:10299,725,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,133:180:99:.:.:3984,0,962:. 1|1:4,196:200:99:1|1:531735_T_A:6691,476,0:. 1|0:9,89:98:64:0|1:531735_T_A:2725,0,64:. 1|1:2,233:235:99:1|1:531735_T_A:9932,586,0:. 1|1:0,185:185:99:1|1:531735_T_A:7831,559,0:. 1|1:3,152:155:99:1|1:531735_T_A:6590,339,0:. 1|1:1,71:72:99:1|1:531735_T_A:3012,155,0:. 1|1:8,167:175:99:.:.:5475,276,0:. 0|1:7,56:63:16:0|1:531735_T_A:1729,0,16:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,87:126:99:0|1:531735_T_A:2648,0,1011:. 1|1:5,288:293:99:.:.:10708,732,0:. 1|0:23,138:161:99:.:.:5555,0,266:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,138:169:99:0|1:531735_T_A:4280,0,525:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:1|1:531735_T_A:7372,521,0:. 1|1:1,88:89:99:1|1:531735_T_A:3762,246,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,5:31:49:.:.:49,0,705:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:325,0:325:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:1|1:531735_T_A:7960,566,0:. 0|1:182,23:205:99:.:.:156,0,7066:. 1|1:11,223:234:99:.:.:7348,274,0:. 1|0:48,37:85:99:.:.:1322,0,1306:. 1|0:26,180:206:99:.:.:7395,0,230:. 0|1:160,22:182:99:0|1:531735_T_A:345,0,4511:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:176,191:367:99:.:.:7349,0,4417:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,307:308:99:1|1:531735_T_A:13284,912,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,294:294:99:1|1:531735_T_A:12740,885,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:531735_T_A:2140,147,0:. 1|0:46,59:105:99:0|1:531735_T_A:1749,0,1223:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:1|1:531735_T_A:6480,457,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,134:167:99:0|1:531735_T_A:5143,0,885:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1302:. 1|1:0,45:45:99:1|1:531735_T_A:2168,150,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1128:. 1|1:0,37:37:99:1|1:531735_T_A:1670,114,0:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,504:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1290:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:42:1|1:531735_T_A:583,42,0:. 1|1:0,156:158:99:.:.:6715,475,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,120:120:99:1|1:531735_T_A:5159,367,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1183:. 1|0:118,14:132:99:.:.:113,0,3472:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,142:150:12:0|1:531735_T_A:5720,0,12:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:197,143:340:99:.:.:3985,0,5561:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:467,0:467:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,93:140:99:.:.:2829,0,1172:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,30:30:90:1|1:531735_T_A:1350,90,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 531894 . A G 4.72139e+06 PASS FS=0.639;MQ=60.87;QD=33.11;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V1507;SNPEFF_CODON_CHANGE=gtA/gtG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.621;VQSLOD=5.51;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.06;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1148;FractionInformativeReads=0.999;GC=47.62;GQ_MEAN=115.74;GQ_STDDEV=49.7;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4818;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.391;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14834550;AF=0.173;AS_InbreedingCoeff=-0.0765;MLEAC=907;MLEAF=0.173;AN=858;AC=60 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:35,0:35:78:.:.:0,78,1088:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1415:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,32:32:96:1|1:531892_G_T:1395,96,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:531892_G_T:1504,105,0:. 0|0:29,0:29:62:.:.:0,62,868:. 0|0:32,0:32:64:.:.:0,64,962:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1150:. 0|0:29,0:29:58:.:.:0,58,891:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,286:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:30,0:30:74:.:.:0,74,925:. 1|0:56,13:69:99:.:.:162,0,1522:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,109,1061:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1057:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:13:.:.:0,13,250:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,219:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1402:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1172:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,37:53:99:.:.:896,0,345:. 0|1:203,91:294:99:.:.:1615,0,5406:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1058:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1243:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,22:91:99:.:.:329,0,2005:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,624:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,7:73:26:.:.:0,26,1770:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,83:98:99:.:.:2027,0,182:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:531892_G_T:2247,154,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:531892_G_T:3216,223,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,67:81:99:.:.:1623,0,159:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:127,90:217:99:.:.:1834,0,3235:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,17:139:49:.:.:49,0,3743:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:1|1:531892_G_T:7252,497,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,26:246:32:.:.:0,32,6055:. 1|0:138,26:164:99:.:.:191,0,4005:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,17:179:58:.:.:0,58,4513:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,37:140:99:.:.:597,0,2861:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,102:112:31:.:.:2434,31,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,238:243:99:1|1:531892_G_T:10495,559,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1264:. 0|0:131,12:143:93:.:.:0,93,3935:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,128:196:99:.:.:2858,0,1511:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1628:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,16:95:99:.:.:136,0,2336:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,97:145:99:0|1:531892_G_T:3983,0,1723:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,13:138:60:.:.:0,60,3953:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,979:. 0|1:47,20:67:99:.:.:341,0,1594:. 0|1:72,25:97:99:.:.:396,0,2277:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,9:111:91:.:.:0,91,3555:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1095:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,162:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:215,54:269:99:.:.:721,0,5872:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,412:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1060:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,3:31:13:.:.:0,13,743:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1474:. 1|0:84,17:101:99:.:.:274,0,2712:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,240:240:99:1|1:531892_G_T:10852,734,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:754,0:754:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:624,0:624:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:436,0:436:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:1|1:531892_G_T:10522,713,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:375,0:375:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,27:48:99:.:.:746,0,736:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:183,87:270:99:.:.:2090,0,5595:. 1|0:28,125:153:99:.:.:3371,0,537:. 1|1:1,250:251:99:1|1:531892_G_T:11288,729,0:. 1|1:2,206:208:99:1|1:531892_G_T:9157,539,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,156:198:99:.:.:4537,0,914:. 0|1:7,61:68:20:.:.:1645,0,20:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,95:167:99:.:.:2543,0,2120:. 1|0:162,213:375:99:.:.:5293,0,5963:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,161:248:99:.:.:4522,0,2199:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,129:229:99:.:.:3425,0,2698:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1458:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:423,0:423:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,249:254:99:.:.:7917,580,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,99,1800:. 0|1:27,149:176:99:.:.:4423,0,440:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:619,0:619:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,41:104:99:.:.:1076,0,1893:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:531892_G_T:3802,259,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,244:244:99:1|1:531892_G_T:11019,743,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,9:60:99:0|1:531892_G_T:215,0,2196:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,689:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,819:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,151:152:99:1|1:531892_G_T:6897,474,0:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,195:225:99:.:.:5781,0,384:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:422,0:422:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:657,0:657:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 531935 . C T 8.53526e+06 PASS FS=0;MQ=60.72;QD=30.81;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S1521L;SNPEFF_CODON_CHANGE=tCa/tTa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.694;VQSLOD=10.32;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.99;GC=33.33;GQ_MEAN=175.72;GQ_STDDEV=206.15;HRun=2;InbreedingCoeff=0.5654;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.371;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15599730;AF=0.268;AS_InbreedingCoeff=0.4386;MLEAC=1410;MLEAF=0.268;AN=856;AC=238 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:13,16:29:99:0|1:531935_C_T:639,0,504:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1197:. 0|1:40,17:57:99:.:.:543,0,1566:. 1|0:21,42:63:99:.:.:1178,0,643:. 1|0:20,4:24:99:0|1:531935_C_T:102,0,865:. 0|0:40,0:40:87:.:.:0,87,1108:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,660:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:82:.:.:0,82,1084:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:23,6:29:99:0|1:531935_C_T:180,0,923:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1150:. 0|0:26,0:26:12:.:.:0,12,663:. 0|1:15,6:21:99:.:.:128,0,370:. 1|0:15,7:22:99:0|1:531935_C_T:249,0,557:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,298:. 1|1:0,13:13:39:1|1:531935_C_T:572,39,0:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,830:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:35,0:35:77:.:.:0,77,910:. 1|0:60,16:76:99:0|1:531935_C_T:482,0,2449:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2133,210,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:1|1:531935_C_T:2964,202,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1128:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,357:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1402:. 1|1:0,62:62:99:1|1:531935_C_T:2787,196,0:. 0|1:67,44:111:99:0|1:531935_C_T:1572,0,2490:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,25:49:99:.:.:617,0,483:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1058:. 0|1:83,44:127:99:.:.:957,0,2947:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2786,279,0:. 1|0:14,38:52:99:0|1:531935_C_T:1514,0,485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,50:63:99:0|1:531935_C_T:2033,0,356:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,101:102:99:1|1:531935_C_T:4450,226,0:. 1|1:0,75:75:99:1|1:531935_C_T:3389,232,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,63:99:99:.:.:2161,0,643:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,10:69:99:.:.:218,0,2380:. 1|1:0,112:112:99:1|1:531935_C_T:4938,346,0:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,796:. 0|0:112,6:118:91:0|1:531935_C_T:0,91,4670:. 1|0:80,133:213:99:.:.:3442,0,1649:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,32:104:99:0|1:531935_C_T:1136,0,2933:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,53:140:99:0|1:531935_C_T:1893,0,3430:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4545,452,0:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:90,5:95:7:0|1:531935_C_T:0,7,3612:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:531935_C_T:2583,178,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,119:119:99:1|1:531935_C_T:5340,367,0:. 1|0:45,53:98:99:.:.:1395,0,1001:. 0|1:15,99:114:99:0|1:531935_C_T:4044,0,241:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:182,22:204:99:.:.:325,0,7483:. 1|0:92,15:107:99:0|1:531935_C_T:333,0,3715:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,107:183:99:0|1:531935_C_T:4440,0,2915:. 1|0:12,47:59:99:0|1:531935_C_T:1835,0,337:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,88:116:99:.:.:3436,0,839:. 1|0:121,12:133:99:0|1:531935_C_T:125,0,4917:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,76:96:99:0|1:531935_C_T:3039,0,593:. 0|1:79,19:98:99:.:.:506,0,3219:. 1|0:17,37:54:99:.:.:1377,0,322:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,92:157:99:0|1:531935_C_T:3640,0,2413:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,150:209:99:0|1:531935_C_T:6054,0,1982:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,7:135:96:0|1:531935_C_T:0,96,5279:. 0|1:141,11:152:13:0|1:531935_C_T:13,0,5808:. 1|1:12,232:244:99:1|1:531935_C_T:9873,297,0:. 0|1:70,68:138:99:0|1:531935_C_T:2699,0,2639:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,138:169:99:.:.:3675,0,367:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,28:148:99:.:.:412,0,2908:. 1|0:81,136:217:99:.:.:3497,0,1632:. 0|1:113,14:127:47:.:.:47,0,2875:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,51:195:99:.:.:1690,0,5646:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,23:176:99:.:.:171,0,3900:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,69:180:99:.:.:1549,0,2992:. 1|0:23,94:117:99:.:.:2579,0,312:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:1|1:531935_C_T:9766,674,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,233:233:99:1|1:531935_C_T:10361,713,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:1|1:531935_C_T:5825,397,0:. 1|0:163,29:192:99:.:.:292,0,3997:. 1|0:113,84:197:99:0|1:531935_C_T:3055,0,4360:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:531935_C_T:5470,376,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,256:256:99:1|1:531935_C_T:11486,782,0:. 0|0:60,2:62:99:.:.:0,100,2895:. 0|1:71,63:134:99:0|1:531935_C_T:2489,0,2633:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,20:71:99:0|1:531935_C_T:708,0,2128:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,137:144:99:1|1:531935_C_T:5663,118,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1264:. 1|0:118,24:142:99:.:.:382,0,4629:. 0|1:80,45:125:99:0|1:531935_C_T:1671,0,3126:. 1|1:11,157:168:99:.:.:6688,192,0:. 0|1:88,103:191:99:.:.:2555,0,2060:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,137:141:99:1|1:531935_C_T:5827,242,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:531935_C_T:3135,214,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,70:136:99:0|1:531935_C_T:2653,0,2537:. 1|0:126,39:165:99:.:.:1092,0,3041:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,59:153:99:.:.:1602,0,3436:. 1|1:1,125:126:99:1|1:531935_C_T:5495,340,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,40:55:99:0|1:531935_C_T:1600,0,449:. 1|0:67,34:101:99:.:.:734,0,1627:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,14:164:50:.:.:0,50,3858:. 1|0:83,10:93:11:.:.:11,0,3012:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:1|1:531935_C_T:11572,798,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:1|1:531935_C_T:10244,710,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,16:113:99:0|1:531935_C_T:348,0,3950:. 1|1:0,248:248:99:.:.:7371,744,0:. 1|0:30,71:101:99:0|1:531935_C_T:2816,0,1022:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,192:232:99:.:.:7784,0,391:. 0|1:45,84:129:99:.:.:2119,0,839:. 1|0:32,134:166:99:.:.:3556,0,802:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,47:163:99:.:.:965,0,2923:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:531935_C_T:3924,274,0:. 1|0:26,52:78:99:.:.:1754,0,477:. 0|1:82,28:110:99:0|1:531935_C_T:929,0,3240:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,76:83:65:0|1:531935_C_T:3095,0,65:. 1|1:1,199:200:99:1|1:531935_C_T:8792,560,0:. 1|0:90,109:199:99:0|1:531935_C_T:4300,0,3388:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,31:75:99:0|1:531935_C_T:1129,0,1711:. 1|0:44,167:211:99:.:.:4502,0,584:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,23:89:99:.:.:685,0,1841:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,11:57:99:0|1:531935_C_T:349,0,1787:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,15:55:99:0|1:531935_C_T:472,0,2012:. 1|1:0,77:77:99:1|1:531935_C_T:3474,244,0:. 1|0:39,24:63:99:0|1:531935_C_T:856,0,1515:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,9:109:40:.:.:0,40,2504:. 1|1:0,195:195:99:1|1:531935_C_T:8674,599,0:. 1|1:0,100:100:99:1|1:531935_C_T:4444,307,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:1|1:531935_C_T:2648,184,0:. 1|1:0,122:122:99:1|1:531935_C_T:5434,373,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:531935_C_T:3637,247,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:531935_C_T:4788,325,0:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,130:. 1|0:111,68:179:99:.:.:1829,0,2591:. 1|0:96,35:131:99:0|1:531935_C_T:1133,0,3810:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,74:103:99:0|1:531935_C_T:2988,0,983:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,45:109:99:0|1:531935_C_T:1668,0,2612:. 1|1:2,190:192:99:.:.:5645,516,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:1|1:531935_C_T:5314,361,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,8:12:99:.:.:310,0,126:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,19:161:99:0|1:531935_C_T:341,0,5685:. 0|1:27,78:105:99:.:.:2013,0,847:. 1|1:2,67:69:66:1|1:531935_C_T:2936,66,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,120:125:99:.:.:3544,242,0:. 0|0:21,0:21:33:.:.:0,33,539:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1060:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,3:27:51:0|1:531935_C_T:51,0,1004:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:1|1:531935_C_T:7184,487,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,108:228:99:0|1:531935_C_T:4177,0,4644:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,241:250:99:.:.:8373,438,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:531935_C_T:9373,641,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1512,126,0:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,253:254:99:1|1:531935_C_T:11207,726,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:8274,569,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:1|1:531935_C_T:5013,343,0:. 1|0:144,47:191:99:.:.:1537,0,5752:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,113:176:99:0|1:531935_C_T:4500,0,2330:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:1|1:531935_C_T:8617,587,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1474:. 0|1:14,96:110:99:0|1:531935_C_T:3976,0,286:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:1|1:531935_C_T:10312,704,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,814:814:99:1|1:531935_C_T:36462,2483,0:. 1|1:0,880:880:99:1|1:531935_C_T:39775,2709,0:. 0|0:624,0:624:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,86:87:99:1|1:531935_C_T:3823,231,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1419,120,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:436,0:436:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,122:129:51:1|1:531935_C_T:5064,51,0:. 1|1:0,240:240:99:1|1:531935_C_T:10807,737,0:. 1|1:0,272:272:99:1|1:531935_C_T:12232,834,0:. 0|0:443,0:443:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,429:435:99:.:.:14247,1169,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:531935_C_T:4141,283,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,176:231:99:0|1:531935_C_T:7165,0,1859:. 1|1:0,258:258:99:1|1:531935_C_T:11461,789,0:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,22:49:99:0|1:531935_C_T:813,0,1097:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,195:263:99:0|1:531935_C_T:7742,0,2234:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,10:176:94:0|1:531935_C_T:0,94,6778:. 1|1:7,258:265:99:1|1:531935_C_T:11305,510,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:84:.:.:0,84,2681:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,79:173:99:0|1:531935_C_T:2999,0,3713:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,260:269:99:1|1:531935_C_T:10992,379,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,206:240:99:0|1:531935_C_T:8352,0,840:. 0|1:35,81:116:99:.:.:2456,0,1034:. 0|0:180,13:193:22:0|1:531935_C_T:0,22,7426:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1458:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:423,0:423:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,232:250:99:.:.:7331,108,0:. 0|0:390,0:390:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,7:117:99:.:.:0,112,4726:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:22,417:439:99:1|1:531935_C_T:17424,306,0:. 0|1:36,173:209:99:0|1:531935_C_T:7051,0,980:. 0|0:441,0:441:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:619,0:619:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,491:493:99:.:.:16991,1412,0:. 1|0:59,47:106:99:.:.:1796,0,2327:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,244:244:99:1|1:531935_C_T:10934,740,0:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5947,519,0:. 1|0:163,47:210:99:0|1:531935_C_T:1480,0,6642:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:531935_C_T:2604,178,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:531935_C_T:9494,644,0:. 1|1:0,220:220:99:1|1:531935_C_T:9959,677,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,314:325:99:1|1:531935_C_T:13820,527,0:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,7:55:99:0|1:531935_C_T:142,0,1930:. 1|1:1,25:26:42:.:.:837,42,0:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:151,168:319:99:.:.:6485,0,5601:. 0|1:161,130:291:99:.:.:5009,0,6310:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1034:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:214,50:264:99:.:.:1430,0,8602:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,269:269:99:1|1:531935_C_T:11896,813,0:. 0|1:170,47:217:99:.:.:1360,0,6957:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:219,31:250:99:.:.:303,0,6758:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:422,0:422:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:657,0:657:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:164,57:221:99:0|1:531935_C_T:1960,0,6714:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 531949 . G A 3.8815e+06 PASS FS=0;MQ=60.78;QD=26.39;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1526K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.696;VQSLOD=7.2;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.61;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=125.21;GQ_STDDEV=125.43;HRun=2;InbreedingCoeff=0.8479;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.12;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15841721;AF=0.121;AS_InbreedingCoeff=0.8479;MLEAC=637;MLEAF=0.121;AN=858;AC=49 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1197:. 0|1:33,26:59:99:.:.:923,0,1290:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:55:.:.:0,55,714:. 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1193:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,704:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1150:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:35,0:35:76:.:.:0,76,911:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1128:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,488:. 1|1:1,14:15:6:1|1:531943_T_G:647,6,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1402:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1684:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1058:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,31:65:99:0|1:531943_T_G:1113,0,1316:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:1|1:531943_T_G:8695,590,0:. 1|0:82,30:112:99:0|1:531943_T_G:1003,0,3311:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,825:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,17:68:99:.:.:547,0,2055:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,29:88:99:.:.:613,0,1935:. 1|0:56,71:127:99:0|1:531943_T_G:2830,0,2209:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,32:129:99:.:.:602,0,3201:. 0|1:16,64:80:99:0|1:531943_T_G:2724,0,470:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,72:118:99:0|1:531943_T_G:2933,0,1723:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,16:110:99:.:.:347,0,3717:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,26:96:99:.:.:814,0,2787:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,133:176:99:0|1:531943_T_G:5213,0,1341:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,168:172:99:1|1:531943_T_G:7319,329,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,111:201:99:.:.:4150,0,3310:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,161:162:99:1|1:531943_T_G:7486,473,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:163,14:177:67:0|1:531943_T_G:67,0,6882:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,4:65:28:.:.:0,28,2872:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1264:. 0|1:118,16:134:66:.:.:66,0,4868:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,12:189:50:0|1:531943_T_G:0,50,7417:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,32:96:99:0|1:531943_T_G:1141,0,2740:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,85:160:99:.:.:3111,0,2873:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,49:92:99:0|1:531943_T_G:1960,0,1654:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,15:165:72:.:.:0,72,5900:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,12:157:99:.:.:0,115,6095:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,16:89:99:.:.:438,0,3024:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,179:179:99:1|1:531943_T_G:8146,548,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:159,16:175:99:0|1:531943_T_G:160,0,8043:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,4:6:72:0|1:531943_T_G:162,0,72:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,3:15:90:.:.:90,0,415:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,3:19:65:0|1:531943_T_G:65,0,875:. 1|1:0,67:67:99:1|1:531943_T_G:3160,217,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1060:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:1|1:531943_T_G:7636,515,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,110:181:99:.:.:4344,0,2696:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1474:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:800,0:800:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:892,0:892:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,696:696:99:1|1:531943_T_G:32251,2176,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1529:. 0|0:112,0:112:.:.:.:.:120 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:436,0:436:.:.:.:.:120 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:443,0:443:.:.:.:.:120 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:490,0:490:.:.:.:.:120 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:459,0:459:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:.:.:.:.:120 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:.:.:.:.:120 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:120 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:.:.:.:.:120 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:397,0:397:.:.:.:.:120 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:.:.:.:.:120 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:120 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:101 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:423,0:423:.:.:.:.:120 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:.:.:.:.:120 0|0:432,0:432:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:489,0:489:.:.:.:.:120 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:441,0:441:.:.:.:.:120 0|0:619,0:619:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:494,0:494:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:.:.:.:.:120 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:457,0:457:.:.:.:.:120 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,97:160:99:.:.:2835,0,1679:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:169,145:314:99:.:.:5512,0,6460:. 0|1:142,171:313:99:.:.:6573,0,5077:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,207:263:99:.:.:8298,0,1645:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,174:217:99:.:.:6904,0,1213:. 1|0:202,23:225:99:0|1:531943_T_G:345,0,8308:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:293,210:503:99:0|1:531943_T_G:7763,0,11681:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:657,0:657:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:17,386:403:99:1|1:531949_G_A:16207,469,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 531963 . G A 2.64645e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=25.8;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=M1530I;SNPEFF_CODON_CHANGE=atG/atA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.7;VQSLOD=9.97;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.32;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.982;GC=23.81;GQ_MEAN=125.24;GQ_STDDEV=72.06;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7299;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.306;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16573560;AF=0.767;AS_InbreedingCoeff=0.4028;MLEAC=4035;MLEAF=0.768;AN=858;AC=665 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:11,19:30:99:0|1:531935_C_T:689,0,390:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1302,120,0:. 1|1:1,50:51:99:.:.:2065,131,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:2128,165,0:. 1|0:20,5:25:99:0|1:531935_C_T:138,0,778:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1540,141,0:. 1|1:0,24:24:78:1|1:531943_T_G:1036,78,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2497,235,0:. 1|1:0,44:44:99:1|1:531943_T_G:1841,135,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1240:. 1|1:2,21:23:10:.:.:673,10,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1150:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1051,96,0:. 1|1:1,27:28:54:.:.:823,54,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:792,69,0:. 1|1:0,13:13:39:1|1:531943_T_G:521,39,0:. 1|1:0,12:12:39:1|1:531935_C_T:546,39,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1012,96,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,631:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,856:. 1|0:44,30:74:99:.:.:939,0,1009:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2450,233,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:6715,637,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:531935_C_T:2851,202,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1291,123,0:. 0|1:36,78:114:99:.:.:1890,0,638:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,14:14:42:1|1:531943_T_G:602,42,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1402:. 1|1:0,64:64:99:1|1:531935_C_T:2625,193,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3887,330,0:. 0|1:32,86:118:99:.:.:2385,0,547:. 1|1:0,51:51:99:1|1:531943_T_G:2115,153,0:. 0|1:204,115:319:99:.:.:2567,0,4681:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2082,201,0:. 1|1:9,122:131:99:.:.:4147,132,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2778,271,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:2035,153,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2384,198,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2543,193,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3072,292,0:. 1|1:2,108:110:99:1|1:531935_C_T:4474,244,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:531935_C_T:3730,276,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:1|1:531943_T_G:8599,605,0:. 1|1:0,120:120:99:.:.:4120,364,0:. 0|1:29,63:92:99:.:.:2161,0,498:. 1|1:0,28:28:84:.:.:869,84,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2262,189,0:. 1|1:0,127:127:99:1|1:531935_C_T:5228,385,0:. 1|0:16,10:26:99:.:.:224,0,371:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3527,334,0:. 1|0:34,178:212:99:.:.:4838,0,312:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3806,374,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3922,327,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,68:69:99:.:.:2807,193,0:. 1|0:27,58:85:99:.:.:2201,0,484:. 1|0:59,74:133:99:0|1:531943_T_G:2884,0,2107:. 1|1:1,138:139:99:.:.:4772,395,0:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5065,487,0:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1281,126,0:. 1|0:37,60:97:99:.:.:1671,0,727:. 1|0:45,92:137:99:0|1:531943_T_G:3540,0,1419:. 0|1:13,69:82:99:0|1:531943_T_G:2719,0,335:. 1|1:1,67:68:99:1|1:531935_C_T:2778,195,0:. 1|0:42,31:73:99:0|1:531943_T_G:1007,0,1819:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,52:53:99:.:.:1616,149,0:. 1|1:0,111:111:99:1|1:531935_C_T:4808,340,0:. 1|0:43,56:99:99:.:.:1476,0,878:. 1|1:0,113:113:99:.:.:4570,343,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2019,195,0:. 0|1:73,125:198:99:.:.:3589,0,1411:. 1|1:4,92:96:99:.:.:3006,176,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1815,180,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2563,247,0:. 1|1:2,77:79:99:.:.:2250,184,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:531943_T_G:2749,199,0:. 1|0:28,28:56:99:.:.:702,0,620:. 1|0:18,110:128:99:.:.:4028,0,106:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2397,237,0:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5129,499,0:. 1|0:76,119:195:99:0|1:531935_C_T:4493,0,2729:. 0|1:13,41:54:99:0|1:531935_C_T:1634,0,387:. 1|1:4,166:170:99:.:.:4898,407,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,98:105:99:.:.:3925,118,0:. 1|1:3,125:128:99:.:.:3897,298,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4272,414,0:. 0|1:17,75:92:99:.:.:2937,0,198:. 1|1:10,94:104:31:.:.:3243,31,0:. 1|0:14,38:52:99:.:.:1350,0,212:. 1|1:10,136:146:99:.:.:3955,156,0:. 1|1:0,157:157:99:.:.:6496,484,0:. 1|0:65,90:155:99:0|1:531935_C_T:3396,0,2310:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,172:201:99:.:.:6487,0,139:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,48:142:99:.:.:1179,0,2150:. 1|1:11,148:159:99:.:.:4365,167,0:. 1|1:10,221:231:99:1|1:531935_C_T:9106,312,0:. 1|1:0,154:154:99:.:.:5603,465,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:7694,542,0:. 1|1:12,162:174:99:.:.:4657,180,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:143,50:193:99:.:.:989,0,3348:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,128:187:99:.:.:3389,0,1026:. 1|1:0,238:238:99:.:.:7373,715,0:. 1|1:0,191:191:99:.:.:5881,574,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:.:.:6318,631,0:. 1|1:0,252:252:99:.:.:7746,757,0:. 0|1:40,103:143:99:.:.:3775,0,616:. 1|1:0,223:223:99:1|1:531943_T_G:9429,680,0:. 1|1:1,132:133:99:.:.:4138,372,0:. 1|1:3,180:183:99:.:.:5536,465,0:. 0|1:34,162:196:99:0|1:531943_T_G:6492,0,828:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,162:163:99:1|1:531943_T_G:7031,458,0:. 1|1:0,188:188:99:1|1:531943_T_G:7915,584,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,278:278:99:1|1:531943_T_G:8900,838,0:. 1|0:94,71:165:99:.:.:1909,0,2071:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,167:171:99:.:.:6904,413,0:. 1|1:7,119:126:99:.:.:3551,183,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2651,273,0:. 0|1:172,31:203:99:.:.:350,0,4003:. 1|1:23,205:228:48:.:.:5795,48,0:. 1|1:0,157:157:99:.:.:4827,471,0:. 1|1:0,246:246:99:1|1:531935_C_T:10450,752,0:. 0|1:117,38:155:99:0|1:531943_T_G:1079,0,4519:. 0|1:122,69:191:99:.:.:1716,0,2756:. 1|0:159,95:254:99:.:.:2326,0,3521:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:1|1:531935_C_T:9451,668,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,147:147:99:1|1:531935_C_T:6175,451,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5671,547,0:. 1|0:77,128:205:99:.:.:4357,0,1462:. 1|1:0,243:243:99:.:.:7573,730,0:. 1|1:0,126:126:99:1|1:531935_C_T:5425,385,0:. 1|1:0,113:113:99:.:.:4656,349,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3056,292,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,278:278:99:1|1:531935_C_T:11569,839,0:. 0|1:17,50:67:99:.:.:1463,0,257:. 0|1:73,75:148:99:0|1:531935_C_T:2672,0,2549:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,22:80:99:0|1:531935_C_T:688,0,2213:. 1|1:6,233:239:99:.:.:6894,576,0:. 1|1:0,121:121:99:1|1:531943_T_G:5206,379,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,126:132:99:1|1:531935_C_T:5265,139,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2981,286,0:. 0|1:29,109:138:99:.:.:3451,0,400:. 1|1:8,115:123:99:.:.:3821,144,0:. 1|1:10,174:184:99:.:.:6990,279,0:. 0|1:40,150:190:99:.:.:4207,0,544:. 1|0:34,139:173:99:.:.:5147,0,408:. 1|1:7,157:164:99:.:.:4764,298,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:159,15,0:. 1|1:0,125:125:99:1|1:531943_T_G:5320,376,0:. 1|1:0,150:150:99:1|1:531935_C_T:6354,466,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3227,304,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:531935_C_T:3335,238,0:. 0|1:64,28:92:99:0|1:531943_T_G:935,0,2442:. 1|1:0,142:142:99:.:.:5366,433,0:. 1|0:38,119:157:99:.:.:3638,0,580:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3176,307,0:. 1|1:9,141:150:99:.:.:5463,221,0:. 1|1:0,128:128:99:.:.:5433,391,0:. 1|1:1,86:87:99:.:.:2640,233,0:. 1|0:11,45:56:99:0|1:531935_C_T:1781,0,320:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3662,355,0:. 1|0:22,116:138:99:.:.:4149,0,195:. 1|1:4,175:179:99:1|1:531943_T_G:7142,381,0:. 1|0:34,62:96:99:.:.:2251,0,653:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4188,394,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,276:276:99:1|1:531935_C_T:11659,843,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,131:137:99:.:.:3876,248,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:1|1:531935_C_T:9187,656,0:. 1|1:1,99:100:99:.:.:3069,273,0:. 1|1:3,111:114:99:.:.:3431,258,0:. 1|1:0,252:252:99:.:.:7598,757,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2040,195,0:. 1|1:1,92:93:99:.:.:2823,253,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2971,297,0:. 1|1:1,248:249:99:.:.:10015,733,0:. 0|1:43,90:133:99:.:.:2288,0,730:. 1|1:9,148:157:90:1|1:531943_T_G:5962,90,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3795,367,0:. 0|1:46,98:144:99:.:.:2989,0,839:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3499,343,0:. 1|0:17,59:76:99:.:.:1581,0,211:. 1|1:0,81:81:99:1|1:531935_C_T:3550,250,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2917,247,0:. 0|1:56,68:124:99:.:.:2077,0,1120:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2412,229,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3344,322,0:. 1|1:5,73:78:16:1|1:531935_C_T:2923,16,0:. 1|1:1,209:210:99:1|1:531935_C_T:8739,596,0:. 1|1:0,222:222:99:.:.:8312,677,0:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3490,340,0:. 1|1:2,74:76:99:.:.:2422,172,0:. 1|1:0,224:224:99:.:.:6938,676,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,50:85:99:.:.:1719,0,684:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:2034,180,0:. 1|0:38,78:116:99:.:.:2545,0,697:. 1|0:46,18:64:99:0|1:531935_C_T:552,0,2082:. 1|1:0,85:85:99:1|1:531935_C_T:3559,259,0:. 1|0:21,45:66:99:.:.:1199,0,364:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2026,192,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,65:111:99:.:.:1731,0,918:. 1|1:0,209:209:99:1|1:531935_C_T:8803,635,0:. 1|1:0,100:100:99:1|1:531935_C_T:4248,301,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1642,156,0:. 1|1:0,172:172:99:1|1:531943_T_G:7313,518,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:531935_C_T:2789,202,0:. 1|1:0,131:131:99:1|1:531935_C_T:5515,397,0:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3683,364,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:531935_C_T:3193,223,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,115:175:99:0|1:531943_T_G:3302,0,1119:. 1|1:0,110:110:99:1|1:531935_C_T:4653,331,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:230,18,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5834,547,0:. 1|1:0,124:124:99:.:.:4316,376,0:. 1|0:54,73:127:99:.:.:1871,0,1120:. 1|1:1,99:100:99:.:.:3867,276,0:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4787,462,0:. 0|1:68,45:113:99:0|1:531935_C_T:1566,0,2498:. 1|1:0,205:205:99:.:.:6386,616,0:. 0|1:46,16:62:99:.:.:327,0,1064:. 1|1:0,39:39:99:1|1:531943_T_G:1622,117,0:. 1|1:6,80:86:86:.:.:2339,86,0:. 1|1:23,297:320:99:.:.:8660,307,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:531935_C_T:5440,391,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,16:17:24:1|1:531943_T_G:633,24,0:. 1|1:2,48:50:94:.:.:1405,94,0:. 1|0:140,17:157:99:0|1:531935_C_T:219,0,5518:. 1|1:0,115:115:99:.:.:4602,349,0:. 1|1:2,75:77:99:1|1:531935_C_T:3079,115,0:. 0|1:90,13:103:99:.:.:100,0,2191:. 1|1:3,112:115:99:.:.:3444,258,0:. 1|0:8,14:22:99:0|1:531943_T_G:422,0,153:. 1|1:0,71:71:99:1|1:531943_T_G:3143,220,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1060:. 1|1:1,126:127:99:.:.:3876,371,0:. 1|1:1,26:27:54:.:.:793,54,0:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6728,557,0:. 1|1:0,163:163:99:1|1:531935_C_T:7127,500,0:. 1|1:0,238:238:99:.:.:8559,716,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:7900,656,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7647,638,0:. 1|1:19,216:235:55:.:.:7986,55,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:1|1:531943_T_G:7685,533,0:. 1|1:0,274:274:99:.:.:9946,823,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:7345,605,0:. 1|1:0,225:225:99:1|1:531935_C_T:9700,680,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1737,144,0:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:.:.:9176,761,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8517,707,0:. 1|1:1,252:253:99:1|1:531935_C_T:10933,726,0:. 1|1:1,265:266:99:.:.:9361,789,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:7301,602,0:. 1|1:0,191:191:99:.:.:8283,587,0:. 1|1:0,208:208:99:.:.:7583,626,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:531935_C_T:4766,331,0:. 1|0:19,160:179:99:0|1:531943_T_G:6466,0,322:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,162:189:99:.:.:6123,0,369:. 1|1:0,120:120:99:.:.:4356,361,0:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4636,391,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1474:. 0|1:18,97:115:99:0|1:531935_C_T:3874,0,443:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:.:.:6013,499,0:. 1|1:0,258:258:99:1|1:531943_T_G:11286,795,0:. 1|1:0,240:240:99:1|1:531935_C_T:10436,731,0:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4744,402,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8675,725,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7404,631,0:. 1|1:0,798:798:99:1|1:531935_C_T:35014,2456,0:. 1|1:0,886:886:99:1|1:531935_C_T:38905,2715,0:. 1|1:0,687:687:99:1|1:531943_T_G:30736,2122,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:531935_C_T:3982,283,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1808,150,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4303,366,0:. 1|1:1,99:100:99:.:.:3407,266,0:. 1|1:0,156:156:99:.:.:5416,469,0:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9168,820,0:. 1|1:2,469:471:99:.:.:16653,1356,0:. 1|1:1,144:145:99:.:.:6096,410,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:531935_C_T:10068,713,0:. 1|1:0,296:296:99:1|1:531935_C_T:12698,900,0:. 1|1:1,510:511:99:.:.:17807,1517,0:. 1|1:1,274:275:99:.:.:9392,791,0:. 1|1:0,475:475:99:.:.:16599,1423,0:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4521,391,0:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2799,239,0:. 1|1:2,461:463:99:.:.:16261,1332,0:. 1|1:0,82:82:99:1|1:531935_C_T:3613,256,0:. 1|1:1,258:259:99:.:.:8832,768,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,208:210:99:.:.:7175,541,0:. 1|1:3,258:261:99:.:.:8739,681,0:. 0|1:31,192:223:99:.:.:7622,0,313:. 1|1:0,244:244:99:1|1:531935_C_T:10826,755,0:. 1|1:1,266:267:99:.:.:9167,767,0:. 0|1:29,216:245:99:.:.:6747,0,204:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,356:357:99:.:.:12516,1037,0:. 1|1:1,121:122:99:.:.:4122,331,0:. 1|0:218,161:379:99:.:.:4490,0,5466:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1756,135,0:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:204,96:300:99:.:.:2471,0,5680:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,291:291:99:.:.:10023,875,0:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,263:264:99:.:.:11070,794,0:. 1|0:182,98:280:99:.:.:2538,0,5308:. 1|1:16,170:186:51:.:.:5415,51,0:. 1|1:0,278:278:99:.:.:12165,858,0:. 1|1:0,240:240:99:.:.:8307,722,0:. 1|1:0,267:267:99:.:.:9367,803,0:. 0|0:107,0:107:16:.:.:0,16,2714:. 1|0:37,153:190:99:.:.:4840,0,608:. 1|1:5,79:84:99:.:.:2553,126,0:. 1|1:12,248:260:99:.:.:8271,392,0:. 1|1:1,461:462:99:.:.:15539,1349,0:. 1|1:1,178:179:99:.:.:6742,506,0:. 1|1:1,492:493:99:.:.:17290,1449,0:. 1|1:3,259:262:99:.:.:8981,684,0:. 1|1:5,280:285:99:.:.:11964,717,0:. 0|1:40,202:242:99:.:.:6364,0,593:. 1|1:2,259:261:99:.:.:8723,734,0:. 1|1:4,179:183:99:.:.:6094,437,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:10065,734,0:. 1|1:0,128:128:99:.:.:5400,388,0:. 1|1:0,187:187:99:.:.:6542,562,0:. 1|1:3,48:51:99:.:.:1596,100,0:. 1|1:4,271:275:99:.:.:9283,692,0:. 1|1:0,484:484:99:.:.:16919,1450,0:. 1|1:0,292:292:99:.:.:10160,880,0:. 1|1:0,260:260:99:1|1:531943_T_G:11116,785,0:. 1|1:2,427:429:99:.:.:17995,1230,0:. 1|1:4,124:128:99:.:.:4332,254,0:. 1|1:8,268:276:99:.:.:9274,581,0:. 1|1:6,226:232:99:.:.:7836,495,0:. 1|1:3,484:487:99:.:.:20823,1403,0:. 1|1:2,227:229:99:.:.:9428,628,0:. 1|0:211,259:470:99:.:.:7685,0,4987:. 0|0:619,0:619:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,500:500:99:.:.:17874,1503,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:4249,328,0:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,259:262:99:.:.:8942,703,0:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2217,192,0:. 1|1:0,148:148:99:1|1:531943_T_G:6462,454,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:1|1:531935_C_T:10160,704,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8634,725,0:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6523,556,0:. 1|1:0,194:194:99:.:.:7109,586,0:. 1|1:0,251:251:99:.:.:8918,755,0:. 1|1:0,261:261:99:.:.:9104,785,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8235,707,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3520,295,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:531935_C_T:2609,184,0:. 1|1:0,216:216:99:1|1:531935_C_T:9478,668,0:. 1|1:0,228:228:99:1|1:531935_C_T:9871,695,0:. 1|1:0,246:246:99:.:.:8629,740,0:. 1|1:0,146:146:99:.:.:5109,439,0:. 1|1:0,276:276:99:.:.:9803,830,0:. 1|1:13,321:334:99:1|1:531935_C_T:13450,493,0:. 1|1:0,299:299:99:.:.:10469,899,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2369,201,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:5274,448,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3736,313,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1844,147,0:. 0|0:32,0:32:61:.:.:0,61,1007:. 1|1:0,339:339:99:.:.:11788,1019,0:. 1|1:0,322:322:99:1|1:531943_T_G:14125,981,0:. 1|1:0,314:314:99:1|1:531943_T_G:13751,954,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:969,84,0:. 1|1:1,220:221:99:.:.:7714,654,0:. 1|1:0,276:276:99:1|1:531943_T_G:12363,863,0:. 1|1:3,172:175:99:.:.:5768,426,0:. 1|1:0,273:273:99:1|1:531935_C_T:11813,834,0:. 1|1:0,228:228:99:1|1:531943_T_G:10059,701,0:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7961,647,0:. 1|1:0,242:242:99:.:.:8594,728,0:. 1|1:0,253:253:99:1|1:531943_T_G:10934,767,0:. 1|1:0,248:248:99:.:.:8850,746,0:. 1|1:0,511:511:99:.:.:20191,1552,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:3179,238,0:. 1|1:0,348:348:99:.:.:13451,1059,0:. 1|1:0,707:707:99:.:.:24425,2126,0:. 0|1:166,58:224:99:0|1:531935_C_T:1906,0,6526:. 1|1:0,289:289:99:.:.:10086,869,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1807,159,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1128,96,0:. 1|1:19,379:398:99:1|1:531949_G_A:16029,396,0:. 1|1:0,181:181:99:.:.:6466,544,0:. Pf3D7_01_v3 532054 . T G 9.59241e+06 PASS FS=0;MQ=60.07;QD=25.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S1561A;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tca/Gca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.686;VQSLOD=9.52;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=28.57;GQ_MEAN=134.81;GQ_STDDEV=105.58;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7701;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.505;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16335608;AF=0.333;AS_InbreedingCoeff=0.7296;MLEAC=1751;MLEAF=0.333;AN=858;AC=301 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,20:20:60:.:.:588,60,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:40,11:51:99:.:.:166,0,1119:. 0|1:42,16:58:99:.:.:275,0,1114:. 0|1:6,23:29:99:.:.:567,0,107:. 1|0:37,5:42:16:.:.:16,0,1075:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2323,250,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1343:. 1|1:0,34:34:99:.:.:981,102,0:. 0|0:28,0:28:56:.:.:0,56,788:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1351,149,0:. 0|0:40,0:40:35:.:.:0,35,1111:. 0|1:3,24:27:11:.:.:611,0,11:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,9:9:27:.:.:260,27,0:. 1|0:1,4:5:16:.:.:102,0,16:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,22:22:65:.:.:594,65,0:. 1|1:1,27:28:74:.:.:721,74,0:. 1|0:17,41:58:99:.:.:980,0,343:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:.:.:5781,627,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:14,93:107:63:.:.:2160,0,63:. 1|1:0,8:8:24:.:.:224,24,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:480,51,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:532047_G_A:3059,214,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1729:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,78:97:99:.:.:1919,0,286:. 1|0:38,15:53:99:.:.:269,0,958:. 1|0:110,226:336:99:.:.:5172,0,2178:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,19:132:99:.:.:140,0,3049:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,63:77:99:.:.:1483,0,175:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,46:122:99:.:.:871,0,1868:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,55:90:99:.:.:1243,0,727:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1063:. 1|0:101,18:119:99:.:.:120,0,2606:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1577:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3631,395,0:. 0|1:15,20:35:99:.:.:445,0,346:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,136:232:99:.:.:3122,0,2272:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2035,228,0:. 0|1:82,28:110:99:.:.:432,0,2150:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,60:69:48:.:.:1434,0,48:. 0|1:52,23:75:99:.:.:424,0,1305:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4419,479,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,169:171:99:.:.:4558,451,0:. 1|1:0,373:373:99:.:.:10311,1118,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1098:. 0|1:55,68:123:99:.:.:1460,0,1261:. 0|1:32,104:136:99:.:.:2371,0,558:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1692,191,0:. 0|1:50,36:86:99:.:.:766,0,1243:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1230:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,69:118:99:.:.:1557,0,1126:. 1|1:10,90:100:2:.:.:2216,2,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1682,185,0:. 1|0:87,131:218:99:.:.:2801,0,1905:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,75:76:99:.:.:2038,217,0:. 0|1:43,31:74:99:.:.:617,0,1048:. 0|1:113,19:132:99:.:.:103,0,3022:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,202:203:99:.:.:5413,579,0:. 1|0:50,8:58:52:.:.:52,0,1367:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5028,582,0:. 1|1:0,158:158:99:.:.:4332,473,0:. 0|1:18,87:105:99:.:.:2069,0,206:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4023,440,0:. 1|1:1,99:100:99:.:.:2748,272,0:. 0|0:124,0:124:51:.:.:0,51,2918:. 0|1:8,69:77:15:.:.:1541,0,15:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,82:165:99:.:.:1747,0,1910:. 1|1:0,253:253:99:.:.:6938,758,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5329,590,0:. 1|1:1,115:116:99:.:.:3042,336,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:50:.:.:0,50,3961:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,21:185:19:.:.:19,0,4253:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5023,559,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,206:206:99:.:.:5579,617,0:. 0|1:148,42:190:99:.:.:561,0,3850:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,186:187:99:.:.:5009,530,0:. 1|1:1,201:202:99:.:.:5434,594,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,127:141:14:.:.:2970,14,0:. 0|1:135,101:236:99:.:.:2026,0,3173:. 0|1:113,32:145:99:.:.:471,0,2935:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:176,35:211:99:.:.:315,0,4669:. 1|1:0,143:143:99:.:.:3710,426,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:4799,533,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,65:173:99:.:.:1240,0,2649:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,94:184:99:.:.:1973,0,2099:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:.:.:5684,629,0:. 1|0:222,33:255:99:.:.:130,0,5730:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,119:176:99:.:.:2707,0,1096:. 1|1:1,180:181:99:.:.:4850,510,0:. 1|1:3,283:286:99:.:.:7445,776,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:6234,703,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:4797,554,0:. 1|1:2,251:253:99:.:.:6562,696,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:140,64:204:99:.:.:1153,0,3574:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3693,402,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3190,345,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2729,299,0:. 1|1:10,232:242:99:.:.:5714,418,0:. 1|0:13,69:82:99:.:.:1666,0,131:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4707,527,0:. 1|0:29,58:87:99:.:.:1256,0,585:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,146:147:99:.:.:3908,410,0:. 1|1:1,170:171:99:.:.:4586,480,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,95:158:99:.:.:2132,0,1393:. 0|0:120,0:120:56:.:.:0,56,3000:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:159,35:194:99:.:.:375,0,4147:. 0|1:139,36:175:99:.:.:477,0,3669:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:1,111:112:99:.:.:3017,326,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,71:115:99:.:.:1625,0,979:. 1|0:82,78:160:99:.:.:1583,0,1957:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,56:171:99:.:.:986,0,2838:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,2838:. 1|1:13,169:182:99:.:.:4279,160,0:. 0|1:76,33:109:99:.:.:584,0,1968:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,103:105:99:.:.:2813,254,0:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4391,479,0:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4101,453,0:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4037,452,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,80:99:99:.:.:1910,0,296:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:3859,442,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,47:155:99:.:.:835,0,2691:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,76:87:62:.:.:1781,0,62:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2190,245,0:. 0|1:36,31:67:99:.:.:612,0,906:. 1|0:57,55:112:99:.:.:1130,0,1376:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:.:.:3654,411,0:. 0|0:91,0:91:4:.:.:0,4,2149:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,87:207:99:.:.:1715,0,2914:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,53:91:99:.:.:1160,0,840:. 0|1:69,148:217:99:.:.:3229,0,1383:. 0|1:18,99:117:99:.:.:2309,0,185:. 0|1:37,33:70:99:.:.:677,0,917:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2020,224,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,55:112:99:.:.:1153,0,1363:. 0|1:18,51:69:99:.:.:1097,0,342:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,17:70:99:.:.:251,0,1360:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2159,242,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,101:107:99:.:.:2476,135,0:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:3814,419,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1442,159,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:4760,525,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:17,119:136:71:.:.:2890,0,71:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,71:73:99:.:.:1867,155,0:. 1|0:104,75:179:99:.:.:1486,0,2499:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2728,300,0:. 1|0:10,2:12:21:.:.:21,0,269:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,51:120:99:.:.:1054,0,1697:. 1|0:60,77:137:99:.:.:1660,0,1369:. 0|1:26,75:101:99:.:.:1756,0,469:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,77:131:99:.:.:1679,0,1189:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,39:54:99:.:.:897,0,304:. 1|1:0,30:30:90:.:.:837,90,0:. 0|0:114,0:114:75:.:.:0,75,2855:. 0|0:282,34:316:19:.:.:0,19,7358:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,206:207:99:.:.:5588,610,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:84:.:.:0,84,1498:. 0|1:57,130:187:99:.:.:2933,0,1060:. 0|0:118,0:118:43:.:.:0,43,2923:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,85:105:99:.:.:1955,0,255:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,3:20:7:.:.:7,0,505:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1192,132,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:18:.:.:0,18,603:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:.:.:6716,598,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:.:.:6993,622,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:199,45:244:99:.:.:733,0,6308:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1510,109,0:. 1|0:90,39:129:99:.:.:935,0,2772:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:.:.:8402,737,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4393,388,0:. 1|1:0,246:246:99:.:.:8277,738,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:791,0:791:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:891,0:891:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:690,0:690:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:6,149:155:99:.:.:4415,261,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:535,0:535:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,221:223:99:.:.:7002,596,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,597:599:99:.:.:18665,1771,0:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:502,0:502:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,534:534:99:.:.:16645,1593,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:.:.:7424,695,0:. 1|1:1,193:194:99:.:.:6230,545,0:. 1|1:5,265:270:99:.:.:8569,678,0:. 1|0:210,48:258:99:.:.:818,0,6496:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:216,36:252:99:.:.:412,0,6553:. 1|1:13,225:238:99:.:.:6803,288,0:. 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:199,227:426:99:.:.:5926,0,5076:. 0|1:24,39:63:99:.:.:1112,0,610:. 1|0:29,267:296:56:.:.:7811,0,56:. 0|1:98,197:295:99:.:.:5574,0,2429:. 1|1:0,273:273:99:.:.:8867,819,0:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6619,607,0:. 0|1:72,217:289:99:.:.:6150,0,1607:. 1|1:5,300:305:99:.:.:9641,745,0:. 1|1:8,191:199:99:.:.:5807,345,0:. 1|1:5,271:276:99:.:.:8737,672,0:. 1|1:4,257:261:99:.:.:8157,665,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,105:110:99:.:.:3158,179,0:. 1|1:5,225:230:99:.:.:7144,510,0:. 1|1:8,86:94:58:.:.:2532,58,0:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:512,0:512:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,95:209:99:.:.:2427,0,4085:. 1|0:221,341:562:99:.:.:8995,0,5256:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,228:279:99:.:.:6622,0,1090:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:137,138:275:99:.:.:3500,0,3750:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1314:. 0|1:43,230:273:99:.:.:6474,0,645:. 0|0:531,0:531:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,262:269:99:.:.:8269,562,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:280,240:520:99:.:.:5773,0,7372:. 1|1:24,704:728:99:.:.:22284,1387,0:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,423:424:99:.:.:13717,1237,0:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,564:565:99:.:.:17900,1660,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,50:145:99:.:.:1201,0,2822:. 1|1:0,149:149:99:.:.:5006,448,0:. 1|1:0,263:263:99:.:.:8741,790,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,9:66:99:.:.:112,0,1716:. 1|1:1,25:26:42:.:.:830,42,0:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:252,60:312:99:.:.:1057,0,7751:. 1|0:214,86:300:99:.:.:1873,0,6459:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,698:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5777,532,0:. 1|0:211,96:307:99:.:.:2212,0,6282:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7468,673,0:. 0|0:519,0:519:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,51:86:99:.:.:1413,0,908:. 0|1:195,179:374:99:.:.:4736,0,5592:. 0|0:666,0:666:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,225:226:99:.:.:7444,641,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1383:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1040,96,0:. 0|0:378,0:378:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 532122 . G A 1.49013e+06 PASS FS=0;MQ=61.32;QD=22.73;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1583;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.647;VQSLOD=8.84;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.11;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=0.999;GC=42.86;GQ_MEAN=112.39;GQ_STDDEV=42.76;HRun=3;InbreedingCoeff=0.5913;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.52;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15948960;AF=0.058;AS_InbreedingCoeff=0.7841;MLEAC=304;MLEAF=0.058;AN=858;AC=67 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,19:75:99:.:.:378,0,1321:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1383:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1343:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1339:. 0|1:21,8:29:99:.:.:166,0,524:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,712:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,235:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1198:. 1|0:44,12:56:99:.:.:189,0,1703:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1126:. 1|0:42,69:111:99:.:.:1588,0,1326:. 1|1:0,15:15:45:.:.:459,45,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:331,33,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1729:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1638:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,15:129:75:.:.:75,0,3166:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,48:126:99:.:.:964,0,2365:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,32:89:99:.:.:647,0,2037:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1063:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1024:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1230:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,65:112:99:.:.:1624,0,1004:. 0|1:14,91:105:77:.:.:2391,0,77:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:197,42:239:99:.:.:511,0,7049:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,91:94:99:.:.:2567,163,0:. 0|0:107,11:118:63:.:.:0,63,3248:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2925,302,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,58:153:99:.:.:1171,0,2303:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,22:134:99:.:.:205,0,2623:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,24:153:99:.:.:229,0,3932:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,19:221:99:.:.:0,119,8204:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,16:193:99:.:.:0,125,4190:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,139:193:99:.:.:3547,0,1664:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,218:219:99:.:.:6325,629,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:168,37:205:99:.:.:473,0,4531:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,18:69:99:.:.:343,0,1202:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:133,27:160:99:.:.:331,0,4513:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,41:189:99:.:.:651,0,5062:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,68:115:99:0|1:532122_G_A:2626,0,1831:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:181,33:214:99:.:.:317,0,4265:. 0|1:45,90:135:99:.:.:2144,0,1551:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,78:94:99:.:.:1995,0,373:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,31:76:99:.:.:661,0,1362:. 1|0:99,13:112:55:.:.:55,0,2987:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,146:155:84:.:.:3874,84,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,8:62:40:.:.:40,0,1423:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4358,435,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1856,186,0:. 1|1:0,167:167:99:.:.:4870,500,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3454,365,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,55:129:99:.:.:1262,0,1674:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:301,35:336:19:.:.:0,19,11972:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:62,125:187:99:.:.:3113,0,1776:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,2:26:17:.:.:0,17,734:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:106,26:132:99:.:.:546,0,3432:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:791,0:791:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:891,0:891:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:690,0:690:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1100:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:535,0:535:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,221:223:99:.:.:7487,600,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:614,0:614:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:502,0:502:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:572,0:572:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:391,0:391:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:466,0:466:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,43:64:99:.:.:1295,0,491:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:189,97:286:99:.:.:2452,0,7350:. 1|0:37,153:190:99:.:.:4597,0,843:. 1|1:6,268:274:99:.:.:9047,600,0:. 1|1:2,288:290:99:.:.:9854,800,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,168:214:99:.:.:5298,0,1301:. 0|1:12,73:85:99:.:.:2132,0,248:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:583,0:583:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,99:201:99:.:.:2743,0,2763:. 1|0:224,322:546:99:.:.:8911,0,5403:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,183:266:99:.:.:5532,0,2339:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,130:251:99:.:.:3760,0,3178:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:40:.:.:0,40,1449:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:592,0:592:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,261:266:99:.:.:8732,623,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:535,0:535:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:684,0:684:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:492,0:492:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:431,0:431:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:684,0:684:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,11:66:99:.:.:184,0,1634:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,910:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:519,0:519:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:666,0:666:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,167:220:99:.:.:5273,0,1630:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1383:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:378,0:378:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 532153 . A T 3.40195e+06 PASS FS=0;MQ=55.52;QD=33.85;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1594Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aat/Tat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.725;VQSLOD=8.43;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.999;GC=9.52;GQ_MEAN=115.17;GQ_STDDEV=52.31;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8064;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.375;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15860117;AF=0.103;AS_InbreedingCoeff=0.8064;MLEAC=532;MLEAF=0.104;AN=838;AC=47 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:44,1:45:90:1|0:532131_C_T:0,90,1935:. 0|0:48,3:51:22:0|1:532153_A_T:0,22,2058:. 1|0:19,49:68:99:0|1:532153_A_T:2000,0,650:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1226:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1425:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,791:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,355:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:33,0:33:.:.:.:.:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1749:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1126:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1684:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1729:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,16:68:99:0|1:532153_A_T:503,0,2166:. 0|0:379,0:379:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:.:.:.:.:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:1|1:532153_A_T:10928,743,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,706:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,41:94:99:0|1:532153_A_T:1637,0,2207:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1024:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,37:157:99:0|1:532153_A_T:1214,0,5208:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1457:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,158:159:99:1|1:532153_A_T:7010,392,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,20:111:99:0|1:532153_A_T:580,0,3869:. 0|0:69,4:73:46:0|1:532153_A_T:0,46,2971:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,83:168:99:0|1:532131_C_T:3348,0,3332:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,98:154:99:0|1:532153_A_T:4000,0,2116:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,66:144:99:0|1:532153_A_T:2541,0,3146:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,246:246:99:1|1:532131_C_T:11748,798,0:. 1|0:132,84:216:99:1|0:532131_C_T:3117,0,5600:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:1|1:532153_A_T:9011,608,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:245,29:274:99:1|0:532131_C_T:416,0,10797:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,62:96:99:1|0:532131_C_T:2466,0,1241:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,57:203:99:0|1:532153_A_T:1969,0,6108:. 0|1:154,66:220:99:0|1:532153_A_T:2411,0,6437:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:107,100:207:99:0|1:532153_A_T:4109,0,4282:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,226:232:99:1|1:532153_A_T:10029,446,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,23:143:99:0|1:532153_A_T:572,0,5021:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,153:198:99:0|1:532153_A_T:6311,0,1487:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,116:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,119:179:99:0|1:532153_A_T:4915,0,2176:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,10:161:34:0|1:532153_A_T:0,34,6577:. 0|0:106,0:106:.:.:.:.:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,16:82:99:0|1:532153_A_T:467,0,2781:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1609:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,12:69:99:0|1:532153_A_T:371,0,2396:. 1|1:1,96:97:99:1|1:532153_A_T:4354,236,0:. 1|0:45,16:61:99:0|1:532153_A_T:536,0,1829:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,88:91:99:1|1:532153_A_T:3836,142,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:532153_A_T:2278,154,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:257,79:336:99:0|1:532153_A_T:2543,0,10691:. 0|1:106,49:155:99:0|1:532153_A_T:1766,0,4421:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,0:79:.:.:.:.:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,211:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1207:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1395:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,195:198:99:1|1:532153_A_T:8688,467,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,135:205:99:0|1:532153_A_T:5445,0,2629:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:.:.:.:0,0,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:.:.:.:0,0,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:791,0:791:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,847:848:99:.:.:30523,2506,0:. 0|0:690,0:690:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1013:. 0|0:156,0:156:.:.:.:.:120 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:535,0:535:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:614,0:614:.:.:.:.:120 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:548,0:548:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:391,0:391:.:.:.:.:120 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:.:.:.:.:120 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:.:.:.:.:120 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:583,0:583:.:.:.:.:120 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:571,0:571:.:.:.:.:120 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:.:.:.:.:120 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:.:.:.:.:120 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:120 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:592,0:592:.:.:.:.:120 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:.:.:.:.:120 0|0:458,0:458:.:.:.:.:120 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:.:.:.:.:120 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:.:.:.:.:120 0|0:611,0:611:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:312,0:312:.:.:.:.:120 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:645,0:645:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:532153_A_T:9701,653,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:532153_A_T:2919,196,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:.:.:.:0,0,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:519,0:519:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:666,0:666:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1383:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:378,0:378:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 532209 . T G 1.37506e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=27.29;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D1612E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaT/gaG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.702;VQSLOD=10.34;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.01;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=19.05;GQ_MEAN=166.74;GQ_STDDEV=161.63;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6768;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.398;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16603104;AF=0.485;AS_InbreedingCoeff=0.5842;MLEAC=2563;MLEAF=0.488;AN=858;AC=449 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1174:. 0|1:11,41:52:99:.:.:1020,0,202:. 0|1:31,18:49:99:.:.:374,0,832:. 0|0:21,0:21:33:.:.:0,33,608:. 1|1:3,37:40:19:.:.:902,19,0:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1425:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:1,28:29:54:.:.:759,54,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1355,141,0:. 0|1:4,29:33:33:.:.:723,0,33:. 1|0:28,9:37:99:.:.:116,0,783:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,465:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,9:9:27:.:.:260,27,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:708,72,0:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1141:. 1|0:54,17:71:99:.:.:279,0,1494:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,249:249:99:.:.:6842,746,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1686,183,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:973,108,0:. 0|1:33,91:124:99:.:.:2033,0,589:. 1|0:2,14:16:17:.:.:292,0,17:. 1|1:0,9:9:27:.:.:256,27,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1684:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2204,241,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3466,380,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,51:68:99:.:.:1227,0,317:. 0|1:263,112:375:99:.:.:1987,0,6990:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1756,188,0:. 1|0:41,115:156:99:.:.:2712,0,794:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1864,209,0:. 1|1:5,79:84:99:1|1:532209_T_G:2739,180,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,103:113:16:.:.:2586,16,0:. 1|0:47,87:134:99:.:.:1978,0,1039:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2517,267,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:.:.:6320,701,0:. 1|0:96,33:129:99:.:.:523,0,2597:. 0|1:64,41:105:99:.:.:796,0,1664:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1055,114,0:. 0|1:15,102:117:99:.:.:2452,0,106:. 1|0:23,45:68:99:0|1:532209_T_G:1438,0,529:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2665,290,0:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:4,99:103:99:.:.:2622,187,0:. 1|0:160,46:206:99:.:.:694,0,4307:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3430,374,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:30:.:.:0,30,1924:. 1|0:59,38:97:99:.:.:740,0,1441:. 0|1:71,58:129:99:.:.:1196,0,1828:. 1|1:1,120:121:99:.:.:3226,331,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,362:363:99:.:.:9969,1055,0:. 1|1:3,41:44:99:.:.:1053,102,0:. 1|0:62,51:113:99:.:.:1085,0,1555:. 1|0:123,32:155:99:.:.:416,0,3358:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2515,267,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2012,222,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1155:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3764,405,0:. 0|1:42,71:113:99:.:.:1621,0,988:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2973,320,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:131,80:211:99:.:.:1537,0,3385:. 1|0:81,21:102:99:.:.:308,0,2197:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1457:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2104,227,0:. 1|0:7,62:69:14:.:.:1451,0,14:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:24,32:56:99:.:.:711,0,569:. 1|0:60,100:160:99:.:.:2252,0,1394:. 1|1:1,88:89:99:.:.:2344,256,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1584,168,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,11:93:21:.:.:21,0,2277:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:6,86:92:87:.:.:2221,87,0:. 1|0:74,43:117:99:.:.:848,0,1883:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1756:. 1|1:11,142:153:99:.:.:3558,131,0:. 0|1:43,148:191:99:.:.:3469,0,795:. 1|0:92,83:175:99:.:.:1762,0,2291:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,207:238:99:.:.:4874,0,256:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3533,391,0:. 1|0:134,20:154:64:.:.:64,0,3598:. 1|0:14,124:138:4:.:.:3004,0,4:. 1|1:10,216:226:99:.:.:5735,390,0:. 0|1:74,90:164:99:.:.:1977,0,1822:. 1|1:5,180:185:99:.:.:4948,393,0:. 0|1:170,29:199:99:.:.:186,0,4545:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,187:192:99:.:.:4992,431,0:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:.:.:6898,755,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,178:187:99:.:.:4618,287,0:. 1|1:1,202:203:99:.:.:5583,575,0:. 0|1:37,182:219:99:.:.:4382,0,496:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:.:.:6021,671,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:141,73:214:99:.:.:1246,0,3570:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5036,566,0:. 1|0:88,84:172:99:.:.:1800,0,2157:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:189,29:218:99:.:.:138,0,5038:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:.:.:4427,500,0:. 1|1:1,270:271:99:.:.:7134,781,0:. 1|0:37,144:181:99:.:.:3415,0,613:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:.:.:6414,713,0:. 1|1:0,220:220:99:.:.:5924,658,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:3872,434,0:. 1|0:49,142:191:99:.:.:3382,0,927:. 0|1:151,73:224:99:.:.:1291,0,3960:. 1|1:0,235:235:99:.:.:6472,703,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:74:.:.:0,74,3167:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,234:244:99:.:.:5827,431,0:. 0|1:38,27:65:99:.:.:529,0,989:. 1|1:0,168:168:99:.:.:4631,503,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,42:103:99:.:.:807,0,1524:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,131:142:99:.:.:3354,99,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3321,366,0:. 1|0:84,67:151:99:.:.:1414,0,2155:. 0|1:70,46:116:99:.:.:887,0,1825:. 1|1:13,212:225:99:.:.:5523,258,0:. 1|0:120,103:223:99:.:.:2146,0,3030:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,211:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:5172,558,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:75,43:118:99:.:.:841,0,1926:. 0|1:88,73:161:99:.:.:1527,0,2189:. 1|0:102,54:156:99:.:.:1009,0,2625:. 1|1:0,109:109:99:.:.:2990,326,0:. 0|1:68,107:175:99:.:.:2452,0,1592:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3619,395,0:. 1|0:23,85:108:99:.:.:2030,0,369:. 1|0:16,64:80:99:.:.:1562,0,248:. 1|1:0,139:139:99:.:.:3894,417,0:. 1|0:34,102:136:99:.:.:2425,0,640:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:37,71:108:99:.:.:1679,0,775:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:.:.:6799,726,0:. 1|1:1,127:128:99:.:.:3382,352,0:. 1|1:8,97:105:66:.:.:2454,66,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,27:106:99:.:.:431,0,2118:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2357,258,0:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2582,282,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,207:220:99:.:.:5030,261,0:. 0|1:43,75:118:99:.:.:1598,0,943:. 1|1:7,138:145:99:.:.:3443,223,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3612,396,0:. 0|1:97,65:162:99:.:.:1276,0,2430:. 0|1:23,76:99:99:.:.:1757,0,387:. 0|1:19,74:93:99:.:.:1703,0,330:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,43:82:99:.:.:942,0,961:. 1|0:28,81:109:99:.:.:1838,0,551:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,122:131:99:.:.:3035,106,0:. 1|1:7,104:111:99:.:.:2619,126,0:. 1|1:0,209:209:99:.:.:5814,626,0:. 1|0:106,103:209:99:.:.:2173,0,2533:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,25:83:99:.:.:450,0,1484:. 1|0:150,49:199:99:.:.:682,0,3897:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3386,372,0:. 1|0:69,17:86:99:.:.:212,0,1859:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1609:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1742:. 1|0:79,56:135:99:.:.:1127,0,2054:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,36:67:99:.:.:756,0,730:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,264:264:99:.:.:7226,791,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3436,374,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1731,189,0:. 1|1:0,188:188:99:.:.:5088,563,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1325:. 0|0:153,0:153:51:.:.:0,51,3831:. 1|1:0,108:108:99:.:.:2912,324,0:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1252,134,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,89:185:99:.:.:1872,0,2435:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,4:10:67:.:.:67,0,161:. 0|1:70,123:193:99:.:.:2776,0,1553:. 1|1:0,140:140:99:.:.:3882,420,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,161:162:99:.:.:4430,452,0:. 0|1:96,41:137:99:.:.:696,0,2567:. 1|1:3,188:191:99:.:.:5139,478,0:. 0|1:58,16:74:99:.:.:227,0,1528:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,232:332:99:.:.:5476,0,2142:. 1|0:55,110:165:99:.:.:2488,0,1218:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,23:27:22:.:.:542,0,22:. 1|1:3,45:48:47:.:.:1136,47,0:. 1|0:126,45:171:99:.:.:718,0,3337:. 0|1:17,116:133:99:.:.:2853,0,143:. 1|1:3,77:80:99:.:.:2051,147,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,96:97:99:.:.:2659,258,0:. 1|1:1,19:20:30:.:.:514,30,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1532,165,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1207:. 1|1:1,137:138:99:.:.:3763,381,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:630,69,0:. 1|1:0,209:209:99:.:.:7103,628,0:. 1|1:0,153:153:99:.:.:5298,460,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8377,725,0:. 1|1:17,222:239:83:.:.:7090,83,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5713,505,0:. 1|1:13,259:272:99:.:.:8378,332,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,239:240:99:.:.:8227,686,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1395:. 1|1:0,283:283:99:.:.:9651,851,0:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7691,675,0:. 1|1:0,240:240:99:.:.:8279,722,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,260:260:99:.:.:9047,782,0:. 1|1:0,238:238:99:.:.:8050,716,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8711,760,0:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4820,436,0:. 1|0:20,221:241:9:.:.:6928,0,9:. 1|1:0,290:290:99:.:.:9840,872,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:.:.:8584,758,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:18,96:114:99:.:.:2932,0,326:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5692,495,0:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5649,496,0:. 1|1:0,256:256:99:.:.:8788,770,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,182:198:7:.:.:5699,7,0:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8443,743,0:. 1|1:0,794:794:99:.:.:27030,2387,0:. 0|0:885,0:885:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,771:772:99:.:.:26383,2282,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:1,157:158:99:.:.:4877,438,0:. 1|1:5,99:104:99:.:.:3035,126,0:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5278,472,0:. 1|1:4,255:259:99:.:.:8279,634,0:. 1|1:0,490:490:99:.:.:15573,1468,0:. 1|1:2,168:170:99:.:.:5575,463,0:. 1|1:0,243:243:99:.:.:7953,729,0:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8382,764,0:. 1|1:0,639:639:99:.:.:19778,1905,0:. 1|1:0,277:277:99:.:.:9145,831,0:. 0|0:548,0:548:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:4010,370,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2631,234,0:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2751,255,0:. 1|1:1,283:284:99:.:.:9279,817,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:45,207:252:99:.:.:6091,0,861:. 1|1:1,234:235:99:.:.:7844,671,0:. 1|1:0,272:272:99:.:.:8997,817,0:. 0|1:43,202:245:99:.:.:5873,0,765:. 0|0:230,0:230:56:.:.:0,56,6646:. 1|1:1,440:441:99:.:.:13419,1277,0:. 1|1:6,147:153:99:.:.:4658,265,0:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,58:61:98:.:.:1813,98,0:. 0|1:250,31:281:99:.:.:167,0,7945:. 1|0:199,117:316:99:.:.:2895,0,5921:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,298:298:99:.:.:9724,894,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:213,50:263:99:.:.:802,0,6557:. 1|0:161,88:249:99:.:.:2152,0,4939:. 1|0:24,171:195:99:.:.:4628,0,238:. 1|1:6,238:244:99:.:.:7735,513,0:. 1|1:1,247:248:99:.:.:8142,707,0:. 1|1:3,248:251:99:.:.:8107,670,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,165:203:99:.:.:4967,0,647:. 0|1:11,71:82:99:.:.:1881,0,139:. 1|1:14,290:304:99:.:.:9129,430,0:. 1|1:5,552:557:99:.:.:17010,1513,0:. 1|1:5,195:200:99:.:.:6367,442,0:. 1|1:0,552:552:99:.:.:16811,1642,0:. 1|1:5,311:316:99:.:.:9942,767,0:. 1|1:4,245:249:99:.:.:7285,605,0:. 0|1:50,226:276:99:.:.:6646,0,864:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,64:190:99:.:.:1394,0,3436:. 1|1:0,226:226:99:.:.:7497,679,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4675,432,0:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6386,587,0:. 1|1:2,55:57:99:.:.:1546,121,0:. 1|1:6,260:266:99:.:.:8230,615,0:. 1|1:1,572:573:99:.:.:17294,1667,0:. 1|1:0,288:288:99:.:.:9615,865,0:. 1|1:5,268:273:99:.:.:8738,661,0:. 1|1:12,483:495:99:.:.:14367,1066,0:. 1|1:3,111:114:99:.:.:3591,234,0:. 1|1:7,268:275:99:.:.:8522,598,0:. 1|1:6,228:234:99:.:.:7232,484,0:. 1|1:2,556:558:99:.:.:17156,1596,0:. 1|0:198,28:226:99:.:.:193,0,6352:. 1|0:254,311:565:99:.:.:7957,0,6877:. 0|0:611,0:611:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,83:129:99:.:.:2429,0,1275:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:1,390:391:99:.:.:11857,1126,0:. 1|1:4,255:259:99:.:.:8306,635,0:. 0|0:645,0:645:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2027,186,0:. 1|0:62,91:153:99:.:.:2587,0,1708:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,194:194:99:.:.:6492,583,0:. 0|1:160,60:220:99:.:.:1294,0,6249:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,41:205:99:.:.:762,0,4936:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8086,730,0:. 1|1:0,238:238:99:.:.:7938,715,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,243:244:99:.:.:8103,697,0:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4757,424,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,289:301:99:.:.:9335,467,0:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3945,354,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1818,171,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,290:290:99:.:.:9699,871,0:. 0|1:86,221:307:99:.:.:6369,0,2099:. 0|1:68,253:321:99:.:.:7443,0,1389:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,266:266:99:.:.:8907,799,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,165:269:99:.:.:4686,0,2704:. 1|1:4,201:205:99:.:.:6651,474,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7482,665,0:. 1|1:0,331:331:99:.:.:10954,995,0:. 1|1:15,252:267:99:.:.:7921,256,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,536:536:99:.:.:18204,1612,0:. 0|1:59,20:79:99:.:.:416,0,1779:. 1|0:198,155:353:99:.:.:4135,0,5716:. 1|1:0,692:692:99:.:.:23130,2080,0:. 0|1:60,176:236:99:.:.:5145,0,1416:. 1|1:0,260:260:99:.:.:8688,781,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1636,144,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:14,360:374:99:.:.:11635,626,0:. 1|1:0,158:158:99:.:.:5281,475,0:. Pf3D7_01_v3 532260 . C T 1.31491e+07 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=29.03;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y1629;SNPEFF_CODON_CHANGE=taC/taT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.679;VQSLOD=10.33;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=38.1;GQ_MEAN=140.38;GQ_STDDEV=113.26;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7351;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.274;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16419705;AF=0.428;AS_InbreedingCoeff=0.7587;MLEAC=2256;MLEAF=0.429;AN=858;AC=378 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1174:. 0|1:24,15:39:99:.:.:492,0,538:. 1|0:19,32:51:99:.:.:880,0,371:. 0|1:15,5:20:98:.:.:98,0,357:. 0|1:5,35:40:99:0|1:532260_C_T:1464,0,100:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1189,90,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:532254_C_A:2777,193,0:. 1|1:2,33:35:52:.:.:1009,52,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,965:. 1|0:14,6:20:99:.:.:124,0,318:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,226:. 1|1:0,12:12:36:1|1:532254_C_A:525,36,0:. 1|1:0,19:19:57:1|1:532254_C_A:842,57,0:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7028,688,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1897,180,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1172,114,0:. 0|1:103,15:118:67:.:.:67,0,2290:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:5,0:5:4:.:.:0,4,96:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1684:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1987,195,0:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4259,415,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,46:56:99:.:.:1285,0,110:. 0|1:269,110:379:99:.:.:2237,0,5798:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1923,186,0:. 1|0:47,87:134:99:.:.:2317,0,854:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,43:56:99:.:.:1130,0,180:. 0|1:19,52:71:99:0|1:532209_T_G:1960,0,280:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,103:113:76:0|1:532254_C_A:4279,0,76:. 1|0:91,55:146:99:.:.:1194,0,1925:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2625,256,0:. 1|1:3,212:215:99:.:.:6398,567,0:. 1|1:0,244:244:99:.:.:7366,733,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1269,123,0:. 1|1:11,87:98:19:.:.:2284,19,0:. 1|0:27,54:81:99:0|1:532209_T_G:1708,0,1071:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2880,283,0:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:161,57:218:99:.:.:1099,0,3618:. 1|1:0,118:118:99:1|1:532260_C_T:5261,361,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,10:77:66:.:.:66,0,1535:. 1|0:71,41:112:99:.:.:836,0,1453:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,40:126:99:.:.:835,0,1778:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1579,156,0:. 1|0:62,34:96:99:.:.:597,0,1423:. 0|1:114,30:144:99:.:.:496,0,2567:. 1|0:65,25:90:99:.:.:507,0,1463:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1775,180,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3504,351,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:118,0:118:82:.:.:0,82,2640:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,32:185:99:.:.:419,0,3329:. 1|0:79,21:100:99:.:.:354,0,1810:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1457:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2384,234,0:. 1|1:7,65:72:38:.:.:1801,38,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:26,38:64:99:.:.:991,0,507:. 1|0:52,102:154:99:.:.:2616,0,894:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2448,240,0:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4826,480,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1736,165,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:54:.:.:0,54,2186:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:78,29:107:99:.:.:517,0,1679:. 0|0:64,0:64:68:.:.:0,68,1373:. 1|1:14,146:160:99:.:.:4080,115,0:. 0|1:50,127:177:99:.:.:3371,0,786:. 1|0:81,90:171:99:.:.:2191,0,1536:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,194:241:99:.:.:5269,0,502:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,103:122:99:.:.:2767,0,126:. 1|0:31,118:149:99:.:.:3147,0,331:. 1|0:62,68:130:99:.:.:1693,0,1180:. 1|1:2,219:221:99:.:.:6569,607,0:. 1|1:0,157:157:99:.:.:4803,471,0:. 1|1:4,183:187:99:.:.:5585,458,0:. 0|1:160,24:184:99:.:.:200,0,3648:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,58:182:99:.:.:1211,0,2624:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:135,77:212:99:.:.:1683,0,2801:. 1|1:1,241:242:99:.:.:7367,705,0:. 0|1:126,35:161:99:.:.:562,0,2738:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,126:159:99:.:.:3421,0,412:. 1|1:3,213:216:99:.:.:6609,569,0:. 0|1:43,194:237:99:.:.:5212,0,434:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:.:.:5767,576,0:. 1|1:0,199:199:99:.:.:5998,598,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:240,28:268:67:.:.:67,0,5455:. 1|0:147,62:209:99:.:.:1199,0,3138:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5479,556,0:. 1|0:79,72:151:99:.:.:1752,0,1644:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,76:98:99:.:.:1927,0,225:. 0|1:158,28:186:99:.:.:293,0,3474:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:22,153:175:7:.:.:6174,7,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:.:.:6658,678,0:. 1|1:0,245:245:99:.:.:7420,736,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4710,469,0:. 1|0:55,135:190:99:.:.:3579,0,859:. 0|1:63,164:227:99:.:.:4284,0,962:. 1|1:0,248:248:99:.:.:7646,745,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:30:.:.:0,30,2438:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,230:232:99:.:.:6770,641,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1573:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5110,496,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,32:87:99:.:.:713,0,1128:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,126:136:99:.:.:3583,142,0:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3557,357,0:. 0|1:92,41:133:99:.:.:855,0,2069:. 0|1:75,36:111:99:.:.:751,0,1612:. 1|1:15,207:222:99:.:.:6064,256,0:. 1|0:169,41:210:99:.:.:935,0,3694:. 0|1:62,98:160:99:.:.:2521,0,1118:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,128:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5951,586,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:60,37:97:99:.:.:844,0,1285:. 0|1:76,66:142:99:.:.:1644,0,1577:. 1|0:83,67:150:99:.:.:1609,0,1699:. 1|1:0,93:93:99:.:.:4090,283,0:. 0|1:125,15:140:15:.:.:15,0,2823:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4028,394,0:. 1|0:28,90:118:99:.:.:2464,0,354:. 1|0:20,64:84:99:.:.:1667,0,283:. 1|0:88,48:136:99:.:.:1050,0,1887:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:29,66:95:99:.:.:1786,0,485:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,81:137:99:.:.:2101,0,1085:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:.:.:6544,637,0:. 1|1:2,116:118:99:.:.:3496,302,0:. 1|1:6,110:116:99:.:.:3547,196,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,28:100:99:.:.:564,0,1613:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2599,261,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3065,303,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,170:206:99:.:.:4516,0,287:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:97,56:153:99:.:.:1234,0,2080:. 0|1:18,76:94:99:0|1:532254_C_A:3071,0,501:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2841,285,0:. 1|0:49,24:73:99:.:.:504,0,1076:. 1|0:55,61:116:99:.:.:1943,0,1015:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,107:115:99:.:.:3085,152,0:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6222,613,0:. 1|0:111,102:213:99:.:.:2466,0,2290:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,25:77:99:.:.:565,0,1099:. 1|0:173,47:220:99:.:.:764,0,3681:. 0|0:125,0:125:11:.:.:0,11,2549:. 0|1:69,25:94:99:.:.:484,0,1455:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1609:. 1|0:59,12:71:99:.:.:168,0,1333:. 1|0:70,54:124:99:.:.:1276,0,1422:. 1|0:52,17:69:99:.:.:306,0,1095:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2655,267,0:. 1|0:48,11:59:99:.:.:149,0,991:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,237:237:99:.:.:7191,712,0:. 1|1:4,97:101:99:.:.:2883,200,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3393,325,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1675:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1610,153,0:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,2637:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1607,140,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,87:171:99:.:.:2508,0,1704:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,3:11:59:.:.:59,0,177:. 0|1:140,46:186:99:.:.:856,0,3040:. 1|0:116,31:147:99:.:.:536,0,2615:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,42:135:99:.:.:878,0,2000:. 1|1:5,205:210:99:.:.:6222,502,0:. 0|1:51,11:62:99:0|1:532260_C_T:302,0,2150:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:258,72:330:99:.:.:1238,0,5915:. 1|1:2,144:146:99:.:.:4256,402,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,23:24:45:.:.:700,45,0:. 0|1:6,41:47:14:.:.:1121,0,14:. 1|0:145,42:187:99:.:.:703,0,3082:. 0|1:13,89:102:48:.:.:2724,0,48:. 1|1:5,72:77:34:1|1:532254_C_A:3029,34,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,98:102:99:.:.:2972,201,0:. 0|1:4,17:21:42:.:.:585,0,42:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:1,130:131:99:.:.:3992,365,0:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,531:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7844,659,0:. 1|1:0,148:148:99:.:.:5392,445,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:.:.:9235,764,0:. 1|1:11,220:231:99:.:.:7647,332,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,299:299:99:.:.:13065,918,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,239:240:99:.:.:8500,686,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1395:. 1|1:0,307:307:99:.:.:10886,923,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7550,637,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8304,706,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,247:247:99:.:.:9020,743,0:. 1|1:0,278:278:99:.:.:9940,836,0:. 1|1:3,215:218:99:.:.:7636,557,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:1,243:244:99:.:.:8739,703,0:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5715,481,0:. 1|0:170,55:225:99:.:.:1286,0,4934:. 1|1:0,279:279:99:.:.:10069,840,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:1|1:532254_C_A:10685,731,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:36,89:125:99:.:.:2865,0,829:. 1|1:3,175:178:99:.:.:6223,454,0:. 1|1:0,173:173:99:.:.:6186,521,0:. 1|1:1,267:268:99:1|1:532254_C_A:12030,777,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,188:200:99:.:.:6407,200,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:763,0:763:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,902:902:99:.:.:32136,2713,0:. 0|0:681,0:681:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1352:. 1|1:3,137:140:99:.:.:4611,329,0:. 1|1:3,85:88:99:.:.:3677,167,0:. 1|1:0,158:158:99:.:.:5634,475,0:. 1|1:6,255:261:99:.:.:8470,605,0:. 1|1:0,503:503:99:.:.:18004,1506,0:. 1|1:2,167:169:99:.:.:5776,438,0:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,276:276:99:.:.:9764,830,0:. 1|1:1,630:631:99:.:.:22082,1862,0:. 1|0:126,158:284:99:0|1:532260_C_T:6242,0,4866:. 0|0:548,0:548:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4499,397,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3031,265,0:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3118,265,0:. 1|1:2,262:264:99:.:.:9038,729,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:60,177:237:99:.:.:5397,0,1216:. 1|1:1,237:238:99:.:.:8159,705,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:8246,718,0:. 0|1:44,239:283:99:.:.:9790,0,535:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:2,429:431:99:.:.:18975,1269,0:. 1|1:2,140:142:99:.:.:4843,363,0:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,15:63:99:.:.:352,0,1377:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:203,97:300:99:.:.:2516,0,5431:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,285:285:99:.:.:10041,856,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:208,53:261:99:.:.:1042,0,5853:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:79:.:.:0,79,2320:. 1|0:49,235:284:99:.:.:7238,0,732:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:257,28:285:93:.:.:93,0,7234:. 1|1:6,247:253:99:.:.:10748,581,0:. 1|0:253,24:277:63:.:.:63,0,7116:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:121,119:240:99:.:.:3331,0,3151:. 0|1:31,121:152:99:.:.:3594,0,527:. 1|0:109,86:195:99:.:.:2576,0,2881:. 1|0:14,46:60:99:.:.:1426,0,230:. 1|1:14,261:275:99:.:.:8786,400,0:. 0|0:602,0:602:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,250:288:99:.:.:7670,0,307:. 0|1:459,46:505:91:.:.:91,0,12237:. 1|0:42,76:118:99:.:.:2359,0,908:. 1|1:15,249:264:99:.:.:8477,341,0:. 1|1:11,226:237:99:.:.:9493,355,0:. 1|1:2,535:537:99:.:.:18789,1548,0:. 1|0:195,23:218:99:.:.:191,0,5521:. 1|0:275,295:570:99:.:.:8779,0,6560:. 0|0:611,0:611:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,62:109:99:.:.:1896,0,1175:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:2,403:405:99:.:.:13875,1150,0:. 1|1:3,268:271:99:.:.:11650,721,0:. 0|0:645,0:645:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,76:148:99:.:.:2187,0,1801:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:.:.:7014,598,0:. 0|1:173,53:226:99:.:.:1154,0,4830:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:166,42:208:99:.:.:762,0,4542:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8634,743,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:6185,526,0:. 1|1:0,199:199:99:.:.:6967,599,0:. 1|1:1,228:229:99:1|1:532260_C_T:10218,656,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:5262,448,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,297:312:99:.:.:10036,510,0:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2392,202,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4642,397,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1577:. 1|1:0,23:23:69:.:.:813,69,0:. 1|1:0,301:301:99:.:.:10466,905,0:. 0|1:92,229:321:99:.:.:7157,0,1959:. 0|1:75,243:318:99:.:.:7540,0,1446:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,277:277:99:.:.:9781,833,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,181:282:99:.:.:5558,0,2331:. 1|1:5,220:225:99:.:.:7427,509,0:. 1|1:0,240:240:99:.:.:8611,722,0:. 1|1:0,302:302:99:.:.:10523,908,0:. 1|0:21,224:245:99:0|1:532254_C_A:9475,0,151:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,517:517:99:.:.:18479,1555,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,661:661:99:.:.:23049,1986,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:.:.:9253,797,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1813,161,0:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:5164,439,0:. Pf3D7_01_v3 532265 . A C 1.20796e+06 PASS FS=0;MQ=60.84;QD=31.5;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y1631S;SNPEFF_CODON_CHANGE=tAt/tCt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.681;VQSLOD=8.48;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=123.34;GQ_STDDEV=80.8;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0131;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.088;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15912634;AF=0.022;AS_InbreedingCoeff=0.9959;MLEAC=115;MLEAF=0.022;AN=856;AC=17 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:7:.:.:0,7,566:. 0|1:5,37:42:97:0|1:532260_C_T:1474,0,97:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:15,17:32:99:.:.:378,0,410:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1544:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,260:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,347:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1032:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:29:.:.:0,29,485:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1684:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1343:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:532260_C_T:5290,364,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1457:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1573:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,22:203:6:.:.:0,6,7995:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,84:90:21:.:.:3416,21,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,31:119:99:.:.:485,0,3133:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1609:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1675:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,11:65:99:0|1:532260_C_T:299,0,2179:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,750:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,18:105:99:.:.:200,0,2654:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,253:294:99:.:.:7938,0,600:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1395:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:763,0:763:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:855,0:855:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:681,0:681:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1352:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,80:87:14:.:.:2497,0,14:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:600,0:600:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:667,0:667:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:131,159:290:99:0|1:532260_C_T:6323,0,4937:. 0|0:548,0:548:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,234:286:99:.:.:7003,0,1386:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,246:252:99:.:.:7353,486,0:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:602,0:602:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:591,0:591:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:573,0:573:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:611,0:611:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:405,0:405:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:645,0:645:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,234:235:99:1|1:532260_C_T:10355,670,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1775:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1577:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:509,0:509:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:655,0:655:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,785:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 532318 . T A 6.71833e+06 PASS FS=0;MQ=60.42;QD=25.14;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L1649I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tta/Ata;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.64;VQSLOD=8.66;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.78;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=23.81;GQ_MEAN=117.83;GQ_STDDEV=121.42;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7117;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.04;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16079320;AF=0.218;AS_InbreedingCoeff=0.6348;MLEAC=1153;MLEAF=0.219;AN=858;AC=253 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,844:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|1:41,11:52:99:.:.:199,0,1131:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,691:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1282:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1286:. 0|1:11,15:26:99:.:.:397,0,380:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1306:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,900:. 0|0:16,0:16:14:.:.:0,14,443:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1195:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7204,683,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2039,195,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1080:. 0|1:97,18:115:99:.:.:186,0,2591:. 0|0:18,0:18:33:.:.:0,33,495:. 0|0:12,0:12:21:.:.:0,21,330:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1684:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2200,217,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3322,315,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,31:67:99:.:.:707,0,938:. 0|1:270,97:367:99:.:.:1927,0,6931:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2393,228,0:. 1|0:63,71:134:99:.:.:1760,0,1675:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,46:59:99:.:.:1235,0,223:. 0|0:69,7:76:90:0|1:532209_T_G:0,90,2501:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,47:124:99:.:.:1022,0,1903:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2564,246,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6710,660,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1059:. 0|1:8,85:93:59:.:.:2351,0,59:. 1|0:49,23:72:99:0|1:532209_T_G:734,0,1539:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3060,300,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:172,62:234:99:.:.:1217,0,4795:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,24:84:99:.:.:463,0,1516:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,27:120:99:.:.:471,0,2422:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1580,155,0:. 1|0:89,33:122:99:.:.:615,0,2437:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,26:100:99:.:.:513,0,1950:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1821,183,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3916,382,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,43:207:99:.:.:681,0,4418:. 1|0:87,24:111:99:.:.:368,0,2257:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1457:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2351,231,0:. 1|0:22,56:78:99:.:.:1510,0,598:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:26,39:65:99:.:.:975,0,586:. 1|0:43,104:147:99:.:.:2780,0,878:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2150,210,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5035,490,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2117,201,0:. 1|1:15,174:189:99:.:.:4802,131,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,17:121:99:.:.:166,0,2791:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:47:.:.:0,47,1905:. 1|1:12,153:165:99:.:.:4484,181,0:. 0|1:43,141:184:99:.:.:3839,0,728:. 1|0:73,100:173:99:.:.:2554,0,1699:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,109:133:99:.:.:2968,0,278:. 1|0:130,16:146:57:.:.:57,0,3432:. 1|0:62,68:130:99:.:.:1694,0,1508:. 1|1:3,226:229:99:.:.:7060,594,0:. 0|1:67,94:161:99:.:.:2414,0,1523:. 1|1:6,191:197:99:.:.:5857,398,0:. 0|1:147,24:171:99:.:.:233,0,3883:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:132,50:182:99:.:.:993,0,3447:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,235:237:99:.:.:7176,651,0:. 0|1:131,27:158:99:.:.:209,0,3547:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,71:151:99:.:.:1794,0,2700:. 1|1:1,213:214:99:.:.:6639,612,0:. 0|1:41,182:223:99:.:.:5027,0,562:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:6017,586,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,43:181:99:.:.:448,0,3625:. 1|1:1,205:206:99:.:.:6101,587,0:. 1|0:79,74:153:99:.:.:1811,0,1883:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:156,26:182:99:.:.:252,0,4166:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,14:176:99:.:.:0,103,6094:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:.:.:6607,649,0:. 1|1:0,227:227:99:.:.:6971,682,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4502,444,0:. 1|0:39,131:170:99:.:.:3554,0,740:. 0|1:177,46:223:99:.:.:744,0,4940:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,13:112:66:.:.:66,0,2706:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,224:234:99:.:.:6469,396,0:. 0|0:64,0:64:96:.:.:0,96,1746:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4754,454,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,38:88:99:.:.:911,0,1201:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2710,267,0:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,2012:. 0|1:96,27:123:99:.:.:487,0,2483:. 1|1:21,204:225:60:.:.:5763,60,0:. 1|0:165,25:190:99:.:.:203,0,4800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,135:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5686,550,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:63,39:102:99:.:.:868,0,1577:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:129,30:159:99:.:.:356,0,3597:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,13:138:21:.:.:0,21,3417:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,87:114:99:.:.:2390,0,434:. 1|0:17,66:83:99:.:.:1835,0,259:. 1|0:69,44:113:99:.:.:1049,0,1732:. 0|0:147,11:158:99:.:.:0,126,4130:. 0|0:205,0:205:0:.:.:0,0,4958:. 1|0:23,67:90:99:.:.:1866,0,457:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6393,613,0:. 1|1:1,104:105:99:1|1:532303_G_A:4480,280,0:. 1|0:91,26:117:99:.:.:448,0,3458:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,27:90:99:0|1:532303_G_A:871,0,2411:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,160:186:99:.:.:4370,0,194:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:107,42:149:99:.:.:873,0,2663:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,27:111:99:.:.:487,0,2828:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,87:96:10:.:.:2473,10,0:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6112,589,0:. 1|1:0,188:188:99:.:.:5848,565,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:76:.:.:0,76,2062:. 1|0:152,40:192:99:.:.:649,0,3860:. 1|0:101,11:112:1:.:.:1,0,2707:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1609:. 1|0:50,19:69:99:.:.:388,0,1333:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1121:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7160,685,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4180,397,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1675:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:92,13:105:83:.:.:83,0,2522:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,91:94:99:.:.:2745,190,0:. 0|0:180,0:180:0:.:.:0,0,3463:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,2:12:27:.:.:27,0,277:. 0|0:177,0:177:0:.:.:0,0,3810:. 0|0:164,0:164:0:.:.:0,0,3369:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,50:137:99:.:.:1099,0,2198:. 1|1:7,230:237:99:.:.:6932,538,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:3,22:25:15:.:.:601,0,15:. 1|1:4,55:59:56:.:.:1599,56,0:. 1|0:137,45:182:99:.:.:824,0,3521:. 0|1:29,74:103:99:.:.:2026,0,546:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,119:121:99:.:.:3679,299,0:. 0|1:11,13:24:99:.:.:318,0,375:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,114:116:99:.:.:3551,287,0:. 0|0:34,0:34:11:.:.:0,11,814:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7843,650,0:. 1|1:0,143:143:99:.:.:5200,430,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,237:237:99:.:.:8567,713,0:. 0|1:22,209:231:92:.:.:6858,0,92:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:.:.:8685,719,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,230:231:99:.:.:8226,657,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,248:249:99:.:.:9022,715,0:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:1,257:258:99:.:.:9246,740,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:5133,427,0:. 1|0:162,53:215:99:.:.:1271,0,5172:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:34,97:131:99:.:.:3122,0,821:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,138:143:99:.:.:4774,253,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:763,0:763:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:855,0:855:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:681,0:681:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1352:. 1|1:8,134:142:99:.:.:4383,174,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:6126,526,0:. 1|1:3,248:251:99:.:.:8471,646,0:. 1|1:1,564:565:99:.:.:20208,1660,0:. 1|1:2,177:179:99:.:.:5981,464,0:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,285:285:99:.:.:10061,857,0:. 1|1:1,608:609:99:.:.:21394,1818,0:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:548,0:548:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4744,418,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2935,253,0:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2763,237,0:. 1|1:1,299:300:99:.:.:10192,865,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:53,175:228:99:.:.:5356,0,1111:. 1|1:1,242:243:99:.:.:8341,721,0:. 1|1:0,226:226:99:.:.:7901,680,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:2,417:419:99:.:.:14382,1181,0:. 1|1:2,127:129:99:.:.:4425,316,0:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,17:65:99:.:.:415,0,1446:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:197,93:290:99:.:.:2453,0,5814:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,274:274:99:.:.:9369,824,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:217,64:281:99:.:.:1371,0,6491:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,2890:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,228:277:99:.:.:7204,0,780:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:233,35:268:99:.:.:391,0,7144:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:137,119:256:99:.:.:3275,0,3948:. 0|1:31,115:146:99:.:.:3594,0,627:. 1|0:137,70:207:99:.:.:1798,0,4158:. 1|0:6,45:51:52:.:.:1463,0,52:. 0|1:29,245:274:99:.:.:7698,0,377:. 0|0:602,0:602:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:20,268:288:99:.:.:8712,167,0:. 0|1:455,46:501:99:.:.:132,0,13162:. 1|0:47,71:118:99:.:.:2074,0,1392:. 1|0:42,219:261:99:.:.:6992,0,609:. 0|0:228,20:248:80:.:.:0,80,9210:. 1|1:10,534:544:99:.:.:18623,1187,0:. 1|0:190,24:214:99:.:.:197,0,5977:. 1|0:235,267:502:99:.:.:7897,0,6337:. 0|0:611,0:611:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,64:104:99:.:.:2011,0,1084:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:2,387:389:99:.:.:13472,1100,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:645,0:645:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:159,49:208:99:.:.:1126,0,4870:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:161,45:206:99:.:.:975,0,4555:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4896,421,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,271:280:99:.:.:9273,522,0:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1775:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4318,375,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1577:. 1|1:0,28:28:84:.:.:947,84,0:. 1|1:0,324:324:99:.:.:11315,974,0:. 0|1:68,243:311:99:.:.:7664,0,1395:. 0|1:78,225:303:99:.:.:6853,0,1751:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,564:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,281:281:99:.:.:9940,845,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,167:240:99:.:.:5085,0,1823:. 1|1:6,229:235:99:.:.:7923,489,0:. 0|1:44,223:267:99:.:.:7201,0,739:. 1|1:0,291:291:99:.:.:10280,875,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:222,309:531:99:.:.:9310,0,6072:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,674:674:99:.:.:23484,2026,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,278:281:99:.:.:9762,760,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:47:.:.:0,47,890:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:.:.:5011,430,0:. Pf3D7_01_v3 532357 . G T 1.21193e+07 PASS FS=0;MQ=60.28;QD=28.05;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D1662Y;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gat/Tat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.677;VQSLOD=10.24;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=9.52;GQ_MEAN=125.05;GQ_STDDEV=118.63;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6591;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.524;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16371535;AF=0.402;AS_InbreedingCoeff=0.7218;MLEAC=2115;MLEAF=0.404;AN=858;AC=386 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,23:23:69:.:.:742,69,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1239,114,0 1|0:10,38:48:99:.:.:1090,0,257 1|0:19,31:50:99:.:.:847,0,404 1|1:0,17:17:51:.:.:545,51,0 0|0:45,0:45:37:.:.:0,37,1146 1|1:0,23:23:69:.:.:755,69,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2563,238,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1369,126,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1430,132,0 0|0:22,0:22:9:.:.:0,9,525 1|1:0,52:52:99:.:.:1692,156,0 0|1:25,5:30:51:.:.:51,0,619 0|1:18,22:40:99:.:.:585,0,423 1|1:1,27:28:59:.:.:849,59,0 1|1:0,13:13:39:.:.:422,39,0 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315 0|0:23,0:23:35:.:.:0,35,623 1|1:0,21:21:63:.:.:704,63,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1268,120,0 0|1:15,56:71:99:.:.:1536,0,217 1|1:0,76:76:99:.:.:2443,229,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7194,680,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:35,0:35:94:.:.:0,94,938 1|0:94,22:116:99:.:.:308,0,2500 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,242 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,291 1|1:0,73:73:99:.:.:2307,220,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,95:95:99:.:.:2954,285,0 1|0:29,27:56:99:.:.:724,0,1031 1|0:93,253:346:99:.:.:8611,0,2964 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|1:75,47:122:99:.:.:1416,0,2780 0|0:93,0:93:64:.:.:0,64,2205 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|0:58,19:77:99:0|1:532209_T_G:357,0,1347 1|1:0,71:71:99:.:.:2171,213,0 0|1:111,15:126:86:0|1:532357_G_T:86,0,4519 0|1:39,91:130:99:.:.:3137,0,1218 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|1:26,87:113:99:.:.:2304,0,397 1|0:35,50:85:99:.:.:1263,0,739 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1059 0|0:92,0:92:89:.:.:0,89,2217 0|1:48,20:68:99:0|1:532209_T_G:377,0,1436 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,24:24:72:.:.:746,72,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|1:90,155:245:99:.:.:4030,0,2771 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,80:80:99:.:.:2411,240,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3149,304,0 0|0:83,0:83:68:.:.:0,68,2008 1|0:14,65:79:99:.:.:1703,0,168 0|1:19,51:70:99:.:.:1740,0,608 1|1:1,147:148:99:.:.:4449,422,0 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,2144 1|1:1,163:164:99:.:.:4976,464,0 1|1:0,329:329:99:.:.:10397,989,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1206 0|1:47,75:122:99:.:.:2076,0,1535 1|0:62,107:169:99:.:.:2734,0,1283 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,56:56:99:.:.:1672,168,0 0|1:37,46:83:99:.:.:1169,0,807 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,29:29:87:.:.:909,87,0 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 0|0:106,0:106:99:.:.:0,112,1800 0|0:107,0:107:99:.:.:0,117,1800 1|1:0,87:87:99:.:.:2688,261,0 0|1:28,187:215:99:.:.:6329,0,428 0|1:21,83:104:99:.:.:2331,0,593 1|1:2,51:53:80:.:.:1423,80,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,5:66:44:.:.:0,44,2239 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530 0|1:33,30:63:99:.:.:725,0,1277 0|1:96,43:139:99:.:.:1243,0,3860 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:.:.:4189,412,0 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,134:134:99:.:.:4101,403,0 0|1:23,109:132:99:.:.:3000,0,564 1|1:0,152:152:99:.:.:4717,457,0 0|0:147,0:147:99:.:.:0,118,1800 0|0:93,0:93:99:.:.:0,106,1800 0|1:52,39:91:99:.:.:878,0,1187 1|1:7,69:76:2:.:.:1841,2,0 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 1|0:158,40:198:99:.:.:1034,0,6309 0|1:97,87:184:99:.:.:2858,0,3756 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,263:263:99:.:.:8154,790,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5502,538,0 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 0|1:128,31:159:99:.:.:425,0,3410 0|0:136,0:136:0:.:.:0,0,2912 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|0:177,16:193:85:.:.:0,85,4977 1|1:0,166:166:99:.:.:5130,499,0 1|0:52,146:198:99:.:.:3850,0,1641 1|1:0,211:211:99:.:.:6646,634,0 1|1:13,180:193:43:.:.:5127,43,0 1|1:0,266:266:99:.:.:8264,799,0 1|1:1,171:172:99:.:.:5253,487,0 1|1:0,234:234:99:.:.:7117,702,0 0|1:60,110:170:99:.:.:2836,0,1209 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|0:35,111:146:99:.:.:2886,0,950 0|1:146,109:255:99:.:.:2527,0,3236 0|0:169,0:169:26:.:.:0,26,3870 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 1|0:46,160:206:99:.:.:4466,0,1404 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,180:180:99:.:.:5505,541,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5810,571,0 1|1:23,231:254:99:.:.:6561,153,0 0|1:79,101:180:99:.:.:2559,0,1945 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|1:85,78:163:99:.:.:1930,0,3220 0|1:46,89:135:99:.:.:2352,0,855 0|1:73,22:95:99:.:.:351,0,3003 1|0:23,165:188:99:.:.:4479,0,447 0|1:24,191:215:33:.:.:5270,0,33 0|1:159,27:186:99:.:.:247,0,4014 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 0|1:109,32:141:99:.:.:569,0,2845 1|1:0,198:198:99:.:.:6198,595,0 1|1:2,200:202:99:.:.:6018,557,0 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,179:179:99:.:.:5334,537,0 1|1:0,235:235:99:.:.:7187,706,0 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|1:134,42:176:99:.:.:1057,0,5348 0|0:233,0:233:0:.:.:0,0,4938 1|1:0,244:244:99:.:.:7540,733,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|0:14,99:113:99:.:.:2770,0,288 1|1:0,106:106:99:.:.:3305,319,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2569,249,0 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,58:65:48:.:.:1698,48,0 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,190:190:99:.:.:5753,571,0 1|0:39,40:79:99:.:.:1184,0,1412 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,147:147:99:.:.:4452,442,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4796,463,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3946,376,0 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800 0|1:40,90:130:99:.:.:2708,0,834 1|0:36,79:115:99:.:.:2096,0,1106 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 0|0:186,0:186:0:.:.:0,0,4137 1|0:32,162:194:99:0|1:532357_G_T:4398,0,300 1|1:0,186:186:99:.:.:5795,559,0 1|1:0,11:11:33:.:.:340,33,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3622,349,0 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,114,1800 1|0:40,59:99:99:.:.:1913,0,1463 1|1:0,153:153:99:.:.:4738,460,0 0|1:80,82:162:99:.:.:1984,0,2252 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|1:17,117:134:99:0|1:532357_G_T:3966,0,290 1|1:0,140:140:99:.:.:4228,420,0 0|1:81,24:105:99:.:.:448,0,3335 0|1:60,23:83:99:.:.:630,0,2383 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|1:108,43:151:99:.:.:840,0,2878 1|0:21,192:213:99:.:.:5540,0,272 0|1:71,24:95:99:0|1:532357_G_T:651,0,2827 1|1:0,138:138:99:.:.:4319,415,0 1|1:1,114:115:99:.:.:3458,318,0 1|1:0,256:256:99:.:.:7850,769,0 0|1:94,61:155:99:.:.:1415,0,2157 1|1:0,157:157:99:.:.:4859,472,0 1|1:2,153:155:99:.:.:4551,375,0 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800 0|1:28,77:105:99:.:.:2111,0,971 0|0:70,0:70:99:.:.:0,109,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800 1|1:0,78:78:99:.:.:2396,234,0 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 1|0:77,53:130:99:.:.:1186,0,1664 0|0:124,0:124:0:.:.:0,0,2785 0|0:118,0:118:99:.:.:0,106,1800 1|0:93,56:149:99:.:.:1298,0,2750 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|0:51,18:69:99:.:.:362,0,1265 1|1:0,69:69:99:.:.:2154,207,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|1:62,46:108:99:.:.:1094,0,1880 0|1:57,64:121:99:.:.:1619,0,1207 1|0:124,17:141:61:.:.:61,0,3043 0|1:91,11:102:38:.:.:38,0,3690 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,122:122:99:.:.:3808,367,0 1|1:6,85:91:79:.:.:2462,79,0 0|1:49,147:196:99:.:.:4991,0,1539 0|1:14,93:107:99:.:.:2532,0,328 1|0:15,53:68:99:.:.:1465,0,237 1|1:0,51:51:99:.:.:1624,153,0 0|1:11,55:66:99:.:.:1543,0,247 0|1:53,64:117:99:.:.:1619,0,1143 1|1:0,64:64:99:.:.:1936,192,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2516,252,0 1|0:56,10:66:79:.:.:79,0,1773 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,117:119:99:1|1:532357_G_T:4496,307,0 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,2004 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1675 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755 1|0:19,93:112:99:.:.:2589,0,503 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,66:66:99:.:.:1993,198,0 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|0:107,70:177:99:.:.:1478,0,2813 1|1:0,91:91:99:.:.:2834,273,0 1|0:7,7:14:99:.:.:176,0,257 1|0:78,103:181:99:.:.:2677,0,1862 1|0:68,64:132:99:.:.:1592,0,1884 1|0:65,83:148:99:.:.:2121,0,1413 1|1:0,100:100:99:.:.:3089,300,0 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 1|0:47,76:123:99:.:.:1995,0,1641 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|0:11,42:53:99:.:.:1156,0,156 1|1:1,38:39:89:.:.:1172,89,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3386,330,0 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,224:225:99:.:.:6889,649,0 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|1:41,120:161:99:0|1:532357_G_T:4054,0,1309 1|0:92,23:115:99:.:.:537,0,3560 1|1:0,77:77:99:.:.:2466,232,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3324,324,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|0:24,1:25:51:.:.:0,51,1048 1|1:2,68:70:99:.:.:2032,153,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1107,108,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|0:3,26:29:48:.:.:683,0,48 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,229:229:99:.:.:8186,689,0 1|1:1,187:188:99:.:.:6788,538,0 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800 1|0:85,137:222:99:0|1:532357_G_T:5346,0,3081 1|1:0,211:211:99:.:.:7664,635,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 1|0:35,205:240:99:.:.:6696,0,692 1|1:1,204:205:99:.:.:7297,572,0 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,40:40:99:.:.:1462,120,0 1|1:0,288:288:99:.:.:10292,866,0 1|1:0,197:197:99:.:.:7215,593,0 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,260:260:99:.:.:9379,781,0 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,250:250:99:.:.:8804,751,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,193:194:99:.:.:6875,550,0 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|0:186,17:203:36:.:.:0,36,6578 1|1:0,284:284:99:.:.:10172,854,0 0|1:119,74:193:99:.:.:2080,0,3614 1|1:1,118:119:99:.:.:4165,326,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3925,325,0 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,41:41:99:.:.:1511,123,0 1|0:106,20:126:99:.:.:331,0,4201 1|1:1,166:167:99:.:.:5887,467,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,233:233:99:.:.:8423,701,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9886,821,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,192:192:99:.:.:6979,578,0 1|1:1,192:193:99:.:.:6946,544,0 0|0:242,0:242:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,788:788:99:.:.:28132,2371,0 0|0:855,0:855:99:.:.:0,120,1800 0|0:681,0:681:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,96:98:99:.:.:3424,225,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1660,141,0 0|0:155,0:155:55:.:.:0,55,4166 0|0:111,0:111:79:.:.:0,79,3260 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 0|0:631,0:631:99:.:.:0,120,1800 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800 0|0:681,0:681:99:.:.:0,120,1800 0|1:159,113:272:99:.:.:3132,0,4572 1|1:0,517:517:99:.:.:17871,1547,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,530:531:99:.:.:18548,1579,0 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,205:205:99:.:.:7008,616,0 0|0:183,0:183:99:.:.:0,103,1800 0|0:244,0:244:99:.:.:0,102,1800 0|0:250,0:250:0:.:.:0,0,6686 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 1|0:221,35:256:99:.:.:458,0,6788 1|1:20,198:218:27:.:.:6239,27,0 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:522,0:522:0:.:.:0,0,13708 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|0:23,238:261:99:.:.:7607,0,152 0|1:113,176:289:99:.:.:5385,0,4177 1|1:0,276:276:99:.:.:9432,829,0 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,173:173:99:.:.:5928,520,0 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800 0|1:100,198:298:99:0|1:532357_G_T:7189,0,3549 0|1:191,34:225:99:.:.:724,0,7732 0|0:242,0:242:99:.:.:0,103,1800 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,221:223:99:.:.:7659,581,0 1|1:8,80:88:64:.:.:2570,64,0 0|1:169,38:207:99:.:.:713,0,6984 0|0:83,4:87:99:.:.:0,128,3574 0|1:233,44:277:99:.:.:672,0,9398 1|1:2,523:525:99:.:.:17942,1541,0 1|0:111,66:177:99:.:.:1696,0,3531 0|1:340,232:572:99:.:.:6452,0,13038 1|0:30,210:240:99:.:.:6445,0,607 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800 1|0:222,64:286:99:.:.:1350,0,8747 1|1:12,287:299:99:.:.:9215,280,0 1|1:5,181:186:99:.:.:6204,390,0 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|1:81,119:200:99:.:.:3549,0,2845 0|0:43,2:45:61:.:.:0,61,1715 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,529:536:99:.:.:17958,1308,0 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800 0|0:550,0:550:99:.:.:0,120,1800 0|1:74,39:113:99:0|1:532357_G_T:1127,0,2786 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800 0|0:606,0:606:99:.:.:0,120,1800 0|1:21,177:198:99:.:.:5577,0,328 0|1:268,226:494:99:.:.:7852,0,10324 1|1:31,582:613:99:.:.:18873,492,0 1|1:1,525:526:99:.:.:18811,1549,0 0|1:69,38:107:99:.:.:1211,0,2711 0|0:437,0:437:99:.:.:0,119,1800 0|0:414,0:414:99:.:.:0,120,1800 0|0:251,0:251:99:.:.:0,114,1800 0|0:645,0:645:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|1:85,62:147:99:.:.:1692,0,2398 1|1:0,124:124:99:.:.:4340,373,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|0:53,148:201:99:.:.:4630,0,1800 1|1:0,163:163:99:.:.:5805,490,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6276,559,0 1|1:0,207:207:99:.:.:7362,623,0 1|1:0,227:227:99:.:.:7958,682,0 1|1:0,216:216:99:.:.:7463,650,0 1|1:0,92:92:99:.:.:3195,277,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1799,150,0 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 0|0:218,0:218:99:.:.:0,105,1800 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,241:241:99:.:.:8344,724,0 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,286:286:99:.:.:9932,859,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1829,153,0 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,100:100:99:.:.:3476,300,0 1|0:11,35:46:99:.:.:1135,0,239 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,18:18:54:.:.:625,54,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8309,709,0 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,160:160:99:.:.:5386,481,0 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,231:231:99:.:.:8102,694,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6651,562,0 0|0:512,0:512:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,83:84:99:.:.:2807,218,0 1|1:0,312:312:99:.:.:10930,938,0 0|0:680,0:680:99:.:.:0,120,1800 1|0:168,59:227:99:.:.:1304,0,4994 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,58:58:99:.:.:2026,174,0 1|1:1,30:31:59:.:.:1000,59,0 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 532447 . A G 1.49966e+07 PASS FS=0;MQ=59.96;QD=32.95;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1692E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aaa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.647;VQSLOD=11.06;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.2187;FractionInformativeReads=0.991;GC=9.52;GQ_MEAN=74.69;GQ_STDDEV=107.61;HRun=0;InbreedingCoeff=0.2581;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.531;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=18644831;AF=0.484;AS_InbreedingCoeff=0.1913;MLEAC=3116;MLEAF=0.605;AN=856;AC=389 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,422:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,741:. 0|1:5,30:35:63:.:.:769,0,63:. 0|1:42,12:54:99:.:.:185,0,1159:. 1|1:0,24:24:72:.:.:691,72,0:. 1|1:2,35:37:45:.:.:959,45,0:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,67:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,1309:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,658:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,451:. 0|1:16,9:25:99:0|1:532447_A_G:297,0,619:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1118:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,635:. 1|0:25,10:35:99:.:.:196,0,683:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,413:. 1|1:0,13:13:39:1|1:532397_G_GTGAATATGATATGAATGAATATGATATGAA:526,39,0:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,22:22:66:1|1:532407_C_T:973,66,0:. 1|1:0,27:27:79:.:.:721,79,0:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,992:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,111:. 1|1:0,210:210:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:9145,645,0:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,780:. 1|1:0,51:51:99:1|1:532418_A_ATAATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:2216,156,0:. 0|1:16,78:94:99:.:.:1798,0,186:. 1|0:4,15:19:70:.:.:370,0,70:. 1|1:0,8:8:24:1|1:532407_C_CATTAATGAATATAATATGAATGAACATAAT:351,24,0:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,559:. 1|1:0,69:69:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:2917,213,0:. 1|1:0,95:95:99:1|1:532432_T_C:3969,288,0:. 0|0:170,0:170:0:.:.:0,0,1024:. 0|1:48,16:64:99:.:.:258,0,1263:. 0|1:237,87:324:99:.:.:1345,0,5823:. 1|1:0,60:60:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:2447,182,0:. 1|0:40,74:114:99:.:.:1854,0,495:. 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,593:. 1|1:0,50:50:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:2145,153,0:. 0|0:55,8:63:5:0|1:532209_T_G:0,5,1485:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,937:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,35:113:99:.:.:563,0,1702:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,198:198:99:1|1:532418_A_ATAATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:8616,605,0:. 1|1:1,188:189:99:.:.:5090,552,0:. 1|0:62,30:92:99:.:.:499,0,1672:. 0|1:21,67:88:99:.:.:1778,0,319:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,701:. 0|0:137,0:137:0:.:.:0,0,1588:. 1|0:42,30:72:99:0|1:532209_T_G:626,0,1031:. 1|1:0,96:96:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:4031,293,0:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,163:. 1|1:0,99:99:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:4223,299,0:. 0|0:300,0:300:0:.:.:0,0,2838:. 1|1:0,99:99:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:4084,296,0:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,920:. 0|1:70,28:98:99:.:.:397,0,1896:. 1|1:1,72:73:99:1|1:532432_T_C:2993,188,0:. 0|0:74,9:83:14:.:.:0,14,2026:. 1|0:61,15:76:99:.:.:153,0,1393:. 0|0:156,0:156:0:.:.:0,0,693:. 1|0:78,37:115:99:.:.:657,0,1915:. 0|0:229,0:229:0:.:.:0,0,241:. 0|0:454,0:454:0:.:.:0,0,2167:. 1|1:1,38:39:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:1559,116,0:. 1|0:52,40:92:99:.:.:847,0,1209:. 0|1:103,22:125:99:.:.:187,0,2632:. 1|1:0,99:99:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:4244,299,0:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,753:. 1|0:52,27:79:99:.:.:475,0,1914:. 1|1:1,60:61:99:.:.:1525,170,0:. 0|0:66,0:66:.:.:.:.:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2650,298,0:. 0|1:55,71:126:99:.:.:1626,0,1335:. 0|0:158,0:158:0:.:.:0,0,690:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,659:. 1|0:106,60:166:99:.:.:1142,0,2596:. 1|0:85,26:111:99:.:.:391,0,2176:. 0|0:49,3:52:76:.:.:0,76,1233:. 1|1:2,73:75:99:.:.:1992,181,0:. 0|1:22,48:70:99:.:.:995,0,367:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:40,16:56:99:.:.:280,0,1070:. 1|0:48,85:133:99:.:.:1895,0,1024:. 1|1:0,76:76:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:3269,233,0:. 1|1:0,132:132:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:5690,408,0:. 0|0:210,0:210:0:.:.:0,0,1045:. 1|1:0,59:59:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:2487,177,0:. 0|1:12,147:159:28:0|1:532447_A_G:5594,0,28:. 1|1:1,108:109:99:.:.:2721,287,0:. 1|1:11,90:101:47:.:.:2097,47,0:. 0|0:212,0:212:0:.:.:0,0,749:. 0|0:184,0:184:0:.:.:0,0,2412:. 1|1:5,93:98:99:.:.:2269,131,0:. 1|0:28,52:80:99:.:.:1131,0,951:. 0|1:28,39:67:99:.:.:807,0,541:. 1|1:0,163:163:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:6852,500,0:. 0|1:39,148:187:99:.:.:3321,0,578:. 1|0:93,99:192:99:.:.:2052,0,2069:. 1|1:0,234:234:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:10037,717,0:. 0|0:327,0:327:0:.:.:0,0,3549:. 0|0:238,0:238:0:.:.:0,0,1149:. 1|1:0,111:111:99:1|1:532432_T_C:4799,342,0:. 1|0:31,113:144:99:0|1:532432_T_C:4422,0,979:. 1|1:7,104:111:99:.:.:3429,198,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:9821,671,0:. 1|1:0,154:154:99:.:.:6762,471,0:. 1|1:0,176:176:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:7808,549,0:. 0|1:157,19:176:9:.:.:9,0,4035:. 1|1:1,182:183:99:.:.:4696,530,0:. 0|0:250,0:250:0:.:.:0,0,1596:. 0|0:292,0:292:0:.:.:0,0,1099:. 0|0:222,0:222:0:.:.:0,0,950:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:216,0:216:0:.:.:0,0,2250:. 0|0:301,0:301:0:.:.:0,0,2497:. 1|0:101,58:159:99:.:.:1081,0,2282:. 1|1:0,226:226:99:1|1:532432_T_C:9697,690,0:. 0|1:41,102:143:99:.:.:2316,0,743:. 0|0:303,0:303:0:.:.:0,0,3278:. 0|1:62,86:148:99:.:.:1809,0,1370:. 1|1:0,181:181:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:7742,559,0:. 0|1:131,42:173:99:.:.:600,0,3323:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3047,339,0:. 1|1:0,165:165:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:6931,498,0:. 0|0:230,0:230:0:.:.:0,0,897:. 1|1:0,173:173:99:1|1:532407_C_T:7153,526,0:. 0|0:337,0:337:0:.:.:0,0,2282:. 1|0:124,46:170:99:.:.:664,0,3538:. 1|1:3,177:180:99:.:.:4483,486,0:. 1|1:6,146:152:99:.:.:3701,408,0:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,1240:. 1|1:6,95:101:99:.:.:2340,154,0:. 0|1:162,26:188:99:.:.:153,0,4014:. 1|0:188,24:212:48:.:.:48,0,4829:. 0|0:155,0:155:0:.:.:0,0,3077:. 0|0:325,0:325:0:.:.:0,0,1267:. 1|0:25,94:119:99:.:.:2199,0,353:. 0|0:217,0:217:0:.:.:0,0,1274:. 0|0:309,0:309:0:.:.:0,0,2031:. 1|1:0,184:184:99:.:.:4827,545,0:. 1|1:0,239:239:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:10179,725,0:. 0|0:251,0:251:0:.:.:0,0,888:. 0|0:292,0:292:0:.:.:0,0,1921:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3259,371,0:. 1|0:48,130:178:99:.:.:4864,0,1501:. 0|1:127,54:181:99:.:.:944,0,3152:. 1|1:0,211:211:99:1|1:532397_G_GTGAATATGATATGAATGAATATGATATGAA:8700,633,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:4873,346,0:. 0|0:99,10:109:43:.:.:0,43,2613:. 0|0:190,0:190:0:.:.:0,0,1454:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,845:. 1|1:9,223:232:99:.:.:5482,386,0:. 0|1:30,36:66:99:.:.:794,0,726:. 1|1:0,147:147:99:.:.:3930,435,0:. 1|1:0,159:159:99:1|1:532397_G_GTGAATATGATATGAATGAATATGATATGAA:6686,490,0:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,939:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:0:.:.:0,0,1703:. 0|0:189,0:189:0:.:.:0,0,76:. 0|0:159,0:159:0:.:.:0,0,2220:. 1|1:0,80:80:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:3307,240,0:. 0|0:166,0:166:0:.:.:0,0,1477:. 0|1:47,41:88:99:.:.:837,0,1070:. 1|1:9,182:191:99:.:.:4723,308,0:. 1|0:108,65:173:99:.:.:1279,0,3158:. 0|1:39,122:161:99:0|1:532357_G_T:2733,0,547:. 0|0:246,0:246:0:.:.:0,0,2426:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,260:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2125,256,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,1734:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,792:. 0|1:58,25:83:99:.:.:448,0,1358:. 0|0:177,0:177:0:.:.:0,0,1922:. 1|0:97,62:159:99:.:.:1222,0,2507:. 1|1:5,94:99:81:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:3906,81,0:. 1|0:43,84:127:99:.:.:1906,0,912:. 0|0:170,0:170:0:.:.:0,0,614:. 1|0:30,68:98:99:.:.:1591,0,518:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,598:. 1|1:0,118:118:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:4927,358,0:. 1|0:18,90:108:99:.:.:2536,0,305:. 0|1:26,144:170:99:.:.:3576,0,229:. 1|0:34,69:103:99:.:.:1570,0,602:. 0|0:155,0:155:0:.:.:0,0,1533:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,365:. 1|1:0,200:200:99:.:.:4975,585,0:. 1|0:84,62:146:99:.:.:1186,0,1983:. 0|0:182,0:182:0:.:.:0,0,787:. 0|0:211,0:211:0:.:.:0,0,1958:. 1|1:0,196:196:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:8428,595,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:4529,307,0:. 1|0:85,17:102:99:.:.:163,0,2179:. 0|0:251,0:251:0:.:.:0,0,3942:. 0|0:129,0:129:0:.:.:0,0,573:. 1|1:0,74:74:99:1|1:532432_T_C:3196,227,0:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,1369:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,894:. 0|1:34,149:183:99:.:.:3366,0,417:. 0|0:173,0:173:0:.:.:0,0,1536:. 0|0:169,0:169:0:.:.:0,0,507:. 1|1:0,112:112:99:1|1:532418_A_ATAATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:4722,338,0:. 0|1:80,32:112:99:.:.:458,0,2004:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:15,50:65:99:.:.:1276,0,211:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,983:. 0|1:34,28:62:99:0|1:532432_T_C:561,0,880:. 0|0:131,0:131:0:.:.:0,0,94:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,703:. 1|1:6,114:120:99:.:.:2746,167,0:. 1|1:4,81:85:99:.:.:1995,125,0:. 1|1:0,189:189:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:8032,575,0:. 0|1:94,65:159:99:0|1:532447_A_G:2184,0,3322:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2501,279,0:. 1|0:31,52:83:99:.:.:1127,0,672:. 1|0:166,56:222:99:.:.:739,0,4021:. 0|0:90,9:99:73:.:.:0,73,2310:. 0|1:75,16:91:99:.:.:147,0,1786:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,823:. 1|0:47,12:59:99:.:.:146,0,1184:. 1|0:56,44:100:99:.:.:834,0,1378:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,1159:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,688:. 0|1:16,50:66:70:.:.:1259,0,70:. 1|1:0,62:62:99:1|1:532418_A_ATAATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:2784,192,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:532418_A_ATAATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:3108,225,0:. 1|0:67,48:115:99:0|1:532357_G_T:988,0,1618:. 0|0:228,0:228:0:.:.:0,0,2653:. 0|0:114,0:114:0:.:.:0,0,1133:. 1|1:0,114:114:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:4789,343,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:532418_A_ATAATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:2313,173,0:. 0|0:244,0:244:0:.:.:0,0,1460:. 1|1:0,52:52:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:2181,155,0:. 0|1:106,15:121:76:.:.:76,0,2676:. 0|0:139,0:139:0:.:.:0,0,1589:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,330:. 1|1:0,77:77:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:3480,219,0:. 0|1:123,37:160:99:.:.:479,0,3216:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,233:. 0|1:5,9:14:99:.:.:196,0,116:. 0|1:117,27:144:99:.:.:286,0,2875:. 0|1:110,35:145:99:.:.:500,0,2642:. 0|1:79,73:152:99:.:.:1535,0,1670:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,977:. 0|0:208,0:208:0:.:.:0,0,1070:. 0|0:154,0:154:0:.:.:0,0,1418:. 0|0:244,0:244:0:.:.:0,0,2349:. 0|1:35,9:44:99:.:.:109,0,850:. 1|1:0,39:39:99:1|1:532397_G_GTGAATATGATATGAATGAATATGATATGAA:1610,116,0:. 1|1:4,85:89:99:.:.:2211,158,0:. 1|1:29,249:278:99:.:.:6288,120,0:. 1|0:40,82:122:99:.:.:1784,0,801:. 0|0:282,0:282:0:.:.:0,0,890:. 1|1:0,13:13:38:.:.:303,38,0:. 1|1:0,33:33:97:.:.:873,97,0:. 1|0:118,40:158:99:.:.:577,0,2786:. 0|1:33,82:115:99:.:.:1835,0,673:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1510:. 0|0:167,0:167:0:.:.:0,0,705:. 0|0:153,0:153:0:.:.:0,0,1857:. 0|1:5,15:20:72:.:.:353,0,72:. 1|0:26,26:52:99:.:.:514,0,596:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,69:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2860,312,0:. 0|0:26,2:28:27:.:.:0,27,746:. 1|1:0,172:172:99:.:.:5943,517,0:. 1|1:0,118:118:99:.:.:4091,354,0:. 1|1:13,198:211:99:.:.:5770,196,0:. 1|1:0,200:200:99:1|1:532397_G_GTGAATATGATATGAATGAATATGATATGAA:8736,608,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:222,0:222:0:.:.:0,0,4224:. 0|0:299,0:299:0:.:.:0,0,2609:. 1|1:1,146:147:99:1|1:532418_A_ATAATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:6311,413,0:. 0|0:393,0:393:0:.:.:0,0,2606:. 0|0:258,0:258:0:.:.:0,0,1835:. 0|0:301,0:301:0:.:.:0,0,5422:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,636:. 0|0:393,0:393:0:.:.:0,0,3120:. 0|0:264,0:264:0:.:.:0,0,1552:. 1|1:0,227:227:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:9811,683,0:. 0|0:407,0:407:0:.:.:0,0,4384:. 0|0:409,0:409:0:.:.:0,0,2577:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:2,215:217:99:.:.:7263,584,0:. 0|0:309,0:309:0:.:.:0,0,2405:. 1|1:0,214:214:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:9809,662,0:. 1|1:1,131:132:99:.:.:4303,356,0:. 1|1:11,186:197:99:.:.:5987,236,0:. 0|0:445,0:445:0:.:.:0,0,3685:. 1|0:125,81:206:99:0|1:532397_G_GTGAATATGATATGAATGAATATGATATGAA:2832,0,5017:. 0|0:154,0:154:0:.:.:0,0,2165:. 0|0:164,0:164:0:.:.:0,0,1355:. 0|0:222,0:222:0:.:.:0,0,5545:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1574,152,0:. 1|1:9,108:117:85:.:.:3290,85,0:. 0|0:190,0:190:0:.:.:0,0,1856:. 1|1:2,111:113:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:4825,268,0:. 0|0:326,0:326:0:.:.:0,0,2821:. 1|1:0,256:256:99:1|1:532397_G_GTGAATATGATATGAATGAATATGATATGAA:10779,788,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:532418_A_ATAATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:4552,315,0:. 0|0:298,0:298:0:.:.:0,0,1228:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:10912,773,0:. 0|0:1163,0:1163:0:.:.:0,0,5525:. 1|1:0,794:794:99:1|1:532418_A_ATAATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:34409,2429,0:. 1|1:0,694:694:99:1|1:532418_A_ATAATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:30147,2116,0:. 0|0:159,0:159:0:.:.:0,0,1444:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,194:. 1|1:3,117:120:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:5048,283,0:. 1|1:9,96:105:16:.:.:2821,16,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,155:168:95:.:.:4307,0,95:. 1|1:0,247:247:99:1|1:532432_T_C:10698,755,0:. 1|1:1,259:260:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:11253,750,0:. 1|1:1,550:551:99:1|1:532432_T_C:23890,1621,0:. 1|0:137,119:256:99:.:.:3022,0,3518:. 0|0:730,0:730:0:.:.:0,0,4742:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1996,184,0:. 0|0:780,0:780:0:.:.:0,0,4115:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1195:. 1|1:0,294:294:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:12675,900,0:. 0|0:307,0:307:0:.:.:0,0,1471:. 1|1:0,205:205:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:8625,618,0:. 1|1:2,244:246:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:10456,671,0:. 1|0:200,22:222:41:.:.:41,0,6380:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7337,683,0:. 1|1:0,236:236:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:10403,727,0:. 1|1:17,223:240:99:.:.:6544,229,0:. 0|0:320,0:320:0:.:.:0,0,3202:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,132:134:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:5781,324,0:. 0|1:185,215:400:99:0|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:8491,0,7046:. 0|1:10,51:61:99:.:.:1436,0,154:. 1|1:0,294:294:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:12499,891,0:. 1|1:0,283:283:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:12238,857,0:. 0|0:369,0:369:0:.:.:0,0,2321:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:1|1:532397_G_GTGAATATGATATGAATGAATATGATATGAATGAATATGATATGAA:7733,557,0:. 1|1:3,270:273:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:11723,721,0:. 1|0:202,92:294:99:.:.:2183,0,5593:. 1|0:33,158:191:99:.:.:4290,0,569:. 1|1:11,217:228:99:.:.:6886,351,0:. 1|1:7,239:246:99:.:.:7355,525,0:. 0|0:306,0:306:0:.:.:0,0,1888:. 0|0:153,0:153:0:.:.:0,0,1343:. 1|0:39,176:215:99:.:.:5055,0,517:. 0|1:9,80:89:18:.:.:2137,0,18:. 0|0:297,0:297:0:.:.:0,0,7260:. 0|0:764,0:764:0:.:.:0,0,3210:. 0|1:81,98:179:99:.:.:2765,0,2077:. 1|0:207,292:499:99:.:.:7562,0,5608:. 0|0:332,0:332:0:.:.:0,0,3044:. 1|1:5,251:256:99:.:.:7510,636,0:. 0|1:47,199:246:99:.:.:5618,0,782:. 1|1:0,254:254:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:10864,774,0:. 1|0:44,112:156:99:.:.:3055,0,994:. 1|1:0,227:227:99:.:.:10571,719,0:. 1|1:7,133:140:99:.:.:3798,142,0:. 0|0:185,16:201:79:.:.:0,79,6216:. 1|0:6,43:49:57:.:.:1084,0,57:. 0|1:51,226:277:99:.:.:6074,0,924:. 0|0:793,0:793:0:.:.:0,0,4461:. 1|1:0,257:257:99:1|1:532432_T_C:11159,786,0:. 1|1:0,250:250:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:11104,771,0:. 1|1:9,429:438:99:.:.:13003,1016,0:. 1|0:60,57:117:99:.:.:1462,0,1955:. 1|1:21,210:231:83:.:.:6259,83,0:. 0|1:202,31:233:99:.:.:268,0,6056:. 0|0:535,0:535:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:149,23:172:91:.:.:91,0,4319:. 1|0:213,236:449:99:.:.:6106,0,6428:. 0|0:848,0:848:0:.:.:0,0,5042:. 0|0:787,0:787:0:.:.:0,0,3883:. 1|0:38,59:97:99:.:.:1685,0,899:. 0|0:501,0:501:0:.:.:0,0,8748:. 1|1:1,386:387:99:.:.:11755,1109,0:. 0|0:244,0:244:5:.:.:0,5,7016:. 0|0:807,0:807:0:.:.:0,0,11933:. 1|1:0,84:84:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:3617,258,0:. 0|0:169,0:169:0:.:.:0,0,3472:. 0|0:169,0:169:0:.:.:0,0,1711:. 1|1:0,180:180:99:1|1:532418_A_ATAATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:7870,550,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:532432_T_C:9264,644,0:. 0|0:230,0:230:0:.:.:0,0,2969:. 1|0:43,141:184:99:.:.:3695,0,752:. 0|0:293,0:293:0:.:.:0,0,1583:. 0|0:297,0:297:0:.:.:0,0,2441:. 0|0:315,0:315:0:.:.:0,0,1854:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,1745:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,84:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,211:212:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:9372,618,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:6167,415,0:. 0|0:328,0:328:0:.:.:0,0,3054:. 0|0:351,0:351:0:.:.:0,0,5647:. 1|1:0,291:291:99:1|1:532407_C_T:12447,882,0:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,757:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3316,300,0:. 1|1:0,109:109:99:1|1:532407_C_T:4885,343,0:. 0|1:48,12:60:99:.:.:242,0,1370:. 1|1:0,15:15:45:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:629,45,0:. 1|1:0,289:289:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:12447,875,0:. 1|1:0,287:287:99:1|1:532432_T_C:12422,876,0:. 1|1:0,275:275:99:1|1:532432_T_C:11971,845,0:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,174:. 0|0:312,0:312:0:.:.:0,0,581:. 1|1:0,258:258:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:11432,799,0:. 0|0:206,0:206:0:.:.:0,0,1228:. 1|1:0,229:229:99:.:.:9668,688,0:. 1|1:0,237:237:99:1|1:532432_T_C:10371,721,0:. 0|0:284,0:284:0:.:.:0,0,1938:. 0|0:403,0:403:0:.:.:0,0,2738:. 0|0:295,0:295:0:.:.:0,0,2615:. 1|1:0,215:215:99:1|1:532397_G_GTGAATATGATATGAATGAATATGATATGAA:9183,647,0:. 0|0:677,0:677:0:.:.:0,0,11893:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,398:. 0|0:444,0:444:0:.:.:0,0,4625:. 0|0:918,0:918:0:.:.:0,0,6722:. 0|1:37,162:199:99:.:.:4585,0,638:. 0|0:397,0:397:0:.:.:0,0,1540:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,359:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,406:. 1|1:9,341:350:99:1|1:532418_A_ATGATATGAATGAACATAATATGAATGAATT:14495,683,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4591,406,0:. Pf3D7_01_v3 532521 . G A 1.87854e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=30.84;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1716;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaG/gaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.634;VQSLOD=7.92;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.98;GC=33.33;GQ_MEAN=137.6;GQ_STDDEV=138.26;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7032;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.097;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=16243892;AF=0.539;AS_InbreedingCoeff=0.4551;MLEAC=2840;MLEAF=0.541;AN=858;AC=401 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:8,29:37:99:.:.:807,0,122:. 1|1:0,44:44:99:1|1:532521_G_A:1885,135,0:. 1|0:39,7:46:99:0|1:532521_G_A:199,0,1647:. 1|0:21,38:59:99:0|1:532521_G_A:1485,0,738:. 0|0:19,0:19:24:.:.:0,24,452:. 0|1:6,32:38:40:.:.:912,0,40:. 1|1:0,22:22:66:1|1:532521_G_A:978,66,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:532521_G_A:2939,205,0:. 1|1:0,24:24:72:1|1:532521_G_A:1023,72,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:532521_G_A:1481,102,0:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1888,183,0:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,969:. 0|1:11,18:29:99:0|1:532521_G_A:738,0,405:. 1|1:0,22:22:66:1|1:532521_G_A:898,66,0:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,214:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,717:. 1|1:0,19:19:57:.:.:604,57,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1168:. 1|1:0,69:69:99:1|1:532521_G_A:3001,211,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:532521_G_A:2556,180,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1242:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:73,30:103:99:.:.:1041,0,2978:. 0|1:10,3:13:96:0|1:532521_G_A:96,0,404:. 0|0:10,0:10:19:.:.:0,19,237:. 1|1:0,58:58:99:1|1:532521_G_A:2584,184,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1788:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:0,99:99:99:1|1:532521_G_A:4327,307,0:. 1|0:19,42:61:99:.:.:1675,0,656:. 1|0:104,247:351:99:.:.:9892,0,3407:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:71,48:119:99:.:.:1646,0,2936:. 1|1:1,99:100:99:1|1:532521_G_A:4297,277,0:. 0|1:52,11:63:99:.:.:140,0,1181:. 1|0:53,18:71:99:0|1:532521_G_A:621,0,2109:. 1|1:0,60:60:99:1|1:532521_G_A:2641,184,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,94:131:99:.:.:3617,0,1178:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,93:107:59:.:.:3303,0,59:. 1|0:60,36:96:99:.:.:1179,0,2248:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1413:. 1|1:0,102:102:99:1|1:532521_G_A:4536,310,0:. 0|1:64,14:78:99:0|1:532521_G_A:230,0,2466:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:19,15:34:99:0|1:532521_G_A:558,0,733:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3272,324,0:. 0|1:173,66:239:99:0|1:532521_G_A:2210,0,6860:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4165,423,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:532521_G_A:3321,232,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:30,54:84:99:0|1:532521_G_A:2042,0,1058:. 0|1:16,62:78:99:.:.:2496,0,439:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,77:113:99:.:.:1887,0,1185:. 1|1:0,172:172:99:1|1:532521_G_A:7547,529,0:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:74,32:106:99:0|1:532521_G_A:1113,0,2825:. 1|0:30,110:140:99:.:.:4353,0,866:. 0|1:28,84:112:99:.:.:2187,0,464:. 1|1:0,63:63:99:1|1:532521_G_A:2805,190,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,40:40:99:1|1:532521_G_A:1754,120,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:111,0:111:86:.:.:0,86,2619:. 1|1:1,111:112:99:1|1:532521_G_A:4896,307,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:111,71:182:99:.:.:2622,0,4348:. 0|1:34,101:135:99:0|1:532521_G_A:4026,0,1055:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:85,0:85:7:.:.:0,7,1840:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:93,59:152:99:.:.:2212,0,3602:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,170:175:99:1|1:532521_G_A:7345,311,0:. 1|0:9,56:65:24:.:.:1511,0,24:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:1|1:532521_G_A:6245,436,0:. 1|1:0,140:140:99:1|1:532521_G_A:6183,427,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:22:.:.:0,22,2132:. 1|0:48,28:76:99:0|1:532521_G_A:1018,0,1849:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,52:199:99:0|1:532521_G_A:1690,0,5805:. 0|1:83,97:180:99:.:.:3700,0,3036:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,237:239:99:1|1:532521_G_A:10125,652,0:. 1|1:0,157:157:99:1|1:532521_G_A:6949,482,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:111,12:123:78:0|1:532521_G_A:78,0,4406:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,154:180:99:0|1:532521_G_A:6198,0,611:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,150:212:99:.:.:5953,0,1010:. 1|1:0,202:202:99:1|1:532521_G_A:8974,623,0:. 1|1:12,186:198:81:1|1:532521_G_A:7813,81,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,203:203:99:1|1:532521_G_A:9050,626,0:. 1|1:0,216:216:99:1|1:532521_G_A:9500,662,0:. 0|1:60,102:162:99:.:.:4000,0,2093:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,36:141:99:0|1:532521_G_A:1179,0,4120:. 1|1:0,242:242:99:1|1:532521_G_A:10893,743,0:. 0|0:140,0:140:53:.:.:0,53,3224:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,106,1710:. 1|0:168,21:189:99:0|1:532521_G_A:359,0,6857:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:1|1:532521_G_A:7680,524,0:. 1|1:1,181:182:99:.:.:5330,519,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:74,131:205:99:0|1:532521_G_A:5161,0,2668:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:9,115:124:4:0|1:532521_G_A:4753,0,4:. 1|0:12,71:83:78:.:.:1823,0,78:. 1|0:37,179:216:99:0|1:532521_G_A:7154,0,932:. 1|1:0,226:226:99:.:.:9735,683,0:. 0|1:149,31:180:99:0|1:532521_G_A:775,0,6015:. 1|1:0,261:261:99:1|1:532521_G_A:11375,797,0:. 0|1:111,32:143:99:.:.:935,0,4399:. 1|0:52,125:177:99:0|1:532521_G_A:4948,0,1698:. 0|1:73,162:235:99:0|1:532521_G_A:6442,0,2351:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:532521_G_A:7951,569,0:. 1|1:0,237:237:99:1|1:532521_G_A:10359,713,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,51:178:99:.:.:1656,0,5013:. 1|0:188,26:214:99:.:.:261,0,7607:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,105:105:99:1|1:532521_G_A:4632,325,0:. 1|0:19,105:124:99:0|1:532521_G_A:4210,0,459:. 1|1:0,112:112:99:1|1:532521_G_A:4934,337,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:532521_G_A:3603,250,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:41,38:79:99:.:.:1347,0,986:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:42,51:93:99:.:.:1993,0,1592:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,129:132:99:1|1:532521_G_A:5553,271,0:. 1|1:0,146:146:99:1|1:532521_G_A:6473,439,0:. 1|1:0,147:147:99:1|1:532521_G_A:6698,452,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3212,325,0:. 0|1:75,90:165:99:0|1:532521_G_A:3436,0,2729:. 0|0:110,0:110:34:.:.:0,34,2458:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,103:205:99:0|1:532521_G_A:3938,0,3847:. 1|0:138,34:172:99:0|1:532357_G_T:931,0,5627:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,9:9:30:1|1:532521_G_A:401,30,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,105:105:99:1|1:532521_G_A:4646,322,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:532521_G_A:3655,250,0:. 1|0:27,53:80:99:.:.:2056,0,1073:. 1|1:0,163:163:99:1|1:532521_G_A:7200,497,0:. 0|1:77,70:147:99:0|1:532521_G_A:2668,0,2915:. 1|1:4,117:121:99:.:.:3311,198,0:. 1|0:18,102:120:99:.:.:2735,0,121:. 1|1:1,120:121:99:1|1:532521_G_A:5225,322,0:. 1|1:2,80:82:99:1|1:532521_G_A:3430,156,0:. 0|1:57,12:69:99:0|1:532521_G_A:324,0,2318:. 0|1:47,68:115:99:.:.:1686,0,963:. 0|1:113,20:133:99:.:.:370,0,2989:. 1|0:163,29:192:99:0|1:532521_G_A:706,0,6437:. 0|1:79,28:107:99:0|1:532521_G_A:937,0,3108:. 1|1:5,122:127:99:1|1:532521_G_A:5136,171,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:532521_G_A:3534,247,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,90:152:99:.:.:2266,0,1274:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,137:137:99:1|1:532521_G_A:6002,421,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,235:235:99:1|1:532521_G_A:10421,710,0:. 1|1:0,120:120:99:1|1:532521_G_A:5362,367,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:532521_G_A:3499,244,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,50:138:99:0|1:532521_G_A:1727,0,3320:. 1|1:6,135:141:99:1|1:532521_G_A:5764,196,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,115:149:99:.:.:4251,0,1274:. 1|0:108,22:130:99:0|1:532521_G_A:584,0,4328:. 1|0:56,16:72:99:.:.:461,0,2286:. 1|1:0,59:59:99:1|1:532521_G_A:2714,193,0:. 1|0:25,36:61:99:0|1:532432_T_C:1152,0,510:. 1|1:3,122:125:99:.:.:4944,304,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:532521_G_A:4378,301,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:532521_G_A:6056,415,0:. 0|0:77,0:77:79:.:.:0,79,1847:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,18:71:99:0|1:532521_G_A:562,0,2053:. 0|1:51,206:257:99:.:.:8107,0,692:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:28,64:92:99:.:.:2376,0,519:. 1|1:0,62:62:99:1|1:532521_G_A:2693,187,0:. 0|1:6,58:64:67:0|1:532521_G_A:2346,0,67:. 0|1:53,73:126:99:.:.:2885,0,1982:. 1|1:3,61:64:67:1|1:532521_G_A:2605,67,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:532521_G_A:3226,220,0:. 1|0:33,36:69:99:.:.:1267,0,799:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:65,47:112:99:0|1:532357_G_T:1562,0,1533:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:34:.:.:0,34,2095:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,179:179:99:1|1:532521_G_A:7902,546,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1483,150,0:. 1|0:14,102:116:99:0|1:532521_G_A:4150,0,269:. 1|1:0,104:104:99:1|1:532521_G_A:4601,319,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:532521_G_A:2588,178,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:87,80:167:99:0|1:532521_G_A:2984,0,3268:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2730,254,0:. 1|0:7,2:9:34:.:.:34,0,173:. 1|0:40,140:180:99:0|1:532521_G_A:5562,0,1064:. 1|0:32,109:141:99:.:.:3475,0,462:. 1|0:84,88:172:99:.:.:3309,0,3134:. 1|1:0,99:99:99:1|1:532521_G_A:4382,303,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4366,441,0:. 1|1:0,138:138:99:1|1:532521_G_A:6195,430,0:. 1|1:2,214:216:99:1|1:532521_G_A:9231,583,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:2528,181,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:58,232:290:99:.:.:6421,0,727:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,187:187:99:1|1:532521_G_A:8283,569,0:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,276:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1183:. 0|1:34,122:156:99:0|1:532521_G_A:4934,0,992:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2773:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2315,228,0:. 1|1:6,120:126:99:1|1:532521_G_A:4945,134,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:532521_G_A:4858,337,0:. 1|0:15,7:22:99:.:.:192,0,307:. 0|1:18,36:54:99:0|1:532521_G_A:1428,0,615:. 1|1:0,35:35:99:1|1:532521_G_A:1518,108,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,35:36:63:1|1:532521_G_A:1491,63,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:.:.:8019,668,0:. 1|1:0,211:211:99:.:.:7644,634,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:114,120:234:99:0|1:532521_G_A:4558,0,4273:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:3,267:270:99:.:.:11677,701,0:. 1|1:0,206:206:99:1|1:532521_G_A:9160,623,0:. 1|1:0,264:264:99:1|1:532521_G_A:11679,810,0:. 1|1:0,38:38:99:1|1:532521_G_A:1658,117,0:. 1|1:0,278:278:99:1|1:532521_G_A:12192,845,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:532521_G_A:10435,713,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,270:270:99:1|1:532521_G_A:12126,831,0:. 1|1:2,251:253:99:1|1:532521_G_A:11062,686,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:532521_G_A:9098,626,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:62,146:208:99:.:.:4782,0,1501:. 1|1:0,281:281:99:1|1:532521_G_A:12379,849,0:. 0|1:162,33:195:99:0|1:532521_G_A:908,0,6691:. 1|1:0,113:113:99:1|1:532521_G_A:5046,350,0:. 1|1:0,108:108:99:1|1:532521_G_A:4871,334,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1435:. 1|0:119,16:135:99:0|1:532521_G_A:277,0,4922:. 1|1:0,162:162:99:1|1:532521_G_A:7242,497,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8777,725,0:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:532521_G_A:8342,575,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,255:256:99:.:.:8949,734,0:. 1|1:0,796:796:99:1|1:532521_G_A:35478,2432,0:. 0|0:748,0:748:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:632,0:632:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:532521_G_A:3359,235,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:532521_G_A:2181,147,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,120:123:99:.:.:4170,270,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:549,0:549:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:149,138:287:99:.:.:3877,0,4060:. 1|1:0,401:401:99:1|1:532521_G_A:17740,1219,0:. 1|1:0,156:156:99:1|1:532521_G_A:6952,484,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,371:372:99:1|1:532521_G_A:16426,1085,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:532521_G_A:2767,187,0:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:180,51:231:99:0|1:532521_G_A:1508,0,7252:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7573,646,0:. 1|1:2,262:264:99:.:.:9015,725,0:. 0|1:31,216:247:99:.:.:8711,0,317:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,259:277:99:.:.:8489,214,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:10784,752,0:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:207,176:383:99:.:.:4847,0,5459:. 1|0:53,17:70:99:0|1:532521_G_A:499,0,2190:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,288:288:99:1|1:532521_G_A:12878,888,0:. 1|1:0,287:287:99:1|1:532521_G_A:12725,879,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,99,1800:. 0|1:59,222:281:99:.:.:6867,0,1102:. 0|1:116,201:317:99:0|1:532521_G_A:7964,0,4070:. 0|1:145,26:171:99:0|1:532521_G_A:620,0,5922:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,81:84:99:.:.:3484,181,0:. 0|1:182,41:223:99:0|1:532521_G_A:1127,0,7357:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,2397:. 1|0:20,264:284:15:0|1:532521_G_A:11020,0,15:. 1|1:3,374:377:99:1|1:532521_G_A:16693,1016,0:. 1|0:117,66:183:99:.:.:2333,0,4627:. 0|0:499,0:499:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:211,39:250:99:0|1:532521_G_A:896,0,8561:. 1|1:0,238:238:99:.:.:8002,716,0:. 1|0:199,46:245:99:0|1:532521_G_A:1258,0,7972:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,43:159:99:0|1:532521_G_A:1348,0,4596:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,204:210:99:.:.:8835,420,0:. 0|1:48,7:55:99:0|1:532521_G_A:138,0,1911:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,385:389:99:1|1:532521_G_A:16859,971,0:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,48:107:99:0|1:532521_G_A:1863,0,2236:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:535,0:535:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,187:213:99:0|1:532521_G_A:7634,0,486:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,519:524:99:1|1:532521_G_A:22952,1379,0:. 0|1:57,38:95:99:.:.:1396,0,2282:. 1|1:2,459:461:99:1|1:532521_G_A:20376,1342,0:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,498:498:99:1|1:532521_G_A:22316,1523,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2826,247,0:. 0|1:91,70:161:99:0|1:532521_G_A:2616,0,3574:. 1|1:0,146:146:99:1|1:532521_G_A:6439,448,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:1|1:532521_G_A:7584,530,0:. 0|1:139,49:188:99:0|1:532521_G_A:1605,0,5559:. 1|1:0,202:202:99:1|1:532521_G_A:9022,620,0:. 1|1:0,245:245:99:1|1:532521_G_A:10989,752,0:. 1|1:1,243:244:99:1|1:532521_G_A:10824,726,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:532521_G_A:3442,235,0:. 1|1:0,64:64:99:1|1:532521_G_A:2860,199,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,241:244:99:.:.:8249,648,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,269:269:99:1|1:532521_G_A:11893,819,0:. 1|1:0,312:312:99:1|1:532521_G_A:13769,948,0:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:532521_G_A:3516,241,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:75:1|1:532521_G_A:1053,75,0:. 1|1:0,220:220:99:1|1:532521_G_A:9981,689,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:5065,445,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,188:222:99:0|1:532521_G_A:7849,0,846:. 1|1:0,293:293:99:1|1:532521_G_A:12927,897,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8490,724,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:249,325:574:99:0|1:532521_G_A:12816,0,9346:. 1|0:60,24:84:99:0|1:532521_G_A:808,0,2363:. 0|1:191,168:359:99:0|1:532521_G_A:6309,0,7263:. 1|1:0,673:673:99:1|1:532521_G_A:29960,2059,0:. 1|0:179,50:229:99:0|1:532521_G_A:1590,0,7243:. 1|1:0,275:275:99:1|1:532521_G_A:12348,852,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:532521_G_A:2642,184,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:532521_G_A:1491,102,0:. 1|1:8,344:352:99:.:.:11680,783,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 532530 . G A 1.47854e+07 PASS FS=0.696;MQ=60.14;QD=30.41;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T1719;SNPEFF_CODON_CHANGE=acG/acA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.616;VQSLOD=5.58;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.987;GC=42.86;GQ_MEAN=135.78;GQ_STDDEV=120.66;HRun=4;InbreedingCoeff=0.712;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.131;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16175726;AF=0.401;AS_InbreedingCoeff=0.4637;MLEAC=2117;MLEAF=0.403;AN=858;AC=336 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,38:38:99:1|1:532521_G_A:1706,120,0:. 1|0:48,8:56:99:0|1:532521_G_A:179,0,1796:. 1|0:21,39:60:99:0|1:532521_G_A:1466,0,736:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:0,23:23:69:1|1:532521_G_A:1002,69,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:532521_G_A:2987,208,0:. 1|1:0,28:28:84:1|1:532521_G_A:1146,84,0:. 1|1:0,31:31:93:1|1:532521_G_A:1378,93,0:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:13,18:31:99:0|1:532521_G_A:701,0,455:. 1|1:0,18:18:57:1|1:532521_G_A:802,57,0:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,388:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,230:. 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,685:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,67:67:99:1|1:532521_G_A:2990,211,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:532521_G_A:2592,183,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1242:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,875:. 1|0:81,33:114:99:.:.:1074,0,3120:. 0|1:11,4:15:99:0|1:532521_G_A:121,0,425:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,58:58:99:1|1:532521_G_A:2529,178,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1788:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:532521_G_A:4388,313,0:. 1|0:20,38:58:99:.:.:1469,0,705:. 1|0:104,248:352:99:.:.:9804,0,3527:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:83,42:125:99:.:.:1559,0,3039:. 1|1:0,97:97:99:1|1:532521_G_A:4319,301,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:56,20:76:99:0|1:532521_G_A:619,0,2156:. 1|1:0,59:59:99:1|1:532521_G_A:2583,178,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,87:122:99:.:.:3502,0,1201:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,65:102:99:.:.:1633,0,893:. 1|0:58,40:98:99:.:.:1238,0,2293:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1413:. 1|1:0,107:107:99:1|1:532521_G_A:4708,328,0:. 0|1:63,13:76:99:0|1:532521_G_A:222,0,2599:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:19,14:33:99:0|1:532521_G_A:558,0,736:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:173,67:240:99:0|1:532521_G_A:2204,0,6760:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:1|1:532521_G_A:3238,223,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:31,50:81:99:0|1:532521_G_A:1928,0,1091:. 0|1:18,66:84:99:.:.:2632,0,470:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,87:120:99:.:.:3256,0,883:. 1|1:0,177:177:99:1|1:532521_G_A:7726,545,0:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:72,32:104:99:0|1:532521_G_A:1111,0,2838:. 1|0:32,108:140:99:.:.:4348,0,918:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:532521_G_A:2938,205,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:1|1:532521_G_A:1830,129,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:113,0:113:2:.:.:0,2,2415:. 1|1:1,111:112:99:1|1:532521_G_A:4832,301,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:115,76:191:99:.:.:2716,0,4415:. 0|1:33,99:132:99:0|1:532521_G_A:3953,0,1041:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1786:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:93,64:157:99:.:.:2289,0,3543:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,168:173:99:1|1:532521_G_A:7245,299,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:532521_G_A:6144,424,0:. 1|1:0,145:145:99:1|1:532521_G_A:6310,439,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:22:.:.:0,22,2264:. 1|0:48,29:77:99:0|1:532521_G_A:1035,0,1813:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,50:201:99:0|1:532521_G_A:1662,0,5797:. 0|1:79,93:172:99:.:.:3584,0,3067:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,226:227:99:1|1:532521_G_A:9951,647,0:. 1|1:0,170:170:99:1|1:532521_G_A:7287,515,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:107,13:120:99:0|1:532521_G_A:113,0,4286:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,153:179:99:0|1:532521_G_A:6275,0,604:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5848,586,0:. 1|0:65,149:214:99:.:.:3862,0,2101:. 1|1:0,208:208:99:1|1:532521_G_A:9163,644,0:. 1|1:12,199:211:99:1|1:532521_G_A:8173,120,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,206:206:99:1|1:532521_G_A:9066,629,0:. 1|1:0,210:210:99:1|1:532521_G_A:9455,656,0:. 0|1:60,111:171:99:.:.:4225,0,2089:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,37:142:99:0|1:532521_G_A:1138,0,4130:. 1|1:0,257:257:99:1|1:532521_G_A:11276,782,0:. 0|0:143,0:143:88:.:.:0,88,3215:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,106,1710:. 1|0:176,22:198:99:0|1:532521_G_A:355,0,7056:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:1|1:532521_G_A:7823,541,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:74,136:210:99:0|1:532521_G_A:5288,0,2648:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:8,125:133:21:1|1:532521_G_A:5000,21,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:36,167:203:99:0|1:532521_G_A:6866,0,947:. 0|1:28,198:226:87:.:.:5249,0,87:. 0|1:158,29:187:99:0|1:532521_G_A:701,0,6178:. 1|1:0,254:254:99:1|1:532521_G_A:11162,773,0:. 0|1:115,29:144:99:.:.:860,0,4583:. 1|0:50,122:172:99:0|1:532521_G_A:4875,0,1680:. 0|1:68,170:238:99:0|1:532521_G_A:6636,0,2274:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:1|1:532521_G_A:7697,545,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:532521_G_A:10420,719,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:127,49:176:99:.:.:1634,0,5084:. 1|0:183,25:208:99:.:.:314,0,7435:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:532521_G_A:4776,337,0:. 1|0:21,103:124:99:0|1:532521_G_A:4149,0,513:. 1|1:0,112:112:99:1|1:532521_G_A:5081,352,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:532521_G_A:3571,244,0:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:51,32:83:99:.:.:711,0,1832:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:44,52:96:99:.:.:1979,0,1622:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,125:129:99:1|1:532521_G_A:5380,234,0:. 1|1:0,151:151:99:1|1:532521_G_A:6663,460,0:. 1|1:0,158:158:99:1|1:532521_G_A:6870,478,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,93:166:99:0|1:532521_G_A:3570,0,2698:. 0|0:115,0:115:2:.:.:0,2,2417:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,106:208:99:0|1:532521_G_A:3987,0,3873:. 1|0:138,38:176:99:0|1:532357_G_T:1026,0,5542:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,8:8:24:1|1:532521_G_A:340,24,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,104:104:99:1|1:532521_G_A:4647,322,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:532521_G_A:3795,265,0:. 1|0:33,55:88:99:.:.:2136,0,1213:. 1|1:0,160:160:99:1|1:532521_G_A:7166,491,0:. 0|1:85,70:155:99:0|1:532521_G_A:2632,0,3090:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,121:122:99:1|1:532521_G_A:5358,334,0:. 1|1:2,80:82:99:1|1:532521_G_A:3481,162,0:. 0|1:61,14:75:99:0|1:532521_G_A:364,0,2390:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:129,11:140:16:.:.:0,16,5159:. 1|0:149,36:185:99:0|1:532521_G_A:891,0,6171:. 0|1:78,27:105:99:0|1:532521_G_A:876,0,3158:. 1|1:5,120:125:99:1|1:532521_G_A:5026,159,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:532521_G_A:3619,256,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,137:137:99:1|1:532521_G_A:6022,424,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,243:243:99:1|1:532521_G_A:10674,734,0:. 1|1:0,123:123:99:1|1:532521_G_A:5461,379,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:532521_G_A:3476,241,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,46:132:99:0|1:532521_G_A:1649,0,3357:. 1|1:5,146:151:99:1|1:532521_G_A:6092,250,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,113:154:99:.:.:4104,0,1336:. 1|0:109,21:130:99:0|1:532521_G_A:536,0,4656:. 1|0:63,18:81:99:.:.:498,0,2390:. 1|1:0,61:61:99:1|1:532521_G_A:2681,190,0:. 1|0:41,20:61:99:0|1:532432_T_C:418,0,1338:. 0|1:21,103:124:99:.:.:2708,0,145:. 1|1:0,101:101:99:1|1:532521_G_A:4399,304,0:. 1|1:0,143:143:99:1|1:532521_G_A:6288,439,0:. 0|0:82,0:82:63:.:.:0,63,1816:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,18:70:99:0|1:532521_G_A:563,0,2056:. 0|1:56,196:252:99:.:.:4981,0,1513:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:38,58:96:99:.:.:1477,0,1196:. 1|1:0,63:63:99:1|1:532521_G_A:2746,193,0:. 0|1:8,55:63:99:0|1:532521_G_A:2254,0,127:. 0|1:56,75:131:99:.:.:2904,0,2043:. 1|1:4,63:67:48:1|1:532521_G_A:2598,48,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:532521_G_A:3450,244,0:. 1|0:42,28:70:99:.:.:826,0,1505:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:69,36:105:99:0|1:532357_G_T:775,0,2575:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:36:.:.:0,36,2066:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,189:189:99:1|1:532521_G_A:8202,579,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1271:. 1|0:19,98:117:99:0|1:532521_G_A:3989,0,381:. 1|1:0,111:111:99:1|1:532521_G_A:4800,340,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:532521_G_A:2607,181,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:92,80:172:99:0|1:532521_G_A:3043,0,3563:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,124:. 1|0:44,144:188:99:0|1:532521_G_A:5627,0,1143:. 1|0:86,49:135:99:.:.:1103,0,2483:. 1|0:81,91:172:99:.:.:3364,0,2996:. 1|1:0,102:102:99:1|1:532521_G_A:4465,312,0:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,147:147:99:1|1:532521_G_A:6362,448,0:. 1|1:1,211:212:99:1|1:532521_G_A:9208,599,0:. 1|0:13,46:59:99:.:.:1209,0,171:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:262,29:291:43:.:.:0,43,7295:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,191:191:99:1|1:532521_G_A:8437,584,0:. 0|0:14,0:14:11:.:.:0,11,309:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1183:. 0|1:34,128:162:99:0|1:532521_G_A:5114,0,1019:. 1|0:48,78:126:99:.:.:2014,0,905:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,120:125:99:1|1:532521_G_A:4982,137,0:. 1|1:0,111:111:99:1|1:532521_G_A:4860,337,0:. 1|0:19,4:23:37:.:.:37,0,647:. 0|1:17,36:53:99:0|1:532521_G_A:1422,0,589:. 1|1:0,31:31:96:1|1:532521_G_A:1409,96,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,35:37:43:1|1:532521_G_A:1504,43,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:113,116:229:99:0|1:532521_G_A:4544,0,4349:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:21,246:267:63:.:.:8034,63,0:. 1|1:0,200:200:99:1|1:532521_G_A:8994,608,0:. 1|1:0,248:248:99:1|1:532521_G_A:11203,770,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:532521_G_A:1784,129,0:. 1|1:0,271:271:99:1|1:532521_G_A:12077,833,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:532521_G_A:10383,713,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,274:274:99:1|1:532521_G_A:12253,846,0:. 1|1:2,241:243:99:1|1:532521_G_A:10683,653,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:1|1:532521_G_A:8994,620,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:188,20:208:55:.:.:55,0,6390:. 1|1:0,278:278:99:1|1:532521_G_A:12508,864,0:. 0|1:165,37:202:99:0|1:532521_G_A:1003,0,6831:. 1|1:0,112:112:99:1|1:532521_G_A:4909,341,0:. 1|1:0,114:114:99:1|1:532521_G_A:5049,352,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1435:. 1|0:127,19:146:99:0|1:532521_G_A:318,0,5122:. 1|1:0,160:160:99:1|1:532521_G_A:7226,497,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:1|1:532521_G_A:8252,569,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,791:791:99:1|1:532521_G_A:35359,2432,0:. 0|0:748,0:748:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:632,0:632:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:1|1:532521_G_A:3186,220,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:532521_G_A:2271,157,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:117,8:125:83:.:.:0,83,3541:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:541,0:541:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:549,0:549:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,386:386:99:1|1:532521_G_A:17343,1176,0:. 1|1:0,163:163:99:1|1:532521_G_A:7191,505,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,360:361:99:1|1:532521_G_A:16148,1052,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:532521_G_A:2908,199,0:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:178,51:229:99:0|1:532521_G_A:1517,0,7246:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,218:262:99:.:.:6659,0,962:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,244:260:99:.:.:7613,258,0:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,16:73:99:0|1:532521_G_A:487,0,2226:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,292:292:99:1|1:532521_G_A:12997,900,0:. 1|1:0,284:284:99:1|1:532521_G_A:12516,861,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,200:308:99:0|1:532521_G_A:7795,0,3876:. 0|1:149,25:174:99:0|1:532521_G_A:589,0,6000:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,78:87:38:.:.:2398,0,38:. 0|1:185,40:225:99:0|1:532521_G_A:1146,0,7487:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,2303:. 1|0:20,267:287:9:0|1:532521_G_A:11014,0,9:. 1|1:3,377:380:99:1|1:532521_G_A:16652,1013,0:. 1|0:115,63:178:99:.:.:2266,0,4552:. 0|0:499,0:499:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:198,35:233:99:0|1:532521_G_A:836,0,8260:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:197,45:242:99:0|1:532521_G_A:1226,0,7960:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,40:159:99:0|1:532521_G_A:1349,0,4622:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,204:214:99:.:.:6317,247,0:. 0|1:48,6:54:99:0|1:532521_G_A:138,0,1923:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,383:388:99:1|1:532521_G_A:16865,974,0:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,51:106:99:0|1:532521_G_A:1857,0,2182:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:535,0:535:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,185:208:99:0|1:532521_G_A:7700,0,451:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:634,0:634:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,515:520:99:1|1:532521_G_A:22621,1358,0:. 0|1:62,39:101:99:.:.:1429,0,2413:. 1|1:1,457:458:99:1|1:532521_G_A:20361,1367,0:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,507:507:99:1|1:532521_G_A:22729,1558,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,73:168:99:0|1:532521_G_A:2744,0,3642:. 1|1:0,145:145:99:1|1:532521_G_A:6392,445,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:1|1:532521_G_A:7366,509,0:. 0|1:138,51:189:99:0|1:532521_G_A:1657,0,5479:. 1|1:0,201:201:99:1|1:532521_G_A:9008,620,0:. 1|1:0,251:251:99:1|1:532521_G_A:11161,768,0:. 1|1:0,249:249:99:1|1:532521_G_A:11036,773,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:532521_G_A:3595,250,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:532521_G_A:2790,193,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,271:271:99:1|1:532521_G_A:11881,816,0:. 1|1:0,306:306:99:1|1:532521_G_A:13787,954,0:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:532521_G_A:3427,232,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:33:.:.:0,33,672:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,21:21:66:1|1:532521_G_A:928,66,0:. 1|1:0,221:221:99:1|1:532521_G_A:9848,677,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,208:244:99:0|1:532521_G_A:8286,0,818:. 1|1:0,283:283:99:1|1:532521_G_A:12706,876,0:. 0|0:217,21:238:2:.:.:0,2,6294:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:254,330:584:99:0|1:532521_G_A:12847,0,9543:. 1|0:59,26:85:99:0|1:532521_G_A:818,0,2386:. 0|1:190,164:354:99:0|1:532521_G_A:6272,0,7302:. 1|1:0,677:677:99:1|1:532521_G_A:30067,2071,0:. 1|0:182,56:238:99:0|1:532521_G_A:1730,0,7278:. 1|1:0,277:277:99:1|1:532521_G_A:12275,846,0:. 1|1:0,58:58:99:1|1:532521_G_A:2552,178,0:. 1|1:0,32:32:99:1|1:532521_G_A:1482,102,0:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 532656 . G A 1.26102e+07 PASS FS=0.721;MQ=60.37;QD=28.29;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L1761;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttG/ttA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.801;VQSLOD=6.7;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.3;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.99;GC=28.57;GQ_MEAN=153.55;GQ_STDDEV=140.46;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6138;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.01;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16284814;AF=0.468;AS_InbreedingCoeff=0.8414;MLEAC=2473;MLEAF=0.47;AN=856;AC=297 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:40,0:40:55:.:.:0,55,1037:. 1|1:5,45:50:4:.:.:1294,4,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1743:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,647:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1473,112,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:36,0:36:74:.:.:0,74,993:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:25,4:29:47:.:.:47,0,634:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1310:. 1|1:3,37:40:30:.:.:1128,30,0:. 1|0:24,13:37:99:.:.:311,0,581:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,120:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,21:21:63:.:.:692,63,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1149:. 1|0:70,13:83:99:.:.:169,0,1669:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 1|1:0,260:260:99:.:.:8165,781,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1475,141,0:. 0|1:35,71:106:99:.:.:1790,0,607:. 1|1:1,18:19:47:.:.:574,47,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:188,18,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1788:. 1|0:62,51:113:99:.:.:1258,0,1346:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,13:61:99:.:.:235,0,1151:. 0|1:269,102:371:99:.:.:2046,0,6245:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1923,183,0:. 1|0:106,40:146:99:.:.:786,0,2516:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,71:73:99:.:.:2107,167,0:. 0|0:61,4:65:68:.:.:0,68,1498:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,36:123:99:.:.:748,0,2067:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,236:236:99:.:.:7362,709,0:. 1|1:0,216:216:99:.:.:6575,648,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,36:86:99:.:.:870,0,1112:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1185,111,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,35:81:99:.:.:822,0,1221:. 1|1:1,114:115:99:.:.:3487,318,0:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 1|1:1,130:131:99:.:.:4009,369,0:. 0|1:96,149:245:99:.:.:3862,0,1964:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,75:77:99:.:.:2292,175,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,51:88:99:.:.:1231,0,750:. 0|1:87,71:158:99:0|1:532651_A_G:2730,0,3959:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,383:383:99:1|1:532651_A_G:17057,1165,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1660,162,0:. 1|0:62,67:129:99:.:.:1658,0,1333:. 0|1:118,57:175:99:.:.:1248,0,2731:. 0|1:31,65:96:99:.:.:1744,0,585:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 1|0:42,30:72:99:.:.:703,0,985:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1186:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3928,391,0:. 0|1:17,127:144:44:.:.:3514,0,44:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:65:.:.:0,65,1617:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:86,22:108:99:.:.:351,0,1978:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,94:147:99:.:.:2443,0,1031:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2344,226,0:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5283,508,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,48:62:99:.:.:1340,0,190:. 1|1:8,190:198:99:.:.:5463,382,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5115,510,0:. 1|0:97,16:113:99:.:.:167,0,2315:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,130:136:99:.:.:3787,238,0:. 1|0:54,51:105:99:.:.:1206,0,1147:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1504:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5691,547,0:. 0|1:42,166:208:99:.:.:4408,0,511:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7338,723,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,21:127:99:.:.:282,0,4378:. 1|0:31,100:131:99:.:.:2654,0,467:. 1|0:17,109:126:96:.:.:2939,0,96:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,175:181:99:.:.:5127,383,0:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:156,59:215:99:.:.:1172,0,3525:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:5608,558,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:122,88:210:99:.:.:2031,0,2647:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,41:163:99:.:.:740,0,2835:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,115:170:99:.:.:3026,0,1041:. 1|1:18,212:230:99:.:.:6095,178,0:. 0|1:80,148:228:99:.:.:3818,0,1568:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4456,444,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:.:.:5505,543,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:153,41:194:99:.:.:645,0,3498:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:65:.:.:0,65,3442:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,96:101:99:.:.:2709,162,0:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:235,24:259:32:.:.:0,32,9067:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,112:154:99:.:.:3052,0,663:. 0|1:161,46:207:99:.:.:795,0,3720:. 1|0:191,63:254:99:.:.:1192,0,4342:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,129:175:99:.:.:3493,0,750:. 1|0:153,67:220:99:.:.:1412,0,3479:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:62,17:79:99:.:.:140,0,1465:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:137,30:167:99:.:.:443,0,3263:. 0|0:114,0:114:36:.:.:0,36,2553:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:146,72:218:99:.:.:1581,0,3319:. 0|1:54,169:223:99:.:.:4542,0,789:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,496:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,49:114:99:.:.:1194,0,1337:. 1|0:78,85:163:99:.:.:2180,0,1663:. 1|0:67,109:176:99:.:.:2781,0,1298:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,67:181:99:.:.:1485,0,2573:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3759,363,0:. 1|0:38,105:143:99:.:.:2712,0,599:. 0|1:35,166:201:99:.:.:4552,0,365:. 1|0:33,75:108:99:.:.:2030,0,609:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3059,295,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,239:240:99:.:.:7286,693,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,118:122:99:.:.:3566,251,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,72:95:99:.:.:1990,0,356:. 1|1:1,77:78:99:.:.:2385,207,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2905,286,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:173,30:203:99:.:.:305,0,3975:. 0|1:87,54:141:99:.:.:1183,0,1867:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,156:157:99:.:.:4774,448,0:. 0|1:96,57:153:99:.:.:1344,0,2177:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,49:68:99:.:.:1319,0,325:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,12:106:41:.:.:41,0,2243:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:101,105:206:99:.:.:2623,0,2091:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,7:76:3:.:.:0,3,1632:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,113:125:99:0|1:532651_A_G:4695,0,206:. 1|0:53,30:83:99:.:.:942,0,1181:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:80,0:80:85:.:.:0,85,1895:. 1|0:66,53:119:99:.:.:1315,0,1453:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,28:80:99:.:.:595,0,1311:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1610:. 1|1:1,105:106:99:.:.:3299,309,0:. 1|0:90,49:139:99:.:.:1086,0,2050:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,118:119:99:.:.:4998,333,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2107,201,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2330,220,0:. 0|1:13,106:119:7:.:.:2976,0,7:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3931,390,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,100:101:99:.:.:3036,274,0:. 0|1:95,103:198:99:.:.:2605,0,2080:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,4:8:90:.:.:90,0,91:. 0|1:170,19:189:43:.:.:43,0,4034:. 0|1:109,33:142:99:.:.:618,0,2594:. 0|1:100,75:175:99:.:.:1678,0,2250:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:2:.:.:0,2,1449:. 1|1:1,30:31:65:.:.:933,65,0:. 1|1:5,83:88:99:.:.:2484,123,0:. 1|1:32,308:340:99:.:.:8688,128,0:. 1|1:0,141:141:99:.:.:5044,427,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:17,3:20:35:.:.:35,0,406:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1183:. 1|0:173,23:196:99:.:.:115,0,4006:. 0|1:96,25:121:99:.:.:405,0,2275:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,19:138:99:.:.:181,0,2896:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,8:21:99:.:.:178,0,291:. 1|0:46,37:83:99:.:.:919,0,1044:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 1|1:0,228:228:99:.:.:8257,686,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,244:250:99:.:.:8670,538,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:8038,656,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,118:226:99:.:.:3583,0,3071:. 1|1:0,215:215:99:1|1:532656_G_A:9592,653,0:. 1|1:0,183:183:99:.:.:6562,551,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,252:252:99:.:.:9075,758,0:. 1|1:1,221:222:99:.:.:8095,633,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,241:242:99:.:.:8765,703,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:28,183:211:99:.:.:6038,0,314:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,42:184:99:.:.:972,0,4349:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6551,559,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1435:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,114:115:99:.:.:4017,310,0:. 1|1:0,198:198:99:.:.:7182,595,0:. 1|1:12,219:231:99:.:.:7420,278,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:780,0:780:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,822:822:99:.:.:29791,2472,0:. 1|1:2,696:698:99:.:.:25210,2038,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1552:. 1|1:7,123:130:99:.:.:4005,225,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:16,161:177:17:.:.:4934,17,0:. 1|1:2,299:301:99:.:.:10039,836,0:. 1|1:0,281:281:99:.:.:9727,845,0:. 1|1:0,556:556:99:.:.:19785,1665,0:. 0|1:132,152:284:99:.:.:4369,0,3467:. 1|1:3,443:446:99:.:.:15402,1240,0:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5658,499,0:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2934,261,0:. 1|1:2,425:427:99:.:.:15240,1259,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,171:231:99:0|1:532656_G_A:6965,0,1956:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:.:.:8877,763,0:. 1|1:0,292:292:99:.:.:9941,877,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,131:137:99:.:.:4400,230,0:. 0|0:481,0:481:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,11:70:99:.:.:195,0,1775:. 0|0:271,25:296:21:.:.:0,21,8027:. 1|0:245,92:337:99:.:.:2171,0,7078:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:2,283:285:99:.:.:9794,808,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:2,281:283:99:.:.:9518,778,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,240:246:99:.:.:8174,554,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,265:266:99:.:.:9011,774,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:35,282:317:99:.:.:8729,0,155:. 1|1:3,410:413:99:.:.:14091,1140,0:. 0|1:34,148:182:99:.:.:4548,0,572:. 0|1:290,196:486:99:.:.:5474,0,7225:. 1|1:2,239:241:99:.:.:8166,659,0:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,40:187:99:.:.:838,0,3815:. 0|1:170,87:257:99:.:.:2220,0,4758:. 1|0:102,38:140:99:.:.:802,0,2970:. 1|1:4,191:195:99:.:.:6357,441,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1793:. 0|1:36,232:268:99:.:.:7097,0,406:. 1|1:3,460:463:99:.:.:16087,1332,0:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,258:259:99:.:.:8972,743,0:. 1|1:37,433:470:99:.:.:14383,376,0:. 1|1:10,100:110:90:.:.:3321,90,0:. 1|0:27,250:277:72:.:.:7911,0,72:. 0|0:257,0:257:62:.:.:0,62,6941:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:198,33:231:99:.:.:483,0,5936:. 1|1:28,474:502:99:.:.:18099,704,0:. 1|1:24,651:675:99:1|1:532656_G_A:28176,1002,0:. 1|1:0,538:538:99:.:.:19193,1617,0:. 1|0:37,76:113:99:.:.:2350,0,792:. 1|1:0,463:463:99:.:.:15507,1390,0:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7441,649,0:. 0|1:177,55:232:99:.:.:1266,0,5293:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4978,427,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4361,381,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2182,184,0:. 1|1:1,20:21:29:.:.:675,29,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,263:335:99:.:.:8279,0,1402:. 0|1:77,242:319:99:.:.:7424,0,1593:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1484:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,287:287:99:.:.:10035,863,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,193:280:99:.:.:5925,0,2100:. 1|1:5,191:196:99:.:.:6590,411,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:521,0:521:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,57:86:99:.:.:1690,0,665:. 1|0:171,212:383:99:.:.:6294,0,4379:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7718,664,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:11,355:366:99:.:.:12142,751,0:. 1|1:0,164:164:99:.:.:5738,493,0:. Pf3D7_01_v3 532753 . A G 1.64481e+07 PASS FS=0;MQ=60.16;QD=32.81;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1794D;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aat/Gat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.743;VQSLOD=9.81;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=19.05;GQ_MEAN=178.26;GQ_STDDEV=186.5;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7171;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.664;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15803272;AF=0.485;AS_InbreedingCoeff=0.7066;MLEAC=2553;MLEAF=0.486;AN=858;AC=308 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,26:26:78:1|1:532753_A_G:1139,78,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:9,33:42:99:0|1:532753_A_G:1320,0,434:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1472:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,33:33:99:1|1:532753_A_G:1500,102,0:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,899:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:19,6:25:99:0|1:532753_A_G:192,0,1062:. 1|1:0,56:56:99:1|1:532753_A_G:2454,172,0:. 0|1:2,26:28:3:0|1:532753_A_G:1113,0,3:. 1|0:3,35:38:63:0|1:532753_A_G:1429,0,63:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,927:. 0|0:13,0:13:24:.:.:0,24,360:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,639:. 1|1:0,19:19:60:1|1:532753_A_G:885,60,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:65,14:79:99:0|1:532753_A_G:378,0,3384:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 1|1:0,264:264:99:1|1:532753_A_G:11646,797,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:532753_A_G:2377,171,0:. 0|1:36,55:91:99:.:.:1226,0,1226:. 1|1:1,23:24:10:1|1:532753_A_G:1106,10,0:. 1|1:0,8:8:24:1|1:532753_A_G:310,24,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 1|1:0,66:66:99:1|1:532753_A_G:3104,214,0:. 1|0:63,45:108:99:.:.:979,0,1621:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,13:59:99:0|1:532753_A_G:401,0,2618:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:532753_A_G:2570,181,0:. 1|0:91,77:168:99:.:.:1674,0,3268:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,59:60:99:1|1:532753_A_G:2515,108,0:. 1|0:63,9:72:41:.:.:41,0,2186:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:102,9:111:84:0|1:532753_A_G:84,0,5755:. 1|0:113,37:150:99:0|1:532753_A_G:1189,0,6417:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,223:223:99:1|1:532753_A_G:9944,686,0:. 1|1:0,217:217:99:1|1:532753_A_G:9624,659,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,26:82:99:.:.:471,0,2072:. 1|1:0,28:28:84:1|1:532753_A_G:1211,84,0:. 1|1:1,135:136:99:1|1:532753_A_G:6004,376,0:. 1|0:48,26:74:99:.:.:536,0,2287:. 1|1:0,115:115:99:1|1:532753_A_G:5214,352,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|1:2,109:111:99:1|1:532753_A_G:4684,235,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:532753_A_G:5607,382,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,78:80:98:1|1:532753_A_G:3358,98,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,50:81:99:0|1:532753_A_G:2006,0,1524:. 0|1:70,70:140:99:.:.:1591,0,1681:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:532753_A_G:7065,482,0:. 1|1:0,354:354:99:1|1:532753_A_G:16257,1102,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:532753_A_G:2753,187,0:. 1|0:43,81:124:99:.:.:1944,0,1281:. 0|1:94,52:146:99:0|1:532753_A_G:1876,0,5599:. 0|1:17,61:78:99:.:.:1516,0,291:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 1|0:50,36:86:99:0|1:532753_A_G:1336,0,2663:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1322:. 1|1:0,114:114:99:1|1:532753_A_G:4914,342,0:. 0|1:16,108:124:99:.:.:2717,0,386:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:57,14:71:99:.:.:167,0,1677:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,92:132:99:0|1:532753_A_G:3748,0,2062:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,143:144:99:1|1:532753_A_G:6237,391,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,64:72:35:.:.:1657,0,35:. 1|1:1,205:206:99:1|1:532753_A_G:9031,559,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,19:115:99:.:.:204,0,2840:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,97:100:99:1|1:532753_A_G:4075,166,0:. 1|0:57,53:110:99:0|1:532753_A_G:2002,0,2652:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1504:. 1|1:2,159:161:99:1|1:532753_A_G:6938,336,0:. 0|1:52,150:202:99:0|1:532753_A_G:6042,0,2563:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,228:242:40:0|1:532753_A_G:9402,0,40:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,19:118:99:.:.:191,0,2659:. 1|0:33,89:122:99:0|1:532753_A_G:3716,0,1651:. 1|0:23,130:153:99:0|1:532753_A_G:5379,0,594:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,86:168:99:.:.:1918,0,4427:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,16:168:61:.:.:0,61,8887:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,36:190:99:.:.:433,0,8396:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,34:152:99:.:.:495,0,4475:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,101:157:99:.:.:2422,0,1632:. 1|0:24,200:224:99:0|1:532753_A_G:8318,0,650:. 0|1:67,108:175:99:.:.:2582,0,2408:. 1|1:0,150:150:99:1|1:532753_A_G:6699,460,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:532753_A_G:8178,560,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:174,24:198:67:.:.:67,0,8656:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,12:150:99:.:.:0,111,4109:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,94:103:99:0|1:532753_A_G:3870,0,258:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,121:166:99:.:.:2900,0,2256:. 0|1:163,43:206:99:0|1:532753_A_G:1275,0,9098:. 1|0:198,66:264:99:0|1:532753_A_G:2063,0,11028:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,130:181:99:0|1:532753_A_G:5235,0,2659:. 1|0:139,69:208:99:.:.:1353,0,3638:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:63,10:73:58:.:.:58,0,2154:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:1,148:149:99:1|1:532753_A_G:6642,384,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,98:98:99:1|1:532753_A_G:4376,295,0:. 1|0:121,16:137:41:.:.:41,0,6907:. 1|0:48,72:120:99:.:.:1684,0,1184:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:134,60:194:99:0|1:532753_A_G:2040,0,7482:. 0|1:85,124:209:99:.:.:2883,0,3816:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,38:97:99:0|1:532753_A_G:1372,0,3350:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,113:183:99:0|1:532753_A_G:4406,0,2903:. 0|1:7,105:112:1:0|1:532753_A_G:4406,0,1:. 0|1:119,25:144:99:.:.:282,0,4054:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:532753_A_G:5887,400,0:. 1|0:31,106:137:99:0|1:532753_A_G:4388,0,1064:. 0|1:56,141:197:99:.:.:3468,0,2644:. 1|0:28,94:122:99:0|1:532753_A_G:3824,0,1385:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,99:156:99:.:.:2353,0,1314:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:1|1:532753_A_G:8952,614,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,100:102:99:1|1:532753_A_G:4325,161,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:532753_A_G:2862,196,0:. 1|1:3,94:97:99:1|1:532753_A_G:4044,104,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:169,34:203:99:.:.:299,0,4878:. 0|1:74,50:124:99:.:.:992,0,1834:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:1|1:532753_A_G:5854,400,0:. 0|1:90,76:166:99:0|1:532753_A_G:2829,0,3829:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,52:72:99:.:.:1229,0,602:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:52,19:71:99:.:.:296,0,1820:. 1|0:77,17:94:99:.:.:199,0,3054:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:112,89:201:99:0|1:532753_A_G:3382,0,6522:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,7:80:36:.:.:0,36,3979:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,114:127:5:.:.:2806,0,5:. 0|0:72,6:78:72:.:.:0,72,3593:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:66,0:66:81:.:.:0,81,1841:. 1|0:65,48:113:99:0|1:532753_A_G:1785,0,3608:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,31:63:99:0|1:532753_A_G:1167,0,1331:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1610:. 1|1:0,83:83:99:1|1:532753_A_G:3745,256,0:. 1|0:80,25:105:99:0|1:532753_A_G:755,0,3225:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,5:89:99:.:.:0,121,2652:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,85:85:99:1|1:532753_A_G:3767,259,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:1|1:532753_A_G:2817,193,0:. 0|1:101,13:114:99:0|1:532753_A_G:233,0,5703:. 1|1:0,104:104:99:1|1:532753_A_G:4710,322,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,105:182:99:0|1:532753_A_G:4087,0,3990:. 1|1:0,89:89:99:1|1:532753_A_G:3880,269,0:. 0|1:4,5:9:99:0|1:532753_A_G:183,0,329:. 0|1:77,93:170:99:.:.:2153,0,2726:. 0|1:39,84:123:99:0|1:532753_A_G:3421,0,1365:. 0|1:84,73:157:99:0|1:532753_A_G:2731,0,3962:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:48,20:68:99:0|1:532753_A_G:689,0,2026:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:5,90:95:67:1|1:532753_A_G:3739,67,0:. 0|1:100,217:317:99:.:.:5279,0,4048:. 1|0:32,86:118:99:.:.:2063,0,594:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:26,4:30:28:.:.:28,0,769:. 0|0:52,2:54:99:.:.:0,105,1537:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,14:100:96:.:.:96,0,3289:. 1|1:0,75:75:99:1|1:532753_A_G:3233,226,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,6:20:99:0|1:532753_A_G:210,0,767:. 1|0:27,37:64:99:0|1:532753_A_G:1537,0,1505:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 1|1:0,192:192:99:1|1:532753_A_G:8588,584,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,236:244:99:1|1:532753_A_G:10146,185,0:. 1|1:0,221:221:99:1|1:532753_A_G:10031,683,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,138:139:99:1|1:532753_A_G:6197,385,0:. 0|0:279,0:279:91:.:.:0,91,8396:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,276:276:99:1|1:532753_A_G:12470,843,0:. 1|1:3,234:237:99:.:.:7918,602,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:27,161:188:99:0|1:532753_A_G:6736,0,1195:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:144,47:191:99:0|1:532753_A_G:1472,0,9270:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:532753_A_G:8608,581,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1435:. 0|1:106,16:122:99:.:.:171,0,3793:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,262:262:99:1|1:532753_A_G:11914,813,0:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:1|1:532753_A_G:4789,328,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,221:228:99:1|1:532753_A_G:9603,259,0:. 1|1:0,253:253:99:1|1:532753_A_G:11263,768,0:. 0|0:780,0:780:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,818:819:99:1|1:532753_A_G:36657,2428,0:. 1|1:0,689:689:99:1|1:532753_A_G:31247,2125,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1552:. 1|1:5,144:149:94:1|1:532753_A_G:6084,94,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:15,155:170:99:.:.:4617,0,355:. 1|1:0,235:235:99:1|1:532753_A_G:10664,725,0:. 1|1:1,289:290:99:1|1:532753_A_G:12865,812,0:. 1|1:5,576:581:99:.:.:18383,1479,0:. 0|1:140,123:263:99:.:.:3401,0,4083:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:1|1:532753_A_G:6175,418,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:532753_A_G:3965,274,0:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:1|1:532753_A_G:10617,725,0:. 1|1:0,275:275:99:1|1:532753_A_G:12265,836,0:. 0|1:47,241:288:99:.:.:7165,0,714:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,146:153:99:.:.:4653,141,0:. 0|0:481,0:481:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,50:67:99:0|1:532753_A_G:2017,0,646:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:227,95:322:99:.:.:2248,0,6990:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,285:285:99:1|1:532753_A_G:12798,869,0:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:0,264:264:99:1|1:532753_A_G:11758,797,0:. 1|0:202,78:280:99:0|1:532753_A_G:2538,0,11900:. 1|0:35,159:194:99:0|1:532753_A_G:6647,0,1275:. 1|1:3,276:279:99:.:.:9156,753,0:. 1|1:0,249:249:99:1|1:532753_A_G:11106,758,0:. 1|1:0,280:280:99:1|1:532753_A_G:12614,858,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,191:241:99:0|1:532753_A_G:7966,0,2361:. 0|1:10,84:94:99:0|1:532753_A_G:3429,0,382:. 1|0:34,243:277:99:.:.:7397,0,678:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,121:172:99:.:.:3523,0,2675:. 1|1:5,522:527:99:1|1:532753_A_G:23208,1277,0:. 1|1:7,266:273:99:.:.:8198,551,0:. 1|1:6,314:320:99:1|1:532753_A_G:13635,568,0:. 0|1:83,167:250:99:0|1:532753_A_G:6780,0,4393:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,252:252:99:1|1:532753_A_G:11343,771,0:. 0|1:25,102:127:99:0|1:532753_A_G:4171,0,870:. 1|0:117,88:205:99:0|1:532753_A_G:3383,0,5061:. 1|0:43,8:51:99:0|1:532753_A_G:203,0,2695:. 0|1:57,232:289:99:.:.:6733,0,2767:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,279:279:99:1|1:532753_A_G:12389,843,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,94:136:99:0|1:532753_A_G:3877,0,1459:. 1|0:29,225:254:99:0|1:532753_A_G:9235,0,1059:. 0|1:231,24:255:99:0|1:532753_A_G:341,0,14146:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:168,32:200:99:0|1:532753_A_G:835,0,9996:. 1|0:274,266:540:99:0|1:532753_A_G:10206,0,16591:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,547:547:99:1|1:532753_A_G:24885,1683,0:. 1|0:42,79:121:99:0|1:532753_A_G:3251,0,2352:. 1|1:4,408:412:99:1|1:532753_A_G:18144,1081,0:. 0|0:393,0:393:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:532753_A_G:4181,283,0:. 0|1:84,59:143:99:0|1:532753_A_G:2265,0,5014:. 1|1:0,150:150:99:1|1:532753_A_G:6864,467,0:. 1|1:0,167:167:99:1|1:532753_A_G:7658,524,0:. 1|0:59,175:234:99:.:.:5268,0,1390:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:143,57:200:99:.:.:1262,0,4263:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:1|1:532753_A_G:10820,737,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,284:284:99:1|1:532753_A_G:13092,891,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:532753_A_G:5992,406,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:532753_A_G:4453,304,0:. 1|1:0,65:65:99:1|1:532753_A_G:2970,199,0:. 1|1:0,18:18:54:1|1:532753_A_G:810,54,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,337:337:99:1|1:532753_A_G:15191,1029,0:. 1|1:0,321:321:99:1|1:532753_A_G:14623,987,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:532753_A_G:1518,102,0:. 1|1:2,274:276:99:1|1:532753_A_G:12307,756,0:. 1|1:0,264:264:99:1|1:532753_A_G:11998,819,0:. 1|1:1,158:159:99:1|1:532753_A_G:7060,443,0:. 1|1:0,277:277:99:1|1:532753_A_G:12460,852,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:532753_A_G:9855,668,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,228:250:99:0|1:532753_A_G:9510,0,652:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:521,0:521:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,44:70:99:0|1:532753_A_G:1759,0,1343:. 1|0:169,205:374:99:0|1:532753_A_G:7951,0,9918:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:1|1:532753_A_G:9414,644,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 1|1:9,352:361:99:1|1:532753_A_G:15365,552,0:. 1|1:0,139:139:99:1|1:532753_A_G:6258,427,0:. Pf3D7_01_v3 532759 . C A 2.19254e+07 PASS FS=0;MQ=59.97;QD=26.26;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=H1796N;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cat/Aat;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.732;VQSLOD=8.71;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.91;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.987;GC=19.05;GQ_MEAN=188.91;GQ_STDDEV=202.94;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7419;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.497;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16034482;AF=0.573;AS_InbreedingCoeff=0.6442;MLEAC=3014;MLEAF=0.574;AN=858;AC=453 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,28:28:90:1|1:532753_A_G:1323,90,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:532759_C_A:1764,123,0:. 0|1:9,30:39:99:0|1:532753_A_G:1327,0,434:. 0|1:19,43:62:99:0|1:532759_C_A:1749,0,777:. 1|1:0,25:25:75:1|1:532759_C_A:1108,75,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:532753_A_G:1635,111,0:. 0|0:22,0:22:33:.:.:0,33,582:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:23,7:30:99:0|1:532753_A_G:219,0,1348:. 1|1:0,54:54:99:1|1:532753_A_G:2459,166,0:. 1|1:2,31:33:12:1|1:532753_A_G:1336,12,0:. 1|0:4,36:40:48:0|1:532753_A_G:1613,0,48:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,927:. 1|1:0,12:12:36:1|1:532759_C_A:470,36,0:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:0,20:20:63:1|1:532753_A_G:933,63,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:532759_C_A:2100,147,0:. 1|0:65,14:79:99:0|1:532753_A_G:383,0,3481:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 1|1:0,262:262:99:1|1:532753_A_G:12044,816,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:532753_A_G:2423,169,0:. 0|1:27,62:89:99:0|1:532759_C_A:2651,0,880:. 1|1:1,26:27:10:1|1:532753_A_G:1125,10,0:. 1|1:0,10:10:30:1|1:532753_A_G:436,30,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 1|1:0,77:77:99:1|1:532753_A_G:3549,247,0:. 1|1:0,113:113:99:1|1:532759_C_A:5068,343,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,14:62:99:0|1:532753_A_G:419,0,2726:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:532753_A_G:2685,184,0:. 1|0:49,129:178:99:0|1:532759_C_A:5328,0,1783:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,60:61:99:1|1:532753_A_G:2671,117,0:. 1|0:18,59:77:99:0|1:532759_C_A:2394,0,694:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:102,9:111:63:0|1:532753_A_G:63,0,6096:. 1|0:111,37:148:99:0|1:532753_A_G:1243,0,6779:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:1|1:532753_A_G:9953,674,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:532753_A_G:9992,674,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,42:84:99:0|1:532759_C_A:1631,0,1579:. 1|1:0,25:25:84:1|1:532753_A_G:1215,84,0:. 1|1:1,133:134:99:1|1:532753_A_G:6004,367,0:. 1|0:35,45:80:99:0|1:532759_C_A:1794,0,1595:. 1|1:0,121:121:99:1|1:532753_A_G:5529,376,0:. 0|1:9,14:23:99:0|1:532759_C_A:567,0,371:. 1|1:2,108:110:99:1|1:532753_A_G:4928,250,0:. 0|1:86,148:234:99:0|1:532759_C_A:5608,0,3667:. 1|1:0,130:130:99:1|1:532753_A_G:5945,406,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:84,30:114:99:0|1:532759_C_A:922,0,3961:. 1|1:2,79:81:99:1|1:532753_A_G:3499,107,0:. 1|0:61,10:71:99:0|1:532759_C_A:230,0,2952:. 1|0:32,51:83:99:0|1:532753_A_G:2061,0,1689:. 1|1:0,145:145:99:1|1:532759_C_A:6607,451,0:. 1|0:84,26:110:99:0|1:532759_C_A:782,0,4129:. 1|1:0,158:158:99:1|1:532753_A_G:7342,500,0:. 1|1:0,373:373:99:1|1:532753_A_G:17011,1147,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:532753_A_G:2879,196,0:. 1|0:13,107:120:99:0|1:532759_C_A:4509,0,334:. 0|1:97,52:149:99:0|1:532753_A_G:1948,0,5750:. 1|1:0,79:79:99:1|1:532759_C_A:3541,241,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 1|0:50,34:84:99:0|1:532753_A_G:1371,0,2856:. 1|1:0,61:61:99:1|1:532759_C_A:2651,187,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1322:. 1|1:0,109:109:99:1|1:532753_A_G:5086,349,0:. 0|1:9,117:126:59:0|1:532759_C_A:5087,0,59:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,52:192:99:0|1:532759_C_A:1696,0,6870:. 1|0:82,19:101:99:0|1:532759_C_A:520,0,4032:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,35:95:99:0|1:532759_C_A:1226,0,2889:. 0|1:8,64:72:99:0|1:532759_C_A:2621,0,186:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,27:57:99:0|1:532759_C_A:1006,0,1457:. 1|0:40,97:137:99:0|1:532753_A_G:4012,0,2272:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,141:142:99:1|1:532753_A_G:6413,394,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:532759_C_A:3236,220,0:. 1|1:1,201:202:99:1|1:532753_A_G:9190,562,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,113:124:99:0|1:532759_C_A:4614,0,158:. 0|1:118,14:132:99:0|1:532759_C_A:246,0,5830:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,92:95:99:1|1:532753_A_G:4092,134,0:. 1|0:59,49:108:99:0|1:532753_A_G:1925,0,2763:. 0|1:30,43:73:99:0|1:532759_C_A:1656,0,1263:. 1|1:2,161:163:99:1|1:532753_A_G:7299,363,0:. 0|1:52,143:195:99:0|1:532753_A_G:5986,0,2776:. 1|0:91,121:212:99:0|1:532759_C_A:4665,0,4066:. 1|1:13,224:237:13:1|1:532753_A_G:9533,13,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:532759_C_A:5340,367,0:. 1|0:33,90:123:99:0|1:532753_A_G:3671,0,1715:. 1|0:24,133:157:99:0|1:532753_A_G:5605,0,595:. 1|1:4,239:243:99:1|1:532759_C_A:10267,529,0:. 0|1:82,89:171:99:0|1:532759_C_A:3618,0,3712:. 1|1:9,202:211:99:1|1:532759_C_A:8426,296,0:. 0|1:152,30:182:99:0|1:532759_C_A:821,0,7544:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,48:188:99:0|1:532759_C_A:1596,0,6606:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:1|1:532759_C_A:10328,722,0:. 0|1:45,110:155:99:0|1:532759_C_A:4477,0,1811:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,149:160:99:0|1:532759_C_A:6193,0,123:. 1|0:24,199:223:99:0|1:532753_A_G:8526,0,775:. 0|1:26,146:174:99:.:.:6274,0,781:. 1|1:0,149:149:99:1|1:532753_A_G:7057,487,0:. 1|1:1,216:217:99:1|1:532759_C_A:9381,599,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:1|1:532753_A_G:8454,575,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:144,57:203:99:.:.:1974,0,6709:. 1|1:0,220:220:99:1|1:532759_C_A:9671,671,0:. 1|1:6,146:152:99:1|1:532759_C_A:6119,176,0:. 0|1:112,18:130:99:0|1:532759_C_A:355,0,5515:. 1|0:10,94:104:99:0|1:532753_A_G:3991,0,307:. 0|1:178,34:212:99:0|1:532759_C_A:860,0,8724:. 0|0:217,0:217:97:.:.:0,97,4981:. 0|1:33,147:180:99:0|1:532759_C_A:5902,0,1124:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,131:173:99:0|1:532759_C_A:5417,0,1702:. 0|1:156,43:199:99:0|1:532753_A_G:1378,0,9395:. 1|0:196,63:259:99:0|1:532753_A_G:2132,0,11331:. 1|1:0,226:226:99:1|1:532759_C_A:9976,692,0:. 1|1:0,256:256:99:1|1:532759_C_A:11130,773,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:532759_C_A:6982,493,0:. 1|0:54,125:179:99:0|1:532753_A_G:5135,0,2845:. 1|1:0,210:210:99:1|1:532759_C_A:9334,641,0:. 1|1:0,256:256:99:1|1:532759_C_A:11311,780,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,17:119:99:0|1:532759_C_A:352,0,4982:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,240:244:99:1|1:532759_C_A:10319,539,0:. 0|1:32,45:77:99:0|1:532759_C_A:1749,0,1245:. 1|1:0,150:150:99:1|1:532759_C_A:6608,457,0:. 1|1:0,185:185:99:1|1:532759_C_A:8295,581,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:1,153:154:99:1|1:532753_A_G:7049,414,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,103:103:99:1|1:532753_A_G:4752,322,0:. 1|0:119,22:141:99:0|1:532759_C_A:554,0,5850:. 1|1:4,113:117:99:1|1:532759_C_A:4976,188,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:132,60:192:99:0|1:532753_A_G:2104,0,7589:. 0|1:58,156:214:99:0|1:532759_C_A:6448,0,2510:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,99:99:99:1|1:532759_C_A:4350,307,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,37:95:99:0|1:532753_A_G:1375,0,3523:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,107:176:99:0|1:532753_A_G:4377,0,3064:. 1|1:7,104:111:5:1|1:532753_A_G:4494,5,0:. 0|1:46,98:144:99:0|1:532759_C_A:3903,0,1701:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:1|1:532753_A_G:6144,415,0:. 1|0:33,106:139:99:0|1:532753_A_G:4425,0,1103:. 0|1:53,150:203:99:0|1:532759_C_A:6220,0,2073:. 1|0:27,96:123:99:0|1:532753_A_G:3963,0,1405:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:1|1:532759_C_A:7561,518,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,201:201:99:1|1:532753_A_G:9418,644,0:. 1|1:0,104:104:99:1|1:532759_C_A:4503,313,0:. 1|1:2,101:103:99:1|1:532753_A_G:4477,171,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:1|1:532753_A_G:3114,214,0:. 1|1:3,91:94:95:1|1:532753_A_G:3963,95,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:16,193:209:99:0|1:532759_C_A:7877,0,111:. 1|1:1,120:121:99:1|1:532759_C_A:5326,325,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:1|1:532753_A_G:6120,412,0:. 0|1:90,77:167:99:0|1:532753_A_G:3064,0,3903:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,59:73:99:0|1:532759_C_A:2485,0,443:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:22,56:78:99:0|1:532759_C_A:2213,0,806:. 1|0:58,34:92:99:0|1:532759_C_A:1204,0,2373:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:1|1:532759_C_A:8550,596,0:. 0|1:117,93:210:99:0|1:532753_A_G:3674,0,6716:. 1|1:0,123:123:99:1|1:532759_C_A:5446,376,0:. 1|0:71,10:81:99:0|1:532759_C_A:199,0,3299:. 1|0:156,57:213:99:0|1:532759_C_A:1872,0,7321:. 1|1:0,133:133:99:1|1:532759_C_A:6127,421,0:. 0|1:45,37:82:99:0|1:532759_C_A:1375,0,2150:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1721:. 1|0:64,48:112:99:0|1:532753_A_G:1871,0,3647:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,33:68:99:0|1:532753_A_G:1341,0,1384:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1610:. 1|1:0,88:88:99:1|1:532753_A_G:4160,286,0:. 1|0:81,26:107:99:0|1:532753_A_G:761,0,3407:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,82:90:99:0|1:532759_C_A:3363,0,115:. 1|1:0,160:160:99:1|1:532759_C_A:7017,485,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:532753_A_G:3824,259,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:532753_A_G:2970,202,0:. 0|1:106,14:120:99:0|1:532753_A_G:245,0,5890:. 1|1:0,104:104:99:1|1:532753_A_G:4791,325,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:98:.:.:0,98,2058:. 0|1:81,107:188:99:0|1:532753_A_G:4320,0,4177:. 1|1:0,83:83:99:1|1:532753_A_G:3853,266,0:. 0|1:4,5:9:99:0|1:532753_A_G:183,0,329:. 0|1:49,125:174:99:0|1:532759_C_A:5192,0,1811:. 0|1:40,90:130:99:0|1:532753_A_G:3693,0,1489:. 0|1:91,71:162:99:0|1:532753_A_G:2786,0,4301:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:2,147:149:99:1|1:532759_C_A:6380,366,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:49,21:70:99:0|1:532753_A_G:716,0,2192:. 0|0:33,0:33:69:.:.:0,69,877:. 1|1:5,85:90:55:1|1:532753_A_G:3679,55,0:. 0|1:97,215:312:99:0|1:532759_C_A:8946,0,3617:. 1|1:0,121:121:99:1|1:532759_C_A:5469,370,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:1,30:31:36:1|1:532759_C_A:1261,36,0:. 1|1:1,51:52:99:1|1:532759_C_A:2235,115,0:. 1|0:149,34:183:99:0|1:532759_C_A:966,0,7147:. 0|1:30,74:104:99:0|1:532759_C_A:3004,0,1247:. 1|1:0,70:70:99:1|1:532753_A_G:3233,220,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,6:18:99:0|1:532753_A_G:213,0,741:. 1|0:29,38:67:99:0|1:532753_A_G:1531,0,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1055:. 1|1:0,145:145:99:1|1:532759_C_A:6355,445,0:. 0|0:35,0:35:74:.:.:0,74,928:. 1|1:0,191:191:99:1|1:532753_A_G:8867,599,0:. 1|1:0,142:142:99:1|1:532759_C_A:6469,439,0:. 1|1:8,237:245:99:1|1:532753_A_G:10262,182,0:. 1|1:0,221:221:99:1|1:532753_A_G:10250,692,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,133:134:99:1|1:532753_A_G:6309,391,0:. 0|0:278,0:278:46:.:.:0,46,8036:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,256:256:99:1|1:532759_C_A:11561,789,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,269:269:99:1|1:532759_C_A:12022,822,0:. 1|1:0,214:214:99:1|1:532759_C_A:9585,659,0:. 1|1:0,241:241:99:1|1:532759_C_A:10830,740,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,281:281:99:1|1:532753_A_G:12963,873,0:. 1|1:0,227:227:99:1|1:532759_C_A:10643,719,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,233:234:99:1|1:532759_C_A:10395,648,0:. 1|1:0,131:131:99:1|1:532759_C_A:5705,394,0:. 1|0:25,163:188:99:0|1:532753_A_G:7015,0,1177:. 1|1:1,302:303:99:1|1:532759_C_A:13435,849,0:. 1|0:146,44:190:99:0|1:532753_A_G:1463,0,9674:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:1|1:532753_A_G:8985,608,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:532759_C_A:2248,154,0:. 0|1:11,117:128:99:0|1:532759_C_A:4853,0,245:. 1|1:0,182:182:99:1|1:532759_C_A:8191,557,0:. 1|1:0,134:134:99:1|1:532759_C_A:6018,415,0:. 1|1:0,267:267:99:1|1:532753_A_G:12428,840,0:. 1|1:0,261:261:99:1|1:532759_C_A:11591,789,0:. 1|1:0,104:104:99:1|1:532753_A_G:4852,328,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,218:226:99:1|1:532753_A_G:9598,222,0:. 1|1:0,249:249:99:1|1:532753_A_G:11538,780,0:. 0|0:780,0:780:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,815:816:99:1|1:532753_A_G:37825,2492,0:. 1|1:0,689:689:99:1|1:532753_A_G:31947,2158,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1552:. 1|1:5,142:147:85:1|1:532753_A_G:6082,85,0:. 1|1:6,110:116:32:1|1:532759_C_A:4529,32,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:12,166:178:99:0|1:532759_C_A:7047,0,155:. 1|1:0,241:241:99:1|1:532753_A_G:11121,752,0:. 1|1:1,290:291:99:1|1:532753_A_G:13319,833,0:. 1|1:4,582:586:99:1|1:532759_C_A:26410,1600,0:. 1|1:1,267:268:99:1|1:532759_C_A:11863,744,0:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:1|1:532753_A_G:6457,436,0:. 1|1:0,87:87:99:1|1:532753_A_G:4048,274,0:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 1|1:0,277:277:99:1|1:532759_C_A:12220,839,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:532759_C_A:8827,599,0:. 1|1:1,248:249:99:1|1:532759_C_A:10977,725,0:. 0|0:259,0:259:0:.:.:0,0,7005:. 1|1:0,229:229:99:1|1:532753_A_G:10533,710,0:. 1|1:0,276:276:99:1|1:532753_A_G:12886,876,0:. 1|1:0,291:291:99:1|1:532759_C_A:13364,906,0:. 1|1:0,242:242:99:1|1:532759_C_A:10826,734,0:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,156:159:99:1|1:532759_C_A:6901,327,0:. 1|0:213,248:461:99:0|1:532759_C_A:9657,0,10229:. 0|1:18,52:70:99:0|1:532753_A_G:2134,0,756:. 1|1:0,276:276:99:1|1:532759_C_A:12487,849,0:. 1|1:0,319:319:99:1|1:532759_C_A:14315,978,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,287:287:99:1|1:532753_A_G:13371,906,0:. 1|1:0,190:190:99:1|1:532759_C_A:8388,575,0:. 1|1:0,270:270:99:1|1:532753_A_G:12466,845,0:. 1|0:194,72:266:99:0|1:532753_A_G:2572,0,12042:. 1|0:38,160:198:99:0|1:532753_A_G:6677,0,1378:. 1|1:0,281:281:99:1|1:532759_C_A:12741,855,0:. 1|1:0,245:245:99:1|1:532753_A_G:11394,774,0:. 1|1:0,280:280:99:1|1:532753_A_G:12778,863,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,196:248:99:0|1:532753_A_G:8161,0,2513:. 0|1:10,82:92:99:0|1:532753_A_G:3494,0,378:. 1|0:24,255:279:99:0|1:532759_C_A:11025,0,252:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,126:175:99:0|1:532759_C_A:5205,0,2258:. 1|1:5,543:548:99:1|1:532753_A_G:24551,1364,0:. 1|1:3,265:268:99:1|1:532759_C_A:12087,685,0:. 1|1:5,320:325:99:1|1:532753_A_G:14377,637,0:. 0|1:77,172:249:99:0|1:532753_A_G:7135,0,4348:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,254:254:99:1|1:532753_A_G:11755,798,0:. 0|1:25,98:123:99:0|1:532753_A_G:4238,0,952:. 1|0:112,89:201:99:0|1:532753_A_G:3556,0,5013:. 1|0:42,8:50:99:0|1:532753_A_G:206,0,2703:. 0|1:56,237:293:99:0|1:532759_C_A:10145,0,2322:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,274:274:99:1|1:532753_A_G:12739,861,0:. 0|1:18,240:258:99:0|1:532759_C_A:9973,0,332:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,94:135:99:0|1:532753_A_G:3961,0,1455:. 1|0:28,212:240:99:0|1:532753_A_G:9369,0,1026:. 0|1:229,26:255:99:0|1:532753_A_G:380,0,14437:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:162,34:196:99:0|1:532753_A_G:907,0,10291:. 1|0:272,261:533:99:0|1:532753_A_G:10491,0,16868:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,558:558:99:1|1:532753_A_G:25627,1725,0:. 1|0:44,81:125:99:0|1:532753_A_G:3392,0,2503:. 1|1:4,409:413:99:1|1:532753_A_G:18843,1117,0:. 1|1:2,423:425:99:1|1:532759_C_A:18681,1218,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:532753_A_G:4231,286,0:. 0|1:86,65:151:99:0|1:532753_A_G:2553,0,5221:. 1|1:0,154:154:99:1|1:532753_A_G:7226,491,0:. 1|1:0,168:168:99:1|1:532753_A_G:7798,527,0:. 1|1:0,229:229:99:1|1:532759_C_A:10486,707,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:1|1:532759_C_A:9686,659,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:532759_C_A:3497,241,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:1|1:532753_A_G:10846,728,0:. 1|1:0,152:152:99:1|1:532759_C_A:6814,467,0:. 1|1:0,260:260:99:1|1:532759_C_A:11505,788,0:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,293:293:99:1|1:532753_A_G:13626,921,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:532753_A_G:6212,421,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:532753_A_G:4548,307,0:. 1|1:0,69:69:99:1|1:532753_A_G:3209,217,0:. 1|1:0,18:18:54:1|1:532753_A_G:810,54,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,341:341:99:1|1:532753_A_G:15715,1060,0:. 1|1:0,336:336:99:1|1:532753_A_G:15313,1032,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:532753_A_G:1596,108,0:. 1|1:2,275:277:99:1|1:532753_A_G:12623,770,0:. 1|1:0,271:271:99:1|1:532753_A_G:12496,843,0:. 1|1:1,156:157:99:1|1:532753_A_G:7118,443,0:. 1|1:0,275:275:99:1|1:532753_A_G:12911,876,0:. 1|1:0,225:225:99:1|1:532753_A_G:10218,686,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,228:254:99:0|1:532753_A_G:9659,0,782:. 1|1:0,197:197:99:1|1:532759_C_A:8773,599,0:. 0|0:521,0:521:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,41:64:99:0|1:532753_A_G:1764,0,1321:. 1|0:168,199:367:99:0|1:532753_A_G:7972,0,10183:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:1|1:532753_A_G:9387,632,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,822:. 1|1:9,349:358:99:1|1:532753_A_G:15507,560,0:. 1|1:0,133:133:99:1|1:532753_A_G:6185,418,0:. Pf3D7_01_v3 532767 . T A 2.15922e+07 PASS FS=0;MQ=59.97;QD=27.04;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1798K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.717;VQSLOD=10.07;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.988;GC=28.57;GQ_MEAN=185.21;GQ_STDDEV=195.81;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7237;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.144;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16183465;AF=0.574;AS_InbreedingCoeff=0.6838;MLEAC=3021;MLEAF=0.575;AN=856;AC=454 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,27:27:84:1|1:532753_A_G:1247,84,0:. 1|1:1,39:40:92:1|1:532759_C_A:1707,92,0:. 0|1:9,35:44:99:0|1:532753_A_G:1308,0,390:. 0|1:18,47:65:99:0|1:532759_C_A:1831,0,796:. 1|1:0,24:24:72:1|1:532759_C_A:1080,72,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:532753_A_G:1536,105,0:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:23,8:31:99:0|1:532753_A_G:252,0,1284:. 1|1:0,58:58:99:1|1:532753_A_G:2553,175,0:. 1|1:2,30:32:22:1|1:532753_A_G:1250,22,0:. 1|0:4,36:40:60:0|1:532753_A_G:1473,0,60:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,13:13:39:1|1:532759_C_A:512,39,0:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,686:. 1|1:0,22:22:66:1|1:532753_A_G:947,66,0:. 1|1:0,47:47:99:1|1:532759_C_A:2070,144,0:. 1|0:66,17:83:99:0|1:532753_A_G:468,0,3385:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 1|1:0,270:270:99:1|1:532753_A_G:11809,819,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:532753_A_G:2202,153,0:. 0|1:24,61:85:99:0|1:532759_C_A:2494,0,844:. 1|1:1,28:29:13:1|1:532753_A_G:1158,13,0:. 1|1:0,9:9:27:1|1:532753_A_G:391,27,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 1|1:0,74:74:99:1|1:532753_A_G:3278,229,0:. 1|1:0,118:118:99:1|1:532759_C_A:5268,367,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,16:64:99:0|1:532753_A_G:436,0,2604:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:532753_A_G:2433,166,0:. 1|0:52,138:190:99:0|1:532759_C_A:5435,0,1807:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,57:58:99:1|1:532753_A_G:2533,108,0:. 1|0:18,59:77:99:0|1:532759_C_A:2355,0,694:. 0|1:25,69:94:99:.:.:1716,0,458:. 0|1:104,12:116:99:0|1:532753_A_G:117,0,5992:. 1|0:116,37:153:99:0|1:532753_A_G:1199,0,6594:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:1|1:532753_A_G:9659,662,0:. 1|1:0,214:214:99:1|1:532753_A_G:9508,656,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,39:80:99:0|1:532759_C_A:1560,0,1561:. 1|1:0,27:27:81:1|1:532753_A_G:1154,81,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:532753_A_G:6084,424,0:. 1|0:37,46:83:99:0|1:532759_C_A:1754,0,1646:. 1|1:0,128:128:99:1|1:532753_A_G:5566,388,0:. 0|1:8,15:23:99:0|1:532759_C_A:570,0,348:. 1|1:2,118:120:99:1|1:532753_A_G:5076,267,0:. 0|1:86,135:221:99:0|1:532759_C_A:5372,0,3679:. 1|1:0,133:133:99:1|1:532753_A_G:5926,412,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:83,30:113:99:0|1:532759_C_A:1006,0,3939:. 1|1:2,77:79:98:1|1:532753_A_G:3310,98,0:. 1|0:62,11:73:99:0|1:532759_C_A:258,0,2934:. 1|0:34,46:80:99:0|1:532753_A_G:2018,0,1663:. 1|1:0,152:152:99:1|1:532759_C_A:6741,469,0:. 1|0:87,23:110:99:0|1:532759_C_A:717,0,4207:. 1|1:0,163:163:99:1|1:532753_A_G:7178,506,0:. 1|1:0,381:381:99:1|1:532753_A_G:16697,1155,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:532753_A_G:2683,184,0:. 1|0:14,107:121:99:0|1:532759_C_A:4353,0,366:. 0|1:93,59:152:99:0|1:532753_A_G:2021,0,5563:. 1|1:0,77:77:99:1|1:532759_C_A:3407,234,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 1|0:47,31:78:99:0|1:532753_A_G:1209,0,2689:. 1|1:0,56:56:99:1|1:532759_C_A:2564,178,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1322:. 1|1:0,111:111:99:1|1:532753_A_G:4939,343,0:. 0|1:8,124:132:34:0|1:532759_C_A:5006,0,34:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,51:191:99:0|1:532759_C_A:1666,0,6860:. 1|0:87,20:107:99:0|1:532759_C_A:526,0,4183:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,34:94:99:0|1:532759_C_A:1198,0,2823:. 0|1:8,64:72:99:0|1:532759_C_A:2670,0,180:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,25:58:99:0|1:532759_C_A:950,0,1488:. 1|0:45,98:143:99:0|1:532753_A_G:3973,0,2280:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:532753_A_G:6206,430,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:1|1:532759_C_A:3088,211,0:. 1|1:1,197:198:99:1|1:532753_A_G:8979,553,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,116:125:99:0|1:532759_C_A:4710,0,99:. 0|1:123,15:138:99:0|1:532759_C_A:205,0,6058:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,96:100:99:1|1:532753_A_G:3992,134,0:. 1|0:62,48:110:99:0|1:532753_A_G:1788,0,2781:. 0|1:30,44:74:99:0|1:532759_C_A:1685,0,1236:. 1|1:2,164:166:99:1|1:532753_A_G:7124,363,0:. 0|1:52,146:198:99:0|1:532753_A_G:5808,0,2653:. 1|0:92,122:214:99:0|1:532759_C_A:4695,0,4015:. 0|1:15,235:250:12:0|1:532753_A_G:9622,0,12:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:532759_C_A:5339,372,0:. 1|0:38,93:131:99:0|1:532753_A_G:3743,0,1738:. 1|0:20,127:147:99:0|1:532753_A_G:5283,0,491:. 1|1:5,240:245:99:1|1:532759_C_A:10280,503,0:. 0|1:81,87:168:99:0|1:532759_C_A:3426,0,3722:. 1|1:8,200:208:99:1|1:532759_C_A:8487,300,0:. 0|1:148,33:181:99:0|1:532759_C_A:870,0,7435:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,54:193:99:0|1:532759_C_A:1734,0,6558:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:1|1:532759_C_A:10464,740,0:. 0|1:42,112:154:99:0|1:532759_C_A:4422,0,1748:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,143:154:99:0|1:532759_C_A:6001,0,132:. 1|0:24,207:231:99:0|1:532753_A_G:8331,0,640:. 0|1:28,154:182:99:.:.:6201,0,870:. 1|1:0,154:154:99:1|1:532753_A_G:6674,466,0:. 1|1:1,219:220:99:1|1:532759_C_A:9539,617,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:1|1:532753_A_G:8584,596,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:143,59:202:99:.:.:2003,0,6687:. 1|1:0,217:217:99:1|1:532759_C_A:9679,671,0:. 1|1:5,144:149:99:1|1:532759_C_A:6150,186,0:. 0|1:108,17:125:99:0|1:532759_C_A:398,0,5391:. 1|0:11,87:98:99:0|1:532753_A_G:3549,0,362:. 0|1:181,36:217:99:0|1:532759_C_A:896,0,8844:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:31,149:180:99:0|1:532759_C_A:6012,0,1076:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,128:170:99:0|1:532759_C_A:5134,0,1711:. 0|1:156,46:202:99:0|1:532753_A_G:1427,0,8959:. 1|0:200,66:266:99:0|1:532753_A_G:1988,0,11263:. 1|1:0,235:235:99:1|1:532759_C_A:10394,734,0:. 1|1:0,249:249:99:1|1:532759_C_A:10972,758,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:1|1:532759_C_A:7222,518,0:. 1|0:55,114:169:99:0|1:532753_A_G:4696,0,2920:. 1|1:0,207:207:99:1|1:532759_C_A:9072,623,0:. 1|1:0,260:260:99:1|1:532759_C_A:11450,795,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,15:113:99:0|1:532759_C_A:282,0,4934:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,241:245:99:1|1:532759_C_A:10300,539,0:. 0|1:35,44:79:99:0|1:532759_C_A:1695,0,1280:. 1|1:0,152:152:99:1|1:532759_C_A:6694,466,0:. 1|1:0,188:188:99:1|1:532759_C_A:8228,575,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:1,159:160:99:1|1:532753_A_G:6953,414,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,105:105:99:1|1:532753_A_G:4641,322,0:. 1|0:114,20:134:99:0|1:532759_C_A:485,0,5743:. 1|1:3,119:122:99:1|1:532759_C_A:4997,197,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:133,64:197:99:0|1:532753_A_G:2205,0,7341:. 0|1:59,160:219:99:0|1:532759_C_A:6314,0,2560:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,98:98:99:1|1:532759_C_A:4292,301,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,40:102:99:0|1:532753_A_G:1401,0,3430:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,105:171:99:0|1:532753_A_G:4310,0,2783:. 1|1:5,110:115:62:1|1:532753_A_G:4627,62,0:. 0|1:51,105:156:99:0|1:532759_C_A:4054,0,1816:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:532753_A_G:6127,421,0:. 1|0:31,106:137:99:0|1:532753_A_G:4378,0,1001:. 0|1:47,154:201:99:0|1:532759_C_A:6218,0,1975:. 1|0:28,93:121:99:0|1:532753_A_G:3855,0,1410:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:1|1:532759_C_A:7619,530,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:532753_A_G:9241,644,0:. 1|1:1,100:101:99:1|1:532759_C_A:4515,255,0:. 1|1:2,101:103:99:1|1:532753_A_G:4417,174,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:1|1:532753_A_G:2950,202,0:. 1|1:3,93:96:99:1|1:532753_A_G:4028,104,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:13,192:205:61:0|1:532759_C_A:7847,0,61:. 1|1:1,124:125:99:1|1:532759_C_A:5436,340,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:1|1:532753_A_G:6233,430,0:. 0|1:83,75:160:99:.:.:2980,0,3666:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,60:76:99:0|1:532759_C_A:2373,0,471:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:25,53:78:99:0|1:532759_C_A:2075,0,892:. 1|0:61,40:101:99:0|1:532759_C_A:1332,0,2413:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:532759_C_A:8767,620,0:. 0|1:114,96:210:99:0|1:532753_A_G:3653,0,6513:. 1|1:0,130:130:99:1|1:532759_C_A:5619,394,0:. 1|0:69,11:80:99:0|1:532759_C_A:206,0,3290:. 1|0:162,55:217:99:0|1:532759_C_A:1716,0,7452:. 1|1:1,130:131:99:1|1:532759_C_A:5807,378,0:. 0|1:43,40:83:99:0|1:532759_C_A:1464,0,2098:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:74,0:74:87:.:.:0,87,2019:. 1|0:69,50:119:99:0|1:532753_A_G:1858,0,3641:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,42:77:99:0|1:532753_A_G:1467,0,1312:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1610:. 1|1:0,88:88:99:1|1:532753_A_G:3862,265,0:. 1|0:85,23:108:99:0|1:532753_A_G:706,0,3378:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,78:85:99:0|1:532759_C_A:3258,0,106:. 1|1:0,156:156:99:1|1:532759_C_A:7012,485,0:. 1|1:0,82:82:99:1|1:532753_A_G:3714,253,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:532753_A_G:2868,196,0:. 0|1:94,27:121:99:.:.:658,0,2499:. 1|1:0,109:109:99:1|1:532753_A_G:4778,334,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:75:.:.:0,75,2088:. 0|1:82,111:193:99:0|1:532753_A_G:4307,0,4034:. 1|1:0,76:76:99:1|1:532753_A_G:3676,253,0:. 0|1:4,4:8:99:0|1:532753_A_G:141,0,332:. 0|1:54,130:184:99:0|1:532759_C_A:5069,0,1850:. 0|1:46,95:141:99:0|1:532753_A_G:3765,0,1587:. 0|1:91,71:162:99:0|1:532753_A_G:2680,0,4165:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:1,145:146:99:1|1:532759_C_A:6437,394,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:51,20:71:99:0|1:532753_A_G:680,0,2061:. 0|0:35,0:35:74:.:.:0,74,1033:. 1|1:5,90:95:67:1|1:532753_A_G:3755,67,0:. 0|1:95,223:318:99:0|1:532759_C_A:8858,0,3541:. 1|1:0,125:125:99:1|1:532759_C_A:5533,388,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:1,28:29:33:1|1:532759_C_A:1234,33,0:. 1|1:1,52:53:99:1|1:532759_C_A:2229,115,0:. 1|0:158,38:196:99:0|1:532759_C_A:1040,0,7380:. 0|1:29,79:108:99:0|1:532759_C_A:3064,0,1247:. 1|1:0,69:69:99:1|1:532753_A_G:3041,208,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,7:18:99:0|1:532753_A_G:238,0,693:. 1|0:29,38:67:99:0|1:532753_A_G:1544,0,1589:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1055:. 1|1:0,141:141:99:1|1:532759_C_A:6255,433,0:. 0|0:36,0:36:47:.:.:0,47,931:. 1|1:0,187:187:99:1|1:532753_A_G:8556,581,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:532759_C_A:6288,424,0:. 1|1:10,240:250:99:1|1:532753_A_G:10065,131,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:532753_A_G:10162,692,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:1|1:532753_A_G:5996,409,0:. 0|0:274,0:274:21:.:.:0,21,8214:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,255:255:99:1|1:532759_C_A:11563,789,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1665:. 1|1:0,273:273:99:1|1:532759_C_A:12200,837,0:. 1|1:0,216:216:99:1|1:532759_C_A:9729,671,0:. 1|1:0,245:245:99:1|1:532759_C_A:10898,746,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,281:281:99:1|1:532753_A_G:12648,861,0:. 1|1:0,244:244:99:1|1:532759_C_A:10769,737,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,233:234:99:1|1:532759_C_A:10400,648,0:. 1|1:0,125:125:99:1|1:532759_C_A:5646,388,0:. 1|0:27,162:189:99:0|1:532753_A_G:6689,0,1225:. 1|1:1,312:313:99:1|1:532759_C_A:13774,879,0:. 1|0:153,45:198:99:0|1:532753_A_G:1388,0,9630:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:1|1:532753_A_G:9067,620,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:532759_C_A:2314,160,0:. 0|1:9,120:129:99:0|1:532759_C_A:4987,0,180:. 1|1:0,181:181:99:1|1:532759_C_A:8113,551,0:. 1|1:0,130:130:99:1|1:532759_C_A:5803,397,0:. 1|1:0,277:277:99:1|1:532753_A_G:12459,852,0:. 1|1:0,262:262:99:1|1:532759_C_A:11667,795,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:532753_A_G:4980,346,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,220:226:99:1|1:532753_A_G:9574,312,0:. 1|1:0,262:262:99:1|1:532753_A_G:11666,798,0:. 0|0:780,0:780:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,841:842:99:1|1:532753_A_G:37694,2509,0:. 1|1:0,702:702:99:1|1:532753_A_G:31515,2149,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1552:. 1|1:5,141:146:82:1|1:532753_A_G:5983,82,0:. 1|1:5,110:115:63:1|1:532759_C_A:4628,63,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:13,166:179:99:0|1:532759_C_A:6898,0,183:. 1|1:0,243:243:99:1|1:532753_A_G:10844,743,0:. 1|1:1,297:298:99:1|1:532753_A_G:13066,830,0:. 1|1:4,580:584:99:1|1:532759_C_A:25726,1566,0:. 1|1:1,264:265:99:1|1:532759_C_A:11681,735,0:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:1|1:532753_A_G:6295,433,0:. 1|1:0,89:89:99:1|1:532753_A_G:4000,274,0:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 1|1:0,280:280:99:1|1:532759_C_A:12461,860,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:532759_C_A:9091,623,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:532759_C_A:10945,722,0:. 1|0:234,19:253:99:.:.:145,0,12754:. 1|1:0,222:222:99:1|1:532753_A_G:10111,692,0:. 1|1:0,274:274:99:1|1:532753_A_G:12309,846,0:. 1|1:0,293:293:99:1|1:532759_C_A:13023,891,0:. 1|1:0,254:254:99:1|1:532759_C_A:11250,774,0:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,159:161:99:1|1:532759_C_A:6983,342,0:. 1|0:208,249:457:99:0|1:532759_C_A:9549,0,10319:. 0|1:20,50:70:99:0|1:532753_A_G:2078,0,802:. 1|1:0,284:284:99:1|1:532759_C_A:12594,863,0:. 1|1:0,314:314:99:1|1:532759_C_A:14115,966,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,298:298:99:1|1:532753_A_G:13121,900,0:. 1|1:0,188:188:99:1|1:532759_C_A:8560,590,0:. 1|1:0,275:275:99:1|1:532753_A_G:12237,843,0:. 1|0:200,83:283:99:0|1:532753_A_G:2702,0,12076:. 1|0:36,164:200:99:0|1:532753_A_G:6646,0,1291:. 1|1:0,277:277:99:1|1:532759_C_A:12496,849,0:. 1|1:0,248:248:99:1|1:532753_A_G:11165,759,0:. 1|1:0,280:280:99:1|1:532753_A_G:12640,866,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,193:239:99:0|1:532753_A_G:7937,0,2232:. 0|1:12,83:95:99:0|1:532753_A_G:3414,0,444:. 1|0:26,253:279:99:0|1:532759_C_A:10453,0,354:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,124:172:99:0|1:532759_C_A:5019,0,2308:. 1|1:5,540:545:99:1|1:532753_A_G:23902,1334,0:. 1|1:3,269:272:99:1|1:532759_C_A:11850,682,0:. 1|1:6,317:323:99:1|1:532753_A_G:14039,587,0:. 0|1:77,173:250:99:0|1:532753_A_G:7044,0,4131:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:1|1:532753_A_G:10924,743,0:. 0|1:26,102:128:99:0|1:532753_A_G:4072,0,896:. 1|0:124,89:213:99:0|1:532753_A_G:3327,0,5205:. 1|0:41,8:49:99:0|1:532753_A_G:207,0,2668:. 0|1:55,233:288:99:0|1:532759_C_A:9612,0,2359:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,273:273:99:1|1:532753_A_G:12321,843,0:. 0|1:19,230:249:99:0|1:532759_C_A:9683,0,394:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,94:136:99:0|1:532753_A_G:3822,0,1453:. 1|0:25,215:240:99:0|1:532753_A_G:9002,0,964:. 0|1:231,27:258:99:0|1:532753_A_G:413,0,14296:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:158,37:195:99:0|1:532753_A_G:1004,0,9666:. 1|0:268,261:529:99:0|1:532753_A_G:10133,0,16626:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,553:553:99:1|1:532753_A_G:24883,1692,0:. 1|0:47,89:136:99:0|1:532753_A_G:3523,0,2532:. 1|1:4,422:426:99:1|1:532753_A_G:18784,1132,0:. 1|1:2,417:419:99:1|1:532759_C_A:18517,1200,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:1|1:532753_A_G:4001,271,0:. 0|1:83,63:146:99:0|1:532753_A_G:2467,0,5067:. 1|1:0,147:147:99:1|1:532753_A_G:6723,455,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:532753_A_G:7788,536,0:. 1|1:0,234:234:99:1|1:532759_C_A:10589,725,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:1|1:532759_C_A:9684,668,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:1|1:532759_C_A:3577,247,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:1|1:532753_A_G:10252,698,0:. 1|1:0,161:161:99:1|1:532759_C_A:7028,487,0:. 1|1:0,251:251:99:1|1:532759_C_A:11283,770,0:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,299:299:99:1|1:532753_A_G:13375,921,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:1|1:532753_A_G:5993,409,0:. 1|1:0,99:99:99:1|1:532753_A_G:4471,304,0:. 1|1:0,73:73:99:1|1:532753_A_G:3189,220,0:. 1|1:0,17:17:51:1|1:532753_A_G:754,51,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,327:327:99:1|1:532753_A_G:14798,1005,0:. 1|1:0,328:328:99:1|1:532753_A_G:14860,1011,0:. 1|1:0,33:33:99:1|1:532753_A_G:1459,99,0:. 1|1:3,285:288:99:1|1:532753_A_G:12664,785,0:. 1|1:0,269:269:99:1|1:532753_A_G:12086,819,0:. 1|1:2,158:160:99:1|1:532753_A_G:6985,410,0:. 1|1:0,289:289:99:1|1:532753_A_G:12871,885,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:532753_A_G:10057,686,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,232:259:99:0|1:532753_A_G:9546,0,797:. 1|1:0,202:202:99:1|1:532759_C_A:8907,614,0:. 0|0:521,0:521:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,39:59:99:0|1:532753_A_G:1554,0,1185:. 1|0:176,204:380:99:0|1:532753_A_G:7929,0,10227:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:1|1:532753_A_G:9212,629,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:8,353:361:99:1|1:532753_A_G:15460,650,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:532753_A_G:6195,427,0:. Pf3D7_01_v3 532799 . G A 1.57631e+07 PASS FS=0;MQ=60.09;QD=28.66;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G1809E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gGa/gAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.704;VQSLOD=10.01;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.09;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=47.62;GQ_MEAN=138.71;GQ_STDDEV=85.06;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7142;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.302;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16176046;AF=0.561;AS_InbreedingCoeff=0.8942;MLEAC=2955;MLEAF=0.562;AN=854;AC=438 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1255,120,0:. 0|1:8,39:47:90:.:.:1099,0,90:. 0|1:18,41:59:99:.:.:1141,0,323:. 1|1:1,17:18:44:.:.:515,44,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1481,138,0:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1168:. 0|1:27,6:33:94:.:.:94,0,681:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1494:. 1|0:3,27:30:2:.:.:798,0,2:. 1|1:3,36:39:28:.:.:1047,28,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,13:13:39:.:.:425,39,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,31:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,21:21:63:.:.:668,63,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1379,132,0:. 1|0:69,18:87:99:.:.:316,0,1683:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 1|1:1,262:263:99:.:.:7942,765,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1364,135,0:. 0|1:24,74:98:99:.:.:1887,0,382:. 1|1:2,20:22:9:.:.:562,9,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:317,30,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2128,204,0:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3411,336,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,18:65:99:.:.:365,0,1143:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,55:56:99:.:.:1696,139,0:. 1|0:87,80:167:99:.:.:1952,0,1983:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,60:62:99:.:.:1788,129,0:. 1|0:16,56:72:99:.:.:1448,0,224:. 0|1:25,61:86:99:.:.:1587,0,443:. 0|1:101,15:116:99:.:.:113,0,2484:. 1|0:116,38:154:99:.:.:680,0,2705:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6790,675,0:. 1|1:1,230:231:99:.:.:6895,683,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,40:81:99:.:.:969,0,902:. 1|1:0,27:27:81:.:.:813,81,0:. 1|0:112,26:138:99:.:.:361,0,2724:. 1|0:38,37:75:99:.:.:903,0,850:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3613,358,0:. 0|1:10,17:27:99:.:.:420,0,209:. 1|1:2,118:120:99:.:.:3594,324,0:. 0|1:75,136:211:99:.:.:3419,0,1567:. 1|1:1,132:133:99:.:.:3865,371,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:80,27:107:99:.:.:491,0,1965:. 1|1:2,86:88:99:.:.:2563,209,0:. 1|0:59,15:74:99:.:.:207,0,1420:. 1|0:36,42:78:99:.:.:1027,0,762:. 1|0:70,84:154:99:.:.:2052,0,1467:. 1|0:82,26:108:99:.:.:458,0,1927:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4927,489,0:. 0|0:365,0:365:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1719,171,0:. 1|1:12,97:109:37:.:.:2631,37,0:. 0|1:115,54:169:99:.:.:1148,0,2699:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2722,272,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 1|0:44,44:88:99:.:.:1070,0,1022:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1626,168,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1322:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3189,321,0:. 1|1:9,120:129:92:.:.:3351,92,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,49:191:99:.:.:899,0,3340:. 1|0:79,20:99:99:.:.:264,0,1899:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,32:92:99:.:.:708,0,1339:. 1|1:7,68:75:45:.:.:1884,45,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,30:57:99:.:.:739,0,625:. 1|0:44,92:136:99:.:.:2347,0,836:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4433,435,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,8:70:30:.:.:30,0,1594:. 1|1:1,194:195:99:.:.:5563,558,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,117:125:99:.:.:3280,151,0:. 0|1:135,17:152:60:.:.:60,0,3365:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,96:100:99:.:.:2772,183,0:. 1|0:59,48:107:99:.:.:1048,0,1815:. 0|1:32,51:83:99:.:.:1289,0,581:. 1|1:2,159:161:99:.:.:4706,421,0:. 0|1:58,133:191:99:.:.:3452,0,1015:. 1|0:81,127:208:99:.:.:3081,0,1591:. 1|1:15,238:253:99:.:.:6739,341,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3951,399,0:. 1|0:34,89:123:99:.:.:2281,0,569:. 1|1:13,124:137:52:.:.:3326,52,0:. 1|1:9,244:253:99:.:.:7117,503,0:. 0|1:76,79:155:99:.:.:1900,0,1643:. 1|1:9,218:227:99:.:.:6243,420,0:. 0|1:159,34:193:99:.:.:417,0,3906:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,54:186:99:.:.:1064,0,3063:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7280,723,0:. 0|1:47,98:145:99:.:.:2531,0,884:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,147:156:99:.:.:4211,228,0:. 1|1:19,211:230:99:.:.:5696,109,0:. 0|1:32,156:188:99:.:.:4193,0,318:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4500,464,0:. 1|1:1,215:216:99:.:.:6315,617,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6103,607,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:127,48:175:99:.:.:914,0,3134:. 1|1:0,205:205:99:.:.:6067,614,0:. 1|1:5,153:158:99:.:.:4374,334,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,91:100:49:.:.:2382,49,0:. 0|1:176,33:209:99:.:.:374,0,4256:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:32,150:182:99:.:.:3822,0,262:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,135:178:99:.:.:3587,0,648:. 0|1:162,52:214:99:.:.:882,0,3881:. 1|0:197,68:265:99:.:.:1172,0,4487:. 1|1:0,247:247:99:.:.:7380,741,0:. 1|1:0,251:251:99:.:.:7527,753,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:.:.:4854,491,0:. 1|0:60,104:164:99:.:.:2695,0,1175:. 0|1:42,183:225:99:.:.:4862,0,500:. 1|1:0,272:272:99:.:.:8127,815,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,14:107:99:.:.:120,0,2291:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,241:244:99:.:.:7013,646,0:. 0|1:22,51:73:99:.:.:1358,0,398:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3999,403,0:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5320,548,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:1,146:147:99:.:.:4349,413,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2802,282,0:. 1|0:107,22:129:99:.:.:286,0,2500:. 0|1:59,54:113:99:.:.:1336,0,1300:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:143,64:207:99:.:.:1308,0,3377:. 0|1:62,163:225:99:.:.:4309,0,1039:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3109,301,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,41:109:99:.:.:931,0,1496:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,108:170:99:.:.:2769,0,1170:. 1|1:7,101:108:99:.:.:2875,128,0:. 0|1:58,110:168:99:.:.:2792,0,1098:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4066,399,0:. 1|0:33,109:142:99:.:.:2832,0,496:. 0|1:41,149:190:99:.:.:4024,0,605:. 1|0:25,74:99:99:.:.:1903,0,424:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,53:167:99:.:.:1129,0,2720:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:.:.:7001,685,0:. 1|1:2,105:107:99:.:.:3129,263,0:. 1|1:4,109:113:99:.:.:3177,222,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1992,198,0:. 1|1:2,84:86:99:.:.:2471,199,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:12,182:194:99:.:.:5004,250,0:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3730,378,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4579,451,0:. 0|1:97,59:156:99:.:.:1324,0,2285:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,63:82:99:.:.:1659,0,277:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:47,26:73:99:.:.:566,0,1112:. 1|0:64,47:111:99:.:.:1095,0,1396:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5989,586,0:. 0|1:114,101:215:99:.:.:2459,0,2484:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3726,374,0:. 1|0:73,11:84:75:.:.:75,0,1754:. 1|0:162,58:220:99:.:.:1049,0,3581:. 1|0:111,15:126:85:.:.:85,0,2673:. 0|1:49,41:90:99:.:.:977,0,1092:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:72,0:72:28:.:.:0,28,1667:. 1|0:63,51:114:99:.:.:1242,0,1385:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,33:77:99:.:.:734,0,894:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1610:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2717,267,0:. 1|0:75,25:100:99:.:.:444,0,1726:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,77:81:99:.:.:2215,126,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4164,410,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2315,231,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2109,204,0:. 0|1:89,22:111:99:.:.:330,0,2236:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3411,345,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:7:.:.:0,7,1826:. 0|1:70,116:186:99:.:.:2866,0,1422:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:4,0:4:0:.:.:0,0,55:. 0|1:132,55:187:99:.:.:1065,0,3163:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,69:162:99:.:.:1548,0,2136:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:1,148:149:99:.:.:4492,419,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:53,18:71:99:.:.:330,0,1295:. 0|0:37,0:37:82:.:.:0,82,1014:. 1|1:4,82:86:99:.:.:2387,144,0:. 0|1:108,211:319:99:.:.:5455,0,2099:. 1|1:3,131:134:99:.:.:3864,321,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:1,27:28:53:.:.:724,53,0:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1343,114,0:. 1|0:160,40:202:99:.:.:592,0,3844:. 0|1:28,77:105:99:.:.:2032,0,504:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1579:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,10:22:99:.:.:231,0,273:. 1|0:32,37:69:99:.:.:874,0,715:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1055:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4150,408,0:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6435,536,0:. 1|1:0,145:145:99:.:.:5241,436,0:. 1|1:10,264:274:99:.:.:9062,473,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8571,707,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,147:147:99:.:.:5314,442,0:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8864,743,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1665:. 1|1:0,290:290:99:.:.:10319,872,0:. 1|1:0,211:211:99:.:.:7390,633,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:8659,725,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,296:296:99:.:.:10544,891,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:9016,748,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,241:242:99:.:.:8585,691,0:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4785,406,0:. 1|0:26,181:207:99:.:.:5819,0,290:. 1|1:1,315:316:99:.:.:11236,915,0:. 1|0:147,37:184:99:.:.:779,0,4555:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:8004,676,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1807,150,0:. 1|1:9,128:137:99:.:.:4267,102,0:. 1|1:0,181:181:99:.:.:6507,544,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4572,381,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,263:263:99:.:.:9484,791,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4494,376,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,221:228:99:.:.:7623,435,0:. 1|1:0,266:266:99:.:.:9355,800,0:. 0|0:780,0:780:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,842:843:99:.:.:30183,2505,0:. 1|1:0,729:729:99:.:.:25980,2192,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:44,0:44:96:.:.:0,96,1457:. 1|1:5,144:149:99:.:.:4730,298,0:. 1|1:4,119:123:99:.:.:4060,268,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:11,171:182:99:.:.:5312,157,0:. 1|1:0,230:230:99:.:.:7910,691,0:. 1|1:1,295:296:99:.:.:9883,858,0:. 1|1:4,558:562:99:.:.:18641,1568,0:. 1|1:3,280:283:99:.:.:9563,768,0:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,148:148:99:.:.:5107,445,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2829,255,0:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 1|1:1,291:292:99:.:.:9889,840,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8469,730,0:. 1|1:1,240:241:99:.:.:8165,715,0:. 1|0:216,26:242:99:.:.:210,0,6463:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8651,760,0:. 1|1:0,301:301:99:.:.:10344,905,0:. 1|1:0,275:275:99:.:.:9349,826,0:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8764,760,0:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,140:144:99:.:.:4641,291,0:. 1|0:224,241:465:99:.:.:6793,0,5793:. 0|1:18,49:67:99:.:.:1480,0,392:. 1|1:0,275:275:99:.:.:9571,825,0:. 1|1:0,329:329:99:.:.:11362,989,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,285:285:99:.:.:9871,856,0:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6385,559,0:. 1|1:0,277:277:99:.:.:9536,833,0:. 1|0:191,91:282:99:.:.:2359,0,5396:. 1|0:41,173:214:99:.:.:5238,0,643:. 1|1:0,276:276:99:.:.:9526,828,0:. 1|1:0,234:234:99:.:.:8020,701,0:. 1|1:2,264:266:99:.:.:9068,780,0:. 0|0:119,0:119:71:.:.:0,71,3248:. 1|0:47,191:238:99:.:.:5915,0,811:. 0|1:13,77:90:99:.:.:2284,0,134:. 1|1:23,258:281:99:.:.:8105,107,0:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,119:162:99:.:.:3575,0,931:. 1|1:3,549:552:99:.:.:18550,1551,0:. 1|1:2,259:261:99:.:.:8870,715,0:. 1|1:8,321:329:99:.:.:10343,724,0:. 0|1:75,179:254:99:.:.:5398,0,1648:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7873,682,0:. 0|1:23,99:122:99:.:.:3083,0,336:. 1|0:117,90:207:99:.:.:2336,0,3144:. 0|0:40,4:44:10:.:.:0,10,1186:. 0|1:52,243:295:99:.:.:7357,0,783:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,268:268:99:.:.:9244,806,0:. 1|1:21,250:271:99:.:.:7813,106,0:. 0|0:479,0:479:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,95:128:99:.:.:2911,0,709:. 1|0:21,204:225:26:.:.:6456,0,26:. 0|1:226,27:253:99:.:.:108,0,6753:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:163,24:187:99:.:.:286,0,4837:. 1|0:264,254:518:99:.:.:7108,0,7052:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,582:582:99:.:.:20132,1747,0:. 1|0:46,87:133:99:.:.:2536,0,1092:. 1|1:2,404:406:99:.:.:13706,1170,0:. 1|1:1,411:412:99:.:.:13736,1201,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2949,252,0:. 0|1:90,73:163:99:.:.:2111,0,2574:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4858,424,0:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6521,557,0:. 0|1:186,55:241:99:.:.:1226,0,5501:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7663,676,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2567,217,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:.:.:7938,693,0:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5492,487,0:. 1|1:0,259:259:99:.:.:8980,779,0:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4373,376,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2437,213,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:673,60,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,347:347:99:.:.:11997,1042,0:. 1|1:0,315:315:99:.:.:11051,947,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1291,114,0:. 1|1:0,286:286:99:.:.:9835,858,0:. 1|1:0,276:276:99:.:.:9537,830,0:. 1|1:1,170:171:99:.:.:5858,480,0:. 1|1:0,282:282:99:.:.:9822,847,0:. 1|1:0,222:222:99:.:.:7824,667,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7484,638,0:. 0|0:521,0:521:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,45:63:99:.:.:1390,0,407:. 1|0:177,185:362:99:.:.:5223,0,4949:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:.:.:7238,626,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 1|1:7,366:373:99:.:.:12509,895,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 532892 . G A 9.1329e+06 PASS FS=0;MQ=60.09;QD=31.36;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G1840D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gGt/gAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.688;VQSLOD=8.5;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0021;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=165.52;GQ_STDDEV=199.13;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5175;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.412;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15549536;AF=0.247;AS_InbreedingCoeff=0.6901;MLEAC=1302;MLEAF=0.248;AN=858;AC=232 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,38:38:99:1|1:532892_G_A:1769,120,0:. 0|0:37,0:37:77:.:.:0,77,968:. 0|1:11,29:40:99:0|1:532892_G_A:1169,0,482:. 0|1:5,19:24:99:0|1:532892_G_A:756,0,211:. 0|0:32,0:32:6:.:.:0,6,754:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:21,0:21:35:.:.:0,35,556:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1285:. 1|0:2,24:26:41:0|1:532892_G_A:1026,0,41:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,16:16:51:1|1:532892_G_A:749,51,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,212:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,628:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,539:. 1|1:0,44:44:99:1|1:532892_G_A:1981,135,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 1|1:0,244:244:99:1|1:532892_G_A:10995,758,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1147:. 0|1:84,15:99:99:0|1:532892_G_A:352,0,3412:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,15:15:45:.:.:453,45,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,60:134:99:0|1:532892_G_A:2279,0,2929:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,20:63:99:.:.:374,0,999:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1380:. 0|1:130,15:145:99:0|1:532892_G_A:188,0,6682:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,37:63:99:0|1:532892_G_A:1542,0,1090:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1461:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:.:.:7200,703,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,32:75:99:.:.:958,0,940:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,23:73:99:0|1:532892_G_A:806,0,2525:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,14:23:99:0|1:532892_G_A:558,0,374:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,141:231:99:0|1:532892_G_A:5647,0,4353:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:83,23:106:99:0|1:532892_G_A:731,0,3353:. 1|1:3,77:80:99:.:.:2293,176,0:. 1|0:50,6:56:99:0|1:532892_G_A:127,0,2572:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,71:143:99:0|1:532892_G_A:2744,0,3398:. 1|0:79,36:115:99:0|1:532892_G_A:1336,0,3164:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,16:136:71:.:.:71,0,2867:. 1|0:61,15:76:99:0|1:532892_G_A:436,0,3157:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 1|0:41,28:69:99:.:.:959,0,982:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1685,171,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1322:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:163,32:195:99:0|1:532892_G_A:875,0,7417:. 1|0:78,19:97:99:0|1:532892_G_A:557,0,3150:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,38:84:99:0|1:532892_G_A:1455,0,2152:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,21:57:99:0|1:532892_G_A:712,0,1829:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,12:52:99:0|1:532892_G_A:377,0,2012:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,84:123:99:0|1:532892_G_A:3378,0,1721:. 0|1:119,18:137:99:0|1:532892_G_A:368,0,5929:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,77:104:99:.:.:2044,0,434:. 1|0:83,13:96:99:.:.:109,0,1977:. 0|1:29,42:71:99:0|1:532892_G_A:1659,0,1197:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,117:200:99:0|1:532892_G_A:4596,0,3796:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:.:.:5180,367,0:. 1|0:44,78:122:99:.:.:2028,0,792:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,205:220:99:0|1:532892_G_A:8568,0,130:. 1|1:0,169:169:99:.:.:6422,508,0:. 1|1:4,203:207:99:1|1:532892_G_A:8797,425,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:81:.:.:0,81,4206:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:121,57:178:99:0|1:532892_G_A:1955,0,4964:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,67:134:99:0|1:532892_G_A:2573,0,2977:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,32:168:99:0|1:532892_G_A:920,0,6739:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:1,208:209:99:1|1:532892_G_A:9299,596,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:131,20:151:99:0|1:532892_G_A:442,0,6537:. 1|1:0,201:201:99:1|1:532892_G_A:8887,611,0:. 1|0:23,130:153:99:0|1:532892_G_A:5411,0,782:. 0|0:151,11:162:16:0|1:532892_G_A:0,16,6046:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:201,31:232:99:0|1:532892_G_A:643,0,10165:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:29,145:174:99:0|1:532892_G_A:5993,0,977:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,100:136:99:.:.:2696,0,591:. 0|1:129,40:169:99:0|1:532892_G_A:1261,0,6381:. 1|0:169,58:227:99:0|1:532892_G_A:1877,0,8051:. 1|1:0,218:218:99:1|1:532892_G_A:9726,665,0:. 1|1:0,259:259:99:1|1:532892_G_A:11602,792,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:1|1:532892_G_A:6416,436,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,186:238:99:.:.:7063,0,667:. 1|1:0,254:254:99:1|1:532892_G_A:11408,783,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,244:246:99:1|1:532892_G_A:10832,648,0:. 0|1:41,24:65:99:0|1:532892_G_A:905,0,1873:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4518,441,0:. 1|1:1,160:161:99:1|1:532892_G_A:7069,437,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:80,34:114:99:0|1:532892_G_A:1215,0,3950:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:148,52:200:99:.:.:974,0,3399:. 0|1:39,142:181:99:0|1:532892_G_A:5809,0,1538:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,447:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3292,321,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,92:145:99:.:.:3494,0,1030:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,130:178:99:.:.:5079,0,779:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,60:153:99:0|1:532892_G_A:2202,0,4516:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7606,725,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1452:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:12,177:189:38:1|1:532892_G_A:7442,38,0:. 1|0:52,80:132:99:0|1:532892_G_A:3213,0,3104:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5042,498,0:. 0|1:118,30:148:99:.:.:466,0,3081:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,49:67:99:.:.:1288,0,298:. 1|1:0,78:78:99:1|1:532892_G_A:3524,238,0:. 0|1:41,33:74:99:0|1:532892_G_A:1245,0,2007:. 0|1:100,15:115:99:0|1:532892_G_A:309,0,4166:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:1|1:532892_G_A:7866,533,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,7:73:7:.:.:7,0,1538:. 1|0:150,47:197:99:0|1:532892_G_A:1492,0,6868:. 1|0:109,20:129:99:.:.:230,0,2561:. 0|1:47,52:99:99:.:.:1917,0,965:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,14:72:99:.:.:236,0,1303:. 1|1:0,66:66:99:1|1:532892_G_A:2941,199,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2959,289,0:. 1|0:95,35:130:99:.:.:769,0,2094:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,100:110:95:0|1:532892_G_A:4174,0,95:. 1|1:0,126:126:99:1|1:532892_G_A:5654,388,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1998,195,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,16:132:99:0|1:532892_G_A:317,0,5987:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,129:. 1|0:134,28:162:99:0|1:532892_G_A:777,0,6672:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,71:143:99:.:.:1619,0,1564:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:1,122:123:99:1|1:532892_G_A:5391,321,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:1|1:532892_G_A:1614,111,0:. 1|1:5,66:71:72:.:.:1892,72,0:. 1|0:267,83:350:99:0|1:532892_G_A:2625,0,13670:. 1|1:1,122:123:99:.:.:4333,341,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:4,22:26:99:0|1:532892_G_A:902,0,143:. 1|1:0,55:55:99:1|1:532879_A_T:2507,169,0:. 1|0:173,23:196:99:0|1:532892_G_A:436,0,8631:. 1|0:46,49:95:99:0|1:532892_G_A:1973,0,2023:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1579:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,4:26:91:0|1:532892_G_A:91,0,1021:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:2,126:128:99:1|1:532879_A_T:5737,310,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:1|1:532892_G_A:6728,455,0:. 1|1:6,267:273:99:1|1:532892_G_A:11540,419,0:. 1|1:1,220:221:99:1|1:532892_G_A:9955,614,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:.:.:5798,475,0:. 0|1:246,23:269:6:.:.:6,0,7484:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,213:213:99:1|1:532892_G_A:9595,650,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1665:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:1|1:532892_G_A:10477,710,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,276:276:99:1|1:532892_G_A:12482,846,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:532892_G_A:5917,400,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,40:191:99:0|1:532892_G_A:1195,0,9639:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:532892_G_A:9355,635,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:532892_G_A:2383,163,0:. 0|1:13,106:119:77:.:.:4315,0,77:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:1|1:532892_G_A:7202,485,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:1|1:532892_G_A:11799,801,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,221:223:99:1|1:532892_G_A:9841,517,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:780,0:780:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,882:883:99:.:.:31891,2622,0:. 1|1:1,694:695:99:.:.:25000,2080,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1460:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,116:120:96:1|1:532892_G_A:5003,96,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,262:262:99:.:.:8899,785,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:540,0:540:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:153,145:298:99:0|1:532892_G_A:5597,0,9069:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 1|1:11,278:289:99:1|1:532892_G_A:11802,124,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,197:198:99:1|1:532892_G_A:8746,575,0:. 1|1:6,235:241:99:1|1:532892_G_A:10276,377,0:. 1|0:206,28:234:99:.:.:468,0,6100:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:248,30:278:99:0|1:532892_G_A:480,0,10323:. 1|1:16,235:251:42:1|1:532892_G_A:9781,42,0:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:228,251:479:99:0|1:532892_G_A:9647,0,12724:. 0|1:24,17:41:99:.:.:452,0,686:. 1|0:20,272:292:99:0|1:532892_G_A:11390,0,425:. 0|1:102,208:310:99:0|1:532892_G_A:8293,0,4954:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,161:165:99:1|1:532892_G_A:7168,344,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:186,77:263:99:.:.:1878,0,5365:. 1|0:45,192:237:99:.:.:5857,0,678:. 1|1:0,255:255:99:.:.:8826,766,0:. 1|1:1,235:236:99:.:.:8028,672,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,187:237:99:.:.:5908,0,832:. 0|1:12,77:89:99:.:.:2271,0,124:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,107:179:99:.:.:3216,0,1798:. 1|0:244,341:585:99:.:.:10025,0,5782:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,187:279:99:.:.:5682,0,2328:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,136:255:99:.:.:3918,0,3001:. 1|0:90,26:116:99:0|1:532892_G_A:872,0,5126:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,4:49:1:.:.:1,0,1244:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,298:302:99:.:.:10282,772,0:. 0|1:17,249:266:99:0|1:532892_G_A:10451,0,244:. 1|0:63,447:510:99:0|1:532892_G_A:18315,0,1835:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:530,0:530:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,412:413:99:1|1:532892_G_A:18356,1220,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:.:.:7286,617,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,152:199:99:0|1:532892_G_A:6334,0,2403:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:532892_G_A:4176,283,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,282:282:99:1|1:532892_G_A:12790,870,0:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,9:72:99:.:.:118,0,1838:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,815:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:230,67:297:99:0|1:532892_G_A:2104,0,14181:. 1|0:251,92:343:99:0|1:532892_G_A:3119,0,15485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:177,79:256:99:0|1:532892_G_A:2724,0,10317:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:532892_G_A:9466,644,0:. 0|0:521,0:521:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,62:84:99:.:.:1962,0,473:. 1|0:188,178:366:99:.:.:5039,0,4967:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,159:216:99:.:.:4906,0,1203:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,666:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 532896 . C T 6.7606e+06 PASS FS=0;MQ=60.21;QD=32.66;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N1841;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaC/aaT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.685;VQSLOD=8.52;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.1;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0007;FractionInformativeReads=0.998;GC=42.86;GQ_MEAN=137.52;GQ_STDDEV=164.82;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6282;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.79;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15516808;AF=0.173;AS_InbreedingCoeff=0.6143;MLEAC=910;MLEAF=0.173;AN=858;AC=160 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,40:40:99:1|1:532892_G_A:1769,120,0:. 0|0:39,0:39:83:.:.:0,83,1021:. 0|1:13,29:42:99:0|1:532892_G_A:1159,0,557:. 0|1:5,18:23:99:0|1:532892_G_A:782,0,208:. 0|0:32,0:32:63:.:.:0,63,880:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,580:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1285:. 1|0:3,25:28:65:0|1:532892_G_A:1023,0,65:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,17:17:51:1|1:532892_G_A:749,51,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,173:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,628:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,45:45:99:1|1:532892_G_A:1982,135,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 1|1:0,250:250:99:1|1:532892_G_A:11043,764,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1147:. 0|1:82,14:96:99:0|1:532892_G_A:335,0,3349:. 0|0:26,0:26:37:.:.:0,37,605:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,452:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,59:134:99:0|1:532892_G_A:2276,0,2951:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1380:. 0|1:131,13:144:99:0|1:532892_G_A:158,0,6718:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,39:65:99:0|1:532892_G_A:1512,0,1120:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1461:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,13:74:99:.:.:148,0,2638:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,23:76:99:0|1:532892_G_A:806,0,2521:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,14:24:99:0|1:532892_G_A:555,0,401:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,143:235:99:0|1:532892_G_A:5699,0,4329:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:81,23:104:99:0|1:532892_G_A:700,0,3422:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,7:58:99:0|1:532892_G_A:124,0,2598:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:72,70:142:99:0|1:532892_G_A:2739,0,3432:. 1|0:78,39:117:99:0|1:532892_G_A:1339,0,3139:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,15:76:99:0|1:532892_G_A:436,0,3153:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 1|0:48,24:72:99:.:.:505,0,2200:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1322:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:165,36:201:99:0|1:532892_G_A:944,0,7537:. 1|0:78,20:98:99:0|1:532892_G_A:585,0,3141:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,39:84:99:0|1:532892_G_A:1483,0,2145:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,18:54:99:0|1:532892_G_A:683,0,1857:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,12:50:99:0|1:532892_G_A:380,0,1988:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,85:124:99:0|1:532892_G_A:3460,0,1688:. 0|1:122,18:140:99:0|1:532892_G_A:381,0,5981:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,41:68:99:0|1:532892_G_A:1635,0,1202:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,116:197:99:0|1:532892_G_A:4600,0,3796:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,108:119:99:.:.:2913,0,151:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,209:224:99:0|1:532892_G_A:8644,0,121:. 1|0:79,89:168:99:.:.:2182,0,2785:. 1|1:4,201:205:99:1|1:532892_G_A:8885,434,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:51:.:.:0,51,4013:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:130,53:183:99:0|1:532892_G_A:1879,0,5122:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,65:132:99:0|1:532892_G_A:2542,0,3055:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:137,32:169:99:0|1:532892_G_A:888,0,6724:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:1,209:210:99:1|1:532892_G_A:9274,593,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:135,20:155:99:0|1:532892_G_A:431,0,6604:. 1|1:0,194:194:99:1|1:532892_G_A:8825,605,0:. 1|0:23,131:154:99:0|1:532892_G_A:5414,0,782:. 0|0:142,10:152:43:0|1:532892_G_A:0,43,6117:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:208,33:241:99:0|1:532892_G_A:683,0,10214:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:29,149:178:99:0|1:532892_G_A:6043,0,971:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,40:171:99:0|1:532892_G_A:1283,0,6453:. 1|0:168,59:227:99:0|1:532892_G_A:1920,0,8139:. 1|1:0,214:214:99:1|1:532892_G_A:9614,653,0:. 1|1:0,255:255:99:1|1:532892_G_A:11553,786,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:1|1:532892_G_A:6449,439,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,148:235:99:.:.:3805,0,3395:. 1|1:0,262:262:99:1|1:532892_G_A:11580,801,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,246:248:99:1|1:532892_G_A:10888,654,0:. 0|1:41,26:67:99:0|1:532892_G_A:933,0,1870:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,158:159:99:1|1:532892_G_A:6958,425,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:80,34:114:99:0|1:532892_G_A:1183,0,4001:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,139:177:99:0|1:532892_G_A:5758,0,1544:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,444:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,80:146:99:.:.:2021,0,2622:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,115:173:99:.:.:2987,0,2271:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,59:151:99:0|1:532892_G_A:2183,0,4445:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1452:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:13,179:192:19:1|1:532892_G_A:7439,19,0:. 1|0:49,82:131:99:0|1:532892_G_A:3315,0,3074:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:532892_G_A:3524,238,0:. 0|1:42,32:74:99:0|1:532892_G_A:1242,0,2031:. 0|1:103,14:117:99:0|1:532892_G_A:297,0,4300:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:1|1:532892_G_A:7860,533,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,46:193:99:0|1:532892_G_A:1476,0,6845:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,43:100:99:.:.:1015,0,2131:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:532892_G_A:2880,193,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,103:113:96:0|1:532892_G_A:4152,0,96:. 1|1:0,125:125:99:1|1:532892_G_A:5632,385,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,16:131:99:0|1:532892_G_A:320,0,5963:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,131:. 1|0:131,30:161:99:0|1:532892_G_A:783,0,6627:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:1,121:122:99:1|1:532892_G_A:5453,327,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:1|1:532892_G_A:1540,105,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:269,82:351:99:0|1:532892_G_A:2620,0,13698:. 0|1:82,44:126:99:.:.:961,0,2979:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:4,20:24:99:0|1:532892_G_A:872,0,146:. 1|1:0,54:54:99:1|1:532879_A_T:2475,166,0:. 1|0:173,22:195:99:0|1:532892_G_A:383,0,8611:. 1|0:49,51:100:99:0|1:532892_G_A:1907,0,2139:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1579:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,4:26:91:0|1:532892_G_A:91,0,1020:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:2,124:126:99:1|1:532879_A_T:5646,304,0:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,779:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:1|1:532892_G_A:6768,458,0:. 1|1:6,259:265:99:1|1:532892_G_A:11373,404,0:. 1|1:1,222:223:99:1|1:532892_G_A:9920,611,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,209:209:99:1|1:532892_G_A:9564,647,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1665:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,240:240:99:1|1:532892_G_A:10749,731,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,277:277:99:1|1:532892_G_A:12508,849,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:1|1:532892_G_A:5905,400,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,38:193:99:0|1:532892_G_A:1120,0,9728:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:1|1:532892_G_A:9293,629,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:532892_G_A:2314,157,0:. 0|1:31,91:122:99:.:.:2990,0,982:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:1|1:532892_G_A:7227,488,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,264:264:99:1|1:532892_G_A:11906,810,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,220:223:99:1|1:532892_G_A:9806,514,0:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:780,0:780:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:883,0:883:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:702,0:702:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1460:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,118:122:96:1|1:532892_G_A:4983,96,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:540,0:540:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:154,145:299:99:0|1:532892_G_A:5595,0,9118:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 1|1:11,280:291:99:1|1:532892_G_A:11744,121,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,190:191:99:1|1:532892_G_A:8737,575,0:. 1|1:6,237:243:99:1|1:532892_G_A:10269,377,0:. 0|0:218,18:236:77:.:.:0,77,12376:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:250,30:280:99:0|1:532892_G_A:512,0,10706:. 1|0:16,228:244:32:0|1:532892_G_A:9685,0,32:. 0|0:459,0:459:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:230,250:480:99:0|1:532892_G_A:9698,0,12708:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1382:. 1|0:20,277:297:99:0|1:532892_G_A:11517,0,384:. 0|1:100,201:301:99:0|1:532892_G_A:8173,0,4936:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,165:169:99:1|1:532892_G_A:7172,344,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:580,0:580:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,28:118:99:0|1:532892_G_A:872,0,5131:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,249:267:99:0|1:532892_G_A:10428,0,275:. 1|0:67,442:509:99:0|1:532892_G_A:18058,0,1865:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:530,0:530:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,408:409:99:1|1:532892_G_A:18352,1223,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,155:202:99:0|1:532892_G_A:6335,0,2410:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:532892_G_A:4176,283,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,283:283:99:1|1:532892_G_A:12689,861,0:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,815:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:233,67:300:99:0|1:532892_G_A:2117,0,14255:. 1|0:252,91:343:99:0|1:532892_G_A:3063,0,15452:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:173,75:248:99:0|1:532892_G_A:2700,0,10259:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,209:209:99:1|1:532892_G_A:9468,644,0:. 0|0:521,0:521:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:638,0:638:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,666:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 532921 . G A 3.47065e+06 PASS FS=0;MQ=60.26;QD=23.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G1850S;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ggt/Agt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.665;VQSLOD=7.55;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=131.33;GQ_STDDEV=90.32;HRun=0;InbreedingCoeff=0.781;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.641;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15505150;AF=0.11;AS_InbreedingCoeff=0.8473;MLEAC=581;MLEAF=0.111;AN=858;AC=116 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1067:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1312:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:37,0:37:13:.:.:0,13,896:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:36,0:36:74:.:.:0,74,1016:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,7:7:21:.:.:228,21,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,745:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1326:. 0|1:25,48:73:99:.:.:1268,0,512:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,97:98:99:.:.:2865,266,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1147:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,630:. 1|1:1,17:18:24:.:.:497,24,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,15:56:99:.:.:283,0,1000:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1380:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1461:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,231:231:99:.:.:6845,694,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,28:73:99:.:.:606,0,1227:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1144:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4078,409,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:28,75:103:99:1|0:532892_G_A:1939,0,794:. 1|1:2,87:89:99:.:.:2502,208,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,18:136:99:.:.:111,0,2924:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1900,198,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,118,1322:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:174,50:224:99:1|0:532892_G_A:833,0,4551:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,72:73:99:.:.:2080,192,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,93:121:99:.:.:2404,0,435:. 1|0:76,13:89:99:.:.:128,0,1846:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,13:117:43:.:.:43,0,3928:. 1|0:15,113:128:38:.:.:2966,0,38:. 0|1:85,43:128:99:.:.:916,0,1952:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,85:169:99:.:.:2001,0,2940:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,248:248:99:.:.:7398,744,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,73:139:99:.:.:1781,0,1446:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,114:148:99:.:.:3067,0,544:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:189,33:222:99:.:.:269,0,6619:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,13:71:99:1|0:532892_G_A:184,0,1789:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4487,453,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,46:96:99:.:.:1032,0,1074:. 1|1:2,251:253:99:.:.:7321,707,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:139,0:139:29:.:.:0,29,3094:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:153,39:192:99:.:.:592,0,3571:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:129,16:145:56:.:.:56,0,3150:. 1|1:3,133:136:99:.:.:3913,323,0:. 0|0:139,11:150:99:.:.:0,124,4630:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:94:.:.:0,94,2975:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:.:.:7327,727,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1452:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,77:122:99:0|1:532892_G_A:2916,0,2577:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4803,489,0:. 0|1:122,27:149:99:.:.:354,0,3317:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,51:69:99:.:.:1339,0,297:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,25:112:99:.:.:396,0,2235:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,83:187:99:.:.:1942,0,2273:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,25:72:99:.:.:549,0,1028:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:123,19:142:99:.:.:130,0,2915:. 0|0:89,8:97:56:.:.:0,56,2778:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,10:77:61:.:.:61,0,1624:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2419,233,0:. 1|0:83,53:136:99:.:.:1161,0,1927:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6832,676,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1781,177,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,198:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,76:164:99:.:.:1671,0,1969:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:43,9:52:99:.:.:122,0,1055:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,87:135:99:.:.:2165,0,1611:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1165:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,16:98:99:1|0:532892_G_A:184,0,2675:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1579:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,995:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:.:.:5367,448,0:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1665:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,23:129:99:.:.:422,0,3982:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:4448,373,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,274:275:99:.:.:9668,792,0:. 0|0:780,0:780:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,884:885:99:.:.:31575,2630,0:. 1|1:0,722:722:99:.:.:25857,2172,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1460:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,275:275:99:.:.:9309,826,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:540,0:540:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,255:297:99:.:.:7846,0,823:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,462:470:99:1|1:532906_G_A:19631,884,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,22:46:99:.:.:642,0,676:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:186,93:279:99:.:.:2442,0,5209:. 1|0:39,196:235:99:.:.:6003,0,450:. 1|1:5,265:270:99:.:.:9055,628,0:. 1|1:3,251:254:99:.:.:8446,656,0:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,206:242:99:.:.:6460,0,505:. 0|1:11,84:95:54:.:.:2644,0,54:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,91:172:99:.:.:2624,0,2277:. 1|0:223,329:552:99:.:.:9765,0,5430:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,214:277:99:.:.:6721,0,1189:. 1|1:4,275:279:99:.:.:11866,721,0:. 1|0:47,153:200:99:0|1:532906_G_A:6132,0,1377:. 1|0:123,127:250:99:.:.:3700,0,3324:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,48:54:26:.:.:1484,0,26:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,293:297:99:.:.:10012,757,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:530,0:530:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,212:259:99:0|1:532906_G_A:8484,0,1770:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2662,226,0:. 0|1:88,81:169:99:.:.:2411,0,2477:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7462,641,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8616,743,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,13:72:99:.:.:233,0,1647:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,815:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,149:151:99:.:.:5083,384,0:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,74:100:99:0|1:532921_G_A:2887,0,797:. 1|0:181,171:352:99:0|1:532921_G_A:6538,0,6590:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7681,662,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 532976 . A G 1.99222e+06 PASS FS=0;MQ=60.89;QD=24.17;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y1868C;SNPEFF_CODON_CHANGE=tAt/tGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.702;VQSLOD=7.9;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1931;FractionInformativeReads=0.999;GC=33.33;GQ_MEAN=130.43;GQ_STDDEV=116.76;HRun=0;InbreedingCoeff=0.373;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.818;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15469503;AF=0.069;AS_InbreedingCoeff=0.7742;MLEAC=364;MLEAF=0.069;AN=856;AC=53 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1114:. 1|0:31,9:40:99:.:.:139,0,1237:. 0|0:50,5:55:22:.:.:0,22,2039:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1284:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1073:. 0|0:23,0:23:17:.:.:0,17,631:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,556:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1603:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1647:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1380:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1461:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,31:139:99:.:.:403,0,2892:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1144:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,677:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 0|1:26,43:69:99:.:.:1017,0,866:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1601,171,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,98:215:99:.:.:2022,0,3783:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,33:64:99:.:.:742,0,1133:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,166:225:99:.:.:3859,0,1240:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,145:212:99:.:.:3340,0,1437:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:55,163:218:99:.:.:3754,0,1700:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:124,17:141:33:.:.:33,0,4652:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:.:.:5058,564,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,114:115:99:.:.:3107,312,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:125,13:138:57:.:.:0,57,4287:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,106:106:99:.:.:2895,318,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,64:133:99:.:.:1355,0,1761:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3672,396,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,9:107:88:.:.:0,88,3803:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1452:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,1999:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,25:92:99:.:.:411,0,1941:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:14,51:65:99:.:.:1169,0,254:. 0|1:86,35:121:99:.:.:605,0,3000:. 1|0:58,20:78:99:.:.:310,0,1541:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2491,278,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,14:103:78:.:.:78,0,2830:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,95:102:30:.:.:2339,30,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1765,200,0:. 1|1:6,68:74:43:.:.:1685,43,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,164:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,43:142:99:.:.:747,0,3825:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1165:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,9:102:51:.:.:0,51,3602:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1579:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1055:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1665:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8474,748,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4087,364,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4183,367,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:780,0:780:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:895,0:895:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:721,0:721:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,97:100:99:.:.:3176,190,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1460:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:540,0:540:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1502:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:258,28:286:44:.:.:44,0,10507:. 1|1:8,472:480:99:.:.:13947,1089,0:. 1|0:115,53:168:99:0|1:532976_A_G:1348,0,4601:. 0|0:561,0:561:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:293,0:293:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,50:198:99:.:.:936,0,4601:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,118:199:99:.:.:3197,0,2962:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1789:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,514:529:99:.:.:15099,974,0:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:489,0:489:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,35:134:99:.:.:745,0,3990:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,162:192:99:.:.:4794,0,714:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:530,0:530:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,34:93:99:.:.:872,0,1832:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,697:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,721:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 532989 . G A 1.1706e+07 PASS FS=0;MQ=60.4;QD=34.56;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1872;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.691;VQSLOD=10.37;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=137.45;GQ_STDDEV=114.7;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7571;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.577;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15988921;AF=0.357;AS_InbreedingCoeff=0.5207;MLEAC=1881;MLEAF=0.358;AN=856;AC=232 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1114:. 0|1:12,31:43:99:.:.:1264,0,408:. 1|0:38,14:52:99:.:.:473,0,1521:. 0|0:23,0:23:35:.:.:0,35,582:. 1|0:5,42:47:80:.:.:1668,0,80:. 0|0:14,0:14:24:.:.:0,24,363:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:31,0:31:65:.:.:0,65,824:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1187:. 0|1:5,17:22:99:0|1:532989_G_A:666,0,159:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 1|0:4,23:27:64:.:.:945,0,64:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,356:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,88:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 1|1:1,20:21:24:1|1:532989_G_A:838,24,0:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:63,16:79:99:0|1:532989_G_A:434,0,2622:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1603:. 1|1:1,38:39:72:1|1:532989_G_A:1621,72,0:. 1|0:94,11:105:99:0|1:532989_G_A:161,0,3821:. 0|0:26,0:26:58:.:.:0,58,679:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 1|1:0,70:70:99:1|1:532989_G_A:3071,211,0:. 1|1:0,107:107:99:1|1:532989_G_A:4905,334,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1647:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:532989_G_A:3328,226,0:. 1|0:97,54:151:99:.:.:1898,0,3889:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:1|1:532989_G_A:2776,195,0:. 1|0:57,9:66:99:0|1:532989_G_A:191,0,2265:. 0|1:24,47:71:99:0|1:532989_G_A:1910,0,863:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,38:130:99:.:.:1339,0,3707:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,238:238:99:1|1:532989_G_A:10815,740,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,5:79:42:.:.:0,42,3210:. 1|1:0,41:41:99:1|1:532989_G_A:1857,126,0:. 1|0:103,26:129:99:0|1:532989_G_A:730,0,4239:. 1|0:47,26:73:99:.:.:930,0,1872:. 1|1:0,102:102:99:1|1:532989_G_A:4471,307,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,696:. 0|1:5,97:102:99:0|1:532989_G_A:3984,0,108:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,48:83:99:0|1:532989_G_A:1923,0,1299:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:1|1:532989_G_A:6587,442,0:. 0|0:365,0:365:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:1|1:532989_G_A:2052,138,0:. 1|0:19,77:96:99:.:.:3141,0,515:. 1|0:93,31:124:99:0|1:532989_G_A:1083,0,3797:. 1|1:0,76:76:99:1|1:532989_G_A:3498,238,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,105:106:99:1|1:532989_G_A:4701,280,0:. 0|1:13,124:137:99:.:.:5033,0,173:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,62:68:65:.:.:2552,0,65:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,103:148:99:0|1:532989_G_A:4249,0,1502:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:532989_G_A:6365,430,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,173:175:99:1|1:532989_G_A:7754,449,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,17:107:99:.:.:383,0,3778:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,19:114:99:.:.:458,0,3865:. 0|1:70,36:106:99:.:.:1288,0,2751:. 0|1:67,9:76:99:.:.:162,0,2757:. 1|1:1,172:173:99:1|1:532989_G_A:7643,479,0:. 0|1:34,155:189:99:0|1:532989_G_A:6306,0,937:. 0|1:113,64:177:99:.:.:2282,0,4528:. 0|1:12,261:273:93:0|1:532989_G_A:10852,0,93:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,193:194:99:1|1:532989_G_A:8583,547,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,79:144:99:.:.:3016,0,2393:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,195:201:99:.:.:8416,357,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,28:174:99:.:.:703,0,6066:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:1|1:532989_G_A:8474,575,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,35:134:99:.:.:1135,0,4042:. 1|0:81,121:202:99:0|1:532989_G_A:4812,0,2907:. 0|1:11,146:157:10:0|1:532989_G_A:6142,0,10:. 1|0:16,163:179:99:0|1:532989_G_A:6825,0,153:. 0|1:80,117:197:99:.:.:4627,0,3045:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:245,28:273:99:0|1:532989_G_A:392,0,10075:. 1|0:132,52:184:99:.:.:1724,0,5491:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:120,10:130:56:.:.:56,0,4850:. 1|0:86,43:129:99:.:.:1533,0,3583:. 1|1:0,85:85:99:1|1:532989_G_A:3830,259,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:199,25:224:99:0|1:532989_G_A:416,0,8193:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,113:165:99:0|1:532989_G_A:4652,0,1818:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:1|1:532989_G_A:5331,364,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,8:73:99:.:.:137,0,2640:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,110:110:99:1|1:532989_G_A:4875,334,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:111,26:137:99:.:.:757,0,4571:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:91,98:189:99:.:.:3747,0,3418:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,547:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,106:106:99:1|1:532989_G_A:4665,319,0:. 0|1:55,36:91:99:0|1:532989_G_A:1312,0,2188:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,90:160:99:.:.:3492,0,2697:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,21:163:99:0|1:532989_G_A:448,0,8739:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:1|1:532989_G_A:5610,379,0:. 1|0:45,90:135:99:.:.:3580,0,1563:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,72:101:99:0|1:532989_G_A:2957,0,995:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:1|1:532989_G_A:4385,298,0:. 1|1:6,120:126:99:1|1:532989_G_A:5045,109,0:. 1|1:1,248:249:99:1|1:532989_G_A:11303,732,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,67:67:99:1|1:532989_G_A:3062,208,0:. 1|1:1,93:94:99:1|1:532989_G_A:4141,241,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,41:128:99:0|1:532989_G_A:1441,0,3407:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,36:128:99:.:.:1243,0,3682:. 1|0:88,14:102:99:0|1:532989_G_A:323,0,3610:. 0|0:86,0:86:82:.:.:0,82,1986:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,26:74:99:.:.:933,0,1892:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,31:112:99:0|1:532989_G_A:1094,0,3239:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,93:97:9:1|1:532989_G_A:3933,9,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,87:170:99:0|1:532989_G_A:3433,0,3140:. 1|1:0,111:111:99:1|1:532989_G_A:5115,346,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:58,7:65:99:0|1:532989_G_A:104,0,2574:. 1|0:69,54:123:99:0|1:532989_G_A:2049,0,2821:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,19:82:99:.:.:630,0,2550:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,4:100:99:0|1:532989_G_A:0,127,4199:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:532989_G_A:2749,187,0:. 0|1:112,14:126:99:.:.:214,0,4615:. 1|1:0,126:126:99:1|1:532989_G_A:5630,382,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,4:80:84:0|1:532989_G_A:0,84,3340:. 0|1:86,106:192:99:0|1:532989_G_A:4166,0,3249:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:2,4:6:56:0|1:532989_G_A:162,0,56:. 0|1:121,38:159:99:.:.:1262,0,4856:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:53,0:53:3:.:.:0,3,1188:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,226:329:99:.:.:8916,0,3630:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:21,2:23:21:.:.:21,0,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1165:. 0|1:173,18:191:99:.:.:188,0,7043:. 0|1:86,22:108:99:.:.:659,0,3500:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1579:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,7:17:99:.:.:239,0,399:. 1|0:29,45:74:99:0|1:532989_G_A:1830,0,1098:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1055:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,192:192:99:1|1:532989_G_A:8644,584,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:1|1:532989_G_A:10597,719,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:1|1:532989_G_A:10207,695,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1665:. 1|1:0,272:272:99:1|1:532989_G_A:12308,834,0:. 1|1:0,217:217:99:1|1:532989_G_A:9883,671,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,212:215:99:.:.:9504,530,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,223:227:99:.:.:10064,541,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,185:207:99:0|1:532989_G_A:7781,0,390:. 1|1:1,295:296:99:1|1:532989_G_A:13255,858,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,176:178:99:1|1:532989_G_A:7833,475,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,844:846:99:.:.:38096,2521,0:. 0|0:895,0:895:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:721,0:721:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1460:. 1|1:3,122:125:99:1|1:532989_G_A:5293,244,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:18,162:180:99:0|1:532989_G_A:6817,0,248:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,281:281:99:1|1:532989_G_A:12652,858,0:. 1|1:1,488:489:99:1|1:532989_G_A:22047,1453,0:. 0|1:140,153:293:99:.:.:5971,0,5371:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:532989_G_A:6126,415,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:532989_G_A:3963,271,0:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,237:237:99:1|1:532989_G_A:10727,722,0:. 1|1:0,270:270:99:1|1:532989_G_A:12208,828,0:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:7,132:139:99:.:.:5570,109,0:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,8:50:99:.:.:207,0,1725:. 0|1:281,21:302:12:0|1:532989_G_A:12,0,11581:. 1|0:219,95:314:99:.:.:3332,0,8935:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:1,273:274:99:1|1:532989_G_A:12271,792,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,238:241:99:.:.:10507,605,0:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,248:252:99:.:.:10942,597,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,234:289:99:.:.:9524,0,1550:. 0|0:486,0:486:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,21:176:99:.:.:380,0,6608:. 0|1:286,237:523:99:.:.:9014,0,11010:. 1|1:3,268:271:99:.:.:11987,702,0:. 1|1:3,281:284:99:1|1:532989_G_A:12523,576,0:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,125:258:99:.:.:4804,0,5136:. 1|1:3,127:130:99:.:.:5531,258,0:. 1|0:122,81:203:99:0|1:532989_G_A:3004,0,5024:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1789:. 0|1:54,219:273:99:.:.:8960,0,1525:. 0|0:530,0:530:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:201,25:226:99:.:.:406,0,8281:. 1|1:16,444:460:99:.:.:19046,646,0:. 1|0:40,92:132:99:0|1:532989_G_A:3799,0,1468:. 1|0:35,238:273:99:.:.:10086,0,740:. 0|1:204,17:221:71:0|1:532989_G_A:71,0,18103:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:168,29:197:99:0|1:532989_G_A:612,0,7311:. 1|0:245,224:469:99:.:.:8460,0,9320:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,530:530:99:1|1:532989_G_A:23840,1616,0:. 1|0:30,62:92:99:0|1:532989_G_A:2491,0,1046:. 1|1:3,457:460:99:1|1:532989_G_A:20599,1280,0:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:1|1:532989_G_A:6730,455,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:210,58:268:99:0|1:532989_G_A:1812,0,8525:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:188,35:223:99:.:.:891,0,7615:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,150:150:99:1|1:532989_G_A:6843,464,0:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,311:312:99:1|1:532989_G_A:13859,848,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:1|1:532989_G_A:5829,397,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,53:61:99:.:.:2236,0,157:. 1|1:0,23:23:69:1|1:532989_G_A:990,69,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,231:289:99:.:.:9612,0,1719:. 0|1:74,241:315:99:.:.:9828,0,2395:. 1|1:0,30:30:93:1|1:532989_G_A:1382,93,0:. 1|1:1,233:234:99:1|1:532989_G_A:10569,677,0:. 1|1:0,280:280:99:1|1:532989_G_A:12656,855,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,172:260:99:.:.:6955,0,3141:. 1|1:8,239:247:99:.:.:10372,398,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,17:93:99:.:.:322,0,3149:. 0|1:191,167:358:99:.:.:4818,0,7527:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 533044 . C G 1.96273e+06 PASS FS=0;MQ=60.51;QD=22.65;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R1891G;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cga/Gga;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.69;VQSLOD=7;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.17;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0075;FractionInformativeReads=0.998;GC=38.1;GQ_MEAN=119.5;GQ_STDDEV=105.7;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6485;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.842;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15716053;AF=0.069;AS_InbreedingCoeff=0.7244;MLEAC=358;MLEAF=0.068;AN=858;AC=58 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:36:.:.:0,36,540:. 0|1:24,6:30:83:.:.:83,0,825:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,450:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,710:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,720:. 0|0:31,0:31:65:.:.:0,65,779:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,375:. 0|0:17,0:17:30:.:.:0,30,450:. 0|0:35,0:35:34:.:.:0,34,729:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,114,1603:. 0|0:45,0:45:60:.:.:0,60,900:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,13:15:7:.:.:292,0,7:. 1|1:1,9:10:4:.:.:227,4,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 0|0:63,0:63:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1647:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,252:253:99:.:.:6887,732,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,24:87:99:.:.:395,0,1422:. 0|0:34,0:34:36:.:.:0,36,540:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,57:59:99:.:.:1568,123,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,2157:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:377,0:377:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:39:.:.:0,39,585:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,96:120:99:.:.:2301,0,493:. 1|0:72,25:97:99:.:.:408,0,2163:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,12:100:1:.:.:1,0,2006:. 1|0:29,86:115:99:.:.:1982,0,435:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,68:164:99:.:.:1417,0,2016:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:185,27:212:99:.:.:126,0,4185:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:121,15:136:12:.:.:12,0,2836:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:165,32:197:99:.:.:271,0,5247:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,26:159:99:.:.:246,0,4000:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,57:156:99:.:.:1143,0,2146:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,230:232:99:.:.:6477,647,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:60:.:.:0,60,900:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4080,449,0:. 0|0:115,10:125:97:.:.:0,97,3131:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1659:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,66:137:99:.:.:1409,0,1493:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,83:131:99:.:.:1849,0,852:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1357:. 0|0:169,19:188:74:.:.:0,74,4143:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1579:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1055:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1049:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4895,421,0:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5643,490,0:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1665:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:.:.:7937,697,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1461:. 0|1:96,20:116:99:.:.:341,0,2879:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:782,0:782:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:899,0:899:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,731:731:99:.:.:25132,2197,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1460:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,259:261:99:.:.:8588,716,0:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:537,0:537:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,25:55:99:.:.:671,0,910:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:209,95:304:99:.:.:2167,0,5761:. 1|0:39,167:206:99:.:.:4689,0,532:. 1|1:8,262:270:99:.:.:8528,547,0:. 1|1:7,254:261:99:.:.:8373,570,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,177:211:99:.:.:5231,0,457:. 1|1:8,78:86:12:.:.:2274,12,0:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:486,0:486:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,88:162:99:.:.:2412,0,2720:. 1|0:222,264:486:99:.:.:7064,0,5248:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:81,176:257:99:.:.:5121,0,1922:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,110:248:99:.:.:2829,0,5285:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:88:.:.:0,88,1425:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:530,0:530:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:4,245:249:99:.:.:7881,580,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:469,0:469:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,271:271:99:.:.:8975,813,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,7:58:74:.:.:74,0,1509:. 0|0:22,0:22:27:.:.:0,27,405:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:39:.:.:0,39,585:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,57:72:99:.:.:1685,0,271:. 1|0:160,197:357:99:.:.:5568,0,4010:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,126:185:99:.:.:3716,0,1322:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 533089 . A G 5.15804e+06 PASS FS=0;MQ=60.29;QD=29.78;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K1906E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aaa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.683;VQSLOD=8.44;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=28.57;GQ_MEAN=107.73;GQ_STDDEV=48.96;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7361;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.49;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=15581281;AF=0.138;AS_InbreedingCoeff=0.6256;MLEAC=723;MLEAF=0.138;AN=858;AC=148 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:35,0:35:73:.:.:0,73,1042:. 1|1:0,42:42:99:1|1:533072_G_A:1701,126,0:. 0|0:40,2:42:40:0|1:533089_A_G:0,40,1668:. 0|1:13,21:34:99:0|1:533072_G_A:863,0,535:. 1|1:1,20:21:18:1|1:533072_G_A:776,18,0:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1216:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1285:. 1|0:3,20:23:54:0|1:533072_G_A:801,0,54:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,871:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,814:. 1|1:0,12:12:36:1|1:533072_G_A:511,36,0:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,224:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,638:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 1|1:1,37:38:90:1|1:533072_G_A:1495,90,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 1|1:0,202:202:99:1|1:533072_G_A:8597,594,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1426:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1218:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1396:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1479:. 0|1:53,64:117:99:0|1:533072_G_A:2289,0,1834:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,14:64:99:.:.:152,0,1351:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1386:. 0|1:130,12:142:25:0|1:533072_G_A:25,0,5174:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,118,1638:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,116,1684:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,45:114:99:0|1:533072_G_A:1539,0,2580:. 1|1:0,65:65:99:1|1:533072_G_A:2741,199,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,27:114:99:.:.:393,0,2221:. 0|1:72,18:90:99:0|1:533072_G_A:472,0,2670:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1002:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,10:25:99:0|1:533072_G_A:330,0,541:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,137:236:99:0|1:533072_G_A:5083,0,3542:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:80,28:108:99:0|1:533072_G_A:894,0,3163:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,9:75:99:0|1:533072_G_A:160,0,2880:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,82:155:99:.:.:1887,0,1722:. 1|0:101,34:135:99:0|1:533072_G_A:1051,0,4331:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1260:. 0|1:86,10:96:99:0|1:533072_G_A:147,0,3397:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:180,48:228:99:0|1:533072_G_A:1380,0,6988:. 1|0:82,19:101:99:0|1:533072_G_A:490,0,3481:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:43,19:62:99:0|1:533072_G_A:600,0,1674:. 1|0:18,50:68:99:0|1:533072_G_A:1877,0,502:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,25:52:99:0|1:533072_G_A:896,0,1004:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,14:61:99:0|1:533072_G_A:424,0,1852:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,85:125:99:0|1:533072_G_A:3328,0,1277:. 0|1:125,20:145:99:0|1:533072_G_A:368,0,5188:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,17:107:99:0|1:533072_G_A:363,0,3541:. 0|1:29,44:73:99:0|1:533072_G_A:1636,0,1012:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,155:165:78:1|1:533072_G_A:6162,78,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,93:103:99:0|1:533072_G_A:3918,0,131:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:79,71:150:99:0|1:533072_G_A:2434,0,2793:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,206:211:99:1|1:533072_G_A:8400,425,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,13:141:99:0|1:533072_G_A:196,0,5461:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,184:184:99:1|1:533072_G_A:7661,565,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,48:120:99:0|1:533072_G_A:1567,0,2748:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,40:138:99:0|1:533072_G_A:1366,0,3758:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:162,43:205:99:0|1:533072_G_A:1162,0,6493:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:1,167:168:99:1|1:533072_G_A:7211,466,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,25:172:99:0|1:533072_G_A:489,0,5900:. 1|1:0,194:194:99:1|1:533072_G_A:8237,589,0:. 1|0:27,116:143:99:0|1:533072_G_A:4518,0,749:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,3:78:99:0|1:533072_G_A:0,99,2995:. 0|1:185,27:212:99:0|1:533072_G_A:495,0,7584:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:533072_G_A:7792,563,0:. 1|1:0,237:237:99:1|1:533072_G_A:9836,724,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:533072_G_A:5100,370,0:. 1|0:46,114:160:99:0|1:533072_G_A:4318,0,1438:. 0|1:65,157:222:99:0|1:533072_G_A:5857,0,2005:. 1|1:0,268:268:99:1|1:533072_G_A:11263,820,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,241:247:99:1|1:533072_G_A:9809,499,0:. 0|1:48,35:83:99:.:.:1252,0,1402:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,180:180:99:1|1:533072_G_A:7707,554,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:117,12:129:91:0|1:533072_G_A:91,0,4540:. 0|1:59,37:96:99:0|1:533072_G_A:1289,0,2259:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,139:186:99:0|1:533072_G_A:5300,0,1467:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,291:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,7:101:5:0|1:533072_G_A:5,0,3718:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:41,185:226:99:.:.:4281,0,635:. 1|0:51,74:125:99:.:.:1644,0,1741:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,74:74:99:1|1:533072_G_A:3175,223,0:. 0|1:42,31:73:99:0|1:533072_G_A:1101,0,1505:. 0|1:91,20:111:99:0|1:533072_G_A:454,0,3573:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,210:210:99:1|1:533072_G_A:9018,649,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1659:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1611:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,32:110:99:.:.:968,0,2928:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:533072_G_A:6026,430,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1289:. 0|1:113,26:139:99:0|1:533072_G_A:674,0,4399:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:11,0:11:6:.:.:0,6,276:. 1|0:130,31:161:99:.:.:367,0,4039:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:1,140:141:99:1|1:533072_G_A:5801,379,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:4,100:104:99:1|1:533072_G_A:4025,133,0:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:1,17:18:15:1|1:533072_G_A:747,15,0:. 1|1:1,53:54:99:1|1:533072_G_A:2292,124,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,39:88:99:0|1:533072_G_A:1521,0,1812:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1579:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,6:17:99:0|1:533072_G_A:166,0,400:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1055:. 1|1:5,136:141:99:1|1:533072_G_A:5398,212,0:. 1|0:7,27:34:97:.:.:680,0,97:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:1|1:533072_G_A:10059,701,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,147:147:99:1|1:533072_G_A:6590,457,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1461:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:1|1:533072_G_A:10651,740,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:533072_G_A:8968,629,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:743,0:743:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,862:864:99:1|1:533065_AATG_A:37462,2571,0:. 0|0:684,0:684:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1460:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,91:104:99:0|1:533072_G_A:3879,0,263:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,271:271:99:1|1:533072_G_A:12128,839,0:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 1|1:13,276:289:99:1|1:533072_G_A:12304,291,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:228,22:250:99:0|1:533072_G_A:196,0,9125:. 1|1:13,229:242:99:1|1:533072_G_A:9521,143,0:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:470,0:470:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:216,79:295:99:0|1:533072_G_A:2544,0,8514:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:1|1:533072_G_A:7259,524,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,246:252:99:1|1:533072_G_A:10674,515,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,11:167:61:0|1:533072_G_A:0,61,6300:. 0|1:270,223:493:99:0|1:533072_G_A:8117,0,10315:. 1|0:36,216:252:99:0|1:533072_G_A:8722,0,796:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1392:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,206:237:99:0|1:533072_G_A:8309,0,581:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:498,0:498:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:523,0:523:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,381:382:99:1|1:533072_G_A:16471,1111,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:1|1:533072_G_A:3888,277,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:533065_AATG_A:9035,638,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,177:222:99:0|1:533072_G_A:7121,0,1260:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:533072_G_A:3746,262,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,315:315:99:1|1:533072_G_A:13513,957,0:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,66:74:99:0|1:533072_G_A:2616,0,118:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:249,67:316:99:0|1:533072_G_A:1920,0,10010:. 1|0:230,59:289:99:0|1:533072_G_A:1654,0,9180:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,148:151:99:.:.:4899,350,0:. 0|1:175,79:254:99:0|1:533072_G_A:2534,0,6931:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:1|1:533072_G_A:9965,698,0:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:343,0:343:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:13,385:398:99:1|1:533072_G_A:16126,661,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 533141 . A C 1.38378e+07 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=26.78;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1923A;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAa/gCa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.694;VQSLOD=10.19;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.988;GC=23.81;GQ_MEAN=136.81;GQ_STDDEV=117.56;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7704;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.035;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16184809;AF=0.486;AS_InbreedingCoeff=0.7212;MLEAC=2567;MLEAF=0.489;AN=858;AC=394 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:18,18:36:99:.:.:424,0,475:. 1|1:1,43:44:99:.:.:1153,99,0:. 0|1:8,42:50:99:.:.:1044,0,111:. 1|0:19,20:39:99:.:.:474,0,493:. 1|1:0,20:20:59:.:.:505,59,0:. 1|1:1,25:26:44:.:.:684,44,0:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1453:. 0|0:23,0:23:37:.:.:0,37,672:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:7,15:22:99:.:.:369,0,153:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:1,25:26:44:.:.:657,44,0:. 1|0:9,20:29:99:.:.:488,0,207:. 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,8:8:24:.:.:242,24,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,179:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,17:17:51:.:.:487,51,0:. 1|1:1,40:41:89:.:.:1055,89,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1406:. 1|1:0,229:229:99:.:.:6213,685,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1422:. 1|1:1,31:32:64:.:.:827,64,0:. 0|0:126,0:126:0:.:.:0,0,2909:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,675:. 1|1:0,6:6:18:.:.:170,18,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1617,176,0:. 1|1:1,53:54:99:.:.:1428,151,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:2957,323,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,13:59:99:.:.:177,0,1223:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1629,178,0:. 0|1:79,79:158:99:.:.:1796,0,1907:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,66:67:99:.:.:1779,191,0:. 1|0:64,10:74:55:.:.:55,0,1676:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1679,186,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,120:121:99:.:.:3242,333,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2521,272,0:. 1|1:0,264:264:99:.:.:7262,792,0:. 1|1:0,206:206:99:.:.:5521,616,0:. 1|0:80,24:104:99:.:.:351,0,2104:. 1|0:54,47:101:99:.:.:945,0,1285:. 1|1:0,32:32:96:.:.:927,96,0:. 1|0:124,27:151:99:.:.:292,0,3223:. 1|0:46,30:76:99:.:.:590,0,1120:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3096,335,0:. 0|1:15,15:30:99:.:.:301,0,321:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,148:245:99:.:.:3435,0,2237:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:2995,326,0:. 1|1:5,75:80:99:.:.:1894,105,0:. 1|0:52,10:62:96:.:.:96,0,1372:. 1|0:31,51:82:99:.:.:1177,0,662:. 1|0:61,79:140:99:.:.:1731,0,1436:. 1|0:96,30:126:99:.:.:419,0,2540:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,62:65:99:.:.:1579,164,0:. 1|0:28,60:88:99:.:.:1394,0,563:. 0|0:132,0:132:16:.:.:0,16,3225:. 0|1:62,25:87:99:.:.:430,0,1619:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1174:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1674,182,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1585,179,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3591,402,0:. 0|1:82,41:123:99:.:.:744,0,2187:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,84:251:99:.:.:1502,0,4238:. 1|0:74,17:91:99:.:.:164,0,1941:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:44,24:68:99:.:.:431,0,1093:. 1|1:2,73:75:99:.:.:1907,163,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,24:60:99:.:.:495,0,935:. 1|0:52,90:142:99:.:.:2034,0,1148:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5408,594,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,10:58:99:.:.:109,0,1301:. 1|1:0,185:185:99:.:.:4770,552,0:. 1|1:0,164:164:99:.:.:4511,491,0:. 1|1:10,112:122:49:.:.:2785,49,0:. 0|0:132,0:132:59:.:.:0,59,3291:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,89:93:99:.:.:2326,154,0:. 1|0:34,77:111:99:.:.:1748,0,677:. 0|1:14,59:73:99:.:.:1326,0,222:. 1|1:7,134:141:99:.:.:3412,202,0:. 0|1:35,131:166:99:.:.:3034,0,518:. 1|1:11,158:169:99:.:.:3958,176,0:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5334,593,0:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3101,344,0:. 1|1:4,124:128:99:.:.:3242,258,0:. 1|0:70,75:145:99:.:.:1628,0,1640:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,69:138:99:.:.:1495,0,1630:. 1|1:8,208:216:99:.:.:5460,410,0:. 1|1:2,155:157:99:.:.:4227,406,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,109:139:99:.:.:2537,0,475:. 1|1:0,251:251:99:.:.:6885,751,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,195:196:99:.:.:5136,573,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,238:239:99:.:.:6536,684,0:. 0|1:44,80:124:99:.:.:1784,0,915:. 1|0:89,130:219:99:.:.:2853,0,1943:. 1|1:1,153:154:99:.:.:4194,431,0:. 1|0:30,149:179:99:.:.:3588,0,340:. 0|1:36,150:186:99:.:.:3555,0,516:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:2,183:185:99:.:.:4902,492,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:.:.:4871,541,0:. 0|0:202,25:227:8:.:.:0,8,5398:. 0|1:93,69:162:99:.:.:1307,0,2267:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5230,592,0:. 1|1:7,135:142:99:.:.:3443,202,0:. 1|0:87,62:149:99:.:.:1253,0,2171:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2065,239,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:205,40:245:99:.:.:344,0,5382:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,226:226:99:.:.:6139,678,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3330,374,0:. 1|0:36,131:167:99:.:.:3031,0,600:. 1|0:148,71:219:99:.:.:1263,0,3819:. 1|1:0,231:231:99:.:.:6371,691,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:93:.:.:0,93,3014:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2613,285,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,261:271:99:.:.:6537,512,0:. 0|1:22,50:72:99:.:.:1136,0,456:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3462,378,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:4717,524,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:92,57:149:99:.:.:1080,0,2358:. 0|1:12,102:114:24:.:.:2390,0,24:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:67,135:202:99:.:.:3024,0,1400:. 0|1:34,160:194:99:.:.:3800,0,460:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2709,299,0:. 0|1:52,35:87:99:.:.:667,0,1323:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,91:142:99:.:.:2016,0,1104:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,104:173:99:.:.:2314,0,1574:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,42:116:99:.:.:815,0,1884:. 1|0:121,28:149:99:.:.:286,0,3147:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,67:97:99:.:.:1591,0,597:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:2983,327,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,65:165:99:.:.:1294,0,2550:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,235:236:99:.:.:6454,674,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3145,347,0:. 1|1:6,109:115:99:.:.:2789,160,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:6391,715,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1842,204,0:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2487,263,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:44,193:237:99:.:.:4324,0,600:. 1|1:0,114:114:99:.:.:2990,342,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3602,400,0:. 0|1:110,31:141:99:.:.:384,0,2869:. 1|0:95,23:120:99:.:.:260,0,2521:. 1|0:10,78:88:25:.:.:1843,0,25:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1455,162,0:. 1|0:29,54:83:99:.:.:1215,0,622:. 0|1:90,20:110:99:.:.:214,0,2380:. 1|1:1,98:99:99:.:.:2622,286,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,88:96:41:.:.:2112,41,0:. 1|1:0,219:219:99:.:.:5953,656,0:. 0|1:106,76:182:99:.:.:1531,0,2629:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3211,354,0:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1538:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:78:.:.:0,78,3334:. 0|1:70,18:88:99:.:.:231,0,1852:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1611:. 1|0:60,60:120:99:.:.:1223,0,1454:. 1|0:54,12:66:88:.:.:88,0,1454:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1808,200,0:. 1|0:49,19:68:99:.:.:306,0,1258:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2438,274,0:. 1|0:88,28:116:99:.:.:415,0,2335:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1481,165,0:. 0|1:104,31:135:99:.:.:481,0,2786:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:74,72:146:99:.:.:1555,0,1774:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:2,9:11:28:.:.:217,0,28:. 0|1:94,81:175:99:.:.:1617,0,2323:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,59:124:99:.:.:1237,0,1606:. 0|1:82,31:113:99:.:.:503,0,2117:. 1|1:1,143:144:99:.:.:3927,422,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:3,86:89:99:.:.:2226,175,0:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:46,83:129:99:.:.:1805,0,954:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:1,15:16:16:.:.:382,16,0:. 1|1:2,54:56:99:.:.:1371,104,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,53:86:99:.:.:1229,0,763:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1579:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,7:20:99:.:.:133,0,334:. 1|0:32,42:74:99:.:.:957,0,713:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1129:. 1|1:7,141:148:99:.:.:3687,261,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:849,93,0:. 1|1:0,222:222:99:.:.:7456,666,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7768,682,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5765,505,0:. 0|0:266,0:266:67:.:.:0,67,8030:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7126,631,0:. 1|1:0,258:258:99:.:.:8768,776,0:. 0|0:42,0:42:91:.:.:0,91,1415:. 1|1:0,312:312:99:.:.:10452,937,0:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7178,640,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,215:217:99:.:.:7192,580,0:. 1|1:9,179:188:99:.:.:5659,237,0:. 1|1:1,243:244:99:.:.:8279,698,0:. 1|1:1,136:137:99:.:.:4579,374,0:. 1|0:17,178:195:17:.:.:5392,0,17:. 1|1:0,275:275:99:.:.:9193,826,0:. 0|1:143,54:197:99:.:.:1247,0,4487:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:.:.:6892,617,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1461:. 0|1:113,21:134:99:.:.:311,0,3635:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5774,505,0:. 1|1:4,129:133:99:.:.:4255,279,0:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7673,674,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,769:770:99:.:.:25924,2276,0:. 1|1:0,905:905:99:.:.:30635,2719,0:. 1|1:0,703:703:99:.:.:23821,2112,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1460:. 1|1:1,115:116:99:.:.:3380,308,0:. 1|0:11,98:109:63:.:.:2927,0,63:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:10,142:152:99:.:.:4202,123,0:. 1|1:3,261:264:99:.:.:8294,684,0:. 1|1:0,279:279:99:.:.:9195,838,0:. 1|1:4,513:517:99:.:.:15233,1454,0:. 1|1:0,285:285:99:.:.:9254,855,0:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,135:136:99:.:.:4300,371,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3160,285,0:. 0|0:398,0:398:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1662:. 1|1:1,288:289:99:.:.:9275,830,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6072,554,0:. 1|1:5,261:266:99:.:.:8305,617,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,232:232:99:.:.:7593,696,0:. 1|1:1,232:233:99:.:.:7797,690,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:6,128:134:99:.:.:4004,209,0:. 1|0:237,210:447:99:.:.:5006,0,6678:. 0|1:8,39:47:99:.:.:1143,0,152:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:213,93:306:99:.:.:2127,0,6328:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,285:285:99:.:.:9291,855,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:6649,604,0:. 1|0:206,55:261:99:.:.:941,0,6303:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,108:198:99:.:.:2680,0,2421:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8414,760,0:. 1|1:1,259:260:99:.:.:8359,769,0:. 1|1:2,265:267:99:.:.:8611,727,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,45:68:99:.:.:1125,0,572:. 1|0:34,270:304:99:.:.:7815,0,181:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:78,121:199:99:.:.:3282,0,2041:. 1|1:6,483:489:99:.:.:14269,1263,0:. 1|1:2,241:243:99:.:.:7641,655,0:. 1|1:5,279:284:99:.:.:8365,674,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,264:264:99:.:.:8274,790,0:. 1|1:2,124:126:99:.:.:3959,306,0:. 1|0:135,85:220:99:.:.:1989,0,3888:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1392:. 0|1:39,225:264:99:.:.:6317,0,562:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,286:286:99:.:.:9268,857,0:. 1|1:1,251:252:99:.:.:8045,717,0:. 1|1:12,426:438:99:.:.:12271,885,0:. 1|0:38,78:116:99:.:.:2200,0,881:. 1|0:24,215:239:99:.:.:6156,0,119:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:480,0:480:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:188,24:212:99:.:.:136,0,5699:. 1|0:235,241:476:99:.:.:5725,0,6684:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,522:524:99:.:.:17314,1502,0:. 1|0:36,71:107:99:.:.:1979,0,895:. 1|1:3,475:478:99:.:.:15062,1354,0:. 1|1:1,342:343:99:.:.:10172,1008,0:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:536,0:536:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3250,299,0:. 0|1:91,75:166:99:.:.:1953,0,2709:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8603,784,0:. 0|1:176,61:237:99:.:.:1314,0,5475:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,162:209:99:.:.:4748,0,979:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3128,280,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8618,784,0:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4720,421,0:. 1|1:0,337:337:99:.:.:10963,1012,0:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4527,416,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2637,242,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:791,72,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,208:310:99:.:.:5967,0,2574:. 0|1:64,254:318:99:.:.:7416,0,1252:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1176,108,0:. 1|1:0,234:234:99:.:.:7832,703,0:. 1|0:54,227:281:99:.:.:6687,0,992:. 1|1:3,147:150:99:.:.:4669,343,0:. 0|1:177,97:274:99:.:.:2326,0,5284:. 1|0:43,196:239:99:.:.:5691,0,705:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,228:229:99:.:.:7617,656,0:. 0|0:444,0:444:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,64:85:99:.:.:1870,0,463:. 1|0:163,199:362:99:.:.:5465,0,4469:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,118:162:99:.:.:3495,0,1074:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1609:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|1:10,335:345:99:.:.:10770,698,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 533956 . A G 2.66208e+07 PASS FS=0;MQ=59.77;QD=32.6;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K2195E;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aaa/Gaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.69;VQSLOD=10.8;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.54;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.985;GC=14.29;GQ_MEAN=182.84;GQ_STDDEV=153.53;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7077;MQRankSum=0;NCC=2;ReadPosRankSum=0.036;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=17387483;AF=0.844;AS_InbreedingCoeff=-0.0471;MLEAC=4423;MLEAF=0.845;AN=856;AC=750 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,51:51:99:.:.:1531,153,0 1|1:0,29:29:87:.:.:828,87,0 1|0:21,29:50:99:.:.:663,0,513 1|1:0,49:49:99:.:.:1415,147,0 1|1:1,20:23:30:.:.:525,30,0 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,1000 1|1:0,25:25:75:.:.:723,75,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2016,212,0 1|1:0,28:28:83:.:.:778,83,0 1|1:0,34:34:99:.:.:969,102,0 1|1:0,20:20:59:.:.:540,59,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1261 1|1:0,36:36:99:.:.:1014,106,0 0|1:21,23:44:99:.:.:535,0,545 1|1:0,22:22:66:.:.:653,66,0 1|1:0,11:11:33:.:.:323,33,0 1|1:0,9:9:27:.:.:272,27,0 1|1:0,20:20:59:.:.:556,59,0 1|1:0,15:15:45:.:.:443,45,0 1|1:0,32:32:94:.:.:851,94,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2375,248,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2243,241,0 1|1:0,216:216:99:.:.:6085,647,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2289,240,0 1|1:0,35:35:99:.:.:960,105,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3233,354,0 1|1:0,9:9:27:.:.:260,27,0 1|1:0,7:7:21:1|1:533956_A_G:237,21,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2185,225,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1857,197,0 1|0:55,79:134:99:.:.:1850,0,1285 1|1:0,106:106:99:.:.:2933,315,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1588,164,0 1|1:1,367:368:99:.:.:10304,1093,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1717,184,0 1|0:18,116:134:99:.:.:2901,0,162 1|1:0,101:101:99:.:.:2841,303,0 1|0:36,15:51:99:.:.:273,0,919 0|1:14,63:77:99:.:.:1519,0,138 1|1:0,74:74:99:.:.:2055,222,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3199,342,0 1|0:55,90:145:99:.:.:2123,0,1226 1|1:0,82:82:99:.:.:2424,246,0 1|1:1,212:213:99:.:.:5841,614,0 1|1:1,231:232:99:.:.:6426,666,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3346,354,0 1|1:2,82:84:99:.:.:2451,213,0 1|1:0,31:31:93:.:.:901,93,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2819,302,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1592,170,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3492,363,0 1|1:0,21:21:63:.:.:564,63,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|0:43,222:265:99:.:.:5636,0,492 1|1:0,128:128:99:.:.:3603,382,0 1|1:5,70:75:73:.:.:1812,73,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:.:.:1692,177,0 1|1:1,82:83:99:1|1:533937_T_C:2369,219,0 0|1:29,60:89:99:.:.:1444,0,557 1|1:0,164:164:99:.:.:4716,492,0 0|1:77,51:128:99:.:.:1046,0,1941 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,348:348:99:.:.:9974,1044,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1709,191,0 0|1:12,104:116:21:.:.:2593,0,21 1|1:1,144:145:99:.:.:4059,402,0 1|0:69,26:95:99:0|1:533956_A_G:684,0,2523 1|1:0,63:63:99:.:.:1730,189,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2543,261,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1793,197,0 0|1:27,20:47:99:.:.:427,0,696 1|1:0,130:130:99:.:.:3691,388,0 1|1:0,105:105:99:.:.:2955,315,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4928,382,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1485,153,0 1|1:17,183:200:81:.:.:4460,81,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2771,290,0 1|1:1,89:90:99:.:.:2417,260,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2284,239,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2409,260,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2067,216,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1837,192,0 0|1:80,60:140:99:.:.:1245,0,2006 1|1:1,70:71:99:.:.:1897,184,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:11,185:196:99:.:.:4768,260,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1942,200,0 1|1:0,217:217:99:.:.:5891,650,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4680,495,0 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,144:144:99:1|1:533956_A_G:5715,446,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4682,494,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2641,281,0 1|1:3,95:98:99:.:.:2556,204,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1757,183,0 1|1:0,192:192:99:.:.:5489,576,0 1|0:140,38:178:99:.:.:557,0,3760 1|1:168,0:168:.:.:.:. 1|1:1,224:225:99:.:.:6303,664,0 1|1:17,206:223:99:.:.:5270,165,0 1|1:0,171:171:99:.:.:4780,513,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3370,362,0 1|0:29,113:142:99:.:.:2754,0,416 1|1:8,149:157:99:.:.:4067,220,0 1|1:15,235:250:99:.:.:6333,283,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4131,438,0 1|1:0,243:243:99:.:.:6874,728,0 1|1:1,221:222:99:.:.:6273,657,0 1|1:0,207:207:99:.:.:5778,621,0 1|1:0,170:170:99:.:.:4762,508,0 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,201:201:99:.:.:5533,602,0 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,156:156:99:.:.:4385,468,0 1|1:0,252:252:99:.:.:7082,756,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5071,539,0 1|1:0,272:272:99:.:.:7674,817,0 1|1:1,147:148:99:.:.:4074,414,0 1|1:0,232:232:99:.:.:6493,694,0 0|1:34,142:176:99:.:.:3541,0,542 1|1:0,217:217:99:.:.:6257,651,0 1|1:0,192:192:99:.:.:5401,575,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3452,385,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5118,555,0 1|1:0,182:182:99:.:.:4994,545,0 1|1:0,182:182:99:.:.:4995,545,0 1|1:0,254:254:99:.:.:7243,762,0 0|1:45,180:225:99:.:.:4365,0,707 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,163:163:99:.:.:4567,489,0 1|1:9,115:124:99:.:.:2959,106,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2259,252,0 1|1:0,230:230:99:.:.:6440,691,0 1|1:0,233:233:99:.:.:6603,699,0 0|1:18,145:163:35:.:.:3425,0,35 1|1:1,243:244:99:.:.:6622,709,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4139,443,0 1|1:0,187:187:99:.:.:5553,562,0 1|1:0,278:278:99:.:.:8669,848,0 1|1:0,230:230:99:1|1:533956_A_G:8998,698,0 1|1:1,246:247:99:.:.:6917,711,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5103,569,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6148,669,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3397,366,0 0|1:43,145:188:99:.:.:3585,0,765 1|1:0,205:207:99:.:.:5847,615,0 1|1:0,252:252:99:.:.:7201,756,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3294,351,0 1|1:1,117:118:99:.:.:3286,344,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3657,390,0 1|1:0,104:104:99:.:.:2952,312,0 1|1:0,225:225:99:.:.:6116,674,0 1|1:7,84:91:55:.:.:2152,55,0 1|1:0,169:169:99:.:.:4798,507,0 1|1:1,164:165:99:.:.:4521,464,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2625,252,0 1|1:0,272:272:99:1|1:533956_A_G:10958,836,0 1|1:0,139:139:99:.:.:3925,417,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4468,471,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3852,403,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2642,279,0 0|1:58,93:151:99:.:.:2215,0,1365 1|1:0,114:114:99:.:.:3233,342,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6146,634,0 1|1:0,207:207:99:.:.:5781,620,0 0|1:135,57:192:99:.:.:1042,0,3546 1|1:0,185:185:99:.:.:5420,558,0 1|1:0,15:15:45:.:.:442,45,0 1|1:0,137:137:99:.:.:3838,411,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4530,472,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3175,342,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2681,282,0 1|1:0,102:102:99:.:.:2860,306,0 0|1:91,77:168:99:.:.:2637,0,2291 1|1:0,158:158:99:.:.:4459,474,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2506,267,0 1|1:0,178:178:99:.:.:5050,534,0 1|1:0,168:168:99:.:.:4842,505,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2686,282,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2597,213,0 1|0:77,41:118:99:.:.:838,0,2022 0|1:89,50:139:99:.:.:968,0,2267 1|1:0,179:179:99:.:.:5157,538,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2606,273,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4255,447,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2793,297,0 1|1:0,265:265:99:.:.:7403,794,0 0|1:55,103:158:99:.:.:2425,0,1197 1|1:0,148:148:99:.:.:4151,444,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4605,495,0 1|1:0,245:245:99:.:.:7039,736,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4109,433,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3162,333,0 1|1:0,222:222:99:.:.:6136,666,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3313,348,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2779,294,0 1|1:0,106:106:99:.:.:2988,317,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2249,243,0 1|1:2,240:242:99:.:.:6510,665,0 1|1:0,107:107:99:.:.:2853,320,0 1|1:5,146:151:99:.:.:3991,317,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3633,384,0 1|0:33,126:159:99:.:.:3615,0,497 1|1:0,109:109:99:.:.:3028,327,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2114,225,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1989,212,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2236,234,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3105,332,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2724,282,0 0|1:17,134:151:59:.:.:3313,0,59 1|1:0,92:92:99:.:.:2584,276,0 1|1:0,200:200:99:.:.:5693,599,0 1|1:0,203:203:99:.:.:5673,607,0 1|1:0,136:136:99:.:.:3687,406,0 1|1:1,67:68:99:.:.:1899,173,0 1|1:0,196:196:99:.:.:5330,587,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3441,374,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3130,303,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1895,201,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2754,231,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3740,402,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1746,192,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2388,261,0 1|0:21,45:66:99:.:.:1032,0,435 1|1:0,80:80:99:.:.:2224,239,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2175,236,0 1|1:0,118:118:99:1|1:533956_A_G:3760,360,0 1|1:0,240:240:99:.:.:6828,721,0 1|1:0,104:104:99:.:.:2927,312,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3800,398,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1949,212,0 1|1:0,187:187:99:.:.:5185,561,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2083,219,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3669,382,0 1|1:1,108:109:99:.:.:2960,296,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2079,229,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2054,222,0 0|1:31,184:215:99:.:.:4618,0,316 1|1:0,96:96:99:.:.:2718,287,0 1|1:0,6:6:18:.:.:165,18,0 1|0:66,88:154:99:.:.:2011,0,1524 0|1:54,94:148:99:.:.:2227,0,1221 1|1:0,155:155:99:.:.:4385,465,0 1|0:66,20:86:99:.:.:308,0,1736 1|1:0,182:182:99:.:.:5203,547,0 1|0:19,116:135:99:.:.:2836,0,193 1|1:0,214:214:99:.:.:6072,642,0 1|1:1,51:52:99:.:.:1950,127,0 1|1:0,22:22:66:.:.:648,66,0 1|1:1,84:85:99:.:.:2374,245,0 1|0:211,107:318:99:.:.:2112,0,5486 1|1:0,145:145:99:.:.:4487,436,0 1|1:0,228:228:99:.:.:6495,685,0 0|1:2,14:16:12:0|1:533956_A_G:462,0,12 1|1:0,48:48:99:.:.:1395,144,0 1|1:1,181:182:99:.:.:4944,520,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3451,346,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:.:.:2399,254,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3455,359,0 1|1:0,22:22:66:.:.:610,66,0 0|1:41,41:82:99:.:.:940,0,1016 1|1:0,62:62:99:.:.:1725,186,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4576,486,0 0|0:46,0:46:66:.:.:0,66,1216 1|1:0,245:245:99:.:.:8451,737,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,237:237:99:.:.:8156,712,0 1|1:0,287:287:99:.:.:9943,863,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7198,626,0 1|1:0,231:231:99:.:.:8021,695,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7663,673,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6641,578,0 1|1:20,254:274:92:.:.:7882,92,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7849,685,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7770,687,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1465,126,0 1|1:0,306:306:99:.:.:10511,920,0 1|1:0,230:230:99:.:.:7826,691,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8555,743,0 1|1:0,265:265:99:.:.:9005,796,0 1|1:0,245:245:99:1|1:533956_A_G:10441,755,0 1|1:0,262:262:99:.:.:9039,788,0 1|1:1,223:224:99:.:.:7713,637,0 0|0:219,0:219:76:.:.:0,76,6516 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,140:140:99:.:.:4733,421,0 0|1:55,180:235:99:.:.:5462,0,1244 1|1:1,302:303:99:.:.:10312,875,0 1|1:0,235:235:99:.:.:8142,707,0 1|1:0,96:96:99:.:.:3264,289,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3621,315,0 1|1:1,212:213:99:.:.:7318,604,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1569,138,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4519,388,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6419,559,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4877,424,0 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,267:267:99:.:.:9214,803,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4651,406,0 1|1:0,227:227:99:.:.:7925,683,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8541,734,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7514,652,0 1|1:0,861:861:99:.:.:29518,2587,0 1|1:1,898:899:99:.:.:30877,2691,0 1|1:1,716:717:99:.:.:24604,2145,0 1|1:0,88:88:99:.:.:3040,265,0 0|0:32,0:32:67:.:.:0,67,1054 1|1:1,124:125:99:.:.:3831,336,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3645,330,0 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,580:580:99:.:.:18470,1735,0 0|0:171,0:171:68:.:.:0,68,4831 1|1:6,274:280:99:.:.:8898,646,0 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,633:634:99:.:.:20107,1884,0 1|1:0,309:309:99:.:.:9887,927,0 1|1:2,554:556:99:.:.:17743,1619,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4932,461,0 1|1:1,87:88:99:.:.:2910,255,0 1|1:1,591:592:99:.:.:18642,1733,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2366,216,0 1|1:0,265:265:99:.:.:8803,794,0 1|1:1,223:224:99:.:.:7254,662,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7176,651,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8086,735,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8272,741,0 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,266:266:99:.:.:8743,798,0 1|1:1,250:251:99:.:.:8435,744,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8078,738,0 1|1:0,432:432:99:.:.:13624,1293,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4803,436,0 1|1:2,494:496:99:.:.:15654,1462,0 0|1:7,40:47:99:.:.:1133,0,111 1|1:0,307:307:99:.:.:10184,921,0 1|1:0,309:309:99:.:.:11956,931,0 1|1:0,297:297:99:.:.:9676,890,0 1|1:0,293:293:99:.:.:9614,880,0 1|1:0,242:242:99:.:.:8045,726,0 1|0:197,53:250:99:.:.:1027,0,5883 1|1:0,296:296:99:1|1:533956_A_G:11511,899,0 1|1:2,179:181:99:.:.:5806,476,0 1|1:0,304:304:99:.:.:10073,912,0 1|1:0,238:238:99:.:.:7844,713,0 1|1:0,275:275:99:.:.:9059,825,0 1|1:3,136:139:99:.:.:4243,306,0 1|1:0,258:258:99:.:.:8387,772,0 1|1:1,86:87:99:.:.:2790,225,0 1|1:12,288:300:99:.:.:9391,526,0 1|1:1,552:553:99:.:.:17466,1641,0 1|1:1,177:178:99:.:.:6258,500,0 1|1:0,317:317:99:.:.:10442,950,0 1|1:1,253:254:99:.:.:8053,726,0 1|1:0,297:297:99:.:.:9604,889,0 1|1:0,288:288:99:.:.:9788,868,0 1|1:0,271:271:99:.:.:8787,812,0 1|1:1,239:240:99:.:.:7515,682,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7425,677,0 1|1:1,139:140:99:.:.:4441,384,0 1|1:0,218:218:99:.:.:6997,653,0 1|1:2,53:55:91:.:.:1616,91,0 1|1:0,302:302:99:.:.:9765,906,0 1|1:1,590:591:99:.:.:18812,1756,0 1|1:0,316:316:99:.:.:10306,948,0 1|1:0,268:268:99:.:.:8686,803,0 1|1:0,462:462:99:.:.:14877,1380,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4744,432,0 1|1:0,274:274:99:.:.:8883,821,0 1|1:2,221:223:99:.:.:7202,622,0 1|1:1,610:611:99:.:.:19424,1791,0 1|1:0,208:208:99:.:.:6993,624,0 1|1:1,530:531:99:.:.:16567,1550,0 1|1:0,688:688:99:.:.:22978,2068,0 1|1:2,550:552:99:.:.:18404,1586,0 1|1:1,116:117:99:.:.:3852,322,0 1|1:0,479:479:99:.:.:15864,1439,0 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800 0|1:237,36:273:99:.:.:379,0,7271 1|1:1,615:616:99:.:.:19299,1827,0 1|1:1,92:93:99:.:.:2983,246,0 1|1:0,171:171:99:.:.:5711,513,0 1|1:0,160:160:99:.:.:5276,481,0 1|1:0,235:235:99:.:.:7859,706,0 1|0:51,158:209:99:.:.:4706,0,1119 1|1:0,175:175:99:1|1:533956_A_G:7296,530,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7301,676,0 1|1:0,258:258:99:.:.:8711,775,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8604,766,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7470,666,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2706,244,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1800 1|1:0,232:232:99:.:.:7805,698,0 1|1:0,189:189:99:.:.:6297,568,0 1|1:0,199:199:99:.:.:6539,598,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,282:282:99:.:.:9348,848,0 1|1:0,291:291:99:.:.:9835,875,0 1|1:0,306:306:99:.:.:10310,922,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2239,204,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4597,409,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3744,337,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1981,174,0 1|1:0,25:25:75:.:.:812,75,0 1|1:0,305:305:99:.:.:10164,916,0 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,28:28:84:.:.:942,84,0 1|1:0,233:233:99:.:.:7774,699,0 0|0:283,0:283:99:.:.:0,114,1800 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,234:235:99:.:.:7872,669,0 1|1:0,256:256:99:.:.:8395,767,0 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,225:225:99:.:.:7723,677,0 1|1:0,561:561:99:.:.:18955,1686,0 1|1:0,77:77:99:1|1:533956_A_G:3218,232,0 1|1:0,304:304:99:1|1:533956_A_G:13029,938,0 1|1:0,715:715:99:.:.:23886,2148,0 1|1:0,191:191:99:1|1:533956_A_G:7625,578,0 1|1:0,316:316:99:.:.:10717,950,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1260,122,0 1|1:0,28:28:84:.:.:904,84,0 1|1:0,375:375:99:.:.:12668,1127,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5518,489,0 Pf3D7_01_v3 533997 . T C 9.81965e+06 PASS FS=0;MQ=59.93;QD=32.97;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y2208;SNPEFF_CODON_CHANGE=taT/taC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.682;VQSLOD=10.64;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.996;GC=14.29;GQ_MEAN=164.21;GQ_STDDEV=176.24;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7131;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.197;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16476904;AF=0.261;AS_InbreedingCoeff=0.3767;MLEAC=1372;MLEAF=0.261;AN=858;AC=233 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:57,0:57:75:.:.:0,75,1666:. 0|0:30,0:30:58:.:.:0,58,924:. 1|0:31,30:61:99:0|1:533988_C_G:1196,0,1361:. 0|1:15,29:44:99:0|1:533988_C_G:1158,0,501:. 0|0:28,0:28:54:.:.:0,54,834:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1725:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,754:. 1|1:0,30:30:90:1|1:533988_C_G:1319,90,0:. 0|1:10,17:27:99:0|1:533988_C_G:586,0,342:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:7,17:24:99:0|1:533988_C_G:693,0,243:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,261:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:31,0:31:63:.:.:0,63,959:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1230:. 1|1:0,74:74:99:1|1:533988_C_G:3220,226,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1134:. 1|0:21,98:119:99:0|1:533988_C_G:3745,0,579:. 0|1:2,13:15:45:0|1:533988_C_G:518,0,45:. 1|1:0,7:7:21:1|1:533956_A_G:300,21,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,68:119:99:0|1:533988_C_G:2615,0,2421:. 1|1:7,109:116:40:1|1:533988_C_G:4235,40,0:. 1|0:33,37:70:99:0|1:533988_C_G:1376,0,1208:. 0|1:262,125:387:99:0|1:533988_C_G:4285,0,10193:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,91:92:99:1|1:533988_C_G:3872,241,0:. 1|0:43,16:59:99:0|1:533988_C_G:501,0,1953:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,52:70:99:0|1:533988_C_G:2027,0,563:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,39:150:99:0|1:533988_C_G:1167,0,4775:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,235:235:99:1|1:533988_C_G:10306,725,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,73:117:99:0|1:533988_C_G:2738,0,1569:. 0|1:64,22:86:99:0|1:533988_C_G:649,0,2506:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,636:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1693:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1354:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,26:79:99:0|1:533988_C_G:873,0,2042:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,43:126:99:0|1:533988_C_G:1481,0,3835:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,15:98:99:0|1:533988_C_G:352,0,3378:. 0|1:90,57:147:99:0|1:533988_C_G:2091,0,3538:. 1|0:73,20:93:99:0|1:533956_A_G:608,0,2908:. 1|1:0,54:54:99:1|1:533988_C_G:2223,165,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,20:47:99:0|1:533988_C_G:719,0,1308:. 1|1:0,127:127:99:1|1:533988_C_G:5414,391,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,108:125:99:0|1:533988_C_G:4296,0,360:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,90:202:99:0|1:533988_C_G:3284,0,4262:. 0|1:79,19:98:99:0|1:533988_C_G:547,0,3183:. 1|1:2,77:79:99:1|1:533988_C_G:3181,154,0:. 1|0:41,46:87:99:0|1:533988_C_G:1625,0,1551:. 0|1:32,52:84:99:0|1:533988_C_G:1935,0,1106:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,31:54:99:0|1:533988_C_G:1097,0,917:. 0|1:93,20:113:99:0|1:533988_C_G:478,0,3766:. 1|1:0,78:78:99:1|1:533988_C_G:3539,241,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,175:189:43:0|1:533988_C_G:7087,0,43:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,12:149:99:.:.:0,116,3950:. 1|1:1,170:171:99:1|1:533988_C_G:7368,479,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,20:97:99:0|1:533988_C_G:600,0,3178:. 1|0:57,12:69:99:0|1:533988_C_G:311,0,2202:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:149,44:193:99:0|1:533988_C_G:1275,0,7220:. 0|0:174,0:174:0:.:.:0,0,57:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,192:224:99:0|1:533988_C_G:7592,0,712:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,94:128:99:0|1:533988_C_G:3676,0,1070:. 0|0:151,0:151:0:.:.:0,0,3654:. 0|1:18,230:248:26:0|1:533988_C_G:9414,0,26:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,120:179:99:0|1:533988_C_G:4500,0,2041:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:167,33:200:99:0|1:533988_C_G:864,0,6680:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,115:169:99:.:.:2582,0,1177:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,97:136:99:0|1:533988_C_G:3875,0,1272:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,46:170:99:.:.:1517,0,5002:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,60:181:99:0|1:533988_C_G:1991,0,4793:. 1|1:9,128:137:48:1|1:533988_C_G:5169,48,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,198:199:99:1|1:533988_C_G:8567,563,0:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,26:157:99:0|1:533988_C_G:639,0,5241:. 0|1:61,78:139:99:0|1:533988_C_G:3009,0,2260:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:149,68:217:99:0|1:533988_C_G:2334,0,5960:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,229:230:99:1|1:533988_C_G:9890,653,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:107,66:173:99:.:.:1554,0,2784:. 0|1:161,105:266:99:.:.:2553,0,4123:. 1|1:1,212:213:99:1|1:533956_A_G:9360,597,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:1|1:533988_C_G:7861,561,0:. 1|1:0,218:218:99:1|1:533988_C_G:9480,674,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:162,38:200:99:0|1:533988_C_G:1108,0,6487:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:1|1:533988_C_G:4666,328,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,14:101:99:0|1:533988_C_G:303,0,3486:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,32:86:99:0|1:533988_C_G:1129,0,2162:. 1|1:0,252:252:99:1|1:533956_A_G:11205,778,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:85:.:.:0,85,3586:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,25:151:99:0|1:533988_C_G:596,0,5657:. 0|0:108,0:108:21:.:.:0,21,2694:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,69:192:99:0|1:533988_C_G:2337,0,4718:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,141:141:99:1|1:533988_C_G:6199,430,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,64:109:99:0|1:533988_C_G:2431,0,1663:. 0|1:77,73:150:99:0|1:533988_C_G:2707,0,3005:. 0|1:125,56:181:99:0|1:533988_C_G:1883,0,4861:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,52:167:99:0|1:533988_C_G:1696,0,4653:. 1|1:0,151:151:99:1|1:533988_C_G:6711,472,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,54:74:99:0|1:533988_C_G:2084,0,630:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,18:139:99:0|1:533988_C_G:325,0,4923:. 1|0:13,172:185:14:0|1:533988_C_G:6915,0,14:. 0|1:58,38:96:99:0|1:533988_C_G:1375,0,2293:. 1|1:2,139:141:99:1|1:533988_C_G:6070,343,0:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2439,267,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,101:164:99:0|1:533988_C_G:4081,0,2213:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,165:166:99:1|1:533988_C_G:7203,485,0:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,79:114:99:.:.:1864,0,748:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:1|1:533988_C_G:4064,289,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:533988_C_G:3329,232,0:. 1|0:29,199:228:99:0|1:533988_C_G:7909,0,555:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,118:137:99:0|1:533988_C_G:4829,0,395:. 1|1:0,127:127:99:1|1:533988_C_G:5631,391,0:. 1|0:99,42:141:99:0|1:533988_C_G:1412,0,3943:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:50:.:.:0,50,1792:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,72:91:99:0|1:533988_C_G:2887,0,547:. 1|0:29,73:102:99:0|1:533988_C_G:2938,0,1009:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,117:138:99:0|1:533988_C_G:4745,0,449:. 0|0:107,0:107:50:.:.:0,50,2797:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:533988_C_G:5648,394,0:. 1|0:29,52:81:99:0|1:533988_C_G:2015,0,1021:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,19:101:99:0|1:533988_C_G:546,0,3301:. 1|1:0,70:70:99:1|1:533988_C_G:3004,217,0:. 0|1:19,50:69:99:0|1:533988_C_G:1917,0,647:. 0|1:59,77:136:99:0|1:533988_C_G:2962,0,2170:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,21:78:99:0|1:533988_C_G:650,0,2404:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:1|1:533988_C_G:3424,238,0:. 0|1:87,20:107:99:0|1:533956_A_G:482,0,3538:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,91:98:4:0|1:533988_C_G:3603,0,4:. 1|1:0,138:138:99:1|1:533988_C_G:6043,430,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,185:186:99:1|1:533988_C_G:7990,518,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:46:.:.:0,46,3239:. 1|1:1,99:100:99:1|1:533988_C_G:4340,268,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:533988_C_G:3225,232,0:. 1|0:8,67:75:99:0|1:533988_C_G:2612,0,131:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,173:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,18:85:99:0|1:533988_C_G:515,0,2727:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,56:124:99:0|1:533988_C_G:2105,0,2600:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,40:50:99:0|1:533988_C_G:1624,0,299:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,47:157:99:0|1:533988_C_G:1532,0,4367:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,11:14:75:0|1:533956_A_G:477,0,75:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1232:. 0|1:31,148:179:99:0|1:533988_C_G:5849,0,826:. 0|0:112,0:112:6:.:.:0,6,2824:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,9:19:99:0|1:533988_C_G:327,0,416:. 0|1:32,35:67:99:0|1:533988_C_G:1321,0,1634:. 1|1:0,54:54:99:1|1:533988_C_G:2311,162,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,250:258:99:1|1:533988_C_G:10629,379,0:. 1|1:1,283:284:99:1|1:533988_C_G:12658,834,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:533988_C_G:9219,632,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,247:247:99:1|1:533988_C_G:11032,765,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:533988_C_G:1611,111,0:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,268:268:99:1|1:533988_C_G:11786,813,0:. 1|1:1,258:259:99:1|1:533956_A_G:11446,760,0:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,173:232:99:0|1:533988_C_G:6853,0,1920:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1439:. 1|0:28,81:109:99:0|1:533988_C_G:3230,0,969:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,126:126:99:1|1:533988_C_G:5658,385,0:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:1|1:533988_C_G:9877,677,0:. 1|1:0,863:863:99:1|1:533988_C_G:38683,2659,0:. 0|0:867,0:867:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:662,0:662:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:533988_C_G:3963,271,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,6:108:99:.:.:0,127,4298:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:610,0:610:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:649,0:649:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,570:575:99:1|1:533988_C_G:24526,1517,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,593:596:99:1|1:533988_C_G:25888,1682,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:1|1:533988_C_G:11676,807,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:240,28:268:99:0|1:533988_C_G:392,0,9909:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,234:273:99:0|1:533988_C_G:9428,0,888:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:124,23:147:99:0|1:533988_C_G:536,0,5080:. 0|0:500,0:500:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:97:.:.:0,97,1684:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,295:298:99:.:.:9664,814,0:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,194:300:99:0|1:533956_A_G:7687,0,3834:. 0|1:168,23:191:99:0|1:533988_C_G:388,0,6770:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,123:130:49:1|1:533988_C_G:4992,49,0:. 0|1:220,36:256:99:0|1:533988_C_G:882,0,9139:. 1|0:78,12:90:99:0|1:533988_C_G:266,0,3241:. 0|1:252,35:287:99:0|1:533988_C_G:731,0,10323:. 1|1:3,513:519:99:.:.:15764,1446,0:. 1|0:125,62:187:99:0|1:533988_C_G:2142,0,4919:. 0|0:551,0:551:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:248,50:298:99:0|1:533988_C_G:1331,0,10151:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:160,69:229:99:0|1:533988_C_G:2270,0,6412:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,126:224:99:0|1:533988_C_G:4879,0,3697:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,579:588:99:1|1:533988_C_G:24999,1389,0:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:516,0:516:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,29:148:99:0|1:533988_C_G:833,0,4952:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:623,0:623:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,163:195:99:0|1:533988_C_G:6627,0,838:. 0|1:292,235:527:99:0|1:533988_C_G:8526,0,11258:. 1|1:15,640:655:99:1|1:533988_C_G:27742,1366,0:. 0|0:539,0:539:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,38:117:99:0|1:533988_C_G:1385,0,3239:. 1|1:1,480:481:99:1|1:533988_C_G:21413,1442,0:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:644,0:644:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,146:192:99:0|1:533988_C_G:5738,0,2380:. 1|1:0,181:181:99:1|1:533956_A_G:8065,554,0:. 1|0:36,189:225:99:0|1:533988_C_G:7630,0,917:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,300:300:99:1|1:533988_C_G:13215,912,0:. 1|1:0,309:309:99:1|1:533988_C_G:13838,957,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:1|1:533988_C_G:5946,409,0:. 1|1:0,97:97:99:1|1:533988_C_G:4384,301,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,25:26:33:1|1:533988_C_G:1024,33,0:. 1|1:0,301:301:99:1|1:533988_C_G:13359,921,0:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:1|1:533956_A_G:3062,208,0:. 1|1:0,321:321:99:1|1:533956_A_G:14185,975,0:. 0|0:688,0:688:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,131:170:99:0|1:533956_A_G:5298,0,1205:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,21:21:66:1|1:533988_C_G:956,66,0:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 534027 . C T 1.35067e+06 PASS FS=0;MQ=61.1;QD=29.11;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N2218;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaC/aaT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.672;VQSLOD=8.53;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0024;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=110.97;GQ_STDDEV=21.39;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8844;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.62;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16086715;AF=0.047;AS_InbreedingCoeff=0.8844;MLEAC=244;MLEAF=0.046;AN=856;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1417:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1725:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1261:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:70:.:.:0,70,808:. 0|0:13,0:13:24:.:.:0,24,360:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:44,0:44:87:.:.:0,87,1120:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,197:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,107,1693:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,873:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1354:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,48:93:99:.:.:1220,0,1014:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1321:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,73:148:99:.:.:1829,0,1648:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:116,47:163:99:.:.:992,0,2677:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,555:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,36:125:99:.:.:760,0,2105:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:199,31:230:99:.:.:260,0,4582:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,141:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,28:28:84:.:.:863,84,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:271,62:333:99:.:.:963,0,6645:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,440:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1232:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,259:259:99:1|1:534027_C_T:10471,782,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,40:41:88:.:.:1363,88,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,235:241:99:.:.:8355,513,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:794,0:794:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:867,0:867:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:662,0:662:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:.:.:.:.:120 0|0:107,10:117:14:.:.:0,14,3184:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:610,0:610:.:.:.:.:120 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:649,0:649:.:.:.:.:120 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:577,0:577:.:.:.:.:120 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:633,0:633:.:.:.:.:120 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:235,25:260:99:0|1:533988_C_G:236,0,9956:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:.:.:.:.:120 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:500,0:500:.:.:.:.:120 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1660:. 1|1:13,273:286:99:.:.:9091,412,0:. 0|1:108,213:321:99:.:.:7847,0,3977:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:.:.:.:.:120 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:.:.:.:.:120 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:.:.:.:.:120 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:565,0:565:.:.:.:.:120 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:551,0:551:.:.:.:.:120 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:.:.:.:.:120 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:.:.:.:.:120 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:114 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:672,0:672:.:.:.:.:120 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:.:.:.:.:120 0|0:516,0:516:.:.:.:.:120 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:623,0:623:.:.:.:.:120 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:609,0:609:.:.:.:.:120 0|0:624,0:624:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:422,0:422:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:.:.:.:.:120 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:644,0:644:.:.:.:.:120 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:538,0:538:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:688,0:688:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 534053 . A G 1.36784e+07 PASS FS=0;MQ=60.58;QD=32.51;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E2227G;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAa/gGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.681;VQSLOD=8.82;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=19.05;GQ_MEAN=140.79;GQ_STDDEV=72.24;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7711;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.429;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=16444717;AF=0.374;AS_InbreedingCoeff=0.3888;MLEAC=1965;MLEAF=0.374;AN=858;AC=345 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,44:44:99:1|1:534053_A_G:1715,132,0 1|1:0,38:38:99:1|1:534053_A_G:1575,117,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 1|0:30,17:47:99:.:.:356,0,843 1|1:0,23:23:75:1|1:534053_A_G:914,75,0 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,656 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350 1|0:19,13:32:99:.:.:255,0,521 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1261 1|1:0,26:26:78:1|1:534053_A_G:1028,78,0 1|0:21,10:31:99:.:.:219,0,547 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,772 1|1:0,10:10:36:1|1:534053_A_G:475,36,0 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,149 1|1:0,21:21:66:1|1:534053_A_G:906,66,0 1|1:0,24:24:70:1|1:534053_A_G:867,70,0 1|1:0,39:39:99:1|1:534053_A_G:1583,126,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,232:232:99:1|1:534053_A_G:9548,706,0 1|1:0,93:93:99:1|1:534053_A_G:3731,281,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1134 0|1:114,20:134:99:.:.:130,0,2822 1|0:13,4:17:66:.:.:66,0,324 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225 1|1:0,51:51:99:1|1:534053_A_G:1977,156,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800 0|1:44,13:57:99:.:.:211,0,1186 1|0:135,246:381:99:.:.:5767,0,2813 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|1:77,50:127:99:.:.:1053,0,2359 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|0:58,2:60:99:.:.:0,121,1722 0|1:11,48:59:99:.:.:1074,0,131 1|0:62,13:75:99:.:.:101,0,1635 1|1:0,107:107:99:1|1:534053_A_G:4519,334,0 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,66:66:99:1|1:534053_A_G:2697,204,0 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 1|0:70,32:102:99:.:.:607,0,1784 1|0:56,23:79:99:.:.:315,0,1731 1|1:0,34:34:99:1|1:534053_A_G:1575,111,0 1|1:0,93:93:99:1|1:534053_A_G:3899,285,0 0|1:21,56:77:99:0|1:534053_A_G:1305,0,482 1|1:0,96:96:99:1|1:534053_A_G:3817,299,0 0|1:7,24:31:99:0|1:534053_A_G:836,0,250 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|1:86,136:222:99:0|1:534053_A_G:4836,0,3899 1|1:0,131:131:99:1|1:534053_A_G:5394,402,0 1|1:5,69:74:65:1|1:534053_A_G:1785,65,0 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1354 1|0:13,66:79:99:0|1:534053_A_G:1601,0,302 1|0:56,22:78:99:.:.:336,0,1439 0|1:61,55:116:99:.:.:1145,0,1452 0|0:89,8:97:63:.:.:0,63,2480 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,346:347:99:1|1:534053_A_G:14154,1051,0 1|1:0,57:57:99:1|1:534053_A_G:2137,172,0 1|0:27,72:99:99:.:.:1657,0,531 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,81:81:99:1|1:534053_A_G:3248,247,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1321 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,99:105:99:1|1:534053_A_G:2616,125,0 1|1:0,110:110:99:1|1:534053_A_G:4489,330,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 1|0:38,162:200:99:.:.:3801,0,551 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|1:35,35:70:99:.:.:800,0,846 1|0:61,22:83:99:.:.:316,0,1626 1|1:0,71:71:99:1|1:534053_A_G:2773,212,0 0|1:35,25:60:99:.:.:525,0,846 1|0:86,25:111:99:.:.:351,0,2277 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,7:68:18:0|1:534053_A_G:0,18,1647 1|1:0,175:175:99:1|1:534053_A_G:7071,531,0 1|1:0,162:162:99:1|1:534053_A_G:6582,489,0 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,88:90:99:1|1:534053_A_G:3304,206,0 1|0:33,75:108:99:.:.:1762,0,629 0|1:24,47:71:99:.:.:1073,0,529 1|1:0,153:153:99:1|1:534053_A_G:6209,466,0 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,212:212:99:1|1:534053_A_G:9767,668,0 0|1:186,36:222:99:.:.:351,0,4895 1|1:0,137:137:99:1|1:534053_A_G:5525,426,0 0|1:16,93:109:99:0|1:534053_A_G:2286,0,145 0|0:123,13:136:54:.:.:0,54,3286 1|0:77,66:143:99:.:.:1413,0,1900 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800 0|1:73,73:146:99:.:.:1542,0,1756 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,231:231:99:1|1:534053_A_G:9423,706,0 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 1|0:127,49:176:99:.:.:790,0,3299 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 1|0:40,169:209:99:.:.:3962,0,593 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,158:158:99:1|1:534053_A_G:6451,489,0 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,269:270:99:1|1:534053_A_G:11072,829,0 0|1:100,32:132:99:.:.:485,0,2545 1|0:78,152:230:99:0|1:534053_A_G:3433,0,1601 1|0:95,50:145:99:.:.:997,0,2371 1|1:15,173:188:99:1|1:534053_A_G:4498,115,0 0|1:70,98:168:99:.:.:2223,0,1668 0|1:120,17:137:58:.:.:58,0,3059 1|1:2,175:177:99:1|1:534053_A_G:7099,453,0 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,172:172:99:1|1:534053_A_G:7181,522,0 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|1:96,103:199:99:.:.:2206,0,2733 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 1|0:22,144:166:99:.:.:3518,0,170 1|0:74,57:131:99:.:.:1179,0,1832 1|1:8,90:98:53:1|1:534053_A_G:2215,53,0 0|1:74,139:213:99:.:.:3190,0,1555 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,144:174:99:.:.:3362,0,346 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,132:138:99:1|1:534053_A_G:3602,244,0 0|1:67,126:193:99:.:.:2902,0,1455 1|0:76,144:220:99:.:.:3285,0,1599 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,210:210:99:1|1:534053_A_G:8621,643,0 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,132:132:99:1|1:534053_A_G:5405,411,0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800 1|0:26,165:191:99:.:.:4030,0,169 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|1:101,19:120:99:0|1:534053_A_G:373,0,4911 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,248:252:99:.:.:6564,634,0 0|1:21,67:88:99:.:.:1651,0,402 1|1:1,167:168:99:1|1:534053_A_G:6877,485,0 1|1:0,167:167:99:1|1:534053_A_G:6797,510,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,134:134:99:1|1:534053_A_G:5372,405,0 1|1:10,139:149:99:1|1:534053_A_G:3521,144,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 1|1:10,89:99:3:1|1:534053_A_G:2157,3,0 1|0:24,193:217:99:0|1:534053_A_G:4877,0,212 0|1:85,117:202:99:.:.:2678,0,2185 0|1:173,35:208:99:.:.:365,0,4647 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,14:14:42:1|1:534053_A_G:599,42,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,92:92:99:1|1:534053_A_G:3598,276,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|0:101,58:159:99:.:.:1123,0,2580 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800 1|0:67,81:148:99:.:.:1844,0,1568 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800 1|0:29,72:101:99:0|1:534053_A_G:1740,0,1125 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|1:17,141:158:4:.:.:3562,4,0 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|0:100,66:166:99:.:.:1361,0,2429 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,118:118:99:1|1:534053_A_G:4878,367,0 0|1:18,87:105:99:0|1:534053_A_G:3249,0,582 1|1:0,235:235:99:1|1:534053_A_G:9620,710,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,101:101:99:1|1:534053_A_G:4115,313,0 0|0:131,13:144:84:.:.:0,84,3628 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|1:110,36:146:99:.:.:561,0,2850 1|1:0,107:107:99:1|1:534053_A_G:4409,327,0 0|1:44,17:61:99:0|1:534053_A_G:276,0,1983 1|1:0,84:84:99:1|1:534053_A_G:3477,255,0 1|0:74,21:95:99:.:.:305,0,1902 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|0:37,51:88:99:0|1:534053_A_G:1117,0,869 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 1|1:10,102:112:32:1|1:534053_A_G:2497,32,0 1|1:1,194:195:99:1|1:534053_A_G:7879,533,0 1|1:0,186:186:99:1|1:534053_A_G:7577,565,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|1:60,20:80:99:.:.:328,0,1631 0|1:29,137:166:99:0|1:534053_A_G:3135,0,341 1|1:0,115:115:99:1|1:534053_A_G:4882,358,0 0|1:71,21:92:99:.:.:308,0,2474 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|0:79,35:114:99:.:.:606,0,2149 0|1:13,47:60:99:0|1:534053_A_G:1697,0,368 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|0:63,5:68:66:.:.:0,66,2199 1|1:0,69:69:99:1|1:534053_A_G:2733,216,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|0:71,35:106:99:0|1:533956_A_G:640,0,2201 1|1:0,217:217:99:1|1:534053_A_G:9249,676,0 0|0:85,7:92:76:.:.:0,76,2377 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,54:54:99:1|1:534053_A_G:2297,168,0 0|0:110,9:119:89:.:.:0,89,2941 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:1|1:534053_A_G:3933,289,0 0|1:27,132:159:99:0|1:534053_A_G:3230,0,310 1|1:0,117:117:99:1|1:534053_A_G:4700,358,0 1|0:4,6:10:99:0|1:534053_A_G:202,0,127 0|1:82,96:178:99:.:.:2176,0,1895 0|1:54,88:142:99:.:.:2104,0,1197 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,185:187:99:1|1:534053_A_G:7515,454,0 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:285,30:315:99:.:.:0,122,8090 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 0|0:20,0:20:11:.:.:0,11,477 1|1:0,53:53:99:1|1:534053_A_G:2195,159,0 1|0:128,32:160:99:.:.:423,0,3313 0|1:14,105:119:74:.:.:2683,0,74 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|0:12,2:14:14:.:.:14,0,300 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,125:127:99:1|1:534053_A_G:3493,317,0 0|0:34,0:34:77:.:.:0,77,950 1|1:0,212:212:99:1|1:534053_A_G:9050,656,0 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,241:241:99:1|1:534053_A_G:10313,734,0 1|0:202,22:224:87:0|1:534053_A_G:87,0,9139 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,268:268:99:1|1:534053_A_G:11472,824,0 1|1:0,221:221:99:1|1:534053_A_G:9368,673,0 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,205:208:99:1|1:534053_A_G:6913,513,0 0|0:177,0:177:99:.:.:0,103,1800 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,138:138:99:1|1:534053_A_G:5717,418,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,277:277:99:1|1:534053_A_G:11664,843,0 0|1:35,189:224:99:.:.:5881,0,553 1|1:0,100:100:99:1|1:534053_A_G:4273,304,0 1|1:0,130:130:99:1|1:534053_A_G:5565,400,0 1|1:0,216:216:99:1|1:534053_A_G:9317,668,0 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1475 0|1:87,34:121:99:.:.:808,0,2785 1|1:0,204:204:99:1|1:534053_A_G:8687,620,0 1|1:7,152:159:99:.:.:5098,256,0 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,232:232:99:1|1:534053_A_G:9913,710,0 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,255:255:99:1|1:534053_A_G:11157,786,0 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:794,0:794:99:.:.:0,120,1800 0|0:867,0:867:99:.:.:0,120,1800 0|0:662,0:662:99:.:.:0,120,1800 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395 1|1:6,143:149:99:1|1:534053_A_G:4368,258,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|0:610,0:610:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,614:616:99:.:.:20092,1774,0 0|1:134,163:297:99:0|1:534053_A_G:5980,0,6881 0|0:577,0:577:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,164:164:99:1|1:534053_A_G:6970,505,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 0|0:633,0:633:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,258:262:99:1|1:534053_A_G:8314,605,0 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,205:205:99:1|1:534053_A_G:8794,632,0 1|1:1,262:263:99:1|1:534053_A_G:11276,797,0 1|0:236,53:289:99:.:.:1020,0,8907 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800 1|0:49,209:258:99:.:.:6241,0,1269 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,486:489:99:.:.:15565,1356,0 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:25,477:502:99:.:.:14727,639,0 1|0:20,27:47:99:.:.:791,0,823 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800 1|0:214,99:313:99:.:.:2348,0,8114 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,296:296:99:1|1:534053_A_G:12596,906,0 1|1:0,255:255:99:1|1:534053_A_G:10885,788,0 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800 1|0:201,110:311:99:0|1:533956_A_G:2657,0,6142 1|0:31,173:204:99:.:.:5013,0,446 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,260:260:99:1|1:534053_A_G:11196,800,0 1|1:0,254:254:99:1|1:534053_A_G:10817,791,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,220:259:99:.:.:6697,0,639 0|1:10,82:92:38:.:.:2360,0,38 1|0:40,230:270:99:.:.:6887,0,616 0|0:565,0:565:99:.:.:0,120,1800 0|1:150,48:198:99:0|1:534053_A_G:982,0,6490 1|1:5,541:546:99:1|1:534053_A_G:17362,1492,0 1|1:2,268:270:99:1|1:534053_A_G:11355,730,0 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800 1|0:65,221:286:99:.:.:6452,0,1405 1|1:1,261:262:99:1|1:534053_A_G:11049,768,0 1|0:57,157:214:99:.:.:4435,0,1267 0|1:105,159:264:99:0|1:534053_A_G:5892,0,5427 0|1:25,116:141:99:0|1:534053_A_G:4481,0,927 1|0:144,80:224:99:.:.:2003,0,4237 1|0:42,10:52:99:.:.:159,0,1276 1|1:1,271:272:99:1|1:534053_A_G:11261,792,0 0|0:672,0:672:99:.:.:0,120,1800 1|1:5,283:288:99:1|1:534053_A_G:11726,569,0 1|0:27,253:280:99:0|1:534053_A_G:7381,0,885 0|1:463,53:516:99:.:.:153,0,20625 1|0:53,84:137:99:.:.:2306,0,1409 1|1:14,265:279:99:.:.:8265,354,0 1|1:9,253:262:99:.:.:7877,474,0 1|1:1,605:606:99:.:.:25630,1839,0 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 1|0:249,296:545:99:.:.:7978,0,6845 0|0:624,0:624:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,533:538:99:.:.:22553,1471,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:422,0:422:99:.:.:0,120,1800 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800 0|1:241,34:275:99:0|1:534053_A_G:320,0,7396 1|1:0,608:608:99:1|1:534053_A_G:26053,1854,0 1|1:0,80:80:99:1|1:534053_A_G:3304,247,0 0|1:71,74:145:99:0|1:534053_A_G:2028,0,2068 1|1:0,153:153:99:1|1:534053_A_G:6621,475,0 1|1:0,226:226:99:1|1:534053_A_G:9745,704,0 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800 0|1:166,47:213:99:.:.:793,0,4863 1|1:0,204:204:99:1|1:534053_A_G:8623,623,0 1|1:0,221:221:99:1|1:534053_A_G:9417,685,0 1|1:0,219:219:99:1|1:534053_A_G:9511,680,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1800 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,224:224:99:1|1:534053_A_G:9616,689,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,283:283:99:1|1:534053_A_G:11907,867,0 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,75:75:99:1|1:534053_A_G:3224,235,0 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|0:6,71:77:99:0|1:534053_A_G:2833,0,141 0|0:17,0:17:20:.:.:0,20,513 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,24:24:72:1|1:534053_A_G:949,72,0 1|1:0,253:253:99:1|1:534053_A_G:10768,779,0 0|0:283,0:283:99:.:.:0,114,1800 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,202:202:99:1|1:534053_A_G:8502,613,0 1|1:0,266:266:99:1|1:534053_A_G:11373,828,0 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,189:189:99:1|1:534053_A_G:8003,572,0 1|1:0,567:567:99:1|1:534053_A_G:24081,1736,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:309,0:309:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,725:725:99:1|1:534053_A_G:31027,2221,0 0|1:129,37:166:99:0|1:534053_A_G:729,0,3784 1|1:0,264:264:99:1|1:534053_A_G:11345,807,0 1|1:0,57:57:99:1|1:534053_A_G:2404,175,0 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900 1|1:0,355:355:99:1|1:534053_A_G:15385,1113,0 1|1:0,142:142:99:1|1:534053_A_G:6113,439,0 Pf3D7_01_v3 534077 . C T 2.88476e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=30.73;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=A2235V;SNPEFF_CODON_CHANGE=gCt/gTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.732;VQSLOD=10.17;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.62;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.983;GC=28.57;GQ_MEAN=187.97;GQ_STDDEV=87.78;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6987;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.41;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=16906894;AF=0.85;AS_InbreedingCoeff=0.6956;MLEAC=4467;MLEAF=0.851;AN=858;AC=763 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,49:49:99:1|1:534053_A_G:1944,153,0 1|1:0,44:44:99:1|1:534053_A_G:1750,132,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2001,192,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1843,162,0 1|1:0,20:20:60:1|1:534053_A_G:793,60,0 1|1:0,32:32:96:.:.:999,96,0 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,742 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215 1|1:2,39:41:66:.:.:1188,66,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1191,102,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1199,117,0 1|1:0,27:27:84:1|1:534053_A_G:1135,84,0 1|1:0,31:31:99:.:.:1111,99,0 0|1:7,22:29:99:.:.:600,0,117 1|1:0,16:16:48:1|1:534053_A_G:616,48,0 1|1:0,8:8:24:.:.:253,24,0 1|1:0,25:25:81:1|1:534053_A_G:1064,81,0 1|1:0,21:21:61:1|1:534053_A_G:769,61,0 1|1:0,42:42:99:1|1:534053_A_G:1647,132,0 1|1:1,80:81:99:.:.:2460,233,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2603,260,0 1|1:0,238:238:99:1|1:534053_A_G:9874,728,0 1|1:0,84:84:99:1|1:534053_A_G:3540,253,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1410,141,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4417,436,0 1|1:0,20:20:59:.:.:596,59,0 1|1:0,6:6:18:.:.:188,18,0 1|1:0,47:47:99:1|1:534053_A_G:1929,147,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1723,170,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3383,338,0 1|1:1,115:116:99:.:.:3660,338,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1797,162,0 1|1:1,382:383:99:.:.:14215,1129,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1958,189,0 0|1:23,124:147:99:.:.:3785,0,197 1|1:0,98:98:99:.:.:2816,293,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1810,182,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2658,205,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2376,228,0 1|1:0,102:102:99:1|1:534053_A_G:4479,325,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3649,379,0 1|1:0,64:64:99:1|1:534053_A_G:2652,196,0 1|1:0,207:207:99:.:.:6178,622,0 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,108:108:99:.:.:3588,327,0 1|0:23,64:87:99:.:.:1844,0,322 1|1:0,46:46:99:1|1:534053_A_G:1844,138,0 1|1:0,98:98:99:1|1:534053_A_G:4086,301,0 1|1:5,65:70:89:1|1:534053_A_G:2510,89,0 1|1:0,88:88:99:1|1:534053_A_G:3578,270,0 0|1:5,23:28:99:0|1:534053_A_G:829,0,202 1|1:0,113:113:99:.:.:3327,339,0 0|1:85,132:217:99:0|1:534053_A_G:4814,0,3853 1|1:0,123:123:99:1|1:534053_A_G:5107,370,0 1|1:0,75:75:99:1|1:534053_A_G:3120,235,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3226,321,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1354 1|1:8,77:85:54:1|1:534053_A_G:2906,54,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2544,234,0 1|1:0,121:121:99:.:.:4250,369,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3084,300,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4084,408,0 1|1:1,327:328:99:1|1:534053_A_G:13938,1013,0 1|1:0,58:58:99:1|1:534053_A_G:2310,177,0 1|1:1,116:117:99:.:.:4257,324,0 0|1:60,71:131:99:.:.:1701,0,1229 1|1:0,90:90:99:.:.:2700,270,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1852,189,0 1|0:30,45:75:99:.:.:1110,0,621 1|1:0,80:80:99:1|1:534053_A_G:3289,249,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1320,134,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3703,383,0 1|1:0,115:115:99:1|1:534053_A_G:4630,349,0 1|1:0,121:121:99:1|1:534053_A_G:4940,370,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,194:194:99:.:.:7824,593,0 0|1:83,13:96:99:.:.:103,0,2024 1|1:0,66:66:99:.:.:1887,197,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2549,216,0 1|1:2,80:82:99:.:.:2590,192,0 1|1:0,64:64:99:1|1:534053_A_G:2625,194,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2268,198,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4264,402,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2218,222,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4197,423,0 1|1:1,156:157:99:.:.:4602,462,0 1|1:0,74:74:99:1|1:534053_A_G:2312,225,0 1|1:0,174:174:99:1|1:534053_A_G:7143,531,0 1|1:0,163:163:99:1|1:534053_A_G:6707,501,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2880,285,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5103,521,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4293,441,0 1|1:0,78:78:99:1|1:534053_A_G:3139,210,0 1|1:0,110:110:99:.:.:4175,336,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2591,211,0 1|1:0,150:150:99:1|1:534053_A_G:6160,454,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5033,509,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4782,483,0 1|1:0,210:210:99:1|1:534053_A_G:8925,647,0 1|1:0,217:217:99:.:.:6767,651,0 1|1:0,131:131:99:1|1:534053_A_G:5377,400,0 1|1:0,120:120:99:1|1:534053_A_G:4672,366,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4018,401,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4505,390,0 1|1:1,220:221:99:.:.:6668,652,0 1|1:1,143:144:99:.:.:5088,409,0 1|1:0,233:233:99:.:.:7058,698,0 1|1:0,225:225:99:1|1:534053_A_G:9476,698,0 1|1:0,213:213:99:1|1:534058_A_G:9001,649,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5828,546,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5777,581,0 1|1:0,188:188:99:.:.:7535,576,0 1|1:0,248:248:99:.:.:7251,742,0 1|1:0,148:148:99:1|1:534053_A_G:6317,463,0 1|1:0,227:227:99:.:.:6689,680,0 1|1:0,171:171:99:.:.:4984,513,0 1|1:1,269:270:99:1|1:534053_A_G:11186,827,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4595,426,0 1|1:0,245:245:99:1|1:534053_A_G:8962,736,0 1|1:0,144:144:99:.:.:5528,445,0 1|1:0,196:196:99:1|1:534053_A_G:7782,598,0 1|1:6,168:174:99:.:.:6066,368,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4430,432,0 1|1:1,179:180:99:1|1:534053_A_G:7416,499,0 1|1:1,195:196:99:.:.:5705,578,0 1|1:0,181:181:99:1|1:534053_A_G:7558,553,0 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|1:27,180:207:81:.:.:5905,0,81 1|1:1,204:205:99:.:.:5869,586,0 1|1:0,175:175:99:.:.:7076,536,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4381,379,0 1|1:0,96:96:99:1|1:534053_A_G:3846,291,0 1|1:0,209:209:99:.:.:7882,643,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6594,669,0 1|1:0,177:177:99:.:.:6871,535,0 1|1:0,255:255:99:.:.:7446,764,0 1|1:0,145:145:99:1|1:534053_A_G:5711,441,0 1|1:1,206:207:99:.:.:7603,599,0 1|1:0,222:222:99:.:.:8191,676,0 1|1:0,213:213:99:.:.:6129,636,0 1|1:0,215:215:99:1|1:534053_A_G:8857,663,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5121,531,0 1|1:0,222:222:99:.:.:6588,666,0 1|1:0,129:129:99:1|1:534053_A_G:5382,402,0 1|0:126,55:181:99:.:.:1275,0,2875 1|1:0,197:197:99:.:.:7889,599,0 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|1:93,16:109:99:0|1:534053_A_G:342,0,4639 1|1:0,104:104:99:.:.:3182,313,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2877,288,0 1|1:0,256:256:99:.:.:10435,785,0 1|1:2,83:85:99:.:.:3238,203,0 1|1:0,164:164:99:1|1:534053_A_G:6952,507,0 1|1:0,174:174:99:1|1:534053_A_G:7127,531,0 0|1:50,33:83:99:.:.:684,0,1094 1|1:0,230:230:99:.:.:6664,689,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,132:132:99:1|1:534053_A_G:5354,402,0 1|1:0,160:160:99:1|1:534053_A_G:6247,482,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|1:37,113:150:99:.:.:2950,0,517 1|1:0,96:96:99:1|1:534053_A_G:3902,289,0 1|1:4,215:219:99:1|1:534053_A_G:8592,554,0 0|1:17,209:226:29:.:.:6927,0,29 1|1:0,190:190:99:.:.:6061,579,0 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,14:14:45:1|1:534053_A_G:631,45,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3420,347,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4682,460,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3245,330,0 1|1:0,80:80:99:1|1:534053_A_G:3467,256,0 1|0:39,67:106:99:.:.:1700,0,1391 1|1:0,131:131:99:.:.:4031,393,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5412,484,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2878,285,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5430,454,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5007,509,0 1|0:26,86:112:99:0|1:534053_A_G:3200,0,353 1|1:0,82:82:99:.:.:2469,246,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4492,446,0 1|1:0,157:157:99:.:.:6417,481,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5604,556,0 0|1:74,36:110:99:.:.:823,0,2863 1|1:0,128:128:99:.:.:3857,384,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3083,318,0 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,162:162:99:.:.:5609,486,0 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,177:177:99:.:.:5226,531,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,112:112:99:1|1:534053_A_G:4650,340,0 0|1:20,88:108:99:0|1:534053_A_G:3243,0,623 1|1:0,220:220:99:1|1:534053_A_G:9394,680,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3527,355,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2469,251,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2663,267,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2517,255,0 1|1:0,206:206:99:.:.:5913,619,0 1|1:0,90:90:99:1|1:534053_A_G:3844,280,0 1|1:5,131:136:99:.:.:3900,272,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3552,357,0 1|1:0,152:152:99:.:.:5005,462,0 1|1:0,121:121:99:1|1:534053_A_G:4874,370,0 0|1:41,22:63:99:0|1:534053_A_G:671,0,936 1|1:0,82:82:99:1|1:534053_A_G:3459,250,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2923,273,0 1|0:15,95:110:83:.:.:2463,0,83 1|1:0,100:100:99:1|1:534053_A_G:3701,304,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4639,460,0 1|1:0,111:111:99:1|1:534053_A_G:4573,343,0 1|1:1,194:195:99:1|1:534053_A_G:8186,554,0 1|1:0,180:180:99:1|1:534053_A_G:7523,553,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3588,363,0 1|0:10,74:84:7:.:.:2151,0,7 1|1:0,160:160:99:1|1:534053_A_G:6330,502,0 1|1:0,131:131:99:1|1:534053_A_G:5366,403,0 0|1:50,44:94:99:.:.:1269,0,1067 1|1:0,77:77:99:.:.:2278,231,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2440,246,0 1|1:6,108:114:99:.:.:3461,180,0 0|1:8,54:62:99:0|1:534053_A_G:1977,0,238 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|0:32,41:73:99:.:.:1066,0,582 1|1:0,64:64:99:1|1:534053_A_G:2630,199,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2648,262,0 0|1:37,77:114:99:0|1:533956_A_G:2405,0,620 1|1:0,241:241:99:1|1:534053_A_G:9893,731,0 1|1:1,95:96:99:.:.:2877,259,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4511,444,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2021,204,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5017,505,0 1|1:0,61:61:99:1|1:534053_A_G:2506,187,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3946,384,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2997,304,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2322,234,0 1|1:0,91:91:99:1|1:534053_A_G:3851,277,0 1|1:0,164:164:99:1|1:534053_A_G:6414,499,0 1|1:0,105:105:99:1|1:534053_A_G:4503,334,0 1|0:3,4:7:99:0|1:534053_A_G:161,0,104 1|1:0,182:182:99:.:.:7604,562,0 1|1:0,143:143:99:.:.:5422,439,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,96:96:99:.:.:2862,288,0 1|1:2,166:168:99:1|1:534053_A_G:7081,401,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3421,350,0 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 1|0:9,39:48:99:.:.:1023,0,105 1|1:0,22:22:66:.:.:635,66,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,313:316:99:.:.:10196,871,0 0|1:109,45:154:99:.:.:836,0,2388 1|1:0,256:256:99:.:.:7525,767,0 0|1:3,24:27:54:0|1:534077_C_T:627,0,54 1|1:0,58:58:99:1|1:534053_A_G:2347,174,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5144,494,0 1|1:0,121:121:99:.:.:4975,370,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2436,243,0 1|0:85,18:103:99:.:.:295,0,1961 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,18:18:54:.:.:564,54,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2199,222,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1513,155,0 1|1:0,121:121:99:1|1:534053_A_G:5020,370,0 1|1:0,27:27:81:.:.:837,81,0 1|1:0,203:203:99:1|1:534053_A_G:8733,623,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4775,394,0 1|1:11,231:242:99:.:.:7795,335,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8820,736,0 1|1:0,239:239:99:1|1:534053_A_G:10310,731,0 1|0:102,115:217:99:0|1:534053_A_G:3641,0,2801 1|1:0,207:207:99:.:.:7485,622,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,294:294:99:.:.:10817,885,0 1|1:0,222:222:99:.:.:8008,668,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9840,821,0 1|1:0,43:43:99:1|1:534077_C_T:1986,135,0 1|1:0,268:268:99:1|1:534053_A_G:11616,827,0 1|1:0,239:239:99:1|1:534053_A_G:10130,731,0 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,243:243:99:.:.:8813,731,0 1|1:0,267:267:99:.:.:9665,802,0 1|1:0,270:270:99:1|1:534027_C_T:11002,824,0 1|1:0,219:219:99:1|1:534053_A_G:9469,677,0 1|1:1,183:184:99:.:.:6409,518,0 1|1:2,247:249:99:.:.:8710,681,0 1|1:0,130:130:99:1|1:534053_A_G:5654,403,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7946,656,0 1|1:0,254:254:99:1|1:534053_A_G:11182,789,0 1|1:0,216:216:99:.:.:9110,656,0 1|1:0,99:99:99:1|1:534053_A_G:4247,303,0 1|1:0,127:127:99:1|1:534053_A_G:5540,391,0 1|1:0,218:218:99:1|1:534053_A_G:9431,668,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1972,168,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4962,394,0 1|1:0,201:201:99:1|1:534053_A_G:8832,626,0 1|1:0,166:166:99:.:.:7189,518,0 1|1:0,238:238:99:.:.:8590,716,0 1|1:0,228:228:99:1|1:534053_A_G:10039,710,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4435,376,0 1|1:0,256:256:99:1|1:534053_A_G:11299,792,0 1|1:0,230:230:99:.:.:8331,692,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7755,655,0 1|1:0,795:795:99:.:.:28664,2391,0 1|1:0,877:877:99:.:.:31250,2638,0 0|0:662,0:662:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:.:.:3054,255,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1196,105,0 1|1:0,152:152:99:1|1:534053_A_G:6524,466,0 0|1:99,13:112:99:.:.:128,0,3006 1|1:2,198:200:99:.:.:6784,580,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9443,824,0 1|1:1,591:592:99:.:.:19359,1746,0 1|1:0,160:160:99:.:.:5488,481,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,276:278:99:.:.:9616,801,0 1|1:0,627:627:99:.:.:26789,1909,0 0|1:125,162:287:99:0|1:534053_A_G:6069,0,6689 1|1:0,548:548:99:.:.:18309,1635,0 1|1:0,157:157:99:1|1:534053_A_G:6857,488,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1995,171,0 1|1:1,561:562:99:.:.:18763,1663,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,252:254:99:1|1:534053_A_G:10955,750,0 1|1:0,249:249:99:.:.:8501,748,0 1|1:1,212:213:99:1|1:534053_A_G:9087,619,0 1|1:1,269:270:99:1|1:534053_A_G:11556,818,0 1|0:212,81:293:99:.:.:2427,0,6275 1|1:0,202:202:99:.:.:6934,606,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8673,757,0 1|1:19,241:260:99:.:.:9389,131,0 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,501:501:99:.:.:21495,1535,0 1|1:1,145:146:99:.:.:4875,402,0 1|1:0,512:512:99:.:.:21662,1560,0 1|0:11,30:41:99:.:.:1121,0,215 1|1:0,266:266:99:.:.:9387,799,0 1|1:0,293:293:99:.:.:10946,892,0 1|1:1,278:279:99:.:.:9420,802,0 1|1:0,293:293:99:1|1:534053_A_G:12739,912,0 1|1:0,256:256:99:1|1:534053_A_G:11056,797,0 1|1:2,247:249:99:.:.:8395,700,0 1|1:4,305:309:99:1|1:533956_A_G:11239,797,0 1|1:5,203:208:99:.:.:8232,514,0 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,270:270:99:1|1:534053_A_G:11662,828,0 1|1:0,257:257:99:1|1:534053_A_G:11079,803,0 1|1:1,129:130:99:.:.:4137,352,0 1|1:1,254:255:99:.:.:10459,765,0 1|1:0,95:95:99:.:.:3980,291,0 1|1:3,260:263:99:.:.:10975,699,0 1|1:0,572:572:99:.:.:18578,1701,0 0|1:80,129:209:99:0|1:534053_A_G:4171,0,1896 1|1:0,555:555:99:1|1:534053_A_G:23825,1676,0 1|1:1,276:277:99:1|1:534053_A_G:11648,776,0 1|1:0,341:341:99:.:.:10860,1013,0 1|1:0,261:261:99:.:.:11106,815,0 1|1:0,251:251:99:1|1:534053_A_G:10875,776,0 1|1:0,210:210:99:.:.:8386,632,0 0|1:106,157:263:99:0|1:534053_A_G:5861,0,5365 0|1:25,106:131:99:0|1:534053_A_G:4265,0,1033 1|1:0,229:229:99:.:.:8499,692,0 1|1:1,47:48:99:.:.:1575,109,0 1|1:0,249:249:99:1|1:534053_A_G:10826,776,0 1|1:1,604:605:99:.:.:19535,1789,0 1|1:6,290:296:99:1|1:534053_A_G:12219,572,0 1|0:26,245:271:25:0|1:534053_A_G:9559,0,25 0|1:449,60:509:99:.:.:1103,0,12050 1|1:1,123:124:99:.:.:4909,347,0 1|1:0,278:278:99:.:.:11676,845,0 1|1:1,250:251:99:.:.:10609,729,0 1|1:1,608:611:99:.:.:25840,1851,0 1|1:0,203:203:99:.:.:7148,611,0 1|1:2,541:543:99:.:.:21043,1600,0 1|1:0,656:656:99:.:.:23090,1972,0 1|1:5,541:546:99:.:.:22935,1414,0 1|1:0,127:127:99:.:.:4471,382,0 1|1:0,428:428:99:.:.:14714,1287,0 1|1:1,462:463:99:.:.:15132,1366,0 1|1:4,257:261:99:1|1:534053_A_G:8986,644,0 1|1:0,612:612:99:1|1:534053_A_G:26401,1873,0 1|1:0,69:69:99:1|1:534053_A_G:2948,211,0 1|1:0,135:135:99:1|1:534053_A_G:5236,411,0 1|1:0,158:158:99:1|1:534053_A_G:6724,481,0 1|1:0,231:231:99:1|1:534053_A_G:9881,707,0 1|1:0,196:196:99:.:.:6944,590,0 1|1:0,181:181:99:.:.:6306,544,0 1|1:0,203:203:99:.:.:7179,609,0 1|1:0,203:203:99:1|1:534053_A_G:8605,614,0 1|1:0,214:214:99:1|1:534053_A_G:9193,653,0 1|1:0,228:228:99:1|1:534053_A_G:9780,701,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2702,234,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1975,171,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7559,655,0 1|1:1,170:171:99:.:.:5877,504,0 1|1:0,231:231:99:1|1:534053_A_G:9860,701,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4498,391,0 1|1:0,270:270:99:1|1:534053_A_G:11643,834,0 1|1:0,288:288:99:.:.:10091,865,0 1|1:0,294:294:99:.:.:10360,883,0 1|1:0,77:77:99:1|1:534053_A_G:3268,240,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3842,334,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2673,235,0 1|0:8,67:75:99:0|1:534053_A_G:2683,0,204 1|1:0,19:19:57:.:.:689,57,0 1|1:0,284:284:99:.:.:10151,854,0 1|1:0,288:288:99:.:.:9906,864,0 1|1:0,311:311:99:.:.:10742,935,0 1|1:0,22:22:66:1|1:534053_A_G:930,66,0 1|1:0,246:246:99:1|1:534053_A_G:10654,761,0 1|1:0,298:298:99:.:.:10404,895,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5692,502,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8375,730,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6849,578,0 1|1:0,198:198:99:1|1:534053_A_G:8627,616,0 1|1:0,261:261:99:1|1:534053_A_G:11151,803,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7923,670,0 1|1:0,193:193:99:1|1:534053_A_G:8292,587,0 1|1:0,571:571:99:1|1:534053_A_G:24648,1758,0 1|1:1,72:73:99:.:.:2401,209,0 1|1:0,321:321:99:.:.:11129,964,0 1|1:0,716:716:99:1|1:534053_A_G:31037,2207,0 1|1:0,181:181:99:1|1:534053_A_G:6436,543,0 1|1:0,274:274:99:1|1:534053_A_G:11741,836,0 1|1:0,54:54:99:1|1:534053_A_G:2307,163,0 1|1:0,21:21:63:.:.:742,63,0 1|1:0,353:353:99:1|1:534053_A_G:15401,1095,0 1|1:0,147:147:99:1|1:534053_A_G:6282,448,0 Pf3D7_01_v3 534181 . A C 1.30932e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=27.32;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I2270L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Att/Ctt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.673;VQSLOD=10;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.987;GC=23.81;GQ_MEAN=168.92;GQ_STDDEV=116.34;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6409;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.364;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15483611;AF=0.468;AS_InbreedingCoeff=0.6954;MLEAC=2469;MLEAF=0.47;AN=858;AC=422 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1355 1|1:2,67:69:99:.:.:1889,141,0 0|1:18,48:66:99:.:.:1177,0,390 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,993 1|1:1,48:49:99:.:.:1377,113,0 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260 1|1:1,37:38:81:.:.:1064,81,0 0|1:4,21:25:59:.:.:548,0,59 1|1:0,62:62:99:.:.:1826,186,0 0|0:36,0:36:67:.:.:0,67,1080 0|1:16,14:30:99:.:.:320,0,426 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,211 1|1:0,5:5:15:.:.:146,15,0 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,515 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585 0|0:41,0:41:91:.:.:0,91,1200 1|1:0,84:84:99:.:.:2376,251,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2127,224,0 1|1:0,239:239:99:.:.:6782,717,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2096,227,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1137,120,0 1|0:23,90:113:99:.:.:2129,0,350 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,428 1|1:0,12:12:36:.:.:336,36,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1344,143,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1572 1|1:0,127:127:99:.:.:3605,381,0 1|1:6,102:108:99:.:.:2740,142,0 1|1:1,51:52:99:.:.:1478,146,0 0|1:259,103:362:99:.:.:1811,0,6887 1|1:1,71:72:99:.:.:2074,206,0 0|0:156,0:156:59:.:.:0,59,3902 1|1:0,90:90:99:.:.:2536,270,0 1|1:3,50:53:93:.:.:1278,93,0 1|0:51,8:59:44:.:.:44,0,1354 0|1:18,39:57:99:.:.:854,0,393 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|0:53,87:140:99:.:.:1989,0,1193 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,206:206:99:.:.:5740,618,0 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800 0|1:30,68:98:99:.:.:1621,0,640 1|0:22,58:80:99:.:.:1362,0,457 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,87:87:99:.:.:2458,261,0 1|0:34,42:76:99:.:.:905,0,812 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,119:119:99:.:.:3317,356,0 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,108:108:99:.:.:3106,324,0 0|0:75,0:75:56:.:.:0,56,1929 1|1:0,116:116:99:.:.:3312,348,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1354 0|1:59,16:75:99:.:.:226,0,1586 0|1:22,64:86:99:.:.:1540,0,409 1|1:0,151:151:99:.:.:4325,453,0 1|1:6,93:99:99:.:.:2357,107,0 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,302:302:99:.:.:8674,907,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,999 0|1:91,30:121:99:.:.:475,0,2368 0|1:74,39:113:99:.:.:757,0,1946 1|1:0,109:109:99:.:.:3143,327,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 1|0:30,42:72:99:.:.:1015,0,716 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1577 1|1:1,45:46:99:.:.:1268,105,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3440,368,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 0|1:170,25:195:80:.:.:80,0,4614 1|1:6,107:113:99:.:.:2891,144,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|1:28,40:68:99:.:.:870,0,656 1|1:0,59:59:99:.:.:1629,176,0 1|0:27,31:58:99:.:.:704,0,667 0|1:18,86:104:99:.:.:2143,0,247 1|1:1,72:73:99:.:.:2039,209,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3719,399,0 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,75:76:99:.:.:2127,198,0 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,98:100:99:.:.:2690,237,0 1|0:22,122:144:99:.:.:3000,0,241 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:95,0:95:80:.:.:0,80,2518 0|1:61,51:112:99:.:.:1092,0,1452 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1795 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,203:203:99:.:.:5675,608,0 1|0:77,95:172:99:.:.:2124,0,1897 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,144:144:99:.:.:3966,431,0 1|1:8,121:129:69:.:.:3000,69,0 0|1:79,44:123:99:.:.:817,0,2100 1|1:3,234:237:99:.:.:6587,657,0 1|0:83,59:142:99:.:.:1227,0,2129 1|1:10,201:211:99:.:.:5526,334,0 0|1:36,155:191:99:.:.:3825,0,548 1|1:0,176:176:99:.:.:4900,528,0 0|1:47,146:193:99:.:.:3427,0,836 1|1:0,203:203:99:.:.:5688,609,0 0|1:138,64:202:99:.:.:1128,0,3644 1|1:0,226:226:99:.:.:6413,678,0 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,173:173:99:.:.:4862,519,0 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 1|0:32,99:131:99:.:.:2358,0,592 0|1:148,83:231:99:.:.:1607,0,3823 0|1:54,98:152:99:.:.:2300,0,1265 1|1:4,180:184:99:.:.:4994,420,0 1|0:125,55:180:99:.:.:1007,0,3347 1|1:1,113:114:99:.:.:3058,332,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,157:157:99:.:.:4323,470,0 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|1:115,74:189:99:.:.:1422,0,2954 1|1:0,187:187:99:.:.:5067,560,0 0|1:144,24:168:99:.:.:161,0,3923 0|1:51,97:148:99:.:.:2248,0,1123 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,198:198:99:.:.:5562,594,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5487,585,0 1|0:120,29:149:99:.:.:305,0,3189 1|1:1,245:246:99:.:.:6581,727,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|0:127,87:214:99:.:.:1780,0,3311 0|1:162,67:229:99:.:.:1162,0,4134 1|1:1,209:210:99:.:.:5601,599,0 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,183:184:99:.:.:4879,528,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6180,669,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800 0|1:171,34:205:99:.:.:335,0,4670 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,138:138:99:.:.:3868,414,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2671,282,0 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800 1|0:38,27:65:99:.:.:563,0,1014 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,82:83:99:.:.:2198,216,0 1|1:1,257:258:99:.:.:6925,742,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|1:59,75:134:99:.:.:1688,0,1444 0|0:118,0:118:34:.:.:0,34,2965 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 0|1:100,72:172:99:.:.:1494,0,2606 1|0:41,138:179:99:.:.:3283,0,739 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360 1|1:0,105:105:99:.:.:2983,315,0 1|1:3,146:149:99:.:.:4074,359,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2783,296,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|0:32,61:93:99:.:.:1437,0,698 1|0:72,82:154:99:.:.:1859,0,1799 0|1:42,118:160:99:.:.:2819,0,807 1|1:3,98:101:99:.:.:2664,206,0 0|1:79,61:140:99:.:.:1268,0,2049 1|1:3,131:134:99:.:.:3628,305,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|0:61,16:77:99:.:.:221,0,1658 1|1:0,137:137:99:.:.:3889,411,0 0|1:126,24:150:99:.:.:224,0,3471 1|1:3,155:158:99:.:.:4281,377,0 0|1:70,25:95:99:.:.:424,0,1915 1|1:0,122:122:99:.:.:3491,366,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2628,279,0 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 0|1:55,79:134:99:.:.:1864,0,1323 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,166:167:99:.:.:4575,471,0 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|0:87,23:110:99:.:.:297,0,2361 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|0:68,32:100:99:.:.:609,0,1786 1|1:0,93:93:99:.:.:2594,279,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1959,210,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2261,243,0 1|1:6,199:205:99:.:.:5218,431,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|0:15,119:134:63:.:.:2871,0,63 1|1:0,124:124:99:.:.:3465,372,0 1|0:38,110:148:99:.:.:2621,0,716 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 1|0:49,10:59:99:.:.:113,0,1360 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|1:47,19:66:99:.:.:263,0,1253 1|0:19,91:110:99:.:.:2172,0,262 0|1:36,46:82:99:.:.:1063,0,878 1|1:0,133:133:99:.:.:3730,399,0 0|0:109,0:109:72:.:.:0,72,2848 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 1|0:95,88:183:99:.:.:1919,0,2387 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800 1|0:25,32:57:99:.:.:714,0,610 1|0:143,37:180:99:.:.:444,0,3826 0|1:16,109:125:99:.:.:2619,0,129 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1877 1|1:0,66:66:99:.:.:1809,197,0 0|1:13,66:79:99:.:.:1595,0,161 0|1:38,76:114:99:.:.:1701,0,852 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|0:43,37:80:99:.:.:770,0,1090 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,80:80:99:.:.:2203,240,0 0|1:36,59:95:99:.:.:1344,0,852 1|1:0,231:231:99:.:.:6469,692,0 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,136:137:99:.:.:3817,401,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1459,156,0 1|1:1,183:184:99:.:.:5083,520,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:12,107:119:13:.:.:2702,0,13 1|1:0,87:87:99:.:.:2370,260,0 1|1:1,89:90:99:.:.:2366,237,0 0|0:78,0:78:60:.:.:0,60,2059 1|0:81,86:167:99:.:.:1928,0,2012 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,195 1|0:74,106:180:99:.:.:2458,0,1764 1|0:103,53:156:99:.:.:1030,0,2741 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,106:106:99:.:.:2935,317,0 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 1|0:53,67:120:99:.:.:1524,0,1260 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 1|0:11,35:46:99:.:.:856,0,214 1|1:0,24:24:72:.:.:695,72,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2334,249,0 1|1:20,277:297:99:.:.:7266,269,0 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,23:23:69:.:.:628,69,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1414 0|1:38,127:165:99:.:.:2995,0,680 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800 1|1:3,83:86:99:.:.:2220,162,0 1|0:101,17:118:99:.:.:114,0,2790 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 0|1:15,8:23:99:.:.:158,0,401 1|1:0,74:74:99:.:.:2068,222,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1195,132,0 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,27:29:24:.:.:696,24,0 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,108:108:99:.:.:3790,324,0 1|1:6,215:221:99:.:.:7426,446,0 1|1:0,229:229:99:.:.:8091,688,0 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|0:152,93:245:99:.:.:2542,0,4774 1|1:0,212:212:99:.:.:7424,637,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 0|1:28,266:294:62:.:.:8547,0,62 1|1:0,201:201:99:.:.:7114,604,0 1|1:0,235:235:99:.:.:8259,707,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,221:221:99:.:.:7728,664,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,258:258:99:.:.:8859,775,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,169:178:99:.:.:5537,233,0 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,205:206:99:.:.:7201,587,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|0:170,32:202:99:.:.:477,0,5619 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,46:48:97:.:.:1556,97,0 1|0:38,89:127:99:.:.:2792,0,954 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,221:221:99:.:.:7750,664,0 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,111:111:99:.:.:3943,334,0 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,238:244:99:.:.:8083,522,0 1|1:0,237:237:99:.:.:8194,712,0 1|1:0,776:776:99:.:.:26859,2333,0 1|1:0,789:789:99:.:.:27441,2371,0 0|0:662,0:662:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:.:.:3295,283,0 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 0|1:103,18:121:99:.:.:240,0,3310 1|1:0,189:189:99:.:.:6324,568,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9176,820,0 1|1:0,495:495:99:.:.:15769,1475,0 1|1:4,146:150:99:.:.:4684,329,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,299:299:99:.:.:10091,899,0 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,528:532:99:.:.:23263,1481,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4979,453,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2517,225,0 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,242:242:99:.:.:8063,727,0 1|1:1,202:203:99:.:.:6838,573,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8314,734,0 1|0:249,59:308:99:.:.:1038,0,7838 1|1:0,216:216:99:.:.:7214,649,0 1|1:0,254:254:99:.:.:8514,763,0 0|1:241,28:269:99:.:.:157,0,7555 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,134:136:99:.:.:4407,336,0 1|1:3,446:449:99:.:.:14121,1255,0 1|0:41,10:51:99:.:.:195,0,1280 1|1:17,264:281:99:.:.:8390,310,0 0|1:85,205:290:99:.:.:5984,0,2105 1|1:1,279:280:99:.:.:9278,806,0 1|1:1,281:282:99:.:.:9088,820,0 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,287:287:99:.:.:9741,863,0 0|1:101,169:270:99:.:.:4819,0,2693 0|0:217,0:217:0:.:.:0,0,6073 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,112:120:91:.:.:3246,91,0 0|1:211,42:253:99:.:.:657,0,6465 0|0:93,0:93:88:.:.:0,88,2757 1|1:9,250:259:99:.:.:8033,471,0 1|1:0,535:535:99:.:.:17117,1599,0 0|1:117,65:182:99:.:.:1662,0,3414 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800 0|1:214,34:248:99:.:.:429,0,6739 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800 0|1:222,45:267:99:.:.:723,0,6907 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 0|1:142,57:199:99:.:.:1172,0,4384 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800 1|1:14,206:220:99:.:.:6432,177,0 0|0:59,0:59:39:.:.:0,39,1759 1|0:244,46:290:99:.:.:648,0,7532 1|1:2,555:557:99:.:.:17404,1591,0 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800 0|0:428,0:428:99:.:.:0,120,1800 0|1:68,64:132:99:.:.:1776,0,1906 0|0:272,0:272:99:.:.:0,102,1800 0|1:21,200:221:82:.:.:5998,0,82 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800 0|1:38,196:234:99:.:.:5944,0,597 0|1:237,219:456:99:.:.:5558,0,7092 1|1:19,648:667:99:.:.:21091,1315,0 1|1:2,532:534:99:.:.:18397,1531,0 1|1:6,105:111:99:.:.:3347,112,0 1|1:2,401:403:99:.:.:13505,1142,0 1|1:0,425:425:99:.:.:13501,1269,0 1|0:213,23:236:90:.:.:90,0,6718 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|0:76,80:156:99:.:.:2285,0,2199 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,226:226:99:.:.:7797,679,0 1|0:50,136:186:99:.:.:4153,0,1254 1|1:0,147:147:99:.:.:5093,442,0 1|0:58,147:205:99:.:.:4185,0,1255 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,70:70:99:.:.:2375,210,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1948,174,0 1|1:0,196:196:99:.:.:6817,589,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5022,445,0 1|1:7,197:204:99:.:.:6565,404,0 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,276:276:99:.:.:9433,830,0 1|1:0,306:306:99:.:.:10595,919,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,142:142:99:.:.:4721,427,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2458,214,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,20:20:60:.:.:676,60,0 1|1:1,330:331:99:.:.:11229,958,0 0|1:63,230:293:99:.:.:6847,0,1371 0|1:69,202:271:99:.:.:5974,0,1597 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,840 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,277:277:99:.:.:9268,832,0 1|1:0,149:149:99:.:.:5006,448,0 1|0:93,166:259:99:.:.:4663,0,2461 1|1:4,193:197:99:.:.:6432,444,0 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,238:238:99:.:.:7995,714,0 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:501,0:501:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,88:88:99:.:.:2962,265,0 1|1:0,319:319:99:.:.:10730,958,0 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 1|0:41,140:181:99:.:.:4167,0,931 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,43:43:99:.:.:1485,129,0 1|1:1,26:27:46:.:.:849,46,0 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620 Pf3D7_01_v3 534237 . C T 2.07464e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=30.12;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N2288;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaC/aaT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.67;VQSLOD=9.9;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.65;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=28.57;GQ_MEAN=170.83;GQ_STDDEV=148.64;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6627;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.101;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15335195;AF=0.58;AS_InbreedingCoeff=0.3728;MLEAC=3057;MLEAF=0.582;AN=858;AC=484 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1240 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1214 1|1:2,66:68:99:1|1:534236_A_C:2880,121,0 1|1:1,59:60:99:1|1:534236_A_C:2571,136,0 0|0:43,0:43:3:.:.:0,3,958 1|0:35,7:42:99:0|1:534236_A_C:213,0,1438 1|1:0,36:36:99:1|1:534237_C_T:1550,108,0 1|1:0,77:77:99:1|1:534237_C_T:3470,238,0 1|1:0,44:44:99:1|1:534237_C_T:1952,132,0 1|1:0,44:44:99:1|1:534236_A_C:1978,135,0 0|1:10,14:24:99:0|1:534236_A_C:549,0,359 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1284 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395 0|1:15,15:30:99:0|1:534236_A_C:560,0,585 1|0:19,11:30:99:0|1:534237_C_T:368,0,998 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,268 1|1:0,7:7:21:1|1:534236_A_C:309,21,0 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900 1|1:0,21:21:66:1|1:534236_A_C:963,66,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,87:87:99:1|1:534236_A_C:3807,265,0 1|1:0,88:88:99:1|1:534236_A_C:3893,266,0 1|1:0,224:224:99:1|1:534236_A_C:10088,686,0 1|1:0,70:70:99:1|1:534236_A_C:3089,211,0 1|1:1,42:43:97:1|1:534236_A_C:1765,97,0 1|0:23,86:109:99:0|1:534236_A_C:3519,0,728 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630 1|1:0,9:9:27:1|1:534236_A_C:386,27,0 1|1:0,52:52:99:1|1:534236_A_C:2320,160,0 1|1:0,61:61:99:1|1:534236_A_C:2720,187,0 1|1:0,122:122:99:1|1:534236_A_C:5473,370,0 1|1:0,113:113:99:1|1:534236_A_C:4988,346,0 1|1:0,60:60:99:1|1:534236_A_C:2557,180,0 0|1:243,106:349:99:0|1:534236_A_C:3674,0,10779 1|1:0,65:65:99:1|1:534236_A_C:2844,196,0 1|0:87,60:147:99:.:.:2135,0,1977 1|1:1,83:84:99:1|1:534236_A_C:3632,213,0 1|1:2,44:46:51:1|1:534236_A_C:1799,51,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1435 1|1:0,55:57:99:.:.:2520,175,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|0:81,33:114:99:0|1:534236_A_C:1110,0,3247 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800 1|1:1,172:173:99:1|1:534236_A_C:7677,493,0 1|1:1,237:238:99:1|1:534236_A_C:10439,671,0 0|1:36,81:117:99:0|1:534236_A_C:3253,0,1243 1|0:10,81:91:99:0|1:534236_A_C:3309,0,173 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900 1|1:0,106:106:99:1|1:534236_A_C:4671,319,0 1|0:31,46:77:99:.:.:1847,0,1045 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 1|0:19,10:29:99:.:.:357,0,757 1|1:0,104:104:99:1|1:534236_A_C:4607,319,0 1|0:154,56:210:99:0|1:534237_C_T:1829,0,6229 1|1:0,111:111:99:1|1:534236_A_C:4971,343,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800 1|1:1,113:114:99:1|1:534236_A_C:5049,301,0 1|1:0,51:51:99:.:.:2286,160,0 0|1:53,13:66:99:.:.:290,0,1259 0|1:27,64:91:99:0|1:534236_A_C:2560,0,906 1|1:0,150:150:99:1|1:534236_A_C:6591,451,0 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,342:342:99:1|1:534236_A_C:15196,1033,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,999 0|1:37,74:111:99:.:.:2986,0,1231 1|0:42,79:121:99:.:.:3149,0,1452 1|0:69,22:91:99:0|1:534236_A_C:710,0,2848 1|1:0,65:65:99:1|1:534236_A_C:2847,196,0 1|0:35,55:90:99:0|1:534236_A_C:2166,0,1283 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1577 0|1:26,18:44:99:0|1:534236_A_C:661,0,1026 1|1:1,128:129:99:1|1:534236_A_C:5624,343,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,65:66:99:1|1:534237_C_T:2915,163,0 0|1:92,102:194:99:.:.:2800,0,1863 0|1:26,80:106:99:.:.:3261,0,792 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 0|1:24,54:78:99:.:.:2096,0,911 1|1:0,55:55:99:1|1:534236_A_C:2455,166,0 1|0:24,26:50:99:0|1:534236_A_C:993,0,952 0|1:91,30:121:99:0|1:534236_A_C:986,0,3654 1|1:0,78:78:99:1|1:534236_A_C:3428,238,0 1|1:0,123:123:99:1|1:534236_A_C:5522,376,0 1|0:42,93:135:99:0|1:534236_A_C:3746,0,1466 1|1:0,69:69:99:1|1:534236_A_C:3078,211,0 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|1:17,73:90:99:0|1:534236_A_C:2960,0,494 1|0:20,111:131:99:0|1:534236_A_C:4498,0,634 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|0:84,12:96:99:0|1:534237_C_T:272,0,3477 0|1:52,55:107:99:0|1:534236_A_C:2125,0,1980 1|0:58,10:68:99:0|1:534236_A_C:243,0,2386 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|0:148,36:184:99:0|1:534236_A_C:1051,0,6041 1|0:76,91:167:99:0|1:534236_A_C:3590,0,2862 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 1|0:39,195:234:99:.:.:7913,0,902 1|1:0,135:135:99:1|1:534236_A_C:6051,412,0 1|1:0,124:124:99:1|1:534236_A_C:5614,382,0 1|0:13,105:118:99:0|1:534236_A_C:4317,0,227 0|1:100,44:144:99:0|1:534236_A_C:1487,0,3906 1|1:6,244:250:99:1|1:534236_A_C:10600,491,0 1|0:89,79:168:99:0|1:534236_A_C:2992,0,3477 1|1:2,180:184:99:.:.:8418,522,0 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,178:178:99:1|1:534236_A_C:7853,538,0 0|1:56,148:204:99:0|1:534236_A_C:5988,0,1861 1|1:0,214:214:99:1|1:534236_A_C:9503,647,0 0|1:90,106:196:99:.:.:4089,0,3154 1|1:0,247:247:99:1|1:534236_A_C:11008,749,0 1|1:0,152:152:99:1|1:534236_A_C:6820,464,0 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,165:165:99:1|1:534236_A_C:7393,506,0 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 1|0:43,91:134:99:0|1:534236_A_C:3717,0,1481 0|1:144,89:233:99:0|1:534236_A_C:3240,0,6339 0|1:98,61:159:99:.:.:2306,0,2221 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800 1|0:153,29:182:99:.:.:757,0,6080 1|1:0,126:126:99:1|1:534236_A_C:5700,388,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,156:156:99:1|1:534236_A_C:6901,470,0 1|1:2,204:206:99:1|1:534236_A_C:8953,524,0 1|1:0,250:250:99:1|1:534237_C_T:11079,767,0 1|0:108,80:188:99:.:.:2946,0,4105 1|1:0,168:168:99:1|1:534236_A_C:7583,518,0 0|1:135,27:162:99:0|1:534236_A_C:704,0,5559 0|1:56,76:132:99:0|1:534236_A_C:3037,0,2076 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|0:139,69:208:99:0|1:534236_A_C:2424,0,5534 1|0:23,194:217:99:0|1:534236_A_C:7926,0,350 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,251:252:99:1|1:534236_A_C:11166,753,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|0:130,72:202:99:0|1:534236_A_C:2628,0,5816 0|1:150,67:217:99:0|1:534236_A_C:2371,0,6619 1|1:1,216:217:99:1|1:534236_A_C:9671,631,0 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|1:42,138:180:99:.:.:5641,0,1241 0|1:176,33:209:99:0|1:534236_A_C:862,0,7109 1|1:0,216:216:99:.:.:6752,651,0 1|1:0,111:111:99:1|1:534237_C_T:5025,349,0 1|0:9,108:117:76:0|1:534237_C_T:4389,0,76 1|1:1,110:111:99:1|1:534236_A_C:4865,321,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800 1|0:28,40:68:99:0|1:534236_A_C:1594,0,1028 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,93:93:99:1|1:534236_A_C:4097,280,0 1|1:0,244:244:99:1|1:534236_A_C:10839,743,0 1|1:1,129:130:99:1|1:534237_C_T:5648,349,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 1|1:9,153:162:33:1|1:534237_C_T:6231,33,0 1|1:0,107:107:99:1|1:534237_C_T:4693,322,0 0|1:57,69:126:99:.:.:2685,0,2139 1|0:85,16:101:99:0|1:534236_A_C:408,0,4490 0|0:208,0:208:0:.:.:0,0,4642 1|0:82,112:194:99:.:.:4383,0,2894 1|0:50,130:180:99:0|1:534236_A_C:5264,0,1674 1|1:0,193:193:99:.:.:8645,599,0 1|1:0,15:15:45:1|1:534236_A_C:649,45,0 1|1:0,118:118:99:1|1:534236_A_C:5477,373,0 1|1:1,160:161:99:1|1:534236_A_C:7129,446,0 1|1:0,115:115:99:1|1:534236_A_C:5100,346,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,101:101:99:1|1:534236_A_C:4534,307,0 0|1:89,60:149:99:0|1:534237_C_T:2083,0,3453 0|1:85,76:161:99:0|1:534236_A_C:2913,0,3293 1|1:2,103:105:99:1|1:534236_A_C:4534,229,0 0|1:113,62:175:99:0|1:534236_A_C:2226,0,4469 1|1:2,109:111:99:1|1:534236_A_C:4772,256,0 1|1:1,103:104:99:1|1:534237_C_T:4512,253,0 1|1:2,66:68:99:1|1:534236_A_C:2844,115,0 1|1:0,133:133:99:1|1:534236_A_C:6011,409,0 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,180:184:99:.:.:7937,395,0 1|1:3,96:99:99:1|1:534236_A_C:4177,169,0 1|1:0,114:114:99:1|1:534236_A_C:5100,346,0 1|1:0,102:102:99:1|1:534236_A_C:4629,316,0 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 0|1:54,89:143:99:0|1:534236_A_C:3501,0,1992 1|1:7,136:143:99:1|1:534237_C_T:5743,104,0 1|1:1,161:162:99:1|1:534236_A_C:7105,443,0 1|1:0,242:242:99:1|1:534237_C_T:10742,740,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|0:95,26:121:99:0|1:534236_A_C:803,0,4342 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|0:78,33:111:99:.:.:694,0,1836 1|1:1,92:93:99:1|1:534236_A_C:4011,238,0 1|1:0,67:67:99:1|1:534236_A_C:3046,208,0 1|1:0,89:89:99:1|1:534236_A_C:3967,268,0 1|0:168,33:201:99:.:.:436,0,3855 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|0:9,115:124:2:.:.:4759,0,2 1|1:0,117:117:99:1|1:534236_A_C:5164,352,0 1|0:43,127:170:99:.:.:5090,0,1287 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:6:.:.:0,6,1362 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 0|1:48,24:72:99:0|1:534236_A_C:896,0,1847 1|1:0,105:105:99:.:.:4726,322,0 0|1:47,53:100:99:0|1:534236_A_C:2068,0,1776 1|1:7,126:133:91:1|1:534236_A_C:5348,91,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 1|0:95,82:177:99:0|1:534236_A_C:3153,0,4146 1|1:0,105:105:99:1|1:534236_A_C:4754,322,0 0|1:16,40:56:99:.:.:1596,0,527 1|0:160,40:200:99:0|1:534236_A_C:1180,0,6455 0|1:16,108:124:99:0|1:534236_A_C:4480,0,357 1|0:16,48:64:99:.:.:1980,0,551 1|1:0,75:75:99:1|1:534236_A_C:3289,226,0 1|1:0,73:73:99:.:.:3211,221,0 0|1:35,75:110:99:.:.:2991,0,1189 1|0:45,15:60:99:0|1:534237_C_T:482,0,1756 1|1:0,100:100:99:1|1:534237_C_T:4301,304,0 0|1:41,47:88:99:.:.:1827,0,1490 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:1|1:534236_A_C:3800,256,0 1|1:1,89:90:99:.:.:3790,224,0 1|1:0,239:239:99:1|1:534236_A_C:10690,728,0 1|1:4,83:87:39:1|1:534236_A_C:3503,39,0 1|1:1,125:126:99:1|1:534236_A_C:5604,340,0 1|1:0,53:53:99:1|1:534236_A_C:2337,160,0 1|1:1,183:184:99:1|1:534236_A_C:7995,512,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800 0|1:9,100:109:71:0|1:534236_A_C:4169,0,71 1|1:0,96:96:99:1|1:534236_A_C:4342,295,0 1|1:0,65:65:99:1|1:534236_A_C:2925,199,0 1|1:1,66:67:99:.:.:2018,175,0 0|0:199,0:199:0:.:.:0,0,4315 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 0|1:9,4:13:99:0|1:534236_A_C:121,0,355 1|0:135,40:175:99:.:.:1233,0,5344 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,162:162:99:1|1:534237_C_T:7033,491,0 1|1:1,106:107:99:1|1:534236_A_C:4671,277,0 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 1|0:62,74:136:99:0|1:534236_A_C:2907,0,2347 1|1:2,197:199:99:.:.:8567,520,0 0|1:27,17:44:99:.:.:633,0,1058 1|1:0,21:21:66:1|1:534236_A_C:961,66,0 1|1:4,95:99:99:1|1:534236_A_C:4099,124,0 1|1:22,280:302:99:.:.:11863,295,0 1|0:55,90:145:99:0|1:534237_C_T:3509,0,2122 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,26:26:81:1|1:534236_A_C:1197,81,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1414 0|1:44,109:153:99:0|1:534236_A_C:4386,0,1508 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,95:101:56:.:.:3956,56,0 1|1:4,117:121:99:1|1:534237_C_T:4913,164,0 0|1:16,10:26:99:0|1:534236_A_C:368,0,716 1|1:0,69:69:99:1|1:534236_A_C:3068,208,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|1:2,13:15:45:0|1:534236_A_C:532,0,45 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,106:106:99:1|1:534236_A_C:4737,319,0 1|1:0,209:209:99:.:.:9393,632,0 1|1:0,201:201:99:1|1:534236_A_C:9102,617,0 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 0|1:23,206:229:99:.:.:8463,0,288 1|1:0,187:187:99:1|1:534236_A_C:8473,575,0 1|1:0,170:170:99:1|1:534237_C_T:7567,515,0 0|1:27,240:267:99:0|1:534236_A_C:9999,0,384 1|1:0,189:189:99:1|1:534236_A_C:8498,572,0 1|1:0,229:229:99:1|1:534236_A_C:10195,692,0 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,234:234:99:1|1:534237_C_T:10510,725,0 1|1:0,217:217:99:1|1:534236_A_C:9883,671,0 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,261:261:99:.:.:9256,784,0 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,195:198:99:1|1:534236_A_C:8601,464,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|0:136,68:204:99:0|1:534236_A_C:2396,0,5509 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,52:52:99:1|1:534236_A_C:2335,157,0 1|0:41,87:128:99:0|1:534236_A_C:3565,0,1449 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,126:126:99:1|1:534236_A_C:5609,379,0 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,243:243:99:.:.:8808,729,0 1|1:0,241:241:99:1|1:534236_A_C:10828,728,0 1|1:2,735:737:99:1|1:534236_A_C:32860,2210,0 1|1:0,780:780:99:1|1:534236_A_C:34990,2362,0 1|1:1,670:671:99:1|1:534237_C_T:30018,2023,0 1|1:0,77:77:99:1|1:534236_A_C:3464,235,0 0|0:35,0:35:68:.:.:0,68,1088 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,118:118:99:.:.:5269,367,0 1|1:0,194:194:99:1|1:534236_A_C:8784,593,0 1|1:0,241:241:99:1|1:534236_A_C:10764,725,0 1|1:2,439:441:99:1|1:534236_A_C:19397,1249,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,263:263:99:1|1:534237_C_T:11719,809,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,117,1800 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800 1|0:151,129:280:99:0|1:534237_C_T:4826,0,5759 1|1:0,482:482:99:.:.:21363,1461,0 1|1:0,171:171:99:1|1:534236_A_C:7621,518,0 1|1:0,81:81:99:1|1:534236_A_C:3646,247,0 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,87:89:99:1|1:534237_C_T:3767,163,0 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,229:229:99:1|1:534236_A_C:10346,698,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7530,647,0 1|1:0,286:286:99:.:.:9516,857,0 1|1:1,283:284:99:.:.:12312,831,0 0|0:168,0:168:99:.:.:0,117,1800 1|1:0,250:250:99:1|1:534236_A_C:11225,758,0 0|1:213,46:259:99:.:.:1291,0,8520 1|1:9,208:217:99:1|1:534237_C_T:8910,240,0 1|1:1,430:431:99:.:.:18879,1309,0 1|1:4,113:117:99:1|1:534236_A_C:4867,175,0 1|1:2,385:387:99:.:.:15264,1099,0 0|1:40,15:55:99:.:.:478,0,1578 1|1:2,306:308:99:.:.:13661,861,0 1|1:4,273:277:99:.:.:12133,669,0 1|1:0,264:264:99:1|1:534236_A_C:11817,801,0 1|1:0,267:267:99:1|1:534236_A_C:11894,807,0 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,285:285:99:1|1:534236_A_C:12809,873,0 0|1:20,261:281:20:.:.:10793,0,20 0|1:106,83:189:99:.:.:3046,0,4064 1|1:12,256:268:99:1|1:534237_C_T:10800,221,0 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,84:90:41:1|1:534236_A_C:3476,41,0 1|1:10,238:248:99:.:.:10195,333,0 1|0:46,24:70:99:.:.:830,0,1736 1|1:10,250:260:99:.:.:10787,352,0 1|1:0,451:451:99:1|1:534236_A_C:20199,1364,0 0|1:49,120:169:99:.:.:4855,0,1639 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800 0|1:227,25:252:99:0|1:534236_A_C:389,0,9389 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800 0|1:46,209:255:99:.:.:8694,0,1183 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 0|1:116,49:165:99:.:.:1647,0,4505 1|0:37,191:228:99:0|1:534237_C_T:7861,0,909 1|0:13,138:151:78:.:.:5683,0,78 1|1:14,206:220:73:1|1:534236_A_C:8717,73,0 0|1:43,9:52:99:.:.:248,0,1983 1|0:235,56:291:99:.:.:1536,0,9337 1|1:4,515:519:99:1|1:534236_A_C:22720,1418,0 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800 0|1:208,27:235:99:0|1:534237_C_T:508,0,12037 1|1:22,376:398:99:.:.:15399,283,0 0|1:58,67:125:99:0|1:534236_A_C:2606,0,2230 0|1:250,27:277:99:.:.:368,0,9975 0|1:24,196:220:99:.:.:8058,0,360 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800 0|1:28,196:224:99:0|1:534236_A_C:8103,0,800 0|1:214,187:401:99:.:.:7025,0,7830 1|1:19,642:661:99:1|1:534236_A_C:27949,1144,0 1|1:0,513:513:99:.:.:23100,1568,0 1|1:6,124:130:99:1|1:534236_A_C:5329,127,0 1|1:2,386:388:99:1|1:534236_A_C:17187,1081,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:11,227:238:99:.:.:9719,236,0 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800 1|0:75,68:143:99:0|1:534236_A_C:2646,0,2962 1|1:0,138:138:99:1|1:534237_C_T:6186,427,0 1|1:0,217:217:99:1|1:534236_A_T:9714,656,0 1|0:44,137:181:99:0|1:534236_A_C:5552,0,1446 1|1:0,135:135:99:.:.:4784,406,0 1|0:52,135:187:99:0|1:534236_A_C:5488,0,2288 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,59:59:99:1|1:534236_A_C:2687,181,0 1|1:0,206:206:99:1|1:534236_A_C:9282,626,0 1|1:0,170:170:99:1|1:534236_A_C:7672,518,0 1|1:5,209:214:99:1|1:534236_A_C:9186,425,0 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,260:260:99:1|1:534236_A_C:11654,783,0 1|1:2,274:276:99:1|1:534236_A_C:10946,750,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,157:157:99:1|1:534236_A_C:7025,476,0 1|1:0,75:75:99:1|1:534236_A_C:3347,226,0 0|1:71,8:79:99:0|1:534237_C_T:116,0,2894 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035 1|1:0,296:296:99:1|1:534236_A_C:13211,893,0 0|1:176,90:266:99:0|1:534236_A_C:3267,0,7095 0|1:219,68:287:99:0|1:534236_A_C:2143,0,8989 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,942 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800 0|1:234,49:283:99:0|1:534236_A_C:1354,0,9635 1|1:0,143:143:99:1|1:534236_A_C:6428,433,0 1|0:90,168:258:99:0|1:534236_A_C:6759,0,3257 0|1:175,29:204:99:0|1:534236_A_C:739,0,7179 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:501,0:501:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:1|1:534236_A_C:3862,262,0 1|1:0,308:308:99:1|1:534236_A_C:13724,933,0 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 1|0:52,148:200:99:0|1:534236_A_C:6091,0,1702 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710 1|1:0,35:35:99:1|1:534236_A_C:1607,108,0 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620 Pf3D7_01_v3 534245 . C T 4.76447e+06 PASS FS=0;MQ=60.75;QD=32;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=P2291L;SNPEFF_CODON_CHANGE=cCt/cTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.64;VQSLOD=7.74;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0044;FractionInformativeReads=0.998;GC=33.33;GQ_MEAN=127.08;GQ_STDDEV=97.98;HRun=2;InbreedingCoeff=0.559;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.63;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=14374802;AF=0.151;AS_InbreedingCoeff=0.6911;MLEAC=790;MLEAF=0.15;AN=858;AC=101 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1240:. 0|0:45,0:45:86:.:.:0,86,1212:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:92:.:.:0,92,1148:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,36:36:99:1|1:534237_C_T:1549,108,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:534237_C_T:3558,247,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:534237_C_T:1918,129,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1359:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:36,0:36:80:.:.:0,80,981:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:21,8:29:99:0|1:534237_C_T:303,0,1055:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,284:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,221:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:56:.:.:0,56,975:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1250:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1678:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,18:154:75:.:.:75,0,5206:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1319:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1435:. 1|0:41,17:58:99:.:.:550,0,1600:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,9:75:99:.:.:128,0,2658:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,7:30:99:.:.:218,0,893:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:157,58:215:99:0|1:534237_C_T:1872,0,6251:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,52:54:73:.:.:2124,73,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:339,0:339:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,999:. 0|1:80,36:116:99:.:.:1197,0,3067:. 1|0:63,58:121:99:.:.:2262,0,2370:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1577:. 0|0:36,0:36:80:.:.:0,80,953:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,66:67:99:1|1:534237_C_T:2877,160,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,6:105:77:.:.:0,77,4167:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,4:77:53:.:.:0,53,3004:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,13:102:99:0|1:534237_C_T:260,0,3571:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,194:236:99:.:.:7679,0,1116:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:140,43:183:99:.:.:1355,0,5623:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:1|1:534237_C_T:10800,740,0:. 1|0:143,50:193:99:.:.:1584,0,5576:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,131:183:99:.:.:5149,0,1747:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:534237_C_T:4921,340,0:. 1|0:9,105:114:70:0|1:534237_C_T:4434,0,70:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1763:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,126:127:99:1|1:534237_C_T:5670,352,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,144:154:12:1|1:534237_C_T:5993,12,0:. 1|1:0,111:111:99:1|1:534237_C_T:4847,340,0:. 1|0:102,22:124:99:.:.:574,0,4159:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:171,20:191:99:.:.:272,0,6921:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,186:192:99:.:.:7872,311,0:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,384:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,49:139:99:0|1:534237_C_T:1846,0,3529:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,106:107:99:1|1:534237_C_T:4619,265,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,132:139:83:1|1:534237_C_T:5530,83,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,242:242:99:1|1:534237_C_T:10655,734,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,21:108:99:.:.:560,0,3518:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,9:57:99:.:.:230,0,1840:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,31:67:99:.:.:1167,0,1392:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,8:76:99:.:.:161,0,2650:. 0|0:108,5:113:99:.:.:0,109,4421:. 1|0:46,14:60:99:0|1:534237_C_T:479,0,1779:. 1|1:0,92:92:99:1|1:534237_C_T:4070,282,0:. 0|1:52,39:91:99:.:.:1468,0,1968:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,27:84:99:.:.:1032,0,2114:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,256:. 1|0:171,16:187:99:.:.:183,0,6713:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,163:163:99:1|1:534237_C_T:7097,497,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,191:197:99:.:.:8193,359,0:. 0|1:32,14:46:99:.:.:454,0,1285:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,86:145:99:0|1:534237_C_T:3375,0,2232:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,675:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1414:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,85:101:99:.:.:3335,0,420:. 1|1:5,112:117:99:1|1:534237_C_T:4757,152,0:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,103:219:99:.:.:3922,0,4607:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:1|1:534237_C_T:7694,527,0:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:1|1:534237_C_T:10199,701,0:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:733,0:733:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:722,0:722:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,684:685:99:1|1:534237_C_T:30453,2071,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,98:112:99:.:.:4025,0,257:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:415,0:415:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,267:268:99:1|1:534237_C_T:11827,795,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:145,127:272:99:0|1:534237_C_T:4764,0,5680:. 0|0:468,0:468:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,83:85:99:1|1:534237_C_T:3573,145,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,219:269:99:.:.:6826,0,1308:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:230,25:257:99:.:.:296,0,9476:. 1|1:9,214:223:99:1|1:534237_C_T:8860,237,0:. 1|1:4,424:428:99:.:.:18367,1167,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,9:54:99:.:.:274,0,1807:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:204,77:281:99:.:.:2582,0,8140:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:191,89:280:99:.:.:3027,0,7610:. 0|1:130,61:191:99:.:.:2081,0,5057:. 1|1:12,257:269:99:1|1:534237_C_T:10780,223,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,191:247:99:.:.:7716,0,1743:. 1|0:49,15:64:99:.:.:503,0,1949:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,60:169:99:.:.:2229,0,4289:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,167:255:99:.:.:6626,0,3039:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,194:229:99:0|1:534237_C_T:8018,0,857:. 1|0:23,125:148:99:.:.:5119,0,533:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,6:51:99:.:.:116,0,2114:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:494,0:494:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:218,23:241:99:0|1:534237_C_T:284,0,12748:. 1|0:32,346:378:99:.:.:14018,0,225:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:604,0:604:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:474,0:474:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:1|1:534237_C_T:6245,433,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1555:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,10:83:99:0|1:534237_C_T:169,0,2975:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,941:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:501,0:501:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 534312 . A G 1.2628e+07 PASS FS=0.762;MQ=60.07;QD=27.63;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E2313;SNPEFF_CODON_CHANGE=gaA/gaG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.641;VQSLOD=6.16;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=14.29;GQ_MEAN=140.95;GQ_STDDEV=85.93;HRun=0;InbreedingCoeff=0.749;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.247;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14340082;AF=0.505;AS_InbreedingCoeff=0.2178;MLEAC=2672;MLEAF=0.508;AN=858;AC=422 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:27,17:44:99:.:.:390,0,723:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1290:. 1|1:3,59:62:99:.:.:1646,113,0:. 0|1:19,38:57:99:.:.:967,0,428:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1422:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1265,126,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:600,60,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2158,225,0:. 1|1:0,29:29:87:.:.:873,87,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1405,147,0:. 0|1:13,19:32:99:.:.:468,0,307:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1196:. 0|1:19,18:37:99:.:.:430,0,478:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,581:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,219:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2277,239,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1690,179,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:6274,669,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1767,188,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1250:. 1|0:69,45:114:99:.:.:945,0,1748:. 1|1:7,103:110:99:.:.:2695,112,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1854,196,0:. 0|0:335,0:335:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1466,155,0:. 1|0:123,27:150:99:.:.:312,0,3366:. 1|1:1,97:98:99:.:.:2667,262,0:. 1|1:3,53:56:75:.:.:1367,75,0:. 0|0:57,0:57:36:.:.:0,36,1432:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1540,173,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,27:106:99:.:.:416,0,2060:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,218:218:99:.:.:5900,652,0:. 1|1:1,247:248:99:.:.:6797,710,0:. 0|1:34,80:114:99:.:.:1911,0,677:. 1|1:7,79:86:39:.:.:1937,39,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1106:. 1|1:1,104:105:99:.:.:2963,305,0:. 1|0:23,44:67:99:.:.:1061,0,426:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,8:24:99:.:.:157,0,408:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3209,341,0:. 1|0:171,50:221:99:.:.:790,0,4499:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3009,320,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2898,314,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2083,223,0:. 0|1:11,64:75:99:.:.:1505,0,107:. 0|1:50,26:76:99:.:.:530,0,1231:. 0|1:71,63:134:99:.:.:1348,0,1732:. 0|1:27,68:95:99:.:.:1599,0,517:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,355:355:99:.:.:9930,1064,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,999:. 0|1:36,76:112:99:.:.:1814,0,734:. 1|0:50,98:148:99:.:.:2234,0,1032:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1415,163,0:. 1|0:41,51:92:99:.:.:1217,0,948:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1577:. 0|1:14,19:33:99:.:.:421,0,326:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3198,339,0:. 1|0:75,28:103:99:.:.:490,0,1915:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1873,205,0:. 0|1:139,56:195:99:.:.:971,0,3523:. 0|1:16,73:89:99:.:.:1781,0,192:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1835,197,0:. 1|0:19,21:40:99:.:.:481,0,447:. 0|1:91,18:109:99:.:.:185,0,2414:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1891,208,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3648,395,0:. 1|0:44,111:155:99:.:.:2578,0,823:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2004,209,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,60:81:99:.:.:1431,0,390:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,19:113:99:.:.:214,0,2366:. 0|1:68,38:106:99:.:.:750,0,1671:. 1|0:31,34:65:99:.:.:740,0,748:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,25:159:99:.:.:243,0,3568:. 1|0:76,88:164:99:.:.:1950,0,1727:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,199:244:99:.:.:4766,0,618:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,104:122:99:.:.:2557,0,162:. 1|0:15,119:134:47:.:.:2858,0,47:. 0|1:104,20:124:99:.:.:182,0,2706:. 1|1:6,238:244:99:.:.:6572,557,0:. 1|0:84,61:145:99:.:.:1285,0,2107:. 1|1:6,199:205:99:.:.:5481,425,0:. 0|1:162,24:186:99:.:.:110,0,4264:. 1|1:0,181:181:99:.:.:5056,543,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6287,674,0:. 0|1:92,115:207:99:.:.:2505,0,2131:. 1|1:2,238:240:99:.:.:6546,654,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4448,477,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:33,112:145:99:.:.:2667,0,866:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,24:160:99:.:.:209,0,3629:. 0|0:173,0:173:76:.:.:0,76,4319:. 1|0:127,27:154:99:.:.:303,0,3328:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3519,392,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,216:216:99:.:.:6032,648,0:. 1|0:79,79:158:99:.:.:1630,0,1934:. 1|1:0,202:202:99:.:.:5428,604,0:. 0|1:151,24:175:99:.:.:136,0,3885:. 0|1:35,80:115:99:.:.:1925,0,715:. 0|1:76,17:93:99:.:.:182,0,1919:. 1|0:112,54:166:99:.:.:997,0,2767:. 1|0:23,206:229:1:.:.:5123,0,1:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,241:241:99:.:.:6461,722,0:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5387,599,0:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,120:159:99:.:.:2867,0,701:. 0|1:179,27:206:99:.:.:156,0,4819:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3327,360,0:. 1|1:5,75:80:88:.:.:1937,88,0:. 1|1:1,108:109:99:.:.:3008,297,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,35:76:99:.:.:737,0,964:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,36:87:99:.:.:750,0,1199:. 1|1:0,213:213:99:.:.:5809,639,0:. 1|1:1,123:124:99:.:.:3405,340,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,162:171:99:.:.:4268,248,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:2987,324,0:. 1|0:49,64:113:99:.:.:1430,0,1137:. 0|0:104,0:104:58:.:.:0,58,2571:. 0|0:200,0:200:37:.:.:0,37,4869:. 1|0:66,115:181:99:.:.:2641,0,1411:. 1|0:49,141:190:99:.:.:3255,0,936:. 1|1:1,175:176:99:.:.:4898,497,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:328,36,0:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3433,363,0:. 1|1:2,166:168:99:.:.:4624,442,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2913,314,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2809,307,0:. 0|1:92,50:142:99:.:.:944,0,2346:. 0|1:76,75:151:99:.:.:1618,0,1799:. 1|1:9,98:107:65:.:.:2518,65,0:. 0|1:98,70:168:99:.:.:1495,0,2396:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,107:112:99:.:.:2846,186,0:. 1|1:1,78:79:99:.:.:2166,205,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2906,309,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,171:174:99:.:.:4725,430,0:. 1|0:20,71:91:99:.:.:1713,0,336:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3447,366,0:. 1|1:1,85:86:99:.:.:2357,248,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,113:174:99:.:.:2651,0,1321:. 1|1:5,116:121:99:.:.:3002,204,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:3968,426,0:. 1|1:0,250:250:99:.:.:7032,750,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2694,293,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2277,248,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,136:146:99:.:.:3464,133,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:3619,405,0:. 1|0:69,99:168:99:.:.:2188,0,1573:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,15:62:99:.:.:220,0,1219:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,20:54:99:.:.:415,0,862:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3183,350,0:. 0|1:36,59:95:99:.:.:1344,0,801:. 1|0:12,97:109:37:.:.:2417,0,37:. 0|0:123,0:123:70:.:.:0,70,3083:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:2929,326,0:. 0|1:33,38:71:99:.:.:814,0,782:. 1|0:143,40:183:99:.:.:503,0,3649:. 0|1:16,116:132:56:.:.:2792,0,56:. 1|0:26,40:66:99:.:.:878,0,585:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1769,194,0:. 0|1:16,68:84:99:.:.:1612,0,230:. 0|1:27,77:104:99:.:.:1892,0,503:. 1|0:46,19:65:99:.:.:330,0,1159:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2343,255,0:. 0|1:34,50:84:99:.:.:1091,0,733:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,79:104:99:.:.:1868,0,449:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,151:152:99:.:.:4244,423,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1720,186,0:. 1|1:0,173:173:99:.:.:4746,518,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,102:110:99:.:.:2669,100,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2497,275,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:94:.:.:0,94,1935:. 1|0:152,23:175:98:.:.:98,0,4062:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,12:13:9:.:.:314,9,0:. 1|0:60,128:188:99:.:.:2990,0,1245:. 1|0:57,70:127:99:.:.:1599,0,1370:. 1|1:1,170:171:99:.:.:4666,489,0:. 1|1:2,86:88:99:.:.:2349,203,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,67:128:99:.:.:1513,0,1365:. 1|1:2,186:188:99:.:.:5196,502,0:. 0|1:44,11:55:99:.:.:126,0,1112:. 1|1:0,23:23:69:.:.:660,69,0:. 1|1:4,82:86:99:.:.:2220,138,0:. 1|1:27,294:321:99:.:.:7526,180,0:. 1|0:44,78:122:99:.:.:1782,0,933:. 0|0:200,0:200:65:.:.:0,65,4841:. 1|1:0,25:25:75:.:.:671,75,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1414:. 0|1:42,121:163:99:.:.:2830,0,733:. 0|0:93,0:93:19:.:.:0,19,2328:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,83:85:99:.:.:2291,196,0:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3304,322,0:. 0|0:23,0:23:9:.:.:0,9,576:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1890,201,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1035:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,18:21:29:.:.:453,0,29:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3665,316,0:. 1|1:0,199:199:99:.:.:6861,599,0:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5552,478,0:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,184:195:99:.:.:5948,200,0:. 1|1:1,178:179:99:.:.:6122,528,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,225:243:99:.:.:7207,105,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:.:.:6858,596,0:. 0|0:33,0:33:67:.:.:0,67,1071:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,222:222:99:.:.:7674,667,0:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7362,641,0:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:.:.:5946,523,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:177,31:208:99:.:.:406,0,5484:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1649,144,0:. 1|0:39,68:107:99:.:.:2063,0,1037:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3665,316,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,229:231:99:.:.:7774,645,0:. 1|1:1,730:731:99:.:.:24901,2186,0:. 1|1:0,707:707:99:.:.:24248,2125,0:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:2029,177,0:. 0|0:24,0:24:37:.:.:0,37,740:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,101:107:99:.:.:3080,111,0:. 1|1:0,179:179:99:.:.:5961,537,0:. 1|1:0,244:244:99:.:.:7897,731,0:. 1|1:3,335:338:99:.:.:10779,906,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,272:273:99:.:.:8812,783,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:126,128:254:99:.:.:3476,0,3418:. 1|1:1,413:414:99:.:.:13336,1229,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4922,442,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3214,300,0:. 0|0:362,0:362:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,66:67:99:.:.:2180,166,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,151:196:99:.:.:4447,0,892:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,210:225:99:.:.:6601,178,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,236:236:99:.:.:7633,708,0:. 0|1:184,53:237:99:.:.:967,0,5438:. 1|1:9,211:220:99:.:.:6754,361,0:. 1|1:2,365:367:99:.:.:11574,1027,0:. 1|1:1,95:96:99:.:.:3179,253,0:. 0|1:155,167:322:99:.:.:4515,0,4251:. 0|1:34,9:43:99:.:.:190,0,1083:. 1|1:2,248:250:99:.:.:8145,679,0:. 1|1:3,277:280:99:.:.:9097,736,0:. 1|1:0,243:243:99:.:.:8073,730,0:. 1|1:1,253:254:99:.:.:8350,728,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,251:251:99:.:.:8374,753,0:. 1|1:20,248:268:99:.:.:7610,153,0:. 0|1:76,68:144:99:.:.:1731,0,2096:. 1|1:6,211:217:99:.:.:6771,450,0:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,87:90:99:.:.:2752,156,0:. 1|1:9,227:236:99:.:.:7167,401,0:. 1|0:40,25:65:99:.:.:620,0,1143:. 1|1:14,264:278:99:.:.:8222,365,0:. 1|1:1,394:395:99:.:.:12741,1172,0:. 0|1:42,123:165:99:.:.:3470,0,904:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:185,38:223:99:.:.:602,0,5518:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,192:233:99:.:.:5605,0,653:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,38:131:99:.:.:852,0,2725:. 1|0:26,218:244:99:.:.:6486,0,145:. 1|1:6,138:144:99:.:.:4241,241,0:. 1|1:13,178:191:24:.:.:5203,24,0:. 0|1:37,5:42:18:.:.:18,0,1081:. 1|0:222,54:276:99:.:.:917,0,6552:. 1|1:6,425:431:99:.:.:13585,1127,0:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:94:.:.:0,94,6447:. 1|1:3,306:309:99:.:.:9789,819,0:. 0|1:13,123:136:99:.:.:3559,0,102:. 1|1:4,260:264:99:.:.:8393,668,0:. 1|1:8,210:218:99:.:.:6516,410,0:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,314:318:99:.:.:10092,800,0:. 1|1:22,579:601:99:.:.:18402,1068,0:. 1|1:0,477:477:99:.:.:16267,1435,0:. 1|0:45,73:118:99:.:.:2127,0,1164:. 1|1:0,375:375:99:.:.:12431,1126,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,210:221:99:.:.:6779,309,0:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,46:139:99:.:.:1127,0,2746:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4241,382,0:. 1|1:1,179:180:99:.:.:6083,508,0:. 1|0:47,130:177:99:.:.:3791,0,1113:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1616,150,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,193:196:99:.:.:6284,502,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,258:258:99:.:.:8644,775,0:. 1|1:0,255:255:99:.:.:8578,766,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4568,412,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2380,213,0:. 0|1:55,11:66:99:.:.:177,0,1686:. 1|1:0,23:23:69:.:.:715,69,0:. 1|1:0,289:289:99:.:.:9818,868,0:. 0|1:187,76:263:99:.:.:1801,0,5480:. 0|1:208,67:275:99:.:.:1445,0,6139:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:194,41:235:99:.:.:714,0,5826:. 1|1:1,160:161:99:.:.:5117,472,0:. 1|0:90,152:242:99:.:.:4272,0,2306:. 0|1:162,26:188:99:.:.:308,0,4867:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:202,25:227:99:.:.:138,0,6095:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:501,0:501:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2272,204,0:. 1|1:0,294:294:99:.:.:9802,884,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,183:184:99:.:.:5866,515,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,31:31:93:.:.:980,93,0:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 534360 . G T 7.66978e+06 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=26.42;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=P2329;SNPEFF_CODON_CHANGE=ccG/ccT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.693;VQSLOD=8.79;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=33.33;GQ_MEAN=131.15;GQ_STDDEV=106.75;HRun=0;InbreedingCoeff=0.767;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.098;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12796214;AF=0.334;AS_InbreedingCoeff=0.0823;MLEAC=1769;MLEAF=0.337;AN=858;AC=266 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,49:49:99:.:.:1572,147,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1655,159,0:. 0|0:52,3:55:65:.:.:0,65,1525:. 1|0:33,21:54:99:.:.:511,0,741:. 1|1:5,38:43:4:.:.:1076,4,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1216:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,616:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1142:. 1|0:17,12:29:99:.:.:293,0,369:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,872:. 1|0:21,13:34:99:.:.:309,0,467:. 0|1:5,21:26:53:.:.:563,0,53:. 1|1:0,23:23:69:.:.:712,69,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:167,18,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:695,66,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:649,60,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:864,84,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1270,126,0:. 0|1:17,99:116:96:.:.:2513,0,96:. 1|1:0,17:17:51:.:.:514,51,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:245,24,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1371:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1847,180,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,2337:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1536:. 1|0:117,235:352:99:.:.:6019,0,2033:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1582:. 0|1:63,83:146:99:.:.:2082,0,1247:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,52:59:8:.:.:1344,0,8:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,82:84:99:.:.:2474,194,0:. 0|1:78,34:112:99:.:.:671,0,2302:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,39:105:99:.:.:852,0,1481:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1664:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1397,141,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,23:66:99:.:.:467,0,950:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2702,273,0:. 0|1:4,15:19:56:.:.:385,0,56:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,132:214:99:.:.:3234,0,1667:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,65:68:99:.:.:1832,121,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,30:80:99:.:.:637,0,1079:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,31:97:99:.:.:617,0,1451:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4509,444,0:. 0|0:280,0:280:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,999:. 1|0:78,30:108:99:.:.:572,0,1817:. 0|1:93,53:146:99:.:.:1101,0,2040:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1051:. 0|1:43,35:78:99:.:.:825,0,953:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1577:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,77:110:99:.:.:1971,0,569:. 0|1:13,88:101:56:.:.:2324,0,56:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,38:174:99:.:.:585,0,3031:. 1|0:67,16:83:99:.:.:234,0,1577:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1880,192,0:. 1|0:41,43:84:99:.:.:1030,0,873:. 1|0:43,24:67:99:.:.:528,0,972:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:84,14:98:99:.:.:129,0,1991:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,49:162:99:.:.:987,0,2456:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,182:187:99:.:.:5060,423,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5048,510,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:2,123:125:99:.:.:3655,317,0:. 0|1:24,90:114:99:.:.:2361,0,321:. 1|0:87,31:118:99:.:.:555,0,1874:. 0|1:23,40:63:99:.:.:967,0,421:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5338,529,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,73:162:99:.:.:1732,0,1888:. 1|1:2,209:211:99:.:.:6184,582,0:. 0|1:199,31:230:99:.:.:247,0,4612:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4332,435,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,77:136:99:.:.:1887,0,1132:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,159:183:99:.:.:4223,0,110:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,152:204:99:.:.:3857,0,722:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,120:212:99:.:.:2971,0,1776:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4179,423,0:. 1|1:0,242:242:99:.:.:7206,727,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,225:226:99:.:.:6752,651,0:. 0|1:108,31:139:99:.:.:519,0,2523:. 1|0:95,125:220:99:.:.:3081,0,1836:. 1|0:113,48:161:99:.:.:971,0,2559:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:153,27:180:99:.:.:287,0,3651:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5307,534,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,63:160:99:.:.:1331,0,2100:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,129:150:99:.:.:3398,0,121:. 1|0:80,37:117:99:.:.:745,0,1833:. 1|0:18,89:107:99:.:.:2231,0,153:. 0|1:57,116:173:99:.:.:2933,0,981:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,135:150:90:.:.:3456,90,0:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,35:163:99:.:.:558,0,3014:. 0|1:76,125:201:99:0|1:534360_G_T:4860,0,2786:. 1|0:76,139:215:99:0|1:534360_G_T:5358,0,2761:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,189:190:99:.:.:5539,546,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3570,367,0:. 1|0:126,42:168:99:.:.:784,0,2917:. 1|0:58,135:193:99:.:.:3468,0,1011:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:92:.:.:0,92,1964:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,245:245:99:.:.:7161,736,0:. 0|1:35,40:75:99:.:.:960,0,719:. 0|1:78,58:136:99:.:.:1352,0,1726:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3784,372,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:0:.:.:0,0,2581:. 1|1:11,90:101:7:.:.:2424,7,0:. 0|1:23,182:205:99:.:.:4943,0,100:. 0|1:120,58:178:99:.:.:1194,0,2633:. 0|1:148,44:192:99:.:.:767,0,3371:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2506,246,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,130:147:20:.:.:3501,0,20:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,18:90:99:.:.:271,0,1736:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,256:256:99:.:.:7546,769,0:. 1|0:114,58:172:99:.:.:1235,0,2608:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3429,343,0:. 0|1:33,64:97:99:.:.:1688,0,594:. 1|1:0,231:231:99:.:.:6741,694,0:. 0|1:35,74:109:99:.:.:1924,0,631:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2133,210,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,143:174:99:.:.:3715,0,270:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3045,318,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,50:161:99:.:.:1008,0,2493:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3271,336,0:. 1|0:18,51:69:99:.:.:1276,0,251:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2787,282,0:. 1|0:28,35:63:99:.:.:859,0,597:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,40:102:99:.:.:919,0,1294:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,190:191:99:.:.:5735,546,0:. 0|1:95,90:185:99:.:.:2075,0,1934:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,26:72:99:.:.:565,0,1027:. 0|1:54,153:207:99:.:.:3900,0,778:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,29:112:99:.:.:565,0,1868:. 0|1:16,54:70:99:.:.:1381,0,196:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,23:81:99:.:.:441,0,1316:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1812,180,0:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2626,261,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1817,177,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:34,166:200:99:.:.:4401,0,338:. 1|1:1,98:99:99:.:.:2953,269,0:. 1|0:10,4:14:82:.:.:82,0,229:. 0|1:116,63:179:99:.:.:1377,0,2644:. 0|1:67,62:129:99:.:.:1517,0,1435:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4685,465,0:. 0|1:86,70:156:99:.:.:1652,0,1805:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1277:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,179:195:99:.:.:4927,140,0:. 0|0:19,0:19:39:.:.:0,39,585:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1492,131,0:. 1|0:140,22:162:99:.:.:168,0,3198:. 1|1:10,88:98:23:.:.:2434,23,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,18:25:99:.:.:472,0,116:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1035:. 1|1:1,131:132:99:.:.:3961,372,0:. 0|0:22,0:22:3:.:.:0,3,468:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6921,577,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:214,26:240:99:.:.:192,0,6556:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:.:.:7251,607,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4960,409,0:. 0|0:155,11:166:92:.:.:0,92,4787:. 1|1:1,188:189:99:.:.:6676,533,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,104:165:99:.:.:3247,0,1599:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3152,265,0:. 1|1:0,85:85:99:.:.:3035,255,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:81,27:108:99:.:.:656,0,2373:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,139:143:99:.:.:4896,297,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,211:212:99:.:.:7523,602,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:458,0:458:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:447,0:447:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1452:. 1|1:1,22:23:33:.:.:720,33,0:. 1|1:3,87:90:99:.:.:2843,171,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:4,412:416:99:.:.:13927,1175,0:. 0|1:123,96:219:99:.:.:2684,0,3347:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,333:337:99:.:.:11658,902,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:.:.:8169,703,0:. 1|0:174,47:221:99:.:.:908,0,4866:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,183:234:99:.:.:5635,0,857:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,20:44:99:.:.:548,0,637:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,68:137:99:.:.:1940,0,1617:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,255:255:99:.:.:9007,767,0:. 1|1:10,224:234:99:.:.:7329,409,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,40:64:99:.:.:1175,0,537:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:116,37:153:99:.:.:874,0,3314:. 1|1:3,315:318:99:.:.:10850,857,0:. 1|0:43,177:220:99:.:.:5538,0,719:. 1|1:5,254:259:99:1|1:534337_G_A:10637,551,0:. 0|0:214,0:214:49:.:.:0,49,5805:. 1|1:11,217:228:99:.:.:7014,342,0:. 1|0:39,81:120:99:.:.:2450,0,886:. 0|1:198,28:226:99:.:.:224,0,5778:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1189:. 0|1:43,215:258:99:.:.:6592,0,673:. 0|0:369,0:369:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,249:257:99:.:.:8518,501,0:. 1|1:20,206:226:3:.:.:6340,3,0:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:53:.:.:0,53,3713:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,367:376:99:.:.:12446,818,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:424,0:424:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2140,191,0:. 0|1:43,76:119:99:.:.:2245,0,1121:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,171:171:99:.:.:6028,514,0:. 0|1:93,40:133:99:.:.:1041,0,2686:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:6032,547,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:.:.:6538,565,0:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6539,579,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1479:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4647,406,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,66:72:26:.:.:2123,26,0:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:193,72:265:99:.:.:1680,0,5586:. 1|0:206,64:270:99:.:.:1389,0,5939:. 1|1:0,22:22:66:.:.:787,66,0:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7854,673,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:142,75:217:99:.:.:1956,0,3983:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:159,34:193:99:.:.:591,0,4633:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5552,478,0:. 1|0:284,216:500:99:.:.:6108,0,7887:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,778:. 1|1:7,324:331:99:.:.:11081,761,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 534444 . T C 1.7482e+07 PASS FS=0;MQ=59.16;QD=32.04;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F2357;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttT/ttC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.644;VQSLOD=8.6;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.44;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.986;GC=4.76;GQ_MEAN=171.73;GQ_STDDEV=126.4;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7201;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.2;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11714104;AF=0.91;AS_InbreedingCoeff=0.5344;MLEAC=4619;MLEAF=0.912;AN=846;AC=743 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,38:38:99:.:.:1147,114,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1635,170,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1662,173,0 1|1:1,49:50:99:.:.:1449,140,0 1|1:2,38:40:56:.:.:1033,56,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1225,123,0 1|1:0,30:30:90:.:.:911,90,0 1|1:2,66:68:99:.:.:1839,165,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1264,128,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1446,147,0 1|1:1,33:34:70:.:.:940,70,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1284 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,30:30:90:.:.:897,90,0 1|1:0,20:20:60:.:.:601,60,0 1|1:0,8:8:24:.:.:245,24,0 1|1:0,5:5:15:.:.:157,15,0 1|1:0,18:18:54:.:.:517,54,0 1|1:0,18:18:54:.:.:541,54,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1091,114,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1888,209,0 1|1:1,65:66:99:.:.:1818,187,0 1|1:1,176:177:99:.:.:4883,509,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1817,199,0 1|1:1,37:38:99:.:.:1027,104,0 1|1:0,86:86:99:1|1:534422_C_T:2397,258,0 1|1:0,18:18:54:.:.:509,54,0 1|1:0,7:7:21:.:.:201,21,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1371 1|1:0,48:48:99:.:.:1312,142,0 1|0:56,34:90:99:.:.:688,0,1384 1|1:0,103:103:99:.:.:2876,307,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1469,155,0 1|0:103,186:289:99:.:.:4255,0,2221 1|1:0,62:62:99:.:.:1765,185,0 1|1:4,143:147:99:.:.:3857,308,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2292,246,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1369,152,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1448,156,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1312,148,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2459,266,0 1|0:39,59:98:99:.:.:1365,0,886 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800 1|1:0,184:184:99:.:.:5042,551,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5152,568,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2455,263,0 1|1:1,65:66:99:.:.:1749,164,0 1|1:0,31:31:92:.:.:857,92,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2108,229,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1419,159,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2199,238,0 1|1:0,14:14:42:.:.:403,42,0 1|1:3,102:105:99:.:.:2801,218,0 1|0:32,160:192:99:.:.:3954,0,411 1|1:0,90:90:99:.:.:2503,270,0 1|0:6,50:56:19:.:.:1227,0,19 1|1:0,88:88:99:.:.:2399,263,0 1|1:0,73:73:99:.:.:1997,217,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1626,173,0 0|1:18,51:69:99:.:.:1242,0,350 1|1:0,118:118:99:.:.:3235,352,0 1|1:0,70:70:99:.:.:1906,209,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3293,362,0 1|1:0,271:271:99:.:.:7623,813,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1086,120,0 0|1:12,74:86:99:.:.:1844,0,117 1|1:0,108:108:99:.:.:2997,324,0 1|0:60,13:73:99:0|1:534422_C_T:308,0,2917 1|1:1,42:43:99:.:.:1069,117,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2383,254,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1577 1|1:0,36:36:99:.:.:1016,108,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3326,362,0 1|1:1,85:86:99:.:.:2325,247,0 1|1:8,78:86:20:.:.:1921,20,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1332,151,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3694,405,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2561,269,0 1|1:0,49:49:99:1|1:534444_T_C:1263,144,0 1|0:27,40:67:99:.:.:921,0,632 0|1:41,27:68:99:.:.:506,0,1023 1|1:0,66:66:99:.:.:1822,197,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1299,137,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2645,285,0 1|1:1,75:76:99:.:.:2051,218,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2652,290,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3304,365,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1549,164,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4021,464,0 1|1:0,142:142:99:.:.:3922,424,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1806,192,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3819,404,0 1|1:1,118:119:99:.:.:3244,345,0 1|1:5,75:80:87:.:.:1904,87,0 0|1:40,79:119:99:.:.:1837,0,792 1|1:4,69:73:99:.:.:1737,115,0 1|1:1,129:130:99:.:.:3498,379,0 1|1:0,143:143:99:.:.:3885,427,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4410,476,0 1|1:0,183:183:99:.:.:5004,547,0 1|0:25,177:202:97:.:.:4328,0,97 1|1:0,116:116:99:.:.:3204,347,0 1|1:0,102:102:99:.:.:2823,305,0 1|1:7,114:121:99:.:.:2919,162,0 1|1:2,119:121:99:.:.:3247,301,0 1|1:0,221:221:99:.:.:6159,660,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3581,392,0 1|1:0,187:187:99:.:.:5267,559,0 1|1:0,173:173:99:.:.:4713,518,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3698,401,0 0|1:37,122:159:99:.:.:2906,0,634 1|1:0,178:178:99:.:.:4910,534,0 0|1:39,140:179:99:.:.:3285,0,631 1|1:1,213:214:99:.:.:5829,628,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3407,374,0 1|1:0,215:215:99:.:.:5858,643,0 1|1:0,138:138:99:.:.:3803,413,0 1|1:0,205:205:99:.:.:5632,613,0 1|1:3,99:102:99:.:.:2630,214,0 0|1:115,80:195:99:.:.:1634,0,2783 0|1:56,81:137:99:.:.:1854,0,1294 1|1:15,137:152:37:.:.:3401,37,0 1|1:0,173:173:99:.:.:4716,516,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3026,338,0 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,140:140:99:.:.:3755,418,0 1|1:0,140:140:99:.:.:3819,419,0 1|1:0,175:175:99:.:.:4867,525,0 1|0:37,78:115:99:.:.:1719,0,726 1|1:0,150:150:99:.:.:3904,447,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3478,384,0 0|1:25,76:101:99:.:.:1779,0,460 1|1:0,88:88:99:.:.:2320,263,0 1|1:1,170:171:99:.:.:4591,501,0 1|1:0,196:196:99:.:.:5419,588,0 1|1:0,142:142:99:.:.:3715,424,0 1|1:0,205:205:99:.:.:5467,613,0 1|1:0,137:137:99:.:.:3869,411,0 1|1:0,162:162:99:.:.:4387,484,0 1|1:0,177:177:99:.:.:4677,528,0 1|1:0,202:202:99:.:.:5333,603,0 1|1:1,183:184:99:.:.:5017,523,0 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,101:101:99:.:.:2699,302,0 1|1:0,166:166:99:.:.:4565,497,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5258,567,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4530,491,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2675,288,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1789,189,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2335,254,0 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,212:212:99:.:.:5739,635,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1849,198,0 0|1:65,49:114:99:.:.:1010,0,1631 1|1:0,163:163:99:.:.:4472,488,0 0|1:27,40:67:99:0|1:534444_T_C:1196,0,803 1|1:0,205:205:99:.:.:5490,613,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3236,347,0 1|1:1,118:119:99:.:.:3249,325,0 1|1:0,137:137:99:.:.:3821,409,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2564,282,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2640,285,0 0|1:42,49:91:99:.:.:1062,0,1009 1|1:0,179:179:99:.:.:5094,537,0 1|0:53,112:165:99:.:.:2587,0,1129 1|1:1,157:158:99:.:.:4218,461,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4110,440,0 1|1:0,4:4:12:.:.:118,12,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2681,293,0 1|1:2,131:133:99:.:.:3589,335,0 1|1:1,69:70:99:.:.:1931,199,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665 1|1:1,109:110:99:.:.:3006,319,0 0|1:57,39:96:99:.:.:870,0,1407 0|1:38,115:153:99:.:.:2660,0,677 1|1:0,90:90:99:.:.:2507,270,0 0|1:70,68:138:99:.:.:1493,0,1712 1|1:0,95:95:99:.:.:2663,285,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2007,216,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1705,180,0 1|1:0,108:108:99:.:.:2938,322,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3163,344,0 1|1:1,180:181:99:.:.:5035,511,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1738,186,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3401,365,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2776,300,0 1|1:0,181:181:99:.:.:4968,543,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4657,496,0 1|1:5,106:111:99:.:.:2739,189,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3477,391,0 1|1:0,197:197:99:.:.:5550,590,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2426,261,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2266,246,0 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,93:93:99:.:.:2633,279,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1462,162,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2536,273,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1686,183,0 1|1:2,149:151:99:.:.:4022,394,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2445,273,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3152,344,0 1|1:0,110:110:99:.:.:2984,328,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3127,343,0 0|1:12,79:91:74:.:.:1846,0,74 1|1:0,61:61:99:.:.:1613,181,0 1|1:0,72:72:99:.:.:1953,215,0 0|1:23,50:73:99:.:.:1176,0,459 1|1:0,98:98:99:.:.:2683,293,0 0|1:112,0:112:.:.:.:. 1|1:1,130:131:99:.:.:3552,363,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2526,280,0 1|1:0,176:176:99:.:.:4864,525,0 1|1:0,175:175:99:.:.:4793,523,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2395,265,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1673,184,0 1|1:1,175:176:99:.:.:4640,496,0 0|1:11,96:107:10:.:.:2317,0,10 1|0:20,58:78:99:.:.:1341,0,379 1|1:1,63:64:99:.:.:1643,180,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1368,149,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2644,293,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1525,173,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2102,233,0 1|0:8,50:58:64:.:.:1153,0,64 1|1:0,58:58:99:.:.:1557,172,0 1|1:0,71:71:99:.:.:1931,212,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2707,298,0 1|1:0,193:193:99:.:.:5334,576,0 0|0:87,0:87:60:.:.:0,60,2186 1|1:0,121:121:99:.:.:3271,359,0 1|1:60,0:60:.:.:.:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3600,394,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1507,169,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3272,347,0 1|1:0,102:102:99:.:.:2766,306,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1679,183,0 1|1:0,59:59:99:1|1:534425_T_A:1689,177,0 1|1:0,178:178:99:.:.:4971,533,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2440,258,0 1|1:1,9:10:2:.:.:229,2,0 1|0:29,129:158:99:.:.:2989,0,382 1|1:0,120:120:99:.:.:3422,360,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3427,363,0 0|1:58,26:84:99:.:.:486,0,1459 1|1:0,139:139:99:.:.:3879,416,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3223,350,0 1|1:2,190:192:99:.:.:5334,556,0 0|1:21,11:32:99:.:.:221,0,531 1|1:0,28:28:84:.:.:788,84,0 1|1:2,57:59:96:1|1:534444_T_C:2135,96,0 1|1:19,270:289:99:.:.:7045,288,0 1|0:31,62:93:99:.:.:1415,0,631 1|1:0,166:166:99:.:.:4658,498,0 1|1:0,20:20:60:.:.:576,60,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1227,132,0 1|1:11,147:158:99:.:.:3622,144,0 1|1:4,80:84:99:.:.:2152,128,0 0|0:53,0:53:20:.:.:0,20,1305 1|1:0,96:96:99:.:.:2759,288,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3158,338,0 0|1:4,11:15:68:.:.:270,0,68 1|1:0,49:49:99:.:.:1480,149,0 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440 1|1:0,115:115:99:.:.:3266,345,0 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,593 1|1:0,116:116:99:.:.:3984,349,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2760,245,0 1|1:0,152:152:99:.:.:5267,457,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4661,411,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4721,406,0 1|1:0,147:147:99:.:.:5144,442,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4849,427,0 1|1:0,123:123:99:.:.:4120,369,0 1|1:2,184:186:99:.:.:6345,526,0 1|1:0,126:126:99:.:.:4335,378,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4620,403,0 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035 1|1:0,170:170:99:.:.:5812,511,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4596,400,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5789,510,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5732,505,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4932,418,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6902,619,0 1|1:0,117:117:99:.:.:4054,352,0 0|1:103,11:114:21:.:.:21,0,3275 1|1:0,150:150:99:.:.:5148,450,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,130:130:99:.:.:4545,391,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5624,492,0 1|1:0,118:118:99:.:.:4126,355,0 1|1:0,62:62:99:.:.:2145,186,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2395,205,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4590,405,0 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350 1|0:13,63:76:99:.:.:1919,0,210 1|1:1,107:108:99:.:.:3705,290,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3740,330,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,164:164:99:.:.:5611,492,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2404,216,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4218,372,0 1|1:0,175:175:99:.:.:6153,527,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5558,490,0 1|1:0,454:454:99:.:.:15365,1362,0 1|1:0,441:441:99:.:.:15218,1326,0 1|1:0,448:448:99:.:.:15373,1346,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1452 1|1:0,18:18:54:.:.:622,54,0 1|1:88,0:88:.:.:.:0,0,0 1|1:3,86:89:99:.:.:2715,166,0 1|1:1,147:148:99:.:.:4826,408,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5445,492,0 1|1:0,283:283:99:.:.:9097,847,0 0|0:102,0:102:85:.:.:0,85,2963 1|1:4,225:229:99:.:.:7098,571,0 0|0:161,0:161:99:.:.:0,117,1800 1|1:1,333:334:99:1|1:534444_T_C:13790,1003,0 1|1:0,182:182:99:.:.:6035,546,0 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,120:120:99:.:.:3947,359,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2444,225,0 1|1:2,288:290:99:.:.:9008,814,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1884,168,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7021,637,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6377,603,0 1|1:0,185:185:99:.:.:6146,555,0 1|1:0,239:239:99:.:.:7739,716,0 1|1:3,204:207:99:.:.:6722,518,0 0|0:168,0:168:99:.:.:0,117,1800 1|1:0,185:185:99:.:.:6046,554,0 1|1:11,167:178:99:.:.:5234,201,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6702,601,0 1|1:1,302:303:99:.:.:9673,896,0 1|1:1,80:81:99:.:.:2539,207,0 1|1:18,247:265:99:.:.:7206,214,0 0|1:4,40:44:11:.:.:1209,0,11 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|0:149,77:226:99:.:.:1812,0,4319 1|1:0,182:182:99:.:.:6118,546,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6876,631,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6709,612,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6880,618,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6059,549,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3195,312,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5756,522,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6399,577,0 1|1:1,186:187:99:.:.:6093,552,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1937,185,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5982,546,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1718,164,0 1|1:0,207:207:99:.:.:6815,621,0 1|1:0,335:335:99:.:.:10567,1000,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4248,389,0 1|1:1,247:248:99:.:.:7880,706,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5724,525,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6260,593,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6512,593,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5586,511,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3370,325,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6520,600,0 1|1:2,101:103:99:.:.:3191,261,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5722,529,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1026,96,0 1|1:1,204:205:99:.:.:6563,604,0 1|1:0,350:350:99:.:.:11065,1046,0 1|1:1,186:187:99:.:.:6018,549,0 1|1:7,174:181:99:.:.:5403,286,0 1|1:1,277:278:99:.:.:8720,797,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2964,274,0 1|1:0,194:194:99:.:.:6378,582,0 1|1:1,148:149:99:.:.:4628,412,0 1|1:0,305:305:99:.:.:9640,910,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3954,354,0 1|1:1,257:258:99:.:.:8272,736,0 1|1:0,426:426:99:.:.:14119,1279,0 1|1:0,358:358:99:.:.:11992,1074,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2685,234,0 1|1:0,309:309:99:.:.:9924,928,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,197:197:99:.:.:6290,590,0 1|1:1,327:328:99:.:.:10255,969,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1842,167,0 1|1:0,92:92:99:.:.:3182,277,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2998,270,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4249,373,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3603,318,0 1|1:0,95:95:99:.:.:3150,284,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4376,408,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4687,414,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3572,319,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4959,442,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1887,168,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1411,129,0 1|1:122,0:122:.:.:.:0,0,0 0|1:133,0:133:.:.:.:0,0,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4751,427,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3696,325,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5368,478,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6678,592,0 1|1:0,174:174:99:.:.:5878,523,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1142,102,0 1|1:1,89:90:99:.:.:2969,261,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1868,159,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1635,141,0 1|1:0,8:8:24:.:.:255,24,0 1|1:0,207:207:99:.:.:6966,622,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6689,607,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7267,669,0 1|1:0,16:16:48:.:.:569,48,0 1|1:0,158:158:99:.:.:5249,475,0 1|1:0,182:182:99:.:.:6048,546,0 1|1:0,120:120:99:.:.:3950,360,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5550,499,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3825,345,0 1|0:137,18:155:99:.:.:158,0,4086 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485 0|0:160,0:160:82:.:.:0,82,4626 1|1:0,139:139:99:.:.:4625,417,0 1|0:196,171:367:99:.:.:4666,0,5734 1|1:0,58:58:99:.:.:1973,174,0 1|1:0,199:199:99:.:.:6403,596,0 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,145:146:99:.:.:4742,428,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575 1|1:0,45:45:99:.:.:1547,135,0 1|1:0,23:23:69:.:.:760,69,0 1|1:1,267:268:99:.:.:8838,794,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620 Pf3D7_01_v3 534495 . G A 692723 PASS FS=0;MQ=34.25;QD=30.17;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRON;SNPEFF_EXON_ID=3;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.656;VQSLOD=6.39;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.11;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=112.64;GQ_STDDEV=101.22;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6539;MQRankSum=-0.265;NCC=6;ReadPosRankSum=0.335;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=8047115;AF=0.038;AS_InbreedingCoeff=0.5118;MLEAC=190;MLEAF=0.04;AN=778;AC=27 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,868:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:. 0|0:85,0:85:29:.:.:0,29,1935:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,26:26:78:.:.:832,78,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1640:. 1|1:38,0:38:.:.:.:.:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1323:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1097:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,158:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,259:. 0|0:24,0:24:42:.:.:0,42,630:. 0|0:26,0:26:51:.:.:0,51,680:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:164,0:164:74:.:.:0,74,3642:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:. 0|0:37,0:37:70:.:.:0,70,931:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1371:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,11:96:60:.:.:60,0,2083:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1298:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,2016:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:50,0:50:26:.:.:0,26,1131:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:90:.:.:0,90,1651:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1314:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1147:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:101,0:101:66:.:.:0,66,2309:. 0|0:16,0:16:17:.:.:0,17,387:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:. 0|0:170,0:170:37:.:.:0,37,3833:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:27,9:36:99:.:.:159,0,611:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1598:. 0|0:126,0:126:.:.:.:.:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1265:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:272,0:272:.:.:.:.:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,917:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:48:.:.:0,48,720:. 0|0:79,0:79:.:.:.:.:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1577:. 0|0:35,0:35:60:.:.:0,60,900:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,331:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:0:.:.:0,0,2085:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:54:.:.:0,54,1208:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,1013:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:.:.:.:.:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,2124:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1406:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,0:65:.:.:.:.:. 0|0:175,0:175:.:.:.:.:. 0|0:127,0:127:16:.:.:0,16,2794:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,1879:. 0|0:67,0:67:31:.:.:0,31,1472:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:157,0:157:.:.:.:.:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:.:.:.:.:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2283:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:123,0:123:0:.:.:0,0,1165:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:162,0:162:0:.:.:0,0,2436:. 0|0:181,0:181:40:.:.:0,40,3925:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:.:.:.:.:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:0:.:.:0,0,681:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:46:.:.:0,46,1638:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:139,0:139:.:.:.:.:. 0|0:94,0:94:82:.:.:0,82,2161:. 1|0:53,0:53:.:.:.:.:. 0|0:92,0:92:0:.:.:0,0,1976:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:0:.:.:0,0,3352:. 0|0:67,0:67:74:.:.:0,74,1618:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:18,30:48:99:0|1:534444_T_C:1019,0,696:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:.:.:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,113:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,61:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1513:. 0|0:96,0:96:.:.:.:.:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:95:.:.:0,95,2354:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,1334:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,1866:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:21:.:.:0,21,2222:. 0|0:112,0:112:93:.:.:0,93,2589:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,845:. 0|0:71,0:71:63:.:.:0,63,1582:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:. 0|0:130,0:130:.:.:.:.:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:0:.:.:0,0,203:. 0|0:86,0:86:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:.:.:.:.:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1457:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1284:. 0|0:37,0:37:18:.:.:0,18,826:. 0|0:95,0:95:.:.:.:.:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:55:.:.:0,55,1254:. 0|0:63,0:63:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,1158:. 0|0:205,0:205:.:.:.:.:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:.:.:.:.:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:2:.:.:0,2,921:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,2345:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,2334:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1784:. 1|0:9,3:12:50:.:.:50,0,224:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,839:. 0|0:26,0:26:18:.:.:0,18,595:. 1|1:4,58:62:40:1|1:534444_T_C:2076,40,0:. 0|0:297,0:297:.:.:.:.:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,10:11:5:.:.:251,5,0:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1044:. 0|0:148,0:148:74:.:.:0,74,3311:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,2041:. 0|0:50,0:50:86:.:.:0,86,1243:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:27:.:.:0,27,405:. 1|0:21,21:42:99:.:.:507,0,450:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:98:.:.:0,98,2503:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,468:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2665,233,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:143,0:143:65:.:.:0,65,4105:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:142,0:142:.:.:.:0,0,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:82:.:.:0,82,4796:. 0|0:101,0:101:60:.:.:0,60,2900:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,17:98:99:.:.:316,0,2379:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,0:143:0:.:.:0,0,3381:. 0|0:29,0:29:52:.:.:0,52,886:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,2382:. 0|0:125,0:125:57:.:.:0,57,3540:. 0|0:123,0:123:0:.:.:0,0,3165:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:150,0:150:0:.:.:0,0,3724:. 1|1:0,142:142:99:1|1:534495_G_A:6554,439,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,503:. 1|1:71,0:71:.:.:.:0,0,0:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1895:. 0|0:126,0:126:.:.:.:0,0,0:. 0|0:162,0:162:.:.:.:0,0,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:1,228:229:99:1|1:534444_T_C:10464,686,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:53:.:.:0,53,3019:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:0:.:.:0,0,4047:. 0|0:236,0:236:4:.:.:0,4,6068:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,137:150:26:.:.:4098,26,0:. 0|0:196,0:196:.:.:.:0,0,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:205,0:205:0:.:.:0,0,5306:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:215,0:215:.:.:.:0,0,0:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1665:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:54:.:.:0,54,1130:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,1034:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:0:.:.:0,0,4519:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:5,17:22:75:.:.:542,0,75:. 0|1:187,0:187:.:.:.:0,0,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,655:. 0|0:181,0:181:.:.:.:0,0,0:. 0|0:147,0:147:0:.:.:0,0,3552:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:180,0:180:.:.:.:0,0,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:4,233:237:99:.:.:7687,594,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,0:92:0:.:.:0,0,2442:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:77,0:77:.:.:.:0,0,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:90,0:90:.:.:.:0,0,0:. 0|1:93,0:93:.:.:.:0,0,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:8,150:158:99:.:.:4788,220,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1284:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,230:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:101,0:101:63:.:.:0,63,2936:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,39:50:99:.:.:1201,0,209:. 0|1:74,80:154:99:.:.:2239,0,1846:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. Pf3D7_01_v3 534741 . C T 607085 PASS FS=0;MQ=55.02;QD=32.21;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L2365F;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ctt/Ttt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.675;VQSLOD=5.97;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.5;ClippingRankSum=0;ExcessHet=2.5416;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=60.03;GQ_STDDEV=46.96;HRun=4;InbreedingCoeff=0.1155;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=2.72;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=SOR;set=snp;DP=7141350;AF=0.035;AS_InbreedingCoeff=0.1155;MLEAC=183;MLEAF=0.035;AN=848;AC=14 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:96:.:.:0,96,941:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1595:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,809:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1100:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1219:. 0|0:23,0:23:55:.:.:0,55,644:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,189:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,434:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,376:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,691:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,778:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1230:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,227:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,280:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1606:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,1645:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1526:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1380:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1367:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,3:43:6:0|1:534707_ATTTTC_A:6,0,940:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1666:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1772:. 0|0:22,0:22:53:.:.:0,53,593:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1496:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1720:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1721:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1269:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1599:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1407:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1780:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1688:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1675:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,771:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:78,0:78:60:.:.:0,60,1854:. 0|1:11,31:42:99:0|1:534707_ATTTTC_A:1145,0,165:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1096:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1127:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1224:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1330:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:52,0:52:60:.:.:0,60,1229:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1151:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,2025:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:46:.:.:0,46,609:. 1|1:4,97:101:99:1|1:534707_ATTTTC_A:3703,124,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1134:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1303:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:1|1:534573_T_TTTATA:5278,400,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1159:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1729:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1703:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1026:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:32,0:32:65:.:.:0,65,830:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,940:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1481:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,82:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1313:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1367:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1182:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1588:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1462:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1144:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1409:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1400:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1301:. 1|1:0,82:82:99:1|1:534609_T_TTTATA:3415,256,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1261:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1192:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1414:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,998:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1405:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1260:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1015:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1098:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1425:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,984:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1158:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1544:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,169:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1426:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,919:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1136:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,5:88:99:.:.:0,122,2153:. 0|0:42,0:42:97:.:.:0,97,1109:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1210:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,690:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1645:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1173:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1357:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,684:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1339:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1400:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1266:. 1|1:1,21:22:30:.:.:694,30,0:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:116 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:105 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:99 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:.:.:.:.:120 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1327:. 0|0:124,0:124:.:.:.:.:120 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:104 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:103 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,995:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:120 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:100 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:84 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:.:.:120 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:.:.:.:.:120 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:.:.:.:.:120 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:94 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:7 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:.:.:.:.:120 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:114,0:114:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:.:.:.:.:120 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:.:.:.:.:120 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:0,0,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:115 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:.:.:.:.:120 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1599:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,908:. 0|0:29,0:29:73:.:.:0,73,927:. 1|1:0,82:82:99:1|1:534707_ATTTTC_A:3250,247,0:. 1|1:0,107:107:99:1|1:534707_ATTTTC_A:4131,325,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,810:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,472:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,876:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,428:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 534756 . T C 717946 PASS FS=0.791;MQ=51.23;QD=27.71;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F2370L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ttt/Ctt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.666;VQSLOD=3.61;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1128;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=118.8;GQ_STDDEV=94.61;HRun=1;InbreedingCoeff=0.4468;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.406;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=7426041;AF=0.034;AS_InbreedingCoeff=0.9885;MLEAC=169;MLEAF=0.033;AN=856;AC=33 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1395:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1370:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2400,254,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1219:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,945:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,646:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1045:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,839:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1230:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,229:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1606:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1526:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1380:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1367:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1635,173,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1666:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,119,1772:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,112,1496:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1720:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,510:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1721:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1269:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1599:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1407:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1780:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1688:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1675:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,785:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1096:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,5:75:94:.:.:0,94,2073:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1127:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1224:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1330:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1479:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1151:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:68,0:68:71:.:.:0,71,1736:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:37,10:47:99:.:.:130,0,926:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,519:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1134:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,5:62:51:.:.:0,51,2079:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1303:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1159:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2451,281,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:3631,407,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1729:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1703:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1136:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,940:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1481:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1313:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1367:. 1|0:37,45:82:99:.:.:979,0,827:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1126:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1588:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1144:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1409:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1566:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1301:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1261:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1192:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1414:. 1|0:102,31:133:99:0|1:534695_A_AT:396,0,2456:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,991:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1405:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1260:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1015:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1007:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1425:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1158:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1544:. 0|1:85,51:136:99:.:.:1018,0,2076:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,159:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1426:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:13,13:26:99:0|1:534707_ATTTTC_A:289,0,319:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:50,4:54:49:.:.:0,49,1370:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1136:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1145,125,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,408:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1210:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,447:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,744:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1645:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1173:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1357:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,684:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1339:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:534707_ATTTTC_A:4901,374,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1400:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,875:. 1|1:1,43:44:95:.:.:1356,95,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1320:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:.:.:6229,607,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1327:. 1|1:0,165:165:99:1|1:534707_ATTTTC_A:6288,495,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1388:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1583:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,1261:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,488:. 0|1:22,117:139:99:0|1:534756_T_C:3441,0,414:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1599:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,996:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1204:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1009:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,525:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,106:124:99:.:.:3188,0,512:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4545,415,0:. 1|0:8,107:115:14:0|1:534707_A_ATTTTCTTTTC:3806,0,14:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:134,156:290:99:.:.:4450,0,5225:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,410:411:99:.:.:13318,1196,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,127:128:99:.:.:4072,348,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 534777 . C A 4.73982e+06 PASS FS=0;MQ=56.5;QD=26.59;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=P2377T;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cca/Aca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.757;VQSLOD=7.42;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.57;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.99;GC=38.1;GQ_MEAN=123.81;GQ_STDDEV=114.41;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6222;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.033;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8804213;AF=0.226;AS_InbreedingCoeff=0.4976;MLEAC=1136;MLEAF=0.231;AN=842;AC=219 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:20,41:61:99:.:.:1081,0,364:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2047,201,0:. 0|1:47,19:66:99:.:.:387,0,1033:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,63:65:99:.:.:1891,136,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1026:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1736,171,0:. 0|0:36,0:36:74:.:.:0,74,941:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1370:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,921:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,40:41:97:.:.:1215,97,0:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,131:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,146:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|0:6,0:6:.:.:.:.:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1104:. 1|0:24,35:59:99:.:.:915,0,428:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,974:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,948:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1230:. 1|0:1,7:8:4:.:.:170,0,4:. 0|0:10,0:10:16:.:.:0,16,234:. 1|1:1,41:42:99:.:.:1234,116,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:31,42:73:99:.:.:1040,0,591:. 1|0:102,0:102:.:.:.:.:. 1|0:41,15:56:99:.:.:239,0,909:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,1007:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1526:. 1|0:36,18:54:99:.:.:357,0,754:. 0|1:11,45:56:99:.:.:1160,0,127:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1694,171,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:75,17:92:99:.:.:199,0,1681:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1548:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,25:81:99:.:.:495,0,1247:. 0|1:32,34:66:99:.:.:760,0,609:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2806,288,0:. 0|1:8,47:55:38:.:.:1229,0,38:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2391,240,0:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,529:. 1|1:6,75:81:81:.:.:1966,81,0:. 0|1:65,117:182:99:.:.:2977,0,1240:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2542,266,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,109,1721:. 1|0:18,53:71:99:.:.:1302,0,244:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1599:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1407:. 0|1:42,25:67:99:.:.:524,0,899:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:6,66:72:59:.:.:1766,59,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1688:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2508,255,0:. 1|0:15,61:76:99:.:.:1593,0,151:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1410,147,0:. 0|0:33,0:33:67:.:.:0,67,814:. 1|1:0,86:86:99:1|1:534707_A_ATTTTCTTTTC:2904,261,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,12:89:93:.:.:93,0,1815:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1277,126,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,12:78:84:.:.:84,0,1468:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1127:. 0|1:31,33:64:99:.:.:746,0,587:. 1|0:14,37:51:99:.:.:968,0,213:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1479:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1151:. 1|1:0,101:101:99:1|1:534707_ATTTTC_A:3558,304,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:3,54:57:93:1|1:534707_ATTTTC_A:1928,93,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2723,282,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:63,10:73:86:.:.:86,0,1496:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:40:.:.:0,40,772:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4582,464,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3400,355,0:. 1|1:12,86:98:1:.:.:2238,1,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,408:. 1|1:3,172:175:99:1|1:534707_ATTTTC_A:6224,455,0:. 0|1:48,36:84:99:.:.:777,0,922:. 1|1:1,153:154:99:.:.:4523,432,0:. 0|1:29,93:122:99:.:.:2445,0,392:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 0|1:101,36:137:99:.:.:641,0,2210:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:97,40:137:99:.:.:720,0,2117:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1134:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,16:111:89:.:.:89,0,2082:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,41:83:99:.:.:956,0,800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,122:143:99:.:.:3175,0,123:. 1|1:8,86:94:74:.:.:2234,74,0:. 1|1:0,123:123:99:1|1:534707_ATTTTC_A:4380,381,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,39:119:99:.:.:778,0,1611:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3487,361,0:. 1|0:65,42:107:99:.:.:899,0,1363:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1303:. 1|0:98,36:134:99:.:.:642,0,2089:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:3,106:109:99:.:.:2950,253,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,146:147:99:.:.:4242,413,0:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4139,420,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1949,179,0:. 0|1:30,98:128:99:.:.:2433,0,437:. 1|0:124,24:148:99:.:.:278,0,2830:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2955,297,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1703:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2537,255,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1352:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3385,342,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,940:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:42:.:.:0,42,2216:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1481:. 0|0:94,0:94:93:.:.:0,93,2151:. 0|1:41,41:82:99:.:.:972,0,832:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:93:.:.:0,93,2456:. 0|1:117,25:142:99:.:.:323,0,2597:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1313:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1367:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,89:112:99:.:.:2308,0,289:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:78,33:111:99:.:.:663,0,1671:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,13:48:99:.:.:255,0,826:. 0|1:42,56:98:99:.:.:1425,0,846:. 1|0:12,64:76:99:.:.:1703,0,107:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1588:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4627,465,0:. 1|0:85,38:123:99:.:.:770,0,1874:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2691,273,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2255,225,0:. 1|0:60,9:69:75:.:.:75,0,1326:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1278:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1409:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1566:. 1|0:30,128:158:99:.:.:3191,0,317:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1301:. 0|0:81,5:86:99:.:.:0,122,3114:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2979,300,0:. 0|1:55,28:83:99:.:.:593,0,1222:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,35:54:99:.:.:885,0,310:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1192:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4280,420,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1414:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1249:. 0|1:34,23:57:99:.:.:511,0,708:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,991:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1405:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1260:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,881:. 1|0:10,33:43:99:.:.:840,0,110:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1007:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,41:78:99:.:.:1035,0,727:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1425:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1124:. 1|0:79,17:96:99:.:.:235,0,1780:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1158:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1544:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,2573:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2676,280,0:. 0|0:10,0:10:17:.:.:0,17,235:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:55,30:85:99:.:.:623,0,1179:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,24:70:99:.:.:508,0,946:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,411:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,948:. 1|1:2,53:55:99:1|1:534707_ATTTTC_A:2107,131,0:. 0|1:53,187:240:99:.:.:4813,0,725:. 1|1:4,69:73:99:.:.:1934,115,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,407:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1364,143,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,35:79:99:.:.:818,0,940:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:5,82:87:99:.:.:2215,121,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,419:. 0|1:23,22:45:99:.:.:515,0,689:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2006,203,0:. 1|0:2,16:18:1:.:.:416,0,1:. 0|0:119,0:119:.:.:.:0,0,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4835,414,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4624,388,0:. 1|1:0,143:143:99:1|1:534707_ATTTTC_A:5582,430,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:534567_TTTATATTTATA_T:4978,380,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1362:. 0|1:129,20:149:99:.:.:407,0,3685:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:146,0:146:.:.:.:0,0,0:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,878:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:4,102:106:99:1|1:534707_ATTTTC_A:3709,192,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1645:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:44,77:121:99:.:.:2393,0,998:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1173:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1357:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,878:. 0|0:77,0:77:85:.:.:0,85,2289:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1400:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,496:496:99:.:.:17334,1489,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. 1|1:2,44:46:78:1|1:534707_ATTTTC_A:1690,78,0:. 0|0:31,0:31:56:.:.:0,56,942:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1612:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,136:137:99:.:.:4480,378,0:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5969,530,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1320:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,174:175:99:1|1:534707_ATTTTC_A:6630,516,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2035,198,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:88:.:.:0,88,1291:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:.:.:6483,518,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:149,27:176:99:.:.:308,0,4844:. 0|0:182,0:182:.:.:.:0,0,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:13,63:76:99:.:.:1968,0,148:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:0,0,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,171:173:99:.:.:5623,498,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,42:76:99:.:.:1088,0,771:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,173:175:99:.:.:5687,458,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:98:.:.:0,98,1490:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,12:20:99:.:.:362,0,200:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,33:134:99:.:.:655,0,2674:. 1|0:75,95:170:99:.:.:2607,0,1807:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:37:.:.:0,37,4189:. 1|1:3,133:136:99:.:.:4548,326,0:. 1|0:18,45:63:99:.:.:1214,0,347:. 0|1:147,28:175:99:.:.:361,0,4043:. 1|0:77,16:93:99:.:.:227,0,2116:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,476:. 0|0:150,12:162:99:1|0:534756_T_C:0,111,5658:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,184:187:99:.:.:6083,481,0:. 0|0:151,0:151:84:.:.:0,84,4195:. 1|1:14,162:176:86:.:.:4843,86,0:. 1|0:34,43:77:99:.:.:1213,0,803:. 1|1:4,172:176:99:.:.:5619,422,0:. 1|1:7,142:149:99:.:.:4559,271,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,19:131:99:.:.:239,0,2983:. 1|1:7,175:184:99:.:.:5574,332,0:. 1|1:5,392:397:99:1|1:534567_TTTATATTTATA_T:15151,1063,0:. 1|1:0,319:319:99:.:.:11053,958,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,154:155:99:1|1:534707_ATTTTC_A:5819,432,0:. 0|1:142,21:163:99:.:.:142,0,3804:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:71,0:71:.:.:.:0,0,0:. 0|1:41,56:97:99:.:.:1659,0,929:. 1|1:1,76:77:99:.:.:2470,221,0:. 1|1:1,112:113:99:1|1:534707_ATTTTC_A:4222,330,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:47,0:47:92:.:.:0,92,1339:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1260:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,141:143:99:1|1:534707_ATTTTC_A:5291,386,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2332,204,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,525:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,517:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,21:149:99:0|1:534707_ATTTTC_A:325,0,4945:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,10:133:65:1|0:534707_A_ATTTTCTTTTC:0,65,4755:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:178,154:332:99:0|1:534707_ATTTTC_A:4968,0,6614:. 0|1:27,17:44:99:.:.:361,0,738:. 1|0:59,97:156:99:0|1:534707_ATTTTC_A:3310,0,1359:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,32:129:99:0|1:534707_ATTTTC_A:824,0,3072:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,34:34:99:1|1:534707_ATTTTC_A:1304,102,0:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 534856 . A C 6.79522e+06 PASS FS=0;MQ=58.42;QD=25.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K2403T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aCa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.692;VQSLOD=6.81;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=19.05;GQ_MEAN=134.88;GQ_STDDEV=125.57;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6969;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.01;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10438075;AF=0.297;AS_InbreedingCoeff=0.5895;MLEAC=1513;MLEAF=0.301;AN=852;AC=258 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:20,29:49:99:.:.:714,0,483:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1236:. 0|1:30,23:53:99:.:.:488,0,810:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,58:60:99:.:.:1553,115,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1240:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1851,195,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1224:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1370:. 0|0:33,0:33:15:.:.:0,15,888:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,565:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,241:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 1|1:10,0:10:.:.:.:.:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,541:. 0|0:38,0:38:79:.:.:0,79,1073:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1498:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1146:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1107:. 0|1:33,52:85:99:.:.:1159,0,683:. 1|0:3,14:17:41:.:.:321,0,41:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 1|1:1,52:53:99:.:.:1434,149,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1634,174,0:. 1|0:42,58:100:99:.:.:1292,0,974:. 1|0:38,84:122:99:.:.:1993,0,840:. 1|0:22,26:48:99:.:.:569,0,535:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1189:. 0|0:166,0:166:.:.:.:.:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1526:. 1|0:44,17:61:99:.:.:259,0,1136:. 0|1:41,14:55:99:.:.:222,0,1055:. 1|1:1,58:59:99:.:.:1544,166,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:72,33:105:99:.:.:605,0,1883:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1548:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,41:70:99:.:.:925,0,659:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1061:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3192,345,0:. 0|1:16,36:52:99:.:.:840,0,324:. 1|1:1,84:85:99:.:.:2299,224,0:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,603:. 1|1:7,101:108:99:.:.:2596,117,0:. 0|1:72,136:208:99:.:.:3277,0,1483:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2705,291,0:. 1|1:7,71:78:20:.:.:1780,20,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1599:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1407:. 0|1:55,15:70:99:.:.:204,0,1426:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:58,35:93:99:.:.:667,0,1461:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1688:. 0|1:18,80:98:99:.:.:1863,0,253:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1049:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1910,216,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1099:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3010,329,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,16:122:81:.:.:81,0,2890:. 1|1:1,53:54:99:.:.:1423,151,0:. 1|0:40,106:146:99:.:.:2418,0,766:. 1|1:5,87:92:99:.:.:2274,118,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1127:. 0|1:18,36:54:99:.:.:876,0,377:. 1|0:25,35:60:99:.:.:793,0,572:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1479:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1151:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3120,347,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:7,55:62:34:.:.:1384,0,34:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,2366:. 1|0:59,29:88:99:.:.:506,0,1482:. 0|1:24,21:45:99:.:.:441,0,595:. 1|1:1,120:121:99:.:.:3315,332,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,190:195:99:.:.:5097,457,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4221,462,0:. 0|1:11,89:100:4:.:.:2143,0,4:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,192:204:99:.:.:4998,236,0:. 0|1:64,53:117:99:.:.:1093,0,1618:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,21:168:79:.:.:79,0,3827:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:3,156:159:99:.:.:4249,398,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:67,100:167:99:.:.:2164,0,1534:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,166:169:99:.:.:4399,426,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,116:181:99:.:.:2603,0,1321:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,64:120:99:.:.:1394,0,1302:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,70:118:99:.:.:1573,0,1105:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,148:177:99:.:.:3579,0,286:. 1|1:9,100:109:54:.:.:2383,54,0:. 1|1:1,146:147:99:.:.:3911,409,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,54:150:99:.:.:967,0,2432:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,51:137:99:.:.:996,0,2122:. 0|1:58,70:128:99:.:.:1526,0,1308:. 1|0:20,58:78:99:.:.:1316,0,354:. 1|0:140,33:173:99:.:.:390,0,3649:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:102,19:121:99:.:.:143,0,2606:. 1|1:0,196:196:99:.:.:5215,587,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,99:151:99:.:.:2212,0,1112:. 1|0:62,96:158:99:.:.:2116,0,1362:. 1|1:1,177:178:99:.:.:4768,524,0:. 1|1:1,181:182:99:.:.:4869,535,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2836,315,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,143:184:99:.:.:3355,0,722:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2633,288,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1703:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2538,282,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1352:. 1|0:63,70:133:99:.:.:1536,0,1484:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:29,34:63:99:.:.:718,0,667:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1481:. 0|1:117,17:134:55:.:.:55,0,3059:. 0|1:53,49:102:99:.:.:1057,0,1265:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,83:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1313:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1367:. 0|1:51,76:127:99:.:.:1682,0,1139:. 1|0:89,53:142:99:.:.:1019,0,2162:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:84,37:121:99:.:.:644,0,2161:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,10:48:99:.:.:136,0,1044:. 0|1:43,57:100:99:.:.:1283,0,1023:. 1|0:29,66:95:99:.:.:1537,0,609:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:5:.:.:0,5,2078:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6007,660,0:. 1|1:1,132:133:99:.:.:3614,377,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3149,348,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2699,297,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1278:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1409:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1566:. 0|1:26,165:191:99:.:.:3778,0,212:. 1|0:38,52:90:99:.:.:1117,0,842:. 1|1:7,111:118:99:.:.:2783,139,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:2938,318,0:. 0|1:77,35:112:99:.:.:618,0,1937:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,59:71:99:.:.:1365,0,152:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1192:. 1|0:85,21:106:99:.:.:263,0,2171:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,173:173:99:.:.:4768,518,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1414:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,15:82:99:.:.:148,0,1751:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1447:. 0|1:11,42:53:99:.:.:1006,0,169:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1405:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1260:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1125:. 1|0:15,49:64:99:.:.:1093,0,208:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1007:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,54:86:99:.:.:1212,0,718:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1425:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1225,137,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1398,153,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1158:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1544:. 1|0:135,19:154:61:.:.:61,0,3607:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2172,237,0:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,204:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,28:89:99:.:.:481,0,1561:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:96:.:.:0,96,1431:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,68:69:99:.:.:1856,177,0:. 0|1:67,232:299:99:.:.:5560,0,1204:. 1|1:1,107:108:99:.:.:2857,294,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:26:.:.:0,26,670:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1508,165,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,84:100:99:.:.:2054,0,191:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:6,103:109:99:.:.:2700,150,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,334:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1308:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1056:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2844,300,0:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4570,411,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:7,164:171:99:.:.:5271,260,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4870,433,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1362:. 0|1:147,17:164:87:.:.:87,0,4747:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5739,508,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:767,69,0:. 1|1:0,158:158:99:.:.:5254,475,0:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5358,489,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:9,142:151:99:.:.:4528,149,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5970,526,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1645:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6746,602,0:. 0|1:95,34:129:99:.:.:768,0,2946:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1173:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1357:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|1:65,30:95:99:.:.:704,0,1984:. 1|1:1,143:144:99:.:.:4850,401,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1400:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,652:652:99:.:.:21674,1958,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. 1|1:1,52:53:99:.:.:1697,124,0:. 0|0:20,0:20:26:.:.:0,26,638:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1612:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,161:161:99:.:.:5251,484,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:7621,694,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1320:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,110:224:99:.:.:2891,0,3217:. 1|1:1,278:279:99:.:.:8107,816,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2222,201,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1494:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:130,43:173:99:.:.:812,0,3800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:190,34:224:99:.:.:446,0,5688:. 1|0:45,209:254:99:.:.:5865,0,796:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:11,86:97:66:.:.:2563,0,66:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1310:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7368,676,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,211:216:99:.:.:6810,495,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1432:. 0|1:168,35:203:99:0|1:534842_G_A:717,0,5012:. 1|1:5,336:341:99:1|1:534842_G_A:14161,734,0:. 0|1:89,58:147:99:.:.:1808,0,2581:. 0|1:156,105:261:99:.:.:2302,0,4422:. 1|0:20,177:197:60:.:.:5267,0,60:. 1|1:5,232:237:99:.:.:6502,552,0:. 1|0:167,21:188:99:.:.:188,0,4991:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,27:94:99:0|1:534842_G_A:875,0,2542:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,22:106:99:.:.:393,0,2493:. 0|1:65,114:179:99:0|1:534842_G_A:4282,0,1602:. 1|0:4,27:31:47:.:.:721,0,47:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,323:328:99:1|1:534842_G_A:13462,669,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:50:.:.:0,50,5214:. 1|1:19,251:270:99:.:.:6577,220,0:. 0|1:24,55:79:99:.:.:1731,0,576:. 1|1:12,203:215:99:.:.:5904,214,0:. 0|0:193,0:193:73:.:.:0,73,5402:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:137,148:285:99:.:.:3339,0,3889:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,434:434:99:.:.:14325,1305,0:. 0|1:27,69:96:99:.:.:2024,0,697:. 1|1:2,313:315:99:.:.:10209,900,0:. 1|1:1,232:233:99:.:.:6712,654,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2405,216,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3672,328,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3174,289,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,39:167:99:.:.:774,0,3927:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5752,526,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1260:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,180:182:99:.:.:5835,472,0:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3815,352,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2069,195,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3259,297,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1243:. 1|0:8,35:43:99:.:.:1040,0,132:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:169,49:220:99:.:.:964,0,5285:. 1|0:176,64:240:99:.:.:1423,0,5357:. 1|1:0,21:21:63:.:.:666,63,0:. 1|1:0,181:181:99:.:.:5891,544,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,66:192:99:.:.:1623,0,3689:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,25:180:99:.:.:308,0,4798:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:232,173:405:99:.:.:4579,0,6747:. 0|1:39,20:59:99:.:.:450,0,1179:. 1|0:128,114:242:99:.:.:3054,0,3610:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4969,448,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1473,135,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 534946 . C T 1.47873e+07 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=29.4;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T2433I;SNPEFF_CODON_CHANGE=aCt/aTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.667;VQSLOD=9.35;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.47;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.981;GC=33.33;GQ_MEAN=208.73;GQ_STDDEV=153.58;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6505;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.472;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13222944;AF=0.523;AS_InbreedingCoeff=0.5946;MLEAC=2746;MLEAF=0.523;AN=856;AC=516 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,44:44:99:.:.:1426,132,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1851,171,0:. 0|1:20,47:67:99:.:.:1289,0,364:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1961,186,0:. 0|0:41,0:41:89:.:.:0,89,1122:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2512,238,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1241:. 1|0:15,40:55:99:0|1:534946_C_T:1645,0,653:. 1|0:21,15:36:99:.:.:382,0,467:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2551,241,0:. 0|0:52,0:52:57:.:.:0,57,1325:. 1|0:19,13:32:99:.:.:330,0,430:. 0|1:21,7:28:99:.:.:145,0,485:. 1|1:0,21:21:63:.:.:680,63,0:. 1|0:3,0:3:.:.:.:.:. 1|1:0,19:19:57:.:.:617,57,0:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1561,152,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1498:. 1|1:1,71:72:99:.:.:2191,189,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1146:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1079,107,0:. 0|1:86,14:100:99:.:.:110,0,1975:. 1|1:1,13:14:15:.:.:380,15,0:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1814,174,0:. 1|1:1,61:62:99:.:.:1832,157,0:. 1|0:47,63:110:99:.:.:1589,0,967:. 1|0:23,85:108:99:.:.:2382,0,309:. 1|0:31,33:64:99:.:.:873,0,671:. 1|0:234,97:331:99:.:.:1902,0,5326:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1189:. 1|0:55,77:132:99:.:.:2016,0,1112:. 1|1:1,73:74:99:.:.:2222,193,0:. 1|0:40,22:62:99:.:.:483,0,893:. 0|1:16,65:81:99:.:.:1678,0,126:. 1|1:1,67:68:99:.:.:2021,175,0:. 1|1:1,112:113:99:.:.:3483,330,0:. 0|1:53,71:124:99:.:.:1808,0,1076:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2110,204,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:6073,603,0:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5698,561,0:. 1|0:12,83:95:52:.:.:2200,0,52:. 0|1:13,64:77:96:.:.:1747,0,96:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1082,105,0:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3767,378,0:. 0|1:19,55:74:99:.:.:1429,0,289:. 1|1:1,74:75:99:.:.:2235,194,0:. 1|0:6,26:32:78:.:.:640,0,78:. 1|1:8,100:108:99:.:.:2849,106,0:. 0|1:199,42:241:99:.:.:569,0,4890:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3003,297,0:. 1|1:5,87:92:99:.:.:2472,135,0:. 0|1:24,59:83:99:.:.:1552,0,416:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1844,182,0:. 1|0:8,64:72:2:.:.:1736,0,2:. 0|1:61,15:76:99:.:.:232,0,1458:. 1|0:55,67:122:99:.:.:1626,0,1131:. 1|1:1,99:100:99:.:.:2963,272,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4294,425,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1071:. 1|0:40,62:102:99:.:.:1550,0,816:. 0|1:80,49:129:99:.:.:1115,0,1737:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2661,262,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1049:. 0|1:51,30:81:99:.:.:690,0,1204:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1826,183,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1099:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3468,343,0:. 1|1:3,106:109:99:.:.:3159,245,0:. 1|0:106,13:119:46:.:.:46,0,2538:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2146,210,0:. 1|0:109,64:173:99:.:.:1444,0,2394:. 1|1:1,94:95:99:.:.:2856,275,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1127:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1806,176,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2094,207,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2472,240,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1256,123,0:. 1|0:34,72:106:99:.:.:1886,0,582:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2236,219,0:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4019,388,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2142,204,0:. 1|1:0,171:171:99:.:.:7611,529,0:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4611,459,0:. 0|1:88,19:107:99:.:.:266,0,2042:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4214,413,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:83,23:106:99:.:.:391,0,1970:. 1|0:29,81:110:99:.:.:2067,0,442:. 0|1:9,56:65:49:.:.:1528,0,49:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4125,399,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4760,468,0:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7410,724,0:. 1|0:167,42:209:99:.:.:528,0,3912:. 1|1:0,169:169:99:.:.:5142,507,0:. 0|1:17,94:111:99:.:.:2459,0,140:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3675,375,0:. 1|1:14,118:132:20:.:.:3242,20,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,66:134:99:.:.:1588,0,1441:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5016,495,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:130,55:185:99:.:.:1081,0,2953:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6068,610,0:. 1|0:41,132:173:99:.:.:3522,0,608:. 1|1:0,278:278:99:.:.:8350,833,0:. 1|1:1,158:159:99:.:.:4742,449,0:. 1|1:0,203:203:99:.:.:6117,608,0:. 0|1:71,130:201:99:.:.:3290,0,1328:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,98:126:99:.:.:2588,0,378:. 1|0:93,150:243:99:.:.:3804,0,1823:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4342,423,0:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,179:206:99:.:.:4897,0,130:. 1|0:106,15:121:38:.:.:38,0,2452:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4462,446,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,142:170:99:.:.:3736,0,247:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4467,441,0:. 1|1:11,131:142:99:.:.:3680,130,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2224,222,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5478,546,0:. 1|1:21,179:200:33:.:.:4941,33,0:. 0|1:23,131:154:99:.:.:3378,0,137:. 1|1:0,215:215:99:.:.:6487,646,0:. 0|1:87,42:129:99:.:.:926,0,1965:. 0|1:57,128:185:99:.:.:3229,0,981:. 1|0:69,141:210:99:.:.:3607,0,1233:. 1|1:0,187:187:99:.:.:5671,562,0:. 1|1:0,207:207:99:.:.:6260,621,0:. 1|1:1,163:164:99:.:.:4813,465,0:. 1|1:0,213:213:99:.:.:6314,638,0:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3353,335,0:. 1|1:10,198:208:99:.:.:5816,357,0:. 1|0:30,166:196:99:.:.:4420,0,208:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1703:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2714,266,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2382,229,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:14,52:66:99:.:.:1416,0,190:. 1|0:50,76:126:99:.:.:1903,0,1024:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4810,480,0:. 0|1:27,41:68:99:.:.:979,0,479:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3721,370,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1481:. 0|1:69,49:118:99:.:.:1168,0,1502:. 0|1:18,92:110:99:.:.:2414,0,148:. 1|1:7,158:165:99:.:.:4563,297,0:. 1|0:32,161:193:99:.:.:4362,0,283:. 0|1:142,42:184:99:.:.:744,0,3274:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2624,255,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2870,280,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2606,258,0:. 0|1:47,76:123:99:.:.:1907,0,924:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4637,460,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:94,60:154:99:.:.:1320,0,2050:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3628,355,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2764,270,0:. 1|0:47,12:59:99:.:.:192,0,1103:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3275,321,0:. 1|0:113,13:126:28:.:.:28,0,2731:. 1|0:38,126:164:99:.:.:3392,0,536:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3015,300,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,247:247:99:.:.:7518,742,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4142,408,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4039,397,0:. 1|1:0,156:156:99:.:.:4623,467,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3150,312,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3173,312,0:. 1|1:0,216:216:99:.:.:6381,648,0:. 1|1:1,73:74:99:.:.:2186,212,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1828,177,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2436,240,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1566:. 1|1:2,187:189:99:.:.:5382,517,0:. 1|0:42,64:106:99:.:.:1585,0,783:. 1|0:13,100:113:70:.:.:2696,0,70:. 1|1:1,98:99:99:.:.:2937,269,0:. 0|1:53,89:142:99:.:.:2469,0,987:. 1|1:1,91:92:99:.:.:2714,249,0:. 1|1:5,77:82:99:.:.:2214,112,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1894,189,0:. 1|0:36,17:53:99:.:.:363,0,815:. 1|0:22,86:108:99:.:.:2374,0,249:. 1|0:51,31:82:99:.:.:673,0,1130:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:78:.:.:0,78,1863:. 1|1:0,210:210:99:.:.:6417,631,0:. 0|1:85,90:175:99:0|1:534924_T_G:3551,0,3509:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:51,22:73:99:.:.:468,0,1156:. 1|1:2,208:210:99:.:.:6065,576,0:. 1|0:96,12:108:49:.:.:49,0,2254:. 0|1:9,58:67:47:.:.:1623,0,47:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1447:. 1|1:4,49:53:46:.:.:1382,46,0:. 1|0:40,52:92:99:.:.:1333,0,801:. 0|1:17,48:65:99:.:.:1210,0,239:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1125:. 1|0:14,53:67:99:.:.:1419,0,162:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1007:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,41:106:99:.:.:924,0,1425:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:2,101:103:99:.:.:2999,271,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1510,147,0:. 1|1:0,167:167:99:.:.:4958,500,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1768,174,0:. 1|0:91,17:108:99:.:.:195,0,2224:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3153,310,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2125,215,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1544:. 1|0:22,134:156:99:.:.:3630,0,120:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2712,272,0:. 0|1:5,2:7:45:.:.:45,0,112:. 1|0:68,81:149:99:.:.:2006,0,1442:. 1|0:30,94:124:99:.:.:2516,0,434:. 0|1:67,61:128:99:.:.:1464,0,1420:. 1|0:64,26:90:99:.:.:540,0,1489:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3971,395,0:. 1|0:81,47:128:99:.:.:1034,0,1811:. 1|1:1,183:184:99:.:.:5591,523,0:. 1|0:7,44:51:43:.:.:1213,0,43:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2601,253,0:. 0|1:65,239:304:99:.:.:6378,0,877:. 1|1:2,132:134:99:.:.:3808,348,0:. 1|1:4,209:213:99:.:.:6121,535,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:632,60,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1682,171,0:. 1|1:12,164:176:99:.:.:4596,202,0:. 1|0:49,48:97:99:.:.:1181,0,1089:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:5,83:88:99:.:.:2365,123,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3319,324,0:. 1|1:1,17:18:28:.:.:467,28,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1616,162,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1103,113,0:. 1|1:2,112:114:99:.:.:3371,287,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:932,93,0:. 1|1:0,167:167:99:.:.:6095,503,0:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4723,390,0:. 1|1:7,233:240:99:.:.:8080,479,0:. 1|1:1,163:164:99:.:.:5905,460,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:1,194:195:99:.:.:7007,559,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1606,132,0:. 1|1:1,189:190:99:.:.:6857,540,0:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6808,572,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:6623,551,0:. 1|1:0,226:226:99:1|1:534946_C_T:10196,693,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8809,748,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:12,150:162:88:.:.:4912,88,0:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6808,571,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1645:. 0|1:20,174:194:91:.:.:5713,0,91:. 1|1:0,281:281:99:.:.:10028,845,0:. 0|1:45,135:180:99:.:.:4307,0,1003:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2969,255,0:. 1|1:0,113:113:99:.:.:4034,340,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3986,328,0:. 1|1:1,166:167:99:.:.:5821,466,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7973,659,0:. 1|1:1,247:248:99:.:.:8815,722,0:. 1|1:0,114:114:99:.:.:4083,343,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,221:227:99:.:.:7767,473,0:. 1|1:0,208:208:99:.:.:7337,626,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,786:786:99:.:.:28233,2364,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. 1|1:1,68:69:99:.:.:2452,171,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:3,78:81:99:.:.:2345,145,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:6253,549,0:. 1|1:2,235:237:99:.:.:7889,662,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1320:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,222:224:99:.:.:7385,627,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,343:344:99:.:.:11390,989,0:. 0|1:134,127:261:99:.:.:3535,0,3641:. 1|1:1,321:322:99:.:.:10722,949,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,314:314:99:.:.:10843,936,0:. 1|1:2,80:82:99:.:.:2721,189,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:137,38:175:99:.:.:761,0,3888:. 1|1:0,198:198:99:.:.:6914,596,0:. 1|1:2,225:227:99:.:.:7632,614,0:. 1|1:15,235:250:99:.:.:7543,245,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,24:263:2:.:.:0,2,6941:. 1|1:13,226:239:99:.:.:7314,272,0:. 1|1:2,299:301:99:.:.:9924,850,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:142,144:286:99:.:.:3803,0,3433:. 0|1:28,22:50:99:.:.:568,0,804:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:.:.:6651,593,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,276:278:99:.:.:9386,766,0:. 0|1:44,189:233:99:.:.:5788,0,746:. 1|1:12,201:213:99:.:.:6578,231,0:. 0|1:75,61:136:99:.:.:1633,0,1828:. 1|1:1,239:240:99:.:.:8385,685,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,250:251:99:.:.:8704,721,0:. 1|1:2,101:103:99:.:.:3227,243,0:. 1|1:17,232:249:99:.:.:7370,198,0:. 1|0:46,21:67:99:.:.:490,0,1193:. 0|1:210,37:247:99:.:.:537,0,5911:. 1|1:1,291:292:99:.:.:9750,839,0:. 0|1:35,150:185:99:.:.:4501,0,533:. 0|1:175,137:312:99:.:.:3646,0,4129:. 1|0:32,231:263:99:.:.:7290,0,202:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:25,201:226:99:.:.:6239,0,111:. 1|1:1,216:217:99:.:.:7509,618,0:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3785,318,0:. 1|0:38,196:234:99:.:.:5987,0,517:. 1|0:12,97:109:73:.:.:2916,0,73:. 0|1:90,115:205:99:.:.:3242,0,2207:. 1|0:21,6:27:48:.:.:48,0,564:. 1|1:8,229:237:99:.:.:7628,460,0:. 1|1:2,304:306:99:.:.:10070,871,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:288,30:318:38:.:.:38,0,7545:. 0|1:29,77:106:99:.:.:2261,0,680:. 1|1:11,206:217:99:.:.:6877,285,0:. 1|1:4,202:206:99:.:.:6762,485,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,161:301:99:.:.:4284,0,3222:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,497:501:99:.:.:17486,1364,0:. 0|1:35,53:88:99:.:.:1649,0,876:. 1|1:1,379:380:99:.:.:13023,1110,0:. 1|1:2,262:264:99:.:.:8680,767,0:. 1|0:200,27:227:99:.:.:260,0,5862:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2628,225,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:5170,451,0:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4533,394,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,42:166:99:.:.:950,0,3588:. 1|1:0,125:125:99:.:.:4378,376,0:. 1|0:129,33:162:99:.:.:665,0,3743:. 1|1:0,201:201:99:.:.:7102,604,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1500,129,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,205:208:99:.:.:7053,544,0:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4752,415,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2867,247,0:. 1|1:0,119:119:99:.:.:4108,357,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1243:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2132,183,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,301:301:99:.:.:10489,905,0:. 1|0:216,51:267:99:.:.:963,0,6399:. 1|0:193,70:263:99:.:.:1615,0,5625:. 1|1:0,20:20:60:.:.:650,60,0:. 1|1:0,198:198:99:.:.:7005,596,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,71:219:99:.:.:1776,0,4131:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6743,571,0:. 1|1:0,211:211:99:.:.:7252,634,0:. 1|1:0,213:213:99:.:.:7421,641,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,511:511:99:.:.:18226,1536,0:. 0|1:46,20:66:99:.:.:476,0,1303:. 1|0:163,157:320:99:.:.:4493,0,4334:. 1|1:0,624:624:99:.:.:21518,1875,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6164,535,0:. 1|1:2,249:251:99:.:.:8515,705,0:. 1|1:1,50:51:99:.:.:1770,121,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1105,93,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 535003 . A G 882391 PASS FS=0.553;MQ=61.26;QD=28.94;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N2452S;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAt/aGt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.62;VQSLOD=4.78;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=126;GQ_STDDEV=111.16;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.019;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.09;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=12710803;AF=0.026;AS_InbreedingCoeff=-0.0306;MLEAC=137;MLEAF=0.026;AN=858;AC=29 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1604:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1334:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1406:. 0|0:40,0:40:92:.:.:0,92,1225:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,22:22:66:1|1:535003_A_G:990,66,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,180:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,1049:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1221:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1498:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1146:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1016:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1338:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,94:95:99:1|1:535003_A_G:4135,221,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,50:90:99:0|1:535003_A_G:1981,0,1523:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,30:71:99:0|1:535003_A_G:1117,0,1671:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,110:110:99:1|1:535003_A_G:5003,340,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,2:72:99:0|1:535003_A_G:0,127,3028:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,65:143:99:0|1:535003_A_G:2420,0,3096:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1049:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1127:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1210:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,106:125:99:0|1:535003_A_G:4456,0,582:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,122:184:99:0|1:535003_A_G:4957,0,2685:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,69:146:99:0|1:535003_A_G:2695,0,3035:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1703:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1481:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,94:152:99:0|1:535003_A_G:3723,0,2146:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1566:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1447:. 0|1:10,49:59:99:0|1:535003_A_G:1986,0,338:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1007:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1544:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,150:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1373:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,835:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1285:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,591:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:82:.:.:0,82,897:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1645:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:752,0:752:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1320:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:235,29:264:99:0|1:535003_A_G:492,0,10873:. 1|1:6,387:393:99:.:.:12331,912,0:. 0|1:113,79:192:99:0|1:535003_A_G:2946,0,4680:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,17:254:44:0|1:535003_A_G:0,44,10182:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,35:129:99:0|1:535003_A_G:1109,0,3827:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,108:206:99:0|1:535003_A_G:4217,0,4015:. 0|0:40,0:40:69:.:.:0,69,1208:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,358:369:99:1|1:535003_A_G:15109,603,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,35:125:99:0|1:535003_A_G:1175,0,3812:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,506:509:99:1|1:535003_A_G:23043,1373,0:. 0|1:30,56:86:99:0|1:535003_A_G:2303,0,1431:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,82:166:99:0|1:535003_A_G:3249,0,3304:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:185,24:209:99:0|1:535003_A_G:439,0,7765:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:302,249:551:99:0|1:535003_A_G:9528,0,12005:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:626,0:626:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1453:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 535006 . A T 896014 PASS FS=0.551;MQ=61.33;QD=29.46;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=D2453V;SNPEFF_CODON_CHANGE=gAt/gTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.629;VQSLOD=4.75;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=126.37;GQ_STDDEV=111.1;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.019;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.13;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=12714341;AF=0.026;AS_InbreedingCoeff=-0.0308;MLEAC=137;MLEAF=0.026;AN=858;AC=29 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,100,1604:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1334:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1406:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1278:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 1|1:0,22:22:72:1|1:535003_A_G:1056,72,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,180:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:74:.:.:0,74,1052:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1221:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1498:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1146:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1016:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:34:.:.:0,34,557:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:328,0:328:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1338:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,93:94:99:1|1:535003_A_G:4135,221,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,51:92:99:0|1:535003_A_G:1956,0,1553:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1178:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,30:71:99:0|1:535003_A_G:1121,0,1689:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:1|1:535003_A_G:5009,340,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,2:71:99:0|1:535003_A_G:0,127,3028:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,65:142:99:0|1:535003_A_G:2444,0,3120:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1049:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1127:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1210:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,109:127:99:0|1:535003_A_G:4627,0,545:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,120:181:99:0|1:535003_A_G:5042,0,2721:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,72:150:99:0|1:535003_A_G:2745,0,3011:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1703:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1481:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,92:151:99:0|1:535003_A_G:3694,0,2176:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1566:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1447:. 0|1:12,50:62:99:0|1:535003_A_G:1986,0,380:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1007:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1544:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,150:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1373:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,835:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:302,0:302:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1285:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,591:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:82:.:.:0,82,897:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1645:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:752,0:752:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1320:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:372,0:372:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:238,30:268:99:0|1:535003_A_G:505,0,11076:. 1|1:5,386:392:99:.:.:17007,954,0:. 0|1:113,78:191:99:0|1:535003_A_G:2931,0,4848:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,17:255:59:0|1:535003_A_G:0,59,10383:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,35:127:99:0|1:535003_A_G:1112,0,3795:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,107:203:99:0|1:535003_A_G:4163,0,4076:. 0|0:40,0:40:73:.:.:0,73,1273:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,358:369:99:1|1:535003_A_G:15170,606,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,34:122:99:0|1:535003_A_G:1169,0,3881:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,519:523:99:1|1:535003_A_G:23578,1381,0:. 0|1:29,58:87:99:0|1:535003_A_G:2410,0,1455:. 0|0:370,0:370:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,84:168:99:0|1:535003_A_G:3249,0,3304:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1243:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:299,0:299:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:188,24:212:99:0|1:535003_A_G:433,0,7823:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:310,251:561:99:0|1:535003_A_G:9577,0,12175:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:626,0:626:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1453:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 535030 . A T 1.14625e+07 PASS FS=0;MQ=60.04;QD=27.4;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y2461F;SNPEFF_CODON_CHANGE=tAt/tTt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.683;VQSLOD=7.72;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.986;GC=23.81;GQ_MEAN=159.15;GQ_STDDEV=144.23;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6975;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.078;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13778364;AF=0.379;AS_InbreedingCoeff=0.5048;MLEAC=1993;MLEAF=0.38;AN=856;AC=432 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:20,34:54:99:.:.:927,0,482:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1709,159,0:. 0|1:17,44:61:99:.:.:1232,0,366:. 0|0:61,0:61:53:.:.:0,53,1687:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2188,207,0:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,759:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2520,243,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:52,0:52:91:.:.:0,91,1530:. 1|0:19,17:36:99:.:.:437,0,479:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2528,243,0:. 0|0:52,0:52:90:.:.:0,90,1566:. 1|0:32,7:39:99:.:.:102,0,909:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,22:22:72:1|1:535003_A_G:961,72,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:297,30,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:709,66,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:991,93,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1436,138,0:. 0|1:33,22:55:99:.:.:471,0,860:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2659,258,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1146:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1009,99,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:42:.:.:434,42,0:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2075,203,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2259,219,0:. 1|0:48,60:108:99:.:.:1466,0,1177:. 1|1:3,107:110:99:.:.:3218,235,0:. 1|0:36,35:71:99:.:.:866,0,934:. 1|0:227,112:339:99:.:.:2328,0,6126:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1795,174,0:. 1|0:47,119:166:99:.:.:3191,0,1004:. 1|1:0,89:89:99:1|1:535003_A_G:3781,273,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,82:83:99:.:.:2970,225,0:. 1|0:27,51:78:99:.:.:1294,0,591:. 1|1:4,108:112:99:.:.:3256,208,0:. 0|1:80,37:117:99:.:.:778,0,2108:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2166,218,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,87:101:99:.:.:2290,0,117:. 0|1:40,49:89:99:.:.:1252,0,957:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1478,147,0:. 1|0:86,27:113:99:.:.:481,0,2317:. 0|1:20,54:74:99:.:.:1716,0,394:. 1|1:1,105:106:99:.:.:3088,285,0:. 1|0:10,17:27:99:.:.:417,0,218:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3999,401,0:. 0|1:216,52:268:99:.:.:800,0,5801:. 1|1:0,109:109:99:1|1:535003_A_G:4465,333,0:. 0|0:80,0:80:88:.:.:0,88,2158:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2832,279,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2151,216,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:44,29:73:99:.:.:631,0,1139:. 1|0:56,69:125:99:.:.:1719,0,1323:. 0|1:58,35:93:99:.:.:785,0,1532:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3740,369,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1071:. 1|0:60,31:91:99:.:.:656,0,1574:. 0|1:22,127:149:99:.:.:4167,0,239:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1049:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1497,153,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1713,170,0:. 1|0:159,38:197:99:.:.:606,0,4175:. 1|0:74,25:99:99:.:.:456,0,2018:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1127:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2162,216,0:. 1|1:3,65:68:99:.:.:1862,108,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1931,189,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1761,174,0:. 1|0:49,73:122:99:.:.:1855,0,1121:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2470,249,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:65,14:79:99:.:.:174,0,1818:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5185,525,0:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4231,428,0:. 1|1:8,90:98:39:.:.:2551,39,0:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4525,447,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4224,417,0:. 1|1:4,102:106:99:.:.:2957,192,0:. 1|0:25,77:102:99:.:.:1946,0,411:. 0|1:47,16:63:99:.:.:306,0,1276:. 1|1:5,142:147:99:.:.:4155,296,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,97:183:99:.:.:2394,0,2064:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,164:164:99:.:.:4916,492,0:. 0|1:19,112:131:99:0|1:535003_A_G:4425,0,422:. 0|1:83,43:126:99:.:.:927,0,2211:. 0|1:20,128:148:99:.:.:3321,0,154:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,78:147:99:.:.:1870,0,1696:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,179:192:99:.:.:4990,177,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5504,547,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5409,546,0:. 1|0:137,62:199:99:.:.:1199,0,3656:. 1|1:0,269:269:99:.:.:7975,806,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,128:185:99:0|1:535003_A_G:4856,0,2051:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,85:130:99:.:.:2103,0,936:. 1|0:100,128:228:99:.:.:3060,0,2414:. 1|0:51,91:142:99:.:.:2270,0,1183:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:140,46:186:99:.:.:739,0,3802:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4721,477,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,201:201:99:.:.:5966,603,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,124:172:99:.:.:3175,0,927:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,147:156:99:.:.:4902,206,0:. 1|1:5,116:121:99:.:.:3281,203,0:. 1|0:10,73:83:58:.:.:1879,0,58:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5487,548,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,130:152:99:.:.:3281,0,206:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6036,619,0:. 0|1:120,43:163:99:.:.:836,0,3244:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,197:197:99:.:.:5861,591,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5262,528,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3989,399,0:. 0|1:144,35:179:99:.:.:509,0,3967:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5954,595,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1703:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2704,270,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:32,36:68:99:.:.:865,0,808:. 1|0:55,111:166:99:.:.:2810,0,1191:. 1|1:0,172:172:99:.:.:5117,516,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1825,183,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:2,120:122:99:.:.:3577,305,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1481:. 0|1:93,45:138:99:.:.:917,0,2517:. 0|1:18,75:93:99:.:.:1944,0,295:. 1|1:15,163:178:43:.:.:4408,43,0:. 1|0:60,118:178:99:.:.:3041,0,1309:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,176:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:1,147:148:99:.:.:4274,409,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3031,305,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1929,192,0:. 1|0:32,60:92:99:.:.:1527,0,720:. 0|1:52,83:135:99:.:.:2068,0,1224:. 1|0:45,114:159:99:.:.:2893,0,894:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:88,58:146:99:.:.:1314,0,2320:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,94:95:99:.:.:2812,253,0:. 1|0:13,51:64:99:.:.:1331,0,223:. 1|1:1,108:109:99:.:.:3242,295,0:. 1|0:96,35:131:99:.:.:677,0,2591:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,17:84:99:.:.:242,0,1831:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:.:.:5519,451,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3779,381,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,205:206:99:.:.:6073,588,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3303,325,0:. 1|1:4,99:103:99:.:.:2832,185,0:. 1|1:0,209:209:99:.:.:6142,626,0:. 1|0:31,56:87:99:.:.:1407,0,725:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1670,168,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2772,279,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1566:. 0|1:20,159:179:76:.:.:4114,0,76:. 1|0:41,80:121:99:.:.:1953,0,885:. 1|1:5,104:109:99:.:.:2995,165,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3308,330,0:. 0|1:76,71:147:99:.:.:1679,0,1895:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2683,270,0:. 1|0:16,63:79:99:.:.:1687,0,261:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1991,198,0:. 1|0:49,17:66:99:.:.:318,0,1332:. 1|0:19,105:124:99:.:.:2747,0,206:. 1|0:49,39:88:99:.:.:927,0,1271:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,73:77:99:.:.:2093,124,0:. 1|1:1,226:227:99:.:.:6758,650,0:. 0|1:94,79:173:99:.:.:1870,0,2404:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3399,344,0:. 1|1:6,72:78:44:.:.:1966,44,0:. 0|1:36,146:182:99:.:.:3686,0,551:. 1|0:102,14:116:80:.:.:80,0,2801:. 0|1:48,38:86:99:.:.:910,0,1260:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1447:. 0|1:7,52:59:46:.:.:1956,0,46:. 1|0:74,42:116:99:.:.:950,0,1954:. 0|1:15,45:60:99:.:.:1133,0,290:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1125:. 1|0:45,27:72:99:.:.:579,0,1119:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1007:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,35:87:99:.:.:748,0,1351:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:2,92:94:99:.:.:2696,216,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1856,180,0:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4738,477,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2000,198,0:. 1|0:104,24:128:99:.:.:311,0,2884:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3107,317,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1544:. 1|0:36,131:167:99:.:.:3443,0,611:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2818,284,0:. 1|0:4,0:4:0:.:.:0,0,66:. 1|0:44,118:162:99:.:.:2972,0,815:. 1|0:67,47:114:99:.:.:1042,0,1753:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4356,443,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2930,294,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5272,528,0:. 0|0:57,0:57:26:.:.:0,26,1444:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:6,72:78:57:.:.:1957,57,0:. 0|1:85,245:330:99:.:.:6381,0,1673:. 0|1:91,44:135:99:.:.:867,0,2296:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,24:29:57:.:.:630,0,57:. 1|1:2,44:46:73:.:.:1253,73,0:. 1|0:16,140:156:19:.:.:3643,0,19:. 1|0:81,23:104:99:.:.:388,0,2259:. 0|0:83,0:83:94:.:.:0,94,2230:. 1|0:13,92:105:99:.:.:2420,0,102:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3429,339,0:. 1|1:1,20:21:30:.:.:585,30,0:. 0|1:32,33:65:99:.:.:780,0,801:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:2,114:116:99:.:.:3272,281,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:899,93,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,153:154:99:.:.:5485,429,0:. 1|1:9,233:242:99:.:.:7849,389,0:. 1|1:0,222:222:99:.:.:7961,668,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1362:. 0|1:26,219:245:99:.:.:7063,0,194:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1472,129,0:. 1|1:1,227:228:99:.:.:8039,649,0:. 1|1:1,196:197:99:.:.:7018,583,0:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7993,683,0:. 1|1:0,230:230:99:.:.:8304,692,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,277:277:99:.:.:9628,833,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:13,175:188:94:.:.:5660,94,0:. 1|1:0,266:266:99:.:.:9352,800,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1645:. 0|0:200,0:200:16:.:.:0,16,6095:. 1|1:0,307:307:99:.:.:10834,923,0:. 0|1:43,150:193:99:.:.:4747,0,1005:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3798,319,0:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4343,364,0:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6850,578,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,114:114:99:.:.:4055,343,0:. 1|1:1,184:185:99:.:.:6507,519,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,237:237:99:.:.:8368,712,0:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8790,760,0:. 1|1:0,118:118:99:.:.:4179,355,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,209:215:99:.:.:7118,423,0:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8678,759,0:. 1|1:0,790:790:99:.:.:27939,2374,0:. 0|0:752,0:752:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:75:.:.:874,75,0:. 1|1:3,108:111:99:.:.:3167,218,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,189:189:99:.:.:6475,568,0:. 1|1:1,263:264:99:.:.:8950,768,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1320:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,472:474:99:.:.:15090,1341,0:. 0|1:167,136:303:99:.:.:3589,0,4981:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2421,213,0:. 1|1:1,431:432:99:.:.:13989,1251,0:. 1|1:1,89:90:99:.:.:2925,233,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:165,48:213:99:.:.:970,0,5006:. 1|1:0,211:211:99:.:.:7351,635,0:. 1|1:2,215:217:99:.:.:7305,579,0:. 0|1:50,210:260:99:.:.:6377,0,956:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:219,47:266:99:.:.:777,0,6939:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:17,241:258:99:.:.:7626,199,0:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,106:133:99:.:.:3264,0,518:. 1|0:173,165:338:99:.:.:4153,0,5086:. 0|1:39,17:56:99:.:.:438,0,1249:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,286:288:99:.:.:9608,791,0:. 0|1:208,42:250:99:.:.:657,0,6536:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,273:276:99:.:.:9146,722,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:237,36:273:99:.:.:675,0,7331:. 1|1:2,431:433:99:.:.:18079,1205,0:. 0|1:96,84:180:99:.:.:3015,0,2749:. 0|1:233,178:411:99:.:.:4179,0,7062:. 1|0:30,228:258:99:.:.:7179,0,302:. 1|1:7,277:284:99:.:.:8334,625,0:. 1|0:220,29:249:99:.:.:402,0,7001:. 1|1:8,212:220:99:.:.:6986,368,0:. 1|1:2,129:131:99:.:.:4468,325,0:. 1|0:138,106:244:99:.:.:2868,0,4018:. 0|1:35,97:132:99:.:.:2957,0,768:. 0|1:90,115:205:99:.:.:4212,0,2488:. 0|0:54,0:54:6:.:.:0,6,1531:. 1|1:11,259:270:99:.:.:8624,439,0:. 1|1:3,411:414:99:.:.:17041,1137,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,199:230:99:.:.:6131,0,327:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,49:128:99:.:.:1573,0,2290:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,177:208:99:.:.:5472,0,453:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,555:560:99:1|1:535003_A_G:23413,1496,0:. 0|1:34,70:104:99:0|1:535003_A_G:2659,0,1286:. 1|1:1,408:409:99:.:.:13873,1193,0:. 1|1:1,326:327:99:.:.:10260,958,0:. 1|0:200,33:233:99:.:.:432,0,6159:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,152:152:99:.:.:6019,463,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4807,433,0:. 1|1:1,208:209:99:.:.:6966,616,0:. 0|1:157,47:204:99:.:.:980,0,4969:. 1|1:1,152:153:99:.:.:5183,423,0:. 1|0:149,46:195:99:.:.:905,0,4407:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,218:219:99:.:.:7396,623,0:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4207,364,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4990,441,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1243:. 1|0:9,58:67:99:.:.:1798,0,108:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,308:308:99:1|1:535016_C_T:13578,954,0:. 1|0:209,65:274:99:.:.:1418,0,6601:. 1|0:224,97:321:99:.:.:2376,0,6946:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,158:163:99:.:.:5234,328,0:. 0|1:151,80:231:99:.:.:2184,0,4557:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7826,650,0:. 1|1:1,215:216:99:.:.:7346,639,0:. 1|1:21,228:249:10:.:.:7108,10,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,561:561:99:.:.:21664,1699,0:. 0|1:55,24:79:99:.:.:605,0,1689:. 1|0:193,171:364:99:.:.:4718,0,5476:. 1|1:0,671:671:99:.:.:22697,2015,0:. 1|0:129,47:176:99:.:.:1129,0,4063:. 1|1:0,237:237:99:.:.:8259,713,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1342,117,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 535162 . A G 840801 PASS FS=0;MQ=60.12;QD=20.34;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N2505S;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAc/aGc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.702;VQSLOD=5.77;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=19.05;GQ_MEAN=113.31;GQ_STDDEV=26.82;HRun=0;InbreedingCoeff=0.9205;NCC=0;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.432;culprit=FS;set=snp;DP=13097054;AF=0.03;AS_InbreedingCoeff=0.0007;MLEAC=157;MLEAF=0.03;AN=858;AC=38 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1354:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1346:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1192:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1200:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1621:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1185:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1468:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1309:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1146:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1017:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1188:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1389:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1478:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,51:83:99:.:.:1112,0,705:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5080,582,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,18:60:99:.:.:298,0,1079:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,74:96:99:.:.:1770,0,383:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1105:. 0|1:50,34:84:99:.:.:699,0,1247:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,977:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1127:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1480:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1497:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,141:145:99:.:.:3657,314,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1462:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,73:94:99:.:.:1659,0,352:. 1|0:46,86:132:99:.:.:1900,0,952:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,115:169:99:.:.:2494,0,1123:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,195:221:99:.:.:4463,0,142:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1703:. 1|1:0,108:108:99:.:.:2850,321,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2881,321,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1481:. 0|1:96,31:127:99:.:.:404,0,2480:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,35:159:99:.:.:454,0,3268:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,138:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1566:. 1|0:164,25:189:77:.:.:77,0,4176:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1447:. 0|1:12,29:41:99:.:.:672,0,244:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1125:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1007:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1544:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,166:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,25:77:99:.:.:476,0,1254:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,51:119:99:.:.:1048,0,1654:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,9:57:74:.:.:74,0,1208:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,171:184:99:.:.:4253,173,0:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 1|0:51,26:77:99:.:.:455,0,1302:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1163,132,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,684:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1366:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1645:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1413:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:752,0:752:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1320:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:512,0:512:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:149,138:287:99:.:.:3603,0,4221:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,236:241:99:.:.:7436,543,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:452,0:452:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:199,23:222:45:.:.:45,0,6095:. 0|1:191,113:304:99:.:.:2352,0,5536:. 1|0:27,233:260:99:.:.:6559,0,176:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:450,0:450:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:409,0:409:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,546:552:99:.:.:17700,1435,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:387,0:387:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:338,0:338:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,72:148:99:.:.:1885,0,2219:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1243:. 1|0:10,48:58:99:.:.:1345,0,167:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:275,0:275:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,838:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:608,0:608:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. Pf3D7_01_v3 535211 . C T 1.89119e+07 PASS FS=0;MQ=60.03;QD=30.68;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F2521;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttC/ttT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.685;VQSLOD=9.88;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.74;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0075;FractionInformativeReads=0.948;GC=33.33;GQ_MEAN=167.07;GQ_STDDEV=117.91;HRun=2;InbreedingCoeff=0.4199;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.103;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15226592;AF=0.717;AS_InbreedingCoeff=0.6224;MLEAC=3766;MLEAF=0.718;AN=858;AC=690 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:16,29:45:99:.:.:796,0,320 1|1:0,81:81:99:.:.:2509,243,0 0|1:25,62:87:99:.:.:1651,0,445 1|1:2,69:71:99:.:.:2096,161,0 1|0:55,8:63:55:.:.:55,0,1324 1|1:0,49:49:99:.:.:1498,147,0 1|1:0,42:42:99:.:.:1329,126,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2613,255,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1523,144,0 0|1:47,16:63:99:.:.:318,0,1021 0|1:22,17:39:99:.:.:425,0,534 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1710 1|1:0,51:51:99:.:.:1626,153,0 0|1:17,20:37:99:.:.:502,0,396 1|0:10,20:30:99:.:.:540,0,203 1|1:0,21:21:63:.:.:663,63,0 1|1:0,9:9:27:.:.:287,27,0 1|1:0,25:25:74:.:.:764,74,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1386,129,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1350,135,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2078,204,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2210,219,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6310,626,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1146 1|1:0,40:40:99:.:.:1242,120,0 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,2301 1|1:0,22:22:66:.:.:659,66,0 1|1:0,12:12:36:.:.:367,36,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2106,204,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1476,144,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3180,319,0 1|1:4,114:118:99:.:.:3383,241,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1872,188,0 1|1:0,277:277:99:.:.:8253,829,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1970,192,0 1|1:3,134:137:99:.:.:3998,324,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2959,302,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2173,221,0 0|1:47,36:83:99:.:.:813,0,899 0|1:14,42:56:99:.:.:1120,0,234 1|1:2,120:122:99:.:.:3444,309,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4318,437,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2643,261,0 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,233:234:99:.:.:6991,674,0 1|1:1,102:103:99:.:.:2950,298,0 1|0:11,72:83:59:.:.:1930,0,59 1|1:0,49:49:99:.:.:1433,146,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3577,357,0 1|0:40,28:68:99:.:.:628,0,803 1|1:0,98:98:99:.:.:3023,294,0 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215 1|1:0,123:123:99:.:.:3625,367,0 1|0:213,61:274:99:.:.:1005,0,5110 1|1:0,124:124:99:.:.:3626,370,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2097,213,0 0|1:31,84:115:99:.:.:2175,0,483 1|1:1,71:72:99:.:.:2048,187,0 1|0:20,55:75:99:.:.:1417,0,337 1|1:8,81:89:64:.:.:2268,64,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3621,366,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2598,263,0 1|1:0,134:134:99:.:.:3990,401,0 1|1:1,348:349:99:.:.:10415,1020,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1486,153,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3267,324,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4184,428,0 1|0:70,16:86:99:.:.:234,0,1743 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1105 0|1:50,39:89:99:.:.:900,0,1146 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,990 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 0|1:73,37:110:99:.:.:788,0,1617 1|1:0,111:111:99:.:.:3366,334,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1633,162,0 1|0:91,113:204:99:.:.:2703,0,1756 1|1:5,101:106:99:.:.:2911,194,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2245,225,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2174,221,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2405,240,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2192,213,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1838,183,0 0|1:82,49:131:99:.:.:1087,0,1834 1|1:0,75:75:99:.:.:2256,225,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3701,369,0 0|1:48,63:111:99:.:.:1544,0,962 1|1:0,73:73:99:.:.:2233,219,0 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,139:139:99:.:.:4184,417,0 0|1:99,11:110:9:.:.:9,0,2386 0|1:107,19:126:99:.:.:179,0,2551 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,102:102:99:.:.:3031,306,0 0|1:33,67:100:99:.:.:1731,0,548 0|1:9,50:59:41:.:.:1322,0,41 1|1:0,163:163:99:.:.:4772,487,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4788,469,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4791,483,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6043,610,0 0|1:189,45:234:99:.:.:606,0,4195 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,105:105:99:.:.:3092,314,0 0|1:72,42:114:99:.:.:839,0,1524 1|1:2,131:133:99:.:.:3854,340,0 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 0|1:59,60:119:99:.:.:1401,0,1307 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,162:162:99:.:.:4872,486,0 1|1:1,164:165:99:.:.:4857,467,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1800 1|1:0,184:184:99:.:.:5525,553,0 0|1:89,77:166:99:.:.:1772,0,1859 1|1:0,225:225:99:.:.:6734,675,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3897,396,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4820,490,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,204:204:99:.:.:6205,613,0 1|1:5,146:151:99:.:.:4157,318,0 1|0:77,148:225:99:.:.:3670,0,1380 0|1:27,90:117:99:.:.:2429,0,412 1|1:0,192:192:99:.:.:5854,577,0 1|0:35,147:182:99:.:.:3975,0,363 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,159:159:99:.:.:4739,477,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5106,519,0 1|1:1,227:228:99:.:.:6810,656,0 1|1:5,156:161:99:.:.:4473,346,0 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|1:55,80:135:99:.:.:1986,0,1103 1|1:8,139:147:99:.:.:3906,219,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2518,261,0 1|0:135,41:176:99:.:.:673,0,3167 1|1:20,190:210:78:.:.:5312,78,0 1|0:124,32:156:99:.:.:460,0,2831 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,148:148:99:.:.:4458,443,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4790,482,0 1|1:0,171:171:99:.:.:4958,511,0 1|1:0,166:166:99:.:.:4974,498,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,169:169:99:.:.:5022,507,0 1|1:2,208:210:99:.:.:6081,580,0 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,191:191:99:.:.:5706,573,0 1|1:0,203:203:99:.:.:6066,608,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,134:134:99:.:.:3968,401,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2913,290,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3204,321,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3185,312,0 1|1:5,226:231:99:.:.:6469,555,0 1|1:6,62:68:35:.:.:1703,35,0 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,169:169:99:.:.:5036,507,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2458,249,0 1|1:1,204:205:99:.:.:5901,586,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3764,389,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4196,419,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3688,368,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1481 1|0:18,93:111:99:.:.:2509,0,135 1|0:34,43:77:99:.:.:1082,0,712 1|1:3,173:176:99:.:.:5052,437,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4892,489,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4648,465,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5192,508,0 1|1:0,5:5:15:.:.:157,15,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2607,258,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3658,371,0 1|1:1,69:70:99:.:.:2046,181,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2509,249,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2846,291,0 1|0:68,72:140:99:.:.:1693,0,1443 1|1:6,131:137:99:.:.:3762,242,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2977,299,0 1|1:5,140:145:99:.:.:4042,290,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3536,354,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2131,210,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1632,165,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3410,336,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3738,373,0 1|1:5,160:165:99:.:.:4654,349,0 1|1:2,91:93:99:.:.:2685,221,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4140,411,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2674,265,0 1|1:0,210:210:99:.:.:6264,630,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4537,453,0 1|1:0,128:128:99:.:.:3889,384,0 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,198:198:99:.:.:6013,595,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2734,276,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2874,291,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5591,567,0 1|0:32,83:115:99:.:.:2192,0,495 1|1:0,61:61:99:.:.:1822,182,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2236,227,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1566 1|1:3,198:201:99:.:.:5754,520,0 1|1:0,99:99:99:.:.:2887,297,0 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,118:118:99:.:.:3514,353,0 1|1:6,125:131:99:.:.:3618,220,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3161,321,0 1|1:1,65:66:99:.:.:1983,173,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2455,246,0 1|0:24,49:73:99:.:.:1266,0,401 0|1:24,80:104:99:.:.:2131,0,326 1|1:0,95:95:99:.:.:2795,284,0 1|1:1,135:136:99:.:.:4092,379,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1982,200,0 1|1:1,193:194:99:.:.:5712,571,0 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:.:.:2823,283,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2014,198,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5164,531,0 0|1:15,85:100:82:.:.:2235,0,82 1|1:0,61:61:99:.:.:1871,183,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1376,140,0 1|0:34,12:46:99:.:.:231,0,716 1|0:14,81:95:99:.:.:2178,0,108 1|1:0,56:56:99:.:.:1641,168,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2024,201,0 0|1:9,58:67:10:.:.:1485,0,10 1|1:0,72:72:99:.:.:2215,216,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2445,245,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3403,336,0 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800 1|1:0,93:93:99:.:.:2748,279,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3913,387,0 1|1:0,43:43:99:1|1:535211_C_T:1347,129,0 1|1:0,152:152:99:.:.:4604,456,0 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,124:124:99:.:.:3747,372,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2672,270,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1857,188,0 1|1:3,79:82:99:.:.:2223,165,0 1|1:2,189:191:99:.:.:5619,533,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2383,245,0 1|1:0,6:6:18:.:.:181,18,0 0|1:48,106:154:99:.:.:2676,0,881 1|1:0,122:122:99:.:.:3696,366,0 1|1:1,140:141:99:.:.:4040,394,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2101,215,0 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800 0|1:22,89:111:99:.:.:2301,0,302 1|1:0,181:181:99:.:.:5450,543,0 1|0:11,41:52:99:.:.:1081,0,157 1|1:0,25:25:75:.:.:783,75,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2575,255,0 1|1:8,291:299:99:.:.:8379,673,0 0|1:86,31:117:99:.:.:575,0,1955 1|1:1,183:184:99:.:.:5510,525,0 1|1:0,26:26:78:.:.:750,78,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1085 1|1:0,154:154:99:.:.:4595,462,0 1|0:46,51:97:99:.:.:1229,0,994 1|1:0,68:68:99:.:.:1988,203,0 1|1:2,100:102:99:.:.:2900,248,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2944,290,0 1|1:2,17:19:1:.:.:470,1,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2285,228,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1386,143,0 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,30:30:89:.:.:830,89,0 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,138:139:99:.:.:4807,386,0 1|1:0,213:213:99:.:.:7419,640,0 1|1:0,254:254:99:.:.:8999,763,0 1|1:0,257:257:99:.:.:9082,773,0 1|1:0,203:203:99:.:.:7106,609,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7702,673,0 1|1:0,158:158:99:.:.:5472,475,0 1|1:2,250:252:99:.:.:8657,687,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7705,661,0 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,34:34:99:.:.:1212,102,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7545,653,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5789,499,0 1|1:0,209:209:99:.:.:7237,628,0 1|1:0,265:265:99:.:.:9201,796,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8820,752,0 1|1:0,268:268:99:.:.:9087,805,0 1|1:1,211:212:99:.:.:7448,606,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6802,592,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7749,675,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4788,409,0 0|1:165,25:190:99:.:.:283,0,4942 1|1:0,271:271:99:.:.:9321,814,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7669,659,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3940,337,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4642,408,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6939,607,0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1413 1|1:0,113:113:99:.:.:3960,339,0 1|1:0,184:184:99:.:.:6434,553,0 1|1:0,157:157:99:.:.:5454,472,0 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,257:257:99:.:.:8865,773,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3832,337,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8162,703,0 1|1:0,233:233:99:.:.:7993,700,0 1|1:1,217:218:99:.:.:7460,624,0 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,724:724:99:.:.:25176,2176,0 1|1:0,701:701:99:.:.:24117,2107,0 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,23:23:69:.:.:794,69,0 1|1:2,80:82:99:.:.:2336,177,0 1|1:8,102:110:62:.:.:3146,62,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5949,529,0 1|1:0,231:231:99:.:.:7875,695,0 1|1:0,370:373:99:.:.:12236,1104,0 1|1:0,157:157:99:.:.:5228,472,0 1|1:2,269:271:99:.:.:8744,748,0 1|1:0,265:265:99:.:.:8890,796,0 1|1:1,395:401:99:.:.:13199,1186,0 1|0:134,140:274:99:.:.:3907,0,3459 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,137:137:99:.:.:4500,412,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2689,247,0 1|1:0,370:374:99:.:.:12276,1108,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2363,211,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8432,752,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6992,633,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6285,563,0 1|1:2,214:216:99:.:.:7167,599,0 1|1:11,217:228:99:.:.:6929,318,0 1|1:1,233:234:99:.:.:7685,675,0 1|1:0,238:238:99:.:.:8102,715,0 1|1:22,242:264:65:.:.:7228,65,0 1|1:0,242:242:99:.:.:8139,727,0 1|1:1,285:286:99:.:.:9007,816,0 1|1:1,108:109:99:.:.:3627,294,0 1|0:152,145:299:99:.:.:3481,0,3045 1|1:0,56:56:99:.:.:1878,168,0 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|0:180,94:274:99:.:.:2304,0,5161 1|1:0,236:236:99:.:.:7983,709,0 1|1:0,285:285:99:.:.:9305,856,0 1|1:0,266:266:99:.:.:8995,799,0 1|1:3,268:271:99:.:.:8804,710,0 1|1:0,248:248:99:.:.:8259,744,0 1|1:4,138:142:99:.:.:3992,312,0 1|1:0,206:206:99:.:.:7090,618,0 1|1:2,234:236:99:.:.:7733,660,0 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,66:67:99:.:.:1866,172,0 1|1:1,232:233:99:.:.:7576,664,0 1|1:2,88:90:99:.:.:2380,210,0 1|1:10,265:275:99:.:.:8540,497,0 1|1:1,346:347:99:.:.:10542,1004,0 1|0:20,185:205:15:.:.:5688,0,15 1|0:103,168:271:99:.:.:4126,0,1867 0|1:223,23:246:25:.:.:25,0,6282 1|1:0,198:198:99:.:.:5601,582,0 1|1:12,226:238:99:.:.:7192,318,0 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|1:84,35:119:99:.:.:610,0,2013 0|1:108,126:234:99:.:.:3512,0,2851 1|0:104,17:121:99:.:.:188,0,2916 1|1:0,175:175:99:.:.:5930,525,0 1|1:0,38:38:99:1|1:535211_C_T:1105,111,0 1|1:0,261:261:99:.:.:8531,782,0 1|1:0,376:376:99:.:.:12010,1115,0 1|1:1,251:252:99:.:.:8341,721,0 0|1:212,30:242:99:.:.:268,0,6054 1|1:13,306:319:99:.:.:8654,575,0 1|1:2,99:101:99:.:.:3270,236,0 1|1:0,257:257:99:.:.:8632,772,0 1|1:0,190:190:99:.:.:6369,570,0 1|1:1,316:319:99:.:.:10404,914,0 1|1:0,178:178:99:.:.:6141,535,0 1|1:2,349:351:99:.:.:11184,1016,0 1|1:0,675:675:99:.:.:22583,2027,0 1|1:1,570:571:99:.:.:19352,1705,0 1|1:1,101:102:99:.:.:3439,272,0 1|1:0,421:421:99:.:.:13922,1264,0 1|1:1,249:253:99:.:.:7612,701,0 1|1:2,264:266:99:.:.:8777,730,0 1|1:1,379:380:99:.:.:12457,1121,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2409,227,0 0|1:66,74:140:99:.:.:2092,0,1774 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:.:.:6427,562,0 1|1:0,206:206:99:.:.:7067,620,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4497,391,0 1|0:50,136:186:99:.:.:3924,0,1041 1|1:0,222:222:99:.:.:7534,667,0 1|1:0,210:210:99:.:.:7175,631,0 1|1:0,227:227:99:.:.:7629,682,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2693,234,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1686,150,0 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:.:.:6291,562,0 1|1:0,147:147:99:.:.:5044,442,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8052,721,0 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,271:271:99:.:.:9231,814,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2632,235,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4394,384,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2523,220,0 0|1:49,10:59:99:.:.:163,0,1394 1|1:0,21:21:63:.:.:736,63,0 1|1:0,281:281:99:.:.:9644,845,0 1|0:119,196:315:99:.:.:5706,0,2826 1|0:54,258:312:99:.:.:7848,0,825 1|1:0,35:35:99:.:.:1199,105,0 1|1:0,230:230:99:.:.:7828,692,0 0|1:37,219:256:99:.:.:6639,0,446 1|1:0,158:158:99:.:.:5274,475,0 1|0:151,77:228:99:.:.:1958,0,4274 0|1:36,176:212:99:.:.:5366,0,586 1|1:0,192:192:99:1|1:535211_C_T:8286,581,0 1|1:0,204:204:99:1|1:535211_C_T:8946,623,0 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,553:553:99:.:.:22141,1688,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2351,210,0 1|1:0,297:297:99:.:.:9981,891,0 1|1:0,663:663:99:1|1:535211_C_T:29272,2046,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5941,511,0 1|1:0,279:279:99:1|1:535211_C_T:12219,849,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1633,147,0 1|1:0,22:22:66:.:.:733,66,0 1|1:11,345:356:99:.:.:11503,722,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4651,409,0 Pf3D7_01_v3 535584 . G A 1.84769e+06 PASS FS=0.595;MQ=61.16;QD=24.93;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V2646I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gtt/Att;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.785;VQSLOD=6.82;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.23;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.4082;FractionInformativeReads=0.997;GC=9.52;GQ_MEAN=164.58;GQ_STDDEV=205.32;HRun=0;InbreedingCoeff=0.2308;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.256;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=13726154;AF=0.085;AS_InbreedingCoeff=0.8491;MLEAC=444;MLEAF=0.084;AN=858;AC=87 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1746:. 1|1:1,91:92:99:.:.:2925,266,0:. 0|1:56,29:85:99:0|1:535584_G_A:686,0,1817:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1392:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:49,3:52:58:0|1:535584_G_A:0,58,1914:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1425:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1390:. 0|0:35,0:35:80:.:.:0,80,1011:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1307:. 1|1:1,29:30:60:.:.:902,60,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1314:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1690:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1286:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,187:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1545:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:24,92:116:99:.:.:2510,0,308:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,112,1702:. 1|0:139,15:154:12:.:.:12,0,4797:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1642:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,59:97:99:.:.:1520,0,781:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,9:74:62:.:.:62,0,1544:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,67:69:99:.:.:1966,123,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1544:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1229:. 1|0:77,11:88:78:0|1:535584_G_A:78,0,2347:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1548:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1236:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2168,210,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1790:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1592:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1901,183,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1549:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:92,15:107:99:0|1:535584_G_A:136,0,3012:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,94:178:99:0|1:535584_G_A:2395,0,1981:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,169:205:99:0|1:535584_G_A:4528,0,737:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,24:132:99:.:.:343,0,2703:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,16:170:10:.:.:0,10,3741:. 1|1:1,211:212:99:.:.:6478,626,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,234:236:99:.:.:7165,652,0:. 0|1:73,60:133:99:.:.:1458,0,1849:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4184,412,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,49:145:99:.:.:1078,0,3403:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:149,36:185:99:0|1:535584_G_A:531,0,5216:. 0|1:24,215:239:99:.:.:5900,0,317:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,100:164:99:0|1:535584_G_A:2575,0,1976:. 1|0:79,125:204:99:0|1:535584_G_A:3142,0,2560:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:.:.:6412,625,0:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3565,351,0:. 0|1:168,26:194:99:.:.:207,0,6676:. 0|1:172,34:206:99:.:.:454,0,6425:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3415,334,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,35:103:99:.:.:782,0,2414:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,32:179:99:0|1:535584_G_A:461,0,5669:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:74,53:127:99:0|1:535584_G_A:1279,0,2817:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,139:143:99:.:.:4262,319,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,9:123:88:.:.:0,88,2852:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,2:58:99:.:.:0,111,1436:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,22:75:99:0|1:535584_G_A:473,0,1564:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,6:87:76:0|1:535584_G_A:0,76,3302:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,37:67:99:0|1:535584_G_A:961,0,911:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1121:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1400:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,6:77:46:0|1:535584_G_A:0,46,2204:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1483:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,29:134:99:.:.:437,0,2938:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:.:.:3998,394,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1215:. 1|0:92,12:104:60:.:.:60,0,3590:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,208:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,62:145:99:0|1:535584_G_A:1434,0,3213:. 0|1:29,70:99:99:.:.:1890,0,504:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,30:31:39:1|1:535584_G_A:1269,39,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1161:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,50:97:99:0|1:535584_G_A:1296,0,1553:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1704:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,3:22:30:.:.:30,0,452:. 0|1:33,35:68:99:.:.:905,0,1184:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,550:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:3187,268,0:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,208:209:99:1|1:535584_G_A:9136,608,0:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:673,0:673:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:745,0:745:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:562,0:562:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,185:186:99:.:.:6436,525,0:. 1|1:0,246:246:99:.:.:8647,740,0:. 0|0:502,0:502:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:527,0:527:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:420,0:420:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:406,0:406:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1538:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:244,26:270:99:.:.:102,0,7364:. 1|1:2,310:314:99:.:.:10278,884,0:. 0|1:108,62:170:99:.:.:1694,0,3033:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:304,0:304:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:222,26:248:99:.:.:192,0,6806:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,32:150:99:.:.:600,0,3326:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:92,22:114:99:.:.:375,0,2793:. 0|1:71,99:170:99:0|1:535584_G_A:2915,0,1982:. 1|0:6,21:27:99:0|1:535584_G_A:664,0,123:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,313:323:99:.:.:10412,553,0:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,209:219:99:.:.:6930,335,0:. 1|0:47,387:436:99:.:.:12312,0,114:. 0|1:93,26:119:99:0|1:535584_G_A:521,0,3471:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:527,0:527:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:494,0:494:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:364,0:364:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:396,0:396:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,44:110:99:.:.:1209,0,2592:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,100:144:99:0|1:535584_G_A:3126,0,1431:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1324:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:.:.:7433,635,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2250,192,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:517,0:517:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:605,0:605:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 535598 . T G 1.46791e+07 PASS FS=0;MQ=60.11;QD=28.76;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N2650K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaG;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.673;VQSLOD=9.62;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.975;GC=4.76;GQ_MEAN=245.79;GQ_STDDEV=175.8;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7002;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.525;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14696574;AF=0.562;AS_InbreedingCoeff=0.5952;MLEAC=2966;MLEAF=0.565;AN=858;AC=467 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|0:32,30:62:99:.:.:713,0,848 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|0:42,34:76:99:1|0:535584_G_A:747,0,1414 1|1:0,56:56:99:.:.:1592,167,0 0|1:13,79:92:99:.:.:1978,0,126 1|1:1,45:46:99:.:.:1311,104,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,97:97:99:.:.:2858,291,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 1|0:18,71:89:99:.:.:1827,0,324 0|1:4,46:50:9:1|0:535584_G_A:1167,0,9 1|1:1,75:76:99:.:.:2166,217,0 0|0:70,0:70:21:.:.:0,21,1893 1|1:0,39:39:99:.:.:1153,117,0 0|1:28,11:39:99:.:.:219,0,785 1|1:0,28:28:84:.:.:830,84,0 1|1:0,8:8:24:.:.:234,24,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1210,123,0 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,824 1|1:0,47:47:99:.:.:1328,140,0 0|1:73,13:86:99:.:.:122,0,2031 0|0:68,0:68:99:.:.:0,119,1800 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,73:73:99:.:.:1975,217,0 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1286 0|1:78,28:106:99:.:.:440,0,2020 1|1:0,20:20:60:.:.:577,60,0 1|1:0,6:6:18:.:.:175,18,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800 1|1:0,57:57:99:.:.:1584,170,0 0|0:106,0:106:99:.:.:0,112,1800 0|0:105,0:105:99:.:.:0,117,1800 1|1:2,64:66:99:.:.:1761,132,0 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,61:61:99:.:.:1737,183,0 0|1:47,107:154:99:.:.:2597,0,1170 0|0:71,0:71:99:.:.:0,106,1800 1|1:1,54:55:99:.:.:1379,152,0 0|1:24,52:76:99:.:.:1224,0,489 1|1:0,79:79:99:.:.:2147,235,0 1|1:5,119:124:99:.:.:3256,216,0 1|0:40,91:131:99:.:.:2189,0,837 1|1:0,79:79:99:.:.:2292,237,0 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1800 1|0:21,70:91:99:.:.:1651,0,359 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350 1|0:99,21:120:99:.:.:237,0,2674 1|0:33,38:71:99:.:.:954,0,717 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|0:13,15:28:99:.:.:352,0,311 1|1:3,112:115:99:.:.:3087,222,0 1|0:96,166:262:99:.:.:3915,0,2138 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,79:79:99:.:.:2241,236,0 1|0:66,24:90:99:.:.:421,0,1799 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:76:.:.:0,76,2093 0|1:21,58:79:99:.:.:1390,0,388 1|1:1,126:127:99:.:.:3548,349,0 0|1:33,64:97:99:.:.:1522,0,706 1|1:0,151:151:99:.:.:4266,454,0 1|1:0,363:363:99:.:.:10372,1090,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,109,1229 0|1:64,28:92:99:1|0:535584_G_A:520,0,1749 1|1:0,143:143:99:.:.:4014,429,0 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,49:49:99:.:.:1318,146,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2125,224,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1374,150,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1400,147,0 1|1:0,138:138:99:.:.:3914,413,0 1|0:74,35:109:99:.:.:663,0,2005 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 0|1:57,123:180:99:.:.:2809,0,1214 1|0:21,98:119:99:.:.:2470,0,319 1|1:0,61:61:99:.:.:1597,182,0 1|0:37,28:65:99:.:.:603,0,972 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1592 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,57:57:99:.:.:1653,171,0 1|0:47,85:132:99:.:.:1997,0,1067 1|1:3,75:78:99:.:.:2016,202,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|0:36,95:131:99:.:.:2225,0,670 1|1:0,76:76:99:.:.:2195,227,0 1|1:12,147:159:99:.:.:3673,139,0 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,105:112:99:.:.:2751,115,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,85:85:99:.:.:2398,254,0 1|0:49,56:105:99:1|0:535584_G_A:1246,0,1362 1|1:4,49:53:89:.:.:1303,89,0 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,165:173:99:1|1:535584_G_A:5813,270,0 1|1:7,236:243:99:.:.:6448,531,0 1|0:158,25:183:99:1|0:535584_G_A:122,0,6467 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,104:104:99:.:.:2893,311,0 0|0:123,10:133:99:.:.:0,128,3801 0|1:65,80:145:99:.:.:1736,0,1565 1|1:6,197:203:99:.:.:5486,426,0 1|1:1,148:149:99:.:.:4107,415,0 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800 0|1:18,166:184:11:.:.:4054,0,11 1|1:0,178:178:99:.:.:4892,532,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,111,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|1:73,111:184:99:.:.:2550,0,1716 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,227:228:99:.:.:6168,671,0 0|1:72,127:199:99:.:.:2944,0,1647 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 1|0:116,16:132:24:.:.:24,0,3953 1|0:89,133:222:99:.:.:3066,0,2072 0|0:121,0:121:32:.:.:0,32,3090 1|1:10,195:205:99:.:.:5162,289,0 0|1:40,137:177:99:.:.:3273,0,740 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,195:196:99:.:.:5365,554,0 1|1:0,205:205:99:.:.:5593,614,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|1:17,224:241:99:.:.:5792,224,0 1|0:102,83:185:99:.:.:1735,0,2459 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 0|1:67,75:142:99:.:.:1622,0,2241 0|1:20,124:144:99:.:.:2971,0,202 1|1:0,85:85:99:.:.:2294,254,0 0|1:62,107:169:99:1|0:535584_G_A:2486,0,1837 0|0:202,22:224:80:.:.:0,80,8260 1|1:5,140:145:99:.:.:3630,275,0 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800 1|0:110,46:156:99:.:.:852,0,2915 1|0:106,48:154:99:1|0:535584_G_A:828,0,4023 0|1:124,65:189:99:1|0:535584_G_A:1138,0,4775 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,160:160:99:.:.:4351,480,0 1|1:1,219:220:99:.:.:5917,648,0 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 1|0:33,165:198:99:.:.:4145,0,787 1|0:58,149:207:99:.:.:3516,0,1626 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,148:148:99:.:.:4104,443,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2645,282,0 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800 1|0:32,44:76:99:.:.:1006,0,773 1|1:0,139:139:99:.:.:3892,417,0 1|1:0,175:175:99:.:.:4887,525,0 1|0:37,43:80:99:.:.:959,0,872 1|1:2,214:216:99:.:.:5803,587,0 1|1:0,140:140:99:.:.:3907,420,0 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 1|0:73,53:126:99:.:.:1078,0,1898 1|0:40,54:94:99:.:.:1213,0,1361 1|1:14,191:205:99:.:.:5037,185,0 1|0:38,142:180:99:1|0:535584_G_A:3465,0,1024 1|0:70,120:190:99:.:.:2729,0,1568 1|1:0,185:185:99:.:.:5147,554,0 1|1:0,7:7:21:.:.:203,21,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2368,252,0 1|1:0,168:168:99:.:.:4767,503,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800 1|1:0,85:85:99:.:.:2435,255,0 1|0:22,59:81:99:.:.:1370,0,461 0|1:52,74:126:99:1|0:535584_G_A:1683,0,1881 1|0:48,99:147:99:.:.:2340,0,1059 1|1:0,96:96:99:.:.:2703,288,0 1|0:55,72:127:99:.:.:1666,0,1299 1|1:0,125:125:99:.:.:3544,375,0 1|1:2,114:116:99:.:.:3121,282,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2169,228,0 0|1:28,75:103:99:.:.:1835,0,575 1|0:18,112:130:99:.:.:2796,0,142 1|0:26,139:165:99:.:.:3425,0,300 0|1:88,23:111:99:.:.:323,0,2366 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800 1|0:48,91:139:99:.:.:2168,0,1119 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,160:160:99:.:.:4471,480,0 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,119:119:99:.:.:3397,357,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,94:94:99:.:.:2608,282,0 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800 0|1:31,73:104:99:.:.:1657,0,616 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|0:54,67:121:99:.:.:1500,0,1292 1|1:0,95:95:99:.:.:2651,285,0 1|0:8,52:60:76:.:.:1221,0,76 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 0|1:51,22:73:99:1|0:535584_G_A:415,0,1601 1|0:46,75:121:99:.:.:1656,0,1045 0|1:37,49:86:99:.:.:1088,0,870 1|1:1,146:147:99:1|1:535598_T_G:4280,408,0 1|1:4,82:86:78:1|1:535584_G_A:2096,78,0 1|1:0,203:203:99:.:.:5833,609,0 1|1:0,169:169:99:.:.:4691,506,0 1|1:0,102:102:99:.:.:2802,306,0 0|1:38,20:58:99:1|0:535584_G_A:374,0,1455 1|0:37,148:185:99:.:.:3375,0,581 1|1:1,103:104:99:.:.:2827,302,0 1|0:35,33:68:99:.:.:711,0,911 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1121 1|1:5,65:70:50:.:.:1598,50,0 1|1:6,130:136:99:.:.:3449,217,0 1|0:54,18:72:99:.:.:262,0,1416 1|1:0,84:84:99:.:.:2320,252,0 0|1:41,34:75:99:1|0:535584_G_A:702,0,1113 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1483 1|1:0,81:81:99:.:.:2207,242,0 0|1:94,31:125:99:.:.:460,0,2849 1|1:0,189:189:99:.:.:5316,566,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,121:121:99:.:.:3411,362,0 1|1:0,65:65:99:.:.:1756,194,0 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,61:61:99:.:.:1721,183,0 0|1:14,91:105:99:.:.:2237,0,278 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:.:.:2093,231,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800 0|1:107,77:184:99:.:.:1644,0,2742 0|0:83,0:83:99:.:.:0,117,1800 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,162 1|0:90,84:174:99:.:.:1830,0,2200 0|1:69,59:128:99:.:.:1269,0,1795 1|0:62,89:151:99:1|0:535584_G_A:2062,0,2175 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800 0|1:14,102:116:78:.:.:2521,0,78 1|1:0,214:214:99:.:.:6027,641,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1560,165,0 1|1:0,29:29:87:.:.:843,87,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2212,237,0 1|1:21,278:299:99:.:.:7230,240,0 1|0:43,49:92:99:.:.:1086,0,968 1|1:12,203:215:99:.:.:5190,138,0 1|1:1,28:29:30:1|1:535584_G_A:1182,30,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1161 1|1:12,131:143:59:.:.:3208,59,0 0|1:65,34:99:99:1|0:535584_G_A:676,0,2324 1|1:0,66:66:99:.:.:1873,198,0 1|1:1,111:112:99:.:.:3153,305,0 1|1:1,117:118:99:.:.:3283,321,0 1|1:0,18:18:54:.:.:485,54,0 1|0:37,35:72:99:.:.:734,0,1393 1|1:0,44:44:99:.:.:1221,132,0 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,603 1|1:0,179:179:99:.:.:6140,538,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,210:210:99:.:.:7331,632,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7637,655,0 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,217:217:99:.:.:7566,652,0 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080 1|1:1,192:193:99:.:.:6633,546,0 1|1:0,211:211:99:.:.:7316,634,0 1|1:0,238:238:99:.:.:8287,715,0 1|1:0,198:198:99:1|1:535584_G_A:8825,584,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7865,680,0 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,182:182:99:.:.:6252,547,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,250:250:99:.:.:8714,752,0 1|1:0,123:123:99:.:.:4285,370,0 0|1:149,67:216:99:.:.:1684,0,4698 1|1:0,285:285:99:.:.:9850,857,0 1|0:110,73:183:99:.:.:1956,0,3400 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,116,1800 1|1:0,220:220:99:.:.:7553,661,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1121,96,0 1|0:40,50:90:99:.:.:1509,0,1197 1|1:1,181:182:99:.:.:6245,511,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,207:207:99:.:.:7257,622,0 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,108:108:99:.:.:3763,324,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7776,667,0 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,218:218:99:.:.:7492,655,0 1|1:0,690:690:99:.:.:23886,2074,0 1|1:1,799:800:99:.:.:27587,2396,0 0|0:562,0:562:99:.:.:0,120,1800 0|0:87,0:87:56:.:.:0,56,2711 1|1:0,30:30:90:.:.:1039,90,0 1|1:3,114:117:99:.:.:3489,246,0 1|1:1,113:114:99:.:.:3729,307,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,539:540:99:.:.:17261,1590,0 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,552:552:99:.:.:17637,1649,0 1|0:162,140:302:99:.:.:3873,0,4718 0|0:446,0:446:99:.:.:0,120,1800 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,78:78:99:.:.:2543,234,0 0|0:420,0:420:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,93:93:99:.:.:3092,280,0 1|1:2,258:260:99:.:.:8528,706,0 1|0:193,30:223:99:.:.:331,0,5847 1|1:0,204:204:99:.:.:6839,613,0 1|1:1,293:294:99:.:.:9912,847,0 1|1:9,219:228:99:.:.:7183,393,0 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,250:250:99:.:.:8386,750,0 1|1:3,247:250:99:.:.:8155,648,0 1|1:1,211:212:99:.:.:7075,600,0 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,135:135:99:.:.:4597,406,0 1|1:0,440:440:99:.:.:13800,1310,0 0|1:38,20:58:99:.:.:488,0,1133 1|1:22,265:287:99:.:.:8213,129,0 0|1:106,191:297:99:.:.:5492,0,2847 1|1:0,269:269:99:.:.:8882,808,0 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,278:278:99:.:.:9363,835,0 1|1:1,281:282:99:.:.:9392,810,0 0|1:75,164:239:99:.:.:4818,0,1962 0|1:112,30:142:99:.:.:523,0,3279 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,95:99:99:.:.:2881,160,0 0|1:209,42:251:99:.:.:712,0,6704 0|0:78,0:78:83:.:.:0,83,2385 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,298:298:99:.:.:9323,889,0 0|1:216,27:243:99:.:.:187,0,6963 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800 0|0:159,0:159:99:.:.:0,102,1800 1|0:122,107:229:99:.:.:2808,0,3520 1|1:4,105:109:99:.:.:3589,183,0 1|0:153,18:171:49:1|0:535584_G_A:49,0,5716 0|0:25,3:28:9:1|0:535584_G_A:0,9,966 0|1:32,222:254:99:.:.:6422,0,307 0|0:320,0:320:99:.:.:0,120,1800 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800 1|0:195,22:217:89:.:.:89,0,6217 1|1:6,429:435:99:.:.:17997,1134,0 1|0:47,71:118:99:1|0:535584_G_A:1985,0,1486 1|0:39,245:284:99:.:.:7286,0,547 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800 1|1:7,503:510:99:.:.:15547,1269,0 0|1:27,181:208:99:.:.:5435,0,309 1|0:208,250:460:99:.:.:6577,0,5858 0|0:527,0:527:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,573:573:99:.:.:19805,1723,0 0|1:56,20:76:99:.:.:483,0,1709 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,398:399:99:.:.:12369,1155,0 0|1:36,222:258:99:.:.:6861,0,416 0|0:396,0:396:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,62:62:99:.:.:2055,186,0 1|0:48,71:119:99:.:.:2038,0,1744 1|1:0,161:161:99:.:.:5266,484,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6537,576,0 0|1:91,41:132:99:1|0:535584_G_A:1005,0,3665 1|1:0,160:160:99:.:.:5468,480,0 1|1:0,200:200:99:.:.:6454,601,0 1|1:0,206:206:99:.:.:7035,620,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7391,647,0 1|1:0,228:228:99:.:.:7805,685,0 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530 1|1:0,57:57:99:.:.:1934,171,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5774,502,0 1|1:0,177:177:99:.:.:6087,532,0 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,130:130:99:.:.:4420,391,0 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,71:71:99:.:.:2423,214,0 1|1:0,97:97:99:.:.:3260,292,0 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360 1|1:0,267:267:99:.:.:8896,802,0 1|1:0,266:266:99:.:.:8943,799,0 1|1:0,294:294:99:.:.:9924,884,0 1|1:0,25:25:75:.:.:814,75,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8352,734,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8345,743,0 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,188:188:99:.:.:6380,565,0 1|1:0,230:230:99:.:.:7760,691,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6570,578,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7629,670,0 1|1:0,232:232:99:.:.:7755,698,0 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,558:558:99:.:.:19117,1678,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,619:619:99:.:.:20799,1861,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5926,529,0 1|1:0,253:253:99:.:.:8732,761,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1094,93,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1050,96,0 1|1:0,351:351:99:.:.:11994,1055,0 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800 Pf3D7_01_v3 535646 . G T 763941 PASS FS=1.227;MQ=59.98;QD=22.95;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K2666N;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaG/aaT;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.797;VQSLOD=3.69;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0;ExcessHet=1.2647;FractionInformativeReads=0.996;GC=23.81;GQ_MEAN=120.25;GQ_STDDEV=104.02;HRun=0;InbreedingCoeff=0.156;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.55;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13972350;AF=0.03;AS_InbreedingCoeff=0.3508;MLEAC=158;MLEAF=0.03;AN=858;AC=47 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ:PGT:PID 0|0:57,0:57:99:0,102,1800:.:.:. 1|1:1,86:87:99:2736,237,0:.:.:. 0|0:96,0:96:65:0,65,2303:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1492:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1227:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,101,1779:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:.:.:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:.:.:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:.:.:. 1|1:0,27:27:81:867,81,0:.:.:. 0|0:36,0:36:84:0,84,1260:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,119,1800:.:.:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1127:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:25,0:25:50:0,50,664:.:.:. 0|0:7,0:7:21:0,21,202:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,107,1800:.:.:. 1|1:0,70:70:99:2217,210,0:.:.:. 0|0:106,0:106:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:105,0:105:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,119,1763:.:.:. 0|0:284,0:284:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1368:.:.:. 1|0:49,107:156:99:2824,0,929:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:.:.:. 0|1:51,12:63:99:176,0,1548:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:32,0:32:87:0,87,1305:.:.:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:228,0:228:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,119,1800:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,109,1800:.:.:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:365,0:365:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,109,1229:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,103,1304:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:124,0:124:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,105,1800:.:.:. 1|1:0,61:61:99:1892,183,0:.:.:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1490:.:.:. 0|1:25,37:62:99:923,0,550:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,114,1592:.:.:. 1|1:0,52:52:99:1635,156,0:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,114,1731:.:.:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:.:.:. 0|1:92,38:130:99:735,0,2161:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,107,1708:.:.:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:145,0:145:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:132,0:132:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:232,0:232:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:.:.:. 0|1:130,23:153:99:205,0,3099:.:.:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:159,0:159:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:0,207:207:99:6525,622,0:.:.:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:.:.:. 0|1:73,56:129:99:1333,0,1621:.:.:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:189,0:189:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:0,131:131:99:3903,392,0:.:.:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:164,0:164:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:.:.:. 1|0:91,56:147:99:1286,0,2070:.:.:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:.:.:. 0|1:23,183:206:20:5001,0,20:.:.:. 0|0:141,0:141:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:0,199:199:99:6002,598,0:.:.:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:1,131:132:99:3912,369,0:.:.:. 0|1:185,30:215:99:285,0,4531:.:.:. 0|1:178,37:215:99:470,0,4267:.:.:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:205,0:205:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:122,0:122:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:167,0:167:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:217,0:217:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:0,88:88:99:2733,265,0:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,101,1800:.:.:. 0|1:53,41:94:99:983,0,1191:.:.:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:173,0:173:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:6,0:6:18:0,18,166:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:168,0:168:99:0,104,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:115,0:115:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,113,1800:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:127,0:127:99:0,110,1800:.:.:. 1|1:10,122:132:99:3499,134,0:.:.:. 0|0:136,0:136:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:99,0:99:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:194,0:194:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:154,0:154:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1121:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,109,1419:.:.:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,114,1341:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1483:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,112,1800:.:.:. 1|0:93,27:120:99:468,0,2140:.:.:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1532:.:.:. 1|1:0,142:142:99:4367,427,0:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 1|0:105,12:117:34:34,0,2605:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:178,0:178:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:8,0:8:0:0,0,107:.:.:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:76,0:76:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:296,0:296:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1161:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:99,0:99:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:106,0:106:99:0,99,1800:.:.:. 0|0:20,0:20:60:0,60,582:.:.:. 0|1:33,34:67:99:873,0,740:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1294:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:29,0:29:2:0,2,659:.:.:. 0|0:170,0:170:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:197,0:197:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:180,0:180:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:29,0:29:84:0,84,997:.:.:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:200,0:200:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:228,0:228:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:0,198:198:99:7134,595,0:.:.:. 0|0:216,0:216:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:172,0:172:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:276,0:276:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:177,0:177:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1390:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:183,0:183:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:205,0:205:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:181,0:181:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:188,0:188:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:193,0:193:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:662,0:662:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:684,0:684:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:562,0:562:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:512,0:512:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:226,0:226:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:225,0:225:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:580,0:580:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:548,0:548:0:0,0,12394:.:.:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:420,0:420:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:256,0:256:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:222,0:222:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:192,0:192:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:251,0:251:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:212,0:212:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:347,0:347:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:430,0:430:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1454:.:.:. 0|0:276,0:276:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:279,0:279:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:244,0:244:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:255,0:255:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:259,0:259:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:223,0:223:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:162,0:162:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:221,0:221:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:97,0:97:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:247,0:247:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:240,0:240:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:428,0:428:0:0,0,10489:.:.:. 0|0:162,0:162:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:374,0:374:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:277,0:277:99:0,120,1800:.:.:. 1|0:219,28:247:99:167,0,6478:.:.:. 0|0:198,0:198:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:159,0:159:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:237,0:237:99:0,120,1800:.:.:. 1|0:91,23:114:99:439,0,2639:.:.:. 0|0:161,0:161:99:0,120,1800:.:.:. 1|0:10,21:31:99:623,0,200:.:.:. 0|0:257,0:257:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:370,0:370:0:0,0,9099:.:.:. 0|0:236,0:236:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:218,0:218:57:0,57,6066:.:.:. 1|0:44,364:408:5:11080,0,5:.:.:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:278,0:278:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:171,0:171:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:539,0:539:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:484,0:484:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:527,0:527:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:451,0:451:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:319,0:319:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:9,375:384:99:12250,1003,0:.:.:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:396,0:396:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:.:.:. 0|1:77,40:117:99:987,0,2221:.:.:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:185,0:185:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:215,0:215:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:182,0:182:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:230,0:230:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:206,0:206:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:18,0:18:54:0,54,628:.:.:. 0|0:262,0:262:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:264,0:264:99:0,108,1800:.:.:. 0|0:293,0:293:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:27,0:27:81:0,81,932:.:.:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:218,0:218:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:191,0:191:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:195,0:195:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:185,0:185:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:219,0:219:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:526,0:526:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:270,0:270:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:628,0:628:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:243,0:243:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1265:.:.:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:.:.:. 0|0:329,0:329:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:.:.:. Pf3D7_01_v3 535884 . T C 1.3185e+07 PASS FS=0;MQ=59.86;QD=27.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F2746L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ttt/Ctt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.676;VQSLOD=9.36;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.986;GC=19.05;GQ_MEAN=268.86;GQ_STDDEV=205.02;HRun=0;InbreedingCoeff=0.692;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.283;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14652213;AF=0.547;AS_InbreedingCoeff=0.3281;MLEAC=2882;MLEAF=0.55;AN=858;AC=476 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:33,22:55:99:.:.:470,0,882:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2745,295,0:. 1|1:3,83:86:99:.:.:2285,160,0:. 1|0:70,32:102:99:.:.:583,0,1923:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,44:51:82:.:.:1127,0,82:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1152,122,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2751,296,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2159,227,0:. 1|0:28,53:81:99:.:.:1278,0,645:. 1|0:10,48:58:99:.:.:1249,0,148:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,119,1408:. 0|1:10,20:30:99:.:.:468,0,238:. 0|1:27,7:34:99:.:.:104,0,777:. 1|1:0,24:24:72:.:.:717,72,0:. 1|1:0,14:14:42:.:.:424,42,0:. 1|1:0,29:29:87:.:.:829,87,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1128,120,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:931,104,0:. 0|1:64,15:79:99:.:.:187,0,1769:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2665,290,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1769:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1182:. 0|1:39,90:129:99:.:.:1910,0,772:. 1|1:0,14:14:42:.:.:399,42,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:300,33,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1883,213,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2064,229,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,98:123:99:.:.:2283,0,421:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1659,181,0:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1716,192,0:. 0|1:34,114:148:99:.:.:2825,0,580:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,38:51:99:.:.:1512,0,219:. 0|1:22,45:67:99:.:.:1005,0,454:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1467:. 1|1:5,108:113:99:.:.:2827,188,0:. 1|0:110,41:151:99:.:.:654,0,2908:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,241:242:99:.:.:6392,712,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3033,342,0:. 1|0:36,34:70:99:.:.:677,0,908:. 1|1:0,37:37:99:.:.:998,110,0:. 1|0:17,101:118:99:.:.:2389,0,153:. 1|0:28,29:57:99:.:.:613,0,656:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3733,401,0:. 0|1:11,29:40:99:.:.:679,0,215:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2830,310,0:. 0|1:94,137:231:99:.:.:2935,0,2244:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3377,367,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1956,214,0:. 0|1:10,61:71:99:.:.:1474,0,103:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4480,494,0:. 0|1:12,103:115:28:.:.:2332,0,28:. 1|1:0,145:145:99:.:.:3833,431,0:. 1|1:2,355:357:99:.:.:9598,1029,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1269,146,0:. 1|0:24,82:106:99:.:.:1889,0,415:. 1|1:0,149:149:99:.:.:3933,444,0:. 0|1:76,26:102:99:.:.:394,0,2063:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1036:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1755,185,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:890,104,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1418,160,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3241,364,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,152:196:99:.:.:3405,0,749:. 1|0:64,20:84:99:.:.:325,0,1689:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1269,132,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1908,214,0:. 0|1:36,18:54:99:.:.:312,0,941:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1634,184,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1514:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1691:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4272,486,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,11:75:65:.:.:65,0,1774:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:.:.:4539,495,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,119:130:71:.:.:2882,71,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,77:89:88:.:.:1851,0,88:. 0|1:53,47:100:99:.:.:973,0,1313:. 0|1:29,35:64:99:.:.:712,0,673:. 1|1:12,144:156:89:.:.:3435,89,0:. 0|1:145,31:176:99:.:.:312,0,3909:. 1|1:14,137:151:25:.:.:3148,25,0:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,187:187:99:.:.:4989,559,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,119,1800:. 1|0:21,121:142:99:.:.:2906,0,212:. 1|0:98,20:118:99:.:.:178,0,2683:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4077,471,0:. 1|1:7,171:178:99:.:.:4321,312,0:. 0|1:28,144:172:99:.:.:3318,0,362:. 1|1:1,150:151:99:.:.:3971,419,0:. 1|1:6,195:201:99:.:.:5006,425,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,41:149:99:.:.:622,0,2803:. 1|1:0,263:263:99:.:.:6912,781,0:. 1|1:1,155:156:99:.:.:4166,457,0:. 1|1:1,206:207:99:.:.:5493,608,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:5119,565,0:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,105:111:99:.:.:2545,141,0:. 1|0:86,128:214:99:.:.:2681,0,1908:. 1|0:32,107:139:99:.:.:2433,0,552:. 1|1:0,167:167:99:.:.:4478,496,0:. 0|1:134,82:216:99:.:.:1609,0,3447:. 0|0:131,0:131:76:.:.:0,76,3202:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4069,454,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:4721,541,0:. 1|1:0,153:153:99:.:.:4009,456,0:. 0|0:251,0:251:45:.:.:0,45,6242:. 1|0:51,156:207:99:.:.:3339,0,910:. 1|1:0,187:187:99:.:.:4762,555,0:. 0|1:68,70:138:99:.:.:1435,0,1623:. 0|1:82,48:130:99:.:.:886,0,2117:. 1|0:17,60:77:99:.:.:1290,0,284:. 0|1:130,50:180:99:.:.:756,0,3433:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5216,579,0:. 1|0:20,140:160:99:.:.:3062,0,116:. 1|1:0,226:226:99:.:.:5811,672,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,130:184:99:.:.:2978,0,1070:. 1|0:58,144:202:99:.:.:3126,0,1109:. 1|1:0,190:190:99:.:.:4906,566,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:4493,521,0:. 1|1:1,222:223:99:.:.:5881,656,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,89:208:99:.:.:1806,0,2937:. 1|1:0,202:202:99:.:.:5589,605,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,93:100:76:.:.:2242,76,0:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2354,259,0:. 1|1:1,89:90:99:.:.:2341,245,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,67:87:99:.:.:1546,0,371:. 1|1:1,137:138:99:.:.:3700,401,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,202:202:99:.:.:5264,604,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,142:143:99:.:.:3732,394,0:. 1|1:0,144:144:99:.:.:3959,431,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,64:157:99:.:.:1262,0,2379:. 1|0:54,48:102:99:.:.:994,0,1352:. 1|1:0,179:179:99:.:.:4869,533,0:. 1|0:17,148:165:18:.:.:3377,0,18:. 1|0:23,183:206:78:.:.:4224,0,78:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2140,238,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,99:163:99:.:.:2185,0,1530:. 1|0:101,67:168:99:.:.:1286,0,2583:. 1|1:5,98:103:99:.:.:2446,149,0:. 0|1:65,109:174:99:.:.:2435,0,1466:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3297,365,0:. 0|1:28,72:100:99:.:.:1632,0,548:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1596:. 1|1:0,106:106:99:.:.:2844,316,0:. 1|0:92,39:131:99:.:.:636,0,2441:. 1|1:3,168:171:99:.:.:4351,414,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2176,247,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:6208,691,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,146:146:99:.:.:3856,435,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:5743,632,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:26,76:102:99:.:.:1712,0,515:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,46:116:99:.:.:902,0,1837:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2209,245,0:. 1|1:1,89:90:99:.:.:2379,259,0:. 0|1:30,189:219:99:.:.:4302,0,202:. 0|1:71,48:119:99:.:.:837,0,1753:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3241,362,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,46:118:99:.:.:897,0,1771:. 0|1:22,73:95:99:.:.:1646,0,359:. 1|0:57,13:70:99:.:.:133,0,1505:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,107,1703:. 0|1:33,45:78:99:.:.:992,0,763:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,60:96:99:.:.:1289,0,773:. 1|1:11,131:142:99:.:.:3193,99,0:. 1|1:8,89:97:82:.:.:2136,82,0:. 1|1:0,204:204:99:.:.:5558,610,0:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,26:63:99:.:.:528,0,962:. 1|0:142,49:191:99:.:.:661,0,3603:. 1|1:1,103:104:99:.:.:2677,277,0:. 0|1:46,24:70:99:.:.:455,0,1225:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,56:61:31:.:.:1364,31,0:. 0|1:24,99:123:99:.:.:2336,0,391:. 0|1:14,26:40:99:.:.:551,0,307:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,57:61:72:.:.:1332,72,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1772,197,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1823,205,0:. 0|1:91,29:120:99:.:.:389,0,2469:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,74:77:99:.:.:1880,133,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1484:. 1|1:0,187:187:99:.:.:4900,556,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1615:. 1|1:7,102:109:99:.:.:2631,136,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2486,286,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2051,233,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1774,202,0:. 0|1:27,123:150:99:.:.:2853,0,335:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:1,6:7:10:.:.:143,0,10:. 1|0:53,138:191:99:.:.:3127,0,1039:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3468,381,0:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4069,458,0:. 1|0:27,75:102:99:.:.:1767,0,526:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3462,384,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3646,409,0:. 1|1:4,208:212:99:.:.:5465,505,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1530,167,0:. 1|1:0,19:19:57:.:.:510,57,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1935,214,0:. 1|1:3,298:301:99:.:.:8011,804,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3211,366,0:. 1|1:1,195:196:99:.:.:5257,576,0:. 0|1:3,21:24:23:.:.:496,0,23:. 1|1:3,49:52:82:.:.:1201,82,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:66,29:95:99:.:.:488,0,1732:. 1|1:4,45:49:19:.:.:1096,19,0:. 1|0:12,86:98:90:.:.:1977,0,90:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2652,289,0:. 1|1:2,25:27:19:.:.:634,19,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2099,233,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1422,161,0:. 1|1:3,123:126:99:.:.:3278,290,0:. 1|1:1,29:30:59:.:.:762,59,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7709,687,0:. 1|1:2,198:200:99:.:.:6555,578,0:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6195,556,0:. 1|0:92,102:194:99:.:.:2973,0,2741:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,190:191:99:.:.:6331,536,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:5911,527,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6901,606,0:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1021,90,0:. 1|1:0,184:184:99:.:.:6147,552,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5583,507,0:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7354,649,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,205:206:99:.:.:6967,607,0:. 1|1:0,231:231:99:.:.:7619,693,0:. 1|1:1,184:185:99:.:.:6214,518,0:. 1|1:0,152:152:99:.:.:5036,457,0:. 1|1:1,209:210:99:.:.:7027,593,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,148:163:19:.:.:4547,0,19:. 1|1:0,257:257:99:.:.:8445,769,0:. 1|0:129,19:148:99:.:.:188,0,4209:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1473:. 1|0:56,30:86:99:.:.:769,0,1724:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5254,466,0:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4706,415,0:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6871,612,0:. 1|1:0,199:199:99:.:.:6748,598,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3603,315,0:. 1|1:1,203:204:99:.:.:6785,602,0:. 1|1:4,205:209:99:.:.:6791,479,0:. 1|1:0,195:195:99:.:.:6382,584,0:. 0|0:623,0:623:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,746:747:99:.:.:24701,2202,0:. 0|0:553,0:553:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2531,228,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:839,72,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2911,288,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3205,293,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,127:143:99:.:.:3601,0,129:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,250:251:99:.:.:8097,717,0:. 1|1:2,458:460:99:.:.:13684,1298,0:. 1|0:125,145:270:99:.:.:4007,0,3546:. 1|1:2,408:410:99:.:.:12097,1176,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2912,284,0:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,70:75:74:.:.:2091,74,0:. 1|1:2,260:262:99:.:.:8364,739,0:. 1|0:184,28:212:99:.:.:222,0,5613:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6480,604,0:. 1|1:3,261:264:99:.:.:8130,678,0:. 0|1:37,213:250:99:.:.:6187,0,530:. 1|1:1,261:262:99:.:.:8529,775,0:. 1|1:1,230:231:99:.:.:7538,683,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3774,355,0:. 1|0:158,169:327:99:.:.:4020,0,4221:. 0|1:39,15:54:99:.:.:358,0,1181:. 1|1:14,221:235:99:.:.:6750,252,0:. 0|1:81,156:237:99:.:.:4423,0,2120:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,247:248:99:.:.:8076,733,0:. 0|1:188,39:227:99:.:.:604,0,5767:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:451,0:451:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:407,0:407:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,210:216:99:.:.:6011,457,0:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,107:216:99:.:.:2840,0,3100:. 1|0:12,102:114:74:.:.:2976,0,74:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:29:.:.:0,29,1062:. 0|1:43,209:252:99:.:.:5948,0,747:. 0|0:428,0:428:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:19,341:360:99:.:.:9547,455,0:. 1|0:99,17:116:99:.:.:234,0,3146:. 0|0:249,0:249:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,134:150:99:.:.:3982,0,100:. 0|0:487,0:487:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,476:479:99:.:.:15972,1378,0:. 1|1:6,107:113:99:.:.:3350,118,0:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,321:321:99:.:.:9294,948,0:. 0|1:30,188:218:99:.:.:5470,0,386:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2764,258,0:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4512,417,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6317,586,0:. 1|1:1,151:152:99:.:.:4948,445,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,183:183:99:.:.:5715,545,0:. 1|1:0,208:208:99:.:.:6834,623,0:. 1|1:0,213:213:99:.:.:6824,635,0:. 1|1:1,202:203:99:.:.:6385,596,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2334,215,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1481:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,223:225:99:.:.:6967,605,0:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3885,344,0:. 1|1:0,233:233:99:.:.:7335,693,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,260:260:99:.:.:8328,776,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1930,189,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:3735,346,0:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2785,266,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1331:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,281:281:99:.:.:8730,833,0:. 1|0:162,111:273:99:.:.:2673,0,4835:. 1|0:119,154:273:99:.:.:4165,0,3371:. 1|1:0,25:25:74:.:.:793,74,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:6699,633,0:. 0|1:42,211:253:99:.:.:5968,0,694:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,161:191:99:.:.:4636,0,469:. 0|0:239,0:239:35:.:.:0,35,6739:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,205:227:72:.:.:6025,0,72:. 1|1:1,181:182:99:.:.:5816,512,0:. 1|0:309,203:512:99:.:.:5258,0,9358:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2824,207,0:. 1|1:0,288:288:99:.:.:11335,870,0:. 0|0:591,0:591:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,125:176:99:.:.:3436,0,1246:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1648:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:.:.:5275,479,0:. Pf3D7_01_v3 536003 . T C 1.05709e+07 PASS FS=0;MQ=60.01;QD=26.1;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F2785;SNPEFF_CODON_CHANGE=ttT/ttC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.703;VQSLOD=9.37;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=33.33;GQ_MEAN=189.69;GQ_STDDEV=156.95;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7222;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.167;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14675544;AF=0.434;AS_InbreedingCoeff=0.5968;MLEAC=2282;MLEAF=0.435;AN=858;AC=366 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,90:91:99:.:.:2417,239,0:. 0|1:30,43:73:99:.:.:908,0,728:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:32:.:.:0,32,2865:. 0|1:45,8:53:41:.:.:41,0,1286:. 0|0:39,0:39:72:.:.:0,72,1159:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,84:86:99:.:.:2269,192,0:. 1|1:2,44:46:73:.:.:1118,73,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1502:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,869:. 1|0:9,17:26:99:.:.:414,0,214:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1000,105,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:341,33,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1142,122,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,31:31:93:.:.:864,93,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,214:214:99:1|1:536003_T_C:9185,661,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1769:. 1|1:0,37:37:99:.:.:985,111,0:. 1|0:39,56:95:99:.:.:1159,0,839:. 1|1:1,15:16:16:.:.:386,16,0:. 0|0:8,0:8:11:.:.:0,11,189:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1539,173,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1757,199,0:. 1|1:0,113:113:99:.:.:2987,337,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:2947,328,0:. 1|0:19,33:52:99:.:.:745,0,423:. 1|1:0,356:356:99:.:.:9527,1064,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1148:. 1|0:40,83:123:99:.:.:1875,0,812:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,24:40:99:.:.:445,0,348:. 1|0:12,64:76:99:.:.:1422,0,106:. 0|1:37,13:50:99:.:.:160,0,969:. 1|1:6,100:106:99:.:.:2540,138,0:. 0|1:31,105:136:99:.:.:2281,0,523:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,265:265:99:.:.:6959,791,0:. 1|1:3,184:187:99:.:.:4751,474,0:. 0|0:109,0:109:15:.:.:0,15,2524:. 0|1:83,17:100:99:.:.:126,0,2108:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1060,116,0:. 1|0:16,106:122:87:.:.:2443,0,87:. 0|1:26,31:57:99:.:.:621,0,613:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:93:.:.:842,93,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2830,310,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,140:141:99:.:.:3800,412,0:. 0|0:61,0:61:75:.:.:0,75,1562:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1775,197,0:. 0|1:52,7:59:15:.:.:15,0,1390:. 0|1:39,61:100:99:.:.:1353,0,860:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,46:115:99:.:.:876,0,1703:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1335,160,0:. 1|1:7,84:91:55:.:.:1971,55,0:. 1|0:60,74:134:99:.:.:1560,0,1422:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1036:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1292,147,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:67:.:.:0,67,3116:. 1|1:10,104:114:43:.:.:2543,43,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,142:206:99:.:.:3087,0,1296:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2495,274,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:1767,220,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1793,200,0:. 0|1:9,58:67:65:.:.:1307,0,65:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1322:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1514:. 0|1:26,89:115:99:.:.:2042,0,432:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2074,234,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,173:178:99:.:.:4296,388,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,157:162:99:.:.:3809,332,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,19:113:99:.:.:160,0,2534:. 0|0:109,13:122:54:.:.:0,54,4495:. 1|1:4,156:160:99:.:.:4025,360,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,63:119:99:.:.:1249,0,1265:. 0|1:47,15:62:99:.:.:209,0,1196:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,73:149:99:.:.:1504,0,1820:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,180:203:99:.:.:4147,0,106:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,96:107:13:.:.:2193,0,13:. 1|0:47,109:156:99:.:.:2297,0,935:. 1|0:106,15:121:28:.:.:28,0,2823:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:72,71:143:99:.:.:1374,0,1775:. 1|1:4,194:198:99:.:.:5235,478,0:. 1|1:5,167:172:99:.:.:4350,362,0:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4217,477,0:. 0|1:51,139:190:99:.:.:3083,0,931:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,126:190:99:.:.:2808,0,1330:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,234:234:99:.:.:6246,699,0:. 0|1:69,135:204:99:.:.:2975,0,1443:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:58:.:.:0,58,3495:. 0|1:144,80:224:99:.:.:1453,0,3576:. 0|1:47,82:129:99:.:.:1861,0,1027:. 1|1:10,165:175:99:.:.:4224,207,0:. 0|1:129,79:208:99:.:.:1514,0,3293:. 1|1:1,144:145:99:.:.:3749,411,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,173:173:99:.:.:4552,518,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,240:240:99:.:.:6544,720,0:. 0|1:85,105:190:99:.:.:2107,0,1952:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,145:155:99:.:.:3568,169,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,22:90:99:.:.:295,0,1685:. 1|0:29,153:182:99:.:.:3506,0,345:. 1|1:0,236:236:99:.:.:6188,704,0:. 1|0:19,147:166:57:.:.:3209,0,57:. 1|1:0,238:238:99:.:.:6178,712,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5203,590,0:. 1|1:0,230:230:99:.:.:5979,688,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,181:181:99:.:.:4803,543,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:4913,565,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:5669,650,0:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3287,379,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:32,163:195:99:.:.:3776,0,397:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2685,297,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,219:221:99:.:.:5592,602,0:. 0|1:27,47:74:99:.:.:1056,0,620:. 1|0:66,74:140:99:.:.:1556,0,1571:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,51:93:99:.:.:1066,0,939:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,144:144:99:.:.:3845,431,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,75:142:99:.:.:1542,0,1584:. 0|1:55,46:101:99:.:.:903,0,1299:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,93:194:99:.:.:1839,0,2481:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,193:198:99:.:.:4994,437,0:. 1|1:0,14:14:42:.:.:377,42,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2680,303,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2441,272,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,28:91:99:.:.:479,0,1651:. 1|1:2,137:139:99:.:.:3573,373,0:. 0|1:79,72:151:99:.:.:1432,0,1922:. 1|1:0,119:119:99:.:.:5061,367,0:. 0|0:169,0:169:33:.:.:0,33,4105:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,71:94:99:.:.:1652,0,403:. 1|1:3,71:74:99:.:.:1869,130,0:. 0|1:46,70:116:99:.:.:1588,0,1045:. 1|0:42,98:140:99:.:.:2177,0,853:. 0|1:125,57:182:99:.:.:976,0,3239:. 1|1:2,93:95:99:.:.:2451,224,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2140,240,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,96:160:99:.:.:2102,0,1462:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4190,478,0:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6001,662,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:20,100:120:99:.:.:2361,0,239:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,83:84:99:.:.:2215,242,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2501,287,0:. 0|1:29,179:208:99:.:.:4038,0,263:. 1|0:75,28:103:99:.:.:411,0,1848:. 1|1:11,113:124:71:.:.:2658,71,0:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3085,349,0:. 1|0:67,76:143:99:.:.:1570,0,1553:. 1|1:0,100:100:99:.:.:2624,299,0:. 0|0:53,0:53:74:.:.:0,74,1412:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1798,200,0:. 1|0:42,28:70:99:.:.:531,0,1060:. 1|0:49,60:109:99:.:.:1235,0,1154:. 0|1:45,47:92:99:.:.:1009,0,1084:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,95:107:53:.:.:2180,0,53:. 1|1:3,180:183:99:.:.:4901,498,0:. 0|1:112,93:205:99:.:.:1824,0,2753:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3098,370,0:. 0|0:78,0:78:73:.:.:0,73,1975:. 1|0:161,64:225:99:.:.:982,0,3967:. 1|0:90,16:106:95:.:.:95,0,2407:. 1|0:23,79:102:99:.:.:1732,0,405:. 1|1:0,67:67:99:.:.:1790,201,0:. 1|1:5,72:77:80:.:.:1806,80,0:. 1|1:8,98:106:81:.:.:2355,81,0:. 0|1:21,34:55:99:.:.:687,0,446:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,39:69:99:.:.:754,0,688:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1781,198,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,26:113:99:.:.:321,0,2213:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,113:114:99:.:.:2962,310,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1724,196,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1699,190,0:. 1|0:94,19:113:99:.:.:188,0,2500:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:3,71:74:99:.:.:1803,129,0:. 1|0:156,33:189:99:.:.:315,0,4050:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,96:. 0|1:141,48:189:99:.:.:740,0,3668:. 1|0:74,55:129:99:.:.:1147,0,1806:. 1|1:0,151:151:99:.:.:3996,452,0:. 1|0:30,78:108:99:.:.:1791,0,585:. 1|1:1,127:128:99:.:.:3379,372,0:. 1|0:68,46:114:99:.:.:874,0,1664:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:6,47:53:29:.:.:1139,0,29:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2861,312,0:. 0|1:78,251:329:99:.:.:5866,0,1375:. 0|1:54,95:149:99:.:.:1993,0,1115:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,531:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1313,147,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:4,81:85:99:.:.:2082,129,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:101,19:120:99:.:.:161,0,2705:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,6:21:99:.:.:106,0,392:. 0|1:40,39:81:99:.:.:829,0,971:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3225,354,0:. 0|0:40,0:40:89:.:.:0,89,1138:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:221,0:221:27:.:.:0,27,6588:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:.:.:7368,661,0:. 1|0:87,98:185:99:.:.:2760,0,2562:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,131:132:99:.:.:4285,359,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6589,581,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,207:207:99:.:.:6851,622,0:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6971,634,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:.:.:6788,616,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,134:145:66:.:.:4016,66,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,267:267:99:.:.:8734,801,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1473:. 1|0:70,29:99:99:.:.:648,0,2215:. 1|1:0,158:158:99:.:.:5399,475,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,214:215:99:.:.:7164,622,0:. 1|1:1,227:228:99:.:.:7616,651,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3386,304,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,742:742:99:.:.:24629,2228,0:. 0|0:708,0:708:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,622:622:99:.:.:20700,1866,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2877,259,0:. 1|1:0,29:29:87:.:.:974,87,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,95:98:99:.:.:2993,207,0:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6010,555,0:. 1|1:1,252:253:99:.:.:8139,723,0:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:512,0:512:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,280:281:99:.:.:9123,807,0:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:80:.:.:0,80,7952:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,188:239:99:.:.:5340,0,1022:. 0|0:241,0:241:57:.:.:0,57,6954:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,19:122:99:.:.:226,0,3137:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1621:. 1|1:2,254:256:99:.:.:8243,702,0:. 1|1:0,303:303:99:.:.:9828,909,0:. 1|1:0,281:281:99:.:.:9059,843,0:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,261:261:99:.:.:8633,784,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,166:257:99:.:.:4786,0,2390:. 0|1:171,28:199:99:.:.:144,0,5061:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,250:256:99:.:.:7979,564,0:. 1|1:6,81:87:61:.:.:2368,61,0:. 0|1:210,34:244:99:.:.:380,0,6568:. 0|0:102,0:102:27:.:.:0,27,2799:. 0|1:249,28:277:87:.:.:87,0,7888:. 1|1:4,489:493:99:.:.:14885,1333,0:. 0|1:93,68:161:99:.:.:1749,0,2743:. 0|1:284,175:459:99:.:.:3923,0,7960:. 1|0:23,215:238:81:.:.:6290,0,81:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:184,39:223:99:.:.:574,0,5731:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,52:168:99:.:.:996,0,3412:. 1|0:160,124:284:99:.:.:3013,0,4681:. 0|1:28,106:134:99:.:.:3053,0,595:. 0|1:82,95:177:99:.:.:2522,0,2264:. 0|0:35,0:35:46:.:.:0,46,1038:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,501:514:99:.:.:14574,1110,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,61:123:99:.:.:1617,0,1707:. 1|0:24,223:247:99:.:.:6624,0,143:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:272,256:528:99:.:.:6134,0,7464:. 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,523:524:99:.:.:17204,1538,0:. 1|0:42,73:115:99:.:.:2081,0,1084:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,228:263:99:.:.:6689,0,347:. 1|1:1,534:535:99:.:.:16062,1558,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3181,297,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,172:227:99:.:.:4733,0,1205:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1997,183,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,212:215:99:.:.:6767,565,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,243:243:99:.:.:7938,730,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1477:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4707,436,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:7,46:53:46:.:.:1277,0,46:. 1|1:0,26:26:78:.:.:835,78,0:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:191,124:315:99:.:.:3100,0,5735:. 0|1:162,143:305:99:.:.:3760,0,4617:. 1|1:0,25:25:75:.:.:822,75,0:. 1|1:0,239:239:99:.:.:7771,718,0:. 1|0:55,224:279:99:.:.:6462,0,1081:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,170:211:99:.:.:5026,0,776:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8105,742,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2459,231,0:. 1|1:1,336:337:99:.:.:11105,977,0:. 0|0:591,0:591:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,120:175:99:.:.:3400,0,1354:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1648:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,889:. 1|1:9,383:392:99:.:.:12021,856,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 536091 . A G 3.07374e+06 PASS FS=0;MQ=61.05;QD=23.69;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=T2815A;SNPEFF_CODON_CHANGE=Acc/Gcc;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.698;VQSLOD=8.52;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.998;GC=28.57;GQ_MEAN=187.08;GQ_STDDEV=270.31;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6691;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.271;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14079899;AF=0.12;AS_InbreedingCoeff=0.6691;MLEAC=631;MLEAF=0.12;AN=858;AC=99 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,39:73:99:.:.:1330,0,1201:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:82:.:.:0,82,1580:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1262:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1502:. 0|1:29,20:49:99:.:.:424,0,757:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,182:182:99:.:.:4933,545,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:1930,214,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1244:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1482:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1531:. 0|1:40,43:83:99:.:.:911,0,996:. 0|1:21,85:106:99:.:.:1996,0,297:. 1|0:28,14:42:99:.:.:271,0,911:. 0|1:107,225:332:99:.:.:8505,0,3468:. 1|1:0,43:43:99:1|1:536091_A_G:1658,137,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,33:43:99:.:.:765,0,175:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1278:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,20:100:99:.:.:564,0,3164:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,239:240:99:.:.:6266,688,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:64,3:67:99:.:.:0,117,2575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1002,114,0:. 0|1:48,39:87:99:.:.:819,0,1798:. 1|0:42,66:108:99:.:.:1419,0,909:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1036:. 0|1:43,28:71:99:.:.:578,0,1038:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1202:. 0|1:28,19:47:99:.:.:388,0,678:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,109:124:86:.:.:2628,0,86:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1322:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1514:. 0|1:88,14:102:80:.:.:80,0,2263:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,132:133:99:.:.:3583,367,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,14:117:99:.:.:217,0,3506:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,118:158:99:.:.:2721,0,738:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:80,61:141:99:.:.:1125,0,2002:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,156:190:99:.:.:3681,0,734:. 1|1:0,169:169:99:.:.:4533,505,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,21:118:99:.:.:226,0,3636:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:.:.:4379,486,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:20,226:246:99:.:.:5564,156,0:. 0|1:129,51:180:99:.:.:766,0,4315:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,69:91:99:.:.:1540,0,332:. 0|1:139,37:176:99:.:.:489,0,3590:. 1|1:0,212:212:99:1|1:536091_A_G:8876,641,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:101,108:209:99:.:.:2251,0,2441:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,218:221:99:.:.:5614,568,0:. 0|1:69,12:81:83:.:.:83,0,2869:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,27:127:99:.:.:342,0,2619:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,158:162:99:.:.:4130,361,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,206:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,89:90:99:.:.:2377,241,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,60:118:99:.:.:2101,0,2107:. 0|1:116,30:146:99:.:.:757,0,4956:. 1|1:6,88:94:22:.:.:3371,22,0:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,97:136:99:.:.:2250,0,758:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,71:125:99:.:.:1586,0,1250:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,196:196:99:1|1:536091_A_G:8120,596,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,18:113:99:.:.:130,0,3679:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,8:111:99:.:.:0,127,4058:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,28:106:99:.:.:425,0,2777:. 0|1:41,57:98:99:.:.:1245,0,927:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,115:193:99:.:.:2552,0,1731:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,44:93:99:.:.:921,0,1699:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1407,153,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,3:57:90:.:.:0,90,2178:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,21:97:99:.:.:259,0,1917:. 1|1:0,207:207:99:.:.:5670,621,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1459,159,0:. 1|1:12,109:121:12:.:.:2666,12,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:3,71:74:99:.:.:1859,125,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,218:. 1|0:162,24:186:89:.:.:89,0,5569:. 0|1:104,22:126:99:.:.:512,0,4302:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4020,435,0:. 1|0:54,56:110:99:.:.:2056,0,2052:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,946:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,199:212:99:.:.:5009,234,0:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:78,18:96:99:.:.:202,0,3039:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,237:240:99:.:.:7924,680,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1455:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:660,0:660:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:708,0:708:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:625,0:625:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:123,0:123:.:.:.:.:120 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:.:.:.:.:120 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:512,0:512:.:.:.:.:120 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:.:.:.:.:120 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:.:.:.:.:120 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,174:235:99:0|1:536091_A_G:4833,0,1259:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:.:.:.:.:120 1|0:112,14:126:92:.:.:92,0,3298:. 0|0:425,0:425:.:.:.:.:120 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1621:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,292:292:99:1|1:536091_A_G:12383,887,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:.:.:.:.:120 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:.:.:.:.:120 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:.:.:.:.:120 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:515,0:515:.:.:.:.:120 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:446,0:446:.:.:.:.:120 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:.:.:.:.:120 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:.:.:.:.:120 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:109 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:.:.:.:.:120 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:120 0|0:437,0:437:.:.:.:.:120 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:.:.:.:.:120 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:.:.:.:.:120 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:471,0:471:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:.:.:.:.:120 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:.:.:.:.:120 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2101,192,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1477:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4273,393,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:168,89:257:99:.:.:2097,0,6015:. 0|1:239,48:287:99:.:.:655,0,8919:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,947:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:223,58:281:99:.:.:1536,0,9037:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,140:229:99:.:.:3842,0,2325:. 1|0:209,36:245:99:.:.:397,0,8442:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:591,0:591:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,157:203:99:.:.:4507,0,973:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1648:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 536106 . G A 9.22402e+06 PASS FS=0;MQ=60.78;QD=31.68;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V2820I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gtt/Att;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.687;VQSLOD=9.9;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.28;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=38.1;GQ_MEAN=204.66;GQ_STDDEV=216.13;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7111;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.737;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14491553;AF=0.296;AS_InbreedingCoeff=0.8519;MLEAC=1558;MLEAF=0.296;AN=858;AC=291 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:536106_G_A:3661,253,0:. 0|1:34,30:64:99:.:.:1050,0,1299:. 0|0:81,5:86:99:0|1:536106_G_A:0,105,2789:. 0|1:78,9:87:18:.:.:18,0,1848:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:536106_G_A:2003,138,0:. 1|1:0,91:91:99:1|1:536106_G_A:3909,277,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:536106_G_A:2481,174,0:. 1|0:26,58:84:99:.:.:1627,0,500:. 1|1:5,48:53:18:.:.:1396,18,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1502:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1265:. 0|1:11,19:30:99:0|1:536106_G_A:731,0,458:. 1|1:0,39:39:99:1|1:536106_G_A:1755,120,0:. 1|1:0,5:5:18:1|1:536106_G_A:258,18,0:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,986:. 1|1:0,33:33:99:1|1:536106_G_A:1465,102,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:1|1:536106_G_A:1898,138,0:. 1|0:24,61:85:99:.:.:1489,0,587:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,59:59:99:1|1:536106_G_A:2551,177,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1531:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,15:48:99:.:.:326,0,955:. 1|0:231,98:329:99:.:.:3128,0,8817:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1220:. 1|0:59,79:138:99:.:.:2052,0,1547:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,10:49:99:.:.:164,0,992:. 1|0:15,41:56:99:0|1:536106_G_A:1655,0,488:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1278:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,82:104:99:.:.:3014,0,601:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,184:186:99:1|1:536092_C_T:8367,421,0:. 0|0:104,12:116:14:.:.:0,14,2435:. 0|1:81,9:90:4:.:.:4,0,1884:. 1|1:0,28:28:90:1|1:536106_G_A:1272,90,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,30:63:99:.:.:729,0,1055:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,15:29:99:.:.:360,0,331:. 1|1:0,107:107:99:1|1:536106_G_A:4736,322,0:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,6:56:7:.:.:7,0,1148:. 1|0:22,85:107:99:0|1:536106_G_A:3406,0,734:. 1|1:0,61:61:99:1|1:536106_G_A:2745,187,0:. 0|1:12,59:71:99:.:.:1517,0,162:. 0|1:57,26:83:99:0|1:536106_G_A:536,0,1955:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,55:124:99:0|1:536106_G_A:2050,0,3063:. 1|1:0,131:131:99:1|1:536106_G_A:5766,393,0:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,961:. 1|0:49,37:86:99:.:.:863,0,1885:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,42:42:99:1|1:536106_G_A:1835,126,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,44:44:99:1|1:536106_G_A:1956,135,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1232:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,45:113:99:.:.:1038,0,1446:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,102:184:99:.:.:2457,0,1658:. 0|1:83,11:94:99:.:.:108,0,3862:. 1|1:0,79:79:99:1|1:536106_G_A:3565,246,0:. 0|1:24,40:64:99:.:.:1031,0,438:. 0|1:52,17:69:99:.:.:286,0,1164:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1322:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1514:. 1|0:36,73:109:99:.:.:1956,0,615:. 1|1:0,72:72:99:1|1:536106_G_A:3248,229,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,15:117:99:.:.:105,0,4901:. 0|0:109,9:118:71:.:.:0,71,2651:. 1|1:1,163:164:99:1|1:536106_G_A:7074,438,0:. 0|0:90,6:96:99:.:.:0,101,2545:. 0|1:65,41:106:99:.:.:915,0,1920:. 1|0:47,20:67:99:.:.:336,0,1051:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,30:167:99:.:.:416,0,3070:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:22,213:235:99:.:.:5963,120,0:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,96:109:18:.:.:2584,0,18:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:91,50:141:99:.:.:1068,0,2080:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,200:210:99:.:.:6014,359,0:. 1|0:170,23:193:99:.:.:106,0,6554:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,177:179:99:1|1:536106_G_A:7651,442,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,82:171:99:.:.:1976,0,1777:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,115:186:99:.:.:2918,0,1294:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,81:149:99:.:.:1967,0,1708:. 0|1:126,87:213:99:0|1:536106_G_A:3240,0,5679:. 0|1:45,82:127:99:.:.:2646,0,1210:. 1|1:13,160:173:99:.:.:4715,210,0:. 0|1:153,44:197:99:.:.:757,0,3563:. 0|1:109,16:125:99:.:.:111,0,2423:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:104,75:179:99:.:.:1646,0,2880:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,126:139:76:.:.:3483,76,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,19:89:99:.:.:272,0,1469:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,140:151:31:0|1:536106_G_A:5700,0,31:. 1|1:0,232:232:99:1|1:536106_G_A:10088,704,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,118:165:99:.:.:3109,0,752:. 0|1:64,152:216:99:.:.:3918,0,1001:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:536106_G_A:9302,644,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:536106_G_A:7647,527,0:. 1|1:0,214:214:99:1|1:536106_G_A:9526,659,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:536106_G_A:5061,346,0:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:123,78:201:99:.:.:1772,0,2588:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,100:111:59:.:.:2820,59,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,41:80:99:.:.:1028,0,1629:. 1|0:56,73:129:99:.:.:1864,0,1110:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,46:92:99:.:.:1063,0,841:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,128:128:99:1|1:536106_G_A:5745,394,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,62:134:99:.:.:1445,0,2282:. 0|1:62,31:93:99:.:.:666,0,2573:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,42:170:99:.:.:1004,0,3536:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,8:8:24:1|1:536106_G_A:348,24,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:536106_G_A:5363,364,0:. 1|1:3,173:176:99:1|1:536106_G_A:7578,387,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:62,58:120:99:.:.:1985,0,2200:. 0|1:107,40:147:99:.:.:1184,0,4576:. 0|0:86,6:92:15:.:.:0,15,3414:. 0|1:112,57:169:99:.:.:1231,0,4417:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,70:71:99:1|1:536106_G_A:3045,159,0:. 0|1:46,61:107:99:.:.:1553,0,904:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,19:142:99:.:.:151,0,4898:. 0|1:10,89:99:55:.:.:2426,0,55:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,83:83:99:1|1:536106_G_A:3738,256,0:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:1|1:536106_G_A:6481,442,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,88:117:99:.:.:2357,0,737:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,77:94:99:.:.:2091,0,184:. 1|1:0,76:76:99:1|1:536106_G_A:3441,232,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:1|1:536097_A_G:3476,235,0:. 0|1:19,166:185:99:.:.:6326,0,346:. 0|1:67,36:103:99:.:.:751,0,1337:. 1|1:5,131:136:99:.:.:5312,205,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,64:120:99:.:.:1585,0,1679:. 1|0:84,20:104:99:.:.:316,0,1861:. 0|0:72,7:79:19:.:.:0,19,1665:. 1|1:0,59:59:99:1|1:536106_G_A:2692,184,0:. 1|0:50,27:77:99:0|1:536106_G_A:1009,0,2189:. 1|0:45,56:101:99:.:.:1380,0,1335:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,118:118:99:1|1:536106_G_A:5249,355,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,13:99:97:.:.:97,0,1910:. 0|1:55,32:87:99:.:.:728,0,2078:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1286:. 0|1:12,60:72:85:.:.:1655,0,85:. 0|1:83,25:108:99:.:.:467,0,1835:. 0|1:20,48:68:99:0|1:536106_G_A:1907,0,785:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,26:56:99:.:.:635,0,1053:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:1|1:536106_G_A:3424,232,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:536106_G_A:3992,274,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,89:189:99:.:.:2154,0,3887:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|1:164,24:188:99:.:.:193,0,5617:. 1|0:67,55:122:99:.:.:1926,0,2885:. 0|1:88,59:147:99:0|1:536106_G_A:1380,0,1856:. 1|0:24,71:95:99:.:.:1952,0,326:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,42:122:99:.:.:1349,0,3111:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,44:53:88:.:.:1203,0,88:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,98:98:99:1|1:536106_G_A:4399,304,0:. 0|1:87,240:327:99:.:.:6436,0,1407:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:41:.:.:0,41,537:. 1|1:0,43:43:99:1|1:536106_G_A:1908,134,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:21,74:95:99:.:.:1986,0,598:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:96,15:111:99:.:.:134,0,4142:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,3:26:7:0|1:536106_G_A:7,0,761:. 0|1:35,32:67:99:.:.:787,0,771:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,134:136:99:.:.:4082,357,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1055:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,207:207:99:1|1:536106_G_A:9479,644,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:1|1:536106_G_A:9110,623,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:1|1:536106_G_A:9322,632,0:. 1|1:0,215:215:99:1|1:536106_G_A:9595,653,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:1|1:536106_G_A:8491,578,0:. 1|1:9,140:149:99:1|1:536106_G_A:4757,148,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:536106_G_A:6277,430,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:135,37:172:99:.:.:784,0,3882:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1455:. 1|0:80,39:119:99:.:.:1013,0,2434:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,141:145:99:1|1:536106_G_A:6013,158,0:. 1|1:0,179:179:99:1|1:536106_G_A:8035,559,0:. 1|1:0,221:221:99:1|1:536106_G_A:9893,674,0:. 1|1:0,101:101:99:1|1:536106_G_A:4610,313,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,662:662:99:1|1:536106_G_A:29772,2035,0:. 1|1:0,733:733:99:1|1:536106_G_A:32963,2251,0:. 0|0:625,0:625:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:536106_G_A:4213,289,0:. 1|1:0,21:21:69:1|1:536106_G_A:982,69,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:536106_G_A:4117,283,0:. 1|1:1,211:212:99:1|1:536106_G_A:9323,578,0:. 1|1:0,236:236:99:1|1:536106_G_A:10463,713,0:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:161,151:312:99:.:.:4238,0,4242:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,150:151:99:1|1:536106_G_A:6624,433,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:421,0:421:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:270,29:299:94:.:.:94,0,13507:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:242,24:266:38:.:.:38,0,6906:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1621:. 1|1:4,261:265:99:.:.:8933,638,0:. 1|1:10,283:293:99:.:.:9420,469,0:. 1|1:0,235:235:99:1|1:536106_G_A:10529,719,0:. 1|1:3,287:290:99:.:.:9681,778,0:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,168:267:99:.:.:4903,0,2651:. 0|1:152,29:181:99:.:.:424,0,6051:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,101:107:99:.:.:3202,124,0:. 0|1:192,43:235:99:.:.:769,0,5708:. 0|0:79,7:86:11:.:.:0,11,3425:. 1|1:12,259:271:99:1|1:536106_G_A:10856,122,0:. 1|1:0,493:493:99:1|1:536106_G_A:21771,1491,0:. 0|1:149,68:217:99:.:.:1684,0,4987:. 0|0:446,0:446:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:200,43:243:99:.:.:688,0,5705:. 1|1:0,272:272:99:1|1:536106_G_A:12085,834,0:. 0|1:194,57:251:99:.:.:1211,0,6229:. 1|1:12,253:265:99:.:.:8151,261,0:. 1|1:3,166:169:99:.:.:5599,425,0:. 1|0:135,122:257:99:0|1:536106_G_A:4457,0,5526:. 0|1:38,119:157:99:.:.:4563,0,1239:. 1|1:4,183:187:99:.:.:5979,387,0:. 0|0:41,0:41:87:.:.:0,87,1134:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,479:484:99:1|1:536106_G_A:20974,1280,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:30,226:256:99:.:.:7157,0,661:. 0|0:437,0:437:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,41:97:99:.:.:1138,0,1544:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:472,0:472:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,507:510:99:1|1:536106_G_A:22665,1395,0:. 1|0:33,88:121:99:0|1:536106_G_A:3620,0,1712:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,217:245:99:.:.:6727,0,335:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,98:98:99:1|1:536106_G_A:4358,295,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,199:199:99:1|1:536106_G_A:8842,602,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,208:208:99:1|1:536106_G_A:9313,638,0:. 1|1:0,202:202:99:1|1:536106_G_A:9139,629,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:536106_G_A:2973,202,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:1|1:536106_G_A:7963,543,0:. 1|1:0,192:192:99:1|1:536106_G_A:8656,593,0:. 1|1:2,178:180:99:1|1:536106_G_A:7857,443,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1477:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,23:23:69:1|1:536106_G_A:1035,69,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:157,110:267:99:.:.:3028,0,5268:. 1|0:132,155:287:99:.:.:4536,0,3843:. 1|1:0,27:27:81:1|1:536106_G_A:1215,81,0:. 1|1:0,221:221:99:1|1:536106_G_A:10065,680,0:. 1|0:56,229:285:99:.:.:8869,0,1559:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,200:238:99:.:.:6280,0,906:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,214:226:99:.:.:7180,292,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:520,0:520:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,19:59:99:0|1:536106_G_A:657,0,2521:. 1|0:186,126:312:99:0|1:536106_G_A:4747,0,10524:. 0|0:591,0:591:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1648:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:336,0:336:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 536113 . G A 2.4935e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=29.53;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G2822E;SNPEFF_CODON_CHANGE=gGa/gAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.661;VQSLOD=10.01;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.22;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.985;GC=38.1;GQ_MEAN=294.29;GQ_STDDEV=275.01;HRun=3;InbreedingCoeff=0.7711;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.043;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15335916;AF=0.833;AS_InbreedingCoeff=0.0618;MLEAC=4384;MLEAF=0.835;AN=858;AC=681 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,56:56:99:.:.:1804,168,0:. 1|1:0,82:82:99:1|1:536106_G_A:3661,253,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2811,203,0:. 1|0:30,54:84:99:0|1:536106_G_A:1524,0,581:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3016,279,0:. 0|0:50,0:50:32:.:.:0,32,1260:. 1|1:0,43:43:99:1|1:536106_G_A:1902,129,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:536106_G_A:3637,250,0:. 1|1:0,60:60:99:1|1:536106_G_A:2611,187,0:. 1|1:1,82:83:99:.:.:3330,228,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:2388,168,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2901,277,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1810,171,0:. 0|1:26,18:44:99:.:.:451,0,615:. 0|1:11,17:28:99:0|1:536106_G_A:702,0,461:. 1|1:0,41:41:99:1|1:536106_G_A:1808,126,0:. 1|1:0,8:8:24:1|1:536106_G_A:314,24,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1112,108,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,986:. 1|1:0,34:34:99:1|1:536106_G_A:1458,102,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2276,222,0:. 1|1:0,190:190:99:.:.:5732,570,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2293,230,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:536106_G_A:1744,123,0:. 1|0:11,84:95:23:.:.:3095,0,23:. 0|1:2,16:18:6:.:.:446,0,6:. 1|1:0,7:7:21:.:.:197,21,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:536106_G_A:2574,183,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2033,192,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3225,270,0:. 1|1:5,106:111:99:.:.:3062,187,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1864,150,0:. 1|1:0,343:343:99:.:.:14530,1050,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:536091_A_G:1567,123,0:. 1|1:11,128:139:99:.:.:4731,113,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2354,231,0:. 1|1:4,45:49:30:.:.:1386,30,0:. 1|0:15,42:57:99:0|1:536106_G_A:1699,0,507:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2065,213,0:. 1|1:3,114:117:99:.:.:3332,265,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:4369,306,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2656,264,0:. 1|1:0,249:249:99:.:.:7332,747,0:. 1|1:2,191:193:99:1|1:536092_C_T:8388,430,0:. 1|1:1,121:122:99:.:.:3658,354,0:. 0|1:19,73:92:99:.:.:1948,0,244:. 1|1:0,30:30:90:1|1:536106_G_A:1271,90,0:. 1|0:114,16:130:75:.:.:75,0,2781:. 0|1:16,53:69:99:.:.:1816,0,228:. 1|1:0,98:98:99:.:.:2918,293,0:. 1|1:2,27:29:31:.:.:967,31,0:. 1|1:0,110:110:99:1|1:536106_G_A:4852,336,0:. 0|1:180,65:245:99:.:.:1147,0,4392:. 1|1:0,134:134:99:.:.:3968,402,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1757,173,0:. 1|0:24,82:106:99:0|1:536106_G_A:3358,0,789:. 1|1:0,64:64:99:1|1:536106_G_A:2795,193,0:. 1|1:6,63:69:41:.:.:1713,41,0:. 0|1:25,57:82:99:0|1:536106_G_A:1793,0,475:. 0|1:100,60:160:99:.:.:1276,0,2349:. 0|1:76,52:128:99:0|1:536106_G_A:1949,0,3268:. 1|1:0,128:128:99:1|1:536106_G_A:5667,384,0:. 1|1:0,306:306:99:.:.:9409,919,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1296,132,0:. 1|0:10,77:87:31:.:.:3034,0,31:. 1|0:22,95:117:99:.:.:2487,0,248:. 0|1:34,83:117:99:.:.:2105,0,576:. 1|1:0,44:44:99:1|1:536106_G_A:1897,135,0:. 0|1:39,29:68:99:.:.:604,0,934:. 1|1:0,45:45:99:1|1:536106_G_A:2005,141,0:. 0|1:26,19:45:99:.:.:438,0,564:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,111:115:99:.:.:3879,236,0:. 1|1:1,125:126:99:.:.:3800,353,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,181:182:99:.:.:7035,534,0:. 0|1:81,14:95:99:.:.:259,0,3365:. 1|1:0,83:83:99:1|1:536106_G_A:3638,255,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2691,217,0:. 1|1:3,69:72:99:.:.:2192,133,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1322:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1686,168,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:4314,331,0:. 1|1:0,74:74:99:1|1:536106_G_A:3263,232,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,56:159:99:.:.:1181,0,2327:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2292,225,0:. 1|1:6,118:124:99:.:.:3198,205,0:. 1|1:1,126:127:99:.:.:3700,352,0:. 0|1:100,24:124:99:.:.:592,0,2418:. 1|1:2,123:125:99:.:.:3570,319,0:. 1|1:1,174:175:99:1|1:536106_G_A:7400,477,0:. 0|1:14,89:103:90:.:.:2389,0,90:. 0|1:19,94:113:99:.:.:3167,0,180:. 1|1:3,65:68:99:.:.:2075,118,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,163:164:99:.:.:5297,462,0:. 0|1:83,74:157:99:.:.:1670,0,1774:. 1|1:0,241:241:99:.:.:7270,722,0:. 1|1:0,240:240:99:.:.:10103,721,0:. 1|1:0,154:154:99:.:.:4524,461,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:4613,337,0:. 1|0:22,132:154:99:.:.:3402,0,154:. 1|1:7,139:146:99:.:.:4566,249,0:. 1|1:2,229:231:99:.:.:6941,632,0:. 0|1:72,58:130:99:.:.:1343,0,1609:. 1|1:0,215:215:99:.:.:9361,665,0:. 1|1:0,185:185:99:.:.:7815,572,0:. 1|1:0,168:168:99:.:.:4995,503,0:. 1|1:3,177:180:99:1|1:536106_G_A:7637,440,0:. 1|1:0,194:194:99:.:.:5778,582,0:. 1|1:0,170:170:99:.:.:6296,517,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,160:160:99:.:.:4777,480,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:5968,599,0:. 1|1:0,187:187:99:.:.:7284,571,0:. 1|1:0,244:244:99:.:.:7225,731,0:. 1|0:19,126:145:95:.:.:4476,0,95:. 0|1:129,90:219:99:0|1:536106_G_A:3248,0,5697:. 1|1:2,135:137:99:.:.:5416,357,0:. 1|1:0,176:176:99:.:.:7570,535,0:. 1|1:4,195:199:99:.:.:6324,489,0:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3879,380,0:. 1|1:0,184:184:99:.:.:5392,552,0:. 1|1:0,179:179:99:.:.:5256,535,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,255:255:99:.:.:7487,764,0:. 0|1:36,146:182:99:.:.:4342,0,431:. 1|1:1,174:175:99:.:.:5060,497,0:. 1|1:0,146:146:99:.:.:6143,445,0:. 1|0:80,61:141:99:.:.:1391,0,1817:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2837,270,0:. 0|1:30,155:185:99:.:.:4071,0,281:. 1|1:0,222:222:99:1|1:536091_A_G:9356,683,0:. 1|0:11,146:157:14:0|1:536106_G_A:5829,0,14:. 1|1:0,218:218:99:1|1:536106_G_A:9805,677,0:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4394,428,0:. 1|1:0,168:168:99:.:.:6754,505,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:8825,682,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:1|1:536106_G_A:9370,650,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:536106_G_A:7721,539,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:536106_G_A:9539,662,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:536106_G_A:5117,352,0:. 1|0:53,126:179:99:.:.:3387,0,982:. 0|1:66,139:205:99:.:.:3534,0,1214:. 1|1:0,239:239:99:.:.:7149,718,0:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3204,326,0:. 1|1:0,116:116:99:.:.:4896,354,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2951,291,0:. 1|1:0,229:229:99:.:.:6611,687,0:. 0|1:27,50:77:99:.:.:1987,0,533:. 1|1:0,131:131:99:.:.:4905,396,0:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4441,452,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3446,288,0:. 1|1:0,202:202:99:.:.:5910,606,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,134:134:99:1|1:536106_G_A:5890,409,0:. 1|1:1,151:152:99:.:.:4488,445,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3038,300,0:. 0|1:36,100:136:99:.:.:3420,0,591:. 0|1:56,39:95:99:.:.:1329,0,1225:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5552,553,0:. 0|1:27,146:173:99:.:.:4571,0,212:. 1|0:43,161:204:99:.:.:4159,0,521:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5021,498,0:. 1|1:0,8:8:24:1|1:536106_G_A:348,24,0:. 1|1:0,122:122:99:1|1:536106_G_A:5376,367,0:. 1|1:3,179:182:99:1|1:536106_G_A:7713,402,0:. 1|1:1,91:92:99:.:.:2564,249,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2982,297,0:. 1|1:2,119:121:99:.:.:5052,274,0:. 0|1:79,66:145:99:.:.:2419,0,3198:. 1|1:0,93:93:99:.:.:3903,283,0:. 0|1:82,81:163:99:.:.:2738,0,1810:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,62:83:99:.:.:1601,0,357:. 1|1:1,69:70:99:1|1:536106_G_A:3060,162,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:4048,328,0:. 1|0:25,105:130:99:.:.:2869,0,322:. 0|1:107,45:152:99:.:.:1138,0,2641:. 1|1:0,104:104:99:.:.:4453,313,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3803,375,0:. 1|1:0,84:84:99:1|1:536106_G_A:3704,253,0:. 1|1:0,248:248:99:.:.:7345,743,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3717,369,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:1|1:536106_G_A:6341,430,0:. 1|1:0,206:206:99:1|1:536091_A_G:8602,637,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2920,292,0:. 1|1:0,123:123:99:.:.:5212,370,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:6251,637,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:4028,297,0:. 1|1:0,79:79:99:1|1:536106_G_A:3496,238,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2234,227,0:. 1|1:0,77:77:99:1|1:536097_A_G:3414,232,0:. 0|1:17,165:182:99:.:.:6685,0,176:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3596,315,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:5979,421,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3946,399,0:. 1|0:21,97:118:99:.:.:3599,0,194:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3379,315,0:. 1|1:1,81:82:99:.:.:2470,218,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:536106_G_A:2847,202,0:. 1|0:49,28:77:99:0|1:536106_G_A:1009,0,2190:. 1|1:0,99:99:99:.:.:4048,300,0:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2769,279,0:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3762,372,0:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2807,277,0:. 1|1:0,185:185:99:.:.:5575,555,0:. 1|1:0,189:189:99:.:.:6846,568,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:536106_G_A:5274,361,0:. 1|0:32,47:79:99:.:.:1198,0,623:. 1|1:3,184:187:99:.:.:5437,476,0:. 1|1:0,98:98:99:.:.:3107,294,0:. 1|1:8,77:85:35:.:.:3053,35,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1286:. 1|1:0,77:77:99:.:.:3218,234,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3669,324,0:. 0|1:22,46:68:99:0|1:536106_G_A:1869,0,831:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,37:58:99:.:.:1359,0,357:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2367,231,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:536106_G_A:3502,241,0:. 0|1:64,41:105:99:.:.:966,0,1441:. 1|1:0,212:212:99:.:.:6313,635,0:. 1|1:0,91:91:99:1|1:536106_G_A:4049,280,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1757,174,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1656,162,0:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4978,373,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2175,221,0:. 1|0:82,114:196:99:.:.:4086,0,1706:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2652,275,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:256,27,0:. 0|1:68,116:184:99:.:.:3425,0,1379:. 1|0:47,77:124:99:.:.:2983,0,1707:. 1|1:0,152:152:99:1|1:536106_G_A:5325,462,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3912,290,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3734,373,0:. 0|1:19,108:127:99:.:.:4149,0,388:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:.:.:2244,162,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,106:106:99:1|1:536106_G_A:4556,322,0:. 1|1:1,326:327:99:.:.:13218,968,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:15,192:207:99:.:.:5236,184,0:. 0|0:21,0:21:31:.:.:0,31,525:. 1|1:0,45:45:99:1|1:536106_G_A:1921,137,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4049,411,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:4162,295,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:95,21:116:99:.:.:511,0,2309:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,18:26:99:0|1:536106_G_A:520,0,152:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2524,202,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1901,194,0:. 1|1:0,135:135:99:.:.:5927,412,0:. 1|0:33,7:40:96:.:.:96,0,781:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3800,322,0:. 1|1:0,200:200:99:.:.:7088,602,0:. 1|1:0,199:199:99:.:.:7172,599,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:536106_G_A:9597,656,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7963,671,0:. 1|1:0,197:197:99:.:.:7000,593,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4311,366,0:. 1|1:18,236:254:99:.:.:7911,157,0:. 1|1:0,157:157:99:.:.:5590,472,0:. 1|1:0,203:203:99:1|1:536106_G_A:9191,629,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,179:179:99:.:.:6218,538,0:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6950,591,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8250,707,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:536106_G_A:9433,644,0:. 1|1:0,213:213:99:1|1:536106_G_A:9507,647,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:1|1:536106_G_A:8545,584,0:. 1|1:0,148:148:99:1|1:536106_G_A:6663,458,0:. 1|1:0,212:212:99:.:.:7569,637,0:. 1|1:0,140:140:99:1|1:536106_G_A:6327,433,0:. 1|0:60,148:208:99:1|0:536105_C_T:4633,0,2143:. 1|1:0,267:267:99:.:.:9342,803,0:. 1|1:0,169:169:99:.:.:6341,512,0:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3629,307,0:. 1|1:0,120:120:99:.:.:4152,361,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:6194,526,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1625,141,0:. 1|1:9,108:117:56:.:.:3893,56,0:. 1|1:0,177:177:99:.:.:6306,533,0:. 1|1:4,141:145:99:1|1:536106_G_A:5954,155,0:. 1|1:0,173:173:99:1|1:536106_G_A:7728,533,0:. 1|1:0,220:220:99:1|1:536106_G_A:9877,674,0:. 1|1:0,106:106:99:1|1:536106_G_A:4664,319,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7702,674,0:. 1|1:0,655:655:99:1|1:536106_G_A:29353,2005,0:. 1|1:0,738:738:99:1|1:536106_G_A:33269,2284,0:. 1|1:0,688:688:99:.:.:23991,2068,0:. 1|1:0,95:95:99:1|1:536106_G_A:4173,286,0:. 1|1:0,22:22:66:1|1:536106_G_A:944,66,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:536106_G_A:4116,283,0:. 1|1:1,201:202:99:1|1:536106_G_A:9083,557,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:536106_G_A:10463,716,0:. 1|1:2,448:450:99:.:.:14924,1279,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4521,408,0:. 1|1:0,291:291:99:.:.:9946,875,0:. 1|1:1,269:270:99:.:.:9081,800,0:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,308:308:99:.:.:12145,933,0:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:1|1:536106_G_A:6591,430,0:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3594,322,0:. 1|1:2,466:468:99:.:.:15354,1350,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,189:218:99:.:.:5651,0,307:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6788,592,0:. 1|1:0,223:223:99:.:.:7597,670,0:. 1|0:232,68:300:99:.:.:1714,0,6951:. 1|1:0,249:249:99:.:.:8362,748,0:. 1|1:0,247:247:99:1|1:536091_A_G:9937,749,0:. 1|1:1,260:261:99:.:.:9026,750,0:. 1|1:0,204:204:99:1|1:536096_C_A:8815,626,0:. 1|1:0,418:418:99:.:.:13790,1249,0:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4028,363,0:. 1|1:1,415:416:99:.:.:14206,1215,0:. 0|0:41,0:41:13:.:.:0,13,1122:. 1|1:0,260:260:99:.:.:11737,804,0:. 1|1:0,299:299:99:.:.:13273,909,0:. 1|1:0,241:241:99:1|1:536106_G_A:10721,737,0:. 1|1:0,307:307:99:.:.:13483,936,0:. 1|1:0,306:306:99:1|1:536091_A_G:12960,932,0:. 1|1:1,278:279:99:.:.:9278,831,0:. 1|1:11,262:273:99:.:.:10566,491,0:. 0|1:102,78:180:99:.:.:2429,0,2611:. 1|1:2,266:268:99:.:.:8986,755,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8640,760,0:. 1|1:0,108:108:99:.:.:4652,325,0:. 1|1:15,236:251:99:.:.:7812,254,0:. 1|0:55,31:86:99:.:.:862,0,1496:. 1|1:12,263:275:99:1|1:536106_G_A:10906,131,0:. 1|1:0,484:484:99:1|1:536106_G_A:21496,1470,0:. 0|1:38,168:206:99:.:.:5725,0,559:. 0|1:259,185:444:99:.:.:4952,0,7043:. 1|1:0,244:244:99:.:.:8828,738,0:. 1|1:0,267:267:99:1|1:536106_G_A:11816,810,0:. 0|1:34,220:254:99:.:.:7336,0,315:. 1|1:6,259:265:99:.:.:11286,595,0:. 1|1:1,166:167:99:.:.:7390,496,0:. 1|1:24,240:264:81:.:.:8908,81,0:. 0|1:29,127:156:99:.:.:5287,0,518:. 1|1:1,180:181:99:.:.:8000,520,0:. 0|1:36,6:42:53:.:.:53,0,1007:. 1|0:222,53:275:99:.:.:1091,0,8749:. 1|1:5,471:476:99:1|1:536106_G_A:20653,1239,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:17,243:260:99:.:.:10123,207,0:. 0|1:376,46:422:99:.:.:576,0,10805:. 1|1:3,97:100:99:.:.:3617,224,0:. 1|1:0,235:235:99:.:.:8081,706,0:. 1|1:0,196:196:99:.:.:6601,589,0:. 1|1:11,447:458:99:.:.:14664,953,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,482:484:99:.:.:16058,1388,0:. 1|1:1,665:666:99:.:.:22337,1965,0:. 1|1:3,519:522:99:1|1:536106_G_A:22440,1418,0:. 1|0:35,86:121:99:0|1:536106_G_A:3488,0,1828:. 1|1:0,392:392:99:.:.:13352,1179,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,248:252:99:.:.:10755,636,0:. 1|1:0,464:464:99:.:.:15414,1388,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:536106_G_A:4475,310,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:6055,529,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4743,409,0:. 1|1:0,204:204:99:1|1:536106_G_A:8964,614,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,204:204:99:1|1:536106_G_A:9142,623,0:. 1|1:0,199:199:99:1|1:536106_G_A:9020,620,0:. 1|1:0,71:71:99:1|1:536106_G_A:3102,216,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2260,198,0:. 1|1:0,178:178:99:1|1:536106_G_A:7939,543,0:. 1|1:0,193:193:99:1|1:536106_G_A:8634,590,0:. 1|1:2,172:174:99:1|1:536106_G_A:7596,422,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4742,418,0:. 1|1:0,247:247:99:.:.:8288,743,0:. 1|1:13,268:281:99:.:.:8628,401,0:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9434,820,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1477:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4668,418,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3321,289,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2244,198,0:. 1|1:0,25:25:75:1|1:536106_G_A:1097,75,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,256:256:99:.:.:10834,791,0:. 1|1:0,294:294:99:.:.:12133,898,0:. 1|1:0,29:29:87:1|1:536106_G_A:1266,87,0:. 1|1:0,233:233:99:1|1:536106_G_A:10360,710,0:. 1|1:0,279:279:99:.:.:12583,869,0:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6104,558,0:. 1|1:1,225:226:99:.:.:7650,669,0:. 1|1:0,246:246:99:.:.:10905,755,0:. 0|1:21,178:199:99:.:.:5557,0,117:. 1|1:0,200:200:99:.:.:6878,601,0:. 1|1:0,232:232:99:.:.:10231,710,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:235,340:575:99:.:.:10111,0,6311:. 0|1:43,17:60:99:0|1:536106_G_A:584,0,2613:. 1|0:182,128:310:99:0|1:536106_G_A:4781,0,10629:. 1|1:0,708:708:99:.:.:24024,2127,0:. 0|1:43,162:205:99:.:.:4895,0,845:. 1|1:0,292:292:99:.:.:9810,877,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1695,150,0:. 1|1:0,19:19:57:.:.:662,57,0:. 1|1:0,367:367:99:.:.:12506,1103,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:5134,442,0:. Pf3D7_01_v3 536150 . A G 6.63898e+06 PASS FS=0;MQ=61;QD=25.3;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q2834;SNPEFF_CODON_CHANGE=caA/caG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.704;VQSLOD=8.9;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=9.52;GQ_MEAN=176.05;GQ_STDDEV=128.55;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8603;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.184;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12103441;AF=0.28;AS_InbreedingCoeff=0.5845;MLEAC=1469;MLEAF=0.28;AN=858;AC=266 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1523:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,32:80:99:.:.:675,0,1283:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1248:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1137,117,0:. 1|1:1,95:96:99:.:.:2736,278,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2079,212,0:. 1|0:24,53:77:99:.:.:1275,0,547:. 1|0:20,26:46:99:.:.:626,0,508:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1639:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:7,23:30:99:.:.:585,0,140:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1076,111,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:408,39,0:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1036,113,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1429:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,34:34:99:.:.:971,102,0:. 1|0:36,67:103:99:.:.:1495,0,705:. 0|0:16,0:16:34:.:.:0,34,455:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1792,189,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1408:. 1|0:45,59:104:99:.:.:1350,0,1074:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,13:51:99:.:.:232,0,1044:. 1|0:236,105:341:99:.:.:1918,0,6149:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1508:. 1|0:56,100:156:99:.:.:2407,0,1290:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1202:. 1|0:20,37:57:99:.:.:835,0,441:. 0|1:16,50:66:99:.:.:1165,0,298:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,78:104:99:.:.:1905,0,435:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,10:106:49:.:.:0,49,2592:. 0|1:82,11:93:20:.:.:20,0,2223:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1268,132,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,33:70:99:.:.:700,0,904:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,16:31:99:.:.:373,0,356:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2960,305,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,4:54:53:.:.:0,53,1370:. 1|0:27,77:104:99:.:.:1820,0,515:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1343:. 0|1:13,61:74:99:.:.:1479,0,132:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:74,45:119:99:.:.:882,0,1881:. 1|1:1,163:164:99:.:.:4490,462,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:91:.:.:0,91,1091:. 1|0:55,33:88:99:.:.:707,0,1359:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:992,112,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1303,144,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1255:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,39:105:99:.:.:795,0,1700:. 0|0:105,10:115:48:.:.:0,48,2885:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:83,104:187:99:.:.:2294,0,1935:. 0|1:85,14:99:99:.:.:105,0,2286:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:29,53:82:99:.:.:1259,0,628:. 1|1:5,68:73:99:.:.:1786,109,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1322:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2165,236,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1158:. 1|1:8,114:122:99:.:.:2822,163,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,14:140:31:.:.:0,31,3475:. 1|1:2,160:162:99:.:.:4514,430,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,43:111:99:.:.:824,0,1655:. 1|0:38,30:68:99:.:.:641,0,905:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,33:177:99:.:.:390,0,3813:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,222:232:99:.:.:5841,398,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,94:107:70:.:.:2343,0,70:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,45:121:99:.:.:879,0,1814:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,220:231:99:.:.:5978,337,0:. 1|0:152,22:174:99:.:.:101,0,4010:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,172:174:99:.:.:4705,456,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,136:181:99:.:.:3159,0,799:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,106:178:99:.:.:2432,0,1607:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,75:141:99:.:.:1665,0,1532:. 0|1:139,89:228:99:.:.:1745,0,3383:. 0|1:42,81:123:99:.:.:1960,0,900:. 1|1:8,158:166:99:.:.:4345,303,0:. 0|1:148,43:191:99:.:.:655,0,3945:. 0|0:102,11:113:40:.:.:0,40,2750:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:125,45:170:99:.:.:707,0,3239:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,133:150:51:.:.:3169,0,51:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:190,29:219:99:.:.:151,0,5069:. 1|1:10,152:162:99:.:.:3816,189,0:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6143,675,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,118:175:99:.:.:2797,0,1234:. 0|1:63,146:209:99:.:.:3353,0,1260:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,188:188:99:.:.:5266,564,0:. 1|1:0,169:169:99:.:.:4576,509,0:. 1|1:0,210:210:99:.:.:5846,630,0:. 1|1:0,115:115:99:.:.:3185,345,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,96:109:68:.:.:2364,0,68:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,41:86:99:.:.:924,0,1102:. 1|0:59,70:129:99:.:.:1578,0,1361:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:37,51:88:99:.:.:1135,0,823:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3780,399,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,27:90:99:.:.:498,0,1630:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,29:167:99:.:.:285,0,3660:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,11:11:33:.:.:318,33,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2934,314,0:. 1|1:3,169:172:99:.:.:4710,420,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:61,52:113:99:.:.:1094,0,1481:. 0|1:138,36:174:99:.:.:445,0,3524:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,65:175:99:.:.:1306,0,2820:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,68:118:99:.:.:1555,0,1148:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,31:98:99:.:.:757,0,1729:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:.:.:4006,429,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,80:102:99:.:.:1974,0,359:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,80:104:99:.:.:1963,0,395:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2384,252,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1946,210,0:. 0|1:20,171:191:32:.:.:4107,0,32:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2780,309,0:. 1|1:7,121:128:99:.:.:3176,193,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,58:122:99:.:.:1262,0,1573:. 1|0:75,25:100:99:.:.:384,0,1915:. 0|1:50,17:67:99:.:.:251,0,1316:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1987,213,0:. 1|0:46,30:76:99:.:.:634,0,1201:. 1|0:65,44:109:99:.:.:911,0,1647:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,78:84:61:.:.:1967,61,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,74:185:99:.:.:1494,0,2762:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:84,13:97:73:.:.:73,0,2245:. 0|1:58,19:77:99:.:.:310,0,1529:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1286:. 0|1:13,62:75:99:.:.:1519,0,161:. 0|1:81,27:108:99:.:.:437,0,2156:. 0|1:24,43:67:99:.:.:892,0,517:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,32:60:99:.:.:695,0,655:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2286,248,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2319,251,0:. 0|1:95,12:107:3:.:.:3,0,2596:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2478,266,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1080:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:110,8:118:99:.:.:0,130,3101:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,73:190:99:.:.:1493,0,2929:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|1:139,25:164:99:.:.:216,0,3714:. 1|0:74,51:125:99:.:.:1096,0,1872:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,65:91:99:.:.:1572,0,481:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1421:. 0|1:71,45:116:99:.:.:921,0,1714:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,50:63:99:.:.:1225,0,213:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3014,318,0:. 0|1:114,206:320:99:.:.:4922,0,2523:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,419:. 1|1:2,34:36:44:.:.:890,44,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,20:98:99:.:.:281,0,2030:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|1:26,41:67:99:.:.:925,0,603:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,114:119:99:.:.:3098,201,0:. 1|0:4,36:40:2:.:.:874,0,2:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1422:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,187:187:99:.:.:6524,563,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,191:191:99:.:.:6671,575,0:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,208:208:99:.:.:7325,625,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,185:185:99:.:.:6442,556,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,127:127:99:.:.:4339,381,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,35:163:99:.:.:722,0,3983:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1556:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:66,37:103:99:.:.:995,0,2015:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:.:.:7680,659,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3517,304,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,619:619:99:.:.:21300,1861,0:. 1|1:0,713:713:99:.:.:24718,2144,0:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2771,238,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:891,78,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,196:198:99:.:.:6501,526,0:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7478,682,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,248:250:99:.:.:8135,703,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,142:277:99:.:.:3941,0,3695:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,133:134:99:.:.:4407,368,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:247,28:275:99:.:.:120,0,7528:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:212,23:235:63:.:.:63,0,6478:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:81:.:.:0,81,1614:. 1|1:7,226:233:99:.:.:7342,459,0:. 1|1:7,279:286:99:.:.:9158,627,0:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7508,681,0:. 1|1:4,310:314:99:.:.:10230,859,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,155:250:99:.:.:4527,0,2610:. 0|1:132,18:150:99:.:.:138,0,3959:. 1|1:2,238:240:99:.:.:7981,648,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,243:248:99:.:.:7896,586,0:. 1|1:6,88:94:74:.:.:2698,74,0:. 0|1:195,54:249:99:.:.:1057,0,5834:. 1|0:61,10:71:99:.:.:107,0,1858:. 1|1:18,252:270:99:.:.:7706,195,0:. 1|1:5,408:413:99:.:.:12973,1093,0:. 0|1:33,159:192:99:.:.:4670,0,530:. 0|1:238,159:397:99:.:.:3921,0,6755:. 1|1:3,230:233:99:.:.:7424,591,0:. 1|1:0,266:266:99:.:.:8474,795,0:. 0|1:192,51:243:99:.:.:941,0,5797:. 1|1:11,222:233:99:.:.:6981,352,0:. 1|1:2,162:164:99:.:.:4887,447,0:. 0|1:31,223:254:99:.:.:7911,0,210:. 0|1:34,99:133:99:.:.:3793,0,716:. 1|1:5,170:175:99:.:.:5451,397,0:. 0|0:33,2:35:33:.:.:0,33,1053:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,423:427:99:.:.:13510,1145,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,216:243:99:.:.:6453,0,156:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,52:103:99:.:.:1426,0,1475:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,217:245:99:.:.:6557,0,210:. 1|1:0,412:412:99:.:.:13067,1227,0:. 1|1:1,92:93:99:.:.:2996,244,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,179:179:99:.:.:5807,538,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2381,207,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,163:163:99:.:.:5494,489,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:6038,546,0:. 1|1:1,163:164:99:.:.:5502,457,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1477:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1963,183,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:895,78,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,92:239:99:.:.:2366,0,4331:. 1|0:129,142:271:99:.:.:3957,0,3656:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,200:243:99:.:.:6039,0,727:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,170:206:99:.:.:5203,0,643:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:12,196:208:99:.:.:6368,214,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 536302 . A C 2.30264e+06 PASS FS=0;MQ=60.89;QD=26.21;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K2885T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAg/aCg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.665;VQSLOD=6.35;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=28.57;GQ_MEAN=161.38;GQ_STDDEV=164.18;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7703;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.686;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10308419;AF=0.092;AS_InbreedingCoeff=-0.0303;MLEAC=482;MLEAF=0.092;AN=858;AC=89 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1358:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1248:. 0|0:47,0:47:86:.:.:0,86,1342:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,46:65:99:0|1:536302_A_C:1031,0,386:. 1|0:28,24:52:99:0|1:536302_A_C:586,0,1042:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1639:. 0|1:22,11:33:99:0|1:536302_A_C:350,0,887:. 0|0:21,0:21:32:.:.:0,32,602:. 1|1:0,43:43:99:1|1:536302_A_C:1828,134,0:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:31,0:31:63:.:.:0,63,873:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1668:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1429:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:83:.:.:0,83,1193:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,272:. 0|0:14,0:14:13:.:.:0,13,359:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1401:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:16,71:87:99:0|1:536302_A_C:1645,0,200:. 1|1:0,45:45:99:1|1:536302_A_C:1745,134,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1508:. 1|0:118,20:138:99:0|1:536302_A_C:112,0,5608:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1202:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,53:63:99:0|1:536302_A_C:1145,0,157:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,10:60:63:0|1:536302_A_C:63,0,1418:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:155,35:190:99:0|1:536302_A_C:361,0,5898:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1113:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,22:77:99:0|1:536302_A_C:660,0,2677:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1766:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,76:112:99:.:.:1633,0,732:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1058:. 1|0:30,35:65:99:.:.:733,0,690:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1057:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,65:143:99:0|1:536302_A_C:2207,0,4066:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:18,39:57:99:0|1:536302_A_C:856,0,351:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1322:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1231:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:536302_A_C:2000,153,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:29:.:.:0,29,1291:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,148:203:99:.:.:3240,0,1294:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,39:126:99:.:.:627,0,3108:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:55,91:146:99:0|1:536302_A_C:3283,0,1862:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:126,21:147:98:.:.:98,0,3442:. 1|0:18,159:177:16:0|1:536302_A_C:3497,0,16:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:1|1:536302_A_C:5743,447,0:. 1|1:0,177:177:99:1|1:536302_A_C:6789,534,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1651:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,23:138:99:0|1:536302_A_C:486,0,5289:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,46:110:99:.:.:852,0,1614:. 0|0:108,6:114:99:0|1:536302_A_C:0,122,4550:. 0|0:80,6:86:99:0|1:536302_A_C:0,99,2189:. 0|1:88,32:120:99:.:.:482,0,3123:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:19,56:75:99:0|1:536302_A_C:1949,0,598:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,11:122:99:0|1:536302_A_C:0,107,5167:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,19:90:99:0|1:536302_A_C:401,0,2850:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,189:189:99:1|1:536302_A_C:7733,592,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,100:101:99:1|1:536302_A_C:4057,297,0:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1103:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,76:76:99:1|1:536302_A_C:3025,234,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,19:129:94:.:.:94,0,4743:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,27:90:99:.:.:392,0,1963:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,9:84:99:0|1:536302_A_C:149,0,4426:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:1|1:536302_A_C:4493,337,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1372:. 0|1:45,16:61:99:.:.:198,0,1331:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,2:55:99:.:.:0,113,1975:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,114:115:99:.:.:2919,315,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1080:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:63:.:.:0,63,2216:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1421:. 0|1:69,37:106:99:0|1:536302_A_C:1204,0,2927:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,29:49:99:0|1:536302_A_C:602,0,568:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,20:20:60:1|1:536302_A_C:767,60,0:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,13:84:99:0|1:536302_A_C:265,0,3325:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,95:95:99:1|1:536302_A_C:3878,292,0:. 0|0:32,0:32:47:.:.:0,47,824:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1422:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,159:173:99:0|1:536302_A_C:4556,0,100:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:1|1:536302_A_C:6525,478,0:. 0|0:14,0:14:8:.:.:0,8,430:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5203,487,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:1|1:536302_A_C:4371,319,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1556:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,759:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:455,0:455:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1676:. 1|1:0,20:20:60:.:.:624,60,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,191:230:99:0|1:536302_A_C:5362,0,647:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,17:92:99:0|1:536302_A_C:287,0,2353:. 0|1:114,93:207:99:.:.:1840,0,4263:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1360:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,2:44:72:.:.:0,72,1293:. 0|1:202,22:224:4:.:.:4,0,6344:. 1|1:3,262:265:99:.:.:6652,666,0:. 0|1:86,50:136:99:.:.:1049,0,2993:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,14:177:76:.:.:0,76,5086:. 1|1:7,181:188:99:1|1:536302_A_C:7044,168,0:. 1|1:0,94:94:99:1|1:536302_A_C:3448,284,0:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,73:131:99:.:.:1791,0,1581:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,794:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,238:244:99:.:.:5927,467,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,28:98:99:.:.:559,0,2262:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:456,0:456:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,229:229:99:1|1:536302_A_C:9502,708,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:30,105:135:99:0|1:536302_A_C:3875,0,813:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:1,134:135:99:1|1:536302_A_C:5393,375,0:. 1|1:0,142:142:99:1|1:536302_A_C:5959,436,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1477:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:120,92:212:99:0|1:536302_A_C:3073,0,4429:. 1|0:106,124:230:99:0|1:536302_A_C:4377,0,3752:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,360:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,157:188:99:0|1:536302_A_C:5805,0,674:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:31,141:172:99:0|1:536302_A_C:5372,0,850:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1291:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 536312 . A G 5.50791e+06 PASS FS=0;MQ=60.62;QD=32.18;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=G2888;SNPEFF_CODON_CHANGE=ggA/ggG;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.697;VQSLOD=6.86;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.31;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.99;GC=33.33;GQ_MEAN=227.62;GQ_STDDEV=297.37;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6317;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.176;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10176000;AF=0.191;AS_InbreedingCoeff=0.2917;MLEAC=1001;MLEAF=0.191;AN=858;AC=242 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1358:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,25:74:99:0|1:536312_A_G:849,0,2036:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,44:47:9:1|1:536312_A_G:1716,9,0:. 0|0:48,0:48:97:.:.:0,97,1406:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,27:57:99:0|1:536312_A_G:1011,0,1192:. 1|1:0,76:76:99:1|1:536312_A_G:3325,235,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1639:. 1|0:22,11:33:99:1|0:536302_A_C:397,0,1005:. 0|0:20,0:20:39:.:.:0,39,585:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,24:24:72:1|1:536312_A_G:1056,72,0:. 0|0:33,0:33:63:.:.:0,63,945:. 1|0:14,41:55:99:0|1:536312_A_G:1613,0,772:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1429:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440:. 0|1:79,11:90:99:0|1:536312_A_G:186,0,3370:. 1|1:0,9:9:33:1|1:536312_A_G:452,33,0:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1401:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1508:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:98:.:.:0,98,1219:. 0|0:56,3:59:63:0|1:536312_A_G:0,63,3001:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:88,6:94:49:0|1:536312_A_G:0,49,3736:. 0|1:57,31:88:99:0|1:536312_A_G:1046,0,3193:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:1|1:536312_A_G:5723,403,0:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,2717:. 1|0:55,10:65:99:0|1:536312_A_G:220,0,2679:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:10,75:85:99:0|1:536312_A_G:3055,0,324:. 1|0:52,10:62:99:1|0:536302_A_C:238,0,2519:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,779:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,130:193:99:1|0:536302_A_C:5113,0,2576:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1113:. 0|1:63,24:87:99:0|1:536312_A_G:749,0,3484:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1343:. 0|1:65,9:74:99:0|1:536312_A_G:176,0,2714:. 1|0:57,27:84:99:1|0:536302_A_C:951,0,2739:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:22,36:58:99:0|1:536312_A_G:1440,0,1147:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:76,9:85:99:0|1:536312_A_G:144,0,3928:. 0|1:55,54:109:99:0|1:536312_A_G:2083,0,2210:. 1|1:0,83:83:99:1|1:536312_A_G:3770,262,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1057:. 1|0:12,25:37:99:0|1:536312_A_G:987,0,621:. 1|1:0,106:106:99:1|1:536312_A_G:4720,334,0:. 0|0:73,4:77:67:0|1:536312_A_G:0,67,3158:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:536312_A_G:2207,156,0:. 0|1:119,29:148:99:1|0:536302_A_C:806,0,5701:. 0|1:17,62:79:99:0|1:536312_A_G:2429,0,803:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,47:47:99:1|1:536312_A_G:2067,141,0:. 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:38,50:88:99:0|1:536312_A_G:1907,0,1976:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,97:97:99:1|1:536312_A_G:4271,292,0:. 0|0:78,6:84:1:0|1:536312_A_G:0,1,3431:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1044:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,73:81:99:0|1:536312_A_G:3015,0,215:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,15:81:99:0|1:536312_A_G:431,0,3661:. 1|0:77,27:104:99:0|1:536312_A_G:894,0,3867:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1297:. 1|1:4,104:108:99:1|1:536312_A_G:4394,166,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,65:135:99:0|1:536312_A_G:2471,0,3741:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:1|1:536312_A_G:5725,394,0:. 1|0:12,72:84:99:0|1:536312_A_G:2897,0,343:. 0|1:93,18:111:99:0|1:536312_A_G:467,0,5121:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:123,17:140:99:0|1:536312_A_G:328,0,5223:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:1|1:536312_A_G:6929,481,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:1|1:536312_A_G:8847,619,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,102:178:99:0|1:536312_A_G:4002,0,3952:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,30:148:99:0|1:536312_A_G:808,0,6399:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:1|1:536312_A_G:6160,433,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:95,46:141:99:0|1:536312_A_G:1557,0,4520:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,48:137:99:1|0:536302_A_C:1692,0,3823:. 1|0:10,103:113:99:0|1:536312_A_G:4211,0,136:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:120,18:138:99:0|1:536312_A_G:350,0,5141:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,85:117:99:0|1:536312_A_G:3420,0,1159:. 0|1:127,11:138:59:0|1:536312_A_G:59,0,5716:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,142:142:99:1|1:536312_A_G:6332,436,0:. 1|1:0,181:181:99:1|1:536312_A_G:8042,550,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:1|1:536312_A_G:4127,286,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,15:147:99:0|1:536312_A_G:198,0,6722:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,35:63:99:0|1:536312_A_G:1328,0,1427:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:18,50:68:99:0|1:536312_A_G:2005,0,977:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:93,26:119:99:0|1:536312_A_G:802,0,4321:. 1|0:17,60:77:99:0|1:536312_A_G:2439,0,643:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,95:147:99:1|0:536302_A_C:3808,0,2325:. 0|1:121,34:155:99:0|1:536312_A_G:1036,0,5033:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,105:105:99:1|1:536312_A_G:4549,322,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,50:50:99:1|1:536312_A_G:2253,154,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,106:113:34:1|1:536302_A_C:4419,34,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,59:110:99:0|1:536312_A_G:2255,0,2045:. 1|1:0,102:102:99:1|1:536312_A_G:4579,313,0:. 0|1:49,22:71:99:0|1:536312_A_G:750,0,2059:. 0|1:54,17:71:99:1|0:536302_A_C:542,0,2325:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,115:137:99:0|1:536312_A_G:4693,0,753:. 0|1:28,65:93:99:1|0:536302_A_C:2543,0,1088:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:536312_A_G:4454,310,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:176:99:.:.:7608,538,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1103:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,40:135:99:0|1:536312_A_G:1335,0,4324:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,56:56:99:1|1:536312_A_G:2454,174,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:536312_A_G:2701,190,0:. 0|1:79,8:87:72:0|1:536312_A_G:72,0,3489:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,27:72:99:0|1:536312_A_G:922,0,1837:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1372:. 0|1:48,13:61:99:0|1:536312_A_G:410,0,2308:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|1:52,36:88:99:0|1:536312_A_G:1341,0,2083:. 1|0:30,15:45:99:0|1:536312_A_G:540,0,1626:. 1|1:0,60:60:99:1|1:536312_A_G:2667,181,0:. 0|1:20,34:54:99:0|1:536312_A_G:1247,0,829:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:47,29:76:99:0|1:536312_A_G:1036,0,2263:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1080:. 1|1:0,137:137:99:1|1:536312_A_G:6073,418,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:1|1:536312_A_G:3125,217,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:536312_A_G:2223,153,0:. 1|0:4,51:55:29:0|1:536312_A_G:2057,0,29:. 0|0:166,10:176:95:0|1:536312_A_G:0,95,8178:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,5:7:99:0|1:536312_A_G:195,0,100:. 1|0:50,91:141:99:0|1:536312_A_G:3706,0,2181:. 0|1:66,21:87:99:0|1:536312_A_G:683,0,3674:. 1|0:64,72:136:99:0|1:536312_A_G:2822,0,3057:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1421:. 1|0:89,16:105:99:0|1:536312_A_G:382,0,3979:. 1|1:2,135:137:99:1|1:536312_A_G:5888,284,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,31:31:93:1|1:536312_A_G:1370,93,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,96:97:99:1|1:536312_A_G:4236,243,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,13:13:39:1|1:536312_A_G:566,39,0:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,11:87:99:0|1:536302_A_C:290,0,3611:. 1|1:2,49:51:28:1|1:536312_A_G:2004,28,0:. 1|0:8,75:83:99:0|1:536312_A_G:3052,0,206:. 1|1:0,67:67:99:1|1:536312_A_G:2958,179,0:. 0|1:13,3:16:87:0|1:536312_A_G:87,0,538:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,108:108:99:1|1:536312_A_G:4844,328,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1422:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:76,49:125:99:0|1:536312_A_G:1803,0,4891:. 1|1:0,123:123:99:1|1:536312_A_G:5517,376,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:536312_A_G:4577,310,0:. 0|1:149,13:162:71:1|0:536302_A_C:71,0,6466:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,12:12:39:1|1:536312_A_G:551,39,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,132:132:99:1|1:536312_A_G:5852,406,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,47:139:99:0|1:536312_A_G:1679,0,3702:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1556:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,759:. 1|0:51,20:71:99:0|1:536312_A_G:686,0,2331:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,137:137:99:1|1:536312_A_G:6052,415,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,75:75:99:1|1:536312_A_G:3400,232,0:. 1|1:0,127:127:99:1|1:536312_A_G:5693,394,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,143:143:99:1|1:536312_A_G:6435,448,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,446:446:99:1|1:536312_A_G:19724,1360,0:. 1|1:0,51:51:99:1|1:536312_A_G:2284,157,0:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 1|1:1,60:61:99:1|1:536312_A_G:2543,127,0:. 1|1:1,72:73:99:1|1:536312_A_G:3152,153,0:. 1|1:0,142:142:99:1|1:536312_A_G:6392,439,0:. 1|1:0,184:184:99:1|1:536312_A_G:8203,563,0:. 1|1:1,215:216:99:1|1:536312_A_G:9026,612,0:. 1|1:1,122:123:99:1|1:536312_A_G:5293,303,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,218:218:99:1|1:536312_A_G:9766,674,0:. 1|1:0,277:277:99:1|1:536312_A_G:12043,849,0:. 1|0:120,109:229:99:0|1:536312_A_G:4204,0,7170:. 1|1:0,234:234:99:1|1:536312_A_G:9784,703,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:5,74:79:99:0|1:536312_A_G:3120,0,113:. 1|1:3,224:227:99:1|1:536312_A_G:9770,563,0:. 1|1:0,178:178:99:1|1:536312_A_G:7848,538,0:. 1|1:0,139:139:99:1|1:536312_A_G:6228,427,0:. 1|1:2,188:190:99:1|1:536312_A_G:8208,482,0:. 0|1:27,164:191:99:0|1:536312_A_G:6634,0,943:. 1|1:0,205:205:99:1|1:536312_A_G:9138,623,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,101:205:99:.:.:3721,0,4083:. 1|1:0,38:38:99:1|1:536312_A_G:1635,117,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,33:77:99:0|1:536312_A_G:1207,0,1791:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,171:175:99:1|1:536312_A_G:7295,251,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1360:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,28:43:99:0|1:536312_A_G:1053,0,517:. 0|1:202,19:221:99:0|1:536312_A_G:151,0,8457:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,11:123:99:0|1:536312_A_G:113,0,5001:. 1|0:89,140:229:99:0|1:536312_A_G:5195,0,3780:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,192:194:99:1|1:536312_A_G:8183,478,0:. 0|0:163,11:174:19:0|1:536312_A_G:0,19,6963:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:197,25:222:99:0|1:536312_A_G:430,0,9944:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,11:132:87:0|1:536312_A_G:87,0,4997:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,792:. 0|1:50,187:237:99:0|1:536312_A_G:7595,0,1493:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:11,207:218:99:1|1:536312_A_G:8639,145,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,6:103:43:0|1:536312_A_G:0,43,4327:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,144:145:99:1|1:536312_A_G:6319,392,0:. 0|1:113,114:227:99:0|1:536312_A_G:4036,0,4272:. 1|1:17,437:454:99:1|1:536312_A_G:18814,651,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:536312_A_G:3443,241,0:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,170:172:99:1|1:536312_A_G:7239,445,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,3:67:70:0|1:536312_A_G:0,70,2726:. 1|0:24,47:71:99:0|1:536312_A_G:1924,0,851:. 1|1:0,95:95:99:1|1:536312_A_G:4235,289,0:. 1|1:0,142:142:99:1|1:536312_A_G:6293,430,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:94,26:120:99:1|0:536302_A_C:797,0,4070:. 1|1:0,148:148:99:1|1:536312_A_G:6501,451,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,49:49:99:1|1:536312_A_G:2173,150,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:536312_A_G:2270,157,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,16:16:48:1|1:536312_A_G:667,48,0:. 1|1:0,193:193:99:1|1:536312_A_G:8532,581,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,11:11:33:1|1:536312_A_G:480,33,0:. 1|1:1,168:171:99:.:.:7342,442,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:35:.:.:0,35,3957:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:1|1:536312_A_G:5973,409,0:. 1|0:243,168:411:99:0|1:536312_A_G:6241,0,11568:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1291:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 536315 . T C 5.49279e+06 PASS FS=0;MQ=60.61;QD=32.41;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N2889;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.706;VQSLOD=5.81;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.989;GC=23.81;GQ_MEAN=225.05;GQ_STDDEV=300.49;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6317;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.288;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=10126321;AF=0.191;AS_InbreedingCoeff=0.2902;MLEAC=1007;MLEAF=0.192;AN=858;AC=242 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1358:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,24:72:99:0|1:536312_A_G:845,0,2120:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,40:43:6:1|1:536312_A_G:1692,6,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1468:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,27:55:99:0|1:536312_A_G:1005,0,1234:. 1|1:0,76:76:99:1|1:536312_A_G:3326,235,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1639:. 1|0:21,12:33:99:1|0:536302_A_C:397,0,1005:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,24:24:72:1|1:536312_A_G:1056,72,0:. 0|0:33,0:33:63:.:.:0,63,945:. 1|0:16,41:57:99:0|1:536312_A_G:1607,0,772:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1429:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:79,11:90:99:0|1:536312_A_G:192,0,3325:. 1|1:0,11:11:33:1|1:536312_A_G:452,33,0:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1401:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1508:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:60,3:63:60:0|1:536312_A_G:0,60,2978:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:86,5:91:71:0|1:536312_A_G:0,71,3755:. 0|1:60,29:89:99:0|1:536312_A_G:1019,0,3224:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:536312_A_G:5716,400,0:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,2550:. 1|0:52,10:62:99:0|1:536312_A_G:223,0,2655:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:9,73:82:99:0|1:536312_A_G:3010,0,307:. 1|0:48,9:57:99:1|0:536302_A_C:238,0,2522:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,779:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,127:184:99:1|0:536302_A_C:5077,0,2537:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1113:. 0|1:65,22:87:99:0|1:536312_A_G:728,0,3445:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1343:. 0|1:63,9:72:99:0|1:536312_A_G:179,0,2691:. 1|0:55,27:82:99:1|0:536302_A_C:954,0,2715:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:23,36:59:99:0|1:536312_A_G:1413,0,1177:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:77,10:87:99:0|1:536312_A_G:141,0,3970:. 0|1:53,55:108:99:0|1:536312_A_G:2086,0,2183:. 1|1:0,88:88:99:1|1:536312_A_G:3853,271,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1058:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1057:. 1|0:12,24:36:99:0|1:536312_A_G:987,0,621:. 1|1:0,107:107:99:1|1:536312_A_G:4693,331,0:. 0|0:74,4:78:77:0|1:536312_A_G:0,77,3293:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:536312_A_G:2207,156,0:. 0|1:116,27:143:99:1|0:536302_A_C:806,0,5701:. 0|1:18,60:78:99:0|1:536312_A_G:2410,0,806:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,47:47:99:1|1:536312_A_G:2067,141,0:. 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:38,47:85:99:0|1:536312_A_G:1882,0,1979:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,95:95:99:1|1:536312_A_G:4245,289,0:. 0|0:78,5:83:1:0|1:536312_A_G:0,1,3450:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1044:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,73:81:99:0|1:536312_A_G:2990,0,218:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,15:82:99:0|1:536312_A_G:425,0,3716:. 1|0:75,28:103:99:0|1:536312_A_G:894,0,3867:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1297:. 1|1:3,99:102:99:1|1:536312_A_G:4297,161,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,63:132:99:0|1:536312_A_G:2450,0,3744:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,127:127:99:1|1:536312_A_G:5728,394,0:. 1|0:13,70:83:99:0|1:536312_A_G:2917,0,340:. 0|1:94,19:113:99:0|1:536312_A_G:490,0,5118:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:125,17:142:99:0|1:536312_A_G:322,0,5307:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:1|1:536312_A_G:6874,475,0:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,200:200:99:1|1:536312_A_G:8818,616,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,103:180:99:0|1:536312_A_G:3996,0,4000:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:112,28:140:99:0|1:536312_A_G:830,0,6399:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,138:138:99:1|1:536312_A_G:6187,436,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:93,47:140:99:0|1:536312_A_G:1569,0,4429:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:89,47:136:99:1|0:536302_A_C:1688,0,3635:. 1|0:10,102:112:99:0|1:536312_A_G:4212,0,136:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:123,17:140:99:0|1:536312_A_G:317,0,5289:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:32,85:117:99:0|1:536312_A_G:3392,0,1221:. 0|1:125,10:135:32:0|1:536312_A_G:32,0,5799:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:536312_A_G:6251,427,0:. 1|1:0,181:181:99:1|1:536312_A_G:8096,556,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:1|1:536312_A_G:4155,289,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,15:143:99:0|1:536312_A_G:201,0,6698:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,34:63:99:0|1:536312_A_G:1306,0,1406:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:22,51:73:99:0|1:536312_A_G:2004,0,977:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:93,27:120:99:0|1:536312_A_G:805,0,4335:. 1|0:18,59:77:99:0|1:536312_A_G:2439,0,643:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,98:149:99:1|0:536302_A_C:3811,0,2303:. 0|1:121,34:155:99:0|1:536312_A_G:1039,0,5069:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,101:101:99:1|1:536312_A_G:4502,316,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,51:51:99:1|1:536312_A_G:2284,157,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,105:112:25:1|1:536302_A_C:4337,25,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,56:107:99:0|1:536312_A_G:2234,0,2045:. 1|1:0,104:104:99:1|1:536312_A_G:4579,313,0:. 0|1:50,23:73:99:0|1:536312_A_G:765,0,2140:. 0|1:55,17:72:99:1|0:536302_A_C:533,0,2468:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,114:135:99:0|1:536312_A_G:4718,0,729:. 0|1:28,62:90:99:1|0:536302_A_C:2541,0,1088:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:536312_A_G:4376,301,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:.:.:7654,539,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1103:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,38:134:99:0|1:536312_A_G:1284,0,4362:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,56:56:99:1|1:536312_A_G:2452,174,0:. 1|1:2,58:60:99:1|1:536312_A_G:1515,145,0:. 0|1:80,7:87:44:0|1:536312_A_G:44,0,3548:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,24:70:99:0|1:536312_A_G:922,0,1837:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1372:. 0|1:47,14:61:99:0|1:536312_A_G:416,0,2268:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:52,36:88:99:0|1:536312_A_G:1338,0,2125:. 1|0:30,15:45:99:0|1:536312_A_G:540,0,1626:. 1|1:0,59:59:99:1|1:536312_A_G:2667,181,0:. 0|1:18,30:48:99:0|1:536312_A_G:1227,0,832:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:47,28:75:99:0|1:536312_A_G:1037,0,2263:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1080:. 1|1:0,136:136:99:1|1:536312_A_G:6073,418,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,71:71:99:1|1:536312_A_G:3125,217,0:. 1|1:0,51:51:99:1|1:536312_A_G:2223,153,0:. 1|0:4,51:55:29:0|1:536312_A_G:2057,0,29:. 0|0:169,10:179:98:0|1:536312_A_G:0,98,8244:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,5:7:99:0|1:536312_A_G:195,0,100:. 1|0:50,94:144:99:0|1:536312_A_G:3708,0,2156:. 0|1:66,21:87:99:0|1:536312_A_G:680,0,3701:. 1|0:56,71:127:99:0|1:536312_A_G:2828,0,3007:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1421:. 1|0:87,16:103:99:0|1:536312_A_G:382,0,4000:. 1|1:3,135:138:99:1|1:536312_A_G:5888,284,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,31:31:96:1|1:536312_A_G:1396,96,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,95:96:99:1|1:536312_A_G:4207,240,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,12:12:39:1|1:536312_A_G:566,39,0:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,14:84:99:0|1:536302_A_C:270,0,3575:. 1|1:2,46:48:22:1|1:536312_A_G:1951,22,0:. 1|0:7,73:80:99:0|1:536312_A_G:3083,0,180:. 1|1:1,67:68:99:1|1:536312_A_G:2963,179,0:. 0|1:12,3:15:87:0|1:536312_A_G:87,0,538:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,108:108:99:1|1:536312_A_G:4808,325,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1422:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:73,47:120:99:0|1:536312_A_G:1781,0,4844:. 1|1:0,123:123:99:1|1:536312_A_G:5520,376,0:. 1|1:0,101:101:99:1|1:536312_A_G:4607,313,0:. 0|1:147,14:161:99:1|0:536302_A_C:122,0,6271:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,12:12:39:1|1:536312_A_G:551,39,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,129:129:99:1|1:536312_A_G:5837,403,0:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,46:137:99:0|1:536312_A_G:1649,0,3760:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1556:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,759:. 1|0:48,20:68:99:0|1:536312_A_G:689,0,2302:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:1|1:536312_A_G:6052,415,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,74:74:99:1|1:536312_A_G:3369,229,0:. 1|1:0,125:125:99:1|1:536312_A_G:5630,388,0:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:1|1:536312_A_G:6396,445,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,430:430:99:1|1:536312_A_G:19649,1351,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:536312_A_G:2252,154,0:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|1:1,61:62:99:1|1:536312_A_G:2543,127,0:. 1|1:1,72:73:99:1|1:536312_A_G:3181,156,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:536312_A_G:6325,433,0:. 1|1:0,181:181:99:1|1:536312_A_G:8213,563,0:. 1|1:1,211:212:99:1|1:536312_A_G:8997,609,0:. 1|1:1,117:118:99:1|1:536312_A_G:5219,294,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,219:219:99:1|1:536312_A_G:9729,671,0:. 1|1:0,280:280:99:1|1:536312_A_G:11996,848,0:. 1|0:119,110:229:99:0|1:536312_A_G:4204,0,7174:. 1|1:0,225:225:99:1|1:536312_A_G:9784,703,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:5,76:81:99:0|1:536312_A_G:3142,0,110:. 1|1:3,218:221:99:1|1:536312_A_G:9682,554,0:. 1|1:0,176:176:99:1|1:536312_A_G:7836,538,0:. 1|1:0,143:143:99:1|1:536312_A_G:6295,433,0:. 1|1:2,183:185:99:1|1:536312_A_G:8208,482,0:. 0|1:28,157:185:99:0|1:536312_A_G:6631,0,965:. 1|1:0,205:205:99:1|1:536312_A_G:9179,626,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,102:199:99:.:.:3707,0,3926:. 1|1:0,36:36:99:1|1:536312_A_G:1603,114,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,34:78:99:0|1:536312_A_G:1207,0,1791:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,167:171:99:1|1:536312_A_G:7205,242,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1360:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,28:42:99:0|1:536312_A_G:1056,0,489:. 0|1:201,18:219:99:0|1:536312_A_G:139,0,8392:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,11:121:99:0|1:536312_A_G:116,0,4977:. 1|0:84,138:222:99:0|1:536312_A_G:5170,0,3703:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,189:191:99:1|1:536312_A_G:8126,472,0:. 0|0:162,12:174:16:0|1:536312_A_G:0,16,6916:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:193,25:218:99:0|1:536312_A_G:433,0,9907:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:116,12:128:99:0|1:536312_A_G:99,0,4856:. 0|0:25,0:25:26:.:.:0,26,639:. 0|1:48,187:235:99:0|1:536312_A_G:7616,0,1542:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:10,204:214:99:1|1:536312_A_G:8644,145,0:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,6:101:37:0|1:536312_A_G:0,37,4268:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,140:141:99:1|1:536312_A_G:6278,387,0:. 0|1:106,112:218:99:0|1:536312_A_G:4017,0,4195:. 1|1:17,432:449:99:1|1:536312_A_G:18659,636,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:536312_A_G:3438,241,0:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,175:177:99:1|1:536312_A_G:7176,438,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,3:64:79:0|1:536312_A_G:0,79,2875:. 1|0:23,49:72:99:0|1:536312_A_G:1943,0,890:. 1|1:0,93:93:99:1|1:536312_A_G:4243,289,0:. 1|1:0,137:137:99:1|1:536312_A_G:6285,430,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:94,26:120:99:1|0:536302_A_C:770,0,4100:. 1|1:0,142:142:99:1|1:536312_A_G:6527,454,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,48:48:99:1|1:536312_A_G:2140,147,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:1|1:536312_A_G:2207,150,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,14:14:42:1|1:536312_A_G:615,42,0:. 1|1:0,190:190:99:1|1:536312_A_G:8569,584,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,10:10:33:1|1:536312_A_G:480,33,0:. 1|1:1,163:164:99:.:.:7377,442,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:2:.:.:0,2,3798:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,131:131:99:1|1:536312_A_G:5998,412,0:. 1|0:232,165:397:99:0|1:536312_A_G:6237,0,11542:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1291:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 536327 . T A 1.02956e+07 PASS FS=0;MQ=60.2;QD=33.6;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=N2893K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aaT/aaA;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.625;VQSLOD=7.41;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.981;GC=9.52;GQ_MEAN=224.34;GQ_STDDEV=238.15;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6605;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.184;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9075321;AF=0.473;AS_InbreedingCoeff=0.0286;MLEAC=2490;MLEAF=0.477;AN=858;AC=286 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,45:45:99:1|1:536327_T_A:1718,138,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:536327_T_A:3957,319,0:. 0|1:65,25:90:99:0|1:536327_T_A:688,0,2582:. 1|0:28,47:75:99:0|1:536327_T_A:1618,0,1018:. 1|1:7,69:76:10:1|1:536327_T_A:2573,10,0:. 0|0:36,3:39:21:1|0:536312_A_G:0,21,1468:. 1|1:0,48:48:99:1|1:536327_T_A:1839,147,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,89:90:99:1|1:536327_T_A:3355,219,0:. 1|1:1,79:80:99:1|1:536302_A_C:3422,217,0:. 1|0:31,28:59:99:1|0:536312_A_G:1029,0,1214:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:56:.:.:0,56,1996:. 0|1:16,15:31:99:0|1:536302_A_C:600,0,721:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,40:40:99:1|1:536302_A_C:1838,126,0:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,32:32:99:1|1:536327_T_A:1232,99,0:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,819:. 0|0:26,0:26:67:.:.:0,67,789:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1314:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1429:. 1|1:0,177:177:99:1|1:536327_T_A:6921,543,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:536327_T_A:2068,162,0:. 1|1:0,48:48:99:1|1:536327_T_A:1852,147,0:. 1|0:13,78:91:99:1|0:536312_A_G:2662,0,328:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,279:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1401:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:2,84:86:99:1|1:536302_A_C:3598,209,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:536302_A_C:2269,153,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1508:. 0|1:89,44:133:99:0|1:536302_A_C:1467,0,3387:. 1|1:2,77:79:99:1|1:536327_T_A:2891,155,0:. 0|1:8,31:39:99:0|1:536327_T_A:1087,0,203:. 0|1:45,16:61:99:1|0:536312_A_G:451,0,1784:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1378:. 1|0:7,77:84:59:1|0:536312_A_G:2716,0,59:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,8:54:99:1|0:536312_A_G:157,0,1899:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1047:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,84:84:99:1|1:536327_T_A:3258,252,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,849:. 1|1:4,70:74:99:.:.:1995,117,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:536327_T_A:3322,271,0:. 0|1:4,36:40:3:.:.:959,0,3:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1343:. 1|0:12,61:73:99:1|0:536312_A_G:2178,0,317:. 0|1:58,18:76:99:0|1:536302_A_C:581,0,2981:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1710:. 1|1:0,110:110:99:1|1:536327_T_A:4285,334,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:1|1:536327_T_A:1296,105,0:. 1|0:61,15:76:99:1|0:536312_A_G:410,0,2466:. 1|0:65,38:103:99:.:.:864,0,1686:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,38:38:99:1|1:536327_T_A:1439,117,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1057:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1710:. 1|0:5,69:74:11:1|0:536312_A_G:2401,0,11:. 1|0:84,11:95:36:.:.:36,0,2335:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:79,63:142:99:0|1:536302_A_C:2355,0,4359:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,50:50:99:1|1:536327_T_A:1947,153,0:. 1|1:0,54:54:99:1|1:536302_A_C:2349,174,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1389:. 1|0:17,19:36:99:0|1:536327_T_A:670,0,544:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,48:48:99:1|1:536302_A_C:2161,147,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:44,27:71:99:.:.:613,0,1678:. 1|0:30,6:36:99:0|1:536327_T_A:145,0,1199:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,133:134:99:1|1:536327_T_A:5038,395,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1715:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1269:. 0|1:25,16:41:99:0|1:536327_T_A:479,0,913:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,25:141:99:.:.:467,0,4588:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,174:183:99:.:.:4885,280,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:70,11:81:99:1|0:536312_A_G:184,0,2955:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,8:101:24:.:.:0,24,3932:. 1|1:9,206:215:99:.:.:7789,307,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:24,110:134:99:0|1:536327_T_A:3948,0,651:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:43,108:151:99:0|1:536327_T_A:3820,0,1205:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,44:141:99:.:.:1358,0,3815:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:536327_T_A:4006,313,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,178:178:99:1|1:536327_T_A:6936,535,0:. 1|0:24,107:131:99:0|1:536327_T_A:3564,0,689:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,48:121:99:.:.:1514,0,2305:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:4,79:83:99:1|1:536327_T_A:3071,103,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:536327_T_A:5531,436,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:101,39:140:99:1|0:536312_A_G:1108,0,4079:. 1|1:1,155:156:99:1|1:536327_T_A:5880,464,0:. 0|1:44,82:126:99:0|1:536302_A_C:3314,0,1598:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:19,124:143:99:1|0:536312_A_G:4541,0,416:. 1|1:0,166:166:99:1|1:536302_A_C:7421,512,0:. 1|0:99,14:113:87:.:.:87,0,2587:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,22:108:99:1|0:536312_A_G:622,0,3503:. 1|0:41,82:123:99:1|0:536312_A_G:2842,0,1506:. 1|0:49,112:161:99:0|1:536327_T_A:3878,0,1699:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,134:134:99:1|1:536302_A_C:6175,424,0:. 1|1:0,157:157:99:1|1:536302_A_C:7129,487,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:81,39:120:99:0|1:536327_T_A:1131,0,3072:. 0|1:118,18:136:99:1|0:536312_A_G:250,0,4937:. 1|1:0,180:180:99:1|1:536327_T_A:6974,556,0:. 1|1:0,101:101:99:1|1:536327_T_A:4204,321,0:. 1|1:0,87:87:99:1|1:536327_T_A:3420,264,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,5:63:34:1|0:536312_A_G:0,34,2079:. 0|1:56,40:96:99:0|1:536327_T_A:1269,0,2156:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,987:. 1|1:0,160:160:99:1|1:536327_T_A:6152,481,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,106:115:63:0|1:536327_T_A:3754,0,63:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:75,41:116:99:0|1:536327_T_A:1176,0,3009:. 0|1:65,9:74:99:1|0:536312_A_G:129,0,2688:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:124,21:145:99:0|1:536302_A_C:521,0,5848:. 1|0:38,116:154:99:.:.:4006,0,1244:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,128:128:99:1|1:536327_T_A:4974,399,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,945:. 1|1:0,84:84:99:1|1:536327_T_A:2864,255,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,7:107:55:0|1:536302_A_C:0,55,4092:. 1|1:0,91:91:99:1|1:536302_A_C:3551,274,0:. 0|1:58,47:105:99:1|0:536312_A_G:1703,0,2353:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:26,50:76:99:1|0:536312_A_G:1657,0,926:. 1|0:14,49:63:99:0|1:536302_A_C:2058,0,476:. 0|1:40,58:98:99:0|1:536327_T_A:1457,0,1260:. 1|0:81,40:121:99:0|1:536302_A_C:1299,0,3221:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,12:82:99:0|1:536327_T_A:219,0,2967:. 0|0:97,0:97:74:.:.:0,74,2536:. 1|1:1,63:64:99:1|1:536327_T_A:2436,162,0:. 1|1:0,173:173:99:1|1:536302_A_C:7788,532,0:. 1|1:0,108:108:99:1|1:536327_T_A:4223,334,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,115:115:99:1|1:536302_A_C:5146,346,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:1|1:536327_T_A:3797,291,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,23:88:99:0|1:536327_T_A:617,0,2760:. 1|1:1,85:86:99:1|1:536327_T_A:3265,202,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1103:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,69:69:99:1|1:536302_A_C:2929,214,0:. 0|0:109,0:109:18:.:.:0,18,2688:. 1|1:0,88:88:99:1|1:536327_T_A:3462,273,0:. 1|0:109,24:133:99:.:.:565,0,4415:. 0|1:16,81:97:99:0|1:536327_T_A:2799,0,391:. 1|0:7,35:42:99:0|1:536327_T_A:1205,0,210:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1231:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1100:. 1|0:62,26:88:99:.:.:539,0,2419:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:110,13:123:99:0|1:536327_T_A:151,0,4833:. 0|1:70,9:79:99:0|1:536302_A_C:176,0,4472:. 1|1:0,160:160:99:1|1:536327_T_A:6238,484,0:. 1|0:62,85:147:99:0|1:536327_T_A:2773,0,2168:. 1|1:0,117:117:99:1|1:536302_A_C:5363,364,0:. 0|0:65,3:68:99:.:.:0,109,1922:. 1|1:9,131:140:99:.:.:4563,122,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:53,5:58:22:.:.:0,22,1500:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:44,46:90:99:.:.:1234,0,1647:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1184:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,3:44:42:.:.:0,42,1172:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,67:67:99:1|1:536327_T_A:2553,207,0:. 0|1:59,14:73:99:1|0:536312_A_G:357,0,2353:. 1|1:0,188:188:99:1|1:536327_T_A:7163,568,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1185:. 0|0:50,3:53:68:.:.:0,68,1433:. 1|0:84,90:174:99:1|0:536312_A_G:3028,0,3164:. 1|1:0,92:92:99:1|1:536327_T_A:3420,279,0:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:127,13:140:30:.:.:0,30,3516:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,20:84:99:0|1:536327_T_A:546,0,2565:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1421:. 0|1:60,36:96:99:0|1:536302_A_C:1335,0,2869:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:5,40:45:99:0|1:536302_A_C:1619,0,113:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:67,207:274:99:.:.:5340,0,1256:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:4:.:.:0,4,295:. 1|1:0,19:19:57:1|1:536302_A_C:855,57,0:. 0|1:19,118:137:99:0|1:536327_T_A:4229,0,512:. 0|1:53,29:82:99:.:.:615,0,2058:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1733:. 1|0:5,8:13:99:1|0:536312_A_G:262,0,161:. 0|1:29,23:52:99:0|1:536327_T_A:696,0,1115:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,93:93:99:1|1:536302_A_C:4194,283,0:. 0|1:6,22:28:99:0|1:536327_T_A:770,0,185:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1422:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,118:118:99:1|1:536327_T_A:4822,361,0:. 1|1:0,129:129:99:1|1:536302_A_C:6100,415,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,102:102:99:1|1:536327_T_A:4135,313,0:. 1|1:0,124:124:99:1|1:536327_T_A:5013,376,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,167:167:99:1|1:536327_T_A:6879,509,0:. 1|1:0,102:102:99:1|1:536302_A_C:4615,310,0:. 0|1:8,104:112:84:0|1:536327_T_A:3865,0,84:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,98:98:99:1|1:536327_T_A:3946,295,0:. 1|0:50,86:136:99:1|0:536312_A_G:3168,0,1854:. 1|1:0,146:146:99:1|1:536327_T_A:5918,451,0:. 0|1:26,82:108:99:.:.:2556,0,590:. 1|1:0,53:53:99:1|1:536327_T_A:2187,159,0:. 1|1:0,55:55:99:1|1:536327_T_A:2309,172,0:. 1|1:0,133:133:99:1|1:536327_T_A:5373,403,0:. 1|1:0,26:26:78:1|1:536327_T_A:1003,78,0:. 0|1:33,33:66:99:1|0:536312_A_G:1109,0,1421:. 1|1:0,102:102:99:1|1:536327_T_A:4127,310,0:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,2737:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,131:134:99:1|1:536327_T_A:5205,268,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,482:482:99:1|1:536327_T_A:19558,1459,0:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1461:. 0|0:18,0:18:35:.:.:0,35,571:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1410:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1449:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:5,189:194:99:1|1:536327_T_A:7435,408,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,64:64:99:1|1:536327_T_A:2577,196,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,228:228:99:1|1:536302_A_C:10159,698,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,86:87:99:1|1:536302_A_C:3544,204,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,977:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:131,74:205:99:0|1:536327_T_A:2374,0,6147:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,195:195:99:1|1:536327_T_A:7975,599,0:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,161:166:99:1|1:536327_T_A:6388,296,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1360:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1440:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,45:118:99:0|1:536327_T_A:1461,0,2919:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:149,25:174:99:0|1:536327_T_A:443,0,5670:. 1|1:7,173:180:99:1|1:536302_A_C:7429,124,0:. 1|0:23,64:87:99:0|1:536302_A_C:2314,0,715:. 0|1:116,86:202:99:1|0:536312_A_G:2853,0,5089:. 1|0:72,19:91:99:.:.:355,0,2151:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,18:18:54:1|1:536327_T_A:695,54,0:. 1|0:185,38:223:99:0|1:536327_T_A:857,0,7879:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,181:182:99:.:.:5959,509,0:. 1|0:21,188:209:99:.:.:5510,0,106:. 1|0:83,14:97:99:.:.:114,0,3390:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:12,158:170:15:0|1:536327_T_A:5862,0,15:. 1|1:6,197:203:99:1|1:536327_T_A:7854,343,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:190,16:206:65:.:.:0,65,6963:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1408:. 1|1:4,317:321:99:.:.:12562,773,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,201:203:99:.:.:8042,529,0:. 1|1:0,205:205:99:1|1:536302_A_C:9293,629,0:. 1|1:3,58:61:49:1|1:536312_A_G:2186,49,0:. 0|1:49,22:71:99:1|0:536312_A_G:692,0,2098:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,74:110:99:0|1:536327_T_A:2746,0,1655:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:23,96:119:99:0|1:536302_A_C:4033,0,668:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:0,123:123:99:1|1:536302_A_C:5632,379,0:. 1|1:0,132:132:99:1|1:536302_A_C:6160,418,0:. 1|1:0,138:138:99:1|1:536327_T_A:5601,424,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,156:156:99:1|1:536327_T_A:6345,478,0:. 1|1:0,174:174:99:1|1:536327_T_A:6995,539,0:. 1|1:0,180:180:99:1|1:536327_T_A:7211,541,0:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,82:82:99:1|1:536327_T_A:3309,247,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:536327_T_A:2062,154,0:. 0|1:33,5:38:98:0|1:536327_T_A:98,0,1497:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,334:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:107,75:182:99:0|1:536302_A_C:2930,0,4277:. 1|0:90,101:191:99:0|1:536302_A_C:4061,0,3494:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,294:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:26,137:163:99:0|1:536302_A_C:5829,0,649:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:31,124:155:99:0|1:536302_A_C:5151,0,982:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:143,10:153:48:1|0:536311_G_A:0,48,6128:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,36:46:99:0|1:536327_T_A:1244,0,366:. 0|1:96,134:230:99:0|1:536327_T_A:4754,0,3264:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1291:. 1|1:0,16:16:48:.:.:526,48,0:. 1|1:0,215:215:99:1|1:536327_T_A:8753,656,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 536350 . A G 93554.8 PASS FS=0;MQ=52.12;QD=21.26;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=*2901;SNPEFF_CODON_CHANGE=tAa/tGa;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_STOP;SNPEFF_EXON_ID=4;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0113800;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113800.1;SOR=0.678;VQSLOD=5.78;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.057;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=105.72;GQ_STDDEV=58.42;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6501;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.717;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8377429;AF=0.003134;AS_InbreedingCoeff=0.6501;MLEAC=16;MLEAF=0.003134;AN=858;AC=2 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:39,0:39:18:.:.:0,18,270:. 0|0:103,0:103:45:.:.:0,45,675:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:30:.:.:0,30,450:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1268:. 0|0:47,0:47:15:.:.:0,15,225:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:33:.:.:0,33,495:. 0|0:79,0:79:30:.:.:0,30,450:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:33:.:.:0,33,495:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:30,0:30:15:.:.:0,15,225:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:32,0:32:9:.:.:0,9,135:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1314:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1429:. 0|0:177,0:177:63:.:.:0,63,945:. 0|0:51,0:51:12:.:.:0,12,180:. 0|0:48,0:48:9:.:.:0,9,135:. 0|0:75,0:75:51:.:.:0,51,765:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1401:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:42:.:.:0,42,630:. 0|0:47,0:47:12:.:.:0,12,180:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1508:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:18:.:.:0,18,270:. 0|0:35,0:35:21:.:.:0,21,315:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1378:. 0|0:78,0:78:39:.:.:0,39,585:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1047:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:18:.:.:0,18,270:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:21:.:.:0,21,315:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1215:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1343:. 0|0:75,0:75:45:.:.:0,45,675:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:98,0:98:30:.:.:0,30,450:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:6:.:.:0,6,90:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:6:.:.:0,6,90:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:64,0:64:21:.:.:0,21,315:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:15:.:.:0,15,225:. 0|0:47,0:47:3:.:.:0,3,45:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1183:. 0|0:29,0:29:33:.:.:0,33,495:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:12:.:.:0,12,180:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:30:.:.:0,30,450:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1715:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1269:. 0|0:36,0:36:57:.:.:0,57,855:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:60:.:.:0,60,900:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:129,0:129:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:18:.:.:0,18,270:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:33:.:.:0,33,495:. 0|0:110,0:110:63:.:.:0,63,945:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:90,0:90:33:.:.:0,33,495:. 0|0:131,0:131:33:.:.:0,33,495:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:33:.:.:0,33,495:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:133,0:133:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:154,0:154:27:.:.:0,27,405:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:129,0:129:21:.:.:0,21,315:. 0|0:170,0:170:48:.:.:0,48,720:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:51:.:.:0,51,765:. 0|0:102,0:102:60:.:.:0,60,900:. 0|0:86,0:86:21:.:.:0,21,315:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1437:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,987:. 0|0:151,0:151:42:.:.:0,42,630:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:51:.:.:0,51,765:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2850,303,0:. 0|0:124,0:124:24:.:.:0,24,360:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,945:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:12:.:.:0,12,180:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:61,0:61:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:63,0:63:42:.:.:0,42,630:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:15:.:.:0,15,225:. 0|0:155,0:155:45:.:.:0,45,675:. 0|0:97,0:97:36:.:.:0,36,540:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:18:.:.:0,18,270:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:36:.:.:0,36,540:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:15:.:.:0,15,225:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1103:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:18:.:.:0,18,270:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:34,0:34:27:.:.:0,27,405:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1231:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1100:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:48:.:.:0,48,720:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:18:.:.:0,18,270:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1372:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1286:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1184:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:27:.:.:0,27,405:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:45:.:.:0,45,675:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:9:.:.:0,9,135:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1185:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:27:.:.:0,27,405:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1421:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:36:.:.:0,36,540:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,143:. 0|0:17,0:17:3:.:.:0,3,45:. 0|0:130,0:130:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1733:. 0|0:12,0:12:12:.:.:0,12,180:. 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,900:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:83,0:83:27:.:.:0,27,405:. 0|0:30,0:30:24:.:.:0,24,360:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1422:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:36:.:.:0,36,540:. 0|0:119,0:119:39:.:.:0,39,585:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:82,0:82:27:.:.:0,27,405:. 0|0:109,0:109:36:.:.:0,36,540:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:159,0:159:60:.:.:0,60,900:. 0|0:95,0:95:21:.:.:0,21,315:. 0|0:92,0:92:36:.:.:0,36,540:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:21:.:.:0,21,315:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:21:.:.:0,21,315:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:12:.:.:0,12,180:. 0|0:56,0:56:9:.:.:0,9,135:. 0|0:120,0:120:24:.:.:0,24,360:. 0|0:19,0:19:6:.:.:0,6,90:. 0|0:56,0:56:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:97,0:97:33:.:.:0,33,495:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:119,0:119:33:.:.:0,33,495:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:414,0:414:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1449:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:117 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:173,0:173:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:120 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:27:.:.:0,27,405:. 0|0:63,0:63:15:.:.:0,15,225:. 0|0:65,0:65:.:.:.:.:105 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:57:.:.:0,57,855:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:.:.:.:.:120 0|0:73,0:73:24:.:.:0,24,360:. 0|0:61,0:61:.:.:.:.:120 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:54:.:.:0,54,810:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:184,0:184:39:.:.:0,39,585:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:.:.:.:.:120 0|0:160,0:160:51:.:.:0,51,765:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:.:.:.:.:115 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:100 0|0:177,0:177:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:120 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:.:.:.:.:120 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:.:.:108 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:63:.:.:0,63,945:. 0|0:88,0:88:.:.:.:.:72 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:24 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:108 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:.:.:.:.:120 0|0:65,0:65:.:.:.:.:108 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:142,0:142:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:248,0:248:.:.:.:.:72 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:209,0:209:.:.:.:.:120 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1408:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:99 0|0:180,0:180:51:.:.:0,51,765:. 0|0:227,0:227:.:.:.:.:30 0|0:56,0:56:18:.:.:0,18,270:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:63:.:.:0,63,945:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:109,0:109:30:.:.:0,30,450:. 0|0:120,0:120:24:.:.:0,24,360:. 0|0:120,0:120:42:.:.:0,42,630:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:154,0:154:48:.:.:0,48,720:. 0|0:141,0:141:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:160,0:160:42:.:.:0,42,630:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:71,0:71:9:.:.:0,9,135:. 0|0:46,0:46:15:.:.:0,15,225:. 0|0:38,0:38:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,334:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:154,0:154:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:24:.:.:0,24,360:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:195,0:195:39:.:.:0,39,585:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. Pf3D7_01_v3 536599 . C G 3.85392e+06 PASS FS=1.227;MQ=58.9;QD=29.58;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=1.001;VQSLOD=3.57;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.39;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.918;GC=14.29;GQ_MEAN=118.6;GQ_STDDEV=93.74;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7223;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.552;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=2697514;AF=0.695;AS_InbreedingCoeff=0.2966;MLEAC=3224;MLEAF=0.705;AN=774;AC=616 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,23:23:69:.:.:678,69,0 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,39:41:71:1|1:536583_ATT_A:1442,71,0 1|1:5,50:55:17:1|1:536583_ATT_A:1948,17,0 1|1:1,70:71:99:1|1:536583_ATT_A:2803,209,0 1|1:1,35:36:98:1|1:536583_ATT_A:1394,98,0 1|1:0,29:29:86:1|1:536583_ATT_A:1227,86,0 1|1:0,54:54:99:1|1:536583_ATT_A:2176,163,0 1|1:0,36:36:99:1|1:536583_ATT_A:1501,108,0 1|1:0,62:62:99:.:.:2130,192,0 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,281 1|1:0,52:52:99:1|1:536583_ATT_A:1994,159,0 0|0:67,0:67:53:.:.:0,53,1461 1|1:0,14:14:42:1|1:536583_ATT_A:541,42,0 1|1:0,11:11:33:.:.:323,33,0 1|1:0,18:18:57:.:.:788,57,0 1|1:6,0:6:.:.:.:. 1|1:0,6:6:18:.:.:177,18,0 1|1:0,7:7:21:.:.:208,21,0 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,31:31:93:1|1:536583_ATT_A:1332,93,0 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,885 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800 1|1:0,16:16:48:1|1:536583_ATT_A:710,48,0 0|0:34,0:34:83:.:.:0,83,817 1|1:1,32:33:54:1|1:536583_ATT_A:1292,54,0 1|1:0,6:6:18:.:.:171,18,0 1|1:0,7:7:21:.:.:199,21,0 1|1:0,44:44:99:1|1:536583_ATT_A:1837,132,0 1|1:0,39:39:99:1|1:536583_ATT_A:1592,112,0 1|1:0,14:14:42:.:.:371,42,0 1|1:0,43:43:99:1|1:536583_ATT_A:1772,129,0 0|1:34,12:46:99:.:.:349,0,989 0|1:82,23:105:99:0|1:536583_ATT_A:694,0,3374 1|1:0,48:48:99:1|1:536481_TAA_T:2011,144,0 1|1:6,77:83:96:.:.:2011,96,0 1|1:0,34:34:99:1|1:536583_ATT_A:1485,105,0 1|1:0,23:23:69:1|1:536583_ATT_A:1003,69,0 1|0:2,12:14:48:0|1:536583_ATT_A:445,0,48 1|1:0,32:32:96:.:.:1328,96,0 1|1:0,57:57:99:1|1:536583_ATT_A:2462,172,0 0|1:15,23:38:99:0|1:536583_ATT_A:871,0,527 1|1:0,54:54:99:.:.:2378,162,0 1|1:0,88:88:99:.:.:3889,272,0 1|1:1,71:72:99:.:.:3011,177,0 0|1:38,11:49:99:.:.:288,0,1197 1|0:3,12:15:35:.:.:288,0,35 1|1:0,14:14:42:1|1:536583_ATT_A:602,42,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1857,132,0 1|1:0,34:34:99:1|1:536583_ATT_A:1389,102,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2715,190,0 0|0:11,1:12:13:.:.:0,13,436 1|1:0,40:40:99:.:.:1667,123,0 1|0:21,87:108:99:.:.:3214,0,554 1|1:0,59:59:99:.:.:2540,180,0 0|0:40,3:43:63:.:.:0,63,895 1|1:0,38:38:99:.:.:1558,114,0 0|0:39,0:39:87:.:.:0,87,888 1|1:2,52:54:99:.:.:2107,114,0 1|0:15,30:45:99:0|1:536583_ATT_A:1160,0,483 1|0:26,12:38:99:.:.:220,0,496 1|0:1,13:14:3:0|1:536583_ATT_A:500,0,3 1|1:0,7:7:21:.:.:199,21,0 0|0:73,0:73:99:.:.:0,119,1800 1|1:5,0:5:.:.:.:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1761,123,0 0|1:3,28:31:39:.:.:1117,0,39 1|1:0,45:45:99:.:.:1910,138,0 1|1:0,8:8:24:1|1:536583_ATT_A:360,24,0 0|1:17,21:38:99:0|1:536583_ATT_A:808,0,615 1|1:0,23:23:69:1|1:536583_ATT_A:919,69,0 1|1:0,14:14:42:1|1:536583_ATT_A:575,42,0 1|1:0,41:41:99:1|1:536583_ATT_A:1697,123,0 1|1:0,28:28:84:1|1:536583_ATT_A:1154,84,0 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1719 1|1:1,9:10:26:1|1:536583_ATT_A:371,26,0 1|1:0,44:44:99:1|1:536583_ATT_A:1941,135,0 1|1:0,17:17:51:1|1:536583_ATT_A:699,51,0 1|1:0,7:7:21:1|1:536583_ATT_A:297,21,0 1|1:0,16:16:47:1|1:536583_ATT_A:622,47,0 1|1:0,11:11:33:1|1:536583_ATT_A:449,33,0 1|1:0,12:12:35:1|1:536583_ATT_A:454,35,0 1|1:0,16:16:51:1|1:536583_ATT_A:705,51,0 1|0:8,17:25:99:0|1:536583_ATT_A:665,0,265 1|1:0,24:24:72:1|1:536583_ATT_A:1042,72,0 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900 1|1:0,31:31:99:1|1:536583_ATT_A:1425,99,0 1|1:0,12:12:36:1|1:536583_ATT_A:473,36,0 1|1:0,57:57:99:.:.:2445,174,0 1|1:0,72:72:99:1|1:536583_ATT_A:3115,221,0 1|1:0,25:25:75:1|1:536583_ATT_A:1067,75,0 1|1:0,77:77:99:.:.:3221,232,0 0|0:78,0:78:99:.:.:0,117,1800 1|1:0,48:48:99:.:.:2091,147,0 1|1:0,65:65:99:1|1:536583_ATT_A:2742,198,0 1|1:0,10:10:30:.:.:283,30,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1017 1|1:0,21:21:63:1|1:536583_ATT_A:880,63,0 1|1:0,24:24:72:1|1:536583_ATT_A:1000,72,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1643 1|1:2,109:111:99:.:.:4655,287,0 1|1:0,51:51:99:1|1:536583_ATT_A:2107,156,0 1|1:0,29:29:87:1|1:536583_ATT_A:1219,87,0 1|1:1,67:68:99:1|1:536583_ATT_A:2846,160,0 1|0:5,53:58:50:0|1:536583_ATT_A:2077,0,50 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800 0|1:3,4:7:60:.:.:90,0,60 1|1:1,35:36:76:1|1:536583_ATT_A:1401,76,0 1|0:3,11:14:78:0|1:536583_ATT_A:421,0,78 1|1:0,15:15:45:.:.:386,45,0 1|1:0,30:30:90:1|1:536583_ATT_A:1275,90,0 1|1:0,51:51:99:1|1:536583_ATT_A:2229,156,0 0|1:20,41:61:99:0|1:536583_ATT_A:1547,0,660 1|1:0,67:67:99:.:.:2695,201,0 1|1:0,19:19:57:1|1:536583_ATT_A:801,57,0 1|1:0,36:36:99:1|1:536583_ATT_A:1470,108,0 1|1:0,32:32:96:1|1:536583_ATT_A:1369,96,0 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 1|0:26,31:57:99:.:.:998,0,750 1|0:40,27:67:99:.:.:545,0,709 0|1:25,10:35:99:0|1:536583_ATT_A:271,0,933 1|1:3,123:126:99:.:.:4849,307,0 1|1:0,44:44:99:1|1:536583_ATT_A:1871,132,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1474,108,0 1|1:0,32:32:96:1|1:536583_ATT_A:1389,96,0 1|1:0,39:39:99:1|1:536583_ATT_A:1527,116,0 1|1:0,29:29:87:1|1:536583_ATT_A:1243,87,0 1|1:0,41:41:99:1|1:536583_ATT_A:1580,122,0 1|0:2,21:23:21:0|1:536583_ATT_A:776,0,21 0|0:20,0:20:29:.:.:0,29,471 1|1:0,30:30:90:1|1:536583_ATT_A:1269,90,0 1|1:0,31:31:93:1|1:536583_ATT_A:1282,93,0 1|0:32,9:41:99:.:.:229,0,1346 1|1:0,28:28:84:1|1:536583_ATT_A:1114,84,0 1|1:0,30:30:90:1|1:536583_ATT_A:1311,90,0 0|1:15,7:22:99:0|1:536583_ATT_A:249,0,561 1|1:0,71:71:99:1|1:536583_ATT_A:2881,212,0 1|1:0,27:27:81:.:.:1130,81,0 1|1:0,20:20:60:1|1:536583_ATT_A:873,60,0 0|1:2,15:17:39:.:.:602,0,39 1|1:0,27:27:80:.:.:679,80,0 1|1:0,47:47:99:1|1:536583_ATT_A:1893,139,0 1|1:0,53:53:99:1|1:536485_TAA_T:2060,166,0 1|1:0,52:52:99:1|1:536485_TAA_T:2035,162,0 1|1:0,19:19:56:.:.:490,56,0 1|1:0,29:29:90:1|1:536583_ATT_A:1246,90,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1613,117,0 1|1:0,96:96:99:.:.:4131,293,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1488,108,0 1|1:0,10:10:30:1|1:536583_ATT_A:389,30,0 1|1:0,28:28:90:.:.:1236,90,0 1|1:0,8:8:24:1|1:536583_ATT_A:360,24,0 1|1:0,47:47:99:1|1:536583_ATT_A:2001,144,0 1|1:1,8:9:22:1|1:536583_ATT_A:340,22,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1558,117,0 1|1:0,15:15:45:.:.:557,45,0 1|1:0,9:9:27:.:.:233,27,0 1|1:0,32:32:97:1|1:536583_ATT_A:1273,97,0 1|1:0,27:27:81:.:.:1149,81,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,73:73:99:1|1:536583_ATT_A:3056,218,0 1|1:1,51:52:99:.:.:2074,149,0 1|1:1,37:38:73:1|1:536583_ATT_A:1524,73,0 1|1:1,20:21:24:1|1:536583_ATT_A:886,24,0 0|1:58,12:70:99:0|1:536485_TAA_T:205,0,1964 1|0:10,47:57:99:0|1:536583_ATT_A:1837,0,402 1|1:0,51:51:99:1|1:536583_ATT_A:2149,156,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1963,141,0 1|1:0,6:6:18:1|1:536583_ATT_A:270,18,0 1|1:0,72:72:99:1|1:536481_TAA_T:3088,219,0 1|1:0,44:44:99:1|1:536583_ATT_A:1858,135,0 1|1:0,37:37:99:1|1:536583_ATT_A:1544,114,0 1|1:0,21:21:63:1|1:536583_ATT_A:864,63,0 1|1:0,38:38:99:1|1:536583_ATT_A:1587,114,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1707,123,0 1|1:0,38:38:99:1|1:536583_ATT_A:1613,114,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485 1|0:12,38:50:99:0|1:536583_ATT_A:1376,0,388 1|1:0,57:57:99:.:.:2379,177,0 1|1:0,21:21:66:1|1:536583_ATT_A:940,66,0 0|1:31,5:36:97:.:.:97,0,1292 1|1:0,61:61:99:.:.:2521,183,0 0|1:7,30:37:99:0|1:536583_ATT_A:1128,0,149 1|1:0,54:54:99:1|1:536583_ATT_A:2304,160,0 1|1:2,33:35:15:1|1:536583_ATT_A:1280,15,0 1|1:1,48:49:99:1|1:536583_ATT_A:2017,102,0 1|1:0,25:25:75:1|1:536583_ATT_A:1064,75,0 1|1:0,88:88:99:.:.:3816,274,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1804,135,0 1|1:0,48:48:99:1|1:536583_ATT_A:2028,147,0 1|1:0,76:76:99:1|1:536485_TAA_T:2854,231,0 1|1:0,108:108:99:.:.:4653,327,0 1|1:0,38:38:99:1|1:536583_ATT_A:1589,112,0 1|1:0,48:48:99:.:.:2105,155,0 1|1:0,53:53:99:.:.:2296,160,0 0|1:42,12:54:99:.:.:332,0,1826 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1118 1|1:0,45:45:99:1|1:536485_TAA_T:1955,141,0 1|1:0,17:17:50:1|1:536583_ATT_A:685,50,0 1|1:0,49:49:99:1|1:536583_ATT_A:1961,146,0 1|1:0,34:34:99:1|1:536583_ATT_A:1473,105,0 1|1:0,79:79:99:1|1:536583_ATT_A:3271,246,0 1|1:0,36:36:99:1|1:536583_ATT_A:1517,111,0 0|1:15,29:44:99:0|1:536583_ATT_A:1089,0,511 1|1:5,39:44:7:.:.:1506,7,0 1|1:0,27:27:81:.:.:1149,81,0 1|1:0,7:7:21:.:.:198,21,0 1|1:0,20:20:60:.:.:835,60,0 0|1:6,34:40:18:.:.:999,0,18 1|1:0,25:25:74:1|1:536583_ATT_A:1050,74,0 1|1:0,108:108:99:.:.:4837,337,0 0|0:34,0:34:88:.:.:0,88,784 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,77:77:99:.:.:3264,242,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,24:24:72:.:.:997,72,0 1|1:0,67:67:99:1|1:536583_ATT_A:2823,204,0 0|0:27,2:29:28:.:.:0,28,569 0|1:10,7:17:84:.:.:84,0,351 1|1:0,11:11:32:.:.:254,32,0 1|1:0,17:17:51:1|1:536583_ATT_A:708,51,0 1|0:28,24:52:99:0|1:536583_ATT_A:929,0,1121 1|1:0,19:19:61:1|1:536481_TAA_T:870,61,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1857,132,0 1|1:0,13:13:42:1|1:536481_TAA_T:542,42,0 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675 1|1:0,13:13:39:1|1:536583_ATT_A:553,39,0 1|1:0,30:30:90:1|1:536583_ATT_A:1225,90,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2855,208,0 0|0:61,0:61:93:.:.:0,93,1345 1|1:0,25:25:78:1|1:536583_ATT_A:1075,78,0 1|1:0,22:22:66:1|1:536583_ATT_A:936,66,0 1|1:0,31:31:95:1|1:536583_ATT_A:1218,95,0 1|1:0,23:23:69:1|1:536583_ATT_A:1001,69,0 1|1:0,52:52:99:1|1:536583_ATT_A:2259,162,0 1|1:0,22:22:66:1|1:536583_ATT_A:891,66,0 1|1:0,19:19:57:1|1:536583_ATT_A:784,57,0 1|1:1,12:13:12:.:.:313,12,0 1|1:3,98:101:99:.:.:4209,231,0 1|1:0,22:22:66:1|1:536583_ATT_A:888,66,0 1|1:4,0:4:0:.:.:0,0,34 1|1:0,24:24:75:.:.:997,75,0 1|1:0,57:57:99:.:.:2399,172,0 1|0:15,28:43:99:0|1:536583_ATT_A:1071,0,499 1|1:0,28:28:84:.:.:1119,84,0 1|1:0,20:20:60:.:.:550,60,0 1|1:1,52:53:99:1|1:536481_TAA_T:2133,137,0 1|1:0,66:66:99:1|1:536583_ATT_A:2868,199,0 1|1:0,29:29:87:.:.:1110,87,0 1|1:0,14:14:42:.:.:598,42,0 1|1:1,63:64:99:1|1:536497_TAA_T:2772,188,0 1|1:0,126:126:99:.:.:5448,387,0 1|1:1,23:24:45:1|1:536583_ATT_A:933,45,0 1|1:0,74:74:99:1|1:536583_ATT_A:3097,222,0 1|1:0,6:6:18:1|1:536583_ATT_A:250,18,0 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,176 1|1:0,33:33:96:1|1:536583_ATT_A:1425,96,0 1|0:8,18:26:99:.:.:698,0,264 1|1:0,17:17:51:1|1:536583_ATT_A:727,51,0 1|1:0,37:37:99:1|1:536583_ATT_A:1441,111,0 1|1:1,44:45:99:1|1:536583_ATT_A:1795,125,0 0|1:3,0:3:.:.:.:. 1|1:0,13:13:39:1|1:536583_ATT_A:563,39,0 1|1:0,8:8:24:1|1:536583_ATT_A:332,24,0 0|0:26,0:26:9:.:.:0,9,494 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,129 1|1:0,3:3:9:.:.:104,9,0 1|1:0,4:4:12:1|1:536583_ATT_A:180,12,0 1|1:0,15:15:45:1|1:536481_TAA_T:656,45,0 1|1:0,9:9:27:1|1:536481_TAA_T:392,27,0 1|1:0,9:9:27:1|1:536583_ATT_A:405,27,0 1|1:0,7:7:21:1|1:536583_ATT_A:315,21,0 1|1:0,6:6:18:.:.:209,18,0 1|1:0,13:13:39:1|1:536583_ATT_A:548,39,0 1|1:0,6:6:18:.:.:197,18,0 1|1:0,13:13:39:1|1:536583_ATT_A:550,39,0 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,265 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,16:16:48:1|1:536583_ATT_A:682,48,0 1|1:0,10:10:30:1|1:536583_ATT_A:417,30,0 1|1:0,22:22:69:1|1:536583_ATT_A:964,69,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0 1|1:0,7:7:21:.:.:234,21,0 1|1:0,17:17:54:1|1:536485_TAA_T:807,54,0 1|1:0,25:25:76:1|1:536489_TAA_T:1113,76,0 1|1:0,6:6:18:1|1:536583_ATT_A:260,18,0 1|1:0,5:5:15:1|1:536583_ATT_A:225,15,0 1|1:0,9:9:27:.:.:312,27,0 1|1:0,7:7:21:.:.:239,21,0 1|1:0,14:14:42:1|1:536583_ATT_A:630,42,0 1|1:0,2:2:6:.:.:57,6,0 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,8:8:24:1|1:536583_ATT_A:360,24,0 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,45 1|1:0,4:4:12:1|1:536583_ATT_A:180,12,0 1|1:0,5:5:15:.:.:215,15,0 1|1:0,10:10:33:1|1:536481_TAA_T:496,33,0 1|1:0,11:11:33:.:.:381,33,0 1|1:0,13:13:42:1|1:536583_ATT_A:575,42,0 1|1:0,6:6:18:.:.:238,18,0 1|1:0,0:.:.:.:.:. 1|1:0,5:5:15:.:.:180,15,0 1|1:0,14:14:42:1|1:536583_ATT_A:576,42,0 1|1:0,19:19:57:1|1:536583_ATT_A:820,57,0 1|1:0,29:29:87:1|1:536583_ATT_A:1257,87,0 1|1:0,25:25:74:.:.:785,74,0 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0 0|1:4,0:4:12:.:.:0,12,121 1|1:0,8:8:24:1|1:536583_ATT_A:335,24,0 1|1:0,11:11:33:.:.:370,33,0 1|1:0,17:17:51:.:.:589,51,0 1|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0 1|1:0,40:40:99:1|1:536481_TAA_T:1774,123,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,95:95:99:1|1:536481_TAA_T:4324,302,0 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1254 1|1:0,14:14:42:.:.:432,42,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,8:8:24:.:.:268,24,0 1|1:0,9:9:27:.:.:309,27,0 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,5:5:15:.:.:170,15,0 1|1:0,36:36:99:1|1:536583_ATT_A:1522,108,0 1|1:0,27:27:81:.:.:820,81,0 1|1:0,21:21:63:.:.:677,63,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1328,93,0 0|1:2,15:17:7:0|1:536583_ATT_A:598,0,7 1|1:0,96:96:99:1|1:536481_TAA_T:4191,295,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,37:37:99:.:.:1552,111,0 1|1:0,9:9:27:.:.:304,27,0 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350 0|1:5,10:15:99:.:.:277,0,100 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,5:5:15:.:.:162,15,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1510,105,0 1|1:1,15:16:14:.:.:458,14,0 1|1:0,6:6:18:.:.:212,18,0 1|1:0,13:13:39:.:.:433,39,0 0|0:27,0:27:65:.:.:0,65,793 0|0:28,0:28:49:.:.:0,49,841 0|1:24,13:37:99:.:.:436,0,946 1|1:4,0:4:12:.:.:0,12,113 0|0:44,0:44:49:.:.:0,49,1017 1|1:0,17:17:51:1|1:536583_ATT_A:742,51,0 1|1:2,16:18:18:.:.:430,18,0 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|0:50,2:52:99:.:.:0,120,2058 0|1:4,0:4:0:.:.:0,0,57 1|1:0,12:12:36:.:.:416,36,0 1|1:0,1:1:3:1|1:536583_ATT_A:45,3,0 0|1:4,5:9:99:.:.:127,0,107 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,18:18:54:1|1:536583_ATT_A:775,54,0 1|1:0,60:60:99:.:.:2445,182,0 0|1:64,13:77:99:.:.:273,0,2523 1|1:0,55:55:99:1|1:536489_TAA_T:2492,169,0 1|1:0,8:8:24:1|1:536489_TAA_T:360,24,0 1|0:13,15:28:99:.:.:397,0,317 1|1:0,7:7:21:.:.:241,21,0 1|1:0,18:18:54:.:.:598,54,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|0:49,3:52:87:.:.:0,87,1400 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:1,18:19:23:.:.:558,23,0 0|1:16,2:18:13:.:.:13,0,417 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,5:5:15:1|1:536583_ATT_A:225,15,0 1|0:6,18:24:99:0|1:536583_ATT_A:696,0,128 0|0:16,0:16:13:.:.:0,13,449 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:0,13:13:39:.:.:441,39,0 1|1:2,0:2:0:.:.:0,0,2 1|1:0,34:34:99:1|1:536583_ATT_A:1406,102,0 1|1:0,29:29:86:.:.:869,86,0 1|1:6,0:6:.:.:.:0,0,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|0:3,20:23:33:0|1:536583_ATT_A:817,0,33 0|0:0,3:3:9:1|1:536583_ATT_A:123,9,0 1|1:0,13:13:39:.:.:474,39,0 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,85 1|1:0,8:8:24:.:.:280,24,0 1|1:0,13:13:39:.:.:429,39,0 1|1:0,6:6:18:.:.:196,18,0 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585 0|0:23,2:25:7:.:.:0,7,823 1|1:0,12:12:36:1|1:536583_ATT_A:499,36,0 1|1:0,7:7:21:1|1:536583_ATT_A:283,21,0 1|1:0,12:12:36:1|1:536583_ATT_A:467,36,0 1|1:0,6:6:18:.:.:189,18,0 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,174 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,816 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,731 1|1:1,9:10:24:1|1:536583_ATT_A:389,24,0 1|1:0,10:10:30:.:.:322,30,0 1|1:0,16:16:54:1|1:536583_ATT_A:810,54,0 1|1:0,24:24:72:1|1:536583_ATT_A:1004,72,0 1|1:0,12:12:36:.:.:371,36,0 1|1:0,2:2:6:.:.:65,6,0 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,344 1|1:0,8:8:24:.:.:248,24,0 1|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 1|1:0,8:8:24:.:.:245,24,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1007 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1494 1|1:0,4:4:12:.:.:137,12,0 1|1:0,7:7:21:.:.:240,21,0 0|0:32,0:32:61:.:.:0,61,865 1|1:4,0:4:.:.:.:0,0,0 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,466 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170 1|1:0,8:8:24:.:.:256,24,0 1|1:0,13:13:39:.:.:395,39,0 1|0:2,8:10:35:.:.:246,0,35 1|1:0,5:5:15:.:.:140,15,0 0|1:11,24:35:99:0|1:536583_ATT_A:875,0,390 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,113 1|0:14,3:17:73:0|1:536583_ATT_A:73,0,526 1|1:0,56:56:99:1|1:536583_ATT_A:2365,169,0 1|1:0,9:9:27:.:.:315,27,0 1|1:0,11:11:33:1|1:536583_ATT_A:475,33,0 0|1:0,4:4:12:.:.:138,12,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,13:13:39:.:.:432,39,0 1|1:0,22:22:66:1|1:536583_ATT_A:958,66,0 Pf3D7_01_v3 537147 . A C 7.1978e+06 PASS FS=0;MQ=60;QD=25.07;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S232A;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tca/Gca;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=CBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113900.1;SOR=0.694;VQSLOD=7.05;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.817;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.967;GC=23.81;GQ_MEAN=185.75;GQ_STDDEV=112.04;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7222;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.369;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=11886958;AF=0.259;AS_InbreedingCoeff=0.4701;MLEAC=1362;MLEAF=0.26;AN=858;AC=350 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:1,53:54:99:.:.:1434,137,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,106:116:39:.:.:2448,39,0:. 1|0:15,50:65:99:.:.:1187,0,283:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,37:55:99:.:.:767,0,406:. 1|1:0,76:76:99:.:.:1998,227,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,26:49:99:.:.:527,0,582:. 0|1:26,16:42:99:.:.:306,0,705:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1243:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,193:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1049,116,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1105,120,0:. 0|0:44,0:44:96:.:.:0,96,1440:. 1|0:8,60:68:51:.:.:1393,0,51:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2083,238,0:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2222,263,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1187:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1111:. 0|1:53,47:100:99:.:.:855,0,1264:. 0|1:20,81:101:99:.:.:1861,0,262:. 0|1:42,19:61:99:.:.:319,0,1114:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1226:. 0|0:147,0:147:41:.:.:0,41,3568:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,13:50:99:.:.:180,0,924:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1156:. 0|1:46,13:59:99:.:.:144,0,1177:. 1|1:1,92:93:99:.:.:2379,248,0:. 0|1:56,48:104:99:.:.:931,0,1368:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2395,273,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,176:177:99:.:.:4434,500,0:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,28:59:99:.:.:532,0,737:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|1:15,81:96:99:.:.:1777,0,168:. 1|0:57,21:78:99:.:.:251,0,1393:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,526:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2358,271,0:. 1|0:74,135:209:99:.:.:2986,0,1578:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:52:.:.:0,52,1704:. 0|1:83,25:108:99:.:.:326,0,2128:. 1|1:3,68:71:99:.:.:1694,120,0:. 0|0:62,7:69:12:.:.:0,12,1596:. 1|0:44,28:72:99:.:.:496,0,1370:. 1|0:60,88:148:99:.:.:1876,0,1294:. 1|0:28,66:94:99:.:.:1442,0,542:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:66,28:94:99:.:.:452,0,1632:. 0|1:92,17:109:78:.:.:78,0,2381:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2457,275,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1263:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1423:. 1|0:9,21:30:99:.:.:423,0,183:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3179,363,0:. 1|0:39,54:93:99:.:.:1164,0,883:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,69:168:99:.:.:1249,0,2395:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1298:. 1|0:39,24:63:99:.:.:426,0,963:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1264:. 1|0:30,47:77:99:.:.:971,0,662:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1523:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,91:148:99:.:.:1895,0,1222:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 1|1:2,139:141:99:.:.:3372,361,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:8,87:95:59:.:.:2078,59,0:. 1|1:9,108:117:99:.:.:2577,100,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:4,83:87:99:.:.:2078,142,0:. 1|0:50,45:95:99:.:.:887,0,1124:. 0|1:47,10:57:44:.:.:44,0,1249:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,61:143:99:.:.:1156,0,2022:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,194:225:99:.:.:4290,0,197:. 1|1:0,148:148:99:.:.:3809,442,0:. 1|1:10,116:126:83:.:.:2652,83,0:. 0|1:87,19:106:99:.:.:173,0,2264:. 1|0:52,68:120:99:.:.:1377,0,1178:. 1|1:13,224:237:99:.:.:5426,335,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,174:177:99:.:.:4493,432,0:. 0|0:166,0:166:95:.:.:0,95,4086:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,177:179:99:.:.:4482,492,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,43:179:99:.:.:558,0,3412:. 1|1:0,223:223:99:.:.:5700,664,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,34:99:99:.:.:580,0,1628:. 1|1:0,213:213:99:.:.:5401,634,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,92:102:9:.:.:1970,9,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:4459,523,0:. 0|0:201,0:201:53:.:.:0,53,4717:. 1|0:64,70:134:99:.:.:1332,0,1441:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,45:109:99:.:.:827,0,1575:. 0|1:17,112:129:99:.:.:2544,0,133:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,66:194:99:.:.:1054,0,3147:. 0|1:26,196:222:34:.:.:4400,0,34:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,85:121:99:.:.:1826,0,731:. 0|1:120,42:162:99:.:.:582,0,2898:. 0|1:136,53:189:99:.:.:739,0,3250:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4256,520,0:. 1|1:1,185:186:99:.:.:4710,526,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2418,281,0:. 1|0:60,128:188:99:.:.:2758,0,1299:. 1|0:148,25:173:99:.:.:118,0,3873:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2450,281,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,195:206:99:.:.:4550,336,0:. 1|0:14,44:58:99:.:.:960,0,257:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,64:120:99:.:.:1263,0,1305:. 1|0:16,89:105:99:.:.:1960,0,124:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,98:158:99:.:.:2021,0,1353:. 0|1:124,30:154:99:.:.:289,0,3262:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,10:10:30:.:.:265,30,0:. 1|1:1,107:108:99:.:.:2696,291,0:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2371,274,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,55:115:99:.:.:1096,0,1415:. 1|1:14,137:151:28:.:.:2925,28,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,101:102:99:.:.:2547,273,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,15:67:99:.:.:192,0,1360:. 1|0:30,77:107:99:.:.:1691,0,568:. 1|0:90,35:125:99:.:.:540,0,2303:. 1|1:12,156:168:99:.:.:3719,161,0:. 0|1:43,67:110:99:.:.:1419,0,945:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,215:215:99:.:.:5372,640,0:. 0|1:74,42:116:99:.:.:725,0,1789:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1623:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,62:100:99:.:.:1236,0,762:. 1|1:6,163:169:99:.:.:3961,317,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3455,408,0:. 0|0:168,0:168:0:.:.:0,0,3731:. 0|1:23,87:110:99:.:.:1905,0,358:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1474:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2208,215,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,38:93:99:.:.:684,0,1341:. 0|1:17,113:130:99:.:.:2454,0,112:. 0|0:79,0:79:31:.:.:0,31,1904:. 1|1:0,159:159:99:.:.:3977,471,0:. 0|1:107,80:187:99:.:.:1484,0,2526:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:86:.:.:0,86,1890:. 1|0:21,135:156:99:.:.:2835,0,150:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:76:.:.:0,76,1969:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1255:. 0|1:36,10:46:99:.:.:125,0,952:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,11:53:99:.:.:129,0,1063:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2023,241,0:. 0|1:39,47:86:99:.:.:888,0,844:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,42:113:99:.:.:718,0,1781:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1211:. 1|1:0,175:175:99:.:.:4536,523,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,97:127:99:.:.:2077,0,505:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2466,290,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2018,236,0:. 1|1:4,59:63:67:.:.:1343,67,0:. 0|0:164,0:164:81:.:.:0,81,3902:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2019,233,0:. 0|1:6,10:16:99:.:.:218,0,137:. 0|1:61,86:147:99:.:.:1769,0,1377:. 0|1:61,60:121:99:.:.:1180,0,1485:. 1|1:1,138:139:99:.:.:3493,404,0:. 0|1:25,72:97:99:.:.:1555,0,444:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:32:.:.:0,32,1139:. 1|1:0,21:21:63:.:.:556,63,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:97,179:276:99:.:.:3830,0,2107:. 1|0:48,64:112:99:.:.:1295,0,1062:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,12:12:36:.:.:315,36,0:. 0|0:50,4:54:58:.:.:0,58,2065:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,61:64:96:.:.:1461,96,0:. 1|1:2,102:104:99:.:.:2592,253,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:2,5:7:38:.:.:111,0,38:. 0|1:31,24:55:99:.:.:460,0,761:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,945:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3185,286,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:5056,454,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3135,285,0:. 1|0:140,20:160:99:.:.:213,0,4561:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,22:22:66:.:.:729,66,0:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4358,406,0:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5267,478,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5361,477,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5780,535,0:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4086,367,0:. 1|0:113,14:127:65:.:.:65,0,3606:. 1|1:2,157:159:99:.:.:5141,403,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3739,334,0:. 1|1:7,135:142:99:.:.:4234,169,0:. 1|1:0,206:206:99:.:.:6628,618,0:. 1|0:57,86:143:99:.:.:2367,0,1658:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2239,207,0:. 1|1:0,99:99:99:.:.:3287,298,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:35,0:35:71:.:.:0,71,1174:. 1|0:82,28:110:99:.:.:596,0,2578:. 1|1:0,155:155:99:.:.:5014,465,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,165:165:99:.:.:5304,495,0:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5806,525,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1408:. 1|1:2,142:144:99:.:.:4594,387,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4560,409,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,615:615:99:.:.:20212,1847,0:. 1|1:0,516:516:99:.:.:16812,1551,0:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1486,109,0:. 0|0:20,0:20:25:.:.:0,25,645:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2860,294,0:. 1|1:3,86:89:99:.:.:2662,155,0:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5524,520,0:. 1|1:0,218:218:99:.:.:6806,654,0:. 1|1:1,386:387:99:.:.:11697,1119,0:. 1|1:2,117:119:99:.:.:3666,282,0:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,260:260:99:.:.:8286,781,0:. 1|1:0,412:412:99:.:.:12316,1227,0:. 1|0:110,117:227:99:.:.:3096,0,3103:. 1|1:0,416:416:99:.:.:12457,1239,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2059,192,0:. 1|1:1,254:255:99:.:.:7960,728,0:. 1|0:177,36:213:99:.:.:456,0,5335:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,206:237:99:.:.:5874,0,414:. 1|1:1,209:210:99:.:.:6609,595,0:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,244:246:99:.:.:7601,663,0:. 1|1:1,182:183:99:.:.:5697,515,0:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1929,183,0:. 1|1:16,228:244:99:.:.:6567,159,0:. 0|1:69,175:244:99:.:.:4887,0,1719:. 1|1:1,248:249:99:.:.:7746,710,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,191:239:99:.:.:5366,0,1011:. 0|1:68,150:218:99:.:.:4183,0,1714:. 1|0:42,105:147:99:.:.:2648,0,930:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,197:201:99:.:.:6111,486,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1951,196,0:. 0|1:164,41:205:99:.:.:674,0,5095:. 0|1:20,46:66:99:.:.:1165,0,501:. 0|1:211,31:242:99:.:.:266,0,6422:. 1|1:2,336:338:99:.:.:9916,935,0:. 0|1:104,81:185:99:.:.:1987,0,2890:. 1|0:144,191:335:99:.:.:4747,0,3786:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,223:224:99:.:.:6548,635,0:. 1|0:145,73:218:99:.:.:1583,0,4338:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:89,40:129:99:.:.:781,0,2626:. 1|0:84,111:195:99:.:.:2910,0,2394:. 1|0:17,95:112:99:.:.:2598,0,274:. 0|1:48,82:130:99:.:.:2166,0,1310:. 0|1:5,29:34:68:.:.:789,0,68:. 0|1:34,214:248:99:.:.:5883,0,473:. 1|1:0,432:432:99:.:.:12999,1288,0:. 1|1:3,253:256:99:.:.:7855,683,0:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,39:113:99:.:.:871,0,2298:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,352:365:99:.:.:10107,638,0:. 1|1:2,123:125:99:.:.:3973,302,0:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:379,0:379:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:54,36:90:99:.:.:840,0,1592:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,264:264:99:.:.:7860,786,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,329:329:99:.:.:9913,980,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:3483,325,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3106,289,0:. 1|1:0,155:155:99:.:.:4972,466,0:. 0|1:113,44:157:99:.:.:974,0,3453:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1527,147,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3104,283,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,211:211:99:.:.:6762,634,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1888,171,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3366,316,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1153:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1321:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,202:202:99:.:.:6344,605,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,28:28:84:.:.:906,84,0:. 1|1:1,175:176:99:.:.:5660,519,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,101:104:99:.:.:3120,202,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5414,502,0:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4806,451,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,158:158:99:.:.:5158,475,0:. 1|1:0,468:468:99:.:.:15086,1406,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,614:614:99:.:.:19477,1843,0:. 1|0:32,122:154:99:.:.:3309,0,696:. 1|1:0,229:229:99:.:.:7241,686,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1614:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,607:. 1|1:5,311:316:99:.:.:9807,784,0:. 1|1:0,148:148:99:.:.:4795,444,0:. Pf3D7_01_v3 537226 . A T 2.28284e+07 PASS FS=0;MQ=60;QD=33.22;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S205;SNPEFF_CODON_CHANGE=tcT/tcA;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=CBP1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113900.1;SOR=0.615;VQSLOD=9;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0075;FractionInformativeReads=0.968;GC=33.33;GQ_MEAN=243.05;GQ_STDDEV=124.73;HRun=0;InbreedingCoeff=0.648;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.209;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14458026;AF=0.867;AS_InbreedingCoeff=-0;MLEAC=4556;MLEAF=0.868;AN=858;AC=804 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,81:81:99:.:.:2421,242,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3370,329,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2954,291,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2836,274,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3282,319,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2093,201,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1305,123,0 1|1:1,106:107:99:.:.:3284,312,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2521,243,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2916,282,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2420,234,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3403,332,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2230,210,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1587,163,0 1|1:1,36:37:99:.:.:1080,101,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1268,138,0 1|1:0,7:7:21:.:.:203,21,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1212,132,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1802,179,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1131,116,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1701,170,0 1|1:1,75:76:99:.:.:2203,216,0 1|1:0,198:198:99:.:.:5855,593,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1837,191,0 1|1:0,33:33:98:.:.:935,98,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2820,294,0 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,375 1|1:0,10:10:30:.:.:285,30,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1194,122,0 1|1:1,46:47:99:.:.:1301,129,0 1|1:2,97:99:99:.:.:2811,237,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3076,305,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1642,162,0 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,45:45:99:.:.:1364,134,0 0|1:37,108:145:99:.:.:2867,0,684 1|1:0,89:89:99:.:.:2581,267,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1394,144,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1430,149,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1911,200,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2828,291,0 1|1:1,114:115:99:.:.:3263,334,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2011,209,0 1|1:0,221:221:99:.:.:6373,662,0 1|1:0,200:200:99:.:.:5685,599,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2625,267,0 1|1:3,71:74:99:.:.:2021,136,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1045,105,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3211,330,0 1|0:9,72:81:7:.:.:1808,0,7 1|1:0,119:119:99:.:.:3501,357,0 1|1:0,31:31:93:.:.:935,93,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3055,311,0 1|0:37,197:234:99:.:.:5125,0,368 1|1:0,122:122:99:.:.:3568,365,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1818,186,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3045,320,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1720,179,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2472,255,0 1|0:35,39:74:99:.:.:896,0,793 1|1:0,145:145:99:.:.:4269,434,0 1|1:0,104:104:99:.:.:2939,311,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4233,420,0 1|1:0,352:352:99:.:.:10305,1056,0 1|1:0,33:33:99:.:.:953,99,0 1|1:2,86:88:99:.:.:2453,204,0 0|1:63,58:121:99:.:.:1301,0,1500 1|1:0,78:78:99:.:.:2292,233,0 1|1:0,49:49:99:1|1:537225_G_A:2163,147,0 1|1:1,67:68:99:.:.:1994,194,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1423 1|1:0,52:52:99:.:.:1498,156,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3512,358,0 1|1:1,86:87:99:.:.:2469,232,0 1|1:9,101:110:73:.:.:2734,73,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2324,234,0 1|1:6,195:201:99:.:.:5403,427,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2475,251,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1582,170,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1664,170,0 1|1:2,58:60:99:.:.:1602,118,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1611,162,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1585,159,0 1|0:16,77:93:99:.:.:1931,0,185 1|1:0,62:62:99:.:.:1812,185,0 1|1:0,136:136:99:.:.:3922,407,0 1|1:0,170:170:99:.:.:4872,510,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1473,150,0 1|1:0,136:136:99:.:.:3812,408,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3736,386,0 1|1:2,86:88:99:.:.:2475,203,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3557,347,0 1|1:0,133:133:99:.:.:3850,399,0 1|1:0,102:102:99:.:.:2958,305,0 1|1:1,91:92:99:.:.:2598,249,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1726,158,0 1|1:1,172:173:99:.:.:4964,508,0 1|0:32,107:139:99:.:.:2609,0,520 1|1:0,140:140:99:.:.:4232,421,0 1|1:0,246:246:99:.:.:7025,734,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6616,668,0 1|1:1,186:187:99:.:.:5368,550,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3139,317,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4053,411,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3448,356,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6345,632,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3514,362,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5905,584,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5220,525,0 1|1:1,140:141:99:.:.:4041,411,0 1|1:4,171:175:99:.:.:4975,400,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5432,558,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6299,626,0 1|1:0,198:198:99:.:.:5868,594,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4643,476,0 1|1:0,200:200:99:.:.:5894,600,0 1|1:0,204:204:99:.:.:5967,612,0 1|1:0,208:208:99:.:.:6210,625,0 1|0:22,95:117:99:.:.:2384,0,308 1|1:0,211:211:99:.:.:6161,631,0 0|1:30,109:139:99:.:.:2801,0,464 1|1:0,174:174:99:.:.:5220,521,0 1|1:0,207:207:99:.:.:6093,620,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3014,315,0 1|1:0,166:166:99:.:.:4875,498,0 1|1:0,170:170:99:.:.:4956,510,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5128,524,0 1|1:0,220:220:99:.:.:6518,659,0 1|1:10,132:142:99:.:.:3492,124,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4402,471,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3401,348,0 1|1:9,127:136:99:.:.:3481,137,0 1|1:0,86:86:99:.:.:2416,258,0 1|1:1,170:171:99:.:.:4939,485,0 1|1:0,196:196:99:.:.:5753,587,0 1|1:1,131:132:99:.:.:3708,366,0 1|1:0,233:233:99:.:.:6604,698,0 1|1:1,140:141:99:.:.:4112,392,0 0|1:60,120:180:99:.:.:2978,0,1197 0|1:80,142:222:99:.:.:3406,0,1679 1|1:2,192:194:99:.:.:5539,561,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5603,570,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4736,495,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5550,570,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3284,336,0 1|1:0,169:169:99:.:.:5085,507,0 0|1:81,123:204:99:.:.:2994,0,1801 1|1:0,211:211:99:.:.:6281,633,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3075,312,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2874,290,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2879,294,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2258,225,0 1|1:0,204:204:99:.:.:5839,612,0 1|1:2,45:47:80:.:.:1295,80,0 0|1:82,55:137:99:.:.:1238,0,1906 1|1:0,124:124:99:.:.:3585,371,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2755,285,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5359,552,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3118,315,0 1|1:1,126:127:99:.:.:3677,350,0 1|1:0,148:148:99:.:.:6123,454,0 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 1|0:25,101:126:99:.:.:2652,0,339 1|1:1,112:113:99:.:.:3319,307,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4854,489,0 1|1:6,170:176:99:.:.:4828,371,0 0|1:24,153:177:99:.:.:3991,0,172 1|1:0,165:165:99:.:.:4945,495,0 1|1:0,13:13:39:.:.:385,39,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3399,339,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4681,468,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2567,255,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2715,270,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2601,256,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3324,335,0 1|1:0,165:165:99:.:.:4789,494,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2939,300,0 1|0:73,61:134:99:.:.:1411,0,1803 1|1:1,130:131:99:.:.:3896,361,0 0|1:30,46:76:99:.:.:1157,0,712 1|1:0,66:66:99:.:.:1996,198,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3381,339,0 1|1:8,110:118:99:.:.:3069,119,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5682,567,0 1|1:1,87:88:99:.:.:2612,235,0 1|1:3,132:135:99:.:.:3848,318,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2616,264,0 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,159:159:99:.:.:4745,477,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4342,438,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3785,393,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,86:86:99:.:.:2567,258,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3187,318,0 1|1:0,229:229:99:.:.:6598,687,0 0|1:79,44:123:99:.:.:954,0,2024 1|1:0,77:77:99:.:.:2319,231,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2470,246,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2138,216,0 1|1:0,239:239:99:.:.:6838,717,0 0|1:35,72:107:99:.:.:1735,0,668 1|1:5,144:149:99:.:.:3971,302,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3421,353,0 0|1:23,95:118:99:.:.:2487,0,323 1|1:0,113:113:99:.:.:3246,338,0 1|0:40,19:59:99:.:.:404,0,1025 1|1:0,90:90:99:.:.:2608,269,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2106,215,0 1|1:1,97:98:99:.:.:2840,284,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2748,278,0 0|1:15,120:135:56:.:.:3132,0,56 1|1:0,83:83:99:.:.:2461,248,0 1|1:0,180:180:99:.:.:5424,541,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4838,488,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2962,303,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1738,179,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5467,570,0 1|1:10,96:106:30:.:.:2500,30,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2461,254,0 1|1:1,58:59:99:.:.:1673,167,0 1|1:5,49:54:16:.:.:1312,16,0 0|1:84,38:122:99:.:.:768,0,2142 1|1:0,49:49:99:.:.:1447,147,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1717,174,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2209,201,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1828,183,0 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,109:109:99:.:.:3148,327,0 1|1:0,220:220:99:.:.:6538,659,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2710,273,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4001,401,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1631,167,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4743,480,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2027,206,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3170,310,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2936,303,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1589,166,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1964,201,0 1|1:13,140:153:81:.:.:3728,81,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2127,219,0 1|1:0,10:10:30:.:.:310,30,0 0|1:17,138:155:40:.:.:3544,0,40 1|1:0,120:120:99:.:.:3632,360,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4750,489,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2811,285,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4479,442,0 1|0:51,69:120:99:.:.:1692,0,1148 1|1:1,174:175:99:.:.:5170,495,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1542,155,0 1|1:0,25:25:75:.:.:763,75,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2926,294,0 1|1:0,320:320:99:.:.:9638,960,0 1|1:1,134:135:99:.:.:3795,375,0 1|1:0,191:191:99:.:.:5661,572,0 1|1:0,17:17:51:.:.:495,51,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800 1|1:16,151:167:27:.:.:3944,27,0 1|1:1,89:90:99:.:.:2675,261,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1841,186,0 1|1:3,102:105:99:.:.:2931,222,0 1|1:1,112:113:99:.:.:3351,308,0 1|1:0,10:10:30:.:.:302,30,0 1|1:1,56:57:99:.:.:1653,161,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1358,141,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,25:27:32:.:.:702,32,0 1|1:0,170:170:99:.:.:6004,511,0 1|1:0,93:93:99:.:.:3346,280,0 1|1:3,138:141:99:.:.:4660,311,0 1|1:0,116:116:99:.:.:4014,348,0 1|1:0,160:160:99:.:.:5652,480,0 1|1:0,191:191:99:.:.:6717,574,0 1|1:0,172:172:99:.:.:6136,517,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3739,313,0 1|1:0,196:196:99:.:.:6895,589,0 1|1:0,144:144:99:.:.:5105,433,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5684,484,0 1|1:0,24:24:72:.:.:827,72,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5715,493,0 1|1:0,190:190:99:.:.:6662,571,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6990,593,0 1|1:0,129:129:99:1|1:537225_G_A:5913,400,0 1|1:0,172:172:99:.:.:6151,517,0 1|1:1,228:229:99:.:.:7998,678,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4812,411,0 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,175:175:99:.:.:6240,525,0 1|1:0,127:127:99:.:.:4420,382,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5705,483,0 1|1:0,235:235:99:.:.:8222,705,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5804,484,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2762,240,0 1|1:0,88:88:99:.:.:3099,264,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5745,495,0 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1271 1|1:1,98:99:99:.:.:3480,288,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5633,483,0 1|1:1,107:108:99:.:.:3751,315,0 1|1:0,176:176:99:.:.:6246,529,0 1|1:0,171:171:99:.:.:6001,514,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2800,238,0 1|1:1,165:166:99:.:.:5928,489,0 1|1:1,173:174:99:.:.:6031,512,0 1|1:0,182:182:99:.:.:6460,548,0 1|1:0,540:540:99:.:.:19158,1623,0 1|1:1,720:721:99:.:.:24964,2156,0 1|1:1,584:585:99:.:.:20374,1746,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1675,144,0 1|1:0,20:20:60:.:.:712,60,0 1|1:2,124:126:99:.:.:4091,307,0 1|1:3,105:108:99:.:.:4358,217,0 1|1:0,203:203:99:.:.:6994,610,0 1|1:1,213:214:99:.:.:7252,614,0 1|1:0,452:452:99:.:.:15024,1349,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4316,372,0 1|1:1,268:269:99:.:.:9066,798,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8427,739,0 1|1:0,501:501:99:.:.:16649,1495,0 1|1:0,263:263:99:.:.:10236,801,0 1|1:0,477:477:99:.:.:16058,1427,0 1|1:1,164:165:99:.:.:5556,486,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2899,250,0 1|1:0,422:422:99:.:.:14392,1262,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2664,236,0 1|1:1,297:298:99:.:.:10023,883,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6674,580,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6370,550,0 1|1:4,221:225:99:.:.:7743,636,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8055,698,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7724,670,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9125,819,0 1|1:0,258:258:99:.:.:8925,775,0 1|1:1,195:196:99:.:.:6632,577,0 1|1:1,347:348:99:.:.:11266,998,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3489,303,0 1|1:0,365:365:99:.:.:12090,1088,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1715,153,0 1|1:1,263:264:99:.:.:9097,781,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8330,721,0 1|1:0,232:232:99:.:.:8026,696,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8436,747,0 1|1:2,238:240:99:.:.:8089,670,0 1|1:3,281:284:99:.:.:9388,822,0 1|1:1,228:229:99:.:.:7880,677,0 1|1:0,154:154:99:.:.:5076,459,0 1|1:0,237:237:99:.:.:8253,710,0 1|1:1,214:215:99:.:.:7199,634,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8188,709,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3118,291,0 1|1:0,232:232:99:.:.:7813,695,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3087,273,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7514,655,0 1|1:0,464:464:99:.:.:15319,1384,0 1|1:2,187:189:99:.:.:6164,546,0 1|1:1,429:430:99:.:.:14264,1274,0 1|1:0,209:209:99:.:.:7100,626,0 1|1:1,247:248:99:.:.:8035,712,0 1|1:0,238:238:99:.:.:8092,714,0 1|1:0,196:196:99:.:.:6663,588,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4619,431,0 1|1:1,208:209:99:.:.:6960,616,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3867,349,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4862,425,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1282,116,0 1|1:1,269:270:99:.:.:9312,801,0 1|1:0,510:510:99:.:.:16669,1520,0 1|1:1,283:284:99:.:.:9729,843,0 1|1:0,191:191:99:.:.:6470,573,0 1|1:0,399:399:99:.:.:13136,1188,0 1|1:0,117:117:99:.:.:4010,351,0 1|1:1,259:260:99:.:.:8677,769,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6302,561,0 1|1:1,440:441:99:.:.:14379,1280,0 1|1:0,158:158:99:.:.:5413,474,0 1|1:0,473:473:99:.:.:15793,1410,0 1|1:1,535:536:99:.:.:18342,1600,0 1|1:0,412:412:99:.:.:14435,1237,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3442,308,0 1|1:1,362:363:99:.:.:12282,1081,0 1|1:1,333:334:99:.:.:10803,983,0 1|1:0,196:196:99:.:.:6682,588,0 1|1:1,429:430:99:.:.:14085,1273,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2435,219,0 1|1:0,117:117:99:.:.:4096,352,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4589,400,0 1|1:1,203:204:99:.:.:7074,603,0 1|1:0,204:204:99:.:.:7095,613,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4854,425,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6036,558,0 1|1:1,194:195:99:.:.:6503,575,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6620,579,0 1|1:0,161:161:99:.:.:5595,484,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1969,168,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1636,144,0 1|1:0,159:159:99:.:.:5409,478,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6337,558,0 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,119:119:99:.:.:4013,356,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8287,736,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8524,741,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7898,677,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2433,216,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3665,326,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2383,210,0 1|1:0,66:66:99:.:.:2188,198,0 1|1:0,25:25:74:.:.:832,74,0 1|1:0,242:242:99:.:.:8461,728,0 1|0:73,140:213:99:.:.:4200,0,1850 1|0:55,174:229:99:.:.:5369,0,1284 1|1:0,31:31:93:.:.:1025,93,0 1|1:0,194:194:99:.:.:6758,583,0 1|0:41,186:227:99:.:.:5549,0,795 1|1:0,128:128:99:.:.:4238,383,0 1|0:128,68:196:99:.:.:1659,0,3762 1|0:26,144:170:99:.:.:4265,0,428 1|1:0,183:183:99:.:.:6497,550,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6679,594,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6962,616,0 1|1:0,195:195:99:.:.:6571,584,0 1|1:0,478:478:99:.:.:16731,1436,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1807,153,0 1|1:0,303:303:99:.:.:10494,910,0 1|1:1,628:629:99:.:.:21971,1880,0 1|1:0,166:166:99:.:.:5765,498,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8609,750,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1976,179,0 1|1:0,21:21:63:.:.:708,63,0 1|1:2,343:345:99:.:.:11874,1016,0 1|1:1,168:169:99:.:.:5854,497,0 Pf3D7_01_v3 537267 . T A 1.29232e+06 PASS FS=0;MQ=60.19;QD=22.93;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I192L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ata/Tta;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=CBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113900.1;SOR=0.713;VQSLOD=6.97;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=133.2;GQ_STDDEV=103.27;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0189;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.864;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13878673;AF=0.056;AS_InbreedingCoeff=-0.0378;MLEAC=295;MLEAF=0.056;AN=858;AC=77 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:0:.:.:0,0,3034:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1235:. 1|1:2,106:108:99:.:.:3317,283,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1445:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1482:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1089:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,106,1551:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,32:32:96:.:.:990,96,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1216:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,15:64:99:.:.:272,0,1323:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1284:. 0|0:146,0:146:8:.:.:0,8,3637:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2681,250,0:. 0|1:17,28:45:99:.:.:710,0,393:. 1|0:25,39:64:99:.:.:959,0,590:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1122,111,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,32:79:99:.:.:718,0,1188:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,56:81:99:.:.:1429,0,534:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,145:145:99:.:.:4303,434,0:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1021:. 1|0:72,19:91:99:.:.:286,0,1974:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1423:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1198:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,36:94:99:.:.:817,0,1524:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:119,84:203:99:.:.:1891,0,2956:. 0|1:21,70:91:99:.:.:1802,0,378:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1588,162,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,25:73:99:.:.:547,0,1274:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,45:54:99:.:.:1169,0,109:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,14:96:99:.:.:123,0,2201:. 1|0:44,10:54:99:.:.:131,0,1182:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,78:152:99:.:.:1819,0,1773:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,205:206:99:.:.:6015,606,0:. 1|0:93,108:201:99:.:.:2559,0,2241:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,3248:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,65:152:99:.:.:1498,0,2183:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,90:193:99:.:.:2176,0,2573:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,11:54:99:.:.:157,0,1136:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,118:119:99:.:.:3506,324,0:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,145:146:99:.:.:4365,407,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,52:99:99:.:.:1265,0,1135:. 0|1:57,79:136:99:.:.:1941,0,1386:. 0|0:165,0:165:69:.:.:0,69,4226:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,31:90:99:.:.:654,0,1587:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:106,22:128:99:.:.:290,0,2864:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,14:96:99:.:.:143,0,2251:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,88:100:76:.:.:2405,0,76:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,69:71:99:.:.:2025,151,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2008,198,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,29:119:99:.:.:531,0,2430:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,30:82:99:.:.:654,0,1328:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:17,37:54:99:.:.:929,0,384:. 0|1:114,13:127:11:.:.:11,0,3742:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,26:123:99:.:.:408,0,2576:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,12:105:54:.:.:54,0,2602:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:150,0:150:83:.:.:0,83,3820:. 1|0:60,55:115:99:.:.:1332,0,1505:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,588:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,144:185:99:.:.:3710,0,703:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:44:.:.:0,44,833:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,104:105:99:.:.:3515,277,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:529,0:529:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:688,0:688:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:557,0:557:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1791:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,624:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:449,0:449:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:518,0:518:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,154:154:99:.:.:5230,463,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,400:400:99:.:.:13700,1197,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1495:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:173,73:246:99:.:.:1808,0,5257:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,259:259:99:.:.:8806,776,0:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,187:221:99:.:.:5770,0,497:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:438,0:438:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:188,36:224:99:.:.:509,0,5928:. 0|0:261,0:261:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:96,66:162:99:.:.:1769,0,2832:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,101,1088:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:505,0:505:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:367,0:367:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:111,18:129:99:.:.:214,0,3407:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:411,0:411:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:523,0:523:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,448:451:99:.:.:15717,1296,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,363:366:99:.:.:12073,987,0:. 0|0:334,0:334:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:416,0:416:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:.:.:6248,524,0:. 1|1:0,207:207:99:.:.:6928,622,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,26:26:78:.:.:906,78,0:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:460,0:460:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:619,0:619:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:312,0:312:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 537322 . G A 2.49483e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=33.39;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S173;SNPEFF_CODON_CHANGE=tcC/tcT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=CBP1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113900.1;SOR=0.695;VQSLOD=10.13;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0075;FractionInformativeReads=0.983;GC=47.62;GQ_MEAN=269.38;GQ_STDDEV=97.49;HRun=2;InbreedingCoeff=0.6485;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.073;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=15395722;AF=0.894;AS_InbreedingCoeff=-0;MLEAC=4696;MLEAF=0.896;AN=858;AC=833 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,73:73:99:.:.:2236,219,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2964,284,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2472,235,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2791,265,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4114,404,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2010,192,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1572,150,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2645,255,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2832,267,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2938,277,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1936,186,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2897,282,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1925,180,0 1|1:0,31:31:92:.:.:929,92,0 1|1:0,22:22:66:.:.:664,66,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1101,108,0 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,220 1|1:0,38:38:99:.:.:1174,114,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1073,102,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1430,141,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2093,206,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2099,207,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5839,582,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2650,269,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1085,111,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2553,267,0 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,190 1|1:0,6:6:18:.:.:180,18,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1712,168,0 1|1:1,60:61:99:.:.:1739,172,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3190,324,0 1|0:20,76:96:99:.:.:2024,0,259 1|1:0,60:60:99:.:.:1862,180,0 0|1:98,236:334:99:.:.:5861,0,1737 1|1:0,56:56:99:.:.:1738,168,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3539,345,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2581,261,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1354,135,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2127,210,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1807,186,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3071,301,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3578,371,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2453,249,0 1|1:0,270:270:99:.:.:7984,811,0 1|1:0,196:196:99:.:.:5709,586,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3075,312,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2664,267,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1326,129,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3078,325,0 1|1:1,80:81:99:.:.:2319,216,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3054,317,0 1|1:0,33:33:99:.:.:966,99,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3192,333,0 1|0:66,140:206:99:.:.:3555,0,1170 1|1:1,142:143:99:.:.:4084,417,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2164,219,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2745,276,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2206,222,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2168,221,0 1|1:4,61:65:81:.:.:1623,81,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4305,442,0 1|1:7,141:148:99:.:.:3926,249,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4187,423,0 1|1:0,371:371:99:.:.:11124,1114,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1240,132,0 0|1:16,86:102:99:.:.:2153,0,139 1|1:13,124:137:58:.:.:3337,58,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2321,241,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1539,156,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2285,231,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1382,144,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1190,120,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2757,289,0 1|1:0,112:112:99:.:.:3364,337,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3344,339,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1555,159,0 1|1:0,203:203:99:.:.:5928,609,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2452,254,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1645,174,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2042,209,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2102,213,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2200,219,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1585,162,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3616,378,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2221,225,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5408,552,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5600,570,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1697,168,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4527,483,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4024,414,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3152,316,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4408,457,0 1|1:1,152:153:99:.:.:4403,448,0 1|1:0,98:98:99:.:.:2894,294,0 1|1:1,103:104:99:.:.:2944,281,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1822,177,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4657,479,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5231,530,0 1|1:0,173:173:99:.:.:5029,518,0 1|1:0,268:268:99:.:.:7748,801,0 1|1:1,225:226:99:.:.:6664,668,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6005,612,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3094,315,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3404,351,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3476,357,0 1|1:0,256:256:99:.:.:7556,766,0 0|1:72,68:140:99:.:.:1607,0,1543 1|1:0,199:199:99:.:.:5990,596,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5715,585,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4300,443,0 1|1:0,170:170:99:.:.:4957,509,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5545,566,0 1|1:0,172:172:99:.:.:5027,514,0 1|1:0,235:235:99:.:.:6879,703,0 1|1:0,176:176:99:1|1:537318_C_A:7842,533,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5572,583,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5358,551,0 1|1:0,202:202:99:.:.:5909,606,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4005,411,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6137,631,0 0|1:43,115:158:99:.:.:2982,0,720 1|1:0,200:200:99:.:.:5944,600,0 1|1:0,216:216:99:.:.:6386,649,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3318,348,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4825,492,0 1|1:0,169:169:99:.:.:4864,506,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5610,583,0 1|1:0,218:218:99:.:.:6413,653,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4604,479,0 1|1:0,188:188:99:.:.:5345,562,0 1|1:0,144:144:99:.:.:4274,432,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4133,424,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2694,285,0 1|1:0,179:179:99:.:.:5261,537,0 1|1:0,224:224:99:.:.:6492,669,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3756,393,0 1|1:0,243:243:99:.:.:6863,726,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4256,435,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4424,450,0 1|1:0,221:221:99:.:.:6156,658,0 1|1:0,189:189:99:.:.:5498,567,0 1|1:0,200:200:99:.:.:5867,600,0 1|1:0,175:175:99:.:.:4987,524,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6468,668,0 1|1:0,142:142:99:.:.:4087,425,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5715,584,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5437,555,0 1|1:0,236:236:99:.:.:6957,706,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3278,338,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2737,279,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2380,237,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2537,260,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6416,668,0 1|1:0,67:67:99:.:.:1964,200,0 1|1:0,149:149:99:.:.:4420,447,0 1|1:1,134:135:99:.:.:3843,375,0 1|1:0,100:100:99:.:.:2927,300,0 1|1:0,195:195:99:.:.:5568,584,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3743,386,0 1|1:1,123:124:99:.:.:3591,345,0 1|1:0,121:121:99:.:.:3613,363,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2947,303,0 1|1:0,137:137:99:.:.:4075,411,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3404,343,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6102,617,0 1|1:0,170:170:99:.:.:5123,511,0 0|1:22,147:169:99:.:.:3796,0,113 1|1:0,194:194:99:.:.:5680,582,0 1|1:0,8:8:24:.:.:245,24,0 1|1:0,127:127:99:.:.:3710,380,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4275,442,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2701,273,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2369,243,0 1|1:0,101:101:99:.:.:2992,303,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3868,392,0 1|1:0,178:178:99:.:.:5213,535,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3041,312,0 1|0:81,69:150:99:.:.:1613,0,1818 1|1:0,122:122:99:.:.:3619,366,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2803,282,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2262,233,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3316,333,0 1|1:13,112:125:16:.:.:2982,16,0 1|1:0,220:220:99:.:.:6564,661,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2862,283,0 1|1:2,146:148:99:.:.:4289,388,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2526,252,0 1|1:0,285:285:99:.:.:8326,855,0 1|1:0,163:163:99:.:.:4758,489,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4052,416,0 1|1:0,135:135:99:.:.:3887,405,0 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,93:93:99:.:.:2765,279,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3126,312,0 1|1:2,257:259:99:.:.:7325,740,0 0|1:79,33:112:99:.:.:667,0,1892 1|1:0,67:67:99:.:.:2024,201,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2394,237,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2116,219,0 1|1:0,274:274:99:.:.:7902,821,0 1|1:0,124:124:99:.:.:3594,373,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5145,530,0 1|1:0,136:136:99:.:.:3956,407,0 1|0:17,124:141:26:.:.:3278,0,26 1|1:0,122:122:99:.:.:3595,366,0 1|0:49,36:85:99:.:.:775,0,1062 1|1:0,90:90:99:.:.:2616,270,0 1|1:0,92:92:99:.:.:2770,276,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2781,290,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3666,378,0 0|1:20,116:136:99:.:.:3010,0,121 1|1:0,100:100:99:.:.:2937,300,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5411,554,0 1|1:0,194:194:99:.:.:5669,582,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3573,366,0 0|1:35,35:70:99:.:.:795,0,773 1|1:1,207:208:99:.:.:6001,596,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3038,309,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2124,213,0 1|1:0,59:59:99:.:.:1736,177,0 1|0:9,40:49:99:.:.:1024,0,104 0|1:53,75:128:99:.:.:1819,0,1059 1|1:0,66:66:99:.:.:1936,198,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2249,239,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2146,227,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2149,221,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2789,282,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3812,386,0 1|1:0,238:238:99:.:.:6986,713,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2614,272,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4152,417,0 1|1:1,52:53:99:.:.:1526,149,0 1|1:0,175:175:99:.:.:4978,523,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1699,173,0 1|1:0,119:119:99:.:.:3539,357,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3046,317,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2167,227,0 1|1:0,68:68:99:.:.:2037,204,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4436,452,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2823,282,0 1|1:0,6:6:18:.:.:174,18,0 1|1:0,153:153:99:.:.:4543,460,0 1|1:0,114:114:99:.:.:3434,342,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4637,482,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2559,266,0 1|1:0,125:125:99:.:.:3727,375,0 1|0:58,81:139:99:.:.:1944,0,1165 1|1:0,197:197:99:.:.:5834,591,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1687,170,0 1|1:0,29:29:87:.:.:867,87,0 1|1:0,88:88:99:.:.:2644,264,0 1|1:0,317:317:99:.:.:9406,951,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4048,418,0 1|1:0,230:230:99:.:.:6793,690,0 1|1:0,16:16:48:.:.:445,48,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1472,155,0 1|1:0,191:191:99:.:.:5519,572,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3257,330,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2122,213,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3118,317,0 1|1:0,102:102:99:.:.:3067,306,0 1|1:0,17:17:51:.:.:499,51,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1997,204,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1216,123,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3195,326,0 1|1:0,34:34:99:.:.:995,102,0 1|1:0,179:179:99:.:.:6446,539,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4350,366,0 1|1:0,212:212:99:.:.:7640,637,0 1|1:0,155:155:99:.:.:5635,466,0 1|1:0,176:176:99:.:.:6404,530,0 1|1:0,196:196:99:.:.:7102,589,0 1|1:0,182:182:99:.:.:6403,547,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4827,400,0 1|1:0,205:205:99:.:.:7356,616,0 1|1:0,194:194:99:.:.:6851,583,0 1|1:0,202:202:99:.:.:7190,608,0 1|1:0,22:22:66:.:.:785,66,0 1|1:0,170:170:99:.:.:6053,511,0 1|1:0,186:186:99:.:.:6661,559,0 1|1:0,199:199:99:.:.:7196,599,0 1|1:0,176:176:99:.:.:6412,530,0 1|1:0,214:214:99:.:.:7738,643,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8802,755,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4869,409,0 1|0:146,15:161:52:.:.:52,0,4450 1|1:1,196:197:99:.:.:6969,565,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5927,502,0 1|1:0,160:160:99:.:.:5845,481,0 1|1:0,262:262:99:.:.:9392,788,0 1|1:0,167:167:99:.:.:6072,502,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2877,241,0 1|1:0,89:89:99:.:.:3176,267,0 1|1:0,193:193:99:.:.:6923,581,0 0|0:40,0:40:84:.:.:0,84,1305 1|1:0,119:119:99:.:.:4196,357,0 1|1:0,179:179:99:.:.:6415,538,0 1|1:0,127:127:99:.:.:4583,382,0 1|1:0,216:216:99:.:.:7746,650,0 1|1:1,204:205:99:.:.:7358,580,0 1|1:0,106:106:99:.:.:3787,318,0 1|1:0,174:174:99:.:.:6306,523,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6701,562,0 1|1:0,200:200:99:.:.:7033,601,0 1|1:0,609:609:99:.:.:21608,1830,0 1|1:0,778:778:99:.:.:27746,2339,0 1|1:0,627:627:99:.:.:22298,1884,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2355,200,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1133,96,0 1|1:2,131:133:99:.:.:4213,329,0 1|1:4,107:111:99:.:.:3448,191,0 1|1:1,190:191:99:.:.:6558,564,0 1|1:0,249:249:99:.:.:8679,747,0 1|1:1,455:456:99:.:.:15247,1350,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4625,405,0 1|1:0,263:263:99:.:.:8917,790,0 1|1:0,254:254:99:.:.:8729,763,0 1|1:0,521:521:99:.:.:17514,1555,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8737,757,0 1|1:0,430:430:99:.:.:13981,1280,0 1|1:0,147:147:99:.:.:4903,442,0 1|1:0,93:93:99:.:.:3141,279,0 1|1:1,402:403:99:.:.:13255,1190,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2932,253,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8554,753,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7378,661,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5940,525,0 1|1:0,256:256:99:.:.:8790,769,0 1|1:0,271:271:99:.:.:9491,815,0 1|1:0,239:239:99:.:.:8218,718,0 1|1:0,240:240:99:.:.:8335,722,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8496,740,0 1|1:0,207:207:99:.:.:7079,621,0 1|1:1,352:353:99:.:.:11468,1041,0 1|1:0,120:120:99:.:.:4032,360,0 1|1:1,356:357:99:.:.:11205,1028,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1966,165,0 1|1:1,239:240:99:.:.:8428,711,0 1|1:0,262:262:99:.:.:9184,787,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7798,688,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9394,822,0 1|1:0,280:280:99:.:.:9229,839,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8704,757,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8393,731,0 1|1:2,158:160:99:.:.:5105,441,0 1|1:0,241:241:99:.:.:8545,725,0 1|1:0,184:184:99:.:.:6306,552,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7840,688,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2894,265,0 1|1:0,261:261:99:.:.:8895,783,0 1|1:0,84:84:99:.:.:2806,252,0 1|1:0,253:253:99:.:.:8579,759,0 1|1:0,462:462:99:.:.:15281,1383,0 1|1:0,167:167:99:.:.:5729,502,0 1|1:2,413:416:99:.:.:13375,1192,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8162,700,0 1|1:0,271:271:99:.:.:8867,811,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8098,709,0 1|1:0,229:229:99:.:.:7928,688,0 1|1:0,162:162:99:.:.:5302,483,0 1|1:1,233:234:99:.:.:7947,693,0 1|1:0,124:124:99:.:.:4207,373,0 1|1:1,190:191:99:.:.:6493,564,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1110,104,0 1|1:1,251:252:99:.:.:8551,732,0 1|1:1,504:505:99:.:.:16674,1499,0 1|1:0,280:280:99:.:.:9632,841,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7485,652,0 1|1:0,350:350:99:.:.:11310,1042,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4455,388,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8709,751,0 1|1:0,178:178:99:.:.:6132,535,0 1|1:0,387:387:99:.:.:12895,1155,0 1|1:0,177:177:99:.:.:6261,532,0 1|1:0,437:437:99:.:.:14414,1300,0 1|1:0,584:584:99:.:.:20164,1755,0 1|1:0,444:444:99:.:.:15550,1334,0 1|1:0,117:117:99:.:.:4101,352,0 1|1:0,369:369:99:.:.:12754,1110,0 1|1:2,353:355:99:.:.:11617,1037,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7725,659,0 1|1:1,406:407:99:.:.:13577,1205,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2687,237,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4329,376,0 1|1:0,135:135:99:.:.:4720,406,0 1|1:0,219:219:99:.:.:7498,658,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7741,679,0 1|1:1,172:173:99:.:.:5955,494,0 1|1:0,231:231:99:.:.:7721,693,0 1|1:0,221:221:99:.:.:7554,665,0 1|1:0,233:233:99:.:.:7999,700,0 1|1:0,215:215:99:.:.:7466,647,0 1|1:0,62:62:99:.:.:2174,187,0 1|1:0,61:61:99:.:.:2006,183,0 1|1:0,198:198:99:.:.:6867,595,0 1|1:0,223:223:99:.:.:7734,670,0 1|1:0,221:221:99:.:.:7545,664,0 1|1:0,129:129:99:.:.:4440,388,0 1|1:0,301:301:99:.:.:10306,905,0 1|1:0,274:274:99:.:.:9641,823,0 1|1:0,303:303:99:.:.:10553,910,0 1|1:0,90:90:99:.:.:3084,271,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4324,375,0 1|1:0,88:88:99:.:.:3058,265,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1986,180,0 1|1:0,27:27:81:.:.:892,81,0 1|1:0,311:311:99:.:.:10719,935,0 1|1:0,250:250:99:.:.:9266,752,0 1|1:0,277:277:99:1|1:537318_C_A:10389,833,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1332,114,0 1|1:0,206:206:99:.:.:7164,619,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8628,757,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4513,394,0 1|1:0,228:228:99:1|1:537318_C_A:8457,685,0 1|1:0,206:206:99:.:.:7171,618,0 1|1:0,231:231:99:.:.:8040,695,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6423,561,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8162,710,0 1|1:0,214:214:99:.:.:7524,643,0 1|1:0,531:531:99:.:.:18832,1597,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2748,240,0 1|1:0,306:306:99:.:.:10598,919,0 1|1:0,649:649:99:.:.:22524,1950,0 1|1:0,182:182:99:.:.:6126,546,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8537,739,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2486,222,0 1|1:0,30:30:90:.:.:1059,90,0 1|1:0,333:333:99:.:.:11567,1001,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6857,592,0 Pf3D7_01_v3 537427 . A G 1.23404e+07 PASS FS=0;MQ=60.02;QD=27.23;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V138;SNPEFF_CODON_CHANGE=gtT/gtC;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=CBP1;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113900.1;SOR=0.703;VQSLOD=9.08;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.992;GC=9.52;GQ_MEAN=224.47;GQ_STDDEV=148.5;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6799;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.36;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=13080006;AF=0.428;AS_InbreedingCoeff=0.6357;MLEAC=2251;MLEAF=0.429;AN=858;AC=400 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,64:64:99:.:.:1861,191,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:71,24:95:99:.:.:403,0,1978:. 1|0:70,36:106:99:.:.:712,0,1928:. 1|1:8,119:127:99:.:.:3138,140,0:. 1|0:8,49:57:92:.:.:1310,0,92:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1376:. 1|1:0,102:102:99:.:.:2928,306,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,69:87:99:.:.:1760,0,309:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,94:95:99:.:.:2591,251,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,33:48:99:.:.:744,0,319:. 0|1:28,10:38:99:.:.:155,0,750:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,224:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1032,105,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1392,146,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1036,108,0:. 1|0:59,10:69:80:.:.:80,0,1608:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1933,206,0:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2291,245,0:. 1|1:0,30:30:90:.:.:843,90,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1581:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,11:11:33:.:.:296,33,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1175:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1307:. 0|1:57,36:93:99:.:.:700,0,1447:. 1|0:23,89:112:99:.:.:2152,0,364:. 0|1:16,46:62:99:.:.:1140,0,294:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1402:. 0|1:125,28:153:99:.:.:338,0,3338:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2404,259,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1070:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1122:. 0|1:53,14:67:99:.:.:158,0,1378:. 1|1:3,81:84:99:.:.:2196,160,0:. 1|0:75,46:121:99:.:.:957,0,1888:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3084,321,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:1,200:201:99:.:.:5513,571,0:. 0|1:91,38:129:99:.:.:666,0,2349:. 1|0:50,21:71:99:.:.:387,0,1261:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1358:. 1|1:1,121:122:99:.:.:3304,331,0:. 1|0:51,25:76:99:.:.:490,0,1270:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1764:. 0|1:12,21:33:99:.:.:514,0,253:. 1|1:2,112:114:99:.:.:3180,287,0:. 1|0:90,110:200:99:.:.:2575,0,2110:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,71:80:5:.:.:1775,5,0:. 0|1:90,29:119:99:.:.:455,0,2428:. 1|1:1,71:72:99:.:.:1933,184,0:. 0|1:53,20:73:99:.:.:335,0,1309:. 1|0:69,25:94:99:.:.:405,0,1727:. 1|1:0,163:163:99:.:.:4654,489,0:. 1|0:45,77:122:99:.:.:1757,0,1007:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,331:331:99:.:.:9346,993,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1084:. 1|0:71,33:104:99:.:.:599,0,1814:. 0|1:83,40:123:99:.:.:730,0,2097:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2105,224,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1155:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1099:. 1|0:22,35:57:99:.:.:816,0,478:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4231,453,0:. 1|1:4,102:106:99:.:.:2693,190,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1477:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,119:219:99:.:.:2575,0,2342:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1309:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1090:. 1|0:49,25:74:99:.:.:522,0,1221:. 0|0:72,0:72:12:.:.:0,12,1713:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1838,192,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1158:. 1|0:16,85:101:99:.:.:2068,0,178:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,109:190:99:.:.:2454,0,1819:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,110:115:99:.:.:2880,190,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,97:99:99:.:.:2712,233,0:. 1|0:30,61:91:99:.:.:1450,0,642:. 0|1:28,23:51:99:.:.:495,0,679:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:70,85:155:99:.:.:1917,0,1667:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:10,221:231:99:.:.:5831,380,0:. 1|1:1,194:195:99:.:.:5440,554,0:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3176,336,0:. 0|1:83,24:107:99:.:.:363,0,2194:. 1|0:54,60:114:99:.:.:1336,0,1328:. 1|1:8,224:232:99:.:.:6165,438,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,204:205:99:.:.:5784,582,0:. 0|1:138,21:159:99:.:.:106,0,3729:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:133,54:187:99:.:.:910,0,3421:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:159,49:208:99:.:.:765,0,4169:. 1|1:0,229:229:99:.:.:6335,683,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,37:130:99:.:.:632,0,2412:. 1|1:0,221:221:99:.:.:6184,662,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:171,31:202:99:.:.:268,0,4542:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,169:169:99:.:.:4668,507,0:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:118,34:152:99:.:.:467,0,2977:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,95:108:83:.:.:2371,0,83:. 1|0:17,68:85:99:.:.:1567,0,245:. 0|1:158,36:194:99:.:.:419,0,4108:. 1|1:0,220:220:99:.:.:6155,659,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,84:124:99:.:.:2021,0,873:. 0|1:108,64:172:99:.:.:1274,0,2727:. 0|1:152,64:216:99:.:.:1044,0,3764:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,174:174:99:.:.:4698,521,0:. 1|1:0,222:222:99:.:.:6186,666,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,120:162:99:.:.:2951,0,741:. 1|0:153,27:180:99:.:.:245,0,4112:. 1|1:0,211:211:99:.:.:5996,632,0:. 1|1:1,121:122:99:.:.:3359,334,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2376,252,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1491:. 1|1:5,229:234:99:.:.:6031,557,0:. 1|0:42,18:60:99:.:.:339,0,1111:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,37:100:99:.:.:715,0,1588:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3814,396,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1445:. 1|0:62,86:148:99:.:.:1903,0,1456:. 1|0:41,62:103:99:.:.:1385,0,961:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:81,129:210:99:.:.:2998,0,1854:. 0|1:59,116:175:99:.:.:2657,0,1288:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,11:11:33:.:.:315,33,0:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3607,384,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:.:.:2814,297,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1387:. 1|1:0,137:137:99:.:.:3832,411,0:. 1|0:64,84:148:99:.:.:1850,0,1483:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,29:141:99:.:.:387,0,2969:. 1|1:1,106:107:99:.:.:3003,290,0:. 1|0:73,33:106:99:.:.:616,0,1894:. 0|1:15,58:73:99:.:.:1402,0,258:. 0|1:37,75:112:99:.:.:1823,0,821:. 0|1:97,44:141:99:.:.:790,0,2566:. 1|1:9,182:191:99:.:.:4922,297,0:. 0|1:14,88:102:99:.:.:2197,0,114:. 1|1:2,128:130:99:.:.:3559,327,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:2908,309,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,154:155:99:.:.:4347,436,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1537:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:69,40:109:99:.:.:799,0,1777:. 1|1:1,69:70:99:.:.:1905,179,0:. 1|1:1,102:103:99:.:.:2869,299,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1260:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,69:104:99:.:.:1534,0,718:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3816,405,0:. 0|1:91,48:139:99:.:.:934,0,2369:. 0|1:15,80:95:99:.:.:1935,0,182:. 0|1:18,62:80:99:.:.:1483,0,325:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1270:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2479,255,0:. 1|0:93,24:117:99:.:.:317,0,2472:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,118:128:82:.:.:2967,82,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1322:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,102:180:99:.:.:2315,0,1812:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2905,314,0:. 0|0:73,0:73:2:.:.:0,2,1674:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:8,101:109:74:.:.:2493,74,0:. 0|1:15,74:89:99:.:.:1760,0,183:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:59,10:69:74:.:.:74,0,1637:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,100,1727:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1139:. 0|1:51,9:60:52:.:.:52,0,1332:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1189:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,100,1475:. 0|1:20,102:122:99:.:.:2497,0,256:. 1|1:0,230:230:99:.:.:6435,688,0:. 1|1:6,83:89:93:.:.:2120,93,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1308:. 1|1:0,182:182:99:.:.:5088,545,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1264:. 1|0:21,94:115:99:.:.:2343,0,312:. 1|1:0,105:105:99:.:.:2890,315,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2053,224,0:. 1|1:2,64:66:99:.:.:1690,135,0:. 1|0:124,33:157:99:.:.:461,0,3299:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2289,240,0:. 0|1:3,4:7:72:.:.:94,0,72:. 0|1:68,98:166:99:.:.:2216,0,1552:. 0|1:51,86:137:99:.:.:2024,0,1176:. 1|1:0,150:150:99:.:.:4265,450,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1727:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:88,60:148:99:.:.:1241,0,2184:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:8,53:61:59:.:.:1312,0,59:. 1|1:0,23:23:69:.:.:677,69,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:2836,303,0:. 0|1:77,229:306:99:.:.:5593,0,1452:. 1|0:40,79:119:99:.:.:1832,0,861:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,22:22:66:.:.:599,66,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1167:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:83,25:108:99:.:.:390,0,2122:. 1|1:3,68:71:99:.:.:1835,126,0:. 1|1:2,118:120:99:.:.:3285,296,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,14:16:14:.:.:349,0,14:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1244,137,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,119,1083:. 0|0:39,2:41:65:.:.:0,65,1093:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6690,581,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3548,310,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:79,123:202:99:.:.:3662,0,2150:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6695,581,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,111,1800:. 1|1:0,25:25:75:.:.:871,75,0:. 1|1:1,178:179:99:.:.:5994,501,0:. 1|1:0,190:190:99:.:.:6568,572,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,217:217:99:.:.:7516,652,0:. 1|1:0,285:285:99:.:.:9587,856,0:. 1|1:0,168:168:99:.:.:5823,505,0:. 0|0:193,0:193:77:.:.:0,77,5710:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7675,665,0:. 1|1:0,142:142:99:.:.:4923,427,0:. 0|1:42,129:171:99:.:.:3909,0,979:. 1|1:0,271:271:99:.:.:9317,815,0:. 1|0:70,123:193:99:.:.:3687,0,1922:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3882,339,0:. 1|1:0,111:111:99:.:.:3827,334,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1482,129,0:. 1|0:80,38:118:99:.:.:943,0,2504:. 1|1:0,175:175:99:.:.:5989,526,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,192:192:99:.:.:6643,577,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,179:180:99:.:.:6192,504,0:. 1|1:0,234:234:99:.:.:7926,704,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2777,241,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:2,119:121:99:.:.:3603,288,0:. 1|1:5,118:123:99:.:.:3777,188,0:. 1|1:1,188:189:99:.:.:6171,529,0:. 1|1:0,237:237:99:.:.:7810,712,0:. 1|1:2,463:465:99:.:.:14717,1317,0:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4506,411,0:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,273:273:99:.:.:8983,819,0:. 1|1:2,499:501:99:.:.:15494,1442,0:. 1|0:132,119:251:99:.:.:3224,0,3712:. 1|1:0,444:444:99:.:.:14118,1325,0:. 1|1:0,159:159:99:.:.:5193,478,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2619,240,0:. 1|1:0,443:443:99:.:.:13936,1322,0:. 1|1:3,87:90:99:.:.:2716,183,0:. 1|1:0,273:273:99:.:.:9034,820,0:. 1|0:222,37:259:99:.:.:359,0,6638:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:59,200:259:99:.:.:5849,0,1267:. 1|1:0,267:267:99:.:.:8675,802,0:. 1|0:236,52:288:99:.:.:767,0,7126:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:24,94:118:99:.:.:2739,0,491:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,52:53:99:.:.:1690,124,0:. 1|1:3,260:263:99:.:.:8642,709,0:. 1|1:4,254:258:99:.:.:8219,632,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,274:274:99:.:.:9113,823,0:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,245:247:99:.:.:8164,682,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,101:179:99:.:.:2648,0,1989:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 1|1:3,203:206:99:.:.:6611,535,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:15:.:.:0,15,2231:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:26,46:72:99:.:.:1202,0,553:. 1|0:31,255:286:99:.:.:7480,0,168:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,29:193:99:.:.:439,0,4906:. 1|0:183,219:402:99:.:.:5813,0,4774:. 0|1:217,25:242:99:.:.:107,0,6691:. 1|1:10,271:281:99:.:.:8190,499,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,139:239:99:.:.:3825,0,2652:. 1|0:14,126:140:18:.:.:3665,0,18:. 1|0:122,76:198:99:.:.:1952,0,3188:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1169:. 0|1:33,220:253:99:.:.:6425,0,328:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,249:254:99:.:.:8100,624,0:. 0|0:199,21:220:33:.:.:0,33,6062:. 1|1:20,356:376:99:.:.:10633,477,0:. 1|0:106,31:137:99:.:.:620,0,3020:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,412:424:99:.:.:12591,901,0:. 1|1:1,177:178:99:.:.:5905,498,0:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,490:491:99:.:.:16213,1433,0:. 0|1:73,34:107:99:.:.:836,0,2241:. 1|1:2,417:419:99:.:.:13891,1187,0:. 1|1:0,351:351:99:.:.:11108,1048,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,409:410:99:.:.:12860,1213,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1432:. 0|1:73,68:141:99:.:.:1906,0,2069:. 1|1:0,123:123:99:.:.:4099,370,0:. 1|1:0,222:222:99:.:.:7365,666,0:. 1|1:0,227:227:99:.:.:7559,682,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,204:204:99:.:.:6799,613,0:. 1|1:0,207:207:99:.:.:6893,622,0:. 1|1:0,238:238:99:.:.:7854,715,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:4377,396,0:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,297:297:99:.:.:9956,892,0:. 1|1:0,305:305:99:.:.:10167,916,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,130:130:99:.:.:4224,390,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2132,195,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1385:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:132,157:289:99:.:.:4411,0,3692:. 1|0:158,144:302:99:.:.:3878,0,4554:. 1|1:0,29:29:87:.:.:994,87,0:. 1|1:1,216:217:99:.:.:7215,614,0:. 0|1:212,42:254:99:.:.:645,0,6614:. 1|1:0,137:137:99:.:.:4521,412,0:. 1|1:0,225:225:99:.:.:7379,676,0:. 0|1:182,47:229:99:.:.:895,0,5587:. 0|1:23,199:222:99:.:.:5986,0,135:. 1|1:0,197:197:99:.:.:6578,592,0:. 0|0:226,0:226:0:.:.:0,0,6427:. 1|1:0,216:216:99:.:.:7134,649,0:. 0|1:234,287:521:99:.:.:8255,0,6573:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1411:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,692:692:99:.:.:22955,2076,0:. 1|0:35,123:158:99:.:.:3579,0,792:. 1|1:0,253:253:99:.:.:8565,760,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:9,353:362:99:.:.:11498,755,0:. 1|1:0,173:173:99:.:.:5795,519,0:. Pf3D7_01_v3 537455 . T C 128593 PASS FS=0;MQ=62.34;QD=20.71;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K129R;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=CBP1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0113900.1;SOR=0.655;VQSLOD=5.64;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;InbreedingCoeff=0.1093;NCC=0;BaseQRankSum=-3.845;ClippingRankSum=-0.117;MQRankSum=0.193;ReadPosRankSum=1.27;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=9037934;AF=0.009333;MLEAC=48;MLEAF=0.009143;AN=858;AC=35 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:0,103,1326:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 1|0:65,39:104:99:845,0,1763:. 0|0:43,0:43:99:0,105,1361:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1351:. 1|1:0,61:61:99:1784,182,0:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:2768,282,0:. 0|0:53,0:53:99:0,104,1426:. 0|0:46,0:46:99:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1137:. 0|0:40,0:40:93:0,93,1248:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1380:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,107,1290:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:80:0,80,1053:. 0|0:54,0:54:99:0,109,1581:. 0|0:17,0:17:39:0,39,585:. 0|0:13,0:13:30:0,30,450:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1175:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1307:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1501:. 0|0:177,0:177:99:0,117,1800:. 1|1:1,55:56:99:1491,156,0:. 1|0:118,18:136:71:71,0,3260:. 0|0:47,0:47:99:0,107,1359:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1070:. 0|0:42,0:42:99:0,107,1122:. 0|0:45,0:45:99:0,117,1755:. 0|0:65,0:65:99:0,116,1507:. 0|0:67,0:67:99:0,103,1659:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1594:. 0|0:151,0:151:99:0,112,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,99,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1154:. 0|0:35,0:35:90:0,90,1350:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1391:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1764:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:54,0:54:99:0,112,1367:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1174:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1352:. 0|0:52,0:52:99:0,103,1439:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,118,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,118,1800:. 0|0:210,0:210:99:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:1579,178,0:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 1|0:106,26:132:99:352,0,2845:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1155:. 0|1:48,38:86:99:824,0,1173:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1099:. 0|1:35,20:55:99:398,0,903:. 0|0:84,0:84:99:0,105,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,101,1365:. 0|0:52,0:52:99:0,115,1477:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1309:. 0|0:37,0:37:99:0,105,1090:. 0|0:47,0:47:99:0,100,1189:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1023:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:41,0:41:99:0,100,1158:. 0|0:51,0:51:99:0,103,1205:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1710:. 1|1:0,185:185:99:5177,556,0:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,104,1794:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1514:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1329:. 0|0:83,0:83:99:0,113,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,110,1800:. 0|0:169,0:169:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,113,1708:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,105,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,100,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1549:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:5117,558,0:. 0|0:86,0:86:99:0,109,1800:. 0|0:140,0:140:99:0,103,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,111,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1252:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,101,1800:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,100,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,108,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,107,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,117,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 1|1:6,92:98:99:2383,109,0:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,116,1491:. 0|0:130,0:130:99:0,107,1800:. 0|0:58,2:60:99:0,123,1711:. 0|0:77,0:77:99:0,113,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 1|1:1,130:131:99:3629,361,0:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1445:. 0|0:126,15:141:47:0,47,3455:. 0|0:97,8:105:91:0,91,2697:. 0|0:119,0:119:99:0,113,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 1|0:121,40:161:99:638,0,3204:. 0|0:108,0:108:99:0,101,1800:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:. 0|0:81,0:81:99:0,99,1485:. 0|0:112,0:112:99:0,105,1800:. 1|1:0,86:86:99:2400,257,0:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1205:. 0|0:58,0:58:99:0,103,1387:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,116,1774:. 0|0:74,0:74:99:0,99,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,115,1469:. 0|0:39,0:39:99:0,114,1172:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,103,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1618:. 0|0:60,0:60:99:0,100,1396:. 0|0:50,0:50:99:0,114,1450:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,107,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,119,1537:. 1|0:87,17:104:99:163,0,2295:. 0|0:106,0:106:99:0,116,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,116,1581:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:0,107,1352:. 0|0:47,0:47:99:0,112,1260:. 0|1:213,33:246:99:152,0,5557:. 0|0:62,0:62:99:0,100,1555:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,107,1763:. 0|1:130,23:153:99:177,0,3423:. 0|0:69,0:69:99:0,107,1616:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1289:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1270:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1258:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,119,1322:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1088:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,106,1554:. 0|0:81,9:90:16:0,16,2206:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1268:. 0|0:68,0:68:99:0,100,1727:. 0|1:19,37:56:99:768,0,412:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1139:. 0|0:63,7:70:12:0,12,1676:. 0|0:45,0:45:99:0,106,1189:. 0|0:61,0:61:99:0,100,1475:. 0|0:63,0:63:99:0,103,1612:. 0|0:126,0:126:99:0,100,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1575:. 1|1:0,150:150:99:4076,447,0:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1308:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1264:. 0|0:83,0:83:99:0,108,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,109,1275:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,107,1301:. 0|0:7,0:7:18:0,18,270:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1727:. 0|0:88,0:88:99:0,103,1800:. 0|1:82,61:143:99:1304,0,1989:. 0|0:94,0:94:99:0,102,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:0,103,1291:. 0|0:179,0:179:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 1|1:20,208:228:76:5237,76,0:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1167:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1149:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:0,36,358:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1198:. 0|0:48,0:48:99:0,119,1083:. 1|1:3,38:41:33:953,33,0:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,113,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,107,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,108,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,107,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,100,1800:. 0|0:87,0:87:99:0,111,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,111,1800:. 0|0:26,0:26:63:0,63,945:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,104,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,102,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,115,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,117,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,102,1530:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,116,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,116,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,118,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,99,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:0,105,1575:. 0|0:315,0:315:99:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1324:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1276:. 0|0:69,0:69:.:.:120 0|0:61,0:61:99:0,112,1646:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:0,117,1800:. 0|0:172,0:172:.:.:120 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:.:.:120 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:.:.:120 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1650:. 0|0:172,0:172:.:.:112 0|0:40,0:40:99:0,108,1264:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,105,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:.:.:120 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:.:.:120 0|0:48,0:48:99:0,103,1466:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,104,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:.:.:120 0|0:82,0:82:99:0,100,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:.:.:99 0|0:107,0:107:99:0,104,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:112 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:.:.:120 0|0:66,0:66:99:0,107,1800:. 0|0:197,0:197:.:.:120 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:.:.:120 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:.:.:120 0|0:119,0:119:99:0,114,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,116,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,105,1556:. 0|0:36,0:36:.:.:99 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:.:.:120 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:.:.:120 0|0:198,0:198:.:.:120 0|0:48,0:48:99:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:.:.:120 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:.:.:120 0|0:267,0:267:99:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1631:. 0|0:153,0:153:99:0,117,1755:. 0|0:162,0:162:.:.:100 0|0:111,0:111:99:0,106,1800:. 0|0:131,0:131:.:.:120 0|0:45,0:45:99:0,100,1432:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,111,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,112,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,117,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,116,1800:. 0|0:34,0:34:81:0,81,1215:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,108,1620:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1620:. 0|0:123,0:123:99:0,102,1530:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,116,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1548:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1385:. 0|0:17,0:17:51:0,51,624:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,112,1800:. 0|0:139,0:139:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:94,0:94:99:0,101,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,101,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,100,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,114,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,116,1800:. 0|0:196,0:196:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1411:. 0|0:93,0:93:99:0,102,1530:. 0|0:327,0:327:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:66:0,66,990:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 538529 . G A 426098 PASS FS=0.61;MQ=59.79;QD=22.06;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.81;VQSLOD=3.19;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.3;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1231;FractionInformativeReads=0.999;GC=28.57;GQ_MEAN=121.8;GQ_STDDEV=72.65;HRun=4;InbreedingCoeff=-0.0278;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.453;culprit=MQ;set=snp;DP=3897788;AF=0.028;AS_InbreedingCoeff=0.6344;MLEAC=147;MLEAF=0.028;AN=852;AC=49 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1017:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,945:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1432:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,945:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,59:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1053:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,972:. 0|0:33,0:33:73:.:.:0,73,900:. 0|0:73,0:73:17:.:.:0,17,1599:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,152:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1427:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:87,0:87:34:.:.:0,34,1961:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1295:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:80:.:.:0,80,1083:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1131:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1349:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,967:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,994:. 0|0:36,0:36:77:.:.:0,77,962:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1248:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1299,138,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1260:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1447:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1112:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:30,8:38:99:.:.:127,0,696:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1233:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,761:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1009:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1083:. 0|1:37,17:54:99:.:.:354,0,855:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1243:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1021:. 0|0:28,0:28:73:.:.:0,73,862:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1285:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1266:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,971:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,8:64:18:.:.:18,0,1394:. 0|0:31,0:31:69:.:.:0,69,763:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,957:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1297:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1177:. 1|1:2,44:46:83:.:.:1317,83,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1017:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1133:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,834:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1296:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1393:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1763:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1530:. 1|1:6,56:62:14:.:.:1505,14,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1580:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1179:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,104,999:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1218:. 0|0:117,0:117:36:.:.:0,36,2592:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1937,192,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1719:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1548:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1238:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1178:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,28:113:99:.:.:496,0,1940:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1330:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1465:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1264:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1347:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1607:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,908:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1200:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1387:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1288:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1119:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1009:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,971:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1276:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1442:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1253:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1477:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1212:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1298:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1180:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,991:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1469:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1230:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1158:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1222:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1180:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1041:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,106:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1665:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,889:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,928:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1291:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1204:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1378:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1377:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,964:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1475:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1238:. 1|1:1,45:46:99:.:.:1311,109,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,981:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1213:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,979:. 0|0:37,0:37:92:.:.:0,92,975:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1466,144,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1088:. 1|0:21,102:123:99:.:.:2659,0,185:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,952:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1117:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1307:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,775:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1045:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1210:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1150:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1226:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1089:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,999:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1000:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1741:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1436:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,990:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1051,108,0:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|1:38,24:62:99:.:.:538,0,887:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,922:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,861:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1008:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,630:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1217:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,111:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,937:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,957:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,474:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1033:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:14,57:71:99:.:.:1467,0,154:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,956:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:18,0:18:22:.:.:0,22,428:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,682:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1519:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1320:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2799,243,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:804,66,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1239:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1146:. 1|0:8,78:86:26:.:.:2461,0,26:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1195:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,307:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,109,1324:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2246,193,0:. 1|1:1,58:59:99:.:.:2060,142,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:60,7:67:52:.:.:52,0,1780:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1511:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1173:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1190:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,988:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1135:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2527,217,0:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,555:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1462:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1368:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1312:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1440:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1187:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,661:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,173:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,643:. 0|0:55,0:55:92:.:.:0,92,1727:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1170:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1256:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1073:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1174:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1113:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1279:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1320:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1077:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1199:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1244:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1119:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1170:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1279:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1047:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1407:. 1|0:84,39:123:99:.:.:978,0,2323:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1189:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1359:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1165:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1350:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,975:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1303:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1215:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,839:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,364:. 0|0:138,14:152:0:.:.:0,0,4053:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1494,135,0:. 0|1:84,43:127:99:.:.:1013,0,2292:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1207:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1307:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1121:. 0|1:29,5:34:75:.:.:75,0,830:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1130:. 0|1:46,55:101:99:.:.:1537,0,1173:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,161:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1216:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1521,135,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1571:. 0|1:63,22:85:99:.:.:501,0,1766:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1493:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1121:. 0|0:27,0:27:44:.:.:0,44,769:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1150:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:55,0:55:95:.:.:0,95,1717:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1472:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1468:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,24:24:72:.:.:811,72,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1476:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1624:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1232:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:100,25:125:99:.:.:459,0,2664:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1338:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1395:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1199:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1143:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,250:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1352:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1178:. 1|1:0,15:15:45:.:.:524,45,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3299,286,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1436:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1484:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1138:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1062:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1241:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1282:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1438:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,527:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1181:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 539837 . A G 4.18976e+06 PASS FS=0.736;MQ=60.26;QD=26.76;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.795;VQSLOD=4.97;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0005;FractionInformativeReads=0.991;GC=28.57;GQ_MEAN=144.44;GQ_STDDEV=111.5;HRun=0;InbreedingCoeff=0.517;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.161;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=4952838;AF=0.441;AS_InbreedingCoeff=0.8755;MLEAC=2309;MLEAF=0.46;AN=834;AC=317 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:12,11:23:99:1|0:539807_A_AATATATAT:241,0,356:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1406:. 1|1:3,49:52:58:.:.:1286,58,0:. 0|1:33,14:47:99:.:.:276,0,936:. 1|1:5,54:59:15:.:.:1314,15,0:. 0|0:38,0:38:83:.:.:0,83,1178:. 0|0:19,0:19:37:.:.:0,37,564:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1329:. 0|0:47,0:47:96:.:.:0,96,1412:. 0|1:28,10:38:99:.:.:182,0,799:. 1|0:3,26:29:8:.:.:668,0,8:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1262:. 0|1:9,5:14:99:.:.:100,0,251:. 1|0:11,8:19:99:.:.:154,0,293:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,705:. 1|1:0,7:7:21:.:.:202,21,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,170:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,386:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,353:. 0|1:56,13:69:99:.:.:146,0,1586:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1474,158,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,22:22:66:.:.:610,66,0:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,597:. 0|1:9,35:44:99:.:.:810,0,149:. 0|0:12,0:12:6:.:.:0,6,318:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1171:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1201:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:70,24:94:99:.:.:408,0,1883:. 0|1:18,31:49:99:.:.:715,0,400:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1461:. 0|1:77,51:128:99:.:.:970,0,2022:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1261:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1044,117,0:. 0|1:32,18:50:99:.:.:312,0,788:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:33,0:33:2:.:.:0,2,816:. 0|1:42,40:82:99:.:.:869,0,1032:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2369,264,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:21,60:81:99:.:.:1412,0,380:. 1|0:19,14:33:99:.:.:253,0,493:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,540:. 1|0:9,49:58:99:.:.:1135,0,112:. 1|0:32,7:39:61:.:.:61,0,805:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1589:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:40:.:.:0,40,1573:. 1|0:6,27:33:94:.:.:651,0,94:. 1|1:2,47:49:98:.:.:1285,98,0:. 0|1:9,58:67:42:.:.:1435,0,42:. 0|1:41,17:58:99:.:.:255,0,1055:. 1|0:33,66:99:99:.:.:1518,0,685:. 1|0:11,9:20:99:.:.:181,0,278:. 1|1:0,71:71:99:.:.:1973,213,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:37,32:69:99:.:.:633,0,934:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,32:32:96:.:.:859,96,0:. 1|0:22,32:54:99:.:.:735,0,487:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1133:. 0|1:10,20:30:99:.:.:473,0,201:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,29:36:99:.:.:675,0,112:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1268,141,0:. 1|0:14,65:79:99:.:.:1526,0,124:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,35:35:99:.:.:901,105,0:. 1|0:33,23:56:99:.:.:476,0,819:. 0|0:37,0:37:80:.:.:0,80,1015:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1062,114,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:29,30:59:99:.:.:600,0,706:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1404:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:30,16:46:99:.:.:272,0,773:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1178:. 1|1:2,77:79:99:.:.:1939,174,0:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1302:. 0|1:32,6:38:51:.:.:51,0,873:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,9:60:76:.:.:76,0,1339:. 1|0:60,16:76:99:.:.:166,0,1580:. 0|1:6,9:15:99:.:.:203,0,136:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1446,156,0:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1355:. 1|0:49,50:99:99:.:.:1019,0,1140:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2065,230,0:. 1|0:85,12:97:32:.:.:32,0,2175:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2017,228,0:. 1|0:15,73:88:99:.:.:1710,0,177:. 1|1:2,101:103:99:.:.:2677,243,0:. 1|0:70,43:113:99:.:.:839,0,1782:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1328:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,101,1665:. 1|0:75,17:92:99:.:.:196,0,2028:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,31:136:99:.:.:431,0,2785:. 1|1:0,222:222:99:.:.:6001,664,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1427:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:0,141:141:99:.:.:3829,422,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,58:109:99:.:.:1255,0,1038:. 0|0:46,6:52:0:.:.:0,0,1414:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,12:60:99:.:.:138,0,1249:. 0|0:73,0:73:87:.:.:0,87,1934:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,348:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,104:105:99:.:.:2810,282,0:. 0|1:21,33:54:99:.:.:693,0,477:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1309:. 1|0:40,40:80:99:.:.:857,0,920:. 1|0:51,9:60:68:.:.:68,0,1369:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1487:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:14,85:99:99:.:.:1859,0,101:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,241:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,68:68:99:.:.:1793,203,0:. 1|0:18,51:69:99:.:.:1185,0,421:. 0|1:37,55:92:99:.:.:1195,0,846:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1449:. 0|1:20,8:28:99:.:.:130,0,539:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1326:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1107:. 1|1:3,120:123:99:.:.:3022,271,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1175:. 0|1:33,23:56:99:.:.:439,0,835:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1502:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:6,84:90:82:.:.:2164,82,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:59,24:83:99:.:.:403,0,1590:. 1|1:2,54:56:99:.:.:1416,106,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:73,17:90:99:.:.:205,0,1947:. 0|1:69,30:99:99:.:.:518,0,1853:. 1|1:4,114:118:99:.:.:2977,225,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,185:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2048,230,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,16:16:48:.:.:444,48,0:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,865:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:63:.:.:0,63,1630:. 0|1:14,76:90:99:.:.:1830,0,163:. 0|1:12,2:14:13:.:.:13,0,332:. 1|0:80,12:92:45:.:.:45,0,2220:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2276,246,0:. 1|0:22,37:59:99:.:.:841,0,501:. 1|1:1,49:50:99:.:.:1309,118,0:. 0|1:58,32:90:99:.:.:622,0,1543:. 0|1:32,51:83:99:.:.:1160,0,752:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3667,396,0:. 0|0:74,0:74:23:.:.:0,23,1878:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1316:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4013,446,0:. 1|0:80,44:124:99:.:.:819,0,2086:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,55:57:99:.:.:1437,107,0:. 1|0:80,15:95:99:.:.:132,0,2163:. 1|1:0,122:122:99:.:.:3296,366,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2209,237,0:. 1|1:0,26:26:77:.:.:690,77,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1704,183,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1282,144,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,26:66:99:.:.:475,0,971:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2321,257,0:. 0|1:43,25:68:99:.:.:482,0,1054:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,716:. 0|0:20,2:22:31:.:.:0,31,563:. 1|1:1,66:67:99:.:.:1736,167,0:. 0|0:41,0:41:29:.:.:0,29,1017:. 1|0:52,23:75:99:.:.:405,0,1376:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1252:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1275:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1044:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2921,321,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,30:67:99:.:.:610,0,921:. 0|1:41,10:51:99:.:.:105,0,1060:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1263:. 0|1:9,25:34:99:.:.:594,0,186:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,622:. 0|0:29,0:29:58:.:.:0,58,834:. 1|0:49,34:83:99:.:.:677,0,1264:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,886:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1620,185,0:. 1|0:19,25:44:99:.:.:553,0,459:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1379,152,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:539837_A_G:2886,199,0:. 1|0:45,22:67:99:.:.:358,0,1213:. 1|1:0,145:145:99:.:.:3952,435,0:. 0|0:43,0:43:44:.:.:0,44,1101:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1168,133,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:5:.:.:0,5,523:. 1|0:18,75:93:99:.:.:1822,0,292:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1430,167,0:. 0|0:29,2:31:42:.:.:0,42,782:. 1|0:126,20:146:99:.:.:99,0,3467:. 0|0:55,0:55:11:.:.:0,11,1393:. 1|0:1,2:3:23:.:.:48,0,23:. 1|0:14,72:86:99:.:.:1709,0,177:. 0|1:39,75:114:99:.:.:1746,0,870:. 0|1:29,47:76:99:.:.:1044,0,630:. 0|1:15,48:63:99:.:.:1124,0,279:. 1|1:0,119:119:99:.:.:3277,356,0:. 1|0:23,39:62:99:.:.:877,0,484:. 1|1:8,133:141:99:.:.:3365,168,0:. 0|1:13,24:37:99:.:.:556,0,300:. 1|1:0,18:18:54:.:.:514,54,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1943,210,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:1,16:17:19:.:.:414,19,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:540,60,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:69,14:83:99:.:.:144,0,1906:. 0|0:50,0:50:64:.:.:0,64,1405:. 0|0:77,5:82:99:.:.:0,131,2285:. 1|1:2,83:85:99:.:.:2282,188,0:. 1|0:3,9:12:60:.:.:207,0,60:. 1|0:16,26:42:99:.:.:596,0,375:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:1,93:94:99:.:.:2550,248,0:. 0|1:3,16:19:38:.:.:376,0,38:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1352,120,0:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,478:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,334:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1727,147,0:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,276:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:53:.:.:0,53,876:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1418,129,0:. 0|0:0,3:3:9:.:.:106,9,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:791,72,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1230,114,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1680,150,0:. 1|0:4,0:4:12:.:.:0,12,125:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1678,147,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|1:0,22:22:66:.:.:725,66,0:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 1|0:29,15:44:99:.:.:327,0,924:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1769,159,0:. 1|0:11,25:36:99:.:.:737,0,263:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1668,147,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:316,30,0:. 0|1:13,5:18:89:.:.:89,0,399:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1042,93,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,769:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,89:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1421:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,675:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1755,156,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:47,0:47:68:.:.:0,68,1537:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,8:8:24:.:.:265,24,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:174,15,0:. 1|0:1,10:11:4:.:.:230,0,4:. 1|0:3,30:33:11:.:.:881,0,11:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1259,122,0:. 0|0:79,0:79:69:.:.:0,69,2290:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,20:20:60:.:.:589,60,0:. 1|0:26,73:99:99:.:.:2056,0,539:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1392:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3069,289,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1865,180,0:. 1|1:0,16:16:47:.:.:438,47,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:20,9:29:99:.:.:191,0,598:. 0|0:35,0:35:70:.:.:0,70,1078:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2975,276,0:. 1|1:0,157:157:99:.:.:4962,470,0:. 0|1:109,22:131:99:.:.:344,0,3304:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:100,26:126:99:.:.:497,0,3108:. 1|0:101,15:116:99:.:.:157,0,3097:. 1|1:9,99:108:91:.:.:2979,91,0:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1115:. 1|0:11,61:72:99:.:.:1694,0,165:. 1|1:2,32:34:28:.:.:883,28,0:. 0|0:32,0:32:61:.:.:0,61,997:. 1|0:18,6:24:99:.:.:119,0,522:. 0|1:11,33:44:99:.:.:944,0,258:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3229,309,0:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3960,372,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3551,342,0:. 0|1:36,69:105:99:.:.:1886,0,885:. 0|0:19,0:19:28:.:.:0,28,543:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1755:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,804:. 1|1:0,12:12:35:.:.:315,35,0:. 0|1:103,15:118:99:.:.:166,0,3161:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,132:. 1|1:4,119:123:99:.:.:3505,220,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,251:. 0|0:50,0:50:12:.:.:0,12,1420:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,884:. 0|1:42,8:50:99:.:.:128,0,1214:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3287,332,0:. 0|1:96,12:108:67:.:.:67,0,2948:. 0|0:28,2:30:17:.:.:0,17,797:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,13:36:99:.:.:317,0,647:. 1|0:5,27:32:84:.:.:750,0,84:. 0|1:3,0:3:9:.:.:0,9,92:. 1|1:4,74:78:90:.:.:2291,90,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,153:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,17:111:99:.:.:178,0,2815:. 1|1:1,25:26:55:.:.:739,55,0:. 1|1:4,50:54:20:.:.:1460,20,0:. 1|1:7,125:132:99:.:.:3885,186,0:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2552,207,0:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,149:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:2,14:16:24:.:.:394,0,24:. 0|0:25,2:27:13:.:.:0,13,754:. 1|1:0,129:129:99:.:.:4212,387,0:. 0|0:37,2:39:48:1|0:539818_A_G:0,48,1275:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:0,24:24:72:.:.:767,72,0:. 1|0:59,10:69:97:.:.:97,0,1709:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,61:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1351:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,223:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1030,96,0:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 1|0:33,13:46:99:1|0:539829_G_T:257,0,954:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1115,102,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1324,129,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:414,36,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:410,39,0:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,414:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,639:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:68:.:.:0,68,1398:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,236:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,73:. 0|1:2,0:2:6:.:.:0,6,66:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1620:. 0|1:16,25:41:99:.:.:654,0,391:. 0|1:30,15:45:99:.:.:290,0,892:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,65:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,202:. 1|0:4,13:17:91:.:.:342,0,91:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1330,120,0:. 1|0:18,28:46:99:.:.:743,0,464:. 1|0:15,5:20:99:.:.:109,0,432:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,711:. 0|0:24,0:24:62:.:.:0,62,821:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1266:. 1|1:0,25:25:75:.:.:828,75,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:22,10:32:99:.:.:224,0,608:. 0|1:50,55:105:99:.:.:1444,0,1365:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:21,44:65:99:.:.:1257,0,474:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,12:12:36:.:.:374,36,0:. 0|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2894,284,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1106,102,0:. Pf3D7_01_v3 540459 . C T 5.82004e+06 PASS FS=0;MQ=60.05;QD=26.81;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.691;VQSLOD=7.95;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.995;GC=19.05;GQ_MEAN=169.68;GQ_STDDEV=155.77;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7271;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.442;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=6779614;AF=0.394;AS_InbreedingCoeff=0.307;MLEAC=2072;MLEAF=0.398;AN=858;AC=299 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1463,135,0:. 0|1:24,20:44:99:.:.:510,0,566:. 1|1:3,45:48:56:.:.:1356,56,0:. 0|0:53,0:53:28:.:.:0,28,1269:. 0|1:5,21:26:52:.:.:590,0,52:. 1|1:0,29:29:87:.:.:952,87,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1491:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1400,129,0:. 0|1:35,6:41:72:.:.:72,0,916:. 0|1:17,14:31:99:.:.:352,0,393:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1223,114,0:. 1|1:2,38:40:80:.:.:1197,80,0:. 0|1:7,13:20:99:.:.:365,0,145:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,454:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,6:6:18:.:.:200,18,0:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,914:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1343,129,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1511:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1792:. 1|1:0,159:159:99:.:.:4949,477,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,114,1161:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:22:.:.:0,22,268:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,92:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1806,171,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1398:. 0|1:38,30:68:99:.:.:738,0,856:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,33:69:99:.:.:829,0,777:. 1|1:0,262:262:99:.:.:8056,787,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1438:. 0|1:47,83:130:99:.:.:2183,0,941:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1529:. 0|1:16,29:45:99:.:.:743,0,316:. 1|0:52,13:65:99:.:.:162,0,1207:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1268,123,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1293:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1787:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:.:.:3424,336,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:58,0:58:14:.:.:0,14,1286:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,760:. 1|0:10,62:72:39:.:.:1727,0,39:. 0|1:42,11:53:99:.:.:186,0,1033:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:6,24:30:81:.:.:651,0,81:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1377:. 1|0:43,11:54:99:.:.:188,0,1009:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1371:. 0|1:11,56:67:92:.:.:1524,0,92:. 0|1:30,27:57:99:.:.:666,0,648:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:23,30:53:99:.:.:759,0,474:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2674,256,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,861:. 0|1:75,15:90:99:.:.:184,0,1772:. 0|1:61,33:94:99:.:.:753,0,1410:. 1|0:15,64:79:99:.:.:1755,0,162:. 0|0:27,0:27:62:.:.:0,62,676:. 0|1:43,13:56:99:.:.:247,0,1047:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:36,0:36:76:.:.:0,76,950:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,52:53:99:.:.:1602,132,0:. 0|0:97,0:97:40:.:.:0,40,2204:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1101,105,0:. 1|0:35,94:129:99:.:.:2441,0,556:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,38:39:89:.:.:1103,89,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1378:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1048:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1115:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1253:. 1|0:13,32:45:99:.:.:859,0,210:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1238:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1636,159,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1226,126,0:. 1|0:10,47:57:99:.:.:1300,0,119:. 1|1:8,114:122:99:.:.:3185,146,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,56:60:88:.:.:1663,88,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1715,168,0:. 0|1:46,25:71:99:.:.:547,0,1060:. 1|0:42,6:48:45:.:.:45,0,992:. 1|1:2,95:97:99:.:.:2804,236,0:. 1|0:82,23:105:99:.:.:404,0,1891:. 1|1:3,131:134:99:.:.:3931,316,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:176,0:176:28:.:.:0,28,3870:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1273:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,1985:. 0|1:83,42:125:99:.:.:957,0,1857:. 0|1:48,74:122:99:.:.:1918,0,922:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,95:99:99:.:.:2741,186,0:. 1|1:1,161:162:99:.:.:5047,456,0:. 0|1:92,14:106:99:.:.:113,0,2228:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3495,343,0:. 1|0:49,127:176:99:.:.:3344,0,833:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,109:147:99:.:.:2884,0,616:. 1|1:0,260:260:99:.:.:7902,780,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4723,454,0:. 0|1:78,48:126:99:.:.:1080,0,1712:. 1|1:3,172:175:99:.:.:5169,440,0:. 0|1:56,67:123:99:.:.:1681,0,1138:. 1|0:112,69:181:99:.:.:1605,0,2563:. 0|1:61,43:104:99:.:.:968,0,1396:. 1|1:0,161:161:99:.:.:5037,484,0:. 0|1:41,100:141:99:.:.:2652,0,724:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1059:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:98:.:.:0,98,3311:. 1|0:44,68:112:99:.:.:1720,0,853:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1019:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:57,36:93:99:.:.:836,0,1296:. 1|1:2,79:81:99:.:.:2282,191,0:. 1|0:110,12:122:11:.:.:11,0,2590:. 1|1:0,164:164:99:.:.:5055,493,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,29:108:99:.:.:574,0,1815:. 0|1:82,33:115:99:.:.:648,0,1848:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3556,360,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3242,328,0:. 1|1:0,132:132:99:.:.:3966,397,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,43:122:99:.:.:925,0,1795:. 1|1:0,157:157:99:.:.:4909,472,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2711,264,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1712,165,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1326:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2039,198,0:. 1|1:5,148:153:99:.:.:4285,323,0:. 1|0:21,34:55:99:.:.:892,0,397:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1784,180,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1502:. 1|1:1,111:112:99:.:.:3389,308,0:. 1|1:13,114:127:10:.:.:3237,10,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1294:. 1|0:87,35:122:99:.:.:719,0,2037:. 0|1:89,16:105:99:.:.:187,0,2138:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:54,71:125:99:.:.:1772,0,1061:. 0|1:17,120:137:59:.:.:3321,0,59:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:0,17:17:51:.:.:541,51,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2601,250,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2301,219,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,84:121:99:.:.:2281,0,661:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1427:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4403,433,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1477:. 0|1:45,9:54:99:1|0:540443_A_AT:127,0,1109:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:68:.:.:0,68,2498:. 1|1:3,130:133:99:.:.:4013,322,0:. 0|1:7,51:58:20:.:.:1451,0,20:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1248:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:1,139:140:99:1|1:540459_C_T:5445,395,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:5,83:88:99:.:.:2420,125,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4108,408,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:1,52:53:99:.:.:1600,131,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1478:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1951,192,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,17:55:99:.:.:340,0,828:. 0|0:89,0:89:75:.:.:0,75,2062:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:47,61:108:99:.:.:1570,0,957:. 1|0:57,12:69:99:.:.:160,0,1345:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1036:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,971:. 0|1:16,47:63:99:.:.:1256,0,258:. 0|1:31,46:77:99:.:.:1214,0,601:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1569:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:1,74:75:99:.:.:2272,198,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,80:173:99:.:.:1899,0,2001:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:37,22:59:99:.:.:497,0,841:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:11,38:49:99:.:.:1040,0,157:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1259:. 0|1:12,84:96:46:.:.:2360,0,46:. 1|0:7,41:48:46:.:.:1113,0,46:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:32,17:49:99:.:.:374,0,687:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1755:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1431:. 1|0:66,21:87:99:.:.:367,0,1515:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2911,277,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1207,114,0:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:9:.:.:0,9,2234:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1429:. 0|0:50,0:50:68:.:.:0,68,1175:. 1|0:71,70:141:99:.:.:1759,0,1528:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,6:6:18:.:.:193,18,0:. 1|0:70,87:157:99:.:.:2161,0,1427:. 0|1:71,42:113:99:.:.:971,0,1633:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2599,253,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,24:44:99:.:.:621,0,399:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2348,225,0:. 1|0:191,74:265:99:.:.:1504,0,4554:. 0|1:70,43:113:99:.:.:1000,0,1523:. 1|1:4,144:148:99:.:.:4313,330,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:335,33,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1293,123,0:. 1|0:114,18:132:99:.:.:128,0,2724:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:85:.:.:0,85,1775:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2171,207,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,234:. 1|0:24,27:51:99:.:.:679,0,510:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,108:111:99:.:.:3282,246,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1494,126,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:65:.:.:0,65,1077:. 1|1:0,87:87:99:.:.:3163,262,0:. 0|1:37,46:83:99:.:.:1437,0,988:. 1|1:0,87:87:99:.:.:3161,262,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1403:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1526:. 1|1:0,87:87:99:.:.:3166,262,0:. 1|1:0,103:103:99:.:.:3535,310,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1177,96,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:109,0:109:96:.:.:0,96,3195:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,11:75:99:.:.:188,0,1963:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1257,105,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:929,75,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,327:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1725:. 1|1:0,56:56:99:.:.:2080,169,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,109:109:99:.:.:3927,328,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1442:. 1|1:0,199:199:99:.:.:7125,598,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:51:.:.:594,51,0:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 1|1:2,28:30:48:.:.:963,48,0:. 1|0:6,61:67:2:.:.:1929,0,2:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2624,219,0:. 1|1:1,110:111:99:.:.:3649,300,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,193:193:99:.:.:6652,580,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2522,215,0:. 1|0:97,109:206:99:.:.:3061,0,2483:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1751:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2786,244,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1592,142,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1179:. 0|1:29,107:136:99:.:.:3085,0,463:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,26:162:99:.:.:463,0,4035:. 1|1:1,162:163:99:.:.:5609,456,0:. 0|1:164,33:197:99:.:.:565,0,4807:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,64:66:99:.:.:2163,131,0:. 0|1:13,68:81:99:.:.:2136,0,198:. 0|1:41,32:73:99:.:.:883,0,1035:. 0|0:41,0:41:12:.:.:0,12,1122:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,141:141:99:.:.:4828,424,0:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,31:179:99:.:.:549,0,4285:. 1|1:7,132:139:99:.:.:4385,225,0:. 0|1:29,18:47:99:.:.:437,0,769:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,10:12:31:.:.:334,0,31:. 1|1:7,175:182:99:.:.:5736,322,0:. 1|0:9,4:13:98:.:.:98,0,254:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,126:164:99:.:.:3977,0,698:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:52,0:52:96:.:.:0,96,1426:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,18:121:99:.:.:260,0,2790:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,3:15:40:.:.:40,0,321:. 1|1:15,157:172:47:.:.:4912,47,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:127,13:140:58:.:.:58,0,3600:. 0|1:14,43:57:99:.:.:1333,0,255:. 1|0:78,15:93:99:.:.:217,0,2123:. 0|0:180,18:198:0:.:.:0,0,5218:. 1|1:9,127:136:99:.:.:4115,140,0:. 0|0:68,0:68:85:.:.:0,85,1759:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3235,283,0:. 0|1:27,16:43:99:.:.:413,0,656:. 1|1:8,320:328:99:.:.:10617,748,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,15:45:99:.:.:392,0,872:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:121,17:138:99:.:.:166,0,3518:. 1|1:1,29:30:60:.:.:1001,60,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1421:. 0|1:31,20:51:99:.:.:519,0,879:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2474,219,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1503:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2048,183,0:. 1|0:28,79:107:99:.:.:2217,0,533:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1260:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1386:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1337:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1471:. 1|1:0,20:20:60:.:.:738,60,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2567,223,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2669,232,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1658:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1499:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,923:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1470:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1463:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:1,9:10:2:.:.:277,0,2:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1603:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,388:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1308:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1458:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1273:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1211:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:86,31:117:99:.:.:743,0,2506:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,28:28:84:.:.:912,84,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:370,36,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 540909 . A T 202741 PASS FS=0;MQ=59.98;QD=22.7;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.732;VQSLOD=5.54;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=0.045;NCC=0;BaseQRankSum=-2.231;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.1472;GQ_MEAN=101.04;GQ_STDDEV=58.14;HRun=1;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.925;culprit=FS;set=snp;DP=6536386;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=71;MLEAF=0.014;AN=856;AC=15 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1160:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1112:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,681:. 0|0:28,0:28:52:.:.:0,52,843:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1168:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1361:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,690:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:43,0:43:95:.:.:0,95,1306:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,157:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:24,0:24:62:.:.:0,62,708:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1769:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:90:.:.:0,90,1203:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1254:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,281:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,308:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1449:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1358:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1703:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1438:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1387:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1441:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1035:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1301:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1358:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1596:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1366:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1400:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1285:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:40:.:.:0,40,620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,115,1535:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1299:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1327:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1184:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1458:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1033:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1573:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,919:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,119,1553:. 0|0:44,0:44:96:.:.:0,96,1233:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,117,1722:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1366:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1082:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,113,1093:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1208:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,979:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1687:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1229:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1745:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:53,50:103:99:.:.:1176,0,1268:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1519:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1766:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1544:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1640:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1410:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,116,1512:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1155:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,100,1741:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,187:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1714:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1693:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1339:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1249:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1570:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1345:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,117,1698:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1494:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,116,1711:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1170:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1588:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1640:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1194:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1586:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1214:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1039:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1454:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1611:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1243:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1346:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1593:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1148:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1385:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1091:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,222:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1265:. 0|0:31,0:31:62:.:.:0,62,831:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,938:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:82,12:94:94:.:.:94,0,2206:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1101:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1122:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1341:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1717:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1659:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1462:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,65:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1406:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1713:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1361:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1442:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2496,217,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1461:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1664:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1360:. 0|0:25,0:25:39:.:.:0,39,752:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,864:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1735:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1309:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1569:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1629:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1213:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,450:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,292:. 1|0:5,37:42:33:.:.:1127,0,33:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1649:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1673:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,106:106:99:.:.:3486,316,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1556:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1251:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1334:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1235:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,890:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:47,0:47:89:.:.:0,89,1481:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:22,0:22:50:.:.:0,50,734:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:19:.:.:0,19,535:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,113,1444:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,405:. 0|1:35,153:188:99:.:.:4444,0,614:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1674:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1392:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1343:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1312:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1468:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,15:53:99:.:.:326,0,1114:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1581:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1434:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1032,90,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,781:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1700:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1366:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1981,183,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2653,246,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1278:. 0|0:24,0:24:53:.:.:0,53,728:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,662:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,205:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,367:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1556:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1349:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1070:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1500:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1404:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1630:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1734:. 0|0:23,0:23:61:.:.:0,61,735:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,383:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,889:. Pf3D7_01_v3 541288 . A G 195739 PASS FS=0;MQ=60.53;QD=20.79;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.732;VQSLOD=5.77;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0.0009;NCC=0;BaseQRankSum=-3.765;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=134.31;GQ_STDDEV=72.49;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.015;culprit=FS;set=snp;DP=8956912;AF=0.016;AS_InbreedingCoeff=-0.0588;MLEAC=80;MLEAF=0.015;AN=856;AC=9 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:55:.:.:0,55,887:. 0|0:50,0:50:85:.:.:0,85,1237:. 0|0:58,0:58:72:.:.:0,72,1317:. 0|0:52,0:52:80:.:.:0,80,1304:. 0|0:48,0:48:81:.:.:0,81,1152:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,578:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,462:. 0|0:52,0:52:40:.:.:0,40,1195:. 0|0:44,0:44:62:.:.:0,62,1093:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,965:. 0|0:32,0:32:4:.:.:0,4,715:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1137:. 0|0:33,0:33:71:.:.:0,71,855:. 0|0:30,0:30:20:.:.:0,20,692:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:71:.:.:0,71,842:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,33:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:32,0:32:58:.:.:0,58,795:. 0|0:44,0:44:77:.:.:0,77,990:. 0|0:71,0:71:70:.:.:0,70,1464:. 0|0:70,0:70:94:.:.:0,94,1681:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:36:.:.:0,36,949:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,283:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,74:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:87:.:.:0,87,1575:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:64,0:64:84:.:.:0,84,1394:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,103,1788:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:94:.:.:0,94,1413:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,117,3061:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,110,1298:. 0|0:30,0:30:64:.:.:0,64,740:. 0|0:66,0:66:86:.:.:0,86,1472:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1103:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,533:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:84:.:.:0,84,1139:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1565:. 1|0:33,31:64:99:.:.:640,0,749:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,119,1049:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,114,1763:. 0|0:111,0:111:82:.:.:0,82,2449:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1004:. 0|1:22,33:55:99:.:.:743,0,491:. 0|0:45,0:45:80:.:.:0,80,1020:. 0|0:31,0:31:80:.:.:0,80,814:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:93:.:.:0,93,1188:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:86:.:.:0,86,1105:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:68:.:.:0,68,1501:. 0|0:36,0:36:94:.:.:0,94,989:. 0|1:23,10:33:99:.:.:183,0,582:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1591:. 0|0:48,0:48:74:.:.:0,74,1155:. 0|0:84,0:84:87:.:.:0,87,1979:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,112,1709:. 0|0:53,0:53:59:.:.:0,59,1213:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,110,1773:. 1|0:21,18:39:99:.:.:335,0,518:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1771:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,109,1858:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:17,54:71:99:.:.:1254,0,291:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,112,1758:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1318:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:98:.:.:0,98,1316:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2132,248,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,264:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1702:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1420:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1521:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1468:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1482:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,100,1648:. 0|0:59,0:59:86:.:.:0,86,1386:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1421:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:38,0:38:70:.:.:0,70,859:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1309:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1350:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,119,1633:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1642:. 1|0:48,8:56:42:.:.:42,0,1433:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,986:. 0|0:54,0:54:92:.:.:0,92,1231:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1431:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:74:.:.:0,74,1286:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:39:.:.:0,39,905:. 0|0:42,0:42:38:.:.:0,38,870:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1754:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1274:. 0|0:64,0:64:80:.:.:0,80,1356:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1360:. 0|0:41,0:41:65:.:.:0,65,936:. 0|0:58,0:58:93:.:.:0,93,1441:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:97:.:.:0,97,967:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:54:.:.:0,54,928:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1259:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,156:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:92:.:.:0,92,1072:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,601:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1542:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,114,1760:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:22:.:.:0,22,296:. 0|0:39,0:39:36:.:.:0,36,793:. 1|0:72,12:84:72:.:.:72,0,1796:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1313:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:12:.:.:0,12,226:. 0|0:36,0:36:94:.:.:0,94,956:. 0|0:32,0:32:68:.:.:0,68,758:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:53:.:.:0,53,616:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:27:.:.:0,27,1649:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:36,0:36:31:.:.:0,31,959:. 0|0:57,0:57:21:.:.:0,21,1441:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1670:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:42:.:.:0,42,978:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,580:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:83 0|0:78,0:78:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:.:.:.:.:120 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:.:.:.:.:120 0|0:120,0:120:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:177,0:177:.:.:.:.:120 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:.:.:.:.:107 0|0:54,0:54:75:.:.:0,75,1459:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:.:.:.:.:120 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:.:.:.:.:111 0|0:38,0:38:50:.:.:0,50,1062:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:.:.:.:.:116 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:108 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:84 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:.:.:.:.:117 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:.:.:.:.:120 0|0:146,0:146:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:214,0:214:.:.:.:.:120 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:105 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:39 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:.:.:.:.:120 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:.:.:.:.:120 0|0:185,0:185:.:.:.:.:120 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:170,0:170:.:.:.:.:120 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:.:.:.:.:120 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:.:.:.:.:120 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:.:.:.:.:120 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1405:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,2215:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:53,0:53:89:.:.:0,89,1405:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,116,1298:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,115,1662:. 0|0:42,0:42:33:.:.:0,33,1047:. 0|0:20,0:20:28:.:.:0,28,581:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1410:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1594:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:45:.:.:0,45,1060:. 0|0:15,0:15:34:.:.:0,34,424:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 542041 . G A 760675 PASS FS=0;MQ=60.16;QD=20.91;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.681;VQSLOD=5.39;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0044;FractionInformativeReads=0.998;GC=28.57;GQ_MEAN=103.25;GQ_STDDEV=51.17;HRun=0;InbreedingCoeff=0.512;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.081;culprit=FS;set=snp;DP=4942739;AF=0.05;AS_InbreedingCoeff=0.6803;MLEAC=254;MLEAF=0.049;AN=856;AC=55 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,855:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1461:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1171:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:37,13:50:99:.:.:263,0,922:. 0|1:27,9:36:99:.:.:187,0,699:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:57:.:.:0,57,855:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,446:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1216:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1613:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1511:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1108:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1307:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1239:. 0|0:19,0:19:40:.:.:0,40,472:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1303:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:68,20:88:99:.:.:353,0,1626:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1358:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1514:. 1|0:104,15:119:70:.:.:70,0,2587:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1786:. 1|0:10,30:40:99:.:.:785,0,148:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,989:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,106,1656:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,969:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1207:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1293:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1223:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1137:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1506:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1116:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1539:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,916:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1049:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1642:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1616:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1325:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,838:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1461:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2851,285,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1386:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1259:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,119,1467:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1079:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1525:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,962:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1063:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1106:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1034:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1029:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1124:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1348:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,917:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1610:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1408:. 1|0:80,18:98:99:.:.:241,0,1858:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1288:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1290:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,100,1250:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:47,37:84:99:.:.:910,0,1003:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,25:142:99:.:.:329,0,2759:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1687:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,12:103:53:.:.:53,0,2176:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1213:. 1|1:17,150:167:24:.:.:4213,24,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1062:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,109,1668:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1783:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:68,46:114:99:.:.:1090,0,1473:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1423:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,21:158:99:.:.:136,0,3290:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1393:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1263:. 1|1:0,128:128:99:.:.:3980,385,0:. 1|1:0,133:133:99:.:.:3925,399,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1622:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1411:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1151:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:115,31:146:99:.:.:551,0,2698:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1523:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1467:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,941:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1282:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1587:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1797:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1087:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1169:. 0|0:115,0:115:31:.:.:0,31,2577:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,117:162:99:.:.:3060,0,742:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,226:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1102:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1132:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1579:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1348:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1385:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1269:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1500:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1326:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1153:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,998:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1128:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,970:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1069:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1588:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,17:107:99:.:.:219,0,2089:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1261:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,949:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1535:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1209:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1222:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1051:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,2:61:99:.:.:0,118,1521:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1209:. 0|1:38,7:45:89:.:.:89,0,924:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1656:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,110,1130:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2018,201,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,987:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1717:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1234:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1298:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,989:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1001:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1334:. 0|1:6,2:8:39:.:.:39,0,149:. 1|0:104,38:142:99:.:.:700,0,2446:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1204:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,113,1329:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1091:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:71,26:97:99:.:.:521,0,1652:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:18,0:18:22:.:.:0,22,431:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1185,117,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1615:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:56,4:60:76:.:.:0,76,1469:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1123:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1209:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1012:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1136:. 1|1:3,97:100:99:.:.:2982,216,0:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,692:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1246:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1812,150,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1237:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:54,37:91:99:.:.:1071,0,1567:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1396:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1236:. 1|0:11,90:101:69:.:.:2835,0,69:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2940,244,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1486:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1303:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1319:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1682:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1386:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1370:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1500:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1526:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1276:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1358:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,118,1603:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1307:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1316:. 1|1:0,20:20:60:.:.:661,60,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,112,1369:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1374:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1442:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1267:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1236:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1398:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1404:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1173:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1413:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1307:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1167:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1271:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,110,1543:. 0|0:31,0:31:82:.:.:0,82,1093:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1104:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1499:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1491:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,159:171:99:.:.:5033,123,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1113:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1484:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1759:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1297:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1433:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1153:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,116,1229:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1165:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1590:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,895:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,254:. 0|1:150,18:168:54:.:.:54,0,4340:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1257,110,0:. 0|1:77,37:114:99:.:.:950,0,2171:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1523:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,10:33:99:.:.:228,0,585:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1446:. 0|1:57,90:147:99:.:.:2603,0,1427:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,291:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:542020_T_G:1720,152,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1414:. 0|1:67,18:85:99:.:.:359,0,1815:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,106,1298:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1073:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1377:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1198:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1272:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1478:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,867:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1176:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1428:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2869,250,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1362:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1147:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1264:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1104:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1351:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1474:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1152:. 1|1:6,84:90:99:.:.:2690,102,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1639:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,820:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,893:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1598:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1484:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1305:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1391:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1356:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1313:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:42:.:.:0,42,630:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1136:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1281:. Pf3D7_01_v3 542327 . C T 7.22376e+06 PASS FS=0;MQ=58.88;QD=33.96;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.614;VQSLOD=6.25;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.11;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0496;FractionInformativeReads=0.909;GC=28.57;GQ_MEAN=29.05;GQ_STDDEV=15.92;HRun=2;InbreedingCoeff=0.2767;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.83;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=4186273;AF=0.967;AS_InbreedingCoeff=-0.0032;MLEAC=4607;MLEAF=0.971;AN=828;AC=798 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|1:0,21:21:66:1|1:542299_A_AT:727,66,0:. 1|1:0,28:28:83:1|1:542299_AT_A:836,83,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:689,66,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:440,45,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:687,66,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:288,27,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:481,48,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:604,60,0:. 1|1:0,18:18:53:1|1:542299_A_AT:504,53,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:485,48,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:582,60,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:973,96,0:. 1|1:0,19:19:57:.:.:581,57,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:212,21,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:386,36,0:. 1|1:10,0:10:.:.:.:.:. 1|1:0,6:6:18:1|1:542299_A_AT:213,18,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:195,18,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:490,48,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:521,51,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1071,105,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1414,147,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:42:.:.:400,42,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:542304_T_A:1605,117,0:. 1|1:69,0:69:.:.:.:.:. 1|1:0,10:10:30:.:.:305,30,0:. 1|1:0,4:4:12:.:.:123,12,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:542299_A_AT:1287,122,0:. 1|1:0,29:29:87:.:.:862,87,0:. 1|1:0,24:24:72:1|1:542299_AT_A:757,72,0:. 1|0:14,45:59:99:1|0:542294_ATTTTATTTTT_A:1140,0,427:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1006,102,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3012,273,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:793,78,0:. 1|1:1,74:75:99:.:.:2344,213,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:806,81,0:. 1|1:0,21:21:63:.:.:630,63,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:795,78,0:. 1|1:0,18:18:54:1|1:542299_A_AT:601,54,0:. 1|1:0,32:32:95:.:.:963,95,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:542299_A_AT:1442,138,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1473,135,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1899,179,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1885,174,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1464,147,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:399,39,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:770,75,0:. 1|1:0,31:31:93:1|1:542299_AT_A:994,93,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:984,99,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:937,78,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:272,27,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1493,141,0:. 0|1:14,96:110:25:.:.:3207,0,25:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1101,113,0:. 1|1:0,19:19:57:.:.:615,57,0:. 1|1:0,30:30:90:1|1:542299_AT_A:918,90,0:. 1|1:0,32:32:99:1|1:542294_ATTTTATTTTT_A:1366,99,0:. 1|1:0,19:19:57:1|1:542299_AT_A:629,57,0:. 1|1:0,29:29:87:.:.:865,87,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1523,144,0:. 1|1:0,17:17:51:1|1:542299_AT_A:530,51,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1548,152,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:2924,277,0:. 1|1:0,21:21:63:.:.:633,63,0:. 1|1:0,27:27:81:1|1:542299_A_AT:849,81,0:. 1|1:0,26:26:78:.:.:922,78,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1145,107,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:671,66,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:801,75,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:542304_T_A:1951,138,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:245,24,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1341,123,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:981,100,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1320,108,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:488,48,0:. 1|0:5,44:49:59:.:.:1255,0,59:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1616,152,0:. 1|1:0,22:22:66:1|1:542299_A_AT:711,66,0:. 1|1:0,19:19:57:.:.:596,57,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:699,69,0:. 1|1:0,23:23:69:.:.:684,69,0:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1104,111,0:. 1|1:0,31:31:92:.:.:876,92,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:600,60,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1257,120,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:427,33,0:. 1|1:0,23:23:72:.:.:770,72,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1027,102,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1723,171,0:. 1|1:0,28:28:82:.:.:754,82,0:. 1|1:0,46:46:99:1|1:542299_AT_A:1548,141,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1966,177,0:. 1|1:0,20:20:60:1|1:542299_AT_A:644,60,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1419,129,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:515,51,0:. 1|0:2,39:41:61:0|1:542294_ATTTTATTTTT_A:1587,0,61:. 1|1:0,41:41:99:1|1:542327_C_T:1519,123,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1915,171,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1557,155,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2566,243,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1116,102,0:. 1|1:0,29:29:93:.:.:939,93,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2212,198,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1566,155,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3102,285,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1007,96,0:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2693,241,0:. 0|1:5,52:57:51:.:.:1626,0,51:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1444,129,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2418,216,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2441,219,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1974,171,0:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3233,303,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:542299_AT_A:1237,120,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2491,215,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1436,146,0:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2450,231,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1381,132,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2682,219,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1453,141,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1987,180,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1890,186,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1330,125,0:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1955,180,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2034,183,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,54:54:99:1|1:542299_AT_A:1821,162,0:. 1|1:1,35:36:98:1|1:542299_AT_A:1117,98,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1304,132,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1295,120,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1890,171,0:. 1|0:37,9:46:99:.:.:201,0,1522:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2167,207,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2447,222,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1770,159,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2694,243,0:. 1|1:0,44:44:99:1|1:542299_A_AT:1373,132,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:542299_A_AT:1364,126,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1656,153,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1661,150,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2587,237,0:. 1|1:93,0:93:.:.:.:.:. 1|1:97,0:97:.:.:.:.:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1133,111,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1513,146,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:542299_AT_A:1641,156,0:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2243,198,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:542299_AT_A:1664,123,0:. 1|1:0,21:21:63:.:.:623,63,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1118,108,0:. 1|1:0,25:25:75:1|1:542327_C_T:838,75,0:. 1|1:0,83:83:99:.:.:2685,249,0:. 1|1:0,30:30:90:.:.:888,90,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1921,147,0:. 1|1:0,42:42:99:1|1:542299_A_AT:1265,126,0:. 1|1:0,18:18:54:1|1:542299_AT_A:578,54,0:. 1|1:0,84:84:99:.:.:2752,258,0:. 1|1:0,45:45:99:1|1:542299_A_AT:1455,135,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1596,146,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1839,159,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1049,99,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1601,147,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1277,117,0:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2478,220,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2255,198,0:. 1|1:1,88:89:99:.:.:2855,244,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2026,186,0:. 1|1:0,4:4:12:.:.:123,12,0:. 0|0:61,0:61:44:.:.:0,44,1118:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2125,198,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1266,108,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1410,123,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:771,75,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1235,114,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1632,150,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1517,141,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2848,214,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1528,135,0:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1000,90,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:918,84,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1628,150,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2051,186,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2271,207,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1595,138,0:. 1|1:0,91:91:99:.:.:3672,279,0:. 1|1:0,30:30:90:.:.:971,90,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3061,285,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1960,183,0:. 1|1:1,43:44:99:1|1:542299_A_T:1625,125,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1693,153,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2900,258,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:542299_AT_A:1594,150,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1108,99,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2483,228,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1686,159,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:803,75,0:. 1|1:0,17:17:50:.:.:567,50,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1086,93,0:. 1|1:0,97:97:99:.:.:3839,300,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:978,93,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:542299_AT_A:1585,150,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1201,114,0:. 1|0:15,42:57:99:.:.:1266,0,531:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1148,102,0:. 1|1:0,22:22:66:.:.:681,66,0:. 1|1:0,29:29:87:1|1:542299_AT_A:923,87,0:. 1|1:0,27:27:80:.:.:758,80,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1350,129,0:. 1|1:0,29:29:86:.:.:912,86,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2055,186,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:986,99,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:2074,162,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2203,206,0:. 1|1:0,52:52:99:1|1:542327_C_T:2043,156,0:. 0|1:10,27:37:99:1|0:542304_T_A:773,0,312:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1594,156,0:. 1|1:0,22:22:69:.:.:759,69,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:836,81,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:970,96,0:. 1|1:2,18:20:8:1|1:542299_AT_A:540,8,0:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1500,135,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:725,72,0:. 1|1:0,26:26:78:1|1:542299_AT_A:875,78,0:. 1|1:0,22:22:66:1|1:542299_AT_A:698,66,0:. 1|1:0,28:28:83:.:.:791,83,0:. 1|1:0,29:29:87:1|1:542299_AT_A:972,87,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:542327_C_T:1281,117,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1890,185,0:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1123,108,0:. 1|1:0,56:56:99:.:.:1838,168,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:938,93,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1654,156,0:. 1|1:0,25:25:75:1|1:542299_AT_A:810,75,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1277,126,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1403,132,0:. 1|1:0,25:25:75:1|1:542299_AT_A:796,75,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:347,36,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2248,198,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1171,114,0:. 1|1:6,0:6:.:.:.:.:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1629,153,0:. 1|1:1,44:45:99:.:.:1288,107,0:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2679,208,0:. 1|1:0,38:38:99:1|1:542299_A_AT:1182,117,0:. 1|1:1,53:54:99:1|1:542299_AT_A:1610,130,0:. 0|1:17,22:39:99:.:.:553,0,352:. 1|1:0,80:80:99:1|1:542299_A_AT:2464,238,0:. 1|1:0,19:19:57:1|1:542299_A_AT:614,57,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:246,24,0:. 0|0:50,0:50:48:.:.:0,48,1117:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3658,330,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1312,129,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2222,213,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:394,39,0:. 1|1:0,21:21:62:1|1:542299_A_AT:777,62,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:542299_AT_A:1851,171,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1391,123,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:456,48,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1078,102,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1462,132,0:. 1|1:14,0:14:.:.:.:.:. 1|1:0,31:31:93:1|1:542299_A_AT:1004,93,0:. 1|1:0,20:20:60:.:.:611,60,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:2023,147,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:311,30,0:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1234,105,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:625,54,0:. 1|1:1,36:37:79:1|1:542299_AT_A:1101,79,0:. 1|1:0,33:33:98:.:.:1090,98,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1375,120,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1536,131,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:542299_A_AT:1227,108,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1130,102,0:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,1527:. 1|1:0,18:18:55:1|1:542299_A_AT:708,55,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1013,93,0:. 1|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1686,147,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1110,101,0:. 0|0:53,0:53:80:.:.:0,80,1546:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1156,99,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:542299_A_AT:1246,110,0:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1494,138,0:. 1|1:0,23:23:69:1|1:542299_AT_A:807,69,0:. 1|1:1,29:30:86:1|1:542327_C_T:1225,86,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1484,129,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1088,96,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1134,102,0:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1960,171,0:. 1|1:0,32:32:96:1|1:542299_AT_A:1112,96,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:578,48,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:461,39,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1100,96,0:. 1|1:0,7:7:21:1|1:542299_AT_A:258,21,0:. 1|1:0,25:25:75:.:.:1074,75,0:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1268,111,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:551,48,0:. 1|1:0,44:44:99:1|1:542299_AT_A:1507,132,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:542299_AT_A:1171,102,0:. 1|1:33,0:33:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:542299_AT_A:1225,108,0:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1339,119,0:. 1|1:0,31:31:93:.:.:1299,93,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3519,311,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4664,408,0:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4693,404,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:266,24,0:. 1|1:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:419,36,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1328,114,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2723,244,0:. 1|1:0,88:88:99:.:.:3145,264,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:315,24,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1530,135,0:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3892,341,0:. 1|1:0,87:87:99:.:.:2856,261,0:. 1|1:0,17:17:51:.:.:589,51,0:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3283,298,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:619,54,0:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1297,114,0:. 1|1:0,32:32:96:1|1:542299_A_AT:1225,96,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:343,30,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:888,81,0:. 1|1:0,96:96:99:.:.:3105,286,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2353,211,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1959,176,0:. 1|1:0,66:66:99:1|1:542299_A_AT:2177,198,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2522,216,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2218,199,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2478,213,0:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2923,257,0:. 1|1:0,67:67:99:1|1:542299_A_AT:2201,199,0:. 1|1:0,7:7:21:1|1:542299_A_T:315,21,0:. 1|1:0,39:39:99:1|1:542327_C_T:1426,117,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:480,39,0:. 1|1:0,19:19:57:1|1:542299_AT_A:627,57,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2753,242,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2352,209,0:. 1|1:0,71:71:99:.:.:2420,213,0:. 1|1:1,98:99:99:.:.:3285,261,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2417,207,0:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2743,230,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1908,173,0:. 1|1:0,3:3:9:.:.:113,9,0:. 1|1:0,72:72:99:.:.:2284,214,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1966,180,0:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2729,237,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:166,15,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:3106,237,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:172,15,0:. 1|1:7,96:103:2:.:.:2888,2,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:277,24,0:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2427,223,0:. 1|1:0,17:17:51:1|1:542299_AT_A:579,51,0:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2379,208,0:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1869,159,0:. 1|1:0,56:56:99:1|1:542299_AT_A:1874,167,0:. 1|1:0,63:63:99:.:.:2255,192,0:. 1|1:0,9:9:27:.:.:302,27,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2214,203,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:542299_AT_A:1394,122,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1322,130,0:. 1|1:0,3:3:9:.:.:105,9,0:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2620,211,0:. 1|1:0,8:8:24:.:.:244,24,0:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2766,247,0:. 1|1:0,89:89:99:1|1:542304_T_A:2928,267,0:. 1|1:0,10:10:30:.:.:374,30,0:. 1|1:0,29:29:87:1|1:542299_A_AT:926,87,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:542299_AT_A:2729,240,0:. 1|1:2,55:57:91:.:.:1819,91,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:521,45,0:. 1|1:0,53:53:99:1|1:542299_AT_A:1733,158,0:. 1|1:0,11:11:33:1|1:542299_A_AT:398,33,0:. 1|1:0,135:135:99:.:.:4633,404,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3758,331,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:636,54,0:. 1|1:0,82:82:99:.:.:2782,246,0:. 1|1:0,16:16:48:.:.:584,48,0:. 1|1:1,65:66:99:.:.:2217,153,0:. 1|1:0,7:7:21:.:.:275,21,0:. 1|1:0,27:27:80:1|1:542299_A_AT:837,80,0:. 0|1:9,12:21:99:1|0:542299_AT_A:329,0,175:. 1|1:0,28:28:84:1|1:542299_AT_A:942,84,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1122,99,0:. 1|1:0,21:21:62:.:.:690,62,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:916,84,0:. 1|1:0,29:29:87:1|1:542299_AT_A:966,87,0:. 1|1:0,47:47:99:1|1:542299_A_AT:1623,141,0:. 0|0:55,0:55:78:.:.:0,78,1558:. 0|0:57,0:57:97:.:.:0,97,1661:. 1|1:0,13:13:39:1|1:542299_AT_A:458,39,0:. 1|1:0,11:11:33:1|1:542299_A_T:447,33,0:. 1|1:0,25:25:74:.:.:777,74,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:889,81,0:. 1|1:0,56:56:99:1|1:542302_T_TTA:2511,175,0:. 1|1:0,21:21:63:1|1:542299_A_AT:733,63,0:. 1|1:0,34:34:99:1|1:542299_AT_A:1164,102,0:. 1|1:0,56:56:99:1|1:542299_ATT_A:1913,168,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:2227,186,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:352,33,0:. 1|1:0,33:33:99:.:.:1060,99,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:565,54,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:470,39,0:. 1|1:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1904,165,0:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1709,152,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2424,205,0:. 1|1:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,59:59:99:1|1:542299_AT_A:1973,177,0:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1647,150,0:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1473,132,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1415,129,0:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1347,111,0:. 0|1:6,34:40:99:.:.:967,0,113:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1221,108,0:. 0|0:65,5:70:50:1|0:542304_T_A:0,50,2706:. 1|1:0,25:25:75:1|1:542299_AT_A:988,75,0:. 0|1:59,101:160:99:.:.:2851,0,1116:. 1|1:0,28:28:84:1|1:542299_A_AT:934,84,0:. 1|1:0,67:67:99:.:.:2283,201,0:. 1|1:0,180:180:99:.:.:6210,538,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:542299_AT_A:1543,134,0:. 1|1:0,50:50:99:1|1:542299_AT_A:1818,150,0:. 1|1:0,13:13:39:.:.:408,39,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:180,15,0:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2466,210,0:. 1|1:0,32:32:96:.:.:1118,96,0:. Pf3D7_01_v3 543381 . G A 2.87326e+07 PASS FS=0;MQ=58.98;QD=33.62;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E264K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EPF1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114000.1;SOR=0.634;VQSLOD=10.01;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.3038;FractionInformativeReads=0.96;GC=38.1;GQ_MEAN=78.41;GQ_STDDEV=43.26;HRun=2;InbreedingCoeff=0.2954;MQRankSum=0;NCC=3;ReadPosRankSum=1;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=17630164;AF=0.969;AS_InbreedingCoeff=-0.0175;MLEAC=4979;MLEAF=0.969;AN=830;AC=774 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,14:14:42:.:.:442,42,0 1|1:0,28:28:84:1|1:543354_C_CA:872,84,0 1|1:39,0:39:.:.:.:. 1|0:4,15:19:46:.:.:413,0,46 1|1:0,13:13:39:.:.:418,39,0 1|1:0,9:9:27:.:.:294,27,0 1|1:0,11:11:33:.:.:326,33,0 1|1:0,23:23:69:.:.:715,69,0 1|1:0,7:7:21:.:.:225,21,0 1|1:0,17:17:51:.:.:524,51,0 1|1:0,9:9:27:.:.:281,27,0 1|1:0,25:25:75:.:.:760,75,0 1|1:0,11:11:33:.:.:355,33,0 0|1:8,11:19:99:.:.:274,0,132 1|1:0,9:9:27:.:.:289,27,0 1|1:0,4:4:12:.:.:123,12,0 1|1:0,2:2:6:.:.:67,6,0 1|1:0,6:6:18:.:.:193,18,0 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,220 1|1:0,36:36:99:.:.:1090,107,0 1|0:44,29:73:99:.:.:678,0,1081 1|1:0,66:66:99:.:.:1908,197,0 1|1:0,235:235:99:.:.:7231,710,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1604,167,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1366,137,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3001,300,0 1|1:19,0:19:.:.:.:. 1|1:6,0:6:.:.:.:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1945,197,0 1|1:0,64:64:99:1|1:543354_C_CA:1966,192,0 1|1:119,0:119:.:.:.:. 1|1:0,95:95:99:1|1:543354_C_CA:2958,288,0 1|1:1,49:50:99:.:.:1472,120,0 1|1:0,346:346:99:.:.:10520,1036,0 0|0:64,0:64:93:.:.:0,93,1553 1|1:0,136:136:99:.:.:4241,407,0 1|1:2,97:99:99:.:.:2881,237,0 1|1:0,65:65:99:1|1:543354_C_A:2038,195,0 0|1:42,30:72:99:0|1:543354_C_A:741,0,768 1|1:0,72:72:99:.:.:2210,216,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4783,463,0 1|1:0,130:130:99:.:.:3915,392,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2646,261,0 1|1:0,247:247:99:.:.:7492,745,0 1|1:0,202:202:99:.:.:6240,605,0 1|1:0,109:109:99:.:.:3229,326,0 1|1:7,67:74:46:.:.:1972,46,0 1|1:0,32:32:96:.:.:971,96,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3695,366,0 1|0:85,0:85:.:.:.:. 1|1:0,113:113:99:.:.:3287,337,0 1|1:0,28:28:84:.:.:852,84,0 1|1:0,103:103:99:.:.:3137,309,0 1|0:43,240:283:99:.:.:6390,0,328 1|1:0,153:153:99:1|1:543354_C_CA:4611,455,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2104,218,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3295,330,0 0|1:9,60:69:26:.:.:1614,0,26 1|1:90,0:90:.:.:.:. 1|1:5,90:95:99:.:.:2605,154,0 0|1:73,67:140:99:.:.:1569,0,1526 1|1:0,147:147:99:.:.:4348,441,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4749,470,0 1|1:0,420:420:99:.:.:13130,1264,0 1|1:0,70:70:99:1|1:543354_C_CA:2146,209,0 1|1:1,111:112:99:.:.:3335,324,0 0|1:30,130:160:99:.:.:3471,0,315 1|1:0,104:104:99:1|1:543354_C_CA:3222,312,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2437,231,0 1|1:74,0:74:.:.:.:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2163,224,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1533,158,0 1|1:1,144:145:99:.:.:4263,409,0 1|1:0,134:134:99:.:.:4118,402,0 1|1:1,105:106:99:.:.:3170,289,0 0|0:75,0:75:.:.:.:. 1|1:3,221:224:99:.:.:6422,588,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2225,227,0 1|1:1,89:90:99:.:.:2739,260,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2307,234,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2508,243,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2515,249,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2036,200,0 1|1:1,142:143:99:.:.:4234,418,0 1|1:0,82:82:99:1|1:543354_C_A:2561,246,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5384,544,0 1|1:0,176:176:99:.:.:5384,528,0 1|1:0,69:69:99:1|1:543354_CA_C:2129,207,0 0|0:88,0:88:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,185:185:99:.:.:5418,554,0 1|1:1,131:132:99:.:.:4070,386,0 1|1:0,123:123:99:.:.:3819,369,0 1|1:1,152:153:99:.:.:4529,448,0 1|1:1,119:120:99:.:.:3559,330,0 1|0:32,78:110:99:.:.:1999,0,543 0|1:8,49:57:29:0|1:543354_C_A:1344,0,29 1|1:0,171:171:99:.:.:5235,512,0 1|1:0,178:178:99:.:.:5378,534,0 1|1:0,159:159:99:.:.:4860,476,0 1|1:0,264:264:99:.:.:8261,796,0 1|1:10,197:207:99:.:.:5746,348,0 1|1:2,200:202:99:.:.:5978,566,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3666,365,0 1|0:25,72:97:99:.:.:1822,0,372 1|1:0,136:136:99:.:.:4220,414,0 1|1:0,245:245:99:.:.:9810,753,0 1|1:0,151:151:99:.:.:4526,452,0 1|1:0,209:209:99:.:.:6360,629,0 1|1:0,157:157:99:.:.:4893,474,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4950,483,0 1|1:0,164:164:99:.:.:4874,490,0 1|1:0,236:236:99:.:.:7202,713,0 1|0:28,131:159:99:.:.:3503,0,254 0|0:119,0:119:99:.:.:0,112,1800 1|1:0,161:161:99:.:.:4806,482,0 1|1:0,214:214:99:.:.:6436,646,0 0|1:129,66:195:99:.:.:1308,0,3023 1|1:0,247:247:99:.:.:7573,740,0 1|1:2,135:137:99:.:.:3973,355,0 1|1:0,229:229:99:.:.:6961,689,0 1|1:0,145:145:99:.:.:4335,433,0 1|1:0,190:190:99:.:.:5717,572,0 1|1:0,211:211:99:.:.:6441,632,0 1|1:0,168:168:99:.:.:4923,503,0 1|1:0,186:186:99:.:.:5630,557,0 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,208:208:99:.:.:6133,621,0 0|0:229,28:257:20:.:.:0,20,5612 1|1:5,183:188:99:.:.:5361,433,0 1|1:0,232:232:99:.:.:6818,697,0 1|1:0,185:185:99:.:.:5592,555,0 0|1:44,78:122:99:.:.:1978,0,914 1|1:0,89:89:99:.:.:2608,267,0 1|1:0,232:232:99:.:.:6938,696,0 1|1:1,205:206:99:.:.:6268,590,0 1|1:0,175:175:99:.:.:5215,525,0 1|1:0,262:262:99:.:.:7778,789,0 1|0:34,122:156:99:.:.:3334,0,449 1|1:0,187:187:99:.:.:5764,560,0 1|1:0,258:258:99:.:.:7729,772,0 1|1:0,214:214:99:.:.:6420,641,0 1|1:0,243:243:99:.:.:7251,731,0 1|1:0,196:196:99:.:.:5874,588,0 1|1:0,241:241:99:.:.:7316,724,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4490,443,0 1|1:0,206:206:99:.:.:6372,617,0 1|1:1,202:203:99:.:.:6138,597,0 1|1:1,223:224:99:.:.:6929,650,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3476,353,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3049,302,0 1|1:0,106:106:99:1|1:543354_C_CA:3242,321,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2840,271,0 1|1:0,256:256:99:.:.:7646,773,0 1|1:3,67:70:99:.:.:1985,140,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4518,437,0 1|1:0,158:158:99:.:.:4483,472,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2281,236,0 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,128:128:99:.:.:3896,385,0 1|1:0,130:130:99:.:.:4004,390,0 1|1:0,150:150:99:.:.:4416,447,0 1|1:1,106:107:99:.:.:3171,293,0 1|1:0,160:160:99:.:.:4998,480,0 1|1:10,101:111:70:.:.:2853,70,0 1|1:0,205:205:99:.:.:6326,613,0 1|0:70,121:191:99:.:.:3098,0,1345 1|1:0,196:196:99:.:.:6031,587,0 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,8:8:24:.:.:243,24,0 1|1:0,116:116:99:.:.:3645,350,0 1|1:0,155:155:99:.:.:4652,465,0 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1209 1|1:0,100:100:99:.:.:3113,300,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3006,294,0 1|1:0,184:184:99:.:.:5625,553,0 1|0:26,124:150:99:.:.:3292,0,289 1|1:0,107:107:99:.:.:3271,322,0 0|1:56,108:164:99:.:.:2753,0,1065 1|1:0,169:169:99:.:.:5130,507,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2786,273,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2360,234,0 1|1:0,102:102:99:1|1:543354_C_CA:3149,305,0 1|0:95,59:154:99:.:.:1234,0,2151 1|1:2,192:194:99:.:.:5770,525,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3464,346,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4245,408,0 1|1:0,91:91:99:1|1:543354_C_CA:2824,274,0 1|1:0,269:269:99:.:.:8267,810,0 1|1:0,172:172:99:.:.:5139,516,0 1|1:0,161:161:99:.:.:4826,482,0 1|1:0,136:136:99:.:.:4200,409,0 1|1:0,223:223:99:.:.:6828,670,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3023,300,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3298,332,0 1|1:0,224:224:99:.:.:6831,672,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3581,353,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2216,222,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2724,262,0 1|1:0,91:91:99:.:.:2717,273,0 1|1:3,227:230:99:.:.:6637,607,0 1|1:0,129:129:99:.:.:3785,387,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4433,437,0 1|1:1,125:126:99:.:.:3737,368,0 1|1:15,152:167:87:.:.:4244,87,0 1|1:0,117:117:99:.:.:3609,352,0 1|1:1,83:84:99:.:.:2468,223,0 1|1:0,94:94:99:.:.:2875,282,0 1|0:24,43:67:99:0|1:543354_C_CA:1112,0,472 0|1:27,108:135:99:.:.:2785,0,260 1|1:0,113:113:99:.:.:3372,338,0 1|1:0,131:131:99:.:.:3968,396,0 1|1:0,93:93:99:.:.:2759,279,0 1|1:0,208:208:99:.:.:6494,625,0 1|0:69,98:167:99:.:.:2432,0,1382 1|1:1,151:152:99:.:.:4526,446,0 1|1:0,62:62:99:1|1:543354_C_CA:1906,186,0 1|0:143,57:200:99:.:.:1023,0,3334 1|1:0,123:123:99:.:.:3736,371,0 1|0:13,68:81:99:.:.:1788,0,106 1|1:1,69:70:99:1|1:543354_C_CA:2139,200,0 0|1:43,24:67:99:.:.:502,0,1046 1|1:2,122:124:99:.:.:3789,317,0 0|1:53,30:83:99:.:.:645,0,1180 1|1:0,79:79:99:.:.:2504,237,0 1|1:0,89:89:99:.:.:2648,266,0 1|1:1,78:79:99:1|1:543354_C_CA:2412,227,0 1|1:0,90:90:99:1|1:543354_C_CA:2846,270,0 0|1:47,77:124:99:.:.:2021,0,890 1|1:0,224:224:99:.:.:6948,672,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3532,342,0 1|1:0,128:128:99:.:.:4046,384,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2486,243,0 1|1:0,221:221:99:.:.:6595,662,0 1|1:0,72:72:99:.:.:2224,215,0 0|1:98,16:114:99:.:.:157,0,2478 1|1:0,119:119:99:.:.:3600,356,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2052,209,0 1|1:0,66:66:99:.:.:1970,198,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4722,467,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3361,333,0 0|1:2,10:12:22:.:.:246,0,22 0|1:30,144:174:99:.:.:3840,0,259 1|1:0,146:146:99:.:.:4478,440,0 1|0:92,63:155:99:.:.:1371,0,2170 1|1:0,101:101:99:.:.:3044,302,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4721,466,0 1|0:27,119:146:99:.:.:3192,0,323 1|1:0,208:208:99:.:.:6502,630,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1773,174,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1066,105,0 1|1:0,90:90:99:.:.:2794,270,0 1|1:24,306:330:99:.:.:8661,292,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4412,444,0 1|1:1,221:222:99:.:.:6761,656,0 1|1:0,30:30:90:.:.:846,90,0 1|1:0,40:40:99:1|1:543354_C_CA:1185,119,0 1|1:0,168:168:99:.:.:5115,502,0 1|1:0,96:96:99:.:.:2967,288,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2075,206,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3535,353,0 1|1:0,119:119:99:1|1:543354_C_CA:3643,355,0 1|1:0,17:17:51:.:.:510,51,0 1|1:0,82:82:99:.:.:3059,250,0 1|1:0,56:56:99:1|1:543354_C_CA:1667,168,0 1|1:1,125:126:99:.:.:3834,370,0 1|1:0,31:31:93:.:.:963,93,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8765,741,0 1|1:1,139:140:99:.:.:4922,411,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7782,664,0 1|1:0,272:272:99:.:.:9722,821,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8733,739,0 1|1:0,242:242:99:.:.:8517,727,0 1|1:0,208:208:99:.:.:7366,626,0 1|1:0,187:187:99:.:.:6694,565,0 1|1:0,265:265:99:.:.:9556,797,0 1|1:0,220:220:99:.:.:7867,662,0 1|1:0,249:249:99:.:.:8853,754,0 1|1:0,33:33:99:.:.:1140,99,0 1|1:1,260:261:99:.:.:9022,775,0 1|1:0,216:216:99:.:.:7524,648,0 1|1:0,228:228:99:.:.:8048,685,0 1|1:0,242:242:99:.:.:8655,727,0 1|1:1,243:244:99:.:.:8402,720,0 1|1:0,288:288:99:1|1:543317_G_A:11235,882,0 1|1:0,244:244:99:.:.:8738,733,0 1|1:0,188:188:99:.:.:6628,565,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7694,652,0 1|1:0,137:137:99:1|1:543354_C_CA:4883,412,0 1|1:1,199:200:99:.:.:7078,594,0 1|1:0,308:308:99:.:.:10887,927,0 1|1:0,182:182:99:.:.:6375,547,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3768,332,0 1|1:0,131:131:99:.:.:4540,392,0 1|1:0,203:203:99:.:.:7045,609,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1622,138,0 1|1:0,123:123:99:.:.:4382,370,0 1|1:0,202:202:99:.:.:7161,607,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5757,490,0 1|1:1,239:240:99:.:.:8490,712,0 1|1:0,254:254:99:.:.:8923,765,0 1|1:0,111:111:99:.:.:4010,334,0 1|1:0,233:233:99:.:.:8107,700,0 1|1:0,276:276:99:1|1:543317_G_A:10823,833,0 1|1:0,229:229:99:.:.:8043,688,0 1|1:0,794:794:99:.:.:28371,2390,0 1|1:0,910:910:99:.:.:32353,2739,0 1|1:0,776:776:99:.:.:27214,2336,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3818,324,0 1|1:0,50:50:99:1|1:543354_C_CA:1767,150,0 1|1:1,125:126:99:.:.:4183,344,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3658,321,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4663,416,0 1|1:0,246:246:99:.:.:8562,742,0 1|1:1,480:481:99:.:.:16236,1405,0 1|1:0,165:165:99:.:.:5502,495,0 1|1:0,264:264:99:.:.:8883,792,0 1|1:0,271:271:99:.:.:8979,812,0 1|1:2,535:537:99:.:.:17783,1590,0 1|1:0,251:251:99:.:.:8632,754,0 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1669 1|1:146,0:146:.:.:.:0,0,0 1|1:0,97:97:99:.:.:3311,292,0 1|1:0,536:536:99:.:.:18089,1603,0 1|1:0,82:82:99:.:.:2788,246,0 1|1:0,267:267:99:.:.:9284,804,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8377,737,0 1|1:0,217:217:99:.:.:7309,650,0 1|1:0,237:237:99:.:.:8089,712,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8400,728,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7550,673,0 1|1:1,239:240:99:.:.:7853,710,0 1|1:0,271:271:99:.:.:8925,812,0 1|1:0,183:183:99:.:.:6276,549,0 1|1:2,352:354:99:.:.:11387,988,0 1|1:3,123:126:99:.:.:4102,292,0 1|1:4,425:429:99:.:.:14023,1225,0 1|1:0,64:64:99:.:.:2158,192,0 1|1:0,250:250:99:.:.:8614,749,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9387,820,0 1|1:0,265:265:99:.:.:9105,796,0 1|1:295,0:295:.:.:.:0,0,0 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1561 1|1:0,253:253:99:.:.:8520,759,0 1|1:0,258:258:99:.:.:8966,775,0 1|1:0,155:155:99:.:.:5152,463,0 1|1:0,267:267:99:.:.:9217,802,0 1|1:0,232:232:99:.:.:7796,696,0 1|1:1,217:218:99:.:.:7330,621,0 1|1:1,98:99:99:.:.:3162,261,0 1|1:0,210:210:99:.:.:7203,631,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2522,227,0 1|1:0,258:258:99:.:.:8906,775,0 1|1:0,518:518:99:.:.:17307,1555,0 1|1:1,179:180:99:.:.:5945,507,0 1|1:1,475:476:99:.:.:15938,1417,0 1|1:3,252:255:99:.:.:8371,674,0 1|1:0,271:271:99:.:.:8887,809,0 1|1:1,262:263:99:.:.:8800,779,0 1|1:0,239:239:99:.:.:8299,717,0 1|1:2,174:176:99:.:.:5707,508,0 1|1:0,243:243:99:.:.:8174,731,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4775,425,0 1|1:0,178:178:99:.:.:5975,534,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1327,119,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8325,741,0 1|1:1,530:531:99:.:.:17737,1577,0 1|1:0,259:259:99:.:.:8820,778,0 1|1:0,265:265:99:.:.:8824,793,0 1|1:1,456:457:99:.:.:15080,1332,0 1|1:0,138:138:99:.:.:4716,414,0 1|1:0,280:280:99:.:.:9612,840,0 1|1:0,218:218:99:.:.:7447,653,0 1|1:2,511:513:99:.:.:17091,1512,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6523,579,0 1|1:3,477:480:99:.:.:15967,1406,0 1|1:0,648:648:99:.:.:22166,1951,0 1|1:0,548:548:99:.:.:19081,1648,0 1|1:0,100:100:99:.:.:3442,300,0 1|1:0,434:434:99:.:.:14853,1312,0 1|1:1,378:379:99:.:.:12650,1127,0 1|1:0,252:252:99:.:.:8441,755,0 1|1:0,508:508:99:.:.:16854,1517,0 1|1:79,0:79:.:.:.:0,0,0 1|1:0,148:148:99:.:.:5168,445,0 1|1:0,181:181:99:.:.:6123,543,0 1|1:0,235:235:99:.:.:8311,707,0 1|1:1,260:261:99:.:.:9136,774,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6633,576,0 1|1:0,226:226:99:.:.:7738,682,0 1|1:0,242:242:99:.:.:8304,730,0 1|1:0,267:267:99:.:.:9271,803,0 1|1:0,245:245:99:.:.:8623,740,0 1|1:0,94:94:99:.:.:3223,283,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2304,201,0 1|1:0,248:248:99:.:.:8823,745,0 1|1:215,0:215:.:.:.:0,0,0 1|1:0,256:256:99:.:.:8871,768,0 1|1:0,163:163:99:.:.:5558,490,0 1|1:0,350:350:99:.:.:11939,1050,0 1|1:0,278:278:99:.:.:9751,835,0 1|1:0,305:305:99:.:.:10618,917,0 1|1:0,105:105:99:.:.:3560,315,0 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1184 1|1:0,108:108:99:.:.:3776,324,0 1|1:0,87:87:99:.:.:2926,262,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1093,96,0 1|1:0,350:350:99:.:.:12207,1052,0 1|1:0,373:373:99:.:.:13155,1127,0 1|1:0,342:342:99:.:.:11800,1029,0 1|1:0,30:30:90:.:.:1027,90,0 1|1:0,253:253:99:.:.:8814,759,0 1|1:0,273:273:99:.:.:9418,820,0 1|1:0,140:140:99:.:.:4844,426,0 1|1:0,222:222:99:.:.:7713,670,0 1|1:0,230:230:99:.:.:7858,690,0 1|1:0,247:247:99:.:.:8733,746,0 1|1:0,291:291:99:.:.:10045,875,0 1|1:0,253:253:99:.:.:8819,764,0 1|1:0,236:236:99:.:.:8341,709,0 1|1:0,546:546:99:.:.:19173,1645,0 1|1:1,87:88:99:.:.:2755,253,0 1|1:0,325:325:99:.:.:11476,976,0 1|1:0,713:713:99:.:.:24481,2142,0 1|1:0,201:201:99:.:.:6962,604,0 1|1:0,255:255:99:.:.:8588,764,0 1|1:0,65:65:99:1|1:543354_C_CA:2185,195,0 1|1:0,26:26:78:.:.:885,78,0 1|1:1,411:412:99:.:.:14144,1229,0 1|1:0,192:192:99:.:.:6523,577,0 Pf3D7_01_v3 546195 . G A 5.07945e+06 PASS FS=2.874;MQ=59.26;QD=24.25;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=E1202K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gaa/Aaa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=EPF1;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114000.1;SOR=0.542;VQSLOD=3.49;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0268;FractionInformativeReads=0.89;GC=28.57;GQ_MEAN=112.81;GQ_STDDEV=93.44;HRun=2;InbreedingCoeff=0.336;MQRankSum=0.748;NCC=0;ReadPosRankSum=0.967;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=13301379;AF=0.195;AS_InbreedingCoeff=-0.1051;MLEAC=1020;MLEAF=0.194;AN=856;AC=80 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,289:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,148:. 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,835:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,239:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,289:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,377:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|1:11,5:16:99:.:.:114,0,282:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|1:5,8:13:99:0|1:546195_G_A:222,0,172:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:43,1:44:99:.:.:0,109,1267:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:22,0:22:52:.:.:0,52,579:. 0|0:11,0:11:22:.:.:0,22,276:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1851,180,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1268:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1198:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1517:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,15:62:99:0|1:546195_G_A:274,0,1147:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:9,106:115:39:.:.:2969,39,0:. 0|1:148,51:199:99:.:.:928,0,4507:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,25:80:99:.:.:513,0,1338:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1120:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,967:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1119:. 1|0:102,11:113:7:0|1:546195_G_A:7,0,2665:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,36:101:99:.:.:806,0,1898:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1466:. 1|0:35,25:60:99:.:.:553,0,854:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1040:. 1|1:4,68:72:69:.:.:1845,69,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1376:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1309:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1215:. 1|0:11,66:77:91:.:.:1815,0,91:. 0|1:49,167:216:99:.:.:4292,0,1320:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1185:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:78,18:96:99:.:.:235,0,2130:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:20:.:.:0,20,3514:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:22,221:243:99:.:.:6187,115,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,31:147:99:.:.:520,0,2834:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:148,28:176:99:.:.:356,0,3673:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:158,240:398:99:.:.:6082,0,5737:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,993:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,20:183:27:.:.:27,0,3858:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1087:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:61,45:106:99:.:.:987,0,1335:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3714,375,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:106,64:170:99:.:.:1401,0,2469:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,968:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:154,39:193:99:.:.:600,0,3988:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:241,0:241:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1578:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:161,22:183:99:.:.:113,0,4433:. 0|1:29,108:137:99:.:.:2832,0,446:. 0|1:59,9:68:69:.:.:69,0,1370:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1034:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:272,0:272:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,86:209:99:.:.:2047,0,2903:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,14:83:99:.:.:176,0,1657:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1417:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,99:143:99:.:.:2641,0,952:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1180:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:132,11:143:99:.:.:0,99,3550:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,109:110:99:.:.:3214,305,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,4:66:70:.:.:0,70,1671:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1022:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,46:139:99:.:.:991,0,2253:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:29,80:109:99:.:.:2108,0,521:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:235,0:235:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,570:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:100,13:113:54:.:.:54,0,2863:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,3:12:56:.:.:56,0,252:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1295:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,104,1130:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,208:208:99:.:.:7406,625,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:23,240:263:99:.:.:7783,0,192:. 1|0:23,221:244:99:.:.:7143,0,295:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1309:. 0|0:197,0:197:0:.:.:0,0,5493:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1494:. 1|0:170,55:225:99:.:.:1308,0,5369:. 1|0:34,310:344:99:.:.:9830,0,368:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1377:. 1|0:80,22:102:99:.:.:489,0,2450:. 1|1:3,200:203:99:.:.:6917,433,0:. 1|0:51,153:204:99:.:.:4910,0,1599:. 0|1:29,242:271:99:.:.:7941,0,418:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,203:203:99:.:.:7099,611,0:. 0|0:1062,0:1062:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1433,120,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,192:309:99:0|1:546195_G_A:5613,0,4125:. 0|1:160,252:412:99:.:.:7275,0,3836:. 0|0:395,0:395:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,136:174:99:.:.:4154,0,1107:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:24,268:292:99:.:.:8346,0,206:. 0|0:457,0:457:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:449,0:449:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1369:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,209:227:99:.:.:6730,0,117:. 1|0:31,281:312:99:.:.:8882,0,431:. 0|1:233,32:265:99:.:.:296,0,7105:. 1|1:0,244:244:99:.:.:8451,734,0:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:16,469:485:99:.:.:15614,904,0:. 0|0:61,0:61:42:.:.:0,42,1751:. 1|1:15,304:319:99:.:.:10091,450,0:. 0|1:105,211:316:99:.:.:6326,0,2639:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:413,0:413:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1063:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:460,0:460:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:617,0:617:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:419,0:419:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,276:409:99:.:.:8213,0,4832:. 1|0:82,123:205:99:.:.:3640,0,2247:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1456:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1440:. 0|0:508,0:508:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:339,0:339:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:462,0:462:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,201:223:99:.:.:6343,0,288:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1375:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:485,0:485:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:44,110:154:99:.:.:3382,0,1517:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:60:.:.:0,60,1029:. 0|0:358,0:358:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:205,94:299:99:.:.:2426,0,6112:. 1|0:239,54:293:99:.:.:1014,0,7259:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:198,47:245:99:.:.:876,0,6031:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:91,139:230:99:.:.:4193,0,2362:. 0|1:194,37:231:99:.:.:621,0,5770:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:554,0:554:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:388,0:388:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:790,0:790:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:281,0:281:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1378:. 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:401,0:401:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,160:161:99:.:.:5560,448,0:. Pf3D7_01_v3 554668 . A C 1.29603e+06 PASS FS=0;MQ=60.09;QD=20.66;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0114400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.695;VQSLOD=7.95;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.06;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0334;FractionInformativeReads=0.999;GC=38.1;GQ_MEAN=158.93;GQ_STDDEV=162.31;HRun=1;InbreedingCoeff=0.4405;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.413;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9784493;AF=0.053;AS_InbreedingCoeff=-0.0555;MLEAC=295;MLEAF=0.056;AN=858;AC=70 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1260:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1620:. 0|1:43,13:56:99:.:.:186,0,1179:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,83:84:99:.:.:2214,220,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1575:. 1|1:2,82:84:99:.:.:2282,195,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1390:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1353:. 0|0:58,0:58:78:.:.:0,78,1622:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1272:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1032:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1541:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1500:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1070:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1024,114,0:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1370:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1217:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1530:. 1|0:73,14:87:99:.:.:117,0,1956:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1405:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1430:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1750:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:21,42:63:99:.:.:848,0,375:. 0|1:7,44:51:64:.:.:1024,0,64:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1731:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1759:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1022:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,26:60:99:.:.:521,0,781:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,884:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1379:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1646:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,941:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,923:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1388:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,2005:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,15:73:99:.:.:200,0,1488:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1281:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1415:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1781:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1136:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:62,69:131:99:.:.:1442,0,1418:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1330:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1290:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:9,0:9:13:.:.:0,13,207:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:85,28:113:99:.:.:439,0,2160:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,229:231:99:.:.:6069,625,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,39:136:99:.:.:684,0,2491:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:138,38:176:99:.:.:488,0,3521:. 1|1:0,181:181:99:.:.:4676,539,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,1888:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:41,16:57:99:.:.:259,0,1033:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1114:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:88:.:.:0,88,2635:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,25:105:99:.:.:401,0,2124:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,306:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:97,25:122:99:.:.:289,0,2430:. 1|1:4,87:91:99:.:.:2227,153,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1273:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:109,0:109:82:.:.:0,82,2704:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,50:109:99:.:.:1008,0,1433:. 1|1:6,106:112:99:.:.:2650,161,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,74:93:99:.:.:1770,0,263:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1428:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1667:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:100,16:116:92:.:.:92,0,2612:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1456:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:49,21:70:99:.:.:352,0,1286:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:84,0:84:61:.:.:0,61,2118:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,119,1744:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1087:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1101:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1161:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1040:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1694:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1046:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1090:. 0|0:102,0:102:42:.:.:0,42,2490:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1173:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,103:142:99:.:.:2357,0,724:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:0:.:.:0,0,2686:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1207:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,497:. 1|0:74,74:148:99:.:.:1653,0,2749:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1619:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1277:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:32,0:32:18:.:.:0,18,785:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1315:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,918:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:62:.:.:0,62,832:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1242:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,77:77:99:.:.:2602,232,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:3170,285,0:. 1|1:1,168:169:99:.:.:5582,473,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3376,303,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:5,480:485:99:.:.:14443,1321,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,88:89:99:.:.:2908,231,0:. 1|1:9,245:254:99:.:.:7548,467,0:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:62,183:245:99:.:.:5384,0,1345:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:154,171:325:99:.:.:4386,0,3985:. 0|1:33,11:44:99:.:.:236,0,994:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1396:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1277:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:57:.:.:0,57,1161:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1415:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:143,16:159:41:.:.:41,0,4464:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1330:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,229:240:99:.:.:7242,367,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1624:. 1|1:0,19:19:57:.:.:630,57,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:151,100:251:99:.:.:2524,0,4480:. 0|1:127,118:245:99:.:.:3104,0,3729:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:38,196:234:99:.:.:5743,0,557:. 1|1:2,130:132:99:.:.:4082,322,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:43,140:183:99:.:.:4067,0,924:. 0|1:25,167:192:99:.:.:4883,0,305:. 1|1:0,178:178:99:.:.:5707,534,0:. 0|1:190,239:429:99:.:.:6380,0,5456:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:180,280:460:99:.:.:8042,0,4926:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1271:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,623:623:99:.:.:20262,1869,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1561:. 1|1:0,215:215:99:.:.:7112,645,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1349:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 554804 . C T 493611 PASS FS=0.543;MQ=59.98;QD=20.56;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0114400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.642;VQSLOD=4.41;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.35;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.1231;FractionInformativeReads=0.998;GC=23.81;GQ_MEAN=147.54;GQ_STDDEV=197.43;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0271;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.842;culprit=FS;set=snp;DP=9076250;AF=0.013;AS_InbreedingCoeff=-0.0297;MLEAC=65;MLEAF=0.012;AN=858;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1260:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,102,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1390:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1353:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:38,9:47:99:1|0:554798_A_C:139,0,995:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1331:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1222:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1541:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1500:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1070:. 0|0:38,0:38:61:.:.:0,61,920:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1370:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1217:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1346:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1430:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1750:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1077:. 0|1:15,33:48:99:.:.:849,0,281:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1731:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1759:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1022:. 1|0:22,94:116:99:.:.:2459,0,234:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1442:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1379:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1646:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,941:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,995:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1515,139,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1219:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1340:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1042:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1281:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1415:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1781:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1136:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1330:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1290:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,194:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,62:142:99:.:.:1415,0,1757:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:83:.:.:0,83,1236:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1114:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,251:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1273:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:95,11:106:8:.:.:8,0,2383:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1428:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1667:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1456:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:82,25:107:99:.:.:415,0,1898:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,2204:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1087:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1101:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1161:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1071:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1347:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1694:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1046:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1380,135,0:. 1|0:114,14:128:36:.:.:36,0,2819:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1173:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1207:. 1|1:0,23:23:69:.:.:695,69,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1277:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1315:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,955:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,239:239:99:.:.:8626,719,0:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:13,157:170:64:.:.:5114,64,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1534:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1179:. 1|0:27,52:79:99:.:.:1655,0,683:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:52,0:52:.:.:.:.:105 0|0:77,0:77:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:197,0:197:.:.:.:.:120 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:109,0:109:.:.:.:.:114 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:365,0:365:.:.:.:.:120 0|0:67,0:67:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:108,0:108:.:.:.:.:120 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1394:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,111,1755:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:120 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:145,0:145:.:.:.:.:120 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1646:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,101,1755:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:348,0:348:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:.:.:.:.:117 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:100 0|0:117,0:117:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:108 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:.:.:.:.:102 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:370,0:370:.:.:.:.:120 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:.:.:.:.:120 0|0:146,0:146:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:111 0|0:102,0:102:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:.:.:.:.:105 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:120 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:.:.:.:.:119 0|0:80,0:80:.:.:.:.:99 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1415:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:128,0:128:.:.:.:.:120 0|0:136,0:136:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:90,0:90:.:.:.:.:102 0|0:167,0:167:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:340,0:340:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1575:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:155,0:155:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:102 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1401:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1241:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,208:220:99:.:.:6883,267,0:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1271:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1561:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1746,150,0:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 555272 . C T 332978 PASS FS=0.571;MQ=60.34;QD=22.4;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0114400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.758;VQSLOD=4.25;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.96;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=47.62;GQ_MEAN=131.81;GQ_STDDEV=142.37;HRun=0;InbreedingCoeff=0.0128;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.629;culprit=FS;set=snp;DP=8012313;AF=0.024;AS_InbreedingCoeff=0.0128;MLEAC=126;MLEAF=0.024;AN=852;AC=22 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1535:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1248:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1770:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1744:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1057:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1366:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1240:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1215:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,643:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,60:61:99:.:.:1784,155,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:24,0:24:41:.:.:0,41,611:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1152:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1162:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1367:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1438,144,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1305:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,740:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1400:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,9:86:6:.:.:0,6,2114:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,112,1623:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1780:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,685:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,113,1494:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:.:.:3031,312,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1545:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1433:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1418:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,666:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1087:. 1|1:2,65:67:99:.:.:1873,147,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1028:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1220:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:37,31:68:99:0|1:555272_C_T:734,0,1134:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1109:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1407,141,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1170:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1756:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1263:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1348:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,81:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:48,106:154:99:0|1:555272_C_T:3675,0,1412:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:179,41:220:99:.:.:511,0,5484:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1484:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1692:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1619:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,109,1537:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1347:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1232:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1020:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1410:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1550:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1639:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1488:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1799:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,109,1697:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1726:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1130:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1185:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1687:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,21:129:99:.:.:229,0,2749:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1327:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1328:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1254:. 1|0:80,11:91:29:.:.:29,0,2497:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,92:102:27:.:.:2498,27,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1634:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1397:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1184:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,116,1309:. 0|1:151,19:170:35:.:.:35,0,5249:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1176:. 0|0:40,4:44:12:.:.:0,12,971:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1118:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1337:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1616:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1163:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1044:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1581:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|0:79,31:110:99:.:.:707,0,1893:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1022:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,172:179:99:.:.:4893,338,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:86,12:98:51:.:.:51,0,2056:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1539:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1563:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,630:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,107,1515:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1618:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1203:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,703:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1282:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1212:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1749:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:119 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:.:.:.:.:120 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:.:.:.:.:100 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:.:.:.:.:120 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1457:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:72,0:72:.:.:.:.:108 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1542:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1351:. 0|0:80,0:80:.:.:.:.:100 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:.:.:.:.:120 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:259,0:259:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:69,0:69:.:.:.:.:120 0|0:114,0:114:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:.:.:.:.:99 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:103 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:120 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:.:.:.:.:120 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:.:.:.:.:120 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:.:.:.:.:120 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:72 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:108 0|0:172,0:172:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:81,0:81:.:.:.:.:119 0|0:64,0:64:.:.:.:.:113 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:.:.:.:.:120 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:90,0:90:.:.:.:.:120 0|0:192,0:192:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:.:.:.:.:120 0|0:113,0:113:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:.:.:.:.:101 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1783:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,1167:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,116,1394:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1563:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1406:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1465:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1292:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,601:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1732:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1487:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,912:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1601:. Pf3D7_01_v3 555371 . C G 1.24956e+06 PASS FS=0;MQ=60.59;QD=21;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0114400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.717;VQSLOD=5.41;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=123.86;GQ_STDDEV=97;HRun=2;InbreedingCoeff=0.7139;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.688;culprit=FS;set=snp;DP=8927234;AF=0.076;AS_InbreedingCoeff=0.8225;MLEAC=399;MLEAF=0.076;AN=856;AC=81 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1535:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,36:101:99:.:.:743,0,1519:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,6:67:45:0|1:555371_C_G:0,45,2398:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1248:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1770:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,25:92:99:.:.:455,0,2665:. 1|0:16,15:31:99:.:.:355,0,450:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1713:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1241:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,91:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1055,108,0:. 0|0:35,0:35:73:.:.:0,73,973:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1737:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,931:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,972:. 0|1:59,8:67:11:.:.:11,0,1334:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,505:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1440,155,0:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1083,117,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1293:. 1|0:42,65:107:99:.:.:1450,0,984:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,8:33:99:.:.:123,0,530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1079:. 1|1:1,92:93:99:.:.:2438,253,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1400:. 1|1:0,195:195:99:.:.:5290,584,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:3806,416,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,112,1623:. 1|0:65,8:73:5:.:.:5,0,1795:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1780:. 0|0:24,0:24:48:.:.:0,48,607:. 1|1:4,72:76:99:.:.:1846,117,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,119,1545:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,109,1433:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1418:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1390:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,31:31:93:.:.:827,93,0:. 0|0:78,6:84:87:.:.:0,87,2397:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,18:72:99:.:.:302,0,1305:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,964:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:555371_C_G:1943,141,0:. 0|1:18,22:40:99:0|1:555371_C_G:491,0,643:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,2:56:99:.:.:0,111,1783:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:1|1:555371_C_G:1452,158,0:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,960:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1306:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1114:. 1|0:13,52:65:99:.:.:1196,0,251:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1281:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1301:. 1|1:6,90:96:84:.:.:2191,84,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:64:.:.:0,64,2068:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,119,1756:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,116,1120:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1348:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|1:39,171:210:99:.:.:3995,0,380:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:35,84:119:99:.:.:1892,0,663:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,19:109:99:.:.:190,0,2112:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,26:140:99:.:.:284,0,2525:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:64,28:92:99:.:.:495,0,1438:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1484:. 0|1:100,26:126:99:0|1:555371_C_G:668,0,3767:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1692:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1604:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1347:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,155:157:99:.:.:4130,423,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,973:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,108:108:99:.:.:2955,324,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1689:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,129:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1639:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,45:108:99:.:.:885,0,1285:. 0|1:84,36:120:99:.:.:641,0,2335:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1488:. 1|0:31,8:39:99:0|1:555371_C_G:223,0,1255:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:31,47:78:99:.:.:1117,0,609:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1799:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1018:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1185:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,131:147:88:.:.:3098,0,88:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,14:124:5:.:.:0,5,3559:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1327:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1584:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1232:. 1|0:30,25:55:99:.:.:514,0,864:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,35:64:99:.:.:780,0,975:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1634:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:75,56:131:99:.:.:1120,0,1525:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1473:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,7:64:1:.:.:0,1,2116:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1467:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1184:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1129:. 0|1:116,31:147:99:.:.:423,0,2618:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,109,1128:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1278:. 1|0:27,20:47:99:.:.:352,0,532:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1118:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1337:. 0|1:63,19:82:99:.:.:257,0,1750:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1163:. 1|1:0,88:88:99:1|1:555371_C_G:3611,267,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1044:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1051:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1457:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1581:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,42:. 0|1:100,21:121:99:.:.:235,0,2348:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,58:118:99:.:.:1268,0,2099:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:7,0:7:1:.:.:0,1,148:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1138:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1628:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1108:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1563:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:15,6:21:99:.:.:101,0,466:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1092:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:1,19:20:35:.:.:516,35,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1618:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1203:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1274:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1165:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,745:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1421:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1749:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,328:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1351:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1457:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1542:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4525,417,0:. 1|1:0,182:182:99:.:.:6096,546,0:. 0|1:195,21:216:43:.:.:43,0,6064:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1351:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:11,157:168:49:.:.:4578,49,0:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1191:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1196:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1750:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1800:. 1|1:2,106:108:99:.:.:3275,256,0:. 0|1:90,45:135:99:.:.:1071,0,2449:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,13:58:99:.:.:257,0,1250:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:54,65:119:99:.:.:1742,0,1332:. 0|0:21,0:21:29:.:.:0,29,598:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,97:101:99:.:.:2884,140,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:61,16:77:99:.:.:294,0,1752:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1699:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,1167:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,116,1394:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1406:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1111:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1465:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1292:. 0|0:12,0:12:17:.:.:0,17,360:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:0,21:21:63:.:.:685,63,0:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4605,421,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,113:115:99:.:.:3587,283,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1732:. 0|0:289,0:289:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1487:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1492:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1601:. Pf3D7_01_v3 555388 . C G 2.7937e+06 PASS FS=0;MQ=60.46;QD=22.59;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0114400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.734;VQSLOD=6.08;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0312;FractionInformativeReads=0.999;GC=23.81;GQ_MEAN=132.68;GQ_STDDEV=140.3;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5165;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.61;culprit=FS;set=snp;DP=8952729;AF=0.169;AS_InbreedingCoeff=0.4152;MLEAC=892;MLEAF=0.17;AN=856;AC=209 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:38,32:70:99:.:.:695,0,879:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2153,238,0:. 0|0:66,0:66:89:.:.:0,89,1688:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,59:64:20:1|0:555371_C_G:1410,0,20:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1248:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1770:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,80:102:99:.:.:1842,0,611:. 0|1:32,7:39:68:.:.:68,0,999:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1713:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1337,144,0:. 0|0:56,0:56:10:.:.:0,10,1285:. 0|1:45,8:53:65:.:.:65,0,1083:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1241:. 0|0:0,3:3:9:.:.:86,9,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,858:. 0|1:11,45:56:99:.:.:1012,0,154:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1737:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:.:.:927,110,0:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1501:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1242:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1159:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1226:. 1|1:0,207:207:99:.:.:5301,616,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1405,161,0:. 0|0:90,9:99:59:.:.:0,59,3069:. 1|1:1,57:58:99:.:.:1427,142,0:. 0|0:33,0:33:68:.:.:0,68,855:. 1|0:54,7:61:8:.:.:8,0,1283:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1115,136,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,57:94:99:.:.:1198,0,767:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1395,161,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:45,8:53:52:.:.:52,0,1114:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,865:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2229,261,0:. 0|1:46,15:61:99:.:.:210,0,1224:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1780:. 1|0:9,11:20:99:.:.:238,0,196:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1632:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2296,267,0:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1311,147,0:. 0|1:18,47:65:99:.:.:1037,0,304:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1346:. 0|0:62,0:62:38:.:.:0,38,1376:. 0|1:47,15:62:99:.:.:191,0,1101:. 0|1:63,68:131:99:.:.:1386,0,1379:. 0|1:29,37:66:99:.:.:748,0,601:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,175:175:99:.:.:4554,523,0:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,795:. 1|0:46,28:74:99:.:.:460,0,1133:. 1|0:53,28:81:99:.:.:483,0,1209:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,25:25:74:.:.:613,74,0:. 1|0:31,27:58:99:.:.:569,0,728:. 1|1:0,42:42:99:1|1:555371_C_G:1791,126,0:. 1|0:21,19:40:99:1|0:555371_C_G:383,0,770:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:22,26:48:99:.:.:559,0,474:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1493:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1192:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1306:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:48,0:48:91:.:.:0,91,1215:. 0|1:44,7:51:21:.:.:21,0,1740:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1169,137,0:. 1|1:0,95:95:99:.:.:2410,283,0:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1301:. 0|0:106,0:106:85:.:.:0,85,2275:. 1|1:0,90:90:99:.:.:2350,268,0:. 0|0:91,0:91:91:.:.:0,91,2043:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1471:. 0|1:59,13:72:99:.:.:134,0,1394:. 1|0:14,31:45:99:.:.:625,0,233:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1348:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,47:104:99:.:.:879,0,1272:. 1|1:1,12:13:29:.:.:302,29,0:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2612,310,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:12,83:95:72:.:.:1786,0,72:. 0|1:12,132:144:15:.:.:3010,0,15:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,18:126:99:.:.:110,0,2630:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:43,85:128:99:.:.:1747,0,784:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,135:137:99:.:.:3359,352,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:54,84:138:99:.:.:1727,0,1091:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,57:145:99:.:.:1046,0,1957:. 0|1:59,23:82:99:.:.:378,0,1371:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:0:.:.:0,0,2716:. 1|1:0,80:80:99:.:.:1940,237,0:. 1|1:1,89:90:99:.:.:2228,239,0:. 1|1:0,117:117:99:.:.:2827,345,0:. 1|1:0,104:104:99:.:.:2691,310,0:. 1|1:17,193:210:99:.:.:4515,153,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,117:117:99:.:.:2879,348,0:. 1|0:64,46:110:99:.:.:825,0,1383:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1484:. 1|0:89,22:111:99:0|1:555371_C_G:595,0,3481:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,87:90:99:.:.:2037,186,0:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,76:104:99:.:.:1644,0,468:. 0|1:76,39:115:99:.:.:656,0,1714:. 0|1:123,55:178:99:.:.:859,0,2755:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1604:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,105:139:99:.:.:2257,0,485:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1150,134,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:20:.:.:0,20,859:. 0|1:49,45:94:99:.:.:903,0,1069:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:34,29:63:99:.:.:510,0,723:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:.:.:2190,257,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1689:. 0|1:48,43:91:99:.:.:801,0,1061:. 1|1:1,61:62:99:.:.:1532,157,0:. 0|0:166,0:166:68:.:.:0,68,3670:. 0|1:54,63:117:99:.:.:1211,0,1222:. 1|0:41,75:116:99:.:.:1634,0,718:. 1|1:10,133:143:99:.:.:3189,159,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,131:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1639:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1611,186,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:80,25:105:99:.:.:326,0,2474:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1488:. 0|1:31,7:38:99:0|1:555371_C_G:198,0,1254:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:86:.:.:0,86,1956:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1496,174,0:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,61:98:99:.:.:1285,0,720:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,61:78:99:.:.:1336,0,227:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:60,12:72:85:.:.:85,0,1478:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1018:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1134,131,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:134,24:158:99:.:.:107,0,3027:. 1|0:34,43:77:99:.:.:782,0,652:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,64:106:99:.:.:1246,0,1016:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1327:. 1|0:10,32:42:99:.:.:691,0,139:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1232:. 0|1:14,37:51:99:.:.:1237,0,239:. 0|0:81,0:81:20:.:.:0,20,1735:. 1|0:26,24:50:99:.:.:429,0,992:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:78,0:78:73:.:.:0,73,1738:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,20:48:99:.:.:372,0,644:. 0|1:101,26:127:99:.:.:274,0,2188:. 0|1:5,43:48:81:.:.:982,0,81:. 1|0:36,13:49:99:.:.:140,0,767:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1197,143,0:. 1|0:8,34:42:95:.:.:749,0,95:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,38:38:99:.:.:902,112,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1278:. 0|1:24,14:38:99:.:.:241,0,496:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1337:. 1|0:50,21:71:99:.:.:298,0,1477:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1163:. 1|1:0,74:74:99:1|1:555371_C_G:3256,228,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1044:. 1|1:0,107:107:99:.:.:2778,320,0:. 0|0:40,0:40:89:.:.:0,89,1012:. 0|0:101,0:101:34:.:.:0,34,2212:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1745,209,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1457:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1581:. 0|1:3,3:6:46:.:.:46,0,68:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,69:81:96:.:.:1529,0,96:. 0|1:48,47:95:99:.:.:964,0,1867:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,103,1620:. 0|1:17,71:88:99:.:.:1523,0,199:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1132:. 1|1:0,6:6:18:.:.:158,18,0:. 1|0:65,67:132:99:.:.:1334,0,1384:. 0|1:125,53:178:99:.:.:866,0,2976:. 0|1:42,21:63:99:.:.:336,0,923:. 1|1:7,137:144:99:.:.:3374,226,0:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,799:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1138:. 0|1:74,22:96:99:.:.:285,0,1702:. 0|1:29,21:50:99:.:.:390,0,921:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1108:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1563:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:12,7:19:99:.:.:131,0,363:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1038:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:22,0:22:33:.:.:0,33,521:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:46,43:89:99:.:.:1175,0,1324:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1618:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,14:14:42:.:.:458,42,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,133:133:99:.:.:4389,400,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1203:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:141,0:141:0:.:.:0,0,3753:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,22:67:99:.:.:518,0,1381:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,104,1393:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:51:.:.:0,51,848:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:2,77:79:99:.:.:2490,164,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1421:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1749:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,691:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,357:. 1|1:1,49:50:99:.:.:1358,115,0:. 0|0:96,0:96:11:.:.:0,11,2541:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,194:195:99:.:.:5513,548,0:. 1|1:1,94:95:99:.:.:3001,254,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,179:179:99:.:.:5731,537,0:. 1|1:0,165:165:99:.:.:4770,491,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1457:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:0,118:118:99:.:.:3424,352,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1542:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:168,19:187:56:.:.:56,0,5287:. 1|1:1,160:161:99:.:.:5115,449,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1351:. 1|1:0,135:135:99:.:.:3837,400,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,1072:. 0|1:26,158:184:99:.:.:4304,0,336:. 1|0:102,117:219:99:.:.:3053,0,2800:. 1|0:112,149:261:99:.:.:3951,0,2933:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,134:220:99:.:.:3699,0,2208:. 0|1:40,32:72:99:.:.:709,0,1047:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:88:.:.:0,88,1187:. 1|0:34,159:193:99:.:.:4424,0,520:. 1|0:31,8:39:99:.:.:120,0,837:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,112:165:99:.:.:3094,0,1326:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,528:. 0|1:26,126:152:99:.:.:3479,0,450:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,97:115:99:.:.:2659,0,274:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,114,1800:. 1|0:42,22:64:99:.:.:526,0,1199:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1699:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1127:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2851,280,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,1167:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,116,1394:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4285,419,0:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3818,370,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:33,0:33:77:.:.:0,77,1009:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1406:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1465:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1292:. 1|1:0,9:9:27:.:.:273,27,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,593:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3303,315,0:. 1|1:0,125:125:99:.:.:3953,375,0:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1732:. 1|1:0,317:317:99:.:.:10121,949,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,409:409:99:.:.:12710,1226,0:. 0|1:24,81:105:99:.:.:2263,0,697:. 1|1:0,152:152:99:.:.:4723,455,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1492:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:3017,282,0:. Pf3D7_01_v3 555400 . C G 120271 PASS FS=0.535;MQ=60.76;QD=18.46;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTRAGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_GENE_NAME=Gene_PF3D7_0114400;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.639;VQSLOD=4.23;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;InbreedingCoeff=0.0098;NCC=0;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=174.5;GQ_STDDEV=270.94;HRun=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.532;culprit=FS;set=snp;DP=8993734;AF=0.008963;AS_InbreedingCoeff=0.9842;MLEAC=45;MLEAF=0.008581;AN=854;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,108,1756:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1537:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1692,179,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,103,1770:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1986,210,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1245:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1713:. 0|0:49,0:49:93:.:.:0,93,1334:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1302:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1241:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,114:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1038:. 0|0:29,0:29:60:.:.:0,60,900:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1479:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,101,1737:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:24:.:.:0,24,941:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,846:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1501:. 0|0:18,0:18:30:.:.:0,30,443:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,103,1242:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1138:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1378:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1729:. 0|0:34,0:34:33:.:.:0,33,798:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1568:. 0|0:42,0:42:67:.:.:0,67,1047:. 0|0:81,0:81:92:.:.:0,92,1887:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1618:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1522:. 0|0:28,0:28:16:.:.:0,16,622:. 0|0:104,0:104:78:.:.:0,78,2284:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,104,1473:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1780:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1632:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:66,0:66:79:.:.:0,79,1556:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:32:.:.:0,32,1062:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1635:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:33,0:33:66:.:.:0,66,799:. 0|0:88,0:88:91:.:.:0,91,2152:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:31:.:.:0,31,740:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1583:. 0|0:48,0:48:33:.:.:0,33,1015:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1130:. 0|0:115,0:115:0:.:.:0,0,2417:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1454:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:73:.:.:0,73,1261:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,99,2935:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:46,0:46:95:.:.:0,95,1077:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1422:. 0|0:47,0:47:69:.:.:0,69,1109:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1072:. 0|0:41,0:41:59:.:.:0,59,1058:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1222:. 0|0:56,0:56:97:.:.:0,97,1395:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,118,1301:. 0|0:110,0:110:22:.:.:0,22,2178:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1692:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:53,0:53:74:.:.:0,74,1266:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1348:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,361:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:29:.:.:0,29,2457:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:92:.:.:0,92,2077:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:87,11:98:10:.:.:10,0,2118:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1604:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:3,48:51:66:.:.:1169,66,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1386:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1351:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:57:.:.:0,57,882:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,104,1369:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1689:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,115:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1208:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1639:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1488:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1288:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1741:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1018:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1273:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1327:. 0|0:55,0:55:81:.:.:0,81,1298:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1232:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,112,1412:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1613:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1262:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1638:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1438:. 0|0:46,0:46:53:.:.:0,53,1039:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1402:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,100,1309:. 0|0:46,0:46:70:.:.:0,70,1066:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1337:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1163:. 0|0:89,0:89:77:.:.:0,77,2031:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1192:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:39,0:39:20:.:.:0,20,870:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1581:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1792:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:43,0:43:94:.:.:0,94,1138:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,237:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:67:.:.:0,67,831:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1165:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,15:40:99:.:.:290,0,854:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1881:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:20,0:20:47:.:.:0,47,503:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:21:.:.:0,21,924:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,294:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1618:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:12,0:12:22:.:.:0,22,373:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1203:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:69,3:72:99:.:.:0,112,2263:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:42,0:42:46:.:.:0,46,1187:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:26:.:.:0,26,610:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1580:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,109,1421:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1749:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:40:.:.:0,40,694:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1457:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1542:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1351:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,103,1288:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,27:28:48:.:.:820,48,0:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:48:.:.:0,48,720:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:314,0:314:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1399:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,101,1699:. 0|0:56,0:56:94:.:.:0,94,1699:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,103,1167:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,116,1394:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:49:.:.:0,49,940:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1406:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1465:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1291:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,483:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1732:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:376,0:376:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,18:83:99:.:.:357,0,2682:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1492:. 0|0:16,0:16:36:.:.:0,36,540:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1800:. Pf3D7_01_v3 555530 . G T 123983 PASS FS=0.558;MQ=60.69;QD=21.52;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.635;VQSLOD=4.17;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=4.76;InbreedingCoeff=0.0311;NCC=0;BaseQRankSum=4.12;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=138.04;GQ_STDDEV=173.9;HRun=2;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=-0.038;culprit=FS;set=snp;DP=7499514;AF=0.005747;AS_InbreedingCoeff=-0.0268;MLEAC=30;MLEAF=0.005747;AN=856;AC=11 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,118,1680:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1651:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1546:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1300:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,110,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1231:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1254:. 1|1:1,68:69:99:2145,177,0:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1261:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1369:. 0|0:9,0:9:27:0,27,295:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1152:. 0|0:27,0:27:60:0,60,900:. 0|0:31,0:31:70:0,70,790:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1748:. 0|0:50,0:50:99:0,110,1430:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1178:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1429:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:0,60,602:. 0|0:5,0:5:9:0,9,135:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1586:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1385:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:94:0,94,1393:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1382:. 0|0:104,0:104:99:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,114,1800:. 0|0:32,0:32:47:0,47,776:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1473:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1153:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1461:. 0|0:75,0:75:99:0,110,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,111,1800:. 0|1:70,18:88:99:277,0,1491:. 0|0:47,0:47:99:0,109,1411:. 0|0:25,0:25:56:0,56,652:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1314:. 0|0:65,0:65:99:0,110,1677:. 0|0:25,0:25:72:0,72,689:. 0|0:79,0:79:99:0,116,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1344:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1577:. 0|0:45,0:45:99:0,112,1182:. 0|0:57,0:57:99:0,112,1528:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,108,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,107,1311:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,115,1800:. 0|0:24,0:24:72:0,72,635:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:72:0,72,1650:. 0|0:34,0:34:73:0,73,841:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:66:0,66,789:. 0|0:34,0:34:84:0,84,880:. 0|0:78,0:78:99:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1340:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1636:. 0|0:39,0:39:67:0,67,974:. 0|0:113,0:113:99:0,102,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,119,1800:. 0|0:40,0:40:97:0,97,1011:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1231:. 0|0:29,0:29:55:0,55,704:. 0|0:37,0:37:93:0,93,972:. 0|0:39,0:39:99:0,103,1121:. 0|0:51,0:51:92:0,92,1234:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1223:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,116,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,112,1467:. 0|0:83,0:83:99:0,116,1800:. 0|0:126,0:126:0:0,0,2572:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,106,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1540:. 0|0:71,0:71:99:0,108,1800:. 0|0:39,0:39:47:0,47,876:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:0:0,0,75:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:0,107,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,113,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,99,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,107,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,108,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,113,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,119,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,114,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,103,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,110,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,108,1800:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:0,100,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:0:0,0,1642:. 0|0:97,0:97:99:0,112,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,105,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,117,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,118,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,103,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,108,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,113,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 0|0:37,0:37:94:0,94,987:. 0|0:110,0:110:99:0,103,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1223:. 0|0:69,0:69:99:0,111,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1080:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1388:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,109,1683:. 0|0:103,0:103:99:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,111,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,117,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,101,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,110,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,103,1800:. 0|0:9,0:9:27:0,27,252:. 0|0:100,0:100:99:0,118,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,118,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1633:. 0|0:88,0:88:99:0,103,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,110,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,101,1717:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:0,119,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,112,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,119,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,101,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,111,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,109,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,106,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,118,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,113,1800:. 0|0:59,0:59:72:0,72,1391:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1633:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1593:. 0|0:120,0:120:99:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1314:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1800:. 0|0:108,0:108:43:0,43,2376:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1800:. 0|0:37,0:37:48:0,48,887:. 0|0:57,0:57:99:0,114,1480:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1355:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,100,1567:. 0|0:82,0:82:99:0,110,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,105,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1277:. 0|0:109,0:109:99:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,103,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:36:0,36,1166:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1110:. 0|0:110,0:110:99:0,108,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1414:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1215:. 0|0:61,0:61:99:0,115,1745:. 0|0:64,0:64:99:0,112,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:52:0,52,1034:. 0|0:120,0:120:99:0,107,1800:. 0|0:34,0:34:51:0,51,844:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1363:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:0,12,114:. 0|0:125,0:125:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,118,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,100,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:19:0,19,566:. 0|0:117,0:117:99:0,106,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:67:0,67,1049:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,112,1282:. 0|0:70,0:70:99:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,100,1800:. 0|0:21,0:21:31:0,31,524:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:56:0,56,617:. 0|0:75,0:75:99:0,104,1800:. 0|0:24,0:24:53:0,53,638:. 0|0:52,0:52:99:0,110,1634:. 0|0:62,0:62:99:0,109,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,115,1627:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,110,1800:. 1|1:0,73:73:99:2620,220,0:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:65,0:65:99:0,107,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,107,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1494:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1563:. 0|0:83,0:83:99:0,119,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,109,1506:. 0|0:75,0:75:99:0,101,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,101,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,100,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1710:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,103,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:80:0,80,1064:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,113,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,118,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:63:0,63,880:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1379:. 0|0:54,0:54:99:0,103,1720:. 0|0:146,0:146:99:0,101,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,106,1590:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|1:20,133:153:99:4077,0,225:. 0|0:101,0:101:99:0,101,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,101,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:0,99,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:47:0,47,855:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 1|1:1,224:225:99:7580,640,0:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:78:0,78,1122:. 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,107,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,115,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,115,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,106,1800:. 0|0:209,0:209:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,111,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,107,1800:. 0|0:80,0:80:85:0,85,2132:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,114,1692:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:0,51,459:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,105,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,110,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,114,1800:. 0|0:76,0:76:75:0,75,2098:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,101,1800:. 0|1:71,38:109:99:926,0,1763:. 1|1:13,244:257:99:7869,334,0:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,109,1427:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,119,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1451:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1362:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1584:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,114,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,102,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,114,1800:. 0|0:31,0:31:75:0,75,1036:. 0|0:15,0:15:45:0,45,486:. 0|0:63,0:63:99:0,109,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,106,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,109,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,107,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:0,103,1375:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1331:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:9,0:9:27:0,27,322:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:0,30,326:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:0,105,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,113,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:99:0,116,1800:. 0|0:306,0:306:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,115,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1396:. 0|0:11,0:11:33:0,33,377:. 0|0:130,0:130:99:0,109,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1530:. Pf3D7_01_v3 555574 . T C 359628 PASS FS=0;MQ=59.96;QD=20.49;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.701;VQSLOD=5.46;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0482;FractionInformativeReads=0.999;GC=4.76;GQ_MEAN=138.64;GQ_STDDEV=157.92;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0175;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.93;culprit=FS;set=snp;DP=7440128;AF=0.017;AS_InbreedingCoeff=0.6314;MLEAC=89;MLEAF=0.017;AN=856;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:0,108,1620:. 0|0:66,0:66:99:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1575:. 0|0:53,0:53:99:0,118,1680:. 0|0:59,0:59:99:0,104,1651:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1546:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1300:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,110,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,101,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1254:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1579:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1261:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1369:. 0|0:4,0:4:9:0,9,135:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1276:. 0|0:25,0:25:60:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:0,108,1620:. 0|0:58,0:58:99:0,108,1748:. 0|0:50,0:50:99:0,110,1430:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1178:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1111:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:7,0:7:21:0,21,211:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1586:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1385:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|1:36,7:43:70:70,0,941:. 0|0:208,0:208:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,101,1382:. 0|0:104,0:104:99:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,114,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1005:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1473:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1153:. 0|0:48,0:48:99:0,108,1461:. 0|0:75,0:75:99:0,110,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,111,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,102,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,109,1411:. 0|0:26,0:26:72:0,72,1080:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1314:. 0|0:65,0:65:99:0,110,1677:. 1|0:22,7:29:99:111,0,567:. 0|0:79,0:79:99:0,116,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,101,1344:. 0|0:56,0:56:99:0,103,1577:. 1|1:0,46:46:99:1240,138,0:. 0|0:57,0:57:99:0,112,1528:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,108,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,107,1311:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,115,1800:. 0|0:35,0:35:81:0,81,1215:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:98:0,98,1165:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:0,93,1395:. 0|0:31,0:31:90:0,90,959:. 0|0:78,0:78:99:0,104,1800:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1340:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1636:. 0|0:40,0:40:99:0,106,1206:. 0|0:113,0:113:99:0,102,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,119,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1231:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1076:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1297:. 0|0:49,0:49:99:0,105,1544:. 0|0:46,0:46:99:0,101,1223:. 0|0:46,0:46:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,116,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,107,1619:. 0|0:83,0:83:99:0,116,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,118,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,101,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,106,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|1:60,11:71:75:75,0,1600:. 0|0:71,0:71:99:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:12:0,12,976:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|1:62,54:116:99:1053,0,1558:. 0|0:5,0:5:15:0,15,150:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:0,105,1575:. 0|0:117,0:117:99:0,107,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:0,113,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,99,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,107,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,108,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,113,1800:. 0|0:174,0:174:99:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,119,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,114,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,103,1800:. 0|1:100,30:130:99:416,0,2636:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:36:0,36,2774:. 0|0:120,0:120:99:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:0,110,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,108,1800:. 0|1:65,130:195:99:2974,0,1486:. 0|0:118,0:118:99:0,100,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,112,1800:. 0|0:123,0:123:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,105,1800:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,117,1800:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,118,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,103,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,108,1800:. 0|0:93,0:93:99:0,113,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,101,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,111,1246:. 0|0:43,0:43:99:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1287:. 0|0:110,0:110:99:0,103,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1223:. 0|0:69,0:69:99:0,111,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1080:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:0,102,1388:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,109,1683:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,111,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,117,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,101,1800:. 0|0:141,0:141:99:0,110,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,103,1800:. 0|0:14,0:14:39:0,39,585:. 0|0:100,0:100:99:0,118,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,118,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,101,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,106,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,102,1633:. 0|0:88,0:88:99:0,103,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,110,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,109,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,99,1800:. 1|0:23,51:74:99:1204,0,494:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:0,119,1800:. 0|1:31,62:93:99:1455,0,701:. 0|0:160,0:160:99:0,119,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,101,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:0,111,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,109,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,106,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:0,118,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,113,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,110,1231:. 0|0:56,0:56:99:0,111,1633:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1593:. 0|0:120,0:120:99:0,115,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1314:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,102,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,111,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1247:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1740:. 0|0:46,0:46:99:0,114,1355:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,100,1567:. 0|1:10,85:95:42:2060,0,42:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,105,1800:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1277:. 0|1:35,95:130:99:2119,0,674:. 0|0:64,0:64:99:0,103,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1356:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1110:. 0|0:110,0:110:99:0,108,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,100,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,112,1414:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1215:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1229:. 0|0:64,0:64:99:0,112,1800:. 0|0:130,0:130:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,104,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1117:. 0|0:120,0:120:99:0,107,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:75,0:75:99:0,102,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1363:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,228:. 0|1:109,15:124:42:42,0,2946:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 1|0:124,19:143:89:89,0,3424:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,118,1800:. 0|0:129,0:129:99:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1217:. 0|0:22,0:22:60:0,60,709:. 0|0:117,0:117:99:0,106,1800:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1170:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:33:0,33,2220:. 0|0:45,0:45:99:0,112,1282:. 0|0:70,0:70:99:0,101,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,100,1800:. 0|1:14,3:17:34:34,0,379:. 1|0:40,26:66:99:538,0,986:. 0|0:27,0:27:54:0,54,810:. 0|0:75,0:75:99:0,104,1800:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:52,0:52:99:0,110,1634:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,115,1627:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,110,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,117,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:65,0:65:99:0,107,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,107,1800:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:0,111,1800:. 0|0:76,0:76:99:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1494:. 0|0:46,0:46:99:0,107,1563:. 0|0:83,0:83:99:0,119,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,109,1506:. 0|0:75,0:75:99:0,101,1800:. 0|0:91,0:91:99:0,101,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,100,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:0,102,1800:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1710:. 0|0:71,0:71:99:0,118,1800:. 1|1:1,83:84:99:2758,214,0:. 0|0:74,0:74:99:0,103,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,113,1800:. 0|0:69,0:69:99:0,118,1800:. 0|0:207,0:207:99:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:0,120,1800:. 0|0:224,0:224:99:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:54:0,54,810:. 0|0:14,0:14:42:0,42,491:. 0|0:51,0:51:.:.:105 0|0:54,0:54:99:0,103,1720:. 0|0:146,0:146:99:0,101,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:.:.:120 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:.:.:120 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:.:.:120 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1800:. 0|0:108,0:108:.:.:104 0|0:44,0:44:99:0,106,1590:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,101,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:0,112,1800:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,101,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:.:.:99 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:.:.:120 0|0:28,0:28:81:0,81,984:. 0|0:189,0:189:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:120 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:.:.:103 0|0:158,0:158:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:.:.:90 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:107 0|0:77,0:77:99:0,115,1800:. 0|0:115,0:115:.:.:115 0|0:143,0:143:99:0,106,1800:. 0|0:209,0:209:.:.:120 0|0:165,0:165:99:0,111,1800:. 0|0:98,0:98:99:0,107,1800:. 0|0:52,0:52:.:.:112 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:0,114,1692:. 0|0:122,0:122:99:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:.:.:36 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:.:.:105 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:.:.:110 0|0:77,0:77:.:.:114 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:.:.:120 0|0:74,0:74:99:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:.:.:106 0|0:229,0:229:99:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,109,1427:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:.:.:120 0|0:108,0:108:99:0,119,1800:. 0|0:65,0:65:.:.:120 0|0:43,0:43:99:0,101,1451:. 0|0:52,0:52:99:0,105,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,101,1362:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:0,113,1584:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,114,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,102,1800:. 0|0:72,0:72:99:0,114,1800:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:63,0:63:99:0,109,1800:. 0|0:57,0:57:99:0,106,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,109,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:0,107,1800:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:84:0,84,1260:. 0|0:38,0:38:99:0,103,1375:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1331:. 0|0:15,0:15:45:0,45,514:. 0|0:11,0:11:33:0,33,353:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:0,36,359:. 0|0:92,0:92:99:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:0,105,1800:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,113,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:. 0|0:142,0:142:99:0,116,1800:. 0|0:306,0:306:99:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:0,115,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1396:. 0|0:8,0:8:24:0,24,299:. 0|0:130,0:130:99:0,109,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,100,1530:. Pf3D7_01_v3 557240 . T A 1.16998e+06 PASS FS=0;MQ=61.29;QD=21.52;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.641;VQSLOD=4.99;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.38;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.995;GC=9.52;GQ_MEAN=176.34;GQ_STDDEV=214.08;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6147;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.501;culprit=FS;set=snp;DP=5482668;AF=0.103;AS_InbreedingCoeff=-0.0756;MLEAC=538;MLEAF=0.104;AN=850;AC=112 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1464:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2545,240,0:. 1|0:28,21:49:99:.:.:520,0,718:. 0|0:58,6:64:7:.:.:0,7,1603:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1180:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1472:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1599:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1584:. 0|1:24,9:33:99:.:.:178,0,680:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1571:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,20:36:99:.:.:523,0,404:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,953:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1202,117,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1011:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,682:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1057:. 1|0:59,10:69:71:.:.:71,0,1567:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1174:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1467:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1153:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1263:. 0|1:74,41:115:99:.:.:904,0,1894:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2335,234,0:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1370:. 0|1:5,31:36:50:.:.:837,0,50:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1626:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1418:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,3:42:34:.:.:0,34,1097:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1365:. 0|1:30,9:39:99:.:.:121,0,778:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,17:29:99:.:.:427,0,238:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1461:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,913:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1942,192,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1098:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1238:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1156:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2086,204,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,715:. 0|1:41,32:73:99:.:.:732,0,981:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1106:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1712,178,0:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,633:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1404:. 0|0:36,0:36:92:.:.:0,92,999:. 0|0:23,0:23:56:.:.:0,56,654:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,509:. 1|1:1,73:74:99:.:.:2124,191,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,890:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,66:70:84:.:.:1784,84,0:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:39,0:39:56:.:.:0,56,1069:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:16,17:33:99:.:.:425,0,401:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1001:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,965:. 1|0:26,18:44:99:.:.:392,0,610:. 0|1:6,47:53:17:.:.:1294,0,17:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1160:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,29:35:62:.:.:756,0,62:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,107,1236:. 0|1:16,46:62:99:.:.:1148,0,285:. 0|1:8,18:26:99:.:.:472,0,167:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1255:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1454:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,207:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,118,1653:. 0|1:15,71:86:99:.:.:1850,0,190:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:34,36:70:99:.:.:870,0,745:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,12:94:78:.:.:78,0,2093:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2350,233,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,85:198:99:.:.:1895,0,2775:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1266:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,28:88:99:.:.:547,0,1491:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:50,32:82:99:.:.:789,0,1236:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,118,1785:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,72:123:99:.:.:1733,0,1165:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1657:. 1|1:1,103:104:99:.:.:2922,281,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1439:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:75,13:88:99:.:.:101,0,1936:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,4:85:99:.:.:0,131,2281:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1599:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,114,1657:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,67:94:99:.:.:1663,0,557:. 1|0:42,48:90:99:.:.:1152,0,1002:. 1|0:39,58:97:99:.:.:1374,0,802:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1569:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,57:79:99:.:.:1461,0,444:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1446:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1226:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1149:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1429:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,4:30:30:.:.:30,0,707:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1113:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1504:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:75,10:85:41:.:.:41,0,2040:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,149:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,119,1467:. 1|1:0,63:63:99:.:.:1854,189,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1150:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:37,0:37:80:.:.:0,80,1055:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:68,0:68:83:.:.:0,83,1782:. 0|1:125,19:144:99:.:.:133,0,3333:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1612:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1389,140,0:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,37:56:99:.:.:898,0,389:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2430,243,0:. 1|0:80,17:97:99:.:.:211,0,2116:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,29:43:99:.:.:756,0,294:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1163:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1325:. 1|0:69,23:92:99:.:.:369,0,1788:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1421:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:49,0:49:84:.:.:0,84,1393:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,14:44:99:.:.:293,0,780:. 0|0:63,2:65:99:.:.:0,131,1723:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,115,1242:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1023:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1273,126,0:. 1|0:28,6:34:79:.:.:79,0,739:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1083:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1456:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1169:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1172:. 1|0:54,8:62:28:.:.:28,0,1451:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,118,1568:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1301:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1179:. 0|0:78,0:78:47:.:.:0,47,2015:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1260:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,113,1223:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:61:.:.:0,61,933:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,236:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:22,49:71:99:.:.:1259,0,477:. 0|1:55,41:96:99:.:.:890,0,1345:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,104,1434:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,938:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:18,13:31:99:.:.:253,0,463:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,957:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1969:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1219:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|1:26,15:41:99:.:.:327,0,630:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1119:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,644:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:54,0:54:22:.:.:0,22,1598:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:51,0:51:85:.:.:0,85,1554:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1092:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1316:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1764:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1788,156,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1445:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1392:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1714:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2879,267,0:. 1|1:2,43:45:74:.:.:1452,74,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1405:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:26,23:49:99:.:.:622,0,736:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,24:24:72:.:.:793,72,0:. 1|1:0,18:18:54:.:.:593,54,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1529:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1440:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1361:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1246:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1567:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1440:. 1|1:2,32:34:40:.:.:1042,40,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1339:. 1|1:0,64:64:99:.:.:2176,192,0:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,214:214:99:.:.:7204,643,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,248:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,295:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,356:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1549:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,1097:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1624:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,886:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1034:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1176:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,673:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1053:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,136:164:99:.:.:3866,0,398:. 1|0:20,138:158:99:.:.:4064,0,205:. 0|0:116,8:124:99:.:.:0,99,3502:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,635:. 1|0:50,8:58:86:.:.:86,0,1451:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,854:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,609:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,55:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,210:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,620:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1229:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:113,8:121:89:.:.:0,89,3417:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,558:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,104,1573:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:0,3:3:9:.:.:105,9,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,739:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,77:90:99:.:.:2266,0,140:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,602:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1527:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:4,12:16:95:.:.:259,0,95:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1419:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,449:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:42,0:42:23:.:.:0,23,1139:. 1|1:1,171:172:99:.:.:5592,481,0:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,535:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1423:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,473:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1179:. 0|1:14,15:29:99:.:.:397,0,326:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1389:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,974:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1139:. 0|1:29,47:76:99:.:.:1176,0,632:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1317:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,790:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1177,105,0:. 1|1:0,65:65:99:.:.:2016,195,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1364:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1394:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1538:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1552:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,692:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1255,120,0:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,866:. 0|0:21,0:21:27:.:.:0,27,589:. 1|1:0,5:5:15:.:.:152,15,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1548:. 1|1:0,6:6:18:.:.:187,18,0:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1859,165,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1404:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1491:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1177:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1456:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,7:37:99:.:.:146,0,910:. 1|0:49,63:112:99:.:.:1613,0,1309:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,22:83:99:.:.:397,0,1736:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1526:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,7:7:21:.:.:253,21,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1233:. Pf3D7_01_v3 557670 . G A 1.83144e+06 PASS FS=0;MQ=60.15;QD=23.8;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.694;VQSLOD=7.4;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=19.05;GQ_MEAN=178.79;GQ_STDDEV=157.97;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6918;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.263;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=5042015;AF=0.232;AS_InbreedingCoeff=0.5859;MLEAC=1222;MLEAF=0.239;AN=840;AC=196 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:66,0:66:75:.:.:0,75,1706:. 1|1:1,86:87:99:.:.:2763,236,0:. 1|0:20,24:44:99:.:.:649,0,426:. 1|1:4,59:63:93:.:.:1807,93,0:. 1|1:5,51:56:22:.:.:1508,22,0:. 1|1:5,50:55:19:.:.:1485,19,0:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1315:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1797,171,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1155:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1842,174,0:. 1|1:2,59:61:99:.:.:1874,123,0:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,833:. 1|0:20,9:29:99:.:.:182,0,483:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,24:24:72:.:.:780,72,0:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:33,15:48:99:.:.:333,0,783:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1190:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,781:. 1|1:0,22:22:66:.:.:678,66,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1679:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|1:0,7:7:21:.:.:213,21,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,38:38:99:.:.:1146,113,0:. 1|0:24,27:51:99:.:.:674,0,491:. 1|0:93,19:112:99:.:.:270,0,2249:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1149:. 0|1:70,44:114:99:.:.:1001,0,1583:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1390:. 0|1:16,7:23:99:.:.:149,0,367:. 1|0:33,8:41:99:.:.:125,0,718:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1032:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1132,111,0:. 1|0:22,57:79:99:.:.:1470,0,358:. 1|1:0,24:24:72:.:.:746,72,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,80:81:99:.:.:2393,214,0:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1720:. 1|0:28,10:38:99:.:.:194,0,638:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,11:16:86:.:.:298,0,86:. 1|1:1,60:61:99:.:.:1818,154,0:. 1|0:41,72:113:99:.:.:1860,0,750:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,46:49:61:.:.:1304,61,0:. 0|1:11,27:38:99:.:.:693,0,191:. 0|0:32,0:32:77:.:.:0,77,795:. 0|0:41,0:41:66:.:.:0,66,968:. 0|1:31,13:44:99:.:.:258,0,668:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:31,0:31:76:.:.:0,76,812:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1673,165,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:18,50:68:99:.:.:1319,0,284:. 0|0:42,0:42:33:.:.:0,33,942:. 1|0:7,54:61:8:.:.:1489,0,8:. 0|0:23,0:23:69:.:.:0,69,601:. 0|1:24,28:52:99:.:.:739,0,493:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,737:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1554:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,719:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1522:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1095,105,0:. 1|0:28,48:76:99:.:.:1197,0,493:. 0|1:56,13:69:99:.:.:193,0,1293:. 1|1:1,21:22:39:.:.:607,39,0:. 0|1:20,31:51:99:.:.:768,0,408:. 1|0:10,24:34:99:.:.:621,0,178:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,804:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:35,0:35:76:.:.:0,76,899:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,759:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:26,22:48:99:.:.:531,0,553:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2254,225,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1001:. 1|1:10,104:114:60:.:.:2915,60,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1195:. 0|1:35,24:59:99:.:.:532,0,723:. 1|0:14,15:29:99:.:.:348,0,278:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1497:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,25:67:99:.:.:556,0,904:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|1:31,128:159:99:.:.:3454,0,382:. 1|1:0,60:60:99:.:.:1798,180,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:47,27:74:99:.:.:569,0,1027:. 0|1:48,45:93:99:.:.:1099,0,1026:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:19,32:51:99:.:.:770,0,350:. 1|1:2,129:131:99:.:.:3942,336,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2373,238,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:107,65:172:99:.:.:1465,0,2362:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5317,531,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,24:53:99:.:.:591,0,611:. 1|0:102,48:150:99:.:.:969,0,2238:. 1|0:34,21:55:99:.:.:491,0,741:. 0|0:126,0:126:26:.:.:0,26,2745:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:92:.:.:0,92,1696:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,94:94:99:.:.:2868,282,0:. 1|1:11,96:107:49:.:.:2607,49,0:. 1|0:54,25:79:99:.:.:510,0,1187:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,9:76:49:.:.:49,0,1573:. 1|0:23,31:54:99:.:.:777,0,403:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1316:. 0|1:67,9:76:38:.:.:38,0,1563:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1448:. 1|0:30,35:65:99:.:.:871,0,602:. 1|0:43,52:95:99:.:.:1221,0,823:. 1|1:0,88:88:99:.:.:2632,264,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:2025,207,0:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2135,221,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1333:. 0|1:57,18:75:99:.:.:337,0,1282:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1506:. 1|1:0,102:102:99:.:.:3093,306,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1320,126,0:. 0|0:31,0:31:54:.:.:0,54,749:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1439,138,0:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1025,102,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,2:35:54:.:.:0,54,759:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1050:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1548:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1327:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1366:. 1|0:62,12:74:99:.:.:155,0,1737:. 1|1:4,58:62:70:.:.:1670,70,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:103,19:122:99:.:.:228,0,2388:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1315:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1623,159,0:. 0|1:33,22:55:99:.:.:518,0,742:. 1|1:0,68:68:99:.:.:2108,204,0:. 1|0:88,13:101:99:.:.:102,0,2118:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:81,0:81:49:.:.:0,49,1824:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1175:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:35,49:84:99:.:.:1225,0,687:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,79:142:99:.:.:1945,0,1240:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1385:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1121:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,83:84:99:.:.:2456,224,0:. 1|1:0,139:139:99:.:.:4346,418,0:. 1|0:99,49:148:99:.:.:1071,0,2202:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,100:100:99:.:.:3038,301,0:. 0|1:42,34:76:99:.:.:838,0,943:. 1|1:1,49:50:99:.:.:1468,123,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1130:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1248,120,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:16,41:57:99:.:.:1049,0,251:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:58,24:82:99:.:.:457,0,1399:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1729:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,662:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:12,22:34:99:.:.:580,0,220:. 1|0:65,19:84:99:.:.:351,0,1466:. 0|1:17,29:46:99:.:.:755,0,289:. 0|1:70,11:81:88:.:.:88,0,1664:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1191:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2802,279,0:. 1|1:4,45:49:42:.:.:1265,42,0:. 1|1:10,72:82:23:.:.:1935,23,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1179:. 0|0:35,0:35:9:.:.:0,9,745:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,921:. 0|0:55,0:55:6:.:.:0,6,1166:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:12,20:32:99:.:.:515,0,343:. 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1045:. 0|1:25,9:34:99:.:.:181,0,530:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1337,129,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1387:. 0|1:45,17:62:99:.:.:347,0,1298:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,33:35:69:.:.:987,69,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,987:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,776:. 0|1:21,60:81:99:.:.:1632,0,292:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1027:. 1|1:0,37:37:99:.:.:1048,110,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1115:. 0|0:128,0:128:94:.:.:0,94,2905:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1211:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,117:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:49,39:88:99:.:.:946,0,961:. 1|0:59,44:103:99:.:.:1022,0,1270:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1865,192,0:. 1|1:6,137:143:99:.:.:4097,272,0:. 1|0:6,44:50:17:.:.:1211,0,17:. 1|1:0,18:18:54:.:.:572,54,0:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3274,316,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:24,0:24:41:.:.:0,41,587:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:89,0:89:51:.:.:0,51,1966:. 0|1:41,34:75:99:.:.:833,0,910:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:4,69:73:99:.:.:2059,114,0:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,232:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1085:. 1|1:0,28:28:84:.:.:836,84,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1577:. 1|1:0,15:15:45:.:.:477,45,0:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,786:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1335:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1328:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,1347:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1234:. 0|1:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,618:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1310:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1917,170,0:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1170:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1555:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,36:36:99:.:.:1295,108,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1351:. 0|0:31,0:31:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,399:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1548:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1585:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,847:. 1|1:0,20:20:60:.:.:707,60,0:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,457:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1265:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,235:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1489:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1591:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:4:.:.:0,4,437:. 0|1:84,77:161:99:.:.:2064,0,2179:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,782:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1271:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,430:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1394:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1800:. 1|0:87,15:102:99:.:.:239,0,2312:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:67:.:.:0,67,2867:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,874:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,546:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,97:172:99:.:.:2619,0,1854:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,58:148:99:.:.:1600,0,2436:. 0|1:4,2:6:53:.:.:53,0,79:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:4,108:112:99:.:.:3636,203,0:. 1|0:3,0:3:9:.:.:0,9,96:. 0|1:129,24:153:99:.:.:344,0,3625:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,42:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,687:. 1|0:74,13:87:99:.:.:192,0,2061:. 0|1:15,4:19:89:.:.:89,0,516:. 1|0:19,101:120:99:.:.:3034,0,280:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:124,15:139:24:.:.:24,0,3449:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,11:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:12:.:.:0,12,586:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,402:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1376:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,339:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,245:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1047:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,504:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,118,1777:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,254:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1339:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:26,7:33:99:.:.:128,0,686:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 1|0:56,10:66:99:.:.:145,0,1415:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1288:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1076:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,1012:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,24:24:72:.:.:811,72,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1494:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,223:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 1|0:2,11:13:29:.:.:337,0,29:. 0|1:4,0:4:12:.:.:0,12,132:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1316:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1642:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,83:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,990:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1324:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1342:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,973:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,686:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1037:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,34:46:99:.:.:910,0,218:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,572:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,119:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 557693 . G C 69210 PASS FS=0;MQ=58.12;QD=18.07;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.731;VQSLOD=4.15;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=23.81;GQ_MEAN=115.71;GQ_STDDEV=23.31;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8561;NCC=0;ClippingRankSum=0;BaseQRankSum=0.876;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.816;culprit=FS;set=snp;DP=4897697;AF=0.008597;AS_InbreedingCoeff=0.4055;MLEAC=43;MLEAF=0.008402;AN=836;AC=17 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1274:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,113,1383:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1315:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1155:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1450:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:31,0:31:80:.:.:0,80,815:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1126:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,247:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,532:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:47,0:47:94:.:.:0,94,1196:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1228:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,784:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,598:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1679:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1137:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:73:.:.:0,73,938:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1115:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1390:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,544:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,998:. 0|0:35,0:35:62:.:.:0,62,836:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,735:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,652:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1720:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,854:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,343:. 0|0:46,0:46:94:.:.:0,94,1162:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1136:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:93:.:.:0,93,1038:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1140:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:14,18:32:99:.:.:416,0,240:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1241:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:26,0:26:62:.:.:0,62,646:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1055:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,667:. 0|0:47,0:47:97:.:.:0,97,1202:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,727:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1554:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,719:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1522:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,933:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,495:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:79:.:.:0,79,887:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,591:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:35,0:35:88:.:.:0,88,905:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,692:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1182:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1030:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1195:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1592:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,740:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1123:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1757:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1372:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,101,1383:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1183:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1448:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1312:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1333:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,106,1506:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1235:. 0|0:28,0:28:73:.:.:0,73,699:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:62:.:.:0,62,776:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:32:.:.:0,32,739:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1094:. 1|1:1,121:122:99:.:.:3202,338,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1548:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1327:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1366:. 0|0:74,5:79:97:.:.:0,97,2068:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,82:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1315:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1341:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1295:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1175:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,712:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1385:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1121:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1213:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1130:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1099:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1472,173,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1729:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,716:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,109,1673:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1216:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1050:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1305:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1179:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,843:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,7:25:99:.:.:116,0,669:. 0|0:35,0:35:87:.:.:0,87,859:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1387:. 0|0:60,0:60:57:.:.:0,57,1347:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,837:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,987:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,495:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,868:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1020:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1211:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,119:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1072:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,690:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,563:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:12:.:.:0,12,244:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1085:. 0|0:27,0:27:70:.:.:0,70,816:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,106,1577:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1194:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,301:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1241:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:37,0:37:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1248:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1310:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,496:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1112:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1555:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:42,0:42:92:.:.:0,92,1287:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,100,1225:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,471:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,349:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,112,1548:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,257:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,552:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1585:. 0|0:25,0:25:61:.:.:0,61,733:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,707:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,269:. 0|0:16,0:16:20:.:.:0,20,445:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:95:.:.:0,95,1309:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,25:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,33:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,256:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,113,1489:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1591:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1575:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:56:.:.:0,56,513:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:47:.:.:0,47,784:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1271:. 1|1:0,12:12:35:.:.:312,35,0:. 0|0:42,0:42:91:.:.:0,91,1276:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,557:. 1|0:6,5:11:99:.:.:130,0,173:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:2,5:7:15:.:.:91,0,15:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2317,226,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,112:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,687:. 1|0:78,12:90:96:.:.:96,0,2158:. 1|0:7,11:18:99:.:.:290,0,192:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,244:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,16:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:46:.:.:0,46,726:. 1|1:4,102:106:99:.:.:2840,176,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1376:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,299:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1096:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:77:.:.:0,77,1088:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,546:. 0|1:7,69:76:9:.:.:1685,0,9:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,270:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1284:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:36,0:36:71:.:.:0,71,893:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,817:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,981:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1288:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:12:.:.:0,12,396:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,86:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1076:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:45,0:45:82:.:.:0,82,1302:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1192:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1494:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,310:. 0|0:27,0:27:48:.:.:0,48,706:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,437:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,132:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1316:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,109,1642:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,907:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1353:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1324:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1309:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,925:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,786:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,957:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1448:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 558209 . A T 438446 PASS FS=1.753;MQ=57.07;QD=25.44;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F109I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ttt/Att;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0114500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114500.1;SOR=0.829;VQSLOD=3.11;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.3864;FractionInformativeReads=0.998;GC=14.29;GQ_MEAN=125.75;GQ_STDDEV=102.36;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0433;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.36;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=10422223;AF=0.034;AS_InbreedingCoeff=-0.0433;MLEAC=171;MLEAF=0.033;AN=852;AC=54 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1358:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:75:.:.:0,75,1013:. 1|0:3,27:30:45:0|1:558209_A_T:1125,0,45:. 0|0:27,0:27:50:.:.:0,50,768:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1327:. 1|0:12,9:21:99:0|1:558203_A_ATG:339,0,519:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:23,3:26:51:0|1:558203_A_ATG:51,0,1041:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,911:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:30,0:30:63:.:.:0,63,787:. 1|0:35,4:39:60:0|1:558209_A_T:60,0,1491:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:59:.:.:0,59,1151:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:34,2:36:21:0|1:558203_A_ATG:0,21,1485:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1403:. 1|0:55,17:72:99:0|1:558209_A_T:516,0,2510:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1046:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:24:.:.:0,24,360:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1625:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:63:.:.:0,63,945:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:15,8:23:99:0|1:558203_A_ATG:285,0,679:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:51:1|1:558203_A_ATG:765,51,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,7:47:99:0|1:558203_A_ATG:210,0,1739:. 0|0:42,0:42:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:66:.:.:0,66,990:. 0|1:13,12:25:99:0|1:558203_A_ATG:465,0,510:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:86:.:.:0,86,1054:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:36:.:.:0,36,540:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:24:.:.:0,24,360:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:1,27:28:0:0|1:558203_A_ATG:1170,0,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:31,9:40:99:0|1:558203_A_ATG:324,0,1314:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,43:43:99:1|1:558203_A_ATG:2070,138,0:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 1|0:20,82:102:99:0|1:558209_A_T:3485,0,561:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,104:106:99:1|1:558209_A_T:4763,244,0:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:558203_A_ATG:2815,190,0:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,61:85:99:0|1:558209_A_T:2501,0,816:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:40,19:59:99:0|1:558205_TGA_T:735,0,1685:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,70:82:99:0|1:558203_A_ATG:3024,0,326:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,55:55:99:1|1:558203_A_ATG:2475,166,0:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,8:77:99:0|1:558209_A_T:112,0,2983:. 1|1:0,59:59:99:1|1:558203_A_ATG:2970,199,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,21:82:99:0|1:558209_A_T:686,0,2624:. 0|1:59,22:81:99:0|1:558209_A_T:762,0,2534:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,46:68:99:0|1:558209_A_T:1835,0,714:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1303:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1754:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1643:. 0|1:44,28:72:99:0|1:558203_A_ATG:1105,0,1799:. 1|0:32,19:51:99:0|1:558209_A_T:840,0,1484:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,7:27:99:0|1:558203_A_ATG:231,0,861:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,3:63:99:0|1:558203_A_ATG:0,102,2738:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,10:52:99:0|1:558209_A_T:290,0,1775:. 0|0:80,0:80:45:.:.:0,45,675:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1359:. 0|1:20,7:27:99:0|1:558203_A_ATG:231,0,861:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1074:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,4:32:99:0|1:558205_TGA_T:123,0,1203:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1600:. 0|0:47,0:47:82:.:.:0,82,1191:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:92:.:.:0,92,1144:. 1|1:0,25:25:84:1|1:558203_A_ATG:1260,84,0:. 0|0:54,1:55:99:.:.:0,130,2520:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1714:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:12:.:.:0,12,180:. 1|0:43,30:73:99:0|1:558209_A_T:1211,0,1751:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:11:.:.:0,11,245:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,93:95:99:1|1:558203_A_ATG:4184,202,0:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,35:143:99:0|1:558203_A_ATG:1211,0,4651:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:29:.:.:0,29,598:. 0|0:36,0:36:88:.:.:0,88,998:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:558203_A_ATG:2385,160,0:. 0|0:23,0:23:10:.:.:0,10,482:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,5:5:18:1|1:558203_A_ATG:270,18,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,59:59:99:1|1:558203_A_ATG:2641,180,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:44,0:44:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,14:14:45:1|1:558203_A_ATG:675,45,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:410,0:410:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:425,0:425:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:39:.:.:0,39,585:. 0|0:.:49:.:.:.:.:62 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:200:.:.:.:.:99 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:226:.:.:.:.:99 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:209:.:.:.:.:99 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:175:.:.:.:.:99 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:174:.:.:.:.:99 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:176:.:.:.:.:99 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:66:.:.:0,66,990:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:273,0:273:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:81:.:.:.:.:99 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:34:.:.:.:.:90 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:46:.:.:.:.:58 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:192:.:.:.:.:99 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:178:.:.:.:.:99 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:191:.:.:.:.:99 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:91:.:.:.:.:99 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:16:.:.:.:.:0 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:208:.:.:.:.:99 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:83:.:.:.:.:76 0|0:.:159:.:.:.:.:99 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:.:.:.:0,0,0:. 0|0:.:158:.:.:.:.:99 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:198:.:.:.:.:99 0|0:396,0:396:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:292,0:292:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:1,167:168:99:1|1:558203_A_ATG:7694,478,0:. 0|0:.:166:.:.:.:.:99 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:.:150:.:.:.:.:99 0|0:44,0:44:90:.:.:0,90,1339:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,82:82:99:1|1:558203_A_ATG:3913,262,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1122:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:374,0:374:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:504,0:504:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,725:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 558230 . A T 4.29964e+06 PASS FS=0;MQ=60.82;QD=31.12;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=L102I;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tta/Ata;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0114500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114500.1;SOR=0.669;VQSLOD=6.37;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.991;GC=28.57;GQ_MEAN=127.9;GQ_STDDEV=118.52;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6531;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.318;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8662456;AF=0.229;AS_InbreedingCoeff=0.2608;MLEAC=1202;MLEAF=0.232;AN=856;AC=255 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1333:. 1|0:21,34:55:99:.:.:1262,0,702:. 0|0:56,2:58:85:0|1:558206_G_A:0,85,2237:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,1050:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,30:30:93:1|1:558204_T_A:1305,93,0:. 1|1:0,55:55:99:1|1:558204_T_A:2344,169,0:. 1|1:0,54:54:99:1|1:558204_T_A:2291,166,0:. 0|1:16,31:47:99:0|1:558204_T_A:1248,0,663:. 0|0:34,0:34:70:.:.:0,70,967:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1164:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1476:. 0|1:12,20:32:99:.:.:746,0,394:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,1003:. 1|1:0,9:9:27:1|1:558206_G_A:393,27,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:558206_G_A:1482,105,0:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:37,0:37:67:.:.:0,67,988:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,101,1553:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1722:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,848:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1110:. 0|1:33,16:49:99:0|1:558230_A_T:573,0,1338:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,303:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,240:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:78,3:81:99:0|1:558204_T_A:0,115,3387:. 1|0:25,23:48:99:0|1:558212_A_C:849,0,999:. 0|1:68,123:191:99:0|1:558207_A_T:4678,0,2569:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1324:. 0|1:70,28:98:99:.:.:988,0,2726:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,18:27:99:0|1:558205_TGA_T:680,0,310:. 0|1:40,5:45:49:0|1:558206_G_A:49,0,1592:. 0|1:9,30:39:99:0|1:558203_ATT_A:1163,0,288:. 1|0:4,60:64:30:0|1:558206_G_A:2278,0,30:. 0|1:36,27:63:99:0|1:558205_T_A:1058,0,1553:. 0|0:43,0:43:15:.:.:0,15,983:. 1|1:0,119:119:99:1|1:558206_G_A:4945,358,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1620:. 1|0:8,62:70:99:0|1:558204_T_A:2548,0,134:. 0|1:30,8:38:99:.:.:232,0,1171:. 0|0:31,0:31:83:.:.:0,83,882:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1446:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1600:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,118,1613:. 0|1:20,2:22:24:0|1:558203_A_ATG:24,0,834:. 1|1:0,57:57:99:1|1:558206_G_A:2398,172,0:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:3,40:43:11:.:.:1627,11,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1220:. 1|1:0,75:75:99:1|1:558203_ATTG_A:3294,226,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:67,6:73:16:.:.:16,0,2511:. 1|0:15,45:60:99:.:.:1628,0,492:. 1|0:6,48:54:99:0|1:558206_G_A:1897,0,146:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1288:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1479:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1182:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:49:.:.:0,49,1518:. 0|1:52,10:62:99:.:.:250,0,1972:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,19:91:99:0|1:558204_T_A:553,0,2910:. 0|1:51,9:60:99:0|1:558206_G_A:192,0,1917:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1217:. 0|0:53,0:53:97:.:.:0,97,1436:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,11:23:99:0|1:558204_T_A:468,0,468:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,52:90:99:.:.:1842,0,1259:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1646:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,74:75:99:1|1:558204_T_A:3044,199,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,27:59:99:0|1:558204_T_A:996,0,1243:. 0|1:18,18:36:99:.:.:639,0,650:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,40:84:99:0|1:558206_G_A:1284,0,1626:. 0|0:11,0:11:8:.:.:0,8,274:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:81:.:.:0,81,2608:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,50:58:99:0|1:558206_G_A:1956,0,148:. 1|0:37,38:75:99:.:.:1276,0,1523:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:3,89:92:99:.:.:3763,161,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,21:157:99:.:.:350,0,5269:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,124:124:99:1|1:558204_T_A:5760,385,0:. 0|1:47,42:89:99:.:.:1458,0,1699:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:558206_G_A:4599,322,0:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,81:81:99:1|1:558204_T_A:3289,244,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:558204_T_A:4320,309,0:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,116,1668:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,114:114:99:1|1:558216_G_C:4830,342,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:1,140:141:99:1|1:558203_A_ATG:5902,417,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,112,1800:. 1|0:80,10:90:93:0|1:558207_A_T:93,0,3261:. 1|0:101,16:117:99:0|1:558207_A_T:306,0,3857:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,116:116:99:1|1:558205_T_G:5027,358,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,17:97:99:0|1:558204_T_A:413,0,3158:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:0,68:68:99:1|1:558204_T_A:2815,204,0:. 0|0:42,0:42:39:.:.:0,39,1113:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:14,9:23:99:0|1:558204_T_A:378,0,558:. 1|1:1,64:65:99:1|1:558204_T_A:3015,163,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,36:36:99:1|1:558212_A_C:1620,108,0:. 1|1:0,139:139:99:1|1:558205_T_G:5903,424,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,99:99:99:1|1:558204_T_A:4113,298,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,12:81:99:.:.:217,0,2797:. 0|0:53,4:57:24:.:.:0,24,2262:. 1|0:101,10:111:31:.:.:31,0,4368:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:37,72:109:99:.:.:2593,0,1196:. 0|0:100,6:106:83:0|1:558211_C_G:0,83,3861:. 1|1:0,7:7:21:1|1:558206_G_A:315,21,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,98:98:99:1|1:558203_A_ATG:4130,297,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1555:. 1|1:0,48:48:99:1|1:558204_T_A:2071,144,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1506:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,17:83:99:0|1:558212_A_C:407,0,2728:. 0|1:50,4:54:17:0|1:558212_A_C:17,0,1965:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:1,83:84:99:1|1:558204_T_A:3455,208,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:83:.:.:0,83,1320:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,24:129:99:.:.:579,0,4463:. 1|0:13,51:64:99:.:.:2009,0,375:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,51:51:99:1|1:558203_AT_A:2209,153,0:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,38:107:99:0|1:558207_A_T:1293,0,2909:. 1|1:2,76:78:99:1|1:558204_T_A:3098,145,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:97:.:.:0,97,1517:. 0|0:67,0:67:34:.:.:0,34,1635:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:44,25:69:99:0|1:558203_AT_A:845,0,1651:. 0|0:75,3:78:99:0|1:558203_ATT_A:0,100,3056:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:35,24:59:99:.:.:823,0,1373:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1249:. 1|1:0,41:41:99:1|1:558203_AT_A:1756,123,0:. 1|0:23,9:32:99:0|1:558204_T_A:281,0,981:. 0|1:55,11:66:99:.:.:246,0,2291:. 1|0:31,28:59:99:0|1:558204_T_A:1069,0,1159:. 1|1:0,62:62:99:1|1:558212_A_C:2581,186,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1258:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:60,60:120:99:0|1:558204_T_A:2146,0,2217:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:30:.:.:0,30,1038:. 1|0:12,73:85:99:0|1:558206_G_A:2779,0,187:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,25:41:99:.:.:963,0,498:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,2:36:18:0|1:558205_T_G:0,18,1374:. 0|1:107,12:119:99:.:.:125,0,4284:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,49:49:99:1|1:558204_T_A:2109,150,0:. 1|0:32,4:36:66:0|1:558230_A_T:66,0,1416:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1359:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:43,29:72:99:.:.:980,0,1757:. 1|1:0,114:114:99:1|1:558216_G_C:4895,346,0:. 1|0:39,4:43:45:0|1:558204_T_A:45,0,1710:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,24:24:72:1|1:558204_T_A:1000,72,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1082:. 1|0:59,6:65:15:0|1:558203_ATT_A:15,0,2306:. 1|1:0,61:61:99:1|1:558204_T_A:2506,184,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,113,1441:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,36:88:99:.:.:1233,0,2117:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,144:. 0|1:83,8:91:38:.:.:38,0,3499:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,46:94:99:0|1:558203_ATT_A:1591,0,1704:. 1|0:59,52:111:99:0|1:558207_A_T:1823,0,2080:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:68,9:77:99:0|1:558206_G_A:141,0,2552:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:43,0:43:97:.:.:0,97,1149:. 1|1:0,24:24:72:1|1:558206_G_A:1025,72,0:. 0|1:60,46:106:99:0|1:558204_T_A:1790,0,2420:. 1|0:52,133:185:99:0|1:558206_G_A:5085,0,1761:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:4,11:15:99:0|1:558204_T_A:399,0,120:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,986:. 0|0:78,5:83:52:0|1:558204_T_A:0,52,2959:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1151:. 0|1:45,7:52:99:.:.:142,0,1704:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:9,2:11:57:0|1:558206_G_A:57,0,302:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1005:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,16:16:48:1|1:558206_G_A:720,48,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,42:42:99:1|1:558204_T_A:1935,129,0:. 1|1:3,77:80:99:1|1:558205_T_A:3465,115,0:. 1|1:0,33:33:99:1|1:558204_T_A:1575,105,0:. 1|1:0,87:87:99:1|1:558204_T_A:3744,262,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:0:.:.:0,0,3663:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,103:103:99:1|1:558204_T_A:4950,331,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1728:. 1|0:6,71:77:21:0|1:558206_G_A:2774,0,21:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:558206_G_A:2049,150,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,118,1375:. 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1338:. 1|1:1,99:100:99:1|1:558203_A_ATG:4203,290,0:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1363:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:45,2:47:54:0|1:558204_T_A:0,54,1980:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:1|1:558204_T_A:3876,268,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:558204_T_A:1755,117,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:5,85:90:10:1|1:558204_T_A:3645,10,0:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,336:336:99:1|1:558205_T_G:14404,1014,0:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:38:.:.:0,38,530:. 0|0:18,0:18:15:.:.:0,15,481:. 1|1:1,32:33:63:1|1:558204_T_A:1356,63,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:1|1:558203_AT_A:4934,343,0:. 1|1:0,122:122:99:1|1:558203_AT_A:5336,373,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,67:69:99:1|1:558207_A_T:2726,126,0:. 1|1:2,127:129:99:1|1:558204_T_A:5615,298,0:. 1|1:0,152:152:99:1|1:558206_G_A:6565,460,0:. 1|1:0,127:127:99:1|1:558206_G_A:5529,384,0:. 0|1:83,76:159:99:0|1:558203_A_ATG:2683,0,3340:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,86:86:99:1|1:558203_AT_A:3619,262,0:. 0|0:48,0:48:96:.:.:0,96,1456:. 0|0:166,0:166:83:.:.:0,83,4440:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1462:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:1|1:558206_G_A:4687,337,0:. 1|1:1,132:133:99:1|1:558206_G_A:5642,390,0:. 1|0:125,23:148:99:.:.:536,0,5080:. 1|1:0,138:138:99:1|1:558206_G_A:5903,418,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,9:138:19:0|1:558205_T_A:0,19,5535:. 0|1:7,94:101:20:0|1:558204_T_A:4029,0,20:. 1|1:0,92:92:99:1|1:558212_A_C:3909,276,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:44,49:93:99:.:.:1860,0,1697:. 0|0:48,0:48:34:.:.:0,34,1386:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,130:244:99:0|1:558206_G_A:4683,0,4689:. 1|1:0,167:167:99:1|1:558203_AT_A:7113,508,0:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:50,101:151:99:0|1:558206_G_A:3747,0,1906:. 0|1:36,14:50:99:.:.:467,0,1442:. 1|1:2,122:124:99:1|1:558204_T_A:5535,292,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,129:129:99:1|1:558212_A_C:5521,388,0:. 0|1:3,18:21:72:0|1:558204_T_A:747,0,72:. 1|0:21,137:158:99:.:.:5259,0,495:. 1|0:11,4:15:99:0|1:558204_T_A:125,0,437:. 1|0:20,116:136:99:0|1:558203_AT_A:4331,0,426:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,39:75:99:0|1:558216_G_C:1569,0,1316:. 0|1:61,41:102:99:0|1:558203_A_ATG:1435,0,2274:. 1|1:0,122:122:99:1|1:558212_A_C:5275,367,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,117:143:99:.:.:4521,0,762:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1800:. 0|1:85,41:126:99:0|1:558204_T_A:1625,0,3560:. 0|0:62,2:64:99:.:.:0,103,2533:. 1|0:53,38:91:99:0|1:558203_AT_A:1295,0,1993:. 1|1:0,5:5:15:1|1:558212_A_C:169,15,0:. 1|1:10,140:150:33:1|1:558206_G_A:5438,33,0:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,81:95:99:.:.:3057,0,325:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,10:63:99:.:.:240,0,2088:. 0|1:118,11:129:65:0|1:558204_T_A:65,0,4740:. 1|0:136,0:136:.:.:.:0,0,0:. 0|0:78,5:83:28:0|1:558212_A_C:0,28,3315:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:106,6:112:67:0|1:558204_T_A:0,67,4398:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,212:215:99:1|1:558230_A_T:9945,548,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1316:. 0|0:285,0:285:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,78:78:99:1|1:558204_T_A:3690,247,0:. 1|0:101,19:120:99:0|1:558212_A_C:399,0,4342:. 1|1:2,77:79:99:1|1:558212_A_C:3177,147,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:558206_G_A:1557,108,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1710:. 1|1:0,59:59:99:1|1:558204_T_A:2745,184,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1486:. 1|1:0,29:29:87:1|1:558204_T_A:1305,87,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:558203_AT_A:3510,250,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:558203_AT_A:3732,265,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,22:22:66:1|1:558204_T_A:900,66,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:88:.:.:0,88,1232:. 1|1:0,35:35:99:1|1:558216_G_C:1496,105,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,245:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:35,107:142:99:0|1:558204_T_A:4136,0,1053:. 0|1:35,108:143:99:0|1:558204_T_A:4050,0,1019:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,139:139:99:1|1:558204_T_A:6033,421,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:558206_G_A:2572,189,0:. 0|1:37,61:98:99:0|1:558204_T_A:2352,0,1289:. 1|1:4,112:116:99:1|1:558204_T_A:4622,205,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:0,76:76:99:1|1:558204_T_A:3283,232,0:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,107:107:99:1|1:558212_A_C:4547,325,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:0,17:17:51:1|1:558203_A_ATG:757,51,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:558204_T_A:4230,283,0:. Pf3D7_01_v3 558242 . A T 2.87349e+06 PASS FS=0.569;MQ=60.27;QD=31.74;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S98T;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tct/Act;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0114500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114500.1;SOR=0.647;VQSLOD=5.26;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.994;GC=23.81;GQ_MEAN=125.85;GQ_STDDEV=138.02;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6798;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.373;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8319412;AF=0.176;AS_InbreedingCoeff=0.7297;MLEAC=919;MLEAF=0.176;AN=854;AC=100 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:91:.:.:0,91,1429:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1394:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1338:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1500:. 0|1:16,11:27:99:0|1:558204_T_A:414,0,639:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1686:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,1011:. 0|1:19,16:35:99:0|1:558204_T_A:612,0,792:. 1|1:0,28:28:87:1|1:558204_TTG_T:1305,87,0:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1195:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,974:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1434:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1722:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1205:. 1|0:26,31:57:99:0|1:558223_C_T:1220,0,1034:. 1|1:0,11:11:33:1|1:558204_TTG_T:495,33,0:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,265:. 1|1:0,57:57:99:1|1:558204_T_A:2655,178,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1286:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:24,58:82:99:.:.:2451,0,834:. 0|1:38,14:52:99:0|1:558205_T_A:512,0,1592:. 1|0:148,76:224:99:0|1:558205_T_A:2765,0,6193:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1324:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:22,28:50:99:0|1:558211_C_G:1151,0,836:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,19:74:99:0|1:558207_A_AAT:646,0,2312:. 0|0:40,0:40:75:.:.:0,75,1070:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:37,6:43:99:0|1:558223_C_T:137,0,1579:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,875:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1446:. 0|1:45,10:55:99:0|1:558204_TTG_T:278,0,1943:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1289:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1249:. 0|1:45,23:68:99:0|1:558204_TTG_T:879,0,1814:. 0|1:49,51:100:99:0|1:558211_C_G:2036,0,1901:. 1|0:16,30:46:99:0|1:558204_TTG_T:1254,0,579:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:27:.:.:0,27,665:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:27,27:54:99:0|1:558204_TTG_T:1049,0,1094:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:76:.:.:0,76,966:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:64:.:.:0,64,884:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:95:.:.:0,95,1301:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,105:105:99:1|1:558204_T_A:4815,322,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1646:. 1|0:94,13:107:99:0|1:558211_C_G:260,0,3950:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:84:.:.:0,84,1338:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:39,91:130:99:0|1:558204_T_A:3863,0,1478:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,9:178:53:0|1:558204_T_A:0,53,7200:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:109,0:109:91:.:.:0,91,2703:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,7:102:2:0|1:558223_C_T:2,0,4035:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,12:85:99:0|1:558242_A_T:281,0,3051:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1196:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,19:112:99:0|1:558204_TTG_T:506,0,4016:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:56,39:95:99:0|1:558211_C_G:1466,0,2251:. 1|0:45,14:59:99:0|1:558204_TTG_T:449,0,1889:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,82:85:99:1|1:558211_C_G:3735,133,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1620:. 1|0:66,21:87:99:0|1:558204_T_A:764,0,2744:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:62:.:.:0,62,1185:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1130:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,75:75:99:1|1:558204_T_A:3510,235,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,64:66:71:1|1:558204_TTG_T:3005,71,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,18:92:99:0|1:558211_C_G:527,0,3137:. 1|0:37,34:71:99:0|1:558223_C_T:1358,0,1441:. 0|1:23,110:133:99:0|1:558204_TTG_T:4676,0,626:. 0|1:66,43:109:99:.:.:1449,0,2586:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,225:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1506:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:77,27:104:99:0|1:558223_C_T:890,0,3320:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,54:84:99:0|1:558211_C_G:2258,0,1133:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1317:. 0|1:61,30:91:99:0|1:558207_A_AAT:1076,0,2471:. 0|1:43,67:110:99:0|1:558206_G_A:2683,0,1601:. 1|0:45,103:148:99:0|1:558211_C_G:4354,0,1609:. 0|1:64,8:72:99:0|1:558223_C_T:140,0,2686:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1488:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,79:119:99:0|1:558205_T_A:3197,0,1442:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1400:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:127,62:189:99:0|1:558204_T_A:2299,0,5224:. 0|1:8,60:68:99:0|1:558204_TTG_T:2495,0,155:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:38,60:98:99:0|1:558211_C_G:2399,0,1499:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:60,10:70:99:.:.:233,0,2554:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1120:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:46,26:72:99:0|1:558223_C_T:995,0,1850:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:6,39:45:99:0|1:558242_A_T:1662,0,132:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1192:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,984:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1655:. 0|0:48,1:49:99:0|1:558211_C_G:0,102,1973:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,1:37:66:0|1:558204_TTG_T:0,66,1575:. 1|0:102,30:132:99:0|1:558223_C_T:992,0,4232:. 1|0:21,10:31:99:0|1:558204_TTG_T:357,0,852:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1144:. 1|0:34,7:41:99:.:.:186,0,1455:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1227:. 0|0:44,0:44:58:.:.:0,58,1103:. 1|0:71,13:84:99:0|1:558204_T_A:371,0,2981:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1420:. 1|1:0,81:81:99:1|1:558204_T_A:3735,250,0:. 0|0:40,0:40:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1091:. 0|1:66,11:77:99:0|1:558211_C_G:263,0,2738:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1371:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1715:. 0|1:0,2:2:6:1|1:558204_TTG_T:90,6,0:. 1|0:62,36:98:99:0|1:558211_C_G:1322,0,2488:. 1|1:0,82:82:99:1|1:558211_C_G:3735,250,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1277:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,721:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,7:66:99:0|1:558223_C_T:116,0,2451:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:38:.:.:0,38,597:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,8:120:10:0|1:558204_TTG_T:0,10,4815:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,94:94:99:1|1:558204_TTG_T:4410,295,0:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,68:68:99:1|1:558204_TTG_T:3150,211,0:. 1|1:0,76:76:99:1|1:558204_TTG_T:3555,238,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:558204_T_A:2520,169,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:0,115:115:99:1|1:558204_TTG_T:5400,361,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:11:.:.:0,11,604:. 0|1:15,24:39:99:0|1:558207_A_AAT:1005,0,555:. 1|1:0,59:59:99:1|1:558204_TTG_T:2655,178,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1511:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,104:104:99:1|1:558204_T_A:4815,322,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:33:.:.:0,33,495:. 0|0:21,0:21:20:.:.:0,20,555:. 0|0:47,0:47:64:.:.:0,64,1365:. 1|1:0,46:46:99:1|1:558242_A_T:2115,141,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1464:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:84,83:167:99:0|1:558242_A_T:3308,0,3393:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,105:106:99:1|1:558211_C_G:4690,242,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1462:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1738:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1545:. 1|0:173,20:193:99:0|1:558204_TTG_T:310,0,7342:. 1|0:121,111:232:99:0|1:558204_TTG_T:4400,0,4781:. 0|0:313,0:313:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,174:174:99:1|1:558204_TTG_T:8100,542,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1187:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:56:.:.:0,56,984:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:17:.:.:0,17,317:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:70,3:73:91:0|1:558242_A_T:0,91,3105:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,61:72:99:0|1:558204_TTG_T:2528,0,278:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,44:46:51:1|1:558204_TTG_T:1935,51,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,120:144:99:0|1:558211_C_G:5012,0,683:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1313:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1016:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1119:. 1|1:0,59:59:99:1|1:558204_TTG_T:2790,187,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1272:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,445:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,375:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,53:53:99:1|1:558204_TTG_T:2430,163,0:. 1|1:0,205:205:99:1|1:558204_TTG_T:9540,638,0:. 0|0:417,0:417:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,27:27:87:1|1:558204_TTG_T:1305,87,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 558243 . T A 1.56024e+06 PASS FS=0;MQ=61.08;QD=28.39;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V97;SNPEFF_CODON_CHANGE=gtA/gtT;SNPEFF_EFFECT=SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=SILENT;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0114500;SNPEFF_IMPACT=LOW;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114500.1;SOR=0.68;VQSLOD=6.47;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=19.05;GQ_MEAN=122.47;GQ_STDDEV=50.1;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7778;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.074;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=8468243;AF=0.073;AS_InbreedingCoeff=0.3401;MLEAC=389;MLEAF=0.075;AN=858;AC=123 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1530:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1150:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1394:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1338:. 1|0:15,33:48:99:0|1:558204_T_A:1424,0,524:. 0|0:29,0:29:24:.:.:0,24,805:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1686:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1305:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1195:. 1|1:0,22:22:66:1|1:558243_T_A:961,66,0:. 0|0:37,0:37:98:.:.:0,98,1110:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1434:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1722:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:36:.:.:0,36,1080:. 1|1:0,42:42:99:1|1:558243_T_A:1913,129,0:. 0|1:36,22:58:99:0|1:558230_A_T:809,0,1445:. 0|0:14,0:14:1:.:.:0,1,312:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,265:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1286:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:62,25:87:99:.:.:819,0,2451:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1324:. 0|1:88,30:118:99:.:.:983,0,3773:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:59:.:.:0,59,1016:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:89:.:.:0,89,1478:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:45,32:77:99:0|1:558205_T_A:1184,0,1813:. 0|0:38,0:38:50:.:.:0,50,951:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1620:. 1|0:29,48:77:99:0|1:558243_T_A:1967,0,1112:. 0|0:41,3:44:38:.:.:0,38,1753:. 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,875:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1446:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:45:.:.:0,45,761:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1289:. 1|0:135,31:166:99:0|1:558243_T_A:979,0,5527:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,60:62:99:1|1:558243_T_A:2655,100,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:54:.:.:0,54,1178:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:70:.:.:0,70,908:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,8:76:99:0|1:558243_T_A:125,0,2915:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:42,0:42:97:.:.:0,97,1212:. 0|0:60,0:60:95:.:.:0,95,1661:. 0|0:35,0:35:89:.:.:0,89,1006:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,2:54:76:.:.:0,76,2295:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:1|1:558243_T_A:2565,172,0:. 0|1:45,62:107:99:.:.:2280,0,1624:. 0|0:79,0:79:55:.:.:0,55,2015:. 0|0:51,0:51:75:.:.:0,75,1256:. 0|1:20,23:43:99:0|1:558243_T_A:903,0,797:. 0|0:36,0:36:76:.:.:0,76,966:. 1|1:0,50:50:99:1|1:558243_T_A:2301,157,0:. 0|1:12,12:24:99:0|1:558204_T_A:468,0,468:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:85:.:.:0,85,1320:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1646:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,10:68:99:0|1:558243_T_A:239,0,2489:. 1|0:30,9:39:99:.:.:250,0,1233:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:88,19:107:99:0|1:558243_T_A:527,0,3722:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:12,0:12:23:.:.:0,23,319:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:104,0:104:86:.:.:0,86,2665:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:50,43:93:99:0|1:558243_T_A:1697,0,1967:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,89:90:99:1|1:558243_T_A:4068,241,0:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,143:144:99:1|1:558243_T_A:6555,400,0:. 0|1:94,9:103:92:.:.:92,0,3928:. 1|0:83,58:141:99:0|1:558243_T_A:2152,0,3521:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1196:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,12:113:99:.:.:191,0,4318:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,29:94:99:0|1:558243_T_A:1061,0,2655:. 1|0:45,51:96:99:.:.:1981,0,1720:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:69,4:73:49:0|1:558243_T_A:0,49,3060:. 0|0:43,0:43:62:.:.:0,62,1185:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:13,9:22:99:0|1:558204_T_A:336,0,561:. 1|1:1,73:74:99:1|1:558204_T_A:3285,181,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1130:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:81,11:92:99:.:.:212,0,3436:. 0|1:34,37:71:99:.:.:1441,0,1358:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,41:109:99:.:.:1455,0,2658:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1506:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:84,19:103:99:.:.:527,0,3578:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,51:74:99:0|1:558243_T_A:2111,0,851:. 0|0:54,0:54:20:.:.:0,20,1317:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,8:71:99:.:.:127,0,2605:. 1|1:1,84:85:99:1|1:558243_T_A:3837,223,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1488:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1400:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:202,0:202:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:72:.:.:0,72,1479:. 0|0:59,0:59:87:.:.:0,87,1667:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:57,14:71:99:.:.:394,0,2393:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1120:. 0|0:56,0:56:95:.:.:0,95,1547:. 0|1:18,17:35:99:0|1:558243_T_A:696,0,786:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,125:126:99:1|1:558243_T_A:5642,343,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1192:. 0|0:39,0:39:37:.:.:0,37,989:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1655:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1262:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1144:. 0|1:37,4:41:48:0|1:558230_A_T:48,0,1668:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1227:. 0|0:46,0:46:97:.:.:0,97,1210:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,4:52:20:0|1:558204_T_A:20,0,2045:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1077:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1091:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:77,0:77:88:.:.:0,88,1947:. 0|0:47,0:47:79:.:.:0,79,1271:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1371:. 0|1:94,8:102:35:0|1:558243_T_A:35,0,4175:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1715:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,192:. 0|1:60,37:97:99:.:.:1360,0,2489:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:46:.:.:0,46,1122:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,667:. 1|0:65,54:119:99:0|1:558204_T_A:2054,0,2819:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:21,0:21:25:.:.:0,25,521:. 1|1:1,28:29:42:1|1:558243_T_A:1200,42,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:21,45:66:99:.:.:1802,0,746:. 0|0:51,0:51:72:.:.:0,72,1322:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:8,5:13:99:0|1:558243_T_A:186,0,321:. 0|1:20,17:37:99:0|1:558243_T_A:696,0,786:. 0|0:34,0:34:31:.:.:0,31,834:. 1|1:0,81:81:99:1|1:558243_T_A:3796,256,0:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,49:49:99:1|1:558204_T_A:2250,151,0:. 1|1:3,93:96:99:1|1:558205_T_A:4159,163,0:. 1|1:0,36:36:99:1|1:558204_T_A:1620,108,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:56,39:95:99:0|1:558243_T_A:1505,0,2315:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:77:.:.:0,77,2074:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,92:92:99:1|1:558243_T_A:4166,280,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,125:125:99:1|1:558204_T_A:5715,382,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:75:.:.:0,75,1850:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:40,0:40:83:.:.:0,83,1263:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1456:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,2:58:88:0|1:558204_T_A:0,88,2475:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,49:49:99:1|1:558204_T_A:2250,151,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:9,101:110:65:0|1:558204_T_A:4340,0,65:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,11:11:39:1|1:558243_T_A:585,39,0:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,477:. 0|0:48,0:48:90:.:.:0,90,1444:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1464:. 1|1:2,148:150:99:1|1:558204_T_A:6723,377,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:52,0:52:88:.:.:0,88,1595:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1462:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1738:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:140,18:158:99:0|1:558243_T_A:322,0,5976:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:149,13:162:89:0|1:558205_T_A:89,0,6634:. 1|1:7,105:112:31:1|1:558204_T_A:4525,31,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:57,43:100:99:0|1:558243_T_A:1693,0,2258:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1545:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:152,130:282:99:0|1:558243_T_A:5210,0,6183:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:118,51:169:99:0|1:558243_T_A:1819,0,4990:. 0|1:46,5:51:71:0|1:558243_T_A:71,0,1900:. 1|1:2,146:148:99:1|1:558204_T_A:6570,362,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:3,20:23:66:0|1:558204_T_A:831,0,66:. 0|1:163,21:184:99:0|1:558243_T_A:427,0,6835:. 0|0:15,0:15:45:0|1:558243_T_A:0,45,664:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,28:91:99:0|1:558243_T_A:971,0,2771:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,21:165:99:0|1:558243_T_A:478,0,6147:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,48:143:99:0|1:558204_T_A:1756,0,4051:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:19:.:.:0,19,315:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,252:255:99:1|1:558230_A_T:11655,663,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,90:90:99:1|1:558204_T_A:4095,274,0:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:87:.:.:0,87,1380:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:558243_T_A:4579,307,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1710:. 1|1:0,78:78:99:1|1:558204_T_A:3645,244,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1313:. 1|1:0,28:28:90:1|1:558204_T_A:1350,90,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,142:142:99:1|1:558243_T_A:6724,452,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1119:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1318:. 0|1:33,4:37:66:0|1:558243_T_A:66,0,1386:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,427:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:61,96:157:99:0|1:558243_T_A:3901,0,2308:. 1|0:103,52:155:99:0|1:558243_T_A:1906,0,4242:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,427:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:125,31:156:99:0|1:558243_T_A:916,0,5421:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:558243_T_A:4635,310,0:. 0|1:110,18:128:99:0|1:558243_T_A:461,0,4607:. 0|1:9,95:104:83:0|1:558243_T_A:4088,0,83:. 1|1:0,95:95:99:1|1:558243_T_A:4545,304,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:143,189:332:99:0|1:558243_T_A:7710,0,5470:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,407:407:99:1|1:558243_T_A:18590,1246,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:558243_T_A:7335,491,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1077:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,602:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,96:96:99:1|1:558204_T_A:4545,304,0:. Pf3D7_01_v3 558245 . C A 5.99071e+06 PASS FS=0;MQ=60.21;QD=33.08;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V97L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Gta/Tta;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0114500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114500.1;SOR=0.657;VQSLOD=7.57;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.986;GC=19.05;GQ_MEAN=166.29;GQ_STDDEV=193.68;HRun=2;InbreedingCoeff=0.5962;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.466;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8279490;AF=0.305;AS_InbreedingCoeff=0.3846;MLEAC=1597;MLEAF=0.308;AN=854;AC=258 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1530:. 0|0:42,0:42:74:.:.:0,74,1071:. 0|1:6,44:50:99:0|1:558209_A_T:1538,0,99:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1394:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1338:. 1|0:15,34:49:99:0|1:558204_T_A:1383,0,528:. 0|1:4,23:27:83:.:.:928,0,83:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1686:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,865:. 1|1:0,35:35:99:.:.:1390,105,0:. 1|1:0,28:28:87:1|1:558204_TTG_T:1305,87,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,190:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1195:. 1|1:0,22:22:69:1|1:558243_T_A:1006,69,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1434:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1722:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:66:.:.:0,66,996:. 1|1:0,42:42:99:1|1:558243_T_A:1913,129,0:. 1|1:0,61:61:99:.:.:2762,187,0:. 1|1:0,11:11:33:1|1:558204_TTG_T:495,33,0:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,265:. 1|1:0,58:58:99:1|1:558204_T_A:2700,181,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1286:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:0,88:88:99:1|1:558245_C_A:4077,274,0:. 0|1:39,14:53:99:0|1:558205_T_A:467,0,1637:. 1|0:154,78:232:99:0|1:558205_T_A:2903,0,6601:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1324:. 0|1:54,65:119:99:.:.:2368,0,1172:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:41:.:.:0,41,833:. 1|0:22,28:50:99:0|1:558211_C_G:1148,0,878:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1228:. 0|0:76,4:80:73:0|1:558217_AAAGAAC_A:0,73,3420:. 0|1:26,52:78:99:0|1:558211_C_G:2147,0,932:. 0|0:41,0:41:46:.:.:0,46,959:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1620:. 1|0:30,49:79:99:0|1:558243_T_A:1967,0,1112:. 1|0:35,10:45:99:0|1:558245_C_A:312,0,1482:. 0|0:31,0:31:76:.:.:0,76,808:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1446:. 0|1:47,10:57:99:0|1:558204_TTG_T:272,0,2027:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,18:22:99:0|1:558217_AAAGAAC_A:744,0,114:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1289:. 1|0:135,33:168:99:0|1:558243_T_A:970,0,5653:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,61:63:99:1|1:558243_T_A:2745,106,0:. 1|0:15,47:62:99:0|1:558216_G_C:2009,0,524:. 0|0:48,0:48:94:.:.:0,94,1184:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1249:. 0|1:45,25:70:99:0|1:558204_TTG_T:879,0,1814:. 0|1:50,52:102:99:0|1:558211_C_G:2117,0,1937:. 1|0:14,32:46:99:.:.:1317,0,398:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:14:.:.:0,14,643:. 1|0:69,10:79:99:0|1:558217_AAAGAAC_A:206,0,2841:. 0|1:70,8:78:99:0|1:558243_T_A:119,0,2999:. 0|1:51,6:57:96:0|1:558203_A_ATG:96,0,2018:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1026:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1195:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,902:. 0|1:20,17:37:99:0|1:558203_A_ATG:598,0,694:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:26,30:56:99:0|1:558245_C_A:1223,0,998:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:1|1:558243_T_A:2565,172,0:. 0|1:25,85:110:99:.:.:3232,0,341:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:48,0:48:40:.:.:0,40,1013:. 0|1:20,23:43:99:0|1:558243_T_A:945,0,794:. 0|0:35,0:35:59:.:.:0,59,868:. 1|1:0,52:52:99:1|1:558243_T_A:2301,157,0:. 0|1:12,12:24:99:0|1:558204_T_A:468,0,468:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:5,41:46:70:0|1:558203_A_ATG:1525,0,70:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,110:110:99:1|1:558204_T_A:5175,346,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1646:. 1|0:97,13:110:99:0|1:558211_C_G:245,0,4160:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:57,3:60:86:.:.:0,86,1581:. 1|0:60,10:70:99:0|1:558243_T_A:239,0,2489:. 1|0:23,16:39:99:0|1:558245_C_A:584,0,960:. 1|1:0,65:65:99:1|1:558203_A_ATG:2611,195,0:. 1|0:90,19:109:99:0|1:558243_T_A:569,0,3719:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:0,2:2:6:.:.:64,6,0:. 0|1:35,123:158:99:0|1:558209_A_T:4345,0,958:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:49,44:93:99:0|1:558243_T_A:1775,0,2045:. 1|1:6,144:150:99:1|1:558209_A_T:5753,244,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,94:95:99:1|1:558243_T_A:4068,241,0:. 1|0:42,94:136:99:0|1:558204_T_A:3854,0,1604:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:172,11:183:7:0|1:558204_T_A:7,0,7477:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,105:105:99:1|1:558203_A_ATG:4073,315,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,146:147:99:1|1:558243_T_A:6870,422,0:. 0|1:88,16:104:99:0|1:558245_C_A:398,0,3672:. 1|0:88,57:145:99:0|1:558243_T_A:2230,0,3598:. 0|1:49,39:88:99:.:.:1373,0,1692:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:41,76:117:99:0|1:558218_A_C:2559,0,1256:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1196:. 1|1:1,83:84:99:1|1:558203_A_ATG:3353,208,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,31:116:99:0|1:558245_C_A:1040,0,3547:. 1|1:0,108:108:99:1|1:558203_A_ATG:4223,323,0:. 1|0:66,30:96:99:.:.:1147,0,1489:. 1|1:5,94:99:56:1|1:558245_C_A:4111,56,0:. 1|0:48,14:62:99:0|1:558204_TTG_T:440,0,2015:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,88:91:99:1|1:558211_C_G:3960,148,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1620:. 1|0:64,22:86:99:0|1:558204_T_A:767,0,2702:. 0|1:80,31:111:99:0|1:558209_A_T:949,0,2835:. 0|1:101,37:138:99:0|1:558209_A_T:1047,0,3785:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,118,1800:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3127,320,0:. 1|1:0,140:140:99:.:.:4173,419,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:32,62:94:99:0|1:558209_A_T:2222,0,1129:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,144:144:99:.:.:4431,432,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:72,4:76:49:0|1:558243_T_A:0,49,3060:. 1|1:0,34:34:99:1|1:558216_G_C:1620,108,0:. 1|1:0,59:59:99:.:.:1795,177,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:13,10:23:99:.:.:368,0,273:. 1|1:1,73:74:99:1|1:558204_T_A:3375,187,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1130:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,77:77:99:1|1:558204_T_A:3600,241,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,71:73:77:1|1:558204_TTG_T:3095,77,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,31:95:99:0|1:558245_C_A:1103,0,2662:. 1|1:0,77:77:99:1|1:558245_C_A:3555,238,0:. 0|1:19,118:137:99:.:.:4968,0,283:. 1|0:27,84:111:99:0|1:558245_C_A:3569,0,914:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1506:. 1|0:64,35:99:99:0|1:558203_A_ATG:1104,0,2288:. 1|0:63,46:109:99:.:.:1868,0,2355:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,55:86:99:0|1:558211_C_G:2249,0,1259:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,52:76:99:0|1:558243_T_A:2153,0,848:. 0|0:54,0:54:36:.:.:0,36,1234:. 0|1:61,30:91:99:0|1:558207_A_AAT:1160,0,2465:. 0|1:43,67:110:99:0|1:558206_G_A:2680,0,1629:. 1|0:46,105:151:99:0|1:558211_C_G:4435,0,1645:. 1|0:55,17:72:99:0|1:558245_C_A:590,0,2239:. 1|1:1,88:89:99:1|1:558243_T_A:3837,223,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1488:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,80:120:99:0|1:558205_T_A:3224,0,1649:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1400:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:128,64:192:99:0|1:558204_T_A:2380,0,5260:. 0|1:9,59:68:99:0|1:558204_TTG_T:2576,0,191:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,60:99:99:0|1:558211_C_G:2402,0,1457:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1639,165,0:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:93:.:.:0,93,2523:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:36,36:72:99:.:.:1401,0,1247:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:37,3:40:24:.:.:0,24,969:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1427:. 0|1:9,29:38:99:.:.:1145,0,273:. 0|1:46,27:73:99:0|1:558223_C_T:1061,0,2096:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:6,40:46:99:0|1:558242_A_T:1701,0,171:. 1|1:1,127:128:99:1|1:558243_T_A:5642,343,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1192:. 0|0:39,0:39:52:.:.:0,52,927:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1655:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:53,0:53:89:.:.:0,89,1265:. 0|0:35,1:36:66:0|1:558204_TTG_T:0,66,1575:. 1|0:102,31:133:99:0|1:558223_C_T:992,0,4232:. 1|0:21,10:31:99:0|1:558204_TTG_T:354,0,894:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1144:. 0|1:33,13:46:99:.:.:414,0,1295:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1227:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,981:. 1|0:53,31:84:99:.:.:902,0,1966:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,4:52:20:0|1:558204_T_A:20,0,2045:. 1|1:0,84:84:99:1|1:558204_T_A:3825,256,0:. 0|0:38,0:38:95:.:.:0,95,998:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:94:.:.:0,94,1008:. 0|1:66,11:77:99:0|1:558211_C_G:260,0,2780:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1216,123,0:. 1|1:0,41:41:99:1|1:558216_G_C:1845,123,0:. 0|1:55,51:106:99:.:.:1888,0,1899:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1715:. 0|1:0,2:2:6:1|1:558204_TTG_T:90,6,0:. 0|1:26,72:98:99:0|1:558245_C_A:3026,0,911:. 1|1:0,83:83:99:1|1:558211_C_G:3915,262,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:9,30:39:99:.:.:786,0,121:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,667:. 1|1:0,123:123:99:.:.:4537,375,0:. 0|1:166,45:211:99:0|1:558211_CAA_C:1178,0,6311:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:19,0:19:14:.:.:0,14,418:. 1|1:1,27:28:42:1|1:558243_T_A:1200,42,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,53:67:99:.:.:2267,0,221:. 0|0:53,0:53:68:.:.:0,68,1271:. 0|0:70,0:70:52:.:.:0,52,1605:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:8,5:13:99:0|1:558243_T_A:180,0,405:. 0|1:20,18:38:99:0|1:558243_T_A:738,0,783:. 1|1:0,28:28:84:.:.:806,84,0:. 1|1:0,83:83:99:1|1:558243_T_A:3886,262,0:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,495:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:558204_T_A:2340,157,0:. 1|1:3,94:97:99:1|1:558205_T_A:4114,160,0:. 1|1:0,35:35:99:1|1:558204_T_A:1665,111,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:58,40:98:99:0|1:558243_T_A:1622,0,2432:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,8:123:22:0|1:558204_TTG_T:0,22,4995:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,95:95:99:1|1:558204_TTG_T:4545,304,0:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 1|1:0,72:72:99:1|1:558204_TTG_T:3330,223,0:. 1|1:0,80:80:99:1|1:558204_TTG_T:3645,244,0:. 1|1:0,92:92:99:1|1:558243_T_A:4301,289,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,127:127:99:1|1:558204_T_A:5850,391,0:. 1|1:0,57:57:99:1|1:558204_T_A:2655,178,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:0,121:121:99:1|1:558204_TTG_T:5580,373,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:39,0:39:77:.:.:0,77,1180:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:21:.:.:0,21,603:. 0|1:17,25:42:99:0|1:558207_A_AAT:1041,0,636:. 1|1:0,59:59:99:1|1:558204_TTG_T:2745,184,0:. 0|0:57,2:59:91:0|1:558204_T_A:0,91,2520:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,50:50:99:1|1:558204_T_A:2295,154,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:9,104:113:59:0|1:558204_T_A:4424,0,59:. 1|1:0,106:106:99:1|1:558204_T_A:4905,328,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,13:13:39:1|1:558243_T_A:585,39,0:. 0|0:19,0:19:2:.:.:0,2,471:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,921:. 1|1:0,48:48:99:1|1:558242_A_T:2160,144,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1464:. 1|1:2,153:155:99:1|1:558204_T_A:6723,377,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:85,86:171:99:0|1:558242_A_T:3317,0,3419:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1731:. 1|1:1,106:107:99:1|1:558211_C_G:4780,248,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1462:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1738:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:143,18:161:99:0|1:558243_T_A:355,0,6053:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,18:169:99:0|1:558211_C_G:281,0,6412:. 1|1:7,108:115:40:1|1:558204_T_A:4660,40,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:56,44:100:99:0|1:558243_T_A:1648,0,2300:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1545:. 1|0:175,20:195:99:0|1:558204_TTG_T:313,0,7289:. 1|0:124,116:240:99:0|1:558204_TTG_T:4406,0,4808:. 0|1:156,134:290:99:0|1:558243_T_A:5213,0,6199:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,177:177:99:1|1:558204_TTG_T:8190,548,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:119,52:171:99:0|1:558243_T_A:1819,0,4980:. 0|1:46,5:51:69:0|1:558243_T_A:69,0,1907:. 1|1:2,146:148:99:1|1:558204_T_A:6705,371,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:3,20:23:66:0|1:558204_T_A:831,0,66:. 0|1:164,22:186:99:0|1:558243_T_A:445,0,7001:. 0|0:15,0:15:45:0|1:558243_T_A:0,45,664:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:67,28:95:99:0|1:558243_T_A:962,0,2897:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,22:166:99:0|1:558243_T_A:475,0,6132:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,49:147:99:0|1:558204_T_A:1756,0,4051:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:7:.:.:0,7,191:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:71,3:74:91:0|1:558242_A_T:0,91,3105:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,62:73:99:0|1:558204_TTG_T:2651,0,311:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,260:263:99:1|1:558230_A_T:11835,675,0:. 1|1:2,45:47:57:1|1:558204_TTG_T:2025,57,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,89:89:99:1|1:558204_T_A:4050,271,0:. 0|1:26,122:148:99:0|1:558211_C_G:5035,0,721:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:50,0:50:73:.:.:0,73,1430:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,101:101:99:1|1:558243_T_A:4579,307,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1710:. 1|1:0,81:81:99:1|1:558204_T_A:3735,250,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1313:. 1|1:0,30:30:96:1|1:558204_T_A:1440,96,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,148:148:99:1|1:558243_T_A:6904,464,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1119:. 1|1:0,61:61:99:1|1:558204_TTG_T:2925,196,0:. 0|0:40,0:40:75:.:.:0,75,1185:. 0|1:34,4:38:66:0|1:558243_T_A:66,0,1386:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,403:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:62,96:158:99:0|1:558243_T_A:4066,0,2338:. 1|0:105,53:158:99:0|1:558243_T_A:2029,0,4275:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,473:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:132,32:164:99:0|1:558243_T_A:916,0,5421:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,102:102:99:1|1:558243_T_A:4680,313,0:. 0|1:110,19:129:99:0|1:558243_T_A:497,0,4688:. 0|1:9,98:107:77:0|1:558243_T_A:4172,0,77:. 1|1:0,101:101:99:1|1:558243_T_A:4770,319,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:145,194:339:99:0|1:558243_T_A:7914,0,5539:. 1|1:0,54:54:99:1|1:558204_TTG_T:2430,163,0:. 1|1:0,208:208:99:1|1:558204_TTG_T:9540,638,0:. 1|1:0,411:411:99:1|1:558243_T_A:19175,1285,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,163:163:99:1|1:558243_T_A:7470,500,0:. 1|1:0,30:30:93:1|1:558204_TTG_T:1395,93,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,674:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,100:100:99:1|1:558204_T_A:4680,313,0:. Pf3D7_01_v3 558256 . A G 6.55993e+06 PASS FS=0;MQ=60.29;QD=33.65;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=I93T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aTt/aCt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0114500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114500.1;SOR=0.663;VQSLOD=7.41;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.987;GC=9.52;GQ_MEAN=142.51;GQ_STDDEV=164.87;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7071;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.904;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8459037;AF=0.296;AS_InbreedingCoeff=0.6291;MLEAC=1541;MLEAF=0.296;AN=854;AC=223 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1344:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1710:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1394:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1338:. 1|0:14,34:48:99:0|1:558204_T_A:1421,0,566:. 0|1:18,12:30:99:0|1:558204_T_A:492,0,717:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1686:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,1031:. 0|1:20,15:35:99:0|1:558204_T_A:606,0,876:. 1|1:0,29:29:87:1|1:558204_TTG_T:1305,87,0:. 0|0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1195:. 1|1:0,20:20:69:1|1:558243_T_A:1035,69,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1434:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1722:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,46:46:99:1|1:558243_T_A:2205,147,0:. 1|0:5,62:67:23:0|1:558204_T_A:2588,0,23:. 1|1:0,14:14:3:1|1:558204_TTG_T:622,3,0:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,231:. 1|1:0,62:62:99:1|1:558204_T_A:2864,193,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1286:. 1|0:42,43:85:99:0|1:558256_A_G:1567,0,1538:. 1|1:0,92:92:99:1|1:558245_C_A:4279,289,0:. 0|1:40,13:53:99:0|1:558205_T_A:458,0,1763:. 1|0:173,81:254:99:0|1:558205_T_A:2942,0,7224:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1324:. 0|1:96,38:134:99:0|1:558256_A_G:1379,0,4079:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:77:.:.:0,77,1056:. 1|0:25,33:58:99:0|1:558211_C_G:1352,0,947:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1140:. 0|0:77,4:81:70:0|1:558217_AAAGAAC_A:0,70,3375:. 0|1:30,55:85:99:0|1:558211_C_G:2261,0,1091:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,1165:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1620:. 1|0:33,53:86:99:0|1:558243_T_A:2168,0,1223:. 1|0:40,12:52:99:0|1:558245_C_A:425,0,1640:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1446:. 0|1:54,13:67:99:0|1:558204_TTG_T:422,0,2267:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,19:24:99:0|1:558217_AAAGAAC_A:825,0,150:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1289:. 1|0:156,35:191:99:0|1:558243_T_A:1036,0,6510:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,69:71:99:1|1:558243_T_A:3015,124,0:. 1|0:15,52:67:99:0|1:558216_G_C:2211,0,509:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1249:. 0|1:22,48:70:99:0|1:558256_A_G:1982,0,742:. 0|1:53,62:115:99:0|1:558211_C_G:2483,0,2064:. 1|0:19,31:50:99:0|1:558204_TTG_T:1241,0,746:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:62:.:.:0,62,817:. 1|0:62,26:88:99:.:.:659,0,1614:. 0|1:78,10:88:99:0|1:558243_T_A:185,0,3245:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:42,0:42:96:.:.:0,96,1226:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1195:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,37:65:99:0|1:558245_C_A:1463,0,1148:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,61:61:99:1|1:558243_T_A:2632,183,0:. 0|1:97,24:121:99:0|1:558256_A_G:715,0,4039:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1132:. 0|1:22,29:51:99:0|1:558243_T_A:1151,0,836:. 1|0:9,23:32:99:0|1:558256_A_G:892,0,309:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1058:. 1|1:0,25:25:78:1|1:558256_A_G:1128,78,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:91:.:.:0,91,1387:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,129:129:99:1|1:558204_T_A:5895,394,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1646:. 1|0:105,14:119:99:0|1:558211_C_G:263,0,4493:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:69,12:81:99:0|1:558243_T_A:332,0,2934:. 1|0:25,16:41:99:0|1:558245_C_A:597,0,1002:. 0|0:81,0:81:95:.:.:0,95,2149:. 1|0:97,24:121:99:0|1:558243_T_A:713,0,4043:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:60,13:73:99:0|1:558256_A_G:331,0,2361:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:52,46:98:99:0|1:558243_T_A:1814,0,2084:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1225:. 1|0:50,97:147:99:0|1:558204_T_A:4087,0,1837:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:186,14:200:16:0|1:558204_T_A:16,0,7936:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,160:161:99:1|1:558243_T_A:7335,452,0:. 0|1:100,16:116:99:0|1:558245_C_A:351,0,3891:. 1|0:94,64:158:99:0|1:558243_T_A:2518,0,3829:. 0|1:86,14:100:99:0|1:558242_A_T:314,0,3759:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1196:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:84,34:118:99:0|1:558245_C_A:1157,0,3664:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:69,33:102:99:0|1:558243_T_A:1163,0,2982:. 1|1:4,102:106:99:1|1:558245_C_A:4500,145,0:. 1|0:55,15:70:99:0|1:558204_TTG_T:464,0,2264:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,97:100:99:1|1:558211_C_G:4275,169,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1620:. 1|0:71,25:96:99:0|1:558204_T_A:833,0,2948:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:77,25:102:99:.:.:390,0,2873:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:72,5:77:19:0|1:558243_T_A:0,19,3195:. 1|1:0,37:37:99:1|1:558216_G_C:1755,117,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:15,11:26:99:0|1:558204_T_A:414,0,639:. 1|1:1,83:84:99:1|1:558204_T_A:3735,211,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1130:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,90:90:99:1|1:558204_T_A:4095,235,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:4,80:84:30:0|1:558204_TTG_T:3473,0,30:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:68,35:103:99:0|1:558245_C_A:1301,0,2831:. 1|1:0,77:77:99:1|1:558245_C_A:3645,244,0:. 0|1:26,118:144:99:0|1:558204_TTG_T:5003,0,728:. 1|0:30,89:119:99:0|1:558245_C_A:3689,0,989:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1506:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:93,30:123:99:0|1:558223_C_T:974,0,3899:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,55:91:99:0|1:558211_C_G:2192,0,1472:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,55:78:99:0|1:558243_T_A:2240,0,800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1339:. 0|1:69,32:101:99:0|1:558207_A_AAT:1175,0,2840:. 0|1:32,87:119:99:.:.:3565,0,639:. 1|0:52,116:168:99:0|1:558211_C_G:4879,0,1850:. 1|0:57,18:75:99:0|1:558245_C_A:581,0,2365:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1488:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,89:133:99:0|1:558205_T_A:3725,0,1655:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1400:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:130,66:196:99:0|1:558204_T_A:2401,0,5551:. 0|1:9,63:72:99:0|1:558204_TTG_T:2660,0,185:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,62:102:99:0|1:558211_C_G:2609,0,1484:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1383:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1582:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,5:104:52:.:.:0,52,4078:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:51,28:79:99:0|1:558256_A_G:1022,0,2057:. 0|1:14,72:86:99:0|1:558256_A_G:2877,0,365:. 0|0:44,1:45:93:0|1:558256_A_G:0,93,1980:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1123:. 0|1:22,21:43:99:0|1:558243_T_A:855,0,900:. 0|1:56,30:86:99:0|1:558223_C_T:1133,0,2258:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:7,44:51:99:0|1:558242_A_T:1873,0,197:. 1|1:0,146:146:99:1|1:558256_A_G:6705,449,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1192:. 0|0:41,0:41:40:.:.:0,40,1040:. 0|0:123,6:129:99:0|1:558204_TTG_T:0,127,5400:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1655:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:39,1:40:75:0|1:558204_TTG_T:0,75,1630:. 1|0:112,33:145:99:0|1:558223_C_T:1084,0,4684:. 1|0:25,11:36:99:0|1:558204_TTG_T:387,0,1017:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1144:. 0|1:38,15:53:99:.:.:425,0,1069:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1227:. 0|0:48,0:48:52:.:.:0,52,1280:. 1|0:57,34:91:99:0|1:558256_A_G:1256,0,2241:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1674:. 1|1:0,94:94:99:1|1:558204_T_A:4275,286,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1083:. 0|1:72,10:82:99:0|1:558211_C_G:194,0,3113:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:84:.:.:0,84,1381:. 1|1:1,46:47:54:1|1:558216_G_C:1980,54,0:. 0|1:109,9:118:44:0|1:558243_T_A:44,0,4634:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1715:. 0|1:2,2:4:78:0|1:558204_TTG_T:78,0,133:. 0|1:29,82:111:99:0|1:558245_C_A:3482,0,949:. 1|1:0,96:96:99:1|1:558211_C_G:4365,292,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1353:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,667:. 1|0:72,60:132:99:0|1:558204_T_A:2384,0,2879:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:18,0:18:25:.:.:0,25,482:. 1|1:1,31:32:51:1|1:558243_T_A:1350,51,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:15,55:70:99:0|1:558256_A_G:2292,0,461:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1255:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:11,6:17:99:0|1:558243_T_A:219,0,444:. 0|1:22,19:41:99:0|1:558243_T_A:732,0,867:. 0|0:36,0:36:82:.:.:0,82,1021:. 1|1:0,90:90:99:1|1:558243_T_A:4230,283,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,577:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,50:50:99:1|1:558204_T_A:2295,154,0:. 1|1:0,106:106:99:.:.:4786,322,0:. 1|1:0,40:40:99:1|1:558204_T_A:1845,123,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:68,45:113:99:0|1:558243_T_A:1718,0,2843:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,8:136:55:0|1:558204_TTG_T:0,55,5490:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,102:102:99:1|1:558204_TTG_T:4680,313,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,392:. 1|1:0,79:79:99:1|1:558204_TTG_T:3600,241,0:. 1|1:0,81:81:99:1|1:558204_TTG_T:3735,250,0:. 1|1:0,103:103:99:1|1:558243_T_A:4680,313,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,140:140:99:1|1:558204_T_A:6480,433,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:558204_T_A:2790,187,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:0,129:129:99:1|1:558204_TTG_T:5850,391,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:37,0:37:82:.:.:0,82,1262:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:32:.:.:0,32,711:. 0|1:20,26:46:99:0|1:558207_A_AAT:1074,0,759:. 1|1:0,66:66:99:1|1:558204_TTG_T:3150,211,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,56:56:99:1|1:558204_T_A:2565,172,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:10,116:126:68:0|1:558204_T_A:4883,0,68:. 1|1:0,119:119:99:1|1:558204_T_A:5490,367,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,13:13:39:1|1:558243_T_A:585,39,0:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:53,0:53:61:.:.:0,61,1434:. 1|1:0,57:57:99:1|1:558242_A_T:2702,184,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1464:. 1|1:2,176:178:99:1|1:558256_A_G:8055,461,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:93,92:185:99:0|1:558242_A_T:3580,0,3477:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1511:. 1|1:1,113:115:99:.:.:5131,272,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1462:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1738:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:152,19:171:99:0|1:558243_T_A:373,0,6172:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,32:183:99:0|1:558256_A_G:786,0,6095:. 1|1:8,124:132:43:1|1:558204_T_A:5310,43,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:54,54:108:99:0|1:558256_A_G:2034,0,2038:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,215:220:99:1|1:558256_A_G:9133,382,0:. 1|1:6,247:253:99:1|1:558256_A_G:10812,488,0:. 0|1:166,146:312:99:0|1:558243_T_A:5438,0,6419:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,196:196:99:1|1:558204_TTG_T:9180,614,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:129,56:185:99:0|1:558243_T_A:1920,0,5175:. 0|1:49,6:55:67:0|1:558243_T_A:67,0,1974:. 1|1:3,163:166:99:1|1:558204_T_A:7335,374,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:3,23:26:57:0|1:558204_T_A:957,0,57:. 0|1:177,26:203:99:0|1:558243_T_A:513,0,7105:. 0|0:36,0:36:19:.:.:0,19,963:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,34:111:99:0|1:558243_T_A:1232,0,3212:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,114:114:99:1|1:558256_A_G:4984,351,0:. 0|1:164,21:185:99:0|1:558243_T_A:388,0,6511:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,51:156:99:0|1:558204_T_A:1976,0,4411:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,209:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:71,6:77:0:0|1:558256_A_G:0,0,2966:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:7,94:101:4:.:.:2465,4,0:. 0|1:12,74:86:99:0|1:558204_TTG_T:3155,0,275:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,281:284:99:1|1:558230_A_T:12690,732,0:. 1|1:3,51:54:28:1|1:558204_TTG_T:2160,28,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,91:91:99:1|1:558204_T_A:4140,277,0:. 0|1:25,137:162:99:.:.:5705,0,410:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,109:109:99:1|1:558243_T_A:4950,331,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1710:. 1|1:0,87:87:99:1|1:558204_T_A:4005,268,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1360:. 1|1:0,34:34:99:1|1:558204_T_A:1530,102,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,161:161:99:1|1:558243_T_A:7380,494,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1345:. 1|1:0,70:70:99:1|1:558204_TTG_T:3285,220,0:. 0|0:49,0:49:84:.:.:0,84,1468:. 0|1:35,5:40:90:0|1:558243_T_A:90,0,1635:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:62,104:166:99:0|1:558243_T_A:4303,0,2323:. 1|0:107,59:166:99:0|1:558243_T_A:2281,0,4306:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,581:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:140,31:171:99:0|1:558243_T_A:868,0,6092:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,116:116:99:1|1:558243_T_A:5445,364,0:. 0|1:120,22:142:99:0|1:558243_T_A:589,0,5179:. 0|1:9,107:116:53:0|1:558243_T_A:4508,0,53:. 1|1:0,116:116:99:1|1:558243_T_A:5220,349,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:159,204:363:99:0|1:558243_T_A:8495,0,6191:. 1|1:0,56:56:99:1|1:558204_TTG_T:2610,175,0:. 1|1:0,227:227:99:1|1:558204_TTG_T:10620,710,0:. 1|1:0,460:460:99:1|1:558243_T_A:21375,1430,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,185:185:99:1|1:558243_T_A:8640,578,0:. 1|1:0,31:31:93:1|1:558204_TTG_T:1395,93,0:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,675:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,112:112:99:1|1:558204_T_A:5040,337,0:. Pf3D7_01_v3 558278 . A G 6.71774e+06 PASS FS=0;MQ=60.1;QD=32.35;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S86P;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tct/Cct;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0114500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114500.1;SOR=0.739;VQSLOD=7.56;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.994;GC=19.05;GQ_MEAN=157.42;GQ_STDDEV=183.2;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7741;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.381;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8728347;AF=0.28;AS_InbreedingCoeff=0.6291;MLEAC=1467;MLEAF=0.282;AN=852;AC=211 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1344:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1710:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1394:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1338:. 1|0:18,31:49:99:0|1:558204_T_A:1165,0,689:. 0|1:16,15:31:99:0|1:558204_T_A:559,0,663:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1686:. 0|0:37,0:37:24:.:.:0,24,1002:. 0|1:20,10:30:99:0|1:558204_T_A:402,0,769:. 1|1:0,26:26:81:1|1:558204_TTG_T:1132,81,0:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,18:18:54:1|1:558243_T_A:781,54,0:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,106,1434:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1722:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1317:. 1|1:0,35:35:99:1|1:558243_T_A:1612,111,0:. 1|0:8,74:82:99:0|1:558204_T_A:2982,0,113:. 1|0:2,11:13:63:0|1:558204_TTG_T:473,0,63:. 0|0:9,0:9:9:.:.:0,9,218:. 1|1:0,48:48:99:1|1:558204_T_A:2112,147,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,49:95:99:0|1:558256_A_G:1700,0,1610:. 1|1:0,83:83:99:1|1:558245_C_A:3617,259,0:. 0|1:33,15:48:99:0|1:558205_T_A:539,0,1355:. 1|0:192,76:268:99:0|1:558205_T_A:2616,0,7817:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1324:. 0|1:97,31:128:99:0|1:558256_A_G:969,0,3895:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:22,37:59:99:0|1:558211_C_G:1446,0,809:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1140:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,966:. 0|1:34,62:96:99:0|1:558211_C_G:2427,0,1181:. 0|0:40,0:40:89:.:.:0,89,1201:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1620:. 1|0:33,58:91:99:0|1:558243_T_A:2323,0,1164:. 1|0:38,16:54:99:0|1:558245_C_A:536,0,1521:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1446:. 0|1:58,17:75:99:0|1:558204_TTG_T:521,0,2370:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:5,19:24:99:0|1:558217_AAAGAAC_A:763,0,137:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1289:. 1|0:169,35:204:99:0|1:558243_T_A:958,0,6900:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,69:72:82:1|1:558243_T_A:2861,82,0:. 1|0:20,58:78:99:0|1:558216_G_C:2319,0,652:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1249:. 0|1:26,56:82:99:0|1:558256_A_G:2147,0,832:. 0|1:60,73:133:99:0|1:558211_C_G:2629,0,2150:. 1|0:26,33:59:99:0|1:558204_TTG_T:1273,0,950:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,887:. 1|0:81,13:94:99:0|1:558271_A_G:299,0,3352:. 0|1:90,10:100:99:0|1:558271_A_G:149,0,3820:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1195:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1104:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,42:70:99:0|1:558245_C_A:1642,0,1086:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1138:. 0|1:118,24:142:99:0|1:558256_A_G:653,0,4824:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1132:. 0|1:23,32:55:99:0|1:558243_T_A:1239,0,856:. 1|0:10,26:36:99:0|1:558256_A_G:992,0,318:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1058:. 1|1:0,26:26:78:1|1:558256_A_G:1096,78,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1083:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,164:164:99:1|1:558204_T_A:7128,494,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1646:. 1|0:112,14:126:99:0|1:558211_C_G:235,0,4600:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,17:88:99:0|1:558243_T_A:441,0,2926:. 1|0:26,20:46:99:0|1:558245_C_A:749,0,1108:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:108,24:132:99:0|1:558243_T_A:657,0,4384:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:63,16:79:99:0|1:558256_A_G:396,0,2472:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 1|0:55,48:103:99:0|1:558243_T_A:1817,0,2134:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1225:. 1|0:58,102:160:99:0|1:558204_T_A:4079,0,2125:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,13:219:77:0|1:558204_T_A:0,77,8572:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:2,180:182:99:1|1:558243_T_A:7844,464,0:. 0|1:114,11:125:66:0|1:558271_A_G:66,0,4805:. 1|0:101,68:169:99:0|1:558243_T_A:2417,0,3954:. 0|1:94,16:110:99:0|1:558242_A_T:363,0,3968:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1196:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,33:130:99:0|1:558245_C_A:1086,0,3827:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:73,34:107:99:0|1:558243_T_A:1222,0,3086:. 1|1:6,116:122:99:1|1:558245_C_A:4815,100,0:. 1|0:57,19:76:99:0|1:558204_TTG_T:600,0,2329:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:4,107:111:99:1|1:558211_C_G:4545,157,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1620:. 1|0:81,22:103:99:0|1:558204_T_A:747,0,3273:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,2132:. 1|1:0,48:48:99:1|1:558216_G_C:2080,144,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:23,11:34:99:0|1:558204_T_A:390,0,934:. 1|1:1,89:90:99:1|1:558204_T_A:3913,229,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1130:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:1,98:99:99:1|1:558204_T_A:4264,253,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,94:98:6:1|1:558204_TTG_T:3847,6,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,40:113:99:0|1:558245_C_A:1478,0,2924:. 1|1:1,87:88:99:1|1:558245_C_A:3754,220,0:. 0|1:28,122:150:99:0|1:558204_TTG_T:4940,0,833:. 1|0:41,95:136:99:0|1:558245_C_A:3747,0,1271:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1506:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:116,38:154:99:0|1:558223_C_T:1206,0,4665:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,53:89:99:0|1:558211_C_G:2167,0,1330:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,55:80:99:0|1:558243_T_A:2236,0,889:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1339:. 0|1:78,26:104:99:0|1:558207_A_AAT:854,0,3094:. 0|1:37,88:125:99:.:.:3361,0,1180:. 1|0:55,132:187:99:0|1:558211_C_G:5243,0,1800:. 1|0:56,18:74:99:0|1:558245_C_A:613,0,2281:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1488:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:49,97:146:99:0|1:558205_T_A:3897,0,1714:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1400:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:150,79:229:99:0|1:558204_T_A:2774,0,5928:. 0|1:10,65:75:99:0|1:558204_TTG_T:2641,0,204:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,65:108:99:0|1:558211_C_G:2622,0,1595:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1383:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:45:.:.:0,45,3119:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 1|0:58,33:91:99:0|1:558256_A_G:1152,0,2294:. 0|1:15,77:92:99:0|1:558256_A_G:2978,0,381:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1123:. 0|1:24,26:50:99:0|1:558243_T_A:981,0,881:. 0|1:67,29:96:99:0|1:558223_C_T:988,0,2699:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:8,57:65:99:0|1:558242_A_T:2122,0,149:. 1|1:0,162:162:99:1|1:558256_A_G:7108,488,0:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1192:. 0|0:45,0:45:28:.:.:0,28,1175:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1655:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:45,0:45:3:.:.:0,3,1118:. 1|0:116,31:147:99:0|1:558223_C_T:931,0,4712:. 1|0:26,13:39:99:0|1:558204_TTG_T:430,0,1037:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1144:. 0|1:44,8:52:99:.:.:189,0,1723:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1227:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1288:. 1|0:63,43:106:99:0|1:558256_A_G:1504,0,2382:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1512:. 1|1:0,107:107:99:1|1:558204_T_A:4698,322,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1083:. 0|1:74,13:87:99:0|1:558211_C_G:300,0,3104:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1127:. 1|1:2,55:57:82:1|1:558216_G_C:2310,82,0:. 0|0:130,7:137:99:0|1:558243_T_A:0,106,5410:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1715:. 0|1:3,2:5:75:0|1:558204_TTG_T:75,0,191:. 0|1:38,82:120:99:0|1:558245_C_A:3413,0,1301:. 1|1:0,100:100:99:1|1:558211_C_G:4392,304,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1353:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|0:74,65:139:99:0|1:558204_T_A:2522,0,2948:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:31,0:31:44:.:.:0,44,815:. 1|1:1,38:39:72:1|1:558243_T_A:1665,72,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:20,59:79:99:0|1:558256_A_G:2376,0,646:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1255:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:19,7:26:99:0|1:558243_T_A:237,0,748:. 0|1:22,21:43:99:0|1:558243_T_A:776,0,888:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1177:. 1|1:3,95:98:99:1|1:558243_T_A:4015,174,0:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,56:56:99:1|1:558204_T_A:2543,172,0:. 1|1:4,114:118:99:1|1:558271_A_G:4909,181,0:. 1|1:0,43:43:99:1|1:558204_T_A:1909,129,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:77,53:130:99:0|1:558243_T_A:1914,0,3141:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,112:112:99:1|1:558204_TTG_T:5047,343,0:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,409:. 1|1:0,88:88:99:1|1:558204_TTG_T:3942,268,0:. 1|1:0,88:88:99:1|1:558204_TTG_T:3908,265,0:. 1|1:0,119:119:99:1|1:558243_T_A:5295,361,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,158:158:99:1|1:558204_T_A:7059,481,0:. 1|1:0,64:64:99:1|1:558204_T_A:2879,196,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,119,1800:. 1|1:0,145:145:99:1|1:558204_TTG_T:6439,439,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,728:. 0|1:21,23:44:99:0|1:558207_A_AAT:878,0,813:. 1|1:0,78:78:99:1|1:558204_TTG_T:3444,235,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,59:59:99:1|1:558204_T_A:2676,181,0:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:10,128:138:32:0|1:558204_T_A:5316,0,32:. 1|1:0,138:138:99:1|1:558204_T_A:6153,418,0:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,15:15:45:1|1:558243_T_A:664,45,0:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1320:. 1|1:1,70:71:99:1|1:558242_A_T:2984,181,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1464:. 1|1:3,192:195:99:1|1:558256_A_G:8384,478,0:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:98,85:183:99:.:.:2224,0,3665:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1511:. 1|1:1,121:122:99:1|1:558211_C_G:5265,293,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1462:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1738:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,34:201:99:0|1:558256_A_G:791,0,6515:. 1|1:7,131:138:99:1|1:558204_T_A:5667,115,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:61,65:126:99:0|1:558256_A_G:2362,0,2126:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:5,231:236:99:1|1:558256_A_G:9636,433,0:. 1|1:9,279:288:99:1|1:558256_A_G:11705,476,0:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,215:215:99:1|1:558204_TTG_T:9483,650,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:3,168:171:99:1|1:558204_T_A:7423,349,0:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:3,25:28:52:0|1:558204_T_A:946,0,52:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:35,0:35:80:.:.:0,80,1060:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:86,42:128:99:0|1:558243_T_A:1487,0,3515:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,133:133:99:1|1:558256_A_G:5370,400,0:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,62:173:99:0|1:558204_T_A:2237,0,4589:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:123,10:133:71:.:.:0,71,3773:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:79,3:82:99:0|1:558256_A_G:0,127,3398:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1548:. 0|1:10,87:97:99:0|1:558204_TTG_T:3599,0,148:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,317:321:99:1|1:558230_A_T:13859,792,0:. 1|1:2,57:59:88:1|1:558204_TTG_T:2429,88,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,110:110:99:1|1:558204_T_A:4699,329,0:. 0|1:29,151:180:99:0|1:558271_A_G:6119,0,760:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,123:123:99:1|1:558243_T_A:5461,376,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1710:. 1|1:0,100:100:99:1|1:558204_T_A:4406,301,0:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,37:37:99:1|1:558204_T_A:1641,114,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,197:197:99:1|1:558243_T_A:8713,596,0:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1345:. 1|1:0,81:81:99:1|1:558204_TTG_T:3565,250,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1678:. 0|1:42,5:47:84:0|1:558243_T_A:84,0,1739:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:75,116:191:99:0|1:558243_T_A:4580,0,2810:. 1|0:123,70:193:99:0|1:558243_T_A:2512,0,4915:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:154,32:186:99:0|1:558243_T_A:831,0,6365:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,134:134:99:1|1:558243_T_A:5925,403,0:. 0|1:136,27:163:99:0|1:558243_T_A:730,0,5545:. 0|1:13,123:136:99:0|1:558243_T_A:5049,0,155:. 1|1:0,122:122:99:1|1:558243_T_A:5420,370,0:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:172,237:409:99:0|1:558243_T_A:9245,0,6441:. 1|1:0,58:58:99:1|1:558204_TTG_T:2704,184,0:. 1|1:0,250:250:99:1|1:558204_TTG_T:11194,759,0:. 1|1:0,501:501:99:1|1:558243_T_A:22340,1523,0:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 1|1:0,202:202:99:1|1:558243_T_A:8953,608,0:. 1|1:0,26:26:78:1|1:558204_TTG_T:1170,78,0:. 0|0:18,0:18:33:.:.:0,33,495:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,113:113:99:1|1:558204_T_A:5127,346,0:. Pf3D7_01_v3 558311 . T C 768761 PASS FS=0.585;MQ=60.69;QD=22.16;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R75G;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aga/Gga;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0114500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114500.1;SOR=0.597;VQSLOD=3.94;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=117.15;GQ_STDDEV=46.1;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.0095;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.81;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=7775148;AF=0.049;AS_InbreedingCoeff=0.8447;MLEAC=252;MLEAF=0.048;AN=854;AC=40 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1333:. 0|1:29,11:40:99:.:.:208,0,798:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1344:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1710:. 0|0:35,0:35:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1394:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1338:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1360:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1241:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1423:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1686:. 0|0:27,0:27:56:.:.:0,56,808:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:26,0:26:64:.:.:0,64,687:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,122:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,686:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1349:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1722:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1317:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,366:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,153:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1265:. 0|1:48,33:81:99:.:.:682,0,1759:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1324:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1301:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1140:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,966:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1373:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:71,7:78:45:.:.:0,45,2457:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,118,1609:. 1|1:0,26:26:78:.:.:721,78,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1446:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1289:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1164:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1249:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1615:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:35,0:35:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1195:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1104:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1138:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1132:. 1|0:33,23:56:99:.:.:457,0,817:. 0|1:29,5:34:25:0|1:558311_T_C:25,0,1047:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1058:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,679:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1083:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1646:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1402:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,420:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1225:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1196:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,35:120:99:.:.:558,0,2360:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:41,56:97:99:.:.:1232,0,980:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1403:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1130:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1506:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1339:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1488:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1400:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1383:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1123:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1262:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1192:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1655:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:106,33:139:99:.:.:496,0,3046:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1144:. 1|0:36,17:53:99:.:.:284,0,1062:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1227:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1512:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1127:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1715:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,871:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1255:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1374:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,105:105:99:.:.:3502,315,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,43:117:99:.:.:1072,0,2258:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,67:84:99:.:.:2029,0,351:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:34,0:34:82:.:.:0,82,1157:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2793,244,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:3036,268,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:333,0:333:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,643:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1320:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,170:170:99:.:.:5571,509,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1464:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1511:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1462:. 0|1:22,195:217:9:.:.:5718,0,9:. 0|1:22,145:167:99:0|1:558311_T_C:4124,0,501:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1738:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1096:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:32,0:32:62:.:.:0,62,1004:. 0|1:148,23:171:99:.:.:215,0,4500:. 1|1:1,184:185:99:.:.:5865,544,0:. 0|1:82,39:121:99:.:.:902,0,2899:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:56,19:75:99:.:.:373,0,1655:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:56,68:124:99:.:.:1794,0,1572:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,363:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:4,186:190:99:.:.:5686,427,0:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:48,25:73:99:.:.:602,0,1397:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1548:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,75:171:99:.:.:1913,0,2870:. 1|1:21,378:399:99:.:.:11679,495,0:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1678:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1462:. 1|1:0,17:17:51:.:.:562,51,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,15:15:45:.:.:478,45,0:. 1|1:1,128:129:99:.:.:4281,350,0:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:54:.:.:0,54,810:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 558322 . A T 684971 PASS FS=0;MQ=61.16;QD=23.5;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=V71D;SNPEFF_CODON_CHANGE=gTt/gAt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0114500;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114500.1;SOR=0.738;VQSLOD=5.46;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=2.51;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.998;GC=19.05;GQ_MEAN=140.95;GQ_STDDEV=115.33;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7638;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.084;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=7587124;AF=0.027;AS_InbreedingCoeff=-0.0726;MLEAC=140;MLEAF=0.027;AN=854;AC=38 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1530:. 0|1:5,36:41:77:0|1:558322_A_T:1023,0,77:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1710:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1394:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1338:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1360:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1282:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1423:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1686:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,732:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,122:. 0|0:34,0:34:91:.:.:0,91,1016:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|0:35,11:46:99:.:.:217,0,943:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,103,1722:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1317:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,875:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,405:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,153:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1265:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,110,1324:. 1|0:84,11:95:47:0|1:558322_A_T:47,0,2548:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1301:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1140:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,966:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1373:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1620:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,3:57:81:.:.:0,81,1904:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1446:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:41:.:.:0,41,488:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1289:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1164:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1238:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1249:. 1|0:51,25:76:99:0|1:558322_A_T:515,0,1996:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1615:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:92:.:.:0,92,1034:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1195:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1104:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1138:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:1,45:46:99:.:.:1265,107,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1058:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1593,156,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1083:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1646:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,979:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1402:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,365:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1225:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:63,38:101:99:.:.:861,0,1623:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1196:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,112:113:99:.:.:3260,309,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:92,6:98:99:.:.:0,126,3326:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1620:. 0|0:85,5:90:99:.:.:0,112,2606:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1403:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:33,11:44:99:.:.:216,0,1016:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1130:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,91:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2096,210,0:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1506:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,17:63:99:.:.:294,0,1164:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,114,1339:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1488:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1400:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,177:177:99:.:.:5259,532,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1383:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1135:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:74,14:88:99:.:.:158,0,2378:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1123:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1262:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1192:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:141,23:164:99:.:.:179,0,3794:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1655:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1300:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1279:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:46,4:50:45:.:.:0,45,1605:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1227:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1512:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,692:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1127:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1715:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,228:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1255:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,954:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,477:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1374:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,76:76:99:.:.:2724,228,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,81:85:94:.:.:2745,94,0:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,406:407:99:.:.:14204,1185,0:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,708:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,395:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1320:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1464:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1511:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1462:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:150,23:173:99:1|0:558311_T_C:221,0,5996:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,104,1738:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:12,27:39:99:.:.:819,0,315:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:38,32:70:99:.:.:896,0,915:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,116:119:99:.:.:3917,248,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1096:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:13,17:30:99:.:.:489,0,323:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,103,1800:. 0|1:101,18:119:99:.:.:207,0,3931:. 1|0:66,84:150:99:.:.:2448,0,1364:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:138,16:154:99:.:.:115,0,4776:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,419:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,172:179:99:.:.:5693,261,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1446:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1548:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:234,0:234:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:283,0:283:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,35:137:99:.:.:808,0,3072:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1575:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1678:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1462:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,525:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,373:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,130:285:99:.:.:3607,0,4434:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:331,0:331:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:478,0:478:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 559046 . A C 101664 PASS FS=0;MQ=42.49;QD=26.9;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.723;VQSLOD=5.09;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0;ExcessHet=29.6072;FractionInformativeReads=0.992;GC=9.52;GQ_MEAN=13.91;GQ_STDDEV=35.93;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.2337;MQRankSum=0;NCC=3;ReadPosRankSum=-0.535;culprit=FS;set=snp;DP=2829667;AF=0.034;AS_InbreedingCoeff=-0.2547;MLEAC=161;MLEAF=0.036;AN=742;AC=33 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,1036:. 0|0:60,0:60:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:42:.:.:0,42,630:. 0|0:54,0:54:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,630:. 0|0:37,0:37:45:.:.:0,45,675:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:32,0:32:42:.:.:0,42,630:. 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,900:. 0|0:28,0:28:18:.:.:0,18,757:. 0|0:29,0:29:7:.:.:0,7,724:. 0|0:40,0:40:92:.:.:0,92,1242:. 0|0:45,0:45:6:.:.:0,6,1121:. 0|0:17,0:17:12:.:.:0,12,180:. 0|0:20,0:20:27:.:.:0,27,405:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,182:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,128:. 0|0:27,0:27:21:.:.:0,21,747:. 0|0:9,0:9:9:.:.:0,9,135:. 1|1:0,26:26:77:.:.:726,77,0:. 0|0:66,0:66:60:.:.:0,60,900:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1290:. 0|0:13,0:13:7:.:.:0,7,353:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:. 0|0:33,0:33:55:.:.:0,55,900:. 0|0:32,0:32:18:.:.:0,18,270:. 0|0:9,0:9:9:.:.:0,9,135:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:50,0:50:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,705:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,412:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,1778:. 0|0:50,0:50:14:.:.:0,14,1232:. 0|0:211,0:211:0:.:.:0,0,5138:. 0|0:58,0:58:48:.:.:0,48,720:. 0|0:116,0:116:87:.:.:0,87,2839:. 0|0:72,0:72:48:.:.:0,48,720:. 0|0:28,0:28:27:.:.:0,27,405:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,277:. 0|0:30,0:30:30:.:.:0,30,450:. 0|0:49,0:49:36:.:.:0,36,540:. 0|0:57,0:57:54:.:.:0,54,810:. 0|0:75,0:75:51:.:.:0,51,1932:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,656:. 0|0:66,0:66:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:67,0:67:49:.:.:0,49,1703:. 0|0:37,0:37:63:.:.:0,63,945:. 1|1:0,12:12:35:.:.:316,35,0:. 0|1:11,3:14:46:.:.:46,0,268:. 1|0:13,4:17:70:.:.:70,0,443:. 0|0:45,0:45:30:.:.:0,30,450:. 0|0:31,0:31:21:.:.:0,21,315:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1126:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1527:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,334:. 0|0:37,0:37:60:.:.:0,60,889:. 0|0:45,0:45:30:.:.:0,30,450:. 1|1:2,31:33:8:.:.:738,8,0:. 0|0:43,0:43:55:.:.:0,55,1119:. 0|1:17,8:25:99:.:.:233,0,573:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1299:. 0|0:14,0:14:11:.:.:0,11,344:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,127:. 1|1:1,50:51:99:.:.:1502,121,0:. 1|1:0,11:11:33:.:.:291,33,0:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1220:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,452:. 0|0:32,0:32:22:.:.:0,22,782:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,452:. 0|0:39,0:39:39:.:.:0,39,585:. 0|0:38,0:38:9:.:.:0,9,883:. 0|0:18,0:18:18:.:.:0,18,270:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,1047:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,75:. 1|0:6,36:42:14:.:.:967,0,14:. 0|0:31,0:31:33:.:.:0,33,495:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,1059:. 0|0:48,0:48:37:.:.:0,37,1199:. 0|0:18,0:18:3:.:.:0,3,388:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,623:. 0|1:17,10:27:99:.:.:166,0,658:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,110:. 1|0:11,13:24:99:0|1:559019_T_A:513,0,423:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,593:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,352:. 0|0:19,0:19:16:.:.:0,16,450:. 0|0:59,0:59:33:.:.:0,33,495:. 0|0:45,0:45:36:.:.:0,36,540:. 0|0:46,0:46:98:.:.:0,98,1295:. 0|0:11,0:11:13:.:.:0,13,287:. 0|0:76,0:76:29:.:.:0,29,1816:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,410:. 0|0:41,0:41:13:.:.:0,13,994:. 0|0:42,0:42:24:.:.:0,24,1004:. 0|0:26,0:26:9:.:.:0,9,620:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,1109:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,966:. 0|0:38,0:38:51:.:.:0,51,765:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,873:. 1|0:5,42:47:87:.:.:977,0,87:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1259:. 0|0:36,5:41:9:.:.:0,9,1319:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:11:.:.:0,11,1407:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,1893:. 0|0:33,0:33:36:.:.:0,36,540:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,427:. 0|0:67,0:67:60:.:.:0,60,900:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,153:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:12,0:12:9:.:.:0,9,135:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:51,14:65:99:.:.:139,0,2056:. 0|0:108,0:108:51:.:.:0,51,765:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,628:. 0|0:129,0:129:0:.:.:0,0,2799:. 0|0:24,0:24:8:.:.:0,8,575:. 0|0:65,0:65:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,340:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,841:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,2132:. 0|0:58,0:58:45:.:.:0,45,675:. 0|0:25,0:25:43:.:.:0,43,689:. 0|0:25,0:25:11:.:.:0,11,626:. 0|0:46,0:46:42:.:.:0,42,630:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,199:. 0|0:51,0:51:18:.:.:0,18,1265:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,437:. 0|0:37,0:37:24:.:.:0,24,360:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,688:. 0|0:46,0:46:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,352:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,2252:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,611:. 0|0:44,0:44:40:.:.:0,40,1143:. 0|0:60,0:60:63:.:.:0,63,945:. 0|0:43,0:43:39:.:.:0,39,585:. 0|0:35,0:35:25:.:.:0,25,830:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,277:. 0|0:42,0:42:0:.:.:0,0,766:. 0|0:53,0:53:18:.:.:0,18,270:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1180:. 0|0:29,0:29:27:.:.:0,27,759:. 0|0:39,0:39:25:.:.:0,25,928:. 0|0:38,0:38:42:.:.:0,42,630:. 0|0:30,0:30:39:.:.:0,39,585:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,532:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,518:. 0|0:43,0:43:39:.:.:0,39,585:. 0|0:19,0:19:15:.:.:0,15,225:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,1216:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,186:. 0|0:11,0:11:2:.:.:0,2,234:. 0|0:113,0:113:0:.:.:0,0,2126:. 0|0:33,0:33:0:.:.:0,0,85:. 0|0:150,0:150:0:.:.:0,0,3535:. 0|0:49,0:49:66:.:.:0,66,990:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:63,0:63:60:.:.:0,60,900:. 0|0:33,0:33:39:.:.:0,39,585:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,899:. 0|0:61,0:61:28:.:.:0,28,1531:. 0|0:58,0:58:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1453:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:1,65:66:99:.:.:1795,163,0:. 0|0:37,0:37:33:.:.:0,33,495:. 0|0:70,0:70:48:.:.:0,48,720:. 0|0:30,0:30:41:.:.:0,41,776:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,1312:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1549:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,949:. 0|0:55,0:55:36:.:.:0,36,540:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1436:. 0|0:37,0:37:30:.:.:0,30,450:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,449:. 0|0:36,0:36:43:.:.:0,43,971:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,979:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,1777:. 0|0:46,0:46:32:.:.:0,32,1123:. 0|0:28,0:28:24:.:.:0,24,360:. 0|0:21,0:21:30:.:.:0,30,450:. 0|0:165,0:165:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:54,0:54:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:63,0:63:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:55,0:55:16:.:.:0,16,1247:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,2328:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:41:.:.:0,41,1071:. 0|0:65,0:65:63:.:.:0,63,945:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,552:. 0|0:36,0:36:18:.:.:0,18,270:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,950:. 0|0:34,0:34:48:.:.:0,48,720:. 0|0:69,0:69:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:23,11:34:99:.:.:168,0,905:. 0|0:62,0:62:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:44,0:44:19:.:.:0,19,1099:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,957:. 0|0:69,0:69:27:.:.:0,27,405:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:29,0:29:32:.:.:0,32,733:. 0|0:11,0:11:13:.:.:0,13,285:. 0|0:38,0:38:35:.:.:0,35,969:. 0|0:36,0:36:51:.:.:0,51,949:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1828:. 0|0:44,0:44:6:.:.:0,6,1100:. 0|0:53,0:53:63:.:.:0,63,945:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,2360:. 1|1:0,34:34:99:.:.:902,100,0:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,681:. 0|0:52,0:52:32:.:.:0,32,1283:. 1|1:2,25:27:16:.:.:589,16,0:. 0|0:13,1:14:13:.:.:0,13,416:. 1|1:0,21:21:63:.:.:629,63,0:. 0|0:24,0:24:15:.:.:0,15,225:. 0|0:93,0:93:42:.:.:0,42,2274:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,889:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,602:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,385:. 0|0:18,0:18:18:.:.:0,18,270:. 0|1:15,9:24:99:.:.:259,0,436:. 0|0:104,0:104:0:.:.:0,0,2151:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1263:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,364:. 0|0:28,0:28:24:.:.:0,24,360:. 0|0:92,0:92:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,316:. 0|0:60,0:60:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:27:.:.:0,27,405:. 0|0:31,0:31:66:.:.:0,66,841:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,893:. 0|0:109,0:109:0:.:.:0,0,2449:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,749:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,50:. 0|0:56,0:56:33:.:.:0,33,495:. 0|0:137,0:137:0:.:.:0,0,3214:. 0|1:9,13:22:99:.:.:421,0,329:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,2144:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2081,219,0:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,705:. 0|0:133,0:133:0:.:.:0,0,2936:. 0|0:23,0:23:8:.:.:0,8,572:. 0|0:16,0:16:12:.:.:0,12,180:. 0|0:86,0:86:48:.:.:0,48,2173:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,1772:. 0|1:5,6:11:99:.:.:108,0,118:. 0|0:82,0:82:60:.:.:0,60,900:. 0|0:18,0:18:9:.:.:0,9,135:. 0|0:10,0:10:6:.:.:0,6,90:. 1|0:8,30:38:99:.:.:639,0,179:. 0|0:45,0:45:66:.:.:0,66,990:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,1006:. 0|0:35,0:35:43:.:.:0,43,901:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1366:. 0|0:8,0:8:3:.:.:0,3,45:. 0|0:24,0:24:24:.:.:0,24,360:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,102:. 0|0:43,0:43:48:.:.:0,48,720:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,188:. 0|0:21,0:21:3:.:.:0,3,45:. 0|0:18,0:18:15:.:.:0,15,225:. 0|0:48,0:48:18:.:.:0,18,270:. 0|0:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 0|0:8,0:8:9:.:.:0,9,135:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,280:. 0|0:14,0:14:.:.:.:0,0,0:. 0|0:20,0:20:12:.:.:0,12,180:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,120:. 0|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 0|1:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 0|0:7,0:7:.:.:.:0,0,0:. 0|0:20,0:20:12:.:.:0,12,180:. 0|0:17,0:17:9:.:.:0,9,135:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,144:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,206:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,239:. 0|0:25,0:25:2:.:.:0,2,715:. 0|0:12,0:12:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:17,0:17:14:.:.:0,14,532:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 1|0:3,0:3:9:.:.:0,9,101:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,218:. 0|0:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 0|0:11,0:11:.:.:.:0,0,0:. 0|1:10,0:10:.:.:.:0,0,0:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,93:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,198:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,32:. 1|1:3,0:3:0:.:.:0,0,33:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,277:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,63:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,1269:. 0|0:149,0:149:27:.:.:0,27,405:. 0|0:83,0:83:9:.:.:0,9,135:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,1030:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,415:. 0|0:16,0:16:3:.:.:0,3,45:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:0 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,961:. 0|0:81,0:81:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,2363:. 0|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:74,0:74:24:.:.:0,24,360:. 0|0:25,0:25:.:.:.:.:0 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,1169:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,569:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,537:. 0|0:36,0:36:29:.:.:0,29,1005:. 0|0:45,0:45:36:.:.:0,36,540:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,243:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,573:. 0|0:49,0:49:4:.:.:0,4,1411:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1735:. 0|0:79,0:79:60:.:.:0,60,900:. 0|0:58,0:58:8:.:.:0,8,1645:. 0|0:64,0:64:12:.:.:0,12,1767:. 0|0:15,0:15:.:.:.:.:. 0|0:26,0:26:15:.:.:0,15,225:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:. 0|0:10,0:10:9:.:.:0,9,135:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,725:. 0|0:17,0:17:15:.:.:0,15,225:. 0|0:60,0:60:.:.:.:0,0,0:. 0|0:68,0:68:42:.:.:0,42,630:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1786:. 0|0:40,0:40:47:.:.:0,47,1189:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,880:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:0 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,114:. 0|0:91,0:91:36:.:.:0,36,540:. 0|0:57,0:57:30:.:.:0,30,450:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1518:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:62,0:62:45:.:.:0,45,675:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,750:. 0|0:22,0:22:.:.:.:.:. 0|0:52,0:52:36:.:.:0,36,540:. 0|0:62,0:62:.:.:.:.:0 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,1284:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,2318:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:0 0|0:65,0:65:24:.:.:0,24,1875:. 0|0:16,0:16:15:.:.:0,15,225:. 0|0:34,0:34:30:.:.:0,30,1012:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:0 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,597:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,2119:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:0 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:18,0:18:18:.:.:0,18,270:. 0|0:40,0:40:39:.:.:0,39,585:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,107:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:. 0|0:38,0:38:2:.:.:0,2,1129:. 0|0:5,0:5:.:.:.:.:. 0|0:23,0:23:12:.:.:0,12,180:. 0|0:54,0:54:33:.:.:0,33,495:. 0|0:13,0:13:5:.:.:0,5,395:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,180:. 0|0:7,0:7:.:.:.:.:6 0|0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,613:. 0|0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0|0:5,0:5:6:.:.:0,6,90:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:14,0:14:.:.:.:0,0,0:. 0|0:9,0:9:3:.:.:0,3,45:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,159:. 0|0:11,0:11:3:.:.:0,3,45:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:11,0:11:.:.:.:0,0,0:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,436:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,1079:. 0|0:8,0:8:.:.:.:0,0,0:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,767:. 0|0:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 0|0:46,0:46:21:.:.:0,21,315:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:12,0:12:3:.:.:0,3,45:. 0|0:15,0:15:3:.:.:0,3,45:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,466:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:10,0:10:9:.:.:0,9,135:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,299:. 0|0:19,0:19:15:.:.:0,15,225:. 0|0:24,0:24:0:.:.:0,0,410:. 0|0:9,0:9:6:.:.:0,6,90:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 0|0:22,0:22:6:.:.:0,6,90:. 0|0:15,0:15:6:.:.:0,6,90:. 0|0:25,0:25:33:.:.:0,33,495:. 0|0:17,0:17:6:.:.:0,6,90:. 0|0:30,0:30:6:.:.:0,6,90:. 0|0:32,0:32:30:.:.:0,30,450:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,223:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,197:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,575:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. Pf3D7_01_v3 559102 . C A 6.29976e+06 PASS FS=1.66;MQ=59.65;QD=34.58;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.531;VQSLOD=4.08;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0144;FractionInformativeReads=0.948;GC=4.76;GQ_MEAN=121.72;GQ_STDDEV=94.04;HRun=1;InbreedingCoeff=0.3424;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.725;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=3672719;AF=0.86;AS_InbreedingCoeff=0.8191;MLEAC=4281;MLEAF=0.875;AN=832;AC=720 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,31:31:96:.:.:1115,96,0 1|1:1,67:68:99:.:.:2131,174,0 1|0:8,33:41:83:.:.:1083,0,83 1|1:0,48:48:99:.:.:1531,144,0 1|1:0,27:27:81:.:.:857,81,0 1|1:0,38:38:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1370,114,0 1|1:0,24:24:72:.:.:760,72,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1193,114,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1231,116,0 1|1:0,27:27:84:1|1:559054_AATATATATAT_A:994,84,0 1|1:0,30:30:93:.:.:1076,93,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1063,102,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1192,111,0 1|1:0,25:25:72:.:.:806,72,0 1|1:0,18:18:54:.:.:572,54,0 1|1:0,5:5:15:.:.:162,15,0 1|1:0,6:6:18:.:.:194,18,0 1|1:0,23:23:69:1|1:559054_AATATATATAT_A:845,69,0 1|1:0,7:7:21:.:.:218,21,0 1|1:0,29:29:87:1|1:559102_C_A:1298,87,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1929,165,0 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 1|1:32,0:32:.:.:.:. 1|1:0,11:11:33:.:.:339,33,0 1|1:0,33:33:98:.:.:934,98,0 1|1:0,27:27:81:.:.:944,81,0 1|1:0,10:10:30:.:.:285,30,0 1|1:0,6:6:18:.:.:181,18,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1044,102,0 1|1:0,24:24:72:.:.:728,72,0 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,648 1|1:0,57:57:99:.:.:1715,171,0 1|1:0,31:31:92:.:.:916,92,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3946,333,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1493,131,0 1|1:8,85:93:72:.:.:2802,72,0 1|1:0,47:47:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1953,144,0 1|1:0,22:22:72:.:.:933,72,0 1|1:0,28:28:84:.:.:863,84,0 0|1:6,20:26:33:.:.:533,0,33 1|0:5,49:54:7:.:.:1819,0,7 1|1:1,55:56:99:.:.:2124,124,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1602,156,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1252,123,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2337,234,0 1|1:6,49:55:9:.:.:1903,9,0 0|1:14,20:34:99:.:.:564,0,267 1|1:0,17:17:51:1|1:559102_C_A:735,51,0 1|1:0,24:24:72:.:.:819,72,0 1|0:10,7:17:99:.:.:204,0,247 1|1:0,47:47:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1920,141,0 1|1:0,21:21:66:.:.:840,66,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1607,156,0 1|0:18,53:71:99:.:.:1408,0,318 1|1:0,30:30:90:.:.:901,90,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1465,149,0 0|1:15,37:52:99:.:.:1227,0,363 1|1:0,27:27:93:.:.:1294,93,0 1|1:0,38:38:99:.:.:1121,114,0 0|1:17,18:35:99:.:.:451,0,492 1|1:0,47:47:99:.:.:1401,141,0 1|1:0,19:19:57:.:.:570,57,0 1|1:0,18:18:54:.:.:561,54,0 1|1:0,66:66:99:1|1:559102_C_A:3013,205,0 1|1:0,17:17:51:1|1:559102_C_A:765,51,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1900,174,0 1|1:0,20:20:60:.:.:613,60,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1396,123,0 1|1:0,17:17:51:.:.:520,51,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1329,120,0 1|1:0,19:19:57:.:.:552,57,0 1|1:0,18:18:54:.:.:614,54,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1201,117,0 1|1:1,18:19:30:.:.:538,30,0 1|1:0,47:47:99:.:.:2107,150,0 1|1:0,26:26:78:.:.:772,78,0 1|1:2,42:44:77:.:.:1415,77,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1272,119,0 1|1:0,17:17:51:.:.:489,51,0 1|1:0,28:28:84:.:.:854,84,0 0|1:22,8:30:99:.:.:256,0,514 1|1:0,13:13:39:.:.:394,39,0 1|1:0,31:31:96:.:.:1188,96,0 1|0:18,9:27:99:.:.:176,0,398 1|1:0,26:26:78:.:.:758,78,0 1|1:0,30:30:90:.:.:900,90,0 1|1:0,27:27:81:.:.:843,81,0 1|1:1,37:38:99:.:.:1433,114,0 1|1:1,55:56:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:2094,144,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1373,139,0 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810 1|1:0,70:70:99:.:.:2100,208,0 1|1:0,26:26:78:.:.:762,78,0 1|1:0,34:34:99:.:.:1168,105,0 1|1:1,32:33:79:.:.:1143,79,0 1|0:11,20:31:99:.:.:538,0,285 1|1:0,49:49:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1813,147,0 1|1:0,63:63:99:.:.:2323,189,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1527,153,0 1|1:2,0:2:.:.:.:. 1|1:0,126:126:99:.:.:4034,377,0 1|1:0,26:26:78:.:.:787,78,0 1|1:0,54:54:99:.:.:2356,166,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1538,144,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1709,165,0 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,40:40:99:.:.:1268,119,0 1|1:1,69:70:99:.:.:2074,181,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1237,120,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1257,123,0 1|1:0,77:77:99:.:.:2708,237,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1088,105,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4965,424,0 1|1:2,120:122:99:.:.:3534,327,0 0|0:28,0:28:4:.:.:0,4,586 1|1:0,127:127:99:.:.:5123,394,0 1|1:0,81:81:99:.:.:3393,247,0 1|1:0,109:109:99:.:.:4203,334,0 1|1:4,33:37:1:.:.:852,1,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4146,366,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1230,111,0 1|1:0,85:85:99:.:.:2590,255,0 1|0:6,28:34:71:.:.:746,0,71 1|1:0,46:46:99:.:.:1790,139,0 1|1:0,79:79:99:.:.:3142,240,0 1|1:0,59:59:99:.:.:2331,184,0 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,1032 1|1:0,56:56:99:.:.:1687,168,0 0|1:11,56:67:85:.:.:1698,0,85 1|1:0,33:33:99:.:.:1006,99,0 1|1:5,39:44:15:.:.:1153,15,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1665,144,0 1|1:0,34:34:99:.:.:980,102,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1675,168,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2123,202,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1127,111,0 1|1:0,111:111:99:.:.:4309,342,0 1|1:2,22:24:37:.:.:661,37,0 1|0:32,26:58:99:.:.:708,0,677 1|0:27,31:58:99:.:.:863,0,537 1|1:0,62:62:99:.:.:2223,189,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1470,147,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1065,108,0 1|1:0,54:54:99:.:.:1523,161,0 1|1:0,58:58:99:.:.:2310,175,0 1|1:0,70:70:99:.:.:2555,211,0 1|1:0,25:25:75:.:.:779,75,0 1|1:0,64:64:99:.:.:1976,192,0 1|1:0,31:31:93:.:.:943,93,0 1|1:0,27:27:81:.:.:828,81,0 1|1:0,38:38:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1456,114,0 1|1:0,27:27:81:1|1:559102_C_A:838,81,0 1|1:0,57:57:99:.:.:2149,172,0 1|1:1,19:20:32:.:.:666,32,0 1|1:0,57:57:99:.:.:2028,171,0 1|1:0,25:25:75:.:.:772,75,0 1|1:0,12:12:36:.:.:365,36,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1664,168,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1220,120,0 1|1:0,83:83:99:.:.:3299,256,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1728,168,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1222,123,0 1|1:2,44:46:81:.:.:1406,81,0 0|1:5,24:29:57:.:.:639,0,57 1|1:0,57:57:99:.:.:1784,171,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2212,195,0 1|1:0,62:62:99:.:.:1908,186,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1756,171,0 1|1:0,11:11:33:1|1:559054_AATATATATAT_A:457,33,0 1|1:0,104:104:99:.:.:3681,319,0 1|1:0,69:69:99:1|1:559102_C_A:3098,211,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1681,138,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1607,120,0 1|1:0,31:31:93:.:.:951,93,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1465,141,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1997,181,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1704,141,0 1|1:0,69:69:99:.:.:2394,207,0 1|1:0,63:63:99:.:.:1914,189,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1594,150,0 1|1:0,13:13:39:.:.:409,39,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1263,129,0 1|1:3,36:39:40:.:.:999,40,0 1|1:0,92:92:99:.:.:3056,279,0 1|1:1,30:31:64:.:.:931,64,0 1|1:0,31:31:92:.:.:935,92,0 1|1:0,30:30:90:.:.:910,90,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2384,240,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2111,213,0 1|1:0,65:65:99:.:.:2069,198,0 1|1:0,61:61:99:.:.:1806,183,0 1|1:0,55:55:99:.:.:1660,165,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3226,325,0 0|1:5,36:41:20:.:.:972,0,20 1|1:0,64:64:99:1|1:559054_AATAT_A:2453,199,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1075,105,0 1|1:0,22:22:66:.:.:672,66,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1540,126,0 1|1:0,24:24:72:.:.:731,72,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2308,222,0 0|1:24,16:40:99:0|1:559102_C_A:600,0,949 1|1:0,71:71:99:.:.:2063,213,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1572,159,0 1|0:15,47:62:99:.:.:1253,0,279 1|0:5,47:52:14:0|1:559054_AATATATATAT_A:1805,0,14 1|1:0,27:27:81:.:.:826,81,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1020,96,0 1|1:0,13:13:39:.:.:402,39,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1376,126,0 1|0:22,15:37:99:.:.:358,0,463 1|1:0,45:45:99:.:.:1311,135,0 1|1:0,49:49:99:.:.:1468,147,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1590,150,0 1|1:0,113:113:99:.:.:4280,346,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1392,141,0 1|1:0,25:25:81:.:.:970,81,0 1|0:16,44:60:99:.:.:1434,0,238 1|1:0,41:41:99:.:.:1782,126,0 1|1:0,25:25:78:1|1:559102_C_A:838,78,0 1|1:0,25:25:75:1|1:559102_C_A:1073,75,0 1|1:0,29:29:90:.:.:1062,90,0 1|0:13,68:81:99:.:.:2371,0,109 1|1:0,5:5:15:.:.:152,15,0 1|1:0,40:40:99:.:.:1225,122,0 0|1:13,11:24:99:.:.:290,0,282 1|1:0,18:18:54:.:.:544,54,0 1|1:0,14:14:42:.:.:418,42,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1165,106,0 1|1:0,85:85:99:.:.:3311,261,0 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,598 1|1:0,30:30:88:.:.:831,88,0 1|1:0,38:38:99:1|1:559054_AATATAT_A:1515,120,0 1|1:1,109:110:99:.:.:4301,289,0 1|1:0,9:9:27:.:.:262,27,0 1|1:0,57:57:99:.:.:1753,171,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1132,93,0 1|1:0,28:28:84:1|1:559102_C_A:805,84,0 1|1:2,24:26:21:.:.:667,21,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2880,249,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1014,96,0 1|1:0,0:0:.:.:.:. 0|1:7,56:63:4:.:.:1643,0,4 1|1:0,68:68:99:.:.:2115,207,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1370,109,0 1|1:1,66:67:99:.:.:2535,159,0 1|1:0,84:84:99:1|1:559102_C_A:3757,253,0 1|1:0,28:28:84:.:.:823,84,0 1|1:1,108:109:99:.:.:3402,301,0 1|1:0,29:29:87:.:.:914,87,0 1|1:0,25:25:75:1|1:559054_AATATATATAT_A:964,75,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1548,150,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2736,249,0 1|1:0,21:21:63:.:.:768,63,0 1|1:0,113:113:99:1|1:559054_AATATAT_A:4295,340,0 1|1:0,15:15:48:.:.:599,48,0 1|1:0,12:12:36:1|1:559089_C_G:520,36,0 1|1:0,58:58:99:.:.:2569,180,0 1|1:0,36:36:99:.:.:1026,105,0 1|1:0,37:37:99:.:.:1109,111,0 1|1:0,28:28:84:.:.:861,84,0 1|1:1,69:70:99:.:.:2171,182,0 1|1:0,8:8:24:1|1:559054_AATATATAT_A:306,24,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1109,93,0 1|1:0,11:11:33:.:.:334,33,0 1|1:0,43:43:99:1|1:559089_C_G:1920,138,0 1|1:0,8:8:24:1|1:559054_AATATATATAT_A:297,24,0 1|1:0,30:30:93:1|1:559054_AATATATATAT_A:1261,93,0 1|1:0,23:23:69:1|1:559054_AATATATATAT_A:913,69,0 1|1:0,46:46:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1905,142,0 1|1:0,10:10:30:.:.:349,30,0 1|1:0,26:26:78:.:.:936,78,0 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,991 1|1:0,28:28:84:.:.:986,84,0 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,813 1|1:0,38:38:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1402,115,0 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1183 1|1:0,40:40:99:.:.:1405,120,0 1|1:0,2:2:6:.:.:69,6,0 1|1:0,21:21:63:.:.:743,63,0 1|1:0,20:20:60:.:.:718,60,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1156,96,0 1|1:0,33:33:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1355,99,0 1|1:0,39:39:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1570,117,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1387,117,0 1|1:0,11:11:33:.:.:398,33,0 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,905 1|1:0,40:40:99:.:.:1396,120,0 1|1:0,30:30:90:1|1:559054_AATATATATAT_A:1159,90,0 1|1:1,33:34:68:.:.:1283,68,0 1|1:0,26:26:78:.:.:929,78,0 1|0:23,8:31:99:0|1:559054_AATATATATAT_A:224,0,1324 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,597 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,503 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1187 1|1:0,11:11:33:1|1:559054_AATAT_A:424,33,0 0|1:5,2:7:22:.:.:22,0,195 1|1:0,26:26:78:.:.:939,78,0 0|0:19,0:19:20:.:.:0,20,570 1|1:0,29:29:87:.:.:1013,87,0 1|1:1,21:22:30:.:.:719,30,0 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,424 0|0:29,0:29:87:.:.:0,87,1023 1|1:1,37:38:80:.:.:1295,80,0 1|1:0,18:18:54:.:.:640,54,0 1|1:0,111:111:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:4422,337,0 1|1:0,142:142:99:.:.:5582,428,0 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620 1|1:0,4:4:12:.:.:147,12,0 0|1:0,4:4:12:.:.:144,12,0 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0 1|1:1,24:25:44:1|1:559054_AATATAT_A:976,44,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1338,123,0 1|1:0,31:31:93:.:.:1040,93,0 1|1:0,14:14:42:.:.:509,42,0 1|1:0,55:55:99:.:.:2145,168,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1865,168,0 1|1:0,101:101:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:4197,313,0 1|1:0,10:10:30:.:.:338,30,0 1|1:0,105:105:99:.:.:4212,316,0 1|1:0,25:25:75:1|1:559054_AATATATATAT_A:1022,75,0 1|1:0,61:61:99:.:.:2050,183,0 1|1:0,37:37:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1503,111,0 1|1:0,5:5:15:.:.:172,15,0 1|1:0,23:23:68:.:.:779,68,0 1|1:0,53:53:99:.:.:1792,159,0 0|1:19,45:64:99:.:.:1271,0,553 1|1:0,30:30:90:.:.:1027,90,0 1|1:0,47:47:99:.:.:1527,141,0 1|1:1,73:74:99:.:.:2783,190,0 1|1:0,65:65:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:2676,199,0 1|1:0,144:144:99:.:.:5687,436,0 1|1:1,97:98:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:3742,261,0 1|1:0,87:87:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:3436,262,0 1|1:0,15:15:45:.:.:529,45,0 1|1:0,35:35:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1374,105,0 1|0:2,8:10:39:.:.:255,0,39 1|1:0,18:18:54:1|1:559054_AATATATATAT_A:711,54,0 1|0:51,9:60:99:.:.:166,0,1691 0|1:32,22:54:99:.:.:616,0,876 1|1:0,73:73:99:.:.:2553,219,0 1|1:0,94:94:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:3764,289,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1665,144,0 0|1:44,30:74:99:0|1:559054_AATATATATAT_A:896,0,1389 1|1:0,76:76:99:.:.:2546,228,0 1|1:0,6:6:18:.:.:202,18,0 1|1:0,52:52:99:.:.:1785,156,0 1|1:0,58:58:99:.:.:2148,177,0 1|1:0,85:85:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:3367,255,0 1|1:0,4:4:12:.:.:143,12,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2699,243,0 1|1:2,0:2:.:.:.:0,0,0 0|1:11,76:87:99:0|1:559054_AATATATATAT_A:2855,0,154 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,234 1|0:6,38:44:5:.:.:1252,0,5 1|1:0,14:14:42:.:.:568,42,0 1|1:0,80:80:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:3246,241,0 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1570 1|0:10,59:69:99:.:.:1750,0,171 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,369 1|1:1,61:62:99:.:.:2095,153,0 0|1:6,27:33:99:.:.:808,0,99 1|0:27,25:52:99:.:.:858,0,893 1|1:0,4:4:12:1|1:559054_AATATATATAT_A:163,12,0 1|1:1,45:46:99:.:.:1575,114,0 1|0:17,3:20:51:.:.:51,0,482 1|1:0,84:84:99:.:.:3109,253,0 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1683 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,212 1|0:27,13:40:99:.:.:408,0,933 0|1:66,7:73:22:.:.:22,0,1891 1|1:1,20:21:31:.:.:659,31,0 1|1:0,13:13:39:1|1:559054_AATATATATAT_A:525,39,0 0|0:45,0:45:85:.:.:0,85,1229 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,57 1|1:0,100:100:99:.:.:3500,301,0 1|1:0,124:124:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:4784,373,0 1|0:6,6:12:99:.:.:204,0,191 1|1:0,73:73:99:.:.:2504,220,0 1|1:0,8:8:24:1|1:559054_AATATATATAT_A:321,24,0 1|1:0,26:26:78:.:.:933,78,0 1|1:0,11:11:33:.:.:374,33,0 1|1:0,34:34:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1326,102,0 0|1:7,4:11:99:.:.:109,0,205 1|1:0,18:18:54:.:.:639,54,0 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,690 1|1:0,21:21:63:1|1:559054_AATATATATAT_A:829,63,0 1|1:0,26:26:78:1|1:559054_AATATATATAT_A:1005,78,0 0|1:27,4:31:49:.:.:49,0,798 1|1:0,41:41:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1570,123,0 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1051 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350 1|1:0,12:12:36:1|1:559054_AATATATATAT_A:516,36,0 1|1:5,0:5:.:.:.:0,0,0 1|1:0,24:24:72:1|1:559054_AATATATATAT_A:907,72,0 1|1:0,28:28:84:1|1:559054_AATATATATAT_A:1108,84,0 1|1:0,32:32:96:.:.:1106,96,0 1|1:0,24:24:72:.:.:775,72,0 1|1:0,35:35:99:1|1:559054_AATAT_A:1275,105,0 1|1:0,39:39:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1409,117,0 1|1:0,53:53:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:2093,160,0 1|1:0,10:10:30:.:.:356,30,0 1|1:0,16:16:48:.:.:549,48,0 1|1:0,14:14:42:1|1:559054_AATATATATAT_A:559,42,0 1|1:0,9:9:27:1|1:559054_AATATATATAT_A:344,27,0 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,134 1|1:0,39:39:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1480,118,0 1|1:0,45:45:99:.:.:1653,136,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1660,138,0 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0 1|1:0,35:35:99:.:.:1210,105,0 1|1:0,39:39:99:.:.:1353,117,0 1|1:0,45:45:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1777,139,0 1|1:0,46:46:99:.:.:1794,139,0 1|1:0,26:26:78:.:.:880,78,0 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1058 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,688 0|1:33,55:88:99:.:.:1847,0,888 1|1:0,34:34:99:1|1:559054_AATATATATAT_A:1346,103,0 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,10:10:30:.:.:327,30,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1538,132,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,24:24:72:.:.:822,72,0 0|0:37,0:37:60:.:.:0,60,1100 1|1:0,8:8:24:.:.:266,24,0 1|1:0,5:5:15:1|1:559054_AATATATATAT_A:178,15,0 1|1:2,64:66:38:1|1:559054_AATATATATAT_A:2355,38,0 1|1:0,23:23:69:.:.:781,69,0 Pf3D7_01_v3 559156 . T C 633959 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=20.94;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.739;VQSLOD=4.94;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.46;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0007;FractionInformativeReads=0.995;GC=14.29;GQ_MEAN=98.72;GQ_STDDEV=62.26;HRun=0;InbreedingCoeff=0.682;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=2.05;culprit=MQ;set=snp;DP=4709971;AF=0.063;AS_InbreedingCoeff=0.5465;MLEAC=325;MLEAF=0.063;AN=848;AC=58 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1315:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1339:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,805:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1247,137,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1197:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:24,0:24:61:.:.:0,61,810:. 1|1:2,33:35:40:.:.:872,40,0:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 1|1:0,12:12:36:.:.:327,36,0:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:25,0:25:51:.:.:0,51,765:. 0|0:15,0:15:32:.:.:0,32,416:. 0|0:37,0:37:82:.:.:0,82,1079:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1289:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1216:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,112,1643:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:35,0:35:71:.:.:0,71,870:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1459:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1291:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,99,1594:. 0|1:35,14:49:99:.:.:231,0,932:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1216:. 0|1:93,14:107:74:.:.:74,0,2528:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1583:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1037:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,902:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1552:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1484:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,6:31:69:.:.:69,0,683:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 1|0:10,35:45:99:.:.:807,0,176:. 0|0:34,0:34:47:.:.:0,47,917:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1307:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1298:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1295:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,101,1057:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1251:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,19:33:99:.:.:403,0,311:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:56,0:56:83:.:.:0,83,1574:. 0|0:49,0:49:54:.:.:0,54,1337:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1229:. 1|1:0,23:23:69:.:.:580,69,0:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1427:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,934:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1343:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,878:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1739:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1278:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,712:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1069:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,849:. 0|0:33,0:33:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1090:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1146:. 1|0:39,11:50:99:.:.:135,0,1013:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1141:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1157:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,811:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:10,37:47:99:.:.:875,0,167:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1204:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1754:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,86:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1222:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,15:77:99:.:.:184,0,1641:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1203:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1305:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,109,1320:. 0|1:76,84:160:99:.:.:1789,0,1879:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3425,371,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1395:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1275:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1221:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1455:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,20:84:99:.:.:282,0,1704:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1337:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1758:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1117:. 1|0:36,59:95:99:.:.:1317,0,783:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,113,1757:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1379:. 1|1:5,87:92:99:.:.:2238,117,0:. 0|1:50,11:61:99:.:.:103,0,1327:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1123:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1274:. 0|0:45,0:45:41:.:.:0,41,1201:. 0|0:39,0:39:24:.:.:0,24,1033:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:68:.:.:0,68,843:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1357:. 0|1:19,10:29:99:.:.:174,0,495:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,112,1350:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1156:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,1336:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,989:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:69,15:84:99:.:.:141,0,1881:. 1|0:81,19:100:99:.:.:215,0,2134:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 1|1:0,123:123:99:.:.:3308,368,0:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1259:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1601:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1226:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,755:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,2557:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,115,1251:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1162:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1185:. 1|1:1,113:114:99:.:.:3048,310,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1594:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,40:51:99:.:.:904,0,193:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:53,19:72:99:.:.:308,0,1451:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1153:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:15,80:95:99:.:.:1788,0,161:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:47:.:.:0,47,1763:. 0|0:82,0:82:9:.:.:0,9,1976:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1224:. 0|1:26,5:31:42:.:.:42,0,697:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1321:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1068:. 1|0:48,18:66:99:.:.:280,0,1273:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1047:. 0|1:52,8:60:36:.:.:36,0,1402:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1512,165,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1404:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1266:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1697:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1171:. 0|0:29,0:29:71:.:.:0,71,942:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,874:. 0|0:34,0:34:46:.:.:0,46,920:. 1|0:45,43:88:99:.:.:928,0,1113:. 0|1:9,5:14:89:.:.:89,0,239:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1710:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,481:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,843:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1090:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1251:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1268:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,562:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1028:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:81:.:.:0,81,1372:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,86:. 0|1:38,47:85:99:.:.:991,0,894:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:54,29:83:99:.:.:552,0,1409:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1484:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:62:.:.:0,62,911:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,777:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,991:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:10,8:18:99:.:.:166,0,258:. 0|0:27,0:27:53:.:.:0,53,785:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1147:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,855:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1231:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,295:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,412:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1289:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1346:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:14,0:14:39:.:.:0,39,585:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1504:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:55,0:55:91:.:.:0,91,1825:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1472:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,196:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1493:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1997,183,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1275:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1440:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1621:. 0|0:20,0:20:23:.:.:0,23,631:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,109,1407:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1487:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1617:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1529:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1441:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1187:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,634:. 0|0:16,0:16:11:.:.:0,11,517:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1590:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1567:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1213:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:86:.:.:0,86,1389:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1478:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,36:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,112,1576:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2234,218,0:. 1|1:3,89:92:99:.:.:2713,191,0:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,609:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1127:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1354:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,214:. 0|0:41,0:41:85:.:.:0,85,1244:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1661:. 0|0:133,0:133:0:.:.:0,0,3628:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,578:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1566:. 1|0:7,9:16:99:.:.:234,0,204:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,799:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,401:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,177:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,46:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,360:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,104,1181:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,208:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,913:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1683:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1405:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1101:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,532:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,387:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,180:181:99:.:.:5672,509,0:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,395:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:92:.:.:0,92,1219:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1078:. 0|0:35,0:35:71:.:.:0,71,1135:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1370:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,905:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,438:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1351:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2412,237,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1412:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,701:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1382:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:53:.:.:0,53,960:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,194:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,119,1461:. 1|0:70,18:88:99:.:.:344,0,2149:. 0|1:75,29:104:99:.:.:613,0,2147:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,61:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1659:. 1|0:62,28:90:99:.:.:610,0,1820:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1411:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1356:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1154:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1494:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,272:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 559419 . T G 847198 PASS FS=0.555;MQ=53.96;QD=17.07;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.648;VQSLOD=3.37;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0;ExcessHet=12.8559;FractionInformativeReads=0.913;GC=0;GQ_MEAN=70.12;GQ_STDDEV=73.93;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.1521;MQRankSum=-2.245;NCC=0;ReadPosRankSum=-1.445;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=3565664;AF=0.153;AS_InbreedingCoeff=0.0568;MLEAC=748;MLEAF=0.16;AN=740;AC=92 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:12,6:18:99:0|1:559419_T_G:213,0,516:. 0|0:34,0:34:48:.:.:0,48,720:. 0|0:29,0:29:54:.:.:0,54,810:. 0|1:28,8:36:99:0|1:559419_T_G:246,0,1206:. 0|0:26,0:26:39:.:.:0,39,585:. 0|0:37,0:37:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:22,0:22:36:.:.:0,36,540:. 0|1:11,5:16:99:.:.:174,0,474:. 0|0:15,1:16:6:.:.:0,6,663:. 0|1:4,5:9:99:0|1:559405_AATATATAT_A:198,0,220:. 0|1:18,4:22:99:0|1:559419_T_G:111,0,759:. 1|0:9,5:14:99:0|1:559419_T_G:168,0,509:. 0|1:6,4:10:99:0|1:559419_T_G:147,0,282:. 1|1:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:0,3:3:9:1|1:559405_AATATATAT_A:135,9,0:. 1|0:7,16:23:99:0|1:559405_AATATATAT_A:733,0,237:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|1:13,11:24:99:0|1:559419_T_G:416,0,586:. 0|1:37,18:55:99:0|1:559419_T_G:659,0,1581:. 0|0:44,0:44:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:2,0:2:9:0|1:559405_AATATATAT_A:0,9,122:. 1|0:11,23:34:99:0|1:559419_T_G:979,0,415:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 1|0:9,5:14:99:0|1:559405_AATATATAT_A:177,0,421:. 0|1:3,4:7:99:0|1:559405_AATATATAT_A:159,0,114:. 1|0:35,28:63:99:0|1:559419_T_G:1087,0,1453:. 0|0:45,0:45:57:.:.:0,57,855:. 0|0:30,0:30:90:0|1:559419_T_G:0,90,1403:. 1|0:30,9:39:99:.:.:273,0,1358:. 1|0:27,8:35:99:0|1:559419_T_G:255,0,1110:. 0|0:180,0:180:0:.:.:0,0,1576:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:90,10:100:99:.:.:134,0,3869:. 0|0:98,0:98:0:.:.:0,0,544:. 0|1:15,5:20:99:0|1:559419_T_G:162,0,624:. 1|0:3,4:7:99:0|1:559405_AATATATAT_A:150,0,198:. 1|0:16,4:20:99:0|1:559419_T_G:133,0,685:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,550:. 0|0:35,1:36:41:0|1:559419_T_G:0,41,1532:. 0|0:15,1:16:9:0|1:559405_AATATATAT_A:0,9,689:. 0|0:162,0:162:0:.:.:0,0,168:. 1|0:124,0:124:.:.:.:.:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,1322:. 0|0:30,0:30:90:0|1:559419_T_G:0,90,1213:. 0|0:26,0:26:47:.:.:0,47,732:. 0|0:20,0:20:63:0|1:559419_T_G:0,63,930:. 1|0:11,12:23:99:0|1:559419_T_G:465,0,468:. 0|0:36,0:36:99:0|1:559419_T_G:0,111,1650:. 0|1:7,6:13:99:0|1:559419_T_G:231,0,276:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,604:. 0|0:255,0:255:0:.:.:0,0,160:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1452:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:21,0:21:42:.:.:0,42,630:. 0|0:34,0:34:99:0|1:559419_T_G:0,108,1551:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,748:. 0|0:16,0:16:51:0|1:559405_AATATATAT_A:0,51,751:. 0|0:25,0:25:87:0|1:559419_T_G:0,87,1248:. 0|0:12,0:12:36:0|1:559419_T_G:0,36,540:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,392:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:24:.:.:0,24,360:. 0|0:24,0:24:81:.:.:0,81,1169:. 0|0:33,0:33:37:.:.:0,37,887:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 1|0:2,0:2:.:.:.:.:. 0|0:32,0:32:54:.:.:0,54,810:. 0|0:36,0:36:24:.:.:0,24,914:. 0|1:8,3:11:99:0|1:559419_T_G:102,0,321:. 0|1:51,17:68:99:0|1:559419_T_G:557,0,2104:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:46,0:46:49:.:.:0,49,1252:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:22,0:22:78:0|1:559419_T_G:0,78,1114:. 0|0:32,0:32:33:.:.:0,33,869:. 0|0:10,0:10:15:.:.:0,15,225:. 1|0:23,6:29:99:0|1:559419_T_G:230,0,997:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,945:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,96:. 1|0:19,17:36:99:0|1:559419_T_G:681,0,771:. 1|0:22,3:25:60:0|1:559419_T_G:60,0,901:. 0|0:19,0:19:57:0|1:559419_T_G:0,57,855:. 0|0:22,0:22:69:0|1:559419_T_G:0,69,1008:. 0|0:24,0:24:57:.:.:0,57,855:. 1|0:32,5:37:99:0|1:559419_T_G:108,0,1373:. 0|0:26,0:26:48:.:.:0,48,720:. 0|0:36,0:36:60:.:.:0,60,900:. 0|0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,271:. 0|0:36,1:37:78:0|1:559419_T_G:0,78,1691:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:7,0:7:24:0|1:559405_AATATATAT_A:0,24,638:. 0|0:15,0:15:48:0|1:559419_T_G:0,48,704:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,517:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:. 0|0:86,4:90:99:0|1:559419_T_G:0,103,3785:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,764:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,195:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,2497:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,664:. 0|0:27,0:27:87:0|1:559419_T_G:0,87,1280:. 1|0:146,0:146:.:.:.:.:. 0|0:16,0:16:48:0|1:559419_T_G:0,48,701:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:168,0:168:0:.:.:0,0,2671:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:75:.:.:0,75,1022:. 0|0:22,0:22:39:.:.:0,39,585:. 0|0:44,1:45:99:0|1:559419_T_G:0,99,1999:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,4:21:99:.:.:105,0,805:. 0|1:119,36:155:99:0|1:559419_T_G:1141,0,5043:. 0|1:20,2:22:21:0|1:559419_T_G:21,0,862:. 0|0:137,0:137:0:.:.:0,0,3452:. 1|0:44,20:64:99:0|1:559419_T_G:698,0,1873:. 0|0:11,0:11:42:0|1:559419_T_G:0,42,599:. 0|0:12,0:12:36:0|1:559419_T_G:0,36,540:. 0|0:38,0:38:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:84:0|1:559419_T_G:0,84,1202:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:19,7:26:99:0|1:559419_T_G:234,0,804:. 0|1:21,4:25:99:0|1:559419_T_G:115,0,957:. 1|0:31,4:35:85:0|1:559419_T_G:85,0,1396:. 0|0:14,0:14:48:0|1:559419_T_G:0,48,693:. 0|0:70,0:70:19:.:.:0,19,1713:. 0|0:36,0:36:99:0|1:559419_T_G:0,126,1803:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:99:0|1:559419_T_G:0,108,1531:. 0|0:28,0:28:96:0|1:559419_T_G:0,96,1379:. 1|0:14,3:17:84:0|1:559419_T_G:84,0,579:. 1|0:30,5:35:99:.:.:117,0,1252:. 0|0:35,0:35:99:0|1:559419_T_G:0,114,1664:. 0|0:31,0:31:51:.:.:0,51,765:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:. 0|0:8,0:8:30:0|1:559405_AATATATAT_A:0,30,380:. 0|1:19,7:26:99:0|1:559419_T_G:250,0,870:. 0|0:13,0:13:48:0|1:559405_AATATATAT_A:0,48,661:. 0|0:20,0:20:75:0|1:559419_T_G:0,75,1036:. 0|0:22,0:22:72:.:.:0,72,1048:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,331:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,726:. 0|0:12,0:12:36:0|1:559419_T_G:0,36,540:. 0|0:31,0:31:99:0|1:559419_T_G:0,105,1520:. 0|0:19,1:20:18:0|1:559419_T_G:0,18,829:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:2,2:4:75:0|1:559419_T_G:75,0,107:. 1|0:45,24:69:99:0|1:559419_T_G:911,0,1924:. 0|0:39,0:39:99:0|1:559419_T_G:0,123,1772:. 0|0:8,0:8:27:0|1:559419_T_G:0,27,391:. 0|1:33,54:87:99:0|1:559419_T_G:2199,0,1365:. 0|0:34,0:34:99:0|1:559419_T_G:0,108,1590:. 0|1:34,102:136:99:0|1:559419_T_G:4306,0,1233:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:26,2:28:9:0|1:559419_T_G:0,9,1173:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,668:. 0|0:24,1:25:54:.:.:0,54,1282:. 0|0:22,0:22:72:.:.:0,72,1038:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:15,42:57:99:0|1:559419_T_G:1751,0,626:. 0|0:7,0:7:24:0|1:559419_T_G:0,24,347:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,2454:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,88:. 0|0:32,0:32:99:0|1:559419_T_G:0,114,1642:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,258:. 0|0:25,0:25:96:0|1:559419_T_G:0,96,1352:. 0|0:26,0:26:87:0|1:559419_T_G:0,87,1264:. 0|0:50,0:50:91:.:.:0,91,1426:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,1062:. 0|1:27,23:50:99:0|1:559419_T_G:885,0,1065:. 1|0:11,6:17:99:0|1:559419_T_G:229,0,582:. 0|0:43,0:43:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:23,5:28:99:.:.:132,0,1021:. 1|0:38,14:52:99:0|1:559419_T_G:453,0,1727:. 1|0:28,26:54:99:0|1:559419_T_G:988,0,1191:. 0|0:43,0:43:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,107,1242:. 0|1:81,58:139:99:0|1:559419_T_G:2285,0,3307:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,123,1786:. 0|0:32,0:32:54:.:.:0,54,810:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:183,0:183:.:.:.:.:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,3:32:27:0|1:559419_T_G:27,0,1350:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0|1:559419_T_G:0,123,1791:. 0|0:23,0:23:39:.:.:0,39,585:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,168:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1352:. 1|0:24,3:27:51:0|1:559419_T_G:51,0,1026:. 0|0:48,1:49:99:0|1:559419_T_G:0,120,2252:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1458:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,111,1628:. 1|0:8,1:9:12:0|1:559419_T_G:12,0,367:. 0|1:22,2:24:18:0|1:559419_T_G:18,0,918:. 0|0:20,0:20:63:0|1:559419_T_G:0,63,932:. 1|0:46,9:55:99:0|1:559419_T_G:272,0,1913:. 0|0:21,0:21:63:0|1:559419_T_G:0,63,881:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:17,0:17:60:0|1:559419_T_G:0,60,858:. 1|0:33,24:57:99:0|1:559419_T_G:945,0,1346:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:51:0|1:559405_AATATATAT_A:0,51,734:. 0|0:24,0:24:78:0|1:559419_T_G:0,78,1142:. 0|0:12,1:13:3:0|1:559419_T_G:0,3,587:. 0|0:14,0:14:51:0|1:559419_T_G:0,51,698:. 0|0:43,3:46:6:0|1:559419_T_G:0,6,1779:. 0|0:11,0:11:33:0|1:559405_AATATATAT_A:0,33,495:. 0|1:15,10:25:99:0|1:559419_T_G:369,0,614:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,893:. 0|0:192,0:192:0:.:.:0,0,262:. 0|0:7,0:7:27:.:.:0,27,376:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,1109:. 0|0:24,0:24:78:0|1:559419_T_G:0,78,1141:. 0|0:20,0:20:66:0|1:559419_T_G:0,66,961:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,359:. 1|0:17,3:20:48:0|1:559419_T_G:48,0,857:. 0|1:21,17:38:99:0|1:559419_T_G:642,0,902:. 0|1:17,37:54:99:0|1:559419_T_G:1485,0,806:. 0|0:10,0:10:33:0|1:559419_T_G:0,33,479:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:63:0|1:559419_T_G:0,63,918:. 0|1:37,25:62:99:0|1:559419_T_G:930,0,1591:. 0|0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,630:. 0|0:12,0:12:39:0|1:559405_AATATATAT_A:0,39,686:. 0|0:176,0:176:.:.:.:.:. 0|0:6,0:6:18:0|1:559405_AATATATAT_A:0,18,487:. 0|0:2,0:2:0:.:.:0,0,4:. 0|0:53,0:53:72:.:.:0,72,1425:. 1|0:21,57:78:99:0|1:559419_T_G:2382,0,834:. 0|0:43,0:43:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:63,26:89:99:.:.:884,0,2716:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:17,0:17:57:0|1:559419_T_G:0,57,811:. 0|0:300,0:300:.:.:.:.:. 0|0:9,0:9:27:0|1:559419_T_G:0,27,405:. 0|0:14,0:14:42:0|1:559419_T_G:0,42,623:. 0|1:50,29:79:99:0|1:559419_T_G:1096,0,2211:. 0|0:285,0:285:0:.:.:0,0,1962:. 0|1:11,2:13:45:.:.:45,0,494:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,252:. 0|0:3,0:3:15:0|1:559405_AATATATAT_A:0,15,179:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1441:. 1|0:39,9:48:99:.:.:252,0,1699:. 0|0:20,0:20:72:0|1:559419_T_G:0,72,1018:. 0|0:31,0:31:63:.:.:0,63,945:. 0|0:44,1:45:99:0|1:559419_T_G:0,102,2062:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|1:11,11:22:99:0|1:559419_T_G:451,0,453:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,12:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:2,2:4:78:0|1:559405_AATATATAT_A:78,0,78:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|1:8,1:9:6:0|1:559419_T_G:6,0,469:. 0|1:0,0:0:3:0|1:559405_AATATATAT_A:0,3,34:. 0|0:15,0:15:27:.:.:0,27,405:. 0|0:13,0:13:42:0|1:559419_T_G:0,42,619:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,545:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:19,0:21:60:.:.:0,60,879:. 0|0:14,0:14:6:.:.:0,6,427:. 0|0:15,0:15:9:.:.:0,9,463:. 1|0:3,0:3:9:.:.:0,9,108:. 0|0:24,0:24:75:0|1:559419_T_G:0,75,1114:. 0|0:22,0:22:72:0|1:559419_T_G:0,72,1061:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,255:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,326:. 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,30:. 0|1:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0|0:8,0:8:30:0|1:559419_T_G:0,30,431:. 0|0:25,1:26:39:0|1:559419_T_G:0,39,1135:. 0|0:57,0:57:.:.:.:0,0,0:. 0|0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0|0:12,0:12:45:0|1:559419_T_G:0,45,640:. 1|0:17,16:33:99:0|1:559419_T_G:615,0,721:. 1|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|1:11,35:46:99:0|1:559419_T_G:1483,0,490:. 0|0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 0|0:8,0:8:24:0|1:559419_T_G:0,24,360:. 0|0:19,0:19:69:0|1:559419_T_G:0,69,986:. 0|0:13,0:13:21:.:.:0,21,315:. 0|0:12,0:12:45:0|1:559419_T_G:0,45,655:. 0|0:6,0:6:18:0|1:559405_AATATATAT_A:0,18,270:. 0|0:18,0:18:.:.:.:0,0,0:. 0|1:8,23:31:99:0|1:559419_T_G:967,0,297:. 0|0:39,0:39:99:0|1:559419_T_G:0,126,1860:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,136:. 0|0:167,0:167:.:.:.:0,0,0:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,515:. 0|0:16,0:16:27:.:.:0,27,405:. 1|1:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,69:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,113:. 0|1:8,22:30:99:0|1:559419_T_G:897,0,312:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,329:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:21,1:22:27:0|1:559419_T_G:0,27,970:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,83:. 1|0:200,0:200:.:.:.:0,0,0:. 0|0:17,0:17:13:.:.:0,13,513:. 0|0:15,0:15:30:.:.:0,30,450:. 0|0:13,0:13:.:.:.:0,0,0:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,286:. 0|0:23,0:23:72:0|1:559419_T_G:0,72,1069:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,92:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:68,0:68:41:.:.:0,41,1990:. 0|0:52,0:52:52:.:.:0,52,1493:. 0|0:6,0:6:21:0|1:559405_AATATATAT_A:0,21,296:. 0|1:10,4:14:99:0|1:559419_T_G:154,0,470:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,1584:. 1|0:32,6:38:99:0|1:559419_T_G:147,0,1392:. 0|0:37,0:37:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:22,0:22:78:0|1:559419_T_G:0,78,1130:. 0|0:169,0:169:.:.:.:0,0,0:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,90:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:1,4:5:21:0|1:559405_AATATATAT_A:165,0,21:. 0|1:9,6:15:99:0|1:559419_T_G:225,0,360:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1710:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1140:. 0|1:28,3:31:24:0|1:559419_T_G:24,0,1348:. 0|0:24,0:24:39:.:.:0,39,585:. 0|1:11,20:31:99:0|1:559405_AATATATAT_A:823,0,462:. 0|1:48,9:57:99:0|1:559419_T_G:221,0,2087:. 0|0:41,2:43:54:0|1:559419_T_G:0,54,1931:. 0|0:3,0:3:9:0|1:559419_T_G:0,9,135:. 0|0:5,0:5:30:.:.:0,30,398:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:14,4:18:99:0|1:559419_T_G:126,0,576:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,20:. 0|1:65,12:77:99:0|1:559419_T_G:277,0,2821:. 0|0:16,0:16:.:.:.:0,0,0:. 0|0:19,0:19:57:0|1:559405_AATATATAT_A:0,57,836:. 0|0:8,0:8:.:.:.:0,0,0:. 0|0:9,0:9:42:0|1:559405_AATATATAT_A:0,42,581:. 0|0:6,0:6:18:0|1:559419_T_G:0,18,270:. 1|0:14,2:16:27:0|1:559419_T_G:27,0,723:. 0|0:221,0:221:.:.:.:0,0,0:. 0|0:57,4:61:9:0|1:559419_T_G:0,9,2390:. 1|0:10,1:11:9:0|1:559405_AATATATAT_A:9,0,499:. 0|0:1,0:1:3:0|1:559405_AATATATAT_A:0,3,70:. 0|0:19,0:19:66:0|1:559419_T_G:0,66,952:. 1|0:13,24:37:99:0|1:559419_T_G:990,0,568:. 0|0:6,0:6:21:0|1:559419_T_G:0,21,305:. 0|0:0,1:1:3:1|1:559405_AATATATAT_A:45,3,0:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,1756:. 0|0:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,1643:. 1|0:5,3:8:99:0|1:559419_T_G:108,0,232:. 0|0:5,0:5:18:0|1:559419_T_G:0,18,261:. 0|0:18,0:18:57:.:.:0,57,844:. 0|0:44,1:45:99:0|1:559419_T_G:0,120,2259:. 0|0:27,1:28:45:0|1:559419_T_G:0,45,1240:. 0|0:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 1|0:8,22:30:99:0|1:559419_T_G:952,0,329:. 0|0:3,0:3:9:0|1:559419_T_G:0,9,134:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,984:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:8,0:8:24:0|1:559419_T_G:0,24,360:. 0|0:14,0:14:48:0|1:559419_T_G:0,48,698:. 0|0:6,0:6:18:0|1:559419_T_G:0,18,270:. 0|1:6,2:8:60:0|1:559419_T_G:60,0,313:. 0|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|1:4,0:4:12:0|1:559419_T_G:0,12,180:. 0|1:1,13:14:34:0|1:559405_AATATATAT_A:540,0,34:. 0|0:5,0:5:21:0|1:559419_T_G:0,21,287:. 0|0:1,0:1:12:0|1:559405_AATATATAT_A:0,12,149:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,255:. 0|1:14,5:19:99:0|1:559419_T_G:187,0,603:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,240:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|1:5,8:13:99:0|1:559419_T_G:340,0,215:. 1|1:0,9:9:27:1|1:559405_AATATATAT_A:405,27,0:. 1|0:4,0:4:12:0|1:559405_AATATATAT_A:0,12,180:. 1|0:5,17:22:99:0|1:559419_T_G:693,0,224:. 0|0:14,0:14:27:.:.:0,27,405:. 1|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 0|0:10,0:10:12:.:.:0,12,180:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,84:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,96:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,164:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,4:. 1|0:0,0:.:3:0|1:559405_AATATATAT_A:0,3,35:. 0|0:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|0:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0|0:19,0:19:60:0|1:559419_T_G:0,60,890:. 0|0:21,0:21:69:0|1:559419_T_G:0,69,994:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,220:. 0|0:14,0:14:51:0|1:559419_T_G:0,51,729:. 0|0:19,0:19:69:0|1:559419_T_G:0,69,995:. 0|1:7,6:13:99:0|1:559419_T_G:250,0,368:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,401:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:37,0:37:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:21,0:21:14:.:.:0,14,591:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:5,0:5:18:0|1:559419_T_G:0,18,261:. 0|0:3,0:3:0:.:.:0,0,36:. 0|0:9,0:9:33:0|1:559419_T_G:0,33,475:. 0|0:11,0:11:15:.:.:0,15,225:. Pf3D7_01_v3 560024 . A G 6.944e+06 PASS FS=1.793;MQ=57.98;QD=17.32;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.587;VQSLOD=3.21;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0;ExcessHet=16.5171;FractionInformativeReads=0.984;GC=9.52;GQ_MEAN=438.95;GQ_STDDEV=665.61;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.2582;MQRankSum=-1.832;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.285;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=11268855;AF=0.188;AS_InbreedingCoeff=-0.1361;MLEAC=998;MLEAF=0.192;AN=856;AC=200 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,925:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:66,12:78:99:0|1:559940_T_G:296,0,2862:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:40,11:51:99:0|1:559940_T_G:332,0,16222:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:45,11:56:99:0|1:559940_T_G:323,0,1898:. 0|0:59,0:59:84:.:.:0,84,1738:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,712:. 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,807:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|1:10,3:13:93:0|1:559940_T_G:93,0,453:. 1|0:22,15:37:99:0|1:559940_T_G:646,0,874:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|1:31,15:46:99:0|1:559940_T_G:527,0,7353:. 1|0:70,11:81:99:0|1:559940_T_G:245,0,27010:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1057:. 0|1:49,39:88:99:0|1:559940_T_G:1526,0,2056:. 0|1:32,9:41:99:0|1:559940_T_G:405,0,1350:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1360:. 1|0:16,9:25:99:0|1:559940_T_G:327,0,687:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|1:60,20:80:99:0|1:559940_T_G:782,0,22714:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1445:. 0|0:83,5:88:40:0|1:559940_T_G:0,40,3510:. 0|1:89,18:107:99:0|1:559940_T_G:464,0,4019:. 1|0:48,6:54:95:0|1:559940_T_G:95,0,2165:. 0|0:606,0:606:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1257:. 0|1:130,15:145:99:0|1:559940_T_G:265,0,5620:. 0|1:75,27:102:99:0|1:559940_T_G:947,0,3107:. 1|0:39,9:48:99:0|1:559940_T_G:251,0,1737:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:51,0:51:65:.:.:0,65,1339:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,36:104:99:0|1:559940_T_G:1337,0,2954:. 0|1:110,38:148:99:0|1:559940_T_G:1285,0,4797:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:95,15:110:99:0|1:559940_T_G:371,0,4174:. 0|0:71,4:75:49:0|1:559940_T_G:0,49,27109:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:43,34:77:99:0|1:559940_T_G:1295,0,18289:. 1|0:52,13:65:99:0|1:559940_T_G:422,0,2307:. 0|1:75,31:106:99:0|1:559940_T_G:1073,0,3098:. 0|0:18,0:18:23:.:.:0,23,481:. 0|1:92,30:122:99:0|1:559940_T_G:971,0,3941:. 1|0:140,62:202:99:0|1:559940_T_G:2203,0,6070:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1065:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1127:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1375:. 0|1:58,18:76:99:0|1:559940_T_G:620,0,2420:. 0|0:54,3:57:43:0|1:559940_T_G:0,43,2385:. 1|0:65,9:74:99:0|1:559940_T_G:215,0,3126:. 1|0:93,35:128:99:0|1:559940_T_G:1262,0,4036:. 1|0:51,5:56:86:0|1:559940_T_G:86,0,2336:. 0|1:106,33:139:99:0|1:559937_A_G:1061,0,4436:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 1|0:110,9:119:23:0|1:559940_T_G:23,0,4928:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1606:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1447:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,759:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1256:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:29,12:41:99:0|1:559940_T_G:408,0,13649:. 0|1:77,38:115:99:0|1:559940_T_G:1334,0,3539:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,993:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1682:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,985:. 0|1:104,42:146:99:0|1:559940_T_G:1522,0,4423:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1099:. 0|1:45,6:51:99:0|1:559940_T_G:104,0,20221:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1313:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1293:. 1|0:37,26:63:99:0|1:559940_T_G:971,0,1602:. 0|1:55,15:70:99:0|1:559940_T_G:500,0,3153:. 0|1:50,19:69:99:0|1:559940_T_G:641,0,2126:. 0|1:56,24:80:99:0|1:559940_T_G:917,0,2379:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:43,8:51:99:0|1:559940_T_G:203,0,4284:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1328:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:54,0:54:76:.:.:0,76,1476:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1378:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,15:88:99:0|1:559940_T_G:389,0,3314:. 0|0:44,0:44:73:.:.:0,73,1216:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,53:153:99:0|1:559940_T_G:2032,0,4365:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,66:70:99:0|1:559940_T_G:2843,0,1304:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:171,73:244:99:0|1:559940_T_G:2607,0,7534:. 1|0:131,49:180:99:0|1:559940_T_G:1777,0,5577:. 0|1:122,62:184:99:0|1:559940_T_G:2218,0,5219:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1436:. 0|1:214,27:241:99:0|1:559940_T_G:459,0,9324:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,64:203:99:0|1:559940_T_G:2422,0,5907:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,106,1800:. 1|0:104,34:138:99:0|1:559940_T_G:1133,0,4598:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,74:156:99:0|1:559940_T_G:3061,0,3333:. 0|1:138,50:188:99:0|1:559940_T_G:1801,0,5801:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,119:254:99:0|1:559940_T_G:4698,0,5554:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:144,16:160:99:0|1:559940_T_G:313,0,6118:. 0|1:133,72:205:99:0|1:559940_T_G:2734,0,5569:. 1|0:107,38:145:99:0|1:559940_T_G:1348,0,4501:. 0|1:82,47:129:99:0|1:559940_T_G:1958,0,3578:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:139,56:195:99:0|1:559940_T_G:2035,0,6144:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:145,43:188:99:0|1:559940_T_G:1477,0,8585:. 0|1:189,81:270:99:0|1:559940_T_G:2859,0,7899:. 0|1:104,35:139:99:0|1:559940_T_G:1187,0,47884:. 1|0:115,13:128:99:0|1:559940_T_G:182,0,5042:. 1|0:128,15:143:99:0|1:559940_T_G:226,0,5582:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1269:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,64:179:99:0|1:559940_T_G:2329,0,43076:. 0|1:101,71:172:99:0|1:559940_T_G:2791,0,4209:. 0|1:103,54:157:99:0|1:559940_T_G:2059,0,4489:. 0|1:104,104:208:99:0|1:559940_T_G:4207,0,4252:. 0|0:122,0:122:0:.:.:0,0,2375:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:50,27:77:99:0|1:559940_T_G:1067,0,2012:. 0|1:60,34:94:99:0|1:559940_T_G:1364,0,2577:. 0|1:63,28:91:99:0|1:559940_T_G:980,0,2645:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:56,7:63:99:0|1:560022_TA_T:116,0,3955:. 1|0:91,24:115:99:0|1:559940_T_G:722,0,3938:. 0|1:127,39:166:99:0|1:559940_T_G:1330,0,9340:. 0|1:39,8:47:99:0|1:559940_T_G:213,0,1698:. 0|1:173,67:240:99:0|1:559940_T_G:2481,0,7341:. 0|1:105,75:180:99:0|1:559940_T_G:2911,0,47359:. 0|1:100,112:212:99:0|1:559940_T_G:4516,0,4038:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1229:. 1|0:87,16:103:99:0|1:559940_T_G:392,0,35317:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:169,79:248:99:0|1:559940_T_G:2949,0,65918:. 0|1:156,26:182:99:0|1:560022_TA_T:595,0,6581:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:12,5:17:99:0|1:559940_T_G:174,0,5220:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,35:113:99:0|1:559940_T_G:1310,0,3332:. 0|1:92,32:124:99:0|1:559940_T_G:1094,0,4099:. 1|0:137,16:153:99:0|1:559940_T_G:229,0,6124:. 0|1:59,52:111:99:0|1:559940_T_G:2036,0,2528:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,25:89:99:0|1:559940_T_G:854,0,2705:. 1|0:71,6:77:35:0|1:559940_T_G:35,0,3005:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,5:89:22:0|1:559940_T_G:0,22,3825:. 1|0:166,38:204:99:0|1:559940_T_G:1117,0,7147:. 1|0:106,20:126:99:0|1:560022_TA_T:494,0,4697:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,991:. 0|1:157,57:214:99:0|1:559940_T_G:1903,0,6714:. 1|0:119,22:141:99:0|1:559940_T_G:571,0,5454:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1311:. 0|1:163,83:246:99:0|1:559940_T_G:3054,0,72660:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:0:.:.:0,0,1512:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1416:. 0|1:85,33:118:99:0|1:559940_T_G:1151,0,3845:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,106,1193:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,7:59:99:0|1:559940_T_G:215,0,2240:. 1|0:96,25:121:99:0|1:559940_T_G:749,0,4124:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:102,27:129:99:0|1:559940_T_G:851,0,4515:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1360:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1264:. 0|1:64,26:90:99:0|1:559940_T_G:884,0,27889:. 0|1:46,18:64:99:0|1:559940_T_G:599,0,2250:. 0|0:109,0:109:14:.:.:0,14,2667:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:92,38:130:99:0|1:559940_T_G:1397,0,3877:. 0|1:54,29:83:99:0|1:559940_T_G:1175,0,2255:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1580:. 1|0:142,27:169:99:0|1:560022_TA_T:641,0,6091:. 0|1:78,40:118:99:0|1:559940_T_G:1430,0,3365:. 1|0:54,5:59:41:0|1:559940_T_G:41,0,2336:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:41,18:59:99:0|1:559940_T_G:626,0,18175:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:125,48:173:99:0|1:559940_T_G:1756,0,55928:. 0|1:40,8:48:99:0|1:559940_T_G:209,0,1781:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,11:57:99:0|1:559940_T_G:311,0,2066:. 0|1:48,24:72:99:0|1:559940_T_G:854,0,2095:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1157:. 0|1:82,18:100:99:0|1:559940_T_G:551,0,4406:. 0|1:137,65:202:99:0|1:559940_T_G:2452,0,55603:. 0|1:76,18:94:99:0|1:559940_T_G:563,0,3218:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,16:49:99:0|1:559940_T_G:566,0,1421:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,21:72:99:0|1:559940_T_G:767,0,2117:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1367:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:77,5:82:34:0|1:559940_T_G:0,34,3420:. 0|1:133,75:208:99:0|1:559940_T_G:2824,0,5479:. 0|1:74,41:115:99:0|1:559940_T_G:1496,0,3067:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,168:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,37:126:99:0|1:559940_T_G:1304,0,4001:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:111,26:137:99:0|1:559940_T_G:731,0,5046:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:89,37:126:99:0|1:559940_T_G:1277,0,3804:. 0|1:150,111:261:99:0|1:559940_T_G:4395,0,6285:. 1|0:36,14:50:99:0|1:559940_T_G:515,0,14261:. 0|1:34,9:43:99:0|1:559940_T_G:315,0,1481:. 0|1:136,31:167:99:0|1:559940_T_G:913,0,5930:. 0|1:237,73:310:99:0|1:559940_T_G:2445,0,10248:. 0|1:85,64:149:99:0|1:559940_T_G:2497,0,3622:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1006:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:88,5:93:23:0|1:559940_T_G:23,0,38827:. 0|1:58,16:74:99:0|1:559940_T_G:494,0,2429:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:78,47:125:99:0|1:559940_T_G:1754,0,3509:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|1:32,6:38:99:0|1:559940_T_G:195,0,1365:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1410:. 0|0:22,0:22:37:.:.:0,37,595:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:52:.:.:0,52,988:. 0|1:94,200:294:99:0|1:559986_A_G:8442,0,3447:. 0|1:42,125:167:99:0|1:559986_A_G:5329,0,1414:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1366:. 0|1:92,61:153:99:0|1:559986_A_G:2368,0,3673:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:96,96:192:99:0|1:559986_A_G:3859,0,3859:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1227:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|1:80,80:160:99:0|1:559986_A_G:3202,0,3112:. 0|1:87,117:204:99:0|1:559986_A_G:4774,0,3334:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1382:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:112,142:254:99:0|1:559986_A_G:5874,0,4300:. 0|0:44,0:44:97:.:.:0,97,1532:. 0|1:97,117:214:99:0|1:560022_TA_T:4597,0,3913:. 0|1:98,106:204:99:0|1:559986_A_G:4264,0,4039:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1231:. 0|1:99,142:241:99:0|1:559986_A_G:5814,0,3969:. 1|0:123,31:154:99:0|1:560022_TA_T:953,0,5132:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:96,133:229:99:0|1:559986_A_G:5446,0,3871:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,575:. 1|0:35,40:75:99:0|1:559986_A_G:1697,0,1382:. 0|1:83,86:169:99:0|1:559986_A_G:3565,0,3295:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:94,118:212:99:0|1:559986_A_G:5167,0,3682:. 0|1:137,120:257:99:0|1:560022_TA_T:4863,0,5583:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:61,79:140:99:0|1:559986_A_G:3206,0,2486:. 0|1:89,110:199:99:0|1:559986_A_G:4627,0,3637:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 0|1:227,313:540:99:0|1:559986_A_G:13185,0,8955:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,461:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|1:35,3:38:21:0|1:559989_A_G:21,0,7227:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1252:. 1|0:100,86:186:99:0|1:559986_A_G:3514,0,4009:. 0|0:357,0:357:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:178,185:363:99:0|1:559986_A_G:7460,0,7235:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,54:101:99:0|1:559986_A_G:2246,0,1886:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,127:240:99:0|1:559986_A_G:5136,0,4686:. 0|1:167,141:308:99:0|1:559986_A_G:5697,0,6777:. 1|0:197,65:262:99:0|1:560022_TA_T:2136,0,8661:. 0|1:132,118:250:99:0|1:559986_A_G:4623,0,5433:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1167:. 0|1:180,16:196:99:0|1:560022_TA_T:127,0,7552:. 0|1:138,123:261:99:0|1:559986_A_G:4815,0,5670:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:98,146:244:99:0|1:559986_A_G:5871,0,3756:. 0|1:30,26:56:99:0|1:559989_A_G:1043,0,1178:. 0|0:360,0:360:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:316,0:316:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:344,510:854:99:0|1:559986_A_G:20937,0,13287:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1162:. 0|1:212,451:663:99:0|1:559986_A_G:18815,0,7925:. 0|1:179,166:345:99:0|1:559986_A_G:6740,0,7370:. 0|1:227,343:570:99:0|1:559986_A_G:14277,0,8877:. 0|1:46,51:97:99:0|1:559994_G_A:2042,0,1817:. 0|1:161,328:489:99:0|1:559986_A_G:13984,0,5974:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:18,1:19:15:0|1:559989_A_G:0,15,810:. 0|1:218,300:518:99:0|1:559986_A_G:12427,0,8467:. 1|0:15,8:23:99:0|1:559994_G_A:330,0,645:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:119,94:213:99:0|1:559986_A_G:3742,0,4912:. 0|1:105,18:123:99:0|1:559940_T_G:431,0,4481:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:191,207:398:99:0|1:559986_A_G:8438,0,7583:. 0|1:132,280:412:99:0|1:559986_A_G:11813,0,4793:. 1|0:55,79:134:99:0|1:559994_G_A:3278,0,2528:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,84:180:99:0|1:559986_A_G:3346,0,4021:. 1|0:141,79:220:99:0|1:559989_A_G:3010,0,5800:. 0|1:19,25:44:99:0|1:559953_T_A:993,0,723:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:373,0:373:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:190,82:272:99:0|1:559986_A_G:3063,0,7968:. 1|0:95,188:284:99:.:.:7632,0,3546:. 1|0:78,52:130:99:0|1:560022_TA_T:1954,0,3242:. 0|1:176,141:317:99:0|1:559986_A_G:5754,0,7149:. 0|1:117,142:259:99:0|1:559986_A_G:5916,0,4881:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,94:184:99:0|1:559986_A_G:3877,0,3607:. 0|1:104,30:134:99:0|1:560022_TA_T:918,0,4355:. 0|0:618,0:618:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1211:. 0|1:61,69:130:99:0|1:559989_A_G:2873,0,2468:. 0|1:262,322:584:99:0|1:559989_A_G:13083,0,10383:. 0|1:78,142:220:99:0|1:559986_A_G:5935,0,3716:. 1|0:142,19:161:99:0|1:560004_G_T:364,0,5989:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:53,60:113:99:0|1:559986_A_G:2441,0,2081:. 0|1:47,49:96:99:0|1:559986_A_G:2036,0,1901:. 0|1:74,52:126:99:0|1:559986_A_G:2030,0,3155:. 0|1:90,173:263:99:0|1:559986_A_G:7281,0,3321:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:47,6:53:99:0|1:560004_G_T:104,0,2040:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1139:. 0|1:38,33:71:99:0|1:559986_A_G:1391,0,1571:. 1|0:18,31:49:99:0|1:559986_A_G:1373,0,653:. 0|1:64,86:150:99:0|1:559986_A_G:3412,0,2512:. 0|1:90,82:172:99:0|1:559986_A_G:3283,0,3733:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1585:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,32:62:99:0|1:559994_G_A:1289,0,1244:. 0|0:17,0:17:30:.:.:0,30,450:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1127:. 0|1:134,96:230:99:0|1:559989_A_G:3862,0,5572:. 1|0:141,82:223:99:0|1:559989_A_G:3121,0,6056:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,246:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1300:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:131,121:252:99:0|1:559986_A_G:4797,0,5337:. 0|1:89,14:103:99:0|1:560022_TA_T:316,0,3778:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1154:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1480:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1174:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1116:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1084:. 0|1:20,29:49:99:0|1:559986_A_G:1238,0,788:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|1:169,381:550:99:0|1:559986_A_G:15813,0,6093:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 560087 . T C 8.71615e+06 PASS FS=0.52;MQ=58.66;QD=19.85;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.738;VQSLOD=4.92;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0;ExcessHet=16.5171;FractionInformativeReads=0.984;GC=19.05;GQ_MEAN=390.41;GQ_STDDEV=558.68;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.2541;MQRankSum=-3.52;NCC=1;ReadPosRankSum=0.631;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12459569;AF=0.177;AS_InbreedingCoeff=-0.1189;MLEAC=947;MLEAF=0.182;AN=852;AC=189 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:64,18:82:99:0|1:560087_T_C:647,0,2627:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1755:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,1786:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1227:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:38,3:41:6:0|1:560084_G_T:6,0,1671:. 0|0:37,0:37:29:.:.:0,29,1013:. 0|1:49,8:57:99:0|1:560084_G_T:182,0,2081:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1248:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1106:. 0|0:36,0:36:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:10,2:12:54:0|1:560084_G_T:54,0,414:. 1|0:26,23:49:99:0|1:560084_G_T:899,0,1146:. 0|0:31,0:31:62:.:.:0,62,899:. 0|1:47,4:51:26:0|1:560084_G_T:26,0,1961:. 1|0:52,10:62:99:0|1:560084_G_T:254,0,2258:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1057:. 0|1:44,42:86:99:0|1:560084_G_T:1658,0,1876:. 0|1:38,7:45:99:0|1:560084_G_T:213,0,1664:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1360:. 1|0:18,4:22:99:0|1:560084_G_T:114,0,744:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,317:. 0|1:50,10:60:99:0|1:560084_G_T:305,0,2114:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2191:. 0|1:93,14:107:99:0|1:560084_G_T:386,0,3924:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,2236:. 0|0:535,0:535:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1257:. 0|1:148,13:161:99:0|1:560084_G_T:136,0,6222:. 0|1:67,16:83:99:0|1:560084_G_T:501,0,2876:. 1|0:43,8:51:99:0|1:560084_G_T:203,0,1823:. 0|0:49,3:52:28:0|1:560084_G_T:0,28,2411:. 1|0:43,7:50:99:0|1:560084_G_T:158,0,1847:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:60,24:84:99:0|1:560084_G_T:974,0,2502:. 0|1:122,35:157:99:0|1:560084_G_T:1138,0,5083:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,12:106:99:0|1:560084_G_T:267,0,3947:. 0|0:83,0:83:32:.:.:0,32,1988:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 1|0:47,21:68:99:0|1:560084_G_T:737,0,1952:. 1|0:51,5:56:83:0|1:560084_G_T:83,0,2278:. 0|1:65,23:88:99:0|1:560084_G_T:795,0,2682:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,800:. 0|1:76,34:110:99:0|1:560084_G_T:1277,0,3133:. 0|0:339,0:339:.:.:.:.:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1065:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1127:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,20:80:99:0|1:560087_T_C:650,0,2548:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,11:85:99:0|1:560084_G_T:230,0,3165:. 1|0:97,19:116:99:0|1:560084_G_T:665,0,4114:. 1|0:55,6:61:80:0|1:560084_G_T:80,0,2359:. 0|1:103,29:132:99:0|1:560084_G_T:929,0,4477:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:86,8:94:99:0|1:560084_G_T:194,0,3667:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1606:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1447:. 0|0:39,0:39:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1256:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:28,6:34:99:0|1:560084_G_T:210,0,1155:. 0|1:76,28:104:99:0|1:560084_G_T:1025,0,3166:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,993:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1682:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,985:. 0|1:118,44:162:99:0|1:560084_G_T:1808,0,4862:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1099:. 0|1:51,6:57:92:0|1:560084_G_T:92,0,2191:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1313:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1234:. 1|0:28,20:48:99:0|1:560084_G_T:791,0,1196:. 0|1:60,8:68:99:0|1:560084_G_T:149,0,2559:. 0|1:55,14:69:99:0|1:560084_G_T:536,0,2385:. 0|1:54,13:67:99:0|1:560084_G_T:462,0,2271:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1849:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1328:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:0|1:560087_T_C:0,105,2123:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1378:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,15:87:99:0|1:560084_G_T:407,0,3045:. 0|0:32,0:32:96:0|1:560084_G_T:0,96,1573:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:124,48:172:99:0|1:560084_G_T:1789,0,5253:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:4,53:57:18:0|1:560084_G_T:2378,0,18:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:87:.:.:0,87,6001:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:327,0:327:0:.:.:0,0,1676:. 1|0:127,54:181:99:0|1:560084_G_T:1993,0,5345:. 0|1:129,37:166:99:0|1:560084_G_T:1261,0,5643:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1436:. 0|1:231,20:251:99:0|1:560084_G_T:240,0,9952:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,54:182:99:0|1:560084_G_T:1909,0,5385:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,4:97:99:0|1:560084_G_T:0,124,4261:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,21:125:99:0|1:560084_G_T:695,0,4295:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,71:162:99:0|1:560084_G_T:2869,0,3679:. 0|1:163,59:222:99:0|1:560087_T_C:2014,0,6821:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:121,107:228:99:0|1:560084_G_T:4207,0,4784:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:156,18:174:99:0|1:560084_G_T:298,0,6740:. 0|1:142,50:192:99:0|1:560084_G_T:1828,0,5931:. 1|0:110,29:139:99:0|1:560084_G_T:956,0,4718:. 0|1:102,46:148:99:0|1:560084_G_T:1744,0,4199:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,63:226:99:0|1:560084_G_T:2314,0,6751:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:140,35:175:99:0|1:560084_G_T:1165,0,5854:. 0|1:180,75:255:99:0|1:560084_G_T:2883,0,7529:. 0|1:87,38:125:99:0|1:560084_G_T:1394,0,3833:. 0|0:179,0:179:0:.:.:0,0,4020:. 0|0:239,0:239:51:.:.:0,51,5507:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1269:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:118,47:165:99:0|1:560084_G_T:1606,0,4961:. 0|1:117,60:177:99:0|1:560084_G_T:2269,0,5025:. 0|1:108,46:154:99:0|1:560084_G_T:1588,0,4590:. 0|1:91,82:173:99:0|1:560084_G_T:3406,0,3710:. 0|0:96,5:101:4:0|1:560084_G_T:0,4,4087:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,28:71:99:0|1:560084_G_T:1079,0,1824:. 0|1:52,25:77:99:0|1:560084_G_T:971,0,2151:. 0|1:68,22:90:99:0|1:560084_G_T:839,0,2826:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:53,7:60:99:0|1:560084_G_T:132,0,2188:. 1|0:107,20:127:99:0|1:560084_G_T:554,0,4514:. 0|1:127,52:179:99:0|1:560084_G_T:1903,0,5466:. 0|1:41,17:58:99:0|1:560084_G_T:632,0,1667:. 0|1:187,64:251:99:0|1:560084_G_T:2400,0,7851:. 0|1:108,62:170:99:0|1:560084_G_T:2488,0,4333:. 0|1:143,65:208:99:0|1:560087_T_C:2455,0,5939:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1229:. 1|0:107,10:117:89:0|1:560084_G_T:89,0,4589:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:167,50:217:99:0|1:560084_G_T:1654,0,7183:. 0|1:131,45:176:99:0|1:560084_G_T:1537,0,5518:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,7:14:99:0|1:560084_G_T:270,0,294:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:76,26:102:99:0|1:560084_G_T:1009,0,3189:. 0|1:112,15:127:99:0|1:560084_G_T:323,0,4805:. 1|0:162,16:178:99:0|1:560084_G_T:205,0,6964:. 0|1:58,34:92:99:0|1:560084_G_T:1373,0,2367:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:55,11:66:99:0|1:560084_G_T:419,0,2293:. 1|0:56,5:61:41:0|1:560084_G_T:41,0,2336:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:182,24:206:99:0|1:560084_G_T:571,0,7750:. 1|0:79,36:115:99:0|1:560084_G_T:1433,0,3304:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,991:. 0|1:172,45:217:99:0|1:560084_G_T:1477,0,7336:. 1|0:145,11:156:85:0|1:560084_G_T:85,0,6347:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1311:. 0|1:187,51:238:99:0|1:560084_G_T:1596,0,8015:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:82,22:104:99:0|1:560087_T_C:800,0,3410:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1416:. 0|1:91,22:113:99:0|1:560084_G_T:806,0,3875:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,1035:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:45,0:45:23:.:.:0,23,1130:. 0|0:180,0:180:32:.:.:0,32,4092:. 0|1:61,8:69:99:0|1:560084_G_T:146,0,2621:. 1|0:99,17:116:99:0|1:560084_G_T:443,0,4236:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:92,19:111:99:0|1:560084_G_T:509,0,3956:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:60:.:.:0,60,900:. 0|1:73,19:92:99:0|1:560084_G_T:573,0,3039:. 0|1:49,16:65:99:0|1:560084_G_T:599,0,2112:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,3002:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1712:. 0|1:175,70:245:99:0|1:560087_T_C:2406,0,7230:. 0|1:64,21:85:99:0|1:560084_G_T:809,0,2662:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1580:. 0|0:235,0:235:0:.:.:0,0,3888:. 0|1:82,25:107:99:0|1:560084_G_T:869,0,3559:. 0|0:48,2:50:40:0|1:560084_G_T:0,40,2177:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1737:. 1|0:39,12:51:99:0|1:560084_G_T:386,0,1601:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1187:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:146,52:198:99:0|1:560087_T_C:1768,0,6168:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,1029:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:60,7:67:99:0|1:560084_G_T:110,0,2522:. 0|1:65,26:91:99:0|1:560084_G_T:932,0,2732:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1157:. 0|1:91,7:98:59:0|1:560087_T_C:59,0,3839:. 0|1:137,60:197:99:0|1:560084_G_T:2221,0,5713:. 0|1:98,15:113:99:0|1:560087_T_C:374,0,4071:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,14:53:99:0|1:560084_G_T:464,0,1659:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:54,11:65:99:0|1:560084_G_T:338,0,2258:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1334:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:76,4:80:70:0|1:560084_G_T:0,70,3338:. 0|1:130,55:185:99:0|1:560084_G_T:2107,0,5501:. 0|1:64,32:96:99:0|1:560084_G_T:1265,0,2694:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,192:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,39:139:99:0|1:560084_G_T:1490,0,4247:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:148,24:172:99:0|1:560087_T_C:676,0,6248:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:91,30:121:99:0|1:560084_G_T:1055,0,3880:. 0|1:151,63:214:99:0|1:560084_G_T:2218,0,6284:. 1|0:44,10:54:99:0|1:560084_G_T:287,0,1817:. 0|1:30,11:41:99:0|1:560084_G_T:366,0,1311:. 0|1:144,30:174:99:0|1:560084_G_T:805,0,6165:. 0|1:250,55:305:99:0|1:560084_G_T:1827,0,10579:. 0|1:89,51:140:99:0|1:560084_G_T:1940,0,3744:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1226:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:130,0:130:0:.:.:0,0,2510:. 0|1:60,7:67:99:0|1:560084_G_T:107,0,2566:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:76,33:109:99:0|1:560084_G_T:1280,0,3108:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,540:. 0|1:44,6:50:99:0|1:560084_G_T:116,0,1871:. 0|0:61,0:61:51:.:.:0,51,1491:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1410:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:62:.:.:0,62,1179:. 0|1:124,232:356:99:0|1:560084_G_T:9814,0,4670:. 1|0:34,127:161:99:0|1:560084_G_T:5508,0,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1366:. 0|1:118,61:179:99:0|1:560084_G_T:2291,0,4793:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:97,113:210:99:0|1:560084_G_T:4598,0,3833:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1227:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 1|0:93,112:205:99:0|1:560084_G_T:4582,0,3661:. 1|0:94,150:244:99:0|1:560084_G_T:6129,0,3757:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1382:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:108,158:266:99:0|1:560084_G_T:6561,0,4160:. 0|0:30,0:30:93:0|1:560084_G_T:0,93,1395:. 0|1:101,147:248:99:0|1:560087_T_C:6045,0,3889:. 0|1:113,154:267:99:0|1:560084_G_T:6314,0,4590:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1231:. 1|0:123,177:300:99:0|1:560084_G_T:7401,0,4871:. 1|0:94,39:133:99:0|1:560084_G_T:1417,0,3930:. 0|0:43,0:43:93:.:.:0,93,1376:. 0|0:39,0:39:66:.:.:0,66,1236:. 0|1:113,166:279:99:0|1:560084_G_T:6901,0,4388:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|0:47,54:101:99:0|1:560084_G_T:2275,0,1869:. 1|0:85,103:188:99:0|1:560084_G_T:4267,0,3513:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,149:247:99:0|1:560084_G_T:6242,0,3788:. 0|1:110,161:271:99:0|1:560087_T_C:6795,0,4407:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:80,122:202:99:0|1:560084_G_T:5088,0,3130:. 0|1:109,160:269:99:0|1:560084_G_T:6563,0,4205:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 0|1:226,455:681:99:0|1:560084_G_T:18973,0,8437:. 0|0:482,0:482:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:445,0:445:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:9,0:9:12:.:.:0,12,180:. 0|0:51,0:51:92:.:.:0,92,1704:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1252:. 1|0:99,106:205:99:0|1:560084_G_T:4268,0,4011:. 0|0:324,0:324:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:200,214:414:99:0|1:560084_G_T:8761,0,7973:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,74:131:99:0|1:560084_G_T:3093,0,2159:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,165:299:99:0|1:560084_G_T:6678,0,5148:. 0|1:178,200:378:99:0|1:560084_G_T:8331,0,7013:. 1|0:213,70:283:99:0|1:560084_G_T:2419,0,9129:. 0|1:161,138:299:99:0|1:560084_G_T:5578,0,6524:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1167:. 0|1:188,20:208:99:0|1:560084_G_T:259,0,8020:. 0|1:135,177:312:99:0|1:560084_G_T:7275,0,5373:. 0|0:176,0:176:0:.:.:0,0,2926:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:111,196:307:99:0|1:560084_G_T:8058,0,4121:. 0|1:28,36:64:99:0|1:560084_G_T:1461,0,1142:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:324,612:936:99:0|1:560084_G_T:25657,0,12078:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1162:. 0|1:229,542:771:99:0|1:560084_G_T:22552,0,8244:. 0|1:198,219:417:99:0|1:560084_G_T:8875,0,7990:. 0|1:225,390:615:99:0|1:560084_G_T:16206,0,8521:. 0|1:51,71:122:99:0|1:560084_G_T:2828,0,1928:. 0|1:164,435:599:99:0|1:560084_G_T:18509,0,5840:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:18,3:21:72:0|1:560084_G_T:72,0,747:. 0|1:217,353:570:99:0|1:560084_G_T:14852,0,8368:. 1|0:19,14:33:99:0|1:560084_G_T:531,0,756:. 0|0:186,9:195:99:0|1:560087_T_C:0,122,8196:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:108,108:216:99:0|1:560084_G_T:4377,0,4391:. 0|0:324,0:324:.:.:.:0,0,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:195,227:422:99:0|1:560084_G_T:9094,0,7885:. 0|1:139,371:510:99:0|1:560084_G_T:15714,0,4889:. 1|0:54,95:149:99:0|1:560084_G_T:3910,0,2520:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,111:226:99:0|1:560084_G_T:4509,0,4629:. 1|0:126,107:233:99:0|1:560084_G_T:4232,0,5249:. 0|1:16,29:45:99:0|1:560084_G_T:1244,0,579:. 0|0:274,0:274:0:.:.:0,0,7169:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:301,0:301:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:166,113:279:99:0|1:560084_G_T:4342,0,6843:. 1|0:98,254:352:99:0|1:560084_G_T:10574,0,3418:. 1|0:80,64:144:99:0|1:560087_T_C:2510,0,3224:. 0|1:197,201:398:99:0|1:560084_G_T:8141,0,7752:. 0|1:145,185:330:99:0|1:560084_G_T:7717,0,5716:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,126:247:99:0|1:560084_G_T:5163,0,4880:. 0|0:333,0:333:0:.:.:0,0,1516:. 0|0:575,0:575:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1211:. 0|1:57,91:148:99:0|1:560084_G_T:3727,0,2173:. 0|1:258,355:613:99:0|1:560084_G_T:14669,0,10089:. 0|1:82,186:268:99:0|1:560084_G_T:7728,0,4113:. 1|0:139,19:158:99:0|1:560084_G_T:445,0,5962:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:64,91:155:99:0|1:560084_G_T:3777,0,2491:. 0|1:56,61:117:99:0|1:560084_G_T:2422,0,2207:. 0|1:83,88:171:99:0|1:560084_G_T:3617,0,3377:. 0|1:90,240:330:99:0|1:560084_G_T:10146,0,3190:. 0|0:62,0:62:81:.:.:0,81,1829:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1516:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1139:. 0|1:44,46:90:99:0|1:560084_G_T:1838,0,1728:. 1|0:23,36:59:99:0|1:560084_G_T:1484,0,854:. 1|0:81,105:186:99:0|1:560084_G_T:4454,0,3091:. 1|0:98,110:208:99:0|1:560084_G_T:4500,0,3885:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:164,0:164:0:.:.:0,0,3853:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1585:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:32,38:70:99:0|1:560084_G_T:1538,0,1253:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1127:. 0|1:130,128:258:99:0|1:560084_G_T:5007,0,5181:. 1|0:159,98:257:99:0|1:560084_G_T:3854,0,6833:. 0|0:11,0:11:15:.:.:0,15,225:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1300:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:155,149:304:99:0|1:560084_G_T:6163,0,6154:. 0|1:85,25:110:99:0|1:560084_G_T:776,0,3704:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1154:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1480:. 0|0:61,0:61:7:.:.:0,7,1629:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1084:. 0|1:31,31:62:99:0|1:560084_G_T:1309,0,1241:. 0|0:20,0:20:39:.:.:0,39,585:. 0|1:175,460:635:99:0|1:560084_G_T:19683,0,6327:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 560091 . T A 8.77023e+06 PASS FS=1.1;MQ=58.3;QD=20.02;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.767;VQSLOD=3.63;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0;ExcessHet=20.268;FractionInformativeReads=0.984;GC=14.29;GQ_MEAN=387.91;GQ_STDDEV=558.79;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.2747;MQRankSum=-3.331;NCC=1;ReadPosRankSum=0.804;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=12483088;AF=0.181;AS_InbreedingCoeff=-0.1658;MLEAC=979;MLEAF=0.189;AN=854;AC=191 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:62,20:82:99:0|1:560087_T_C:696,0,2747:. 0|0:73,0:73:74:.:.:0,74,1979:. 0|0:75,0:75:8:.:.:0,8,1913:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,1666:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:42,0:42:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:37,3:40:9:0|1:560084_G_T:9,0,1629:. 0|0:36,0:36:44:.:.:0,44,1017:. 0|1:49,8:57:99:0|1:560084_G_T:224,0,2114:. 0|0:76,0:76:55:.:.:0,55,2007:. 0|0:58,0:58:0:.:.:0,0,1073:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,1091:. 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:9,2:11:57:0|1:560084_G_T:57,0,372:. 1|0:28,24:52:99:0|1:560084_G_T:1004,0,1140:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,1125:. 0|1:45,4:49:14:0|1:560084_G_T:14,0,2129:. 1|0:51,12:63:99:0|1:560084_G_T:347,0,2147:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1057:. 0|1:43,46:89:99:0|1:560084_G_T:1868,0,1913:. 0|1:39,8:47:99:0|1:560084_G_T:261,0,1611:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,109,1360:. 1|0:17,4:21:99:0|1:560084_G_T:111,0,786:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,319:. 0|1:48,12:60:99:0|1:560084_G_T:386,0,2186:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2132:. 0|1:91,17:108:99:0|1:560084_G_T:419,0,4064:. 0|0:109,0:109:0:.:.:0,0,1545:. 0|0:536,0:536:.:.:.:.:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1257:. 0|1:142,14:156:99:0|1:560084_G_T:130,0,6340:. 0|1:70,17:87:99:0|1:560084_G_T:584,0,2924:. 1|0:43,9:52:99:0|1:560084_G_T:245,0,1820:. 0|0:49,3:52:31:0|1:560084_G_T:0,31,2494:. 1|0:40,7:47:99:0|1:560084_G_T:161,0,1826:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:61,28:89:99:0|1:560084_G_T:1028,0,2558:. 0|1:119,41:160:99:0|1:560084_G_T:1474,0,5074:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,13:107:99:0|1:560084_G_T:344,0,3944:. 0|0:90,0:90:0:.:.:0,0,1862:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:50,21:71:99:0|1:560084_G_T:773,0,2033:. 1|0:52,6:58:99:0|1:560084_G_T:131,0,2246:. 0|1:66,24:90:99:0|1:560084_G_T:842,0,2822:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,855:. 0|1:70,38:108:99:0|1:560084_G_T:1505,0,2900:. 0|0:340,0:340:0:.:.:0,0,518:. 0|0:64,0:64:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1127:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,21:79:99:0|1:560084_G_T:779,0,2488:. 0|0:89,0:89:4:.:.:0,4,2126:. 1|0:71,12:83:99:0|1:560084_G_T:320,0,3110:. 1|0:99,24:123:99:0|1:560084_G_T:695,0,4295:. 1|0:56,6:62:80:0|1:560084_G_T:80,0,2375:. 0|1:106,32:138:99:0|1:560084_G_T:1064,0,4394:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 1|0:82,12:94:99:0|1:560084_G_T:245,0,3575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1606:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1447:. 0|0:40,0:40:54:.:.:0,54,810:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1256:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:28,7:35:99:0|1:560084_G_T:210,0,1155:. 0|1:72,31:103:99:0|1:560084_G_T:1160,0,3050:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,993:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,101,1682:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,985:. 0|1:116,52:168:99:0|1:560084_G_T:1945,0,4915:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1099:. 0|1:50,6:56:99:0|1:560084_G_T:176,0,2201:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1313:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1234:. 1|0:30,21:51:99:0|1:560084_G_T:959,0,1184:. 0|1:58,8:66:99:0|1:560084_G_T:158,0,2453:. 0|1:54,18:72:99:0|1:560084_G_T:623,0,2378:. 0|1:52,18:70:99:0|1:560084_G_T:590,0,2255:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1880:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1328:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,1:46:99:0|1:560087_T_C:0,112,2250:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1378:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,17:89:99:0|1:560084_G_T:479,0,3224:. 0|0:29,0:29:93:0|1:560084_G_T:0,93,1528:. 0|0:154,0:154:0:.:.:0,0,2058:. 1|0:124,57:181:99:0|1:560084_G_T:2047,0,5242:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,62:66:34:1|1:560084_G_T:2835,34,0:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:136,0:136:0:.:.:0,0,1335:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:153,0:153:64:.:.:0,64,3653:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:18:.:.:0,18,5799:. 0|0:131,0:131:0:.:.:0,0,2505:. 0|0:325,0:325:0:.:.:0,0,2317:. 1|0:124,58:182:99:0|1:560084_G_T:2191,0,5566:. 0|1:125,42:167:99:0|1:560084_G_T:1612,0,5481:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1436:. 0|1:233,23:256:99:0|1:560084_G_T:375,0,9915:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:123,57:180:99:0|1:560084_G_T:2287,0,5392:. 0|0:223,0:223:40:.:.:0,40,5400:. 0|0:91,4:95:99:0|1:560084_G_T:0,112,4135:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,27:126:99:0|1:560084_G_T:902,0,4322:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:91,80:171:99:0|1:560084_G_T:3112,0,3787:. 0|1:144,80:224:99:0|1:560084_G_T:3037,0,5934:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:117,114:231:99:0|1:560084_G_T:4501,0,4816:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:152,19:171:99:0|1:560084_G_T:307,0,6787:. 0|1:131,55:186:99:0|1:560084_G_T:1963,0,5833:. 1|0:108,35:143:99:0|1:560084_G_T:1198,0,4843:. 0|1:104,52:156:99:0|1:560084_G_T:2023,0,4408:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,972:. 0|1:160,73:233:99:0|1:560084_G_T:2724,0,6864:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,40:177:99:0|1:560084_G_T:1333,0,5878:. 0|1:178,88:266:99:0|1:560084_G_T:3390,0,7485:. 0|1:91,40:131:99:0|1:560084_G_T:1433,0,3908:. 0|0:178,0:178:0:.:.:0,0,2510:. 0|0:238,0:238:0:.:.:0,0,2613:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1269:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,53:168:99:0|1:560084_G_T:1897,0,5002:. 0|1:123,65:188:99:0|1:560084_G_T:2428,0,5173:. 0|1:108,48:156:99:0|1:560084_G_T:1804,0,4549:. 0|1:94,96:190:99:0|1:560084_G_T:4111,0,3841:. 1|0:92,7:99:11:0|1:560084_G_T:11,0,3926:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:162,0:162:0:.:.:0,0,878:. 0|1:44,30:74:99:0|1:560084_G_T:1250,0,1790:. 0|1:53,29:82:99:0|1:560084_G_T:1136,0,2216:. 0|1:69,26:95:99:0|1:560084_G_T:920,0,2900:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:51,8:59:99:0|1:560084_G_T:170,0,2285:. 1|0:102,21:123:99:0|1:560084_G_T:548,0,4598:. 0|1:130,58:188:99:0|1:560084_G_T:2068,0,5533:. 0|1:40,18:58:99:0|1:560084_G_T:719,0,1619:. 0|1:189,73:262:99:0|1:560084_G_T:2559,0,8004:. 0|1:103,72:175:99:0|1:560084_G_T:2776,0,4396:. 0|1:118,100:218:99:0|1:560084_G_T:3997,0,4811:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1229:. 1|0:104,11:115:99:0|1:560084_G_T:170,0,4625:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:169,57:226:99:0|1:560084_G_T:1984,0,7294:. 0|1:129,46:175:99:0|1:560084_G_T:1612,0,5482:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,7:14:99:0|1:560084_G_T:273,0,273:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:73,31:104:99:0|1:560084_G_T:1073,0,3098:. 0|1:115,16:131:99:0|1:560084_G_T:404,0,4859:. 1|0:160,18:178:99:0|1:560084_G_T:256,0,6916:. 0|1:57,41:98:99:0|1:560084_G_T:1628,0,2348:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:53,15:68:99:0|1:560084_G_T:548,0,2258:. 1|0:55,5:60:38:0|1:560084_G_T:38,0,2378:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:0:.:.:0,0,1652:. 1|0:181,29:210:99:0|1:560084_G_T:733,0,7843:. 1|0:79,41:120:99:0|1:560084_G_T:1565,0,3230:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:75:.:.:0,75,1125:. 0|1:169,50:219:99:0|1:560084_G_T:1660,0,7150:. 1|0:145,14:159:99:0|1:560084_G_T:130,0,6340:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1311:. 0|1:186,57:243:99:0|1:560084_G_T:1986,0,7836:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,26:106:99:0|1:560084_G_T:884,0,3368:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1416:. 0|1:95,28:123:99:0|1:560084_G_T:923,0,4028:. 0|0:45,0:45:24:.:.:0,24,1160:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,759:. 0|0:179,0:179:18:.:.:0,18,4131:. 0|1:59,6:65:59:0|1:560084_G_T:59,0,2669:. 1|0:97,19:116:99:0|1:560084_G_T:617,0,4217:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:92,20:112:99:0|1:560084_G_T:590,0,4010:. 0|0:100,0:100:67:.:.:0,67,2481:. 0|0:43,0:43:57:.:.:0,57,855:. 0|1:71,21:92:99:0|1:560084_G_T:743,0,3038:. 0|1:52,20:72:99:0|1:560084_G_T:716,0,2246:. 0|0:136,0:136:0:.:.:0,0,3015:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1712:. 0|1:103,138:241:99:0|1:560084_G_T:5660,0,3889:. 0|1:60,25:85:99:0|1:560084_G_T:941,0,2606:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1580:. 0|0:230,0:230:0:.:.:0,0,3950:. 0|1:84,28:112:99:0|1:560084_G_T:914,0,3569:. 0|0:48,1:49:99:0|1:560084_G_T:0,111,2217:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1714:. 1|0:39,13:52:99:0|1:560084_G_T:452,0,1847:. 0|0:46,0:46:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:61,0:61:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:140,61:201:99:0|1:560084_G_T:2290,0,5855:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1138:. 0|0:57,0:57:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:57,7:64:99:0|1:560084_G_T:149,0,2579:. 0|1:64,28:92:99:0|1:560084_G_T:977,0,2687:. 0|0:68,0:68:93:.:.:0,93,1395:. 0|1:85,9:94:99:0|1:560087_T_C:141,0,3707:. 0|1:137,68:205:99:0|1:560084_G_T:2500,0,5920:. 0|1:85,32:117:99:0|1:560084_G_T:1152,0,3556:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:40,14:54:99:0|1:560084_G_T:509,0,1634:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,14:66:99:0|1:560084_G_T:416,0,2351:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:73,4:77:10:0|1:560084_G_T:0,10,3060:. 0|1:127,63:190:99:0|1:560084_G_T:2365,0,5470:. 0|1:64,35:99:99:0|1:560084_G_T:1358,0,2618:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:105,45:150:99:0|1:560084_G_T:1735,0,4345:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:134,42:176:99:0|1:560084_G_T:1390,0,5645:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:86,33:119:99:0|1:560084_G_T:1145,0,3845:. 0|1:144,69:213:99:0|1:560084_G_T:2614,0,6079:. 1|0:44,10:54:99:0|1:560084_G_T:275,0,1985:. 0|1:31,11:42:99:0|1:560084_G_T:450,0,1305:. 0|1:141,32:173:99:0|1:560084_G_T:982,0,6112:. 0|1:246,66:312:99:0|1:560084_G_T:2193,0,10788:. 0|1:91,55:146:99:0|1:560084_G_T:2269,0,3882:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1067:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:126,0:126:0:.:.:0,0,2555:. 0|1:60,7:67:99:0|1:560084_G_T:149,0,2579:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:78,37:115:99:0|1:560084_G_T:1352,0,3287:. 0|0:21,0:21:36:.:.:0,36,540:. 0|1:45,7:52:99:0|1:560084_G_T:158,0,1868:. 0|0:60,0:60:96:.:.:0,96,1618:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,118,1410:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,2006:. 0|0:45,0:45:48:.:.:0,48,720:. 0|1:123,236:359:99:0|1:560084_G_T:9776,0,4646:. 0|1:33,129:162:99:0|1:560084_G_T:5482,0,1027:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1366:. 0|1:117,61:178:99:0|1:560084_G_T:2278,0,4933:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,2447:. 1|0:96,116:212:99:0|1:560084_G_T:4702,0,3757:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1227:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,95:. 0|1:93,113:206:99:0|1:560084_G_T:4792,0,3667:. 0|1:96,145:241:99:0|1:560084_G_T:6204,0,3774:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1382:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:107,158:265:99:0|1:560084_G_T:6516,0,4087:. 0|0:28,0:28:90:0|1:560084_G_T:0,90,1350:. 0|1:100,145:245:99:0|1:560087_T_C:5910,0,3795:. 0|1:115,150:265:99:0|1:560084_G_T:6282,0,4437:. 0|0:147,0:147:0:.:.:0,0,943:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1231:. 0|1:123,176:299:99:0|1:560084_G_T:7470,0,4770:. 1|0:95,39:134:99:0|1:560084_G_T:1475,0,3905:. 0|0:43,0:43:93:.:.:0,93,1391:. 0|0:37,0:37:75:.:.:0,75,1200:. 0|1:117,162:279:99:0|1:560084_G_T:6612,0,4497:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 1|0:46,57:103:99:0|1:560084_G_T:2249,0,1844:. 0|1:88,103:191:99:0|1:560084_G_T:4300,0,3535:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,152:251:99:0|1:560084_G_T:6243,0,3813:. 0|1:113,164:277:99:0|1:560087_T_C:6870,0,4395:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:80,123:203:99:0|1:560084_G_T:5161,0,3181:. 0|1:106,154:260:99:0|1:560084_G_T:6390,0,4095:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 0|1:224,455:679:99:0|1:560084_G_T:19328,0,8348:. 0|0:491,0:491:0:.:.:0,0,10379:. 0|0:454,0:454:0:.:.:0,0,9352:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:10,0:10:9:.:.:0,9,135:. 0|0:51,0:51:81:.:.:0,81,1643:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,1115:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1252:. 1|0:100,107:207:99:0|1:560084_G_T:4309,0,3994:. 0|0:321,0:321:0:.:.:0,0,1916:. 0|1:196,213:409:99:0|1:560084_G_T:8600,0,8240:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:57,71:128:99:0|1:560084_G_T:2927,0,2297:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1199:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:132,163:295:99:0|1:560084_G_T:6675,0,5370:. 0|1:172,206:378:99:0|1:560084_G_T:8276,0,6926:. 1|0:209,74:283:99:0|1:560084_G_T:2529,0,9009:. 0|1:164,137:301:99:0|1:560084_G_T:5751,0,6606:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1167:. 0|1:181,19:200:99:0|1:560084_G_T:262,0,8002:. 0|1:136,183:319:99:0|1:560084_G_T:7344,0,5364:. 0|0:187,0:187:31:.:.:0,31,5364:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 1|0:112,202:314:99:0|1:560084_G_T:8175,0,4260:. 0|1:30,35:65:99:0|1:560084_G_T:1418,0,1193:. 0|0:351,0:351:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:330,0:330:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:322,619:941:99:0|1:560084_G_T:26207,0,12032:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1162:. 0|1:230,530:760:99:0|1:560084_G_T:22390,0,8170:. 0|1:199,212:411:99:0|1:560084_G_T:8738,0,8063:. 0|1:221,391:612:99:0|1:560084_G_T:16617,0,8292:. 0|1:49,71:120:99:0|1:560084_G_T:2873,0,1883:. 0|1:173,438:611:99:0|1:560084_G_T:18363,0,6078:. 0|0:189,0:189:14:.:.:0,14,5312:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:17,3:20:69:0|1:560084_G_T:69,0,789:. 0|1:216,348:564:99:0|1:560084_G_T:14691,0,8346:. 1|0:20,15:35:99:0|1:560084_G_T:612,0,792:. 0|0:181,11:192:99:0|1:560087_T_C:0,119,8190:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:106,110:216:99:0|1:560084_G_T:4504,0,4189:. 0|0:327,0:327:0:.:.:0,0,847:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:196,224:420:99:0|1:560084_G_T:9212,0,7862:. 0|1:141,367:508:99:0|1:560084_G_T:15601,0,4979:. 1|0:55,101:156:99:0|1:560084_G_T:4114,0,2589:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,113:227:99:0|1:560084_G_T:4597,0,4642:. 1|0:128,101:229:99:0|1:560084_G_T:4180,0,5215:. 0|1:16,28:44:99:0|1:560084_G_T:1254,0,579:. 0|0:273,0:273:63:.:.:0,63,7687:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:298,0:298:0:.:.:0,0,2068:. 1|0:163,112:275:99:0|1:560084_G_T:4404,0,6744:. 1|0:95,262:357:99:0|1:560084_G_T:10916,0,3330:. 1|0:77,65:142:99:0|1:560087_T_C:2579,0,3074:. 0|1:198,197:395:99:0|1:560084_G_T:8078,0,7943:. 0|1:148,187:335:99:0|1:560084_G_T:7688,0,5798:. 0|0:90,3:93:99:0|1:560091_T_A:0,109,5285:. 0|1:119,130:249:99:0|1:560084_G_T:5172,0,4767:. 0|0:330,0:330:0:.:.:0,0,1581:. 0|0:575,0:575:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1211:. 0|1:56,96:152:99:0|1:560084_G_T:4108,0,2128:. 0|1:256,363:619:99:0|1:560084_G_T:14871,0,9921:. 0|1:83,195:278:99:0|1:560084_G_T:8016,0,4186:. 1|0:140,22:162:99:0|1:560084_G_T:484,0,6064:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:60,89:149:99:0|1:560084_G_T:3721,0,2281:. 0|1:57,61:118:99:0|1:560084_G_T:2429,0,2249:. 0|1:82,90:172:99:0|1:560084_G_T:3604,0,3334:. 0|1:91,237:328:99:0|1:560084_G_T:10256,0,3191:. 0|0:66,0:66:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1709:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1144:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1147:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1139:. 0|1:45,48:93:99:0|1:560084_G_T:1958,0,1823:. 1|0:24,36:60:99:0|1:560084_G_T:1481,0,896:. 0|1:76,109:185:99:0|1:560084_G_T:4549,0,2974:. 1|0:94,107:201:99:0|1:560084_G_T:4537,0,3727:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1159:. 0|0:75,0:75:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:171,0:171:0:.:.:0,0,3676:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1585:. 0|0:209,0:209:0:.:.:0,0,1934:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1305:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,766:. 0|1:31,41:72:99:0|1:560084_G_T:1712,0,1172:. 0|0:22,0:22:39:.:.:0,39,585:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1127:. 0|1:122,130:252:99:0|1:560084_G_T:5100,0,5190:. 1|0:155,98:253:99:0|1:560084_G_T:3720,0,6744:. 0|0:10,0:10:9:.:.:0,9,135:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1300:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:151,155:306:99:0|1:560084_G_T:6282,0,6192:. 0|1:81,24:105:99:0|1:560084_G_T:803,0,3368:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1154:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1168:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1480:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1431:. 0|0:242,0:242:0:.:.:0,0,5415:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1084:. 0|1:30,33:63:99:0|1:560084_G_T:1295,0,1160:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,209:. 0|1:177,460:637:99:0|1:560084_G_T:19526,0,6161:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 560211 . A T 9.7166e+06 PASS FS=2.452;MQ=57.85;QD=19.33;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.856;VQSLOD=4.47;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0;ExcessHet=23.9472;FractionInformativeReads=0.939;GC=19.05;GQ_MEAN=502.31;GQ_STDDEV=701.33;HRun=1;InbreedingCoeff=-0.308;MQRankSum=-4.099;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.862;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=DP;set=snp;DP=17211125;AF=0.206;AS_InbreedingCoeff=-0.231;MLEAC=1148;MLEAF=0.222;AN=854;AC=216 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:60,62:122:99:0|1:560084_G_T:2546,0,2366:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,32:99:99:0|1:560129_C_A:1211,0,2921:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,1106:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1114:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1475:. 0|1:50,16:66:99:0|1:560084_G_T:512,0,2177:. 0|0:33,0:33:33:.:.:0,33,954:. 0|1:57,26:83:99:0|1:560084_G_T:911,0,2441:. 0|1:52,9:61:99:0|1:560155_A_AG:212,0,2282:. 1|0:33,17:50:99:0|1:560129_C_A:686,0,1496:. 0|1:49,18:67:99:0|1:560129_C_A:692,0,1997:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1254:. 0|1:10,8:18:99:0|1:560084_G_T:300,0,480:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,1253:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:45,39:84:99:0|1:560101_TAATATATG_T:1524,0,1853:. 1|0:66,29:95:99:0|1:560084_G_T:1049,0,2849:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,157:216:99:0|1:560084_G_T:6832,0,2017:. 0|1:48,35:83:99:0|1:560084_G_T:1619,0,1889:. 0|0:175,0:175:0:.:.:0,0,3887:. 1|0:22,15:37:99:0|1:560084_G_T:603,0,918:. 0|1:9,7:16:99:0|1:560129_C_A:306,0,396:. 0|1:63,48:111:99:0|1:560084_G_T:2117,0,2522:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,1763:. 0|1:94,29:123:99:0|1:560116_TTTTTTTC_T:972,0,4064:. 0|1:98,63:161:99:0|1:560084_G_T:2467,0,4042:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,2001:. 0|0:590,0:590:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1621:. 0|1:160,37:197:99:0|1:560084_G_T:1297,0,6967:. 0|1:85,82:167:99:0|1:560084_G_T:3271,0,3300:. 1|0:47,17:64:99:0|1:560084_G_T:653,0,1958:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1518:. 1|0:63,18:81:99:0|1:560084_G_T:563,0,2633:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:74,79:153:99:0|1:560084_G_T:3124,0,3034:. 0|1:157,141:298:99:0|1:560084_G_T:5625,0,6615:. 0|0:182,0:182:0:.:.:0,0,3280:. 1|0:97,37:134:99:0|1:560084_G_T:1301,0,4001:. 0|0:89,0:89:0:.:.:0,0,2046:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 1|0:67,103:170:99:0|1:560084_G_T:4285,0,2575:. 1|0:55,31:86:99:0|1:560084_G_T:1127,0,2342:. 0|1:78,75:153:99:0|1:560084_G_T:2998,0,3043:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,749:. 0|1:98,89:187:99:0|1:560084_G_T:3553,0,4048:. 0|0:523,0:523:0:.:.:0,0,3306:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1641:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:46,64:110:99:0|1:560084_G_T:2549,0,1739:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:79,16:95:99:0|1:560084_G_T:425,0,3395:. 1|0:101,86:187:99:0|1:560084_G_T:3418,0,4183:. 1|0:74,23:97:99:0|1:560084_G_T:866,0,3071:. 0|1:140,105:245:99:0|1:560084_G_T:4128,0,5928:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:99,35:134:99:0|1:560084_G_T:1211,0,4091:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:0:.:.:0,0,2230:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1330:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,26:51:99:0|1:560084_G_T:1181,0,1002:. 0|1:101,112:213:99:0|1:560084_G_T:4600,0,4015:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,1227:. 0|0:44,0:44:68:.:.:0,68,1242:. 0|1:147,151:298:99:0|1:560084_G_T:6189,0,5739:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1172:. 0|1:44,22:66:99:0|1:560084_G_T:830,0,1820:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1003:. 1|0:49,56:105:99:0|1:560084_G_T:2288,0,1883:. 0|1:71,44:115:99:0|1:560084_G_T:1712,0,2927:. 0|1:66,62:128:99:0|1:560084_G_T:2699,0,2543:. 0|1:71,52:123:99:0|1:560084_G_T:1994,0,3074:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,2299:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:64,14:78:99:0|1:560087_T_C:479,0,2639:. 0|0:150,0:150:69:.:.:0,69,3913:. 0|0:160,0:160:0:.:.:0,0,1589:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,1525:. 0|1:107,35:142:99:0|1:560084_G_T:1136,0,4556:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,891:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:122,146:268:99:0|1:560084_G_T:5970,0,4710:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:5,181:186:99:1|1:560084_G_T:8190,314,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:0:.:.:0,0,3412:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,7:125:82:0|1:560155_A_AG:0,82,5310:. 0|0:245,0:245:0:.:.:0,0,6070:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:178,167:345:99:0|1:560101_TAATATATG_T:6749,0,7244:. 1|0:142,154:296:99:0|1:560084_G_T:6282,0,5607:. 0|1:135,141:276:99:0|1:560084_G_T:5748,0,5478:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:262,86:348:99:0|1:560084_G_T:2903,0,10778:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,1193:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:165,160:325:99:0|1:560084_G_T:6552,0,6507:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,17:150:99:0|1:560155_A_AG:376,0,5821:. 1|0:194,56:250:99:0|1:560129_C_A:1827,0,8375:. 1|0:100,91:191:99:0|1:560084_G_T:3586,0,4171:. 0|1:197,42:239:99:0|1:560155_A_AG:1246,0,8266:. 1|0:149,56:205:99:0|1:560146_AT_A:1894,0,6214:. 0|1:112,246:358:99:0|1:560084_G_T:10433,0,4223:. 0|1:198,181:379:99:0|1:560087_T_C:7406,0,7991:. 0|0:253,0:253:0:.:.:0,0,3186:. 0|1:110,327:437:99:0|1:560084_G_T:13891,0,3767:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,63:227:99:0|1:560084_G_T:2224,0,6859:. 0|1:127,180:307:99:0|1:560084_G_T:7503,0,4893:. 1|0:135,92:227:99:0|1:560084_G_T:3607,0,5632:. 0|1:92,135:227:99:0|1:560084_G_T:5713,0,3643:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:173,146:319:99:0|1:560084_G_T:5841,0,7101:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:138,138:276:99:0|1:560084_G_T:5700,0,5565:. 0|1:204,213:417:99:0|1:560084_G_T:8801,0,8351:. 0|1:130,115:245:99:0|1:560084_G_T:4464,0,5319:. 0|0:256,0:256:2:.:.:0,2,6245:. 0|0:286,0:286:0:.:.:0,0,6601:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:179,139:318:99:0|1:560084_G_T:5574,0,7329:. 0|1:164,157:321:99:0|1:560084_G_T:6252,0,6612:. 0|1:112,92:204:99:0|1:560084_G_T:3685,0,4540:. 0|1:126,305:431:99:0|1:560084_G_T:12991,0,4666:. 1|0:140,27:167:99:0|1:560084_G_T:781,0,6001:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,77:147:99:0|1:560084_G_T:3097,0,2827:. 0|1:85,104:189:99:0|1:560084_G_T:4147,0,3337:. 0|1:71,74:145:99:0|1:560084_G_T:3058,0,2788:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,34:92:99:0|1:560084_G_T:1337,0,2327:. 1|0:125,64:189:99:0|1:560084_G_T:2335,0,5305:. 0|1:139,131:270:99:0|1:560084_G_T:5184,0,5769:. 0|1:40,37:77:99:0|1:560084_G_T:1475,0,1565:. 0|1:172,202:374:99:0|1:560084_G_T:8243,0,6803:. 0|1:106,196:302:99:0|1:560084_G_T:8067,0,4017:. 0|1:205,258:463:99:0|1:560200_G_A:10663,0,8008:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:115,47:162:99:0|1:560084_G_T:1618,0,4813:. 1|0:89,13:102:99:0|1:560129_C_A:282,0,3934:. 0|1:190,160:350:99:0|1:560084_G_T:6296,0,7736:. 0|1:183,61:244:99:0|1:560084_G_T:2166,0,7656:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:313,0:313:0:.:.:0,0,7187:. 0|1:12,5:17:99:0|1:560084_G_T:213,0,896:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:178,0:178:0:.:.:0,0,4093:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1760:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,90:178:99:0|1:560084_G_T:3631,0,3541:. 0|1:106,64:170:99:0|1:560084_G_T:2401,0,4381:. 1|0:143,45:188:99:0|1:560084_G_T:1609,0,6109:. 0|1:77,155:232:99:0|1:560084_G_T:6688,0,2863:. 0|0:153,9:162:99:0|1:560192_T_A:0,101,6750:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,1546:. 0|1:89,55:144:99:0|1:560084_G_T:2155,0,3730:. 1|0:63,25:88:99:0|1:560084_G_T:977,0,2687:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,2464:. 0|1:164,22:186:99:0|1:560200_G_A:466,0,6901:. 1|0:188,99:287:99:0|1:560084_G_T:3786,0,7791:. 1|0:84,45:129:99:0|1:560084_G_T:1673,0,3473:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1275:. 0|1:192,181:373:99:0|1:560084_G_T:7289,0,7845:. 1|0:142,42:184:99:0|1:560084_G_T:1405,0,6040:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:212,208:420:99:0|1:560084_G_T:8423,0,8378:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:141,65:206:99:0|1:560200_G_A:2329,0,5974:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,97:212:99:0|1:560084_G_T:3844,0,4654:. 0|0:134,0:134:0:.:.:0,0,1050:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:165,28:193:99:0|1:560168_T_A:652,0,7222:. 0|0:97,0:97:75:.:.:0,75,2450:. 1|0:114,79:193:99:0|1:560084_G_T:3049,0,4669:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,54:158:99:0|1:560084_G_T:2026,0,4366:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:59:.:.:0,59,1129:. 0|1:49,46:95:99:0|1:560084_G_T:1907,0,3102:. 0|1:67,39:106:99:0|1:560084_G_T:1592,0,2852:. 1|0:116,51:167:99:0|1:560129_C_A:1819,0,4924:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:198,81:279:99:0|1:560200_G_A:3045,0,8220:. 0|1:84,85:169:99:0|1:560129_C_A:3601,0,3376:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:146,82:228:99:0|1:560129_C_A:3031,0,6091:. 0|1:95,82:177:99:0|1:560084_G_T:3451,0,3721:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:85,5:90:13:0|1:560155_A_AG:0,13,24305:. 1|0:48,42:90:99:0|1:560084_G_T:1694,0,2009:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,791:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,906:. 1|0:188,154:342:99:0|1:560211_A_T:6230,0,7490:. 1|0:59,17:76:99:0|1:560116_TTTTTTTC_T:617,0,2462:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:57,23:80:99:0|1:560084_G_T:833,0,2363:. 0|1:61,46:107:99:0|1:560084_G_T:1742,0,2507:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:95,53:148:99:0|1:560084_G_T:2011,0,3991:. 0|1:188,207:395:99:0|1:560084_G_T:8321,0,7466:. 0|1:92,60:152:99:0|1:560200_G_A:2326,0,3676:. 0|1:106,38:144:99:0|1:560125_C_A:1271,0,4421:. 0|1:46,36:82:99:0|1:560084_G_T:1367,0,1907:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,54:120:99:0|1:560084_G_T:2108,0,2648:. 0|1:127,19:146:99:0|1:560137_C_A:403,0,5443:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:0:.:.:0,0,1898:. 0|1:95,15:110:99:0|1:560084_G_T:374,0,4109:. 0|1:158,154:312:99:0|1:560084_G_T:6225,0,6405:. 0|1:101,99:200:99:0|1:560084_G_T:4012,0,4057:. 0|0:15,0:15:13:.:.:0,13,404:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,157:253:99:0|1:560084_G_T:6456,0,3756:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:162,61:223:99:0|1:560200_G_A:2149,0,6739:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:104,125:229:99:0|1:560084_G_T:5209,0,4264:. 0|1:190,257:447:99:0|1:560084_G_T:10666,0,7381:. 1|0:62,46:108:99:0|1:560084_G_T:1817,0,2627:. 0|1:27,30:57:99:0|1:560084_G_T:1220,0,1040:. 0|1:184,78:262:99:0|1:560084_G_T:2799,0,7569:. 0|1:285,228:513:99:0|1:560084_G_T:8989,0,11554:. 0|1:99,136:235:99:0|1:560084_G_T:5446,0,3871:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1054:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,27:125:99:0|1:560129_C_A:917,0,4112:. 0|1:77,31:108:99:0|1:560084_G_T:1070,0,3140:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,147:248:99:0|1:560084_G_T:5991,0,3831:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|1:44,28:72:99:0|1:560084_G_T:1034,0,1889:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,867:. 0|0:171,0:171:0:.:.:0,0,2857:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1447:. 0|1:139,270:409:99:0|1:560084_G_T:11417,0,5072:. 1|0:63,186:249:99:0|1:560084_G_T:8079,0,2094:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,71:199:99:0|1:560084_G_T:2710,0,5320:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,146:259:99:0|1:560084_G_T:5946,0,4461:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 1|0:103,143:246:99:0|1:560084_G_T:5976,0,4041:. 1|0:124,176:300:99:0|1:560084_G_T:7215,0,4830:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:155,0:155:0:.:.:0,0,2974:. 0|1:117,198:315:99:0|1:560084_G_T:8124,0,4389:. 0|0:139,0:139:0:.:.:0,0,203:. 0|1:107,136:243:99:0|1:560087_T_C:5673,0,4188:. 0|1:101,182:283:99:0|1:560084_G_T:7671,0,3711:. 0|1:154,27:181:99:0|1:560146_AT_A:694,0,6974:. 0|0:182,0:182:0:.:.:0,0,4808:. 1|0:148,214:362:99:0|1:560084_G_T:8981,0,5831:. 1|0:96,66:162:99:0|1:560129_C_A:2577,0,3941:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,2053:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,2071:. 0|1:115,155:270:99:0|1:560084_G_T:6234,0,4524:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,833:. 1|0:51,68:119:99:0|1:560084_G_T:2774,0,2099:. 1|0:104,126:230:99:0|1:560084_G_T:5011,0,4111:. 0|0:95,4:99:99:0|1:560168_T_A:0,124,4185:. 0|1:120,189:309:99:0|1:560084_G_T:7977,0,4692:. 0|1:125,193:318:99:0|1:560155_A_AG:8061,0,4686:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:91,165:256:99:0|1:560084_G_T:7056,0,3546:. 0|1:123,181:304:99:0|1:560084_G_T:7437,0,4647:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:298,513:811:99:0|1:560084_G_T:21408,0,11373:. 0|0:781,0:781:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:683,0:683:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,737:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,57:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1437:. 0|1:96,34:130:99:0|1:560138_G_A:1137,0,4032:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:0:.:.:0,0,2892:. 0|0:287,0:287:0:.:.:0,0,2456:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:203,344:549:99:.:.:14441,0,7650:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,84:148:99:0|1:560084_G_T:3415,0,2470:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:178,176:354:99:0|1:560084_G_T:7166,0,7256:. 0|1:202,200:402:99:0|1:560084_G_T:8105,0,8150:. 1|0:266,82:348:99:0|1:560084_G_T:2780,0,11330:. 0|1:145,165:310:99:0|1:560084_G_T:6687,0,5787:. 0|0:356,0:356:0:.:.:0,0,5778:. 0|1:233,22:255:99:0|1:560084_G_T:279,0,10089:. 0|1:192,190:382:99:0|1:560084_G_T:7598,0,7643:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,3472:. 1|0:195,229:424:99:0|1:560084_G_T:9338,0,7853:. 0|1:42,44:86:99:0|1:560084_G_T:1802,0,1667:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:379,843:1222:99:0|1:560084_G_T:36017,0,13877:. 0|0:378,0:378:0:.:.:0,0,3911:. 0|1:237,522:759:99:0|1:560084_G_T:22240,0,8495:. 0|1:215,237:452:99:0|1:560084_G_T:9538,0,8548:. 0|1:307,466:773:99:0|1:560084_G_T:19242,0,11821:. 0|1:74,121:195:99:0|1:560084_G_T:5011,0,2941:. 0|1:235,473:708:99:0|1:560084_G_T:20015,0,8675:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,28:55:99:0|1:560084_G_T:1130,0,1130:. 0|1:293,374:667:99:0|1:560084_G_T:15523,0,11294:. 1|0:31,33:64:99:0|1:560084_G_T:1283,0,1328:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:151,148:299:99:0|1:560084_G_T:5835,0,6015:. 0|1:185,137:322:99:0|1:560155_A_AG:5379,0,8292:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:207,36:243:99:0|1:560179_C_G:873,0,8793:. 0|1:225,272:497:99:0|1:560084_G_T:11512,0,8992:. 0|1:170,383:553:99:0|1:560084_G_T:16152,0,6027:. 1|0:83,176:259:99:0|1:560084_G_T:7335,0,3150:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,101:236:99:0|1:560084_G_T:4033,0,5518:. 1|0:139,112:251:99:0|1:560084_G_T:4446,0,5571:. 0|1:29,32:61:99:0|1:560084_G_T:1256,0,1121:. 1|0:255,39:294:99:0|1:560148_A_G:945,0,10710:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:339,0:339:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:199,110:309:99:0|1:560084_G_T:4128,0,8268:. 1|0:150,480:630:99:0|1:560084_G_T:20066,0,5028:. 1|0:116,87:203:99:0|1:560087_T_C:3460,0,4765:. 0|1:234,226:460:99:0|1:560084_G_T:9007,0,9547:. 0|1:164,188:352:99:0|1:560084_G_T:7682,0,6467:. 0|0:172,0:172:87:.:.:0,87,5008:. 0|1:130,152:282:99:0|1:560084_G_T:6117,0,4992:. 0|1:137,92:229:99:0|1:560148_A_G:3526,0,5596:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:76,115:191:99:0|1:560084_G_T:4717,0,2962:. 0|1:276,372:648:99:0|1:560084_G_T:15695,0,10655:. 0|1:132,276:408:99:0|1:560084_G_T:11435,0,4820:. 1|0:166,27:193:99:0|1:560084_G_T:619,0,7099:. 0|0:218,0:218:0:.:.:0,0,511:. 0|1:75,74:149:99:0|1:560084_G_T:3046,0,2956:. 0|1:48,81:129:99:0|1:560084_G_T:3383,0,1763:. 0|1:75,105:180:99:0|1:560084_G_T:4219,0,2914:. 0|1:111,275:386:99:0|1:560084_G_T:11876,0,3911:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,30:101:99:0|1:560137_C_A:1043,0,2933:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:0:.:.:0,0,943:. 0|0:181,0:181:0:.:.:0,0,1580:. 0|1:33,48:81:99:0|1:560084_G_T:1952,0,1322:. 1|0:22,39:61:99:0|1:560084_G_T:1568,0,848:. 1|0:85,141:226:99:0|1:560084_G_T:5950,0,3250:. 1|0:74,140:214:99:0|1:560084_G_T:5893,0,2857:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:209,0:209:0:.:.:0,0,2558:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:31,39:70:99:0|1:560084_G_T:1538,0,1268:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:163,139:302:99:0|1:560084_G_T:5580,0,6660:. 0|0:250,0:250:0:.:.:0,0,1445:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:147,168:315:99:0|1:560084_G_T:6924,0,5979:. 0|1:134,27:161:99:0|1:560084_G_T:760,0,5710:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1689:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:721,0:721:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:0:.:.:0,0,3519:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,54:82:99:0|1:560084_G_T:2177,0,1097:. 0|0:23,0:23:48:.:.:0,48,720:. 0|1:233,508:741:99:0|1:560084_G_T:21487,0,8527:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1800:. Pf3D7_01_v3 560215 . T G 9.65122e+06 PASS FS=1.736;MQ=57.96;QD=19.5;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.865;VQSLOD=4.35;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.59;ClippingRankSum=0;ExcessHet=19.2236;FractionInformativeReads=0.938;GC=14.29;GQ_MEAN=490.07;GQ_STDDEV=714.8;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.2726;MQRankSum=-3.797;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.789;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=DP;set=snp;DP=17459772;AF=0.201;AS_InbreedingCoeff=-0.2703;MLEAC=1130;MLEAF=0.217;AN=844;AC=203 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:60,60:120:99:0|1:560084_G_T:2456,0,2456:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,35:104:99:0|1:560129_C_A:1295,0,2915:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1114:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1475:. 0|1:51,15:66:99:0|1:560084_G_T:467,0,2222:. 0|0:36,0:36:27:.:.:0,27,956:. 0|1:60,25:85:99:0|1:560084_G_T:992,0,2477:. 0|1:54,9:63:99:0|1:560155_A_AG:209,0,2324:. 1|0:36,19:55:99:0|1:560129_C_A:728,0,1493:. 0|1:49,19:68:99:0|1:560129_C_A:689,0,2039:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1254:. 0|1:13,8:21:99:0|1:560084_G_T:291,0,606:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,1385:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:56,29:85:99:0|1:560084_G_T:1088,0,2303:. 1|0:64,29:93:99:0|1:560084_G_T:1094,0,2804:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,157:220:99:0|1:560084_G_T:6781,0,2146:. 0|1:47,38:85:99:0|1:560084_G_T:1496,0,1856:. 0|0:182,0:182:0:.:.:0,0,3872:. 1|0:22,16:38:99:0|1:560084_G_T:687,0,912:. 0|1:10,7:17:99:0|1:560129_C_A:264,0,399:. 0|1:61,50:111:99:0|1:560084_G_T:2126,0,2396:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,30:126:99:0|1:560116_TTTTTTTC_T:1002,0,4229:. 0|1:99,69:168:99:0|1:560084_G_T:2635,0,4030:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,1967:. 0|0:590,0:590:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1621:. 0|1:161,44:205:99:0|1:560084_G_T:1327,0,7132:. 0|1:81,82:163:99:0|1:560084_G_T:3315,0,3246:. 1|0:45,20:65:99:0|1:560084_G_T:698,0,1913:. 0|0:77,0:77:11:.:.:0,11,1818:. 1|0:62,19:81:99:0|1:560084_G_T:602,0,2672:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:78,76:154:99:0|1:560084_G_T:3073,0,3163:. 0|1:175,143:318:99:0|1:560084_G_T:5688,0,7488:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,38:136:99:0|1:560084_G_T:1295,0,4085:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1897:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:67,101:168:99:0|1:560084_G_T:4358,0,2485:. 1|0:55,32:87:99:0|1:560084_G_T:1163,0,2423:. 0|1:76,75:151:99:0|1:560084_G_T:2980,0,3295:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,1007:. 0|1:98,88:186:99:0|1:560084_G_T:3427,0,4057:. 0|0:523,0:523:0:.:.:0,0,3661:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1641:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:43,60:103:99:0|1:560084_G_T:2510,0,1700:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:76,16:92:99:0|1:560084_G_T:425,0,3395:. 1|0:102,86:188:99:0|1:560084_G_T:3493,0,4303:. 1|0:71,24:95:99:0|1:560084_G_T:785,0,3035:. 0|1:139,104:243:99:0|1:560084_G_T:4050,0,5850:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:97,34:131:99:0|1:560084_G_T:1118,0,4223:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2242:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1253:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,28:52:99:0|1:560084_G_T:1100,0,966:. 0|1:97,114:211:99:0|1:560084_G_T:4558,0,4018:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,1210:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,161:308:99:0|1:560084_G_T:6465,0,5955:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1172:. 0|1:43,22:65:99:0|1:560084_G_T:794,0,1739:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1003:. 1|0:51,59:110:99:0|1:560084_G_T:2324,0,1964:. 0|1:71,47:118:99:0|1:560084_G_T:1835,0,2960:. 0|1:62,65:127:99:0|1:560084_G_T:2576,0,2531:. 0|1:77,52:129:99:0|1:560084_G_T:1988,0,3158:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:7:.:.:0,7,2345:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:66,15:81:99:0|1:560087_T_C:428,0,2768:. 0|0:146,0:146:94:.:.:0,94,3725:. 0|0:155,0:155:0:.:.:0,0,1340:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:109,34:143:99:0|1:560084_G_T:1091,0,4601:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,938:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:120,150:270:99:0|1:560084_G_T:6135,0,4740:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:6,186:192:99:1|1:560084_G_T:8415,329,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:0:.:.:0,0,3537:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,7:130:97:0|1:560155_A_AG:0,97,5535:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:181,164:345:99:0|1:560101_TAATATATG_T:6620,0,7295:. 1|0:141,158:299:99:0|1:560084_G_T:6432,0,5847:. 0|1:136,143:279:99:0|1:560084_G_T:5772,0,5727:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:259,85:344:99:0|1:560084_G_T:2834,0,11159:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,1234:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:163,163:326:99:0|1:560084_G_T:6507,0,6552:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:141,16:157:99:0|1:560155_A_AG:220,0,6250:. 0|0:399,0:399:0:.:.:0,0,7045:. 1|0:105,89:194:99:0|1:560084_G_T:3574,0,4339:. 0|1:193,47:240:99:0|1:560155_A_AG:1449,0,8332:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:119,249:368:99:0|1:560084_G_T:10622,0,4502:. 0|1:196,187:383:99:0|1:560087_T_C:7421,0,7781:. 0|0:257,0:257:0:.:.:0,0,3398:. 0|1:109,331:440:99:0|1:560084_G_T:13927,0,3848:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:165,64:229:99:0|1:560084_G_T:2335,0,7060:. 0|1:127,187:314:99:0|1:560084_G_T:7674,0,4839:. 1|0:144,97:241:99:0|1:560084_G_T:3718,0,5833:. 0|1:96,141:237:99:0|1:560084_G_T:5820,0,3885:. 0|0:123,0:123:0:.:.:0,0,2750:. 0|1:176,149:325:99:0|1:560084_G_T:6003,0,7173:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:136,140:276:99:0|1:560084_G_T:5571,0,5616:. 0|1:209,222:431:99:0|1:560084_G_T:8872,0,8507:. 0|1:133,113:246:99:0|1:560084_G_T:4707,0,5343:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:290,0:290:45:.:.:0,45,6805:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:182,149:331:99:0|1:560084_G_T:5909,0,7889:. 0|1:166,158:324:99:0|1:560084_G_T:6464,0,7140:. 0|1:110,94:204:99:0|1:560084_G_T:3772,0,4492:. 0|1:130,317:447:99:0|1:560084_G_T:13282,0,4687:. 1|0:144,28:172:99:0|1:560084_G_T:766,0,6211:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,80:151:99:0|1:560084_G_T:3178,0,2863:. 0|1:87,103:190:99:0|1:560084_G_T:4105,0,3340:. 0|1:69,79:148:99:0|1:560084_G_T:3181,0,2821:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,40:96:99:0|1:560084_G_T:1550,0,2270:. 1|0:127,65:192:99:0|1:560084_G_T:2404,0,5509:. 0|1:148,131:279:99:0|1:560084_G_T:5289,0,6054:. 0|1:42,37:79:99:0|1:560084_G_T:1421,0,1736:. 0|1:170,201:371:99:0|1:560084_G_T:8120,0,6770:. 0|1:107,192:299:99:0|1:560084_G_T:8016,0,4146:. 0|1:207,256:463:99:0|1:560200_G_A:10621,0,8011:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,45:162:99:0|1:560084_G_T:1533,0,4821:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:190,161:351:99:0|1:560084_G_T:6497,0,7847:. 0|1:178,61:239:99:0|1:560084_G_T:2134,0,7495:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,5:18:99:0|1:560084_G_T:255,0,893:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1760:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,92:185:99:0|1:560084_G_T:3622,0,3667:. 0|1:107,67:174:99:0|1:560084_G_T:2569,0,4369:. 1|0:145,47:192:99:0|1:560084_G_T:1552,0,6322:. 0|1:77,163:240:99:0|1:560084_G_T:6733,0,2818:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:86,56:142:99:0|1:560084_G_T:2123,0,3608:. 1|0:65,27:92:99:0|1:560084_G_T:968,0,2813:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,2494:. 0|1:165,25:190:99:0|1:560200_G_A:580,0,7060:. 1|0:184,101:285:99:0|1:560084_G_T:3801,0,7581:. 1|0:82,44:126:99:0|1:560084_G_T:1676,0,3431:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1275:. 0|1:191,181:372:99:0|1:560084_G_T:7126,0,7766:. 1|0:143,40:183:99:0|1:560084_G_T:1444,0,6079:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:213,212:425:99:0|1:560084_G_T:8493,0,8516:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,64:208:99:0|1:560200_G_A:2449,0,6049:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,95:206:99:0|1:560084_G_T:3673,0,4708:. 0|0:134,0:134:0:.:.:0,0,1092:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:172,30:202:99:0|1:560168_T_A:742,0,7132:. 0|0:92,0:92:66:.:.:0,66,2230:. 1|0:110,77:187:99:0|1:560084_G_T:2968,0,4633:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,56:155:99:0|1:560084_G_T:2110,0,4360:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:70:.:.:0,70,1158:. 0|1:48,50:98:99:0|1:560084_G_T:1994,0,3054:. 0|1:69,44:113:99:0|1:560084_G_T:1640,0,2765:. 1|0:120,53:173:99:0|1:560129_C_A:1939,0,4995:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:198,83:281:99:0|1:560200_G_A:3030,0,8416:. 0|1:103,70:173:99:0|1:560084_G_T:2671,0,4111:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:143,84:227:99:0|1:560129_C_A:3143,0,6124:. 0|1:90,78:168:99:0|1:560084_G_T:3292,0,3607:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:83,5:88:46:0|1:560155_A_AG:0,46,23089:. 1|0:48,41:89:99:0|1:560084_G_T:1733,0,2048:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:185,157:342:99:0|1:560211_A_T:6263,0,7613:. 1|0:58,19:77:99:0|1:560116_TTTTTTTC_T:659,0,2459:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:59,24:83:99:0|1:560084_G_T:830,0,2405:. 0|1:59,42:101:99:0|1:560084_G_T:1784,0,2504:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,53:151:99:0|1:560084_G_T:2092,0,4027:. 0|1:190,207:397:99:0|1:560084_G_T:8486,0,7492:. 0|1:91,62:153:99:0|1:560200_G_A:2365,0,3715:. 0|0:241,0:241:0:.:.:0,0,2114:. 0|1:47,36:83:99:0|1:560084_G_T:1403,0,1988:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,55:118:99:0|1:560084_G_T:2105,0,2690:. 0|0:183,0:183:0:.:.:0,0,4110:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,2075:. 0|1:98,15:113:99:0|1:560084_G_T:368,0,4193:. 0|1:161,155:316:99:0|1:560084_G_T:6099,0,6414:. 0|1:97,101:198:99:0|1:560084_G_T:4027,0,3847:. 0|0:16,0:16:19:.:.:0,19,419:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:99,156:255:99:0|1:560084_G_T:6504,0,3669:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:166,62:228:99:0|1:560200_G_A:2221,0,6901:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:110,130:240:99:0|1:560084_G_T:5322,0,4422:. 0|1:188,268:456:99:0|1:560084_G_T:11086,0,7351:. 1|0:61,45:106:99:0|1:560084_G_T:1994,0,2489:. 0|1:27,30:57:99:0|1:560084_G_T:1340,0,1115:. 0|1:185,78:263:99:0|1:560084_G_T:2916,0,7686:. 0|1:282,225:507:99:0|1:560084_G_T:8821,0,11566:. 0|1:99,130:229:99:0|1:560084_G_T:5659,0,3814:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1054:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:98,28:126:99:0|1:560129_C_A:941,0,4361:. 0|1:74,27:101:99:0|1:560084_G_T:989,0,3104:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,150:246:99:0|1:560084_G_T:6108,0,3948:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:45,24:69:99:0|1:560084_G_T:980,0,2060:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:9:.:.:0,9,967:. 0|0:179,0:179:0:.:.:0,0,3009:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1447:. 0|1:139,277:416:99:0|1:560084_G_T:11540,0,5105:. 1|0:64,194:258:99:0|1:560084_G_T:8199,0,2169:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:132,70:202:99:0|1:560084_G_T:2578,0,5413:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:113,147:260:99:0|1:560084_G_T:5952,0,4377:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 1|0:107,147:254:99:0|1:560084_G_T:5922,0,4212:. 1|0:125,180:305:99:0|1:560084_G_T:7548,0,4848:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:319,0:319:.:.:.:0,0,0:. 0|0:140,0:140:0:.:.:0,0,82:. 0|1:260,0:260:.:.:.:0,0,0:. 0|1:98,188:286:99:0|1:560084_G_T:7872,0,3822:. 0|0:259,0:259:0:.:.:0,0,6331:. 0|0:186,0:186:0:.:.:0,0,4716:. 1|0:152,220:372:99:0|1:560084_G_T:9029,0,5744:. 1|0:121,47:168:99:0|1:560084_G_T:1720,0,5140:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,2102:. 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,1876:. 0|1:117,155:272:99:0|1:560084_G_T:6402,0,4512:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,833:. 1|0:55,69:124:99:0|1:560084_G_T:2720,0,2270:. 1|0:100,129:229:99:0|1:560084_G_T:5191,0,3931:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:117,193:310:99:0|1:560084_G_T:7944,0,4569:. 0|1:123,196:319:99:0|1:560155_A_AG:8355,0,4665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:96,169:265:99:0|1:560084_G_T:6951,0,3846:. 0|1:123,180:303:99:0|1:560084_G_T:7560,0,4680:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:292,521:813:99:0|1:560084_G_T:21711,0,11226:. 0|0:781,0:781:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:683,0:683:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,101:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1437:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:368,0:368:0:.:.:0,0,2520:. 0|0:293,0:293:0:.:.:0,0,2637:. 0|0:404,0:404:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:201,361:562:99:0|1:560084_G_T:14978,0,7656:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,81:146:99:0|1:560084_G_T:3430,0,2845:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:184,179:363:99:0|1:560084_G_T:7263,0,7373:. 0|1:203,201:404:99:0|1:560084_G_T:8123,0,8483:. 1|0:270,83:353:99:0|1:560084_G_T:2810,0,11495:. 0|1:149,165:314:99:0|1:560084_G_T:6831,0,6111:. 0|0:356,0:356:0:.:.:0,0,5527:. 0|1:240,22:262:99:0|1:560084_G_T:162,0,10557:. 0|1:196,188:384:99:0|1:560084_G_T:7502,0,7817:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,3380:. 1|0:208,229:437:99:0|1:560084_G_T:9394,0,8224:. 0|1:43,48:91:99:0|1:560084_G_T:1928,0,1658:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:388,867:1255:99:0|1:560084_G_T:36167,0,14117:. 0|0:387,0:387:0:.:.:0,0,3596:. 0|1:241,541:782:99:0|1:560084_G_T:22687,0,8671:. 0|1:222,237:459:99:0|1:560084_G_T:9808,0,8863:. 0|1:315,475:790:99:0|1:560084_G_T:19554,0,12133:. 0|1:77,122:199:99:0|1:560084_G_T:5053,0,2938:. 0|1:232,486:718:99:0|1:560084_G_T:20350,0,8650:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,28:56:99:0|1:560084_G_T:1085,0,1173:. 0|1:293,387:680:99:0|1:560084_G_T:15733,0,11279:. 1|0:36,34:70:99:0|1:560084_G_T:1361,0,1406:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:155,143:298:99:0|1:560084_G_T:5748,0,6042:. 0|1:193,135:328:99:0|1:560155_A_AG:5404,0,8639:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:233,290:523:99:0|1:560084_G_T:11994,0,9249:. 0|1:171,396:567:99:0|1:560084_G_T:16929,0,6264:. 1|0:280,0:280:.:.:.:0,0,0:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,101:236:99:0|1:560084_G_T:4308,0,5748:. 1|0:140,114:254:99:0|1:560084_G_T:4518,0,5691:. 0|1:28,32:60:99:0|1:560084_G_T:1256,0,1121:. 1|0:259,43:302:99:0|1:560148_A_G:1059,0,10869:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:339,0:339:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:201,115:316:99:0|1:560084_G_T:4206,0,8346:. 1|0:663,0:663:.:.:.:0,0,0:. 1|0:118,88:206:99:0|1:560087_T_C:3463,0,4723:. 0|1:237,224:461:99:0|1:560084_G_T:8863,0,9808:. 0|1:164,196:360:99:0|1:560084_G_T:7811,0,6416:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:134,156:290:99:0|1:560084_G_T:6258,0,5358:. 0|1:138,96:234:99:0|1:560148_A_G:3659,0,5874:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,116:191:99:0|1:560084_G_T:4885,0,2950:. 0|1:282,385:667:99:0|1:560084_G_T:15749,0,11069:. 0|1:446,0:446:.:.:.:0,0,0:. 1|0:165,27:192:99:0|1:560084_G_T:613,0,7183:. 0|0:220,0:220:0:.:.:0,0,568:. 0|1:76,68:144:99:0|1:560084_G_T:2872,0,3052:. 0|1:49,83:132:99:0|1:560084_G_T:3455,0,1925:. 0|1:75,102:177:99:0|1:560084_G_T:4345,0,2905:. 0|1:110,283:393:99:0|1:560084_G_T:12131,0,3830:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:72,30:102:99:0|1:560137_C_A:1079,0,3014:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:0:.:.:0,0,905:. 0|0:186,0:186:0:.:.:0,0,1576:. 0|1:34,50:84:99:0|1:560084_G_T:1991,0,1361:. 1|0:22,39:61:99:0|1:560084_G_T:1571,0,806:. 0|1:85,142:227:99:0|1:560084_G_T:5815,0,3385:. 1|0:75,143:218:99:0|1:560084_G_T:5896,0,2815:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:0:.:.:0,0,2640:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,108,1620:. 0|1:32,38:70:99:0|1:560084_G_T:1619,0,1304:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:162,140:302:99:0|1:560084_G_T:5496,0,6666:. 0|0:250,0:250:0:.:.:0,0,1570:. 0|0:4,0:4:6:.:.:0,6,90:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:150,171:321:99:0|1:560084_G_T:6993,0,6154:. 0|1:136,28:164:99:0|1:560084_G_T:754,0,5794:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:17:.:.:0,17,8057:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1689:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:721,0:721:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:0:.:.:0,0,3670:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:28,55:83:99:0|1:560084_G_T:2225,0,1010:. 0|0:20,0:20:42:.:.:0,42,630:. 0|1:237,525:762:99:0|1:560084_G_T:22504,0,8894:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1800:. Pf3D7_01_v3 560223 . T A 9.8236e+06 PASS FS=1.728;MQ=57.14;QD=19.69;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.847;VQSLOD=4.53;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0;ExcessHet=19.9324;FractionInformativeReads=0.935;GC=4.76;GQ_MEAN=428.61;GQ_STDDEV=591.08;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.2718;MQRankSum=-3.827;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.985;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=DP;set=snp;DP=17720552;AF=0.203;AS_InbreedingCoeff=-0.2205;MLEAC=1161;MLEAF=0.225;AN=838;AC=203 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:64,60:124:99:0|1:560084_G_T:2367,0,2571:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,2199:. 0|1:63,36:99:99:0|1:560129_C_A:1348,0,2689:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1114:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1475:. 0|1:53,13:66:99:0|1:560084_G_T:425,0,2225:. 0|0:45,0:45:40:.:.:0,40,1264:. 0|1:54,28:82:99:0|1:560084_G_T:1022,0,2376:. 0|1:60,9:69:99:0|1:560155_A_AG:194,0,2514:. 1|0:36,20:56:99:0|1:560129_C_A:739,0,1449:. 0|1:50,23:73:99:0|1:560129_C_A:811,0,2072:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1254:. 0|1:20,9:29:99:0|1:560084_G_T:318,0,805:. 0|0:142,0:142:0:.:.:0,0,657:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:55,28:83:99:0|1:560084_G_T:1001,0,2336:. 1|0:66,32:98:99:0|1:560084_G_T:1242,0,2759:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,158:220:99:0|1:560084_G_T:6656,0,2214:. 0|1:41,40:81:99:0|1:560084_G_T:1585,0,1710:. 0|0:182,0:182:0:.:.:0,0,3709:. 1|0:19,19:38:99:0|1:560084_G_T:780,0,765:. 0|1:8,10:18:99:0|1:560129_C_A:377,0,348:. 0|1:59,49:108:99:0|1:560084_G_T:2050,0,2546:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,29:129:99:0|1:560116_TTTTTTTC_T:870,0,4301:. 0|1:97,68:165:99:0|1:560084_G_T:2584,0,4047:. 0|0:110,0:110:0:.:.:0,0,871:. 0|0:617,0:617:0:.:.:0,0,502:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1621:. 0|1:168,44:212:99:0|1:560084_G_T:1374,0,7335:. 0|1:83,89:172:99:0|1:560084_G_T:3611,0,3124:. 1|0:43,18:61:99:0|1:560084_G_T:677,0,1851:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1827:. 1|0:66,17:83:99:0|1:560084_G_T:537,0,2938:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:85,82:167:99:0|1:560084_G_T:3166,0,3350:. 0|1:202,154:356:99:0|1:560084_G_T:5950,0,8010:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:94,44:138:99:0|1:560084_G_T:1534,0,4168:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,1663:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:64,103:167:99:0|1:560084_G_T:4240,0,2480:. 1|0:56,33:89:99:0|1:560084_G_T:1208,0,2351:. 0|1:77,74:151:99:0|1:560084_G_T:2909,0,3076:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,961:. 0|1:105,88:193:99:0|1:560084_G_T:3359,0,4429:. 0|0:523,0:523:0:.:.:0,0,3253:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1641:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,57:98:99:0|1:560084_G_T:2255,0,1702:. 0|0:133,0:133:90:.:.:0,90,3375:. 1|0:74,15:89:99:0|1:560084_G_T:433,0,3252:. 1|0:106,94:200:99:0|1:560084_G_T:3651,0,4275:. 1|0:74,22:96:99:0|1:560084_G_T:731,0,3175:. 0|1:144,105:249:99:0|1:560084_G_T:4228,0,5956:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:98,33:131:99:0|1:560084_G_T:1076,0,4226:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:0:.:.:0,0,2104:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1399:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,29:52:99:0|1:560084_G_T:1204,0,915:. 0|1:94,103:197:99:0|1:560084_G_T:4147,0,3901:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,996:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:143,161:304:99:0|1:560084_G_T:6585,0,5880:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1172:. 0|1:38,21:59:99:0|1:560084_G_T:771,0,1816:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1003:. 1|0:52,60:112:99:0|1:560084_G_T:2421,0,2064:. 0|1:73,48:121:99:0|1:560084_G_T:1817,0,3195:. 0|1:66,68:134:99:0|1:560084_G_T:2694,0,2591:. 0|1:80,54:134:99:0|1:560084_G_T:2046,0,3231:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,2112:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:67,16:83:99:0|1:560087_T_C:466,0,2807:. 0|0:144,0:144:0:.:.:0,0,3430:. 0|0:169,0:169:0:.:.:0,0,1145:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,31:141:99:0|1:560084_G_T:950,0,4721:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,963:. 0|0:136,0:136:0:.:.:0,0,1419:. 1|0:115,165:280:99:0|1:560084_G_T:6678,0,4573:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:6,192:198:99:1|1:560084_G_T:8726,353,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:199,0:199:.:.:.:.:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,7:134:99:0|1:560155_A_AG:0,118,5835:. 0|0:250,0:250:0:.:.:0,0,5925:. 0|0:184,0:184:0:.:.:0,0,3675:. 0|1:173,163:336:99:0|1:560101_TAATATATG_T:6514,0,7077:. 1|0:143,173:316:99:0|1:560084_G_T:7021,0,5597:. 0|1:149,151:300:99:0|1:560084_G_T:5866,0,6109:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:250,86:336:99:0|1:560084_G_T:2879,0,11046:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:0:.:.:0,0,896:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,162:329:99:0|1:560084_G_T:6444,0,6864:. 0|0:326,0:326:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:144,17:161:99:0|1:560155_A_AG:304,0,6216:. 0|0:426,0:426:0:.:.:0,0,7121:. 1|0:104,89:193:99:0|1:560084_G_T:3721,0,4326:. 0|1:178,58:236:99:0|1:560155_A_AG:1894,0,7529:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:122,258:380:99:0|1:560084_G_T:10734,0,4440:. 0|1:189,197:386:99:0|1:560087_T_C:7863,0,7514:. 0|0:271,0:271:0:.:.:0,0,3211:. 0|1:115,342:457:99:0|1:560084_G_T:14446,0,3875:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:159,66:225:99:0|1:560084_G_T:2419,0,6838:. 0|1:130,180:310:99:0|1:560084_G_T:7434,0,4980:. 1|0:128,106:234:99:0|1:560084_G_T:4122,0,5200:. 0|1:93,148:241:99:0|1:560084_G_T:6009,0,3579:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,366:. 0|1:174,160:334:99:0|1:560084_G_T:6413,0,7059:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:139,143:282:99:0|1:560084_G_T:5651,0,5864:. 0|1:195,220:415:99:0|1:560084_G_T:8906,0,7941:. 0|1:132,118:250:99:0|1:560084_G_T:4762,0,5408:. 0|0:265,0:265:0:.:.:0,0,3819:. 0|0:291,0:291:0:.:.:0,0,3984:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:191,163:354:99:0|1:560084_G_T:6409,0,8064:. 0|1:177,171:348:99:0|1:560084_G_T:6839,0,7430:. 0|1:101,97:198:99:0|1:560084_G_T:3859,0,4203:. 0|1:129,322:451:99:0|1:560084_G_T:13515,0,4685:. 1|0:145,28:173:99:0|1:560084_G_T:802,0,6253:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:0:.:.:0,0,2858:. 0|1:71,88:159:99:0|1:560084_G_T:3550,0,2857:. 0|1:86,100:186:99:0|1:560084_G_T:4043,0,3327:. 0|1:62,82:144:99:0|1:560084_G_T:3341,0,2537:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:51,44:95:99:0|1:560084_G_T:1710,0,2118:. 1|0:124,67:191:99:0|1:560084_G_T:2441,0,5341:. 0|1:165,129:294:99:0|1:560084_G_T:4989,0,6999:. 0|1:44,39:83:99:0|1:560084_G_T:1519,0,1849:. 0|1:172,205:377:99:0|1:560084_G_T:8210,0,6723:. 0|1:102,196:298:99:0|1:560084_G_T:8170,0,3750:. 0|1:207,272:479:99:0|1:560200_G_A:10987,0,7986:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,47:165:99:0|1:560084_G_T:1633,0,4930:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:190,165:355:99:0|1:560084_G_T:6410,0,7758:. 0|1:182,66:248:99:0|1:560084_G_T:2321,0,7516:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,7:20:99:0|1:560084_G_T:255,0,893:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1760:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:89,96:185:99:0|1:560084_G_T:3855,0,3650:. 0|1:104,70:174:99:0|1:560084_G_T:2669,0,4399:. 1|0:151,48:199:99:0|1:560084_G_T:1546,0,6406:. 0|1:79,162:241:99:0|1:560084_G_T:6655,0,3001:. 0|0:155,9:164:99:0|1:560192_T_A:0,113,6895:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:79,59:138:99:0|1:560084_G_T:2318,0,3341:. 1|0:76,29:105:99:0|1:560084_G_T:1011,0,3168:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,2136:. 0|1:167,31:198:99:0|1:560200_G_A:764,0,7353:. 1|0:175,103:278:99:0|1:560084_G_T:3762,0,7453:. 1|0:84,47:131:99:0|1:560084_G_T:1786,0,3489:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1275:. 0|1:201,177:378:99:0|1:560084_G_T:7135,0,7949:. 1|0:147,43:190:99:0|1:560084_G_T:1387,0,6212:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:209,209:418:99:0|1:560084_G_T:8521,0,8547:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:145,68:213:99:0|1:560200_G_A:2477,0,6363:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:113,99:212:99:0|1:560084_G_T:3786,0,4647:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,1314:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:165,30:195:99:0|1:560168_T_A:743,0,7345:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:110,77:187:99:0|1:560084_G_T:3030,0,4654:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:103,63:166:99:0|1:560084_G_T:2376,0,4295:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:54:.:.:0,54,1056:. 0|1:43,51:94:99:0|1:560084_G_T:2000,0,2980:. 0|1:70,46:116:99:0|1:560084_G_T:1844,0,2789:. 1|0:117,59:176:99:0|1:560129_C_A:2184,0,4960:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:191,84:275:99:0|1:560200_G_A:3058,0,7950:. 0|1:102,75:177:99:0|1:560084_G_T:2869,0,4227:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:146,87:233:99:0|1:560129_C_A:3196,0,6224:. 0|1:89,86:175:99:0|1:560084_G_T:3316,0,3765:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,1534:. 0|0:106,0:106:78:.:.:0,78,2640:. 0|0:84,5:89:49:0|1:560155_A_AG:0,49,20903:. 1|0:49,49:98:99:0|1:560084_G_T:1969,0,1946:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:193,159:352:99:0|1:560211_A_T:6281,0,7787:. 1|0:56,21:77:99:0|1:560116_TTTTTTTC_T:746,0,2376:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:57,26:83:99:0|1:560084_G_T:991,0,2447:. 0|1:61,46:107:99:0|1:560084_G_T:1815,0,2446:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,55:148:99:0|1:560084_G_T:2053,0,3930:. 0|1:187,210:397:99:0|1:560084_G_T:8398,0,7507:. 0|1:94,61:155:99:0|1:560200_G_A:2355,0,3999:. 0|0:251,0:251:0:.:.:0,0,1626:. 0|1:49,39:88:99:0|1:560084_G_T:1478,0,2094:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,55:118:99:0|1:560084_G_T:2108,0,2606:. 0|0:178,0:178:0:.:.:0,0,3694:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:0:.:.:0,0,1993:. 0|1:99,15:114:99:0|1:560084_G_T:320,0,4243:. 0|1:157,155:312:99:0|1:560084_G_T:6272,0,6342:. 0|1:94,105:199:99:0|1:560084_G_T:4133,0,3782:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,409:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,161:262:99:0|1:560084_G_T:6636,0,3872:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:167,64:231:99:0|1:560200_G_A:2198,0,7011:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:116,134:250:99:0|1:560084_G_T:5543,0,4491:. 0|1:196,283:479:99:0|1:560084_G_T:11583,0,7613:. 1|0:69,50:119:99:0|1:560084_G_T:1967,0,2810:. 0|1:27,33:60:99:0|1:560084_G_T:1369,0,1070:. 0|1:180,78:258:99:0|1:560084_G_T:2779,0,7609:. 0|1:283,223:506:99:0|1:560084_G_T:8914,0,11565:. 0|1:100,149:249:99:0|1:560084_G_T:6111,0,3912:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1054:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,27:126:99:0|1:560129_C_A:927,0,4230:. 0|1:70,32:102:99:0|1:560084_G_T:1121,0,2976:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:97,152:249:99:0|1:560084_G_T:6111,0,3834:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:51,28:79:99:0|1:560084_G_T:993,0,2099:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:26:.:.:0,26,909:. 0|0:187,0:187:0:.:.:0,0,3026:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1447:. 0|1:136,275:411:99:0|1:560084_G_T:11550,0,5142:. 1|0:69,201:270:99:0|1:560084_G_T:8367,0,2412:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,70:203:99:0|1:560084_G_T:2676,0,5609:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,153:271:99:0|1:560084_G_T:6242,0,4678:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,106:. 0|1:112,143:255:99:0|1:560084_G_T:5906,0,4366:. 0|1:129,172:301:99:0|1:560084_G_T:7276,0,4989:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:323,0:323:.:.:.:0,0,0:. 0|1:140,0:140:.:.:.:0,0,0:. 0|1:261,0:261:.:.:.:0,0,0:. 0|1:100,192:292:99:0|1:560084_G_T:8125,0,3713:. 0|0:276,0:276:0:.:.:0,0,1954:. 0|0:184,0:184:0:.:.:0,0,4405:. 0|1:146,224:370:99:0|1:560084_G_T:9224,0,5557:. 1|0:122,48:170:99:0|1:560084_G_T:1687,0,5262:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,2039:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,1990:. 0|1:119,152:271:99:0|1:560084_G_T:6199,0,4689:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 1|0:54,69:123:99:0|1:560084_G_T:2737,0,2465:. 0|1:93,127:220:99:0|1:560084_G_T:5420,0,3577:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,201:315:99:0|1:560084_G_T:8344,0,4357:. 0|1:116,203:319:99:0|1:560155_A_AG:8605,0,4570:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:99,162:261:99:0|1:560084_G_T:6946,0,3777:. 0|1:120,181:301:99:0|1:560084_G_T:7382,0,4739:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:288,535:823:99:0|1:560084_G_T:22117,0,10755:. 0|0:781,0:781:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:683,0:683:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,796:. 0|0:30,0:30:.:.:.:0,0,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1437:. 0|0:253,0:253:0:.:.:0,0,5178:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:394,0:394:0:.:.:0,0,2231:. 0|0:296,0:296:0:.:.:0,0,2449:. 0|0:408,0:408:0:.:.:0,0,4100:. 0|1:198,374:572:99:0|1:560084_G_T:15453,0,7653:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,81:149:99:0|1:560084_G_T:3320,0,2713:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:186,186:372:99:0|1:560084_G_T:7383,0,7481:. 0|1:210,205:415:99:0|1:560084_G_T:8288,0,8514:. 1|0:261,86:347:99:0|1:560084_G_T:2907,0,10999:. 0|1:153,173:326:99:0|1:560084_G_T:6883,0,6059:. 0|0:369,0:369:0:.:.:0,0,4780:. 0|1:238,23:261:99:0|1:560084_G_T:216,0,10321:. 0|1:188,193:381:99:0|1:560084_G_T:7899,0,7552:. 0|0:342,0:342:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,3287:. 1|0:217,236:453:99:0|1:560084_G_T:9428,0,8489:. 0|1:46,49:95:99:0|1:560084_G_T:1938,0,1823:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:346,0:346:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:375,895:1270:99:0|1:560084_G_T:37541,0,13938:. 0|0:411,0:411:0:.:.:0,0,2822:. 0|1:247,555:802:99:0|1:560084_G_T:23264,0,8878:. 0|1:224,243:467:99:0|1:560084_G_T:10056,0,8965:. 0|1:311,495:806:99:0|1:560084_G_T:20853,0,11868:. 0|1:81,122:203:99:0|1:560084_G_T:4950,0,3166:. 0|1:227,494:721:99:0|1:560084_G_T:20653,0,8241:. 0|0:353,0:353:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,28:55:99:0|1:560084_G_T:1088,0,1122:. 0|1:288,407:695:99:0|1:560084_G_T:16841,0,11288:. 1|0:35,34:69:99:0|1:560084_G_T:1319,0,1399:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,145:292:99:0|1:560084_G_T:5962,0,5836:. 0|1:210,139:349:99:0|1:560155_A_AG:5299,0,8922:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:284,0:284:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:229,312:541:99:0|1:560084_G_T:12878,0,8900:. 0|1:172,405:577:99:0|1:560084_G_T:17042,0,6132:. 1|0:306,0:306:.:.:.:0,0,0:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:137,110:247:99:0|1:560084_G_T:4401,0,5565:. 1|0:133,107:240:99:0|1:560084_G_T:4238,0,5354:. 0|1:30,33:63:99:0|1:560084_G_T:1292,0,1186:. 1|0:251,45:296:99:0|1:560148_A_G:1197,0,10667:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:341,0:341:0:.:.:0,0,4309:. 1|0:184,118:302:99:0|1:560084_G_T:4442,0,7913:. 1|0:708,0:708:.:.:.:0,0,0:. 1|0:114,93:207:99:0|1:560087_T_C:3759,0,4531:. 0|1:221,227:448:99:0|1:560084_G_T:9099,0,9217:. 0|1:162,194:356:99:0|1:560084_G_T:7890,0,6524:. 0|0:184,0:184:54:.:.:0,54,5148:. 0|1:139,157:296:99:0|1:560084_G_T:6383,0,5716:. 0|1:145,106:251:99:0|1:560148_A_G:3974,0,6006:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:73,119:192:99:0|1:560084_G_T:4929,0,2925:. 0|1:281,386:667:99:0|1:560084_G_T:15764,0,10985:. 0|1:472,0:472:.:.:.:0,0,0:. 1|0:171,26:197:99:0|1:560084_G_T:681,0,7240:. 0|0:231,0:231:0:.:.:0,0,216:. 0|1:71,69:140:99:0|1:560084_G_T:2858,0,2956:. 0|1:51,85:136:99:0|1:560084_G_T:3536,0,1976:. 0|1:72,104:176:99:0|1:560084_G_T:4216,0,2922:. 0|1:109,294:403:99:0|1:560084_G_T:12336,0,3663:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,28:97:99:0|1:560137_C_A:1018,0,3117:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:0:.:.:0,0,688:. 0|0:193,0:193:0:.:.:0,0,1287:. 0|1:38,44:82:99:0|1:560084_G_T:1814,0,1499:. 1|0:22,35:57:99:0|1:560084_G_T:1505,0,831:. 0|1:89,143:232:99:0|1:560084_G_T:5882,0,3409:. 1|0:76,135:211:99:0|1:560084_G_T:5611,0,2848:. 0|0:209,0:209:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:311,0:311:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:220,0:220:0:.:.:0,0,2281:. 0|0:238,0:238:0:.:.:0,0,3238:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,1720:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,541:. 0|1:28,36:64:99:0|1:560084_G_T:1457,0,1212:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:169,146:315:99:0|1:560084_G_T:5778,0,6830:. 0|0:258,0:258:0:.:.:0,0,1779:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:153,179:332:99:0|1:560084_G_T:7456,0,6170:. 0|1:133,27:160:99:0|1:560084_G_T:718,0,5671:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:0:.:.:0,0,7968:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1689:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:354,0:354:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:721,0:721:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:0:.:.:0,0,3529:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,52:78:99:0|1:560084_G_T:2186,0,971:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,426:. 0|1:244,555:799:99:0|1:560084_G_T:23029,0,8936:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1800:. Pf3D7_01_v3 560225 . A C 9.701e+06 PASS FS=1.728;MQ=55.47;QD=19.17;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.826;VQSLOD=4.48;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0;ExcessHet=27.0151;FractionInformativeReads=0.935;GC=4.76;GQ_MEAN=431.78;GQ_STDDEV=623.23;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.3195;MQRankSum=-3.718;NCC=1;ReadPosRankSum=-1.153;NEGATIVE_TRAIN_SITE;culprit=DP;set=snp;DP=17788732;AF=0.209;AS_InbreedingCoeff=-0.2798;MLEAC=1149;MLEAF=0.225;AN=836;AC=211 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 1|0:64,61:125:99:0|1:560084_G_T:2371,0,2529:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:18:.:.:0,18,2583:. 0|1:65,36:101:99:0|1:560129_C_A:1313,0,2608:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1045:. 0|0:81,0:81:92:.:.:0,92,2287:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1114:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1475:. 0|1:52,13:65:99:0|1:560084_G_T:387,0,2186:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,1180:. 0|1:53,29:82:99:0|1:560084_G_T:1034,0,2208:. 0|1:59,9:68:99:0|1:560155_A_AG:194,0,2514:. 1|0:36,20:56:99:0|1:560129_C_A:739,0,1449:. 0|1:47,23:70:99:0|1:560129_C_A:814,0,2030:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1254:. 0|1:20,9:29:99:0|1:560084_G_T:315,0,847:. 0|0:142,0:142:0:.:.:0,0,1440:. 0|0:32,0:32:78:.:.:0,78,1170:. 0|1:44,40:84:99:0|1:560101_TAATATATG_T:1469,0,1716:. 1|0:63,30:93:99:0|1:560084_G_T:1165,0,2681:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,161:221:99:0|1:560084_G_T:6536,0,2139:. 0|1:41,40:81:99:0|1:560084_G_T:1549,0,1628:. 0|0:184,0:184:0:.:.:0,0,1392:. 1|0:20,19:39:99:0|1:560084_G_T:738,0,768:. 0|1:8,10:18:99:0|1:560129_C_A:380,0,306:. 0|1:62,52:114:99:0|1:560084_G_T:1975,0,2426:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,1875:. 0|1:94,29:123:99:0|1:560116_TTTTTTTC_T:879,0,4161:. 0|1:95,68:163:99:0|1:560084_G_T:2551,0,3924:. 0|0:114,0:114:0:.:.:0,0,2127:. 0|0:610,0:610:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1621:. 0|1:170,45:215:99:0|1:560084_G_T:1350,0,7086:. 0|1:84,88:172:99:0|1:560084_G_T:3486,0,3133:. 1|0:42,18:60:99:0|1:560084_G_T:641,0,1769:. 0|0:80,0:80:0:.:.:0,0,1343:. 1|0:69,16:85:99:0|1:560084_G_T:501,0,2857:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:83,81:164:99:0|1:560084_G_T:3172,0,3266:. 0|1:197,151:348:99:0|1:560084_G_T:5891,0,8258:. 0|0:172,0:172:0:.:.:0,0,2999:. 1|0:90,42:132:99:0|1:560084_G_T:1558,0,3832:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,1613:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:64,103:167:99:0|1:560084_G_T:4159,0,2444:. 1|0:57,32:89:99:0|1:560084_G_T:1214,0,2267:. 0|1:76,70:146:99:0|1:560084_G_T:2870,0,3036:. 0|0:22,0:22:66:.:.:0,66,676:. 0|1:107,83:190:99:0|1:560084_G_T:3363,0,4387:. 0|0:519,0:519:0:.:.:0,0,3872:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1641:. 0|0:150,0:150:0:.:.:0,0,2057:. 0|1:41,55:96:99:0|1:560084_G_T:2265,0,1576:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:73,14:87:99:0|1:560084_G_T:403,0,3087:. 1|0:105,91:196:99:0|1:560084_G_T:3613,0,4235:. 1|0:74,21:95:99:0|1:560084_G_T:695,0,3094:. 0|1:144,109:253:99:0|1:560084_G_T:4067,0,5883:. 0|0:290,0:290:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:94,30:124:99:0|1:560084_G_T:1091,0,4015:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:0:.:.:0,0,2012:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,734:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:0:.:.:0,0,691:. 0|1:23,30:53:99:0|1:560084_G_T:1165,0,876:. 0|1:91,101:192:99:0|1:560084_G_T:4039,0,3658:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,1071:. 0|0:48,0:48:90:.:.:0,90,1356:. 0|1:145,160:305:99:0|1:560084_G_T:6397,0,5600:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1172:. 0|1:38,22:60:99:0|1:560084_G_T:787,0,1605:. 0|0:64,0:64:54:.:.:0,54,1631:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1003:. 1|0:51,61:112:99:0|1:560084_G_T:2383,0,2024:. 0|1:78,44:122:99:0|1:560084_G_T:1781,0,3114:. 0|1:67,67:134:99:0|1:560084_G_T:2653,0,2594:. 0|1:78,52:130:99:0|1:560084_G_T:2049,0,3189:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:0:.:.:0,0,1009:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:66,16:82:99:0|1:560087_T_C:466,0,2807:. 0|0:138,0:138:0:.:.:0,0,2619:. 0|0:169,0:169:0:.:.:0,0,1247:. 0|0:100,0:100:0:.:.:0,0,1717:. 0|1:114,31:145:99:0|1:560084_G_T:956,0,4637:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,875:. 0|0:137,0:137:0:.:.:0,0,2301:. 1|0:113,163:276:99:0|1:560084_G_T:6610,0,4368:. 0|0:229,0:229:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:6,193:199:99:1|1:560084_G_T:8457,335,0:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:0:.:.:0,0,2738:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,7:136:99:0|1:560155_A_AG:0,103,5610:. 0|0:245,0:245:0:.:.:0,0,5969:. 0|0:184,0:184:0:.:.:0,0,1303:. 0|1:169,165:334:99:0|1:560101_TAATATATG_T:6407,0,6833:. 1|0:140,171:311:99:0|1:560084_G_T:6902,0,5522:. 0|1:152,150:302:99:0|1:560084_G_T:5875,0,5982:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:251,83:334:99:0|1:560084_G_T:2841,0,10422:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:0:.:.:0,0,944:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:170,159:329:99:0|1:560084_G_T:6331,0,6700:. 0|0:340,0:340:0:.:.:0,0,2564:. 0|1:144,17:161:99:0|1:560155_A_AG:253,0,6345:. 1|0:224,53:277:99:0|1:560129_C_A:1518,0,9262:. 1|0:101,93:194:99:0|1:560084_G_T:3565,0,4170:. 0|1:173,58:231:99:0|1:560155_A_AG:1903,0,7374:. 1|0:147,45:192:99:0|1:560146_AT_A:1513,0,6283:. 0|1:123,257:380:99:0|1:560084_G_T:10566,0,4451:. 0|1:180,196:376:99:0|1:560087_T_C:7708,0,7357:. 0|0:276,0:276:0:.:.:0,0,3606:. 0|1:115,344:459:99:0|1:560084_G_T:14199,0,3849:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:157,65:222:99:0|1:560084_G_T:2317,0,6510:. 0|1:123,180:303:99:0|1:560084_G_T:7189,0,4913:. 1|0:122,106:228:99:0|1:560084_G_T:4089,0,5076:. 0|1:87,149:236:99:0|1:560084_G_T:5977,0,3456:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,1545:. 0|1:174,157:331:99:0|1:560084_G_T:6255,0,6944:. 0|0:255,0:255:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:142,142:284:99:0|1:560084_G_T:5592,0,5533:. 0|1:193,222:415:99:0|1:560084_G_T:8766,0,7574:. 0|1:133,117:250:99:0|1:560084_G_T:4559,0,5338:. 0|0:269,0:269:0:.:.:0,0,3576:. 0|0:290,0:290:0:.:.:0,0,2842:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:194,161:355:99:0|1:560084_G_T:6347,0,7775:. 0|1:184,174:358:99:0|1:560084_G_T:6753,0,7477:. 0|1:99,96:195:99:0|1:560084_G_T:3790,0,3998:. 0|1:130,318:448:99:0|1:560084_G_T:13282,0,4450:. 1|0:146,26:172:99:0|1:560084_G_T:727,0,6133:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,87:161:99:0|1:560084_G_T:3469,0,2821:. 0|1:85,98:183:99:0|1:560084_G_T:3959,0,3333:. 0|1:63,85:148:99:0|1:560084_G_T:3354,0,2369:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,45:97:99:0|1:560084_G_T:1716,0,2034:. 1|0:125,68:193:99:0|1:560084_G_T:2459,0,5089:. 0|1:167,128:295:99:0|1:560084_G_T:4957,0,6875:. 0|1:44,40:84:99:0|1:560084_G_T:1526,0,1764:. 0|1:168,205:373:99:0|1:560084_G_T:8132,0,6644:. 0|1:103,197:300:99:0|1:560084_G_T:8048,0,3717:. 0|1:203,264:467:99:0|1:560200_G_A:10909,0,7908:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:118,47:165:99:.:.:1649,0,3109:. 1|0:100,10:110:99:0|1:560129_C_A:141,0,3996:. 0|1:187,165:352:99:0|1:560084_G_T:6423,0,7589:. 0|1:178,66:244:99:0|1:560084_G_T:2240,0,7480:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:323,0:323:0:.:.:0,0,7515:. 0|1:12,7:19:99:0|1:560084_G_T:255,0,893:. 0|0:253,0:253:0:.:.:0,0,4180:. 0|0:175,0:175:0:.:.:0,0,4183:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1760:. 0|0:117,0:117:0:.:.:0,0,1613:. 0|1:87,91:178:99:0|1:560084_G_T:3783,0,3488:. 0|1:104,71:175:99:0|1:560084_G_T:2640,0,4233:. 1|0:145,48:193:99:0|1:560084_G_T:1558,0,6238:. 0|1:80,163:243:99:0|1:560084_G_T:6581,0,2880:. 0|0:152,9:161:99:0|1:560192_T_A:0,101,6714:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,1482:. 0|1:78,60:138:99:0|1:560084_G_T:2292,0,3133:. 1|0:76,28:104:99:0|1:560084_G_T:1005,0,3252:. 0|0:114,0:114:0:.:.:0,0,2305:. 0|1:168,31:199:99:0|1:560200_G_A:789,0,7017:. 1|0:171,101:272:99:0|1:560084_G_T:3784,0,7159:. 1|0:83,49:132:99:0|1:560084_G_T:1790,0,3446:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1275:. 0|1:202,180:382:99:0|1:560084_G_T:6889,0,7883:. 1|0:149,41:190:99:0|1:560084_G_T:1349,0,6173:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:207,208:415:99:0|1:560084_G_T:8213,0,8193:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,69:216:99:0|1:560200_G_A:2463,0,5988:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:115,94:209:99:0|1:560084_G_T:3792,0,4563:. 0|0:147,0:147:.:.:.:.:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,624:. 0|1:165,30:195:99:0|1:560168_T_A:773,0,6925:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,108,1800:. 1|0:107,75:182:99:0|1:560084_G_T:2923,0,4411:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:101,65:166:99:0|1:560084_G_T:2383,0,4210:. 0|0:164,0:164:0:.:.:0,0,1279:. 0|0:41,0:41:68:.:.:0,68,1148:. 0|1:43,50:93:99:0|1:560084_G_T:2009,0,2854:. 0|1:67,48:115:99:0|1:560084_G_T:1802,0,2792:. 1|0:117,62:179:99:0|1:560129_C_A:2200,0,4749:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:187,86:273:99:0|1:560200_G_A:2990,0,7745:. 0|1:86,89:175:99:0|1:560129_C_A:3556,0,3384:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:146,86:232:99:0|1:560129_C_A:3212,0,6013:. 0|1:92,84:176:99:0|1:560084_G_T:3328,0,3596:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:95:.:.:0,95,2656:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:48,49:97:99:0|1:560084_G_T:1930,0,1907:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,1013:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,938:. 1|0:190,158:348:99:0|1:560211_A_T:6155,0,7796:. 1|0:56,21:77:99:0|1:560116_TTTTTTTC_T:707,0,2337:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:57,26:83:99:0|1:560084_G_T:913,0,2369:. 0|1:60,47:107:99:0|1:560084_G_T:1773,0,2449:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,53:147:99:0|1:560084_G_T:2021,0,3807:. 0|1:186,208:394:99:0|1:560084_G_T:8249,0,7266:. 0|1:97,63:160:99:0|1:560200_G_A:2326,0,3834:. 0|1:116,30:146:99:0|1:560125_C_A:1021,0,4981:. 0|1:50,39:89:99:0|1:560084_G_T:1484,0,2010:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:62,51:113:99:0|1:560084_G_T:2118,0,2480:. 0|1:126,17:143:99:0|1:560137_C_A:368,0,5349:. 0|0:87,0:87:0:.:.:0,0,971:. 0|1:131,0:131:.:.:.:.:. 0|1:98,15:113:99:0|1:560084_G_T:320,0,4243:. 0|1:153,153:306:99:0|1:560084_G_T:6075,0,6189:. 0|1:95,104:199:99:0|1:560084_G_T:4140,0,3697:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,310:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,166:267:99:0|1:560084_G_T:6600,0,3790:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,64:228:99:0|1:560200_G_A:2210,0,6842:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:114,135:249:99:0|1:560084_G_T:5418,0,4500:. 0|1:192,275:467:99:0|1:560084_G_T:11389,0,7417:. 1|0:69,50:119:99:0|1:560084_G_T:1881,0,2858:. 0|1:26,33:59:99:0|1:560084_G_T:1331,0,1031:. 0|1:180,78:258:99:0|1:560084_G_T:2753,0,7401:. 0|1:280,220:500:99:0|1:560084_G_T:8603,0,11252:. 0|1:98,151:249:99:0|1:560084_G_T:6037,0,3792:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1054:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:99,26:125:99:0|1:560129_C_A:852,0,4110:. 0|1:71,30:101:99:0|1:560084_G_T:1128,0,2891:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:98,149:247:99:0|1:560084_G_T:6083,0,3668:. 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035:. 0|1:52,28:80:99:0|1:560084_G_T:985,0,2225:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:31:.:.:0,31,938:. 0|0:185,0:185:0:.:.:0,0,198:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1447:. 0|1:139,281:420:99:0|1:560084_G_T:11437,0,4982:. 1|0:70,202:272:99:0|1:560084_G_T:8287,0,2375:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,72:207:99:0|1:560084_G_T:2643,0,5486:. 0|0:180,0:180:0:.:.:0,0,2646:. 0|0:156,0:156:0:.:.:0,0,1171:. 1|0:121,154:275:99:0|1:560084_G_T:6119,0,4645:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,106:. 0|1:111,145:256:99:0|1:560084_G_T:5745,0,4293:. 0|1:129,173:302:99:0|1:560084_G_T:6982,0,5009:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:160,0:160:0:.:.:0,0,3051:. 0|1:326,0:326:.:.:.:0,0,0:. 0|1:142,0:142:.:.:.:0,0,0:. 0|1:258,0:258:.:.:.:0,0,0:. 0|1:100,193:293:99:0|1:560084_G_T:7876,0,3689:. 0|1:165,36:201:99:0|1:560146_AT_A:858,0,7901:. 0|0:185,0:185:0:.:.:0,0,4448:. 0|1:146,228:374:99:0|1:560084_G_T:9144,0,5520:. 1|0:102,74:176:99:0|1:560129_C_A:2688,0,4099:. 0|0:68,6:74:31:.:.:0,31,2376:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,2079:. 0|1:114,151:265:99:0|1:560084_G_T:6169,0,4524:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 1|0:59,68:127:99:0|1:560084_G_T:2743,0,2372:. 0|1:91,128:219:99:0|1:560084_G_T:5175,0,3510:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,202:313:99:0|1:560084_G_T:8273,0,4195:. 0|1:121,205:326:99:0|1:560155_A_AG:8367,0,4419:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|1:98,164:262:99:0|1:560084_G_T:6659,0,3713:. 0|1:120,182:302:99:0|1:560084_G_T:7355,0,4532:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:284,538:822:99:0|1:560084_G_T:21882,0,10561:. 0|0:783,0:783:0:.:.:0,0,1892:. 0|0:697,0:697:0:.:.:0,0,3041:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:32,0:32:.:.:.:0,0,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1437:. 0|1:111,33:144:99:0|1:560138_G_A:985,0,4518:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:396,0:396:0:.:.:0,0,2790:. 0|0:299,0:299:0:.:.:0,0,2532:. 0|0:401,0:401:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:199,375:574:99:0|1:560084_G_T:15307,0,7370:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:71,79:150:99:0|1:560084_G_T:3236,0,2719:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:182,189:371:99:0|1:560084_G_T:7396,0,7312:. 0|1:212,207:419:99:0|1:560084_G_T:8136,0,8316:. 1|0:254,89:343:99:0|1:560084_G_T:2926,0,10746:. 0|1:152,174:326:99:0|1:560084_G_T:6848,0,5978:. 0|0:371,0:371:0:.:.:0,0,4829:. 0|1:235,23:258:99:0|1:560084_G_T:238,0,10027:. 0|1:190,200:390:99:0|1:560084_G_T:7825,0,7432:. 0|0:392,0:392:0:.:.:0,0,6081:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,3348:. 1|0:219,234:453:99:0|1:560084_G_T:9345,0,8494:. 0|1:45,50:95:99:0|1:560084_G_T:1941,0,1781:. 0|0:305,0:305:0:.:.:0,0,5714:. 0|0:352,0:352:0:.:.:0,0,9105:. 0|1:378,901:1279:99:0|1:560084_G_T:37005,0,13265:. 0|0:417,0:417:0:.:.:0,0,3252:. 0|1:246,556:802:99:0|1:560084_G_T:22817,0,8823:. 0|1:227,245:472:99:0|1:560084_G_T:9733,0,8821:. 0|1:304,502:806:99:0|1:560084_G_T:20207,0,11578:. 0|1:86,123:209:99:0|1:560084_G_T:4948,0,3172:. 0|1:227,498:725:99:0|1:560084_G_T:20372,0,8093:. 0|0:375,0:375:0:.:.:0,0,1789:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,28:55:99:0|1:560084_G_T:1092,0,1079:. 0|1:287,413:700:99:0|1:560084_G_T:16531,0,10975:. 1|0:35,34:69:99:0|1:560084_G_T:1319,0,1399:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:146,148:294:99:0|1:560084_G_T:5716,0,5770:. 0|1:209,139:348:99:0|1:560155_A_AG:5176,0,8889:. 0|0:329,0:329:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:225,32:257:99:0|1:560179_C_G:696,0,9516:. 0|1:228,317:545:99:0|1:560084_G_T:12639,0,8750:. 0|1:173,397:570:99:0|1:560084_G_T:16629,0,6077:. 1|0:309,0:309:.:.:.:0,0,0:. 0|0:267,0:267:0:.:.:0,0,5444:. 0|1:137,115:252:99:0|1:560084_G_T:4366,0,5483:. 1|0:132,107:239:99:0|1:560084_G_T:4115,0,5321:. 0|1:31,32:63:99:0|1:560084_G_T:1292,0,1186:. 1|0:247,45:292:99:0|1:560148_A_G:1128,0,10463:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:345,0:345:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:180,117:297:99:0|1:560084_G_T:4476,0,7451:. 1|0:702,0:702:.:.:.:0,0,0:. 1|0:108,94:202:99:0|1:560087_T_C:3678,0,4495:. 0|1:218,227:445:99:0|1:560084_G_T:8967,0,8725:. 0|1:165,188:353:99:0|1:560084_G_T:7729,0,6451:. 0|0:191,0:191:91:.:.:0,91,5560:. 0|1:138,156:294:99:0|1:560084_G_T:6170,0,5744:. 0|1:151,107:258:99:0|1:560148_A_G:3980,0,5922:. 0|0:501,0:501:0:.:.:0,0,7602:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,120:195:99:0|1:560084_G_T:4809,0,2849:. 0|1:281,385:666:99:0|1:560084_G_T:15531,0,10750:. 0|1:469,0:469:.:.:.:0,0,0:. 1|0:168,27:195:99:0|1:560084_G_T:606,0,7120:. 0|0:233,0:233:0:.:.:0,0,635:. 0|1:69,69:138:99:0|1:560084_G_T:2703,0,2800:. 0|1:53,87:140:99:0|1:560084_G_T:3498,0,1937:. 0|1:73,101:174:99:0|1:560084_G_T:4142,0,2802:. 0|1:115,293:408:99:.:.:8695,0,3860:. 0|0:198,0:198:0:.:.:0,0,2312:. 0|1:70,28:98:99:0|1:560137_C_A:994,0,2868:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:0:.:.:0,0,781:. 0|0:197,0:197:0:.:.:0,0,1255:. 0|1:38,43:81:99:0|1:560084_G_T:1733,0,1463:. 1|0:21,35:56:99:0|1:560084_G_T:1464,0,834:. 0|1:91,142:233:99:0|1:560084_G_T:5760,0,3376:. 1|0:75,136:211:99:0|1:560084_G_T:5489,0,2815:. 0|0:229,0:229:0:.:.:0,0,5363:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:348,0:348:0:.:.:0,0,3090:. 0|0:219,0:219:0:.:.:0,0,1477:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:6:.:.:0,6,1894:. 0|1:30,35:65:99:0|1:560084_G_T:1422,0,1131:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,149:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:168,147:315:99:0|1:560084_G_T:5703,0,6710:. 0|0:257,0:257:0:.:.:0,0,1987:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:155,182:337:99:0|1:560084_G_T:7253,0,6101:. 0|1:135,27:162:99:0|1:560084_G_T:718,0,5671:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:279,0:279:0:.:.:0,0,8015:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1689:. 0|0:463,0:463:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,359:. 0|0:383,0:383:0:.:.:0,0,1773:. 0|0:721,0:721:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:239,0:239:0:.:.:0,0,2279:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:26,51:77:99:0|1:560084_G_T:2105,0,935:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|1:245,549:794:99:0|1:560084_G_T:22637,0,9172:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1800:. Pf3D7_01_v3 560289 . T A 1.3034e+07 PASS FS=0;MQ=56.43;QD=17.91;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.683;VQSLOD=6.29;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0;ExcessHet=41.0765;FractionInformativeReads=0.859;GC=14.29;GQ_MEAN=516.31;GQ_STDDEV=704.92;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.4514;MQRankSum=-4.595;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.18;culprit=FS;set=snp;DP=17615361;AF=0.303;AS_InbreedingCoeff=-0.3235;MLEAC=1644;MLEAF=0.316;AN=856;AC=293 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:82,42:124:99:0|1:560289_T_A:1547,0,3177:. 0|1:81,21:102:99:0|1:560240_G_A:761,0,3371:. 0|1:63,13:76:99:.:.:386,0,2600:. 0|1:64,35:99:99:0|1:560289_T_A:1190,0,2630:. 0|0:64,0:64:0:.:.:0,0,1397:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1475:. 0|1:45,27:72:99:.:.:969,0,1827:. 1|0:36,7:43:99:0|1:560289_T_A:219,0,1504:. 0|1:51,27:78:99:0|1:560289_T_A:977,0,1982:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,1337:. 0|1:44,21:65:99:0|1:560289_T_A:804,0,1562:. 0|1:37,14:51:99:0|1:560289_T_A:465,0,1468:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|1:12,7:19:99:.:.:300,0,350:. 0|1:31,59:90:99:.:.:2511,0,1079:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:41,52:93:99:.:.:2111,0,1552:. 1|0:74,34:108:99:0|1:560289_T_A:1185,0,2832:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,106,1625:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,107:177:99:0|1:560289_T_A:4616,0,2521:. 0|1:34,50:84:99:0|1:560289_T_A:2043,0,1239:. 0|1:80,106:186:99:.:.:4327,0,3157:. 1|0:11,18:29:99:0|1:560289_T_A:765,0,349:. 0|1:7,8:15:99:0|1:560289_T_A:283,0,270:. 0|1:55,39:94:99:0|1:560289_T_A:1508,0,2145:. 0|0:86,0:86:0:.:.:0,0,1895:. 0|1:99,34:133:99:0|1:560289_T_A:1036,0,4050:. 0|1:107,66:173:99:0|1:560289_T_A:2602,0,3899:. 1|0:67,25:92:99:0|1:560289_T_A:873,0,2634:. 0|0:450,0:450:0:.:.:0,0,2230:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1509:. 0|1:142,74:216:99:.:.:2673,0,5472:. 0|1:80,102:182:99:0|1:560289_T_A:4147,0,2845:. 1|0:50,21:71:99:0|1:560289_T_A:716,0,1981:. 0|0:67,4:71:36:0|1:560289_T_A:0,36,2746:. 0|1:54,49:103:99:.:.:1974,0,2018:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,106,1800:. 0|1:77,82:159:99:0|1:560289_T_A:3334,0,2841:. 0|1:176,258:434:99:.:.:10447,0,6463:. 0|0:177,0:177:0:.:.:0,0,3824:. 1|0:90,43:133:99:0|1:560289_T_A:1571,0,3451:. 1|0:63,13:76:99:0|1:560289_T_A:356,0,2472:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:59,83:142:99:0|1:560289_T_A:3476,0,2046:. 1|0:50,15:65:99:0|1:560289_T_A:463,0,2001:. 0|1:84,36:120:99:0|1:560289_T_A:1250,0,3449:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,644:. 0|1:99,131:230:99:.:.:5108,0,3602:. 1|0:190,321:511:99:.:.:12948,0,6928:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1641:. 0|1:81,44:125:99:0|1:560258_A_T:1718,0,3428:. 0|1:36,49:85:99:0|1:560289_T_A:1885,0,1428:. 1|0:62,20:82:99:.:.:686,0,2575:. 1|0:72,12:84:99:0|1:560289_T_A:407,0,2803:. 1|0:109,52:161:99:0|1:560289_T_A:1924,0,4495:. 1|0:70,31:101:99:.:.:1042,0,2785:. 0|1:120,157:277:99:.:.:6146,0,4842:. 0|1:203,102:305:99:0|1:560240_G_A:3765,0,8670:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:69,35:104:99:0|1:560289_T_A:1298,0,2744:. 0|0:86,0:86:54:.:.:0,54,2218:. 1|0:96,27:123:99:0|1:560258_A_T:923,0,4028:. 0|1:48,26:74:99:0|1:560258_A_T:919,0,2063:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,1329:. 0|1:25,19:44:99:0|1:560289_T_A:723,0,979:. 0|1:87,123:210:99:.:.:4763,0,3193:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:101,34:135:99:0|1:560258_A_T:1145,0,4430:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1433:. 0|1:132,233:365:99:.:.:9334,0,4514:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,106,1172:. 0|1:45,15:60:99:0|1:560289_T_A:485,0,1917:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1003:. 1|0:62,42:104:99:0|1:560289_T_A:1571,0,2510:. 0|1:62,101:163:99:.:.:4219,0,2192:. 0|1:65,65:130:99:0|1:560289_T_A:2606,0,2437:. 0|1:92,57:149:99:0|1:560289_T_A:2177,0,3665:. 0|1:80,23:103:99:0|1:560258_A_T:701,0,3626:. 1|0:67,6:73:50:0|1:560289_T_A:50,0,2721:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:57,48:105:99:.:.:1838,0,2133:. 0|1:121,17:138:99:0|1:560289_T_A:389,0,4655:. 0|1:115,55:170:99:0|1:560258_A_T:2119,0,4819:. 1|0:83,10:93:99:0|1:560240_G_A:170,0,3455:. 0|1:109,32:141:99:0|1:560289_T_A:1005,0,4184:. 0|1:42,6:48:99:.:.:126,0,1658:. 0|0:123,0:123:0:.:.:0,0,2506:. 1|0:136,113:249:99:0|1:560289_T_A:4336,0,5354:. 1|0:162,74:236:99:0|1:560258_A_T:2602,0,6832:. 1|1:6,169:175:99:1|1:560289_T_A:7201,204,0:. 0|0:266,0:266:83:.:.:0,83,6615:. 0|1:104,72:176:99:0|1:560289_T_A:2827,0,3955:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:139,95:234:99:0|1:560240_G_A:3562,0,11241:. 0|1:148,40:188:99:.:.:1273,0,5819:. 0|1:231,30:261:99:0|1:560289_T_A:624,0,9676:. 0|0:186,0:186:0:.:.:0,0,2035:. 0|1:161,163:324:99:0|1:560289_T_A:6135,0,6324:. 1|0:151,136:287:99:0|1:560289_T_A:5427,0,5838:. 0|1:114,216:330:99:.:.:8716,0,4029:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:247,119:366:99:.:.:4155,0,9808:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:69,51:120:99:0|1:560258_A_T:2057,0,2777:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:147,180:327:99:.:.:7107,0,5655:. 0|0:331,0:331:0:.:.:0,0,2859:. 0|1:120,95:215:99:.:.:3737,0,4684:. 1|0:212,170:382:99:0|1:560258_A_T:6686,0,8711:. 1|0:121,105:226:99:.:.:4148,0,4493:. 0|1:181,115:296:99:0|1:560289_T_A:4465,0,6716:. 1|0:177,29:206:99:0|1:560258_A_T:754,0,7549:. 0|1:133,185:318:99:.:.:7713,0,4774:. 0|1:133,252:385:99:0|1:560289_T_A:10036,0,4561:. 0|1:175,71:246:99:0|1:560258_A_T:2640,0,7455:. 0|1:131,250:381:99:0|1:560289_T_A:10462,0,4788:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:164,65:229:99:.:.:2309,0,6306:. 0|1:133,127:260:99:0|1:560289_T_A:5085,0,5139:. 1|0:131,130:261:99:0|1:560289_T_A:5006,0,4794:. 0|1:106,148:254:99:.:.:5947,0,3945:. 0|0:65,4:69:46:0|1:560289_T_A:0,46,2828:. 0|1:164,212:376:99:.:.:8281,0,6096:. 0|1:174,99:273:99:0|1:560240_G_A:3846,0,7536:. 0|1:128,116:244:99:.:.:4651,0,5063:. 0|1:245,158:403:99:0|1:560289_T_A:6050,0,9687:. 0|1:122,131:253:99:.:.:4996,0,4640:. 1|0:138,56:194:99:0|1:560289_T_A:1972,0,5504:. 0|1:176,50:226:99:0|1:560289_T_A:1603,0,7095:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,345:480:99:.:.:14290,0,4473:. 0|1:148,295:443:99:.:.:11973,0,5305:. 0|1:106,76:182:99:0|1:560289_T_A:2972,0,4253:. 0|1:143,237:380:99:0|1:560289_T_A:9609,0,4894:. 1|0:143,79:222:99:.:.:3092,0,5607:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,74:161:99:0|1:560289_T_A:2761,0,3343:. 0|1:67,91:158:99:0|1:560289_T_A:3494,0,2504:. 0|1:76,59:135:99:0|1:560289_T_A:2400,0,2903:. 0|1:70,43:113:99:0|1:560289_T_A:1676,0,2657:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:56,27:83:99:0|1:560289_T_A:965,0,2127:. 1|0:118,69:187:99:.:.:2637,0,4636:. 0|1:123,251:374:99:.:.:10583,0,4387:. 0|1:57,43:100:99:0|1:560289_T_A:1738,0,2217:. 0|1:168,236:404:99:0|1:560289_T_A:9284,0,6334:. 0|1:99,157:256:99:0|1:560289_T_A:6750,0,3609:. 1|1:421,0:421:.:.:.:.:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:125,69:194:99:.:.:2433,0,4689:. 1|0:100,14:114:99:0|1:560289_T_A:404,0,4151:. 0|1:196,102:298:99:.:.:3756,0,7886:. 0|1:165,94:259:99:.:.:3399,0,6888:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:181,38:219:99:.:.:1078,0,7134:. 0|1:14,5:19:99:0|1:560289_T_A:168,0,559:. 0|0:255,0:255:0:.:.:0,0,4706:. 0|0:174,0:174:79:.:.:0,79,4290:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,105,1760:. 0|0:109,0:109:0:.:.:0,0,1416:. 0|1:92,57:149:99:0|1:560289_T_A:2194,0,3664:. 0|1:123,50:173:99:0|1:560289_T_A:1742,0,5028:. 1|0:128,62:190:99:.:.:2242,0,5086:. 0|1:80,96:176:99:0|1:560289_T_A:3992,0,2947:. 1|0:148,25:173:99:.:.:636,0,5783:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,2626:. 0|1:74,40:114:99:0|1:560289_T_A:1445,0,2896:. 1|0:52,81:133:99:.:.:3365,0,1868:. 1|0:101,23:124:99:0|1:560258_A_T:638,0,4508:. 0|1:116,62:178:99:.:.:2206,0,4417:. 1|0:179,62:241:99:.:.:2206,0,7341:. 1|0:99,66:165:99:0|1:560289_T_A:2413,0,4014:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1275:. 0|1:194,202:396:99:0|1:560289_T_A:8036,0,7619:. 1|0:160,34:194:99:0|1:560289_T_A:965,0,6510:. 0|1:123,50:173:99:0|1:560258_A_T:1696,0,5476:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:187,132:319:99:0|1:560289_T_A:5217,0,7446:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,136:247:99:.:.:5311,0,3886:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,55:188:99:0|1:560289_T_A:1903,0,5359:. 0|1:48,81:129:99:0|1:560258_A_T:3419,0,1844:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,382:. 0|1:182,39:221:99:0|1:560289_T_A:1056,0,7466:. 0|1:75,5:80:6:0|1:560289_T_A:6,0,3105:. 1|0:96,51:147:99:0|1:560289_T_A:1892,0,3715:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:127,54:181:99:0|1:560289_T_A:1981,0,5250:. 0|1:109,49:158:99:0|1:560289_T_A:1837,0,4597:. 1|0:39,4:43:39:0|1:560258_A_T:39,0,1794:. 0|1:65,35:100:99:0|1:560289_T_A:1304,0,2693:. 0|1:75,43:118:99:0|1:560289_T_A:1568,0,3062:. 1|0:109,72:181:99:0|1:560289_T_A:2731,0,4165:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,108,1800:. 0|1:131,123:254:99:0|1:560289_T_A:4519,0,5025:. 0|1:81,67:148:99:0|1:560289_T_A:2526,0,3028:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:163,74:237:99:0|1:560289_T_A:2499,0,6597:. 0|1:86,62:148:99:0|1:560289_T_A:2554,0,3286:. 0|1:64,12:76:99:.:.:305,0,2636:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:85,41:126:99:.:.:1499,0,3443:. 1|0:48,48:96:99:0|1:560289_T_A:1960,0,1773:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1289:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1015:. 1|0:156,184:340:99:.:.:7350,0,5908:. 1|0:51,34:85:99:0|1:560289_T_A:1257,0,1992:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1800:. 1|0:58,30:88:99:0|1:560289_T_A:1093,0,2193:. 0|1:53,36:89:99:0|1:560289_T_A:1430,0,2104:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,39:127:99:0|1:560289_T_A:1442,0,3704:. 0|1:176,124:300:99:0|1:560289_T_A:4824,0,7009:. 1|0:77,75:152:99:0|1:560289_T_A:2806,0,3073:. 0|1:102,89:191:99:0|1:560258_A_T:3670,0,4165:. 0|1:41,58:99:99:.:.:2387,0,1639:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,42:93:99:0|1:560289_T_A:1607,0,2043:. 0|1:106,42:148:99:0|1:560258_A_T:1594,0,4564:. 0|0:88,0:88:0:.:.:0,0,1358:. 0|1:63,35:98:99:0|1:560258_A_T:1361,0,2576:. 0|1:74,43:117:99:.:.:1655,0,2947:. 0|1:146,121:267:99:.:.:4905,0,5744:. 0|1:80,61:141:99:0|1:560289_T_A:2399,0,3188:. 1|0:5,3:8:99:0|1:560240_G_A:111,0,201:. 1|0:186,35:221:99:.:.:919,0,8153:. 0|1:126,148:274:99:0|1:560289_T_A:5830,0,4519:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:137,74:211:99:0|1:560289_T_A:2550,0,5566:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:109,156:265:99:.:.:6540,0,4025:. 0|1:187,170:357:99:0|1:560289_T_A:6929,0,7216:. 1|0:54,82:136:99:.:.:3379,0,1941:. 0|1:33,31:64:99:0|1:560289_T_A:1238,0,1327:. 0|1:157,63:220:99:.:.:2119,0,6353:. 0|1:278,170:448:99:0|1:560289_T_A:6409,0,10983:. 0|1:113,88:224:99:.:.:3741,0,4301:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1054:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1015:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:100,23:123:99:0|1:560289_T_A:606,0,3689:. 0|1:73,20:93:99:0|1:560289_T_A:692,0,3095:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:116,103:219:99:0|1:560289_T_A:4171,0,4643:. 1|0:27,7:34:99:0|1:560258_A_T:210,0,1155:. 0|1:42,47:89:99:.:.:1860,0,1590:. 0|1:31,59:90:99:.:.:2265,0,1163:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,2:34:21:0|1:560240_G_A:0,21,1485:. 0|1:116,60:176:99:0|1:560261_TA_T:2242,0,4852:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1447:. 0|1:127,203:330:99:0|1:560289_T_A:8388,0,4629:. 0|1:84,235:319:99:0|1:560289_T_A:9715,0,2994:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,99:227:99:.:.:3724,0,5027:. 0|0:144,0:144:0:.:.:0,0,3863:. 0|0:152,0:152:0:.:.:0,0,1007:. 1|0:134,80:214:99:.:.:3151,0,5395:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,424:. 0|1:109,93:202:99:0|1:560289_T_A:3784,0,4305:. 0|1:116,125:241:99:0|1:560289_T_A:4968,0,4425:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:152,0:152:0:.:.:0,0,3648:. 0|1:152,119:271:99:0|1:560289_T_A:4608,0,6134:. 0|1:71,66:137:99:0|1:560258_A_T:2636,0,2861:. 0|1:105,102:207:99:0|1:560289_T_A:4129,0,4087:. 0|1:129,126:255:99:0|1:560289_T_A:5226,0,4971:. 0|1:72,197:269:99:.:.:8187,0,2381:. 0|1:128,90:218:99:0|1:560258_A_T:3499,0,5389:. 0|1:165,163:328:99:0|1:560289_T_A:6710,0,6280:. 1|0:121,41:162:99:.:.:1393,0,5138:. 0|1:58,82:140:99:.:.:3518,0,2213:. 0|1:54,66:120:99:0|1:560258_A_T:2645,0,2150:. 0|1:134,161:295:99:0|1:560289_T_A:6408,0,5061:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 1|0:52,90:142:99:.:.:3637,0,1940:. 0|1:108,85:193:99:0|1:560289_T_A:3346,0,4359:. 0|1:72,47:119:99:.:.:1799,0,2820:. 0|1:109,179:288:99:0|1:560289_T_A:7605,0,4168:. 0|1:111,144:255:99:0|1:560289_T_A:5916,0,4189:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,105,1800:. 0|1:110,147:257:99:0|1:560289_T_A:5854,0,4265:. 0|1:124,102:226:99:0|1:560289_T_A:4102,0,4783:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:304,333:637:99:0|1:560289_T_A:13470,0,11740:. 0|0:830,0:830:0:.:.:0,0,3463:. 0|0:729,0:729:0:.:.:0,0,3818:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:13,17:30:99:0|1:560258_A_T:672,0,537:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,100,1437:. 0|1:81,87:168:99:0|1:560289_T_A:3394,0,3072:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:277,79:356:99:0|1:560258_A_T:2615,0,11885:. 1|0:129,138:267:99:.:.:5605,0,4846:. 0|0:328,0:328:0:.:.:0,0,5978:. 0|1:226,268:494:99:0|1:560289_T_A:11027,0,8170:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:254,67:321:99:0|1:560258_A_T:2010,0,11010:. 1|0:306,70:376:99:0|1:560240_G_A:1991,0,13003:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:90,39:129:99:0|1:560289_T_A:1390,0,3777:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:189,147:336:99:0|1:560289_T_A:5703,0,7455:. 0|1:215,120:335:99:0|1:560289_T_A:4623,0,8680:. 1|0:260,68:328:99:0|1:560289_T_A:2102,0,10451:. 0|1:157,123:280:99:0|1:560289_T_A:4738,0,6170:. 1|0:234,98:332:99:0|1:560258_A_T:3423,0,9948:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:197,155:352:99:0|1:560289_T_A:6139,0,7752:. 0|1:228,96:324:99:0|1:560258_A_T:3453,0,9515:. 1|0:97,8:105:41:0|1:560289_T_A:41,0,3698:. 1|0:271,135:406:99:0|1:560289_T_A:4967,0,11177:. 0|1:57,49:106:99:.:.:1841,0,2322:. 0|0:250,0:250:0:.:.:0,0,6800:. 0|0:303,0:303:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:400,875:1275:99:0|1:560289_T_A:35544,0,13950:. 0|1:286,149:435:99:0|1:560258_A_T:5659,0,11959:. 0|1:253,764:1017:99:0|1:560289_T_A:31296,0,8196:. 0|1:240,174:414:99:0|1:560289_T_A:6873,0,9606:. 0|1:300,528:828:99:0|1:560289_T_A:21080,0,11089:. 1|0:114,53:167:99:0|1:560289_T_A:1964,0,4416:. 0|1:238,351:589:99:0|1:560289_T_A:14615,0,9788:. 0|1:211,88:299:99:0|1:560258_A_T:3021,0,9141:. 0|1:250,102:352:99:.:.:3647,0,10146:. 0|1:45,16:61:99:0|1:560269_T_G:536,0,1841:. 1|0:294,350:644:99:0|1:560289_T_A:14394,0,11507:. 1|0:49,25:74:99:0|1:560289_T_A:865,0,1981:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:134,167:301:99:0|1:560289_T_A:6567,0,5204:. 0|1:254,224:478:99:.:.:8545,0,7095:. 0|1:260,106:366:99:.:.:3720,0,10621:. 0|1:244,33:277:99:0|1:560258_A_T:630,0,10440:. 0|1:236,255:491:99:0|1:560289_T_A:10315,0,8860:. 0|1:179,303:482:99:0|1:560289_T_A:12569,0,6650:. 1|0:107,85:192:99:0|1:560289_T_A:3506,0,4149:. 1|0:229,42:271:99:0|1:560289_T_A:1051,0,9613:. 0|1:144,107:251:99:0|1:560289_T_A:4177,0,5398:. 1|0:161,74:235:99:0|1:560289_T_A:2648,0,6494:. 0|1:30,11:41:99:.:.:372,0,1191:. 1|0:241,48:289:99:0|1:560289_T_A:1228,0,9946:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:305,0:305:0:.:.:0,0,4961:. 1|0:191,91:282:99:0|1:560289_T_A:3312,0,7484:. 1|0:237,115:352:99:0|1:560289_T_A:4146,0,11590:. 1|0:119,73:192:99:.:.:2821,0,4925:. 0|1:227,153:380:99:0|1:560289_T_A:6115,0,8776:. 0|1:160,148:308:99:0|1:560289_T_A:5762,0,6497:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,169:280:99:.:.:7041,0,4208:. 0|1:229,169:398:99:0|1:560289_T_A:6355,0,9108:. 0|0:460,0:460:0:.:.:0,0,12355:. 0|0:322,0:322:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:66,134:200:99:.:.:5398,0,2324:. 0|1:332,295:627:99:0|1:560289_T_A:11713,0,13039:. 0|1:195,157:352:99:0|1:560289_T_A:6290,0,7684:. 1|0:176,23:199:99:0|1:560289_T_A:454,0,7410:. 0|1:158,66:224:99:0|1:560258_A_T:2329,0,6559:. 0|1:69,77:146:99:0|1:560289_T_A:3131,0,2776:. 0|1:56,124:180:99:0|1:560289_T_A:4969,0,1912:. 0|1:85,64:149:99:0|1:560289_T_A:2590,0,3398:. 0|1:133,207:340:99:0|1:560289_T_A:8709,0,4846:. 1|0:96,45:141:99:0|1:560240_G_A:1634,0,4019:. 0|1:74,34:108:99:0|1:560289_T_A:1182,0,2956:. 0|1:146,78:224:99:.:.:2953,0,5884:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:100,53:153:99:0|1:560258_A_T:2116,0,4066:. 0|1:107,70:177:99:0|1:560258_A_T:2773,0,4438:. 0|1:47,52:99:99:0|1:560289_T_A:1955,0,1901:. 1|0:26,27:53:99:0|1:560289_T_A:1097,0,1000:. 0|1:89,240:329:99:0|1:560289_T_A:10087,0,3087:. 0|1:114,229:343:99:0|1:560289_T_A:9484,0,4092:. 0|1:100,74:174:99:0|1:560240_G_A:2959,0,4174:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:154,69:223:99:0|1:560258_A_T:2629,0,6454:. 1|0:145,95:240:99:0|1:560258_A_T:3789,0,5994:. 0|0:212,0:212:0:.:.:0,0,3498:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1021:. 0|1:71,6:77:20:.:.:20,0,9058:. 0|0:42,3:45:6:0|1:560289_T_A:0,6,1775:. 0|1:33,39:72:99:0|1:560289_T_A:1510,0,1251:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,346:. 0|1:166,95:261:99:0|1:560258_A_T:3729,0,6834:. 0|1:168,140:308:99:.:.:5427,0,6798:. 1|0:172,60:232:99:.:.:2155,0,7059:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,437:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,100,1800:. 0|1:153,252:405:99:.:.:9954,0,5665:. 0|1:128,46:174:99:.:.:1589,0,5223:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:77:.:.:0,77,8409:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1689:. 0|1:424,83:507:99:0|1:560240_G_A:2200,0,18265:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,704:. 0|0:381,0:381:0:.:.:0,0,2812:. 0|1:502,264:766:99:0|1:560258_A_T:9793,0,21313:. 0|1:145,107:252:99:.:.:4138,0,5961:. 0|1:172,85:257:99:0|1:560258_A_T:3102,0,7422:. 0|1:31,49:80:99:0|1:560289_T_A:1962,0,1201:. 0|0:16,0:16:48:0|1:560289_T_A:0,48,706:. 0|1:238,687:925:99:.:.:28426,0,7921:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1800:. Pf3D7_01_v3 560404 . C T 2.45834e+07 PASS FS=9.945;MQ=57.27;QD=24.55;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.494;VQSLOD=4.76;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.76;ClippingRankSum=0;ExcessHet=10.6875;FractionInformativeReads=0.886;GC=14.29;GQ_MEAN=539.05;GQ_STDDEV=510.66;HRun=2;InbreedingCoeff=-0.1958;MQRankSum=3.41;NCC=2;ReadPosRankSum=-0.095;NEGATIVE_TRAIN_SITE;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=18540310;AF=0.763;AS_InbreedingCoeff=-0.1429;MLEAC=3990;MLEAF=0.766;AN=844;AC=626 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|1:54,74:128:99:.:.:1965,0,2258 1|1:0,72:72:99:1|1:560367_T_G:2422,217,0 1|0:14,68:82:99:.:.:2007,0,228 1|0:37,74:111:99:.:.:2020,0,1332 1|1:0,38:38:99:.:.:1224,114,0 1|1:0,51:51:99:.:.:1648,153,0 1|1:0,30:30:90:.:.:962,90,0 1|1:1,74:75:99:.:.:2286,215,0 1|1:0,67:67:99:.:.:2141,201,0 1|0:18,40:58:99:.:.:1195,0,635 1|1:0,44:44:99:.:.:1393,132,0 1|0:31,42:73:99:.:.:1074,0,1286 1|0:7,52:59:99:.:.:1483,0,138 0|1:7,65:72:99:.:.:2130,0,100 1|0:17,44:61:99:.:.:1235,0,582 1|1:0,33:33:99:.:.:1070,99,0 1|1:0,13:13:39:.:.:422,39,0 1|0:35,48:83:99:.:.:1621,0,1319 0|0:30,0:30:56:.:.:0,56,821 1|0:34,36:70:99:1|0:560400_T_G:892,0,1488 0|1:30,59:89:99:.:.:1550,0,1126 1|1:1,68:69:99:.:.:2123,198,0 1|1:0,182:182:99:.:.:5519,546,0 1|0:145,137:282:99:1|0:560400_T_G:3782,0,5567 1|0:31,65:96:99:1|0:560400_T_G:2043,0,1123 1|1:0,211:211:99:.:.:7480,636,0 0|1:11,25:36:99:.:.:1025,0,423 1|0:8,6:14:99:.:.:146,0,318 1|0:38,58:96:99:.:.:1482,0,1489 1|1:0,52:52:99:.:.:1581,155,0 1|0:76,57:133:99:.:.:1358,0,2306 1|0:75,106:181:99:1|0:560400_T_G:2753,0,2753 0|1:53,33:86:99:.:.:763,0,1669 1|1:0,574:574:99:.:.:21082,1738,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1286,123,0 1|0:57,156:213:99:1|0:560400_T_G:4321,0,1939 1|0:61,152:213:99:1|0:560400_T_G:5031,0,2031 0|1:25,56:81:99:.:.:1403,0,939 1|0:8,48:56:99:.:.:1302,0,192 0|1:13,64:77:99:.:.:1841,0,354 1|1:0,89:89:99:.:.:2659,267,0 1|0:34,87:121:99:.:.:2245,0,794 1|0:59,126:185:99:1|0:560400_T_G:3930,0,2152 1|0:144,234:378:99:1|0:560400_T_G:6843,0,5594 1|1:0,150:150:99:.:.:4502,450,0 0|1:40,117:157:99:.:.:3135,0,1281 1|0:10,72:82:99:.:.:1935,0,169 1|1:0,29:29:86:.:.:824,86,0 0|1:106,70:176:99:.:.:1525,0,4377 0|1:24,46:70:99:.:.:1124,0,897 1|0:76,69:145:99:.:.:1565,0,3136 1|1:0,41:41:99:.:.:1227,123,0 1|0:83,101:184:99:1|0:560400_T_G:2660,0,3334 0|1:235,213:448:99:.:.:5998,0,9043 1|1:0,98:98:99:.:.:2925,294,0 1|1:0,95:95:99:.:.:2748,284,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3486,325,0 1|0:53,59:112:99:.:.:1408,0,2091 1|1:5,89:94:92:.:.:2677,92,0 0|1:11,76:87:99:.:.:2100,0,214 0|1:91,109:200:99:.:.:2661,0,3565 0|1:21,92:113:99:.:.:2573,0,605 1|0:80,155:235:99:1|0:560400_T_G:4282,0,3086 1|1:0,314:314:99:.:.:10563,956,0 1|1:0,44:44:99:.:.:1336,132,0 0|1:31,93:124:99:.:.:2473,0,992 1|1:0,90:90:99:1|1:560367_T_G:2765,270,0 1|1:0,152:152:99:.:.:5293,462,0 1|1:0,94:94:99:.:.:3389,286,0 1|1:0,78:78:99:.:.:2333,234,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1737,180,0 1|0:19,40:59:99:.:.:1017,0,678 0|0:270,0:270:.:.:.:. 1|1:0,101:101:99:.:.:3060,303,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5863,493,0 1|1:0,58:58:99:.:.:1752,173,0 1|0:187,163:350:99:1|0:560400_T_G:4104,0,7567 1|1:0,92:92:99:.:.:2784,276,0 1|1:0,56:56:99:.:.:1658,168,0 1|0:26,70:96:99:.:.:1821,0,923 1|1:0,70:70:99:.:.:2133,210,0 1|1:0,48:48:99:.:.:1451,144,0 0|1:46,56:102:99:1|0:560400_T_G:1398,0,1814 1|0:23,154:177:99:.:.:5119,0,503 1|0:33,116:149:99:1|0:560400_T_G:3785,0,955 1|0:64,116:180:99:.:.:2999,0,2423 1|1:0,141:141:99:.:.:4547,430,0 0|1:10,55:65:99:.:.:1476,0,255 1|1:0,109:109:99:.:.:3142,327,0 1|1:0,110:110:99:.:.:3296,329,0 1|1:1,124:125:99:.:.:4363,352,0 1|1:0,146:146:99:.:.:4640,437,0 1|1:0,234:234:99:.:.:8593,709,0 1|1:3,79:82:69:.:.:2148,69,0 1|0:47,81:128:99:.:.:2047,0,1631 1|1:2,48:50:76:.:.:1362,76,0 1|1:5,113:118:99:.:.:3131,129,0 0|1:161,146:307:99:.:.:3507,0,6521 1|1:1,184:185:99:.:.:5882,510,0 0|0:163,0:163:.:.:.:. 1|1:10,240:250:99:.:.:6733,299,0 1|1:0,177:177:99:.:.:6332,538,0 1|1:0,108:108:99:.:.:3255,324,0 1|1:0,146:146:99:.:.:5010,447,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4441,426,0 1|0:43,225:268:99:.:.:5988,0,1131 1|1:3,138:141:99:.:.:4041,288,0 1|1:0,156:156:99:.:.:4730,468,0 0|1:170,145:315:99:.:.:3430,0,6769 1|0:123,169:292:99:.:.:4470,0,4825 1|1:0,186:186:99:.:.:5473,556,0 1|1:0,143:143:99:.:.:4198,427,0 1|0:94,264:358:99:1|0:560400_T_G:7114,0,3217 1|1:0,274:274:99:.:.:8082,820,0 1|1:0,193:193:99:1|1:560403_T_G:7320,592,0 1|1:0,214:214:99:.:.:6322,640,0 0|1:153,171:324:99:1|0:560400_T_G:4229,0,6166 1|1:0,190:190:99:.:.:5720,570,0 1|0:18,163:181:99:.:.:4588,0,327 1|1:0,320:320:99:.:.:11073,970,0 0|1:77,167:244:99:1|0:560400_T_G:4442,0,2860 1|1:14,280:294:99:.:.:9065,254,0 1|0:109,108:217:99:.:.:3150,0,2363 1|0:245,133:378:99:1|0:560400_T_G:2798,0,10262 1|0:167,179:346:99:1|0:560400_T_G:4485,0,6412 1|1:0,276:276:99:.:.:9736,829,0 1|0:341,155:496:99:.:.:2939,0,14178 1|1:13,222:235:99:.:.:6421,333,0 0|1:37,221:258:99:.:.:6845,0,861 1|0:175,126:301:99:.:.:2748,0,7235 0|1:89,171:260:99:1|0:560400_T_G:4774,0,3158 1|0:82,131:213:99:1|0:560400_T_G:3261,0,3108 0|1:77,35:112:99:.:.:763,0,1748 1|0:194,168:362:99:1|0:560400_T_G:4031,0,7940 1|1:0,240:240:99:.:.:7820,727,0 1|0:145,135:280:99:1|0:560400_T_G:3110,0,5757 1|0:206,232:438:99:.:.:5422,0,8449 1|0:103,134:237:99:.:.:3760,0,4039 0|1:31,156:187:99:.:.:4154,0,833 1|0:43,246:289:99:.:.:7349,0,1099 1|1:0,192:192:99:.:.:5711,577,0 1|1:0,177:177:99:.:.:5315,531,0 1|0:139,204:343:99:.:.:5938,0,5367 1|0:149,212:361:99:1|0:560400_T_G:5871,0,5684 1|0:98,126:224:99:.:.:3078,0,3779 1|0:346,140:486:99:1|0:560400_T_G:2680,0,14109 1|1:12,209:221:99:.:.:6600,129,0 1|1:0,154:154:99:.:.:4693,461,0 1|1:0,118:118:99:.:.:3976,360,0 1|0:76,85:161:99:.:.:2014,0,3008 1|0:85,93:178:99:.:.:2270,0,3356 1|0:66,65:131:99:.:.:1572,0,2660 1|1:6,164:170:99:.:.:4457,240,0 0|1:19,92:111:99:1|0:560400_T_G:2777,0,521 0|1:38,136:174:99:1|0:560400_T_G:3603,0,1272 1|0:108,193:301:99:1|0:560400_T_G:5660,0,4321 1|0:41,84:125:99:1|0:560400_T_G:2326,0,1427 1|0:180,205:385:99:.:.:4783,0,7243 1|0:218,103:321:99:1|0:560400_T_G:2143,0,9054 1|1:0,135:135:99:.:.:4027,404,0 1|1:0,115:115:99:.:.:3490,344,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2305,228,0 0|1:20,139:159:99:1|0:560400_T_G:4158,0,403 1|0:61,54:115:99:.:.:1232,0,1314 1|0:172,192:364:99:1|0:560400_T_G:4588,0,6859 1|0:56,188:244:99:.:.:5063,0,1853 1|1:0,188:188:99:.:.:5636,563,0 1|1:1,225:226:99:.:.:7295,640,0 1|0:8,12:20:99:.:.:303,0,342 1|1:0,179:179:99:.:.:5362,537,0 1|1:6,144:150:99:.:.:4071,244,0 1|1:0,111:111:99:.:.:3331,334,0 1|1:0,81:81:99:.:.:2463,243,0 1|0:92,98:190:99:.:.:2311,0,3662 1|0:58,129:187:99:.:.:3268,0,2133 0|1:58,167:225:99:1|0:560400_T_G:4383,0,2018 1|0:111,97:208:99:1|0:560400_T_G:2272,0,4567 1|1:2,172:174:99:.:.:5423,433,0 1|1:0,113:113:99:.:.:3395,339,0 1|0:52,80:132:99:.:.:2049,0,1969 0|1:11,105:116:99:1|0:560400_T_G:3450,0,122 1|1:0,135:135:99:.:.:4619,405,0 1|1:17,169:186:50:.:.:5296,50,0 0|1:86,191:277:99:.:.:4969,0,3105 0|1:42,91:133:99:.:.:2323,0,1491 1|1:0,127:127:99:.:.:3795,381,0 1|1:0,74:74:99:.:.:2186,221,0 1|0:152,199:351:99:.:.:4867,0,6049 0|1:52,161:213:99:.:.:4143,0,1727 1|1:0,155:155:99:.:.:5100,472,0 1|1:0,148:148:99:.:.:4272,443,0 1|0:200,211:411:99:.:.:5171,0,7991 1|1:0,272:272:99:.:.:8189,816,0 1|0:36,149:185:99:1|0:560400_T_G:4688,0,1019 1|1:0,171:171:99:.:.:5085,513,0 1|0:82,131:213:99:1|0:560400_T_G:3349,0,3050 1|1:0,166:166:99:.:.:6621,505,0 1|1:0,73:73:99:.:.:2192,219,0 1|1:0,68:68:99:.:.:1994,203,0 1|0:31,194:225:99:.:.:5062,0,744 1|1:0,85:85:99:.:.:2469,255,0 0|1:72,104:176:99:1|0:560400_T_G:2587,0,2607 1|1:0,102:102:99:.:.:3023,306,0 0|1:71,135:206:99:1|0:560400_T_G:3457,0,2643 1|1:3,155:158:99:.:.:5076,342,0 1|1:0,60:60:99:.:.:1821,180,0 1|0:64,72:136:99:.:.:1769,0,2521 1|0:44,70:114:99:.:.:1701,0,1723 0|1:25,177:202:99:.:.:5398,0,573 1|1:0,97:97:99:.:.:2891,291,0 1|0:215,65:280:99:.:.:1950,0,6772 1|0:52,85:137:99:.:.:2159,0,1992 1|1:0,166:166:99:.:.:5033,497,0 0|1:69,177:246:99:.:.:4505,0,2367 1|0:86,98:184:99:.:.:2369,0,3384 1|1:0,74:74:99:.:.:2283,222,0 1|1:5,136:141:99:.:.:3816,253,0 0|1:12,113:125:99:.:.:3312,0,162 0|1:33,69:102:99:1|0:560400_T_G:1968,0,1178 1|1:0,64:64:99:.:.:1947,192,0 1|0:10,45:55:99:.:.:1234,0,108 0|1:185,156:341:99:.:.:4018,0,6720 0|1:10,83:93:99:.:.:2471,0,159 1|1:0,62:62:99:.:.:1851,186,0 0|1:19,61:80:99:.:.:1686,0,488 1|0:53,47:100:99:.:.:1131,0,2091 1|1:0,91:91:99:.:.:2746,273,0 1|0:72,91:163:99:.:.:2329,0,1473 1|0:169,215:384:99:1|0:560400_T_G:5256,0,6823 1|0:53,117:170:99:1|0:560400_T_G:3579,0,1790 1|1:0,260:260:99:.:.:10167,782,0 1|0:37,62:99:99:.:.:1704,0,1410 1|1:0,191:191:99:.:.:5747,573,0 1|0:45,53:98:99:.:.:1359,0,1814 1|1:0,166:166:99:.:.:5718,498,0 1|1:0,71:71:99:.:.:2095,213,0 1|1:0,98:98:99:.:.:3387,298,0 1|0:20,91:111:99:1|0:560400_T_G:2644,0,647 1|0:176,197:373:99:1|0:560400_T_G:4797,0,6990 1|0:88,95:183:99:1|0:560400_T_G:2272,0,3453 1|1:0,10:10:30:.:.:309,30,0 1|1:0,214:214:99:.:.:6518,640,0 1|0:131,171:302:99:1|0:560400_T_G:4685,0,4921 1|1:0,153:153:99:.:.:4537,459,0 0|1:70,175:245:99:.:.:5024,0,2415 1|1:0,152:152:99:.:.:4517,455,0 0|1:125,160:285:99:1|0:560400_T_G:4409,0,4825 1|0:190,194:384:99:.:.:4633,0,7397 0|1:38,76:114:99:1|0:560400_T_G:2198,0,1383 1|0:18,38:56:99:.:.:1015,0,642 1|0:63,145:208:99:.:.:3793,0,2284 1|0:199,287:486:99:.:.:7122,0,7669 1|0:154,101:255:99:1|0:560400_T_G:2236,0,6230 1|1:9,206:215:99:.:.:5697,198,0 1|1:0,43:43:99:.:.:1297,129,0 1|1:0,50:50:99:.:.:1500,150,0 1|1:0,132:132:99:.:.:3917,395,0 0|1:18,108:126:99:.:.:2967,0,458 1|0:31,73:104:99:.:.:1907,0,1106 1|1:0,97:97:99:.:.:2862,290,0 1|0:104,118:222:99:.:.:2928,0,4013 1|1:0,18:18:54:.:.:557,54,0 1|0:16,69:85:99:.:.:2004,0,462 1|1:0,68:68:99:.:.:2556,219,0 1|1:0,97:97:99:.:.:2939,291,0 1|1:0,30:30:90:.:.:963,90,0 1|1:0,233:233:99:.:.:9344,713,0 1|1:0,76:76:99:.:.:2751,229,0 1|0:297,154:451:99:.:.:4008,0,12472 1|0:166,112:278:99:.:.:3127,0,6788 1|1:0,153:153:99:.:.:5379,460,0 1|0:74,163:237:99:1|0:560400_T_G:5200,0,2674 1|1:0,168:168:99:.:.:5988,505,0 1|1:0,125:125:99:.:.:4325,376,0 0|1:143,152:295:99:1|0:560400_T_G:4576,0,5548 1|1:0,121:121:99:.:.:4347,364,0 1|1:0,164:164:99:.:.:5802,493,0 1|1:0,16:16:48:.:.:538,48,0 0|1:270,0:270:.:.:.:0,0,0 0|1:322,0:322:.:.:.:0,0,0 1|1:0,179:179:99:.:.:6325,538,0 1|1:0,127:127:99:.:.:4559,382,0 1|1:0,152:152:99:.:.:5442,457,0 1|0:158,171:329:99:.:.:4934,0,6374 1|1:0,184:184:99:.:.:7356,557,0 1|0:126,126:252:99:.:.:3639,0,5193 1|0:188,163:351:99:.:.:4705,0,7663 1|1:0,257:257:99:.:.:10807,789,0 1|1:8,201:209:99:.:.:7598,347,0 0|1:416,0:416:.:.:.:0,0,0 0|1:119,72:191:99:.:.:2052,0,3877 1|1:0,133:133:99:.:.:5363,403,0 1|1:0,135:135:99:.:.:5363,406,0 1|0:153,142:295:99:1|0:560400_T_G:4126,0,6096 1|1:0,35:35:99:.:.:1199,105,0 0|1:91,28:119:99:.:.:775,0,3491 0|1:245,0:245:.:.:.:0,0,0 1|1:4,114:118:99:.:.:4198,178,0 1|0:342,107:449:99:0|1:560403_T_G:3467,0,14204 1|0:190,156:346:99:.:.:4404,0,7664 1|1:1,87:88:99:.:.:3055,255,0 1|0:307,0:307:.:.:.:0,0,0 1|0:126,153:279:99:.:.:4540,0,4959 1|1:0,131:131:99:.:.:4603,394,0 1|0:368,415:783:99:.:.:12247,0,14204 1|1:1,490:491:99:.:.:17304,1446,0 1|1:0,476:476:99:.:.:16732,1430,0 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1546 1|1:0,38:38:99:.:.:1547,114,0 1|1:0,122:122:99:.:.:3952,362,0 1|1:0,122:122:99:.:.:4569,370,0 1|1:0,204:204:99:.:.:6951,613,0 1|1:0,225:225:99:.:.:7707,676,0 1|1:1,542:543:99:.:.:20592,1619,0 0|1:103,144:247:99:.:.:4491,0,3833 1|1:0,252:252:99:.:.:8588,757,0 1|0:279,298:577:99:1|0:560400_T_G:9016,0,10763 1|1:0,385:385:99:.:.:12823,1153,0 1|1:1,323:324:99:.:.:11580,940,0 1|1:0,399:399:99:.:.:13903,1198,0 1|1:0,141:141:99:.:.:4873,424,0 1|0:67,93:160:99:.:.:2717,0,2534 1|1:2,296:298:99:.:.:9757,870,0 1|1:0,79:79:99:.:.:2695,238,0 1|1:4,231:235:99:.:.:7700,526,0 1|1:0,207:207:99:.:.:7178,623,0 1|0:177,210:387:99:.:.:6011,0,6984 1|0:181,225:406:99:.:.:6582,0,7176 0|1:74,251:325:99:1|0:560400_T_G:7727,0,2436 1|0:165,202:367:99:.:.:5456,0,6521 1|1:0,398:398:99:.:.:15155,1206,0 1|1:13,284:297:99:.:.:9088,307,0 1|0:211,215:426:99:1|0:560400_T_G:5862,0,8511 1|1:0,406:406:99:.:.:15159,1225,0 1|1:0,132:132:99:.:.:4718,397,0 0|1:217,298:515:99:.:.:8472,0,8390 1|0:27,62:89:99:1|0:560400_T_G:1959,0,973 1|1:0,260:260:99:.:.:8987,781,0 1|1:0,365:365:99:.:.:12413,1096,0 1|0:825,404:1229:99:1|0:560400_T_G:10135,0,34430 1|1:0,485:485:99:.:.:19240,1470,0 1|0:473,403:876:99:1|0:560400_T_G:12584,0,19378 1|0:199,246:445:99:.:.:6952,0,7800 1|0:432,321:753:99:1|0:560400_T_G:8715,0,17159 1|0:59,157:216:99:1|0:560400_T_G:4850,0,1916 1|0:473,241:714:99:.:.:6131,0,19554 1|1:1,209:210:99:.:.:7090,595,0 1|1:5,281:286:99:.:.:10311,645,0 1|1:0,107:107:99:.:.:3947,321,0 1|0:287,397:684:99:.:.:12669,0,10691 0|1:17,69:86:99:1|0:560400_T_G:2265,0,483 0|1:20,227:247:99:.:.:7120,0,128 1|1:0,325:327:99:.:.:10769,973,0 0|1:105,167:272:99:1|0:560400_T_G:4940,0,3933 1|0:117,386:503:99:.:.:12141,0,3806 1|1:10,301:311:99:.:.:10584,491,0 1|1:1,255:256:99:.:.:8311,752,0 1|0:239,350:589:99:.:.:11307,0,9052 1|0:387,200:587:99:1|0:560402_T_TG:5037,0,15667 0|1:245,114:359:99:.:.:2715,0,10200 1|1:0,257:257:99:.:.:9500,783,0 1|0:130,117:247:99:1|0:560400_T_G:3254,0,5047 0|1:109,157:266:99:1|0:560400_T_G:4461,0,4400 1|0:16,37:53:99:.:.:1199,0,558 0|1:26,261:287:99:.:.:8212,0,304 1|1:2,348:350:99:.:.:11391,956,0 1|1:0,241:241:99:.:.:8302,724,0 0|1:104,207:311:99:1|0:560400_T_G:6214,0,3815 0|1:459,415:874:99:1|0:560400_T_G:12654,0,17770 0|1:86,143:229:99:.:.:4153,0,3350 1|0:188,237:425:99:.:.:6822,0,7184 1|0:194,179:373:99:1|0:560400_T_G:4971,0,7683 1|1:12,257:269:99:.:.:8031,238,0 1|0:139,162:301:99:.:.:4952,0,5502 1|0:168,294:462:99:.:.:8521,0,6169 1|1:1,427:428:99:.:.:14435,1251,0 1|1:0,381:381:99:.:.:13282,1145,0 1|0:103,74:177:99:.:.:2062,0,4187 1|0:422,291:713:99:.:.:7422,0,16792 1|0:360,209:569:99:.:.:5281,0,14769 0|1:22,194:216:99:.:.:6120,0,340 1|1:0,384:384:99:.:.:14799,1159,0 1|0:80,65:145:99:.:.:1804,0,3193 1|0:90,76:166:99:1|0:560400_T_G:2204,0,3633 1|0:108,108:216:99:.:.:2930,0,4284 1|0:314,155:469:99:1|0:560400_T_G:3992,0,13064 1|1:0,166:166:99:.:.:6109,502,0 1|0:33,123:156:99:.:.:3864,0,1016 1|1:0,176:176:99:.:.:6244,538,0 1|1:0,154:154:99:.:.:5380,463,0 1|1:0,252:252:99:.:.:9749,761,0 1|1:1,231:232:99:.:.:9127,694,0 1|0:45,57:102:99:.:.:1637,0,1760 0|1:33,43:76:99:.:.:1273,0,1299 1|0:258,58:316:99:0|1:560351_A_T:1785,0,11235 1|0:295,76:371:99:0|1:560351_A_T:2474,0,12689 1|1:0,141:141:99:.:.:5244,424,0 1|1:0,101:101:99:.:.:3534,304,0 1|1:0,224:224:99:.:.:7980,677,0 1|1:0,337:337:99:.:.:13495,1029,0 1|1:0,194:194:99:.:.:6600,583,0 1|1:0,41:41:99:.:.:1427,123,0 0|0:101,0:101:0:.:.:0,0,2684 1|1:0,56:56:99:.:.:1893,168,0 1|0:38,40:78:99:.:.:1143,0,1517 1|1:0,16:16:48:.:.:512,48,0 1|1:0,238:238:99:.:.:8664,718,0 1|0:143,213:356:99:1|0:560400_T_G:6370,0,5518 0|1:80,176:256:99:.:.:5267,0,2893 1|1:0,18:18:54:.:.:648,54,0 1|1:0,178:178:99:.:.:6209,535,0 1|1:0,197:197:99:.:.:6892,592,0 1|1:0,139:139:99:.:.:4672,417,0 1|0:157,170:327:99:1|0:560400_T_G:4993,0,6386 1|0:21,182:203:99:.:.:5752,0,392 1|1:0,164:164:99:.:.:5686,492,0 1|1:0,133:133:99:.:.:4647,400,0 1|1:18,347:365:99:.:.:11116,288,0 1|1:0,123:123:99:.:.:4321,370,0 1|1:0,463:463:99:.:.:16906,1399,0 1|1:0,83:83:99:.:.:2829,250,0 1|1:0,269:269:99:.:.:9127,808,0 1|1:1,675:676:99:.:.:24439,2033,0 1|0:53,219:272:99:.:.:8000,0,988 1|1:1,219:220:99:.:.:7854,635,0 0|0:84,0:84:0:.:.:0,0,463 1|1:0,20:20:60:.:.:695,60,0 1|0:578,342:920:99:.:.:9623,0,24074 1|1:0,134:134:99:.:.:4647,403,0 Pf3D7_01_v3 561849 . A G 546506 PASS FS=0.561;MQ=60.4;QD=17.48;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.606;VQSLOD=3.78;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0366;FractionInformativeReads=0.996;GC=9.52;GQ_MEAN=76.48;GQ_STDDEV=77.98;HRun=0;InbreedingCoeff=0.4743;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.353;culprit=FS;set=snp;DP=7780084;AF=0.059;AS_InbreedingCoeff=0.1795;MLEAC=315;MLEAF=0.062;AN=856;AC=71 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:27,42:69:99:.:.:940,0,661:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:33:.:.:0,33,1638:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1324:. 0|0:66,0:66:38:.:.:0,38,1782:. 0|0:36,0:36:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:14,11:25:99:.:.:207,0,354:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1543:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:20,16:36:99:.:.:301,0,497:. 0|0:29,0:29:53:.:.:0,53,848:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:36,0:36:75:.:.:0,75,1077:. 1|1:1,24:25:64:.:.:665,64,0:. 0|0:36,0:36:74:.:.:0,74,1009:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1598:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:83:.:.:0,83,1578:. 0|0:53,0:53:31:.:.:0,31,1355:. 0|0:91,0:91:60:.:.:0,60,900:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:. 0|0:11,0:11:12:.:.:0,12,180:. 0|0:66,0:66:70:.:.:0,70,1727:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,105,1787:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:82:.:.:0,82,2231:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,59:61:99:.:.:1532,159,0:. 0|0:149,0:149:0:.:.:0,0,3148:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1629:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1128:. 0|0:33,4:37:25:.:.:0,25,924:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:41:.:.:0,41,1821:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1554:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,559:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,5:43:8:.:.:0,8,1005:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:22,0:22:51:.:.:0,51,765:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1790:. 0|0:61,0:61:37:.:.:0,37,1502:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:64,0:64:51:.:.:0,51,765:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:51,19:70:99:.:.:267,0,1313:. 1|1:0,28:28:82:.:.:748,82,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:16:.:.:0,16,1623:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,766:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1336:. 0|1:78,13:91:73:.:.:73,0,2100:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1222:. 0|1:74,22:96:99:.:.:284,0,1842:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:89:.:.:0,89,1496:. 0|0:42,0:42:62:.:.:0,62,1145:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:61:.:.:0,61,1990:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1342:. 1|1:4,37:41:81:.:.:907,81,0:. 0|0:53,0:53:96:.:.:0,96,1441:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:9,41:50:99:.:.:806,0,121:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,3:65:99:.:.:0,111,1793:. 1|0:59,16:75:99:.:.:114,0,1512:. 0|0:30,3:33:15:.:.:0,15,770:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:64,8:72:12:.:.:12,0,1615:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:6,148:154:99:.:.:3377,303,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:229,0:229:8:.:.:0,8,5502:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:0:.:.:0,0,4776:. 0|0:117,0:117:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:141,40:181:99:.:.:426,0,3605:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:186,0:186:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,66:100:99:.:.:1123,0,648:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:56,35:91:99:.:.:545,0,1384:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:66:.:.:0,66,2355:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:75,19:94:99:.:.:160,0,1939:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:44,44:88:99:.:.:868,0,1020:. 0|0:99,0:99:76:.:.:0,76,2543:. 0|0:80,0:80:66:.:.:0,66,1969:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,103,1800:. 1|0:20,95:115:99:.:.:1832,0,174:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:92:.:.:0,92,3304:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,89:91:99:.:.:2102,247,0:. 1|1:4,84:88:99:.:.:1943,216,0:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,113,1732:. 0|0:93,7:100:99:.:.:0,125,2598:. 1|0:40,42:82:99:.:.:707,0,1117:. 1|1:2,68:70:99:.:.:1600,183,0:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1705:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1300:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,116,1349:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:63:.:.:0,63,945:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:54:.:.:0,54,4627:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:115,19:134:44:.:.:44,0,2965:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:154,0:154:97:.:.:0,97,3835:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:98,0:98:63:.:.:0,63,945:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:15,40:55:99:.:.:717,0,307:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,9:102:71:.:.:0,71,2473:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1740:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1478:. 0|1:26,51:77:99:.:.:1051,0,561:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:5,81:86:99:.:.:1925,152,0:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:147,60:207:99:.:.:828,0,3796:. 1|0:15,60:75:99:.:.:1220,0,213:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:55,0:55:57:.:.:0,57,855:. 1|1:1,51:52:99:.:.:1242,142,0:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:109,0:109:0:.:.:0,0,1932:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:53,25:78:99:.:.:312,0,1360:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,48:62:99:.:.:846,0,195:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1600:. 0|0:50,0:50:87:.:.:0,87,1381:. 1|0:62,14:76:85:.:.:85,0,1619:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:85,0:85:36:.:.:0,36,2113:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1491:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:16,58:74:99:.:.:1067,0,185:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1539:. 0|0:61,0:61:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:17,24:41:99:.:.:383,0,312:. 1|1:2,52:54:99:.:.:1129,135,0:. 0|0:50,7:57:10:.:.:0,10,1275:. 0|0:71,0:71:25:.:.:0,25,1783:. 0|0:56,0:56:46:.:.:0,46,1444:. 0|0:66,7:73:48:.:.:0,48,1818:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1213:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:94:.:.:0,94,1714:. 1|1:4,52:56:99:.:.:1017,100,0:. 1|1:7,53:60:2:.:.:1020,2,0:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,54:55:99:.:.:1283,150,0:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,109,3035:. 1|0:43,65:108:99:.:.:1136,0,900:. 0|1:59,42:101:99:.:.:699,0,1440:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,30:43:99:.:.:603,0,212:. 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1001:. 0|1:73,56:129:99:.:.:1025,0,1736:. 0|0:321,0:321:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:38,53:91:99:.:.:950,0,861:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,2:32:49:.:.:0,49,849:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1263:. 0|0:94,10:104:80:.:.:0,80,2515:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:73:.:.:0,73,1157:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:37:.:.:0,37,588:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1253,156,0:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:27:.:.:0,27,405:. 0|0:72,0:72:54:.:.:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1370:. 0|0:82,0:82:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:27:.:.:0,27,405:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1443:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,1012:. 0|0:76,0:76:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,1689:. 0|0:75,0:75:60:.:.:0,60,900:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,171:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1594:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:60:.:.:0,60,900:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1670:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1140:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1522:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,583:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,487:. 0|0:95,0:95:63:.:.:0,63,945:. 1|1:0,14:14:41:.:.:397,41,0:. 0|1:12,20:32:99:.:.:555,0,268:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1289:. 0|0:41,0:41:45:.:.:0,45,675:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:64:.:.:0,64,1697:. 0|0:57,0:57:45:.:.:0,45,675:. 0|0:43,0:43:33:.:.:0,33,495:. 0|0:230,0:230:0:.:.:0,0,4448:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,169:. 0|0:20,0:20:39:.:.:0,39,607:. 0|0:57,0:57:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1713:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:79,0:79:0:.:.:0,0,1683:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1177:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1637:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:181,0:181:47:.:.:0,47,4845:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,1545:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,815:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:274,0:274:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:41,97:138:99:.:.:2259,0,729:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,11:11:33:.:.:320,33,0:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:11:.:.:0,11,337:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:42:.:.:0,42,630:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:77,0:77:66:.:.:0,66,2078:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:0:.:.:0,0,4439:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:39:.:.:0,39,585:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:73:.:.:0,73,2727:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:9:.:.:0,9,262:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:12:.:.:0,12,180:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,1117:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1184:. 0|0:67,0:67:63:.:.:0,63,945:. 0|0:41,0:41:82:.:.:0,82,1220:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,24:24:70:.:.:658,70,0:. 0|0:74,0:74:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:6:.:.:0,6,90:. 0|0:54,0:54:59:.:.:0,59,1545:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:95:.:.:0,95,1434:. 0|0:36,0:36:71:.:.:0,71,1160:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,118,1489:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1472:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1188:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:45:.:.:0,45,675:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1201:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1440:. 0|0:95,0:95:0:.:.:0,0,1990:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1057:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|0:114,0:114:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:42:.:.:0,42,630:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:286,0:286:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:1,11:12:2:.:.:277,2,0:. 0|0:10,0:10:0:.:.:0,0,213:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 562093 . A G 4.62534e+06 PASS FS=0;MQ=60.08;QD=23.36;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.679;VQSLOD=6.67;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.997;GC=4.76;GQ_MEAN=186.66;GQ_STDDEV=218.08;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6066;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.696;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=8477514;AF=0.241;AS_InbreedingCoeff=0.4308;MLEAC=1247;MLEAF=0.243;AN=856;AC=228 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1728 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|1:42,20:62:99:.:.:379,0,1191 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1800 1|1:1,39:40:87:.:.:1063,87,0 1|0:8,44:52:99:.:.:1138,0,101 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1800 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1586 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1686 0|0:36,0:36:18:.:.:0,18,990 1|1:0,64:64:99:.:.:1779,191,0 0|0:64,0:64:74:.:.:0,74,1861 0|1:31,22:53:99:.:.:481,0,839 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1755 0|0:37,0:37:69:.:.:0,69,1095 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1349 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1855 1|1:0,73:73:99:.:.:1972,217,0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800 0|0:55,0:55:99:.:.:0,117,1598 0|0:90,0:90:99:.:.:0,110,1800 1|1:1,14:15:12:.:.:366,12,0 1|1:0,10:10:30:.:.:284,30,0 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1465 1|1:0,63:63:99:.:.:1751,189,0 1|0:35,45:80:99:.:.:1003,0,856 0|1:32,80:112:99:.:.:1899,0,681 0|0:80,0:80:99:.:.:0,108,1800 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710 0|1:106,46:152:99:.:.:870,0,2923 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1489 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|1:48,31:79:99:.:.:636,0,1222 1|1:0,67:67:99:.:.:1872,201,0 1|1:0,144:144:99:.:.:3952,432,0 1|1:2,143:145:99:.:.:3796,373,0 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|1:34,37:71:99:.:.:808,0,831 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575 0|1:31,24:55:99:.:.:504,0,776 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800 1|1:2,29:31:28:.:.:733,28,0 0|0:99,0:99:99:.:.:0,104,1800 1|0:66,115:181:99:.:.:2663,0,1521 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1790 1|1:5,71:76:56:.:.:1819,56,0 0|1:13,52:65:99:.:.:1232,0,199 1|1:4,45:49:29:.:.:1127,29,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 1|0:22,48:70:99:.:.:1086,0,472 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1123 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800 0|0:115,0:115:99:.:.:0,119,1800 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080 1|0:28,50:78:99:.:.:1139,0,617 1|0:22,68:90:99:.:.:1617,0,451 1|0:19,56:75:99:.:.:1343,0,379 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1007 0|1:47,38:85:99:.:.:788,0,1182 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,38:38:99:.:.:1060,114,0 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800 1|0:31,23:54:99:.:.:476,0,830 1|1:7,97:104:90:.:.:2434,90,0 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1460 1|0:88,28:116:99:.:.:390,0,2326 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1613 1|0:17,28:45:99:.:.:639,0,390 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800 0|1:27,18:45:99:.:.:376,0,713 0|1:55,11:66:99:.:.:101,0,1515 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1059 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575 0|1:60,34:94:99:.:.:632,0,1544 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800 0|0:60,2:62:99:.:.:0,130,1755 1|1:5,116:121:99:.:.:3082,202,0 0|0:67,0:67:99:.:.:0,103,1800 0|0:73,0:73:99:.:.:0,106,1800 1|0:70,35:105:99:.:.:616,0,1803 0|0:37,0:37:58:.:.:0,58,1025 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620 0|1:17,110:127:99:.:.:2572,0,147 1|0:60,68:128:99:.:.:1475,0,1400 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,101:101:99:.:.:2738,302,0 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 1|0:42,77:119:99:.:.:1734,0,919 0|1:70,72:142:99:.:.:1518,0,1705 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800 1|0:47,56:103:99:.:.:1177,0,1083 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800 1|0:25,98:123:99:.:.:2335,0,400 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800 1|1:4,161:165:99:.:.:4266,367,0 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,117:117:99:.:.:3221,351,0 0|0:142,0:142:99:.:.:0,104,1800 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,170:170:99:.:.:4664,509,0 1|0:86,23:109:99:.:.:304,0,2319 1|1:1,233:234:99:.:.:6211,670,0 0|1:65,40:105:99:.:.:734,0,1703 0|1:30,176:206:99:.:.:4147,0,308 0|0:157,0:157:99:.:.:0,102,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1692 1|1:0,161:161:99:.:.:4279,482,0 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1629 1|0:67,134:201:99:.:.:3033,0,1418 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1653 1|0:104,15:119:40:.:.:40,0,2797 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 1|0:37,66:103:99:.:.:1475,0,817 0|1:122,31:153:99:.:.:385,0,3277 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1665 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,104,1800 1|1:2,100:102:99:.:.:2605,263,0 1|0:33,91:124:99:.:.:2158,0,624 0|0:117,0:117:99:.:.:0,103,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:36:.:.:0,36,1858 1|1:0,51:51:99:.:.:1388,153,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1800 0|0:39,0:39:0:.:.:0,0,914 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,105:105:99:.:.:2844,315,0 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1237 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,93:93:99:.:.:2542,279,0 1|1:0,126:126:99:.:.:3435,377,0 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,78:78:99:.:.:2091,233,0 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800 1|0:86,16:102:99:.:.:105,0,2307 1|1:10,202:212:99:.:.:5340,334,0 1|0:118,35:153:99:.:.:472,0,3130 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1800 1|1:6,163:169:99:.:.:4277,316,0 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,195 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800 0|0:116,0:116:99:.:.:0,111,1800 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,99:99:99:.:.:2757,297,0 1|0:55,33:88:99:.:.:626,0,1377 0|1:58,59:117:99:.:.:1256,0,1421 0|0:138,0:138:99:.:.:0,102,1800 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1465 0|0:123,0:123:38:.:.:0,38,3005 0|0:73,0:73:99:.:.:0,103,1800 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1740 1|0:54,17:71:99:.:.:231,0,1454 1|0:38,62:100:99:.:.:1401,0,878 0|1:89,35:124:99:.:.:574,0,2390 1|0:75,128:203:99:.:.:2909,0,1681 0|1:29,63:92:99:.:.:1490,0,634 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800 1|1:2,97:99:99:.:.:2552,233,0 1|1:0,200:200:99:.:.:5352,599,0 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800 1|1:3,97:100:99:.:.:2554,205,0 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,187:187:99:.:.:5254,562,0 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800 1|0:38,64:102:99:.:.:1492,0,819 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800 1|1:0,80:80:99:.:.:2157,240,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1348 1|1:2,201:203:99:.:.:5288,547,0 1|1:0,80:80:99:.:.:2087,240,0 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800 0|1:86,25:111:99:.:.:333,0,2246 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800 1|0:31,45:76:99:.:.:970,0,716 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1600 1|0:60,22:82:99:.:.:327,0,1598 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1575 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1394 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1382 0|0:148,0:148:0:.:.:0,0,3483 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 0|0:59,0:59:99:.:.:0,112,1761 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1279 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1549 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1274 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1644 0|1:54,13:67:99:.:.:127,0,1402 1|1:0,63:63:99:.:.:1720,189,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1175 0|0:89,0:89:99:.:.:0,104,1800 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800 1|1:8,83:91:40:.:.:2021,40,0 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1275 0|0:120,0:120:99:.:.:0,117,1800 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1132 1|1:8,109:117:99:.:.:2803,111,0 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1504 1|1:3,57:60:85:.:.:1469,85,0 0|0:159,0:159:99:.:.:0,112,1800 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,57 0|1:82,80:162:99:.:.:1696,0,1879 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800 1|0:125,25:150:99:.:.:236,0,3314 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800 0|1:12,67:79:99:.:.:1616,0,137 1|1:7,185:192:99:.:.:4895,351,0 0|0:46,0:46:99:.:.:0,101,1517 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440 0|0:125,0:125:99:.:.:0,117,1800 0|0:296,0:296:99:.:.:0,120,1800 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1136 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1326 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1800 0|1:33,66:99:99:.:.:1556,0,740 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1343 1|1:1,84:85:99:.:.:2243,224,0 1|1:5,92:97:99:.:.:2425,128,0 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,648 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1644 0|0:50,0:50:99:.:.:0,103,1386 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1767 1|1:3,25:28:2:.:.:632,2,0 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1609 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1535 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1379 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485 1|0:41,50:91:99:.:.:1470,0,1226 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1470 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1613 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485 1|1:0,91:91:99:.:.:3114,274,0 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,247 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,122:123:99:.:.:4098,334,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1755 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1362 1|1:6,81:87:40:.:.:2500,40,0 1|1:2,101:103:99:.:.:3355,234,0 1|1:0,91:91:99:.:.:3070,274,0 0|1:71,27:98:99:.:.:643,0,2321 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1800 0|1:36,38:74:99:.:.:1084,0,1045 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 1|1:1,25:26:41:.:.:838,41,0 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485 1|1:1,56:57:99:.:.:1856,135,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1017 1|1:0,66:66:99:.:.:2301,199,0 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1800 1|1:1,110:111:99:.:.:3596,298,0 0|0:244,0:244:99:.:.:0,105,1800 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315 0|0:25,0:25:40:.:.:0,40,821 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800 1|1:0,213:213:99:.:.:6991,639,0 1|1:2,210:212:99:.:.:6839,565,0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800 1|1:7,184:191:99:.:.:5733,319,0 0|0:154,0:154:99:.:.:0,99,1485 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1713 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1264 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,118,1800 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1423 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530 0|0:132,0:132:99:.:.:0,114,1710 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800 0|1:198,25:223:99:.:.:147,0,6090 0|0:134,0:134:99:.:.:0,99,1485 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800 1|1:6,239:245:99:.:.:7619,541,0 1|1:3,211:214:99:.:.:6825,508,0 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800 1|0:11,23:34:99:.:.:644,0,285 1|1:4,206:210:99:.:.:6662,514,0 1|1:1,251:252:99:.:.:8103,720,0 1|0:185,165:350:99:.:.:4411,0,5187 0|0:181,0:181:99:.:.:0,100,1800 1|1:1,290:291:99:.:.:9305,837,0 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800 1|0:152,110:262:99:.:.:2804,0,4534 1|0:18,23:41:99:.:.:523,0,491 1|1:5,216:221:99:.:.:6898,503,0 1|1:3,162:165:99:.:.:5226,394,0 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800 0|0:15,0:15:23:.:.:0,23,485 1|0:231,49:280:99:.:.:760,0,7171 0|1:4,9:13:99:.:.:262,0,105 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1800 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485 1|0:57,68:125:99:.:.:1852,0,1592 1|0:34,53:87:99:.:.:1260,0,921 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1353 1|1:1,195:196:99:.:.:5782,547,0 0|1:190,38:228:99:.:.:555,0,5890 0|0:139,0:139:99:.:.:0,110,1800 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1058 1|0:89,115:204:99:.:.:3043,0,2351 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800 0|0:150,0:150:94:.:.:0,94,4372 1|0:1,8:9:11:.:.:219,0,11 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485 1|1:4,192:196:99:.:.:6066,439,0 1|1:14,157:171:53:.:.:4584,53,0 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1800 0|0:81,0:81:99:.:.:0,116,1800 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800 0|0:130,0:130:99:.:.:0,103,1800 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1483 1|1:2,262:264:99:.:.:8378,749,0 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1257 1|1:1,56:57:99:.:.:1833,136,0 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1533 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1800 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800 0|1:65,18:83:99:.:.:355,0,2023 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530 0|1:87,30:117:99:.:.:603,0,2411 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1472 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1239 0|0:28,0:28:49:.:.:0,49,933 1|1:0,55:55:99:.:.:1830,165,0 1|1:0,75:75:99:.:.:2460,225,0 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800 1|1:0,79:79:99:.:.:2554,237,0 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1440 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800 0|0:29,0:29:69:.:.:0,69,1035 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1308 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260 0|1:21,7:28:99:.:.:121,0,614 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,305 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800 1|0:55,87:142:99:.:.:2373,0,1367 0|1:83,61:144:99:.:.:1639,0,2510 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1800 0|1:108,21:129:99:.:.:283,0,3235 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1800 1|1:0,121:121:99:.:.:3975,364,0 1|0:74,17:91:99:.:.:275,0,2281 0|0:57,0:57:99:.:.:0,108,1800 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800 0|1:114,112:226:99:.:.:2971,0,3241 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800 0|1:17,47:64:99:.:.:1400,0,320 1|0:102,131:233:99:.:.:3596,0,2870 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,968 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,442 0|0:114,0:114:99:.:.:0,109,1800 1|1:0,107:107:99:.:.:3539,322,0 Pf3D7_01_v3 562150 . T C 281726 PASS FS=0.522;MQ=60.53;QD=15.75;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.632;VQSLOD=3.72;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;ExcessHet=0.0189;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=111.58;GQ_STDDEV=21.39;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8538;NCC=0;BaseQRankSum=1.83;ClippingRankSum=0;MQRankSum=0;ReadPosRankSum=0.942;culprit=FS;set=snp;DP=7862977;AF=0.018;AS_InbreedingCoeff=0.5937;MLEAC=88;MLEAF=0.017;AN=858;AC=18 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1728:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1247:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:6:.:.:0,6,943:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1761:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1686:. 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1405:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1316:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:15:.:.:0,15,453:. 0|0:43,0:43:32:.:.:0,32,1189:. 0|0:26,0:26:57:.:.:0,57,855:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1170:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:87,0:87:36:.:.:0,36,2251:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,111,1306:. 0|0:64,0:64:87:.:.:0,87,1763:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:18,0:18:24:.:.:0,24,482:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1465:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1614:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,33:75:99:.:.:721,0,1099:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,974:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1790:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1213:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1413:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1123:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1007:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1341:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1460:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,115,1613:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:96:.:.:0,96,1499:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1254:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1059:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,177:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,117,1673:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1208:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,115,1692:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1629:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1653:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1206:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1237:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:0:.:.:0,0,196:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,106,1465:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1740:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,15:108:82:.:.:82,0,2646:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1621:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1695:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,100,1600:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:93,40:133:99:0|1:562150_T_C:698,0,3496:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1394:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1382:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1770:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1143:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,101,1326:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1274:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1644:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1175:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:121,0:121:0:.:.:0,0,2968:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1132:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1504:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1170:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,149:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1755:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:66:.:.:0,66,990:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1326:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1343:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:51:.:.:0,51,765:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1214:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1371:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,118,1767:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1609:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1379:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,113,1470:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1613:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,172:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,127:128:99:.:.:4247,348,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,115,1755:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1362:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1800:. 1|0:55,14:69:99:.:.:251,0,1791:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1017:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1515:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:242,0:242:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,219:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1713:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1423:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4843,452,0:. 1|1:1,216:217:99:.:.:7132,573,0:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:42,51:93:99:0|1:562150_T_C:1401,0,1554:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:332,0:332:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:263,0:263:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1244:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:63:.:.:0,63,672:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:22:.:.:0,22,550:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1353:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1239:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1548:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,113,1703:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:90:.:.:0,90,1742:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1275:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,115,1800:. 1|1:1,55:56:99:.:.:1741,130,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:15,31:46:99:.:.:896,0,347:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1472:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:65:.:.:0,65,1072:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1440:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1308:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,777:. 0|0:13,0:13:33:.:.:0,33,495:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,7:65:42:0|1:562150_T_C:42,0,2335:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:168,138:306:99:0|1:562150_T_C:3598,0,6343:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:402,0:402:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,752:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,431:. 1|1:5,165:170:99:.:.:5251,295,0:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 562221 . C T 293447 PASS FS=0.544;MQ=59.96;QD=18.41;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.75;VQSLOD=3.77;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.59;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.997;GC=14.29;GQ_MEAN=126.43;GQ_STDDEV=76.48;HRun=1;InbreedingCoeff=0.7811;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.724;culprit=FS;set=snp;DP=6487474;AF=0.015;AS_InbreedingCoeff=1;MLEAC=77;MLEAF=0.015;AN=852;AC=24 GT:AD:DP:GQ:PL:PGT:PID:RGQ 0|0:59,0:59:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1212:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1093:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,103,1327:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,112,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1271:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1358:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,102,1405:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1316:.:.:. 0|0:31,0:31:84:0,84,1260:.:.:. 0|0:30,0:30:75:0,75,1125:.:.:. 0|0:9,0:9:21:0,21,315:.:.:. 0|0:37,0:37:93:0,93,1395:.:.:. 0|0:19,0:19:45:0,45,675:.:.:. 1|1:0,32:32:96:998,96,0:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,109,1518:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,105,1626:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1239:.:.:. 0|0:57,0:57:99:0,110,1403:.:.:. 0|0:16,0:16:36:0,36,540:.:.:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1274:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,101,1409:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,99,1614:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,108,1401:.:.:. 0|0:115,0:115:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:25,0:25:63:0,63,945:.:.:. 0|1:16,46:62:99:1192,0,250:.:.:. 0|1:42,16:58:99:320,0,987:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,115,1627:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:97,0:97:99:0,101,1575:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,113,1800:.:.:. 0|0:19,0:19:51:0,51,765:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:.:.:. 1|0:34,10:44:99:179,0,785:.:.:. 0|0:65,0:65:99:0,119,1800:.:.:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:162,0:162:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1790:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1213:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1269:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1447:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:82,0:82:99:0,108,1800:.:.:. 0|0:32,0:32:75:0,75,1125:.:.:. 1|1:0,75:75:99:2284,225,0:.:.:. 0|0:115,0:115:99:0,119,1800:.:.:. 0|0:28,0:28:73:0,73,767:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,113,1418:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,103,1661:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,117,1276:.:.:. 0|0:22,0:22:51:0,51,765:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:96:0,96,1440:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,103,1187:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:.:.:. 0|1:63,22:85:99:420,0,1495:.:.:. 0|0:27,0:27:63:0,63,812:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,118,1468:.:.:. 0|0:32,0:32:72:0,72,1080:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,100,1179:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1059:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1635:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1357:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,982:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1591:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:3,0:3:9:0,9,95:.:.:. 0|0:187,0:187:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:113,0:113:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:14,186:200:99:5162,196,0:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,117,1673:.:.:. 0|0:142,0:142:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:151,0:151:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,107,1800:.:.:. 1|0:201,31:232:99:219,0,5793:.:.:. 0|0:150,0:150:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1208:.:.:. 0|0:142,0:142:99:0,104,1800:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:166,0:166:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,115,1692:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1629:.:.:. 0|0:112,0:112:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,109,1653:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:70,0:70:90:0,90,1648:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:99,0:99:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:.:.:. 1|1:2,65:67:99:1945,143,0:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,111,1665:.:.:. 0|0:120,0:120:99:0,114,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,104,1800:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:.:.:. 0|1:39,43:82:99:1020,0,806:.:.:. 0|0:81,0:81:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,103,1509:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1201:.:.:. 0|0:48,0:48:99:0,105,1206:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1112:.:.:. 0|0:84,0:84:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1121:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,102,1530:.:.:. 0|1:26,23:49:99:532,0,537:.:.:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:102,0:102:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,113,1694:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:133,0:133:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:140,0:140:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:10,0:10:18:0,18,270:.:.:. 0|0:163,0:163:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:116,0:116:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,101,1637:.:.:. 0|0:50,0:50:99:0,119,1588:.:.:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:100,0:100:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,106,1465:.:.:. 0|0:93,0:93:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,102,1322:.:.:. 0|0:91,0:91:99:0,108,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,103,1652:.:.:. 0|0:138,0:138:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,104,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,118,1734:.:.:. 0|0:153,0:153:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:60,0:60:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:116,0:116:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1621:.:.:. 0|0:148,0:148:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1574:.:.:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:73,0:73:99:0,101,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,108,1592:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1733:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,100,1451:.:.:. 0|0:90,0:90:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,109,1476:.:.:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,101,1665:.:.:. 0|0:59,0:59:99:0,105,1394:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,99,1800:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,100,1247:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1343:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,114,1274:.:.:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1256:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1644:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,101,1254:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1175:.:.:. 0|0:72,0:72:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,110,1580:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1275:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:32,0:32:93:0,93,885:.:.:. 0|0:92,0:92:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,104,1504:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,100,1170:.:.:. 0|0:150,0:150:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,110,1302:.:.:. 0|0:10,0:10:30:0,30,284:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:113,0:113:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1755:.:.:. 0|0:153,0:153:99:0,113,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1222:.:.:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:.:.:. 0|0:103,0:103:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:241,0:241:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:25,0:25:72:0,72,766:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1326:.:.:. 0|0:64,0:64:99:0,99,1800:.:.:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,108,1297:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:22,0:22:63:0,63,687:.:.:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1019:.:.:. 0|0:36,0:36:90:0,90,1350:.:.:. 0|0:70,0:70:99:0,118,1767:.:.:. 0|0:15,0:15:45:0,45,438:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,101,1609:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,115,1752:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1646:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,120,1800:.:.:. 0|1:11,64:75:99:2092,0,165:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1301:.:.:. 0|0:4,0:4:12:0,12,134:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:54,0:54:99:0,115,1755:.:.:. 0|0:63,0:63:99:0,99,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:45,0:45:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:23,0:23:60:0,60,876:.:.:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:.:.:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:18,0:18:54:0,54,629:.:.:. 0|0:22,0:22:60:0,60,766:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:69,0:69:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,105,1515:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:149,0:149:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:190,0:190:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:10,0:10:18:0,18,270:.:.:. 0|0:1,0:1:3:0,3,33:.:.:. 0|0:31,0:31:.:.:.:.:81 0|0:53,0:53:99:0,110,1763:.:.:. 0|0:49,0:49:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:108 0|0:77,0:77:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:154,0:154:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:54,0:54:.:.:.:.:108 0|0:162,0:162:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:69,0:69:99:0,103,1800:.:.:. 0|0:67,0:67:99:0,111,1800:.:.:. 0|0:41,0:41:.:.:.:.:99 0|0:38,0:38:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:132,0:132:99:0,114,1710:.:.:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:147,0:147:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,104,1800:.:.:. 0|0:134,0:134:99:0,99,1485:.:.:. 0|1:32,152:184:99:4406,0,484:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:89,0:89:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:108 0|1:69,11:80:99:105,0,2076:.:.:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:102 0|0:30,0:30:66:0,66,990:.:.:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:201,0:201:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:181,0:181:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:98,0:98:99:0,117,1800:.:.:. 0|0:131,0:131:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:90 0|0:97,0:97:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1620:.:.:. 0|0:77,0:77:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:18,0:18:.:.:.:.:51 0|0:100,0:100:99:0,102,1800:.:.:. 0|0:12,0:12:.:.:.:.:36 0|0:101,0:101:99:0,105,1800:.:.:. 0|0:50,0:50:.:.:.:.:99 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:108 0|0:54,0:54:99:0,103,1353:.:.:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:102 0|0:75,0:75:99:0,106,1800:.:.:. 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:37,0:37:.:.:.:.:102 0|0:115,0:115:99:0,115,1800:.:.:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,110,1548:.:.:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:18 0|0:175,0:175:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:45,0:45:.:.:.:.:99 0|0:60,0:60:99:0,113,1703:.:.:. 0|0:119,0:119:.:.:.:.:120 0|0:45,0:45:.:.:.:.:99 0|0:67,0:67:99:0,118,1800:.:.:. 0|0:150,0:150:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:39,0:39:.:.:.:.:99 0|0:51,0:51:99:0,115,1626:.:.:. 0|0:44,0:44:.:.:.:.:99 0|0:119,0:119:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:118,0:118:99:0,100,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,100,1530:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:99 0|0:44,0:44:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1390:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1389:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,102,1357:.:.:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:31,0:31:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,104,1525:.:.:. 0|0:36,0:36:99:0,102,1216:.:.:. 0|0:51,0:51:99:0,117,1755:.:.:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:.:.:. 0|0:22,0:22:63:0,63,945:.:.:. 0|0:36,0:36:84:0,84,1260:.:.:. 0|0:47,0:47:99:0,108,1589:.:.:. 1|1:0,56:56:99:1861,168,0:.:.:. 0|0:44,0:44:93:0,93,1395:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,101,1440:.:.:. 0|0:43,0:43:99:0,114,1448:.:.:. 0|0:41,0:41:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:.:.:. 0|0:37,0:37:81:0,81,1215:.:.:. 0|0:25,0:25:72:0,72,875:.:.:. 0|0:19,0:19:45:0,45,675:.:.:. 0|0:8,0:8:21:0,21,315:.:.:. 1|1:0,90:90:99:3045,271,0:.:.:. 0|0:62,0:62:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:100,0:100:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:7,0:7:21:0,21,227:.:.:. 0|0:55,0:55:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:87,0:87:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:75,0:75:99:0,116,1800:.:.:. 0|0:42,0:42:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:56,0:56:99:0,107,1800:.:.:. 0|0:44,0:44:99:0,105,1575:.:.:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:.:.:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1485:.:.:. 0|0:176,0:176:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:33,0:33:66:0,66,990:.:.:. 0|0:132,0:132:99:0,119,1800:.:.:. 0|0:159,0:159:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1557:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,110,1800:.:.:. 0|0:24,0:24:57:0,57,855:.:.:. 1|1:0,15:15:45:476,45,0:.:.:. 0|0:100,0:100:99:0,120,1800:.:.:. 0|0:68,0:68:99:0,115,1800:.:.:. Pf3D7_01_v3 562686 . T A 56529.4 PASS FS=0;MQ=57.85;QD=23.39;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.707;VQSLOD=5.35;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.55;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;GQ_MEAN=102.63;GQ_STDDEV=19.44;HRun=0;InbreedingCoeff=0.8566;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=1.69;culprit=FS;set=snp;DP=4668506;AF=0.004617;AS_InbreedingCoeff=0.8566;MLEAC=23;MLEAF=0.004617;AN=830;AC=5 GT:AD:DP:GQ:PL:RGQ 0|0:38,0:38:93:0,93,1395:. 0|0:61,0:61:99:0,105,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,102,1296:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1182:. 0|0:43,0:43:99:0,100,1158:. 0|0:33,0:33:96:0,96,1440:. 0|0:25,0:25:24:0,24,697:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1511:. 0|0:39,0:39:84:0,84,1198:. 0|0:24,0:24:8:0,8,649:. 0|0:33,0:33:81:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:0,81,955:. 0|0:32,0:32:68:0,68,983:. 0|0:17,0:17:51:0,51,502:. 0|0:7,0:7:0:0,0,97:. 0|0:18,0:18:22:0,22,520:. 0|0:15,0:15:39:0,39,585:. 0|0:39,0:39:0:0,0,983:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:63:0,63,945:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1039:. 0|0:62,0:62:99:0,112,1800:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:7,0:7:21:0,21,211:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1340:. 0|0:49,0:49:99:0,102,1454:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1190:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,110,1599:. 0|0:114,0:114:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,100,1246:. 0|0:121,0:121:99:0,101,1800:. 0|0:50,0:50:63:0,63,1316:. 0|0:27,0:27:59:0,59,744:. 0|0:35,0:35:99:0,99,957:. 0|0:31,0:31:61:0,61,871:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,118,1361:. 0|0:54,0:54:99:0,101,1800:. 0|0:84,0:84:99:0,112,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1148:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:33,0:33:70:0,70,920:. 0|0:45,0:45:99:0,110,1290:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1298:. 0|0:27,0:27:52:0,52,766:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,116,1396:. 0|0:44,0:44:99:0,100,1184:. 0|0:31,0:31:81:0,81,966:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,118,1800:. 0|0:22,0:22:54:0,54,810:. 0|0:44,0:44:99:0,102,1361:. 0|0:78,0:78:99:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1620:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:99:0,114,1800:. 0|0:26,0:26:75:0,75,1125:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:72:0,72,771:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1245:. 0|0:10,0:10:30:0,30,281:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1800:. 0|0:47,0:47:80:0,80,1290:. 0|0:56,0:56:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,105,1800:. 0|0:22,0:22:63:0,63,945:. 0|0:34,0:34:72:0,72,999:. 0|0:43,0:43:99:0,99,1137:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1737:. 0|0:24,0:24:63:0,63,945:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:41,0:41:92:0,92,1148:. 0|0:39,0:39:99:0,105,1575:. 0|0:89,0:89:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,102,1399:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1105:. 0|0:86,0:86:99:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:0,101,1471:. 0|0:64,0:64:99:0,110,1800:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,99,1485:. 0|0:2,0:2:6:0,6,48:. 0|0:133,0:133:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,114,1710:. 0|0:76,0:76:99:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:0,110,1800:. 0|0:102,0:102:99:0,105,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:92:0,92,1380:. 0|0:114,0:114:99:0,104,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,110,1462:. 0|0:82,0:82:99:0,101,1800:. 0|0:132,0:132:99:0,114,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:136,0:136:99:0,114,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,110,1800:. 0|0:95,0:95:99:0,109,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:0,114,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,100,1349:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:0,112,1544:. 0|0:53,0:53:99:0,108,1422:. 0|0:61,0:61:99:0,115,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,105,1394:. 0|0:54,0:54:99:0,99,1404:. 0|0:65,0:65:99:0,118,1800:. 0|0:56,0:56:99:0,113,1415:. 0|0:78,0:78:99:0,103,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,108,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,107,1659:. 0|0:95,0:95:99:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:0,108,1620:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1548:. 0|0:53,0:53:99:0,100,1359:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,118,1371:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1656:. 0|0:49,0:49:99:0,106,1360:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:69:0,69,915:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,105,1203:. 0|0:24,0:24:60:0,60,900:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:41,0:41:92:0,92,1136:. 0|0:46,0:46:99:0,102,1530:. 0|1:25,7:32:99:125,0,674:. 0|0:53,0:53:99:0,107,1589:. 0|0:68,0:68:99:0,101,1681:. 0|0:31,0:31:90:0,90,1350:. 0|0:106,0:106:99:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:0,116,1230:. 0|0:54,0:54:99:0,102,1402:. 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:0,104,1305:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:0,105,1800:. 0|0:90,0:90:99:0,117,1800:. 0|0:121,0:121:99:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:0,24,226:. 0|0:125,0:125:99:0,117,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1137:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1080:. 0|0:74,0:74:99:0,117,1800:. 0|0:88,0:88:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,105,1714:. 0|0:105,0:105:99:0,108,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,119,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,104,1385:. 0|0:31,0:31:90:0,90,972:. 0|0:91,0:91:99:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:0,99,1485:. 0|0:83,0:83:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:126,0:126:99:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,110,1800:. 0|0:112,0:112:99:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:0,100,1800:. 0|0:134,0:134:99:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:79,0:79:99:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:0,103,1800:. 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1112:. 0|0:46,0:46:82:0,82,1231:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,101,1594:. 0|0:79,0:79:99:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,114,1800:. 0|0:52,0:52:99:0,110,1565:. 0|0:31,0:31:90:0,90,914:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:0,105,1317:. 0|0:61,0:61:99:0,117,1800:. 0|0:34,0:34:99:0,99,948:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,117,1553:. 0|0:84,0:84:99:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:0,104,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:78:0,78,1170:. 0|0:44,0:44:99:0,111,1800:. 0|0:48,0:48:99:0,102,1530:. 0|0:25,0:25:72:0,72,732:. 0|0:44,0:44:99:0,99,1283:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1530:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:0,102,1133:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1234:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1152:. 1|1:0,35:35:99:1073,105,0:. 0|0:55,0:55:99:0,104,1496:. 0|0:104,0:104:99:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:0,101,1248:. 0|0:47,0:47:99:0,102,1353:. 0|0:28,0:28:81:0,81,842:. 0|0:84,0:84:99:0,108,1620:. 0|0:27,0:27:66:0,66,990:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:0,99,1271:. 0|0:43,0:43:0:0,0,992:. 0|0:37,0:37:99:0,99,1172:. 0|0:155,0:155:99:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:0,99,1342:. 0|0:2,0:2:6:0,6,54:. 0|0:69,0:69:99:0,119,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:0,113,1777:. 0|0:133,0:133:99:0,115,1800:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:0,60,900:. 0|0:94,0:94:99:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,103,1575:. 0|0:63,0:63:99:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:39,0:39:85:0,85,1064:. 0|0:82,0:82:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:0,99,1233:. 0|0:64,0:64:31:0,31,1655:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:51,0:51:99:0,115,1588:. 0|0:33,0:33:91:0,91,992:. 0|0:51,0:51:99:0,111,1665:. 0|0:15,0:15:42:0,42,630:. 0|0:25,0:25:72:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:51:0,51,765:. 0|0:37,0:37:99:0,102,1530:. 0|0:5,0:5:6:0,6,90:. 0|0:40,0:40:91:0,91,1361:. 0|0:22,0:22:29:0,29,697:. 0|0:18,0:18:51:0,51,765:. 0|0:16,0:16:45:0,45,675:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1273:. 0|0:40,0:40:99:0,103,1322:. 0|0:0,0:0:.:0,0,0:. 0|0:34,0:34:84:0,84,1260:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:34,0:34:93:0,93,1395:. 0|0:19,0:19:48:0,48,720:. 0|0:17,0:17:13:0,13,523:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 1|1:0,5:5:15:158,15,0:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:32,0:32:90:0,90,1350:. 0|0:20,0:20:60:0,60,747:. 0|0:12,0:12:30:0,30,450:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:54:0,54,810:. 0|0:6,0:6:18:0,18,216:. 0|0:53,0:53:99:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:0,27,321:. 0|0:10,0:10:0:0,0,288:. 0|0:29,0:29:72:0,72,1080:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:72:0,72,897:. 0|0:31,0:31:87:0,87,1305:. 0|0:20,0:20:60:0,60,684:. 0|0:27,0:27:75:0,75,1125:. 0|0:21,0:21:60:0,60,703:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:64,0:64:99:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:0:0,0,104:. 0|0:9,0:9:27:0,27,272:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:39,0:39:47:0,47,1123:. 0|0:69,0:69:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:.:.:18 0|0:43,0:43:99:0,113,1512:. 0|0:49,0:49:99:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:0,111,1665:. 0|0:13,0:13:.:.:39 0|0:73,0:73:99:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:72 0|0:69,0:69:99:0,112,1800:. 0|0:36,0:36:93:0,93,1395:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:37,0:37:99:0,102,1392:. 0|0:53,0:53:99:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:0,100,1800:. 0|0:63,0:63:80:0,80,1879:. 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:9,0:9:.:.:27 0|0:43,0:43:99:0,108,1620:. 0|0:15,0:15:.:.:45 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. 0|0:76,0:76:99:0,119,1800:. 0|0:85,0:85:99:0,114,1800:. 0|0:153,0:153:99:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:0,110,1800:. 0|0:58,0:58:99:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:.:.:15 0|0:72,0:72:99:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:0,111,1665:. 0|0:1,0:1:.:.:3 0|0:116,0:116:99:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:.:.:3 0|0:108,0:108:99:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:46,0:46:99:0,103,1546:. 0|0:19,0:19:.:.:57 0|0:70,0:70:99:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:.:.:107 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:.:.:9 0|0:68,0:68:99:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:0,115,1543:. 0|0:47,0:47:99:0,117,1755:. 0|0:3,0:3:.:.:9 0|0:168,0:168:99:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:.:.:30 0|0:43,0:43:99:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:.:.:120 0|0:6,0:6:.:.:18 0|0:35,0:35:99:0,99,1301:. 0|0:68,0:68:99:0,108,1665:. 0|0:41,0:41:99:0,108,1620:. 0|0:5,0:5:.:.:15 0|0:36,0:36:99:0,99,1228:. 0|0:6,0:6:.:.:18 0|0:86,0:86:99:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:0,108,1620:. 0|0:18,0:18:48:0,48,720:. 0|0:149,0:149:99:0,108,1800:. 0|0:16,0:16:.:.:45 0|0:53,0:53:99:0,106,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:12 0|0:27,0:27:72:0,72,1080:. 0|0:22,0:22:60:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:78:0,78,1170:. 0|0:12,0:12:33:0,33,495:. 0|0:20,0:20:54:0,54,810:. 0|0:38,0:38:99:0,102,1394:. 0|0:45,0:45:27:0,27,1248:. 0|0:25,0:25:63:0,63,945:. 0|0:28,0:28:72:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:2:0,2,327:. 0|0:10,0:10:27:0,27,405:. 0|0:27,0:27:46:0,46,752:. 0|0:29,0:29:81:0,81,1012:. 0|0:37,0:37:99:0,100,1217:. 0|0:35,0:35:99:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:0,105,1191:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1111:. 0|0:36,0:36:99:0,99,1236:. 0|0:17,0:17:48:0,48,720:. 0|0:20,0:20:57:0,57,855:. 0|0:18,0:18:45:0,45,675:. 0|0:11,0:11:33:0,33,330:. 0|0:2,0:2:6:0,6,73:. 0|0:33,0:33:99:0,99,1036:. 0|0:57,0:57:66:0,66,1578:. 0|0:61,0:61:99:0,120,1800:. 0|0:2,0:2:6:0,6,65:. 0|0:35,0:35:96:0,96,1440:. 0|0:50,0:50:99:0,104,1600:. 0|0:48,0:48:99:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:0,108,1613:. 0|0:33,0:33:90:0,90,1350:. 0|0:30,0:30:54:0,54,931:. 0|0:34,0:34:90:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:42:0,42,630:. 0|0:99,0:99:99:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:54:0,54,810:. 0|0:71,0:71:99:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:0,112,1545:. 0|0:44,0:44:63:0,63,1289:. 0|0:13,0:13:33:0,33,495:. 0|0:3,0:3:9:0,9,85:. 0|0:80,0:80:99:0,111,1800:. 0|0:23,0:23:60:0,60,900:. Pf3D7_01_v3 562859 . C G 215549 PASS FS=0;MQ=61.01;QD=20.66;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.729;VQSLOD=5.11;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.056;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;GQ_MEAN=98.25;GQ_STDDEV=23.07;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5928;MQRankSum=0.538;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.295;culprit=FS;set=snp;DP=4917945;AF=0.014;AS_InbreedingCoeff=-0.0746;MLEAC=66;MLEAF=0.013;AN=834;AC=25 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1348:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1305:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1095:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:63:.:.:0,63,945:. 0|0:28,0:28:66:.:.:0,66,990:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:39,0:39:62:.:.:0,62,1008:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,985:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,974:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,124:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1451:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1496:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:92:.:.:0,92,1173:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:9,0:9:16:.:.:0,16,217:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1340:. 0|0:43,0:43:84:.:.:0,84,1138:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1190:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,109,1362:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1372:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1235:. 0|0:25,0:25:75:.:.:0,75,687:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1499:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1148:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|1:4,30:34:11:.:.:765,0,11:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1361:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,116,1396:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1148:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1156:. 0|0:31,0:31:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1283:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1361:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|1:34,10:44:99:.:.:135,0,791:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:27:.:.:0,27,472:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1245:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1144:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,932:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,949:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1097:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1194:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:40,0:40:90:.:.:0,90,992:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1533:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1399:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1715:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2334,254,0:. 1|0:17,44:61:99:.:.:1016,0,297:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,110,1800:. 0|1:63,53:116:99:.:.:1132,0,1364:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1399:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1462:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1147:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1349:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1544:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1422:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,103,1734:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1509,171,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,107,1620:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1669:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1548:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1359:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1374:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,104,1702:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,106,1360:. 1|0:60,13:73:99:.:.:140,0,1458:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1203:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,992:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,107,1589:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,108,1652:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,949:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1230:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1402:. 0|0:95,0:95:96:.:.:0,96,2289:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,104,1305:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,117,1800:. 0|1:96,13:109:39:.:.:39,0,2327:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,141:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:65,26:91:99:.:.:448,0,1499:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1149:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1710:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,108,1478:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:58,9:67:88:.:.:88,0,1366:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:33,0:33:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:50,0:50:56:.:.:0,56,1210:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,103,1588:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,101,1620:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1565:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,872:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:34,0:34:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1270:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,104,1642:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,866:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1381:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1152:. 0|0:38,0:38:81:.:.:0,81,981:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,109,1448:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1248:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1353:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:54:.:.:0,54,1172:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1267:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1342:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,84:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1260:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:7:.:.:0,7,300:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,937:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:15,0:15:33:.:.:0,33,495:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,721:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1008:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1528:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,521:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1745,156,0:. 1|1:0,27:27:81:.:.:933,81,0:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1353:. 1|1:1,13:14:8:.:.:397,8,0:. 0|0:51,0:51:13:.:.:0,13,1380:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1371:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 1|0:15,15:30:99:.:.:394,0,369:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:44,0:44:57:.:.:0,57,1316:. 0|0:27,0:27:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:71:.:.:0,71,899:. 1|1:1,35:36:72:.:.:1142,72,0:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1270:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1488:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,250:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:46,0:46:30:.:.:0,30,1285:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:27,0:27:.:.:.:.:81 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1512:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:39 0|0:91,0:91:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:72 0|0:69,0:69:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1246:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:27 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:58,0:58:28:.:.:0,28,1579:. 0|0:22,0:22:.:.:.:.:60 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,758:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:35,105:140:99:.:.:2907,0,631:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,2383:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:3 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:.:.:.:.:39 0|0:62,0:62:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:20,0:20:.:.:.:.:60 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:.:.:.:.:107 0|0:69,0:69:99:.:.:0,100,1753:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:4,0:4:.:.:.:.:12 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1477:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:3,0:3:.:.:.:.:9 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:.:.:.:.:42 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:.:.:.:.:108 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,108,1665:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:8,0:8:.:.:.:.:0 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:1,169:170:99:.:.:5240,475,0:. 0|0:11,0:11:.:.:.:.:30 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:.:.:.:.:30 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:26,0:26:6:.:.:0,6,712:. 0|0:23,0:23:31:.:.:0,31,664:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1396:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,372:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1333:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1465:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1265:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1382:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,534:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,390:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1394:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1121:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1258:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1418:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:30,0:30:15:.:.:0,15,850:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:37,18:55:99:.:.:428,0,1036:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1459:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,252:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1262:. Pf3D7_01_v3 563710 . T C 1.74415e+06 PASS FS=0;MQ=56.21;QD=20.89;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K322R;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aGa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RIF;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114700.1;SOR=0.731;VQSLOD=6.61;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.984;GC=9.52;GQ_MEAN=149.55;GQ_STDDEV=124.17;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5976;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.941;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13913233;AF=0.079;AS_InbreedingCoeff=0.617;MLEAC=412;MLEAF=0.08;AN=840;AC=104 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1438:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:42,22:64:99:1|0:563705_A_ATT:433,0,1090:. 1|0:23,43:66:99:.:.:1029,0,521:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,103,1187:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1750:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,116,1406:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1339:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:18,17:35:99:.:.:378,0,444:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0|0:26,0:26:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,24:24:71:.:.:650,71,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,66:66:99:.:.:1752,195,0:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1174,128,0:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,407:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1200:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1217:. 1|0:28,57:85:99:.:.:1331,0,572:. 1|0:21,66:87:99:.:.:1139,0,406:. 1|0:16,19:35:99:.:.:394,0,393:. 1|0:72,204:276:99:.:.:4157,0,1427:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,89:89:99:.:.:2497,266,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1158:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1610:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,118,1700:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,35:99:99:.:.:671,0,1647:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,9:83:0:.:.:0,0,2050:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,107,1800:. 0|1:38,12:50:99:.:.:180,0,942:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1157:. 0|1:14,55:69:99:.:.:1370,0,178:. 0|1:52,29:81:99:.:.:576,0,1253:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,33:35:47:.:.:784,47,0:. 0|0:69,3:72:99:.:.:0,127,2022:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:71,12:83:78:.:.:78,0,2098:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 1|0:25,26:51:99:.:.:608,0,588:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1105:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:126,0:126:97:.:.:0,97,3207:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,9:95:31:.:.:0,31,2435:. 1|1:1,64:65:99:.:.:1772,180,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:13,39:52:99:0|1:563710_T_C:910,0,263:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1415:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1399,149,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,69:72:99:.:.:1822,131,0:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:65,18:83:99:.:.:240,0,1729:. 0|0:51,5:56:40:.:.:0,40,1392:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,20:80:99:.:.:316,0,1632:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,203:210:99:.:.:5683,459,0:. 0|1:58,64:122:99:.:.:1356,0,1462:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4137,447,0:. 0|1:82,40:122:99:.:.:706,0,2094:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:128,74:202:99:.:.:1395,0,3281:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:60,109:169:99:.:.:2527,0,1325:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:270,0:270:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:114,68:182:99:.:.:1326,0,2980:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,6:87:94:.:.:0,94,2246:. 1|0:56,12:68:99:1|0:563705_AT_A:130,0,1355:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,95:124:99:.:.:2261,0,554:. 1|0:68,167:235:99:.:.:3791,0,1426:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:59,61:120:99:.:.:1339,0,1480:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:74,30:104:99:.:.:365,0,1989:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:93,47:140:99:.:.:609,0,2426:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,378:. 1|0:93,75:168:99:.:.:1570,0,2424:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,69:69:99:.:.:1938,207,0:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:60,72:132:99:.:.:1583,0,1396:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,46:60:99:.:.:1091,0,237:. 0|1:30,72:102:99:.:.:1723,0,638:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:68,110:178:99:.:.:2588,0,1454:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,204:208:99:.:.:5644,540,0:. 1|0:167,97:264:99:.:.:1908,0,4508:. 0|0:95,7:102:99:.:.:0,126,2755:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,13:97:2:.:.:0,2,2235:. 1|1:0,108:108:99:.:.:2830,321,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1404:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,63:121:99:.:.:1357,0,1671:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,102,1640:. 0|0:96,9:105:54:.:.:0,54,2688:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,3:56:99:.:.:0,99,1622:. 1|1:3,52:55:83:.:.:1319,83,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1580:. 0|1:82,84:166:99:.:.:1845,0,2128:. 0|0:64,5:69:99:.:.:0,108,1901:. 1|1:2,82:84:99:.:.:2171,196,0:. 0|0:45,3:48:74:.:.:0,74,1272:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,107,1428:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,57:57:99:.:.:1593,171,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1050:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:1,96:97:99:.:.:2578,267,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,60:62:99:.:.:1642,135,0:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,415:. 1|0:99,50:149:99:.:.:938,0,2669:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,55:119:99:.:.:1159,0,1632:. 0|1:72,62:134:99:.:.:1304,0,1789:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:55:.:.:0,55,766:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:70,37:107:99:.:.:711,0,1846:. 0|0:198,0:198:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,22:36:99:1|0:563705_A_AT:495,0,290:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:54,18:72:99:.:.:296,0,1407:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,5:22:80:.:.:80,0,438:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:17,0:17:0:.:.:0,0,395:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:198,0:198:0:.:.:0,0,5236:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,14:174:46:.:.:0,46,5238:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 1|1:0,180:180:99:.:.:6123,541,0:. 1|1:1,149:150:99:.:.:5051,415,0:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,161:163:99:.:.:5494,424,0:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,9:135:99:.:.:0,124,4156:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,212:216:99:.:.:7043,523,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:91:.:.:0,91,5179:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,148:152:99:.:.:4889,297,0:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:177,0:177:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:547,0:547:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:665,0:665:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:570,0:570:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 1|1:4,64:68:77:.:.:1702,77,0:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:310,0:310:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:267,0:267:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:4,302:306:99:.:.:8612,811,0:. 0|0:275,0:275:0:.:.:0,0,730:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,2371:. 0|0:194,18:212:40:.:.:0,40,6074:. 0|0:224,0:224:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:276,0:276:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:278,0:278:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:291,0:291:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:384,0:384:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:218,0:218:.:.:.:0,0,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:277,0:277:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:152,32:184:99:.:.:522,0,4732:. 1|1:3,330:333:99:.:.:10347,912,0:. 0|1:75,47:122:99:.:.:928,0,2343:. 0|0:375,0:375:0:.:.:0,0,1808:. 0|0:220,0:220:.:.:.:0,0,0:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:48,23:71:99:.:.:491,0,1490:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:67,85:152:99:.:.:2161,0,1785:. 0|0:38,0:38:2:.:.:0,2,1031:. 0|1:57,211:268:99:.:.:5756,0,1407:. 1|1:0,348:348:99:.:.:10694,1034,0:. 0|0:243,0:243:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,109,1800:. 0|1:65,39:104:99:.:.:924,0,1954:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:539,0:539:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:25,58:83:99:.:.:1690,0,680:. 0|0:397,0:397:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:214,0:214:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:49,65:114:99:.:.:1863,0,1345:. 0|0:149,0:149:.:.:.:0,0,0:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1693:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:.:0,0,0:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:245,0:245:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:269,0:269:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1494:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:177,0:177:.:.:.:0,0,0:. 0|0:153,0:153:.:.:.:0,0,0:. 0|0:350,0:350:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,117,1800:. 1|0:425,0:425:.:.:.:0,0,0:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:252,0:252:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:569,0:569:.:.:.:0,0,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:241,0:241:.:.:.:0,0,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1607:. 0|0:18,0:18:22:.:.:0,22,554:. 0|0:323,0:323:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 563974 . C T 720773 PASS FS=0;MQ=60.41;QD=20.57;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R234K;SNPEFF_CODON_CHANGE=aGa/aAa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RIF;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114700.1;SOR=0.662;VQSLOD=6;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.234;FractionInformativeReads=0.999;GC=47.62;GQ_MEAN=114.83;GQ_STDDEV=41.02;HRun=2;InbreedingCoeff=-0.025;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.755;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13811832;AF=0.021;AS_InbreedingCoeff=-0.025;MLEAC=104;MLEAF=0.02;AN=856;AC=10 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1234:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,9:51:99:.:.:138,0,980:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1464:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1288:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1466:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1199:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1431:. 0|1:21,8:29:99:.:.:165,0,526:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1024:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,747:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,148:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1092:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1520:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1376:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1110:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,221:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,118:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1704:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1563:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1115:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1032:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1477:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1376:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,35:129:99:.:.:657,0,2170:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:86:.:.:0,86,921:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1239:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1616:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1271:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1055:. 0|0:153,0:153:0:.:.:0,0,2070:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,227:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1677:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1430:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:87,15:102:99:.:.:134,0,2126:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:148,36:184:99:.:.:452,0,3622:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,12:124:20:.:.:0,20,3291:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,143:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1371:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,114:114:99:.:.:3320,340,0:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1404:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:67:.:.:0,67,2036:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1200:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1181:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1109:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,17:102:99:.:.:182,0,2109:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1254:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,191:. 0|1:148,26:174:99:0|1:563974_C_T:271,0,3970:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,642:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,110,1558:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1447:. 0|0:82,0:82:15:.:.:0,15,1888:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:37,0:37:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:103,84:187:99:.:.:2349,0,3134:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1115:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1293:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:0:.:.:0,0,5698:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:875,0:875:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:674,0:674:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:78,0:78:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:102 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:344,0:344:.:.:.:.:120 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:.:.:.:.:101 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:.:.:.:.:102 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:99 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:244,0:244:.:.:.:.:118 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:.:.:.:.:120 0|0:185,0:185:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:.:.:.:.:105 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:120 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:337,0:337:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:102 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:120 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:100 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:.:.:.:.:120 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:120 0|0:102,0:102:.:.:.:.:114 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:.:.:.:.:120 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:.:.:120 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:105 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:.:.:.:.:120 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1693:. 0|0:43,0:43:96:.:.:0,96,1352:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1494:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:593,0:593:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,828:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 563975 . T C 301832 PASS FS=0;MQ=60.22;QD=20.11;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=R234G;SNPEFF_CODON_CHANGE=Aga/Gga;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RIF;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114700.1;SOR=0.678;VQSLOD=6.66;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0186;FractionInformativeReads=1;GC=47.62;GQ_MEAN=110.92;GQ_STDDEV=16.35;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8581;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.576;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13733244;AF=0.003499;AS_InbreedingCoeff=0.8581;MLEAC=17;MLEAF=0.003305;AN=856;AC=4 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:41,0:41:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1234:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1293:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1464:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1288:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1466:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1199:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1431:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1024:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,747:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,148:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,837:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1092:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1520:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1376:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1110:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,221:. 0|0:0,4:4:12:.:.:115,12,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1704:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1563:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1115:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1032:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1477:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1376:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1239:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1616:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1271:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1055:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,227:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1677:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1430:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:55:.:.:0,55,2299:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:79:.:.:0,79,1944:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,143:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1371:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1404:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1200:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1181:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1109:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1254:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,193:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,642:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,685:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1140:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1447:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:36,0:36:80:.:.:0,80,969:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,521:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1115:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1293:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,186:186:99:.:.:6108,558,0:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:308,0:308:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,117,1800:. 1|1:1,889:890:99:.:.:28956,2664,0:. 0|0:674,0:674:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:78,0:78:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:102 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:344,0:344:.:.:.:.:120 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:.:.:.:.:101 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:.:.:.:.:102 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:99 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:244,0:244:.:.:.:.:118 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:.:.:.:.:120 0|0:185,0:185:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:.:.:.:.:105 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:120 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:337,0:337:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:102 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:120 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:100 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:.:.:.:.:120 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:120 0|0:102,0:102:.:.:.:.:114 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:.:.:.:.:120 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:.:.:120 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:105 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:.:.:.:.:120 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1693:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1494:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:507,0:507:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:593,0:593:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,828:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 563987 . A G 262627 PASS FS=0;MQ=60.29;QD=17.41;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=F230L;SNPEFF_CODON_CHANGE=Ttt/Ctt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RIF;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114700.1;SOR=0.716;VQSLOD=5.21;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=38.1;InbreedingCoeff=0.0175;NCC=0;BaseQRankSum=-4.484;ClippingRankSum=0.299;MQRankSum=0.705;ReadPosRankSum=0.649;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13726469;AF=0.007764;MLEAC=40;MLEAF=0.007764;AN=856;AC=15 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:36,0:36:83:.:.:0,83,1082:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1234:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1293:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1464:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1288:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1466:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1199:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1431:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,823:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,128:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1092:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1520:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1376:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1060:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,111:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1270:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1704:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1563:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1115:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1032:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1477:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1036:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1376:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1077:. 1|0:82,16:98:99:.:.:146,0,2408:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1239:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,12:58:99:.:.:145,0,1202:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1616:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1271:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1055:. 0|0:126,0:126:0:.:.:0,0,2172:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,245:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1677:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1430:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:0,81:81:99:.:.:2182,242,0:. 0|0:87,0:87:26:.:.:0,26,2157:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:66:.:.:0,66,1932:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,194:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1371:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1404:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1200:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1181:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1109:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1254:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,193:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,642:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,693:. 0|0:63,0:63:0:.:.:0,0,928:. 0|1:135,20:155:50:.:.:50,0,3438:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1447:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,895:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,488:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1293:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:254,0:254:0:.:.:0,0,6391:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:903,0:903:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:674,0:674:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:78,0:78:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:102 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:344,0:344:.:.:.:.:120 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:.:.:.:.:101 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:.:.:.:.:102 0|0:80,0:80:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:265,0:265:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:99 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:244,0:244:.:.:.:.:118 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1397:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:.:.:.:.:120 0|0:185,0:185:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:.:.:.:.:105 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:.:.:.:.:120 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:337,0:337:.:.:.:.:120 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:.:.:.:.:120 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:102 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:.:.:.:.:120 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:.:.:.:.:100 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:.:.:.:.:120 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:120 0|0:102,0:102:.:.:.:.:114 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:.:.:.:.:120 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:.:.:120 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:475,0:475:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:105 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:.:.:.:.:120 1|1:0,67:67:99:.:.:2193,201,0:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1693:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,724:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1494:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:35,170:205:99:.:.:4781,0,622:. 1|1:0,247:247:99:.:.:7816,741,0:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:227,295:522:99:.:.:8124,0,6460:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,624:624:99:.:.:19663,1866,0:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,259:261:99:.:.:8227,709,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,629:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 563993 . A C 720255 PASS FS=0.555;MQ=60.15;QD=20.56;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S228A;SNPEFF_CODON_CHANGE=Tcg/Gcg;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RIF;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114700.1;SOR=0.752;VQSLOD=4.99;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0006;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=119.31;GQ_STDDEV=47.18;HRun=0;InbreedingCoeff=0.7315;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=1.43;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=13742229;AF=0.022;AS_InbreedingCoeff=-0.0435;MLEAC=111;MLEAF=0.022;AN=856;AC=32 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1234:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1293:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1464:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1046:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1288:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1466:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,100,1199:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1426:. 0|0:38,0:38:98:.:.:0,98,1056:. 0|0:28,0:28:80:.:.:0,80,673:. 0|0:29,0:29:86:.:.:0,86,764:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:23,0:23:66:.:.:0,66,631:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,111,1520:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1376:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:24:.:.:0,24,328:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,108:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1098:. 1|1:1,46:47:99:.:.:1211,129,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,105,1704:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,37:115:99:.:.:677,0,1924:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1563:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1115:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1032:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1477:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1036:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1376:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1077:. 0|1:76,20:96:99:.:.:257,0,2220:. 0|1:112,16:128:34:.:.:34,0,2988:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1239:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1616:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1271:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,119,1428:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,209:210:99:1|1:563993_A_C:8506,576,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1055:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,245:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,173:176:99:.:.:4587,443,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1677:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1430:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,123:178:99:.:.:2745,0,1082:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,141:142:99:.:.:3747,414,0:. 0|0:318,0:318:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:90,37:127:99:.:.:609,0,2432:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,26:161:99:.:.:216,0,3506:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:47:.:.:0,47,2110:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,111,1665:. 1|0:68,53:121:99:.:.:1110,0,1669:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:84:.:.:0,84,1947:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,194:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1371:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:117,28:145:99:.:.:334,0,3143:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1404:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:8,61:69:43:.:.:1448,0,43:. 0|1:145,39:184:99:.:.:469,0,3714:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1200:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1181:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1824,208,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1109:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1254:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,231:. 1|0:140,25:165:99:1|0:563974_C_T:199,0,3987:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:0:.:.:0,0,731:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,884:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:64,11:75:66:.:.:66,0,1688:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,100,1447:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:29,0:29:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:37,0:37:83:.:.:0,83,1020:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,519:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1032:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,121:199:99:.:.:3484,0,1824:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1800:. 0|1:66,123:189:99:.:.:3544,0,1490:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1293:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:903,0:903:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:674,0:674:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1665:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1800:. 1|1:2,76:78:99:.:.:2335,201,0:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:78,198:276:99:.:.:5493,0,1571:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:38,9:47:99:.:.:156,0,907:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:222,0:222:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:337,0:337:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:399,0:399:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:215,0:215:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:251,0:251:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1256:. 0|0:260,0:260:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:347,0:347:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:18,467:485:99:.:.:14129,825,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:2,521:523:99:.:.:17165,1523,0:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:317,0:317:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:287,0:287:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:247,0:247:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1693:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:349,0:349:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,724:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:363,0:363:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:297,0:297:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:355,0:355:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1494:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:264,0:264:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:212,0:212:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:513,0:513:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1670:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,629:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 564033 . A C 5.27913e+06 PASS FS=0;MQ=60.38;QD=22.87;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Y214*;SNPEFF_CODON_CHANGE=taT/taG;SNPEFF_EFFECT=STOP_GAINED;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RIF;SNPEFF_IMPACT=HIGH;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114700.1;SOR=0.682;VQSLOD=9.09;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.999;GC=19.05;GQ_MEAN=174.59;GQ_STDDEV=167.1;HRun=1;InbreedingCoeff=0.6431;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.511;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=14220998;AF=0.218;AS_InbreedingCoeff=0.4827;MLEAC=1125;MLEAF=0.219;AN=858;AC=217 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|1:17,20:37:99:.:.:475,0,443:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1234:. 1|1:5,56:61:27:.:.:1429,27,0:. 0|0:54,0:54:76:.:.:0,76,1531:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1464:. 0|1:34,9:43:99:0|1:564033_A_C:130,0,1373:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1288:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1466:. 1|0:48,13:61:99:.:.:200,0,1363:. 0|0:36,0:36:47:.:.:0,47,1028:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1456:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1163,120,0:. 1|0:16,16:32:99:.:.:374,0,423:. 0|1:6,19:25:99:.:.:493,0,116:. 1|1:0,27:27:80:.:.:748,80,0:. 1|1:0,6:6:18:.:.:164,18,0:. 0|0:22,0:22:45:.:.:0,45,675:. 1|1:0,18:18:54:.:.:523,54,0:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 1|0:51,9:60:78:.:.:78,0,1344:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1636,174,0:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1376:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:2,10:12:28:.:.:246,0,28:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1142,123,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1145:. 0|1:60,43:103:99:.:.:872,0,1458:. 0|1:22,66:88:99:.:.:1617,0,411:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,30:108:99:.:.:530,0,2145:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1563:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1115:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1032:. 1|0:12,92:104:99:0|1:564033_A_C:2265,0,214:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1477:. 1|1:0,287:287:99:.:.:7773,860,0:. 1|1:0,178:178:99:.:.:4842,532,0:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:71,16:87:99:.:.:193,0,1935:. 0|0:30,0:30:75:.:.:0,75,1125:. 0|1:19,81:100:99:.:.:1927,0,283:. 0|1:75,12:87:61:.:.:61,0,2000:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2614,286,0:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1376:. 0|1:25,58:83:99:.:.:1388,0,500:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:77,55:132:99:0|1:564024_C_CA:1964,0,4190:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,41:42:99:.:.:1076,115,0:. 0|1:60,30:90:99:.:.:541,0,1562:. 1|0:114,20:134:99:.:.:116,0,3043:. 1|0:66,16:82:99:.:.:223,0,1816:. 1|1:2,53:55:99:.:.:1407,124,0:. 0|1:32,49:81:99:.:.:1157,0,745:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:44,58:102:99:.:.:1255,0,1032:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1239:. 0|0:232,0:232:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1738,186,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1616:. 0|1:37,42:79:99:.:.:903,0,879:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1271:. 0|1:32,36:68:99:.:.:825,0,773:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1493:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,195:223:99:.:.:4575,0,142:. 0|1:10,53:63:99:.:.:1290,0,113:. 1|1:1,157:158:99:.:.:4174,444,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:71:.:.:0,71,2271:. 0|1:93,20:113:99:.:.:202,0,2424:. 1|0:32,9:41:99:.:.:129,0,834:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,367:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,176:176:99:.:.:4783,527,0:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:25,70:95:99:.:.:1659,0,479:. 0|1:41,69:110:99:1|0:564024_C_CA:1535,0,1435:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,68:126:99:.:.:1473,0,1397:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1677:. 1|1:0,149:149:99:.:.:4031,446,0:. 0|1:66,111:177:99:.:.:2451,0,1467:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1430:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:135,81:216:99:.:.:1562,0,5212:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:34,91:125:99:.:.:2079,0,652:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:50,100:150:99:1|0:564024_C_CA:2286,0,1770:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:63,129:192:99:.:.:2924,0,1340:. 1|1:5,110:115:99:.:.:2738,191,0:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:170,52:222:99:.:.:719,0,4265:. 1|1:1,204:205:99:.:.:5340,584,0:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,22:81:99:.:.:317,0,1457:. 0|1:50,124:174:99:.:.:2820,0,1021:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:63:.:.:0,63,3533:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 0|1:41,99:140:99:.:.:2290,0,823:. 0|1:28,170:198:99:.:.:3997,0,255:. 1|1:23,238:261:78:.:.:5610,78,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,205:205:99:.:.:5609,613,0:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:21,118:139:99:.:.:2860,0,248:. 1|0:88,80:168:99:.:.:1684,0,2199:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:84:.:.:0,84,2057:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:64,10:74:51:1|0:564024_C_CA:51,0,2216:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,124:124:99:.:.:3319,371,0:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,103,1794:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:1,113:114:99:.:.:3057,309,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,130:130:99:.:.:3576,388,0:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,110,1800:. 1|0:85,39:124:99:.:.:707,0,2466:. 0|0:93,0:93:0:.:.:0,0,2102:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:139,45:184:99:.:.:636,0,3690:. 0|1:120,30:150:99:.:.:363,0,3244:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,232:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:121,50:171:99:.:.:861,0,3628:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|1:105,34:139:99:.:.:521,0,3849:. 0|1:144,40:184:99:.:.:534,0,3844:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:3,93:96:99:.:.:2415,191,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1371:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,225:225:99:.:.:6282,674,0:. 1|0:190,88:278:99:.:.:1550,0,4935:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,2930:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:88,25:113:99:.:.:324,0,2321:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800:. 1|0:60,180:240:99:.:.:4088,0,1135:. 0|1:90,31:121:99:.:.:426,0,2283:. 0|1:143,24:167:99:.:.:164,0,3893:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:110,49:159:99:.:.:889,0,3071:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:17,61:78:99:.:.:1426,0,297:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1404:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,31:133:99:.:.:440,0,2694:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:7,90:97:66:.:.:2161,66,0:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,151:151:99:.:.:4022,450,0:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:52,25:77:99:.:.:393,0,1348:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:82:.:.:0,82,2942:. 1|0:66,13:79:99:.:.:124,0,2183:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1200:. 0|0:46,5:51:24:1|0:564019_G_T:0,24,1943:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1181:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:59,20:79:99:.:.:312,0,1528:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1736,194,0:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1800:. 1|1:0,173:173:99:.:.:4744,518,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1109:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1749,192,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1254:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:80,83:163:99:.:.:1808,0,2031:. 1|1:0,80:80:99:.:.:2188,239,0:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,189:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:12,116:128:18:.:.:2811,18,0:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:30,0:30:69:.:.:0,69,1035:. 1|0:72,77:149:99:.:.:1697,0,1774:. 0|1:84,168:252:99:.:.:3934,0,1837:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:14,195:209:99:.:.:4844,120,0:. 0|0:53,0:53:34:.:.:0,34,1320:. 1|1:0,44:44:99:.:.:1230,132,0:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1800:. 1|0:27,11:38:99:.:.:183,0,659:. 1|0:26,26:52:99:.:.:523,0,626:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1051:. 1|1:3,117:120:99:.:.:3074,264,0:. 0|0:35,0:35:0:.:.:0,0,553:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,111,1800:. 0|1:107,110:217:99:.:.:3108,0,3242:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:.:.:4171,367,0:. 1|0:220,30:250:99:.:.:276,0,7156:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1800:. 1|1:1,205:206:99:.:.:7005,582,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1104:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,224:224:99:.:.:7682,673,0:. 1|1:0,201:201:99:.:.:6882,604,0:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:2,194:196:99:.:.:6576,515,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:136,57:193:99:.:.:1336,0,4265:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1630,144,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 1|1:0,210:210:99:.:.:7161,630,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:903,0:903:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,743:744:99:.:.:25209,2226,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1481:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:344,0:344:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:133,146:279:99:.:.:3958,0,3703:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1665:. 1|1:1,142:143:99:.:.:4560,394,0:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,223:259:99:.:.:6604,0,519:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:244,0:244:99:.:.:0,118,1800:. 1|0:16,39:55:99:.:.:1047,0,423:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,267:267:99:.:.:8681,801,0:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:52,170:222:99:.:.:5086,0,1131:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:124,127:251:99:.:.:3298,0,3430:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:3,219:222:99:.:.:6932,560,0:. 1|1:4,256:260:99:.:.:8323,664,0:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:33,70:103:99:.:.:1891,0,796:. 1|1:10,266:276:99:.:.:8479,532,0:. 1|1:6,540:546:99:.:.:16710,1422,0:. 0|1:64,102:166:99:.:.:2826,0,1741:. 1|1:6,495:501:99:.:.:15208,1338,0:. 1|1:3,229:232:99:.:.:7533,613,0:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,102,1530:. 1|0:218,41:259:99:.:.:574,0,6837:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:136,55:191:99:.:.:1159,0,3949:. 1|0:203,30:233:99:.:.:295,0,6127:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:10,143:153:99:.:.:4263,108,0:. 1|0:7,35:42:85:.:.:957,0,85:. 1|0:235,32:267:99:.:.:196,0,7360:. 1|1:7,553:560:99:.:.:17167,1422,0:. 1|1:11,242:253:99:.:.:7446,355,0:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:61,43:104:99:.:.:1075,0,1721:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:24,212:236:99:.:.:6084,0,102:. 0|0:294,0:294:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:37,85:122:99:.:.:2457,0,921:. 1|1:3,414:417:99:.:.:13350,1142,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:224,28:252:99:.:.:148,0,7091:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:74,77:151:99:.:.:2107,0,2052:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:227,73:300:99:.:.:1553,0,6955:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,289:289:99:.:.:9574,869,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1693:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,280:280:99:.:.:9473,841,0:. 1|1:0,251:251:99:.:.:8301,753,0:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,172:172:99:.:.:5775,517,0:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,166:166:99:.:.:5554,499,0:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:9,67:76:99:.:.:2036,0,102:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:270,101:371:99:.:.:2262,0,9430:. 1|0:237,92:329:99:.:.:2014,0,8012:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1494:. 0|1:185,73:258:99:.:.:1624,0,7446:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,109,1800:. 1|0:191,37:228:99:.:.:537,0,6029:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,239:239:99:.:.:7992,718,0:. 1|0:303,228:531:99:.:.:6169,0,9324:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:51,157:208:99:.:.:4538,0,1206:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1670:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,16:16:48:.:.:530,48,0:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 564041 . G T 277985 PASS FS=0.546;MQ=60.86;QD=20.58;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=Q212K;SNPEFF_CODON_CHANGE=Cag/Aag;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=RIF;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114700.1;SOR=0.706;VQSLOD=5.03;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;InbreedingCoeff=-0;NCC=1;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.01;BaseQRankSum=5.5;MQRankSum=0.364;ReadPosRankSum=0.24;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=MQ;set=snp;DP=13149488;AF=0.01;MLEAC=52;MLEAF=0.01;AN=858;AC=15 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1164:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1234:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1347:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1385:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1464:. 1|0:9,36:45:99:1|0:564033_A_C:1030,0,270:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1288:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1466:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1320:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1456:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:66:.:.:0,66,990:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,148:. 1|1:0,16:16:48:.:.:504,48,0:. 0|0:19,0:19:36:.:.:0,36,540:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1507:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,114,1360:. 0|0:190,0:190:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1376:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:36:.:.:0,36,540:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,205:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,103,1145:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:266,0:266:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1563:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1115:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1032:. 0|1:94,11:105:2:1|0:564033_A_C:2,0,3860:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,109,1477:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:60:.:.:0,60,900:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,892:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1376:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,109,1757:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:319,0:319:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1070:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1139:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1239:. 1|0:184,45:229:99:0|1:564024_C_CA:1297,0,7735:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1616:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,107,1271:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1493:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1357:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1194:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:218,0:218:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,112,1677:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1430:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,111,1763:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:31,174:205:99:.:.:4530,0,245:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:256,0:256:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:47,29:76:99:0|1:564024_C_CA:1019,0,2234:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,99,1720:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,0:184:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1454:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,104,1371:. 0|0:271,0:271:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:152,0:152:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1404:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1200:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,114,1465:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1181:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1109:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1053:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1254:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,189:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1177:. 0|0:23,0:23:62:.:.:0,62,685:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,108,1125:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,111,1244:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1104:. 1|1:0,221:221:99:.:.:7630,664,0:. 1|1:0,167:167:99:.:.:5727,501,0:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,262:263:99:.:.:9076,755,0:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1679:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,116,1800:. 1|1:0,162:162:99:.:.:5708,487,0:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:589,0:589:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:903,0:903:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:545,0:545:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1481:. 0|0:78,0:78:.:.:.:.:120 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:223,0:223:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:.:.:.:.:102 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:344,0:344:.:.:.:.:120 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:.:.:.:.:101 0|0:128,0:128:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:.:.:.:.:102 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:162,0:162:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:211,0:211:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:.:.:.:.:99 0|0:92,0:92:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:244,0:244:.:.:.:.:118 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1578:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:412,0:412:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:253,0:253:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:298,0:298:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:.:.:.:.:120 0|0:185,0:185:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:170,0:170:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:221,0:221:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:.:.:.:.:105 0|0:262,0:262:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:.:.:.:.:120 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:486,0:486:.:.:.:.:120 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:484,0:484:.:.:.:.:120 0|0:226,0:226:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:102 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:181,0:181:.:.:.:.:120 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:.:.:.:.:99 0|0:230,0:230:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:527,0:527:.:.:.:.:120 0|0:227,0:227:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:.:.:.:.:120 0|0:102,0:102:.:.:.:.:114 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:294,0:294:.:.:.:.:120 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:206,0:206:.:.:.:.:120 0|0:506,0:506:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:315,0:315:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:.:.:.:.:105 0|0:232,0:232:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:58,0:58:.:.:.:.:102 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:208,0:208:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,104,1693:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:385,0:385:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:240,0:240:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:356,0:356:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:172,0:172:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1252:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:295,0:295:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1494:. 0|0:239,0:239:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:219,0:219:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:288,0:288:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:248,0:248:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,111,1670:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,550:. 0|0:327,0:327:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. Pf3D7_01_v3 565314 . A G 384747 PASS FS=0;MQ=60.5;QD=18.19;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.672;VQSLOD=5.31;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0476;FractionInformativeReads=1;GC=33.33;GQ_MEAN=120.86;GQ_STDDEV=66.73;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0189;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.14;culprit=MQ;set=snp;DP=8736953;AF=0.017;AS_InbreedingCoeff=0.5357;MLEAC=85;MLEAF=0.017;AN=858;AC=43 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1111:. 0|0:34,0:34:71:.:.:0,71,974:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:28,0:28:53:.:.:0,53,827:. 0|0:27,0:27:49:.:.:0,49,771:. 0|0:38,0:38:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:30,0:30:57:.:.:0,57,892:. 0|0:37,0:37:58:.:.:0,58,1028:. 1|0:18,11:29:99:.:.:206,0,488:. 1|1:0,27:27:80:.:.:700,80,0:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,827:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,256:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:22,0:22:32:.:.:0,32,613:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1099:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,114,1494:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1285:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1102:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1246:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:21,80:101:99:.:.:1860,0,288:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:203,68:271:99:.:.:1046,0,5339:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1345:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1285:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,107,1038:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1198:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1634:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,619:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1030:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,110,1371:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,112,1800:. 1|1:0,127:127:99:.:.:3531,381,0:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,987:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,100,1335:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1173:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,110:110:99:.:.:2945,328,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,100,1715:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,104,1396:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,990:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1345:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,119,1666:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,109,1404:. 0|1:13,25:38:99:.:.:568,0,280:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1458:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:17:.:.:0,17,1420:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:12,0:12:18:.:.:0,18,305:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:231,0:231:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:194,0:194:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:207,0:207:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:189,0:189:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:250,0:250:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:160,0:160:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1203:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1293:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,275:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:196,0:196:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1660:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1210:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1222:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1150:. 1|0:44,110:154:99:.:.:2375,0,1030:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,119,1603:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1247:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1387:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:78,14:92:99:.:.:111,0,2082:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1045:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1328,144,0:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1224:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,339:. 0|0:153,0:153:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1174:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:161,0:161:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1314:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,116,1800:. 1|0:19,8:27:99:.:.:125,0,495:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,910:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:116,0:116:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1665:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,301:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1380:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,110,1738:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:366,0:366:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,710:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,115,1351:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:178,0:178:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,107,1800:. 1|1:0,184:184:99:.:.:5551,545,0:. 0|1:118,17:135:99:.:.:151,0,3498:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|1:122,139:261:99:.:.:3641,0,3354:. 0|0:217,0:217:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,141:142:99:.:.:4520,400,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:216,0:216:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:188,0:188:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:182,0:182:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:190,205:395:99:.:.:5174,0,5155:. 1|1:0,219:219:99:.:.:6845,657,0:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,116,1800:. 0|1:168,110:278:99:.:.:2613,0,4857:. 0|1:81,10:91:53:.:.:53,0,2544:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,208:212:99:.:.:6422,487,0:. 0|0:36,0:36:74:.:.:0,74,1198:. 0|1:253,39:292:99:.:.:379,0,7671:. 0|0:41,0:41:66:.:.:0,66,1283:. 0|1:27,196:223:99:.:.:5496,0,139:. 1|1:1,151:152:99:.:.:4386,421,0:. 0|1:81,68:149:99:.:.:1732,0,2326:. 0|1:101,69:170:99:.:.:1596,0,3013:. 1|1:3,198:201:99:.:.:5960,491,0:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:213,27:240:99:.:.:149,0,6496:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,30:88:99:.:.:694,0,1739:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:14,142:156:35:.:.:3970,0,35:. 0|0:25,0:25:40:.:.:0,40,770:. 0|0:192,0:192:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:5,187:192:99:.:.:5611,421,0:. 0|0:228,0:228:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:70,45:115:99:.:.:985,0,2046:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:129,0:129:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1525:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1523:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1201:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1160:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1346:. 1|0:8,35:43:99:.:.:1023,0,130:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,612:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:112,0:112:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1583:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:197,0:197:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1483:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:258,0:258:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1800:. Pf3D7_01_v3 565552 . C T 716064 PASS FS=0.578;MQ=59.99;QD=16.75;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.743;VQSLOD=5.64;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=28.57;InbreedingCoeff=-0;NCC=1;BaseQRankSum=4.15;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;GQ_MEAN=120.5;GQ_STDDEV=23.35;HRun=0;MQRankSum=-5.709;ReadPosRankSum=-1.262;NEGATIVE_TRAIN_SITE;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=SOR;set=snp;DP=8511262;AF=0.052;AS_InbreedingCoeff=-0.0224;MLEAC=269;MLEAF=0.052;AN=858;AC=14 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,111,1384:. 0|0:37,0:37:82:.:.:0,82,1033:. 0|0:39,0:39:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,789:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,824:. 0|0:38,0:38:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:85:.:.:0,85,1008:. 0|0:26,0:26:45:.:.:0,45,654:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,532:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,327:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:16,0:16:23:.:.:0,23,380:. 0|0:39,0:39:73:.:.:0,73,914:. 0|0:60,0:60:50:.:.:0,50,1317:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1116:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:15:.:.:0,15,347:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,299:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,114,1387:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1246:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1345:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1587:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,633:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,680:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1279:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1335:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1162:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:27,2:29:3:0|1:565498_T_TC:3,0,1067:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1118:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,110,1573:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,1016:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,109,1345:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1388:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,103,1107:. 0|0:74,6:80:65:.:.:0,65,2948:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1458:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:69:.:.:0,69,1154:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:179,0:179:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:166,0:166:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:225,0:225:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:236,0:236:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:200,16:216:61:0|1:565498_T_TC:61,0,7777:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:145,0:145:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:155,0:155:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:163,0:163:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:238,0:238:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:129,7:136:97:0|1:565522_G_T:0,97,5027:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1334:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1293:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:96,8:104:77:0|1:565498_T_TC:77,0,3872:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,207:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:148,0:148:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:155,19:174:99:0|1:565498_T_TC:364,0,6153:. 0|1:183,16:199:99:0|1:565498_T_TC:151,0,7241:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1769:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1272:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1361:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1064:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1412:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1050:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1138:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1211:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,189:. 0|0:127,0:127:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:133,0:133:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:126,10:136:99:0|1:565498_T_TC:161,0,4966:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:39,6:45:99:0|1:565498_T_TC:129,0,1559:. 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:199,0:199:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,922:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1005:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1347:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,115,1429:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1429:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:94,14:108:99:0|1:565498_T_TC:299,0,3787:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1665:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:134,11:145:95:0|1:565498_T_TC:95,0,5341:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1380:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:12,5:17:99:0|1:565498_T_TC:174,0,489:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,4:76:27:0|1:565498_T_TC:0,27,2928:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:237,0:237:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:300,0:300:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1321:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:156,0:156:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:183,0:183:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:194,17:211:66:.:.:66,0,8091:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:173,0:173:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:128,0:128:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:203,0:203:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1774:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1443:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:268,0:268:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:246,0:246:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:195,0:195:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:158,0:158:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:191,0:191:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1575:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:184,13:197:20:0|1:565498_T_TC:0,20,7371:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:78:.:.:0,78,763:. 0|0:201,0:201:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,621:. 0|0:257,0:257:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,8:148:91:.:.:0,91,5915:. 0|0:165,0:165:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:185,0:185:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:176,0:176:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,99,1690:. 0|0:164,0:164:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:41:.:.:0,41,545:. 0|0:154,0:154:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:200,0:200:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:238,33:271:99:0|1:565498_T_TC:699,0,9453:. 0|0:90,4:94:99:.:.:0,109,3943:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1525:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:28:.:.:0,28,2158:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1523:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:25,5:30:99:0|1:565507_G_A:132,0,1063:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:12,0:12:27:.:.:0,27,405:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:143,0:143:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:233,0:233:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:307,0:307:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:105,9:114:59:0|1:565498_T_TC:59,0,4224:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. Pf3D7_01_v3 569501 . T G 606296 PASS FS=0.66;MQ=59.75;QD=20.88;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=K206T;SNPEFF_CODON_CHANGE=aAa/aCa;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0114800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114800.1;SOR=0.655;VQSLOD=3.46;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0002;FractionInformativeReads=0.997;GC=14.29;GQ_MEAN=183.44;GQ_STDDEV=250.47;HRun=0;InbreedingCoeff=0.6843;MQRankSum=-0.046;NCC=0;ReadPosRankSum=-0.375;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;culprit=FS;set=snp;DP=5360700;AF=0.053;AS_InbreedingCoeff=0.9819;MLEAC=270;MLEAF=0.053;AN=854;AC=34 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:29,0:29:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1200:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,839:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1149:. 1|0:21,10:31:99:.:.:192,0,588:. 0|1:17,9:26:99:.:.:192,0,488:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1446:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1145:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,99,1297:. 0|0:20,0:20:36:.:.:0,36,540:. 0|0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1465:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1242:. 1|0:32,38:70:99:.:.:853,0,745:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,117,1631:. 0|1:38,14:52:99:.:.:245,0,1027:. 0|0:121,0:121:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:102,21:123:99:.:.:236,0,2715:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1199:. 0|0:31,0:31:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,106,1168:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,952:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1254:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,100,1681:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1254:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,1420:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,823:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1240:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1464:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1659:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1114:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,106,1512:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1271:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1285:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,996:. 1|0:50,9:59:74:0|1:569501_T_G:74,0,1411:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1011:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1181:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,869:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1444:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1107:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,101,1670:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|0:16,16:32:99:.:.:351,0,376:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,347:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1291:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1395:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1211:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1189:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:27,0:27:31:.:.:0,31,705:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,933:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1219:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,197:. 0|0:146,0:146:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1104:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,106,1779:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,112,1443:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1262:. 1|1:7,164:171:99:.:.:4435,295,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1366:. 0|1:116,44:160:99:.:.:739,0,2931:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:182,38:220:99:.:.:376,0,4681:. 0|0:149,0:149:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1302:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:11,19:30:99:.:.:441,0,213:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1345:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1676:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1649:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1239:. 1|0:102,68:170:99:.:.:1340,0,2543:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1502:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,117,1692:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1429:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1268:. 0|0:103,0:103:0:.:.:0,0,2384:. 0|0:132,0:132:0:.:.:0,0,2979:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1540:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1597:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1164:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1220:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:29,7:36:88:.:.:88,0,726:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,112,1702:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,104,1276:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,918:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1100:. 1|0:85,15:100:99:.:.:116,0,2335:. 0|0:78,0:78:28:.:.:0,28,1908:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,213:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1315:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1285:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1232:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1447:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1447:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,119,1800:. 0|1:68,20:88:99:.:.:301,0,1924:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1011:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,105,1378:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1643:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1188:. 0|1:66,14:80:99:.:.:123,0,1727:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1322:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1049:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1201:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,73:73:99:.:.:2003,219,0:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1074:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,100,1514:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,994:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,942:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1056:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1338:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,109,1220:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:55,23:78:99:.:.:371,0,1388:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1237:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,115,1697:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1114:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,971:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1115:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:10,0:10:24:.:.:0,24,360:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,345:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:150,0:150:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1575:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:29,0:29:55:.:.:0,55,794:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1083:. 1|0:84,12:96:40:.:.:40,0,2210:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:11,0:11:4:.:.:0,4,255:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,591:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1444:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1324:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1396:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1516:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1280:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1240:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:2,114:116:99:.:.:3856,277,0:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,459:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1187:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1356:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1201:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,109,1518:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1234:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1214:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,108,1319:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1471:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,17:17:51:.:.:596,51,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1233:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1157:. 0|0:44,0:44:98:.:.:0,98,1469:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1276:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1461:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1135:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1215:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,428:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1182:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1388:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1193:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,110,1403:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,107,1528:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1129:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1350:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,101,1577:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1609:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1518:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,114,1387:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,1068:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1451:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1364:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1266:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:82:.:.:0,82,1206:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1160:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1102:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,110,1471:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1272:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1236:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1345:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,225:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1287:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1139:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1432:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1523:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1203:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1755:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3713,318,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1210:. 1|1:1,180:181:99:.:.:5777,509,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,733:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1429:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1438:. 0|0:35,0:35:68:.:.:0,68,1052:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1252:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1173:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1334:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1085:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,837:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,669:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,325:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1156:. 0|1:87,33:120:99:.:.:727,0,2615:. 1|0:74,37:111:99:.:.:891,0,2235:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1495:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1163:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:93,43:136:99:.:.:979,0,2709:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1146:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1733:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,31:38:99:.:.:916,0,192:. 0|1:26,108:134:99:.:.:3139,0,615:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,100,1100:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,905:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1490:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. Pf3D7_01_v3 569595 . T C 1.18338e+07 PASS FS=0;MQ=59.99;QD=32.4;RegionType=Core;SNPEFF_AMINO_ACID_CHANGE=S175G;SNPEFF_CODON_CHANGE=Agt/Ggt;SNPEFF_EFFECT=NON_SYNONYMOUS_CODING;SNPEFF_EXON_ID=2;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=MISSENSE;SNPEFF_GENE_NAME=PF3D7_0114800;SNPEFF_IMPACT=MODERATE;SNPEFF_TRANSCRIPT_ID=PF3D7_0114800.1;SOR=0.692;VQSLOD=8.05;VariantType=SNP;CDS;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0;FractionInformativeReads=0.964;GC=42.86;GQ_MEAN=534.95;GQ_STDDEV=579.64;HRun=1;InbreedingCoeff=0.8114;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=0.326;SNPEFF_GENE_BIOTYPE=protein_coding;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=9353756;AF=0.511;AS_InbreedingCoeff=0.6388;MLEAC=2596;MLEAF=0.515;AN=838;AC=370 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:34,0:34:54:.:.:0,54,872:. 1|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:30,0:30:66:.:.:0,66,990:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|1:5,24:29:63:.:.:626,0,63:. 1|1:0,25:25:75:1|1:569595_T_C:1052,75,0:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1149:. 1|1:0,27:27:87:1|1:569595_T_C:1240,87,0:. 1|1:0,12:12:35:1|1:569595_T_C:486,35,0:. 1|1:0,28:28:84:1|1:569595_T_C:1260,84,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1143:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:23,0:23:58:.:.:0,58,636:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,98:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,308:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 1|1:0,28:28:84:1|1:569595_T_C:1235,84,0:. 0|1:41,10:51:99:.:.:120,0,1122:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1446:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,35:35:99:1|1:569595_T_C:1542,108,0:. 1|0:27,43:70:99:.:.:946,0,552:. 0|0:21,0:21:42:.:.:0,42,630:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1441:. 0|0:39,0:39:60:.:.:0,60,1056:. 0|1:59,25:84:99:0|1:569595_T_C:887,0,3129:. 1|1:0,77:77:99:1|1:569595_T_C:3390,238,0:. 1|1:0,58:58:99:.:.:1642,173,0:. 0|1:199,85:284:99:0|1:569595_T_C:2881,0,10544:. 1|1:0,56:56:99:1|1:569586_C_A:2565,184,0:. 1|0:59,64:123:99:0|1:569595_T_C:1990,0,1423:. 1|1:0,75:75:99:1|1:569595_T_C:3326,229,0:. 0|1:29,8:37:99:.:.:101,0,717:. 1|1:1,47:48:99:1|1:569595_T_C:1872,118,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,952:. 0|1:7,92:99:99:0|1:569595_T_C:3733,0,126:. 0|1:61,31:92:99:0|1:569595_T_C:1082,0,3188:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1254:. 1|1:0,211:211:99:.:.:5773,633,0:. 1|1:2,148:150:99:.:.:4029,392,0:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:36,41:77:99:0|1:569595_T_C:1459,0,822:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1000,102,0:. 1|1:0,90:90:99:1|1:569595_T_C:3984,273,0:. 1|0:6,46:52:12:0|1:569595_T_C:1588,0,12:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,945:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,105,1800:. 1|1:1,121:122:99:.:.:3361,340,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1464:. 1|1:1,75:76:99:1|1:569595_T_C:3217,175,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1379:. 0|1:47,19:66:99:0|1:569595_T_C:639,0,2289:. 0|1:74,60:134:99:0|1:569595_T_C:2301,0,3850:. 0|1:69,27:96:99:0|1:569595_T_C:860,0,3777:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1285:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1031:. 0|1:63,20:83:99:.:.:328,0,1546:. 0|1:59,32:91:99:0|1:569595_T_C:911,0,1470:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,35:35:99:.:.:940,105,0:. 1|1:0,78:78:99:1|1:569595_T_C:2939,237,0:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1113,123,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1444:. 0|1:33,44:77:99:0|1:569595_T_C:1736,0,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1107:. 1|0:105,48:153:99:.:.:854,0,2585:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1027:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,100,1064:. 0|1:39,19:58:99:0|1:569595_T_C:465,0,975:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|1:21,26:47:99:.:.:610,0,482:. 1|0:16,62:78:99:0|1:569595_T_C:2353,0,216:. 1|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1212:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1182:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,100,1395:. 1|1:0,107:107:99:.:.:3010,321,0:. 1|1:1,85:86:99:1|1:569595_T_C:3649,232,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,106,1211:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1189:. 0|1:45,36:81:99:0|1:569595_T_C:1215,0,1025:. 1|0:35,11:46:99:.:.:176,0,829:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,933:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,102,1219:. 0|1:60,76:136:99:0|1:569595_T_C:2936,0,1323:. 1|1:0,7:7:21:.:.:197,21,0:. 0|1:202,29:231:99:.:.:466,0,5134:. 1|1:0,171:171:99:1|1:569595_T_C:7552,521,0:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:6,131:137:99:.:.:3429,228,0:. 0|0:129,0:129:37:.:.:0,37,2972:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1262:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1366:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:124,118:242:99:.:.:3794,0,2832:. 1|1:2,218:220:99:.:.:5956,619,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1302:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:128,57:185:99:.:.:1027,0,3104:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,111,1800:. 1|0:13,106:119:5:0|1:569595_T_C:3994,0,5:. 0|1:113,78:191:99:0|1:569595_T_C:2854,0,5769:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:35,144:179:99:0|1:569595_T_C:5814,0,1449:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1345:. 1|1:0,131:131:99:1|1:569595_T_C:5843,400,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,110,1649:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1239:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:111,60:171:99:0|1:569595_T_C:1445,0,2630:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1502:. 1|0:30,68:98:99:.:.:1741,0,567:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,147:168:99:.:.:3528,0,116:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1429:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1268:. 1|0:121,49:170:99:0|1:569595_T_C:1613,0,6415:. 0|1:157,47:204:99:0|1:569595_T_C:1426,0,8259:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,101,1540:. 1|1:0,157:157:99:.:.:4284,470,0:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1597:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,90:91:99:1|1:569595_T_C:3997,218,0:. 1|1:1,110:111:99:1|1:569595_T_C:4860,282,0:. 0|1:98,66:164:99:0|1:569595_T_C:2483,0,5198:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1220:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1272:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1172:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:28,16:44:99:.:.:315,0,704:. 1|0:42,60:102:99:0|1:569595_T_C:2344,0,2203:. 1|1:0,129:129:99:.:.:3459,386,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1028:. 1|1:0,198:198:99:.:.:5292,593,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1100:. 1|0:61,39:100:99:.:.:1196,0,1486:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:7,172:179:99:1|1:569595_T_C:7401,335,0:. 0|1:132,29:161:99:0|1:569586_C_T:615,0,3315:. 0|1:130,22:152:99:0|1:569595_T_C:512,0,7081:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|1:109,91:200:99:0|1:569595_T_C:3484,0,5544:. 1|1:1,137:138:99:1|1:569595_T_C:6104,357,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1315:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:65,74:139:99:0|1:569595_T_C:2888,0,3372:. 0|1:90,53:143:99:.:.:1023,0,2192:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:52,78:130:99:0|1:569595_T_C:1986,0,1103:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1298:. 1|0:69,25:94:99:0|1:569595_T_C:822,0,3704:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1232:. 0|1:30,60:90:99:.:.:1419,0,640:. 0|1:94,28:122:99:0|1:569595_T_C:911,0,4759:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:66,12:78:99:.:.:108,0,1746:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1620:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1447:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,155:155:99:1|1:569595_T_C:5976,466,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,111,1665:. 1|1:0,117:117:99:1|1:569595_T_C:5134,355,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:17,106:123:99:.:.:2511,0,130:. 1|1:0,167:167:99:1|1:569595_T_C:7308,506,0:. 0|1:19,56:75:99:0|1:569595_T_C:2226,0,601:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1011:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1175:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:19,183:202:65:1|1:569595_T_C:4832,65,0:. 0|1:41,72:113:99:0|1:569595_T_C:2887,0,2002:. 0|0:124,0:124:24:.:.:0,24,2865:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1188:. 0|1:43,53:96:99:.:.:1133,0,984:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1322:. 0|1:19,39:58:99:.:.:905,0,342:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,73:73:99:1|1:569595_T_C:2921,223,0:. 0|1:41,55:96:99:0|1:569595_T_C:1587,0,930:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1267:. 1|1:0,176:176:99:1|1:569595_T_C:7891,542,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2568,289,0:. 1|0:14,43:57:99:0|1:569595_T_C:1200,0,213:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:6,72:78:99:0|1:569595_T_C:2957,0,124:. 0|1:46,23:69:99:0|1:569595_T_C:721,0,1146:. 1|1:0,42:42:99:1|1:569595_T_C:1937,135,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1193:. 0|1:156,23:179:99:0|1:569595_T_C:451,0,8593:. 0|1:16,43:59:99:.:.:915,0,286:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1056:. 0|1:24,32:56:99:0|1:569595_T_C:1018,0,527:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1318,146,0:. 1|1:0,72:72:99:1|1:569595_T_C:3134,220,0:. 0|1:60,34:94:99:.:.:615,0,1460:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1237:. 1|1:0,92:92:99:.:.:2568,276,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1261:. 1|1:0,142:142:99:1|1:569595_T_C:6076,433,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1114:. 1|0:7,107:114:5:0|1:569589_C_A:4303,0,5:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,971:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1115:. 0|1:104,57:161:99:.:.:1099,0,2528:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:6,2:8:49:0|1:569595_T_C:49,0,305:. 0|1:59,89:148:99:0|1:569595_T_C:2451,0,1297:. 1|0:41,67:108:99:.:.:1534,0,922:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,105,1575:. 1|0:80,72:152:99:.:.:1528,0,1918:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:5,185:190:99:1|1:569595_T_C:7960,272,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,30:. 1|1:2,136:138:99:1|1:569595_T_C:6014,310,0:. 0|1:104,176:280:99:.:.:4087,0,2220:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1575:. 1|1:10,193:203:9:1|1:569595_T_C:8042,9,0:. 0|0:41,0:41:68:.:.:0,68,1108:. 1|1:0,42:42:99:1|1:569595_T_C:1850,126,0:. 0|0:131,0:131:77:.:.:0,77,3035:. 0|0:87,0:87:92:.:.:0,92,2225:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1083:. 1|1:0,86:86:99:1|1:569595_T_C:3687,274,0:. 0|1:6,94:100:35:0|1:569595_T_C:3887,0,35:. 1|0:9,2:11:54:0|1:569595_T_C:54,0,541:. 1|1:0,49:49:99:1|1:569595_T_C:1901,150,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1007:. 1|1:0,115:115:99:1|1:569595_T_C:5110,355,0:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,112:112:99:1|1:569595_T_C:5138,349,0:. 1|1:0,62:62:99:1|1:569595_T_C:2732,187,0:. 1|1:0,4:4:12:1|1:569595_T_C:180,12,0:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1396:. 0|1:58,57:115:99:0|1:569595_T_C:2187,0,3860:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1280:. 1|1:0,110:110:99:1|1:569595_T_C:4933,334,0:. 0|1:132,22:154:99:0|1:569595_T_C:511,0,9120:. 1|1:0,101:101:99:1|1:569595_T_C:4575,313,0:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,20:20:60:1|1:569595_T_C:873,60,0:. 1|1:0,110:110:99:.:.:3758,331,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4697,409,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,119:119:99:1|1:569595_T_C:5433,370,0:. 1|1:0,134:134:99:.:.:4545,403,0:. 1|1:0,163:163:99:1|1:569595_T_C:7390,503,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1201:. 1|1:0,121:121:99:.:.:4120,364,0:. 1|1:1,128:129:99:1|1:569595_T_C:5673,320,0:. 1|1:0,96:96:99:1|1:569595_T_C:4394,298,0:. 1|0:95,13:108:99:.:.:133,0,3051:. 1|1:0,178:178:99:.:.:6016,535,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:569595_T_C:5105,349,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1471:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,33:33:99:1|1:569595_T_C:1439,99,0:. 1|1:0,48:48:99:.:.:2130,144,0:. 1|1:0,120:120:99:.:.:3997,360,0:. 1|1:0,111:111:99:1|1:569595_T_C:5034,346,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,151:151:99:1|1:569595_T_C:6832,467,0:. 1|1:0,78:78:99:.:.:2654,235,0:. 1|1:0,115:115:99:1|1:569595_T_C:5034,349,0:. 1|1:4,169:173:99:1|1:569595_T_C:7476,275,0:. 1|1:0,138:138:99:.:.:4673,414,0:. 1|1:0,425:425:99:1|1:569595_T_C:19065,1294,0:. 1|1:0,507:507:99:1|1:569595_T_C:22851,1550,0:. 1|1:0,451:451:99:1|1:569595_T_C:20315,1388,0:. 1|1:0,49:49:99:1|1:569595_T_C:2180,147,0:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:70,0:70:93:.:.:0,93,2075:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1285:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:4,265:269:99:1|1:569595_T_C:11478,559,0:. 1|1:1,114:115:99:1|1:569595_T_C:4996,285,0:. 1|1:0,196:196:99:1|1:569595_T_C:8688,595,0:. 1|1:0,187:187:99:1|1:569595_T_C:8381,575,0:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1800:. 0|1:124,114:238:99:0|1:569595_T_C:4442,0,7407:. 1|1:0,295:295:99:.:.:9313,881,0:. 1|1:0,141:141:99:1|1:569595_T_C:6373,430,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1129:. 1|1:0,266:266:99:.:.:11865,813,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,134:134:99:1|1:569595_T_C:6032,409,0:. 1|1:0,211:211:99:1|1:569595_T_C:9634,656,0:. 1|0:157,19:176:99:0|1:569595_T_C:348,0,9633:. 1|1:0,202:202:99:1|1:569595_T_C:8933,620,0:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:3,190:193:99:1|1:569595_T_C:8311,381,0:. 1|1:0,167:167:99:1|1:569595_T_C:7435,509,0:. 1|1:3,253:256:99:1|1:569595_T_C:11036,574,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1518:. 1|1:2,224:226:99:1|1:569595_T_C:9880,574,0:. 0|1:29,4:33:78:0|1:569595_T_C:78,0,1910:. 0|1:17,220:237:99:0|1:569595_T_C:9038,0,441:. 0|1:152,157:309:99:0|1:569595_T_C:6113,0,9349:. 0|0:210,0:210:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,220:220:99:1|1:569595_T_C:9698,665,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1575:. 0|1:65,198:263:99:0|1:569595_T_C:8078,0,3105:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1157:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,101,1266:. 1|1:2,200:202:99:1|1:569595_T_C:8752,461,0:. 1|1:3,59:62:99:1|1:569595_T_C:2559,114,0:. 1|0:32,8:40:99:.:.:180,0,980:. 0|0:33,3:36:18:.:.:0,18,967:. 1|1:3,186:189:99:1|1:569595_T_C:8121,475,0:. 1|1:0,278:278:99:.:.:12426,846,0:. 0|1:66,70:136:99:0|1:569595_T_C:2748,0,3999:. 0|1:152,116:268:99:0|1:569595_T_C:4339,0,4200:. 1|1:1,192:193:99:1|1:569595_T_C:8488,513,0:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:25,27:52:99:.:.:956,0,649:. 1|1:0,181:181:99:.:.:5845,543,0:. 1|1:0,92:92:99:1|1:569595_T_C:3272,276,0:. 0|1:88,102:190:99:0|1:569595_T_C:3999,0,5596:. 1|1:1,77:78:99:1|1:569595_T_C:3412,233,0:. 0|1:13,131:144:99:0|1:569595_T_C:5391,0,400:. 0|1:2,19:21:73:0|1:569595_T_C:792,0,73:. 1|0:193,35:228:99:0|1:569595_T_C:764,0,5907:. 1|1:3,235:238:99:1|1:569595_T_C:10335,629,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:7,18:25:99:.:.:633,0,171:. 0|1:10,68:78:90:0|1:569595_T_C:2484,0,90:. 1|1:8,198:206:99:.:.:6399,333,0:. 1|1:4,167:171:99:1|1:569595_T_C:7137,396,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,106,1523:. 0|1:122,26:148:99:0|1:569595_T_C:669,0,7299:. 1|0:102,165:267:99:.:.:4589,0,2601:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,107,1755:. 1|1:0,389:389:99:1|1:569595_T_C:17487,1192,0:. 0|1:23,43:66:99:0|1:569595_T_C:1696,0,1288:. 1|1:5,322:327:99:1|1:569595_T_C:14316,848,0:. 1|1:1,207:208:99:.:.:6692,590,0:. 1|1:4,190:194:99:1|1:569595_T_C:8385,336,0:. 1|1:0,313:313:99:.:.:10134,939,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,102:102:99:1|1:569595_T_C:4589,313,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:0,150:150:99:1|1:569586_C_T:6648,457,0:. 1|1:0,112:112:99:1|1:569595_T_C:4960,340,0:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1429:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1438:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1643,147,0:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1418,129,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1252:. 1|1:4,146:150:99:1|1:569595_T_C:6259,185,0:. 1|1:0,118:118:99:1|1:569595_T_C:5302,358,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1334:. 0|1:10,184:194:73:0|1:569595_T_C:7830,0,73:. 1|1:2,210:212:99:1|1:569586_C_T:9105,538,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1175:. 1|1:0,92:92:99:1|1:569595_T_C:4127,280,0:. 1|1:0,63:63:99:1|1:569586_C_T:2766,193,0:. 1|0:10,33:43:99:0|1:569595_T_C:1428,0,497:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,603:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:142,70:212:99:0|1:569595_T_C:2401,0,8466:. 1|0:168,53:221:99:0|1:569595_T_C:1671,0,10659:. 1|1:0,21:21:66:1|1:569595_T_C:965,66,0:. 1|1:1,179:180:99:1|1:569595_T_C:7967,477,0:. 0|1:186,39:225:99:0|1:569595_T_C:1084,0,11046:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:59,131:190:99:0|1:569595_T_C:5234,0,3291:. 0|1:137,28:165:99:0|1:569595_T_C:726,0,8566:. 1|1:0,134:134:99:1|1:569595_T_C:4653,402,0:. 1|1:0,136:136:99:.:.:4476,409,0:. 0|1:17,331:348:99:0|1:569595_T_C:13810,0,127:. 1|1:0,155:155:99:1|1:569595_T_C:6930,473,0:. 1|1:0,399:399:99:1|1:569595_T_C:15221,1212,0:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1460,126,0:. 1|1:0,147:147:99:.:.:4922,442,0:. 1|1:0,541:541:99:.:.:17876,1626,0:. 1|0:112,37:149:99:0|1:569595_T_C:1198,0,5981:. 1|1:0,208:208:99:.:.:6821,624,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1415:. 1|1:0,24:24:72:1|1:569595_T_C:1059,72,0:. 1|1:0,265:265:99:1|1:569595_T_C:11867,810,0:. 1|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. Pf3D7_01_v3 571245 . T G 1.53355e+06 PASS FS=0;MQ=60.48;QD=23.47;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.69;VQSLOD=4.42;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.995;GC=0;GQ_MEAN=271.46;GQ_STDDEV=373.01;HRun=0;InbreedingCoeff=0.5862;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.081;culprit=FS;set=snp;DP=3438836;AF=0.184;AS_InbreedingCoeff=0.6;MLEAC=908;MLEAF=0.188;AN=832;AC=199 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1131:. 1|0:29,15:44:99:0|1:571245_T_G:289,0,813:. 0|0:33,0:33:68:.:.:0,68,1020:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:18,4:22:54:.:.:54,0,521:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,28:28:84:.:.:822,84,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 1|1:1,30:31:61:.:.:822,61,0:. 0|0:21,0:21:51:.:.:0,51,765:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 1|0:6,12:18:99:.:.:292,0,143:. 1|1:0,17:17:51:.:.:488,51,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,146:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:9,0:9:21:.:.:0,21,315:. 1|1:0,28:28:84:.:.:796,84,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1242:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1513:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1198:. 1|1:0,17:17:51:.:.:473,51,0:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 1|0:23,37:60:99:.:.:783,0,689:. 0|0:18,0:18:12:.:.:0,12,457:. 0|0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1182:. 1|1:2,43:45:99:.:.:1158,115,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,959:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:30,21:51:99:.:.:443,0,812:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 1|0:78,21:99:99:.:.:276,0,2450:. 1|1:0,39:39:99:.:.:1072,117,0:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,431:. 0|1:20,24:44:99:.:.:505,0,483:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,935:. 0|0:33,0:33:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,108,1110:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1449:. 1|1:2,61:63:99:.:.:1592,126,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,112,1278:. 1|0:17,18:35:99:.:.:390,0,466:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,501:. 1|1:0,28:28:84:.:.:794,84,0:. 1|0:7,13:20:99:0|1:571245_T_G:285,0,231:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,603:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1763:. 1|0:47,16:63:99:.:.:267,0,1243:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1092:. 1|1:3,37:40:48:.:.:939,48,0:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1061:. 1|1:0,35:35:99:.:.:997,105,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,918:. 0|1:25,30:55:99:.:.:658,0,652:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,157:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1560:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,954:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,558:. 0|1:31,13:44:99:.:.:225,0,1091:. 0|1:6,19:25:99:.:.:420,0,116:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1463:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,367:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,923:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,565:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:24,0:24:44:.:.:0,44,695:. 0|0:63,0:63:76:.:.:0,76,1709:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:38,28:66:99:.:.:526,0,943:. 1|0:51,7:58:22:.:.:22,0,2006:. 1|1:0,24:24:72:.:.:607,72,0:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:19,0:19:32:.:.:0,32,539:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,652:. 1|0:10,7:17:99:0|1:571245_T_G:146,0,399:. 0|1:9,14:23:99:.:.:316,0,210:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 1|1:0,24:24:72:.:.:652,72,0:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1289:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1296,152,0:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1702,185,0:. 0|0:23,0:23:43:.:.:0,43,665:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 1|1:0,62:62:99:.:.:1706,185,0:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1299:. 0|1:37,21:58:99:.:.:375,0,1111:. 1|0:8,5:13:91:.:.:91,0,213:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,909:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:35,28:63:99:.:.:571,0,822:. 0|0:1,0:1:.:.:.:.:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,110,966:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1147:. 0|1:57,15:72:99:.:.:185,0,1521:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,17:35:99:.:.:339,0,454:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,104,1800:. 0|1:15,60:75:99:0|1:571245_T_G:1427,0,383:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2266,256,0:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1331,147,0:. 0|1:124,23:147:99:.:.:147,0,3359:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3374,362,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 1|1:1,133:134:99:.:.:3495,389,0:. 0|1:17,41:58:99:.:.:960,0,353:. 1|1:0,97:97:99:.:.:2683,291,0:. 0|1:24,29:53:99:.:.:627,0,655:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:71:.:.:0,71,857:. 0|1:85,11:96:26:.:.:26,0,3514:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1013:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1091:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1389:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1262:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,990:. 0|1:26,46:72:99:.:.:1049,0,541:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1031:. 1|1:0,57:57:99:1|1:571226_G_A:2321,171,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,102,1370:. 1|0:25,39:64:99:.:.:870,0,577:. 1|0:21,4:25:16:.:.:16,0,865:. 0|1:62,12:74:99:.:.:114,0,1585:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1221:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:23,41:64:99:.:.:898,0,551:. 1|0:34,29:63:99:.:.:582,0,805:. 1|1:0,49:49:99:.:.:1294,147,0:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,37:37:99:.:.:956,110,0:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1452,159,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1088:. 0|1:7,59:66:99:.:.:1433,0,104:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,951:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1226,135,0:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1071:. 0|1:13,7:20:99:.:.:136,0,349:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1210:. 1|1:0,15:15:45:.:.:406,45,0:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1380:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1203:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:3,77:80:99:.:.:2045,147,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1191:. 0|1:28,19:47:99:.:.:365,0,813:. 0|1:29,9:38:99:0|1:571245_T_G:135,0,1154:. 0|1:11,78:89:98:.:.:1924,0,98:. 0|1:50,34:84:99:0|1:571245_T_G:693,0,1346:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,107,1341:. 1|1:2,77:79:99:.:.:2022,187,0:. 1|1:0,5:5:15:.:.:144,15,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1312:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1148:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1013:. 1|1:0,53:53:99:.:.:1445,159,0:. 1|0:12,22:34:99:.:.:458,0,282:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,106,1203:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|1:50,34:84:99:.:.:689,0,1390:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1119:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1080,119,0:. 0|1:4,26:30:20:.:.:623,0,20:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1162:. 1|0:14,29:43:99:0|1:571245_T_G:1142,0,380:. 0|1:74,12:86:68:.:.:68,0,2184:. 0|0:34,0:34:73:.:.:0,73,954:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1241:. 1|1:0,26:26:78:.:.:710,78,0:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1800:. 0|1:32,45:77:99:.:.:983,0,780:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1176:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 1|0:65,53:118:99:.:.:1068,0,1636:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 1|1:0,64:64:99:.:.:1680,192,0:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 1|1:0,30:30:90:.:.:828,90,0:. 0|0:22,0:22:63:.:.:0,63,682:. 1|1:0,25:25:75:.:.:669,75,0:. 1|0:19,58:77:99:.:.:1299,0,500:. 0|0:30,0:30:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1086:. 1|1:0,61:61:99:.:.:1565,181,0:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1178:. 0|1:32,7:39:71:0|1:571245_T_G:71,0,1308:. 0|0:13,0:13:0:.:.:0,0,284:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1156:. 0|1:8,14:22:99:.:.:316,0,175:. 0|1:49,13:62:99:.:.:162,0,1359:. 1|1:0,51:51:99:.:.:1358,152,0:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 1|1:0,74:74:99:.:.:2060,221,0:. 0|1:40,49:89:99:.:.:1032,0,991:. 1|1:1,47:48:99:.:.:1215,112,0:. 1|0:13,11:24:99:0|1:571245_T_G:230,0,387:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1232:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1203:. 0|0:22,1:23:40:.:.:0,40,752:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,540:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1656:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,832:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,961:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,731:. 1|1:0,27:27:81:.:.:743,81,0:. 0|1:23,22:45:99:.:.:453,0,545:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1681:. 0|0:40,0:40:63:.:.:0,63,1094:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1394:. 1|1:0,96:96:99:.:.:2573,290,0:. 0|0:24,0:24:66:.:.:0,66,990:. 0|1:13,56:69:99:.:.:1357,0,204:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1225:. 1|1:0,20:20:60:.:.:536,60,0:. 0|0:36,0:36:79:.:.:0,79,1030:. 0|1:51,45:96:99:.:.:948,0,1298:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1074:. 0|1:4,0:4:12:.:.:0,12,125:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1246:. 0|1:33,38:71:99:.:.:846,0,781:. 1|1:0,75:75:99:.:.:2176,225,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1287:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,109,1800:. 1|1:1,24:25:44:.:.:647,44,0:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,444:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1077:. 1|1:7,92:99:55:.:.:2320,55,0:. 0|1:12,4:16:64:.:.:64,0,335:. 1|1:0,24:24:72:.:.:644,72,0:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,1209:. 0|1:50,6:56:2:0|1:571245_T_G:2,0,1737:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1202:. 0|0:59,4:63:87:.:.:0,87,2525:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,113,1544:. 0|1:2,4:6:48:.:.:91,0,48:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,604:. 1|1:0,20:20:60:.:.:535,60,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1510,164,0:. 1|1:0,15:15:45:1|1:571245_T_G:647,45,0:. 1|1:0,28:28:84:.:.:937,84,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,848:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,73:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,875:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,777:. 0|0:40,0:40:73:.:.:0,73,1344:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,573:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1363:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,930:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1290:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,749:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,671:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,707:. 1|1:0,34:34:99:.:.:1080,102,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,391:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,813:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1253:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,1125:. 1|0:14,17:31:99:0|1:571245_T_G:493,0,500:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,690:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1192:. 1|1:0,16:16:48:.:.:546,48,0:. 1|1:0,15:15:45:.:.:544,45,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1325:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,324:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,361:. 0|0:18,0:18:54:.:.:0,54,624:. 1|1:0,30:30:90:.:.:1030,90,0:. 1|1:0,29:29:87:.:.:1036,87,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,560:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,430:. 1|1:1,20:21:25:.:.:632,25,0:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,1040:. 1|1:0,66:66:99:.:.:2313,199,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,168:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,142:. 1|1:0,5:5:15:.:.:146,15,0:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,969:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1181:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,436:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1311:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1165:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,21:21:63:.:.:704,63,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,561:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1110:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,244:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:80,0:80:46:.:.:0,46,2409:. 1|0:80,11:91:55:.:.:55,0,3332:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1193:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1064:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1528:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1103:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1152:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,169:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1300:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,384:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,394:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1493:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1107:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1415:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1236:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:23,80:103:99:.:.:2231,0,421:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1158:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,81:. 1|1:1,64:65:99:.:.:2082,159,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,88:. 0|0:37,0:37:75:.:.:0,75,1193:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,28:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1178:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,553:. 1|0:31,19:50:99:0|1:571245_T_G:431,0,1199:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,422:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1131:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1220:. 0|1:29,3:32:7:.:.:7,0,964:. 0|0:44,0:44:12:.:.:0,12,180:. 0|0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0|1:54,40:94:99:.:.:974,0,1530:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1080:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:0,2:2:6:.:.:70,6,0:. 0|1:24,74:98:99:.:.:2110,0,542:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,509:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,199:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,932:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,184:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1089:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,304:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1307:. 1|1:0,89:89:99:.:.:3141,268,0:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,412:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1113:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,345:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 1|1:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 1|0:9,8:17:99:.:.:205,0,354:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,815:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,663:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,457:. 1|0:4,29:33:81:.:.:824,0,81:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,674:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,320:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,286:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,642:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1118:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1174:. 0|0:32,0:32:96:.:.:0,96,1038:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1071:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1315:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,306:. 1|1:0,22:22:66:.:.:697,66,0:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,369:. 0|1:4,5:9:97:.:.:126,0,97:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,115:. 1|1:0,46:46:99:.:.:1500,138,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1094:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1196:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:34,0:34:0:.:.:0,0,738:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1052:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,417:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:11:.:.:0,11,476:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,829:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,283:. 1|0:70,66:136:99:.:.:1822,0,2055:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,801:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1289:. 0|1:16,35:51:99:0|1:571245_T_G:999,0,567:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,310:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,131:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1087:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. Pf3D7_01_v3 571261 . T C 832992 PASS FS=0;MQ=60.89;QD=20.44;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.712;VQSLOD=6.75;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.0001;FractionInformativeReads=0.997;GC=9.52;GQ_MEAN=253.69;GQ_STDDEV=396.65;HRun=0;InbreedingCoeff=0.631;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.891;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=3809351;AF=0.104;AS_InbreedingCoeff=-0.0588;MLEAC=512;MLEAF=0.105;AN=832;AC=104 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1577,165,0:. 0|0:40,3:43:42:1|0:571245_T_G:0,42,1340:. 1|0:31,7:38:94:.:.:94,0,894:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1013:. 0|0:28,0:28:42:.:.:0,42,802:. 0|0:27,0:27:66:.:.:0,66,990:. 0|0:26,0:26:53:.:.:0,53,790:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:10,32:42:99:.:.:807,0,198:. 0|0:25,0:25:15:.:.:0,15,690:. 0|0:32,0:32:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:23,0:23:54:.:.:0,54,810:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:11,0:11:30:.:.:0,30,450:. 0|0:25,0:25:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:62,0:62:0:.:.:0,0,1455:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,103,1513:. 1|1:0,93:93:99:.:.:2459,278,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,695:. 0|0:37,0:37:89:.:.:0,89,1016:. 0|1:42,19:61:99:.:.:324,0,1540:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,510:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,117:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1182:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1271:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,959:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,101,1230:. 0|1:41,134:175:99:.:.:3084,0,718:. 1|1:0,52:52:99:.:.:1404,154,0:. 0|1:89,15:104:90:.:.:90,0,2830:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1131:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,528:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,910:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:34,14:48:99:0|1:571261_T_C:216,0,1136:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,110,1449:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,35:56:99:.:.:798,0,492:. 0|0:36,4:40:8:.:.:0,8,1280:. 0|0:20,0:20:51:.:.:0,51,765:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,624:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,603:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1763:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1123:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1061:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,108,1322:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,918:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:42:.:.:0,42,630:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1560:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,954:. 0|0:23,0:23:57:.:.:0,57,855:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,119,1318:. 0|0:25,0:25:66:.:.:0,66,990:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1463:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,323:. 0|1:45,26:71:99:.:.:496,0,1180:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,686:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,937:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,52:60:99:.:.:1288,0,156:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:19,0:19:48:.:.:0,48,720:. 0|0:28,0:28:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|1:7,13:20:99:1|0:571245_T_G:294,0,266:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,651:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,996:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,104,1289:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,686:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,99,1530:. 0|1:36,13:49:99:.:.:204,0,940:. 0|1:44,14:58:99:.:.:211,0,1379:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1051:. 0|1:52,20:72:99:.:.:304,0,1371:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,110,966:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1147:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1022:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,104,1800:. 1|0:73,12:85:66:1|0:571245_T_G:66,0,2822:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1049:. 0|0:136,0:136:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,4:60:72:.:.:0,72,1981:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,9:30:99:.:.:161,0,543:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1013:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1144:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1389:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,116,1262:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,990:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:77:.:.:0,77,1750:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:46,47:93:99:.:.:994,0,1104:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:8,27:35:99:.:.:579,0,188:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,100,1221:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,117,1137:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1088:. 0|0:69,8:77:16:.:.:0,16,2673:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,951:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,996:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,761:. 0|0:33,0:33:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,968:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1071:. 0|0:22,0:22:48:.:.:0,48,720:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1210:. 0|0:20,0:20:33:.:.:0,33,531:. 1|1:0,117:117:99:.:.:3025,350,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1203:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,116,1191:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:16,28:44:99:1|0:571245_T_G:615,0,462:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:81,9:90:24:1|0:571245_T_G:0,24,2640:. 1|0:88,20:108:99:.:.:221,0,2362:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,142:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,111,1312:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,105,1148:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1013:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1295:. 0|1:40,35:75:99:.:.:752,0,973:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:30,0:30:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1119:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1162:. 0|1:20,37:57:99:.:.:804,0,795:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:22,18:40:99:.:.:370,0,544:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1241:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1018:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1176:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:41,9:50:87:.:.:87,0,1105:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1303:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,693:. 0|1:74,12:86:51:.:.:51,0,2792:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1086:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1705:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1146:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1156:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,752:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1395:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:21,6:27:70:1|0:571245_T_G:70,0,703:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,103,1232:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,100,1203:. 0|1:22,8:30:99:.:.:127,0,614:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1068:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1656:. 0|0:34,0:34:49:.:.:0,49,945:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,988:. 0|1:19,10:29:99:.:.:177,0,481:. 1|1:0,28:28:84:.:.:772,84,0:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,118,1681:. 0|0:53,0:53:81:.:.:0,81,1407:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1394:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,742:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1225:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1112:. 0|1:87,22:109:99:.:.:273,0,2338:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1074:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,70:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1246:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:82,15:97:92:.:.:92,0,2161:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1287:. 1|1:1,117:118:99:.:.:3176,321,0:. 0|0:28,0:28:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:42,21:63:99:.:.:371,0,1072:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,512:. 0|0:26,0:26:49:.:.:0,49,732:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:35,27:62:99:1|0:571245_T_G:582,0,990:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1202:. 0|1:5,62:67:12:.:.:1505,0,12:. 1|1:3,79:82:99:.:.:2036,110,0:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,237:. 0|1:10,12:22:99:.:.:262,0,247:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,713:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,103,1800:. 1|1:0,16:16:48:1|1:571245_T_G:679,48,0:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,949:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,216:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1000:. 0|0:26,0:26:8:.:.:0,8,788:. 1|1:0,42:42:99:.:.:1433,126,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,799:. 0|1:4,38:42:19:.:.:1151,0,19:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1150:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1558,140,0:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,749:. 1|1:0,28:28:84:.:.:949,84,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,866:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1104:. 1|1:0,12:12:36:.:.:417,36,0:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,881:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1253:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:24,12:36:99:1|0:571245_T_G:299,0,910:. 0|0:26,0:26:75:.:.:0,75,938:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1192:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,556:. 1|1:0,48:48:99:.:.:1605,144,0:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,548:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1330:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1161:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1128:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,138:. 0|1:0,4:4:12:.:.:138,12,0:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1155:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1181:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,604:. 1|1:5,50:55:5:.:.:1410,5,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1165:. 1|1:0,121:121:99:.:.:3841,364,0:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,821:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1250:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,654:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1097:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1101:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,392:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,99:112:99:.:.:2604,0,227:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1183:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1186:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1193:. 1|1:0,79:79:99:.:.:2531,237,0:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1528:. 0|1:23,104:127:99:.:.:2881,0,376:. 0|0:87,0:87:91:.:.:0,91,2522:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,391:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,514:. 0|0:19,0:19:7:.:.:0,7,464:. 0|1:109,12:121:37:.:.:37,0,3365:. 0|1:76,61:137:99:.:.:1468,0,2188:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1415:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1236:. 1|1:0,126:126:99:.:.:3929,377,0:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1158:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,131:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1215:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,120,1800:. 1|0:0,3:3:9:.:.:101,9,0:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,29:. 0|1:75,16:91:99:.:.:193,0,2072:. 1|1:0,19:19:57:.:.:620,57,0:. 0|1:40,21:61:99:1|0:571245_T_G:518,0,1411:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,564:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1131:. 1|1:0,70:70:99:.:.:2156,209,0:. 0|0:40,2:42:77:.:.:0,77,1390:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:7,3:10:70:1|0:571247_AATATT_A:70,0,285:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1080:. 0|1:23,40:63:99:.:.:1062,0,529:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,64:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,16:16:48:.:.:499,48,0:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1182:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1140:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,249:. 0|1:27,11:38:99:.:.:246,0,772:. 0|0:100,0:100:63:.:.:0,63,2857:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,296:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1110:. 0|1:5,8:13:99:.:.:217,0,120:. 1|1:8,182:190:99:.:.:5406,308,0:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1113:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,419:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,152:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,947:. 0|1:12,14:26:99:.:.:369,0,396:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,894:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1060:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,711:. 0|0:19,0:19:51:.:.:0,51,765:. 0|1:37,5:42:26:.:.:26,0,1396:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1128:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,897:. 0|0:35,0:35:93:.:.:0,93,1395:. 1|1:0,11:11:33:.:.:363,33,0:. 1|1:0,12:12:36:.:.:364,36,0:. 1|1:0,24:24:72:.:.:787,72,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1448,141,0:. 1|1:0,54:54:99:.:.:1634,162,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1063:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1071:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1315:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1141:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,323:. 0|0:24,0:24:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,394:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,391:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:18,35:53:99:.:.:955,0,470:. 0|1:16,39:55:99:.:.:1058,0,370:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,36:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:7,56:63:43:.:.:1571,0,43:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|1:7,31:38:99:.:.:841,0,143:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,583:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1164:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,398:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,111,1289:. 1|0:46,21:67:99:1|0:571245_T_G:447,0,1742:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1174:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,112:. 0|0:55,0:55:65:.:.:0,65,1607:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. Pf3D7_01_v3 572954 . C T 104640 PASS FS=0;MQ=59.65;QD=23.02;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.696;VQSLOD=5.22;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.51;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=1;GC=14.29;GQ_MEAN=141.61;GQ_STDDEV=202.11;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.0087;MQRankSum=0;NCC=0;ReadPosRankSum=0.773;culprit=MQ;set=snp;DP=3531723;AF=0.009503;AS_InbreedingCoeff=0.5903;MLEAC=38;MLEAF=0.007683;AN=836;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1079:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:13,0:13:30:.:.:0,30,450:. 1|1:1,21:22:35:.:.:630,35,0:. 0|0:36,0:36:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,809:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:26,0:26:63:.:.:0,63,904:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,88:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,178:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,101,1300:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,110,1138:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,629:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1076:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,106,1172:. 0|0:7,0:7:2:.:.:0,2,151:. 0|0:9,0:9:18:.:.:0,18,270:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,636:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1122:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,109,1550:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1084:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1126:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,101,1750:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1144:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,986:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1035:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1034:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1248:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1369:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1750:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1349:. 0|0:34,0:34:82:.:.:0,82,896:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1222:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,925:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,470:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1200:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1130:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1185:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,108,1363:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1285:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1251:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,104,1215:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,488:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,100,1249:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1447:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,103,1422:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,473:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,101,1242:. 0|0:28,0:28:72:.:.:0,72,699:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1416:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,107,1352:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,432:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,593:. 1|1:0,22:22:66:.:.:689,66,0:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1092:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,669:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1181:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,114,1535:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1096:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,101,1530:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1414:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,105,1780:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1117:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1484:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,55:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1480:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1367:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,110,1622:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,115,1178:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,115,1272:. 0|0:89,0:89:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1755:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,101,1333:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1102:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,110,1381:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,111,1534:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,120,1137:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1142:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1137:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1307:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,114,1340:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,101,1239:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,105,1389:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1164:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,101,1098:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1129:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,118,1590:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1432:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,115,1438:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,116,1364:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1227:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,100,1020:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,106,1295:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,107,1465:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1151:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1221:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,101,1450:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,104,1092:. 0|0:18,0:18:48:.:.:0,48,720:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,107,1272:. 1|1:3,73:76:99:.:.:2130,152,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,114,1635:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,112,1448:. 0|1:52,7:59:46:.:.:46,0,1279:. 0|1:33,31:64:99:.:.:778,0,760:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,109,1484:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1564:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,86:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1528:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1443:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1114:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1063:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1231:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,107,1756:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1250:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,103,1148:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,102,1472:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1206:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1235:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1235:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,118,1637:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,113,1277:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1192:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,113,1341:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,100,1398:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1026:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1158:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1348:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,110,1203:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1134:. 0|0:32,0:32:4:.:.:0,4,672:. 0|0:32,0:32:93:.:.:0,93,962:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1391:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1010:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,108,1295:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1374:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1389:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,101,1111:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,986:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1269:. 0|0:34,0:34:87:.:.:0,87,1305:. 1|0:20,6:26:99:.:.:109,0,430:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:27,0:27:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,106,1138:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1166:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:24,0:24:62:.:.:0,62,679:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1070:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,118,1699:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1180:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,178:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,105,1448:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,119,1495:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:93,0:93:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1203:. 0|0:22,0:22:57:.:.:0,57,855:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1210:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1423:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,112,1312:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,114,1785:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:17,0:17:51:.:.:0,51,501:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,114,1452:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,346:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1427:. 0|0:32,0:32:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,103,1557:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1241:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,111,1333:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,108,1607:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,932:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,823:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,104,1300:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1220:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,102,1239:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1390:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1355:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1300:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,326:. 0|0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1327:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,368:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:33,0:33:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1327:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1127:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1374:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,114,1540:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,136:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,136:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:8,0:8:1:.:.:0,1,153:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1445:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:11,0:11:0:.:.:0,0,167:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,106,1489:. 0|0:31,0:31:73:.:.:0,73,816:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1133:. 0|0:36,0:36:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:16,0:16:0:.:.:0,0,324:. 0|0:22,0:22:54:.:.:0,54,810:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,107,1425:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,107,1374:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,103,1665:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1396:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,110,1707:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,99,1263:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,100,1155:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,101,1167:. 0|0:16,0:16:26:.:.:0,26,360:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:14,0:14:42:.:.:0,42,440:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1607:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,104,1722:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1151:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,104,1285:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,113,1579:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1408:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,45:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1176:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1224:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,115:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1158:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:61:.:.:0,61,928:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1664:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,132:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,115,1363:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1400:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1348:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,101,1173:. 0|0:5,0:5:0:.:.:0,0,100:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:13,74:87:99:.:.:2184,0,109:. 0|0:11,0:11:11:.:.:0,11,282:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1369:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,108,1197:. 0|0:9,0:9:26:.:.:0,26,210:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1326:. 0|0:8,0:8:23:.:.:0,23,205:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,116,1412:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,948:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1185:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,57:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1140:. 0|0:14,0:14:21:.:.:0,21,364:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,779:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,102,1366:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,105,1570:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1081:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1218:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,102,1172:. 0|0:16,0:16:39:.:.:0,39,585:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1117:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1468:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1328:. 0|0:30,0:30:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,102,1171:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1346:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,622:. 0|0:20,0:20:54:.:.:0,54,810:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,875:. 0|0:9,0:9:27:.:.:0,27,310:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,102,1306:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1124:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,105,1329:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,180:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1253:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1119:. 1|1:1,55:56:99:.:.:1778,132,0:. 0|0:33,0:33:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1347:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,103,1254:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,104,1431:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1411:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,326:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,105,1227:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1179:. Pf3D7_01_v3 573649 . G T 1.24617e+07 PASS FS=0;MQ=57.92;QD=28.08;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.853;VQSLOD=5.56;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=1.19;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.0103;FractionInformativeReads=0.899;GC=14.29;GQ_MEAN=235.95;GQ_STDDEV=136.75;HRun=0;InbreedingCoeff=-0;MQRankSum=-0.19;NCC=1;ReadPosRankSum=1.4;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=5516822;AF=0.988;AS_InbreedingCoeff=-0.0286;MLEAC=4605;MLEAF=0.991;AN=834;AC=828 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1|1:0,33:33:99:1|1:573644_C_T:1458,99,0 1|1:0,47:47:99:1|1:573644_C_T:2098,141,0 1|1:0,26:26:78:1|1:573644_C_T:1096,78,0 1|1:0,32:32:96:1|1:573644_C_T:1416,96,0 1|1:0,40:40:99:1|1:573644_C_T:1760,120,0 1|1:0,17:17:51:1|1:573644_C_T:752,51,0 1|1:0,35:35:99:1|1:573644_C_T:1638,111,0 1|1:0,40:40:99:1|1:573644_C_T:1706,120,0 1|1:0,55:55:99:1|1:573644_C_T:2414,169,0 1|1:0,52:52:99:1|1:573644_C_T:2212,156,0 1|1:0,25:25:75:1|1:573644_C_T:1099,75,0 1|1:0,39:39:99:1|1:573644_C_T:1733,120,0 1|1:0,41:41:99:1|1:573644_C_T:1842,126,0 1|1:0,20:20:60:1|1:573644_C_T:856,60,0 1|1:0,26:26:78:1|1:573644_C_T:1158,78,0 1|1:0,28:28:87:1|1:573644_C_T:1233,87,0 1|1:0,6:6:18:1|1:573644_C_T:238,18,0 1|1:0,15:15:45:1|1:573644_C_T:637,45,0 1|1:0,10:10:30:1|1:573644_C_T:450,30,0 1|1:0,23:23:69:1|1:573644_C_T:997,69,0 1|1:0,48:48:99:1|1:573644_C_T:2102,144,0 1|1:0,56:56:99:1|1:573644_C_T:2478,172,0 1|1:0,69:69:99:1|1:573644_C_T:2899,207,0 1|1:0,28:28:84:1|1:573644_C_T:1200,84,0 1|1:0,35:35:99:1|1:573644_C_T:1531,105,0 1|1:0,48:48:99:1|1:573644_C_T:2059,147,0 1|1:0,10:10:30:1|1:573644_C_T:450,30,0 1|1:4,0:4:.:.:.:. 1|1:0,31:31:93:1|1:573644_C_T:1370,93,0 1|1:0,28:28:84:1|1:573644_C_T:1246,84,0 1|1:0,38:38:99:1|1:573644_C_T:1647,114,0 1|1:0,75:75:99:1|1:573644_C_T:3193,226,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1563,108,0 1|1:0,162:162:99:1|1:573644_C_T:6897,487,0 1|1:0,20:20:60:1|1:573644_C_T:873,60,0 1|1:0,79:79:99:1|1:573644_C_T:3444,238,0 1|1:0,45:45:99:1|1:573644_C_T:1934,138,0 1|1:0,21:21:63:1|1:573644_C_T:914,63,0 1|1:0,45:45:99:1|1:573644_C_T:1937,135,0 1|1:0,20:20:60:1|1:573644_C_T:885,60,0 1|1:0,54:54:99:1|1:573644_C_T:2311,162,0 1|1:0,49:49:99:1|1:573644_C_T:2111,147,0 1|1:0,29:29:90:1|1:573644_C_T:1333,90,0 1|1:0,50:50:99:1|1:573644_C_T:2155,150,0 1|1:0,62:62:99:1|1:573644_C_T:2712,187,0 1|1:0,45:45:99:1|1:573644_C_T:1919,135,0 1|1:0,39:39:99:1|1:573644_C_T:1647,117,0 1|1:0,23:23:69:1|1:573644_C_T:1021,69,0 1|1:0,38:38:99:1|1:573644_C_T:1681,114,0 1|1:0,29:29:87:1|1:573644_C_T:1290,87,0 1|1:0,41:41:99:1|1:573644_C_T:1792,123,0 1|1:0,15:15:45:1|1:573644_C_T:675,45,0 1|1:78,0:78:.:.:.:. 1|0:23,92:115:99:0|1:573644_C_T:3640,0,1489 1|1:0,56:56:99:1|1:573644_C_T:2463,169,0 1|1:0,46:46:99:1|1:573644_C_T:1999,141,0 1|1:0,46:46:99:1|1:573644_C_T:2023,138,0 1|1:0,37:37:99:1|1:573644_C_T:1696,114,0 1|1:0,34:34:99:1|1:573644_C_T:1359,101,0 1|1:0,39:39:99:1|1:573644_C_T:1735,120,0 1|1:0,74:74:99:1|1:573644_C_T:3286,225,0 1|1:0,29:29:87:1|1:573644_C_T:1305,87,0 1|1:0,57:57:99:1|1:573644_C_T:2519,172,0 1|1:0,125:125:99:1|1:573644_C_T:5592,385,0 1|1:0,21:21:63:1|1:573644_C_T:945,63,0 1|1:0,42:42:99:1|1:573644_C_T:1771,125,0 1|1:0,44:44:99:1|1:573644_C_T:1900,132,0 1|1:0,45:45:99:1|1:573644_C_T:1948,135,0 1|1:0,15:15:45:1|1:573644_C_T:675,45,0 1|1:0,55:55:99:1|1:573644_C_T:2410,166,0 1|1:0,29:29:87:1|1:573644_C_T:1257,87,0 1|1:0,25:25:75:1|1:573644_C_T:1109,75,0 1|1:0,50:50:99:1|1:573644_C_T:2144,150,0 1|1:0,33:33:99:1|1:573644_C_T:1417,99,0 1|1:0,51:51:99:1|1:573644_C_T:2295,154,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1620,108,0 1|1:0,79:79:99:1|1:573644_C_T:3460,238,0 1|1:0,48:48:99:1|1:573644_C_T:2054,144,0 1|1:0,30:30:90:1|1:573644_C_T:1319,90,0 1|1:0,16:16:48:1|1:573644_C_T:704,48,0 1|1:0,29:29:87:1|1:573644_C_T:1223,87,0 1|1:0,41:41:99:1|1:573644_C_T:1831,123,0 1|1:0,28:28:84:1|1:573644_C_T:1244,84,0 1|1:0,51:51:99:1|1:573644_C_T:2245,154,0 1|1:0,27:27:81:1|1:573644_C_T:1164,81,0 1|1:0,26:26:78:1|1:573644_C_T:1144,78,0 1|1:0,54:54:99:1|1:573644_C_T:2374,163,0 1|1:0,48:48:99:1|1:573644_C_T:2135,144,0 1|1:0,67:67:99:1|1:573644_C_T:2950,202,0 1|1:0,67:67:99:1|1:573644_C_T:2920,202,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1553,108,0 1|1:0,55:55:99:1|1:573644_C_T:2363,165,0 1|1:0,60:60:99:1|1:573644_C_T:2514,181,0 1|1:0,33:33:99:1|1:573644_C_T:1467,99,0 1|1:0,47:47:99:1|1:573644_C_T:2004,141,0 1|0:1,23:24:8:0|1:573644_C_T:948,0,8 1|1:0,60:60:99:1|1:573644_C_T:2685,184,0 1|1:0,60:60:99:1|1:573644_C_T:2510,181,0 1|1:0,65:65:99:1|1:573644_C_T:2699,195,0 1|1:6,0:6:.:.:.:. 1|1:0,106:106:99:1|1:573644_C_T:4615,322,0 1|1:0,56:56:99:1|1:573644_C_T:2384,168,0 1|1:0,45:45:99:1|1:573644_C_T:1953,135,0 1|1:0,44:44:99:1|1:573644_C_T:1883,132,0 1|1:0,44:44:99:1|1:573644_C_T:1940,132,0 1|1:0,118:118:99:1|1:573644_C_T:5060,354,0 1|1:0,57:57:99:1|1:573644_C_T:2492,172,0 1|1:0,87:87:99:1|1:573644_C_T:3884,268,0 1|1:0,80:80:99:1|1:573644_C_T:3428,241,0 1|1:0,80:80:99:1|1:573644_C_T:3464,241,0 1|1:0,80:80:99:1|1:573644_C_T:3469,241,0 1|1:0,70:70:99:1|1:573644_C_T:3035,211,0 1|1:0,94:94:99:1|1:573644_C_T:4032,283,0 1|1:59,0:59:.:.:.:. 1|1:0,45:45:99:1|1:573644_C_T:1997,138,0 1|1:0,95:95:99:1|1:573644_C_T:4171,289,0 1|1:0,68:68:99:1|1:573644_C_T:3058,208,0 1|1:0,110:110:99:1|1:573644_C_T:4797,331,0 1|1:0,68:68:99:1|1:573644_C_T:2929,204,0 1|1:0,110:110:99:1|1:573644_C_T:4893,334,0 1|1:0,13:13:39:1|1:573644_C_T:555,39,0 1|1:0,109:109:99:1|1:573644_C_T:4792,328,0 1|1:0,91:91:99:1|1:573644_C_T:3972,274,0 1|1:0,49:49:99:1|1:573644_C_T:2078,147,0 1|1:0,71:71:99:1|1:573644_C_T:3054,214,0 1|1:0,77:77:99:1|1:573644_C_T:3300,231,0 0|0:89,0:89:0:.:.:0,0,1626 1|1:0,124:124:99:1|1:573644_C_T:5349,378,0 1|1:0,65:65:99:1|1:573644_C_T:2737,196,0 1|1:0,62:62:99:1|1:573644_C_T:2656,186,0 1|1:0,76:76:99:1|1:573644_C_T:3200,228,0 1|1:0,71:71:99:1|1:573644_C_T:2954,213,0 1|1:0,42:42:99:1|1:573644_C_T:1759,126,0 1|1:0,61:61:99:1|1:573644_C_T:2654,187,0 1|1:1,75:76:99:1|1:573644_C_T:3207,219,0 1|1:0,80:80:99:1|1:573644_C_T:3319,240,0 1|1:0,129:129:99:1|1:573644_C_T:5536,390,0 1|1:0,56:56:99:1|1:573644_C_T:2510,172,0 1|1:0,63:63:99:1|1:573644_C_T:2647,190,0 1|1:0,93:93:99:1|1:573644_C_T:3944,279,0 1|1:0,62:62:99:1|1:573644_C_T:2663,190,0 1|1:0,83:83:99:1|1:573644_C_T:3756,253,0 1|1:0,56:56:99:1|1:573644_C_T:2365,169,0 1|1:0,63:63:99:1|1:573644_C_T:2778,190,0 1|1:0,62:62:99:1|1:573644_C_T:2708,187,0 1|1:0,80:80:99:1|1:573644_C_T:3477,241,0 1|1:0,55:55:99:1|1:573644_C_T:2392,165,0 1|1:0,81:81:99:1|1:573644_C_T:3440,244,0 1|1:0,57:57:99:1|1:573644_C_T:2561,183,0 1|1:0,38:38:99:1|1:573644_C_T:1677,114,0 1|1:0,41:41:99:1|1:573644_C_T:1782,123,0 1|1:0,41:41:99:1|1:573644_C_T:1734,123,0 1|1:0,65:65:99:1|1:573644_C_T:2780,196,0 1|1:0,17:17:51:1|1:573644_C_T:733,51,0 1|1:0,68:68:99:1|1:573644_C_T:2841,204,0 1|1:0,66:66:99:1|1:573644_C_T:2755,199,0 1|1:0,13:13:39:1|1:573644_C_T:552,39,0 1|1:0,116:116:99:1|1:573644_C_T:4982,349,0 1|1:0,76:76:99:1|1:573644_C_T:3378,234,0 1|1:0,76:76:99:1|1:573644_C_T:3389,232,0 1|1:0,65:65:99:1|1:573644_C_T:2731,195,0 1|1:0,46:46:99:1|1:573644_C_T:2054,138,0 1|1:0,42:42:99:1|1:573644_C_T:1775,126,0 1|1:0,38:38:99:1|1:573644_C_T:1615,114,0 1|1:0,86:86:99:1|1:573644_C_T:3711,259,0 1|1:0,71:71:99:1|1:573644_C_T:2981,214,0 1|1:0,91:91:99:1|1:573644_C_T:3940,274,0 1|1:0,87:87:99:1|1:573644_C_T:3787,262,0 1|1:0,5:5:18:1|1:573644_C_T:270,18,0 1|1:0,86:86:99:1|1:573644_C_T:3905,268,0 1|1:0,82:82:99:1|1:573644_C_T:3545,246,0 1|1:0,34:34:99:1|1:573644_C_T:1465,102,0 1|1:0,32:32:96:1|1:573644_C_T:1321,96,0 1|1:0,48:48:99:1|1:573644_C_T:2116,144,0 1|1:0,61:61:99:1|1:573644_C_T:2639,183,0 1|1:0,74:74:99:1|1:573644_C_T:3198,222,0 1|1:0,30:30:90:1|1:573644_C_T:1317,90,0 1|1:0,68:68:99:1|1:573644_C_T:3028,208,0 1|1:0,60:60:99:1|1:573644_C_T:2686,184,0 1|1:0,28:28:84:1|1:573644_C_T:1186,84,0 1|1:0,30:30:90:1|1:573644_C_T:1283,90,0 1|1:0,68:68:99:1|1:573644_C_T:3026,208,0 1|1:0,54:54:99:1|1:573644_C_T:2354,165,0 1|1:0,83:83:99:1|1:573644_C_T:3575,250,0 1|0:6,46:52:99:0|1:573644_C_T:1909,0,319 1|1:0,59:59:99:1|1:573644_C_T:2608,181,0 1|1:0,34:34:99:1|1:573644_C_T:1447,102,0 1|1:0,85:85:99:1|1:573644_C_T:3621,258,0 1|1:0,66:66:99:1|1:573644_C_T:2846,201,0 1|1:0,58:58:99:1|1:573644_C_T:2396,174,0 1|1:0,61:61:99:1|1:573644_C_T:2651,184,0 1|1:0,105:105:99:1|1:573644_C_T:4561,315,0 1|1:0,145:145:99:1|1:573644_C_T:6243,441,0 1|1:0,62:62:99:1|1:573644_C_T:2694,186,0 1|1:0,68:68:99:1|1:573644_C_T:2850,204,0 1|1:0,67:67:99:1|1:573644_C_T:2912,208,0 1|1:0,28:28:84:1|1:573644_C_T:1259,84,0 1|1:0,35:35:99:1|1:573644_C_T:1533,105,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1545,108,0 1|1:0,86:86:99:1|1:573644_C_T:3740,259,0 1|1:0,35:35:99:1|1:573644_C_T:1533,105,0 1|1:0,49:49:99:1|1:573644_C_T:2098,147,0 1|1:0,57:57:99:1|1:573644_C_T:2434,171,0 1|1:0,59:59:99:1|1:573644_C_T:2496,178,0 1|1:0,43:43:99:1|1:573644_C_T:1844,129,0 1|1:0,20:20:60:1|1:573644_C_T:867,60,0 1|1:0,44:44:99:1|1:573644_C_T:1938,135,0 1|1:0,31:31:96:1|1:573644_C_T:1440,96,0 1|1:0,59:59:99:1|1:573644_C_T:2592,181,0 1|1:0,52:52:99:1|1:573644_C_T:2326,160,0 1|1:0,57:57:99:1|1:573598_GTTTTTTTTTTTT_G:2386,172,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1500,110,0 1|1:0,80:80:99:1|1:573644_C_T:3481,240,0 1|1:0,65:65:99:1|1:573644_C_T:2768,196,0 1|1:0,54:54:99:1|1:573644_C_T:2342,162,0 1|1:0,31:31:93:1|1:573644_C_T:1348,93,0 1|0:5,47:52:99:0|1:573644_C_T:1808,0,231 1|1:0,46:46:99:1|1:573644_C_T:1902,138,0 1|1:0,32:32:96:1|1:573644_C_T:1400,96,0 1|1:0,30:30:90:1|1:573644_C_T:1309,90,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1560,108,0 1|1:0,53:53:99:1|1:573598_GTTTTTTTTTTTT_G:2295,160,0 1|1:0,19:19:57:1|1:573644_C_T:829,57,0 1|1:0,29:29:87:1|1:573644_C_T:1267,87,0 1|1:0,20:20:60:1|1:573644_C_T:826,60,0 1|1:0,41:41:99:1|1:573644_C_T:1803,123,0 1|1:0,30:30:90:1|1:573644_C_T:1314,90,0 1|1:0,37:37:99:1|1:573644_C_T:1684,117,0 1|1:0,91:91:99:1|1:573644_C_T:3864,274,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1420,107,0 1|1:0,59:59:99:1|1:573644_C_T:2596,178,0 1|1:0,33:33:99:1|1:573644_C_T:1407,99,0 1|1:0,78:78:99:1|1:573644_C_T:3485,238,0 1|1:0,31:31:99:1|1:573644_C_T:1410,99,0 1|1:0,53:53:99:1|1:573644_C_T:2305,159,0 1|1:0,18:18:54:1|1:573644_C_T:754,54,0 1|1:0,32:32:96:1|1:573644_C_T:1359,96,0 1|1:0,41:41:99:1|1:573644_C_T:1768,125,0 1|1:0,72:72:99:1|1:573644_C_T:3132,217,0 1|1:0,39:39:99:1|1:573644_C_T:1626,117,0 1|1:0,5:5:15:1|1:573644_C_T:225,15,0 1|1:0,78:78:99:1|1:573644_C_T:3399,234,0 1|1:0,61:61:99:1|1:573644_C_T:2767,187,0 1|1:0,64:64:99:1|1:573644_C_T:2784,193,0 1|1:0,70:70:99:1|1:573644_C_T:3078,211,0 1|1:1,0:1:.:.:.:. 1|1:0,47:47:99:1|1:573644_C_T:2027,141,0 1|1:0,79:79:99:1|1:573644_C_T:3398,237,0 1|1:0,29:29:90:1|1:573644_C_T:1307,90,0 1|1:0,6:6:18:1|1:573644_C_T:257,18,0 1|1:0,75:75:99:1|1:573644_C_T:3304,229,0 1|1:0,108:108:99:1|1:573644_C_T:4678,325,0 1|1:0,33:33:99:1|1:573644_C_T:1372,99,0 1|1:0,58:58:99:1|1:573644_C_T:2510,175,0 1|1:0,22:22:66:1|1:573644_C_T:990,66,0 1|1:0,22:22:69:1|1:573644_C_T:1004,69,0 1|1:0,52:52:99:1|1:573644_C_T:2271,157,0 1|1:0,38:38:99:1|1:573644_C_T:1670,114,0 1|1:0,42:42:99:1|1:573644_C_T:1845,126,0 1|1:0,37:37:99:1|1:573644_C_T:1512,111,0 1|1:0,48:48:99:1|1:573644_C_T:2061,144,0 1|1:0,9:9:27:1|1:573644_C_T:404,27,0 1|1:0,35:35:99:1|1:573644_C_T:1587,108,0 1|1:0,14:14:45:1|1:573644_C_T:675,45,0 1|1:0,62:62:99:1|1:573644_C_T:2691,189,0 1|1:0,3:3:9:1|1:573644_C_T:119,9,0 1|1:0,46:46:99:1|1:573644_C_T:2006,138,0 1|1:14,0:14:.:.:.:0,0,0 1|1:0,69:69:99:1|1:573644_C_T:3025,207,0 1|1:0,24:24:72:1|1:573644_C_T:1070,72,0 1|1:13,0:13:.:.:.:0,0,0 1|1:0,55:55:99:1|1:573644_C_T:2405,166,0 1|1:0,61:61:99:1|1:573644_C_T:2647,183,0 1|1:0,58:58:99:1|1:573644_C_T:2480,174,0 1|1:0,77:77:99:1|1:573644_C_T:3400,231,0 1|1:0,46:46:99:1|1:573644_C_T:2037,141,0 1|1:0,46:46:99:1|1:573644_C_T:2040,138,0 1|1:8,0:8:.:.:.:0,0,0 1|1:0,47:47:99:1|1:573644_C_T:2087,141,0 1|1:0,71:71:99:1|1:573644_C_T:3168,217,0 1|1:0,87:87:99:1|1:573644_C_T:3833,262,0 1|1:0,46:46:99:1|1:573644_C_T:2058,138,0 1|1:0,49:49:99:1|1:573644_C_T:2193,147,0 1|1:0,78:78:99:1|1:573644_C_T:3518,238,0 1|1:0,48:48:99:1|1:573644_C_T:2181,147,0 1|1:0,61:61:99:1|1:573644_C_T:2633,184,0 1|1:0,65:65:99:1|1:573644_C_T:2895,196,0 1|1:0,51:51:99:1|1:573644_C_T:2269,153,0 1|1:0,64:64:99:1|1:573644_C_T:2829,193,0 1|1:0,51:51:99:1|1:573644_C_T:2184,153,0 1|1:0,57:57:99:1|1:573644_C_T:2475,172,0 1|1:0,28:28:84:1|1:573644_C_T:1249,84,0 1|1:0,28:28:84:1|1:573644_C_T:1235,84,0 1|1:0,70:70:99:1|1:573644_C_T:3103,211,0 1|1:0,14:14:42:1|1:573644_C_T:602,42,0 1|1:0,24:24:75:1|1:573644_C_T:1115,75,0 1|1:0,66:66:99:1|1:573644_C_T:2934,199,0 1|1:0,42:42:99:1|1:573644_C_T:1874,126,0 1|1:0,64:64:99:1|1:573644_C_T:2832,193,0 1|1:0,49:49:99:1|1:573644_C_T:2142,147,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1593,108,0 1|1:0,44:44:99:1|1:573644_C_T:1923,132,0 1|1:0,59:59:99:1|1:573644_C_T:2691,181,0 1|1:0,55:55:99:1|1:573644_C_T:2301,165,0 1|1:0,180:180:99:1|1:573644_C_T:7883,544,0 1|1:0,129:129:99:1|1:573644_C_T:5614,388,0 1|1:0,186:186:99:1|1:573644_C_T:8016,559,0 1|1:0,11:11:33:1|1:573644_C_T:495,33,0 1|1:0,6:6:18:1|1:573644_C_T:243,18,0 1|1:29,0:29:.:.:.:0,0,0 1|1:0,49:49:99:1|1:573644_C_T:2126,147,0 1|1:0,82:82:99:1|1:573644_C_T:3458,247,0 1|1:0,107:107:99:1|1:573644_C_T:4632,324,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1520,108,0 1|1:0,60:60:99:1|1:573644_C_T:2717,184,0 1|1:0,108:108:99:1|1:573644_C_T:4624,325,0 1|1:0,121:121:99:1|1:573644_C_T:5230,364,0 1|1:0,53:53:99:1|1:573644_C_T:2345,165,0 1|1:0,122:122:99:1|1:573644_C_T:5435,373,0 1|1:0,47:47:99:1|1:573644_C_T:2084,141,0 1|1:0,73:73:99:1|1:573644_C_T:3205,223,0 1|1:0,44:44:99:1|1:573644_C_T:1901,132,0 1|1:0,20:20:60:1|1:573644_C_T:864,60,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1592,108,0 1|1:0,110:110:99:1|1:573644_C_T:4818,334,0 1|1:0,69:69:99:1|1:573644_C_T:2973,207,0 1|1:0,73:73:99:1|1:573644_C_T:3135,220,0 1|1:0,86:86:99:1|1:573644_C_T:3764,259,0 1|1:0,122:122:99:1|1:573644_C_T:5481,376,0 1|1:0,82:82:99:1|1:573644_C_T:3447,247,0 1|1:0,114:114:99:1|1:573644_C_T:4914,346,0 1|1:0,110:110:99:1|1:573644_C_T:4807,331,0 1|1:0,87:87:99:1|1:573644_C_T:3753,262,0 1|1:0,37:37:99:1|1:573644_C_T:1536,110,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1521,108,0 1|1:0,37:37:99:1|1:573644_C_T:1584,111,0 1|1:0,22:22:66:1|1:573644_C_T:972,66,0 1|1:0,122:122:99:1|1:573644_C_T:5226,366,0 1|1:0,120:120:99:1|1:573644_C_T:5093,361,0 1|1:0,159:159:99:1|1:573644_C_T:6896,484,0 1|1:0,126:126:99:1|1:573644_C_T:5510,378,0 1|1:0,116:116:99:1|1:573644_C_T:4898,349,0 1|1:0,119:119:99:1|1:573644_C_T:5122,358,0 1|1:0,116:116:99:1|1:573644_C_T:5160,355,0 1|1:0,15:15:45:1|1:573644_C_T:618,45,0 1|1:0,131:131:99:1|1:573644_C_T:5705,394,0 1|1:0,103:103:99:1|1:573644_C_T:4386,310,0 1|1:0,91:91:99:1|1:573644_C_T:3857,274,0 1|1:0,11:11:33:1|1:573644_C_T:482,33,0 1|1:0,31:31:99:1|1:573644_C_T:1410,99,0 1|1:4,0:4:.:.:.:0,0,0 1|1:0,90:90:99:1|1:573644_C_T:3905,273,0 1|1:0,34:34:99:1|1:573644_C_T:1469,102,0 1|1:0,85:85:99:1|1:573644_C_T:3686,255,0 1|1:0,30:30:90:1|1:573644_C_T:1248,90,0 1|1:0,89:89:99:1|1:573644_C_T:3861,270,0 1|1:0,79:79:99:1|1:573644_C_T:3369,235,0 1|1:0,44:44:99:1|1:573644_C_T:1887,132,0 1|1:0,76:76:99:1|1:573644_C_T:3183,229,0 1|1:0,10:10:30:1|1:573644_C_T:431,30,0 1|1:0,86:86:99:1|1:573644_C_T:3592,258,0 1|1:0,39:39:99:1|1:573644_C_T:1776,120,0 1|1:0,61:61:99:1|1:573644_C_T:2751,187,0 1|1:0,6:6:18:1|1:573644_C_T:248,18,0 1|1:0,97:97:99:1|1:573644_C_T:4176,294,0 1|1:0,35:35:99:1|1:573644_C_T:1509,105,0 1|1:0,80:80:99:1|1:573644_C_T:3450,241,0 1|1:0,82:82:99:1|1:573644_C_T:3421,246,0 1|1:0,28:28:84:1|1:573644_C_T:1212,84,0 1|1:0,35:35:99:1|1:573644_C_T:1491,105,0 1|1:0,105:105:99:1|1:573644_C_T:4615,319,0 1|1:0,74:74:99:1|1:573644_C_T:3241,223,0 1|1:0,36:36:99:1|1:573644_C_T:1559,108,0 1|1:0,64:64:99:1|1:573644_C_T:2836,193,0 1|1:0,35:35:99:1|1:573644_C_T:1525,105,0 1|1:0,182:182:99:1|1:573644_C_T:7651,546,0 1|1:0,160:160:99:1|1:573644_C_T:6745,481,0 1|1:0,38:38:99:1|1:573644_C_T:1683,117,0 1|1:0,155:155:99:1|1:573644_C_T:6456,466,0 1|1:0,18:18:54:1|1:573644_C_T:798,54,0 1|1:0,83:83:99:1|1:573644_C_T:3502,250,0 1|1:63,0:63:.:.:.:0,0,0 1|1:0,31:31:93:1|1:573644_C_T:1361,93,0 1|1:0,26:26:78:1|1:573644_C_T:1117,78,0 1|1:0,56:56:99:1|1:573644_C_T:2409,169,0 1|1:0,61:61:99:1|1:573644_C_T:2697,187,0 1|1:0,45:45:99:1|1:573644_C_T:1959,135,0 1|1:0,46:46:99:1|1:573644_C_T:1965,138,0 1|1:0,67:67:99:1|1:573644_C_T:2926,204,0 1|1:0,61:61:99:1|1:573644_C_T:2582,183,0 1|1:1,70:71:99:1|1:573644_C_T:3019,204,0 1|1:0,62:62:99:1|1:573644_C_T:2687,189,0 1|1:0,26:26:78:1|1:573644_C_T:1170,78,0 1|1:0,17:17:51:1|1:573644_C_T:751,51,0 1|1:0,56:56:99:1|1:573644_C_T:2366,168,0 1|1:0,40:40:99:1|1:573644_C_T:1796,123,0 1|1:0,62:62:99:1|1:573644_C_T:2636,187,0 1|1:0,34:34:99:1|1:573644_C_T:1517,102,0 1|1:0,63:63:99:1|1:573644_C_T:2676,189,0 1|1:0,100:100:99:1|1:573644_C_T:4474,307,0 1|1:0,66:66:99:1|1:573644_C_T:2828,199,0 1|1:0,18:18:54:1|1:573644_C_T:760,54,0 1|1:0,34:34:99:1|1:573644_C_T:1456,102,0 1|1:0,23:23:69:1|1:573644_C_T:964,69,0 1|1:0,15:15:45:1|1:573644_C_T:640,45,0 1|1:0,7:7:21:1|1:573644_C_T:315,21,0 1|1:0,80:80:99:1|1:573644_C_T:3436,241,0 1|1:0,58:58:99:1|1:573644_C_T:2504,174,0 1|1:0,68:68:99:1|1:573644_C_T:2994,205,0 1|1:0,12:12:36:1|1:573644_C_T:497,36,0 1|1:0,67:67:99:1|1:573644_C_T:2920,204,0 1|1:0,82:82:99:1|1:573644_C_T:3548,247,0 1|1:0,39:39:99:1|1:573644_C_T:1627,117,0 1|1:0,49:49:99:1|1:573644_C_T:2125,147,0 1|1:0,56:56:99:1|1:573644_C_T:2428,168,0 1|1:0,46:46:99:1|1:573644_C_T:1988,138,0 1|1:0,32:32:96:1|1:573644_C_T:1387,96,0 1|1:0,79:79:99:1|1:573644_C_T:3481,241,0 1|1:0,35:35:99:1|1:573644_C_T:1482,105,0 1|1:0,156:156:99:1|1:573644_C_T:6722,469,0 1|1:0,28:28:84:1|1:573644_C_T:1207,84,0 1|1:0,112:112:99:1|1:573644_C_T:4855,337,0 1|1:0,224:224:99:1|1:573644_C_T:9479,673,0 1|1:0,72:72:99:1|1:573644_C_T:3335,226,0 1|1:0,94:94:99:1|1:573644_C_T:4140,286,0 1|1:0,26:26:78:1|1:573644_C_T:1116,78,0 1|1:0,9:9:27:1|1:573644_C_T:387,27,0 1|1:0,115:115:99:1|1:573644_C_T:5181,355,0 1|1:0,42:42:99:1|1:573644_C_T:1807,126,0 Pf3D7_01_v3 573679 . A G 75279.6 PASS FS=0;MQ=62.78;QD=17.3;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.659;VQSLOD=4.75;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;FractionInformativeReads=1;GC=19.05;InbreedingCoeff=-0.0351;NCC=0;ClippingRankSum=0;ExcessHet=3.01;BaseQRankSum=-2.167;GQ_MEAN=157.56;GQ_STDDEV=231.88;HRun=0;MQRankSum=-0.518;ReadPosRankSum=-0.284;culprit=FS;set=snp;DP=6103317;AF=0.003148;AS_InbreedingCoeff=-0.0588;MLEAC=16;MLEAF=0.003148;AN=856;AC=12 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,102,1411:. 0|0:31,0:31:93:.:.:0,93,885:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1368:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1764:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1184:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1637:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1451:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1232:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,101,1119:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,240:. 0|0:24,0:24:72:.:.:0,72,701:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,1091:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,105,1198:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1451:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,119,1286:. 0|0:43,0:43:87:.:.:0,87,1207:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,495:. 0|0:9,0:9:24:.:.:0,24,360:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1662:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,117,1363:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1175:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:97:.:.:0,97,1124:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,104,1709:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,103,1089:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:70:.:.:0,70,1247:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,116,1561:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:27,0:27:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,112,1762:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1552:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1288:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1287:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:193,0:193:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1620:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,114,1652:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,854:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,104,1216:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1503:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:44,0:44:98:.:.:0,98,1178:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,100,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:167,0:167:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:60:.:.:0,60,900:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,112,1543:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:147,0:147:99:.:.:0,110,1800:. 0|0:141,0:141:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,109,1710:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:130,0:130:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1710:. 0|0:114,0:114:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,122:122:99:1|1:573644_C_T:4680,364,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:90,0:90:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:140,0:140:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1665:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:57,0:57:69:.:.:0,69,1499:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:118,0:118:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,113,1746:. 0|0:134,0:134:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:157,0:157:99:.:.:0,117,1800:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,195:. 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,105,1451:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:115,0:115:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,105,1422:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:78,0:78:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:77,0:77:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:180,0:180:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,113,1228:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,108,1593:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:41,0:41:96:.:.:0,96,1185:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1188:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:75,0:75:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,103,1123:. 0|0:85,0:85:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,100,1412:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1166:. 0|0:113,0:113:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1172:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,108,1800:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,104,1090:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,111,1381:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,100,1090:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:70,0:70:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:9,0:9:14:.:.:0,14,219:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,108,1257:. 0|1:83,22:105:99:0|1:573644_C_T:290,0,2220:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,27:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:137,0:137:99:.:.:0,104,1800:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:27:.:.:0,27,453:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:174,0:174:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:109,0:109:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,110,1528:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:33,0:33:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:110,0:110:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,241:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:31,0:31:50:.:.:0,50,997:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,106,1517:. 0|0:39,0:39:84:.:.:0,84,1230:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,99,1589:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1264:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,172:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1407:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,109,1585:. 1|1:0,120:120:99:1|1:573644_C_T:4898,361,0:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1462:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,100,1434:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:36,0:36:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1568:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,698:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,105,1342:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1351:. 0|0:64,4:68:88:0|1:573644_C_T:0,88,2236:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,84:85:99:1|1:573644_C_T:3496,221,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:95,0:95:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:123,0:123:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:38,0:38:.:.:.:.:61 0|0:55,4:59:55:0|1:573644_C_T:0,55,1829:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:107,0:107:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:110,0:110:.:.:.:.:0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:132,0:132:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:141,0:141:.:.:.:.:120 0|0:102,0:102:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:135,0:135:.:.:.:.:82 0|0:55,0:55:99:.:.:0,112,1648:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:79,0:79:.:.:.:.:0 0|0:40,0:40:99:.:.:0,101,1108:. 0|0:105,0:105:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:76,0:76:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,109,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,101,1800:. 0|1:140,14:154:21:.:.:21,0,4540:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:142,0:142:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:118,0:118:.:.:.:.:91 0|0:69,0:69:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:106,0:106:.:.:.:.:120 0|0:35,0:35:72:.:.:0,72,1069:. 0|0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:123,117:240:99:.:.:3134,0,3635:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,114,1800:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:138,0:138:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:85,73:158:99:0|1:573644_C_T:1921,0,2597:. 0|0:24,0:24:.:.:.:.:0 0|0:181,0:181:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:26,0:26:.:.:.:.:41 0|1:30,23:53:99:.:.:602,0,860:. 0|0:6,0:6:.:.:.:.:0 0|0:80,0:80:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:113,0:113:.:.:.:.:120 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:98,0:98:.:.:.:.:0 0|0:94,0:94:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:171,0:171:.:.:.:.:102 0|1:45,28:73:99:.:.:694,0,1363:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:97 0|0:86,0:86:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,99,1800:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1480:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:27 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:103,0:103:.:.:.:.:120 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1477:. 0|0:118,0:118:.:.:.:.:120 0|0:84,0:84:.:.:.:.:6 0|0:49,0:49:99:.:.:0,119,1800:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1408:. 0|0:101,0:101:.:.:.:.:120 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:97,0:97:.:.:.:.:0 0|0:124,0:124:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:213,0:213:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:108,0:108:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:86,0:86:.:.:.:.:120 0|0:53,0:53:99:.:.:0,115,1800:. 0|0:57,0:57:.:.:.:.:89 0|0:42,0:42:99:.:.:0,111,1396:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1294:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,105,1477:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,102,1306:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1710:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1527:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:29,0:29:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,104,1753:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1379:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1351:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1336:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:26,0:26:40:.:.:0,40,816:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,104,1364:. 0|0:24,0:24:32:.:.:0,32,753:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,280:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1298:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:16,0:16:48:.:.:0,48,563:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,102,1800:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1479:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:205,0:205:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,114,1710:. 0|0:125,0:125:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:282,0:282:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:101,0:101:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1800:. Pf3D7_01_v3 574002 . C G 619648 PASS FS=0;MQ=61.11;QD=22.04;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.705;VQSLOD=6.93;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0;ExcessHet=0.4419;FractionInformativeReads=0.996;GC=19.05;GQ_MEAN=79.59;GQ_STDDEV=62.4;HRun=0;InbreedingCoeff=0.3098;MQRankSum=0;NCC=1;ReadPosRankSum=-0.076;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=FS;set=snp;DP=3297329;AF=0.123;AS_InbreedingCoeff=0.2494;MLEAC=584;MLEAF=0.121;AN=826;AC=111 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 1|1:0,50:50:99:.:.:1340,149,0:. 0|1:23,20:43:99:.:.:424,0,460:. 0|1:7,32:39:83:.:.:674,0,83:. 0|0:32,3:35:40:.:.:0,40,790:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 1|1:1,32:33:87:.:.:818,87,0:. 0|0:33,0:33:74:.:.:0,74,842:. 1|1:0,65:65:99:.:.:1566,188,0:. 0|0:46,0:46:98:.:.:0,98,1188:. 0|0:31,0:31:44:.:.:0,44,739:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:9,4:13:80:.:.:80,0,189:. 0|1:7,7:14:99:.:.:154,0,167:. 0|0:27,0:27:81:.:.:0,81,773:. 1|1:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:9,0:9:13:.:.:0,13,220:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,132:. 0|0:23,0:23:63:.:.:0,63,737:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,104,1228:. 1|1:0,27:27:81:.:.:751,81,0:. 0|0:38,0:38:99:.:.:0,99,1362:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,265:. 0|0:32,0:32:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:41,1:42:99:.:.:0,99,1069:. 0|0:4,0:4:12:.:.:0,12,104:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:43,0:43:80:.:.:0,80,1037:. 1|1:0,25:25:74:.:.:634,74,0:. 1|1:0,47:47:99:.:.:1249,140,0:. 0|0:69,3:72:99:.:.:0,130,1753:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,115,1259:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:33,0:33:17:.:.:0,17,638:. 0|1:71,21:92:99:.:.:254,0,1580:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1229:. 0|0:15,0:15:25:.:.:0,25,345:. 0|0:38,0:38:85:.:.:0,85,975:. 0|0:33,0:33:94:.:.:0,94,888:. 0|0:28,0:28:84:.:.:0,84,763:. 0|1:16,18:34:99:.:.:385,0,301:. 0|0:36,0:36:97:.:.:0,97,957:. 0|0:50,0:50:72:.:.:0,72,1114:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,114,1710:. 0|1:18,21:39:99:.:.:457,0,367:. 0|1:18,4:22:48:.:.:48,0,382:. 1|1:0,16:16:48:.:.:458,48,0:. 0|0:36,0:36:78:.:.:0,78,869:. 0|1:22,11:33:99:.:.:191,0,493:. 0|0:41,1:42:99:.:.:0,114,1067:. 0|1:11,4:15:66:.:.:66,0,258:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,109,1755:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1199:. 0|0:29,1:30:58:.:.:0,58,710:. 0|0:15,0:15:45:.:.:0,45,389:. 0|0:28,0:28:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,103,1237:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,100,1097:. 0|0:83,0:83:99:.:.:0,100,1530:. 0|0:23,0:23:21:.:.:0,21,494:. 1|1:0,85:85:99:.:.:2296,253,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,111,1800:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,509:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,107,1483:. 0|0:26,0:26:77:.:.:0,77,649:. 0|1:6,33:39:36:.:.:792,0,36:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,535:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,106,1290:. 0|0:21,0:21:60:.:.:0,60,900:. 0|0:22,0:22:37:.:.:0,37,514:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,111,1268:. 0|0:21,0:21:38:.:.:0,38,489:. 0|0:64,5:69:66:.:.:0,66,1567:. 0|0:23,0:23:55:.:.:0,55,603:. 0|0:38,3:41:40:.:.:0,40,869:. 0|1:11,17:28:99:0|1:573986_T_A:587,0,398:. 1|1:0,26:26:77:.:.:643,77,0:. 0|0:19,0:19:37:.:.:0,37,463:. 1|1:2,13:15:11:.:.:308,11,0:. 0|0:28,0:28:68:.:.:0,68,724:. 1|0:18,11:29:99:.:.:209,0,394:. 0|0:21,0:21:57:.:.:0,57,855:. 0|0:24,0:24:19:.:.:0,19,544:. 1|1:0,15:15:45:.:.:376,45,0:. 0|1:10,16:26:99:.:.:323,0,188:. 0|0:33,0:33:56:.:.:0,56,792:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:13,0:13:36:.:.:0,36,540:. 0|0:53,0:53:79:.:.:0,79,1267:. 0|0:86,0:86:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,106,1210:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,117,1179:. 0|0:27,0:27:20:.:.:0,20,603:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1023:. 0|0:46,0:46:86:.:.:0,86,1108:. 0|0:52,0:52:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:104,0:104:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:0,17:17:51:.:.:454,51,0:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:56,0:56:31:.:.:0,31,1114:. 0|1:31,23:54:99:.:.:422,0,589:. 0|0:91,0:91:99:.:.:0,103,1800:. 0|0:16,0:16:16:.:.:0,16,343:. 0|0:139,0:139:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,105,1665:. 0|0:27,0:27:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:63,0:63:99:.:.:0,118,1504:. 1|1:0,55:55:99:.:.:1402,163,0:. 0|0:144,0:144:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:46,0:46:.:.:.:.:. 1|1:0,28:28:84:.:.:758,84,0:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,113,1635:. 0|0:39,2:41:69:.:.:0,69,1036:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,106,1800:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,394:. 1|1:7,107:114:99:.:.:2678,160,0:. 0|0:56,0:56:99:.:.:0,102,1520:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,105,1468:. 0|0:42,0:42:97:.:.:0,97,1039:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,110,1800:. 1|1:0,43:43:99:.:.:1108,128,0:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,4:38:3:.:.:0,3,705:. 1|1:0,32:32:95:.:.:818,95,0:. 0|1:31,19:50:99:.:.:357,0,649:. 0|0:42,0:42:94:.:.:0,94,979:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,104,1381:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1112:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:100,0:100:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:99:.:.:0,105,1300:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,100,1080:. 0|0:31,0:31:62:.:.:0,62,796:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,100,1179:. 0|0:72,0:72:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:32,0:32:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:43,0:43:99:.:.:0,128,1135:. 1|1:0,18:18:54:.:.:476,54,0:. 0|0:49,0:49:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,102,1366:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:34,0:34:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:31,0:31:30:.:.:0,30,679:. 0|0:27,0:27:51:.:.:0,51,683:. 0|0:60,0:60:71:.:.:0,71,1283:. 0|1:12,6:18:99:.:.:110,0,228:. 0|1:13,16:29:99:.:.:317,0,246:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1286:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:34,0:34:96:.:.:0,96,1440:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,112,1550:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,1184:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:111,0:111:99:.:.:0,107,1800:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:11,55:66:91:.:.:1265,0,91:. 0|0:37,0:37:99:.:.:0,110,993:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,236:. 0|1:55,21:76:99:.:.:327,0,1148:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,110,1667:. 1|1:0,28:28:84:.:.:726,84,0:. 0|0:45,0:45:84:.:.:0,84,1084:. 0|1:15,24:39:99:.:.:495,0,255:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,117,1542:. 0|1:44,56:100:99:.:.:1206,0,855:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:42,0:42:79:.:.:0,79,1004:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1200:. 0|1:31,5:36:31:.:.:31,0,691:. 0|0:62,0:62:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:53,0:53:99:.:.:0,104,1410:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:46,7:53:37:.:.:37,0,1073:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,105,1350:. 1|1:0,35:35:99:.:.:954,105,0:. 0|0:103,0:103:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:66,0:66:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,118,1654:. 0|0:71,0:71:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:58,52:110:99:.:.:1050,0,1160:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:64,0:64:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,112,1201:. 0|0:38,0:38:61:.:.:0,61,813:. 0|0:31,0:31:37:.:.:0,37,681:. 0|0:36,0:36:77:.:.:0,77,920:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,101,1256:. 0|1:8,35:43:50:.:.:795,0,50:. 0|0:31,0:31:55:.:.:0,55,750:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,118,1679:. 0|0:36,0:36:48:.:.:0,48,789:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,734:. 0|0:15,0:15:10:.:.:0,10,250:. 0|0:29,0:29:45:.:.:0,45,639:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:43,0:43:38:.:.:0,38,946:. 1|1:5,43:48:9:.:.:1008,9,0:. 0|0:98,0:98:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:97,0:97:99:.:.:0,108,1620:. 1|1:0,70:70:99:.:.:1810,208,0:. 0|1:5,14:19:79:.:.:331,0,79:. 0|0:69,0:69:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:23,0:23:51:.:.:0,51,765:. 0|0:29,0:29:71:.:.:0,71,734:. 0|0:30,0:30:54:.:.:0,54,707:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|1:51,22:73:99:.:.:347,0,1069:. 0|0:34,0:34:99:.:.:0,99,885:. 1|1:0,40:40:99:.:.:1041,120,0:. 0|1:19,3:22:15:.:.:15,0,382:. 0|0:17,0:17:50:.:.:0,50,408:. 1|1:0,18:18:54:.:.:490,54,0:. 0|1:24,4:28:26:.:.:26,0,494:. 0|0:122,0:122:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:62,0:62:29:.:.:0,29,1295:. 1|1:0,23:23:68:.:.:570,68,0:. 0|0:27,0:27:53:.:.:0,53,659:. 0|0:59,0:59:85:.:.:0,85,1349:. 0|0:15,0:15:27:.:.:0,27,364:. 0|1:11,43:54:99:.:.:1032,0,128:. 0|0:19,0:19:25:.:.:0,25,435:. 0|0:31,0:31:43:.:.:0,43,730:. 0|0:35,0:35:35:.:.:0,35,760:. 0|0:83,8:91:51:.:.:0,51,1984:. 0|0:35,0:35:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:4,0:4:0:.:.:0,0,51:. 0|0:47,4:51:41:.:.:0,41,1158:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,115,1755:. 0|0:40,0:40:94:.:.:0,94,985:. 0|0:80,0:80:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,28:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:99,0:99:99:.:.:0,111,1665:. 0|1:18,11:29:99:.:.:195,0,422:. 0|0:23,0:23:42:.:.:0,42,584:. 0|1:25,37:62:99:.:.:809,0,462:. 0|1:113,38:151:99:.:.:613,0,2581:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:18,0:18:51:.:.:0,51,765:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|1:36,15:51:99:.:.:259,0,860:. 0|0:19,0:19:38:.:.:0,38,479:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,305:. 0|0:19,0:19:54:.:.:0,54,810:. 0|0:24,0:24:29:.:.:0,29,534:. 0|0:33,0:33:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,105:. 0|0:11,0:11:24:.:.:0,24,360:. 0|0:11,0:11:33:.:.:0,33,393:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:12,0:12:36:.:.:0,36,394:. 0|0:28,0:28:36:.:.:0,36,787:. 0|0:20,0:20:57:.:.:0,57,855:. 0|0:17,0:17:42:.:.:0,42,630:. 0|0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:35,0:35:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:12,0:12:33:.:.:0,33,495:. 1|1:1,0:1:3:.:.:0,3,35:. 0|0:31,0:31:59:.:.:0,59,930:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|0:10,0:10:18:.:.:0,18,304:. 0|0:27,0:27:42:.:.:0,42,822:. 0|0:31,0:31:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:18,0:18:42:.:.:0,42,630:. 0|1:1,10:11:1:.:.:305,0,1:. 0|0:41,0:41:91:.:.:0,91,1240:. 0|0:22,0:22:50:.:.:0,50,669:. 0|0:25,0:25:53:.:.:0,53,787:. 0|0:41,0:41:88:.:.:0,88,1197:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:7,0:7:18:.:.:0,18,270:. 0|0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0|0:13,0:13:39:.:.:0,39,459:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,68:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:27,0:27:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:27,0:27:57:.:.:0,57,855:. 1|1:0,21:21:63:.:.:678,63,0:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,172:. 0|0:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0|0:23,0:23:36:.:.:0,36,659:. 1|1:0,41:41:99:.:.:1221,122,0:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,117,1763:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:6,0:6:18:.:.:0,18,206:. 0|1:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,326:. 0|0:20,0:20:45:.:.:0,45,675:. 0|0:65,0:65:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:31,0:31:81:.:.:0,81,1215:. 1|1:3,28:31:11:.:.:788,11,0:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1800:. 1|1:1,55:56:99:.:.:1761,141,0:. 0|0:39,0:39:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,99,1297:. 0|0:34,0:34:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:19,0:19:39:.:.:0,39,585:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:32,0:32:72:.:.:0,72,977:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:47,0:47:92:.:.:0,92,1425:. 0|0:30,0:30:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,102,1434:. 0|0:52,3:55:84:.:.:0,84,1567:. 1|1:0,45:45:99:.:.:1430,134,0:. 0|0:84,0:84:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:39,0:39:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:36,0:36:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:18,0:18:45:.:.:0,45,675:. 0|0:27,0:27:24:.:.:0,24,771:. 0|1:13,11:24:99:.:.:267,0,333:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:99:.:.:0,111,1665:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:58,0:58:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:40,0:40:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:67,0:67:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:59,0:59:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,206:. 0|0:96,0:96:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:54,0:54:99:.:.:0,100,1407:. 0|0:8,0:8:4:.:.:0,4,204:. 0|0:17,0:17:45:.:.:0,45,675:. 0|0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,114,1530:. 0|0:31,0:31:90:.:.:0,90,998:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:30,0:30:90:.:.:0,90,934:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:88,0:88:99:.:.:0,106,1620:. 0|0:25,0:25:60:.:.:0,60,714:. 0|0:61,0:61:99:.:.:0,103,1575:. 0|0:16,0:16:30:.:.:0,30,424:. 0|0:57,0:57:99:.:.:0,112,1578:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,108,1413:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,114,1480:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,12:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:24,0:24:63:.:.:0,63,945:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,102,1477:. 0|0:60,0:60:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:23,0:23:60:.:.:0,60,900:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:19,0:19:57:.:.:0,57,635:. 0|0:14,0:14:36:.:.:0,36,540:. 0|0:29,0:29:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:48,0:48:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:47,0:47:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,358:. 0|0:44,0:44:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:15,0:15:39:.:.:0,39,585:. 0|1:5,22:27:86:.:.:650,0,86:. 0|0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0|0:41,0:41:99:.:.:0,102,1325:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:20,0:20:30:.:.:0,30,622:. 0|0:34,0:34:72:.:.:0,72,1048:. 0|0:8,0:8:21:.:.:0,21,315:. 0|0:16,0:16:42:.:.:0,42,630:. 0|0:25,0:25:72:.:.:0,72,759:. 0|0:26,0:26:72:.:.:0,72,922:. 0|0:19,0:19:45:.:.:0,45,675:. 0|0:20,0:20:60:.:.:0,60,679:. 0|0:8,0:8:24:.:.:0,24,252:. 0|0:5,0:5:15:.:.:0,15,156:. 1|1:0,14:14:42:.:.:465,42,0:. 1|1:0,14:14:42:.:.:418,42,0:. 0|0:17,0:17:48:.:.:0,48,720:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:35,0:35:99:.:.:0,99,1191:. 0|0:25,0:25:63:.:.:0,63,945:. 0|0:29,0:29:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:10,0:10:27:.:.:0,27,405:. 0|0:10,0:10:30:.:.:0,30,326:. 0|0:12,0:12:30:.:.:0,30,450:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,67:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,34:. 0|0:22,0:22:60:.:.:0,60,900:. 0|0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0|0:20,0:20:39:.:.:0,39,585:. 0|0:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|0:21,0:21:45:.:.:0,45,675:. 0|0:24,0:24:60:.:.:0,60,900:. 0|0:21,0:21:48:.:.:0,48,720:. 0|0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 0|0:20,0:20:48:.:.:0,48,720:. 0|1:4,15:19:83:.:.:396,0,83:. 1|1:0,11:11:33:.:.:305,33,0:. 0|0:45,0:45:99:.:.:0,105,1575:. 0|0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0|1:46,75:121:99:.:.:1999,0,1095:. 0|0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,117,1755:. 1|1:0,157:157:99:.:.:4756,468,0:. 0|1:19,7:26:99:.:.:162,0,562:. 1|1:1,38:39:92:.:.:1140,92,0:. 0|0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0|0:2,0:2:6:.:.:0,6,71:. 0|0:42,0:42:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:34,0:34:90:.:.:0,90,1164:. Pf3D7_01_v3 574254 . A G 277388 PASS FS=4.039;MQ=57.63;QD=27.36;RegionType=Core;SNPEFF_EFFECT=INTERGENIC;SNPEFF_FUNCTIONAL_CLASS=NONE;SNPEFF_IMPACT=MODIFIER;SOR=0.476;VQSLOD=3.98;VariantType=SNP;VARIANT_TYPE=SNP;MULTIALLELIC=BI;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0;ExcessHet=31.985;FractionInformativeReads=0.998;GC=4.76;GQ_MEAN=27.63;GQ_STDDEV=167.83;HRun=0;InbreedingCoeff=-0.2564;MQRankSum=-0.847;NCC=0;ReadPosRankSum=0.91;POSITIVE_TRAIN_SITE;culprit=MQ;set=snp;DP=6120902;AF=0.061;AS_InbreedingCoeff=-0.1458;MLEAC=313;MLEAF=0.069;AN=840;AC=35 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:RGQ 0|0:50,0:50:33:.:.:0,33,495:. 0|0:77,0:77:0:.:.:0,0,1580:. 0|0:50,0:50:48:.:.:0,48,720:. 0|1:23,2:25:15:0|1:574254_A_G:15,0,942:. 0|0:49,0:49:51:.:.:0,51,765:. 0|0:27,0:27:33:.:.:0,33,495:. 0|0:44,0:44:48:.:.:0,48,720:. 0|0:50,0:50:54:.:.:0,54,810:. 0|0:76,0:76:60:.:.:0,60,900:. 0|0:50,0:50:60:.:.:0,60,900:. 0|0:36,0:36:33:.:.:0,33,495:. 0|0:41,0:41:99:0|1:574207_G_GAA:0,122,1778:. 0|0:41,0:41:45:.:.:0,45,675:. 0|0:42,0:42:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:23,0:23:24:.:.:0,24,360:. 0|0:41,0:41:27:.:.:0,27,405:. 0|0:6,0:6:3:.:.:0,3,45:. 1|1:0,10:10:30:1|1:574254_A_G:390,30,0:. 0|0:21,0:21:6:.:.:0,6,90:. 0|0:28,0:28:.:.:.:.:. 0|0:60,0:60:51:.:.:0,51,765:. 1|1:0,20:20:62:1|1:574254_A_G:854,62,0:. 0|0:113,0:113:75:.:.:0,75,1125:. 0|0:16,0:16:6:.:.:0,6,90:. 0|0:45,0:45:39:.:.:0,39,585:. 0|0:53,0:53:60:.:.:0,60,900:. 0|0:9,0:9:.:.:.:.:. 0|0:6,0:6:3:.:.:0,3,45:. 0|0:51,0:51:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:45,0:45:24:.:.:0,24,360:. 0|0:52,0:52:24:.:.:0,24,360:. 0|0:69,0:69:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:55,0:55:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:168,0:168:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:46,0:46:21:.:.:0,21,315:. 0|0:119,0:119:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:57,0:57:45:.:.:0,45,675:. 0|0:27,0:27:15:.:.:0,15,225:. 0|0:58,0:58:65:.:.:0,65,1445:. 0|0:52,0:52:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:57,0:57:39:.:.:0,39,585:. 0|0:82,0:82:36:.:.:0,36,540:. 0|0:50,0:50:9:.:.:0,9,135:. 0|0:97,0:97:0:.:.:0,0,1570:. 0|0:118,0:118:0:.:.:0,0,553:. 0|0:73,0:73:36:.:.:0,36,540:. 0|0:33,0:33:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,7:7:21:1|1:574254_A_G:315,21,0:. 0|0:43,0:43:15:.:.:0,15,225:. 0|0:39,0:39:48:.:.:0,48,720:. 0|0:70,0:70:33:.:.:0,33,495:. 0|0:19,0:19:12:.:.:0,12,180:. 0|0:34,0:34:99:0|1:574236_G_A:0,101,1474:. 0|0:120,0:120:99:.:.:0,102,1530:. 0|0:53,0:53:39:.:.:0,39,585:. 0|0:46,0:46:51:.:.:0,51,765:. 0|0:37,0:37:9:.:.:0,9,135:. 0|0:47,0:47:18:.:.:0,18,270:. 0|0:45,0:45:27:.:.:0,27,405:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,778:. 0|0:93,0:93:54:.:.:0,54,810:. 0|0:24,0:24:12:.:.:0,12,180:. 0|0:92,0:92:60:.:.:0,60,900:. 0|0:111,0:111:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:20,0:20:9:.:.:0,9,135:. 0|0:55,0:55:36:.:.:0,36,540:. 0|0:33,0:33:9:.:.:0,9,135:. 0|0:52,0:52:24:.:.:0,24,360:. 0|0:33,0:33:18:.:.:0,18,270:. 0|0:70,0:70:57:.:.:0,57,855:. 0|0:31,0:31:15:.:.:0,15,225:. 0|0:21,0:21:18:.:.:0,18,270:. 0|0:60,0:60:36:.:.:0,36,540:. 0|0:24,0:24:73:.:.:0,73,1040:. 0|0:81,0:81:36:.:.:0,36,540:. 0|0:33,0:33:9:.:.:0,9,135:. 0|0:69,0:69:51:.:.:0,51,765:. 0|0:70,0:70:39:.:.:0,39,585:. 0|0:16,0:16:18:.:.:0,18,270:. 0|0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0|1:14,1:15:1:0|1:574254_A_G:1,0,567:. 0|0:46,0:46:27:.:.:0,27,405:. 0|1:16,8:24:99:0|1:574254_A_G:258,0,630:. 0|0:31,0:31:33:.:.:0,33,495:. 0|0:30,0:30:24:.:.:0,24,360:. 0|0:22,0:22:3:.:.:0,3,45:. 0|0:38,0:38:21:.:.:0,21,315:. 0|0:47,0:47:15:.:.:0,15,225:. 0|0:69,0:69:45:.:.:0,45,675:. 0|0:73,0:73:45:.:.:0,45,675:. 0|0:35,0:35:33:.:.:0,33,495:. 0|0:70,0:70:27:.:.:0,27,405:. 0|0:109,0:109:78:.:.:0,78,1170:. 0|0:51,0:51:24:.:.:0,24,360:. 0|0:50,0:50:33:.:.:0,33,495:. 0|0:28,0:28:24:.:.:0,24,360:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,989:. 0|0:66,0:66:24:.:.:0,24,360:. 0|0:79,0:79:48:.:.:0,48,720:. 0|0:0,0:0:.:.:.:.:. 0|0:187,0:187:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:66,0:66:30:.:.:0,30,450:. 0|0:76,0:76:3:.:.:0,3,45:. 0|0:121,0:121:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:95,0:95:42:.:.:0,42,630:. 0|0:157,0:157:0:.:.:0,0,3160:. 0|0:48,0:48:12:.:.:0,12,180:. 0|0:175,0:175:99:.:.:0,99,1485:. 0|1:8,50:58:99:0|1:574254_A_G:1947,0,147:. 0|0:73,0:73:99:.:.:0,101,1800:. 0|0:129,0:129:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:92,0:92:57:.:.:0,57,855:. 0|0:159,0:159:66:.:.:0,66,990:. 0|0:190,0:190:0:.:.:0,0,2721:. 0|0:47,0:47:36:.:.:0,36,540:. 0|0:117,0:117:99:.:.:0,112,1800:. 0|0:106,0:106:30:.:.:0,30,450:. 0|0:124,0:124:84:.:.:0,84,1260:. 0|0:70,0:70:30:.:.:0,30,450:. 0|0:171,0:171:45:.:.:0,45,675:. 0|0:32,0:32:39:.:.:0,39,585:. 0|0:89,5:94:72:0|1:574254_A_G:0,72,3621:. 0|0:53,2:55:74:0|1:574254_A_G:0,74,2263:. 0|0:71,0:71:48:.:.:0,48,720:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,1401:. 0|0:85,0:85:60:.:.:0,60,900:. 0|0:75,0:75:21:.:.:0,21,315:. 0|0:116,0:116:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:87,0:87:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1017:. 0|0:75,0:75:42:.:.:0,42,630:. 0|1:33,9:42:99:0|1:574254_A_G:264,0,1257:. 0|0:69,0:69:39:.:.:0,39,585:. 0|0:81,0:81:99:.:.:0,113,1800:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,1475:. 0|0:86,0:86:60:.:.:0,60,900:. 0|0:130,0:130:60:.:.:0,60,900:. 0|0:68,0:68:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:61,3:64:61:0|1:574254_A_G:0,61,2536:. 0|1:56,6:62:84:0|1:574254_A_G:84,0,2266:. 0|0:80,0:80:30:.:.:0,30,450:. 0|0:103,0:103:66:.:.:0,66,990:. 0|0:68,0:68:48:.:.:0,48,720:. 0|0:77,0:77:60:.:.:0,60,900:. 0|0:58,0:58:27:.:.:0,27,405:. 0|0:80,0:80:54:.:.:0,54,810:. 0|0:92,0:92:99:.:.:0,117,1755:. 0|0:87,0:87:60:.:.:0,60,900:. 0|0:46,0:46:21:.:.:0,21,315:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,744:. 0|0:43,0:43:6:.:.:0,6,90:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,391:. 0|0:78,0:78:24:.:.:0,24,360:. 0|0:28,0:28:6:.:.:0,6,90:. 0|0:74,0:74:21:.:.:0,21,315:. 0|0:68,0:68:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,14:14:43:1|1:574254_A_G:601,43,0:. 0|0:102,0:102:45:.:.:0,45,675:. 0|0:62,0:62:30:.:.:0,30,450:. 0|0:79,0:79:99:.:.:0,102,1530:. 0|1:4,49:53:18:0|1:574254_A_G:1955,0,18:. 0|0:57,0:57:24:.:.:0,24,360:. 0|0:63,0:63:90:.:.:0,90,1350:. 0|1:26,17:43:99:0|1:574254_A_G:594,0,1003:. 0|0:172,0:172:0:.:.:0,0,1900:. 0|0:133,0:133:0:.:.:0,0,2421:. 0|0:127,0:127:72:.:.:0,72,1080:. 0|1:4,46:50:28:0|1:574254_A_G:1743,0,28:. 0|0:5,0:5:3:.:.:0,3,45:. 0|0:156,0:156:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:124,0:124:99:.:.:0,116,1800:. 0|0:36,0:36:27:.:.:0,27,405:. 0|0:58,0:58:39:.:.:0,39,585:. 0|0:69,0:69:30:.:.:0,30,450:. 0|0:95,0:95:60:.:.:0,60,900:. 0|0:78,4:82:99:0|1:574254_A_G:0,100,3285:. 0|0:63,0:63:42:.:.:0,42,630:. 0|0:105,0:105:57:.:.:0,57,855:. 0|0:85,0:85:51:.:.:0,51,765:. 0|1:33,9:42:99:0|1:574254_A_G:268,0,1248:. 0|0:51,0:51:33:.:.:0,33,495:. 0|0:83,0:83:27:.:.:0,27,405:. 0|0:85,0:85:42:.:.:0,42,630:. 0|0:155,0:155:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:57,0:57:33:.:.:0,33,495:. 0|0:90,0:90:36:.:.:0,36,540:. 0|0:55,0:55:15:.:.:0,15,225:. 0|0:113,0:113:42:.:.:0,42,630:. 0|0:102,0:102:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:99,0:99:0:.:.:0,0,1483:. 0|0:87,0:87:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:101,0:101:30:.:.:0,30,450:. 0|0:162,0:162:90:.:.:0,90,1350:. 0|0:78,0:78:42:.:.:0,42,630:. 0|0:94,0:94:63:.:.:0,63,945:. 0|0:55,0:55:39:.:.:0,39,585:. 0|0:44,0:44:24:.:.:0,24,360:. 0|0:50,0:50:21:.:.:0,21,315:. 0|0:48,0:48:12:.:.:0,12,180:. 0|0:123,0:123:66:.:.:0,66,990:. 0|0:42,0:42:15:.:.:0,15,225:. 0|0:57,0:57:27:.:.:0,27,405:. 0|0:78,0:78:57:.:.:0,57,855:. 0|0:87,0:87:81:.:.:0,81,1215:. 0|1:25,5:30:99:0|1:574254_A_G:126,0,996:. 0|0:32,0:32:15:.:.:0,15,225:. 0|0:39,0:39:21:.:.:0,21,315:. 0|0:41,0:41:60:.:.:0,60,900:. 0|0:82,0:82:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:55,0:55:24:.:.:0,24,360:. 0|0:68,0:68:15:.:.:0,15,225:. 0|0:49,0:49:36:.:.:0,36,540:. 0|0:111,0:111:0:.:.:0,0,1444:. 0|0:124,0:124:0:.:.:0,0,1862:. 0|0:80,0:80:45:.:.:0,45,675:. 0|0:44,0:44:30:.:.:0,30,450:. 0|0:75,0:75:51:.:.:0,51,765:. 0|0:76,0:76:48:.:.:0,48,720:. 0|0:47,0:47:30:.:.:0,30,450:. 0|0:39,0:39:12:.:.:0,12,180:. 0|0:37,0:37:21:.:.:0,21,315:. 0|0:128,0:128:0:.:.:0,0,2081:. 0|0:43,0:43:30:.:.:0,30,450:. 0|0:54,0:54:36:.:.:0,36,540:. 0|1:11,6:17:99:0|1:574254_A_G:209,0,443:. 0|0:48,0:48:12:.:.:0,12,180:. 0|0:36,0:36:21:.:.:0,21,315:. 0|0:61,0:61:30:.:.:0,30,450:. 0|0:135,0:135:87:.:.:0,87,1305:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1017:. 0|0:80,0:80:30:.:.:0,30,450:. 0|0:37,0:37:21:.:.:0,21,315:. 0|0:107,0:107:48:.:.:0,48,720:. 0|0:30,0:30:6:.:.:0,6,90:. 0|0:69,0:69:63:.:.:0,63,945:. 0|0:55,0:55:39:.:.:0,39,585:. 0|0:43,0:43:24:.:.:0,24,360:. 0|0:44,0:44:18:.:.:0,18,270:. 0|0:134,0:134:72:.:.:0,72,1080:. 0|0:56,0:56:39:.:.:0,39,585:. 0|0:7,0:7:4:.:.:0,4,159:. 0|1:63,7:70:95:0|1:574254_A_G:95,0,2483:. 0|0:102,0:102:69:.:.:0,69,1035:. 0|0:88,0:88:36:.:.:0,36,540:. 0|0:97,0:97:39:.:.:0,39,585:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,28:. 0|0:73,0:73:45:.:.:0,45,675:. 0|0:155,0:155:60:.:.:0,60,900:. 0|0:30,0:30:9:.:.:0,9,135:. 0|0:15,0:15:12:.:.:0,12,180:. 0|0:126,0:126:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:154,0:154:81:.:.:0,81,1215:. 0|0:85,0:85:30:.:.:0,30,450:. 0|0:123,0:123:48:.:.:0,48,720:. 0|0:25,0:25:12:.:.:0,12,180:. 0|0:30,0:30:45:.:.:0,45,675:. 0|0:74,0:74:99:.:.:0,108,1620:. 0|0:84,0:84:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,17:17:52:1|1:574254_A_G:737,52,0:. 0|0:61,0:61:18:.:.:0,18,270:. 0|0:86,0:86:33:.:.:0,33,495:. 0|1:9,4:13:99:0|1:574254_A_G:127,0,366:. 0|0:40,0:40:33:.:.:0,33,495:. 0|0:32,0:32:27:.:.:0,27,405:. 0|0:70,0:70:93:.:.:0,93,1395:. 0|0:14,0:14:9:.:.:0,9,135:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,238:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,33:. 0|0:66,0:66:0:.:.:0,0,203:. 0|0:7,0:7:.:.:.:0,0,0:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,433:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,581:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,572:. 0|0:37,0:37:0:.:.:0,0,274:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,727:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,822:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,730:. 0|0:1,0:1:3:.:.:0,3,33:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,370:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,304:. 0|0:38,0:38:0:.:.:0,0,401:. 0|0:45,0:45:0:.:.:0,0,406:. 1|1:0,16:16:50:1|1:574254_A_G:683,50,0:. 0|0:70,0:70:0:.:.:0,0,413:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,2:. 1|1:0,27:27:82:1|1:574254_A_G:1150,82,0:. 1|1:0,37:37:99:1|1:574254_A_G:1634,113,0:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,438:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,504:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,284:. 0|0:52,0:52:0:.:.:0,0,535:. 0|0:12,0:12:0:.:.:0,0,148:. 0|0:19,0:19:0:.:.:0,0,77:. 0|0:57,0:57:0:.:.:0,0,899:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,29:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,387:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,686:. 0|0:32,0:32:0:.:.:0,0,66:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,1296:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,710:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,107:. 0|0:41,0:41:0:.:.:0,0,573:. 0|0:60,0:60:0:.:.:0,0,161:. 0|0:68,0:68:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:139,0:139:0:.:.:0,0,1577:. 0|0:197,0:197:0:.:.:0,0,2377:. 0|0:172,0:172:0:.:.:0,0,1692:. 0|0:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0|0:7,0:7:21:.:.:0,21,248:. 0|0:22,0:22:0:.:.:0,0,200:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,553:. 0|0:138,0:138:0:.:.:0,0,1927:. 0|0:141,0:141:0:.:.:0,0,1927:. 0|0:78,0:78:0:.:.:0,0,1482:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,957:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,2384:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,815:. 0|0:72,0:72:0:.:.:0,0,1080:. 0|0:136,0:136:0:.:.:0,0,2222:. 0|0:120,0:120:0:.:.:0,0,2646:. 0|0:83,0:83:0:.:.:0,0,1242:. 0|0:46,0:46:0:.:.:0,0,850:. 1|1:1,34:35:93:1|1:574254_A_G:1380,93,0:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,645:. 0|0:139,0:139:0:.:.:0,0,2192:. 0|0:123,0:123:0:.:.:0,0,2103:. 0|0:102,0:102:0:.:.:0,0,1254:. 0|0:134,0:134:0:.:.:0,0,2195:. 0|0:139,0:139:0:.:.:0,0,2194:. 0|0:124,0:124:0:.:.:0,0,1751:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,2268:. 0|0:159,0:159:99:.:.:0,120,1800:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,1768:. 0|0:68,0:68:0:.:.:0,0,1114:. 0|0:61,0:61:0:.:.:0,0,955:. 0|0:85,0:85:0:.:.:0,0,2209:. 0|0:30,0:30:0:.:.:0,0,198:. 0|0:146,0:146:0:.:.:0,0,2386:. 0|0:163,0:163:0:.:.:0,0,2758:. 0|0:223,0:223:0:.:.:0,0,2657:. 0|0:155,0:155:0:.:.:0,0,3172:. 0|0:153,0:153:0:.:.:0,0,2928:. 0|0:134,0:134:0:.:.:0,0,1896:. 0|0:125,0:125:0:.:.:0,0,2105:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,591:. 0|0:238,0:238:0:.:.:0,0,3324:. 0|0:112,0:112:0:.:.:0,0,1831:. 0|0:141,0:141:0:.:.:0,0,1362:. 0|0:21,0:21:0:.:.:0,0,331:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,1002:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,170:. 0|0:105,0:105:0:.:.:0,0,1369:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,1244:. 0|0:131,0:131:0:.:.:0,0,1798:. 0|0:76,0:76:0:.:.:0,0,1489:. 0|0:116,0:116:0:.:.:0,0,1532:. 0|0:163,0:163:0:.:.:0,0,3722:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,900:. 0|0:119,0:119:0:.:.:0,0,1452:. 0|0:27,0:27:0:.:.:0,0,526:. 0|0:138,0:138:0:.:.:0,0,1803:. 0|0:75,0:75:0:.:.:0,0,1453:. 0|0:96,0:96:0:.:.:0,0,1582:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,149:. 0|0:135,0:135:0:.:.:0,0,1838:. 0|0:59,0:59:0:.:.:0,0,773:. 0|0:128,0:128:0:.:.:0,0,2029:. 0|0:59,2:61:91:0|1:574254_A_G:0,91,2401:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,791:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,990:. 0|0:106,0:106:0:.:.:0,0,1012:. 0|0:81,0:81:0:.:.:0,0,1385:. 0|0:48,0:48:0:.:.:0,0,628:. 0|0:31,2:33:28:0|1:574254_A_G:0,28,1281:. 0|0:54,0:54:0:.:.:0,0,922:. 0|0:170,0:170:0:.:.:0,0,2529:. 0|0:166,0:166:0:.:.:0,0,2384:. 0|0:25,0:25:0:.:.:0,0,128:. 0|0:149,0:149:0:.:.:0,0,2175:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,1085:. 0|0:92,0:92:0:.:.:0,0,1176:. 0|0:28,0:28:0:.:.:0,0,396:. 0|0:50,0:50:0:.:.:0,0,866:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,509:. 0|0:29,0:29:0:.:.:0,0,494:. 0|0:36,0:36:0:.:.:0,0,446:. 0|1:12,3:15:91:0|1:574254_A_G:91,0,421:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,286:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,477:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,233:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,238:. 0|0:49,0:49:0:.:.:0,0,536:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,428:. 0|0:14,0:14:0:.:.:0,0,137:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,649:. 0|0:55,0:55:0:.:.:0,0,294:. 0|0:44,0:44:0:.:.:0,0,709:. 1|1:0,26:26:79:1|1:574254_A_G:1137,79,0:. 0|0:56,0:56:0:.:.:0,0,904:. 0|0:73,0:73:0:.:.:0,0,655:. 0|0:71,0:71:0:.:.:0,0,797:. 0|0:15,0:15:0:.:.:0,0,340:. 0|0:18,0:18:0:.:.:0,0,211:. 0|0:26,0:26:0:.:.:0,0,493:. 0|0:9,0:9:0:.:.:0,0,141:. 0|0:7,0:7:0:.:.:0,0,81:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,614:. 0|0:51,0:51:0:.:.:0,0,481:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,593:. 0|0:3,0:3:9:.:.:0,9,96:. 0|0:67,0:67:0:.:.:0,0,599:. 0|0:74,0:74:0:.:.:0,0,642:. 0|0:51,0:51:99:.:.:0,99,1485:. 0|0:31,0:31:0:.:.:0,0,202:. 0|0:53,0:53:0:.:.:0,0,646:. 0|0:40,0:40:0:.:.:0,0,601:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,174:. 0|0:124,0:124:0:.:.:0,0,2198:. 0|0:20,0:20:.:.:.:0,0,0:. 0|0:204,0:204:0:.:.:0,0,2617:. 0|0:23,0:23:0:.:.:0,0,370:. 0|0:126,0:126:0:.:.:0,0,1287:. 0|0:253,0:253:0:.:.:0,0,2958:. 0|0:69,0:69:0:.:.:0,0,698:. 0|0:65,0:65:0:.:.:0,0,977:. 0|0:20,0:20:0:.:.:0,0,347:. 0|0:6,0:6:0:.:.:0,0,147:. 0|0:91,0:91:0:.:.:0,0,925:. 0|0:43,0:43:0:.:.:0,0,496:.